日本本営は、かつてはリベラル派の日本キリスト教協議会 (NCC) （世界教会協議会〈WCC〉、エキュメニカル系）に加盟していたが、「活動内容が政治的過ぎる」と脱退。しばらく日本キリスト教連合会のみに加盟していたが、万国本営の勧めで福音派の日本福音同盟（JEA、世界福音同盟系）に加盟。しかしアジアキリスト教協議会への加盟や「世界祈祷日」（毎年3月第1金曜日）への協力など、NCCとの連携は現在も続いている。
政治との関わりを嫌い、政党の党員は士官学校に入れない。戦争などについては兵士のメンタルケアやカウンセリングには熱心だが、戦争そのものを止めるためには動かない、また、貧困についても救援物資の調達・配布には熱心だが、行政への働きかけなど貧困脱出への具体的な施策は行なわない、とされる。もっとも海外においてはイギリスやカナダの本営がイラク戦争反対や核兵器廃絶を願う信仰告白を発表するなど、若干の軌道修正が見られる。日本では戦前に山室軍平が宗教団体法に賛成した事や太平洋戦争を「海外伝道の良い機会である」と肯定的に捉えていた事、機関紙「ときのこえ」が元号表示だったり、1980年代までは皇族の誕生日のたびに祝いの言葉を機関紙「ときのこえ」の1面に載せていたため、右翼的・保守的だという評価もある。しかし、1940年に軍平の著書『平民の福音』が発禁処分となり、イギリス人宣教師と植村益蔵ら日本人士官がスパイ容疑で逮捕されたり、「皇軍以外で『軍』を名乗る組織が存在することは認められない」という理由で「日本救世団」に強制改称させられ、最終的には日本基督教団に吸収され事実上の解散状態に追い込まれたなどの経験から、実際には右翼的潮流に与することは余りない。2008年10月2日には国際社会正義委員会が軍内に設立され、社会問題についても積極的に取り組むことが表明された。
社会福祉活動には極めて熱心であり、キリスト教界随一と言われる。上意下達の軍隊式組織により高い活動効率を誇る。現在は医療福祉、老人・障害者・児童福祉、ホームレス支援の炊き出しや施設運営などが中心。災害救援の対応も早く、阪神・淡路大震災の際は、キリスト教系団体の中では最も早くボランティアを組織し駆けつけた。新潟県中越沖地震や東日本大震災の際にもボランティアが給食活動などを行っている。また、海外では医科大学や幼稚園の運営といった教育活動も盛んに行っている。募金活動の1つで年末に行われる社会鍋は季語になるほど有名。バザーも頻繁に行なっており、東京などでは専用の会場で常時開催されている。収益金は全て寄付に回される。かつては職業紹介や失踪者捜索など、現在は行政や警察が主体となっている活動も行っていた。
士官は士官同士でしか結婚できない。このため既婚者が士官となるには、夫婦揃って士官学校（神学校）に入る必要がある。過去には士官夫妻の妻には夫の階級の後に「夫人」とつけて呼ばれていた（例: 少佐の妻は「少佐夫人」）が、1996年からは階級の異なる士官が結婚した場合、本来の奉仕年限に関わらず下級者は昇進するようになった（例: 中尉と大尉が結婚した場合、夫婦両方が大尉になる）。2001年以降は夫婦であっても階級は奉仕年限によるように制度が改訂された。例外が大将の配偶者で、中将の階級になる。
同性愛者などのセクシャルマイノリティーに対しても非容認的態度を示す。このため、アメリカでは同性愛者の社会的権利を保障する地方自治体の条例への対立から、救世軍が地方自治体から受けていた社会福祉事業の委託契約を打ち切られ、これに対して万国本営も同様の条例を持つ地方自治体との委託契約には一切応じてはならないという方針をアメリカの各軍国に命じるという事例が発生している。
信徒の生活規律は厳しく、特に禁酒・禁煙は絶対とされている（これはアルコール依存症者の回復支援をしているためと、飲酒・喫煙を近代の社会悪の象徴ととらえているためである）。また、ポルノや性風俗、開放的な性生活、ギャンブル、薬物・ドラッグの摂取なども忌避する傾向にある。
※本節の出典は、特記以外についてはリーグウェブサイトの試合日程による。リーグ発足当時の他球団同様、本拠地を定めていないが、発足から2017年までは長野オリンピックスタジアム（オリスタ）が年間最多開催球場だった。それ以外に松本市野球場・長野県営上田野球場・諏訪湖スタジアム・長野県営飯田野球場・長野県営野球場・小諸市南城公園野球場・伊那スタジアム・中野市営野球場を併用している。かつては大町市運動公園野球場（2007年 - 2011年、毎年1試合）や・茅野市運動公園野球場（2011年 - 2016年、年1 - 2試合）も使用していた。2011年には、雨天中止の振替として伊那市営野球場で1試合を開催した。また、2015 - 2016年には伊那運動公園野球場の改修に伴い、例年春季キャンプで使用している南箕輪村の村営大芝野球場で公式戦が開催された(2015年は1試合、2016年は2試合）。2018年は長野県営が8試合で最多となり、松本がそれに次いで（6試合）、オリスタは5試合で3番目であった。2019年も前年に続いて長野県営が9試合でトップ、次いで松本6試合、中野5試合の順で、オリスタはさらに減少して2試合であった。また、このシーズンは新たにオープンした佐久総合運動公園野球場で、巨人3軍との交流戦1試合が開催された。ポストシーズンゲームについては、2017年の地区チャンピオンシップは長野県営（オリスタで予定していた1試合が中止となり順延）、リーグチャンピオンシップは中野とオリスタ、グランドチャンピオンシップは2試合ともオリスタで実施した。2019年の地区チャンピオンシップは中野で、リーグチャンピオンシップは佐久総合運動公園とオリスタで、それぞれ開催された。