ロミュラス崩壊とともに双子星のレムスも崩壊し、その後はハーコナ星系を拠点にロミュランからの独立戦争を続けていた。戦況は不利だったが、惑星連邦の援助を受けて2409年に独立を達成。その後はロミュラン共和国に合流し、主に軍事面で貢献している。また宇宙艦隊に入隊する者も現れている。
スポックらの失策で防げなかった2387年の惑星ロミュラス消滅により、バルカン人との再統一実現どころかロミュラン人としての統一も失われてしまい、いくつかのグループに分裂した。代表的なものは惑星連邦への復讐を果たそうとする女帝シーラ（ナターシャ・ヤーの娘）に率いられたレイター3号星を本拠地とする「ロミュラン帝国」だが、中には惑星連邦と友好関係を築くグループもあり、ジロック大使を筆頭に引き続きバルカンとの平和的再統一を諦めていない者も多い。なおシーラが代表する「ロミュラン帝国」では情報機関タルシアーが台頭して政府による統制が不可能になっており、アイコニア人と結託して様々な策謀をめぐらせている。
2011年3月30日に実装された、ミッション（クエスト）作成ツール。キャラクター選択画面よりこのツールを使用したミッション（クエスト）作成モードに入れる。NPCやマップ、スクリプト等を設定し作成したミッション（クエスト）は一般公開することが可能で、他のプレイヤーは公開されたミッション（クエスト）を自由にプレイし、評価（5段階、コメント添付も可能）を付けることが出来る。またこのシステムの実装に伴い、自分で作成したミッション（クエスト）のテストプレイ専用として新規キャラクタースロットが4つ追加された。なお完成度の高いものは運営によって公式にフォローされる事がある。2019年4月19日をもって廃止された。
新運営会社の方針により、2012年1月17日から基本利用無料+アイテム課金モデル（F2P）に移行した。サービス会員には無料のシルバー会員と、従来の月額利用契約に当たるゴールド会員があり、シルバー会員はインベントリ枠やゲーム内通貨の所持上限額などに制約を受ける。引き続きライフタイム会員も募集している。ゴールド会員（月額）・ライフタイム会員共に、金額は後述の旧利用額と同じ。F2P化以前は有料パッケージ+月額課金制で、パッケージは29.99アメリカドル（ダウンロード版）からで、月極契約の料金は月14.99アメリカドル、サービス終了までの一括契約である「ライフタイム契約」の料金は299.99アメリカドルである。なお、ゲームの序盤をプレイ出来る無料体験版も公開されていた。なお、課金アイテムは、C-Store内でPerfect World Entertainmentのネットゲーム共通の課金ゲーム内通貨「ZEN」を支払って購入する。ただし、本ゲームでは生産システムの原材料となるダイリチウム結晶（プレイ中に無料入手可能）もまた通貨を兼ねており、ダイリチウム結晶でZENを「購入」して支払うことで、（かなりの時間と手間がかかるが）無料で課金アイテムを購入することも一応は可能である。
2018年10月9日　シーズン15　Age of Discovery　『スタートレック:ディスカバリー』とのクロスオーバー第一章。シーズン14におけるコラボでは一部の宇宙船や装備品などが登場するだけだったが、本シーズンでは新たに2250年代の宇宙艦隊の船長としてのプレイが可能となり、ストーリーラインはCBSおよび『スタートレック:ディスカバリー』の脚本家達との共同製作となる。またこのストーリーラインでは外伝コミック『Star Trek: Discovery "The Light of Kahless"』の内容も重要な要素として取り入れられている。2019年1月23日　大規模アップデート　Mirror of Discovery『スタートレック:ディスカバリー』とのクロスオーバー第二章。TVドラマでU.S.S.ディスカバリーが鏡像宇宙へ行っていた間、入れ代わりで主要宇宙に来ていたI.S.S.ディスカバリーの詳細を描く。2019年5月14日　大規模アップデート　Rise of Discovery『スタートレック:ディスカバリー』とのクロスオーバー第三章。U.S.S.ブランの最期と、ガブリエル・ロルカとエレン・ランドリーがU.S.S.ディスカバリーのクルーになるまでの詳細を描く。
事故の直接原因はドループを過早収納したことと判明し、パイロットエラーが原因として推測された。このため何故そのような誤操作が生じたのか調査された。事故時、548便の操縦室には機長、副操縦士、航空機関士の他に非番のBEAの機長の計4名がいた。調査により次のことが判明した。まず機長とそのほかの運航乗務員とでは大きな年齢差があり、人間関係がうまくいっていなかった。そして事故の2時間前、機長は別の若い労働組合側の機長とストライキ決行に関する労使関係の問題について大きな声を張り上げて口論していたこと、操縦室内に八つ当たりの落書きを残していたので機長が口論のことで立腹していたことが判明した。さらに機長の検死から、心臓動脈がアテローム性動脈硬化を患っており、胸部大動脈で高血圧が原因と思われる血管亀裂を起こしていたことが発見された。公開審問で証拠採用された検死所見によれば、これは「死亡する2時間前から約1分前の間の何処か」で起きた。つまり、機長は乗務員控え室にいた時点から離陸滑走開始後90秒（騒音低減操作を実施した時点）までの間のいつ発作に襲われていてもおかしくなかったことになる。しかし検死医は機長が感じた苦痛の度合いやどの程度行動困難となったかまでは特定できなかった。このため機長の病状については、審問中やそれ以後の議論を通じても「医療専門家の間での見解の不一致」が長年続いている。離陸から墜落まで操縦室内の詳細な状況が判明しないので、操作ミスがあったとしてそれが機長だったか副操縦士だったかは不明である。機長の発作や非番の機長の存在、または人間関係の問題などにより操縦に専念できなかった可能性もある。