チェイスについての最初の学術的な伝記として、ハル・S・チェイス (Hal S. Chase) による『Honey for Friends, Stings for Enemies』が1973年に出版された。ペンシルベニア大学出版局から刊行された、この戦う編集者の生涯を検討した本は、Ph.D.論文をもとに拡充されたものである。続いて、ワシントンD.C.におけるチェイスの人生、仕事、立場について詳細に論じた、マリア・アネット・マクォーター (Marya Annette McQuirter) の『Claiming the City: African Americans, Urbanization and Leisure in Washington, D.C., 1902–1954』が2000年に発表された。
1908年（明治41年）3月、東洋汽船を退社し、4月に同志社専門学校経済科教授兼主任に就任した。東洋汽船に比べ、かなり薄給だった同志社への転籍の理由は、ビジネスが性分に合わないことばかりではなく、新島襄の没後、中心柱を失い停滞の淵にあった同志社を、新島の遺志を継ぎ再建する運動の一翼を担うためだった。1889年（明治22年）に大日本帝国憲法が発布される等、国家基盤が安定すると、欧化主義一辺倒に反対する国粋主義的排外思想が台頭し、とりわけ1890年（明治23年）の教育勅語の公布はキリスト教主義学校に打撃を与えた。官立学校には認められた徴兵猶予の特典も与えられず、同志社では生徒数が激減し、1908年（明治41年）になっても専門学部（神学部・政経学部）では生徒数が増加せず、大学認可も資金不足によって頓挫した。同志社の再建と大学認可には、大学基本金、教授組織の充実、教室などの教育施設や図書館の完備が必要だった。新島襄没後20周年にあたる1910年（明治43年）に開かれた校友会全国大会において、校祖新島の遺志を実現すべく、大学基本金30万円の募金が決議された。これを熱心に説いたのが、かつて同志社英学校に在籍し、新島が同志社に残した十箇条の遺言を枕元で口述筆記した徳富蘇峰であり、蘇峰とも親しかった水崎や同級生の古谷久綱、三宅驥一達だった。政経学部主任の水崎は募金を直接担当することになった。日本全国はもとより、中国、日本の植民地だった台湾や朝鮮、旧満洲までも、学友をはじめ各方面へ募金集めに奔走した結果、募金は目標額に達し、また教授組織の充実と教育施設の完備にも指導力を発揮し、1912年（明治45年）、ついに専門学校令に基づき文部省から同志社大学が認可された。原田助社長、普通学校教頭の波多野培根、神学部主任の日野真澄らとともに、水崎は同志社復興運動の中心的役割を果たした。明治の中頃から大正にかけて、京都在住の長野県出身者が信濃会を作り、会員相互の親睦を計り、故郷を離れて京都で学ぶ学生の世話をした。主な会員には水崎のほかに、京都帝国大学の青柳栄司、西陣の織機技師伊沢信三郎がいた。1915年（大正4年）の大正天皇御大典の年は佐久間象山の京都での殉難50周年に当たり、信濃会が象山の遺跡を表彰することになり、水崎と同じ松本北深志出身で京都帝国大学総長として赴任した澤柳政太郎が会長、水崎が実行委員となった。象山先生遺跡表彰会が建立した象山先生遭難碑は中京区木屋町通御池上る、に現存している。同志社時代、水崎の家は下鴨の下賀茂神社の裏手にあった。そこでは家族のみならず、親類、学生時代以来の友人で同志社監事近藤賢二の長男進一郎、書生など絶えず何人かが寄宿しており、時には苦学生や一般学生、特に同志社教会員を家に招いてご馳走をしたり、風呂を貸し、病気の時は静養させた。1915年（大正4年）5月から1919年（大正8年）3月に京都を去るまでの約4年間、自宅で子どものための日曜学校を開いたが、讃美歌合唱の際は後に日本基督教団霊南坂教会のオルガニストになり、教会音楽の作曲家として大成した、同志社大学経済学部在学中の大中寅二が指揮をした。島崎藤村の詩に1936年（昭和11年）に大中が曲を付けた歌曲「椰子の実」は、同年７月に東京放送局（JOAK) のラジオ番組「国民歌謡」で、最初に東海林太郎の歌唱で放送されている。草創期の同志社で主流を成した、熊本バンド出身の原田助が1907年（明治40年）から1920年（大正9年）まで、第7代総長として13年間にわたって在職した時期に、同志社は目ざましい発展を遂げている。原田は欧米を歴訪し諸大学で講演して、1910年（明治43年）にエディンバラ大学および新島の母校のアマースト大学より名誉学位を贈られるなど、欧米における同志社の名声を上げ、1912年（明治45年）には専門学校令により同志社大学および女学校専門学部が設立された。しかし同志社に多大な貢献をした原田は、講演等で学校を空けることが多く、学校での職務を十分に果たすことができなかった。原田を支持するグループと専務理事、大学長事務取扱および女学校長として実務を担当した水崎や蘇峰らのグループの間で対立が生じ、理事会、教職員、学生、同窓生までも巻き込んだ紛争となり、1918年（大正7年）1月、水崎、波多野、日野ら教職員と6理事および監事の辞任、そして翌々年の原田の辞任へと展開した。