1758年の終わり、シャーリーはバハマの総督に任命された。これは1759年初めまでに着任しなければならず、この就任と同時に陸軍中将に昇進した。長い時間をかけて、バハマにたどり着いたのは12月31日のことで、その時彼の船は座礁して難破した。最終的にナッソーに無事に着き、当然のように力による政治を行った。（この着任については、新しい職の準備、指令、そのほかの書類や時間がかかった赴任などの遅れがあるため、いつシャーリーの統治が始まったかについてはかなりのばらつきがある）バハマでの行政はのんびりしていた。総督が一番気を使うべき仕事は、島にいる密輸者への対処だった。一部の不法貿易と戦うために、本国政府に、ナッソーには自由貿易港が必要であると裏面工作をした。シャーリーはこの工作への影響力があったが、ナッソーでこれが受け入れられたのは彼が去ってからのことだった。彼はまた公邸の修復も指導した。また、USPGの基金による教会の建築も推進した。1765年に妻のフランシスが亡くなり、子供たちをイギリスに連れて行った。そうすることで、子供たちがそれ相当の扱いを受けられるからだった。シャーリーはバハマに戻って、その直前に制定された印紙条例への抗議に対処しなければならなかった。彼が地元の議会に、公式書類に印紙の使用を提案したところ、それに反対する反応があまりにもすさまじく、シャーリーはそのため議会を解散した。その次に議会が開かれたのは、印紙条例が廃止されてからだった。シャーリーの健康は衰えて行き、結局、1767年11月に息子のトーマスが総督職を引き継ぐことになった。シャーリーはボストンに戻り、ロクスバリの昔住んだ家に居を定めて、娘とその夫と同居した。1771年の3月24日、シャーリーはそこで亡くなり、葬儀は国葬で行われて、ボストンのキングス・チャペルに埋葬された。シャーリーは常に熱心な王党派だった。1755年の8月15日、ロンドンの高官に宛てた手紙で、アメリカの植民地が独立を宣言した場合、如何なる脅威でも至ってたやすく出し抜いてみせるとしている。すべての戦闘では、強力な海軍がなければ独立といったものは維持できない。海軍はイギリスの力であり、アメリカ人には持たせない。国王陛下が7000の部隊をアメリカに、五大湖に配置され、その結果、6つの植民地とインディアンとが自由にそれを使える、これはいたって簡単に思える。総督や植民地の高官は、生き延びるために議員から距離を置く。一般的に彼らは用心深い、地位を奪われないようにするためである
バミューダ・トライアングルの実態を調査したローレンス・D・クシュ（en:Larry Kusche）がこの伝説の原型と見られる記事を1955年1月16日のニューヨーク・タイムズから発見し、1975年の著書『The Bermuda Triangle Mystery - Solved』（邦題：魔の三角海域）で発表した。ニューヨーク・タイムズは1月15日のロイターからの情報として、過去5年間で9隻の船が謎の失踪を起こしていた「デビルズ・シー」と呼ばれる海域で「シンヨー丸」（Shinyo Maru）が行方不明となっていたが、実は無線が故障していただけで無事に生還したという話題を、悪魔が潜んでいるとしてパニックになった漁民の迷信や、特別危険区域に指定した海上保安庁の勇み足をからかうニュアンスを込めて記事にしており、バーリッツの1974年の主張の殆どがこの記事に盛り込まれている。水産庁の水産指導船（漁業取締船）「第十伸洋丸」が1955年1月4日以降連絡が取れずに行方不明になり、15日に連絡が取れたのは事実だが、伸洋丸が海上保安庁所属の観測船になっているなど、もとよりニューヨーク・タイムズの当該記事は正確を期しておらず、「危険区域」というものも、明神礁の15km以内に接近しない様、海上保安庁から1953年に通達があったのみだった。クシュは当該海域に関係する各方面に問い合わせたが、「デビルズ・シー」という呼称についても誰も知らなかった。更にこの原型と見られる記事が1月14日の読売新聞で発見された。読売新聞はこの事件を報じる際、東西200マイル、南北300マイルの海域で5年間に第五海洋丸を含む9隻の船が失踪している事を伝え、漁師から“魔の海”と恐れられているとした上、横浜海上保安部が特殊危険海域に指定していると記している。中には荒天での浸水が判明している例（第一清勝丸）などがありながらも「原因の一切は不明」とした上で、「海の神秘と結びつけ原子力時代における“怪談”すら誕生しかけている」と、この2ヶ月前に公開された映画『ゴジラ』とも絡めてオカルトめいた記事にしており、ロイターはこれを参考にしたと見られる。朝日新聞でも第五海洋丸と第三黒潮丸の消失に絡めて「この海域を“魔の海”と呼ぶ人さえ出て来ている」と記事にしているが、戦前から「魔の海」「魔の海域」という記述はあちこちで使われており航海上の難所以上の意味ではなかったが、ロイターはこれを「デビルズ・シー」（悪魔の海）と訳し、ニューヨーク・タイムズは、日本には悪魔への迷信があるかの様な記事にしていた。海上保安庁の観測船「第五海洋丸」は1952年に明神礁噴火の観測に赴いて乗員31名と共に行方不明となり、後に現場海域から救命ブイが発見されて沈没が確定し、遺留品の破損状況から爆発の圧力を受けて転覆したものと推定されたが、バーリッツや矢追純一は第五海洋丸の目的が噴火の観測である事を隠した上で謎の消失事件に仕立て上げている。