2007年の参議院選挙では、平和運動団体である「キリスト者平和ネット」や「みどりのテーブル」の一部の活動家などと合同で、確認団体「9条ネット」を立ち上げ、栗原を含む9人の比例区候補と、元神戸市議で党副委員長兼兵庫県本部委員長の原和美を選挙区候補として計10人の擁立を発表した。しかし、選挙結果は比例代表273,755票（得票率0.46％）で、議席獲得には至らなかった。原を擁立した兵庫以外の選挙区では民主党・社民党系候補や野党系無所属候補を支援し、東京都選挙区から立候補した無所属川田龍平、愛媛選挙区から立候補した無所属友近聡朗（民主・社民・国民新党と共同推薦）らの当選に尽力した。
1996年の衆議院総選挙・1998年の参議院選挙といずれも全員落選し、国会での議席を失った。また、いずれの選挙でも得票率が2%に満たず、政党要件を喪失。これまで受けていた政党交付金も支給されなくなった。なお、主な資金源は交付金であったが、この制度については特に憲法上問題とはしていなかった。交付金打ち切り後は党費・個人・団体献金・機関紙購読料などが主な資金源である。2000年の衆議院総選挙・2001年の参議院選挙でも議席回復に失敗。また、反基地闘争で共闘関係にある沖縄社会大衆党の新垣重雄を東京都選挙区で推薦したが、当選には至らなかった。2003年の衆議院総選挙では、初めて社民党と本格的な選挙協力を行い、無所属で候補を擁立したが及ばなかった。2004年の参議院選挙でも公認候補を立てず、原和美らを無所属で擁立した。しかし、他党候補の推薦を除き、当選者は得られなかった。原は2005年の衆議院総選挙、2009年の衆議院総選挙でも兵庫1区より無所属で立候補したが、落選した。
日本社会党は1995年に自民・さきがけとともに村山内閣を発足した際、それまで反対してきた自衛隊・日米安保条約・小選挙区制・原発などを容認する姿勢に転換した。社会党は前年成立した細川内閣においても与党であったが、小選挙区比例代表並立制導入などを目的とした公職選挙法改正案（政治改革法案）採決で党内から相当数の造反者を出していた。この方針転換により党内からの反発が相次いだ。1996年1月1日、日本社会党参議院議員の矢田部理らは新社会党を結成、衆議院議員2人（小森龍邦、岡崎宏美）、参議院議員3人（矢田部・栗原君子・山口哲夫）が参加した。国会における会派の名称は衆・参ともに「新社会党・平和連合」とした。矢田部らは離党届を提出したが、社民党は受理せず除名処分とした。委員長に矢田部、副委員長に岡崎と小森、書記長に山口（元釧路市長）が就任した。社会党元副委員長の和田静夫は顧問に就任、しかしその後自由連合に鞍替えした。新党護憲リベラルを経て憲法みどり農の連帯を結成したいとう正敏らも入党。元々護憲リベラルのメンバーと小森は「新党民主フォーラム」という護憲新党準備団体を共同で結成しており、親和性が高かった。他には元議員として上野建一や稲村稔夫、地方議員では当時中野区議会議員だった江原栄昭（後に都委員長に就任）らが入党している。
第六次筒井城の戦いでは敗れた順慶であったが、三好三人衆軍との連携を強化し盛り返していった。まず順慶は筒井城の東南約6kmに位置する井戸城に対して中坊秀祐を将とする増援軍2千を送り込み、松永軍の動きに対応するため備えた。筒井城は多聞山城と信貴山城の中間地点にあり、松永軍は繋ぎの城として重要視したようで、翌永禄9年（1566年）1月6日、松永久秀自身が采配を振って筒井城に兵糧と将兵を搬入した。また殆ど日が経過していない同年1月24日に、今度は息子の松永久通が兵糧を運び入れようとしていた。この動きを察知した筒井軍はそれを阻止すべく出兵した。この時の筒井軍の戦力はまだ整っておらず大規模な軍勢としてではなく、小規模な軍勢であったと思われている。しかし少数であったことが幸いしたのか、久通隊に対して多くの死傷者を与えた。この敗戦にも関わらず筒井城を重要な拠点として捉えていたのか、4日後の1月29日に久通隊が再び兵糧を搬入した。その後も松永軍は筒井城に補給を続けたようだが、同年4月11日に順慶と三好三人衆の連合軍は7千の兵で奈良近辺に押し寄せ、翌4月12日に松永軍の偵察隊と交戦したが、両軍は激しく激突するまでには至っていなかったようである。翌4月13日には多聞山城の南側の古市に侵入、また同年4月21日には美濃庄城が筒井・三人衆連合軍へ降伏し、城を明け渡したので形勢は筒井・三人衆連合軍側に逆転しつつあった。劣勢にあった松永軍は奇策に出た。「松永霜台いかなる事やらん、和州多聞城を出」（『細川両家記』）とあるように、久秀は同年5月19日に多聞山城を出立し摂津の国人衆や畠山高政軍と合流し、三人衆の畿内の本拠地である堺を6千の兵で包囲した。しかし三人軍の動きも素早く松永軍の後を追って、1万5千余の兵で松永軍を逆に包囲した。久秀は会合衆に仲介を申し出、和議を取り付けた。