後期密教における性的ヨーガの扱いは、後期インド仏教、そしてチベット仏教においては大きな課題であった。特に、性的な節制を要求する初期仏教以来の戒律と衝突する点が大きな問題であった。とはいえ、インドの密教が至上の教えと信じられていた当時は、まだ無上瑜伽タントラの教えや密教の戒律である三昧耶戒の口伝は十分に理解されておらず、後期インド仏教における数々の課題を受け継いだままであり、女性パートナーを伴う性的ヨーガがしばしば行われていた。チベット仏教の復興者であり、顕密統合志向であったヴィクラマシーラ大僧院（インドの密教大学）出身のインド僧アティーシャの考えを継承し、顕教と密教、戒律と性的ヨーガを体系化したツォンカパは、性的ヨーガの有効性を認めつつも、その実践を事実上禁止しあくまで観想でのみ行うよう求めた。彼を祖とするゲルク派は僧侶の基本である具足戒を始めとする数多くの厳しい戒律を持ち、また、出家として生涯独身を貫く清新さを保つことで多くのチベット人の支持を得たために、モンゴルへの布教も成功し、チベット仏教の最大宗派へと成長した。ニンマ派やサキャ派、カギュ派等の三大宗派もこれに倣って僧院を中心とする組織化を充実させることに成功し、現在に至る。
チベット仏教最高の学僧であるプトゥンは、『時輪タントラ』を経典の頂点に位置付けた。しかし、弟子のレンダワは、イスラームの影響を受けた『時輪タントラ』を、仏陀の教えではないと主張した。その弟子、つまりプトゥンから見て孫弟子に当たり、チベット仏教で最も高名な僧であり、また最大宗派ゲルク派の祖であるツォンカパもまた、『時輪タントラ』を高く評価しなかった。彼は『秘密集会タントラ』を最高の密教経典と評価し、密教に関する著作のほとんどをこの経典の註釈のために費やしている（他には『勝楽タントラ』など）。
金剛界五仏（五智如来）の一仏である阿閦如来は、中期密教まで（金剛界曼荼羅の）東方に置かれていたが、後期密教では大日如来に取って代わり、秘密集会聖者流の阿閦三十二尊曼荼羅では中心を占めるようになった。この他にも本初仏として法身普賢（ニンマ派の本初仏）、金剛薩埵（ヴァジュラ・サットヴァ：カギュ派の本初仏）、持金剛（ヴァジュラ・ダラ、執金剛：ゲルク派やカギュ派の本初仏）などが崇敬された。また、各タントラ経典の内容や生理的ヨーガを象徴化した密集金剛（グヒヤサマージャ、秘密集会・阿閦金剛）、大威徳金剛（ヴァジュラバイラヴァ、金剛怖畏）、呼金剛（ヘーヴァジュラ）、勝楽金剛（チャクラサンヴァラ、勝楽尊）、時輪金剛（カーラチャクラ）、更に、『理趣経』に説かれた大楽と空性に、「マハームドラー」を始めとする四印の成就を結合させた尊格の「五秘密尊」における発展形となる大幻化金剛（マハーマーヤー）といった忿怒相の歓喜仏（ヤブユム）が、チベット密教の各宗派における教義や僧侶達の修法等の根本を支える「守護尊」（yi dam：イダム）として尊ばれた。これらは仏像・曼荼羅・タンカ等における美術などでもよく題材にされる。
ヘダ号は、戸田村に感謝し命名された日露合同で造船された西洋式帆船の船名。1854年12月23日（嘉永7年11月4日）の安政東海地震によって伊豆半島は津波の被害にあった。この時、ロシアの海軍中将であるエフィム・プチャーチンは日本との国交樹立交渉のため、フリゲート「ディアナ号」（2000トン級）にて来日し、下田に停泊していた。津波によりディアナ号は直撃を何度も受け、半日もの間激しく湾内を旋回した後、沈没は免れたが、大破した。ディアナ号は破損した船体を修復すべく、幕府の許しを得て、戸田村へ向かったが、航行中に強風と大波にあい1855年1月15日（安政元年11月27日）に田子の浦沖で座礁し、1855年1月19日（安政元年12月2日）に沈没する。幸いにプチャーチンと乗組員は、大地震の被災者でもある地元の人々の協力により救助され、宮島村（静岡県富士市）に上陸する。プチャーチン使節団の応接掛であった川路聖謨も、ただちに救難対策を講じた。この時、ロシア人一行は、自身のおかれた状況も顧みず、献身的に救助してくれた地元の人々に対し大いに感謝したと伝わっている。日露和親条約締結後、プチャーチンは帰国ための船の建造を幕府に願い出る。その申し出は許可され、戸田村・牛ケ洞にて帆船の建造が始まる。日本人は官民合同で300人と、ロシア人500人の計800人に上り、日本史上初ともいえる日露合同の造船が行われた。日本人とロシア人の言葉の壁や、西洋式の帆船であるための資材の調達や専門技術者の不在など、数々の問題はあったが、日露双方が一丸になって取り組み、着工から3ヶ月という短期間で、2本のマストを備えた小さな帆船が竣工する。プチャーチンは、村民への感謝をこめてこれを「ヘダ号」と名付けた。「ヘダ号」は無事、ロシアのニコライエフスクまで航行し、プチャーチンたちは3年ぶりに祖国に帰還した。1856年（安政3年）9月に日露友好のシンボルとなった「ヘダ号」は日本に返還されるが、戊辰戦争の局面の箱館戦争で官軍に対し使用されたのを最後に、その記録は途絶えており、行く末の詳細は、わかっていない。戸田村では、ヘダ号の同型船である君沢形の量産が行われ、日本の造船技術の発展に大きく寄与した。