土、火、水、風の4つの力がさえぎられ、暗黒に包まれた世界。人々は世界を救う「光の戦士」の伝説を信じ、待ち続けていた。長い長い旅の果てに、光の戦士の証である4つのクリスタルを手にした4人の若者がコーネリアの地へと辿りつく。そのころコーネリアでは、かつてこの王国のナイトであったガーランドによってセーラ姫がさらわれるという事件が発生していた。戦士たちは、王の願いを聞き入れ、ガーランドが立て籠もるというカオスの神殿へと向かうことになった。ガーランドを倒し、姫を取り戻した戦士たち。王はその感謝の印としてコーネリアの北にある橋を修復させた。失われたクリスタルの輝きを取り戻し、世界に再び平和をもたらすために、戦士たちは橋を渡り、未知なる大地へと旅立つ。戦士たちは、クリスタルの輝きをさえぎる存在である土・火・水・風の「4体のカオス」を倒し、クリスタルの輝きを甦らせていく。しかし、すべての輝きを取り戻してもなお、世界に平和はおとずれなかった。クレセントレイクの賢者たちは語る。すべての元凶は2000年前にいると。4つの力はその中心であるカオスの神殿へと集まっている。悪の源を叩くのだ。戦士たちは4つのクリスタルと黒水晶の力によって2000年前の「カオスの神殿」へと向かった。2000年前のカオスの神殿の最下層にいたのは、ガーランドだった。一度は戦士たちに倒されたガーランドは4体のカオスによってゆがめられた4つの力で2000年前に飛び、そこに甦っていたのだ。そして、2000年後のためにふたたび4体のカオスを未来へと送り込む。ガーランドは「カオス」として、何度も繰り返される閉じた2000年の時の鎖の中で永久に生き続ける存在になっていた。戦士たちはカオスに勝利し、時の鎖を断ち切った。世界もまた、元の姿を取り戻す。人々は、戦士たちの活躍もゆがめられた世界のことも覚えてはいない。だが、心のどこかに残ったその記憶を「架空の物語」として語り続けるのだった。
船の中でAボタン（○ボタン）を押しながら、Bボタン（×ボタン）を一定回数押すと、ミニゲームの「15パズル」をプレイできる。クリアすると、ファミコン版では100ギルを得られ、リメイク版ではクリアタイム更新ごとに高額の賞金や貴重なアイテムを得られる。携帯電話版には存在しない。ファミコン版の15パズルは、ナーシャが勝手に入れたもので周囲のスタッフはあまりに嬉しそうにそれを報告するナーシャを見て何も言えず、そのままとなった。本作ではオープニングがゲーム途中の1イベントであるため、普段はオープニングの音楽を聴く機会が無い。しかしこのミニゲームを起動することで、物語途中でもオープニングの音楽およびタイトルグラフィックの一部を視聴することができる。
FFシリーズでは第1作目である本作からバッテリーバックアップが採用されている。ただし、ファミコン版はセーブデータを1本のカセットにつき1つしか記録できない。本作では町の「宿屋」に泊まるか、あるいはワールドマップ上で「テント」「コテージ」などの宿泊用アイテムを使用することによってセーブするシステムである。ただし、GBA版、PSP版では移動中であればどこでもセーブが可能になっている。（ただし、追加ダンジョンの「時の迷宮」内部を除く）ファミコン版でも宿泊用アイテム使用時にセーブするかどうかは任意だが、コテージはセーブを選択しないとMPが回復しない。セーブを選択してもセーブのタイミングがMP回復の前であるため、（直後に別のアイテムでセーブしない限りは）再開した際にMPが回復していない状態から始まるという仕様になっている。また宿屋に泊まる際には必ずセーブに同意しなくてはならないため、ファミコン版ではセーブせずにMPを回復させる手段が無い。セーブバッファは1つしか無いため前回のプレイデータを温存してゲームを進める事は困難だった。
江戸時代から栽培されている品種で、怡顔斉（松岡玄達）の「桜品」（1758年（宝暦8年））には「千弁糸桜」として描かれている。明治時代、仙台市長であった遠藤庸治が仙台市内で植え増やし、また、その子孫樹を各地に贈って普及に努めた。このため「遠藤桜」あるいは「仙台八重枝垂」「仙台小桜」とも呼ばれる。現在でも仙台都市圏各地でよく見られ、また、東北地方以南の日本各地に名所がある。なお、遠藤が植え増やした八重紅枝垂は、京都御所から鹽竈神社（仙台市に隣接する塩竈市にある）に下賜されたものとも、京都の近衛家の庭にあったものとも言われる。八重紅枝垂は「伊達家の桜」とも言われるが、その由来は不明。第4代仙台藩主伊達綱村が、生母の三沢初子の霊を弔うため、元禄年間に釈迦堂を現在の榴岡公園（仙台市宮城野区）の地に建て、また、京都から桜の苗1000本を取り寄せて植えており、当地は江戸時代からの枝垂桜の名所となっている。これらは仙台枝垂桜ともいわれるが、花色が白や薄紅で八重咲きでもない。この榴岡公園にも遠藤は八重紅枝垂を植えており、園内では仙台枝垂桜と混在している。八重紅枝垂が「伊達家の桜」といわれるのは、各地に普及する中で、榴岡公園の仙台枝垂桜の由緒と混同した可能性が考えられる。遠藤は、1895年（明治28年）創建の平安神宮にも八重紅枝垂を献上しており、現在、境内の300本の桜の内、八重紅枝垂は半数の150本を数える。特に、本殿の背後にある庭園「神苑」の八重紅枝垂の並木は例年ライトアップされ、夜陰に浮かび上がる桜、そして、池に映り込む桜の美しさにより、多くの観光客を惹き付けている。また、平安神宮の八重紅枝垂は、谷崎潤一郎の「細雪」や川端康成の「古都」にも登場するほど著名で、関西地方では八重紅枝垂を「平安紅枝垂」とも呼ぶ。