このように事件への関与を全面否定していたウクライナ軍であるが、ロシア連邦政府が、ミサイルの出所を敢えて明言しないまま地対空ミサイルが命中もしくは近傍で爆発したため墜落したと発表したため、事故の原因はなお不明であるとしながらもウクライナの関与があることについて正式に謝罪し、犠牲者の家族への補償交渉を開始した。2003年11月20日には補償に関する合意がウクライナとイスラエルの両政府間で署名された。そこでは「ウクライナ政府は墜落に対して法的に責任がなく、どんな義務からも拘束されない」としており、ウクライナ軍の首脳であった将軍（当事件で後に辞任した）は「補償は人道的配慮によって行われるものであり、罪を認めたものではない」とメディアにコメントした。そのためロシアの遺族の一部はウクライナからの補償を拒否し、ウクライナのキエフでウクライナ政府に対し民事訴訟を提訴した。その審理でウクライナ政府は、レーダーの記録を根拠に「旅客機墜落はウクライナのミサイルによるものではない」と主張し、連邦政府による調査結果を終始否定した。それに対し原告側弁護士は「遺族と補償交渉した」とウクライナ政府が自らメディア発表したことを指し、「事件へのウクライナ軍関与が客観的に証明される」と主張した。2004年6月21日にウクライナ一般検察当局事務所のスポークスマンは、「これまで行われた11の法医学試験のいずれも、ウクライナのミサイルによる旅客機撃墜を証明できなかった」と述べた。以上のことからウクライナの主張は、演習のミサイルがシベリア航空機を撃墜したという連邦政府側の調査結果に否定的であるが、それ以外の可能性については主張しておらず、合理的ではない可能性がある。また、中立的な位置にある第三者であるアメリカ政府当局者は事故直後から、偵察衛星の記録を根拠に、「ウクライナの軍事演習で発射された地対空ミサイルがシベリア航空機に命中したようだ」との見解を述べていた。
ロシア政府は事件の2日後、「ウクライナ軍が発射したS-200 (SA-5 ガモン)地対空ミサイル（射程300 km）が命中した疑いがある」と述べ、5日後には政府の調査委員会が、「ウクライナ軍のミサイルが事故機を撃墜した」との見解を示した。そして2001年10月12日には、「シベリア航空機は地対空ミサイルに撃墜された」と発表した。「旅客機の破片についた痕跡がS-200によって生じる特徴的なものである」とし、また「ミサイル発射と墜落のタイミングは、一致している」と報告した。それに対しウクライナ軍は当初、「ミサイル発射は計画通りに完了した」と主張していた。それによると、「演習に使用したミサイルは10 km前後の射程のものであり、発射した方角には航空機はいなかったうえに、ミサイル発射演習の開始は墜落の16分後の午後2時である」とし事件への関与を全面否定していたが、演習に長距離地対空ミサイルを使用したことは否定しなかった。しかし撃墜については、「絶対にあり得ない」と否定した。またその後、疑惑がもたれている長距離地対空ミサイルについて「午後1時41分に発射されたものであり2分後に海に落下した」と述べた。
2001年10月4日、ロシアの航空会社シベリア航空（現・S7航空）1812便のツポレフTu-154Mは、イスラエルのテルアビブからロシアのノボシビルスクに向けて黒海上空を飛行中であった。しかし午後1時44分（現地時間）に何の前触れもなく墜落した。旅客機には乗員12名、乗客66名（うち51名がロシア系イスラエル人）のあわせて78名が搭乗していたが、全員が犠牲になった。ソチにあるロシアの地上管制センターは突然旅客機との交信不能になったが、付近を飛行していたアルメニア航空機のパイロットが、シベリア航空機が空中で爆発後、急降下して墜落するのを目撃したと管制塔に報告した。当初、9・11事件の直後であったため、テロリズムによる破壊活動であると考えられたが、当日は黒海沿岸にあるウクライナ軍が過去数年間で最大規模の軍事演習を実施しており、現場から約240 km離れたクリミア半島東部の軍事施設で行われていた地対空ミサイルの発射訓練によるミサイル誤射・撃墜説が唱えられた。この説によれば、旅客機の近くでミサイルが炸裂し、その爆発の衝撃で致命的な損傷を受けた為に墜落したというものであった。
だが、路線が黒字を出し負債を返しきるところまで行っても、会社そのものの経営状態は驚くほど改善したとは言えない状況だった。経営陣はすべて無報酬状態であり、株主にも完全な無配当を続けていた。また沿線地域で伝統の織物・魚子織に代わり作られていた絹綿交織物も、大正初期の不況によって不振となっており、輸送需要の低下や人の流れの停滞を招く結果となった。こうなっては乗客増も見込めず、当馬車鉄道の経営を追い込んで行っていた。そんな折、当線にとどめを刺すできごとが起こる。1915年4月15日に、武蔵野鉄道（現在の西武池袋線）が開通したのである。武蔵野鉄道は池袋 - 所沢 - 飯能間の鉄道であり、川越鉄道との接続駅は異なるものの、ほぼ入間馬車鉄道とは並行路線であった。こうなっては入間川駅まで当馬車鉄道で1時間以上もかけて出て、川越鉄道で国分寺に下り中央本線で東京に出るという経路はあまりにも迂遠であり、馬車鉄道沿線の人々は直通で一気に東京へ出られる武蔵野鉄道の方を選んだのである。そこに追い打ちをかけたのが、1914年から始まった第一次世界大戦である。この戦争に日本も参戦したため、軍事物資として鉄が大量に消費され、鉄材の値段が高騰した。この鉄高騰を当て込んで各地で鉄材の買収を行う者が大勢現れたが、この地域では入間馬車鉄道がその対象にされてしまい、外部から線路を狙ってさまざまな人物が暗躍するようになったのである。そして当馬車鉄道の線路目当ての買収工作はついに会社自体に及び、1916年には浦和の人物が株を買い占め始めた。会社側と沿線住民たちはこれに対抗するため、県知事宛に「我々は馬車鉄道の公共性を考えて採算度外視でやって来た。そこによそ者が入り込み、鉄材目当てで廃止するようなことがあっては大損害である。何とか存続に力を貸して欲しい」との請願書を提出することになった。その後、解散派の買い占め側と存続派の会社・住民側の対立がしばらく続いたが、1917年に和解し、会社の解散が決定した。そして同年12月10日をもって路線自体も廃止となり、17年間という短い生涯を終えたのであった。なお廃止の際従業員に支払われた退職金は、普段の給料の10分の1、わずか1円という微額で、同社の末期の経営状況が惨憺たるものであったことを物語っている。