ドイツ語におけるAtomという言葉は、元はギリシャ語のἄτομοςであり、「分割できないもの」という意味である。物質に分割不可能な最小構成単位が存在するという考えは古代ギリシャの時代に遡り、そのような最小構成単位の存在に対する反論も歴史的になされてきた。古代ギリシャのデモクリトスらは、原子論という仮説を唱えた。17世紀フランスのデカルトは、『哲学の原理』において、物質の部分は、どれほど小さくても延長を持っている以上、思惟の上では、さらに分割できる。ゆえに原子（冒頭の１番目の意味の）は存在しないと主張した。18世紀ドイツのカントは、理性は原子に対して合理的な真理を確立しえないとした（第二アンチノミー）。近代に入り、現代的な意味での元素（化学元素）の概念が確立されると、「原子」はその最小構成単位を意味するようになり、これが現代的な意味での原子となった。当初は仮想的な存在であった「原子」は、その後の研究でその存在が確実視されていくと共に、その「原子」が更に内部構造を持つことも明らかになっていった。現代的な意味での原子は、もはや究極の分割不可能な単位ではなく、あくまで元素（これももはや世界の究極の構成要素ではないが）が元素としての性質を保ちつづけることができる限りにおいての最小単位である。「原子」という言葉が、その原義と矛盾する、物質の一つの構成単位に割り当てられたので、その後「（仮説的な）分割不可能な単位」という概念を指すために「素粒子」という言葉が新たに造語され用いられている。つまり、かつて「原子論」と呼ばれる分野で行われていた科学的な実験・推察・考察は、現在では「素粒子論」と呼ばれる分野において行われている。冒頭定義文の2番目の意味での原子（=現代科学における、中間構成単位としての原子）は、先述のとおり化学元素の最小単位であり、下部構造として原子核と電子が存在する。原子核と電子は電磁相互作用（クーロン力）によって結びつき、かつ量子条件に基づく一定の安定した運動エネルギーを持っている。また、原子核は更に陽子と中性子から構成され、その組み合わせに応じて現在約3000から約6000種類の原子の存在が知られている。ここで原子の化学的性質は、原子核の電荷（＝陽子の数＝中性な場合の電子の数）によってほぼ規程されることが経験的・理論的に知られているため、陽子の数が等しいものは同じ元素を構成する原子として扱われており、2018年現在、118種類の元素（原子）の発見が国際的に認められている。原子の半径は10⁻⁸cm程度であり、質量は10⁻²⁴～10⁻²²g程度である。地球上では原子は通常、複数の原子が化学結合によって結びついた分子や結晶として存在しているが、希ガスのように1個の原子が単独で存在している場合（単原子分子）もあり、宇宙空間のような真空に近い環境下では希ガス以外の原子も単独で存在している。日常世界がほぼ古典論による世界であるのに対し、原子・分子レベルでは量子論が重要になる。すなわち、ミクロスケール・ナノスケールの世界においても原子・分子のスケールに至る手前までは我々の直感的な物質感が概ね通用するが、原子・分子レベルの世界では直感的な物質感はもはや通用しなくなる。また、原子より大きな世界（原子核と電子の相互作用を含む）が電磁相互作用と重力相互作用に支配されているのに対し、原子核内部などより小さな世界では強い相互作用や弱い相互作用が重要な役割を担っており、原子（原子核）のスケールを境として自然を支配する基本相互作用の様相が大きく異なっている。20世紀後半以降、我々にもっとも馴染みのある原子にかかわる事象のひとつは原子力だが、これは原子核の分裂・融合によってエネルギーを得るものであり、現在の科学における原子が分割できない不変の存在ではないことを端的に表している。
コリーイの乱が勃発した要因は、1768年にバール連盟の創立にともなった政治的・社会的状況の悪化である。右岸ウクライナへ進出したロシア軍がバール連盟と戦闘を広げると、ウクライナの正教徒の間にはロシア帝国がウクライナ人を支援し、ポーランドに対して反乱を起こしてほしいと期待しているという風説が立った。さらに、正教の聖職者はロシア女帝エカチェリーナ2世が出した「黄金の書状」という偽書を民間に流し、武装蜂起に呼びかけた。こうして、ザポロージャ・コサックと下層階級の人々を中心に小さな反乱軍が編成されたが、時間が経つに連れてウクライナの聖職者・町人・農民が反乱軍に加わり、武装蜂起が拡大していった。反乱軍の兵士は「ハイダマーカ」または「コリーイ」（意訳：刺殺人）と呼ばれた。彼らの司令官はコサックであったが、反乱軍に最も多く加わったのはウクライナ農民であるため、コリーイの乱は農民戦争であったという見解がある。武装蜂起の準備は、チヒルィーン付近のモトロナ至聖三者修道院から始まった。右岸ウクライナの正教会第一人者であった当修道院の典院メルキゼデク（ズナチコ=ヤヴィルシキー）は、蜂起の思想的指導者であったという。マクスィーム・ザリズニャークが率いるザポロージャ・コサックは修道院の聖職者と密談し、反乱軍の計画を立てた。そして、1768年6月6日に小さな軍隊が修道院から出兵し、ジャボティン、スミーラ、チェルカースィ、コールスニ、ボフスラーウなどの都市を陥落させた。反乱軍は成功すればするほど、蜂起の支持者が増加していた。反乱の拡大を恐れたポーランドのバール連盟は、反乱軍を征伐するためにウーマニの百人隊長イヴァン・ゴーンタが率いる登録コサックを派遣した。しかし、ゴーンタ部隊は反乱軍に味方し、6月21日にザリズニャークと共にウーマニの都市を陥落させた。ウーマニで集まった約1万～2万人は右岸ウクライナの統治者、とりわけ貴族の地主・カトリック系聖職者・ユダヤ人の行政官などであったため、反乱軍によって抹殺された。その後、ザリズニャークはヘーチマン（将軍）とスミーラ公爵に選ばれ、ゴーンタはウーマニ連隊長とウーマニ公爵に選ばれた。反乱軍は16つの百人隊に区分され、将軍官庁によって管理されるようになった。1768年の後半までに反乱軍は右岸ウクライナの大部分を支配下に置き、17世紀末期にポーランド政府によって廃止されたコサック自治制を復活させた。しかし、反乱者による政治的行動は、ロシア帝国にとっても不都合であった。同年7月9日にエカチェリーナ2世は反乱を鎮圧すべきという宣言を発表し、ミハイル・クレチェトニコフ少将が率いるロシア遠征軍を派遣した。ロシア軍とポーランド軍に協力し、7月半ばに反乱軍の指導者ザリズニャークとゴーンタを捕らえ、コーダニャ村で300のウクライナ人の反乱者を拷問して処刑した。7月末にコリーイの乱は鎮圧されたが、反乱軍の残党は1769年前半まで活動を続けた。コリーイの乱は近世ウクライナにおける最後の大きな反乱となった。この反乱によってポーランド・リトアニア共和国は政治的危機に陥った。反乱軍の一部はオスマン帝国が支配したバルタ町にも攻め入ったため、オスマン帝国はロシア帝国に宣戦し、新たな露土戦争が勃発した。コリーイの乱は、ウクライナの政治的・社会的思想に対して大きな影響を与えた。19世紀のロマン主義・民族主義の時代にコリーイの乱はウクライナ民族解放運動の象徴となり、コリーイの乱の参加者は英雄視された。反乱のモチーフは、ウクライナ民族の文学、美術、民話などに用いられ、右岸ウクライナに限らず、西ウクライナのガリツィア地方から東ウクライナのクバーニ地方にかけてウクライナ民族抵抗運動のエピゾードとして語り継がれた。