各パーティーキャラクターには「ミストナック」と呼ばれる特殊攻撃が設定されており、ライセンスボードで1キャラクターにつき3種類を習得できる。ミストナックにはそれぞれレベルが存在し、発動には各レベルに対応した「ミストカートリッジ」を消費する。ミストカートリッジとはMPの最大値分を表し、ミストナックの習得に応じてカートリッジも増加する。ミストナック使用中に、画面上に表示されているボタンを押す事で他のキャラクターのミストナックへと繋ぐ事ができる。連携回数には上限があるものの、ルーレットで回数を増やす事が出来るため、運が良ければ制限時間の続く限り無限に繋ぐ事もできる。低レベルなミストナックほど連続して繋げやすい。また、特定条件下でミストナックを使用することで「融合技」を発動することが可能。融合技は「炎のインフェルノ」「土のカタクラズム」「水のイラプション」「風のラプチャー」「ホワイトアウト」「アークブラスト」「ルミネッセンス」「ブラックホール」の全8種。インターナショナル版ではMPとミストカートリッジは別々となっている。
「武器」「盾/矢/弾」「頭」「体」「アクセサリ」の5つの部位に、ライセンスで習得した装備アイテムを装備させることができる（一部の装備アイテムはライセンスが不要）。武器は片手用の「片手剣」「斧」「ハンマー」「ダガー」「メイス」「計算尺」と、両手用の「両手剣」「刀」「忍刀」「槍」「棒」「弓」「ボウガン」「銃」「ロッド」「杖」「ハンディボム」の計17種類に分けられ、種類によって射程距離やダメージ計算に適用されるパラメータなどが異なる。この内、弓、ボウガン、銃、ハンディボムは「矢」や「弾」を同時に装備する必要がある。防具には魔法防御力を上げる頭用のものと、物理防御力を上げる体用のものがあり、それぞれHPを増加する「軽装備」、力を増加する「重装備」、魔力を増加する「魔装備」の3種類がある（「頭用の軽装備」は魔法防御力とHPを上げる）。また、片手用の武器を装備している場合に限り、回避率を上昇させる「盾」を装備できる。各種防御力・回避率はキャラクター側に同様のパラメータが存在せず、装備によってのみ強化される。アクセサリは特定の状態異常を防ぐ、常時魔法効果を付与する、特定の「技」の成功率が上がるなど、装備することで様々な効果を得られる。
10月31日、シーライオンは3回目の哨戒でケート (USS Kete, SS-369) とともに東シナ海に向かった。11月4日にミッドウェー島に到着し、一息ついてから出航。10日後、シーライオンはトカラ列島を西に抜け、哨戒海域に入った。11月16日、シーライオンは訓練中に艦尾の8番発射管の蓋を閉じた状態で誤って魚雷を発射してしまった。修理しようにも激浪により徹底的な調査ができず、結果的に8番発射管は使用不可能となってしまった。11月17日には上海沖に到達したが、翌18日に5番発射管に装てんしている電池魚雷の電池が軽く爆発を起こしてしまった。シーライオンは台湾海峡方面に移動することとなった。11月21日0時20分、シーライオンはレーダーにより16ノットの速力でジグザグ航行をする複数の目標を探知した。0時48分までには、相手は少なくとも2隻の戦艦と2隻の巡洋艦であることを確認。1時46分、シーライオンは視界内に戦艦、巡洋艦のほかに両脇に護衛艦がいるのを視認。この艦隊はレイテ沖海戦に破れ、一息ついてから日本本土に向かっていた第二艦隊（栗田健男中将）であり、戦艦金剛、長門、大和を中心に、金剛の前に軽巡洋艦矢矧、戦艦の両脇に駆逐艦浦風、磯風、雪風、浜風、梅、桐を配して高速で航行していた。シーライオンは戦闘配置を令して全速力で追跡し、艦首の魚雷の深度を2.6メートルに設定して攻撃機会を待った。2時45分、シーライオンは第二艦隊の横腹に入り込み、速度を落として浮上したまま攻撃態勢に入った。2時56分、シーライオンは2番手の金剛に対して魚雷を6本発射。急旋回ののち3分後に3番手の長門に対して魚雷を3本発射した。1分後、シーライオンは3つの爆発音を確認した。最初の魚雷は金剛の左舷艦首と二番煙突下の缶室に命中し、長門に向かった魚雷は長門の艦首をかすめ去り、長門の右斜め前にいた浦風に命中。浦風は爆発を起こしてそのまま姿を消した。シーライオンは西に向けて航行し、「魚雷が命中した目標は装甲が損傷しただけ」と判断して次発装てんを急いだ。3時10分までには2回目の攻撃の態勢が整った。その間、大和と長門、矢矧、雪風は、金剛と金剛の護衛につけられた磯風、浜風を置いて北東方向へ全力で逃げ去った。海は荒れてきて追跡が徐々に困難になってきたが、4時50分には艦隊が2つに別れたのをレーダーで確認し、シーライオンは金剛を追跡し始めた。5時12分には金剛まで1,500メートルに接近したが、その直後、シーライオンは大きく揺さぶられた。金剛が大傾斜した末に火薬庫から大爆発を起こして爆沈し、その影響を正面に受けたのであった。この時発射された魚雷を含め、アメリカの魚雷には弾頭に名前を記すことが慣例となっていた。大抵は妻かガールフレンドの名前だったが、時には戦時公債を売りさばいた工場の従業員の名前だったりもした。この時に発射された魚雷には、先代がフィリピンで爆撃を受けた際に戦死した4名の乗組員、フォスター、オコンネル、ポール、オギルビーの名が記されていた。また、アメリカ潜水艦の攻撃の様子を録音するのは前例がなかったが、シーライオンのこの攻撃の際には、戦闘配置が令された後、シーライオンに乗艦していたCBSの従軍記者により攻撃の様子の録音が行われた。この時の録音は、後述の5回目の哨戒の際に録音されたものと合わせてアメリカ海軍水中測探研究所に保存されており、これらは第二次世界大戦での海中攻撃の様子を収めた数少ない録音だと考えられる。シーライオンは中国大陸と台湾の間を哨戒した。11月28日、シーライオンは32日間の行動を終えてグアムアプラ港に帰投。艦長がチャールズ・F・プットマン（アナポリス1937年組）に代わった。