明電工事件に絡み、1987年1月、明電工が売った10億円の株の購入者の中に矢野の秘書、元秘書の名前があったという疑惑が生じる。1988年12月9日に『朝日新聞』が「『脱税事件』の捜査の過程で、矢野絢也元公明党委員長の秘書らが『総額10億円』もの株を購入した『名義人』に名を連ねていた」と報じた。同日、矢野は自身と秘書の関与を否定。これとは別に、1987年5月、明電工の関連会社の株取引に関係して、矢野の自宅で2億円の授受があったとの疑惑を朝日新聞が追及。当初、朝日新聞の取材に対し、2億円授受の疑惑を否定していた。1988年12月10日、朝日新聞社を名誉毀損で刑事告訴するも、1989年3月23日に取り下げた。1988年12月12日、記者会見を開き、明電工元専務石田篤に対し、自宅で現金2億円を受け渡したことを発表し、「元秘書と明電工側との、株を担保にした融資を仲介した」と説明した。翌13日、これに対し『朝日新聞』は「矢野委員長との株売買だった」との石田幸四郎の証言を報じている。1989年5月、『朝日新聞』に、明電工元相談役中瀬古功の「明電工関連株をめぐる2億円授受は、矢野委員長本人との取引だった」という発言が掲載された。これに対し、「悪意にもとづく根拠のないデッチ上げ発言だ」と反論。新聞各紙は「矢野委員長の進退問題に発展も」、「中瀬古証言、公明党・矢野氏の進退問題に発展か」、「明電工疑惑が再燃　矢野公明党委員長、苦境に　参院選控え進退も」などとも報じられた。同年5月17日、公明党委員長を辞任し、公明党最高顧問に就任。1993年10月には『文藝春秋』に「極秘メモ全公開」を発表し、第55回文藝春秋読者賞を受賞する。1993年の政界引退後は、政治評論家に転身した。2015年3月11日、さとやま・草莽の会の結成に参画した。
1970年、社会党書記長の江田三郎や民社党書記長の佐々木良作らと、新しい日本を作る会（社公民連合政権構想）を結成する。1986年12月、20年近く務めた竹入義勝の後任として公明党中央執行委員長に就任する。書記長には、副書記長だった大久保直彦を指名した。1987年、首相指名選挙において、社会党委員長の土井たか子を内閣総理大臣指名統一候補として推薦した。
大阪府立山本高等学校、京都大学経済学部卒業。在学中の1953年に創価学会に入会し、大林組勤務を経て大阪府議会議員を1期務める。1967年、34歳で衆議院議員に初当選し、当選直後の臨時党大会で公明党書記長に就任する。就任直後、通常国会の予算委員会で当時の与党・自民党の野党に対する国会対策費の内幕を暴露し、国会が混乱した。
バーの常連客が町にスポーツクラブを設立したいと思い活動を始め。1914年6月9日から13日にかけて会議を重ねた。翌14日に設立が決定、デモクラータFCの名で設立された。9月6日に初陣を迎えた。1985年から1986年にかけては後にブラジル代表監督となるヴァンデルレイ・ルシェンブルゴが指揮を執っていた。
石川塾長時代から大学改革のために多くの事業に関与した。塾長在任中は、地方公共団体と連携し、学術研究施設として神奈川県川崎市に新川崎タウンキャンパスを、山形県鶴岡市に鶴岡タウンキャンパスを開設、また社会人教育を目的とした丸の内シティキャンパスを開業し、2001年には看護医療学部を新設した。金子舎長の幼稚舎改革や慶應大生向け学費貸与（卒業後に働いて長期間で全額返す）制度が開始されたのは、鳥居塾長時代である。2期8年を経た2001年4月末の塾長選挙の結果、理工学部長の安西祐一郎に職をゆずり、学事顧問へ退いた。学問研究活動では、マレーシアの産業連関表作成や、開発途上国のインフォーマルセクター（農村からの人口流入等により発生する都市スラム等における貧困層のインフォーマルな経済活動）の研究でのタイや韓国での調査・研究等、経済発展研究において多くの業績を残した。著書である東洋経済「経済発展理論」は、研究学徒の指南書として広く読まれている。また、統計学を学生向けにわかりやすく解説した本も執筆している。経済学部での鳥居の後継者は秋山裕であり、その他にもOECDで活躍した深作喜一郎など、学術・研究・開発実務の世界において鳥居の指導を受けた人材は数多い。社会活動では、塾長時代の1996年に、旧日本銀行法（1942年）の改正のために設けられた中央銀行研究会（橋本龍太郎首相の私的諮問機関）の座長に就任。同年答申を提出し、そのうえで大蔵省金融制度調査会でも議論され、新日本銀行法（1997年）が制定された。戦前・戦中の統制色が残っていた旧法が改正されたことで、一般に「日銀の独立性」が強まったとされる。塾長を退任した2001年、旧文部省の中央教育審議会を母体に他の審議会を吸収して大幅に拡張した文部科学省・中央教育審議会の初代（第1期）会長に就任し、6年間（第3期まで）にわたり在任した。日本の教育行政の最高諮問・答申機関の長として、幼児・初等から中高等に至る教育行政・教育制度の改善・改革の提言に貢献した（大検制度から高等学校卒業程度認定試験への移行、教育基本法改正関連、法科大学院・高度専門職業人養成大学院の設置基準、その他、教育界に影響ある答申がなされた）。その他、2002年に日本私立学校振興・共済事業団の理事長に就任。東芝取締役、防衛大学校学術・教育振興会理事などにも就いた。2019年7月1日15時55分、心不全のため死去。82歳没。死没日をもって従三位叙位、瑞宝大綬章受章。なお、慶應の三田キャンパスにある、戦没学徒追悼碑「還らざる学友の碑」（1998年設置）は、塾長在任時の鳥居自身の筆をもとに刻まれている。