菌類によってヒトやその他の動物が感染する病気（感染症）として、白癬菌による白癬（水虫、たむし、およびしらくも）やカンジダによるカンジダ症、クリプトコックスによるクリプトコックス症、アスペルギルスによるアスペルギルス症、プネウモキスチス（ニューモシスチス）によるニューモシスチス肺炎などがあり、臨床的に問題となっている。医学及び獣医学領域においては菌類を真菌と呼び、その学問を医真菌学と称する。真菌による感染症は一般に真菌症と呼ばれ、患部が皮膚の角質などに止まり真皮に及ばない表在性真菌症と、患部が真皮以降の皮下組織におよぶ深部表在性真菌症や、脳、肺、心臓などの内部臓器まで及ぶ深在性真菌症（全身性真菌症、内臓真菌症）に大別される。主に皮膚科領域で扱う前両者と内科系で扱う後者では病気の性質が大きく異なり、治療法および、使用可能な薬剤（抗真菌薬）も異なる。これらの病原菌は多糖類からなるキチン質の強固な細胞壁を持っているのみならず、人体と同じ真核生物であるため菌類の細胞だけに損傷を与えて人体組織に害の少ない薬物は非常に限られたものとなる。そのため、原核生物であり、非対称的に細菌のみに大きな損傷を与えることのできる抗生物質が多く発見されている細菌による感染症に比べ、治療が困難である(白癬菌による水虫の治療薬を開発すればノーベル賞が取れると言われるのはこのため)。また、深在性真菌症は日和見感染症の色彩が強く、診断も困難であることから症例は増加の一途にあり、致命率も高い。また、海外における風土病が重篤な輸入真菌症として国内で発症する事例も増加している。医学医療の高度化、国民の高齢化、および国際交流の普遍化を背景に、真菌症の教育、研究、および臨床を充実させることが期待される。
人間は古くからキノコを食品として利用してきた。現在ではシイタケ、エリンギのように大々的に栽培され、身近なものになっているものもあれば、トリュフ、マツタケなどのように栽培が難しく、高級食材として扱われているものもある。酵母はブドウ糖、ショ糖をエタノールに発酵する。この能力はビール、ワインなどの醸造に用いられている。また、カビや酵母はチーズを作るために重要な役割を果している。日本酒、焼酎、醤油、味噌など、日本古来の発酵食品では、コウジカビを穀物に培養し、繁殖させた麹（こうじ）を用いて醸造を行う。 そのほか、貴腐ワインの生産には果実につくハイイロカビが必要であるとか、食材を冷暗所に保管し、表面にカビを生やせて熟成させる（金華ハム、鰹節等）など、カビが関わる食品は様々である。菌類には様々な有機化合物を生産するものがいる。例えば、アオカビの一種は抗生物質のペニシリンを生産する。 ベニテングタケは猛毒のアルカロイド、アミノ酸を含んでいる。マジックマッシュルームのように動物の中枢神経に作用し、幻覚症状を引き起こす成分を含んでいる菌類もある。
菌類は栄養を吸収するために、酵素によって他の動植物を構成する高分子を分解している。 特に、セルロース、リグニン、コラーゲンといった他の生物にとって分解の難しい高分子を炭素、窒素、リンの低分子化合物に分解することができるので、それらの物質を生態系のサイクルに戻す分解者としての役割を担っている。たとえば、森林内では生産者である植物の現存量は、そのかなりの部分が、消費者に回る前に材や落葉などの枯死（こし）部分として蓄積される。これら植物遺体は主成分がセルロース、リグニンであり、窒素、リンなどの含有量が少ない。そのため多くの動物はこれを直接利用することができない。しかし、これを菌類が分解し、なおかつ周囲から無機窒素化合物などを吸収してその体を作ることで、動物は植物遺体と菌類を同時に摂取し、それを餌として利用することが可能になる。
JES2 (Job Entry Subsystem 2) は、1960年代半ばに NASA のために IBM が設計した HASP (the Houston Automatic Spooling Program) から来たものである。JES3 (Job Entry Subsystem 3) は、OS/360 のレコード I/O システム ASP (the Attached Support Processor) から来たものである。JES3 は、JES2 よりも、ネットワークを用いたシステムに向いている。JES2 は、どちらかというとシングルプラットフォーム、シングルタスク環境に適しているシステムである。HASP は、スケジューリングやジョブフローのコントロールといった、ジョブマネージメント、データマネージメント、タスクマネージメント機能を提供するコンピュータのプログラム（群、コンピュータサブシステム）である。JES2 を構成する大部分のプログラムの名前や、JES がオペレーター宛てに出力するメッセージの中に、HASP はまだ生き残っている。JES2 は、HASP II の機能（受け取ったジョブのシステムへの投入、ジョブが生成・出力したすべてのアウトプットデータの処理）の拡張の1つである。つまり、JES は次のようなタスク・機能である。すなわち、MVS の下で、ジョブを投入し、アウトプットを出力し、それらの実行スケジュールをコントロールする。JES は OS MVS のための効果的なスプーリング、スケジューリング、マネージメントを提供するようにデザインされている。しかしこの説明は、なぜ MVS が JES を必要とするのかを説明していない。基本的に、たくさんのタスクへのジョブプロセッシング機能を切り離すことにより、MVS がより効率的に稼動することを目指したものである。大抵の場合、システム資源は各々のジョブへ割り当てられたタスクによって混み合っており、他のタスクは資源が利用可能になるのを待っている状態になっている。そこでシンプルに、MVS を、ジョブおよびシステム資源のマネージメント機能と、OS のより基本的な機能と に分けたのである。これによって、（アプリケーション）プログラムがデータを処理する前と後のジョブのマネージメントを JES が受け持ち、このマネージメントと平行して、OS 本体 (MVS) は（アプリケーション）プログラムによるデータ処理のコントロールを受け持つことになったのである。