2016年3月26日のダイヤ改正で北海道新幹線が開業したのに伴い、JR最後の定期急行列車である「はまなす」が廃止された。この列車は青森と札幌を結ぶ夜行列車であり、同年3月21日青森発22日札幌着の下り列車を最後に運行を終了した。同列車の廃止により、国鉄時代から続いたJRの定期急行列車は全廃された。ただし制度上、急行の列車種別は廃止されていない。JR東日本水戸支社およびJR東海のように、多客期の臨時列車（多客臨）などを急行列車として運転する場合があり、その際には急行券が発売される。なお、これらの列車はいずれも特急型車両を使用するが、定期列車のダイヤを優先したり、ビューポイントで徐行運転や停車をしたりするなど、速達性の面で特急とは言い難い性格を持つ臨時列車の種別として実質的に用いられている。なお、JR東日本水戸支社においては2017年11月を最後に急行列車の運転は行われておらず、快速列車に格下げまたは特急「ときわ」に格上げされている。常磐線では2015年3月のダイヤ改正で全車指定席とする新特急料金を導入した結果、座席指定料金を含めた急行料金が新特急料金よりも高いという逆転現象が発生している。例外として、常磐緩行線上り電車にはJR東日本の公式サイトの時刻表上にのみ急行の列車種別が設定されているが、これは直通先の小田急電鉄小田原線・多摩線内において後述の料金不要の「急行」列車として走る事を意味しており、本節で述べた「急行列車」とは全く性質の異なるものである（JRでいうかつての急行電車に近い）。
2000年代になるとカーナビゲーションシステムが普及してきたことで、それまでディスプレイ部分に採用されていたFL管や発光ダイオードに加えて液晶ディスプレイを組み込んだ一体型も多くなり、操作ボタンがタッチパネルになったものが出てきた。また純正モデルでも操作性の向上からステアリングのパッド部に音量・ファンクション切り替えなどのスイッチを組み込んだものが登場した。ハードディスクドライブを内蔵した機種もあった。MP3、AAC、Windows Media Audioの再生に対応したものが出てきた。デジタル音楽プレーヤーの普及により、AUX端子を備えた機種が普及している。BOSEやマークレビンソン、ロックフォード・フォズゲートといった、海外の高級オーディオメーカーのサウンドシステムを標準またはメーカーオプションで用意する車種が高級車を中心に多い。日本国外を中心にA2DPプロファイルに対応したBluetoothを搭載したものも出てきており、日本国内では2014年頃からBluetoothを搭載した機種が登場した。米国ではテレマティックスを基盤としたエンターテイメントサービスとして、ゼネラルモーターズがオンスターで提供しているXM Satellite Radioや地上デジタルラジオ"HD Radio"などのデジタルラジオチューナーが登場している。2007年夏には米国で、SACD再生対応カーオーディオが米ソニーから登場している。カーナビゲーションがカーオーディオに取って代わるほどの普及を果たしたためか2010年に入るとパナソニックと富士通テン（Sound Monitorと呼ばれるハイエンドカーオーディオは少数ながら販売継続）、2014年中期に三菱電機がそれぞれ社外品カーオーディオを生産終了している。いずれのメーカーもカーナビはもちろんのことスピーカーやアダプター類は販売。また長年パイオニアのカロッツェリアとJVCケンウッドがカセットチューナーを発売し続けていたが、2011年にケンウッドが1DIN機械式カセットを、2012年にカロッツェリアがMP3対応CD+フルロジックカセットをそれぞれ生産終了し社外品カーオーディオの分野からカセット対応機器が消滅している。そのためカセットチューナーはトヨタ・センチュリー（地上デジタルテレビ搭載DVDナビゲーションとセットで標準装備）、ホンダのオプション品（クラリオン製・2012年には生産終了）と農業／建設機械向けカーオーディオメーカーのエスペリア製のみとなっていた。しかし、2014年秋にカーオーディオ関連機器メーカーであるビートソニックが新製品としてカセットテープ再生の他、AM/FMチューナー内蔵、SDカードとUSBメモリーに入れたMP3音楽再生が可能で、AUXでスマホなどの音楽再生も出来、ラインアウト端子が付いていてウーハーの追加などシステム拡張が可能という最新メディア要素を十分に付加した画期的な1DIN機械式カセットをカーオーディオ市場に投入した。　このカセットデッキは一度モデルチェンジして市場から大きな支持を受けながらも2018年夏に販売終了となった。。また1DINのMDチューナーは市場から消滅している。USBメモリ（場合によってはSDカードなども使われる）による音楽再生と、デジタル音楽プレーヤーやスマートフォンが普及したことにより、2011年以降、これらと接続するUSB端子や外部入力端子を備えCD部を削除した機種、言ってしまえば「外部入力に対応したカーラジオ」が登場した。（カセット、MDの時代も含め）最大の故障原因である物理ドライブが無くなったことによる耐久性の向上、低価格、小型化（ただDIN規格を前提とする場合、事実上奥行きしか削減できない）、（使用部品の減少による）環境負荷の低減等が特徴である。操作の簡単さやCDの入れ替えが不要になる等の手軽さもあり、普及しつつある。また再生部がコンパクト化できたことを利用して付加価値を高めた例もあり、前述のビートソニックからはスピーカーレス車をターゲットに｢電源とラジオ電波さえ取れば音楽が聴ける｣ことを売りにしたSD/USB/AUX対応ラジオ｢デッキスピーカー HDS2｣が登場した。これはこの1DINオーディオASSYの中にスピーカー3基を組み込んだものであり、スピーカーレス車の泣き所であるスピーカー(場合によっては配線も)の増設が不要になるという面で差別化が図られた。近年はハンドルにカーオーディオやカーナビゲーションの音量調節やラジオ局の選局等を行うボタンが付く自動車が増えているが、カーオーディオやカーナビゲーションの機種によっては対応していない場合があるので、購入前の確認が重要である。このボタンは、自動車メーカーやカーオーディオメーカーにより、「ステアリングスイッチ」、「ステアリングリモコン」等、呼び方が異なる。2010年代半ば以降、2DINサイズで、モニターを搭載したカーオーディオを各社が「ディスプレイオーディオ」と名付け発売している。これは、カーナビゲーションは不要だが、どちらも急速に搭載が増えている、駐車を始めとした後退支援のための後方カメラ(または全周位カメラ)や、ドライブレコーダーの映像を見たい、という利用者が増えているためである。中には、地上デジタルテレビのワンセグ放送やフルセグ放送受信機能を搭載したり、ハイレゾリューションオーディオに対応し、車内AVシステムのような高価格製品もある。CarPlayやAndroid Autoに対応し、カーナビゲーションや情報端末として使用できる製品もある。カーナビ機能としては、専用機に比べ、機能や性能は劣る場合があるものの、機器そのものの購入や買い替えと有料の地図データ更新が不要になり、使い慣れたスマートフォンのナビゲーション機能をそのまま使える長所がある。専用アプリを入れたスマートフォンからも操作できるカーオーディオも増えている。2018年、パイオニアは専用アプリ(Pioneer Smart Sync)を入れることにより、Google Play MusicやLINE、カーナビタイムといったアプリがドライブに最適化できるスマートフォン用クレードル内蔵カーオーディオを発表した。