政界を引退してからの彼は回想録を出版した後、ポーランド政府から年金を受け取って生活していた。しかし2007年4月17日、1981年の戒厳令布告の際の民主化弾圧の責任を問われ、ポーランド検察によって起訴された。高齢であることを考慮され、自宅から毎月裁判所に出廷することを許された。弁護側は、ヤルゼルスキが、あの時戒厳令を布告して民主化運動を取り締まらねばソ連が介入してきたはずであり、結果的にポーランドの独立を守ったと主張したが、検察側は、ソ連はポーランド内政に干渉しないという当時のソ連指導部の文書を提示し、ヤルゼルスキ側の弁論に反論した。有罪ならば懲役10年程度が予想されていた。2011年より癌の治療を受けていたが、2014年5月初旬に脳卒中になり、呼吸困難や身体の麻痺などの症状を訴えて治療中だったという。2014年5月25日午後3時24分、脳梗塞によりワルシャワ市内の病院で死去。90歳没。
その後1989年6月に行われた部分的自由選挙では「連帯」系候補者が地滑り的な大勝利を収め、8月2日には統一労働者党（共産党）出身のチェスワフ・キシチャク内相を強引に首相に指名したものの、｢連帯｣が認めず組閣に失敗し、その後8月24日に「連帯」出身のタデウシュ・マゾヴィエツキが首相に指名された。ヤルゼルスキ自身は先立って行われた円卓会議での合意の下ポーランドの初代大統領に選出され、1990年12月まで大統領を務め、初の自由選挙で大統領に選出されたかつての政敵、ヴァウェンサにその座を譲って政界を引退した。12月22日のヴァウェンサの大統領就任式には招待されず、ポーランド亡命政府がヴァウェンサにレガリアを引き渡すところをテレビで見る羽目となった。
教皇訪問後の1983年7月には戒厳令が解除され、ヤルゼルスキは社会主義の枠内での経済改革を試みたが、「連帯」率いる労働者からの支持が得られず効果は上がらなかった。その後1985年11月には国家評議会議長に就任したが、同年にソ連ではペレストロイカ政策を押し進めるミハイル・ゴルバチョフが共産党書記長に就任し、その結果ポーランドをはじめとする東欧諸国にも民主化の波が急激に押し寄せた。この様な民主化の波を受け、1989年2月以降数度にわたり行われた「円卓会議」と呼ばれる「連帯」を中心とする反体制側との会議で、上院の新設や下院立候補の制限緩和、「連帯」の合法化などの大幅な民主化政策の実施についての合意を成立させ、民主化への道筋をつけることに成功した。
その後も高まる民主化運動とそれの伴うソ連の内政介入への対抗策として1981年12月13日にポーランド全土に戒厳令を布告したものの、民衆の民主化要求に背くこの行為は、共産圏を除く世界各国から激しい非難を浴びる結果となる。戒厳令中の1983年2月に、史上初のポーランド出身のローマ教皇であるヨハネ・パウロ2世がポーランドを訪問した際には、直接的な批判は避けながらもヤルゼルスキに対し、「人間の顔をした社会主義」を実現するよう強く求めた。修道会寄宿舎で学んだ経歴を持ち、信心深いカトリック教徒であるヤルゼルスキは「この時のローマ教皇との会見がその後の方向転換の大きなきっかけとなった」と後に語っている。なお、ヨハネ・パウロ2世はこれ以降も連帯をはじめとする民主化運動への有形無形の協力と、社会主義政権への圧力を粘り強く掛け続けた。その後ヤルゼルスキは、1981年から1983年まで救国軍事会議議長、1983年からはポーランド軍総司令官となった。
1980年7月に北部の都市・グダニスクで食肉の値上げを原因に起きたストをきっかけに造船所の工員レフ・ヴァウェンサ（レフ・ワレサ）が自主管理労働組合「連帯」を組織し、委員長に就任した。民衆からの民主化への要望が高まる中、ヤルゼルスキは1981年2月に首相に就任。また、同年の10月から党第一書記を兼任することになる。
京都府生まれ。2003年3月、京都大学文学部中国文学科卒業。2004年8月、東浩紀の発行していたメールマガジン「波状言論」に論文を送る。9月に返事を得る。9月30日配信分の「波状言論」16号（9月B号）に福嶋の論文「自然・批評・祈り―舞城王太郎について」の前編が、10月30日に配信された「波状ゲンロン」18号（10月B号）に後編が掲載された。『群像』2005年10月の特集「評論特集11人評論競作」に「コンラッドの末裔たち1900／2000――桜坂洋、平山瑞穂、山崎ナオコーラ論」を寄稿。同大学院文学研究科博士課程研究指導認定退学。2012年「チャイニーズ・イノセンス 1910-1930年代中国における文芸的公共圏の可能性および主体性の諸様式」で京大文学博士。雑誌『ユリイカ』などに論文を寄稿し、同誌上で連載していた「神話社会学」を改稿した『神話が考える ネットワーク社会の文化論』にて2010年3月に単著デビュー。それまでゼロ年代の批評はやや若者向けとみなされがちだったが、同書ではライトノベル・ケータイ小説・ニコニコ動画といったユースカルチャーだけでなく柳田國男やルイス・キャロルなどの古典まで幅広く議論の対象とし、年長者の読者も視野に入れた内容となっている。2014年『復興文化論――日本的創造の系譜』で第36回サントリー学芸賞受賞。2015年立教大学文学部助教。2017年、『厄介な遺産』でやまなし文学賞受賞。同年、准教授。