京都本線の3.3km（崇禅寺駅付近 - 上新庄駅付近）と千里線の3.8km（柴島駅付近 - 吹田駅付近）にわたる区間を高架化して、当駅構内の両路線の平面交差を解消すると共に、区間内の17箇所の踏切を除去する事業が進められている。事業主体は大阪市で、2008年（平成20年）9月に着工。2024年度末の高架切替を予定している。新駅舎は4階建てで、現在の駅より若干南東側に移動する。駅の構造は、2階が改札とコンコース、3階が上りホーム、4階が下りホームとなる。これにより京都本線と千里線は立体交差化され、前述のダイヤ上のネックも解消される。両路線に加えて、当駅の北側に位置する築堤のJRおおさか東線・同線を高架橋で跨ぐ東海道新幹線と立体交差する必要があるため、駅舎は近年に同様の構造で高架化された京急蒲田駅の24mを超える約30mの高さになる。主たる区間において、既存の線路を仮線に移動した土地に高架線を構築するのではなく、既存線を跨ぐ構造の「直上高架方式」が採用されている。またこの事業に関連して、大阪市では駅の主に東側周辺で土地区画整理事業を進めている。これは駅周辺に密集した老朽木造建物や狭い道路が多く防災上問題があったため、駅の高架事業を機に周辺を区画整理し、駅前に相応しい街と道路を整備するものである。
阪急電鉄では、通常は丸子由美（女声）が大阪梅田方面行きを、片山光男（男声）が反対の神戸三宮（神戸本線）・宝塚（宝塚本線）・京都河原町方面行きの自動放送を担当している。しかし淡路駅では、ホームが狭く、また同時に入線するダイヤが多いため、外側主本線（2号線・5号線）を片山（男声）が、内側待避線（3号線・4号線）を丸子（女声）が担当している。これは阪急で唯一の例で、従って通常とは逆方向の担当者による放送を耳にすることができる。
京都本線と千里線は、写真のように平面交差している。上下線共にホーム手前に複雑な分岐があり、駅構内では50km/h（または30km/h）以下の速度制限がかかる。当駅を唯一通過する通勤特急は、カーブが連続する上新庄駅 - 十三駅間でも特に速度を落とさなければならない場所となっており、京都本線のダイヤ上の最大のネックでもある。千里線の列車は、上下線共に早朝・深夜を除くほとんどの列車が京都本線の列車と到着時刻が近接している関係で、本線の列車を先に通すため、交差手前で信号待ちによる停車を余儀なくされている。その一方で、上り同士・下り同士の普通の対面接続が終日行われている。このため、本線と千里線を跨いで移動する場合、乗車駅で直通列車に乗ることができなくても当駅で容易に乗り換えることができる。なお、駅と路線の成り立ちの関係（#歴史を参照）から、京都本線と千里線が直交するのではなく、京都本線の十三駅から千里線の北千里駅へ向かう線路と、京都本線の京都河原町駅から千里線の天神橋筋六丁目駅へ向かう線路とがそれぞれ直線的な配線となっている。
島式2面4線のホームを有する地上駅で、列車の待避が可能。京都河原町寄りの東西双方に改札口が設けられており、各ホームは地下道で連絡している。長らくホーム・改札口間の移動には、原則として階段を昇り降りしなければならなかったが、2006年3月に地下道とホームを結ぶエレベーターが設置された。発車案内は上り・下り共にLED式のものが設置されている。2007年9月5日に更新されたもので、それまでは反転フラップ式のものが運用されていた。また、下りホーム（4・5号線）では朝のラッシュ時に発車ベルが使われており、4号線は高音タイプ、5号線は低音タイプが鳴動される。各線の起・終点駅以外で使われている唯一の駅である。
ファーゴの空の玄関口であるヘクター国際空港（IATA: FAR）は市中心部の北西約5.5km、市域北端に立地している。同空港にはデルタ航空（ミネアポリス・セントポール）、ユナイテッド航空（シカゴ・オヘア、デンバー）、アメリカン航空（シカゴ・オヘア、ダラス・フォートワース）の3大航空会社全てに加えて、フロンティア航空（デンバー）およびアレジアント・エア（ラスベガス、フェニックス・メサ）の定期旅客便が就航している。また、この空港はファーゴ航空州兵基地も兼ねており、MQ-9 リーパーを運用するノースダコタ空軍州兵第119航空団が置かれている。2016年11月にはフェデックスが、それまでグランドフォークス国際空港に置いていた同社の地域ハブ機能を、ヘクター国際空港に移転した。また、この空港の南東端、19thアベニュー・ノースと16thストリートの北西角には、ファーゴ航空博物館が立地している。ファーゴではI-29とI-94の2本の州間高速道路が交わる。I-29はカンザスシティから北へ、グレートプレーンズ東縁北部を縦断する高速道路で、ファーゴでは市西部を南北に通っている。ファーゴから南へはスーフォールズ・オマハ方面へ、また北へはグランドフォークスやカナダとの国境へと通じ、国境を超えるとマニトバ幹線州道75号線に直結してウィニペグへと通ずる。I-94はアメリカ合衆国本土最北部を横断する高速道路で、ファーゴでは市南部を東西に通っている。ファーゴから東へはミネアポリス・ミルウォーキー・シカゴ方面へ、西へは州都ビスマークやモンタナ州ビリングスへと至る。また、市内では東西に通る中心の街路であるメイン・アベニューとなっている国道10号線は、I-94の通勤別線にも指定されている。BNSF鉄道はファーゴ市内および周辺に線路を敷いている。同社の線路の上を走り、シカゴとシアトル・ポートランドとを結ぶアムトラックの長距離列車エンパイア・ビルダー号は、西行、東行とも1日1便、ダウンタウン北部にあるファーゴ駅に停車する。ファーゴ市内の公共交通機関としては、ファーゴ・ムーアヘッド都市圏交通局がMATBUSという愛称で路線バスを運行している。この路線バス網は22系統を有し、ファーゴ・ムーアヘッド両市を主にカバーし、一部の路線はウェストファーゴやディルワースへも乗り入れている。ダウンタウンに立地する、地上交通センター（Ground Transportation Center、GTC）という同局のバスターミナルは、グレイハウンドと提携しているジェファーソン・ラインズのバスターミナルも兼ねており、グランドフォークス、スーフォールズ、ビスマーク・ビリングス、ブレイナード・ダルース、セントクラウド・ミネアポリスの各方面への中長距離バスが発着する。