伊丹酒や池田酒の評判はつとに高まり、元文5年（1740年）には伊丹『剣菱』が将軍の御膳酒に指定された。江戸市中の酒の相場でも、伊丹酒や池田酒は他の土地の酒に比べはるかに高値で取引されていた。しかしこのころから神戸・西宮あたりの灘目三郷が新興の醸造地域としてすでに注目を集め始める。後世、銘醸地の代表格となる灘が、最初に文献に登場するのは正徳6年（1716年）であるが、享保9年（1724年）の下り酒問屋の調査では、灘目三郷の名が伊丹酒を追い上げる酒の生産地として報告書に記載されている。これが江戸時代後期の灘五郷である。
このころは全国各地で、一般的に造り酒屋によって製造・卸売の兼業が行われていたが、とくに江戸では人口が集中して大消費地になったために、酒についても専門問屋仲間が成立した。そして江戸に着いた荷をさばく問屋の寄合いも形成された。いっぽう大坂では、従来の造り酒屋が問屋を兼業していたので、江戸のような専門酒問屋は出現しなかった。このように江戸時代に入り商品化された酒は「商人の酒」といわれるようになった。一方、酒によって多大な利益を得る商人から、いかにして租税をとりたてるかが幕府にとって頭の痛い問題でもあった。幕府から見れば、酒株制度には酒造石高をめぐって一つの弱点があり、酒屋ら商人たちがそこをうまく利用すると、幕府に入る酒税が先細りになっていく恐れがあった。そのため幕府は寛文6年（1666年）を始めとして何回か酒株改めをおこなった。ことに元禄の酒株改め（1697年）は徹底的におこなわれ、このときから宝永6年（1709年）まで酒屋には運上金も課せられた。
江戸時代初期には、後世から四季醸造と名づけられる技術があり、新酒、間酒（あいしゅ）、寒前酒（かんまえざけ / かんまえさけ）、寒酒（かんしゅ）、春酒（はるざけ）と年に五回、四季を通じて酒が造られていた。酒造りは大量の米を使うために、米を中心とする食料の供給とつねに競合する一面を持っている。そこで幕府は、ときどきの米相場や食糧事情によって、さまざまな形で酒造統制を行なった。まず明暦3年（1657年）、初めて酒株（酒造株）制度を導入し、酒株を持っていなければ酒が造れないように醸造業を免許制にした。寛文7年（1667年）伊丹でそれまでの寒酒の仕込み方を改良した寒造りが確立されると、延宝1年（1673年）には酒造統制の一環として寒造り以外の醸造が禁止され（寒造り以外の禁）、これにより四季醸造はしばらく途絶えた。こうして酒造りは冬に限られた仕事となったので、農民が出稼ぎとして冬場だけ杜氏を請け負うようになり、やがて各地にそれぞれ地域的な特徴を持った杜氏の職人集団が生成されていった。
また日本酒は、朱印船貿易により東南アジア各地に作られた日本人町やその国の王族などへ輸出された。とくにオランダ東インド会社（略称VOC）の根拠地であったバタヴィア（現インドネシアの一部）では、日本酒は定期的に入荷され、人々の暮らしの一部として欠くべからざるものとなったが、ヨーロッパ（おもにオランダ）から届けられるワインに対して日本酒はアルコール度数が若干高いがために、バタヴィアを始めとした東南アジアにおいては、日本酒は食前酒、ワインを食中酒として飲むという独自の食文化の伝統が生まれた。
僧坊酒を継ぐように台頭してきたのが、室町時代中期から他所酒を生産し始めていた、摂津国猪名川上流の伊丹・池田・鴻池、武庫川上流の小浜（こはま）・大鹿などの酒郷であった。これらの酒郷は、のちに摂泉十二郷と呼ばれる上方の一大酒造地として発展していく母体となった。池田郷については「遠く飛鳥時代などに朝廷で造酒司の酒部たちが細々と酒を造っていたが、室町時代に酒の需要が高まったためそれでは追いつかなくなり、縁者が摂津で酒造りを始めたところ良い出来であったので、その子孫が池田郷に住んで酒造家になった」と古文書にある。奈良流の諸白を改良し、効率的に清酒を大量生産する製法が、慶長5年（1600年）に伊丹の鴻池善右衛門によって開発され、これが大きな契機となって次第に酒が本格的に一般大衆にも流通するようになっていった。
世田谷区は、1978年（昭和53年）4月1日から3年にわたって「世田谷区社寺調査」を実施した。高源院では釈迦如来坐像、韋駄天立像、法忍禅師坐像が対象となり、その調査結果が公表されている。釈迦如来坐像は本尊として本堂に祀られ、法量は像の高さが31.1センチメートル、光背と台座の高さがそれぞれ78.4センチメートル、32.1センチメートルを測る。寄木造、漆塗りで光背と台座が木製、江戸時代の作で裳の先や頭部の墨彩などに後補が認められる。韋駄天立像は庫裏の玄関わきに安置された像で、こちらも江戸時代の作である。法量は岩座を含んだ総高が61.4センチメートル、像の高さが51.1センチメートルを測り、甲冑をつけて右手を振り上げ、金剛杵を構えて岩座に立つ姿である。寄木造・漆箔で、両袖先や裳裾の先端部などに後補の部分がある。法忍禅師坐像は、高源院の開山怡渓宗悦の像である。禅宗の流れをくむ寺院では、高僧や開山の像を描いたり造立したりしてその徳を偲ぶよすがとする。この坐像もその類例であり、高源院の側では「開山法忍像」と称している。像は江戸時代の作で、寄木造・玉眼・彩色、像の高さは頭頂部から裾下まで98.5センチメートルを測っている。