一方で、遠藤は麻原の初公判での態度を見定めようとしていた。すなわち「麻原が起訴内容を否認すれば見損ない、踏ん切りがつく。逆に、罪を認めるのならその実直な姿勢を評価することができる」と考えていたが、実際の麻原はそのどちらでもなく、初公判で「お話するつもりはない」と曖昧な態度を取り、遠藤はこれに動揺した。遠藤は当初「起訴事実は一切争わずに全て認め、情状酌量を求める」つもりであったが、それは当時の弁護人・N弁護士の方針に流されたまでだった。これを機として、自分が唯々諾々と全ての起訴内容を認めることも結局嘘をつくことと同じではないかと思い直し、N弁護士の方針と不一致が生じたことで、1996年6月にN弁護士を解任した。
取り調べや裁判初期の段階では非常に反省している様子で罪も認め、オウムの疑似科学に協力したことを悔いていた。そして1995年11月に悩んだ末教団を脱会。このとき取調官に対し「何をやらせても自分は失敗ばかり。二流の研究者だった」と話したという。さらに捜査段階において地下鉄サリン事件の実行犯たちが「村井を介して指示を受けた」と証言する中、遠藤は唯一、麻原から直接指示を受けたことを証言していたことから、麻原の犯罪を立証する「検察の切り札」だと見なされていた。しかし一方で、麻原を裏切るかたちをとるのに臆する様子で「裏切ると、来世がなくなる。地獄も天国もない、無になってしまう」「死刑より無が怖い」と葛藤していた。1995年11月の初公判では「真実を歪めず、全部を話したい」との意向を表明し、真相解明に協力的な姿勢を示した。裁判初期段階における遠藤の印象について、オウム事件の裁判を傍聴し続けた降幡賢一は「真相解明の鍵をこの被告（遠藤）が握っているかのように錯覚した」と述懐している。また当時遠藤の弁護人を務めたN弁護士は初公判で「信仰や教祖に対する心の揺れ、そういった人間の弱さもオウム事件を解明する重要な手がかりである」とし、オウムを脱会した今でも、遠藤が麻原や教団との関係に悩み、揺れ動いていることを隠さなかった。そして「信仰と現実の狭間で葛藤するか弱い人間としての悩みをあえて抑圧せず、公判廷では包み隠さず、あらわにすべきものとする」と宣言した。
強制捜査にそなえて証拠隠滅工作を行った後、逃走資金3,000万円を持って信者9名と九州方面に逃亡、温泉街で豪遊する。その後、村井秀夫の指示で上九一色村の教団施設に戻り、違法薬物等を隠匿した。第2サティアンの地下2階の隠し部屋に土谷正実らとともに潜伏し、4月26日16時27分に瞑想しているところを土谷とともに逮捕された。逮捕時、捜査状況をメモした大学ノート・名刺・現金120万円・PSI等を持っていた。松本サリン事件の実行犯、地下鉄サリン事件の共同正犯、駐車場経営者VX襲撃事件 などで殺人及び殺人未遂などの罪で起訴された。5月15日、取調官に麻原の逮捕状を見せられると、「（麻原は）末期がんで死にそうなので大事に扱ってください」と頼んだ上で、麻原が第6サティアンの隠し部屋にいることを自供した。
翌1556年1月、フマーユーンが図書館の階段から落ちて事故死した。2月14日、アクバルはデリーにおいて13歳の若さで即位した。なお、宰相のバイラム・ハーンが彼の摂政として補佐にあたることとなった。だが、即位当初、アクバルの統治は不安定そのものであった。シェール・シャーの開いたスール朝などの敵対勢力がデリーの近辺にも残り活発な活動を行っており、その3人の王ムハンマド・アーディル・シャー、イブラーヒーム・シャー、シカンダル・シャーは健在であった。だが、スール朝のヒンドゥー武将ヘームーは彼ら3人よりもさらに危険であった。ヘームーはもともと野菜売りの出であったが、スール朝の軍造司令官・宰相にまで上りつめた人物であった。フマーユーン死後すぐ、ヘームーは混乱に乗じて挙兵し、デリーとアーグラを占領した。10月にデリーが占領されたとき、アクバルとバイラム・ハーンはパンジャーブ地方でスール朝の残党討伐にあたっていたが、ジャランダルにいた彼らにその知らせが届くと、皇帝の側近である将校には恐怖が走った。軍勢の数は帝国軍2万に対し、ヘームーの軍勢は10万を超していたからだ。将校らはこの大軍と戦うことは無理があるとし、ひとまずカーブルに引き上げたうえで新たに兵員を増やした後、再びインドを征服することを提案した。だが、アクバルとバイラム・ハーンは今すぐ戦うべきだとし、バイラム・ハーンは何も抵抗せずにデリーを敵に明け渡したタールディー・ベグを処刑したため、退却を主張した将校は黙り、軍は士気を取り戻した。同年11月5日、アクバル率いる軍勢はデリー北郊のパーニーパットでヘームーの軍と激突した（第二次パーニーパットの戦い）。パーニーパットは起伏が連なる広原地帯であり、1526年にはこの地でアクバルの祖父バーブルがローディー朝を破り、ムガル帝国を創始した歴史的な地でもあった。両軍の戦力の差は圧倒的で、帝国軍はヘームーの大軍に両翼を包囲され、敗北寸前に陥った。ヘームーが勝利したと思われたとき、象の上に乗って指揮をしていたヘームーが片目を矢で射られて意識を失い、彼の軍は混乱に陥った。数時間後、ヘームーの大軍は潰走し、ヘームー自身も捕らえられ、アクバルの前に突き出された。バイラム・ハーンはアクバルに（異教徒を自らの手で殺害したら者に与えられる）「ガーズィー」の称号を得るため、アクバル自らヘームーを処刑するように促した。だが、アクバルは抵抗できない敵に自ら手を下すことを拒み、バイラム・ハーンにその役目を任せ、自らはその剣に手を添えるにとどめた。こうして、ヘームーは処刑され、第二次パーニーパットの戦いは終結した。