築城者・築城時期は定かではなく、天文元年（1532年）に高良山の地侍・八尋式部が築城したという説や、天文3年（1534年）に大友義鑑が要害を設けて永禄12年（1569年）に大友義鎮が城を修築したという説がある。いずれにせよ大友氏の出陣の際に活用されており、傘下の高良山座主良寛も在城していた。天正15年4月11日（1587年）には九州征伐の途中で豊臣秀吉が陣所として龍造寺隆信を謁見している。同年に久留米城に入った毛利秀包と座主・麟圭は争い、天正19年（1591年）に秀包に誘殺されて当城も廃された。
高良山から北西に延びる尾根上の標高175mの地点に位置し、眼下に筑後川や佐賀平野などが望める。東西55m、南北22mの本丸が最高所にあり、南以外の三方に土塁が築かれ、北西と南東に出丸、北側斜面には犬走りが設けられた。本丸の西の尾根に位置する二の丸は東西45m、南北17mの大きさで、さらにその西側には東西30m、南北20mの三の丸が配置されている。高良山から当城に続く尾根や吉見岳から北と西に延びる尾根には大規模な堀切が設けられ、堅い防御を誇った。また、当城の北西には東光寺城、西には磐井城が支城として存在した。
荒神山古墳からの出土品としては、発掘調査で検出された埴輪がある。これまでに確認されている埴輪の種類は、円筒埴輪（普通円筒埴輪・朝顔形埴輪）・壺形埴輪・形象埴輪（家形埴輪・蓋形埴輪・靫形埴輪・不明埴輪）。これらの埴輪は彦根市指定有形文化財に指定され、開国記念館に保管されている。そのほかには、荒神山山麓の延寿寺（彦根市稲里町）において、荒神山からの出土と伝世される車輪石片1点がある。同品は緑色凝灰岩製で、荒神山古墳の出土品であるかは明らかでないが、形態に見る年代としては荒神山古墳の時期と一致するものになる。
鉄雄はカオリの前で肉体の崩壊を起こすが、機械の腕を身体から切り離すと失われた腕が再生し、一瞬自分の形を取り戻す。しかしそこに現れた大佐がSOLの照準器を鉄雄に向け、レーザーをスタジアムに発射する。SOLの再起動を受けて海軍提督はネオ東京への全面攻撃を決意し、SOLのレーザーの直撃を防御した鉄雄の体は直後に爆発的に膨れ上がり、もはや人の形をとどめない姿となって襲いかかる。化け物に成り果てた鉄雄を殺すため、アキラを盾にして進む隊長。それを鉄雄に伝えようとしたカオリは隊長に撃たれる。再び暴走が止まり形を取り戻した鉄雄は、死の間際にあるカオリを見つける。そこへ隊長の武装勢力とアメリカ海兵隊がなだれ込んだ。ジョージ山田は鉄雄のために用意した特殊な細菌ガス弾を使用する。隊長の勢力はガスに飲まれ全滅するが、ガスを吸収した鉄雄はこれまでの苦悶が嘘のように晴れ、完全に肉体と精神のコントロールを取り戻す。海兵隊を壊滅させた鉄雄の前に金田らが現れ、鉄雄と金田の決闘が始まる。ケイも加わるが、力が完全に高まった鉄雄に一方的に圧倒される。しかしアメリカ軍の戦闘爆撃機による絨毯爆撃が開始され、さらにアメリカ軍の衛星兵器「フロイド」によるレーザー攻撃がスタジアムを破壊する。鉄雄は衛星軌道へ飛翔しフロイドを破壊し、そのまま落下させて空母に直撃させる。ジュブナイルAの科学者たちは沈没する空母から辛くも脱出する。フロイドの攻撃の中でさまよっていたアキラを連れてスタジアムを脱出した金田とジョーカーは、行方の分からなくなったケイを探そうとする。鉄雄は死んだカオリを蘇らせようとするが叶わず、カオリを抱え、オリンピック会場地下の冷凍施設へと向かう。スタジアム内で辛くも生き残った大佐とケイだったが、ケイはミヤコに呼び掛けられ、再び鉄雄と戦う準備をする。アキラ用の冷凍封印カプセルにカオリの遺体を運んだ鉄雄の前にケイが現れるが、鉄雄の体の中では再び能力の暴走が始まろうとしていた。アキラも鉄雄に共鳴するかのように地下施設に足を向け、アキラの後を追う金田らも鉄雄がその先にいることを察知し、竜やチヨコらと合流して地下に向かう。地下では鉄雄が再び膨張を始める。地下に到達し鉄雄の姿を目の当たりにした金田に対し、鉄雄は一瞬姿を取り戻し「助けてくれ」と懇願するが、再び膨張を始めた鉄雄の中に金田は飲み込まれる。鉄雄とアキラは互いに呼応するかのように手の中に光を発生させるが、三度目の爆発を止めようとした竜がアキラを撃つ。アキラとのつながりが切れた鉄雄は、自分たちを観測しているミヤコやナンバーズの能力に引き寄せられ、冷凍カプセルを地下から引き抜くとミヤコ教神殿上空に現れる。不安定な鉄雄を完全に覚醒させるため、ミヤコはナンバーズにアキラの力をもう一度解き放たせるよう頼み、鉄雄との最後の能力戦に挑む。ミヤコに指示を受けたケイが、鉄雄とミヤコのいる神殿にSOLのレーザーを落とす。ミヤコがそれを鉄雄に直撃させると、鉄雄の最後の覚醒が起こり、神殿を中心に光が発生した。同時に、ナンバーズの仲間と共に空に浮かぶアキラがもう一つの光を発生させる。アキラの光が鉄雄の光を飲み込んでいく中、鉄雄の体内に取り残されていた金田は、鉄雄の記憶、宇宙の始まり、「大きな力」が究極の状態を目指して進む流れに曲折をもたらす能力の意義、そしてナンバーズの子供たちに行われた実験の過程を目撃する。アキラとナンバーズが鉄雄を吸収して彼方へと去ろうとする瞬間、金田はケイによってアキラの光の中から救い出され、この宇宙に引き戻される。再び爆心地となったネオ東京に国連軍が上陸し、被災者への救援が始まる。しかし偵察中の国連軍の前に「大東京帝国」を名乗った金田、ケイ、チヨコ、甲斐、ジョーカー、そして仲間たちが現れ、「我々の国に口出しはするな」と警告を与え、「アキラは我々の中に生きている」と言い残してバイクで走り去る。廃墟の谷間をバイクで疾走する金田とケイを、山形と鉄雄の幻が追い越してゆき、崩壊したネオ東京が蘇るビジョンと共に物語は終わる。