"ve quanto ho......"（ヴェ・クヮント・オ）は、イタリア語で「ここにどれだけを有するだろうか……」という意味。ホールを救済したメンバーたちによる期待感が込められたネーミングである。また、1988年6月から2007年3月まで入居していた桐朋学園の内部では「別館ホール」と呼ばれていたことにちなみ、“ve quanto ho”は単語の区切りを変えると「別館・桐朋」と読める掛け詞になっている。
分岐分類学の提示する分類は、分類学の内部もしくは生物学の内部では妥当性が承認されるとしても、生物学専門家ではない一般人から見た場合には理解が困難なことがある。爬虫類は側系統であることが明らかなので、分岐分類学の立場では分類群にはならない。同様に魚類（魚上綱）も、四肢動物の存在により側系統なので、分岐分類学の立場では分類群にはならない。しかし、日常用語では「爬虫類」や「魚類」の意味・用法は安定しており、両者を廃止することは無理である。すなわち、「科学用語と日常用語の乖離」の問題である。この点は、前述の「煩雑になりすぎる」こととも絡んで、図鑑や分類表を作る場合に問題になる。もし、正確に分岐分類的な図鑑があったとすれば、「分岐過程を熟知しているものしか検索できない」ような本末転倒なことになる。このため、現在でも図鑑や分類表のほとんどは、完全に分岐分類的にはなっていない。
分類群が側系統であるとわかった場合、その分類群を解体し、以下の分類をやり直さなければならない。実際、昆虫類のシミ目がそのようにして解体された。グループA、B、Cがあり、分岐の順序が((A B) C)か(A (B C))のどちらかであるとする。どちらになるかは形質や分子解析から決定されるが、どうしても不確実な部分が残る。基幹的なグループで再分類が行われた場合、影響は甚大である。また原理的に、いつまで経っても分岐図は仮説である部分を含んでいる。
分岐分類を厳密に表現しようとすれば、派生形質の数に近い数の分岐(すなわち分類)が発生すると考えられる。このため、新しく発生したグループに対しては、「あまりにも多くの階級が必要となって」「厄介」になるという問題がある。また、重要な形質による分岐とそうでない分岐が混在しているため、控えめに言っても見通しが悪い。また、それぞれの分類群に階層を割り当てることが困難となる。分岐分類で現れる分類群には、「上目」や「亜綱」などの階層が割り当てられることがあるが、無理に当てはめたものにすぎない。これについては前述のファイロコードなどを使用する対処法がある。
遺伝子の水平伝播や、種間雑種による進化過程を記述する場合には、分岐は適切ではない。また、基本的に2分岐によって分岐過程を表すため、3分岐以上の分化を排除してしまう危険性がある。またこれはカンブリア爆発や、第三紀の哺乳類・鳥類の放散のように、短期間に複数のグループが発生した過程を記述する場合にも問題となる。
分類学の基本単位である「種」が側系統になる場合があるのに、側系統を認めない分岐分類学は矛盾を孕んでいるという批判がある。この点に対する反論としては、種階級は特別とし、その単系統性は考慮しないとする考え方がある。
分岐学(分岐分類学)と他の分類学の最大の違いは、「側系統を分類群として認めない」という原則である。この影響は非常に大きい。分岐学の原理の論理性、および、分子分類学の発展などもあり、今日、分岐分類学は分類学の中で大きな地位を占めるようになった。しかし、原則を厳密に適用しようとした場合、様々な問題があり、他の分類学や他の分野からの批判がある。以下の問題点の中には、分岐分類学以外でも該当する事項も含まれているが、特に分岐分類学において顕著な問題になりうるものである。
山口組と明友会の最初の衝突は、1960年7月に大阪ミナミで双方の組員が喧嘩となり、更に明友会側が猟銃を持って車に乗り込み、神戸市の山口組事務所前で示威行動をとったことに端を発する。8月5日に山口組富士会・田中禄春会長がマンモスキャバレー「キング」を開店。9日には三代目山口組・田岡一雄組長が「キング」の開店祝いに来店し、更に田端義夫がゲスト出演。田岡は、田端を労うために舎弟の織田組・織田譲二組長の運転する車で、田中と中川組・中川猪三郎組長（ボディガード役）を連れて、ミナミのサパークラブ「青い城」に向かった。一方、その「青い城」では明友会幹部の宋福泰・韓博英の保釈祝いが宋・韓と明友会会員4人が出席して行われていた。そこへ田岡らの一行がボーイに案内されてテーブルに着き、宋・韓は田端の来店に気づく。二人は、田端にこの場で歌ってくれる様頼んだが、同道していた中川が田端は客として来店していると説明し二人の依頼を拒否。更に田中が田岡を指差して山口組三代目であることを告げたが、明友会会員の一人が中川をビール瓶で殴打。そこへ駐車のため別行動だった織田が駆けつけ、田中ともども明友会会員と喧嘩になった。挙句、宋・韓ら明友会側の6人は、「いつでも来い。相手になってやる」と言い残して「青い城」から立ち去る。直ぐ様、田岡は明友会との戦争を決断し、その総指揮官として若頭・地道行雄を任命。地道の号令一下、山口組各団体に動員令を発せられた。一方、明友会・姜昌興会長は翌10日に「青い城」での一件の報告を受け、西宮市の諏訪組・諏訪建次組長に山口組との仲介を依頼する。