その点、寺田屋騒動で自藩士を含む過激派を粛清し、強引に公武合体策を推進しておきながら、一方で生麦事件を起こして攘夷派を狂喜させた島津久光は、その矛盾した行動ゆえに孝明天皇からの絶大なる信任を獲得し、中央政局での政治的地位を急速に上昇させていた。この時期の島津久光の同志である尊融親王（のちの久邇宮朝彦親王）も、公武合体派の重鎮として朝政における存在感を高めていく。これらの勢力が破約攘夷派の三条・姉小路らと激突するのは必然であり、姉小路暗殺も京都政局および孝明天皇を巡る主導権争いが背景にあると認識され、事件直後から薩摩藩の関与が噂された。
ただし、過激派が崇敬する孝明天皇自体、外交面においては破約攘夷論者であると同時に、内政に関しては大政委任論をもって幕府の統治を強く支持しており、破約攘夷派・公武合体派双方にとって矛盾した存在であった。天皇は三条・姉小路や長州藩などの過激派にとって、攘夷論を盾に幕府を恐喝しうる最有力な手段であった（これが後に天皇の意図を矯めた勅旨が濫発される原因となる）が、当の天皇にとっては、過激派の主張するような幕府を頭越しにした天皇親征による攘夷の実行は全く想定になく、むしろ三条・姉小路ら従来の朝幕関係や朝廷社会の秩序を乱す公家らを忌避していた。その反面、公武合体派にとっては、天皇は幕府の支配権を保証してくれる大きな後ろ盾となっていたが、一方でその強硬な攘夷論は翻意させることができず、外交担当者を困惑させていた。このようにどちらの勢力にとっても曖昧な存在であった天皇は、自派に有利な看板として争奪される対象の意味で「玉（ぎょく）」と呼ばれ、対立の激化の原因にもなっていた。
小学1年生の時、兄の影響でサッカーを始めた。新磯サッカースポーツ少年団、相模原SCを経て、1997年(当時18歳)でプリマハムFCくノ一（現伊賀FCくノ一）に入団。同年日本代表に初選出された。1999年、第3回FIFA女子世界選手権アメリカ大会(現ワールドカップ)に出場。2002年、23歳のときに結婚。周囲からは「引退するのか」と聞かれることもあったが、「『なんで結婚するからやめるんだ』という感じでした」、「『(夫からは)結婚したんだからサッカーやめろ』ということは言われなかった」と語っている。2003年、第4回FIFA女子ワールドカップアメリカ大会では3試合すべてでフル出場した。2004年、アテネオリンピックの代表メンバーに選出された。当時の代表監督だった上田栄治は宮本を「澤穂希よりも重要な選手」と評価していた。宮本はチームで唯一の既婚者であり、またチーム最長身であった。宮本は第1戦のスウェーデン戦をフルで戦った後、第2戦目のナイジェリア戦にもスタメン出場。しかし前半15分過ぎ、相手選手と交錯した際、そのスパイクが右大腿部を直撃し、８針縫う裂傷を負った。倒れこんだ宮本は、立ち上がれないまま担架でピッチ外へ運ばれ、結局そのまま交代。この後チームは攻守のバランスを崩し、後半にはナイジェリアに決勝点を奪われることとなる。当時日本サッカー協会会長だった川淵三郎は「残念だね。宮本が欠場したのが痛かった。彼女がいないと攻守とも痛い」と述べた。決勝トーナメント準々決勝アメリカ戦では怪我を押して強行先発したが、1-2で敗れ、チームは敗退した。2005年5月、当時26歳のとき長男を出産。産休・育休のため戦列を離れ、2005年シーズンは選手登録されなかったが、2006年シーズンに再び選手登録され現役復帰。2006年10月に日本女子代表にも再び招集され、初の子持ち代表となった。このとき日本サッカー協会は民間のベビーシッターを雇い、宮本が1歳(当時)の長男を伴って代表活動ができるようにサポートした。2007年、第5回FIFA女子ワールドカップ中国大会のメンバーに選出され、自身3度目のワールドカップメンバーとなった。2008年、伊賀FCくノ一がなでしこリーグ2部に降格、このときのことについて宮本は「サッカー人生で一番悔しい出来事で、なかなか受けとめることが出来なかった」「『神様がやめろって言っているのかな』と引退も考えました」と語っている。2009年、TEPCOマリーゼに移籍。移籍の理由について「年齢的にも選手生命が残り少なくなってきた中で、サッカーが集中できる環境にいたかったし、自分の経験を少しでも後身に伝えたかった」と語っている。2011年、伊賀FCくノ一に復帰。同年4月29日に行われたリーグ開幕戦福岡J・アンクラス戦では2ゴールを挙げ、チームを2-0の勝利に導いた。同年7月24日、なでしこリーグの岡山湯郷Belle戦で、リーグ200試合出場を達成した。同年8月19日、国立競技場で行われた「東日本大震災復興支援チャリティーマッチ がんばろうニッポン！なでしこジャパンvsなでしこリーグ選抜」のなでしこリーグ選抜チームのメンバーに選出された。試合は2-3で敗れたが、選抜チームの監督を務めた星川敬は宮本について「宮本選手の経験は内容を見ても、結果からもまだまだやれると感じました」と高く評価した。2012年12月5日、現役を退くことを表明した。同年12月22日の第34回皇后杯全日本女子サッカー選手権大会準決勝のジェフユナイテッド市原・千葉レディース戦に出場、試合はペナルティーキック戦の末に敗れたが、宮本は後半24分に1-1の同点となるゴールを挙げ、これが現役最後の得点となった。2013年3月3日、伊勢フットボールヴィレッジにて引退記念試合とセレモニーが行われた。