来島村上氏は早くから豊臣秀吉についたため独立大名とされ、他の二家は能島村上氏が小早川氏、因島村上氏は毛利氏の家臣となった。1588年（天正16年）に豊臣秀吉が海賊停止令を出すと、村上水軍は従来のような活動が不可能となり、海賊衆としての活動から撤退を余儀なくされる。因島村上氏はそのまま毛利家の家臣となり、江戸期には長州藩の船手組となって周防国三田尻を根拠地とした。能島村上氏は毛利家から屋代島（周防大島）を与えられて臣従し、江戸期には因島村上氏とともに長州藩船手組となった。来島村上氏は関ヶ原の戦いの結果、豊後国の内陸部にある玖珠郡に転封され（森藩）、一部の飛地藩領や海路による参勤交代を除いて海から遠ざけられた。
これら三つの村上家の起源ははっきりしないが、もともとは一つの家であったという。その起源として最も有力とされるのが、『尊卑分脈』に記された、河内源氏の庶流信濃村上氏を起源とする説である。平安時代末期に活躍した村上為国の弟・村上定国が保元の乱後に淡路島を経由して塩飽諸島に居を構え、平治の乱後の永暦元年（1160年）に越智大島 に居を移し、伊予村上氏の祖となったとされる。越智大島を始め伊予国（現在の愛媛県）各地には、源頼義が伊予守をしていた時期に甥の村上仲宗（信濃村上氏の祖）に命じて多くの神社・仏閣を建立させたという伝承が残っており、もともと伊予は信濃村上氏と縁のある土地であったとされる。また能島村上氏の系図では、自らの出自を村上天皇の皇子具平親王の子源師房を祖とする村上源氏としている。因島村上氏にも同様の起源を主張する系図が残されている。また信濃村上氏に残る系図には、源頼信の次男源頼清が村上天皇の皇子為平親王の子源憲定（村上憲定）の娘婿として村上姓を名乗ったとする、よく似た説が伝わっている。その他に、伊予越智氏の庶流との説もある。この他、村上義弘は、愛媛県新居浜市沖の新居大島の生まれであると同島では伝えられており、水軍活動初期のものと思われる城跡や舟隠し跡などが残されている。
9月1日に埼玉県川口市で行われる予定だった首都圏9都県市の合同防災訓練は、大雨の影響により中止となった。神奈川県松田町では、9月4日に計画していた総合防災訓練が1980年の開始以来初めて中止となった。
名古屋市南区の日本ガイシアリーナで強風によりステンレス製の屋根が幅20メートル、長さ50メートルに渡って剥がれたため営業を中止。三重県では、紀宝町立相野谷小学校、紀宝町立成川小学校、御浜町立阿田和小学校、熊野市立飛鳥小学校など11の小中高校で浸水被害を受けた。特に、三重県立紀南高等学校では近くを流れる尾呂志川（おろしがわ）が氾濫し1階部分が2m冠水、床一面が泥に覆われ、黒板や教科書など教具が流されてしまい、パーソナルコンピュータ70台が廃棄処分となった。
近鉄大和八木駅(奈良県橿原市)とJR新宮駅を結ぶ、高速道路を走らない路線バスとしては日本一の走行距離と走行時間を誇る奈良交通八木新宮線(八木新宮特急バス）は、国道168号折立橋(十津川村折立)の崩落などで一部区間が運転できない状態となっていたが、折立橋の仮復旧や五條市大塔町〜十津川村長殿間の通行規制が緩和されたことなどにより、11月1日に全線運行を再開した。ただし、迂回運行区間が残っているため、現在でも一部の停留所は通過扱いとなっている。
南海電鉄高野線では、橋本駅 - 紀伊清水駅間の紀ノ川に架かる紀ノ川橋梁に歪みが見つかり、9月5日から10月3日まで橋本駅 - 紀伊清水駅間を運休し、バス連絡輸送を行った。部分運休中、紀伊清水駅 - 極楽橋駅間は、この区間に取り残されている車両（3編成）を利用して運行を行った。また、三岐鉄道では、保々駅 - 北勢中央公園口駅間の朝明川橋梁が損傷したことにより、保々駅 - 梅戸井駅間で長期にわたってバスによる代行輸送が続いていた。
三沢光晴のオリジナル技であり、代名詞的フィニッシュ・ホールド。技名のエメラルドは三沢のイメージカラーであるエメラルドグリーン、フロウジョンは「滝、流れ」を意味する。パイルドライバーの派生技である。オクラホマ・スタンピードのように正面から相手の胴を両腕で（もしくはボディスラムのように片腕で相手の後頭部や首の付け根、もう片腕で股間を）抱え込み、相手を上下逆さまにしながら抱え上げ、自分の片肩の上にうつ伏せに乗せる（このとき、相手の頭部は前方に向いている）。その状態から片手で相手の後頭部あるいは首の付け根、もう片方の手で相手の腰の辺りを抱え、体重を乗せながら自分の横側に倒れこみ、相手を後頭部からマットに落とす技。相手の受け身の技量に応じて背中から落とすなど角度を調節する事ができる。初公開は1998年1月26日、全日本プロレス・大阪府立体育会館第一競技場大会における秋山準との三冠ヘビー級王座防衛戦。この時、公開されたものは現在のものと若干形式が異なっていた。ツームストーン・パイルドライバーの要領で相手の胴を両腕で抱え込み、逆さにしながら担ぎ上げる。そのまま相手の体を自分の横側にずらし、さらに相手の首下付近と腰を抱えるように腕を持ち替えてから頭部から落とす。この技には、相手の首などへの負担が大きく危険で、なおかつ技を決めるまでに時間がかかるという欠点があった。その後、相手の力量に応じ落とし方を調整でき、なおかつスムーズに技に移行できるように現在の型に改良された。なお、最初に公開されたフォームは、原型エメラルド・フロウジョン、オリジナル・エメラルド・フロウジョンと呼ばれることもある。また、考案後に名称が定まるまでは変型ツームストーン・パイルドライバーと仮称されていた。