Graduationは物語の真相が明らかになるルートで、初雪の復讐の結末や、桜の正体などが明かされる。桜からメールで告白をされた初雪は、彼女への恋心を自覚する。やがて初雪と桜は結ばれ、2人は廃ホテルで一緒に暮らし始める。進路指導委員会では、恋人同士となった2人の思い出作りのために写真を撮る。しかし、写真の中の桜はどれも白く霞んでいた。写真を見て桜が幽霊ではないかと疑いを持った初雪は、彼女を問いただして真実を知る。桜は、自分は幽霊で初雪と過ごすことが夢だったと語る。そして、桜は幽霊としての時間がないことを初雪に告げ、直後に消滅してしまう。桜を失ったことで歯止めが掛からなくなった初雪は、悪霊たちに唆され、復讐のために自爆テロを起こそうとする。初雪の仲間たちは、彼を止めるために悪霊たちを消滅させようとする。しかし、そこに1年前の記憶を取り戻した綾が現れ、初雪に肩入れをする。仲間たちは初雪と綾に対峙し、少しずつ初雪の中の悪霊を消し去っていく。しかし、初雪の中には亡き父の執念が取り込まれており、なかなか解放されない。仲間や桜の想いを知った初雪は、父親の執念からついに逃れ、自爆テロによる復讐を諦めて生きることを選ぶ。時は流れ、初雪の卒業式の日。初雪は3年間の思い出を胸に、学園内を見て回る。最後に卒業の記念写真を撮ると、そこには幸せそうに笑う桜が写っていた。
初雪に認められたい希は、進路指導委員会への依頼を一人で解決しようとする。希を心配する初雪は、仲間と共に依頼に取り組み、徐々に希を好きになる。希の方も、初雪に対する想いが日に日に増していく。しかし、その想いが友情なのか恋なのか希には分からなかった。バレンタイン祭という文化祭をきっかけに、希は自分の想いが恋であることを知り、初雪に告白をする。初雪はそれを受け入れ、2人は付き合い始める。ある日、学園に怪文書が届く。手紙には「卒業式の日、学園に死者が蘇るだろう」と書かれていた。卒業式の前日、希の兄である東雲 妻と剣道部員たちが体育館を占拠する。彼らは、学生が起こした暴行事件の身代わりとなり、学園から去った恩師の汚名返上のために、暴行事件の真実を公開することを要求する。希は兄の間違いを正すために彼と対決し、初雪は剣道部員たちの罪をすべて被ると消えてしまう。翌日の卒業式。希は在校生の代表として、卒業できない人のことを想いながら、立派に送辞を読む。
初雪はカフェで「ロシア出身のシロクマ」と名乗る少女と共に働いている。仕事のできないシロクマに呆れる初雪だったが、彼女と行動するうちに徐々に親しくなっていく。ある日、初雪はシロクマの素性を幽霊たちから聞く。シロクマは爆発事件の主要人物の孫娘だった。初雪は幽霊たちにシロクマを人質にしろと唆されるが、自分の復讐に巻き込みたくないと考え、幽霊の誘惑を断ち切る。受験生であるシロクマが受験先も決めていないことを知り、初雪は白咲学園を見学させる。シロクマは白咲学園を気に入り、初雪に家庭教師をしてもらいながら白咲学園への入学を目指す。シロクマは一度受験に失敗するが、初雪に応援され、後期試験も受験する。後期試験では見事に白咲学園に合格する。シロクマの合格を見届けた初雪は姿を消してしまう。2年後にシロクマは初雪と再会するが、初雪はシロクマが知る彼とは変わっていた。悪霊たちに感化され、放火や自爆テロも躊躇わない人間になっていた。初雪はシロクマの祖父を呼び出すために彼女を人質に取る。しかし、自分を健気に信じるシロクマを見て初雪は正気を取り戻し、復讐を諦め姿を消してしまう。やがて春が訪れ、白咲学園を卒業したシロクマはロシアに留学する。それは、昔についた嘘を本物にしていけば、今では幻のように思える楽しかった日々が戻ってくると信じるからだった。
アイスダンス選手である夜の周りでは、中傷などの嫌がらせや不幸な事故が続いていた。初雪は夜のことを心配し、彼女と会う回数を増やしていく。ある日、初雪は夜に呼び出され、藤枝 ミクという少女を紹介される。初雪は彼女にアプローチをかけられるが、彼女の目的が夜への嫌がらせであることを見抜く。夜にはライバルの選手に呪いをかけたという噂があり、ミクはそれを信じていた。様々な嫌がらせから不登校になった夜を心配して、初雪は夜が通うスケートリンクを訪れる。そこで初雪は、氷上にナイトメアという幽霊を見つける。ナイトメアの正体は、反魂香によって出現した夜の生霊であり、中傷をする人々に復讐をしようと企んでいた。初雪はナイトメアを通じて夜に復讐を止めるように諭し、アイスダンス大会を目指して努力する夜を恋人として支える。アイスダンス大会の当日も野次を飛ばされる夜は、復讐を願うナイトメアを再出現させてしまう。夜を助けるために会場に駆けつけた初雪は、藤枝ミクを唆した真犯人と対峙する。一方、氷上で滑る夜は、会場には野次だけではなく応援する声もあることを知り、復讐心の塊であるナイトメアは消滅する。復讐心を克服した夜は見事な演技を行い、野次に包まれていた会場は静まり返る。
17世紀日本の剣客・荒木又右衛門を主題にした映画は、1910年（明治43年）に横田商会が製作・公開した尾上松之助主演の『荒木又右衛門法書試合』をはじめ、30数作に上るが、本作は、第17作にあたる。松竹キネマ製作としては、1921年（大正10年）と1922年（大正11年）にそれぞれ森要、吉野二郎が監督、松竹蒲田撮影所が製作したものに次ぐ第3作であり、松竹下加茂撮影所では初の題材である。監督の悪麗之助は、ツキガタプロダクションで苦楽をともにした月形龍之介を主演とした映画を多く手がけているが、本作を監督した翌年の1931年（昭和6年）には監督業を退き、同年10月26日には満29歳で亡くなっており、監督作としては遺作の『紅蝙蝠 第一篇』から遡って数えて4作目の作品であった。本作の上映用プリントに関しては、第二次世界大戦後の1950年（昭和25年）、松竹下加茂撮影所内のフィルム原版倉庫から出火した火事により、他の数多くの作品の原版ともども消失している。2009年（平成21年）、大阪・堺市の旧家から、再編集して『荒木伊賀越三十六番斬り』のタイトルで家庭用に販売された約15分の16mmフィルムが発見された。同プリントは復元され、同年11月6日、大阪・ワッハ上方大ホールで公開された。