善福寺は正式名称を「麻布山善福寺」といい、浄土真宗本願寺派に属する。その歴史は824年（天長元年）に遡り、東京都内では浅草寺に次ぐ古寺である。寺伝によれば、この地に空海が高野山を模して麻布山善福寺を開山したのが始まりであり、当初は真言宗の寺院であった。鎌倉時代に入って、越後国に流されていた親鸞が罪を赦されて京へ帰還する途上に善福寺を訪ねた。親鸞を迎えたのは当時17歳の了海で、7歳で仏門に入った後に比叡山で顕密二法を修めた学識ある僧侶であった。了海は親鸞の高徳に傾倒し、善福寺全体を真言宗から浄土真宗へと改宗した。親鸞は善福寺を去るにあたって持っていた杖を地へと挿し、「念仏の弘法、凡夫の往生もまたかくの如きか」との言葉を残した。やがて杖からは根が生え、芽吹き、枝葉を広げて大きなイチョウの木となった。この出来事があったのは、1229年（寛喜元年）のことと伝わっている。この木は親鸞の杖の故事から「逆さイチョウ」や「御杖イチョウ」とも呼ばれ、霊木として名高い木であった。江戸時代後期に刊行された『江戸名所図会』には、善福寺山門左手、石垣上に樹勢盛んなこの木が描かれている。推定の樹齢は750年以上と伝わり、1926年（大正15年）10月10日に、史蹟名勝天然紀念物保存法（当時）に基づいて国の天然記念物に指定された。第2次世界大戦前の測定では、樹高数十メートルを測って樹勢も盛んであった。イチョウ雄株特有の大きな気根（乳）を垂らしていたため、かつては母乳の出の悪い婦人が参詣してこの乳を削って飲む風習があり、効果が高かったと伝わる。1945年（昭和20年）5月25日、アメリカ軍の空襲によって善福寺一帯も被害を受け、本堂は全焼した。この木も類焼して幹の上部を失い、それでもイチョウ特有の耐火性を示して、枯死することなく根元付近から蘇生した。行き届いた保護の手と十分な空間に恵まれたため、やがて樹勢を取り戻して1メートル以上ある気根を垂らすようになり、秋には多くの葉を黄葉させるまでになった。2009年に発行された『神様の木に会いに行く 神秘の巨樹・巨木・ご神木の聖地巡礼』（高橋弘著）によれば、樹高は20メートル、幹周は10.77メートルを測っている。この木は、東京都内で最大級のイチョウの巨木である。木のそばには、「祖師聖人御杖銀杏樹」という石標と親鸞の銅像が建てられている。なお、品川区の「光福寺のイチョウ」（品川区指定天然記念物）とは兄弟の木という伝説がある。それは、親鸞の門下となった了海が善福寺のイチョウの一枝を貰い受けて、この地に挿したものが成長したためという。
エカチェリーナ2世の死後に帝位に就いたパーヴェル1世はリバスを首都ペテルブルクに召還し、オデッサに与えられていた補助金と特権が廃止される。パーヴェル1世の跡を継いだアレクサンドル1世はオデッサの経営に関心を示し、1803年にフランス人アルマン・エマニュエル・リシュリューをオデッサの長官に任命した。また、移民の誘致と並行して、貿易の振興に必要な港湾施設の整備、税制の優遇政策が実施された。リシュリューの下でオデッサは劇的に発展し、1803年当時9,000人だった人口は1813年の時点で35,000人に増加し、1804年に2,340,000ルーブルだった輸出総額は1813年には8,860,000ルーブルに増加する。1812年8月から1814年2月にかけてオデッサでペストが流行し、人口の2割程度が死亡したと推定されている。1814年9月にリシュリューはオデッサ長官の職を辞し、フランスに帰国した。1819年にオデッサは自由貿易港に定められ、1823年にノヴォロシア総督に就任したミハイル・セミョーノヴィチ・ヴォロンツォフの下で自由貿易港となったオデッサは飛躍的な発展を遂げる。ヴォロンツォフは経済の振興以外に文化事業、慈善事業にも力を注ぎ、彼の在任中に考古学博物館、救貧院、孤児院、聾盲学校が設立され、有力紙となる『オデッサ報知』が創刊される。雨後の筍に例えられる急速な発展を遂げたオデッサは「幼年期を持たない都市」とも呼ばれ、19世紀後半に入った後にも成長は続く。また、ペテルブルクからの追放処分を受けていた詩人アレクサンドル・プーシキンは、オデッサ滞在中の一時期ヴォロンツォフに仕えていた。プーシキンとヴォロンツォフの妻は恋仲になり、ヴォロンツォヴァ夫人がプーシキンに贈ったヘブライ文字が刻まれた指輪はオデッサに伝説を残した。プーシキンが指輪を持ち帰ったにもかかわらず、指輪はオデッサに残されていると信じられ、指輪がオデッサを守護し続けていると言われている。1853年から1856年にかけてのクリミア戦争においてオデッサも戦渦に巻き込まれ、1854年に4月10日にイギリス・フランス合同艦隊の砲撃によって死傷者が出、ヴォロンツォフ宮殿などの建築物も被害を被った。砲撃を受けてもオデッサは抵抗を続け、防御を突破できなかった合同艦隊はやむなく退却する。クリミア戦争時にイギリスのフリゲート艦から奪取した大砲は海並木通りに置かれ、当時の記憶をとどめている。19世紀末にオデッサはペテルブルク、モスクワ、ワルシャワに次ぐロシア帝国第四の都市に発展し、ペテルブルクに次ぐ貿易港となる。1865年に鉄道が開通し、オデッサ大学の前身であるノヴォロシア大学が開校した。生活用水の需要を満たすために1873年にドニエストル川の水を汲み上げる設備が建設され、翌1874年に大規模な下水道が完成する。上下水道の整備、市当局による環境・衛生状態の調査によりオデッサはロシアを代表する衛生的な都市として知られるようになる。1875年にロシア初の労働者の政治組織とされる南ロシア労働者同盟がオデッサで結成され、1900年にはロシア社会民主労働党オデッサ委員会が設立された。1905年から1907年にかけてのロシア第一革命ではオデッサは革命運動の一拠点となり、1905年6月には水兵による反乱が起きたポチョムキン号が入港する。革命後に町は落ち着きを取り戻し、穀物輸出と工業生産が上向きを見せ始めた。1914年に第一次世界大戦が勃発した後、オスマン帝国によってダーダネルス海峡が封鎖されたためにオデッサの対外貿易は停止し、町は爆撃を受ける。