本系列は、車齢が高く収容力の小さい17 m 車体であったことから、地方や支線区への転出が進み、仙石線、南武線、青梅線、大糸線、富山港線、福塩線、可部線、宇部線・小野田線などで使用されたが、1970年代前半にはほぼ姿を消している。しかし、本系列が営業用として最も遅くまで残ったのは首都圏であり、南武支線ではクモハ11形とクハ16形が1980年（昭和55年）まで、鶴見線の大川支線ではクモハ12形が1996年（平成8年）まで使用された。鶴見線で使用されていたクモハ12052、12053の2両は1987年（昭和62年）の国鉄分割民営化とともに東日本旅客鉄道（JR東日本）に引き継がれた。これは、大川支線が分岐する武蔵白石駅の専用ホームが急カーブ上にあり、17 m 車でなければ入線不可能であったためである。JR東日本管内最後の旧型国電として武蔵白石 - 大川間の区間運転に使用されていたが、老朽化と補給部品などの面でも限界が近づき、対応策として1996年（平成8年）に武蔵白石駅の大川支線ホームの撤去工事を行ない、20 m 車の入線可能な線形とし、103系に置換えられて営業運転から退いた。その後両車は、東京総合車両センターに保管されていたが、クモハ12053は2006年（平成18年）4月2日付で車籍を抹消され、2010年（平成22年）2月下旬に解体された。一方のクモハ12052については、中原電車区に車籍を有したまま東京総合車両センターの南修繕場内で現在も保管されている。
1940年代から1950年代にかけて活躍したチェコのアニメーション監督の多くは美術畑の出身ではなかったが、1960年代に入って　美術学校の出身者がアニメ政策に携わるようになる。トルンカのスタジオで脚本を担当していたイジー・ブルデチカは、動画と切り紙によるアニメを制作し、後には評論も手がけるようになる。1958年にブルデチカが制作した『飛行の歴史』、1960年に制作した『水中の人間』では、銅版画の挿絵と版画が演出に用いられている。トルンカ以後の大人向けの人形アニメでは平坦な人形が使われていたが、ヤロスラフ・ボチェックは『ザ・ウィドウ・オブ・エフェサス』で緻密な人形の動きを表現し、人形アニメのチェコの名声を蘇らせた。トルンカの死後、彼を失ったアニメスタジオを閉鎖するべきではないかという意見が政府から上がる。こうした状況下で脚本家のカミール・ピクサはオストラヴァにアニメスタジオを開設、ズリーン映画スタジオの買収、西ドイツのテレビ局との共同プロデュース作品の製作といった精力的な活動を展開する。ピクサは毎年短編映画の上映会を開催しており、その内のアニメーション部門は後に独立してチェスケー・ブジェヨヴィツェの映画祭であるアニマフィルムとなった。1975年にはピクサが所長を務めるクラートキー・フィルムとプラハ美術工芸大学の間に協定が結ばれ、クラートキー・フィルムは学生の卒業制作の場となった。1968年のプラハの春の後、政府はイデオロギー的な規律と適切な闘争性を含んだ反資本主義・反帝国主義を映像作品に求め、監督や芸術家と対立した。1968年からトルンカのスタジオで製作が開始された『ファンタスティック・プラネット』の製作は長期にわたり、1973年に監督のルネ・ラルーの母国であるフランスで公開された。1968年8月のソビエト連邦によるチェコスロバキア侵入によって国内の民族意識は高揚し、作品に携わる唯一の外国人スタッフであるラルーの降板が持ち上がった。ラルーは監督を続けたが、作品の内容がソ連による抑圧を想起させると政府から圧力がかかり、ラルーはフランスに帰国して作品を完成させる。1960年代半ばから1970年代にかけて、石でキャラクターを作るガリク・セコの『ストーン・アンド・ライフ』、色つき粘土を使ったヤン・ザラドニックの『ザ・ストロール』、時計にまつわる伝説を木彫りで表現したカミール・ピクサの『マイスター・アヌシュの話』が制作された。1960年代以降のチェコアニメは美術家による芸術性の高い作品が主流となるが、それらの作品の多くは一本の映画としてみた場合物語や構成に難があるアニメとしての面白さを欠くもので、一部の愛好家のみに評価されていた。こうした状況の中でブジェチスラフ・ポヤルが製作した児童向けアニメ『ぼくらと遊ぼう!』『庭』は、動作の楽しさ・面白さにおいてひとつの結論を示した1964年に『シュヴァルツェヴァルト氏とエドガル氏の最後のトリック』でデビューしたヤン・シュヴァンクマイエルのシュールレアリズムに基づいた斬新な物体アニメは強い衝撃を及ぼし、多くの追随者や模倣作が現れた。独自の怪奇性と幻想性、時に人形を破壊的に扱うシュヴァンクマイエルの作風は伝統的な人形アニメーションのファンや作家から批判を受けることもあるが、実物アニメーションの表現の可能性を広げた点を高く評価されている。しかし、チェコでは一般の人間がシュヴァンクマイエルの作品を視聴する機会が少なく、チェコ国内での彼の評価が高まるのは1989年のビロード革命による民主化以後になる。1980年代には、トルンカの影響を受けていないデザインの人形を使うイジー・バルタが注目を集めた。1970年代から1980年代にかけての時期には、トルンカのスタジオで人形アニメで成功を収めた製作者の中から新生代のセルアニメの担い手が現れる。1977年にイゴル・シェフチークが製作した『シエスタ』には最初期のアニメーションを想起させる、常に動き続ける人物と背景が自由に変化するトータルアニメーションという技法が用いられ、セルアニメに新たな可能性を提示した。