基本的には戦前製のヨ2000形からヨ5000形まで続いてきた窓4枚の車掌車スタイルが元になっているが、ヨ5000形に比べると車体が630mm、軸距が300mm短縮され、それに伴い窓数も3個となり、室内の執務用机や椅子、長椅子も3人分から2人分に減らされている。また、屋根も深いRのカンバス張り屋根を持ったヨ5000形に対し、ヨ6000形はゆるやかなRをもつ浅めの鋼板屋根となり、換気用ベンチレータも1個に減っている。なお、暖房用ストーブは当初石炭使用のダルマストーブであったが後に石油ストーブに改装された車両も多数存在し、識別のため妻面左右に白線が標記された。塗色は黒である。常備駅が定められ日本全国で活躍した。走り装置はヨ5000形と同様の重ね板ばねを用いた二段リンク式軸箱支持となっており、軸距は短くなったものの、長く軟らかいばねを使用していることもあって、85km/hで走行可能である。全長は7,200mm、全幅は2,640mm、全高は3,621mm、自重は8.8tで、換算両数は0.8であった。
当時、国鉄ローカル線の緩急車はワフ（有蓋緩急車）が使用されていたが、居住性の改善を図るため、および慢性的な緩急車不足に対応するために1962年（昭和37年）から1969年（昭和44年）にかけて製造されたのが本形式である。製造は、東急車輛製造・協三工業・汽車製造・鉄道車輌工業・日立製作所・若松車輌で905両（ヨ6000 - ヨ6870、ヨ6900 - ヨ6915、ヨ7900 - ヨ7917）が製造された。
天正9年12月、織田信長・徳川家康は武田領攻めを開始し（甲州征伐。総大将織田信忠、副将滝川一益）、信濃木曽郡の国衆・木曾義昌が離反する。また、これに伴い相模の後北条氏も武田領への侵攻を開始した。義昌の離反を契機に信濃領国は動揺し、翌天正10年（1582年）2月2日に勝頼は信濃諏訪上原（長野県茅野市）に出兵し、『甲乱記』に拠れば信茂もこれに従ったという。2月29日に織田信忠は伊那郡高遠城の仁科盛信（信盛）を攻め、信忠は矢文で盛信に降伏を促し、信茂らが勝頼から離反したと伝えているが、この段階で信茂が勝頼から離反していることは虚報であると指摘されている。勝頼は天正9年に新府城（山梨県韮崎市）を新たに築城し甲府から本拠を移転しており、『信長公記』によれば同年3月3日に勝頼は新府城を放棄し、小山田氏の郡内へ逃れたという。『甲陽軍鑑』によれば勝頼嫡男の信勝は新府城における籠城を主張したが、これに対して信濃の国衆・真田昌幸が上野岩櫃城（群馬県吾妻町）への退避を提案した。しかし勝頼側近の長坂光堅が小山田を頼り郡内の岩殿城（大月市賑岡町）へ逃れることを主張したという。一方、『甲乱記』では信勝や昌幸の提案を記さず、勝頼が信茂に対し郡内への退避を諮問したとしている。なお、岩殿城は小山田氏の詰城とされているが、小山田氏の本拠である谷村（都留市谷村）からは距離があることから、岩殿城を小山田氏の城とするか武田氏の城とするかで議論がある。なお、天正9年3月20日に岩殿城へ勝頼が在番衆を派遣している事実も注目されている。勝頼一行が郡内領へ退避するさなか信茂は勝頼から離反。勝頼は田野（甲州市大和町）において織田方の滝川一益の軍勢と戦い、武田宗家は滅亡した（天目山の戦い）。信茂離反に関して、武田側の史料では、まず『甲陽軍鑑』に拠れば勝頼一行は郡内領への入り口である鶴瀬（甲州市大和町）において7日間逗留し信茂の迎えを待っていたが、3月9日夜に信茂は郡内領への道を封鎖し、勝頼一行に対して木戸から郡内への退避を呼びかけると見せかけ、信茂の従兄弟・小山田八左衛門と勝頼の従兄弟・武田信堯（のぶたか）が信茂の人質を郡内へ退避させ、信茂は勝頼一行に虎口から鉄砲を放ったという。信堯は正室が御宿友綱の妹で、信茂とは相婿の関係にある。なお、『武田三代軍記』『理慶尼記』でも同様の話を記し、『理慶尼記』では信茂の離反を7日の出来事とし、信茂が郡内への入り口を封鎖した地を笹子峠（大月市・甲州市）としている。一方、『甲乱記』では信茂離反の日付を記さず、勝頼は柏尾（甲州市勝沼町）において信茂を待ち、駒飼（甲州市大和町）に移動したところで信茂の離反を知ったとしている。一方、織田・徳川方の史料では『信長公記』では勝頼は小山田の館まで辿り着いたが、信茂は勝頼の使者をはねつけたと簡潔に記している。『三河物語』では小山田八左衛門が登場し、勝頼が郡内領へ逃れる途中に八左衛門を信茂のもとに派遣したが帰還せず、信茂離反を知ったという。織田・徳川勢により甲斐が平定された後、信茂は嫡男を人質として差し出すために信長に拝謁しようとしたが、織田信忠から武田氏への不忠を咎められ処刑された。『信長公記』では3月7日条に成敗した「小山田出羽守（信茂）」の名を記し、『甲陽軍鑑』では武田信堯や小山田八左衛門らの名も記している。一方、『甲乱記』、『甲斐国志』に拠れば、3月24日、甲斐善光寺で嫡男、老母、妻、女子とともに処刑されたという。享年44。長生寺『月日過去帳』・森嶋本『甲斐国志草稿』に記される伝存しない同寺所蔵の位牌によれば戒名は「青雲院殿武山長文居士」。信茂の命日は『甲乱記』、長生寺『月日過去帳』に「24日」と記され、『甲乱記』では3月11日の勝頼自害から13日後としている。