1960年（昭和35年）6月に、富田正文・土橋俊一編纂の『福澤諭吉全集〈第10巻〉』（岩波書店）に「脱亜論」が収録された。同1960年（昭和35年）6月に地理学者飯塚浩二が論文「アジアと日本」で言及した。1961年（昭和36年）6月に発行された、政治学者の岡義武による「国民的独立と国家理性」、および中国文学者の竹内好による「日本とアジア」の中に発見された。竹内は1963年（昭和38年）8月に刊行された現代日本思想大系第9巻『アジア主義』（筑摩書房）の解説「アジア主義の展望」において「脱亜論」の全文を引用している。1967年（昭和42年）4月に、西洋思想史研究者河野健二の『福沢諭吉』が、同1967年（昭和42年）12月に鹿野政直『福沢諭吉』が発行された。両書は「脱亜論」へのコメントを含む新書版であったため、以来、「脱亜論」は日本帝国主義の理論として有名になった。1970年代には同様の、「脱亜論」をアジア侵略の礎とする論説が多く発行された。
「脱亜論」に関する最初のコメントは、1951年（昭和26年）11月に掲載された歴史学者の遠山茂樹による「日清戦争と福沢諭吉」（『福沢研究〈第6号〉』）で、遠山はこの論文で「脱亜論」を日本帝国主義のアジア侵略論と紹介した。次いで1952年（昭和27年）5月に発行された、歴史学者の服部之総による「東洋における日本の位置」の中に発見された。服部之総は翌1953年（昭和28年）の論文「文明開化」でも言及した。1956年（昭和31年）6月に発行された、歴史学者の鹿野政直による『日本近代思想の形成』（新評論社）の中に発見された。
1885年（明治18年）には「脱亜論」に対するコメントは見つかっていない。1885年（明治18年）3月16日以後の『時事新報』には、「脱亜論」に関する引用は発見されていない。また、1885年（明治18年）3月17日から3月27日にかけて、新聞『東京横浜毎日新聞』、『郵便報知新聞』、『朝野新聞』にもコメントが発見されていない。平山は1885年（明治18年）には「脱亜論」は何の反響も引き起こさなかったと推定している。その後も1885年（明治18年）から1933年（昭和8年）まで「脱亜論」に関するコメントは発見されておらず、そのため、平山は「脱亜論」は発表から48年4ヶ月の間、忘れられていたとしている。1933年（昭和8年）7月、「脱亜論」が石河幹明編『続福澤全集』（岩波書店）に収録された。しかし、それ以降も1933年（昭和8年）から1950年（昭和25年）までの間、「脱亜論」に関するコメントは見つかっていない。
中国・韓国では、「脱亜論」は「アジア蔑視および侵略肯定論」であり、福澤は侵略主義者として批判的に取り上げられている。一例として、林思雲の論文「福沢諭吉の「脱亜論」を読んで」中で言及されている中国内での理解、そして韓国の新聞中央日報に掲載された金永煕（キム・ヨンヒ）国際問題大記者執筆の2005年11月25日のコラム「日本よアジアに帰れ」がある。平山洋は、中国人研究者の福澤批判はどれもほとんど同じパターンであって、バリエーションがないことを指摘し、その原因は中国人研究者が日本人研究者の福澤批判をそのまま繰り返していることによると推測している。政治学者の小川原正道は2010年（平成22年）11月に北京大学で福澤に関する講演を行ったとき、北京大学の教授が「福沢には『脱亜論』以外の側面もあるんですね」と素直に驚きの感想を述べたのを目の当たりにして、「愕然としたことがある」と述べている。
まず、執筆者は交通手段の発達による西洋文明の伝播を「文明は猶麻疹の流行の如し」と表現する。それに対し、これを防ぐのではなく「其蔓延を助け、國民をして早く其気風に浴せしむる」ことこそが重要であると唱える。その点において日本は文明化を受け入れ、「獨り日本の舊套を脱したるのみならず、亞細亞全洲の中に在て新に一機軸を出し」、アジア的価値観から抜け出した、つまり脱亜を果たした唯一の国だと評する。
『新撰組異聞PEACE MAKER』では、主人公鉄之助の新撰組入隊から池田屋事件までが描かれている。これらの時期など細部は史実と異なるものの、時代の大きな流れに沿ってストーリーが展開する。エニックスお家騒動により掲載誌を『月刊コミックブレイド』（マッグガーデン）へと移し、池田屋事件から3ヶ月後となる第二部『PEACE MAKER鐵』が連載されたが、2005年春以降休載。その後2009年秋から2010年9月まで、ケータイサイト「コミックi」および「コミックシーモア」にて5巻の続きとなる『PEACE MAKER鐵 油小路編』が配信された。2013年12月にマッグガーデンから刊行されたムック『時代活劇画伝―斬―ZAN』において新章となる『PEACE MAKER鐵 北上篇』の初回を掲載後、翌2014年1月よりマッグガーデンのウェブコミック配信サイト『WEBコミックBeat's（現：MAGCOMI（マグコミ））』にて連載を再開している。同年9月からは『月刊コミックガーデン』（マッグガーデン）でも連載されるようになった。（『月刊コミックガーデン』と『MAGCOMI』の掲載内容の違いはないが、毎月の最新話の更新は『月刊コミックガーデン』の方が早い。）