児童文学作家の石井桃子は、岩波書店嘱託として、創刊当時から本文庫の企画・編集に関わった。戦前に石井が開設していた児童図書館・白林少年館の出版部より刊行されたケネス・グレアム『たのしい川べ』とヒュー・ロフティング『ドリトル先生アフリカゆき』の2点は現在も岩波少年文庫に収録されている。創刊から2000年まで旧版の巻末に掲載されていた「岩波少年文庫発刊に際して」の執筆者は、本文庫の創刊に尽力した吉野源三郎である。2000年以降は、編集部名義の「岩波少年文庫創刊50年 新版の発足に際して」が掲載されている。
第1期から3期は対象年齢別の分類でなく、発行された順番を原則とする3ケタの通巻番号が割り当てられていた。第3期のソフトカバー版では小学校中学年（3・4年生）向けを1000番台、高学年（5・6年生）向けを2000番台、中学生向けを3000番台とする4ケタの分類番号が新たに採用され、1985年のカバー復活後もこの番号が継承されたが2000年以降は前述したように新しい3ケタの分類番号へ移行している。
現在は対象年齢を小学生向け・中学生向けの2種類に分けて背表紙を対象年齢別に、ピンク系（小学生〜）及びブルー系（中学生〜）の2種を基本としつつ、シリーズものには特別な配色が用いられている。小学生向けに関しては表紙裏のあらすじ部分に「小学3・4年生以上」のように対象学年が記載されている。作品番号は発行順でなく001〜199番が小学生向け、501〜699番が中学生向けに割り当てられている。
1950年12月25日創刊。初回の刊行はスティーブンスン『宝島』、ウェブスター『あしながおじさん』、ディケンズ『クリスマス・キャロル』、ハムズン『小さい牛追い』、ケストナー『ふたりのロッテ』の5冊であった。当初の装丁はソフトカバーであったが、1954年にハードカバー化された。ケースもしっかりした厚紙であった。1961年12月16日までに第一期（全100点、121冊）・第二期（全72冊）合計193冊の刊行が完了。以後、児童書については単行本および、岩波少年少女文学全集全30巻(1960〜1963年)、個人全集の刊行に力が入れられ、岩波少年文庫の新刊は10年余り刊行されなかった。1974年、第一次オイルショック による物価高騰の影響を受け、ソフトカバーの軽装版で新刊の刊行を再開。1983年までに全68冊が刊行された。1985年には創刊35周年を迎え、4色刷のカバーの新装版が発行された。この時、背表紙の色が対象年齢別に、ピンク（小学生中級〜）、黄色（小学生上級〜）、水色（中学生〜）の3種に色分けされた。その後、1991年までに全51冊が刊行された。1995年には創刊45周年を記念して新刊の刊行を再開。これ以降、新刊の刊行は継続している。2000年には創刊50周年を迎え、左右の幅を7mm広げた新しい判型が採用された。2010年には創刊60周年を迎えており、総発行点数は約400、総発行部数は約3,100万部に達している。
伊藤博文は1889年（明治22年）の大日本帝国憲法の公布と皇室典範の制定で近代日本の政治制度を作り上げたが、1898年（明治31年）2月9日に明治天皇へ意見書を上奏した。内容は皇室に関する10ヶ条の意見を記し、皇族待遇および臣籍降下、皇室財産の規定、爵位の取り決め、皇太子嘉仁親王（後の大正天皇）の養育など皇室典範の不備を指摘した上で増加・補正をすべきと呼びかけた。この時は嘉仁親王養育だけ実現したが（伊藤が推薦した有栖川宮威仁親王が嘉仁親王の賓友（後に東宮輔導）に選ばれるなど）、1899年（明治32年）に伊藤は再度皇室改革を上奏、これを受け入れた明治天皇の命令により8月24日に帝室制度調査局が宮内省（宮中）に設置され、伊藤を総裁としたスタッフは皇室典範増補に取り掛かった。しかし、伊藤が翌1900年（明治33年）9月15日に立憲政友会を立ち上げると宮中・府中分離の都合上両方に属する訳にはいかないため、伊藤は調査局を離れ副総裁の土方久元が総裁に昇格したが、調査局の活動は停滞、本格的な立案は伊藤が総裁として調査局へ戻る1903年（明治36年）7月16日までかかった。その際、伊藤の側近で副総裁に就任した伊東巳代治が有賀長雄を調査局に加入させ、皇室典範増補は有賀を主として形作られていった。また、法律の公布形式を定めた公文式の改正も行われ、1906年（明治39年）に内閣総理大臣西園寺公望へ提出し枢密院会議で議決した末、翌1907年（明治40年）2月1日に先に公文式を廃止して新たに公式令が公布、皇室典範増補も枢密院会議を経て2月11日に公布、同日に役目を終えた調査局は廃止された。そして伊藤らは天皇から褒美を賜り、皇族会議令、登極令、摂政令、皇族財産令など順次皇室令が制定・補完されていった。ただしまだ皇室令に追加の余地は残っており、調査局副総裁だった伊東が1916年（大正5年）に建議した案を元に皇室制度調査機関である帝室制度審議会が設置、皇室関係の各法案を再調査・修正した上で請願令などが追加で公布、1926年（大正15年）10月27日に審議会が廃止されるまで皇室令の完成は時間がかかることになる。