潜伏キリシタン集落近くにガイダンス施設が設置されカクレキリシタンの聖具などが展示されたとしても集落の価値には直結せず、集落に立っても新しい家屋が目立ち、教会建築物は世界遺産そのものではない。そのためにも正しい遺産の解釈を伝えるガイドの存在が重要になる。それも単なる観光ボランティアガイドではなく、インタプリターや語り部のような存在が求められ、できれば潜伏キリシタンの末裔であることが望ましい。また、今後海外からのクリスチャン巡礼が増える見込みがあることから、語学力も求められる。
ヘリテージツーリズムのような遺産の商品化に伴う弊害として観光公害が上げられる。構成資産となる集落の多くが外来者用駐車場もない狭い範囲内の閑静な住宅街であり、そこへ観光客が大挙押し寄せることで騒音やプライバシー侵害などが危惧され、さらに生きた信仰の場としての教会でのミサなど宗教行事に差し障りが生じることを地域住民は懸念している。
世界遺産は観光資源となるため今後訪日外国人旅行者を含めた観光客の増加が見込まれる。訪問者が正しい遺産の解釈をし遺産の価値を理解することでヘリテージツーリズムは成立するが、潜伏キリシタン関連遺産の主体は集落景観となるためその本質が判りにくい。多くの報道や出版物において集落景観ではなく教会建物の画像を掲載しているが、潜伏キリシタンが切り拓いた改変地形に注視しなければ本質は伝えられない。しかも、その集落景観に建つ家屋は古民家ではなく、ほとんどが戦後に建てられた現代建築で地域的特徴も見られない住宅であるため（潜伏キリシタン家屋が残されていたとしても保存が難しい掘っ建て小屋になる）、なおさら本質が見えにくい。不動産有形財構築物が前提の世界遺産であるが、潜伏キリシタン関連遺産では文化的空間がもつ場所の精神の紹介が重要になる。
集落景観という視野的に広い範囲が世界遺産となったため、その景観保全も課題となる。出津・黒島・頭ヶ島・久賀島・﨑津の各集落は景観法の適用をうけていない。国道202号に接している出津では看板などが目立つが、屋外広告物法による規制もない。美観を維持するため、白川郷のように洗濯干しなどにまで注意を払わなければならなくなると、住民生活が不便なものになりかねない（但し﨑津の特徴であるカケでは昔から洗濯干しの場所としての役割もあった）。集落家屋が文化財指定の古民家ではないこともあり改修改築が自由に行えるため、家並み景観の統一感を持たせることに住民の合意形成が必要となる。その一方で、電線類地中化などは推進されるべきである。
潜伏キリシタン集落に暮らすクリスチャンが世界遺産に包括された教会へ礼拝へ出向く際、信徒が年々高齢化しており急傾斜地形は足枷となり、文化財指定された教会ではバリアフリー化も難しいことから、アクセシビリティが課題となる。
2018年5月のICOMOSによる登録勧告において、離島における構成資産となる集落景観保持に関し人口減少の懸案が指摘された。2012年に開催された「世界遺産条約採択40周年記念－世界遺産と持続可能な開発：地域社会の役割」（京都ビジョン）で世界遺産存続のためコミュニティの存在の重要性が確認され、世界遺産を維持するためには地域コミュニティの持続可能性が必要であるとされることから、消滅可能性自治体に名を連ねる長崎の離島にとっては深刻な課題となる。
2001年に民間団体の「長崎の教会群を世界遺産にする会」が発足し構成資産となりうる候補地49を選定。その後、推進会議・学術会議が再三にわたり構成資産を検討、2015年の推薦に至るまでに候補から除外されたものがある。なお、2010年には長崎隣接県の関連資産の調査も行い、候補地絞り込みの際に除外された資産やその他の関係資産（民俗・行事・芸能・資料）を包括した「長崎と天草地方のキリスト教関連歴史文化遺産群」として一体的に保存・継承することとし」、2018年10月現在133件を選定している。
世界遺産委員会においてICOMOSから、登録された集落の周辺にある廃村などに残る「信仰の遺構」（教会堂跡や墓地など）について包括的な記録を作成するよう求められた。例えば久賀島の集落がある久賀島には1996年（昭和44年）頃に廃村となった潜伏キリシタン集落の細石流集落跡があり、禁教期の生活を偲ばせる物証となっている。こうした埋もれた潜伏キリシタンの痕跡は特に離島に多く残されており、現時点では補完的な目的での指示であるが、将来的には拡張登録への道筋に繋がる可能性もある。久賀島や奈留島は有人国境離島法の対象に指定されており、国が土地の買い取りや財政措置を直接行えることから、調査後の保護に確約が得られる可能性もあるが、法的保護根拠の重要文化的景観は稼働遺産としての生産景観があることが前提のため廃村の指定は難しく、無縁墓地の継承は民法第897条での制約があり、公的整備が困難になる場合もある。
ユーザインタフェースのデザインは、ユーザーの入力に要する労力の量や出力を解釈するのに要する労力の量、さらには使い方の学習にかかる労力に深く関わっている。ユーザビリティ (usability) とは、特定のユーザインタフェース設計でユーザーの心理学的側面や生理学的側面をどの程度考慮しているかを測り、またそれによってそのシステムを利用する際の効率/効果/満足度を測る尺度である。ユーザビリティは主にユーザインタフェースの特性だが、製品の機能そのものとも関係している。それは、ある製品が意図された目的に対して対象ユーザーによってどの程度効率よく、効果的かつ満足して使われるかを示すと同時に、利用時の状況から生じる要求を考慮しているかどうかにも関係する。これらの機能や特徴は常にユーザインタフェースの一部とは限らないが、製品のユーザビリティの重要な要素である。UIデザインのための原則の中でも、ベン・シュナイダーマンや、ヤコブ・ニールセンによるものは最も著名である。国家試験である情報処理技術者試験でも、2010年に「ヤコブニールセンのユーザーインターフェースに関する10か条のヒューリスティックス」として出題されている。シュナイダーマン、ニールセン共にその原則に「一貫性の保持」や「エラーの防止」が含まれ、同じでなくとも類似したものも含まれている。