紀伊半島の海岸線を走る紀勢本線では、各地で甚大な被害が発生した。JR東海の管轄する区間では、熊野市駅構内の橋梁が破損し、多気駅 - 新宮駅間が運休となったが、10月11日までに復旧している。JR西日本が管轄する区間(愛称:きのくに線)では、那智川の増水で那智駅 - 紀伊天満駅間に架かる橋梁が流失するなどし、新宮駅 - 湯浅駅間が部分運休となった。その後、9月5日までに白浜駅 - 湯浅駅間、9月17日に串本駅 - 白浜駅間、9月26日に紀伊勝浦駅 - 串本駅間がそれぞれ復旧し、橋梁の流失した新宮駅 - 紀伊勝浦駅間が12月3日に開通したことにより全線復旧した。新宮駅 - 紀伊勝浦駅間の不通により部分運休していた名古屋駅・新大阪駅・京都駅発着の特急列車もこの橋梁復旧により全線運行を再開している。また、JR西日本は9月2日発着の寝台特急・サンライズ出雲号を上り下りともに運休した。
高波の影響により、西湘バイパスおよび東名高速道路の下り線が、大雨の影響により、関越自動車道や上信越自動車道、北関東自動車道および中央自動車道の一部が通行止めとなった。国道168号、国道425号などの一般国道や紀伊半島各地の県道・市町村道などの道路も洪水・土砂崩れなどの影響で寸断され、長期間に亘り迂回や通行止めを余儀なくされている。また前述の熊野川の氾濫により道の駅瀞峡街道 熊野川の施設が流出し、利用できなくなっている。
日本列島に接近する前から、太平洋岸を中心に高波による被害をもたらした。8月27日には、高知市で1人が行方不明となり、愛媛県宇和島市で1人が死亡。千葉県南房総市でもレジャー中の3人（うち1人はアメリカ国籍）が死亡した。29日には、茨城県鉾田市で1人が行方不明となったほか、静岡県下田市では海水浴客10数人が離岸流によって一時沖に流され、1人が死亡した。8月30日には、神奈川県小田原市で男性1人が流され行方不明となり、静岡県下田市の白浜大浜海水浴場でも前日に続いて4人が沖に流されたが救助された。9月2日には、鹿児島県種子島で1人が行方不明となった。
9月2日、和歌山県白浜町では富田川・日置川が、同県新宮市では熊野川が氾濫し、付近の住民に避難指示が出されたほか、徳島県三好市や高知県安芸市、奈良県吉野町などでも避難指示が出された。9月3日には、岡山県玉野市で、高潮の恐れがあるとして、すべての住民に避難勧告が出た。
9月3日、奈良県十津川村野尻地区では、川が土砂でせき止められ氾濫、村営住宅2棟が倒壊し2人が死亡、6人が行方不明となった。同村長殿地区では、川の増水で家屋が流され全壊、2人が死亡、1人が行方不明になった。天川村では増水した川に住宅2棟が流され、1人が死亡した。五條市大塔町宇井では、増水した川に民家数軒が流されるなどして、8人が死亡、3人が行方不明となった。4日には、上流にあたる十津川村などに降り注いだ雨が熊野川に流れ込み、下流の和歌山県新宮市・三重県紀宝町などで氾濫した。新宮市熊野川町日足地区では、熊野川の増水により3人が死亡、熊野川行政局の庁舎3階近くまで浸水した。紀宝町浅里地区では広範囲にわたって水没し、1人が行方不明となった。しかし、これらの被災地に向かう道路（国道168号など）が土砂災害や浸水などにより寸断された影響で、孤立した集落が多数確認された。十津川村は一時全村孤立した状態となった。那智川でも河川の氾濫が発生し、那智勝浦町井関・市野々地区では川沿いにある集落の家が押し流され、多数の犠牲者が発生した。また、山体崩壊により、河川上で津波の特性を持つ段波が発生した。岡山市では、笹ヶ瀬川や足守川で水位上昇により氾濫したため、市内全域の人口の3分の1にあたる23万8595人に避難勧告・指示が出た。さらに、姫路市でも市川が避難判断水位を超えたため9万9732人に避難勧告を発令した。
1970年（昭和45年）春、法政大学の学生で中核派出身の大道寺将司らが結成した「Lクラス闘争委員会」は尖鋭化の一途をたどり、極端な反日思想のもと実力行使も辞さないまでに過激化していった。1972年（昭和47年）冬、「東アジア反日武装戦線」を名乗る大道寺らは本格的な武装闘争の準備を開始、そのターゲットの中には、第二次世界大戦によって「幾千万人ものアジア人民を圧殺した、この大犯罪人を処刑することは、反日思想の当然の帰結である」として昭和天皇が上がっていた。1973年（昭和48年）頃から、暗殺計画が浮上していたが、具体化し始めるのは翌1974年（昭和49年）からである。犯人グループは天皇の行動を調べ、全国各地で多様な公務をこなしながらも毎年8月14日だけは那須御用邸から皇居にお召し列車で帰還し、翌8月15日の全国戦没者追悼式に備えるという行動パターンをつかんだ。彼らはこのお召し列車を天皇もろとも爆破することを決意、爆弾の設置場所は、埼玉県と東京都の都県境に架かる東北本線・赤羽 - 川口間の「荒川橋梁」とした。彼らは「昭和49年8月14日」をもって昭和時代を終わらせる作戦に高揚したという。ちょうどその頃から「セジット」という爆薬の開発が進められ、1974年（昭和49年）8月14日の決行日に合わせるために急ピッチで爆弾が製造された。当初は無線による遠隔操作でお召し列車通過のタイミングに合わせて鉄橋の線路を爆破するつもりだったが技術的問題により挫折し、有線方式での爆破を企てた。