9月今季初戦となるオータムクラシック(オークビル)に出場。昨季と同様の楽曲を使用すると発表。SPでは冒頭の4回転サルコウを転倒したが、その後のトリプルアクセル(goeプラス3.68点)、4回転-3回転の連続トーループ(goe 3.99点)を完璧に決め、演技構成点 5項目は全て9点台をだし、SP 98.38点と首位発信となった。FSは、冒頭の４回転ループ、４回転サルコーは体制を崩しながら何とか堪え、ジャンプ以外のステップやスピンで得点を稼ぐ安定した滑りを見せ SP １位の羽生が総合力の高さで FSでも180.67点で１位となり 合計279.05点で、今季初戦を制した。 「今は、4回転アクセルの為にスケートをやり、その為に生きてるなと思います」と試合後に語った。
今後は復帰を目指し治療に専念するとして、4月13日に開幕する自身初プロデュースの凱旋アイスショー『Continues ～with Wings～（コンティニューズ・ウィズ・ウィングス）』でも、トークのみで滑る予定はないと発表。しかし公演初日に、安静期間を無事に終えて3月下旬から氷上練習を再開した旨を報告。ジャンプは跳ばないものの、サプライズで45日ぶりに氷上での演技を披露した。4月22日に地元の宮城県仙台市でオリンピック連覇を祝う凱旋祝賀パレードが開催され、前回（2014年）を上回る、約10万8,000人（直近の仙台市の推計人口：108万3,148人（2018年4月1日時点）の約10分の1に相当）の観衆から祝福を受けた。今後は4回転アクセルへの挑戦を目標に掲げるも、次の北京五輪を目指すかとの質問への明言は避けた。来季はなるべく多くの試合に出たいとしている。なお欠場と棄権が続いたことから五輪以外の主要なポイントを獲得できず、2013年より保持し続けた世界ランキング1位の座から、約4年半ぶりに陥落することとなった。シーズン終了時点で3位となる。6月1日に国民栄誉賞の授与が発表。仙台伝統の絹織物「仙台平」のはかま（人間国宝の甲田綏郎より贈られた）姿で授与式に臨み、7月2日に首相官邸にて安倍晋三より表彰状と盾を授与された。歴代27例のうち、冬季五輪の金メダリスト（冬季競技のアスリート）は史上初、また23歳での受賞は個人最年少となる。受賞者に与えられる規定の記念品は「皆さまを代表しての受賞という気持ちが大きく、僕個人の気持ちはあまり出したくない」という羽生の意向で辞退となった。受賞後は「ここまで切り開いてくださった方々がたくさんいる中で、代表として僕が頂いた」と感謝を述べたのち「この賞と、皆さまの期待とともに、これからも進んでいきたい」と語った。
ここは、地球によく似た異世界－。今や色彩も失った荒地だが、かつては緑の美しかった国。人類によって築かれた高度な文明は、その身勝手な創造と破壊から、著しい環境汚染をもたらした。緑の大地は熱砂に覆われ、母なる海は汚泥に埋もれた。全ての生態系は崩れ、愛らしい動物たちは息絶えて、そのあとには、汚染を巣窟とするおどろおどろしい奇形生物、バイオモンスターが発生していた。わずかに残った人類は武装し、廃墟と化した都市で部族を作り隠れ住んでいた。傲慢な人類の科学が産み落としたバイオモンスターから身を守るには、そうする他に生きていく術はない。若くて力のある者は、戦った。愛する者の命を守るために。そしていつの日か再び、美しい大地に戻すという、一筋の希望を抱いて。彼の名はヒューイ・ラグーン。武装部隊のリーダー的存在である。そしてそのかたわらには、美しい顔立ちからは想像もできないほど勇敢な、一人の女戦士がいた。彼女はシリア・フィリアーネ。エルフと呼ばれる魔法の術に長けた種族の生き残りであった。緊急命令で部族が招集された。人々が住むキャンプの周囲を囲むように、防衛ラインを確立しようという戦略だったが、所詮それはその場しのぎの作戦にすぎないことは、みなわかっていた。「それでは何も打開できない。この世界を作り出した根源に辿り着き、その力の根底にあるものを叩かねば！！」ヒューイとシリアは、すでに感じ取っていたのだ。混沌の流れを作り出している、どす黒いエネルギーの流れを・・・。それがなくならない限り調和のとれた秩序ある世界には決して戻りはしないということも。「力が欲しい。何にも負けぬ力が・・・。」そう思った時、天空の雲の切れ間から、一条の光をまとった太陽神アーリアが現れた。「我が名は太陽神アーリア。ヒューイ、シリア、前に出よ。汝らの中に秘めたる想いに全ての運命を賭けよう」そう告げると、アーリアは“聖なる剣”をヒューイに授けた。次の瞬間、目も眩むほどの閃光が二人を包み込み、天空に二匹の聖龍が姿を現した。雄々しいブルードラゴンと、気高いレッドドラゴン。かつて伝えられた「聖龍伝説」が、今、ここに再び、蘇ったのだ。「さあ、旅立ちなさい。そしてこの流れを変えてみなさい」二人の行く手には、想像を絶する不気味なモンスターが待ち構えているという。しかし二匹の聖龍に姿を変えたヒューイとシリアは、ひるむことなく、その意志の感ずるままに、大きく翼を羽ばたかせていった。そのどす黒い流れの源に、意外な正体が待ち構えているとは気づく術もなく・・・。※ビクター音楽産業（後のJVCケンウッド・ビクターエンタテインメント） VICL-40014〜15 GAMESOUND EXPRESS4 ドラゴンセイバー　ライナーノートより抜粋