真核生物の mRNA の転写では、終結のシグナルはRNAポリメラーゼII (pol II) に関連したタンパク質因子によって認識され、終結プロセスが開始される。ポリ(A)付加シグナルが mRNA へ転写されると、CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) と CstF (cleavage stimulation factor) が pol II の CTD (C-terminal domain) からポリ(A)付加シグナルへ移動する。その後、これらの2つの因子は他のタンパク質を呼び寄せて転写産物を切断し、ポリアデニル化として知られるプロセスによって mRNA の 3' 末端に約200塩基のポリA鎖が付加される。このプロセシングの間もRNAポリメラーゼは数百から数千塩基にわたって転写を続け、最終的に DNA から解離する。そのメカニズムは不明だか、魚雷モデル (torpedo model) とアロステリックモデルという2つのモデルが提唱されている。
内因性ターミネーター (intrinsic terminator) もしくはρ非依存的ターミネーターは、伸長している転写産物のヘアピン構造の形成を必要とし、それによって mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体が解体される。ターミネーター配列のDNAは、20 bp 程度のGCに富んだ逆相補的 (reverse complement) 配列と"T stretch"と呼ばれる短いポリ(T)配列を含んでおり、転写されてヘアピン構造と7–9ヌクレオチド程度の"U tract"が形成される。転写の終結は、ヘアピン構造の形成によって、RNAポリメラーゼへのアロステリック効果で直接的に解離が促進されるというメカニズムと、RNAポリメラーゼの進行が止まって不安定化することで解離の可能性が高まるというメカニズムとの組み合わせで起こるという仮説が立てられている。さらに、転写伸長因子の NusA がRNAポリメラーゼとヘアピン構造とに相互作用すると、転写終結が促進される。
ρ依存的な転写ターミネーターは、mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体を解体するために、ρ因子 (Rho因子) と呼ばれるRNAヘリカーゼ活性を示すタンパク質を必要とする。ρ依存的ターミネーターは、細菌とファージに見つかる。ρ依存的ターミネーターは、翻訳の終止コドンの下流に位置しており、そのコンセンサス配列は同定されていないものの、二次構造を持たないシトシンに富んだ配列からなる rut 部位 (rho utilization site) と、下流の tsp (transcription stop point) から構成される。 rut は ρ因子が mRNA に結合し活性化される部位である。活性化によって、rut との結合が保たれている間は ρ因子は効率的に ATP を加水分解し、mRNA上を下流へ移動する。ρ因子が tsp で止まっているRNAポリメラーゼに追いついて接触すると、ρ因子のRNAポリメラーゼへのアロステリック効果を伴うメカニズムによって転写複合体の解離が促進される。
細菌のゲノム中には、ρ (Rho) 依存的ターミネーターと非依存的ターミネーターという2つのクラスのターミネーターが同定されている。広く分布するこれらの配列は、遺伝子またはオペロンの転写の正常な完了による終結や、転写減衰においてみられるような調節手段としての早期終結、そして、上流のターミネーターを逃れた転写複合体に対する終結の保証を担っており、細胞が不必要な転写にエネルギーを消費することを防いでいる。
オスマン帝国はイスラームで生まれた王朝ではあったが、イスラーム世界とビザンツ帝国との境界線で生まれ、ビザンツ圏を主に吸収することで発達していった。そのため、オスマン帝国は原初からビザンツ帝国で信仰されていた正教を奉じギリシャ語を母語とする人々を組み込んでいった。彼らを吸収するにあたって、教会を破壊したりモスクに転換したという記述が一部見られるが、ビザンツ帝国の人々をムスリムに改宗させたという記述は見られない。それどころか15世紀以降、残されている検地帳（タフリル・デフテリ）、法令集（カヌーン・ナメ）の条文を見る限りでは彼らを正教徒として組み込んだとされる。これはギリシャを征服する際にも同様であった。また、ブルガリア同様、ビザンツ帝国時代の大貴族は没落したが、下級のギリシャ貴族は存続を許された。ギリシャの小貴族層からは、オスマン帝国の属領・ワラキア公国に赴任したコンスタンティヌス・マヴロコルダトス（en:Constantine Mavrocordatos）らが輩出されている。オスマン帝国では非ムスリム系の住民はミレット（ミッレト）制 (en) によって統治されており、1453年のコンスタンティノープル攻略後、メフメット2世がギリシャ正教徒に与えた特権が起源とする説が従来の説であった。しかし、15世紀から16世紀にかけての法令集によれば非ムスリムについてはズィンミー、エフリ・ズィンマという言葉がしばしば使われている。これらはイスラーム法とも訳されるシャーリア」の中で確立したズィンミー制度に関わる言葉であり、オスマン帝国におけるギリシャ系正教徒らはシャーリア上のズィンミー制度で扱われていたと見る説もある。ミレット制度によれば、オスマン帝国における非ムスリム系の人々はギリシャ正教徒、アルメニア教会派、ユダヤ教徒からなる宗教共同体、いわゆるミレットに所属しており、ジズヤなどの貢納の義務を負った上でミレット・パシュと呼ばれる長を中心に宗教、法律、生活習慣を保ち、自治生活を行っていたとされている。それに対してズィンミー制による統治は人々を宗教ごとに分け、ムスリムと非ムスリム、非ムスリムはさらに「啓典の民（アフル・アル・キターブ）」と偶像崇拝者に分けられていた。啓典の民とはキリスト教徒、ユダヤ教徒を指しており、彼らはムスリム共同体との契約により人頭税（ジズヤ）を貢納し、一定の行動制限下に入ればズィンミー（非保護民）としてズィンマ（保護）が与えられた。そのため、彼らはシャーリアを犯さない限りは固有の信仰、法律、生活慣習を保つことがゆるされていたとする。そしてこのズィンミー制度は７世紀中頃から８世紀中頃までに行われたアラブの大征服の際に定着したとしている。これについて鈴木薫はオスマン帝国の形成期における非イスラム教徒らの扱いはシャーリア上のズィンミー制度によって扱われたとしており、これはムスリムをあくまでも上位とした不平等な扱いの元の共存としている。そしてこのオスマン帝国の支配は「トルコの圧政」ではなく、「オスマンの平和（パックス・オトマニカ）」としての一面を備えていたとする。