和桐製作所の存続を賭けた試合（大帝国キラーズ戦）に敗れ、主人公は借金のために、謎の組織「BB（ブラッドバタフライ）団」によって運営される強制労働施設「しあわせ島」に送られてしまった。スポーツチームも所有しているBB団で野球班に配置された主人公は、毎日限界まで行われる強制労働に日々気力を削り取られていく。しかし和桐製作所を再建するため、野球班の仲間と共に島を脱出するための機会、そしてBB団の秘密に迫る。
将来、重要な発明をする事になる町工場「和桐製作所」が、未来からやってきた時間犯罪者の手により潰されようとしていた。和桐製作所が潰れてしまうと、その後の未来に大きな影響が発生する。未来への影響を防ぐため、タイムパトロールの主人公は和桐製作所に潜入捜査を開始する。工場が倒産しないように仕事を支えつつ（野球部でも活動し）、時間犯罪者捜しを始める。
本作の表サクセスであり第一シナリオ。『パワプロクンポケット4』との繋がりが多く山田平吉や島岡希美などが登場する。平日と休日で1週間が成り立っている。また「回復」や「電話」は休日にしかできず、試合は休日に行われる。今作はクリア/ゲームオーバー条件と関係するミニゲーム、評価、メーターは無く、クリア条件は「大帝国キラーズまでの試合にすべて勝つ」ことで、裏野球大会以外の試合で敗北はゲームオーバーとなる。試合結果以外のクリア・ゲームオーバー条件は無いのは表サクセス初である（ただし、正史では大帝国キラーズ戦で敗北し謎のしあわせ島編へ続くため、クリアルート自体は正史の平行世界である）。
本作のサクセスは「未来から来た男 町工場社会人野球編」と「謎のしあわせ島編」2つのシナリオが収録されている。ゲームシステムでは、「未来から来た男 町工場社会人野球編」は従来の作品の「表サクセス」、「謎のしあわせ島編」は従来の作品の「裏サクセス」と同じように扱いだが、従来の作品と異なり2シナリオともパワポケシリーズの正史にも組み込まれているため、後の作品と書籍表記では「謎のしあわせ島編」が「裏サクセス」ではなく、「もう一つのサクセス」「しあわせ島編」などと表記している場合もある。今作からの表サクセス以外のサクセス（今作の場合、「謎のしあわせ島編」）のプレイ条件は『パワプロクンポケット5』までの「表サクセスで一定選手を作成」に代わり「パワポケPで購入」に変更された。ゲームクリアした場合は、選手登録せずにパワポケPに変換できる（登録した場合でもパワポケPを獲得できるが、入手できるパワポケPは直接変換に比べると少ない）。主人公は投手に限り、サクセス終盤の裏野球大会の全試合は指名打者（DH）制が採用されている（社会人野球編、しあわせ島編共通）。
パワプロクンポケットシリーズの6作目。ゲーム中で買い物をすることができるパワポケポイントの追加、サクセスの登場キャラクターのプロフィールを見ることができる「プロフィール」など新しい要素が追加されている。この2つは以後のシリーズでもおなじみとなる。
ある武家で、毎晩のように正体不明の火の玉が出没していた。大きさは手毬ほどで、床から高さ3寸（約9センチメートル）ほどの空中を漂っていた。寝ている家人の部屋に入り込むこともあった。また火が現れるだけでなく、人がいないはずの部屋で物がひとりでに動いたり、夜に眠っていた者が、朝になると寝ている姿勢が正反対になっていた、といった奇妙な出来事も起こるようになった。この武家の主人は、こうした怪事件に怯むような者ではなかった。しかし噂が広まり、それを迷惑に思った主人は、火の玉の正体を暴こうと考えていた。そんなある日のこと。主人が庭に出ると、年老いた猫が頭に赤い布をかぶって立っていた。これを怪しんだ主人は、弓矢で猫を射落とした。主人が猫の死骸に近づくと、それは5尺（約1.5メートル）もの大きさで、尻尾が二股に分かれた怪猫だった。この怪猫の死後、それまで家で起きていた様々な怪異は一切、起こることはなかったという。
仲松弥秀『神と村』では、全知全能のセジの具備者なる存在を古代琉球人が考えていたか否かについては研究不十分であるが、種々の機能を各々分担したセジの保持者は想定していたと考えられると述べ、人間は自己の欲するものを顕現してくれるセジを期待するのが至極当然であろうから、琉球における神とは「人間に善をもたらすセジの顕現者」と言う観念に傾斜していくことになるだろうと述べている。また、琉球の神は主に「来訪神」と「守護神」に分類でき、守護神や来訪神のいる異界・他界に豊穣を祈り、特に太陽神を最高神として崇める多神信仰である。来訪神は異界の神であり、平時には人々の集落に存在しないか、御嶽にのみいると考えられる。しかし祭りの時になると異界から集落や集落の御嶽に訪れると考えられており、来訪神と人間の関係は極めて近しい。特に著名な神は、琉球の創造神であるアマミキヨ（アマミク）とシネリキヨや、ニライカナイの最高神である東方大主（あがりかたうふぬし）、国王就任の際に現れるという君手摩（キミテズリ）などであるが、この他にも多数の神がいると考えられている。来訪する神は世界的に島嶼民族に共通して見られ、一般に海を神聖視するが、これは琉球においても同様である。これに関連して、折口信夫は「まれびと論」を展開した。一方、守護神はもともと地域集落の死者の魂＝祖霊であり、ニライカナイで神となって集落に戻ってくるとされ、この神は平時に拝所や御嶽にいると考えられている。また、過去の偉大な功績を残したノロが神とされ、墓地が御嶽となる例が確認される。