石野遺跡からはシャコガイやウミガメの甲羅を利用した貝斧なども採取された。またB地区にあるいくつかの積石では、シャコガイとサンゴが対になって置かれたものがあり、B地区の2号積石の中からシャコガイが検出されたことからも、祭祀ないし墓地の遺構と考えられる積石の中で、シャコガイが重要な役割を果たしていることが想定される。これは年代的には縄文時代晩期から弥生時代にかけて、沖縄本島の配石墓にシャコガイとサンゴが埋納される例が多くみられ、1世紀頃と推定される石野遺跡とほぼ同時期であることから、石野遺跡は沖縄本島からの文化の影響下にあったと推定する説もある。
石野遺跡から採取された石器は、大小の打製石斧と棒状の石器、石皿などに大別される。打製石斧は木材の伐採用、舟の建造用、根菜の採掘用などに用いられたと考えられる。棒状の石器の中には南太平洋でパウンダーと呼ばれる調理具と類似したものがあり、石皿、石臼とともに根菜類や木の実をすりつぶす際などに用いられたと考えられる。石器の石の材料も土器と同じく、北硫黄島のものを用いたと考えられている。
石野遺跡から採集された土器は、厚手の大型土器と薄手の小型土器の大きく2種類に分けられる。いずれの土器も文様が刻まれていない無紋土器である。土器の胎土には岩片が多く混入しており、多くの土器の表面にひび割れが確認できる。また一部の土器からは白色の顔料の塗布が確認されている。土器の多くは深鉢形の土器であったと考えられ、大きなものでは口径60センチになるものもあったと考えられる。その他小型の深鉢形の土器、舟形の土器などが見られる。土器の底部は平底で、タコノキの葉を編んだものと見られる網目の跡が確認される。土器の中には焼成前に開けられたと考えられる穴があるもの、そして線刻がみられるものもある。また土器片に付着した炭化物を放射性炭素年代測定法のひとつであるAMS法で分析したところ、1世紀頃の数値が出た。石野遺跡から採取された土器の中には、八丈島の湯浜遺跡から出土した土器に類似しているものも見られるが、約6000年前の縄文時代早期末から前期初頭のものと考えられている湯浜遺跡と、1世紀頃の可能性が高いと考えられている石野遺跡とでは全く年代が異なる。またマリアナ諸島で紀元前1500年頃から見られるマリアナ赤色土器と、紀元後800年以降に見られる無紋土器とは形態が異なり、今のところ石野遺跡の土器は北硫黄島で採取された粘土で作られた、島独自の土器であると考えられている。土器の胎土の分析からも、安山岩質ないし玄武岩質の堆積土からなる粘土とされ、石野遺跡すぐ北側を流れる渋川周辺で採取された粘土を材料に作られた土器であると推定されている。
1991年と1993年の調査によって、石野遺跡からは土器片約850点、石器類179点、動物遺体686点が採集、検出された。石野遺跡の特徴としては、遺跡を構成する石列や石組が地表に露出しているのと同じく、多くの遺物が地表に露出している点が挙げられる。地表から採集された以外の遺物は、1993年の発掘時に行なわれた、広場に設定されたトレンチからの遺物と解体調査が行われたB地区の2号積石からの遺物のみである。また土器の多くはB地区東斜面の線刻画が確認された巨岩付近から採取され、石器についてはA地区では中心の鏡岩や二列の石列周辺から、そしてB地区では石列や積石、線刻画が確認された巨岩付近から多く採集された。
石野遺跡は北硫黄島東部の海岸付近にあった、かつての集落である石野村裏手の標高44-53メートルの比較的緩やかな傾斜地にある。遺跡の北側には北硫黄島唯一の、常時水が流れる川である渋川があるが、渋川の水は硫黄や鉄分の含有量が多く飲用には適さないと見られる。渋川流域には数ヶ所から湧水が見られ、かつての石野村住民はこれらの湧水と同じ水脈の井戸を水源として利用していたと考えられる。また石野遺跡は、島の反対側にあたる西村へ向かう道や、島の最高峰である榊ヶ峰への登山道上にある。そして石野遺跡発見のきっかけになった線刻画が刻まれた巨石は、海上からも確認が可能である。
マヌエル様式は建物の空間を規定する建築様式ではなく、後期ゴシック建築に付随する装飾手法の一種と見なされる場合もある。後期ゴシック建築、ルネサンス建築、イスラム建築の要素と大航海時代の自然観を備えている点にマヌエル様式の特徴がある。建物には船や海に関する装飾が施され、地球儀、鎖、ロープの結び目、舷窓の蓋、波、サンゴ、海草、インドや南アメリカの植物、人間、宗教などがモチーフとされている。その一例として、ベレンの塔に施されているロープ、海草、網、貝の彫刻が挙げられる。過剰な装飾がマヌエル様式の特徴であるが、他方バロック建築を思わせる新しい試みも取り入れられていた。トレーサリーにはイスラム建築の影響が見られ、ベレンの塔に付設されている小尖塔はインドの影響を受けていると考えられている。また、マヌエル1世は、トマールの修道院といった既存の建築物の増築を行っており、マヌエル1世の治世以降の新たな建築物のほかに、それらの建物の増築された部分にもマヌエル様式が取り入れられている。マヌエル様式を構成する要素として、螺旋状の柱、多中心のアーチ、八角形の塔、円錐状の尖塔などが挙げられる。同一の高さの内陣を数個備える教会堂が特徴的なドイツのハレンキルヘ様式が教会の間取りに採用されていたが、内陣の比率と採光には独自性が見られる。マヌエル様式を代表する建築家にはフランス出身と考えられている建築家ボワタック、ポルトガル出身のジョアン・デ・アルタが挙げられている。ボワタックはマヌエル様式を確立した人物とされ、ジェロニモス修道院とバターリャ修道院の増築を手がけている。スペイン出身の建築家ジョアン・デ・カスティーリョはトマールの修道院の増築の設計を担当し、彼が手がけた部分には母国スペインのプラテレスコ様式の影響が見られる。