古代においてメトロポリスとは植民地域においてその起源となった都市やその周辺一帯を指す言葉であり、古代遺跡で発見される多くの大都市はその人口規模や重要性などからこのメトロポリスに該当すると考えられている。これらの古代都市のうちアレクサンドリアやダマスカスなどは21世紀になっても現存しており、世界で最も長期間にわたって人間が居住している都市に数えられることが多い。
夏休み、ダーズリー家に意地悪なマージおばさんがやって来る。ホグワーツ魔法魔術学校から帰省していたハリーは、マージの嫌がらせに耐え切れなくなり、マージに魔法を使ってダーズリー家を飛び出した。その直後、ハリーは暗闇の中に大きな黒い犬を目撃する。どこにも行くあてのないハリーは、偶然現れた夜の騎士バスに乗り込み、ダイアゴン横丁へ向かった。そしてパブ「漏れ鍋」に到着したハリーの前に、魔法大臣コーネリウス・ファッジが姿を現した。未成年の魔法使いは、休暇中の魔法の使用を禁じられている為、退学を覚悟したハリーだったが、ファッジはその件には触れず、新学期が始まるまで「漏れ鍋」に泊まること、外出はダイアゴン横丁のみにすることをハリーに約束させる。夏休み最終日、ハリーはウィーズリー一家やハーマイオニー・グレンジャーと再会する。その夜、「漏れ鍋」でウィーズリー夫妻の会話を聞いたハリーは、アズカバンを脱獄したシリウス・ブラックが、自分の命を狙っていることを知る。ブラックはヴォルデモートの部下で、ハリーの両親を裏切ってその居場所を主君に教え、2人を死に追いやったとされる人物である。新学期が始まり、「闇の魔術に対する防衛術」教授にリーマス・ルーピン、「魔法生物飼育学」教授にルビウス・ハグリッドが就任する。しかしハグリッドは、初めての授業をドラコ・マルフォイにメチャクチャにされ、おまけにドラコは怪我をした事でハグリッドの教師としての信用を落とさせる一方、ルーピンの授業は生徒の間で人気となる。またハリーは新しく「占い学」を受講したが、授業を担当するシビル・トレローニーから不吉な予言をたびたびされ、うんざりする。クィディッチのシーカーとして3シーズン目を迎えたハリーは、今年度で卒業するキャプテン・オリバー・ウッドの為に今年こそ優勝すると誓う。しかし初戦の対ハッフルパフ戦、ハリーは吸魂鬼の影響で箒から落ちてしまう（加えて、愛用していたニンバス2000も壊れてしまう）。そこでハリーは吸魂鬼と戦う為、ルーピンから「守護霊の呪文」を教わる。後に謎の人物からハリーに贈られた最高級のクィディッチ用箒・ファイアボルトの力もあり、グリフィンドール代表は残る2試合に勝利、見事優勝を果たす。3年生になるとホグズミード村へ行くことが許されるが、ダーズリー夫妻から許可証を貰い損ねたハリーは村へ行けなかった。そこへフレッドとジョージ・ウィーズリーが現れ、ハリーに「忍びの地図」を贈る。この地図はホグワーツ城の詳細な地図で、村へ通じる秘密の抜け道も記されていた。「忍びの地図」を利用して村を訪れたハリーは、ロン・ウィーズリーやハーマイオニーと共にパブ「三本の箒」へ入る。そこで、ブラックと自分の父が親友であること、ブラックがハリーの名付け親であること、そしてブラックが両親を裏切って死に追いやったことを知り、彼に怒りを抱く。その後、再び村へ外出したハリーは、セブルス・スネイプに無断外出を疑われて詰問されるが、ルーピンの助けもあって処罰を免れる。しかし「忍びの地図」はルーピンに没収される。一方、ヒッポグリフのバックビークがドラコを傷つけた一件に関する裁判が行われ、バックビークの処刑が決定される。刑執行の直前、ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人は密かにハグリッドの小屋を訪ねるが、そこにはハーマイオニーの飼い猫クルックシャンクスに食べられたはずのスキャバーズがいた。3人はハグリッドと一緒にいようとするが、ハグリッドはそれを拒み、処刑人たちが来る前に3人を小屋から出す。3人はスキャバーズを連れて城へ帰ろうとするが、そこに突然黒い犬が現れ、スキャバーズとロンが連れ去られてしまう。ハリーとハーマイオニーはロンを追い、叫びの屋敷に到着するが、そこで、黒い犬の正体がブラックであることを知る。ハリーたちはブラックと乱闘になるも、「忍びの地図」を見て3人を追って来たルーピンの登場により中断。この後、ルーピンやブラックの話を聞かされたハリーたちは、ハリーの両親の居場所をヴォルデモートに教えた裏切り者は、シリウス・ブラックではなくピーター・ペティグリューであること、ピーターがスキャバーズに姿を変えて今まで生き長らえてきたことを知る。この後、ピーターを真犯人として魔法省に引き渡そうということになるが、この日が満月だった為、ルーピンが狼に変身し、その混乱に乗じてピーターは逃亡してしまう。犬に変身してルーピンを抑え込もうとしたシリウスだったが、今度は無数の吸魂鬼が現れ、襲いかかる。ハリーは「守護霊の呪文」を使うが歯が立たず、倒れてしまう。しかし力尽きる直前、別の方向から動物が現れて一度にたくさんの吸魂鬼を追い払った。ハリーはその動物を迎える人影を見て父だと思うが、直後に気を失ったため真相は分からなくなる。ハリーとハーマイオニーが目を覚ました時、シリウスは監禁され、死刑より酷い「吸魂鬼の接吻」を施される危機にあった。アルバス・ダンブルドアからその事実を聞かされた2人は、逆転時計を使って時間を遡り、まずバックビークを救出し、そしてシリウスをバックビークに乗せて逃亡させる。その過程でハリーは、シリウスたちに襲いかかった吸魂鬼に守護霊を出して追い払った。ハリーが見た「父親のような人影」とはハリー自身だった。ピーターを逃がしてしまったためシリウスの無実を証明できず、加えてルーピンも狼人間であることをスネイプに暴露されて辞職してしまい、暗い気持ちのハリーだったが、ホグワーツ特急でシリウスからの手紙を受け取り、幸せな気分になる（ここで、ファイアボルトを贈ったのはシリウスであることが明かされる）。そしてペットがいなくなったロンにはシリウスから新たなふくろうが贈られた。