忠敬がこれまで住んでいた深川黒江町の家は、地図の作成作業には手狭となっていた。そこで忠敬は文化11年（1814年）5月、かつて桑原隆朝が住んでいた八丁堀亀島町の屋敷を改修し、6月からここに住むことにした。文化12年（1815年）4月27日、測量隊は伊豆七島などを測量するため、江戸を出発した。ただし、下役や弟子の勧めもあって、高齢の忠敬は測量には参加しなかった。永井甚左衛門を隊長とした一行は、下田から三宅島、八丈島の順に渡り測量した。しかし八丈島から三宅島に戻ろうとしたときに黒潮に流されてしまい、三浦半島の三崎（現・三浦市）に流れ着いた。三崎から御蔵島へ行き、三宅島を経由して神津島、新島、利島と測量を続け、いったん新島に戻った。ここから大島に向かう予定であったが、下田近くの須崎に流れ着いた。そこから大島へ行き、測量後に下田に戻り、周辺を測量しながら帰路につき、文化13年（1816年）4月12日に江戸に着いた。
九州本土に戻った忠敬一行は、8月15日に長崎に着き、長崎半島を一周してから小倉へ行き、本州に渡った。そして中国地方の内陸部を測量しながら東に向かい、広島、松江、鳥取、津山、岡山を経由して、姫路で越年した。翌文化11年（1814年）、引き続き内陸部を測量しながら進み、京都を経由し、3月20日四日市に着いた。ここから北上し、岐阜、大垣、髙山を通過し、古川から反転して野麦峠を越えた。さらに松本に出て善光寺に参詣し、反転して飯田まで南下したところでふたたび北上し、中山道を江戸に向かった。5月22日、板橋宿に到着した。
五島列島では、忠敬率いる忠敬隊と、副隊長の坂部貞兵衛率いる坂部隊に分かれ、北から南に向かって測っていった。しかし6月24日ごろから坂部の体調は思わしくなく、6月26日、日ノ島にいた坂部は忠敬に宛てて、体調がよくないので福江島に渡って服薬したいと手紙をつづった。27日、坂部は福江で治療に専念したが、治療は実らず、7月15日に死亡した。忠敬は16日に両隊を呼び寄せ、葬儀を行った。忠敬は坂部の死について、鳥が翼を取られたようだと述べ、長い間落胆を隠せなかった。1か月後に九州に戻ったとき、ようやく失敗した隊員を叱るようになったのでよかった、といった内容の手紙を内弟子が書き残している。さらに、坂部の死に先立つ6月7日、佐原にいた忠敬の長男の伊能景敬も死去していた。忠敬の娘・妙薫は、忠敬に心配をかけまいとこのことを伏せ、8月12日に出した手紙にも、景敬は大病に罹っているとだけ書いた。これを読んだ忠敬は、景敬がよくなればよいが難しいだろうとして、そのうえで、景敬が大病でも、孫の三治郎と銕之助がいるから安心だと妙薫に送り返した。忠敬はこのときすでに景敬の死を察知していたと推定されている。
文化7年（1810年）、かつて忠敬が勘当した娘・イネが、佐原の家に戻ってきた。イネは夫・盛右衛門の死没後に剃髪し、名を妙薫と改めていた。忠敬や親類に詫びを入れた妙薫は、以後は景敬の妻・りてとともに伊能家を支え、旅先の忠敬ともたくさんの手紙をやり取りし、老年の父を気遣った。また、忠敬は江戸で九州測量の地図を作成している際、間宮林蔵の訪問を受けた。忠敬は林蔵に1週間かけて測量技術を教えた。のちに林蔵は、忠敬が測り残した蝦夷北西部の測量を行うことになる。
クラークスビルは北緯36度31分47秒 西経87度21分33秒に位置する。標高は382フィート (116 m) である。この標高はカンバーランド川東岸に沿って走るリバーサイド・ドライブの一部のものだが、町の大半はそれより高い位置にある。クラークスビルの市民空港であるアウトロー飛行場は、標高550フィート (168 m) とされている。Topo USAの地図ソフトに拠れば、町の広場は標高475フィート (145 m)、郡庁舎は同509フィート (155 m) となっている。メディカルコートに近いメモリアル・ドライブ北側には標高598フィート (182 m) の地点がある。アメリカ合衆国国勢調査局に拠れば、市域全面積は95.5平方マイル (247.4 km²)、このうち陸地は94.9平方マイル (245.7 km²)、水面は0.7平方マイル (1.8 km²)で水域率は0.71％である。クラークスビルはナッシュビル盆地を取り囲むハイランドリムの北西縁にあり、ナッシュビルからは北西に45マイル (72 km) である。クラークスビルはカンバーランド川とレッド川の合流点近く、カンバーランド川沿いに設立された。カンバーランド川はクラークスビルの南東40マイル (64 km) ほどのナッシュビルから流れ下りてくる。クラークスビルの設立当初からカンバーランド川は商業的生命線だった。最初は平底船、1802年代からは蒸気船が綿花、オートムギ、大豆およびタバコをオハイオ川下流のピッツバーグまで運んだ。さらにオハイオ川からミシシッピ川を下ってニューオーリンズまで運ばれるものが多かった。ダークファイアおよびバレー種の葉タバコが地域で生産され、ヨーロッパのタバコ・バイヤーによって、特に無煙製品に使われるタイプ22のタバコであるダークファイア種では世界最大の市場になった。19世紀にはあらゆるタバコの中で最もニコチンの含有量が多い種と考えられた。クラークスビルの北西には第101空挺師団の本拠地であるキャンベル砦軍保有地がある。クラークスビルの経済はキャンベル砦の存在（およびオースティン・ピー州立大学）に負うところが大きい。キャンベル砦の大半はテネシー州内のモンゴメリー郡とスチュワート郡に位置している。管轄する郵便局がケンタッキー州内にあるので、ケンタッキー州の住所が宛てられている。