大岡忠相は鋭い観察力で悪人達からは恐れられ、また町民たちからは人情深い奉行として慕われている。猿の三次は、刺客に襲われた忠相をかばって命を落とし、同心・蕪木兵助も、その一味と思われる集団を目撃した娘お鈴を救おうとして重傷を負い、忠相や新妻の千鶴らの見守るなか死亡する。三次を失った「たぬき」では、三次の昔馴染みでお鈴の父親でもある丁の目の半次を板前に迎えて、店を続けることにした。この部では、吟味方（詮議方）与力・片平弥平次や同心・筧甚八も加わる。また、北町奉行所同心・赤垣伝兵衛が「たぬき」の看板娘には嫌がられるものの、よく「たぬき」に出入りするようになる。浪人姿の忠相に酒をおごってもらうかわりに、重要な情報を提供することもある。南町奉行所では、冒頭相次ぐ不幸が訪れたが、ベテラン同心の佐橋孫兵衛はじめ、吟味方（詮議方）与力・片平弥平次、同心の筧甚八・立花喬之助、すっとびの辰三、出目の勘太など真面目で明るい仲間たちと力を合わせて難しい事件を次々解決していく。
大岡忠相は鋭い観察力で悪人達からは恐れられ、また町民たちからは人情深い奉行として慕われている。忠相の知行地から片瀬堅太郎が医師になるべく榊原伊織を尋ね、養生所の見習い医師となった。また、叔父の勘太を頼ってやってきたお京は、目明かしになるべく忠相の許しを得て娘目明かしになる。また、第7部以降、4部ぶりに忠相の母・妙が登場することも第11部の特徴の1つである。引き続き登場するベテラン同心の佐橋孫兵衛はじめ、同心の蕪木兵助・立花喬之助、すっとびの辰三、出目の勘太など真面目で明るい仲間たちと力を合わせて難しい事件を次々解決していく。
大岡忠相は鋭い観察力で悪人達からは恐れられ、また町民たちからは人情深い奉行として慕われている。見習い同心だった立花喬之助が正式な同心となり、ベテラン同心として村上源次郎に代わり、佐橋孫兵衛が加わった。また、新米の見習い同心として北風正吾が加わった。また、三次の営む船宿「やなぎ」にはお柳がおり、三次とともに忠相の密偵となって活躍する。新しいメンバーとともに、ベテラン佐橋孫兵衛はじめ、同心の蕪木兵助・立花喬之助、見習い同心の北風正吾、すっとびの辰三、出目の勘太など真面目で明るい仲間たちと力を合わせて難しい事件を次々解決していく。
天文17年2月1日（1548年3月10日）、晴信は5000人の兵力を率い北信濃に向けて進軍を開始した。武田軍は上原城で板垣信方の率いる諏訪衆や郡内衆と合流し、大門峠を越えて小県郡南部に侵攻。一方、村上義清は天白山の居城葛尾城と北東部の戸石城を拠点に陣を敷く。さらに岩鼻まで南下して上田平に展開し、産川（千曲川支流）を挟んで武田方と対陣。2月14日（3月23日）に両軍は合戦となった。上田原合戦の概況を伝える史料に『勝山記』（『妙法寺記』）がある。『勝山記』によれば、この合戦で武田軍は小山田信有の郡内衆が奮戦したものの板垣信方、甘利虎泰、才間河内守、初鹿伝右衛門が討ち死にし敗北したという。合戦の具体的な経過について書き記した同時代の史料はないが、江戸時代に書かれた軍記物『甲陽軍鑑』などによると、武田軍は8000余、村上軍は5000余（または7000余）で、武田軍は先陣を願い出た真田幸綱を退け、板垣信方を先陣に栗原左衛門尉・飯富兵部少輔・上原昌辰（小山田虎満）・小山田信有・武田典厩信繁らが村上方に攻撃をしかけた。先陣の板垣勢は村上勢を撃破して敵陣深く突進するが、勝ちに奢った信方は敵前で首実検を始めた。板垣信方の油断をついた村上勢は反撃に出て、不意を突かれた板垣勢は混乱状態に陥り、信方は馬に乗ろうとしたところを敵兵に槍で突かれて討ち取られた。これにより板垣衆は崩れ、村上勢は勢いに乗って猛攻をしかけ、先陣が敗れたことで後続の武田軍は突き崩される。『甲陽軍鑑』では上田原合戦における戦死者は武田軍は700人（または1200人）、村上軍は300人（または1700人）としているが、その根拠は不明。村上義清が武田晴信の本陣に攻めかると晴信の旗本衆は後退し、脇備の工藤祐長（内藤昌秀）と馬場信房（信春）が横槍を入れてこれを打ち払うが、晴信は二か所に薄手の傷を負った。以上の『甲陽軍鑑』における上田原合戦の戦闘の状況のうち、小山田勢の奮戦と晴信自身の負傷は『勝山記』からも活躍される。武田軍は重臣の板垣信方、甘利虎泰を失う大敗を喫したが、村上軍も屋代基綱・小島権兵衛・雨宮正利らが戦死し、損害も多く追撃する余力はなく退陣した。合戦に敗れた武田軍だが、『勝山記』によれば晴信の指揮のもと態勢を立て直して20日余の間「シハヲ踏」戦場に留まる。「シハヲ踏ム」は「芝（芝居）を踏む」の意味と考えられており、『甲陽軍鑑』では戦場に踏みとどまる意味で用いられる用語であることが指摘される。甘利虎泰の子・藤蔵（後の甘利昌忠）が甘利氏の家督を継承し軍事指揮権を委ねられると、晴信を支援した。晴信側近の駒井高白斎は今井信甫と相談し、晴信生母の大井の方に働きかけ、大井夫人は野村筑前守・春降出雲守を使者として派遣すると晴信を説得し、武田勢は撤退する。武田勢は3月5日に上原城へ到着し、3月14日には甘利藤三が上原城へ到着した。武田勢は3月26日に甲府へ帰還する。『甲陽軍鑑』『勝山記』によれば、晴信はこの合戦で二カ所に傷を負い、帰国後に甲府の「嶋の湯」（甲府市湯村の湯村温泉）で30日間の湯治をおこなったという。戦場にとどまった理由として晴信が負けを認めたがらなかったとの見方があるが、板垣信方・甘利虎泰死後に家臣に晴信の指導力を示す必要があったことや、すぐに退却したら村上軍が余勢をかって追撃してくるため退却までに時間をおく必要があったなど政略的・戦術的な意味があったとも言われる。