第1水準漢字は、この規格独自の代表音訓、すなわち各漢字についてそれぞれ一つずつ定めた音または訓、の順に配列された。原則として、音が代表音訓とされ、音が複数ある漢字については「使用度が優勢」と判断された音が代表音訓として採用された（JIS C 6226-1978規格票解説3.4）。音が存在しないか一般的でない漢字については、訓が代表音訓とされた。動詞の訓を代表音訓とするときは、終止形ではなく連用形が代表音訓とされた。例えば、16区1点から41点までに代表音訓が「あ」で始まる41文字が配列されている。このうち、「葵」（キ、あおい、16-10）、「粟」（ゾク、ショク、あわ、16-32） など22文字は訓を代表音訓としている。「逢」（ホウ、あい、16-09）、「扱」（ソウ、キュウ、あつかい、16-23）などは動詞の連用形が代表音訓とされた例である。代表音訓を同じくする漢字の中では、音を代表音訓とする漢字が先に、訓を代表音訓とする漢字が後に並べられ、音または訓を同じくする漢字の中では、部首および画数の順に並べられた。第1水準にあっても第2水準にあっても、異体字は基本的に親字の直後にまとめて配列された。例えば、第2水準において、49区88点の「劍」の直後には、原則である画数順を乱して「劔」、「劒」および「剱」が配列されている。第2水準漢字集合は、部首および画数の順に配列された。部首および画数を同じくする漢字の中では、五十音順に並べられた。
第1水準は、当用漢字字体表、当用漢字補正案および人名用漢字別表を基本として、多種の漢字表に共通して出現する文字が選ばれた。また、JIS C 6260（都道府県コード、現在のJIS X 0401）およびJIS C 6261（市区町村コード、現在のJIS X 0402）を参照して、都道府県名および市区町村名に使用される漢字がすべて第1水準に含まれるように意図された。さらに、専門家による調整が加えられた。第2水準には、上記の主要4漢字表に出現して第1水準から漏れた漢字が収められた。次に記すように、第1水準は漢字の音訓に基づいて並べられたので、音訓がわかりにくい漢字の中には第1水準から第2水準にまわされたものもある（西村 1978）。一般的に第1水準は使用頻度の高い漢字、第2水準は使用頻度の低い漢字とされるが、水準分けはもちろんJIS漢字制定当時の基準であるので、時代の流れによって今日では「翔」や「煌」といった第2水準だがよく使われるようになった漢字、また逆に「糎」や「粍」といった第1水準だがあまり使われなくなった漢字も多数存在する。また、人名用漢字別表にはJIS漢字制定後に追加されたものの中には第2水準のものもいくつか存在する。実際の人名が収録されたと思われた『日本生命収容人名漢字』は選定に寄与したとされるが、秋田県に多い苗字である草彅の『彅』が含まれていないなど網羅性に不備があったとされる。また参照時点で原典が存在せず転記となっているなど正確性も不明であった。1990年代以降はほとんどのシステムで第2水準漢字まで使えるようになり、文字コードもUnicodeへ移行しつつあるため、使用したい漢字が第1水準か第2水準か気にする必要はほとんどなくなった。しかし、数千字もある漢字フォントを作るには、相当の手間と時間がかかるため、フリーのフォントなどでは一部の漢字しか収録しないことがある。その際、水準を基準にして収録するかしないかを決めることもある（第1水準しか収録していないフォントもある）。
『沈黙』出版当初のカトリック教会からの反発は非常に強いものがあった。特に長崎においては禁書に等しい扱いをされたという。司祭が踏絵を踏むという衝撃的な結末を快く思わない教会指導者による非難がその要因とされる。1972年（昭和47年）1月13日付で遠藤による「踏絵」と題する記事が『カトリック新聞』に掲載された。本記事において遠藤は「『早くふむがいい。それでいいのだ。私が存在するのは、お前たちの弱さのために、あるのだ』と（踏絵の）キリストの顔が言っている気がした」と書いたが、その記述に対し、サレジオ会司祭で当時『カトリック生活』編集長であったフェデリコ・バルバロ神父とアロイジオ・デルコル神父は、遠藤が『沈黙』の中の踏絵の場面を正当化したとして、『カトリック生活』で反論を述べている。イエズスが「正義のためにしいたげられる人は幸せ」という自分の信念をすてて、ただこの弱いあわれな人々の今のしあわせを考えたならば遠藤氏のいうようなことになっただろう。（中略）日々、人間として信仰者として、われわれは、いろいろな意味でのふみ絵の前に立たされている。キリストと、キリストの国と、キリストの愛をえらぶか、それとも、あなた自身の傲慢と、利益と邪欲とのいずれをえらぶかが、日々ためされている。この場合、よわい人間としてえらびやすい方をえらんでもよいなら、そしてどうせキリストは弱いもののためにきたのだから、それをあてにして行動するならキリストが、”天にまします父のように完全であれ”という言葉も空しくなる。こうなれば、キリストは、「人類が歩くべき気高い道の旗印」とはならず、「人間の弱さ、卑劣さの使徒となり、人間の中にある最も聖なるもの崇高なものの最大の裏切者」となるほかない。キリストが「人類の気高いものの旗印」となったのは、かれが生命をかけて正義と愛と真理を守り通したからである。遠藤は1974年の著書『切支丹の里』において、棄教者に向ける自身の思いを以下のように記している。それには考えられる理由が当然ある。棄教者は基督教教会にとっては腐った林檎であり、語りたくない存在だからだ。臭いものには蓋をせねばならぬ。彼等の棄教の動機、その心理、その後の生き方はこうして教会にとって関心の外になり、それを受けた切支丹学者たちにとっても研究の対象とはならなくなったのである。（中略）こうして弱者たちは政治家からも歴史家からも黙殺された。沈黙の灰のなかに埋められた。だが弱者たちもまた我々と同じ人間なのだ。彼等がそれまで自分の理想としていたものを、この世でもっとも善く、美しいと思っていたものを裏切った時、泪を流さなかったとどうして言えよう。後悔と恥とで身を震わせなかったとどうして言えよう。その悲しみや苦しみにたいして小説家である私は無関心ではいられなかった。彼等が転んだあとも、ひたすら歪んだ指をあわせ、言葉にならぬ祈りを唱えたとすれば、私の頬にも泪が流れるのである。やがて遠藤の思いは、弱き者に寄り添う「同伴者イエス」の像として、1980年に発表された『侍』に結実するのである。