「防衛隊」と呼ばれる組織の第一は、在郷軍人会が会員の在郷軍人（予備役）により組織した義勇兵部隊である。法令上の根拠を持たない自主的な民間団体の形式であるが、その設立は日本陸軍による要請に基づいたものであった。1943年（昭和18年）7月頃から在郷軍人会側での検討が始まり、サイパンの戦いにおける日本軍敗北により本土地上戦の危険が増大したことを受けて、1944年（昭和19年）7月頃から急速に具体化された。7月の沖縄県での防衛隊結成を皮切りに、8月下旬から9月には防衛隊設立を支援するため師団兵務部長や連隊区司令官がそれぞれ全国会合を開き、9月11日に全国で防衛隊の結成式が行われた。日常の活動としては毎月1日・11日・21日に暁天行事が開催された。1945年（昭和20年）3月以降、本土決戦準備が本格化して防衛召集による地区特設警備隊や国民戦闘組織たる国民義勇戦闘隊の準備が進んだのに伴い、発展的に解消されていった。なお、#沖縄戦での編成経過で後述するように八重山列島では1933年（昭和8年）に在郷軍人会の分会により義勇隊が組織されているが、沖縄全島への広まりは無く、後の在郷軍人会防衛隊と直接の関連は無い。第二に、特に沖縄戦関連で「防衛隊」と通称されるのは、防衛召集された陸海軍兵士のことである。1942年（昭和17年）9月の兵役法施行規則改正と陸軍省が省令で制定した「陸軍防衛召集規則」（昭和17年陸軍省令第53号）は、徴兵による労働力減少を避けつつ日本本土の防衛強化を図るため、地域所在の予備役を緊急時にのみ軍隊に召集する防衛召集の制度を創設した。その後の改正で、予備役外の国民兵役の17-45歳の男性まで対象を拡張した。海軍でも「海軍防衛召集規則」（昭和19年海軍省令第20号）が後れて制定されている。召集令状が「赤紙」と呼ばれたのに対し、防衛召集を予定する国民に対しては「青紙」と呼ばれる待命令状があらかじめ交付されていた。防衛召集者を主体とする特設警備隊が編成されたほか、戦力補強のため通常の陸軍部隊へ防衛召集者が配属されることもあった。本来は空襲時の避難誘導や沿岸等の警備、軍事施設の建築が主任務であったが、沖縄戦では兵力不足を補う補助戦闘部隊としても活動した。以上の2つは、それぞれ義勇兵と正規軍で、法令上の根拠の有無により明確に区別される。構成員も、在郷軍人会防衛隊が兵員として教育済みの予備役から成ったのに対し、防衛召集は末期には第二国民兵役まで含む未訓練の人員を対象にした点で異なる。在郷軍人会の義勇兵のみを「防衛隊」と呼び、防衛召集によるものは「防衛召集兵」として用語を区別する研究者もある。ただし、沖縄では1945年には両者の区別があいまいとなっており、住民証言の中で「防衛隊」と呼ばれているのもほとんど防衛召集兵のことであると考えられる。
『尊卑分脈』によると、清和源氏頼季流とされる。源満仲（多田満仲）の子源頼信が長元元年（1028年）の平忠常の乱を平定して東国に勢力を扶植、さらに三男の頼季が嫡男源満実とともに信濃国高井郡井上を本貫として井上氏の祖となったとしている。源平の戦いとして知られる治承・寿永の乱では同族とされる村山七郎義直が村上氏の支族とされる栗田氏と共に市原合戦で笠原氏を相手に戦ったのをはじめ、北信濃の源氏方として平家方と戦いを繰り広げ、平家物語では保科党を率いる井上光盛が横田河原の戦いで源義仲方として参陣して活躍し、信濃源氏の代表格として扱われている。その後は義仲の上洛には従軍せずに源頼朝に従った様だが、甲斐源氏一条忠頼と共に頼朝に危険視された光盛は、元暦元年（1184年）7月に鎌倉に召喚される途上の駿河国蒲原駅で誅殺される。承久の乱では光盛の次男井上光清（正光）が仁科盛遠に従い後鳥羽上皇側に立って参戦している。更に文永5年（1268年）には井上盛長が善光寺を焼き払い誅殺された記録が尊卑文脈所載の井上系図にある。井上氏は近隣の村上氏や同族とされる高梨氏に比して、総領家を中核とする武士団の形成が大きく遅れたとされる。また盛長の誅殺以後、井上一族では仏門に入る者が多く、武士団としての発展が阻害されたとする向きもある。文永2年（1265年）には井上正頼が在庁官人として信濃大掾を称している（『鎌倉遺文』）。南北朝時代の井上氏に関しては史料が残されていないが、観応の擾乱では諏訪氏らとともに足利直義に属した。応永7年（1400年）の大塔合戦では井上左馬助光頼が高梨氏や須田氏、島津氏、小柳氏、布野氏、中俣氏などと共に大文字一揆衆の一翼として、守護小笠原長秀を破ったが、後に室町幕府から派遣された代官細川慈忠によって井上氏ら国人の反乱は鎮圧されている。応仁2年（1468年）、隣接する須田郷に攻め入って逆に須田雅政によって討ち取られた記録がある。その翌年にも井上政家が隣接する高梨政高と狩田郷の領有を巡って争奪戦を展開している。そして室町時代後期には隣接する越後との関係を強め、越後守護家山内上杉氏と守護代長尾氏の争いに巻き込まれた。永正10年（1513年）高梨氏の支援を受けた長尾為景と対立する守護上杉定実を応援するため島津氏や栗田氏、海野氏らと越後に侵入しようとした。戦国時代には北信濃に侵攻してきた甲斐の武田信玄に対して、井上清政（昌満）は越後の上杉謙信に属して対峙した。信濃を占領した甲斐武田氏が織田氏の甲州征伐で滅亡した後、本能寺の変で織田政権も撤退した（天正壬午の乱）。この機に北信濃を支配下においた上杉景勝により、井上達満も帰住が叶ったが、上杉氏が豊臣政権下で会津へ転封されると井上氏も随行し、のちに米沢藩士となった。この信濃の井上氏が嫡流であるが、播磨、安芸、三河などに同族と称する一族が存在する。また、時田氏（常田氏）、桑洞氏、保科氏、高梨氏、須田氏、佐久氏、関山氏、蘆田氏、赤井氏（丹波赤井氏）、荻野氏、内田氏などは系図上は井上氏の庶流である。