大学卒業後は4年間の兵役に就くことが義務付けられていたため、亡命を決意した。1984年10月、22歳のときのことである。2000アフガニと母に渡された絨毯1枚だけ持って、24人の仲間とともに9日9晩かけてパキスタンとの国境の山岳地帯を徒歩で越え、ペシャーワルにたどり着いた。在パキスタン仏大使館（イスラマバード）で難民申請を行い、40日後にフランスに亡命した。1985年3月30日にフランスに着いたとき、自分が「外国人だという気がしなかった」と繰り返し語っている。ウール県（オート＝ノルマンディー地域圏）の難民受入センターに着き、1,200フランの手当を受け取り、真っ先にマルグリット・デュラスの『愛人（ラマン）』を買った。フランスに到着してから政治難民として認定を受けるのに数か月を要した。彼自身は「文化難民」だと言う。同年、2年前にカーブル大学で知り合った女性と事実婚（1996年12月15日に娘のアリス誕生）。ルーアン大学（現ルーアン＝ノルマンディー大学）に学び、さらにソルボンヌ＝ヌーヴェル大学（パリ第3大学）に進んだ。博士課程で映画記号学（「クリスチャン・メッツ」参照）を専攻し、1993年に「映画のFIN (完)」と題する博士論文を提出し、博士号を取得した。この間、アフガニスタンでは、1978年に成立した人民民主党政権に対してムジャーヒディーン（反政府ゲリラ）が蜂起し、1979年にソビエト連邦が軍事介入。1989年のソ連軍撤退後、ムジャーヒディーンが攻撃を激化した。人民民主党員の兄が1991年に内戦下のカーブルで死去したことを知ったのは、この2年後のことであった。
ルーラ政権誕生は土地改革に対する積極的な政府支援の可能性を高めたため、保守系メディアはMSTの活動を「重罪としてブランド化」するための努力を強めた。 2005年5月、前述のブラジルの総合誌Vejaはサンパウロで最も強力な刑務所＝犯罪組織である「Primeiro Comando da Capital（PCC）」を支援しているとMSTを非難した。 PCCの指導者同士の会話を警察の電話で録音して、MSTに言及した。そのうちの1人は「（MSTの指導者と）囚人の親族による大規模抗議を演じる最善の方法をギャングに指示する話をした」と述べた。2005年4月18日、約3,000人の親族がサンパウロの矯正施設の条件に抗議した。 MSTの「指導者」は指名されなかった。実際、主張されたMST活動家は録音された会話に参加していなかった。 MSTは声明の中で証拠との関連を否定し、MSTの運動を犯罪化しようているとした。米国での9-11以降、ブラジルメディアは、これまで許容されてきた政治的談話の境界線を越え、既存の「反＝グローバリゼーション」の政治運動をはるかに追い抜く9-11以降の国際動向に対応して、MSTを「テロリスト」と表現する傾向があり、その国際的な動きに対処するために、さまざまな歴史的・仲介的な出来事を荒っぽく一纏めにした。MSTは情報機関によって活動が継続的に監視されていると想定している。ブラジルや外国の様々な情報機関がMSTと様々なテロ組織との関係を想定している。MSTは「市民の不安」の源泉とみなされた。地主側につく議員が過半数を占める「議会審問委員会」は、MSTの活動を2005年末にテロリストとして分類し、MST自体を犯罪組織と分類した。その報告書は委員会の労働者党（PT）メンバーからの支持を得ておらず、ある上院議員がTVカメラの前でそれをもぎ取った。議員はこれに投票するのは、「奴隷労働者を使って不法に土地を横領した殺人の共犯者だ」と言った。この報告書に基づき、議員アルベラルド ルピオン（民主党パラナ）によって2006年に議会に提出された法案で、MSTの運動は「政府に圧力をかけ終わって、他人の財産を侵害する」というテロ行為、ひいては凶悪犯罪行為だと見なされた。ブラジルの法律における 「悪質（heinous）」犯罪は、1990年のブラジル法では重罪であり、それらを犯した被告は裁判前の釈放は許可されない。2006年4月、MSTはバイーア州の大手製紙会社Suzano Papel e Celuloseの農場を、ユーカリの栽培に費やされた面積が6平方キロメートル以上であったために占拠した。ユーカリはブラジル北東部の環境劣化の原因となり、小規模な農業生産にとって土地の利用可能性を減らしている。これは「コーナーリング生産者（encurralados pelo eucalipto）」と呼ばれている。2011年に、Veja誌は明らかなユーカリ木材盗難と説明し、州の軍警察によると約3000人がバイーア州の木材の盗難で生計を立てていたと推定している。.2008年、州軍事警察と協力するリオ・グランデ・ドゥ・スル州の公選弁護士グループが、MSTと国際テロ集団との共謀を告発する報告書を提出した。アムネスティ・インターナショナルによれば、この報告書は警察が「過度の強制力」を用いて行なった追放命令を正当化するために州裁判所で使用されている。リオグランデドスル州の公選弁理士評議会はMSTが「違法組織」であることと宣言し活動を禁止するよう国に要請した。報告書は「この運動とリーダーが罪ある犯罪組織に関わっていることは周知の通り」と宣言し、さらにMST活動家が「選挙で不均衡を引き起こす」可能性がある場合、活動家の投票権を有権者登録から抹消するとした。州立軍事委員会委任官によって同時に発行された宣言では、MSTは「私たちの国で全体主義国家を設立するよう努力している組織化された運動」とした。2009年9月27日から10月7日まで、MSTはサンパウロ州ボレビにあるオレンジ農園を占拠した。オレンジジュースの多国籍企業であるカトラレ社はMST活動家による農作物や樹木、農薬の破壊で120万レアル（約603,000ドル）相当の損失を被ったと主張している。MSTは農場を政府財産とし、カトラレ社によって不法に告発されたと主張した。占拠はこの州に対する抗議として意図されたものであり、破壊は挑発者が誘発したものである。土地を「不利益な土地」とすることは運動の主要な政治ツールの1つであり、既存の私有財産の正当性を問いたとする。カトラレ社の農園は、2013年までにMSTに4回以上占領され、多国籍企業の財産権は連邦政府によって裁判所で争われている。また同時期にMSTは「土地のなし農民」の窮状を一般市民に訴えるためのメディア戦略の一環として高速道路と鉄道を占拠、閉鎖した。