出世作は、後掲「抵当権と利用権」で、内容は以下のとおりである。我妻栄は、抵当権について、交換価値を把握する権利であって、抵当権者は抵当設定者の目的物の利用に干渉する権限を有しないとするドグマから演繹して、改正前民法395条が規定していた短期賃貸借制度の制度趣旨について、抵当権者が把握する交換価値と抵当権設定者の利用権の調和を図るものと解し、経済的弱者を保護するものとして積極的に評価して広く短期賃貸借の成立を認め、また、目的物の利用に干渉する権限を有しない抵当権者は抵当物件を占有する者に対し妨害排除請求権を有しないと解釈していた。これに対し、内田は、立法者が、抵当権について、単なる交換価値把握権ではなく、むしろ抵当権設定者の利用権を制限するものであるとの見解をとっていたこと、および、短期賃貸借についても、短期賃貸借であれば抵当権者を害しない「管理行為」であるがゆえに抵当権設定者がなしえるのにすぎないとの見解をとっていたことを明らかにした。この見解によれば、短期賃貸借が成立する範囲を必ずしも広く解釈する必要はなく、また、抵当権者に妨害排除請求権を認めない理由もないことになる。当時、短期賃貸借の制度は、暴力団や占有屋が目的物を占有し、高収益を得る手段として利用されるようになり、その濫用の弊害が指摘されていたことから内田の見解は高い評価を受けた。判例は、当初抵当権者の妨害排除請求権を否定していたが、1999年にいたって、その法律構成はともかく、結論としては妨害排除請求権を認める見解に転じた。また、2004年の民法改正によって短期賃貸借制度は廃止され、抵当権者の同意を得るか、明渡猶予の期間の範囲内で保護されるにすぎないこととなった。また、内田は、星野の「日本における契約法の変遷」『民法論集6巻』に触発されつつ、これを更に深化させた。すなわち、関係的契約理論の立場から、意思主義と単発的な契約をモデルにした古典的契約観に基づく法律を継受した我が国には、それとは別個の同胞に対する同情と共感に満ちた日本的契約観に基づく生ける法があり、それは信義則の適用という形で判例や特別法に表れているとし、古典的な契約法の死と日本固有の契約法の再生を説いた。しかしながら、その後10年の間に規制緩和に基づく国際的な法統一の動きなどによって世界の状況は一変し、内田の予想に反して、むしろ古典的な契約法が日本社会を隅々まで席巻するような状況になったが、内田は、これに対し、日本固有の契約法が実は世界的に普遍的なものであるとのメッセージを発してアンチテーゼを提出すべきだと主張するに至った。
慶応元年2月尊王派の同志を募るために作州路（現・山陽道の一部）を遊説中の岡元太郎 (岡山藩)、井原応輔 (土佐藩)、島浪間 (土佐藩)、千屋金策 (土佐藩)の勤皇の志士を大勢の村民がリンチにして惨殺した事件。第一次長州征伐の後、 大阪城を攻略する目的で作州路において同志を募る旅に出た四人の志士が久米郡吉岡村（現・美咲町久木）の慈教院の住職の紹介状を持参して勝田郡百々村（現・久米郡美咲町百々）の造り酒屋の池上文左衛門を訪れた。井原はかつて池上家の若い者に剣術を教えたこともあり、文左衛門に勤王の志を説いて金策の協力を願い出ることにした。井原応輔、島浪間、千屋金策が文左衛門に活動資金の融資を求めるが文左衛門は金の無心のために勤王を口実にしているにすぎないと四士を強請り呼ばわりし侮辱した。激怒した四士は刀を抜いて文左衛門を追ったが逃げられ、代わりに文左衛門の妻と番頭が金銭を差し出して詫びたのでいったん事は納まったが、四士が立ち去った後、文左衛門と息子輝道は自らが謝罪として金銀を渡したのにも関わらず四士を役人に対して強盗として訴えた。 これに対して猟銃や農具を手にした村人たちが四人の志士を強盗と見なし追い詰め、彼らの弁明に全く耳を貸さず、四士を死に追いやり、遺体を陵辱した事件である。当時浪人を捕えると報奨金がもらえたこともあり、執拗に襲撃したとも言われる。四士は英田郡土居（現・美作市土居）の宿場の勤皇の庄屋・安東正虎宅に逃れようとしたが村民は竹槍でもって彼らを追撃した。四士は途中竹田神社（美作市竹田1826）に祈願したのち、土居に向かった。土居宿は幕府の天領であるため、追ってくる農民から逃げおおせたとしてもその関門を通らなければならない。強盗の浪人者が土居に向かっているという報を受けた関門の番卒は四士の話を聞かず捕えようとしたため、岡が斬り捨てたのち、岡はその責任をとって街道の松ノ木の根元で切腹、それを追って井原と島は刺し違えた、と彼らと同じ土佐勤王党側である田中光顕は記している。井原は急所を外れ半日もがき苦しみ介錯を懇願したが、土井村の医師福田静斎以外誰も介抱する者はなかったとされる。千屋は宿場へ入り、土居村の町方総代武藤太平に対して自分たちへの誤解を晴らそうと試みたが適わず、旅宿の泉屋で遺書を認め自刃せざるを得なかった。彼らの死後、村民は鳶口で遺体を散々に切り刻み陵辱の限りを尽くし、彼らの遺骸は数日間捨て置かれた。その後、遺書などにより真相が明らかにされ、世間で住民の残虐性と無慈悲さへの批判が巻き起こった。当時「西に百々の酒屋がなけりゃ、若い侍殺しゃせぬ」との俗謡が流行ったとされる。これに対し村民は塚を建てることで反省と犠牲者への哀悼を世間に示し、自分たちに向けられた批判を躱そうとした。