2007年（平成19年）初夏頃から石森太二とタッグを組むようになり、ジュニアヘビー級戦線の活発化のためノア初のジュニアタッグリーグ戦を提唱し実現する。ジュニアヘビー級タッグ王者の鼓太郎&リッキー・マルビンの他、ROHの強豪タッグチーム：ブリスコ・ブラザーズや、丸藤がDDTの飯伏幸太と組んで参戦したことにより大成功を収めた上、王者チームを差し置いて優勝をも果たした。同年8月にはジュニアタッグリーグ優勝の勢いを駆ってGHCジュニアヘビー級タッグ王座に挑戦するも敗北。その後しばらく目立った活動は無かったが、2008年3月20日 DRAGON GATE「THE GATE OF GENERATION」大田区体育館大会にて、DRAGON GATEに流出したGHCジュニアヘビー級タッグ王座へ挑戦し、勝利して第9代GHCジュニアタッグ王者になる。しかし7月にはヒールファイトに目覚めた金丸義信・鈴木鼓太郎組に敗れて王座陥落してしまう。ここから両者の抗争がスタートし、2008年のジュニアタッグリーグの優勝決定戦で再び激突し、勝利を収め2年連続の優勝を決めた。
GHCジュニアヘビー級王座からは陥落したものの、かつてタッグを組んでいた丸藤が2006年9月に秋山を破りジュニアでありながらGHCヘビー級王座を戴冠。同年1月にGHCジュニアヘビー級王座の防衛戦で丸藤に勝利していた経緯から初防衛戦の相手として指名され、初のジュニアヘビー級同士によるGHCヘビー級選手権試合が行われた。1月の試合を超え、プロレス大賞にて2006年のベストバウトに選ばれる程の死闘を繰り広げたものの敗北する。また2005年末よりアメリカのインディ団体ROHに定期的に遠征するようになり、当時ROH世界王者だったブライアン・ダニエルソンとライバル関係になる。現地にてROH世界王座に挑戦して敗北することもあったが、2006年12月にノアマット初上陸を果たしたダニエルソンとリマッチを行い初勝利を収めた。2006年から断続的に続いていた対ヘビー級路線は2007年に入り森嶋猛とのシングルという形に結実した。2006年12月にSEMで引き分けたことに続き、2007年3月には日本武道館のメインイベントでROH世界王座戦（2007年1月に森嶋がROH世界王者になっていた）という形で森嶋に挑むも敗北。その後、下記に示す石森太二とのタッグ結成により再びジュニアヘビー級戦線に戻るかと思われたが、対ヘビー級の能力も高く評価されており、アメリカで三沢を相手にGHCヘビー級選手権試合を行ったりする等、時々ヘビー級戦線に参戦している。
2005年（平成17年）7月18日東京ドームにて金丸が保有するGHCジュニアヘビー級王座に挑戦し奪取に成功する。その後日本国外での防衛戦を経て、2006年（平成18年）1月、先輩である丸藤を相手に防衛戦を行い、同年のベストバウト候補に挙がるほどの死闘を繰り広げ、ついに丸藤越えを果たした。この防衛戦の高い評判により丸藤と共に対ヘビー級路線に駆り出されるようになる。直後の3月には師である小橋とこれまた激闘を繰り広げるも、小橋のリストクラッチ式バーニングハンマーにより敗れた。その後も防衛戦を続けるも同年6月杉浦に敗北し1年近く在位していた王座から陥落した。
飛び技主体のスタイルで戦っていたが、その路線には天才と名高い丸藤が居たため、いま一つ印象が薄く、当時練習生であった鈴木鼓太郎が自分が出来ない跳び技を軽々やってみせていたことから自分のスタイルに迷いが出てくる。師匠である小橋にオレンジ色を譲り受けるも度重なる怪我で戦列を離れた。自分はジュニア戦士なのだから飛び技を使えなければならないと思い意図的に飛び技を出していたためである。小橋に師事しトレーニングに励み、スタイルもパワーを強調したものになっていった。2002年（平成14年）5月27日、第5代ジュニアヘビー級トーナメント決勝で金丸に肉薄し、それ以降、積み重ねてきたキックボクシングを取り入れたキック中心のスタイルを確立していく。また、リングネームも「KENTA」へ改名する。
デビュー直後の2000年（平成12年）6月16日、三沢光晴が中心となり全日本プロレスから分離し旗揚げされたプロレスリング・ノアに移籍。この頃、小橋がリーダーのチーム「バーニング」が崩壊、初代付き人の金丸義信も小橋から離れたのを機に2代目付き人となり、3代目の潮﨑豪に引き継ぐまでの約4年間行動を共にすることになる。
魔法は、白魔法、黒魔法、召喚魔法の3種類がある。本作における魔法は、前作と同様に主として店で買うことによって入手するシステムになっている。使用する際は装備品のような扱いであり（本作の攻略本では「オーブ」と呼ばれている）、身に着けた者しか魔法を使用できるようにならない。身に着けるだけならどのジョブでも可能であるが、その魔法を使用できるジョブについていなければ、それらの魔法は使えない。外してアイテムに戻したり、直接他キャラクターと交換したりすることもできる。また、第1作同様、魔法がクラス別に1から8まで分かれており、使用回数が各クラスごとに設定されている。総じて、クラスの高い魔法ほど、強力で便利なものになっており、クラスの低い魔法よりも使用回数が少ない。各クラスには最大3つまで魔法オーブを装備することができる。1つのクラスに3種類の魔法オーブを装備する場合には、左から黒魔法・白魔法・召喚魔法の順番になる。本作における「MP」は各クラスごとの魔法の使用回数を意味している（例えば、クラス1のMPが12ならば、魔法の種類を問わず、クラス1の魔法が12回使用できる）。また、あるクラスでMPを使い切っても別のクラスでのMPに影響することはない。このような魔法使用の制度は、一般に「回数制」と呼ばれる。従来の単体・全体だけでなく、新たにモンスターの種類（いわゆる「グループ」）ごとに魔法の対象を絞れるようにもなった。ただし、これは対象範囲可変型の魔法にのみ当てはまる（本作ではフレアもこれに含まれる）。後のシリーズではこれは採用されていない。