「千手十一面聖観世音菩薩三尊一体」、つまり、千手観音、十一面観音、聖観音（しょうかんのん）の3体が長命寺の本尊であるとされている。本堂内陣の厨子には、中央に千手観音像、向かって右に十一面観音像、左に聖観音像が安置されている（いずれも重要文化財、秘仏）。千手観音像（像高91.8 cm）は一木割矧造、素地截金仕上げで、平安時代末期、12世紀頃の作と推定される。十一面観音像（像高53.8 cm）は、千手観音像より古い10世紀ないし11世紀の作と推定され、こちらが当初の本尊であった可能性もある。聖観音像（像高67.4 cm）は鎌倉時代の作と推定される。これらの像を安置する厨子は前の間と後の間に区分され、後の間には地蔵菩薩立像と薬師如来立像を安置する。西国三十三所巡礼に関する確実な史料で最古のものとされる『寺門高僧記』所収の行尊の巡礼記（11世紀末頃）では長命寺の本尊を「三尺千手」としており、同じく『寺門高僧記』所収の覚忠の巡礼記（応保元年・1161年）では本尊を「三尺聖観音」とするなど、古い時代に本尊が入れ替わっていることが記録から伺える。これらの観音像は厳重な秘仏とされ、平素は公開されていない。西国三十三所観音巡礼の中興者とされる花山法皇の一千年忌を記念して2008年から2010年にかけて、西国三十三所の各札所寺院で「結縁開帳」が行われることとなり、長命寺の本尊3体は2009年10月1日から10月31日の間、開扉された。これは1948年以来、61年ぶりの開扉である。
琵琶湖畔にそびえる長命寺山の山腹に位置し、麓から本堂に至る800段余の長い階段で知られる。かつての巡礼者は、三十番札所の竹生島宝厳寺から船で長命寺に参詣した。伝承によれば、第12代景行天皇の時代に、武内宿禰がこの地で柳の木に「寿命長遠諸願成就」と彫り長寿を祈願した。このため宿禰は300歳の長命を保ったと伝えられる。その後、聖徳太子がこの地に赴いた際、宿禰が祈願した際に彫った文字を発見したという。これに感銘を受けてながめていると白髪の老人が現れ、その木で仏像を彫りこの地に安置するよう告げた。太子は早速、十一面観音を彫りこの地に安置した。太子は宿禰の長寿にあやかり、当寺を長命寺と名付けたと伝えられている。その名の通り、参拝すると長生きすると言い伝えられている。実際の創建年次や創建の事情については未詳であり、確実な史料における長命寺の寺号の初見は、承保元年（1074年）3月2日付の「奥島庄司土師助正畠地寄進状」という文書である。長命寺には中世以降の文書が豊富に残されている。それによると、中世の長命寺は比叡山（延暦寺）西塔の別院としての地位を保ち、近江守護佐々木氏の崇敬と庇護を受けて栄えていた。しかし、永正13年（1516年）、佐々木氏と伊庭氏の対立による兵火により伽藍は全焼。現存する堂宇は室町時代から近世初期にかけて再建されたものである。
献文帝と韓貴人の間の子として生まれた。485年、潁川王に封じられ、侍中・征南大将軍を加えられた。後に中護軍に任じられ、鎮北大将軍を領した。高陽王に改封された。孝文帝の洛陽遷都にともない、七廟の神主を洛陽に移した。孝文帝が南征を敢行すると、元雍は鎮軍大将軍を代行し、留守中の事務を総覧した。衛尉に転じ、散騎常侍を加えられ、使持節・鎮北将軍・相州刺史に任じられた。征北将軍に進んだ。宣武帝の初年、散騎常侍のまま、使持節・都督冀相瀛三州諸軍事・征北大将軍・開府・冀州刺史に転じた。洛陽に入って驃騎大将軍・司州牧となった。司空公に転じ、律令を議論して定め、国政に参与した。太尉公となり、侍中を加えられた。ときに旱害が起こったため、退任を望んだが、宣武帝に慰留された。太尉・侍中のまま太保に任ぜられた。孝明帝の初年、太極西栢堂に入り、政務を決裁した。宗師となり、太傅・侍中に進み、太尉公を領した。勅命により営国子学寺が造られ、元雍はそこに住んだ。領軍の于忠が朝政を専断すると、元雍は王邸に軟禁された。于忠は詔をいつわって、元雍を殺そうと図ったが、侍中の崔光に止められた。霊太后が臨朝称制し、于忠が冀州刺史として出されると、元雍は増封され、侍中・太師に任じられ、使持節を加えられ、司州牧を領した。孝明帝が親政を始めても、元雍は使持節・司州牧・侍中・太師・録尚書事のままであった。孝明帝が元服すると、元雍は太保を兼ね、太尉の崔光とともに冠礼を執り行った。位は丞相に上り、さまざまな特権が与えられ、元叉とともに政務を決裁した。元雍は、先妻の盧氏の死後、博陵の崔顕の妹を後妻として迎え、彼女を「東崔」と号した。延昌年間以後、元雍は多数の妾妓を侍らせ、崔氏を捨てて別室に幽閉し、わずかな衣食を給するのみであった。崔氏が突然死すると、元雍が殴り殺したと噂された。霊太后が元雍に女妓を賜うこととし、まだ送っていなかったところ、元雍は宦官を派遣して宮中から4人を邸に連れ帰った。太后は元雍の勝手なふるまいをとがめて、彼女たちを追い停めた。528年4月、爾朱栄により河陰で殺害された。仮黄鉞・相国の位を追贈され、諡を文穆といった。子に元端・元泰・元叡・元誕・元育がいた。