社殿のうち本殿は、江戸時代の寛政7年（1795年）の造営。身舎（もや）は切妻造妻入で、桁行（側面）二間、梁間（正面）三間の大規模な建築になる。屋根は茅葺で、棟には千木・鰹木を置き、身舎前面には片流れ・栃葺の庇を付す。身舎内部は前一間を外陣、後一間を内陣とし、外陣・内陣とも畳敷きで、内陣奥に神体を納める厨子が据えられている。この本殿は「隠岐造（おきづくり）」と称される独特な神社建築様式で、その造営に係る棟札・普請文書もよく残されていることから、本殿および棟札・普請文書（附指定）は国の重要文化財に指定されている。本殿前に建てられている拝殿は、大正元年（1912年）の造営。拝殿に掲げられる「隠岐州 第壹宮」銘の扁額は、明和9年（1772年）に幕府巡見使として当地に至った佐久間東川の書による。拝殿前の随神門は、文化8年（1811年）の造営になる。なお、水若酢神社本殿と同様の隠岐造の建物は、玉若酢命神社本殿（隠岐の島町下西、寛政5年（1793年）造営、国の重要文化財）・伊勢命神社本殿（隠岐の島町久見、天保12年（1841年）造営、隠岐の島町指定文化財）などでも知られるほか、一間四方の小規模な隠岐造の社殿は隠岐諸島の各地に伝わる。
現社地は、江戸時代前期の延宝6年（1678年）以来の鎮座とされる。その際の鎮座地の選定は神獣の白鷺が当地の松に止まったことによるといい、境内の二の鳥居付近にはその「明神の松」が生育していたが、昭和46年（1971年）に枯死している。
明治維新後、社号を「水若酢神社」と定めるとともに、明治4年（1871年）に近代社格制度において国幣中社に列した。戦後は神社本庁の別表神社に列している。
江戸時代に入り、寛永15年（1638年）の文書では、慶長4年（1599年）の作分70石余および吉川氏時代の寄免分30石が山田村・郡村・苗代田村にある旨や、社領が10石である旨、大宮司が忌部正景である旨が見える。貞享5年（1688年）の『増補隠州記』では「一宮明神」について、一宮村にある旨と、社領10石である旨が記されている。一宮村での旧鎮座地は山田川・郡川の合流地付近とされ、寛文7年（1667年）の『隠州視聴合記』にも「一宮の神祠は田園の中に在り」と見える。延宝4年（1676年）には洪水で社殿が流失し、延宝6年（1678年）にそれまでの一宮村から郡村に遷座したとされる。寛政7年（1795年）には現在の本殿（国の重要文化財）が造営された。江戸時代後期には、大宮司の忌部正興が『凶年蔵土穂』において松江藩政に対する批判を行なっている。また幕末期には、国学者の中西毅男が境内に私塾「膺懲館」を設けて尊皇攘夷を唱え、それが発展して忌部正弘が正義党を率いて隠岐騒動を指導している。
GOES-9は、三軸姿勢制御方式を使ったGOESシリーズの2号機である。観測機能はGOES-8とほとんど変わりはない。運用開始後に問題になったのが、撮像系（イメージャー）による可視画像でイメージャーおよび周辺機器からのノイズが大量に混入し、観測された画像の信頼性が低下した。特に夜間（日の出、日没前後）で顕著に現れた。その後、姿勢制御を行うための、2台あるモーメンタムホイールの1台が運用できなくなったことから、1997年に打ち上げられたGOES-10と交代し、予備衛星として待機した。1999年のH-IIロケット8号機打ち上げ失敗に伴う日本の次期気象衛星（運輸多目的衛星）MTSATの運用開始の遅れのため、2002年頃には、老朽化していた日本のGMS-5（ひまわり5号）での観測の続行が困難となってきた。このため、日本の気象庁はNOAA（海洋大気庁）から、待機中のGOES-9を借り受け、2003年5月下旬から本格的な観測を開始した。観測スケジュールは、NOAAがその当時、日本がMTSATで計画した観測スケジュールを採用する形でスケジュールを組み立て、そのスケジュールに、日本側の処理時間を組み入れた形で調整を加えて、運用を開始した。2005年6月下旬より気象衛星としてMTSAT-1R（ひまわり6号）の本格運用が始まったことから、2005年7月中旬には日本におけるGOES-9からの観測データの受信は停止した。日本がMTSAT-1Rの本格運用を開始した後も、米国海洋大気庁が独自で観測を続け、台風シーズンがほぼ終息した2005年11月19日に一部の機能（救難捜索用通信機能）を残して観測を停止、2007年6月14日から15日（世界時）にかけて、衛星の全機能を停止させて運用を終えた。気象庁は、この代替運用中、GOES-9の愛称を「パシフィックゴーズ」としたが、「ひまわり」ほど一般的に広まることはなかった。また、NHKが気象情報で気象衛星からの雲画像を表示する際に、気象予報士が「ひまわりからの映像」と説明していたが、ゴーズでの運用中は「気象衛星からの映像」と置き換えていた。