『2199』における組織構造は、おおよそは第二次世界大戦時の軍事国家体制をモチーフにしている。旧作同様、アベルト・デスラーを総統として仰ぐ独裁政治体制である。独裁体制はデスラーの圧倒的カリスマによって成り立っている部分も多く、国民や一般軍人の多くは旧作同様に総統を慕い帝国に絶対の忠誠を誓っている。上層部は旧作と違い政治的思惑がかなり交錯しており、一枚岩とは言いがたい状態となっている。特に、大ガミラス帝星への改称以降、貴族制度の撤廃と上述の被征服民族の同化政策が行われたが、それを快く思わない貴族出身者や純血主義者もおり、実際に劇中では貴族の家柄でなおかつ純血主義者のゼーリックがクーデターを画策している。また、親衛隊などによる苛烈な弾圧により、一等、二等問わず現体制に不満を抱く国民もいる。さらに、過剰な版図拡大政策による人員不足で、ガミロイド兵なしでは領土を維持できなくなっており、国家としての基盤は弱くなっている。旧作とは異なり文官がはっきりと存在しており、制服は対点線を共通として、旧作での緑基調のほか、青基調・茶色基調・黄色基調・クリーム色基調などがある。また、制服は階級によっても若干形状が異なっている。旧作同様、右腕を真横に伸ばして肘を真上に曲げ、掌を正面に向けた状態で開く、ガミラス式の敬礼が存在する。この敬礼は軍人以外も行う模様で、『2199』第8話では文官のヒスがデスラーに対して行っている。軍事面以外は副総統であるヒスが統括しており、下位にヴェルテ・タランの軍需省や国防総省、セレステラの宣伝情報省などがある。各植民惑星も支配統治省の管轄だが、暴動の鎮圧などには親衛隊が出動している。国軍として、「帝星国防軍」が存在している。規模は非常に大きく、艦艇はバラン星の観艦式に参加したものだけで1万隻を超える。旧作同様地球以外の勢力とも交戦しており、外宇宙から侵攻してきた勢力に対する防衛行動なども取っている。旧作では将官は「将軍」として一括りにされ、将校や司令官と兵卒の違いは外見や役職によって区別できたが、本作では階級が細分化されている。総統直属の準軍事組織として「デスラー親衛隊」が存在している。大ガミラス帝星建国の際に創設され、ギムレーが長官に就任してからは、独自の艦隊戦力である「航宙親衛艦隊」を組織し、軍事面でも急成長を遂げている。傘下の秘密警察を使って、反体制派と見なした者への苛烈な弾圧も辞さず、他の軍人や国民からは忌み嫌われている。親衛隊員は灰色基調の軍服を着用しており、一般隊員は旧作の幕僚をベースにした服装をしている。隊員はごく一部を除いて思想・能力ともに優れた人物を幹部・一般兵などのランクごとのモデルに分けたクローン兵である。また、宣伝情報省と連動して「デスラー少年団」や「ガミラス少女同盟」といった団体も創設しており、帝星臣民の子供達へのガミラス主義の浸透と、将来の青年隊員の育成を行っている。
体が小さくなったことにより声質も小さい頃の声に戻っている。コナンの姿では、事件の真相を語っても相手にされず、正体を知られてはいけないので、事情を知らない人の場合は麻酔銃で眠らせてから、正体を知っている人の場合は本人に口パクをさせ、変声機で他人の声を真似（まね）て真相を話すことにしている。基本的に、小五郎の引率先で事件が起こるため、小五郎の声を使うというパターンが多い。小五郎がいない場合は鈴木園子、阿笠、山村警部の声を借りることもある。また、服部平次を眠らせて彼の声で推理を話したこともある。なお、劇場版第8作『銀翼の奇術師』では小五郎を眠らせようとした際、誤って妃英理に麻酔銃の針を刺してしまったため、彼女の声で初めて推理を披露した。上記のほか、小五郎や目暮警部にヒントを与えて自力で解かせたり、蘭や有希子に推理を教え込んで真相を話させたり、平次とのコンビで真相を話したりすることもある。自分で真相を話すこともあり、この場合は犯人と1対1で相対する場合が多い。少年探偵団がいるときは、彼らにトリックの実演またはヒントとなるキーワードを言わせるなど、協力してもらう。周囲に自分の推理を話す際、素の状態（新一として）で推理を披露するとそれに慣れていない大人に怪しがられるため、子供のフリをして「あれれ〜？ おっかしいぞぉ〜？」のような幼い口調で話す。また、大人でも知らないような知識をつい話してしまうことがあり、気付いた後には「（親戚のフリをしている）新一兄ちゃんから聞いた」「〜ってテレビでやってた」と、慌てて付け加えて誤魔化している。第1話では人一倍目立ちたがり屋で事件を解決したこと・人気や知名度が上がったことを鼻に掛けたり、探偵を続ける理由に犯人を追いつめるスリルと快感がたまらないと道楽的な感覚を持ったりしていた。しかし、体が小さくなってからは周囲の人に正体を怪しまれないよう、自分が活躍したことが漏れないようにしている。「新一からの指示でコナンが動いた」とのスタイルを取ることもあるため、「新一は子供を危険に巻き込むことがある非常識な人間」と劇中人物に解釈されかねない場面も多い。特に劇場版第1作『時計じかけの摩天楼』では、「新一からの指示で爆弾の処理を出動させられたコナンが負傷し、緑台警察病院へ緊急搬送され、病院で手当てを受けている」ということになったため、緑台警察病院に駆け付けて心配した小五郎は「どうしてこんな無茶をしたんだっ!!もう少しでお前が死ぬとこだったんだぞ!!」とコナンを厳しく叱ると共に、子供を危険な目に遭わせた新一に対してすさまじい怒りを見せていた。その一方、「推理に勝ち負けや上下関係はない」、「捜査に私情は禁物」といった考えや戒めを持ちながら、性格上平気でそれを破ることがある。自身の探偵行為上やむを得ず、警察の鑑識や捜査を邪魔する行動に出ることがある。また、捜査は慎重かつ冷静に行っているが、事件発生前にもかかわらず他人の行動を詮索することがある。さらに、小五郎を使って事件を解決した際には、それが災いして刑務所から脱走した犯人と雇われた殺し屋に小五郎を殺されかけたり、犯人の関係者から報復を受けそうになることもあった。