日付欄は昭和までは一面の題字部分に上が西暦で下に元号を括弧書きで表記していた。平成になってから「元号を表記する意味はなくなった」として西暦のみ表記していたが、「西暦を元号に換算するのが不便だ」という読者の声を反映し、2017年4月1日より題字横の日付欄に元号表記を復活させた。記事は引き続き西暦のみの表記だが、昔の事件を説明する時などわかりやすくするために西暦（元号）と表記することもある。
元日本共産党赤旗編集局長の韮沢忠雄は、既存のマスコミにはアメリカ合衆国や広告主、創価学会、皇室、部落解放同盟などに関する事項にタブーが存在し、そのような報道におけるタブーに切り込める点が、赤旗の存在意義の1つであるとしている。
通常16面と一般紙よりも面数が少ないが、広告量も非常に少ないため、記事の正味量は他の新聞とあまり変わらない。「マスメディアの多くが、「権力を監視する」「真実を伝える」というジャーナリズムの本来の使命を放棄している」と主張し、企業・団体のスキャンダルや社会問題に対する批判的報道に正面に取り組むために、「大企業」の広告は掲載しない方針を掲げている。
文体は初期は他紙同様の「である」体だったが、1962年5月1日付社説から「です・ます」体を取り入れ、1965年からは完全に改めた。
現代の医学では治療不可能な病気を未来の医療技術に希望を託したスリーパーと呼ばれる冷凍睡眠患者。その一人、海堂祐司が目覚めたのは巨大な虫を彷彿させる謎の生命体、BLUEによって支配された西暦2031年の荒廃した地球だった。変わり果てた世界を目の前にただ愕然となる祐司に対し、極東方面スリーパー回収部隊チーム・グランザイルのアーマーシュライクパイロット、マリーン・エンジェルは事の経緯を淡々と説明する。BLUEが出現したのは今から14年前であること。BLUEは鉱物などの無機物までをも喰らって自らの生命エネルギーに変換できる極めて特殊な生物であること。その圧倒的な繁殖力を前に地球を追われた人類はセカンドアースと呼ばれる衛星軌道上のスペースステーションへ移住したこと。長年にわたって反撃の機をうかがっていた人類が遂にその行動を起こしたこと。こんな世界に目覚めるぐらいならいっそ死んだほうがましだったと言う祐司に、スリーパーをセカンドアースに収容することが自分たちの任務であり、それが終われば死んでもかまわないとマリーンは冷徹な言葉を返すのだった。一行は宇宙へ向かうために海上基地へ向かうものの、突然のBLUEの襲撃によりチームの大半が死傷。基地からの撤退を余儀なくされ、新たにロシアのバイコヌール基地を目指すこととなる。この戦いで自分の無力さを痛感した祐司は、「何もできずに殺されるのはごめんだ」として、半ば強引に戦闘技術の訓練を申し出る。マリーンやジョーイの指導の元、祐司は銃器の扱いやアーマーシュライクの操縦技術を身につけ、危なげながらも韓国にたどり着く。祐司はそこの廃墟でユンと名乗る少女と他にも多くの生存者がいることを知るが、地上の人間を死者として扱うマリーンの態度に憤慨する。やがてBLUEの襲撃を受け、ユンを含めた生存者は全滅し、唯一生き残っていた隊員であるジョーイとロバートも戦死。祐司はマリーンと二人だけでバイコヌール基地を目指すこととなる。祐司はマリーンとの旅を通じて彼女の過去を知り、少しずつ絆を深めていく。やっとたどり着いたバイコヌール基地での戦闘に辛うじて勝利して宇宙にあがるも、シャトルに乗り込んでいたBLUEの攻撃を受け祐司は負傷する。マリーンはスリーパーである祐司を作戦に参加させた責任を問われ、再教育を受けることとなる。しかし祐司の身が気がかりになったマリーンは訓練施設を脱走し、医療ステーションにて祐司と再会。そこで最高議会からスリーパーがBLUE殲滅の切り札になりうるという事実を聞かされる。祐司はマリーンをパートナーにすることを条件に、彼らに協力することを約束した。スリーパー部隊を参入させた第一次降下作戦は大勝に終わるものの、祐司は同じ部隊に所属するスリーパーであるトニー・フロストにライバル意識を燃やすうち、地上人の生存者を気遣うようになったマリーンとは対照的に周囲の被害を省みない凶暴な性格に豹変していってしまう。セノの解析によればB細胞の暴走によるものとされ、このままでは祐司の命が危ないと言う。第二次降下作戦開始後、最高議会に懸念を抱いたセノはクーデターを起こし、マリーンは祐司を止めるために遅ればせながら地球に向かう。豹変した祐司は鼻歌を歌いながらBLUEを殲滅し、マリーンにすら平気で銃を向けるようにまでなっていたが、マリーンの決死の説得により自分を取り戻すことに成功する。しかし宇宙に戻った祐司とマリーンを待っていたのは、BLUEを使って医療ステーションを占拠したトニーだった。トニーと仲間のアリシアを止めるために祐司は奮闘するも、二人とも祐司の説得に耳を貸そうとはしなかった。医療ステーションを破壊したことで脅威は去ったものの、祐司は再び仲間を守れなかった悲しみを背負うこととなった。やがてセノはBLUEに支配された地上に戻ることを諦め、セカンドアースに永住する考えを固める。これに賛同できない祐司はマリーンと数名の仲間と共に、ギアナ高地で起きた巨大ネストの捜索も兼ねて地上に降りる。ネスト内部において最強のBLUEと戦闘になるも、辛うじて撃退。そして祐司は地球の意志に触れるため、マリーンに地上に戻るように説得する。マリーンは危険を承知の上で祐司について行こうとするも、祐司に、宿した祐司の子の身を思われたことで帰還する。そして地球の意志に触れた祐司は、BLUEによるプランド・スーサイダルの終わりを知る。マリーンの元に帰った祐司は、マリーンと共に地球で生きていくことを決意したのであった。