2003年9月に木更津市が6億円をかけてアインスビルを取得、市から管理・運営の委託を受けた日本総合企画株式会社が約5億円を投じてビルの再建を実施した。2004年4月28日、アインスはアクア木更津と名前を変えてリニューアルオープンした。新たなキーテナントには激安スーパーのマルエイをA館1Fに迎え入れ、またA館6Fには24時間営業の時間消費型会員制複合レジャー施設であるJJCLUB100、A館7Fには100円ショップのザ・ダイソーがオープンした。再建の様子は、2004年5月4日にテレビ東京のドキュメンタリー番組である「日経スペシャル ガイアの夜明け ゴーストタウンに人を呼べ! 〜駅前ビル再生に揺れた200日〜」で放送された。しかし、新たなキーテナントのマルエイも2009年4月22日に閉店してしまう。またビルの管理・運営を委託されていた日本総合企画は2009年5月18日に東京地裁へ民事再生手続の開始を申し立てて倒産し、負債総額は約150億円であった。2009年12月28日に木更津市は、ビルと土地を売却するために一般競争入札を実施した。契約の条件として、10年間の所有権移転禁止や、2年以内に売り場面積500平方メートル以上の生鮮食料品店を開業させる努力義務などが付されていたものの、予定落札金額の3億9000万円に達する応札が無く、入札は不調に終わった。市は、入札で最高値を提示した有限会社金剛山と個別に交渉し、入札価格に1000万円を足した2億9000万円で売却する随意契約を締結した。有限会社金剛山は大阪市中央区に本社を置く不動産再生事業などを手がける株式会社日本リートの子会社である。売却に伴い、B館3Fの木更津市役所 駅前連絡所と木更津駅前ホールは、2010年9月に閉鎖された。売却後に行うリニューアルオープンの企画は、新たにビルのコンサルティングを行うこととなった東京都港区の複合商業施設総合コンサルティング業者である株式会社やまきが行った。「上質なゆとりの時間」をキーコンセプトとして、2010年10月にマリンゲート木更津（仮称）としてリニューアルオープンする予定であった。2010年8月10日、A館1Fに食品スーパーの「生鮮市場木更津」が開店した。株式会社ベルーフがグロッサリー・日配、株式会社テラバヤシが精肉、伊東水産が鮮魚、有限会社マツトウ青果が青果・惣菜を提供する店舗であったが、2013年11月28日から12月7日にかけて各店舗が順次閉店した。2013年4月1日、場外勝馬投票券発売所のf-keiba木更津がB館B1Fにオープンした。周辺環境に与える影響を考慮して千葉県競馬組合では初めての会員制を採用し、床面積561平方メートルの施設内に座席105席と自動発払機6窓、有人払戻機1窓を備える。2015年（平成27年）3月21日からは、「J-PLACE木更津」としてJRA全レース（代替開催除く）の勝馬投票券の発売・払戻（会員制）を始めた。
2クール終了間際の1973年8月中旬、日本テレビ動画の実質的経営者（社長と自称）だった新倉雅美が突然失踪した。真佐美ジュンによると、新倉が失踪する前後の8月初旬と9月初旬に日本テレビのプロデューサーから「日本テレビ動画が解散するという話が下請けから出ている。それが本当なら下請け側は死活問題なので、入金の保証があるまで納品しないという状況になっている。その話は本当か?」と聞かれ、真佐美は否定したが「絶対に放送に穴はあけないでくれ」と釘を刺されたという。また真佐美は入金を心配する下請け側に対しても「もし何かあったら責任を取って私はこの業界から足を洗う。私の顔を立ててくれないか?」と説得しに回ったという。その後、経営を引き継いだ同社の会長（登記上の代表取締役だった、新潟総合テレビ役員の稲庭左武郎を指すとみられる）はアニメ会社の経営に無関心な人物で、「もう止めよう」の一言で会社は解散したという。解散について真佐美は、失踪した社長の新倉雅美が前身の東京テレビ動画時代に社運をかけて製作した劇場用作品『ヤスジのポルノラマ やっちまえ!!』で出した大赤字を本作で得た収益で補填できたことに加え、「その前にいろんなことをやられて懲りた」という稲庭が、新倉の失踪を機に「少しでも赤字が埋まったところで解散した」と述べている。一方、美術監督の川本征平は新倉の失踪の理由を「次回作が決まらずに資金ショートしたからではないか」と安藤健二の取材に答えている。会社の解散という混乱の中、同年9月30日放送の「さようならドラえもんの巻」をわずか2週間で作り上げ最終話とし、半年で終了となった。最終回は自転車が漕げなかったのび太が泣きながら自転車を漕ぐ練習をする姿を、未来の世界に帰ったドラえもんがタイムテレビで見守るところで物語が終わる。最終回ラストのアイキャッチは「次回もお楽しみに」として終了させており、これは制作主任の真佐美による演出であった。これを疑問に思った制作進行の木沢富士夫に、真佐美は「こんな形で日本テレビ動画のドラえもんは終わってしまったがスタッフのみんなは、まだ続けたかった。もう一度日本テレビ動画で同じスタッフと一緒に『ドラえもん』の続編を製作したい思いを込め“次回をおたのしみ“にしたんだ」と意図を明かしている。また番組最後の「おわり」のカットでドラえもんの丸い手から黄色い小鳥が飛び立っていくシーンがあり、これにも続編製作の希望として「再会」の意味が込められている。最終回が放送された9月30日、ブラウン管に映る『ドラえもん』が描かれたスタジオには既に人影はいなかった。その後、残された旧作スタッフは債権処理などに追われ、ついに日本テレビ動画が再建されることはなかった。しかし、6年後に他局他社ではあるものの現在のテレビ朝日版によって「続編」は実現し、テレビ朝日版の第1話は「未来の国からはるばると」という原作第1話のエピソードではなく、通常のエピソードの1本である「ゆめの町ノビタランド」とした。これが普通に本編から始まっている所からも、まるで第1作の続編を意識したかのような形がとられ、両者の間で受け渡しがあったかのような構図になっている。