ゲーム「スーパーロボット大戦シリーズ」に登場するオリジナルロボット『魔装機神サイバスター』をアニメ化したスピンオフ作品。内容は大幅に改編されており、主役ロボット・サイバスターのデザインと一部の固有名詞を除きアニメオリジナルとなっている。ストーリーは父子関係を主軸としたヒューマンドラマが中心となっており、アニメ的誇張を避けたキャラクターデザインや現行兵器を踏まえたメカデザインなどリアルさを追求している。一方、ロボットアニメとしてはメカ描写が少なく、そのクオリティについても「絵のクオリティについては申し訳ないと思う部分もあります」と監督自ら釈明しており、ビデオソフト版では大幅なリテイクが施された。また、ビデオソフトでは本放送時に第7話となった総集編が収録されず第8話以降が1話繰り上がり、テレビ未放映話が第26話という扱いとなっている。主題歌「戦士よ、起ち上がれ!」はロボットアニメソングとして高い評価を得ており、第4回アニメーション神戸の主題歌賞で5位に入賞している。
紅洋高校に進学後、無名の野球部を甲子園出場候補まで進歩させる。中学三年だった飛雄馬を高校進学させたいと思う花形は、スタンドで知り合った星明子に父親を介して学費を貸す約束をする（その時、星一徹も飛雄馬の進学問題で仕事中によそ見をして怪我をし入院する）。これを知った飛雄馬は激怒し、明子の作っていた紅洋高校への差入れの弁当を壁に投げつける。紅洋高校のメンバー選抜の紅白試合を観戦していた飛雄馬に花形は、リリーフを要求する。この時花形は手に怪我をしていたのであった。明子は飛雄馬に「怪我をしているからそっと投げてあげて」と言うが飛雄馬は聞き入れない。しかし姉や父の状況を頭に巡らせる飛雄馬は花形に甘い球を投げてしまう。おべっかを使われたと悟った花形は飛雄馬を殴りつける。だが飛雄馬から「君から学費を借りることを断る」と言われ、裕福な自分が君をそんな気持ちにさせたと思い、今度は飛雄馬に殴らせ、「もう少しで大切なライバルを失うところだった」と手を取り合う。飛雄馬が受験直前、花形が元ブラック・シャドーズの赤松から呼ばれ危ない所を石礫で助けるが、今度は飛雄馬が待ち伏せされ、花形に殺人ノックで救われる。飛雄馬は青雲高校に入学。青雲高校野球部は紅洋高校とは比べ物にならなかったが、青雲高校のPTA会長が伴自動車工業社長、伴大造であり、花形モーターズのライバル会社でもあった。そのライバル会社の息子・花形満が10年に一度の天才打者ともてはやされていたことが伴の父親のライバル心を掻き立てる。紅洋高校は青雲高校に対抗試合を申し出る。当時、飛雄馬は補欠であったが、花形はなんとしても飛雄馬をマウンドに立たせるべく画策をする。関東ラジオにこの試合を放送させ、青雲高校の恥になるような試合をできない様にした。その結果、終盤のピンチにエース小宮に代わって飛雄馬がマウンドに立ったものの、同じく正捕手の岡部に代わった伴宙太が野球の試合に不慣れの為（剛速球を捕るだけで精いっぱいで目の前でバットを振られると捕球できない）、パスボールなどのミスを繰り返し、花形との勝負も伴の打撃妨害によって明確な決着はつかなかった。その後、星の機転でどうにか無得点に抑える。最終回、青雲高2点ビハインドでランナー1塁、伴宙太が何としても出塁しようとしてデッドボールを避けずに顔面に受けて、紅洋ナインが「故意に避けなかった」と抗議をした際に「僕らの野球はルールで行うものではない。汗と情熱で行うものではないか、彼（伴）の根性を買おう」と発言している。その直後、打席に立った星は自ら長打を放ち、前のランナーに続いて伴も体当たりで本塁突入、紅洋の捕手と主審を吹っ飛ばして同点となる。さらにその間隙をついて打った星もランニングホームランを狙うが、花形が本塁のカバーに入りタッチ。微妙なタイミングとなるも、主審が伴の体当たりでホームベースから離れていた為判定ができず、飛雄馬と花形はお互い譲らず討論するが、結局日没引き分けとなる。アニメ版追加のエピソードでは、地区予選決勝の前日、花形は元ブラック・シャドーズの滝からジャズ歌手のデビューが決まったと電話を受け、その成功を喜ぶべくジャズ喫茶に向かう。しかし舞台で「聖者が町にやってくる」を熱唱する滝に対し客の反応は冷ややかであった。落ち込む滝に対して花形は励ますが、やけになり道路に飛び出す。それをかばおうとした花形は捻挫をしてしまう。足を痛めながら地区予選に出場しながらも、代打で決勝ホームランを打ち、滝に根性を見せる。甲子園大会で花形は開会式の選手宣誓をする。最後の決勝戦で、飛雄馬は負傷のため投球に対して精彩を欠く。花形は準決勝で受けた飛雄馬の爪の傷を知らず、しかも自分の打席で敬遠され、「卑怯者」と罵る。最終回、飛雄馬は臭いコースをついてゲッツーにしようとするが、血のりでボールがすっぽぬけてしまい、サヨナラホームランを打たれる。記念に持ち帰ろうと、外野からホームランボールを受け取るが、血染めであった事から全てを理解する。花形は事の真相を判ってもらおうと大声を出すが、飛雄馬は第二投手の小宮をかばう為、あえて口止めする。その事で花形はさらに感激し、「戦いはこれから火蓋を切るんだ。だがその前に君を抱きしめさせてくれ」と飛雄馬を熱く抱擁する。しかし、この時の行動が、図らずも伴大造の激怒を招いてしまい、青雲高校側では野球部の廃止騒動、伴大造の闇討ち事件、更には飛雄馬の青雲高校からの追放へと発展してしまう事となった。