チャンパ王国時代からの古い港町で、16世紀にチャンパは南に後退し、フエに広南阮氏政権が樹立されると、その外港となった。ホイアンの名称はその頃に成立したと思われる。16世紀末以降、ポルトガル人、オランダ人、中国人、日本人が来航し国際貿易港として繁栄した。1601年には広南阮氏は、徳川家康に書簡を送って正式な国交を求め、江戸幕府との取り引きが急速に拡大した。朱印状による約30年間にわたる朱印船貿易のうち、広南には71隻が入港した。ホイアンには大規模な日本人街や中国人街が形成され、1623年にはオランダ東インド会社の商館も設けられるなど、繁栄を誇ったが、間もなく江戸幕府の鎖国により、日本人の往来が途絶え、オランダの商館も1639年に閉鎖された。17世紀後半、清朝と鄭氏台湾との対立から遷界令が出されたことは、さらにこの地域の交易を停滞させ、一時期の繁栄は失われていった。1770年代には、西山（タイソン）党の乱によって、町は完全に破壊されたが、やがて再建され、19世紀まで繁栄した。しかし、ホイアンと南シナ海を結ぶトゥボン川に、土砂が堆積して川底が浅くなった結果、大型船の往来に支障を来たす事となり、国際貿易港としての繁栄は、ダナン港へと移行した。一方で、街並みは残され、ベトナム戦争時代に破壊されることもなく、現在に至るまで当時の繁栄ぶりを今に伝えている。
当駅には1955年まで東武鉄道浅草工場が隣接し、1960年代までは蒸気機関車の車両基地（浅草機関区）が存在していた。1995年頃までは駅南東の地上部に貨物駅を併設し、住友大阪セメント栃木工場（佐野線葛生駅から延びる貨物線を利用）から同社業平橋サービスステーションまでセメント貨物列車が運行されていた。1990年2月25日から2003年3月18日までは、貨物駅の一部に有効長10両編成対応の2面3線の頭端式ホーム（3・4・5番線、通称「地上ホーム」）が設けられていた。これは、北千住駅の混雑分散を図る目的で、従来に曳舟駅終着もしくは一部分割を行っていた朝ラッシュ時の上り列車について当駅まで延伸するために設置されたものであった。地上ホームには浅草寄りに現行のホームとの間の連絡通路が、曳舟寄りに改札口と地下通路（エスカレーター併設）があった。曳舟側は京成押上線・都営地下鉄浅草線押上駅A2出入口方面への連絡通路があった。いずれも、半蔵門線・東急田園都市線との直通運転開始により廃止され、連絡通路も閉鎖された。なお、地上ホームのすぐ南側に保線基地があり、そちらは地上ホームの撤去後も使用されたが、その後東京スカイツリーの建設に伴い撤去された。跡地は東京スカイツリータウンとなっており、線路跡などは残存していない。
当駅 - 曳舟駅間（留置線のすぐ東側）にある伊勢崎線 第2号踏切は、自動車ボトルネック踏切と歩行者ボトルネック踏切に指定されている。このため、渋滞緩和を目的として、墨田区が事業主体となって区間内の線路を高架化することを2012年1月に決定した。今後は国の認可や墨田区と東京都との間の事業費の負担割合の協議などを経て、このほど2017年7月7日付で高架化事業を締結し、着工に入る。2019年12月21日には、上下線を仮線に切り替え、2022年度末（2023年）に高架供用を開始する予定。これに伴い、当駅が現在地よりも東側に約150m移転し、上りホームが単式・下りホームが複式の2面3線になり、駅に隣接する留置線2線とともに同時に高架化される予定になっている。事業費は約315億円で、東武が約80億円を、墨田区が約235億円をそれぞれ負担する。
世界貿易機関を設立するマラケシュ協定の附属書4に含まれる4つの協定のひとつであった。同附属書に含まれる条約は複数国間貿易協定と呼ばれ、他の附属書に含まれる条約とは異なり一括受諾の対象とはされていない。このため、WTO加盟国すべてではなく、加盟国のうちでこれらの条約を別個に締結した国のみが拘束される。内容は、牛肉及び生きている牛に係る国際貿易の一層の自由化、安定化及び拡大が達成されるように国際協力を推進すべきであるとの認識に基づいて、牛肉の需給、価格及び貿易等に関する情報の交換、市況の検討及び国際食肉理事会の設置等を定めるものであり、東京ラウンドの際に作成された「牛肉に関する取極」を継承するものである。国際牛肉協定は、第6条3の規定により、3年間効力を有し、失効の日の少なくとも80日前までに国際食肉理事会が別段の決定を行わない限り、3年毎に有効期間が延長されるとされていたが、1997年9月30日の国際食肉理事会は、国際牛肉協定の延長を行わないことを決定し、国際牛肉協定は、1997年12月31日に終了した。また失効にともないWTO協定第10条9に基づく一般理事会の1997年12月10日決定により附属書4から削除された。延長しない理由として、協定の意義が次第に減退してきたこと､ 過去２年間においては､ 食肉の国際需給に関する情報交換と年報の発行が両協定の主たる活動内容となっていたが､ 他の国際機関 (ＦＡＯ等) でも類似の活動を行っていることから､ その問題点を指摘する声も上がっていたとの指摘がある