ストーリーは二部・六章構成で成り立っており、1作目にあたる『ef - the first tale.』には序章と広野紘・宮村みやこ・新藤景・雨宮優子らを中心にした物語第一部前編（1、2章）が、2作目にあたる『ef - the latter tale.』には新藤千尋・麻生蓮治・火村夕らを中心にした物語第一部後編（3章）と物語第二部（4章）、終章が収録されている。第一部で『ef』という作品のテーマが提示され、第二部で物語が収束されるという章立てとなっている。それぞれの章が一つの物語として完結し、かつすべての章が組み合わさった時『ef - a fairy tale of the two.』という1つの物語が明かされるようになっている。
舞台は「音羽（おとわ）」という沿岸の街で、過去に震災に遭い、その後の復興計画により観光都市として生まれ変わった。そのコンセプトから、日本では異質なヨーロッパ風の街としてデザインされているが、生活様式までヨーロッパ風というわけではない。現在も開発途中で、郊外には震災当時のままの「廃墟」が残っている。実は音羽という街は二つ存在し、もう一つはオーストラリア南東部にある。この二つ目の音羽はあるプロジェクトにより「実験」という名目で開発された都市で、アミューズメントパークに分類される。鉄道は通っていないが、駅と線路は存在していて、その様子から「最果ての街」と言われている。オーストラリア南東部で開発された理由としては、国自体が政治的、宗教的にも日本と良好であり、南東部が日本と気候が殆ど変わらないためである。作中ではこの設定をトリックとして利用した。これは一般の文学作品にも用いられている手法でもある。なお、都市デザインのモデルとしてドイツのバーデン・ヴュルテンベルク州ハイデルベルク、バイエルン州ローテンブルク二つの街の景観を取り入れており、特に音羽駅は、ローテンブルクのマルクト広場にある市庁舎およびその隣にある時計塔のデザインをベースにしている。
2018年10月11日から11月7日まで新橋演舞場、同年11月15日から24日まで大阪松竹座で上演。宝塚版から小池修一郎以下多くのスタッフを引き継ぎ、主な改変は殺陣の難度と量の増強という条件下で、主演の早霧せいなは自身以外一新されたキャストの中男優に混じり男性役を演じるという異色の挑戦となった。
2016年2月5日から3月14日に宝塚大劇場（新人公演は2月23日）、同年4月1日から5月8日に東京宝塚劇場（新人公演は4月14日）で、雪組により上演。2015年10月20日に行われた制作発表会では原作者の和月伸宏とアニメ版の剣心の担当声優である元月組トップスターの涼風真世がスペシャルゲストとして登場、初日公演も観劇した。劇場内レストランでは公演期間中の特別メニューとして、原作にある「赤べこの牛鍋」を提供した。
2016年2月から5月、宝塚歌劇団雪組で初演。主役の緋村剣心を当時のトップスター早霧せいなが務めた。東京に現れた剣心が神谷薫と出会い、幕末からの因縁にアヘンの密造が絡む騒動に巻き込まれる中で、市井の人々のささやかな幸せを護る剣の道を探しながら「人斬り抜刀斎」であった過去の自分と決別しようと葛藤する姿を中心に描いた物語。原作で「東京編」と称されるエピソードより抜粋構成した内容を主軸とする。小池修一郎の案により実在の人物である加納惣三郎が登場、明治維新を挟み剣心と対峙するオリジナルキャラクターとして描かれた。2018年9月から10月、松竹と梅田芸術劇場の共同主催・製作により、前年に宝塚を退団した早霧が再び剣心に扮した同名作品が上演された。
ムーラウは葬式の前日になって故郷ヴォルフスエックに到着し、二人の妹に取り仕切られた葬式の準備の様子を眺めながら敷地内の様子を見て回る。前章で思い起こした人々と実際に再会しながら、幼年時代からの様々な記憶がムーラウの頭に去来するが、同時に家族を悪し様に考えすぎているとも感じる。ムーラウの独白は参列者の顔ぶれを見ながら、前章に続いて現代オーストリアの国民性に対する嫌悪を増していき、やがてこうした精神性のない俗物的なもの、カトリック的なもの、国民社会主義的なものすべてを書きしるすことによって「消去」することを目的とした著作『消去』の構想に思いを馳せる。そして埋葬が終わると、ムーラウは故郷ヴォルフスエックを宗教文化財団に寄付する決意を固める。
アメリカのテーラー・エレクトリック・トラック社 (Tailor electric truck Co.) 製軸ばね式台車のテーラーSBを装着する。この台車は、各軸箱を支える2つの鋳鋼製軸箱守部の間に2本の平鋼材を並べて渡し、その間に揺れ枕のリンクを支持する金具を落とし込んで固定、そこに揺れ枕をつり下げ支持、さらに各軸箱守間の下部にも台車枠変形抑止用の梁を渡すという、後の国鉄TR23形台車などに通じる、簡素ながら揺れ枕付きの軸ばね台車に必要な機構を全て備えた合理的な構造となっている。なお、テーラー社製台車は、日本にはこれら京王電軌向け4両分以外には、京浜電気鉄道41形41 - 50のテーラー19と、同じく京浜電気鉄道の電動貨車5両のテーラー22、それに大阪市電気局1081形1246 - 1250のテーラーRHの合計20両分が輸入されたに留まるが、大阪市電気局は続く1501形製造の際に住友金属工業にテーラーRHを模倣した低床台車 (KS-45-L) を製造させており、特にその揺れ枕部の構造は、以後の日本の路面電車用低床2軸ボギー台車設計に少なからぬ影響を残した。軸距は1,372mmである。