医学部は、1974年（昭和49年）設立の宮崎医科大学がそのルーツである。設置の前年1973年（昭和48年）に、創設準備室が宮崎大学内に設置されていた。いわゆる1県に1医科大学を設置するという政府方針によって作られた大学である。1977年（昭和52年）に附属病院が、1980年（昭和55年）に大学院医学研究科（博士課程）が設置された（修士課程は2003年に設置）。博士課程は2010年の医学獣医学総合研究科設置に伴い廃止となり、修士課程は医科学看護学研究科へ改称された。2003年（平成15年）全国的な大学統合の流れの中で、宮崎大学と統合し宮崎大学医学部となったが、部活動などは旧宮崎大学と統合されず、そのまま存続するものがほとんどだった。2005年度の入学試験からは地元枠を設け、地元宮崎県出身者約10人が入学した。
1944年（昭和19年）2月に宮崎県高等工業学校として設立し、同年8月に改称した宮崎県工業専門学校が、工学部のルーツである。1949年に宮崎大学工学部として学芸学部や農学部と同時に設置された。大学院工学研究科は1976年（昭和51年）に修士課程（1997年より博士前期課程）が、1996年（平成8年）に博士後期課程が設置されていたが、2007年博士後期課程は農学工学総合研究科設置に伴い廃止された（これに伴い、博士前期課程は修士課程となった）。
農学部のルーツは、旧制の宮崎農林専門学校さらに遡って1924年（大正13年）設立の宮崎高等農林学校がルーツである。この宮崎農林専門学校を母体に1949年、宮崎大学に農学部が設置された。1967年（昭和42年）に宮崎大学の中ではいちばん早く大学院農学研究科（修士課程）が設置されている。2007年には、農学・工学を連携・融合させた農学工学総合研究科(博士後期課程)を設置し、2010年には、医学・獣医学を連携・融合させた医学獣医学総合研究科(博士課程)を設置した。1988年（昭和63年）から、九州内のいくつかの大学とともに鹿児島大学大学院連合農学研究科（博士課程）に参加し、1990年（平成2年）には、獣医学科を設置する周辺大学とともに山口大学大学院連合獣医学研究科（博士課程）に参加したが、2007年度より農学工学総合研究科（博士後期課程）の設置に伴い鹿児島大学大学院連合農学研究科から離脱、2010年度より医学獣医学総合研究科（博士課程）の設置に伴い山口大学大学院連合獣医学研究科から離脱した。
教育学部の直接のルーツは、旧制の宮崎師範学校と宮崎青年師範学校に求められる。これらの学校はさらに、1884年（明治17年）設立の宮崎県尋常師範学校と1922年（大正11年）設立の宮崎県実業補習学校教員養成所までその淵源を辿ることができる。戦後の学制改革の中で、1949年、宮崎師範学校と宮崎青年師範学校を基に宮崎大学に学芸学部が設置された。1966年（昭和41年）、学芸学部は教育学部に改称。さらに1999年（平成11年）には教員養成を主な目的としない（いわゆるゼロ免課程の）地域文化課程・生活文化課程・社会システム課程の3課程が設置され、学部名を「教育文化学部」に改称。2008年（平成20年）に地域文化課程・生活文化課程・社会システム課程が統合の上、人間社会課程が設置された。大学院は、1994年（平成6年）に教育学研究科が設置（修士課程）され、2008年（平成20年）には教職大学院（専門職学位課程）として、教職実践開発専攻が設置された。2016年（平成28年）4月の改組が認可され、人間社会課程の募集を停止し、学部名を「教育学部」に改称した上で、教員養成に特化することとなる。
2009年1月16-17日に、香港のアジア・ワールド・エキスポで初めての海外公演となる『X JAPAN WORLD TOUR LIVE IN HONG KONG』を開催し、2日間で2万人を動員した。香港公演後には一時期、HEATHに関するトラブルが発生したことで2-3月に予定されていた台北公演・ソウル公演は延期が決定され、最悪二度目のベース脱退という事態に陥ったが、公演が翌日に迫った5月1日にHEATHから脱退が回避されたという旨とファンへの謝罪が公式サイトに掲載された。同時に再結成公演以来サポート・メンバーとしてステージで演奏していたSUGIZOが「6人目のメンバー」として正式に加入した 。5月2-3日にワールド・ツアー東京ドーム公演『X JAPAN WORLD TOUR Live in TOKYO 〜攻撃続行中〜』を開催。「JADE」が初めて演奏されたほか、新たに加わったSUGIZOのヴァイオリンとYOSHIKIのピアノによる共演など、SUGIZOの加入による新しいコラボレーションも見られた。5月30日には台湾で『X JAPAN WORLD TOUR Live in TAIPEI』が開催された。その後、ワールド・ツアーは10月10日のパリ公演がアナウンスされていたが、YOSHIKIの持病である頸椎椎間板ヘルニアの手術に伴い、三たびの延期。年内の開催を予定していた大阪公演も延期となった。7月末のYOSHIKIの手術後、8月22日には6年ぶりとなるフィルム・コンサート『X JAPAN FILM GIG 〜鈴鹿の夜〜』が鈴鹿サーキットで開催された。これはYOSHIKIがプロデュースするレーシングチーム「TEAM YOSHIKI＆童夢プロジェクト」が出場するSUPER GTレースの前夜祭に伴って行われたもので、X JAPANのフィルム・コンサートとしては初の野外公演となった。これには当初YOSHIKIの出演がアナウンスされていたものの、その後に手術が決まったこともあり、出演は取りやめとなっていたが、当日になりYOSHIKIとToshlがサプライズ出演。公の場にYOSHIKIが姿を現すのは手術後これが初めてとなった。