1943年9月9日、アジャクシオはナチス支配を脱した。同年10月8日、ド・ゴール将軍はアジャクシオに到着した。占領時期、住民と行政に保護されたためユダヤ人のコルス移送は遂行されなかった。これは、諸国民の中の正義の人の称号をコルスが名乗る資格があることを意味する（フランス本土でこの称号を名乗ることができるのはオート＝ロワール県のシャンボン＝シュル＝リュニョンだけである）。この件は2010年現在調査中である。20世紀半ば以降のアジャクシオは重要な成長をとげ、人口が増加し、スプロール現象が起きた。現在コルスの中心地、島第一の都市圏として、真の地域圏中心地になろうとしている。
1553年から1559年にフランスに占領された後、カトー・カンブレジ条約でコルスはジェノヴァが取り戻した。1768年、ヴェルサイユ条約が締結され、ジェノヴァがコルスをフランスに債務の担保として譲渡し、コルスはフランスに帰属することとなった。1768年にボルゴにてコルス愛国者がフランス軍を破り、1769年にはパスカル・パオリが降伏してからのことであった。1793年から1796年の間、イギリスの支援を受けたパオリがコルスを実質統治していた。アジャクシオ（アヤッチュ）出身のナポレオン・ボナパルトが帝政を敷くと、彼はバスティアではなくアジャクシオを県唯一の首府とした。19世紀から20世紀のアジャクシオの成長はバスティアに追いつき、島で最も人口の多い都市となった。19世紀のアジャクシオは、モナコ、カンヌ、ニースのように、上流社会、特にイギリス人たちに人気のある冬のリゾート地となった。聖公会の教会でさえ建設された。フランス初の少年刑務所は、1855年にアジャクシオに設置された。そこは8歳から20歳までの非行少年を矯正させるコロニーであった。1866年に閉鎖されるまで、フランス全土から1200人の少年たちがここに集められた。そのうちの160人が嘆かわしい衛生状態や、彼らが浄化作業を行うこととなっていた不健康地帯でマラリアの犠牲となって死んだ。
8世紀からまちは、コルスの他沿岸地域のほとんどから、急激に姿を消してしまった。しかし我々は、城と大聖堂が1492年にすでにあったこと、大聖堂が1748年に解体されたことがわかっている。1000年頃、ピサが島を征服した。15世紀後半から、サン・ジョルジョ銀行の権威の下にあったジェノヴァ共和国が島南部の支配権を主張しようと、アジャクシオ（アヤッチュ）の再建を決めた。1492年に工事が始まり、彼らは要塞の町を建設した。発展したアジャクシオは地域の行政首府となった。一方でバスティアは島全体の中心であった。初期の植民地は排他的にジェノヴァ人のみを受け入れた。ルニジャーナ地方（リグーリアのマグラ川流域）から100家族が入植し、1510年にはブオナパルテ家（ボナパルト家）の姿があった。実質的にフランスが征服するまでの間、徐々にコルス人を受け入れていった。アジャクシオ（アヤッチュ）住民はジェノヴァ共和国の法的市民であった。
アジャクシオ（アヤッチュ）の名は、紀元2世紀のギリシャ人地理学者プトレマイオスの記述に残っていない。近くのCinarcaにあるOurkinionの地名が記されているにもかかわらずである。近年より多くの発掘調査がなされ、アジャクシオの都市としての規模を上方修正させる可能性が高い、古代半ばから中世初期にかけての、初期キリスト教時代の重要な遺跡が発見されている。ローマ帝国時代の名はAdiaciumであった。アジャクシオは教区が置かれるのにふさわしい状態にあったと、591年にローマ教皇グレゴリウス1世が言及している。この時代のアジャクシオは、後にジェノヴァ人たちが選んだ場所よりもさらに北に位置していた。ローマが衰退すると、最初ヴァンダル族が、次いでロンゴバルド族が島を征服した。
コルス南部、島西岸に位置する。アジャクシオ（アヤッチュ）の町は、サンギネール諸島を含むパラタ岬とグラヴォナ川河口に挟まれた湾の北側にある。多くの海水浴場や入り江が、特に頑丈な西側に沿って広がる。
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