新しい歴史教科書をつくる会の設立人の一人である。1996年（平成8年）8月、西尾と藤岡信勝が出会い、各界有志に呼びかけを行ったことで、「つくる会」が発足した。翌1997年（平成9年）1月30日、「つくる会」の初代会長に就任、大著『国民の歴史』を執筆、つくる会運動のオピニオンリーダーの地位を得て教科書運動の前面で活躍した。2001年（平成13年）に会長の座を田中英道に譲り、名誉会長となった後も「つくる会」の中心人物であった。その後2006年（平成18年）1月17日に、「その精神活動をよく知らない新しい理事が多数入ってこられて、立派な方も勿論おられるが、私とは話があわなくなってきた人が増えてもいる。言葉が通じなくなってきた」という言葉を残し「つくる会」を離脱、教科書運動の第一線から退いた。
アカデミズムの世界にはニーチェの研究と翻訳で登場する。『悲劇の誕生』、『偶像の黄昏』、『アンチ・クリスト』、『この人を見よ』などのニーチェの書の翻訳や、『ニーチェとの対話』をはじめとする様々なニーチェ論を発表。ニーチェ以外のドイツ哲学者については、中央公論社「世界の名著」シリーズ『ショーペンハウアー 意志と表象としての世界』の翻訳と、ショーペンハウアー論（「ショーペンハウアーの思想と人間像」）などがある。1990年代後半に至ると、こうしたドイツ哲学研究・ドイツ思想研究の蓄積を、江戸期の日本思想への関心と連関させた独自の思想研究を開始、21世紀に入って開始された数年に渡る雑誌連載の論考を『江戸のダイナミズム』（文藝春秋社）にまとめた。モラリスト的思索に徹した哲学論考や哲学エッセイも数多く執筆しており、それらを『人生の価値について』（新潮社）、『人生の深淵について』（洋泉社）などにまとめた。小浜逸郎は西尾の哲学論考・哲学エッセイについて、「・・・日常で出会うふとした経験の数々からの一瞬の感知を自ら過たず捕捉し、それを若き日に積んだ読書体験による確乎たる人間観に結合させていく巧みな氏の手法は並大抵のものとは思われない」としている。マルティン・ハイデッガー研究者の川原栄峰と親交があった。たとえば川原の長男が登山で遭難死したのち、毎月川原が息子の墓参りをする帰路に西尾の自宅に立ち寄り、そこで哲学的議論をするのがお互い楽しみであったというエピソードを述べている。中島義道も西尾の著書『ニーチェとの対話』を、「この本は日本の人文科学の一つの大きな財産である」と評している。
「ニイチェと学問」（静岡大学『人文論集』13号）、「ニイチェの言語観 ―― 初期の作品をめぐって」（『ドイツ文学』28号）、「論争と言語 ――ニイチェをめぐって」（『Neue Stimme』創刊号）により、1963年（昭和38年）第3回ドイツ語学文学振興会賞を受賞。また、1965年（昭和40年）には論文「私の『戦後』観」（『自由』1965年2月号）にて雑誌『自由』の新人賞を受賞。1965年から67年（昭和40年から42年）にかけ、ミュンヘン大学近代文学科のヘルマン・クー二ッシュ教授研究室の客員助手として西ドイツに留学し、この経験をもとに執筆した論考が、三島由紀夫など論壇に注目された。論考集は処女作『ヨーロッパ像の転換』として刊行され、三島由紀夫の推薦文が付された。ついで発表した『ヨーロッパの個人主義』も、梅原猛が「一人の思想家の登場をみた」と同著のカバーで推薦文を寄せている。ほぼ同時期、文芸評論家として文壇にもデビューする。論壇・文壇への登場は、西尾の才覚を早くから認めていた三島由紀夫や福田恆存の推挙による面も大きく、2人が関与していた楯の会関連雑誌『論争ジャーナル』にも寄稿していた。西尾は福田恆存の思想にも影響を受け、福田が没するまで深い交流があった（「西尾幹二のインターネット日録」参照）。批評家として小林秀雄論をはじめ様々な作家論を発表、また三島由紀夫の自決（三島事件）に際し、三島論「不自由への情熱」を月刊文芸誌『新潮』に掲載した。後述するが生前の三島と西尾は交友があった。晩年の小林秀雄と会った際、西尾はブルクハルトについて小林と議論している。
定年年齢に達した誕生日に定年退職とする方法。誕生日の月末付けなどの場合もある。入社（採用）を4月（新卒時）に一括して行っている（中途採用を一切実施していないと想定）企業でこの方法を取ると、同期・同年齢の入社でも誕生日によって就業期間に最大で1年近くの差が出てしまう（3月・4月1日生まれの者は、4月（2日以降）生まれの者と比べて1年近く長く就業できるため）。また、4月の時点で欠員がゼロになるように採用した場合、次の4月まで新規採用をしないとすれば、その間に定年に達した者が少しずつ辞めていき、3月の時点では最も欠員が多くなる。これに準じた方式として、誕生月の月末、または月給計算締日を退職日とする企業も多い。この方式では、就業期間が最大1年近くの差があるので、同期入社・同年齢で、役職・待遇が全く同じであったとしても、生涯賃金・退職金の額が異なってくる。特に3月および4月1日生まれの者は、4月2日以降生まれの者と比べて1年近く長く勤めることができるため、その分、生涯賃金・退職金の金額も増えることになる。大相撲の親方の停年（相撲協会ではこう表記する）はこの方式を採っており、たとえ本場所の最中であっても親方は65歳の誕生日を迎えると同時に停年となり退職しなければならないため、部屋持ち親方は65歳の誕生日を迎える前に後継者を決め、部屋の継承届を出す必要がある（親方がいない部屋の力士は本場所に出場できないという相撲協会の規定があるため）。部屋の事情によっては、現役力士が親方の65歳の誕生日の前日をもって引退し、部屋を継承する場合もある（現在の相撲協会では、現役力士が親方の職に就く二枚鑑札は認められていないため）。