パイパーは真珠湾を出航し、本国への帰国の途に就いた。10月15日にコネチカット州ニューロンドンのニューロンドン海軍潜水艦基地に到着し、続く5年間、ニューロンドンを拠点として活動した。ナッソー、ニューブランズウィック州、ノバスコシア州を訪問し、ポーツマス海軍造船所およびフィラデルフィア海軍造船所でオーバーホールが行われた。1950年5月2日、パイパーは第6艦隊での任務に向けて地中海へ出航した。任務を終えて帰国すると、特別訓練のためグアンタナモ湾へ6週間の巡航を行う。1951年6月、パイパーはチャールストン海軍造船所でフリート・シュノーケル改修が行われた。続く数年間をニューロンドンを拠点として東海岸沿いおよびカリブ海で活動する。1955年7月にパイパーは2度目の第6艦隊配備のため地中海へ向かう。1956年1月には再びカリブ海で活動し、3月から9月までポーツマス海軍造船所で広範囲オーバーホールが行われた。1957年7月1日、パイパーは大西洋艦隊潜水艦部隊司令官チャールズ・W・ウィルキンズ少将の旗艦となる。ウィルキンズ少将の妻は1944年のパイパー進水時、洗礼を行った。9月にパイパーは北大西洋で行われるNATOの演習に向けて8週間の航海を行う。1958年、パイパーは1年に及んだ潜水艦部隊の旗艦任務をシーウルフ (USS Seawolf, SSN-575) と交代した。1959年11月6日、パイパーはニューロンドンを出航し3ヶ月の第6艦隊配備に向かう。1960年はニューロンドンを拠点として活動し、1961年2月20日にカリブ海での演習に向かう。この演習でパイパーはシュノーケル潜水艦として10,000回目の潜水を達成した。
7月19日、パイパーは3回目の哨戒で日本海に向かった。途中、8月1日から4日までグアムアプラ港に寄港して高度な訓練を行った。8月11日、パイパーは北緯31度52分 東経129度49分の甑島近海で2隻の漁船を撃沈し、8月13日に日本海に入った。8月14日に6名の捕虜を救助したが、その翌日、終戦を迎えた。9月9日、パイパーは46日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。
4月26日、パイパーは2回目の哨戒でオホーツク海に向かった。5月3日にオホーツク海の哨区に到着し、5月14日から5月25日まで同海域で哨戒を実施した。この哨戒で見た船舶のほとんどが様々なソ連船であったが、5月27日、パイパーは濃霧の中2隻の小型商船と思われる目標を探知し攻撃を行い、その攻撃は2,000トンないし4,000トン級の貨物船を撃沈したと判断された。しかし、JANACの戦後の調査では削除された。護衛艦が爆雷攻撃を行ったものの、その反撃は大したことはなかった。パイパーは6月4日に哨区を徹した。6月13日、パイパーは47日間の行動を終えて真珠湾に帰投。艦長がエドワード・L・ビーチ（アナポリス1939年組）に代わった。ビーチはトリガー (USS Trigger, SS-237)、ティランテ (USS Tirante, SS-420) 勤務を経てパイパーに赴任し、戦後には原子力潜水艦トライトン (USS Triton, SSRN-586) 艦長となる一方で、『深く静かに潜航せよ』など作家としても有名になる人物である。
1945年1月25日、パイパーは最初の哨戒でボーフィン (USS Bowfin, SS-287)、ポンフレット (USS Pomfret, SS-391)、スターレット (USS Sterlet, SS-392)、トレパン (USS Trepang, SS-412) とウルフパック「マックズ・モップス Mac's Mops」を構成し、小笠原諸島方面に向かった。この哨戒では、この方面にある特設監視艇群を蹴散らして来るべき硫黄島の戦いを支援する第58任務部隊（マーク・ミッチャー中将）やB-29などへの手助けをする任務が与えられており、この任務にはもう一つのウルフパック、ラガート (USS Lagarto, SS-371)、ハダック (USS Haddock, SS-231)、セネット (USS Sennet, SS-408) の「ラタズ・ランサーズ Latta’s Lancers」も従事していた。「マックズ・モップス」はサイパン島に寄港の後、2月10日に硫黄島近海の担当海域に到着。2月13日までの最初の3日間は何も発見できなかった。パイパーは3月24日までの間、本州南方でB-29への支援と監視艇探索の任務を交互に実施。2月25日夜、パイパーは北緯34度06分 東経138度28分の地点で2隻の船舶を発見し、2,000トン級の船を浮上雷撃により撃沈したと判断した。しかし、実際に撃沈したのは特設監視艇第三宝松丸（吉川広之、111トン）であった。哨戒の最後の4日間は、九州沖航空戦で大破し曳航されている空母フランクリン (USS Franklin, CV-13) への支援に従事した。3月30日、パイパーは60日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投した。
1940年3月23日、恩赦と引き換えに犯罪者を前線に送るというヒトラーの考えを元に、ヒムラーの副官SS中将カール・ヴォルフは新しい懲罰部隊の編制にかかった。対象となる犯罪者の範囲や年齢、その他諸々の検討が行われた後、密猟者の射撃の腕を活かした特務部隊編制を名目として、逮捕されて服役中もしくは未決の密猟者のうちから、罪状の軽い犯罪者を中心に部隊を編成することになった。1940年4月10日にはガイドラインが決まり、6月には北ベルリンから25マイル離れた町オラニエンブルクにあるザクセンハウゼン強制収容所に84人の候補者が集められ、ヴィルトディープコマンド オラニエンブルク(オラニエンブルク密猟者分遣隊 Wilddiebkommando Oranienburg)が編制され、早速訓練が開始された。一方、それと前後してヒムラーの側近で親衛隊本部の中心的人物だったゴットロープ・ベルガー親衛隊少将は、旧友であるオスカール・ディルレヴァンガーが武装親衛隊へ復帰できるよう尽力していた。1940年6月4日彼はヒムラーと話し合い、誕生したばかりのオラニエンブルク犯罪者部隊の指揮官にディルレヴァンガーを推薦した。これをヒムラーは承諾し、1940年6月24日、ディルレヴァンガーは一度は追放された親衛隊復帰の辞令を手に入れた。着任後、ディルレヴァンガーは部隊名を変更し、ゾンダーコマンド ドクターディルレヴァンガー (特殊任務部隊 ドクター・ディルレヴァンガー,Sonderkommando Dr. Dirlewanger)とし、その2ヵ月後にはSS配下となったことで、部隊名にSSの名前がつき、SSゾンダーコマンド ドクターディルレヴァンガー (SS特殊任務部隊 ドクター・ディルレヴァンガー,SS-Sonderkommando Dr. Dirlewanger)となった。部隊は、ポーランドへ移動し、独ソ国境沿いに構築された防衛線オットーラインの建築の手伝いを行い、その後、Dzikow（現タルノブジェク）にあるユダヤ人の労働キャンプの警備に就いた。この頃からすでにディルレヴァンガーと部隊の所属将兵達による地元住民への暴行が問題になっていた。そのため、部隊は懲罰を兼ねて独ソ戦に送られることになった。