朴正煕大統領は事件直後、駐韓アメリカ大使に「北の奴等が私を殺しにきた」「北を攻撃しなければならない。2日で平壌まで進める」と、憤りをあらわにした。事件を北朝鮮が謝罪しない場合は、報復攻撃を行うべきとの書簡をアメリカのリンドン・B・ジョンソン大統領に送った。ところが、直後の1月23日にプエブロ号事件が発生する。アメリカは報復のために空母を派遣するが、すでにベトナム戦争を戦っている中で新たに朝鮮半島で軍事行動を起こす余力が無く、また北朝鮮と同盟していたソビエト連邦と直接戦争に至る可能性を考慮して、ジョンソンは外交交渉を選んだ。アメリカの援助を受けられないと知った朴は軍の北進を断念した。しかし朴は「われわれは日夜、このようにやられてばかりいるのか。何か方法はないのか。報復する方法が」と北朝鮮への対抗策を求め、政権内部での発言力を強めたかった大韓民国中央情報部の金炯旭部長が金日成暗殺部隊の創設を決意した。これによって1968年4月に創設された空軍2325戦隊209派遣隊は創設年月から通称「684部隊」と呼ばれ、青瓦台を襲撃した北朝鮮工作員の人数と同じ31人の隊員から構成された。部隊は仁川沖合の実尾島で訓練を受けることになったが、結局1970年以降南北融和の流れが加速したために金日成暗殺は現実的でなくなり、1971年に計画は撤回された。完全に宙に浮いた存在となってしまった684部隊の待遇は悪化し、不満が増大した部隊員は1971年8月23日に叛乱を起こす。バスを乗っ取ってソウル市内に向けて進み、軍・警察との銃撃戦の末に自爆した（実尾島事件）。同事件は、後に『シルミド』として映画化されるなど、韓国国内で見直しが進んでいる。
1968年1月、青瓦台の襲撃による朴正煕（パク・チョンヒ）大統領と閣僚の暗殺を狙って、第124部隊第1中隊第1小隊に所属する31名は、韓国軍第26師団の模擬制服で変装して休戦ラインを突破し、韓国領に侵入した。この際、韓国市民に偶然遭遇しているが、身分証などで住所氏名等を教えさせ、「通報すれば一族もろとも消す」等と脅迫して口止めした上で解放した。この韓国市民は、解放された後に警察へ通報した。1月21日、ソウル市内に入ると、持参した日本製の背広とレインコートに着替え、青瓦台800メートル手前の北漢山まで侵入した。しかし、先の市民の通報によるゲリラ情報等により警戒中だった韓国当局に検問を受け、その場で自動小銃を乱射して逃亡。突入は阻止された。韓国軍と警察部隊の2週間に及ぶ掃討作戦により、1名を逮捕、29名が射殺され、1名が自爆した。また射殺は27人で、1名から3名が逃亡したともいわれる。2名が重傷を負いながら軍事境界線を越えて帰国したという話もある。2週間の銃撃戦で韓国側は軍人・警察官と巻き添えの民間人の計68名が死亡した。逮捕されたのは当時27歳の金新朝（キム・シンジョ、朝: 김신조）少尉で、彼の供述により北朝鮮における特殊部隊の存在が明らかになった。また、「軍事独裁を敷く朴大統領が殺害されれば、韓国民衆は必ず労働者革命を起こす」と分析していたという。また金少尉はテレビカメラに向かって「私は朴正煕の首を取りにやってきた」と言い放ち、韓国国民に衝撃を与えた（現在は、ソウル市内の教会で牧師として働いている）。
1966年1月に韓国漁船が北朝鮮の魚雷艇に襲撃されて以来、11月と1967年4月には、北緯38度線で大規模な戦闘が発生し、南北の緊張は一触即発の状態であった。ソビエト連邦の情報部の分析では、これらの戦闘を扇動しているのは北朝鮮であった。北朝鮮は1966年、朝鮮人民軍総参謀部偵察局内に対南工作を専門とした第283部隊を設立。内部粛清によって1967年8月12日に第283部隊を124部隊（のちに特殊第8軍団に改称、現在の軽歩兵教導指導局）に改編して、ゲリラ部隊を韓国に潜入させる準備を進めた。
修二会のシンボルのような行事に二月堂の舞台で火のついた松明を振り回す「お松明」がある。この松明は上堂の松明といわれ、本来は、初夜の行を始めるために練行衆が登廊を登るときに道明かりとして焚かれるもので、室町時代の絵では50cmくらいのいまのチョロ松明程度のものであるが、江戸時代に徐々に大きくなり童子に寺から禁制が出されたが童子が見せ場を願い、そのまま今のように巨大化し演じるようになる。一人の童子が松明をかざして、後に一人の練行衆が続き、入堂された後に、その松明を舞台(欄干）に回り、火を振り回すのである。その後、裏に回り水槽で消され、上がってきた登り廊を降りていく。本行の期間中連日行われるが、12日は一回り大きな籠松明が出るので見応えがある。また、12日のみ11本の松明が上堂する。他の日は10本である。12日以外の日は、新入は先に上堂して準備をしているため10人、12日だけは準備をしてから一旦下堂するので11人の上堂となる。この籠松明は長さ8m、重さ70kg前後あり、バランスを取るため、根が付けられている。他の日の松明は長さ6～8m重さ40kg。籠松明以外は、使われる日の早朝に担ぐ童子自身が食堂(じきどう)脇で作る。材料は1～2年かけて集める。周辺各地から竹送りとして、名張の「伊賀一ノ井松明講」、奈良市内縁家による「仁伸会」、生駒市高山地区の「庄田松明講」、京都府京田辺市の「山城松明講」、などの講やグループから寄進があり、1年間保管の後に使用する。籠をくくるフジヅルは、滋賀県甲賀市（旧・信楽地区）の江州紫香楽一心講から毎年200kgが寄進されている。だが竹以外は年々調達が難しくなってきている。お松明の火の粉を浴びると健康になる、あるいは幸せになると信じられている。また燃えかすを持って帰り護符の代わりにする信者も多い。12日のお松明には年によっては2万人から3万人の人出がある。（ただし12日は非常に混雑するため規制・照明・放送などがあり、雰囲気を味わうには前半に見る方がよい。）