黄遵憲について語られるとき、ほとんど必ず「愛国者」と「日中友好を唱えた人」といった類のことばがついてくる。近代の日中関係史を紐解くとき、この二つがなかなか両立しがたいことに気付くが、彼には違和感なくこれらのことばが同居する。外交官として国益を守るために強硬な態度で日本政府との交渉に臨んだが、日本人に憎悪されることなく、伊藤博文からは逆に敬意をもたれるような人柄であった。戊戌変法末期に日本公使に採用されたのも、日本側からの要請があったためである（ただし公使として赴任前に政変が発生し、渡日できず）。明治維新を高く評価し、その成功を中国にも率先して伝えようとし、また晩年には一族の若者や門弟を日本に留学させるなど、親日的である点は終生変わらなかった。以下に示す詩にあるように黄遵憲は、日中が手を結び、共に西欧列強に対抗することを夢見ていたのである。詩「陸軍官学校開校礼成賦、呈有栖川熾仁親王」（陸軍官学校開校の礼に賦を成し、有栖川熾仁親王に呈す）に次のような一節がある（陸軍官学校は陸軍士官学校を、有栖川熾仁親王は有栖川宮熾仁親王を指す）。
中国とは異なる日本固有の美点を見出すこと、それは翻って故国との対比を促し価値観が多元化するきっかけとなった。その結果黄遵憲の中の中華思想は徐々に動揺させられ、中華はその文化・文明の影響を他国に及ぼすだけの一方通行的存在から相互に影響を受ける存在へと徐々に変化していく。また服装等の文化を一変させるような文明開化が明治維新と一体不可分であり、それによって日本が富国強兵を達成しているという眼前の事実を黄遵憲は認めざるを得なくなるのである。苦悩の末に彼は附会説を採用することにより中華思想と現実を融和させる。つまり彼は西欧の学問とは、墨子の学が西に伝播して発達したものだと考えることにより、そうした西欧に追随する日本の改革を是認する方向へと思考を改めるに至る。こうした理解を後世の我々が浅薄として笑うのは容易い。しかし当時いかに中華思想が強固なイデオロギーであったかを想起するとき、そして生まれた瞬間からその影響下で育ってきた黄遵憲の前半生を知るとき、そこから半歩足を踏み出すのにも多大な努力を要したことに思い至るであろう。その点で黄遵憲の思想的苦闘は評価されてよい。以上のような認識の深化が明確に形を為すのは、日本を離れアメリカ駐在を経て得られたものであった。日本滞在中はまだ文化面における欧化主義に批判的な意識が残っていたようだ。そのため当時を代表する知識人であった中村正直（ベストセラー『西国立志編』や『自由之理』の著者）と交遊しながら、その思想に感銘を受けた様子はみられない。しかし日本が注目すべき国であるという認識はすでに滞在中から黄遵憲は抱いており、それに伴いあまりに明治日本の実情が中国に知られていないことを憂慮していた。また在日期間中特に黄遵憲の関心をもったのは、日本の富国強兵政策である。故国が内憂外患を抱えて四苦八苦する現状を憂えていた彼は、以前より如何に改革すべきかということが頭より離れなかったため、明治維新を参考にしようという使命感にとらわれた。そうした考えから日本の資料を友人の漢学者や宮島誠一郎に依頼して収集し、編纂したのが『日本国志』と『日本雑事詩』なのである。
但馬国豊岡藩京極家の家老石束毎公の長女として誕生。母は佐々信濃守休西の娘。石束家は代々京極家の筆頭家老を勤め、1200石を食む京極家中一番の名門家であった。大柄だったといわれ、身長は6尺（180センチ）あったともいわれる。貞享4年（1687年）、播磨国赤穂藩浅野家の筆頭家老の大石良雄と結婚し、赤穂城内にあった大石邸へ移住。元禄元年（1688年）に長男松之丞（のちの大石良金）、元禄3年（1690年）に長女くう、元禄4年（1691年）に次男吉千代、元禄12年（1699年）に次女るりを生んだ。なお、良雄には妾がおり、元禄14年（1701年）2月17日に妾の産んだ女子が4歳で夭折したことが花岳寺の資料に見える。同年3月14日、江戸城で勅使饗応役をつとめていた主君浅野長矩が高家旗本の吉良義央に刃傷に及び、浅野長矩は即日切腹の上、赤穂藩は取り潰しとなった。5月の赤穂城開城後、良雄が開城残務処理にあたっている間、4人の子らとともにりくは、一時但馬豊岡の実家へ帰ったが、その後、良雄が山科に住居を定めたので、7月初めにりくも山科に移り、再び一緒に暮らした。この夫婦生活でりくは、また一人子を身ごもった。しかし良雄の盟約に加わった同志たちの間で密談が進む中、盟約の「妻子にもしゃべらない」の原則を守るため、元禄15年（1702年）4月15日、良雄は、盟約に加わることを望んだ長男良金を除いて、りくと他の子らを再び豊岡に戻した。さらに連座が及ばぬようにとの配慮から、りくと絶縁。7月5日に石束家で三男にあたる大石大三郎を出産した。12月15日、夫良雄と長男良金を中心にした赤穂浪士たちが仇の吉良義央の首をあげて本懐をとげたあと、2月4日に切腹となる。残されたりくは、良雄の遺児たちの養育にあたった。長女くうと次男吉千代はそれぞれ若くして死去したが、次女るりと三男大三郎が無事成長した。また世間では亡き夫大石良雄の人気が過熱したこともあって、安芸国広島藩の浅野本家が良雄の子を家臣に欲しがり、正徳3年（1713年）9月に大三郎は、父良雄と同じ1500石にて浅野本家に仕官した。また次女るりも広島藩士で浅野家一族の浅野直道と結婚している。りくは、落飾してから香林院（青林院とも）と称し、広島藩から隠居料として100石を支給されていたが、元文元年（1736年）に死去。享年68。広島の国泰寺に葬られた。