巨大企業であるウェクセル・ホール社の秘密の研究施設で、女性生物学者のアマンダは生物の老化を抑制する謎の成分が含まれた『不死の蘭』を研究するため、2匹の巨大なアナコンダを飼育し実験を続けていた。実験は予想以上の成果を生み、アナコンダ達は突然変異によって18mもの巨体へと成長していたが、査察に訪れたウェクセル・ホール社会長のマードックの些細なミスが原因で、『クイーン』と呼ばれる雌のアナコンダと、もう1匹の雄のアナコンダが実験用のケージから逃走、数人のスタッフを殺害した後、森に逃げ出してしまう。アマンダと施設責任者のピンカスは2匹のアナコンダを捕獲するために、腕利きのハンターであるハーマットらと共に追跡を開始するが…
JR東日本に引き継がれ1996年に運用を離脱したクモハ12形2両（12052, 12053）は、車籍を有したまま東京総合車両センターに保管されていたが、前述の通りクモハ12053は2006年に除籍、2010年に解体された。この他に車籍のないものとしては、神奈川県鎌倉市の旧鎌倉総合車両センター深沢地区（旧大船工場）にクモハ11248が保存されていたが、2013年2月に解体されている。JR東海では、クモハ12054とクモエ21800が静岡県浜松市の佐久間レールパークで保存されていたが、クモエ21800は展示車両の入換えにともない現地で解体され、クモハ12054はリニア・鉄道館に展示予定のクモヤ90005をモハ63形に復元するため、部品を供出の後解体された。
次走のスプリングステークスで、デビュー以来6連勝中のアローエクスプレスと初対戦。東西両雄の初顔合わせに当日は10万人を超える観客が集まったなか、タニノムーティエが1番人気、アローエクスプレスが2番人気となった。レースではアローエクスプレスが先行4-5番手、タニノムーティエは中団後方を進み、最後の直線に入ったとき両馬の差は10馬身ほどあった。いち早く抜け出したアローエクスプレスは後続を突き離したが、しかし追い込んだタニノムーティエがゴール寸前でこれを捉え、3/4馬身差を付けて勝利。「A・T」初対戦を制した。なお、3着メジロムサシは両馬から6馬身離されていた。タニノムーティエの最後の600メートル（上がり3ハロン）のタイムは、36秒台で優秀といわれた当時にあって、推定34秒台というものだった。安田はこれを評して「ムーティエが使った生涯最高の脚」と語っている。4月12日に迎えた皐月賞では、前走に続きタニノムーティエ1番人気、アローエクスプレス2番人気の順となった。レースは先行勢の中にアローエクスプレス、タニノムーティエは中団と、前走と似た隊列で進んだが、第3コーナーでアローエクスプレスは突然失速し、大きく後退した。最終コーナーを回り態勢を立て直したアローエクスプレスがスパートを掛け、タニノムーティエもこれに続くと200メートルに渡って両馬の競り合いが続いたが、ゴール前でタニノムーティエがアタマ差抜け出して優勝。クラシック一冠目を制した。同時に安田と島崎も八大競走初優勝となった。安田は「苦しいレースでしたが、アローと並んで勝てると思いました。それにしても一度後退したのにアローは強いね」と感想を語った。なお、アローエクスプレスが位置を下げたのは、他馬が外から進出してきた際に、一気に抜け出すか、抑えて温存するかを騎手の加賀武見が迷い、そして抑えたためであり、加賀は自身の騎乗ミスだったとしている。その後タニノムーティエは日本ダービーの前にNHK杯に出走。直前に軽い外傷を負ったため、厩舎では回避と見込んでいたが、谷水の強い指示により出走に踏み切った。本競走にはアローエクスプレスも出走し、本番を前に3度目の対戦となった。先行策から最後の直線で抜け出したアローエクスプレスに対し、タニノムーティエは後方からの追い込みを見せた。しかし安田が残り200メートルを示す標識をゴール板と間違え、いったん流してしまったこともあり、アローエクスプレスに2馬身半差の2着と初めて先着を許した。しかし完調ではない状態で、さらに大きなミスがあった上での2着に、陣営は却ってダービー優勝への自信を深めた。5月24日の日本ダービーは、片や関東馬、片や関西馬という地域的要因も絡み、「A・T」の雌雄を決する舞台となった。アローエクスプレスが41.9％の単勝支持を得て1番人気となり、タニノムーティエ同24.9%で2番人気となった。しかし絶好調の状態だったタニノムーティエに対し、アローエクスプレスは調整に失敗し、パドックから著しく焦れ込んでいた。レースでは常の通り先行するアローエクスプレスを見ながら後方に控えると、第3コーナーから上位に進出していき、馬群を捌くのに手間取るアローエクスプレスを尻目に、好位で最後の直線に入った。直線半ばで先頭のダテテンリュウに並び、ここから200メートルにわたり競り合ったが、同馬を3/4馬身退けて優勝を果たした。アローエクスプレスは5着であった。谷水は「完璧に仕上げたんやし、勝つ自信があった。ダービーは何回勝ってもいいものや。今後は爪があまり良くないので秋まで待機させ、三冠を狙いたい。そして菊に勝ったら、グランプリも取り、来年は凱旋門賞にでも遠征させて終わりや」と語った。なお、デビューからダービー優勝まで15戦という戦績は、カントリー牧場の先輩馬・タニノハローモアの18戦に次ぐ史上2番目の出走数であり、うち12勝は最多勝利記録である。また、この時点ですでに獲得賞金が1億円を超えていたが、4歳春での達成は史上初めてのことであった。