キャラクターごとに用意されたミッションを選び、既定の条件を満たしクリアすることが目的。ミッションをクリアすると新たなミッションが現れ、そのキャラクターの全てのミッションをクリアするとエンディングを見ることができる。最初は地球連邦軍側はアムロ、ジオン公国軍側はシャアしか選ぶことができないが、ゲームを進めていくと他のキャラクターのミッションも追加される。地上と宇宙では全く感覚が異なるものとなるため、連邦軍側に地上と宇宙の操作練習用チュートリアルも用意されている。ミッション内容は、「特定の敵の撃破」「一定時間までの味方の生存」「目標となる地点までの移動」など、バラエティに富んでいる。その内容は基本的に原作に沿ったものだが、途中で戦死するキャラクターにはその後も生存したとした場合を想定したIFストーリーが用意されているものもある。自機を操作するほか、味方に移動や待機、特定の敵の攻撃や味方の援護といった指示を出すこともできる。これは戦闘開始前のほか、戦闘中にも任意で行うことができる。ミッションによっては指示の出し方が重要となることもある。また、アビリティというロールプレイングゲームでいうところの補助魔法のようなものがあり、これを利用することで戦闘を有利に進めることができる。ミッションをクリアすると、自機の耐久値・敵を撃墜した数・味方が撃墜された数といったプレイ結果に応じて4段階（高いものから順にS・A・B・C）で評価され、ミッションによっては新たなスキル・機体・武装などが使用可能になる。スキルは、4つのジャンル（強化形・防御系・移動系・武装系）に分類されており、1つずつ選択してセットできるものである。また、ミッション終了後には成功・失敗にかかわらず経験値が与えられ、一定の値に達するとレベルが上がり、各種能力やアビリティレベルが向上する。一度クリアしたミッションは他のキャラクターでも遊ぶことができ、所属軍の中で今まで取得した機体の中から操作機体を選べるようになる。全てのキャラクターでエンディングを見ると、所属軍に関係なく自由に機体変更ができるようになる。なお、説明書では僚機の機体も変更できるように記載されているが、実際の製品ではできない。全てのキャラクターでエンディングを見た後、一部のキャラにてハードコアがあるステージをSランクにすると、より難易度の高いハードコアミッションが出現する。基本的にはノーマルミッションの高難易度版だが、中には通常では操作できない機体を操縦したり、一風変わった勝利条件のもとで戦うものもある。
そのようななかで、伊豆組を見張っていた大島一家（宮本組とは兄弟分。住吉一家幹部・鷹木末雄の舎弟）組員と、伊豆組組員が喧嘩となる。伊豆は大島一家・宮本組が手を組んで自身らを狙っているものと判断し、石井や山本広に対しそう主張。山本広は平尾を殺害したのは宮本組だと地道に電話で報告し、これを受けて田岡は、企業舎弟であった神戸市の船内荷役会社から2000万円を調達、宮本組との戦費に当てた。2月に入り、中間市の大野組・大野留吉組長が、伊豆組・石井組と宮本組・大島一家の仲裁に乗り出し、石井一郎に手打ちを打診。大野は別府抗争で石井一郎と井田組・井田栄作組長を仲裁していた。6日に中間市の大野宅で大野と山本広・伊豆・石井とで話し合いが持たれるものの調停は決裂した。大野宅を辞去した山本広ら3人は関西汽船「くれない丸」に乗って神戸市に向かい、その一方で大野組が宮本組・大島一家の支援にまわり、八幡市の住吉一家も宮本組・大島一家側の陣列に加わる。翌7日朝、地道・山本健一・安原政雄が神戸港で山本広らを迎え、地道組事務所で今後の方針を話し合う。その結果、福岡市に山口組組員を動員し、現地の指揮を山本健一が執ることが決まった。夜にも山口組は、石井組と伊豆組を応援するために「平尾国人の葬儀参加」を名目として、三宮・神戸・明石・加古川・姫路から250人の応援部隊を、それぞれ夜行列車「霧島」・「日向」・「高千穂」に乗せて博多に送った。姫路市の竹中正久（後の四代目山口組組長）も弟の武ら9人の竹中組組員を連れて姫路の湊組（組長は田岡一雄の舎弟の湊芳治）組員・渋谷組（組長は田岡一雄の舎弟の渋谷文男）組員とともに、姫路9時45分発寝台専用列車「日向」に乗って、福岡市に向かった。
1995年にカートを始め、2002年までにドイツ・ジュニアカート選手権（2001年・2002年）、ヨーロッパICAジュニア選手権（2001年）などでチャンピオンタイトルを獲得した。1998年よりオーストリアの飲料メーカーレッドブルの支援をうけ、育成プログラム（ジュニアチーム）の一員として成長していくことになる。2003年にはドイツフォーミュラ・BMW選手権に、「ADAC ベルリン・ブランデンブルク」チームから参戦し、初年度は19戦中5勝でランキング2位。2年目となる2004年には20戦中18勝、ポールポジション14回、ファステストラップ13回、全戦表彰台という圧倒的な成績でチャンピオンとなった。2005年にはF3ユーロシリーズに「ASL ミュッケ・モータースポーツ」チームから参戦し、総合ランキングで5位。ルーキーの中ではトップという上々の成績で終えたものの、この年の選手権はルイス・ハミルトンに完全に支配されたものであり、未勝利に終わった。前年のフォーミュラ・BMWでの活躍により、9月27日にはF1のウィリアムズ（BMWエンジンユーザー）をテストする機会を与えられ、同チームのFW27をドライブした。その後BMWザウバーのテストにも参加している。2006年も引き続きF3ユーロシリーズに参戦したが、7月半ばにイタリアのミサノで開催されたフォーミュラ・ルノー3.5に「カーリン・モータースポーツ」チームからスポット参戦し、開催された2レースともに優勝を飾った。第1レースでは首位と2位でゴールした選手にペナルティが課されたため、3位でチェッカーを受けたベッテルが繰り上がり優勝となった。第2レースはポール・トゥ・ウィンを飾っている。スパ・フランコルシャンで開催された次戦、雨の中行われた第1レースにおいて、オー・ルージュの頂上付近でクラッシュを喫し、その際に指の骨に達するほどの切傷を負った。幸い切断にはいたらなかったが、数週間はレース参加が不可能と思われる重傷であった。しかし、この負傷にも関わらず、翌週にはマスターズF3に出走し6位を記録している。8月、BMWザウバーはサードドライバーのロバート・クビサをレギュラードライバーに昇格させたため、代わりのサードドライバー兼テストドライバーを探していた。BMWザウバーは当初よりベッテルを候補としていたが、ベッテルがレッドブルの契約ドライバーだったという事情もあり、BMWザウバーとレッドブルの間で交渉の結果、ベッテルはレッドブルからBMWザウバーへ2年契約で貸し出されることとなった。ベッテルは同チームのサードドライバーとして8月末の第14戦トルコGPから最終戦ブラジルGPまでの5戦で帯同し、金曜日のフリー走行に出走した。初走行となったトルコGPの金曜フリー走行でトップタイムを記録し注目を集めた。F3ユーロシリーズでは20戦中4勝をあげてランキング2位。フォーミュラ・ルノー3.5では3レースのみの参戦ながらランキング15位。同年にカーリン・モータースポーツから参戦した4人のドライバーの中では唯一優勝を記録した。2007年は引き続きBMWザウバーのテストドライバーを務めるとともに、フォーミュラ・ルノー3.5にシーズン途中まで参戦した。