第一世代組換え作物として耐病性を有するものも作られている。病害抵抗性遺伝子や糸状菌の細胞壁成分であるキチンを加水分解するキチナーゼの遺伝子の導入（多数あるうちの一例）によるものであるが、その中でも植物ウイルス耐性のものが特に成功している。その他、糸状菌や細菌性の植物病原菌に耐性を与えるためにディフェンシンなどの抗菌ペプチドなどを作物で生産させる試みも進んでいる。
殺虫性の線虫の誘因剤の合成酵素遺伝子の導入による害虫防除の例が報告された。植物食の昆虫による食害が起きると、天敵を誘引する揮発性物質を植物は放出することがある。そこで、作物の害虫防除を改良する上で、これらの揮発性物質の利用が提案されてきた。トウモロコシの重大な害虫であるウェスタンコーンルートワーム(D. virgifera virgifera)の食害は、多くのトウモロコシ品種の根から(E)-β-カリオフィレン((E)-β-caryophyllene: EβC)を放出させる。EβCは殺虫性の線虫(Heterorhabditis megidis)を誘引する。そして、殺虫性の線虫は根を食害する害虫に感染して殺す。しかし、大部分の北米のトウモロコシ品種はEβCの放出能を失っており、そのため線虫による防除をほとんど受けられない。それらのトウモロコシ品種のEβC生産能を回復させるために、オレガノ由来のEβC合成酵素((E)-β-caryophyllene synthase, EC 4.2.3.57, 反応)遺伝子を導入されたトウモロコシは、恒常的にEβCを放出できるようになった。その結果、ウェスタンコーンルートワームが発生している圃場に線虫を散布した試験では、EβC放出トウモロコシでは有意に根に対する被害が減少し、非形質転換の非放出系のトウモロコシに比べ60%少ない成虫しか羽化できなかった。
Bt toxin生産作物で害虫の抵抗性発達を抑える対策の基本は、上記のように高濃度のBt toxinを生産する品種を用い、非Bt toxin生産作物を緩衝区として栽培することであり、さらに複数のBt toxinを生産する品種を用いることも有効とされている。高濃度Bt toxin生産作物においては害虫を幼虫段階で死亡させ、次世代に生き残る個体を大幅に減らせる。しかし、不正増殖種子や自家採種によるBt toxin濃度が不十分な作物の栽培面積が広がるとBt toxin抵抗性害虫の出現を助長することになり、不正増殖種子や組換え作物種子の自家採種が重大な問題となってくる。そのため、栽培農家による正規の種子の購入と害虫出現のモニタリングは重要である。
トウモロコシの栽培面積は、圧倒的にデントコーン品種が多くを占めているため、トウモロコシの組換え品種の大部分はデントコーンのものである。組換えスイートコーン品種は遺伝子組換えトウモロコシ品種開発の初期から少数ではあるが存在していたが、近年、相次いで複数の組換えスイートコーン品種が上市されている。スイートコーンは、茹でトウモロコシや焼きトウモロコシや缶詰として利用されるため、害虫の食害痕があると大きく商品価値を下げる。そのため、加工されることが多いデントコーンの場合、収量が重要であるが、スイートコーンの場合、収量よりも食害痕がなく商品となるかどうかの商品化率の方が大きな意味を持ち、栽培には殺虫剤が重要な役割を果たしている。アメリカにおいてスイートコーンの主要害虫はアメリカタバコガ(Heliocoverpa zea)である。そこで、アメリカタバコガに抵抗性を持つBtスイートコーンとその母本の大規模な栽培試験が行われ、その商品化率が調べられた。その結果、Btスイートコーン品種の商品化率は安定的に高かったが、一方、その母本の商品化率はBt品種に比べ低くその値の変動幅も大きかった。そこで、Btスイートコーン品種の栽培は殺虫剤の使用を大幅に減少させるとともに、大量の殺虫剤使用に伴う職業上や環境上の危険を減少させることになろうと結論づけている。
2007年以降、一般人および患者（特に癌患者）集団のリスクファクターへの暴露（環境、食生活、ライフスタイルおよび遺伝的因子など）と分子病理学的指標（大腸癌におけるKRAS変異、BRAF変異およびPIK3CA変異）との関連を仮説化し、立証する論文を多数発表している。2010年、荻野は、 分子病理学   と 疫学  を統合した 新たな  独立分野 として、 分子病理疫学という概念 を提唱した 。以来、分子病理疫学の概念は普及し、American Association for Cancer Research (AACR), Society for Epidemiologic Research (SER), および American Society of Preventive Oncology (ASPO)等の国際学会のテーマに加えられてきた。分子病理疫学 から派生した概念として大腸の連続性モデル (the colorectal continuum model) を提唱した。  従来大腸癌の分子病理学的指標の捉え方して、口側と肛門側の2相としての区分（the two-colon concept）が主流であった 。荻野は 1,400を超える大腸癌患者のデータベースの解析から、マイクロサテライト不安定性（Microsatellite instability, 略してMSI）の頻度、CpG island methylator phenotype (CIMP) の頻度およびBRAF変異頻度が大腸の部位によって連続的に変化していることを証明した。他の 分子病理疫学  から派生した概念としては "the GWAS-MPE approach" 、"the unique tumor principle" 、"the unique disease principle" 、"the etiologic field effect model"、"the integrative lifecourse epidemiology - MPE model" “the pharmaco-MPE model”、“the immuno-MPE model”がある。 2017年12月現在までの累計引用数は26,200を超え、h-indexは87である。原著論文の他に分子病理疫学のコンセプトや関連のパラダイムを展開した論文を多数発表している。