表現規制については少年マガジンより緩く、進撃の巨人の連載にあたり諫山創は「人体の断面を描いてはいけない」程度の規制しか受けていないと証言しており、過激な描写の作品も多く掲載されている。講談社が発行する他の少年誌には無い多くの企画が存在するが、その中で最も特徴的なものが『別マガ』連載作品の『週マガ』への出張読み切り掲載である。前述の通り『別マガ』は少年マガジン編集部内にて制作されており、連載会議の際は少年マガジン編集部の編集長（『週マガ』編集長）も参加するなど『週マガ』との結びつきが強い。そのため各作品の単行本発売やアニメ放映などに合わせて知名度の高い『週マガ』へと新作読み切りを掲載する事によって、その作品と共に掲載誌である『別マガ』自体の認知度をも上げる事を目的として行なっている。結果としてこの取り組みはある程度の成果を残しており、例として「進撃の巨人」の単行本発行部数が上昇した要因の1つとなった。2013年10月現在29作品が『週マガ』への出張掲載を果たしている他、『マガスペ』にも出張掲載される事があり、毎号掲載されている企画「よんこま!」にも度々『別マガ』作家が登場している。なお、この取り組みは「進撃の巨人」を例に取ってテレビ朝日系列のクイズ番組『雑学王』2011年1月24日の放送にて取り上げられた。また上記とは逆に『週マガ』にて主に活動する作家が『別マガ』にて作品を発表する機会も多く、真島ヒロ・小林尽・さとうふみや・樹林伸・吉河美希といった作家が読み切り・連載を発表している。この他にもインターネットを使用した数多くの独自企画が存在する。
「週マガでできないことをやろう」が創刊時のコンセプトの1つであり、この雑誌の創刊により少年マガジン編集部にて捌く事の出来る作風の幅が広がったという。この事に関して班長の朴は「新しい表現を発信する場を作りたかった」と語り、実際に『週マガ』では連載出来なかったであろう「進撃の巨人」や「惡の華」といったヒット作が生まれる結果となった。このような方針から、『別マガ』には週刊少年誌では試す事の出来なかった独自の才能を持つ新人作家が多く登場している。また創刊時に設定した対象読者は15歳辺りであり、『週マガ』読者の年齢分布で一番多い17,18歳辺りよりも若い層をターゲットにしていた。これは「読者である青少年に対して夢や希望を届けるためには絶望も十分に描かなければならない」との考えの元、「ダーク・ファンタジー」というコンセプトを創刊に際して掲げていた事に起因する。そのため、そのような作品を作り出す能力のある作家に声をかける事で創刊号は完成したという。なおこの「ダーク」という点は読者を限定する恐れがあったため、創刊号の宣伝では前面に出されなかった。2013年1月時点での読者の状況については、男女比7対3、平均年齢約22歳、年齢分布のピークは17,18歳であるとされる。上記のような編集姿勢から、掲載作品には所謂『少年漫画の殻を破る』作品が多い。
『別マガ』は少年マガジン編集部にて『週マガ』『マガジンSPECIAL』（以降『マガスペ』）と共に制作されており、編集部内には別マガ班と呼ばれるものが存在するという。しかしこの“班”とは便宜上呼ばれているもので、実際には編集部内のほぼ全員が『週マガ』『マガスペ』『別マガ』の3誌に関わりながらそれぞれの雑誌が制作されている。そのため正確な『別マガ』編集長は少年マガジン編集部の編集長であるが、『別マガ』もしくは『マガスペ』の制作に関しては編集長とほぼ同等の権限を持つ班長（チーフ）の役割が編集部員の中でも主要な人物に与えられており、『別マガ』は創刊号から少年マガジン編集部副編集長の朴鐘顕が担当していた。創刊から3年半が過ぎた2013年6月3日には班長交替が発表され、翌7月発売の8月号から後任として創刊号より副班長を担当していた鈴木一司が2代目班長となった。なお2代目班長鈴木は、朴が育児休業を取っていた2012年1月下旬から4月上旬の間に期間限定で班長代理の職に就いていた経験がある。
マイクロペイメントの重大な問題点は、顧客から代金を集めるという点である。最も簡単な集金方法としては、顧客のクレジットカードに購入したぶんだけ料金を請求する方法がある。クレジットカードに例えば1ドルの料金を請求することは、マイクロペイメントのプロバイダにとっては財政上現実的ではない。というのも、クレジットカード会社の手数料がかかってしまうからである。実際にマイクロペイメントの会社が採用している方法は、マイクロ貨幣 (microcurrency) を一定量クレジットカードで購入してもらい、マイクロペイメントにはその貨幣を少しずつ使ってもらうという方式である。マイクロペイメントのプロバイダの取り分は購入価格の最大25%まで様々である。マイクロ貨幣は一種の仮想貨幣あるいは代用紙幣であり、まとめて購入するもので、一般に1度に大量に購入するほど割引されることが多い。マイクロ貨幣はその後、様々なアイテムの購入に使われる。オンラインの小売店や他のプロバイダは、それぞれ独自のマイクロ貨幣を設定することが多い。例えば、Xbox Live Marketplace では、そこでしか使えないマイクロソフトポイントを使っている。このようなマイクロ貨幣の利点は、顧客がポイントを使った時点では決済されないという点で、実際の金は最初にまとめて決済されている。もう1つの実用化されているシステムとして、2番目の口座を設ける方式があり、その2番目の口座でマイクロペイメントによる購入金額を集積し、ある程度まとまったところでクレジットカードに課金する。この方式は、様々なサイトでの購入を1つの会社（マイクロペイメントのプロバイダ）がまとめるため、クレジットカードの明細に個々の購入サイトが現れず、プライバシーが守れるという利点がある。さらにもう1つ、クレジットカードの手数料のオーバーヘッドを低減させる戦略として、複数のマイクロペイメントの取引をある一定期間でまとめ、1回のクレジットカード取引にする方法がある。これは iTunes Store で使われている方法で、1週間単位に課金される。