2017年5月23日、フィリピン軍の治安部隊はアブ・サヤフの指導者、イスニロン・ハピロンを拘束するためにマラウィ市内のアジトを急襲したが失敗。アブ・サヤフ側はISILの黒い旗を持って市内を荒らし始め、事実上、交戦状態となった。軍は、上空から攻撃ヘリコプターによるロケット弾攻撃を加え、アブ・サヤフ側に大きなダメージを与えている。組織が弱体化していたこともあり、早期収拾も想定されていたがアブ・サヤフ側の戦闘員は、周辺諸国の外国人を含め数百人の規模となっており、住民を人間の盾として利用して抵抗。市街地戦を繰り広げた。2017年6月9日の戦闘では、双方に多数の死傷者が出た。政府側の発表ではフィリピン軍海兵隊員が13人死亡、40人以上が負傷している。また、同日、在フィリピン・アメリカ大使館は、フィリピン政府の要請により、アメリカ合衆国の特殊部隊がフィリピン軍を支援していることを表明している。2017年10月16日、デルフィン・ロレンザーナ国防大臣はミンダナオ島にある南ラナオ州マラウイにて「アブ・サヤフ」のリーダーイスニロン・ハピロンを「マウテ・グループ」のリーダーオマル・マウテとアブドゥラ・マウテと共に殺害したことを明らかにした。（詳細はマラウィの戦いの項目を参照のこと）
ムジャーヒディーンはサウジアラビアの資金で運営され、CIAや軍統合情報局（ISI）が訓練を行っていたが、1989年にソ連軍が全面撤収し、冷戦が終わると、ムジャヒディーンにはその後続いた内戦に参加する者もいたが、ジャンジャラーニは故郷であるフィリピンのバシラン州へ帰り、ミンダナオ島周辺のイスラム社会をキリスト教徒（カトリック）中心のフィリピンから独立させることを目的に武装組織を結成した。モロ民族解放戦線（MNLF）からの過激な分派としてジャンジャラーニにはビン・ラーディンから設立資金が渡された、とされる。「アブ・サヤフ」はかつて共に戦ったアブドゥル・ラスル・サイヤフからとった名である。アブ・サヤフはアルカーイダのラムジ・ユセフなどから軍事援助を受けた。アブ・サヤフはミンダナオ島でフィリピン警察や軍相手にゲリラ戦を行い、マレーシアやインドネシアでも活動を行うようになっていったが、1998年にジャンジャラーニはフィリピン警察との銃撃戦で殺害される。精神的指導者を失ったアブ・サヤフは二つに分裂し、イスラム社会の独立運動より強盗や身代金目的の誘拐を繰り返す犯罪集団となり、絶頂期には4000人いた構成員も2000年頃には100人以下にまで減った。多くはモロ・イスラム解放戦線（MILF）などに合流したと考えられる。2014年頃からは、ISILの影響下に入り始めた。2017年5月にフィリピン軍と交戦状態となりアブ・サヤフ側に多数の死者が出たが、死者の中にマレーシア人、インドネシア人、シンガポール人など6人の外国人戦闘員が確認されている。
1991年にモロ民族解放戦線から分離してアブ・サヤフを設立したのはフィリピン人イスラム教徒のアブドラガク・ジャンジャラーニ（Abduragak Janjalani）である。ジャンジャラーニはシリアやサウジアラビアでイスラム神学を学び、その後、ソビエト連邦のアフガニスタン侵攻に対抗する為アフガンへ渡り、サウジアラビア人やアフガン人のムスリム組織「イスラム聖戦士」（ムジャーヒディーン）がパキスタン国境付近に作った7つの武装組織の内、アフガン人のアブドゥル・ラスル・サイヤフが指導する組織に参加した。ムジャーヒディーンには世界各国からイスラム教徒が参加し、フィリピン南部からも数多く志願していたが、彼もその一人であった。ジャンジャラーニはそこでウサーマ・ビン・ラーディンと会っている。
本内閣の特徴としては、閣僚の平均年齢は58.2歳と前内閣から4歳近く若返ったことがあげられる。これは、内閣府特命担当大臣で初入閣した小渕優子が任命時34歳と9か月と戦後最年少での閣僚就任となったことを含めて50代以下が10人を占めたことによる。しかし、前内閣からの再任者が5名おり、初入閣も5人と安倍内閣の11人の半分以下で、平均当選回数（衆院議員のみ）は6.5回で安倍内閣と同じで小泉内閣の5.8回を上回り、必ずしも「若返り」を意図した結果ではない。父または祖父が内閣総理大臣経験者である閣僚が、吉田茂の孫である麻生首相を筆頭に、鳩山、中曾根、小渕と4人おり、これらを含めた“世襲政治家”が福田改造内閣の9人を上回る11人の多数に及び、マスコミや野党は“世襲内閣”“若旦那内閣”などと称し、安倍に次いで“おぼっちゃま内閣”とまで揶揄した。また、小泉以来4代続いて地盤を世襲した政治家であること、安倍以来3代続いて祖父に内閣総理大臣経験者を持つことも批判された。首相を除く無派閥が4人と小泉以降の4内閣の中では最も多かったが、麻生が自民党内少数派閥出身で他の多数派閥の支持により成立した経緯の上での派閥均衡・論功行賞人事とも指摘された。女性閣僚は野田と小渕の2人で、非議員閣僚は総務大臣増田寛也の退任により1人もいなくなった。また、政治改革によって“財政と金融行政の分離”（財金分離）が実行されて以降初めて、財務大臣と金融担当大臣が兼務となった（小渕内閣以降の大蔵大臣・金融再生委員長時代含め）。麻生はこの点を「役所を1つにするかは（兼務を）やってみなければ分からない」と旧大蔵省の復活を示唆した。小泉内閣以降、組閣人事情報は一切漏らさない秘密主義が続いてきたが、麻生内閣の組閣に当たっては自民党総裁選の最中から、事前に人事情報が外部に漏れたためにたびたび報道され、総裁選から休日を挟んでの首相指名・組閣当日の朝には報道各社が閣僚名簿を発表するという、近年では異例の事態となった。9月29日の臨時閣議で決められた副大臣と大臣政務官の人事は、外務副大臣に橋本聖子、厚生労働副大臣に大村秀章を充てた以外は全員が再任された。