天正15年、九州攻めが完了すると小早川隆景は秀吉の命により伊予一国を返上し、かわりに筑前・筑後および肥前のうち1郡半があたえられ、筑前名島城（福岡市東区）に入部した。隆景の養子秀包は、筑後の一部をあたえられ、天正16年に久留米城（福岡県久留米市）に入った。河野家再興を宿願としていた河野道直は、隆景の転出にともない毛利輝元の孫にあたる妻の実家安芸国竹原（広島県竹原市）へ移り、そこで死去した。かつての伊予国人層が伊予を離れ、没落していったのは、この時期のことと推定される。また、河野通直の病死と西園寺公広の暗殺が相次いで起きていることや河野通直の死去の経緯に関する記述の不自然さ（江戸時代から「生害説」があった）から、豊臣政権が伊予の旧勢力を排除するために同国に影響力を持つ小早川氏を九州へ移封させるとともに、旧領主である通直や公広を殺害した可能性も指摘されている。隆景の九州転出後は、福島正則が東与・中予地方を中心に11万3,200石があたえられ、太閤蔵入地9万石の代官として入部、南予には戸田勝隆が所領7万石、蔵入地10万石の代官として入部した。また、中予地方の一部は粟野秀用に与えられた。伊予における秀吉の直轄領は計19万石に達し、四国のなかでは突出している。このことは、四国・九州を扼する要地として伊予の地が重視されていたことを物語る。福島正則はのちに尾張国清洲城（愛知県清須市）へ移封され、後嗣のなかった戸田氏が改易されると、伊予には小川祐忠、加藤嘉明、藤堂高虎、池田秀氏が配置された（「補説」節内の表を参照）。なお、小早川隆景が検地を実施したかどうかは明らかではないが、正則と勝隆はともに検地を実施している。。
天正13年、四国国分によって讃岐の大半が仙石秀久に与えられたが、秀久は約1年半後に、また、その後に入国した尾藤知宣は半年も経過しないうちに、いずれも九州征伐での軍事的失敗の責を問われて讃岐を取り上げられた。また、九州征伐の際に戦死した十河存保の所領も没収された。こののち、天正15年（1587年）に播磨国赤穂（兵庫県赤穂市）6万石の領主であった生駒親正が加増のうえ讃岐に転封となって以後、讃岐の近世が本格的に幕を切ることとなる。なお、親正入部のころの讃岐の石高は15万石内外と推定されるが、慶長6年（1601年）には17万1800石余に増加している。親正は、天正16年（1588年）、香東郡野原庄（高松市）において新高松城（現在の高松城）の築城を開始し、慶長2年（1597年）には讃岐西部の拠点として丸亀城（丸亀市）築城に着手した。
国分当時の阿波は、元親軍が土佐に撤退した直後のことでもあり、村落は荒廃し、農民たちの多くも戦乱で疲弊していた。そこに蜂須賀氏が入部したため、入部直後の天正13年（1585年）8月、祖谷山・木屋平・大粟山・仁宇谷など山間部の土豪層が新しい支配者の到来に抵抗して蜂起する土豪一揆が起こった（天正阿波の土豪一揆）。これに対し、蜂須賀家政は一揆の加担者には徹底した武力鎮圧で臨む一方、在地有力者に対しては巧妙な懐柔策も適宜採用して土豪層の切り崩しをはかった。また、稲田氏・益田氏・山田氏・中村氏・森氏ら尾張以来の9人の腹心を領内の要地に配し、各々300名の兵によって防備させるという支城駐屯制を敷き、阿波九城を置いた。
呉市は軍港都として拡大していく中で、市民から上水道創設の要望が出ていた。ただ呉鎮水道はあくまで海軍専用であり市民には供給されていなかった。日露戦争以降人口は増加したことから、呉市側は衛生上と防火上の問題から上水道の必要性を痛感し、海軍側も市の環境悪化は士気に繋がることから上水道布設に理解を示した。1904年（明治37年）、呉市議会にて上水道布設を決議、技術者を招集し調査に入る。ただ呉市中心部を流れる二河川は呉鎮水道により取水されていたため更に呉市水道用に取水することが出来ず、また呉市の財政上の問題から新たな水源地の確保は困難な状況だった。ちょうどその時、海軍は呉鎮水道拡張工事を行なっており、1911年（明治44年）7月呉市はここ本庄水源地からの余水分与を呉鎮に陳情した。1913年（大正2年）3月呉鎮はこれを許諾したことから、同年5月呉市は実施設計を始め、同年8月呉市水道布設計画案を市議会にて可決した。1915年（大正4年）7月12日呉市水道着工、1918年（大正7年）3月竣工、同年4月1日ここから平原浄水場に送られ通水開始した。1945年（昭和20年）呉軍港空襲を始めとする市街地の空襲、同年9月枕崎台風、と呉市中心部は立て続けに被害に遭遇し水道も壊滅状態となった中で、終戦後に呉に常駐したイギリス連邦占領軍(BCOF)により水道復旧命令が下され、市職員のほか旧海軍の応援で同年10月6日まずBCOF用の浄水を確保し、のち市民用の上水を復旧させていった。1950年（昭和25年）旧軍港市転換法施行に伴い、1954年（昭和29年）12月までに旧呉鎮水道は国から呉市に移管された。以降、拡張工事により市水道施設との一体化を図り、現在に至る。1980年本庄浄水場を運用開始したが、2003年を持って休止している。