第一次大本事件が一応の収束を見せるのと前後して、王仁三郎はエスペラントの導入・ラマ教・道院（世界紅卍字会）・バハイ教等世界各国の宗教提携など様々な活動を展開する。同時に国内における政治活動を活発化させ、昭和恐慌による不況にあえぐ国民の関心を集めた。1932年（昭和7年）11月、大本は再び「皇道大本」と復名し第一次大本事件で頓挫した「大正維新」を「昭和維新」として実行しようとしていた。王仁三郎は頭山満・内田良平ら右翼人士との交流を行い、1934年（昭和9年）7月22日に昭和神聖会を結成する。東京九段会館で行われた発会式には陸海軍将校が多数出席し、後藤文夫内務大臣、秋田清衆議院議長が祝辞を述べるなど、政治・軍事への影響力を示した。昭和神聖会の政策請願に署名した人数は800万人にのぼる。神聖会はワシントン海軍軍縮条約の早期撤廃、皇族内閣の実現、天皇機関説への激しい批判、東北地方の困窮に対する援助など、数々の愛国的主張を行っている。1935年（昭和10年）の時点で、大本は支部1990、信者100万 - 300万人（特高警察資料、大本教40万・人類愛善会25万人）、3割は大学卒業者という高学歴で、政治家・軍人を含む確固たる宗教勢力に成長している。精神科医宮本忠雄は王仁三郎に「手を広げすぎて失敗する」というパターンがあり、「大本の体質は王仁三郎の体質から来ており、彼の人柄をそのまま肥大させたものが教団の性格」「現実から身を引き離すのが不得手な王仁三郎であってみれば、現実との接触は必然的に権力への癒着をもたらした」と指摘する。宗教学者村上重良は、宗教的指導者たる王仁三郎が自己の主観的価値観を政治に持ち込む危険性と限界を指摘し、大日本帝国の侵略・膨張に社会的政治的役割を担ったと批判する。このような政治活動に懸念を示す者もいたが、王仁三郎は聞き入れなかった。出口直日（王仁三郎夫妻長女・三代教主）によれば、黒龍会の内田良平から度々注意されていたが、王仁三郎夫妻は淡々として聞き流していたという。その一方、もう一度弾圧が起きる事を示唆する言動も残している。機関誌『神聖』1935年（昭和10年）9月号では『余は、世間からかかる誤解を受けることが必ずしも余自身のために不利益であるとすら思って居ない。かかる誤解から轟々たる非難の声が起って、余のために騒ぎ立てる世の中をジット眺め、そのために自分がへた張るかどうかと静かにその行末を視守ることもまた面白いではないか』と述べている。第一次大本事件のような弾圧が起きることを予期していたが、政府の大本に対する危機意識・警戒感を過小評価していたという指摘もある。例えば事件後に保釈された王仁三郎は「かねてより 斯くあらんとは 知りながら 斯くも早しとは 思はざりけり」と詠っている。昭和神聖会発足当時、大日本帝国は満州事変が勃発して国際連盟から脱退、国内ではゴーストップ事件で軍部と内務省が対立、十月事件や五・一五事件が発生してクーデターや暗殺騒ぎが起きるなど、不安定な状況下にあった。日本政府は、軍部の革新派や右翼団体と協力してクーデターを起こす危険性を考慮し、昭和神聖会の資金源を断つべく大本の壊滅を意図した。1934年（昭和9年）10月、内務省警保局長唐沢俊樹は相川勝六内務省警保局保安課長と杭迫軍二愛知県警特別高等警察課長を招き、杭迫を京都府警特高課長に任命して検挙を前提とした大本の調査を命じている。
2003年は故障の癒えていない膝のリハビリに専念し、一軍・二軍戦ともに公式戦出場はなかった。2004年シーズン途中の8月にアテネオリンピックの野球チャイニーズタイペイ代表に選出され、シーズンでは10月11日の対東京ヤクルトスワローズ戦で公式戦初スタメン・初安打・初打点を記録。2005年は主に代打で出場し、優勝決定後にはスタメンでも出場し初本塁打を記録。2006年はかつて掛布雅之が着けていた背番号31に変更。開幕前の3月に第1回ワールド・ベースボール・クラシック(WBC)のチャイニーズタイペイ代表に選出された。シーズンでは代打として起用され、セ・パ交流戦では指名打者でのスタメン出場も数試合あった。オフの11月から12月にかけて開催されたドーハアジア競技大会の野球チャイニーズタイペイ代表に選出された。同大会でチャイニーズタイペイ代表史上初のアジア競技大会優勝に貢献した。2007年も開幕から代打での出場が主だったが、4月下旬に濱中治が怪我で離脱して以降はレギュラーに定着。交流戦後はシーツの不振に加えて桜井広大の台頭もあり、一塁手としてのスタメン出場も多くあった。しかし、5月13日の対ヤクルト戦でオーバーランした一塁へ帰塁した際に右肩を痛めながら、「せっかくつかんだチャンスを逃したくない」と打撃コーチの正田耕三に訴えて強行出場を続けた悪影響 により8月下旬に登録抹消。9月27日に一軍復帰するも規定打席には4打席不足したが、打率.292。15本塁打と58打点は、いずれも金本に次いでチーム2位だった。それまで「プロの世界でレギュラーとして試合に出るようになるまでは、台湾の家族を試合に招待しない」と決めていたが、この年になって日本での生活12年目で初めて家族を日本に招くことができた。しかし、「右肩肩峰下滑液胞炎」と診断された右肩の回復が思わしくなかったため、同年オフに台湾で開催されたアジア選手権大会のチャイニーズタイペイ代表を辞退。12月に手術を受けた。2008年は前年受けた手術のリハビリなどの影響から、シーズン初出場は5月29日の対千葉ロッテマリーンズ戦であった。7月8日の対読売ジャイアンツ戦で左膝靭帯を痛めて離脱 し、北京オリンピックのチャイニーズタイペイ代表を辞退。8月に復帰したが、シーズン成績は打率.249・2本塁打だった。2009年開幕前の3月に開催された第2回WBCのチャイニーズタイペイ代表に選出された。シーズンでは一軍登録されたのは5月8日であった。その後も不振が続いて前年を下回る56試合の出場で、打率.208・3本塁打・11打点に終わった。2010年の沖縄における春季キャンプでは、この年に打撃コーチに就任した片岡篤史の親友である立浪和義からも臨時指導を受け、シーズンでは出場機会はさほど多くなかったが得点圏打率.412。2011年、63試合の出場で打率は1割台。2012年は6試合で7打数1安打。2013年8月4日にシーズン初の出場選手登録され同日の対巨人戦（東京ドーム）に6番・右翼手でスタメンで出場したが、打撃で4打数無安打（2三振）、右翼の守備でも精彩を欠いて途中交代、一軍公式戦への出場機会はこの1試合のみで、10月1日に球団から戦力外通告を受けた。11月に開催された「2013 BASEBALL CHALLENGE 日本 VS チャイニーズ・タイペイ」のチャイニーズタイペイ代表への招集を辞退して、第一回12球団合同トライアウトを受験し、フェンス直撃の三塁打を含む2安打2四球、左翼の守備でフェンスに激突しながら好捕したが、NPB球団で獲得する球団は現れなかった。