愛知県葉栗郡北方村（現在の一宮市北方町）出身。九人兄弟の三男として生まれる。愛知県立工業学校（現在の愛知県立愛知総合工科高等学校）を卒業後、郷里出身の著名な日本画家である川合玉堂に憧れ、1928年（昭和3年）、東京美術学校（現在の東京芸術大学美術学部）日本画科に入学。同期生には、杉山寧、川本末雄らが在籍。1933年卒業後（修業年限5か年）同校同科研究科（現在の大学院）に2年在籍。結城素明に師事。在学中から画家を志し、1930年国際美術協会主催第1回美術展覧会入賞首席。翌1931年同展無鑑査出品（公爵近衛文麿買上）。1935年には愛国生命保険株式会社（社長原邦造）の委嘱により壁画製作、1937年に株式会社東京宝塚劇場（社長小林一三）の委嘱により東京宝塚劇場階段ホール壁画製作など、古今東西の幅広いジャンルに題材を求めた画風の創作活動を続けるが、1938年第一回現代美術展覧会に出品した屏風「壁畫に集ふ」を最後に晩年まで画家として活動した形跡は見られない（筆を置いた理由は不明）。戦後、東京美術学校日本画科、工藝科の講師を2年勤めた後、1948年（昭和23年）新制神奈川県立神奈川工業高等学校工芸図案科の教諭として1971年（昭和46年）定年退職するまで後進のデザイン指導にあたる。1965年同校の工芸図案科と木材工芸科を改編して産業デザイン科と命名するが、当時大学も含めてデザイン科と名乗る学科はなく、全国で初めてのデザイン科の誕生となった。同科からは細谷巖、浅葉克己、村瀬秀明、柳町恒彦、勝岡重夫、宮田識といった著名デザイナー、アートディレクターを多数輩出している。退職後、杉山寧の薦めもあって再び絵筆を握り始めたが、1979年（昭和54年）69歳で病歿。1995年妻さだゑ歿後の遺品整理で60点あまりの作品があることが判明し、遺族が遺作展示活動を開始。1997年金猊が居を構え後半生を送った三鷹市の三鷹市美術ギャラリーにて「丸井金猊とその周辺の人たち展」を開催。2008年には故郷の愛知県一宮市にある一宮市博物館で館主催による特別展「いまあざやかに 丸井金猊展」が開催された。2006年から毎年秋に東京の谷根千界隈で開催されている「芸工展」に遺族が自宅を開放したスペース「谷中M類栖」で参加し、金猊作品を披露している。2015年小学館発行『日本美術全集』第18巻「戦争と美術」（河田明久監修）に「壁畫に集ふ」掲載（解説は新潟市美術館学芸員の藤井素彦）。
玉垣、瑞垣（廻廊）、荒垣の三重の垣根に厳重に守護されている。本殿内北西には御客座五神（天之御中主神、高御産巣日神、神産巣日神、宇摩志阿斯訶備比古遅神、天之常立神）が祀られている。大国主大神の御神座は本殿内北東にあり、正面である南側ではなく西側を向いている。これは本殿が古代の高床式住居とほぼ同じ構造になっているため、高床式住居における入口と最上席の配置と向きの関係から、御神座は西側を向くことになるためと考えられる。天井には7つの雲の絵が描かれている。現在の本殿は1744年（延享元年）に建てられたもので、高さは8丈（およそ24m）と、神社としては破格の大きさである。本居宣長が『玉勝間』に引いたところによれば、かつての本殿は現状の倍ほどもあり、中古（平安時代）には16丈 (48m)、さらに上古（神代の後、平安より前）には32丈（およそ96m）であった、という伝承があるとされる。同じ出典にある、「金輪造営図」と併せて想定される姿は大変不思議なもので、空に向かって延びた何本もの柱の上に社が建つというものになる。上古については流石に神話と看做すとしても、16丈あったとすると東大寺大仏殿（当時の伝承によれば十五丈≒45m）や平安京大極殿より大きかったということになる。この説については賛否両論あり、肯定する意見としては、平安時代に源為憲によって作られた『口遊』で数え歌に歌われていることが論拠に挙げられる。これは「雲太、和二、京三＝出雲太郎、大和次郎、京三郎」というもので、「雲太、和二、京三。今案、雲太謂出雲国城築明神神殿。和二謂大和国東大寺大仏殿。京三謂大極殿、八省。」を元にしている。ただし異論として。その後に続く数え歌を考慮すると、高さの順を表したものではなく、神社（神）、寺院（仏）、住宅（人）の順を著しているとの説や、複数の記録により、複数回倒壊していることがわかっていること（『百錬抄』『左経記』『千家家古文書』『中右記』『北島家文書』などの記述によれば、平安中期から鎌倉時代初めまでの約200年間に7度も倒壊している）といった傍証が挙げられている。上古32丈についても、山に建てたものについて、その標高を述べたものと附会すれば、不自然では無いという意見もある。高層建築が必要とされたのは別天津神の祭祀と関係があるとする説もある。一方で、前述したように明確な文献が『玉勝間』と江戸時代まで下ること、証拠とされているものがいずれも傍証にとどまること、32丈説や後述するプロジェクトなどで想定している「山」が、そもそもただの山ではなく神域であり工事が入ることなどめっそうもないといった点が否定要素である。建築学的な可能性としては、福山敏男と大林組によるプロジェクトにより検討され、書籍『古代出雲大社の復元』（学生社、初版1989年）として出版されている。2000年（平成12年）、地下祭礼準備室の建設に伴う事前調査に際し、境内からは勾玉などの他、巨大な宇豆柱（1本約1.4mの柱を3本束ねたもの）が発掘された。古代社殿の柱ではと騒がれ、16丈説があたかも確認された事実であるかのごとく報道されたりもした。結局、中世の遺構で現在とほぼ同大平面であり、柱の分析や出土品からも1248年（宝治2年）造営の本殿である可能性が高いと分析されている。ただし発見されたものが古代の本殿ではなくとも、16丈であったことの証明になる可能性があると書かれた教科書や書籍もある。2017年（平成29年）にリニューアルオープンした展示施設「神祜殿」では、出土した柱や、高い位置にある本殿と地上を長い階段でつないだ古代の姿の想像模型が展示されている。2008年（平成20年）の「仮殿遷座祭」以降、本殿の屋根等の大改修が行われており、2013年（平成25年）5月には御祭神を仮殿から改修が完了した本殿へ再び遷座する「本殿遷座祭」が行われた（平成の大遷宮）。出雲大社の遷宮は概ね60 - 70年毎に行われている。