2016年3月まで運用に入り、同年4月に廃車されたP1編成の先頭車（E444-1）が、2017年6月19日に新津鉄道資料館に有償で譲渡され、2017年7月15日から展示されている。車内は車内公開イベント時にのみ開放されており、通常時立ち入ることはできない。通電されておらず、車内には家庭用エアコンが設置されているのみである。また、元車両は不明だが、旧塗装時代のロゴマークも同博物館に保存されている。
新製時は全ての編成が仙台総合車両所（現：新幹線総合車両センター）に配置されていた。現在は新潟新幹線車両センターに配置されている。2016年4月から本格的な廃車が開始されたことにより、2018年3月現在はP7- P22・P51・P52・P81・P82編成の全20編成が在籍している。2018年3月16日現在、上越新幹線の「Maxとき」もしくは「Maxたにがわ」にのみ使用される。かつては、東北新幹線の東京駅 - 盛岡駅間でも使用されていた。このほか、営業運転の実績はないが、試運転により東北新幹線・盛岡駅 - 新青森駅間に入線したことがある。
東北新幹線・上越新幹線専用のP1 - P22編成と、北陸新幹線の一部区間への乗り入れが可能なP51・P52編成、P81・P82編成がある。26編成すべてがデジタルATCに対応している。P51・P52編成は30‰の急勾配区間走行に対応し、軽井沢駅まで入線可能である。P81・P82編成ではこれに加えて、軽井沢駅 - 佐久平駅間の電源周波数切り替え装置（60Hz対応）を搭載し、長野駅まで入線可能となっている。ただし、関連機器はすべて50Hzでの使用を考慮しているため、長時間の運転や頻繁に入線することは不可能で、あくまで緊急時に長野駅に乗り入れるためとされている。
2014年4月1日から同年6月30日まで開催される新潟デスティネーションキャンペーンに合わせて、塗装変更が順次実施された。車体色は2012年に引退したE1系のリニューアル塗装に準じたもので、帯色が「朱鷺（とき）色」と称されるピンク色となり、ロゴマークには朱鷺3羽のイラストが加えられている。2015年度末までに8両編成24本全ての塗装変更が完了する予定と発表され、2014年4月7日の「Maxとき 491号」（長岡始発新潟行き）より新塗装車の運用を開始した。P5編成が塗装変更の第一編成となり、過渡期には旧塗装車と新塗装車の併結も見られた。2016年秋に全ての編成が新塗装に統一された。
5号車（E459形200番台）には売店が設置されている。ショーケースや冷蔵庫・コーヒーマシンを有しており、円形の下がり天井が採用されているほか、光ファイバー方式のダウンライトが設けられている。自動販売機はワゴン販売が営業していることから、4号車（E458形）にのみ設置されている。
当系列には複数の化粧室（男性用小便所・多目的用・女性専用・男女兼用）が設置されている。5号車と8号車にはバリアフリー設備として車いす対応の多機能トイレが設置されているが、この多機能トイレ内にはベビーベッドも設けられている。多目的用のドアは全自動引き戸となっており、タッチスイッチに触れることによりドアが開閉する。男女兼用・女性専用・多目的用に設置されている便器はいずれもすべて洋式で、真空式コンパクトトイレシステムを採用している。また、便座は脱臭機能付きの暖房便座が設置されており、便座シートを使用することも可能である。男性用小便所は臭気対策とメンテナンス性向上のため、当系列より真空式のものが採用されている。臭気対策のため、使用後の洗浄はセンサー感応式による自動で行われるが、毎回清水を流して洗浄するシステムが採用されている。天井には空気清浄機としてオゾン発生装置が設置されており、臭気対策が行われている。
設備は売店・洗面所・化粧室・カード専用公衆電話・エレベーター・ジャンプシートがある。エレベーターは車いす対応のバリアフリー設備として8号車に設置されており、車内販売用ワゴンの移動用にも使用される。出入口付近では駅停車時に「まもなく止まります。手すりにおつかまりください」という注意喚起のアナウンスが流れる。洗面所は鏡の両側がフロスト加工が施されたガラスとなっており、その部分に蛍光灯が入っている。洗面台は全自動で陶器製のものが設置されている。
市川町、八幡町、中山町、国分村の3町1村の合併の際、協議案として市名には旧町村名を使用しないこととして、「江東市」、「東葛市」、「下総市」、「北総市」、「総府市」などの候補が挙げられたが、名称が決まらず、業を煮やした市川町代表が大反対。総武線秋葉原駅には「両国・市川・千葉方面」という案内があり、市川という地名が既に一般の人々に馴染み深く、縦と横に「市川市」と書き、どこから読んでも市川市でわかりやすいという語呂の良さから「市川市」を提案したが市川町以外の反対にあい、話し合いが縺れて一時は合併話が一度暗礁に乗りかけるも、各町村間で何度も何度も協議を重ねた末、1934年9月に市名が「市川市」に決定し、「各町村の要望の実現に努める」といった条件で市役所等市の中枢施設は地理的中心の旧八幡町に置かれた 。市川の名称は市西端に流れる江戸川が当時東国一の川であったことから一の川が訛ったとする説、江戸川の河岸に川舟が集まり定期的に市が開かれていたことに由来するという説の2つが有力で、市川の地名が初めて登場するのは『義経記』。石橋山の戦いで敗れ安房で再起した源頼朝が、軍勢を率いて下総の松戸庄市河に達するという記述がある。