与那国町と台湾間で、期間が限定されてはいるものの、チャーター便が過去に飛んでいる。2007年（平成19年）10月4日、与那国空港から台湾の立栄航空による初の台湾直行チャーター便が台北国際空港に到着。花蓮市との姉妹都市締結25周年を記念した、与那国町の友好親善交流団128人が、乗り換えなしに直接台湾に入った。2008年（平成20年）7月4日、台湾の復興航空によるチャーター便が6日まで台湾花蓮市と与那国島を結び、双方から合わせて91人の乗客が利用している。2009年（平成21年）2月27日には、台湾の復興航空のチャーター便が往復。花蓮市から61人が来島し、与那国町からは30人が花蓮市に向かっている。
日本の最西端にある与那国島は台湾や中国に近接しており、日本の安全保障や対外関係において重要な位置を占めている。日本政府は、2016年4月に与那国島を含む八重山列島等の29地域を「有人国境離島地域」に特定しており、領海等の保全等に関する活動拠点としての機能を維持するために、国の行政機関の施設の設置等を図ることとしており、その中には自衛隊の部隊の増強等も含まれている。2010年12月17日に閣議決定された防衛計画の大綱及び中期防衛力整備計画には、与那国島を想定した100人規模の沿岸監視隊配備が盛り込まれた。与那国町議会は2013年6月20日に防衛省への町有地の賃貸を承認。2014年3月31日の正式契約締結を経て4月19日に起工式が行われ、2016年3月28日に与那国駐屯地が開設されるとともに沿岸監視隊が発足した。この間の2015年2月22日に行われた住民投票では、配備賛成が多数を占めている。また、原子力規制委員会は、台湾等での原子力発電所の事故の発生を検知するために放射線監視装置（モニタリングポスト）を与那国島及び対馬に設置し、2018年2月15日に運用を開始している。
主要産業は、サトウキビや水稲栽培等の農業、肉牛飼育等の畜産業、カジキマグロ漁やクルマエビ養殖等の漁業。ダイバーに「海底遺跡」の名で知られる与那国島海底地形をはじめとするダイビングスポットに富み、観光地としての認知度は高いものの、旅行者は多くない。
ヨナクニの名を持つもっとも有名な動物は、日本最大のガであるヨナグニサン（アヤミハビル）である。ただし、この種は与那国島の固有種でなく、近隣の石垣島や西表島でも見られ、世界的には中国、台湾をはじめアジア各地に分布している。また、北牧場および東牧場などでは日本在来馬の与那国馬が飼育されている。与那国馬は1969年3月25日に与那国町の天然記念物に指定されている。2010年11月1日に約1,040haの地域が国指定与那国鳥獣保護区（希少鳥獣生息地）として新規指定された。特別保護地区は63haである。これは国の天然記念物および国内希少野生動植物種に指定されているヨナクニカラスバトおよびキンバトの保全が目的である。これまで指定されていた鳥獣保護区は島の中央部の約187haのみで、今回の指定では地域の変更や大幅な拡充が伴われ、新規指定となっている。
与那国方言では、どぅなんちまと呼ばれる。その由来には諸説があり、池間栄三は、「ゆうな」（オオハマボウ）という木に由来する説が有力であるとする。この説によれば、石垣島では与那国のことを「ゆのおん」というが、これは「ゆうなふん」の転訛で、「ゆうな」の「ふん」（群れ）、すなわち、ゆうなの群生を意味するという。そして、与那国方言では語頭のヤ行が濁音化してダ行となるから、「ゆうな」が「どぅな」となるとされる。また、「よな」は海岸の洲や、米、砂を意味するという説もあり、富島壯英は諸説を検討した上で、「どぅなん」は砂や米を意味する「よね」に由来すると結論付けている。与那国島付近は天候が不安定で海を渡るのが難しいため、「渡難」（どぅなん）と呼ばれるともいわれるが、俗説とされる。
『マスターD復活計画』から5年後。帝国軍のアルバトロス計画をFSA軍が打ち倒し、国民的英雄となったスペンサー。左手にバイオニックアームを装備した彼の活躍により、改めてバイオニック技術への軍事的効果に関心が集まっていく。その一方で「バイオニックが軍備競争の呼び水になるのではないか」との声が一般市民の間で高まり、バイオニック技術へのデモ活動を誘発するようになる。デモはいつしか暴動へと発展し、バイオニックの賛否を巡る論争とその問題の解決は国家的急務となっていく。そんな中、反バイオニック派の暴動に加担したとして、かつての英雄スペンサーは国家反逆罪で逮捕されるという大事件が発生。スペンサーは死刑判決を受けてしまい刑務所に投獄されるが、実はスペンサーの逮捕は政府がバイオニック技術を撲滅する為の国家規模の陰謀であった。このスペンサーへの処分をきっかけに、政府は後に「バイオニック・パージ」と呼ばれる大規模なバイオニック禁止法を発令する。これは、バイオニック技術の開発禁止のみならず、体にバイオニック技術を移植するだけで処罰の対象とする厳しいものであった。バイオニック無しでは生きる事すら難しい一部のバイオニック兵らは、この法令に反発するも、政府の弾圧には為す術がなく国外逃亡を余儀なくされた。国外に逃亡した彼らは、かつての帝国軍の残党と結託し、バイオレインと言う名の反政府テロ組織の一団を築くに至る。それから5年後。これまで様々なテロを行ってきたバイオレインの活動はとうとう極致に達した。アセンション・シティを舞台に強力な爆弾の投下実験を試みたのである。この結果、都市は瞬く間に崩壊し、各地で核汚染が広がるなどFSA軍は壊滅的かつ絶望的な状況に追い込まれてしまう。スーパー・ジョーことジョセフ・ギブソンはこの未曾有の危機に、かつて共に帝国軍の野望を砕いたスペンサーを釈放し、現地へ軍事投入する事を決断するのであった。詳しくは公式サイトストーリーを参照の事。