APIには各種パーミッションの設定があるが、実際にはパーミッションを設定してもシステムはそれに従わずに動作している。開発中のOSであるため、意図的にこのようになっているという。SkyOSの通信プロトコル部分は独自設計であり、実際の環境で大々的に評価されたことがない。今のところ、SkyOSの動作しているマシンへの侵入が試みられたという話はない。「パスワード付きフォルダ」という機能があり、ファイルシステムレベルで実装されているため、アプリケーションから通常のAPIでファイルにアクセスする場合、必ずユーザーがパスワードを入力する必要がある。しかし、パスワード付きもパスワードなしも、ファイルは全て同じ形でディスクに格納されているため、その構造を知っていれば通常のAPIを使わずにファイルにアクセスすることは可能である。SkyOSの安定性は徐々に改善してきているが、実際はユーザーによって異なる。ハードウェア構成が正しければほとんどシステムクラッシュは起きないが、サポートしていないハードウェアの場合は頻繁にクラッシュし、ブートすらできないこともある。包括的なハードウェアサポート状況の一覧は、システムが頻繁に修正されるため存在していない。
それほど有名なOSではないため、サードパーティの開発者はほとんどいない。そのため、サポートできるハードウェアが限られており、全てはSzeleneyが開発にかけられる時間と資金にかかっている。また、同じ理由でSkyOS上のアプリケーションの品揃えも限られている。ウェブブラウザや電子メールクライアントはサポートしているが、オフィススイートやゲームなどは揃っていない。
SkyOSのネイティブAPIは公式にはC++のみをプログラミング言語としている。PerlとPythonは移植されているが、それらのVMからネイティブAPIを使うバインディングは用意されていない。CUIベースの.NETアプリケーションはMono経由で動作可能だが、やはりネイティブAPIへのバインディングは存在しない。Windows Forms を使っている場合はそもそも動作不可能である。Desktop Communication Service はオブジェクト指向のプロセス間通信フレームワークであり、SkyOSで広く使われている。コマンドまたはAPIを使ってSkyOSのカーネルプロセスやユーザプロセスと通信できる。このメッセージング・モデルでは、識別子文字列で表される「インタフェース」に人間が読める形のメッセージを送る。例えば、次のようなメッセージを "Notify.Media.Player.Control" に送ると、SkyOSのメディアプレーヤーが次の曲を再生する。MessageType STRING "Next Song"SkyOSは、周辺機器の接続、ソフトウェアのインストール成功、バッテリー充電レベルの変化、新たな気象情報といった数百種類のイベントに対応したメッセージを発信する。各アプリケーションやドライバは適切なインタフェースを購読することで、メッセージを受け取ることができる。Integrated Streaming System (ISS) はLinuxにおけるサウンドサーバの考え方に似たメディア相互作用のためのC++用API群である。このAPIではメディア再生をコーデックから完全に独立させて抽象化している。デフォルト動作でよければ、基本機能は10行未満のコーディングで実現できる。
いくつかのAPIと同時にPOSIX互換APIもサポートしているが、SkyOSはベータ版で頻繁にAPI周りにバイナリ非互換が発生するため、アプリケーションの開発とリリースは今のところ難しい。SkyOS向けにアプリケーションをリリースしたければ、SkyOSのリリースごとのAPIの変化に追随する必要がある。APIをいつ固定するかについてSzeleneyは計画を明らかにしていない。SkyOSの実行ファイルはELF形式で、GNUコンパイラコレクションを使ってコンパイルできる。一般にクロスコンパイル方式でSkyOS用の実行ファイルを作成する。しかし、GCC自体もSkyOSに移植済みでよく保守されているので、SkyOS上でアプリケーションを開発することも不可能ではない。公式のチャンネルからアプリケーションを配布したければ、SkyOS公式サイトにある Software Store を利用すればよい。SkyOS自体の改良は突然行われる。スケジュールは大まかにしか文書化されていない。この点はコミュニティでも懸案となっているが、そのために民主的なプロジェクトよりも開発ペースが早いことは事実である。
SkyOSはSQLベースのインデックス付与機構を持ち、WinFSやSpotlightのようなメタデータおよび全文の高速検索が可能である。仮想フォルダの概念があり、それを検索機能と組み合わせると検索用クエリをセーブしておいて、後で実行するといった使い方が可能である。クエリとは例えば次のような書式である（全ての .txt ファイルのうち、今日更新されたもの）。name = *.txt && last_modified >= %today%検索するために上のような書式を覚える必要はなく、GUIを使ってクエリを作ることができるし、キーボードを使った検索もデフォルトでサポートしている。
ブラーフミー文字が南アジア全体に影響したのに対し、カローシュティー文字の使われる地域は南アジアの西北部、現在のパキスタン北部とアフガニスタン東部に限られ、プラークリットの一種であるガンダーラ語を記すのに使われた。ブラーフミー文字と異なって右から左に書かれ、文字は筆記体風にくずして書かれる。アラム文字に由来することがはっきりしているが、アラム文字とは異なってブラーフミー文字と同様のアブギダであり、子音字は原形では母音aのついた音を表す。a以外の母音（i u e o r˳）が続くときは文字に記号を付加する。母音の長短は（ブラーフミー文字の影響を受けた末期のものを除いて）区別しない。また、ブラーフミー文字と異なり、母音のみの音節を表す専用の文字は存在しない。カローシュティー文字でサンスクリットを記した文献もあるが、必要な文字のいくつかを欠いているため、サンスクリットを記すのには適していない。仏教で「四十二字門」として知られる特殊な文字配列は、おそらくはカローシュティー文字に起源があるという。漢訳仏典では音訳して「佉留書・佉楼書・佉盧瑟吒書」などと呼ばれている。「佉留書」は竺法護訳の『普曜経』に見える。「佉楼書」は5世紀に翻訳された『阿毘曇毘婆沙論』に見え、その箇所につけた『玄応音義』では「正しくは佉路瑟吒といい、北方の辺境の文字である」とする。玄奘訳の『阿毘達磨大毘婆沙論』では「佉盧瑟吒書」に作る。また、6世紀の僧祐『出三蔵記集』には「梵字は左から右に書き、佉楼の書は右から左に書き、蒼頡の書（=漢字）は上から下に書く」と記している。