通常の有人チェックインカウンターのほか、自動チェックイン・発券機が用意されている。また、多くの空港において搭乗クラスや航空券の運賃カテゴリー、JALカードCLUB-A会員、JALグローバルクラブ、JMB FLY ONサービスステイタス、ワンワールドエリートステイタスによって、使用できる優先チェックインカウンターが用意されている。航空券の座席予約システム（CRS）はAXESSを利用していたが、2017年11月からアマデウスアルテアを使用している。
国内線、国際線のすべての機材（ジェイエアや琉球エアーコミューターを除く）には、風邪薬や胃腸薬、絆創膏などのほか、機内で急病になった乗客に対し、機内に乗り合わせた医療関係者が処置を行えるように、点滴セットと生理食塩水やブドウ糖液、聴診器や血圧計、日本語と英語の2か国語対応の自動体外式除細動器が搭載されている。また、国際線用機材には胃管チューブやネラトンカテーテル、血糖測定器なども搭載されている。
公益社団法人日本医師会と連携し、機内で具合の悪くなった乗客の応急処置に協力する医師の事前登録制度である。医師がJALマイレージバンク会員で、JAL公式ウェブサイトでの事前登録が必要であるが、医師がどこに座っているかを客室乗務員が事前に把握することで、急病の患者に早く対応できるようになる。同様の制度は、日本の航空会社では日本航空が初めてである。
障害者やけが人、病人などのために、用途や体格差に合わせて用意された空港用車椅子や機内用車椅子。車椅子対応の機内トイレや点字案内、簡易筆談ボードやJALスマイルサポートカウンター（成田国際空港第2ターミナル国際線のみ）、ストレッチャーや医療用酸素ボンベなどが用意されている。なお、一部のサービスは事前予約が必要である。
アメリカの調査会社「Conducive Technology」社が発表する定時到着率において、世界第1位の認定を受けている。2012年1月から12月までの実績では、国内線・国際線の定時到着率が90.35%となり世界の大手航空会社29社の中で第1位の認定（Major International Airlines部門）を受けたほか、合計3部門で世界第1位に認定された。2011年1月から12月までの実績では、コードシェア運航を含むキャリア別ネットワーク部門において世界第1位に認定された。2009年1月から12月までの実績では、世界の主要航空会社46社の定時到着率調査において、日本航空が90.95%で世界第1位となった。
国際線の場合、全てのクラスに『週刊文春』や『週刊新潮』などの週刊誌のほか、『婦人画報』や『an・an』、『BRUTUS』や『MEN'S EX』などのファッション雑誌、『週刊東洋経済』などの経済誌、『SEVEN SEAS』などのクラスマガジンなど数十種類の雑誌、子供向けの絵本や子供向けの漫画単行本も搭載されている。また、『TIME』や『Newsweek』、『The New Yorker』や『VOGUE』などの英語誌、出発地の地元有力誌も搭載されている（路線によって掲載されている雑誌は異なる）。新聞は、ファーストクラスとビジネスクラス、プレミアムエコノミークラスには国主要紙のほか、The Wall Street JournalやFinancial Timesなどの国際経済紙、出発地の地元言語の有力紙や出発国の日本語紙などが搭載されている。国内線の場合、普通席と「クラスJ」には機内誌以外の雑誌、新聞の搭載はないが、子供向けの絵本や子供向けの漫画単行本は用意されている。ファーストクラスには日本経済新聞、読売新聞、朝日新聞、毎日新聞、産経新聞と、The Japan Timesなどの英字紙、スポーツニッポンや日刊スポーツなどのスポーツ紙、中日新聞や西日本新聞など出発地の有力地方紙も搭載されている。
ヨーロッパの都市国家の多くは、ドイツ統一、イタリア統一運動によって、領域国家の機構の中に組み込まれた（ドイツの場合は、それ以前のナポレオンの占領によって、帝国自由都市としての地位を失っている）。それでも第一次世界大戦後にはダンツィヒが国際連盟保護下の都市国家である自由市（自由都市ダンツィヒ）となり、フィウーメやバトゥミも短期間だが自由市とされた。第二次世界大戦後には、トリエステが国際連合の管理下で都市国家（トリエステ自由地域）となることが決まったが実現しなかった。現代ではシンガポール、モナコ等が挙げられる。アラブ首長国連邦を構成する首長国も、アブダビ以外の6か国は極めて狭小であり、都市国家に近い存在である。主権国家ではないが、ドイツ連邦共和国を構成する連邦州であるハンブルクやブレーメン、中華人民共和国の特別行政区である香港やマカオ、ギリシャのアトス山において大幅な自治が認められているアトス自治修道士共和国等も、都市国家に近い存在である。ハンブルク、ブレーメンはナポレオンの占領下でも帝国自由都市の地位を失わなかった歴史を持ち、「自由ハンザ都市」という呼称もあり、正式名称も「自由ハンザ都市ハンブルク」「自由ハンザ都市ブレーメン」となっている。なお、連邦州としての「自由ハンザ都市ブレーメン」は、ブレーメン市とブレーマーハーフェン市の2都市からなる。また、厳密には都市国家とは言い難いが、面積が狭小なジブチ、ナウル、サンマリノも都市国家に準ずる国家であると見なされる場合もある。ジブチやサンマリノでは一国がほぼ首都の経済圏となっており、ナウルは小さなひとつの島で構成されているだけであるからである。ただし、ジブチやサンマリノでは小さいながらも首都以外の行政地区も存在する。逆にナウルでは、そもそも「都市」と呼べるほどの集落が存在しない。バチカン市国も都市国家であるが、カトリック教会の総本山であり、他の都市国家とは性格が異なる、極めて特別な存在である。また行政区域としてはともかく、歴史的、地理的、生活圏としてはローマ市の一部であり、言わば都市国家未満の存在である。