魔王との戦いから1年が経過し、ちび魔女とちび勇者は大魔女とともに暮らしていた。するとそこに復活した魔王が突然現れ、ちび魔女がさらわれてしまう。ちび勇者は急いでその後を追った。一方、大魔女はちび魔女誘拐の事実を伝えるために魔女と勇者のもとを訪れた。ちび魔女の救出に向かおうとする2人だったが、突如、魔女の体に異変が起きる。かつてメデューサが魔女にかけた呪いが再発し、体が石化してしまったのだ。勇者は石となった魔女を連れて魔王を倒す冒険の旅へ出た。
「ちび勇者」と「ちび魔女」の2人を操作する。ちび勇者は前作の勇者と同様の操作だが、ちび魔女は前作で動けなかった魔女とは違い自由に移動することができる。ただし、移動速度はちび勇者よりも遅い。ちび魔女の体力がなくなるとゲームオーバーになる。ちび勇者は、ゲームの中盤以降で前作の「せいけん」に加え敵が放つ魔法を吸収する盾「せいたて」を入手する。吸収後は「魔物の血」の入手時と同様に魔法メーターが増加する。ちび魔女は、高威力魔法「サンダー」と広範囲魔法の「ブリザード」、そしてゲーム中盤以降はそれぞれの上位種である「ファイア」と「タイフーン」で攻撃する。「ブリザード」と「タイフーン」は移動しながら使用できるが、「サンダー」と「ファイア」の使用時はその場から動けなくなる。このほか、ちび勇者が数回体当たりしないと開かない宝箱を一度の接触で開けられる能力やダウン状態の勇者に接して復帰時間を早める能力も持っている。前作においてラストボスのメデューサが強すぎるために挫折したプレイヤーが多かったことから、本作の3DS版では、前作のメデューサ戦時点のセーブデータがある3DS本体で起動した際にメデューサ戦の場面からゲームが始まるという「リベンジモード」が搭載されている。
メデューサとの戦いから1年が経過し、魔女と勇者は平穏な生活を送っていた。その2人のもとに、魔王から果たし状が届いた。挑戦を受けて居城に向かった2人は魔王との対決の時を迎えたが、戦いの中で魔王の攻撃を受け共に氷漬けにされてしまった。それから時が経ち、あるところで暮らしていたちび魔女とちび勇者は、大魔女から呼ばれ、先の戦いについて伝えられた。ちび勇者は話を聞くなり魔王のもとへ向かったが、その途上で強大な敵に戦いを挑んだ末に命を落としてしまう。後を追って来たちび魔女はちび勇者の姿を見て悲しみ、自身の命の半分を分け与える禁呪を用いてちび勇者を蘇らせた。こうして、ちび魔女とちび勇者の2人は魔女と勇者を助けるため冒険することとなった。
オウム真理教の教祖である麻原彰晃（松本智津夫）が、宗教を隠れ蓑に日本を乗っ取って、自らその王として君臨するという野望を抱き、それを現実化せんとする過程で、世界各国での軍事訓練や軍事ヘリの調達、自動小銃の密造や化学兵器の生産を行い武装化し、教団と敵対する人物の殺害や無差別テロを実行した。世界史的に見ても、アルカイダやISILによるテロを先取りした事件である。一連の事件で29人が死亡し（殺人26名、逮捕監禁致死1名、殺人未遂2名）負傷者は6000人を超えた。教団内でも判明しているだけでも5名が殺害され、死者・行方不明者は30名を超える。被害者の数や社会に与えた影響や裁判での複数の教団幹部への厳罰判決などから、「日本犯罪史において最悪の凶悪事件」とされている。特に注目される事件として、教団と対立する弁護士とその家族を殺害した1989年11月の坂本堤弁護士一家殺害事件、教団松本支部立ち退きを求める訴訟を担当する判事の殺害を目的としてサリンを散布し計7人の死者と数百人の負傷者を出した1994年6月27日の松本サリン事件、教団への捜査の攪乱と東京首都圏の混乱を目的に5輌の地下鉄車輌にサリンを散布して計12人の死者と数千人の負傷者を出した1995年3月20日の地下鉄サリン事件が挙げられる。多数の死傷者を出したこれら3つの事件に対して、毎日新聞では「オウム3大事件」と表現している。神奈川新聞、日刊スポーツ、スポーツ報知など他のメディアも、2018年7月のオウム死刑執行の報道では、オウム死刑囚が3大事件のどれに関与したかを報じている。2011年12月、それまでに起訴された全ての刑事裁判が終結し、189人が起訴され、13人の死刑判決と5人の無期懲役判決が確定した。2011年12月31日には16年以上にわたり逃亡を続けてきた平田信が警視庁に出頭し、翌2012年1月1日に逮捕され、平田を匿って逃亡に協力していた元女性出家信者も同年1月10日に逮捕、両者とも起訴された。同年6月3日には同じく逃亡していた菊地直子が潜伏先で逮捕され、同月15日には同じく逃亡を続けていた高橋克也が、東京都大田区西蒲田の漫画喫茶で身柄を確保され、同日逮捕された。これで警察庁からオウム真理教事件に関する特別指名手配を受けていた3人は、すべて逮捕・起訴された（平田信は2016年1月13日に懲役9年、菊地直子は2017年12月27日に無罪が確定）。最後のオウム事件被告である高橋克也は、最高裁まで争い2018年1月18日付で無期懲役が事実上確定。1月25日付で異議申立てが棄却、これをもってオウム事件裁判は完結。。7月6日に麻原と側近の計7名の死刑が執行され、7月26日には他の側近6名の死刑が執行され、刑事上では収束となった。