大岡忠相は人情深い奉行として慕われており、大罪を犯した男の息子、相良俊輔の身柄を引き受け、優秀な頭脳を見込んで内与力として登用することにした。村上源次郎には再婚話が出て、後添えをもらった。猿の三次は船宿を始めることになり、南町奉行所の仲間たちの憩いの場のような存在になる。そして、三次がかつて世話になったお葉という女盗賊も改心して仲間に加わる。冤罪問題、罪を犯す者の弱さなど、裁くことの難しさを感じる忠相は、江戸の町が真の意味で平和になることを願い職務に勤める。この部では、相良俊輔と綾との淡いロマンスが描かれ、また物価高に対応する忠相の姿も描かれているのが特徴である。
第2部最終回で医学修業のため榊原伊織・千春夫妻が長崎に旅立ってから6年経過し、長男・忠宣も6歳となった。小石川養生所の肝煎・海野呑舟の体調が優れず、長崎から伊織・千春夫妻を呼び戻した。大岡忠相は息子の忠宣の成長とともに、父親としての魅力も増し、家庭人として、庶民のひとりとしての忠相を、“夫婦の愛、親子の愛、友情”などをテーマに描がれている。この部では、爆死した池田良助の息子・池田大助を内与力にした。また、伊織をはじめ、同心・村上源次郎や与力・神山左門らの協力を得て、事件の解決にあたる。
日本では1871年（明治4年）に初めてゲーテの名が紹介されたが、本格的な受容が起るのは明治20年代からである。作品の翻訳は1884年（明治17年）、井上勤が『ライネケ狐（de:Reineke Fuchs）』を『狐裁判』として訳したものが最初である（狐物語群#ゲーテのドイツ語作品）。この訳は当初自由出版社から出されていたが、1886年（明治19年）に版権が春陽堂に移って新たな初版が出され、1893年（明治26年）までに5版が出るほどよく読まれた。1889年（明治22年）には森鴎外が訳詩集『於母影』においてゲーテの詩を翻訳し、特にその中の「ミニヨン」の詩は当時の若い詩人たちに大きな影響を与えた。鴎外はゲーテを深く尊敬しており、『ゲッツ・フォン・ベルリヒンゲン』の翻訳や『ファウスト考』『ギョッツ考』などの論考を著し、1913年（大正2年）には日本初の『ファウスト』完訳を行なっている。日本では明治20年代から30年代にかけては若手作家の間で「ウェルテル熱」が起り、島崎藤村、平田禿木、戸川秋骨、馬場孤蝶ら『文学界』同人の作家を中心に『若きウェルテルの悩み』が熱心に読まれた。特に島崎藤村は晩年までゲーテを愛読しており、随筆『桃の雫』（1936年）の中でゲーテに対する長年の思いを語っている。外国文学に批判的だった尾崎紅葉も晩年にはゲーテを熱心に読み、「泣いてゆく ヱルテルに会う 朧かな」を辞世の句として残した。また『ウェルテル』と並んで『ファウスト』も若い作家の間で熱心に読まれていた。文壇に「ウェルテル熱」が起る前に早世した北村透谷は『ファウスト』を熱心に読んでおり、『蓬莱曲』などの作品を書く上で大きな影響を受けている。倉田百三は代表作『出家とその弟子』を書く際、鴎外訳の『ファウスト』から様々な影響を受けたことを語っており、国木田独歩も『ファウスト』を熱心に読み影響を受けたことを『欺かざるの記』のなかで繰り返し述べている。他にゲーテを愛読しゲーテについての著述を残している者に長与善郎、堀辰雄、亀井勝一郎などがおり（以上、星野『ゲーテ』より）、水木しげるもゲーテの言動についてのエッセイを著している。1931年（昭和6年）には日本ゲーテ協会が創設され、ドイツ文学の研究・紹介を行っている。また関西ゲーテ協会の主催で毎年ゲーテの誕生日の夜に「ゲーテ生誕の夕べ」が開催されており、そこではゲーテにちなんだ歌謡のコンサートや講演が開かれている。1964年（昭和39年）には実業家粉川忠によって東京都北区に東京ゲーテ記念館が立てられており、日本語の翻訳本や原著だけでなく世界中の訳本や研究書、上演時の衣装などを含む関連資料を所蔵する世界的にも類例のない資料館となっている。ゲーテ (Goethe) のドイツ語での発音は日本人には難しいこともあり、日本語表記は、古くは「ギョエテ」「ゲョエテ」「ギョーツ」「グーテ」「ゲエテ」など数十種類にものぼる表記が存在した。このことを諷して斎藤緑雨は「ギョエテとは俺のことかとゲーテ言い」という川柳を詠んだ（矢崎源九郎『日本の外来語』参照）。ヴィテー，ヴーテー，ギェーテ，ギオーテ，ギューテ，ギュエテ，ギョウテ，ギョエテ，ギョーツ，ギョーテ（ギョーテー），ギョオテ，ギョート，ギョテ（ギョテー），ギョテーイ，ギョヲテ，グウイーテ，グーテ，ゲイテ，ゲエテ，ゲーテ，ケーテー，ゲエテー，ゲーテー，ゲォエテ，ゲテ，ゲョーテ，ゲョテー，ゲヱテー，ゴアタ，ゴイセ，ゴエテ（ゴヱテ），ふをぬ､げえて，及義的，歌徳，俄以得，俄義的，葛徳，驚天，暁蛙亭，芸陽亭，芸亭，芸天，就是葛徳，倪提以，哥徳