住民は、島を出る前にすべての家畜を屠殺することが命じられた。これはアメリカ人が乗り込んだ時に食用として利用されるのを避けるためとのことだった。当時、島には牛750頭、馬130頭、豚240頭、山羊550頭、鶏5000羽がいたとも言うが、住民が手を下さなかったものは、旅団本部から送られた実行部隊がすべて処理したと言う。殺した家畜は解体し、肉は塩漬けや簡易的な燻製にし、島外に搬送した。なお、その後にこの島に防衛のための軍が派遣されることはなかった。4月初頭に、ほぼ同様のことが黒島でも行われた。波照間島住民の疎開は3月末に始まった。当初、住民は避難船で西表の南東端にある大原に到着し、そこから南風見田まで約8kmを徒歩で移動したが、後には南風見田に船を接岸できる場所を見つけた。しかし、そこで漁船が空襲を受けたため、その後は西表島南西部の鹿川湾に荷物を下ろして徒歩で南風見田に向かうようになった。先遣隊が建設した掘っ建て小屋で生活が始まったが、ほどなくマラリア患者が発生した。梅雨が明けると罹病者が増え、死者が続出するようになった。疎開地には2棟の病棟が造られたが、薬や医療設備はなく、やがて患者は病棟に収容しきれなくなった。7月に入って暑さが増すと罹病者も急増し、死者は70人以上にのぼった。ちなみに彼らを引き連れた酒井（山下軍曹）は当初は共にここで宿泊したが、その後由布島に移動している。
青年層の多くが鉄血勤皇隊や従軍看護婦として軍隊に編入させられている事もあり、疎開先への移動は困難を極めた。疎開先でも雨露がしのげる程度の茅葺き小屋、それも共同小屋が大半で、蚊帳を吊るすこともできず、蚊の襲来を避け得ない状態だった。また、不衛生な共同便所なども蚊の発生の原因となった。山岳地域への疎開によって農業は中断し、配給も6月以降はほとんど無くなり、医療物資の欠乏、栄養不良の状況下で、マラリアが発生を始めた。小屋には病人が何人も横たわり、次々に死者が出た。7月23日に軍は疎開の指示を解除し、各部落へ戻ることを許したが、その命令が徹底せず、さらに戻るのが遅れた地区も多かった。さらに8月15日の終戦を過ぎても、当時の部隊長は避難先の住民にこれを知らせず、避難解除命令を出さなかったため、混乱が続いた地区もあった。これらのことは、住民が落ち着いた生活に戻ることを阻害し、さらに被害を広げた。八重山における戦争被害は琉球政府文教局の『琉球資料集第一集』（1956・下記参考資料より孫引き）によると「空襲による死者174名、山地へ強制退避せしめたる結果、マラリアにより死亡したる者3647名、（以下物品被害を略）」というように、戦闘行為の犠牲よりマラリアの犠牲者数がはるかに上回った。結果的に八重山への上陸攻撃は行われなかった。
沖縄本島では、1945年5月下旬に日本軍第32軍が司令部のあった首里を離れ本島南部方面に敗走したため、大本営は指揮能力が失われたと判断、八重山軍を第32軍の上級部隊である台湾所在の第10方面軍の直轄下に移した。第10方面軍は沖縄本島地方の戦闘が終結に近いと見て、次に八重山が攻撃を受ける可能性が高いとの判断から、官民の移動が必要と考えた。6月2日、旅団本部は石垣町長、大浜村長を呼び出し、一般住民の山岳地域への避難を命令した。石垣の中央の地区には郊外地区が疎開先として指定されたが、大浜村などは於茂登岳周辺など、より山岳地域が指定された。竹富村および波照間島に対しては西表島への疎開が命じられた。なお、波照間島へのこの指示はややさかのぼって3月末、黒島への指示は4月上旬であった。
八重山における連合国軍の攻撃は1944年10月の石垣島の空襲（十・十空襲）に端を発した。その後、1945年3月には連合国軍は慶良間諸島に上陸、そこから主戦場は沖縄本島とその周辺に移るが、その間、八重山は激しい空襲と艦砲射撃にさらされ続けた。八重山に向かったのは主として英国海軍であった。これに対して日本軍は1943年に観音寺部隊が駐屯した後、次々と来島し、陸海軍8,000名が主として石垣島と西表島に陣地を築いた。また飛行場が建設され、地域住民は軍需品として資材や金属などの供出が求められ、また作業の労働力として動員された。連合国軍の攻撃に対する日本側の方針は「宮古では状況次第で上陸軍を攻撃するが、石垣においては持久戦に専念」というものであった。しかし連合軍は上陸戦を行わなかったので、高射砲で応戦するのみの防衛戦が行われた。
山田洋行は、2007年10月、協会の秋山に対し、子会社であるヤマダ・インターナショナル・コーポレーションの裏金からおよそ25万ドル（当時のレートで約3,000万円）を渡していたことが東京地検特捜部が押収した内部文書により判明している。山田洋行は、ゼネラル・エレクトリックおよびノースロップ・グラマンとの代理店契約を継続できるよう秋山に仲介を依頼、久間章生を通じて、米国の元政府高官2名に対し支援を求める文書を秋山に託した。 当時は、元専務の宮崎元伸が同社を辞めて日本ミライズを設立した直後であり、山田洋行は米国大手メーカーであるゼ社およびノ社の日本代理店の座を日本ミライズに奪われるという危機感を強めていた。このため、山田洋行の社長米津佳彦および執行役員守山晋はこれら2社に対して山田洋行との契約を続けるよう働きかけてほしいと秋山に依頼、25万ドルはそのための協力費として現金で手渡した。さらに、協会理事で当時防衛庁長官だった久間に宛てて、メーカー2社との代理店契約の継続について支援を依頼する文書を作成し安保研に提出していた。秋山は山田洋行から受領した25万ドルを簿外処理としていたとされ、東京地検特捜部の捜査を受けている。米高官に要請を行う内部文書は日本ミライズが設立された前後に作成されたとみられ、表題には「（米国メーカー2社の）代理店保全にかかわる支援活動」と記載。防衛族議員から米国の元政府関係者2人に対して「支援活動を要請してもらった」とした上で、この2人から直接メーカー2社のトップに対し「山田洋行支援の依頼が実行された」と工作の経緯にも触れていた。また文書の最後には、秋山が関係する団体への「対価」として、米国の元政府高官1人分が「10万ドル（未処理）」、別の1人分は「20万ドル（今回の寄付により処理）」と記載、金銭の遣り取りを窺わせている。