シャシュカの起源はカフカスの山岳民族が用いていた刀剣であるとされており、“シャシュカ”の名はアディゲ語で“長いナイフ”を意味する「サシュコー（アディゲ語: Шашькуэ、ウクライナ語: Sashkoa，Shashkwa）」に由来するとされる。カフカス地域に大きな影響を与えたイスラム勢力の刀剣の様式が導入される過程で変化していったものと考えられ、19世紀以降、カフカス地域がロシア帝国による侵攻と支配を受けるようになると、支配の尖兵として動員されていたコサックによって用いられるようになり、現在知られている様式の刀剣として確立された。
19XX年。東南アジアの独裁国パイパニアの戦争に義勇兵の名目で派遣された自衛隊員の天下太平は、その状況に嫌気がさして脱走し、同じく脱走中の日本人軍医・大伴黒主と知り合う。やがて政府軍により捕えられた2人は、囚人として軍用医学研究所に送りこまれた。そこではクランプ所長のもと、男囚の精子と女囚の卵子を採取して人工授精させ、それを人工羊水の入った試験管の中で成長させることで、生まれながらの兵士を大量に育成する、という計画が進められていた。クランプは優生学の権威である大伴を共同研究者とする。太平の精子を検査したクランプと大伴は、そのシッポが2本あることを発見する。二人はこの精子に興味を抱き、太平を釈放する代わりに、すべての精子を研究に提供する、という内容の契約書にサインさせた。しかしその直後、軍用医学研究所は、女囚としてもぐりこんでいた女ゲリラのリラの仕掛けた爆弾によって爆破されてしまう。リラたちのゲリラ村で、大伴は、太平の精子とリラの卵子を用いた人工授精児の生育を始める。そのこどもは、男でも女でもない「無性人間」だった。この無性人間第1号・未来が誕生するのとほぼ時を同じくして、パイパニア戦争は終結した。太平はリラと結婚して日本に戻ろうとする。一方、無性人間の研究を続けたい大伴は、元軍用医学研究所所属看護将校の美女リーチを利用して、太平を無感情な人間に人格改造しようともくろむ。7年後、東京では、未来に続く第1期の無性人間たちが、太平とリラによって育てられていた。彼等はアリでいうところの働きアリのような性質を持ち、先天的に団体行動をとろうとする性質と、命令に徹底的に服従しようとする性質を持つことが明らかとなった。彼等に目をつけた「呼び屋」の木座神明は、無性人間を用いた戦争ショーを行うことを発案し、研究資金を必要とする大伴と手を組む。さらに、無性人間育成のためには日本の法律が邪魔だと考えた木座神は、インド洋の孤島を買い取って独立国「太平天国」を建国する、という計画を立てた。さらに8年後、木座神は大伴と太平に、太平天国への移住準備が整ったことを報告した。その夜、太平がリラと未来を連れて逃亡したため、木座神は、黒滝組の親分・黒滝英二郎に、太平の捜索とリラの殺害を依頼する。太平たちは逃亡先で黒滝の部下二人組に発見され、リラは太平の目の前で射殺される。激怒した太平は、未来に命じて二人組を殺害させただけでなく、殺害の指示を与えた人物を片っ端から殺すよう命じた。その直後、太平は大伴と木座神に拘束されて太平天国に連れて行かれ、未来はいずこへともなく逃亡する。14年後。無性人間は世界中で兵隊として使われるようになり、太平天国は無性人間の輸出で名を馳せていた。太平は、表向きは太平天国総統として独裁者を演じていたが、その実態は無性人間生産のための精子を提供するだけの役回りにすぎず、実際に国を牛耳っていたのは木座神と大伴だった。太平はある事件をきっかけに亡命を決意し、ベトナムの戦場へと輸出される無性人間たちに交じって逃亡する。その頃、未来は東京で会員制バー「ぱいぱにあ」のマダムとなり、ひそかに無性人間のアジトを作っていた。未来は黒滝英二郎を籠絡して、リラ殺害の依頼者が木座神であることを聞き出し、黒滝を殺害する。太平の逃亡から半年後。木座神は、かねてからの夢であった、無性人間による「史上最大の戦争ショー」を小笠原諸島の父島で行うことを日本政府に提案し、協力を取りつけた。同じころ、ベトナムからラオスへとさまよい出た太平は、ミンミンと名乗る16歳の女性型無性人間と出会った。彼女は、密輸出された太平の精子から生まれた無性人間で、自分を女性だと信じ込んでおり、太平に女性として惚れこんでしまう。ラオスの首都ビエンチャンにたどりついた太平の前に、袁太人と名乗る密貿易商が現れた。彼は木座神から無性人間製造用の精子を闇ルートで買い取り、無性人間を作って販売していた。袁は太平に精子提供を強要しようとし、太平はすんでのところでミンミンに救出される。戦争ショーのニュースを知った太平は激怒し、袁と手を組んで、ショー阻止のため、ミンミンの率いる無性人間たちによる工作隊を父島に潜入させることを計画した。ミンミンたちの工作隊は戦争ショーの前夜に父島に上陸するが、折悪しく実弾射撃演習に出くわし、全滅してしまう。翌日、戦争ショー開幕式のさなか、父島に潜入していた未来の率いる無性人間部隊がクーデターを起こし、木座神は自殺に追い込まれる。それに続き、全世界で無性人間の反乱が始まった。彼等は人間たちに対して去勢手術を強要し、わずか3か月のうちに全世界の人口の半分を去勢してしまう。かつてとは逆に、人間が無性人間の奴隷扱いを受ける時代が始まろうとしていた。東南アジアをさまよっていた太平は、無性人間につかまって太平天国に連行される。処刑を覚悟していた太平だったが、未来をはじめとする無性人間たちはみな、太平を父親として敬愛していた。同じころ、東京で逮捕された大伴は、太平天国に連行され処刑された。大伴の助命を求める太平に対して、未来は、リラ殺害を命じた張本人は木座神と大伴だったことを告げる。未来は太平に対し、自らがリラの代わりをつとめることを申し出る。だが、太平は未来に対して、人間を去勢したことをなじり、追い出してしまうのだった。