東京都三鷹市出身。日本大学法学部政治経済学科卒業。大学卒業後、ソニーコミュニケーションネットワーク（現ソネットエンタテインメント）に、同社の新卒第一期生として入社。経営戦略やサービス企画の担当部署で、海外事業の支援や通信キャリアとの交渉などを行う。2000年2月、楽天に入社。個人間オークション、ブログ（楽天ブログ）、アドネットワーク（アフィリエイトプログラム）、プロダクトレビューを始め、様々な新規コンシューマ向けインターネットサービスの企画・開発を行う。2003年の冬から個人的な趣味の一環として、SNS「GREE」の開発を開始。2004年2月にはGREEを一般公開し、個人サイトとしてサービスを開始。10月には楽天を退社する。2004年12月に利用者の増加によって、個人での運営が困難な規模になったため、GREEの運営母体としてグリー株式会社を設立、代表取締役に就任する。2008年12月にグリーが東京証券取引所マザーズへ株式上場した後、2010年6月に東京証券取引所第一部に上場。東証一部の企業で上場時の創業者の年齢が33歳3ヶか月なのは最年少となる。2011年12月、雑誌『GQ JAPAN』の Men of the Year 2011に選ばれる。2012年4月、世界最大の英文ビジネス誌『フォーチュン』のAsia's 25 hottest people in businessとして紹介される。また、10月には、『フォーチュン』誌の40 Under 40で、young business starsとして、日本人では唯一紹介される。2013年3月、雑誌『フォーブス』のThe World's 12 Most Eligible Billionaire Bachelorsとして紹介される。
2018年の時点で2019-2020シーズンからの監督に内定。それまでの2018-2019シーズンは、同スポーツディレクターのラルフ・ラングニックが指揮を執った。そして2019年の翌シーズンから予定通り新監督に着任した。
2015年10月、2016-17シーズンからホッフェンハイムのトップチームを率いることが発表されたが、2016年2月11日、前監督のフーブ・ステフェンスが健康上の理由で辞任したことによって、前倒しでの監督就任が発表された。28歳での監督就任はブンデスリーガ史上最年少での監督就任で、スポーツ界においては史上3番目の最年少での監督就任であった。就任時、チームは降格圏内である17位に位置していたが残り14試合で7勝2分5敗という成績を残し残留を勝ち取った。翌2016-17シーズンには3バックを軸にした3-1-4-2を採用するなど自身の特色を出しつつ、前年度に残留争いに巻き込まれていたチームをボルシア・ドルトムントと3位争いを繰り広げるまでに躍進させた。クラブは4位でシーズンを終え、ホッフェンハイムはクラブ史上初となるUEFAチャンピオンズリーグ出場権を獲得した。シーズン終了後に契約を2021年まで延長するという報道もあったが、2018年に同リーグのRBライプツィヒ監督に内定し、2018-2019シーズン後に退任した。
シーズン途中での引退発表のためクラブとの契約が残っており、当時アウクスブルクⅡの監督を務めていたトーマス・トゥヘルの元でスカウトとして働いた。その時にトゥヘルに指導者の道に挑戦した方がよいと言われ、1860ミュンヘンからU17のアシスタントコーチのオファーを受けたため指導者としてのキャリアをスタートさせる事を決めた。その2年後TSG 1899ホッフェンハイムに移るとU-17チームのアシスタント、U-17監督、トップチームアシスタントを務め、2013-14シーズンに就任したホッフェンハイムU-19チームでは当時26歳でチームをU-19年代のドイツ王者に導いた。翌シーズンも決勝まで進出したがシャルケ04に敗北し準優勝となった。
ナーゲルスマンはFCイッシングのユースで選手キャリアをスタートさせた。その後FCアウクスブルクのBチームを経て、TSV 1860ミュンヘンへ移籍。2006-07シーズンにBチームへ昇格したものの負傷の影響で試合には出場できなかった。2008年にもBチーム昇格を果たした。1860ミュンヘンやFCアウクスブルクの二軍でプレーをしたが、負傷によって2007-08シーズン途中に20歳で現役を引退した。
1994年、フィリックスが催したパーティーでサイモンと出会い、2人は意気投合。ユニットを結成する。1995年、自主制作でリリースした「サンバ・マジック」が全米・全英のクラブで話題を呼び、クラブ・ミュージック界期待の新人ユニットとして注目される。EP『フライ・ライフ』が、自主制作のリリースにもかかわらず全英TOP20入りのスマッシュ・ヒットを記録した1997年、この年にクラブ・ミュージック界から世界を席巻したプロディジー擁するXLレコーディングスと契約。1999年に発表したデビュー・アルバム『レメディ』は全英チャート1位、アメリカのビルボード・ダンスチャート1位を記録。日本でも、シングル「レッド・アラート」がラジオ・チャートの1位を記録した。翌2000年2月、新宿LIQUIDROOMで単独ライブを行った。2001年リリースのセカンド・アルバム『ルーティー』では、ヒットシングル「ホエアズ・ユア・ヘッド・アット」に代表されるように、ブラジルのカーニバルをテーマとしたようなファンクなお祭りサウンドを展開した。この作品で、軒並み高評価を得ると共にその人気を確固たるものとした。翌2002年、お台場のZepp東京でライブを行った。チケットをソールドアウトさせる盛況を博す。2003年、バンド・サウンドに大きく接近したサード・アルバム『キッシュ・キャッシュ』をリリース。日本のアニメ映画『アップルシード』のテーマソングにもなったシングル「グッド・ラック」を生み、アルバムも全英トップ5入りした。翌2004年、フジロックフェスティバルのホワイト・ステージにトリで出演。入場規制が敷かれるほど観客を動員した。フジ史上に残る名ライブとの呼び声が高い。2005年、全てのシングル・全てのビデオクリップが入ったベスト・アルバム『ザ・シングルス』をリリース。全英1位を獲得すると共に、欧州最大のフェスであるグラストンベリー・フェスティバルのヘッドライナーを務める。さらにこの年のグラミー賞でベスト・エレクトロニカ・アルバムを受賞。名実共にトップ・アーティストとなる。2006年にはロビー・ウィリアムズとのコラボツアーを敢行。4枚目となる「クレイジー・イッチ・レディオ」を9月にリリースし、単独の全英アリーナツアーを成功させるなど絶頂期を迎えている。2009年、客演にオノ・ヨーコらを迎え、前作より3年ぶりとなる5枚目のアルバム「スカーズ」をリリース。7月には5年ぶりにフジロックフェスティバルに出演し、グリーン・ステージのクロージングアクトを務めた。翌2010年、新木場STUDIO COASTでライブを行った。2014年、前作より5年ぶりとなる6枚目のアルバム「フント」をリリース。7月のフジロックフェスティバルのホワイト・ステージのヘッドライナーを務めた。