Javaは言語仕様をシンプルに保つため、また乱用による難読化を防ぐため、ユーザー定義の演算子オーバーロードをサポートしていない。一方でコードの書きやすさおよび直感性は犠牲になっている。var myList = new java.util.ArrayList<Integer>(java.util.Collections.nCopies(10, 0));myList.set(4, -100);var gravityTable = new java.util.HashMap<String, Double>();gravityTable.put("Mercury", 0.377);gravityTable.put("Venus", 0.9);gravityTable.put("Earth", 1.0);double gravityOnVenus = gravityTable.get("Venus");var b1 = new java.math.BigInteger(Long.toString(Long.MAX_VALUE));var b2 = new java.math.BigInteger(Integer.toString(1));var b3 = b1.add(b2);C#は表記法の多くの点でJavaよりも多機能である。演算子多重定義やユーザー定義キャストなど、それらの多くはC++プログラマによって既に親しまれているものである。C#はインデクサ（C++のoperator[]に相当）をサポートする。インデクサの定義構文はプロパティと似ているが、this[]という名前をもち、一つ以上の引数（インデックス）を持つ点が異なる。インデクサを定義する際、インデックスには任意の型を使用することができる。var myList = new System.Collections.Generic.List<int>(new int[10]);myList[4] = -100;var gravityTable = new System.Collections.Generic.Dictionary<string, double>();gravityTable["Mercury"] = 0.377;gravityTable["Venus"] = 0.9;gravityTable["Earth"] = 1.0;double gravityOnVenus = gravityTable["Venus"];C#は（論理的一貫性を保つための制限はあるものの）ユーザー定義の演算子オーバーロードをサポートしており、注意深く使用すれば簡潔で可読性の高いコードを記述することができる。var b1 = new System.Numerics.BigInteger(long.MaxValue);var b2 = new System.Numerics.BigInteger(1);var b3 = b1 + b2;また、C#では明示的メンバ実装 (Explicit Member Implementation) が可能である。これによって、インターフェイスメソッドの実装とクラス自身のメソッドの実装とを分離することができ、また同じシグネチャ（名前および引数の数と型の順序）を持つメソッドが異なるインターフェイスにそれぞれ存在した場合に、インターフェイス名を指定して区別することでそれらの実装を別々に行うことができる。
JavaおよびC#はともに標準ライブラリでスレッドをサポートしている。OSのスレッドに対する薄い抽象化を提供するクラスとして、Javaにはjava.lang.Thread、C# (.NET) にはSystem.Threading.Threadが用意されている。そのほか、セマフォなどの同期オブジェクトやアトミック演算なども標準ライブラリでサポートされている。言語組み込みの同期構文として、Javaにはsyncronizedブロックおよびsyncronizedメソッドが用意されている。C#にはlockステートメントが用意されている。C# 5.0以降はasync/awaitコンテキストキーワードによる非同期メソッド構文がサポートされた。async/awaitはイテレータおよび.NET 4以降で追加されたタスク並列ライブラリ (Task Parallel Library; TPL) を実行基盤とする糖衣構文であり、非同期タスクの完了待機と実行結果の取得をあたかも同期メソッドのように記述することができる。
先述した地球の遺跡の例にも見られるように高度な文明を持ち、その科学力は非常に高い。金星にあるマゾーンの基地にハーロック達が進入した際、自己修復能力を持つロボットに遭遇しており、ハーロックはその科学力を「限界を超えている」と評し、危険視している。漫画においてその中心部で遭遇したラフレシアの「影」（ホログラフ）は人間のことを「まいた種」と発言しており、人間を造ったことも示唆されている。マゾーンの手先としてハーロックと戦ったトカーガの戦士・ゾルの小型艦に搭載されていたコスモグラフ記憶器はマッチ棒程度の長さをした棒状の記憶装置だが、これにトカーガ星などの惑星やマゾーンの中央艦隊の現在位置を示す情報がセットされている。これは人間の頭脳の容量にして10億人以上の情報量を持ち、魔地いわく「マゾーンの科学的能力を計る一種のバロメーター」。その情報量の多さにアルカディア号のコンピューターでは解析ができず、第2海賊島のコンピューターを使用することになった。その科学力をもってすれば、地球の人類が誕生したばかりの早い時期にすぐにでも植民地化できたはず、とハーロックは考え、マゾーンはあえてそれをせず何億年もそのままにしていたことが原作での終盤において謎として提示されたが作中で明確な答えは出ておらず、未完のまま連載を終了している。原作、アニメ両方で登場するマゾーンのペナントは、宇宙を進む際に次元波と呼ばれる無限大の到達距離を持つ波を掴み、地球に正確に打ち込まれた。アニメでの移動時には、アルカディア号の主砲パルサーカノンによる砲撃も受け付けなかったほどである。また、ペナントは遠い宇宙からのマゾーンを呼び寄せる次元波を誘導波に変えて発し続けるだけでなく、アニメでは地球潜入部隊のエネルギー活性源の役割も兼ねていた。このペナントの力だけでもマゾーンは脅威となることをクスコ教授は告げたが、地球人達はそれを真に受けなかった。バミューダトライアングル海底のピラミッドのマゾーンも、ペナントのように遙か宇宙の仲間に信号を発し続けた。その科学力は軍事力にも使用されており、アニメで登場したサルガッソ海の魔女アマンは、高水圧の中でも薄いビニール状ドーム内に生存し、第二次世界大戦で使用された戦艦武蔵や潜水艦を幽霊船として使用している。他にも幻影戦士（シャドーソルジャー）と呼ばれる実体と虚像の両方を用いてアルカディア号への潜入作戦を実行したり、惑星を動かしてアルカディア号に激突させようするなど、優れた科学力を用いた大小様々な方法でハーロックと40人の乗組員達を苦しめた。また、アニメで静香がスパイとしてアルカディア号に潜入する際には、マゾーン探知機を無効化する特殊光線も開発された。高い科学力による軍事力を持っているが、戦術に関しては初歩的であり原作においてハーロックは「広大な宇宙を無人の野を切り開くように来たので、戦い方を心得ていない」と評している。アニメでは地球上や惑星の至るところに兵器や戦艦を隠し持ち、終盤にそれらを用いて決起した際にはアルカディア号以外に対抗手段を持てなかった地球は簡単に蹂躙され、無気力な地球人達は右往左往して逃げまどうだけだった。