日本企業は、行政学や官僚制を応用した全体組織体制を重視する傾向にあり、日本企業や日本の政府系機関に置いては、組織全体の為に働く総務、内務部門の機能の発達が顕著に見られる。そもそも、内部統制とは、金融（金融庁・会計士）の視点で語られる概念だが、従来、日本型経営には社会学、行政学系の組織管理の理論が存在し、相応する部署（総務、内務部門）が発達している。（アメリカの企業には、総務、内務部門は殆どない）。旧内務省系の資格である行政書士が、許認可行政手続を通じて、政府機関による企業の外部監督に重要な役割を果たしている。行政書士が申請書を作成するにあたり、当然、組織内の内部統制の整備状況にまで踏み込んで申請書を作成している為、許認可行政との二重行政になる可能性がある。また、日本企業では内部統制に関する日常業務は、企業内の総務（内務）部門が担当している事が多い。
内部統制システムの構築には、かなりのコストがかかる。内部統制の法制化は、本来は内部統制の整備状況の報告を求め、会計監査に資するためのものであるが、結果的に厳格な内部統制の仕組みの整備を要求してしまう側面をもつ。その整備が遅れていて、かつ労働力が不足ぎみの企業にとっては、事業全体のプロセスの総点検をして、組織形態や業務手順の変更と、それに対応させるための社員教育、運用をするには膨大な時間がかかり、初期費用も数～十数億円に上る場合がある。しかも、内部統制の仕組みは完成することがないので、継続的なコスト発生は避けられない。また、業務効率向上のための提言といえる「IT利用」に関しては、強制と解釈されて混乱や錯綜が生じたこともあった。内部統制を厳格に行うと、企業の成長を損なう恐れがある。内部統制報告書の対象となる企業の範囲は、その支配下におかれるすべての会社である。関連子会社や、業務の一部をアウトソーシングした委託先、金融機関や企業が自己勘定で組成したファンドが出資したベンチャー企業なども対象の範囲に含まれることがある。企業の勃興期は活力に富んだ経営が求められるので、厳格な内部統制システムに縛られていては企業の成長を損なう恐れがある。
内部統制システムを構築し、運用していくことによって、会社の信用が向上する。使用人や経営者の法令違反、判断ミス、組織や規定の未整備による情報漏洩、無計画なITの導入による業務の混乱・非効率・不透明化など、企業は様々な危険にさらされている。それらを適切に処理するために上記の6つの基本的要素を踏まえて4つの目的を追及してゆく業務の適正を確保するための体制を構築し、整備された諸規程に則って運用することが、企業の信用度向上によって得られる社会的地位の向上や収益の確保のための最善の策と考えられる。
2006年5月に施行された会社法に明記されており、かつ2006年6月に国会で成立した金融商品取引法（に記載された内部統制報告書の提出の義務に関する部分が日本版SOX法と呼称されている）の2008年度（2009年3月期）施行時に本格稼動することを望まれている。企業会計審議会内部統制部会（部会長 八田進二）の公開草案では、次のとおりに定義され、2007年1月31日に了承された。『内部統制とは、基本的に、業務の有効性及び効率性、財務報告の信頼性、事業活動に関わる法令等の遵守並びに資産の保全の4つの目的が達成されているとの合理的な保証を得るために、業務に組み込まれ、組織内のすべての者によって遂行されるプロセスをいい、統制環境、リスクの評価と対応、統制活動、情報と伝達、モニタリング（監視活動）及びIT（情報技術）への対応の6つの基本的要素から構成される。』2006年(平成18年)12月20日に、この公開草案に関する意見は締め切られ、本案どおり定義が定まった。
日本では、平成16年5月の会社法によって、業務全般に対してこのシステムを整備・運用することが明確にされ、大会社および関連会社に義務付けられた。財務報告については、米国でエンロン事件やワールドコム事件といった巨額粉飾・不正監査事件が多発したのをきっかけに、日本においても不正や誤りを防止する仕組みが十分ではない上場企業が多いことが認識された。そこで、金融商品取引法において、内部統制の整備状況や有効性を評価した内部統制報告書を経営者が作成し、公認会計士等がそれを監査する、二重責任の原則に基づいた仕組みが整備された。この内部統制報告書を基に、公認会計士が会計監査の手順を策定して監査を実施することになった。以前からも公認会計士が内部統制の有効性の評価を内々に行ってから会計監査の手順を策定していたのを、二重責任化して報告・監査するように法制化したものといえる。俗にJ-SOX法と呼ばれ、米国のSOX法を参考にしたものであって、2008年（平成20年）4月1日以後に開始する事業年度から適用された。本来は内部統制の整備運用状況を単純に報告させるものであるが、内部統制の必要十分な整備を促す効果も期待されている。
アクバル・モハンマディ（1972年 - 2006年7月30日）は「ティール月18日の危機」もしくは「1999年7月のイラン学生デモ」として知られる、1979年のイラン革命以降最大の民主化要求デモに参加したテヘラン大学の学生である。彼はデモに参加したことにより死刑を宣告されたが、後に15年の服役へと減刑された。2006年7月30日、エヴィン刑務所にて37歳で死去した。 1週間以上も、拷問の結果こうむった命にかかわる傷に対する適切な医学的措置を求めた訴えを却下したことに抗議する意味で、ハンガーストライキを行っていた。彼の弁護士であるカリール・バフラミアンは、モハンマディの受刑者仲間の証言によると彼は“過去数日に渡り刑務所護衛官によって酷く鞭打たれており、その印が見て取れた”状態だったと述べた。.彼の暴力の末の死は、いまだにイスラーム共和国による人権侵害が顕著であり続けているイランで批判を巻き起こした。 2006年8月3日に、ヒューマン・ライツ・ウォッチはイラン政府に対し、“学生運動家アクバル・モハンマディの疑わしい獄中死に対する独立した調査”への許可を即座に与えるよう求めた。. この要求は何百人もの著名なイランの個人および団体に支持され続けている。.