1893年、スイスのクールにて生まれる。4歳のときドイツのシュトゥットガルトに移住する。幼いときの熱病の影響で、足を引きずる程度の障害があった。1917年、音楽学で学位をとる。1920年、大学教授の資格を得る。1926年、ミュンヘン大学で、客員教授として、心理学や哲学の講義を持つこととなる。1933年のナチス政権獲得には、共感していたと言われるが、身体障害者を排除し始めたナチスに反感を抱いていた。それでも、1939年、妻の独断と本人の事後承認で、ナチス党員に籍を置くこととなる。ミュンヘン大学での彼の講義は、ナチスに否定されていた人物、特にユダヤ人哲学者についてのことも取り上げ、学生にも人気が出始める。時には、ナチス批判も口にしたともいわれる。1942年、講義を受けていた一人のハンス・ショルと知り合いになる。『白いバラ』のビラが自宅に郵送されたが、フーバーは効果が期待できないと当初は否定的であった。7月22日の送別会に招かれ、その席で、「文化財保護の観点からも、戦争を直ちにやめさせるためには、武器をもってでも全力をつくすべき」とフーバーは口走るが、同じ場にいたショルが賛同する。12月9日に、ハンス・ショルは『白いバラ』のメンバーであることを、フーバーに明かす。フーバーも相談役として『白いバラ』のメンバーとして会議に参加することとなる。1943年2月には、フーバーは『白いバラ』の最後のビラである六枚目の文章の草稿を作成する。その草稿の最後の「誇り高き国防軍に参加しよう」という部分が、ドイツ国防軍の良心的グループに期待を抱いていたフーバーによって書かれたのだが、メンバーにより削られてビラとなった。フーバーは、不満をもらしている。1943年2月18日、ハンス・ショルとゾフィー・ショルが逮捕され、翌日クリストフ・プロープストも逮捕され、2月22日には3人に死刑判決が下り即日執行される。3人の逮捕を知ったフーバーも、手紙や文書を焼却するものの、2月27日に逮捕される。「大反逆の審判も、私から大学教授の尊厳と、世界の国家に対する見解を堂々と勇気をもって公言する。人間の尊厳とを奪うことはできない。厳しい歴史の流れは、わたしの行動と目的の正しさを証明してくれると思う」との正々堂々の論述がなされるが、アレクサンダー・シュモレルやヴィリー・グラーフと同時に4月19日に死刑判決が下りる。死刑判決後も、出版社から依頼されたライプニッツの評伝を書いていた。 ミュンヘンのシュターデルハイム刑務所で、シュモレルと同日の7月13日にて、ギロチンで処刑される。50歳であった。
713年（和銅6年）美濃国と信濃国の境で東山道の神坂峠(岐阜県中津川市・長野県阿智村)が危険な為にから新たな官道として12年の歳月を掛けて開削されたのが「岐蘇（吉蘇）木曽路」である。吉蘇路（きそじ）の鳥居峠は、かつて「県坂」（あがたざか）と呼ばれていた。、木曾谷地方の信濃国編入以前は、峠の東側を北に向かって流れる奈良井川（日本海側河川）と、西側を南に向かって流れる木曽川（太平洋側河川）との中央分水嶺と境峠 木曾峠 清内路峠 鉢盛峠（長野県道26号奈川木祖線）が信濃国と美濃国の国境であった。中世には「ならい坂」「やぶはら坂」と呼ばれた。美濃国と信濃国の国境に位置しているので、中世には戦いが何度も行われた。平安時代後期、以仁王の令旨を受けた木曽義仲は平家追討の旗揚げをし、八幡宮にて挙兵の奉納をした後、「県坂」今の鳥居峠 御嶽遥拝所に参拝し、大夫房覚明に執筆させてここより出陣をしたとされる。硯水の傍に柳の木があり、義仲は枝を折り「我が事ならば、この柳に根を生じて繁茂するであろうと立ち去った」とされ、この柳はその後見事に根付き、成長したという伝説が残っている。渓斎英泉の浮世絵「木曽街道 薮原宿　鳥居峠」の絵には、木曽義仲の硯清水の碑と湧き水が描かれている。木曾義元が戦勝祈願のため、峠に鳥居を建てて以来、鳥居峠と呼ばれるようになったといわれている。「鳥居峠の合戦」は伝承が非常に多く一度の合戦では無理があるので、ここでは西筑摩群史・岐蘇古今沿革志等の二度の合戦にて追記する。1549年（天文18年4月）甘利左衛門を大将とする武田晴信（後の武田信玄）の軍勢と木曽義康の軍が鳥居峠で衝突。武田軍は敗れ、兵を引く。1555年（天分24年3月）武田晴信は本隊を分け、一隊は鳥居峠、もう一隊は奈良井川支流の陣ヶ沢、別動隊を萩曽（今の木祖村小木曽）とする3隊で木曽軍を攻める。木曽義康は鳥居峠を下り敗走し、小沢川の合戦、王滝城（崩越城・鞍馬城）の合戦に負け、篭城の末に武田の軍門に下る。1582年（天正10年2月6日「1月28日説あり」）武田勝頼は武田信豊を大将、神保治部少辅を検史にし、二千騎で木曽を攻める。義康の嫡子木曽義昌は五百騎にて鳥居峠を囲み、武田軍に鳥居峠を越えさせた後、藪原宿の北、雪の深い青木ヶ原に誘い込んで武田軍を囲み攻める。結果、神保治部は討死し、武田信豊は負傷し退却する。1582年（天正10年2月16日）武田軍の大将今福昌和が軍勢三千騎で木曽を攻める。木曽軍の将 遠山主水は武田軍に鳥居峠を越えさせて青木ヶ原に誘い込み、今福昌和を討ち取る。乱戦途中から織田信長の加勢で苗木軍が木曽勢に加わり、小田左京ら武田軍の将を含め150人を討取る。この負けにより武田家は一気に崩壊し滅亡する事となる。武田滅亡後、木曾義昌は織田信長に拝謁して、木曽安堵の他、松本、安曇を貰い深志城（今の松本城の前身）城主となる。甲州征伐における織田方木曾義昌と武田勝頼の戦いで命を落とした武田方の兵士500人を埋葬したという「葬沢」なる沢もある。松尾芭蕉は貞享元年の野ざらし紀行と元祿元年の更科紀行の2度、鳥居峠を越え、「木曽の栃浮き世の人の土産かな」、「雲雀よりうえにさすらふ嶺かな」の句を残した。法眼護物「嶺は今朝ことしの雪や木曽の秋」の句碑がある。「子生みの栃」として知られるものとして、鳥居峠の御嶽山神社から僅かに奈良井宿側に大きな栃の木群落がある。