1217年（建保5年）、賀茂別雷神社（上賀茂神社）の神職松下能久が、「霊光の照らした地に一宇を建立せよ」との神託を受け、大和国から慶円を招いて寺を建立したという。寺名はこの由緒にちなみ、「神光院」と名づけられた。創建される前には、京都御所に奉納する瓦職人の宿に用いられており、「瓦屋寺」と呼ばれていた。空海が42歳の時に、当院で九十日間の修行を行ったとされる。修行を終えて寺を去る際に、境内の池に映る自らの姿を見て木像を彫り、厄除を祈願したといわれている。この木像は本堂に安置されている。同時に彼が眼病治癒の祈祷をしていたことから、眼病に利益のある寺としても広く知られるようになった。その後は密教の道場としても栄えたが、 天保年間（1830年 - 1843年）に堂宇を焼失している。幕末の女流歌人で陶芸家の大田垣蓮月は、晩年の75歳から当院に隠棲していた。境内には「蓮月尼旧栖之茶所」と刻まれた石碑とともに、茶室（蓮月庵）が残されている。蓮月隠棲中の明治初期に、廃仏毀釈運動を受けて一旦は廃寺となったが、蓮月没後の1878年（明治11年）に僧侶、和田月心により再興された。
山号は放光山。本尊は弘法大師（空海）像で、「厄除け大師」として信仰されている。東寺（教王護国寺）、仁和寺と並ぶ京都三大弘法として有名であり、地元では「西賀茂の弘法さん」の愛称で親しまれる。毎年7月下旬には、空海がキュウリに疫病を封じて病気平癒を祈願したことにちなみ、厄病除けの祈祷「きゅうり封じ」（きうり加持）が行われる。静かな境内を舞台に、『銭形平次』や『御家人斬九郎』、『暴れん坊将軍』を始めとする、時代劇の撮影がたびたび行われてきた。四季を通して多様な花木が境内に咲くことでも知られる。特に12月前後に境内に咲く、白い八重のサザンカは、当院にのみ存在する珍しい品種である。
短い毛の多数生えた身体で、口を突き出した横向きの上半身の姿で描かれている。国際日本文化研究センター所蔵の『化物尽絵巻』や国立歴史民俗博物館所蔵の『化物絵巻』、『百物語化絵絵巻』（1780年）にも描かれている。解説文などは一切なく、どのようなことをする妖怪であるのかは絵巻物にも示されていないため詳細は不明である。江戸時代の随筆『嬉遊笑覧』に引かれている古法眼元信が描いた「化物絵」に描かれていたとされる妖怪の中には「身の毛たち」という名称が確認できる。熊本県八代市の松井文庫に所蔵されている妖怪絵巻『百鬼夜行絵巻』では同じ形状の妖怪がじゅうじゅう坊（じゅうじゅうぼう）という名前で描かれている。
治療において最も重要なことは水分補給である。大量の体液が失われてしまった場合には輸液で補給する必要がある。下痢止め（止瀉薬）や抗生物質などは溶血性尿毒症症候群を起こすリスクを高めるので、原則使用しない。溶血性尿毒症症候群(HUS)を起こした場合は入院して集中治療を受けることが必要となる。腎透析や輸血が必要なこともある。穿孔、壊死、虫垂炎、腸重積、中毒性巨大結腸症などを合併した場合は手術が必要な場合もある。
患者が血便を伴う下痢を訴えた場合は、出血性大腸炎が疑われる。診断をつけるには糞便のサンプルを調べて大腸菌や赤痢菌の菌株を調べる。大腸菌が産生する毒素を検出する便検査を行うこともある。確定診断のため大腸内視鏡検査など他の検査を行うことがある。
翌慶長16年（1611年）、日本との外交接点を失ったポルトガルは貿易再開を図るため、薩摩藩の援助を得て、国副王代として艦隊司令官マヨールを駿府の家康と江戸の秀忠に謁見させた。このとき先のマカオでの事件の弁明とともに、藤広の罷免、船の賠償を求めたが、幕府側は全てペソアの責任として取り合わず、貿易の再開だけを認めた。こうした経緯は大八、藤広を通じて家康に報告されていた。晴信には、龍造寺氏との代々の争いで生じた失地を回復するという有馬氏の悲願があった。ポルトガルへの報復を果たし、伽羅も献上できたことで、晴信は褒賞による領地の回復に期待を寄せていた。一方、先んじて伽羅献上を達成したことから、藤広との間には不和が生じることとなった。藤広は幕府側の先買権を強化するため、有馬氏（晴信）と関係が深かったイエズス会ではなく、対立するドミニコ会に接近したが、こうした動きはますます晴信の不満を募らせた。藤広がデウス号の時間をかけた攻撃を「てぬるい」と評したことに腹を立て「次は藤広を沈めてやる」と口走るほどであった。大八はこうした晴信の思惑と懐疑につけこんだ。大八は晴信と同じくキリシタンであった。家康への報告から戻った大八を、晴信は饗応した。このとき大八は、「藤津・杵島・彼杵三郡を家康が今回の恩賞として晴信に与えようと考えているらしい。自分が本多正純に仲介して取り計らう」と虚偽を語り、仲介のための資金を無心した。晴信は家康側近の正純の働きかけがあれば、これらの旧領の回復は揺るぎないと考え、大八の所望に応じてしまった。大八は家康の偽の朱印状まで周到に用意し、結果6000両にもおよぶ金銭を運動資金と称してだまし取った。やがていつまでも褒賞の連絡がないことに業を煮やし、晴信は自ら正純のもとに赴いて恩賞を談判、大八の虚偽が発覚することとなった。