ボルヒェンが現在の構成になったのは1969年になってからであった。この町の前身の集落は、元々はザクセン公領のパーダーボルン司教の世俗勢力下にあった。14世紀から神聖ローマ帝国内にパーダーボルン司教領が形成され、16世紀からはニーダーライン＝ヴェストファーレン帝国クライスに属した。1802年/1803年にこの司教領はプロイセン王国に支配された。プロイセンは1807年にエルベ川左岸側のすべての領土を放棄しなければならなかった。放棄された領土は短期間ではあるがヴェストファーレン王国を形成した。この王国は1813年に瓦解し、領土は1815年に再びプロイセンに戻された。この際に新たな行政機構が布かれ、これを改変する形で現在も機能している。この地域は、1815年、新たに創設されたヴェストファーレン州内のミンデン行政管区に属すこととなった。1816年の郡の新設に伴い、アルフェン、ノルトボルヒェン、キルヒボルヒェン、デーレンハーゲンはパーダーボルン郡の一部となり、アムト・キルヒボルヒェンに属した。エッテルンはビューレン郡に編入され、1974年までアムト・アッテルンに属した。1984年に新しい町役場が設けられたため、ボルヒェン町はその中心地をキルヒボルヒェン地区に移した。
11世紀中ごろから14世紀中ごろまでの時期は「中世盛期」あるいは「スコラ学の」時代として知られる。一般的にイタリアの哲学者、神学者、教会職員のカンタベリーのアンセルムス(1033年 - 1109年)に始まるということで合意されている。彼は神の存在の存在論的な証明を初めて定式化した人物として有名である。13世紀から14世紀初期にかけての時期は概してスコラ学が盛んだった時期として知られている。13世紀初期はギリシア哲学復興の絶頂が見られた。翻訳の学派はイタリアやシチリア、そして徐々に残りの西ヨーロッパでも成長していった。バースのアデラードはシチリアやアラブ世界を旅行し、天文学や数学の文献を翻訳した。その中には『ユークリッド原論』の初めての完訳も含まれる。力のあるノルマン人の王は自身の威信を示すためにイタリアやほかの地域から知識人を自分の宮廷に集めた。13世紀半ばのモエルベケのヴィレムによるギリシア哲学の文献の翻訳・編集は、古代哲学の、特にアリストテレスの明確な描写を行う助けとなった。それは、西ヨーロッパの人々がかつて依拠していたが、プラトンの哲学体系とアリストテレスの哲学体系の関係を歪ませ、曖昧にしていたアラビア語版のものより明確であった。それに続く注釈の多くの基盤となった。 この時期にはヨーロッパの大都市で大学が発達した。当時の大学では入学者はまず学芸学部に入学し、リベラル・アーツを学んだ。そして所定の課程を修了して学芸学部教師の学位を取得した者だけが上級の三学部(法学、医学、神学)に進学できる仕組みになっていた。また、この大学教育において哲学とは学芸学部で教えられるリベラル・アーツの謂いであった。そのため、神学教授になるためには必ず学芸学部教師(つまり哲学教師)でなければならないので、神学者たちにとって哲学は神学の基礎としてなくてはならない学問であった。一方で神学部に進学せず学芸学部教師にとどまった者たちは哲学は神学から自立しているべきだと考えた。この時代の哲学と神学の対立とは、哲学部(学芸学部)と神学部の対立であった。一方で互いにライヴァルとなる、教会を含む聖職者の修道会が教育生活の中心を政治的・知的に監督することをかけて争い始めた。この時期に設立された二つの主な修道会はフランシスコ会とドミニコ会である。フランシスコ会は1209年にアッシジのフランチェスコが始めた。13世紀半ばの彼らの指導者はボナヴェントゥラで、彼はわずかなアリストテレス的要素と多くのネオプラトニズム的要素を取り入れつつヒッポのアウグスティヌスの神学とプラトンの哲学を擁護した伝統主義者であった。アンセルムスに続いて、ボナヴェントゥラも哲学が宗教的信仰の光に照らされたときのみ理性は真理を発見できると考えた。他にフランシスコ会の重要な著述家としては、ヨハネス・ドゥンス・スコトゥス、ピエール・オリオール、オッカムのウィリアムがいる。対照的に、ドミニコが1215年に立てたドミニコ会は理性を使うことをより重視し、東方や当時ムーア人が支配していたスペインからもたらされた新たなアリストテレスの文献を広範囲に利用した。この時期のドミニコ会で思想に関して重要な人物の代表はアルベルトゥス・マグヌスと(特に)トマス・アクィナスである。トマス・アクィナスによるギリシア的合理主義とキリスト教の教義の技巧に富んだ統合は徐々にカトリック哲学の輪郭を決めていった。アクィナスは理性と議論過程をより重視しており、最初にアリストテレスの形而上学や認識論に関する著作を利用した人々のうちの一人であった。これは、初期スコラ学の多くを支配していたネオプラトニズムやアウグスティヌスの思想を大きく外れたものであった。トマス・アクィナスは、注釈者イブン・ルシュドの言う「過ち」に陥らずにアリストテレス哲学を取り入れる術を示した。フランシスコ会とドミニコ会はどちらも大学と結びついた。設立されたばかりの頃のパリ大学に入学し、その後神学教授になっていたヘールズのアレクサンデル(1185年頃-1245年)がフランシスコ会に入会したため、それ以降フランシスコ会士がパリ大学の神学教授の座を確保することになった。一方、ドミニコ会士のクレモナのロランドゥス( -1259年)が1229年に神学教授になり、さらにロランドゥスの師で既に神学教授であったサン・ジルのヨハネス( -1253年)が1230年にドミニコ会に入会し、ドミニコ会もパリ大学神学教授の座を二つ確保した。13世紀半ばにはパリ大学神学教授の大部分が修道会の会員であったという。しかし13世紀末には両修道会とも独自の教育機関を設立するようになった。