1992年3月、醍醐寺より、継主真聰に大僧正位が贈られ、1997年9月11日には、教主真乗が興した密教法流「真如三昧耶流」を顕彰する「真如三昧耶堂」が醍醐寺に建立された。2002年、東京都武蔵村山市（一部立川市）の旧日産自動車工場跡地106ヘクタールを取得した。2006年3月、東京都立川市泉町に総合道場となる「応現院」が落慶した。2008年3月、海外流出が懸念されていた鎌倉時代の仏師・運慶の作とみられる「大日如来像」（2009年、重要文化財指定）が、ニューヨークのクリスティーズでオークションにかけられた。真如苑は三越に依頼して落札した。文化財としての調査と展示のため、その後7年間東京国立博物館に寄託された。また対外的には、文化財の海外流出を防いだと広報している。2012年10月、東京都千代田区一番町に友心院ビルを落慶。2018年4月、運慶作と推定される大日如来坐像（重要文化財）などの仏教美術品を一般公開する文化施設「半蔵門ミュージアム」を設立。
1967年8月、苑主友司の没後、70年代より急速に教勢が伸長し、80年代後半には、公称信者数200万人と発表した。この頃より信者数200万人という数字がメディアから注目され取り上げられることが多くなったため、真如苑は、真乗の死を期に、信者数を実数に合わせ、下方修正し発表した。1973年3月、真如苑初の海外支部がハワイ（アメリカ）に落慶した。1976年5月、醍醐寺金堂にて、真乗を導師として、醍醐寺開創一千百年慶讃法要が執行された。1978年10月、真乗がタイ国を訪問、上座部仏教と交流を深めた。1979年3月、立川総本部に十一面観世音菩薩を本尊とする発祥第二精舎が落慶した。6月には、真乗が欧州5カ国を巡教、1980年5月にはハワイ、アメリカ本土に巡教した。1983年10月、真如法燈継承の儀により、三女伊藤真聰、四女真玲が法流を相乗した。1984年4月、醍醐寺金堂にて、真乗を導師として、弘法大師御入定一千百五十年御遠忌法要が執行された。1989年7月、教主真乗死去により、伊藤真聰が苑主・真澄寺首座を継承し、継主となった。
この事件による教団の打撃は大きく、教団は危機的状態になったが、立て直しをはかり、1951年に大般涅槃経を所依の経典とし「真如苑」と改称。1952年7月、文部省に宗教法人法に基づき、書類を提出し、翌年5月に認証された。真乗は管長を辞し教主となり、友司が苑主に就任した。1957年3月、教主真乗が新道場の本尊となる丈六の大涅槃像を完成させ、翌年5月、新道場が落慶した。1966年3月、醍醐寺より、教主真乗に大僧正位、苑主友司に権大僧正位が贈られた。7月、タイ国・パクナム寺院より、仏舎利が奉戴された。11月、真如苑一行が、タイ国で開催された「第8回世界仏教徒会議」に日本代表として出席、その後はインドを巡り、仏跡を訪ねた。1967年6月には、「欧州宗教交流親善使節団」として欧州7ヵ国とイスラエルを訪問、6月28日、バチカンにおいて、ローマ教皇パウロ6世と面会した。欧州帰国後の8月、苑主友司が急逝した。友司には、醍醐寺より大僧正位が追贈された。
また、告訴人の一部事実誤認、本件の動機、目的、本人の経歴などを総合すると地裁判決は重すぎ失当であるとしつつも、教団の監督者としての責任を問われ、真乗に傷害罪懲役8月・執行猶予3年の判決を下した
この事件は「まこと教団事件」と言われ、マスコミをにぎわせた
この事件は、一般に新宗教を淫祠邪教視する社会風潮によるものとする見解が有力である
真如苑が当時加盟していた新日本宗教団体連合会（新宗連）は、「当然無罪となるべき事件だったが、官憲やジャーナリズムを始め世間一般が、新宗教といえば実体を見極めずに邪教視、弾圧しようとした、そのころの風潮を露骨に示す実例」と総括した
真如苑を批判的な観点から洞察した経済学者三土修平もまた、「真如苑を研究している宗教評論家たちは、まこと教団事件に関して、おおむね教主側に同情的であり、伊藤の有罪判決は、新宗教を十把ひとからげに邪教淫祀扱いする戦前以来の日本官憲の偏見の犠牲になったものだ、との見方が有力である」としている
教団存続が危ぶまれる事態に真乗の妻・友司が第3次吉田内閣の樋貝詮三国務大臣の自宅を訪れ、樋貝は弁護士を紹介した
その後、樋貝が死去した後、毎月の祥月命日には欠かさず墓参りに来たという

末喜のエピソードは、殷の紂王の妃・妲己や西周の幽王の妃・褒姒のエピソードと酷似している。これは、桀の事蹟として欠けている伝承を文献に残されている後代のエピソードからそのまま流用して埋めたためであると推定されている。帝王が傾国の美女に溺れて諫言をする忠臣を殺し、臣下の補佐を受けた英雄によって滅ぼされるという構造は、中国史における物語の神話的典型となっている。後世に書かれた歴史書『国語』では、「昔夏の桀が有施を伐った際、桀は有施人の妺喜を妃とし、妺喜に溺れた。そのため、伊尹に夏は亡ぼされた」と書かれる。また、『列女伝』でも夏桀末喜は、殷紂妲己、周幽褒姒と並び立てられ、「末喜という者は夏の桀の妃であった。美しいが徳は薄く、道を乱した。心は男丈夫のようで、剣を佩き冠を被った。淫乱で贅沢な女性で、桀に道を失わせた」と批判される。皇甫謐の『帝王世紀』でも、「妺喜は日夜宮女に酒を飲ませた。桀は妺喜を常に膝の上に置いた。妺喜は絹を裂く音を聞くと笑い、桀は絹を集めては裂くようになった。桀は妺喜の言うことをなんでも聞いた」と書かれる。