1868年（明治元年）、江戸幕府は崩壊し明治政府に生まれ変わるが、明治政府は五榜の掲示の第三札に「切支丹邪宗門ノ儀ハ堅ク御制禁タリ、若不審ナル者有之ハ其筋ノ役所ヘ可申出」と記し、引き続きキリスト教および不受不施派の信仰は禁止された。このうち、不受不施派の禁教は1871年（明治4年）の寺請制度廃止により、またキリスト教の禁止は1873年（明治6年）2月24日付太政官布告「禁制高札の撤去」で、それぞれ事実上解除される。こうして長年邪とされていたキリスト教はようやく日本に認められ、隠れキリシタンも表に出てくることができたが、一方で明治政府は神道の国教化を目指し国家神道の体系を整備していく。この過程で、神道と仏教の厳格な分離を求めたことに伴う仏教側の排撃が行われた。また、神霊の憑依やそれによって託宣を得る行為、性神信仰などを低俗なものや迷信として否定、それらを信仰の中心においていた教派を淫祠邪教として取り締まる政策を進めた。これにより修験道・陰陽道など神仏習合系教派が軒並み禁止となり、修験系講団体の中には教派神道へ移行したものもある。大日本帝国憲法第28条において表向き信教の自由が認められた後も、取り締まりは続いた。1894年（明治27年）、コレラの治療として神水を配布した蓮門教が淫祠邪教として徹底的に批判され衰退した。1901年（明治34年）には内務省宗教局が淫祠邪教の取り締まりを強化すると発表した。1911年(明治44年)には、政府は大逆事件で幸徳秋水を処刑するが、その一方で、幸徳の遺作である『基督抹殺論』をキリスト教抑圧のため典拠として利用した。
安土桃山時代から江戸時代初期にかけて、その前の室町末期に日本へ流入したキリスト教に対して太閤豊臣秀吉と続く初代将軍徳川家康が警戒感を示すようになる。秀吉は死の直前の1597年（慶長元年）、フランシスコ会の布教を挑発的として宣教師、信徒ら26人を死刑に処させる「二十六聖人の殉教」を起こした。江戸幕府発足後、2代将軍徳川秀忠の世だった1612年（慶長17年）に出された禁教令を皮切りに、キリシタン（隠れキリシタン）を邪教の徒として弾圧した。転向（棄教）に応じた元キリシタン（転びキリシタン）も、最高6世代の後まで監視されるなど弾圧は苛烈を極めた。一方、日蓮宗不受不施派は民こそが国の主役であると考え、正義を重視するという考えから徳川幕府の出す命令に対して非服従を貫き、幕府は「邪宗門」と位置づけた。また宗門改などを通じた宗教統制に入らなかった民間宗教、新宗教なども邪宗門に分類された。1690年（元禄3年）、寛永寺座主（輪王寺宮）に公弁法親王が就くと、それから10年ほどの間に玄旨帰命壇、立川流が共に邪教とされ完全に断絶。どちらも性交渉によって本尊と一体化することを柱とした教義だったため、これをきっかけにして淫祠邪教（いんしじゃきょう）という言葉が確立した。また、幕府としては容認されたものの藩レベルでは一向宗を邪教とみなし禁止したところもあった。この際に隠れキリシタンと同様、信仰を守るため神道ないしは修験道と融合した新たな宗派が生まれた例もある。
鎌倉中期に日蓮が立正安国論の中で、法華経を鎌倉幕府の政治運営の精神的中心として受け入れなければ国家国民は安泰にならないという考え方を述べた。この際に、正法である『法華経』を信仰しない他宗派はすべて邪法であり、邪教に惑わされている宗派とそれを許している政府を強く非難した。中でも念仏信仰を柱とする浄土宗は開祖法然も含め、名指しで攻撃を受けた。しかし、得宗北条時頼は、『立正安国論』を政治批判であるとみなし、日蓮を伊豆に配流した。
本級の最大の特徴が、全没型水中翼船型の採用である。イタリア海軍が配備していたスパルヴィエロ級から技術を導入しているが、これはもともと、アメリカ合衆国のボーイング社がアメリカ海軍の依頼で開発した「トゥーカムカリ」（旅客型はボーイング929）に源流を有するものであった。船体設計はほぼスパルヴィエロ級が踏襲されており、艇体は耐水アルミニウム合金のアルゴン溶接、上部構造物は板厚が薄いことから約15,000本のアルミリベットによる鋲接構造とされている。水中翼はステンレス製の全没構造で、前1枚・後2枚のエンテ型配列とされており、前翼のタブ（動翼）を動かして操舵を行う。旋回時は、自動コントロール装置によって傾斜角約10度のバンクド・ターンを行うことで、遠心力による乗員への影響を軽減していた。なお、後述のとおり装備面ではタイプシップとは大きく異なることもあり、重量・重心位置の制約は非常に厳しく、グラム管理での重量管理が行われた。主機関は海上自衛隊独自のものとなっている。水中翼艇であることから、翼航走（フォイルボーン）時と艇体航走（ハルボーン）時の2種類の推進装置を備えていた。翼航走時は、主機関としてはゼネラル・エレクトリック LM500ガスタービンエンジン（石川島播磨重工業がライセンス生産）によって、荏原製作所300CDW型ウォータージェット推進器1基を駆動していた。このウォータージェット推進器のための吸水口は後部水中翼の下端に設けられており、ここから吸い上げられた海水はウォータージェット・ポンプによって加速されて、マスト直下の船底にある2ヶ所の開口から噴出された。一方、艇体航走時には、いすゞマリン製造製の4サイクル直列6気筒機関である6BD1TCディーゼルエンジン（180馬力 / 2,700 rpm）によってスクリュープロペラ1軸を駆動していた。このスクリュープロペラは、翼航走時には船体取付部を軸として右舷側に90度回転させ、船底レベルより上に引き上げられていた。なお、速力46ノットは自衛艦としては最速であった。