やまとじライナーは、通勤客向けの座席定員制の列車（ホームライナー）である。1988年3月13日のダイヤ改正で設定され、木津発JR難波行き1本と大阪発加茂行き2本が運転されていた。2009年3月14日のダイヤ改正で平日のみの運転となり、2011年3月12日のダイヤ改正で廃止された。車両は特急用の381系（日根野電車区所属の国鉄色またはくろしお色編成）が使用されていたが、「やまとじライナー」の種別は特急ではなく快速（普通列車の一種）であるため、乗車整理券を購入すれば普通列車用企画乗車券である「青春18きっぷ」での利用も可能であった。この列車の廃止により久宝寺駅には全ての定期列車が停車するようになった。
2019年11月から12月上旬の土休日に、臨時特急「まほろば」が同年3月に全線開通したおおさか東線を経由して新大阪駅 - 奈良駅間にノンストップで1往復運行される予定である。車両は287系3両編成（指定席2両、自由席1両）が使用される。特急「まほろば」は、2010年に大阪環状線経由で運行されたことがある（「平城遷都1300年祭の対応」の節を参照）。
アーバンネットワークエリアでは一部の線区・区間を除いて大晦日から元日にかけての終夜運転が実施されている。大和路線では沿線に春日大社や信貴山朝護孫子寺などの社寺があり、奈良駅 - JR難波駅間で普通をおおむね30分間隔で運転している。なお、2000年12月31日から2001年1月1日にかけての終夜運転までは、普通を奈良駅から大和路快速・区間快速のような大阪環状線を一周して天王寺駅で折り返す運転ルートでおおむね30分間隔で運転していた。また過去には阪和線の終夜運転の列車がJR難波駅まで乗り入れしていた時期もあった。
大阪環状線に直通して大阪環状線 - 新今宮駅 - 奈良駅・加茂駅間で、平日ダイヤの朝・夕ラッシュ時間帯と土休日ダイヤの朝と夜間に運行されている。大阪環状線内は各駅に停車し、大和路線では、大和路快速と同じく天王寺駅、久宝寺駅と王寺駅からの各駅に停車する。環状線内の発着駅は天王寺駅または京橋駅であり、平日・休日ダイヤともに王寺駅で後ろ（天王寺寄り）の4両を分割し和歌山線高田駅や五条駅へ直通する列車もある。全列車8両編成で221系が使用される。2016年9月までは吹田総合車両所奈良支所所属の103系4両編成を2本併結した8両編成や森ノ宮支所所属の103系・201系も運用に入っていた。夕方・夜間の奈良駅・加茂駅発の一部列車は新今宮駅で阪和線方面からの特急列車の通過待ちを行う。大阪環状線に直通する区間快速は1989年3月11日に運転を開始し、当初は夜間のみの運転であったが、1990年3月10日からは朝ラッシュ時にも運転されるようになった。
1時間当たり、大阪環状線直通の区間快速が4本、おおさか東線直通の直通快速が1本、JR難波駅発の快速が2本、普通が6本運転される。一部の区間快速・快速は王寺駅で分割し和歌山線に直通して高田駅・五条駅まで運転される。久宝寺駅で快速・区間快速と普通が接続する。また王寺駅で普通と快速・区間快速を乗り継げる。
1時間当たり、大阪環状線 - 加茂駅間の大和路快速が2本、大阪環状線 - 奈良駅間の大和路快速が2本、JR難波駅 - 高田駅間の快速が2本、JR難波駅 - 王寺駅間の普通が4本運転される。久宝寺駅で大和路快速と普通が接続する。また王寺駅で普通と大和路快速を乗り継げる。
1時間当たり、おおむね大阪環状線直通の区間快速が6本、おおさか東線直通の直通快速が2本、JR難波駅行きの快速が6本（うち2本は柏原駅発）、普通が6本運転される。かつては、快速と普通の本数が1：1であったが、需要に応じて、2：1に見直された。
第18回参議院議員通常選挙（7月12日投開票）で自民党が大敗し、橋本龍太郎首相が引責辞任をしたことにより行われた。最大派閥の小渕派では、劣勢が伝えられた投票日に竹下登の自宅に内閣官房長官村岡兼造ら派閥幹部が集結し、幹部が集まり、橋本の退陣及び、後継に会長の外務大臣の小渕恵三を推すことで一致、橋本より竹下との協議が優先された。有力候補の幹事長加藤紘一は選挙敗北の責任もあり、小渕総裁で順当に決まるはずだったが、この決定に梶山静六が反発し、派閥を離脱して（佐藤信二、菅義偉も派閥を離脱）独自に総裁選に立候補し、分裂選挙となり、麻生太郎、小此木八郎、河野太郎、野田聖子も梶山に投票した。また、三塚派内では亀井静香らが梶山支持を主張し派閥の主導権を握ろうとしたが、小泉純一郎がこれに反発し、急遽立候補を表明。亀井グループとの対立が鮮明となった。選挙では、当初の見立て通り小渕の圧勝で終わったが、それでも50票程度とみられた梶山は102票と3ケタを超え、小泉は84票と派閥の票も固めきれず、3位に沈み、2人棄権、1人無投票だった。