アメリカとソ連の対立、いわゆる冷戦が深まり、隣国のポーランドやハンガリーで共産党の一党体制が成立していく国際環境の変化は、チェコスロヴァキアの国内政治にも影響を及ぼし、国民戦線を通じて連合政権を組んでいた非共産系の政党と共産党政権の亀裂が深まっていった。また1947年のマーシャルプラン参加をめぐっていったん参加を受諾したものの、ソ連の意向で撤回せざるを得なかったことや、コミンフォルムの創設会議においてユーゴスラビアなどから批判を浴びたことも国内の政治対立に拍車をかけた。1948年2月22日に、ノセク内相が閣内での合意を無視して非共産党員の警察官の職場復帰を拒否したことを受けて、12名の非共産系閣僚が抗議の表明として辞表を提出した。その後全国でソ連の後援を受けた共産党主導の示威行動が発生し、またソ連大使ヴァレリアン・ゾーリンがプラハ入りし、ソ連の介入可能性が高まっていく状況、そしてクレメント・ゴットヴァルトによる全国ゼネストの呼びかけといった政治的圧力を受けて、2月25日にベネシュは最終的に辞表を受理し、共産党と親モスクワ派の社会民主党によりゴットワルドが首班となる新政権を指名した。マサリクはこの政権でも外務大臣に留任した。
同年9月の第二次世界大戦開戦後の1940年に、チェコスロバキアの亡命政権がロンドンで設立された。マサリクは亡命政権の外務大臣に就任した。第二次世界大戦中、マサリクはBBCを通じてドイツ軍による占領下にあるチェコスロバキアに定期的に放送を行った。1942年にマサリクはベイツ大学から法学博士号を受け取った。1945年5月にドイツは連合国軍に敗北し、ソ連軍によりチェコスロバキアは解放されマサリクは帰国した。その後元チェコスロバキア大統領で、ロンドンのチェコスロバキア亡命政府の代表であったエドヴァルド・ベネシュが大統領に復帰しマサリクは外務大臣となった。しかし大戦後のチェコスロバキアはソ連の影響が強まり、1946年に実施された選挙でチェコスロバキア共産党が38％の得票を得て第一党になった。これを受けて共産党指導者クレメント・ゴットワルドを首班とする連合政党である国民戦線政府が成立し、内務省など治安機関や教育・宣伝といった重要ポストを獲得したが、マサリクはその一員として外務大臣に留任した。
第一次大戦中、マサリクはオーストリア・ハンガリーの軍隊に服務した。1918年よりチェコスロバキアは独立運動を開始し1920年に独立した。マサリクは1919年にチェコスロバキアの外交官となり、1922年まで、駐米国の代理大使となった。1925年にマサリクは駐イギリス大使となった。1938年9月29日のイギリスとフランス、ドイツ、イタリアの各国首脳により、ズデーテン地方帰属問題を解決するために行われたミュンヘン協定の結果、ドイツ系住民が多数を占めていたズデーテンラントのドイツ帰属を主張したドイツのアドルフ・ヒトラー総統に対して、イギリスおよびフランス政府は、これ以上の領土要求を行わないとの約束をドイツと交わす代償としてヒトラーの要求を全面的に認めることになった。この結果、ズデーテンラントはドイツ国防軍によって占領される事が決定した。マサリクはミュンヘンで協定書を受け取った2人のチェコスロバキア代表であったが、あまりの内容に涙を流したという。その後、イギリスに対する抗議のために大使を辞任したが、大使辞任後もロンドンに留まった。1939年3月にドイツはチェコの残りの地域に軍を送り、ボヘミアとモラヴィアを占領し、独立した独立スロバキアはドイツの保護国化した。これによりチェコスロバキアは事実上消滅することとなった。
第二次世界大戦中にアメリカ陸軍航空軍は、爆撃機護衛用の長距離戦闘機を求めていた。当時、長距離護衛戦闘機の主力だったP-38ライトニング、P-47サンダーボルト、P-51マスタングなどは単座機であり、ドイツ・日本本土爆撃などの長距離任務の際、パイロットは長時間に渡り一人で操縦し続けなければならなかった。そこで、パイロットの負担が少なくて済むように、交代で操縦できる複座戦闘機の開発が要求された。これを受けノースアメリカン社は、2機のP-51を連結した双胴式戦闘機（社内モデル呼称NA-120）をP-82として開発することとなった。陸軍航空軍から3機の試作機発注が1944年1月7日に行われ、3月には量産型P-82Bが500機発注された。その後、日本無条件降伏に伴い発注は20機に激減した。さらに一転し、軍は100機注文を出す。基本的にはP-51Fの主翼および水平尾翼どうしを連結し、レシプロ双発エンジン、コックピットは二ヶ所としたものである。ただし、全長が伸びており、翼なども結局再設計が必要となった。プロペラは左右で逆回転であり、トルクを打ち消すようになっている。エンジンはパッカード・マーリンV1650が搭載され、左側のエンジンは逆回転用にギアが一つ多くつけられていた。しかし、試作機は当初の初飛行試行に失敗する。約1ヶ月の検討の末に振り上げ後流が内翼に当たることで予想外の抵抗が発生しており、エンジンを左右入れ換える改修が施された。武装の機銃6丁は内翼に装備され外翼には機銃は設置されていない。また、パイロットが交代で操縦することができる。機体が大型になったものの、P-51に劣らぬ性能を発揮した。エンジンは後により高出力のアリソンV1710に変更された。試作機であるXP-82は1945年4月15日に初飛行している。部隊配備は戦後であり、長距離戦闘機型P-82Eは1948年より部隊配備されている。このほか、旧式化したP-61戦闘機の後継として、夜間戦闘機型が1948年から配備される事になった。結果的にはジェット戦闘機が長距離戦闘や夜間（全天候）戦闘を行えるようになるまでのギャップを埋めたレシプロ戦闘機として、朝鮮戦争でF-86セイバーなどのジェット機が活用できない状況で用いられた。夜間戦闘機型では、右側の操縦席をレーダー手席に改造し、中央部主翼の下に増槽型のレーダーユニットを搭載した。このユニットは胴体着陸時などに投下可能なよう、取り外し式であった為、高G機動時などで落下してしまう事があった。1947年3月28日、「ベティ・ジョー(Betty Jo、44-65168号機)」と名付けられたP-82Bがホノルル - ニューヨーク間の無着陸飛行に挑戦し、14時間32分かけてこれを成し遂げた。この記録はレシプロ戦闘機による無給油での最長飛行記録となり、未だに破られていない。