運び屋ジルウェ・エクスプレスに所属するヴァン（エール）は、ガーディアンの司令官から依頼を受け、謎の荷物（ライブメタル）を先輩ジルウェと共に運ぶことになった。ヴァン（エール）が合流地点の近くまで来ると、ライブメタルを狙ったイレギュラーたちの襲撃を受け、ジルウェとも別れてしまう。攻撃を受け崖下まで落下したヴァン（エール）だが、そこでガーディアン司令官・プレリーに遭遇する。しかし、先のイレギュラーの親玉に見つかってしまう。ガーディアンも応戦するが、全く歯が立たない。プレリーは必死でライブメタルを守ろうとする。そんなプレリーを守るべく、ヴァン（エール）は前に出るが、なすすべが無い。その時、ライブメタル・モデルXの呼びかけでヴァン（エール）はロックマン・モデルXへと変身（ロックオン）し、ひとまずイレギュラーを退ける。モデルXの「適合者」となり力を得たヴァン（エール）は、世界を、全てを守る戦いを始める。
ロックマンゼクスシリーズの第1作。様々なモデルで多種多様なアクションを楽しめるR.O.C.Kシステム、ボスの特定部位に弱点が設定されているT.F.S（テクニカル・フィニッシュ・システム）など、数多くの新システムが導入されている。全てのマップが繋がっていて徒歩で移動可能、ミッション選択時にボスの顔写真が登場しないなど、本作とも関わりが深いロックマンゼロシリーズの第1弾『ロックマンゼロ』に近しい点がある。また、第3弾の『ロックマンゼロ3』および第4弾の『ロックマンゼロ4』とダブルスロットすることで、同2作品に出てきたボスと戦うことができる。2人の主人公は排他の存在で、本編中で同時に登場することはない（ただし、公式サイトにあるオリジナルアニメーションでは同時に登場しており、ヴァンがエールにからかわれている描写があった）。しかし、いずれのストーリーでも同じように登場人物が命を落とす。ストーリーに関してはヴァン、エールで内容がやや異なる。ヴァン編は正統派でシンプルなストーリーに味付けされているのが特徴で、『ロックマンゼロ4』におけるラグナロク作戦のその後について語られる。対するエール編はライブメタルの出生の秘密や主人公がライブメタルに選ばれた理由などが明かされ、設定面に関してより深く掘り下げる形でストーリーが展開される。
1948年（昭和23年）から現在までの大字で、合子ケ作（ごうしがさく）が改称して成立した。信濃川の左岸に位置し、中州の周りを土手で囲まれた島を山田島という。もとは江戸時代からあった合子ケ作村の区域の一部で、1683年（天和3年）の記録に村名が残されている。
1978年8月号より定期刊行されているが、『週刊少年サンデー』（以下「本誌」）の増刊であり独立した雑誌ではない。1995年、旧誌名『週刊少年サンデー増刊号』（しゅうかんしょうねんサンデーぞうかんごう）から『週刊少年サンデー超』（スーパー）に改題された。新人作家育成が主となっている場であり、新人や無名の作家が読切作品や短期連載作品を掲載し本誌進出への足掛りにしたり、週刊連載に馴染まない作家が主に掲載され、2000年頃までは独自の長期連載の作品や読者コーナーも存在した。また、本誌で活躍する作家の読切や短期連載もしばしば掲載されていた（読切は現在でも掲載されている）。かつては『ナイン』や『さすがの猿飛』など映像化された作品や、『ファントム無頼』や『鬼切丸』、『キャットルーキー』などといった独自の長期連載作品も存在していた。『今日から俺は!!』『健太やります!』『ムシブギョー』『今際の国のアリス』等、人気が高い作品は本誌へ移籍し週刊連載をするケースもあるが、その逆に、本誌で不人気などの理由により作品が増刊に移籍される場合もある。単行本は、アンケートによる人気が高いものを中心として本誌と同様少年サンデーコミックス（SSC）にて刊行される。初出の段階で同誌及び本誌の相互間で途中移籍が生じた連載作品でも、作品タイトルに変更が生じない限りは継続刊行が可能だった。しかし、1年以上の連載作品であるにもかかわらず単行本化に至らないものも少なくなく、『青春タイブレーク!』のように連載終了の数年後に他社から単行本化を果たした例もある。2002年末から同誌の連載作品の単行本化は終了している（それ以前にも『ドルフィン・ブレイン』（第二部）、『サッカーキング』など人気が落ちたとされる作品は途中から単行本化されなくなる場合があった）。20年以上の間月刊発行（○月増刊号の名称で前月末発売）を行い連載作品も掲載していたが、2004年2月増刊（1月25日発売、2月25日号）をもって一旦月刊発行を終了。2004年GOLDEN WEEK増刊（4月25日発売、5月25日号、）から2009年NEW YEAR増刊（2008年12月25日発売、2009年1月15日号）までは隔月刊発行となっていた。この間連載作品は全て終了し、読切作品のみの雑誌となっていた。2009年4月増刊（3月25日発売）より、再び月刊発行となり、連載作品も掲載されるようになった。同時にWEB（『クラブサンデー』)での同時連載も始まった。2012年3月号より『週刊少年サンデーS』（スーパー）にリニューアル。独自の連載作品がさらに増え、リニューアル後はWEBでの同時連載作品が減少した。2016年頃から『名探偵コナン』関連の特集や全員サービスをほぼ毎号定期的に行うなど、『名探偵コナン』の色が強く出た雑誌に変化し、売り切れることも増え始めた。2018年になると、『名探偵コナン』のキャラクターの一人、安室透の人気により、発行部数が急激に上がるようになった。また、WEBでの同時連載作品が再び増え始めた。2019年1月号より再びリニューアル。雑誌名のロゴが変更され、ページ数が減少したが、新人作家の読切が複数掲載された別冊付録『サンデーmini』が毎号つくようになった。