松永長頼（三好方）に代わって今度は織田信長の勢力が高浜に及ぶと、その家臣となり朝倉・武田軍との戦いに越前へ従軍。その後も織田氏の家臣団の一つである若狭衆の筆頭として織田氏に仕えた。武田元明が若狭に帰国した後も信長から高浜城5,000石の城主として認められ、のちに武田方の武将武藤友益が改易されると領していた石山3,000石を加増された。天正9年（1581年）2月28日の馬揃えに参加するが、およそ1月後の3月26日に死去した。遺領8,000石のうち、高浜城5,000石は溝口秀勝に、新知分3,000石は武田元明にそれぞれ分配された。昌経に子がないため断絶したとされるが、『若狭郡県志』によれば源太虎清という子がいたとされ、信長が意図的に逸見氏の没落をはかったとも考えられる。
弘治2年（1556年）、隠居した武田信豊が現若狭守護である子の武田義統と対立し始めると、昌経は隠居した信豊に味方し現守護に敵対する。信豊方が義統に大敗戦し近江国に下った後も昌経は、隣国丹波の松永長頼の援軍を得て、武田義統に反抗を続ける。昌経は三好長慶政権勢力下の武将となり、朝倉・武田連合軍と争いを続けた。しかし、永禄4年（1561年）6月19日に越前国の朝倉義景の援軍を得た武田義統の軍勢と、松永逸見軍は戦ったが敗れ、居城である砕導山（さいちやま）城を去る。同年、武田信豊・義統親子は和睦する。永禄8年（1565年）、丹波守護代内藤氏（松永長頼）の大規模な援軍により再び高浜に入り武田方となっていた城を攻略、さらに別に高浜城を築き本城とする。翌永禄9年（1566年）6月、再び水軍を編成して小浜の武田義統を攻めたが敗北する。反対に高浜城は武田氏のものとなり義統が一時入城した。永禄10年（1567年）に武田義統が死去し、その子・元明が朝倉氏により一乗谷へと移送・軟禁されると、高浜に再び攻め込み大飯郡西部の平定に成功する。
逸見氏は甲斐源氏の庶流で、代々甲斐源氏嫡流である武田氏の家臣であり、昌経も初めは若狭国守護の武田信豊に仕えていた。主である信豊は、室町幕府の管領で丹波国守護でもあった細川晴元の要請により、丹波で松永長頼と戦うこととなったので昌経も武田軍の一翼を担い武田信豊に従って丹波各地で戦った。しかし、丹波守護代の内藤氏を継承した松永長頼の調略により武田家中の戦意は低下し、武田氏に離反する者も出始めたため信豊は丹波から若狭に帰国し隠居する。
ある時、釈迦はサーヴァッティー（舎衛城）のアナータピンディカ園（祇園精舎）に滞在していた。釈迦は比丘たちに、解脱者（覚者）が具えているべき見解として、四柱、五蘊、六界、六処、十善戒、四禅といったテーマ別に述べていく。比丘たちは歓喜する。
『六浄経』（ろくじょうきょう、巴: Chabbisodhana-sutta, チャッビソーダナ・スッタ）とは、パーリ仏典経蔵中部に収録されている第112経。『設智経』（せっちきょう）とも。類似の伝統漢訳経典としては、『中阿含経』（大正蔵26）の第187経「説智経」がある。釈迦が、比丘たちに解脱者が具えているべき見解を説いていく。『六清経』という経名は、その見解のテーマが6種類に分かれることに因む。
1912年（明治45年）、三菱を退社し、翌年、東京市京橋区銀座に「保岡勝也建築事務所」を設立する。藤井厚二らの先輩として先駆的な住宅設計や、勃興してきた中産階級を対象にした住宅設計の書籍の著述などを意欲的に行った。この時期の代表作とされるのが「川越4部作」と称される埼玉県川越市の一連の建築で、1つを除いて現存していることから極めて価値がある。保岡は川越の豪商・山崎嘉七（5代目）の知遇を得て、まず1915年（大正4年）に「川越貯蓄銀行本店」を設計（昭和30年代に取り壊され現存せず）、1918年（大正7年）には保岡の代表作となる「第八十五銀行本店」を設計した。これは埼玉りそな銀行川越支店として現存し、埼玉県における国の登録有形文化財登録第1号となった。1926年（大正15年）には、数寄屋造りの和室が融合されたホール形式の洋館「山崎家別邸」を設計した（川越市の所有として現存。庭園は「旧山崎氏別邸庭園」として埼玉県内で初の国の登録記念物（名勝地関係）に登録）。保岡は晩年は茶室建築の研究に没頭した。1936年（昭和11年）、埼玉県最初のデパートである「山吉デパート」を設計した（保刈歯科醫院として現存）。これが4部作の最後で保岡の遺作ともなった。独立後の作品として他には、「三菱合資会社若松支店」（「上野海運ビル」として現存。福岡県北九州市若松区。1913年）や「長崎次郎書店」（熊本県熊本市。1924年。国の登録有形文化財）、中央公論社創設者の「麻田駒之助邸」（「平野家住宅」として現存。東京都文京区西片。1921年。国の登録有形文化財）など数件現存する。