相対式ホーム2面2線（ホーム長263m:10両対応）と橋上駅舎を有する地上駅。通過線はなく、安全のために可動式安全柵が設けられている。直営駅。管理駅でもあるが、当駅は自駅のみの単駅管理となっている。みどりの窓口（営業時間：6時30分 - 21時00分、途中で営業休止する時間帯あり）、指定席券売機（稼働時間：6時10分 - 23時30分）、自動改札機が設置されている。
東北新幹線はかつて営業されていた南部縦貫鉄道線（営農大学校前駅 - 盛田牧場前駅間）と交差しており、特に旧・営農大学校前駅と七戸十和田駅は僅か徒歩5分程の距離だった。両路線を接続する計画もあったが、新幹線の盛岡駅以北への延伸決定の延期などで開業が遅れた間に南部縦貫鉄道の路線が1997年に休止、2002年正式に廃止された為、接続計画は結局完全消滅した。なお、前述した駅弁「桜弁当」のパッケージには、同線で使用されていたキハ10形レールバスが描かれている。
駅名決定前の仮称は「七戸駅」（しちのへえき）であった。七戸町商工会など町商工関係団体が「七戸駅」を要望したのに対し、当時の七戸町長・福士孝衛は、「七戸に新駅が建設されるのは上十三地域の協力があったからこそ。それを無視して行政の立場から『七戸駅』にするとは言えない」と、七戸単独の名称に固執しない考えを明らかにしている。その後、地域団体のひとつである「上十三地域広域市町村圏協議会」は2008年（平成20年）11月5日までに、開業時の駅名として「七戸十和田駅」を要望することで合意した。これに対し福士は、議会や町民の意向も踏まえて駅名案を最終決定し、運行事業者に要請するとしていた。2009年（平成21年）7月29日、JR東日本盛岡支社は駅名を「七戸十和田駅」とすることを発表した。支社長の福田泰司は「地元の七戸町と観光地として有名な十和田湖への玄関口になるという観点から総合的に判断した」と述べた。
島式ホーム1面2線を持つ地上駅。線路の使用方法は1番線が上下本線（制限速度100km/h）、2番線が上下副本線（一線スルー）となっている。駅舎からホームへ行くには本線である1番線を横断しなければならないため、交換列車が無いときは列車種別に関係なく2番線に入線する（下りはすべて、上りは一部を除く）。駅舎内にはキヨスクが、駅舎外にはウィリーウィンキー詫間店があったが、2016年にいずれも閉店になった。また、駅舎外には市営バスのバス停や自転車の駐輪場が整備されている。社員配置駅（多度津駅助役詫間在勤配置）。早朝と夜間を除き駅員が配置されていて、みどりの窓口が設置されている。
事件は1996年1月20日の午前8時ごろに起きたとされた。同市にすむ三人の少女が、ジャルジン・アンデーレ(Jardim Andere)区の空き地の林で異様な生物を目撃したと話した。その生物は体長1メートルほど、頭に3つのコブがあり、目は真っ赤で猫背で2本足で直立歩行していたという。伝言された姿形は、アメリカの宇宙人来訪雑誌にしばしば登場する「グレイ」という宇宙人タイプに相当する。インタビューによると動きは弱弱しく怪我をしていたものと見られる。網で捕獲し、その後ブラジル軍（実は警察）などが次々と派遣されたといううわさが流れた。しかし、軍警察はその情報を否定した。現場を「公園」と訳す日本語情報源があるが、この場合のポルトガル語のJardimは公園ではなくヴァルジーニャ市内にある区の名称で、住宅地帯である。その生物は箱のようなものに入れられ軍警察病院へ運ばれたが、まもなく死んでしまったという噂が広がった。朝でラッシュアワーの時間帯なので多くの人が目撃したとブラジル国外のWebでは伝えられているが、そのような目撃例はない。当日、口コミによる噂が急激に広がったために、多くの報道者が取材のために軍警察（Polícia militar)[:pt]に押し寄せた（ブラジルの軍警察とは陸軍ではなく制服警察官であり、「陸軍」とするのは誤訳である）。繰り返される取材に対し警備兵（警察官）が不快感を示し、最後には報道陣を門前払いにした。その様子がテレビで放映され、噂をさらに広げる結果になった。しかし、軍警察、消防署、市役所などの当局は一様に否定している。Web上ではこのETに関する多数の絵を見ることができるが、物証や町の騒動を記録した写真や動画はみあたらない。事件後、「UFOが墜落したのを見た」、「宇宙人が放射性物質をばら撒いた」とか、「生き残った宇宙人がいてアメリカに送られたにちがいない」とする情報が、ブラジル国内のWebに流れた。現実には三人の少女の言葉のみで物的証拠がないため、この事件は数日で収まった。現在Web上で見られる動画もすべてインタビューであり、物的証拠はない。しかしブラジル国外においては情報が極度に誇張され、一時は世界的に有名なUFOおよび宇宙人の来訪事件の都市伝説に祭り上げられてしまった。UFOや宇宙人の専門家と自称する人々のコメントはWeb上で多数見られる。現時点では、ヴァルジーニャ事件はブラジル国外において有名であるが、国内、とりわけヴァルジーニャ市では過去の話となっている。現地の市民はこの事件を酔った少女の冗談であると語った。ヴァルジーニャ市役所もも笑い話の類と考えている。サンパウロ大学で、この事件の信憑性について学術的な研究が行われ、社会学の修士論文の一部になったが、物的証拠がないため信頼性がないという結論にまとめられた。