以前にもアニメ化の話があったが、これは企画した会社の倒産により実現しなかった。つまり本作は2度もアニメ製作会社の倒産に会っている事になる。このアニメ企画では、第1巻の絵柄を元にしてキャラクターデザインされていた。クロちゃんの代名詞であるガトリングの効果音は、第1話から第3話までは軽い音だったが、第4話以降は変更された。当初の重たい効果音は、当初発射音の間隔が絵の見た目より多少離れていたため、後半以降はその間隔が短縮され、よりガトリングの音らしいものになった。昔の間隔はアイキャッチのガトリングの音で毎回聞くことが出来た。第1話から第3話のアイキャッチでの効果音も軽いガトリングの音だった。原作者の横内なおきが解説役のキャラクターとして、何度か登場している。その際のキャストは名前のなおきにちなんで、ナレーターの龍田直樹が担当した。本作再放送後の約半年後に放送されたCBC・TBS系列の星のカービィには本作のスタッフの一部が制作に参加しており、本作に出演したほとんどの声優も出演している。2016年1月23日には新装版発売記念のイベントが開催され、古澤徹や大本眞基子、坂本千夏らが出演。当時の話だけでは無く、原作の最終回「みんな一緒に‥‥」の朗読が行われた。
2001年1月に制作会社のパブリック&ベーシックが、出資方式での予算集めが滞った事で倒産状態に陥り、それに伴って「スタジオボギー」も倒産した。そのため、制作が不可能になり、66話までの放送で未完に終わった。残りの12話分の放送枠はセレクションと題した再放送で埋められた。実質の最終回である第66話の関東圏の本放送時は、次回へ続くことを示すナレーションの部分からカットされ、次回予告も流されず、セレクションの放送が伝えられた。ただし一部地域では次週予告を放送していたため、第67話をごく一部だが見ることができた。なお、現在はそれらの映像は権利元のテレビ愛知に残っていない為、視聴するのは非常に困難である。それ以降はタイトルのみが公開されており、それらの内容は不明である。スタッフの高田耕一によると2000年12月28日に制作の中止が制作会社より通達され、その時点では第71話の絵コンテが完成していた段階だったという。ドクター剛役の古澤徹は、本人曰くいろいろ深刻な時期での起用だったといい、自分の演じていたキャラクターである剛を非常に気に入っており、続編を切望している。だが、後に発売されたPSゲーム版においては起用されていない。レンタルビデオリリースも打ち切られ、テレビ放映されたエピソードでも収録されていない作品が10話以上残っている。
寛政4年（1792年）にロシアのアダム・ラクスマンが通商を求めて来航したことにより、海防の重要性が認識され、老中松平定信が海防掛に任じられたのが最初である。天保13年（1842年）には、信濃松代藩主真田幸貫（松平定信の次男）も老中・海防掛を務め、松代藩士である佐久間象山が世に知られるきっかけとなった。弘化2年（1845年）、老中阿部正弘は海防掛を常設とし、阿部の他に牧野忠雅（老中）、大岡忠固（若年寄）、本多忠徳（若年寄）が任じられた。実際の運用は、勘定奉行、目付に命じられ、老中の諮問に答える形をとった。嘉永5年（1852年）、長崎に着任したオランダ商館長ドンケル・クルチウスは、別段風説書によりマシュー・ペリー率いるアメリカ東インド艦隊の来航を予告し、かつ砲艦外交に屈して開国するよりはオランダと平和的に通商条約を結ぶことを提案した。阿部は当時海防掛であった、松平近直、石河政平、川路聖謨、竹内保徳等に諮問したが、条約交渉には応じるべきではないとの回答を得ている。嘉永6年（1853年）6月、オランダから予告されていた通り、フィルモア大統領の親書を携えたペリー艦隊が浦賀沖に来航（黒船来航）して浦賀奉行戸田氏栄らを通じて日本の開国と条約の締結を求めてきた。ペリー来航当時、時の将軍徳川家慶は死の床にあり、国家の一大事に際して執政をとるなど適わない状態であった。幕府は一旦は新書を受け取り、実際の交渉は翌年に行うという条件でペリーを退去させた。阿部は川路聖謨と松平近直以外の海防掛を順次外し、幕臣から堀利煕、岩瀬忠震、永井尚志、大久保忠寛を抜擢した。この人事により、海防掛は諮問機関から行政機関へと変貌し、また開国の準備が整った。幕臣からは水野忠徳、土岐頼旨（再任）、筒井政憲、井上清直等も海防掛に任官している。韮山代官であった江川英龍も加わった。これら実務官僚の充実に加え、阿部は将軍を中心とした譜代大名・旗本らによる独裁体制の慣例を破り、水戸藩主徳川斉昭を海防参与に推戴した。この際水戸藩からは斉昭の腹心である戸田忠太夫・藤田東湖を同じく幕府の海岸防禦御用掛として迎え、戸田忠太夫の実弟で水戸藩の安島帯刀を海防参与秘書掛に任じて、幕府の海防政策のあり方を検討させた。徳川斉昭は海防のあり方について積極的に献策を行ったが、開国には反対であった。翌年の嘉永7年（1854年）、アメリカとの間で日米和親条約を締結したため、これに怒った徳川斉昭は海防参与を辞任した。このような諸大名・諸藩の藩士をもおおいに幕政に参画させた政治手法は、結果として諸大名や朝廷が中央政治に進出する足がかりをつくることとなったといわれ、幕藩体制の崩壊の呼び水になったともいわれている。なお、阿部から抜擢された岩瀬忠震、井上清直、永井尚志、水野忠徳、堀利熙の5人は、安政5年（1858年）に結ばれた安政五カ国条約の交渉を担当した。日米修好通商条約調印直後に海防掛は廃止され、5人は外国奉行に任じられた。