JR東海保有の0系を置換えるために本系列はC11編成まで増備された。その後2003年10月1日の品川駅開業時までに100系16両編成50本（X編成7本、G編成43本）を置換えるためにC54編成まで増備された。実に7本分の予備編成削減により、車両メンテナンスの合理化を図った現実が伺える。2004年末までにC60編成まで増備された。2001年には、100系V編成（グランドひかり）を置き換えるためにJR西日本所有となる16両B編成が製造された。このB編成は当初「ひかり」での運用だったが、その後「のぞみ」「こだま」でも運用されるようになっている。2003年に「のぞみ」の運転本数が増加したことにより、C・B編成は主に「のぞみ」に充当されていたが、「ひかり」と「こだま」にも使用されるようになった。設計段階から300系と乗車定員の互換性がとられており、300系充当の運用に代車として入る事が容易で車両手配時の利便性が向上しているため、臨時の「のぞみ」が時刻表では300系使用（JR時刻表では無印で表記）となっていながら700系に変更される場合も多かった。700系使用列車も500系と同様に市販の時刻表（JR・JTB）に掲載されているが、団体・臨時列車や検査などの都合上、300系使用（JRでは無印）と表記されていても700系で運行されることがあった。2012年3月17日のダイヤ改正では定期「のぞみ」運用から離脱し、臨時「のぞみ」や定期「ひかり」「こだま」で運用されていたが、2019年3月16日の改正以降は定期「ひかり」1往復(下り441号・上り444号)、定期「こだま」の2.5往復（下り631・683号および上り636・652・696号）のみの運行となった。前述のようにJR東海・JR西日本では2012年春予定の300系営業運転終了に関連して、JR西日本が保有する300系F編成を置き換えるために2011年度中に700系C編成9本をJR東海からJR西日本に譲渡する予定であることが2011年10月20日に両社から発表されている。JR西日本に譲渡されたC編成はB編成と共通運用となっている。
2005年2月の単発放送の後、好評であったため、2005年10月から12月までレギュラー番組として放送、その後1年半の月日が経過したあと、2007年4月から2011年9月までは『スポパラ→バラエティ7』木曜未明の前半枠にレギュラー番組として復帰、2011年10月から日曜未明に移動となり、後に放送時間繰り上げとなるも、現在に至る。番組の源流は、2003年秋から2004年春に放送されていた同局『大人のコンソメ』中に、話術だけで相手に青汁を飲ませる『ブルードラゴン』というコーナーがあり、ゴッドタンはその発展版となっている。当初の企画から若干番組内容が変わり、現在は通常のバラエティ企画がメインとなっている。レギュラーを始めとして吉本興業の所属でない出演者の比率が他番組と比べて高く「非吉本系」としての企画も多いが、土曜深夜に移行する前後を境にコーナーレギュラーを含めて吉本所属芸人の出演がそれ以前よりも増えている傾向にある。番組ロゴは現在2代目で2009年1月2日スペシャルから使用されている。放送中は右下に番組ロゴが常時表示されている。番組開始当初は両サイドに黒帯のパネルが装飾されていたが、地上波デジタル放送は2010年1月21日放送分から両サイドに番組オリジナルのパネルが装飾されるようになり、2010年4月8日放送分からは16:9での撮影となったが、ハイビジョン収録ではなく標準画質収録で、2010年7月8日放送分から地上波アナログ放送でも16:9レターボックスサイズになったものの、標準画質での収録が続いていたが、2010年9月2日放送分から全編ハイビジョン収録に切り替わった。2009年6月21日放送された「ゴッドタンマジ歌スペシャル」、2009年8月26日放送分、2010年1月3日放送の「ゴッドタンスペシャル」も、両サイドに番組オリジナルのパネルが装飾される形で放送されていた。2009年7月29日・8月5日に放送された「まさかのマジ歌マジライブ」に関しては番組初のハイビジョン収録、2010年7月29日の番組初のプライムタイム進出となった「ゴッドタンスペシャル」、2010年8月4日放送分の「第7回マジ歌選手権スペシャル完全版」もハイビジョン収録となった。2011年10月2日よりバラエティ7木曜未明の前半枠から、日曜2:10 - 2:35（土曜深夜）に放送時間が変更され、同時に放送時間も25分に縮小された。理由として、土曜22:30 - 翌2:35枠の大幅改編に加えて、本番組のレギュラーである劇団ひとりが出演している『5MEN旅』（日本テレビ）の第2期が水曜バリューナイト枠（23:58 - 翌0:29）で放送されるのに伴い、同時出演状態を回避する目的も兼ねている。この移動と同時にバラエティ7枠が消滅したため、本番組は他のバラエティ7各番組と同様に単独番組扱いとなった。これに伴い同時ネットで放送していたテレビ東京以外のTXN系列5局（テレビ北海道・テレビ愛知・テレビ大阪・テレビせとうち・TVQ九州放送）は全て遅れネットとなった。2014年1月4日放送のスペシャルで放送時間が25分繰り上げの日曜1:45 - 2:10（土曜深夜）に放送時間変更が発表された。