東海交通事業が1993年の城北線全線開業時に4両（201 - 204）を新製したものである。基本的な仕様は基本的にJR東海の100番台と同じであるが、2両（201・202）は城北線仕様として扉付近の保温対策の廃止やドア部のステップの廃止、外板塗色の変更（0・100番台に巻かれているオレンジと緑の帯に代わって、窓周りと前照灯周りにオレンジの帯が巻かれている）などの仕様変更が行われている。また、203・204の2両は城北線の線路使用料相殺のためにJR東海美濃太田車両区に貸し出された車両で100番台と全く同仕様となっており、同区に在籍するJR東海所有車（100番台）と混用されており、貼付されている社章も含めJR東海所有車と全く同様の外観となっていた。203は、201・202のJR東海名古屋工場への検査入場時の予備車として城北線で使用されることがあったが、その際にはステップ部分に段差解消のための金属製の箱が置かれた。203・204は、2015年3月14日のダイヤ改正により運用を離脱し、ひたちなか海浜鉄道へ譲渡された（詳細後述）。また、城北線での運行に残っていた201・202についても同年9月8日に東海交通事業が城北線用車両として300番台2両をJR東海から購入することを発表しており、この発表の中で「現在城北線で運用しているキハ11形200番代2両」について300番台の運用開始後に順次ひたちなか海浜鉄道に譲渡されることが明記されている。
1988年に新潟鐵工所と自社名古屋工場（ノックダウン生産）で23両 (101 - 123) が製造された。基本構造は0番台と同じだが、笛シャッタの取り付けや扉付近の保温対策などが施され、寒地向けとなっている。当初は全車が美濃太田車両区に配置されたが、後に107 - 112の6両が伊勢車両区に移り、残る17両は高山本線（主に岐阜 - 白川口間）と太多線で運用されていた。営業運転での他系列併結が不可能（回送運転でのみキハ40系と併結）でトイレが無いために単独運用を組まれ、高山本線の長距離列車には使われなかった。鈴鹿サーキットでF1グランプリが開催された際には美濃太田所属車が貸し出され、臨時列車にも用いられ、定期列車では見られない5両編成でも運転された。伊勢車両区への転属車両は0番台と共通運用された。この他、車外右側にあるバックミラーの取り付け方が配置区によって微妙に異なり（美濃太田所属車は車体前面から、伊勢所属車は車体側面に取り付けられていた）、美濃太田所属車の左側ミラーには積雪を防止するためのカバーも取り付けられていた。2015年3月14日のダイヤ改正により美濃太田所属の全車が運用を離脱し、同月に7両（106・113・115・118 - 121）が除籍、3両（101・104・105）が伊勢車両区に転属した。同年4月に美濃太田所属の7両（102・103・114・116・117・122・123）と伊勢所属2両（111・112）が、8月には伊勢所属の4両（101・104・105・108）が、10月30日付で伊勢所属の3両（107・109・110）がそれぞれ除籍されて、全廃となった。なお、伊勢車両区に転属した3両は在籍期間が4ヶ月と短かった。
1988年に新潟鐵工所で10両 (1 - 10) が製造された、暖地用の番台区分である。伊勢車両区に配置され、名松線・参宮線・紀勢本線で運用されていた。紀勢本線多気駅以南での運用は原則として後述の300番台と連結した2両編成以上で運用されていたが、キハ40系との併結は行われなかった。10両のうち1両（9）は2007年1月の落石事故、2両（6・8）は2015年4月・8月の車両入れ替えのため、それぞれ車籍抹消された。残る7両もキハ25形への置き換えに伴い同年9月をもって300番台併結用の数本を残して定期運用を離脱し、10月に4両（1・2・4・5）が、2016年3月29日付で3両（3・7・10）が除籍され、全廃となった。
「みやじま」は、平成13年度計画掃海艇390号艇として、USC京浜事業所鶴見工場で2002年5月28日に起工され、2003年10月10日に進水、2005年2月9日に就役し、掃海隊群第1掃海隊（呉）に編入された。2009年10月29日午後11時56分頃、伊予市豊田港沖の伊予灘で錨泊中、伊予市上灘漁協所属の底引き網漁船長栄丸(4.99T)に衝突された。本艇は艇首を損傷した。2011年3月11日、発生した東日本大震災の災害派遣に参加。発災時にはシンガポールで実施予定の合同訓練に参加するため沖縄の勝連に停泊中で、緊急出港して被災地に向かった。3月30日午前9時50分、艦載艇で津の宮地区に缶詰284個、乾電池444個、消毒薬20個を輸送した。午後1時40分、艦載艇で波伝谷地区に灯油72リットル、缶詰432個、乾電池70個、その他日用品を輸送した。同年7月14日から7月26日、平成23年度機雷戦訓練及び掃海特別訓練に参加。2014年6月20日から6月29日、硫黄島周辺海域で平成26年度実機雷処分訓練に参加。同年11月20日から11月30日、日向灘掃海特別訓練に参加。2015年2月1日から2月10日、伊勢湾で平成26年度機雷戦訓練に参加。同年7月18日から7月30日、陸奥湾で平成27年度機雷戦訓練及び掃海特別訓練に参加。2016年7月1日、掃海隊群の改編により、同日付で新編された第3掃海隊（呉）に編成替え。同年11月20日から11月30日、日向灘でアメリカ海軍との機雷戦訓練及び掃海特別訓練に参加。2018年7月18日から7月30日、陸奥湾にて機雷戦訓練及び日米印共同掃海特別訓練を実施する。