2016年4月、「左派右派のあらゆる良き意思を結集」して「左派でも右派でもない政治」を目指すと宣言し、中立の政治団体「アン・マルシュ! （日：前進！、仏：En Marche!）」を結成した。2017年6月、党は、「LaRépubliqueen marche！（共和国前進！）」（LREM）へと名を変えた。大統領選への出馬が噂されるなか、同年8月30日に経済相を辞任。辞任の理由については「フランスの景気低迷や社会的な格差拡大に対し、独自の解決策を打ち出せるようにするためだ」と説明し、苦境に陥ったフランスに「変革」をもたらすという決意を述べたものの、取り沙汰されていた次期大統領選への出馬を表明するには至らなかった。しかし、経済界からも厚い支持を集める左派閣僚として注目され、経済相辞任は大統領選出馬を見据えた動きとみられた。
2014年12月、オランド政権が目指す主要な経済改革政策を盛り込んだ「経済の成長と活性のための法律案」（通称「マクロン法」）を議会に提出する。100条を超えるこの法案では、年間5回に定められていた商店の日曜日営業を年間12回に緩和することや、長距離バス路線の自由化など多種多様な規制緩和策が提案されたが、多くの反対意見を呼び、与党である社会党からも反発の声が上がった。2015年2月17日、法案の成立を急いだフランス首相マニュエル・ヴァルスは、年に一度しか行使できないフランス共和国憲法49条3項（Article 49）の特別処置に訴え、国民議会の表決を経ることなく法案を採択させた。同年8月7日、憲法評議会での審議を終えて法案は発効された。
2012年から大統領府副事務総長としてフランス大統領フランソワ・オランドの側近を務めるようになる。2014年にはドイツ主導の緊縮財政路線を批判して更迭されたアルノー・モントブールのあとを引き継ぎ、第2次マニュエル・ヴァルス内閣の経済・産業・デジタル大臣に就任した。1962年のヴァレリー・ジスカール・デスタン以来最年少の大臣であった。モントブールはユーロ懐疑派で左翼であったのに対し、マクロンは親EUであり、メディアはマクロンを「アンチ・モントブール」と称した。大臣として、マクロンはビジネスライクな改革を推進する最前線に立った。 マクロンはルノー社の持ち株比率を15パーセントから20パーセントに引き上げ、それからフロランジュ法（the Florange law ）を施行し、3分の2の株主がそれを覆すことを表明しない限り、2年以上の長期株主に対して二重議決権を付与した。これはフランスに少数株を与えたが、のちにマクロンはフランス政府はルノー内でその権限を制限すると述べている。またマクロンは大臣時代、イゼール県にあるエコポラ工場の閉鎖を防ぐことができないと広く批判された。2015年8月、マクロンは、もはや社会主義党員ではなく、自分は独立していると語った。
2008年9月、マクロンは監査官を辞め、ロスチャイルド＆Cie銀行（Rothschild & Cie Banque）に勤めた。ニコラス・サルコジが大統領に選出されたために政府関係の職から離れたといわれる。ロスチャイルド＆Cie銀行での彼の最初の仕事はCréditMutuel Nord Europeによる消費者金融会社コフディスの買収支援だった。マクロンはル・モンド紙の監督委員会を務める実業家アラン・マンク（英語版）と関係を結んだ。 2010年、マクロンはル・モンド紙の資本増強とアトス社によるシ―メンズITソリューション＆サービスの買収に関わったあと、ロスチャイルド＆Cie銀行と提携するよう彼を促した。同年、マクロンはマネージングディレクターに任命され、ネスレが乳幼児飲料を中心としたファイザーの最大の子会社の買収を担当した。この総額90億ユーロにものぼる取引での分担金により、マクロンは億万長者となった。マクロンは2010年12月から2012年5月の間に200万ユーロを稼いだと述べた。公式文書によれば、2009年から2013年の間にマクロンはおよそ300万ユーロを稼いでいたとされる。
始祖は駕洛国（金官伽倻）の王・首露王とされる。このため駕洛金氏ともいう。一族では新羅建国の功臣・金庾信が知られる。また、金海許氏（首露王の王妃許黄玉の姓を名乗った二人の息子が祖）と仁川李氏も始祖を首露王としており、同本貫として扱われた。金海許氏は金海首露王の王妃で、ルーツはインドのアショカ王の家系に繋がり、インドから漂流して金海にたどり着いてその後、首露王に見初められ王妃となった。王妃の王陵にはその家系にまつわるインドの家系の写真や系図などがあり、本家の家系を引き継ぐ者のみ閲覧などが出来る。2004年に、許黄玉の「インド渡来説」を立証する科学的証拠が示された。ソウル大学医学部の徐廷ソン教授と翰林大学医学部のキム・ジョンイル教授は、韓国遺伝体学会で、「許黄玉の子孫と推定される金海にある古墳の遺骨を分析した結果、韓民族のルーツであるモンゴル北方系とは異なり、インド南方系だった」と報告した。ミトコンドリアはDNAを保持しており、遺骨からミトコンドリアDNAを抽出して全体の塩基配列を分析した。許黄玉はインドのサータヴァーハナ朝の王女で、48年に伽耶に渡来した。許黄玉は10人の息子を産んだが、そのうち2人に許姓を与え、それが金海許氏の起源である。「インド渡来説」が事実なら、子孫は母方の許氏のDNA形態を受け継いでインドなど南方系のミトコンドリアDNAを持っている。これについて「4つの遺骨のうち、1つからこのような結果を得た」とし「『インド渡来説』の立証を確固たるものにするには、もう少し綿密な研究を要する」と説明した。 『三国史記』『金庾信列伝』によれば、金庾信は首露王を祖先とする12世孫であり、金庾信碑には、その祖先は黄帝の子の少昊金天氏の後裔であり、そのため金氏を名乗っていたとする。