慶長5年（1601年）12月19日、文禄4年（1595年）に豊臣秀次が解任されて以来空いたままになっていた関白に九条兼孝が家康の奏上により任じられた。このことにより、豊臣氏による関白職世襲を止め旧来の五摂家に関白職が戻る。関ヶ原の戦いの戦後処理を終わらせた慶長6年（1601年）3月23日、家康は大坂城・西の丸を出て伏見城にて政務を執り、征夷大将軍として幕府を開くため、徳川氏の系図の改姓を行った。慶長7年（1602年）、関ヶ原の戦いの戦後処理で唯一処分が決まってなかった常陸国水戸の佐竹義宣を出羽国久保田に減転封。代わりに佐竹氏と同じく源義光の流れをくむ武田氏を継承した五男・武田信吉を水戸に入れた。これによって確定した徳川氏の領域は一門・譜代大名の所領も含めると、東は岩城領から関東一円、北は南信濃から美濃国・越前国、西は近江国・山城国・大和国と北伊勢の桑名領をほぼ一円支配するものであった（秋田氏や里見氏などの小規模な外様大名の支配地は除く）。慶長8年（1603年）2月12日、後陽成天皇が参議・勧修寺光豊を勅使として伏見城に派遣。朝廷より六種八通の宣旨が下り、家康を征夷大将軍、右大臣、源氏長者、淳和奨学両院別当に任命した。同年3月12日、伏見城から二条城に移り、3月21日、衣冠束帯を纏い行列を整えて御所に参内し、将軍拝賀の礼を行い、年頭の祝賀も述べた。3月27日、二条城に勅使を迎え、重臣や公家衆を招いて将軍就任の祝賀の儀を行った。また4月4日から3日間、二条城で能楽が行われ諸大名や公家衆を饗応した。
織田軍の信濃方面からの侵攻に呼応して徳川軍も駿河方面から侵攻し、武田軍の蘆田信蕃（依田信蕃）の田中城を成瀬正一らの説得により大久保忠世が引き取り、さらに甲斐南部の河内領・駿河江尻領主の穴山信君（梅雪）を調略によって離反させるなどして駿河領を確保した
勝頼一行は同年3月に自害して武田氏は滅亡し、家康は3月10日に信君とともに甲府へ着陣しており、信長は甲斐の仕置を行うと中道往還を通過して帰還している（甲州征伐）
家康はこの戦功により駿河国を与えられ、駿府において信長を接待している
家康はこの接待のために莫大な私財を投じて街道を整備し宿館を造営した
信長はこの接待をことのほか喜んだ
また遅くともこの頃には、三河一向一揆の折に出奔した本多正信が、徳川家に正式に帰参している（正式な帰参時期は不明で、姉川の戦いの頃に既に帰参していたとも）

永禄9年（1566年）、朝廷から藤原氏とされ従五位下三河守に叙任され、直前か同時に「徳川」に改姓した。これを朝廷に要求する際には多少の工夫を要した。松平家は少なくとも清康の時代から「新田氏支流世良田氏系統の清和源氏」であると自称していたが、徳川と事前に改姓していたか、この藤原氏への乗り換えと同時かは不明だが、正親町天皇より「清和源氏の世良田氏が三河守を任官した前例はない」と拒否された。そこで家康は近衛前久に相談した。前久は対処したが、吉田兼右が万里小路家で先例に当たる系譜文書「徳川（根元は得川）は源氏だがもう一つの流れに藤原氏になった例がある」を発見し写しを譲渡され申請に使用した。この得川の末だと藤原氏を名乗る特例ともいえる措置を得て、家康は従五位下三河守に叙任された（近衛家文書）。この先例とされたのは松平氏の祖とされる新田氏庶流の世良田三河守頼氏で、藤原氏となったのは嫡男有氏とその弟教氏で、松平清康の世良田改姓とつなげたとの説がある。この勅許に関連した改姓で当面は徳川姓を名乗るのは家康一人であり、松平氏一族や家臣団統制に役立った。この改姓に伴い家康は「本姓」を「藤原氏」としたが、それから30数年後に関ヶ原の戦いの勝利後、慶長年間に吉良家の系図を借用し細工し、源氏に戻した。
1868年アメリカ合衆国大統領選挙で、マクリアリーは民主党の推すホレイショ・シーモアの選挙人に指名された。マクリアリーはこの任務を辞退したが、1868年民主党全国大会には代議員として出席した。その政歴は1869年にケンタッキー州下院議員に選ばれた時に本格的に始まった。1871年、マクリアリーは無投票で下院議員に再選された。その次の会期での大きな問題は、シンシナティ・サザン鉄道が、ケンタッキー州中部を通ってオハイオ州シンシナティとテネシー州のノックスビルあるいはチャタヌーガを繋ぐ鉄道の建設要請を承認するかということだった。これにはライバル会社であるルイビル・アンド・ナッシュビル鉄道が反対していた。ケンタッキー州議会では、州外での協業を州内で認められるべきではないという根拠で、建設法案に対する反対が1869年と1870年に成立し、連邦政府議会が認証を与えようという試みも、州の権限を盾にされて失敗した。さらに新任の州知事プレストン・レスリーが、州上院議員だった1869年に、シンシナティ・サザン鉄道の要請を認める法案に反対していた。1871年の会期の準備時期に、憤懣を募らせたケンタッキー州中部の州民が、法案がこの会期で通らなければ、次の選挙で民主党を支持しないと脅してきた。新線要請を認める法案の断固たる支持者であるマクリアリーが下院議長に選ばれた時に、シンシナティ・サザン鉄道の支持者が勝利を収めることができた。この新線に関わる司法権をケンタッキー州の裁判所に与え、また新線の活動に関して州議会に支配手段を与えるような修正が幾つか施された後、法案は賛成59票、反対38票で成立した。上院での票決は19票対19票の同数となり、上院議長のジョン・G・カーライルが決定投票を賛成側に投じた。カーライルはコビントンの生まれであり、提案された新線がそこを通ることになっていた。レスリーは議会によって民意がはっきり示されたものと考え、知事としての拒否権を行使しなかった。マクリアリーは1873年も無投票で再選されて下院議員となり、その任期の間に再度下院議長も務めた。