晩年の即位40年1月8日、天皇は大山守命と大鷦鷯尊を呼び寄せ「お前たち、子どもは愛おしいか？」と尋ねた。二人が肯定すると次に「年長と年少ではどちらがより愛おしいか？」と尋ねた。大山守命が年長だと答えると天皇は不機嫌になった。そこで大鷦鷯尊が空気を読んで「年長は多く年月を経て既に成熟しており心配ありません。しかし年少は未だ未熟であり大変心配で愛おしいものです」と答えた。天皇は「その通りだ」と大変喜んだ。天皇はかねてから年少の菟道稚郎子を立太子しようと思っていたので、年長の二皇子の気持ちも知りたいと思いこの問いをしたのだった。24日、天皇は菟道稚郎子を皇太子とし、大鷦鷯尊は太子の補佐役として国事を仕切らせ、大山守命には山川林野を任せた。大山守命はこれを不服に思い翌年に天皇が崩御すると反乱を起こすこととなる。また菟道稚郎子は即位を拒否し、大鷦鷯尊との譲り合いの末に自決した。結局、帝位を継いだのは大鷦鷯尊だった（仁徳天皇）。
即位9年4月、武内宿禰を百姓の監察に筑紫へ遣わした際、その弟の甘美内宿禰が兄を廃そうとして天皇に讒言した。それは武内宿禰が筑紫と三韓を率いて天下を奪おうとしているというものだった。武内宿禰は神功皇后の新羅出兵や天皇の即位に尽力した功臣である。しかし天皇は甘美内宿禰を疑わず武内宿禰を誅殺するため使いを出した。驚き嘆いた武内宿禰だったが、真根子（壱伎直祖）という者が自ら進み出て身代わりとなって死んだ。武内宿禰はひとり悲しみながらも南海を通って帰国し天皇の前で甘美内宿禰と抗弁して争った。判断がつかなかった天皇は磯城川のほとりに出て探湯で二人を戦わせることにした。武内宿禰が勝ち、敗れた甘美内宿禰は兄に殺されそうになった。命だけは天皇の勅によって救われたが、その身は紀直らの祖に隷属民として授けられたという。
即位22年春3月5日、難波の大隅宮に行幸。14日、高台に登り遠望した。その時、妃の兄媛（えひめ）が西の方を望んで嘆いた。なぜ嘆いているのかを問うと故郷の父母が恋しいからだと兄媛は答えた。兄媛は吉備氏の娘であり故郷の方角を見て望郷の念にかられたのだった。そこで兄媛の里帰りの希望を許し、淡路の御原の海人八十人を水手として集めた。そして4月に大津から吉備に向かう兄媛を見送って歌を詠んだ淡路島 いや二並び 小豆島 いや二並び 宜しき 島々 誰か た去れ放ちし 吉備なる妹を 相見つるもの秋になって天皇は吉備へ行幸することにした。9月6日に淡路で狩りをし、小豆島を経て10月10日に吉備の葉田葦守宮に至った。そのとき兄媛の兄の御友別が出迎えて一族総出で食事を奉った。天皇は御友別の謹惶（かしこまり）を喜び、その子孫たちに吉備国を割いて封じることにした。彼らが吉備上道臣、下道臣祖などの祖となった。また織部（はとりべ）が兄媛に与えられた。『古事記』では対応する伝承が応神記ではなく仁徳記にあり、兄媛は黒日売という名で登場する。御友別にあたる人物は登場せず、黒日売が自ら大御飯（おおみけ）を献上する。
即位19年10月、吉野へ行幸。国樔人は白樫で横臼を作って大御酒を醸した。その大御酒をたてまつる時、口鼓を撃って演じ歌を詠んだ。橿の生に　横臼を作り　横臼に醸める大御酒　うらまに　聞こし持ち食せ　まろが父 吉野は山深い土地であり、日本書紀が書かれた奈良時代初頭でも吉野の人々が来朝することはまれであった。しかし時折、名産品を献上するときがあり、国主らはその際にこの歌を詠んだという
オシピーとなった地域は当初ウィグワム・ビレッジと呼ばれ、その後ニューガーデンとなり、最後はアルゴンキン語族インディアン12部族の1つであるオシピー族からオシピーと名付けられた。インディアンが防御柵を施した砦のあった場所であり、西に居たモホーク族からの防御を目指していた。1725年、インディアンの砦が破壊され、その後ジョン・ラブウェル大尉が砦を再建した。1785年2月22日、ニューハンプシャー議会がオシピーを町として法人化した。町の土地は「粗くて平坦ではなく、一部では岩や山がある」が、農夫達は牧草栽培に適していると判断し、さらに小麦やジャガイモを育てた。主要産品は農産物、材木、牛だった。1859年、この時の人口は2,123人であり、町内には製材所12か所、扉工場1つ、窓枠とブラインドの工場1つ、製紙工場1つ、革なめし場4か所があった。1871年、ポーツマス・グレートフォールズ・アンド・コンウェイ鉄道がオシピーコーナーまで開通し、1875年にはセンターオシピーまで延伸された。鉄道は商売と観光客をもたらし、町が夏のリゾート地として発展するのに貢献した。しかし、旅客鉄道の運行は1961年に停止され、1972年には貨物列車もなくなった。町の西にはオシピー山地もあり、古代の火山性環状岩脈がある円形をした山地である。砂と砂利の産地であり、ニューハンプシャー・ノースコースト鉄道によってマサチューセッツ州ボストン市まで運ばれている。