鷗外は自らが専門とした文学・医学、両分野において論争が絶えない人物であった。文学においては理想や理念など主観的なものを描くべきだとする理想主義を掲げ、事物や現象を客観的に描くべきだとする写実主義的な没理想を掲げる坪内逍遥と衝突する。また医学においては近代の西洋医学を旨とし、和漢方医と激烈な論争を繰り広げたこともある。和漢方医が7割以上を占めていた当時の医学界は、ドイツ医学界のような学問において業績を上げた学者に不遇であり、日本の医学の進歩を妨げている、大卒の医者を増やすべきだ、などと批判する。松本良順など近代医学の始祖と呼ばれている長老をはじめ専門医は誰も相手にしなかったが、鷗外は新聞記者などを相手にして6年ほど論争を続けた。鷗外の論争癖を発端として論争が起きたこともある。逍遥が『早稲田文学』にシェークスピアの評釈に関して加えた短い説明に対し、批判的な評を『しがらみ草紙』に載せたことから論争が始まった。このような形で鷗外が関わってきた論争は「戦闘的啓蒙主義」などと好意的に評されることもあるが、医学論文、文学論文いずれも先進国から得た知識のひけらかしにしかなっていないことから、論争とも啓蒙とも程遠いものであり、鷗外は必死になって論点のすり替えやあげ足取りを続けたものの、石橋忍月、坪内逍遙、高山樗牛らに完敗してしまった。30歳代になると、日清戦争後に『めさまし草』を創刊して「合評」をするなど、評論的活動は、穏健なものに変わっていったことから、小倉時代に「圭角が取れた」という家族の指摘もある。
1916年（大正5年）4月、任官時の年齢が低いこともあり、トップの陸軍省医務局長を8年半勤めて退き、予備役に編入された。その後、1918年（大正7年）12月、帝室博物館（現：東京国立博物館）総長兼図書頭に、翌年1月に帝室制度審議会御用掛に就任した。さらに1918年（大正7年）9月、帝国美術院（現：日本芸術院）初代院長に就任した。元号の「明治」と「大正」に否定的であったため、宮内省図書頭として天皇の諡と元号の考証・編纂に着手した。しかし『帝諡考』は刊行したものの、病状の悪化により、自ら見い出した吉田増蔵に後を託しており、後年この吉田が未完の『元号考』の刊行に尽力し、元号案「昭和」を提出した。1922年（大正11年）7月9日午前7時すぎ、親族と親友の賀古鶴所らが付き添うなか、腎萎縮、肺結核のために死去。満60歳没。余ハ石見人森林太郎トシテ死セント欲スで始まる最後の遺言（7月6日付）が有名であり、その遺言により墓には一切の栄誉と称号を排して「森林太郎ノ墓」とのみ刻された。上京した際に住んだ鷗外ゆかりの地である向島の弘福寺に埋葬され、遺言により中村不折が墓碑銘を筆した。戒名は貞献院殿文穆思斎大居士。なお、関東大震災後、東京都三鷹市の禅林寺と出生地の津和野町の永明寺に改葬された。
1889年（明治22年）1月3日、『読売新聞』の付録に「小説論」を発表し、さらに同日の読売新聞から、弟の三木竹二とともにカルデロンの戯曲「調高矣津弦一曲」（原題：サラメヤの村長）を共訳して随時発表した。その翻訳戯曲を高く評価したのが徳富蘇峰であり、8月に蘇峰が主筆を務める民友社の雑誌『国民之友』夏期文芸付録に、訳詩集「於母影」（署名は「S・S・S」（新声社の略記））を発表した。その「於母影」は、日本近代詩の形成などに大きな影響を与えた。また「於母影」の原稿料50円を元手に、竹二など同人たちと日本最初の評論中心の専門誌『しがらみ草紙』を創刊した（日清戦争の勃発により59号で廃刊）。このように、外国文学などの翻訳を手始めに（「即興詩人」「ファウスト」などが有名）熱心に評論的啓蒙活動を続けた。当時、情報の乏しい欧州ドイツを舞台にした「舞姫」を蘇峰の依頼により『国民之友』に発表した。続いて「うたかたの記」「文づかひ」を相次いで発表したが、とりわけ日本人と外国人が恋愛関係になる「舞姫」は、読者を驚かせたとされる。そのドイツ三部作をめぐって石橋忍月と論争を、また『しがらみ草紙』上で坪内逍遥の記実主義を批判して没理想論争を繰り広げた。1889年（明治22年）に東京美術学校（現・東京藝術大学）の美術解剖学講師を、1890年9月から約2年間東京専門学校の科外講師を、1892年（明治25年）9月に慶應義塾大学の審美学（美学の旧称）講師を委嘱された（いずれも日清戦争出征時と小倉転勤時に解嘱）。
マルデン島が孤島であることと乾燥していることから、島の植物相は限られている。16種の維管束植物の存在が記録されており、内9種が固有種である。島の多くの部分が、生育不良のイリマ (Sida fallax) の藪、草木、雑草に覆われている。かつては生育不良のトゲミウドノキ (Pisonia grandis) の藪が確認されたが、現在まで生き残っているものは皆無に近い。またかつてココヤシがグアノ採掘の鉱員によって植えられたが、それらが根付くことはなく、現在では枯れ果てたその木々をわずかに見ることが出来るのみである。現在、島の広大な空き地は、丈の低い木本性つる植物で、ハマビシ科のTribulus cistoidesをはじめとする帰化植物の雑草が優占しており、若いセグロアジサシ (Sterna fuscata) にさらなる隠れ場所を提供している。マルデン島は、アオツラカツオドリ (Sula dactylatra)、アカアシカツオドリ (Sula sula)、ネッタイチョウ (Phaethontidae)、オオグンカンドリ (Fregata minor)、コグンカンドリ (Fregata ariel)、ナンヨウマミジロアジサシ (Onychoprion lunata)、アカオネッタイチョウ (Phaethon rubricauda)、セグロアジサシ (Sterna fuscata)を含む数十種の海鳥の重要な繁殖地である。これらに加えて、アラスカから飛来するハリモモチュウシャク (Numenius tahitiensis)を代表に、合計19種類の海鳥の越冬地としても重要である。オガサワラヤモリ (Lepidodactylus lugubris)とボウトンヘビメトカゲ (Cryptoblepharus boutonii)の2種類のトカゲが現在、茶色のトンボと共に島内に生息している。グアノ採掘が行われていた時期には、猫、豚、羊、ハツカネズミがマルデン島に移入された。豚と羊は死に絶えてしまったが、猫とハツカネズミは現在でも島内で生息していることが確認されている。また少数のアオウミガメが海岸に巣を作り、ヤドカリが多数生息している。