日辰の輩出した子弟により、彼らの属する日尊門流は、江戸時代前期における富士門流教学の主流を占めた。しかしながら、その後、富士大石寺に日寛（第26世法主）が現れる。日寛は、日精及び日永の教導により行学を深め細草檀林の能化となり、その後日宥から日蓮正宗がいうところの「血脈の付嘱」を受け法主となった。また、一致派・日隆門流・日尊門流（京都要法寺）の教学に対抗して、富士大石寺教学の確立を図る。これが功を奏し、富士門流教学の主流は京都要法寺から富士大石寺に移った。すなわち、『六巻抄』によって富士大石寺の教学が組織大成された、と執行海秀は評価している。また、日蓮正宗では、同書が「本宗の大綱を括って、他門不共独歩の正義を組成された」と位置付けている。日寛は、五重塔の建立発願や常唱堂の建立などにより、第9世日有同様、中興の祖と仰がれるに至る。
身延離山後の1289年（正応2年）、門祖は地頭南条時光の招きにより持仏堂（後の下之坊）に移った。翌1290年（正応3年）、門祖は南条時光の大石ヶ原寄進によって大石寺を建てた。古くから富士方・富士門跡と称した。1298年（永仁6年）、足かけ10年過ごした大石寺を日目にまかせ、日興は地頭石川孫三郎能忠の招きにより重須へ移住する。ここに北山本門寺を開山し、談所を設け、35年間に渡って教線を張り、子弟を育成する。門祖は、本六人（日華・日目・日秀・日禅・日仙・日乗、『弟子分本尊目録』記載順）・新六人（日代・日澄・日道・日妙・日毫・日助、『家中抄』記載順）と称せられる弟子を育成した。その外に日尊がいる。日目は富士大石寺を継承、日華は下条妙蓮寺を創立、日尊は上行院（後の京都要法寺）を開山、日目の弟子日郷は大石寺東御堂の蓮蔵坊の名跡を移し分立（今日の小泉久遠寺）・房州保田妙本寺を開基、日郷に折伏されたとする薩摩法印（日叡）は日向定善寺を中心に弘教に専念する。日蓮正宗では、1332年（元弘2年、正慶元年）11月10日に日興が『日興跡条々事』を記し、これを基に門祖から日目へ唯授一人の血脈相承があった、としている。その一方で、日蓮宗はこれを認めていない。1333年（元弘3年、正慶2年）、門祖は重須で遷化(逝去)した。翌1334年（建武元年）、大石寺上蓮坊において、本六人・日仙と新六人・日代が方便品読不読論を論争した結果、日代と日満は重須を去る。この後、日代は西山本門寺を興し、日満は佐渡一谷の妙照寺を開基している。
1857年1月3日アレクサンドル2世は、農奴解放を目的とする「領主農民の生活状態の調整方策を審議するための」秘密委員会（以下、秘密委員会）を設置し自ら議長となった。皇帝の信任厚かったロストフツェフは秘密委員会の委員に任命され、改革案を作成した。ロストフツェフの改革案は土地無しの（土地を付与しない形でのという意味）農奴解放に反対していたものの、具体的に実現可能な解放案を提示はせず、1856年12月にアレクサンドル2世に提出されていたポルタヴァ県（グベルニヤ）の貴族ポーゼンが提出した農奴解放計画案を支持し、三段階による農奴解放を提唱した。このロストフツェフの解放案は、本質的に農奴解放をできるだけ引き延ばそうとするものと解釈されている。ロストフツェフ案と同調する見解は先帝ニコライ1世時代の農奴解放秘密委員会のメンバーであったパーヴェル・キセリョフによって出された他、ロストフツェフの他、秘密委員会のガガーリン、コルフ両名もそれぞれ解放案を提出したが、両案ともその内容は消極的なものであった。8月に秘密委員会で計画案がまとめられたものの、内容はロストフツェフ案によったものでニコライ1世時代の秘密委員会決議と内容において大差はなかった。秘密委員会が消極的な農奴解放計画案をまとめた後も、内務省は、ヴィリノ県知事ウラジーミル・ナジーモフに改革案の建議を委託した他、省内で独自に積極的な農奴解放計画案「農民の生活状態調整のための一般原則」を作成し、ロシア政府による農奴解放審議を大きく前進させることに寄与した。秘密委員会は内務省案をナジーモフを加え審議の上、12月20日アレクサンドル2世は、ナジーモフ宛勅書を発布し、内相セルゲイ・ランスコイの補足文書を加え、農奴制廃止について、各県に設置した貴族委員会による審議を経て、ロシア全土で一斉に農奴解放を実施するという基本方針を確定した。1858年1月秘密委員会は総委員会（グラーヴヌィイ・コミテート）と改称され、本格的な解放審議を開始した。ロストフツェフは引き続き総委員会委員に任命され、同年8月農民問題研究の目的でプロイセンに派遣された。ロストフツェフは、プロイセンから皇帝に対して報告し、その中で農奴解放実施に関する原則を提出している。アレクサンドル2世はこのロストフツェフの報告を参考にして12月「指導原則」をまとめさせ「土地付き解放」へと転換を図った。1859年3月総委員会内に各県貴族委員会から提出された解放案の審議を目的に法典編纂委員会が設置され、ロストフツェフは議長に任命された。同委員会には、内務次官ニコライ・ミリューチンを始め、セミョーノフ、チェルカッスキー、ユーリー・サマーリンなどの解放推進派が多く任命された。しかしロストフツェフは、法典編纂委員会が審議を開始して間もない1860年2月18日に急死した。ロストフツェフの死後、法典編纂委員会は解放令原案を作成し、総委員会の審議を経て、1861年国家評議会で審議される。反対は多数を占めたが、総委員会議長のコンスタンチン・ニコラエヴィチ大公とアレクサンドル2世によって農奴解放令が発布された。