本種は、1906年に、キューバのフランクリン・サムナー・アールによって最初に記述された。1907年に、トンキンのナルシス・テオフィル・パトゥイラールによってNaematoloma caerulescensとして同定され、一方で1941年にフロリダ州のウィリアム・マリルがStropharia cyanescensとした。これらの命名は、後にPsilocybe cubensisのの別名として割り当てられた。 Psilocybe（シビレタケ）は、ギリシャ語の psilos (ψιλος) と kubê (κυβη) に由来し、はげ頭 (bald head) ということである。Cubensisは、アールによって発見されたキューバを指す。
土浦は戦国時代、戦国大名である小田氏が領有していたが、小田氏が滅びると結城氏の所領となった。慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦い後、結城秀康が越前福井藩に移封され、代わって譜代の松平信一が3万5000石で土浦に入り、土浦藩が立藩した。しかし信一の養子である信吉の代に上野国高崎へ移封される。信吉はこの時、土浦城の建築を進めており、水戸街道を城下に組み込んだ南門、西門、北門と城下が完成したところでの転封であった。代わって上野白井より西尾忠永が大坂の陣の功績により2万石で入るが、子の西尾忠照のときに駿河田中藩へ移封となる。西尾氏の統治期間には土浦城の建築が進められ、領内検地も行われた。下野鹿沼から朽木稙綱が3万石で入るが、子の朽木稙昌のとき丹波福知山へ移封となる。代わって徳川家光に仕えて若年寄に栄進した土屋数直が寛文2年（1662年）2月に1万石で入る。後に数直は老中に栄進し、それにより所領も4万5000石にまで加増された。数直の死後、第2代藩主の土屋政直のとき、駿河田中藩へ移封となる。代わって、「知恵伊豆」で有名な松平信綱の五男松平信興が2万2000石で入る。しかし大坂城代に任じられたため、短期間で摂津に領国を移封となる。その後、再び土屋政直が駿河田中から6万5000石で再任される。以後は土屋氏10代の支配が続いて、明治時代を迎えた。ちなみに土屋政直は、徳川綱吉・徳川家宣・徳川家継・徳川吉宗の4代にわたって老中として仕え、6万5000石の所領を9万5000石まで拡大した。第9代藩主土屋彦直は水戸藩主徳川治保の三男、第11代藩主土屋挙直は治保の孫の徳川斉昭の第17子である。そのため、幕末期は佐幕派・討幕派の間で苦慮した立場にあった。
神道集「諏訪縁起の事」では、甲賀三郎伝説は以下のように語られている。近江国甲賀郡に住む安寧天皇から5代の孫の甲賀権守諏胤（よりたね）という地頭が惣追捕使として東国の33ヶ国を治めた。大和国添上郡の地頭・春日権守の長女を娶り3人の子（太郎諏致・次郎諏任・三郎諏方）をもうけた。70歳余になった諏胤は病床に三男の三郎諏方（よりかた）を惣領として東海道15ヶ国の惣追捕使の職を与え、長男の太郎諏致（よりむね）に東山8ヶ国、次男の次郎諏任（よりただ）に北陸道7ヶ国の惣追捕使に任命する。諏胤は亡くなり、35日の塔婆供養の3日後に奥方も亡くなる。三郎が父の三回忌の後に三笠山明神に参詣したとき、春日権守の孫娘・春日姫と契りを結び、ともに甲賀郡へ帰った。ある日春日姫は伊吹山で天狗にさらわれて行方不明になったため、三郎は兄たちとともに全国の山々を巡る。最後に信濃国にある蓼科山の人穴の底に姫を見つけ、助け出した。しかし姫が忘れた鏡を取りに三郎が穴に戻ると、次郎が裏切って綱を切ったため、穴に取り残された。三郎は仕方なく人穴を彷徨い、地底の72ヶ国を通り、最後に維縵（ゆいまん）国に辿り着く。三郎は維縵国の王・好美翁の末娘である維縵姫と結ばれて、国の風習に従って毎日鹿狩りをして過ごす。一方、次郎は春日姫を自分の妻にして三郎に代わって政治を行い、甲賀の舘を占拠した。春日姫は次郎に従おうとしなかったため、次郎は逆上し家来に春日姫を切らせることにしたが、春日姫は乳母の妹婿に助けられて祖父のもとへ送り届けられる。13年6ヶ月後、春日姫の事を思い出した三郎は地上に帰ることを決意する。これを受け入れた維縵姫は彼の後を追って忍び妻（隠し妻）となると言った。国王から頂いた鹿の生肝で作った餅を1日1枚ずつ千枚を食べながら地上に向かい、信濃国の浅間山に無事帰ることができた。三郎は甲賀に戻ったが、体が蛇になっていたことを知り、父の為に造った笹岡の釈迦堂の仏壇の下に身を隠した。すると甲賀三郎の物語を語る僧たち（正体は白山権現、富士浅間大菩薩、熊野権現などの神々）の口から蛇身を逃れる方法を聞く。僧たちに言われる通りにした三郎は人間の姿に戻り、春日姫と再会した。2人は震旦国の南にある平城国に行って「早那起梨の天子」より神道の法を授かって神通力を会得した後、日本に戻って蓼科山に到着する。岡屋の里に立った三郎は諏訪大明神の上宮（諏訪大社上社）、春日姫は下宮（諏訪大社下社）として出現した。（「諏訪（すわ）」という名称は三郎の実名である「諏方」から来ているという。）維縵姫も後に地上にやって来て、春日姫に歓迎されて浅間大明神となる。甲賀三郎と兄たちは近江国の鎮守・兵主大明神が仲裁し、太郎が下野国宇都宮の示現大明神、悔悟した二郎が若狭国の田中明神、父が赤山大明神、母が日光権現として顕れ物語は終了する。