画面上にはルーム名が書かれている。これとルームごとの3文字のパスワード（ルームに入ったときに表示される）が、パスワードコンティニュー時に必要となる。このパスワードは64通りあって全128部屋で64を境にパスを共有しており、従って1面と65面はパスが共通している。
前作と同じくルームごとに制限時間が設けられており、各ルームスタート時の残り時間は最初「120」で1秒ごとに1減少する。2回目以降同じ部屋に戻った場合は、前回脱出した時の残り時間に10増加した状態から始まる。呪文 See Status を使用すれば残り時間が画面に表示される。残り時間が30になるとアラームが鳴り、音楽のテンポが速くなる。0になると、ウィスプ類が出てくる。ウィスプに触れると Metamorphose を使っていても即ゲームオーバーとなる。
最終目的は塔を脱出することである。この塔の各ルームには様々なトラップが存在する。1ルームを脱出するには扉に入らなければならないが、それには扉と同じ色をした鍵が必要となる（扉の色はIdentify Door、鍵の色はDetect Keyの呪文で識別可能。扉と鍵は1ルーム最大各8種類）。なお、鍵の取得や扉を開けるのはカイ・ギルのどちらでも可能だが、扉を開けても1人だけでは入れず2人で同時に入らないと次のルームには進めない。
モンスターを倒すと、二人同時に経験値を得ることができる。また、ギルで敵を倒した場合、一部の敵を除いて幾分かHPが回復する（リカバーポイント）。ギルの成長はカイの4分の1である。カイには敵を倒したことでのマジックポイント（以下MP）の回復はない。最大HP&MPの増加や新呪文の取得など、成長結果が反映されるのは実際にはコンティニュー後である。このためもあり、一度のプレイでのクリアは不可能とされる（最速で2コインクリアが可能）。成長した場合はコンティニュー後、カイの使用できる呪文の種類や呪文の使用回数が増加する。ギルの場合はHPの最大値が増加するが999が限界となっている。ルームパスワードが利用できるカイのMPの最大値は61440である。カイが使える呪文は、その消費MPがカイの現在MPの半分以下のもののみである。例えば消費MPが1000の呪文を使用するには、MPが2000以上なければならない。したがって、取得したばかりの強力な呪文を1回使ったばかりにいきなりMPがなくなってしまうということはないが、最後の1ポイントはどう頑張っても使い切れない。成長による新呪文の取得はアイテム取得などのイベントではなく、このルールにしたがって自動的に使用できるようになる。なお、NEW GAME から始めた場合は、MPは7である。
カイは体力が全くないに等しく、バリアを張っていない状態で敵に接触するとプレイヤーアウトとなる。一方ギルの場合はヒットポイント（以下HP・プレイ中、右下に表示）が0になるとプレイヤーアウト（但し、中には触れた途端にHPを0にされる敵もいる）。どちらかがプレイヤーアウトになるとその場でゲームオーバー画面となり、カイとギルのパスワードが表示される。
操作は二つのレバーと二つのボタンで行う。左レバーでメインとなるカイを動かし、右レバーはギルを動かす。また左レバー（カイ）側に「呪文（スペル）選択」と「呪文使用」の二つのボタンがある。「呪文選択」ボタンを押すと画面下に呪文アイコンが出るので、ボタンを押しっ放しにしながら左レバーを使って呪文を選択する。呪文選択中はカイを動かすことはできないが敵はお構いなしに動き回るので、呪文選択中にやられる危険がある。「呪文使用」ボタンで選択した呪文を使うことができる。右レバー（ギル）側にはボタンがなく、ギルは敵が近づくと自動的に剣を出して、接触している間攻撃する。また、マジシャンの呪文を正面で受けた時だけ（戦闘中でも）楯で撥ね返す。一人で操作するか、二人プレイでカイとギルを分担するかはプレイヤーの自由であり、どちらのプレイスタイルも存在する。メインはブルークリスタルロッドを持っているカイで、彼女を中心に画面が動くため、ギルが画面外にはみ出すことが多い。そんなときは呪文(Call GIL)を使って、ギルを瞬時に呼び出すことができる。
ドルアーガを倒し、カイを救出したギル（ギルガメス）。しかしドルアーガが倒されたことで塔は廃墟と化し、これまでの部屋はめちゃくちゃとなり出口は閉ざされ、塔の魔物はより凶悪化してしまった。ブルークリスタルロッドを持ったカイとギルは、魔物を倒しながら、塔から脱出しなければならなくなった。
西暦2000年、当時14歳だった彼女は、父親が隊長を務める葛城調査隊と南極まで同行した際、セカンドインパクトに遭遇。南極に残っていた者の中でただ1人の生存者にして、セカンドインパクトを最も近くで目撃した人間である。その精神的外傷から一時心を閉ざし、長く失声症の時期があった。その際に負った傷痕が彼女の胸部から腹部にかけ残っている。研究に没頭するあまり家族を蔑ろにしがちであった父親が、セカンドインパクトの際に自分の命と引換えに彼女を救ったことから、使徒に対して強い憎悪・復讐心を抱き、シンジ達EVAパイロットに苛酷な作戦を課すこともしばしばであった。失声症から立ち直った後は第二東京大学に入学し、そこで赤木リツコや加持リョウジと知り合い、加持とは恋人の関係になる。後に、加持を死んだ父と重ね合わせていたことに気づき、ゲヒルンがNERVに移行する直前に一度別れる。NERV設立の真の理由を知らず、5年ぶりに帰国した加持の示唆もあって、次第にNERV司令の碇ゲンドウや同僚のリツコの行動に対し疑念を抱く。加持とは徐々に関係を回復していったが、加持は何者かによって抹殺されてしまう。加持の遺した最期の電話メッセージに号泣するが、後に立ち直り、セカンドインパクトや人類補完計画の“真実”に迫ろうとする。