1967年6月にフォレスタルはノーフォークを出港しベトナム水域に展開する。7月29日にトンキン湾で艦載機の発艦を行う。4日間にわたって第17攻撃空母航空団は北ベトナムの目標に対して150回の出撃を行った。1,000ポンド爆弾が不足していたため、爆薬として高熱に耐え安全な「H6」の代わりに旧式の「コンポジション B」を使用した爆弾が給兵艦ダイヤモンド・ヘッド (USS Diamond Head, AE-19) から補給された。10:50 (現地時間) ごろ、電気回路のショートで F-4 ファントム IIから発射されたズーニー・ロケット弾がジョン・マケイン海軍少佐のA-4 スカイホークに当たった。ロケット弾は燃料タンクに当たり火災が発生した。飛行機は炎に囲まれ、マケインはコックピットをよじ登り機首から給油プローブに飛び移り燃え盛る甲板に飛び降りて避難した。火災発生後、直ちに消火班が機体に接近して消火を始めたが、1分34秒後にマケイン機の下で「コンポジション B」爆弾が爆発。消火班の水兵や、逃げ遅れた多数の水兵が爆発に巻き込まれて死亡し、付近の機体や爆弾が次々に誘爆し、艦は沈没の危機にさらされた。マケイン機の前方にあった2機のスカイホークは燃えさかるジェット燃料に飲み込まれ、装備していた爆弾が落下して約6フィート (2m) 転がり、燃えさかる燃料タンクの前で止まった。9回発生した爆発のうち、8回が旧型の「コンポジション B」による爆発であった。フライトデッキには巨大な穴が空き、艦の内部にJP-5ジェット燃料が流れ込んだ。その結果後部セクションで激しい火災が発生した。事故により132名(134名)の死者と62名(161名)の負傷者が生じ、2名が行方不明となった。艦は修理のためノーフォークに帰還した。フォレスタルの艦載カメラはかろうじて爆発から避難したマケインの様子を撮影している。現在アメリカ海軍では弾薬の安全性およびダメージ・コントロールの教育の際にフォレスタルの事故を教材としている。実際海軍の新兵は「Trial by Fire」と題された、フォレスタルの事故から作成された失敗例と成功例を含むビデオを視聴する。ダメージ・コントロールチームが炎で燃えさかるフライトデッキに泡を吹きかけることは正しい手順であるが、一方海水を吹きかける乗組員がいた場合、泡が洗い流され燃料による火災状況を悪化させることがある。その結果、「ウォッシュ・ダウン」システムが全ての空母に採用された。同システムはフライトデッキを水または泡で氾濫させて消火を行うようになっている。この火災事故の後、フォレスタルは「フォレスト・ファイア Forrest Fire」「ジッポー Zippo」と呼ばれるようになった。
シンクロ次元と同盟を結ぶため、そしてシンクロ次元に飛ばされてしまった柚子を救うため遊矢とランサーズはシンクロ次元・シティへやってくるが、到着直後に遊矢たちは警察組織「セキュリティ」に包囲されてしまう。しかしその窮地をシティのデュエリスト、クロウ・ホーガンによって救われる。そしてシティがトップスとコモンズに分かれた超格差社会であり、人々が自由の象徴であるライディング・デュエルに熱狂する世界だと知るのだった。アカデミアを離反し、シンクロ次元の支配を目論む治安維持局長官ジャン・ミシェル・ロジェの策略によってランサーズは囚われの身となってしまうが、シティの意思決定組織行政評議会へ零児が接触に成功し、次元戦争への理解を得ていた。評議会はランサーズの力を測るため、遊矢達をフレンドシップカップへ出場させ、その前夜祭で遊矢はシティ最強のデュエリスト、ジャック・アトラスとデュエルするがジャックの圧倒的な力に敗北し、ジャックは遊矢に「お前のデュエルは独りよがりに過ぎない。エンターテイメントに程遠い」と言い放つ。そして遊矢は敗者が地下のゴミ処理施設で強制労働をさせられる事を知り、観衆に敗者の末路を訴えるが、競争社会で生きる人々にその訴えは届かなかった。自分の信じるデュエルが通じない現実に遊矢の心は晴れずにいたが、月影から零羅のメッセージを得た遊矢は自身のデュエルが「独りよがり」である意味を悟り、次元戦争やランサーズへの理解、敗者の末路を変えるには勝つしかないという答えを得て、シティに本当の笑顔を取り戻すことを決意する。しかし、デニスがアカデミアであり、瑠璃の拉致への関与が暴露されたことで事態は急変する。ロジェは「キングス・ギャンビット」を発動して行政評議会を制圧。シティの主導権を握り、遊矢も再会した素良を通じてアカデミアが柚子とセレナを捕まえるために動き出していることを知るのだった。フレンドシップカップ三日目の夜、遂にユーリとアカデミアの精鋭部隊「オベリスク・フォース」が現れた。遊矢と地下へ送られたランサーズはすぐさま迎撃に向かい、素良もアカデミアと決別しランサーズに協力。柚子やセレナと同じ顔の幼馴染みリンを連れ去られたユーゴもその犯人であるユーリを追う。そして、ロジェもアカデミアより先に柚子とセレナを確保すべく、凶悪犯セルゲイ・ヴォルコフとセキュリティを迎撃に回す。ランサーズとユーゴ、アカデミア、ロジェによる三つ巴の戦いがシティで繰り広げられる中、クロウの仲間シンジ・ウェーバーもトップスの支配を覆すべく革命を起こす。アカデミアとの激戦の中、ユーゴのクリアウィング・シンクロ・ドラゴン、ユーリのスターヴ・ヴェノム・フュージョン・ドラゴン、ユートのダーク・リベリオン・エクシーズ・ドラゴン、そして遊矢のオッドアイズ・ペンデュラム・ドラゴンが集まった時、遊矢達四人とドラゴンが共鳴を始め、ユーゴとユーリはどこかへと消える。アカデミア・ロジェとの三つ巴の争いで、セレナはアカデミア、柚子はセルゲイに連れていかれてしまう。柚子を確保したロジェは大会の準決勝でセルゲイにジャックを倒させようとするが、セルゲイはジャックに敗れ、コモンズ達に破壊されてしまう。二人を守れなかった遊矢は柚子を助けに行こうとするが、ジャックのデュエルと柚子の檄により、ジャックとデュエルすることを決める。コモンズによる暴動で波乱のまま幕を開けたフレンドシップカップ決勝戦、いまだに父・遊勝のエンタメデュエルに固執する遊矢にジャックは怒りを表す。しかし遊矢が「ペンデュラム召喚」が自身のオリジナルのデュエルだと気付き、チューナーを必要としないシンクロ召喚やペンデュラム召喚を駆使したコンボ戦術によってジャックを破り、シティを笑顔でひとつにした。一方、柚子を連れてアカデミアへ逃げ込もうとしたロジェも零児に倒され、遊矢はジャックとクロウの協力で柚子を取り戻した。しかし、万策尽きたロジェはシティとランサーズを道連れにすべく次元転送装置を暴走させてワームホールに吸い込まれた。更に遊矢、柚子、権現坂、沢渡、黒咲の5人も別の次元へ飛ばされてしまう。