物語は2018年7月30日の乃木若葉の回想より始まる。2015年7月30日、後に「7・30天災」と呼ばれた日の深夜、香川県に住む当時小学5年生の若葉と上里ひなたは、小学校の修学旅行で島根県を訪れていたが、日中に日本各地で発生した地震から避難するために、地域の避難所であるとある神社にいた。学級委員長としての責任感から眠らずにいた若葉とそれに付き添っていた幼馴染のひなたは、突如として上空より来襲した化け物に襲撃される。後にバーテックスと命名されるその化け物は、神社の中にいた人々を次々に食い殺していく。幼いころより居合道を収めていた若葉は、クラスメイトを殺された怒りからがれきを拾い応戦するが、全く歯が立たずに弾き飛ばされてしまう。その時、巫女として能力に目覚めたひなたの助言により、神社に奉納されていた古い日本刀を手にし、勇者としての能力に目覚めた若葉は周囲のバーテックスを一掃し危機を脱する。その後、ひなたが得た神託に従い、二人は避難していた人々とともに徒歩で四国へと向かう。時は流れ3年後。バーテックスの襲来後四国に現れた土着の神々の集合体・神樹による結界の中で、中学2年生となった若葉は神の力を使う勇者として、ひなたは神の声を聞く巫女として丸亀城を改築した学校に通っていた。若葉と同じく勇者としての能力に目覚めた高嶋友奈、郡千景、土居球子、伊予島杏らを含め、クラスメイトはわずか6名。3年間の間、四国へのバーテックスの襲撃はなく、その間に勇者の能力を引き上げる装束が構築され、若葉ら勇者たちは戦闘訓練を積んでいた。そのおかげで度重なるバーテックスの襲来も、四国の勇者たちは大きな被害を出すことなく食い止めていた。しかし、何度目かの襲来時、それまでで最大数のバーテックスが攻め入り、毎度の様に敵を引き付けるべく単独先行した若葉が敵に囲まれてしまう。残りの4人も神樹に向かったバーテックスを食い止めなければならず、若葉は完全に孤立してしまう。奮戦するもやられそうになったところで、全身に傷を負いながら敵の包囲網を無理やり突破してきた友奈に救われ、最終的には神樹を守り抜き、5人の勇者も全員死ぬことなく戦いを終えるが、友奈は意識を失い病院に搬送されてしまう。千景に自身の単独先行が原因で友奈が負傷する羽目になったのだと責められ気を落とす若葉だったが、ひなたや杏の協力により、バーテックスに殺された人々の復讐のためではなく、今生きている人々を守るために戦うことを決意する。精神的に成長した若葉は勇者たちとの関係を改善。そのため、陣形を使ったより統率の取れた戦い方ができるようになった勇者たちは、後に「丸亀城の戦い」と呼ばれるバーテックスの大規模侵攻に対しても、誰一人欠けることなくすべての敵を殲滅した。
2014年に展開する「タカヒロIVプロジェクト」の第3弾・第4弾として展開された『鷲尾須美は勇者である』および『結城友奈は勇者である』へつながる西暦の時代が舞台となっており、企画原案・シリーズ構成をタカヒロが手掛けている。また、前述の2作品にてイラスト及びキャラクター原案を務めたBUNBUNが本作のイラストを担当している。執筆はTVアニメ『結城友奈は勇者である』において、上江洲誠、タカヒロと共に「村田治」名義で各話脚本を担当した朱白あおいが務める。『電撃G's magazine』2015年9月号から2017年3月号にかけて付録小冊子「DENGEKI G's NOVEL」にて連載された。香川県丸亀市と長野県の諏訪湖周辺が主な舞台となっている。
血液脳脊髄液関門（blood-cerebrospinal fluid barrier、BCSFB）は血液脳関門とともに知られている脈絡叢に存在するバリアーである。脳室周囲器官である脈絡叢内の毛細血管は有窓性であり、血管内物質は毛細血管壁を通過して脈絡叢内の間質に移行しうるが、その血管周囲腔にある上皮細胞には脳室側に密着結合が存在している。この上皮細胞によって脈絡叢内と脳室内との間における高分子量物質の移行が制限されておりこの機能が血液脳脊髄液関門と考えられている。なお、脳室内の物質がエンドサイトーシスによって上皮細胞に取り込まれ、密着結合を迂回して細胞間腔、あるいは基底側へと輸送される経路は残る。さらに脈絡叢上皮にも物質の異動を制限するだけでなく、選択的に取り込むための輸送体が備わっており、特定の物質の移行を可能にしている。脳室内の脳脊髄液と脳実質との間には上衣細胞（ependiomocyteまたはependymal cell）が存在するが、この上衣細胞には密着結合が存在すること、陰性電荷の存在すること、密着結合種々の接着因子が発現し、酵素活性の存在などが指摘されており、上衣細胞が脳脊髄液脳関門（cerebrospinal fluid-brain barrier、CSFBB）を形成することによって、物質の移動にある程度の制限をかけていると推測される。しかし脳脊髄液脳関門のバリアー機能は不完全なものであり水や低分子化合物は両方向性に通過可能である。しかしながら脳脊髄液に含まれる高分子量物質の脳実質への移動に関しては制限されているという意見もある。また脳表においてくも膜下腔の脳脊髄液と脳実質細胞外液は軟膜によって隔絶されている。しかし軟膜には密着結合はなく、水や低分子化合物は通過可能である。くも膜下腔の動脈も軟膜（脳実質から続く血管周囲鞘と融合）で覆われており、ここでも血管周囲腔に存在する脳実質細胞外液とくも膜下腔の脳脊髄液との交換が生じる。血液脳関門は分子量が450Da以上の分子は通過させないが水分子に関しては自由に通過することができる。上衣細胞に存在する脳脊髄液脳関門も高分子に関しては制限があると考えられているが水分子に関しては自由に通過できる。このことから脳脊髄液の産出と吸収に関する毛細血管説では脳脊髄液と脳実質細胞外液を一括で捉える。血液中に全身投与された薬物が脳実質に送達されるには脳毛細血管から血液脳関門を経細胞経路または傍細胞経路を通過して脳実質の細胞外液（ISF）に移行する経路と脈絡叢動脈から血液脳脊髄液関門を通過し脳室内の脳脊髄液に移行しさらに脳脊髄液脳関門を通過して脳実質の細胞外液に移行する経路が考えられる。血液脳関門の表面積は血液脳脊髄液関門に比べて5,000倍も大きいことから薬物輸送経路としてはBBBの方が優れている。さらに血液脳関門を構成する脳毛細血管は脳内を網目状に巡っていることから血液脳関門を通過した薬物は脳神経細胞に到達しやすい。一方、血液脳脊髄液関門を構成する脈絡叢を通過した薬物は脳脊髄液中に移行する。脳脊髄液中から遠い部位への移行は著しく制限を受ける。特に分子量の大きい蛋白質医薬品や核酸医薬品は拡散による移行はほとんど期待できない。