アニメでマゾーンが焼死するシーンの作画について、作画監督の菊池城二はロマンアルバムのスタッフインタビューで非常に苦労したと証言している。『キャプテンハーロック』以外では、そのリメイク的な作品『SPACE PIRATE CAPTAIN HERLOCK』で名称が語られるほか、ゲーム『松本零士999 〜Story of Galaxy Express 999〜』では、ラーメタルを襲う侵略者として登場している。同ゲームでは機械帝国の女王プロメシューム直属の戦闘集団とされており、機械帝国の傘下組織という扱いである。また『銀河鉄道物語』に登場するアルフォート星団帝国の構成員は、植物から進化した生命体で女性型しか存在せず、死ぬときは青い炎を上げて燃えるという、マゾーンと共通する設定となっている。
彼らの母星である惑星マゾーンが超新星爆発に飲み込まれて消滅したため、新しい移住先を求めてマゾーンは女王ラフレシアに率いられ、彼らが「第2の故郷」と呼ぶ地球へと侵攻を開始する。この「民族大移動」は、惑星の住民全てという大規模なものである。ゾルの弁によると、まるで星の川が流れるほどの大艦隊であり、後尾は暗黒ガス帯に隠れていてどれほど続いているかわからないほどだという。アニメ劇中でもその規模についてナレーションで「天の川を思わせる」と言及されている。その艦隊の構成は戦闘艦だけではなく、市民船や救護船、他星の奴隷船なども含めた大キャラバンであり、途中、戦力増強のためトカーガ星などを征服しているもののそうした惑星には移住せず、あくまでその目的地は地球である。アニメでは長旅に疲れたマゾーン市民達を見捨てて進撃しようとする武官達と市民達との同行を唱える文官達との対立が生じた。キャラバンの内紛は拡大し、ラフレシアに反抗した離脱者も出ている。軍人達は市民達を「足手まとい」としてハーロックもろとも攻撃したために市民達との間で亀裂が深まり、これにハーロックという唯一にして最大の障害が加わったことでラフレシアの地球移住計画の歯車は大きく狂うことになった。アニメ終了後も続いた原作の終盤でも指揮系統に乱れが生じており、ラフレシアの命令なしでアルカディア号を攻撃して処刑されたマゾーン指揮官がいた。
ほぼ人間と同様の精神構造を持っているとみられるが、その独特の社会構造や母星が消滅して新しい移住先を探す必要に迫られていることから「個人」より「種」としての集団を重要視する傾向がみられる。高度な文明を持っていることに誇りを持ち、地球人を含めマゾーンから見て「異星人」である彼らを家畜程度にしか捉えていない者も多く、幻覚などを見せてその心を弄ぶことを平気で行う者も少なくない。原作では目的達成のためには同じマゾーンをも巻き添えにし、アニメでも後述する戦いの障害となる市民を盾にする軍人達が描かれた。アニメではマゾーン以外の生命体は全て敵という考えが強いことが描写され、戦力増強のためにトカーガ星を征服したり（原作でもトカーガ星はマゾーンの支配下に置かれている）、アニメに登場したマゾーンの戦士ジョジベルは、ミーメの故郷ジュラ星をラフレシアに捧げる花園にすると称して滅ぼしている。ユリシーズ星雲の人間の星に潜伏していたマゾーンの工作員・ミユはアルカディア号を抹殺すべく人間の星の住民の命を奪っていった。それゆえ、終盤でマゾーンの支配下にあったトカーガ族の市民船をアルカディア号が誤爆した際、状況確認のためにやって来たハーロック達が船内にいた女性のお産を手伝っていることに対し、ラフレシアやクレオは敵を助けようとするハーロックに驚く様子を見せていた。また、アニメでは潜伏先の惑星などで美しい女性として生活をしているうちに、人間の女性同様に恋愛感情を持つ個体も確認されている。その結果、マゾーンの脅威を世界に伝えようとした台羽博士の息子・正に好意を抱いたり、マゾーンにとって最大の敵であるハーロックを愛する者も登場し、アニメ版のゾルの息子・ゾルバとマゾーンの看護婦・ルシアに至っては小型艇で駆け落ちまでしている。
太平洋戦争下、超国家主義や伝統が盛んに叫ばれていた1942年（昭和17年）の2月28日、文芸同人雑誌『現代文学』3月号（第五巻第三号）の「評論」欄に掲載された。単行本は翌年1943年（昭和18年）12月5日に文体社より刊行された。当時すでに和服も着なければ侍の仇討ち精神も失い、伝統文化を失いつつあった当時の日本社会の変化を肯定し、「タウトは日本を発見しなければならなかったが、我々は日本を発見するまでもなく、現に日本人なのだ。我々は古代文化を見失っているかも知れぬが、日本を見失う筈はない。日本精神とは何ぞや、そういうことを我々自身が論じる必要はないのである。」と説き、ネオンサインなどの非伝統的な建築や技術を讃えた。伝統や国民性という概念の形骸や欺瞞に対しては、「法隆寺も平等院も焼けてしまつて一向に困らぬ。必要ならば、法隆寺をとり壊して停車場をつくるがいい」、「必要ならば公園をひっくり返して菜園にせよ。それが真に必要ならば、必ずそこにも真の美が生れる。そこに真実の生活があるからだ。そうして、真に生活する限り、猿真似を羞ることはないのである。それが真実の生活であるかぎり、猿真似にも、独創と同一の優越があるのである」「やむべからざる実質がもとめた所の独自の形態が、美を生むのだ。」と言い切った(やみくもに法隆寺を壊せというわけではなく、必要ならば、という「演出的、作為的ではなく無意識の生活に根ざした実質性から生まれる文化的価値としての真の美」を強調した文である)。これらの随筆文は『枯淡の風格を排す』（1935）などから一貫して、淪落に貫かれた世界であり、著者自らを時代の寵児たらしめた、終戦直後に発表される『堕落論』や『白痴』への道程を予兆させるものであった。