2008年シーズン中盤から予定されていた左膝の手術を9月22日まで引き伸ばした時点で、WBC出場の可能性は無くなったとされた。しかし、オフには翌2009年の第2回WBC出場が取りざたされ、前回大会直後は第2回大会への出場にも消極的であった松井本人も意欲を見せたと報じられた。しかし、ヤンキースは手術明けの松井に対して出場許可を出さない方針を打ち出したこともあり、手術した左膝の回復を優先させるため、として11月末には辞退の意向を明らかにした。辞退の際には、監督の原辰徳に直接電話をかけ、「申し訳ない気持ちで一杯」であったという。それでもなお、原は暫定ロースター登録締め切りまで松井の参加を待ち続けたが、膝の回復が間に合わなかったとの理由で、翌年1月16日になって正式に招集を断念した。専属広報の広岡勲によると、松井が出場を希望したのは、大型契約を結んだばかりで、ヤンキースでじっくりキャンプを過ごしたかった前回とは違い、今回は年齢的に日本代表として戦える最後のチャンスという意識が強かったためだという。また、今回は膝の手術と所属チームの反対という理由が存在し、広岡が国内の空気や流れを読んで、タイミングを図って辞退を発表したため、前回のようなバッシングは起こらなかった。日本の二連覇が決まると、松井は「日本の野球が、それだけ世界に通用するということだと思う」とのコメントを発表した。『Number』誌上のインタビューでは、身体の状態が万全でなかったことが辞退の直接の理由となったことを改めて明言。さらに、4年後の第3回大会には、年齢的な理由から出場の可能性が低いことを認め、「それは仕方ない。（WBCには）縁がなかったということでね。」と語っている。
2007年までヤンキース監督を務めたジョー・トーリは松井の入団当初、松井を「ブンブン振り回すホームランバッター」という印象だったが、シーズンが終わる頃には「場面に応じたバッティングが出来る頭のいい選手だ」と評価した。松井はルーキーイヤーのトーリの気遣いに感謝していると語っている。入団1年目の2003年5月には松井が全く打てない時期があり、ニューヨークの新聞やオーナーのジョージ・スタインブレナーがこぞって松井を批判する中でもトーリは松井を擁護し続け、「打てなくても気にするな。守備や進塁打でも立派に貢献しているよ」と励ましの言葉をかけた。松井は後に、スランプ脱出のきっかけをくれたのがトーリであり、トーリを信頼していたからこそアドバイスを受け入れることが出来たと語っている。なお、トーリは松井のことを「マツ」と呼んでいる。松井はトーリについて、自らが寄せる信頼を繰り返し語っていた。トーリもまた、契約更改時に「世界中の金を集めてでもヤンキースは松井と契約すべきだ」との賛辞を送っていた。さらに「松井はウチで最も頼れる男なんだ。彼にはいつだって責任感とかキャプテンシーを要求するよ」と断言し、ジーターと並ぶチームの精神的柱になるように求めていた。松井のチームの勝利を最優先する献身的な姿勢については、トーリも「日本では50本塁打を打つスーパースターだったのに、こちらでは何でも嫌がらずにやってくれる」と賞賛している。2007年限りでトーリがヤンキースの監督を退き、ドジャースに移ってからも、信頼関係が揺らぐことはなかった。2008、2009年は対戦機会がなかったが、エンゼルスに移籍した2010年3月のオープン戦で久々に対面。その後も、ドジャースとの対戦の際には挨拶を交わしている。同年11月、松井がニューヨークで行われたトーリ主催の慈善基金パーティーに出席した際、トーリは「マツイがどのチームに行っても応援できる」と語った。2012年に松井が現役引退を発表すると、トーリは「彼の監督だったことを誇りに思う」とコメントした。
賢愚経は一般に13巻69品の三本（宋版本・元版本・明版本）と13巻62品の高麗版本が知られる。この7品の差は麗本の散佚だが、単純に7品少ないだけでなく、品の配列順序(品次)や巻構成(調巻)にも差が見受けられる。また一方で、かつては15巻本、16巻本、17巻本も存在したらしく、経録等にそういった記載がある。そこで、この大聖武(東大寺本)の調巻品次が問題となる。東大寺本は「優波毬提品第六十三」までを含む東大寺蔵巻十五が伝存すること、また三井文庫所蔵手鑑「たかまつ」所載断簡が「尼提度縁品第六十八」の品題を有することを合わせて、16巻以上かつ68品以上(おそらく69品)の本であることは間違いない。また東大寺本で品題が現存し品番号が判明するものについて、三本や麗本との異同が大きく、調巻品次の異なる別系統の本であると想定される。福井利吉郎は「東大寺本賢愚経の研究」においてこの問題を取り上げ、「内容の類同に着眼し、分量の均衡を考へ、また他の異本の例を参照して」16巻本であると推定した。また樋口秀雄は、正倉院文書に見える賢愚経が17巻本または17巻本の破本あるいは不完と見做しうるものであることなどを理由に17巻本であろうという。興津香織は、東大寺本と七寺・金剛寺・西方寺などの所蔵する平安末期から鎌倉時代に写された賢愚経(17巻本)数本とを比較することで東大寺本の調巻品次を推定するという手法をとった。結果、福井論文が挙げる東大寺本の品名、品次、品番号、調巻がこれら平安鎌倉古写経本によく一致すること、またその本文も三本や麗本よりも近いことが判明、東大寺本はこれら平安鎌倉古写経本と同系統の本、すなわち17巻本である可能性が高まっている。