西暦3000年。ミュータント犯罪者ランシックがパワーレンジャーによって逮捕されたが、仲間の助けで脱走し、刑務所を乗っ取って2001年にタイムスリップしてしまう。その過程でレッドレンジャー・アレックスは戦死。彼のモーファーを託されたピンクレンジャー・ジェンは仲間のブルーレンジャー・ルーカス、イエローレンジャー ・ケイティ、グリーンレンジャー・トリップを連れて2001年にタイムスリップするが、レッドレンジャーのモーファーがDNAロックされている為、他のレンジャーも変身できない。アレックスと瓜二つの若者ウェスが仲間に加わったことによりロックは解除され、パワーレンジャーとミュータント犯罪者達の戦いが始まるが、彼らの行動は歴史の改変を招いていた。
『シン』（Sin : 罪）はスピラにおける最大の魔物であり、街や村を襲い殺戮を繰り返す、絶対の脅威。約1000年前の機械戦争の最中に突如現れたとされ、当時の発達した機械文明を破壊し尽くした。本作における主人公たちの最終目標は、この『シン』を倒すことである。巨大な鯨のような姿をしており、海中を移動する事が多いが、地上を歩く事や重力を操り飛行する事も可能。この重力を操る力でバリアのようなものを張ったり、津波や嵐といった自然災害を発生させたり、空間を歪めるほどの強力な重力波を発生させ、宇宙からも跡が確認できるほどの破壊を行う事などが可能。加えて、負った傷を瞬時に回復する再生力を持ち、どの時代の武器でも致命傷にはならず、それが「究極召喚」以外で『シン』を倒すことはできないとされる所以になっている。自らの体の一部（ウロコや皮膚など）を切り離しコケラと呼ばれる魔物として放出することがあるが、このコケラも重力を操る能力を持つことが多い。『シン』は離れていてもコケラを自身の一部のように感じ取れるのか、コケラを回収しに同じ地に訪れるという行動も確認されている。歴史上では、『シン』は5回にわたり究極召喚を使用した召喚士に倒されているが、いずれもその数年後に再び現われている。この『シン』のいない数年間をナギ節（ナギせつ）と呼ぶ。ナギ節を作り上げた召喚士は大召喚士として人々に崇められ、ナギ節もそれを築いた大召喚士の名前を戴き「ブラスカのナギ節」「オハランドのナギ節」などと称される。人々はナギ節を大いに祝うが、その影には必ず『シン』の復活を恐れる心が潜んでおり、人々が完全に『シン』から解放されることはない（この永劫の繰り返しを「螺旋」として見立てたのが「スピラ（ラテン語で『螺旋』の意）」の語源である）。それでも召喚士は、エボンの教えを信じて自分のもたらすナギ節が永遠に続く、すなわち「永遠のナギ節」になること、そうでなくても人々に一時の安息をもたらすことを願って、究極召喚を求め旅を続け、『シン』に怯える人々の希望となっている。『シン』の正体は、召喚士エボンが夢のザナルカンドとエボン=ジュ自身を守るために作り出した鎧のような存在である。基礎的な生誕方法と性質は一般の召喚獣と変わりないが、幻光体に使用する幻光虫の量は他に類を見ないほど膨大である。これはその中心にいるエボン=ジュが、強力な重力魔法により多くの幻光虫を集めているためである。このためダメージを与えてもすぐに幻光虫が集められ、治癒してしまう。究極召喚獣が『シン』を倒せると言われているのは、この幻光虫を分解させられるからである。初代『シン』を除いた『シン』の核は、先代の『シン』を倒した究極召喚獣（後述）であり、究極召喚獣により『シン』が分解されエボン=ジュが剥き出しとなった瞬間に、エボン=ジュは目の前の究極召喚獣を幻光虫レベルで吸収し再構築、新たな『シン』に作り変えてしまう。その時点では、先代よりも幻光虫の量が圧倒的に少なくひ弱であるため、一時的に破壊行動を止めて人々の前から姿を消し幻光虫を集める。この『シン』による破壊が起きなくなる期間が「ナギ節」である。エボン=ジュに乗り移られた究極召喚獣は、少なくともしばらくの間は人間の意識を持ち、ある程度は『シン』の行動に干渉できるようだが、『シン』の本能的な破壊活動自体を防ぐことは出来ず、時間と共に人の意識は消えうせ、心の底まで『シン』となってしまう。『シン』の破壊活動の根底には、かつてザナルカンドを滅亡に追いやった機械戦争が関係する。ザナルカンドの長だったエボンは、ベベルによるザナルカンド滅亡が決定的となった際、召喚技術で作ったザナルカンド=「夢のザナルカンド」を遺すために『シン』を作り、自らはその中心でエボン=ジュという存在になった。『シン』は自身の脅威となる強大な機械文明を排除するため、人が集まり活気のある街や村、強大な機械を発見すると自動的に破壊する。そこには悪意も善意もなく、ただ「夢のザナルカンドを召喚し守り続ける」という意志だけが存在している。エボン寺院の一部はこの事を知っているが公にせず、単に機械を使っていたことが『シン』による破壊、すなわち「人々の罪に対する罰」の原因とだけ民衆に説いてきた。この「人間が犯した罪」とは何なのか具体的には明らかにされていない（寺院側が意図的に曖昧化している）。終盤ではティーダたちによって『シン』は撃墜され、ベベルに向けて落下。都市部に甚大な被害が起こった。『シン』は「夢のザナルカンド」とスピラを自由に行き来することができる。肉体が幻光虫で構成された存在ならば、『シン』に乗って「夢のザナルカンド」とスピラを行き来することができるので、ジェクト親子と死人となったアーロンはこの方法でスピラへとやってきた。