アニメ『機動戦士Vガンダム』の舞台となった宇宙世紀0153年では、サイコミュがニュータイプという特殊能力者に依存するシステムであったことや、バイオコンピュータの発達などによって兵器としての有用性を徐々に失っていった結果、この時代では機動兵器に搭載されることが稀になっている。コンティオのショットクローのような有線式の攻撃端末、ザンネックのザンネックベース、ゲンガオゾのヴァリアブルビーム・ランチャーはサイコミュ兵器のような動作をしており、サイコミュの存在を示唆してはいないが、かつて簡易サイコミュとして採用されたインコム並のインターフェィスの介在が考えられる。ザンネックは、鈴を媒体としたサイコミュが搭載されたサイコミュ対応型試作MSと明言されている。この時代のサイコミュ研究施設は、ザンスカール帝国のスーパーサイコ研究所があり、大衆洗脳プログラムの開発と並行して、サイコミュの開発や強化人間の養成も行われている。また、ザンスカールは木星船団と協力して、巨大サイコミュ兵器エンジェル・ハイロゥを開発している。
アニメ『機動戦士ガンダムF91』の舞台となった宇宙世紀0123年では、ガンダムF91にサイコミュの他に、バイオコンピュータ、バイオセンサーが搭載されている。ラフレシアには、ネオ・サイコミュが搭載されている。
アニメ『機動戦士ガンダムUC』の舞台となった宇宙世紀0096年では、新型のサイコフレームの開発により、フル・サイコフレームのユニコーンガンダムが登場し、実戦に投入された。袖付きは、旧式のサイコフレームを使用しているクシャトリヤ、ユニコーンガンダムのプロトタイプでフル・サイコフレームのシナンジュを運用した。
アニメ『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』の舞台となった宇宙世紀0093年では、サイコミュとサイコフレームを併用する事で、一般的なパイロットであっても、ミサイルであるファンネルを脳波誘導する事が想像されていた。アムロ・レイのようなニュータイプがこれらを使えば、敵のパイロットの意思まで読み取れるのではないかとも期待されていた。戦場では、サイコミュとサイコフレームを搭載したνガンダムやサザビーといった機体が登場した。
アニメ『機動戦士ガンダムZZ』の舞台となった宇宙世紀0088年では、ネオ・ジオンがグリプス戦争の際に、宇宙を漂流していたサイコガンダムMk-IIを回収し、連邦軍の技術を吸収した事でサイコミュを発展させた。サイコミュを搭載したゲーマルクの操縦には高いNT能力が必要とされたがキュベレイより扱いやすかった。ドーベン・ウルフはNT能力が低いパイロットでも、サイコミュが使用出来るように工夫されていて、インコムや優先制御式メガ・アーム(指揮官機のハンドビームはレーザー誘導式)はパイロットの感応波を利用したミノフスキー通信を使用せず、有線制御式となっている。ZZガンダムやザクIII改はバイオセンサーを搭載している。
小説『ガンダム・センチネル』の舞台となった宇宙世紀0088年では、インコムなどの人工的サイコミュ技術の発展等もあり、Sガンダムに搭載された画期的なコンピューター「ALICE(発展型論理・非論理認識装置)」は継続しての開発は見送られた。オーガスタ研究所で、サイコガンダムの小型版として開発されたガンダムMk-Vは準サイコミュを搭載し、NT能力のないパイロットでも操作出来るインコムを装備していた。この技術はニューディサイズの敗北と共に、ネオ・ジオンへと技術が流出して、ドーベン・ウルフの原形となった。
アニメ『機動戦士Zガンダム』の舞台となった宇宙世紀0087年では、アクシズがサイコミュシステムの小型化に成功して、機体サイズをキュベレイの大きさにまで収める事に成功した。また、キュベレイやZガンダム、ジ・オといった機体は準サイコミュに属するバイオセンサーを搭載している。ムラサメ研では、ジオングの開発資料を元にして、サイコガンダムが完成され、その改良型であるサイコガンダムMk-IIも製造された。しかし、それらに搭載されたサイコミュは未完成で、多くのパイロットの精神を破壊した。
サイコミュの開発に従事した技術者を完璧に追跡する事は難しく、連邦軍が運営するニタ研などの施設から情報が漏洩し、A・Eを始めとしたいくつかの民間企業に流出され、サイコミュの概念や基本的な機能はかなり広く知られるところとなった。これは連邦軍が意図的にリークした情報かも知れないと言われている。
7月、金村キンタローがアパッチプロレス軍（アパッチプロレスぐん）を設立することを発表。8月30日、後楽園ホールで旗揚げ戦を開催。2007年12月、所属選手と上層部の意見が対立して後楽園ホール大会の発表とチケット発売が大幅に遅れてしまい後楽園ホールから撤退せざるを得なくなる。2008年2月18日、金村が参戦していた大日本プロレスの女性スタッフに猥褻行為を行っていた事件が公に発覚（詳しくは「金村キンタローによる事件」を参照）。話し合いの結果、2月22日の新木場1stRING大会をもって金村の無期限出場禁止（後に懲戒解雇処分）並びにアパッチの無期限活動自粛を発表。活動休止の間、4月17日に黒田哲広、5月16日に佐々木貴が自主興行を開催したが金村を擁護した折原昌夫が参戦していたため批判を浴びた。12月、運営会社「CF企画」が撤退したため年内の活動停止が発表されたが佐々木を中心とした新体制の下で活動を継続していくことを発表。2009年1月16日、新体制の下で新木場1stRING大会を開催。5月22日、新木場1stRING大会の全試合終了後に金村がリングへ乱入して試合会場が混乱状態となる。これは全くアングルもなかったため不審者として試合会場からつまみ出される。また同興行に金村と共に佐藤耕平と橋本友彦が観戦していた。後に佐藤は所属しているプロレスリングZERO1から厳重注意されて謝罪コメントを出して橋本は週刊プロレスモバイルで金村と佐藤とは偶然居合わせたとコメントして謝罪。6月14日、小幡優作が退団。6月26日、新木場1stRING大会の試合開始直前に記者会見を行って「アパッチ」という名前を使うことが困難なため解散することを発表。8月8日、一関市総合体育館サブアリーナ大会を最後に解散。元所属選手の佐々木、GENTARO、葛西純、ジ・ウィンガー、神威はプロレスリングFREEDOMSを設立（怪我で療養中のマンモス佐々木は入団を保留したが後に入団）、黒田、BADBOY非道、Hi69はフリーに転向などとなった。