陵（みささぎ）は、宮内庁により奈良県奈良市山陵町にある狹城盾列池上陵（さきのたたなみのいけのえのみささぎ、位置）に治定されている。宮内庁上の形式は前方後円。遺跡名は「五社神古墳」で、墳丘長275メートルの前方後円墳である。神功皇后の陵について、『古事記』では「御陵は沙紀の盾列池上陵（さきのたたなみのいけがみのみささぎ）に在り」、『日本書紀』では「狭城盾列陵（さきのたたなみのみささぎ）に葬る」と記している。承和10年（843年）、盾列陵で奇異があり、調査の結果、神功皇后陵と成務天皇陵を混同していたことがわかったという記事が『続日本後紀』にある。後に、「御陵山」と呼ばれていた佐紀陵山古墳（現 日葉酢媛陵）が神功皇后陵とみなされるようになり、神功皇后の神話での事績から安産祈願に霊験ありとして多くの人が参拝していた。その後、西大寺で「京北班田図」が発見され、これにより神功皇后陵が五社神古墳とされ、文久3年（1863年）に五社神古墳が神功皇后陵に治定され、現在に踏襲されている。2008年、宮内庁は日本考古学協会などの要請に応じ、五社神古墳の立ち入り調査を許可した。これは、考古学者の要請に答えて古墳の調査が許可された初めての例となった。ただし調査は古墳外周の表層だけとされたため、調査ではさしたる成果は上がっておらず、宮内庁調査の確認と円筒埴輪列が新たに発見されたに留まっている。この古墳は4世紀中から末5世紀初めの築造とされていたが、円筒埴輪列によってやや新しく（5世紀）なるのではないかと推測される。
宮（皇居）の名称は、『日本書紀』では磐余若桜宮（いわれのわかざくらのみや、奈良県桜井市池之内に稚桜神社がある）。後の履中天皇の宮と同名である。
1686年の安曇平における作柄は、例年と比べて不作であったが、松本藩は年貢1俵あたりの容量を3斗から3斗5升に引き上げる決定を行った（1斗=18.039リットル、1升=1.8039リットルに換算）。周辺藩の基準は1俵あたり2斗5升であり、1.4倍以上（軽度の脱穀作業も求められたため）という著しい増税状態となった。また、灌漑が未発達だった当時の安曇野平では、生産する米の7割が長いノギの付く赤米であり、以前はノギが付いたままの赤米を換算して納めさせていた。藩は換算比の変更と伴にノギの除去作業を命じたが、ただでさえ忙しい脱穀と俵詰めの間にノギ取り作業を加えることは農民にとって重労働だった。安曇郡長尾組（組は藩領を分割する大単位、現在の長野県安曇野市三郷・堀金地域）中萱村の元庄屋、多田加助（嘉助）を中心とした同志11名は、ひそかに中萱の熊野神社拝殿に集まり百姓たちの窮状を救うための策を練った。その結果松本の郡奉行所へ行って直接郡奉行に1俵あたり2斗5升への減免等を求める5か条の訴状を提出することになった。実行日は10月14日。この計画が藩内各組に伝わったため、1万とも伝えられる百姓が松本城周辺へ押し寄せる騒ぎとなった。当時の藩主、水野忠直は、参勤交代のため不在であった。事態を重く見た城代家老は、早々に騒動を収拾するべく、10月18日に多田加助ら百姓側の要求をのむとして引き取らせた。そして、翌19日の夜組手代らに年貢減免するとの回答書を手渡した。一方、江戸表の藩主に早馬で注進。藩主の裁可を得た上で年貢減免の約束を反故にし、翌月関係者の捕縛に臨んだ。最終的には11月22日、多田加助とその一族、同志は、安曇郡（中萱村、楡村、大妻村、氷室村）の者は勢高刑場で、筑摩郡（三溝村、堀米村、浅間村、岡田村、梶海渡村、執田光村）の者は出川刑場で、磔8名（加助、善兵衛含む）、獄門20名の極刑に処された。処刑された者の中には加助の参謀格であった小穴善兵衛の16歳になる娘しゅんも含まれる（当時の習慣としては女子が処刑されるのは異例）。さらに、善兵衛の妻さとが正月明けに出産した男児にも死刑宣告が下された（ただし、翌月にその男児が病死したため処刑とはならなかった）。騒動の後、2斗5升までの年貢の減免は認められなかったが、元通りの3斗に引き下げられ、ノギ取り作業は免除されることになる。一説には、江戸詰であった鈴木伊織という一藩士が多田らへの仕置きに反対し、藩主から処刑中止の許しを得たという。鈴木は自ら騎馬で伝達に走ったが、松本に入った付近で乗馬が倒れ、鈴木自身も昏倒したために処刑に間に合わなかったという。馬が倒れた場所は「駒町」として地名に残っている。鈴木は領民保護に尽力した事で知られ、その徳を讃え名付けられた「伊織霊水」という井戸が松本市内に復元保存されている。また、勢高刑場は現市立丸ノ内中学校付近もしくは敷地内であり、校長室には嘉助騒動で処刑された遺体の発掘状況を記した模型が存在する。なお、中学校は松本城を見下ろす高台にあり、敢えて松本城を望む状況で処刑されたことが分かる。多田は刑死の際に松本城を睨みつけ、その瞬間に天守閣が傾いたという伝承が残る。