長良川鉄道越美南線 母野駅（木尾駅） - *木尾駅 - 半在駅（現・八坂駅） - *みなみ子宝温泉駅 - 大矢駅（美濃下川駅） - 福野駅（郡上福野駅） - 美並苅安駅（苅安駅） - 赤池駅（郡上赤池駅） - 深戸駅※()内は、転換前の旧駅名。*印は転換時（後）に設置された新駅
島嶼生物学では、絶滅は当然起こるべき現象と見なされる場合がある。マッカーサーとウィルソンは、島が小さく、島が離れているほど種数が少ないという現象を取り上げ、これを説明するためにどのような個体群もある確率で絶滅するのだと考えた。そして絶滅の確率には個体群の大きさが深く関わっており、これが小さいほど絶滅率も高くなるとしている。また、絶滅しないものは、当然そうなりにくいような適応をしているはずであるという点から、r選択やK選択の考えを提示し、これが後にr-K戦略説へと発展した。
有史以降の生物の絶滅は、人間の活動が原因となる場合が多い。特に大航海時代以降、人や物品の移動が大きくなってからは世界的な規模で起こるようになった。もっとも、西洋人の影響のないところでも、ニュージーランドでジャイアントモアなどの鳥類が絶滅している。絶滅に至る過程やその原因はさまざまである。直接の狩猟の対象となって全滅に至ったもの（ステラーダイカイギュウ・リョコウバト・オオウミガラスなど）、害獣駆除などの名目で殺されたもの（フクロオオカミ、ニホンオオカミなど）、ペット用に乱獲されたもの（ゴクラクインコ、ミイロコンゴウインコなど）人間が持ち込んだ他種の生物の影響によるもの（ドードー・スティーブンイワサザイなど）、人間の影響で生息環境を壊されたもの（クニマスの田沢湖個体群・ガルハタネズミ・パレスチナイロワケガエルなど）などその理由はさまざまであり、また複合した原因によることも少なくない。もちろん原因不明のものも数多く存在する。野生ウマの一種ターパンは、生息地近くの牧場から家畜の雌ウマを連れて行き自分のものにした結果、害獣として殺されるとともに家畜ウマとの混血が進んで絶滅した。海洋島や独立した水系では、環境に特化した固有種により安定した生態系が維持されていることがあり、些細なきっかけで生態系のバランスが崩れる場合がある。他の場所から生物（特にネコ・ネズミなど）が持ち込まれることで、在来の固有種がほとんど全滅に近い被害を受ける（あるいは本当に全滅する）場合があり、注意を要する。また、亜種レベルの差異ならば他の亜種との交配が可能であり、「自然を回復させる」との名目で他の場所から生物を持ち込むことは、多様性を失わせて亜種を消滅させることにもなりかねず、却って種の保全にはマイナスともいえる事態を引き起こす場合もある。また、最近は伐採等による熱帯雨林の減少・細分化が顕著となっている。そこに生息する動植物については、研究が進むにつれて予想を遙かに超える多様性が指摘されていることから、その多くが知られることもなく絶滅しているのではないかと懸念されている。
1923年（大正12年）、第八高等学校卒業後、東京帝国大学文学部国史学科に入学した。2年先輩に、のち『新訂増補国史大系』の編纂を共にすることとなる丸山二郎がいた。在学中、三上参次（教授・文学部長、肩書は坂本が受講した当時。以下同じ）の尊王論発達史、黒板勝美（教授）の国史概説・古文書学・上代史演習、辻善之助（教授）の日本仏教史・史料講読演習、平泉澄（講師）の『吾妻鏡』の講読演習、白鳥庫吉（教授）の東洋史概説・東洋史特殊講義（蒙古語の演習）等を受講した。1926年（大正15年）、東京帝国大学文学部国史学科を卒業。卒業論文は「王朝時代の交通の研究 - 特にその駅制について - 」であった。王朝時代（大化時代から院政期まで）の制度の盛衰は駅制においても認められるとしたうえで、当該時代を幼年期・壮年期・衰老期と3区分し、それぞれの期間での駅制とその運用について叙述した。その成果を纏めたのが、1928年（昭和3年）5月に、至文堂より発行された『上代駅制の研究』である。大学卒業後、黒板勝美の勧めにより、臨時東山御文庫取調掛嘱託となった。辻善之助からも史料編纂掛の入所を勧められたが、黒板が坂本の指導教官であったこともあり、京都御所東山御文庫での勤務を選択した。東山御文庫では近世の宸翰や公家文書の調査を行った。1927年（昭和2年）4月、東京帝国大学大学院に入学。8月に黒板勝美の推薦により、財団法人聖徳太子奉賛会研究給費生に採用された（研究題目は「大化改新の史的研究」）。1929年（昭和4年）、聖徳太子奉賛会研究給費生を解かれたのち、これも黒板勝美の勧めにより国史大系編纂刊行業務の専任となった。おもに『日本紀略』『釈日本紀』『日本逸史』『続史愚抄』などの校正・再校正を行った。1934年（昭和9年）のはじめ、博士学位請求論文「大化の改新の研究」を東京帝国大学に提出した。大学院の卒業論文とする筈であったが、提出期限が過ぎていたため、一般の学位請求論文の扱いとなった。主査は辻善之助、副査は平泉澄・池内宏であった。坂本の指導教官は黒板勝美であるが、坂本の博士論文を審査するときには、黒板の定年退官が間近であったため、辻が坂本の主査となった。3教授の審査と文学部教授会の承認を経て、1938年（昭和12年）5月、文学博士の学位を授与した。この「大化の改新の研究」は、大学院・聖徳太子奉賛会を通じてのテーマであり、津田左右吉の研究を批判し、『日本書紀』の記載を逐条審議したうえで叙述したものであった。