全巻20冊であるが、巻10の152首を欠いている。鳥の子紙で大和綴。陽明文庫旧蔵による名称であるが、巻9に1571年(元亀2年)の奥書があるため元亀本とも呼ばれる。しかし同年以後の書写である。文永十年本頼直本系で、黒、紺青、朱の訓が残る。温故堂本の書写の際に底本にされている。曼殊院から近衛家を経て、現在は京都大学図書館が所蔵している。
1677年(延宝5年)に河野公業が西本願寺本を書写したもの。水戸徳川家の四点万葉に校合し、訓を黒、青、朱、黃に書き分けている。『万葉代匠記』にも幽斎本として引用される。彰考館が所蔵している。
西本願寺本を書写したものである。題詞が低い。訓を黒、紺青、朱に書き分けるのは文永本に準ずるが、この写本では紺青を朱、黄、緑に分けている。室町時代末期の書写で、各巻は別人の筆になる。所蔵者による名称。
西本願寺本は鎌倉時代後期の13世紀末から14世紀初頭の書写と推定されている、20冊の冊子本である。縦が約32.1cm、横が約24.8cmの大きさで、「大和綴」という装丁がなされている。この写本は、1266年(文永3年)に仙覚が完成させた『仙覚文永三年本萬葉集』(原本は失われている)の系統に属している。仙覚と親交があった北条実時が完成後間もなく書写したものを、さらに書写したものと考えられている。更に鎌倉幕府滅亡後に足利義満が北条実時の創建になる称名寺に使者を遣わして貴重な書籍を収集した折に、『尾州家河内本源氏物語』(大きさ、装丁が酷似している)等と共に入手し、後年皇室に献上したものである。その名称は、後奈良天皇が本願寺第10世の証如に下賜して、西本願寺の蔵書となったことから、佐佐木信綱が命名した。1917年(大正6年)に佐佐木の手に渡った後、現在は佐佐木が寄贈した「竹柏園本」内の一点として石川武美記念図書館が所蔵している。
2007年2月25日、育成選手枠での中日入団が決定（年俸400万円）。背番号は205。これは中日の育成選手が慣例として200番台を与えられることと、近鉄時代に背番号5を着用していた中村に落合博満が配慮したものである。育成枠で中日入団を果たすとオープン戦で結果を残し、リーグ戦開幕直前の3月22日、年俸600万円で支配下選手契約を結び、背番号も99に変更された。開幕戦から公式戦に出場し、序盤は5番や6番を、一時は二軍落ちも経験したがシーズン後半は故障で離脱した福留孝介の代役として3番を、クライマックスシリーズと日本シリーズでは主に5番を任された。広角に打ち分けるバッティングで130試合の出場で3年ぶり規定打席に到達、打率.293（チーム3位）、2年ぶりの20本塁打（同2位）、79打点（同3位）で日本一に貢献した。9月10日には北京オリンピックアジア予選決勝リーグ日本代表候補に選出された。日本シリーズでは持病の腰痛が悪化していたため鎮痛剤を射ちながら強行出場し、打率.444（18打数8安打）、4打点と活躍。11月1日の第5戦にて日本一を決め、日本シリーズMVPを獲得した。日本一決定後のヒーローインタビューでは男泣きを見せた。アジアシリーズでは帰国したタイロン・ウッズの代役として4番に起用され、日本勢として3年連続の優勝に貢献した。11月30日に行われた中日との契約更新では、3月の新規契約時より733%アップとなる年俸5,000万円の提示を受けこれを一発で了承し、契約更新となった。記者会見では「契約してくれるだけでもありがたい。額を見ずに判を押すつもりだった」と述べた。2008年6月15日、父の日に日本メンズファッション協会・日本ファーザーズ・デイ委員会が主催する「2008年度ベスト・ファーザー イエローリボン賞」を、同年から12球団から1人ずつ選定することを受けて、中日から選出された。京セラドーム大阪でのオリックス対中日戦の試合前に行われた授賞式では、「芸能人がもらう賞だと思っていた。縁がないと思っていたので嬉しい」と大いに照れながら、近鉄・オリックス時代の元同僚・北川博敏と共に表彰された。試合直前には娘3人と記念撮影。4月14日に自身2回目のFA権を取得するが、当初FA宣言には否定的な姿勢で「そんなことより来季契約してくれるだろうか、そのことが心配です」と語っていた。FA権を再取得したことも記者に尋ねられるまではその時期にきたことを知らなかったと言っていた。5月7日から自身が出演する浜乙女のラジオCM（東海ラジオ ガッツナイターのみ）が放送開始。6月17日、石川県立野球場での対西武戦で大沼幸二から2ラン本塁打を放ち、通算100猛打賞を達成。また次の打席で、元同僚の岡本真也からサヨナラソロ本塁打を放ち、通算サヨナラ本塁打記録が9本となり、王貞治・若松勉を抜き歴代3位となった。この年は前年を上回る140試合に出場し、打率.274と前年より下がるもホームランは24本放ち、前年同様勝負強さを見せた。11月、中日残留も視野に入れつつ「他球団からの評価も聞いてみたい」として2度目のFA権行使。11月25日に東北楽天ゴールデンイーグルスと1回目の入団交渉を行った。