前身は西築地小学校の分教場である。1936年（昭和11年）1月15日の大手小学校の独立に伴い、同校分教場となる。港西尋常小学校として独立したのは、1940年（昭和15年）3月29日のことである。1951年（昭和26年）には稲永分校、1975年（昭和50年）には汐止分校を設置し、のちに分離している。
1990年代はじめにウサーマのテープを翻訳した経験のあるMUJCA-Netの主催者ケヴィン・バレット (Kevin Barrett) の見解では、2001年以降に発表された多くの「ビン・ラーディンだ」といわれるテープは偽物であり、CIAが「本物だ」と断定した2002年秋に発表されたテープも、スイスにあるIDIAP研究所が声の分析をした結果は「替え玉による録音だった」という。こうしたテープは、ブッシュ政権が色々な批判を浴びている状況下で報道に出てくることが多く、テープ自体は頻繁に出されている。
2009年7月、アメリカのラジオ局「ナショナル・パブリック・ラジオ」が、CIA当局者の話として、ウサーマ・ビン・ラーディンの息子の1人であるサアドが、パキスタン領内で米軍の無人偵察機による爆撃で死亡した可能性があると報じた。しかし同年12月、サウジアラビア資本でイギリスの首都ロンドンで発行される新聞「アッ＝シャルク・アル＝アウサト」は、ウサーマの別の息子であるウマル・ビン・ラーディンの話として、死亡説がささやかれているサアドは親族らとともにイランにいたと伝えた。これによると、サアドは、兄弟姉妹であるムハンマド、ウスマーン、ハムザ、ファーティマ、イーマーン、そしてビン・ラーディンの妻の一人であるハイリーヤ、叔父にあたるバクルを含む25人の親類と共にイラン国内で治安当局の監視下で自宅軟禁に置かれていたということを、ウスマーンが電話でウマルに話したという。ただしウマルによればサアドは一ヶ月前に逃亡し、その後はイラン国内にはいないという。ビン・ラーディンの家族はそれまで、2001年のアフガン空爆後は隣国イランに逃亡したと見られていた。2017年1月5日、息子の一人ハムザ・ビンラディンを国際テロリストに指定したとアメリカ政府は発表した。
アメリカ政府はかねてからのFBIの情報収集活動などにより、早くからイスラム系国際テロ組織アルカーイダとそのリーダーであるウサーマが9/11テロ実行犯と断定していたが、ウサーマは当初事件への関与を否定していた。ところが2001年11月、アフガニスタンのジャラーラーバードでターリバーン掃討作戦を行っていたアメリカ兵が破壊された民家から一本のビデオテープを発見、その中でウサーマが同志にこの事件については事前に知っていたと語るシーンがあったことから大騒ぎになった。ウサーマ本人がビデオテープによりアルカーイダによる911テロの犯行声明を公に発表したのは、それから3年後の2004年11月のことである。
配下の連絡係が発見され、その行動分析からウサーマ・ビン・ラーディンの居所が突き止められた。2011年5月2日（米国東部夏時間5月1日）、パキスタンにおいてアメリカ軍によって攻撃され、死亡した。
ブッシュ政権は、2001年9月11日に発生したアメリカ同時多発テロ事件の首謀者をウサーマ・ビン・ラーディンとアル・カーイダであると断定した（アル・カーイダでもサイード・アル=マスリーやサイフ・アル＝アデルは計画に反対した、とされる）。アメリカ政府の公式報告書（『9/11委員会レポート』）によると、航空機を使用したテロ計画の発案者は、2003年に逮捕され計画の全貌を自白したハリド・シェイク・モハメドであり、ウサーマ・ビン・ラーディンは彼から計画を持ちかけられたという。
1947年3月、TAIによって設立された。機材はエールフランス航空より借り入れ、1957年にはTAIと海運会社と共同運航を行った。1960年にフランスから独立し、マダガスカルになった後の1961年4月、政府はマダガスカル航空をフラッグキャリアと定め、同年8月には"MADAIR"という名前で正式決定された。12月にそれまであったエールフランス航空とマダガスカル航空(初代)が合併して誕生した。1962年1月1日に、マダガスカル国営のナショナル・フラッグ・キャリアとして設立された。路線はマダガスカル国内線とパリとアンタナナリボを結ぶ路線(ただし、機体はエールフランス航空のボーイング707をリースしていた。)や、ジブチやモロニ、サン＝ドニ、レユニオン島といった路線を持ち、エールフランス航空もそこに飛ばしていた。運航開始から1963年までは"MADAIR"という社名であった。1969年にはボーイング737を購入した。その後国営企業から株式会社へ業態変更したが、大半の株式を政府が保有する状態には変化はない。かつてフランス領だったことから、エールフランスも出資している。1990年代から2000年頃にかけて経営が悪化したため、ルフトハンザ・ドイツ航空の支援を受け、2002年6月から再建プログラムに着手した。2003年11月には全ての負債を完済し、同年の決算では黒字を計上したことで、再建プログラムは終了。また、航空機運航面でも安全性も非常に高いことで有名である。これを受けて、2004年3月には新しいロゴマークを制定、同年にはバンコクへ乗り入れたが、これは同社初のアジアへの路線展開となった。日本からのアクセスもバンコクでの乗り継ぎが便利であることから、過去10年間で邦人のマダガスカル観光客数は10倍以上に伸びている。2009年度中には中国への乗入れを計画しており、アジア重視の傾向が見られる。