天正4年（1576年）4月、本願寺との和が破れると、信長は荒木村重・塙直政・長岡藤孝・明智光秀を討伐に派遣した。康長は大和守護であった塙直政の与力とされ本願寺包囲網に加わった。5月3日、直政は康長を先鋒として三津寺を攻撃しようとしたが、本願寺勢（雑賀衆）の奇襲を受けて失敗。この戦いで直政は討死し、康長は辛くも脱出した。その後、康長は四国（特に阿波）に強い地盤を持つ三好一族として四国攻略の担当とされ、主な活動の場を四国に移した。ただ常時四国にいたわけではなく、河内領内の都合もあり、頻繁に河内と四国を行き来していたようである。天正4年から6年にかけて淡路の安宅信康に働きかけて降誘に成功した。天正9年（1581年）1月より康長は四国に渡ったが、3月には讃岐より阿波に至り、当時長宗我部氏に属して岩倉城主であった子の三好康俊を織田側へ寝返らせた。天正10年（1582年）2月9日に康長は四国遠征の先鋒を命じられ、先んじて再び阿波に渡った。5月に信長の三男・神戸信孝が総大将に任じられると、康長が信孝を養子とする事も内定し、四国統一の暁には阿波一国を与えられることが約束をされた。ところが、6月2日に本能寺の変で信長が明智光秀に攻撃されて死亡したため、四国遠征は中止となった。この時、康長は阿波一宮城・夷山城を攻略中であったが、急遽、兵をまとめて河内に帰還した。
鎌倉幕府滅亡後に成立した後醍醐天皇による建武の新政においても、守護は、国司と併置される形で制度に残された。ただし、新政がわずか数年で終了したため、建武期の守護について詳細は明らかでない。次に成立した室町幕府も、守護の制度を継承した。当初、守護の多くは在地の有力者が任じられていたが、次第に足利氏一門と交代させられて、その地位を保持していたのは、播磨の赤松氏（赤松則村）などごく僅かだった。これは、鎌倉期の得宗専制を引き継いだものである。職権についても鎌倉期と同じく、初めは大犯三ヶ条とされていたが、国内統治を一層安定させるため、1346年（貞和2年）、刈田狼藉の検断権と使節遵行権が新たに守護の職権に加えられた。刈田狼藉は武士間の所領紛争に伴って発生する実力行使であり、使節遵行とは幕府の判決内容を現地で強制執行することである。この両者により、守護は、国内の武士間の紛争へ介入する権利と、司法執行の権利の2つを獲得した。1352年（文和元年）には、軍事兵粮の調達を目的に、国内の荘園・国衙領の年貢の半分を徴収することのできる半済の権利が守護に与えられた。当初は、戦乱の激しい3国（近江・美濃・尾張）に限定して半済が認められていたが、守護たちは半済の実施を幕府へ競って要望し、半済は恒久化されるようになる。1368年（応安元年）の半済令（寺社本所領事）は、年貢だけでなく土地自体の半分割を認める内容であり、守護による荘園・国衙領への侵出が著しくなっていった。さらに、守護は荘園領主らと年貢納付の請け負い契約を結び、実質的に荘園への支配を強める守護請（しゅごうけ）も行うようになった。また、税の一種である段銭や棟別銭の徴収なども行うなど、経済的権能をますます強めていったのである。守護はこのように強化された権限を背景に、それまで国司が管轄していた国衙の組織を吸収すると同時に、強まった経済力を背景に、国内の地頭、在地領主（当時、国人と呼ばれた）、さらに有力名主らを被官（家臣）にしていった。この動きを被官化というが、こうして守護は、土地の面でも人的面でも、国内に領域的かつ均一な影響力を次第に及ぼしていく。こうした室町期の守護のあり方は、軍事・警察的権能のみを有した鎌倉期守護のそれと大きく異なることから、室町期守護を指して守護大名と称して区別する。また、守護大名による国内の支配体制を守護領国制という。ただし、守護大名による領国支配は必ずしも徹底したものではなく、畿内を中心に、国人層が守護の被官となることを拒否した例は、実は多く見られる。室町中期までに、幕府における守護大名の権能が肥大化し、幕府はいわば守護大名の連合政権の様相を呈するようになる。当時の有力な守護には、足利将軍家の一族である斯波氏・畠山氏・細川氏をはじめ、外様勢力である山名氏・大内氏・赤松氏など数ヶ国を支配する者がいた。これら有力守護は、幕府に出仕するため継続して在京することが多く、領国を離れる場合や、多くの分国を抱える場合などに、国人を守護の代官としたり、直属家臣の中から守護代を置いた。さらにその守護代も小守護代を置いて、二重三重の支配構造を形成していった。なお、東国の守護は京都ではなく、鎌倉府のある鎌倉に出仕していた。これを在倉制と称する。守護の恩典には、将軍の諱から一字をもらう一字拝領などがあった。また、守護の格式として白傘袋・毛氈鞍覆を許され、守護代には唐傘袋・毛氈鞍覆、塗輿が免許された。また、守護・守護代ともに塗輿の使用が免許され、有力な武士としての権威性を認められていた。管領・探題に達する者や有力守護にのみ許された特典としては、屋形号と朱の采配の免許があり、屋形号を持つ者の家臣は烏帽子と直垂を着用することが許された。特に鎌倉公方足利家では関東の有力武士のうち、8家に屋形号を授け関東八屋形などといわれた。