2007年、新たに発見された子供2人分の遺骨がニコライの行方不明の子らであるかどうか、詳細なDNA鑑定がなされた。大津で負傷したニコライの血がついたシャツは、エルミタージュ美術館に保管されていた。最初に検査にあたったマサチューセッツ・メディカル・スクール大学 (University of Massachusetts Medical School) のエフゲニー・ロガエフ教授 (Professor Evgeny Rogaev) は、「（古い血液から劣化したDNAを取り出すことは）かなり難しいだろうと思っていたが、驚いたことに非常に状態のよいDNAを抽出できた」と語った。ロガエフ教授と、共に検査に臨んできたDirector of Research AFDILのMichael Coble博士は、1991年に発掘されていた遺骨のうち、女性の遺骨（推定アレクサンドラ）と子供3人分の遺骨がミトコンドリアDNA鑑定によって母子関係にあると証明した。新たに出てきた子供二人分の遺骨も、女性の遺骨と母子関係にあると証明した。そして、ニコライの血液のDNAにより、ニコライと父子関係にあることを確認した。Coble博士は「遺骨がニコライとアレクサンドラの子である可能性は、そうでない可能性の実に4兆倍になる」と語った。2009年2月、2人は子供2人が行方不明だったニコライ夫妻の子・アナスタシア（またはマリア）とアレクセイであると正式に発表した。
1993年、皇帝ニコライ2世と推定される遺骨のDNA鑑定に使うため、ニコライの手当てをした布からDNAが採取された。1998年になり、ニコライの骨と正式に認められ、ロシア正教会はニコライ2世を、ロシア革命の犠牲者として列聖した。
シェービッチ公使は、津田の無期徒刑が決定したことを知ると「いかなる事態になるか判らない」旨の発言をしている。ロシア皇帝アレクサンドル3世も暗に死刑を求めていた。しかし結果的には賠償要求も武力報復も行われなかった。ただし皇太子の負傷に関しては、皇帝も皇太子も日本の迅速な処置や謝罪に対して寛容な態度を示しており、日本がこの問題を無事解決できた理由の一つにロシアの友好的な姿勢があることは疑いない。以後、ロシアの公文書にて日本人をマカーキー（猿）と記される時期が発生したといわれてはいるが、そういうことは無かったとの研究もある。また、日記の文面からもニコライ2世がこの事件で日本に対して嫌悪感を抱いたことは無いということが窺える。
ロシアのシェービッチ公使は以前から日本に対して恫喝的な態度をたびたび取っており、この事件に関しても事件の対処にあたった青木外相、西郷内相らに死刑を強硬に要求した。事件後の6月4日には青木との密約を公表して抗議し、青木の責任問題となった（公書問題）。これに対して青木が「自分は伊藤博文と井上馨に言われて約束しただけである」と述べたが、伊藤はロシア側の真意を確かめよと指示しただけと反論し、もし自分が政府に迷惑をかけているなら枢密院議長を辞職するとした。重鎮である伊藤との対決は松方や山縣有朋も望んでおらず、責任は青木がとることとなった。青木は「自分の手記が公表されれば伊藤と井上の首が飛ぶ」と発言し、激怒した井上によってドイツ公使へと左遷された。またロシアの抗議自体も後任外相榎本武揚の奔走で撤回されることとなった。青木はこの後伊藤から嫌悪され、政治家としての栄達を絶たれる原因となる。とはいえ、その後も青木は第2次山縣内閣で再度外務大臣となったほか、枢密顧問官再任や駐米大使になるなど、活躍は続けた。
司法省刑事局長は河津祐之であった。旧刑法116条は日本の皇族に対して適用されるものであって、外国の皇族(王族)に対する犯罪は想定されておらず、法律上は民間人と全く同じ扱いにせざるを得なかった。つまり怪我をさせただけで死刑を宣告するのは法律上不可能であった。ただし裁判官の中でも死刑にすべきという意見は少なくなかった。時の大審院院長（現在の最高裁判所長官）の児島惟謙は「法治国家として法は遵守されなければならない」とする立場から、「刑法に外国皇族に関する規定はない」として政府の圧力に反発した。要するに「国家か法か」という回答困難な問題が発生したのである。事件から16日後の5月27日、一般人に対する謀殺未遂罪（旧刑法292条）を適用して津田に無期徒刑（無期懲役）の判決が下された。
エジプトに生まれ、2歳で父を亡くし叔父に育てられる。1953年にカイロのアル＝アズハル大学を卒業、ムスリム同胞団に参加したためエジプト政府により何度も投獄され、1963年ついに追放されてカタールへ渡る。カタールでは衛星放送局アルジャジーラの看板番組のひとつである「シャリーアと人生」のメインゲストを務め、毎回視聴者などから寄せられる社会生活上における問題についての質問に対し豊富なクルアーンの知識を活かして回答する。イスラム界では最も著名な法学者の一人であり、彼の出すファトワーはアラブ社会のみならず全世界のイスラム教徒に対して絶大な影響力をもつ。非常に柔軟なクルアーンの解釈で知られ、女性の社会参加に寛容であったり、性生活に関して夫婦の自由意思を尊重するなどの立場をとっている。これが保守的なイスラム教徒からは欧米に迎合しているなどと批判されることもあるが、一方ではイスラエルに対するパレスチナ武装組織による自爆攻撃を支持したり、9・11同時多発テロに対するアフガニスタンへの報復攻撃に際してアフガニスタンを支持するなどの見解を出したことからテロリスト支援者と目されることもある。かれの見解はヨーロッパで物議をかもしており 、2008年に英国、2012年にフランスへの入国を禁止された。また国家を超えたイスラーム社会の団結のためにマスメディアやインターネットを有効に活用すべきであるという考え方の持ち主であり、自ら監修したウェブサイト「イスラーム・オンライン」を立ち上げるなど、積極的に新しいメディアを利用する姿勢でも知られる。1994年に「イスラム法への対処の研究」でキング・ファイサル国際賞イスラム研究部門を受賞。息子の一人・アブドッラフマーンは、詩人。