シリーズおなじみの黄色い鳥、本作でもギザールの野菜を与えれば乗る事が出来る。本作では通常のチョコボの他に羽毛が赤く尾の部分だけ青い突然変異種の暴れん坊チョコボも登場する。暴れん坊チョコボは乗っている間ギザールの野菜を食べ続け、ギザールの野菜が無くなると放り出されてしまう。
本作の物語はゲートと呼ばれる時空移動装置を用いて時空を超えて進んでいき、同じ場所でも時代を変える事で全く違う風景になる事もある。また、ゲートを一度閉じ、再度開く事で物語をやり直すことも可能。ゲートは、専用のオーパーツを使わなければ開けない黄色と、消耗品のワイルドオーパーツを使わなければ開けない青色の二種類が存在する。また、ゲートを閉じるにはリバースロックというアイテムが必要。各時代にはパラダイムシフトによるパラドクスと呼ばれる異変が生じており、物語はその異変を解決する事によって進展していく。スタッフの試算では一つの時代の物語は三時間程度で終わるとされており、これは「忙しい人にも配慮した結果」との事である。
前作同様、装備品として登場するのは武器とアクセサリーである。本作の装備品は改造で強化した前作とは異なり、ショップで入手したりフィールド上のトレジャーから入手していく。本作のアクセサリーはアクセサリーごとにコストが設定されており、キャラクターの装備能力を上回る様に装備させることは出来ない。前作同様、アクセサリーと武器を特定の組み合わせで装備すると連鎖アビリティが発生する事がある。
クリスタリウムで育てたモンスターのアビリティを継承させたり、モンスターに名前やデコレーションアイテムと呼ばれるアイテムを付けて自分好みにカスタマイズする事が出来る。アビリティを継承させる場合はロールが同じモンスター同士であれば、アビリティも引き継ぐ事が可能である。ロールが異なる場合はアビリティが引き継げないが、特殊なアビリティを取得する事がある。どちらの場合でも継承元となるモンスタークリスタルは失われる。デコレーションアイテムを付けたモンスターは外見は変化するが能力は変化しない。これは「デコレーションアイテムで能力が変化するとユーザーが強いデコレーションばかり付けてしまい、個性が無くなってしまう」という考えのためである。
本作のキャラクター成長は前作と同様にクリスタリウムを用いるが、本作ではノエル、セラとモンスターで成長のさせ方が異なる。ノエルとセラは、前作のキャラクターと同様、バトルに勝利する事で得られるCP（クリスタルポイント）を用いて成長させていく。しかし、前作と異なり、全てのロールを一つのクリスタリウムで成長させる様になっており、クリスタリウムのレベルアップ時に解放されるボーナスを任意で選ぶようになっている。モンスターの成長はCPでは無く、専用のアイテムを用いて行い、後半になる程貴重なアイテムが大量に必要になる。
三島は自決1週間前の11月18日夜に、大田区西馬込の自宅で古林尚による1時間余りの対談インタビューに応じた。この時、話題が楯の会に及ぶと〈いまにわかります〉と2、3度繰り返し、古林が『豊饒の海』の次の今後の予定を聞くと、〈いまのところ、次のプランは何もないんです〉と語った。古林はこの日のことを振り返り、三島が、「ほんとうに、なんにも、予定がない」と言った時の顔を、「あれほど淋しそうな顔を、私はみたことがない」と語り、三島が「敗戦より妹の死のほうが、ショックだったと書いたのは、ウソで、敗戦は非常にショックだったのです。どうしていいのかわからなかった」とも言っていたと回想している。事件に参加した古賀浩靖の父親は事件当時、「生長の家」本部の講師をし、古賀自身も入信していた。出所後に古賀に会ったという元楯の会の会員の伊藤邦典が、「あの事件で、何があなたに残ったか」を訊ねると、古賀はただ掌を上に向けて、何かの重さ（三島と森田の首の重さ）を持つようにしてじっとそれを見詰めていただけだったという。1984年（昭和59年）に発刊された写真週刊誌『フライデー』創刊号の「14年目に発見された衝撃写真―自決の重みをいま」に、三島の生首のアップ写真が掲載されたことを受け、未亡人・平岡瑤子が講談社に強硬抗議、出版が差し止められた。このことにつき平岡瑤子は、同年末に行われた伊達宗克と徳岡孝夫によるインタビューで、「フォト・ジャーナリズムのこのたびの行為は、（江戸時代の）晒し首です。晒し首は死刑以上の刑罰であることを、あの雑誌の編集に携った人々は、ご存じなのでしょうか」と述べた。市谷記念館でツアーガイドをしていた女性によると、東部方面総監室（旧陸軍大臣室）から天皇陛下の御休憩所（旧便殿の間）に向かって両部屋の前の廊下を移動して行く三島と森田必勝の霊と思われる「黒い影」を見たことがあるという。1949年（昭和24年）に発生した弘前大学教授夫人殺人事件では、三島事件に影響を受けて1971年（昭和46年）に真犯人が名乗り出たため、冤罪で懲役囚になっていた人物は、後に再審が開かれ無罪判決となった。俳優の高倉健が三島事件に触発され、三島の映画を製作する予定だったという。高倉健と親しかった横尾忠則によると、具体的プランも煮詰まり、高倉健はロサンゼルスへ何度も渡航していたとされ、「次第に健さんのなかに三島さんが乗り移っていくかのようで、僕は三島さんの霊が高倉健さんに映画を作らせようとしているのだなと感じていました」と横尾は述懐している。ところが土壇場で瑤子未亡人の了解が得られず映画製作を断念せざるを得なくなくなった。仕方なく高倉健は横尾に電話してきて、多磨霊園に一緒の墓参りに行きましょうと誘い、「カメラを持ってきて下さい。一緒に撮りましょう」と言ったという。