このゲームの大きな特徴に、10の超常能力（さらに6つのアクティブパワーと、4つのパッシブパワーに分けられる）と、ネズミの憑依時間増加やダメージの軽減といった特典的な小さい能力を与える36種の「ボーンチャーム」の存在があげられる。ボーンチャームは装備することでその効果が有効になるが、装備できる数は限られている。マナはアクティブパワーを使うときに消費され、能力の使用後に全部もしくは一部回復する。低コストで使用できる能力を使うには充分な回復量だが、高コストの能力を使用するためにはマナ回復薬の使用が不可欠であり、「ポゼッション」や「ベンドタイム」などの強力な能力の使用を制限している。能力を新たに取得したり強化するためには、各ステージに存在するルーンを、武器道具類の入手とアップグレードにはコインを、それぞれ集めなければならない。ステルス行動は遮蔽物や建物を盾にしながら敵の円錐状に広がった視野を避けることを基本にしている。本作は一人称ゲームである都合上、コルヴォの胴体を見られると発見された事になるシステムを採用しており、頭だけを出して覗き見している場合は敵に見られても発見扱いにならない。遮蔽物の陰に隠れプレイヤーが隠密状態を保っていれば、人物の近くで会話を盗み聞きすることもできる。鍵穴から覗いて扉の向こうの様子を盗み見ることも可能。敵は音にも反応するため、矢を撃ったり物を投げるなどしてわざと遠くで音を立てその注意を引くことに成功すれば、発見されることなく敵をその場から追い払える。衛兵には通常状態から覚醒状態まで多様な状態があり、警戒状態、プレイヤーの存在に気付いている状態、プレイヤーを徹底的に探している状態など、状況やプレイヤーの行動に合わせて変化する。警戒レベルが高いほど敵の視界も広がるため、逃走の際は注意が必要。衛兵に見つかってしまっても、隠れ続けていればやがては警戒レベルは下がる。しかし、特定の章では通常状態に戻らない場合もある。敵は敵同士で警戒状態を伝えていき、次々に警戒レベルが上昇していく。
女王の君臨する「諸島帝国」の帝都ダンウォール。この街はかねてから流行していた「疫病」により衰退の一途を辿っていた。王室護衛官であるコルヴォ・アッターノは女王の命を受け、疫病問題解決の為の救援要請に周辺諸国をまわっていたが、結局どこの協力も得られずに帰還する。その結果報告のために女王のもとに赴いたコルヴォだったが、突如、暗殺者の襲撃を受け目の前で女王を殺されてしまう。自身を慕う女王の娘エミリーまで誘拐されたあげく女王殺害の濡れ衣まで着せられた彼は半年間にわたる苛烈な拷問を受けついには処刑を待つ身となるものの、彼の無実を知る王政支持派の助けにより脱獄に成功。コルヴォは仮面でかつての身分を隠し、暗殺者として王政支持派に協力を誓う。そして、復讐への道を歩もうとするコルヴォの前に現れる、謎の存在アウトサイダー。アウトサイダーは彼に「自由に使え」と、人智を超えた超常能力を授ける。
舞台となる架空の都市ダンウォールは、19世紀から20世紀初めまでのロンドンやエディンバラがモデルとなっている。科学と神秘主義的な力が共存しているこの街は漁業と捕鯨の中心地であり、鯨油は街にとってなくてはならない価値ある資源である。ネズミによって蔓延した疫病が深刻な問題となっており、狂暴化した疫病の感染者「ウィーパー」は人々に襲い掛かる。市民が疫病に苦しめられている一方、政府はこの疫病を不都合な市民を連行・粛清するための建前として利用している。竹馬のような脚部の装甲が特徴的な「トールボーイ」と呼ばれる軍人など多くの衛兵によって街の治安は維持され、触れるものを塵にする光の壁が人々の自由な移動を制限している。女王の暗殺以後、実権を握ったバローズ摂政伯爵によって圧政が敷かれた。王政支持派の活動家たちは現在の政府を廃止し、女王の娘エミリーに王位を継承させるべく潜伏している。
フランス軍は、スヘルデ川右岸の町アントアンと、その東にあるバリーの森との間に陣を占めて南を正面とした。そして森と川に左右を託して両側面を安全なものとし、正面ではアントアンから、中間にあるフォントノワの村で折れてバリーの森に走るL字型の戦列を敷いた。騎兵部隊は歩兵戦列の背後に控え、その背後の丘から国王は戦闘の行方を見守った。サックスはアントアンとフォントノワを城砦化して戦列の要とし、特に中央のフォントノワには多くの兵を入れた。これに加えて戦列右翼ではアントアン - フォントノワ間に堡塁を3つ築いて戦列をさらに強化し、一方の左翼では、バリーの森の中を通る道を敵が使用する可能性に備えて森の西端部を伐採し、砲の射界を確保した上で森の出口に堡塁を2つ築いた（ウー堡塁）。ところでフランス軍は、アントアン - フォントノワ間には堡塁を3つも築いたのに、フォントノワ - バリー間には堡塁を置かなかった。これはサックスの誘いであって、連合軍が左翼を弱点とみて攻めてくれば、正面と、ウー堡塁と、フォントノワの3方向から砲撃を集中して大打撃を与える算段だった。サックスはウー堡塁の背後に予備戦力を置き、更に森の中にも部隊を送って潜ませた。この戦いより先、ノアイユはデッティンゲンの戦いで見たよく撃ちよく耐えるイギリス軍の精強さを王に報告し、サックスとノアイユは現在のところフランス軍歩兵はイギリス軍歩兵に対し劣位にあるという認識で一致していた。そのためサックスは冬の間諸部隊に猛訓練を課して錬度不足の解消に努めたが、なおイギリス軍歩兵の攻撃力を警戒してこのような周到な作戦を立てた。戦いの前夜、国王はポワティエの戦い以来、フランスの王が王太子と共に戦いに臨んだことはなく、（聖王ルイ以来）イギリス軍を打ち破った王もいない。余はその始めの王となりたいと述べた。5月10日、連合軍部隊がフォントノワに到着し、陣地外に展開していたフランス軍と小競り合いを行った。サックスは外縁の部隊を退かせて陣地内に収容し、夜までに連合軍は全部隊が到着を完了してフォントノワの東から南東にかけて布陣した。サックスの目論み通りカンバーランドはフランス軍左翼を弱点と見て、ここに攻勢をかけることに決めた。アントアンからフォントノワにかけてのフランス軍はオランダ軍で押さえつつ、フォントノワをオランダ軍の主力で攻撃すると同時に、イギリス軍とハノーファー軍がフォントノワ - バリー間に突進してフランス軍の戦列を突き崩したら、敵戦列後方に傾れ込んで敵を囲い込み、もしくはそのままスヘルデ川に追い落とす作戦であった。数の少ないオーストリア軍はイギリス軍の援護として控えることになった。この時ケーニヒスエッグとリゴニアーは、フランス軍の陣地はあまりに堅固であると言って作戦に反対した。ベテラン組の彼らは、しばらくは砲戦と限定的な攻撃を仕掛けるだけに留め、サックスを不安にさせてトゥルネーの包囲軍から兵力を引き抜かせることができればそれだけでトゥルネーへの支援になるという意見だったが、カンバーランドはこれを退け、バリーの森が側面に対して脅威なので事前に対処すべきという助言にも注意を払わなかった。これはカンバーランド自身が敵弾を恐れない性質であるところに加えて、デッティンゲンの経験によりイギリス軍の強さに非常に自信を持っていたことが判断に影響していた。連合軍は休息を経て深夜2時から攻撃準備に移行した。