物語をある程度進めると使用可能になるモンスターを倒してクリスタルを手に入れるとそのモンスターを仲間にする事が出来る新システム。仲間にしたモンスターはパラダイムに組み込む事で最大三体までパーティーメンバーとして使用でき、パラダイムを変更するとモンスターも変わる。モンスターのロールは固定されており、シンクロゲージと呼ばれるケージが最大まで貯まるとモンスターごとに効果が異なる必殺技を出すことができる。モンスターの成長パターンは様々であり、大器晩成型もあれば直ぐに成長が終わる物もあるが基本的には育て方次第でどんなモンスターも活躍出来るように調整されている。仲間に出来るモンスターの数に制限は無く同じモンスターを数回仲間にすることも可能。当初はモンスタークリスタルを用いてアクセサリーを強化するシステムやモンスターにもロールの変更を可能とするシステムの搭載等も検討されたが、いずれも「ユーザーにモンスターに愛着を持ってもらうと言う方針から外れてしまう」という意見から没となった。
本作の敵とのエンカウントはフィールド上に敵が見えていた前作とは異なりフィールド上で一定時間が経つと敵が現れ、接触するとバトルに突入するというものになっている。敵が出現すると時計のアイコンが表示され、アイコンの針が回っていくと敵が動き出すようになり、針が回りきると強制的に戦闘に突入する上にバトル途中のリスタートが出来なくなる。こちらから先に攻撃を仕掛けると前作同様に先制攻撃となり、バトルが有利になる。針が回り切る前に敵から一定の距離をとれば戦闘を回避できる。。この変更は「事前に敵が見えているより敵が見えない方が緊張感が出せる。」という方針のためである。バトルシステム自体は前作のシステムを発展させたものであり、ATBケージをストックしてリーダーのコマンドを入力していき、他のキャラはオートで行動する。バトル終了時にはHP等が完全に回復し、状態異常も解除される。前作と異なりギルも入手できる。オプティマの名称は海外版と同様のパラダイムシフトに変更され、さらにパラダイムごとに行動をバランスよく行うノーマル、一体の敵を集中して攻撃するクロス、複数の敵をバラバラに狙うワイドという三つの行動パターンを設定できるパラダイムチューンが搭載された他。また、時折シネマティックアクションというカットシーンに移行する時がありその際はボタン入力をする事になるがボタンの入力次第でバトルの展開が変化するようになっている。本作のバトルシステムは「前作よりもスピーディーかつタクティカル」がテーマとなっており、上記以外にも仲間のAIの行動の調整等も行われている
本作で導入された新システム。主にキャラクター同士の会話中に挿入され掲示されている選択肢の中から一つを選び、受け答えの内容や行動を選択していく。単なる選択肢だけでなくボスとの戦い方等も選択する事が出来る。ライブ・トリガーが導入された理由は「前作はストーリーを中心として物語が進行したため、今回はプレイヤーを中心としてプレイヤー自身が選択肢を選ぶ事で物語が進行していくようにしたかった」ためである。ライブ・トリガーの選択肢は「自分の好きな選択肢を選んで欲しい」という方針から物語の本編には影響が出ないようになっている。
第二次世界大戦前、1930年代までの荻窪駅近辺には映画館は皆無で、西隣の西荻窪駅周辺には、1927年（昭和2年）前後の時期、井荻町大字上荻窪957番地（のちの井荻町西荻窪957番地）に石井興行部が西武キネマを開館、同館は1930年（昭和5年）に西荻興行に経営が変わり、西荻窪富士館に改称したが、同館があるだけであった。第二次世界大戦が始まる1942年（昭和17年）までには、隣の西荻窪駅周辺には西荻館（西荻窪2丁目57番地）、西荻日活館（大宮前町6丁目319番地、戦後のシネマ西荻）と2館になり、そのころになって初めて、荻窪駅周辺に初めて映画館、高砂館（天沼1丁目86番地、経営・長谷川新蔵）ができている。戦後も、西荻窪駅周辺には戦前からの西荻館、シネマ西荻（戦前の西荻日活館）が残ったが、荻窪駅周辺には、戦前の高砂館はすでになく、1954年（昭和29年）までに存在したのは、荻窪文化劇場（荻窪3丁目90番地）の1館のみであった。1955年（昭和30年）前後には洋画劇場である荻窪スター座が開館、荻窪駅周辺に2館が成立している。1956年（昭和31年）7月、武蔵商事が荻窪駅北口すぐ前、現在の荻窪タウンセブン（上荻1丁目9番1号）の位置に荻窪東宝・荻窪パルナス（名画座パルナス）の2館を開館、荻窪文化劇場、荻窪スター座とあわせて4館になった。1957年（昭和32年）12月28日、東亜興行が、国鉄（現在のJR東日本）中央線の荻窪駅西口（北側）至近に、東映系・松竹系の封切館として、木造の映画館荻窪東映劇場・荻窪松竹劇場を同地に開館している。いずれも全国一斉公開のブロックブッキングに組み込まれ、たとえば後者では、1958年（昭和33年）2月8日に松竹が配給して全国一斉公開された『怒りの孤島』（製作日映、監督久松静児） と『としごろ』（監督穂積利昌） を二本立て封切している。1966年（昭和41年）前後に、荻窪東映劇場・荻窪松竹劇場を荻窪東映大映劇場・荻窪オデヲン座に改称した。荻窪オデヲン座は「オデヲン・チェーン」の一角として、外国映画（洋画）の三番館、つまりロードショーを終えた作品をその2週後に上映する劇場であった。立松和平が荻窪東映劇場で上映される東映のやくざ映画を観ていたころは、まだ駅前に露店のマーケットがあったという。1967年（昭和42年）に荻窪東宝・荻窪パルナスは閉館・取壊しになり同年11月、荻窪タウンセブンの前身の武蔵ビルが建っている。1971年（昭和46年）、荻窪東映大映劇場・荻窪オデヲン座は、リニューアルを前提に映画館を閉じた。