グリーン車、グランクラスは新函館北斗方車端の1か所に、普通車は各車両端の2か所に客用扉・デッキを設けた。全座席に読書灯が設置されるほか、空気清浄機、フルカラーLED式表示装置、コンセントも設置される。コンセントについては、グリーン車は全座席に、普通車は窓側席のみに設置されている（2015年度増備分のU29編成からは、普通車も全ての座席に設置）。また、防犯のため、車両デッキには防犯カメラも設置される。トイレは2両に1箇所（奇数号車の新函館北斗方）に設置されており、洋式トイレ2箇所と男性用小便器ブース1箇所、洗面所2箇所という構成である。ただし、5号車は、洗面所が1箇所のみとなっている。バリアフリー対策としては、5号車と9号車に車椅子対応設備（出入り口の拡張、車椅子対応座席の設置、車椅子対応トイレなど）が設置される。トイレはハンドル式電動車椅子対応とされている。さらに、5号車には多目的室も設置される。また、外国人利用客の増加に伴い、2017年7月から2018年2月頃までにかけて順次、普通車の偶数号車の東京寄り（1番のD・E席）と9号車のグリーン車のデッキスペースに荷物置場を設置する予定。H5系はE5系との共通運用を想定して座席配置など基本的な部分はE5系と共通となっているが、ドアの内側もJR北海道のコーポレートカラーである萌黄色にするなどの違いがある。また、車内照明は発光ダイオード（LED）を採用し、普通車ではE5系の2013年度以前の増備車（U28編成以前）では窓側と車両の両端の席にしかなかったコンセントを全ての座席に設置する。なお、これらの仕様の一部（LED照明、普通車全席コンセント設置など）は、E5系の2015年度以降の増備車（U29編成以降）にも反映されている。
インテリアは「ゆとり」「やさしさ」「あなたの」をキーワードに、自然の色を基本に、暖かで落ち着いた空間にデザインされ、先頭車両の客室スペースの縮小と5号車に多機能トイレ・多目的室等のバリアフリー設備が設置されたため、1編成の定員はE2系1000番台より83名の減少、200系K編成10両編成（225形400番台・先頭車1500番台組込みの場合）より8名減少の731名→724名（荷物置場の設置により変更）。普通車のシートピッチもE2系より拡大（980mm → 1,040mm）されたが、トイレ等の設備がない偶数号車（2、4、6、8号車）の定員はE2系と同じく100名→98名（荷物置場の設置により変更）であり、シートピッチの拡大が定員減の原因ではない。また3人掛けシートの横幅拡大（A・C席：430mm→440mm、B席435mm→460mm）も行われている。H5系も基本的にE5系を踏襲しているが、「北海道への旅の序章として、その先の旅への想いを奏でる〜Prologue of the North Experience〜 」をコンセプトに、普通車の床敷物に雪の結晶をあしらったデザインとし、同車のブラインドには縄文・アイヌ土器をあしらう等、普通車・グリーン車・グランクラスそれぞれで内装に独自のデザインを採用している。なお、渡島総合振興局は車両の内装に道南スギを使用するよう要望していたが、JR北海道にトラブルがあり、十分にアピールする機会が無いまま車両が発注されたこともあり、立ち消えとなった。
営業最高速度の引き上げでさらなる低騒音化が求められ、編成中で使用するパンタグラフは2基中1基のみ（3, 7号車に搭載している内の進行方向に対して後位側）となったため、離線しづらい12分割すり板付き「くの字主枠」のシングルアームパンタグラフPS208型を装備している。これは、E954形において、「くの字主枠」と「1本主枠」の2タイプのシングルアームパンタグラフを装備して、比較試験を行った結果採用されたものであり、同車でテストされたPS9037をベースにしている。12分割されたすり板の中にはスプリングが内蔵されていて、架線にしなやかに追従することができ、その周囲には、側面の大型遮音板のほかに、碍子側面部に小型の遮音板が設置されており、低騒音化と騒音防止が図られている。また、騒音低減のため、特高圧引通線はE2系0番台と同じく車内天井部に配置した。
同年1月に封切られた『海賊戦隊ゴーカイジャーVS宇宙刑事ギャバン THE MOVIE』でギャバンが復活したのを足掛かりに、誕生30周年を記念して初の単独オリジナル作品として映画化。メタルヒーロー全体としてのオリジナル映画化は1995年4月公開の『劇場版 重甲ビーファイター』以来17年ぶりである。監督は旧作シリーズでアクション監督を手がけた、金田治。音楽にはTVシリーズを手がけた渡辺宙明に加え『ゴーカイジャーVSギャバン』で渡辺と音楽を共に手がけた山下康介も参加。主演は旧作の主演だった大葉健二に加え、新たなギャバン役として石垣佑磨を起用、旧作からはコム長官役の西沢利明に加え、初期の10話でドン・ホラーの声を担当していた飯塚昭三が実写作品では30年ぶりに復帰。Wギャバンを取り巻くキャストには『侍戦隊シンケンジャー』の森田涼花、『非公認戦隊アキバレンジャー』の穂花、『獣拳戦隊ゲキレンジャー』の三浦力、『仮面ライダーオーズ/OOO』の岩永洋昭と、スーパー戦隊シリーズや平成仮面ライダーシリーズといった東映特撮作品に出演経験のある人物が多く配された。本作品のPRの一環として、同時期のテレビ作品『特命戦隊ゴーバスターズ』でコラボが行われ、『テレビマガジン』2012年10月号（同年9月発売）付録のDVD『特命戦隊ゴーバスターズvsビートバスターvsJ』に初代ギャバンが登場、テレビシリーズのMission31・32にはギャバンtypeG（十文字撃）とシェリーが登場し、ゴーバスターズの本編終了後にはレッドバスターとギャバンtypeGによるスペシャルCMが使われた。新宿バルト9他全国171スクリーンで公開され、2012年10月20、21日の初日2日間で7,395万200円、動員5万9,692人になり映画観客動員ランキング（興行通信社調べ）で初登場第5位となった。コム長官役の西沢が2013年4月11日に死去した為、西沢にとってはこの作品が劇場映画における最後の出演作品となった。