PCRなどの検出感度の高い検査法では、混入率0.01%程度でも陽性反応が出る。そのため、現在までに行われた多数の調査では、多くの「遺伝子組換え不使用」表示食品からも遺伝子組換え食品の混入が検出されているが、5%を超える混入はなかった。その混入率は、概ね0.1%未満-1.2%程度であった。
従来のものと組成、栄養価等が著しく異なる遺伝子組換え農産物(高オレイン酸遺伝子組換え大豆や高リシンとうもろこし等)及びこれを原材料とする加工食品については、JAS法に基づき、組換えられたDNAやタンパク質を検出不可能であっても、「高オレイン酸遺伝子組換え」である旨又は「高オレイン酸遺伝子組換えのものを混合」したものである旨の表示が義務付けられている。
分別生産流通管理(IPハンドリング)とは、非遺伝子組換え農産物を農場から食品製造業者まで生産、流通及び加工の各段階で混入が起こらないよう管理し、そのことが書類等により証明されていることをいう。農産物及び加工食品の取引の実態として、分別生産流通管理を適切に行うことにより、最大限の努力をもって非遺伝子組換え農産物を分別しようとした場合でも、生産、流通のそれぞれの段階で非遺伝子組換え原料専用の機械、施設を設置することは現実的に不可能であることから、その完全な分別は困難である。そこで、分別生産流通管理が適切に行われていれば、このような一定以下の「意図せざる混入」がある場合でも、「遺伝子組換えでない」旨の表示が認められている。つまり、分別生産流通管理が行われなかった場合や意図的に組換え農産物を加えた場合は、たとえ5%未満の混入であっても不使用表示はできない。パパイヤに関してはハワイでの出荷段階で個々の果実に表示シールが貼られる予定である。国内での加工がある場合には表示義務に応じた表示がなされる。
上記の8つの遺伝子組換え農産物においては、分別生産流通管理が行われた非遺伝子組換え農産物及びこれを原材料とする加工食品であれば、遺伝子組換えに関する表示義務はない。ただし、任意で「遺伝子組換えでない」旨の不使用表示をすることができる。ただし、「遺伝子組換えでない」旨の不使用表示場合は、「基準」及び「食品衛生法施行規則」に従う義務が生じる。不使用表示の場合、生産から食品の製造までの全段階で、遺伝子組換え作物が混入しないよう施設の洗浄や機器の専用化など分別生産流通管理を適切に行っていれば、5%以下の遺伝子組換え作物の意図せざる混入が許されている。
油や醤油などの加工食品に関しては、組換えられたDNA及びこれに由来するタンパク質が加工工程で除去・分解され、ひろく認められた最新の検出技術によっても検出不可能とされている加工食品については、遺伝子組換えに関する表示義務はない。ただし、任意で「遺伝子組換えである」旨、「遺伝子組換え不分別である」旨、または「遺伝子組換えでない」旨を表示することは可能である。ただし、表示する場合は、「基準」及び「食品衛生法施行規則」に従う義務が生じる。
従来のものと組成、栄養価等が同等である遺伝子組換え農産物及びこれを原材料とする加工食品であって、加工工程後も組換えられたDNA又はこれに由来するタンパク質を、ひろく認められた最新の検出技術によって５％以上検出可能であるものについては、「遺伝子組換えである」旨又は「遺伝子組換え不分別である」旨の表示が義務付けられている(「基準」第3条第1項及び第2項)。
遺伝子組換え農産物が主な原材料（原材料の上位3位以内で、かつ、全重量の5%以上を占める）でない場合は表示義務はない。また、加工の際に加える水については計算から除外することとなっている。ただし、原材料の上位4位以下のものや全重量の5%未満であるものに関しても、分別生産流通管理(IPハンドリング：Identity Preserved Handling)が行われていなければ、「遺伝子組換えでない」旨の不使用表示をできない。分別生産流通管理に関わる流通マニュアルは農林水産省や「財団法人 食品産業センター」などから公表されている。
太平洋戦争終戦後、日本に進駐した連合軍の駐留や占領行政の人員配置に伴い、多くの労働者を必要とした。連合国軍最高司令官総司令部は、日本国政府にこれらの労働力の提供を命じた。当初は、アメリカ軍に対する不安感や英会話が不得手という理由から、なかなか集まらなかった。そのため隣組に一種の勤労動員として強制的に割り当てたり、残務整理をしていた旧日本軍将兵に携わらせたりした。その後手配師が参入して、大々的に募集をかけたこと、また米軍の信用度が高まったことで、次第に充足されるようになった。初期の雇用形態は日雇いで手配師を通じて賃金が支払われたが、1946年（昭和21年）から日本国政府が労働者を雇用して、GHQに提供するという労働形態が確立されることになった。それに並行して、常勤職員化も進められた。「日本政府に雇用される」という労働形態から、臨時人事委員会（後の人事院）から国家公務員に認定され、一時は一般職国家公務員として扱われることになった。後に特別職に切り替えられ、1952年（昭和27年）からは国家公務員の枠から外された。現在、駐留軍等労働者は、防衛省の各地方防衛局に雇用され、独立行政法人「駐留軍等労働者労務管理機構」が労働関係の調整、事務を行っている。防衛省が雇用主であり、給与も日本国政府から支給されるが、法律上国家公務員でないので、国籍条項はなく、日米両国民以外でも応募可である（ただし、合衆国軍隊の構成員もしくはその家族は応募不可）。地位としては常勤職員の場合、日本国政府の雇用者となり、主務大臣は防衛大臣である。全駐留軍労働組合(全駐労)が労働問題・交渉をしている。占領下の沖縄では1961年に全沖縄軍労働組合連合(全軍労)が結成され、本土復帰後は全駐労沖縄地区本部になった。