第二次世界大戦後、ナチス・ドイツによる戦争犯罪を裁くニュルンベルク裁判 (1945 - 1946) およびニュルンベルク継続裁判 (1946 - 1949) により、多くの国民社会主義ドイツ労働者党（ナチス党）党員や親衛隊隊員が死刑や懲役に処されたが、一方で、ペーパークリップ作戦等の一環として、アメリカ合衆国に連行されたヴェルナー・フォン・ブラウンらのドイツ人科学者、アメリカ軍情報機関への協力と引き換えに戦犯追及を免れたラインハルト・ゲーレンなどは、有罪判決を受けることがなかった。また、連合軍・ロシア軍の大規模な捜索にもかかわらず、オデッサなど逃亡支援組織、ラットラインなどの逃亡経路により、南アメリカや中東に逃れた元ナチス党員も多かった。このような元ナチス党員・元親衛隊隊員らに関する情報を収集し、戦争犯罪を追及した活動家がナチ・ハンターであり、その活動は主に情報を収集・分析する「歴史家」としての活動（ホロコースト等に関する記録を保存する資料庫等の設立を含む）、戦犯者の居場所を突き止める「探偵」としての活動、さらにこうした情報に基づいて政府・司法当局に身柄引渡し要求を行うよう働きかけるなど、戦争犯罪・人道に対する罪を追及し、裁判による正義の実現を求める「ロビイスト」としての活動から成る。なお、アンドリュー・ナゴルスキ著『隠れナチを探し出せ (The Nazi Hunter)』では、ダッハウ裁判でアメリカ軍の主席検事を務めたウィリアム・デンソン、アインザッツグルッペン裁判でアメリカ軍の主席検事を務めたベンジャミン・フェレンツ、アドルフ・アイヒマンを追い詰め、フランクフルト・アウシュヴィッツ裁判を起こした検事フリッツ・バウアーらもナチ・ハンターとして紹介されているが、ナチス戦犯裁判は欧米各国で行われ、他にも多数の優れた検事が活躍したうえに、職業上の活動の一環としてのナチス戦犯追及は「歴史家・探偵・ロビイスト」としてのナチ・ハンターの個人的な（したがって時にはやや過激な）活動とは性質を異にすることから、検事等の司法関係者は狭義の「ナチ・ハンター」には含まれない。ナチ・ハンターはまた、ナチスで働いた経歴がありながら、戦後も政界などで重要な地位を占めていた人物について、逮捕には至らないまでも、その過去を暴き、要職に就くことを阻止するためのロビー活動を行っている。
ナチ・ハンター（英語: Nazi hunter; フランス語: chasseur de nazis、ナチス戦犯追及者）とは、ホロコーストに関与した元ナチス党員、元親衛隊隊員、元対独協力者らに関する情報を収集・分析し、これに基づいて戦争犯罪・人道に対する罪を追及し、裁判による正義の実現を求める活動家。主なナチ・ハンターとして、サイモン・ヴィーゼンタール、ベアテ・クラルスフェルトとセルジュ・クラルスフェルトの夫妻、トゥビア・フリードマン、イアン・セイヤー、ヤーロン・スヴォレイ、エリオット・ウェルズ、エフライム・ズロフ(サイモン・ウィーゼンタール・センター所長) が挙げられる。
DFBポカールでの優勝により国際舞台に復帰し、UEFAカップ1999-2000ではフランスのオリンピック・リヨンやイタリアのパルマFCを下し準々決勝進出を果たした。その後、ブンデスリーガでは中位の成績に留まり国際舞台からも遠ざかったが、クラウディオ・ピサロやトルステン・フリンクスといった若手選手の売却により財政的な恩恵を受ける一方でヘルツォークやマルコ・ボーデらといったレーハーゲル時代を支えたベテランに代わり、ジョアン・ミクーやイヴァン・クラスニッチらが新たに加入。ミクー、クラスニッチ、アイウトンの攻撃陣を擁して2003-04シーズンにはブンデスリーガとDFBポカールの二冠を獲得した。2004-05シーズンは、シーズン開幕前にアイウトンが退団したが、ミロスラフ・クローゼが新たに加入。UEFAチャンピオンズリーグ 2004-05では決勝トーナメント1回戦にてフランスのオリンピック・リヨンに2試合合計2-10 (0-3、2-7) という記録的な敗戦を喫した。2005-06シーズンはフリンクスが復帰し、センターバックのナウドを獲得するなど陣容が整う。UEFAチャンピオンズリーグ 2005-06決勝トーナメント1回戦にてユヴェントスを相手に2戦合計4-4 (3-2、1-2) とアウェーゴール差での敗戦となった。ブンデスリーガではバイエルン・ミュンヘンに次いで2位に終わったもののクローゼが25得点をあげて得点王となった。2006-07シーズンはシーズン開幕前にミクーが退団したもののポルトガルのFCポルトからジエゴが加入。UEFAチャンピオンズリーグ 2006-07ではグループリーグにおいてチェルシーFCやFCバルセロナと同組となったものの、ホームでチェルシーを破るなど、グループリーグ最終節まで決勝トーナメント進出を争った。グループリーグ3位となり出場権を獲得したUEFAカップ 2006-07ではベスト4に進出した。ブンデスリーガではシーズン終盤まで優勝を争ったが 最終的に3位となりUEFAチャンピオンズリーグの出場権を獲得した。2007-08シーズンはシーズン開幕前にクローゼがバイエルン・ミュンヘンへ移籍。UEFAチャンピオンズリーグ 2007-08では、グループリーグにおいてホームでレアル・マドリードを破りながらも、オリンピアコスに2敗を喫し、グループリーグ3位での敗退となった。また、決勝トーナメントより出場したUEFAカップ 2007-08においても、レンジャーズに敗れベスト16止まりとなった。ブンデスリーガでは2005-06シーズンと同様にバイエルン・ミュンヘンに次いで2位でシーズンを終えた。2008-09シーズンは、UEFAチャンピオンズリーグ 2008-09ではグループリーグにおいてインテルに1勝1分と健闘したが、パナシナイコスに1敗1分、アノルトシス・ファマグスタFCに2分と勝ち点を落とし、グループ3位でUEFAカップ 2008-09へと回った。UEFAカップでは決勝トーナメント1回戦でACミランを下すなど決勝まで進出するも、決勝でジエゴを累積警告による出場停止で欠いていたこともあって、シャフタール・ドネツクに延長戦の末に1-2で敗れ、準優勝に終わった。ブンデスリーガでは10位と振るわず、9シーズンぶりの2桁順位に終わった。クラウディオ・ピサーロが17得点を挙げ、MFメスト・エジルが15アシストの活躍を見せたが、50失点した守備陣が穴となった。一方、DFBポカール決勝ではエジルの決勝点でバイエル・レバークーゼンを下して優勝し、UEFAヨーロッパリーグ 2009-10の出場権を獲得した。2009-10シーズンは、シーズン開幕前にキャプテンを務めていたMFフランク・バウマンが引退、ジエゴがユヴェントスFCへ移籍したが、代役としてマルコ・マリン、ティム・ボロウスキが2年ぶりに復帰した。UEFAヨーロッパリーグでは決勝トーナメント2回戦でバレンシアCFと2試合合計で5-5と引き分けたがアウェーゴールの差で敗退したが、ブンデスリーガでは3位でシーズンを終えUEFAチャンピオンズリーグ 2010-11の出場権を獲得。一方、DFBポカールでは2年連続で決勝進出をしたがバイエルン・ミュンヘンに0-4と大敗した。