藤田の最期を看取った君代夫人は、自身が没するまで藤田旧蔵作品を守り続けた。パリ郊外のヴィリエ・ル・バクルに旧宅を「メゾン・アトリエ・フジタ」として開館に向け尽力。晩年には個人画集・展覧会図録等の監修も行った。2007年に東京国立近代美術館アートライブラリーに藤田の旧蔵書約900点を寄贈し、その蔵書目録が公開された。藤田の死去から40年余りを経た2009年4月2日に、東京にて98歳で没した。遺言により遺骨は夫嗣治と共にランスの「フジタ礼拝堂」に埋葬された。君代夫人が所有した藤田作品の大半はポーラ美術館とランス美術館に収蔵されている。2011年、君代夫人が所蔵していた藤田の日記（1930年から1940年、1948年から1968年までで、戦時中のものは未発見）及び写真、16mmフィルムなど6000点に及ぶ資料が母校の東京芸術大学に寄贈されることが発表され、今後の研究に注目が集まっている。2015年、日本・フランス合作の伝記映画『FOUJITA』（小栗康平監督）が公開され、2018年には『没後50年 藤田嗣治展』が東京と京都で開催されるなど、再評価の機運が高まっている。
1959年にはランスのノートルダム大聖堂でカトリックの洗礼を受け、シャンパン「マム」の社主のルネ・ラルーと、「テタンジェ」のフランソワ・テタンジェから「レオナール」と名付けてもらい、レオナール・フジタとなった。またその後、ランスにあるマムの敷地内に建てられた「フジタ礼拝堂」の設計と内装のデザインを行った。1968年1月29日にスイスのチューリヒにおいて、ガンのため死亡した。遺体は「フジタ礼拝堂」に埋葬された。日本政府から勲一等瑞宝章を没後追贈された。
傷心の藤田がフランスに戻った時には、既に多くの親友の画家たちがこの世を去るか亡命しており、フランスのマスコミからも「亡霊」呼ばわりされるという有様だったが、その後もいくつもの作品を残している。そのような中で再会を果たしたパブロ・ピカソとの交友は晩年まで続いた。1955年にフランス国籍を取得（その後、日本国籍を抹消）。1957年、フランス政府からレジオン・ドヌール勲章シュバリエ章を贈られた。
2人目の妻、フェルナンドとは急激な環境の変化に伴う不倫関係の末に離婚し、藤田自身が「お雪」と名づけたフランス人女性リュシー・バドゥと結婚。リュシーは教養のある美しい女性だったが酒癖が悪く、夫公認で詩人のロベール・デスノスと愛人関係にあり、その後離婚する。1931年には、新しい愛人マドレーヌを連れて個展開催のため南北アメリカへに向かった。ヨーロッパと文化、歴史的に地続きで、藤田の名声も高かった南アメリカで初めて開かれた個展は大きな賞賛で迎えられ、アルゼンチンのブエノスアイレスでは6万人が個展に訪れ、1万人がサインのために列に並んだといわれる。
面相筆による線描を生かした独自の技法による、独特の透きとおるような画風はこの頃に確立。以後、サロンに出す度に黒山の人だかりができた。サロン・ドートンヌの審査員にも推挙され、急速に藤田の名声は高まった。当時のモンパルナスにおいて経済的な面でも成功を収めた数少ない画家であり、画家仲間では珍しかった熱い湯の出るバスタブを据え付けた。多くのモデルがこの部屋にやって来てはささやかな贅沢を楽しんだが、その中にはマン・レイの愛人であったキキも含まれている。彼女は藤田のためにヌードとなったが、その中でも『寝室の裸婦キキ（Nu couché à la toile de Jouy）』と題される作品は、1922年のサロン・ドートンヌでセンセーションを巻き起こし、8000フラン以上で買いとられた。このころ、藤田はフランス語の綴り「Foujita」から「FouFou（フランス語でお調子者の意）」と呼ばれ、フランスでは知らぬ者はいないほどの人気を得ていた。1925年にはフランスからレジオン・ドヌール勲章、ベルギーからレオポルド勲章を贈られた。
1914年、パリでの生活を始めてわずか1年後に第一次世界大戦が勃発。日本からの送金が途絶え、生活は貧窮した。戦時下のパリでは絵が売れず、食事にも困り、寒さのあまりに描いた絵を燃やして暖を取ったこともあった。そんな生活が2年ほど続き、フランス領内に侵攻していたドイツ軍が守勢に転じて大戦が終局に向かいだした1917年3月、カフェで出会ったフランス人モデルのフェルナンド・バレエ（Fernande Barrey）と2度目の結婚をした。この頃に初めて藤田の絵が売れた。最初の収入は、わずか7フランであったが、その後少しずつ絵は売れ始め、3か月後には初めての個展を開くまでになった。シェロン画廊で開催されたこの最初の個展では、著名な美術評論家であったアンドレ・サルモン（en:André Salmon）が序文を書き、良い評価を受けて、すぐに絵も高値で売れるようになった。翌1918年に第一次世界大戦が終結。戦後の好景気に合わせて多くのパトロンがパリに集まって来ており、この状況が藤田に追い風となった。
かつてはセゾングループ傘下になっていたこともあるほか、複数のホテルがフランチャイズ契約を結んでいた。2006年10月には、日本の航空会社の全日本空輸 (ANA) が傘下にあった「全日空ホテルズ」事業を整理し、経営資源を本業へ集中させることを狙いに、ANAとIHGによる合弁事業として「ANA-IHGグループジャパン合同会社」と、その中間持株会社「IHG・ANAホテルズホールディングス株式会社」の設立を発表。全日空ホテルズの運営統括会社であるANAホテルズマネジメントなどを吸収合併させ「ANA-IHGホテルズ」が設立された。これにより全日空ホテルズ所属ホテルは、インターコンチネンタルホテルグループの経営支援を受けることと、全日空ホテルブランドとインターコンチネンタルホテルズブランドの併用に移ることが決まり、まず東京全日空ホテルが「ANAインターコンチネンタルホテル東京」、ストリングスホテル東京が「ストリングスホテル東京インターコンチネンタル」にそれぞれリブランドされた。また、大阪全日空ホテルや金沢全日空ホテルなどは、「ANAクラウンプラザホテル大阪」、「ANAクラウンプラザホテル金沢」などにそれぞれリブランドされた。2007年にはANAが所有する全日空ホテルの不動産全てをモルガン・スタンレーの特定目的会社へ売却。モルガン子会社で新神戸オリエンタルホテルなどアジアで買収したホテルの運営にあたるパノラマ・ホスピタリティ傘下にパノラマ・ホテルズ・ワンを設立させ、モルガン所有となったANA-IHGホテルズの運営を受託させている。パノラマ・ホテルズ・ワン運営の全日空ホテルズの殆どは「ANAクラウンプラザホテル」にリブランドされたが、当初より別資本経営で全日空ホテルズへ運営委託されている施設は順次ANAホテルグループを脱退している。