2009年10月1日、広島地方裁判所（能勢顕男裁判長）は埋立て架橋事業停止を求めた原告の訴えを認め、藤田雄山知事に埋め立て免許を交付しないよう命じた。判決は最高裁の国立マンション訴訟判例を援用して原告住民に景観利益があることを認め、広島県が計画策定に用いたコンサルタントの調査を「調査が不充分なものである」と指摘し、鞆の景観の保全を犠牲にしてまでしなければならないかについて疑問があり、さらなる調査と検討が必要であり合理性にかけるとした。また判決に対し宮崎駿は原告勝訴の判決を受け、東京都小金井市のスタジオジブリで記者会見し、その場で「開発でけりがつく時代は終わった。公共工事で劇的に何かが変わるという幻想や錯覚はやめた方がいい」と話した。判決では鞆の景観は「国民の財産ともいうべき公益」と断じたほか、前述のように宮崎のコメントが全国的に報道されたことなどから、鞆町への観光客が増加した。広島県は判決を不服とし10月15日広島高等裁判所に控訴した。控訴した理由として広島県土木局長は「景観に配慮し計画を練ってきた。（福山）市議会も計画推進の決議をしているので、裁判に関係なく今後も計画を継続したい」とし、判決については「今後の公共工事全般に甚大な影響があり、到底容認できない」と批判した。
2007年中に広島県が国土交通省中国地方整備局に対し鞆港の埋め立て免許の申請が行われる見通しとなると、同年4月24日に地元住民163人が原告となり広島地方裁判所へ免許の仮差し止めを求める訴訟が行われた。しかし、福山市は同年5月16日に最後の住民説明会を開催し5月23日、広島県に埋め立て免許申請を請願した。広島県はこの請願を「歴史的文化財の保護に配慮しており」適切であると判断し、2008年6月、国に認可申請を行い、認可が下り次第工事に着手したい意向を示した。一方、2008年2月29日に広島地方裁判所は原告住民の免許の仮差し止めの申立てを却下したが、申立人のうち98名を排水権者であると認め、63名に対して法的保護に値する景観利益を有することを認めるなど、裁判を受ける権利は認められた。通常、認可申請の答申は2ヶ月程度で行われるが半年以上経過しても答申は行われなかった。審査にあたる国土交通省中国地方整備局によると、排水権者全員の同意なしで埋め立てが認可された前例がなく、公有水面埋立法で全員の同意が得られない場合の例外として認められる要件である「埋め立ての利益が損失を著しく超える」について、これを満たすとの広島県の主張に対し「事業による利益と損失の比較が難しく、審査に慎重を期している」としており、県に埋め立ての利益について異例の8項目にわたる補足質問を行った。この補足質問に県は調査は終わったが追加質問への回答の取りまとめに時間がかかるため、提出時期が未定であるとした。裁判の争点として、埋め立て・架橋工事により、住民らが鞆の浦の良好な景観の恩恵を受ける利益が損なわれるか否か、事業によって交通が便利になったり、観光客用の駐車場などを整備したりすることで得られる利益が、景観を損なう不利益を大きく上回るといえるか、埋め立て免許が出されると回復不可能な重大な損害が生じる恐れがあるかなどであった。なお、裁判官達はこの種の訴訟としては異例の現地視察を実施している。
禅定寺は、宇治方面から宇治川の支流田原川に沿って近江（滋賀県）の石山方面へと向かう道沿い、滋賀県境に近い山里に位置する。この地域は平安時代中期以前には久和利郷と呼ばれ、禅定寺の前身にあたる桑在寺（くわりじ）という寺があったという。寺に伝わる『禅定寺造営年次目録』によれば、この寺は東大寺の別当（寺を統括する最高位の僧）などを務めた僧・平崇によって創建されたものである。平崇は藤原兼家（藤原道長の父、関白、太政大臣）の帰依を受けて永延元年（987年）より造営を開始、正暦2年（991年）に本堂を建て始め、完成したのは長徳元年（995年）であるという（この間、正暦元年・990年には兼家が没している）。それから数年後の長保3年（1001年）の日付をもつ「禅定寺領田畠流記帳」によると、禅定寺は地元の田原郷に一千町歩の杣山や田畑を有し、その他の地方にも寺領を有していた。この禅定寺領は延久元年（1071年）、平等院に寄進され、禅定寺は平等院の末寺となった（それ以前は東大寺に平崇が建てた正法院の末であった）。このように、禅定寺は平安時代を通じて藤原道長、藤原頼通（道長の子、平等院の建立者）らの貴族の帰依を受け、広大な寺領を背景に栄えた。寺の運営は寄人（よりうど）と称される、寺に所属する領民によって支えられていた。寺に残る文書によると、中世の禅定寺は近隣との境争論をたびたび起こしており、中でも九条家領（最勝金剛院領）の曽束荘（そつかのしょう、現大津市大石曽束町）との山堺争論は中世から近世末期まで延々と争われたことで著名である。寺は戦国時代には衰微したが、近世に入り、延宝8年（1680年）に加賀・大乗寺（金沢市）の中興である月舟宗胡が入寺し、加賀藩老本多家の援助を得て再興している。これ以来宗旨を曹洞宗に改めて現代に至っている。