オスマン帝国は、1918年終盤、第一次世界大戦に敗北しムドロス休戦協定に署名し、帝国の解体過程の末期症状を呈していた。欧州諸国により「瀕死の病人」と見做されたオスマン帝国は、休戦協定によりボスポラス海峡の支配権、地下資源の使用権、陸海軍の指揮権を連合国側に譲渡した。ムドロス休戦協定締結後、イズミルはギリシャ、アダナはフランス、アンタルヤ及びコンヤはイタリアによって占領された。これらのほかに、ウルファ、マラシュ、アンテプ、メルズィフォン、サムスンにはイギリスが進駐し、イスタンブールにはイギリス艦隊が投錨した。これらに対する反抗として、トルコ人によって、トラキア－パシャエリ権利擁護協会や東部諸州国民権利擁護協会、併合拒絶の諸協会などの結社が設立され、占領状況を収束させるための方策が考えられはじめた。
ムスタファ・ケマルのサムスン上陸は、1919年5月19日に、オスマン帝国第9軍監察官ムスタファ・ケマル・パシャが貨客船バンドゥルマ号での航海の後にサムスンに上陸した事件である。トルコ共和国国民教育省によると、この事件はトルコ独立戦争の実質的な開始点とされている。サムスンにおけるギリシャ系武装組織とトルコの民衆の間に発生した衝突を収束させるため、オスマン帝国政府によりムスタファ・ケマル・パシャが第9軍監察官に任命された。。このため、ムスタファ・ケマルはバンドゥルマ号で監察担当地区に行き1週間にわたりマントゥカ・パラスホテルに滞在した。この間、同地域で発生した衝突の原因を調査し、進駐軍に対するトルコ人の抵抗組織の創設に自ら積極的な役割を果たした。ムスタファ・ケマル・パシャは、この1週間後にハウザに移った。その17日後、ハウザを離れアマスィヤに向かった。
1885年（明治18年）9月25日、佐賀県西松浦郡有田村（現・有田町泉山）に生まれる。生家は現存し（2018年現在）、生家前には2002年に記念碑が建立されている。佐賀中学校在学時には、誠友団と名づけた交友団体に属していた。会員には吉田善吾（海兵32期）や小説家の下村湖人がおり、下村の『次郎物語』に登場する新賀峯雄は古賀である。1903年（明治36年）12月17日、海軍兵学校（34期）に、席次195名中29番で入校。同期生に佐藤三郎、和田秀穂、住山徳太郎らがいる。1906年（明治39年）11月19日、175名中14番の成績で卒業。当時の帝国海軍の大勢を占めていた大艦巨砲主義論者ではあったものの、対英米条約協調派の1人であり、ロンドン海軍軍縮会議の際は海軍省首席副官を務め、山梨勝之進、堀悌吉、下村正助などと協同して暗殺される覚悟で条約締結に尽力。米内光政・山本五十六・井上成美などとも親しく、井上は古賀の事を「非常にものの判断の正しい人」と高く評価していた。また、山本や堀とは個人的にも親しかった。1937年（昭和12年）12月1日、軍令部次長。1939年（昭和14年）10月21日、第二艦隊司令長官に親補される。12月14日、勲一等瑞宝章。1941年（昭和16年）9月1日、支那方面艦隊司令長官に親補される。12月、太平洋戦争開戦。1942年（昭和17年）5月1日、海軍大将に親任される。11月10日、横須賀鎮守府司令長官に親補される。1943年（昭和18年）4月21日、前任の山本五十六大将の戦死に伴い、連合艦隊司令長官に親補される。25日、旗艦武蔵の在泊するトラックに着任。第二航空戦隊航空参謀だった奥宮正武少佐によれば、古賀は海軍士官の中では大柄な方で、どちらかといえば言葉数の少ない提督であり、軍令系統の人で山本大将とは異なる意味で最適な人事に思われたが、航空部隊の指揮官としての経験がないことが気がかりであったという。連合艦隊司令長官に着任した古賀は、戦艦「金剛」以下の護衛をつけ、戦艦「武蔵」で山本五十六の遺骨をトラック島から東京まで送り届けた。5月8日、トラック泊地の連合艦隊司令部（旗艦・武蔵）での作戦会議で、「日本海軍の兵力は米海軍のそれの半量以下で、勝算は三分の一もない」「活路を見出すためにマーシャル、ギルバート方面で、玉砕を覚悟で艦隊決戦を行う」と訓示を行う。11月、ソロモン方面ではろ号作戦を、中部太平洋方面ではギルバート・マーシャル諸島の戦いを指揮した。古賀は、前任の山本五十六大将のい号作戦の故知にならいろ号作戦を自ら発意して実行した。その結果、母艦航空兵力を消耗して回復に時間が必要になり、前方海域決戦の思想が後退することになった。守りの姿勢に転換し、艦隊決戦を行うならば離島守備隊も捨石にするという玉砕をかけての千早城戦法を採用し、洋上戦ではバルチック艦隊邀撃戦法によって敵の主力艦隊と艦隊決戦を行おうとする戦法を採用して、新Z号作戦を策定した。パラオ大空襲（1944年（昭和19年）3月30日 - 31日）のさなか、旗艦・武蔵からパラオの陸上に移っていた連合艦隊司令部は、急遽パラオからダバオに飛行艇で移動することとなった。しかし、古賀の搭乗していた飛行艇は途中で消息を絶ち、3月31日付で殉職と認定された（海軍乙事件）。古賀は3月31日付で元帥府に列せられ、同日付で従三位から正三位に位階を追陞された。また、同盟国ドイツから柏葉騎士十字章が贈られた。