2007年半ば、彼らはユニヴァーサル・レコードと再び契約を結び、デッカ・レコードのレーベルによるアルバム"Motown: A Journey Through Hitsville USA"をリリースした。アルバムはモータウンがかつて世に送り出した曲の数々をカバーしたもので、アメリカン・アイドルの審査員として名を馳せたランディ・ジャクソンが共同プロデューサーとして参加した。テンプテーションズの "Just My Imagination (Running Away with Me)"、マーヴィン・ゲイとタミー・テレルの "Ain't Nothing Like the Real Thing"、同じくマーヴィンの "Mercy Mercy Me (The Ecology)" や、スモーキー・ロビンソン&ザ・ミラクルズの "The Tracks of My Tears"が、そして彼ら自身の曲 "End of the Road" もアカペラ・バージョンで収録されている。アルバムは商業的には成功と呼べる結果を収め、アメリカR&Bチャートで6位を記録。イギリスでは10万枚の売り上げを達成した。評論家も好意的で、2009年の第51回グラミー賞で彼らは2部門にノミネートされた("Motown"でベストR&Bアルバム部門、“Ribbon in the Sky”でR&Bデュオ／グループベストヴォーカル部門)。2008年、彼らはショー番組 "Don't Forget the Lyrics" に登場し、そのパフォーマンスで好評を博した。獲得した50万ドルを2つの慈善事業に寄付する。このイベントへの出演を通じて、人々は次のアルバムに興味を抱くようになる。
仕切り直しの時スポットライトから遠ざかっていた数年を経て、ボーイズ・トゥ・メンはコッホ・レコーズの支援を受けたオリジナル・レーベル、MSMミュージック・グループを立ち上げ、2004年に"Throwback, Vol. 1"をリリースした。アルバムはダズ・バンドの“Let It Whip”、マイケル・ジャクソンの"Human Nature"のようなR&Bやソウルの古典、ボビー・コールドウェルの"What  You Won't Do for Love"というヒットシングル等のカバー集である。収録にあたっては、ネイサンがバスのパートとバリトンのパートを担当した。アルバムはビルボードチャート200で59位にランクインした。グループはこのアルバムをメインに据えたオリジナルツアーを北アメリカとアジアで行った。ツアー側からのプロモーションはそれほど行わなかったものの、アルバムは20万枚を越える売り上げを達成した。2005年、ハイチ救済プロジェクト"Apocalypse"でアンダーソン・カミューとCDを作成。2006年には、根強いファンが多い日本国内限定で、アルバム"The Remedy"をリリース。日本以外の地域については、このアルバムはグループのウェブサイト上でオンライン限定での販売となった（2007年2月14日）。
2002年にアリスタ・レコードとの契約を契約を結ぶと、彼らはアルバム"Full Circle"のレコーディングに取りかかった。新曲"The Color of Love"はベイビーフェイスによるプロデュース。1990年代に彼らが味わった大成功の再現を図る試みだった。アルバムのプロモーションには十分な予算がつぎ込まれ、"The Color of Love "のミュージックビデオにもアリスタは予算と力を注ぎ込んだ。メンバーそれぞれのパートが4つの異なる国で撮影され、最後にニューヨークで撮影された（マイケルの撮影地はインドで、監督はリトルX、ショーンは東京、監督はハイプ・ウィリアムズ、ネイサンはガーナ、監督はベニー・ブーム、ワンイェはプエルトリコ、監督はクリス・ロビンソン）。このミュージックビデオはBET局でのデビューを飾るに至ったが、プロモーションにもかかわらず十分な成果を得ることはできなかった。前作同様アメリカ国内で50万枚強、世界通算で100万枚の出荷にとどまった。"Full Circle"は、ボーイズ・トゥ・メンが4人組としてリリースした最後のアルバムである。メジャーレーベルによる手厚いプロモーションもこのアルバムをもって終わった。2003年1月30日、脊柱側彎（そくわん）症の持病をかねてから抱えていたマイケル・マッケリーがグループから脱退した。アリスタは同年4月30日にボーイズ・トゥ・メンとの契約を解除する。残された3人のメンバーは音楽シーンの最先端を追い続ける人々の目から消えてしまった。彼らの音楽が、当時の音楽産業の中で居場所を見つけられなかったためだ。
カドミウムは亜鉛に伴って産出するため、公害への関心が薄かった時代には亜鉛の精錬過程で環境に放出され、精錬所の下流域の土壌に蓄積された。土壌中のカドミウムは、土壌のpHが中性からアルカリ性では難溶であるため吸収されにくいが、土壌の酸化条件によりイオンとして溶出し農作物に吸収、蓄積される。日本国内の土壌は大半が中性から酸性であるためカドミウムの溶け出しやすい環境であり、このため食物はカドミウムによる汚染を受けやすい状況にある。日本人は食事によって1日あたり26μg摂取していると見積もられている米をはじめとして食物には含有基準が設けられており、基準値以上のカドミウムを含む農作物は販売することが出来ない。食品衛生法上では玄米において1 ppmと規定され、これを超過したものは全て焼却処分となっている。また、食糧庁通達により玄米中0.4 ppm以上の検出がされた米については、食用にされず全て工業用に利用されていることになっているが、2008年に発覚した汚染米問題で明らかになったように、糊原料には小麦粉が用いられており米の工業用用途は確認されていない。尚各国の含有基準は、台湾：0.5 ppm、韓国・中国・EU：0.2 ppm、タイ・オーストラリア：0.1 ppm。平成18年7月に開催されたコーデックス委員会総会において、国際基準が精米中0.4 mg/kgとされた。国立がん研究センターによると、食品に含まれるカドミウムの長期摂取と、がん発症のリスクに明確な関連が見られないことが分かった。研究では、9府県の男女約9万人を対象に、喫煙や飲酒など、他のリスクを除いて、カドミウムの摂取量とがんの発症を調べた所、相関関係は見られなかった。理由として、食品に含まれるカドミウムの量が少ないことと、吸入ではなく摂取であることが考えられている。