2015年12月20日、東北楽天ゴールデンイーグルスと契約合意したことが発表され、背番号は17に決まった。2016年1月29日にラダメス・リズ、ジャフェット・アマダーと共に入団会見が行われた。4月14日に出場選手登録され、同日の対千葉ロッテマリーンズ戦に来日初登板・初先発し、7回を投げ被安打7、奪三振5、与四死球4、7失点（自責点6）で敗戦投手になった。5月14日の対ロッテ戦では1点リードの4回2死の場面に3番手で登板し、1/3回を投げ2失点（自責点1）で初ホールドを記録した（5回無死で降板）。11月19日、2017年の契約を行わず退団が決まったことが球団から発表され、12月2日付で自由契約選手となった。
航空機の発達にともなって飛行甲板の延長が必要となり、先に大改装を行っていた加賀を参考に1938年（昭和13年）に全通式の飛行甲板に延長するなどの近代化改装が佐世保海軍工廠で施された。艦型は一新され、排水量も41,300t（公試状態）となった。この時、下二段は閉鎖式の格納庫甲板となり拡張されて常用の搭載機も66機に増えた。飛行甲板は中央部が水平で、艦首方向へ0.5度、艦尾方向へ1.5度の傾斜が付けられていた。ただし赤城の改装は予算上の制約から加賀に比べると、丁寧ではなかったり略式なものにとどまり、用兵側からは不満の残る仕上がりとなった。例えば飛行甲板では、木製の板の隙間を埋める防水充填剤が板と板の間からはみ出て、それが甲板上に黒く硬くなって残っているなど、他の空母にはこのような雑な飛行甲板の仕上げは見られなかったという。旧石炭庫を居住室に転用するなど、艦内は迷路同然であった。右舷中央部にある第一煙突と第二煙突は一つにまとめられた。航空機の着艦時には煙突内に海水を噴射して煙を吸収させるため、煙突から滝が落ちているように見えたという。右舷後部の居住区は煙突の排気が流れ込むため窓をあけられず、居住性の悪さから「人殺し長屋」の異名があった。のち、煙突を艦橋と一体化し、煤煙を上方へ逃がす欧米空母型の艦橋・煙突を採用した飛鷹型航空母艦隼鷹を見た赤城の将兵が、これからは軍艦の居住性が良くなると解説した事もある。また赤城では結核と赤痢を発症する兵が多く、暑さと空気の悪さのために廊下でハンモックを吊り睡眠する兵や、飛行機格納庫に寝床を作る兵が多かった。（食事は上等であったという）艦橋は、先に全通式飛行甲板に改装された加賀では右舷前寄りに設置されたが、赤城では、将来艦上機も単葉、大型化するであろうために滑走距離も長くなる、着艦距離はワイヤーで制止されるため誘導設備が発達すればむしろ短くできるとの予想から、前寄りの位置では邪魔になると判断され、艦中央部に設置されることになった。しかし右舷のままでは煙突と重なるため、世界に類例のない左舷に艦橋が配置されることとなった（艦船は左舷接岸が世界的に規則化しているため、左舷に日本空母特有の舷側噴出し式煙突は設けることができなかった）。左舷艦橋配置は、反対舷の煙突と重量バランスがとりやすい、飛行甲板上の作業の指揮がとりやすい、格納庫が有効にレイアウトできるといったほか、同じ第一航空戦隊の加賀と並行航行する場合において、赤城が右、加賀が左と、艦橋を近接させ、連絡（発光信号等）をとりやすくできるといったメリットもあった。第二航空戦隊と並走する航行序列の場合には第二航空戦隊旗艦が飛龍であったにも関わらず右舷艦橋である蒼龍が前になり、赤城の左に位置した。しかし、赤城の左舷艦橋配置は、左方向へ指向してしまうレシプロ機においては、着艦のさい障害になる、また排煙が艦橋に流れてくるということで問題となり、これ以降の空母はすべて右舷艦橋とされている。竣工直前の飛龍はそのまま左舷艦橋で竣工しているが、翔鶴型は建造中に艦橋を右舷前寄りに設計変更された。赤城の艦橋は、艦の規模の割に小さく、大艦隊の作戦指導を行う際には問題になったとみられる。武装面では、加賀と違って旧式の十年式45口径12cm高角砲を、新式の八九式40口径12.7cm高角砲に換装・増強できなかった。設置位置も低い位置のままだったので、依然として反対舷方向は撃てなかった。九六式25mm機銃の数は中型空母の蒼龍と同じで飛龍よりも少なく、4万トン級という船体の大きさの割に、真珠湾攻撃に参加した空母6隻の中で対空火力は最も貧弱だった。三段甲板時代、中段甲板に設置されていた砲塔式の20cm砲は撤去されたが、艦尾舷側に装備した計6門の20cm砲は近代化改装後も装備していた。若手士官は「発射すると飛行甲板がめくれあがる無用の長物」と揶揄している。ミッドウェー海戦で赤城は20cm砲を最低54発発射しているが、飛行甲板への影響については不明である。飛行甲板に手すりはなかったが、一段低い高角砲と機銃甲板の間にポケットと呼ばれる整備兵退避場所がある。さらにネットが張ってあり、落下事故を防止していた。三段の格納庫も船体の大きさの割には狭く、大蔵省の記録では戦闘機27、攻撃機53、計80、補用機40、総計120（加賀は戦闘機24、攻撃機45、計69、補用機31、総計100）となっているが、実際の搭載機数は加賀、翔鶴、瑞鶴より少なかった。太平洋戦争開戦時の常用搭載機数は艦上戦闘機18機、艦上爆撃機18機、艦上攻撃機27機。加賀、翔鶴、瑞鶴はいずれも艦戦18、艦爆27、艦攻27である。航空機はエレベーターで上下するが、乗組員は左舷のタラップで飛行甲板へ上がった。各種の改装によって排水量が1万tほど増加したにもかかわらず、機関出力はあまり向上しなかったため、速力は32.1ノットから31.2ノットに低下した。航続距離もあまり伸びなかったため、遠距離外洋航行となる真珠湾攻撃では、蒼龍、飛龍とともに作戦から外すことが計画段階で検討されたこともあった。