HHV-6は基本的にヒトを宿主とし、ウイルスの亜型によっては致死的な疾病を引き起こすこともあるが、片利的に共生しているといえる。一方で、HHV-6はT細胞に共感染することでHIV-1の進展を助長することが示されている。HHV-6はHIV受容体であるCD4の発現を亢進するため、HIVに感受性の細胞を増やすのである。またHHV-6感染によりHIV-1の発現を増強する、TNF-α、IL-1β、IL-8といった炎症性サイトカインの産生が増加することが示されている。さらに、ブタオザルを用いた実験では、HHV-6Aの共感染によって、HIV感染からAIDS発症への進行が劇的に加速されることが示されている。HHV-6はEBウイルス（HHV-4）の活性化に関与することも示されている。
再活性化の特異的な引き金はわかっていない。傷害や物理的心理的ストレス、ホルモンバランスの不調などが関わると示唆する研究者もいる。ヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤で実験的に再活性化を引き起こせるという報告がある。再活性化が起きると、上述のようにローリングサークル型複製によってコンカテマーが形成される。
新たに感染を受けた細胞の全てでローリングサークル型複製が始まるわけではない。全てのベータヘルペスウイルスは潜伏感染を行うが、HHV-6の場合は環状のエピソームとして潜伏するのではなく、ヒト染色体のサブテロメア領域に組み込まれることで潜伏すると考えられている。これはHHV-6ゲノムの両端の反復配列にテロメア配列が含まれていることで可能になっている。ヒトの染色体のうち、9、17、18、19、22番に組み込まれることが多く、その他10番や11番にも認められる。おおよそ7000万人がこのように染色体に組み込まれたHHV-6を保持していると推定されている。この非活動性の潜伏期に特異的に発現する遺伝子がいくつか知られている。これらはゲノムを維持し宿主細胞が破壊されることを防ぐことに関わっている。たとえばU94タンパク質はアポトーシス関連遺伝子を抑制し、テロメアへの組み込みを補助すると考えられている。こうしてテロメアに格納されたウイルスは、断続的に再活性化を行う。
活動性感染は、直鎖状のゲノムが環状化することで起きる。この過程は単純ヘルペスウイルスで最初に報告された。環状化のあと"immediate early"遺伝子群が発現し、それが転写活性化因子として働くと推測されている。続いて"early"遺伝子群が発現してウイルス由来DNAポリメラーゼを活性化し、ローリングサークル型複製を引き起こす。その結果、ゲノムが直列に長く繰り返したコンカテマーが形成される。コンカテマーはpac-1とpac-2領域の間で分断されて、個々のウイルス粒子へとパッケージ化される。
150以上の検死例の分析から嗅覚組織においてHHV-6の存在量が多く、ここが中枢神経系への侵入点だと考えられている。これは単純ヘルペスウイルスでの知見とも符合している。とりわけ嗅神経鞘細胞がHHV-6の侵入に重要な役割を演じると考えられている。
HHV-6のウイルス粒子がヒトの細胞に侵入する際には、補体系の制御に関わるCD46を受容体として利用している。CD46分子にはオルタナティブスプライシングによって少なくとも14種のアイソフォームが生じるが、その全てがHHV-6Aに結合しうる。CD46に結合するウイルス側のリガンドは、gH/gL/gQ1/gQ2から成る糖タンパク質複合体である。
HHV-6のゲノムは直鎖状二本鎖DNAから構成されている。両端に8-10 kbの直列反復配列があり、その内部に143-145 kbのユニークセグメントがある。両端の直列反復配列はDRLとDRRと呼ばれており、ここにpac-1とpac-2という、ヘルペスウイルスに共通の分断・パッケージ化シグナルが含まれている。またここにはヒトのテロメアと同じTTAGGGのくり返しが15回から180回含まれている。ユニークセグメントにはベータヘルペスウイルス科に共通する遺伝子ブロック(U2-U19)と、ヘルペスウイルス目に特徴的な7つのコア遺伝子ブロック(U27-U37, U38-U40, U41-U46, U48-U53, U56-U57, U66EX2-U77, U81-U82)があり、後者にはウイルスゲノムの複製、分断、パッケージ化に関わる保存的な遺伝子群がコードされている。複製起点(oriLyt)はDNA複製の開始する場所である。
HHV-6のウイルス粒子は直径およそ200 nmである。外側からエンベロープ、テグメント、カプシドという構造をしている。最外層のエンベロープは、ウイルス由来の糖タンパク質を含む宿主由来の脂質二重膜である。カプシドは正二十面体をしており、その内部に直鎖状二本鎖DNAを含んでいる。
『Z』第170話では、殺しのプロフェッショナルとしてギャングのバーボンの用心棒をしており「桃白白先生」と呼ばれていたが、誰も殺す者がいなかったため退屈していた（本人いわく、殺害したい者がいたら一人5000万ゼニーで引き受けるとのこと）。バーボンに反抗したラオ・チュウを圧倒するが、孫悟飯の出現により悟飯が悟空の息子だと聞き、悟空に敗北したこと（彼の反応からして、トラウマになっている様子）を鮮明に思い出してしまい「（バーボンの）用心棒はやめた」と言い出し、折った木を放り投げて飛び乗りそのまま逃亡した。このときラオにトドメを刺そうとスーパーどどん波を放っているが、ラオをかばった悟飯にはまったく通用しなかった。『Z』第174話ではギャングのウォッカの用心棒をしており、ドラゴンボールを集めていた（そのうちの2つは偶然見つけた）が超サイヤ人となった悟空と遭遇。この時彼は金髪の男が悟空だと知ると「しまった…」と呟いていた。腕の刀を出して倒す隙を窺っていったが、結果的に「体調が悪い」と誤魔化し悟空を倒すことはできなかった。その後、ドラゴンボールの交換条件として知恵の輪を悟空に渡して時間を稼いでドラゴンボールを奪って逃亡するが、水浴びをしている所を一晩かかって知恵の輪を解いた悟空に瞬間移動で追いつかれ、結局は持って行かれてしまい、ウォッカとともに呆然と悟空を見つめることしかできなかった。