中世期の史料の初見は正長2年（1429年）の「久清書状写」で、「隠州大宮司社領」と見える。また享禄3年（1530年）の史料に「一宮造作」と見えるのを初見として、隠岐国では一宮の位置づけにあった。ただし神官が「大宮司」を称したのは隠岐国で当社だけであることから、先の正長2年の文書をもって一宮の初見とする説もある。しかしながら『隠岐国神名帳』によれば、当社は「正三位 水若酢明神」として正三位の位置づけにあった一方、天健金草神社・玉若酢命神社は正一位の位置づけにあったことから、中世期には地位が低下し名目上の一宮であった可能性も指摘される。中世の隠岐諸島では、隠岐国守護代である隠岐氏の伸長に伴って隠岐氏・在地勢力の間で対立が強まっており、享禄3年（1530年）の文書では「大宮司謀叛」のことがあって大宮司が代氏に代わったと見える（ただし検討が必要な史料とされる。代氏以前の大宮司は不明）。また『雲陽軍実記』や『陰徳太平記』にも、隠岐清政と在地武士との争いにより隠岐氏が島前・島後を支配するようになった旨が見えており、隠岐氏との争いの中で水若酢神社の大宮司が没落したのは事実とされる。天正5年（1577年）の文書では代民部助の一宮大宮司職への補任の旨が見え、大宮司職は続けて代氏によって継承されている。
国史では、『続日本後紀』承和9年（842年）条において、由良比売命神（西ノ島の由良比女神社）・宇受加命神（中ノ島の宇受賀命神社）・水若酢命神（水若酢神社）の3社が官社に預かる旨が記されている。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では隠岐国穏地郡に「水若酢命神社 名神大」と記載され、名神大社に列している。『延喜式』臨時祭の名神祭条でも「水若酢命神社一座」とある。平安時代中期の『和名抄』に見える地名のうちでは、当地は穏地郡河内郷（かむちごう）に比定される。その後は15世紀まで当社のことを記す史料が見つかっておらず、変遷は不詳。
水若酢神社では由緒に関する古文書のほとんどが中世期に兵火等で失われているため、創建は詳らかでない。『隠州記』（貞享5年（1688年）著）の伝承では、崇神天皇（第10代）の時に神が海中から伊後の地に上がり、白鳩2羽に乗って遷座したとする。また寛政7年（1795年）の文書では、仁徳天皇（第16代）の時に祭神が勧請されたとする。隠岐島の伝承では、白鳩ではなく白鷺によって神が伊後から捧羽山（ほうばやま、芳葉山）などを経て山田村（隠岐の島町山田）、一宮村宮原（隠岐の島町郡）と移り、さらに江戸時代の洪水の際に現社地の郡村犬町（隠岐の島町郡）に遷座したとする（一宮村宮原以前の遷座年は不詳）。現社地は「郡」という地名から隠岐国穏地郡の郡家所在地と推測される地域で、境内一帯では隠岐諸島最大級の横穴式石室を有する水若酢神社古墳群の分布も知られる。
延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳での祭神の記載は1座。現在は社名を「水若酢神社」とするが、同帳の記載では「水若酢命神社」とあり、祭神が「水若酢命」であることが知られる。この神は『古事記』・『日本書紀』に記載が見えない地方神であるが、由緒を伝える水若酢神社の史料は兵火等で失われているため、詳らかでない。神名の「ミズワカス」のうち、「ミズ」の字義は文字通りの「水」の意とする説や美称の「瑞」の意とする説があって明らかでなく、「ワカス」の字義も明らかでない。『延喜式』神名帳では隠岐国に「玉若酢命神社」の記載も見え、同社の社名と水若酢神社との関連性も指摘される。他の祭神である中言命・鈴御前の由緒も詳らかでない。確かな史料ではないが、古伝書『伊未自由来記』には美豆別主命（水若酢命）・奈賀命（中言命）・須津姫（鈴御前）の伝承が記されている。なお『隠州視聴合記』では祭神を崇神天皇（第10代天皇）とするが、これは後述（創建節）する崇神天皇の時代に神が顕現したとする由緒を取り違えたものとされる。
気候は市内全域が太平洋側気候に属している。ただし、旧竹田市は典型的な内陸性気候であり、夏は日中は暑いが朝晩は涼しい。冬は九州の市部としては日田市と並んで寒い。一方、周辺部は冬季が寒冷で夏季は比較的冷涼な山地型気候の避暑地であり、竹田市街地と、それ以外の山間地域とは特に夏期の気温の面で気候に違いがあるといえる。年間平均気温は14.5℃。真夏日（日最高気温30℃以上の日）の平年値は50.0日、猛暑日（最高気温が35℃以上の日）は1.2日である。熱帯夜（日最低気温25℃以上の日）の平年値は0.9日とかなり少なく、朝晩は冷涼で過ごしやすい。冬は九州の市部としては寒い地域の一つである。1月の平均気温は3.8℃。祖母山・阿蘇山・くじゅう連山の3つの山岳に囲まれた内陸にあるため、冬日（日最低気温0℃以下の日）の平年値は64.3日と寒い日が続く。真冬日（日最高気温0℃未満の日）の平年値は0.2日である。竹田市街地においては冬型の気圧配置では降雪は少ないが、2月から3月にかけて発生する南岸低気圧で大雪になりやすい。2014年（平成26年）2月13日-16日には昭和43年以来46年ぶりの大雪となり、農業被害は3億円を超えた。平均年間降水量が1,826.1 mmと多雨で特に梅雨期に集中するため、過去には平成2年や平成24年等に水害も発生している。2012年（平成24年）7月中旬の九州北部豪雨では、玉来川下流で氾濫し市が広範囲にわたって浸水。住宅11棟が全壊し、半壊87棟、床上浸水87棟、床下浸水88棟となり、橋の流失もみられた。この豪雨の影響で豊後竹田駅-宮地駅間は翌2013年（平成25年）8月3日まで不通状態となった（豪雨から約1ヶ月後までは豊後竹田駅-緒方駅も不通となっていた）。