特に長期間使っているハードディスクでは、コンピュータは情報を書き込む際に、空いている場所に随時書き込むように設計されているが、扱うデータが一定のサイズではないため、何度も書いたり消したりと言った操作を繰り返す内に、フラグメンテーションと呼ばれる現象が発生する。この現象は、例えるなら前出の長編小説の1巻が本棚右上・2巻が左隅・3巻が中央…といった具合である。だがコンピュータの誤動作等により、この細かい区分を統合するための情報が損なわれた場合に、これら情報を正確に統合して利用者に提供する事が出来なくなる。前出の長編小説で更に例えるなら「五巻が何処に行ったか見当たらない」というような状態だ。このようなファイル破損では、自動的に復旧するツールもあるが、その機能も絶対ではなく、特にOSのプログラムファイルが破損したり、設定ファイルが呼び出せなくなった場合には、致命的な問題が発生する。なおコンピュータのファイルは、基本的に複製を作る事が非常に容易い。破損して困るデータは、積極的にバックアップを取る事が勧められる。
コンピュータ側では、幾つかの段階を経て、画面上にデータの一つの塊として表示しているが、これをよりコンピュータ側からの視点で見た場合に、幾つものデータを寄せ集めて一つに見せている事もある。ハードディスクはこれらファイルを保存しておくための記憶装置だが、この中にはトラックやセクター（更にはクラスタ）と呼ばれる細かい区分が用意されており、この細かい区分複数個に跨って情報が格納される。丁度何巻にも分かれている大作長編小説のように区分けされて保管された情報は、更に突き詰めればビットと呼ばれるON/OFFの関係にある点（スイッチ）の集合であるが、これらはコンピュータの基礎部分のプログラムやOSのファイルシステムによって制御され、最終的に一つのファイルの形で画面上に表示されている。
ファイルはユーザーから見た概念的存在であると同時に、物理的な実体を伴う。すなわち、実際のコンピュータにおけるファイルには必ず物理的実体が存在する。多くの場合、ファイルは何らかの記憶装置に格納されている。例えば、多くのオペレーティングシステムはファイルを格納する装置としてハードディスクドライブを使用しており、最も一般的な不揮発性記憶装置になっている。一時的な情報を格納するだけのファイルは、揮発性のRAM上に格納することもある。Unix系OSでは、実際の記憶装置に対応していないファイルも数多く存在する。/dev/null など、/dev 配下のファイルや /proc や /sys 配下のファイルがそれに当たる。これらはユーザーからはファイルとしてアクセスできるが、実際にはOSのカーネル内のオブジェクトとして存在する仮想ファイルである。ファイルを格納する電子媒体としては、磁気テープもある。他にも書き込み可能なコンパクトディスク、DVD、ZIP、USBメモリなどにも格納できる。
最近のコンピュータでは、ファイルを誤って（または故意に）書き換えたり削除したりといったことから保護する方法が備わっている。マルチユーザー環境では、ファイルパーミッションによって、誰がそのファイルを修正したり削除したり、あるいはファイルやフォルダーを作成したりできるかを規定している。これにより、特定のユーザーだけがファイルやフォルダーを作成したり修正したりできるよう設定したり、特定のユーザーだけが中身を読めるように設定したりできる。もう1つの保護機構としてよく使われるのは、「リードオンリー」フラグを使う方法である。ファイルに対してこのフラグを立てると、ファイルの内容を読み込むことはできるが、書き換えることはできなくなる。これは変更されたり消去されたりすると困る重要な情報を保護するのに便利で、システムファイルなどの保護に使われる。システムによっては「隠し属性」フラグも持っていて、指定したファイルを（通常の手段では）見えないようにできる。これもユーザーに書き換えられると困るシステムファイルを隠すのに使われる。
善悪の判断力の危機を迎え、ディックはレックス・ルーサーのシークレットソサイエティ・オブ・スーパーヴィランズに潜入する為に「レネゲイド」というヴィランであるふりをした。ナイトウィングは長きに渡る宿敵デスストロークと結託し、ベインの毒の血清の精製と配布を追跡し、ソサイエティのゴッサムとブルードヘイブンでの暗躍を監視した。また、彼はデスストロークの娘「ラベンジャー」ことローズ・ウィルソンのトレーニングをはじめ、かつ巧みに改宗させた。デスストロークはブルードヘイブンがソサイエティによって破壊された時、ナイトウィングに復讐した。ソサイエティは街にケモというスーパーヴィランを投入し、100,000人もの市民を殺害した。ディックは生存者を救助しようとしたが、放射能汚染によって打ちのめされ、バットマンによって助け出された。ナイトウィングはブロックバスターの死を打ち明けバットマンに許しを求めた。バットマンは彼に自分が許すか否かは重要ではなく、ディックはブロックバスターの死を乗り越えなければならないのだと告げた。師匠に触発された彼は、バーバラ・ゴードンにプロポーズし、彼女は泣きながら彼にキスをして受け入れた。バットマンはナイトウィングにこの危機を呼び起こした原因について警告させた。ディックはタイタンズタワーに飛んだが、タイタンズのメンバーはブルードヘイブンの災禍やOMACの猛攻撃の対応に追われており、彼の呼びかけに応じたヒーローはスーパーボーイ（コナー・ケント）だけだった。彼らはともに事件の中心であるアレクサンダー・ルーサー・Jrの所在を突き止め攻撃するが、スーパーボーイ・プライムによって返り討ちにあってしまう。プライムがナイトウィングを殺害しようとする寸前、コナーが間に入って自らの命を犠牲にして装置を破壊し、多次元宇宙の崩壊を食い止めた。メトロポリスでの戦いの最中、バットマンの命を救おうとしたナイトウィングはアレクサンダー・ルーサー・Jrによって命に関わるほどの重傷を負った。元々、DCの編集者達はNewsaramaがフィラデルフィアで開催されたWizardWorldでのDCのパネルディスカッションで明かしたように『インフィニット・クライシス』でディック・グレイソンを殺すつもりでいた。ジャスティス・ソサエティに救われたナイトウィングは傍らにバーバラを見つけた。歩けるようになるとバットマンは彼に自分とロビンと3人でブルースがダークナイトとなった起源となった旅を再び辿ってほしいと頼んだ。ナイトウィングはバーバラとの約束のために躊躇ったが、彼女は行くように勧め、公正な決定が下せるように婚約指輪を返した。バーバラはディックが自分自身を取り戻すのを重要視しており、それまでは結婚するべきではないと感じていた。二人は良好な関係のまま分かれたが、出発前にディックは彼女にロビン/バットガール時代の写真とチェーンにつないだ婚約指輪、いつか戻ると記した手紙をいれた封筒を残した。 バットマンとロビンとの旅が終わると間もなく、ナイトウィングはインターギャングの足跡を追ってゴッサムに戻った。彼は新たなバットウーマンとレニー・モントーヤと共闘しインターギャングがゴッサムを破壊するのを止め、街中に散らばる炎を吹く何十もの装置を停止させた。