毎年2月1日から3日にかけて西円堂で行われる。弘長元年(1261年）以来続く伝統行事。本尊の薬師如来座像の前で「薬師悔過」を行う。なお結願の3日、午後7時ごろから追儺式が行われる。西円堂で黒鬼、青鬼、赤鬼が松明を投げ、毘沙門天が現れて鬼を追い払う。薬師寺の修二会と共通するものがある。なお、毎年1月8日～14日法隆寺の金堂では修正会も行われている。この行事は神護景雲2年（768年）にはじめて行われて以来続いており、吉祥天に向かって懺悔する吉祥悔過である。7日間にわたり、晨朝、日中、日没、初夜、半夜、後夜の法要が行われ、国家安隠、万民豊楽、寺門興降の祈願を祈願する。
新薬師寺では、本尊薬師如来の縁日である4月8日に薬師悔過が行われる。夕方5時から東大寺の協力を得て11人の僧侶が「日中」の法要を行い、7時から大松明が11本境内を行道する。その後「初夜」の悔過行が行われる。
通称「花会式（はなえしき）」と呼ばれる薬師寺の修二会は例年、3月30日から4月5日にかけて行われる薬師悔過法である。4月5日は結願法要として、「鬼追い式」が行われている。薬師寺の修二会は、花会式と称されるように、十種の造花が本尊薬師如来にささげられる。これは嘉承2年（1107年）、堀河天皇の皇后が病気になり、その平癒を薬師寺の本尊に祈願したところ回復したので、これに感謝して修二会に梅、桃、桜など和紙の造花を十種類の造花を供えたのが始まりであるといわれている。現在も造花作りは、昔通り寺の縁家の奈良市菩提山町の橋本家と、寺侍の家柄だった奈良市西の京町の増田家によりボランティアの手作業で作成されている。悔過法が終わった5日の夜8時に「鬼追い」がある。松明を持った黒、青、赤、白、黄の5匹の鬼が堂外にあらわれ、大声で叫び堂をかけめぐる。やがて毘沙門天があらわれ鬼を退散させる。修二会の最後に鬼が現れるのは長谷寺のだだおしと共通している。なお、修正会は1月1日から15日にかけて行われ、吉祥天女を本尊とする吉祥悔過を行う。
東大寺では修二会のほかに修正会も行っている。1月7日のみの簡単なものであるが、初夜と後夜に別れ、初夜では如意輪観音に悔過し、後夜では礼仏偈ほか多くの法要が行われる。
東大寺修二会は752年（天平勝宝4年）始められて以来、現在まで一度も途絶えることなく今日まで伝えられている、東大寺がある限り続く「不退の行法」である。「修二会」は1667年（寛文7年）に二月堂が火災で失われたときも三月堂で行われ、物資難から諸々の行事が中止せざるを得なかった太平洋戦争の戦中戦後は特に困難だったが、堀池春峰が用度担当者として食糧や資材の確保、人員調達に奔走し、修二会の中断を防いで評価が高い。戦争中は防火管制や空襲警報で、堂の扉に目張りをして閉じて行をして、水取りに行くのも松明を使えず竹筒にろうそくを立て、前を開けて黒い布を垂らし足元だけ照らして続けた。2011年3月で1260年、1260回を数える。
3月12日、後夜の咒師作法の中で（13日午前1時）、咒師は蓮松明という松明に照らされながら5人の練行衆とともに南側の石段を下りて閼伽井屋（あかいや　別名・若狭井）へ向かう。大勢の参拝者の見守る中、雅楽も奏され、おごそかに行列が進む。途中小さな神社に立ち寄り法要を営んでから、咒師と堂童子と駆士と数人の童子が閼伽井屋に入り香水をくむ。他の5人の練行衆は入口を警備する。香水は閼伽桶とよばれる桶に入れられ榊を飾った担い台に載せられ内陣に運ばれる。香水は須弥壇下の香水壺に蓄えられ、本尊に供えられたり、供花の水として用いられたりする。この水は、若狭の遠敷明神（おにゅうみょうじん）が神々の参集に遅れたお詫びとして二月堂本尊に献じられたと伝えられ、今でも遠敷明神の神宮寺であった若狭小浜市の若狭神宮寺では今もこの井戸に水を送る「お水送り」（3月2日）の行事が行われている。お水取りが終わると咒師作法は再開される。
JR北海道から機関換装および特別保全工事施工済みのキハ40形1700番台気動車9両 (1793, 1796, 1798, 1799, 1807, 1810, 1812, 1814, 1815) が譲渡された。譲渡価格は江差線のその他の鉄道資産も含め総額16億円（税抜）程度の見込みである。そのうち2両 (1793, 1799) については車体の塗装変更と内装の簡易改造を施工し、観光列車「ながまれ号」用の車両として運行されることになった。残る7両は譲渡時点では車体の塗装変更は行われなかったが、2016年7月に1両 (1814) が山吹色に青帯の塗装になり、2017年3月に1両 (1810) が濃緑色の塗装になるとともに「道南の四季」をテーマとする車両外観カラーリングのデザインコンセプトが発表された。2017年6月には濃赤色に山吹色帯の塗装になった1両 (1796)、2017年8月には白地に濃赤色帯の塗装になった1両 (1815) の運行が開始された。2018年6月2日から1両 (1807) が旧国鉄首都圏色（朱色5号）に変更され、最後まで譲渡時のJR北海道の標準塗装で残っていた1798も、2019年3月17日から国鉄急行色となっている。