1796年頃から、ドイツでは数少ないクェーカー組織の一つがミンデンにあった。彼らは、初めは議会に従わないという理由で、後には子供の就学義務の問題で行政府と再三衝突した。クェーカー信者らは子供を家庭で教育し、学校へ通わせないということから圧力を掛けられたのであった。やがて彼らはクェーカー信者の学校を設立した。この学校はドイツにあるのだが、資金面ではアングロ・アメリカやイギリスのクェーカー信者らに大部分を拠っていた。多くの曲折があったものの1858年にミンデン・クェーカー私立学校は公式な運営許可を取得した。しかし、この学校は1870年代には学生不足のために閉鎖された。現在、ミンデンにクェーカーの組織はない。
13世紀以降、ミンデン市にはユダヤ教組織がある。信者数は19世紀には400人近くにまで達した。第二次世界大戦後、40人の信者らによってミンデンおよび周辺地域のユダヤ人文化組織として新たに発足した。「水晶の夜」に破壊されたミンデンのシナゴーグは1958年に新築され、ユダヤ人コミュニティの中心となっている。
ミンデン市には4つのカトリック教会組織がある。聖ペトルス＝ゴルゴニウス司教座聖堂教会、聖マウリティウス教会、聖パウルス教会、聖アンスガー教会である。これらの教会はミンデナー・ラント司牧会を形成している。
1521年から1529年にかけてミンデンの宗教改革はなされた。1530年に福音主義神学者ニコラウス・クラーゲによって市に対しての福音主義教会規則が起草された。ミンデン市議会は同年にこれを全市民に対して公布した。ミンデンにある福音主義教会共同体はいずれもドイツ福音主義教会(EKD)を構成している合同派州教会ヴェストファーレン福音主義教会に属している。今日のミンデンには6つの福音主義教会共同体が存在している。聖マリエン教会共同体、聖マルティーニ教会共同体、聖シメオン教会共同体、聖マルクス教会共同体、聖ヤコブ教会共同体の5つの教会共同体はルター派である。これらのルター派教会共同体は市内を5つの地区に分けて宣教している。ミンデンに住む改革派信徒はルター派の地区教会組織ではなく、市内全域を管轄するペトリ教会共同体に属している。ペトリ教会共同体は改革派教会である。ルター派の聖シメオン教会共同体目下のところ、開かれた教会として宣教活動を展開している。聖マリエン教会共同体には、かつてのタッテンハウゼンとクーテンハウゼン地区が含まれる。聖マルティーニ教会共同体にはデュッツェン、ベルホルスト、ヘーファーシュテットが含まれる。
1973年1月1日、ビーレフェルト法に基づく市町村再編により、アーミングハウゼン、ベルホルスト、ダンケルゼン、デュッツェン、ハッデンハウゼン、ハーレン、クーテンハウゼン、レーテルン、マイセン、ペピングハウゼン、シュテンマー、トッテンハウゼン、およびバルクハウゼン、ハルトゥム、ホルツハウゼンIIの一部がミンデン市に合併した。これによりそれまで行政上独立していた町村がミンデンの市区となった。また同時に、旧ミンデン郡と旧リュベッケ郡とからミンデン＝リュベッケ郡が創設された。ミンデンはその郡庁所在地となった。新しい郡庁舎はインネンシュタット南部の旧兵舎跡に建設され、旧ミンデン郡庁舎はミンデン市立文書館として利用されている。1976年、ミンデンのヴェーザー川堤防が嵩上げされ、その中のフィッシャーシュタット沿いに遊歩道が造られた。1974年には取り壊された防衛施設跡に市民の憩いの場として重要な緑地帯「グラシー」が造られた。フィッシャーシュタット沿いの旧市壁は、1979年から修復が行われた。1994年のイギリス軍の撤退、ドイツ連邦軍演習場の新設により、ヴェーザー川沿いのパイオニア演習場の大部分がグラシーに併合され、このレクリエーション地はヴェザー川に囲まれる形となった。この地域は、新設された歩行者専用橋を通って東岸にまで拡大し、カンツラー・ヴァイデも新たな大規模公園施設や祝祭広場として統合された。21世紀の初めまでインネンシュタットの再開発が改めて議論された。市は2009年にインネンシュタット開発の概括マスタープランを提案し、6月の市議会を通過させた。
1884年（明治17年）、平瀬與一郎の長男として淡路島福良（現 : 南あわじ市）に生まれた。旧制の京都府立第一中学校（現 : 京都府立洛北高等学校）、第三高等学校、京都帝国大学文学部（現 : 京都大学）を卒業した。京都帝国大学では心理学を学んだが、東京帝国大学（現 : 東京大学）の理学部動物学科に進み、大学院で軟体動物を研究した。この時の論文『寄生螺の一種に就いて』が当時の『動物学雑誌』に掲載されたのを皮切りに、生涯に43編の論文を書いた。1920年（大正9年）から明治大学予科で自然科学の講義を行い、1923年（大正12年）からは法政大学予科と専修大学予科でも講義を行った。1925年（大正14年）に旧制成蹊高等学校の教授に就任した。1928年（昭和3年）、日本貝類学会が設立された際には黒田徳米らと共に発起人の一人となった。1934年（昭和9年）には、『天然色写真・日本貝類図譜』（松邑堂）を出版した。これは1,360種の貝類を掲載した図鑑で、図版・学名・和名・産地が記録されていたが、詳しい説明がなかった。しかし当時はこれほどの図鑑がなく、広く利用された。更に平瀬は続巻の出版を計画し、日本貝類図譜の不足分を補う各種説明や微小貝類図説の用意を進めていた。しかし1939年（昭和14年）に東京の自宅で病没し、その出版を見ることはなかった。残された貝類標本は三井家に渡ったが、太平洋戦争の混乱で多くが消失、平瀬が続巻のために用意した遺稿もまた戦災で散逸した。戦後、瀧庸（たき いさお）の増補改訂を経て、昭和26年（1951年）に『天然色写真版日本貝類図鑑』が出版された。