普通車の座席は0系と同様の海側3列、山側2列の合計横5列配置で、0系で試行されたオレンジ基調の簡易リクライニングシート (D-23, D-32) が採用された。本系列では座席前後間隔は980mm、3列座席は集団離反で回転出来ないものとなった。後年、モケットは交換された。1987年（昭和62年）に登場した200, 2000番台は100系と同じ1,040mm間隔となり、フリーストップ式のリクライニングシート、3列座席も回転出来るようになった。ただしこの200, 2000番台は先頭車のみで、当時、中間車は3列座席回転不可能だったため、同一編成内で格差が生じていた。後年、JR東日本は3列席を「本体部のみ回転」させる方式を考案した。これは両端の手すりを残して回転させるもので、座席間隔を広げることなくフリーストップのリクライニングシート化を実現させた。まずは1990年（平成2年）にH編成の中間車のうち、指定席普通車となる車両を座席交換し、さらに該当車両は拡大した。この方式は西日本旅客鉄道（JR西日本）も0系で採用した。後述のK編成リニューアルに関しては、簡易リクライニングだったものに関してはE4系と同等品に交換された。普通車の3列座席も全体が回転する構造となっているが、両端のひじ掛けを曲げる、背すりを鉛直にするなどの工夫で座席間隔980mmのまま回転可能とした。既に「本体部のみの回転」だったものに関してはモケットの張り替えのみが行われた。空調機器は多雪地域・寒冷地を走行する事から冷房専用のAU82形となり屋根上の車体端部に設置した、暖房は電気ヒーターを別に使用した。これは、0系のAU56・57 (ヒートポンプ式)では比較的温暖地の東海道・山陽でも暖房能力が不足気味であった事から変更された。
主速度計は0系が針が横に動くアナログ指針式であったが、本系列では、LEDランプが横に向かって点灯するバーグラフ式となり、0系と同じく右奥に故障した際に使用されるバックアップの補助速度計が配置されているが、補助速度計は格納式となっており、前方視野を妨げないよう常時使用しない場合においては収納され、必要な場合のみ横にある取出しハンドルを操作することで、バネの力で上昇する仕組みとなっている。車両故障が発生した場合には、0系がユニット表示灯と呼ばれる表示装置により、列車のどの車両に異常が発生したかを表示灯で確認してから、人間がその車両まで行き故障個所に対処しなければならなかったのに対し、本系列では、運転台にいながらにして故障表示や必要な各種情報を表示するとともに機器の遠隔解放ができるシステムが装備された。日本の鉄道車両では初めて運転台に単色プラズマキャラクタディスプレイによるモニタ支援装置を装備した。この装置は9.6kbpsのFSK (Frequency Shift Keying) モデム伝送により、ドットマトリクスによる片仮名・アルファベット・数字のみを、8行×33文字（合計264文字を同時に表示可能）で各種情報を表示していた。たとえば走行中は、2行目に「ウンテンジョウタイ」、4行目に「TIME 00:00:00 キロ 12.2」、5行目に「SPEED 206 ノッチ B 3 」、6行目に「ATC 110 ジョウヨウ * 」7行目に「カイホウ」などのように表示されていた。これらは21世紀初頭の現在においても通用する設備であり、乗務員の作業が大幅に軽減された。
1942年（昭和17年）6月上旬、ミッドウェー作戦に、戦艦大和以下主力部隊の護衛艦として参加。鳳翔は九六式艦上戦闘機9機（補用2機）、九六式艦上攻撃機6機（補用2機）、計19機を搭載。戦艦を基幹とする主力部隊に編入され、山本連合艦隊長官が座乗する戦艦大和と行動を共にする。大和は本作戦が初の実戦参加であった。主力部隊は主隊と警戒隊から成り、鳳翔は山本長官直率の主隊（第一戦隊《大和、陸奥、長門》、第三水雷戦隊《軽巡川内、第11駆逐隊〔吹雪、白雪、初雪、叢雲〕、第19駆逐隊〔磯波、浦波、敷波、綾波〕、空母隊《鳳翔、夕風》、特務隊《千代田、日進》、第一補給隊《鳴戸、東榮丸、有明》）に属した。長期の航海に備え、鳳翔主計科は一ヶ月分以上の食材（米麦、生野菜、冷凍魚類、果物等）を用意。当時の鳳翔士官室烹炊室には和食・洋食とも上手な連合艦隊随一の腕前を持つコックがおり、食事に関しては心配がなかったという。5月29日午前6時、主力部隊（大和、鳳翔）等は桂島泊地を出撃する。航海中の6月3日、主力部隊護衛中の軽巡洋艦川内（第三水雷戦隊旗艦）と駆逐艦磯波が行方不明となり、鳳翔艦載機に誘導されて連れ戻された。6月5日-7日にかけての海戦は、日本海軍の大敗で終わる。6月6日、駆逐艦巻雲（第10駆逐隊）による雷撃処分が実施されたのちも漂流していた空母飛龍の写真は、鳳翔搭載機が撮影したものである。このあと飛龍を確実に処分するため駆逐艦谷風（第17駆逐隊）が派遣された。だが、飛龍は既に沈没していた。本海戦において、鳳翔航空隊は米艦隊と直接交戦する事はなかった。だが、赤城・加賀生存者を収容した長門や陸奥等に対し、医療品をドラム缶に詰め込み、それを複葉低速の九六艦攻(鳳翔機)が投下して届けるという一幕があった。6月9日の日付変更後、主力部隊護衛中の三水戦の駆逐艦2隻（浦波、磯波）が衝突事故を起こす。事故現場に川内が残るが、主力部隊から遅れてしまい、2隻（川内、浦波）は鳳翔機の誘導により6月11日午前に合流した。6月14日、主力部隊は内地に帰投する。大和乗艦の宇垣参謀長は本作戦における鳳翔の行動について、『鳳翔は少数飛行機を以て悪天候と闘ひ克く其任務を達成せり共に賞賛すべきなり』と述べている。この後、鳳翔は母艦搭乗員の着艦訓練および、潜水艦の標的空母として運用され、瀬戸内海から出ることもなくなった。梅田艦長(当時)は「幼稚園の保母さんの役目」と回想している。一方、日本海軍はミッドウェー海戦における主力空母4隻（赤城、加賀、蒼龍、飛龍）喪失をうけて、7月14日附で翔鶴型航空母艦を基幹とした第三艦隊(機動部隊)を編制した。各艦（鳳翔、夕風、赤城《沈没、書類上在籍》、飛龍《沈没、書類上在籍》）は第三艦隊附属となり、鳳翔は着艦練習艦となる。また航空母艦搭載機搭乗員を育成するため、鹿屋海軍航空隊（艦爆、艦攻）と築城海軍航空隊（艦戦）が第三艦隊附属となって補充員の錬成にあたるが、第三艦隊の空母（翔鶴、瑞鶴、瑞鳳、隼鷹、飛鷹、龍驤《8月下旬沈没》）はガダルカナル島の戦いに投入されて内地に戻れず、鹿屋・築城航空隊とも効果的な教育訓練が出来なかった。