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1892年（明治25年）の鉄道敷設法において「宮城県下仙台ヨリ山形県下天童若ハ宮城県下石ノ巻ヨリ小牛田ヲ経テ山形県下舟形町ニ至ル鉄道」が規定され、石巻に鉄道を敷設することが法律で示されたものの着工はされず、また2度の私設鉄道が計画されたものの実現には至らず、石巻における鉄道敷設は困難が続いた。実業家で貴族院議員だった荒井泰治が中心となって設立した仙北軽便鉄道株式会社が、土地の無償提供や寄付などを受けて、1912年（大正元年）に石巻と小牛田を結ぶ路線をようやく開通させ、ここに石巻駅が誕生した。この仙北軽便鉄道は後に国有化され、軌道幅を広げて石巻線となり、女川まで延伸される。一方、宮城電気鉄道が仙台から線路を順次延伸させ、1928年（昭和3年）に石巻まで開通した。宮城電気鉄道も太平洋戦争中に戦時買収によって国有化され仙石線となるが、このような経緯から、同じ国鉄の駅でありながら、石巻線と仙石線で駅舎が別々に分かれているという形態になった。このため、石巻線と仙石線を乗り継ぐ乗客は一旦、駅の改札を出る必要があった。地元では仙石線の駅を「電車駅（または電車口）」、石巻線の駅を「汽車駅（または汽車口）」と呼んで区別していた。駅長室やみどりの窓口は石巻線側の駅舎にあった。国鉄において、このような形態の駅は石巻駅の他に、尼崎駅（東海道本線・福知山線と福知山線尼崎港支線）、浜川崎駅（南武線と鶴見線）、宇美駅（香椎線と勝田線）の3つが存在した。二つの駅舎を統合するという構想は1940年代後半から存在した。1950年（昭和25年）に石巻市が描いた都市計画では、石巻駅を北方に100メートル程移動させ、駅舎を統合することが考えられていた。この頃は、現在の気仙沼線に当たる三陸鉄道の建設が気仙沼付近で中断している状態であり、この駅の改造計画は三陸鉄道の乗り入れも想定したものだった。三陸鉄道の工事が前谷地から始まった後、石巻市は石巻と柳津を結ぶ鉄道路線の建設を国に働きかけたが、この構想はほとんど顧みられず、駅舎の移動、統合計画も立ち消えた。1978年（昭和53年）には石巻駅付近を高架化して駅舎を統合する構想が持ち上がったが、財源の問題や地権処理の困難さからこれも実現の見通しは立たなかった。高架化は保留され、石巻線の駅を基盤として仙石線を移設することが決まり、1989年（平成元年）から工事が始まった。石巻線の駅舎だった建物は向かって左側に大きく拡張され、翌1990年（平成2年）7月21日に石巻線と仙石線の統合駅舎が完成した。当日はセレモニーが行われて新しい駅舎が祝われる一方、かつての仙石線の駅舎は取り壊されることになった。また駅の整備に前後して、駐車場や駐輪場、駅を縦断する南北自由通路が設置された。2002年（平成14年）石巻駅は「南三陸金華山国定公園の玄関口」として東北の駅百選に選定された。