2001年5月発売。PI-EXビーダマンのように互換性が復活した。コアユニットを核に、ヘッド、ブレスト、アーム、レッグの各ユニットをRリベットで接合しており、機体同士で換装が可能。従来のビーダマンではホールドパーツとトリガーが連動する機構が多かったことなどから、ホールドパーツ、トリガー、マガジン基部が一体化したコアユニットを採用することで、発射機構の独創性と互換性の両立を目指した。しかし、発売予定パーツを多数残してシリーズは終了する。本体も4機しか発売されなかった。EUnitシリーズが半ば打ち切り状態となったのは、人気の低下以外にも、「スーパービーダマン」の版権が自社のみのものでなかったこと、「新型は旧型より強い」というストーリーのパワーインフレを脱出するため、開発者の交代、子どもの世代交代、ホビーの流行の変化など、数多くの要因からシリーズを完全新規の対戦形式へ変更するための準備期間であったと考えられる。実際、バトルビーダマンの初期シリーズは大きさや印象こそ違えど、構造的にはEユニットシステムを引き継いだ物である。
2000年7月発売。これ以降（E-Unitまで）はシリーズ全体の名称が「スーパービーダマンR」となっており、ロゴも若干変化している。構造が複雑過ぎた今までの反省から、完成品の販売、複雑な部品は組み立て済みにする、ネジ削減など、組み立てを徹底的に易しくして初心者の取り込みが図られた。独創性の高い（組立済みの）複雑な機構を輩出した一方で、パーツ間の互換性・カスタマイズ性は皆無であり、共通のカスタムパーツもバレルやマガジンのみである。ネジ削減のため「Rリベット」と呼ばれるプラスチック製のロックパーツが登場している。シリーズの後半になると、組立済み部分がほとんど無くなり、ネジも一切使わない、以降主流となる形式がほぼ完成された。
1999年7月発売。単に「EXビーダマン（エックス-）」とも。機構に強い個性がある反面、互換性に乏しかったPIシリーズの欠点を改良し、あらゆる部品を交換可能とすることを目指した。EXフレームと呼ばれる内骨格を中心に、EXヘッド、EXアーム、EXトリガー、EXコア、EXフットの各パーツで構成されており、これらのパーツをEXビーダマン同士で換装することができる。PIシステムの発展型であり、マガジンやトリガーなど一部パーツはPIとも互換性がある。また、ビーダマン本体に特定の別売りEXパーツを組み合わせることで「パーフェクトモード」となる販売形態が用いられた。EXフレーム各機体共通ランナーであり、今後頻繁に行われる共通ランナーを用いたシリーズ構成の先駆けとなった。
アニメ版『爆球連発!!スーパービーダマン』において、主人公たちがOSビーダマンの入手前に使用していた旧型のビーダマン、という設定のシリーズ。デザインはボンバーマン型ではないオリジナルのもの。OSビーダマンの旧型という設定のため、ビーダマン本体のデザインは1種類のみで、カスタムパーツもスーパーボンバーマンからの流用である。スーパーボンバーマンより構造は合理化されており、組立てやすさや強度は向上している。玩具においてはOSギアの装着も可能。このシリーズは『爆球連発!!スーパービーダマン』のアニメ化に伴い、ボンバーマン型ビーダマンが版権上の問題で使用することができないために登場することになった。また、後のバトルビーダマンゼロの素体がこの構造に酷似している。
1998年3月発売。PIはプラグインの略。OSギアを廃し巨大化した分、より複雑な機構が組み込めるようになり、それぞれの機体コンセプトに合わせた様々な機構が発案された。その一方でボンバーマン型との互換性は完全に無くなった。一方でアダプタを用いることで従来のOSパーツの一部は使用可能。マガジンやトリガーをビーダマンに「挿入」するように取り付けることからプラグインの名前がある。このシリーズの頃が人気の絶頂期で、新聞記事になったり（朝日新聞1998年4月6日朝刊11面）漫画は（番組内の1コーナーの形で）アニメ化を果たした。
1996年12月発売。ビーダマンの本体にOS（オーバーシェル）ギアという強化外骨格を装着させることによって、更なる機能強化が可能となった。このシリーズ以降、ボンバーマン型ではなく、メーカーおよび『爆球連発!!スーパービーダマン』の原作者今賀俊によるオリジナルデザインのビーダマンが主流となるが、OSシリーズではまだボンバーマン型との互換性は残っていた。スーパーボンバーマンシリーズの機体は基本的に同一の構造であり、追加パーツでカスタマイズを行うのが主流だったが、OSギア専用に開発されたOSビーダマンでは、独特の発射システムを持った機体も多く輩出された。
1995年11月発売。外観は従来のボンバーマン型ビーダマンと変わらないが、「コンバートシステム」が採用され各部のパーツが容易に分解・交換ができるようになった。『爆外伝』ではアーマーにのみ搭載されていた連射機能がビーダマン単体に搭載され、各種パーツの装着で機能の強化が図れるようになり、競技性能が大幅に向上。発売からやや遅れて、漫画の連載も開始される。一部の商品は、爆外伝シリーズのヨロイが装着できるほか、爆外伝シリーズのアーマーと組み合わせて遊ぶこともできる。また、競技性を持ちながら見栄え重視の組み換えも可能なヨロイ状のパーツも発売された。商品番号も爆外伝シリーズと共通であるほか、「作戦」（ビーダマンの競技ルールを指す）もPIシリーズまではスーパービーダマンと爆外伝の両方に掲載されているなど、この頃はスーパービーダマンと爆外伝は完全には分離されていなかった。
2015年3月7日、『北沢タウンホール』で開催された『第2回アイドルソロクイーンコンテスト』にLoveme Kissme所属の一二三茜と、FUNKASTIC☆JAM所属の姫里綾美がそれぞれエントリーし、予選ブロックをそれぞれ2位に大差を付けての1位という成績で突破し、本選でも姫里が3位入賞、一二三が10位ながら審査員特別賞受賞という成績を残した事で、両ユニットのプロデューサー命により1週間後に一二三茜と姫里綾美の2名により結成。結成当初はオリジナル楽曲は作らず、一二三茜と姫里綾美の楽曲をカバーし、更に昇華させていく事をコンセプトとしていた。6月9日にはファーストシングル『PEACE LOVE』をリリースすると、8月28日にはセカンドシングル『VISION』を発売した。いずれも「Akane-Side」と「Ayami-Side」の2種類が制作され、カップリング曲はそれぞれのソロ曲が収録されている。また、新宿で発売開催された発売イベントでは両シングルとも即時完売を果たした。2015年10月には初の海外ライブとなる、台湾で毎年開催される世界的ダンスイベント『BATTLE ISM』に日本人として初の参加。また、台中市からは感謝状が贈呈され、台湾のテレビ局で紹介される等日本国外にも知名度を広めた。