2013年に、「ここからが漫画家の手腕が問われる」など、クライマックスを意識した発言を行っており、2014年には物語がクライマックスに突入した事を明かしていた。そしてその後、2014年9月17日発売の『週刊少年サンデー』2014年42号を以って完結した。作者の松江名は完結にあたり、多くの伏線が未回収である事を認めており、2015年からスタートした次回作「トキワ来たれり!!」のインタビューで、当時の週刊少年サンデー編集長と自身の意向により、物語を打ち切った事を明かしている。当時の週刊少年サンデー編集長より「ケンイチを終わらせて、ぜひ新連載をやってくれないか」という話があった事を明らかにしており、「マンガのスパンから考えると、あそこからすべてを回収して終わらせるとなると、多分あと2年以上はどうしてもかかってしまう。じゃあ2年後にサンデーがどうなってるか……ということを考えて悩みぬいた結果」であったことを語っている。
2012年3月8日に発売されたニンテンドー3DS向けリメイク移植版ソフト。略称は『MGS3D』、または『MGS SE 3D』。ディレクターは小島プロダクションの中村如哉、ラインプロデューサーは松花賢和が担当。任天堂ハードで発売したメタルギアシリーズは本作で3作目である（ただし、当時小島秀夫が関わっていなかったFC版『メタルギア』、日本国外のみリリースされたNES版『Snake's Revenge』も含めると5作）。一から作り直されているため、グラフィックは色鮮やかになり、3DSの特徴である立体視にも対応している。中腰移動や照準の表示・肩越し視点が追加（従来の主観視点も存在）され、『メタルギアソリッド4』『ピースウォーカー』に近い操作ができるようになり、フォトカモフラージュという『モバイル』のカムフラージュ機能のように、3DS本体のカメラで撮った写真を迷彩服の模様にする機能などが新たに加えられた。この迷彩服のカムフラージュ性能は使った写真・画像によってそれぞれ異なり、ムービー中や無線画面でも変わることがない。撮影した画像によってはカムフラージュ率が異様に高くなることもあり、敵兵が近くにいても気付かれないほどの高いカムフラージュ率を持つこともある。その他の要素として、アクションに関してはアイコンの表示により分かりやすくなり、攻撃はヒットエフェクトが表示される（ダメージ表現のみ）。下画面はマップ（『メタルギアソリッド』『メタルギアソリッド2』のレーダーのようにスネークを中心とした周りの地形が表示され、敵兵は表示されない。また、スネークが向いている方向も表示される。アイテムである探知機による表示はここにされ、わかりやすくなっている）や体力ケージ、敵兵の警戒状態の表示を集約してあり、タッチスクリーンの機能により、サバイバルビュアーを開かずにメニューの操作、武器や装備の着脱が可能。3DS本体内蔵のジャイロセンサーで不安定な場所でバランスを取ったりなど、3DSならではの機能が追加された。なお、基本的に操作はA/B/X/Yボタンでカメラ操作、十字ボタンでアクション、姿勢変更、武器、装備品変更とそのウィンドウ表示となっているが、拡張スライドパッド対応により、それを装着することで、右スライドパッドでカメラ操作、A/B/X/Yボタンでキャラクター方向リセット、姿勢変更、アクション、射撃モード切替操作ができるようになり、ZL、ZRといったボタンが増えたため、ZLで武器構え、ZRで攻撃ができ、L、Rの部分で武器、装備の変更とそのウィンドウ表示ができる。本作の発売に合わせて、2012年1月に本体同梱版のSnake Camouflage仕様ニンテンドー3DSをコナミスタイルにて抽選予約によって販売した。ほか、HORIから本作オリジナルのアクセサリーセット『メタルギアソリッド スネークイーター3D アクセサリーセット for ニンテンドー3DS』を本作発売と同時に発売した。また、任天堂ハードでの発売ということもあり、任天堂キャラクターであるヨッシーがケロタンの代わりとして登場。攻撃を加えると鳴き、全て鳴かせるとステルス迷彩を入手できるところも同じだが、ほとんどの配置を変更（ガーコ迷彩に関してはフルーツのデザインの迷彩に変更されている）。その他、HOOTERS TOKYOとコラボレーションしており、ゲーム中において設置武器の雑誌がHOOTERSのオフィシャルブック、HOOTERS JAPANに変更、グラビアポスターは、フーターズガールが担当している。なお、本棚の本もメタルギアシリーズ（25周年記念表紙、『スネークイーター 3D』『ピースウォーカー』など）や『ボクらの太陽』『Z.O.E.』などを表紙として新たに変更されている。追加ムービーや削除した部分などいくつかあるが、PS2版から削除された猿蛇合戦によるコラボレーションアイテムの「SARU MASK」は削除されたものの、本作ではHDエディションとは異なりカムフラージュのBANANAだけは残っている。なお、ヴァーチャスミッション終了後に追加される主題歌『Snake Eater』を用いたOPデモはタイトル画面をしばらく放置した後に流れるようになっている。クリア後の称号は一つだけの表示ではなく、複数の条件を満たして同時に入手した称号もリスト化して表示される形になっており、タイトルメニューから確認できる他に入手していない称号に関しては入手条件のヒントが表示されている。称号取得の条件などに関わるプレイデータ（リザルト）も過去の記録、現在の記録、それを合わせた総合の記録を観覧できる。本作発売後は、発売記念抽選会が3月8日〜3月14日の期間で開催され、抽選の内容は小島秀夫と新川洋司のサイン入りニンテンドー3DS本体などが当たるというものだった。拡張スライドパッドが「有効」になっている状態で、WIG機内でのオセロット戦でセーブした場合、セーブデータが異常が発生し、ゲーム再開時に正常にロードができなくなる不具合があったため、7月5日より不具合解消のためのアップデートファイル（Ver.1.1）をニンテンドーeショップにて配信している。また、その他のバグ等もこのファイルで修正されている。アップデートファイルを施した場合は、タイトル画面で右下にバージョンが表示される。