1952年（昭和27年）、仙台駅の仙石線プラットホームが大きく変わった。宮城電気鉄道時代に建設され国有化後もそのまま使われていた仙石線地下ホームは約200メートル東側の地上に移され、同時に東口改札口が併設された。この移設には、この年に宮城県、山形県、福島県で行われた第7回国民体育大会秋季大会が関係している。それまでの仙台駅は線路の西側に駅舎を持ち、反対の東側には駅舎がなかった。第7回国民体育大会では、仙台駅の東側に位置する宮城野原公園総合運動場が主要会場の一つとされ、この運動場への交通の便を図るためにホームの移設と東口の設置が行われたのである。これによって旧来の仙石線地下ホームは、移設後の仙石線ホームと東北本線各ホームおよび仙台駅西口とを結ぶ連絡通路に変わった。この地下通路は2000年（平成12年）の仙石線ホーム再地下化まで利用されることになる。また、仙台駅仙石線ホームの移設に伴って仙台東口駅が廃止された。1956年（昭和31年）10月、仙石線管理所が発足した。これは非採算線区の経営改善を目的に国鉄の中で試行的に行われたもので、前例のない制度だった。管理所の導入によって、仙石線は一個の独立した経営単位として扱われた。管理所の所長には大きな権限が与えられ、経営改善に取り組むことになった。この管理所制度のもとで、仙石線では踏切の自動化などによる人員削減、貨物列車の集約および縮小が行われた。また、この当時、仙台駅から東塩釜駅の間では30分に1本の頻度で列車が運行していた。仙石線管理所はこれを15分間隔に改め、「時計なしで乗れる」を謳った。また、仙石線沿線で行われる海水浴や釣り大会に併せて臨時列車を増発し、また写真コンクールを企画してやはり臨時列車を運行した。管理所が発足した1956年度（昭和31年度）の仙石線の営業係数は165だったが、1957年度（昭和32年度）には131に改善した。経営上は赤字であることに変わりなかったものの、これは国鉄内で評価されて、管理所制度は日本全国の支線区に広まることになった。1960年（昭和35年）には仙石線の営業係数は111となり、総裁賞を受賞した。仙石線管理所は1971年（昭和46年）に解散し、仙石線は仙台鉄道管理局による直轄運営に戻った。この間、1968年（昭和43年）3月に仙石線の陸前原ノ町駅から多賀城駅までの区間が複線となり、さらに1969年（昭和44年）9月に多賀城駅から西塩釜駅までの区間が複線化された。この年の10月に行われたダイヤ改正で仙台駅と石巻駅を58分で結ぶ特別快速が誕生した。
APC/Cの基質は、APC/Cによる同定を可能にする認識配列を有している。最も一般的な見られる配列はD-box（destruction box）として知られている。APC/Cは、ユビキチン転移の共有結合性の中間輸送体となるのではなく、E2ユビキチン結合酵素とD-boxとを結び付ける。D-boxはRXXLXXXXN（Rはアルギニン、Xは任意のアミノ酸、Lはロイシン、Nはアスパラギン）に類似した配列を持っている。他の重要なモチーフとしてはKEN-boxがあり、その配列はKENXXXN（Kはリジン、Eはグルタミン酸）に類似したものである。KEN-boxの最後のアミノ酸はきわめて多様であるもの、その配列の変異はin vivoでのタンパク質分解を阻害する。タンパク質がどのようにAPC/Cの標的となっているのかについて、未解明の点は多い。Cdc20とCdh1はいったんApc/Cに結合すると、さまざまな基質のD-boxとKEN-boxの受容体として機能する。Kraftらは、基質のD-boxがAPC/C活性化因子の高保存性領域であるWD40リピートプロペラ領域に直接結合することを示した。Cdh1プロペラの保存性領域はCdc20のものよりもかなり大きく、Cdh1のより広い基質特異性をもたらしていることは特筆すべきである。このことは、APC/CCdh1はKEN-boxを含む基質の分解も活性化するという事実と一致する。D-boxはタンパク質の分解も促進し、D-boxの直近に存在するリジン残基がユビキチン化の標的となる。D-boxのすぐC末端側のリジン残基がユビキチンの受容部位として機能する。APC/Cの基質の多くはD-boxとKEN-boxの双方を含んでいる。APC/CCdc20またはAPC/CCdh1によるユビキチン化は双方の配列に依存するが、一部の基質はD-boxまたはKEN-boxのいずれかのみを1つまたは複数コピー含んでいる。2つの異なる分解配列を持っていることでAPC/Cの高い基質特異性がもたらされているが、APC/CCdc20はよりD-box依存的であり、APC/CCdh1はよりKEN-boxに依存的である。例えば、APC/CCdh1はTome-1やSororinといったKEN-boxのみを含む基質をユビキチン化することができる。Cdc20とCdh1はD-boxとKEN-boxの受容体として機能するかもしれないが、これらの活性化因子と基質の間の親和性は低く、活性化因子単独でAPC/CCdc20やAPC/CCdh1と基質との高親和性結合がもたらされているとは考えにくい。したがって、Apc10のようなAPC/Cのコアとなるサブユニットも同様に基質との結合に寄与していると考えられる。Apc10/Doc1サブユニットを欠失したAPC/Cの発現系では、Clb2はAPCΔdoc1–Cdh1へ結合することができないが、精製したDoc1を添加することで基質結合能が回復する。