クロージャー・ウイルスの大流行によって人類が危機に直面した世界。少年エノアと少女ハナはウイルスによる病魔に冒された末期状態の科学者と共に、3人で暮らしていた。世界はもう、自分たちだけだと思っていた。ある日、エノア達の住む地へ数機の軍用ヘリが降り立つ。原父（プロパテール）を名乗る彼らはエノア達と暮らす科学者を連れ去ろうとするが、エノアはロボットのケルビムにて応戦し、その圧倒的破壊力で勝利する。彼らの襲撃により“世界はまだ終わっていない”ことを知ったエノア達は、科学者の死後、2人で生きていくことを選択する。20年後、原父は国連に代わって世界中の国家を統治するようになり、原父連邦と呼ばれる巨大政権を構築。しかし経済格差や民族間の差別、そのことが原因による犯罪や殺し合いといった問題は未だ解決出来ずにいた。エノアは南米の麻薬カルテルのボスとなり一時は原父に協力するが、原父連邦の陰謀を知ってからは、敵対する立場となり、ハナと彼らの娘であるマナは、原父連邦に人質にされる。エノアとハナの息子、エリヤは南米にいた。ケルビムと2人で旅を続けるエリヤだったが、ひょんなことから子供の死体を見つけ、その肋骨に縛り付けられていたデータディスクを手にする。死体を埋葬したエリヤは、翌朝、死体の秘密を知る傭兵組織・ノマドに襲われ、ディスクのありかを問いただされる。しかし、原父連邦と対立する彼らは、この先の原父連邦による占領地帯を共に切り抜けるため、同じく原父連邦と対立する父を持つエリヤと協力することとなる。原父連邦軍の投入するアイオーンと呼ばれる半不死身の兵や最新鋭の兵器に対し、死闘を繰り広げ、何とか原父連邦の勢力外へ脱出することができたエリヤは、南米最大のマフィアのボスとなった父エノアの右腕であるトニーや左腕であるニッコーと再会し、物語は次第に語られなかった20年間を明らかにしていく。原父連邦とは何か、クロージャー・ウイルスの秘密とは、エリヤの拾ったディスクの中身とは、そして父エノアと原父連邦の関係とは？母ハナと妹マナを原父連邦から取り戻すため、エリヤの戦いが始まった。
1941年11月18日にインドミタブルはイギリスからカリブ海へ向けて出航した。バミューダ諸島経由で11月3日にジャマイカのキングストンに到着したが、そこで座礁した。当初の計画ではインドミタブルはシンガポールへと回航されて東洋艦隊へと編入される予定であったが、この修理に1ヶ月弱かかったため同艦はマレー沖海戦に間に合わず、プリンス・オブ・ウェールズ、レパルス喪失の一因となった。修理はアメリカのノーフォークでおこなわれた。修理完了後、12月18日に出航し、南アフリカ経由で1942年1月11日にアデンに到着した。インドミタブルは、シンガポールへ50機のハリケーン戦闘機を輸送する任務（セモリナII作戦）につくためポート・スーダンへ移動し、そこでハリケーンを搭載した。ただし、搭載時に2機が損傷したため、実際に搭載したハリケーンは48機であった。また、航行中に戦況悪化のため戦闘機の輸送先はバタビアに変更された。インドミタブルは1月15日にポート・スーダンから出航し、1月27日に28日にハリケーンを発進させ、2月2日にトリンコマリーに寄港した。2月25日、ポート・スーダン到着。インドミタブルは再び48機のハリケーン戦闘機を載せ2月27日に出港した。今度の輸送先はセイロン島であった。1942年5月、イギリス軍はアイアンクラッド作戦（マダガスカル侵攻作戦）を発動した。この目的は、日本軍がマダガスカルを潜水艦の基地とすることの阻止であった。インドミタブル、空母イラストリアスや他の多数の艦艇は作戦準備のため南アフリカのダーバンに集結した。攻撃は5月5日にクーリエ湾で開始された。5月8日にインドミタブルはフランスの潜水艦モンジュから雷撃されるがモンジュの魚雷ははずれ、モンジュは駆逐艦アクティヴとパンサーの爆雷攻撃により撃沈された。次にインドミタブルが参加した作戦は8月に実行されたペデスタル作戦であった。これは大規模なマルタへの輸送作戦であった。インドミタブルは喜望峰経由で大西洋に入り、他の参加艦艇と合流後地中海に入った。作戦中の8月12日に爆弾が命中して損傷し44名が戦死した。この損傷の修理はリヴァプールで行われた。修理完了後、インドミタブルはシチリア島上陸作戦（ハスキー作戦）に投入された。しかし、7月16日マルタ北東沖にてJu 88の雷撃で損傷した。アメリカのノーフォークでおこなわれた修理は1944年5月まで要した。修理完了後イギリスに戻り、1944年6月12日に空母ヴィクトリアスと共にイギリスを離れ、地中海経由で7月7日にコロンボに到着した。東洋艦隊に編入されたインドミタブルは、8月19日にヴィクトリアス、戦艦ハウなどと共に出撃し、8月24日にスマトラ島空襲を行った。（バンクェット作戦）。これ以降、9月18日にスマトラ島空襲、10月17日と19日にニコバル諸島空襲を実施した。太平洋艦隊が新たに編成されると、インドミタブルもそれに加わり、スマトラ島の製油所攻撃（ロブソン作戦、レンティル作戦、メリディアン作戦）に参加後沖縄戦に参加した。1945年5月4日、インドミタブルも特攻機の突入を受けた。5月20日、駆逐艦クィリアムと衝突した。1945年11月、インドミタブルはイギリスに戻った。1947年から1950年にかけて近代化改装がおこなわれ、その後本国艦隊に編入された。1953年10月に予備艦となり、1955年には除籍の上スクラップとして売却された。