引退後は種牡馬となったが、当時は海外から輸入した種牡馬の活躍が著しく、内国産種牡馬の成績は低迷していた。そのような状況に配慮して、シンザンを繋養した谷川牧場は、「儲けることよりもシンザンの血統を後世に伝えることが重要」と考え、シンザンの種付け料は20万円に設定された。なお、競走馬引退後のシンザンの世話は谷川牧場の従業員・斉藤優が担当した。初年度と2年目の産駒は数が少なかったが、2年目産駒から重賞を2勝したシングンが出る。産駒数が大幅に増えた3年目以降は急激に成績を伸ばし、レコードタイムを5回記録し快速で知られたスガノホマレやシンザンミサキといった重賞馬を送り出した、初期の産駒はこのほか日本で初めて芝2000メートルで2分を切るタイムを記録したシルバーランドなど、むしろ短距離を活躍の場とする産駒が多かった。シンザンの種牡馬としての人気は次第に高まり、1978年の5位（地方を含めた全日本で3位）を最高に合計7回種牡馬ランキングのトップ10に入った。ライターの山河拓也は、シンザンの活躍によって内国産種牡馬が見直され、アローエクスプレスやトウショウボーイの活躍に繋がったとしている。1980年代に入ると種牡馬成績は次第に下降し、1980年に内国産種牡馬1位の座をアローエクスプレスに奪われ、1985年にはリーディングサイアートップ10から陥落した。産駒からは八大競走などの大レースを勝つ馬がなかなか出なかったが、1981年にミナガワマンナが菊花賞に優勝した。この時点でシンザンは高齢であったためミナガワマンナは「シンザン最後の大物」とも呼ばれたが、さらにそのあと代表産駒となる二冠馬ミホシンザンが登場した。シンザンはミホシンザンが天皇賞（春）を制した1987年に、授精能力低下により種牡馬を引退した。最終的に産駒の重賞勝利数は49勝に達した。また、1969年 - 1992年には産駒24年連続勝利の記録を打ち立てた。これはのちにノーザンテーストが更新するまで日本最長記録だった。
目黒記念を前に、馬主の橋元は武田に対し有馬記念を最後にシンザンを引退させ、種牡馬にすることを打診した。天皇賞優勝後、武田は中村広厩舎で催された祝勝会の場で、シンザンを有馬記念を最後に引退させることを発表した。シンザンには1966年も現役を続行して海外遠征することを望む声もあったが、武田はシンザンが三冠を達成した時期にアメリカに遠征し、ワシントンDCインターナショナルに出走したリユウフオーレルが惨敗、その後故障を発症して引退したのを目の当たりにし、「決して遠征させない」と決意していた。1966年1月、東京競馬場（9日）と京都競馬場（16日）でシンザンの引退式が行われた。1968年10月13日、京都競馬場にて銅像の除幕式を行った際、シンザンはゲストとして京都競馬場に呼ばれて3年ぶりに武田厩舎に戻った。朝の乗り運動ではひさびさに栗田が騎乗したほか、13日には銅像と対面。また昼休みには、ファンに現役時代より一回り大きくなった姿を披露した。なおシンザン引退後、日本のホースマンにとってシンザンを超える競走馬を生産し、育成することが目標となり、シンボリルドルフが出現するまでの約20年間、「シンザンを超えろ」のスローガンが標榜され続けた。引退後のシンザンが冬の牧場で二本足で力強く立ち上がった姿を真横から捉えた写真にこのスローガンを添えた日本中央競馬会のPRポスターも存在する。なお、シンボリルドルフが無敗でクラシック三冠を達成したときに武田は「やっとシンザンを超える馬が出てきた」と述べたが、中尾はシンボリルドルフやナリタブライアンと比較しても「『超えるわけがない』という思いはあります」と述べている。
1884年（明治17年）頃、砂浜から180メートル沖合の海面が泡だっているのが漁師に発見され、「泡ノ場」と呼ばれるようになった。ところが日野川を流されてくる土砂によって海岸が前進し、「泡ノ場」はどんどん陸に接近してきた。これに注目した地元の事業家・伊島源太郎が温泉掘削を計画したが、実行に移される前に、漁師である山川忠五郎が浅瀬に湧き出る熱湯を偶然発見した（1900年（明治33年）秋）。事業家や村が温泉の開発経営を試みたがいずれも失敗し、経営難となった。これを引き継いだのが米子の実業家有本松太郎で、1921年（大正10年）に会社を設立して福生村（現在の米子市の一部）から土地を買収した。有本は京都を模して街区整理による都市計画をすすめると共に、鉄道（米子電車軌道）、競馬場（皆生競馬場）を整備し、様々なイベントを開催して集客に勤めた。背後の大山と美保湾越しの島根半島・夜見ヶ浜や、隠岐島の遠景などの景観と米子市に近いことから、山陰随一の温泉歓楽街なった。温泉地区が海浜に立地することで、長年にわたって海岸の侵食による影響を受けてきた。特に冬季は日本海からの強風で海浜の侵食が激しく、海岸が一晩で13メートル後退したこともある。20年間で海岸線は60メートル以上後退し、11軒の旅館のうち7軒が水没するに至った。対策として鳥取県が防砂堤や防潮堤を造り、砂州を造成して侵食を食い止めている。戦後は団体客が多く訪れるようになり、今日に見られるような温泉街に発達する。一方で歓楽温泉から健康的な温泉へイメージ変化を図っており、1978年（昭和53年）には弓ヶ浜に海水浴場を整備、1981年（昭和56年）には日本で最初のトライアスロン競技（全日本トライアスロン皆生大会）が開催され、その発祥の地として毎年大会を開催している。その他スキー、キャンプ、登山、釣りなどの拠点としての開発も行っており、その他イベントの開催や郷土文化の伝承、来訪者の手形を嵌め込んだ海岸遊歩道の整備など様々な試みが行われている。