菌根はかつて外生菌根（ectotrophic mycorrhiza）と内生菌根（endotrophic mycorrhiza）とに分けられていたが、内生菌根とされたものに含まれる複数の菌根タイプ（アーバスキュラー菌根、エリコイド菌根、ラン菌根）は相互に全く異なることが明らかになり、内生菌根という用語は使われなくなった。それに対し外生菌根とされたものはよくまとまったグループであり、そのまま外生菌根という用語を使い続ける研究者も多い。現在では菌根は純粋に形態から定義されるようになり、ectotrophic mycorrhiza（直訳すれば外部栄養性菌根）はectomycorrhiza（直訳すれば外菌根）と定義し直された。文部科学省の学術用語集には「外菌根」の方が収載されている。古い文献では sheathing mycorrhiza という語を見かけることもある。
多くの外菌根菌はセルロースのような多糖類を分解する能力を持たず、エネルギー（炭素）については宿主植物から供給される単糖類に依存している。多糖類を利用できる腐生性きのこでは最初から生育に必要な栄養を全て与えておくバッチ式培養による栽培が可能だが、炭素源として単糖類を必要とするマツタケなどの菌根菌の場合は培地にあまり多量の単糖類を加えると浸透圧が上昇してしまうためバッチ式では栽培できない。例外はホンシメジで、この菌は系統によって程度は異なるがデンプン資化能（栄養源として利用する能力）があるため、浸透圧に影響を与えることなく必要な栄養素を与えることが可能で、通常のきのこ栽培に近い方法で栽培することができる。外菌根菌は樹木と共生すると外菌根を形成するためそう呼ばれるが、その一部はイチヤクソウ科やラン科の植物とも共生し、それぞれアルブトイド菌根やモノトロポイド菌根、あるいはラン菌根を形成する。つまり、同一の菌が一方では樹木と外菌根を、他方ではイチヤクソウ科やラン科植物とそれぞれの型の菌根を形成することになる。イチヤクソウ科やラン科の植物の多くは、生活に要するエネルギーの一部または全部を菌根菌に依存するため、全体としてみると樹木が菌を介してそれらの植物を養っていることになる。
外菌根を形成する菌（外菌根菌）の多くは担子菌門に属する。比較的少数ながら子嚢菌門に属する外菌根菌もあり、接合菌門に属するものもわずかにある。外菌根菌はよくきのこを作る菌として認識されるが、地上生のきのこばかりではなく、目につきにくい地下生の子実体（きのこ）を形成するものも多い。分子的手法により、同一のサイトにおける菌根菌そのものの多様性は菌根性きのこの多様性よりはるかに高く、また種や属の相対的な優占度も全く異なることが多いことが明らかになってきた。これは菌根として存在しても少なくともその場では（あるいは全く）きのこを作らない菌根菌が多数あり、地上で優占するきのこの菌根が地下でも優占するとは限らないということを意味する。外菌根菌の主要なグループには、ベニタケ科、フウセンタケ科、テングタケ科、イグチ科、イボタケ科、およびマツタケやホンシメジを含むキシメジ科の一部といった担子菌、セイヨウショウロ科（トリュフ類）、チャワンタケ科の一部といった子嚢菌、および子嚢菌系不完全菌のCenococcum属（シーノコッカムと英語読みする研究者が多い）などがあり、さらに接合菌であるアツギケカビ属（ケカビ亜門）も外菌根を形成することが知られている。その他にも多くの外菌根菌がおり、さらにきのこを作らない外菌根菌も多数存在する。
性に自信のある少年・アンデュークはある女性との性行為中に身体を貫かれ、昏睡状態に陥る。アリシアという少女に介抱されていたアンデュークは昏睡から10年後に初めて目を覚ました。ある日、アリシアはバーンシュタイン城へ使いに行く。城が妖魔に襲われていることを知ったアンデュークは駆けつけるが、アリシアは彼の目の前で死亡する。悲しむアンデュークの目の前で、アリシアの身体は妖精に変化し、コリーヌと名乗る。コリーヌは、天族の血を引く唯一の人間であるアンデュークに、4つの天宝玉を集めて妖魔退治に必要な光の道を開いて欲しいと要請するも、アンデュークは消極的な態度を見せてる。そこへ、バーンシュタイン城の王子クリスが天宝玉の一つを手に協力を引き受け、アンデュークを一蹴する。これによりアンデュークはやる気を見せ、アンデューク、コリーヌ、クリスの三人は天宝玉集めの旅に出た。一行は、火山の峠道にある火の遺跡の守護者・シャルロットに出会い、二つ目の天宝玉を得る。さらに、盗賊のモニカとも出会い、彼女の故郷であるレインボーアイランドにて三つ目の天宝玉を得る。妖魔のベルゼイやセリーヌの妨害を受けつつも、一行は光の道があるとされる風の遺跡にたどり着く。ところが、彼女の罠によって魔に犯されたアンデュークは妖魔となり、三つの天宝玉も奪われる。彼の身体の中にあった最後の天宝玉の確保に成功した一行は、アンデュークを復活させることができる占い師レイミンを加え、アンデュークの肉体の奪還に成功する。天空に最も近い場所とされるシルバ城で儀式を行う。復活したアンデュークと仲間達は、妖魔の本拠地である天空の城にてベルゼイやセリーヌを退けてすべての天宝玉を取り戻し、さらには妖魔王ギルガントを倒す。死の間際、ギルガントは天空の城を破壊する。アンデュークは、自らの内にある天宝玉を取り出して光の道を作り、仲間達と共に脱出を果たす。戦いが終わり、各々は幸せな生活を送る。天界にて治療を受けたアンデュークは、天界に住まうことを提案される。彼は地上で暮らしたいと答えるが、その前に天界の女たちを味わいたいと話す。