転任教員の多くは総合学科教育に関する知識やスキルを持ち合わせていないまま総合学科高校に勤務することになる。結果、総合学科を自ら希望する教員は減り、異動により総合学科創設時の立ち上げに尽力した教職員が転勤してしまうと、様々な取り組みがトーンダウンし、形骸化してしまう可能性がある。総合学科は、選択科目の募集や､複合的な教育を行う関係上、卒業後の就職や進学に対して不利となる可能性が存在する（必要な単位数が足りないこともある）。大学入学者の選抜状況をみると、総合学科卒業生を対象とした選抜制度は限られる。平成24年度国公私立大学入学者選抜実施状況によれば、「専門高校・総合学科卒業生入試」として入学者選抜を実施したのは国公立大学9大学10学部、私立大学31大学57学部となっている。この数は10年前とあまり変わらず、総合学科高校の設置数が約2倍に増えているのとは対照的である。但し、関係する専門科目を25単位（或いは20単位など）を履修していれば専門高校卒業生入試を受験できることも多い。また総合学科単体での募集を行う高校は非常に少ない。学校側は「生徒が目的意識や進路への自覚を持たずに入学しており、自主的な科目選択が難しい。単位取得の容易な科目を選択しがち」と感じており、生徒・卒業生の側も「進路について、じっくりと考える時間がない」ことを最大の不満として挙げている。入試選抜では、大阪府の場合、ボーダーゾーンの幅を「定員数の上下30％（定員内15％と定員外15％）」と広くもたせている（普通科は5％幅）。同様に内申書の比率を重視する神奈川県などに比べ、平均を下回る生徒が入学することも一因となっている。なお、同府の場合、総合学科を高校再編・教育困難校改革のシンボルと位置づけた。教職員数を補うため同和加配枠も活用し、スタートさせた第1陣の大阪府立柴島高等学校・大阪府立松原高等学校・大阪府立今宮高等学校が成功例となったが、その反動で、府の高教組が「学区ごとに総合学科を」との方針を掲げたため、結果、再編の趣旨とは異なり、総合学科に改編できなかった高校が総合選択制や単位制に流れた、という状況を生んだ。
専門教育を主とする学科の1つ。設置形態は学校によって異なるが、大阪府立住吉高等学校、大阪府立泉北高等学校、大阪府立千里高等学校、和歌山県立日高高等学校などにおいては「理数に関する学科」として設置されている。理系分野に特化した履修プログラムを持ち、進学を目的とする。
複数の学科の枠を越えて授業を選択できるようにしたもの（専門教育を主とする学科#概要を参照）又は学科の枠内で従来の高校と比較して多様な選択科目を設置したもの（普通科 (学校)#普通科総合選択制を参照）。後者については、1984年に埼玉県立伊奈学園総合高等学校が初めて導入した。
普通科では幅広い分野の基礎を普遍的に扱う普通教育を、専門学科ではそれに加えて特定の分野に特化した専門教育を行う。それらに対し、総合学科では2種類の教育のどちらに属する科目からも選択して履修できる。多くは2年次から系列を目安にしながら希望進路と卒業要件の両方を満たすような科目選択を行い、進路に関わる様々な能力を身につけることも出来る｡多様な科目に対応しているのが特徴であり、非常勤講師の採用も多い。より専門的な教育を行うため、学校外の人材の活用も行っている。それらのハードルもあり、中退率が比較的高くなっている。卒業後の進路は、大学・短大36.1%、専修学校25.3%、各種学校1.9%、就職27.3%、など。
モンフォールは、1700年7月に叙階を受けて司祭となり、 ナントに派遣された。この時期、モンフォールの手紙には、彼が福音伝道を行いたいと思っていたにもかかわらず、その機会がないことに不満を持っていたことが書かれている。モンフォールは様々な選択肢を考えていたが、たとえ隠者となっても、貧しい人々へ福音を伝道したいと思う気持ちは増していった。1700年11月に、モンフォールはドミニコ会の世俗会員となり、ロザリオを広めることだけでなく、ロザリオを祈るフラタニティの形も広めることについて、許可を求めた。モンフォールは、聖母マリアの加護のもとに、聖母規範として黙想し、伝道する使命を持った司祭たちの小さな集団を作ることを考えていた。これは最終的に「マリア宣教会」の設立に結び付いていった。モンフォールはポワチエの病院の専属司祭に任命され、そこで福者マリー・ルイ・トリシェ(Bl.Marie Louise Trichet)に始めて会っている。この出会いは、福者マリー・ルイが34年に渡って貧しい人々を世話するきっかけとなった。モンフォールは自分がすべきことをローマ教皇クレメンス11世に尋ねるため、ローマへの巡礼の旅に出発した。教皇はルイが神から与えられた本当の使命について認識しており、モンフォールがフランスですべきことはたくさんあると伝え、モンフォールを送り返した。モンフォールはローマからの巡礼から戻ると、モン・サン＝ミシェル修道院で黙想を始めた。そしてモンフォールは、神のために魂に打ち勝つように恵みをもらうため、神の恵みのうちにいることを確かめるため、悪魔や罪と戦うため、大天使聖ミカエルに祈ったこの黙想によって、モンフォールは考え、瞑想し、そして著作をするための機会を得た。 数年の間、モンフォールはブルターニュからナントまで、福音伝道を行った。伝道を繰り返すうちにモンフォールの評判は上がり、「モンフォートから来た良い神父」として知られた。ポンシャトー(Pontchateau)では、何百人もの人々がモンフォールの説教に魅了され、ポンシャトーの巨大なゴルゴタの丘のモニュメントが建設された。これはモンフォールの発案による。しかしながら、モンフォールがこの場所を祝福しようとした直前、ジャンセニスム の学校の一員から影響を受けたフランス国王の命令により、ここは破壊される運命にあるという話を司教が聞いたため、司教は、 ここを祝福することを禁じた。この知らせを聞いたモンフォールは、「神の祝福」と単に述べたという話がある。