雨宮氏は着座家。【由緒記】等によれば、初祖・腰石(越石)新兵衛が稲垣氏より特別の由緒(二代目稲垣平助茂幸が継室の弟であり、またもと稲垣氏属臣とも云う。のち雨宮に改姓)があるとして推挙され、稲垣氏が自らの家禄を分与して、長岡藩の大組に列した。実は腰石(越石)新兵衛は、稲垣氏のご落胤であったとする有力説がある。雨宮氏は、雨宮修堅(実は九里孫左衛門の三男・雨宮正頼)が出て、600石を与えられて、宝永3年(1707年)に一代家老となったが、まもなく失脚してしまった。雨宮氏は、140石の分家を分出している。
家老・稲垣太郎左衛門成心の次男の家系。世禄300石以上を連綿した上級家臣。元和4年長岡打入り御供。長岡では、はじめ家老職並みの1,100石を給された。その後、子細が不明だが嫡子・成啓（小右衛門）が元和9年（1623年）に500石に減知された。このとき分家の分出があったとする藩文書は存在しない。
今泉氏は初期の家老。庶流の今泉惣左衛門家と共に元和4年長岡打入御供。元々は松平氏で、十八松平家の一つ長沢松平家の庶流の一つと推定されているが、牧野氏牛久保以来の家柄である。江戸時代初期の重臣であった今泉竹右衛門（1,300石）の家は寛永年間、嫡男・勘左衛門ときに絶家しているが子細は不明である。子細については諸説あり、初代忠成の跡式について、孫の忠盛（2代目忠成）とすることに反対した勢力であったため、粛清されたとする説や他藩（菅沼氏）に移籍したとする説がある。庶流の今泉惣左衛門家が、幕末・維新まで存続した。なお「新潟県史・通史3・近世一」では長岡藩では奉行の連署で発行する年貢割付状において、牧野氏の長岡移転から承応元年（1652年）までの34年間に渡り、今泉竹右衛門が割付状発行者の首位に名を連ねており、翌年の承応2年より竹右衛門の名が消え、奉行・惣勘定衆の作成した割当状を家老数人で監査する方式に変更され、明暦2年（1656年）に奉行のみの連署が復活するという藩財政運営機構変遷が見られるとしている。
真木氏（真木小太夫家）は、牧野家寄騎の出自の家臣。牛久保城寄騎から大胡藩牧野家客人分(3,000石）となった真木越中守の惣領家である。本来は、真木小太夫家は分家となるべきであったが、惣領が藩主・牧野氏に家臣団化されることを嫌って、出奔してしまったため、弟であった真木小太夫重基が、嫡子として跡式相続したものである。跡式相続にあたっては、3,000石の内、1,700石の相続を許されたが病死。小太夫の嫡子・五郎八某は500石のみ相続となった。また【寛永分限】には真木茂左衛門700石と見える。【由緒記】によると無嗣だったため、末期養子とみられる後嗣（弟）・新五左衛門某が継いだ（200石・番頭）。新五左衛門某の子・藤右衛門某は罪により改易となり、ここに家筋断絶となった。しかし、家祖・真木越中以来の譜代の家筋を惜しみ、貞享2年に藤右衛門の弟・勘八貴光を近従に召し出し、正徳2年には藩主がこの家の小身を憐れみ加増、100石（後に最高時180石）とした。
槇（真木）氏、能勢氏、疋田氏の三家を越後長岡藩では、特に先法家（先家）と呼び、他の藩士と別格の扱いをしていた。慶応の藩政改革まで、この三家の扱いは不変であった。先法家（先家）とは、藩主家である牧野氏の先祖が、三河国宝飯郡（現、豊川市）牛久保城在城時代に、真木（槙）氏、野瀬（能勢）氏、疋田氏の先祖が果たした特別な忠節の筋目を持つ家柄の意と考えられている。長岡藩関係文書『温古之栞』によると、真木（槇）氏、野瀬（能勢）氏、疋田氏の先法三家は、主従ではなく客分であるとする伝承がある。
幕末。討幕軍との戦いに敗れた葵藩主の葵重政は、家臣・領民1000人と共に日本を脱出しロシアに逃れ、時のロシア皇帝から永住権を与えられる。その後興ったソ連からはキジルクム砂漠の土地を与えられ、葵藩はこの地に秘密閉鎖都市ラビリンス4を築き、その存在は永らく秘匿されていた。しかし、ソ連崩壊に伴いラビリンス4の存在が徐々に明らかにされていく。20世紀末。モスクワの大学に通う葵家の一人娘葵夏はある日、同じ大学に通うサムライおたくのガランに家宝の御神刀をプレゼントし、「もっと刀をあげる」と言い、ガランをラビリンス4に招待する。しかし、屋敷に帰った夏は突然「ガラン君と結婚します」と言い出した。実は、御神刀は結納の証であり、葵家の後継者の証であったのだ。勝手に結婚を決めたことに激怒した父の重光は、夏の許婚の伊達ノ進に命じてガランを襲わせたが、妹の心花の邪魔によって失敗してしまう。その際、心花は何者かに襲われ負傷してしまう。犯人が父の重光だと考えた夏は父をお仕置きするが、ラビリンス4を訪れていたインターポールのキャリーによって、心花を襲ったのはナスターシャとエローラの二人組の女盗賊だと知らされる。二人の狙いは幕府復興のために葵家が持ち出した軍資金・徳川御用金であり、その在り処を示す御神刀であったのだ。御神刀を手に入れようと二人はガランを襲う。