上記のハルレポートでは、日本は、「国レベルでの独立性の高い研究公正当局やコンプライアンスシステムが存在しない」最も後進的なタイプ3に分類されていた。2015年4月、米国の研究公正局と名称は似ているが、機能が異なる研究公正推進室が文部科学省に設置された。文部科学省組織規則第四十九条 　人材政策課に、人材政策推進室及び研究公正推進室を置く。 4 　研究公正推進室は、次に掲げる事務をつかさどる。 一 　科学技術に関する研究者に関する基本的な政策のうち研究開発の公正な実施の推進に係るものに関する企画及び立案並びに推進に関すること。二 　科学技術に関する研究者に関する関係行政機関の事務の調整に関する事務のうち研究開発の公正な実施の推進に係るものに関すること。三 　研究者の養成及び資質の向上に関する事務（研究開発局の所掌に属するものを除く。）のうち研究開発の公正な実施の推進に係るものに関すること。 — 文部科学省組織規則研究公正推進室は「企画及び立案並びに推進」の「事務をつかさどる」部署で、米国・研究公正局がもつ調査権限はない。各大学・研究機関が調査し「捏造」「改ざん」「盗用」「二重投稿」「不適切なオーサーシップ」と認定した事案を、文部科学省のサイトに発表している。但し、行為者の氏名は伏せてある。研究公正推進室の設置で、日本の国家研究公正システムはタイプ3からタイプ2になった。
研究倫理を「倫理」として捉えると、「道徳」「善悪」を具体化した自然法のひとつと見なすことができる。この意味では研究倫理は、英語の「モラル（moral）」であり、人間社会の原初的な規範のひとつとなる。一方、英語の「エシックス（ethics）」という概念で捉えると、研究倫理の意味に特定の組織の規範という観点が強調され、研究という職業をこなすにあたっての掟、考え方・規則・対処法となる。この場合、大学・大学院や研究機関での研究の考え方やスキルが重要となる。英語の「Research misconduct（Scientific misconduct）」は、狭義には「捏造」「改ざん」「盗用」の3つに限定した不正行為である。混乱を避けるため、この3つを、文部科学省は、2014年に「特定不正行為」と命名した。白楽ロックビルは、「研究不正」に対応させた「研究ネカト」と呼ぶことを提唱している 。本記事では、「研究不正」や「科学における不正行為」の用語を避け、かつ、「特定不正行為」や「研究ネカト」の用語はがまだ定着していないので、なるべく、「捏造」「改ざん」「盗用」と記述した。
以下、研究倫理に関連し、「正義の原則」に反する「科学における不正行為（scientific misconduct）」、例えば、捏造 (科学)、補助金詐欺、剽窃などなど「研究不正」について。研究者は研究活動で公正な社会性を有するべきという社会規範のひとつであり，研究公正という概念の前提条件になる。広義には「科学者の社会的責任」に属し，狭義には科学者が属する研究機関における「職務責任」と見なすことができる。　研究成果を発表・報告・申請する文書（学術出版、論文、書籍、レポート、申請書など）は特に重要視され，この中の捏造、改ざん、盗用は、研究公正に違反する科学における不正行為とされる。この場合、所属大学・所属研究機関から懲戒処分や学位取消処分などの処分がなされるとだけではなく，所属機関も管理責任のみならず社会的責任が問われる。これらの不正行為は一般的には犯罪ではないが、違反が顕著な場合や公的な研究助成がある場合は犯罪行為とみなされる。なお、ここでのべる研究倫理は、生命倫理、医療倫理、職業倫理、技術者倫理などと根本規範を共有するが，研究結果を応用する際に必要な社会性の担保よりも研究活動自体の社会性を担保するための規範である。
1910年6月22日、京都府宇治郡山科村（現・京都市山科区）で、公文書における「特種部落」の語の使用に激怒した地元部落民が村民大会にて満場一致で村長の殺害を決め、当時26歳の部落青年が村長を撲殺し、1910年10月20日に無期懲役となった。1924年12月31日、群馬県新田郡世良田村三ツ木（現・伊勢崎市境三ツ木）の一般民が「チョウリンボウ」（被差別部落民の賤称）の語を使用。このため、1925年1月2日から翌日にかけ、約23時間にわたって水平社の活動家ら数十名から監禁され、取り囲まれ、殴る蹴るの暴行を受け、全治14日の傷を負った。1970年12月4日、大阪府東大阪市で63歳の病身の女性が部落解放同盟大阪府連の行動隊に「コラ、赤犬」と罵詈雑言を浴びせられ、小突かれ、靴で足を蹴られるなどの暴力を受け、病院への通院を妨害されて死亡した。ただしこの女性もまた部落解放同盟大阪府連の蛇草支部員であり、部落解放同盟内部の日本共産党支持者が排除される過程でこのような事件が起きたものである。1974年10月26日には、部落解放同盟兵庫県連の約60名が兵庫県朝来郡和田山町（現・朝来市）の町議会議員佐藤昌之（日本共産党）の自宅を襲撃。この結果、町議の支援者の男性（47歳）が肋骨骨折3ヶ所、脊髄損傷、大腿骨にヒビが入る重傷を負い、網膜剥離で全盲となった。1974年11月22日、兵庫県養父郡八鹿町（現・養父市）で部落解放同盟兵庫県連の集団が兵庫県立八鹿高等学校の教職員約60名を約13時間にわたり監禁暴行し、瀕死の重傷を負わせ、入院109日間の加療などを余儀なくさせた。