いずれの修習の場合も、最後に国家試験である「司法修習生考試」を行う。司法試験以来2回目の試験ということから「二回試験」とも呼ばれる。司法修習生考試は研修所から独立した司法修習生考試委員会によって、筆記考試の形式で行われる。科目は、民事裁判、刑事裁判、検察、民事弁護、刑事弁護の5教科で、1教科を1日かけて行う。具体的には、実際の記録を元に作成された研修用教材を題材として、設問に沿って事実認定上の問題点や法律上の問題点などを検討する。かつては、筆記考試科目に一般教養科目があったほか、筆記考試とは別に口述考試があり、試験委員による口頭試験の形式で、民事系と刑事系の2教科の試験が行われていた。この司法修習生考試に合格した者は修習終了となり、判事補・2級検事任用資格及び弁護士登録資格を得る。不合格の者は、法曹資格を得られない。かつては、合格留保として、不合格科目のみの追試をする制度があったが、59期を最後に廃止された。合格留保・不合格者は、長くゼロまたは1桁の時代が続いたが、59期は100人以上、修了者の約7%が合格留保者・不合格者となった。その後も、新61期考試で113人（受験者の約6%）の不合格者が出ている。不合格者は一旦罷免され、修習生として再採用を経て考試を再受験することとなる。なお司法修習生考試に連続して3回合格しない者は、再度司法試験に合格しない限り司法修習生に採用されないことになっている。
新司法試験合格者の場合、「法科大学院において実務教育がなされている」とみなされ、修習期間は1年とされている。カリキュラムは、10か月の実務修習と、司法研修所における2か月の集合修習に分かれる。新60期については実務修習前に1か月の導入修習が司法研修所にて行われていたが、新61期からはこの導入修習は廃止された。しかし、68期からは1か月の導入修習が復活した。実務修習では、全国の地方裁判所本庁所在地（新63期からは東京地裁立川支部も修習地に加わった）に配属され、刑事裁判・民事裁判・弁護・検察・選択修習を2か月ずつ研修する。選択修習では、各人の関心に従い、専門性を深める。
旧司法試験合格者の場合、司法研修所において1年4か月の修習を受ける。カリキュラムは前期修習、実務修習、後期修習に区分される。最初の2か月の前期修習と最後の2か月の後期修習は、埼玉県和光市の司法研修所における集合修習で、民事裁判・刑事裁判・検察・民事弁護・刑事弁護の5科目からなる座学・起案作成からなる。司法修習生を担当する第二部教官は、担当科目について実務経験の深い裁判官・検察官・弁護士が充てられる。各クラス、各科目につきそれぞれ1人の教官がいるため、教官総数はクラス数×5となる。その他、各科目につき、クラスを担当しない「所付」と呼ばれる教官（教材作成やクラス教官補助を担当する教官で、比較的若い実務家が登用されることが多い）が1名ずつ任命される。司法修習生の修習指導に関する必要事項は司法研修所長が定め、修習の企画その他の重要事項を定めるには、所長を議長とする第二部教官会議を経る。実施の具体的細目は、各科目教官が協議の上定める。中間の1年間の実務修習は、民事裁判修習・刑事裁判修習・検察修習・弁護修習を3か月ずつ行う。司法修習生は各都道府県の地方裁判所本庁所在地に配属され、仕事に立ち会ったり、裁判手続や書面作成のレクチャーを受け、実際の事件を題材として、実務家の指導の下、実務家法曹としての基礎を学ぶ。
裁判実務科目の占める割合が多い。民・刑事裁判における事実認定が基本とされ、検察・刑事弁護・民事弁護に関するカリキュラムも裁判における事実認定を前提とする。新司法試験合格者と旧司法試験合格者が併存していた60期から65期までは、以下のとおりそれぞれ別々に行われていたが、66期以降はそのような区別はなく、1年間の修習が統一的に行われている。
司法試験の合格者は、最高裁判所に司法修習生として採用され、公務員に準じた身分で司法修習を行う。司法修習は裁判官・検察官・弁護士のいずれを志望する場合であっても、原則として同一のカリキュラムに沿って行い、修了後、裁判官であれば判事補として任官、検察官であれば検事（2級）として任官（これを「任検」という。）、弁護士であれば弁護士会への登録を行い、それぞれ法曹として活動するほか、研究者等それ以外の進路を選ぶ者もいる。修習開始時期の呼称は、旧司法試験による場合は「旧第○期」といい、新司法試験による場合は「新第○期」という。新旧司法試験の区別が存在しない第59期まで及び第66期からは、単に「第○期」という。
航空機は飛行場または泊地（水上機の場合）のある根拠地、または艦隊内の航空母艦や一部艦艇（水上機の場合）に所属する。戦闘機/爆撃機/偵察機、陸上機/艦上機/飛行艇、などと言った種別があり、対戦闘機攻撃力、対爆撃機攻撃力、航続力など直接戦闘に関係するものの他にも、整備率、燃料消費量、生産資源量、生産工数、開発（に要する）ポイントなどと言ったパラメータが設定されている。また、ゲームの進行に伴い順次新型機が開発されるが、各タイプの開発優先度はプレイヤーによってある程度までの指定が可能である。本作では航空機搭乗員（パイロット）が、一人または数人単位で数値化されている。すなわち、いくら資源を採掘し航空機を増産しても、搭乗員が居なければ飛び上がることは不可能である。また、搭乗員にはレベル1 - 4の「練度」が設定されており、熟練搭乗員を用いればより良好な戦果を期待できる。この搭乗員は1941年12月の開戦時には合計で1000人強であるが、レベル4の熟練搭乗員の一部を日本本土に滞在させ「教官」とすることで、60ターン（半年）ごとに教官の数の4倍のレベル1搭乗員が補充される。一方、艦載機は練度4の搭乗員でしか運用することができない（空母に離着陸できない）重大な制約がある。よって、練度4搭乗員の運用について、それを前線に集め開戦初期の正面戦力を重視するか、本土に集め将来の航空兵力の充実を期待するかと言った点も、プレイヤーの裁量如何である。なお、天候が悪ければ飛行中の航空機が遭難し被害を受ける場合もある。