2008年8月から、東京 - ニューヨーク線に19インチの個人モニターやPC電源などが装備された半個室型シート「JAL SUITE」が導入された。なお、2008年9月から東京 - サンフランシスコ線にも導入されたほか、2009年度以降もロサンゼルス線やシカゴ線、ジャカルタ線にも導入された。同シートには、テンピュールとのコラボレーションによる専用マットレスと枕が提供される。ヨーロッパ線は、1980年代に導入されていた寝台サービス「スカイスリーパー」のイメージを取り入れた「JAL SKYSLEEPER SOLO」が導入されていた。イギリス人デザイナーのロス・ラブグローブがデザインし、イタリアのポルトローナ・フラウ製の皮革を採用したフルフラットやマッサージ機能、靴入れや小物入れ、オンデマンド対応の個人テレビやPC電源などが利用できる。2013年1月から、東京-ロンドン線にも23インチの個人モニターなどを備えた「NEW JAL SUITE」が導入された。
ファーストクラス向けの訓練を受けた客室乗務員のみがサービスを担当する。機内食は、日本料理が「京都料理芽生会」、フランス料理は「日本エスコフィエ協会」が監修したメニューが提供され、内容は他のクラスに比べグレードアップした内容となり、機内食の事前予約も受け付けているほか、10種類以上のアラカルトメニューも用意されている。アルコール類も、芋焼酎「森伊蔵」や日本酒「磯自慢」や「飛露喜」、「シャンパーニュ・テタンジェ」や「ポル・ロジェ」、「ヴーヴ・クリコ」「シャンパーニュ サロン」などの最高級銘柄が提供される。ポーチに入った資生堂特製の男性、女性別の専用アメニティセットや羽根布団が用意されるほか、オーディオもボーズ製のノイズキャンセリングヘッドホン「クワイアットコンフォート2」が採用されている。主要空港では、ファーストクラス専用チェックインカウンターや専用空港ラウンジの提供がされるほか、ヨーロッパ線とアメリカ大陸線（ハワイ線と他社運航のコードシェア便は対象外）の対象料金での利用者は、成田国際空港から東京都区部へのヘリコプター（森ビルシティエアサービスのユーロコプター EC 135）による無料移動サービスも提供されていた。
最上級クラスとして、東京 - パリ線やロンドン線、ニューヨーク線やロサンゼルス線をはじめとする主要欧米路線では、ビジネス客や富裕層向けにファーストクラスが設定されている。1990年代以降のビジネスクラスのサービスの充実などを受けて、以前よりは設定されている路線が減っている。詳しいサービスや機内食に関しては、JALホームページ で確認ができる。
選択肢の多い機内食や、スリッパ、アイマスクなどのアメニティの配布をはじめとする機内サービスの充実、個人テレビやPC電源などが装備されたシートピッチの広いシートの提供、エグゼクティブクラス専用チェックインカウンターや空港ラウンジの使用、マイレージサービスの加算マイル数の割増（125%）、機内への優先搭乗案内や手荷物の優先引き渡しなど、幅広いサービスが提供される。日本発の主要長距離路線の機内食は、日本料理は「京都料理芽生会」が、フランス料理は「日本エスコフィエ協会」が監修したメニューが提供されるほか、炊き立てのご飯（一部欧米線）やオリジナルのカップ麺JALですかいシリーズ「うどんですかい」などが提供される。一部路線の2回目の機内食には、和風、洋風10種類ほど取り揃えたメニューの中から、好きなものを好きな時に食べられるサービスが提供される。
1974年10月に、長距離路線を中心に運航されていたボーイング747のエコノミークラスの一部の客室を普通運賃個人旅客専用エリアとする「タチバナ・エグゼクティブ・キャビン・サービス」を導入した。この「タチバナ・エグゼクティブ・キャビン・サービス」は、あくまで一部の客室を普通運賃個人旅客専用エリアとするもので、シートはエコノミークラスと同じものを使用していた。その後、より広いシートや内容の充実したサービスを要求する声が高まったことを受けて、1980年9月1日に日本の航空会社としては初めてのビジネスクラスとして「エグゼクティブクラス」の導入を行った。当時は日本航空のみが国際線定期便に就航していた時代である。その後も数回に渡ってシートやサービス内容の更新を行っている。2013年1月に777-300ERの新座席に合わせ、JALエグゼクティブクラスからJALビジネスクラスに改名した。なお、1980年代中盤にはファーストクラスとエグゼクティブクラスの間に、シートピッチを広げ、幅の広い専用シートを採用した中間クラス「スーパーエグゼクティブJクラス」が設定されていた。が、その後のエグゼクティブクラスのサービス内容の向上などを受けて短期間で廃止された。
1998年から高速軽軌道システム「エアトレイン」の建設が始まった。2001年の9.11テロの影響で当初の計画を大幅に縮小し、予定より1年遅れの2003年12月17日に開業した。ケネディ空港内の各ターミナルや、駐車場、レンタカー会社のオフィスなどを結び、そのまま南は地下鉄のハワードビーチ駅に、北は地下鉄／ロングアイランド鉄道のジャマイカ駅に接続する。ターミナル間の移動は無料、両駅まではそれぞれ運賃5ドルがかかる。エアトレインを計画建設したのは、ニューヨークの空港を管理運営するニューヨーク・ニュージャージー港湾公社だが、同公社は崩壊したワールドトレードセンターをはじめ、テロ被害により一部使用が不能になったパストレインや、被災現場に近いことから通行規制が1年近く続いたホランドトンネルなども運営しており、これらの施設からの賃貸料、運賃、通行料などが途絶えたことや、観光客の激減で定期便のキャンセルが相次ぎ空港発着料をはじめとするさまざまな空港関連収益が減少したことで、深刻な財政難に直面することになった。そのため当初計画されていたジャマイカ駅からラガーディア空港を経由してマンハッタンの三番街59丁目通りの新駅に至る2期工事は中止となってしまった。ケネディ空港は3空港のなかでもマンハッタンからは最も遠い。しかもエアトレインが接続するのは一般の地下鉄と通勤電車で、前者利用では時間帯により所要時間が90分から120分、後者でも乗り継ぎによっては45分から90分はかかる。大きな旅行カバンを抱えてこうした公共交通機関に乗り替えなければならないというのは、旅行者にとってはいかにも不便であり、来訪者はもとより地元市民でもマンハッタンへ向かう者のほとんどはこれを敬遠して、落ち着いて座ることのできる空港リムジンバスやタクシー（3人で乗れば1人あたりの負担がリムジンバスの運賃とほぼ同じになる）を利用する傾向にある。このためエアトレインは開業以来採算割れが続き、これを改善するには2期工事を断行する以外に方策はないにもかかわらず、そもそも無い袖は振れないという、ジレンマの状態にある。