1988年、事件発生当時の大分地検次席検事であった弁護士の坂本杢次は回顧録『自身への旅』を著した。同著とマスコミの取材で、坂本は事件発生前から警察幹部とのやり取りで警察の関与の下で事件が起きるのを知っていたことを明らかにした。事件の2週間から3週間前、警察幹部が次席検事に情報源を秘匿したまま、爆発物の捜索令状をとるように依頼してきた。「情報源が共産党に潜入している警察官であることを感じた坂本は『情報源をはっきりさせて爆発物を押収せよ』と迫ったが、幹部は『されは無理だ。それじゃ仕方ないから予定の行動をとる』と言った。それを坂本は『それは危険だ。新聞記者にばれますよ』と注意したが、『大丈夫、ばれないようにやる』と答えたという」。さらに、起訴状にあった「氏名不詳の1人」についても、現職警察官であることを直感し、事件後その正体を警察幹部から知らされたと証言している。
Aは復職したのちに、警察大学校教授、警察庁装備・人事課長補佐を歴任しつつ、ノンキャリア組の限界とされる警視長まで昇任。1985年、警察大の術科教養部長を最後に退職した。さらに、退職後の1987年には警察共済組合の関連企業である「たいよう共済」の役員となり1995年5月まで勤め、続いて危機管理会社「日本リスクコントロール」へと天下りした。これらはノンキャリア組警察官としては異例の厚遇である。たいよう共済は警察職員とその家族を対象とした傷害保険の代理店であり、職員の大半を警察OBが占めている。次のわたり先である日本リスクコントロールもやはり警察OBが幹部を占める会社であった。Aの天下りは1989年10月25日の参議院予算委員会にて、日本社会党（現・社会民主党）の梶原敬義議員が、たいよう共済の常務にAが就任してることを取り上げて、公にされた。たいよう共済はパッキーカード（パチンコのプリペイドカード）を発行する「日本レジャーカードシステム」の資本金のうち、9%を出資していたため、折りしも国会で俎上に載せられていた「パチンコ疑惑」に絡んで暴露されたのである。
他方、起訴状によると駐在所に被告人が投げ込んだとされてきたダイナマイトについて、鑑定ではあらかじめ駐在所内部に仕掛けられていたことが判明し、警察の自作自演であることが明らかになった。共同通信記者やA巡査部長の証言と、この鑑定結果によって、1958年6月9日、福岡高裁は駐在所爆破事件について5被告人全員の無罪判決を言い渡し（ダイナマイト不法所持や刀剣類所持や傷害や脅迫の別件で3人が有罪判決）、1960年最高裁判所判決で確定した。この時警察による「潜入捜査」も認定されたが、爆破の実行犯は不明とされている。一方Aは潜入捜査中に日本共産党関係者から依頼を受けてダイナマイトを運搬して後に菅生事件の被告人となる男に渡した爆発物取締罰則違反で起訴される（駐在所に脅迫状を投げ込んた事件は公訴時効が成立していた）。一審は「日本共産党関係者から依頼を受けたダイナマイト運搬をしないとその後接触を絶たれて潜入捜査の任務を遂行できなくなり、またダイナマイト運搬は上司の報告しており、ダイナマイトを渡した後は可能な範囲で監視しており、潜入捜査をしている者の職責から期待可能性はない」として無罪。二審では期待可能性を肯定した上で有罪となったが、「ダイナマイト運搬に関する情報を警察の上司に報告したことが自首にあたる」として刑を免除された。有罪判決から3ヶ月後、警察庁はAを巡査部長から警部補に昇任させた上で復職させた。当時の警察庁人事課長は「上司の命令でやむを得ず関係した気の毒な立場を考慮した。今後も同じような犠牲者が出た場合を考えテストケースとしたい」と記者にコメントしている。
かねてから興業が奮わなかったABAは1975-76シーズンを最後に解散し、ネッツはナゲッツ、ペイサーズ、スパーズと共にNBAに加わった。この年ネッツはニューヨークからハドソン川を越えたニュージャージー州へと移転し、チーム名をニュージャージー・ネッツと改めた。NBAへの参加に際し、ネッツは300万ドルの加盟料を支払う義務を負い、市場が重なるニューヨーク・ニックスにも補償金として480万ドルを支払わなければならなかった。そのためネッツは、ジュリアス・アービングをフィラデルフィア・セブンティシクサーズに金銭トレードで放出するという苦渋の選択をする。300万ドルと引き換えにチームの大黒柱を失ったネッツは、その後長らく低迷することになった。ネッツのシーズン成績は数年にわたり勝率5割に届かず、たまにプレイオフに進出できたシーズンもそこで勝ち星を上げられなかった。ダリル・ドーキンス、バック・ウィリアムスらに率いられた1984年にはNBA加入後初のプレイオフに進出して、前年のチャンピオンのフィラデルフィア・セブンティシクサーズに1回戦で勝利しカンファレンス・セミファイナルまで進んだがミルウォーキー・バックスに2勝4敗で敗れた。84-85シーズンは42勝40敗だったがプレイオフ1回戦でデトロイト・ピストンズの前に3連敗で終わった。続く7年間はプレイオフに進出できず、8年間は勝ち越せなかった。1990年代初頭、ネッツはドラフトでデリック・コールマン、ケニー・アンダーソン、ポートランド・トレイルブレイザーズからのトレードでドレイゼン・ペトロビッチを獲得し、名将チャック・デイリーに率いられて約10年ぶりに43勝39敗と勝率5割に到達した。しかし、プレイオフでは1回戦を5試合まで戦い、復調を予感させてシーズンを終えた矢先の1993年6月、ペトロビッチが交通事故で死去するという不幸が起きた。翌シーズンには45勝37敗と前シーズンより勝ちを増やしたもののプレイオフでは1回戦で敗退、デイリーは監督職を退いた。翌1994-95シーズンは30勝52敗と負け越しプレイオフを逃すと、アンダーソンとコールマンはチームを去り、ネッツは再編の時代に入った。1996年にドラフトでケリー・キトルズ、シーズン中にトレードでサム・キャセール、翌シーズンのドラフトでキース・ヴァン・ホーンを獲得した。ネッツは1996-97シーズンの開幕戦で日本を訪れ、オーランド・マジックと2試合を行った。96年より大学界の名将ジョン・カリパリを監督に迎え、このシーズンは大きく負け越したものの翌シーズンは43勝39敗と勝ち越し。しかし続く1998-99シーズンの序盤で黒星を重ねたカリパリは解任された。シーズン途中でキャセールとのトレードでステフォン・マーブリーを獲得したが、このシーズンも負け越しで終わった。