常闇（トコヤミ）は言うなればこの世界の闇の部分すべて、である。それは絶対的な恐怖であり、人が何かを畏怖する気持ちそのものである。この世界のポジティブな概念の裏には必ずその反対としての常闇が生まれるとされ、光がある以上影が生まれるのと同じく、世界から常闇を排除することは根源的には不可能であるとされている。常闇が「影」だとすると、それを生みだす「光」もある。上述したとおり、あらゆるポジティブな概念は「光」となりうるが、もっとも強力な光は「理性」である。近代に発展した理性と科学は、古代の人が恐れた魔物も幽霊も、錯覚か妄想として科学的に説明してきた。こうして人類は畏怖と恐怖を忘れようとしたのである。「闇」は強力な「光」の下で色濃く凝縮されていたのだが、闇を忘れた人類は誰一人その危機に気づくことはなかった。そして西暦1999年、世界はしっぺ返しを受けることになったのである。常闇は「理性」の反作用という意味では「魔法」という概念そのものとも深い関係があり、事実、魔法のマナソースの一つ「クラガリ」は常闇の力そのものである。1999年に地球に顕現した常闇は、ねっとりとした闇そのものとしてあられた。いくつもの街がその巨大な闇に飲まれて消滅した。このときの世界の危機は魔法使いたちによりかろうじて防がれ、それ以来、常闇そのものが地球界に顕現した事例はない。しかし、魔法の復活とともに常闇という概念もまた人界に根付いた。人々は世界には闇があることを知ったがゆえに、人界には闇に惹かれてそれに取り憑かれる存在がでてきたのである。それらは「常闇の使徒」と呼ばれ、心の闇の声に応じて様々な暴挙を及ぼす。常闇に憑かれた存在は人界に危険を及ぼすが、あらゆるモノは常闇に憑かれる可能性があるため、常闇に憑かれた存在を「悪」と見なすことは魔法使いは好んでいない。そこで、魔法使いたちは常闇に憑かれた存在が町に大きな被害を出す前に、常闇から解放してあげようと努力する。これは魔法実習でもよく行われることである。そしてこれこそが、本作『駅前魔法学園!!』で扱うシナリオのテーマそのものである。
上述したとおり、（他の国はともかく）日本の分校は原則的にカルチャースクールの形式をとっており、日常の余暇に魔法を習えるというものである。学生たちは講習可能な時間帯や修学コースを踏まえて「マグシュゼミナール」略して「マグゼミ」と呼ばれるクラスに分けられる。一つのマグゼミには担任教師一人つけられ、生徒は数人から20人までと規模は様々だが、本作は全てのPCは同じマグゼミに属しているとみなす。また、学生が持つマギカスタイル毎に特化した学科授業はマグゼミとは別に行われている。マグゼミの授業形式は担任教師により様々だが、全てのマグゼミに共通する授業として「魔法実習」がある。これは、街で起こるなんらかの魔法的事件をマグゼミの生徒たちが解決するというもので、生徒たちは少数のグループにわけられて協力してことにあたる必要がある。魔法実習の目的は生徒の育成だけが目的ではない。魔法復活以来、世界には大なり小なりの魔法的事件が発生するようになり、「魔法使い」たちはそれを防ぐのも仕事である。魔法学園による魔法使いの育成は、魔法事件解決ができる人材を作り出すことに他ならず、それは人類社会にとってのメリットである。学園は魔法というものを世間一般に認めてもらうためのものとして、魔法実習を一種のパフォーマンスとして行っている面もある。異世界からきたよくわからない連中よりも、同じ街に住む隣人が魔法的事件を頑張って解決してくれるほうが街の住人にとっては親しみ深いのは当然のことでもある。
1860年12月26日、サウスカロライナ州がアメリカ合衆国（北軍）からの脱退を宣言した5日 後、北軍のロバート・アンダーソン少佐は、ワシントンからの命令が無いまま独断で、合衆国第1砲兵隊 E中隊及びH中隊（127名、内13名は軍楽隊）をひそかにサムター要塞に移動させた。 アンダーソンの指揮する部隊が本来駐留していたムールトリー要塞（en:Fort Moultrie National Monument）は、サムター要塞の完成に伴って、チャールストン防衛の主要な拠点ではなくなったことから縮小されており、南軍の攻撃にさらされた 場合、守りきれないとアンダーソンが考えたためであった。さらに、アンダーソンが考えたのは、より強固な防衛体制を示すことで、サウスカロライナ民兵から の攻撃を遅らせることであった。要塞は未だ完全に機能しておらず、さらにジェームズ・ブキャナン大統領による軍の 縮小で、使用可能な大砲は半数に満たないまでに減少していた。ここ数ヶ月の間、サウスカロライナ州政府と後のアメリカ連合国（南軍） P・G・T・ボーリガード准将は合衆国側にサムター要塞から立ち退くよう再三勧告を行ったが、合衆国側はこれを無視した。1861年1月9日、戦争の第一撃によって、汽船スター・オブ・ザ・ウェスト号（合衆国によって軍隊と軍需品をサムター要塞へ輸送するためにチャーターされた船）の任務の完遂が妨げられ、要塞守備隊に補給および兵力を補強する北軍の試みは撃退された。アンダーソン少佐の部隊が4月15日までに食糧が尽きることが判明した後、エイブラハム・リンカーン大統領はグスタヴス・V・フォックスの指揮下にある艦隊に、チャールストン港への進入を試み、サムター要塞を援助するべく、出撃を命じた。割り当てられた船は、武装蒸気スループ《ポーニー》号、武装蒸気スループ《パウハタン》号、動力付き大型ボートと、およそ300名の水兵、武装スクリュー汽船《ポカホンタス》号、密輸監視船《ハリエット・レーン》号、合衆国第2砲兵隊のC中隊及びD中隊を構成およそ200名の兵員を輸送する汽船バルティック号、そして小銃砲火から保護するための防備を施された3隻の傭船タグボート、および、直接サムター要塞に荷揚げをするためのバージからなっていた。1861年4月6日までには最初の船がチャールストン浅瀬沖の集結地へ出航し、4月11日の真夜中前、最初に到着したのはハリエット・レーン号であった。