2006年のシーズンでも、ナダルはATPツアー大会の決勝戦でフェデラーに4連勝を記録した。同年5月、第7回「ローレウス・スポーツ賞」の「最優秀新人賞」を受賞。2006年にはクレーコートで、ギリェルモ・ビラスが持っていた「53連勝」の記録を更新する。第2シードで出場した全仏オープンではロビン・セーデリング、ケビン・キム、ポール＝アンリ・マチュー、レイトン・ヒューイット、ノバク・ジョコビッチ、イワン・リュビチッチに勝利し決勝進出。決勝戦ではフェデラーに1-6, 6-1, 6-4, 7-6で勝ち、大会2連覇を達成。クレーコートでの連勝記録を「60連勝」に伸ばし、それまでグランドスラムシングルス決勝戦で負けたことがなかったフェデラーに、初めての黒星をつけた。同年のウィンブルドンでも初めて決勝に勝ち上がったが、全仏に続く2大会連続の決勝対決となったフェデラーに0-6, 6-7, 7-6, 3-6で敗れた（大会4連覇を達成したフェデラーは、試合終了後「芝では負けられなかった」と話した）。全米オープンでは振るわず、準々決勝でミハイル・ユージニーに3-6, 7-5, 6-7, 1-6で敗れた。
ナダルは2005年シーズンに急成長を始めた。シーズン序盤、中南米のクレーコートの大会でいくつかの勝利を収め、全仏オープンの前哨戦となるATPマスターズシリーズのモンテカルロ・マスターズで18歳10ヵ月で優勝。世界ランキング10位入りを果たす。続くBNLイタリア国際でも優勝。年頭には50位だったATPランキングも、全仏オープン開始前の5月9日には5位まで上昇した。第4シードで出場した全仏オープンでは、ラース・ブルクスミュラー、グザビエ・マリス、第30シードリシャール・ガスケ、第23シードセバスチャン・グロジャン、第20シードダビド・フェレールを破り準決勝進出。準決勝で世界1位のロジャー・フェデラーを破り、決勝ではアルゼンチンの伏兵マリアノ・プエルタに競り勝って、「19歳2日」の若さでグランドスラム初優勝を達成。全仏オープンでの初出場・初優勝は1982年のマッツ・ビランデル以来となり、大会でも4番目の年少記録だった。10代の男子テニス選手がグランドスラムで優勝したことも、1990年全米オープンに「19歳28日」で優勝したピート・サンプラス以来15年ぶりの快挙であった。その後のグランドスラムでは、ウィンブルドンは2回戦でジル・ミュラーに、全米オープンは3回戦でジェームズ・ブレークに敗れるが、7月25日には19歳1ヶ月でロジャー・フェデラーに次ぐ世界ランキング2位の座につく。2005年度はATPツアーで年間11勝を挙げ、そのうちATPマスターズシリーズでは、モンテカルロ・マスターズ、BNLイタリア国際、ロジャーズ・カップ、マドリード・マスターズの4大会で優勝した。
マヨルカ島にあるバレアレス諸島州マナコルに生まれた。彼の叔父はサッカー元スペイン代表ディフェンダーのミゲル・アンヘル・ナダルであり、ラファエルも12歳まではサッカーで有望選手だったという。もう一人の叔父であるトニー・ナダルが子供のころから一貫してコーチを務めている。8歳の時にスペインの12歳以下の大会で優勝。その後テニスを職業に選び、2001年に15歳でプロ入りした。2003年4月21日、16歳10ヵ月で世界ランキング100位入り。2003年8月4日、17歳2ヵ月で世界ランキング50位入り。2004年8月のオレンジ・ワルシャワ・オープンでシングルス初優勝を飾り、アテネ五輪にカルロス・モヤとの男子ダブルスで出場している。全米オープン男子ダブルスで、同じスペインのトミー・ロブレドと組んで準決勝に進出したことがある。12月のアメリカとのデビスカップ決勝にも起用され、アンディ・ロディックを6-7(6), 6-2, 7-6(6), 6-2で破りスペインの優勝に貢献した。
共通線信号方式は、大手電話会社とITU-Tが1975年から開発を始め、1977年に最初の国際標準であるNo.6共通線信号方式（英語）が制定された。No.7共通線信号方式は1980年、Q.7XXシリーズ勧告としてITU-Tにより国際標準化された。No.6信号方式の信号単位が28ビットに制限されていて、機能が限られている点とデジタルシステムに馴染まないことから、これを代替すべくSS7が策定された。SS7は従来の SS6、SS5、R1、R2を事実上代替したが、R1とR2については今も使っている国がある。SS5などの初期の帯域内信号プロトコルでは、呼設定情報は特殊な多重周波数の音の形で電話線上（通信事業者の用語では「ベアラ・チャネル (bearer channel)」）で送った。この方式は、ブルーボックスに代表されるフリーキング（電話回線の不正使用）問題を引き起こした。現在では、電話機では話者の音声を送る経路と制御信号を帯域外で送る経路を分離し、話者の音声を制御信号と間違う危険性を排除している。SS6とSS7では、信号情報は帯域外となり、独立した「信号用経路」で転送されるようになった。これによってエンドユーザーはそれら経路にアクセスできなくなり、ブルーボックスのようなセキュリティ問題が解消された。SS6やSS7が共通線信号方式と呼ばれるのは、信号用通信路とベアラ・チャネル（通話用通信路）をハード的に分離していることに由来する。信号用経路が別に必要となるが、信号の転送速度が向上するため、通話用通信路を使っている時間は短縮される。共通線信号方式をIETFがIP上に置き換えたものがSIGTRANプロトコル群である。IP上で転送する際は、SIGTRANプロトコル群がSS7のように働くのではなく、単に既存のSS7の信号をSCTPプロトコル上でそのまま転送する。