毎年秋から翌年春にかけて、沿線で収穫された農産物輸送用として臨時貨物列車（通称玉ねぎ列車）が北見 - 新旭川間に運行されている（新旭川駅より宗谷本線に乗り入れ北旭川駅まで運行）。牽引機関車はDF200形ディーゼル機関車。かつては重連牽引だったが、途中遠軽・新旭川両駅で2度進行方向が変わるため、遠軽・新旭川両駅で機回し（機関車を後方から先頭部へ付け替えること）が必要だった。現在はその手間を省くためコンテナ車の前後に機関車を連結する「プッシュプル方式」に改められている。かつては1日3往復運転されていたが、機関車の老朽化などの問題により2010年（平成22年）度より2往復に減便され、2011年（平成23年）度からは1往復体制となっている。また、2012年（平成24年）春をもって当列車を廃止にすることがJR貨物で検討されていたが、2014年（平成26年）まで存続させることが発表され、2014年（平成26年）3月には収支改善を条件に2014年（平成26年）度以降も運行を継続することがオホーツク圏活性化期成会に通知されている。牽引機関車は2013年（平成25年）度までDD51形ディーゼル機関車が使用されていた。2016年（平成28年）現在も運行は11両編成で1日1往復が設定されている。輸送品目、輸送量はタマネギのほかジャガイモ、砂糖など前年度と約6万トンが見込まれている2016年（平成28年）8月23日より台風9号および台風10号の被災により、道東地区の貨物列車の代行として、北旭川駅 - 北見駅でのトラック輸送も成された。路線復旧により同年10月1日より運行再開となった。
2017年（平成29年）3月4日現在、札幌駅 - 網走駅間に特急「オホーツク」が2往復、旭川駅 - 網走駅間に特急「大雪」が2往復、旭川駅 - 北見駅間には特別快速「きたみ」が1往復運転されている。また、2017年（平成29年）4月1日より、金・土・日曜日の夜に、旭川駅→北見駅間に下り臨時快速列車を運行している。旭川駅発着の特急「大雪」・特別快速「きたみ」・臨時快速は、札幌駅 - 旭川駅間の特急「ライラック」「カムイ」と接続するダイヤを組んでおり、うち、「大雪」については「ライラック」の特定列車と対面乗り換えで接続する。また、特急「大雪」運転開始以降、石北本線の特急列車と函館本線の特急列車同士を、旭川駅で改札を出ないで乗り継ぐ場合に限り、特急料金を通しで計算する特例が設けられている。このほか、観光シーズン時にはさらにリゾート車両などで臨時特急が運転される場合がある。
上川駅 - 白滝駅間は、特急「オホーツク」・「大雪」と特別快速「きたみ」を除くと、普通列車が1日1往復（上川発遠軽行きと、遠軽発旭川行きが各1本）のみの運転である。この区間は人口希薄地帯で、民営化後に6駅が廃止または信号場に変更されている。白滝駅 - 遠軽駅間は普通列車と「きたみ」を合わせても、3往復しか運転しない。
旭川市の近郊区間であり、1日8往復程度の普通列車が設定され、日中を除き1 - 2時間に1本の運行となっている。また旭川駅 - 東旭川駅・当麻駅・伊香牛駅間の系統もある。上川駅への留置は行わないため、朝・夜には旭川運転所 - 新旭川駅 - 上川駅間に回送列車が設定されている（新旭川駅で進行方向が変わる）。
おおむね、「旭川駅 - 上川駅間」・「上川駅・白滝駅 - 遠軽駅間」・「遠軽駅・留辺蘂駅 - 北見駅 - 網走駅間」で運行系統が分けられる。特別快速「きたみ」を含むすべての列車がワンマン運転を行っている。
プレイヤーはジャッキーを操作して各ステージの「GOAL」と書かれた旗にたどり着くとステージクリアとなる。ステージ上ところどころに置かれたまきびしをジャッキーまたはマチルダが踏むと画面上方のハートが1つ減り、それが全て無くなるとゲームオーバーとなる。ステージを開始するとジャッキーとマチルダは左へ向かって移動を始める。移動はいわゆる強制スクロールで移動速度や左右位置は変えられない。マウスボタンを左クリックするとジャッキーたちがジャンプし、ボタンを長く押すと滞空時間も伸びる。特徴的な動きとしてジャンプの跳躍と着地の際、マチルダはジャッキーよりやや遅れる傾向がある。滞空中に左クリックするとジャッキーが手裏剣を投げる。手裏剣の的はいずれも木の板に描かれていて、同心円が描かれ静止している通常の「的」と、黒いアイソア忍者が描かれ上下動する高得点の「敵忍者」の2種類あり、いずれも中心近くに手裏剣を当てるほど高得点となる。手裏剣は数に限りがあり、ステージ中に「青い巻物」を取ると残数が増える。マウスを右クリックするとマチルダがカエルに変化し、その頭の上にジャッキーが乗る。この状態では上述のまきびしによるダメージを受けなくなるが、代わりにカエル（マチルダ）の背より低い位置には手裏剣を投げられなくなる。カエル変化は、一定時間経過するか右クリックすると解除される。変化には回数制限があり、「赤い巻物」を取るとその回数が増える。ステージクリア時に「P」キーを押したり、ゲームオーバー時に表示されるダイアログを承諾すると、そのステージに於ける操作内容が保存され、タイトル画面で「P」キーを押すことにより記録した操作内容を再現できる。ハイスコアを達成した際には操作内容が上記とは別に自動で保存され、タイトル画面で「H」キーを押すことにより再生できる。これらのデータはゲーム起動時に選ぶセーブ番号（1〜3）毎に1つずつ保存される。