皇居には1935年頃、鋼鉄扉の防空室（地下金庫）が作られた。だが、内部が狭く大型爆弾に耐えられないことから、宮内省工匠寮の設計で、吹上御所近くに新たに防空壕を作ることになった。のちに御文庫と命名される大本営防空壕が完成するまでの間、昭和天皇と香淳皇后は空襲警報発令のたびに宝剣神璽（三種の神器のうち剣と璽）とともに皇居第2期庁舎の防空室に避難していた。さらに1941年4月12日、御文庫が極秘に着工され、1942年12月31日に完成した。施工を請負ったのは大林組で建築費は約200万円であった。建坪1,320m²。地上1階、地下1階・2階の3階建て。そこには天皇・皇后の寝室、居間、書斎、応接室、皇族御休息所、食堂、洗面所、侍従室、女官室、風呂、トイレなどがあった。このほか、映写ホール、ピアノ、玉突き台などもあった。屋根は1トン爆弾に耐えるよう、コンクリート1mの上に砂1m、さらにその上にコンクリート1mを重ねた計3mの厚さであった。天皇は午前中は表御座所（御政務室）、午後は御文庫で過ごすのが日課であった。戦況が悪化したため、1945年6月頃にさらに頑丈な御文庫附属室庫が御文庫から90m離れた地下10mに陸軍工兵部によって建設された。広さ330m²、56m²の会議室2つと2つの控室、通信機械室があり、床は板張り、各室とも厚さ約1mの鉄筋コンクリートの壁で仕切られていた。50トン爆弾にも耐えるよう設計され御文庫とは地下道で結ばれていた。この地下壕はのちの終戦時の2度の御前会議の場所となった。
太平洋戦争以前より、海岸から近く広い関東平野の端にある東京は、陸軍により防衛機能が弱いと考えられていた。そのため本土決戦を想定し海岸から離れた場所への中枢機能移転計画を進めていた。1944年7月のサイパン陥落後、本土爆撃と本土決戦が現実の問題になった。同年同月東條内閣最後の閣議で、かねてから調査されていた長野松代への皇居、大本営、その他重要政府機関の移転のための施設工事が了承された。初期の計画では、象山地下壕に政府機関、日本放送協会、中央電話局の施設を建設。皆神山地下壕に皇居、大本営の施設が予定されていた。しかし、皆神山の地盤は脆く、舞鶴山地下壕に皇居と大本営を移転する計画に変更される。舞鶴山にはコンクリート製の庁舎が外に造られた。また皆神山地下壕は備蓄庫とされた。3つの地下壕の長さは10kmにも及ぶ。そのうち中心となる地下坑道は松代町の象山、舞鶴山、皆神山の3箇所が掘削された。象山地下壕には政府、日本放送協会、中央電話局、舞鶴山地下壕付近の地上部には、天皇御座所、皇后御座所、宮内省（現宮内庁）として予定されていた建物が造られ現在も残っている。関連施設は善光寺平一帯に造られたため、「一大遷都」計画であった。上高井郡須坂町（須坂市）鎌田山には送信施設、埴科郡清野村（現長野市）妻女山に受信施設、長野市茂菅の善光寺温泉および善白鉄道トンネルに皇族住居などが計画された。また長野市松岡にあった長野飛行場が陸軍により拡張工事が行われている。
松代大本営跡（まつしろだいほんえいあと）は、太平洋戦争末期、日本の政府中枢機能移転のために長野県埴科郡松代町（現長野市松代地区）などの山中（象山、舞鶴山、皆神山の3箇所）に掘られた地下坑道跡である。このうち現在、象山地下壕（ぞうざんちかごう）が一般公開されている（詳細は後述）。
米国での慰安婦の碑は、2009年頃から主に韓国系住民により設置が進められている。韓国系団体の住民によると「従軍慰安婦のような反人権的行為が2度と起きないよう、米国と世界に平和の重要性を訴える」のが設置の目的であるとしている。アメリカにおける慰安婦の碑や慰安婦像の設置は、中国系の反日団体である抗日連合会と連携した「ニューヨーク韓人会」や、「韓米公共問題委員会」、「韓国系米国人権利向上協会」など複数の韓国系団体が、日系アメリカ人の米下院議員マイク・ホンダなどと共に、地元議員らに強く働き掛けて実現させている。地元住民の意向を十分に反映することなく設置を強行するケースもあり、政治団体同士の主導権争いやトラブルも起こしている。慰安婦の碑の設置等に関して、韓国系アメリカ人有権者協議会（KAVC）常任理事のキム・ドンソクは、「アメリカ社会に日本の隠された実体を暴露することは、長期的には東海（日本海） (改名問題) と独島（竹島） (領有問題) の解決につながる」と語っている。韓国の主張は、事前の日本政府との擦り合せにより、証言する元慰安婦の人選までも韓国側の要求を受け入れた「河野談話」での高齢の元慰安婦と名乗る人物の曖昧な証言のみを証拠としており、当時韓国人業者による女性の誘拐事件が多発していたことや、「朝鮮人慰安婦は高給により雇われていた娼婦であった」とされる1944年のアメリカ軍の調査報告書（日本人戦争捕虜尋問レポート No.49）とも整合性が見られないという見解もある。またグレンデール市の碑文以外は日本人慰安婦が省かれ、韓国系住民による慰安婦碑や像の設置は、日本国や日本人そのものの国際的地位を貶しめる目的の「ディスカウント・ジャパン」運動の一環」であるとの指摘がある。一方で、日本軍が女性を「性奴隷」とする制度を運営していたと主張する吉見義明は、この報告書（日本人戦争捕虜尋問レポート No.49）の募集の項に日本の斡旋業者が就労詐欺により朝鮮人女性を集めていたとの記載がある為、慰安婦の「強制性」があったと指摘している。