続く3年間、ビラード・オークス派とイブス派は、NPの経営について反目し続けた。別々の三つの裁判所が倒産したNPの管轄権に名乗りをあげるまで、オークスは強制的に管財人とされていた。エドワード・ディーン・アダムス（Edward Dean Adams）が次期社長に任命された1896年、危機は頂点に達し、わずか2ヶ月足らずで社長はエドウィン・ウインター（Edwin Winter）に交代した。結局、NPの混乱した経営体制は、ジョン・ピアポント・モルガンが引き継いだ。モルガンの再建手法はモルガニゼーションと呼ばれた。1893年恐慌では多数の鉄道がその道を通ったその手法は、NPにおいてはモルガンの副官であるチャールズ・ヘンリー・コスター（Charles Henry Coster）の手に委ねられた。新たな社長として、チャールズ・サンガー・メレン（Charles Sanger Mellen）が1897年9月1日に就任した。1896年にNPが紛糾している間に、GNのジェームズ・ヒルはNPの株を買い集めたが、続く4年間、NPのコスターとメレンはNPの堅固な独立を維持し続けた。コスターは過労のために死期を早めたこと、1903年にメレンがモルガン傘下のニューヨーク・ニュー・ヘイブン・アンド・ハートフォード鉄道（NH）の社長に転任になったことから、NPにおいてはヒルの影響が強くなっていった。そして、ヒルはNPとGNの路線網を一元的に管理することに成功した。
こうした成功にも関わらず、他の多くのアメリカの鉄道と同じく、NPはかろうじて生き延びている状態であった。1887年から1893年まで、ビラードは取締役に復帰していた。社長就任を要請されていたが、彼は拒否し、ビラードのカンザス・パシフィック鉄道時代の同僚である、トーマス・フレッチャー・オークス（Thomas Fletcher Oakes）が1888年9月20日に社長となった。ビラード体制下で、NPは支線の拡大に力を注いだ。加えてジェームズ・ジェローム・ヒル（James Jerome Hill）率いるグレート・ノーザン鉄道（GN）との最初の競合関係に入った。GNは、NPがかつてそうだったように、双子都市ことミネソタ州ミネアポリス・セントポール都市圏からピュージェット湾を目指して西進した鉄道で、1893年には完成予定であった。このGNとの競争のために、NPは採算にのるかどうかを問わず、勢力拡大のためだけに支線を建設したものもある。そうした経営判断ミス、少ない輸送量、そして1893年恐慌（Panic of 1893）が、NP、そしてビラードの財産の終焉の予兆を奏でていた。1893年10月20日、NPは二度目の倒産をする。オークスは管財人となり、ニューヨーク証券取引所の社長であったブライトン・C・イブス（Brayton C. Ives）が社長に就任した。
箱根駅伝の出走経験や出場校OBではなかったが、原が36歳のとき母校・世羅高校の関係者から紹介を受け、2004年に中国電力を突如退職ののち、青山学院大学・陸上競技部監督に就任した。当初、監督就任時の条件をめぐる陸上部強化委員会からは「大学嘱託職員として任用・期間3年・現在の収入保証」を掲げていた。しかし、これに対して原自ら「出向及び休職しての指導は、中国電力と青学大との関係が全く無いから無理。退職して就任しか道は無い」「3年間で結果を出したら、3年後の身分保証をして欲しい。だが結果が出ない場合その必要もいらない」と退路を断つ旨を明確にしていた。なお妻の美穂は、当時広島の自宅近くに仕事を始めたばかりで、夫・晋からは事前に何の相談も無く、突然「中国電力を退社し、青学陸上部監督に成った。箱根駅伝競走では必ず優勝させるから、夫婦で東京の寮に住み込もう」と言われて吃驚仰天、猛反対し続けていたという。青学大・陸上監督就任から間もない頃、駅伝強豪校に行くと「大学は素晴らしいけれど、駅伝は箱根に出ていないでしょう」と断られ選手のスカウティングには苦労した。しかし、自身の出身校である世羅高校と出身大学の系列校・中京大中京高校からは継続的に好選手を入部させていった。「箱根駅伝に3年で出場、5年でシード権、10年で優勝争い」と宣言したため、就任3年目の2006年予選会での16位惨敗に大学幹部から「話が違う」と責められ、長距離部門も廃部寸前になった時期もあった。しかし、就任5年目の第84回箱根駅伝（2008年）で学連選抜連合の監督としてチームを総合4位に導くと、箱根駅伝出場を目指す大学の強化支援もあって、第85回（2009年）記念大会に於いては、史上最大のブランクとなる33年ぶりに同陸上部を箱根駅伝出場に導いた（22位）。第86回箱根駅伝（2010年）大会では8位に躍進させ、41年ぶりのシード権獲得をもたらす。第87回箱根駅伝（2011年）の復路ではアンカーの10区において、青学大を含めた合計4校がゴール直前迄熾烈なシード権争いを展開。結果8位の日本体育大学とは1秒差の9位で、2年連続でシード権獲得となった（10位は3秒差に國學院大学、11位に國學院大から僅か3秒の差で遅れた城西大学がシード権落選となった）。第88回箱根駅伝（2012年）では、往路・復路共に7位ながら、青学大として当時最高位となる総合5位に入った。2012年10月、第24回出雲駅伝では青山学院大学として「三大大学駅伝」で初めての優勝を達成する。第89回箱根駅伝（2013年）でも初優勝が期待された。だが往路は6位だったものの、復路では9位に下がって総合8位に終わり、箱根駅伝初制覇はならなかった。2013年10月の第25回出雲駅伝は5位、同年11月の第45回全日本大学駅伝は6位に終わった。2014年1月の第90回箱根駅伝では往路5位・復路6位の総合5位と、前々回と同じ最高順位タイに留まった。続く同年11月の第46回全日本大学駅伝は3位だった（2014年10月の第26回出雲駅伝は平成26年台風第19号の接近による影響で開催中止）。