2008年（WAONが全国展開された年）より、所有者情報登録済みのWAON（ご当地WAONを含む）とゆうゆうワオンで、WAONポイントを使った募金が可能となった（受付は募金受付期間内のみ）。1WAONポイント以上、1WAONポイント単位で募金が可能で、WAONステーションにてポイントを預け入れる手続きを済ませ、WAON公式サイトで寄付・募金申請を行う。モバイルWAONの場合は携帯電話の通信機能を利用して預け入れから申請まで、その場で行える。なお、JMB系WAONでの募金は（前述した理由により）できない。過去「東日本大震災 復興支援募金」「熊本地震緊急支援募金」などが行われ、2005年からイオンが日本テレビ系列のチャリティー番組『24時間テレビ 「愛は地球を救う」』のスポンサーになっていることもあり、同番組のチャリティー募金も可能となっている（募金できるのは募金受付期間のみ）。
提携している他社のポイントを電子マネーWAONポイントに交換することが可能で、交換したポイントを利用する時には、さらに電子マネーに交換する手続きが必要であり、「イオン銀行ATM（一部未対応のATMあり）」や「WAONステーション」、「Famiポート」、ミニストップのレジなどで、あらかじめポイント交換（交換は1ポイントを1円相当として100ポイント以上、100ポイント単位）を行ってから利用可能となる。また、電子マネーWAONポイントを提携他社のポイントに交換することも可能であるが、このサービスはSuicaポイントのみに留まっている。可能ポイントの交換先や交換条件などについてはWAON公式サイトを参照。
複数のカードのWAONポイントを1枚のカードに合算させることができる。合算手続きは自身で「WAONステーション」により、画面の指示に従って操作することで行う。合算元のカードは所有者情報の登録の済否は問わないが、合算先のカードは所有者情報が登録されていることが前提であるカードか、購入後に所有者情報を登録したカードに限られる。なお、JMB系WAONは合算元・合算先いずれも対象外（前述）。
WAONカードプラスとイオンカード（WAON一体型）のWAON部分は、そのカードのクレジットカード部分が親カードになる。モバイルWAONはあらかじめ登録してあるイオン銀行発行の各種イオンカード（「イオンJMBカード」を除く）を親カードとしてクレジットチャージが可能である。イオンカード（WAON一体型）のクレジットカード部分でWAON部分にチャージした場合には同カードのWAON部分にWAONポイントが付与される（ときめきポイントは付与されない）。なお、モバイルWAONへのオンラインチャージでは同カードへのWAON部分にはWAONポイントは付与されず、モバイルWAONにWAONポイントが付与される。JMB WAONカード・BIC CAMERA JMB WAONカード・モバイルJMB WAONはあらかじめ登録してあるJALカード（ビューカード・小田急電鉄・シティカードジャパン発行カード、及びJALアメリカン・エキスプレスカードを除く）を親カードとしクレジットチャージ（モバイルJMB WAONによるクレジットチャージを含む）が可能である。三井住友カードWAON（一部のVJAグループ発行分含む）・JP BANK カード WAONはあらかじめ登録してある三井住友カード（VJAグループ）・ゆうちょ銀行の発行するクレジットカードを親カードとしクレジットチャージが可能である。ただし、三井住友カード・ゆうちょ銀行のポイントは付与対象外となる。
一般的な電子マネー同様、FeliCaリーダー/ライター（R/W）にかざすことで決済が実行される。決済完了時（マスコットの鳴き声と言う設定。後述）やエラー時（残高不足など）には音で知らせる。イオングループではWAON導入以前より電子マネー決済としてSuica電子マネーとiDを先行導入していたこともあり、当初はイオングループ共通のPOSターミナル（東芝テック（TEC）製。以下、TECレジ）にJR東日本メカトロニクス（JREM）製のFeliCa R/Wを接続しており、客が併設されたPINパッドのボタンを押すことでどの決済を行うかを選択し、R/Wにカードをかざす、という方式を取っていた。その後、POSターミナルの更新に合わせてR/Wがパナソニック製の決済端末（JT-R700CR）に交換されている。また、2018年から進められているイオングループのPOSシステム全面刷新によってイオングループ直営売場のPOSターミナル（システム更新後のTECレジ・寺岡精工のセミセルフレジ・富士通フロンテック製レジ）ではPINパッドのボタン選択は基本的に必要なくなった。ただし、専門店街もしくはイオングループの一部店舗では引き続きPINパッドのボタン選択が必要。
亀山駅 - 加茂駅間は閑散区間で、ワンマン運転の普通列車のみが運転されている。使用車両は1993年8月1日からキハ120系気動車が使用されており、この線区で使用されているものは紫で塗装されている。かつては奈良方面など他区間と直通する列車もあったが、2001年3月以降はすべてこの区間内の運転となっている。この区間は関西本線の中ではほかの区間と比べて運転本数は少なく、全線通しの列車はほぼ1時間に1本の運行である。ただ伊賀上野駅 - 加茂駅間は朝と夕方から夜間にかけて区間列車の設定がある（2001年3月2日までは昼間時も伊賀上野駅 - 加茂駅間の区間列車の設定があった）。ただし、全駅で交換が可能とはいえこの区間は全線単線であるため、運転間隔は昼間の一部時間帯を除き等間隔ではない。このほか、柘植駅で夜間滞泊を行い翌朝加茂駅へ折り返す加茂駅 - 柘植駅間の区間列車と、深夜に亀山発伊賀上野行きの区間列車（翌朝に伊賀上野発加茂行きとして運行）がそれぞれ設定されている。2001年3月から、線路保守点検による作業時間の確保のため、毎年7月から9月をのぞいて月1回土曜日の昼間時間帯の列車が運休していた（バスなどによる代行輸送も行われなかった）が、2011年3月12日のダイヤ改正以降は運休は取りやめとなっている。この区間は大雨が降ると、遅延になったり、運転見合わせが発生しやすい区間である。全列車が加茂駅で大和路線の大和路快速などの快速列車と接続するダイヤになっている。一方で亀山駅での名古屋方面行きの列車との接続はある程度図られているが接続時間にばらつきがある。日中は名古屋方面へ乗り継ぐ場合は20分程度の接続時間を要する（加茂方面へは10分以内で接続している）。2009年3月14日のダイヤ改正時には40分 - 50分程度の接続時間が発生していたが、2012年3月17日のダイヤ改正で改善された。