文治5年（1189年）8月、奥州合戦で大将軍となった国衡は、伊達郡阿津賀志山（現・厚樫山）で防戦（阿津賀志山の戦い）。寡兵ながら三日間にわたって激戦を繰り広げ善戦するも敗れ、出羽国へ逃れようとしたが、幕府御家人の和田義盛の矢で射られて深田に倒れ、畠山重忠の家臣・大串次郎に討ち取られた。没年齢は正確には不明だが、すぐ下の弟（異母弟）である泰衡の享年が25歳もしくは35歳とされているため、それ以上の年齢に達していたとされる。また、泰衡の首のミイラの状態から、20歳代-30歳代、23歳から30歳以上もしくは25歳以上と見積もることもできる。
しかしその後、文治4年（1188年）2月と10月に頼朝は朝廷に宣旨を出させて泰衡と基成に義経追討を要請する。『尊卑分脈』の記述によると、泰衡がこの年の12月に自分の祖母（秀衡の母）を殺害したとも取れる部分がある。真偽は不明だが、親族間の激しい相克があったと考えられている。翌文治5年（1189年）2月15日、泰衡は末弟（六弟）の頼衡を殺害している（『尊卑分脈』）。そして、閏4月30日に頼朝の圧力に屈して義経を襲撃し自害に追い込み、更に義経派であった異母弟（三弟）・忠衡も殺害した（『尊卑分脈』では五弟で忠衡の同母弟とされる通衡も共に討っている）。忠衡は父の遺言を破った泰衡に対して反乱を起こした（或いは反乱を計画した）ため、討たれたと考えられている。なお、理由は不明であるが、四弟・高衡は生き残っている。国衡は妾腹の生まれという負い目からか、この弟達の不和反目とその一部始終を傍観するしかなかった。
秀衡は家督相続に当たって兄弟間の融和を図るため、自分の正室を国衡に娶らせた。国衡にとっては義母であるが、後家は強い立場を持ち、兄弟の後見役である藤原基成が岳父となり、後継者から外された国衡の立場を強化するものであった。これは兄弟間なら対立・抗争がありうるが、親子は原則としてそれはありえないので、対立する国衡と泰衡を義理の父子関係にし、後家として強い立場を持つ事になる藤原基成の娘を娶らせる事で国衡の立場を強化し、兄弟間の衝突を回避したものと考えられる。この異母兄弟の関係性に付け込んで鎌倉の頼朝が庶子・国衡と接触して味方に引き込み、一族を分裂させるという危険性もあった。この奥州藤原氏に限らず、後継者になれなかった者に敵対者が接触して分裂を煽り、一族の弱体化を図るというのはよくある謀略であった。また、初代・清衡、2代・基衡も兄弟と争った経緯があった。秀衡がこの異腹兄弟同士の関係に苦慮していたことが窺える。このような処置を施さざるを得ないまでに兄弟間の関係は険悪であった。秀衡は自分亡き後、源義経を主君として推戴し、兄弟異心無きよう泰衡・国衡・義経に起請文を書かせ、三人一味となって源頼朝の攻撃に備えるよう遺言し、文治3年（1187年）10月29日没した。
第一次世界大戦以来、欧米列強は航空兵力の独立性を高めていた。英国では1918年4月、世界に先駆け空軍を設立し、同年アメリカ合衆国では陸軍の航空部門（Army Air Service。「陸軍航空部」と訳される場合がある）を独立させている。日本陸軍では1920年（大正9年）10月、陸軍航空制度研究委員が組織された。航空部本部長、井上幾太郎中将（同年8月進級）は前述委員の長として従来制度の改善を考察する責務が陸軍大臣より与えられた。また、同年12月から翌年にかけて海軍との共同研究も行われた。井上は陸海軍の航空を統一した空軍建設論を展開したが、海軍の反対だけでなく陸軍内部でも時期尚早論が大勢を占め空軍計画は頓挫した。次善策として航空制度研究委員は航空兵科の独立案、そのほか陸軍航空部を拡充し航空本部とすることなどを研究し、1922年（大正11年）11月に解散した。1923年（大正12年）3月、井上は第3師団長に転出し、白川義則陸軍次官が航空部本部長を兼務した。航空兵科の独立に障壁となるのは将校の人事であった。航空は操縦者を中心に将校の比率が高く、多くの若い尉官が年齢を重ねたときに佐官に進級させようにも航空兵という単一兵科の中では補職先が十分でないという懸念である。これに対して陸軍航空制度研究委員は操縦者に下士官を多数採用すること、航空技術および戦術の進歩により支援（整備、通信、気象、補給その他）の地上勤務者が増大し、操縦将校は将来そうした地上勤務の上級将校に転ずるという案であった。第一次世界大戦後の不況が原因となり日本を含む世界の大勢は軍縮基調であったが、列強各国は航空軍事に関しては上述のように内容の改善と充実に努めていた。日本陸軍では1922年と1923年の軍備整理を経て、1924年（大正13年）に就任した宇垣一成陸軍大臣が通算で3度目となる翌年の軍備整理（いわゆる「宇垣軍縮」）に着手した。その際に陸軍全体を量的に削減するかわりに質的向上として近代化が進められ、陸軍航空はその対象として充実がはかられた。難産の末に航空兵科独立と陸軍航空本部の設立が可能となった。