水陸両用部隊は海軍に付随して海上要務と着上陸作戦を任務とした部隊である。水陸両用部隊については、古代ギリシアの歴史学者ヘロドトスとツキジデスはギリシア艦隊の「重装備の兵士たち」に言及しており、またローマ海軍でも艦隊兵団についての記述が見られるように、古来より存在している。中世までのヨーロッパの海軍は、海上を移動して敵地に上陸する将兵を運ぶための海上輸送船団であり、この時代の海戦とは兵士を乗せた船同士が遭遇した際に、兵士が敵艦に乗り込んで白兵戦を行なう接舷戦闘であった。やがて艦船同士が搭載した火砲による砲撃戦を行なうようになると、接舷戦闘や上陸戦闘を専門に行なうための歩兵部隊、或は陸軍部隊を海軍が組織し、艦船に乗り込ませるようになった。イギリスでは1664年、オランダはその翌年にその専門部隊を設立している。現代では海兵隊が水陸両用戦を専門に行う部隊として存在し、その代表にアメリカ海兵隊がある。近代的な水陸両用作戦の祖は日本軍とされ、太平洋戦争において、真珠湾攻撃に続いて太平洋の島々を攻略した時に編み出した戦法とされる。
水中を行動する事で、探知機器の発達した現在においても存在自体の秘匿性が高い。第二次世界大戦あたりまでは、哨戒・通商路の破壊または妨害を主任務にする事が多かった。第二次世界大戦後には弾道ミサイルや巡航ミサイルの発射母機としても使用され、陸上への攻撃能力が加わった。一部の潜水艦には特殊部隊の搭載スペースがもうけられ、隠密裏に陸上戦力の投射と回収をする事が可能となっている。
海軍の編制は国によって大きく異なるが、基本的には軍政上の単位と戦術上の単位として艦隊がある。艦隊とは単独の指揮官の下で特定の海域を航行する海軍部隊であるとされている。例えばアメリカ海軍の艦隊は軍政上では大西洋と太平洋に配備された二大艦隊から成り、その両方には航空母艦部隊、巡洋艦部隊、駆逐艦部隊、潜水艦部隊、水陸両用部隊、補給部隊などの部隊があり、これらは種類に応じてそれぞれに指揮官が存在している。また地域間の柔軟な運用が出来るように工夫されており、現在は第2艦隊（大西洋）、第3艦隊（東太平洋）、第5艦隊（中東）、第6艦隊（地中海）、第7艦隊（西太平洋とインド洋）の5つの艦隊が存在しているが、艦艇は担当海域を移動する事によって所属する艦隊が変更になる仕組みを取っている。例えば中東で有事があった場合に第5艦隊が第6艦隊や第7艦隊から増援を受けた場合には、これらの艦艇は第5艦隊所属に切り替わり、指揮系統が一本化される。5つの艦隊司令部は固定されているが、実働部隊は常に流動的であり、必要なところへ必要な兵力が配置できるように合理化されている。艦隊は戦術的には軍政上の指揮官とも少なからず合致しているが、これは艦艇を艦隊全体としての運用上の基準に適応させるためである。まず3隻から6隻程度の艦艇で一個の小隊を編成し、さらに駆逐艦や潜水艦の二個小隊によって1個駆逐隊や潜水隊、そして3個駆逐隊や潜水隊で水雷戦隊を編成する。そして指揮官は階級によって職責が異なり、例えば少将は航空母艦や巡洋艦の戦隊などを指揮する立場である。
海軍は国防組織の一部局であり、この組織の最高指揮権は国権と同様に大統領や首相、また一部では国防相などが保有している。この部隊の軍事作戦を指揮統制する命令は軍令であり、最高指揮官の軍令が通達されることによって作戦部隊が行動することとなる。軍令の対照として軍事についての行政的分野を軍政というが、軍政部門としては海軍部隊には国防省や海軍省が設置されている。このような軍政機関が予算編成や基地管理などの行政的な業務を行っている。
ガダルカナル島の日本陸軍は重火器、弾薬、食料の不足によりアメリカ海兵隊に対抗できなくなっていた。日本軍は11月の月が出ない闇夜を選んで、第三十八師団を11隻の輸送船でガダルカナル島へ送り届けることを決定する。輸送作戦の成功には、ガダルカナル島のヘンダーソン飛行場を破壊してアメリカ軍機の活動を抑えることが必要となっていた。10月中旬、栗田健男少将率いる第三戦隊(金剛、榛名)がヘンダーソン基地艦砲射撃を行ってアメリカ軍に大きな損害を与えており、今村均第十八軍司令官は再度の戦艦による対地砲撃を要請した。山本長官は陸軍の要請を断れず、山本長官自らが比叡もしくは戦艦大和を率いてガダルカナル島へ赴くことを検討したほどである。結局、空母隼鷹（第二航空戦隊）を含む第二艦隊は11月9日トラック泊地を出撃し、第十一戦隊（司令官阿部弘毅中将、戦艦〈比叡、霧島〉）、第十戦隊（司令官木村進少将、軽巡洋艦〈長良〉、第61駆逐隊〈照月〉、第16駆逐隊〈雪風、天津風〉、第6駆逐隊〈暁、雷、電〉）、第四水雷戦隊（司令官高間完少将〈旗艦朝雲〉：第9駆逐隊〈朝雲〉、第2駆逐隊〈第1小隊〔村雨、五月雨〕、第2小隊〔夕立、春雨〕〉、第27駆逐隊〈時雨、白露、夕暮〉）で構成される挺身攻撃隊が抽出されてヘンダーソン飛行場砲撃に向かった。艦隊は事前に水上偵察機をイサベル島レカタ基地に派遣し、ガダルカナル島沖で偵察機からの誘導を元に砲撃を行う計画である。当初はルンガ泊地にアメリカのワシントン型戦艦3隻を含む艦隊の存在が報告されたが、後に防空巡洋艦という訂正電報が入った。宇垣纏連合艦隊参謀長はアメリカ艦隊がガダルカナル島周辺にとどまり、飛行場砲撃に向かう挺身艦隊を交戦することを危惧したが、黒島亀人先任参謀は「アメリカ軍は何時もの通り夜になれば逃げる」と主張し、山本長官とともに何の手段も講じなかった。宇垣は後に強く主張しなかったことを「之れ十数時間後に重大なる結果を招来せる素因となれり」と後悔している。