四国地方は当初、四国旅客鉄道（JR四国）との合弁会社「ジェイアール四国エムエスネットワーク株式会社」（1995年設立。出資比率はJR四国80%、ミニストップ20%）による出店だったが、他チェーンとの競争に敗れ、とりわけ2001年のファミリーマート進出で大打撃を受けたことと、JR四国の経営難により2004年3月31日にJR四国保有の全株式を2億3700万円でミニストップ本社に売却し、社長も含めたJR四国からの役職員も引き揚げ、翌4月1日付で社名を「四国エムエスネットワーク株式会社」に変更した。さらに同年8月2日付で同社はミニストップ本社に吸収合併された。現在は合弁会社が経営していた香川県内の不採算店舗を閉鎖する一方で、四国他県への出店を進めており、2005年6月25日には徳島県へ出店した。2010年9月1日には高知県を中心に店舗展開している株式会社スリーエフ中四国と、四国地区において業務提携した。ミニストップは高知県と愛媛県の中予以西に出店しておらず、逆にスリーエフは香川県に出店していない（徳島県もほとんどない）ため、商圏がかぶらないことから提携が実現した。なお、スリーエフは2015年1月30日限りで四国から撤退したため、この提携も解消となった。
ポイントカードへの対応はグループとして電子マネーWAONに軸足を置いていたため同業他社に比べ大幅に遅れた。2016年になり漸くグループとして「smart WAON」を導入したが、6月のサービススタート当初導入は一部店舗にとどまり、全店でサービスを開始したのは半年後の12月27日であった。なおこれ以降、電子マネーWAONのポイント交換はレジではなく、店内のイオン銀行ATMを利用するよう求められている。
支払いに対応しているクレジットカードは、イオンクレジットサービス、VISA、MasterCard、JCB、AMERICAN-EXPRESS、ダイナース、ディスカバー(DISCOVER)、OMCカード、および銀聯(UnionPay)である。支払い方法は１回払いのみとなっている。毎週土曜日にイオンカードとサティ・ビブレカード、サティカードで決済すると5%引になるサービスがあったが、2009年9月26日で終了した。サインが必要な海外発行のクレジット（デビット）カード、および「特定銀聯クレジットカード」に該当しない銀聯カードの取り扱いも可能。
「ミニストップ環境社会報告書」を毎年発行し、環境社会問題への取り組みを広報している。ミニストップでは店舗のドアにはリニアモーター機構を組み込んでいて、一般の電動自動ドアに比して省エネにつながっている。1998年以降、配送車に二酸化炭素排出量が少ない圧縮天然ガス（CNG）車の導入を開始している。また割り箸は間伐材を原料として適切な方法で生産される分には林野の保護に貢献するため、国産の間伐材を使用している。もっとも国産材木の割り箸は輸入割り箸の約4倍程度の費用がかかるため、箸袋に広告を掲載しその収入により価格差を填補している。2010年、一部の店舗の構造に、FSC認証材を使用した木造を採用する環境配慮型店舗の展開を開始。同年11月25日に開店した浜松新原店（静岡県浜松市）が1号店となった。その後、木造店舗は少しずつ増加を続け、2014年11月14日に開店した水戸見川3丁目店（茨城県水戸市）が100店舗目となった。
1800年代前半に北米で起こった再臨待望運動を源としている。中心人物であるウィリアム・ミラーが、1843年にイエス・キリストの再臨の日を特定して予告した。ミラー派に加わった牧師・教会員たちは（異端として）自分たちの教会から追放され、後に「教団に与えられた預言者」とされるエレン・G・ホワイトも同様に、所属していたメソジスト教会から（異端として）教籍を剥奪される結果を招いた。ミラーはキリストの再臨を1843年3月21-1844年3月21日の間と特定し、再臨待望集会は100以上の場所で開かれ、熱狂的な雰囲気であった。運動は拡大の一途を辿り、一時参加者の数は6万人に達したと言われている。また一方でその特定は多くの人々を恐怖におとしいれ、財産を売るものもでてきた。1843年が近づくにつれ、フィラデルフィアやボストンでは、ディオニソス的酒宴といってもよい自暴自棄的乱痴気騒ぎが開かれた。しかし、再臨は起こらず、今度は翌年1844年10月22日だと主張し、彼らは再び熱狂的にその日の到来を待った。ある者は仕事を放棄し、屋根や山の上に登って天を仰いだ。しかし、その日も何の変化もなく、彼らの失望は非常に大きかった。その後、セブンスデー・アドベンチスト教会の指導者たちは「キリストは天の聖所に再臨した」のであり、日時は正しく場所が違っただけであり「預言は成就した」と説明した。社会心理学者レオン・フェスティンガーによると、ミラーの預言失敗後も、ミラーの同調者は自分たちの計算ミスを数え立てて、預言の日を次々と変え、時が過ぎゆくうちに不協和に悩む人々の心を落ち着かせていったという。しかし同時に世間的現実に引き戻そうとする強制から精神不安定となり、精神障害者施設に収容された患者は、ボストン近郊だけでも170人以上もいたと報告されている（『カルトの諸相 キリスト教の場合』p152）。その混乱の中に起こった、ミラーの支持者であるエレン・G・ホワイト夫人らを中心とした彼らの中の小さなグループは、ミラーの解釈の何が間違っていたか研究し、ホワイト夫人の「啓示の証言」と新たな聖書解釈を元に「第7日安息日の遵守とキリストの再臨とは深く結びついている」と解釈した。その解釈によって、土曜日を安息日にするという意味で、セブンスデー・アドベンチスト教会が発足した。その後米国で宗教団体として正式に組織されたのは1863年であり、現在209の国々で活動している。その後世界中に広がり、過去30年間では、10年毎に倍増する成長を逐げ、信徒数2000万人を越えている。福音宣教活動に加え、発展途上国においてはADRA（アドラ）という支援活動を行っている。日本における正式な活動は、1896年、ヒルズバーグ大学の学長を辞し、来日したグレンジャー教授によって開始された。第二次大戦中に再臨信仰が治安維持法に触れて宗教弾圧を受け、全牧師・有力信徒が検挙され教会は解散させられたが、戦後回復し今日に至っている。日本のセブンスデー・アドベンチスト教会は、100を超える教会と、1万5千人余の信徒を有している。また教会活動とあわせて、東京衛生病院を通じた病院伝道、三育学院を通した学校伝道など、教育、医療、食品、出版、放送、福祉など諸事業を行っている。