2004年12月7日、日本のアニメ製作会社メディアファクトリーの代理人である東京法律事務所が、ファンサブグループ"Lunar Anime"、"Wannabe Fansubs"、ファンサブポータルサイト"AnimeSuki"等の複数のファンサブ流通サイトに対し、同社が権利を保持する全ての作品を、現在及び将来の流通リストから削除するよう警告を出した。これに対し"AnimeSuki"、"Lunar Anime"は警告に従い流通リストから同社作品を削除し、また"Solar"、"Shining Fansubs"、"Scarywater"といった他のファンサブグループやファンサブポータルサイトもこれに同調した。その一方でファンサブグループ"Wannabe Fansubs"、"Anime-Keep"は流通を続けるとし、結局削除することはなかった。2006年8月22日、米国で『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX Solid State Society』のDVD発売を予定しているバンダイ・エンタテイメントは、同作品のファンサブを予定しているファンサブグループに対し、違法配信をしないよう、法的手段も辞さないとの態度で臨むと警告するプレスリリースを発表した。同作品は、日本では同年9月1日よりCS放送スカイパーフェクTV!にてペイ・パー・ビュー(PPV)方式で放送された後、11月にDVDの発売が予定され、バンダイ・エンタテイメントは同年7月の段階で既にライセンス獲得を発表しており、翌2007年には米国でのDVDの発売を予定していた。なお、このプレスリリースは話題にこそなりはしたものの結果的には完全に無視され、米国でのDVD発売はおろか日本でのDVD発売以前の時点でファンサブが流通した。「Crunchyroll」など、日本の企業と提携して公式に字幕付き動画を配信するサイトが登場しており、日本国外でもあまり日本との時間差なく視聴することが可能となっている。それにより、違法配信の抑制、新たな販路の開拓を期待しているという。
2000年以降になってファンサブ活動が急速に活発となった背景には、前述の通りインターネットの世界的な普及と技術革新によるものが大きい。特に大容量ファイルの移送・共有を容易に可能とするファイル共有ソフトの登場により、rawの入手からファンサブ視聴者への配布までの時間と労力が大幅に軽減されることとなった。その結果、現在では日本でテレビ放映されたものが、6時間程度で字幕が付いた状態で流通する事が多く、中には放送終了30分後に字幕付きでアップロードされているのもある。一方その弊害として、ファンサブ製作者間でリリースの早さを競うような現象も起こり、非常に翻訳の質の低いファンサブが流布するケースが増えている。ファイル共有ソフトやYouTubeのような動画観覧サイトの存在は、IRCとは異なり、ファンサブ活動と直接的には無関係であるが、二次的な配布・公開をも容易とし、更なる著作権の侵害に拍車をかける原因ともなっている。そのため、ファイル共有ソフトや動画観覧サイトの存在はファンサブ問題を語る際には無視できないトピックであり、それらを利用した不法流通・海賊版の撲滅のため、世界的な法整備の他、各国間での迅速な連携・対応が急務とされている。
アニメのライセンス権を持つ日本の企業はファンサブ活動への対応に苦慮している。ファンサブという活動は企業に代わってアニメの知名度を上げる側面を持つ。それが利益に結びつくと考えるならば黙認することも経営判断としてありうるが、直接的、間接的を問わず不利益に結びつくか何らかの意味で長期的にマイナスと判断すれば止めさせるのが当然である。ファンサバーたちは、告発例などが少ないことを根拠に、自分たちの活動は黙認されていると主張している。北米においては黙認どころか、公式・非公式にファンサブとプロサブはしばしば密接な関係にあるとされ、ファンサブ出身のプロサバーもいる。それだけではなく、北米のライセンシー企業とファンサバーは癒着し馴れ合いの状態にあり、ライセンシー企業が翻訳コストを低く抑える目的で、ライセンス権を持つ日本の企業には無断で、ファンサバーに協力を求めることさえある。ライセンシー企業は、自社がライセンスを持っている作品以外のファンサブについては口出ししない（北米では、良くも悪くも権利関係の線引きが明確であるため）。つまり大量のファンサブを不正に流通させているP2Pサイトが問題であっても、P2Pサイトそのものを閉鎖させようとするのではなく、そこでやりとりされている自社がライセンスを持っている作品だけを削除させ、後は放置する。
2010年（平成22年）9月8日、沖縄県石垣港・沖縄県尖閣諸島周辺の日本領海内で海上保安庁の巡視船に中国漁船が衝突し、中国人船長が逮捕された（尖閣諸島中国漁船衝突事件）。日本の対応について中国から抗議を受けていることについて、前原は「（尖閣諸島に）領土問題はない」と強調し、公務執行妨害容疑で逮捕された中国人船長の処遇について「日本の国内法に基づき粛々と対応する。それに尽きる」と述べ、中国側が求める中国人船長の早期釈放には応じないとした。前原は石垣市の石垣海上保安部・巡視船艇の係留所を視察して職員を激励し、「尖閣諸島に領土問題はない」とし、逮捕した漁船の船長の処遇も「日本の国内法に基づき粛々と対応する。それに尽きる」と、従来の主張を繰り返した。公務執行妨害容疑で逮捕された中国人船長の拘置延長が決まる前の2010年（平成22年）9月19日のNHKの番組にて、前原は「今回は偶発的な事故だと思っている。冷静に中国も対応してほしい」「国内法に基づいて粛々と対応する」「戦略的互恵関係を強めるためにも、われわれの立場を保ちながら中国と話し合いたい」と述べた。一方で、この事件を受けて中国国内で起こっている日本に対する抗議活動について「中国政府も抑制のための努力をしている」と発言した。しかし、2010年（平成22年）9月24日、船長は「諸般の事情のため」との那覇地検の判断により釈放された。これについて読売新聞は、国連総会出席のためアメリカを訪問していた前原がアメリカ政府の国務長官ヒラリー・クリントンとの会談の中で、「まもなく解決しますから」と自信ありげに伝えたとし、中国人船長の「釈放」に動いたのは官房長官の仙谷由人、そして外務大臣の前原であったとされる、と報じた。前原自身は、「那覇地検が手続きの中で決めたので、政府として従うということだ」と述べ、自らの政治的な関与はなかったことを重ねて強調した。翌10月27日には米ハワイ・ホノルルにおいて、米国務長官ヒラリー・クリントンと約2時間に渡って会談。中国からの輸出停滞が国際問題化となっているレアアースについて、供給源を多角化させる必要があると認識で一致するとともに、中国が領有権を主張している尖閣諸島は日米安保条約第5条の適用対象であるとの認識においても一致。クリントンは前原との会談を終えた後の共同会見で、尖閣諸島について「米国の日本防衛義務を定めた日米安保条約第5条の適用対象になる」旨を改めて明言した。