2004年中頃から設計上の問題から故障が頻発し、途中で走行不能になったり大幅な遅延が発生したりして台鉄は多くの非難の声を浴びた。運用本数を減らす為に当局は2005年8月からE1000型を4本の定期列車と休日の増発列車から一気に外し、車両の状況が良くない編成には後補機をつけるなどの対策をとった。監察院審計部の調査によって台鉄のE1000型の契約管理上で多くの問題があることが解った。現代精工が事業統合でロテムを経て現代ロテムとなった際に台鉄が必要な措置を取らなかった事と、補償期間が過ぎた後、補修用部品の製造が止められて多額の損失をこうむった。しかも大変な事にロテム側は早々に台湾を離れ、関係各社も補償には積極的では無い状況で、故障が頻発する様になってようやく発覚したのである。また主電動機に重大な瑕疵があるというのが故障原因として多く、予備部品が無いので補修も困難である。現在台鉄の主力車両のE1000型、EMU500型、EMU600型全てが韓国製のため、メーカーの補修部門が撤退した今、主力車の前途に不安が出た。こうして前交通部部長の林陵三は韓国メーカーの入札資格を停止。これに韓国政府が調停に乗り出したが、解決の糸口は見えない。幸いな事に2006年末からTEMU1000型を導入し運用が開始された為、運行車両の数が確保され再度運用本数が増やされた。なお、入札資格停止については現在解除されており、2018年現代ロテムは、EMU600型以来となる新型電車（EMU900型）520両を受注し、台湾市場に再進出することになった。
E1000型の最大編成は2両の機関車を含めて15両編成だが、初運用時は11両で、後に12両に変更された。2002年に6号車に食堂車が組み込まれ、13両編成となる。食堂車運営の競争入札は新東陽が応札したが、多額の損失を出し契約を解除している。暫くそのままになっていたが、PPD2500型食堂車は入場、改装され、食堂設備が撤去され貨物室が設けられ、速達郵便車として13号車に連結された。日本の新幹線便に相当するが、当局が積極的ではない為にあまり普及していない。設計上の問題で発車時に客車内でも解る位の大きなショックがある上、高速走行時に共振現象を起こしたが、台鉄機務処が解決策を講じたので高速時の振動問題は既にあまり見られなくなっている。
2003年、森本率いる「森本太郎とスーパー・スター」は、オリジナル曲「Long Good-by」を発表する。沢田と一徳が作詞を手がけ、解散から30年以上、ザ・タイガースの元メンバーと一切の交流を絶ったままの瞳との再会を期する曲だった。沢田も、この曲を2008年9月24日の『SONGS』（NHK総合テレビジョン）に出演した際に歌唱する。瞳は人づてで曲の存在を知る。元マネージャーの中井國二の呼びかけ、そして瞳自身の心境の変化もあって、2008年の暮れ、沢田、一徳、森本と38年振りに東京で再会を果たす。翌年には加橋とも再会した。2011年には、ザ・タイガース復活とツアーの予定が関係者やメンバー自身から発信されるが、加橋が最終的に参加を見送ったため、沢田研二の「2011年 - 2012年ライブツアー（全公演38回、9月8日スタート）」に、岸部一徳、森本太郎、瞳みのるがゲスト参加する形となった。瞳の40年ぶりの参加が大きなインパクトとなり、切符の発売当日に、大都市開催分は即日完売となった。2012年1月24日の沢田研二ライブツアー最終日（日本武道館）には、脳梗塞で2003年に倒れてから療養中の岸部四郎がゲストとして登場。第二期ザ・タイガースが1971年1月24日の解散ライブ以来勢揃いした。ザ・タイガース再結成が正式に発表されたのは、2013年1月6日の「沢田研二正月ライブ」で、沢田が『オリジナル・メンバーでのザ・タイガース復活』と発言した。12月に東京ドームなどでライブを開催する予定とされた。瞳みのると加橋かつみが入ったオリジナル・メンバーでの活動は1969年以来、44年ぶりとなる。復活ライブは、12月3日に日本武道館でスタートして、全国8会場で10万人を集めた。最終日となった12月27日の東京ドーム公演にて、岸部四郎が再び病を押してゲストとして登場。結成以来初めて、6人のメンバーが公の場で一堂に会することとなった。1988年に森本が中心となり、往年のGSの中心メンバーがそろって「タイガース・メモリアル・クラブバンド」を結成、アルバム制作やコンサート活動を行った。アルバムでは「花の首飾り」を瞳を除くメンバーで新録音している。また、本人たち出演のカラオケ「DAM」では、沢田と瞳を除く4人が出演している。1989年には、大阪城ホール及び横浜アリーナで開かれた「タイガース・メモリアル・クラブ・バンド」コンサートに瞳を除く5人のタイガースでトリで出演。ジョイント演奏コーナーが大半を占める中、単独で数曲を演奏した後に、「シーサイド・バウンド」で他の出演者も加わって演奏し、フィナーレへと進んだ。1993年には森本、加橋、シローに岩本恭生を加えた構成で「ザ・タイガースマニア」というユニットで活動しシングルをリリースしている。1997年には、森本、一徳、沢田がロックユニット「TEA FOR THREE」を結成し、CDシングルを発売、ラジオ番組のパーソナリティなども務めたが現在は活動を休止している。