ブルッキングズの町の名前は、ウェスタン・タウン会社に参加し、ミネソタ州とサウスダコタ州の州境から今日のブルッキングズ郡を抜け、ミズーリ川岸までの道路建設を監督したウィルモット・ウッド・ブルッキングズに因むものである。この地域では初めて建設されたそこそこの開拓地であるメダリーが1857年に組織化された。その場所はダコタ準州に含まれない初めの3か所に入っていた。ブルッキングズ市はメダリー開拓地の4マイル (6 km) 北に設立された。これは既存のメダリー、オークウッドおよびファウンテンのタウンシップを鉄道が通らず、その妥協の産物としてその間を抜ける経路を選んで建設されたためだった。1938年10月31日、銀行強盗ベニーとステラ・ディクソンがブルッキングズ第一国定銀行を襲い、47,233ドル（2008年の価値換算で714,654ドル）を奪った。この銀行の跡は現在ラム・レストランとオヘアズ・バーになっている。
1999年12月17日に公表された、運輸省航空事故調査委員会（当時）の報告書によれば、機長の一連の操縦操作が乱高下事故を誘発したと推定した。降下中に機長が行った一連の操縦操作が事故機の自動操縦装置の許容量を超えたものであったため、自動操縦装置が解除された。そのため事故機は機長の機首上げの操縦に抑制的に働いてきたが、解除されたことで急激なピッチアップが生じ、その後のピッチの安定を図るための機首上げ、下げの操縦操作とMD-11の縦安定特性の相互関係が、ピッチの変動を持続したため乱高下した。このように機長が操縦した原因について、機長はボーイング747クラシックからMD-11へ機種移行したが、在来型に比べハイテク化されたMD-11の飛行特性を充分に認識していなかったためとされた。また負傷者のうちシートベルトを事故時に着用していたのは軽傷者の1名であり、他の負傷者全員が未着用であったことから、シートベルトの未着用が負傷者が出た原因と指摘している。事故機MD-11の自動操縦装置は、乗客の快適性のために動作が緩慢であった。そのうえ巡航中に主翼内の燃料の一部を水平尾翼に移して重心を後部に移動させて燃費を向上させており、降下に転じると、操縦の安定性を増すために燃料を主翼に戻し重心を元に戻すシステムを採用していた。そのため、巡航中に不意に自動操縦が外れた場合、操縦安定性が低く危険な状況を招きやすいとの指摘があった。また1996年までに今回と同様の事故が5 回以上も発生しており、メーカーのマクドネル・ダグラス（現ボーイング）から運航と整備に関する改善情報 (SB) が出されていたにもかかわらず、日本航空は本格的な対策をしていなかった。一方で機長組合側の反論では、機長の操作で自動操縦が解除されたのではなく、それ以外の要因が原因であると指摘している。それによれば、自動操縦装置の強制解除については、MD-11では自動操縦装置をオーバーライドにより解除するためには、操縦桿に約50ポンド (22 kg) 以上の負荷を少なくとも1秒かけなければならず、CWS（操縦桿にかかっている負荷のデータ）に記録されているデータを見ると、明らかに負荷をかけて解除に至るまでのタイミングが異なっていた。また、解除前に起こった速度の増加を抑えるため、機長は片手で操縦桿を、もう一方の手でスピードブレーキを握っていただろうと考えられ、片手で22 kg以上の負荷を1秒以上かけるというのは困難で、機長の操縦により自動操縦装置が解除されたとはいいがたく、また、たとえ機長が無理やり操縦桿を引いたとしても、MD-11型機にはピッチレートダンパーと呼ばれる垂直方向安定化装置が備わっているため、急激な機首上げには至らないとしている。自動操縦を無理に解除するときに働くACO (Automatic Cut Off) がそのときは働いていなかったとしている。さらに、解除後の上下動も計器の記録を分析すると、約3秒の周期で規則的に上下しており、コックピットでは7メートルの高さを1.5秒で行き来するエレベーターに乗るのと同じで、1.5秒間にわたり2.5 Gがかかった後、一気に1.5秒間にわたり -0.5 Gの力がかかり、また2.5 Gがかかるという状態が5回以上続いたとされる。たとえベテランのパイロットでも到底このような周期的な上下動をしかも急激なGの変動の中で操縦するのは不可能であり、機長本人も「まるでロデオのように振り回されるような感じで何がおこったのか認識できなかった」と述べている。当時紀伊半島上空では冷たい空気と暖かい空気の境界で乱気流が発生していた可能性があり、降下中の機体がそこに差し掛かると、急激な気温、気圧、速度、風向、風速、姿勢の変化が起こり、それらの情報をもとに各尾翼に指令を出して自動操縦をつかさどるFCC (Flight Controll Computer) に短時間に多様な変化の情報が入ってくるため、FCCに過大な負荷がかかり、自動操縦装置が一時的に解除され、安定した飛行状態を維持できなくなり、急激な機首上げが起こった可能性が高いとしている。実際に事故機はその後も同じような情況で乱高下する現象を2度おこしたという。航空事故調査委員会が実際にフライトシミュレーターによる実験を行った結果、今回のような機長のオーバーライドによる自動操縦装置の解除及び急激な機首上げは起こらなかったと報告していることから、この仮説のほうが信憑性が高いと思われる。また、事故機となったMD-11だが、いわゆる第四世代ジェット旅客機（アドテク機）の中で最も事故発生率が高かったとの指摘もあった。同時期に就航した（400機以上生産された）ボーイング777とエアバスA340は、運航中の全損事故はいずれも1-2件のみである（前者が2008年のブリティッシュ・エアウェイズ38便事故、2013年のアシアナ航空214便着陸失敗事故、後者が2005年のエールフランス358便事故）が、MD-11は総生産数200機に対し2010年までに全損事故が8件発生しており、相対的に信頼性が低かったと言える。