一方、国外で進行していた東欧革命を追い風に、エストニア会議招集のための国民委員会への登録者数は着実に増加していた。エストニア会議の選挙は24日から5日間に渡って実施され、59万1508人が投票した。その結果は無党派109議席・人民戦線107議席・民族遺産保存協会104議席・民族独立党70議席・共産党39議席と、決して民族派の圧勝ではなかった。しかし直後には、民族派に批判的であった人民戦線の側からも、勢いを増すエストニア会議との協調の必要性が語られるようになった。3月11日に招集されたエストニア会議第1回大会 (et) は、リトアニア最高会議による独立回復宣言と重なった。しかし、エストニア会議は急進的な独立要求を否定するとともに、エストニア最高会議が独立を宣言する権限も否定し、リトアニアとは異なる戦略を採った。エストニア会議は、自国が50年間併合・占領状態にあることを確認し、自身がエストニア国家再建までの間の、国民の唯一の代議機関であると宣言した。
1990年2月2日のタルトゥ条約締結記念日には、最高会議の賛同のもとにエストニア全人民代議員総会が開かれ、地方議会から最高会議までの議員や、連邦人民代議員大会へのエストニア代表など4000人がタリン市ホールに集結した。彼らは国際連合や全欧安全保障協力会議 (CSCE)、各国政府に宛てて独立宣言を発し、「我々から暴力によって奪われた独立国としての地位と権利を、法律に則った形で平和裏に回復する」「タルトゥ条約が現在も有効であるとの立場から、エストニアの事実上の回復に向けての交渉を、すべての関係者との間で始める」と述べた。前年11月の主権回復宣言から大きく前進したこの宣言は、民族派が呼びかけていた同月24日からのエストニア会議選挙に対抗するためのポーズとも取れる。しかし実際にこの宣言は、エストニア側から正式な連邦離脱交渉を開始する転換点となった。2月19日、最高会議は連邦内務省エストニア支部を廃止し、新たなエストニア内務省を創設すると決定した。
秘密議定書に関する調査と並行して、エストニア最高会議は8月8日、ロシア人議員の反対を押し切って、有権者に数年の国内居住要件を求める選挙法を可決した。しかしこれに対し、7月末から8月上旬にかけて族際運動は労働集団合同会議・スト委員会共和国会議・ソ連軍退役兵士連合などのロシア人組織を糾合し、51企業から数千人のロシア人が参加する抗議ストを打った。8月16日には連邦最高会議幹部会が、このエストニアの新選挙法を連邦憲法違反と布告し、『プラウダ』は三国の人民戦線が「民族主義的ヒステリー」を助長していると非難した。この圧力に屈したエストニア最高会議は、10月5日に次期地方選挙への新選挙法の適応を取りやめると決議し、族際運動への譲歩を続けるエストニア共産党の支持率は、秋頃から急落し始めた。同時期の調査では、人民戦線が全人口の35.2パーセント、エストニア人の50.3パーセントから支持を受けていたところ、共産党は全人口でも16.2パーセント、エストニア人の間では7.2パーセントの支持しか得られなかった。
モスクワが歴史認識問題について揺さぶられる一方、7月20日にはエストニア最高会議幹部会の側も、科学アカデミー副会長アルノ・キョールナ (ru) を長とし、サヴィサール、ティトマ、ラウリスティンら18人による「1940年の出来事に関する歴史的・法的評価を行う委員会」を設置した。9月25日、調査委員会は、1939年から1940年にかけてエストニア＝ソ連間で結ばれた条約は一切「法的にはゼロ」であり、エストニアのソ連への加盟は「侵略・軍事占領・併合」であったと結論した。11月12日に最高会議はこの報告に基づき、1940年7月22日にエストニア議会が発したソ連加盟宣言を、エストニア人民の自由意志に基づかない無効なものであったと認定した。しかし、ロシア人議員ら43人はこの議決に反対して途中退出している。その後、11月27日には連邦最高会議がバルト三国に対し、国内財政・金融機関の指導・価格決定について、各共和国の権限を認める固有の経済的規約を発した。12月24日には第2期人民代議員大会 (ru) が秘密議定書の存在を認め、その無効性を宣言した。しかし人民代議員大会は、三国はあくまでも秘密議定書とは無関係にソ連へ自発的に加盟した、として併合の正当性を譲らなかった。この決議に対しては、総投票数2250のうち三国の代表などが252の反対票と264の無効票を投じたが、1432の賛成票によって可決された。
ムングスズは代々ビシュバリクに居住してきたウイグル人の家系で、幼い頃から利発なことで知られていた。モンゴル帝国の初代皇帝チンギス・カンはムングスズの評判を聞くと自らの下に召し出し、「眼に火ある(nidün-tür-iyan γaltu)」優秀な子であると評し、自らの末子トゥルイに仕えさせることとした。トゥルイの死後、ムングスズはその未亡人ソルカクタニ・ベキに仕え、更にその後トゥルイとソルカクタニの息子クビライ(後の第5代皇帝)に仕えるようになった。クビライの兄でモンゴル帝国第4代皇帝モンケが急死すると、ムングスズはクビライに自ら即位するよう勧め、タガチャル・イェスンゲ・カダアンら東方三王家の支持を得たクビライは上都にて即位を宣言した。一方、モンケから首都カラコルムの統治を委ねられていたアリク・ブケも即位を宣言したため、クビライ派とアリク・ブケ派との間で帝位継承戦争が勃発することとなった。帝位継承戦争の勃発以前、ムングスズはモンケによってブジルとともにジャルグチ(断事官)に任ぜられていたが、ブジルは帝位継承戦争の開始後、アリク・ブケ派に与しようとしていた。これを察知したムングスズは自らブジルを見張り、遂にアリク・ブケ派に寝返らせなかった。ムングスズがクビライに推挙した皆極めて優秀であり、ある時クビライはジャライル部のアントン・ノヤンとともに丞相に任じようとしたが、ムングスズは辞退したという。ムングスズは1267年(至元4年)に62歳で亡くなった。息子は9人おり、多くが大官に至ったという。