雑誌編集者に勤める「俺」（伊勢谷友介）は、美人編集長（水野美紀）から死後の世界を見ることができる“死にモドキ”の調査を命令される。さっそく友人のエンドー（松尾スズキ）を引き連れて取材を始めた「俺」は、道中でリストカット経験者のSM嬢サヨコ（菊地凛子）、同じく“死にモドキ”を探す目玉のおっちゃん（岩松了）、その舎弟のチョロリ（ふせえり）と知り合い、“死にモドキ”の正体を探し求める。
鎌倉時代の建長4年（1252年）に会津佐原氏の一族・金上盛弘が越後進出の足掛りとするために築城し、以来金上氏代々の居城となる。戦国時代には蘆名氏の越後への進攻拠点となり、度々上杉氏と争っている。天正6年（1578年）上杉謙信の急死により勃発した御館の乱で、城主の金上盛備は蘆名盛氏の命を受けて越後国蒲原郡に上杉景虎方として侵攻している。天正9年（1581年）に勃発した新発田重家の乱においては、上杉景勝は蘆名盛隆が新発田重家に加勢しないように林泉寺の住持・宗鶴を会津に派遣し、盛備にも誓書を求めた。このため盛備は一時表面上中立を保ったが、後には公然と重家を援助した。天正15年（1587年）、景勝が蘆名氏から重家への援助を断つため、金上氏の支城・赤谷城攻撃に向かうと、盛備は赤谷城に救援に向かうが藤田信吉に敗れ、赤谷城は陥落した。天正17年（1589年）、盛備は摺上原の戦いで討死。子の盛実は伊達政宗に降伏し、津川城を没収された。津川城は原田宗時に与えられたが、天正18年（1590年）の奥州仕置により津川城は没収された。政宗に代わって会津に入封した蒲生氏郷は北川平左衛門を津川城主とし、景勝が会津に移封されると藤田信吉が城主となった。関ヶ原の戦いの直前の慶長5年（1600年）に信吉が上杉家を追われて徳川家康の下に逃れると、津川城には鮎川帯刀が配置された。関ヶ原の戦いの後、会津に蒲生氏郷の子・秀行が復帰すると、岡重政が城主となる。寛永4年（1627年）、加藤嘉明が蒲生氏に代わって会津に入封した際に、幕府の命令により廃城となった。
ウッドブリッジ駅は、コロニアルリバイバル様式の駅舎と待合所とホームを持ち、バージニア急行鉄道（VRE）フレデリックスバーグ線の1992年の営業開始時に開業した。駅舎は中央に時計塔があり、青緑色の金属葺きの寄棟屋根である。2010年にバージニア急行鉄道は線路の西側にプラットホームを増設し、東側の立体駐車場と接続させるための跨線橋を建設した。増設したプラットホームは通勤鉄道の増加する輸送量に対応するために建設された。
前作から1年後。沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がる。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決のための生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれる。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥る。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。モスラは絶体絶命のピンチに陥り、宝の発見は急務となる。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた汐里達と小谷達は、たどり着いたホールでニライカナイの王女ユナの立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」ことを告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してくる。崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立つ。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移る。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行く。