九州平定ののちも、長宗我部氏は天正18年（1590年）の小田原征伐、天正20年（1592年）から慶長3年（1598年）にかけての2度の朝鮮出兵に参加した。その間、香宗我部親泰は秀吉から大量の造船用材の供出を命じられ、元親自身も大船数艘の建造などを求められた。軍役等さまざまな負担は決して軽いものではなかった。その一方で元親は、この機会を利用し、支配体制の再編、検地の実施、慶長2年（1597年）3月には四男長宗我部盛親とともに分国法『長宗我部元親百箇条』を定めるなど諸法規の制定を含む新政策を次々に実行に移した。また、元親・盛親父子は、本拠地を岡豊城（高知県南国市）から大高坂山城（現在の高知城）、さらに浦戸城（高知市）へと移して、城下町の整備にも力を注いだ。
四国国分によって、四国全土が豊臣政権に組み込まれることとなり、河野氏や西園寺氏などの旧勢力は没落した。また、四国平定直後より各地で検地（太閤検地）が実施され、諸大名家の石高が確定して、領主にはそれを基準として軍役が課せられることとなった。さらに、中世的な諸城郭は破棄されて各地に近世城郭が築かれるようになった。秀吉の西国平定は九州地方を残すだけとなり、瀬戸内海の制海権をほぼ掌握することとなった。新たに四国へ入部した織豊系大名、毛利系大名はいずれも、中国地方に配された諸大名と合わせ「中国・四国衆」として、九州征伐の際には先陣をつとめることとなった。それは、在地勢力であった長宗我部氏も同様であり、戸次川の戦いに参陣した元親は嫡男信親を失っている。ただ、長宗我部氏も一方では、豊臣政権による公認を得て大名権力を強化し、近世大名への脱却をはかっている。元親は、天正16年4月（1588年5月）の後陽成天皇による聚楽第行幸の際には、関白秀吉の命令に違背しないことなどを誓い、「土佐侍従 秦（はた）元親」として朝廷の位階をうけ、他の諸大名とともに、豊臣政権を構成する大名間の序列を受け入れた。なお、九州平定後に沙汰された九州国分は四国国分とは異なり、西日本全域の平定を達成したのちにおこなわれたものであった。言い換えると、四国国分は九州国分と比較して、西国平定の過程のなかでなされた知行割りであったため、より流動的な要素が大きく、領主の交替も多かった。
豊臣政権は、大名統制策の一環として小早川隆景に伊予一国35万石を与えて独立した直臣大名として扱ったが、隆景は一旦毛利家に与えられた伊予一国をあらためて主家より拝領するというかたちを採り、毛利氏の一武将としての体裁を保った。河野通直の居城であった湯築城（愛媛県松山市道後町）に入城した隆景は、大津城（大洲市）に甥で養子の小早川秀包（毛利秀包）を配置するなど伊予の統治を開始し、新しい本拠地を整備して通直を道後に隠居させた。通直には、河野氏の旧家臣のほか西園寺公広や公広の家臣が臣下として配属された。なお、隆景の新しい本拠については、のちに松山城が築かれる松山市勝山の地とする説（川岡勉）と松山市三津の湊山城に比定する説（藤田達生）があり、さらに、その両者いずれにも難があると指摘する見解（内田九州男）もあって、所在地については定説がいまだ成立していない。このほか、毛利家の外交僧であった安国寺恵瓊には中予和気郡に3万3,000石、村上水軍出身の来島通総には中予風早郡1万4,000石、また、通総の兄得居通幸にも3,000石が与えられた。
元々ユース年代まではディフェンダーだったが、その後フォワードへ転身。2008年にジュビロ磐田に加入。チームが不調のなか30試合出場9ゴールと奮闘し、J1残留に導いた。前年度の活躍の結果、2009年も磐田でプレーすることになりシーズン当初から10節までで7ゴールを挙げるなど好調だったものの、7月26日の19節横浜FM戦で右膝前十字靭帯損傷、外側側副靭帯損傷、外側半月板損傷という重傷を負い、ブラジルに帰国して療養。長期離脱することになった。2010年シーズン、J1の公式戦が2010 FIFAワールドカップで中断する直前の5月16日の12節川崎戦で復帰し、前半2分で先制ゴールによる復帰弾を挙げた。この年のナビスコカップではカップ戦得点王となる活躍で、磐田のカップ戦王者獲得に貢献した。2011年限りでチームを退団することが決まった。ジュビロでの最後の試合となる、最終節の川崎戦では、2ゴールをあげ、マン・オブ・ザ・マッチにも選ばれ、チームの勝利の立役者となった。磐田には4年間在籍し、磐田に在籍経験のある外国人としては、ドゥンガの99試合に次ぐ、リーグ通算98試合に出場した。磐田退団後はブラジルのコリンチャンスに移籍が決まった。その後、同じくブラジルのスポルチ・レシフェに移籍。2013年、6月にJ1のヴァンフォーレ甲府への移籍が決まり、日本に復帰。加入直後から前線の一角として出場を続け、ゴールこそなかったもののチームの残留に大きく貢献した。2014年は開幕直後は負傷もあり欠場や途中出場もあったが、中断期後に福田健介が負傷離脱すると右ウイングバックにコンバートされレギュラーに定着。第25節の神戸戦では待望の加入後初ゴールを挙げる。出場停止や負傷が重なった終盤4試合こそ欠場したものの、2年連続の残留に大きく貢献した。シーズン終了後に、2014年限りでの退団が発表された。2015年8月から12月までFC岐阜に在籍した。2017年1月8日、アトレチコ・ゴイアニエンセからアビスパ福岡に完全移籍。シーズン終了後に退団した。