本作はストーリー前半の舞台『浮遊大陸』と、ストーリー後半の舞台『地上世界』の２つの舞台が存在する。※町名およびダンジョン名の英語表記については、北米版『FFIII（DS）』の攻略本（Ken Schmidt『Final FantasyIII Official Strategy Guide』 2006年）に依拠する。ただし、「山頂へ続く道」は名前が変わってしまっているのでこの限りでない。
セレクトボタンを押すことによって、移動中に表示されるプレイヤーキャラクターを任意のものに切り換えることができる。ただし、死亡もしくは石化状態になっているキャラクターは表示されない。死亡したキャラクターは、メニュー画面のアイコンが十字架と「DEAD」の文字になる。
武器には、空・石化・火炎・電撃・冷気・HP吸収・回復・暗黒の計8種類の「攻撃有効属性」が存在する。これらの属性が付加されている武器は、以下のような効果を有する。空・石化・火炎・電撃・冷気・回復・暗黒の属性は、これらの属性を弱点にしている敵に対して効力を発揮するが、耐性を持っている敵に対しては武器本来の力を発揮できず、場合によっては敵を回復させてしまうこともある。また、暗黒の属性は、分裂系モンスターの分裂を防ぐ効果もある。特徴的なものとして、HP吸収の属性は、その名の通り、敵のHPを吸収する。どのジョブでも、無条件で、武器（弓と竪琴を除く）を左右の手にそれぞれ装備することができる。同様に、盾を装備できるジョブにおいては両手に盾を装備することも可能である。前作では、防具に「重量」が設定されていたが、本作ではそれがなくなっている。
宇和島藩では安政2年（1855年）と明治4年（1871年）の2回にわたり無礼討ちが起こっている。前者は藩命による直々の無礼討ちであるが、後者は日本最後の無礼討ちと伝わっている。安政2年の件では、宍戸甲太郎という武士が差料を奪われそうになり、何とか守ったが鞘を奪われたために面目を失い、藩の助けを得て元助・幸兵衛という犯人を討った。宍戸の腕はかなり未熟で、何度も斬りつけてようやく討ち果たしたといわれ、「見事と申すほどにはこれなく」とある。明治4年の件では、宗紀の側近須藤頼明が百姓丑松を斬ったとされるもので、佐伯橋で須藤と丑松が出くわした際、酔っていた丑松が須藤の通路をふさぐ悪戯をした。このため須藤は注意したが、丑松は相手が若侍と面罵したため、野次馬が集まる前で丑松を一刀の下に斬り捨てた。ちなみに、無礼討ち禁止令は明治4年（1871年）8月17日に出されているため、日本最後の無礼討ちとも伝わっている。
宇和島藩には砲術に6つの流派があったが、宗城は最新の砲術を導入し、これを威遠流として一元化した。また宗城は、古来より軽卒の武器であった鉄砲を下級・上級を問わずに習熟するように命じ、弓組を鉄砲組に改編した。宗城は何度も軍事訓練を繰り返し、大砲の試射を自らも行うほど熱心だった。また軍隊を洋式化し、銃隊をイギリス式、砲隊をオランダ式にした。宗城は造船技術にも熱心に興味を示し、細工師の嘉蔵（前原巧山）を用いて長崎に留学させるなどしている。
宇和島藩は成立当初から財政が苦しかった。豊臣時代に戸田・藤堂と替わり、さらに徳川時代に富田・幕領と目まぐるしく交代したためであり、そのため領地は著しく疲弊していた。このため、仙台藩から3万両とも6万両ともいわれる借財をしたが、その返済、さらに吉田分知による3万石の喪失とその後の高直しによる10万石の石高復帰とそれによる幕府普請の負担増大などがあり、宇和島藩の財政は火の車であった。歴代藩主による藩政改革も打ち続く天災などで効果が見込めず、幕末になると宗紀・宗城・宗徳3代のトロイカ体制のためにさらに財政支出は増大し、幕末には藩財政は領民からの献金で遣り繰りする始末であった。宗城は財政難打開のため、安政3年（1856年）に宇和島に物産方役所を設置し、特産品の開発製造販売に取り組み、朝鮮人参の栽培、寒天の製造、藩内の産物研究に取り組んだ。蒸気船に興味を示す宗城は、これからは石炭が重要になることも見据え、福岡藩から技師を招いて石炭の埋蔵調査も行っている。物産方は蝋・茶・銅・肥料・海藻など多くの品目を扱ったが、いずれも藩を潤すほどの実は上げられなかった。
11月－千石撫子はクチナワの怪異と同化し蛇神となってしまう。撫子が阿良々木暦を殺そうとしたその時、恋人の戦場ヶ原ひたぎは自分の命と引き換えに暦の命を助けてくれるように懇願した。ひたぎは撫子と取引をし、4ヶ月の猶予をもらう。－そして2ヶ月が経過した1月1日。ひたぎは一つの決断をする。1月1日、詐欺師の貝木泥舟はかつて騙した少女の戦場ヶ原ひたぎからの電話を受ける。「騙して欲しい人間がいる」、と。咄嗟に沖縄にいるからと嘘をついて断ろうとする貝木だったが、ひたぎは沖縄にまで来ると言い出し、会うことになってしまう。話を聞くと騙す相手は千石撫子という少女らしい。撫子は蛇神となり、ひたぎとその彼氏である阿良々木暦を卒業式の日に殺すと予告しているという。あと74日の間に何とか彼女を騙し、ひたぎと暦の命を助けられないだろうか、という依頼だった。かつてひたぎの「奇病」を治す手助けをした怪異の専門家である忍野メメも行方不明となり、海外にまで探しに行っているが見つからない。こうなったらと藁にもすがる気持ちで貝木に依頼したのだと言う。気の進まない貝木だったが、彼なりの考えからこの依頼を引き受けることになる。詐欺師・貝木の「神様騙し」という一世一代の大仕事が始まる。