本作を大きく特徴付けるものの一つにダンジョンシステムがある。ダンジョンはフィールドの各地に存在するが、それぞれのダンジョンには女神像の置かれたロビーと呼ばれる部屋がある。プレイヤーはそこにアイテムを落とすことにより、自動生成されたダンジョンに入ることができる（パーティを組んでいる時はパーティ全員が入る）。他のプレイヤーが同じアイテムを落とさない限り、同じダンジョンに入ることはない。ただし、曜日効果により同じアイテムを落としてもダンジョンの形が変わることもある。また、モンスターがドロップする通行証というアイテムを落とすことにより、より難易度の高いダンジョンに入ることもできる。通行証で作られたダンジョンは他のプレイヤーが同種の通行証を落としても同じダンジョンには入らない。その他にも、メインストリームシナリオなどではメモリアルアイテムと呼ばれるアイテムをダンジョンに捧げることで、NPCキャラクターとしてダンジョンプレイすることができる場面がある。ただし、その場合に入手したアイテムやゴールドは実プレイヤーに戻った際には、反映されない（あくまでもメインストリーム中のイベントとしてNPCキャラクターの記憶を再現するプレイなので実プレイとは切り離されている）。
探検レベルという、通常のレベルとは別個に計算されLV50を上限とするレベルシステムが存在する。レベルアップには、L-ロッドと呼ばれるアイテムを用いてダウジングを行い遺跡や宝箱を発見する、探検クエストをこなす、気球によるワイバーン退治、筏による川下りなどの探検に分類される方法で探検経験値を得る必要がある。
スキル制とレベル制を組み合わせた成長システムになっている。スキルの修練を行うことによってランクアップの条件を整えた後、加齢やレベルアップ（探検レベルも含む）によって得られるAP（アビリティポイント）を消費することでスキルランクが上昇し、より強力なスキルを使用できるようになる。また、ランクアップさせるスキルによって異なってくるが、ランクアップさせた時に、キャラクターのステータスが若干上がったり、ランクアップボーナスとして一定の経験値が貰えたりすることがある。特にステータス上昇は転生しても引き継がれるため、それを主目的としてスキルランクを上げるプレイヤーも少なくない。
ペットのAIについては仕様が公開されている為、飼い主の編集により先制攻撃用や飼い主の回復用など個別の目的に合わせたオリジナルのAIを組み上げることが可能である。マビノギの戦闘システムでは判断力が重要である為、よく練り込まれたAIを持つペットは、プリセットAIのペットとは別次元の戦力となる。
人間やエルフ、ジャイアントでログインしているとペットを召喚することができる。その時に指示を出すと一緒に戦闘や回復などの補助をしてくれたり、アイテムの生産・プレイヤーを乗せて移動などの種族毎の能力を利用できる。ただし、現実時間1日に召喚できる時間が決められている（約1-2時間）。ペットでログインしてプレイが可能だが、NPCと会話ができないことやペットでのプレイ時間の制限があったり、覚えられるスキルに制限があったりするなどペットでプレイするメリットは少なく、PVPも不可能であるなどキャラクターと異なる点が多い。
「人間」「エルフ」「ジャイアント」の3つの種族が実装されており、人間はあまりスキルに個性がないがエルフ・ジャイアントに関してはかなり個性がある為、育て方によって個性の出るキャラクターが作れる。なお、転生を行っても種族の変更を行うことはできない。同種族同士であった場合でもスキルの配分によりキャラクターごとの個性を出すことは可能であるが、レベルアップによって得られるポイントでいくらでもスキルランクを上昇させられる為、突き詰めると全てのスキルをこなせるキャラクターを作ることが理論上では可能になることから、個性がでないとの指摘も存在する。が、完全な万能に至るには非現実的な時間を要するため、現実的には多様なキャラが育成されている。性別による違いは、アイテムによっては装備可能な性別が定められているが、キャラクター自体の能力に違いはない。年齢によって初期ステータスが異なるほか、レベルアップ時の各種パラメータ上昇率がそれぞれ異なる。また、10〜17歳にかけてキャラクターの身長も異なってくる。
ギルド作成にはギルド作成許可証と5人のパーティが必要となる。初期のギルドメンバー数は5人が最大だが、ゴールドとギルドポイントを使うことで最大250人まで上げることができる。ギルドの管理やギルドメンバーの加入・脱退手続きなどの権限はギルドマスターが持ち、ギルドマスターはサブギルドマスターを決めることができる。なお、ギルドメンバーは自由に脱退することができる。ギルドに加入していると、「ギルドチャット」や「ギルドホール」を使うことができる。
キャラクターへの称号のようなものと考えると理解しやすい。様々なタイトルがあり、条件を満たすことによって取得できる。また、そのタイトルを冠することでキャラクターの能力が変化する。例：「一発で熊を倒した ○○」（このタイトル取得の為には熊種族のモンスターを一撃で倒す必要がある）　　「器用な　○○」（取得のためには器用さのパラメータが一定値に達する必要がある
東京府北豊島郡（現在の東京都豊島区）生まれ。満州国大連で育つ。二松學舍専門学校国文科卒業。教育委員会勤務、編集者を経て1960年「宝石」誌に「錆びついた機械」が掲載。『怪盗ラレロ』や『セブンの太陽』など児童文学にも多くの作品を残している。また1963年から1964年にかけて、エイケンが製作し、東京放送（現 TBSテレビ）にて放映された連続テレビアニメ『エイトマン』（原作：平井和正）や『スーパージェッター』（原作：久松文雄）の2作品の脚本・監修を担当、特に『スーパージェッター』では主題歌（作曲：山下毅雄、歌唱：上高田少年合唱団）の作詩を手掛けたことで知られた。1984年（昭和59年）『ホック氏の異郷の冒険』で第37回日本推理作家協会賞（長編部門）受賞。映画史についての著作もある。同年探偵作家クラブに入会し書記局担当。1967年(昭和42年)から1993年(平成5年)まで日本推理作家協会理事。1988年(昭和63年)から2005年(平成17年)まで日本文芸著作権保護同盟理事長。日本文芸家協会理事。2019年8月25日、神奈川県川崎市の病院にて誤嚥性肺炎の為に逝去。