本作では前作にはなかったカジノ等のミニゲームがあり、専用硬貨であるカジノコインをギルで購入する事で遊ぶ事が出来る。本作のチョコボレースはただコインを賭けて観戦するだけでは無くチョコボを仲間にしていればそのチョコボをレースに参加させることも可能でその場合はスタートダッシュ等の介入を行う事が可能になる。レースに参戦したチョコボの強さはチョコボのレベルや取得しているアビリティによって変わり、またレースに参加中のチョコボは引き取らなければバトルメンバーに加えることは出来ない。
本作のダンジョンの一つで一筆書きの要領で全てのクリスタルを集める「消える床」、同じ色、形のクリスタルを結ぶ「クリスタルの絆」、数字を消していく「時計盤の針」の3種類が存在する。ストーリー上必ずクリアしなければならない物もあるがそれらは比較的簡単にクリアできるようになっており、必ずしもクリアする必要の無い物の中には難易度の高い物も存在している。このシステムが導入された理由は前作の不満点の中に「ダンジョンの数が少ない」という意見があったためである。
時の欠片と呼ばれるものであり本作の収集要素の一つ。ただ物語を進めているだけではほとんど入手できずミニゲームやNPCから受けた依頼の報酬などとして入手する。全部で160個あり集めていく事でザナドゥにおいて新たなスキルを開放し入手する事が出来る。
本作ではFFシリーズ初のマルチエンディングが採用されており、FFX-2のエンディングの様なノーマルエンディングとシークレットエンディングの様な分岐制では無く様々なエンディングに分岐し、中には過去の世界を描いたエンディングもある。各エンディングの解放条件はゲームをプレイしていると大体は分かるようになっているが、解放するにはやり込む事が必須とされている。ただし、本作におけるマルチエンディングは、ノーマルのエンディングを見たあとの2周目以降のプレイで、本編では倒せなかったボスを倒したり、本編で選べなかった選択をしたりした場合のIF展開を体験する「パラドクスエンディング」であり、本筋となるエンディングはノーマルエンディングと、その補足となるシークレットエンディングしかない。さらにノーマルエンディングは最後に「TO BE CONTINUED...」と表示されるクリフハンガー展開となっているがこれは「本作は全体的に本編中で全ての謎が明かされない事で世界観を広げていく物が多い海外のテレビドラマを意識しており、物語がまだ続くかもしれないという意味を示唆している」という意味である。エンディング後に他作品の様にタイトルに戻るのではなくヒストリアクロスに戻るのは、「ヴァルハラからまた歴史は繰り返されるのでプレイヤーに異なる歴史を探し当てて欲しい」という意図によるものである。パラドクスエンディングは「プレイヤー自身が物語を紡いでいく実感を得て欲しい」という意図で実装され、その内容はコミカルな物もある。これは、ノーマルエンディングがシリアスな終わり方となっているため、その差を出したいと言う方針によるものである。
バトルシステムに「モンスター」の使役が追加されているので、バトルしてチョコボのモンスタークリスタルをGETするとチョコボが使役できるようになる。ちなみにいうとバトルチョコボは黄・赤・青…と多種類いるので、GETする価値はある。他にも何色かはある。全部ゲットするのは人の好みである。各色につき3匹までゲットできる。
ペンコフスキーの父はロシア内戦中に白軍側につき戦死した。ペンコフスキーはキエフの砲兵学校を1939年に卒業しフィンランドとの冬戦争および第二次世界大戦に従軍し中佐に昇進した。GRUの職員としてペンコフスキーは1955年にトルコの首都アンカラへ赴任した。後には科学調査委員会でも働いている。ペンコフスキーはGRUの長官であったイワン・セーロフや陸軍の兵科総元帥セルゲイ・ヴァレンツォフと友人だった。ペンコフスキーが祖国を裏切ろうとした理由は明らかではない。ペンコフスキーは1960年7月にモスクワのMoskvoretsky橋でアメリカ人の学生に小包を手渡した。CIAがこの小包を入手しペンコフスキーのことを知ったが、ペンコフスキーの信頼性を疑い、またソ連当局の監視を恐れてすぐには連絡しようとしなかった。ペンコフスキーはイギリスの協力者グレビル・ウインを介して1961年にロンドンを訪れた際に二人のアメリカ人とイギリス人一人からなる情報機関員との会合を設定してもらった。ペンコフスキーの重要性はただちに認められ、ウインがクーリエとなった。ウインの自伝によると彼はペンコフスキーと連絡を務める任務のためだけに何年にも渡って注意深く準備されていた。CIAはペンコフスキーの重要性を軽視していたことを認め、イギリス当局からペンコフスキーからの情報を共有を許された。この後18ヶ月に渡ってペンコフスキーは大量の情報を西側に提供した。最も重要だったのは、ソビエトの核兵器が西側が思っていたほど多くなかったこと、そしてミサイルの燃料システムや誘導システムにも問題があることだった。1960年代初めにソビエト首脳はキューバへのミサイル配備を押し進めた。ペンコフスキーはキューバにおけるミサイル発射サイトの計画案を提供した。この情報に基づいてU-2 (航空機)がミサイルサイトを実際に撮影し確認した。GRU大佐で後に亡命したヴィクトル・スヴォーロフは、「歴史家はGRU大佐オレグ・ペンコフスキーの名前を感謝の念とともに心に留めることになるだろう。彼の計り知れない価値のある情報によってキューバ危機は最後の世界大戦に発展しなかったのだ」と述べている。ペンコフスキーの裏切りはKGBのスパイジャック・ダンロップから得られた情報により暴露された。KGBは内部にスパイがいると気づき調査を開始した。ペンコフスキーは1962年10月22日に逮捕された。同じ日にアメリカ合衆国大統領ジョン・F・ケネディはテレビ会見を行いU-2偵察機がキューバでミサイル基地を発見したと公表している。ペンコフスキーの自供によってグレビル・ワインもブダペストで逮捕されソ連に送還され後にアメリカで逮捕されたソ連のスパイと交換で帰国した。ペンコフスキーの逮捕によって、ニキータ・フルシチョフが当初から妥協を模索していたとの重要な情報がアメリカ側に伝わらなくなってしまった。ペンコフスキーは反逆罪とスパイの罪で1963年に裁判にかけられたとされている。ソビエトでの処刑に用いられる通常通りの方法で首の後ろを銃で撃たれたとする証言がある一方で、生きたまま火葬され灰はモスクワのドンスコイ墓地に埋葬されたとする者もいる。ヴィクトル・スヴォーロフは、ペンコフスキーであると特定はしていないものの、担架に縛り付けられたGRU大佐が生きたまま火葬されるフィルムをモスクワのGRU本部で見たと証言している。