1942年までにJu 288の実用化のめどが立たなくなり、またその頃Ju 88はイギリス空軍(RAF)およびソ連のVVSに対抗しきれなくなってきていた。RLMは、Ju 88 Bの性能向上が必要と判断し、Ju 188として一連の改良をユンカースに依頼した。唯一存在したJu 88E-0は防御機銃の追加がなされた。コクピット上部にある銃塔の後方に13mmMG 131 機関銃が追加され、また前方の機首にも追加された。7.92 mmMG 81Z連装機関銃がゴンドラ後方部分に後ろ向きに装備された。別のJu 188のテスト機もJu 88A-4の機体から作られた。この機体は大型の垂直尾翼が取り付けられ、高高度での性能テストに使用された。この大型の垂直尾翼は後のJu 88の発展型のJu 88G夜間戦闘機にも取り入れられた。この機体は当初はJu 88 V44と呼称されていたが後にJu 188 V1と呼ばれるようになった。1942年10月に量産化計画に許可が下りた。別の試作機が1月に完成し、爆弾ラックの取り付け部をエンジンの内側に移動させた。2月にJu 88A-4に使用されているものと同じ急降下爆撃システムが搭載され急降下爆撃のテストが開始された。RLMはこの機体にBMW 801とJumo 213の両方のエンジンが使用可能なように設計することを求めた。Ju 188 V1試作機は1943年9月 - 11月の間、飛行試験を行った。
試作機のJu 88B V1(D-AUVS)はBMW 801A/Bエンジンを搭載して1940年前半に初飛行を行った。この試作機の胴体はJu 88 A-1の胴体がそのまま使用された。BMW 801エンジンは1,560 PS (1,150 kW, 1,540 hp)という高出力の為、かなりの重量物を搭載して飛行が可能だったが、機体の爆弾倉が小さくて容量不足という問題が浮上した。そのため、性能が低下してしまうのを覚悟で両翼にあるエンジンの外側の翼下面に爆弾ラックを取り付けることになった。1940年の夏、前生産型のJu 88 A-4機体をベースとして10機のJu 88 B-0の製作が発注された。高高度での性能向上を目指し、Ju 88 A-4で使用されている18mのウィングスパンを持つ翼より長い、20m以上のウィングスパンの主翼を取り付けた。この変更の際、主翼の変更に伴って重心が移動したため、コクピットを延長してバランスをとっている。Ju 88 B-0による実地試験は成功し、視界の広いコクピットなどパイロットからの評価も上々だった。しかしRLMは既存のJu 88 A-5や新型のJu 88 A-4よりも高性能なのか、それに投資する価値があるのか相変わらず確信できないでいた。そのため、前生産型は防御機銃、爆撃照準器、外部の爆弾ラックを取り外し爆弾倉には燃料タンクを入れて長距離偵察機として製作された。いくつかの機体は開発用にユンカース社が保有していた。そのうちの一機はBMW 801Lエンジンを搭載し、コクピットの上部に13mmMG 131 機関銃機関銃を装備する銃塔が取り付けられていた。
最初の量産型はJu 188 Eで、1943年の初夏に実戦参加しているが、本格的配備は秋以降であった。1944年には偵察機型のJu 188 Dが開発され、偵察機型はJu 188生産数の過半数である約570機が作られている。その他にも雷撃機型、夜間戦闘機型、攻撃機型などが開発され、1944年前半まで生産が続けられた。総生産数は1076機である。本機は先に開発されていたDo 217と比較してさほど優れてはいなかったが、ユンカース社出身のエアハルト・ミルヒが航空次官であったため優遇されていた。
触れてから2 - 3時間して赤くはれ上がり痒くなる。高齢の庭師や農家で、若いころは痒くなったが今はならない、という者もいるがまれな例である。一度この毒針毛に接触すると、抗体が形成され、2度目以降アレルギー反応を引き起こす。したがって1回目より2回目、3回目の方が症状が重くなる。毒針毛が皮膚に付着したあと擦ると皮膚に刺さり、内部の毒が注入されるため、痒みを感じて掻き毟ることで炎症が広がる。また毒針毛は、あらゆる隙間に入り込み、腕全体や体の広範囲に発疹が生じる場合が多く、予防も困難である。毒針毛の知識をもたず、単に蚊に刺された程度と軽く考え、ほうっておくとだんだん全身におよび、神経毒のため痛痒感で眠れなくなる（帯状疱疹に似た症状）。発熱やめまい・嘔吐、場合によっては痙攣（不随意運動）も併症することがあり、そのままにしておくと長期に亘ってかゆみが続くので、速やかに医師の診察を受けたほうが良い。体質によっては、患部が触れることで接触皮膚炎（着衣の化繊アレルギーやファスナー類による金属アレルギー等）も併発する。毒針毛が深皮膚下に到達すると化膿し、自然治癒の過程で水疱が生じ、排毒のため毒素を含んだ膿と治癒のために分泌したリンパ液、そして破断した毛細血管からの血液が混ざった体液が溜り、破裂破水した後も複数回生じる。このため、局部は一時的に壊死状態となることで、一般に約6週間程度とされる皮膚の代謝循環期間内では再生せず、傷痕として長期的に残ってしまう。毒針毛が広域面に及ぶと、火傷に似た皮膚のただれとつっぱりを催す。