1914年（大正3年）、シーメンス事件のあおりで倒れた第1次山本内閣の後を受けて、元老松方正義は徳川家達貴族院議長を奏薦し、3月29日に大命降下した。しかし徳川は受ける気はなく、同日中に元老は次の候補者を選定することになった。松方正義は清浦を提案し、山縣に説得を依頼した。山縣に説得を依頼した。清浦はこれを応諾したが、政友会の協力を得るべく、同日夜に原敬との会談を行った、清浦は即位大礼の後に政友会政権を譲ることなどを条件に協力を求めたが、原は肯定的な回答をしなかった。3月31日に清浦は組閣の大命を受けた。諸政党は反発し、一時は政友会・中正会・立憲同志会・立憲国民党の四派合同で超然主義内閣の出現に反対する決議が行われる動きであったが、4月4日に同志会を除く三派が個別に決議を行う形となった。それでも海軍大臣以外の人選は順調に進んだが、海軍は政友会に近い山本権兵衛前首相の影響下にあり、後継海相の選出は難航した。ようやく加藤友三郎中将と交渉を行うことになったが、加藤は新造艦の費用支出のため、内閣による責任支出を行うか臨時議会の開催を要求した。清浦は憲法の規定から組閣前に約束はできないと拒絶した。清浦は加藤と齋藤実海軍大臣に後継推薦を願ったが、「何人も加藤同様ならん」と拒絶された。組閣が不可能となった清浦は大命を拝辞した。世間ではこれを「鰻香内閣」と呼んだ。これは清浦自身の回想によれば、組閣が難航していることを質問された清浦が「大和田の前を通っているようなもので、匂ひだけはするが、御膳立てはなかなか来ないわい」と言ったことがもととなったとされる。1922年（大正11年）2月に山縣が没すると、後任の枢密院議長に就いた。高橋内閣が倒れた際には、「憲政の常道」に従って、第二党である憲政会の加藤高明を首相とするべきであるという意見を元老松方正義に伝えたが、もうひとりの元老西園寺公望には容れられなかった。
1896年（明治29年）9月18日、第2次松方内閣が成立すると清浦は司法大臣に任ぜられた。1898年（明治31年）の第3次伊藤内閣では入閣しなかったものの、同年11月成立の第2次山縣内閣、1901年（明治34年）成立の第1次桂内閣でも司法大臣となり、第1次桂内閣では農商務大臣を兼任（後に専任）、内務大臣を兼任している。清浦の司法大臣在任は合計で5年6ヶ月に及ぶ。1902年（明治35年）には勲功により男爵に叙爵された。また法典調査会の副総裁も度々務めている。第1次西園寺内閣では農商務大臣を松岡康毅、逓信大臣を山縣伊三郎が勤めていたが、「農商務の如き次官已下属僚皆な清浦派にて」「逓信の如き次官已下属僚皆な清浦及び大浦の派にて」という状況であり、両大臣の実権はほとんどなかった。原敬は清浦と大浦が内閣を動揺させるのではないかと警戒している。1906年（明治39年）4月13日、枢密顧問官となり、貴族院議員を辞職した。
1980年(昭和55年)10月、旧SKB工業は茨城県笠間市近郊の地元企業の共同出資により、新エスケービー工業株式会社(新SKB工業、New SKBとも)として事業が継続が図られた。新SKBでは旧SKB工業時代のモデルの製造販売と共に、ミロクがOEM製造していたブローニング・オート5の部品製造の下請けも引き受けるが、収益体質はなかなか改善せず、1983年(昭和58年)の時点で経営権は茨城県で建設会社を運営する三浦家に買収された。旧SKB工業直営のクレー射撃場も連鎖的に経営危機に陥り、うちSKB成田射撃場は来場顧客の間で「成田射撃場を残す会」という有志団体が立ち上げられ、同会に経営権が引き継がれる形で存続、2004年(平成16年)に商号変更されるまでSKBの名跡が残される事になった。新SKB工業の経営が立ち直っていくのは1984年(昭和59年)、ロイ・ウェザビー率いるウェザビーと業務提携し、同社の上下二連および半自動式散弾銃のOEM製造権を取得して以降で、1986年(昭和61年)には累計製造挺数100万挺を達成した。1987年(昭和62年)には米国ネブラスカ州オマハのガンズ・アンリミテッド(GU)社を通じてSKB Shotgunsブランドで北米再進出にも成功する。その後2000年代までは銃器の輸出販売の他にも、ゴルフのパター製造も手掛けて堅調な経営を維持していたが、2004年(平成16年)にウェザビーとの業務提携が終了し、大きなOEM先を失った事で新SKBの業績は再び低下に転じた。2005年(平成17年)、SKBは阪場志業による創業より150周年を迎えてロシアや中東諸国にも販路を拡大していったが、この頃より国内市場を中心に新SKB工業の経営危機が噂されるようにもなっていたという。最終的に新SKB工業の経営に止めを刺したのは、2008年(平成20年)に米国で始まったサブプライム住宅ローン危機に端を発する世界金融危機 (2007年-)であり、2009年(平成21年)9月11日に新SKB工業は業務停止に追い込まれた。負債総額は約8億円とされたが、米国GU社に拠れば負債そのものよりも世界各国に存在していた販売代理店より返品が相次いだ事で、高齢化が進んでいた旧経営陣や工員上層部が事業継続の意欲を失ってしまった事が事業停止の要因として大きかったとされており、結局2010年(平成22年)の世界景気の回復期を待たずして性急に廃業と工場閉鎖が決定されてしまったという。新SKB工業の事業停止により、日本の散弾銃メーカーは事実上ミロク一社のみとなった。