現在、南部の未亡人キャリー・マギャヴィックの真の姿を学ぶため、世界中から多くの人々がカーントンを訪れている。1973年、寄贈建造物、寄贈地および非寄贈地を含む26エーカー (11 ha)の地所がアメリカ合衆国国家歴史登録財に認定された。
ホコタテ星の近隣にある星、コッパイ星。第5次ベビーブームに伴う人口増加と効率良く生産することをせず、食べ尽くしたら土地を移動する生活様式、好き嫌いが激しく我慢できない気質のため、深刻な食料危機に陥ってしまう。そんなコッパイ星を救うべく、食糧確保のプロジェクトが持ち上がり、無人探査機『スパロウ』を宇宙各地の惑星に飛ばして調べ上げるが、一向に成果が出ない。誰もが諦めかけた時にある星に向かったスパロウの一つが有力な反応を示したのである。その星は『PNF-404』と名付けられた。この星に存在する食糧を持ち帰るため、アルフ・ブリトニー・チャーリーの3人が、PNF-404に向かうことになる。しかし、そこで搭乗していた宇宙船『ドレイク号』が謎のトラブルに見舞われ、不時着する形で、着陸してしまった。さらに、アルフたち3人は惑星の各地に散り散りに落ちてバラバラになってしまう。その内の一人アルフはとある森の中で目を覚ました。幸い、ドレイク号に異常は見られないようだが、故郷へ帰るために必要なワープドライブ・キーがなくなっていることに気付く。ワープドライブ・キーと、残りの2人を探そうと立ち上がり、森の奥へ行った所に不思議な生物に遭遇する。木に引っ掛かった赤い物体を落とそうと一心にそれに向かう小さな赤い色をした生き物だった。アルフはその生き物たちを呼び寄せた後、その赤い物体に投げ付けて無事に下へ落とすことに成功する。それはやがて3本の足を伸ばして立ち上がった。そしてこの物体と生き物こそ、オニヨンとピクミンと呼ばれる生き物であることをアルフは知る。アルフは近くの獲物やペレットを、回収しながらピクミンを増やし、石の橋を掛けさせるとその先にあるパッドを回収することに成功した。そしてそれを頼りに捜索すると、探していた果実を発見し、回収することができた。やがて新たな捜索エリア『再会の花園』を発見すると、オニヨンとそこへ着陸。更なる捜索の過程でブリトニーと再会するが、彼女一人では脱出できない場所にいた。何か方法がないか辺りをアルフが捜索していると、隅のとある広場で新たなオニヨンを発見し、同時に全身が岩のようなゴツゴツした固い体をもつ岩ピクミンと出会う。アルフは岩ピクミンの力を借りて漸くブリトニーと合流することに成功、二人で協力して果実の回収とチャーリーの捜索に奔走する。巨大な切り株の洞穴にいた巨大なヨロヒイモムカデを撃退して手に入れた不思議な形をした機械的な物体を解析して更に捜索範囲を広げると、雪原の大地が広がるエリア『迷いの雪原』に向かうが、またしてもトラブルでブリトニーとアルフは離れ離れになってしまったが、ブリトニーが転落した洞窟内で新たに黄ピクミンを仲間にしたことで、アルフとお互いのピクミンを交換して活用させ、どうにか合流に成功。その後は果実を回収しつつ、とある洞窟内に潜んでいたオオバケカガミを倒すと口の中からチャーリーが出てくる。かくして、3人無事に合流することに成功すると、本格的に果実回収を開始。果実回収の過程でアルフが最初に落ちていた『はじまりの森』と名付けたエリアに再び戻り、巨大生物のオオスナフラシを倒して入手した以前の機械物とはまた別の機械を回収し、更なる捜索エリアの拡大に成功、その新な捜索エリア『交わりの渓流』に降り立ち、マリグモの巣に引っ掛かっていたピンク色のオニヨンを助けるとまた新たなピクミン、羽ピクミンと出会う。4種類のピクミンを駆使して果実回収を進めて行くと、誰かが残したメモを回収した。行く先々で回収をしていたが、その中で母星に帰るためのワープドライブ・キーをその筆者、キャプテン・オリマーが拾い持っていることが判明すると同時にドレイク号から救難信号を受信する。アルフたちはその人がキャプテン・オリマーだと思い、巨木の頂上でタテゴトハチスズメを退けてこの人物を助けたが、翌日、食糧を奪って逃走されてしまう。急いで後を追う途中、青いオニヨンと青ピクミンに出会った。青ピクミンの力を借りて、以前は捜索していなかった沼地に向かうと、島に足がはえたような非常に巨大な生物ヌマアラシと遭遇する。その圧倒的な巨体に苦戦しながらもどうにか退くと囚われていたその人物と果実を回収する。その夜、その人物はキャプテン・オリマーではなく、ルーイという名前であると同時にオリマーは『哀しき獣の塔』という場所にいることを聞いたアルフたちはこれまでのエリアの果実を全て回収した後、早速、そのエリアに向かう。すぐ目の前には巨大な土の塊のような塔のような物体が聳え立つ。中に入り、頂上に向かった先にキャプテン・オリマーが横たわっているのを発見したが、隣に金色の謎の生物がいた。それはアルフたちを見つけるなり、オリマーを取り込んでしまった。金色の生物を攻撃してオリマーを救出。塔の中へ入り、脱出を試みる。するとさっきの金色の生物がアメーバ状の透明な姿に変えて迫ってきた。障害物と原生生物を着実に退かせながら出口を目指す3人。塔から出た所でアメーバ状の生物が追い付き、オリマーを取り込んだ後、金色の巨大な人型の生物アメニュウドウとなってアルフたちとピクミンに襲い掛かってきた。5種類のピクミンが持つ火、水、電気、水晶、飛行を駆使した攻撃に苦戦を強いられながらも、力を合わせてどうにか撃退。オリマーを救出することに成功、同時にやはりオリマーが持っていたワープドライブ・キーを取り戻すことにも成功した。オリマーから感謝の言葉を受けると、ピクミンたちに別れを告げた後、無事に惑星から脱出を果たし、オリマーとルーイをホコタテ星に帰し、3人は無事にコッパイ星に帰還した。