1982年（第64回大会）の2回戦（初戦）益田対帯広農業の試合で、9回表の益田の攻撃。帯広農業の投手は第3アウトに気付いていたが、4人の審判員のほか各選手らも、それに全く気付かないという人為的なミスにより、第3アウト後も次の打者を出した。後に記録員の指摘で間違いが判明した。これは当時、スコアボードのアウトを表示するカウントランプが故障により、1つしか灯っていなかったのが原因だったという。この「第4アウト」目の記録は直ちに取り消されたものの、試合終了後にこのミスジャッジを重く見た高野連は、この試合を務めた4人の審判全員を同64回大会中謹慎処分とした。
1972年（第54回大会）の1回戦及び1989年（第71回大会）の2回戦（初戦）で、長崎県代表の海星高校と三重県代表の海星高校との同一校名対決が実現した（どちらも「かいせい」と読む）。1972年は2対0で長崎海星が、1989年には10対2で三重海星が勝利している。この時、スコアボードには三重側を「三・海星」、長崎側を「長・海星」と表示された。また、1957年（第39回大会）の2回戦では埼玉県代表の埼玉県立大宮高等学校と宮崎県代表の宮崎県立宮崎大宮高等学校が対戦し、延長10回の末7対6で埼玉の大宮高校が勝利しているが、こちらは後者が「宮崎」との冠名があるため、厳密には同一校名での対決ではない。
1985年（第67回大会）の2回戦（初戦）PL学園対東海大山形の試合において、PL学園が春夏を通じて全国大会では史上初の毎回得点を達成し、29対7の圧勝を演じた。（スコアは「毎回得点#日本の高校野球」を参照されたい）
1969年（第51回大会）、松山商（愛媛）と三沢（青森）の決勝戦は同点のまま延長18回で試合終了した。翌日に決勝戦では春夏を通じて初の引き分け再試合が行われた。この再試合で松山商が勝利し、優勝となった。準優勝投手である三沢の太田幸司は4日連続で45イニングを一人で投げぬいた。また、2006年（第88回大会）、駒大苫小牧（南北海道）対早稲田実業（西東京）の決勝戦では、8回に両チーム1点ずつを獲得し、両チームエースの好投で延長15回引き分けとなり、37年ぶり2回目の再試合となった。この再試合で早稲田実が勝利し、優勝となった。優勝投手である早実の斎藤佑樹は4日連続延べ42イニングを一人で投げぬいた。この決勝戦は朝日放送発にテレビ朝日系で12:55～試合終了まで完全生中継されたが、偶然にも決勝第1戦の日が日曜日と重なったため、関東地区では平均視聴率で23.8%、最高視聴率は30.4%を記録した。
1941年（第27回大会）が戦時体制による交通制限実施により中止となり、以降1946年（第28回大会）が行われるまで5年間、太平洋戦争などにより空白の時代を迎えていた。しかしこれによって和歌山県立海草中学校が6年間も優勝旗を保持することとなってしまったが、実は中止になった第27回で3連覇の期待がかけられていた。海草中は1939年（第25回大会）を制し、翌1940年（第26回大会）でも連覇。中止になった時点で2年間保持していた。そのため優勝旗の保持が7年にも渡ったのである。戦後初の大会である1946年（第28回大会）での海草中の成績だが紀和大会で敗退し結果入場行進は主将一人となった（※その大会の代表校は和歌山県立和歌山中学校であった）。
決勝戦の後の閉会式の最後には、優勝校・準優勝校選手による場内一周が行われる。これが最初に提案されたのは1919年（第5回大会）。地元勢として初優勝を果たした兵庫県立第一神戸中学校（現兵庫県立神戸高等学校）の偉業を称え、スタンドを埋めた観衆へのサービスとしての企画であった。しかし神戸一中ナインは、われわれは見世物ではないとの理由でこれを固辞。神戸高校は神戸一中時代に当該大会以降も何度か出場しているが、場内一周の機会にはこれ以降恵まれていない。
聖光高から、社会人野球の八幡製鐵光を経て、1966年にドラフト外で西鉄ライオンズへ入団。一軍での登板試合は少なく、勝ち星は挙げられないまま1969年オフに西鉄を自由契約となり、翌1970年に広島東洋カープに拾われる。広島での1年目も成績は西鉄時代と変わらなかったが、1971年は、6月18日に大洋から完投で初勝利を挙げると、29日には中日の渋谷幸春との投手戦を制し1-0で初完封を達成。8月19日の中日戦でも渋谷と投げ合い、2四球を与えたのみで安打は許さず勝利、外木場義郎に続いて広島2人目のノーヒットノーラン達成者となる。同年8月29日のヤクルト戦でも会田照夫に投げ勝ち、1-0で1安打完封勝利。タイミングをはずすカーブを軸とした投球で同年は10勝6敗、防御率1.71をマークし、最優秀防御率のタイトルを獲得する。翌1972年も開幕から先発として起用されるが身体が絞り切れず、5試合連続で早々と打ち込まれ降板、同年は白星がつかなかった。1973年は主に中継ぎで起用されるが、1974年には登板機会が減少、同年限りで現役引退した。現役生活の中で藤本に勝ち星が付いたのはタイトルを獲得したその1971年だけで、このような記録を持つ選手は藤本ただ一人である。