儒学は歴史を重視する傾向を有し、また、政権が安定するにつれ、その正当性を主張する目的もあって、歴史への関心が深まり、歴史書の編集事業がはじまった。3代家光は、諸大名・旗本などから系譜を提出させ、『寛永諸家系図伝』を編纂し、また、正保元年（1644年）林羅山に国史の編修を命じた。羅山はこれを『本朝編年録』40巻にまとめたが、これは神武天皇から平安時代前半の宇多天皇までを漢文編年体で叙述したもので、六国史をベースとしたものにすぎなかった。寛文2年（1662年）、羅山の子の林鵞峯が将軍の命として老中酒井忠清から国史編纂が伝令された。学力では羅山にまさるといわれた鵞峯は寛文10年（1670年）に辛苦の末にこれを完成させ、羅山編修の『編年録』40巻を本編、醍醐天皇の代から慶長16年（1611年）までを対象とした鵞峯編修の230巻を続編、さらに神代史3巻を前編として、これを『本朝通鑑』全273巻として刊行した。その名は、中国通史の名著として知られていた北宋の司馬光による『資治通鑑』にならって付けられた。水戸の徳川光圀も修史作業をこころざしたが、これはたぶんに幕府による史書編修に対して対抗意識を燃やした結果であった。明暦大火直後の明暦3年（1657年）2月、光圀は江戸駒込の中屋敷に史局をもうけ、全国から多数の学者を集めて『大日本史』編修を開始した。安積澹泊を編集責任者として、栗山潜鋒や三宅観瀾らの学者を集めたが、澹泊は明の遺臣朱舜水の直接の弟子で、新井白石や室鳩巣とも親しく、潜鋒は山崎闇斎の孫弟子、観瀾は浅見絅斎と木下順庵に学んだ人物であった。その後、寛文12年（1672年）に史局を小石川藩邸に移して彰考館と称して編纂を継続した。『大日本史』は神武天皇から後小松天皇にいたる漢文紀伝体の史書であり、本紀73巻、列伝170巻、志126巻、表28巻の大著で、享保5年（1720年）に主要部が完成して幕府に献上されたが、最終的な完成は1906年（明治39年）になってからであった。この編纂事業のなかで大義名分論にもつづく水戸学が発達している。水戸学は18世紀末を境に、朱子学的名分論を基調とする前期水戸学と、尊王攘夷論を基調とする後期水戸学とにわけられる。なお、『大日本史』の特徴として、神功皇后を本紀には含めず、大友皇子の即位を弘文天皇として認め、吉野の南朝を正統な朝廷であるとした点が、三大特筆といわれており、これは後世にも大きな影響をあたえた。新井白石は道徳的・教訓的な歴史解釈を排除して実証主義・合理主義にもとづく解釈を示した。甲府城主徳川綱豊（6代将軍徳川家宣）の命により、大名337家の家譜・系図・事績をまとめた『藩翰譜』を著し、16世紀前後の武士たちの行動を記録した。本著作は、人生の真実にせまる、すぐれた叙述との評価がある。将軍となった家宣に進講した『読史余論』では、摂関政治から家康による江戸幕府創建までを「天下の大勢九変して武家の代となり武家の代五変して当代におよぶ」として公家政権から武家政権への変化の正当性を論じ、段階的な時代区分をおこなったうえで各政権の盛衰とその必然性などについて論評を加えるなど、独自の歴史観を展開している。また、『古史通』では「神は人なり」の観点から古代史研究の方法を提唱し、『日本書紀』神代巻の合理的な解釈を試みた。山鹿素行は、古文書を用いた新しい研究法による『武家事紀』や『中朝事実』を著した。後者書名中の「中朝」とは日本のことであり、素行は、明清交替により、従来の中華であった明が滅んだことから、日本を爾今の文明発信国とみなして「中朝」「中華」と称すべきとしたのである。
元々は2000年10月から金曜日の深夜に放送されていた「debuya」が、2003年10月に21:00-21:54の枠に移動し、ゴールデンタイムに昇格したもの。その後2005年10月には1時間繰り上がり、20:00-20:54に変更。2006年10月から火曜日に移動した。オールロケーション番組であり、テレビ東京、テレビ大阪、テレビ愛知を始めとする地上デジタル放送およびBSジャパンでは16:9のハイビジョンで見ることが可能であり、テレビ東京をネットしていなくて1本買い（系列局以外が番組単位で個別に放送権を購入すること）を行っている地方局の地上デジタル放送でも、ハイビジョンで見られる地域が多かった。しかし、4:3の標準画質で収録した映像を16:9のサイズにアップコンバートしていたので、当番組はハイビジョン本来の高精細映像ではなかった。テレビ東京系列（地上波）のみ字幕放送あり。「開運!なんでも鑑定団」などと並び1本買いされることが多かったため、全国的によく見られているテレビ東京番組のひとつであった（ほぼ全国、下表「各地の放送時間」参照）。2006年4月以降は特別番組や前後の時間帯の番組の特集などにより頻繁に放送が飛ばされ、これまでレギュラーだったランディ・マッスルが出演しなくなった。また放送1回あたりの出演者の人数が増えていた。その中には大御所と言われるタレント（ヨネスケ、梅宮辰夫、中尾彬など）とアイドル系女性タレント（夏川純、山本梓など）、お笑い芸人（旅先で石塚らを案内する「でぶ先案内人」という役目）といった構成になる傾向であった。この様に1話あたりの出演者が多くなると共に、以前あったコーナーやパパイヤ鈴木のダンスを交えたコーナーが無くなり、駄洒落を飛ばし番組を進行を進める石塚に対し、パパイヤの持ち味を活かす機会が少なくなった。後期は「番組で本を出版する」設定が加えられ、その内容として各訪問先（食べ物店）ごとに出演者のその店のグルメに対するコメントを集め、優秀な一人のコメントを採用するという制度が始まった。パパイヤ鈴木のコメントがつまらないという事を石塚が指摘し、それ以来パパイヤもコメントを言う度に周囲の出演者に自分のコメントに対するフォロー（突っ込み）を求めるサインであるヘルプアイ（無言で他の人に視線を投げかけ助けを求める）が恒例となっている。それ以来パパイヤも自分のコメントに自信喪失となり「レギュラー降板かな」と呟いていた。結局、番組本は出版されなかった。2007年4月放送分から、更にリニューアルされ、ナレーターが田中真弓から大山のぶ代へ交代したのと同時に、前述の様に石塚・パパイヤ・御大級のゲスト、女性アイドル、そして案内人役のお笑い芸人（ピンよりコンビの場合のほうが多いから2人）と揃うと大所帯での進行になる事や、お笑い芸人の枠が無くなり、案内人をパパイヤが努める場合が多くなり、（それでも最低2人はゲストは登場するが）いくらかツアー人数が減った。「ためしてガッテン」（NHK）と同じく物事が失敗した時はバック音楽がスロー再生になる。