「プレミアムエコノミークラス」は2007年12月から主に欧米の長距離路線向けに導入された。2015年現在は、デリー線やジャカルタ線などのアジア路線や、シドニー線にも導入されている。「プレミアムエコノミークラス」専用のコンパートメントに、97センチのシートピッチを持ち、同クラスとしては世界初の座席の背もたれを完全に倒しても後席のスペースが犠牲にならないシェル型シート「シェルスカイシート」を導入した。同シートにはオーディオ・ビデオ・オンデマンド対応の個人テレビやPC電源、A4サイズのノート型PCに対応した大型サイズのテーブルなどが用意されている。機内食の内容はエコノミークラスと同様であるものの、パイパー・エイドシック社のシャンパンや、「ディーン・アンド・デルーカ」のアイスクリームや、JALですかいシリーズ「うどんですかい」が提供されるほか、専用のブランケットやスリッパ、アイマスク、歯磨きセットなども提供される。詳しい座席仕様や就航路線、機内サービスは JALホームページ から確認できる。
全てのクラスの中で最も安価な価格で提供されており、「エコノミーセイバー」や「JAL悟空」と呼ばれる正規割引運賃のほか、旅行代理店経由での団体割引運賃も提供されている。全てのボーイング777、ボーイング767-300ERと同737-800型機にはシートテレビを備えたシートが設置され、MAGICと呼ばれるオンデマンド型のエンターテインメント設備が導入されている。2008年8月以降にボーイング777-300ERなどの長距離用機材に導入された新シートでは、個人用モニターを9インチに拡大（新造機の767-300ERと777-300ER（ロンドン線）、787-8は10.6インチ）し、ハンモック式のヘッドレストを導入する。シートピッチに変わりは無いが、快適性を犠牲にせずにクッションを薄くしたり、リクライニングと同時に座面自体をスライドさせるスライド式を導入することによって、結果的にシート足元の空間を広くすることに成功した。また、一部のB777-200ER、300ER、B767-300ER、787-8型機には電源設備（Aプラグ型コンセント）が付いている。国際線では座席間隔を広げた便を増やしており、スカイトラックスが発表する2017年の「ベスト・エコノミークラス・エアラインシート」で1位を獲得、2度目の表彰となった。機内食は、日本橋の老舗洋食店「たいめいけん」や「スープストックトーキョー」とのコラボレーションメニュー、スナックコーナーの設定（欧米長距離線のみ）を行うほか、梅酒や日本酒、赤白ワインチョイスなど幅広いメニューを揃えたアルコール類の提供を行っている。詳しい座席仕様や就航路線、機内サービスは JALホームページ から確認できる。
2015年現在はファーストクラスとビジネスクラス、2007年12月にビジネス旅客の多い長距離路線を中心に導入されたプレミアムエコノミー とエコノミークラスの4クラスがある。多くの地方発着路線や短・中距離路線、ハワイやグアム線などのリゾート路線、一部の長距離路線ではビジネスクラスとエコノミークラスの2クラス制になっている。クラスごとにイメージカラーが設定されており、ファーストクラスは赤、ビジネスクラスは紺、エコノミークラスは緑となっている。このイメージカラーは空港カウンターや搭乗券、荷物タグなどにあしらわれている。現行の運航機材の多くは2008年6月10日に発表された座席 をベースとしている。2012年9月13日には、2013年1月から導入する全クラスの最新の座席と機内食を発表している。
1994年4月から実施された新しい日本発国際航空運賃制度にもとづき、エコノミークラスを対象とした正規国際線割引運賃「JAL悟空」を、運輸省（当時）に認可申請し、同月1日から実施した。その後事前購入割引による複数の割引運賃を導入したほか、正規国際線割引運賃をビジネスクラスにも拡大した。
磁気カードでは同種のカードを地域内の各事業者が導入することで複数事業者での共通利用を実現した例が多いが、ICカード乗車券の場合はそれだけではなく、ICカード乗車券を別のICカード乗車券のサービス提供エリアで利用できるサービスが実施されている例がある。例えば､カードAを使用しカードBのエリアを、かつカードBを使用しカードAのエリアで相互に利用できる相互利用（Suica・ICOCA・TOICAエリアなど）がほとんどであるが、カードAを使用しカードBのエリアで利用できるが、カードBを使用しカードAのエリアで利用できない、いわゆる片利用（ICOCA→PASPYなど）の場合もある。2013年3月23日からは、Kitaca・Suica・PASMO・TOICA・manaca・ICOCA・PiTaPa・SUGOCA・nimoca・はやかけんの10種類のカードについて、乗車カードとしての相互利用を開始している（交通系ICカード全国相互利用サービス）。これらは事業者同士の提携によるため、相互利用（以下、片利用を含む）の可否には組み合わせがある。また、乗車券として（交通）・電子マネーとしての相互利用可否にもそれぞれ組み合わせがある（図参照）。カード利用時に受けられるサービスの一部について、相互利用の他のカードではそのサービスを受けられないことがある。なお、鉄道の場合は多くの事業者で、乗る駅・途中の経路・降りる駅いずれも（ICカード乗車券の）同一サービス提供エリア内にある事を前提としている（前述の相互利用ができる場合であっても、サービス提供エリアをまたぐ利用はできない場合が多い）。そのような場合には、現金等またはICカード乗車券を使用して、通常の乗車券等を購入することになる。なお、交通系ICカード全国相互利用サービスにおいて、電子マネーサービスについては、PiTaPaを除く9種類のICカード乗車券での相互利用となっている。これは、PiTaPaの決済方法がポストペイであり、店舗のICカードリーダの仕組みが違うためである。そのため、既存のPiTaPa導入店舗にICOCAの導入が、また一部のICOCA導入店舗にPiTaPaの導入が進められている。