本作の世界において、15年前に起きた地球規模の大災害。その傷跡として、地球に巨大なクレーター状の穴が存在している描写がある。爆心地付近には4本の十字架状の物体が存在していることが軌道上から確認できる。海の色も赤に染まっているが、これを科学技術により本来の青色に戻そうという試みが、海洋生態系保存研究機構で行われている。加えて、シンジ達セカンドインパクト以後に生まれた世代が、海が本来青いことや潮の匂いや海洋生物について、「知識」でしか知らない、知識に乏しいという描写がなされた。ミサトが遭遇したセカンドインパクト当時の描写では、4体の光の巨人（コアらしき球体や頭部に光の輪を持つ）と黒い球体と4本の槍（旧世紀版の「ロンギヌスの槍」と同じ形状）が描写されている。月面にある血痕は、セカンドインパクト発生時に南極点から噴出した血糊が付着した物であることが全記録全集付属絵コンテ（欠番カットナンバー402I改）で明らかになっている。
NERVの北米第2支部で試験中のエヴァ4号機が支部を巻き添えに消滅し、その事故を受けて、同じくアメリカで開発されていた3号機が急遽日本に移送されることになった。3号機の起動実験ではレイとアスカがパイロット候補となったが、起動実験の日と、レイがシンジとゲンドウの和解のため企画している食事会の予定が重なっていることに気付いたアスカは、自らテストパイロットに志願する。実験当日、アスカの乗った3号機の起動実験が開始されるが、3号機には使徒が侵入しており暴走、周囲を吹き飛ばす大爆発を起こす。ゲンドウはエヴァ3号機を第9使徒として処理することを決定、シンジの初号機のみを出撃させる。しかしシンジは3号機にまだアスカが乗っていることを知り、戦闘を拒否したため、ゲンドウは初号機の制御を無人操縦システム「ダミーシステム」へ切り替えさせる。ダミーシステムに切り替えられた初号機は3号機を徹底的に破壊。シンジは必死に止めようとするも、初号機は使徒のコアを、アスカの乗った操縦席（エントリープラグ）ごと噛み砕いた。
（ここで舞台は日本に戻る） 父碇ゲンドウとともに亡き母碇ユイの墓参りに訪れた碇シンジは、葛城ミサトの車で帰る途中、海上を歩行する第7使徒を目撃する。そこに、上空で輸送機から放たれたエヴァンゲリオン2号機（搭乗者：式波・アスカ・ラングレー）が現れ、空中戦を繰り広げ難なく使徒を撃破する。2号機とともに来日したアスカは、シンジと同じくミサトの家に同居し、同じ中学校に通うことになる。ゲンドウと冬月コウゾウが建造中のEVANGELION Mark.06（6号機）の視察のためSEELEの月面基地「タブハベース」へ赴くが、二人が地上へ帰還する前に、衛星軌道上に第8使徒が出現、NERV本部への落下攻撃がほぼ確実と判明する。代理の指揮権を持つミサトは、エヴァ初号機（シンジ）・零号機（綾波レイ）・2号機（アスカ）の3機によって受け止める迎撃作戦を立案、実行に移す。落下地点に最初に辿り着いたのはシンジの乗る初号機で、続いて到着した零号機・2号機とともに使徒を倒した。シンジは作戦後ゲンドウから褒められたことに喜びを感じ、使徒を一人で倒せなかったことでプライドが傷ついたアスカも、シンジをパイロットとして認め、これ以降は次第に打ち解けていく。
旧北極のNERV基地「ベタニアベース」において、捕獲され実験に使われていた第3使徒が封印から目覚め、暴れだす。これに対し真希波・マリ・イラストリアスが乗るエヴァンゲリオン仮設5号機が出撃。仮設5号機は大破しつつも第3使徒を倒すことに成功するが、使徒のコアを破壊した直後、マリを脱出させた上で自爆する。
大災害「セカンドインパクト」後の世界を舞台に、人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いたTVアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（1995年–1996年）を、新たな設定とストーリーで「リビルド」（再構築）したものが『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズである。本作は全4部作の内の第2作目にあたり、2007年9月に公開された『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』の続編にあたる。タイトルの『破』は、雅楽の用語「序破急」に由来する。
この法律は、科学技術（人文科学のみに係るものを除く。以下同じ。）の振興に関する施策の基本となる事項を定め、科学技術の振興に関する施策を総合的かつ計画的に推進することにより、我が国における科学技術の水準の向上を図り、もって我が国の経済社会の発展と国民の福祉の向上に寄与するとともに世界の科学技術の進歩と人類社会の持続的な発展に貢献することを目的とする。（第一条）
ランスフィールド分類（英語: Lancefield grouping）は、細菌の細胞壁に見られる多糖体の抗原に対する血清反応に基づいて、カタラーゼ陰性、コアグラーゼ陰性の細菌を分類する方法である。レベッカ・ランスフィールドによって作成されたこの分類法は、歴史的にラクトコッカス属とストレプトコッカス属を含むストレプトコッカス科の様々な属を分類するために使用されていた。しかし、1970年代以来現在に至るまで、ストレプトコッカス属の菌の同定の数が爆発的に増加した。2016年現在、ランスフィールド分類は、米国において医療における微生物学的検査結果を示す方法としてしばしば利用されている。かつてストレプトコッカス属のD群として位置づけられていたエンテロコッカス属は、1984年までストレプトコッカス属に属すると考えられていたが、ランスフィールド分類が考案された後、エンテロコッカス科に分類し直され、そのまま元のランスフィールド分類に含まれることとなった。ストレプトコッカス属の多くは、すべてではないがβ溶血性である。特に、エンテロコッカス属及びストレプトコッカス属bovis（ランスフィールド分類D群）はβ溶血性ではない。ストレプトコッカス属のグループは数多くあるが、通常の免疫を有するヒトに共通して病気を引き起こす菌は5つしかないことが知られており、A群、B群、D群の菌及びランスフィールドの多糖体抗原性を欠く肺炎レンサ球菌及びViridans streptococciの2つの菌である。