2015年8月31日、佐野がアートディレクターを務めた多摩美術大学の広告のポスターに盗用の疑いがあると指摘された。メガネ・サングラスの総合情報サイトであるGLAFASは、佐野がアートディレクターを務めた多摩美術大学の広告にGLAFASに掲載されている写真が使われているとの指摘を受け、「現在までに多摩美術大学および佐野研二郎氏、デザイナー香取有美氏からの連絡は来ておりません。」と明言した。佐野の妻は、同年8月18日に他人の作品の複製・模写について「もう出てくることはないと思います」と語っていた。多摩美術大学が2015年9月4日未明までに、アートディレクターの佐野研二郎が手がけた大学の雑誌広告シリーズ「MADE BY HANDS.」を公式サイトから削除した。佐野側は、影絵は切り絵を作成し事務所内で撮影したもので、メガネはスタッフの個人所有のもので、いずれも盗用の事実はないと釈明したが、GLAFAS側は検証用の画像を公開して、撮影されたメガネはGLAFASを運営する「さくらヒロシ」の私物であり、細かい点がオーナーにあうように調整されたもので、それらの変更箇所やフレームのバリや付着しているホコリの位置まで一致とした。他にも、「水に流れる墨汁」という作品で、流れる墨汁の形状が、2012年に公開された中国のポスターと全く同じことも指摘されている。
2015年9月21日、リエージュ劇場が「IOCから提出された証拠を精査した結果や、佐野氏のエンブレムが使用中止となったことから、著作権を侵害されていないと判断した」との声明を出し、訴訟を取り下げた。オリビエ・ドビ側は訴訟を継続した。また、pinterestの創業者であるエヴァン・シャープは、ピンタレストはアイデアを盗むためのものではないとし、ネガティブな話題の中で取り上げられ本当の価値を一部の人に誤解されたことが残念だとコメントした。
9月1日正午過ぎ、大会組織委員会は佐野がデザインしたエンブレムの使用を中止する方針を固めた。使用中止の理由は、デザインの模倣ではなく、連日の誹謗中傷から家族を守るために取り下げたいとの原作者・佐野からの要望によるものと述べた。また、2020年東京オリンピックのエンブレムを巡り、審査の応募資料として提出した空港や街中でのエンブレムの使用例の画像について、佐野側が大会の組織委員会の調査に対してインターネット上に掲載されていた画像を無断で転用していたことを認めた。さらに、組織委員会は1日夜の会見で、28日の前回の会見の後に原案に良く似たロゴがあると指摘を受けたことも使用中止の理由であることを認めた。また、同会見で武藤敏郎事務総長は、佐野に支払われるはずだったギャランティー100万円について、支払わないことを明言した。佐野は事務所のホームページにコメントを載せ、エンブレムのデザイン以外の仕事において不手際があったとして謝罪したが、エンブレムの原案等は盗作ではないとし、自身や作品への疑義に対して繰り返される批判やバッシングから家族やスタッフを守るために、取り下げを決断したと語った。
7月24日に都庁で開催された東京2020エンブレム発表会・記者会見においてエンブレムの展開例として羽田国際空港のロビー画像と渋谷ハチ公交差点の画像が公開されていたが、ベルギーの劇場ロゴとの酷似指摘の問題も発生していなかったため、この時点では特に指摘がなされることはなかった。しかし、8月28日に行われた会見で、エンブレムの展開例が改めて提示されたことを受けて、羽田国際空港のロビーの画像が、個人ブログに2012年5月に著作権を明示して掲載された写真を無断で転用していることが指摘された。写真を撮影した外国人女性は、「わたしに許可なく写真を使用したのなら、とてもショックです」と話した。また、渋谷ハチ公交差点の写真を撮影した別の外国人は自身のブログで、Flickrの写真はCCライセンスのもとで公開しており商用利用を認めていないし、使用許可を求められたこともないと述べている。佐野はエンブレムについては個人の応募であり、他のスタッフは作業にかかわっていないとしており、佐野はインターネットで収集した他人の画像を流用していたことを認めた。9月1日 エンブレムを巡って、空港や街なかでのエンブレムの展開の例として佐野研二郎が作成したイメージ画像について、インターネット上に掲載されていたものを無断で使用したという指摘があることから、大会の組織委員会が事実関係を調査していたとの報道があった。佐野は、写真の流用について「既に原作者にアプローチはしていたが、不注意でした」と語ったが、これについて文化庁の著作権課は「一般的には著作権者が記されているにもかかわらず、無断で写真を複製したのであれば、悪質な侵害の部類に入り著作権法に抵触するおそれがある」と話している。
チェーンドラッグストアである「薬ヒグチ」を展開している。薬の販売事業を中心に、自社で配置薬を取り扱うなどする一方、1980年代からは旅行会社の「ヒグチトラベル」、DPE（写真現像・プリント）の「ヒグチカラー」も経営していた。かつては1970年代から1980年代にかけて、創業者・樋口俊夫がゾウの上に乗り、「目標、1327店!（当初は427店）」と宣言するテレビCMを放映していたことで知られた。2009年現在では関東・関西の両地区を中心に、北海道・東北地方を除く全国各地に店舗を展開している。最盛期は関西地区での駅前商店街や市場への出店を中心に約500店の規模まで出店数を伸ばしたが、近年はそれまでの主力出店先であった商店街が量販店との競合により衰退傾向にあることや、同業他社との競合激化により都市型大型店舗および調剤併設店舗を中心とした出店方針に転換。既存の小型店については閉店・統合を順次進めるなど、スクラップアンドビルドの途上にある。2010年、コンビニエンスストアのポプラとフランチャイズ契約を結び、コンビニとドラッグストアの融合店舗「ポプラ+薬ヒグチ」をオープン。また2012年5月、コンビニ大手のファミリーマートとフランチャイズ契約を結び、コンビニとドラッグストアの融合店舗「ファミリーマート+薬ヒグチ」の第1号店を東京都千代田区神田小川町にオープンさせた。以後、「ファミリーマート+薬ヒグチ」は首都圏と京阪神を中心に店舗を展開している。2015年、ファミリーマートとファーマライズホールディングス（調剤薬局大手）との三社共同出資の薬ヒグチ＆ファーマライズ株式会社に薬局部門を譲渡し、ヒグチ産業株式会社には不動産部門のみ残ることとなった。