日本以外の、アジアの非イスラム教国の多くは、国内に自国民のイスラム教徒の集団を抱えている。東南アジアやインドではイスラム王朝の支配を経験したこともあるため、当時の支配層や商人の子孫が現地人と混血、同化した形でイスラム教徒として社会の一部を形成している例もある。台湾に関しても、中国大陸から移住した回族によるイスラム教コミュニティが存在している。しかし、日本列島は直接イスラム圏と接しておらず、イスラム王朝からの支配を受けたことも無かったため、自国民のイスラム教徒は極めて少数である。日本のイスラム教徒の大半は外国人であるため、選挙権を持つ者は非常に少ない。そのためイスラム教徒の移民を多く抱える西欧各国とは異なり、イスラム教徒による社会問題や政治活動等は日本国内において大きな問題とはなっていない。現在、日本国内で行われる、イスラム教徒の礼拝や集会における説教は日本語ではほとんど行われることがない。英語、もしくは、ウルドゥー語、タミル語、インドネシア語、トルコ語などのイスラム教徒の出身国の使用言語がそのまま使用されている。クルアーンに則り、知識層ではアラビア語もよく使われる。2013年7月より、日本は東南アジア諸国のビザを緩和したため、訪日外国人旅行客が急増している。ムスリムの多いマレーシアやインドネシアからの観光客も増えているが、日本国内にはまだムスリムの生活に適合した施設が少ないため、観光客に不便を強いることがある。これら外国人に対応するため、ムスリムやイスラム教に関する勉強会が各地で開かれるようになっている。イスラム式の礼拝堂の設置も増えてきている。イスラム教徒の留学生も増えており、一部の大学ではハラールに適合したメニューを学生食堂に加えたり、礼拝の場を設けるなどの対策を行っている。全国大学生協連合会によると、2014年時点で、少なくとも日本の19の大学で、ハラール食が提供されているという。また、日本に定住するムスリムが増えるに従い、墓地の問題が出てきている。ムスリムは基本的に土葬であるが、日本では大半が火葬であるため、土葬に反対意見を唱える者も多い。
古来、イスラム世界において、日本は「ワクワク（アラビア語: الواق واق‎, 英語: al-Wāqwāq、諸説あるが、倭国の中国語発音が由来とされる）」として知られていた。歴史的には、奈良時代にイスラム圏から玻璃器などの宝物が、シルクロードを通り、中国などを経由して日本にもたらされ、正倉院に保管されている。また、元のクビライが日本に送った使節には、2人のムスリムがいたことが確認されている。また、江戸時代にはオランダなどのヨーロッパからの情報として、イスラム圏に関する断片的な情報が日本にもたらされた。安土桃山時代には、中国やアラブからイスラム商人が訪日していたとも言われており、南蛮貿易などで東南アジアに渡った日本人商人の中には、イスラム教に改宗した者もいたとされる。日本に最初に入ってきたムスリム集団は、1917年のロシア革命によって国を追われた中央アジアのタタール人たちである。第二次世界大戦では、日本はインドネシアやマレーシアなどのイスラム教徒が多数を占める地域を占領、3年程度であるが、軍を主体とする占領統治を行った。明治以降は、多くの日本人が移民として世界各国に渡る時期でもあり、その中には谷豊などのように、マレーシアなどのイスラム教の勢力が大きい国に移住し、イスラム教に親しむ日本人もいた。ジッダにあったイギリス公使館から本国に宛てた報告には、1938年に7人の日本人が巡礼に来たとの記録が残っている。記録に残る限り、日本人で初めての改宗者は山田寅次郎、あるいは1891年（明治24年）の野田正太郎が最初とされる。2010年現在の日本に住むムスリムは、1980年〜1990年代、パキスタンやバングラデシュ、イランなど、東南アジアや中東から労働者として来日した者と、その家族（日本人配偶者も含む）が中心となっている。
信楽高原鐵道ではこの事故後、「世界陶芸祭」に対する輸送力強化のために多額の費用をかけ新設した小野谷信号場は本事故を契機に使用中止とした。また、小野谷信号場使用時代は特殊自動閉塞だったものを、貴生川駅 - 信楽駅間全線を一閉塞とした従前のスタフ閉塞として、1991年12月8日、運行が再開された。2018年現在もこの一閉塞運行は続けられており、小野谷信号場使用当時は1日26往復、最小27分であった運転間隔が現在は1日15往復、最小1時間間隔となっている。また、当時の職員数20名のうち事故で5名の職員を失い、事故を起こした編成のうち、2両の車両が廃車された（JR車も1両が廃車）。なお、「世界陶芸祭セラミックワールドしがらき'91」は会期を5月26日まで残していたが、事故翌日から開催を休止しそのまま終了となった。さらに事故の補償で巨額の補償金支払いに迫られた信楽高原鐡道は、滋賀県および信楽町からの20億円あまりの貸付金にて補償活動にあたった。また無利子貸付の基金の受け入れにより、基金の運用益から貸付金を返済する支援が実施されたが金利低迷で実らなかった。県・市からの安全対策経費の補填も2004年より実施されたが一連の裁判の終結後、信楽高原鐵道は2012年2月に自力再建を断念し、被害者補償のために借り入れた資金について、借入元の滋賀県と甲賀市に対し、債権の放棄か減額を求めて調停を申し立てる事態になった。翌2013年2月に滋賀県と甲賀市は債権放棄で受諾する特定調停が成立。その後、2013年（平成25年）4月1日、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律に基づく鉄道事業再構築実施計画により上下分離方式に移行した。信楽高原鐵道が信楽線の第二種鉄道事業者となり、線路や車両等の鉄道施設を無償譲渡された甲賀市が第三種鉄道事業者となった。