5月2日、ドイツの首都ベルリンが赤軍の手に落ちた。1945年5月8日、ドイツ軍は無条件降伏し、ヨーロッパでの戦争は公式には終結した。イタリアは1943年に、ブルガリアは1944年に、ハンガリーは1945年初頭に既に枢軸を離脱していた。しかしその後もユーゴスラビアでは散発的な戦闘が続いた。5月7日にパルティザンはザグレブに到達、5月9日にはマリボルとリュブリャナを確保し、ドイツ軍のE軍集団を率いるアレクサンダー・レーア将軍は1945年5月9日、スロベニア・ヴェレニエ近くのトポルシツァにて、指揮下のすべての戦力の降伏に調印した。その後にはクロアチア人やその他の反パルティザン勢力のみが残されていた。5月10日から15日にかけて、ユーゴスラビア人民解放軍（パルティザン）はクロアチアやその他の反パルティザン勢力の抵抗に対応しなければならなかった。ポリャナの戦いはヨーロッパにおける第二次世界大戦で最後の戦闘であった。この戦いは1945年5月14日から15日にかけて、スロベニア・プレヴァリェ近くのポリャナにて発生した。パルティザンと対峙したのはドイツ陸軍、クロアチア独立国軍（ウスタシャ民兵およびクロアチア郷土防衛隊）、スロベニア郷土防衛隊（ドモブランツィ）やその他の反パルティザン勢力から成る混成の集団であり、オーストリアへの退却の途中であった。
1944年8月、ルーマニアでミハイ1世のクーデターが成功し、ルーマニアは枢軸を離脱、ルーマニア国軍はソビエト赤軍の司令下に置かれた。ルーマニア軍はドイツ軍に対する戦いを開始、プラハの戦いに従事した。ブルガリアも9月10日に同様に枢軸を離脱、ドイツおよび残りの枢軸諸国への宣戦を布告した。枢軸国がブルガリアに差し向けた戦力はしかし不十分であり、すぐにブルガリアから追い返された。ユーゴスラビア領マケドニアに残されたブルガリア軍はドイツ軍に包囲され、また高位の指揮官の裏切りもあり、ブルガリア領への退路を開くための戦いを余儀なくされた。ブルガリアの3つの軍は45万5千人の兵力を擁し、1944年9月にティトー率いるパルティザンの同意を得て、ソフィアからユーゴスラビア領のニシュおよびスコピエに進駐、ギリシャから撤退するドイツ軍を阻止する戦略的役割を果たす。ユーゴスラビア領のセルビア西部、南西部およびマケドニアはその後2か月の間に13万人の兵力を擁するブルガリア第1軍によって解放され、その後ブルガリア軍はハンガリーへと北に攻勢を続けた。連合国の航空支援とソビエト赤軍の協力を受け、パルティザンは枢軸国に支配され傀儡国家となっているセルビアへと向かう。セルビアでは1941年のウジツェ共和国の瓦解（第1次反パルチザン攻勢）以降、パルティザンの活動は小規模にとどまっていた。9月にはパルティザンは赤軍と協力してベオグラード攻勢を敢行、10月20日にベオグラードを解放した。この年の冬にはパルティザンはセルビアの半分、ユーゴスラビア領マケドニア、モンテネグロ、そしてダルマチア沿岸部の大半を統制下に置くようになる。ドイツ国防軍とウスタシャ支配のクロアチア独立国はスレム地方に戦線を張り、この冬の間これを維持し、ギリシャから撤退してくるドイツ軍を支援した。パルティザンの兵員確保のために、ティトーは1944年12月31日までにパルティザンに加わる全ての者への免責を宣言した。
イタリア軍最高司令部は、1941年に24個の師団と3個の沿岸旅団をユーゴスラビア占領に割り当てた。これらはスロベニアから中央クロアチア、ダルマチアを経てモンテネグロ、コソボへと至る領域に展開された。1943年9月8日、イタリアは連合国との休戦に合意し、イタリア軍17個師団がユーゴスラビア域内に取り残された。これらの師団はいずれもドイツ軍への合流を拒絶した。2個師団がそのままモンテネグロのパルティザンに合流、1個師団がアルバニアのパルティザンへと合流、その他の多くはドイツに降伏し、捕虜となるか即決処刑された。また一部は武器、弾薬、装備を差し出してクロアチア独立国あるいはパルティザンに降伏するか、単に解散するか、あるいはトリエステを経由して徒歩で、あるいはアドリア海を経て海路でイタリアにたどり着いた。イタリア領ダルマチア州は解体され、イタリアの保有資産はドイツとクロアチアに分割された。イタリアが撤退した領域にドイツ軍は新たにアドリア海沿岸作戦区域を設置、クロアチア独立国はシドラガ＝ラヴニ・コタリ郡を置いた。
ドイツ諸侯にとっては、ハインリヒ4世が破門されるかされないかということは追い落としのための単なる口実に過ぎなかった。破門が取り消された後も諸侯はハインリヒ4世の追い落とし政策を推し進め、1077年3月にシュヴァーベン大公ルドルフを新しいローマ王（対立王）として立てた。この新旧のローマ王の争いにおいて教皇自身は中立を標榜し、むしろ事態の打開策を模索した。対立するドイツ諸侯たちは相手に対して優位にたとうと教皇の取り込みをはかった。しかし、中立者に起こりがちなことだが、結局教皇は両陣営の信頼を失う結果となった。最終的に1080年1月27日のフラックハイムの戦いでルドルフが勝利を収めたことで教皇はルドルフの方に軍配を上げた。ザクセン公の圧力とフラックハイムの戦いの勝利が実像以上に誇張して報告されたことで教皇は中立策を放棄して、1080年3月7日、再びハインリヒ4世の破門と廃位を宣言した。しかし前回の破門と違い、今回は諸侯と民衆が教皇の問責を支持せずむしろ不正なものであると考えた。さらに教皇が支持したルドルフが1080年10月に亡くなったことで状況は悪化した。ルドルフに代わって1081年8月にザルム伯ヘルマンが候補者にあがったが、彼にはドイツの諸侯を抑えるだけの力がなかった。数年来、力を蓄え、経験をつんできたハインリヒ4世は満を持して1080年6月16日にブリクセンに教会会議を召集して教皇の廃位を宣言させ、ラヴェンナの大司教グイベルトを新しい教皇の候補に指名した。1081年、ハインリヒ4世はイタリアに侵入し、ローマを囲んだ。教皇のもとにいた13人の枢機卿達は逃亡し、1084年3月24日、グイベルトがクレメンス3世として教皇位についた。ハインリヒ4世は改めてクレメンス3世から王冠を受けた。教皇グレゴリウス7世はサンタンジェロ城に追い込まれたが、ロベルト・イル・グイスカルドによって救出され、ローマを逃れた。ローマを離れた教皇はモンテ・カッシーノ、サレルノへと移り、1085年5月25日に同地で没した。