鹿島復帰後はユーティリティー性を買われ、ボランチ、左サイドバック、センターバックと主に3つのポジションでプレー。しかし膝の怪我の影響か全盛期の身体のキレは全く見られず、1対1で簡単に振り切られる場面が多々見られた。10月に膝の再手術に踏み切ったことにより残りシーズンを全休。チームは連覇を達成したものの、中田本人にとっては公式戦わずか12試合の出場に留まり、不本意なシーズンとなってしまった。2009シーズン当初は青木剛にポジションを譲り、控えに甘んじていたが、チームが失速した夏場以降、出場機会が増えた。2011年シーズン当初は増田誓志の復帰、本田拓也、柴崎岳の加入でボランチの層が厚くなり、大岩剛の引退で層が薄くなったセンターバックで伊野波雅彦と併用にされていたが、しだいにセンターバックのレギュラーに定着、その後、伊野波は移籍をした。2014年12月3日、2014シーズンをもって現役引退が発表された。
2006年、出場機会を求めてクラブに移籍を申し出る。古巣の鹿島にも打診したが、「移籍金0円なら獲得する」という回答だった。イスラエル、ウクライナのクラブからオファーが届くもいずれも断り、スイスリーグの名門FCバーゼルの練習に参加し、その後正式契約を結んだ。2006-07シーズンは、海外のクラブに所属している日本人選手としては珍しく、センターバックとしてレギュラーに定着した。10月のザンクト・ガレン戦で鼻を骨折して途中交代するまでは、19試合連続でフル出場していた。中田の加入以降、バーゼルは2005-06、2006-07シーズンと2シーズン連続で勝ち点1差で優勝を逃すが、2007年5月にはスイスカップに優勝。バーゼルでの初タイトルを獲得した。2007年6月に代表戦に出るために帰国した際に、人気女優加藤あいと超遠距離恋愛をしていた事が発覚する（2008年7月に加藤と破局と報道される）。その前後、古巣・鹿島が優勝を目指す為に中田にオファー。中田自身は鹿島が必要としているなら復帰する意思があると伝えたが、鹿島の提示金1億円に対して「中田は必要な選手」とするバーゼルの提示金3億円（ともに推定）では大きな開きがあり、このときは移籍断念となった。翌2007-08シーズン、バーゼルは悲願のリーグ優勝を果たし、スイスカップも連覇して二冠を獲得。中田も負傷離脱した時期を除き不動のレギュラーとして活躍したが、この頃にはバーゼルの慰留にもかかわらず、中田の鹿島復帰の意思は公然とマスコミに取り上げられるようになった。2008年4月、スイスリーグの終了を待たずして、バーゼルとの契約終了後に鹿島へ移籍することが正式発表された。同年7月より、およそ3年半ぶりにJリーグでプレーすることになった。
2005年1月、元日本代表監督のフィリップ・トルシエが監督をしているフランス1部リーグのオリンピック・マルセイユの練習に参加する。マルセイユ側は中田の獲得を打診するが、提示された移籍金が低額だったため、鹿島側は中田の移籍を認めなかった。同時期、中田との契約切れが迫っていた鹿島は来季以降の契約更新を申し出るが、中田本人が海外移籍を希望していたため断り続ける。その後、契約切れとなりフリーの立場で同年1月26日にマルセイユに移籍した。所属クラブの意向を無視した移籍ゆえに円満移籍とはならなかった。移籍当初はそこそこ出場機会はあったが、不慣れな左サイドバック、ライバルチームであるPSG戦でのオウンゴール、トルシエ監督の解任により出場機会が激減。守備的MFだけでなくDFもこなせるため出場が期待されたが、イスラエルのクラブからの数億単位の移籍話を蹴ったことでフロントとの関係が悪化、その結果、事実上戦力外にされてしまう。
1998年、Jリーグの鹿島アントラーズに入団（同期は小笠原満男、本山雅志、曽ヶ端準、山口武士、中村祥朗）。同い年の小笠原、本山とともに中盤を担い、チームの多くのタイトル獲得に貢献した。鹿島ではリーグ優勝2回、天皇杯優勝1回、ナビスコカップ優勝1回を経験している。2003年8月の大分トリニータ戦で左ひざ靭帯断裂の大ケガを負い、長期戦線離脱を余儀なくされた。2004年5月、柏レイソル戦で259日ぶりの試合復帰を果たした。
マジックにはジャバーが、バードにはロバート・パリッシュとケビン・マクヘイルが居た。アービングの周りにも優秀な選手は揃っていたが、アービングと肩を並べられるほどの選手は居なかった。そこで76ersは1982年のファイナル敗退後に思い切った補強を行い、当時リーグ随一のセンターであり、1981-82シーズンのシーズンMVPであったモーゼス・マローンを獲得。アービングとマローンのコンビは古今最も恐るべきフォワードとセンターの組み合わせと評され、迎えた1982-83シーズンは76ersの支配下に置かれた。絶好調のシーズンを過ごした76ersは65勝17敗を記録。マローンは2年連続となるシーズンMVPを受賞し、アービング、マローンの両名は揃ってオールNBA1stチームに名を連ねた。さらにアービングはオールスターで25得点をあげ、2度目のオールスターMVPを受賞している。プレーオフに入る前、マローンはインタビューで「Fo, Fo, and Fo」という有名なコメントを残している。これはファイナルまでの3つのシリーズを全て4戦全勝で勝ち抜き優勝するという宣言だった。実際はカンファレンス決勝でミルウォーキー・バックスに1敗の不覚をとってしまうものの、76ersはマローンの予言を実現するかのような勢いでファイナルに進出し、ファイナルでは過去2度同じ舞台で苦杯を舐めさせられたレイカーズと対戦。76ersはレイカーズをも4戦全勝で蹴散らし、ついに悲願の優勝を成し遂げた。全勝こそ叶わなかったものの、76ersのプレーオフ12勝1敗は当時の歴代最高勝率となった。ファイナルMVPはマローンが受賞したが、マローン自身は「ドク（アービング）のために戦ったんだ」と自身にとっても初となる優勝をアービングに奉げた。このシーズンはマローンのシーズンMVP、ファイナルMVP、アービングのオールスターMVP、そして76ers優勝と、NBAは正に76ers一色だった。