ケムニッツというめずらしい言葉は、近くの都市ツヴィッカウを流れて最終的にはエルベ川へそそぐツヴィカウア・ムルデ川（Zwickauer Mulde）を原住民のソルブ語で「石が多い（小川）」を意味するカミェニカ（Kamjenika）と呼ぶことから来ており、スラブ語系では「Kamen」は「石」で、「-ika」は女性形接尾詞である。
1992 - 1993年度の第14回オールスター勝ち抜き戦で6連勝。5勝以上は優勝扱いであり、これが棋戦初優勝。同棋戦とは相性が良く、第15回、20回、21回でも5連勝以上を達成している。第15回では11連勝。1994年、順位戦C級1組在籍時の6月23日から10月7日にかけて、公式戦24連勝を記録、2017年に藤井聡太に抜かれるまでは歴代2位の記録で且つ平成以降としては最長記録だった。その連勝記録の中には当時の名人・五冠王の羽生善治とA級棋士5名（加藤一二三、谷川浩司、高橋道雄、南芳一、米長邦雄）を負かしている。1994、1995年の新人王戦で2連覇。決勝の相手はそれぞれ郷田真隆、深浦康市。第56期（1997年度）順位戦で史上初のB級1組12戦全勝（A級初昇級）。その第2戦は、病苦に耐える村山聖（丸山とともにA級昇級した後に死去）との深夜に及ぶ173手の激闘として知られる。1999年4月、第17回（1998年度）全日本プロトーナメントの決勝五番勝負で森内俊之を3-0で下し、全棋士参加棋戦での初優勝を達成。1999年、王座戦で羽生善治王座への挑戦権を得、タイトル戦初登場。五番勝負は1-3で敗退。同じく1999年、JT将棋日本シリーズで優勝。この棋戦では2001年も優勝。第58期（2000年度）名人戦で佐藤康光を4-3で破り、初タイトルの名人位に就く（2000年6月28日、同日付で規定により九段昇段。五段から九段まで全て順位戦の昇級で昇段したのは谷川浩司に続き史上2人目。）。当時、丸山は、先手ならば角換わり戦法、後手ならば横歩取り△8五飛車戦法で、無敵とも言える強さを誇っていた。ところが佐藤は全局で、敢えて、その丸山の得意戦法に誘導した。よって、戦形が2種類しか現れず、名人が挑戦者の得意戦法を試すという珍しいシリーズになった。第59期（2001年度）名人戦で谷川浩司の挑戦を4-3で退け、初防衛。2000、2001年度の早指し将棋選手権戦は名人の肩書きを持っての出場であったが、2連覇。決勝の相手は、それぞれ羽生善治、屋敷伸之。第60期（2002年度）名人戦で、0-4で森内俊之に敗れ失冠するが、同年度の第28期棋王戦で羽生善治に挑戦し、3-2で奪取。羽生の棋王連覇を12で止めたことが評価され、将棋大賞の殊勲賞を受賞。2003年、棋聖戦で佐藤康光に挑戦するが、0-3で奪取ならず。2005年度、NHK杯戦で優勝。渡辺明と戦った決勝戦は序中盤から目まぐるしい展開となり、解説の米長邦雄と聞き手の千葉涼子の話も弾んだ。第19期（2006年度）・第21期（2008年度）・第23期（2010年度）の竜王戦で1組優勝。2007年5月11日、通算600勝（将棋栄誉賞）を達成。2011年3月2日、第69期A級順位戦最終局（「将棋界の一番長い日」）で渡辺明に勝ち、渡辺の名人初挑戦を阻むとともに、自身は通算700勝（363敗、勝率0.6585）を達成。9月2日、第24期竜王戦挑戦者決定三番勝負で久保利明を2-1で下し初の挑戦権を獲得。竜王戦1組優勝者の挑戦は初めて。しかし、第24期竜王戦においては、1勝4敗で奪取ならず。2012年3月2日、第70期A級順位戦最終局で久保利明に勝つも、2勝7敗となり、連続14期在籍したA級からB級1組へと降格となる。9月11日、第25期竜王戦挑戦者決定三番勝負で山崎隆之を2-1で下し2年連続の挑戦権を獲得するも、1勝4敗で奪取ならず。2016年、第29期竜王戦挑戦者決定戦において、三浦弘行九段に敗れるものの、三浦九段が出場停止となり、繰り上げで竜王戦七番勝負に出場。渡辺明竜王との七番勝負は、両者3勝3敗で最終局までもつれ込む。12月21日、22日に新潟県南魚沼市の 「温泉御宿　龍言」で行なわれた第7局で、丸山は果敢に攻めるも惜敗。3勝4敗で竜王獲得は成らなかった。2017年、当年度よりタイトル戦に昇格した第3期叡王戦では九段戦予選で島朗・郷田真隆に勝ち本戦進出、本戦でも藤井猛・小林裕士に勝ち準決勝に進出、ここで高見泰地に勝てば初代叡王の座を賭けた七番勝負に出場できる所だったが敗北し、ベスト4に留まった。順位戦では、第76期B級1組の降級枠は最下位の1名のみであったが、最終局を前に最下位（B級2組降級）が確定した。名人在位経験者がB級2組に降級するのは、加藤一二三以来史上2人目。