1799年3月から4月にかけての選挙で、共和派が躍進した。これにより一時的に総裁政府の権威が上がった。5月、ルーベルが引退し、後任はエマニュエル＝ジョゼフ・シエイエスになった。シエイエスは共和暦3年憲法に反対していたが、市民の絶大な支持を受けた。彼は総裁政府の人気が低迷していることを敏感に読み取った。シエイエスは権力を望み、憲法改正して共和派の力を抑えようとした。シエイエスはバラスと手を組み、他の3人の総裁と距離を置き始めた。6月16日、議会は総裁トレヤールの就任を無効とし、さらにドゥーエーとラ・ルヴェリエールをフロレアール22日のクーデターの張本人として解任を要求した。結局6月18日（プレリアール30日）にこれが認められた。これをプレリアール30日のクーデターと呼ぶ。後任はゴイエ、ムーランとデュコとなった。新たに総裁となった3人は失政こそなかったものの、権威もほとんどなかった。行政府の各長官も取り替えられた。
ナイルの海戦の勝利は、フランス周辺国の同盟を促進した。ナポリ王国、オーストリア、ロシア、トルコがイギリスと同盟し、フランス包囲網を構築した。いわゆる第二次対仏大同盟である。もっともナポリ王国のフェルディナンド4世（後の両シチリア王フェルディナンド1世）は、軽率にも同盟国が戦争準備を整える前にフランスを攻勢したため、逆に破られてシチリアに逃亡するはめになった。1799年1月、フランスはナポリを占領し、パルテノペア共和国を建国した。しかし、この勝利は前線を拡大し、軍を分散させただけだった。さらに3月初旬にはドイツに向けてライン川を渡った。しかし1799年3月21日、カール大公率いるオーストリアにシュトックアッハの地で敗れた。戦争終結を目的として1798年1月19日から続いていたラシュタット会議は15ヶ月間なんの成果もなく、1799年4月にオーストリアの軽騎兵がフランス使節を殺害したことで終了した。イタリア戦線では、同盟国側はロシアの陸軍元帥（後に総司令官）のアレクサンドル・スヴォーロフにオーストリア・ロシア連合軍を指揮させた。1799年4月17日、モロー率いるフランス軍はカッサーノ・ダッダで敗れ、さらにミラノ、トリノも落とされた。そのためフランスによるイタリアの傀儡政府の権威は急落してナポリから撤退、スヴォーロフは6月17日-18日、トレッビア川の激戦で再びフランス軍を破った。フランス軍はフランス周辺の各戦線で敗北を続け、占領地が奪還されていった。
1798年4月の選挙で、議会は規定改選数の3分の1だけでなく、フリュクティドールの革命で不足した議員の補充が必要となった。王党派は無力化しており、有権者の関心は低下するばかりだった。当選したのは現政権に批判的な共和派議員が多かった。総裁政府は反対派を抑えるため、1798年5月11日（共和暦花月22日）、当選者154人中、政府に反対する106人の選挙結果を無効とする法律を強行採決した。これはフロレアール22日のクーデターと呼ばれる。そこまでしても、総裁政府と議会の関係はしっくりいかず、議会は総裁政府の腐敗と悪政の責任を追及した。ヌフシャトーが引退し、1798年5月15日、トレヤールが総裁となったが、議会はトレヤールを支持しなかった。
話は少し遡って1797年1月、総裁のラ・ルヴェリエールと、サン=ピエール、シェニエ、ドーヌーらはカトリック教会に対抗して、新宗教の敬神博愛教を作っている。1797年3月と4月に行われた3回目の評議員選挙では、王党派が多数党となった。王党派の要望を受けて、ル・トゥルヌールが総裁から外され、代わりにカルノーと思想が近い著名外交官のバルテルミーが当てられた。総裁政府は、バラス派とバルテルミー派の対立の構図ができつつあった。議会の王党派議員は革命による急すぎる改革を嫌い、制度を旧時代に少し戻した。亡命者の親類に対する政治活動制限が無効とされ、忌避僧侶にも市民権が戻された。
サーカス母艦内に封印されていたが、フォント・ボーが脱出する際に木星製OSの不具合を解決して不安定ながら起動、その後バイオコンピューターの立ち上げに成功したことで完全に起動した。その圧倒的な対ビーム能力とミノフスキー・ドライブの出力により、パイロットとしては素人であるフォントでも熟練の傭兵と渡り合うことを可能とし、ガラハドを圧倒した。ミート・オブ・トゥーンでの戦いの後に蛇の足（セルピエンテ・タコーン）の所有機となり、その際、フォントにより「ファントムガンダム」のペットネームを与えられる。ジャブロー降下戦では、暗号の解読が担当のフォント（解読には彼自作のAIハロロが必要だが、ファントム起動の際にファントムのコンピューター内から出すことができなくなってしまった為）と、彼の代わりに戦闘を担当するリア・シュラク隊のトレス・マレスが同乗して出撃。ただし、コクピットの規格が一般機と違ったためか、予備シートを搭載できず「ひとつのシートに重ね乗りする」という状態で出撃することとなった。その後戦闘でトレスが負傷した為、再びフォントがメインパイロットとして戦闘に参加、キゾ中尉の駆るビルケナウ相手に奮闘する。マリア・シティでの戦いの際はカーティスが使用する予定で運び込まれていたが、エンジェル・コールの流出を防ぐ為にハロロとフォントのオペレートの元ブラックロー運送の専務が操縦して戦場に到着。エンジェル・コールの流出を食い止めた後、マリア・シティごと核でエンジェル・コールを消滅させようとするザンスカールの目論見を防ぐ為、再びフォントが乗り込む事となる。その後、蜃気楼鳥の使用により核ミサイルの阻止に成功。変形機構のロック解除を始めとした機体各部のダメージの修繕、及びザンスカールやサーカスの決戦に向けての強化として全体的に改修され、ゴーストガンダムとして生まれ変わることとなった。