ハイウェイは春または初秋に最もよく旅行される。厳しい冬の間に降る大雪は長期間ハイウェイを閉鎖させることがある。7 - 8月ごろの激しいモンスーン雨は、数時間にわたって道路をふさぐ様な泥流を時として発生させる。クンジュラブ峠にある中国（紅其拉甫口岸）とパキスタン（ススト）の国境は例年5月1日から10月15日の間だけ開いている。
中国の新疆ウイグル自治区のカシュガルとパキスタンのスストの間を1泊2日（タシュクルガンで1泊）のバスが運行されている（冬季を除く）。中国側は右側通行、パキスタン側は左側通行のため、国境付近でレーンが変わる。また、スストからギルギットの間は不定期のミニバスが運行されている。2006年3月に、中パ両国政府は、2006年6月1日からパキスタンのギルギットからカシュガルへの毎日のバスの便が開始され、ハイウェイを600キロメートル延長する道路工事が行われるであろうということを発表した 。
20,000以上の壁画やペトログリフがパキスタンのギルギット・バルティスタン州（旧称：北方地域）を通るカラコルム・ハイウェイ周辺に存在する。これらはフンザとシャティアル（英: Shatial）との間にある主要な10カ所に集中している。彫刻は様々な侵入者、商人、巡礼者により持ち去られ、また破壊された。もっとも初期のものは紀元前5000年から1000年にさかのぼる。これらには動物や3人の男、そして狩猟者たちが自分より大きな動物を狩っている様子が描かれている。これらの彫刻は石器で岩に掘られており、経過年数を表す厚い緑青に覆われている。考古学者のKarl Jettmarはさまざまな碑文から読み取られる歴史をつなぎ合わせ、その発見をRockcarvings and Inscriptions in the Northern Areas of PakistanとBetween Gandhara and the Silk Roads - Rock carvings Along the Karakoram Highwayに記録した。
戦国時代最大の武装宗教勢力であった一向宗は第11世門主・顕如の死後、顕如の長男・教如と三男・准如が対立し、教如が独立する形で東本願寺（真宗大谷派）を設立、後にこれに対して准如が西本願寺（浄土真宗本願寺派）を設立し、東西本願寺に分裂するが、この分裂劇に関与しているのも家康である。一説によると、若き日に三河一向一揆に苦しめられたことのある家康が、本願寺の勢力を弱体化させるために、教如を唆して本願寺を分裂させたと言われているが、明確にその意図が記された史料がないため断定はできない。しかし、少なくともこの分裂劇に際し、教如を支持して東本願寺の土地を寄進したのが家康であることは確かである（真宗大谷派も教如の東本願寺の設立に家康の関与があったことは認めている）。現在の真宗大谷派は、このときの経緯について、「教如は法主を退隠してからも各地の門徒へ名号本尊や消息（手紙）の配布といった法主としての活動を続けており、本願寺教団は関ヶ原の戦いよりも前から准如を法主とするグループと教如を法主とするグループに分裂していた。徳川家康の寺領寄進は本願寺を分裂させるためというより、元々分裂状態にあった本願寺教団の現状を追認したに過ぎない」という見解を示している。東西本願寺の分立が後世に与えた影響については、『戦国時代には大名に匹敵する勢力を誇った本願寺は分裂し、弱体化を余儀なくされた』という見方も存在するが、前述の通り本願寺の武装解除も顕如・准如派と教如派の対立も信長・秀吉存命のころから始まっており、また江戸時代に同一宗派内の本山と脇門跡という関係だった西本願寺と興正寺が、寺格を巡って長らく対立して幕府の介入を招いたことを鑑みれば、教如派が平和的に公然と独立を果たしたことは、むしろ両本願寺の宗政を安定させた可能性も否定出来ない。ちなみに、三河一向一揆が起こった際、敵方の一向宗側には本多正信や夏目吉信など、家康の家来だった者もいた。だが家康は彼らを怨まず、逆に再び召抱えている。彼らは家康に恩を感じ、本多正信は家康の晩年までブレーンとして活躍し、夏目吉信は三方ヶ原の戦いで家康の身代わりになって戦死した。また、同様に町衆に対し強い影響力を有する日蓮宗に対しても、秀吉が命じた方広寺大仏殿の千僧供養時に他宗の布施を受けることを容認した受布施派と、禁じた宗義に従った不受不施派の内、後者を家康は公儀に従わぬ者として日蓮宗が他宗への攻撃色が強いことも合わせて危険視した。そのため、後の家康の出仕命令に従わぬ不受不施派の日奥を対馬国に配流したり、他宗への攻撃が激しい日経らを耳・鼻削ぎの上で追放した。家康死後も不受不施派は江戸幕府の布施供養を受けぬことを理由として、江戸時代を通じて弾圧され続けた。これら新興の宗派以外の古い天台宗・真言宗・法相宗にも独占した門跡を通じ朝廷との深い繋がりを懸念し、新たに浄土宗の知恩院を門跡に加え、更に天台宗の関東における最高権威として輪王寺に門跡を設けた。これら知恩院・輪王寺は江戸幕府と強い繋がりを持った。一方でキリスト教に対しては秀吉の死後、南蛮貿易による収益などの観点から当初は容認しており、実際に江戸時代初期にキリスト教は東北地方への布教を行っている。しかしマードレ・デ・デウス号事件や岡本大八事件を経て、慶長18年（1613年）にバテレン追放令を公布する。家康の死後、幕府は寺請制度等により、寺社勢力を完全に公儀の下に置くことに成功している。また、家康自身が東照神君として信仰対象になった。