二枚目と言えるそのルックスや心優しい性格、抜群の運動神経から、女性にまるでモテないという設定に対して、読者から「ぬ〜べ〜が女性にモテないのはおかしい」と指摘されたことがあるが、作者曰く「幽霊の話しかしないからやっぱりモテない」とのこと。本人も自分の悪い癖を自覚しているようで、ゆきめの初登場話では彼女の好意を断るための口実にもしている。ただし、前述の通り、モテる要素は充分に備えているため、女性妖怪やオカルト話に動じない相手からは人気があり、ゆきめ、黒井まみなど、数々の女性を虜にしている他、速女や座敷童子などは恋愛感情抜きで純粋に彼の人柄の良さを慕っている。また、前述の理由からぬ〜べ〜を嫌っていた律子もしょうけらに襲われた際に彼が戦う姿を見て遅まきながら見直し、ぬ〜べ〜に心惹かれるようになる。ゆきめとの仲に関しては「人間と妖怪の恋愛なんて不可能だ」と決め付けてずっと自分の感情を押し殺し続けてきたが、後に自分の思いをようやく自覚して告白するものの直後に死別。ゆきめの復活後に正式に交際を始め、終盤にて結婚した。「さらにそれからの地獄先生ぬ〜べ〜」では、ゆきめとの間に6人の男の子を儲けている。なお、ゆきめは本編当時16歳だったため、教師なのに女子高生相当の年齢の少女と付き合っている事になってしまい、ぬ〜べ〜自身も気にしていた模様（単行本おまけコーナーでいずなに「犯罪じゃないのか」と指摘されて狼狽している場面がある）。
以下カフカが草稿につけた章題に沿って内容を記述する。各章の配列順には諸説があるが、ここでは手稿版全集（池内紀『カフカ小説全集』）の配列に従った。またこのほかにも書きかけに終わっているいくつかの断片がある。逮捕：銀行の業務主任ヨーゼフ・Kは、30歳の誕生日の朝見知らぬ2人組の訪問を受ける。2人はKに、彼が逮捕されていることを告げ、自分たちは監視人であると語る。Kはいったいどんな罪で逮捕されたのかと聴くが、監視人は関知しないという。Kは隣室に連れて行かれ、そこで監督だという男と話をする。Kは自分がいかなる罪も犯していないと述べ、この扱いは不当であると言い立てる。監督によれば、逮捕はされたもののこれまで通り勤めに出ていいという。そうしてよく見れば、傍らには同じ職場の人間が立っている。Kは彼らに伴われながら、半時間の遅刻で銀行に向かう。グルーバッハ夫人との対話 ついでビュルストナー嬢：その夜、Kは職場から帰宅し、家主のグルーバッハ夫人と言葉を交わす。その際、夫人が隣室のビュルストナー嬢の男関係を勘繰るような発言をしたため、Kは気分を損ねる。夜半、ビュルストナー嬢が帰宅し、Kは隣室を訪れて彼女の部屋が勝手にKの審理に使われてしまったことについて謝罪する。ビュルストナー嬢は隣人の大尉が聞き耳を立てていることを恐れてKを追い返そうとするが、Kは彼女に乱暴に口付けし、その場を去る。最初の審理：やがて電話で通告があり、Kは日曜日に審理に向かう。通告が曖昧だったためKは目的地に着くまで苦労し、ようやく古いアパートの一室にたどり着く。中には大勢の人間が詰め掛けており、Kは低い壇上で逮捕の不当さや手続きのずさんさをうったえ、聴講人たちを仲間に引き入れようとする。しかし壇を降りてみると、彼らの胸には例外なく役所のバッジが付けられており、彼らは一人のこらず役人側の人間であったことがわかる。Kはののしり、皮肉を言って出て行く。ひとけのない法廷で 学生 裁判所事務局：翌週も同じ場所に向かってみると、以前にKを部屋の中へ案内した若い女がおり、今日は審理は行なわれないという。Kは女と話をし、彼女に魅力を感じて誘惑するが、後から登場した若い法科の学生に邪魔立てされ、彼女を連れて行かれてしまう。Kが腹を立てながらドアの前にたたずんでいると、ふと近くに「裁判所事務局入り口」の標識を見つけ、この安アパートの屋根裏に事務局があるらしいと悟る。Kは裁判所の下働きをしている、先の女の夫に案内され事務局を見学する。長い廊下が待合室になっており、そこから各事務局として使われている屋根裏部屋に通じている。Kは次第に気分が悪くなり、局員に支えられてその場を後にする。鞭打人：数日後、Kは職場のガラクタ部屋で3人の男に遭遇する。そのうち2人はKの逮捕の際にやってきた監視人のフランツとヴィレムであり、もう一人は黒い革服を着た見知らぬ男である。監視人たちはKの食事や下着を横領したかどで、これから鞭打ちの刑を受けると言う。Kは見逃してやるように言うが、鞭打人は聞き入れずに監視人たちの服を脱がす。鞭を打たれた監視人の叫びが響きわたり、Kは職場の同僚に知られないようにあわててドアを閉め、叫び声を聞いてやってきた小使をごまかす。翌日になっても監視人のことがKの頭から離れず、Kは小使にガラクタ部屋を早く片付けるように言う。叔父 レニ：ある日、Kのもとに裁判の話を聞きつけた叔父カールがやってくる。彼の学校仲間に弁護士をしているフルトという人物がおり、彼に紹介してやれるという。すぐに2人でフルトのもとを訪れ、病に伏せっているフルトに事情を話す。その場にはちょうど裁判の事務局長を務める人物が同席していた。しかしKはフルトの女中レニとの情事に夢中になってしまい、その間に自分の立場を有利にする機会を逃したことで叔父から叱責されてしまう。弁護士 工場主 画家：その後も裁判の進展する様子が見られず、Kは弁護士に任せていられなくなる。そのような折、仕事場に客として現れた工場主から法廷画家ティトレリを紹介され、なにか有利な情報が得られないかと考えて彼のもとを訪ねる。彼の話では、自分は本当の自由に対しては無力であり、仮の無罪か、または訴訟を低い段階にとどめたまま引きずっていくかどちらかの場合にしか協力できないと言う。Kは結論を保留しながら立ち去り、帰り際に粗末な絵を大量に買わされる。商人ブロック 弁護士の解任：Kはついに弁護士フルトを解雇することに決め、彼の家に向かう。彼の家では同じく弁護士を頼んでいた商人ブロックと会い、Kは彼を女中レニの愛人ではないかと疑い、不愉快な思いをする。Kはフルトに会って自分の決意を話し、フルトは裁判の進行に時間がかかっていることについて弁解をする。続いてブロックが部屋に入ってくると、弁護士の態度は一変し、ブロックに対し奴隷を扱う主人のような態度を取る。大聖堂にて：Kは職場で、重要なイタリア人の顧客を街の名所に案内する役を命じられる。Kはイタリア語文法書と名所アルバムを持参し、大聖堂でこのイタリア人と待ち合わせるが、時間が過ぎてもイタリア人は現れない。Kが大聖堂の中に入ると、教誨師が説教壇の上からKの名を呼びかける。そしてKに裁判のことについて次々に質問し、掟についての一つの挿話を語って聞かせる（#「掟の門前」参照）。最後：31歳の誕生日の前夜、Kは2人組の処刑人の訪問を受ける。Kは郊外の石切り場に連れて行かれ、そこで心臓を一突きにされる。Kは処刑人に見守られながら、「犬のようだ！」と言って死んでいく。