中国政府は、日本の大虐殺派（南京事件調査会など）がかつては「20万以上」と暗に30万を包容していたのを「20万以下」と切り下げたのに対して、距離をとるようになり、新たに松岡環らを支援し、2004年には南京大虐殺紀念館が松岡を表彰した。時沢和男は「中国人の批判を百パーセント受け入れる人間を作り出す」ことが新しい親中グループの目的であるとしている。秦郁彦は、もはや学術論争から、歴史認識を巡って法廷闘争も伴う政治的紛争へ移行しつつあると述べている。一方、中国政府が日本の大虐殺派に不信を感じ距離をとったため、板挟みとなった笠原十九司は、「南京大虐殺よりも重大で深刻な」三光作戦を裁くべきだと方向転換を示唆した、と秦から評されている。
東中野と吉田裕の論争をうけて、2001年に佐藤和男が新たに戦時国際法上合法説を展開した。2001年11月には北村稔が『「南京事件」の探究―その実像をもとめて』（文春新書）で、南京虐殺事件を当時報道したハロルド・J・ティンパーリが中国国民党宣伝部と深い関係にあり、報道はプロパガンダ（戦時宣伝）であったと主張した。東中野は、30万という大量虐殺説はほとんどの歴史家・専門の歴史研究者の間では受け入れられる傾向はないと主張し、2008年に日本「南京」学会は12年にわたり「南京事件」（「南京虐殺」）に関する1次資料を調査研究した結果、「南京虐殺」はなかったと主張した。2009年には新路口事件の生存者夏淑琴から提訴された名誉毀損裁判で、東中野修道側の敗訴が最高裁で確定した。中間派の秦郁彦は2007年7月に、マボロシ派と中間派の影響力が伸びて、大虐殺派は低落しつつある、と評した。一方、2007年12月に、大虐殺派の笠原十九司は、「虐殺虚構」「まぼろし説」の破綻は決定的となり、「あったか」「なかったか」というレベルでの論争は学問的にはほぼ決着がついたと主張している。
2000年3月、歴史学者Tien-wei Wuによってサンフランシスコで中国ホロコースト博物館（Chinese Holocaust Museum）が開館した。3月8日から4月2日にかけて同博物館は写真展「第二次大戦中の中国における忘れられた残虐行為」をカリフォルニア州立大で開催。7月には全米規模の博物館として「中国人ホロコースト博物館（Chinese Holocaust Museum）をワシントンD.C.に建設することが在米華僑会合で発表され、中国外務省、台湾経済文化省もこのキャンペーンに協力すると述べた。しかし、サイモン・ウィーゼンタール・センターのエイブラハム・クーパーから「ホロコースト」という単語は旧約聖書のもので、中国人の虐殺は聖書からは遠いので不適切であるといわれたので、その単語を使うのは控えて「ヒューマニティー」にして、日本軍による被害を受けた中国人以外のアジア諸国も含めたミュージアム・オブ・ヒューマニティー（Museum of Humanity 人類の博物館）を建設し、中国、朝鮮半島、台湾、東南アジア、連合軍戦争捕虜、731部隊を展示すると発表された。
2003年4月28日より百人斬り競争裁判が始まり戦犯として処刑された野田・向井の遺族が死者への名誉毀損にあたるとして毎日新聞、朝日新聞、柏書房、本多勝一らを訴え、2006年12月22日に最高裁で原告側の敗訴が確定した。
2000年代の日中政府の動向としては、2001年4月28日、中華人民共和国国防教育法が成立。8月、小泉純一郎首相が靖国神社を参拝し、中国が反発。9月18日には九・一八博物館がリニューアルオープンし、この年には中国各地で抗日戦争催事が開催。10月8日、小泉純一郎首相は抗日戦争記念館を訪れ「改めて戦争の悲惨さを痛感しました。侵略によって犠牲になった中国の人々に対し心からのお詫びと哀悼の気持ちをもって」展示をみたと述べた。2005年の日中外相会談に際し、小泉政権の町村信孝外務大臣が日中歴史共同研究を提案し、2006年の日中首脳会談で歴史共同研究を行うことが決まり、共同研究が実施された。2010年1月に報告書が発表された。
1998年8月、東中野修道は『「南京虐殺」の徹底検証』を発表し、捕虜や投降兵などの殺害が行われたことは認めたうえで、それは戦時国際法に照らして合法であり便衣兵狩りを虐殺とみなすべきではないと主張した。東中野の国際法理解は誤りとする大虐殺派の吉田裕との間で戦時国際法についての論争が行われた。東中野は吉田に論破され、以後東中野はこの問題に言及しなくなったと笠原十九司は評している。
『ネフェルティティの胸像』が最初にCTスキャンで調査されたのは1992年のことで、このときは5mmごとに断層撮影が行われた。2006年にはエジプト美術館館長ヴィルドゥングが、以前に胸像が展示されていた旧博物館 (Altes Museum) とは異なった照明のもとで、首すじのしわと目の下のたるみが胸像に表現されているのを発見し、胸像の作成者が老化の兆候を表そうとしたのではないかと考えた。このヴィルドゥングの発見はCTスキャンによって確認され、トトメスが彫像を完成させるために後から頬と目に石膏を追加していたことが判明した。ベルリンの画像科学研究所 (Imaging Science Instituts) の所長アレクサンダー・フッペルツの指揮で2006年に実施されたCTスキャンでは、ネフェルティティの顔に表現されているしわが胸像内部の石灰岩にも彫りこまれていることが判明しており、このときのCTスキャンの結果が2009年4月の『Radiology journal』で公表されている。トトメスは石灰岩の芯の上に何層もの石膏を重ね、胸像の口元、頬、鼻の部分にはしわ状の折り目がつけられており、これらの折り目や石膏の凹凸は化粧漆喰で胸像表面を覆うことで滑らかにされている。フッペルツは「当時の理想美」を表しているのではないかとしている。2006年のCTスキャンは1992年のそれよりもはるかに多くの情報をもたらし、化粧漆喰の1、2mm下の微妙な細部までが明らかになった