ウルビアの平原には巨石群が残り、先史時代からオニャティに人の定住があったことを証明している。町の名が初めて現れるのは1200年、カラオラ司教が授けた免罪符（Ecclesiam sancti michaeli de Onati）の中においてであった。onatiという名はその後カスティーリャ語で音声の変化がみられ、末尾のiがeへと変わった。オニャティは伯爵領に組み込まれ、最初はベラ家、その後ゲバラ・デ・アラバ家が伯爵領を継承した。オニャティ伯爵は領域内で権力を持ち、税を集め、市長を任命し、教会の聖職者の叙任権を持ち、司法を行い、他国との戦争では指揮官となった。スマレギの塔は伯爵の住まいであり権力の象徴であった。伯爵の宮廷ではカスティーリャ人が行政を行い、平民や農民と接したのはイダルゴとナバーラ人だった。オニャティ伯の権力は、ギプスコアとアラバの統合を求める住民たちにしばしば問題視された。1388年、87人のオニャティ有力者が加担したオニャティ伯転覆の試みは失敗に終わった。反乱はベルトラン・デ・ゲバラ伯に過酷なまでに弾圧されたが、1389年まで続いた。16世紀も幾度も反乱がおき、1540年に正式にオニャティはギプスコアへ併合された。しかし1845年に領主制度が完全に廃止されるまで、ギプスコアに完全併合されたとは言いがたい状況であった。オニャティに民意で選ばれた市長が誕生しても、伯爵は市長任命権を依然として保持していたのである。ゲバラ家は1845年まで、オニャティの領主であった。1201年までオニャティはナバーラ王の臣下であった。その後カスティーリャ王の臣下となった。13世紀からバスクを揺るがしたバンデリサ戦争（es:Guerras de bandos、貴族対農民、都市対貴族、貴族対貴族の構図で起きた権力闘争）では旧勢力側につき、サン・ミゲル修道院の保護、鍛冶職人らの支持を得ていた。オニャティ伯ペドロ・ベレスは軍を率いて1448年に、隣接するアラサーテの村を襲撃した。1540年にはアラバ司教によってエルナニにオニャティ大学が開校し、1548年にオニャティに移転した。1901年に閉校して大学機能がビルバオのデウスト大学に吸収されるまで、スペイン・バスク唯一の大学であった。19世紀のカルリスタ戦争ではカルリスタの強力な牙城で軍本部が置かれていた。カルリスタ側の公式文書がここで編集され、カルリスタ軍の武器工場も置かれた。
没後の2011年に刊行された、汽車のえほん第42巻「Thomas and his Friends」（日本語版未訳）の最終話「Centenary」は、トップハム・ハット卿がほっそり牧師（ウィルバート）の生誕100周年を記念する式典を開く話となっており、作中で彼の胸像が披露されている。2015年に汽車のえほん出版70周年記念作として製作された映画「きかんしゃトーマス 探せ!!謎の海賊船と失われた宝物」では、3DCGで再現されたウィルバート本人が作中に登場しており、遺族からの了承を得た上で実現している。テレビシリーズでも第20シリーズから登場しており、声は原語版ではロブ・ラックストロー、日本語版では江原正士が担当している。
1900年に西へウィルズデン・ジャンクションまでの延伸を計画したが、パディントンから先の経路は未決定のままで、工事着手は延期されていた。1905年11月、ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道は1900年に認可を受けたエッジウェア・ロードからパディントンまでの計画の変更を1906年開催の議会に提出すると発表した。この計画は、エッジウェア・ロード駅から南東に進み、パディントン・ベイシンの下を横断してグランド・ジャンクション・ロードとデヴォンポート・ストリート（後のサセックス・ガーデンズとサセックス・プレイス）の下に至るトンネルと、ロンドン・ストリートの下に設置される駅で構成されていた。1906年に発行されたパディントン延伸について説明するパンフレットには、次のように記載されていた。ロンドンのある地点から別のある地点まで速く、安く移動するとき、この路線を利用することで得られる利点は比類ないものである。この路線は、ロンドンの主要な鉄道路線の終着駅を結び、12の鉄道路線、ロンドン南部に路線網を広げる路面鉄道路線と接続しているため、ロンドン郊外から劇場などの娯楽施設や、主要商業施設への所要時間を大幅に短縮している。この変更案は1906年ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道法として、1904年8月4日に認可されたが、南東への延伸計画は他の鉄道路線との接続点が見いだせず、建設工事は行われなかった。1908年、ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道は、クリックルウッドからヴィクトリアまでの地下鉄路線免許をもちながら、未着工となっていたノース・ウェスト・ロンドン鉄道の免許を活用して北西ロンドンへ延伸することを計画した。ノース・ウェスト・ロンドン鉄道は1907年11月に、エッジウェア・ロード地下の計画線からベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道のエッジウェア・ロード駅を結ぶ延長757メートル (2,484 ft)の短絡線計画を議会に提出した。ノース・ウェスト・ロンドン鉄道の路線計画のうち、この短絡線より南の計画は中止、ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道のエッジウェア・ロードとパディントンの間はエッジウェア・ロード駅にプラットフォーム2線を新設、支線として建設とする計画とされた。ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道はこの延伸線の建設と運行を行い、途中、セント・ジョンズ・ウッド・ロード、エイバーコーン・ロード、ベルサイズ・ロード（ロンドン・アンド・ノースウェスタン鉄道の駅に隣接）、ブロンデスベリー （ノース・ロンドン鉄道の駅と連絡し、メトロポリタン鉄道のキルバーン駅に隣接）、ミンスター・ロード及びクリックルウッドに駅を設けるとされた。ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道はこの延伸に伴って必要となる自社の建設計画の修正を議会に提出している。グレート・ウェスタン鉄道は、ベーカールー・チューブのパディントンへの路線が支線となることに反対し、メトロポリタン鉄道は、ノース・ウェスト・ロンドン鉄道とベーカールー・チューブの路線を一体運営すると自社のキルバーンを通る路線にとって脅威となることから、この案に反対した。議会は2つの路線の接続計画とノース・ウェスト・ロンドン鉄道の計画変更案を否認し、ノース・ウェスト・ロンドン鉄道の路線免許は後に未着工のまま失効している。ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道の計画案は撤回されることとなった。1910年11月、ベーカーストリート・アンド・ウォータールー鉄道を吸収したロンドン電気鉄道はパディントンへの延伸計画を再度1911年の議会に提出した。新しい路線案では、パディントンから先の延伸を考慮し、エッジウェア・ロード駅の先の計画線は南から北西に半径890メートル (2,920 ft)の急曲線で向きを変えている。この案はグレート・ウェスタン鉄道にも支持され、1.8万ポンド（2014年の164万ポンドに相当）の資金援助も提示された。1911年6月2日、この計画は1911年ロンドン電気鉄道法として国王裁可を得た。1911年8月には建設工事が始まり、2年強後に工事は完了した。延伸線は1913年12月1日に開業し、 パディントン駅も同時に開設された。アールズ・コート駅での実施例が好評だったことから、パディントン駅にはベーカールー・チューブでは初めてエレベーターに代えてエスカレーターが設置された。