シリーズ共通のアイテムとして勾玉が存在する。敵を倒すか宝箱などで入手する。呪法を使うと消費するのと主にボスが所持している魂玉の2種類があり、魂玉は呪法を使っても無くならない。守護精霊は魂玉となる。武器と防具に穴の数だけ勾玉の種類ごとに装着が出来、呪法が使える他・大きい装着穴に装着した勾玉は、その勾玉の特殊効果によりステータスがUPしたり、属性効果が上がったりする。装着し続けることでキャラクターの勾玉の使用レベルが上がり、呪法効果や前述の特殊効果がより強くなる。「4」では呪法を使っても無くならず、勾玉の使用レベルを最高まで上げ魂玉を装備するとより高位の呪法が使えるようになった。
新日本プロレスのスポンサーでもあり、コラボ企画として所属選手である真壁刀義や中邑真輔を起用した限定CMや、冠スポンサー大会となった「吉野家 Presents KIZUNA ROAD 2013」では新日本プロレスとのコラボどんぶりが制作され抽選でプレゼントされた。
2010年（平成22年）8月23日から吉野家はTwitter公式アカウント「@yoshinoyagyudon」で情報発信を開始した。文体の特徴として「ぎゅう」を多用する独自のスタイルが定着している。
吉野家は「吉」の字に「」（「土」の下に「口」、つちよし）の字体を用いている。しかしながら、そのメジャーさとは裏腹に日本の文字コード規格でこの字体は包摂の対象になっており、表示できない環境もある。本文中では「吉野家」と表記する（公式ウェブサイトでの社名の表記には画像が用いられているが、Wikipediaほか一般では、「吉」（「士」の下に「口」）で代替表記される）。また、漫画『キン肉マン』などの作中で「吉野屋」の名が頻繁に出ていたことや、競合チェーンに「松屋」が存在することによる影響から、「吉野屋」と誤表記されることが多い。過去には吉野家の家を強調する新聞広告を出したこともあった。
吉野家は、牛丼屋であることから 「吉牛」（よしぎゅう）と省略した愛称で呼ばれることも多い。しかし、一連のBSE問題の影響で牛丼の販売が出来なくなっている間については、主力商品を豚丼にシフトしていたことから、自然発生的に 「吉ぶー （よしぶぅ）」 という愛称でも呼ばれるようになった。吉野家側もその愛称を公認し、2004年（平成16年）3月よりマスコットキャラクター「吉ブー （よしぶー）」別称：BOOちゃん（ぶーちゃん）、「吉ギュー（よしぎゅー）」別称：GYUちゃん（ぎゅーちゃん） を登場させて広報活動を行っていたが、2006年（平成18年）10月31日に終了したが、2012年（平成24年）6月よりこれらに代わる新キャラクターとして「よっぴー」が誕生した。なお、現行マスコットキャラクターの「よっぴー」に関しては主に同社のモバイルサイトを中心に広報活動を行っている。
「オレンジドリーム号」と称するキッチンカーを3台保有している（東北/関東、中京、関西各1台）。主に店舗改装時に使用されるが稼動スケジュールに余裕があり約300食以上が見込める場合は外部イベントでも活用されるほか、災害被災地（2011年の東日本大震災や、16年の熊本地震）への炊き出しにも活用されている。牛丼弁当のみ提供される。
国内は1,207店舗、海外は703店舗（2017年2月末現在）。海外は、中国に376店舗、アメリカに103店舗、台湾に58店舗、香港に58店舗、インドネシアに57店舗、タイに15店舗、シンガポールに12店舗、フィリピンに12店舗、マレーシアに9店舗、カンボジアに3店舗である（2017年2月末現在）。基本は、馬蹄形（U字型）のカウンター席。「牛丼を単品で早く出す」ことに特化した作りである。吉野家の利益率の向上に一役買っているが、2008年（平成20年）時点では来客の8割以上が男性一人であり、新たな客層を取り込む側面からはデメリットである。そのため、ファミリー層や女性グループなど取り込みたい客層に応じて、後述のテーブル型を増やすといった出店戦略を採るようになった。飲食業として日本で初めて24時間営業を行ったのは吉野家である。
5月20日の「出直し開港」の日にも、「滑走路人民占拠」をスローガンにした「赤ヘル三派」を中心に空港周辺の各所で空港反対派が機動隊と衝突したが侵入を阻止され、成田空港は開港した。反対同盟は「100日戦闘宣言」を発し、開港後もアドバルーンを上げたり、タイヤを燃やして黒煙を上げるなどして、しばし航空ダイヤを乱す妨害活動を行った。事件後、管制塔を占拠した15人に加え、計画立案した和多田、共産同戦旗派の首謀者と認定された佐藤一郎が起訴された。全体計画の首謀者に認定された和多田と行動隊リーダーの前田が航空危険罪などで10年以上の懲役刑を言い渡されたほか、全員が懲役の実刑判決を受けた。服役の後、刑期満了で全員が出所したが、被告の1人である原勲が釈放直後の1982年（昭和57年）4月に拘禁反応からくるノイローゼの発作によって自殺した。また元被告らは、当時の空港公団から事件で破壊された機器などに対する損害賠償請求を受けており、1995年（平成7年）7月の確定判決により4384万円を課されていたが、無視を続けていた。その結果、遅延損害金が5916万円に膨らんでおり、時効直前の2005年（平成17年）より、給与差し押さえなどの形で賠償金計1億300万円についての強制執行が開始された。これを受けた元被告16人は再び結集し、支援者たちと7月から「1億円カンパ運動」を開始。インターネットのウェブサイトを主な媒体にして、かつての活動家世代を中心に、11月までに延べ2千人から1億300万円のカンパ（ただしカンパの内訳は、半分強が16人とその関わった諸組織が集約したもの）を集め、11月11日に前田道彦が法務省に届け完済した。