ハイリンクで遊べる新しい機能。遊べる人数は無制限となっている。前作は指定された範囲内でかつ他のプレイヤーがいないとミッションに参加できなかったが、本作ではどこでも参加できるようになり、1人でも遊ぶことが出来るようになった。選べるミッションは木の実やアイテムなどの探索、特定のトレーナーのバトルなどの様々なミッションが用意されており、難しさを3段階まで遊べる。また、一部のミッションはバージョンによって違う。ミッションに決められた条件をクリアすることで前作と同じくデルタマが貰えるが、ミッションの中にはデルタマ以外のアイテムを入手することがある。また、ミッションで獲得したアイテムはそのまま手に入る。
過去のシリーズに登場したジムリーダー、チャンピオンとの対戦が行なえる施設。ゲーム本編上では一部において「PWT」と表記されている。ホドモエシティジムまでクリアすると行くことができ、ストーリー上では必ず1回は参加することになるが、この時点では「ホドモエトーナメント」など一部のルールしか参加できない。エンディング後に各地方のジムリーダーと対戦できる「リーダーズトーナメント」に参加でき、さらにある条件を満たすと「チャンピオンズトーナメント」に参加することができる。また、Wi-Fi通信を利用することで特別なトーナメントをダウンロードが出来る。8人のトレーナーがトーナメントで対戦するというもので、ルールとしては『ポケットモンスター エメラルド』の「バトルフロンティア」におけるバトルドームに近い。「リーダーズトーナメント」などで対戦する相手はランダムだが、参加させるポケモンの1番手が苦手とするタイプを得意とする相手が初戦で当たりやすい傾向がある。ジムリーダーやチャンピオンにはエースのポケモンが設定されており、そのポケモンを必ず最初に繰り出してくる。なお、一部のルールではレシラムやゼクロム、キュレムなどバトルサブウェイや過去のシリーズにおける「バトルフロンティア」で参戦不可能なポケモンが使用できる。イッシュ地方以外のジムリーダーとチャンピオンのグラフィックは過去のDSシリーズのものを若干変更したもので、ホウエン地方の人物のみ新規のグラフィックとなっている。また、戦闘時のBGMは各地方のBGMをアレンジしたものになっている。優勝するとバトルサブウェイ同様にBP（バトルポイント）がもらえるほか、途中で敗退しても景品として教え技を習得するために必要な4色のかけらをもらうことができる。
新施設「ポケウッド」では自分だけのオリジナル映画を作ることができる。タチワキシティジムまでクリアすると行けるようになり、ストーリー上では必ず1回は撮影に参加することになる。撮影した映画は上映会で見ることができ、最大8つの映画を保存できる。アクション映画、SF映画などの様々なジャンルの映画が用意されており、撮影形式は通常のポケモンバトルと同じであるが、それぞれの映画に台本が用意されており、台本を確認しながら映画を撮影する。映画の展開は選んだ技とバトルの結果に加え、特定のシーンで主人公の台詞を選んだ結果で展開が変わる（なおゲーム内で主人公が台詞を話すのはこの場面が唯一である）。上映会で公開された映画の内容は撮影の結果によって違い、台本通りに進めることで「成功パターン」になるが、撮影中に間違った展開になると「失敗パターン」になる。これに加えて、台本とは少し変わった展開で進めることで「カルトパターン」になる。撮影できる映画は全12種類で映画によって3 - 4つの続編がある。選べる映画はストーリーを進めたり、映画を成功パターンにし続けたりすることで増えてくる。また、撮影できるポケモンは最初あらかじめ用意されたレンタルポケモンであるが、1度その映画を成功パターンかカルトパターンにすることで手持ちのポケモンで撮影できるようになる。レンタルポケモンは映画によってレベルや技が固定されているため映画を簡単に撮影することが出来るが、手持ちのポケモンになるとレベルや覚えている技によって難易度が大きく左右される。
本作の発売にあわせ前述したキュレムのほかランドロス、トルネロス、ボルトロス、ケルディオ、メロエッタのフォルムチェンジが公表された。ただしメロエッタ以外は、前作との通信対戦での表示画面ではオリジナルのフォルムで表示されるほか、交換する際はオリジナルのフォルムに戻す必要がある。
前作から2年後の物語となっており、母の友人であるアララギ博士にポケモン図鑑の完成を依頼された主人公は、ベルからポケモンを渡され、ヒオウギシティからイッシュ地方を巡る旅に出る。同時に幼なじみの少年もライバルとして旅立った。本作では前作と異なる形であるが『ポケモンと人間の共生』をテーマに話が進行する。また、前作同様トレーナーの成長についても描かれている。
地域には明治時代初期に西成郡第二小区第二番小学校（のち大阪市春日出尋常高等小学校。1947年廃校）が開校している。その後地域の児童数が増加したことや地域住民の要望などにより、春日出尋常高等小学校から分離する形で、1902年に現在地に大阪市西九条尋常小学校として開設された。1905年には高等科を併設している。1941年には国民学校令の施行により、大阪市西九条国民学校に改称した。1943年4月1日には此花区の東部が分離して福島区が発足した。この際、従来の大阪市野田国民学校（大阪市立野田小学校）・大阪市新家国民学校（戦災被害で1947年大阪市立吉野小学校に統合。現在の大阪市立野田中学校敷地）の校区の中を新たな区の境界線が通ることになった。野田・新家の両校は福島区側に所属することになったが、新しい区の境界にあわせる形で校区を再編し、野田・新家両校の校区のうち此花区側に残った地域を、西九条国民学校の校区へ編入している。太平洋戦争の戦局悪化により、大阪市の国民学校児童は1944年以降、学童疎開を実施することになった。学童疎開は縁故を原則としたものの、縁故に頼れない児童については学校から集団疎開に参加させることにした。疎開先の府県は各行政区ごとに指定され、此花区の国民学校では愛媛県へ疎開することになった。西九条国民学校では愛媛県周桑郡小松町・壬生川町・丹原町・吉岡村・庄内村（いずれも現在の西条市）へ疎開している。1945年6月7日の大阪大空襲では、木造校舎全焼・鉄筋校舎大破の被害を受けた。1947年の学制改革により、大阪市立西九条小学校となった。1950年9月にはジェーン台風により、校舎床上浸水の被害を受けている。