則治の孫・就治の代に主家の赤松氏とその守護代である浦上氏が対立して赤松氏の勢力が衰退の一途をたどり始めると、就治は東播三郡を支配下に置いていたことを背景に赤松氏から独立し、戦国大名として名乗りを上げる。就治は武勇に秀でたことから、その後は三好氏や尼子氏の侵攻を次々と撃退して勢力を拡大し、東播八郡（美嚢郡、明石郡、加古郡、印南郡、加西郡、加東郡、多可郡 、神東郡）を支配する別所氏の最盛期を築き上げた。しかし、就治の孫・長治のときに織田信長の命を受けた羽柴秀吉によって、有名な「三木の干殺し」にあう（三木合戦）。長治は2年間近く抵抗するというしぶとさを見せたが力尽きて1580年（天正8年）に自害し、ここに戦国大名としての別所氏は滅亡した。その後、就治の三男・重宗が秀吉の家臣となり但馬国八木城主（あるいは丹波国園部城主）として存続。重宗の子の吉治の代には江戸幕府の下で八木藩を治めることとなったが、1628年（寛永5年）に参勤を怠ったことから改易された。後に許された息子の守治や重宗の他の息子の系統は旗本となった。宝永年間に長崎奉行を務めた別所常治（つねはる）は子孫にあたる。なお、則治の子孫の三木城主別所氏とは別に西播磨利神城主の分家も存在したが、こちらも宗家に同じく信長に叛いたため山中幸盛（鹿介）により城を落とされて滅びている。また、水戸藩第2代藩主徳川光圀の養父三木之次（仁兵衛）は別所一族の出身で、安治の弟の子（つまり長治の従弟）にあたるとする説が存在するが定説ではない。阿波三木氏の家伝に拠ると、別所長治の叔父、別所治之の子・別所規治が三木城落城の折、阿波の中喜来浦に逃れ、藍商となったとするが、確かな証拠は無い。
氏祖は平安時代、赤松氏の祖である赤松季房（すえふさ）の孫・赤松（別所）頼清（よりきよ）とされている。時を経て室町時代には、赤松敦光（あつみつ、赤松則村の弟・円光（の実名）またはその子）や赤松則祐の三男の赤松持則が別所氏の名跡を継いだ。古くから三木近辺を拠点とし、現在の三木城跡から外れた位置に城を構えていた。室町時代中期以降、嘉吉の乱により主家の赤松氏と共に別所氏も一時衰退したが、応仁の乱により赤松氏が勢力を回復すると別所則治は三木城を築き初代城主となった。そのため則治は別所氏中興の祖と言われる。
広島県深安郡神辺町（現福山市）出身。旧姓・佐藤、本名・英士。旧制福岡中学校（現・福岡県立福岡高等学校）を経て、東京帝国大学美学科卒。東京帝大講師を経て、戦後東京芸術大学教授。東京芸大邦楽科の新設に尽力。その後武蔵野音楽大学教授、東洋音楽学会会長、義太夫協会会長、琵琶楽協会会長、宮城道雄記念館館長などを歴任し、1994年文化功労者。雑誌『季刊邦楽』主幹も勤めた。日本の伝統音楽の美学的研究で知られる。主著に「日本音楽の性格」「日本音楽の歴史」「宮城道雄伝 この人なり」など。また、一般向けの啓蒙書も数多く発表し、戦後の邦楽の隆盛に一役買った
シリーズは、イギリス王国をモデルとするマンティコア王国の女性軍人であり後に政治家ともなるオナー・ハリントンとその同僚たちを中心に描かれ、2000年ほど未来の銀河系での、激しい変化と緊張の時代を舞台にする。物語の多くは西暦4000年から4022年の間の出来事を扱うが、人類が太陽系から離散(ディアスポラ)し始めた西暦2103年から始まる離散紀元で暦が数えられる。本シリーズは、ハリントンが離散紀元1859年に生まれて40年後から始まるが、それ以前の出来事を扱う外伝もある。シリーズ前半の政治情勢はヨーロッパにおける18世紀後半から19世紀にかけての歴史を反映している。特にセシル・スコット・フォレスターのホーンブロワーシリーズや、オナーのモデルとして実在のホレーショ・ネルソン提督が意識的になぞられている。マンティコア王国はイギリスをモデルとし、革命直後のフランスをモデルとするヘイブン人民共和国には、フランス革命時の著名人を意識的になぞらえた人物が数多く登場する。君主制と貴族制を維持するマンティコア王国は、革命により共和制となった直後に侵略国家となった大国ヘイブン人民共和国と死闘を繰り広げる。当初、作者はオナーを軍歴のピークとなる〈マンティコアの戦い〉でネルソンのように死なせ、オナーの子たちを主人公としてシリーズを続けるつもりだった。だが、マンティコア王国とヘイブン人民共和国が共通の敵と戦う外伝をエリック・フリントと共著することになり、この予定は大きく変わることになった。シリーズ後半は、一転して遺伝子操作された奴隷を販売し、多くの政府を陰で操り、巨大企業を運営する、惑星メサを中心としたメサ連盟、およびこれに操られる巨大な太陽系同盟が主敵となる。メサ連盟は600年にわたり陰謀と秘密の技術を駆使して太陽系同盟を分裂させようとしてきた。ともに奴隷制を憎むマンティコアとヘイブンは講和し連合して太陽系同盟およびメサ連盟と戦う。アメリカでの公民権運動の著名人をなぞらえた人物が多く登場するようになる。本シリーズの『Mission of Honor』以降の長編、およびサガナミ・シリーズ外伝とCrown of Slavesシリーズ外伝では、マンティコアとヘイブンが協力をはじめ、やがてベーオウルフなど他の国家とともに"大連合"を結成してメサ連盟と戦う。これら二つの外伝はそれぞれ別の登場人物を追い、銀河系内の異なる地域を舞台にして、巨大だが腐敗した太陽系同盟に関わりながら展開する。外伝に登場した人物や出来事が、本シリーズでも引き続き語られる。太陽系同盟は、メサ連盟に操られて失敗を重ね、辺境国家の離脱に遭い、マンティコアやベーオウルフを攻撃して失敗し、オナー率いる大連合の奇襲にあって降伏する羽目となる。シリーズ外伝の長編およびアンソロジーには他の作家も参加しており、"シェアード・ワールド"となっている。またオナー・ハリントンの時代の約3百年前に舞台を移したシリーズ外伝の長編、中編および短編も書かれ、この時代から始まるメサ連盟の陰謀との戦いも描かれる。日本語訳は、2007年の本シリーズ『女提督の凱旋』を最後に途絶えており、シリーズ外伝やアンソロジーは翻訳されていない。