建物の全壊棟数の関係などから、自治体単位での被災者生活再建支援法や災害救助法の適用は行われない見込み。住家被害の復旧等に対して兵庫県は、従来の給付に加えて損壊割合1割以上の「一部損壊」世帯にも見舞金5万円を支給する対策を4月18日に発表しており、約500世帯が対象になると見込んでいる。淡路市も同じ基準で見舞金1万円、南あわじ市は全ての「一部損壊」世帯に見舞金5千円を、それぞれ支給する追加の対策を発表している。これは、国の被災者生活再建支援金、県・市がそれぞれ規定する災害見舞金などの対象外となり公的支援がない「一部損壊」世帯への支援策である。なお兵庫県は、阪神・淡路大震災後に創設された兵庫県住宅再建共済制度（『フェニックス共済』）に加入している「一部損壊」世帯にも特例として見舞金5万円を支給、また一部損壊世帯に対する住宅再建資金や中小企業・農業者への復旧資金の一定期間無利子融資を行う対策を講じた。また4月28日には、損壊割合1割以上の世帯に対して、簡易耐震診断の無料化および、耐震改修工事費の補助率を従来の3分の1から2分の1に引き上げる措置を発表した。ただ、申請のあった一部損壊住家のうち見舞金支給対象の損壊割合1割以上と認定された棟数は、5月16日時点で洲本市2割、淡路市1割、南あわじ市2%弱となっている。被害の程度を考慮し、淡路島3市の社会福祉協議会は災害復旧のボランティアを同じ市内からの受付に限定し、市外から募集しない方針とした。義援金等について、日本赤十字社は4月15日時点で義援金の募集は予定していない。
地震発生後、兵庫県西部の養鶏場で飼育されていた約1,700羽のブロイラーが死亡していたことが同県当局の調査により判明している。発生直後、飼育施設内約6,000羽のうち約1,700羽が部屋の片隅に集まった状態で死亡しているのを養鶏場の担当者が発見した。当初鳥インフルエンザの可能性があったことから養鶏場は同県家畜保健衛生所へ報告するものの、解剖によりインフルエンザが死因ではないと判明した。他の原因として考えられるイタチなどの捕食動物が侵入した形跡は見つからず、原因は地震以外にないと判断された。家畜改良センターの担当者によると、鶏はパニックに陥ると1ヶ所に密集する習性があり、地震の揺れに驚いたことが原因でパニック状態に陥り窒息死した可能性が高いという。
日本政府は発生から3分後の5時36分に官邸対策室を設置し、6時10分から緊急参集チームによる協議を開始した。兵庫県は地震発生と同時刻の5時33分に災害対策本部を設置、徳島県、大阪府、岡山県、奈良県でも対策本部を設置したり警戒態勢のレベルを上げたりしたが、5府県とも当日中に解除している。兵庫県の井戸敏三知事は当日淡路市を直接視察して被害状況を確認し、「地震の規模に比べ被害は軽度にとどまっている」として冷静な対応を呼びかけた。また、翌日の14日は2013年伊丹・宝塚市長選挙の投開票日であったが、両選挙は滞りなく執り行われた。
地震直後より京阪神のJR線と私鉄各線は運転を見合わせ、当日午前中のうちに大半は再開したものの、夕方までダイヤの乱れが発生した。山陽新幹線で最長約90分の遅れが計47本、東海道新幹線でも最長約70分の遅れが計12本、JR西日本の在来線でも21路線の約1,100本で遅れや運休が発生し、延べ55万人に影響が出た。高速道路については、明石海峡大橋を含む神戸淡路鳴門自動車道では速度制限が行われたが通行止めはされておらず、淡路島や四国各地発着の高速バスの運行には大きな影響はなかった。
大阪ガスの供給区域では、揺れによる安全装置作動により2府3県の計6万件で都市ガスの供給が一時停止した。淡路市で50世帯、洲本市で26世帯、南あわじ市で3世帯のほか、徳島県阿南市で1件、大阪市でも15件で地震により断水が発生していたが、4月16日の時点ですべて復旧した。一方関西電力によると、同社管内で停電や設備被害は確認されていない。主要道路の寸断などはなかった。兵庫県のまとめによると、島内の大型商業施設は1店舗が当日、2店舗が翌4月14日と早期に影響を再開したほか、県が聞き取りを行った製造業者4社で設備被害はあったものの操業への支障はなかったという。一部のスーパーマーケットでは片付けのため開店時間が遅れた。コンビニエンスストアは地震発生後もほとんどの店舗では通常通り営業していた。洲本市内の家電量販店では店内に被害が出たため、長期休業を余儀なくされた店がある。
古くは源平盛衰記に登場する。犀川河口に位置し、日本海に面した湊として、宮腰津は大野川河口の大野湊と合わせて「大野荘湊」と総称された。ともに京都臨川寺領大野荘に属した。これら二つの湊は地理的に近接していたが別個の集落をなしていた。鎌倉末期の地頭は北条得宗家であった（普正寺を参照のこと）。中世以降は大野庄湊というと実質的に宮腰津を指す事が多かった。伏見川、安原川の内陸水運と結び付き、中世の加賀の国の交通の要所であり、また日本海沿岸や機内の諸地域とを結ぶ遠隔地交易においても流通拠点としての役割を果たした。宮腰や大野は、白山本宮の水引神人の身分を持つ紺掻の分布地に含まれる（『三宮古記』）。白山本宮の有力末社佐那武社（現大野湊神社）は宮腰佐良嶽にあったと伝承する。元和二年（1616年）、加賀藩が年貢米を販売するために大津へ米を回送する大津上米（のぼりまい）が制度化された。米は領内から宮腰にいったん集積され、敦賀を経て琵琶湖経由で大津へ運搬された。この経路は、西廻り航路による大阪上米が17世紀後半に本格化するにしたがって衰退した。天正 14 年（1586年）、前田利家は大野湊神社に田地二町と氏子十五ヶ村を寄進し、その中で宮腰村は筆頭に挙げられた。宮腰の郊外には御舟小屋という藩主の御召船の収納施設があり、宮腰町奉行のもとで御船手足軽と呼ばれる人たちが管理や訓練を行っていた。近世初頭以来、宮腰は船の入津をめぐって隣村の大野村・粟ヶ崎村としばしば争った。原因は、宮腰の陸運に対し、大野側に入津したほうが舟運を通じて直に金沢城下へ物資を運搬できたため、次第に宮腰への入津が減少したことにあった。慶応二年（1866年）、藩は宮腰町と大野村の対立を融和するため、両所を金石町として合併させた。金石という地名は「交情ノ堅ヲ金石ノ交ト曰」とあるように、宮腰町と大野村の和解を期待したものであった。この合併により、宮腰の地名は消滅した。