税務調査においては、様々な事実認定や法律解釈などが独自に進化しており、ガラパゴス化しているとの指摘がある。例としては重加算税の取り扱いが、法人税調査と所得税調査で異なることなどが挙げられる。
日本では、選択的夫婦別姓制度は導入されておらず、夫婦別姓、という婚姻形態をとることはできない。日本は明治31年にドイツ民法などを手本に夫婦別姓から夫婦同姓に転換したが、手本となったドイツ等はすでに男女差別の撤廃などを目的に選択的夫婦別姓に移行し、現在では法的に夫婦同姓を強制している国は世界で日本が唯一となっている。池田祥子や出口治明は、この状況がガラパゴス的だと指摘している。
日本の自転車環境には、歩道走行可、左側通行の不徹底、自動車に対しては厳格なまでになされている違法行為取り締まりが実質的にされていないこと、格安自転車の大量流通という4つのガラパゴス状況がある、との指摘がある。
日本では側車（サイドカー）のない総排気量125㏄以下の自動二輪車（道路交通法においては、普通自動二輪車の一部に該当する）は、道路運送車両法においては原動機付自転車として扱われている。世界的に見ても、二輪車の原動機（エンジン）の総排気量は50㏄を超えること（具体的には、総排気量50㏄を超える二輪車は、日本以外の国では道路運送車両法による自動車に該当すること）が多く、道路運送車両法による原動機付自転車に該当する二輪車としての排気量の上限が高い（具体的には、道路運送車両法による原動機付自転車が総排気量125㏄以下であること）のは日本ぐらいといわれている。
イギリスフィナンシャル・タイムズが、ガラパゴス化をガラパゴスシンドローム（syndrome：好ましくない社会事態）と表現し、一例として北米の自動車市場の独特の発展を挙げている。その記事では、「アメリカの自動車産業はガラパゴスシンドロームに苦しんでいるとずっと主張されている。というのは、その製品が世界の他の地域から孤立して進化してきたからだ。」と述べている。これは北米でのSUV（Sport Utility Vehicle）の人気に言及したもので、ガソリン税の安さにより燃費に敏感でないこと、SUVは車種の定義上は業務用となるため自動車税が優遇されていること、広い道路とハイウェイを背景とするアメリカ消費者の大型車好みなどの事情から爆発的に売れたが、石油価格の上昇によるガソリン価格の上昇と、リーマン・ショック以降の急速な不景気により、その販売（金融危機により車のローンが組めなくなったことも一因）が急速に縮小し、SUV（ひいては、北米市場）に大きく依存していたアメリカのビッグスリーのうち、GMとクライスラーの二社が会社更生法を申請することになった状況を指している。
自動車に関して、日本独自でガラパゴス的であると指摘されるものとして、軽自動車、5ないしは7ナンバー/4ないしは6ナンバー車（いわゆる小型自動車で、道路交通法による普通自動車に該当する車）の存在、カーナビの高い普及率、3列シートミニバン、軽自動車を除くスライドドアを採用した一部の5人乗りのハイトワゴン型乗用車（例：トヨタ・ポルテ/スペイド、スズキ・ソリオ/三菱・デリカD:2、ダイハツ・トール/トヨタ・ルーミー/タンク/スバル・ジャスティなど）、ドアの開くタクシー、有人フルサービスのガソリンスタンド、ドリフトを魅せるD1GP、痛車、ハザードやクラクションの使い方などが挙げられることがある。なお、軽自動車については従来、海外向けモデルは排気量を1000cc～1500ccに拡大して販売するのが一般的だったが、現在では国内規格の660ccエンジンのままで海外生産もされており、今後の新興国攻略の鍵となる、との議論もある。
「ガラパゴス化」とは本来、前述のように世界の潮流、「デファクト」から取り残されて、日本国内の独自規格（主に技術面）が不利になる現象を言うのであるが、単に日本国内の独自性が高い制度や文化に対して批判的な文脈としてバズワード的な用法も見られる。また、グローバル化に対する賛否それぞれの立場からもバズワード的に用いられる。
ハワイのオアフ島出身。8人兄弟の一人で、ライレフアハイスクール時代は遊撃手を務め、ハワイ・アサヒやルーラルレッドソックスでプレーした。1935年に明治大学に入学し、野球部に入る。そのきっかけは同大学野球部がハワイに遠征したことであった。来日後、日本国籍を取得している。ポジションは二塁手で、1940年には野球部主将を務めている。同年の野球の国際大会である「東亜競技大会」でも日本代表主将を務めた。亀田が在籍した間に野球部は6度の優勝を遂げている。卒業後、1941年に日本郵船に入社する。太平洋戦争で海軍に入り、潜水艦に乗務。キスカ島撤退作戦やレイテ沖海戦に参加した。7歳下の弟であるフレッドは、アメリカ人として第442連隊戦闘団に加わり、1944年6月にイタリアで戦死した。太平洋戦争後の1950年にフィリピン航空に入り、1954年に日本航空に転職する。語学力や国際航空に通じた亀田は初期の日本航空の国際線分野で大きな役割を果たし、社内で「ビッグブラザー」と称された。その後米州地区支配人やタイ事務所初代所長を歴任し、米州支配人時代に「鶴丸マーク」の採用や米州向けキャッチフレーズの発案に関与した。1971年に常務、1975年に専務を務める傍ら、1972年よりジャルパックの取締役を兼任したのち、1977年から1987年までジャルパックの取締役会長の座にあった。2001年、死去。没後の2004年に、日本の国際ツーリズム産業の発展に寄与し、国民の豊かな旅行スタイルの形成に貢献してきた先人の偉業を称える、日本国際ツーリズム殿堂が創設された際には、初代10名の顕彰者に選出された。