メトシェラは、1957年に Edmund SchulmanとTom Harlanが調査用のサンプルを採取した時点で4,789歳であり、紀元前2832年に発芽したと推定されている。メトシェラはクローン性生物を除いて、既知の最古の樹木とされてきたが、さらに樹齢が長いブリスルコーンパインが同じホワイトマウンテンズにあると2013年に発表された。
翌明治11年（1878年）8月23日、西南戦争の恩賞が与えられなかった怒りで近衛歩兵大隊の暴動（竹橋事件）が発生した。ただちに鎮圧されたが、戦争で財政が枯渇し軍の経費を節減したため、兵士の待遇を悪くしたり恩賞を下級兵士に与えなかったりしたことが原因で、かつ山県が恩賞配分の責任者だったためその地位が危ぶまれた。政府首班の伊藤や井上馨・岩倉具視・三条実美らの配慮でどうにか名誉は保たれたが、12月に陸軍卿を辞任、代わりに陸軍省の参謀局を廃止して新しく参謀本部を創設、陸軍省から独立した参謀本部の初代本部長として軍に留まり、次長の大山巌と腹心の桂太郎らとともに参謀本部の拡充に努めた。このころから軍人の秩序を乱す行為や政治関与、特に自由民権運動の軍への浸透を恐れ、10月12日に西周に起草させた『軍人訓誡』（軍人勅諭の原型）を陸軍へ配布し軍紀の引き締めを図った。しかし、皮肉にも参謀局長だった部下の鳥尾小弥太は参謀局廃止で非職になったあと、山県と対立するようになるが、彼と協力して山県と敵対した3人の有力軍人（谷干城・曾我祐準・三浦梧楼）は四将軍派と呼ばれ、現役軍人でありながら政治介入して山県・大山らと紛争を巻き起こしていくことになった。また参謀本部を充実させる一方で、桂を清へ派遣し軍事調査を行い、軍編成を鎮台から師団変更の検討など軍の整備も進め、明治15年（1882年）1月に軍人の政治関与禁止を改めて記した軍人勅諭を制定している。同年3月、伊藤が憲法調査のため外国へ旅立ち、自分のポストである参事院議長を辞任すると、山県が参謀本部長を辞任して後任の参事院議長に就任、翌明治16年（1883年）8月に伊藤が帰国するまで在任した。参事院議長も辞めたあとは内務卿に転任、明治17年（1884年）の華族令制定で伯爵を授与、翌明治18年（1885年）の内閣制度創設で内務卿の名称が変わると、第1次伊藤内閣の内務大臣として内務省を拠点に地方自治を担当するかたわら、陸軍大臣（陸軍卿から改名）になった大山とともに引き続き軍拡に邁進した。一方、四将軍派とは軍拡と朝鮮外交をめぐって対立、桂と川上操六が山県と大山の支持で軍拡を推し進めることに反対した三浦が山県ら薩長藩閥を批判し、四将軍派と結びついた月曜会も藩閥批判に回ることで軍は内紛に陥るおそれがあった。桂と川上が提案した軍拡案に伊藤ら政府は難色を示し、三浦は小規模な軍隊だけ日本に置き防衛を重視、兵役を3年から1年に短縮する軍縮案を主張、財政難で軍事費に懸念を示し、軍拡にともなう積極的な外征で朝鮮の後ろ盾である清との戦争を起こしたくない伊藤と井上の関心を得たことで、軍の主導権は四将軍派に移るかに見えた。四将軍派支持の明治天皇がしばしば軍の人事に口出しして彼らの起用を提案したこと、明治19年（1886年）3月に参謀本部が改編され海軍も含めた統合参謀本部が設置、四将軍派の1人・曾我が陸軍部次長になった点や、軍拡案が大山・井上・伊藤らとの話し合いの末、明治18年から明治21年（1888年）度までの期限が明治26年（1893年）度まで延期に決まったことも大山ら主流派の不利になった。しかし、やがて三浦案は月曜会の支持を得られず、逆に桂らが招聘したドイツ帝国軍人クレメンス・メッケルが紹介したドイツの軍事知識に衝撃を受けた月曜会は桂に切り崩されていった。一方、大山は薩派を中心に反撃を行い、明治19年に拠点とする陸軍省を強化する目的で四将軍派が拠点にしようとしていた監軍部の廃止、武官進級令の制定を提案したことで四将軍派とのさらなる対立を起こした（陸軍紛議）。7月に大山ら薩派が一斉辞職を盾に伊藤に制定を迫り、妥協した伊藤との話し合いの結果、両方認められる一方監軍部はのちに再設置することで話はまとまった。こうして紛議は主流派の勝利に終わり、伊藤らに見放され孤立した四将軍派は軍から排除され、月曜会も大山の命令で明治22年（1889年）に解散した。一連の対立に際して大山と桂がおもに動き、山県は表立って動いていないが、裏で大山らを支持し四将軍派の排除に一役買った。反対派がいなくなり陸軍改革も桂らの手で着々と進んだことにより、陸軍は山県を中心とする派閥が形成されていった。山県は積極的に人材登用を行い、桂をはじめ児玉源太郎、岡沢精など同郷人や中村雄次郎、木越安綱ら他藩出身者も軍部へ取り立て、派閥を拡大していった。軍拡と組織体制も整い、明治21年に師団への変更と参謀本部の改編が行われ、参謀本部は翌明治22年に参謀総長を長とする軍事組織へと改編が完了、のちに同様の組織として海軍軍令部も作られ陸海軍双方の参謀本部が完成した。ただし、平常時で軍政に関わる事柄、特に予算関係は陸軍大臣が内閣と協議する慣例で、軍の中心は陸軍省にあり参謀本部は完全に陸軍省から独立したとはいえなかった。