スローターダイクは、自身が主催したシンポジウム（テーマは「哲学とハイデガー」）を終えた当時、とある論争を巻き起こすこととなる『「人間園」の規則』（既訳）という著作を発表する。この作品の中でスローターダイクは、文化や文明を「人為的温室」、すなわち人類文明のための装置であるとした。例えば、野生動物禁猟区はあくまで特定の野生動物を守るために作られた空間であり、人類の生存には適さない。逆を言えば、アリストテレスが言うところの「社会的動物」である我われ人類は、その動物（＝人類）の生存を保障するより巧妙な政策を採用せねばならないのではないか、とスローターダイクは主張する。ドイツ近代史上における失政、すなわちナチスの優生学に基づく政策への反省から、ドイツ国内では遺伝子操作に関する議論が避けられる傾向がある。しかし、スローターダイクはあえてそのタブーを破り、来るべき新世代の遺伝子技術には、より率直な議論と「生物-文化的」繁殖に関する（＝より人類の生存に整合的な）規制が不可欠である、と説いた。この主張を目にしたユルゲン・ハーバーマスはスローターダイクを「ファシスト」と批評するが、この批判に対してスローターダイク自身は「ファシストという言葉を使うことで自分を貶めようとしているに過ぎない」と反論している。
著書 Zorn und Zeit（憤怒と時間）においては、歴史全体を通じて人類を突き動かしてきた心理的な原動力として「怒り」の感情を重視している。その傾向は西洋史において特に顕著であり、例えば（西洋史の文献としては最古のものである）ホメロス著『イーリアス』は、「女神よ、怒りを歌ってください…」という一節から物語が展開していく。また、人間の持つ強い感情的態度を理解する上で、スローターダイクは精神分析学が果たしてきた役割を高く評価している。スローターダイクの解釈によれば、ユダヤ/キリスト教における神理解とは、結局のところ憤怒や怨念といった感情に「便乗」したものに過ぎず、いわば「報復感情に対する形而上の防波堤」のように機能しているという。神は「かくして解消されることのない怒りと報復の感情をひたすらに蓄積する墳墓の所在地」となる。
スローターダイクによれば、グローバル化現象に対する一般的な捉え方には「距離的制限の克服」という人類史的な視野が欠けているという。ここで古代ギリシャにおける天文学の発展を「第一の波」、15世紀における航海術の進展を「第二の波」としたとき、スローターダイクはグローバル化を「第三の波」と位置づけ、その帰結の違いを次のように説明する。すなわち、第二の波は世界を統一的に捉える見方を生み出したが、第三の波はむしろ（反グローバリズムや保護貿易主義とでも言うべき）偏狭な自国優先主義を生み出しているという。スローターダイクが哲学的観点から思い描くグローバル化の歴史は、Die letzte Kugel（最後の球体）という副題で2005年に発表された Im Weltinnenraum des Kapitals（資本の内部空間）で論じられている。
『球体』(Sphären) 三部作は、スローターダイクの代表作であり、第1巻は1998年、第2巻は1999年、最終巻は2004年にそれぞれ出版されている。日本語訳はない。『球体』三部作は共在空間、すなわち一般的に見過ごされていたり、あるいは当然のものとみなされているものの、実際には人間理解を深める上で欠かすことが出来ない情報を秘めた諸空間についての著作である。その思索は、まず哺乳類とその他の動物との基本的な違いを吟味するところから始まる。つまり、哺乳類にのみ存在する子宮について述べられているわけだが、この子宮の持つ生物学的な快適性は、人類にとってある種の根源的な理想郷として想起される。そのため、人類は科学やイデオロギー、あるいは宗教を通じて子宮の心地よさを再現しようとするのである。スローターダイクは、実物の子宮内（「胎児-胎盤」といった存在論的な関係性）のような「小さな球体」から、「巨大な子宮」とでも言うべき民族や国家といった「大きな球体」に至るまで、人間が留まろうとしつつも叶わない「球体」を分析し、絶望やニヒリズム（自己陶酔的な孤立）といった生存の危機と「球体」が壊れるときに生じる危機との関連性を突き止める。スローターダイクによれば、『球体』三部作の序盤は「ハイデガーが（『存在と時間』の副読本として）書くべきだった作品」としている。ここでスローターダイクが言及しているのは、自身が現存在という概念に対してハイデガーの立場から離れていく以前に持っていた考えについてである。
ルーキーイヤーの2005年5月15日にプロ初登板・初先発。5月22日の対西武戦で先発し5回を4失点（自責点は2）でプロ初勝利を挙げた。即戦力と期待されながらも僅か1勝に終わった。シーズン最終登板のヤクルト戦でその日引退試合だった佐藤真一に流し打ちであわやホームランという大飛球（フェンス直撃の二塁打）を浴びた。2006年、主に鶴岡一成とのバッテリーで、交流戦を中心に活躍した。開幕から好調を維持し、8月18日を終えた時点で83回を投げて防御率2.71と横浜投手陣上位の成績だった。その後は突然制球を乱す場面が目立ち、3試合合計で12.1回自責点18と打ち込まれ、結果として防御率4.05となってしまった。8月11日の東京ヤクルト戦では8回まで5安打の好投を見せ、点差も5点差と安全な状況から突然四球を連発し、9回無死満塁のピンチを招き降板。プロ初完投を逃している。試合は交代したマーク・クルーンが後続3人を抑え勝利。2007年は契約金問題（後述）が発覚。プレーでは4月にプロ初セーブを記録。大矢明彦監督の下で手薄な左のリリーフとして1年間起用され、木塚敦志に次ぐチーム2位の63試合に登板し、防御率3.79の成績を残した。オフに左肩甲骨下角滑液包炎（かかくかつえきほうえん）治療のため手術を行った。2008年は先発ローテーションに復帰。シーズンを通して安定度を欠き、5回前後で交代する試合が目立った。最終的に22試合80.2回投げながらわずか5勝、リーグワースト2位の12敗、防御率6.47という成績に終わった。2009年は主に左の中継ぎとして起用されたが、怪我もあり12試合の登板に終わった。防御率も11.57と前年の倍近くに悪化。シーズン終了後の11月9日、清水直行との1対2の交換トレードで齋藤俊雄と共に千葉ロッテマリーンズへ移籍。