この事件の記録は、のちに『万石騒動日録』（あるいは『万石騒動日記』）としてまとめられた。成立年代は18世紀中葉以降とみられるが、筆者とともに不明である。この『万石騒動日録』については、佐倉惣五郎（木内宗吾）の伝説的な事跡の筋書き（佐倉義民伝。惣五郎の物語が体裁を整えるのは18世紀後半である）との共通点が指摘されている。この共通性から、『万石騒動日録』にフィクションの部分が多いとみなす解釈と、万石騒動を参考に佐倉義民伝が作られたという解釈がある。
正徳2年（1712年）7月22日に幕府の裁断が下された。川井は息子と共に死罪、郡代林武太夫および代官高梨市左衛門は追放され、藩主・忠位は失政を咎められて北条藩屋代家は改易となった。農民側も、捕らえられたままであった名主3名（北片岡村の小柴庄左衛門、稲村の山口弥市郎、中村名主の吉田九兵衛）が追放に処せられた。
正徳元年（1711年）9月、川井が各村に割り当てた年貢量は、従来の2倍近いものであった。これに対して、農民600名が10月9日から10日間に渡って北条陣屋（現在の館山警察署付近）に押し寄せて減免を求めた（門訴）。江戸屋敷に戻った川井の意を受けた部下は取り合わず、また川井は江戸屋敷に名主を呼び出して圧力を加え、首謀者を探った。600名の農民は江戸に出て、11月2日に江戸屋敷にいる藩主への門訴をおこなった。川井はいったんは農民の要求を呑んだように装い、年貢減免の墨付を与えて農民たちを国許に帰した。しかし川井は農民たちを追う形で北条陣屋に赴き、11月13日に名主を陣屋に呼び出して墨付の奪還を図り、6名を投獄。11月26日に捕らえた6名のうち3名（湊村の秋山角左衛門、国分村の飯田長次郎、薗村の根本五左衛門）を国分村萱野の刑場で処刑、その妻子は追放し家財は没収するという弾圧に出た。また、農民に協力した代官行貝弥五兵衛国定（42歳）およびその息子の弥七郎恒興（21歳）を処刑した。行貝は国分村出身の地代官で、国分村の名主飯田長次郎とも親しい間柄であった。名主の投獄を受け、農民側は再び江戸で訴えを起こすことを決議、代表者が江戸に上り、11月20日に老中の秋元喬知に駕籠訴（直訴・越訴）を行ったが却下された。12月4日には老中阿部正喬への駕籠訴が決行された結果、幕府は訴えを取り上げて審理が行われることになった。12月25日、評定所は農民の訴えをほぼ認め、川井は投獄された。
ジョミニは各地で軍務に就きながら軍事学の研究を行っており、数多くの著作や論文を発表した。最も初期の研究は1804年から1816年にかけて書かれた全8巻の『大陸軍作戦論』であり、この著作でジョミニは近代戦争における戦略と戦術の専門家としての国際的な評価を獲得していった。1806年に書かれた全5巻の『革命戦争の批判的戦史』、1819年から1824年に書かれた全15巻の『革命戦争の批判的戦史 続』、1827年に書かれた全4巻の『ナポレオン政治的軍事的生涯』などの戦史研究も執筆している。さらに1829年には『戦略戦術の総合研究入門』、1830年にニコライ1世の勧告の下に『戦争術の分析要約』を作成し、1837年から1838年にかけて加筆を加えて2巻の書籍として編集し『戦争概論』を完成させた。この著作は、ジョミニがそれまで研究してきた戦争術の普遍的な原理について詳説された。ちなみにジョミニが最後に発表したのは、1839年に出された『1815年会戦の政戦略概要』である。これらの一連の研究の中で特に重要な業績は、ユリウス・カエサルからナポレオンの時代まで戦略家たちが依拠してきた一般的原理の存在を主張する、ジョミニの軍事思想が展開された『戦争概論』である。不変的で確実な原則の存在を提唱したロイドの啓蒙主義な軍事思想をジョミニは賞賛しており、またナポレオンが実践した戦略を観察してその原則を明らかにすることに努めていた。なぜなら、ジョミニの見解によれば、ナポレオンは常に不変的な戦略の原則を適用していたために勝利していたためである。それは、古代から近代にかけて変化してきた戦争の様相によって左右されない戦争術の法則であって、ジョミニはある戦力を戦場において決定的な地点を脅かすように運動させる簡潔な一般的原則を提唱した。ここでの決定的な地点とは決勝点でもあり、敵にとって致命的または弱体化を余儀なくされるような地点という性格がある。具体的には交通路、渡河点、隘路、兵站基地、または敵の側面や背後などが、その地点となりうると考えられる。ジョミニはさらにこの決勝点の概念と関連して、ロイドと同様の作戦線に関する主張を展開している。ただしこの論点に関して、ジョミニの基本的な主張は作戦線の性質を識別することにあり、彼は河川や山岳などの障害地形を越えて軍事作戦を遂行する際に絶対的距離として現れる自然的な作戦線と、自然環境の制約の中で戦略的選択に関して現れる作戦線の二つを区別した。ジョミニは簡潔さを追求しながらも10種類以上の作戦線の区分を作っており、また内線作戦と外線作戦の関係について内線作戦の価値を強調した。