2005年、公明党の元国会議員である伏木和雄、大川清幸、黒柳明の3人が、『週刊現代』に掲載された記事で矢野の手帳を強奪したかのように報じられ名誉を傷つけられたとして、同誌発行元の講談社および同誌編集長、そして記事に実名でコメントを寄せた矢野らを訴えた。東京地方裁判所は2007年12月、原告側の主張を認め、講談社と矢野の行為が名誉毀損に当たるとして同社と矢野に総額660万円（内330万円につき矢野と連帯）の損害賠償金の支払いと、同社側・矢野それぞれに謝罪広告の掲載を命じる判決を言い渡した。同裁判には、矢野が3人に対して自身の手帳の返還を求める訴訟も併合されていたが、同判決は「被告矢野は、原告らの求めに応じ、自らの意思に基づき、本件手帖等を交付し、被告矢野宅内を案内したことが認められ」と請求を棄却。矢野は控訴した。東京高等裁判所で行われた控訴審では、逆に週刊現代による3人への名誉毀損を認めないどころかプライバシーの侵害だとする矢野の主張を全面的に認め、持ち去った手帳の返却と合わせて300万円の支払いを命令。逆転敗訴となった3人は上告するが、2009年9月1日、最高裁判所第3小法廷は控訴審判決を支持、上告を受理しない決定を下し、実質矢野の勝訴、創価学会の敗訴が確定した。この件では、さらに2009年6月、大川、伏木、黒柳の3人が、矢野が出版した著書『闇の流れ 矢野絢也メモ』『黒い手帖』に記載された虚偽の記述で名誉を毀損されたとして、発行元の講談社と矢野らを相手に6600万円の損害賠償と謝罪広告の掲載、販売差し止め等を求めて東京地裁に提訴した。訴状では、矢野が2冊の著書の中で、3人が2005年に矢野宅を訪れて手帳を強奪したり家捜したりしたと記載したことは虚偽と指摘した。また、当時のやり取りを録音した音声データをめぐり、矢野が著書で「改ざんされたもの」と記載したことにつき、ICレコーダーの製造元であるソニー株式会社によるデータ解析で「編集が行われた形跡は確認できない」と報告された点を挙げている。3人は同日、「新潮45」2009年6月号の記事についても同様に名誉毀損にあたるとして、3300万円の損害賠償等を求めて東京地裁に提訴した。
公明党を離党後、矢野は複数の訴訟を抱えるようになった。以前所属した創価学会や公明党元幹部らとの間で訴訟合戦が繰り広げられたが、2012年2月に双方が裁判所の勧告を受け入れたため、矢野は4件すべての訴訟を取り下げた。
2月のグランドスラム・パリの2回戦で、今まで日本の選手がなかなか勝てなかったルペティに対して、1991年の世界選手権86キロ級決勝で岡田弘隆がきめたような非常に豪快で力強い小内刈で一本勝ちすると、3回戦でも世界選手権2位で52キロ級から階級を上げたポルトガルのテルマ・モンテイロを判定で破るも、準決勝でギリシャのユリエッタ・ブクバラに払腰を返されて技ありを取られて敗れ、3位にとどまった。翌週のワールドカップ・ウィーンでは、準決勝でオリンピックチャンピオンであるイタリアのジュリア・クインタバレに指導2で優勢勝ちすると、決勝でも帝京大学の3年先輩であるコマツの宇高菜絵に隅返で技ありを取って優勢勝ちを収めて優勝を果たした。さらに翌週のグランプリ・ハンブルクにも出場したが、準決勝でモンテイロに朽木倒で一本負けして3位に終わった。このヨーロッパ遠征では3連戦をこなして、3位、優勝、3位とまずまずの成績を残した。しかし、本人は3連勝できなかったことに大きな不満を抱いた。4月の体重別では準決勝で三井住友海上の徳久瞳を袖釣込腰で一本勝ち、決勝でも宇高菜絵を判定(3-0)で破り、今大会2連覇を達成して世界選手権代表に選ばれた。5月にはグランドスラム・モスクワにも出場して、準決勝ではモンテイロをGSの末判定(3-0)で破ると、決勝でもハンガリーのヘドヴィグ・カラカスから小外掛で有効を取って優勢勝ちして優勝した。6月の全日本学生優勝大会では、5戦4勝1分けの大活躍で帝京大学の優勝に大きく貢献した。優勝候補として臨んだ8月の世界選手権では、初戦を指導2勝ち、3回戦を袖釣込腰で一本勝ちするが、準々決勝では世界ジュニアチャンピオンであるブラジルのラファエラ・シルバ相手に指導2を取って優勢に試合を進めながら、ラスト30秒くらいのところで釣り手を取りにいった時に右手の甲を負傷して、釣り手がほとんど使えなくなるも、何とか優勢勝ちした。その後、準決勝ではフランスのモルガネ・リボーと対戦するが、右釣り手が相手の柔道衣を掴めないため試合にならず、大腰で一本負けした。3位決定戦にも出場するが、やはりこの状況では試合にならず、カラカスに掬い投げで一本負けして5位に終わった。帰国した後に検査を受けると、世界選手権で負傷した右手の甲は骨折していたことが判明した。まだ怪我も完治していないなか出場した11月の講道館杯では、準決勝で佐藤愛子にGSまでもつれこむが払腰で有効を取って勝つものの、決勝では宇高菜絵に終了間際の豪快な大外刈で一本負けして2位に終わった。12月のグランドスラム・東京では準決勝で佐藤愛子をGSの末判定(3-0)で破るが、決勝では徳久瞳に開始早々、内股で技ありを取られ指導2まで取って反撃するものの、結局優勢負けして2位に終わった。