移転前の社殿や他の鳥居はGHQによって取り壊されたが、門前の赤鳥居だけは撤去できず、そのまま空港の更地（後に駐車場となる）に残され続けた。この残された鳥居については以下のような流布話がある。門前に建っていた赤い鳥居はとても頑丈な作りだった。ロープで引きずり倒そうとしたところ、逆にロープが切れ、作業員が怪我したため、いったん中止となった。再開したときには工事責任者が病死するというような変事が何度か続いた。これは、「穴守さまのたたり」といううわさが流れ、稲荷信仰などあるはずもないGHQも、何回やっても撤去できないため、結局そのまま残すことになった。 — 京浜急行電鉄『京急グループ110年史 最近の10年』(2008年)「羽田飛行場の始まりと穴守線強制接収」抜粋なお、強制的に住居を退去させられた後に整地に動員された元居住民らが、反抗心から意図的に鳥居を残したのだともいわれている。1990年代に入り、羽田空港の沖合展開事業にあたり新B滑走路整備の障害になるためこれを撤去する計画が出たが、地域住民らから穴守稲荷神社や強制接収の憂き目にあった旧住民らのシンボルとして残したいとの要望があったこと等から、拝殿の移設から半世紀以上経った1999年（平成11年）2月に移設されることとなった。移転工事にあたって土台の周りを掘ると、鳥居が非常に頑丈にできておりロープで引きずり倒せるようなものではないことが判明した。鳥居をクレーンで吊り上げた時にそれまで晴天続きだった天候がにわかに雨風となり、クレーン車のワイヤーが揺れ動く一幕もあったというが、2日間の工事は滞りなく終わり、現在地の弁天橋のたもと（天空橋駅南、弁天橋交番近く）に移設されて今に至っている。
穴守稲荷神社は明治、大正、昭和を通して人々の信仰を集めたが、第二次世界大戦が終わった直後の1945年（昭和20年）9月21日、羽田空港を軍事基地として拡張するため米軍（GHQ）より、範囲内の住民ともども強制退去を迫られることになった。これに対して地元の有志らは移転先となる稲荷橋駅（現：穴守稲荷駅）近くの現在の鎮座地700坪（2310 m²）を寄進し、現在は境内の整備を進めており、神社はほぼ昔日の姿を取り戻しつつある。1983年〜1984年にはドラマ「スチュワーデス物語」のロケにも使われた。
1884年（明治17年）には暴風雨に襲われ崩壊してしまうが、翌年には再建の認可を取り付け、さらに1886年（明治19年）には「穴守稲荷社」から「穴守稲荷神社」へと改称を行った。再建した穴守稲荷神社は境内も広くなり、さらに周辺で潮干狩りもできることや温泉が湧いたこともあり、門前には温泉旅館や芸者の置屋ができるなど、賑わいを見せていった。この繁栄を見て、京浜電気鉄道（現在の京浜急行電鉄）は京浜蒲田から穴守稲荷神社へ向けて支線を伸ばし、1902年（明治35年）には海老取川の手前まで、ついで1913年（大正2年）には川を渡って穴守稲荷門前までの延伸を果たした。交通の整備もあり、穴守稲荷神社の界隈はさらに賑わっていった。「穴守稲荷」羽田村の鈴木新田の潮除守護神として、江戸時代から祀られていた稲荷の小祠が、明治18年（1885）、公許を得て穴守稲荷と称し、商人や花柳界の信仰を集めた。35年（1902）には、京浜電車が参詣用の支線を敷設。赤鳥居や茶店が門前に並び、盛況をきわめた。連なる赤鳥居の絵あり。「海岸蒲 田桃谷 大師 池端 六郷橋 雜色 山谷 川崎 八幡塚 穴守大鳥居 大森 八幡」と記された京浜電車の乗車券が書き写されている。 — 清水晴風著『東京名物百人一首』明治40年8月「穴守稲荷」より抜粋
第2次松方内閣が計画した地租増徴法案に対して同内閣の与党であった進歩党は与党離脱を決定して、野党自由党との連携を強めた。これに対して松方正義内閣総理大臣は衆議院解散を行って第5回衆議院議員総選挙に至るが、松方自身は解散当日に内閣総辞職を行い、急遽伊藤博文が組閣した第3次伊藤内閣も政権運営の見通しが立たないまま、再度解散に踏み切った。前回総選挙からわずか3ヶ月での再度の解散に両党の反発は高まり、1898年6月22日に両党は合同して新党・憲政党を発足させた。新党は「政党内閣の樹立」「地方自治の発達」「通商貿易の拡大」「産業・鉄道の充実」「国力に見合った軍備増強」「財政基盤の確立」「教育の発達」「皇室及び憲法の擁護」「文官任用令廃止」などを掲げていた。当面総裁は設置せず、旧自由党の松田正久・林有造と旧進歩党の尾崎行雄・大東義徹の4名が総務委員に就任して党務を行うものとした。これを知った伊藤博文は元老達に対して自分達も新党を結成するか、憲政党に政権を一旦明け渡すことを要求した。だが、元老会議は両方とも反対したために伊藤は内閣総辞職を行い、元老会議は後継のなり手を見つけられないまま、後者を選択した。1898年6月30日、大隈を内閣総理大臣、板垣を内務大臣とする日本最初の政党内閣「隈板内閣」を成立させるが、反政府のみを目的とする自由党と進歩党の大同団結によって成立した政党であるため、政策や路線・人事をめぐり内部において旧自由党系と旧進歩党系の対立が絶えなかった。特に外務大臣に起用が予定されていた自由派の星亨駐米公使が急遽帰国した時に、星の当初の帰国目的が両党合同に反対するためのものであった事を知った大隈は自ら外相を兼ねて星起用を取り消した（折を見て鳩山和夫に差し替える予定であったとする説もある）。これに激怒した星と自由派内の一部が憲政党自体への批判を強めていった。とは言え、実施された総選挙では全体の8割の獲得議席を得て一旦は対立は収まるかに見えた。だが8月22日、進歩派の尾崎行雄文相が帝国教育会で行った所謂共和演説事件が起った。これにより両派の抗争に拍車がかかり、これにより、尾崎は文相辞任のやむなきに追い込まれ、大隈はその後継として自派、すなわち同じ進歩派の犬養毅を奏薦したことによって両派の対立はついに頂点に達した。10月29日、星亨が中心となり自由派領袖会議を党大会の代わりとして開催し、憲政党解党をクーデター同然に決議した。