前作の戦いから生き長らえていたが、自身が離れている間にアンブレラ本社がクローン兵やアンデッドを従えるレッド・クイーンに乗っ取られていた上、更にその最終目的が人類抹殺及び生態系の淘汰であることを知り、エイダ・ウォンをはじめとする部下達と共に逃亡・訣別した。世界中から生存者を集めてワシントンD.C.のホワイトハウスを要塞へと改造し、人類軍の指導者となる。人類対B.O.W.の最終決戦に備え、切り札としてアンブレラに監禁されたアリスを救助するよう、レオン・S・ケネディら腕利き達と交渉してロシアの地下施設へ突入させる。レオン達に連れられて帰還したアリスと対面すると、「彼女こそが人類最強の兵器」と評してT-ウィルスを再投与して能力を返し、アンブレラ社と人類との最終戦争の幕を上げた。
本作では、坊主頭に近い髪形。作品そのものがゲーム版とはパラレルワールドに当たるため、アルバート自身もアンブレラを抜けてはいない。生き残ったアンブレラ関係者で最高の地位にあるらしく、作中の会議では議長を務めている。北米支部のサミュエル・アイザックスにアリス計画とアンデッド飼い慣らし研究を進めさせていたが、彼の独断専行などは警戒している（事実、アイザックスはアルバートの声を加工し、自分に都合の良い命令を偽造していた）。ラストでは、東京の地下へ拠点を移していたことが発覚する。
『5』で死亡したことにより登場はない。しかしながらウェスカー計画に関わった幹部の一人にイーサン・Wという名前が上がっており、同作の主人公イーサン・ウィンターズとの関連性を想起させるが現時点では不明のままである。また彼のサムライエッジとアルバートの生前の研究成果をベースに新生アンブレラが開発したモデルアルバート-01（そしてレプリカモデルのアルバート-01R）が登場。クリス・レッドフィールドが使用しており、最終決戦時に血清弾入りのものを主人公イーサンに提供。『6』同様死後もなおバイオハザードに対して大きな影響力を持っていた。
『5』で死亡したため、登場こそしないが、オズウェル・E・スペンサーが推奨したウェスカー計画での選別を生き残ったもう一人のウェスカーである女性、アレックスと深い交流があったことを伺わせる文章がいくつか登場しており、さらに彼女と共に並んで描かれた肖像画が登場している。作中ではアレックスが兄のように扱っているが、実際に血の繋がりがある訳ではない。またDLC限定であるが、RAIDモードに『5』に準じた設定でハンク同様ゲスト出演している。
南欧での事件から2年後の2006年。アンブレラ崩壊以来、行方をくらまして隠遁生活を送っていたスペンサーの居場所を突き止めると、スペンサーから彼の野望とアルバートの出生の秘密を聞かされた後に、野望を引き継ぐことを宣言し、殺害する。その直後、同じくスペンサーの捜索に訪れたクリスとジルの襲撃に遭うも、超人的な身体能力（発射された弾丸を視認してから回避、ほぼ瞬間移動のような高速移動、クリスやジルを遥かに凌駕する筋力など）で2人を圧倒してクリスに止めを刺そうとしたが、ジルの決死の突進により失敗し、彼女と共に屋敷の窓から谷へ落下して行方不明となる。しかし、実際は死亡してはおらず、普通なら落ちれば助からない高さを超人的な能力で崖を滑り、落下速度を抑えながらジルを殺さずに回収していた。そのままジルをトライセル社へ運び、ウロボロス・ウィルスの研究に利用していく。
南極研究所での任務から4年後の2002年。作中への登場はわずかだが、作中で読み取れる文書ファイルによると、本作開始1年前の2001年頃に南米の麻薬王、ハヴィエ・ヒダルゴに接触している。ハヴィエへはt-ウィルスやt-Veronica等のウィルスだけでなく、イビーやプレイグクローラー等数種類のB.O.W.も売り渡しており、それによってクリーチャー化したハヴィエを相手に戦うレオンとジャック・クラウザーの姿を、終始遠くから観察していた。また、本編の終了後には軍を除隊したクラウザーがアルバートに接触し、彼の所属するH.C.F.に加わったことが判明する。
ゲーム本編では登場しないが、小説版『UC』では、アルバートがネメシスを裏でコントロールしていたことが判明し、レオン達が遭遇したタイラントもコントロール可能だと描写されている。なお、B.O.Wと同調する際にはその感覚を共有でき、B.O.Wが受けた痛みはアルバートにも伝わる。
山城国京都で右近衛権中将・山本実政の長男として生まれる。万延元年11月（1860年12月 - 1861年1月）従五位下に叙され、慶応元年5月（1865年5月 - 6月）に元服して昇殿を許され従五位上に叙された。父の隠居に伴い、1875年10月23日、家督を相続。1884年7月8日、子爵を叙爵した。1876年12月、淑子内親王家祗候に就任。以後、京都宮殿勤番、殿掌などを務めた。1897年7月、貴族院子爵議員に選出され、1911年7月まで2期在任した。
1923年、衆議院議員・憲政会新潟県支部長となっていた坂口仁一郎が病死すると、北越新報社社長であった久須美秀三郎の子・久須美東馬（越後鉄道社長）が社長となった。1925年には久須美東馬の懇請により、坂口仁一郎の子・坂口献吉が入社している。献吉はこの時、親友の弁護士で『改造』に文章を発表していた伴純を誘い、献吉が営業主事、伴が編集主事となった。その後、1928年から1930年まで平松遮那一郎が、1930年からは山田助作が社長を務めた。1930年代に入り政党色を薄めていった『新潟新聞』は、戦時統合の波の中、1941年8月1日にライバル紙『新潟毎日新聞』と合併、『新潟日日新聞』と改称された。翌1942年11月に同紙は『新潟県中央新聞』（長岡市）・『上越新聞』（高田市）と合併、『新潟日報』となった。