2007年夏にポルトガル国籍を取得、9月8日のポーランド戦、並びに9月12日のセルビア戦でポルトガル代表に初選出された。EURO 2008ではポルトガル代表メンバーに選出され、初戦のトルコ戦で見事初ゴールを決めた。ポルトガル代表はベスト8に終わるも、ペペ自身は大会選定の優秀選手に選ばれるなど活躍を見せた。2010 FIFAワールドカップでは、監督のカルロス・ケイロスにより守備的ミッドフィールダーとして起用された。EURO 2012ではブルーノ・アルヴェスとともにCBを務め、全5試合にフル出場。準々決勝のチェコ戦、準決勝のスペイン戦では無失点に抑え、自身も大会通算でわずか2回のファールしか与えず、デンマーク戦では先制点を挙げるなど高いパフォーマンスをみせ、2大会連続で大会選定の優秀選手に選ばれた。2014 FIFAワールドカップでは、6月17日に行われたグループリーグ初戦のドイツ戦でトーマス・ミュラーに対する頭突き行為でレッドカードを食らい、一発退場となってしまった。EURO 2016にも出場。負傷のため準決勝のウェールズ戦には欠場したが、決勝のフランス戦ではフル出場しマン・オブ・ザ・マッチに選ばれた。チームは優勝を果たし、自身も3大会連続で大会ベストイレブンに選出された。2018 FIFAワールドカップでも本大会メンバーに選出され、決勝トーナメント1回戦のウルグアイ戦で一時同点となるゴールを決めたが、試合には敗れベスト16に終わった。なお、祖国のブラジル代表としては各ユース世代を含めて試合への出場経験はない。
唯一2年契約でオファーを出したベシクタシュJKへフリー移籍。背番号は5番に決まり、年俸は950万ユーロとされている。8月13日のアンタルヤスポル戦でトルコリーグデビュー。2018年12月、ベシクタシュの財政難によりペペを含めた数人の選手の給与支払いが不可能となったことから契約解除が成立。ペペはクラブの維持、ユニフォーム、調理スタッフのために高額の現金が入った封筒を置き土産にした。
地元のクラブであるSCコリンチャンス・アラゴアーノのユースで育つ。18歳の時にポルトガルのCSマリティモと契約。2002-03シーズンにトップチームに昇格。アナトリー・ブイショヴェツ監督の信頼を得て複数のポジションで起用された。翌2003-04シーズンの開幕前にはスポルティング・クルーベ・デ・ポルトゥガルへの移籍が浮上し、2週間に渡りスポルティングの練習に参加した。しかし、両チームが合意に至らなかったため、もう1シーズンの間、マリティモでプレーした。2004年夏、100万ユーロとトネルら3選手とのトレードでFCポルトへ移籍。契約条項にはペペの将来の移籍の際には移籍金の20%をマリティモが受け取るという条件も含まれた。移籍初年度こそ出場機会に恵まれなかったが、コー・アドリアーンセが監督に就任した2年目以降はチームの主力に成長。攻撃的な3-4-3システムにおける守備の要としてプレーし、スーペル・リーガ連覇とタッサ・デ・ポルトガル優勝に貢献した。
座礁したものの間もなく離礁した「金嶺丸」と、無事だった「昌元丸」、「西寧丸」および「力行丸」は、門司から急行した駆逐艦「呉竹」の護衛を受けて9月22日16時に名瀬を出港して高雄に向かい、9月26日に到着した。古仁屋で座礁した「富津丸」も離礁して復旧した。「極洋丸」と「丹後丸」の船体は、放棄されたあともしばしば攻撃対象となった。1945年（昭和20年）1月19日には、アメリカ潜水艦「パーチー」 (USS Parche, SS-384) が、放棄された「極洋丸」と「丹後丸」の船体に向けて魚雷を発射して命中させている。沖縄戦が迫るころにはアメリカ第58任務部隊（マーク・ミッチャー中将）の艦載機による攻撃を受け、4月23日には敵艦船と誤認した特攻機が突入した。「極洋丸」と「丹後丸」にはまた別の観点、保険の分野からも注目されていた。「極洋丸」には「あるぜんちな丸」（大阪商船、12,755トン）や「新田丸」（日本郵船、17,150トン）に匹敵する1700万円もの海上保険がかけられており、「極洋丸」の遭難が普通の海難と判定されれば、帝国海上保険が契約に基づいて巨額の保険金を支払わなければならなかった。しかも、遭難の内容を安田火災や損害保険統制会が知ったのは、遭難から約1年を経た昭和19年9月末のことであった。損害保険統制会は「極洋丸」の遭難報告書に基づいて事実関係を精査し、海軍の判断ミスが遭難を招いたと結論付けた。昭和19年12月28日にいたり、遭難は海軍の過失に基づくものと認定され、相当賠償額を海軍が支払うこと、差額は安田火災が補てんすることが決められた。すなわち、海軍が保険金1700万円のうちの1377万877円を所有者の極洋捕鯨に支払い、残りを安田火災が支払うことで決着した。この決着の背景には、「極洋丸」が海軍の特設運送船であることが伏線となっており、海軍との徴傭契約に基づく軍賠償となったわけである。「極洋丸」とは対照的に、「丹後丸」は船舶運営会の手によって運航されていた。同じ第197船団加入船ながら、徴傭船とは異なる民間船であり、また座礁と雷撃という通常災害と戦争災害を併せ持った事案であるゆえに論議を呼んだ。「丹後丸」の事案が解決したのは戦争終結後の1946年（昭和21年）12月24日のことであったが、保険金168万円のうちの半額を日本郵船に支払い、残りは戦時補償特別税として徴収された。これは、GHQの指令により未収の補償金をも戦時補償特別税として徴収することとなったが、その額の確定のために「丹後丸」の補償問題を解決する必要があったため、単純に保険金を二分しただけのことであり、後刻「半分は通常の海難によるもの、もう半分は戦争危険に起因するもの」という理由づけがなされた。