1996年に Piscicryptosporidium 属が設立され、P. reichenbachklinkei と P. cichlidis の2種が記載されている。これらは魚類の消化管上皮に寄生しておりクリプトスポリジウムと良く似ているが、上皮細胞の表層ではなく内部に寄生する点が異なっている。似たような種が Cryptosporidium scophthalmi として記載されている。分子系統解析が行われていないため、これらの種とクリプトスポリジウムとの系統関係は不明である。
クリプトスポリジウム属はアピコンプレックス門に属し、伝統的にコクシジウム類であるとされてきた。しかし分子系統解析によると、むしろグレガリナ類に近縁である可能性が示唆されている。クリプトスポリジウムの種分類には若干の混乱がある。形態の違いが乏しいことと、かつて宿主特異性が厳格だという誤解があったため、一時期記載された大量の種が一転1種にまとめられるという経緯を経ているためである。クリプトスポリジウムは有性生殖を行うが、交配実験を行うのが難しいため「生物学的種概念」を適用するのが困難である。またアピコンプレックス門で多用されているオーシストの形態測定により種を定義することも難しい。しかし現在では分子系統解析などにより次第に整理されてきている。分子系統解析によれば、クリプトスポリジウムは胃に感染するオーシストがやや大型のものと、腸に感染するやや小型のものとに大別できることがわかっており、現在のところ次にあげる19種が認められている。
クリプトスポリジウムは1907年アメリカの寄生虫学者ティザー (Ernest Edward Tyzzer) によって実験動物のネズミから見出された。しかしそのあと半世紀に渡って他のコクシジウム類と混同されてきた。とくに肉胞子虫はオーシスト壁が薄く、4つのスポロゾイトを含んだスポロシストを放出しやすいため、それがクリプトスポリジウムのオーシストと紛らわしかったのである。電子顕微鏡が使われるようになって、微絨毛の内部に寄生し "feeder organelle" を持つという特徴が認識されるようになった。病原性については1970年代までほとんど意識されなかった。1976年にヒトでの病原性が明らかにされ、1983年に水道を介した集団感染が発生したため、現在は旅行者下痢症や水系感染症の病原体として重要視されるようになっている。
第一次世界大戦が始まったときハンプシャーは威海衛にあり、中国艦隊司令長官Martyn Jerram中将が率いる小規模な部隊に加わった。ハンプシャーは装甲巡洋艦マイノーター、軽巡洋艦ニューカッスルとともにヤップ島にあるドイツの無線施設破壊を命じられ、向かう途中の8月11日に石炭船Elspethを沈めた。その時点でハンプシャーはヤップ島へ行くには石炭不足となっていたことからElspethの乗組員を乗せ香港へ戻らされた。同月末、ドイツ船捜索のためオランダ領東インドへ派遣され、ドイツ巡洋艦エムデンと遭遇しかけた。エムデンは9月にインド洋で通商破壊を開始。ハンプシャーはその捜索を命じられ、武装商船エンプレス・オブ・エイジアとともに1914年11月9日に軽巡洋艦シドニーにより撃破されるまで捜索に従事した。ハンプシャーはANZACの兵員輸送船団をインド洋から紅海を経てエジプトまで護衛し、12月にはジブラルタルで修理を行い、それから本国に戻ってグランド・フリートに加わった。1915年1月に第7巡洋艦戦隊に編入され、11月には北海へ派遣され船舶護衛に従事。第2巡洋艦戦隊所属で1916年5月31日にユトランド沖海戦に参加。だが、ドイツの第2偵察群に対して4斉射放ったのみであり、それも目標には届かなかった。海戦後、ハンプシャーは元帥キッチナーをスカパ・フローからアルハンゲリスクへ運ぶ任務についた。強風のため、ペントランド湾を経てオークニー諸島の西を通るルートが選ばれた。これは風が島にさえぎられ護衛の駆逐艦がついてこられるコースであった。ハンプシャーはスカパ・フローから16時45分に出航し、約1時間後に護衛の駆逐艦ユニティとヴィクターと合流した。針路が北西になると風が強くなり駆逐艦は落伍した。このような状況では敵潜水艦の活動もないと考えられたため、ハンプシャー艦長Savillは駆逐艦にスカパ・フローへ戻るよう命じた。Brough of Birsay、Marwick Head間のメインランド島沖約1.5マイルを航行中であった19時40分、突然爆発がありハンプシャーは右に傾いた。これは1916年5月28日から29日にドイツ帝国海軍のUボートU75により敷設された機雷によるものであった。ハンプシャーは爆発から約15分後に艦首から沈んだ。乗員735名と乗艦者14名中、救助されたのは12名であった。ロシアへの使節団は元帥キッチナーも含め全員が助からなかった。ハンプシャーの沈没にはドイツのスパイであるフリッツ・ジュベール・デュケインが関与したとする次のような話がある。クレメント・ウッドによるデュケインの伝記『The Man Who Killed Kitchener』によれば、デュケインはドイツ側情報機関の指令を受けて1916年6月に欧州へ渡ったとされる。デュケインは実在のロシア貴族ボリス・ザクレフスキー公爵（Boris Zakrevsky）を騙り、スコットランド,オークニー諸島の スカパ・フローにて元帥キッチナーが搭乗していたハンプシャーに乗り込んだ。そしてキッチナー卿を抹殺するべく、待機中のUボートへと艦内から合図を送り雷撃を行わせたのである。雷撃に先立って彼自身は救命ボートでハンプシャーを脱出し、そのままUボートに救助されている。彼はこの働きから鉄十字章を受章しており、彼が帝国軍の制服を着用し鉄十字章を佩用した写真も残されている。なお、近年の研究者からはこのエピソードの信憑性を疑問視する声も出ているものの、2度の世界大戦の中で多くの情報が失われ、現在では一連の出来事を確認ないし否定する為の情報源が不足している為、完全な否定は行われていない。