貨物列車は、名古屋駅 - 南四日市駅間および貨物支線の四日市駅 - 塩浜駅間、平野駅 - 百済貨物ターミナル駅間で運行されている。そのうち平野駅 - 百済貨物ターミナル駅間で運行されているものは「城東貨物線」を参照。コンテナ車のみで編成された高速貨物列車は名古屋貨物ターミナル駅 - 四日市駅間で1日3往復運行されているほか、石油輸送タンク車を牽引する専用貨物列車が運転される。また四日市駅・塩浜駅 - 稲沢駅（ - 南松本駅）間にはタキ1000形貨車のみで編成された高速貨物列車が運行されている。三岐鉄道三岐線 - 富田駅 - 四日市駅間では日本全国で唯一のセメント輸送が行われている。このほか、かつては化学薬品輸送タンク車を牽引する専用貨物列車や四日市駅 - 塩浜駅・南四日市駅間と稲沢駅から伊勢鉄道伊勢線経由で紀勢本線鵜殿駅までのコンテナ列車の運行もあり、鵜殿駅までのコンテナ列車については末期は1日1往復が設定されていた。牽引機はDD51形もしくはDF200形ディーゼル機関車である。直通先に四日市駅 - 塩浜駅間の貨物支線といった電化されていない路線があるため、電気機関車は使用されない。
名古屋駅 - 河原田駅間を名古屋駅 - 紀伊勝浦駅間（伊勢鉄道経由）運転の特急「南紀」が通る。かつては河原田駅 - 湊町駅（現在のJR難波駅）間にも東京駅 - 湊町駅・和歌山市駅間の夜行急行「大和」を始め、名古屋駅 - 湊町駅・南紀方面や京都駅 - 伊勢方面などを結ぶ多数の優等列車が運行されていた。1965年3月1日から1967年10月1日のダイヤ改正までの短期間だが、関西本線名古屋駅 - 八尾駅間を経由する特急「あすか」が設定されていたこともある。しかし2006年3月18日のダイヤ改正で急行「かすが」が廃止されたのを最後に（廃止時の運転区間は名古屋駅 - 奈良駅間）、事実上大阪環状線と重複している天王寺駅 - 新今宮駅間をのぞき、河原田駅 - JR難波駅間で特急・急行列車は運転されていない。
加茂駅 - JR難波駅間は、各駅に停車する普通と、加茂駅 - JR難波駅間に快速、加茂駅 - 大阪環状線間に大和路快速・区間快速が運転されている。ほかに和歌山線・桜井線 - JR難波方面の直通列車もある。日中は1時間あたり大和路快速が加茂駅・奈良駅 - 大阪環状線直通にそれぞれ2本ずつ合わせて4本、快速が王寺駅・和歌山線高田駅 - JR難波駅間にそれぞれ2本ずつ合わせて4本、普通が王寺駅 - JR難波駅間に4本運転されている。木津駅 - 奈良駅間には奈良線・片町線（学研都市線）の列車も乗り入れている。また、奈良駅 - 久宝寺駅間にはおおさか東線に乗り入れる直通快速が、平日は朝に奈良発新大阪行き、夕方に新大阪発奈良行きがそれぞれ4本ずつ、土休日は奈良駅 - 新大阪駅間で朝夕に2往復ずつ運転されている。また、早朝にはJR難波・王寺方面から奈良駅経由で京都行きの直通列車が運転されており（その逆の京都発奈良・王寺経由のJR難波行きはない）、夕方以降も時刻表には記載がないものの先述の区間を双方向に直通する列車が数本運転されている。
各駅に停車する普通列車のほか、河原田駅から伊勢鉄道伊勢線・紀勢本線・参宮線に直通する快速「みえ」、線内のみ運転の快速、ラッシュ時のみの区間快速が運転されている。昼間は1時間あたり、名古屋駅 - 四日市駅間で快速と普通が各2本、四日市駅 - 亀山駅間で快速（ただしこの区間は各駅に停車）1本の運転である。このほかに伊勢鉄道の普通列車が四日市駅 - 河原田駅間に乗り入れる。「みえ」をのぞいていずれの列車も昼間を中心にワンマン運転が行われている。かつて、快速はラッシュ時のみに運転されていたが、2009年3月のダイヤ改正で名古屋駅 - 亀山駅間に桑名と四日市駅以南の各駅に停車する快速が昼間時間帯に新設され、従来の蟹江駅・弥富駅と桑名駅以南の各駅に停車する快速は区間快速に改称された。
現在、全区間を通して走る列車はなく、JR東海が管轄する名古屋駅 - 亀山駅間、JR西日本の非電化区間である亀山駅 - 加茂駅間、同社の電化区間である加茂駅 - JR難波駅間の3区間に分かれている。
最も広く使われている細長い長円形のクリップは特許が取得されておらず、誰が発明者かはっきりしていないが、イギリスで1890年頃にゼム・マニュファクチュアリング・カンパニー (The Gem Manufacturing Company) が発明したと思われている。1899年にコネチカット州ウォーターバリー出身のウィリアム・ミドルブルックが、この形のクリップを作る機械の特許を取得している。この形のものは現在でもゼムクリップと呼ばれており、スウェーデン語では全ての文房具のクリップをゼム (gem) と呼んでいる。東ローマ帝国では真鍮製のクリップを使っていたため、この地の職人が発明した可能性が高い。しかし、1つずつ手作業で作られていたこともあり、あまりにも高価であったため、皇帝やわずかな貴族しか使用していなかった。ノルウェー人のヨハン・バーラー (Johan Vaaler) が、1899年と1901年に若干構造を変えたクリップの特許を取得したが、ゼムクリップのほうが機能性に優れていたため、広まらなかった。多くの本が誤ってバーラーを発明者としているが、これは間違いである。またノルウェー人が発明したわけでもない。しかし、バーラーが特許を取得するなど、ノルウェー人が関わっていたことが事実であるため、ゼムクリップは第二次世界大戦中、ドイツの占領下にあったノルウェーで抵抗運動のシンボルとして使われることとなった。イギリスに亡命したホーコン7世に対する忠誠とノルウェーの団結を示すため、ノルウェー人はゼムクリップを服につけて密かに抵抗運動のシンボルとしていたのである。戦後、オスロの郊外にバーラーの名誉をたたえて巨大なゼムクリップの彫刻が建立された。