最初の事件から5日後の11月22日に実行犯の男がレンタカーで警視庁に出頭し、犯行を自供。11月23日午前2時、警察はこの男がレンタカーに血のついた2本を含めた刃物など、犯行時に使ったとされる物証を携えていたため、銃刀法違反で男を逮捕した。また、男は出頭直前に、「元厚生次官宅襲撃事件について。今回の決起は年金テロではなく、34年前に保健所に飼い犬を殺された仇討ちである。最初から逃げる気は無いので今から自首する」旨のEメールを新聞社やテレビ局などのマスコミに送っており、これが事実上の犯行声明とされた。勾留中の男は、元事務次官の住所については国会図書館などの図書館で古い名簿を閲覧して入手したと述べている。また、男は元厚生事務次官4人と元社会保険庁長官1人の計5人の自宅を襲撃する予定だったが、吉原宅襲撃事件以降は警備が厳しくなったため断念したと述べた。また、宅配を装った際に、箱に伝票を張りつけ、差出人欄に「日本赤十字社」と記載するなど、応対に出る家人から怪しまれないようにしていた。警察は男のレンタカーや自宅を捜索し、パソコンの解析や電話履歴の確認を取るなどして背後関係を洗ったが、複数犯であるとする証拠は出てこず、単独犯の様相をみせることとなる。12月4日、男が凶器として警察に提出した刃物に付着していた血が被害者の血とDNA鑑定で一致したことから、殺人と殺人未遂で再逮捕された。2009年3月26日、男を上記の殺人罪と殺人未遂罪と銃刀法違反罪で起訴。さらに第三の事件も存在し、元社会保険庁長官で元最高裁判所判事の横尾和子とその家族の殺害を計画したとして、男を殺人予備罪で追起訴した。以降、本項ではこの男を被告人とする。公判では、被告人は殺害を計画した理由として、最高裁判所裁判官国民審査で最高裁判事を罷免されたくないために、2008年9月に依願退職したためと主張。被告人は吉原夫人を襲った翌日の11月19日に横尾宅に訪れたが警備が厳しかったため、刑事を装って住居に侵入したり放火することも考えたが、自分の本意ではないとして断念したと述べている。
1615年から1638年まで、ヤンマイエン島はオランダ北方会社の捕鯨基地として用いられた。北方会社は1614年にオランダ議会から北極海捕鯨事業の独占を認められている。1615年には、北方会社の捕鯨船とデルフト商人の捕鯨船の2隻が島に立ち寄っただけであったが、翌年には多くの捕鯨船が島に送られることとなった。北方会社は8隻の捕鯨船を送り、それらにはヤン・ヤコブソーン・シュロボップ（Jan Jacobsz. Schrobop）率いる戦艦3隻が護衛につけられた。デルフト商人たちは、彼らの一人であるアドリエーン・ダークソーン・レヴァースタイン（Adriaen Dircksz. Leversteyn）のもとで5隻を送り込んだ。ジョン・クラークはダンケルクから2隻の船を送り、同様にロンドンとハルからも1隻ずつ船が送られた。エンホイゼンのホープ（Hope）号の船主ヘールチェ・ヤンス（Heertje Jansz）は、漁期の日々を記録している。船はヤンマイエンまで2週間をかけて航海し、6月上旬に到着する。6月15日には2隻のイングランド船と出会った。6月下旬、最初の船が鯨油を満載して帰国の途に就いた。残る船も8月上旬には鯨油とともに漁場を去った。この年の漁期、200人が島の北西海岸に散在する6つの拠点に居住し、働いていた。最初の10年間には10隻以上の船がヤンマイエンを訪れている（1624年以降は5～10隻となった）。1624年には島の南海岸ティテルトブクタ (Titeltbukta) に10軒の木造家屋が建てられた。この頃には、オランダ人たちはそれまでの拠点（帆布で作られたテントや簡易な炉）を放棄したようで、木造倉庫と大きな煉瓦造りの炉から成る2つの半永住的な拠点に置き換えた。上述のティテルトブクタと、北海岸のエンヘルスクブクタ (Engelskbukta (Jan Mayen)) である。1628年には、これらの拠点を守るために2つの砦が築かれた。ヤンマイエンで活動した船乗りたちの中には、のちにオランダの高名な海軍提督となるミヒール・デ・ロイテルがいる。1633年、26歳のデ・ロイテルは、デ・フルーネ・レーウ（de Groene Leeuw「緑の獅子」）号の乗組員としてはじめてこの島を訪れ、1635年にも同じ船で再び渡航している。1632年、オランダ北方会社は、デンマーク人たちが雇用していたバスク人の捕鯨家たちをスピッツベルゲンから追放した。バスク人たちはこれに対する報復としてヤンマイエン島を襲撃し、入植地や工場を焼き討ちした。こうした状況の中、フローテブルック（Grootebroek）のアウトハー・ヤコブス（Outger Jacobsz）船長は、防衛の任務を帯びて6人の航海士とともに1633年から34年にかけての越冬を行った。しかし、彼ら7人は過酷な自然環境の中、壊血病または旋毛虫症（ホッキョクグマの生肉を食べたため）によって全滅した。捕鯨業は、当初はいくつかの例外を除き、おおむね好成績を挙げていた。たとえば、マテイス・ヤンソーン・フップストック（Mathijs Jansz. Hoepstock）は、1619年に44頭のクジラを捕え（この場所はフップストック湾 "Hoepstockbukta" と呼ばれた）鯨油2300樽を生産した。しかし、その後捕鯨高は減少し、1631年には天候や氷の状況が非常に恵まれていたが、その翌年に捕獲されたのは8頭のみであった。1633年には11隻の捕鯨船が47頭を捕獲したが、1635年には同じ数の船が42頭を捕えるにとどまっている。この島では捕鯨の操業開始以来約1000頭のホッキョククジラが捕殺・処理され、1640年ごろにはこの海域のホッキョククジラはほぼ絶滅したと見られている。こうして、捕鯨基地としてのヤンマイエン島は放棄され、以後2世紀半にわたって無人島となった。