2017年1月17日にプロ入り時の古巣・ブレーブスとマイナー契約を結んだ。メジャーのキャンプに招待選手として参加したが、3月25日に自由契約となった。その後、4月18日にボストン・レッドソックスとマイナー契約を結び、傘下のAAA級ポータケット・レッドソックスへ配属された。5月28日にメジャー契約を結び、アクティブ・ロースター入りした。同年は32試合にリリーフ登板して通算400試合登板に達したが、防御率4.35・1勝1敗・WHIP1.55という成績で、防御率とWHIPは2年連続で悪化するなど、低調な成績だった。なお、マイナーのAAA級ポータケットでは、11試合のリリーフ登板で防御率2.93・2敗・WHIP1.30という成績を記録した。オフの11月2日にFAとなった。
2016年2月12日にミルウォーキー・ブルワーズとマイナー契約を結び、スプリングトレーニングに合流した。4月2日にメジャー契約を結んで開幕25人枠入りした。61試合に登板したが、オフにFAとなった。
2015年には、開幕一軍入りを果たすと、3月27日に読売ジャイアンツ（巨人）との開幕戦（東京ドーム）で「7番・遊撃手」としてスタメンで一軍公式戦にデビュー。5回表の第2打席で、菅野智之からプロ初安打。前半戦ではスタメンでの起用が続いたが、打撃不振や失策の増加などから、シーズンを通して一軍と二軍を2回往復。一軍公式戦全体では、遊撃手として65試合にスタメンで起用されたが、102試合の出場で打率.208にとどまった。2016年には、一軍の開幕戦から「6番・遊撃手」としてスタメンに定着。5月12日の対中日ドラゴンズ戦では、同点で迎えた10回裏無死満塁の打席で、プロ入り後初めてのサヨナラ安打。打撃面では、9月19日の対広島東洋カープ戦（いずれも横浜スタジアム）まで打率3割をキープ。7月29日にマツダスタジアムで催された対広島戦では、プロ入り後初めて1試合5安打を記録した。結局、レギュラーシーズンを打率3割で終えられなかったものの、セントラル・リーグ（セ・リーグ）の最終規定打席に到達。シーズンを通じて正遊撃手に定着するとともに、6番打者として82試合、7番打者として36試合、5番打者として14試合に出場した末に、チームを球団史上初めてのクライマックスシリーズ（CS）進出に導いた。守備面では、失策数を6にとどめたことから、遊撃手としてはリーグ2位の守備率.989を記録している。2017年には、4月14日の対ヤクルト戦（横浜）で初めて9番打者に起用され、5月4日の対巨人戦（東京ドーム）を境に9番へ定着した。打線の8番に投手を組み込むアレックス・ラミレス監督の方針（詳細後述）によるもので、打撃が復調しても、NPB全12球団で規定打席を満たしている野手ではただ1人9番打者への起用を継続。前述の巨人戦以降に9番以外の打順で出場した試合は、6番で起用された6月14日の対ロッテ戦（横浜）だけであった。8月16日の対中日戦（横浜）では、2-2の同点で迎えた9回裏1死1塁の打席で、前年に続く自身2度目のサヨナラ安打を記録。9月12日の対広島戦（マツダ）2回表の打席で2点適時打を放ったことによって、プロ入り後自己最多のシーズン44打点を達成すると、50打点にまで伸ばしてレギュラーシーズンを終えた。さらに、レギュラーシーズンで一軍公式戦全143試合フルイニング出場を初めて果たすなど、正遊撃手としてチームの2年連続クライマックスシリーズ進出に貢献した。ただし、打率（.262）が前年の.294から大幅に低下したほか、102三振を記録。守備面では、失策数（14）が前年から倍増したほか、守備率も.979にまで低下した。チームのCS突破を経て臨んだ福岡ソフトバンクホークスとの日本シリーズでは、1点リードで迎えた第2戦7回裏1死1塁の場面で今宮健太がゴロを放ったところ、ゴロを捌いた二塁手・柴田竜拓からの送球を落球。このプレーで併殺を完成させられなかったことを境に、チームはソフトバンクに逆転負けを喫した。しかし、第3戦では3安打を放つと共に、遊撃の守備でも好プレーを見せた。チームは第6戦での延長11回サヨナラ負けで日本一を逃したが、倉本自身は全6試合に出場、打率.333。最終的にレギュラーシーズン、クライマックスシリーズ、日本シリーズの156試合全てにフルイニング出場を果たし、不動のレギュラーかつチームの看板選手としての地位を確立した。2018年には、国内FA権の行使によって阪神から移籍した大和を正遊撃手へ起用するチーム方針の下で、「9番・二塁手」として一軍公式戦をスタート。開幕4戦目であった4月4日の対阪神戦では、8回裏の第4打席で四球を選んで出塁した後に宮本秀明を代走へ送られたため、フルイニング出場記録が途切れた。開幕当初からの打撃不振に加え、課題としていた守備にもミスが目立ち5月31日には出場選手登録を抹消された。6月29日から一軍に復帰するが、7月の月間打率は.188と打撃の状態は向上せず、8月以降はスタメン出場は相性の良い広島戦に限定されるようになっていった。最終的に出場試合数は85試合と前年より大きく減少した。得意としていた得点圏打率も前年の.342から.255と大きく成績を落とした。2019年には、首脳陣に「もう一度遊撃で勝負させてほしい」と直訴し、大和と正遊撃手を争う形となった。開幕一軍入りは果たしたものの、オープン戦から打率.031・OPS.092を記録する程の極度の打撃不振に陥る。レギュラーシーズンに入っても打撃が上向かず出場試合数は24試合で打率が.121、本塁打も0本に終わるなどキャリアワーストのシーズンとなった。