水月湖は二重底の湖としても知られている。湖水上部（水深0-6m）は淡水、下部（水深7-40m）は硫化水素を含む無酸素の汽水となっている。水路工事の結果、三方湖からは淡水、久々子湖からは汽水が流れ込むようになり、淡水に比べ重い汽水は湖底に滞留するようになった。この状態で湖の表面に強風が吹いても表層の淡水が攪拌されるのみで、湖底の汽水は滞留したままである。この結果、下部の汽水は空気に触れることが無く、表層の酸素を含んだ淡水と混じり合うことも無いために、有機物分解によって酸素が消費し尽くされてしまい、酸素の代わりに汽水中の硫酸イオンを還元して硫化水素にすることで呼吸を行う硫酸塩還元細菌の活動により、2006年時点では硫化水素を多量に含んだ無酸素状態となっている。なお、嫌気性の下層水で最も光の強度が強い上限付近では、硫化水素を光エネルギーで単体硫黄にまで酸化させ、その時に発生するエネルギーを利用して炭酸同化を行う緑色硫黄細菌を主体とする酸素非発生型の光合成細菌が濃密に生息している。水月湖の年縞堆積物に関しては年縞#水月湖の年縞を参照のこと。
日向湖を除く4湖は、久々子湖と若狭湾を結ぶ早瀬川を本川とする二級水系に属している。比較的大きな川は三方湖に流入する鰣川（はすかわ）のみである。そのほかは小さい川が多数流入している。若狭湾へ流れ出る川は早瀬川、並びに日向湖に繋がった運河のみである。
五つの湖は淡水・海水・汽水とそれぞれに違った性質を持ち、また同じ汽水湖でも日本海に直接つながっている久々子湖と一番奥にある菅湖、中間の水月湖ではそれぞれ海水と淡水の比率が違っている。そのため水の色も微妙に変化し、梅丈岳（三方五湖レインボーライン展望台）から見える景色は、五つの湖がそれぞれに違った青色をして見えるのである。
日本列島の気候や植生を何万年前より記録しており、また、日本海の海洋環境の変化を湖底に記録しているとして、湖底の堆積物を採取するためのボーリングが1980年11月に三方湖東南部（水深1.5メートル）の北緯35度33分32秒、東経135度53分40秒の地点で行われた。採取した堆積物から花粉、珪藻などの微化石、あるいは植物遺体を検出した。過去5万年間の記録を保管していることが分かった。ボーリング地点から南に1キロほどのところに鳥浜貝塚がある。
嵯峨隧道（さがずいどう）は、三方湖辺や水月湖辺の集落や農地を湖の氾濫から守るために計画され、1709年に鍬入れが行われ、1934年3月に完成した、トンネルの水路である。嵯峨隧道に関しては、水月湖側への海水の逆流を防ぐため、1939年に水月湖側に木製の暫定水門を設置（1980年に現在の水門へ改修）し、基本的に閉ざされた状態であり、開かれることは少ない。これは、水門を開けることによって、水月湖側にとっては、逆流による水質の変化によって生態系に影響を与えるからであり、日向湖側では水門を開放することで、海水化したことによって飛躍的に増加したいかだや釣堀の魚に深刻な影響を及ぼすからである。1999年8月14日には嶺南地方を豪雨災害が襲い、三方湖を中心にして三方五湖周辺で浸水被害が発生した（この時は全水門を開けているが、日向湖内の漁業に大きな被害が出た）。この結果、豪雨時に漁業被害をもたらすことなく排水できるのが浦見川だけでは問題であるとのことで、水月湖から若狭湾に直接排水できるトンネルを設ける案が示され、現在実現に向け検討中である。
浦見川（うらみがわ）は、1662年から行方久兵衛の指揮のもと開削された。そのため「浦見運河」と表記されることもある。1662年5月1日に発生した寛文大地震で、菅湖から久々子湖に流れていた気山川（現在も気山保育所付近に川の跡が残っている）の地盤が隆起して、川の機能を失ってしまった。その代替水路として浦見川が掘削された。約2年後に運河は完成し、上流に溜まっていた水がすべて引いた上に、三方湖周辺の土地改良につながった。
高校時代より、伝説のサブカルチャー雑誌「ビックリハウス」（パルコ出版）の常連投稿者として活動する（当時のペンネームは“かなめゆうじ”）。投稿時代の同期には、大槻ケンヂ、渡辺いっけい、犬童一心、常盤響などが常連投稿者だった。18歳でアメリカに留学。帰国後上京し、同郷の作家である窪田僚に師事。窪田の紹介で雑誌ライターとしてデビューする。1980年代前半の雑誌創刊ブームに乗り、主に芸能雑誌のインタビュアーとして活躍。また、子供の頃より親しんでいたコメディ映画や演芸の知識を生かして、コメディ関連のコラムを多く執筆した。当時はお笑い第三世代と呼ばれる若手芸人が活躍し始めた頃で、デビュー当時のウッチャンナンチャンやチャイルズ、おきゃんぴーなどにいち早く注目し、特集記事やコラムで紹介している。また「月刊ホビージャパン」「宇宙船」（※朝日ソノラマ時代）などの雑誌にて、アニメ・特撮・ホラー関連のコラムを連載。声優や特撮俳優のインタビュー記事も多く執筆した。90年代半ば、DJコンテストに優勝したことを機にラジオパーソナリティーとしても活動。CMナレーションやテーマパークのキャラクターボイスなど、声の仕事でも活躍した。2003年より、映像作家・時生今日人（元象さんのポット）が主宰するコメディ映像集団「日本電脳穿隊」に俳優として参加。以後、劇場映画やテレビドラマなどに俳優としても顔を見せることがある。2008年、自らが企画制作したラジオドラマ「怪傑コミック番組!空飛ぶラジオ でんえもん」がwebラジオでスタート。この番組で100本以上のコメディ台本を執筆したことがきっかけとなり、「やつらは多分宇宙人!」（BSフジ）にてテレビドラマの脚本家としてデビューした。声優の鉄炮塚葉子、雨蘭咲木子、斎藤志郎、永澤菜教、肥後マコトなどと交友がある。