城ヶ島砲台の存在により、三崎の住民は城ヶ島を眺めていると官憲に注意されたという。元より要塞地帯であるため、小道1本作るにも軍の許可が必要であった。城ヶ島の存在や地形が地元以外に知られないように軍や警察は留意しており、1928年に発行された三崎漁港修築記念の絵葉書には、城ヶ島が描かれていない。当然ながら、外国人の場合は更に厳しい処置が取られた。築造期間中、貝殻収集目的で城ヶ島に来訪したアメリカ人の大学講師は、城ヶ島からの渡し舟を下船後に乗合自動車乗り場で身柄を確保され、警察署にて取り調べと身体検査・所持品検査を受けた後に嫌疑不十分で釈放された。この時には米国人講師に宿を提供した島民も取り調べを受けており、本件の一部始終が神奈川県知事から内務大臣、外務大臣、陸軍大臣、海軍大臣宛に報告されている。
しかし、城ヶ島砲台は第2砲台の傾斜が徐々に進行するという、砲台としては致命的な欠陥を抱えていた。この問題は竣工8ヶ月後の1927年12月6日、第2砲台の傾斜が火砲履歴規則の「許シ得ヘキ限界」に近づきつつあるとして陸軍兵器本廠長より陸軍大臣に報告された。竣工後の報告にも関わらず「基礎鉄部据付後逐次傾斜しつつあり～」とあり、少なくとも実務レベルでは傾斜の進行を竣工前から認知していた節がある。これは1940年の報告で工事中の測定値が報告されていることでも裏付けられる。翌7日には築城部本部長より砲台の沈下量、付近の土地の移動量、対岸（三崎）に対する城ヶ島の沈下量を毎日測定する暫定処置を取ったことが報告されており、大騒ぎとなったことが窺える。傾斜はその後も増大し、1928年10月4日、傾斜量が遂に規定を超過したことが陸軍兵器本廠長によって報告された。その後も幾度となく状況が報告されたが、1940年3月の報告でも「操砲に支障なし」とされており、最後まで解決できなかったようである。この報告における原因考察では、「軟弱地盤に起因するならば観察可能なはずの諸現象（各部の傾斜角度から発生が推測されるコンクリートのひび割れ等）が見られないことから地耐力は充分であり、不等沈下を来すことは絶対にない」とした上で、主因については「関東地震による異常隆起の後、城ヶ島の局部的な沈降が徐々に進行、砲台周辺の土地もこれに伴って太平洋方向（南方向）に傾斜したと判断する他にない」と結論付けている。関東地震による城ヶ島一帯の異常隆起については#エピソードの項を参照のこと。
建設当時、三崎地区には既に三崎砲台（1921年竣工）が築かれていたが、関東大震災で損壊した。1924年、参謀本部は東京湾要塞復旧建設要領を策定し、ここに城ヶ島砲台の新設が決定した（三崎砲台の修繕、剱崎砲台の新設も同時決定）。1924年10月12日に工事着手し、1927年4月2日付で竣工が報告された。
東京湾要塞の一部として島東部の台地上に設置された沿岸砲台（三崎第3区砲台）。艦砲を転用した砲塔砲台で、1945年の終戦まで存在した。
明治に入り、大日本帝国海軍は1894年に臨時東京湾守備隊司令部（東京湾要塞司令部の前身）を設置し、三崎に監視哨を置いた。1898年、勅令第百七十六号「要塞近傍ニ於ケル水陸測量等ノ取締ニ関スル件」が公布され、次いで1899年に軍機保護法、要塞地帯法が成立する。これによって城ヶ島を含む三浦半島全域が要塞地帯に指定され、三浦半島の観光ガイドブック『三浦大観』が発禁処分になるなど、観光地としての城ヶ島は大打撃を受けた。1905年、日露戦争の最中、海軍は城ヶ島に望楼を設置した。当時、海軍はバルチック艦隊が対馬海峡を通るか、太平洋を抜けて津軽海峡を通るかの進路予測に苦慮しており、この一環であったと思われる。
コモンフォルトは1812年にフランス人の両親の元でプエブラで生まれ、ニコラス・ブラボのもとで米墨戦争に参加し、戦後はアカプルコの税関長の座に着いた。1855年、サンタ・アナの暴政に対し南部の自由主義派領袖(カウディーリョ）であるフアン・アルバレス（Juan Álvarez）がアユトラ綱領を発表して決起したさいコモンフォルトも賛同し、サンタアナを破って首都メキシコシティへと凱旋した。アルバレスは大統領に就任したもののすぐに隠退し、改革の実務は1855年12月11日に大統領の座を譲られたコモンフォルトが行うこととなった。コモンフォルトの下には副大統領ベニート・フアレスやメルチョール・オカンポ、経済学者ミゲル・レルド・デ・テハーダ（Miguel Lerdo de Tejada）など自由主義派のそうそうたる人材が揃い、そのもとでコモンフォルトは改革を実行していった。1857年2月、自由主義的な1857年憲法が制定された。しかし、一連の自由主義的改革にはカトリック教会が強く反発し、保守派の政治家もそれに乗じて巻き返しを図った。1857年12月17日、保守派の将軍フェリックス・マリア・スロアガがフアレスなどを人質にとり改革の撤回を迫った。これはタクバーヤの陰謀と呼ばれる。コモンフォルトは逡巡の末改革撤回を承諾し、保守派へと鞍替えした。これに反対する改革派はフアレスをリーダーとして反乱を起こした。この反乱はレフォルマ戦争と呼ばれる内戦へと発展した。1858年1月21日、スロアガはコモンフォルトを辞任に追い込んだ。その後コモンフォルトはアメリカに亡命したのち、フランスがメキシコ帝国の建設を企てるとその阻止のため再びメキシコに向かい軍を率いて戦ったものの、1863年11月13日に盗賊に襲われ殺害された。