16両編成の場合、8 - 10号車がグリーン車、他は普通車で構成されている。座席配置は300系と共通である。また300系以降、車体軽量化の一環で座席クッションからスプリングを廃し、重ねたポリウレタンを用いている。内装はC編成とB編成で異なり、号車表示の位置も違う。C編成の普通車は明るい色調で座席モケットが水色であるのに対し、B編成では濃い紺色である。このため乗車した際の印象が異なる。また、座席の形状もそれぞれの編成で異なる。全体的な車内の構造については300系と比較して、普通車が直接照明となり天井の構造が簡略化されたことや、特にC編成では壁面および仕切扉のデザインも簡素化されていることなど、コストダウンの影響が現れている（B編成の場合は前述のとおりE編成との部材共通化などによりその影響はまだ小さい）。しかし最大天井高さは2,200mmとなり、視覚面でも居住性が向上している。グリーン車はC・B編成ともに300系の間接照明から、暖色系の蛍光灯を使用した半間接照明となっている。蛍光灯カバーのデザインはC・B編成で異なっている。2001年度以降に落成したC25編成以降と製造当初からのB編成では、各車両両端の座席にコンセントと縦に長いテーブルを設けたほか、ユニバーサルデザインの一環として座席肩部のグリップ（B編成では滑り止めパッド）やドアチャイムが設置されている。グリーン席ではC編成では座席背面のテーブルがあるのに対し、B編成ではそれに代えて肘掛収納のテーブルが二段折り畳み式となっており、喫煙席の灰皿（C編成では中央の肘掛部、B編成では端の肘掛部）や読書灯スイッチ（C編成では読書灯の横、B編成では中央の肘掛上）の位置も異なるなどの差異がある。グリーン車の各座席にはオーディオサービス用のコントロールパネルが設置されていたが、2013年春のオーディオサービス終了に伴い撤去され板がはめ込まれている。なお車体の軽量化と強度確保のため、窓の寸法は先述の通り300系・500系に比べて小型化されている。デッキと独立した電話室が2・4・6・8・10・12・14号車博多寄りと15号車東京寄りのそれぞれのデッキに備えられるが、携帯電話の普及に伴って一部号車のものは撤去され、最終的に2・6・12・15号車まで削減された。8両編成のE編成については、「ひかりレールスター#車両・設備」の項目を参照。運転席の座席には、長時間の着席に伴う疲労の軽減と腰痛を予防する為、500系でも採用されたレカロ製のセミバケットタイプの事務椅子「RECARO 24H CHAIR」を採用。シートモケットは客室用に合わせている。座席試作編成である（C0→）C1編成のみ、TR39形,TR75形,TR62形となっている。JR東海0番台・前期車（C24以前の編成、一部はJR西日本）JR東海0番台・後期車（C25以降の編成）JR西日本3000番台車（B編成）
1941年（昭和16年）1月26日、日本の滑空史を彩る滑空機日本記録が、生駒山山頂から相次いで打ち立てられた。その現場に支援者として参加した美津濃グライダー製作所所属の島本真は、ある意味で記録達成の立役者だった。島本はその所属で常国隆二級滑空士のサポート隊の一員として、滑空機記録達成のため働いていたがその時、時を同じくして美津濃グライダー製作所所属の作業員ながら大阪飛行少年団教官金光漢二級滑空士が操縦し、東洋金属木工のアカシア式巻雲一型機で、新記録に挑戦しようとしていたグループがあった。朝鮮半島出身の金光漢は、日本人からの差別の目を感じながら、不屈の闘争心で記録達成に挑戦しようとしていた。彼のまわりには同じ美津濃所属の同僚、大阪飛行少年団有志、堺水上飛行学校の友人達が、朝鮮半島出身の友人と共に、彼が搭乗する滑空機の調達、修理、飛行訓練、記録挑戦のための生駒山での支援サポート隊と、金光漢への日本人の多数の協力者があったことも事実だった。午後7時25分、常国隆二滑空士操縦の美津濃301型ソアラーは発航した。この時、金光漢のサポート隊は大変な問題に遭遇、その解決は絶望的だった。生駒山という地の利を得て最適の風を捕らえるため季節を選び周到に用意されたはずの準備に、致命的見落としがあった。生駒山上まで機体を運び、同じホテルに滞在し同じ美津濃の従業員が2つのグループに別れ、それぞれの機体を点検整備して準備を終えたあとに金光漢グループの大阪飛行少年団学生、林が発航に必要なゴム索を忘れてきたと報告した。この機会を逃せばいつ発航に適した気象配置と風が得られるかわからず、同じく日本記録を狙う美津濃、常国グループからゴム索を借りることは到底出来ない相談であることは金光漢には解りすぎるほど解っていた。責任を感じた大阪飛行少年団林学生は、この事を美津濃グライダー製作所所属の島本に相談し、ゴム索貸与を申し入れた。島本は滑空機の記録挑戦においてもスポーツマンシップにのっとりフェアーに戦いたいとの考えで、ゴム索貸与に同意、金光漢の巻雲1型機は、美津濃グループのゴム索により、常国滑空士搭乗の美津濃301型ソアラーの発航後約50分遅れで、無事発航した。常国隆二級滑空士は午後5時55分盾津に着陸10時間33分30秒の滑空機滞空日本新記録を達成。その僅か2時間ほど後、午後7時50分金光漢による11時間40分の日本新記録で記録を塗り替えられる。しかし、常国隆二級滑空士も、獲得高度3,600mの未公認ながら立派な日本新記録を残した。金光漢の達成した記録は、島本のゴム索貸与抜きには実現できず、満16歳の島本にその権限があったとも考えられない。独断とも言えるこのゴム索貸与は、明らかに美津濃グライダー製作所の考えと食い違っていた。この事に付いて島本は何も語らなかったが、平成になり滑空史保存協会河辺新一の取材に、後に美津濃を辞めた原因の一つであったと重い口を開いた。同年、美津濃グライダー製作所を退社し、数ヶ月の前田航研派遣の後に大阪毎日新聞航空部に入社した。