モデルは、ミレーの孫のウィリアム・ジェイムズ (en:William James (Royal Navy admiral)) であり、当時4歳くらいであった。本作は当初、ミレーによって “A Child’s World” というタイトルがつけられ、1886年にグローブナー・ギャラリーに展示された。ミレーは、後年になってタイトルを『シャボン玉』に変更した。A&F ペアーズ社の取締役、トーマス・J・バラット (en:Thomas J. Barratt) によって、本作の版権が買収され、少年の足もとに石鹸が描き加えられ、ペアーズ・ソープ (en:Pears (soap)) の広告に用いられた。1887年には、新聞社のディレクターであるイングラム (en:Sir William Ingram, 1st Baronet) によって、『イラストレイテッド・ロンドン・ニュース』のクリスマス号の付録に多色刷りで掲載されている。1914年にイギリスの石鹸会社、リーヴァー・ブラザーズ社 (en:Lever Brothers) が A&F ペアーズ社を買収し、1930年にリーヴァー・ブラザーズ社とオランダのマーガリン製造会社、マルガリーネ・ユニ社が合併し、ユニリーバ社が設立された。このため現在、本作は、ユニリーバ社が所有している。ユニリーバ社は、ポート・サンライトのレディ・リーヴァー美術館に長期間の貸し出しを行っている。
冒頭の「慈悲あまねく御方が」に因んでこの題名が採られている。 啓示の真実性と審判の日について繰り返し述べられる。「慈悲あまねく御方」による創造と審判と楽園が語られる。その一区切りごとに「それであなたがたは，主の恩恵のどれを嘘と言うのか」という問いかけがなされる。この「それであなたがたは，主の恩恵のどれを嘘と言うのか」という言葉はこの章全体で31回繰り返される。
سورة الرحمن （アッ・ラハマーン）は、大川訳では「大悲者章」、井筒訳では「お情け深い御神」、藤本らの訳では「慈悲深いお方の章」、日本ムスリム情報事務所では「慈悲あまねく御方」となっている。
本列車運行開始後、阪神と山陽共同でフリーペーパー（沿線情報誌）「SEA SIDE EXPRESS」が発行されるようになった。2009年の阪神なんば線開通後は、近畿日本鉄道を加えて近鉄奈良から山陽姫路までをカバーする「SEA SIDE EXPRESS EAST WEST」に改題されている。この冊子には直通特急と快速急行の全列車の時刻表が掲載されており、どの鉄道会社の車両を使用するかも分かるようになっている（ただし車両系列までは固定されないので、使用する車両系列は記載されていない）。2011年以降は「SEA SIDE EXPRESS EAST WEST」の発行自体が中止されているが、代わりに山陽電鉄のホームページに使用車両も記載された直通特急のダイヤが公開されている。
2月下旬から3月上旬の日曜日（年によっては土曜日・日曜日の2日間運行されたこともある）に運行される。梅田駅→手柄駅間の定期列車の待避を除き無停車で運行される。これは工場見学ツアーであり、団体列車になるためだが、企画協力会社として共同運行会社である山陽電気鉄道・神戸高速鉄道も挙がっている。「タイガース号」と同様に乗車にははがきによる事前申し込みが必要で、応募多数の場合抽選となる。参加費は5,000円。酒造会社見学であることから、未成年の応募はできない。手柄駅から歩いて5分の所にある灘菊酒造の訪問と酒蔵の見学が主になるが、付随的に利き酒をしたり、地元の名産品が供される。また、車内ではゲーム等が行われる。運行当初より2005年までは山陽の車両が用いられていたが、2006年より阪神の車両が用いられるようになった。
上述の通り、阪神甲子園球場にて阪神タイガース主催の公式戦が行われる日に、梅田もしくは山陽姫路から甲子園行きのみ年に数回運行される。1回だけの年もあれば、2003年には4回運行されたこともある。ちなみに2003年の4回目の運行は9月15日で、その日はタイガースが18年ぶりのリーグ優勝を果たした日でもある。初運行は1998年6月13日（対広島戦）となる予定だったが、雨天中止となり結局この年は運行されなかった。よって、実質的な初運行は1999年4月24日（対ヤクルト戦）となった。これまでに21回企画されたがうち3回は雨天中止となった。特に1998年と2008年には一度も運行されなかった。乗車にははがきによる事前申し込みが必要で、応募多数の場合抽選となる。参加費は年と出発地（山陽姫路発の列車は、乗車駅を山陽姫路と山陽明石から選ぶことができる）により変動するが、甲子園までの往復割引乗車券と観戦券・タイガースグッズがセットされる。また、これとはまた別に定期列車利用で、甲子園までの乗車券と観戦券のセットも発売される。入線する際には「阪神タイガースの歌」を車外スピーカーから流すのが恒例となっている。
車籍に関係なく、全て高速神戸駅で交代する。高速神戸を境に以西は山陽の乗務員が、以東は阪神の乗務員が、それぞれ担当する。
本作の企画自体は2010年、同じく森見原作・湯浅監督のテレビアニメ『四畳半神話大系』の放映終了後まで遡る。当初は『四畳半』に続き本作も制作される計画が立ち上がったが、諸般の事情により企画が立ち消えとなってしまう。その後、時を経て、湯浅の元に企画が戻ってくることとなった。その時期は、2017年5月公開の湯浅のオリジナル作『夜明け告げるルーのうた』のプリプロダクションをしていた頃にあたり、制作スケジュールについて湯浅は、「3年くらいかけて2本作った感じ」と語り、「ほぼ同じ作画スタッフに『ルー』を終えたらそのまま『夜は短し』に移ってもらって、ポスプロは2本まとめてやりました」と説明している。2016年10月、主人公・先輩役に星野源がオファーされた。星野は元々湯浅監督作品のファンでもあったと語り、オファーされた経緯について以下のように振り返っている。「湯浅政明監督からある日、直筆の手紙が送られてきました。"星野源さんに主人公を演じていただけたら、絶対に面白い作品になります"と直筆にてオファーの言葉がありました。映画『マインド・ゲーム』を観た12年前のあの日から人知れず湯浅監督作品を敬愛していた私は、お断りする選択肢が浮かびませんでした。」主題歌を担当したASIAN KUNG-FU GENERATIONは、「甘酸っぱくも不思議な世界観の作品に馴染むように、ちょっと変だけど爽やかな曲を書きました」とし、新曲「荒野を歩け」が書き下ろされた。