将軍家に囲碁をもって伝える家には、本因坊、井上、安井、林の四家があった。本因坊家は豊臣秀吉・徳川家康に仕えた本因坊算砂、井上家は元和から寛永にかけて活躍した中村道碩、安井家は貞享暦で知られる渋川春海の父初代安井算哲、林家は林門入斎を始祖としている。囲碁の四家に対して将棋は、桃山時代に活躍した大橋宗桂直系の大橋家（大橋本家）・大橋分家・伊藤家の三家が家元となっていた。本因坊算砂は将棋も強かったが友誼によって宗桂に将棋家元の地位を譲ったともいわれている。宗桂の子の大橋宗古は、二歩や千日手、打歩詰の禁止など現代につながる規則の制定に尽力した。宗古の弟の大橋宗与が大橋分家の祖となり、宗古の娘をめとった伊藤宗看が伊藤家をなした。なお、伊藤宗看の名は関白近衛信尋によるが、宗看は棋力抜群で3世名人となり、その子宗銀は大橋本家を継いで五代宗桂を名乗り、4世名人となった。五代宗桂の時代が元禄時代に相当し、京都の西沢太兵衛らがさかんに将棋関係の書籍を発行するなど江戸期における将棋全盛の時代であった。盲目の強い将棋愛好者があらわれたのも元禄期で、石田検校のはじめた三間飛車を特徴とする石田流は現在でも戦法として使われることがある。なお、荻生徂徠も将棋が好きでみずから「広将棋」という新しい将棋を考案している。碁所や将棋所は寺社奉行の管轄下にあって、俸給は安く身分も低かったが社会的な尊敬を集めた。囲碁・将棋が一般庶民の娯楽となったのも元禄時代を画期としている。
大永4年（1524年）、金森定近の次男として美濃国土岐郡多治見郷大畑村（現・岐阜県多治見市大畑町）に生まれる。兄弟に落語の祖と呼ばれ『醒睡笑』を編した安楽庵策伝などがいる。父・定近は土岐氏の後継者争いで土岐頼武を支持したが、頼武は土岐頼芸に敗れて失脚し、定近も程なくして美濃を離れ近江国野洲郡金森へと移住した。天文10年（1541年）まで近江で過ごしたという。18歳になると近江を離れて尾張国の織田信秀に仕官し、跡を継いだ信長にもそのまま仕えた。美濃攻略に従って功があり、赤母衣衆として抜擢。天正3年（1575年）5月の長篠の戦いでは酒井忠次3000騎と共に5000騎の分遣隊を率いて武田勝頼の背後にあった鳶巣山砦からの強襲を敢行し、鳶巣山砦を陥落させた。この時忠次は、長篠城を救出した上に勝頼の叔父・河窪信実等を討ち取り、有海村の武田支軍をも討つ大功を挙げたとされているが、騎馬の数では長近の方が多いのに無名のためかあまり軍功が後日評価されていない。この戦後に信長から「長」の字を賜り「長近」と名乗ったことからも、長近の功績は大きかったと考えられる。天正3年（1575年）8月、温見峠越えをして越前大野入りした長近は、わずか数ヶ月で平定した。この対越前一向一揆戦で戦功があったことにより、越前国大野郡の内3分の2（越前大野・大野城と石徹白)を与えられた。その後は柴田勝家の北陸方面軍に属したが、天正10年（1582年）の甲州征伐では飛騨口の大将を務めるなど信長直参としても高い地位にあった。この頃、長江氏支流とされる板取田口城主の長屋景重の子で長近が面倒を見ていた長屋喜三（後の可重）を養子に取り、そこへ郡上八幡城主遠藤慶隆の娘室町殿を嫁に迎えた。これにより、越前大野・郡上八幡と板取の三国同盟が成立した。天正10年（1582年）2月、従四位下・兵部大輔となり、その後、正四位下兵部卿となる。この年、本能寺の変で信長が家臣の明智光秀に討たれ、嫡男・長則が織田信忠と共に討死したため、剃髪して兵部卿法印素玄と号し、臨済宗大徳寺の山内に旧主・織田信長と殉死した嫡男・長則を弔うため金龍院という塔頭を建立した。勝家と羽柴秀吉が対立すると、柴田側に与していた。天正11年（1583年）、賤ヶ岳の戦いで、当初は勝家側として秀吉に対峙していたが、前田利家と行動を共にした長近は戦わずして敗走し、秀吉の傘下に入った。その後は小牧・長久手の戦い、富山の役、天正13年（1585年）の飛騨国姉小路頼綱討伐などで功績を挙げ、飛騨一国（3万8,700石『寛政重修諸家譜』）を与えられた。長近は高山に入った当初はしばらく鍋山城にいたが、天正18年（1590年）より天神山の古城跡に築城に着手し、初代高山藩主となる。高山城は、この後慶長10年(1605年)頃に完成したと伝わる。それが観光地として名高い飛騨高山である。この時、高山城下に、荘川村中野にあった浄土真宗の古刹照蓮寺を家来の石徹白彦左衛門に命じ、高山城下に移転させた。この頃から、本願寺教如と通じ、昵懇の間柄であったことが知られている。また、長近は、禅宗と茶道に造詣が深く文禄3年（1594年）頃には秀吉の御伽衆を務めたという。慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いでは養子・可重とともに東軍に与し、戦後、飛騨に加え美濃郡上八幡城攻めなどの功を賞されて、美濃国上有知藩18000石と河内国金田（かなた＝堺市北区金岡町）3000石を加増。また、この時、戦勝した徳川家康を大津の陣に訪問した本願寺教如が、長近に宛てた文書が近年発見され、教如上人を徳川家康に紹介したのが、長近であったことが判明した。このことが後の慶長13年（1608年）本願寺の東西分立につながることになる。慶長10年（1605年）小倉山城を築き、高山城の管理を養子の金森可重に任せ、自身は小倉山城に移った。城下町はうだつの上がる町並みとして現存し、重要伝統的建造物群保存地区となっている。慶長13年（1608年）、京都伏見にて死去。享年85。