2007年10月8日、SFMTAの有名なケーブルカーサインが、印刷されたものとして最も優れたプロモーションだとして米国公共交通協会からAdWheel賞を与えられた。Muniの常任理事であるナサニエル・フォードはこの件に関して「マーケティング部門が、重要な乗車場所を住民や訪問者たちにとってより魅力的かつ誘惑的にするという素晴らしい仕事をしてくれた」と述べた。2007年11月15日、市の役人はMuniの「38 Geary」と「14 Mission」へ2階建てのバスを導入する可能性について検討していると発表した。テスト期間は2007年12月12日から翌年1月8日までであった。2007年12月1日、ギャビン・ニューサム（Gavin Newsom）市長は、Muniバス含む市の保有車両は以後全て、二酸化炭素の放出を減らすためにバイオディーゼルを燃料にすることを発表した。現在のMuniのハイブリッドバスは全てバイオディーゼルで走っている。2009年7月17日、ミュニ・メトロのLRV車両がWest Portal駅で前の車両に追突する事故が起きた。この事故で50人が負傷した。2009年12月5日、SFMTAの予算不足を解消するため、この30年間で最も大規模なサービス刷新が行われた。この刷新は60パーセント以上ものバスとライトレール路線に関連し、6本のバス路線が廃止された。この刷新には運行頻度を減らしたり、路線の変更や短縮をしたり、運行終了時刻を早めたりする処置も含まれた。ただし「38 Geary」などの一部の混む路線の運行頻度は増やされた。
1990年代後半を通して、老朽化した設備と粗悪な管理方法により、「Muniのサービスはひどい」という評判が立ってしまった。サンフランシスコ市民は交通機関乗客協会である「Rescue Muni（Muni救援）」を立ち上げることで、この問題に対処した。サービスの向上のため、Muniは手数がかかる路面電車の車両である「Boeing-Vertol」を新しい「Italian Breda」に交換し始めた。1998年、サンフランシスコ市民が目の当たりにしたのは、自動列車制御装置への切り替えを進める間ダラダラと続いた、ミュニ・メトロの機能不全であった。この出来事は「Muniの崩壊」として知られている。2000年代初頭には、10年も使用したトロリーバス車両のNew FlyerのほとんどをETI Skodaに交換した。同じく1999年には、ACトランジットからディーゼルバスとしてNABIバスを45台導入した。その間、1995年にFラインが歴史的鉄道システムとして導入された。これはもともと、ケーブルカー運行停止期間の補填のための一時的な観光名所として計画されたものだったが、結果的に恒常運行されるようになったものである。
1970年、Muniが深刻なディーゼルバスの危機に陥っていた頃、Market Streetの下を走るミュニ・メトロの建設工事が始まった。1982年には、ケーブルカーシステムが再建のために18ヶ月間にわたって運行停止した。同時期、ディーゼルバス問題による大規模な路線の再編成も行われた。1983年、MuniはSan Francisco Historic Torolley Bus Festivalの一環として、Market Streetに一時的に路面電車を走らせた。このサービスは非常に人気となり、翌年や翌々年のイベントでも運行された。1987年、MuniはMarketでの路面電車の恒常的な運行を目指して路線の修復工事に着手した。そして1995年、工事は終わってFラインの開業に至ったのである。
1941年、Muniは初のトロリーバス路線として「R-Howard」線を開業した。1944年にはURRの後継会社であるMarket Street Railway Companyは財政難に陥っており、同年9月29日午前5時、Muniはその競争相手を傘下に入れることとなった。路線や運賃に関して、Muniは運賃として競争相手が設定していた7セント（Muniより高い）を適用することにした。
いずれも1500安打、200本塁打以上を記録した前田智徳、金本知憲、緒方孝市が同時期に活躍していた事もあってレギュラーに定着できなかったが、他球団に入っていれば強打の外野手として活躍していただろうと言われる。自身は1年間だけでも良いからレギュラーとして起用されたいと感じていたが、球団からはレギュラー陣と遜色ない実力を持つスーパーサブとして高く評価されていた。夏場に強く、夏男とも呼ばれている。右打者の町田公二郎とともに代打の切り札として長く活躍し、代打として通算打率.315（2012年現在、セ・リーグ歴代2位）、154安打（2013年現在、同3位）、サヨナラ安打4本、93打点（同5位）という傑出した成績を残している。監督の山本浩二からは、ベンチに居るだけで相手を威圧できると評されていた。球界屈指の勝負強さを誇り、通算7本のサヨナラ安打を記録し、うち3本はサヨナラ本塁打だった。バットを高く構えて一本足でタイミングを取る、独特の打撃フォームだった。入団当初は一発狙いの豪快なスイングが持ち味だったが、代打のポジションに就いてからはホームランよりはむしろ状況に応じた巧打に徹することが多かった。センター返しや逆方向への流し打ちが上手く、器用な一面ももっていた。外野手登録されていた年がほとんどだったが、一塁手としての守備に定評があった。また、2005年には途中出場ながらも3試合連続で盗塁を成功させ、ときには代走要員として起用されることもあった。また、1995年から2004年まで10年連続で三塁打を記録している。試合中にユニフォームの袖を短くまくりあげていた時期があったが、これは筋肉を見せることで投手を威嚇するためであった。この仕草はチームメイトの森笠繁や田村恵が真似ていた。