イーリス恒星系に突如現れ、侵略してきた闇の帝国。過去3度の奪還作戦を実行するが失敗し、追いつめられたイーリス恒星系は戦艦クラスの超兵器を搭載できる戦闘機『アクスレイ』を開発。イーリス恒星系はアクスレイに最後の望みを託すのだった。
1987年（昭和62年）4月1日、国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道（JR西日本）が発足した。発足時は国鉄最後のダイヤ改正（1986年11月1日）時のダイヤをそのまま継承した。JR発足後は朝ラッシュ時にも新快速が運転されるようになった。1989年には221系が登場し、120km運転も開始されるなど通勤利用が便利になったことや、その大きな窓と明るい車内が新生JRの格好のPR材料となった。また、それまで繰り返されていた運賃値上げがJR発足後は消費税分の上乗せの2回のみであったのに対し、並行の私鉄各社がその間に運賃の値上げを何度か実施し、大きかった運賃の差が縮まったことや「昼間特割きっぷ」の周知なども相まって、徐々に私鉄からの乗客の転移が見られるようになった。特に前記の221系のデビューは画期的であり、JR他社が特急車両の新規製造で旅客乗客獲得を図ったのに対し、JR西日本では関西の私鉄競合の激しさ故、特急車両はリニューアルなどの更新に留め通勤車両にコストをかけて製造した結果であり、今日のアーバンネットワークの基礎をこのころから築きあげてきた。さらに大きな転機となったのが、1995年1月17日の阪神・淡路大震災である。この震災で各鉄道が大きな被害を受け、長期運休を余儀なくされた。その中から、阪神間でもっとも早く開通したのがJRであった。貨物輸送も担う幹線であり、復旧が急がれ、またJR各社の応援を得られたことも大きかった。復旧後のJR神戸線は、複々線の大きな線路容量を生かして、不通区間のあった他私鉄からの転移客も吸収した。特に混雑の激しい新快速は予備車を使ったり、先代の117系も使用して増発し、その後223系1000番台を急遽追加投入して輸送力確保に努めた。その結果、高速運転や頻発運転、さらには通勤定期代の安さなども認知され、他私鉄が開通後もそのままJRを利用する転移客が目立った。また被害の激しかった阪神間や神戸市内での沿線人口が減り、明石市・加古川市・姫路市方面への転居者が多かったこともJRに有利に働いた。また、京阪間においても最速27分という高速運転や、奈良線・嵯峨野線の増発による京都経由の新たなルートの確立（京阪宇治線・近鉄京都線 - 京阪本線と京福電気鉄道 - 阪急京都線の流動がそれぞれJR側に動いた）、さらには京都駅ビル自身の集客力強化などといった施策が功を奏し、並行私鉄から乗客を集めることに成功した。また、京都を越えて直通運転する琵琶湖線沿線、特に草津市・守山市を中心とする（大都市へ直接アクセスする）並行私鉄のない地域では、新快速による時間短縮効果が大阪・京都への通勤客を中心とする人口増を呼ぶとともに、京都市内からの大学の新キャンパス設置や滋賀県内への企業誘致など、新たな需要の拡大を生んでいる。JR化後の各種施策の成果により、他社からの利用者流入など新快速の乗客が徐々に増え、221系投入後は2扉の117系が客扱いで遅延を起こすようになり、早々に撤退を余儀なくされ、また221系の新快速ものちに8両編成主体に変わっていき、更に最長の12両増結列車も徐々に増加していった。ちなみに221系の初回投入時は新快速用が6両、快速用は4両同士連結の8両の編成であった。阪神大震災後に乗客が急増したJR神戸線の増発用として急遽製作された223系1000番台は、扉間の座席を1列減らしてドア周囲を広く取ると同時に、その空間を利用した補助席を新たに設け、ラッシュ時の混雑緩和と日中時間帯の着席サービスの確保を図った。朝夕時間帯の新快速の増発は、さらに利用客の新快速への集中を招くことになったため、223系の増備が進むにつれて、朝ラッシュ時の快速も223系使用で揃えられ、新快速への集中を抑えるため、神戸駅 → 大阪駅間で快速が先着になるなど、ダイヤにも手が加えられている。また130km/h運転に対応する223系の大量増備で各列車の足並みが揃えられ、所要時間の短縮に大きく貢献している。JR西日本の独り勝ち状態と言われた矢先の2005年4月25日にJR福知山線脱線事故が発生、私鉄との競争を意識しすぎた余裕のないダイヤが一因であるとの批判を浴びた。そのため翌2006年3月18日のダイヤ改正では余裕時間の見直しが行われ、京都・大阪・三ノ宮駅での停車時間を約2分とし、余裕を持った折り返し運用などが実施され、京都駅 - 大阪駅間が27分10秒から28分20秒に、大阪駅 - 三ノ宮駅間では19分50秒から20分50秒にと、それぞれ改正前より約1分の所要時間増となった。福知山線事故、そしてこの所要時間増と逆風のもとで、JRを利用していた客の私鉄への再転移も報じられたが、結果的にはJR京都・JR神戸両線への大きな影響はなかった。また、主要駅に設置されていた新快速の宣伝看板も、事故を機に撤去されるようになった。なお、新快速と朝の一部の快速の最高130km/h運転は継続しており、車体の強度を高めるなど各種の安全対策を講じた223系の後継225系が2010年12月から運用が開始されている。