その後、2013年に土屋滋が理事長になると、理事・評議員が一新されることになった。具体的には、学長が理事長を兼ねるとともに、理事・評議員も、大学の各学部長など学内の各部局の代表から構成される民主的な体制が構築された。さらに、2014年6月にすべての弁済を繰り上げて完了させた（当初予定は、2014年10月）。2013年度に実施された日本高等教育評価機構による再評価でも、すべての大学評価基準を満たしていると認定された。2014年度の主な経営指標は、流動比率が108.7％、自己資金比率が90.8％、負債比率が10.2％、総負債比率が9.2％で、総負債比率、負債比率ともに全国平均を大きく下回っている。2015年度も、流動比率が138.9％、負債比率が10.1％、総負債比率が9.1％となり、安定的な経営を継続している。2015年度の経常収入は42億3,394万円、経常収支差額は2億3,474万円の黒字、経常収支差額比率は+5.5％であった。他方で在籍学生数の定員割れは拡大しており、2017年5月時点での定員充足率は全学部で68％であった。学部別では、医療福祉学部が75％、総合政策学部が52％、科学技術学部が63％であった。
1997年に文部科学省に四年制大学の開学認可申請を行った際、提出された開学資金のうち寄附金50億円超は実体のないものであった。その結果、開学後早々に自己資金確保に行き詰まり、当時の理事長の堀田正一郎は二重帳簿等による不正経理処理を指示することになった。2003年にその事実の一部が発覚すると、主力銀行等からの運転資金の借り入れができなくなり、200億円の負債を抱えるなか、2004年6月21日に民事再生法を申請するに至った。2004年12月22日に再生計画の認可が決定し、2005年1月27日に再生計画の認可決定の確定を受け、再生計画が進められることになった。その後、大阪の藍野グループが経営支援を申し出て、代表の小山昭夫が新たな理事長につくことになった。ところが、小山は、2005～2006年度に、理事会を開くことなく、大学の運営資金から計7億8千万円を自身の個人病院などに融資し、2008年1月に国からの補助金を全額不交付とする処分を受けることになった。さらに、2007年11月には、大学の運営資金2億円を樟蔭東学園の人事権掌握のために流用した。さらには、2億5000万円を大学の備品などの購入名目で送金させながら、リースで調達するなどの工作も行っていた。これらの問題が発覚すると、理事長と全理事（学則上の理事を除く）が退任し、新理事長には弁護士が就いた。そして2008年1月28日、再生計画の認可決定の確定後3年の経過によって、東京地方裁判所の決定により民事再生手続が終結した。ただし、2010年度に実施された日本高等教育評価機構による第三者機関大学評価では、依然として、「教員」、「管理運営」、「財務」が評価基準を満たしていないと判定された。
地域連携センターを設置し、学生が行う地域貢献活動を支援するためにボランティア・ポイント制度を運用しており、ボランティア・ポイントが単位取得の評価対象となっている。また、地域社会に対する貢献度が高い学生を表彰の対象としている。東日本大震災後は「定点観測プロジェクト」を立ち上げ、宮城県内の沿岸被災地を定期的に訪問しているほか、今後いつ起こるか分からない災害に備えるガイドブックを制作した「未来・心と心を繋げるプロジェクト」、仮設住宅を定期的に訪問する「NSプロジェクト」、被災者の生活支援、健康支援を行う「健康支援隊」が実施されている。
第二次世界大戦の間、アメリカ海軍は技術者を集めて日本軍とドイツ軍双方の機械式暗号作成器で作成された暗号を解読するマシンの開発に当たらせた。その手のマシンはワシントンD.C.に集められたチームが作り出した。戦後の軍事費削減の中で海軍はこのチームを解散させた場合の機密漏洩を危惧し、解散させずに済む方法を探し始めた。そして、ついに解決法が見つかった。ミネソタ州セントポールの Chase Aircraft という会社に技術者たちを引き取ってもらうことで決着した。同社は終戦と共に軍との契約をほとんど失い困っていた。そこでチームが何をしていたかを説明せず、単に彼らを雇ってくれたら軍としては大変助かるとだけ述べた。当初は怪しんでいたが、打ち合わせのたびに海軍のより高い地位の士官が来るようになり、真剣であることがわかった。結局同社は軍用グライダー工場をそのチームの拠点とすることに同意した。これにより Engineering Research Associates (ERA) が設立され、1950年代初頭まで一見して関連のない様々なプロジェクトに従事した。そのうちのひとつは世界初の商用プログラム内蔵方式コンピュータ、36ビットの ERA 1103 である。このマシンは海軍のために開発され、暗号解読センターで使うことを目的としていた。1950年代初頭に国会で海軍が実質的にERAを「所有」していることが問題とされた。その結果としてERAは海軍との関係を断たれ(資金の引き上げなど)、1952年にERAのオーナーは会社をレミントンランド社に売却した。レミントンランド社はERAのチームを維持し新製品の開発を続けていた。同社が最も興味を抱いたのはERAの磁気ドラムメモリシステムである。レミントンランドは間もなくスペリーと合併しスペリーランドとなり、ERA部門はスペリーのUNIVAC部門に吸収された。当初ERAから来た人々は技術的才能を買われ、様々なプロジェクトに参加した。しかし、UNIVACからERAに任された UNIVAC II プロジェクトは遅れに遅れ、関わったほぼ全員が調子を狂わせた。大企業の社風が合わなと感じたERAの技術者たちは辞職し、1957年にコントロール・データをミネアポリスに設立する。CDC設立メンバは満場一致でウィリアム・ノリスを最高経営責任者に選出した。また、シーモア・クレイはチーフデザイナーに選ばれたが、1103ベースの 海軍戦術情報システム (NTDS) に関する仕事が続いていたため、それが完了するまでCDCに合流できなかった。