治療は通常、皮膚科で行う。一部の大学病院（順天堂大学医学部附属順天堂医院など）では脱毛専用の外来が設けられており、また何年も続く重度の汎発型の場合は1ヶ月程度の入院治療によって良好な結果が得られることが多い。日本皮膚科学会より治療ガイドラインが発表されている。ガイドラインはあくまで一定の治療の目安であって各医師がこのガイドラインにしばられるものではない。尚、「円形脱毛症」と「治療」で検索すると様々な医療機関がヒットするが、円形脱毛症の治療そのものが対症療法であり、根本的な治療方法が確立されていない。治療方法は下記のとおりである故、噂やネット検索で名医と言われているところに、わざわざ遠方より通院する意味があまりない。（東京医科大学病院皮膚科では、最初に円形脱毛症は治らないと断言される。）患者自身が生活パターン、体調をよく見直す事で改善される場合もある。親身になって治療をしてくれる通いやすいところに通院したほうが、精神的にも楽であり負担も少ない。心にゆとりを持ちストレスフリーをできるだけ心がけたい。英国ネイチャーによると「円形脱毛症に遺伝子が関連－新しい治療法に道開く可能性」とした論文（日本語訳）が掲載されている。（その他を参照。）ただし、根本治療がないのは高血圧、糖尿病など内科疾患も同じであり、円形脱毛症に限ったことではない。再発のない患者は病院を再来しないため、本当に治ったのか治らないのかを証明する効果的な研究方法がなく、治らない、という断言そのもののエビデンスもない。
円形脱毛症患者の40%以上がアトピー素因を持つと言われ、54%が本人もしくは親兄弟にアトピー素因が認められるなど、アトピー皮膚炎と円形脱毛症には密接な関係があるとされている。
アレルギーを持っていない患者の場合、ストレスなどによって自己免疫異常が一時的に発生して脱毛に至るのではないかとされている。アレルギーを持つ場合でもストレスが引き金となり発症してアレルギーによって重症化する可能性も考えられている。ストレスが原因の場合はストレスやプレッシャーがなくなれば治癒するため短期（6ヶ月程度以内）で完治することが多い。
円形脱毛症全体の8割を占めるタイプで、他のアレルギー疾患 （アトピー性皮膚炎や喘息など）と円形脱毛症との合併には統計的有意差があると言われており、これらのアレルギー疾患が円形脱毛症と深く関わっていると推測されている。このタイプは発症が単発型でも次第に症例が重くなる傾向があり完治が難しいとされている。
本来、体の防御機能であるCD8陽性Tリンパ球が毛根部分の自己抗原（おそらくメラニン関連の蛋白）に誤って攻撃してしまういわゆる自己免疫反応によって引き起こされる自己免疫疾患である。CD4陽性T細胞はCD8陽性細胞とともに自己抗原への反応を助ける働きをしている。組織学的には毛包周囲にswarm of bees（蜂の巣）といわれるリンパ球浸潤が見られる。自己免疫反応の結果、脱毛部分の毛根組織は萎縮し障害されるが、リンパ球反応が消失すれば元通りの毛が再生される。これらの反応にはHLA-DQB1 03など遺伝的背景があるとされる。立毛筋付着部位にバルジ領域といわれる幹細胞がある。この幹細胞から毛の組織のすべてが作られる。円形脱毛症ではこの幹細胞は障害されないため永久脱毛になることはない。なぜリンパ球が誤反応するのかは判っていないが、古くは精神的ストレスによって発症すると言われていた病気であることなどから体内でなんらかの影響を受けている可能性が高い。しかし、ストレスを感じるとは考えにくい生まれたばかりの幼児などにも発症していることから、現在では精神的ストレスは誘因の1つではあっても主原因は体内のアレルギーが合併するなどによって自己免疫異常が引き起こされているのではないかと考えられるようになってきている。また肉体的ストレス、ウイルス感染なども誘因の一つである。また、体内に他のアレルギー症状がある場合、例えば花粉症では花粉シーズンには花粉症が酷くなる一方で円形脱毛症が治癒したりするなどアレルギー同士が相互に関与していると思わせる症例も多く見られる。
ABO式血液型の遺伝子分布は母集団（地域や人種）によって差が大きく、コロンブス以前の分布では、O型遺伝子の率は世界的にどこでも多いが特にアメリカ大陸の先住民で、中南米ではO型が100%近くになる地域がある。A型遺伝子が多い地域はヨーロッパ（約25～35%）とオーストラリアの南部と西部の先住民（約30～35%）、また北米でもカナダ・アルバータ州からアメリカ・モンタナ州にかけてのブラッド族・ブラックフィート族（黒足族）と呼ばれる先住民集団は例外的にA型遺伝子の比率が高い（最大50%以上）。ただ、この3か所はMN式血液型で調べると分布が全く異なる他、後述のB型の分布も大きく異なる。B型遺伝子が多い地域は北部インドからモンゴル（約30%）となり、逆に南北アメリカ大陸やオーストラリア先住民では極めて少なく（ほぼ0%）、同じモンゴロイド系の人種でもアジア側とアメリカ側で結果が大きく違うため、B型は「アメリカ先住民の新大陸移住（約2万年～1万5千年前）後にアジアで増加した」か「偶然アメリカ先住民の先祖にB型がほとんどいなかった」のどちらかの可能性が高いと考えられる。なお、アフリカ大陸のABO型分布には取り立てて特徴がなく、大半の地域で一番多いのはO型（65～75%）だが特にこの地域が多いわけではなく、シベリアやヨーロッパ西沿岸部とさほど変わらず、A型はアジアの大半地域並み（15～25%）・B型は東ヨーロッパ（10～15%）程度である日本人のABO式血液型の分布はおよそO型32%、A型37%、B型22%、AB型9%だが、古畑種基らの研究によるとわずかに地域差があり、九州・四国・中国ではA型、東北・北陸ではO型がわずかに多く、それぞれ反対の方がその分少ないという分布の勾配があった。