1971年、オバマ・ジュニアは母方の祖父母であるスタンレー・ダナム（1992年没）とマデリン・ダナム（2008年没）夫妻と暮らすためにホノルルへ戻り、地元の有名私立小中高一貫のプレパラトリー・スクールであるプナホウ・スクールに転入し、1979年に卒業するまで5年生教育を受けた。在学中はバスケットボール部に所属し、高校時代に、飲酒、喫煙、大麻やコカインを使用したと自伝で告白している。また2014年には大麻について問われた際に、「悪い習慣だという点では若い時から大人になるまで長年吸っていたたばこと大差ない。アルコールよりも危険が大きいとは思わない」と述べている。なお1972年に、母のアンがストロと一時的に別居し、実家があるハワイのホノルルへ帰国、1977年まで滞在する。同年、母はオバマ・ジュニアをハワイの両親に預け、人類学者としてフィールドワーカーの仕事をするためにインドネシアに移住し、1994年まで現地に滞在した。このあいだに、1980年にアンと継父のストロとの離婚が成立した。母のアンはハワイに戻り、1995年に卵巣癌で亡くなった。以上のように、青年時代のオバマはハワイにおいて母親と母方の祖父母（ともに白人）によって育てられた。
バラク・オバマはインドネシアに行った。バラク・オバマの母アンはオバマ・シニアとの離婚後、人類学者となった。その後、アンはハワイ大学で親交を得たインドネシア人留学生で、後に地質学者となったロロ・ストロ（Lolo Soetoro1987年没）と再婚する。1967年、ストロの母国であるインドネシアにて、軍事指導者のスハルトによる軍事クーデター（9月30日事件）が勃発すると、留学していた全てのインドネシア人が国に呼び戻されたことで、一家はジャカルタに移住した。オバマ・ジュニアは6歳から10歳までジャカルタの公立のメンテン第1小学校に通った。1970年には、母と継父のあいだに異父妹のマヤ・ストロが誕生する。
1961年8月4日にハワイ州ホノルルにある女性と子供のためのカピオラニ医療センターで生まれる。実父のバラク・オバマ・シニア（1936年 - 1982年）は、ケニアのニャンゴマ・コゲロ出身（生まれはニャンザ州ラチュオニョ県Kanyadhiang村）のルオ族、母親はカンザス州ウィチタ出身の白人、アン・ダナムである。父は奨学金を受給していた外国人留学生であった。2人はハワイ大学のロシア語の授業で知り合い、1961年2月2日に結婚。父と同じバラクというファーストネームは、旧約聖書の登場人物で、古代イスラエルの士師(軍事指導者)であるバラクに由来する。バラク・オバマ自身はプロテスタントのキリスト教徒であり、キリスト合同教会（英語では"the United Church of Christ (UCC)"で、キリスト連合教会、合同キリストの教会、統一キリスト教会などとも訳される。）に所属している。オバマは自伝で、「父はムスリムだったが殆ど無宗教に近かった」と述べている。バラク・オバマは、自分自身の幼年期を、「僕の父は、僕の周りの人たちとは全然違う人に見えた。父は真っ黒で、母はミルクのように白く、そのことが、心の中ではわずかに抵抗があった」と回想している。彼は自身のヤングアダルト闘争を、「自身の混血という立場についての社会的認識の調和のため」と表現した。1963年に両親が別居し翌1964年に両親が離婚した。両親が別居するとオバマ・ジュニアは母のもとで暮らした。1965年、父は、ケニアへ帰国した後、政府のエコノミストとなる。父は、ハワイ大学からハーバード大学を卒業したため、将来を嘱望されていた。バラク・オバマの両親は、結婚歴が複数回ある。彼は、その為、後述の異父妹が一人、異母兄弟が八人いる（うち、4人死没）。1971年、父と再会を果たした。。
健一は、前記のとおりの事業を営んでいたものであるが一 　1968年度（昭和43年度）における総所得金額は3,232万0,953円であって、これに対する所得税額は1,672万1,700円であるのに、正当な理由がなく所得税の確定申告期限である1969年（昭和44年）3月15日までに所轄熊本税務署長に対し確定申告書を提出しなかった。二 　1969年度（昭和44年度）における総所得金額は2,630万8,435円であって、これに対する所得税額は1,285万9,300円であるのに、正当な理由がなく所得税の確定申告期限である1970年（昭和45年）3月16日までに所轄熊本税務署長に対し確定申告書を提出しなかった。三 　1970年度（昭和45年度）における総所得金額は26億4,624万2,539円であって、これに対する所得税額は19億6,562万9,700円であるのに、同年7月24日ごろから1971年（昭和46年）3月15日ごろまでの間、熊本税務署大蔵事務官らが肩書住居の第一相研事務所に赴き、1970年度（昭和45年度）の所得調査をした際、同大蔵事務官らに対し、「第一相研は法人でも個人でもなく、その財産は会員のものである。入会金は会員に帰属するものであって、私個人の所得ではない。私は営利事業を営んでいるものでなく、会員相互の救け合い運動を行っているものである」などと虚偽の申し立てをしたうえ、1971年（昭和46年）3月15日、熊本税務署長に対し、1970年度（昭和45年度）における健一の所得金額は36万円のみであって所得控除の結果納付すべき税額がない旨虚偽の確定申告書を提出し、もって不正の行為により19億6,562万9,700円の所得税を免れた。四 　1969年（昭和44年）2月から1971年（昭和46年）2月までの間、第一相研事務所において、毎月被告人の使用する従業員に対し支払った給料および賞与などの給与額は合計1億4,527万5,656円であって、これに対し源泉徴収して納付すべき所得税額は合計189万6,822円であるのに、納付日までにそれぞれこれを徴収して納付しなかったものである。