風雲急を告げる1868年1月27日（慶応4年1月3日）、伏見の合戦の火蓋が切られるや、土佐藩士らは山内容堂の制止を振り切って薩土討幕の密約に従って参戦し、祐雄は土佐藩迅衝隊に加わって戊辰の役を転戦した。
1867年6月（慶応3年5月）、江戸でオランダ式騎兵学を学んでいた乾退助は、山内容堂に随行して土佐に帰藩の途中の京都で、中岡慎太郎からの決死の覚悟の手紙を受け取り感銘を受ける。同6月20日（旧暦5月18日）京都の料亭「近安楼」で乾退助は中岡慎太郎と時勢について深く談を交わし、続く同6月23日（旧暦5月21日）、中岡の仲介で乾退助は、土佐藩の谷干城や毛利恭助らと、薩摩藩の西郷吉之助、吉井幸輔らが薩摩藩士小松清廉邸で密談を行い薩土討幕の密約を結び、これを翌6月24日（旧暦5月22日）、山内容堂に報告し、軍制改革を行う旨の同意をとりつけて、大坂でアルミニー銃300挺などの武器を買いつけて帰藩した。乾退助は土佐に戻るや兵制改革に着手し、旧来の北条流の弓隊を廃して洋式砲術隊を編成なさしめ、藩論を瑞山の遺志である武力による勤王討幕にまとめあげ、さらには佐々木高行らの奔走によって遂に藩庁を動かしめ、獄中の安岡正美や島村雅事ら土佐勤王党の志士らを釈放せしめた。
2006年、2007年と一軍登板なし。2007年から背番号が35から62に変更された。同年夏には北京プレオリンピック野球日本代表の候補にも挙がったが、故障のため辞退した。2008年3月28日の対東京ヤクルトスワローズ戦でリリーフとして公式戦初登板。同年7月25日の東京ヤクルトスワローズ戦で初勝利を挙げる。シーズン途中からは山口鉄也と共に中継ぎの柱を担った。チーム最多の68試合に登板した一方で、セ・リーグ最多の15暴投を記録した。11月9日、埼玉西武ライオンズとの日本シリーズ第7戦では1点リードの7回から登板。ところが、8回に片岡易之への死球を機に同点を許すと、連続四球でピンチを広げ平尾博嗣に決勝適時打を打たれた。結果的にチームは日本一を逃したが、原監督は試合後に「越智と心中したのだから間違いは無い」とコメントした。シーズンオフには年俸も大幅に上がり、背番号も22に変更された。2009年、開幕前、越智とともに前年に飛躍した山口とのコンビ名がスポーツ報知で募集され、応募総数1290通の中から越智と山口が選んだ「風神雷神」に決定。越智は「雷電フォーク」で打者をねじ伏せる「雷神」を目指すという意気込みをみせた。同年4月30日にはマーク・クルーンの代役として抑えを務め、プロ初セーブを記録。防御率は前年の2.40から3.30と1点近く悪化したが、1年を通して山口と共に勝利の方程式として活躍を見せた。8月2日の阪神戦では山口が迎えたピンチを越智が抑えるという場面もあり、試合後には山口と自分は「2人で1つ」とコメントした。2010年、59試合に登板し、3年連続50試合以上登板を達成。久保裕也、山口鉄也らとともに勝ちパターンにおける中継ぎとしての役目を果たした。シーズン終盤には不調だったクルーンの代わりに抑えを務める場面も見られた。防御率は前年と同水準の3.20だったが、投球回は56.1と減少。シーズン終了後、前年比500万円減の8000万円で契約更改を行った。オフにはアパレル関連会社に勤務していた当時24歳の女性との入籍を発表。「守るものが増えた。家庭の守護神でもあり、巨人の守護神にもなれるように頑張りたい。」とコメントした。翌年4月16日には長女が誕生している。2011年、開幕一軍を逃す。4月下旬に負傷した山口に代わり一軍昇格したが、8月8日に再度の一軍登録抹消。8月26日に一軍に復帰したものの、登板数は42試合に留まった。シーズン終了後は復活への期待をこめて秋季キャンプの投手陣リーダーに指名された。2012年は開幕を一軍で迎えるが、4月4日の広島戦後に登板後に両足の違和感を訴え、19日に登録抹消。二軍で調整を続けていたが症状は消えず、病院で診察を受けた結果、特定疾患指定の難病である黄色靭帯骨化症であることが判明。医師からは「野球を続ければ、2年後には車いすの生活になる」と告げられた。手術を受けることになり、シーズン中の復帰は絶望的となった。6月28日に手術は無事成功し、7月からリハビリを開始。8月下旬には近距離からの投球を行った。9月末にはブルペンにも入り、12月の契約更改の時点で本人いわく「8割の力で投げられる」程度にまで回復した。2013年、一軍登板はなかったが、10月に宮崎で行われたフェニックスリーグのメンバーにも選ばれる。また、2009年からこの年まで着けていた背番号22を、2013年のドラフト会議で巨人から1位指名された小林誠司に与えることが決まったため、2014年から背番号を67に変更することになった。2014年も一軍登板できず、10月1日に球団から戦力外通告を受けた。その後、現役引退を表明した。