アニメでは『さらば』『ヤマト2』で戦死した山本明が生存しており、加藤三郎の後任としてヤマトのコスモタイガー隊隊長に就任するほか、アニメでは次作で登場した山南がガニメデ基地司令として先行登場している。北野哲、坂本茂、徳川太助ら新乗組員もキャラが掘り下げられ、各々に成長エピソードが与えられた。また、サーシャの名前はスターシアに準じて「サーシア」に変更された。また、本作からゲームオリジナルキャラが多数登場するようになり、メインストーリーにも深く関わって来る。地球側はコスモタイガー隊新人の椎名晶、古代守、真田志郎と同期の技術者として、松本零士作品の名物キャラクターであるトチローが大山歳郎として登場する。一方、敵勢力側は恒星エネルギー資源採掘艦隊指揮官のルーギスとクーギスが登場し、ヤマトがイスカンダルまで辿り着く間のエピソードで敵役を務める。メカに関して、PSゲームシリーズにおいて本作初登場となるメカは、すべてアニメ版から大幅にリデザインされている。アニメでは未登場だったメカも登場しており、地球側ではヤマト以外の地球艦艇、ガミラス側では指揮戦艦級戦闘艦（シュルツ艦）や十字空母（高速空母）などが登場する。主力戦艦には甲型・乙型・丙型など、装備や性能ごとのバリエーションが加わっている。オリジナル艦も新たに多数設定され、特に古代守のかつての乗艦ゆきかぜを改造した「ゆきかぜ・改」はメインストーリーの鍵となっている。
前々作の続編という点を強調するため、序盤の地球側では白色彗星帝国の残党軍との戦闘が描かれているほか、『遥かなるイスカンダル』の要素が盛り込まれている。また、アニメでは『新たなる旅立ち』と『永遠に』はストーリーの繋がりが薄かったが、本作では次作との繋がりを意識した要素が入っており、連続ワープ機関の試作品が登場している。アニメではイスカンダル星は銀河系までワープしてきたが、本作ではワープはせずに太陽系サンザー内を漂流し、主星サンザーへの落下コースをとる。ヤマト率いる地球艦隊は試作中の長距離ワープ機関にデスラーから送られてきた技術データを盛り込み、それを応用して大マゼラン星雲まで急行する。「イスカンダルへの2度目の旅」というコンセプトがあり、オリオン座アルファ星や七色星団が再登場し、それに絡めた新乗組員のエピソードも加わっている。結末も変更されており、ゴルバはイスカンダル星の自爆ではなくヤマトとデスラーの協力により撃破される。スターシアも生き残るが、危険な状態ながらも女王としてイスカンダル星に残ることを決め、古代守とサーシアはスターシアの願いを受け入れて安全な地球へ行くことになる。なお、『遥かなる星イスカンダル』でのストーリーの一部が回想ステージとして登場する。
デスラーの妻子であり、サイレン人であるメラとジュラが登場する。他人の記憶や思考を読み取り、さらに対象に幻覚を見せる能力を持つため、デスラーは妻子を愛する一方で恐れてもいる。
上記の通り「永遠のジュラ編」を原作とした第1作のサイドストーリーであり、デスラーの娘であるサイレン人ジュラの回想としてストーリーが進む。ヤマト艦内で幻覚が見える現象が起き、その原因と思われる惑星サイレンへと接近していく。その惑星はジュラとその母メラが住んでおり、惑星を巡ってガミラス艦隊との戦闘が繰り広げられる。最終的にメラは自殺、ジュラは1人で放浪の旅に出ることになる。
キャラクターに関して、『さらば』と『ヤマト2』双方に登場していた人物のデザインは概ね『さらば』をベースにデザインされており、タランのみ『ヤマト2』準拠、テレサは『さらば』と『ヤマト2』の折衷のようなデザインとなっている。『ヤマト2』で初登場した新米俵太は松本零士の漫画版に準拠したデザインとなっている。役職や劇中での活躍などの設定は概ね『ヤマト2』に準拠しており、土方竜は地球防衛艦隊司令、斎藤始は第11番惑星守備隊司令となっている。テレサの設定も『ヤマト2』に準拠した反物質を扱える超能力者だが、『さらば』ルートではテレザート星の爆発時に身体が反物質に置換されたという設定で、『さらば』準拠の反物質人間として再登場する。また、オリジナルキャラクターとして巡洋艦「すくね」艦長の三木幹夫が登場。序盤から中盤までヤマトと行動をともにするが、ゴーランド艦隊のミサイルで乗艦とともに戦死する。メカデザインは概ねアニメ版準拠であるが、デスラー艦とメダルーザは大幅なリデザインが施されているほか、地球側空母は戦闘空母として設定自体が再構築されている。また、オリジナル艦として白色彗星帝国の巡洋艦や宇宙要塞が登場する。
概ねは『ヤマト2』に準じているが、冒頭で古代が乗艦しているのが護衛艦である点や、白色彗星が地球艦隊によって破壊されずに地球近傍まで来てヤマトに破壊される点など、『さらば』の要素も入っている。また、太陽系離脱までに関しては松本零士の漫画版の要素も入っており、共通するセリフも存在する。本作のストーリーの特徴として『さらば』ルートと『ヤマト2』ルートの2つのルートによるマルチエンディングとなっており、中盤のテレザート星域における戦闘の進め方次第でルートが分岐する。
越後国三島郡寺泊町（現新潟県長岡市）で資産家の家に生まれる。幼少時に北海道松前の富豪、先代・金子元三郎の養嗣子となり、その後、養父と共に小樽に移る。東京に遊学し、頭山満、井上角五郎らと交わる。1891年、中江兆民を迎えて『北門新報』を創刊し、自由民権を唱道した。1900年1月、小樽区の初代区長に就任し、道路、水道、港湾、学校施設の整備を推進した。1902年8月、石川県出身で元代議士の遠藤秀景に誘われ第7回衆議院議員総選挙に金沢市選挙区から出馬したが落選。1904年3月、第9回総選挙では北海道庁小樽区から出馬し当選。その後、第12回、第13回総選挙で当選し、衆議院議員を通算三期務めた。1917年10月13日、衆議院議員選挙法違反事件について札幌地方裁判所での裁判確定により、三期目の途中で議員を退職した。また、1925年9月29日、貴族院多額納税者議員に就任し、研究会に所属し1939年9月まで在任した。実業界においては、水産業、海運業、農牧場などを経営し、豊山銀行頭取、丁酉銀行頭取、金子 (資)社長、北海道造林 (資) 社長、定山渓鉄道 (株) 社長などを務めた。