ハイラルのコキリの森に住む少年リンクは、コキリ族のパートナーとなる妖精を自分だけが持っていないことを森の仲間に馬鹿にされつつも平和な日々を送っていた。そんなある日のこと、リンクのもとに妖精ナビィが訪れ、コキリ族の守護神「デクの樹サマ」が危機に落ちていることを知らせにやってくる。デクの樹サマを苦しめていた魔物を退治したリンクは、命尽き果てていくデクの樹サマから森の精霊石を授けられ、ハイラルで「神に選ばれし姫」を探すように言い残された。遺言に従ってナビィと共に森を旅立ち、ハイラル城でゼルダ姫と出会ったリンクは、彼女から魔盗賊ガノンドロフの野望と精霊石の秘密を聞かされる。ガノンドロフは聖地に眠る「トライフォース」を得るため、その地への扉を開くために必要な「精霊石」を探しているのだという。リンクはガノンドロフの野望を阻止するため、彼より先に精霊石を集めて聖地への扉を開こうとする。ところが、扉の鍵である「マスターソード」を引き抜いた途端、リンクの身体が封印されてしまう。リンクの身体はマスターソードに触れるには幼すぎたのである。7年後、封印の末に大人に成長したリンクは封印が解かれ目覚める。しかし、ハイラルは既に「力のトライフォース」を得たガノンドロフの手に落ちていた。光の賢者ラウルとシーカ一族の末裔シークから、ガノンドロフを倒すためには伝説の賢者の力が必要であると聞かされたリンクは、賢者たちの協力を得るため、マスターソードを手に再び冒険に経つのであった。
プレイヤーが対象となる物体を任意にロックオンし、対象物に向かって確実に移動したり、矢などの飛び道具を確実に当てることを可能としたシステムである。従来の3Dアクションゲームでは敵に攻撃を当てるために細かい照準補正を必要とし、プレイヤーキャラクターを動かすことそのものを難しく感じるプレイヤーもいたことから、その対応策として考案されたもので、対象が隠れることが無いようにカメラワークもセミオートで補正されるため、プレイヤーキャラクターの位置の把握や敵との間合いを取ることが容易となる。このシステムによって、3Dアクションの難点とされていたカメラワークと操作性の問題が大きく改善され、以後多くの3Dアクションゲームに類似したシステムが搭載されることとなった。
謎解きとアクションというゲームシステムの根幹はそのままにインターフェースを完全に3Dに置き換え、「草や岩を持ち上げて投げる」「ヒビの入った壁を爆弾で壊して進む」など従来作品同様のアクションを3Dでも実現した。ライフの数は最初は3つで最大20。本作ではハート（体力）が0になるとゲームオーバーとなり、タイトル画面に戻るか、セーブした状態からやり直すことができる。また、デスマウンテン火口の灼熱地帯や水中ではリンクの残りハートの数によって制限時間が決まり、時間が切れるとゲームオーバーになる。魔力ゲージはデスマウンテン登山道の大妖精の泉から使用できるようになる。なお、セーブファイルをロードする際に出る数字は、ゲームオーバーの回数を示している。通貨単位は「ルピー」。
事故当日、上り臨時貨物5388列車は小幌信号場を通過し、静狩駅にて下り旅客225列車と行き違い予定であった。しかし貨物列車は機関車が不調を起こし、定刻より約7分半遅れで小幌信号場に臨時停車した。この際、機関車は正規の停止位置（幌内隧道を出た先・出発信号機直前）ではなく、幌内隧道内に50メートルほど入った所で停車した。小幌信号場助役が事情を聞きに機関車の元へ赴き、転轍手も何か指示があるものと付近に待機していた。この際に機関士と助役が「修理に時間がかかるようなら旅客列車を先に通す」と話していたものを、転轍手が「旅客列車を先に通す」という自分への指示と誤認した。転轍手は直ちに本屋に戻り、待機していた信号掛に対し「旅客列車を先に通す」旨を伝えた。信号掛はこれを助役の指示と思いこみ、静狩駅と連絡を取って貨物列車の閉塞を取り消し、旅客列車を先に通す手配を始めた。ただし助役は転轍手に対してそのような指示を出したつもりはなく、またそのような手続きが取られていることも関知していなかった。貨物列車機関車の不調はまもなく回復したため、小幌信号場を定刻より約10分遅れで発車した。この際、信号場助役・機関士ともに（機関車の前頭から約290メートル先にある）出発信号機が「進行」であったことを確認しているが、発車後まもなく機関車の煤煙などのため信号機を認識することができなくなった。そして機関士は出発信号機を通過する時点でその表示を再確認することなく、そのまま進行した。その頃、静狩駅との打ち合わせを終了した信号掛は貨物列車に対する出発信号を「停止」に変更し、連動閉塞装置を静狩→小幌の旅客列車が通過できるように変更した。続けて美利加浜隧道内の転轍機を小幌→静狩の貨物列車ではなく、静狩→小幌の旅客列車が通過できるように操作しようとしたが、操作することができなかった。このことから違和感を抱いた信号掛は、助役が本屋に戻って来た際に上り貨物列車がどうなったか尋ね、貨物列車が出発していったことを知った。直ちに閉塞装置を操作して旅客列車の閉塞許可を取り消し、下り旅客列車を発車させないよう静狩駅に連絡を取った。同刻、静狩駅では当駅で行き違い予定の上り貨物列車が遅れているとの知らせを受け、定刻より約1分遅れで下り旅客列車を発車させた。旅客列車の機関士は出発信号機を通過するまで、同信号機が「進行」であったことを確認している。また、駅長と助役が旅客列車の出発を見送っており、列車が出発信号機の位置を通過中にその表示が「停止」に変わったことに気付いたが、車掌が列車から顔を出していなかったこともあり、及ばないと思い停止手配を取ることはなかった。追って静狩駅では小幌信号場から「下り旅客列車を発車させないように」との連絡を受けたが、既に旅客列車は発車した後であった。また当時は列車無線などの設備もなかったため両停車場とも打つ手はなかった。以上の経緯により、双方の列車は両停車場の中間付近で正面衝突することとなった。