2004年（平成16年）10月23日午後5時56分ごろ (JST) に発生した新潟県中越地震により、東京発新潟行きの「とき」325号（K25編成）が時速約200kmで走行中、長岡駅手前約5kmの滝谷トンネル先の地点で被災し、10両中8両が脱線した。日本の新幹線史上初の営業運転中の脱線事故となった。航空・鉄道事故調査委員会からは中間報告が出されたものの、直後に発生したJR福知山線脱線事故の調査が優先されるなどして長らく最終報告がまとめられず、事故から3年経った2007年（平成19年）11月30日、調査委員会から最終報告書が発表された。当初は瞬間的に車体が浮き上がったものとされていたが、報告書では地震の揺れによって四股を踏んだような状態になり脱線に至ったものと結論付けられた（その後、200系K25編成の代替車両として、廃車予定だったリニューアル改造未施工車K31編成の運用が2005年まで継続された。そして2006年初頭にK31編成が廃車され、その代替車輛としてE2系新幹線（J69）編成が製造された。なお、K31編成は先頭車両の10号車が、さいたま市大宮区の鉄道博物館に保存されている）。また、この経験が後年に生かされ、2011年3月11日発生の東日本大震災での被害は東北新幹線仙台駅構内で試運転走行(約72km/hで走行)していたE2系(J69)編成の一部脱線に留まった。脱線したK25編成の先頭車両1両が、福島県白河市の東日本旅客鉄道総合研修センターで保存・展示されている。
2003年（平成15年）7月から2004年（平成16年）4月にかけて、残存していた一部の編成についてディズニーの部分的なラッピングが施され、『ドリームキャンペーン号』として運行していた。2008年（平成20年）7月19日からは、「ピカ乗りサマー2008」キャンペーンPRラッピングの一環としてK43編成にポケモンのラッピングが施された。これに関しては他の系列にも波及し、JR東日本の公式ホームページで2日後までの運行情報が公開された。2009年（平成21年）7月18日から、2008年同様「ピカ乗りサマー2009」キャンペーンPRラッピングの一環としてK26,K49編成にポケモンのラッピングが施されている。
本系列に属する各形式名とその車種は以下のとおり。付随車である248形と249形以外は、奇数形式と偶数形式でペアを組んでMM'ユニットを構成する。
サイバー軍の活動については、陸軍・海軍・空軍の三軍など既存の軍組織との関係について、特に軍内部の指揮官たちから疑問や懸念を示す声もある。アメリカ陸軍士官学校の教官で、同校のサイバーセキュリティ研究センターのセンター長も務めるグレゴリー・コンティ陸軍中佐（Lieutenant Colonel Gregory Conti）と、陸軍ネットワーク戦大隊（Army Network Warfare Battalion）の初代司令官を務め（2008年7月 - 2010年7月）、2010年7月からはサイバー軍司令官直属活動グループ（US Cyber Command Commander's Action Group）のメンバーを務めるジェン・イースタリー陸軍中佐（Lieutenant Colonel Jen Easterly）の2人は、軍事雑誌『スモール・ウォー・ジャーナル』（Small Wars Journal）に寄稿した共同論文『不遇な環境下にありながらのサイバー戦担当兵士の採用・育成・保持』（“Recruiting, Development, and Retention of Cyber Warriors Despite an Inhospitable Culture”）の中で、陸軍・海軍・空軍の既存の三軍の文化は、基本的にサイバー戦争の文化とは互換性がないと主張し、軍の4番目の部門としてサイバー戦争部門の新設を提案した。また、前述のコンティ中佐は陸軍研究・開発・技術コマンド（United States Army Research, Development and Engineering Command）の参謀長を務めるジョン “バック” スルドゥ陸軍大佐（Colonel John "Buck" Surdu）とも共同で、国防総省の情報分析機関の1つである「情報保証技術・分析センター」（Information Assurance Technology Analysis Center）が発行するニュース・レター、“IANewsletter”に同様の趣旨の特集記事を寄稿している。コンティ中佐とスルドゥ大佐はその中で、「陸・海・空の主要三軍は動的な戦争に適するように設置され、彼らは射撃技術や肉体的な強さ、飛行能力、敵の砲火の中における部隊統率力などの技能に価値を置いている。」と述べたうえで、「不運なことに、これらの技能はサイバー戦争では意味をなさない。」と述べている。また彼らは、軍の制服にサイバー戦争に関する技術的な専門知識を讃える勲章もバッジもないことを例に挙げ、既存の三軍の中ではサイバー戦争に関する技術的専門知識に高い価値が置かれていないと指摘、「結論として、サイバー空間で戦闘を行い、勝利するという任務は軍事組織を必要とする軍事的任務の1つであって、その軍事組織は、高度な技能を持ったサイバー戦争（専門の）兵士を募集し、訓練し、維持することが可能な組織でなければならない。」とサイバー戦争専門の軍事組織の必要性を述べている。その上で、コンティとスルドゥは結論として「有能かつ有効なサイバー部門を、陸軍・海軍・空軍という既存の三軍と並び立つ形で新設することは、合衆国に我々の技術的インフラを防御する能力と攻撃的作戦を遂行する能力を与えてくれるだろう。おそらく今後より重要になるであろうこの能力の存在は、合衆国の敵に対する強力な抑止力として働くだろう。」と述べている。サイバー攻撃に応じるための軍の権利に関する懸念に対応して、Alexander大将はアメリカ合衆国議会の前での彼の認証聴聞会に先立ち、「合衆国はサイバー攻撃に対して迅速かつ強力に応酬しなければならない。また脅威に対抗または無能力化をすべきである。それは攻撃者の正体が不明である場合ですらすべきである」と述べた。これは、サウジアラビアでの政府運営の過激派ハニーポットを破壊する2008年の作戦のような出来事に応じたものであった。「この新たなU.S.サイバー軍は、軍事資産保護と個人のプライバシー保護の間の均衡を計算する必要がある。」国防総省の報道でAlexanderは述べた。もし承認されるなら、Alexanderは、彼の主眼はネットワークを保全する能力と機能の構築と、部隊の目的を公に啓発することである、と言った。「この部隊はサイバー空間を軍事化するための試みに関するものではない」と彼は言った。「むしろ、それは我々の軍事資産の保護に関するものである。」