チャールストン市警察局には382人の警官、137人の文民および27人の予備警官がおり、州内最大の警察組織となっている。薬物使用やギャングの暴力を取り締まる手続は他の都市のモデルとして使われている。2005年のFBI犯罪リポートに拠れば、チャールストンの犯罪発生率はほとんど全てのカテゴリーで国内平均より悪くなっている。
チャールストンは強い市長と市政委員会の形態を採り、市長が主管理者かつ市政の行政官として行動している。市長は市政委員会を主宰し、委員と同等の投票権がある。委員会は市内12の選挙区から各1人選出される12人の委員で構成されている。
チャールストン・ノースチャールストン・サマービル都市圏は、チャールストン郡、バークレー郡 、ドーチェスター郡およびコレトン郡の4郡で構成される。2005年の推計で、都市圏人口は634,568人だった。チャールストンには幾つかの大きな郊外都市がある。ノースチャールストンはチャールストンと並ぶ人口があり、州内第3の都市である。マウント・プレザントとサマービルがそれに次ぐ都市である。これらの都市とチャールストン周辺の編入済あるいは未編入の地域を組み合わせてチャールストン・ノースチャールストン市街地となり、2000年時点の人口は423,410人だった。この人口はコロンビア都市圏より少し大きく、チャールストン・ノースチャールストン・サマービル都市圏は州内第1位の都市圏になっている。この都市圏はバークレー郡モンクスコーナーという別のかなり小さな都市部も含んでいる。レコンストラクションまでは伝統的な教区制（parish system）、以降は郡制となった。それにもかかわらず、教区制はある程度存続し、主に公共事業地区として用いられている。チャールストンの旧市街は元々セントフィリップ & セントミカエルの教区だった。現在でもセントジェイムズ、セントジョージ、セントアンドリューズ、セントジョンの各教区が存在し、後の2教区は大半がまだ田舎の編入済教区である。
チャールストンは、北緯32度78分00秒西経79度93分00秒 に位置する。アメリカ合衆国国勢調査局によると、総面積は347.5 km²（147.1 mi²）、陸地面積は251.2 km²（97.0 mi²）、水域44.3 km²（17.1 mi²）である。水域比率15%である。古い市街は半島にあり、市民の言い方では「アシュレー川とクーパー川が合わさって大西洋を作る所」にある。半島全体は高度が低く、埋め立てられた所もある。激しい雨、高波や異常な高潮でしばしば洪水を起こした。市の境界は半島からアシュレー川に沿って広がり、ウェストアシュレーの大半とジェームズ島やジョンズ島の部分を含んでいる。クーパー川沿いではダニエル島とケインホイ地区を含んでいる。半島の北はノース・チャールストンとなり、クーパー川の東の地にはマウントプレザントがある。感潮河川（ワンドー、クーパー、ストノ、アシュレーの各河川）は沈水海岸の証拠である。換言すれば、元々の川は川床が低く、海洋が隆起するか陸地が沈降したために地形が変化した。チャールストン港の入り口には沈降した川のデルタがあり、川は深く、港に適している。海洋の隆起は氷河期の終りに氷河が溶けたことによると思われる。
中里遺跡は東京都北区上中里にある縄文時代から近世以降にかけての遺跡である。鉄道敷地内にあり、上中里駅から田端駅にかけて約1.1kmに及ぶ。多数の土器、丸木舟、土器片錘などが出土している。隣接する用地に中里貝塚がある。東北新幹線建設予定地となった上中里駅東方の国鉄用地は、それまで遺跡は確認されていなかったが、中里村貝塚の故地を斜めに通るため、地下に遺跡が眠っている可能性があった。1982年1月、東京都教育委員会は国鉄東京第一工事局に新幹線建設用地内の文化財調査について協議を申し入れた。1982年4月から試掘調査が行われ、上中里駅から田端駅方向に約1.1 kmの範囲にわたって遺跡および植物遺体が確認された。1983年4月に東北新幹線中里遺跡調査会が発足し、1984年10月までの2年間発掘調査が行われた。発掘は急ピッチに進められ、終了した地区から新幹線建設が行われていった。中里遺跡から出土した遺物は、北区飛鳥山博物館に保管・展示されている。中里遺跡のあった場所は現在、東北・上越新幹線高架と新東京新幹線車両センターになっている。約6000年前の縄文海進の海水準最高期、赤羽 - 上野間には侵入した海によって海食崖が形成されていた。中里遺跡のある崖線直下からは標高3mの位置にこの時期の波食台が見つかっており、海食崖下には侵食による岩屑も認められる。海よりでは有楽町層の灰色粘土層が堆積し、ここに約100mにわたって厚さ約30cmのハマグリとカキを主体とする貝層が形成された。その後海岸線が後退して中里は三角州をともなう湿地となり、多量の流木を含む泥炭層を堆積させた。波食台の上に堆積した砂礫層、砂層、粘土層、泥炭層からは縄文時代早期中葉から後期中葉までのさまざまな土器が出土している。最も多く出土したのは縄文時代中期中葉から末 (4500-4000年前) にかけてで、この時期の集石遺構も出ている。土器片錘（網の錘として再利用した土器片）や、後述の丸木舟も出土しており、ここが縄文人の漁労活動の場であったことを示している。この地域は陸化していき、古墳時代以降は完全な陸地になって人々の活動の痕跡が見つかるようになる。中里遺跡から出土した古代の遺構・遺物は、豊島郡衙であるとされる背後の台地上の御殿前遺跡との関連が、中世の遺構・遺物は台地上の平塚城址を本拠地の一つとした豊島氏との関連が指摘されている。