歴史的にはニューモシスチス肺炎の治療はペンタミジンが用いられてきた。しかしペンタミジンでは治療失敗率が高く、毒性も強かった。そのためST合剤、リファンピシン、グリンダマイシンなどが注目され2016年現在はST合剤が主流となっている。ST合剤の代表薬はバクタ®とバクトラミン®である。しかしST合剤も効果的には優れた薬剤であるが忍容性が高くないという問題もある。低容量のST合剤による治療も注目されている。標準的なPCPでの投与量はトリメトプリムとして15mg/kg/dayでありST合剤の内服では9～12錠程度になる。予防投与の場合は連日1錠または1日2錠を週に3回で投与する。予防投与の場合、発熱や皮疹などST合剤による薬剤アレルギーのため継続困難な場合は、一度中止し、症状軽快後に脱感作療法後に再導入が検討される。脱感作療法を行うことにより70％以上の症例で予防量は再導入可能となる。
β-Dグルカン（真菌症のマーカー）とKL-6（間質性肺炎のマーカー）がよく知られたマーカーである。特にβ-Dグルカンは感度92.3%、特異度86.1%であり、信頼性の高い診断ツールになる。β-Dグルカンの問題点は擬陽性があること、測定法が複数あり測定法により検査値が一致しないことがあげられる。
ニューモシスチス・イロベチイ自体は組織障害性が少なく、その存在だけでは呼吸障害を伴うようなPCPは起こらない。炎症反応が過剰になることで肺組織障害がおこると考えられている。動物実験ではCD4陽性Tリンパ球を選択的に欠損させたマウスではPCPを発症しやすく、低酸素血症や肺コンプライアンスの低下など重症化を認める。しかしCD8陽性Tリンパ球も欠損させると肺内の菌量はかわらないものの、炎症や酸素化障害は軽減する。また重症複合免疫不全マウスは晩期まで呼吸障害を起こさないが。このマウスに野生型マウスの脾細胞を投与して細胞性免疫を構築すると急激な酸素化障害がおこる。CD4陽性T細胞が機能不全の状態ではCD8陽性T細胞が肺障害に関与すると考えられる。この動物実験は臨床的にも再現されている。たとえばAIDS患者でPCPの治療が不十分なまま抗レトロウイルス療法を開始すると、免疫機能の回復とともに、遺残していた病原体に対する激しい炎症反応が起こる免疫再構築症候群が知られている。また骨髄移植のレシピエントにおける生着症候群でも免疫能の回復とともにPCPが発症し呼吸機能が大きく低下することがある。
本菌の培養は困難である。そのため生態に関しては限られた情報しかない。ニューモシスチス・イロベチイはヒトの体外では増殖できず、また環境中にも発見されない。そのためヒトの呼吸器官が唯一の棲息場所と考えられている。ヒトの肺内ではⅠ型肺胞上皮に付着して存在している。免疫能が正常な一般人口における定着率は0～20％と考えられている。かつてはニューモシチス肺炎は幼児期にニューモシスチス・イロベチイが定着し、免疫抑制状態になったときに内因性の再燃をおこすと考えられていたが、その後は外来性再感染説が有力となっている。これは無症候性キャリアが感染源となるという考え方である。
ニューモシスチス・イロベチイを真菌に帰属させる最も大きな理由が本菌のDNA塩基配列解析の結果である。なおDNA塩基配列解析以外に本菌を真菌に分類する根拠は電子顕微鏡像において細胞壁、細胞内小器官の超微細構造が真菌と極めて類似していること、シスト細胞壁の主要構成成分としてβ-Dグルカンが見出されたことがあげられる。また原虫と認識された原因としては、光学顕微鏡観察では形態学的に原虫に類似していること、抗原虫薬に感受性があること、多くの抗真菌薬に耐性があること、人工培地で培養が困難であることがあげられる。原虫と真菌が光学顕微鏡レベルで区別できないことは珍しいことではなく、コクシジオイデス症の起炎菌であるCoccidioides immitisも当初は原虫に分類されていた。また抗原虫薬と抗真菌薬には交差感受性がある真菌であるカンジダ・アルビカンス Candida albicans なども抗原虫薬のペンタミジンに感受性があり、リーシュマニア症など原虫疾患にアムホテリシンBが用いられている。
1980年12月、重度障がい者のための新しい職場をつくる目的で、日本アビリティーズ（現在のアビリティーズ・ケアネット）とジャスコ（現在のイオン）の共同出資により設立した企業。ジャスコでは障がい者ができる小売業としてレコードと書籍販売が選ばれた。店舗名の「スクラム」は、健常者と障がい者、社会が互いにスクラムを組んで協力すると言う意味から名付けられた。1983年4月、宮城県泉市（現在の仙台市泉区）松森に「スクラムブックセンター泉」（後の「スクラム仙台泉店」）を開店。現在、宮城県・秋田県・福島県に店舗を展開している。かつては北海道・青森県・岩手県・山形県・兵庫県にも店舗があったが、現在は撤退している。また、小売業としての長年の経験を活かし、障がい者を対象とした就労移行支援サービスも行っており、就労訓練から就労後のアフターケア（サポート）まで実施している。なお、グループ名が「イオングループ」になった後も社名に"ジャスコ"を冠したグループ企業が当社以外にも数社存在していたが、フードサプライジャスコはイオンフードサプライに、九州ジャスコはグループ会社数社を統合しイオン九州に、琉球ジャスコ（沖縄県内のイオン・マックスバリュ等を運営）はイオン琉球に商号変更したため、社名に"ジャスコ"を冠したイオングループの企業は当社のみとなった。