1927年(昭和2年)にドイツ留学から帰国する。同年9月に北海道に渡る。1928年に北海道帝国大学教授に就任。1928年7月13日に次女桂子が生まれる。その直後7月27日に内村鑑三夫妻が札幌に来る。札幌独立教会の牧会を行う。1930年(昭和5年)3月には、父の危篤の際一家で上京し、父の臨終についての詳細な記録を記した。それらは「父の臨終の記」として残されている。 また、3月28日に父内村鑑三が死去すると、内村の希望で東大医学部で偉業を達成した人物の脳の研究のため鑑三の解剖を行う。その後1936年に東京帝国大学医学部教授（1949年まで東京都立松沢病院院長兼任、学部長も務める）となる。東大在職中に財団法人神経研究所を設立、晴和病院を開設した。偉業を達成した人物の脳の研究や双生児の研究で多くの業績を残した。定年退官後は国立精神衛生研究所長などを務める。戦争中には軍部の要請でソロモン群島に派遣され、戦地の精神医療体制についてアドバイスを与えた。また、空襲で松沢病院が焼失して、患者にも犠牲者を出す。1945年終戦の年に母静子が亡くなる。その一方1939年から1943年までは東大野球部長、1943年六大学野球連盟理事長として戦時下の学生野球の対応に尽力する。
獨逸学協会学校中等部から第一高等学校、東京帝国大学に進む。学生野球界では特に一高時代に、早稲田・慶應義塾を久しぶりに撃破するなど名だたる左腕投手として名を馳せた。1918年には15年ぶりの全国制覇を果たした。1919年(大正8年)4月初めの、一高と三高の試合はマスコミに派手に取り上げられた。1921年(大正10年)4月7日に東京帝国大学3年生の時に東京ステーション・ホテルで久須美美代子と婚約をする。仲人は父鑑三の先輩伊藤一隆だった。内村はスター選手だったので、マスコミに取り上げられて波紋を呼んだ。1923年(大正12年)春に、東京帝国大学を卒業して、精神科を志望して東大医局に入局した。しかし、約一ヵ月後に、呉教授に申し出て、東京府立松沢病院の医員になった。父の鑑三は祐之にワルター・スピールマイヤーの『精神系の組織病理学』を卒業記念に贈った。 それと平行して、学生野球の指導も行っていた。1924年(大正13年)11月29日伊藤一隆の媒介と大島正健の司式の元で、東京ステーション・ホテルで久須美美代子と結婚式を挙げる。その後、北海道大学から招聘があったが、北海道大学には精神科講座の準備が整っていなかったので、1925年(大正14年)から文部省の海外研究員として2年間ドイツのミュンヘンに留学する。カイゼル・ウィルヘルム研究所(マックスプランク研究所)でスピールマイヤーに師事する。 その際クレペリンやクレッチマーなどとも交流をもった。内村の留学中の1926年(大正15年)妻美代子は長女正子を出産する。
日本スポーツ協会（旧・日本体育協会、以下本節内では「日体協」と記す。）は渋谷区神南にある岸記念体育会館を長年本部ビルとして所有していたが、建物の老朽化が著しい上に耐震性に不安が出てきたこともあり、2008年（平成16年）頃から当該地での建て替えを検討していた。しかし、岸記念体育会館の建つ場所が隣接する東京都水道局ポンプ場共々都市計画公園としての代々木公園の区域に含まれており、都市公園法・都市計画法の兼ね合いから公園を所管する東京都庁との調整が必要になり、計画が難航していた。一方都では、2020年東京オリンピック構想において国立霞ヶ丘競技場や日本青年館がある明治神宮外苑一帯について国立霞ヶ丘競技場の建て替え（新国立競技場の建設）を含めた区域の再編整備を進めることになり、この関連で2011年に都が日体協に本部ビル（岸記念体育会館）の神宮外苑地区への移転を提案。日体協は原位置での建て替えにこだわっていたが、2013年に2020年東京オリンピック/パラリンピックの開催が決定し、代々木公園内にある国立代々木競技場の周辺に大会用地を確保する必要性が求められたこともあり、日体協は五輪招致と前後してJOCと連携した神宮外苑への移転を検討する。その後、都が岸記念体育会館の敷地を含む一帯を代々木公園の優先整備区域に決定したこともあり、2016年に日体協が神宮外苑の都有地への移転方針を決定。2017年に日体協が都に神宮外苑の都有地への移転要望書を提出し、翌2018年には代々木公園の（岸記念体育会館敷地を含む）体協所有地と神宮外苑地区の都有地を相互に売却し、物件調査と平行して新ビルを建設し、ビル完成を目処に仮換地を行って利用を開始する地区計画変更の企画提案書を提示。この手続きに則って建設計画が策定された。2017年7月に工事が着工され、1年9ヶ月の期間を経て2019年4月30日に新会館は竣工し、5月16日に完工式が執り行われた。新会館の名称がJAPAN SPORT OLYMPIC SQUAREと決定し、発表されたのは2018年12月27日である。新会館には主な日本のスポーツ競技団体が入居するほか、1・2階に日本オリンピックミュージアム（2019年9月14日開業）が設置されるなど、名実ともに日本スポーツの新しい総本山として位置づけられることとなっている。