2002年にシモンズらがアセトアミノフェン（パラセタモール、タイレノール®）に関連する新たなアイソザイムを発見したと発表した。COX-3は、主に中枢神経系に存在するCOX-1の変種（スプライシングバリアント）で、アセトアミノフェンなどの鎮痛消炎剤によって阻害されるとされ、チャンドラセクハランらにより構造が決定、発表された。ただしその後、COX-3の存在を疑問視する研究結果も発表されている。
連用した場合は薬物乱用頭痛を引き起こす。英国国立医療技術評価機構は、アセトアミノフェン・アスピリン・NSAIDsを単独または併用の服用が月に15日以上ある状態が3ヶ月以上続く場合、薬物乱用性頭痛の可能性が疑われるとしている
NSAIDsによるプロスタグランジン産生抑制→腎血管収縮による腎血流量減少＋ヘンレループでのナトリウム再吸収増加＋抗利尿ホルモン作用亢進→尿量減少となり、腎血流量低下と尿量減少から腎機能低下例では腎不全に至ることがある。
NSAIDsの胃腸障害作用は用量依存性であり、多くの場合致命的となる胃穿孔や、上部消化管出血を起こす。概ねNSAIDsを処方された患者の10～20%に消化器症状が現れ、アメリカでは年間に10万人以上が入院し、1万6500人が死亡している。また、薬剤が原因の救急患者の43%をNSAIDsが占めている。このような事態の多くは本当は避けられたとする研究結果もある。ある研究によると、NSAIDsを処方された患者の42%は、実際は不必要な処方であった。毎年アメリカ人の1万6500人が死亡というのは1999年の統計を米国人口に当てはめて推計したもので、後に過大評価との指摘もあり、2004年には1990年代の死亡率データから3200人としているが、実際にはこの推計は異なる時期の異なる患者集団を元にしており、より適切な臨床試験がなければ正確な評価は困難である。
分娩直前（妊娠末期）では、胎児の動脈管の閉鎖を引き起こすため、絶対に服用してはならない。又、手や指で部位を塗布した場合、犬や猫などの所謂、愛玩動物が何らかの経緯で中毒を起こし健康を害したり死亡させる事例が確認されている。
1829年初頭に、鎮痛効果があるとして民間療法で用いられていたヤナギの樹皮から初めてサリチル酸が分離された。非ステロイド性抗炎症薬は、意識抑制、呼吸抑制、依存などの容認できない副作用があるにもかかわらず、少量で鎮痛効果、大量投与で抗炎症効果がある薬物として重要なものとなった。以前は処方箋が必要であったが、現在では、イブプロフェンなどは薬局で販売される様になっている。古くはリウマチなどの重篤な疾患にのみ処方されていたが、スポーツや事故による怪我の鎮痛、腰痛や手術後の鎮痛にも処方される様になって久しい。癌や、冠動脈疾患など他の適応についての研究も続けられている。
エリザベス朝時代の劇作家クリストファー・マーロウは英訳されたユグノーの作品やおそらくは彼の故郷カンタベリーに避難してきた難民を通じてこの事件について熟知していた。彼はこの事件を題材とした強い反カトリック・反フランス的な作品『パリの虐殺』（The Massacre at Paris）を著した。この題材は1772年に上演されたルイ＝セバスチャン・メルシエの作品"Jean Hennuyer, Bishop of Lizieux"でも取り上げられている。この作品はエリザベス・インチボルドによって英訳翻案され、1792年に上演された。フランス革命の時期に上演されたマリー＝ジョゼフ・シェニエの作品『シャルル9世、または王様の学校』（Charles IX）はこの虐殺を教訓とする強い反王権・反宗教を描き大成功を収めた。シェニエは自らの主張を政治家として実践する機会を得ており、ルイ16世やその他多くの処刑の票決に加わっており、その中にはおそらくは彼の兄アンドレ・シェニエが含まれる。しかしながら、恐怖政治が終焉する以前に彼自身が穏健派の嫌疑をかけられて危険にさらされている。この題材は小説化もなされており、主な作品にはプロスペル・メリメの『シャルル9世の幻想』（Chronique du règne de Charles IX、1829年）やアレクサンドル・デュマ・ペールの『王妃マルゴ』（La Reine Margot、1845年）がある。デュマの小説を原作とした映画に『バルテルミーの大虐殺』（主演：ジャンヌ・モロー、1954年）と『王妃マルゴ』（主演：イザベル・アジャーニ、1994年）がある。この虐殺を非常に大まかにだが題材としたフランス・グランド・オペラ 『ユグノー教徒』（Les Huguenots、1836年）はジャコモ・マイアベーアの代表作の一つとなっている。ラファエル前派の画家ジョン・エヴァレット・ミレーは『サン・バルテルミの日のユグノー』（A Huguenot、1852年）において虐殺の場面での感傷的な情景を描いた。この作品ではカトリックの女性がユグノーの恋人にカトリックの印である白いスカーフを身に付けるよう説得するが、信仰に忠実でありたい男性は穏やかにこれを拒否している。ミレーはマイアベーアの『ユグノー教徒』を観賞した際にこの作品の着想を得た。サン・バルテルミの虐殺とその周辺の出来事はD・W・グリフィスの大作映画『イントレランス』（1916年）のオムニバスに組み込まれている。映画ではカトリーヌ・ド・メディシス（ジョゼフィン・クロウェル）が虐殺を計画し、息子のシャルル9世（フランク・ベネット）にこれを認可するよう強制する。その他の登場人物にはナバラ王アンリ、マルグリット・ド・ヴァロワ（コンスタンス・タルマッジ）、コリニー提督（ジョセフ・ヘナベリー）そしてアンジュー公（ホモセクシャルとして描かれている）がいる。この作品では事件に巻き込まれたユグノーの家族の創作場面と並行して史実の場面が描写された。