「世界各地に生息する珍獣・幻獣を多数採取し、膨大な観察記録を残したのち謎の失踪を遂げた動物学者、ペーター・アーマイゼンハウフェン博士の資料が発見された」と銘打ち数々の常識ではありえない生物（翼の生えたライオン・空を飛ぶゾウなど）の生態写真や解剖図などを紹介。本文・写真・データ・状況設定などは非常にリアルであり、ペーター・アーマイゼンハウフェン博士の生い立ちなども詳しく紹介されているが、これらは著者による創作である。なお、著者フォンクベルタとフォルミゲーラは「本書の内容はフィクションである」とは書いていないが、製作ノートにおいて「現実とフィクション、自然界と想像界とは隔てる、曖昧な境界線への旅を、ぼくらははじめた」と記している。「秘密の動物誌」の当初の創作目標は「写真ドキュメントの説得力の薄弱さをしめすこと」であったが「科学的言説、認識形成メカニズムに潜む技術や策略をも考え直してみようということ」を提案している、としている。
梅雨時の或る明け方、書斎での徹夜の仕事を終え寝室で眠りについた頃、外部の騒がしい音に目を覚ました「私」は、父親が大声で誰かを制止しているただならぬ気配と、何者かが力強く勝手口の扉を叩く音の異常さに気づき、木刀を持って階下に降りていった。やがて音は別の場所に移り、2階の妻の寝室の仏蘭西窓が激しく叩かれていた。「私」が階下に戻り、子供たちをどこに隠すか家族と相談していると、ガラスの割れる音がした。2階に行こうとする妻に「私」は木刀を渡し、妻より先に上り、書斎に置いてある、もう一つの木刀を取りに上がった。カーテンに閉ざされた薄暗い書斎の机の角に、背の高い痩せぎすの青年が立っていた。青年はひどく蒼ざめた顔で、書棚から引き抜いた一冊の百科事典をひろげて見ていた。何をしに来たのかと「私」が問うと、その青年は、極度に緊張した蒼白な顔で、「本を借りに来たんです」とふるえ声で「私」を見つめ、1、2歩近づくように身体が揺れて、「本当のことを話して下さい」とさらに切羽詰った声音で言った。「本当のこと」とは何かと「私」が聞くと、青年は喘ぎながら、また同じ言葉を繰り返すだけだったが、「私」はなるべく穏やかに、「何でも本当のことを話しましょう」と時間稼ぎをした。そこへ警官らが入って来て青年は取り囲まれたが、再び同じ言葉を叫び、警官になだめられながら大人しく連行された。しかし勝手口から追い出されそうになると暴れ出し、激しく抵抗しながら、なおも首を後方の「私」に向け、「三島さあん！」と何度も絶叫して行った。警察での聞き取り調書が終り、「犯人」との面通しをした時、青年の表情には先刻の「切実な魂」はなく、「私」はそこに単なる「他人の顔」を見るだけだった。小説家として有名になって以来、「私」はしばしば異様な来客に見舞われ、中には、冷静で狡猾な恐喝まがいの者もあり、そんな悪質で陋劣な輩に「私」は激しい敵意と怒りを覚えるのだが、今度の蒼ざめた青年には全く「悪の匂い」を感じなかった。「私」は、ふるえて立っている極度に蒼ざめた青年の顔を見た瞬間、自分の「影」がそこに立っているような気がしたのである。しかし「私」は今まで誰かに狂信的に惹かれたことも、狂人であったこともない。「私」が狂的な事件や心理に興味を持つ場合は、それが芸術作品に似た「論理的一貫性」を含んでいる時だけで、その作中人物を「私」が愛する理由は、「〈憑かれる〉ということ」と「論理的一貫性」とが「私」にとっては「同義語」だからである。そしてその「論理的一貫性」は、「無限に非現実的」になる可能性もあるが、同時に「狂気からも無限に遠い」のである。小説を書くという仕事は、「酒を売る人」に似て、「酩酊」を売るのである。正常な人はそれを「酒」と知った上で、一夜の酔いを楽しみ、醒めれば我に返るが、中にはそれが酒とは知らず、何か有益な飲料と勘違いして悪酔いする人がいたり、元から正常な精神でない人がこれを飲み、その「酒精分」から思わぬ怖ろしい事態を招くこともある。闖入者の青年の狂気が「孤独」に育まれたものであるのを「私」は一瞥で解したが、その狂気の発現には、「私」の文学作品が介在し、活字を通じて見知らぬ他人の孤独の中へ、小説家の孤独がしみ入っていくのである。今度の闖入事件で、「私」は決して作家が見る機会のない、そういった「読者」の顔を直に見たような気がした。「私」は普段、「孤独すぎる人間」に「或る忌まわしさ」を感じ、彼らを避け、なるべくなら快活で明るく冗談好きな人たちと過ごしていたいが、「私」の知らない「私」の「精霊」は、陰気な背広を着た「方面委員」のように、孤独な人たちの家々を日夜訪ね歩いている。「孤独の病菌」が充ちていたあの青年を、「私」は今、多少の侮蔑と親しみを込め、「あいつ」と呼ぶ。一体「あいつ」はどこからやって来たのか。警官は「私」に「あいつ」の住所は知らせなかった。だが「私」には「あいつ」がどこから来たのか分かるような気がしている。「あいつ」は、「私」の心から来たのである。小説家の心は広大で、「あいつ」が考えるほど一色でなく、都会のようにビル街もあれば、並木道や商店街もあり、中央停車場や飛行機、路面電車も走り、野球場や劇場もある。「私」はそのどんな細道も諳んじ、この地図は通常丹念に折り畳まれている。だが、「私」が普段閑却している未開拓の荒涼とした、或る「広大な地域」は、その地図には誌されていない。「私」の「心の都会を取り囲んでいる広大な荒野」の存在を「私」は知りながらも、足を運ばずにいる。だがそこを「私」は訪れたことがあり、いつかまた、訪れなければならないことを知っている。「あいつ」はその「荒野」から来たのだ。「あいつ」は、本当のことを話せ、と「私」に言ったから、本当のことを話した。