自白によれば、Aは犯行の4、5分前に校庭で小学校時代の同級生Cと出会い、自分から声をかけて言葉を交わしたという。これについて若穂井は、直前に現場で友人に出会って自分から和やかに会話しておきながら、直後に犯行に及ぶことは犯人の心理として考えられない、と主張した。直接の殺害行為についてもAは、ナイフを長ズボンと靴下の下に隠し持ち、Bを追いかけながらナイフを右手で抜いたが、鞘は靴下の中に残ったと自白している。ところが若穂井によれば、その自白には、一旦立ち止まる、ズボンをたくし上げる、屈んで左手で鞘を押さえる、などの不可欠な動作が欠けている。また、騒がれたら逃げるつもりであったと供述している一方で、わざわざ自転車を降りて走ってBを追いかけたと述べている。事件後の行動についても、犯行現場から逃走するならば、最も近い南門から逃走するのが自然であるにもかかわらず、Aはわざわざ校庭を横切って最も遠い東門から逃走したと自白している。Aは、犯行後は付近の書店とスーパー（ナイフを購入した店舗）で漫画などを立ち読みし、母がパート勤務から戻って家に入れるようになる17時過ぎに帰宅してから、自室で手に血が付いていないか確認したと述べている。これについても若穂井は、犯行直後に雑踏の中で悠然と立ち読みをし、帰宅するまで返り血について確認もしないということは考えられない、と訴えた。さらに、Aはスーパーで立ち読みしている際、クラスメイトに背後から目隠しされ「誰か僕を捕まえに来たのかとびっくりしてしまいました」と述べている。しかし、その印象的な内容にもかかわらず、Aは取調官からこの事実を指摘されてもなかなか思い出せなかった。また、Aを驚かせたクラスメイト当人も、その時のAにまったく驚いた様子はなかったと証言している。また、Aは事件の翌日、マスコミが事件を大々的に報道している最中にもかかわらず、テレビ番組の公開放送に参加している。さらに、自白ではAは、凶器のナイフの鞘は自室のゴミ箱に捨てたとされるが、これらの行動は犯人の行動として無防備過ぎる、と若穂井は言う。
Aに対する取調べは和やかに行われ、「お前がやったんだろう」などとは一度も言われなかったということは、A当人も小笠原も認めている。一方、Aには過去にも、やってもいない罪を認めた前歴があった。そして、本件でAがなした自白に対しても、弁護側からは多数の疑念が呈されている。
若穂井は、かつての審判では全記録を複写する時間も費用もなく、Aの自白と客観的事実との間にある矛盾に気付くことができなかった、と語っている。そして、ナイフの出現の他にも数々の証拠がAの無実を指し示している、と主張する。
その後、県警本部鑑識課による鑑定で、新発見されたナイフからはAの右手中指に「類似」する指紋が検出された。鑑定を行った鑑識課吏員によれば、鑑識の内部基準では12か所の特徴点が一致しなければ同一指紋とは断定できないため、5か所の特徴点が一致する本件の場合は「類似」という鑑定結果に留めたという。これについて若穂井は、確かに、不特定多数の指紋から犯人を割り出す鑑識活動の場合には、厳格な鑑定基準が要求されるが、本件は物件に特定人物の指紋が付着しているかどうかの鑑定であり、特徴点が5か所も一致する以上、新発見されたナイフをAのものと認めることに差し支えはない、と主張した。
Aは、このナイフを「ただなんとなく」靴下の中に隠し持って小学校に行き、事件当日13時頃も校庭にいたことを認めている。しかし、その後何事もなく帰宅し、夕方に布団包みの包装紙の間からナイフを押し込んで隠したのだという。なぜ自白を維持したのか、という問いに対してAは、捜査員から「ナイフはどういう風に刺さっていたの」というような聞かれ方をしたので、報道で見聞きした情報を話していっただけで、当初はそもそも自白した意識すらなかった、と述べている。逮捕されて初めて自分が疑われていると分かったが、一旦自白してしまった以上は覆せないと思い込み、付添人である若穂井の問いにも、同じことを何度も聞かれていたので答える気にならなかったという。一方でAは、鑑別所の同房者たちが微罪ですぐに出て行ったので、自分もすぐに帰れると思ったと述べる反面、（非行歴がないのになぜそう考えたのかは不明だが）少年院に入っても1年程度で出てこられると思ったとの説明もしている。布団包みのナイフについて黙っていた点についても、後の再審判廷では「一層疑われると思った」からとしか述べていない一方、後には「警察で見せられたナイフが布団包みのナイフと同型とは感じなかった」と別の説明もなしている。
一方、父・則義は向学心やまない娘のため、知人の和田重雄のもとで和歌を習わせた。1886年（明治19年）、父の旧幕時代の知人である医師の遠田澄庵の紹介で、中島歌子の歌塾「萩の舎（はぎのや）」に入門。ここでは和歌のほか千蔭流の書や王朝文学の購読を学んだ。萩の舎は当時、公家や旧大名などの旧体制、明治政府の特権階級の政治家・軍人の夫人や令嬢らが通い、門人は千人を超える歌塾だった。士族とはいえ下級役人の娘だった一葉は平民の伊東夏子、田中みの子と仲良くなり「平民三人組」と称した。入門の翌年、二月に行われる新春恒例の発会が近づくと、令嬢たちの晴れ着の話題など、着物の話はとても下級官吏の娘が競える内容ではなかった。一葉は気おくれしながらも親が借りてきた古着で出席した。この発会の歌会で一葉は最高点を取っている。名家の令嬢であった田辺花圃（本名・龍子）は「思い出の人々」という自伝の中で、「萩の舎」の月例会で、友人と床の間の前で寿司の配膳を待ちながら「清風徐ろに吹来つて水波起らず」という赤壁の賦の一節を読み上げていたら、給仕をしていた猫背の女が「酒を挙げて客に属し、明月の詩を誦し窈窕の章を歌ふ」と口ずさんだのに気付いて、「なんだ、生意気な女」と思っていたら、それが一葉で、先生から「特別に目をかけてあげてほしい」言われて紹介されたと、初めて一葉と会ったときのエピソードを紹介し、一葉は女中と内弟子を兼ねた働く人のようだったと書いている（このとき一葉15歳、花圃18歳。のちに2人は萩の舎の二才媛と呼ばれた）。このように入門当初は才気煥発なところを見せていた一葉だったが、周囲との格差から次第に内向的になり「ものつつみの君」と呼ばれるようになった。