パナマ侵攻後の1990年1月12日、CIA分析官のライアン・ジャクソンは、情報員ジェイソン・ハドソンが担当する工作員アレックス・メイソンとフランク・ウッズによって処理されたいくつかの任務について報告した。この報告では、ニキータ・ドラゴヴィッチ、ジョン・F・ケネディ大統領、ラウル・メネンデスなど、いくつかの人物との3人の関与についての言及がなされている。1975年4月29日、パラブルシステムと呼ばれるトップシークレットのCIAの暗号装置を破壊するためにベトナムのサイゴンにウッズが送られた。パラブルシステムの破壊に成功した翌日、彼はタンソンニャット空軍基地に到着し、CIA分析官のグループを救出し安全に避難させた。1976年、メイソンはアクティブ・メジャー作戦に参加し、シュタージの離反者からの情報を回収するためにドイツのベルリンへ向かった。しかし、離反者は交換が行われる前に殺害された。その後メイソンはミカイル・ベロフ大佐が率いるKGBのスパイ組織を追跡した。メイソンは情報の回収に成功し、その過程でベロフを殺した。1977年の冬、ハドソンは、ノヴァ計画を復活させるKGBの試みを知った。これは、実際に計画を阻止したのと同じ場所のマウンタウ山であった。ウッズが率いるチームが送られたが、仲間が搭乗していたヘリが墜落し、ウッズしか生き残らなかった。ウッズは施設に侵入し元ノヴァ6開発者のフリードリッヒ・シュタイナーの部下のシュリセルを殺した。施設から回収した情報で、ハドソンとウッズをエルブラス山の近くにあるKGBミサイル発射場に導いた。発射場でノヴァのガス拡散装置を追加した大陸間弾道ミサイルを試射する計画だった。 ウッズはミサイルを爆破し打ち上げを阻止できたが、ヤマンタウ山でのヘリ墜落を生き延びたチームメイトの一人KGBに拘束されたことを知った。彼はハドソンの命令に反してチームメイトを救うために施設に潜入したが、間に合わなかった。ウッズはその後、施設に爆弾を設置し破壊した。1979年7月19日、メイソンはニカラグアのマナグアに派遣され、KGBによって拘束されていた潜入工作員を脱出できるよう支援した。3ヶ月後、彼はムジャーヒディーンについての情報を持っていた高価値の人物を救出するためにアフガニスタンに送られた。ジャクソンは、メネンデスカルテルに対する1982年の急襲でカルテルのリーダーのホセ・ルイス・メネンデスが死亡した任務についての情報で報告を締めくくった。ミッション自体は成功したが、その結果現場から逃亡したホセの息子のラウルがその後にカルテルの新しい指導者として台頭してしまった。
本作のキャンペーンはリプレイ性の高いオブジェクティブベースのミッションで構成されており、プレイヤーのパフォーマンスを上げることが可能になっている。シングルプレイヤーは「オペレーション」という名称であり、メインストーリーに加え、走りながら敵の模擬的を撃ち倒しつつ記録更新を目指す、タイムトライアルモードも存在する。
『コールオブデューティ ブラックオプス ディクラシファイド』は、Vitaのデュアルアナログスティック、タッチスクリーン、背面タッチパッドを使用する。背面タッチパッドを使用して息を止めることで、狙撃時の銃のブレを抑えられる。タッチスクリーンを使用して手榴弾を投げられるという点で、『RESISTANCE −アメリカ最後の抵抗−』に似ている。 タッチスクリーン上をスワイプまたはタッチすることによって、近接攻撃が可能。「ホスタイル」と呼ばれる全く新しいモードが追加されており、このモードではプレイヤーは4つの異なるウェーブで複数の敵と戦う。ニヒリスティックは、ゾンビモードがゲームに含まれないことを発売時に認めた。2012年のゲームズコム開催中にディクラシファイドが紹介されたが、グラフィックスが批判された。ニヒリスティックは照明の改善、敵と銃のより良いモデル、より良いテクスチャでゲームのビジュアルを改善することで対応した。標準のスクリーンショット機能は使用不可となっている。また、PS Vita TVでのプレイには対応していない。
ゼリグナイト（Gelignite)とは、1875年にアルフレッド・ノーベルによって発明された。 世界初のプラスチック爆薬である。珪藻ダイナマイトと違ってニトログリセリンが染み出さないので当時としては便利な爆薬だった。日本では膠質ダイナマイトと呼ばれていた。近年ではIRAがイギリスに対して行った爆弾テロでも用いられたため、イギリスではニュースなどで聞く爆薬名である。そのため、映画などのフィクションにもよく登場している。
コンピュータのセキュリティ問題の大半は、実行時に何かを書き換えられるような抜け穴（バグであることが多い）がプログラムにあることが原因である。Ubuntuの初期の44通の Security Notice を分類すると、41%はバッファオーバーランを原因とする脆弱性、11.4%は整数オーバフロー、15.9%は不正データの処理上の問題であった。これらのバグを悪用すると、外部からコードを注入して実行させたり、既存コードを不正な順序で実行させることができる。なお、この分析は非常に簡単なものであって、詳細に脆弱性を分析すれば結果は変わってくるだろう。ワームやコンピュータウイルスなどの攻撃の多くは、メモリの内容を書き換えてマルウェアコードを実行できるようにすることで行われる。あるいは、データを実行するよう誘導するなどの手法がある。そのようなマルウェアの実行をブロックできれば、そのような侵入によって損害を被る可能性は激減する。Sasserのようなワームもそれによって対処可能である。PaX は、そのような様々な攻撃を防ぐため、非常に汎用的な方法で防御するよう設計された。メモリのアクセス権（リード、ライト、実行の組合せ）を制御することで不正コードの実行を防ぎ、同時に正当なコードの実行には影響を与えないよう設計されている。若干のオーバーヘッドはあるが、PaX はDoS攻撃や外部からのコード注入制御の可能性を減らし、攻撃者にスーパーユーザー特権を与えるのを防ぎ、ハードディスク上の重要な情報へのアクセスを防ぎ、単に影響を受けたプログラムやプロセスがクラッシュするだけで済む。DoS攻撃は、実行されるだけで迷惑であり、リソースや時間の浪費となる（企業のウェブサイトが攻撃された場合、ビジネス機会が失われる）。しかし、PaX があればデータを書き換えられたり、情報を外部にコピーされたりすることがなくなる。ただし環境によっては DoS 攻撃の類は攻撃されること自体が許容されない。サービス水準合意などの契約条件では、侵入者によるサービス低下が単なるコスト問題以上の契約違反として扱われる。それでも多くの場合、セキュリティを強化して重要な情報を保護することには意味がある。多くのバグはメモリ破壊の原因となる。そのようなバグを利用して、プログラムが意図していない動作をさせることが可能となる。PaX はそのようなバグの検出や修正が可能なわけではなく、そのようなバグを利用した悪意ある攻撃を防ぐことにある。そのようなバグの一部は深刻度が減じられ、不正な動作をする代わりにプログラムを終了させる。PaX はバッファオーバーフローを直接防ぐことはできないが、それを利用して不正なアクセスを行おうとするのを効果的に防ぐ。Stack Smashing Protector や StackGuard はバッファオーバフローそのものを検出し、そのような動作をしようとしたプログラムを終了させる。このような手法を Stack Smashing Protection と呼び、実際にオーバフロー状態となる前に防ぐ。一方 PaX はより汎用的な手法であり、オーバフローが発生してから実際のダメージが発生するのを防ぐ。どちらの手法でも結果的には同じ効果が得られるが、完全に重複する手法というわけではない。従って、両方の手法を同時に使うことで、システムをより安全にすることが（原理的には）可能である。一部のLinuxディストリビューションでは、PaX と Stack Smashing Protection の両方を採用している。2004年中ごろ、PaXはLinuxカーネルのメインのソースツリーには含まれていなかった。これは、PaXチームがPaXを不完全であると考えていたためである。x86を含む多くのCPUアーキテクチャでは完全に機能しているが、いくつかのアーキテクチャでは部分的にしか実装されていないか、全く実装されていない。PaXが実装されているアーキテクチャとしては、IA-32 (x86)、AMD64、IA-64、Alpha、PA-RISC、MIPS、PowerPC、SPARC がある。