1962年に中心となって行った聖嶽洞穴（大分県南海部郡本匠村、現佐伯市）の発掘において、日本で初めて後期旧石器時代の人骨（前頭骨・頭頂骨・後頭骨の破片）と旧石器とが同時に出土し注目を集めた。しかし、1999年に第2次調査が行われ、その際に発見された人骨は約550年前のものであるとされたことから、第1次調査で出土した人骨の年代も旧石器時代のものではなく、旧石器は混入したものである可能性が高まった。折からの旧石器捏造事件の影響もあり、週刊文春によって、旧石器時代の人骨や石器の発掘は賀川による捏造の疑惑があると報じられた。これに対し、賀川は死をもって報道に抗議するとの遺書を残し、2001年3月9日に首吊り自殺している。その後、遺族によって文藝春秋に損害賠償と謝罪広告の掲載を求めた訴訟が起こされ、2004年7月15日に名誉毀損を認めた最高裁判決が確定した。聖嶽遺跡については、1962年の発掘直後から賀川本人が報告書に石器の出土状況に疑問があることを記しており、石器は第三者に鑑定を依頼している。ただ、この時代は旧石器研究が進み始めたばかりであり、ほかの研究事例がまだまだ少ない段階であった。賀川は報告書に後代の事例蓄積に期待する旨を記している。賀川の自殺という事態を受け、日本考古学協会は2001年5月、聖嶽洞穴遺跡問題連絡小委員会を設置、翌年にかけて6回の調査検討委員会を開いて学術的な検証を行った。その結果、調査より40年間という時間の壁があるため断定はできないものの、新たに判明した事柄からも賀川による捏造の可能性は低いとし、調査結果を学者のみならず第三者にも広く見てもらった上で世間の判断を乞うという最終判断の下、2003年10月25日に検証作業の報告書『聖嶽洞窟遺跡検証報告』の刊行をもって作業を終えた。その後、2004年7月の最高裁判所判決確定を受け、同年12月発行の同会会報153号にて声明を発表した。
1867年（慶応3年）、当時福岡を統治していた福岡藩は賛生館という医学教育を行う藩校を天神に設立した。1872年（明治5年）に学制が施行されるといったん廃校となったものの附属病院はその間も継続した。同病院は1874年（明治7年）に修猷館の附属診療所となり、1879年（明治12年）には福岡県立福岡医学校の附属病院へ改組された。福岡県立福岡医学校が廃校となった後は福岡県立福岡病院として存続することになる（1896年（明治29年）6月22日、現在の病院地区である福岡県筑紫郡千代村に移転）。1886年（明治19年）に帝国大学令が公布されると九州に帝国大学を設置する機運が高まり、1900年（明治33年）1月29日の第14帝国議会において「九州東北帝国大学設置建議案」が可決された。建議案の可決後も古くから医学の盛んだった長崎県や第五高等学校が設置されていた熊本県との間で誘致の綱引きが行われていたが、結局は賛生館の流れを汲む福岡県立福岡病院を母体に1903年（明治36年）京都帝国大学の分科大学として福岡医科大学が設置された（帝国大学の医科大学（医学部）としては3番目の設置）。その後は資金難により九州帝国大学の設置は進まなかったが、古河財閥から1906年（明治39年）に「福岡工科大学、仙台理科大学、札幌農科大学」の建物建設へ寄付の申し出があり、設置の動きが高まることとなる。古河財閥の寄付金約100万円のうち6割ほどが九州帝国大学工科大学校舎建設の資金として当てられ、さらに福岡県の寄付金によって1911年（明治44年）1月1日に九州帝国大学が設立された。九州帝国大学の初代総長は東京帝国大学の総長と明治専門学校（現：九州工業大学）の初代総裁を務めた山川健次郎である。なお、古河財閥の寄付金の残りの4割は札幌農学校の東北帝国大学農科大学昇格（1907年（明治40年）9月）と東北帝大理科大学新設（1911年（明治44年）1月1日）のために用いられている。こうした経緯から、九州大学では医学部創立年を京都帝国大学福岡医科大学が設立された1903年（明治36年）、大学創立年を九州帝国大学として独立設置された1911年（明治44年）としている。1947年（昭和22年）に帝国大学令が国立総合大学令に改められると、九州大学と改称した。1949年（昭和24年）には福岡地区に所在していた旧制九州大学、九州大学附属医学専門部、福岡高等学校、久留米工業専門学校を包括して新制九州大学が設置された。旧福岡高等学校の施設と教員は九州大学第一分校（1955年（昭和30年）第二分校と統合し九州大学分校、1963年（昭和38年）より教養部）に引き継がれ、旧久留米工業専門学校は第二分校（1955年（昭和30年）第一分校との統合により廃止）が設置され、旧陸軍歩兵第48連隊兵舎跡に第三分校（1951年（昭和26年）廃止）が置かれた。2003年（平成15年）には国立大学法人化を視野に入れ、法律第29号により九州芸術工科大学を吸収。2004年（平成16年）には国立大学法人法の規定により、国による直接設置から国立大学法人による設置へと移行した。