最後のドラゴンマスター・アレスの冒険譚から長い時が経ち、彼らの活躍がルナに住む人々の記憶から薄れて伝説となってしまったころ、アルテナ神団を名乗る教団が現れた。彼らは女神アルテナの名の下にルナを強力に統べようとしていた。そのとき、ひとりの少女が凍てついた青き星で目覚めた。天空に輝くルナを見て、彼女は「まだ目覚めのときではないのに……」とつぶやく。考古学者の卵であるヒイロは、ルナに存在する最古の遺跡ともされる青き塔を発掘していた。まんまと竜の目と呼ばれる宝を入手したヒイロの前にまばゆい光が走り、少女が姿を現わした。彼女は「わたしの名はルーシア。青き星からやってきました。この世界は危機に瀕しています」と言う。強力な魔法を操り、塔に棲む魔物を一掃するほどの力を持つルーシアであったが、かつて青き星を滅ぼしたゾファーの前にその力を奪われてしまう。ヒイロはルーシアを女神アルテナに会わせるために共に旅立つのだが、なぜかアルテナ神団は彼女をルナを滅ぼそうとする魔王として捕らえようとする。ふたたび魔法世界ルナに異変が起きようとしていた。
前作『LUNAR ザ・シルバースター』のシステムをほぼ踏襲している。人と会話をして情報を集め、戦闘で経験値と所持金を増やし、冒険をしていくオーソドックスなRPGである。戦闘システムは射程距離や移動距離など、「長さ」の概念を搭載し、戦略的な戦闘が出来るようになっている。また、最終ボスを撃破しエンディングを迎えても物語は終わらず、新たな旅が始まるという構成になっている。クリア後に出現するダンジョンを攻略する事によって真のエンディングに到達出来る。
1話より登場。物語の序盤、ポイント・カサレリアでMSシャッコーのテスト中、コア・ファイターと接触し交戦状態に入る。その際に付近を飛行していたウッソに機体を強奪されるという醜態を演じてしまう。それ以来、彼とは浅からぬ因縁を持つことになる。奪われたシャッコーは専用のゾロを駆って自らの手で撃墜し取り戻すも、次戦ではウッソのVガンダムにゾロを撃墜され、カサレリアの森に不時着する。しかしそのままリガ・ミリティアのアジトに潜入し、中心的メンバーの一人であったオイ・ニュング伯爵を拉致するという功績も挙げている。そのとき共に拉致したカテジナとは後に恋人の関係になる。劇中9話ではVガンダムを拿捕して搭乗するが、慣れない機体のためオリファー・イノエのボトムファイターと交戦した際に脚部を破壊されたため、そのまま放棄している。その後ファラ・グリフォンの宇宙行きに同伴するため、ピピニーデン隊とともにアーティー・ジブラルタルに進駐する。ジブラルタルの戦闘ではトムリアットに搭乗しファラの護衛を務め、そのままシャトルで宇宙へと上がる。宇宙に上がった直後にカイラスギリーにとりついていたバグレ隊と遭遇したため、トムリアットで旗艦であるクラップ級のブリッジを破壊し、降伏に追い込んでいる。カイラスギリー防衛戦ではアマルテアの戦闘指揮を任され、ゾロアットで陣頭指揮を執りウッソのVガンダムと交戦するも撃退される。リガ・ミリティアのカイラスギリー侵攻が行われる直前に新型機のコンティオを受領するが、調整が間に合わず防衛戦には直接参加できず、指揮官のタシロ・ヴァゴを連れて脱出する。ザンスカール本国帰還後はカテジナをパイロットに仕立てる一方でコンティオ戦隊を組織し、追撃をかけてきたリガ・ミリティアを圧倒。コンティオでシュラク隊のペギー機を撃破している。その後乗機のコンティオは27話でシュラク隊ジュンコのガンイージに攻撃を受け中破し、その後カイラスギリーの射線をズガン艦隊から逸らすために爆破させ喪失している。中盤では女王の実子と判明したシャクティをザンスカール帝国側に連れ戻すなどの働きもあり、パイロットから離れモトラッド艦隊の司令官に抜擢され、地球浄化作戦のを指揮を執る。月面からリガ・ミリティアと幾度も交戦を繰り返し、途中オリファーの特攻などを受けつつも艦隊を無事に地球に降下させ、メキシコ湾から上陸して地上施設に甚大な被害を与えた。地球浄化作戦ではピピニーデンの卑劣な作戦に嫌悪を感じ人質の回収をカテジナに命じている。直後に締結された地球連邦との停戦協定を機に艦隊ごと宇宙へと上がり、エンジェル・ハイロゥの防衛に就く。リガ・ミリティアとの最終決戦、エンジェル・ハイロゥ攻防戦では、リグ・コンティオに搭乗し、特攻を仕掛けようとしたジャンヌ・ダルクのブリッジを破壊し、さらにリーンホースJr.に接近し左エンジンを破壊するも、オデロ・ヘンリークとトマーシュ・マサリクに撃沈を阻止される。その後、カテジナが操縦するゴトラタンと共に最後の強敵として、V2ガンダムに乗るウッソの前に立ち塞がった。激闘の末、V2ガンダムのビームサーベルを2本併せることで刀身の出力を上げた攻撃を受け、コクピットハッチから投げ出され落下、姉の名前を心の中で叫びながらエンジェル・ハイロゥに叩き付けられ戦死した。コンティオ搭乗時までは一般兵と同じ黄色のノーマルスーツを着用していたが、リグ・コンティオに搭乗した最終決戦のみ、専用のグレーのノーマルスーツを着用した。漫画版では、カテジナが登場しないため、クロノクル単独で最後の敵として登場する。ウッソに姉を殺された恨みから（なお、実際に殺したのはオデロのガンブラスターである）、ドッゴーラ改で出撃してV2ガンダムを苦しめ、我が子をかばった父ハンゲルグ・エヴィンのジャンヌ・ダルクを巨大ビームソードで真っ二つにした。最後はウッソのV2アサルトガンダムのIフィールド・シールドに包囲され、その中にメガビームライフルを撃ち込まれてしまう。それでも生き残り、V2ガンダムがシャクティの残るエンジェル・ハイロゥが大気圏に落ちるのを救出しようとした際、機体にしがみつき自爆の道づれにしようとするが、偶然漂流していたオデロのガンブラスターのビームサーベルをドッゴーラ改のコクピットに突き刺されて倒された。