単式ホーム1面1線を有する地上駅。島式ホームの片側を使用する形の棒線構造で、ホームの反対側（旧1番線）は2001年まで下北交通大畑線が使用していた。かつては大湊駅方から大畑線方面に直通できる配線であり、大湊線の列車は大湊駅で折り返す形で大畑線へ直通運転を行っていたが、大畑線の転換時に線路の接続は断たれている。大湊駅が管理する業務委託駅（JR東日本東北総合サービス委託、早朝夜間駅員不在）。駅舎にはみどりの窓口（営業時間：7時40分 - 17時10分、閉鎖時間あり）とタッチパネル式自動券売機が1台設置されている。大畑線廃止まではJR駅員はホーム上で改札を行っていた。
寛正6年（1465年）11月23日、8代将軍・足利義政と正室・日野富子の次男として生まれる。長らく実子のなかった義政は弟の義視を養子にしていたが、義尚が誕生すると将軍後継問題が発生した。義政は義視を中継ぎとして就任させてから、その上で義尚を将軍にするつもりであったが、義尚の養育係であった政所執事・伊勢貞親は義視の将軍就任に反対であった。文正元年（1466年）9月、貞親は義視に謀反の疑いありと義政に讒言し義視の排除を図った。しかし義視が細川勝元の邸宅に駆け込み救援を求めると、勝元は山名宗全と結託して義政に抗議し、これにより貞親は失脚し京を去った（文正の政変）。これにより義視の将軍就任も間近と思われたが、やがて宗全は幕政を牛耳ることを目論み、畠山氏の家督をめぐって畠山政長と争っていた畠山義就を味方に引き入れ義就に上洛を促した。義就と宗全は御霊合戦で政長を破ったが、政長に肩入れしていた勝元が反撃を開始し応仁元年（1467年）、応仁の乱が勃発した。陣を構えた場所から細川方を「東軍」、山名方を「西軍」と呼ぶ。勝元の要請に応じ義政は東軍に将軍旗を与え、西軍を賊軍とした。これにより東軍は正当性の面で優位に立ったが、大内政弘が入京すると西軍は形勢を盛り返し戦局は膠着状態となった。応仁2年（1468年）、義政がかつて義視を陥れようとした貞親を政務に復帰させると、これに反発した義視は西軍へと出奔した。これにより、義視が将軍に就任することは無くなった。文明5年（1473年）12月19日、義政から将軍職を譲られ、義尚は9代将軍に就任する。直前に元服を済ませていたとは言え、就任当時はまだ9歳であり、政務の実質は義政・富子夫妻と富子の兄である日野勝光が中心となって行った。文明11年（1479年）11月になって、御判始・評定始・御前沙汰始を行って本格的な政務を開始するが、義政らが実権を手放さなかったために父子間の確執が生じた。文明14年（1482年）7月に義政は政務を義尚に譲る意思を表明して、翌年6月には東山山荘に退くが依然として義政が実権を握り続けたため確執は収まらず、文明18年（1486年）12月になって義政は改めて政務からの引退を表明したが、それでも対外交渉と禅院に関する事項は依然として義政が実権を握り続けた。応仁の乱後、下克上の風潮によって幕府の権威は大きく衰退してしまった。義尚は将軍権力の確立に努め、長享元年（1487年）9月12日、公家や寺社などの所領を押領した近江守護の六角高頼を討伐するため、諸大名や奉公衆約2万もの軍勢を率いて近江へ出陣した（長享・延徳の乱）。高頼は観音寺城を捨てて甲賀郡へ逃走したが、各所でゲリラ戦を展開して抵抗したため、義尚は死去するまでの1年5ヶ月もの間、近江鈎（まがり・滋賀県栗東市）への長期在陣を余儀なくされた（鈎の陣）。そのため、鈎の陣所は実質的に将軍御所として機能し、京都から公家や武家らが訪問するなど、華やかな儀礼も行われた。ところで義尚率いる幕府軍には、斯波義寛が従軍していたが、義寛が越前国支配の復旧を求めて、応仁の乱以来、同国を掌握している朝倉貞景を訴えた。この時、朝倉一族の朝倉景冬が幕府軍に従軍して、貞景本人は越前敦賀にとどまっていたが、義尚は朝倉氏の主張をほぼ認め、朝倉氏を将軍の直臣とする裁決を下した。長享2年（1488年）、改名して義煕と称する。同年には、加賀一向一揆によって加賀国守護の富樫政親が討ち取られた。政親は長享・延徳の乱では、幕府軍に従軍していたこともあり、義尚は蓮如に一揆に加わった者を破門するよう命じるが、細川政元にいさめられ、蓮如が一揆を叱責することで思いとどまった。文明17年（1485年）に京がある山城国で起きた山城国一揆についても、ただちに武力鎮圧しようとはせず、むしろ一定の権限を認めた。六角征伐によって幕府権力は一時的に回復したものの、義尚は次第に酒色や文弱に溺れるようになって政治や軍事を顧みなくなった。また、長享2年（1488年）には寵愛する結城尚豊（ひさとよ、「尚」の字は義尚から賜ったもの）を近江守護に任じるなど、側近を重用して専ら政治を任せたため、幕府権力が専横される結果となった。その一方で、義尚の側近や奉公衆が近江の寺社本所領を兵粮料所にする名目で事実上の押領を行ったため、荘園領主らは父である義政による関与を求めるようになり、義尚にとっては幕府権限が自分の為にあるのを示す近江出兵が結果的には義政の政治的発言力の復活を生み出すことになった。長享3年（1489年）3月26日巳の刻（午前10時）、近江鈎の陣中で病死した。享年25（満23歳没）。死因は過度の酒色による脳溢血といわれるが、荒淫のためという説もある。義尚には継嗣が無かったため、従弟（義視の子）である足利義材（のちの義稙）が義政の養子となって（一説に義尚の養子になったともいわれる）、延徳2年（1490年）に10代将軍に就任した。