この規格の漢字集合をISO/IEC 646の国際基準版図形文字集合またはJIS X 0201のラテン文字用図形文字集合と組み合わせて使用するとき、両方の文字集合に共通して含まれる文字の扱いが問題となる。特別な措置がなければ、共通して含まれる文字は、1文字につき複数の符号位置が与えられる、すなわち、重複符号化（ちょうふくふごうか）されることになる。JIS X 0208:1997は、両方の文字集合に共通して含まれる文字について、2個の符号位置のうちの一方である漢字集合の符号位置の使用を基本的に禁じて、重複符号化を排除している。同じ名前を有する文字が同じ文字と判断される。例えば、ISO/IEC 646の国際基準版図形文字集合のビット組合せ4/1に対応する文字の名前も、漢字集合の3区33点に対応する文字の名前も、LATIN CAPITAL LETTER Aである。国際基準版・漢字用8ビット符号では、ビット組合せ4/1によっても、漢字集合の3区33点に対応する2バイトのビット組合せ10/3 12/1によっても、「A」すなわちLATIN CAPITAL LETTER Aを表現できることになる。規格はビット組合せ10/3 12/1の使用を禁じて、重複符号化を排除しようとしている。 漢字集合の符号位置の文字を「全角文字」として、国際基準版文字集合またはラテン文字用図形文字集合の文字と異なる文字として扱ってきた実装があることに配慮して、過去との互換のためにのみ、漢字集合の符号位置の使用が許される。例えば、過去との互換のために、国際基準版・漢字用8ビット符号の10/3 12/1には、「全角のA」が対応していると見なすことが許される。漢字集合を国際基準版図形文字集合またはラテン文字用図形文字集合と併用すると、規格に忠実に従っても、文字の一意な符号化は保証されない。例えば、国際基準版・漢字用8ビット符号では、ハイフンをビット組合せ2/13の文字HYPHEN-MINUSで表現することも、漢字集合1区30点にあたるビット組合せ10/1 11/14の文字HYPHENで表現することも、いずれも正当である。そして、規格が両者の使い分けを決めていない以上、ハイフンは一意に符号化されない。同様のことが負符号、引用符などについても生じる。「全角スペース」と通称される1区1点の文字IDEOGRAPHIC SPACE（日本語通用名称は「和字間隔」）および「半角スペース」と通称される2/0の文字SPACE（日本語通用名称は「間隔」）は、漢字集合を単独で使用する符号においても共存している。JIS X 0208においては両者がどのように異なるのかは規格に定められていなかったが、JIS X 4051「日本語文書の組版方法」において明確に規格化され2/0の文字SPACEは欧文の単語間の間隔に用いるスペース、1区1点の文字IDEOGRAPHIC SPACEは和字間隔として和字（日本語文字）の空き量を示すスペースと規定された。
第4次規格には、過去の規格との互換性を維持するための包摂規準が定められている。これは、JIS C 6226-1983以降の字体がJIS C 6226-1978の字体と大きく異なる29の区点位置に限って適用される。29の区点位置について、JIS C 6226-1983以降の字体に相当する字体がAとして、JIS C 6226-1978の字体に相当する字体がBとして示されている。これらの区点位置については、区点位置ごとに、AまたはBのいずれの字体を採用してもよい。ただし、規格への適合性を主張するためには、区点位置ごとにAまたはBのいずれの字体を採用したかを、文書に明示しなければならない。
天正13年（1585年）、 大和国邑地（現在の奈良県邑地町）に誕生。父は邑地の浪人・木村伊助。邑地の隣には剣豪・柳生宗厳（石舟斎）が治める柳生庄があり、友重は浪人したのちに柳生家の家臣となった。やがて江戸の徳川将軍家に仕える宗厳の子・宗矩の下で剣を学んで頭角を表し、元和7年（1621年）に宗矩が後の三代将軍・家光（当時竹千代）の兵法指南役に就任してからは、家光の稽古相手に抜擢されて、宗矩が家光を指南する際は度々受太刀を務めた。40歳を過ぎたころ、家光の弟徳川忠長に推挙されて駿河に移る。『木村家家譜』では、駿河に出仕してからも将軍となった家光の命で出府することがあったとされ、ある時は一年程江戸に滞在し、宗矩の登城に同行して度々家光の稽古の相手を務め、駿河に帰国する際には白銀を拝命したとある。また別のある時には急な召状を受けて出府したところ、他流を使う者との試合を命じられ、これに勝利を収めて白銀を拝命したという。寛永11年（1634年）には主君・忠長が幕命により改易の上切腹して果てたが、友重はその年のうちに 紀州徳川家の徳川頼宣に600石で仕官することができ、和歌山に移住した。寛永16年（1639年）2月14日54歳の時、大病にかかった家光が諸藩の武芸者を集めて兵法上覧を行った際には江戸に召集され、師・宗矩の子息である柳生三厳（十兵衛）、柳生宗冬等と共に武芸を披露した。『木村家家譜』よると、友重は久保式部省輔と3試合、阿部式部小輔と3試合、鵜殿惣十郎と4試合を戦い、すべての試合で小太刀を以て勝利を収めたという。家光は「（友重のことは）幼少の頃からよく知っていたものの、高齢なこともあり、これほどの強さを見せるとは思わなかった」と大いに喜び、白銀10枚と時服を与えた。慶安元年（1648年）63歳の時、頼宣の継嗣・徳川光貞に従って江戸詰めとなる。江戸に居を移してからは、家光が師・宗矩の下屋敷を訪れた際に召されて剣術を演じることがしばしばあり、このことを知った頼宣から宗矩の下屋敷を自由に行き来することを許されたという。慶安4年（1651年）3月6日、死の床にあった家光を慰めるために兵法上覧が開かれ紀州藩士の田宮平兵衛長家が武芸を演じることになると、家光の稽古相手を務めてきた豊富な経験を買われ、頼宣の命を受けて田宮と共に試技を披露した。承応2年（1653年）に国詰めとなって和歌山に戻り、その翌年の承応3年（1654年）4月8日に病死。享年70。光貞からは香典として白銀五枚が授与された。友重の死後は嫡子木村助九郎友安が跡をつぎ、子孫は代々剣術指南役をつとめた。