山口県で生まれ、2歳で徳島県鳴門市に移り、小学2年生からサッカーを始める。徳島市立高等学校を卒業後、1996年にアビスパ福岡へ加入。1年目は10試合に出場したが、2年目の1997年は監督のカルロス・オスカール・パチャメと衝突し、1試合の出場にとどまる。監督が代わった1998年にはリーグ戦30試合に出場して6ゴールを記録。2ゴールを決めた開幕戦の鹿島アントラーズ戦にて、のちに藤本の代名詞となる阿波おどりパフォーマンスを初披露する。1998年12月には語り草となる"J1参入決定戦"での川崎フロンターレとの激闘を経験したメンバーの一員でもある。当時の福岡はMF陣に中払大介、石丸清隆、久永辰徳、久藤清一等の好人材がひしめき、年俸を減額提示されるなどチーム側の評価も高くなかったことから、移籍を決意。真っ先に獲得の意思を伝えたサンフレッチェ広島へ1999年に移籍した。その後、すぐにレギュラー獲得、久保竜彦とのコンビでチームを牽引し、チームの天皇杯準優勝に貢献。2000年のシドニーオリンピックでは、予選には出場したものの本大会への選出はならず。2001年には日本代表に招集され出場機会を与えられるも活かせず、最終的に日韓W杯への出場はならなかった。その夏に代表を目指すため海外移籍を決意、オランダリーグのNACブレダへの移籍がほぼ決定したが、最終交渉でNAC側は経営悪化から移籍金を3年間にわたっての分割払いを要求してきたため広島が拒否し、結局移籍交渉がまとまらなかった。その年の後半戦は移籍するものと考えられていたためチームの構想外となり、さらにコンディションを崩したため出場機会が減少した。そのシーズン、結局広島はJ2降格となった。翌2003年、ズデンコ・ベルデニックが獲得を熱望し、名古屋グランパスエイトへ移籍。しかしチームの調子が上がらない上、自身も攻撃的なポジションを任されながら得点に絡むことが少なく、次第に出場機会が減っていった。2004年、経営元が変わり積極的に戦力補強を行っていたヴィッセル神戸へ期限付き移籍。2005年には大宮アルディージャへ完全移籍。豊富な運動量と鋭い攻撃で中盤の主力として活躍した。なお、2007年および2009年6月 から2011年まで、大宮のキャプテンをつとめていた。2011年11月29日、契約満了に伴い、大宮との来シーズンの契約を更新しないことが発表された。2012年にロアッソ熊本へ完全移籍、チームの主将となる。第2節ホーム鳥取戦で約3年振りのゴールを決めるも、その後膝の悪化により長期離脱となった。第22節ホーム千葉戦でベンチ入りし復帰、終盤までスタメンとしてチームを引っ張った。2014年限りで現役を引退。2015年にロアッソ熊本ジュニアユース（U-15）の監督に就任した。2017年にはジュニア（U-12）監督兼スクールコーチへ異動。3年間、アカデミースタッフを務めた。2018年にロアッソ熊本のトップチームコーチに就任した。
20世紀前半、大正9年の夏。江戸から続く米沢の豪農戸倉家の長女、彩。本宅の東京からたまたま米沢に帰省中、小作の青年、八代公太と知り合う。貧困に苦しむ小作の公太は彩に想いを寄せ、肖像画を描く。公太の夢が画家になることだと知った彩は、公太に上京を勧める。たったひとりの母の反対を押し切り、彩を慕って東京に出てきた公太は彩と再会を果たす。しかし、再会の喜びもつかの間、戸倉家の事業の失敗から彩に政略結婚の話が持ち上がる。彩は家を守る為に、九州の貧農から一代で身を起こした青年実業家の横山平吉の元に嫁ぐ。自分とはまったく違う世界に住む彩の姿を目のあたりにした公太は、みせると約束した絵を川に投げ捨て2度と絵は描かないことを心に決めるのだった。横山家に嫁いだ彩を待っていたものは、成り上がりである平吉の“体面を保つ為だけの嫁”を求める姑、イトとの生活だった。夫の平吉は新婚初夜に夫婦の営みを拒絶してから、毎晩めかけの家に泊り帰宅しない。ついに離婚を決意して、戸倉の家に帰るも母や兄が語る平吉頼みの戸倉家の内情を知り、横山の家に戻るしかない彩だった。横山家の飾り物の嫁としての生活を送る彩に転機が訪れる。関東を襲った大地震は横山家も例外ではなかった。逃げ遅れた彩を助けにきたのは、影から彩を見守り続けていた公太だった。画家の夢を捨てた公太は株で資金を得て、東京郊外の土地のを買い占めを進める不動産業を営んでいた。助け出された彩は郊外の公太の家で好きな人と過ごす当たり前の暮しに心を癒していた。しかし、そんな生活も長くは続かず、彩を平吉が連れ戻しに来た。帰宅を拒み離縁を持ち出す彩に平吉は、公太との姦通罪で訴えると脅しをかける。不義を働いた覚えはないが、自分だけでなく公太もすべてを失うことになることを恐れた彩は平吉の元に帰る。公太との不義を疑う平吉は力づくで彩の体を我が物にした。抜け殻のようになった彩を平吉は毎夜抱く。そんなある日、彩は平吉の子を身ごもる。妊娠を知った平吉はほんとうは公太の子ではないかと責を攻める。決意を固めた彩は平吉とイトの隙をつきて逃げるように出て行く。そして平吉の子を堕胎してしまう。無許可の堕胎は罪に問われる時代、彩は警察に捕まり、懲役一年の実刑を言い渡される。戸倉家からも絶縁された刑務所での生活は、彩が生まれ変わる為に必要な時間であった。一年が過ぎた。刑務所を出た彩を公太が車で迎えに来ていた。その公太の後ろから歩いて近づいてきたのは平吉だった。この一年の間にイトは他界し、事業にも失敗した平吉には何も残っていなかった。離縁を自分から切り出した平吉は、彩を初めて見た時から熱烈に愛していたにもかかわらず、自身の出自による劣等感から歪んだ愛し方しかできなかったこと。そのことと公太への嫉妬で彩を苦しめたことを心から詫びた。平吉に背を向けて家を出た彩だったが、立ち止まり平吉の元に戻る。彩は今知った。自分のこれからの生きるべき道を。それはすべてを失った平吉と満州へ一緒に渡り、彼を支えて生きていく事だった。大連への出航の日、港には家族の目を盗んで見送りに来た母・史の姿が目に入る。しかし、もの影からそっと見送る公太の姿は彩の目に入る事はなかった。大連の船会社に職を得た平吉と彩は一男一女をもうけて、忙しくも慎ましやかで平穏な日々を送っていた。そんな彩の元を幼子を連れた一人の女性が訪れる。女性は公太の妻、八代由加であった。一流の事業家に成長した公太であったが、第一次上海事変の徴兵礼状で肉弾勇士として突撃爆死した。公太が常に大切にしていた肖像画が彩を描いたものであることを知った由加は、その人物を確かめる為に大連に訪ねてきたのだった。彩と会い、夫の想いを理解する。由加は夫の生きた証として、肖像画を持つ許しを彩からもらい別れる。やがて満州で始まった戦争は日中戦争、そして太平洋戦争へと拡大。やがて平吉を南方で喪い、彩自身も東京大空襲で、幼子二人を残したままその人生の幕を閉じるのであった。