普通席とクラスJ、ファーストクラスの3クラス制を取っているが、路線や機材によっては普通席とクラスJの2クラスとなっている。2014年5月28日からは羽田－福岡線にWelcome! New Skyプロジェクトの一環として、機内インテリアを刷新し、国内航空会社としては初めて国内線に機内インターネットサービスを利用できる新機材「JAL SKY NEXT」をボーイング777-200に導入。JAL SKY NEXTはボーイング777-300など77機に導入された（機内インターネットサービスは2014年7月導入）。
新規参入航空会社が格安運賃で対抗してきているにも関わらず、日本航空と全日本空輸、日本エアシステムの大手3社は「片方が動けばもう一方が追随」の結果、日本の航空業界を支配する両社の運賃に大差はなく、その差額が数百円程度に収まっていた上、なぜか運賃改定が両社とも数日以内に行われていたことから「事実上のカルテル」だと揶揄されることも多かった。しかし一時期、国内線における全日本空輸との差別化は運賃にもおよび「片方が動けばもう一方が追随」というそれまでとは異なる状況になっていた。顕著な例としては、全日本空輸がバースデー割引を廃止して28日前までの予約で実質同運賃並みの運賃設定となる「旅割」を展開するのに対し、日本航空はバースデー割引を維持したまま、前述の「旅割」と同系の28日前までの予約で大幅割引の「先得割引」を新設するなど、運賃面でこれまで個人客向け運賃に弱かったと評されていた日本航空が全日本空輸より優位に立つなど、様々な戦略の変化が見られていた。しかし、その後の価格競争の激化によって、2014年現在では大きな差はなくなっている。なお、2008年4月にはJALカード会員限定で「ビジネスきっぷ」を発売した。マイルが100%積算され、最大で41%の割引となる。搭乗当日まで購入できることが特徴である。なお、繁忙期では往復運賃（ただし、往復運賃対象期間外は普通運賃）と同額になっており、文字通り当日購入するビジネス顧客をターゲットとした運賃である。なお、予約と同時にクラスJやファーストクラスの予約もできる。
設立当初より国内線の運航は東京発着便を中心とした幹線を中心に行っていたが、1972年に日本航空と全日本空輸、東亜国内航空（のちの日本エアシステム）の大手3社に対して運輸省より事業路線割り当て（いわゆる45/47体制）が行われ、日本航空は国内幹線の運航が割り当てられることになった。しかし、1985年にこの事業路線割り当てが廃止された後は、準幹線や地方発着のローカル線にも路線網を拡大した。2002年の日本エアシステムとの統合で、国内線の多くを日本航空ジャパン（旧：日本エアシステム）に譲渡するとともに日本エアシステムの国際線を引き継いだが、2006年10月1日に同社と合併したため、最終的に旧両社の国内線を一手に引き継いで運航することになった。その後の路線の統廃合を経て2009年現在は国内線61拠点164路線を運航している。なお、一部の便は子会社の日本トランスオーシャン航空、ジェイエアの乗務員と機材で運航されている。2004年12月1日の羽田空港第2旅客ターミナル開業に伴い、同年12月21日から第1旅客ターミナル（西旅客ターミナル）の南北両ウイングから搭乗できるようになった。これにより中国、四国、九州、沖縄地方への便の搭乗は南ウイング、北海道、東北、北陸、東海、近畿地方への便の搭乗は北ウイングと方面別に分かれた。
日本人ビジネスマンおよびその家族の日本国外への赴任や帰任時、赴任中の家族訪問時の出発地ならびに到着地の空港における各種支援サービスや機内サービスの提供を行っている。なお、成田空港、関西空港に設置されていたJALファミリーサービス専用ラウンジは2014年1月31日をもって閉鎖された。
1997年4月14日、私立醒吾高級中学（zh）2年に在学中の暁燕は、通学途中に誘拐された。犯人グループは500万ドルの身代金を要求した。冰冰はなんとか身代金全額は揃えた。しかし身代金受け渡しの失敗により、犯人グループは暁燕を殺害し遺体を遺棄した。実行犯の陳進興と林春生が通学途中の暁燕を拉致し、高天民が運転する車に乗り込んだ。そして予め五股西雲路に借りていた部屋に運んだ。犯人らは鼻だけ出した状態で黄色のゴムバンドを暁燕の頭部に巻きつけて、顔が見られないようにした。さらに縄で縛った状態で左胸を露出させて写真を撮り、林春生が暁燕の小指を切断した。暁燕が痛みで泣いて騒いだため、3人は殴ったり蹴ったり暴行を加えた。その夜は犯人3人ともそれぞれに家へ帰った。犯人グループから冰冰に娘を誘拐したとの連絡があり、その証拠として指定された場所に行くことを指示。冰冰は指定された亀山郷の霊園管理室そばに置いてあった写真3枚と切断された小指、身代金等を記載した紙を発見して事実と判明した。誘拐の通報を受けた警察は、すぐさま「0414特別案件」として署内チームを結成。身代金受け渡し時に逮捕出来るように準備を開始した。4月18日と19日の交渉で取引場所を台北市、台北県（現在の新北市）、桃園県と決めるも犯人らは現れなかった。警察は曉燕しか解らない数点の質問を行って安否を確認した。4月23日、再び犯人からの電報により新竹市で現金の受け渡しを行うと連絡があったが、今回も現れなかった。なお、この時点までに曉燕は強姦など性暴力を含む激しい暴行を受けて殺害されていた。取引が行なえなかった理由の一つとしてマスコミの行動に問題があったとして非難が集中した。