本作の正式な開発プロジェクトが立ち上がったのは2011年3月に前作の海外版が発売された後であるが、鳥山は前作のバトルシステムが完成に近付くにつれて「このシステムを一作だけで終わらせるのは惜しいと思い、思えばその時からなんとなく続編の構造は持っていたのかもしれない」と語っている。また鳥山は「前作でセラという人物を描き足りなかった」とも思っており、そのためセラが主人公となる事は当初より想定されていた。その後、話し合いを重ね「男性が共感できるキャラクターが欲しい」という意見からもう一人の主人公であるノエルが登場する事となった。本作は「ストーリーを物語主導からプレイヤー主導に変える」「バトルシステムを戦略性を上げた物へ改良する」「DLCや小説等、他のメディアへの展開も含めた広がりのある作品にする」という三つのコンセプトを軸として開発され、特にストーリー部分については「シリアスな部分は良い評価を頂いていたが一本道だったのが残念という意見が多かったため、シリアスな部分は残しつつもプレイヤー主導に変えていく」とし、本作を開発するに当たって一番の目標となった。本作のストーリーがタイムトラベルとなったのは鳥山が「長いスパンの歴史を描きたいと言う思いがあり、また前作のストーリーから続いている物語だと分からないようにしたかったため、いきなり違う時代の物語を描く事が出来るタイムトラベル物にしたい。」という思いを持っていたためであり、この事を聞かされた北瀬は「ゲームのボリュームが肥大化し過ぎたり物語の整合性がとれなくなったりするのではないかという懸念もあったが鳥山の中に既に物語の構造があったため様子を見る事にした」と語っている。ストーリーの内容は「他のタイムトラベル物とは違う要素を取り入れたかったので普通のタイムトラベルとは逆の要素を組み込んだ他、各地の謎を追う一話完結式のミステリーの様な構造にする事で前作を知らない人にも楽しめる物になる。」という思いから作られている。ストーリー以外の要素では前作ではフィールドでの遊び要素が足りなかったのと逃亡劇という事から町の人たちと接する機会があまりなかったという点を反省し、トレジャーボックスやフラグメント、時の迷宮といった探索要素が組み込まれ、街の人たちとの会話にもかなりの力が入れられている。バトルシステムは前作で完成した部分から更にもう一歩をどう踏み出すかに試行錯誤し、最終的に「仲間モンスターへの深い愛着を持たせていく」という方針の元でモンスターを仲間にするシステムが採用され、更に愛着を深めてもらうためにシンクロドライブやアビリティの継承、デコレーションや成長要素等が組み込まれた。前作と異なり本作は開発初期から様々なアドバイザーを配置し、意見をフィードバックして開発されている。これは前作でアドバイザーから意見を募ったのが開発終盤であり、意見のフィードバックが十分にできなかったのを反省しての事である。また、「現在人気を集めているソーシャルゲームが人気の理由はある程度の完成度に達した時点でユーザーにプレイしてもらい、その意見を反映していく事にあると思うので自分たちもそうするべきだ。」という考えからスケジュールにユーザーテストが組み込まれており、バトルシステム等にユーザーテストの意見が反映されている。
音楽は前作の浜渦正志の他に、水田直志と鈴木光人の二名も担当している。ゲストボーカルにOriga、KOKIA、Frances Maya、Joelle、本田みちよ、Shootie HGを招いており、前作の音楽も数多く使われている。今作のサウンドトラックは海外のゲーム音楽メディア「Original Sound Version」が毎年開催している「OSVOSTOTY Awards」で2011年度のサウンドトラック・オブ・ザ・イヤーを受賞した。
本編の世界とは違う世界の天空に浮かぶ娯楽都市。内部にはカジノがありスロットやチョコボレース等のミニゲームを楽しむ事が出来る。なお、FFシリーズに娯楽施設が登場するのはFFVIIのゴールドソーサー以来であり、ユーザーの間でもFFシリーズの娯楽施設=ゴールドソーサーというイメージが強かったため内部のカメラワークの一部等はゴールドソーサーのオマージュとなっている。
前作では一度行った場所にはグラン＝パルスと政府首都エデンの一部を除いて戻る事は出来なかったが今作では戻る事が出来る。探索要素も前作より強化され、前作では一部の個所でしか出来なかったジャンプがより自由に出来るようになったり固定されていなかったナビマップが北向きで固定されている。本作ではストーリーを進めると歴史が改変され、改変された後の時代と前の時代、両方が登場するマップがあり、同じマップでも複数の年代にまたがって描かれている。本作の世界観は前作でベースが描かれているため、より普遍の謎に向かう物語として方向性を変えて作成されている。
ガリアのリグリア海沿岸地方からヒスパニア・バエティカまでの海岸沿いの古代ギリシアのエンポリウムが繁栄した一因としてガルムの生産と輸出があった。また、ローマがそれらの地方に進出したのもガルム生産地を獲得するというのが目的のひとつだったともいう。アンセリューヌ（Ansérune）およびアグド近海の沈没船から発見されたアンフォラにはガルムが入っていたことが判っており、紀元前5世紀のものとされている。ポンペイからはウンブリキウス・スカウルス（Umbricius Scaurus）がガルムを製造していた証拠が見つかっている（左上の写真）。しかし、市内からはガルムの工場が見つかっておらず、多くの研究者は市壁の外にあったのではないかと考えている。それぞれの港ごとに独自の伝統的製法があったとされる。大カトーが生存していた紀元前2 - 同1世紀にかけては、ガルムは贅沢品だった。しかしやがてローマの料理にとって必要不可欠な調味料となり、クラゾメナイ（現在のトルコ国内）、レプティス・マグナ（同リビア）、カルタゴ・ノウァやアンティポリス（ともに同スペイン）などローマ国内の様々な地域で生産されるようになった。素焼きの壺やアンフォラなどに入れた魚醤が、これらの生産地からローマにも送られていた。アウグストゥスの時代にはカルタヘナ産やカディス産が最高とされるようになり、それらをガルム・ソキオールム（garum sociorum、「同盟者のガルム」）と呼んだ。セネカはコルドバ出身だが、ガルム・ソキオールムが高騰する様を見て次のように記している。あなたは、高価な腐敗した魚の血の塊であるガルム・ソキオールムがその塩漬けされた腐敗物によって胃を痛めつけていることがわからないのか?—Seneca、Epistle 95.現代に残るガルム工場の遺跡としては、バエロ・クラウディア（現在のタリファ）やカルテイア（現在のサン・ロケ）のものがある。スペイン産ガルムはローマに輸出されており、そのためこれらの町の名も当時はある程度知れ渡っていた。ルシタニア（現在のポルトガル）産のガルムもローマでは高く評価されていた。ルシタニア産ガルムはラコブリガ（Lacobriga、現在のラゴス）の港からローマに向けて出荷されていた。リスボン中心街のバイシャ地区にもローマ時代のガルム工場跡がある。ガイウス・マリウスがガリア・ナルボネンシス（フランス南端部）に作った運河フォッサエ・マリアナエ (Fossae marianae) はガルムをガリア、ゲルマニア、ブリタンニアといった地方に運ぶ拠点となった。2008年、ポンペイで見つかった製造中のガルムの残留物が全て鯛を原料としていたことがわかった。鯛は夏に群れて漁獲されたため、ヴェスヴィオ山が8月に噴火したことの傍証となった。ガルムはローマ帝国の滅亡と共に製法が途絶え、魚醤自体ヨーロッパではチェターラのコラトゥーラ・ディ・アリーチ・ディ・チェターラぐらいしか作られることはなくなった。なお、塩蔵アンチョビーから骨と皮を除いてオリーブ・オイルに漬けたものがイベリア半島を中心に製造されており、ガルムなどの魚醤との関係が指摘されている。近年ではローマ時代の資料を元にガルムの復元が試みられている。