戦略的な重要性を失ったことによって、シテは状態が悪化していった。19世紀末には、シテ内には112軒を数えるのみであった。塔は荒れ果てていたし、多くが貯蔵庫などに転用されていた。1850年に、歴史家でもあったシテの名士ジャン＝ピエール・クロ＝メイルヴィエイユによって、シテの破壊は食い止められた。彼は、地元の企業家たちによって、外壁が石材として盗み取られていくことに心を痛めていたのである。また、彼は大聖堂の最初の本格的な発掘を行い、ラデュルフ司教の礼拝堂を発見した。史跡調査の責任者であった作家プロスペル・メリメも、この朽ちかけたシテに愛着を抱いた。すでにサン＝ナゼール大聖堂の修復作業に着手していたヴィオレ＝ル＝デュックは、併せてシテの修復のための研究も担当することになった。1853年に、城塞内の西部から南西部にかけて修復工事が始まり、ついでナルボネーズ門の塔やシテの正門の修復も行われた。城塞はあちこちが補強されたものの、修復工事の主眼は、塔の屋根やコンタル城の銃眼・櫓等に向けられていた。ヴィオレ＝ル＝デュックは、城壁に沿った区域の土地収用と建造物の取り壊しも命じた。彼は、シテとその修復に関する数多くのスケッチも遺している。1879年に彼が亡くなると、門下に当たるポール・ベスヴィルバルド (Paul Boeswillwald) が遺志を継いだ。
1659年に、現在につながるフランス・スペイン間の国境線を定めたピレネー条約が締結されたことにより、カルカソンヌは、その軍事的・戦略的地位を喪失した。それ以降、アンシャン・レジーム、フランス革命期を通じて、シテは兵器や食糧の貯蔵庫として使われ、第一帝政期にも戦火とは無縁の場所となった。
ルイ9世は、籠城によって戦争を回避するための第二の城塞の建造を命じた。カルカソンヌは、スペイン王に支配されていたアラゴン王国とフランスとの国境紛争の前線地帯に含まれていたからである。この城塞建設以降、シテは戦火にさらされることもなくなり、百年戦争にも耐えた。大胆王フィリップ3世の治下での工事において、ナルボネーズ門、トレゾー塔、サン＝ナゼール門などの建造が行われ、ガロ＝ローマン期の城壁やコンタル城の外堡の修復なども行われた。
封建制初期は、都市と城塞の拡大期であった。1082年に、トランカヴェル家が権力を握り、カルカソンヌからニームにいたる広大な公国のなかで、都市をまとめ上げていた。アルビ、ニーム、ベジエの子爵ベルナール・アトン・トランカヴェルのときに、カルカソンヌは大いに栄えたが、カタリ派が根付いたのもこの頃だった。トランカヴェル子爵は1096年にサン＝ナゼール大聖堂の礎石を置くことを許可した。この大聖堂の建材は、ローマ教皇ウルバヌス2世によって聖別されたものであった。1130年には、子爵は城の建造に着手させる一方、ガロ＝ローマン期の城壁の修繕を命じた。この時初めて、カルカソンヌは完全な城壁に取り囲まれた都市となったのである。しかし、都市は、カタリ派の拡大に対してインノケンティウス3世が命じたアルビジョワ十字軍という形でカペー朝の歴代国王たちの侵攻を受け、1209年には十字軍による攻囲も受けた。レモン・ロジェ・トランカヴェルはすぐに降伏し、城に幽閉されていたときに赤痢で没した。そして、1226年にはカルカソンヌはフランス王領に組み込まれたのだが、この時期はカタリ派の追放に関連して火刑や告発が横行し、都市住民にとっては受難の時代となった。
紀元前6世紀以降、この一帯にはガリア人が進出した。そして、のちには古代ローマ帝国の都市として発達した。この頃の城塞都市（オッピドゥム）の面影は、残存する図面などから窺い知ることが出来る。3世紀になると、都市は様々な攻撃にさらされ、城壁の内側に籠城することも見られた。このガロ＝ローマン期の城壁は、現存する城壁の一部として残っているものもある。453年には、西ゴート王国の北部の前線都市となり、508年には、フランク国王クロヴィス1世が、カルカソンヌを奪取するために西ゴート王国を攻撃した。こうした入植の歴史は、地理的要件に基づく戦略的優位性から説明される。カルカソンヌは、モンターニュ・ノワールとピレネー山脈の間に位置し、かつ地中海と大西洋を結ぶ要衝でもあるのだ。725年から729年にはシテはムスリムの手に落ちたが、ピピン3世が奪還した。この時期は、歴史の語り部たちに、後述する女領主カルカスの伝説を触発することになった。
1986年に人々が避難すると、放射性物質に汚染されているにも関わらず赤い森へ動物が移動してきた。事故後の放射性物質による汚染によって、赤い森における植物相および動物相は劇的な影響を受けた。事故後、数年間で赤い森の生物多様性が増したように思われる。赤い森の植物の中に突然変異を起こしているものが多数存在するとの報告があり、それにより赤い森は強く変異した植物が多数存在する「不思議の森」であるとの確証のない話がされている。特に、木々の中には空に向って伸びずに枝を不気味に曲げているものもあった。事故後、数年間で巨大化した植物もある。形状は通常のものと同じであるが、サイズが平均よりもはるかに大きくなっているのである。赤い森における植物の巨大化や他の変異は立ち入り制限区域の中でも最も放射性物質で汚染された所で見ることができる。赤い森のある場所は、世界で最も汚染された地域の1つであり続けているが、この場所は驚くべきことに多くの絶滅危惧種にとって豊かな生息地になっている。原子炉を囲む地域から人々が避難したことにより、草木が生い茂り他に類の見ない生息地が形成されるに至ったのである。BBCの科学ドキュメンタリー番組“Horizon”が1996年に放送した“Inside Chernobyl's Sarcophagus”では、事故を起こした4号炉の中にできた大きな穴から鳥たちが出入りしているところが見られた。動植物の放射性物質に対する耐性は著しく異なっているが、放射性降下物による赤い森の植物相および動物相への長期的な影響は十分には知られていない。尾の毛の発育が止まった鳥がいることも報告されている。この地域では、コウノトリ科の鳥類、オオカミ、ビーバー、ワシが生息していることも報告されている 。