2000年、遠藤雅大がKVメヘレンに移籍し、ベルギーリーグでプレーした初の日本人選手となる。2002年、日韓ワールドカップで日本とベルギーが対戦し、その試合で得点を挙げた鈴木隆行がヘンクに期限付き移籍。ヘンクでは得点は挙げられなかったものの、2003年に期限付き移籍したヒュースデン＝ゾルダーで得点を挙げてベルギーリーグ初の日本人得点者となった。2010年、当時・日本代表GKの川島永嗣がリールセSKへ移籍し、レギュラーとして活躍。2012年にはスタンダール・リエージュに移籍し、2013年には川島の他にも小野裕二と永井謙佑が同時期にリエージュに在籍した。2017年、日本のECサイトを運営するDMMグループがシント＝トロイデンVVの経営権を取得したことを発表。その影響もあり、冨安健洋や遠藤航、鎌田大地など多くの日本人選手が所属し、レギュラーとして活躍。シント＝トロイデン以外でも、同時期に森岡亮太や豊川雄太が活躍し、日本人選手の評価がベルギーで上がり、日本人若手選手の多くが移籍するリーグとなっている。
リーグは1945-46シーズンに再開され、KVメヘレンがタイトルを獲得した。このシーズンはファーストディビジョンのクラブ数が16から19になり、3クラブがファーストディビジョンに昇格して、降格したチームはなかった。得点王賞もこのシーズンから導入され、KVメヘレンのベルト・デ・クレインが受賞した。2シーズン後、5クラブが降格して、2クラブが昇格した。1946-47、主軸ストライカーのジェフ・メルマンスを擁するRSCアンデルレヒトワが初めての優勝を果たした。同クラブはベルギーサッカー界を席巻し、その後9シーズンの間に6度タイトルを獲得した。残りのタイトルはKVメヘレン (1947-48シーズン) 、FCリエジョワ (1951-52・1952-53シーズン) が獲得した。1954年、ファーストディビジョンで前暦年において最も優れた選手に贈られるベルギー・ゴールデン・シューが始まった。1950年代後半、スタンダールは1957-58シーズンに初めてトロフィーを掲げると、彼らは1982-83シーズンまでに8タイトルを重ね、やがてリーグ内でアンデルレヒトの最大のライバルとなっていった。1950年代後半のほかのタイトルはロイヤル・アントワープとアンデルレヒトが獲得した。1960年代にはポール・ヴァン・ヒムストのアンデルレヒトが6回（1963-64から1967-68シーズンにかけてベルギー記録となっている5連覇を含む）、スタンダールが3回、リールセが1回優勝した。スタンダールはキープレイヤーのウィルフリート・ファン・モールとともに1968-69シーズンから3連覇した。1974-75シーズンは20ものクラブが参加したリーグ史上唯一のシーズンだった。ベルギーのクラブは1970年代からヨーロッパのカップ戦で良いパフォーマンスを見せ始めた。1975-76シーズンにはアンデルレヒトがカップウィナーズカップに優勝し、クラブ・ブルッヘはUEFAカップで準優勝した（決勝でリヴァプールFCに敗れる）。1976-77シーズンにはアンデルレヒトがカップウィナーズカップで準優勝し（決勝でハンブルガーSVに敗れる）、1977-78シーズンにはアンデルレヒトがカップウィナーズカップで2度目の優勝、クラブ・ブルッヘがチャンピオンズカップで準優勝した（決勝でリヴァプールFCに敗れる）。1970年代のベルギー・ファーストディビジョンでは、クラブ・ブルッヘが4回、アンデルレヒトが2回、ヨハン・ボスカンプを擁するR・ホワイト・デアリング・モレンベーク（デアリング・クラブ・ド・ブリュッセルの後身）、ゴールキーパーのジャン＝マリー・プファフを擁するKSKベフェレンがそれぞれ1回優勝した。
新大関の2002年（平成14年）1月場所では初日から11連勝、13勝2敗で初の幕内最高優勝を果たし、一躍「横綱候補」へと躍り出た。2003年11月場所でも優勝(2回目)。しかしチャンスを生かせず(2002年3月場所と2004年1月場所で綱取りに挑むも失敗)、その後はもともと体が硬いためもあってか怪我を多発して復活と怪我を繰り返し、それにより2004年（平成16年）7月場所と2005年（平成17年）1月場所に、大関から2回も関脇へ陥落する屈辱を味わう。しかし、2回共に関脇の地位で10勝以上の好成績をあげて、各1場所で大関特例復帰を果たした。なお関脇転落の後、大関に2度も返り咲いた力士は栃東が大相撲史上初めてで、2019年（平成31年）現在も栃東ただ一人のみである。なお、大関昇進の頃から既に脳梗塞の予兆である頭痛が時々発生していたが、この時期の健康診断では異常が指摘されず、本人も「一時的なもの」と我慢していた。おっつけで攻める技術は一級品で、2004年7月場所左肩の怪我で左からの攻めが出来なかったため、右からの攻めで朝青龍に勝ち初日からの連勝を10連勝でストップさせる。2005年3月場所も左右のおっつけで朝青龍に勝ち、初場所からの連勝を27連勝でストップさせている。若い頃から稽古の鬼であったが、硬い筋肉をつける稽古のしすぎで故障を招いているため、稽古量を抑えたらどうかと指摘を受けた。そのため体を休ませながら稽古をするとともに大相撲に適した柔らかい筋肉に肉体改造をしたことが功を奏し、2006年（平成18年）1月場所では14勝1敗の好成績で13場所ぶり3度目の幕内最高優勝を果たした。なお、この栃東の優勝を最後に同年3月場所以降、2016年（平成28年）の初場所において琴奨菊が優勝するまで日本出身力士の幕内最高優勝は10年間出なかった（いわゆる「ウィンブルドン現象」と言われる）。横綱昇進を期待された同年3月場所では、序盤における下位力士への取りこぼしがたたり優勝を逃し横綱昇進が見送られた。ただし、終盤に大関昇進が確実な関脇・白鵬や優勝した横綱・朝青龍を本割の土俵で破っての12勝3敗という内容が評価されて、翌5月場所に横綱昇進の可能性を残した。3月場所中に足を痛めてしまい、5月場所では更に怪我が悪化して左膝半月板損傷により休場に追い込まれた。朝青龍が一人横綱になって久しいこともあり、3代若乃花以来8年ぶりの日本人横綱の誕生を多くの相撲ファンに期待され、また当時全盛を誇っていた朝青龍に唯一まともに渡り合える日本人力士だったため、横綱審議委員会も「13勝なら昇進させても良いし、12勝でも優勝なら検討する価値はある」とかなり甘めの昇進基準を提示していたが、それに応えることはできなかった。