1959年の日本プロテスタント宣教百年記念聖書信仰運動を契機として、『口語訳聖書』 (1955年、日本聖書協会刊行) に代わる新しい聖書を求める声が高まった。1960年2月33日に創立された日本プロテスタント信仰同盟は、聖書翻訳特別委員を設けて15人の委員を選出した。委員の議長に松尾武が選ばれ、1960年4月8日に第1回の会議が学生キリスト教会館で行われた。東京恩寵教会で1960年4月25日に行われた第2回会議において「新しい翻訳聖書を要望する教派、団体に呼びかけて、その代表者たちと合同会議を開き、聖書翻訳ついての具体的な立案をすること」が決められた。1961年2月20日、松尾と常葉隆興、堀川勇ら聖書翻訳特別委員の代表は、日本聖書協会の総主事都田恒太郎らと日本聖書協会で会見した。日本聖書協会は、学問的な根拠があればとの条件で会見に応じた。松尾が「口語訳はどのテキストと使用されたか」と質問したが、日本聖書協会のメンバーは誰も答えられず、学問的な対話はできなかった。また、改訂の要請にもまったく答えなかったので、別の新しい聖書翻訳を目指すことになった。1961年3月に、米国のアムプリファイド聖書の発行者であるロックマン財団の代表者から、新アメリカ標準訳聖書 (NASB) と並行する日本語訳聖書の刊行の打診を受けたK・マクビティが、『詳訳新約聖書』の翻訳業に携わっていた松尾、舟喜順一、堀川勇、牧瀬雄吉が、3月27日から山晴館にこもって検討した。その結果、新しい日本語訳聖書の計画を立案することになった。1961年9月25日、松尾、舟喜順一、羽鳥明、堀川勇、牧瀬雄吉らがコミッショナーになり、ロックマン財団との間に協定を結んで、新改訳聖書刊行委員会を設立した。堀川が新改訳聖書刊行委員会の総主事に専任して、1961年『新改訳聖書』の翻訳の準備のために、協力団体の形成と翻訳者の選定のために、新改訳聖書刊行協力会が創立された。常葉隆興が会長になった。松尾は、新約翻訳主任に選ばれ、『ガラテヤ人への手紙』の翻訳者に選ばれた。1962年8月20日に翻訳作業が開始された。松尾は1967年3月に新改訳の完成を見ないで死去する。常葉隆興、名尾耕作らが遺志を受け継ぎ、1969年10月に完成した。
フランシスコ・フランコの独裁時代には非スペイン語の名前の使用が禁止され、またバスク出身選手のみにプレーを許すというチーム方針が撤廃された（グランドペアレント・ルールの発端とされる）ため、1941年から1973年までの間は、アトレティコ・ビルバオ (Atlético Bilbao) に改名した。様々な面で厳しい時代であった1940年代には、下部組織で優秀な選手を育成することでクラブとしての競争力維持に努めた。1941年にはテルモ・サラがデビューを飾り、以来13シーズンをアトレティコでプレーして公式戦通算294得点を積みあげた。サラはスペイン代表でも多くの試合に出場して20得点を挙げた。サラは1950-51シーズンに38得点を挙げたが、2010-11シーズンにレアル・マドリードのクリスティアーノ・ロナウドに塗り替えられるまで、この記録は50年間も1シーズン最多得点記録であり続けた。サラと同時代の著名選手にはホセ・ルイス・パニーソなどもいる。1942-43シーズンには、リーグ戦とカップ戦のダブル（2冠）を達成し、1944年と1945年にもコパ・デル・レイを獲得した。1950年代前半にはラファ・イリオンド、ベナンシオ・ペレス、アグスティン・ガインサなどのフォワードが次々と現れ、彼らは1949-50シーズンのコパ・デル・ヘネラリシモ（現在のコパ・デル・レイ）優勝に貢献。1955年にはチェコスロバキア人のフェルディナンド・ダウチーク監督が就任し、クラブにいっそうの繁栄をもたらした。ダウチク監督は1955-56シーズンにリーグ戦とカップ戦のダブルを達成し、さらに1955年と1958年にもコパ・デル・ヘネラリシモで優勝。1956-57シーズンにはUEFAチャンピオンズカップに初出場し、準々決勝でマンチェスター・ユナイテッドFC（イングランド）に敗れて敗退した。1957-58シーズンのコパ・デル・レイ決勝は栄華を極めていたレアル・マドリードとの対戦となったが、相手のホームであるエスタディオ・サンティアゴ・ベルナベウで勝利して優勝した。1930年代から1950年代にクラブの成功を助けたのは、各クラブに課された厳しい外国人選手数制限であった。多くの場合、クラブはメンバーの中に外国人選手を3人までしか入れられず、全ての試合で少なくとも8人のスペイン人選手がプレーした。レアル・マドリードとバルセロナは、アルフレッド・ディ・ステファノ（アルゼンチン出身）、フェレンツ・プスカシュ（ハンガリー出身）、ホセ・サンタマリア（ウルグアイ出身）、ラディスラオ・クバラ（ハンガリー出身）などの選手に二重国籍を取得させることでルールの裏をかいたが、アトレティコは自らのカンテラ方針を頑なに固持し、わずかの柔軟さも示さなかった。1960年代のスペインサッカー界はレアル・マドリードに支配され、アトレティコはわずかに1度、1968-69シーズンにコパ・デル・レイを獲得しただけであった。国際的なクラブのように、アトレティコはグランドペアレント・ルールを採用し、バスク地域に先祖がいる選手の獲得を許容した。このルールにより、バルセロナ出身のアルマンド・メロディオのアトレティコでのプレーが可能となった。1960年代にはメロディオの他にも、ヘスス・マリア・ペレーダ、ミゲル・ホネス、ホセ・エウロヒオ・ガラテなどがプレーを許された。この3選手はいずれもバスク生まれではなかったが（ガラテの両親はバスク人である）、いずれもバスク地域で育ち、バスク帰化人に区分された。1960年代前半にはホセ・アンヘル・イリバルが台頭し、守護神としてクラブのレジェンドの地位まで上り詰めた。1970年代はあまり良い期間ではなく、1972-73シーズンに1度コパ・デル・レイを獲得しただけであった。1975年11月20日にフランコが死去して独裁体制が終焉すると、12月5日のレアル・ソシエダとの試合直前、アトレティコのキャプテンであるイリバルとソシエダのキャプテンであるイグナシオ・コルタバリアは、イクリニャと呼ばれるバスクの旗をセンターサークルまで運んで儀式的に広げた。フランコの死去以来、公共の場でバスク国旗が掲げられた初めての出来事であった。1976-77シーズンにはUEFAカップの決勝に進出し、アウェーゴール差でユヴェントスFC（イタリア）に敗れた。これ以後、クラブはアスレティック・ビルバオに再改名した。