共進化という用語は分子進化の領域での分子間の進化的相互作用にも使用される（例えば、ホルモンと受容体など）。1984年、Gabriel Dover が「分子共進化（Molecular Coevolution）」という用語を生み出して以降、このような用法が生まれた。Dover は進化を生み出す力として、自然選択と遺伝的浮動以外の第三の力があるとし、それを「分子駆動（Molecular Drive）」と名づけた。Dover によれば、これによって自然選択や遺伝的浮動では説明できない生物学的現象を説明できるとしている。例えば、700個のrRNA遺伝子のコピーや173（×2）本足のムカデなどである。
種内で起こる片利片害の共進化の代表例は性的対立である。キイロショウジョウバエの一種のオスの精液は有害でメスの寿命を縮める。メスはその物質を中和する分泌する対抗適応を進化させている。
片利片害の共進化の典型例は捕食-被食関係である。一般には草食動物は逃げ足が速く、より周囲に敏感になるのに対して、捕食者はそれを捕まえられる能力が優れてゆくものと考えられる。いわば軍拡競争のような状況が生まれる。ただ、捕食者と被食者は1対1に対応していない場合が多いので、明確な対応関係は取りにくい。しかし、たとえば海洋の孤島など、捕食者のいない環境での小型動物の無警戒な様子は、逆に一般的な環境で、小型動物が如何に警戒しつつ生活しているかを示すものと言えよう。そのような地域へ捕食者を持ち込めば、あっという間に食べ尽くされる例も、普通の場所での被食者がいかに生き延びることに優れた能力を持っているかを示している。北アメリカのジュウシチネンゼミは、17年（13年のものもある）に一度しか成虫が姿を見せないが、このような現象の説明として、かつてこれに寄生した天敵があったが、生活史を無理に長くすることでついてこられなくしたのだ、との説がある。もしそうであれば、共進化の結果、遂に被食者が勝ち残った姿ということもできる。他の明確な例は動物の免疫系と細菌やウイルスなどの寄生者である。免疫系は細菌やウイルスなどの寄生者を排除するよう選択圧を受けるが、ウイルスや細菌は免疫系を破壊するか回避するような選択圧を受ける。
細胞内のミトコンドリアは相利共生の共進化の例である。科学者たちは長年にわたってミトコンドリアを顕微鏡で見たとき細菌のように見えると感じていたが、DNA研究の進展によって初めてその歴史が理解されるようになった。ミトコンドリアは宿主の細胞とは別の DNA を持ち、実際に細菌であったことを示す遺伝学的特徴を備えていた。さらに、ミトコンドリアの DNA はチフスを発生させる細菌と著しい類似点を持っている。細胞壁に穴を穿って進む能力があるため、それらの細菌は様々な障害を起こす。ところがミトコンドリアは（少なくとも現在は）そのような能力を持たず、「原始の海洋」に遡るいくつかの興味深い理論がそこから展開されている。細胞がミトコンドリアとなった細菌を（殺さずに）取り込んでその能力を利用するようになったと考えられる。より永久的な共生関係の形成である。ミトコンドリアはその DNA から見て独自の進化をする能力を備えている（細胞自体とは独立の DNA を持っている）。しかし、共進化の共生関係的性質によって、宿主に有害な突然変異は制限されると思われる。
両者が互いに利益を得る形の共生では共進化の関係が見られやすい。たとえばヤドカリとその貝殻上に生息するイソギンチャクやヒドロ虫（イガグリガイなど）、スナギンチャク（ヤツマタスナギンチャクなど）の例がある。ヤドカリの側は殻の上にこれらの刺胞動物が生息することで敵の攻撃を受けにくくなる。刺胞動物は移動手段を得られる。しかも、ヤドカリは宿替え後その刺胞動物を新しい貝殻上に移動させることもある。
共進化の代表的な例として、ハチドリによるランの受粉がある。鳥は花の蜜に依存し、花は鳥による花粉拡散で生殖が可能になっている。より効率的な花粉媒介を期待するなら、同じ種の花には同じ種のハチドリだけが来るようになっていた方がよい。そのため、花はハチドリの形に合わせ、ハチドリも花からうまく蜜を取るように花に合わせた形に進化する。それによって鳥の嘴は長くなり、花の形は深くなった。
1950年代後半まで、古いワード・ライン社の埠頭（ピア15, 16と17の一部）はほとんど空き地になっていた。ここに1967年にピーター・スタンフォードとノーマ・スタンフォードがサウス・ストリート・シーポート博物館を設立した。その目的はフルトン・ストリート南西にあってシャーマーホーン・ロウと呼ばれた建築物群を保存することであった。これらの建物は、ニューヨーク市の帆船産業が衰退するにつれ一部の古物商以外からの関心が薄れ、取り壊しの危機にあった。そのためこれらの建築物や帆船を取得して歴史を保存し、このエリアを教育的な歴史地区にすることが目指された。このため、出店する店についても観光客に海上貿易で賑わった当時のニューヨークの景観や生活を体験させることを目的に、この地域の全盛期であった19世紀中盤、1820年から1860年頃の働く姿を再現するというスタイルを採っていた。1998年に連邦議会指定のアメリカ国立海事博物館の一つとなったとき、サウス・ストリート・シーポート博物館はニューヨーク市のかつての港の跡地、12 スクエアの区画を占める歴史地区であった。この博物館は30,000平方フィート (2,800 m²)以上の展示スペースと教育施設を持ち、展示ギャラリー、19世紀の印刷店、考古学博物館、海事図書館、船舶センター、海洋生物保存ラボ、そして私有のものとしてはアメリカでも最大の歴史的船舶群を保有していた。フルトン・ストリート近くの一角の石畳やショップ、バー、そしてレストランが保存されている。ブリッジ・カフェは「ニューヨーク市に現存する最古の飲酒施設」であると主張しており、かつて売春宿も入っていた建物で現在も営業している。2012年のハリケーン・サンディで大きな被害を受けたことから、施設を所有するハワード・ヒューズ・コーポレーションは最も重要なショッピング街であるピア17を2013年に取り壊し、2015年までに新しい施設を建設すると発表した。