フィロウイルス科のウイルスは致死性の高い病原体である。フィロウイルスはウイルス性出血熱を引き起こすフィラメント状のウイルスで、エボラウイルスやマールブルグウイルスなどが含まれる。マールブルグウイルスは、2005年4月のアンゴラでのアウトブレイクによって広く報道の関心を引くようになった。2004年の10月に始まり2005年に入っても継続し、252件の発症件数のうち227人が死亡した。西アフリカでのエボラウイルスの流行は2013年に始まり、HIVの出現以降で最も壊滅的なものとなった。最初のアウトブレイクは2013年12月、ギニア南部の村メリアンドゥ (Meliandou) で起こった。最初の犠牲者は2歳の少年、彼の3歳の姉、彼らの母親と祖母であった。家族や介護者が参列した祖母の葬儀の後、病気は近隣の村へ拡散した。2014年3月までに、地域の公衆衛生当局が懸念しギニアの保健省へ報告を行うほどアウトブレイクは深刻なものとなっていた。その年の中ごろまでに、流行はリベリアやシエラレオネへ拡散した。2015年6月の時点で、世界保健機関は2万7000件以上の症例を報告しており、1万1000人以上の死者が発生した。エボラウイルスの自然発生源はおそらくコウモリである。マールブルグウイルスはサルから、ラッサ熱はネズミの1種 Mastomys natalensis からヒトへ伝染する。人獣共通感染症は、多くの場合ヒトは感染への免疫を持っていないため重症となり、ウイルスのビルレンスが低下するのは新たな宿主へ良く適応したときだけである。いくつかの人獣共通感染症においてヒトへの感染はしばしば「行き止まり」であり、ウイルスはヒトからヒトへの拡散を効率的に行えないため、初期のアウトブレイクの後は感染率が低下する。21世紀の初頭には、発展途上国での壊滅的な流行に対する世界的な認識の高まりが見られた。これらは過去の数十年の間、国際的な医療コミュニティから比較的認知されないまま見過ごされてきた。
1997年にマレーシアの農家と飼育されていたブタで呼吸器疾患のアウトブレイクが起こった。265件以上の脳炎が記録され、そのうち105件は致死性であった。犠牲者の脳からは新種のパラミクソウイルスが発見され、彼が暮らしていた村の名前を取ってニパウイルスと名付けられた。感染はオオコウモリのウイルスによって引き起こされる。オオコウモリは生息地が森林伐採で破壊されてブタの農場の近くの樹木へ移動し、その糞からブタへウイルスが伝染した。
フラビウイルスの1種であるウエストナイルウイルスは1937年に同定され、熱病の女性の血液中に発見された。蚊と鳥類が保有しているこのウイルスは、1950年代に北アフリカと中東で感染のアウトブレイクを引き起こし、1960年代にはヨーロッパのウマが犠牲となった。ヒトでの最大のアウトブレイクは南アフリカのケープ州で1974年に発生し、1万人が発病した。ヒトやウマでの流行の頻度の増大は1996年に地中海周辺地域で始まった。ウイルスは1999年までにニューヨークに到達し、その後アメリカ全土に拡散した。アメリカでは、蚊は晩夏に最も多い量のウイルスを保有しており、発症件数は7月中旬から9月初めにかけて増加する。気候が涼しくなると、蚊が死ぬため病気の危険性は減少する。ヨーロッパではアウトブレイクが多数発生し、2000年にイギリスではヒト、死んだ鳥類、蚊、そしてウマにおけるウイルスの保有率を監視するプログラムが開始された。ウイルスを保有する種の蚊 Culex modestus は、以前はイギリスには生息していないと考えられていたが、ケントの北部の沼沢地に生息している。この蚊は南ヨーロッパに広く分布し、ウエストナイルウイルスを保有している。
重症急性呼吸器症候群 (SARS) は新型のコロナウイルスによって引き起こされる。他のコロナウイルスによるヒトへの感染は軽度であることが知られているため、この新しいウイルス株のビルレンスの高さと迅速な拡散に対して医療専門家は警告を発し、社会不安が引き起こされた。大規模なパンデミックの不安が現実のものとなることはなく、約8000の症例と800人の死者を出した後、2003年7月までにアウトブレイクは終息した。SARSウイルスの正確な起源は知られていないが、コウモリに由来するものであることをエビデンスは示唆している。
新興ウイルスとは、比較的最近になって宿主の種に感染するようになったウイルスである。ヒトの場合、多くの新興ウイルスは他の動物に由来するものである。他の種へも伝染するウイルスによって引き起こされるとき、ヒトの病気は人獣共通感染症と呼ばれる。
1980年代になり、個体数が増えて分布が拡大したことで在来種であるニホンリスと競合し、ニホンリスの地域的な絶滅要因になる可能性が懸念されている。コゲラやシジュウカラといった小鳥の巣がある樹洞の入り口をかじって広げ、中にいる雛や卵を食べる被害も報告されている。餌の少ない冬場などは人家近くに現れることも多い。主に木の実を食べる。ツバキの蕾や収穫前の果実を食べることや、樹木の樹皮をはがして食べることがあり、食害が問題になっている地域もある。また地域によっては、電線や電話線をかじる、雨戸などの家屋をかじるといった被害も出ている。神奈川県鎌倉市では、民家の天井裏などに住み着き、庭の果樹をかじる、物干し竿を伝い歩きすることによって洗濯物を汚す、電線や電話線をかじるなどの被害が出ている。また英勝寺では、市指定天然記念物であるワビスケの樹皮が剥がされる被害がでている。鎌倉市では、1999年からタイワンリスに対する餌付けを禁止し、捕獲作業を行っている。捕獲を開始してからは、年々捕獲数、被害相談件数ともに減少している。長崎県壱岐市や五島市（鬼岳山麓）では、植林したスギやヒノキの樹皮を食害したり、農園の果樹や農作物を食害したりする被害がでている。そのため、かご罠や捕獲檻などを使った駆除が行われている。2005年度における両市での捕獲頭数は5623頭になり、被害総額は182万円にのぼった。伊豆大島では、島内で敷設されている送電線を、タイワンリスが渡ったりかじったりすることによる停電被害の未然防止のために、特別な皮膜で覆われたものに交換した。2005年に外来生物法による特定外来生物に指定された。したがって、飼育などが原則的に禁止されている。しかし、岐阜県岐阜市の金華山にはタイワンリスと遊べる「金華山リス村」が所在するほか、静岡県浜松市の四ツ池公園でも放し飼いにされているように、タイワンリスを観光的に利用しようという例はなおも存在している。