場所に関しては、同じく古代寺院であった崇福寺跡の南尾根建物群、南志賀廃寺跡など諸説あるものの、崇福寺の近くにあったと考えられている。延暦5年（786年）に桓武天皇が長岡京の無事完成と曽祖父天智天皇の冥福を祈るために創建したとされる。当初は四天王を祀ったことから四天王寺とも称されたが、延暦14年（795年）に梵釈寺と改名されて本格的な寺院建設が始まった。等定・常騰・永忠・徳円など高名な歴代住持を輩出し、また延暦寺が近くにあったことから最澄もここを訪問して学問をしたとされている。また、桓武天皇が大寺の待遇を与え、嵯峨天皇が弘仁6年（815年）に近江に行幸した際にここで当時の住持・永忠から茶を献上されて同寺の清浄を保つように命じたことや宇多天皇が度々訪問したことなどが記録されている。後に最澄ゆかりの天台宗の寺院となり、12世紀には園城寺の末寺となるが、延暦寺と園城寺の対立が激化すると、両寺の近くにあった梵釈寺も抗争に巻き込まれ、長寛元年（1163年）には延暦寺の攻撃によって炎上し、以後は衰退の一途を辿り、鎌倉時代末期には廃寺となったとされている。
南海鉄道→南海電気鉄道において1000番台の形式称号を持つ車両としては、1924年に登場した電7形がモハ201形を経て1936年の出力別形式称号改正時にモハ1001形に改番されている。この初代モハ1001形は11001系が1000系へ改造される以前の1963年に全車廃車・形式消滅している。よってこの1000系は南海の「1000系」としては初代に当たるが、1000番台の形式称号を持つ車両としては初代ではなく2代目となる。なお、当形式の全車廃車・形式消滅後の1992年に1000系が2代目（個別形式としては3代目）として登場している。
1973年に改造第1陣が竣工し、同年10月10日の南海電気鉄道鉄道線全線の昇圧と同時に南海本線・和歌山港線難波～和歌山港間の特急「四国号」・急行で再デビューを飾った。昇圧時に行われたダイヤ改正で和歌山港～小松島港の航路が全便カーフェリー化・2時間ヘッド化されたのを受けて特急「四国号」も2時間ヘッド化され、更に難波～和歌山市間に全車自由席の特急が増発されて、それと合わせて南海本線の特急が1時間ヘッドとなり、従来通り和歌山港寄り1～2両が座席指定車となった特急「四国号」には1000系が、難波～和歌山市間の自由席特急には本系列の他、7000・7100系（夏季は冷房車のみ）も充当された。これにより夏季の南海本線の特急は1974年以降、全列車冷房化された。また朝夕ラッシュなど合間に「四国号」以外にも自由席特急や急行などにも日常的に充当された。1974年10月27日のダイヤ改正で昇圧による運転速度向上が図られ、「四国号」を含む特急の難波～和歌山市間の所要時間は55分となった。1000系は「四国号」・自由席特急・急行などの定期列車のほか、帰省ラッシュ時の「臨時四国号」、春・秋の行楽シーズン時の「みさき号」、夏の海水浴シーズン時の「サマー特急」など全車座席指定の臨時特急にも充当された。なお、帰省ラッシュ時に全車座席指定の「臨時四国号」が運転される時には、本来のダイヤで運行される「四国号」は全車自由席として、7000・7100系によって運転された。
主人公達が通う学校の教師であるアールモアは、鉱山の最深部に逃げるのだと促した。だが、辿り着けたのは主人公、エピファー、プラトン、そしてアールモアだけだった。そしてアールモアは、死んだはずのエピファーの姉が生きていて、それがどの様にして蘇ったのかを説明する。しかし、エピファーは姉が生きている事を知った事で、無我夢中で飛び出していってしまった。その時、落盤が起きる。閉じこめられた3人。アールモアはアトランティスの知識を、愛する生徒を失わない為に2人の命を断ち、死者の国へと送る。そして2人の体を、鉱山の奥にあったオリハルコンの箱（これこそがパンドラの箱だった）に入れておく事で永遠に保管する。気が遠くなっていく2人にこう告げる。「死者の国の、レーテーの川の水を飲んではいけない。その水は生前の記憶を奪う。水を飲まず転生し、自分達の体が待つこのアトランティスに帰ってきて欲しい」と。そしてアールモアも自ら命を絶ち、死者の国へと旅立った。しかし、3人には神の思惑が被さった。世界はいつの間にか魔物に満ち溢れており、その原因を彼らに探らせようとしたのだ。アールモアの魂は記憶を保持したまま青年の体に宿された。しかし、アールモアにはパンドラの箱から飛び出した悪意「復讐」が宿っており、アトランティスを滅ぼす様仕向けたゼウスに復讐すべく動く。これを反省し、次なるプラトンの魂は記憶を保持させず、木こりの男に宿した。しかし、プラトンは本来の持ち主の生を代わりに送るだけだった。そして主人公。運命の女神モイライの1人は主人公に最後の望みを掛け、記憶を戻した。そして主人公は地上に降りるが、彼の魂は犬に宿ってしまっていた。モイライは、自分と波長の合う生物になら乗り移れる事と、今や不死身の体となった事を説明し、主人公を旅立たせた。もし事が上手くいけば、主人公に新たな「運命の糸」を与える事を約束して。