偽遺伝子とは、正常遺伝子から重複によって生じた後、何らかの理由によって遺伝子としての機能を失った、いわば遺伝子の残骸である。正常遺伝子に起こった突然変異は、自然淘汰により排除される可能性があるが、偽遺伝子には表現型効果がないため、ここに生じた突然変異は自然淘汰にかからない（すなわち中立な突然変異）。マウスのヘモグロビン偽遺伝子の研究から、正常遺伝子に比べて偽遺伝子の進化速度は非常に速いことがわかったが、これは中立進化説の予測どおりである。
それまでの現存生物や化石として残っている古生物の形態を調べる従来の進化の研究に、分子生物学の進歩によって遺伝子の塩基配列進化やタンパク質のアミノ酸配列進化を分子レベルで調べることが可能になった。こうして調べると、予想以上に多くの中立的な突然変異が起きていることが判明した。
木村説が初めて発表されるや、白熱した論争が起こり、多くはゲノム中の中立遺伝子と非中立遺伝子の割合に関して展開された。論争を遠目に見ていた多くの研究者の認識とは反対に、論争は、自然選択が働いているのかどうかということに関してではなかった。木村は分子進化には中立進化が幅を利かせているが、表現型レベルの形質の変化にはサンプリングの偶然による遺伝的浮動よりも自然選択が働いているほうが多いだろうと論じた。太田朋子は木村の学生で、一時的に微小有害突然変異がかなり一般的に存在しているかも知れないという考えに迷い込んだこともあったが、中立説に、「ほぼ中立な」選択性という概念を取り入れるという重要な一般化を行った。つまり遺伝子が大部分浮動による影響を受けるか、選択による影響を受けるかは、交配集団の有効な大きさによって決まるとする。中立説派－選択説派の喧噪は沈静化したが、中立遺伝子と非中立遺伝子の割合に関する問題はまだ続いている。GraurとLi (2000)は次のように言っている。『分子進化の将来についてわれわれが予言したいことは2つしかない。1つはかつての論争に関係している。中立説派－選択説派の論争やイントロンの起源の古さというような問題に関する論争は続くだろう。その際「中立説は死んだ」とか「中立説よ永遠なれ」というような叫びは凶暴性の帯びかたに程度の差はあれ1つの論文のタイトルに鳴り響くことは時々あるだろう』
分子レベルでの遺伝子の突然変異は、そのほとんどが自然選択に対し有利でも不利でもない中立なもので、それが集団中に広まるのは偶然によって決まる。すなわち、遺伝子の広まりの決定要因には、運のよさ（サバイバル・オブ・ザ・ラッキスト）と適者生存（サバイバル・オブ・ザ・フィッテスト）が関係している。木村は「中立説は適応進化の決定要因として自然選択の役割を否定するものではない」としたが、この考えは、ダーウィンの自然選択説と、それに基づく進化の総合説を否定していると誤解され、当初は大きな反発を受けた。その後、様々な証拠が集まるとともに、中立説と自然選択説は並立する概念であることがわかり、大部分の進化生物学者が、両説は両立できるものであるとして受け入れるに至った。
中立進化説（ちゅうりつしんかせつ、Neutral theory of molecular evolution）とは、分子レベルでの遺伝子の変化は大部分が自然淘汰に対して有利でも不利でもなく（中立的）、突然変異と遺伝的浮動が進化の主因であるとする説。分子進化の中立説、あるいは単に中立説ともいう。国立遺伝学研究所の木村資生 (きむらもとお) によって1960年代後半および1970年代前半に発表されて、センセーションを巻き起こした説である。中立説は自然選択説との間で論争を引き起こした。
ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道の路線案は未確定だったが、1898年8月に建設工事が始まった。1898年11月22日に発行された1899年法には既存路線案の一部変更、延伸、工事期間の延長が盛り込まれた。延伸案の1つはパーク・クレセントから分岐し、リージェンツ・パークの下を通って公園のアウター・サークルとチェスター・ロードとカンバーランド・ゲートの間で交差してその付近に駅を設ける、ニュー・クロス・アンド・ウォータールー鉄道の路線案より北側を通るものとされた。この延伸線は西カンバーランド・ストリート（後のナッシュ・ストリート）、カンバーランド・マーケット、東カンバーランド・ストリートとエドワード・ストリート（後のヴァーンデル・ストリート）を通り、ユーストン駅西側のカーディントン・ストリートを終点としていた。2つ目の延伸線はマリルボンの西からグレート・ジェームス・ストリート、ベル・ストリートを通ってコーレット・ストリートで南に曲がり、グランド・ジャンクション・カナルのパディントン・ベイシンを抜けてグレート・ウェスタン鉄道のパディントン駅東側に至るものとされた。パディントン・ベイシンの東西の延長部の下、路線案が北西に曲がる地点でメインラインの駅とパディントン・ベイシンの間に駅1つが設けられた。この駅を過ぎたところで上下線2つのトンネルが1つになり、北東に向きを変え、リージェンツ・カナルと交差したあとリトル・ベニスの東側を通り、ブロムフィールド・ロード北側に予定された車両基地付近では地上に出る計画とされた。ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道はパディントンに発電所を設けることも計画していた。ウォータールー側の終点も南側に移動し、アディトン・ストリートの下に変更された。1906年にベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道はこの計画変更は「サウス・ロンドン・トラムウェイの乗客の地下鉄利用を促すとともに、ロンドンに乗り入れる主要な鉄道路線と接続するため」であったと公表している。ロンドンで初めての地下鉄を開業させ、1863年からインナー・サークル北側のパディントンからユーストンの区間を運営していたメトロポリタン鉄道 （英語：Metropolitan Railway、MR）はベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道の延伸案を自社の既存路線に対する脅威ととらえ、延伸案に反対した。1899年に8月1日に1899年ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道法を通過させる際、議会はメトロポリタン鉄道の主張を認め、建設期間の延長とウォータールー付近の計画変更だけを認可した。