公式ページでは、本作品のモーションやボイスを流用したパロディムービーがシークレットシアターとして数本公開されている。本作の制作完了後、スタッフの打ち上げパーティーにて、本作デモ班が密かに制作したシークレットシアターが披露された。これを観た小島は公開を決断、急遽本作公式サイトでの配信が決定されたという。その後、本作公式サイトにてシークレットシアターのネタ募集をかけるなど、徐々に数は増えていった。完全版（上記参照）には公式ページにて公開されたシークレットシアターの高画質版に加え、完全版に向けて制作された新しいシークレットシアターが収録された。音声のほとんどは作中の物を編集して使用しているが、スネークや雷電が作中で喋っていない台詞を使うなど、新規収録が行われている。
2011年11月23日発売のPlayStation 3版およびXbox 360版、2012年6月28日発売のPlayStation Vita版。『メタルギアソリッド2』『メタルギアソリッド3』の移植版、『メタルギア』『メタルギア2』を収録。PS3版にはゲームアーカイブス版メタルギアソリッドの無料ダウンロードコードを同梱。
2007年7月に、メタルギア生誕20周年記念として廉価版である『METAL GEAR 20th ANNIVERSARY METAL GEAR SOLID BEST PRICE』が発売された。ディスクは2枚組で、1枚目には『サブシスタンス』の本編が、2枚目には『メタルギア』『メタルギア2』がそれぞれ収録されている。『サブシスタンス』に収録されていた『オンライン』「猿蛇合戦」「シークレットシアター」 は未収録となっている。
『サブシスタンス』に同梱されている、オンライン対戦ゲーム。費用は無料で、最大8人が同時対戦できる。キーボードでのチャットやボイスチャットにも対応している。オンラインサービスは2006年12月25日で終了した。終了日の1時間のみ、兵士全員の声が小島秀夫になるというサービスを行った。本編と同様にCQCが導入されており、オセロットはおろか一般の兵士ですら、スネークとほぼ同様のCQCを扱うことが出来る。しかし、スネークのものと比べて威力が格段に低い上、使用後バランスを崩してよろけるため、拘束も行なえないという仕様となっていた。
2005年12月22日に、同作の完全版にあたる『メタルギアソリッド3 サブシスタンス』が発売された。調整が加えられた本編、『オンライン』や「猿蛇合戦 完全版」、MSX2版『メタルギア』『メタルギア2』、シークレットシアターなどがディスク2枚にわたるボリュームで収録され、初回生産版にはポリゴンデモを再編集したストーリー観賞用ディスクも付属する。リアルタイムデモが変更されている場面があるなど、細かな部分で改良が加えられている。これまでの完全版と銘打った作品は全て音声が英語だったが、今作では日本語音声となった。また、通常版で問題となった、無線などのロード時間の遅延もこの『サブシスタンス』で修正されている。『メタルギア2』は、このディスクに収録されるまでアメリカでは発売されていなかった。
2004年にメタルギアシリーズ第5作目にあたるPlayStation 2対応ソフトとして発売された。1987年に発売されたMSX2用『メタルギア』以前の世界を描いたものであり、ネイキッド・スネーク (ビッグ・ボス)‎ が新たな主人公として据えられている。物語のテーマは「SCENE（時代）」。前作、前々作のテーマである「GENE（遺伝子）」と「MEME（文化的遺伝子）」に対する価値観や善悪が時代によって変化することを示す。監督の小島秀夫は発売前のインタビューで、太平洋戦争での原爆投下や東西冷戦、ケネディ大統領暗殺事件後のアメリカの迷走と、米ソ間の核兵器保有競争、それによる諜報活動の活発化が本作の本流だとしている。前作は一部のデモシーンのみドルビーデジタル5.1chサラウンドに対応していたが、本作は全編ドルビープロロジックII対応になっている。
主要な登場人物の一人であるニーナにはモデルがあり、妹のマリヤの友人のリジヤ・ミジーノワがその人である。リカと呼ばれたこの女性はチェーホフ家に出入りするうちにチェーホフに恋したが報われず、チェーホフ家で出会った別の妻子ある作家、イグナーチイ・ポターペンコと駆け落ちした。娘も生まれたもののやがてポターペンコに捨てられ、まもなくその娘にも死なれたこの女性をめぐる顛末が劇中のニーナの悲恋の元になっている。このほかにも『かもめ』には作者の身辺に実際に起きた出来事がいくつも盛り込まれており、チェーホフの「最も私的な作品」とも呼ばれている。第3幕でニーナがトリゴーリンに作品のタイトルとページ数を記したロケットを贈るシーンは、チェーホフと一時恋愛関係にあった人妻の女流作家、リジヤ・アヴィーロワから実際にそうしたロケットを贈られた出来事を元にしている。また、劇中でトリゴーリンやコスチャなどによってたたかわされる芸術論はしばしば作者自身の芸術観を代弁するものとなっており、特にトリゴーリンが吐露する作家生活の内情はチェーホフ自身の姿が投影されたものである。第1幕で上演されるコスチャの劇中劇は当時流行していたデカダン芸術のパロディといわれている。この劇中劇が受ける冷笑的な扱いは作者自身のこうした芸術への態度の表れでもあり、チェーホフは以前にも短篇小説「ともしび」（1888年）で登場人物にこうした虚無的思想傾向への批判を語らせていた。ニーナがたどった運命と同様のテーマは、すでに中期の小説「退屈な話」（1889年）でも扱われていた。そこではやはり女優志望の若い娘、カーチャが挫折して絶望に陥り、養父の老教授に「私はこれからどうすればいいのか」と尋ねたのに対し、老教授は「私にはわからない」としか答えられず、カーチャは寂しく立ち去っていった。この結末は人生の意義を見失い疲弊した当時のチェーホフの心境を映し出すものでもある。しかし『かもめ』におけるニーナはカーチャとは異なり、終幕において自分の行くべき道を見出している。名声と栄光にあこがれて女優を志したニーナが全てを失った後に終幕で語る忍耐の必要性は、まさにチェーホフが苦悶の末にたどり着いた境地にほかならない。カーチャからニーナへの成長は、サハリン島旅行（1890年）を経て社会的に目覚めていったチェーホフの進境を示すものであり、本作に提示された忍耐の必要性というテーマはさらに「絶望から忍耐へ」、「忍耐から希望へ」というモティーフへと発展を遂げ、後の作品に引き継がれていくことになる。