この方法では携帯型の開放型/閉鎖型チャンバーを使用する。異なる多くの地域で二酸化炭素の発生の経時変化を追跡する。土壌呼吸の測定部位を土壌に一定期間突き刺す。突き刺しにより土は乱れるため測定値がずれる可能性がある。このため、付近でいくつかの異なる場所でも測定を行う。
土壌呼吸の測定方法と発生源の特定方法を紹介する。最も一般的なのは、1) 一つの地域で経時的に長期間、土壌の経時変化を自動測定機器で評価、2) 異なる場所と異なる時間で土壌呼吸系を調査、3) 安定した同位体を異なる土壌試料に使用し、同位体の量の違いを比較、の3つの方法である。
土壌の窒素含有率（土壌窒素分）は土壌呼吸に直接作用する。植物はいくつかの無機形態の窒素を栄養素として土壌から取り込む。最も取り込まれ易い無機形態は硝酸イオンNO₃⁻である。硝酸イオン1分子の取り込みに植物は二酸化炭素0.4分子（硝酸イオン5分子で二酸化炭素2分子）を要する。植物体内で硝酸イオンはアンモニウムイオンに変換される必要があり、この過程は1分子当たり二酸化炭素2分子を消費する。ここまでで、菌根菌を介さなければ植物は硝酸イオン1分子からアンモニウムイオンを得るのに2.4分子の二酸化炭素を要する。菌根菌と共生していた場合、消費量は2.36分子である。粗大有機物の窒素分も土壌呼吸に影響する。高窒素分の粗大有機物は、低窒素分のそれと比べて早く分解され、土壌呼吸を活発にさせる傾向にある。低窒素分のセルロースが粗大有機物中に高濃度で存在することはその粗大有機物の分解を制限する要因である。粗大有機物に窒素化合物を加えることで分解を促進することができる。
土壌の含水率（土壌水分）はある下限と上限の間で土壌呼吸と正の相関を示す。土壌呼吸は乾燥状態では低く、土壌水分が大きくなるにつれ最大値まで高くなる。最大値になると、水分は土中の酸素分子を追い出し、土壌呼吸は減少する。嫌気条件は好気条件に対して土壌呼吸を不活性にさせるためである。3年間の野外研究によると、最低および最高の条件でのみ土壌水分は呼吸を制限した。多くの微生物は低水分での増殖および生存戦略を有する。高水分では多くの細菌は過剰に水分を取り込み、細胞膜は溶解または破壊される。この死滅は土壌呼吸の速度を一時的に弱めることがあるが、生存した微生物にとって資源が急増する。この急増は土壌呼吸の速度を短期的に大きくする。植物の根は種によって、個体の経歴によって土壌水分に対する呼吸の応答を変化させる。一般的に根の呼吸は、特に乾燥した気候では水分の増加に伴って増加する。湿地植物を除いて、水分には上限があり、それに達すると呼吸は低下する。
温度条件は、呼吸を含めたあらゆる生化学現象に影響を与える。ある一定値までは温度が増加すると指数関数的に土壌呼吸が増加し、その一定値付近に達すると土壌呼吸は最大となる。しかし、一定値を超えると酵素活性は失われ、土壌呼吸はゼロとなる。根の呼吸は、呼吸速度がクエン酸回路のみに支配されている場合、ある狭い温度範囲で温度の増加とともに指数関数的に増加する。より高い温度になると、糖などの代謝産物の輸送が制限因子となる。摂氏35度以上の温度では、根の呼吸は完全に停止し始める。微生物は、活動温度によって3つに分けられる；低温菌、中温菌、高温菌。低温菌は20 ℃以下、中温菌は20-40 ℃、高温菌は40 ℃以上で最もよく生育する。自然環境の土壌ではこれらの微生物が混在しているため、広い温度範囲で土壌呼吸は活発に発生する。上限値まで温度が増加すればするほど土壌微生物の呼吸は増加する。このパターンは土壌水分のそれと類似する。
初期の馬車鉄道は路線ごとに異なった事業者により運行が行われたため、運行事業者は20社も存在した。運行事業者が細分化されている状態では、路線網の発展が妨げられたり、過当競争が発生するという弊害があるため、1887年、州政府の指導下でこれらの馬車鉄道は1社に統合され、ウエストエンド市街鉄道(West End Street Railway)が誕生した。ウエストエンド市街鉄道は1,480両の車両を持ち、当時アメリカ最大の市街鉄道事業者であった。この会社の最大の問題は、8,000頭にも及ぶ馬の飼育費用にあった。高い餌代に加え、病気で馬を補充する必要もあり、その費用は莫大な額にのぼっていたのである。サンフランシスコで生まれ、シカゴで大規模な路線網の展開が行われていたケーブルカーは、冬の降雪の問題でボストンではあまり広まらなかった。フランク・スプレイグの吊り掛け駆動式の路面電車が1889年に導入され、その後、馬車鉄道路線を置き換えていくことになった。市街電車の登場は革新的であったものの、ヨーロッパから到着する人や物資により大発展を遂げていたボストンの市内交通を賄うには不完全で、公共交通の改善は都市の発展の課題となり、1891年、高速鉄道委員会が設立された。委員会は1892年に4つの高架鉄道路線と、市街電車が乗り入れる地下鉄路線の建設が必要であるとする報告書を出した。これを受け、1894年に公的機関であるボストン交通委員会のもと、ボストン市内で必要とされる鉄道路線を建設・運営する民間会社である、ボストン高架鉄道が設立された。ボストン高架鉄道はウエストエンド市街鉄道を1897年に買収し、ボストンの都市交通を包括的に運営する事業者となった。