イクティネオIIには、水中で酸素を船内に供給する為に、二酸化マンガンを触媒として、塩素酸カリウムを化学反応によって塩化カリウムと酸素に分解する酸素発生装置が備えられていた。この酸素発生装置はイクティネオIの物と同様の二酸化炭素除去装置に接続されており、酸素に混じる二酸化炭素などを除去できるようになっている。建造当初は発生する酸素に二酸化炭素が混入している、大量の蒸気が発生するなどの欠点があったが、後に改良されたことによって蒸気の発生は止み、二酸化炭素の濃度も1%以下に抑えられるようになった。また、リンと水銀を用いた酸素量計測装置と、苛性カリ水溶液を使用した二酸化炭素量計測装置も備えられている。この他、二酸化炭素除去装置から発生する消石灰溶液を用いた、船内の細菌（ムントリオルは「アニマリリョス」と呼んだ）の殺菌機能や、乗組員の屁から発生するガスを、消石灰やカリウムを反応性吸収材として用いて消臭する機能まで用意されていた。
水中での深度変更をスクリューに依存していたイクティネオIとは異なり、イクティネオIIでは水面上での姿勢を保つ為のメインタンクの他に、水中での深度を調節する為のサブタンクを有しており、バラストタンクの調節のみで深度を調節する事が出来る。メインタンクの容量は8t。サブタンクの容量は0.8t。
動力は人力で、後に2基の蒸気機関が装備された。人力動力は20名の人員が船内のクランクを回すもので、これによって船体後部のスクリューを回転させる。この20名という人数は、そのままイクティネオIIの乗組員の総数でもある。人力で得られる速度は、水中で約2ノット。蒸気機関は元々III号艇に搭載される予定だったものだが、資金難からIII号艇の建造は不可能となり、イクティネオIIに搭載された。この機関は市販のレシプロ式蒸気機関を改造したもので、水上航行用の1基目は従来通りに石炭を使用するが、水中航行用の2基目は燃焼ではなく亜鉛53%・二酸化マンガン16%・塩素酸カリウム31%を混合させた化学燃料棒を化学反応させる事によって、熱と副産物である酸素や酸化亜鉛を発生させる。これによりイクティネオIIは非大気依存推進を可能とした世界初の潜水艇となった。蒸気機関の出力は6馬力であり、速力は最大で4.5ノット（水上）にまで向上したが、機関がスペースを取った為に乗組員は4～5名にまで減少した。また、機関の放熱が凄まじく、数分間潜航しただけで冷却のために浮上しなければならない程だった。これに対しては海水を利用した冷却装置を取り付ける事が検討されていたが、実現しなかった。また、主スクリューの他にサイドスラスターとして、2基の小型プロペラを船体後部に装備している。
排水量72t、全長17m、内部空間は29m³。船体は流線形であり、イクティネオIと同様の二重船殻構造を有している。内部耐圧殻はイクティネオIと同じ、厚さ10cmのオリーブ材をからなる耐圧殻をオーク材の輪で補強し、厚さ2mmの銅板で覆ったものだが、銅板には当時の先端技術であった溶接が使用されていた。500mまでの潜行が可能だが、安全性の観点から限界深度が50mに制限されている点もイクティネオIと同様である。
イクティネオII（Ictineo II）は、ナルシス・ムントリオルによって、スペインはバルセロナで建造された潜水艇。イクティネオIの改良型として建造され、1864年に進水した。極めて先駆的な性能を有しており、非大気依存推進が可能な世界初の潜水艇であった。
菊花賞はセントライト、シンザンに次ぐ史上3頭目のクラシック三冠達成が懸かっていたが、調教では相変わらず喉を鳴らしており、3ハロンのタイムは43秒を切ることができなかった。菊花賞を前に引退も検討されたが、谷水の希望により出走に踏み切る。「ダービー馬の名誉に傷が付くのではないか」との声に対して谷水は、「人気するかな、しないやろ。名残の菊や。ムーティエの走りっぷりをゆっくり見つめてほしい」と語った。厩舎では万にひとつ症状が出ない可能性を信じ、あらゆる方法で喉の療養に努めた。なお、島崎は出走に反対しており、谷水に「これだけ、ひとつだけでも、私の意見を聞いてほしかった」と恨み言を聞かせると、谷水は反論せず腕組みをして唸り声を漏らしたという。前売りの単勝オッズは3番人気、当日は5番人気となる。1番人気はアローエクスプレスであった。レースでは後方に控えたのち、第3コーナーから最終コーナーにかけて先頭を窺う勢いで進出し、観衆を大きく湧かせたが、そこから失速してダテテンリュウの11着（アローエクスプレス9着）に終わり、史上3頭目の三冠は成らなかった。志摩直人は最後に見せた脚を「これがタニノムーティエだといわんばかりの凄さの一端を示してみせたに過ぎなかったが、それはかつての日、中山の皐月賞で、府中のダービーで見せたあの豪脚の幻であった」と評している。これを最後に引退となり、11月29日、京都競馬場で引退式が行われた。厩務員の近藤昭は「シンザン以上の馬だった」と評しているが、そのシンザンの調教師であった武田文吾は、タニノムーティエに対して「帰牧して 二冠の壺に 菊植えん」との一句を詠み、その引退を惜しんだ。なお、この引退から約1年後の1971年11月18日、谷水信夫は交通事故により61歳で死去。長男の雄三が競馬事業も引き継ぐことになった。