ビスマルクの船体は1989年6月8日に発見された。発見者はタイタニック号の探査も行った海洋考古学者のロバート・バラードである。ビスマルクはフランスのブレスト西方650キロメートル、4,700mの海底に沈んでいる。ビスマルクが沈没した海域は海底火山の斜面になっており、船体は海底に着底したあと海底の斜面を長い距離を滑落した。探査機は船体が滑り落ちた跡をたどっていき、最初に脱落した艦橋を、次いでビスマルクの船体を発見した。船体は正しい向きで海底に沈んでいるが、4つあった主砲砲塔は全て船体から脱落していた。艦橋は沈没中に海水の抵抗で脱落したと考えられる。艦体の観察で魚雷のために変形したスクリューシャフトと、スクリューと干渉して動作不能になった舵が確認された。イギリス軍の砲撃によってメインブリッジの装甲艦橋を貫通しているのを始め、上部甲板構造物を広く破壊されていた。しかし船体舷側の垂直装甲を貫通している砲弾は数箇所に留まっているとされた。魚雷の命中箇所が艦尾のものを別にすると1箇所であった。バラードはタイタニックの場合に起こった遺品などの盗難を考慮し沈没地点の正確な場所は発表していない。のちに映画監督ジェームズ・キャメロンがビスマルクの水中撮影をおこない、その映像をもとに番組を制作している。キャメロン監督の発表に先立つ2001年にも精密な調査が実施されている。バラードの調査では船体への損傷が少ないことが報告されていたが、この時の潜水調査もその結果を裏付けるものであった。報告者の一人で、海軍史の研究者であるスティーブ・ワイパーは、「上部構造物や砲塔などが破壊されてもなお、艦体は強度を保った」と述べている。同ドキュメンタリーのナレーターは、砲弾の貫通跡が艦体全体を通じて4か所しか見つからなかったことを報告したキャメロン監督の調査班と同様、艦体について「いまだにほぼ無傷」（still fairly intact）と評した。また乗組員の証言通り、艦の水線下に自沈工作の痕跡も発見された。ワイパーはこれについて、「艦の沈没を早めただけ」と述べている。報告者の一人、ヤン・M・ヴィット博士に拠れば「この時点で艦は大きく損傷しており、原因が魚雷であろうと、自沈工作によるものであろうと何も変わらない」と述べている。現在では艦体の下部が着底時の衝撃でほぼ失われているため、英軍艦艇の魚雷の効果は不明であるが、破孔の一つを調査したキャメロン監督の調査班は、その魚雷が艦の水密区画を突破していないことを指摘している。
設計的には旧態依然とはいえ最新鋭艦を失ったドイツ海軍の衝撃は大きく、以後は大型水上艦による通商破壊は跡を絶った。偶然とはいえフッドを沈められた事に対するイギリス海軍の怒りは本艦を沈めてもなお収まらず、その後のドイツ海軍に対する攻撃はより徹底された。1941年6月以降、イギリス海軍が大西洋水域の船団護衛に戦艦を投入する必要が皆無になった事からも、ドイツ海軍全般における水上艦の壊滅的状況がわかる。
キング・ジョージ5世は被害がなかった（ただし、戦闘中に主砲塔が故障した）。ロドニーは、ビスマルクの副砲弾が艦首への至近弾となり、魚雷発射室に軽微な浸水を生じた。
午前10時20分頃より、自沈用に設置された爆薬が艦底で起爆したとされている。同じ頃、ビスマルクへの魚雷攻撃を命じられたドーセットシャーから、2度に分けて3本の魚雷が発射された（ノーフォークとロドニーは魚雷を撃ちつくしていた）。魚雷は右舷艦橋下と右舷機械室、左舷司令塔下に命中した。この魚雷命中の衝撃でビスマルクの艦尾が切断して脱落するのが目撃された。このドーセットシャーの雷撃がビスマルクにとどめを刺し、ビスマルクは撃沈された。ビスマルクは急速に沈下して左舷への傾斜を増し、艦首を持ち上げて午前10時40分に沈没した。フッドの沈没から76時間後のことであった。ドーセットシャーおよび駆逐艦は漂流中の乗組員の救助に当たったが、Uボートの接近と思われる聴音（実際には当時その海域には存在しなかった）により途中で救助を断念した。結局2,206名の乗組員のうち、救助されたのは115名であった。エルンスト・リンデマン艦長は甲板に残り、ビスマルクと運命を共にした。
2000年、マイヤーは再びバイロイトに出演し、ユルゲン・フリム（Jürgen Flimm）による、ジュゼッペ・シノーポリ指揮、プラシド・ドミンゴ出演で公演された2000年フェスティバル「ミレニアム・リング」の『ワルキューレ』でジークリンデ役を演じた。この年はザルツブルク音楽祭でロリン・マゼール指揮のイゾルデも演じた。2001年にはミュンヘン・オペラ・フェスティバルのオープニングで、ズービン・メータ指揮でエクトル・ベルリオーズ『トロイアの人々』のディオン役デビューを果たした。2003年、マイヤーのヴェーヌス役でダニエル・バレンボイムが指揮した『タンホイザー』がグラミー賞ベストオペラ録音部門を受賞。2003 - 2004年シーズンはリサイタルとコンサートに専念した。バッハの『マタイ受難曲』を演奏し、ブラームス、シューベルト、H. ヴォルフ作品を取り上げたリサイタルプログラムでヨーロッパ、ロシア、アメリカ合衆国ツアーを行った。2004 - 2005年にはオペラの舞台に戻り、ドレスデン・ゼンパー・オーパーのカタリーナ・ローターバッハ（Katarina Lauterbach）演出の『カルメン』新プロダクションにも出演した。2005年には再びイゾルデを演じ、この時はパリのオペラ・バスティーユの新プロダクション公演で、ピーター・セラーズによるエサ＝ペッカ・サロネン指揮の舞台だった。更に『パルジファル』のクンドリー役でウィーン国立歌劇場にも復帰した。2006年にはベン・ヘップナー（Ben Heppner）の相手役として『パルジファル』のクンドリー役でメトに戻った。「ニューヨーク・タイムズ」が書いている：クンドリー役は男性に囲まれたたった一人の女性役だが、ヴァルトラウト・マイアーはそれをこの晩の呼び物にしてしまった。舞台上でも舞台を離れても情熱的なことで知られるマイヤー女史はこの役と相性が良く、自身を大口径の高性能爆薬の砲弾のように役へと駆り立てた。荒々しさ、勇敢さを歌にして、全てが彼女の表現した人物に適切だった。マイヤー女史は全てを与え、リスクを取り、聴衆を夢中にさせた。マイヤーの2007年の公演は、イゾルデ（日本、ベルリン、ミュンヘン、ミラノ）、レオノーレ（ミュンヘン）、オルトルート（ミラノ、パリ）としての出演を含んだ。2007年末にはフランツ・シューベルトとリヒャルト・シュトラウスによる作品を演奏したヨーゼフ・ブラインル（Joseph Breinl）伴奏の CD がリリースされた。更にマイヤーとブラインルは2007 - 2008年、日本、ドイツ、フランス、オーストリア、スペインで多くのリサイタルにも出演した。2008年7月、マイヤーはバーデンバーデンのニコラウス・レーンホフ（Nikolaus Lehnhoff）演出、フィリップ・ジョルダン指揮、ロバート・ギャンビル（Robert Gambill タンホイザー）、スティーブン・ミリング（Stephen Milling ヘルマン）、カミッラ・ニュールント（Camilla Nylund エリーザベト）も出演した『タンホイザー』のプロダクションでヴェーヌス役を演じた。「ニューヨーク・タイムズ」は「深い力と狂気をたたえた音楽家、マイヤー女史は完璧なヴェーヌスだった。」と報じた。