選帝侯のコレクションはミュンヘンに移るとバイエルン科学アカデミーに寄贈され、アイヒシュテット標本は科学アカデミーの博物標本管理責任者となったザームエル・トーマス・フォン・ゼメリンク(Samuel Thomas von Sömmering)によって研究されることとなった。ゼメリンクはキュヴィエの研究を知らぬまま1810年に講演という形で研究結果を発表し、その中で彼がOrnithocephalus antiquus と名付けたこの生物は哺乳類のコウモリの仲間であるという結論を表明した。1811年にキュヴィエの論文を知ったゼメリンクはその講演内容をアカデミーの紀要として1812年に掲載する際に、コリーニの説・キュヴィエの説共に批判的に論説している。しかしコウモリ説にこだわったため、キュヴィエと異なり標本を実際に調べることができた立場にいたにもかかわらず、彼の論文では上腕骨をコウモリが持つ大型の鎖骨と勘違いし、順に実際の前腕骨（尺骨と橈骨）を上腕骨に、実際の中手骨を前腕骨に、と間違えた骨格復元図が掲載されていた。ゼメリンクと同じくこの生物は飛翔する哺乳類だと考えた人物にイギリスのエドワード・ニューマンがいる。彼の説がゼメリンクと異なるのは、翼手目（コウモリ）ではなく有袋類であると考えたことである。空を飛ぶという行動様式をとる以上、爬虫類のような変温動物ではなく活動的な恒温動物でなければならないという観点による物であり、そのため彼が1843年に発表した復元図では体毛と耳介をもって空を飛ぶプテロダクティルスが描かれている。
このアイヒシュテット標本の生物に命名したのはフランスのジョルジュ・キュヴィエである。彼は1801年にこの生物は長く伸びた指骨に翼膜を張って翼とし空を飛んでいた爬虫類であるという見解を発表した。1809年にはさらに詳細な論文をしたため、そのなかでこの生物に "Ptero-dactyle" という形で名前を与えている。原標本の所有者である選帝侯が家督相続の関係でマンハイムからミュンヘンに居城を移し、それに付随するコレクションの移動に伴う諸問題のため、ここまでの一連の研究でキュヴィエは一度も実際の標本を手に取ることなく、コリーニが残した論文とそこに掲載されていた詳細な銅版画のみによって研究を進めていた。
前述の通りこの動物は世界で初めて発見された翼竜でもあり、その発見史は翼竜という生物そのものの理解の歴史と重なり合う。この生物の化石が初めて報告されたのは1784年のことであり、ファルツ選帝侯カール・テオドールのコレクション管理を任せられていたイタリア人博物学者コジモ・アレッサンドロ・コリーニ(Cosimo Alessandro Collini) が選帝侯コレクションの中に含まれていた化石についての報告として発表している。その標本はゾルンホーフェン近くのパッペンハイムという街に住むフリードリッヒ・フェルディナント伯爵から送られた物であり、アイヒシュテット産と言われているが発見と贈与の正確な日時は不明である。コリーニはその生物が全く新しい生物であることを理解し、いくつかの点で鳥類に似ているが明らかに鳥類ではないと結論したが、詳しい分類や命名は行わなかった。
食性は他の翼竜と同じく魚食性・虫食性などが考えられている。特に魚食は咽に咽喉嚢があることや、実際に体内に消化中の魚の一部が残された化石が発見されていることからも、多くの研究者の認めるところとなっている。また、その細長い口先をピンセットのように使い、シギ類のように岸辺でゴカイなどの無脊椎生物を漁っていたのではないかという考えもある。非常に保存の良い化石では、前述の咽喉嚢だけでなく翼膜なども保存されている。それを見る限りでは、コウモリのように足先まで皮膜が繋がっているような翼膜ではなく、最大でも脚の大腿部あたりまでしか広がっていないようである。また、同じ化石では趾間にみずかきが確認できるとする研究者もいる。この動物が水生動物ではなく飛行動物であったことはほぼ確実であるが、餌を捕る際などに泳いだかどうかについてははっきりした結論が出ていない。
現在の所、最古の翼指竜亜目の一つでもある。翼指竜亜目の祖先が嘴口竜亜目であることはほぼ確実であるが、プテロダクティルスは短い尾・長い首・短縮した第5趾・伸張した中手骨・癒合した前眼窩窓と鼻孔など、すでに翼指竜亜目として完成した体制を持っており、嘴口竜亜目の特徴を伺わせる部分は既に全くない。大きさは種によって変異がある。最小種のP. elegans では翼開長25cm程で、これは翼竜全体でも最小の部類に入るが、もっともよく出土するP. kochi で翼開長は約50cm、そして身体の一部しか発見されていないが最大種と推測されるP. grandis では翼開長は推定2.5mと、ジュラ紀で最大級の飛行動物であった。
19世紀初頭に発見された翼竜化石の多くが本属として記載されたため、その分布は一見非常に広く、北アメリカまでも含まれていた。しかしその後それらの化石の多くは詳細な研究の後ディモルフォドン・スカフォグナトゥス・ゲルマノダクティルス・ランフォリンクス・プテラノドンなど新属として再分類され、一時期の混乱は収まった。現在のところ本属であると見なされている主な化石の産地はドイツであり、ほとんどの標本がゾルンホーフェンとその周辺から産出している。それ以外の地域では、イギリス・フランスなどヨーロッパの他の地域からも化石が報告されている。また、ヨーロッパ以外では東アフリカからの報告がある。
安東忠季の子として誕生。一説には安藤重季の三男で忠季の養子となったともされる。永正8年7月26日（1511年8月19日）に、忠季の死去を受けて家督を継ぐ。永正9年（1512年）蝦夷地東部の村長であったショヤ（庶野）、コウジ（訇時）兄弟率いるアイヌ民族が蜂起し、数カ所の館を襲撃するという事件が起きる（ショヤコウジ兄弟の戦い）。上国守護職であった蠣崎光広・義広父子が撃退するも、翌永正10年（1513年）には再度攻撃を始め、松前大館が陥落し、松前守護職の相原季胤らが討ち取られた。空城となった大館には、翌永正11年（1514年）光広が入城し、尋季に対し上国に加え松前守護職への補任を求めてきた。尋季はこの申請を2度断ったものの再三に及ぶ要請を受け、これを追認したほか、蠣崎氏に蝦夷地を訪れる和人の商船から運上を徴収することを認め、その過半を檜山に送らせた。なお、このアイヌ蜂起を光広による謀略とする説がある。天文2年（1533年）、尋季が山王大権現の勧請の許可をする。天文15年（1546年）津軽深浦森山館で謀叛を起こした森山季定を蠣崎季広と共に攻め鎮圧した。天文16年2月8日（1547年2月27日）死去。家督は子・舜季が継いだ。尋季の治世中に舜季と湊安東定季の娘との婚姻が結ばれ、湊安東家と和睦が図られた。