メニューにあるクエストを受けた状態で指定された条件をクリアしたあと再度メニューでクエストを完了させることでポイントやアイテム・ペイント・ステッカー・オペレーター・ユニット・日本版のみコインなどを入手できる。序盤で受けることが可能なクエストをこなすことで最大Sランクの機体と相当量のポイントあるいはコインを得ることが可能なシステムとなっている。またクエストは一回限りのものと1日ごとに更新し再度報酬を受けることが可能になるものに分類される。
各設計図とそれに記されたベースユニットと素材ユニット全てを集めることで新たなユニットを作成することができる。設計図と素材ユニットは設計完了するとなくなってしまい（ベースユニットは残る）、またレンタルユニットや似ていても武装・細かなランクの違いのあるユニットを素材の代用にすることはできない（例として「CランクグーのザクII」の代わりに「CUランクグーのザクII」や「CRランクパーのザクII」は代用不可）。しかしながら、2012年9月現在、設計システムは破棄されている。
韓国版ではカスタムカプセルマシンと呼ばれるプレイヤーがある程度中身を選べるカプセルマシンが実装されている。最新カプセルマシンで実装された最新ユニットとガンダムデスサイズやTV版デスサイズヘルなどのようにBランクのみ・Aランクのみ構成されたカプセルマシンで入手できるユニット以外の通常カプセルマシンで入手できるすべてのユニットとカスタムカプセルマシン限定ユニットを中身に選ぶことができる。SRランクのユニットはこのカスタムカプセルマシン限定で入手できるが入手期間が限定されていて期間が過ぎると新しいSRランクユニットに更新されるようになっている。マシン構成ルールとして6つの枠のうち3機はCランクユニットで構成しなければならず、同じユニットを重複して選ぶことはできない。回すのに必要なポイントは基本的に2,000ポイントで、レア系ユニットを1機枠に入れるたびにさらに必要ポイントが200ポイント値上がりする。特殊アイテムの「カプセルマシンスロット拡張権」を使えばさらに最大2機のユニットを追加可能になる、また追加枠にレアユニットを追加しても値上がりはしないうえに同じユニットの重複も可能で重複させればそれだけそのユニットの入手確率を上げることができる。
戦闘時はTPSの感覚でユニットを操作していく。武装は1モードにつき最大5つ持っており、射撃や格闘といった攻撃を使い分けながら戦っていく。4つ目の武装である必殺技は、SPケージを貯めることで出せる。必殺技の中には、原作のワンシーンを再現したものもある。必殺技にも種類があり、自機が連続格闘を行う乱舞型、特定の範囲の敵に射撃などをする全弾発射型（別名範囲型）、極太のレーザーを一定時間照射するマップ兵器型（通称ゲロビ型・ゲロビームの略。ゲーム「機動戦士ガンダム 連邦vs.ジオン」に登場したMA、ビグ・ザムが嘔吐のように極太ビームを発射することが由来。）があり格闘コンボに組み込んだり自分が攻撃を受けているときにも発動が可能なためカウンター的な使い方をすることもできる。5つ目の武装では、自分が装備したバトルアイテムを使用できる。ゲームの基本ルールは、2チームに分かれて敵を倒し、倒した敵のコストの合計で勝敗が決まる「一般対戦」と、2チームに分かれてコストを0にさせたチームが勝ちとなる「デスマッチ」に、2チームに分かれて、戦艦に搭載した自分のユニットを交代させながらデスマッチを行う「タッグマッチ」、敵チームのもち点を削りあう「グリッド戦」、一般対戦が基本になった、隊長が撃墜した敵と隊長のコストが5倍になり、隊長機が強化される「隊長戦」がある。また、トレーニングではNPC（ノンプレイヤーキャラクターの略）相手に練習することも可能。さらに2012年9月20日に一般対戦においてプレイヤーと同数のAIユニットと対戦できるようになる不要なユニットは廃棄することも可能、他国では廃棄したユニットのランクに関わらず一律にわずかなポイントがもらえ、日本版では廃棄したユニットのランクごとに異なるマイルが入手できる。
ヤンキースのマリスがベーブ・ルースの記録を破ってシーズン最多本塁打61本を打ったが、打ったマリスも「61本」の記録も野球界から歓迎されないものであった。2年前にアスレチックスから移籍し、ヤンキースの生え抜きではないマリスは、ヤンキースでデビューして早くからディマジオの後継者と目され5年前に三冠王となってスーパースターだったミッキー・マントルとの本塁打王争いが白熱してベーブ・ルースの60本に迫る勢いの時に、ニューヨークのファンはマントルを応援していた。それがマントルにとって不運にも故障から60本に達せず、余所者のマリスに取られたと感じていた。またベーブ・ルースの不滅の記録とされた60本にこの年から試合数が増えた結果、ルースよりも多い試合数で61本を打ってもそれが価値のあることなのかという議論が巻き起こり、とうとうコミッショナーまでがルースの記録と同等には扱えないという見解を出す始末となり、最終162試合目の10月1日の対レッドソックス戦でトレイシー・スタラード投手から右翼席に61号を打った後にはただタイトルを取ったことだけで終わり、球団からも何の褒賞も出なかった。さらにマリスはその後に手首の故障から力が落ち、40本以上打ったのはこの年だけで、打率三割に達したことがなく、カージナルスに移って7年後に引退し、通算打率.260で通算本塁打275本で終わった。1961年だけが輝いていて殿堂入りも果たせず、「ホームラン記録なんて作らなければ、もっと楽しい野球人生が送れたのに」と後にマリスは語っている。24年後の1985年に51歳で死去し、それから6年後の1991年になって公式にマリスの61本がシーズン最多本塁打記録として認められた。それから7年後にマグワイアとソーサに破られ、さらに3年後にバリー・ボンズが73本打ったが、その後薬物使用疑惑で記録としての価値が認められず、今日ではロジャー・マリスの61本を最多記録とすべきという意見が出ている。