母親はレアル・マドリードの熱心なファンであり、父親はアトレティコ・マドリードのファンである。ホテルマンだった父親は、ラファエルがFIFAクラブワールドカップのために日本に滞在していた2005年12月に死去した。1998年に結婚し、1999年と2002年生まれの二人の娘がいる。長女はマドリードで生まれ、次女はバレンシアで生まれた。
2016年3月11日、3年契約でニューカッスル・ユナイテッドの監督に就任した。成績不振でプレミアリーグ降格危機の中、ベニテス監督就任後は成績が好転したが、プレミアリーグの残留はならずFLチャンピオンシップへ降格した。降格によりシソコやタウンゼントなどの主力選手がチームを離れたが、チームはFLチャンピオンシップで好成績を治め、2017年4月24日のプレストン戦に勝利したことで、2017-18シーズンからプレミアリーグに昇格することが決まった。また5月7日のバーンズリー戦に勝利したのに対し、首位のブライトンがアストンビラに敗れたため、2部リーグ優勝も決定した。以降2シーズンプレミアリーグに残留させ、2019年6月24日に退任した。
2015年6月3日、レアル・マドリードの監督に就任。3年契約を結んだ。2016年1月4日、チームが求める程の成績を治める事が出来ず解任されることが発表された。
2013年5月27日、退任したワルテル・マッツァーリの後任としてSSCナポリの監督就任が決定。就任1年目の2013-14シーズンはリーグ戦はチャンピオンズリーグ出場圏内の3位、コッパ・イタリアを制覇した。2014-15シーズンはチャンピオンズリーグの予備予選で敗退、ヨーロッパリーグに回ることとなった。ユヴェントスとのスーペルコッパは獲得したものの、リーグ戦は5位に終わりヨーロッパリーグでは準決勝で敗退した。2015年5月にシーズン終了後の退団を発表。
2012年11月21日、解任されたロベルト・ディ・マッテオの後任としてチェルシーの暫定監督に就任した。契約期間は2012-13シーズン終了まで。しかし、リヴァプール時代のモウリーニョとの舌戦から、サポーターからは歓迎されなかった。UEFAヨーロッパリーグではチェルシーを初優勝に導きリーグ戦は3位とCL圏内に入った。
2010年6月8日、ジョゼ・モウリーニョの後任としてインテル・ミラノの監督に就任。スーペルコッパ・イタリアーナとFIFAクラブワールドカップのタイトルを獲得したものの、セリエAでは11月のブレシア戦後、4試合未勝利など不調に陥った。最終的にマッシモ・モラッティ会長との不和などから、就任から半年足らずの12月23日にクラブと双方合意の上で契約を解除した。後年になってベニテスは自身が希望する選手を獲得しなかったとインテルを批判したが、在籍時から不和が生じていたモラッティはベニテスについて「性格に難があった」と酷評している。
2004-05シーズンからはイングランドプレミアリーグ・リヴァプールFCと契約を結ぶ。リヴァプールFCでは、就任1年目にして、UEFAチャンピオンズリーグで優勝。特にミランとの決勝戦はチャンピオンズリーグ史に残る名勝負であった。2005-06シーズンにはFAカップを獲得。2006-07シーズンには再びUEFAチャンピオンズリーグ決勝進出を果たすも、2年前の雪辱に燃えるミランの前に敗れた。2007-08シーズンはクラブのオーナー交替があり、補強方針などをめぐってオーナーとベニテスの関係は一時険悪となった。オーナー側はベニテスを解任し、ユルゲン・クリンスマンを後任に据えることを画策するが、サポーターがベニテス支持を表明してデモ行進などを行ったため、ベニテスは続投となった。このシーズン、UEFAチャンピオンズリーグは準決勝まで勝ち上がったものの、チェルシーFCに敗退し、無冠に終わった。2008-09シーズン開幕前にも辞任の噂が流れたが、リーグ戦で2位、UEFAチャンピオンズリーグでは準々決勝進出の結果を残した。2009-10シーズンはリーグ戦7位と低迷し、UEFAチャンピオンズリーグ出場権を逃した。また、UEFAチャンピオンズリーグではグループリーグで敗退し、UEFAヨーロッパリーグでも決勝に勝ち残ることができなかった。2010年6月3日、5年契約のうち4年を残しての契約解除に同意し、両者合意により退団した 。
少年リンクの活躍により魔王ガノンが倒され、ハイラル王国の秘宝「力のトライフォース」と「知恵のトライフォース」は王家の手に戻った。しかし、依然としてガノンの影響は消えず、残党たちがガノン復活に必要となるリンクの血を求め各地で暴れ回っていた。王国が荒廃を続ける中、復興に尽力していたリンクは16歳の誕生日を迎えた。すると、リンクの左手の甲にトライフォースの紋章のような痣が浮かび上がった。その痣を見た王国のゼルダ姫の乳母インパがリンクを北の城の一室に連れて行くと、そこには一人の女性が横たわっていた。インパはその女性「初代ゼルダ姫」の伝説について語り始めた。初代ゼルダ姫は、亡き父王よりトライフォースの秘密を伝えられていた。その秘密を聞き出そうと兄王子が問い詰めるも姫は口を閉ざし続け、耐えかねた側近の魔術師が魔法をかけたことで、姫は決して覚めぬ眠りに落ちてしまった。過ちに気付いた兄王子は、後世に遺す戒めとして代々の王女にゼルダと名付けるよう定めたのである。インパは、リンクに6つのクリスタルと1本の巻物を手渡した。その巻物には、「力」「知恵」とは異なる「勇気のトライフォース」が「死の谷」（デス・バレー）の大神殿に隠されていること、大神殿に入るためには各地の6つの神殿の守護神を倒しその先にある石像にクリスタルをはめる必要があることが記されていた。トライフォースの力を用いて初代ゼルダ姫とハイラルを救うようインパから託されたリンクは、再び旅に出ることを決意する。