1945年6月3日にアムステルダムに帰還した。オットーは親戚や友人の多さのおかげで強制収容所から解放されたユダヤ人の中では経済的には恵まれた方だった。親戚が小包やお金を贈ってくれた。ニューヨークのネーサン・ストラウスjrも送金してくれた。また住居を失ったオットーのためにミープ・ヒースとヤン・ヒース夫妻が自宅に同居させてくれ、プリンセン運河通りの会社の社業にも復帰できた。ヴィクトール・クーフレルとともに会社の取締役に復帰した（オットーとクーフレルは1955年に会社を売却するまで経営を続けた）。だがオットーはこうして得た金を自分のためにはわずかにしか使わず、同じ境遇のユダヤ人、特にアンネの友達でベルゲン・ベルゼン強制収容所から生還したハンネリ・ホースラルとその妹への義捐金に宛てた。オットーは仕事をしながら娘たちの情報を探り続けた。そんな中、1945年7月にベルゲン＝ベルゼンでアンネやマルゴーと一緒にいた囚人ヤニー・ブリレスレイペルがオランダ赤十字社からの行方不明者に関する調査に対してアンネとマルゴーの死亡を報告した。これを知ったオットーは7月18日にヤニーに直接面会し、アンネとマルゴーについて聞き質した。彼女の口から改めてアンネたちの死を聞かされたオットーの顔は蒼白になり、椅子にどさりと崩れ落ちたという。ロンドンにいる兄ロベルトから「短い間とはいえ家族で幸せに暮らせたことは、お前にとってせめてもの慰めと思う。彼女たちはもう苦しんではいない。生きること、絶望しないこと、愛する者たちの思い出を大事にすること、それがお前の役目だ。こんなに辛い目にあってもお前は怒りや憎しみの言葉を口にしない。本当に感心している。」という手紙を贈られた。
1945年1月27日アウシュヴィッツの病棟にいたところをソビエト赤軍により解放された。赤軍は病人とそれ以外の者を隔離し、オットーもこれまでとは別のバラックに移された。2月23日にスイスにいる母親に手紙を書くまでに病状が回復した。その手紙の中でオットーは「エーディトと子供たちの所在は分かりません。1944年9月5日に別れたきり、わずかにドイツに移送されたという噂を聞くだけです。三人とも無事でいてくれることを願うだけです」と書いている。その後もアウシュヴィッツで療養しながら手紙を書き続けていたオットーだったが、3月になってようやく収容所を出ることが認められ、赤軍のトラックに乗ってポーランド南部カトヴィツェへ移動した。そこでヴェステルボルク収容所で一緒だったローザ・ド・ヴィンテルと再会した。彼女はビルケナウ収容所でアンネ・マルゴー・エーディトと一緒にいたので、エーディトが死んだことを知っていた（アンネとマルゴーについてはベルゲン＝ベルゼンに移送されたため何も知らなかった）。エーディトの死を知らされたオットーは、ショックを受けながらも娘2人が生きていることに望みをかけてアムステルダムへ帰る決意をした。4月半ばにはオランダ北東部の大半は解放されていた。オットーはチェルノフツィ（ウクライナ西部の都市）を経由して4月25日にオデッサに到着した。そこからニュージーランド船に乗って5月21日に船出し、5月27日にフランスのマルセイユに入港した。5月28日朝にオランダ行きの列車に乗り込んだ。
隠れ家生活は2年間続いたが、1944年8月匿名の密告によって、フランクと家族、同居していた4人、およびクーフレルとクレイマンはナチス親衛隊SS曹長カール・ヨーゼフ・ジルバーバウアーに逮捕された。オットーら隠れ家メンバー8人はオランダ北東ヴェステルボルク通過収容所に1カ月弱収容された後、アウシュヴィッツ＝ビルケナウ強制収容所へ送られた。1944年9月5日から6日にかけての深夜にビルケナウ強制収容所に到着している。到着後すぐに男女に分けられ、アンネ・マルゴー・エーディトと引き離された。彼女らはビルケナウ収容所に、オットーは3キロ離れたアウシュヴィッツ収容所に収容された。この時がオットーが妻と娘の姿を見た最後となった。オットーはファン・ペルス父子やプフェファーと一緒にアウシュヴィッツ収容所の第2ブロックに収容された。過酷な野外労働と少ない食料により1.8メートルの身長のオットーの体重が52キロまで下がってしまった。ヘルマン・ファン・ペルスはやがてガス室に送られたが、その息子ペーター・ファン・ペルスはオットーの面倒を献身的に見たという。しかし比較的健康だったペーターは1945年1月17日に別の収容所へ移された。
水の結晶を研究する大学院生の本郷猛は取材を通じて知り合った雑誌記者・緑川あすかと惹かれ合っていた。だが、あすかには同僚で将来を誓い合った矢野克彦という婚約者がいた。ある日、帰宅途中で本郷は謎の集団に襲われる。社会の裏に暗躍する、謎の秘密組織ショッカー。彼らは本郷の才能に目をつけ、組織の一員とするべく拉致し、改造手術を施す。一方、あすかは襲撃事件の現場でたびたび目撃される怪人の影を追っていた。寒い冬の日、怪人の目撃者を尾行していたあすかと矢野は殺人事件に遭遇する。それはショッカーの改造人間・スパイダーの手によるものだった。スパイダーの攻撃で気を失うあすか。そして、矢野の前に現れたのは洗脳され改造人間“ホッパー”となり果てた本郷猛であった。スパイダーの指示で矢野をその手にかけようとした本郷は、降り出した雪を見たことで自我を取り戻す。矢野にとどめを刺そうとしていたスパイダーを攻撃した本郷は“裏切り者”の烙印を押される。矢野を介抱しようとした本郷は、その現場を目を覚ましたあすかに目撃される。矢野が亡くなったことを知り、自らの体がもはや普通でないことを思い知らされた本郷は人知れず苦悩するが、本郷を婚約者の仇と思うあすかは厳しく叱責する。真実を語ることの出来ない本郷に出来ることは、目撃者としてショッカーに狙われるあすかを影から見守ることだけだった。そんな2人の前に、死んだ矢野に瓜二つの謎の男・一文字隼人が現れる。男の正体は本郷抹殺のためにショッカーが送り込んだ“刺客”であり、第2のホッパーであった。本郷と一文字は激しい戦いを繰り広げる。だが、一文字は抹殺のため近付いたあすかに本郷の影を見たことで、激しい嫉妬と執着を抱くようになる。本来なら定期的な施術（インジェクション）を受けなければ死に至るはずの本郷が健在であることに焦りを感じたショッカーの幹部たちは、一文字の出した「本郷猛抹殺の報酬としてあすかを自分のものにする」という条件を受け入れる。一方、海沿いの病院で入院生活を送る三田村晴彦は見舞いに訪れる人もなく、孤独のうちに死を迎えることに恐怖しながら殻に閉じこもり、自ら命を絶とうとするなど、精神的に追い詰められていた。そんな彼の枕元に人知れず花を飾る者がいた。それは病院のボランティアを名乗る少女・原田美代子だった。明るく天真爛漫に振る舞う美代子に苛立ちを隠さない晴彦。だが、病院を抜け出しても他に行く場所がない“絶望”を救われたことで、晴彦は美代子に自らの抱える不安を打ち明ける。美代子に誘い出された晴彦は、“恋人同士”のような束の間の楽しい一時を過ごすが、そのさなかに美代子は意識を失い病院に搬送される。美代子は晴彦よりも重い病を抱え、死を間近にした患者の一人だった……。2人の仮面ライダー、そして2組の運命が激しく交錯する。