寒い朝、事務所の前で見知らぬ少年に声をかけられた神宮寺。「僕……死んじゃったみたいなんですけど……」彼の手には、自分が死亡したと報じる新聞記事が握られていた。
恋人が誘拐されたという男は、神宮寺の名刺を持っていた。彼は一年前の捜査中、バーで出会った男。神宮寺はそこで出会った真剣将棋士、桂木晋介という男を思い出す。
神宮寺は杉澤朝音から受けた依頼は、行方不明になった兄の捜索。一方、熊野は新人刑事の猪下京介とともに連続空き巣事件の捜査。二つの異なる事件は、やがて四人を互いに引き合わせていく。
高校生の姫路亮平から受けた依頼は、インターネット上で知り合った顔も本名も知らない友人「ツバキ」を探してほしいというものだった。ネットに残された日記を手掛かりに「ツバキ」にたどり着いた二人だったが……。
20年前に爆破事件を起こしたテロリスト「赤い蝶」を名乗る者から、資金パーティーを中止しろという電話が、国会議員・佐伯正臣の元に入った。事態を重く見た秘書の薫は、神宮寺にパーティーの警備を依頼する。しかしパーティ当日、会場となったホテルで爆破事件が起きてしまう。
自称小説家を名乗る菅野という男より、自分の作品のアイデアの監修を依頼された神宮寺。探偵を小馬鹿にする菅野の態度に反感を覚えつつ、渋々依頼を受けた神宮寺だったが…。
難事件を解決したことで、世間の注目を受けた神宮寺はワイドショーで「探偵J」として取り上げられ、マスコミから注目される存在となっていた。連日押しかけるマスコミに嫌気のさした神宮寺はしばらく休業することに。数日後、マスコミや世間の注目も下火となり探偵業を再開した彼の元に、ケーブルテレビを経営するという父親が誘拐されたという姉妹が尋ねる。犯人からの要求は父親の身代金を「探偵J」に運ばせろというものだった…
ケースに入った金をある者に届けるという依頼を受けた神宮寺は所定の場所である大阪に向かう。容易に終わるを思われた依頼であったが一瞬の油断が神宮寺を窮地に追い込む。
三度目に大きく取り上げられるようになったのは、1982年（昭和57年）文部省が教科書検定で「侵略」を「進出」に書き換えさせたとして中国や韓国から抗議を受けた第一次教科書問題である。中国では戦後、南京事件に触れることはほとんどなかったが、第一次教科書問題によって人民日報が戦後初めて南京事件を解説した。70年代末生まれの中国の作家朱世巍よると、当時の中国の教科書は虐殺を記述しておらず、彼の教師が一小学生の彼に大虐殺のことを教えたという。1960年から1982年まで人民日報には南京大虐殺を論じた記事は一つもなかった。また胡喬木による党史『中国共産党の三十年』も事件を記述していないし、三岡徤次郎（元大本営船舶課参謀、自衛隊第九師団長、中国政経懇談会会長）が1977年10月7日に鄧小平副総理と会った際、鄧小平は「日本の軍国主義は中国を侵略した。そのため蒋介石は後退し、それにより八路軍は勢力を広げることができ、最後は蒋介石を打ち破ることができた」と述べ、南京事件を語らなかった。人民日報が、松野幸泰国土庁長官は若者が自国の歴史を尊敬できなくなるので教科書で「侵略」を使うべきではないと発言したと報じると中国側は小川平二文部大臣の訪中を拒否した。また松野は8月9日に「南京戦では日本兵8000人、中国兵12000人が犠牲となったが、これは（戦闘の犠牲であって）『虐殺』とはいえない」と発言すると、中国では「日本の高官が南京大虐殺を否定した」とショックを受け、戦時中の中国の苦難の記憶を復活させようという運動につながっていった。人民日報は松野発言を「歴史への最も不条理な見方である」とし、日本で軍国主義が復活していると警告した。さらに北京や上海の大学で抗日戦争（日中戦争）勝利37周年記念シンポジウム、8月12日には日本の戦争犯罪の初の展示として「日本侵略による南京大虐殺展覧会」が南京博物館で開催された。1982年8月26日、鈴木善幸政権は、宮澤喜一官房長官による談話を発表し、日本が「韓国・中国を含むアジアの国々の国民に多大の苦痛と損害を与えた」と認め、近現代史に関する日本の教科書記述については近隣諸国に配慮しなければならないという近隣諸国条項が設けられた。しかし、日本政府の対応は国内の反発を招き、否定派が支持を拡大した。このような中、田中正明が『南京虐殺の虚構』を発表し、否定派（本人は虐殺否定派と自称）を代表するようになった。この事件以降、中国や韓国など日本の近隣諸国との外交関係で歴史認識問題がもっともセンシティブなものとなった。中国では抗日戦争勝利37周年記念として盧溝橋事件、南京大虐殺、満州事変（九・一八事変）の催事が立て続けに開催された。1985年には南京大虐殺紀念館を建設し、『侵華日軍南京大屠殺資料専輯』を出版して、南京事件の研究と周知を進めた。1986年9月、南京虐殺記念館に案内された三岡徤次郎中国政経懇談会会長が中央軍事委員会副主席の余秋里に「20万人しかいない南京で30万虐殺があったと中国は主張しているが、話が合わないではないか」と尋ねると、余秋里は「下関で二万人を殺したと日本から言ってきている」と答えた。