FC版のストーリーを基に、操作性やグラフィック面など多くの点を改良したリメイク作品。FC版発売から6年後の1993年（平成5年）に第1作『ドラゴンクエスト』と合わせて1本のソフト『ドラゴンクエストI・II』として発売された。町の人の台詞なども一部が変更・追加されたほか、NES版に追加されていたプロローグ（ムーンブルク城が襲われるシーン）とゲーム中盤でのシナリオの追加も行われた。
MSX2版はFC版に忠実なグラフィックを実現している。戦闘突入時のフェードアウトがFC版と違い、MSX版はパレットが固定なので直接に戦闘画面・MSX2版はパレットを暗くしていく（フェードイン・フェードアウト）方式となる。「あぶないみずぎ」のグラフィック表示はカットされているが、台詞など、イベントそのものは同一である。画面のスクロールにおいて、MSX2版の速度はFC版よりも遅い。
MSX版では、単色スプライトでないと複数個のキャラクターの横並びが困難で、PCGが横8ドット毎に2色までしか表現できないために、スプライトとPCGを組み合わせてキャラクターを表示している。そのためにキャラクターの背景が黒く表示されるが、MSX1でもファミコン版に近い色使いのキャラクターを実現し、主人公3人の行進が可能になった。PCGが横8ドット毎に2色までしか表示できないために敵の色や背景の模様がのFC版と一部異なる、効果音が鳴っている間はBGMのパートが一部欠けるなどの違いもある。「あぶないみずぎ」入手時のイベントで、露出度の高い水着を着たムーンブルクの王女（鳥山明のデザインとは別物）のグラフィックが画面全体に表示される。画面スクロールはPCG8ドット毎。MSX1版はFC版と同程度の速さがある。
FC版の約一年後に発売されており、内容はFC版とほぼ同じだが、ロムの容量が増えたことでオリジナルアイテムとしてムーンブルクの王女のみが装備できる防具「あぶないみずぎ」のアイテム並びにイベントの追加や、「あくましんかん」4匹などFC版では無かった敵のフォーメーションが登場し、全体的に敵が強く設定されているなどの変更が行われている。音源が異なるため、メロディーラインが全てデューティ比50:50の矩形波になっている他、BGMにアレンジが施されており、特にパスワードを入力する際のBGM「Love Song 探して」はポルタメントを多用し、「歌」を強く意識したアレンジとなっている。ほぼ全曲においてFC版より長2度低く、例えばハ長調の王宮のテーマは変ロ長調になる。コマンド画面でのアイテム表示が、8個一列ではなく4個二列に変更されている。
この節ではゲーム内で語られる設定を中心に述べる。100年後ということにより、前作の登場人物の子孫が主人公・主要キャラクターとして登場している。( )内の英語表記は北米版での名前（2つ併記してあるものは、左側がNES版、右側がGB版）。
アレフガルド一国のみが舞台だった前作だが、本作ではそのアレフガルドを含んだ世界すべてが舞台となる。世界地図の北端と南端、東端と西端はそれぞれ繋がっており、例えば世界地図の北西に位置するルプガナから北方へ向かうと南西のベラヌールに、西方へ向かうと北東のローレシア大陸に着く。これは以降のドラゴンクエスト作品すべてについていえることである。物理的なマップの広さは前作の6倍以上となったが、アレフガルドのみにマップ全域を充てていた前作に比べればアレフガルドそのものは縮小され、アレフガルドではラダトーム城、竜王の城、沼地の洞窟、聖なるほこらのみを残し、前作で登場したそれ以外の町・村や洞窟は省略された。
『ドラゴンクエスト』において、アレフガルドを恐怖に陥れた竜王は勇者ロトの血を引く勇者によって倒され、それ以降、世界は平和な時代が続いた。勇者は、ラダトームの姫であったローラとともに新たな地を訪れ、国を築く。国号は妻の名を採って「ローレシア」とされた。その後、国はローレシア、サマルトリア、ムーンブルクという3つの王国に分割され、勇者とローラがもうけた3人の子供とその子孫が各国を治めていった。本作はそれから100年が経ち、平和が破られた後の物語である。ムーンブルク王国の城が邪教の教祖大神官ハーゴンの手先によって滅ぼされ、ムーンブルクから脱出した1人の兵士がローレシアにたどり着く。兵士はハーゴンのことをローレシア王・王子に伝えるとその場で息絶える。サマルトリアやローレシアがハーゴンの手に落ちてしまうのを阻止するため、ロトの末裔であるローレシアの王子（主人公）が、ハーゴン討伐のためローレシアを旅立つ。
呉王を称したものの、張士誠の勢力拡張の動きは鈍かった。陳友諒は、張士誠に使者を送って、朱元璋を東西から挟撃しようと誘ったが、漁夫の利を狙う張士誠はこの話には乗らなかった。一方、着々と力を増していた朱元璋は至正23年（1363年）に鄱陽湖の戦いで西の宿敵陳友諒を敗死に追い込む。翌至正24年（1364年）には陳友諒の跡を継いだ子の陳理を降らせ、湖北、江西の一帯を版図に治めた朱元璋は矛先を東に転じ、張士誠に対する本格的な進攻を開始した。至正26年（1366年）、朱元璋の軍勢は張士誠の本拠地である隆平府を包囲した。長期の包囲戦の末、隆平府は翌至正27年（1367年）9月に陥落したが部下に慕われていたため離反した将士は一人もいなかった。捕らえられた張士誠は、応天府に送られる途上、自縊して果てた。享年47。