現代では、多くの学会が、公的資金による大学や研究機関の研究者に対し、研究成果を共有することを求め、その一方で一部の技術開発の成果は独占してもよいとしている。たしかに一部の研究成果は商業的な収益を生み出す可能性を秘めている。他の研究機関に公開されていれば科学全体の発展につながるようなものであっても、それらから得られる利益を期待して、情報を秘匿しようとする研究機関は少なくない。技術に対しての潜在的な支出を予測したり、あるいは保持することのコストを評価するのは困難である。しかし、一研究機関が他のすべての研究機関から技術を秘匿するコストは、その技術から得られる利益ほど大きくないというのは一般的に同意されている。
2011年5月23日、横浜ベイスターズへの入団が発表された。翌24日に球団事務所で入団会見を行った。入団の話は、前日22日に加地隆雄球団社長より電話があったことが明らかにされた。背番号は中日、楽天時代と同じ「99」となった。6月8日に一軍登録され、同日の楽天戦（Kスタ）に「7番・一塁手」でスタメン出場した。6月18日、横浜スタジアムでの福岡ソフトバンクホークス戦で代打で出場し、杉内俊哉から移籍後初本塁打。この本塁打で同点に追いつき、ターメル・スレッジの本塁打でチームは勝利した。この年は当初は代打要員がメインだったが、対左投手時のスタメンや守備固めでの起用も増えた。10月13日の阪神戦（横浜スタジアム）では、急遽プロ入り初めて二塁手でスタメン出場(公式戦に二塁手としての出場はメジャー時代にあるが、この時は試合途中から二塁手を守った)した。最後まで一軍登録を抹消されることは無く、62試合に出場したものの、打率.209、1本塁打、14打点の成績に終わった。2012年は新加入のアレックス・ラミレスの故障により、「4番・三塁手」で開幕スタメン出場。その後も主に三塁手や一塁手でスタメン出場。開幕直後から高い得点圏打率を維持し、4月15日の読売ジャイアンツ戦で、延長11回、サヨナラ本塁打を放つ。5月4日の中日戦で岩瀬仁紀から同点本塁打を打ち、史上22人目の全球団から本塁打を達成した（交流戦を除いた記録としては4人目）。2004年以来8年ぶりのオールスターにも選出され、7月20日のオールスターゲーム第1戦（京セラドーム大阪）では逆転決勝2ラン本塁打を放ち、5人目となる両リーグでのMVP獲得。後半戦開幕後も好調を維持していたが、8月15日対阪神タイガース戦において、自身の打席で盗塁をした内村賢介にベンチで説教した。だが、内村には首脳陣からグリーンライトの権利が与えられているため、中村の叱責は采配批判にあたるとして中畑清監督から厳しく注意された。さらに、翌日の試合で右肘痛を訴え、試合途中にベンチ裏に姿を消したことが造反とみなされ、1軍登録を抹消された。9月4日に1軍に再登録。後半戦は数字を落とすも、チームは最下位を独走する中で126試合に出場し、2年ぶりに規定打席到達を達成。ホームランは規定打席に到達した年では最少の11本塁打に留まったが、打率.274、主軸として活躍を見せた。ゴールデングラブ賞の投票では一塁手として2票差の2位。2013年は開幕カードは代打要員だったが、程なくして三塁手のレギュラーに定着。5月1日のヤクルト戦（横浜スタジアム）でNPB/MLB通算2000本安打を本塁打で達成。イチロー、松井秀喜、松井稼頭央に次いで日本人選手として史上4人目の記録となったが、「日本のみで2000本を打ちたい」という本人の意向を汲んでセレモニーなどは行われなかった（「ドジャース時代の5安打は加算したくない」とも話していた。）。そして5月5日、ナゴヤドームでの古巣中日戦で8回に中田賢一から左中間を破る2点二塁打を放ち、通算2162試合目で史上43人目のNPB通算2000安打を達成した5球団に所属しての2000安打達成は加藤英司に次いで二人目。また、2162試合での到達は史上4番目の遅さ、39歳9か月での到達は8番目に遅い記録。ちなみに、チームメイトのラミレスも同年NPB通算2000本安打達成。6月30日の中日戦では山本昌から先制のソロ本塁打を放ち、史上18人目の400本塁打を達成した。同試合では9回裏にサヨナラ安打を放った。最終的には122試合に出場して前年同様安定した成績を残した。2014年はアーロム・バルディリスが一軍確約契約で加入し、一塁手にはトニ・ブランコがいたため、開幕当初は1軍メンバーから外れたが、トニ・ブランコの故障もあり、4月に1軍昇格した。しかし5月6日の対巨人戦で「チーム方針に従わない言動があった」として登録抹消される。コーチに「自分の打席では、場面によっては走者を動かさず、打席に集中させてほしい」と相談したことが、中畑監督から采配批判とみなされた。これ以降は一度も1軍に昇格することはなかった。10月3日に球団から戦力外通告を受けた。DeNA球団は球界での実績や在籍時の貢献度が特に高かったことを改めて認め本拠地最終戦にあたる対中日戦で引退セレモニーを提案したが、中村は現役続行への強い意思があるとしてこれを拒否。最終的に同年は13試合の出場で打率.245、打席ではケースバッティングを心がけたため打点王ペースで打点を刻む10打点ながらも、日本球界では1993年以来21年ぶりとなる本塁打0を記録。12月2日に自由契約公示された。