教団はその後1970年代以降、いわゆる「教団紛争」による深刻な分裂を経験した。その教会崩壊の危機感のなかから、自らの教派的伝統である改革教会の伝統に立ちかえり長老制による教会形成を志す事で教会の再建を目指そうという機運が、連合長老会に参加していない旧日基系教会をも巻き込む形で勃興し、1985年、啓蒙運動である日本基督教団改革長老教会協議会（改長協と略称）が発足した。これは、教会政治組織である連合長老会に参加するまでには方針の定まらない、意識のゆるやかな多くの参画教会をもつ、もう一つの運動であり、こちらには教団に残留した旧日基教会の半数以上が参加している（連長とあわせて8割以上の組織化、ではなく、連長全教会を包含して半数）。
教団に残留した旧日基の自由主義神学的勢力のもう半分は、教会合同志向が教派的純潔志向を凌駕した者たちである。彼等は教団の中にあって、教団の教憲教規の制限のなかでも運用可能な長老制度のありかたを模索し、戦後すぐに各地で発足していた旧日基系教会の伝道協力組織を母体に1968年に全国連合長老会（連長と略称）を結成した。これは合同教会である教団の信仰告白を自らの信仰告白としながらも旧日基の1890年告白を信仰の遺産としてあわせて継承する、二つの簡易告白に立つ広義の改革派のグループといえる。彼等は教団の中にあって、教憲教規・信仰告白の解釈において拘束性を持った全体教会を志向する長老制的な解釈に基づく主張をなす、一つの派閥となっている。但し、連合長老会には教団に残留した旧日基教会のうち約三分の一程しか参加していない。
昭和に入り、時代が戦争へと進んでいく中で、日本基督教会は自ら主導的な役割を果たし1941年に日本基督教団を成立させ、その第一部となる（詳しくは記事日本基督教団参照）。そこには国家主導の宗教統制に屈したという側面があると同時に、日本基督公会、および組合教会との合同を目指した日本基督一致教会の教会一致志向が、国家圧力をも利用してその宿願を果たしたという側面もまた認められる。
日本基督一致教会は、日本基督公会の理想を再現するべく組合教会との合同を画策するがこれは不成立に終わる。それが決定的になったのち、日本基督一致教会は長老制に立つ改革教会としての憲法および規則の刷新を行い、1890年に「日本基督教会」（旧日基）と改称する。この際に、信仰の基準としては日本基督一致教会が採用していた歴史的信仰基準を一旦廃し、使徒信条に宣教師インブリーの作成した前文を添えた「日本基督教会信仰の告白」を制定した。これにより日本基督教会は広義の改革・長老教会となった。これは重大な出来事であり、単なる改称ではなく発展的解消と新教会の設立という見方をする教会史家は多い。この後、日本基督教会では米国での改革・長老教会を二分したオールドスクールvsニュースクールの分裂抗争を反映する形で、簡易告白を支持し自由主義神学を受容する日本人牧師らとウエストミンスター基準と根本主義に傾倒する南部長老派ミッション宣教師らとの間で神学的な内部分裂が進行し、これが戦後の3分裂の直接原因の一つとなる。
新規伝道地である日本におけるプロテスタント全教派の一致と協力を理想とした合同教団「日本基督公会」 (1874)の構想が頓挫した後、米国オランダ改革派、米国長老教会、スコットランド一致長老教会の宣教師らとその関係教会が1877年に設立したのが日本最初の改革・長老教会教団である「日本基督一致教会」である。これはドルト信条・ウエストミンスター信条及び同小教理問答・ハイデルベルク信仰問答を基準とする、狭義の改革派であり、同時に狭義の長老派でもあった。これら基準文書の邦訳は進んだものの、日本人信徒からは宣教師主導で邦人牧師・信徒の参画機会が不十分であるとの不満がでていた。
日本最初のプロテスタント教会として1872年に設立された「横浜（耶蘇）公会」（現・日本キリスト教会横浜海岸教会）は、米国オランダ改革派（現RCA）の宣教師、フルベッキ、ブラウンおよびバラの伝道によるものである。それと米国長老教会の宣教師ヘボンおよびルーミスによる1874年創立の指路教会（現・日本基督教団横浜指路教会）は、明治初期のキリスト教伝道基地の筆頭となった横浜（そのメンバーは横浜バンドと呼ばれる）における拠点として中心的存在であった。
1965年（昭和40年）、フジテレビ系の「リズム歌合戦」に出場して優勝。チャーリー石黒にその才能を見出され、渡辺プロダクション（ナベプロ）に所属した。芸名の名付け親はハナ肇であり、本名の「森内」と「一寛」から一字ずつ取り、渡辺晋のシンを進と読み替えて合成した氏名であった。元は普通の声であり、ルックスもいいことからポップス系でデビューさせる予定でスクールメイツ入りさせた。しかし個性が弱いとして、チャーリー石黒は売れるためには声を潰し、演歌を歌うしかないと森と渡辺プロを説得。翌1966年、猪俣公章作曲、吉川静夫作詞による「女のためいき」でデビューした。「恍惚のブルース」でほぼ同時期にデビューした青江三奈と共にため息路線として売り出された。猪俣はその後の彼の数多くの代表曲を手がけることになる。美声歌手が主流だった当時の歌謡界において、かすれ声で女心を歌う森のデビューは衝撃的であり、世間からは「ゲテモノ」「一発屋」と酷評された。しかしその後も「命かれても」「盛り場ブルース」と立て続けにヒットを重ね、ついにはデビュー3年目の1968年、ヒット曲「花と蝶」で第19回NHK紅白歌合戦に初出場を果たした。