慶長12年（1607年）、林羅山が長崎から明の『本草綱目』をたずさえて幕府に献上し、慶長17年にその抜萃から『多識編』を編集して以来、有用薬用の動植鉱物を分類・研究する本草学も進歩した。寛永15年（1638年）には幕府によって江戸の北と南に薬園がひらかれている。儒者貝原益軒は日本固有種358種をふくむ日本の物産1,300余種を分類し、宝永5年（1708年）『大和本草』を著して、本格的な実証的博物学へと近づいた。加賀藩の侍医であった稲生若水は、藩主前田綱紀の命を受けて『庶物類纂』を編修し、享保4年（1719年）に綱紀が幕府に献上して、若水の死後は将軍徳川吉宗の命で弟子の丹羽正伯が増補して1000巻の大著となった。両書は物産学・博物学のテキストとして幅広く読まれた。山鹿素行や山崎闇斎などにみられる日本主義は、従来中国が発信してきた国づくりの思想の日本化だけではなく、中国発信の産業や物産の日本化へとつながった。これが享保期の国産物調へとつながり、中国の本草学のデータに頼らない国内生産のしくみの特徴検出やその増進の組み立てに向かうこととなったのである。
1939年、ヨーロッパで第二次世界大戦が勃発。翌年、オランダ本国はナチス・ドイツに占領された（オランダにおける戦い (1940年)）。アジアでは、日中戦争激化に伴い英米は日本に対して厳しい態度で臨むようになり、オランダ植民地政府もいわゆる対日「ABCD包囲網」に加わった。1941年2月初め、日本は東南アジア地域を占領地とした場合を想定して、軍政を研究し始めた。陸軍参謀本部第一部の中に研究班が設けられ、密かに南方占領地行政に関する研究が行われた。3月末、「南方作戦に於ける占領地統治要綱案」を始めとする一連の軍政要綱案が作成され、この研究をもとに同年11月20日付けの大本営政府連絡会議で、東南アジア軍政の「経典」と言うべき「南方占領地行政実施要綱」が策定された。この「実施要綱」の基本は、「占領地に対しては差し当たり軍政を実施し、治安の恢復、重要国防資源の急速獲得及び作戦軍の自活確保に資す」ことに置かれていた。そして、「国防資源取得と占領軍の現地自活の為、民生に及ぼさざる得ざる重圧は之を忍ばしめ、宣撫上の要求は右目的に反せざる限度に止（とど）むるものとす」とされていた。すなわち、日本軍の占領目的は物資確保であり、その結果生ずる犠牲はあげて占領地の民衆に転化するというものだった。したがって独立運動に対しては「皇軍に対する信倚（しんい）観念を助長せしむる如く指導し、其の独立運動は過早に誘発せしむることを避くるものとす」とした。これが「東亜の解放」「英米の支配からの解放」をスローガンに、「大東亜共栄圏」の実現を叫んだ日本の本心だった。続く11月26日には、東南アジア占領地域についての陸海軍の担当地域の取り決めである「占領地軍政実施に関する陸海軍中央協定」が定められ、蘭印地域のうち、スマトラ・ジャワ地域は陸軍担当、それ以外の地域については海軍担当とされた。日本時間の1941年12月8日午前2時15分（真珠湾攻撃の約1時間前）、日本軍は英領マレー半島のコタバルに上陸し（マレー作戦）、太平洋戦争が開戦した。緒戦の南方作戦は日本軍の圧勝であり、翌1942年1月11日には今村均陸軍中将を司令官とする、日本陸軍第16軍の隷下部隊がタラカン島へ上陸し、蘭印作戦（H作戦）を開始。続く2月14日にはスマトラ島パレンバンに日本陸軍空挺部隊が降下して同地の油田地帯・製油所と飛行場を制圧。上述の「重要国防資源」たる南方大油田を掌握し、太平洋戦争の開戦目的を達成した。3月1日にはジャワ島に上陸、同月9 - 10日には蘭印の中枢であるバタビア（現：ジャカルタ）を占領し作戦は終了した。インドネシアにおける日本の軍政については、ジャワ島を3つに分ける省制度を廃止したほかは基本的にオランダ時代の統治機構を踏襲した。州長官に日本人を配置し、オランダ時代の王侯領には自治を認め、ジャカルタは特別市として州なみの扱いとした。軍政の実務は日本人の行政官が担い、州以下のレベルには地方行政はインドネシア人が担当した。同時に日本海軍はボルネオの油田を、日本陸軍はスマトラの油田を保有した。そして日本の統治は、オランダ植民地政府により軟禁され、流刑地にあったスカルノを救出して日本に協力させ、この国民的指導者を前面に立て実施された。スカルノは日本に対して懐疑心を抱いていなかったわけではなかったが、開戦前に受けたインドネシア独立に対するオランダの強硬な態度に鑑み、オランダの善意に期待できない以上、日本に賭けて見ようと考えたのであった。1943年中盤以降、日本はアジア・太平洋地域における戦局悪化の趨勢を受けてジャワ、スマトラ、バリの現地住民の武装化を決定し、募集したインドネシア人青年層に高度の軍事教練を施した。それらの青年層を中心に、ジャワでは司令官以下の全将兵がインドネシア人からなる郷土防衛義勇軍（ペタ）が発足した。このような日本軍政期に軍事教練を経験した青年層の多数は、後の独立戦争期に結成される正規、非正規の軍事組織で、中心的な役割を果たすことになった。インパール作戦の失敗によって、ビルマ方面の戦況が悪化すると、日本は1944年9月3日には将来の独立を認容する「小磯声明」を発表。さらに1945年3月に東インドに独立準備調査会を発足させ、スカルノやハッタらに独立後の憲法を審議させた。同年8月7日スカルノを主席とする独立準備委員会が設立され、その第1回会議が18日に開催されるはずであったが、8月15日に日本が降伏したことによって、この軍政当局の主導による独立準備は中止されることとなった。