洋行中、浦和裁判所長への配属が内定していたが、大木喬任、山田顕義より京都第三高等学校法学部の組織管理を頼まれたため、司法実務に就きたい旨を伝えると、大津始審裁判所長に変更され、法学部で裁判所構成法、民事訴訟法を講義した。明治24年（1891年）、京都地方裁判所長となり、上京区土手町通の北垣国道所有旧河原御殿に住み、5年後下立売通烏丸の官舎に移った。明治29年（1896年）、東京地方裁判所長として単身赴任した。明治31年（1898年）4月15日、八丈島、小笠原諸島に渡り、裁判所設置を協議した。明治31年（1898年）、司法省で人事改革により藩閥派が一掃され、大阪控訴院長に就いた。明治38年（1905年）春リウマチを発症、初秋眼病が再発したため、10月27日休職を願い出た。11月6日休職を許され、大阪ホテルで法曹界500人で送別会が行われた。明治40年（1907年）旧居西隣北町6番地に移転し、明治41年（1908年）5月旧居を福原鐐二郎に売却した。
明治19年（1886年）、司法省法学校で学生派遣の義が起こると、在官者の自費参加を横田国臣等と司法大臣山田顕義に駆け合い、司法官僚横田国臣、近藤鎮三、高木豊三、一瀬勇三郎、藤堂融、学生田部芳、小宮三保松、富谷鉎太郎、石渡敏一、視察松岡康毅、平島及平と共にヨーロッパ留学が決まった。スエズ運河航路よりマルセイユ、パリを経て5月13日ベルリンに到着し、ベルリン大学でブルンネルに民法、ダンバハに国際法、ペルニースにパンデクテン、ルボーに刑法、ダンバハに刑事訴訟法、コーレルに民事訴訟法を学んだ。単身ワルシャワ、モスクワ、サンクトペテルブルクを巡り、3月から4月にかけて丸山作楽と共にミュンヘン、ヴェローナ、ミラノ、トリノ、ジェノヴァ、ローマ、ブダペスト、ウィーンを巡った。明治21年（1888年）9月1日ライプツィヒに移り、ライプツィヒ大学でゾームに商法、フリドベルヒに法律・歴史、ワフに民事訴訟法、破産法を学び、ライプツィヒ地方裁判所評定官レンホルムを雇って司法実務を調査した。9月パリカルチエ・ラタンに移り、パリ控訴院代訟人ボワゼル事務所で司法実務を調査し、リヨン・カンに比較商法を学んだ。5月11日期間が満了し、ロンドン、ニューヨーク、サンフランシスコ、ハワイを経由して7月5日横浜に帰着した。
公安警察は、対象組織内に情報提供者を作る「獲得作業」と呼ばれる捜査手法を用いる。情報提供者であることが発覚すれば、その人物は命の危険すらあるため、作業は警察庁警備局警備企画課の極秘チーム「チヨダ」の指揮下で極めて慎重に行われる。こうして警察庁警備局の極秘チーム「チヨダ」の指導を受けながら「登録玉」（トウロクダマ）として運用される。公安警察が得意とするのは徹底した「行確」（コウカク）である。捜査対象を24時間、監視下において、行動や人脈を丸裸にして行く作業だ。この行確は張り込みと尾行によって行われる。対象者の勤務先や住居の向かいの一室を借り切って「秘撮（盗撮）」したり、必要に応じて「秘聴（盗聴）」もする。公安警察官は、対象者を秘匿に行確する手法が非常に高いといわれている。冷戦期に東京勤務の経験がある旧ソ連KGBや米国CIAの工作員が、日本の公安警察官による行確の手法は非常に高度であると評価している。公安警察官は被疑者に突き飛ばされたふりをして公務執行妨害罪を適用し逮捕する手法を用いることが多く、特に政治団体への捜査に用いられる。公務執行妨害罪容疑での逮捕は、特に地下鉄サリン事件以降オウム真理教（Aleph）の信者など関係者に多用された。デモ活動の参加者が公安警察官や機動隊員に抗議したところ、公務執行妨害罪容疑で逮捕される事例がある。1970年代には連合赤軍によるあさま山荘事件や東アジア反日武装戦線による連続企業爆破事件など、過激派によるテロ事件が続発していたため、警察当局は過激派を中心とする新左翼党派のメンバーを路上で唾を吐いた（軽犯罪法違反）、赤信号で横断歩道を渡った（道路交通法違反）容疑などで逮捕することが多々あった。1990年代には、オウム真理教の信者がカッターナイフを所持していたために銃刀法違反、マンションや東京ドームでのビラ配布で建造物侵入、ホテルの宿泊者名簿に偽名を記入したことによる旅館業法違反容疑、自動車の移転登録をしなかったために道路運送車両法違反容疑など、信者四百数十名が別件逮捕・微罪逮捕で拘束された。2000年代には、反戦ビラを防衛庁宿舎の各室新聞受けに配布したところ住居侵入罪で逮捕・起訴され（立川反戦ビラ配布事件）、微罪逮捕であるとして批判された。また、2008年10月に当時内閣総理大臣であった麻生太郎の私邸を見学するツアーを行ったところ、東京都条例違反（無届デモ）及び公務執行妨害の容疑で3人が逮捕、不起訴となり（麻生邸見学ツアー逮捕事件）、レイバーネット日本は微罪・別件逮捕、不当逮捕であると批判している。この他に、アパートを借りる際に反戦運動をすることを告げずに受験勉強をするからとして賃貸契約したことが詐欺罪にあたるとして逮捕された事例などがある。2010年10月には、警視庁公安部外事三課の捜査資料114件がインターネット上に流出し、600人以上のイスラム教徒に対してテロリスト予備軍としての疑いの目を向け個人情報を収拾していたことが分かり、情報管理、プライバシー侵害の観点から問題となった（警視庁国際テロ捜査情報流出事件）。公安警察官はたとえ他部門の警察官が同事案を扱っていたとしても、情報交換をせず、警察内部でも秘密主義的であるとされる。ただし、過去に警視庁では連続企業爆破事件、警察庁長官狙撃事件など大規模事案において、一つの特別捜査本部に公安部と刑事部双方が投入されたこともある。ところが、双方に情報が分散してしまい、十分な捜査情報が共有されなかったという。例えば、警察庁長官狙撃事件の際は、事件現場にいたとされるオウム真理教信者の警視庁警察官を、南千住警察署特別捜査本部に投入されていた公安部公安第一課が長期間の軟禁状態にし、事情聴取までしていたにもかかわらず、同じ特別捜査本部に投入されていた刑事部にその情報を一切公開しなかったことで捜査に支障が生じたこともあった。基本的に捜査費用は非公開とされているため、予算の配分が妥当なのかどうか、判断することが難しい状態になっている。2010年には警視庁公安部公安第二課の巡査部長による経費詐取が発覚している。