ピッキの生涯の前半はほとんど知られていない。生年は1643年5月17日の死亡記録に71歳であったとあるところから逆算して1571年か72年と考えられる。彼について触れている最初の文献史料は、珍しいことに絵画であり、ファブリティオ・カローゾの1600年出版の舞踏教本（「貴婦人の優雅さ」Nobilità di dame）の表紙に、リュート奏者として登場している。1607年2月以前のどこかの時点で、ヴェネツィアのフラーリ教会にオルガン奏者として雇われ、1623年以降没年まで、ヴェネツィアでもっとも特権的であり裕福であった信者会、サンロッコ信者会（スクォーラ・グランデ・ディ・サンロッコ）の教会でもオルガン奏者を務めた。1624年、サン・マルコ寺院の次席オルガン奏者に応募したが、実際に選ばれたのはジョヴァンニ・ピエトロ・ベルティ（Giovanni Pietro Berti）であった。ピッキはクラウディオ・モンテヴェルディより4年遅れで生れ、6ヶ月前に没しており、ほぼ同時代に活躍したといえる。
上記の通り二重銀河内でのストーリーが大幅に追加されたことに伴い、そこでの主敵としてオリジナルキャラのサーグラスが登場する。古代守は最後まで生存し、エンディングで大山とともにイスカンダル星へ帰っていく。サーシアは上記の通り、生存エンドと死亡エンドに分かれており、生存エンドでは守たちとともにイスカンダル星へ帰る。どちらの場合も、アニメ版のサーシャのセリフは真田志郎と山崎奨に割り振られている。
アニメでは二重銀河到達直後に敵母星を発見して到着したが、本作ではまだ敵母星を発見できずに二重銀河内を探索し、敵艦隊と交戦しながら情報を集めていくというストーリーが展開する。SFガジェットとしてダイソン球殻が盛り込まれており、敵母星は褐色矮星に偽装したダイソン球殻内に存在すると設定されている。また、スカルダートが語る偽りの暗黒星団帝国の正体が、地球人の末裔ではなく地球を支配した暗黒星団帝国人の末裔であり、偽地球の正体発覚も指紋ではなくグラスの成分分析であるなど、細かな点が変更されている。PS版『さらば宇宙戦艦ヤマト』と同様のマルチエンディングとなっており、最終ミッションでの進め方によって、アニメ準拠のサーシア戦死エンドと、本作独自のサーシア生存エンドの2つに分岐する。
オリジナルキャラクターとして、地球侵攻軍第二特務艦隊司令のミヨーズや、中間補給基地司令のグノンが登場する。特にミヨーズは、ヤマトと3回交戦する因縁深い敵となっている。また、前作から引き続き大山歳郎、椎名晶が登場する。アニメ版では未登場だった北野哲や坂本茂が継続して登場しており、北野は地球上のパルチザン、坂本は引き続きヤマト乗組員として活躍する。一方、加藤四郎は未登場となっている。また、古代守は第七艦隊の所属となっており、ヤマトとの合流後にヤマト艦長に就任する。アニメ版でヤマト艦長だった山南は、第七艦隊司令としてしゅんらんで行動する。アニメ版で地球占領後にヤマトを追撃したカザンはその役目をミヨーズに譲り、パルチザンのエピソードで地球侵攻軍司令として活躍する。そのほか、アニメではゴルバ戦で初登場してその戦闘中に戦死したグロータスもキャラが掘り下げられており、暗黒星雲内での戦闘でミヨーズに指示を出した後に彼を捨て駒として扱うなど、本作独自の活躍が与えられている。なお、アニメのこの時点では未登場だったスカルダートやサーダも登場するが、スカルダートの顔は影で黒く隠されている。メカは前作に引き続き登場するほか、本作で初登場するメカも大幅なリデザインが施されている。
前作や次作のような大きなストーリーラインの変更はなく、エピソードを追加して描写を掘り下げる形となっている。序盤はヤマト単艦で行動するが、太陽系離脱時にトチローの雪風が合流、さらにシリウス宙域でしゅんらん率いる第七艦隊が合流し、艦隊を編成しての行動となる。アニメでは映画という都合上戦闘回数が限られていたが、本作では暗黒星雲到達までに5回、暗黒星雲内でも3回の戦闘が行われる。また、地球側でもパルチザンの戦いが詳細に描かれている。『さらば』のストーリーの一部が回想ステージとして登場する。
艦隊戦のゲームシステムは、前作とおおむね同一である。本作では白兵戦が復活しているが、前々作までとは異なり、完全に独立したミッションとなっている。艦隊戦と同様、オープニングムービー→戦闘→エピローグムービーの流れとなる。基本システムはTPSであり、フィールドを探索しつつ目的地を目指す。ミッションごとに最大3人でのグループで行動するが、援護射撃を選択した場合を除けば基本的に味方側で戦闘を行うのは1人のみで、適宜キャラクターを切り替えて行動する。プレイヤーキャラクターは標準装備のコスモガンのほか、サブマシンガンやバズーカなどの特殊武器を持つ。特殊武器は弾数に制限があるため、フィールド上で弾薬を入手する必要がある。キャラクターごとに持てる特殊武器は多少異なっており、戦況に応じて使用する。
進歩党の議員たちには当初より2つの立場があった。一つは1848年革命の民主派の系譜を継ぐ急進的理念家たちである。彼らはベネディクト・ヴァルデックやヘルマン・シュルツェ＝デーリチュ等を中心とし、なによりも議会主義的憲政と市民的自由の確保を優先した。そのためビスマルクの軍制改革や無予算統治に対して断固抵抗の姿勢を貫いた。これに対するもう一方は改良主義的現実主義者たちであり、カール・トヴェステンやオットー・ミヒャエリスらが該当する。彼らは自由主義の実現は現実の政治情勢の下でのみ可能と考え、ドイツ統一に役立つ政策を取るならばたとえ反動政府であっても積極的に協力し、その見返りとして議会権限の強化を引き出すという柔軟な戦術が必要と考えていた。特にミヒャエリスのような自由貿易主義者はドイツ関税同盟を軸とした統一市場圏確立を願っていたが、ビスマルクが着実にそれを遂行しているがゆえにビスマルクへの批判は軟弱なものにならざるを得なかった。急進的理念家と改良主義的現実主義者、数の上では常に後者の方が多かったのだが、ビスマルクの首相就任前後は進歩党の議席が大きく伸びた時期であったため、その勢いに乗って政府への対決姿勢を強め、急進的理念家が主導権を発揮することになった。だが1864年の第二次シュレースヴィヒ＝ホルシュタイン戦争に始まるドイツ統一戦争が進むにつれて徐々に改良主義的現実主義者の声が大きくなっていき、党内の亀裂は深刻化し、最終的には改良主義的現実主義者たちが進歩党を出て国民自由党を旗揚げすることになるのである。