2006年、チーム・LCRはストーナーと共に最高峰MotoGPクラスにステップアップを果たし、ホンダ・RC211Vにミシュランタイヤを履いてデビューシーズンを戦うことになった。第2戦カタールGPで、ストーナーは早くもチーム/自身初のポールポジションを記録し、次戦トルコGPではマルコ・メランドリとトップ争いを演じ、ファイナルラップの最終コーナーでメランドリに抜かれたものの初表彰台を記録した。その後もトップ10圏内でのフィニッシュを続け、シリーズ8位でデビューイヤーを終えた。2007年、ストーナーはドゥカティ・ワークスに移籍し、代わりにスペインのベテランライダーカルロス・チェカがチームに加入した。新レギュレーションの適用により新たに800ccマシンのRC212Vを使用したが、チェカは新しいマシンへの順応に苦しみ、スペインGPとサンマリノGPで6位を記録するに留まった。翌2008年はド・プニエがチームに再加入した。しかしこの年もサテライト仕様のマシンとミシュランタイヤで苦戦し、ベストリザルトはアメリカGPでの6位、シリーズランキング15位に終わった。2009年シーズンもド・プニエとRC212Vの体制を維持したが、MotoGPクラスのタイヤ供給が一社独占になったため、チームはタイヤをブリヂストンへと変更した。ド・プニエは第10戦イギリスGPで3位表彰台に立ち、年間ランキング11位に成績を伸ばした。2010年シーズンも同体制のまま3年目のシーズンを迎えた。シーズン前半は第5戦イギリスGP、第6戦ダッチTTでフロントロウ(予選2位)を獲得、決勝でも上位でのフィニッシュを続けて一時はランキング5位に付けていた。しかし第8戦ドイツGPでの多重クラッシュで脛骨骨折の重傷を負った後は好調を維持できず、最終的な年間ランキングは9位となった。2011年はド・プニエに代わり、前年度のMoto2クラスチャンピオンであるトニ・エリアスをライダーに迎える。2015年よりドゥカティより移籍したカル・クラッチロー、Moto3からステップアップしたジャック・ミラーの二台体制。クラッチローは第3戦アルゼンチンGPでは3位表彰台を獲得するがこの年のマシンの不調もあり年間ランキングは8位。2016年はジャック・ミラーがエストレラ・ガリシア 0,0 マルクVDSに移籍。 クラッチローのみの一台参戦。第11戦チェコGPにてグランプリレース初優勝、そして16戦オーストラリアGPも優勝して年間2勝を挙げる。しかしレース中の転倒も多かったため年間ランキングは7位に終わった。2018年シーズンからはMoto2クラスよりステップアップした中上貴晶を迎える。 カル・クラッチロー、中上貴晶の二台体制。
2004年シーズン、250ccクラスはド・プニエが残留し、引き続きワークス仕様のアプリリアを走らせることになった。125ccクラスは、同クラス元チャンピオンのロベルト・ロカテリとルーキーのマティア・パシーニのイタリア人コンビになった。ド・プニエとロカテリはそれぞれのクラスでチャンピオン争いに絡む活躍を見せ、両者ともシリーズ3位の成績を収めた。ド・プニエはシーズン1勝・3度の表彰台、ロカテリはシーズン2勝・6度の表彰台を経験した。2005年シーズンは250ccクラスのみに参戦した。ロカテリが125ccクラスからステップアップし、1年だけKTMチームに移籍していたストーナーが戻ってきた。ストーナーは年間5勝・10度の表彰台を獲得し、チャンピオンのダニ・ペドロサに次ぐシリーズ2位になった。このストーナーのシリーズ2位は2010年時点でのチームの最高成績である。またストーナーはチーム初のシーズン4勝以上を挙げたライダーにもなった。
1934年3月、旧制浦和高等学校文科甲類を卒業する。優秀な成績で東京帝国大学文学部国文学科に入学が決定し、京助を喜ばせた。同年4月10日、高校生活の最後を飾る意図で吾野（あがの）から越生（おごせ）まで単身徒歩旅行をおこなう。さらに他日、禁欲的な京助の人生に対する疑問から大宮の遊廓に赴いて童貞を喪失する。「私は、なんだ、こういうものなのかと思ったが、しかし得るところも確かにあった」（『わが青春の記』北海道新聞社刊、1994年）。同月から杉並の実家に戻り、東大に通学する。当時、東大言語学科で助教授を務めていた京助と共に家を出て学校に行くことがしばしばあった。藤村作や久松潜一の講義に失望し、橋本進吉の国語学演習に注目したが、個人的に橋本と折り合い悪く、また講義の準備に手間がかかりすぎたため、3年の時にはこの講義に出席することを断念した。父京助によるアイヌ語の講義も受けたが、これは受講生が一人もいなかったら可哀想だと思ったために過ぎず、アイヌ語には特に関心を持たなかった。益するところ最も大きかったのは、邦楽学者・田辺尚雄の講義「日本音楽の理論と歴史」であった。田辺の影響で謡曲を習った時は挫折したものの、音楽（特に邦楽）への学問的関心は生涯失わなかった。さらに、春と夏だけ植物同好会に入り、牧野富太郎の謦咳に接した。当初は方言学の研究を志していたものの、方言学の論文を書いても就職できないことを知り、日本語の歴史的研究に転ずる。1936年4月、満州より帰朝し東大講師に就任した服部四郎から直接指導を受けるようになる。卒論では、平安時代のアクセントを示す好個の資料である観智院本『類聚名義抄』を題材にして、日本語のアクセントを歴史的に研究した。1937年に東大国文を卒えて東大大学院に進み、埼玉県東部方言のアクセントを調査する。秋に東京方言学会で研究成果を発表したところ、東條操教授から高く評価され、学界での評価の礎を築いた。このころ、田辺を慕って東洋音楽学会に入会する。1938年4月16日、大学院に籍を置いたまま応召して帝国陸軍の甲府歩兵第49連隊に入営する。間もなく朝鮮半島に送られ、京城（ソウル）郊外の龍山歩兵第79連隊に移された。学歴を使い幹部候補生に応募する事をせず、通常の徴兵検査を通し入営した為、二等兵として軍隊生活を送る事となった。兵士としては無能であり、新兵に対する激しいしごきに苦しみ、のちにこの時期を自らの人生で最もつらい半年間だったと回想している。7月、マントー氏反応（現在のツベルクリン反応）を見る注射の痕を意図的に掻き毟り、軍医に結核と誤診させて  龍山の陸軍病院に入院する。秋に首尾よく除隊となり、半年ぶりに帰京する。このとき、麻布中学校教諭平山輝男が九州や北陸のアクセント研究を学会で発表していることを知って焦りを持つ。秋に房総半島、冬に伊豆半島下田のアクセントをそれぞれ調査する。1939年4月、東大大学院に再入学。3月には単身伊豆大島に渡り、4月までアクセントを調査する。続いて、静岡県、山梨県、長野県、愛知県、近畿地方、香川県、徳島県、愛媛県などを調査する。傍ら、平家琵琶や仏教歌曲を題材に過去の日本語のアクセントを1年間研究する。この時の研究が、後年（1962年）博士論文の材料となる。