ホコタテ星人（オリマー）は、身長が3cmほどの小さな種族である。ホコタテ星人にとってピクミンの星の大気中に含まれる酸素は猛毒である（純酸素は人間にとっても有毒である）。なお、ホコタテ星の名前は任天堂本社の所在地である京都府京都市南区上鳥羽鉾立町（ほこたてちょう）にちなむ、とされる。
プレイヤーは主人公「キャプテン・オリマー」として、奇妙な生物「ピクミン」の群れを率いて行動する。オリマーは宇宙船「ドルフィン号」とピクミンの家のような物体「オニヨン」（作中では「母体」とされる）の着陸した一帯を拠点として行動する。ピクミンはステージ上に最大100匹まで出現する。ピクミンを能力や状況に応じて、投げつけたりまとめて移動させたりして利用し、敵と戦わせたり、ステージ上の仕掛けを動かしたり、倒した敵やドルフィン号のパーツを運ばせたりする。オリマーとピクミンが行動できるのは朝から夕方までの間（画面上の「太陽メーター」で表示される。12目盛りあり、1目盛りが約1分7秒なので実時間にして約13分24秒）であり、夜は夜行性の原生生物からの捕食を防ぐためドルフィン号とオニヨンが揃って上空へと避難する。1日が終了したとき、ピクミンの数などが集計され、オリマーが日誌をつづる。パーツを回収するたびにドルフィン号が元の姿に戻っていき、どんどん行動範囲が広がっていく。そして30日以内にドルフィン号のすべてのパーツを回収し完成させ、ピクミンの星から脱出するのが目標である。
ホコタテ星では比較的名の知れたホコタテ運送会社のベテラン社員、キャプテン・オリマーは、連日の忙殺から気ままな一人旅を思いつく。しかし、旅の途中で思わぬアクシデントから未知の惑星へと墜落してしまう。その惑星は猛毒の大気（酸素）が多量に含まれており、なおかつ自身の生命維持装置も30日間しか保たない上、宇宙船のドルフィン号は大破。そんな絶望の中でピクミンという不思議な生命体と出会い、彼らと協力し、宇宙船の修理も目途が立ち始めたのであった…。
『ピクミン2』では、特定の条件を満たすことで、隊列のピクミン達が「愛のうた」を鼻歌で歌う仕掛けがある。また、オリマーとピクミンがプレイヤーキャラとして登場している『大乱闘スマッシュブラザーズX』では、ピクミンシリーズを舞台としたステージ「とある星」のBGMとして、「愛のうた」「愛のうた フランス語CMヴァージョン」（前述したフランス放映版）「種のうた」（『ピクミン2』のCMソング）が収録されている。同作品に収録されている音楽の中で本来ゲーム中のBGMではないCMソングはこの3曲のみである。
2001年11月に『ピクミン』のTVコマーシャルで用いられたCMソング「愛のうた」が話題となり、ピクミンが食べられるCGや、さながらサラリーマンの悲哀を歌ったかのような歌詞もあって、様々な替え歌が作られるほどの人気を博した。このCMソングは歌詞を若干の改変の上で「愛のうた〜ピクミンCMソング」（歌：ストロベリー・フラワー）としてCD発売され、ソフト自体とは別にヒットした。CMソングの売上は90万枚に達し、日本国内での『ピクミン』の売上50万本を大きく上回った。テレビ東京系『おはスタ』のエンディングでは「愛のうた〜ピクミンCMソング」のテクノバージョン「ピクミンダンス」（演奏：ストロベリー音楽団）が使われまた、フランスでも『ピクミン』のTVコマーシャルが放映され、「VOS MEILLEURS AMIS - SONG OF LOVE」（歌：ジュリエット・キャッツ）というフランス語版のCDが発売された。7年後、『Wiiであそぶ ピクミン』のCMでも、再び「愛のうた」が使用された。
中華民国では、三民主義の考えに従って「立法」、「司法」、「行政」、「考試」、「監察」の五権分立制が採られており、五権それぞれに「院」が設置されている。立法院は日本の国会に相当する最高立法機関で、法律の制定や予算の審議、会計審査や行政院が行う国政の監督を行っている。立法院は113人の立法委員（国会議員）によって構成され、立法委員は直接選挙で選ばれている。司法院は国家の最高司法機関で、各種訴訟の裁判や公務員の懲戒を担当している。司法院は大法官会議を設置し、15人の大法官で構成され、立法院の同意を経て総統が任命している。大法官会議は違憲審査権を有する。司法院の下で、さらに最高法院（最高裁判所）、高等法院（高等裁判所）など通常の裁判所システムがあり、通常の民刑事事件を審理する。司法行政を担う司法院は、日本の最高裁判所事務総局のような役割を有している。行政院は日本の内閣に相当する最高行政機関で、最高職は行政院長（首相）である。行政院は三つの段階に分かれており、第一段階は行政院会議、第二段階は八つの部（内政部、外交部、国防部、財政部、教育部、法務部、経済部、交通部。部は日本の省に相当）と蒙蔵委員会、僑務委員会からなる行政機関、第三段階は行政院主計処、行政院新聞局とその他の下部部局（特別・臨時委員会も含む）である。考試院は日本の人事院に相当し、全ての公務員の採用試験や任用、管理を行っている。考試委員の任期は6年で、立法院の同意を経て総統が任命している。中華民国の公務員は考試院の採用試験と資格審査を受けることが法律で定められている。監察院は公務員の弾劾、糾明及び国政調査を行っている。監察院は29人の委員で構成されており、立法院の同意を経て総統が任命している。監察院の委員はかつて選挙で任命されていたが、大陸部選出の委員が終身化してしまったため憲法改正により現在の仕組みに改められた。