四国アイランドリーグplusとの間では、2007年よりシーズン終了後に両リーグの優勝チーム同士による「日本独立リーグ・グランドチャンピオンシップ」（5試合制）が開催されている。アイランドリーグとはこの他、BCリーグ初年度の2007年にはシーズン中に交流戦を開催したものの、翌2008年以降は開催されていない。2014年9月には、この両リーグの合同組織として一般社団法人日本独立リーグ野球機構を設立した。2018年は選手トライアウトを合同で実施、ドラフト会議もインターネット中継を使用して合同で開催された。またNPB12球団のファームとは2007年以降、不定期で交流戦を開催している他、2009年にはオーストラリアのクラブチーム選抜とも交流戦を開催した。2012年には横浜DeNAベイスターズファームチームとの練習試合18戦を公式戦として開催した。2013年には海外独立リーグとの公式戦も開催され、パシフィック・アソシエーションの2球団マウイ・イカイカ、ハワイ・スターズが来日、合計12試合を行った。2014年には巨人、オリックス、広島の各ファームチームとの計12試合が公式戦として開催された。2015年は前記の通り、中日を除くNPBファームとの試合（東地区3試合・西地区2試合）が公式戦として実施され、2016年は巨人3軍とは各チーム年間6試合、それ以外のNPBファーム（楽天・西武・ヤクルト・ロッテ・阪神・ソフトバンクのうちの1または2球団）とは年間2試合を実施した。2017年は巨人3軍との交流戦を各チーム5試合（ホーム3・ビジター2）、東地区のみ楽天3軍との交流戦を各チーム4試合（ホーム・ビジター各2）を実施した。2018年は、公式戦の成績対象となる巨人3軍との交流戦を各チーム3試合（すべてホーム）のほか、公式戦成績対象外の交流戦として、楽天（対戦は栃木・群馬・信濃が各2試合、武蔵と新潟が各1試合）・阪神（対戦は石川・福井が各1試合）ファームとの試合が実施される。
外国人選手については、前記のトライアウトに参加するケースのほか、アメリカ合衆国でウィンターリーグ（トライアウト）を実施している。それ以外に個別契約での入団もある。2010年7月には群馬に所属していたフランシスコ・カラバイヨがオリックス・バファローズに入団した。これは日本の独立リーグ在籍の外国人選手として初めてのNPB入団となった。
リーグは毎年オフとなる11月にトライアウトを実施し、そこで選んだ選手をリーグのドラフト会議にかけて獲得する。2018年は、四国アイランドリーグplusと合同でトライアウトおよびドラフト会議を実施した。ドラフトにおいては、出身地・出身校・帰省先が該当球団の所在県の選手に対する「地元枠」（1チームにつき2人まで）を設定している。これ以外に個別に契約を結んで入団するケースもある。選手への給与は、3月から10月までの8か月間を対象に、月10 - 40万円が支給（個別決定、シーズン中の変動あり。最終月はプレーオフ出場のみ日割り支給）される。選手はそれぞれ個人事業主として扱われ、国民健康保険ならびに国民年金に各自加入することとなる。この報酬は四国アイランドリーグplusとほぼ同水準である。登録選手が負傷治療等の理由で練習生に変更となるケースがある。リーグ代表の村山哲二は、2016年11月30日に開催されたリーグ10周年式典において、2018年のシーズンから選手に26歳という年齢制限を設けるとともに、各球団で5人まで「オーバーエージ枠」を設ける構想を明らかにし、実際に導入された。シーズンオフとなる11月から2月までの4か月間には、球団からの給与は支給されない。BCリーグでは雇用支援策として「キャリアサポート制度」を設け、提携する人材派遣会社がオフ期間の就業先を選手に紹介し、選手は派遣された各地域の企業で働き収入を得る。主な派遣先は旅館、スキー場、食品加工業、酒造業など。また球団のスポンサー企業で就業するケースもある。このキャリアサポート制度は所属選手の生活基盤の安定に加え、退団・引退後のセカンドキャリアを身に着けてもらうという目的も兼ねている。この制度を利用せず、郷里に帰ってアルバイト等で収入を得ながらトレーニングを続ける者もいる。
指導者として元プロ野球選手を中心に、各チーム監督1名とコーチ（選手兼任も含む）2名が常任している。2015年現在、各チームの選手登録人数は上限27名である。登録外に練習生を保有することが認められている。
武蔵国久良郡の住民で、神護景雲2年（768年）6月、祥瑞とされた白い雉を手に入れたので献上した、と言われている。その結果、以下のように褒賞された、と伝えられている。称徳天皇は心ならずも皇位継承の大業を得て、四方に君主としてのぞみ人民を子のように育みつつも、善政を広く行き渡らせることができず、淳朴な精神も欠如しており、奔馬を欲しているような精神状態であった。そこへこの知らせがあったため、郡卿に審議させたところ、「雉は良臣の『一心忠貞』（一体となって忠貞の心を尽くすこと）であり、白は『聖朝の重光照臨』（朝廷が聖なる光を天下を照りわたすように、有徳の君主がつぎつぎに現れて、百姓を統治すること）です。武蔵国というのは、既に武をおさめ、文をとうとぶ祥瑞を呈しています。久良郡というのは『宝暦延長の表』（天子の寿命が長く延びること）を明らかにしています。姓が吉志というのは、『兆民子来』（多くの人民が子として慕う）の心をあらわしています。名が五百国なのは、まことに『五方朝貢の験』（日本と四方の国を合わせて五方から朝貢のあるしるし）をあきらかにしています」という奏上があった。天皇は、嘉貺（この良き賜り物）に対して、己の寡徳（徳の少なさ）を愧じたという。そして、周代に刑罰を停止したところ、越裳の国から白雉が献上され、難波長柄豊碕宮の御代（孝徳朝）で天下が平らかになった時にも長門国から白雉の献上があったという前例にならい、武蔵国の天平神護2年以前の正税の未納分を免除し、久良郡のその年の田租3分の1を免除し、武蔵国司と久良郡司の位を1級あげ、五百国に従八位を授けて、絁10疋、綿20屯、布40端、正税1,000束を賜うべし、という詔を出した、という。