内藤信成時代の駿府藩の内情は短期間のため、史料が少なく、藩政は詳しく分かっていない。頼宣時代の駿府藩は、大御所である家康の下、その側近によって東海道の整備、金山開発、検地、駿府城の改築などが行なわれ、藩政の基礎が固められた。なお、家康は駿府を江戸の西を守る要衝と考えていたようで、駿府城は家康時代に大規模な改築がなされた。忠長時代の駿府藩は、忠長の乱行が目立っているが、その重臣である朝倉宣正や鳥居成次らによって統治は無難に行われた。幕府領時代の駿府は、駿府城代として幕府直属の大身旗本が赴任し、この駿府城代が、駿府定番・駿府在番・駿府加番等とともに番方を務める一方で、駿府町奉行・代官が役方を務めた。家達時代の静岡藩の職制は、江戸幕府の役職をそのまま名前だけ変えて踏襲した物が大半だった。また、家達が幼少のため、準中老に大久保一翁、幹事役に勝海舟や山岡鉄舟らが任じられ、政務が行なわれている。ちなみに政府との交渉は、新政府寄りである勝によって行なわれた。しかし、江戸時代の幕府領・旗本領の総計約700万石と比べて10分の1の石高での立藩であり、新たな俸禄で生活可能な人数を超える旧幕臣や郎党が移住し、その生活扶助のために藩の財政は早くも悪化した。そのため旧幕臣の渋沢栄一が起用され、財政再建が行われた。
慶応3年（1867年）の大政奉還により、江戸幕府は滅亡した。慶応4年（1868年）1月の戊辰戦争で徳川家は明治新政府に敗れ、第15代将軍・徳川慶喜は朝敵となる。しかし閏4月29日、新政府の中核の一人である三条実美は徳川家の存続に尽力し、慶喜に代わって田安亀之助（徳川家達）を徳川宗家の相続者とし、5月24日には駿河・遠江・陸奥などに70万石を与えた。こうして、静岡藩が立藩された。ちなみに、陸奥の領地は9月4日に三河に変更されている。なお、この移封に伴って駿河国の3藩（沼津藩・田中藩・小島藩）と遠江国の4藩（浜松藩・相良藩・横須賀藩・掛川藩）が上総・安房両国に転封とされ、両国に所領を持っていた他藩も替地を与えられている。明治2年（1869年）6月20日 府中（駿府）は、朝廷（維新政府・明治政府）や天皇に対し「不忠」に通じるとして、静岡と改名し、藩名も静岡藩となった。この静岡を命名したのは向山黄村(静岡学問所頭取)である。この時に家達は版籍奉還により静岡藩知事に任じられた。明治2年（1869年）8月28日から十勝国上川郡、中川郡、河東郡、十勝郡を管轄。明治4年（1871年）7月14日、廃藩置県で静岡藩は廃藩となった。藩主家である徳川宗家は、明治17年（1884年）に公爵に叙爵された。
館内は「密林にたたずむ大仏と古代文明」「昭和の時代を通り抜け」「悪酔い横町」「魔界神社・祭礼の夕べ」の4つのエリアゾーンに大きく分かれている。来園者は基本的に、順路に従ってエリアを巡る。エリアごとに非常に奇怪、過剰、シュールな展示な並んでおり、それらの深みが先に行くほどに増してゆく。入館前の通路、つまり入館料を払う前の無料の時点でも、元祖国際秘宝館のマスコットであった「秘宝おじさん」を改造した人形、「トモダチ神社」と称する宇宙人のような人形、「美少女神社」の立札と共にセーラー服姿のゴリラの人形、2人の女を抱く男の人形「二股神社」、カビだらけの婦人警官の人形、「雨ガッパを来たカッパ」と誤字のままの看板など、奇妙な展示が多数並ぶ。入口の前の時点で来園者が唖然としていたとの声もある。展示物は恐竜の置物から、巨大な聖徳太子像、何らかのミイラ、SFを髣髴させる物、古代遺跡のレプリカ、意味不明な物など、非常にバラエティに富む。エリアによって音楽と雰囲気は全く異なり、館内を見ている間、退屈させないことが心がけられている。また先述の通り、秘宝館から譲り受けた展示物も多いため、昭和期に多数あったにもかかわらず21世紀にはほとんど閉館した秘宝館の展示物も、その一部を本館で閲覧可能である。展示品やレイアウトは、頻繁に変更される。複数回訪れた来園者からは「来るたびに展示が増えたり手が加えられたりしている」「3年ぶりに来たら、展示が非常に増えていて驚いた」との声もある。2011年開館時点では「展示内容を徐々に追加し、約10年かけて全施設の完成を目指す方針」と言っていたが、2016年時点においても「使ってない土地がまだあるから、展示を拡張しながら、これから10年から20年は遊べる」と言い、2017年（平成29年）3月時点でも、展示物以外に多数の物品が倉庫に眠っていたという。「留まってしまうと寂れてるように見え、やる気がないように見える」「それでは続かないし、誰も来ない」と語っている。なお館内の展示物は、すべて撮影が許可されている。鵜野にとっては、数々の展示物の中で一番のお気に入りといえる展示物は無い。1個で数百万円するものも無くはないが、本館ではそれが価値ではなく、豊富にあることこそが大事だという。元が植物園のため、館内は冷房が無く、夏季は室温40度から45度以上と、非常に暑い。公式には「人間たちが豊かさだけを求めた末に見失ったものを想い、大自然の環境をリアルに味わうため、敢えて館内を自然環境に近づけてある」とされている。また、雨天には雨漏りがする。鵜野は「今どき雨漏りする施設は珍しい。こんな暑さを体験できるのはラッキー」と前向きに発言している。鵜野自身、セーラー服おじさん（安穂野香）の来館を機に、2015年頃からセーラー服の着用を開始して「セーラちゃん」を名乗っており、セーラー服に飽きた後にはボディコン、人魚姫、少女椿など、様々なコスプレで来園者を楽しませ、道路に向かってジュリアナ東京のようなダンスを踊るなど、自ら名物となっている。鵜野によれば「（『まぼろし博覧会』は）『癒し』と言ってくれる人もいる。（自分が）気持ち悪いくらいかわいい格好をして、お客さんに喜んでもらえるのが最高に気持ちいい」という。