2003年、ビヨンセはMTV Video Music Awards(VMA)で、この曲と「クレイジー・イン・ラヴ」の2曲をメドレーで披露した。「ベイビー・ボーイ」を歌った際にはショーン・ポールはその場におらず、彼の録音された音声が使用されたが、続く「クレイジー・イン・ラヴ」ではジェイ・Zと共演した。同じ年に行われたMTVヨーロッパ・ミュージック・アワードではショーン・ポール本人とともに共演した。PopMattersのジェシカ・ホッジスは、2003年のMTV VMAと比較したうえで、「失望させる内容だ」と酷評した。先述の通り、よくコンサート・ツアーでこの曲を演奏曲目に加えている。2003年末に始められたDangerously in Love World Tourではオープニング曲で、赤いゆったりとした椅子が置かれたアリーナの天井から吊られた状態で歌い、2003年のMTV VMAやロンドンの ウェンブリー・アリーナでのコンサートも同じだった。なお、ウェンブリー・アリーナでの様子は2004年4月27日にリリースされたライブDVD Live at Wembleyにも収録された。ノウルズはDestiny's Childの解散ツアーDestiny Fulfilled ... And Lovin' Itでもこの曲を披露し、Destiny's Child: Live in AtlantaライブDVDでもこの曲を披露した。2007年にThe Beyoncé Experienceワールドツアーが開催中、ノウルズはこの曲を"Murder She Wrote"というレゲエの曲と合わせて歌った。このシーンはロサンゼルスのステイプルズ・センターで公開され、2007年9月2日にはこの様子が収録されたThe Beyoncé Experience Live! DVDがリリースされた。2005年、米国作曲家作詞家出版者協会の Pop Music Awardsは、「ベイビー・ボーイ」と "Me, Myself and I", "Naughty Girl"をこの年で最も演奏された楽曲とたたえた。
ミュージック・ビデオの監督は、「クレイジー・イン・ラヴ」の監督も行ったイギリス人ジェイク・ネヴァen:Jake Nava。撮影は2003年8月7日から8日までフロリダ州マイアミで行われた。 このPVは日本式とイギリス式という複数の様式の部屋をもつ住居で撮影され、ノウルズとショーン・ポールは別々に登場している。PVは玉座の上に座っているショーン・ポールのトースティングから始まり、ノウルズが壁にもたれながら踊りだす。次のシーンでノウルズがベッドに飛び乗る。ショーン・ポールは複数の女性と床に寝そべる。ノウルズは海岸を歩き、一人の男性と出会って触りあったりおしゃべりしたりする。パーティーの場面に切り替わり、ノウルズは男性と踊る。床から水がわきあがり、ノウルズが『ダンスフロアが海になる』と歌う。元々の楽曲にはPVに合わせてアラブの楽器が挿入される。この場面でノウルズは砂の上で激しく踊る。オンライン出版社 en:Slant MagazineのSal Cinquemaniは、このPVを"baby-oil-logged follow-up" と評し、『クレイジー・イン・ラヴ』のPVを"bootylicous video"と評した。この楽曲のミュージック・ビデオは、2003年8月25日MTVの番組『トータル・リクエスト・ライブ』で初登場第10位を記録し、MTVのチャートで首位を獲得した。この楽曲は41週間チャートインし、その間 "Me, Myself & I" もチャートインした。
最初のtRNAの構造の後のかなりの期間、RNA構造の分野に劇的な進展は生じなかった。RNA構造の研究は標的となるRNAを単離できるかどうかに依存していた。このことは長年この分野の限界となっており、リボソームなどの既知の標的は単離や結晶化が格段に困難であった。さらに、興味深い他のRNA標的が単に見つかっていない、または興味深いと思えるほどに十分に理解されていないために、構造的な研究を行う対象も不足していた。そのため、tRNAᴾʰᵉの構造の最初の発表の後の約20年は、ほんの一握りの他のRNA標的の構造が解かれただけであり、それらのほとんどはtRNAファミリーに属するものであった。この不運な機会不足は、最終的には核酸研究の2つ大きな前進によって克服されることとなった。リボザイムの同定と、それらのin vitro転写による生産技術である。テトラヒメナのグループIイントロンが自己触媒を行うリボザイムであることを示唆する発表をトーマス・チェックが行った後、シドニー・アルトマンのリボヌクレアーゼPRNAによる触媒の報告など、いくつかの他の触媒性RNAが1980年代後半に同定され、その中にはハンマーヘッド型リボザイムも含まれていた。1994年、McKayらは「ハンマーヘッド型RNA-DNA リボザイム-阻害剤複合体」の 2.6 Å分解能の構造を発表した。それは自己触媒活性をリボザイムがDNAの基質と結合することで中断した構造であった。この論文で発表されたリボザイムのコンフォメーションはいくつかの可能な状態のうちの1つであることが最終的には示された。この試料は触媒的に不活性であったものの、その後活性状態の構造が解明された。この構造に続いて、ジェニファー・ダウドナによってテトラヒメナのグループIイントロンのP4-P6ドメインの構造が発表された。これはチェックによって有名になったリボザイムの断片である。この論文のタイトルの2番目の句として用いられた Principles of RNA Packing (RNAのパッキングの原理) は、これら2つの構造の価値を適切に表現していた。詳しく記述されたtRNAの構造とtRNAファミリー外の球状RNAの構造の比較が初めて可能となったのである。これによって、RNA三次元構造の分類の枠組みが作られた。現在では、モチーフ、フォールドやさまざまな局所的な安定化相互作用化の保存性を提案することが可能である。これらの構造とそれらからの示唆についてのレビューとしては、ダウドナとFerré-D'Amaréによる RNA FOLDS: Insights from recent crystal structures を参照のこと。結晶学によってなされた全体構造の決定における進歩に加えて、1990年代の初頭にはNMRがRNA構造生物学の強力な技術として実装されることとなった。大きなリボザイムの構造が結晶学的手法によって解かれるとともに、多数の小さなRNAや薬剤やペプチドと複合体を形成したRNAの構造がNMRを利用して解かれた。加えて、現在ではNMRは結晶構造を精査し補完するものとしても利用されている。その一例は1997年に発表されたテトラループレセプター単独の構造決定において示されている。このような精査によって、大きなRNA分子の全体的なフォールドを安定化している、塩基対形成や塩基のスタッキング相互作用をより正確に特徴づけることが可能となった。RNAの三次元構造モチーフを理解することの重要性は、MichelとCostaがテトラループモチーフを同定した論文において予言的に記されている。「...自らフォールディングを行うRNA分子が比較的少数の三次元モチーフのみを集中的に使用していたとしても驚くには当たらない。これらのモチーフの同定はモデリングの試みに大いに役立つだろう。そして大きなRNAの結晶化が困難な課題である限り、必要であり続けるだろう」