28歳（特別番外編では29歳）。3年前に受けた白虎からの傷の呪いで廃人となった。いずなが妖怪・チャブクロで過去改変を成功させた後は無印本編同様、ゆきめと結婚して九州に転勤した。九州に転勤してから4年後にいずなと再会する。
9歳までパリで育ち、時々帰る日本の漫画の影響を受け漫画家を志す。1989年、『まぁだぁ』でヤングサンデー新人賞を受賞しデビュー。松本大洋とは従兄弟で、永福一成と共に3人で共同生活をしていた時期がある。『まんが道』の愛読者。1993年にJICC出版局より出版された『TOKYO TRIBE』から始まるTTシリーズは自身のライフワークになっており、現在も世界観のつながった新作を書いている。2017年末にアメリカのロサンゼルスへ移住し、現地で活動している。その自身のLA生活を描いたコラム漫画「LA LIFE」を電子配信にて連載中。アメリカ西海岸を中心に配布されているフリーペーパー「Weekly LALALA」にても週刊連載中である。最新作は別冊ヤングチャンピオン(秋田書店)にて連載されている『TOKYO TRIBE』シリーズの最新作「TOKYOTRIBE WARU」。単行本は第2巻まで出版されている。代表作『TOKYO TRIBE2』はファッション誌『Boon』にて1997年から2005年まで9年間連載され、2006年にMADHOUSEによってアニメ化、WOWOWにて放送された。DVDも発売されている。『TOKYO TRIBE2』は海外での人気も高く、香港・台湾・アメリカ・フランス・スペイン・イタリアでも出版されている。また『TOKYO TRIBE2』は実写映画も2014年夏に全国公開された。その後、アザーストーリーを集めた『TOKYO TRIBE2 SpinOff』も2007年に単行本化。同年ファッション誌『Ollie』にてレイドバックした東京の街を描いた『TOKYO BURGER』を連載、2008年に単行本化。『TOKYO TRIBE』シリーズの最新作となる『TOKYO TRIBE3』はファッション誌『Ollie』にて連載され、2009年単行本化。連載は2012年に終了、単行本も5巻で完結。また、TTシリーズと同じ世界観で描かれたグラフィティライター裸武と桃子のラブストーリー『TOKYO GRAFFITI』は『週刊ヤングジャンプ』『ヤングジャンプ 漫革』に掲載され、2003年に単行本1巻、2007年に2巻が出版された。『TOKYO TRIBE2』のSARUのメンバーが夜のトーキョーをドライブする『TOKYO DRIVE』も『週刊ヤングマガジン』に掲載され、2005年に単行本化された。1994年から『コミックスコラ』にて連載されたサイコホラー『隣人13号』は『コミックスコラ』の休刊により連載が中断されたものの、その後も自身でネット上で続きを掲載、1999年に幻冬舎から単行本化され、2005年には小栗旬・中村獅童のW主演により映画化され劇場公開、DVD化される。現在幻冬舎から漫画文庫版も発売されている。更に、米国の製作会社「ディスタント・ホライゾン」によるハリウッドリメイクも決定。ジェームズ・ウォン監督で、製作準備中。『月刊コミックバーズ』にて2009年より連載されていた、『ダン・ダ・バーバリアン』は2012年に連載終了、単行本も2巻で完結。『TOKYO TRIBE』シリーズとは異なる原始時代のストーリーを描いた。井上三太の作品の中でも異彩を放つのが、別冊ヤングチャンピオン(秋田書店)にて連載され、単行本1,2巻が発売中の｢もて介｣。この作品はこれまでの若者のストリートの世界を抜け出し、40歳の既婚の映画ライターを主人公にした、大人の恋愛漫画になっている。浮気したい、黒ギャルとHしたいといったような男子の欲望を包み隠さず描き、どうやって女の子に声を掛けるのか、ラブホに誘い込むのかといったような具体的なテーマを井上なりに描いている。トークアプリ "LINE"のスタンプも自身描き下ろしの｢TOKYO TRIBE｣と｢クマっ太くん｣が発売中。YouTubeで映像｢SANTASTIC!TV｣をアップしている。2010年5月には、渋谷PARCOのPARCO FACTORYにて、個展「井上三太展」を開催。2017年12月には香港のDOT DOT DOT GALLERYでも個展「SANTA INOUE EXHIBITION」を開催。本業の漫画家以外にも活動は多岐に渡り、G-PEN名義でスチャダラパー指導のもと、楽曲"ONIDEKA SIZE"を製作。ビートはMITSU THE BEAT、YouTubeで公開されているPVにはスチャダラパーやYOPPY, 根本 敬、SKATETHING、河村康輔、B.Dなど豪華メンツがカメオ出演している。2013年6月にはスチャダラパーの野音で行われたワンマンライブに登場し、ステージデビューを飾った。モアリズムの"GLORIOUS LOVE"を使用した"この瞬間"のPVもYouTubeで公開中。"この瞬間"のPVにはモデルの星あやが起用されている。自身のブラックミュージックに対する深い造詣からDJとしてクラブイベントにも参加、イベント「SARU NIGHT」も主催。自身の好きなニュージャックスウィングの楽曲をコンパイルしたCD『Drivin' Wiz My Homies!』（ユニバーサルミュージック）を現在までに2枚リリースしている。CDジャケットのアートワークも多く手がけ、これまでにDe La Soulやスチャダラパー、Folderのジャケットなどを手がけている。その他アートワークとして、ラッパーT.I.の日本のプロモーション用イラスト、EXILEのエキシビジョン用イラストなどを手がけた。また、タワーレコードのキャンペーンNo music, No lifeにDEV LARGEと共に出演した事もある。ムック本としてSamurai magazine VS 井上三太、SANTASTIC! MAGAZINE "SARU"が出版されている。単行本サイン会のツアーTシャツを製作した事から始まった井上三太プロデュースのウェアブランド「SANTASTIC!」は2002年に渋谷にフラッグシップストアをオープンし、現在も営業中。全国にもディーラーを有している。またコラボレーションも精力的にこなし、これまでにNEW ERAや、adidas、Carhartt、Evisu Denim、Medicom Toys、モンチッチ、Rockstar Gamesなどとのコラボレーションアイテムを発表している。また、アーティストのKAWS、Michael Lauが『TOKYO TRIBE2』のキャラクターを使用したフィギュアを製作している。