律令下での行政区分は豊前国宇佐郡（ぶぜんのくに・うさごおり／現在の宇佐市のほぼ全域）。記紀にも、神武天皇が東征の際に宇佐（記紀の表記では菟沙）に立ち寄った際、在地の菟沙津彦・菟沙津比売が歓待したというかたちで登場している。伝統的に宇佐神宮の勢力が強かったこともあり、大勢力となるような武士は現れなかった。中世には佐田氏・赤尾氏・麻生氏・時枝氏・中島氏ほかの小規模国人が割拠する状態で、この地方を統一するほどの武士は出現していない。宇佐郡代を務めた佐田氏が最大勢力ではあり、宇佐郡衆としてまとまって行動することもあったものの（門司合戦、耳川の戦いなど）、基本的にはそれぞれが独立勢力であった。ただ宇佐郡の武士団にとって宇佐神宮への祭祀だけは大事な役目であったようである。戦国時代になると当初は大内氏の勢力下に置かれ、大内氏滅亡後は大友氏に従った。いずれの勢力も豊前・豊後国境に近い龍王城（現・安心院町龍王）や妙見嶽城を重視し、とくに妙見嶽城には大内方からは杉氏、大友方からは田原親賢といった有力武将が送り込まれた。大友・大内が豊前の覇権を巡って激突する際には、たいてい妙見嶽城が最前線となり、そのたびに宇佐郡衆が妙見嶽城に登っている。島津氏に豊後府内を追われた大友吉統が、最終的には妙見嶽城の田原親盛を頼ってここにたてこもり、その最終防衛線として機能した。もっともこの時点で宇佐郡衆でも大友方に残ったのは佐田氏くらいであり、他は秋月氏や島津氏に内通していた。安土桃山時代の豊臣秀吉による九州征伐によって、豊前国が黒田孝高の領分になると宇佐郡もほぼ全体が中津城を築城した黒田氏に与えられた。ただし戦略的要地である妙見嶽城・龍王城とその直接支配地域は蔵入地とされた。のちに龍王城には細川氏が入り、高田城に移った後に破却された。妙見嶽城も大友氏改易と前後して破却されたようである。江戸時代には天領・中津藩領・島原藩領飛び地・宇佐神宮領が混在した。特に四日市地区には天領日田の代官所（四日市陣屋）がおかれた他、東西本願寺の別院（真宗大谷派四日市別院〈東別院〉・本願寺四日市別院〈西別院〉）がおかれ、一時は「九州御坊」として九州全体を管轄していた。江戸幕末には豊前四日市陣屋（現在の宇佐市四日市地区）で、佐田秀率いる花山院隊を名乗る部隊が蜂起した。佐田らは四日市陣屋から大砲等を強奪したあと御許山に立て籠もり、長州藩との連携を模索したが、逆にこれを迷惑がった長州藩兵によって急襲・鎮圧された（御許騒動）。
経済的に隣接する中津市との関係が深く、中津市を中心とする中津都市圏の都市雇用圏（10%通勤圏）に属する。一方、大分市を中心とする大分都市圏や、北九州市を中心とする北九州都市圏には属さない。宇佐市を通過する高速道路である東九州自動車道及び並行する一般国道自動車専用道路は、大分方面は1994年に宇佐別府道路宇佐IC-院内ICが開通して大分ICまでが全通していたが、北九州方面も2015年3月1日に豊前IC-宇佐IC間が開通。さらに、2016年4月24日には北九州JCTまで全通した。2005年3月31日に合併する以前から、旧宇佐市と院内町、安心院町との結びつきは強く、院内町、安心院町がいずれも「院」の字を含むことから、これらの1市2町は総称して宇佐両院（うさりょういん）と呼ばれていた。
個々のミ船団には、往路（ミリ行き）の便には奇数、復路（門司行き）の便には偶数の番号が順次割り当てられた。例えば、ミ07船団は通算7番目・往路4番目のミ船団を意味する。ただし、欠番があるため実際の運航順には合致しない。この命名方式はヒ船団や鉄鉱石専用船団であるテ船団（例：テ04船団）と共通する。ミ船団を構成するタンカーはヒ船団に編入できない低性能船で、旧式タンカーや本来はパレンバン＝シンガポール間の中積用に設計された2TM型戦時標準タンカー、応急油槽船と称した貨物船改造タンカーなどがあった。特にタンカー不足を補うための応急油槽船が、2A型戦時標準貨物船改造の2AT型だけで32-34隻も大量建造されており、うち22隻がミ船団に加入して後半の主力となっている。機関不調でヒ船団から除かれた大型タンカーも編入された。石油船団の建前ながら、タンカー以外の軍隊輸送船など各種輸送船も護衛集約の都合でミ船団へ多数加えられた。経由地での編制替えも多く、実質的には門司＝高雄、高雄＝マニラ、マニラ＝ミリ間の局地船団の集合体に近かった。また、ミリからシンガポールへ向かうミシ船団との接続運航など、ミ船団を軸とした船団航路が派生していた。各種輸送船が加入したこともあってミ船団の規模は日本の護送船団として最大級で、例えばミ05船団では最大で輸送船37隻・護衛艦10隻の大船団となった。全期間での1船団あたりの平均加入輸送船数は約15隻、護衛艦は平均5隻であった。護衛を担当したのは、ヒ船団と同じ第一海上護衛隊であった。一部区間では馬公防備戦隊や第四海上護衛隊の協力も得た。特別船団と言っても護衛兵力は少なく、ヒ船団が輸送船の1/2以上の数の護衛艦を伴ったのに対して、初期のミ船団では輸送船の1/4-1/3程度の隻数と一般の輸送船団と大差なかった。質的にも特設艦船である商船改装の特設砲艦や捕鯨船改装の特設駆潜艇など雑多な寄せ集めだった。最終期のミ25船団では護衛艦全てが海防艦で構成されるなど徐々に強化された。このほか、日本の第三南遣艦隊がパラワン島とボルネオ島の間のバラバク海峡に対潜機雷を敷設しており、ミリからパラワン島と南沙諸島の間のパラワン水道を経てマニラに至る経路は敵潜水艦の侵入が困難で安全と考えられていた。もっとも、アメリカ海軍はバラバク海峡への機雷敷設にしばらく気付かなかったため、アメリカの潜水艦クレヴァルが同海峡を通過してミ02船団を襲い、既述のように日新丸を撃沈している。ミ船団の全加入輸送船のべ377隻のうち、損失は42隻（損失率11.1%）であった。この数値は同時期のヒ船団の損失率15.7%を単純計算では下回っており、低性能な輸送船に手薄な護衛という悪条件にもかかわらず、比較的高成績である。ヒ船団に比べ重要度が低くアメリカ軍の攻撃も手薄だったことや、潜水艦の奇襲が難しい昼間沿岸の航行を徹底したことが要因と考えられる。