本作の劇伴 (BGM) は主に、旧作用に宮川泰が作・編曲したものを元にして彼の息子の宮川彬良が改めて楽譜を起こした、再録音版である。全曲とも、オーケストラによる新録音で収録された。宮川彬良は『宇宙戦艦ヤマト 復活篇』でも音楽を依頼されたが、父の苦労を知っていたため自信がなかったことと、旧作への思い入れから「復活篇はないだろう」と感じたことから、断っていた。本作についても当初は断ろうと思っていたが、第一作目のリメイク作品であることを聞き、「最初のヤマトをやりたい」というスタッフの意向に賛同し、依頼を快諾した。なお、旧作用BGMのマスターテープは劣化して使えず、譜面も現存していないため、宮川彬良は耳コピーで本作用の楽譜を2か月かけて起こしたという。本作用の楽譜のために集中して聴いた曲は、旧作の73曲（ないし77曲）および、「新コスモタイガー」のテーマ曲である。「新コスモタイガー」については、チーフディレクターの榎本明広の注文により、ワンダバ入りも作られた。また、旧作にない続編の曲には、「新コスモタイガー」以外に「白色彗星」（ニュー・ディスコ・アレンジ版）、「デスラー襲撃」、「大いなる愛」などがある。以上の分に加え、宮川彬良自身が本作用に新たに作曲したBGMは全体の約3分の1に相当するが、本人も「こんなにいるの?」と思うくらい多くの曲を作ったという。
メカニカルデザインは主に石津泰志と出渕裕が担当。ガミラスはダークグリーンを国防色としているため、塗装は一部の例外を除き、軍所属の艦艇は緑色、航空機は濃緑と緑の迷彩色である。また、親衛隊所属の艦艇・航空機は「高貴な青」である。艦艇、航空機などの有人兵器の大半には左右対称の目玉状の発光部が存在しており、戦闘時に黄色から赤へグラデーションがかかった色に変色する。なお、機関停止時や大破した時は全く発光しなくなり、黒ずんだ緑になる。例外として、ポルメリア級には黄色く点滅するリング状の発光部が存在する。また、ガイペロン級は発光部自体が存在しない。
メカニカルデザインは主に玉盛順一朗が担当。国連宇宙軍の識別番号で「BBS」は「Space Battleship（宇宙戦艦）」、「CAS」は「Space Armored Cruiser（宇宙装甲巡洋艦 / 宇宙重巡洋艦）」、「DDS」は「Space Destroyer（宇宙駆逐艦）」をそれぞれ表す。なお、ヤマト登場以前の旧式宇宙艦艇には艦内慣性制御がされていないため、乗員は無重力状態の艦内で磁力靴を履いて身体を床に固定している。それらの艦艇は、火星〜冥王星宙域の移動に約3週間かかっている。
#登場キャラクターと同様に、リメイク作品という性質に加えて個別に多数の項目が存在していることを踏まえ、旧作から引き続き登場するメカについては種別・級・全長・識別番号といった簡単な説明や旧作との差異を記述するに留め、詳細は個別の項目に記載するものとする。総監督とメカニカルデザインを担当している出渕の意向により、メカの名称については地球側を「〜型」と「宇宙〜」、ガミラス側を「〜級」と「航宙〜」と呼び、両者を区別している。名称・諸元は資料によって異なっている点があるが、ここではマッグガーデン出版の『宇宙戦艦ヤマト2199 公式設定資料集』に準拠（シェヘラザードのみ公式サイトに準拠）する。
設定の再構築に伴い、旧作では設定のみの存在だった者や続編から登場したために共演しなかった者などにも、本作では改めて設定が起こされ、本編へ登場している。なお、一部の人物の頭髪にはいわゆるアホ毛が存在するが、これは2009年時点における流行を踏まえ、総監督の出渕の反対を押し切る形で設定されたものである。そのほか、異星人の大半にフルネームや、地球人換算での年齢が設定されている。
明治の土木分野で伝統技術の研究を過去の事象、つまり近世以前の土木の世界にいちはやく着目したのは、河川分野であった。この分野では、実務への応用を念頭においた伝統技術の記録、紹介が早くから行われている。在野の研究者による初期の例として、近世に佐藤信季が著し、佐藤信淵が校した書を「隄防溝洫志」として明治9年に出版された農学所がある。校訂者は「百工新書」などの啓蒙書の執筆者として知られる宮嵜柳條である。また砂防の実務家だった宇野圓三郎は、熊沢蕃山が提唱実践した治山治水の考えや技法を踏まえ「治水本源砂防工大意」を執筆。近代に入ってからも国の土木職員も「堤防橋梁積方大概土木工要録」の中で、旧幕府から伝わる土木普請方の技術を整理し、後者ではそれを最新のオランダ河川技術と並列的に紹介している。これらの例に共通するのは、近世と近代の土木技術を連続的に捉える視点であった。明治20年代になると、近代技術と伝統技術を対比的に捉える論考が出てくる。例えば、尾高惇忠の『治水新策」と西師意の「治水論」は日本の自然条件や、氾濫被害を軽減する土地利用の伝統を考慮せず西洋を範として専ら強固な堤防の建設に注力していた風潮に、警鐘を鳴らしている。漢学に優れた彼らの主張には伝統工法とも関連が深い中国治水史の知識が生かされているとの指摘もある。その後、西洋化を推進する立場にあった内務技師の中にも、 日本の伝統技術に着する者が出てくる。例えば、利根川改修に携わり内務技監も務めた中川吉造、同じく利根川改修工事を経て東京出張所長となった真田秀吉である。特に真田は数理的則だけで河川は把握できず、個々の川の特性を踏まえた古今の工法に河川整備のヒントがあると考え、 日本の伝統工法を集成した『日本水制工論』を出版し、その成果は「明治以前日本土木史」の編纂にも生かされている。無批判な西洋化に対する疑問から湧き上がる伝統·歴史に対する関心がこの系譜を形づくってきた。この問題意識は第二次大戦後の河川計画史研究へも継承されていく。