数々の改革を打ち出した黄遵憲であったが、湖広総督張之洞ほかの大官が孔子教や公羊学（くようがく）をめぐって康有為たちから距離を置き始めると、一気に事態が暗転した。1898年(光緒24年)に戊戌政変が西太后（せいたいこう）や袁世凱（えんせいがい）らによって行われ、改革が頓挫したのである。当時黄遵憲は新たな駐日公使として派遣される直前であった。政変の発生を上海できいた黄遵憲は清朝に一転捕縛されるも、イギリスの駐上海総領事や日本公使林権助の口添えにより重罰は課せられなかった。なお日本公使は当時来華していた伊藤博文の指示で動いていた。黄遵憲と伊藤とは黄が駐日参賛時代に面識があり、外交をめぐり対立しながらも個人的には黄を高くかっており、その死を惜しんだためである。譚嗣同ら戊戌六君子は刑場の露と消えたが、黄遵憲自身は免職ですまされ、以後郷里に引退するのである。
日清戦争のさなか、黄遵憲はシンガポール総領事の任を終え帰国したが、以後中国国内の地方官職を歴任することになる。帰国後、張之洞からの依頼により江寧洋務局の總弁を引き受け、未解決の教案（反キリスト教事件）の処理に取り組んだ。日清戦争の敗北はアヘン戦争よりも大きな衝撃を清朝の知識人に与えたが、黄遵憲もその一人であった。戦後、下関条約締結に反対する人々が集まり、富国強兵への道を探る強学会という団体が上海に立ち上げられたが、黄遵憲もそれに参加した。この時康有為（こうゆうい）や梁啓超（りょうけいちょう）と出会い、その政治改革思想に共感するのである。特に梁啓超とは親しく、生涯変わらぬ交友を続けることになる。『日本国志』は皮肉にもこの敗戦によって漸く脚光を浴びるようになり、梁啓超の序を付して増訂版が刊行された。強学会はさして活動するまもなく李鴻章に睨まれて閉鎖され、機関誌『強学報』（きょうがくほう）も停刊を余儀なくされる。しかしすぐさま後継紙として旬刊の『時務報』（じむほう）が創刊された。この『時務報』の設立には深く黄遵憲が関与しており、彼の資金援助によってはじめられたものである。梁啓超を主筆に招き、立憲君主制を宣伝鼓吹する論説や、日本をはじめとする外国新聞雑誌の時事問題記事を翻訳して掲載した。このうち日本の雑誌・新聞からの翻訳には古城貞吉があたったが、彼も黄遵憲が見つけてきた人材であった。雑誌は変法思想を広める媒体として大いに力があり、後の戊戌変法（ぼじゅつへんぽう）を準備するのである。同時期、日本は戦勝の余勢を駆って蘇州・杭州に租界をつくることを要求した。南洋大臣劉坤一のもと黄遵憲は上海総領事珍田捨巳と折衝し新しい条約案を作成したが、清朝上層部によって黙殺された。なお、上記の古城貞吉は珍田の紹介で知り合ったものである。
1993年4月3日、プロデビュー戦を行い、4回判定勝ちの白星でデビュー戦を飾った。11戦無敗のまま1996年10月19日、イースト・ロンドンのオリエント・シアターで南アフリカミニマム級王者リンディー・メナミと対戦したが、10回KO負けで王座獲得に失敗した。1997年12月27日、タイ王国ソンクラー県のプロヴィンシアル・ミリタリー・スタジアムにて、IBF世界ミニマム級王者ラタナポン・ソーウォラピンと対戦した。1期目で12度、2期目で6度の計18度防衛した最強王者は、当時リカルド・ロペスに並んでクラス最強だった。前評判は圧倒的にラタナポンが有利の評価だった。試合が始まると大方の予想通りラタナポンが優位な立ち上がりを見せた。4回にペテロが一瞬の隙をついて形勢逆転、フックの連打から左フックでダウンを奪った。ラタナポンは起き上がるもふらついてロープ際に倒れたためレフェリーがストップ。4回2分0秒TKO勝ちを収め、前評判を覆して大逆転で王座獲得に成功した。1998年3月21日、ファイソル・アカバーと対戦し、12回2-1 (118-110、115-113 、113-115) の僅差判定勝ち。苦戦しながら、薄氷の勝利で初防衛に成功した。1998年7月4日、カーメロ・カサレスと対戦し、7回TKO勝ちで2度目の防衛に成功した。1999年5月29日、カルーセル・カジノで元WBO世界ミニマム級王者エリック・ハミリと対戦し、ボディフック悶絶KOで試合終了。初回1分21秒KO勝ちで3度目の防衛に成功した。1999年12月3日、ファニト・ルビラーと対戦し、12回3-0 (118-110、115-114、118-112) の判定勝ちで4度目の防衛に成功した。2000年6月2日、ミッキー・カウントウェルと対戦し、8回59秒TKO勝ちを収め5度目の防衛に成功した。2000年12月、減量苦を機にライトフライ級に転向し、IBF世界ミニマム級王者を返上した。テスト戦を挟んで2001年9月29日、アメリカデビュー戦としてニューヨークマディソン・スクエア・ガーデンでIBF世界ライトフライ級王者リカルド・ロペスと指名挑戦者として対戦し、8回1分32秒KO負けを喫し2階級制覇に失敗した。なお、この試合を最後にロペスは現役を引退。52戦無敗のままリングを去った。4年間のブランクからの復帰戦として2005年5月6日、ゾリレ・ムンビティと対戦したが、8回0-2 (2者が76-78、77-77) の判定負けを喫し、再起と復帰戦を白星で飾れなかった。2005年12月17日、ニコサナ・ソベシュと対戦し、8回0-3 (3者が74-77) の判定負けを喫した試合を最後に30歳の若さで現役を引退した。