1989年のFM802（JFL）開局以来、聴取率で802の後塵を拝することになる。そこで平日の帯番組をリニューアルして巻き返しを図る。キャッチコピー「EASY851」（イージーはちごーいち）を採用し、FM802に対抗し、さらには在阪AM局（朝日放送ラジオ・MBSラジオ・ラジオ大阪）から若年層のリスナーを奪うこととなる。特徴的な番組としては、学生をターゲットにした早朝の『ミック宮川のASA-REN 5』、女性リスナーへ向けた『若宮テイ子のBREAKFAST CLUB』や『JAC851』、帰宅時間に放送する梅田マルビル内タワーレコード梅田店から公開生放送『Jay-Land Shuffle』、金曜日午後の『COUNT DOWN KANSAI TOP100』、洋楽専門『GETSU-MOKU19』が挙げられる。1990年代後半は一貫してスペシャルウィーク（聴取率調査週間）は『Hit Parade』として展開した。新事業としてラジオショッピング『ラジマート』、DJ養成スクール（FM Osaka DJアカデミー）を立ち上げた。特にDJ養成スクールでは自局をはじめ、地方局の番組で活躍しているDJを多数輩出している。選曲ではFM802が一切流さないアイドル（ジャニーズなど）の楽曲を積極的に流したほか、ブレイク前からシャ乱QやJUDY AND MARYを強くプッシュしていた。また1990年代後半の声優ブームの時には椎名へきるもプッシュしていた。こうして、802との差別化を図り、さらにはAM局の深夜番組を苦戦に追いやっている。また、1989年度春季の編成でそれまで平日の放送は長年6:00開始、翌朝3:45終了（週末は終了時刻が変則）だったものを、日曜深夜～月曜未明を除いて5:00を1日の基点とした24時間放送に移行した。大阪府を拠点とするFMラジオ局ではNHK、民放を通して初めての終夜放送となった。
史跡の指定された後もこの古墳の危険な立地状態は変わらず、1996年と2000年の2回にわたって直前の崖面が小規模崩落し、2006年5月には大規模崩落を起こすなど、古墳にとって非常に危険な状態が継続する。そこで高松市はその対策として1997年と1998年の2年間にわたって5000万円を予算化したものの、神社などと施工方法について折り合いがつかず、結局施工は出来なかった。2008年度から高松市教育委員会による復元整備事業が計画されており、今後は古墳の麓に建設中の都市計画道路（高松市道木太鬼無線）の残土を使用して土盛り造成工事を行い、崖を解消する予定である。
1989年（平成元年）8月14日には国指定の史跡「石清尾山古墳群」に追加指定され、古墳区域は公有化されるなど、文化財としての保存が始まる。一方、直下で採石をしていた四国砕石工業に対しては史跡指定時に高松市が約1億1000万円の採石権消滅の損失補償を行い、県に採石業廃止届を提出したものの、その後も1996年ごろまで採石を続けていた。
1961年（昭和36年）、香川県の認可を得た四国砕石工業がこの古墳の直下で採石を開始した。採石場となった直下の斜面一帯は露天掘りの要領で大幅に削られ始める。すると、この斜面のピークに位置する古墳では、すぐ脇にまで断崖絶壁が迫るようになり、遂には古墳自体の後円部も土壌と一緒に削られる至った。そのため、1980年（昭和55年）に高松市は四国砕石工業に対して採石の中止を要請、翌年1981年には約50年ぶりの発掘調査を行い、戦前に出土していた伝世鏡「獣帯方格規矩四神鏡」の欠損部分が新たに出土して完全形となったことは大きな話題となった。更に、築造の年代については全国最古級であることが判明し、古墳の始まりや国家の成り立ちなどを知るうえで非常に価値のある文化遺産として知られることになった。しかしこの古墳自体、採石場脇の不安定な崖の上で常に崩落の危険にさらされ続けたものの、具体的な保存措置がとられることはなく、事実上放置されてきた。
使用した爆弾でも、ロケット噴射により推進するロケット弾の仮称三式一番二八号爆弾、爆発し傘上に破片を降らせるクラスター爆弾の三号爆弾、内蔵されている光電管が地上20mまで落下すると、光電管から発射された電光が地上に反射し、それを信管が受信し空中で爆発して爆風や破片で周囲に被害を与える三一号光電管爆弾など、特殊爆弾を積極的に採用した。これらの新兵器はまだ信頼性が低く、美濃部から部隊配備の申し出を受けた海軍航空技術廠は「実験段階で安全管理方式に未解決点がある」と正式配備を渋ったが、美濃部は「特攻まで出しているときに何が安全管理だ。多少の危険は覚悟のうえだ。」と強引に部隊配備を認めさせている。なかでも新兵器三式一番二八号ロケット爆弾を、艦船攻撃、潜水艦攻撃、敵夜間戦闘機攻撃など多様な任務で使用している。本来空戦用に作られたものだが、芙蓉部隊の熟練搭乗員であった河原政則中尉によれば「爆弾は当てにくいが、これはよく当たった」という。芙蓉部隊は二八号ロケット爆弾のなかでも、対潜水艦用に外殻を厚くし炸薬量を増量している改良型を使用したが、それでも炸薬量はわずか850グラムに過ぎず、命中箇所次第では小型艇に致命傷を与えることが期待できる程度の威力しかなかった。ロケット爆弾は芙蓉部隊の特色として特筆されることも多いが、途中から使用頻度が減少し、終戦時点では全く在庫はなかった。ロケット爆弾は対艦船、対夜間戦闘機での任務に使用され、芙蓉部隊の主任務となった飛行場攻撃では、従来の60㎏や250㎏陸用瞬発爆弾もしくは新兵器の光電管爆弾を使用しての急降下爆撃を行った。当初美濃部は彗星搭乗員に、日本海軍の基準通りの高度600ｍないし800ｍでの投弾を指示していたが、敵対空砲火で甚大な損害を被ると、美濃部は敵対空砲火が濃密な高度2,000m以下での攻撃を諦めて、高度4,000mで敵基地周辺に侵入後急降下し、高度3,000ｍで投弾するという、急降下爆撃の投弾高度としては高い高度での不正確な爆撃戦術に切り替えざるを得ず、日本海軍の研究により定められた急降下爆撃の基準投弾高度からの正確な攻撃は早々に困難となっている。