教育は、普通学（12科目）・軍事学（9科目）・体育（ラグビー、プールでの遠泳訓練や綱引きなど10種目）の他、精神講話などもあり、当初の履修期間は2年11か月だった。その後、履修期間は徐々に短くなり、終戦直前には1年8か月で、海軍二等飛行兵から海軍飛行兵長に昇格し終了した（乙飛、1942年以降の階級）。甲飛の履修期間も当初の1年2か月から終戦前には6か月に短縮された。修了後は練習航空隊で飛練教育を受け、その後実戦部隊に配備された。一日中訓練漬けではなく、休憩や自習の時間もあった。
元新撰組三番隊組長の警官・斎藤一は迷路のような道が続く廃坑道へ調査に踏み込む。そこで次々と仲間の警官達が姿を消していく。斎藤が物音を追うと、道の奥で顔を包帯で巻いた男、志々雄真実と出会う。志々雄の命令で吊された警官達が炎の海へ落とされるのを見た斎藤は志々雄に迫ろうとするが行く手を阻まれ、志々雄は道を塞ぎそのまま姿を消していく。「人斬り抜刀斎」も過去の人物として扱われる平穏な時代の中、剣心達は明治政府内務卿で剣心と旧知の間柄でもある大久保利通と会見。大久保は、志々雄が京都で再び暗躍していることを告げる。志々雄は剣心と比類する剣術を持つ「影の人斬り」であったが、剣心が刀を置いた鳥羽・伏見の戦いで維新派が勝利した後、同士に裏切られ斬られた後、体を焼かれた。志々雄は奇跡的に一命を取り留め、京都に身を潜めて明治政府への復讐と転覆を目論み兵を集めている。政府も数々の手を打ったが頼れるのはもはや剣心のみとなったのだった。会見の一週間後、大久保は志々雄率いる特攻部隊「十本刀」の一人瀬田宗次郎に殺害された。志々雄らの犠牲となった大久保や警官達から、剣心は過去の自分の過ちと照らし合わせ、京都に行くことを決意する。剣心は京都へ向かう途中の小田原で巻町操と名乗る少女と出会い同行する。そして志々雄の一味に襲われ廃墟となった村にて志々雄と対峙。剣心は志々雄が差し向けた宗次郎との闘いの末、居合いで逆刃刀の刀身を折られてしまう。志々雄は隠れ家で十本刀を集結させるよう命令を下す。集結次第、ついに「国盗り」が開始されるのだ。剣心はついに京都へたどり着き、料亭「葵屋」にて翁と出会う。剣心の素性を知った翁は、自分や操らは旧幕府の隠密御庭番「京都探索方」の一党であることを明かす。隠密御庭番衆の御頭、四乃森蒼紫は守るべき仲間も憎むべき幕府も無い中で、死んだ仲間への手向けとして“最強”の称号を捧げるために修羅に堕ち、剣心＝緋村抜刀斎を倒すことが唯一の生きる目的になった。操は蒼紫のことを特に慕っており、彼の本来の目的も知らず、蒼紫が探していた抜刀斎を葵屋に連れてきたとしか思っていないのだった。剣心は翁ら御庭番衆の協力で折られた逆刃刀の生みの親、新井赤空の居場所を探し出すが、赤空はすでに他界していた。剣心は赤空の息子青空に新しい刀を打つように頼むが、青空はもう二度と刀は作らないと辞退する。一方、剣心が赤空を探していることは志々雄らに知られており、青空の家を十本刀の「刀狩の張」こと沢下条張が訪れる。張は青空に、赤空が最後に打った刀を出すように詰め寄る。そこへやって来た剣心の素性が緋村抜刀斎だと気付いた張は激しく切りかかる。剣心の言葉に感銘を受けた青空は、保管されていた赤空最後の一振りを剣心に投げ渡す。剣心を追い、京都の町に到着した薫と弥彦は剣心と再会。しかし剣心は戦いの最中で二人には気付かない。「人斬りへ戻ってしまう」という躊躇からなかなか刀を抜けない剣心だったが、ついに刀を抜き張の首筋へ一撃を見舞った。だが張はその一撃に昏倒するも斬撃の傷はない。赤空の最後の一降りは逆刃刀であり、青空はその刀が「逆刃刀・真打」であることを伝え、改めて剣心に託す。その頃、志々雄の隠れ家では、ついに志々雄の一声で京都大火の実行が宣言される。警察では捕縛された張の供述から京都大火決行の日時を知り、剣心と斎藤は志々雄が池田屋事件の再現を目論んでいると睨む。葵屋にも情報が入り、翁たち御庭番衆は武装を整え、薫と弥彦は共に警備に立つことになった。夜空の花火を合図に志々雄の手下らは進撃を始め次々と火を放つ。警察は鎮圧に乗り出し、斎藤と剣心も動き出す。炎に包まれる京都市中の各地に戦いが広がり、駆けつけた左之助や御庭番衆と集団行動する薫と弥彦も木刀を手に志々雄勢を迎撃する。そこへ翁の目の前に蒼紫が姿を現す。操は蒼紫が帰ってきたことを知り直ぐに葵屋に向かうが、そこには激戦の末に蒼紫の刃が翁を斬り倒したのを目撃してしまう。昏倒した翁を眼前に蒼紫は「俺はかつての四乃森蒼紫ではない」と言い放ち、放心状態の操とすれ違うのであった。市中の戦いは志々雄勢の勢いが弱まるが、剣心と斎藤は違和感を覚える。そもそも京都大火の現場に志々雄や十本刀の姿すら見当たらない。二人は京都大火はただの第一段階に過ぎず、志々雄が歴史をなぞろうとしているのなら東京が本当の攻撃目標だと気づく。一方、戦い続ける薫の前に宗次郎が現れ、隙を突いて拉致する。それを目撃した剣心は宗次郎を追い、その先に巨大な甲鉄船を発見。この巨船こそ志々雄一派が身を隠していた軍艦「煉獄」だった。剣心はすぐに船に乗り込むが、人質とされた薫に身動きが取れなくなる。剣心は志々雄と剣を交えるが、十本刀の佐渡島方治が薫を海原へ蹴り込む。剣心は咄嗟に志々雄の刀をかいくぐり薫を追うように嵐の海原へ飛び込む。海原に飛び込み、気を失って砂浜に打ち上げられていた剣心は謎の男に救出されるのであった。