1947年7月18日から他の禁錮系判決を受けた戦犯たち（ヘス以外にバルトゥール・フォン・シーラッハ、アルベルト・シュペーア、カール・デーニッツ、コンスタンティン・フォン・ノイラート、ヴァルター・フンク、エーリッヒ・レーダー）とともにシュパンダウ刑務所で服役することになった。同刑務所は米英仏ソ四国の共同管理で月ごとに看守が交代した。イギリスが1月・5月・9月、フランスが2月・6月・10月、ソ連が3月・7月・11月、アメリカが4月・8月・12月を担当した。ヘスの囚人番号は一番後の7番であった。ヘスは刑務所に入る際に飛行服とヘルメットとブーツの保管に細心の注意を払うよう頼んでいる。受刑中もヘスは内向的で他の受刑者となじまず、一人瞑想したりしていた。アメリカ軍の刑務所管理官ユージン・バード大佐（Eugene Bird）は囚人たちにかなり寛大で、宇宙計画に関心を持っていたヘスのためにNASAの研究成果を調達したり、バード大佐の名前でヘスとNASAの科学者の文通を取り持つなどしていた。しかしそれを問題視したソ連の圧力で彼は後に解任された。1954年にノイラート、1955年にレーダー、1956年にデーニッツ、1957年にフンクが釈放された。そして1966年9月30日にシュペーアとシーラッハが刑期満了で釈放されると、ヘスはただ1人の受刑者となった。さらに、1981年9月1日にシュペーアが死亡すると、ニュルンベルク裁判の被告としては最後の生き残りとなった。しばしば家族や政治家、学者たちから減刑嘆願書が国連常任理事国に提出されたが、ソ連の反対によって常に却下された。拒否権を有するソ連が反対を続ける限り、ヘスが釈放される可能性はなかったが、ネオナチによってヘスは「ナチズムの殉教者」として次第に祭り上げられていった。しかし彼自身はネオナチを「正統なナチズムの歪曲や誤解の産物」として嘲り嫌っていたという。
戦時中にエジプトの父の会社は同地の事実上の宗主国であるイギリスによって敵性外国人財産として没収されていた。ヘスは1919年2月16日にミュンヘン大学に入学した。ミュンヘン大学入学とほぼ同時期に彼は国粋主義団体トゥーレ協会に参加した。ミュンヘンのホテル「フィーア・ヤーレスツァイテン」に武器を調達、義勇兵の徴募、サボタージュ部隊の扇動など、ミュンヘンを実効支配したバイエルン・レーテ共和国を打倒するために重要な任務を果たした。1919年5月にフランツ・フォン・エップ率いる義勇軍（フライコール）が「フィーア・ヤーレスツァイテン」に司令部を置いたが、この際に同義勇軍に加わっている。5か月ほど同義勇軍に将校として勤務していた。この後、ヘスはミュンヘン大学に戻り、経済学、歴史、政治学、地政学を学んだ。このとき地政学の父と呼ばれるカール・ハウスホーファー教授の薫陶をうけた。ハウスホーファーは大戦中には将官として出征し、また説得力に富んだ教授であったため、広く尊敬された人物であった。ヘスも彼に深く心酔し、強い影響を受けた。ハウスホーファーには「ドイツ民族には『生存圏』が不足しており、これは東方にしか見出すことができない」という持論があり、ヘスはこの生存圏構想に強く惹かれていた。ヘスは多くの元軍人たちと同様に、共産主義者とユダヤ人がドイツ革命の黒幕（11月の犯罪者）と確信していた。大学在学中も反共主義と反ユダヤ主義の政治運動に没頭した。元々ヘスはユダヤ人とまったく関わりがなく、反ユダヤ主義者でも親ユダヤ主義者でもなかったのだが、敗戦によるドイツの混乱が酷過ぎたため、当時横行していた敗戦の責任をユダヤ人に被せる言論に惹かれて一気に反ユダヤ主義者になってしまったという。ルール地方でスパルタクス団（ドイツ共産党の前身）の反乱が発生すると、その鎮圧に参加するため1920年3月29日に再びエップ義勇軍に入隊した。ヘスは国軍の飛行場を防衛する任に就いていた。4月末には反乱は鎮圧され、ヘスも4月30日にエップ義勇軍を退役した。
ルーマニアのブライラでユダヤ系の家庭に生まれた。1938年、反ユダヤ主義の高まりによって在学していたブカレストの高校から退学を余儀なくされた。1941年1月、ブカレストでポグロムの被害を受けて強制労働キャンプに連行され、1944年8月23日のソ連軍の侵攻まで収監された。第二次世界大戦中のこの4年間に、彼はフランス語を学び、スピノザやデカルトなど哲学書を読みふけった。解放後のモスコヴィッシはパレスチナ、ドイツ、オーストリアなどを精力的に旅した。また、のちにレトリスムを創始することになるイシドール・イズーと出会い、共同で芸術文芸批評誌「Da」を発行したが、ほどなく検閲にひっかかった。共産党がルーマニアの政府に参加した時に政治的所属に基づく促進を拒絶したので、彼は代わりにNicolae Malaxaの所有している大きなブカレスト工場の溶接工になった。1947年、国外亡命者キャンプのルートを利用しルーマニアを去り、ハンガリー、オーストリア、イタリアを経由してフランスにたどり着いた。 1949年、心理学の学士号を手に入れ、翌年パリの心理学学院（Institut de psychologie）の卒業証書を手に入れた。1950年から彼はソルボンヌ大学に通い続けるために難民基金を頼った。1961年に彼はダニエル・ラガシェ（Daniel Lagache）指導の下フランスで精神分析心理現象の論文を発表した。同時に彼は認識論と科学史をAlexandre Koyréによって教養を積み、同年アメリカのスタンフォード大学やプリンストン高等研究所に招待され、彼はイエール大学でも働き、1964年パリにある高等研究実習院の校長に選ばれた。彼はニューヨークのThe New School、ジュネーヴのジャン＝ジャック・ルソー教育研究所やルーヴェン・カトリック大学、ケンブリッジ大学などフランス国内や他国の様々な大学の客員教授となった。彼はEuropean Journal of Social Psychology（1969－1974）を共同編集した。またTheory of Social Behavior（1985）、collection Psychologie socialeフランス大学新聞（PUF）、European Studies in Social Psychology (1982) 、パリでÉditions de la Maison des Sciences de l’Hommeを編集した。