アメリカ合衆国、欧州連合（EU）へ輸出する水産食品、輸出肉に関して、該当国内法規によりHACCPの義務があり、輸出する際には厚生労働省（各地の厚生局、地方自治体）による認定または、大日本水産会などの認定団体の認定をうけなければならない。認定工場は、対米牛肉関係5工場（南九州畜産興業（株）〈ナンチク〉、サンキョーミート（株）、（株）ミヤチク、（株）群馬県食肉卸売市場、㈱JA食肉かごしま 南薩工場）のみでFDA（アメリカ食品医薬品局）の係官は「肉」や「牛」等の漢字を習熟していたが、日本がBSE（牛海綿状脳症）発生国であるため輸出はされていない（BSE問題参照）。輸出水産関係でもHACCPは必要であり、リスト搭載により認定施設とされる。EUは特に衛生関係に厳しく、輸出元の海外の生産工場は、EUのインスペクターが来るとなると、緊張の連続で疲労困憊するほどだという。
食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法は、HACCP導入による食品の製造過程の管理の高度化を促進するため、必要となる施設の整備に対する金融や税制上の支援を講ずる内容を規定した農林水産省と厚生労働省との共管法である。1998年（平成10年）5月（同年7月1日施行）に5年間の時限法として制定され、2003年（平成15年）6月にさらに5年間延長する改正法が公布された（同年7月1日施行）。その後、2008年（平成20年）も5年間延長する改正法が公布された。2013年（平成25年）の見直しでは（2023年まで）10年間の延長とするとともに、今までの限時法から失効法に変更し再延長はしないとした。この法令等を活用するには、指定認定機関（各業界団体等）の会員であることが求められている。また、2013年（平成25年）の延長時には一般的衛生管理の整備について活用範囲を広げるために、国内の一般的衛生管理ともいえる高度化基盤事項として整理するとともに、高度化基盤事項確認項目としてまとめている。
厚生労働省の認証制度である「総合衛生管理製造過程」（通称マルソウ）はHACCPの考え方を取り入れた制度である。しかし本来HACCP では個々のライン毎のハザード分析によってハザードを決定するものであるが、総合衛生管理製造過程ではあらかじめ決められた危害リストのみをハザードとしている（他の工場やラインで既にHACCP 計画が確立している製品についてはそれを基にHACCP 計画をたてる方法がある、ただしこれは自ら危害要因分析ができるまでの暫定的なものである）。また本来HACCPで扱うのは安全性であるが、厚生労働省は総合衛生管理製造過程で扱う項目に「品質」まで含めており、HACCPを行う前段階である「前提条件プログラム (prerequisite program; PP) 」や「適正製造基準 (GMP) 」まで含んでいるため、煩雑なシステムができあがっている。この煩雑さのため手間と予算がかかり、大企業でも実践は難しく、かつて乳業メーカーで総合衛生管理製造過程の認証を得た雪印乳業が大規模な黄色ブドウ球菌のエンテロトキシン（嘔吐等胃腸症状をおこす毒素）の食中毒事件（雪印集団食中毒事件）を発生させた。このようなことから総合衛生管理製造過程はそのままHACCP と呼べるものではない。企業側も総合衛生管理製造過程は認証であることからHACCP を取るという言い方をよくするが、HACCP とは認証を取ることではなくHACCP を実践する行為である。そして、認証取得にばかり目を向けることは、時として「消費者の安全を守る」という食の安全の本質を見失う危険性もある。
水温の低い大河・湖・溜池に生息する。夏にはサーモクラインの下で見られ、スペリオル湖では300メートル以深に生息する。底生魚で、餌を探すため泥から礫まで様々な底質に進出する。底生で遊泳力が低く、鰭が体に比べて小さいため急流には耐えられない。薄明薄暮性であり、成魚は日中、水底に掘った巣穴の中にいる。冬には繁殖のため浅瀬に移動する。幼生期・稚魚期には体サイズに見合った餌を食べ、1センチメートル以下ではカイアシやミジンコ、1 - 2センチメートルでは動物性プランクトンや端脚類を食べる。成魚は魚食性で、ヤツメウナギ・Coregonus ・カワヒメマス ( Grayling ) ・ノーザンパイク・サッカー科・トゲウオ・マスなどを食べる。スペリオル湖の調査では、性成熟は1歳・全長25センチメートル程度から始まり、5歳・40センチメートルに達する頃には全個体が成熟することが分かった。水面が氷に覆われる12 - 3月に、水温1 - 4℃の砂礫底で産卵する。1回の産卵は2 - 3週で終わるため、年に複数回産卵することもある。産卵用の巣は作らない。産卵時には水底から浮上し、1 - 2匹の雌に多数の雄が群がり、雌雄同時に産卵・放精を行なって卵を撒き散らす。体のサイズに依存するが、雌は1回の産卵で63,000 - 3,477,699個の卵を産む。卵は大きな油滴を持ち、直径1ミリメートルで至適水温は1 - 7℃。沈下性で、水底の穴や亀裂に落ち着く。卵の発生は水温に影響されるが、30 - 128日で孵化する。孵化した幼生は浮遊性で、12℃以上の水温には耐えられない。稚魚になると夜行性となり、日中は物陰に潜むようになる。急速に成長し、晩秋には11 - 12センチメートルになる。2年目には10センチメートルほど成長する。成魚になると完全な底生生活に移行する。孵化から1か月ほどで摂餌を始める。成長率・寿命は水温に大きく影響される。寿命は10 - 15年。