1996年、ハニティーはWGSTを退職しニューヨークに渡った。ニューヨークのラジオ局WABCはクリスマスシーズン、夕方の帰宅時間帯の放送枠にハニティーを司会として代理起用した。翌年1997年1月、WABCはハニティーと専属契約し、深夜枠を担当させた。1998年1月からは、夕方の帰宅時間帯の放送枠に再び異動し、2013年末までの間、WABCの午後放送枠を担当し続けた。同番組は2006年から米軍放送網 (AFN) のラジオでも聴取できる。2004年、ハニティーはWABCを傘下に収めるABCラジオ (現Cumulus Media Networks) と5年で2500万ドルの延長契約を締結。2007年6月、シタデル・コミュニケーションズ (現Cumulus Media Networks) のABCラジオ買収に伴い、シタデルは2008年7月、ハニティーと5年で1億ドルの契約を新たに締結した。2011年9月時点で、同番組の週間視聴者数は1400万人強に上り、全米第2位にランクインした。2006年9月、グループ傘下に80以上のラジオ局を抱える全米1位のラジオ放送網事業者クリアー・チャネル・コミュニケーションズ (現アイハート・コミュニケーションズ) と3年契約を結んだ。この契約にはヒューストンのKTRH、フェニックスのKFYI、ピッツバーグのWPGB、コネチカットのWKRC、グランド・ラピッズのWOOD、タンパのWFLA、サンアントニオのWOAI、ナッシュビルのWLAC、メンフィスのWRECといった主要ラジオ局が含まれる。2013年9月、アイハート傘下のラジオ局プレミア・ネットワークスと長期契約を更新した。2014年1月からはアイハート傘下のニューヨーク・ラジオ局WORで、午後3時から6時の放送枠で番組司会を担当している。2014年初頭、サレム・コミュニケーションズ (現サレム・メディア・グループ) 傘下のラジオ各局と契約締結した。この契約にはデトロイトのWDTK、シカゴのWIND、ワシントンDCのWWRC、ダラスのKSKYが含まれる。
KCSBを去った後、ハニティーはラジオ業界誌「ラジオ＆レコーズ」に求人広告を出し、自らを「アメリカで最も物議を醸し出した大学ラジオ局司会者」と宣伝した。広告掲載の直後、アラバマ州アセンズ（同州ハンツビル経済圏の都市）のラジオ局WVNNが、ハニティーを午後のトーク番組司会として起用。1992年にはハンツビルからジョージア州アトランタのラジオ局WGSTに移籍し、ニール・ボーツが担当していた放送枠を引き継いだ。
ハニティーのラジオ番組デビューは1989年、カリフォルニア大学サンタバーバラ校の大学ラジオ局KCSBに遡る。当時はゼネコン職員としてカリフォルニアで勤務する傍ら、ボランティアベースでKCBSのラジオ・パーソナリティーを務めた。当時を振り返り「司会業は得意ではなかった。酷い出来だった」と語っている。ジーン・アントニオのエイズに関する警鐘本を番組で二度に渡って取り上げ、レズビアンのリスナーからの電話に対し「あなたのお子さんが可哀そうだ」と番組内で発言した。これを受け、KCSBは開始から数週間で番組打ち切りを決定した。その後、アメリカ自由人権協会サンタバーバラ支部からの抗議などを受け、後にKCSBはハニティー解雇を撤回するが、ハニティーは復帰を拒否した。
パーソナリティーを務めるトーク番組「ショーン・ハニティー・ショー」は1990年から地方局で放送開始し、2001年9月10日からは全国網で放送され、5年後の2006年にはアメリカ全土500以上のラジオ局で聴取できるまでに拡大した。
ニューヨーク州ニューヨークで母リリアン (旧姓フリン) と父ヒュー・ハニティーの間に生まれ、2人の姉妹がいる。祖父母は全員アイルランド移民である。ニューヨーク州フランクリン・スクウェアで育ち、中学はニューヨーク州ヘムステッドの聖心神学校、高校はニューヨーク州ユニオンデールの聖ピウス・エックス・プレパラトリー神学校に進学した。ニューヨーク大学およびアデルファイ大学中退。ロードアイランド州ウォリックのニューイングランド工科大学に進学した。幼少期から夜の保守系ラジオ番組を好んで聴取していた。
1945年（昭和20年）7月14・15両日のアメリカ軍の空襲で、青函連絡船は一時壊滅し、8月15日の終戦時稼働できたのは、第七青函丸 、第八青函丸と、船舶運営会から傭船した大阪商船の樺太丸（旧関釜連絡船初代壱岐丸1,598総トン）の3隻だけであった。しかし、終戦後、青函航路には多くの旅客や貨物が押し寄せたため、 関釜航路の景福丸 （3,620.60総トン）、同航路の貨物船壱岐丸（2代） （3,519.48総トン）、稚泊航路の宗谷丸 （3,593.16総トン）をはじめ、多くの商船、機帆船、旧陸軍上陸用舟艇などを傭船して、この混乱に対応し、1947年（昭和22年）9月からは、空襲により擱坐していた関釜連絡船昌慶丸 （3,620.60総トン）を浮揚修理して就航させた。また終戦後、博多―釜山間で朝鮮半島から日本への引揚げ、ならびに朝鮮半島への帰還輸送や、樺太からの引揚げ輸送に就いていた関釜連絡船徳寿丸 （3,619.66総トン）も青函航路へ助勤させていた。このような状況下、1946年（昭和21年）9月までに、当時就航中あるいは建造中であった車両渡船 第八青函丸、第十一青函丸、第十二青函丸、石狩丸（初代）の船橋楼甲板に旅客用甲板室を造設して客載車両渡船（デッキハウス船）とし、旅客輸送力増強を図ったが、いずれも「進駐軍専用船」に指定され、一般旅客の利用は禁止されてしまった。また当時の車両渡船は、新造船も含め、全て戦時標準船で劣悪な船質のうえ、船腹不足のため十分な補修もされず酷使され続けたため、故障や事故が頻発し、一向に貨車航送能力も回復しなかった。このことが、北海道に進駐するアメリカ軍自身の物資輸送にも支障をきたすところとなり、1946年（昭和21年）7月、運輸省鉄道総局はGHQより、青函航路用として、車載客船4隻、車両渡船4隻の計8隻の建造許可を取り付けることに成功した。この車載客船4隻が洞爺丸型で、うち羊蹄丸を含む3隻が三菱重工神戸造船所で建造された。第1船の洞爺丸は、建造許可を受けたわずか2ヵ月後の1946年（昭和21年）9月17日に三菱重工神戸造船所で起工され、その約2ヵ月後の11月7日には第2船 羊蹄丸が同造船所で起工された。翌1947年（昭和22年）3月26日の洞爺丸進水当日、第4船 大雪丸が同造船所で起工されたため、この日から、洞爺丸竣工の同年11月2日までは、同造船所では洞爺丸型が3隻、並行して建造されていた。