1995年3月24日にゲームギア用ソフトとして発売。魔王グライアスに奪われた聖地エルサレムを取り戻すべく、勇者マテルが仲間を集めて迷宮に挑む。シリーズで唯一の3Dダンジョンを採用しており、ダンジョンの攻略と仲間キャラクターの育成に重点を置いた作りになっている。仲魔システムと一部の魔法、アイテムなどの名前を継承している以外、他のシリーズ作品との関連性はほとんどない。
かつて世界はエネルギー源であるラピス鉱石をめぐって対立し、30年もの長きにわたる戦争を繰り返してきた。この5大ポリス戦争は、クリーン・エネルギーを供給する永久機関フェレストが発明されたことによって終結し、人々は平和を取り戻したかに見えた…。しかし15年後、再び世界に異変が起きようとしていた。ある日、ラガの村に住むグレンはメガロ・ポリスに旧友のアレクを訪ねようと考えていた。2人は先の戦争ではシャドー・ウォーカー部隊でともに戦った仲だった。そこに突然アレクの訃報が届く。友の死に疑問を感じたグレンはメガロ・ポリスに赴いて真相を調べようと考えた。異変は別の場所でも起きていた。ヒートの村では子供たちが惨殺される事件が相次ぎ、ブルトン魔法学校の教師キャルルは故郷の事件を解決するために一時帰郷することになった。おりしもメガロ・ポリスでは、ポリス内でガイア（魔法）の使用を禁止する法案が可決され、魔法学校のキャク校長は抗議のために出向くことを決心し、その間学校は休校となった。休校前最後の授業が終わり、魔法学校の飛行艇が生徒を送り帰す。その頃、東の空にポリス軍の兵士を乗せた飛行艇の姿があり、それはラガの村に向かっていた。彼らの任務はグレンを暗殺することであった…。
突如として起こった第五惑星の崩壊。 人間と魔獣は第三惑星テラをめぐって熾烈な戦争を繰り広げた。この戦いは勝者がないまま終り、わずかな人間と魔獣のみが生き残った。 それから2000年の時が流れ、人々は魔獣とともに平和に暮らしていた。とある夜、預言者メドクはマゴクの王に、「今宵、この町で魔獣王グライアスが復活する」と進言した。 マゴク王はその夜、生まれたばかりの赤子を全て抹殺するよう命じた。しかし2人の赤子が密かに助け出された。悲惨な殺戮劇から15年、マゴクの国から遥かに離れた森－ そこには双子の魔獣ケルベロス、オルトロスとともに魔獣ソルレオンによって育てられた少年ユーリの姿があった。
遥かな昔、まだ神が神と呼ばれず、悪魔が悪魔と呼ばれていなかった時代。太陽系の第五惑星には我々が「神」と呼んでいる存在が、テレキネシス、テレポーテーション、テレパシーなどの超自然的な力－「ガイア」を使い文明を築いていた。エルはゾディアの元でガイアの力を訓練していた。そんなある日、突如として見たこともない「魔獣」の群れが現れ、人々を襲い始めた。エルはこの魔獣の謎を解くために旅にでる。
ゲームボーイの低年齢ユーザーのためにリリースされた女神転生シリーズで、仲魔や合体システムなども搭載されているが、架空の世界の物語であったりするなど、ファンタジー色が強い。ゲームタイトルの通り「聖書」をモチーフにしている。このシリーズでは悪魔ではなく「魔獣」、悪魔合体ではなく「魔獣合成」と呼称される。女神転生シリーズでは多く3Dダンジョンが採用されているが、本シリーズでは『スペシャル』を除いたほとんどの作品で、トップビューの2D視点のRPGとなっていることなどが特徴。後にゲームボーイカラーの発売に伴ってカラー対応版も発売された。ナンバリング作品の企画開発は（Iのゲームギア版を除き）通してマルチメディア インテリジェンス トランスファーが担当し、この路線は同社開発の『真・女神転生デビルチルドレン』シリーズへと引き継がれて行った。魔獣と戦ったり魔獣を説得して仲間にしたりというのは『ポケットモンスター』シリーズを先取りしており、通信対戦や魔獣合成は『ドラゴンクエストモンスターズ』シリーズのエッセンスである。ストーリーも含め、魔獣との共存をシリーズ全体のテーマとしている通り、『ポケットモンスター』シリーズと違った大人向けのハードな世界観が魅力であるという書籍の評価もある。
Plan 9は多数の通信プロトコルやデバイスドライバのインタフェースとしてのシステムコールを持たない。例えば、/net はTCP/IP全体のAPIの役割を担っており、スクリプトやコマンドで操作可能で、制御ファイルに書き込むことでコネクションを読み書きできる。/net/tcp や /net/udp といったサブディレクトリはそれぞれのプロトコルへのインタフェースとして使うことができる。例えば、NATを実装する場合、公開IPアドレスを持つ境界線上のマシンの /net をマウントし、内部ネットワークで Plan 9 の9Pプロトコルを使い、プライベートIPアドレスの内部ネットワークから当該マシンへと接続する。VPNを実装する場合は、インターネット上でセキュアな9Pプロトコルを使い、リモートのゲートウェイの /net ディレクトリをマウントすればよい。/net で union ディレクトリを使う例を示す。オブジェクト指向プログラミングにおける継承のように、（リモートの） /special に対して、別のローカルなディレクトリを連結（重ね合わせ）する。すると同じ名前の制御ファイルはあとから重ねた方で隠され、新たな制御ファイルは追加された状態になる。言ってみれば union ディレクトリは、元の2つの親を継承した子オブジェクトのようなものである。オリジナルの機能は部分的に変更されることがある。これを /net ファイルシステムで考えると、/net/udp サブディレクトリを更新または隠蔽すると、UDPインタフェースにローカルなフィルタープロセスをかませて制御または拡張でき、/net/tcp は元のまま、おそらくリモートマシン上で動作させておくといったことができる。名前空間はプロセス単位に設定可能なので、信頼できないアプリケーションに対して制限を加えた /net union ディレクトリを見せることで、ネットワークアクセスを制限することができる。このような機構は、異なるシステム上で異なる言語で書かれたファイルシステムや「オブジェクト」を容易に連結でき、プログラマからはファイルシステムの名前付けやアクセス制御やセキュリティの大部分が透過的となる。類似の機構として4.4BSDの portalがある。UDPは実装されていない、（慣習であって本質的な違いではないが）マウントポイントが /net ではなく /p である、といった点が違う。