ステップキャンセルとは、ステップ動作とジャンプ動作を交互に行う回避行動。ステキャンなどと略される事も多い。ステップは相手の攻撃を回避する動作だが、ステップ後に隙が生じてしまうのが弱点であった。しかしステップ後ジャンプ動作を行い、ステップ後の隙を省略（キャンセル）し、隙のない回避行動をとる事ができるのがステップキャンセルである。相手の格闘攻撃をステップキャンセルで回避できれば、大きなアドバンテージが得られるため特に格闘攻撃に威力を発揮する。相手が自機至近でステップキャンセルを行った場合、基本的には相手側に有利な態勢となってしまう。しかし相手と同様にステップキャンセルをおこなう事によって、五分の状況に持ち返す事が可能である。結果、相手と自機が互いにステップキャンセルを行いつつ相手の隙をうかがうという状況が発生する。これを俗にステップ合戦という。ステップキャンセルは開発者側が用意したシステムではないが、ゲーム稼動後1～2ヶ月後にはプレイヤー同士の対戦を行う場合に必須となる回避技術として広まった。なおステップキャンセルの発祥については詳しくはわからないが、ロケテストが行われていた2005年7月ごろには、同ゲームの話題を取り扱う掲示板で既に取り扱われており、かなり早い段階からその技術が生みだされていた事を推測する事ができる。
これまでのシリーズでは、アーケードモードは敵軍戦力ゲージをゼロにすることのみが勝利条件であったが、本作ではステージによって「ターゲットを撃破」という勝利条件が与えられる場合がある。この条件で開始されたステージの場合、敵軍に戦力ゲージの概念がなくなり、ターゲットとして指定された敵機を撃破すると勝利となる（逆に言うと、ターゲット以外の敵を何機倒してもクリア出来ない）。
今まででは空中で攻撃を受けた場合、シールドで防がない限り必ずダウンしていたが、今作では特定のヒット数（「ダウン数値」が一定値を超えたとき）、特定の武器を食らう以外では空中でもダウンすることは無くなった。
今まではプレイヤーとそのペアが連邦側ならば連邦に属するキャラクターのみ指定することが可能であったが、今作では連合、ブルーコスモス、ザフト、オーブ、三隻同盟の所属を問わず、それぞれ他勢力のキャラクター同士での編成が可能となった。その一方、別勢力カラーを表す鹵獲機カラーは削除されている（PS装甲設定によるカラーリングの制約のため。ただしPS装甲の概念自体は本作には最終的に採用されなかった）。
これまでは先にパイロットネームを決定した後、MSを選択する方式を取っていたが、今作では先にMSを選び、パイロットを選択する方式に変更された。なお、キラなど既存キャラクターは選択したMSに居る場合のみ選択が可能である。また、これまで同様ペア側が選択したパイロットが既存キャラクターであった場合、そのキャラクターを選択することはできない。反対に、対戦者側が既存キャラクターを使用していたとしても、プレイヤー側はその既存キャラクターを選択することができる。8月22日以降隠し要素として自由選択が解禁となった。
対戦時はランダム、通常プレイではあるステージにて、T.M.Revolution「INVOKE-インヴォーク-」またはFictionJunction YUUKA「暁の車」がBGMとして流れる事がある。なお、制限時間30秒を切ると、強制的にSee-Saw「あんなに一緒だったのに」がBGMとして流される（PS2版での対戦モードではBGMの選択、試聴が可能）。
『ガンダムvs.Ζガンダム』までは1チーム共有であった覚醒ゲージは各プレイヤーに与えられ、覚醒ゲージがMAXに達した時から自由に出せるようになった。効果としては全機体共通の起きあがりができないきりもみ落下を含めたダメージモーションからの強制起きあがり(ダメージ中覚醒を発動した場合、覚醒時間は3割削られる)、ブースト、残弾の回復、攻撃、防御、機動の全てが上昇する。
プロデューサーのリチャード・ファザレー (Richard Fatherley) によれば、この形式を生み出したのはネブラスカ州オマハのKOWHにいたトッド・ストーツであったという。ストーツは、この形態を、ジュークボックスで繰り返し同じ曲がかけられることから着想した。この形式は、商業的に成功し、ストーツは父ロバートとともに、ストーツ・ブロードキャスティング・カンパニー (the Storz Broadcasting Company) 名義で、他の放送局を次々と取得して、トップ40形式を採用させた。1989年、トッド・ストーツは、ネブラスカ州放送連盟の殿堂入りを果たしたラジオ・フォーマットの名称としての「トップ40」は、1960年に登場した。トップ40は、ラジオ局が独自に調査した結果である場合であれ、何らかの出版物によるものであれ、新たにリリースされた楽曲という点だけを共通点とした作成された楽曲のリストである。この形式の導入は、78回転のSP盤から7インチの45回転盤シングルへの移行と同時期のことであり、45回転盤は1949年に最初に導入された後、1954年に78回転盤の売り上げを上回り、1958年には完全に78回転盤を駆逐したのであった。したがって、トップ40は、45回転盤シングルの人気を計り、そのラジオでの放送回数を数えるものとなった。全国ネットワークを成していた一部のラジオ番組は、『American Top 40』のように、特定の音楽・芸能雑誌などにもとづく、最も高位にランクされた40曲のカウントダウンを中心に据えた。出版物で、「Billboard Hot 100」のように、40曲より多くの楽曲がリスト化されることもあったが、ラジオ番組では時間の制約から40曲しか放送できなかったため、「トップ40」という表現が徐々にポピュラー音楽に馴染んだものとなっていった。1980年代以降には、45回転盤のほか、カセット・シングル、CDシングル、音楽配信、ストリーミングなど、多様なフォーマットが登場した。多くの音楽チャートは、これら新しいフォーマットの一部ないし全部を取り込むように、チャートの作成基準を変更した。トップ40や、それに準じる形式の番組のディスクジョッキーの中には、様々なペイオラのスキャンダルに巻き込まれる者もいた。en:Mainstream Top 40も参照のこと。