島に駐在する職員の交代などのため航空自衛隊のC-130Hが月に一度、海上自衛隊のC-130Rが週に一度、硫黄島を経由して食料の補給や荷物の逓送のために飛来する。海上自衛隊のUS-2や航空自衛隊のC-1が利用されることもある。交代の職員もこれらの飛行機を利用する。日本郵便株式会社が「交通困難地」に指定し、南鳥島の住所を記載しても郵便物は届かない。これは各社宅配便も同様である。所要時間はC-130が厚木基地からの直行で約3時間半である。海上自衛隊が2014年まで運用していたYS-11Mでは、厚木基地から硫黄島を経由して約7時間かかり、絶海の孤島で周囲に緊急着陸が可能な飛行場が存在せず、何らかの理由で着陸ができないと帰路に燃料不足の懸念があることから、確実に着陸可能である状況でのみ運航を行っていた。作家の池澤夏樹が南鳥島に行きたいと要望し、補給船に乗って1日だけ上陸して、その際の状況を「南鳥島特別航路」に書いた。
一般市民の定住者はなく、飛行場施設を管理する海上自衛隊硫黄島航空基地隊の南鳥島航空派遣隊（約10名）や気象庁南鳥島気象観測所（約10名）、関東地方整備局南鳥島港湾保全管理所（3名）の職員が交代で常駐する。南鳥島航空基地があり、気象通報の観測地でもある。アマチュア局は気象庁の社団局JD1YAAがあり、来島者の個人局が運用することもある。かつては海上保安庁の社団局JD1YBJもあった。往来・補給のために1,370 mの滑走路があり、島の一辺の方向に平行である。島の南側に船の波止場があるが、浅いサンゴ礁に阻まれて大型船は接岸できないため、大型船は沖合いに停泊し、そこから船積みの小型ボートで島に荷揚げを行っている。このため、2010年度より泊地及び岸壁工事が行われており、2022年度に完成予定である。太平洋戦争の際に戦闘を想定して島を要塞化していたため、その時代の戦車や大砲の残骸などが残る。アメリカ軍による空襲はあったものの上陸・戦闘は起きなかった。かつては、アメリカ沿岸警備隊が電波航法施設ロランC局を運用していた。1993年に海上保安庁千葉ロランセンターが業務を引き継ぎ、213mのアンテナから1.8MWの送信出力でロランパルスを発射していたが、ロランを使用する船舶が減少したため2009年12月1日午前に廃止された。
ヤモリ科の一種ミナミトリシマヤモリが生息している。日本国内ではここと南硫黄島にのみ生息が認められ、ミクロネシア方面から流木などに乗って分布を広げたものと考えられている。人体に有害な寄生虫を持つアフリカマイマイが多数生息する。
一辺が約2kmの三角形の平坦な島であり、最高地点の標高は9 m。島の周囲はサンゴ礁で浅くなっているが、潮流が速く泳ぐのは危険である。この海域は北西太平洋海盆に含まれ、島の周囲は深い海に囲まれている。サンゴ礁の外側は水深1,000 mの断崖となる。日本の島としては唯一日本海溝の東側にあり、日本で唯一太平洋プレート上にある。日本最東端の電子基準点が存在し、この電子基準点は日本で唯一太平洋プレート上にあることからプレート運動の監視に重要な意義を持っている。南鳥島は、プレート運動による動きとして、西北西方向に移動しているが、2011年に発生した東日本大震災以降、移動速度が約1割(8cm/年→8.8cm/年)加速している(2014年の時点)との研究が2015年に発表された。
第111航空隊は、港湾航路の安全を確保するため、機雷による脅威を排除することを目的としている。また、保有航空機の持つ機動力と収容力を活かし、多くの人員・物資輸送が可能である。
日本と交流が深い台湾や韓国では昔からコーヒー牛乳があり、比較的早くから日本のアイスコーヒーと同様のものを出す喫茶店も多かったが、本格的に普及したのは1990年代以降である。香港では茶餐庁と呼ばれる喫茶レストランで、エバミルクとガムシロップを入れた「凍咖啡」（広東語 ドンカーフェー）が好まれている。また、紅茶をブレンドした「凍鴛鴦」（ドンユンヨン）もよく飲まれる。実際に注文する人は少ないが、スペインのようなアイスレモンコーヒー「凍檸啡」（ドンレンフェー）をメニューに載せている店もある。香港では、アイスティーなどと同様に以前からメニューにはあったが、アイスコーヒーが飲まれる機会が増えたのは2000年代以降である。中国では、もともとコーヒーも冷たい飲み物も余り好まれなかったが、近年台湾系の喫茶店が増えた影響で日本のアイスコーヒーに近い「冰咖啡」（ビンカーフェイ）が飲まれることがひろがりつつある。また、ケンタッキーフライドチキンでは最初から砂糖と牛乳を加えたアイスコーヒーにソフトクリームをトッピングした「雪頂咖啡」があり、夏場などに飲まれている。シンガポールでもエバミルクとガムシロップを入れたアイスコーヒーが飲まれている。福建系華人は閩南語で「咖啡冰」（コピベン）と呼ぶ。マレーシアにもあり、屋台でポリ袋に入れて売ることもあり、「kopi ais」（コピアイス）と呼ばれる。ベトナムでは加糖練乳をたっぷり入れたベトナムコーヒー「cà phê sữa đá」（カフェ・シュア・ダー）が好まれる。タイでは大量の砂糖とカルダモンやシナモンなどスパイスを入れる。これらのように、大衆的な店でアイスコーヒーは一般的であっても、欧米の風習に合わせたメニューを出す高級ホテルでは、変なコーヒーの飲み方であるとされメニューにないことも多かった。東南アジアや東アジアの高級ホテルのティールームなどでメニューにある、日本の喫茶店で提供されるタイプのアイスコーヒーは、ハワイのワイキキ同様に、多数の日本人観光客のリクエストで広まったものである。