車体は基本的に11001系後期車の車体を流用している。ただし、各車とも三菱電機CU73集中式冷房装置（冷凍能力42,000Kcal/h）が屋根上に搭載され、車内天井部に風洞を設置の上で冷房化改造されている。このため、構体内部については重い集中式冷房装置を支持する必要から骨組の補強工事が実施されている。
1973年10月、貴志川線を除く南海線で架線電圧の直流600Vから直流1,500Vへの昇圧が行われることとなった。しかし他の系列と違い、11001系は初期高性能車であり、直流600V専用として設計されていた主要機器類、特に主電動機と主制御器の改造が困難であった。このため特急の運用に必要な最低限の両数のみ、車体を流用して主要機器類等の大改造（詳細は後述）を実施することとし、後期車のうち車齢の若いラストナンバーから逆順にモハ11001形8両、モハ11100形16両を抽出の上、6連4本に再編成して1000系へと改称された。一方、それ以外の23両については1973年から1974年にかけて除籍することとし、11001系は形式消滅した。除籍車は順次解体が進められたが、昇圧が困難であるだけで、製造から10～20年程と車齢が若く状態も良好であったことから、モハ11001形初期車3両（11001・04・08）・後期車6両（11009～14）の計9両が京福電気鉄道福井支社（現・えちぜん鉄道）へ譲渡され、同社3001形となった。
1960年代後半に入ると、4両編成（11001系初期車・12001系は2両編成2本の併結）・5両編成の11001系・12001系は輸送力不足が目立ち始めた。このためまず1969年に、少数派であった12001系をモハ12001形の電装解除と付随車化、クハ12801形の付随車化を実施の上11001系への編入が行われた。これらは当初4両編成で運用されていたモハ11001～11004・11005～11008の2編成と一部の11001系5両編成に挿入され、それぞれ5両編成・6両編成化を実現した。これらは付随車であったため組込先編成の性能低下を招いたが、この時期南海本線の輸送状況は逼迫しており、また架線電圧の昇圧実施が目前に迫りつつあったため、将来の車両運用計画を考慮すると、他に選択肢がないのが当時の実情であった。
制御方式および主要機器類は11001系初期車と同様である。また、初期車と区別するために便宜的に「11009系」と記述している資料もあるが、正確には初期車・後期車とも全て11001系である。
車体は基本的に初期車と同様であるが、先頭車は半流線形・前面非貫通型2枚窓のいわゆる「湘南型」となった。そして、雨樋が屋根上に移動して張上屋根になり、構体構造の一部見直しで車体裾部に丸みがつけられた。ダークグリーンの細帯も前面は「金太郎塗り」の塗り分けラインとなり、1000系（初代）への改造後も「ヒゲ新」（「ヒゲの新車」の略）と呼ばれて親しまれるようになった。これらは、20m級車体を除き高野線用の21000系（および旧型車機器流用車の21200系）にも受け継がれている。車内も混雑時の乗降を容易とすべく、車端部をロングシートとし、側扉間を転換式クロスシートとしたセミクロスシートを採用した。後に初期車も車端部はロングシートに改造されている。
穴内川のダム計画は戦後打ち続く水害に対処するために経済安定本部が策定した「吉野川総合開発計画」によって持ち上がった。この計画では吉野川水系に多数の多目的ダムを建設して洪水調節とかんがい、そして水力発電を行うものであり、吉野川本流に早明浦（さめうら）ダムと小歩危（こぼけ）ダムという巨大ダムを二基建設し、支流の銅山川と穴内川にも多目的ダムを建設。大森川には発電専用ダムを建設して総合的な河川開発を行おうとするものであった。この計画において現在の地点が有力なダム建設地点として選定され、高さ65.0メートル・総貯水容量4千800万トンの比較的規模の大きいダムが計画された。計画当初は建設地点の大字を採り「樫谷ダム」または「樫ノ谷ダム」と呼ばれた。経済安定本部案や電源開発案でもその規模は変わらなかったが、現在のダム計画と最も異なるのは多目的ダムとして計画されたことである。当初の予定では洪水調節と水力発電を目的としており、ダム地点において毎秒400トンの洪水を全て貯め込み、下流への放流量をゼロにするという計画であった。ところが徳島県が必要以上に吉野川の水を愛媛県や香川県に送水することに強く反発し、調整機関である「四国地方総合開発審議会」においても交渉が暗礁に乗り上げた。事態は長期化の様相を呈するようになり、総合開発計画は遅々として進まない状況となった。これに対して審議会に参加していた四国電力はこれ以上の長期化を好まず、早期かつ独自の電源開発計画遂行を模索するようになった。そして四国電力は審議会を離脱、独自に大森川と穴内川において水力発電事業を行うことを発表した。ここにおいて樫谷ダム計画は洪水調節目的を外した水力発電目的単独のダム計画として再度着手されることになり、1961年（昭和36年）より建設が開始され、1963年（昭和38年）にわずか二年間という短期間で完成した。これが現在の穴内川ダムである。