2011年10月1日以降も南極観測船「宗谷」と屋外展示物の公開を行っており、2017年までは体験教室プールで各種イベントを開催していた。また、2012年1月2日からは新設されたMINI展示場にて本館収蔵資料の展示公開を開始した。2016年には隣接地での東京国際クルーズターミナル建設に伴い、「宗谷」の展示場所を対岸桟橋に移動している。
2011年9月30日をもって本館展示を無期限で休止するとともに、青函連絡船「羊蹄丸」の展示保存を終了した。本館は開館後37年が経過して施設建屋・展示内容共に老朽化が著しく、羊蹄丸については維持費負担の点から国内団体に無償譲渡されることになった。休館は同年7月1日に公表された。7月20日から休館日までは謝恩価格として入館料が大人200円に引き下げられると共に企画展やイベントなどが開催され、休館前の2か月間で12万人以上の見学者が来館した。最終日は羊蹄丸の模擬出港などのセレモニーが実施された。本館展示休止中は、本館展示や収蔵品を撮影した画像等を公式ホームページに掲載し、インターネットを通じて公開するという「バーチャル博物館」の試みを推進するとともに、資料の貸し出しを行う「海と船の博物館ネットワーク」の試み、本館展示のリニューアルを検討するとしているが、老朽化した本館施設の処置も含めて具体的な内容は明らかでない。
財団法人日本船舶振興会（現公益財団法人日本財団）が、モーターボート競走の収益金を世のため人のために生かす事業として海事博物館を構想、1967年に日本海事科学振興財団を設立して開館にいたったものである。船舶や海運、海洋開発、海上保安に関する事柄を中心に、船舶の構造・歴史の解説や、エンジンなど各種機器の展示を行ってきた。1974年（昭和49年）7月20日に三橋設計の設計で開館し、開館当時は現在の東京臨海副都心地区最初の建築物といえる建物だった。1978年（昭和53年）からおよそ1年間にわたり同館周辺で開催された宇宙科学博覧会では、1期・2期の両期で1100万人もの来場者を集めた。開館以来、同館の運営には日本財団がボートレースの収益を元に助成を行っており、競艇と関わり合いの深い施設である。
1916年にビルンに開いた木工所で、オーレ・キアク・クリスチャンセンは地域の農家向けに家と家具を作って生活していた。助けは、少数の見習い社員だけだった。1924年、2人の幼い息子が木の削り屑に火を着けたために木工所が火事で焼失したが、オーレ・キアクは災難にもめげず、木工所を大きくする機会だと捉えてさらに仕事に励んだ。しかし間も無く世界恐慌が生活に影を落とすようになった。制作費を切り詰める方法を探すうち、設計支援として製品の縮小模型を作り始めた。この時作った梯子やアイロン台の模型が、後に玩具を作る切っ掛けとなる。オーレ・キアクは、引き廻して遊ぶ木製玩具や、豚の形の貯金箱や、自動車やトラックの玩具を作り始めた。ささやかな成功を手にしたオーレ・キアクであったが、当時多くの家庭は貧しくて玩具を買う余裕がなく、地域の農民達の中には食物と引き換えに玩具を買う者さえいた。このような情勢の中では、収益を得るためには玩具だけでなく実用的な家具も作り続ける必要があった。1930年中頃、ヨーヨーが流行したお蔭で一時的に仕事が活発になったが、流行はあっという間に過ぎ去ってしまった。ここでオーレ・キアクは再び不利を利点に変える。ヨーヨーの未使用部品を玩具のトラックに流用したのだ。この頃息子のゴッドフレッドが一緒に働き始める。1934年、社名を、デンマーク語で「よく遊べ」を意味する"Leg Godt"からオーレ・キアクが考えた造語LEGOとした。LEGOにはラテン語で「組み立てる」の意味がある。プラスチックの使用が広がる時代の流れに合わせ、オーレ・キアクはプラスチック製の玩具を作り始めた。最初の組み立て式玩具の一つは、部品を組み替えられるトラックだった。1947年、オーレ・キアクとゴッドフレッドは、キッディクラフト (Kiddicraft) 社が制作したプラスチック製結合ブロックの型見本を入手した。これは自動結合組み立てブロック (Kiddicraft Self-Locking Building Bricks) といって、イギリス人のハリー・フィッシャー・ページがデザインし特許を取得したものであった。1949年、レゴ社はこれに似たブロックを、自動結合ブロック (Automatic Binding Bricks) と名付けて発売した。このアセチルセルロース製のブロックは、積み上げて遊ぶ伝統的な木製ブロック（積み木）の精神で開発された相互に結合するプラスチック製ブロックである。ブロックの上部には数個の突起（スタッドまたはポッチという）が、底は長方形の空洞になっており、互いにくっつくが、外すことができない程きつくはない。1953年、ブロックに新しい名前が与えられた。LEGO Mursten即ちLEGO Bricks（レゴブロック）である。しかし玩具にプラスチックを採用する試みは、当時の小売り業者や消費者には受け入れられず、売れ行き不振で返品の山となった。「プラスチック製玩具が木製玩具と置き換わることはない」という批判もあったが、オーレ・キアクは気を変えることなくやり通した。1954年までにゴッドフレッドはレゴ社の常務取締役になっていた。彼は海外の玩具業者と話し合いをした際に、玩具システムの改良案を考え出した。ゴッドフレッドは、創造的な遊びのシステムになる大きな可能性をレゴブロックに見ていたが、ブロックには結合力に限界があり、作れる形に限りがある技術的な面の問題があった。1958年、今日見られるブロックのデザインができ上がった。ブロックの裏側に改良を加え、空洞部分に円筒を配置することにより底面の結合力が増し、色々な形を作れるようになった。同年、オーレ・キアクが死去し、ゴッドフレッドが会社を引き継いだ。