基本的に明るく進むが、プレイヤーが望めば暗い部分も見えてくるため、『FFXII』の物語には「毒」があると説明されている。ストーリーが分岐するわけではないが幅があり、プレイヤー個人の解釈に委ねられる部分が多く存在する。『タクティクスオウガ』、『ベイグラントストーリー』などでシナリオ面でも大きく注目されていたプロジェクトリーダーの松野泰己は製作途中に病気により降板し、残したプロットを元に別のライターが加筆している。サブイベントが豊富な一方、本筋のシナリオはほとんど基本枠のみで構成されており、全てのプレイヤーがゲーム中のイベントシーンの本来の意味を十分に理解出来るとは言い難い。これは、ストーリーの意味・意図を限定せずプレイヤー個人の解釈に任せる、という制作者側のスタンスによるものだったが、同時に「ストーリーが薄い」などの本作に多く見受けられる批判を生む結果にも繋がった。アルティマニアでは、制作者インタビューにおいて制作者側の意図が明かされた。また意図的に必要最低限のイベントを残し本編をカットしたとの発言もある。作品全体のテーマとしては「過去との決別」などによる「自由への戦い」が、全体の展開、キャラクター（特にパーティキャラ）のストーリー、挿入歌「Kiss Me Good-Bye」などで表現されているが、アーシェやバルフレアと比べて主人公であるヴァンはこうしたテーマに対しても中途半端な存在となってしまっており（「空賊になりたい」という目標は「過去からの束縛」によるものだが、その後特に描写もなく、彼は最終的に空賊になる）、『FFVII』『FFVIII』といった主人公がテーマを通して成長していく過去の作品群と比較されて「FFの主人公らしくなさ」がさらに浮き彫りになることとなった。また、タイトルロゴのデザインにもなっており束縛の象徴として描かれているはずのジャッジは、結果として作品のテーマに大きく関わっていない存在となってしまっている。
1403年は反乱が真にウェールズ人全体的なものになった年として記録される。オワインは西部や南部でも攻撃を行った。西部でスウェリン大公 (1172年-1240年)  遠征軍を再結成し、トオウィ渓谷 (Tywi Valley) (英語版) に沿って進軍した。住民たちは次々とオワイン軍に合流し、イギリス人の荘園や城は陥落したか、あるいは住民たちが降伏した。ついにはイギリスの西部ウェールズにおける主要な戦略拠点の一つであるカーマーゼンは陥落し、オワイン軍に占拠された。その後オワインは引き返してグラモーガン (Glamorgan) (英語版) とグウェント (Gwent) (英語版) を攻撃した。アバガヴェニー城 (Abergavenny Castle) (英語版) にも攻撃を加え、城下町を燃やした。オワイン軍はウスク (Usk) (英語版) の街を燃やし、カーディフ城 (Cardiff Castle) (英語版) やニューポート城 (Newport Castle) (英語版) を陥落させながら、ウスク川 (River Usk) (英語版) の渓谷を海に向かって突き進んだ。イギリス王室の公式発表によると、オックスフォード大学のウェールズ人学生たちはオワインのために学業から離れ、ウェールズ人の労働者や職人たちはイングランドでの雇用主を見捨てて、大挙してウェールズへ帰っていた。北部ウェールズではオワインの支持者たちが (このときはフランス軍の支援を受けて) カーナーヴォン城に更なる攻撃を加え、そのほとんどを攻略した。これに対抗してモンマスのヘンリー (ヘンリー4世の息子で後のヘンリー5世) はグリンダブルデュウィ (Glyndyfrdwy) (英語版) とサハース (Sycharth) (英語版) にあるオワインの居宅を攻撃し燃やした。1403年7月10日ホットスパーは、リチャード2世の支持者たちの本拠地であるチェシャー州チェスターでヘンリー王に反旗を翻した。原因はヘンリー家が王室から冷遇されていたことや、ホットスパーの義弟であるモーティマーが捕獲されたときに、ヘンリー王が身代金の支払いを拒絶したことなどが考えられる。そのときわずか16歳だったモンマスのヘンリー (ヘンリー王子) は、ホットスパーに対応するために北へ引き返した。7月21日、ヘンリーは反乱軍を街の外に留まらせるように威圧しながら、ホットスパーより早くシュルーズベリーに到着した。ヘンリーはノーサンバランド伯  がシュルーズベリーに着く前に、戦いを仕掛けた。その結果7月22日ヘンリーは反乱軍の兵力が全て揃う前に、自分で選んだ場所で戦うことができた。戦いは終日続き、ヘンリー王子は矢で顔にひどい損傷を負ったが、他の兵士たちと共に戦い続けた。ホットスパーが倒れたと叫び声が上がったとき、反乱軍の抵抗はつまづき、崩れ始めた。その日の終わりまでに、ホットスパーは死に、彼の反乱は終わった。300人を超える騎士が亡くなり、最大2万人の兵士が死傷を負った。1404年の夏には、オワインはハーレフとアベリストウィス (Aberystwyth) (英語版) にある西部の重要な城を占拠し兵を駐屯させた。統治者としての真剣さを示すために、オワインはハーレフに行政府を置き、器用で賢明なグリフィズ・ヤング (Gruffydd Young、1370年-1435年) (英語版)  を宰相として任用した。その後すぐにオワインはウスクのアダム  から、彼がマハアンスレス (Machynlleth) (英語版) で行ったプリンス・オブ・ウェールズの戴冠式を、全ウェールズ人の最初の議会 (あるいはより正確には会合 (ウェールズ語：Cynulliad  )、「集会」)と呼ぶべきであったと言われた。グリフィズ・ヤングはウェールズの聖職者で、セント・デイビッズ、バンガーなどの教区で様々な役職を歴任したのち、セント・デイビッズの司教総代理を務め、さらにメイリオニズ (Meirionnydd) (英語版) の助祭長 (Archdeacon) となっていたので、上級聖職者やウェールズ人社会での重要人物たちの支持を受けた。イギリス側の抵抗は、いくつかの孤立した城や城壁で囲まれた町、それと武装したマナー・ハウスだけに縮小した。