近世には1596年（慶長元年）に実施された検地で近世村落が成立し、町域では7か村が成立する。全村が幕府直轄領で、甲府藩領を経て享保9年（1724年）の甲斐一国の直轄領化に伴い再び幕領化され幕末に至る。町域の7か村は近世を通じて存在し、いずれも甲府代官支配。玉川村以外は北山筋に属し、玉川村は中郡筋に含まれ上飯田代官支配であったが、幕末には7か村はすべて甲府代官支配となる。近世には戦国期以来の治水事業と用水路整備の進捗で笛吹川・荒川流域など甲府盆地の河川流域において石高の増加が見られるが、検地帳からは町域にあたる釜無左岸地域の諸村においても石高増加が認められ、近世初頭には初期代官平岡氏による指導で富竹新田の開発が行われた。宝永年間には代官指導で竜王・竜王新町、篠原、富竹新田の4か村を灌漑する竜王四ヶ村堰が開削され、四ヶ村組合により用水の維持管理が行われた。堰の開削により農業用水が引かれて新田開発が行われ、富竹村の住民が移住して富竹新田が成立する。生業は米麦栽培・畑作のほか、商品作物として木綿や煙草（甲州煙草）の栽培も行われている。竜王煙草は甲斐における江戸向け煙草の産地となった。また、近世には、町域を甲府下河原から大下条村（敷島町）・竜王新町を経て竜地村（双葉町）へ至る甲州街道をはじめ、徳行（甲府市）から万才・西八幡を経て西郡地域へ至る戸田街道や、富竹新田経由で三社神社へ至る御幸道、島上条村（敷島町）から富竹新田・篠原・玉川の諸村を経て市川大門方面へ向かう市川道など諸筋が通過している。整備されると宿機能は竜王新町へ移転する
南北朝期には篠原荘が衰退する。町域では釜無川氾濫の影響で中世村落の痕跡は少ないものの、篠原郷（八幡郷）や西八幡郷、西山郷、輿石郷、万才郷など戦国期の郷村も見られる。戦国期には甲斐国内を統一した守護武田氏により釜無川の治水工事が行われ、御勅使川の治水と平行して信玄堤が築造される。堤防管理のため棟別役を免除された人々が定住し、竜王河原宿が成立する。竜王河原宿は西郡道や信州道へ通じる宿としての機能を果たした。『甲斐国志』によれば、甲府市東光寺に所在した法城寺は奈良時代の養老年間に行基が竜王町域にあたる「篠原岡」の地に創建し、行基造像の国母稲積地蔵（上条稲積地蔵）が祀られていたという。国母稲積地蔵は甲斐国湖水伝承に関係する像で、『甲陽軍鑑』によれば往古に甲府盆地は湖であったが、国母稲積地蔵の霊験により盆地南部が切り開かれ、湖水が富士川として流れたという。この法城寺平安時代には源義光（新羅三郎）により国母郷内の古上条村（甲府市古上条町）に移され、さらに戦国時代の永禄年間には武田信玄により甲府に移転され、『甲斐国志』の編纂された江戸後期には甲府市東光寺に存在したが、現在では廃寺となっている。
天明8年に当時長崎奉行だった末吉は、長崎在勤中に閉門となった。その理由について、唐人屋敷を管理した唐人番たちが書き継いだ『唐人番日記』では、「未拾一番船信牌なし唐船之儀・未九番船折返シ之儀ニ付御差控之由」と、前年に来航した2隻の唐船（第九番船と第十一番船）の措置について不正をただされたためとある。このうち第九番船について、『寛政重修諸家譜』では、長崎在留の唐船を帰帆させた後に、折返し再航させたことが、先例こそあるものの一存でこれを許可したのは越権行為だったと書かれている。『続長崎実録大成』によれば、入港許可証である信牌を持参しなかった第十一番船に対して、末吉は薩摩に流れ着いて貿易ができなくなっていた前年度の六番船の信牌を流用して貿易することを認めたと記されている。当時のオランダ商館長シャッセーの私的日記によれば、通詞から得た情報として、この第十一番船は「ただ一冊の帳面、その中に、会所との間での彼らのもたらした荷物に関するある種の契約素案と注文が書かれていたが、その帳面だけを持って当地に来た」（「オランダ商館長日記」）と書いており、末吉は事前に何らかの約束をしていた第十一番船の商人と長崎会所のために、薩摩に漂流したことになっていた船の名義を転用したことになる。天明の大飢饉の際、長崎でも打ちこわし（天明の打ちこわし）が発生した直後、末吉は奉行としての都市運営の基本方針を呈しており、そこでは「御国益不失様、并御益筋之儀、程能勘弁有度候事」という文言があった。社会全体の「国益」と、幕府の収益となる「御益」の、両者を程よくバランスを取ろうという考えで、先任奉行の戸田氏孟が厳格な政策を推進したのとは反対に、現地の人たちのさまざまな立場を考慮した方針だった。ここに言う現地の人は、長崎町人だけでなく、唐人やオランダ人、長崎に蔵屋敷を設置していた西国諸藩の武士たちも含まれていた。歴史学者の木村直樹によれば、長崎の都市と幕府の政策とのバランスを考えて、長崎の町によりそった考えをしているうちに、奉行の裁量を超えた判断を下してしまったがゆえの閉門、そして翌年の奉行職更迭であったとしている。