2019年現在までに13両の車籍抹消が発生しており、2001年には6037FがB更新の際に養老線（現在の養老鉄道養老線）向けに改造・625系625Fに改番となって転出し、2003年から2004年にかけて10両（6021F・6027F・サ6164・サ6165）の余剰廃車が発生している。2019年4月1日現在、3両編成18本54両と4両編成8本32両の計86両が現存し、古市検車区に配置されている。
1979年から1984年にかけて冷房化が行われた。当時の新造冷房車で搭載されていたロスナイ（熱交換型換気装置）は、他形式の冷房改造車と同様に搭載されていない。MGは大容量の120kVAのMG-130Sに交換された。1987年から1994年にかけて、内外装材の交換を中心とした車体更新が行われた。車体更新に前後して行先方向幕が設置され、旧型車両から流用したパンタグラフは他形式からの発生品および下枠交差式に交換されている。1997年から2009年にかけて全編成に2回目の車体更新（B更新）が施工された。2008年以降の更新車はク6120形に車椅子スペースが設置されている。B更新に前後して、6023F・6025F・6029F - 6035F・6039F - 6077Fに転落防止幌が設置されている。
性能面では6000系6009F以降と同一で、駆動装置や主電動機、台車、制動方式も同系後期型に準じている。制御装置はバーニア制御のVMC形から日立製作所製のNMC型またはMMC型抵抗制御（モーター8台制御、6041Fまでは無接点カム軸制御のNMC-HTB-20AをMc車に、6043F以降は多段カム軸制御のMMC-HTB-20KをM車に搭載）を搭載した。集電装置はM車に2台搭載したが、一部編成は旧型車両から流用した。空気圧縮機は6041FまではM車に、6043F以降はMc車に装備し、電動発電機（MG）はMc車に装備した。
車体や尾灯の形状は大阪線2410系や名古屋線1810系と同様のものに変更されており、奈良線900系以降の車両に合わせて車体側面の腰羽目高さは床面から850mm、窓框の高さは900mmとされた。塗装は落成当初より近鉄マルーン1色塗装で新造された。1971年に増備された6043編成以降は車体幅が30mm拡大され、従来の2,709mmから2,740mmとなった。前面に排障器が、側面には列車種別表示器が取り付けられた。
6620系の投入により15両 (6011F - 6017F・サ6152・サ6153・サ6109) が600系・620系に改番の上養老線に転属している。この転属・改番されたものを除いて2002年までに全車が除籍・廃車されており、系列消滅している。
1968年から塗装合理化により近鉄マルーン1色に塗り替えられ、ラビットマークも取り外された。6900系も6000系に編入後は固定編成化され、1969年頃に旧6900系の車両は抵抗器の容量を増大して最初から6000系として落成した車両とともに吉野線への入線を可能にする工事を実施した。1970年代初頭に旧モ6900形偶数Mcのモ6000形、ク6100形6101 - 6104（旧ク6950形）はATSや列車無線などの導入後、中間車として使用されるようになり、運転台も簡易化された。その後1978年から1979年に行われた冷房化の際にモ6000形偶数Mc車及びク6100形の運転台は撤去された。1983年から1987年にかけて車体更新が行われ、内外装材の張り替え、正面・側面の行先表示器の設置、中間運転台跡の客室化が行われた。
同様の携帯電話向けJava実行環境のプロファイルには、サン自身によるMIDPがあるが、開発時期の違いからか、NTTドコモグループ（以下「ドコモ」と略）の携帯電話には採用されるには至らなかった。au、ソフトバンクモバイル、ウィルコムの携帯電話もJava実行環境を搭載しているが、いずれも世界中で広く採用されているMIDPを採用しており、DoJaとの互換性はない。厳密には、CLDCの範囲内では同様に動作するプログラムを作ることはできるかもしれないが、アプリケーションのパッケージングなどの方法も異なる。いずれにせよ、画面表示などの機能に互換性はないのでそのまま同じものが動作するという意味での互換性は無いといってよい。同じCLDCに基づくJava環境ではあるのでコードの一部もしくは多くを共通化できる可能性はある。もうひとつ考える必要があるのは、機種間の互換性の問題である。DoJaはJava実行環境の仕様であるため、下位層としてのJava VMの実装やあるいはハードウェアに関して統一がなされていない。このことはJavaの思想からは正しいのだが、Javaアプリケーションの振る舞いに関して携帯電話各メーカ間の実装差異は決して小さくない。特に商用コンテンツとしてiアプリを開発する場合、機種間の差異は深刻な問題である。版を重ねるにつれて仕様の詳細度も増し、実装差異は一般には解決されていく方向ではあるといえるものの、開発期間の短さや、次々と採用される新機能、新メーカーの参入、そして過去の機種との互換性などを考慮とすると今後とも非常に深刻な問題であるといえる。なお、auの携帯電話ではベースとなるクアルコム社製のアプリケーションプロセッサチップおよび採用されるJava VMが統一されているため、メーカ間互換性の問題は原理的にはおき得ない。