東洋史学分野における京都学派は、京都帝国大学教授だった内藤湖南、桑原隲蔵（人文研の桑原武夫の父）、羽田亨を創始者とし、他に狩野直喜、矢野仁一等がいる。弟子に宮﨑市定、田村実造、三田村泰助、谷川道雄、ほか多数の東洋学者たちがおり、京大人文研の一角をなした島田虔次、川勝義雄、吉川忠夫（吉川幸次郎の子）等もいる。その特色は、内藤が提唱し、宮﨑らが発展させた時代区分の唐宋変革論である。秦漢時代までを上古（古代）、魏晋南北朝隋唐時代を中世、宋以降を近世、アヘン戦争以降を近代とする四時代区分法を中心に中国史の研究を展開した。大戦後には、前田直典ら唯物史観を基にした時代区分法（唐中期までを古代とし、宋以降を中世とする）を唱える学者たち（東京学派・東大派・歴研派と呼ばれる）との間で激しい史学論争が行われた（時代区分論争）。
下村寅太郎は人文研の活動に対し、「桑原武夫などの音頭とりで形成された集団であって、何ら思想もなく中心となる思想家もいなかった」「桑原武夫自身、「大学教授」ではあるが、学者でなく、何にでも一言をもつだけのジャーナリスト、せいぜいで啓蒙家であるにすぎない。二、三年前、文化勲章を貰ったが、どのような文化的功労があったのか自他共にわからない」という辛辣な評価を下している。
また、上記とは別に戦後京都大学人文科学研究所（京大人文研）にて頻繁に共同研究会を開き、活発な討論を行っていた一派も、京都学派と呼ばれるが、上記の京都学派とは直接の関係はない。こちらは東洋史学の貝塚茂樹、塚本善隆、藤枝晃、中国文学の吉川幸次郎、フランス文学の桑原武夫、植物学の中尾佐助、生態学から人類学にまたがる成果を挙げた今西錦司らが特に著名である。この顔ぶれからも推察されるように、この京大人文研の活動範囲は狭義の人文科学から自然科学の領域にまでまたがった学際的なもので、今西は自らの学問領域を自然学とも称した。また、国立民族学博物館へと活躍の場を移した梅棹忠夫（生態学→民族学・人類学）や、国際日本文化研究センターの設立に尽力した梅原猛（哲学）らも、この京大人文研の京都学派に含める。また桑原によって京大人文研助教授に迎えられた鶴見俊輔、同助手でのちに教育学部助教授に配置換えとなった加藤秀俊らは一般に京都学派に含めないが、桑原武夫をはじめ多くの人文研スタッフとともに思想の科学研究会の主要メンバーでもあった（鶴見はメンバーというよりも会の創設者）。鶴見らは京都学派（哲学）の中井正一、久野収らとも懇意で、中井、久野と一緒に運動を行った世界文化同人の多くが思想の科学研究会に加わっていて（例えば武谷三男。なお武谷は上記人文研の貝塚茂樹の弟湯川秀樹の共同研究者としても名高い）、その点で、京都学派（哲学）の左派と京都学派（人文研）二つをつなぐ媒介項に、鶴見、桑原、思想の科学研究会があったともいえよう。なお京都学派（哲学）の主流には思想の科学研究会は批判的で、例えば同研究会『共同研究 転向』第2篇第2章第6節「総力戦理論の哲学―田辺元・柳田謙十郎」（後藤宏行）では田辺に代表される京都学派の主流が戦争協力した点を断罪し、中井正一らの着想によってそれが乗り越えられるとしているし（その点で先述の中村雄二郎『共通感覚論』での指摘の先駆でもある）、また鶴見も「哲学の言語」（『思想』1950年）で西田が「即というコプラ」を多用することを批判的に捉える。
ニコルズは今なお幻覚剤の学術的な研究を行っている。彼がこれまでに執筆した分子構造と生物学的な効果の関係（よく構造活性相関と呼ばれる）に関する科学論文や書籍の章は約250におよび出版されている。幻覚剤の薬物弁別にはラットモデルを用いて広く実施してきた。ラットは薬物に効果があれば反応を示した。彼は研究に主にラットを使い、シュルギンのPiHKALにて挙げられる多くの化合物は、実際にはニコルズの研究室で初めて合成された。この研究室では、放射性リガンドとして、[¹²⁵I]-(R)-DOIもまた初めて合成されている。21世紀初頭において、ニコルズは、LSDの化学と薬理学に関する正当な研究を発表してきた、稀有な人物の1人であり、ETH-LAD、PRO-LAD、AL-LADなど、いくつかのLSDよりも強いLSDの類縁体（アナログ）を初めて報告した。それらの人での効果についてはTiHKALに記されている。また、いくつかの最近の臨床研究で利用できるようにシロシビンの合成法を改良して合成し、またMDMAやDMTを合成し、サイケデリック・ルネサンスと呼ばれる現在の研究状況において、誰も引き受けたがらなかった合成を行った。その他、注目に値する研究としては、MDAとMDMAの構造活性相関と作用機序についての広範な研究が実行されるのを手助けしたことが挙げられ、同時に、5-メチル-MDA、4-MTA、MDAIのような多くの新規の類縁体を発見するのを手伝った。1986年にはギリシャ語とラテン語に起源し「内部に触れる」という意味のエンタクトゲンという言葉を作り、MDMAの作用を説明しようとした。ニコルズが言うには、灰色市場の化学者たちは、ニコルズが1990年代に発表した4-メチルチオアンフェタミン (MTA) に関する論文の情報を用いて薬物を合成し、フラットライナーという俗称の錠剤をエクスタシーの代用品として売っていたという。より最近では、ニコルズはドーパミンの研究における世界的指導者となり、彼のチームは、いくつかの注目されるドーパミン受容体リガンドを開発した。それは選択的D₁完全作動薬のジヒドレキシジンや、パーキンソン病の治療にて研究されているジナプソリンジノキシリンから誘導される他の何種類かのサブタイプ選択的ドーパミン作動薬である。ニコルズはDarPharma社の共同創設者となり、自身のドーパミン化合物を商業化している。彼のチームが開発した化合物のいくつかは、パーキンソン病や、統合失調症における認知と記憶の障害の治療のために臨床試験が行われている。