アテネ五輪代表決定の直後から体調に異変を感じ始め、満足な練習ができないまま五輪本番を迎え、予選落ちとなった。帰国後入院し、膀胱炎と診断された。一時は練習を再開したものの、極度の体調不良により入退院を繰り返す。検査の結果、かなり重篤な症状であることが判明した。2005年夏、開腹手術に踏み切ったが、悪性の腫瘍を取り除くことができなかった。2005年はまったく試合に出場することができなかったため、2006年3月をもってスズキとの契約が解消された。病名の公表は控えてきたが、同年4月に虫垂がんに冒されていることを公表した。虫垂がんは非常に症例が少なく、森の希望した治療が保険適用外であり、莫大な治療費が必要となった。そのため母校の東京高校や日本陸上競技連盟などが募金活動に乗り出し、選手仲間の池田や為末大、親交のあった阪神タイガース投手の下柳剛らも大会等で支援を呼びかけた。2006年8月9日午前10時36分、東京都内の病院で虫垂がんで死去、26歳没。8月11日に通夜が営まれ、池田、為末らが涙ながらに弔辞を読み上げ、参列者の涙を誘った。12日に葬儀が営まれ、池田や為末の他にも室伏広治、醍醐直幸ら1500人もの人が参列した。戒名は技優院妙夏信女。特に、森と同じスズキ所属で親友だった池田は「久美ちゃん泣かないでね、って言っていそうだね。でも、森ちゃんがいないから寂しいよ…北京オリンピックでは、私と森ちゃんの2人で絶対にメダルを獲る約束をしたよね。北京では私が森ちゃんの分までメダルを獲って、墓前に報告出来るよう頑張るから」と泣き崩れながら弔辞を読み上げた。その2008年の北京オリンピックに出場した池田だったが予選敗退に終わり、森との約束は叶わなかった。
次いで、アニメ「エスカクロン」が存在する。主に2016年7月の朗読劇以降の動きであり、2017年05月にOVA30分×2作が完成。国内・海外で2度ずつイベント上映されたのち、2017年11月にAbemaTVでweb放送。同年11月からAbemaビデオにて、同じく12月からdTVにて、それぞれ1年間のweb配信がなされた。両サイトでの配信が終了した2018年12月現在、視聴手段は無い。以下、アニメ「エスカクロン」の時系列である。朗読劇「エスカクロン」の公演（「D-world vol.0」（2016.07.10））の直前リハーサルを行っていた頃から、アニメ化を思わせる話が水島精二に届くようになる。一般にアニメの企画は2年ほどかけて成立するため、水島はまだ先々の話として、やれるものならやりたいですね、といった温度で返していたという。その後、プロデューサーの田中宏幸曰く、「D-world vol.0」の朗読劇公演が関係者に好評だったことをうけ「実質1日で」、水島精二曰く「監督を十何年やってきて、初めて見た」「異常なスピード感」でアニメの企画が内定。動き始める。この際、順当に水島精二へ監督就任の依頼が来たというが、別の仕事を抱えていたため請ける事が出来ず、水島自身が山口ひかるへOVA版監督のオファーを出す。これを山口ひかるが請け、OVA版「エスカクロン」は監督：山口ひかる、総監督：水島精二という座組に決まる。2016年9月30日、twitterに「エスカクロン公式アカウント」が開設。スタッフクレジットを呟き、マチアソビでのイベント参加を告知。同年10月9日、イベント「マチアソビ vol.17」にてアニメ化を正式発表。合わせて公式webサイトを開設。報じた各web媒体では、「朗読劇『エスカクロン』がアニメ化」という扱いがなされている。2017年3月25日、イベント「AnimeJapan2017」に出展したavexブースでのトークイベントで、アニメがOVA全2話であることと進捗状況が明かされる。同年5月6日、イベント「マチアソビvol.18」内の企画として、映画館で完成披露上映が行われ、約80人が観覧。併せて、「以降の上映や、配信・販売の予定はまだ白紙」と告知。事実、ほかには制作を担当したアニメスタジオ「ラルケ」社内でスタッフ向け上映会が行われたのみであり、2017年7月まで、マチアソビとスタッフ向け上映会を合わせて、日本全国で150人しか視聴していない状態が続いた。同年6月17日、フィンランドで開催されるイベント「ですコン 2017年夏」内の企画として上映された。同年7月15日、東京丸の内ピカデリー2で舞台挨拶付き上映会が開催され、約500人が観覧。その場で、当面の活動は未だ白紙であることと、しかし何かしら継続していきたいことが告げられた。なお、上映に先だって、7月4日に約2分間のPVがyoutubeに公開されている。イベント限定でない、広く一般への公開という意味では、このPVがアニメ「エスカクロン」の映像の初出にあたる。その後も同年9月23日に上海のイベントで上映されるなどしつつ、長らく国内での展開は未定であり、「国内で1000人も見ていない」と形容される状況が続いた。同年11月3日、AbemaTVでweb放送された。これを以て、アニメ「エスカクロン」本編が初めて一般公開されたことになる。AbemaTVでの配信後Abemaビデオにて、同年12月からはdTVでも、それぞれ1年間web配信された。2018年10月31日にAbemaビデオでの配信が、次いで2018年11月30日にdTVでの配信が、それぞれ終了。この間ソフト化や他サイトでの配信はなされておらず、公式に作品の続報も存在しない。そのため、ニコニコ動画・youtube等で公開されているPVを除いては、2018年12月1日時点で『エスカクロン』に触れる手段は失われている。