1998年（平成10年）に退役した同名船の代船として、同年3月20日に三井造船玉野事業所で竣工した。上記の通り技術的に見るべき点が多く、竣工同年の「シップ・オブ・ザ・イヤー98」を受賞した。就役直後の1998年9月には、「マンボウII」の初仕事として明神礁の調査が行われた。同地は、1952年9月、噴火の調査のために派遣された海上保安庁の測量船「第五海洋丸」が噴火に巻き込まれて遭難、乗員・調査団31名全員が殉職した因縁の地であり、「マンボウII」の調査によって詳細な海底地形図が作成された。この調査は、文部省の測地学審議会の建議を受けて行われる「海域火山基礎情報図調査」の初の例であり、その後も各所の海底火山調査が行われていた。そして2015年6月に行われた10回目の海域火山基礎情報図調査では、本船により、2013年より断続的に噴火を再開した西之島の調査が行われた。特に「マンボウII」は、その特性をいかして、半径4キロメートルの噴火警戒範囲にまで進入して、マルチビーム測深機による海底調査を行った。これは噴火後初の海底調査であり、噴出物の体積や地下構造など、従来行われてきた航空観測では得られない有力な情報が多く観測された。
本船では、機動測量艇（昭洋1号艇）および特殊搭載艇「マンボウII」（昭洋2号艇）の2隻の観測艇を搭載しており、いずれもミランダ式ダビットによって進水・揚収する。「マンボウII」は活動中の海底火山近傍など危険な海域では遠隔操縦での無人運用も可能とされており、初代「昭洋」に搭載されていた自航式「マンボウ」の改良型にあたる。初代「マンボウ」が遠隔操縦のみであったのに対し、本艇では遠隔操縦と有人操縦のいずれも選択可能であり、防災時には交通船としても利用できる。排水量6.0トン、全長10.0メートル、速力10ノットで、観測装置としては、二周波型精密音響測深儀や投下式自動水深水温測定装置、水温塩分計、採水装置を備えている。
一般海洋観測のためには、連続塩分水温水深計（CTD SBR911Plus）、鉛直水温連続測定装置（XBT MK30N）、炭酸ガス計（FR2000）、波浪計（MW-A2）、航走式水温塩分計（FSI）、栄養塩自動分析装置、塩分検定装置が搭載されている。また2012年には、航行しながらでも海中の音速を計測できる装置も常備されるようになった。
海底の地質・地殻構造探査のため、深海用音波探査装置（SYNTRAK 480）、表層探査装置（BATHY-2000P）、海底屈折波受信装置（HDDR-1）、地殻熱流量計（ピストン式柱状採泥器）、高分解能地層探査装置（KLEIN SYSTEM 2000）を搭載する。このうち深海用音波探査装置はマルチ120チャンネル対応の受信部を備え、そのためのデジタルストリーマーケーブルは3000メートル分を搭載する。また2012年には、海底地殻変動観測装置も装備された。
測位用としては、ディファレンシャルGPS・GPSジャイロ・ロランCによる複合測位装置（SAINS-10）を搭載した。海上保安庁の測量船では、複合側位装置は単に船位を求めるだけでなく、マルチビーム測深儀など他の観測機器とも連接されており、測量船運航の中枢機構となっている。海底地形調査のため、船底にはシービーム2112型マルチビーム音響測深機（MBES）が設置された。これは、周波数12キロヘルツ、2°×2°のナロービームを151本生成して、海底地形を即座に等深線図として作図することができる。日本初導入として「拓洋」で装備化されたものの発展型であり、後に同船の搭載機も本機に準じて更新された。また海上自衛隊の「にちなん」や海洋研究開発機構の「よこすか」「白鳳丸」「かいれい」にも搭載されている。またこのほか、深海用曳航式サイドスキャンソナー（通称「アンコウ」）、海上磁力計（PMM-200）、海上重力計（KSS-31）が搭載された。
記憶喪失と改造手術による影響からか、性格は非常に内向的かつ無愛想。協調性にも大きく欠けており、嫌いなものに「KOF」を挙げるなど、他人と馴れ合うのを極度に嫌がる。口調は粗暴で、あまり多くは喋ろうとしないが、仲間思いな面もある。クーラ曰く「可愛いところ」があるらしく、本当は素直になれないだけという一面が伺える。推定未成年でありながら『'99』の主人公チームのチームストーリーでは喫煙しており、好きな食べ物にビーフジャーキーを挙げているのも「酒と一緒に食べると美味いから」という理由。その一方で、マキシマの甘党ぶりにはうんざりしており、その影響で甘い物が嫌いになっている。マキシマとはお互い信頼しあう仲で、彼に対しては不器用ながらも心を開いている。当初は敵対したクーラのことは悪く思ってはいないようだが、『2001』でネスツ壊滅後にダイアナとフォクシーと共に仲間になった後、実の妹の様に大切にして、仲良く接する一方でペロペロキャンディーを向けられたりして迷惑がっている。姉のクローンであるウィップは、彼女の方が外見年齢的には下であるために複雑である様子。『2001』でネスツ壊滅後にクーラ、フォクシーと共に仲間になったダイアナには非常に嫌われている。その理由は、クーラがK'の影響で粗暴な性格になる事を恐れてか、K'と実の兄妹の様に仲が良い事を快く思っておらず、K'自身もダイアナのことを嫌っている。草薙京に対しては『MI』シリーズと『XIII』にて鬱陶しがる様子が見受けられ、京もそれを受け入れ迎え撃つ姿勢でいる。