一度遊真に告白して断られても、ヒカリは彼にずっと想いを寄せていた。幽霊部で遊真と共に過ごしていき、もう一度告白すると、ヒカリの想いが報われるかのように、遊真と付き合うことになる。ヒカリは自分に告白して振られたことが未練だと思っていた遊真はヒカリに対しもう幽霊部にいる必要は無いのではないかと尋ねたところ、ヒカリの返事はひどく沈んでいた。ある日、帰りの通学路で遊真はヒカリにデートの誘いをするが、彼女にはその言葉は届いていなかった。翌日、いつまでたってもこないヒカリに確認のため電話をすると、彼女は母親と買い物に出かけていた。二人は出会って話をするが、ヒカリの様子が変になっていることに気づき、遊真の家に向かう。そこでヒカリは涙ながらに人より聴力が弱いことを遊真に告げる。そのことが未練となっていたヒカリを遊真は優しく受け止める。聴力が人より劣ることを仲間たちに告白したヒカリは未練から解き放たれるが、幽霊部にいられなくなるのが未練になると話し、これからも幽霊部に残り続けることになった。
新しく部長になった遊真と彩乃は日を追うごとに親しくなっていく。しかし遊真は彩乃とともに過ごしていくうちに彼女が何を目指しているのか、どんな人間なのか分からなくなる。素直にそのことを彩乃に質問すると、彼女は自分の過去の境遇を語っていき、昔飛鳥が作った「何でもお助け団」をやりたくて幽霊部を作ったのだと説明する。遊真は彼女に託された未練に応えるべく、改めて幽霊部の部長として彼女の期待に応えることを決意する。ある日の夜、部室に「たれしーぷくん」を置き忘れる。何者かに盗まれてしまうが、盗んだ犯人が祈であることが判明し、事件は一段落する。その日の帰り道、遊真と彩乃はお互いの気持ちを確かめて恋人同士になる。その後、遊真のもとに差出人不明の手紙が届き、その謎を解決していくうちに彩乃が過去にあった真実を知る。そして過去にあった未練を解消するために、彩乃の誕生日の夕方に幽霊部員全員と柑南、若葉、ののかを含めて誕生日パーティーを開き、彼女の凍てついた時間をとかしっていった。
祈は幽霊部への入部を機に遊真と一緒に過ごす時間が増えていき、なんだかんだありつつも二人は打ち解けていく。祈のことを好きになった遊真は、若葉や芥川に悩みを相談したり、アドバイスを受けたりしていく中で、遊真は祈に告白し二人は付き合い始める。デートや学園内などで二人で親しい時間を過ごしていくうちに、祈から遊真に胸に秘めていた悩みを打ち明ける。彼女の未練は兄の飛鳥の存在だということを知った遊真は、親友の若葉と芥川に相談するが、そのことが裏目に出てしまい、祈に付き合うことを拒否されてしまう。その日の夜に彩乃が祈に対し本当にそれは正直な気持ちなのかと尋ねる。彩乃からの質問に耐え切れなくなって逃げ出してきた先で遊真と遭遇し、先ほど公園であった出来事を遊真に話して仲直りし、二人の関係は元に戻ることができる。翌日、遊真は祈の未練をなくすために体を張って彼女の本心と向き合い、二人で手を取り合って生きていこうと約束する。
遊真が一日中だらだらできるという誘惑に負けて入部して幽霊部での毎日が始まる。しかし、部として成り立つための規定の人数を満たしていないため、仕分け委員会につぶされそうになる。知り合ったばかりの祈や、親友の芥川、後輩のヒカリを巻き込んで何とか部を存続させようとした結果、部としての存続を認められた幽霊部。そうして集まった面々と楽しいときを過ごしていく。
怠けることに全力を注いでいる主人公・花咲遊真は、学園で最多留年中の先輩である玖音彩乃から「ようこそ幽霊部へ！ 今日から君が部長だよ」と言われ、幽霊部員が集う幽霊部の部長になってしまう。そこから遊真はいつしか周りに集まった一匹狼少女の不知火祈、純情乙女の琴吹ヒカリ、お嬢様で悪友の空森若葉といった個性的な女の子達とともに学園生活を過ごしていく。
本作はMAP選択や選択肢によって、物語の展開が変化する恋愛アドベンチャーゲームである。初回時に攻略できるのはメインキャラクター4人のルートとノーマルEDルートのみであり、メイン4人をクリアするとAFTERルートを攻略できるようになる。ノーマルED以外をすべてクリアすると、AFTERルートに新たな選択肢が加わり、その選択肢を選ぶと今までの物語のいきさつがわかるようになる。本作ではCGやBGM、ムービー鑑賞などができる機能があり、ゲームを1回クリアするとこの機能が使用できるようになる。Hシーンの際にある選択肢を固定できる機能や、ユーザーから希望の多かった、バックログへのジャンプ機能が搭載された。
1927年に、国防協賛会（OSO）と航空化学協議会（AVIAKHIM）が合併し、国防および航空・化学建設協賛会（英：Society for Promotion of Defense, Aviation and Chemical Construction , 露：Общество содействия обороне, авиационному и химическому строительству, Obshchestvo sodeystviya oborone, aviatsionnomu i khimicheskomu stroitelstvu, ОСОАВИАХИМ, OSOAVIAKHIM）ができた。OSOAVIAKHIMは、共産党の方針を受けて航空関係の民間技術振興を目的としており、先進的な研究をしている民間の航空グループに資金を提供した。1931年に、OSOAVIAKHIMの中に航空技術局がつくられた。航空技術局の傘下に、軽スポーツ飛行機、その製造支援、高層グループ、ロケットグループの４つのグループをつくった。航空エンジニアのフリードリッヒ・ザンデルとその仲間は、航空技術局のロケット・グループを反動推進研究中央グループ（TSGIRD）と名づけ、ロケットの研究を行おうと計画したが、そのうちにそこが研究機関ではないと気付き、独立して反動推進研究グループ（GIRD）を創立した。1933年に、GIRDはレニングラードの気体力学研究所（英：State Gas Dynamics Laboratory, 露：Газодинамическая лаборатория, Gazodinamicheskaya laboratoriya, ГДЛ, GDL）と合併し、反動エンジン科学研究所（英：Reaction-Engine Scientific Research Institute、露：Реактивный научно-исследовательский институт, Reaktivnyy nauchno-issledovatel’skiy institut, РНИИ, RNII）となった。