第9代住職・剛外は、東福寺における境内の北にある龍眠庵の住職も兼任していたが、慶長18年（1613年）6月10日、大火が起こり七堂伽藍をはじめ、文言、宝物などを全てを焼失。以後、約42年間に渡り住職も不在となり、伊集院忠国以下、伊集院氏代々の城主の墓も、寺が荒れた頃に円福寺へ移された。その後は、報恩寺住職・咲翁が看司という役職で正保2年（1645年）から承応2年（1653年）まで兼任。明暦元年（1655年）、多宝寺の住職・仁室により伽藍が復興され、仁室が第13代住職に任命され再興。報恩寺の住職による協力も受け、延宝には本格的な再興を遂げる。正徳2年（1712年）、第14代住職・達道守賢は、2度にわたり寺のために鹿児島高100石を購入するが認可されず、石高は預りになる。第17代住職・関宗玄察の代になると、預り分の100石に加え、宝暦9年（1760年）7月には新たに100石寄進され、焼失以前に730石あった寺領は、233石まで戻った。
2016年にトランスペナイン・エクスプレスと日立製作所の間で802形（802/2形）の納入計画が交わされ、2018年4月20日に笠戸事業所で製造された最初の編成が日本からイギリスへと出荷された。5両編成が19本製造される予定となっており、2019年の夏季に営業運転を開始する予定となっている。なお、トランスペナイン・エクスプレスでは新規に登場する列車に「Nova（ノヴァ）」と言う愛称を付けており、802形は「Nova 1」と呼ばれている。
2016年11月、ハル・トレインはそれまで使用していたアルストム製コラディア1000の180形気動車「アデランテ」に代わり、5両編成の802形（802/3形）を5本購入する事を発表し、その旨に関して日立レールヨーロッパと契約を交わしたと発表した。営業運転開始は2019年を予定している。
グレート・ウェスタン・レールウェイはグレート・ウェスタン本線に電化計画に合わせてバイモード車両の800形と電化区間専用の801形（クラス801）を都市間高速鉄道計画（IEP）の一環で導入する一方、電化区間の終点となる予定のブリストル・テンプル・ミーズ駅より先のデヴォンやコーンウォールへと伸びる非電化区間への乗り入れのため、長距離輸送に適した高速鉄道用車両が必要となった。そこで導入されることになった新たなバイモード車両が802形である。第一編成は日立製作所笠戸事業所で製造された後2017年8月9日から走行試験が行われた。そして2018年8月20日から営業運転を開始し、最終的に5両編成22本（802/0形）、9両編成7本（802/1形）が導入される予定となっている。なお、当初は同年7月16日に営業運転を開始する予定であった。
日立製作所が製造し各路線に投入されている高速鉄道用車両800形（クラス800）と同様に、電化区間では架線から集電し非電化区間では床下のディーゼルエンジンにより発電機を稼働させて電力を得るバイモード車で、インターシティー125を始めとした既存の高速列車を置き換える目的で各路線に導入される。ただし、800形に搭載されているディーゼルエンジンの出力が560kW（750HP）である一方、802形は700kW（940HP）に向上している他、燃料タンクも大型化しており、非電化区間における長距離運転に適した構造になっている。
1999年、大手レーベルを離れ、映画『アンチェイン』のサウンドトラック、非戦三部作（『アザディ!?』『ラヴ・プラスマイナス・ゼロ』『シャローム・サラーム』）、ソウル・フラワー・モノノケ・サミットの『デラシネ・チンドン』など、自主レーベルからクオリティの高い多くの作品を精力的にリリース。東ティモール独立式典でのライヴ (2002年) や、三度に亘るフランス・ツアー (2002年) 、国後島（2003年）、台湾（2004年、2013年）、韓国 (1999年、2005年) 、ヨルダン・パレスチナ難民キャンプでのライヴ (2005年) など、その国際的な活動が作品として実を結んだ大作アルバム『ロロサエ・モナムール』は、2005年に発表された。2007年2月、新たな米軍基地建設計画で揺れる沖縄・辺野古のビーチ（在日米軍海兵隊基地キャンプ・シュワブそば）で『PEACE MUSIC FESTA！』を主催し、その模様はDVD作品『ライヴ辺野古』、シングル『辺野古節』『海へゆく』に結実。『非戦音楽人会議』の主宰など、積極的に現場とのコミットを続けている。2006年から日本全国を回る為のアコースティック・ユニット、ソウル・フラワー・アコースティック・パルチザンを結成し、中川敬、奥野真哉（時に高木克）、リクオ（時にJIGEN）の三人での地方巡業ツアーも活動の合間に行なっている。2008年9月、3年ぶりのフル・アルバム『カンテ・ディアスポラ』（73分の大作）をリリース。2009年以降、脱退した河村博司に代わり新加入した高木克が参加したマキシ・シングル『ルーシーの子どもたち』『アクア・ヴィテ』『死ぬまで生きろ!』、10年振りのライヴ・アルバム『エグザイル・オン・メイン・ビーチ』をリリース。2010年12月、2年ぶりのフル・アルバム『キャンプ・パンゲア』をリリース。