鍔のない片刃の彎刀で、18世紀から行なわれたロシア帝国の南下政策によるカフカスの植民地化により、ロシア軍に借用され、竜騎兵とコサックが使用した。ロシア帝国軍の竜騎兵が装備した「1881年式竜騎兵サーベル（ロシア語：1881 драгунская шашка；英語：model 1881 dragoon shashka）」にも“シャシュカ”の名がつけられているが、これは刀身を始めとした全体の形状こそほぼコサックの用いたシャシュカに同じであるものの、通常のサーベルと同じように「護拳（guard）」と呼ばれる柄を囲む大型の鍔がついている。
1997年（1年目）に開幕一軍入りを果たし、内野手登録だったものの23試合で捕手として先発出場している。1998年に、それまでの内野手登録から捕手登録に変更される。主に代打での出場だったが、打率.302と好成績を残す。5月22日に捕飛を取ろうとして左手人差し指を骨折し、登録抹消されたが、傷が完治する前の7月7日に一軍登録されると、その日の試合で代打本塁打を放つ（この時折れた指は当然バットを握れず、指を真っ直ぐに立てて固定した状態だった。）。このことがきっかけで「ガッツ」の愛称が定着した（後述）。1999年、打撃を活かすため一塁手に転向。西浦克拓とのポジション争いの結果、一塁手の座を勝ち取る。足の速さを買われて2番打者を務め、一切バントをしないことから「バントをしない2番打者」として開幕からレギュラーに定着しブレイク。西武ライオンズのルーキー・松坂大輔のプロ初登板初先発の試合では8回に松坂のプロ初失点初被弾となる2点本塁打を浴びせた。打率.285（リーグ7位）、25本塁打（リーグ5位）、83打点（リーグ6位）などリーグ内でも上位の成績を残す。2000年に打率.329（リーグ3位）、31本塁打（リーグ4位）、102打点（リーグ4位）、リーグ新記録（当時）の126得点、球団新182安打（当時）をマークして最多安打のタイトルを獲得。また、リーグ3位の24盗塁を記録。2001年、シーズン当初の打順は主に2番や3番であったが、後半戦から1番に定着。千葉ロッテマリーンズの福浦和也との首位打者争いには敗れたが、打率.339（リーグ2位）を記録。ただ本塁打数は32本と前年を上回ったものの同年から試合数が増加したことや飛ぶボールの影響かリーグ総本塁打数が1000本を超える打高年になったこともあり順位を落とし（リーグ8位）、打点も86打点と前年を下回った（リーグ13位）。しかしながら前年に続きパ・リーグ最多安打を記録（195安打）。195安打はシーズン安打数両リーグで歴代2位の数字（当時）であり、イチロー以来、史上2人目となる複数年での180安打以上も記録した。2002年も、阪神タイガースへ移籍した片岡篤史が抜けた打線の柱として3番打者に定着。同年の新ストライクゾーン導入もあり（翌年以降は廃止された）リーグ平均打率が.255（00年代最低値）と他の打者が成績を落とす中でそれを物ともせずに打ちまくり、打率.340で前年逃した首位打者を獲得。打率傑出度（RBA）や攻撃力の傑出度を測るRCWIN等は同年の数値が自身最高記録である。本塁打は32、打点は81と数値自体は前年と同程度だったが、それぞれリーグ6位、リーグ8位と順位を上げた。しかし、前年まで3年連続で記録したフル出場が故障のため途絶えた。2003年にはチーム事情から三塁手に転向。シーズン通して首位打者争いを繰り広げ、シーズン序盤は西武の和田一浩と争い、阪神から日本ハムに移籍してきた坪井智哉やオリックス・ブルーウェーブの谷佳知とシーズン終盤まで繰り広げた。坪井・谷らを退けて打率.360という高打率で2年連続で首位打者を獲得すると同時に最高出塁率（パ・リーグ歴代3位）のタイトルも獲得。また、31本塁打（リーグ7位）、100打点（リーグ7位）を記録し2000年から4年連続で3割・30本塁打を達成。2004年は、右第12浮肋骨骨折で約2週間登録抹消され、またアテネ五輪出場による離脱の影響もあり、本塁打・打点は規定打席到達年で過去最低を記録。それでも、打率は.345（リーグ2位）で5年連続3割を記録した。7月24日に社会人野球出身のプロ選手では史上最速で通算1000本安打を達成。また、打率.345を記録したことで4年連続で打率.330以上を記録している。2005年には、自己最多の37本塁打を記録するも、6年ぶりに打率3割を切った。三振も自己最多の114三振を記録。チームも5位に沈んだ。2006年3月3日から3月20日、第1回WBCに出場。第1ラウンドで日本代表チーム初本塁打を放ち、決勝のキューバ戦では押し出し四球や犠牲フライで3打点を挙げ、日本の優勝に貢献した。レギュラーシーズンでは主に一塁を守り、打率.313・32本塁打・100打点で本塁打・打点の二冠王ならびに自身初のパ・リーグMVPにも輝き、ファイターズ25年ぶりの優勝・44年ぶりの日本一に貢献した。5月15日にFA権を取得し、シーズン終了後にFA権を行使。日本ハムから残留要請を受ける一方、読売ジャイアンツからも入団の誘いを受け、11月5日に契約年数（日本ハムは3年に対し、巨人は4年）、家族との同居が可能であること（日本ハムの札幌移転後は家族を市川市の自宅に残し、単身で札幌に渡っていた）が決め手となり巨人入団を正式に発表。背番号は日本ハム在籍時と同じ2。日本ハム時代のトレードマークだった髭を「新しいことの始まり」「男のけじめ」として自ら剃り落として入団会見に臨んだ。