壕周辺に慰安所は3か所あり4〜5人の朝鮮人慰安婦がこれらの施設を回っていた。ただしこれは軍人用のものではなく、朝鮮人労務者用の中で監督する立場の上級幹部用のもので、日本人の出入りはほとんど無かった。ただし、トラックで来た兵隊や支那服のようなものを着た女性が町の方から大勢来たのを覗きに行って怒られた子供の逸話もある。そのうちの一つは本六工社の女工のための娯楽室だったものが、1938年倒産後物置になり、1944年9月からは労務者宿舎建設工事の合宿所となっていた。その後、周辺婦女子とのトラブル防止目的の慰安所として貸し出されたもので、11月に朝鮮人一家5名と日本語の通じない接客婦3名（朝鮮の高官が朝鮮人労務者のために本国から連れてきたとされる）、雑役1名が岩手県釜石市より移住し慰安所、博打場として営業を開始した。売春行為が行われていたかははっきりしない。終戦後9月、一家と使用者は帰国し、その後の建物には先の朝鮮人一家の弟夫婦が半年ほど住み着き、博打場のように使われた。弟夫婦立ち退き後、建物は医院として貸し出され、閉院後は1991年に解体されるまで再び倉庫となっていた。
本土決戦には反対であった海軍も、1945年6月に大本営海軍部用の地下壕を建設することに決定した。当時、横須賀で飛行機の格納用の地下壕を建設中だった第300設営隊は6月海軍施設本部の命令により、長野に大本営海軍部用の地下壕を建設するため、設営隊の半分の500人を派遣した。設営隊長は山本将雄技術大尉であった。地下壕掘削の場所は、上水内郡安茂里小市（現長野市）で、長野市の中心部から西へ約3.5キロメートル、松代大本営からは約16キロメートルである。地下壕はおよそ1000人を収容できる規模のものが計画された。隊の将兵は近くの民家や寺院に寝泊まりして掘削に当たったが、その期間は短く、約100メートル掘って敗戦となった。現在、入り口は会社所有となり入れない。
皇居内の賢所に置かれていた三種の神器は天皇の動座とともに松代に移される計画であった。当初、三種の神器を安置する場所は、舞鶴山地下壕の地下宮殿の奥に計画されていたが、「陛下に万が一のことがあっても、三種の神器は不可侵である。同じ場所には許されない。陛下の常の御座所と伊勢の皇太神宮を結ぶ線上に南面して造営し、しかもその掘削には純粋の日本人の手によること」と宮内省の強い指導があった。しかし工事を担当していた長野施設隊本部では賢所の構造を知らなかったため、協議して東大工学部助教授であった関野克一等兵が担当することになった。本部では武藤清東大教授、梅村魁東大助教授を松代に招き意見を聞いた。武藤教授の指示で坑道を稲妻状に分岐させ、爆風を減殺することができる方法をとることにした。坑道が直線的な構造では坑道を長くしても爆風による被害を免れないと考えたからである。場所は舞鶴山の西、清水寺、西楽寺の真裏の弘法山の山腹に決まった。掘削要員は「純粋の日本人」ということで熱海の鉄道教習所の少年隊に決まった。7月初め現地で起工式が行われ、9月末に完成予定であったが、敗戦により中止となった。
歴史を通して、ヒ素、ベラドンナ、ストリキニーネ、クラーレといった様々な毒物が殺人に用いられてきた。19世紀初頭になるまでは、これらの毒素を正確に検出したりする方法は無く、多くの犯行が発覚することもなく、その罪も罰せられることはなかった。この分野における最初の主な貢献はイギリスの化学者ジェームズ・マーシュ (化学者)によってもたらされた。1836年、彼はヒ素検出のためのマーシュテスト（マーシュの試験法）を開発し、その後、殺人事件の裁判で証拠として採用された。法毒物学が独自の分野として認識されるようになったのもこの頃のことであった。「毒物学の父」として知られるマシュー・オルフィラは、19世紀初頭にこの分野で大きな進歩を成し遂げている。法科学的顕微鏡の活用における先駆者であるオルフィラは、血液と精液の検出の進歩に貢献した。彼はまた、さまざまな化学物質を腐食性物質、麻薬、収斂剤などのカテゴリーに分類した最初の化学者でもあった。1850年には、ヒト由来組織のアルカロイドを検出するための有効な方法が化学者ジャン・セルジュス・スタスによって開発されたことで、毒の検出における次の進歩が起きた。スタスの方法は裁判においてすぐに採択され、法廷でヒッポリテ・ビサート・デ・ボカームに有罪判決を下すために、成功裏に利用された。その後、スタスのプロトコルはカフェイン、キニーネ、モルヒネ、ストリキニーネ、アトロピン、アヘンの検査を組み入れるように変更されている。法科学的な化学分析のための多くの機器もこの時期に開発されるようになった。19世紀初頭には、ヨゼフ・フォン・フラウンホーファーによる分光器が発明された。1859年には、化学者ロバート・ブンゼンと物理学者グスタフ・キルヒホッフはフラウンホーファーの発明をさらに拡張した。分光法は、特定の波長の光にさらされると特定の物質は独特のスペクトルを作り出す現象を利用している。1906年に植物学者のミハイル・ツベットは、薄層クロマトグラフィーの前身であるペーパークロマトグラフィーを発明し、それを用いてクロロフィルを構成する植物タンパク質の分離に成功している。混合物を個々の成分に分離する事で、既存の製品のデータと比較して未知の材料を調べることができるようになった