弘治3年（1557年）2月21日、上村頼興が死去したため親政を行えるようになったが、このとき、頼房の家督相続に不満を持っていた叔父・上村頼孝が、弟の上村頼堅・稲留長蔵と共に頼房に対して謀反を起こした。3人は頼房を打倒し相良領を分割支配しようとしたが、家臣団の支持は集まらなかった。頼房は老臣と協議して、まず6月10日に豊福城主の頼堅を八代の兵で討ち、福善寺に逃げた頼堅を捕えて同月13日に斬った。頼孝は久木野城に籠ったが、頼房の包囲軍は、頼孝の援軍に来た菱刈重任も返り討ちにし、7月25日にこれを落して、頼孝は菱刈に逃亡した。薩軍の増援を得て、大畑城・上村城・岡本城を攻撃して鎮圧。頼孝・長蔵は北原氏を頼って日向飯野に逃亡した。後の永禄3年（1560年）、僧を派遣して説得した結果、7月29日に士卒700名と共に頼孝が、その後に長蔵も帰参するが、これは偽計で、ほとぼりの冷めた永禄10年（1567年）に共に攻撃されて切腹を強いられた。同じ年、追放されて出家していた犬童伝心が帰参し、頼房により還俗を許されて、美作守の通称を与え、上村地頭（上村城主）とした。永禄2年（1559年）、この頃に名和氏により度々八代を攻められるようになった。また5月には、頼孝らの叛乱以降に関係の悪化していた菱刈氏により水俣城が落城するが、翌年7月に天草の上津浦氏の仲介で、水俣内の屋敷との交換により取り戻した。
2月9日、元服し、初名を頼房（よりふさ）と名乗り、通称を四郎太郎とした。同年6月27日、娑婆神峠で阿蘇氏と宇土氏（名和氏）と相良氏の老臣が会合を持った。同じ月の29日、天草の栖本氏の上津浦を攻めたので、頼房は佐敷より兵を出してこれを防がせ、さらに後田浦の兵を後詰とした。先代の晴広の頃より薩摩国大口を併合するという野望を相良氏は持っていたが、同地には西原某という勇士がいてこれを阻んでいた。弘治2年（1556年）に相良義滋の次女が菱刈重任に嫁ぎ、この結婚で頼房と重任が相婿となったことから、この機に両者は謀り、大口城主の西原に重任の妹を嫁がせて菱刈氏家臣の栗田対馬を付け、大口城奪取の機会を伺わせた。ある時、西原が病床についたのを見計らい重任は80余名の兵を城中に乱入させて放火。西原は舅の重任を恨みながら火中に没した。重任は大口城を頼房に献上し、それ以後は球磨、八代、芦北の兵1,000を交代で入れ、東弾正忠（長兄）・丸目頼美・赤池長任を交番で守らせた。同年7月、東郷相模守が義滋の三女との婚を求めてきたので、頼房はこれを許した。伊作島津氏の島津忠良はこれを祝して大口領を割譲し、その後、三女が東郷家に嫁いでいった。同じ頃、天草で騒乱が起こると、栖本氏、志岐氏、有馬氏の連合軍に対すべく、天草氏、上津浦氏、大矢野氏に加勢する為にこちらにも番兵を派兵している。
もともとこの木は、雪印メグミルク株式会社（新宿区本塩町13番地）の敷地内に生育していたものである。かつて雪印乳業東京支店だったこの建物の敷地2291平方メートルは、江戸時代に柳沢安忠（柳沢吉保の父）が住んでいた屋敷の跡地である。屋敷内にそびえ立っていたこの木にちなんで付近の人は「シイの木屋敷」と呼び、屋敷南側を坂町方面に通じている小道を「シイの木横町」と名付けていた。推定の樹齢は約350年から400年といわれ、幹の太さは子供6人がかりでやっと手が回るほどであった。かつて樹勢盛んだった時代には、東西約18メートル、南北に7-8メートルほどにも繁茂していたという。よく目立つ木であり、太田道灌は鷹狩のたびにこの木を目印にしていたという言い伝えが残り、旅人も目標にしていた木である。明治時代末期、屋敷の跡は政治家の小泉策太郎の住まいとなり、1937年（昭和12年）には外交官の長岡春一が屋敷を構えた。1957年（昭和32年）、クロバー乳業が敷地を買い取ったが、翌1958年（昭和33年）に合併により雪印乳業東京支店の所有地となった。合併当時、雪印乳業東京支店は木造2階建てであった。1964年（昭和39年）になって雪印乳業は東京支店の社屋を鉄筋コンクリートに改築しようとしたが、この木が工事の支障になった。雪印乳業はこの木が老木であり、移植が成功するかどうかわからなかったことで伐採する方向で話を進めていた。その話を知った地元の人々は先祖代々親しんできた木を残したいとの思いから、本塩町会を中心にして助命運動を起こした。雪印乳業もその要望を受け入れて、25メートルほど離れた新社屋の玄関前に移植することを決めた。しかし、「古木に手をつけるとタタリがある」として多くの植木屋が雪印乳業の依頼を拒絶した。結局同区荒木町の植木屋がこの仕事を引き受け、神主や関係者が集まって「お祓い」を行った上で移植作業に取りかかった。200人の職人がこの作業に携わり、4本あった枝のうち2本を切り落として移植した。根には発根剤をすり込み、栃木県と千葉県からトラックで運搬された100俵分の腐葉土で根を包み込んだ。移植作業は成功し、木は社屋の玄関前に根づいた。その後1996年（平成8年）7月に都市計画による外堀通りの道路拡幅計画に伴って、約3キロメートル離れた明治公園に再度移植された。