初代IIIのオリジナル曲のみ、譜面分岐の要素が取り入れられている。特定の分岐点までのスコアによって、分岐点以降の譜面が難しいパターンや簡単なパターンに変化するというもの。現在では太鼓の達人のスタンダードな要素となっているが、コナミの音楽ゲームには取り入れられていない。選曲画面で曲にカーソルを合わせると他の音楽ゲームではボタン音を含んだ楽曲の一部（プレビュー）が流れるが、IIIシリーズについてはボタン音を一切含めないBGMが流れる。曲によって終始ベースのみ鳴る場合があり、これも他の機種が採用していない要素である。
筐体正面のディスプレイの下には3.5インチフロッピーディスクドライブがあり、ここにディスクをセットすることで筐体を超えてプレイヤーの過去の成績などを保存することができる。この成績はテキストファイルとしても保存され、パソコンでディスクの内容を読み出すことで閲覧することもできる。成績はクリアした楽曲はメダルが表示され選曲画面の右上にスコアと使用したオプション、演奏画面にハイスコアが表示される。プレー終了後にはスコアの一覧が表示される。95000点以上（Aランクを獲得した楽曲はスコアのフレームが赤くなる。またこの機能を使用した隠し要素として、いくつかの曲をクリアするか一定回数以上プレイすること（作品ごとに条件は異なる）で一定曲必ずプレイできる"sozai"モードが出現する。本作のインターネットランキング（APPEND 7thMIXから廃止されている）は、指定の曲を指定の順番でtsunagiモードでプレイするという方式を取っている。その指定の曲や順番はメーカー直営サイトのランキングページから専用のデータファイルをダウンロードし、それをコピーしておいたディスクをセットしてプレイするとゲーム機にそのデータが取り込まれて従来の『beatmania』シリーズのEXPERTモードのようにコースとして選べるようになる。一度取り込まれたデータはゲーム機が記憶するので、ディスクがないプレイヤーでも使用可能。ランキング申請用のパスワードはディスク内に成績データと一緒に記録され、パソコン上でコピー&ペーストして送信するだけで申請が完了するという便利な使い方もある。以上に挙げたプレイ履歴の保存、およびプレイ成績の累積による隠し要素解禁のアイデアとノウハウは後にe-AMUSEMENTに形を変えて音楽ゲームを始めとするコナミの多くのアーケードゲームに受け継がれることとなる。なおe-AMUSEMENTではフロッピーディスクよりも携帯に便利な磁気カードが採用され、さらに現在では非接触型のICカード（e-AMUSEMENT PASS）に変更されている。
各プレイヤーの操作デバイスにエフェクト選択用の3つのノブがあり1つはエフェクトの種類を、残りの2つはそのパラメータを指定する。この組み合わせによって各プレイヤーのエフェクトが決まり、プレイ中もリアルタイムに変更可能である。このエフェクト機能は実際のDJの現場で実績があった市販のエフェクタ内蔵サンプラー（ズーム製のST-224）を筐体内に搭載する事で実現しており、リバーブのON/OFFしか選択できない『beatmania』と比べて遙かに高品質で豊富なエフェクトを使用することができる。なお搭載しているサンプラーはエフェクト機能を実現するためにのみ使用しており、サンプラーとしての機能は一切使用されていない。使用できるエフェクト機能は19種類用意されている。公式サイトで詳しく解説されているので、公式サイトの記述も参照されたい。基本的には足元のフットペダルをエフェクトのON/OFFに使用するが一部の曲についてはフットペダルの操作も含む譜面があり、その譜面をプレイする際は代わりにスタートボタンをエフェクトのON/OFFに用いる。なお、フットペダルの操作を含む譜面しか用意されていない曲は存在しない。またエフェクト機能をより効果的に体感できるようにするため、BEMANIシリーズで初めてヘッドフォンジャックが筐体に標準搭載されている（本シリーズ以外にヘッドフォンジャックが標準搭載されている機種は存在しなかったが、2012年稼働SOUND VOLTEXに再び標準装備された）。
sudoでコマンドを実行する前に、ユーザーは通常自分のパスワードを入力する。そのパスワードが正しく、/etc/sudoers という設定ファイルにそのユーザーのアクセス権が記述されていたら、コマンドが実行される。GUI環境で使うためのグラフィカルなフロントエンドもあり、 kdesu、kdesudo、gksudo などがよく知られている。GUIフロントエンドとしての「gksudo」は、メニュー画面などに登録された管理用アイテムがクリックされる場合に利用される。デフォルトでは、ユーザーの入力したパスワードはある期間だけ保持され、その間のsudoコマンド実行ではパスワード入力を要求されない。以下にユーザーがアクセスを拒否された例を示す。 snorri@rimu:~$ sudo vi /etc/resolv.conf We trust you have received the usual lecture from the local System Administrator. It usually boils down to these three things:    #1) Respect the privacy of others.    #2) Think before you type.    #3) With great power comes great responsibility. Password: snorri is not in the sudoers file.  This incident will be reported. snorri@rimu:~$下記はこの失敗が発生したときのログ、さらにその後snorriを/etc/sudoersに追加し、sudo実行が成功したときのログである。snorri@rimu:~$ sudo tail /var/log/auth.log Aug  5 06:00:28 localhost sudo:    snorri : user NOT in sudoers ; TTY=pts/1 ; PWD =/home/snorri ; USER=root ; COMMAND=/usr/bin/vi /etc/resolv.conf Aug  5 06:01:15 localhost su[15573]: (pam_unix) session opened for user root by snorri(uid=1000) Aug  5 06:02:09 localhost sudo:    snorri : TTY=pts/1 ; PWD=/home/snorri ; USER=root ; COMMAND=/usr/bin/vi /etc/resolv.conf Aug  5 06:02:49 localhost sudo:    snorri : TTY=pts/1 ; PWD=/home/snorri ; USER=root ; COMMAND=/usr/bin/tail /var/log/auth.log