兄ムバンディの死後、ンジンガはムバンディの息子の摂政になったもののすぐにこれを殺し、王位に就いた。ンジンガは脱走奴隷で軍隊を組織し、首都をより守りに適したンドンゴ発祥の地であるカヴァンガに移した。そして、隣接するマタンパ王国も併呑し、国力を高めるとたびたびポルトガル軍を撃破し、やがてアンゴラにおけるポルトガルの首都的拠点であったマサンガンを包囲した。しかし、ポルトガルの反攻が始まると国土の多くを失い、マタンバに撤退するが、女王が死ぬまで王国は征服されることはなかった。ポルトガルは別のンゴラを立てた。
この時期ポルトガルとンドンゴの間には不安定な平和が実現した。ポルトガルは南クワンザでの活動の過程でインバンガラという武装集団と接触してその助けを借り、植民地を拡大した。1617年には新知事ルイス・メンデス・デ・ヴァスコンセロスはンドンゴへ大規模な侵攻を行い、インバンガラの協力でンドンゴに侵入し首都を攻め、当時のンゴラムバンディをクワンザ川のキンドンガ島へ避難させ、何千人というンドンゴ国民を捕虜にした。しかしヴァスコンセロスはポルトガルの傀儡政権を作り出すのに失敗した。インバンガラはンドンゴに対する略奪を繰り返した。ヴァスコンセロスの後継者であるジョアン・コレイア・デ・スーアはンドンゴとの平和を図り、1621年ムバンディは妹のンジンガ・ムバンデをルアンダに送って交渉させた。彼女は、ポルトガルのンドンゴ侵略の拠点となっていたリュカラとアムバッハの前進砦を撤収し、多数の捕虜を返還し、略奪行為を繰り返していたインバンガラをンドンゴから追い出すという平和条約について交渉した。ムバンディは島を離れて首都に復帰し、ポルトガルの臣下になって年間100人の奴隷を捧げた。1623年に和平。しかしポルトガルは条約を尊重しなかったため、インバンガラの指導者カザはンドンゴに加わった。
1579年、コンゴに定住したフランシスコ・バーブーダが率いる商人は、時のンゴランジンガ・ンバンビ・キロンボ・キア・カゼンダにポルトガルがンドンゴを手に入れようと企てている事を助言した。この情報に従いンジンガ・ンバンビは、王都カバサでポルトガル軍を待ち伏せにし、虐殺した。ポルトガル側は1582年にマサンガノに砦を建設。沿岸では多くのソバがンドンゴから寝返り、ポルトガルは植民地を広げた。1590年にはカバサを攻撃するが、マタンバ王国と同盟したンドンゴに敗北。ンドンゴはポルトガルに反撃して多くのソバがポルトガルからンドンゴへ戻った。
ポルトガル王セバスティアン１世にキリスト教化したアンゴラ(ンゴラの国)を征服する許可を貰ったパウロ・ディアス・デ・ノヴァイスは、コンゴのアルバロ１世の支援を受け、ルアンダに上陸し砦を築いた。ノヴァイスは傭兵軍としてコンゴとンドンゴの両方と提携した。
1556年頃、ンドンゴはポルトガルに軍事援助を求め、洗礼を受けることを申し出たが、ポルトガルの当局者はその宗教的な誠意を疑った。コンゴとンドンゴがポルトガルとの主要貿易相手の座を争ったこの戦争は、強国の座から転落し内部抗争や属国の離反に苦しむコンゴの衰退の原因の一つとなった。この地で勢力を拡大したいポルトガルは反コンゴ勢力を巧みに利用し、ンドンゴはコンゴに勝利した。これによりンドンゴはコンゴから完全に独立した。
コンゴ王国の属国だったンドンゴは、1518年にコンゴからの独立を間接的に認識してもらうため宣教師を求めポルトガルに使節を送る。1520年に宣教師は到着したが、現地の紛争やコンゴの圧力により撤退を余儀なくされた。コンゴの国王(マニ・コンゴ)だったンジンガ・ムベンバ(アフォンソ１世)は宣教師をコンゴへ連れて行き、ンドンゴには自身の司祭を残した。初期のンドンゴは農業や塩の貿易が盛んだったがこの頃からンドンゴはポルトガル人と奴隷貿易を始める。ルアンダに設置された商館からポルトガルがサトウキビ栽培で栄えたサントメとの奴隷貿易を行い、ンドンゴはポルトガルとの奴隷貿易で力をつける。
バルナバによる福音書は新約聖書中のイエスとその宣教に関する記述と明らかに矛盾し、イスラームの教えとよく一致する。というのも、ムハンマドの名に言及しているだけでなくシャハーダを含んでいる(第39章)のである。同書は非常に反パウロ的かつ反三位一体論的な論調である。同書中ではイエスは預言者であって神の子ではない者として描かれ、パウロは「騙された男」と呼ばれる。さらに、バルナバによる福音書ではイエスは生きたまま天に上ることで磔刑から逃れ、裏切り者のイスカリオテのユダが代わりに磔刑を受けたと述べられる。これらの主張―特にイエスが神の預言者であり、磔刑を受けることなく生きたまま天に上った点―はイスラームの教説と一致あるいはよく似ている。イスラームの教えではイエスは主要な預言者の一人で、十字架上で死ぬことなく天使によって生きたまま神のもとへ上げられた。ただし他の章句ではクルアーンの教えと食い違う―例えばキリストの降誕において、マリアは陣痛なしにイエスを生んだとされるし、また、イエスの宣教において、彼はワインを飲むことを許し一夫一婦制を強制した―が、クルアーンはそれぞれの預言者が互いに何らかの点で異なる独自の律法を持つことを認めている。他の例としては、地獄は七つの大罪を犯した者のみが行くとされている点(バルナバによる福音書: 4–44/135)、割礼に反対すると天国に行けない点(バルナバによる福音書 17/23)、神が魂を持つ点(バルナバによる福音書 6/82)、天国が九つに分かれている点(バルナバによる福音書 3/105)がある。『バルナバによる福音書』がキリスト教とイスラームの要素の総合の試みとみなせるなら、16世紀と17世紀の平行はモリスコと反三位一体論の著作におけるものだと提議できる。