2005年7月14日、最高裁第一小法廷は、「公立図書館の図書館職員である公務員が、図書の廃棄について、基本的な職務上の義務に反し、著作者又は著作物に対する独断的な評価や個人的な好みによって不公正な取扱いをしたときは、当該図書の著作者の人格的利益を侵害するものとして国家賠償法上違法となる。」として、船橋市に対する原告の請求を認め控訴審判決を破棄して東京高裁に差し戻した。一方で、原告らが求めていた『著書が保護される著者の権利』については判断しなかった。また前述のようにA個人についての審理は行われなかった。
2004年3月3日、東京高等裁判所は1審の地裁判決を支持して控訴を棄却した。原告団は最高裁へ上告した。ただしA個人に対する慰謝料請求については最高裁は上告を受理しなかったので、Aへの直接の慰謝料請求は原告敗訴で確定し、残る船橋市への慰謝料請求について継続審議された。
2002年8月13日、「新しい歴史教科書をつくる会」とその幹部の西尾幹二、藤岡信勝、坂本多加雄、高橋史朗および井沢元彦、岡崎久彦、谷沢永一、長谷川慶太郎の8人により、表現の自由を侵害されたとして東京地裁に提訴した。原告は執筆者としての人格的利益等を侵害されて精神的苦痛を受けたとして、Aに対して民法715条に基づき慰謝料の請求を求め、船橋市に対しても国家賠償法1条1項に基づいて慰謝料の支払を求めた。慰謝料の根拠としては、原告側は公的図書館では「公正な閲覧に供せられる利益を不当に奪われない権利や、適正・公正に閲覧に供せられ保管・管理される権利や，書籍を恣意的に廃棄れず、図書館利用者への思想・表現等の伝達を妨害されない権利などがある」と主張した。請求した慰謝料の総額は2400万円であった。船橋市は「著者に対して市は直接的な権利侵害は存在しない」と反論した。また原告らは船橋市に対してAを刑事告訴するようにたびたび求めていたが、船橋市は応じなかった。
2002年5月にAを6か月間減給10分の1、図書館長を3か月減給10分の1とする懲戒処分が実施された。また他に職員3人も処分の対象とされた。これら処分は、船橋市職員懲戒審査会の答申を尊重した上で、教育委員会議で決定された。廃棄された図書のうち103冊は、Aと船橋市教育委員会生涯学習部の職員の合計5人による寄付という形で弁償された。ただし廃棄された図書のうち4冊は入手困難であったために弁償されず、同じ著者の別の書籍を寄付することで代替された。
Aは上記の船橋市教育委員会による事情聴取に対して、当初は関与を否定するとともに「何で右の本が多いのか。左からの反対の声も上がるのではないか。したがって選書のあり方も問題だろう。」などと供述していた。しかし他の職員の証言との矛盾点を指摘されると最終的には、2001年8月10日、14日、15日、16日、25日および26日の6日間に、西部邁の著書36冊、渡部昇一の著書22冊、西尾幹二氏の著書9冊、福田和也の著書11冊などの合計107冊の図書を除籍したことを認めた。同聞き取り調査で、Aは特定の著者の図書を一時期に大量に廃棄するに至った経緯について、次のように述べた。利用者から新しい歴史教科書をつくる会が作成した教科書についての問い合わせがあり、それを調べる目的で関係図書を集めたところまでは覚えている — 平成14年第2回船橋市議会定例会会議録（第4号・3）Aは同聞き取り調査で、臨時職員らに命じて「つくる会」のメンバーの本を集めさせたことは認めたが、個人的な思想を背景として図書を廃棄したことを否定した。ではなぜ廃棄をしたかについては理由は説明できないと述べた。また市側も数々の証言がありながら、廃棄の原因や意図についてはAの独断としつつも『動機は不明』として最後まで踏み込んだ判断をしなかった。
2014年2月18日にニューヨーク・メッツとマイナー契約を結んだ。開幕後は傘下のAAA級ラスベガス・フィフティワンズで18試合に登板。1勝1敗1セーブ・防御率1.27と好投し、5月31日にメッツとメジャー契約を結んだ。同日のフィラデルフィア・フィリーズ戦では同点の延長11回裏から3年ぶりのメジャー登板。3回を2安打無失点に抑え、直後の14回表にメッツが勝ち越したため、勝利投手となった。2度目の登板となった6月4日のシカゴ・カブス戦では、1.1回を無失点に抑えたが、6月5日にDFAとなり、6月7日にAAA級ラスベガスへ降格した。7月6日にジョン・ニースが故障で離脱したため、再びメッツとメジャー契約を結んだ。昇格後は3試合に登板したが、7月20日にDFAとなり、7月23日にAAA級ラスベガスへ降格した。7月26日に松坂大輔が故障者リスト入りしたため、メッツと再びメジャー契約を結んだ。この年は27試合に登板し、1勝1敗、防御率1.45だった。オフの10月31日に40人枠を外れ、AAA級ラスベガスへ降格し、11月4日にFAとなった。2015年1月5日にメッツとマイナー契約で再契約した。4月5日にメジャー契約を結び昇格したが、5月14日に背中の痙攣で15日間の故障者入りし、7月7日に60日間の故障者リストに移行した。同年は11試合に投げたが、防御率5.63と今一つだった。しかし1勝を挙げたほか、メジャー初セーブもマークした。11月10日にFAとなった。2016年はメッツと再びマイナー契約したが、スプリングトレーニング終盤に解雇された。