残留清兵との戦闘が終了して台湾平定を宣言した後も各地で一部抵抗は続いた。しかしその中心は日本からの独立というものではなく、日本の一部としての自治権や生活に関わる運動などが主流であった。台湾平定宣言以降の戦闘は、日本の台湾開発とそれによって起こる生活環境の変化、武装解除に反対する現地住民との軋轢など、多様な事情が原因となった。また、樟脳の生産拡大を求めた台湾総督府は、平定宣言を出す直前の1895年10月に日令26号「官有林野及樟脳製造取締規則」を発令し無主地を官有地と定めたが、高山地帯において狩猟などを前提とした高山族や平野に住む平埔族諸族にとって生存圏を脅かされる死活問題であったために、これも抵抗激化の一因となった。この台湾原住民との戦いは｢生蕃討伐｣と呼ばれ、12月には台湾北部の宜蘭が包囲され、翌年元旦には台北城が襲われるなど激しい抵抗が続いた。翌年3月31日、台湾総督府条例（勅令第八八号）、台湾総督府評議会章程（同第八九号）などが制定・公布され、台湾は軍政から民政に移行すこととなり、大本営は解散した。漢人のテロ行為を含む抵抗は1902年まで続き、高山族の抵抗が終了したのは、｢理蕃史上最後の未帰順蕃｣として有名であった高雄州旗山郡のブヌン旗タマホ社の200名余りが、頭目ラホアレを先頭に下山し、州庁玄関で帰順式を挙げた1933年4月22日のことだった（後藤乾一「下級兵士がみた植民地戦争 ―台湾における｢生蕃討伐｣と加藤洞源―」）。
駄知鉄道が1929年（昭和4年）に新製した松井自動車工作所製の木製ガソリンカー、ジハ1形ジハ1である。故障などが多く、一説では入線して間もない頃に、ガソリンの引火で車体が全焼、1930年（昭和5年）に車体を新製したという。この車体新製時に片側には鮮魚台（バケット）が設置されている。ガソリンエンジンはウィスコンシンのエンジンであったが、1932年（昭和7年）にエンジンが破損。ウォーケシャVKに換装している。このころにキハ1形に改称したという。戦時中はガソリン不足のため客車として使用され、蒸気機関車（1形1・2）に牽引されていた。1944年（昭和19年）の東濃鉄道発足時にキハ1形キハ2となる。戦後はガソリンカーとして復活し、1949年（昭和24年）に予備車として笠原線に転籍。旧型のため運用機会が減少し、1961年4月にキハ1とともに廃車となる。
1622年（元和8年）に信濃国上田藩より真田信之が13万石で入封した後、明暦4年（1658年）に3代幸道の相続時に分地の沼田領3万石が独立（ - 1680年改易）し、以後10万石として幕末までこの地は真田家の所領として続く。真田家はその出自から外様大名とされることが多いが、幕府における席次は帝鑑間詰（譜代大名待遇）であった。理由として、8代藩主真田幸貫が8代将軍徳川吉宗の孫である松平定信の実子であること、信之の妻小松姫が徳川家康の養女（本多忠勝の実娘、一説によると徳川秀忠の養女）であること等の理由による。なお、支藩（分地）としては沼田藩以外に埴科藩もあったが、後年断絶している。信之は上田藩時代より蓄財した20万両という大金をもって入封した。このため当初は裕福であったが、3代幸道の時代、幕府による度重なる手伝普請などの賦役により信之の遺産を使い果たした。また、1717年（享保2年）松代城下は大火に見舞われ復興に幕府より1万両を借り受け、逆に借財を抱えるようになった。4代信弘は質素倹約を旨とし財政は持ち直した。5代信安の時代の1742年（寛保2年）松代城下を襲う水害に見舞われた（戌の満水 ）。この際、再び幕府より1万両を借財し千曲川の河川改修が行われた。これにより松代城下は水害に見舞われなくなった。しかし、再び財政は悪化した。信安は河川改修の中心となった原八郎五郎を家老に抜擢し、家臣給与の半知借上、年貢の前倒し徴収を行うなどの財政再建に努めた。しかしこれが家臣の反発を招き、1744年（延享元年）足軽によるストライキという全国的にも極めて稀な事態となった。1751年（宝暦元年）には不正を行った原八郎五郎を罷免し、代わって赤穂藩浪人と称する田村半右衛門（浅野家の家老であった大野知房の子・大野群右衛門と同一人物ともいわれる）を勝手方として召し抱え財政再建に当たらせた。しかし、性急な改革は農民の反発を招き、同年には「田村騒動」と呼ばれる藩内初の一揆が起こった。田村もまた汚職を行ったとして、同年に江戸に逃亡したところを捕らえられた。信安の後、藩主となった幸弘は、1757年（宝暦7年）家老の恩田木工を勝手方に据え財政再建に当たらせた。木工の5年間の在任中、めざましい成果は得られなかった。しかし、藩士・領民の財政再建に対する意識を改革したということでは、ある程度の功績を得られたといえる。幸弘は1758年（宝暦8年）藩校「文学館」を開いている。幕末期には8代幸貫が老中として幕政に関与している。幸貫は寛政の改革を主導した松平定信の子（第8代将軍徳川吉宗の曾孫に当たる）であり、幸貫以降真田家は国主以外で自分の領地の国主名を名乗れるという特権を得ている。また、幕末の奇才佐久間象山を登用した。1847年（弘化4年）善光寺地震が起こり復旧資金の借り入れにより、藩債は10万両に達した。9代幸教は、ペリーの浦賀来航時に横浜の応接場の警備を命じられ、その後も江戸湾の第六台場等の警備などを務めたことで、藩財政は破綻寸前となった。先代幸貫が計画した新たな藩校「文武学校」を1855年（安政2年）に開校した。1864年（元治元年）、朝廷から京都南門の警衛を命じられ藩兵を率いて上洛し、禁門の変が起こると参内して朝廷の守りについた。明治維新の際、松代藩は比較的早くから倒幕で藩論が一致し、朝廷から信濃全藩の触れ頭役を命じられた。戊辰戦争には新政府軍に参加して多大な軍功を挙げたが、膨大な戦費により財政が悪化し、1870年（明治3年）には松代騒動が勃発した。1871年（明治4年）廃藩置県により松代県となり、その後、長野県に編入された。1884年（明治17年）華族令施行に伴い、藩主家は子爵を授けられた。(のちに伯爵に陞爵)