専有部分の処分は、共用部分の共用持分と分離して行うことはできず、敷地利用権とも原則として分離して行うことはできない。日本では上記のとおり、建物と土地は別個の不動産として扱われるため、区分所有法の特徴的な制度となっている。そこで、不動産鑑定評価基準は、「区分所有建物及びその敷地」という類型でとらえている。不動産鑑定評価基準は、特有の価格形成要因について、各論第1章で、これらのものを挙げている。これらは、#重要事項説明（宅地建物取引業法）で述べている説明事項と重なる部分がある。
建物の建替えでは既存建物の取り壊しにより専有部分も滅失することとなる。区分所有権の保護と建替えの円滑化の調整の観点から、区分所有法では、区分所有者に対する専有部分の売渡請求権が認められている。区分所有法第62条に基づく建替え決議が成立した場合、建替え参加者又は買受指定者は、不参加者に対して専有部分、敷地利用権を時価で売り渡すことを請求できる。
建物の価格の2分の1を超える部分が滅失（大規模滅失）した場合の復旧については、支出の大きさ等から区分所有者に与える影響が大きいため、区分所有法では、専有部分の買取請求権が認められている。区分所有法第61条に基づく大規模滅失における復旧決議が成立した場合、その復旧決議に賛成しなかった（反対、棄権）区分所有者は、決議に賛成した区分所有者（承継人を含む）の全部又は一部に、専有部分、敷地利用権を時価で買い取るべきことを請求できる。
専有部分の改修は、当該区分所有者が責任を負うものであるが、管理同様に関連する共用部分と一体で行った方が効率的な場合もある。ただし、共用部分を対象とする修繕積立金を取り崩して専有部分の改修を行おうとするなど法的に問題のある事例も見られる。専有部分の改修により共用部分や他の専有部分に影響を及ぼす場合が考えられる。標準管理規約では、専有部分の修繕等については管理組合理事長の承認を要することとされ、理事長又はその指定を受けた者が必要な範囲で調査の実施すること、その調査に区分所有者は正当な理由がなければ拒否できないことが規定されている。なお、住宅金融支援機構は、「共用部分には手をつけない」のほかに、電気等の容量への注意、工事中は他の専有部分に騒音、振動等色々な影響があるため、工事関係者にルールを遵守させること等を呼びかけている。
日本の民法上不動産の売主は瑕疵担保責任を負うが、これは、隠れた瑕疵が対象で、損害賠償または契約解除のみが認められている。そこで、消費者保護、営業政策の観点から瑕疵の有無にかかわらず一定の不具合があれば、無償修補を行うアフターサービスがマンション分譲で広く見られる。修補を行う期間は、専有部分関係では、「室内建具、建具金物、造付家具、室内床仕上げ」等が引き渡しの日から2年間となっている。
専有部分の管理は、所有権を持つ各区分所有者が行うことが原則である。区分所有法では、区分所有者は、その専有部分又は共用部分を保存し、改良するため必要な範囲において、他の区分所有者の専有部分又は自己の所有に属しない共用部分の使用を請求することができるものとしている。この場合、他の区分所有者が損害を受けたときは、その償金を支払わなければならない。一方で、配管、配線等共用部分と一体になった設備部分の管理を共用部分の管理と一体として行う必要がある場合もあり、標準管理規約は、そうした必要があるときは管理組合で管理を行うことができるものとしている。
これは、いわば「最終手段」として専有部分等の所有権を剥奪する形となる措置である。区分所有者又は占有者が建物の保存に有害な行為等をした場合またはする恐れがある場合において、他の方法では区分所有者の共同生活の維持を図ることが困難である場合が対象である。管理組合総会の「特別決議」により訴えをもって専有部分の競売請求を行うものである（裁判事例）。
1941年夏のハワイ、オアフ島のスコフィールド米軍基地。辺境の地のこの基地は、軍の中の厄介者たちの溜まり場となっていた。この兵営G中隊にラッパ手のプルーイット（モンゴメリー・クリフト）が、転属してきた。ボクシング狂で自分のチームの強化を図る中隊長ホームズ（フィリップ・オーバー）が、かつてボクサーだったプルーイットに声をかける。妥協を知らないプルーイットはかつて試合中に親友を失明させたこともあって、ホームズの誘いを断る。人柄も良く機転もきく曹長ウォーデン（バート・ランカスター）はプルーイットを説得しようとするが、効果はなかった。彼は、孤立無援となり、分隊長のガロヴィッチ（ジョン・デニス）らにひどいシゴキを受け始める。味方は兵士のアンジェロ・マジオ（フランク・シナトラ）ただ一人。ホームズの妻で彼に愛想をつかした夫人カレン（デボラ・カー）は男たちと浮名を流し、現在はウォーデンと浮気をしている。一方、プルーイットは元ウェイトレスのロリーン（ドナ・リード）と恋におちる。アンジェロは勤務をさぼって営倉に入れられるが、以前からそりが合わない担当のジェームズ"ファツォー"ジャドソン（アーネスト・ボーグナイン）に痛めつけられ、脱走してトラックから落下して死ぬ。プルーイットはナイフで決闘してジェームズを殺し、ロリーンの家に隠れる。そして12月7日の朝、日本軍の奇襲が始まった。緊張感がなく穏やかだった基地は突如として最前線の戦場になる。混乱する基地を冷静に指揮したのは、それまで軍務に全く興味がなさそうで、やる気の感じられなかったウォーデンだった。プルーイットは緊急事態に基地に戻るのだが、仲間の兵士に背後から銃撃されてあっけなく命を落とす。そして、民間人に避難勧告が出され、カレン、ロリーンは基地を去ることになり、その移動の船中で穏やかだった日々に思いをはせるのだった。