日本の男子は1992年までコンスタントに金メダルを獲得していたが、後に全日本女子の監督となる吉村和郎がジュニアの監督になってからは、1994年、1996年と金メダルは獲得できずに終わった。その後再び金メダルをコンスタントに獲得することになるが、吉鷹幸春が監督に就いた2006年、2008年はまたもや金メダルを獲得することができなかった。しかしながら、大迫明伸が新たに監督に就いた2009年には、全8階級の内4階級で金メダルを確保することに成功した。その後も2大会続いて過半数で金メダルを獲得するに至っている。一方女子は、大会が始まった1990年こそ金メダルをとれなかったものの、その後はコンスタントに金メダルを取り続け、特に21世紀に入ってからは圧倒的な強さを示している。2009年には男子と同じく8階級の内4階級で金メダルを獲得しただけではなく、2000年に続いての全階級でのメダル獲得を達成した。この勢いは止どまらず、2011年の大会では前年と同じく各階級で2名がエントリーできたがその権利を行使せず、全階級1名しかエントリーしなかったにも関わらず、実に8階級のうち7階級で金メダルを獲得するまでに至った。男子は2017年までに40個、女子は57個の金メダルを獲得しているが、21世紀に入ってからは男子が24個に対して、女子は実に49個もの金メダルを獲得していることからも、女子の活躍が際立っていることが分かる。ただし、今まで男女ともジュニアでは数多くの金メダルを獲得しているものの、2017年現在、シニアにおいてもチャンピオンになった選手は男子で12名、女子は10名に過ぎないことから、ジュニアで大活躍した選手がシニアでも継続して活躍していけるような状況をつくり出すことが、今後の大いなる課題と言えるかも知れない。
1996年の大会までは、大会開催年の12月31日時点で男子は21歳未満、女子は19歳未満がジュニア年齢と規定されていたが、1998年の大会からは男女とも20歳未満となった。さらに、2013年からは男女とも15歳以上21歳未満に変更された。2010年からは各国とも男女各階級で2名の代表を選出できたが、2013年からは男女ともに代表が最大で10名までに制限された。試合時間はシニアの大会と異なり、本戦は4分、延長は2分となる。また、2010年の大会では優勝者に2500ドル、2位に1500ドル、3位に1000ドルが授与された。2013年の大会では個人戦の優勝者に2000ドル、2位に1400ドル、3位に800ドル、団体戦の優勝チームには4000ドル、2位に2800ドル、3位に1600ドルがそれぞれ授与された。2014年からはメダリストの他にそのコーチにも賞金が支給されることになった。そのため、メダリストの賞金は従来より2割減となった(個人戦の優勝者に1600ドル、そのコーチに400ドル、2位に1120ドル、そのコーチに280ドル、3位に640ドル、そのコーチに160ドル、団体戦の優勝チームに3200ドル、そのコーチに800ドル、2位に2240ドル、そのコーチに560ドル、3位に1280ドル、そのコーチに320ドル)。なお、2014年からはシニアに続いてジュニアでも世界ランキングが創設されたことに伴い、このランキングに基づいて各階級のシード選手が決定される。2017年からは世界ジュニアの成績もシニアの世界ランキングにポイントとして反映されることになった。なお、2019年からは2009年以来行われてきた男女の最軽量級である55kg級と44kg級が廃止された。また、開催国は各階級2名出場することが可能となった。
1994年のストライキ以降、高年俸の主力選手を相次いで放出した結果、成績、観客動員ともに低迷し、ここ10年ほどは、ヤンキース、レッドソックスの2強に次ぐ3位がほぼ定位置となっていた（1998年から2003年まで6年連続で地区3位）。この間、カルロス・デルガドやショーン・グリーンといった若手が台頭。1996年には、パット・ヘントゲンがサイ・ヤング賞を獲得し、翌1997年にレッドソックスから獲得したロジャー・クレメンスも、在籍した2年間でサイ・ヤング賞を連続で獲得している。しかしこれらもチームの成績とは結びつかない状況が続いた。2000年にロジャース・コミュニケーションズが球団を買収。2004年には67勝94敗と大きく負け越し、最下位に沈んだ。2005年オフにはJ.P.リッチアーディGMによる一大補強が行われ、A.J.バーネットやトロイ・グロースなど投打の大物を次々と獲得。2006年には、補強選手やそれに刺激された既存選手の活躍、若手の台頭もあり、3地区制になって初めて2位でシーズンを終え、1998年以来長らく続いた2強の一角を崩した。2007年は、新たにフランク・トーマスが加わり、ポストシーズンを狙える位置に近づいたが、打撃陣の不調、故障者の続出もあり、1位レッドソックス、2位ヤンキースから10ゲーム以上離され、進出はならなかった。2008年も序盤はレッドソックスやタンパベイ・レイズに引き離された最下位と低迷、6月20日に監督のジョン・ギボンズを解任し、1992年と1993年のワールドシリーズ連覇時の監督であるシト・ガストンを新監督として招聘した。86勝76敗と勝ち越したが地区4位に終わった。チーム防御率は両リーグトップだった。2009年は投手陣に故障者が続出し、新人主体の先発ローテーションを余儀なくされる。序盤は好調で40試合消化時点では27勝13敗で地区首位に立っていた。しかし、直後に9連敗を喫すると、それ以降は急激に失速し、2年連続の地区4位に終わった。大型契約失敗を繰り返したリッチアーディGMは10月3日に解任され、後任にアレックス・アンソポロスが就任した。オフシーズンにはエースのロイ・ハラデイがフィラデルフィア・フィリーズにトレードされ、チームは再建へと舵を切った。