日本海ひすいラインの、当駅の直江津方約3kmの地点（当駅 - 梶屋敷駅間）にはデッドセクションが設けられており、富山方が交流電化、直江津方が直流電化となっている。そのため移管前の北陸本線を管理していたJR西日本では、当駅 - 直江津駅間を走行する電車列車については全て交直流電車での運用を行っていた。2015年3月改正による移管後も485系による快速が1往復運転されていたが、2017年3月改正で廃止となり、このデッドセクションを跨ぐ定期旅客「電車」は完全に無くなったが、現在も貨物列車のために電化設備が残されている。移管後に運営を継承したえちごトキめき鉄道では、日本海ひすいライン線内の普通列車は全てえちごトキめき鉄道のET122形気動車による運用を行っている。これは同区間の輸送密度が非常に低い点や、交直流電車の導入・維持コスト等を考慮した措置で、あいの風とやま鉄道線からは521系電車による普通列車が当駅まで1日2往復乗り入れている。
アルプス口は新幹線の建設に合わせて整備された出入口で、2014年9月14日の暫定供用開始以降、各施設及び設備の供用が順次開始された。駅前広場の駅舎正面には、後述の「レンガ車庫」のモニュメントが設置されている。
元々出入口が設けられていたのは日本海口側で、糸魚川市の中心市街地に面している。駅舎東側の隣接地には交流施設「ヒスイ王国館」が所在し、1階には「糸魚川観光物産センター」と飲食店、2階には観光案内所、駅レンタカーの窓口、コミュニティホール（貸室）などがあり、2階フロアと自由通路の間は階段と前掲のエレベーターで連絡している。また自由通路の日本海口側階段下のエレベーターホール横には待合室（開放時間 6時00分 - 21時00分）が設けられている。このほか待合室横では2015年2月28日までコンビニエンスストア「ちゃお糸魚川」が仮営業を行っていた（新幹線開業に伴い移転し、前掲のセブン-イレブン キヨスクへ転換）。
3社のうちまず最初に開業したのは東京馬車鉄道から改称した東京電車鉄道（通称:電車、東電、電鉄。前節の東京電車鉄道とは別会社）で、1903年（明治36年）8月22日に馬車鉄道線のうち品川 - 新橋間を電化して三重県の宮川電気線に次ぐ日本8番目の電気鉄道となった。東京電車鉄道は1904年（明治37年）3月までに全ての路線を電化し、馬車鉄道の運行を廃止した。東京電車鉄道に遅れること25日後の1903年9月15日には東京市街鉄道（通称:街鉄）が数寄屋橋 - 神田橋間で開業した。その後同社は同年11月に日比谷 - 半蔵門間、12月には神田橋 - 両国、半蔵門 - 新宿間などを開業させていき、営業キロや乗客数、運賃収入などの面において3社中最大の会社となった。1900年に川崎電気鉄道から改称した東京電気鉄道（通称:外濠線、電気）は、1904年12月8日に土橋 - 御茶ノ水橋間で開業し、その後皇居外堀に沿って飯田橋、四谷、赤坂などを経由し土橋に戻る環状線を建設した。この様に、東京市内の路面電車は3つの会社によって別々に整備された。だが市民にしてみれば、こうした状況は電車を乗り換える度に運賃が嵩む不便さがあり、次第に運賃の共通化を求める声が大きくなった。一方各社の経営陣は、当時日露戦争の戦費調達を目的に通行税が新設されたこと、また内務省の要請で運賃の早朝割引を開始したことなどが経営の負担になっているとして運賃の値上げを計画しており、1906年（明治39年）には利用者の要望に応えるという建前で運賃の共通化と同時に値上げを申請していた。そして同年9月11日に3社が合併して東京鉄道(通称:東鉄)を設立すると、翌12日には運賃を4銭均一に引き上げた。しかし日露戦争に伴う増税や物価高が負担になっているのは市民も同じであり、合併と値上げが認可された直後から激しい反対運動が起こり、同年9月5日には日比谷公園で開かれた集会の参加者が暴徒化して電車が投石される事件まで発生した。折しも当時は1903年に大阪市が市営電車を開業したことで電車事業の公益性が意識され始めた時期で、この一件をきっかけに東京でも電車の市有市営を求める世論が高まった。そこで東京市はかねてからの市営派だった尾崎行雄市長の音頭で東京鉄道の市有化に乗り出し、1907年（明治40年）12月には同社との間に買収価格6750万円で仮契約を締結した。ところが東京市が内務省に提出した買収認可申請が翌1908年（明治41年）1月に却下されてしまった上、その直後に東京鉄道が突如買収を拒絶したことから、東京市は市有化を一時見送ることにした。買収が不発に終わった同年の12月、東京鉄道は再び5銭均一への運賃値上げを申請し、前回にも増して猛烈な反対運動が起ったことで政府もついに東京鉄道の市有化を本格的に検討するようになった。1909年（明治42年）10月、時の逓信大臣後藤新平は尾崎市長に3か条からなる覚書を示して、一定の条件の下で東京鉄道の市有化を認めることを約束した。この覚書をもとに東京市は再び東京鉄道の買収に臨んだが、東京鉄道が市の提示した買収価格5800万円を不服としたので物別れに終わった。だが市有化問題が長期化すると、最初買収を却下した内務省も次第に市有化容認に傾き、1911年（明治44年）6月になり平田東助内務大臣は後藤逓相、一木喜徳郎内務次官列席のもと、尾崎市長に対して東京鉄道の買収を勧告した。勧告を受けた東京市は同年7月1日から買収交渉を再開し、政府の仲裁もあって7月6日には買収価格6416万5518円で合意し改めて買収仮契約を締結した。買収案は7月9日に東京市会、7月24日に東京鉄道の臨時株主総会でそれぞれ承認され、7月31日付で政府の買収認可が交付された。こうして東京市内の路面電車は1911年8月1日から新設された東京市電気局に引き継がれ、東京市電が誕生した。