JR西日本の北陸本線坂田駅 - 長浜駅間が直流に切り替えられた。京都・大阪方面から新快速が乗り入れるようになるとともに、米原駅 - 長浜駅間にも琵琶湖線の愛称が付与されてアーバンネットワークの一員となった。湖西線で近江塩津駅・敦賀駅を発着する普通列車が気動車から北陸本線と共通運用の交直両用電車に置き換えられ、所要時間は近江今津駅から近江塩津駅まで18分、敦賀駅まで32分とスピードアップした。これと同時に坂田駅・河毛駅には普通が全列車停車するようになり、特に坂田駅では米原側へのホーム移設も行われた。
JR西日本七尾線津幡駅 - 和倉温泉駅間が電化開業した。一部の特急「雷鳥」・「スーパー雷鳥」・「しらさぎ」が北陸本線から直通運転するようになった。また急行「能登路」が一部電車化された。同時に七尾線の非電化区間（七尾駅 - 輪島駅間）はのと鉄道に移管された。これに伴い、特急「ゆぅトピア和倉」は運転を終了した。
前述のとおり、東北・上越新幹線の上野駅 - 東京駅間が開業した。その東京駅は2線（12・13番ホーム）のみのため、上野駅発着の定期列車が少ないながら残されたほか、臨時列車は原則として上野駅発着となった。またこれに合わせて北上線では陸中大石駅がゆだ錦秋湖駅に、陸中川尻駅がほっとゆだ駅に、岩手湯田駅がゆだ高原駅にそれぞれ改称された。
JR東日本成田線成田駅 - 成田空港駅間が開通した。成田新幹線の建設中止で使われていなかった新東京国際空港地下の成田空港駅にJRおよび京成電鉄の路線を通し、都心と成田空港を直結する空港連絡鉄道が完成した。これにより新造された253系を使った空港連絡の特急列車として、「成田エクスプレス」が運転を開始した。また成田空港駅に乗り入れる料金不要列車として、113系による総武快速線からの直通の快速列車（後に「エアポート成田」の愛称をつけられる）も設定された。
JR四国で予讃線の伊予北条駅 - 伊予市駅電化に伴うダイヤ改正が行われ、特急「しおかぜ」「南風」などに振り子式車両の2000系が投入、急行「うわじま」・「あしずり」がそれぞれ特急「宇和海」・「あしずり」に格上げされた。同時に急行列車は徳島線の「よしの川」を除き消滅した。なお、今回の電化区間用として7000系が新製された。
西日本では、山陽本線・兵庫駅 - 和田岬駅間（和田岬線）の列車が客車からキハ35系に置き換えられた。なお、直前の9月27日には、岩徳線に欽明路駅が開業した。
北海道で、千歳線にサッポロビール庭園駅が開業したほか、海峡線では新湯の里信号場が知内駅（現・湯の里知内信号場）として旅客駅化された。また江差線に矢不来信号場が開設され、江差線を含めた津軽海峡線の輸送力増強が図られた。
北海道では、6月9日から行われていた青函連絡船の復活運航が前日に終了したのを受けて、同航路が正式に廃止され、名実ともに80年の歴史に幕を閉じた。
東日本の山手線で、103系から205系への置き換え完了に伴うダイヤ改正を実施。東日本管内では新駅の開業が行われ、直前の6月20日には水戸線に玉戸駅・大和駅が、8月6日には常磐線に逢隈駅がそれぞれ開業した。
分割民営化当初は、各社の運行体制の確立と経営の安定性を確認する目的から全国規模のダイヤ改正は行われなかったが、3月13日に青函トンネルが、4月10日に瀬戸大橋が開業したことによってJRグループ7社のレールが結ばれた事から、JR発足後初のダイヤ改正が行われた。これは日本列島がすべて鉄路で結ばれたことを表し、「一本列島」というキャッチコピーがJRによって作られた。また、この他の各社でもダイヤ改正が実施された。
10月2日に瀬戸大橋線工事にからむ予讃本線（当時の呼び名）の宇多津駅移転、それに関連して坂出駅 - 多度津駅間が電化され、高松駅 - 観音寺駅・琴平駅間の普通列車の大半が電気運転を行うようになった。
チェリーエード(Cherryade)は、チェリージュースと炭酸水で作るソフトドリンクである。炭酸の入っていないものもある 。レモネードの人気を受けて、ライムエードやジンジャービアとともに19世紀に初めて作られた。その濃い味と、皮膚や洋服を染めてしまうことで良く知られている。
東の隣国ソマリアとの関係では、かつて大ソマリ主義を掲げていた関係で問題を抱えている。国内にソマリ人居住地域のオガデンを抱えるエチオピアは、その帰属をめぐって1977年にソマリアとオガデン戦争を起こした。メンギスツ政権は、キューバ軍の直接介入とソ連軍の軍事援助を得たこともあって、1988年に勝利したものの、以後も両国の関係は良好とは言い難かった。1991年にソマリアのモハメド・シアド・バーレ政権が崩壊しソマリアが無政府状態となった後、2006年にイスラム原理主義組織のイスラム法廷会議がソマリア首都モガディシュを制圧し国土統一の動きを見せると、隣国に於けるイスラーム主義過激派の伸張を嫌うエチオピアはソマリア国内への干渉を強化。同年12月24日、エチオピアはソマリア暫定連邦政府を支援してソマリア侵攻を開始した。軍事力に勝るエチオピア軍は28日にはモガディシュを制圧し、イスラム法廷会議軍をほぼ駆逐したものの、オガデン戦争の余波でソマリアの反エチオピア感情は根強く、ソマリア各地で反エチオピア暴動が勃発。2008年8月19日、エチオピア軍は2009年初頭のソマリアからの撤退に同意した。