かつては熱海駅以西のJR東海管轄区間への直通列車が少なからず存在したが、2004年10月16日のダイヤ改正で多くの列車が熱海駅で系統が分離され、熱海駅を跨いで直通する列車が減便された。これは、丹那トンネルの東西で流動の太さに差異が認められるためであり、JR東日本も直通列車の削減について需要が少ないためと説明している。実際、東京・横浜方面からの観光・保養客の流動を見ても、東京の奥座敷として知られる熱海や湯河原、箱根（小田原経由）、伊東線・伊豆急行線方面が主な目的地となっているとともに、この区間の移動は東海道新幹線の利用よりも在来線の列車の利用が優勢となっている反面、丹那トンネル以西への広域移動は新幹線の利用が一般的ないし優勢となっており、通勤者の状況を見ても、熱海市までは東向きの流動が多く、関東大都市圏を構成する市町村も熱海市までとなっているのに対し、丹那トンネル以西の地域では、熱海駅を越える流動よりもJR東海管内で完結する流動が大部分を占めている。しかしながら、熱海駅をまたがる流動も一定数存在しており、このような乗客への便宜を図って、付属編成5両を用いた修善寺駅発着の特急「踊り子」や朝夕には沼津駅発着の直通列車の運行も行われている。
2001年12月1日の湘南新宿ライン運転開始以来運行されている種別。この“快速”は同じ線路上で保土ケ谷駅・東戸塚駅に停車する横須賀線・総武快速線電車および湘南新宿ライン横須賀線・宇都宮線直通系統の“普通”に対する“快速”であり、横浜駅以西では東海道線の普通列車と同じ駅に停車する。南行は戸塚駅から終点までの東海道線内では「普通」と案内されるが、北行は始発駅から大崎駅への到着まで「快速」と案内される。日中は高崎線籠原駅 - 新宿駅 - 平塚駅（一部国府津駅）で1時間に1本が運行されている。特別快速の設定がない朝や夕方以降は国府津駅・小田原駅発着も設定されており、本数も1時間に2 - 3本に増える。
2004年10月16日のダイヤ改正より運行開始。東海道線内は快速「アクティー」と同じ停車駅である。東海道線内では日中1時間に1本運行される。北行の1本目が平塚発である以外は全列車が高崎線高崎駅 - 新宿駅 - 小田原駅間で運行されるが、2010年度までは多客時には土休日ダイヤで2往復が小田原駅 - 熱海駅で延長運転を行う日があった。一部を除き南行は平塚駅で、北行は大船駅（一部は平塚駅）で上野東京ライン普通に接続する。北行に関しては、接続相手の普通列車は宇都宮線直通である。また、北行は小田原駅で熱海方面からの普通から接続する列車がある。
湘南新宿ラインは、快速と特別快速の2つの種別が東海道線に乗り入れ、これらはすべて高崎線に直通する。西大井駅 - 戸塚駅間は横須賀線用の線路を経由するが、西大井・新川崎・保土ケ谷・東戸塚の4駅を通過する。最高速度120km/h運転を実施している。全列車高崎線籠原駅 - 小田原駅間は15両編成での運転となる。
東京駅 - 品川駅間では、上野駅経由で常磐線と直通する列車も東海道線の線路で運行されている。土浦・水戸方面と直通する中距離列車は6時台から23時頃までの終日に渡り運転され、日中は特別快速と普通列車が1時間あたり各1本、朝および夕方から夜間は普通列車が1時間あたり2本程度が乗り入れる。ただし、平日の7時台後半から9時台前半、土休日の7時台後半から8時台前半の下りは運転されない。また、朝の上りおよび夕方以降には取手駅および我孫子駅経由・成田線成田駅発着で運行される快速電車が乗り入れる。いずれも東京駅・新橋駅・品川駅に停車する。
8400系3両編成グループのワンマン改造により、田原本線では820系が不要となったため、1993年（平成5年）からは田原本線に残っていた3編成を冷房改造の上、伊賀線に転出し、先に伊賀線に移った車両も同じく冷房改造が行われた。その際に880系は廃車された。転出の際に、内外装材の交換や前面窓Hゴム支持の固定化、ステンレス化粧帯の撤去、ドアステップの拡張などの改造が行われた。冷房装置は11400系エースカーで使用されていたものを流用している。820系以降、近鉄では一般用18m車は導入されなかったうえ、伊賀線の急曲線および車両限界や狭軌であることなどの特殊事情ゆえに、他の主要路線で使用されている20m車による代替が困難な状況が続いていた。825F改造の864Fは2004年（平成16年）5月に廃車され、比土駅留置線で解体された。伊賀線は赤字解消のため、2007年（平成19年）10月1日、上下分離方式で近鉄が第3種鉄道事業者として従来通り線路や駅舎などの施設や車両を所有して保線などの管理を行い、近鉄出資の子会社「伊賀鉄道」が第2種鉄道事業者として施設と車両の貸与を受けて運営・運行する方式へ移行し、伊賀線所属の本系列はそのまま同社に貸与される形となった。その後、沿線自治体側は合併特例債により伊賀線の車両の更新を実行し、代替車両として東京急行電鉄より1000系を譲り受け、200系として2009年12月を皮切りに導入したことに伴い、まず866Fが2010年2月に、865Fが7月にそれぞれ運用離脱、8月に廃車・解体された。そして867Fが2010年3月に、861Fが2011年2月にそれぞれ運用離脱した。運用離脱後の5月3日には861Fがさよなら運転を行った。7月末には両編成とも廃車・解体された。2012年3月10日には、最後まで残った862Fと863Fが運用を離脱した。これにより伊賀鉄道で運用される車両は全て200系となった。7月8日には上野市 - 伊賀神戸間において、862Fによるさよなら運転が行われた。862Fと863Fが7月下旬に廃車となり、7月31日から8月1日にかけて解体された。これにより、820系として登場してから51年の歴史に幕を閉じた。