年間優勝（年間王者）はJ1で年間の最終順位が1位（優勝）だったクラブのみに与えられる。J1で優勝したクラブには翌年のJリーグおよび天皇杯で使用するユニフォームの右袖に、金色のJリーグロゴマークエンブレムをつけることができる。ロゴマークの下には、2行で「yyyy（優勝した年）J LEAGUE CHAMPIONS」と表示されている。また、翌年開催されるFUJI XEROX SUPER CUPへの出場権が与えられる。J1で年間最終順位の上位クラブに翌年のAFCチャンピオンズリーグ (ACL) の出場権が与えられる。出場枠については32クラブが本大会に参加するようになった2009年大会以降は「年間順位の上位3クラブ（上位3クラブのいずれかが天皇杯優勝クラブと重複する場合は上位4クラブ）」に出場権が与えられているが、本戦出場枠の見直しが行われた2015年大会以降は、「上位2クラブがグループリーグ（本戦）出場、3位（上位3クラブのいずれかが天皇杯優勝クラブと重複する場合は4位）のクラブがプレーオフ出場」となっている。1993-2000年までの年間優勝には、AFCチャンピオンズリーグの前身であるAFCアジアクラブ選手権の出場権が特典として与えられていた。ただ、Jリーグが発足する前年の1992年は、Jリーグカップの優勝クラブ（ヴェルディ川崎）が国内リーグの優勝クラブ扱いでこの大会に出場した。このほか、FIFAクラブワールドカップが日本で開催される場合、その年度の優勝クラブは「開催国出場枠」で出場する権利が与えられる（2007年以降）。ただし、ACLにおいて日本のクラブが優勝した場合はACL優勝クラブの出場が優先され（ACL準優勝クラブが「開催国枠」の代替で出場する）、Jリーグ優勝クラブはACLとの2冠でない限り出場できない。
Jリーグはシーズンの開催期間を3月頃開幕・12月頃閉幕の「春秋シーズン制」を採用している。基本的に開催期間内の毎週末（土曜日または日曜日）に開催されるほか、ゴールデンウィーク期間中をはじめとして祝日に開催され週2試合開催となることがある。週末開催については2012年シーズン以降は原則として土曜日に開催日が集約されているが、それ以前は終盤の数節を除き、土曜日に6-7試合程度、日曜日に残りの2-3試合程度を分散開催していた。また、週の半ば（基本的に水曜日）にリーグ戦を開催することもある（Jリーグ創設当初は水曜・土曜の週2回開催が基本であった）。2018年から年間10節程度の予定で、DAZN協賛による「明治安田生命フライデーナイトJリーグ」と題して、金曜日のナイターを各節1～3試合行う節を設けているAFCチャンピオンズリーグ (ACL) に参加するクラブについては、ACLの試合がおおむね火曜日または水曜日に開催されることから、試合日・移動日との間隔を考慮して当該クラブの試合を日曜日、あるいは後日の平日に延期することがある。なお2017年のゴールデンウィークにおいては、5日間連続開催とし、5月3日にルヴァンカップ第4節を行った後、5月4日-5月7日にJ1リーグの第10節を分割開催した。このうち、AFCチャンピオンズリーグ2017に出場する4クラブは、翌週の5月9日・5月10日にグループリーグ第6節が行われるため、5月4日・5日に分けて開催、残りの各チームは5月6日・7日に試合を行った。日本代表の強化を優先させる観点から、日本代表の出場する国際試合（FIFAワールドカップ・AFCアジアカップの本選・予選）あるいはU-23日本代表が出場する国際試合（オリンピックのサッカー競技・アジア競技大会サッカー競技）が行われる期間はリーグ戦が長期中断される。水曜日に開催する場合は祝日と重ならない範囲であれば原則ナイトゲームである。ただし1993年・1994年・2011年のごくわずかな試合で平日のデーゲームが行われた事例がある。
かつては抵抗性の北米種を植えることが行われた。テーダマツやリギダマツが代表的である。特にテーダマツは原産地では樹高40-50mに達することもある大型種で在来アカマツと比べて苗木の成長もきわめて速いなどと対マツ枯れ以外の面も期待されたが、地上部に比べて根の発達が貧弱で風で損傷しやすいことや、外来種問題などから現在は廃れてしまった。他にも在来のクロマツにバビショウ（タイワンアカマツ、P. massoniana）を掛け合わせた雑種などが開発されたことがある。バビショウはアジア産種でありながら線虫に対して強い抵抗性があり、この雑種も抵抗性を持ったという。ただし、これも線虫には抵抗性があっても他の害虫に弱いという欠点があり広い普及には至らなかった。現在主流なのは在来種の抵抗性個体の選抜である。マツ枯れ被害の大きな森林でも枯死せず生き残った個体から種子を採り、発芽させた苗木に線虫を投与して枯死しなかったものを選抜する。実生の子は親のクローンではないために必ずしも抵抗性を持つとは限らないために、線虫の接種による抵抗性の検定が欠かせず、手間と費用がかかるのが欠点である。挿し木などの無性繁殖では子供は親の形質をそのまま受け継ぐために、抵抗性系統の母樹から低コストで効率的に生産ができると考えられている。一方でマツは一般的に挿し木による繁殖が難しいことで知られており、効率的な発根・定着条件を探す研究が続けられている、近年の研究では発根率の良い若い苗木時代に植物ホルモンのサイトカイニンを投与してやると発根率の良い挿し穂が量産できるとされている。アカマツには抵抗性系統が比較的多く見つかっているが、クロマツの抵抗性系統は少ない。また、これらについても抵抗性はあるが、樹形や成長速度などの面は考慮されておらず課題が残る。病理的に不明な部分があること、日本人の遺伝子組み換え作物に対する嫌悪感もあってか遺伝子組み換えの抵抗性マツを作ろうという動きは殆どない。海外種との交雑実験も前述のように廃れてしまった。