30歳を過ぎても同居する間宮明信・徹信兄弟。ともに女性には縁がなく恋人がいたことがないが、多趣味で兄弟仲は異様に良いため、日々の暮らしには特に退屈していない。そんな中、徹信の勤める小学校の女性教諭・依子と、兄弟行きつけのレンタルビデオ店の店員・直子を家に招待する機会が訪れることになる。
大正末期から昭和初期の様式がみられる近代建築であり、上伊那地方に現存するもっとも古い鉄筋コンクリート建築物、上伊那地域唯一の昭和初期の建造物、伊那市唯一の洋館である。鉄筋コンクリート造3階建（一部4階建）であり、建物高は17.27m。延床面積は1階から3階までが340.692m²などであり、建物全体で1,356m²だった。階段の手すりには大理石が使用され、外壁には高遠焼のテラコッタタイルが使用されている。建物の四隅には曲面が配され、専用のタイルが貼られている。ファサードの2階部分と3階部分を貫いているガラス張りの出窓も含めて、外観には黒田の嗜好が反映されているが、森山の東京歯科医学専門学校（東京・水道橋）との共通点も指摘されている。スチーム暖房を備えている。「長野県鉄筋コンクリート建築の開祖」黒田好造が設計を担当したとされていたが、2011年には東京都内で森山松之助が書いた図面が発見され、森山が基本設計を行っていたことが判明した。森山は台湾総督府の実施設計などを担当しており、長野県内では上諏訪温泉の片倉館を担当している。一方の黒田は長野市の六十三銀行（現・八十二銀行）、上諏訪町役場、飯田市の飯田市立追手町小学校などを担当しているが、2007年時点で現存するのは飯田市立追手町小学校校舎と上伊那図書館のみである。製糸業の実業家である武井覚太郎が建築資金を提供した。施工は岡谷組。
1980年代の東京。人々はその「一番いい時代」を謳歌していた。矢作省吾もその1人である。街中をバイクで駆け抜け、街で出会った美少女・高中由唯の存在に一喜一憂し、若さゆえのあり余る力で拳を天に向かって突き上げる。そんな日常を過ごしていたある日、友人の中川真二に地下駐車場へ呼び出された省吾は、真二が盗み出してきた巨大な試作バイクを見せられる。今までに見たこともないそのバイクにはバハムートのロゴが。そこにシークレットサービスを装った謎の男達が現れ、2人は咄嗟に逃走を図るが、男の放った銃撃により真二は殺されてしまう。真二に託されたバイクを彼らの手に渡すまいとした省吾は必死に逃亡する。自宅に先回りされた省吾は、男達が必死で隠そうとするそのバイクをマスコミを使って世間に公表しようと、人気絶頂のアイドル・時祭イヴのテレビ番組にテレビ電話で出演するが、「バハムート」の名を出した途端に放送は中断、テレビ局の情報操作によって公表は失敗する。そうとは知らない省吾は、軍の特捜隊に追跡されて高速道路に追い込まれ、人型機動兵器・ハーガンに捕獲されそうになるが、省吾のバイクもロボット形態に変形して窮地を免れる。その後、由唯の友人であり映画監督志望の村下智美は、省吾のバイクを使って自主映画を撮ると言い出す。ロケ地を探しているうちに白バイに追跡された2人は、やがて全く知らない場所へと迷い込んでしまう。そこは地下にある広大な廃墟の街であり、その中心にそびえ立つ巨大コンピュータ・バハムートが、遥か上空にある廃墟の街と繋がっている摩訶不思議な空間だった。このまま2人で行くのは危険と感じた省吾は、智美を帰らせて1人でさらに調査を進めるが、軍のパトロール隊と交戦になり、遂には隔壁の損傷部から宇宙にまで飛び出してしまう。その際、省吾は交戦相手のハーガンが射出したワイヤーに捕捉されるが、「話したいことがある」という相手を助けて引き返した。廃墟の街へ戻った省吾の前でハーガンから降り立ったのは、軍の若き将校・B.D.。彼は、自分たちの街がバハムートに支配された宇宙船の内部にあり、省吾達が1980年代と思っている時代より実際には5世紀以上経過していること、そして宇宙から接近する敵・デザルグの脅威が迫っていることを語る。そのために軍はバハムートの支配の及ばない地下に前線基地を造り、軍備の増強と兵器開発を進め、バハムートを解析して制御下に置く目前で、軍が極秘に開発したガーランドが盗み出されて表に出てしまった事も。信じられない現実と、人々に気付かれずに戦争準備を進めるB.D.に反感を覚えた省吾は、苛立ちながらその場を後にするのだった。やがて、バハムート端末であるガーランドを駆る省吾を「7Gのオペレーター」と呼びかけるイヴによって、かつて地球で起きた出来事と、敵が同じ地球人である事を知る。さらなる真実と彼女の正体も知ってしまった省吾は悩み続ける。そして由唯と一夜を共にして、この世界が置かれた現実を彼女に語るのだった。一方、B.D.はバハムートの掌握と同時にクーデターで軍の高官を粛清。国会議事堂と首相官邸を占拠して実権を握ると共に、デザルグの脅威を「某国の侵略」として自ら公表した。それに伴い街は戦時色に染まっていく。あのイヴさえ、軍の広告塔と化すほどに。省吾が由唯とのささやかな幸せに救いを見出そうとしていた矢先、軍はさらなる機密漏洩を阻止するため、バハムートの存在を知るもう1人の民間人である智美を暗殺し、バハムートが写ったフィルムを処分。とうとう決意した省吾は、ガーランドを駆って単身バハムートへの突撃を仕掛けるが、B.D.はハーガンで立ち塞がるとガーランドを冷酷に叩きのめす。満身創痍の省吾は、朝焼けの渋谷の街を一人、どこかへと去って行くのだった。