国土交通省は7月1日、東海旅客鉄道（JR東海）を含む新幹線を運営する各事業者を召集し緊急会議を開いた。当面の対策として、駅構内や新幹線車両内の巡回強化など警備体制の強化を各社に要請した。今後も意見交換を行い、車両の安全性確保、火災、テロへの対策についても検討していくとしている。その一方で新幹線は、多くの乗客に対し、刃物・危険物の持ち込みを確認することは困難であるため、事件から3年が経過した2018年（平成30年）現在も、厳密な手荷物検査は実施されていない上、金属探知機の設置も困難とされている。JR東海と西日本旅客鉄道（JR西日本）は7月6日、安全対策強化のために東海道・山陽新幹線を運行する車両の客室内に常時撮影の防犯カメラを新設すると発表した。防犯カメラは2015年7月時点ではデッキの乗降口に設置されているが、客室内（両端にある車内案内表示装置の横）に2台、トイレなどがあるデッキ通路部に1台を新設する。事件以降に追加新造する車両は製造時に対応、既存車両についても2018年度までに全ての車両に追設するとしている。一方、乗客の手荷物検査については「新幹線の特徴である利便性を大きく損なう」とし、実施に否定的な見解を示した。九州旅客鉄道（JR九州）も、N700系11編成にJR東海・JR西日本と同様の防犯カメラの増設を検討するほか、元々防犯カメラを設置していなかった800系についても設置の可否について検討する方向である。東日本旅客鉄道（JR東日本）は、東北・北陸・秋田新幹線で運行されている車両の客室内に既に設置されているカメラを、現行の「非常ボタンが押された場合のみ撮影」から「常時撮影」に変更することを検討している。2016年3月31日、JR各社は4月28日から、ガソリンや灯油など可燃性液体の車内への持ち込みを、量に関係なく禁止すると発表した。
火災発生直後から東海道新幹線は全線で運転を見合わせていたが、14時半頃運転を再開した。この影響で、同日20時現在、上下線36本が運休、最大5時間以上の遅れが生じ、大幅にダイヤが乱れた。
男は岩手県出身で、上京した後に飲食店で歌う「流し」の歌手や、幼稚園の送迎バスなどの仕事に就いており、地元の野球チームにも所属していた。知人女性によれば、男は6月29日午後、「ガソリンスタンドへ行く」と、ポリタンクを台車に乗せ歩いていた。男は事件の1年ほど前から清掃業で働いており、年金が少ないという不満を漏らしていた。また、「年金が少ない。年金基金の前で首をつってやる」などという自殺を示唆する言動も繰り返していた。一方、パチンコ好きで競艇に通うなどギャンブルにお金をつぎこんでいたとみられ、約10年前から複数の消費者金融等に借金の返済を続けていたことから、男の姉は「自殺の原因は借金だと思う。追い詰められていたんじゃないか」と話している。また、事件の半年ほど前には深夜に自分のアパート（家賃4万円で風呂なし）の部屋のガラスを蹴破るなどの行為が住民により目撃された。住民が中を覗くと、段ボールやごみでいっぱいだった。精神科医の町沢静夫によれば、男の精神状態は鉄道の飛び込み自殺に似ており、社会から不幸がもたらされ死を選ぶほかなくなったという被害妄想にとらわれている。このため、社会への報復として、さらにある種の自己顕示欲があり、最後に一花咲かせ、自分の存在を世間に知らしめたいとの願望があったとみている。
この事件を受け、神奈川県警は殺人（未必の故意）や現住建造物等放火の疑いで7月1日に男の自宅を家宅捜索した。その後、10月15日には男が乗客に後方への避難を促し、ほとんどの乗客が車両を出たタイミングで放火したことが判明したことなどから、神奈川県警捜査一課と小田原警察署は殺意の認定は困難と判断、殺人容疑での立件は断念した上で現住建造物等放火と傷害致死などの疑いで男を容疑者死亡のまま横浜地方検察庁に書類送検した。その後、検察は10月20日に容疑者死亡を理由に不起訴処分とし、動機不明のまま捜査は終結した。捜査関係者によると、杉並区内の自宅を家宅捜索したが、東海道新幹線で自殺を図る動機につながるものは見つからなかったという。駅や当該車両内の防犯カメラを調べた結果、当日は西荻窪駅から乗車して東京駅で新幹線に乗り換え、車内で犯行を行う準備をしていたことが判明した。所持していた乗車券はのぞみの通過駅である掛川駅までだった。火災車両は7月3日、神奈川県警による検証が行われた（前述）。
滋賀県の方言で「あいはだ、うみどじょう」、岡山県の方言で「あもず、きすうお」と呼称される。京都方言で「ウミドジョウ」。食用とされ、琵琶湖で漁獲されることもあった。河川改修や圃場整備による生息地や産卵場所の消失、堰による移動の妨害、水量低下などにより生息数が減少したと考えられている。カワウや人為的に移入されたオオクチバスによる捕食によっても生息数が減少している。後述するように法的に採集は禁止されているが、密猟される事もある。桂川水系で最大の生息地であった八木町（現:南丹市）の個体群は1987 - 1988年に冬季に越冬場所が枯渇してから生息が確認されず絶滅したと考えられ、飼育下で系統が維持されるのみとなっている。日本では1977年に国の天然記念物に指定されている。2004年に種の保存法により国内希少野生動植物種に指定されている。休耕田を利用した産卵場所の整備、礫の設置による生息環境の改善、保全調査、保全団体や地方自治体による啓蒙活動、密漁者の監視などの保護対策が進められている。岡山県では関連グッズの販売、生息地で作られたコメをアユモドキ米として販売し売り上げの一部を保護費用に充てる、小中学校や公共施設で飼育・展示を行うなどの啓蒙活動が行われている。1992年に八木町と亀岡市の生息地が、「アユモドキの生息する灌漑用水路」として京都府の自然200選に選ばれている。一方で京都府亀岡市では本種の生息地の周辺に大規模スポーツ施設の建設が予定され、2013年に日本魚類学会より京都府知事および亀岡市市長に対し質問状が提出された。IUCNでは、2015年現在における生息数を約800匹と推定している。桂川水系個体群は、2014年の報告では成魚の生息数は10年間で80 - 730匹と推移している。旭川水系個体群は、2010 - 2015年に50 - 160匹が産卵場所で確認されている。吉井川水系個体群の生息数は30 - 500匹と推定され、2015年における生息数は約210匹と推定されている。絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）人工孵化や飼育法は確立しており、神戸市立須磨海浜水族園、滋賀県立琵琶湖文化館（休館）、姫路市立水族館などで累代飼育が行なわれている。大阪府水生生物センターでは精子の凍結保存に成功している。2012年に閉館した大阪市の大阪市水道記念館でも飼育されていたが、2018年7月までに全滅を確認、市の飼育は終了した。大阪市は文化庁に「天然記念物滅失届出書」を提出した。