元調査部員による回想は戦後早い時期から現れているが、本格的な調査部論としては『中央公論』1960年12月に発表された児玉大三（小林庄一の筆名）の「秘録満鉄調査部」が最初期のものである。この論文は、調査部が自由主義と植民地主義の二つの性格をもち、軍への協力か否かで内部に対立が存在していたとしている。これは現在広く流布している満鉄調査部のイメージの原型を形づくったとものであるといえよう。さらに左翼知識人にとっての「自由な楽園」という、いわば「調査部神話」を定着させたとされるのが、1964年に刊行された伊藤武雄の『満鉄に生きて』であった。伊藤は満鉄経済調査会に属するなど、調査部の主流にいた人物だった。このような調査部の神話化に対して反論を加えたのが、やはり元調査部員で、傍流の資料課に属した石堂清倫や野々村一雄であった。彼らは経調派・外来派も含め「満鉄マルクス主義」の非実践的な側面に対し、懐疑を表明した。
調査部員の多くは、1942年から1943年にかけて起こった2次の満鉄調査部事件で関東憲兵隊により検挙された。この結果調査部の機能はほぼ失われ、第2次検挙直前の43年5月に調査局に改編されて大幅な活動縮小を余儀なくされた。調査部は敗戦による満鉄解体を待たずして事実上解体されたといえる。
1937年の満鉄改組にともない社内での調査業務の比重が大きくなると、松岡洋右総裁の構想に基づき1939年に東亜経済調査局・北支事務所・上海事務所調査課・中央試験所・満蒙資源館・大連図書館などが調査部に統合され、いわゆる「大調査部」が発足した。この体制のもとで「支那抗戦力調査」を初めとする一連の総合調査が実施されていった。大調査部発足の前後から調査部では大幅な人員増強が図られ、「思想的前歴者」すなわち左翼運動からの転向者が即戦力として大量に入社することとなった。石堂清倫はその代表例である。多くの場合調査部内の資料課に配属された彼らは、外来派と称されるグループを形成し、綜合課を拠点とした先述の経調派との間で、日中戦争の認識や満州社会の変革の展望をめぐって激しい論争を展開した。やや時期はさかのぼるが、『満州経済年報』に大上末広が講座派の方法によって満州社会を分析した論文を執筆し、それを鈴木小兵衛が批判したことをきっかけに始まった「満州経済論争」の背景には、こうした対立関係があったという見方もある。以上のような調査部でのマルクス主義的方法論の浸透を「満鉄マルクス主義」と呼ぶことがある。
1932年の満州国成立にともない、満鉄は関東軍から満州国の経済政策の立案を要請されるようになった。この受け皿として作られたのが経済調査会（経調）であり、経調は十河信二委員長（満鉄理事）のもと、宮崎正義を中心に佐々木義武らも加わり、単なる調査機関にとどまらず政策立案機関として「関東軍の手足」となり活動することとなった（経調メンバーは、のちの企画院への出向も含め、その後の戦後日本の高度経済成長期に多大な影響を与えた）。この経調で活躍したのが後に満鉄事件で連座する大上末広などの新人社員であり、彼らは1933年から『満州経済年報』の編集に関与して合作社政策による農村救済や「満州産業開発永年計画」を主張し、経調派もしくは年報派と称されるグループを形成した。満州国の政策立案が一段落すると、経調は日本軍による分離工作が進行していた華北地域の調査活動に次第に重心を移すようになり、1936年には産業部に改編、ついで調査部と改称された。
この事件の背景には弦楽器業界の慣例であるヴァイオリン転がしがある。ヴァイオリン転がしとは、教師が弟子の楽器選びに助言を与え、楽器商から謝礼を受け取ることである。これについては、海野の師でベルリン・フィルハーモニー管弦楽団コンサートマスターのミシェル・シュヴァルベも「楽器の10～15%の手数料は誰でも受け取っている」と東京地裁で証言した。しかし、本事件の場合は舞台が国立大学だったことから法的問題に発展したものである。この点につき、「楽器選定会議で海野が、ソリストの立場から言わせていただくと……、と発言すると、だれも反論できない。それをおもしろくないと思う教授がいた。海野に火種がなかったとはいわないが、事件は芸大内部の権力争い。彼を陥れようとしたのだと思う」と謀略論を説く者もいる。問題となったガダニーニは各地を転々としつつ作風を変えながら楽器の作成を続けた人物で、彼の作った楽器は鑑定の難しいことで有名であり、有名な楽器鑑定人が本物だと判断を下した楽器でも、その後の研究で偽物だと分かるケースもある。 現にこの事件の楽器についても、事件後に大学側が設けた調査委員会の調べにより楽器自体は本物であり、2通の鑑定書のうち1通がカンダ・アンド・カンパニー社長により偽造されたとの結論が下されている。ただし、「芸大側は『鑑定書はニセ物でもバイオリンは本物』としていたが、ガダニーニの弟子が作ったコピーで80万円程度の品とわかると、『コピーとは知っていたが出来が良いから購入した』と改めて発表した」とする資料もある。さらに、この事件で問題になった2丁のヴァイオリンの他、芸大では1977年から1978年にかけてパノルモ作コントラバス（900万円）、ガリアーノ作ヴィオラ（1260万円）、トマソ・カルカシー作ヴァイオリン（310万円）を購入していたが、いずれも贋の鑑定書がついていたともされている。東京芸大は問題のガダニーニを購入するに当たり、海外の一流鑑定書2枚を神田侑晃に要求していた。レンバート・ウーリッツァー社はこのガダニーニを既に見て本物と認めていたが、ウーリッツァーの鑑定書の到着を待っていると鑑定書の提出期日に間に合わない。そこで、ウーリッツァーと同等の鑑定眼を持つ神田がウーリッツァーの便箋に自ら署名して提出し、本物が届いた後で差し替える予定でいたところ、神田の意図に反して内部告発を受け、詐欺罪での逮捕に至ったとも報じられている。