2006年1月10日、「Wikipedia」がウィキメディア財団保有の登録商標となった。2006年3月1日、英語版ウィキペディアで100万本目の記事（en:Jordanhill railway station）が作成された。2006年前半には、複数のアメリカ合衆国議会職員が秘密裏にウィキペディアの政治家記事の改変を行なっていたことが発覚（アメリカ議会職員によるウィキペディアの編集）し、世間一般の関心を集めた。一方で、ウィキペディアはインターブランド所有の「Brandchannel」が発表した「2006年グローバルブランド・トップ5」に名を連ねた。ジミー・ウェールズは「ウィキマニア2006」で発言し、ウィキペディアは量的に十分なレベルに達したが、今後は記事の品質向上に集中する必要があると述べ、10万本の秀逸な記事という目標を掲げた。「オーバーサイト」と呼ばれる新たな権限が導入された。2005年に導入された「半保護」は広く活用されるようになり、2006年には常時1000以上のページが半保護の状態に置かれていた。
オンライン調査会社ヒットワイズによれば、2005年にウィキペディアはインターネット上で最もよく引用されるウェブサイトとなった。ウィキペディア英語版の記事数が75万本を突破した。2005年第一四半期に実施されたウィキペディア公式の資金調達イベントで約10万ドルが集められ、その資金はサイトの成長に伴うシステムのアップグレードに使われた。2005年10月には再び中国でウィキペディアへのアクセスが遮断された。2005年には、ある著名なジャーナリストのウィキペディア記事が荒らされ、誤った経歴が気づかれないまま数ヶ月掲載されていたことが発覚し、ウィキペディア初の大きなスキャンダルとなった。（ジョン・シーゲンソーラー ウィキペディア経歴論争）このスキャンダルが1つのきっかけとなり、この種の荒らしに対抗することを目的とした方針やシステムの変更が実施された。主な変更点として、ソックパペット調査を容易にする「チェックユーザーの方針」の制定や、「半保護」と呼ばれる新システムの導入、「存命人物の伝記」についての方針導入による存命中の人物についての記事の正確性に対する基準の厳格化が挙げられた。ウィキマニアの第1回大会「ウィキマニア2005」が、2005年8月4日から8日にかけてドイツ・フランクフルトの「ハウス・デール・ユーゲント」で開催され、約380人が出席した。
2004年もウィキペディアの記事数は急増を続けた。100の言語版での総記事数は、2003年末から2004年末までの12ヶ月で50万本以下から100万本以上に倍増した。全記事に占める英語版ウィキペディアの記事の割合は50パーセント弱だった。この年ウィキペディアのサーバファームがカリフォルニア州からフロリダ州に移され、カテゴリとカスケーディングスタイルシートが導入された。2004年6月に中国で2週間ウィキペディアへのアクセスが遮断され、ウィキペディアがブロックされた初の事例となった。2004年10月、合衆国第11巡回区控訴裁判所での「Bourgeois対Peters裁判」に下された裁定中でウィキペディアの記事（en:Homeland Security Advisory System）が引用され、法廷意見にウィキペディアの情報が利用された最初期の例となった。2004年9月7日、全言語版ウィキペディアのメディアファイルを包括・供給するプロジェクトとして「ウィキメディア・コモンズ」が発足した。
2003年、英語版ウィキペディアの記事数は10万本を突破し、次に規模の大きいドイツ語版ウィキペディアの記事数も1万本を超えた。「ウィキメディア財団」が設立され、ウィキペディアのロゴとしてジグソーピースで構成された球体のロゴが採用された。数式の記述にTeXが再導入された。2003年7月、ウィキペディアにおける自分自身の記事の編集に反対するルールが定められた。2013年10月、ドイツ・ミュンヘンでウィキペディア編集者の懇話会が初めて開かれた。2003年11月24日には自由利用できるテキストを包括する独立プロジェクトとして「ウィキソース」が設立された。
この年ボミスがウィキペディアへの資金提供を終了し、ラリー・サンガーがプロジェクトから離れた。最初の姉妹プロジェクト(ウィクショナリー) が立ち上げられ、最初の正式なスタイルマニュアルが公開された。2002年1月25日、従来ウィキペディアが使用していたソフトウェア（UseModWiki）に代わり、「フェーズⅡ」と呼ばれるマグナス・マンスケ制作の専用ウィキソフトウェアが導入された。7月にはフェーズⅡソフトウェアがリー・ダニエル・クロッカーの手で大幅に改良されて「フェーズⅢ」となり、フェーズⅢソフトウェアはその後「MediaWiki」と改称された。2002年2月、将来的な検閲やボミスによる商業化といったリスクへの懸念から、スペイン語版ウィキペディアから大多数の編集者が離脱・独立し、新たに「エンシクロペディア・リブレ」を立ち上げた。一方で、ジミー・ウェールズはウィキペディアが商業広告に使われることは今後も一切ないと保証した。この年からボットの使用が開始された。2002年10月には国勢調査のデータからアメリカの市町村の記事を自動作成するボット（Rambot）がある利用者によって制作され、このボットがウィキペディアに投稿した記事は3万3832本にのぼった。アンドリュー・リーは「Rambot」の使用を「ウィキペディア史上最も物議を醸した行動」と評している。
淳平は16歳のとき、父親から「男が一生に出会う中で、本当に意味を持つ女は三人しかいない。それより多くもないし、少なくもない」と言われた。以来、淳平は新しい女性と知り合うたびに、この女は自分にとって本当の意味を持つ相手なのだろうかと自問することになった。淳平は18歳のときに家を離れ、東京の大学に入り、何人かの女性とつきあった。そのうちの一人は彼にとって「本当の意味を持つ」女性だったが、彼女は彼のいちばんの親友と結婚し、今ではもう母親になっている。若い頃より小説家以外の者になりたいと思ったことのなかった淳平は望みどおり小説家となった。31歳のとき、知人が開いたフレンチ・レストランのオープニング・パーティーで、キリエという名の女性と知り合う。キリエは淳平と同じで、小さい頃からやりたいと思っていたことを職業にしたという。「すごく大事なことだよ、それは。職業というのは本来は愛の行為であるべきなんだ。便宜的な結婚みたいなものじゃなくて」と彼は言った。キリエが淳平の前から姿を消したあと、文芸誌の二月号に彼の小説「日々移動する腎臓のかたちをした石」が掲載された。春の初めの昼下がり、淳平はタクシーに乗っていた。運転手はFM放送の番組をかけていた。女性アナウンサーがキリエらしき人物にインタビューしていることに淳平は気づく。ジェームズ・テイラーの歌う「アップ・オン・ザ・ルーフ」がかかっているあいだに、彼は身を乗り出して運転手に「この人、いったい何をしているの？」と尋ねた。