機内誌として『SKYWARD（スカイワード）』があり、日本語記事のみの国内線版と、日本語・英語記事併記（一部案内については韓国語、北京語、広東語表記もある）の国際線版が用意されている。同誌は一部の書店でも販売されているほか、定期購読も可能である。国際線の場合、あわせてファーストクラスとJALグローバルクラブ会員向け配布用の『AGORA（アゴラ）』も搭載されるほか、ファーストクラスとビジネスクラス乗客に無料配布される地図とレストランリスト、観光やエンターテインメイント情報が掲載された主な就航都市のガイドブック『JAL GUIDE』、一部路線ではJALホテルズの情報誌である『ファウンテンズ』も搭載されている。これらの機内誌は無料で持ち帰りが可能である。
2015年現在、国際線の全機材の全クラスで個人用液晶テレビが設置されており、オンデマンド形式によるビデオ・オーディオおよびビデオゲームプログラム、映画(jal mooove!)を提供している。国際線の個人用エンターテイメントシステムはMAGICと名付けられており、2018年現在運用されている機材においては、導入時期によって「MAGIC Ⅲ」から「MAGIC Ⅵ」まで4タイプが存在している。また国内線では日本エアシステムから引き継いだ7機のボーイング777-200型機に個人用液晶テレビが設置されていたが、順次日本航空仕様の座席に改装されて、2013年までに消滅した。
国内線全クラスで、ジュースやコーラ、温かいお茶と冷たいお茶、コーヒーやコンソメスープ、ミネラルウォーターなどの複数の飲み物が無償で提供されている。国際線の飲み物サービスは、全てのクラスで国内線と同じくソフトドリンクやお茶、コーヒーなどのノンアルコール飲料の無償提供に加え、ワインやビール、ウイスキーなどのアルコール類も無償で提供している。
2011年から「JALの新しい機内食」と題し、日本の厳選された食材をふんだんに取り入れた機内食メニューを展開するほか、スープストックトーキョー、たいめいけん、モスバーガー、吉野家、日清食品といった日本企業とのコラボレーション企画を行うなど、日本品質のサービスに力を入れている。一部区間を除く国際線と国内線ファーストクラスで提供されており、メニューは路線や機内クラスによって異なる。国際線では通常の機内食のほかに、糖尿病食や低カロリー食、低たんぱく食等の特別食や、ヒンドゥー教やイスラム教、ユダヤ教徒やベジタリアンなどのための機内食、12歳以下の子供用や幼児用の機内食も用意されている。これらの特別機内食を希望する場合は事前の予約が必要である。なお、最新の機内食については、ホームページで随時更新されている。日本航空公式ホームページ ビジネスクラス機内食紹介
国内線には日本採用の客室乗務員しか乗務しないものの、多くの国際線の路線においては日本採用の客室乗務員のほかに、香港採用、上海採用、シンガポール採用、バンコク採用（旧JALウェイズから転籍）、台北採用（旧日本アジア航空から転籍）、ヨーロッパ採用（フランクフルトとロンドン）の客室乗務員が在籍し、各採用地を拠点に乗務している。また、サービス等は行わない機内通訳として、ソウル採用のスタッフも韓国線の一部に乗務している。これらの客室乗務員は日本語や英語の訓練も受けており、現地語以外にも日本語や英語で基本的な会話が可能である。日本ならではの丁寧できめ細かいサービスは国際的に高い評価を受けている。過去には一部の国際線において、女性客室乗務員による着物着用のサービスが行われていた。特注のツーピース着物であったものの、機内で着用の手間がかかる上に緊急時の対応に支障が出ることなどにより1980年代後半に廃止された。
機内最前部に、日本の航空会社の国内線専用シートとしては最大の占有スペースを持つ、前後ピッチ130cm、座面幅53cm、ひじ掛け幅33cm、最大42度のリクライニング角の、レッグレストとフットレストが装備された本皮シートを設置する。また、この専用シートは大型パーティションを持つほか、ノイズキャンセリング機能付きヘッドホンや専用のスリッパ、ブランケット、クッションも提供する。
出発時には専用チェックインカウンターや「ダイヤモンド・プレミア ラウンジ」（羽田空港・新千歳空港・伊丹空港）、「サクララウンジ」（それ以外の空港）を用意するほか、専用のセキュリティーゲートの利用や優先搭乗、手荷物の無償上限の40キロへの引き上げや到着時の手荷物の優先手渡しサービス、区間マイルの50%割増加算を提供する。
2000年7月に、図書館流通センターが母体となり設立した株式会社ブックワンにより運営開始。自社（ビーケーワン）サイトによる自社販売の他、三省堂書店（提携サイトに移行）、独ベルテルスマンによるBOL日本（廃止）、えきねっとbooks（廃止）などのオンライン書店事業を運営受託し、それらサイトと自社流通インフラを一体化した運営を行っている。2006年3月に、ブックワンは株式会社図書館流通センター(TRC)に吸収合併され、同社の運営となった。情報システムは富士通製。2010年2月に、黎明期より洋書の取り扱いで業務提携関係にあった丸善とTRCが事業持株会社傘下に入る形での経営統合が行われ、両社はCHIグループ株式会社へ株式移転された。丸善が上場会社であった流れからCHIは新規上場となっている。それ以前のTRCは非公開会社のため詳しい業績や株主の出資比率等は具体的に発表されていないが、創業時よりシステム投資などのインフラ整備がかさみ、売り上げが損益分岐点を下回り赤字決算が続く事態が続き、2006年に債務超過に陥っていたことが判明している。2012年に、図書館流通センターの実質的な親会社である大日本印刷グループとNTTドコモの合弁会社トゥ・ディファクトが運営する電子書籍販売サイト「honto」と同年5月中旬に統合することが発表された。同年5月1日より運営会社がトゥ・ディファクトへ移管し、同月17日に「honto」に統合された。オンライン専業書店の競合会社として、Amazon.co.jp、セブンネットショッピング（旧:セブンアンドワイ←イーエスブックス=7&iとヤフージャパンの合弁事業で現在は7&iの連結子会社）、Honya Club.com （旧：本やタウン、日販直営）、e-hon （トーハン直営）、ブークス（寺田倉庫系）などが挙げられ、実店舗と兼営している会社としては、JBOOK（文教堂書店）や紀伊國屋書店などがある。