日本最初の尼とされている善信尼が住んだとされる桜井寺（豊浦寺の前身）が日本最初の尼寺とされる。聖徳太子が橘寺など4か所の尼寺を開き、行基も尼寺を創建したと伝えられる。奈良時代に聖武天皇が法華寺を総本山として国分尼寺を建立したが、同時期に日本に設置された戒壇では、女性の授戒を禁じたために、女性は正式に尼になることが出来ず、国分尼寺をはじめとした尼寺もほどなく衰退した。弘仁9年（818年）に男子禁制の筈の尼寺に昼間に限って男子の出入りが許される太政官符が出されるが、これも尼寺の僧寺化の進行の現われとも言われている。鎌倉時代に律宗や禅宗は自派の独自の戒壇で女性の授戒を許して以後、尼が再び公式に認められるようになる。室町幕府の足利義満は、五山の制に倣って尼寺五山を設置した。また、これとは別に皇族や摂関家の息女が入寺する比丘尼御所・尼門跡と呼ばれる寺院も出現するようになった。
摂津国大坂出身（山城国とも、詳しい出身地は不明）で、生家は医家または薬種問屋とされる。京に長く暮らしており、文久3年（1863年）末頃に新選組に入隊、元治元年（1864年）頃から隊士の動向調査や情報探索の任についている。非常に有能で文筆の才能を認められて、入隊後数ヶ月で上役を任され、後に隊内では異例の諸士調役・監察を掛け持つようになる。京・大坂に土地鑑があり、道案内としてたびたび幹部達を大坂に引き連れていたという。また、大坂の金持ちの商人の事情にも通じており、山﨑の仲介により幹部たちが隊の資金調達をしていた事等から、新選組の中では重宝されていた。香取流の棒術にすぐれていたとされ、実際に使用していたものは長巻であるとの説もある。性格は温順にして無口で、背が高く、色黒（色白という説も）な美男子だったという。京都で隊士の診療を行っていた松本良順から医学を学び、「我は新選組の医者なり」と言って周囲を笑わせたという記録が良順の書に残っている。またそこには、「（近藤）勇の最も愛する者なりし」と記述されている。元治元年6月の池田屋事件の時は諸士調役兼監察として島田魁らと長州藩士や尊攘過激派の探索にあたり、尊攘過激派の一人、古高俊太郎宅・枡屋を突き止めている。枡屋は宮部鼎蔵ら大物志士の密会所となっており、宮部の下僕・忠蔵を尾行し所在を突き止めたとされる。その結果、新選組は尊攘派の御所焼き討ち・天皇長州連れ去りの計画を未然に防ぐ事に成功した。しかし、この武功に対して、各隊士たちが報酬を受けているにも関わらず、山﨑の名前が書かれていないため、子母沢寛や司馬遼太郎の創作との説もある（ただし、報酬を受けている島田の日記には探索したメンバーに山﨑の名前が入っている）。一説では池田屋事件と近い時期に入隊したとされている篠塚岸三という隊士が池田屋に参加の約1ヶ月後に江戸にいる母が死んだ、もしくは死病にかかったという理由で除隊されている。報酬金名簿には山﨑の名前はないが篠塚は書かれていた。山﨑は監察という仕事の都合上、変装のためや隊士の中の間者を詮索するために偽名を使うことは少なくなかったため、篠塚は山﨑のことではないかという説もある。そのためか島田や永倉新八の著書には篠塚の名前ではなく、山﨑の名が書かれている。その後、禁門の変や第一次長州征討、第二次長州征討などの重要な戦いでも戦況の推移や状況報告に能力を発揮し、近藤勇や会津藩に正確な情報をもたらした。慶応4年（1868年）1月の鳥羽・伏見の戦いの最中に重傷を負う。1月13日の江戸へ撤退の際、富士山丸の船上で死去。紀州沖で水葬されたとされている。その際、近藤勇は自身も肩の鉄砲傷がひどく寝込んでいたが、別れを告げるべく正装し代表として追悼の言葉を読んだという。近藤は山﨑を上述の通り信用し可愛がっていたようで、彼の死に涙を流し、土方歳三に「山﨑は良い奴だった。あいつはこんなに大勢の人に見送られて幸せだ」ともらし、船長に深く頭を下げて礼を言ったという。ただ船に同乗していたであろう永倉や島田らが残した手記では、船上での山﨑の死や水葬に関して一切触れられていない。一説には、鳥羽・伏見の戦いで銃で撃たれ死亡したともいわれ、陸上で埋葬された可能性もあるなど、最期については不明な点も多い。近藤芳助は、山﨑が重傷を負って負傷者で溢れかえる大坂八軒家京屋宅にいたのを確かに見た事、更に、大坂で死んだのかも知れない、という手紙を高橋正意に送っている。隊士山崎林五郎（林新次郎）の従兄弟（義兄弟）である林五郎の実家の家系図によると、妻が居たとされるが、そもそも林と山﨑に血縁関係があったのかどうかは証明されておらず定かではない。子母澤の書物では林信太郎の従兄弟とされているが、これは林新次郎との混同と考えられている（上記の水葬説を明治のずっと後になって林信太郎が語ったと記されているが、その頃彼は既に死去している）。また、山崎林五郎と山﨑の父の名が同名にすぎず、他人との見解もある。司馬遼太郎の小説『新選組血風録』では赤穂浪士から脱落した奥野将監の子孫として描かれているが、これは創作である。