新幹線・在来線の各コンコースは、自由通路に面する2階に設けられている。相互間の乗り換え専用通路は設けられておらず、乗り換え動線は自由通路を経由する経路のみとなる。自由通路（糸魚川駅自由通路）は糸魚川市が管理しており、2階平面部の延長70m、階段部を含む総延長115m、幅員6mを有する。終日通行可能で、歩行者のほか自転車も通行できるが、自転車は押して徒歩で通行する必要がある。日本海口・アルプス口両駅舎のコンコース正面と、日本海口側階段下の待合室、後述のジオパル内に設置されたデジタルサイネージでは、列車・路線バスの発車時刻案内をはじめ周辺の観光案内、市の広報映像などが放映されている。なおバリアフリー対策として日本海口側、アルプス口側にはそれぞれエスカレーターとエレベーターが設置されているほか、オストメイト対応の多機能トイレは日本海口側、アルプス口側の各1階階段下のトイレと、ジオパル内「ジオラマステーション」横のトイレ（開館時間内のみ利用可）の計3箇所に併設されている。
日本海口駅舎の窓口・券売機は、えちごトキめき鉄道の管轄となるため、普通乗車券等についてはえちごトキめき鉄道が設定する連絡運輸範囲内のみの発券となる。このため、大糸線の乗車券は、連絡運輸範囲となっている本駅から南小谷駅までの各駅分のみ取り扱い、同駅から先の千国駅以南の各駅への乗車券などはアルプス口駅舎窓口・券売機での取り扱いとなる。同様に、日本海ひすいラインの市振駅 - 直江津駅間は、JR西日本金沢支社管内の特別企画乗車券「北陸おでかけパス」「北陸周遊乗車券」のフリー区間となっているが、当駅ではアルプス口駅舎のみで取り扱っている。一方で、日本海口駅舎窓口では、JR東日本新潟支社管内の特別企画乗車券のうち、えちごトキめき鉄道の区間が含まれる「えちごツーデーパス」「しらゆきWきっぷ」の2券種に限り、JR東日本のビジネスえきねっとのシステムを用いて、8時30分 - 19時30分の間のみ取り扱っている。
初代ロスチャイルド男爵ナサニエル・ロスチャイルドとその夫人エンマ・ルイーザ・フォン・ロートシルトの間の長男としてロンドンに生まれる。弟にチャールズ・ロスチャイルドがいる。子供の頃から動物好きだった。子供の頃には蛾や蝶の蒐集をしていた。ケンブリッジ大学モードリン・カレッジで動物学を学ぶ。その卒業論文は高い学術的レベルにあり、教授たちから大学に留まって学者になることを薦められたが、1889年には大学の研究室を去って曾祖父ネイサン・メイアー・ロスチャイルドによって設立された投資銀行N・M・ロスチャイルド&サンズで働くようになった。しかしさして重要な役職には就かず、動物学研究を続ける時間的余裕をわざと作った。また銀行業の仕事に際しても大英帝国各地に散らばる支店を活用して動物に関する情報を収集したようである。1892年にはロスチャイルド家所有の土地トリング・パークに動物園と動物学博物館を設立した。博物館には多くの動物の剥製や昆虫の標本が集められた。また動物園には世界各地から動物を購入して集め、研究員たちとともにその生態を研究し、動物学の本を次々と刊行した。彼によって新発見された動物も少なくなく、それらの動物にはロスチャイルド・キリンなどロスチャイルドの名（ジラファ・カメロパルダリス・ロスチルディ Giraffa camelopardaris rothschildi)が冠された。1899年にバッキンガムシャー・アリスバーリー選挙区から自由統一党候補として出馬して庶民院議員に当選する。以降、議会に行くという名目で銀行業の執務を抜け出してロンドン自然史博物館に通うようになった。父から受けている手当は巨額だったが、それをもってしても数万匹の動物は養いきれなかった。彼は絶えず借金し、ついには父ナサニエルに無断で父に保険金をかけたことで父の逆鱗に触れた。父は銀行業務そっちのけで動物学研究に傾倒する長男ウォルターに三行半をつけるか迷っていたが、ここにきてついにウォルターを経営から追放して次男チャールズに経営を委ねることを決意した。こうしてウォルターは、煩雑な経営から免れて、残りの全生涯を動物学に捧げることができるようになった。銀行の経営を見るようになった弟チャールズも動物学研究に関心を持っており、兄の研究に協力した。チャールズは特にノミの研究で知られる。第一次世界大戦中の1915年に父が死去し、第2代ロスチャイルド男爵を継承し、貴族院議員となる。さすがに父が死んだとなれば長男であるウォルターが銀行業を継承すべきという意見もあったが、相変わらず彼には銀行業をやる意思がなく、銀行業は弟チャールズが継ぐことになった。しかしチャールズは二年ほどで身体を壊したため、最終的には叔父レオポルドの息子であるライオネルとアンソニーの兄弟に受け継がれることになった。この兄弟は銀行業の才能があり、経営は再び軌道に乗ったという。1917年にオスマン帝国領パレスチナにイギリス軍が進攻したが、その際に英外相アーサー・バルフォアに働きかけ、彼からバルフォア宣言を出させるのに貢献した。ウォルターはテオドール・ヘルツルの思想に影響を受けていたので、シオニズムに好意を持っていたが、英国ロスチャイルド家は英国ユダヤ人に反シオニズム組織を創設させるなど完全に反シオニズムの立場だったから、ウォルターは英国ロスチャイルド家の中で異端の人物だったといえる。もっともウォルター自身もシオニズムにさほど熱心だったわけではなく、これを積極的に推進していたのはパリ・ロスチャイルド家のエドモンであった。絶滅鳥類やトリバネアゲハも研究し、日本の鳥類学者蜂須賀正氏との交流も知られている。1937年に死去。彼の遺言によりトリング・パークの博物館やその展示物は大英博物館に遺贈されその一部となった。この博物館は現在「トリング自然史博物館」としてロンドン自然史博物館の姉妹博物館（分館）となっている。博物館には哺乳類の剥製2000、鳥類の剥製2400（もともとは30万個近くあったが、29万5000個をアメリカの博物館に売却）、爬虫類の剥製680が展示されており、また研究室には30万の鳥類の皮、20万の鳥類の卵、225万の昆虫類が収められているという。ウォルターの墓には「ask of the beasts and they will tell thee and the birds of the air shall declare unto thee」（動物達に語りかけよ、さすれば獣はそれに応え、空を飛ぶ鳥達も何か告げてくれるであろう）の墓碑銘が刻まれている。生涯未婚で私生児の娘一人しかなかったため、ロスチャイルド男爵位は甥のヴィクター（弟チャールズの長男）が継承した。