その後も、中川智正（5月17日逮捕）、松本知子（6月26日逮捕）、岡崎一明（9月6日逮捕、後に宮前に改姓）、上祐史浩（10月7日逮捕）など教団幹部の逮捕は続いた。地下鉄サリン事件以降484人の信者が逮捕され、1998年までに189人が起訴された。裁判に際して弁護側は麻原について「全て弟子の責任」として無罪を主張し、麻原以外の教団幹部について「麻原にマインドコントロールされていた」として減刑を主張した。また、麻原公判など一部の刑事公判では弁護士解任による公判延期や弁護士側の並行審理拒否や審理のボイコット、検察側が提出した申請証拠の不同意と法廷での直接尋問などの要求、被告人に訴訟能力はないとして控訴趣意書の提出を拒否したことなどは一部からは裁判の遅延行為と非難された。そのため、検察が松本・地下鉄両サリン事件の重軽症者を大幅に減らす訴因変更や被害者がいない事件の起訴を取り下げたりと、異例の裁判となった。2011年11月21日に最後の上告審判決が言い渡され、同年12月12日にこれに対する判決訂正の申立てが却下されたことから、13人への死刑判決・5人への無期懲役判決が確定し、逃亡犯を除く全ての裁判が一旦終結した。またオウム裁判の傍聴希望者は、麻原彰晃第1審初公判（1万2292人）、麻原彰晃第1審2回公判（5856人）、麻原彰晃第1審判決公判（4658人）、中川智正第1審初公判（4158人）、青山吉伸第1審初公判（3076人）と多く、世間の関心の高さを物語った。
防衛庁（現・防衛省）は、オウム真理教が海外で軍事訓練なども行っている武装集団であり、強制捜査時に於ける組織的な武力抵抗により、警察力での対処が困難な場合の治安出動の可能性を考慮し、陸上自衛隊東部方面隊に対し第三種非常勤務態勢を発令していた。また第一空挺団の普通科群1個中隊が富士駐屯地に訓練名目で移動して待機していたとされる。
テロ事件ということで警視庁刑事部の他に警備部も動員され、警視庁管轄下の機動隊員（警視庁および山梨県警察を含む関東管区警察局管内の機動隊員ら）が大多数動員され山梨県上九一色村のオウム真理教第6サティアンへ派遣された。警視庁刑事部捜査一課と山梨県警察から動員された数百名の捜査員に加わり、現場での捜索活動及び後方支援を展開。信者からの銃撃が想定されたため、機動隊員もガスマスクと拳銃を装備し厳重警戒態勢にて現地入りした。
当時の上九一色村の第6サティアンは、毒ガステロを引き起こした犯罪組織の本拠地ということで、サリン等の毒ガス使用も懸念された。そのため、強制捜査にあたる捜査員全員に化学防護服の着用が命令され、銃撃戦の恐れもあるとして捜査員全員が拳銃携帯にてサティアン捜索に臨んだ。日本の警察による犯罪捜査において捜査員全員が拳銃携帯で犯罪者の確保にあたることは実に稀なことで、いつも大半の捜査員は拳銃を持たずに捜査を行っているのだが、捜査員の生命の安全を考え全員武装での捜査となった。通常、拳銃を携帯しても予備の弾薬まで携行することはないのだが、本件では予備の弾薬を携行して行った捜査員もいる。当時の上九一色村は山梨県内にあるので本来は山梨県警察の管轄事件だが、今回のケースは警視庁管内で発生した事件と同一犯であったことに加え、事件の規模があまりにも大きかったため、警視庁主導での合同捜査が展開された。山梨県警察からも大量の捜査員が派遣され、警視庁捜査員と合流し隊列を組んで上九一色村へ向かった。これら大多数の捜査員の後を追って多数のマスコミ取材班も現場へ派遣されている。
1995年3月20日の地下鉄サリン事件発生から2日後の3月22日、オウムの活動拠点である山梨県西八代郡上九一色村（現・南都留郡富士河口湖町）など25の施設へ公証人役場事務長逮捕監禁致死事件実行犯の逮捕などを目的に強制捜査が開始された。その後、越川真一（4月6日逮捕）、岐部哲也（4月8日逮捕）、林郁夫（4月8日逮捕）、石川公一（4月8日逮捕）、新実智光（4月12日逮捕）、早川紀代秀（4月20日逮捕）、遠藤誠一（4月26日逮捕）、土谷正実（4月26日逮捕）、青山吉伸（5月4日逮捕）、井上嘉浩（5月15日逮捕）と教団幹部が続々と逮捕され、取り調べにより事件が解明されていった。
音楽産業や航空産業での成功を元に、ヨーロッパ圏内の携帯電話事業への参入や、「ヴァージン・コーラ」などの飲料水事業、「ヴァージン・シネマズ」ブランドで全世界に展開する映画館、大手バス会社のステージコーチ・グループとの合弁企業「ヴァージン・トレインズ」を設立しての鉄道経営、金融事業などへ次々と参入した。中には失敗して早期に撤退するものもあったものの、いくつかの事業では業界の慣習を破った新機軸を打ち出すことにより一定の成功を収めており、現在グループ全体で22カ国、25,000人の従業員を擁する規模にまで成長した。2004年には「ヴァージン・ギャラクティック」を立ち上げ、宇宙旅行事業にも参入を開始した。2007年-2008年には経営危機に陥った「ノーザン・ロック銀行」の買収に名乗りを上げて話題を呼んだ。また、2005年に日本人ドライバーの佐藤琢磨のスポンサーとなったことを皮切りに、フォーミュラ1へのスポンサーを開始し、2009年には、イギリスに本拠を置く「ブラウンGP」へスポンサーとして参加した。2010年については、新規参戦予定のマノー・グランプリへ出資し、チーム名を「ヴァージン・レーシング」と変更してF1への関わりを強化する。F1の2010年シーズン開始前、同じく航空会社であるエアアジアをもつトニー・フェルナンデス（ロータス・レーシング）に、コンストラクターズランキングで負けたほうが勝ったチーム側の航空会社のスチュワーデスの制服を着るとの賭けを提案した。結局この賭けはブランソンの負けとなり、フェルナンデスから制服が支給された。2013年5月12日にパース発クアラルンプール行きの便に搭乗、支給された制服を着て女装し、客室乗務員として勤務した。2012年にチーム名を「マルシャF1チーム」、コンストラクター名は「マルシャ」へ変更になったため、ヴァージン・レーシングとしての活動は終了した。