タブブラウザ形式のウェブブラウザの他、電子メールクライアント、ニュースクライアント（ニュースリーダー）、WYSIWYG型HTMLエディタ、アドレス帳、IRCクライアントChatzillaも実装されている。XULというXMLをベースにした言語を使い、機能を拡張することができる。また、標準機能としては利用できないが、拡張機能でカレンダー機能なども追加する事ができる。このカレンダーはvCal形式を採用しており、macOSのiCalとも互換性がある。このようにプラグインにより、さまざまなアプリケーションを追加可能である。これらはXULによって開発されている。現在のオープンソースとなったMozillaは、Netscape 5.0としてリリース予定だった開発中のソースコードをベースにして機能改良を施していくという方向性で開発が始まった。しかし、既存のソースコードをそのまま使っていては問題が多かった為にレンダリングエンジンを全面的に書き直す事となった。こうして出来上がった全く新しいレンダリングエンジンがGeckoであり、それを用いてNetscape 6、7などがリリースされた。以前、Mozilla自体は完成した製品/ソフトウェアというより、他のプロジェクト（主にNetscape）にリリースしてもらうための開発、デバッグのためのブラウザという位置づけであった。そのためサポート体制などは整っているとは言い難かった。しかし、2003年5月末に起こったAOLとマイクロソフトの和解により、AOL傘下であったネットスケープ・コミュニケーションズとマイクロソフトの間で起こっていた反トラスト法訴訟などがすべて取り下げられた。また同時に、マイクロソフトのウェブブラウザであるInternet Explorerを数年に渡りロイヤリティフリーで使うという契約を結んだことにより、ブラウザを提供するネットスケープ・コミュニケーションズの存在価値が危ういものとなった。これは、NetscapeのコードベースにもなっているMozillaの存在価値をも揺るがす問題であった。こうした事態を受けて2003年7月、Mozilla OrganizationはAOLから資金提供を受け、Mozillaの開発を支援する団体であるMozilla Foundationを設立した。ファウンデーションの設立により、ネットスケープ・コミュニケーションズが担っていた「エンドユーザへのソフトウェア提供及びサポート」という目標がファウンデーションにも覆い被さることとなった。これによりファウンデーションはMozillaの入ったCDの販売や、電話でのサポート等の業務も行うようになった。
「海洋漁業KK」の魚群探査機パイロットの月岡は、岩戸島に不時着した同僚の小林の救助に向かい、島へ着陸する。そこでふたりは、頭上の断崖で激しく戦うゴジラと新たな巨大怪獣を目撃する。二大怪獣はもみ合いながら海に落ち、ふたりは辛くも脱出することに成功する。数日後、大阪市警視庁では古生物学者の山根恭平博士と、同僚の田所博士を招いての緊急会議が開かれる。月岡と小林の証言により、ゴジラと戦っていた新たな怪獣は、ゴジラと同時代に生息した凶暴な肉食恐竜のアンキロサウルス、通称「アンギラス」であることが判明する。両者は水爆実験の影響で現代に蘇ったのだ。早速、このゴジラの東京襲撃を知る山根博士にゴジラ対策の案が求められるが、山根博士は「ゴジラを防ぐ方法は残念ながら、一つもありません」と答えるのみだった。ゴジラの猛威を伝える記録フィルムが上映され、今さらながらゴジラの脅威に息をのむ関係者たち。山根博士は、ゴジラを葬り去ることができる唯一の手段であるオキシジェン・デストロイヤーが芹沢博士の死によって使用できない以上、水爆実験の記憶から光を憎悪し向かって行くゴジラの性質にもとづき、徹底した灯火管制を敷き、できる限り市街地から遠ざけるのが最良だと提言する。ジェット戦闘機隊によるレーダー探査によって、紀伊水道のはるか南方に潜むゴジラの姿が捉えられる。海上防衛隊のフリゲート艦が追撃に向かい、田所博士はゴジラが「紀州および紀伊水道沿岸に上陸する」と予想する。ゴジラのいる海域は海洋漁業にとって最重要漁区であり、社長以下一同は気をもむ。しかしゴジラが進路を変えたことで阪神地区は安堵する。月岡は婚約者である社長令嬢の秀美とダンスホールにでつかの間の逢瀬を楽しむ。ところが、そこにゴジラが突如として大阪湾内に転進したとの緊急警報が流れ、ダンスホールはたちまちパニックとなる。ゴジラ襲来を受け、大阪市内は厳重な灯火管制が敷かれる。その夜、大阪水上警察署を拠点に防衛隊が集結し、港区沿岸には特車部隊が砲門を揃える。その眼前の海面に、水爆大怪獣ゴジラが上半身をもたげ現れる。そこへ飛来したジェット戦闘機隊の照明弾投下によって、ゴジラは巧みに外海へと誘導されていく。しかし同じころ、護送車で移送中だった囚人たちが脱走する。そのうちの3人が近くにあったタンクローリーに乗って逃走し、警官や月岡らの追跡を受ける。追跡されたすえに、囚人たちの運転するタンクローリーはガソリン貯蔵所に迷い込み、そのまま石油タンクに突っ込んで大爆発を起こす。たちまち発生した大火災の光によって誘導作戦は失敗、ゴジラが大阪の此花区へ上陸し、さらにはそのあとを追うようにアンギラスまでもが上陸する。ふたたび戦い始めたゴジラとアンギラスによって海洋漁業の本社工場は壊滅し、市街地を舞台に二大怪獣の激しい地上戦が繰り広げられる。ゴジラはアンギラスの息の根を止め大阪市街を火の海に包んだあとに、ふたたび大阪湾へと姿を消す。本社と本社工場を破壊された海洋漁業は、当分のあいだ支社のある北海道を中心に活動することを余儀なくされ、小林は北海道へと飛ぶ。北海道で小林は地元の女性と恋に落ち、「花婿」の愛称で親しまれる。業務は順調であり、月岡と秀美の北海道訪問を受けた宴会が料亭で開かれる。月岡はこの料亭で、戦時中同じ旧日本海軍の飛行機隊にいた旧友の田島・池田両航空防衛隊員と再会する。ところがこれを喜ぶ彼らのもとに、ゴジラが海洋漁業の漁船を撃沈したとの報がもたらされる。月岡は田島らとともにゴジラの捜索に向かう。そしてついに月岡が神子島のほうへと泳ぐゴジラを発見する。これを受け、小林は月岡に代わりを申し出て飛び立つ。事務所には、小林の恋人の写真が残されていた。小林の飛行機はゴジラの足止めを務めるが、攻撃隊到着後に海へ逃れるゴジラを遮ろうとして逆に白熱光を浴びせられ、そのまま飛行機は島の雪山に激突して小林が犠牲となる。だが、小林の飛行機が激突したことでその雪山に雪崩が発生。これを見た月岡たちは小林が命と引き換えに残したゴジラ撃退のヒントをもとに、爆撃で雪崩を起こしてゴジラを雪中に生き埋めにする作戦を考案する。そして月岡も含めた戦闘機隊が出撃し、決行されたその作戦は成功、ゴジラは雪崩に巻き込まれ雪の中へと埋もれていく。小林の無念を晴らした月岡は「小林、とうとうゴジラをやっつけたぞ」とつぶやく。