2017年夏の移籍市場でチームメイトのレアンドロ・パレデスと共にゼニト・サンクトペテルブルク移籍に近づいたが、最終的にマノラスはローマに残留した。2017年9月27日、UEFAチャンピオンズリーグのカラバフ戦でゴールを挙げ、勝利に貢献した。10月15日、ナポリ戦で左太腿の筋肉を痛め、およそ1ヶ月離脱するとみられた。10月31日に行われたCL・チェルシー戦で復帰した。11月5日、フィオレンティーナ戦でリーグ戦でシーズン初得点を記録した。12月2日、ローマとの契約を2022年6月まで更新し、3500万ユーロでの契約解除条項が設定された。2018年3月9日、トリノ戦において、アレッサンドロ・フロレンツィのコーナーキックにヘディングで合わせ、ゴールを挙げた。ゴールを挙げた後、ピッチに膝をつき、両手で空を指さし、3月4日に急死した元チームメイトのダヴィデ・アストーリに追悼を捧げた。4月4日、UEFAチャンピオンズリーグのバルセロナとの準々決勝1stlegではマノラスのオウンゴールなどもあり1-4で敗れた。しかし、4月10日の2ndlegでは、その試合3点目となるゴールを見事なヘディングで決め、バルセロナを破り、クラブの34年ぶりとなるCL準決勝進出に貢献した。4月21日、SPAL戦で途中交代するナインゴランよりキャプテンマークを受け取り、初めてキャプテンとしてプレーした。
2016年7月25日、マンチェスター・ユナイテッドやアーセナル、チェルシーからの関心を寄せられるが、ルチアーノ・スパレッティ監督は「彼はローマで幸せだろう。」と主張し、マノラスは残留した。マノラスのローマ移籍の際に、オリンピアコスと交わされた契約によれば、2016年9月1日までにマノラスが移籍する場合、移籍金の50パーセント(移籍金が1300万ユーロ未満の場合は650万ユーロ)をオリンピアコスに支払わなければならず、ローマはマノラスを放出したくなかった。移籍しなかった場合は、獲得時の移籍金の残りの650万ユーロをオリンピアコスに支払うことになっており、ローマは、アーセナルからの3900万ユーロのオファーを拒否し、マノラスを残留させた。ローマはアーセナルのMFジャック・ウィルシャーに興味を持っていたが、マノラスの残留もあり、アーセナルはローマとの取引を拒否した。セリエAで最も良いディフェンダーとみなされ、FCバルセロナはしばらくの間、動向を伺っており、バルセロナの補強リストの上位に名を連ねていた。トーマス・フェルメーレンをローマにレンタルで移籍させ、バルセロナは2017年夏にマノラスを獲得するオプションを得た。2016年10月2日、インテル戦でゴールを挙げ、さらに、インテルのキャプテンであるマウロ・イカルディを抑えた。10月18日、ローマからの年俸180万ユーロから250万ユーロに昇給し、2019年までの契約を延長するオファーを拒否した。新聞報道によれば、マノラスはより高い給与を期待して、ローマのオファーの改善を待っていた。10月23日、パレルモ戦でローマ100試合目の出場を果たした。10月31日のエンポリ戦で鼻を負傷し、セリエA・ボローニャ戦とUEFAヨーロッパリーグ・FKアウストリア・ウィーン戦を欠場した。12月4日、ラツィオとのローマ・ダービーにおいて素晴らしいディフェンスを披露し、ケイタ・バルデとチーロ・インモビーレを封じた。12月13日、ミラン戦において、ローマの3バックは素晴らしいプレーを見せ、フェデリコ・ファシオとマノラスで15回のクリアと11回のインターセプト、12回デュエルに勝利した。さらに、ラジャ・ナインゴランの決勝点をアシストした。12月18日、ユヴェントス戦で負傷し、およそ2週間欠場した。2017年1月8日、ジェノア戦に後半途中から出場し復帰した。2017年5月25日、チームメイトのディエゴ・ペロッティと練習中にトラブルになり、スパレッティ監督は両選手をドレッシングルームに戻らせることを決定し、練習を終了することなく、緊張状態を和らげた。
詞の内容は悲哀・孤独・旅・望郷・風・過去との決別などについて歌ったものが多い。タイトルバックの映像は、昇る朝日や沈む夕陽、夜間の水面や入り江、飛ぶ鳥、または本編の登場人物の映像などが多く、スペシャル版では京都の風景や富士山が使われたこともある。変わったものではスペシャル版『夢の初仕事』における撮影所風景というものもある。山下雄三が歌った1作目『必殺仕掛人』の主題歌「荒野の果てに」はシリーズ全体のテーマ曲として扱われ、映画の宣伝のBGMにも使用された。また、その後のシリーズにおいても、同曲のファンファーレ「必殺!」や、それを意識した楽曲が殺陣に使われたりすることもあった。スペシャル版には、『必殺仕置人』の主題歌「やがて愛の日が」や『新・必殺仕置人』の主題歌「あかね雲」も流用された。前期では西崎みどりの例など、主題歌を歌う歌手が本編にゲスト出演することが多かったが、中期になると鮎川いずみなどのレギュラー出演者が主題歌を歌うようになる。対して挿入歌は（主題歌歌手が挿入歌も歌う場合を除くと）初期から出演者が歌うことが多かった。また後期では一般的なドラマの主題歌と同じく、劇伴に流用されない主題歌も増えた。上記のように後期の一部の主題歌を除いて、音楽は平尾昌晃が担当した。『江戸プロフェッショナル・必殺商売人』と『必殺からくり人・富嶽百景殺し旅』では森田公一が、『翔べ! 必殺うらごろし』では比呂公一が音楽を担当しており、平尾の曲は一切使われていない。また、平尾の曲の大半は竜崎孝路が編曲しているが、映像では竜崎の名は主題歌の編曲者としてのみクレジットされることが多く、劇伴曲の編曲者としてもクレジットされたのは『必殺仕業人』など一部の作品のみである。後期になると出演者である京本政樹が音楽製作に加わるなど平尾以外の人物も作曲に携わったが、平尾の曲が使われた作品では、平尾以外の作曲家は原則として映像にはクレジットされていない。2作目の『仕置人』以降は、音楽担当者が新規参加となった『商売人』『うらごろし』を除き、過去の作品の楽曲を流用している。『必殺からくり人・血風編』では新曲が作られなかったり、『新 必殺からくり人』のように多くの新曲が作られながら、既出の楽曲を多用した作品もある。特に後期では新曲は少なくなり、主題歌・挿入歌およびそれらのアレンジ版が使用されるケースが多くなっている。