1987年に発売された『桃太郎伝説』のヒットを受け、発売元のハドソンには続編を望むファンからのハガキが多く寄せられた。作者のさくまあきらは当初、「桃太郎伝説はあれで完結している」として続編の制作に難色を示していたが、ファンの声に後押しされる形で1989年より開発が始まった。続編を作るにあたり大きな障壁となったのが、主人公の問題であった。前作と同じ桃太郎を主人公とした場合、覚えた術の扱いをどうするのかなどの意見があったことから、別の主人公を立てることになった。桃太郎の息子ではどうか、数千年後の世界を舞台にしてはどうか、などの案が検討された結果、普通の少年を「桃太郎セブン」として活躍させる案が採用された。世界観にはSF的な設定が用いられた。村人たちは敵によってラジカセや冷蔵庫などの機械に変えられ、敵キャラクターはアニメや戦隊ものをパロディにしたロボットなどが多く登場、シナリオも作成され開発は順調に進んでいるように見えた。しかし、開発陣の中では次第に違和感が広がっていった。それは、前作のコンセプトの1つであった「愛と勇気を用いて人々を救う」という設定が、機械化された世界に馴染まないことに由来していた。この当時、ゲーム雑誌上で開発中の画面写真や冒頭のあらすじなどを既に発表していたが、1990年3月頃、開発陣は主人公を桃太郎にして開発し直すことを決断した。物語や絵は一から作り直すことになったが、開発作業は急ピッチで進んだ。主人公を桃太郎に戻したことで開発陣は桃太郎伝説らしさを実感し、ゴールデンウィーク期間中にスタッフを集めて江の島で行われた合宿では10日程で新たなシナリオが完成、その後も開発が進められ、1990年12月22日に『桃太郎伝説II』が発売された。
本作『桃太郎伝説II』は開発当初、「桃太郎セブン」という少年が主人公のSF作品として制作が進められていた。本項では、このバージョンが開発中止になり製品版の発売に至るまでの経緯などについて記述する。参考文献 『桃太郎伝説II SUPER GUIDE BOOK』（小学館 ISBN 978-4091041180）
世界各地に鬼を送り込み平和を乱していた閻魔大王が桃太郎に懲らしめられてから3年が経ち、人々は穏やかな暮らしを取り戻した。桃太郎はかつての旅で身に付けた力を封印し、普通の少年として生活を送っていた。この平和がいつまでも続くと思われていたある時、鬼が島の地下に控える鬼族の王・地獄王の指揮により鬼たちが人間の世界へ侵略を開始、世界は再び鬼族の手に落ちた。人々の苦境の噂を耳にした桃太郎は、身支度を整え、鬼退治の旅へと向かった。
前作の1対1形式から多対多形式に変更。同じ敵同士がグループを組んでいる場合もあり、一部の術やアイテムは敵1グループや敵全体に効果を及ぼすものもある。コマンドは前作の「たたかう」「じゅつ」「どうぐ」「にげる」の他に、攻撃ダメージを軽減させる「まもる」、仲間のダメージを肩代わりする「かばう」、自動で戦闘を行う「オート」、仲間の状態（ステータスの増減・状態異常）を確認する「あんばい」が追加された。「オート」と「にげる」は桃太郎（桃太郎が行動不能時は、行動可能なキャラのうち隊列の先頭にいるキャラ）のコマンドにのみ表示される。「オート」は物語序盤で「オートバトル仙人」から会得後に使えるようになる。今作の状態異常は「毒」のほか数歩歩く毎に技が減る「病気」や「麻痺」がある。一部に関しては前半で仙人の所で予防する術を手に入れて無効にすることができる。
明治35年（1902年）、欧米列強による清の半植民地化が加速し、日本とロシアの対立が鮮明になるなか、日本は対ロシア戦略のもとに日英同盟を締結し、頭山も対露同志会を設立した。明治37年（1904年）、日露戦争が勃発すると玄洋社は若者を中心に満州義軍を結成、参謀本部の協力を得て満州の馬賊を組織し、ロシア軍の背後を撹乱するゲリラ戦を展開した。玄洋社は孫文の革命運動への支援と並行して、明治43年（1910年）の日韓併合にも暗躍したとされている。杉山茂丸や内田良平などの社員もしくは250余名の関係者が日韓の連携のために奔走したのは事実だが、玄洋社が目指していたのは植民地化ではなく、「合邦」という理想主義的な形態だったと見られている。「合邦」の詳細については定かではないが、内田は現実の日韓併合に対して憤激しており、初めは協力的だった玄洋社と日本政府の関係は後に大きく離間していった。大正4年（1915年）、頭山は孫文の仲介により、インドの独立運動家ラス・ビハリ・ボースと会談し、支援を決意した。当時のラス・ビハリ・ボースはイギリス領インド帝国の植民地政府から追われ日本へ亡命していたものの、イギリス政府および植民地政府から要請を受けていた日本政府によって、国外退去命令を受けていた身であった。並行して日本国内では、1919年11月、河合徳三郎、梅津勘兵衛、倉持直吉、青山広吉、篠信太郎、西村伊三郎、中安信三郎を中心とし、原敬内閣の内務大臣・床次竹二郎（立憲政友会）を世話役に、伯爵大木遠吉を総裁、村野常右衛門を会長、中安信三郎を理事長として、会員数60万と称する大日本国粹会を立ち上げた。またボースの紹介により、当時のインドの独立運動家で、アフガニスタンにインド臨時政府を樹立していたマヘンドラ・プラタップにも会った。大正12年（1923年）、頭山は来日したプラタップの歓迎会を開き、援助を約束した。そして、アフガニスタンが統一されると「わが明治維新の当時を想わしむ」との賀詞を国王に送った。頭山はこのような独立支援の対象をフィリピン、ベトナム、エチオピアなどにも拡大していった。大正13年（1924年）11月、孫文は最後の日本訪問を行い、神戸で頭山と会見した。日本軍の中国東北部への侵攻により日中関係が憂慮すべき事態となっているのを受けての会談であったが、孫文が撤退への働きかけを申し入れたのに対し、日本の拡大がアジアの安定につながると真摯に考えていた頭山はこれを断った。会見の翌日、孫文は「大亜細亜問題」と題する講演を行い、その4ヵ月後に病没した。翌年、孫文の後継者として蒋介石が国民軍総司令官に就任したが、その2年後には下野して頭山を頼って来日し、孫文と同様に頭山邸の隣家で起居する。後に蒋介石は、頭山らに激励を受けて帰国し、孫文の宿願であった北伐を成功させる。昭和4年（1929年）、南京の中山稜で行われた孫文の英霊奉安祭に、頭山は犬養毅とともに日本を代表して出席している。昭和7年（1932年）の関東軍の主導による満州国建国は、頭山の理想とは大きくかけ離れていた。昭和10年（1935年）、来日した満州国皇帝溥儀の公式晩さん会への招待を、頭山は「気が進まない」との理由で断わっている。