2009年6月25日には台湾人を含む8389名が、東京地方裁判所に対して、NHKの放送内容には、放送法の定める公平な報道に違反する、事実と異なる偏向、やらせや事実の歪曲・捏造などがあり、精神的損害を受けたとして、NHKに対し原告一人あたり1万円の損害賠償を求める訴えを起こした。番組に出演した台湾人は反日的であるように宣伝されたと番組への批判の声を上げ、偏向歪曲が窺えるとして抗議と訂正を求める文書をNHKへ送付。またパイワン族は、尊厳は傷つけられたとして同番組を批判し、辱めを受けたとする質問状をNHKに対して送付、原告として訴訟に加わった。この訴訟は原告が1万人を越えている。2012年12月14日、東京地裁は「番組の編集はNHKに委ねられており、恣意的な編集はなかった」などとして、請求を棄却する判決を下した。原告側の台湾人の「NHKに取材を受けたが発言をねじ曲げられ、期待と違う内容が放送された」に対し、判決では「番組内容への期待は法的に保護されない」とし、また、「祖先を動物扱いされた」とする台湾人の主張に対しては「歴史的事実として紹介しただけで、原告の名誉を傷つけたとはいえない」と判断し、またNHKは公平な放送をする義務があると訴えた視聴者らの主張についても「視聴者ら個人に対する義務は負わない」とした。
これらの抗議に対して、NHKは放送総局長や会長が記者会見で説明、また番組ウェブサイト上でも2回に亘り説明文を掲載、番組の正当性を主張した。日本共産党の山下芳生議員は参院総務委員会で「非常によい番組だった。（中略）親日的といわれる台湾の人々の心の奥底にある複雑な思いが伝わった。歴史を直視し、互いに共有し、反省すべきは反省もしてこそ相互理解により深い友好関係が構築できると感じた」と感想を述べた。番組批判に批判的な立場からは、市民団体「開かれたNHKをめざす全国連絡会」が放送内容に疑問の声を挙げた小林委員を批判し、議連の発足や訴訟、デモなどによって自主自立の姿勢が損なわれないようにと求める意見書を7月7日NHKに提出。同日、日本ジャーナリスト会議も番組批判について「表現の自由そのものに対する恫喝と干渉に当る」などと主張した。西日本新聞の笠島は番組批判について「嫌な感じなのは元首相を含む国会議員が絡んでいること」などと批判。内容については「『台湾は親日的』との固定観念が問い直され、当時の『同化政策』がチベットやウイグルへの施策と通じる面もあるように感じられた」などと評した。
日本の台湾統治をテーマとして2009年（平成21年）4月5日に放送された、シリーズ『JAPANデビュー』第1回「アジアの“一等国”」をめぐり、放送後「日本統治時代が悪と一方的に描かれており、内容が偏向している」「日本の台湾統治を批判するため、（台湾人の）証言をねじ曲げている」「番組にはやらせや、事実の歪曲・捏造があり、放送法に違反している」「台湾の人の心と日台関係を傷つけた」などとして日台（中華民国）双方から抗議や批判が続出した。NHKには2009年4、5月だけで4344件の意見が寄せられた。
インターネット上で公開されるWebサービス。全国のNHKの放送局が保存している元兵士や市民らの証言動画などを（権利関係の処理作業や不正コピー防止対策などを行った上で）一元化して公開する。2009年8月13日から10月12日まで証言者約70人、一部コンテンツの開示を行った「トライアルサイト」として公開。期間中の閲覧は約70万ページビューを記録していた。2010年8月2日に正式サイトがオープン。オープン時には約310人分の戦争証言を公開し（時間はそれぞれ異なるが、一人あたり10分から1時間程度としている）、見出しを付けたりキーワードによる検索などを行うことにより閲覧者が見やすいような工夫を施している。最終的には戦争証言は1,000人規模の収録を目指すとしている。他にも『ドキュメント太平洋戦争』（全6回）、『証言記録 兵士たちの戦争』（全29回）、『証言記録 市民たちの戦争』（全9回）、当時のニュース映画の『日本ニュース』（1940年 - 1945年に公開された264本中254本）、玉音放送などの音声資料を無料で視聴できるようになっている。
慶長5年（1600年）関ヶ原の戦いの後、毛利家は周防・長門2国に減封となり、吉川広家も岩国に移された。これにより遠江国浜松で12万石を領していた堀尾忠氏が、この前年に隠居して越前国府中に5万石の隠居料を得ていた父・吉晴とともに、あらためて出雲・隠岐2国24万石で入部、出雲富田藩（いずもとだはん）が立藩した。忠氏は間もなく慶長9年（1604年）に27歳で没し、跡を継いだ忠晴はまだ5歳の幼児だったことから、祖父・吉晴がその後見として事実上の藩主となった。吉晴は月山富田城が山城で不便を感じたため、慶長12年（1607年）から足かけ5年をかけて松江城を築城するとともに、その城下町の建設を行った。慶長16年（1611年）に吉晴は松江城に移り、松江藩が成立したが、吉晴はこれを見届けると間もなく死去した。忠晴は成人したものの男子に恵まれず、寛永10年（1633年）に33歳で死去すると堀尾家は無嗣改易となったが、堀尾家が築いた松江は以後も政治経済の中心として栄え、今日に至っている。ちなみに、忠晴が死亡し堀尾家の無嗣改易が明確化した時、その後釜として美作津山藩主・森忠政の許に出雲・石見・隠岐の3か国への加増転封の話が浮上する。津山藩では藩士を巡検させて検討するも、肥沃でない土地も多く含まれていたことから、忠政も当初乗り気ではなかったが、老中・酒井忠勝より御内証が届けられたことによりこの話を受けた。しかし翌寛永11年（1634年）7月7日に忠政が京都で急死したため、将軍家との正式な会談が持たれる前でもあったことから3か国加増の話は立ち消えとなった。