中大兄皇子（天智天皇）らによる蘇我入鹿暗殺事件（乙巳の変（いっしのへん、おっしのへん））に憤慨した蘇我蝦夷は大邸宅に火をかけ自害した。この時に朝廷の歴史書を保管していた書庫までもが炎上したと言われる。『天皇記』など数多くの歴史書はこの時に失われ、『国記』は難を逃れて天智天皇に献上されたとされるが、共に現存しない。天智天皇は白村江の戦いで唐・新羅連合に敗北し、予想された渡海攻撃への準備のため史書編纂の余裕はなかった。その時点で既に諸家の『帝紀』及『本辭』（『旧辞』）は虚実ない交ぜの状態であった。壬申の乱後、天智天皇の弟である天武天皇が即位し、『天皇記』や焼けて欠けてしまった『国記』に代わる国史の編纂を命じた。その際、28歳で高い識字能力と記憶力を持つ稗田阿礼に『帝紀』及『本辭』（『旧辞』）などの文献を「誦習」させた。その後、元明天皇の命を受け、太安万侶が阿礼の「誦習」していた『帝皇日継』（天皇の系譜）と『先代旧辞』（古い伝承）を編纂し、『古事記』を完成させた。
『古事記』によると、応神天皇の時代に、「此の御世に海部・山部・山守部・伊勢部を定め賜ひき」とある。同じことが『日本書紀』巻第十には詳述されており、「処処（ところどころ）の海人（あま）、訕哤（さばめ）きて命（みこと）に従はず。則ち。阿曇連（あづみ）の祖（おや）、大浜宿禰（おほはまのすくね）を遣して、其の訕哤（さばめき）を平（たひら）ぐ。因りて海人の宰（みこともち）とす」さらに、「諸国に令して、海人及び山守部を定む」となっている。この時代は，4世紀後半からの大和政権の半島への進出の時代と推定され、水軍兵としての海人を組織化する緊急性があったものと想定される。史料文の「訕哤」であるが、海人が支配者層と異なる言語を使用していた異民族であることを暗示しており、『肥前国風土記』松浦郡値嘉（ちか）の嶋の条には、「此の島（値嘉の島）の白水郎（あま）は容貌（かたち）、隼人に似て、恒に騎射（うまゆみ）を好み、その言語俗人（よのひと）に異なり」とある。また、『書紀』巻第十二によると、阿曇連浜子（あずみ の むらじ はまこ）は住吉仲皇子（すみのえのなかつみこ）に味方して、履中天皇に刃を向けた。乱後、天皇は浜子を捕らえ、以下のように詔した。「汝（いまし）、仲皇子と共に逆ふることを謀りて、国家（くに）を傾（かたぶ）けむとす。罪死（しぬる）に当れり。然るに大きなる恩（めぐみ）を垂れたまひて、死（殺す罪）を免（許）して、墨（額刻む罪）に科す」そう言って、「即日に黥（目先きざ）む」、とある。時の人はこれを阿曇目と呼んだ、という。これは大陸の刑罰である黥（額に入れ墨をする刑罰）と、海人の阿曇部が行っていた入墨の慣習とを結びつけた説話だと言われている。これに類する物語が、『書紀』巻十四にあり、それは、鳥官が管理していた禽が飼犬によってかみ殺されたため、雄略天皇の命で、菟田の人の顔を黥（きざ）んで、鳥養部にしたというものである。また、同じ履中天皇の時代に、天皇が淡路島で狩猟をした際に、河内飼部（こうち のうまかいべ）らが饗応したが、飼部の黥（目先の傷）が癒えていない状態だったので、血の臭いに堪えられなった伊弉諾尊の神託により、以後は馬飼部に対して黥面をさせるのをやめた、と記されている。『古事記』の神武天皇条には、皇后候補の伊須気余理比売が天皇の使者である大久米命の入れ墨をした鋭い目を見て、「あめつつ　ちどりましとと　など黥（さ）ける利目（とめ）」（あまどり・鶺鴒（せきれい）・千鳥・鵐（ほおじろ）のように、あなたの目はなぜ入れ墨をした鋭い目をしているの）訳：荻原浅男と歌を詠み、大久米命が「嬢子（をとめ）に　直（ただ）に遇（あ）はむと　我が黥ける利目」（娘さんにじかにお会いしようと思って、私の目はこんなに大きく鋭いのです）訳：同上と返歌したことが載せられている。同じ『古事記』の安康天皇の条には、意祁王（おけのおおきみ）・袁祁王（をけのおおきみ）が大長谷王子（おおはつせのみこ、のちの雄略天皇）に父親の市辺之忍歯王が殺されたことを聞いて逃亡する際に、山背国の猪飼部の「面黥ける老人（おきな）」に御粮（みかれいひ＝乾飯）を奪われた、という記述もある。これらのことから、動物の飼育に従事する職務集団は、目の縁に入れ墨をした、ということが分かる。『魏志倭人伝』には、 「男子は大小と無く、皆黥面文身す（中略）夏后（かこう）少康（せうかう）の子、会稽（くゎいけい）に封ぜられ、断髪文身、以て蛟竜（かうりゅう）の害を避く。今倭人の水人、好んで沈没して魚蛤（ぎょかふ）を捕らへ、文身するもの亦た以て大魚水禽を厭（おさ）へむとしてなり。後（のち＝次第に）稍（やうや）く以て飾りと為す。諸国の文身各（おのおの）異り、或いは左にし、或いは右にし、或いは大きく、或いは小さく、尊卑に差あり。」と「文身」の習慣のことが記述されている。海人部の風習も、これらと同じものであったことが推測される。海人部を管掌していた阿曇連氏は、天武天皇13年（684年）に八色の姓が制定されたことにより、宿禰の姓を得ている。