この海戦後、ローマ軍は兵士の休息や修理の期間をとるために、いったんシチリアに上陸した。その休息の間に、ローマ軍は拿捕したカルタゴの軍船の船首を、市民への海戦勝利を報告のためにローマ本国へ送った。ミレ海戦の際に始められた儀式に従い、カルタゴの船首はフォロ・ロマーノに掲げられた。2人の執政官のうちウルソ・ロングスは、1年の任期が切れるためにいったん帰還し、本国で凱旋式を行った。準備を整えたローマ軍はもう1人の執政官アンティリウス・レグルスに指揮され、その年のうちに北アフリカへ再出発した。この後の第一次ポエニ戦争の舞台は、カルタゴ本国の北アフリカに移る。
ローマ船団は、輸送船団とそれを守る形で3つの戦隊で構成された陣形をとりながら、シチリアの南海岸に沿って航行していた（図参照）。主力の第1戦隊と第2戦隊は、前方くさび状に隊列し、それぞれの戦隊を執政官のウルソ・ロングスとレグルス・アンティリウスが指揮していた。その後方に輸送船団が続き、さらに第3戦隊が後方からの攻撃に備えていた。対するカルタゴ側の船団は横一線弓状に並んだ陣形をとり、司令官のハミルカはその中央で指揮し、大ハンノは右翼を担当していた。カルタゴ側が戦いの場として想定していた、シチリアの南海岸にあるエクノモス岬で両船団は遭遇した。両船団が遭遇したと同時に、前方のローマの主力2戦隊が、カルタゴの隊列中央へと突進していった。対してカルタゴの司令官ハミルカルは、第一攻撃目標であったローマの輸送船と主力2戦隊とを引き離すために、わざと後退を始めた。そして横一線弓状に長く展開していたカルタゴ船団の両翼は、ローマ船団の後方に回り込み、左翼が輸送船団に、大ハンノが指揮する右翼が第3戦隊に攻撃を開始した。カルタゴの攻撃は、カラス装置が機能しないよう側面から行われた。この後方の戦況はカルタゴ優位に進み、輸送船団は次第にシチリアの海岸側へと押し込まれていった。しかし肝心のカルタゴの中央が、ローマ主力の激しい攻撃に耐え切れず敗走し、海戦域から離脱していった。ローマ主力2戦隊はそれを追撃せず、反転して後方の戦況に参加した。執政官ウルソ・ロングス指揮の第1戦隊が、輸送船団を攻撃していたカルタゴの戦隊を左側面から攻撃し、執政官アンティリウス・レグルスが指揮する第2戦隊が、第3戦隊と共に大ハンノが指揮する戦隊に対して攻撃を開始した。ローマの主力2戦隊が後方の戦いに加わったことにより、残りのカルタゴ船団は包囲され壊滅した。この戦いにより、ローマはカルタゴの軍船の約半分を拿捕あるいは沈没させた。
Windows版は1人プレイ専用で、ゲームの舞台を太平洋海域から全世界へと拡大し、プレイ可能な国も日・米・英（蘭豪を含む）・独（伊を含む）の4ヵ国に増加した。また、キャンペーンゲームについてはスタート時の設定により所属陣営変更が可能になり、同一のシナリオの中で様々な状況を楽しめる様になった（通常は史実どおり「米英連合軍」対「日独枢軸軍」という構図だが、「日英」対「米独」、「日」対「米英独」も可能）。これまでのシリーズとは異なり、全世界の海域が「ドーバー海峡」「ハワイ沖」「ミッドウェー沖」など50の海域に分割されている。そのうちの「重要拠点」を全部制圧すると敵艦隊がどれだけ残っていようともそこでゲームは終了する。海域数が少ないため2-3時間でゲーム終了も可能。勢力拡大の方法が従来の「拠点の占領」から「海域の制海権の確保（海域内の艦船を全滅させ、飛行場を破壊する）」に変更された影響で、前作までは比較的発生し難かった「艦隊同士の戦闘」が容易になった。陸軍が存在しなくなったため、基地の占領と維持、陸戦、陸軍との折衝など、陸軍を重視していたユーザーからは不満の声もあった。戦略パートは1週間単位のターン制で、4週間で1ヶ月が経過する。戦術パートは3日間（攻撃側の海域突入時刻に左右されるため、72時間ではない）のリアルタイム制。戦略パートにて、艦隊の移動、艦船の建造、航空機の生産、新型艦・新型機の開発、技術開発などを行い、コマンド入力完了後に戦術パートにて戦闘を行う。戦術パートでの敵海域侵攻時の勝利（戦略的勝利）条件は前述の通り「海域内の艦船を全滅（撤退を含む。以下同じ）させ、全ての飛行場を破壊する」事であり、反対に「味方艦船が全滅」した場合は敗北（戦略的敗北）となる（防衛の場合は逆）。「戦略的に」勝敗が決した場合は制海権が敗者から勝者へと移る。3日間で勝負が付かない場合は守備側が海域の防衛に成功したとみなされるが、彼我の戦果の多寡により「戦術的勝利」か「戦術的敗北」に分けられる。 なお、侵攻先に敵艦隊と敵飛行場が存在しない場合は無条件で戦略的勝利（防衛の場合は戦略的敗北）となる。また、侵攻または防衛する拠点が一つもないときは、その週は戦術パートがなくなる。陣営の彼我を問わず、降伏国の提督が合流し、味方の提督として使えるようになる（なお、この場合、降伏国の提督の階級は、少佐は変更なし、中佐は1階級、それ以外の階級は2階級降格となる）。降伏国の残存艦を味方艦隊に含むことはできない。なお、キャンペーンゲームにおいては、提督の名前、能力を自由に設定できる。本作では前作までと異なり、艦船の建造が迅速且つ安価である。戦艦や空母でも8-20週程度しかかからず、毎週のように建造することも可能。空母は1隻につき150機まで艦上機を搭載でき、3個艦隊・空母12隻での戦闘では最大1,800機の艦上機を使用できる。パワーアップキットが発売されており、導入すると、シナリオの追加、新ルールの導入、新技術の追加、揚陸艦の導入、提督のエディットなどが行える。詳しくはパワーアップキットの項目へ。