1998年に国内1部リーグスーペル・リーガの審判を務める。2003年にFIFAのライセンスを取得し国際審判員として活動している。副業はファイナンシャル・アドバイザー。母語であるポルトガル語の他に、第二言語として英語を使用できる。2004年にUEFAカップでヨーロッパ主要国際大会の主審を努めると、以降UEFAチャンピオンズリーグやUEFAヨーロッパリーグの多くの試合で主審を務めている。2010-11シーズンにはポルトガルサッカー連盟から最優秀審判賞に選ばれた。また、2012年5月17日には、UEFAチャンピオンズリーグ 2011-12 決勝の主審を務めることがUEFAから発表された。また、UEFA EURO 2012では決勝戦の主審を務めた。
長兄のチャールズ・シーガー三世は電波天文学者、次兄のジョン・シーガーはマンハッタンのダルトンスクールで長年教鞭をとった。異母妹のペギー・シーガーも有名なフォーク歌手であり、英国のフォーク歌手イーワン・マッコールの未亡人である。異母弟のマイク・シーガーはニュー・ロスト・シティ・ランブラーズの結成メンバーであり、同じく結成メンバーの一人であるジョン・コーエンは異母妹ペニー・シーガーと結婚した。ピート・シーガーは1943年にトシ・アーリン・オオタと結婚した（トシはドイツで日本人の父とアメリカ人の母の間に生まれ、生後間もなくアメリカに渡った日系アメリカ人で、2013年に91歳で亡くなった）。シーガーは自分のその後の人生が可能になったのは妻の助けがあったからだと述べている。夫妻の間には、3人の子ども、ダニエル、ミカ (Mika Seeger。写真家、映像作家として成功した)、ティニャがあり、孫には、タオ、キャシー、キタマ、マラヤ、ペニー、イザベルがいる。孫のタオ・ロドリゲス＝シーガーもフォーク歌手であり、ザ・ママルズで、ギター、バンジョー、ハーモニカなどを演奏し、歌っている。孫のキタマ・ジャクソンはドキュメンタリー映画作家で、公共放送サービスのドキュメンタリー番組の制作に携わっていた。晩年はニューヨーク州フィッシュキル (Fishkill) のダッチェス・ジャンクションという集落に住んでいた。1949年に当地に土地を購入したシーガー夫妻は、最初はトレーラーに住み、その後自分たちで築いた丸太小屋に移り、さらに大きな家に移った。シーガーはユニテリアン・ユニヴァーサリズムを実践するニューヨーク教会に参加しており、ユニテリアン・ユニヴァーサリスト協会の集会などでたびたび演奏を披露している。
シーガーは、1966年に環境保護団体“Hudson River Sloop Clearwater”の創設に参加して以来、この組織に長く関わっている。この組織は当時からハドソン川の水質汚染を取り上げて、その改善に取り組んできた。その取り組みの一環として、帆船（スループ）「クリアウォーター（Clearwater）」が1969年に建造され、処女航海ではメイン州からニューヨーク市のサウス・ストリート・シーポート博物館へと回航し、そこからハドソン川を遡上した。この処女航海の乗組員の一人だったドン・マクリーンは、トマス・B・アレンのスケッチを収録した「Songs and Sketches of the First Clearwater Crew」という本を仲間と編集したが、シーガーはこの本に序文を寄せている。シーガーとマクリーンは、1974年のアルバム『Clearwater』の「Shenandoah」で共演している。帆船「クリアウォーター」は、ボランティアやプロフェッショナルな船員が乗り込んで、ハドソン川を定期的に航行し、主に学校を対象とした環境教育プログラムを実施している。「グレート・ハドソン・リバー・リバイバル」、通称「クリアウォーター」は、ハドソン川に面したクロトン・ポイント公園で毎年開催される2日間の音楽祭である。これはもともと、シーガーと仲間たちが「クリアウォーター」を建造するための資金を集めるために行ったコンサートがきっかけで始まったものである。1969年にシーガーは、当時汚染されていたハドソン川のことを歌った「That Lonesome Valley」を作って演奏したが、彼のバンドのメンバーたちも「クリアウォーター」を記念する曲をいろいろ作り、演奏した。
日本語は日常会話であれば理解できたものの、読み書きはほとんどできず、細かな表現にはつたない部分もあった。与那嶺の日本語があまり上達しなかったのは、野球の練習に専念するために日本語の勉強の時間を惜しんでいたためとされる。中日監督時代の遠征の際、ある選手が門限を破って帰ってきたのを見付けた与那嶺は、「今晩は、寝ないで反省しろ!」と叱り付けたかったのを上手く言えず、「こんばんは」を何度も繰り返すばかりで言葉が先に進まず、結局何も言えないまま自室に帰してしまったことがある。周りにいた者たちは「なぜ監督は挨拶していったのだろう?」と不思議がったという。ただし本人も何も対策しなかったわけではなく、周囲の人に新聞を読み伝えてもらうことにより、スポーツ紙記者の考えなどはきちんと頭に入れていた。野球に対する姿勢は厳しかったが、日常では非常に大らかでアットホームな優しさを持っていた。谷沢健一は与那嶺の監督時代の思い出として、「開幕戦の前や移動日に家に全員招待してくれて、与那嶺夫人の手料理を振る舞ってもらって、息子さんや娘さんも歓待してくれた。そうやってチームの和ができていった。なかなか日本の監督さんにはないタイプだった」と語っている。与那嶺の監督時代にエースだった星野仙一は。「与那嶺さんに怒られたことは一度もない。懐の深い、米国の合理性と義理人情を両方持っている」と評したこともある。現役引退後サラリーマンと解説者をしていた権藤博を二軍投手コーチで招聘しており、権藤は与那嶺について「現場復帰への道を開いてくれた恩人」、「熱い思いと行動力、そしてアメリカの合理主義を併せ持つ生き様は私の描く理想の野球を具現化する存在」と述べている。1950年代前半頃、広島総合球場での対広島戦で小競り合いになると地元の広島ファンが降りて来たが、その中にヤクザがいて、「与那嶺、町中を歩いていたらぶっ殺すからな!!」と脅された。この体験は本人にとってトラウマになっていたらしく、後々まで「広島はヤクザが多くてホント怖いヨ」と口にしていた。