1797年、ヴェネツィア共和国がカンポ・フォルミオ条約で地図上から消されると、パドヴァはオーストリア帝国へ割譲された。1814年にナポレオンが退位すると、市はロンバルド＝ヴェネト王国の一部となった。オーストリアは、北イタリアの進歩的集団に人気がなかった。パドヴァでは1848年革命が学生暴動となり、2月8日には大学とペドロッキ・カッフェ（世界最大のカフェ）が、学生とパドヴァ一般市民が敵味方に別れた戦闘の場となった。オーストリア支配下で、パドヴァは産業発展を始めた。最初の鉄道軌道、パドヴァ＝ヴェネツィア線が1845年に建設された。1866年、コニッグラッツの戦いで、イタリアは旧ヴェネツィア共和国領とヴェネトの残りからオーストリアを押し出す機会を得た。これらの領土はイタリア王国へ併合された。
1405年にパドヴァはヴェネツィアの元へ下った。それは1797年にヴェネツィアが没落するまで続いた。カンブレー同盟戦争時代、1509年に市の支配者が事実上変わった時期がある。1508年10月10日、教皇大使、フランス王国、神聖ローマ帝国、スペイン王国が反ヴェネツィア共和国のカンブレー同盟を締結した。その同意内容は、イタリアにおけるヴェネツィア領の完全な解体、条約調印国の間での分割であった。皇帝マクシミリアン1世はヴェローナとその他領土に加えてパドヴァを受け取ることになった。1509年、帝国軍によってわずか数週間でパドヴァは陥落した。ヴェネツィア軍は素早く奪還し、帝国軍の包囲戦にパドヴァを守り抜くことに成功した。パドヴァは、文民であるポデスタと、軍人である隊長を務める2人のヴェネツィア貴族によって統治された。どちらも16ヶ月の任期であった。これらの統治者のもと、大小議会が自治政府の実務を果たし続け、パドヴァ法を施行した。国庫は2人の出納官が管理した。5年ごとに、パドヴァ市民は地元貴族の一人をヴェネツィアへ公使（nunzio）として派遣した。公使となった貴族はヴェネツィアに住み、生まれ故郷の問題を見つめていた。ヴェネツィアは、パドヴァを新しい城壁で防衛強化した。そこには長く世に残る門の一連があった。
828年のエクス＝ラ＝シャペル議会で、パドヴァの含まれるフリウリ地方にある公領と辺境侯領は4つに分割され、その一つがパドヴァ公領となった。北イタリア都市がカトリック教会主権の下にあった時代、パドヴァは非常に重要とも活発だともみられていなかった。叙任権闘争を通じた政策の一般的な傾向は、皇帝優位であり教会派ではなかった。司教は大半をドイツ人が占めていた。中世最盛期の大事件は、899年に起きたマジャール族のパドヴァ略奪である。パドヴァがこの痛手から立ち直るまで何年もかかった。
古代後期以後のパドヴァ史は、イタリア北東部の多くの都市がそうであったのと同じ過程を辿った。パドヴァは452年、アッティラが指揮するフン族の侵攻を受けた。次にはゴート族のオドアケル、テオドリックの支配を受けた。しかしゴート戦争（en）の間の540年に、東ローマ帝国へ従属した。パドヴァはその後再度トーティラによって略奪・破壊されるが、568年に東ローマ将軍ナルセスによって帝国領へ復帰した。その後、ロンゴバルド族の支配を受けた。601年、パドヴァはロンゴバルド王アギルルフ（en）に対し反乱を起こした。12年に及んだ長く血塗られた包囲戦後、アギルルフ王によって略奪され市は焼かれた。古代のパドヴァは消滅してしまった。古代の円形演技場の遺跡と、一部の橋の基礎部分が、ローマ時代から現代まで残っている。パドヴァ市民は丘陵地帯へ逃れ、廃墟の中で細々と暮らすために戻ってきた。年代記によれば、支配階級はラグーナのために市を見捨てた。アギルルフの蛮行からの復興はたやすくなく、ロンゴバルドの次にフランク王国が北イタリアの覇者となっても、パドヴァはかつての栄光の失せた小さな町に過ぎなかった。
ノーサンプトン伯スペンサー・コンプトンの末子として生まれ、オックスフォード大学ザ・クイーンズ・カレッジに通学した後グランドツアーでヨーロッパを旅行して回りイングランド軍に入隊したが、聖職を志して軍から離れ、ケンブリッジ大学入学、オックスフォード大学への再入学で職を転々としながら生計を立てて宗教を学び、1674年にオックスフォード主教に選ばれ、翌1675年にロンドン主教に選出された（オックスフォード主教は1676年に交代）。イングランド王チャールズ2世に枢密院議員に取り立てられ、姪でヨーク公ジェームズ（後のジェームズ2世）の娘メアリー（後のメアリー2世）とアンの教育を託されプロテスタントとして養育した。1677年のメアリーとオランダ総督ウィレム3世（後のウィリアム3世）の結婚式も執り行っている。しかし、イングランド国教会以外のプロテスタント（非国教徒）には寛大だったが、カトリックに対しては強硬派であり、ジェームズ2世がカトリック教徒の寛容を進めることに反発してジェームズ2世を諫めたが聞き入れられず、1686年に枢密院を除名され翌1687年に停職処分となり、カトリックの勢力拡大に危機感を抱きウィレム3世に接近していった。1688年、シュルーズベリー伯チャールズ・タルボット、デヴォンシャー伯ウィリアム・キャヴェンディッシュ、ダンビー伯トマス・オズボーン、ラムリー男爵リチャード・ラムリー、エドワード・ラッセル、ヘンリー・シドニーら6人の貴族と共にウィレム3世に招聘状を送り、オランダ軍がイングランドへ上陸（名誉革命）、ロンドンへ進軍するとロンドンからアンを脱出させオランダ軍との合流を手引きした。翌1689年にウィリアム3世・メアリー2世の戴冠式で王冠を授ける役目を果たし、恩賞として枢密院に復帰した。復帰後はアメリカの植民地に目を向け、メリーランドとバージニアに布教を進めメリーランドに聖公会を建設、バージニアに派遣した宣教師ジェイムズ・ブレアの建言で1693年にウィリアム・アンド・メアリー大学が設立されると1693年から1700年に学長を務め、1707年から1713年まで再び学長となり布教に尽くした。アンの治世では1707年のスコットランドとイングランドの合同条約締結の委員を務めた。1713年、81歳の高齢で死去。遺産として息子ジョンにメリーランドの土地が寄贈された。また、甥のスペンサー・コンプトンは後に首相に就任している。