生活が苦しく落語家を断念し以前から稽古に通っていた舞踊家へ転身を図ろうとした矢先、継父5代目圓生が逝去し母を含めた家計を助けなければならなくなり舞踊家は断念し1941年（昭和16年）に当時所属ししていた落語協会の会長の6代目一龍斎貞山の勧めで6代目三遊亭圓生を襲名した。1945年 （昭和20年）、母親が逝去した5代目古今亭今輔の代わりに満洲映画協会の傍系である満洲演芸協会の仕事で5代目古今亭志ん生や講談の国井紫香らと満州を慰問する。満洲演芸協会の仕事の他に満洲電信電話の新京放送局が主催した演芸会に5代目古今亭志ん生と呼ばれ、当時アナウンサーだった森繁久彌と出会う。終戦で帰国不能になり、現地で演芸会などを催しながら引き揚げ船の出航を待ち、生死ギリギリの生活で志ん生と共に約2年間暮らした。その後、妻子を日本に残したまま生活の便宜上現地で日本人女性と結婚生活を送り、1947年（昭和22年）、志ん生を満洲に置いて先に帰国。このことを志ん生はかなり恨み「圓生のことは殺してやろうと思ったが、手をついて謝ったので勘弁してやった」と小山観翁に語ったという。帰国後は寄席に出演すると「上手くなった」と言われ、満州での苦労が芸に生きたと自己分析した。妾馬を演じたところ評判が良く、むやみに客を笑わせようとするのではなく笑いあり涙ありの噺が向いている、と自身の進む方向が見えてきたという。1953年（昭和28年）、ラジオ東京が8代目桂文楽や6代目圓生ら落語家5人と専属放送契約を締結し、人気落語家の一人になる。
1891年（明治24年）、シベリア鉄道の極東地区起工式典に出席するため、ニコライは御召艦「パーミャチ・アゾーヴァ」以下ロシア帝国海軍の艦隊を率いてウラジオストクに向かう途中、日本を訪問した。ニコライの一行は長崎と鹿児島に立ち寄った後に神戸に上陸、京都に向かった。いまだ小国であった日本は政府を挙げてニコライの訪日を接待、公式の接待係には皇族である有栖川宮威仁親王海軍大佐（巡洋艦「高雄」艦長）を任命、京都では季節外れの五山送り火まで行われた。次の訪問予定地である横浜、東京でも歓迎の準備が進んでおり、まさに国を挙げての一大行事であった。5月11日昼過ぎ、京都から琵琶湖への日帰り観光で、滋賀県庁にて昼食を摂った後の帰り道、ニコライ、共に来日していたギリシャ王国王子・ゲオルギオス（ゲオルギオス1世の三男）、威仁親王の順番で人力車に乗り大津町内を通過中、警備を担当していた滋賀県警察部巡査の津田三蔵が突然サーベルを抜いて斬りかかり、ニコライを負傷させた（地図）。ニコライは人力車から飛び降りて脇の路地へ逃げ込んだが、津田はニコライを追いかけなおも斬りかかろうとした。しかしゲオルギオスに竹の杖で背中を打たれ、ニコライに随伴していた人力車夫の向畑治三郎に両足を引き倒され、同じくゲオルギオス付き車夫の北賀市市太郎に自身の落としたサーベルで首を斬りつけられた後、警備中の巡査に取り押さえられた。ニコライは右側頭部に9cm近くの傷を負ったが、命に別状はなかった。威仁親王は現場に居合わせたものの野次馬に阻まれ、ニコライに近づくことができたのは津田が取り押さえられた後だった。留学や軍事視察の経験から国際関係に精通していた威仁親王は、即座にこの事件を自分のレベルでは解決できない重大な外交問題と判断。随行員に命じて顛末を急いで書きまとめさせ、東京の明治天皇の元へ電報で上奏するとともに、ロシア側に誠意を見せるため天皇の京都への緊急行幸を要請した。これを受けた天皇は直ちに了解し、威仁親王に到着までのニコライの身辺警護を命ずるとともに、即刻北白川宮能久親王陸軍少将を見舞い名代のために京都へ派遣した。天皇は21時、首相松方正義伯爵を召して以下の勅語を伝達した。今次朕カ敬愛スル露國皇太子殿下來遊セラルヽニ付朕及朕カ政府及臣民ハ國賓ノ大禮ヲ以テ歡迎セントスルニ際シ圖ラサリキ途大津ニ於テ難ニ遭ハセラルヽノ警報ニ接シタルハ殊ニ朕カ痛惜ニ勝ヘサル所ナリ 亟カニ暴行者ヲ處罰シ善隣ノ好誼ヲ毀傷スルコトナク以テ朕カ意ヲ体セシメヨ同日宮内省告示第10号で翌日5月12日の京都行幸が発表され、翌日早朝、天皇は新橋駅から汽車に乗車、同日夜22時05分に京都に到着した。その夜のうちにニコライを見舞う予定であったが、ニコライ側の侍医の要請により翌日へ延期され、天皇はひとまず京都御所（地図）に宿泊した。威仁親王の兄の参謀総長熾仁親王陸軍大将も天皇の後を追って京都に到着。翌13日に天皇はニコライの宿舎である常盤ホテル（地図）に自ら赴いてニコライを見舞い、さらには熾仁・威仁・能久の三親王を引き連れてニコライを神戸まで見送った。天皇が謝罪したものの、ロシア本国からの指示もあってニコライは東京訪問を中止し、艦隊を率いて神戸からウラジオストクへと帰国の途に就いた。5月19日、明治天皇自らが神戸港（地図）のロシア軍艦を訪問する際には、「拉致されてしまう」と進言する重臣達の反対を振り切って療養中のニコライを再び見舞った。小国であった日本が大国ロシアの皇太子を負傷させたとして、「事件の報復にロシアが日本に攻めてくる」、と日本国中に大激震が走り、さながら「恐露病」の様相を呈した。学校は謹慎の意を表して休校となり、神社や寺院や教会では、皇太子平癒の祈祷が行われた。ニコライの元に届けられた見舞い電報は1万通を超え、山形県最上郡金山村（現金山町）では「津田」姓および「三蔵」の命名を禁じる条例を決議した。5月20日には、天皇の謝罪もむなしく皇太子が日本を立ち去ったことを知り、死を以って詫びるとし京都府庁の前で剃刀で喉を突いて自殺し、後に「房州の烈女」と呼ばれた畠山勇子のような女性も出現した。