明智光秀は織田信長より丹波攻略を命じられると、まず亀山盆地に進出する。天正5年（1577年）に丹波亀山城を築いて入部したのが、亀岡の近世的な始まりといわれる。天正7年（1579年）に波多野秀治が討たれて丹波が織田領になると、その功績により光秀は信長より近江坂本城と丹波1国の領有を許された。しかし天正10年（1582年）6月、光秀は本能寺の変を起こして信長を殺し、自らも信長の家臣・羽柴秀吉（豊臣秀吉）に討たれ、明智氏は滅亡した。その後の清洲会議で羽柴秀吉が織田氏の主導権を握ると、亀山城は信長の四男で秀吉の養子となっていた羽柴秀勝（於次）が入城する。天正13年（1585年）に秀勝が早世すると、秀吉の甥に当たる豊臣秀勝（小吉）が代わって入部した。天正18年（1590年）に徳川家康が関東に移封されたため、豊臣秀勝が甲斐に入部することになると、亀山城は様々な武将が短期間で城主が変わった。秀吉の甥で養子となった羽柴秀秋（小早川秀秋）もその1人である。文禄4年（1595年）に豊臣政権下の京都所司代であった前田玄以が亀山城に入部する。慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いでは前田玄以はやむを得ず西軍に加わったが、家康に西軍の情報を内通していたため、戦後に家康より所領安堵を受け、ここに丹波亀山藩が成立した。慶長7年（1602年）5月、前田玄以が死去すると、後を子の前田茂勝が継いだが、茂勝は丹波八上藩に移封され、亀山藩は天領となる。慶長14年（1609年）、徳川氏譜代の家臣である岡部長盛が下総山崎藩から移封され、亀山藩が再立藩された。長盛が亀山藩に入ったのは、大坂藩の豊臣秀頼への対策の1つでもある。この岡部時代に亀山城下町の原型が出来上がったとされる。慶長15年（1610年）、西国大名を総動員して亀山城の築城が行われる。元和7年（1621年）、三河西尾藩より大給松平家の松平成重が2万2000石で亀山藩主となる。寛永11年（1634年）、近江膳所藩より菅沼定芳が4万1000石で入るが、第2代藩主・菅沼定昭が嗣子無くして慶安元年（1648年）に死去し、菅沼氏は改易となる。代わって藤井松平家の松平忠晴が3万8000石で入るが、第3代藩主の松平忠周の時代に武蔵岩槻藩へ移封となる。貞享2年（1685年）、備中庭瀬藩より5万石で久世重之が入るが、短期間で三河吉田藩へ移封となる。元禄10年（1697年）、美濃郡上藩より井上正岑が4万7000石で入るが、これも短期間で常陸下館藩へ移封される。元禄15年（1702年）9月7日、遠江浜松藩から青山忠重が5万石で入るが、第3代藩主・青山忠朝の時代に丹波篠山藩へ移封というように藩主家が定着しなかった。寛延2年（1749年）、青山氏と入れ替わりで形原松平家の松平信岑が亀山藩主となると、以後はこの家系が代々の亀山藩主として定着した。慶応4年（1868年）の戊辰戦争では新政府の山陰鎮撫使に降伏する。明治2年6月19日（1869年7月27日）、伊勢亀山藩との混合を避けるため亀岡藩と改称する。明治4年7月14日（1871年8月29日）、廃藩置県により亀岡県となる。11月に京都府に合併された。天保期において現亀岡市を含む桑田郡内の総石高は4万6000石であったが、そのうち亀山藩領は1万8000石のみで、残りは丹波氷上郡、船井郡、備中浅口郡ほかに飛び地となっていた。このまとまりのない領国支配体制が亀山藩の経済を苦しめたともいえる。
鹿児島大学教育学部音楽部（1950年-1953年）を前身とする。発足当時は伊敷キャンパス（現鹿児島県立短期大学の地）で活動していた。1950年　前身となる教育学部音楽部が活動開始　1953年音楽部メンバーの呼びかけにより教育学部合唱団が発足現在では1953年を創部の年としている。それまでの音楽部の活動の中にも合唱はあったが、この年より合唱専門の部として独立した。また1953年度は演奏旅行、定期演奏会等が始まった年であり、この年は現在まで続く活動の原型が整った年でもある。50年代は音楽科生がほぼ例外なくポリフォニー・コールに所属したことから、合唱サークルとしての活動と学科の主催する合唱活動とを厳密に区別することは難しい。第一回定期演奏会は教育学部音楽科の卒業発表を兼ねていた。第二回より合唱の定期演奏会と学科の卒業発表を分離した。1955年3月教育学部合唱団と教育学部音楽科共催によるオペラカルメンを上演、60年代まで続いたオペラ上演はのちの鹿児島オペラ協会発足の基礎となった。1956年教育学部附属合唱団は鹿児島大学混声合唱団ポリフォニー・コールに改称し、形式上は教育学部から全学部対象の部へ変わった。しかし当時は教育学部のみ伊敷地区、教養部、他学部については郡元地区に所在していたことから、伊敷で活動するポリフォニー・コール団員は圧倒的に教育学部生が多かったという。50年代は教育学部の有志団体から部への昇格、一学部の合唱団を経て鹿児島大学全学のサークルへと変化する過渡期であった。1960年秋、教育学部が他学部の集まる郡元キャンパスに移転、同時にポリフォニー・コールも拠点を移動し本格的な全学対象のサークルへとして成長の機会を得る。しかしながらその後も慣習的に合唱経験を奨励されたことから教育学部生の入団は高い水準で推移し、70年代までは団員の大部分は教育学部生であった。このことから現在でも鹿児島県の音楽、教職関係者にポリフォニー・コール出身者の占める割合は高い。70年代はコンクールでの活躍が目覚ましい。西部合唱コンクール（現在の全日本合唱コンクールブロック選）の常連であった。その後ブロック選は九州合唱コンクールに移行し、1983年までに9度の全国大会進出を果たしている。2000年、鹿児島大学の授業、試験日程の変更により、コンクール出場と夏季演奏旅行の両立が困難となり、部則からもコンクール出場に関する条項が削除されている。現在は主な活動として夏季演奏旅行（9月上旬）、定期演奏会（1月下旬）があり、これは創部以来毎年行われているものである。演奏旅行では鹿児島県内の過疎地域の学校、福祉施設等20ヵ所程度の巡回演奏を行う。また鹿児島大学の入学式、卒業式で旧制七高の寮歌「北辰斜に」、記念歌「火の島は」を同大フロイデコールOBである楠声会合唱団と合同で演奏している。OGに演歌歌手の原田悠里がいる。鹿児島県合唱連盟、九州地区大学合唱連盟に加盟。