アメリカ植民地の批判を切り抜けた後、シャーリーは1750年にパリの和平会議に派遣された。この会議は英仏双方の強硬派が仕切っており、シャーリーは、ニューイングランドとヌーベルフランスの境界論争を決定することができず、1752年にロンドンに戻った。パリで、住んでいた家の大家の娘と結婚した。彼女は一部のシャーリーの子供たちよりも年下だった。シャーリーは新しい総督の職を探したものの、1753年にマサチューセッツに戻った。妻はイギリスに残して来た。マサチューセッツにおけるシャーリーへの反感は、彼がイギリスとパリにいる間に静まっていた。その後すぐシャーリーは、ヌーベルフランスとの境界で起こる紛争の増加に対応するために、メインへの遠征を計画した。1755年、エドワード・ブラドック将軍のもと2つの連隊がアメリカに派遣され、ブラドックはシャーリーを副指揮官に任命して、ナイアガラ砦の攻撃を命じ、一方ブラドックはデュケーヌ砦攻略に向かった。しかしシャーリーのこの作戦は失敗に終わった。このため任務を解かれ、反逆行為と無能力の責を問われるべく、イギリスへ戻った。1755年7月13日にブラドックが戦死した、この時、シャーリーの息子のウィリアムもともに戦死している。シャーリーはマサチューセッツ総督に加えて、イギリス軍の臨時の指揮官でもあった。この時、彼の部隊は、アカディア人の追放でチャールズ・ローレンスの支援に回っていた。これは、1万2千人以上のアカディア人の、ノバスコシアからの強制退去であった。アカディア人を乗せた船の何隻かが、1755年12月の始めにボストンに入港したが、シャーリーは彼らに上陸させないように命じた。冬が過ぎ、3か月たった3月までアカディア人たちは船に乗せられたままで、寒さと栄養失調で半分が死んだ。
アメリカ植民地にはもう一つの論争があった、それはルイブール遠征と、イギリス陸軍が駐在するまでのニューイングランド軍の駐在費用の、イギリス本国による填補だった。イギリス政府の、アメリカからの填補要求に対するイギリスの返事は時間がかかった。返答を待つ間、填補金をどう利用するかが新聞や冊子で論じられた。サミュエル・アダムズのように、その金をロンドンの銀行に預け、植民地の紙幣として戻ってくるように役立てたらいいという主張もあった。他に、ウィリアム・ダグラスやマサチューセッツ下院議長トマス・ハッチンソンが主張するように、その紙幣を兌換して、マサチューセッツに基軸通貨をもたらそうとする動きもあった。1748年、アーヘンの和約でルイブールの砦はフランスに返還された。イギリスは、大枚はたいたにもかかわらず、フランスにルイブールが戻されたことを植民地に黙認させるために、填補金の問題を保留し続けた。その間シャーリーは、セントフレデリック砦（現在のニューヨーク州クラウンポイント）の攻略のため資金を調達しようとしており、このために多くの紙幣を刷った。この作戦は他の植民地が支援に失敗した時点で却下されたが、結果としてインフレーションを招き、これによって有名な商人であるサミュエル・ウォルドをはじめ、シャーリーの支援者たちが総督批判に回った。ルイブールがフランスに戻されたことで住民のシャーリーへの不満は高まり、シャーリーは、イギリスのアメリカ植民地への陰謀の共犯とみなされた。ウィリアム・ペッパーレルでさえシャーリー解任の大勢の住民側に与した。イギリス政府に向けられる不満から自分で身を守る必要を感じたシャーリーは、1749年9月にイギリスへ渡った。その後ほどなくして、長いこと保留されたままになっていた填補金がボストンに届いた。
シャーリーの総督としての人気は落ちて行った。サミュエル・アダムズが編集し、ガマリール・ロジャーズとダニエル・フォウルが出版した『ジ・インディペンデント・アドヴァタイザー』は、定期的にイギリス政府とシャーリーの行政を批判した。この新聞は、シャーリーが、イギリス政府の高官に送った、アメリカ植民地に批判的な内容を綴った手紙を載せ、何度もシャーリーの解任をせまった 。ボストンでも著名な医師であるウィリアム・ダグラスは、ロジャーズとファウルが出版を請け負った一連の冊子でシャーリー、代将のノウルズ、そしてルイブールの作戦と占拠の指揮を攻撃した。シャーリーとノウルズはダグラスを告訴したが、敗訴した。
この空港ターミナルのアートワークの仕事を依頼されたのは、ちょうど大徳寺聚光院別院の襖絵を終えたばかりの頃で、休む間もなくこの仕事に取り掛かることになったが、むしろそれで良かったと語っている
2007年、「松風荘」の襖絵が完成する
これにちなみ、フィラデルフィア市が2007年4月27日をHiroshi Senju Dayと制定し、毎年フィラデルフィアでこの記念日の近辺に講演会が開催される
同年、京都造形芸術大学学長に就任する
2013年3月まで3期6年務める
2009年、ベネッセアートサイト直島の「家プロジェクト」に参加、全長15メートルの「空（くう）の庭」という崖の作品を完成させる
崖の背景にはあえて銀を使用した
それは銀が経年変化で黒変していくためで、時間が作品を少しずつ変えていき、去年見た作品と今年見る作品では別の作品になっていくという「無常感を視覚化したもの」であると語っている
銀の使用については尾形光琳の「紅白梅図屏風」からヒントを得たと語っている
2010年、APEC JAPAN 2010の会場構成を担当し、各国首脳が自分の絵の前で首脳会議を開き、その映像が広く世界に流れた
当時内閣総理大臣だった菅直人が、晩餐会のスピーチで全世界の首脳に自分を紹介してくれたことは、生涯忘れられない名誉なことだったと語っている
同年、東京国際空港国際線ターミナルのアートディレクションの一環として『ウォーターシュライン』と題する全長18メートルの滝の作品を制作する
作品は国際線の検疫、入国審査前の壁面に設置されている
清く美しい水のイメージを通して日本を世界に伝えていこうとするものと考えている
2011年、軽井沢千住博美術館がオープンする
設計は西沢立衛
それまでの閉鎖的なイメージがあった美術館を、全面ガラス張りという可能な限りオープンな空間にし、原則的に人工照明がないのが特徴である
外部の植林との調和を目指し、森の中を歩いていたらいつの間にかそこは美術館だった、というふうになるのが理想だと語っている
同年、水戸岡鋭治とともにアートディレクションを担当したJR博多駅がオープンする
公募により集まった3万点にのぼる一般市民が描いた葉や花、鳥の作品を、千住が描く木の枝で一つにまとめ、陶板のタイルに焼き付けるという巨大なアートプロジェクトである
2013年、大徳寺聚光院に新しく増築された大書院等に、襖28面と床の間2ヶ所にわたる障壁画を完成する
完成までに10年の月日を費やした
1979年に『モナリザ』がルーブル美術館から貸し出されて日本で公開された際、『モナリザ』と引き換えにルーブルに渡った狩野永徳の国宝『花鳥図』はどこからどう見ても完璧に近く、千住は自分が依頼された大書院の襖絵が、廊下一本隔てただけで狩野永徳の国宝作品と接することの重圧に長い間苦しんできたと語っている