1949年に西ドイツ（ドイツ連邦共和国）が成立した後の1952年4月21日、日本国との平和条約の発効の日をもって両国間の国交が回復することが認めた書簡が両国外相間で取り交わされた。4月28日に同条約が発効し、両国間の外交関係は回復した。西ドイツは冷戦時代には日本と同じ西側諸国であり、両国関係は極めて親密となった。その後も、時には自動車産業（後述）などで両国企業がライバル関係になりながらも、1950年代後半から「高度経済成長」（日本）と「奇跡の復興」（西ドイツ）を共に遂げた日本と西ドイツは政治・経済・文化などの他分野での協力を拡大し、1975年に始まった主要国首脳会議（サミット）ではアジアと西ヨーロッパでそれぞれ最大の経済力を背景に発言力を強めた。戦前、西ベルリン地区に建設された日本大使館は、戦後は西ベルリンが連合国3国の共同管理となっていたこと、西ドイツの首都がボンとなり大使館もボンに置かれたことから使用されないまま放置されていたが、1987年に壁面保存の形で修復の上、ベルリン日独センターとして再利用されていたが、ドイツ再統一後の2001年より大使館に復帰している。一方、ソ連の強い影響下にあり、冷戦では東側諸国となった東ドイツ（ドイツ民主共和国）は西ドイツ政府がその存在を長年否定していたため、日本との外交関係樹立は遅れたが、東西ドイツ基本条約の成立などの相互承認はこの流れを変えた。1973年5月15日の大使間の交換公文により、即日外交関係が開始されている。東ドイツの首都とされた東ベルリンでは日本の鹿島建設によって1978年に国際貿易センタービルが竣工し、その後も西ドイツよりもずっと小規模ながらも日本企業の進出による貿易関係が維持されて、比較的安定した外交関係が1990年のドイツ再統一による東ドイツ国家の消滅まで続いた。
第一次世界大戦では、日英同盟に基づき、英国がドイツ東洋艦隊を撃滅する必要から日本へ連合国側に立っての参戦を要請。当初、日本の軍部は艦隊の外地派遣によって本土の防備が手薄になることを恐れ、参戦には消極的だったが、1914年8月15日、ドイツに対し最後通牒と云うべき勧告を行った。日本軍はドイツの植民地の青島、ミクロネシアをめぐる日独戦争を展開する。青島陥落後、ドイツ兵は捕虜として日本に連行され、十数か所の収容所に1919年まで捕虜生活をおくった。映画『バルトの楽園』の題材となった板東俘虜収容所をはじめ、習志野俘虜収容所、似島俘虜収容所の例は著名。このときドイツ捕虜からドイツ料理、菓子などが日本に紹介され、ソーセージが習志野、バウムクーヘンが似島でつくられた。ベートーヴェンの交響曲第9番の日本での初演は、板東俘虜収容所の捕虜によるものだった。地中海にも駆逐艦を中心とする第二特務艦隊を派遣し船団護衛などの活動を実施し同盟国から評価された。戦勝後、日本は占領した山東省の旧ドイツ権益を得たほか、南洋諸島地域の委任統治領として譲り受けることとなった。
江戸幕府の鎖国政策によってオランダ以外の欧米諸国との国交はなかったが、出島のオランダ商館の医師としてレムゴー出身のエンゲルベルト・ケンペルやヴュルツブルク出身のフィリップ・フランツ・フォン・シーボルトのようなドイツ語圏出身者の滞在例は存在した。。1858年に日米修好通商条約が締結されて江戸幕府が開国政策へ転換すると、プロイセン王国も国交樹立へと動き、1859年8月9日、フリードリヒ・アルブレヒト・ツー・オイレンブルク伯爵を特派公使としての遠征計画が起草され、1860年9月初旬、アルコーナ号とテーテイス号が江戸湾に到着、1861年1月24日に日普修好通商条約を成立させた。これは他の欧米諸国との条約と同様、日本側に不利な不平等条約であった。1862年12月、プロイセン王国の初代駐日領事としてマックス・フォン・ブラントが着任した。1868年の戊辰戦争では、プロイセンは英仏蘭米伊と同様局外中立を宣言したが、新政府に抵抗する奥羽越列藩同盟を支援する姿勢を見せたとされる。しかし、戦局を左右する事態にはならず、戦争終結後も日本とプロイセンとの外交関係は維持された。明治維新後の1871年にドイツ帝国が成立するが、日普修好通商条約はそのまま引き継がれた。
川中 大樹（かわなか ひろき、1968年 - ）は、日本の小説家・推理作家。神奈川県生まれ。慶應義塾大学経済学部卒業。メーカー、不動産会社、広告プロダクションなどを経て、2011年、「サンパギータ」で第15回日本ミステリー文学大賞新人賞を受賞（同時受賞に前川裕『クリーピー』）。2012年、同作を『茉莉花（サンパギータ）』と改題しデビュー。
時は紀元前3世紀、秦王朝時代末期。陳勝・呉広の乱後、朝廷は弱体化の一途を辿り、圧政につぐ圧政で天下は疲弊していた。そうしたなか、父に愛されて育ち賢明な娘として評判の呂雉は、一介の亭長である劉邦に身を捧げ、劉邦は妻の支えを得て秦王朝打倒を掲げ挙兵を決意した。同じ頃、将軍・項梁は、武勇に優れた甥の項羽を従え懐王をおしたてて楚の地で蜂起し、秦兵と抗戦を続けた。そして鉅鹿の戦いの直前、呂雉たちは秦の軍勢に包囲され項羽の陣営に逃げ込み、そこで項羽に仕える純真な心の持ち主である虞美人という女性と出会うのである。自分には無い無垢な美しい姿の彼女に親しみを覚えた呂雉は虞美人と姉妹の契りを結ぶ。決戦の日、項羽は秦軍の主力軍と応戦するが、秦軍もまた楚の都・彭城を襲撃し呂雉と虞美人はやむなく落ち延びて逃避行を続ける。やっとの思いで呂雉は夫の劉邦に救い出されるが虞美人は秦軍に捕えられ阿房宮へ軟禁されてしまう。項羽は死力を尽くして朝廷軍を討ち破り秦を滅ぼすが、その間に、劉邦は都を制圧してしまった……。これにより劉邦に疑心をおぼえた項羽は鴻門で宴を開くが、劉邦は危険を察知し項羽をとりなして難局を切り抜ける。一度は義兄弟の契りを結んだ両者は一転して対立を深めてゆく。劉邦謀殺を一度断念した項羽は虞美人を救出するため阿房宮へ走るが、囚われた後に死んだと勘違いをした項羽は逆上のあまり宮殿に火をかけた。しかし、地下の牢獄につながれている真実を知るや、制止をふりきり業火の中へ飛び込み命がけで彼女を連れて戻った。その姿を目の当たりにした呂雉の胸の中にこみ上げたもの。それは愛する者に対して限りない情愛を傾ける項羽への危険な恋であった……。