アメリカ食品医薬品局 (FDA) は2013年にメフロキンの精神神経的な有害作用（投与中止後も残存する場合がある）について添付文書に黒枠警告 (en:Boxed warning) を設置させた。精神症状には『悪夢・幻視・幻聴・不安・抑うつ・異常行動・自殺企図』がある。神経症状には『眩暈・平衡失調・耳鳴』がある。添付文書では、軽度の症状が重篤な副作用の予兆となるので軽度な症状がみられたら服用を中止すべきとしている。マラリア予防にメフロキンを服用した1万人に1人の割合で入院を必要とする中枢神経症状が発現する。より軽度な症状（眩暈・頭痛・不眠・明晰夢）は最大25%に出現する。主観的な評価によると、旅行者の11〜17%で幾許（いくばく）かの不自由が生じていた。
メフロキンは心電図上で確認可能な心拍異常を引き起こす。同様の副作用を持つキニンやキニジンとメフロキンを併用すると副作用が増強される。メフロキンとハロファントリンの併用はQT時間を大きく延長するので禁忌である。
重大な副作用として知られているものは、スティーブンス・ジョンソン症候群（0.1%未満）、中毒性表皮壊死症、痙攣、錯乱、幻覚（0.1%未満）、妄想、肺炎、肝炎、呼吸困難（0.1%未満）、循環不全、心ブロック、脳症である。
メフロキンはクロロキン感受性または耐性のPlasmodium falciparum によるマラリアの治療に用いられるほか、クロロキン耐性Plasmodium vivax による合併症のないマラリアの治療に使用される。米国疾病予防管理センターで使用が推奨される薬剤の一つに挙げられている。重症マラリア、特にP. falciparum の感染による疾患には推奨されない。この場合静脈注射薬を用いる。メフロキンは肝臓に侵入した原虫を除去しない。P. vivax 感染患者にはプリマキン等の肝臓内の原虫の駆除効果を持つ薬剤を併用すべきである。海外ではメフロキンは妊婦のマラリア治療に広く用いられている。安全性に関するデータは少ないが、2,500名の妊婦を対象とした後ろ向き調査では、出生異常や流産の増加は見られていない。WHOは妊娠中期・後期（第二・第三トリメスター）での使用を承認し、妊娠前期（第一トリメスター）に使用した場合の中絶措置を求めないとした。
メフロキンは多剤耐性菌マラリアの存在地域を除く各地でのマラリア予防に効果的である。アメリカ疾病予防管理センター (CDC) は使用を推奨している。米国感染症学会もマラリア予防の第一・第二選択薬（渡航地域での耐性出現状況による）として推奨している。通常、旅行の1〜2週間前から服用を始める。ドキシサイクリンおよびアトバコン・プログアニル合剤を1〜2日服用すると忍容性が改善する。メフロキン使用中にマラリアに感染した場合はハロファントリンやキニーネは無効であると思われる。
メフロキンはマラリアの予防および治療、クロロキン耐性熱帯熱マラリアの治療に用いられる。予防に用いる際には暴露が予想される2週間前から4週間後まで週に1回服用する。軽度・中等度のマラリア治療に用いられるが、重篤なマラリアには使用すべきでない。メフロキン耐性のマラリア原虫の拡大にともない、メフロキンの効果は減少していった。アルテミシニンなどのほかの抗マラリア剤と併用することもある。
イギリスでは特にアイルランド選出議員など、議会内少数派の地域政党の議員により議事妨害が行われ、その対策を整備してきた歴史がある。1880年代に、アイルランド問題が紛糾し、アイルランド国民党議員の長時間の演説による議事妨害が行われた結果、議会の過半数の賛成で議事を打ち切る、“ギロチン動議”の制度が導入された。ただし議長が公正な討論が続いていると判断した場合は却下される。これは、議長が公正中立で少数派を尊重する慣習が根付いているイギリス議会ならではの仕組みである。20世紀後半になり、定足数確認要求の乱発という議事妨害が使われた。イギリス議会の場合、その確認の方法が面倒であったことや、定足数以下でも審議が行われることが常態化していたことから、その効果は大きく、対策として結果的に定足数は採決時を除き事実上廃止とされることになった。
2011年（平成23年）春に中皮腫を患っていることがわかり、余命は1年と宣告された。2012年（平成24年）4月には肺炎を併発し、兵庫県内の病院に入院した。夏頃には脳梗塞を患った。その時は比較的症状が軽く退院したが、9月下旬にトイレ内で立ち上がろうとした時に倒れ再び入院した。この時誤嚥性肺炎も併発していたため口から飲食物を摂取できず、点滴で栄養補給を受けているうちに衰弱し、10月30日夜の午後10時18分に死去した。満79歳（享年80)。藤本の訃報を受け、田辺聖子、桂米朝、難波利三、桂文枝といった関西の文壇や芸能関係者がその死を悼む談話を発表している。とりわけ桂文枝は、弔問の際に藤本原作のテレビドラマ『蛍の宿』で主役の織田作之助を演じたことを「勲章です」とし、「『織田作之助』を（題材とした）落語にして追悼落語をしたい」と涙ながらに語った。法名は「文義院釋一乗（もんぎいんしゃくいちじょう）」。2013年（平成25年）1月12日、神戸市内で開かれたシンポジウム「震災とアスベスト」で、娘の中田有子が初めて父の死について語った。その中で、藤本が中皮腫を患ったのは、阪神・淡路大震災の際にアスベストを吸ったことが原因かも知れないとし、「その怖さを多くの人に知ってほしい」と訴えた。藤本の実家のある兵庫県西宮市周辺は、震災で大きな被害を受けた。水道も止まり、粉塵が立ちこめる中、藤本は児童施設の立ち上げに奔走するなど、復興支援活動に熱心に取り組んだ。そのために長期間にわたってアスベストを吸ってしまう環境にいた事が結果として命を縮めることになったのでは、との考えを示している。