この事故により、信楽高原鐵道車はSKR202とSKR204が、JR車はキハ58 1023（1967年製造）がそれぞれ廃車となった。このほか、信楽高原鐵道の事故車両であるSKR200形（レールバス・LE-Carシリーズ）についても、その脆弱性が問題となった。同車種は本来バス向けの車体構造や部品を多数用いて大幅な価格低減および、徹底的な軽量化による燃費向上を実現した車両で、日本国有鉄道（国鉄）の赤字ローカル線（特定地方交通線）を引き継いで発足した日本各地の第三セクター鉄道各社がこぞって導入していた。だが、1960年代の国鉄設計で鈍重、言い換えれば頑丈なキハ58系と正面衝突し、原形を留めないほど無残に大破したレールバスの姿は、鉄道業界に大きなショックを与えた。乗用車との衝突による踏切事故のような、比較的小規模な衝突事故などは考慮して設計されていたが、鉄道車両同士の正面衝突のような大規模な事故までは想定していなかったのである。そのうえ極端な軽量化を図ったレールバスに、衝突事故時の安全性は全く期待できなかった。もともと想定寿命の短い車両ではあったが、日本におけるレールバスは1990年代後半頃には大半が淘汰されるに至った。本事故以降の代替車は、より「本来の鉄道車両」に近い設計への回帰が進んだ。
有田鉄道などでは従来行ってきたJRへの定期列車乗り入れを廃止した。また、鹿島臨海鉄道とJR東日本の間における「ビーチイン大洗ひたち」号（当初予定の大洗までの直通を水戸駅での接続・乗り換えに変更）など、臨時列車におけるJRと私鉄・第三セクター鉄道間の直通運転も、不測の事態への対処がしにくいということで、事故を契機に多くが中止された（投資の割に利用客が少ないという、費用対効果の面もあったとされている）。さらに直通運転に関しては、周到な用意と訓練を行うことが求められるようになり、また従来は直通運転の相手先まで乗務員がそのまま乗務していることもあったが、事故後は自社線のみ乗務することが多くなった。この乗務の一例を挙げると、2005年日本国際博覧会の輸送ではJR中央本線 - 愛知環状鉄道線直通列車（エキスポシャトル）に関し、高蔵寺駅にて業務交代を行った。また、事故当時、北近畿タンゴ鉄道では、乗り入れ時に運転士の交代を行っている例として、マスコミの取材を受けていたことがあった（JR宮津線時代から山陰本線との乗り入れ運転が多く、この事故後も特急は北近畿タンゴ鉄道・JR双方が相手側線区との乗り入れを継続して行っている）。
この事故の後、鉄道会社間相互で行われる直通運転に対して鉄道車両と運転方法の安全性など鉄道運転業務面の問題点が指摘されるようになった。また、この事故の遺族の運動により、鉄道の分野での事故調査委員会が初めて設けられるようになった。
刑事裁判ではJR西日本の関係者は起訴されず、遺族は失望の念を禁じ得なかった。また遺族の要請に応じ4度にわたり信楽高原鐵道・JR西日本合同で事故説明会を開催したが、信楽高原鐵道は社長の出席があったもののJR西日本の角田社長は出席に応じなかったこと、とりわけ第1回の事故説明会の開催直前にスクープされた月刊誌『プレジデント』の記事の質問に対してJR西日本側の回答の歯切れが悪く遺族の心証を害したこと、しかも一周忌法要でのJR西日本角田社長の発言が遺族の心証を逆撫でしたこともあり、遺族会は特にJR西日本の法的責任を明らかにすべく、1993年10月14日、信楽高原鐵道及びJR西日本の両社を相手取って提訴した。1999年（平成11年）3月29日、大津地方裁判所で両社の共同不法行為を認め、両社に対し過失認定判決が下された。信楽高原鐵道は控訴せず、JR西日本のみが控訴したが2002年（平成14年）12月26日、大阪高等裁判所はJR西日本の控訴を棄却。改めて同社の過失が認定された。JR西日本は上告せずその結果、信楽高原鐵道とJR西日本の両社の過失を認定する判決が2003年1月10日に確定した。
1902年（明治35年）、神奈川県中郡平塚町（現在の平塚市）で生まれ、東京府東京市日本橋区浜町（現在の東京都中央区日本橋浜町）の養家で育つ。浜町尋常小学校から日本大学附属中学校を経て早稲田大学文学部英米文学科中退。河東碧梧桐に師事して俳句に親しむ。永井荷風と佐藤春夫に師事し、翻訳家となる。代表的な翻訳としては、岩波書店を初めとする小泉八雲の全訳、また1956年には東京創元社におけるブラム・ストーカー『魔人ドラキュラ』（改題『吸血鬼ドラキュラ』）の翻訳などをおこなっている。また翻訳、編集を通じた日本における海外怪奇文学の紹介者であった。弟子に紀田順一郎と荒俣宏、由良君美がいる（荒俣は3度の破門を経験している）。門人として荷風の邸宅「偏奇館」に出入りしていたとき、荷風の色紙や手稿を偽造して売りさばいたことがある。荷風がみずからの楽しみのために書いて手元に置いていた好色小説『四畳半襖の下張』の手書き原稿を密かに持ち出して、仲間と共に筆写し回覧させ、この名作が世に出るきっかけを作ったのも平井である。このため師弟関係は破局を迎え、荷風は日記『断腸亭日乗』のなかで平井を悪罵、さらに平井をモデルにして短篇「来訪者」を書いて発表し、復讐を遂げた。英国の作家アーサー・マッケンの作品の紹介に尽力し、平井の全訳による『アーサー・マッケン作品集成』を刊行した。下町に育ち、死ぬまで和服で通した。江戸文学に造詣が深く、為永春水の現代語訳を荷風名義で請け負ったことがある。千葉県富津市に移住し、1976年に同市小久保の寓居で心筋梗塞のため没した。姪の夫に作家の岡松和夫がおり、岡松の小説『断弦』のモデルとなっている。