前後編のBD完全生産限定版は初週で約8万枚を売り上げ、2013年8月5日付オリコンチャートBD総合部門で第1位となった。テレビシリーズ第1巻の約6万9000枚を上回るシリーズ最高売り上げとなり、劇場版アニメのBDの初週売り上げとしては当時の第4位を記録した。新編のBD完全生産限定版は初週で約12万8000枚を売り上げ、2014年4月14日付オリコンチャートBD総合部門で第1位となった。テレビシリーズを含めた全シリーズでの7作目の首位獲得となり、当時のアニメBDとしては歴代第3位の初週売り上げを記録し、2014年度上半期ランキングでもオリコンチャートBDセールス部門とAmazon.co.jpのBD/DVDランキングアニメ部門でいずれもランキング1位となった。BD通常版もBD総合部門で第4位に、DVD版もDVD総合部門第3位に入っている。
前編は全国43スクリーンという小規模での公開ながら、2012年10月6・7日の初日2日間で映画観客動員ランキング（興行通信社調べ）で初登場第7位となった。後編も同様に、43スクリーンでの公開で10月13・14日の初日2日間で興行収入1億7,162万2,400円、動員11万7,413人を記録し、動員ランキングで初登場第2位、更に1館あたりのアベレージでは399万1,219円という成績を残し、興収別に集計した興収ランキングで第1位を記録している。11月11日には前編が興収5億1863万2300円、後編が4億8262万5500円を記録、前後編合わせて興行収入が10億円を突破。こうした好調ぶりを受け、2012年11月1日には全国13スクリーンの公開館追加が決定し、全都道府県で公開されることが決定した。前後編の累計動員は80万人となり、興行収入は11.5億円に達した。北米市場においては、日本のアニメファン向けの映画上映は限られるような状況にあり、アメリカ合衆国5都市・5館程度での公開となったが、3日間で6万2340ドルを記録、スクリーンアベレージは1万2468ドルとなり、その週末のランキングで全米2位となった。こうした好成績を受けてさらに5都市での追加公開も決定。最終的な興行収入は180,440米ドル（公開最終日2013年4月25日の1ドル＝99.25円で換算すると17,908,670円）となった。
『[新編]叛逆の物語』はぴあの調査による初日満足度ランキングでは、満足度91.0を獲得している。シネマトゥデイの映画短評では映画評論家の清水節から5つ星中、4つ星の評価を受けた。マイナビニュース会員によるランキングでは2013年公開のアニメ・特撮映画で面白かった作品として『[新編]叛逆の物語』が男性編で第1位、女性編で第4位を記録している。またアニメ!アニメ!のアンケートでは2013年公開の最も面白かったアニメ映画は『[新編]叛逆の物語』が総合1位となっている。ガジェット通信では2013年公開の映画で一番面白かった作品をアンケートしたところ『[新編]叛逆の物語』が第2位となっている。映画.com読者が選ぶ2013年の映画ランキングでは第8位にランクインしている。
『まどか☆マギカ』映画化の報は、2011年11月10日に公式ウェブサイト・および『月刊ニュータイプ』2011年12月号において、初めて発表された。
そしてほむらは、いずれ敵対することになるのかもしれないがそれでも構わない、と言いつつ、かつての世界で受け取った赤いリボンを返し、「やっぱり、あなたの方が似合うわね」と涙を浮かべる
半分欠けた月が満ちる夜、ほむらは裂かれた丘の公園で崖の上の椅子に座っていた
近くから物音がしたのを聞くと、ほむらは笑みを浮かべながらダークオーブを出現させ、雪の降り始めた月夜の下でバレエのようにひとり踊り、そして、高台より身を投げる
その足下では、毛並みを荒らしたキュゥべえがうずくまり、身体を震わせていた
キュゥべえの滲んだ瞳をアップに「叛逆の物語」は幕を閉じる

1893年（明治26年）7月11日、実験中のアコヤ貝の中に半円真珠が付着している貝を発見した。1896年（明治29年）1月27日、半円真珠の特許（第2670号）取得で世の中に認知された第一歩となった。同年4月21日、妻・うめが32歳で死去。開拓者として当然の事ながら周囲は途方も無い事と感じ直接的に幸吉の作業を手伝う者は身近な親族だけであったが、特許取得をきっかけにまず親族が積極的に関わった。妻の兄であった久米楠太郎、幸吉の次弟・御木本松助夫妻、三弟・森井常蔵夫妻、須藤卯吉、1897年（明治30年）秋には幸吉の五弟・斎藤信吉、1899年（明治32年）には竹内久吉、猪野若造（猪野三平の子息）、藤田嘉助、大谷幸助らが従業員として田徳島に移住、「海のものとも山のものともわからぬ事業に一身をかける人間は身内以外にはいなかった」と幸吉の四女・乙竹あいが後に語っている。対して、大林日出雄『御木本幸吉』には「『ヒモのつく恐れのある出資は彼の事業独占を制約することがある』と考えたのではないか」と書かれていて、幸吉が大口出資を断った事実があることを記している。その他研究には元歯科医だった桑原乙吉、次女みねの夫・西川藤吉が加わる。西川は東京帝大動物学科卒、農商務省に在籍し、箕作の下で真円真珠の科学的研究を行っていたが、1905年（明治38年）の赤潮の調査をきっかけに御木本の元で研究をはじめた。しかし1909年（明治42年）6月、35歳で死去。同時代の研究者に見瀬辰平、西川藤吉の研究を引き継いだ藤田輔世、藤田昌世らがいる。