大会初期の頃、敗者復活制度が実施された。これは第2・3回大会の2回だけ行われたもので、1916年（第2回大会）の場合、全国大会に参加は12校。1回戦の試合数が6試合。2回戦が3試合となると、次のステップに進めるのは3校と端数が生じてしまうということで、1回戦で敗れた6チームのうち抽選で2校を敗者復活として出場させた。対象校は中学明善（福岡）と鳥取中（鳥取）であった。敗者復活校同士の試合は鳥取中が勝利したが、鳥取中は次の試合で敗北している。1917年（第3回大会）も12校で開かれたが、この時は抽選による敗者復活が4校となった。対象校は愛知一中（愛知）、明星商（大阪）、長崎中（長崎）、和歌山中（和歌山）であった。4校による敗者復活戦をして、その勝者2校が2回戦で対戦し、その勝者が準決勝に進んだ。ところが、この敗者復活戦を勝ち抜いた愛知一中は決勝まで進み、そのまま優勝した。このことから敗者復活制度を行うことに疑問が感じられたため、この第3回を最後に廃止された。
1915年（第1回大会）から優勝校と準優勝校のナインにメダルが贈呈され（※前者は金・後者は銀）以降定着しているが第1回では副賞として現物が支給されていたという。第1回では出場校は1勝するごとに万年筆が贈呈され、優勝校と準優勝校には賞金と辞典（前者が百科事典・後者が国語辞典と英和和英辞典）が贈呈されていたが、さすがにおかしいという声があがり第2回からメダルのみとなった。
2012年（第94回大会）7月12日の神奈川大会1回戦の日大藤沢と武相の試合において、2-2の同点で迎えた9回裏一死満塁の場面で起きた。日大藤沢の打者は、ボールカウント2ボール2ストライクから、三塁側の内野エリア方向に大飛球を打ち上げた。三塁塁審はインフィールドフライを宣告し、武相の遊撃手が正規に捕球して二死満塁に。この直後、武相の投手及び内野手らは日大藤沢の三塁走者の様子を確認しないままマウンドに集まっていた。これを見た日大藤沢・三塁走者は、三塁ベースにリタッチを行ったのち、隙を突いて本塁へ走った。球審は三塁走者の本塁到達に対して、セーフのジェスチャーを行った。プレイ確認のため審判団が審議を行う際、武相の選手達及び監督は「両手を『Ｔ』の形にしてタイムアウトを掛けていた」と猛抗議をしたが認められず（相手校・日大藤沢の三塁走者がベースから離塁していたため。走者が離塁している間はボールインプレイの状態であり、審判へのタイム要求は無効となる）、3x-2のスコアで日大藤沢のサヨナラ勝ちとなった。記録は三塁走者の盗塁（ホームスチール）である。
2008年（第90回記念大会）7月20日の岡山県予選準々決勝の関西と作陽の試合において、試合中に観客が乱入したため12分間中断した。試合は9回裏、7-9と2点を追う関西の攻撃中で、乱入した観客は関西のベンチ前で暴言などを吐き威嚇したが、県高野連関係者がベンチ前で男たちを取り囲んだため監督や選手に危害は及ばなかった。さらに観客の野次に激昂しスタンドに上がったところで、通報を受けた倉敷署の署員に取り押さえられた。試合は再開され、関西が2点差をひっくり返して10-9でサヨナラ勝ちを収めた。
かつては全国大会に先駆けて、兵庫大会においても甲子園球場が一部使用されるケースもあった（1975年までは決勝戦も甲子園球場で行われていたが、現在の決勝戦は兵庫県立明石公園第一野球場が主会場）。ただ、元々プロ野球（阪神タイガース）との兼ね合いから日程の確保が難しく、また現在は県内各地に球場が整備されたため甲子園球場を地方大会の会場として使用する必要性がなくなったことから、2004年以降は地方大会の会場としては使用されていない。地方大会として使用された当時は、全国大会とは異なり会場の外野フェンスを大会名の書かれたシートで覆うことなどはせず、阪神タイガース主催試合など通常と同様のグラウンド形態で試合を行っていた。
『ハディース』によると、「マフディーほど私に似る者はいないだろう」と預言者ムハンマドは言ったとされる。また、マフディーは「人心が冷酷無情になり、大地が邪悪で満つるとき」に出現するとされている。そして、マフディーの出現に続いて、反救世主が現れる。反救世主の出現には最後の審判の時が来たことを示す予兆が伴う。予兆の一つには、預言者イーサー（イエス・キリスト）の再臨がある。スンナ派の神話においては、救世主イーサーが反救世主を倒すとされている。ムハンマド・アフマドは、自分が「アル＝マフディー・アル＝ムンタザル」であると世人に明かした。これは「待ち望まれていた、正しく導かれた者」を意味し、普通は上述の、最後の審判を準備するマフディーとみなされる。ムハンマド・アフマドの使命は、世の中に信義を取り戻し、預言者イーサーの再臨に備えて道を整えることであった。マフディー運動は、イスラーム黎明期の教えに立ち返ることを主張しており、原理主義運動であった。男性には酒や煙草をやめることを求め、女性には社会からの隔離を厳格に求めた。ムハンマド・アフマドは聖戦（ジハード）がすべてのムスリムの義務であるとし、聖戦を巡礼（ハッジ）に代えることを主張した。信仰告白（シャハーダ）の文句も、「ムハンマド・アフマドは神に導かれた者、預言者の代理なり」に置き換わった。また、喜捨（ザカート）は国に納める税金になった。