長州藩は攘夷の姿勢を崩さず、下関海峡は通航不能となっていた。これは日本と貿易を行う諸外国にとって非常な不都合を生じていた。アジアにおいて最も有力な戦力を有するのはイギリスだが、対日貿易ではイギリスは順調に利益を上げており、海峡封鎖でもイギリス船が直接被害を受けていないこともあって、本国では多額の戦費のかかる武力行使には消極的で、下関海峡封鎖の問題については静観の構えだった。だが、駐日公使ラザフォード・オールコックは下関海峡封鎖によって、横浜に次いで重要な長崎での貿易が麻痺状態になっていることを問題視し、さらに長州藩による攘夷が継続していることにより幕府の開国政策が後退する恐れに危機感を持っていた。元治元年（1864年）2月に幕府は横浜鎖港を諸外国に持ち出してきていた。日本人に攘夷の不可能を思い知らすため「文明国」の武力を示す必要を感じたオールコックは長州藩への懲罰攻撃を決意した。オールコックのこの方針にフランス、オランダ、アメリカも同意し4月に四国連合による武力行使が決定された。オールコックは本国に下関を攻撃する旨の書簡を送る。だが、本国外務省は依然として日本との全面戦争につながりかねない武力行使には否定的でこれを否認する旨の訓示を日本へ送る。この当時はイギリスと日本との連絡には二カ月から半年かかり、訓示が到着したのは攻撃実行後となり、結局、現地公使の裁量で戦争が進められることになった。イギリスに留学していた長州藩士伊藤俊輔と井上聞多は四国連合による下関攻撃が近いことを知らされ、戦争を止めさせるべく急ぎ帰国の途についた。イギリスの国力と機械技術が日本より遙かに優れた事を現地で知った二人は戦争をしても絶対に勝てないことを実感していた。伊藤と井上は三カ月かかって元治元年6月10日（1864年7月13日）に横浜に到着。オールコックに面会して藩主を説得することを約束した。オールコックもこれを承知し、二人を軍艦に乗せて、アーネスト・サトウを伴わせて豊後国姫島まで送り、長州へ帰させた。二人は藩庁に入り藩主毛利敬親と藩首脳部に止戦を説いたが、長州藩では依然として強硬論が中心であり、徒労に終わった。元治元年6月19日（1864年7月22日）、四国連合は20日以内に海峡封鎖が解かれなければ武力行使を実行する旨を幕府に通達する。なお、艦隊の出発前に、フランスから幕府の外交使節団（横浜鎖港談判使節団）が帰国したが、使節がフランスと取り交わしたパリ約定には関門海峡を3ヶ月以内に通行可能にする条項が含まれていた。オールコックは、幕府がこの約定を批准することにより、四国連合からフランスが脱落することを恐れたが、幕府は約定の内容を不満として批准は行わなかった。結果、攻撃は予定通り実施されることとなった。
内閣総理大臣福田赳夫はこの事態を「残念至極」と語り、3月28日の新東京国際空港関係閣僚会議で3月30日開港の延期が正式決定された。運輸大臣福永健司が発表すると同時に、運輸省が新空港開港延期に関わるノータムを全世界の航空関係機関に発出した。事件により、日本国政府のメンツを完全に潰された格好になった。加藤武徳国家公安委員長は「残念の一言に尽きます」、川上紀一千葉県知事は「政治生命をかけていたのに…」、高橋寿夫運輸省航空局長は「こんなショックなことは、長い役人史上ありません」と、それぞれ悲痛な思いを語った。事件によって、空港建設で調達した負債による利息だけで1日4000万円を負担していた空港公団だけでなく、航空関係の事業者や空港周辺に展開するホテル群も、多大な被害を被ることとなった。空港公団の用地交渉に応じて、移転に際して離農した元農民らも第二の働き口として、空港ターミナルビルにテナントとして入居した店舗の営業や警備業等の空港関連事業に転職した者が多く、成田空港開港の延期にその出鼻をくじかれた形となった。成田空港転業対策協議会事務局長は「やっぱり5月開港に持ち越されるんですか。1日過ごす度、ノド元をグッグッと締め付けられる思いなのに」と述べている。日本国政府は「この暴挙が単なる農民の反対運動とは異なる異質の法と秩序の破壊、民主主義体制への挑戦であり、徹底的検挙、取締りのため断固たる措置をとる」と声明を出し、「新東京国際空港の開港と安全確保対策要綱」を制定した。国会においても衆参両院が「過激派集団の空港諸施設に対する破壊行動は、明らかに法治国家への挑戦であり、平和と民主主義の名において許し得ざる暴挙である。よって、政府は毅然たる態度をもって事態の収拾に当たり、再びかかる不祥事をひき起こさざるよう暴力排除に断固たる処置をとるとともに、地元住民の理解と協力を得るよう一段の努力を傾注すべきである」とする決議をそれぞれ全会一致・全党一致で採択し、「新東京国際空港の安全確保に関する緊急処置法」（現・成田国際空港の安全確保に関する緊急措置法）が議員立法により成立した。日本社会党多賀谷真稔書記長は「成田空港の管制塔に過激派が不法侵入したことは遺憾である。しかしその責任は、住民の納得が得られないにもかかわらず、開港を強行しようとする政府側にある」と述べた。闘争初期に反対同盟と対立して絶縁関係となっている日本共産党は、「ニセ『左翼』集散の暴力的妄動を、わが党は強く糾弾する。これはニセ『左翼』暴力集団泳がせ政策をとり、彼らに甘い態度をとってきた当局者の対応と決して無関係ではない」との書記局次長談話を発表し、「団結小屋の全面撤去と"トロツキスト暴力集団"の徹底取締り」を要求した。共産党の機関紙『しんぶん赤旗』では、推理小説家小林久三が「ほとんど、なすがままに暴力集団の侵入を許した警察の動きはなんだったのか」と思わせぶりなコメントを寄せた。三里塚闘争から追放されていた革マル派は「福田を追い落とすために仕組まれた自民党内部の抗争を反映した警察の不作為の作為による陰謀事件」と機関紙『解放』で論評した。当時革マル派との「内ゲバ戦争」を優先して、「集団戦」ではなく主に空港施設へのゲリラを戦術にしていた中核派は、この管制塔占拠を当初は称賛するが、1980年代に入り三里塚闘争の方針をめぐって第四インターとの対立を深めると「"管制塔占拠"は機動隊に追われ逃げ込んだ先にたまたま管理棟があっただけの偶然の産物」と一転して否定的な評価を下すようになる。事件当日は開港直前の施設を取材するために来ていた、多数のマスメディアが現場におり、襲撃の様子は全世界に発信された。フランスの『フィガロ』紙は「空港反対の"戦争"」と報じ、イギリスの『ガーディアン』紙は「世界で最も血塗られたエアポート。こんな飛行場の開港を見届けたいと思っているのは、福田内閣だけではないだろうか」と日本の事態を揶揄した。トロツキストに否定的な立場のソ連国営放送も、反対派と機動隊の衝突フィルムを放映して「日本の全進歩勢力はナリタ空港建設に反対している」と配信した。また、当時レバノンのPLOキャンプを取材していたジャーナリストの広河隆一は、「管制塔占拠」の報を聞いたパレスチナのゲリラ戦士たちが、歓喜の声とともに空に祝砲を撃ったことを目撃している。もっともPLO日本事務所は1978年4月に「ナリタで起こっていることとパレスチナの問題はなんらの関連も共通点もない」とする声明を発表した。