「公共の科学理解のための」教授として、彼は疑似科学と代替医療の批判者でもある。『虹の解体』では「アイザック・ニュートンが虹の原理を解明したことによって虹の美しさが損なわれた」というジョン・キーツの見解を批判している。「深遠な宇宙や生命の数十億年にわたる進化の理解、生物の分子的な解明は、神話や疑似科学よりも遥かに美しく、驚異の世界を我々に教えてくれる」と述べた。カール・セーガンの最後の著書『カール・セーガン 科学と悪霊を語る』の書評では、セーガンの「科学への生涯の愛を反映している」という一文に触れ、「私自身でこのような本を書きたかった」と賞賛した。彼の友人ジョン・ダイヤモンドが代替医療の有害さを暴露するために出版した『スネーク・オイル』の序文を書いている。「代替医療はうまくいっている従来の治療から患者をそらし、誤った望みを人々に与えている」。ドーキンスは次のように述べている。「代替医療などない。あるのは効く医療と効かない医療だけだ。」ドーキンスは人口爆発に懸念を表明している。『利己的な遺伝子』では40年ごとに倍増しているラテンアメリカの人口を例に出して簡潔に述べているにとどまるが、ローマ・カトリックの家族計画と人口抑制に対する態度は痛烈に批判している。ローマ教会は避妊を禁じ、より「自然な」方法での解決を呼びかけている。「この場合、「自然な」方法が行き着く先は、飢餓である」という。ジェーン・グドールらと共にヒト科の類人猿にヒトと同じ道徳的、法的権利を与えるべきだとする類人猿プロジェクトの支持者でもある。パオラ・カバリエリとピーター・シンガーによって編集された類人猿プロジェクトの本に「心の断絶」と題したエッセイを寄稿した。彼は種差別主義と言う語を用い、人間主観的な現代の道徳心を批判している。新聞やブログで現代の政治や社会に対する論評も行っている。特に2003年のイラク侵攻をはじめとするジョージ・W・ブッシュの政策や、イギリスの抑止力としての核兵器保有に批判的である。政治、科学、宗教に関する論評のいくつかは『悪魔に仕える牧師』に収録されている。2007年のドキュメンタリー番組「理性の敵」では科学的証拠に基づく合理主義や批判的思考を放棄することの危険性について論じている。特に占星術、スピリチュアリズム、ダウジング、代替医療、ホメオパシーが取り上げられている。このほかにも2006年の「諸悪の根源？（The Root of All Evil?）」や2008年の「チャールズ・ダーウィンの才能（The Genius of Charles Darwin）」などいくつかのテレビ番組製作に協力している。
全長20,500 mm、全幅2,920 mm、全高3,300 mm、自重約22 t、荷重12 tで台車はコキ5500形コンテナ車で用いられたTR63B形を基に、枕バネなどを本形式の軽荷重に適応させたTR63C形であるが、後期の車両では軸受を密封コロ軸受に変更したTR222形を用いているものがある。ブレーキ装置はコキ5500形（初期形）と同一の方式の A 制御弁を用いた AD 方式であったが、途中から通常の貨車と同じ K 制御弁に戻された。本形式では積載時と空車時の重量差が小さいため、積空切替機能は省略された。留置ブレーキは車体側面下部に回転ハンドル式の手ブレーキを設けている。車体の塗装は貨車としては派手な朱色3号が採用されている。車体は上段の荷台と下段の台枠とを鋼製の支柱で結合したトラス構造で、支柱は片側6組（合計12本）である。上段の側面には車体長いっぱいに手すりが設けられている。床面にはタイヤガイドレールが設けられており、従来の車運車が特定車種に合わせた幅であったものが、本形式では様々な車種に適合させるために幅広のものとされた。またガイドレールの外側に歩み板が設けられている。妻面には隣車との乗用車移動に用いる跳ね上げ式の踏板が、外から妻面に向かって左側に上下段とも設けられた。これは隣接車両に装備されている踏板と組み合わせることで両側が揃って車路を形成する構造である。自動車は1200 cc - 1900 cc級なら8台、800 cc - 1000 cc級なら10台、360 cc級なら12台を積載する。これはシム10000形での計画時点に比べて、1200cc - 1500cc級の自動車の積載数が10台から8台に減少したことを意味する。自動車の緊締方式は従来の車運車に比べて簡素なものとなり、タイヤガイドレールの脇に設けられた穴に緊締金具を差し込んで自動車のタイヤにかませることで、前後方向の移動を止められる程度のものとなった。このことから本形式は突放禁止扱いとされている。この緊締金具は可搬式で1両あたり48個が常備され、これを収める箱が台枠横梁部に設置されていた。緊締金具は当初重量11.8 kgであったが、重くて不便との苦情から1973年（昭和48年）に8.2 kgに軽量化されたものが開発されている。また上段での緊締作業に便利なように、上段にも緊締金具収納箱を装備する改良が1967年（昭和42年）後期製造車両から採用されており、それまでの車両もその後改造されて同様の仕様となった。荷役方式は乗用車自身を走行させて積み下ろしを行う「自走式」が採用されている。発着拠点には積み降ろし用のスロープ設備が別途常備された。これは固定式のものと自走式のものがあった。固定式のものでは、輸送基地に専用プラットホームがあって、下段はプラットホームから直接乗り込んでいた。上段については、横から斜路を移動させて据え付けるものと、留置線末端に仕込まれた油圧式の機械により斜路を昇降させる方式のものがあった。また自走式はトラックに積み降ろし用の設備を搭載したもので、航空機のタラップに似たものである。貨車の妻部に接近して車両を止めて、アウトリガーを展開し、積み降ろし設備を展開することで自動車の積み降ろしができるようになる仕組みであった。当初は固定式が多かったが、1968年（昭和43年）から自走式である東急車輛製造のARC-2型が普及していった。これらの設備は国鉄所有となっていた。自動車輸送基地にはこうした荷役設備と自動車を留置しておくモータープールが必要とされたため、どこの貨物駅でも自動車輸送を取り扱えるというわけではなかった。輸送中には自動車を保護するために、自動車用シートが装着されていた。当初は電化区間のみを運行することから、蒸気機関車の煤煙の心配はないとされてシートは装備せず、そのままの状態で運ぶ計画であった。しかしブレーキの制輪子から出る鉄粉やパンタグラフから飛ぶ銅粉などが自動車の車体に付着して汚れたり傷が付いたりするという問題が発生した。暫定的に機関車と貨車の間に別な車両を挟むことで銅粉の付着対策とし、1966年10月の本輸送開始時からシートの使用が開始された。このシートも国鉄所有で、無蓋車におけるシートやロープと同じ扱いとされた。材質はビニロンまたはナイロンで、外側は小豆色で防火・防水加工をされていた。このシートは車種ごとに製作され50種類以上が用いられていた。シートを収納する箱がク5000形に用意されていたが、複雑なシートの運用が定められていたこともあってク5000形の空車返却とは別に有蓋車で輸送することも多かった。生産ロットによる変化を以下説明する。