新キャラクターの作成は、最初にプロデューサーの臼田裕次郎がアイデアを提示し、それを基にシェード側が構築するという方法がとられた。シェードが一番苦労したのは冴嶋 嵐とジェリー・ニュアージュだった。臼田はイメージが固まっていない段階で、「二人そろうとランジェリーになるから、彼女たちの名前は絶対『嵐（らん）』と『ジェリー』にしてほしい」とシェード側に頼み込んだ。他のエルダ学院のキャラクターは名前のどこか天候にちなんだ名称を取り入れていたが、ジェリーの部分は変えようがなかったため、彼女の苗字をフランス語で雲を意味するニュアージュに設定することとなった。購買部の雪城瑠水やレンジャー部OGの星川冥香といった前作のサブキャラクターは、ユーザーからの要望によって尋問対象として追加された。
前作でユーザーから寄せられた意見を取り入れながら、本作の開発がすすめられた。強豪校・私立岬守学園と、岬守学園に一度も勝利したことがない私立エルダ学院の対校戦が本作のストーリーの主軸に据えられた。また、ゲームを進めると、登場人物たちの関係性が現れる仕掛けが施された一方、ユーザーの想像に任せるためにあえて明確に描かなかった部分も存在する。
2011年10月7日に、パリの芸術専門紙「Le Journal des Arts」が、ルーヴル美術館が数年間にわたって実施してきた『聖アンナと聖母子』の修復作業が、この絵画に予期せぬ致命的な損傷を与えるのではないかという記事を掲載した。その後2011年12月と2012年1月にも、それまで『聖アンナと聖母子』の修復を監督、助言してきた元ルーヴル美術館ならびにフランス国立美術館群の絵画修復所長セゴレーヌ・ベルジョン・ラングルと、元ルーヴル美術館絵画部門長ジャン＝ピエール・キュザンが、この修復作業を中断するように求めたという記事を掲載している。この二人は、現在の修復作業はやりすぎであり、専門家の立場からみても、過度な洗浄によってレオナルドが意図した以上に色調を明るくしすぎていると異議を呈した。その一方で、ルーヴル美術館の修復作業に対して賛意を示している専門家たちもいる。
しかしアンナはただ神話的に佇んでいるわけではない。というのもアンナの足下には紐につながれた赤く「やわらかい」石が描かれているという説があり、瑪瑙や柘榴だという論者に交じって、この赤い石を胎盤だとする解釈も存在してきた。もしそうであるならば―たとえば若桑みどりはこの立場である―レオナルドはまったく同時代的でない非宗教的な視点から生命を宿しつなぐものをとらえ、この絵に密かな注釈を施したということになる。
『聖アンナと聖母子』は一見すると優しげで穏やかな絵画だが、詳細に分析するとなると難解な作品といえる。描かれている三者は極めて密接な構成で、マリアとキリストのポーズは強い関連性を持って描かれている。しかしながら構成を注意深く見ると、マリアがアンナの膝の上に座って描かれていることがわかる。この構成が何を意味しているのか、レオナルドがどのような意図でこのようなポーズでアンナとマリアを描いたのか、現在に至るまで判明していない。このような構成で描かれた絵画作品は他に例がなく、女性の膝に女性が座るという文化や習慣を持つ国や地域も該当する場所がない。また、座っているマリアとアンナの身長がはっきりとはしないとはいえ、明らかにアンナのほうが大きな人物として表現されている。このような微妙ではあるが、はっきりと認識できる二人の大きさの不調和は、レオナルドが二人を同年代の女性として描く代わりにアンナを大きく表現することによって、二人の親子関係を明確にしようとした可能性がある。そして大柄なアンナは土色（大地）の服を身につけ、足は水辺に、頭は空や山の頂に達している。アンナは単に空間的に巨大であるばかりでなく、大地と生命とをつなぐ地母神として描かれ、モナリザにも似た「すべてを知るものの笑い」（フマガッリ）を顔に浮かべているのである。
ゲーム内で起こるイベントは世界地図の各所にシナリオ名として載り、これを指定する事でそのイベントが開始される。それぞれ異なるエピソードになっており、登場キャラクターや物語の舞台も色々。中には全く操作する必要のない、物語の進行のみを扱うイベントも存在する。シナリオの分岐は無いものの、場合によって各シナリオはその選択の放棄や、順序の変更を任意で行なえる。従って、時には年代をさかのぼる選択も可能。前作『サガ フロンティア』のように、物語は大きく分けて「ギュスターヴ編」「ナイツ編」の異なる二編によって、それぞれ主人公のストーリーを追うようにして語られるが、この2つはシナリオ自体の切り替えによって分類されてはおらず、全てのシナリオがギュスターヴ編あるいはナイツ編のどちらか(あるいは両方)に属する。年代やシナリオによって操作するキャラクターは変化し、システム上の主人公も各シナリオごとに異なるほか、物語全編を通しては30人近くものバトルキャラクターが登場する。概してギュスターヴ編は物語中心の展開で戦闘機会が少なめなのに対し、ナイツ編は冒険と密着した戦闘中心の展開となっている。中にはギュスターヴやナイツ家が全く登場しないシナリオや、一切操作できないキャラクターしか登場しないシナリオもある。パーティキャラクターが進行に伴い大きく変わっていくため、一般的なCRPGのように一人のキャラを集中して使い込むことは進行上不可能である。反面、手に入れた道具・覚えた技や術などは全キャラクターで共有される。このようなシステムは同シリーズでは『ロマンシング サ・ガ2』に近いが、キャラクター間の能力値継承などはない。そのため、既に使用したことのあるキャラクターの装備品を回収する「装備回収屋」というシステムが登場し、装備品を取り外して現在のパーティキャラクターに流用することが可能(パーティ編成画面で×マークが付いているキャラクターや、特定のキャラクター固有の装備品は対象外)。ストーリーの進行に伴って、世界地図の画面から見ることができる年代別に簡単な内容をまとめた年表に、プレイヤーが進めたイベントの情報(詳細な歴史)が追加記載されていき、歴史における隠された事実を補完する形でゲームを進めていく。ただし、ギュスターヴ編についてはゲームを開始した時点でその後の歴史のあらすじが既に明示されており、歴史小説を読み解くようなプレイ感覚を提供している。