匿名組合は、その性質上、特定の事業に関して出資者にエクイティ・ホルダーとしての地位を与えるために用いることができ、また、パス・スルー課税であることから、資産流動化などのスキームにおいて、特別目的会社が劣後投資家との間で匿名組合契約を締結して出資を得ることが多く見られる。映画の製作資金、アイドルタレントのデビュー資金を匿名組合で集めるなど、ユニークな事例もある。また、一般に一口馬主と呼ばれる一般の競馬ファンから競走馬のオーナーとしての出資を募る形態の投資ファンドでは、出資者が直接的に出資した競走馬への関与を遮断させるため、二重の匿名契約を結ぶことが行われている。また、日本でのソーシャルレンディングサービス事業の開始にあたっては、貸し手側の資金を匿名組合の形で集め、それを融資する形で行われている。（そのため法的には金融商品取引業者と貸金業の両方の登録が必要になる）
不動産特定共同事業法（1994年6月29日法律第77号）の第2条第3項第2号では、「不動産特定共同事業契約」の一類型として、匿名組合契約を次のとおり規定している。「当事者の一方が相手方の行う不動産取引のため出資を行い、相手方がその出資された財産により不動産取引を営み、当該不動産取引から生ずる利益の分配を行うことを約する契約」
特定債権等に係る事業の規制に関する法律（1992年6月5日法律第77号）の第2条第4項第2号イでは、この法律に従って「特定債権等譲受業」を行うべき事業体のプロトタイプとして、匿名組合契約を次のように定義している。「当事者の一方が相手方の営業のために出資を行い、相手方が営業としてその出資された財産を特定債権等の取得及び行使（特定物品にあっては、その譲渡又は賃貸をいう。以下同じ。）により運用し、当該運用から生ずる利益の分配及び当該出資の価額（当該出資が損失によって減少した場合にあっては、その残額）の返還（以下「利益の分配等」という。）を行うことを約する契約」
匿名組合は中世イタリアにおける地中海貿易で活用されたコンメンダ(commenda)に由来する。同じく合資会社もコンメンダから発展したものである。コンメンダの中でも貴族や聖職者など（その身分から営利行為に関わることを隠したかった人々）が出資関係を秘匿しつつ利益を上げるという需要に応えて発展したのが匿名組合である。一方、出資関係の秘匿を必要としないコンメンダは合資会社へと発展していった。
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する地上駅になっている。互いのホームは跨線橋で連絡している。JR東日本ステーションサービスが駅業務を受託する業務委託駅で、高萩駅が管理する。自動券売機・簡易Suica改札機が設置されている。駅舎は、2013年（平成25年）3月19日にリニューアル工事が完成した。六角堂をイメージしたデザインで、木製格子を設置した重厚感のあるものとなっている。待合室は木目調にして安らげる空間を意図している。
当駅は北茨城市北部に位置し、茨城県最北端および最東端に位置する駅であり、常磐線は取手駅から当駅までが茨城県に属する。五浦海岸・六角堂・茨城県天心記念五浦美術館等、市内の主な観光名所は当駅が最寄駅である。
昼間時以外に大阪上本町駅 - 大和朝倉駅・榛原駅・名張駅間で運転。一部は高安駅・五位堂駅・大和八木駅発着である。大阪上本町駅 - 河内国分駅間では急行の停車駅に加えて近鉄八尾駅・河内山本駅・高安駅に停車して大阪府内での短距離速達種別としての役割と、河内国分駅 - 名張駅間で各駅に停車することでその区間における普通列車としての役割を担う。全線通しで運転される列車はないものの、名張駅発着列車については、名張駅到着後に青山町駅発着の普通として継続運転する列車が数本設定されている（後述の区間準急、普通列車も同様）。大阪上本町駅 - 名張駅間の標準所要時間は1時間40分前後で、同一区間を運転する急行（概ね1時間10分前後）とは約30分弱の時間差があり、奈良線や名古屋線の準急と比較して急行との所要時間や停車駅数での格差が大きくなっている。2012年3月20日のダイヤ変更からは朝・夕ラッシュ時中心の運行になった。それまで昼間時間帯にも準急が運行されていたが、このダイヤ変更で大多数が区間準急に置き換えられた。ただし2018年のダイヤ変更で10時台にも大阪上本町駅 - 五位堂駅間の列車を中心に一部運行するダイヤが組まれ、休日には11時台に1本、五位堂駅 - 大阪上本町駅間で運行する列車が設定された。編成両数は大阪上本町駅 - 高安駅間では朝ラッシュ時は最大10両編成、夕ラッシュ時は最大8両編成で運行されており、高安駅以東では6両編成を基本として一部に4両編成の運転があるため、高安駅にて車両増結・切り離しを行なう。他種別との連絡については高安駅・河内国分駅で普通列車と、五位堂駅・大和八木駅・桜井駅・榛原駅または名張駅で快速急行（桜井駅は準急から快速急行への接続のみ）と、河内国分駅・五位堂駅・大和八木駅で急行と、大和八木駅・名張駅で乙特急と相互接続する。