一見平穏な新学期を迎えた東ヶ丘中学校。しかし、その内面は前の学期に起こった、いじめ自殺未遂事件に大きく揺れていた。新学期初日、当該学級である2年1組に、極度の吃音症である村内（阿部寛）が臨時教師として赴任してくる。彼が初めて生徒達に命じた事は、事件を起こし既に転校している生徒・野口哲也（山崎和也）の机を教室に戻す事だった。毎日「野口君、おはよう」と無人のその机に向かい声をかける村内の行為に、生徒・教師・保護者の間には波紋が広がるが村内は止めようとしない。そんなある日、野口へのいじめに加担したと苦しむ園部真一（本郷奏多）は、その思いを村内にぶつけるのだった。
2013年3月上旬には長男が誕生したことを明かす。4月1日の午後には、内閣官房長官の菅義偉が記者会見で、日本政府が国民栄誉賞を長嶋茂雄と同時に授与する方向で検討していることを明らかにし、16日に国民栄誉賞の授与が正式に決定。5月5日、東京ドームで行われた読売ジャイアンツ対広島東洋カープ戦の前に松井の引退セレモニーと国民栄誉賞授与式が行われ、内閣総理大臣の安倍晋三から国民栄誉賞が授与された。その後の始球式で松井は巨人時代のユニフォームを着用し、長嶋を打者、巨人監督の原辰徳を捕手、安倍を審判に迎えて始球式を行った。5月30日にはニューヨーク・ヤンキースが、チームの開幕戦からちょうど55試合目のホームゲーム（雨天延期などのため、セレモニー当日は55試合目とはならなかった）となる7月28日のサンディエゴ・パドレス戦で引退セレモニーを行うことを発表。7月からはヤンキース傘下のショートA級スタテンアイランドで打撃投手を務める。7月16日には、NHK BS1のMLBオールスターゲーム中継で、現地のシティ・フィールドからゲスト解説を務めた。7月28日には、ニューヨーク・ヤンキースと1日限定のマイナー契約を結び、この日のレイズ戦の試合前にヤンキー・スタジアムのグラウンド上で引退セレモニーを行い、松井はヤンキースの一員として野球選手の生涯を終えた。9月22日には同シーズン限りで引退するマリアノ・リベラの引退セレモニーに出席した。2014年2月1日から13日まで読売ジャイアンツの春季キャンプで臨時コーチを務めた後、2月19日から3月4日までニューヨーク・ヤンキースのスプリングトレーニングでゲストコーチを務めた。5月24日にはクーパーズタウンで行われるアメリカ野球殿堂の記念試合にヤンキースの代表として出場。本塁打競争にも参加し、記念試合ではスティーブ・エイベリーから本塁打を打つなど3打数1安打1打点の活躍を見せた。6月22日にはヤンキースのオールド・タイマーズ・デーに出席し、記念試合では試合途中から投手として登板もした。8月25日、ヤンキース時代の恩師であり、背番号「6」がヤンキースの永久欠番に認定されたジョー・トーリの記念セレモニーに出席。また、9月7日には盟友デレク・ジーターの引退セレモニーに出席。同年のヤンキースタジアムでの最終戦となった9月25日には、NHK BS1での中継内でヤンキースタジアムからゲスト解説を行った。試合はジーターのサヨナラタイムリーでヤンキースが劇的な勝利をおさめた。2015年2月3日・4日の2日間に渡って古巣の巨人軍宮崎キャンプを視察。2月5日から7日まで沖縄県宜野湾でDeNAのキャンプを視察した。3月11日にヤンキースGM特別アドバイザー就任（契約期間は1年）。キャンプ地のフロリダ州-タンパでブライアン・キャッシュマンGM同席のもと、記者会見を行い、「ヤンキースでは素晴らしい時間を過ごした。今度は若い選手の力になれるように頑張っていきたい。僕にとっても大きなチャレンジ」と抱負を語った。同月21日には東京ドームで行われたオープン戦の巨人対北海道日本ハムファイターズ戦でデレク・ジーターと共に始球式を行った。試合後には同球場で東日本大震災の被災地の小中学生を支援する慈善イベント「トモダチ チャリティー ベースボールゲーム」に参加。チャリティーイベントの最後に行われたヒッティングチャレンジでは「せっかくこれだけのお客さんが集まってくれたので、僕が打ちます」と自ら打席に立ち、小宮山悟氏が投じた5球目を右翼スタンドへ放り込んだ。2016年もヤンキースGM特別アドバイザーとして活動。4月5日にはヤンキースとアストロズの試合にて日本人としては史上初となるヤンキースタジアムでの始球式を行った。2017年1月上旬に次男が誕生したことを明かした。ヤンキースGM特別アドバイザーとして活動を継続。2018年1月15日 、野球殿堂博物館は、2018年度の野球殿堂競技者表彰プレーヤー部門の顕彰者として松井を選出したことを発表した。なお、松井は野茂英雄（2014年度）の45歳4ヶ月を更新する43歳7ヶ月での最年少野球殿堂顕彰者となる。この年はアメリカ野球殿堂の殿堂入り候補資格も得たが、1月24日に行われた記者投票では4票の獲得（得票率0.9％）にとどまり、1年目で殿堂入りの資格を喪失した。ヤンキースGM特別アドバイザーとして活動を継続している。2018年8月5日に始まった第100回全国高等学校野球選手権記念大会の開幕試合、星稜（石川）－藤蔭（大分）に先立ち、奇しくも当星稜高校のOBとして松井が始球式に登場したが、ワンバウンドの投球となり頭を抱え苦笑いを浮かべた。なお実況解説者には星稜高校野球部現・名誉監督の山下智茂が担当し、松井の始球式を見届けている。始球式終了後の松井は開幕戦を終始ネット裏で観戦し、結果9-4のスコアで星稜が勝利した直後、松井は直立不動の姿勢で星稜高校の校歌を歌唱。さらに、松井の隣席にはかつて星稜高校同期生のチームメートで、現・朝日新聞記者の福角元伸が座っており、母校勝利時に松井自ら笑顔で福角記者へ「オイ、歌うぞ！」と校歌斉唱を催促していた。