自然科学では、本草学や農学・医学など実用的な学問が発達した。「本草」とは「薬のもとになる草」という意味であり、本草学は元来、自然物（植物・動物・鉱物）を人間に役立てるための学問で、とくに薬用効果を研究する中心とする薬学であったが、しだいに博物学的性格を強めた。元禄前後の時期にあって実学がおこり、ものごとを合理的に考える態度が養われたのは、当時の産業の発達や経済発展に刺激されたことを背景にしており、ここでは実証的研究が尊ばれたのである。そこには朱子学的な自然法の影響も考えられるが、当時にあってそれは必ずしも絶対のものではなく、むしろ相対視され、全体としては分裂していたと見なすことができる。換言すれば、朱子学的な文脈での合理主義は、そのまま近代的な合理主義へは結びつかなかった。朱子学における天円地方説は、ヨーロッパからもたらされた地球球体説や地動説とは相容れなかったし、思弁的な李朱医学の立場は近代における解剖学的な説明とは次元の異なるものであった。共通するのはただ、自然の観察において神秘的な存在、超越的な存在を認めないという、ただ一点であった。言い換えれば、日本においては自然科学的思考は、同時代のヨーロッパのようにキリスト教神学との格闘を通じて確立していくという手続きを経ないで得られたということができる。この時代、急速な進展をみたのは、日常生活の上で効用の大きい数学・暦法・農学・本草学（博物学）・医学だったのである。
ソ連・ロシアでは都市名、人名が主要な命名源となっている。ソ連海軍では「第二十六回共産党大会記念」（Imeni XXVI syezda KPSS、デルタIV型のK-51）や「ムルマンスク青年共産党員」（Murmansky Komsomolets、ヴィクターIII型のK-358に与えられた名誉艦名）のような共産党を称える艦名が見うけられたが、ソ連崩壊後は次々に改名されて、現在のロシア海軍にはほとんど在籍していない。例えばソ連海軍初の本格的空母である11435型重航空巡洋艦の一番艦は設計時点では「ソビエト連邦」(«Сове́тский Сою́з») と命名され、以降「リガ」(«Ри́га»)、「レオニード・ブレジネフ」(«Леони́д Бре́жнев»)、「トビリシ」(«Тбили́си») と次々に改名された挙句に「ソビエト連邦海軍元帥クズネツォフ」（«Адмира́л фло́та Сове́тского Сою́за Кузнецо́в»、通称アドミラル・クズネツォフ）に落ち着いた。同二番艦は「リガ」から「ヴァリャーグ」(«Варя́г») に改名されたがソ連が崩壊しウクライナに未完成のまま中国にスクラップとして売却された。同様にキーロフ級原子力ミサイル巡洋艦は、一番艦が「キーロフ」(«Киров») から「アドミラル・ウシャコフ」(«Адмирал Ушаков») へ、二番艦「フルンゼ」(«Фрунзе») が「アドミラル・ラザレフ」(«Адмира́л Лазарев») へ、三番艦「カリーニン」(«Кали́нин») が「アドミラル・ナヒーモフ」(«Адмирал Нахимов») へ、四番艦が「ユーリ・アンドロポフ」(«Юрий Андропов») から「ピョートル・ヴェリーキー」（«Пётр Вели́кий»、ピョートル大帝）に改名されている。このように現在のロシア海軍ではかつての連邦国家に所属し、現在は独立国家となった国々の地名や共産党に関連する名前を廃し、帝政ロシア時代との連続性を強調する命名を行っている。ソ連では潜水艦に個艦名が無くK-19、K-219の様に番号で呼ばれていた。同一設計からなる艦のグループを指す場合は開発計画番号で呼ばれている。イギリスやドイツでも本来の級名とは別に計画番号で呼ばれることがあるが、ソ連では計画番号のほうが主用されていた。例えば攻撃型原子力潜水艦の現在の主力は971型である。最近のロシア海軍では潜水艦に固有の艦名を持たせているが、これは乗組員の請願によるものであり最初のうちは帝政ロシア海軍に所属していた潜水艦の名前を踏襲した動物の名前を採用していたが最近は海軍に資金援助を行った都市や企業の名前に改名する艦（ペルミ市役所からの援助で改装を行ったヴィクターIII型攻撃原潜B-292など）が多い。80年代には潜水艦に与えるNATOコード名がアルファベットを一巡したため、NATOではコード名に新たにロシア語の単語を用いる事とし、971型がアクラ（Akula、ロシア語でサメの意）と命名され、941型がタイフーン（台風）と命名された。アクラの名前が採用されたことは少なくない混乱を生んだ。すなわちソ連にはアクラの名を持つ開発計画があり、この計画によってタイフーン級が建造された他、後に潜水艦が固有名を持つ事になった時、アクラの個艦名を持つ潜水艦 (K-284) が誕生したためである。ソ連では個々の兵器の名称を非公開としていたため、西側諸国では識別のために北大西洋条約機構が中心となってNATOコードネームを与えて使用していた。ソ連当局でも防諜のために自らの兵器をNATOコードネームで呼ぶことがあった。主要な水上艦艇は例外的に艦名が公開されていたものが多かったが潜水艦に関しては秘匿対象となっていたためコードネームが与えられていた。潜水艦はNATOに識別された順番に英語の単語が与えられていた。命名源は主に通信符牒の単語がアルファベット順に使用された。これらの経緯からNATOコードネームは艦の「型」(Type) であり「級」(Class) ではないとする主張が存在し、実際にそのような書分けを行う資料もある。ソ連では、通常通り1番艦の名称から「級」名を定めていたが、プロジェクト番号やプロジェクト名称の方がより多く使用されている。最近のロシア海軍は情報公開に積極的でソ連時代のように個艦名を秘匿していない。ソ連時代の情報も充分に公開されておりコードネームの必然性は薄れているが、特に艦型・艦級についてはプロジェクト番号では覚えにくいこともあって冷戦時代の多くの文献で用いられていたNATOコードネームの使用を続ける人々も日本では少なくない。