孫崎の尖閣諸島・竹島等に関する主張が国会で問題視され、追及された。2013年3月21日、衆議院総務委員会において、自由民主党衆議院議員の大西英男は、孫崎の領土に関する主張、またNHKが孫崎を頻繁に番組出演させていることを批判した。潮匡人は、中国への批判が見られない、「朝まで生テレビ」で共演した際に批判したところ暴言を吐くなど短気な性格である、著作の内容が陰謀論であるなどと批判したとされる。また、佐藤優は論文において孫崎の尖閣諸島、北方領土をめぐる見解には「誤解」、「誤読」、「隠蔽」があると主張したとされる。著書『戦後史の正体』をめぐって、佐々木俊尚が朝日新聞2012年10月21日付朝刊の書評で「ロッキード事件から郵政民営化、TPPまで、すべては米国の陰謀だったという本」、「本書は典型的な陰謀史観でしかない」などと批判。孫崎からの抗議により朝日新聞は当該問題部分に事実誤認があったとして訂正を行い、謝罪した。また左派の立場からは佐高信が「60年安保闘争をアメリカの謀略というのは当時の市民運動を侮辱している」等の理由を挙げたうえで痛烈に批判している。このように「根拠のない反米陰謀論だ」と言う数々の批判に対して、孫崎は「アメリカはベトナム戦争でトンキン湾事件という謀略をしかけ、北ベトナムへの空爆を行う口実としたり、ジョン・F・ケネディ政権時代には自国の船を撃沈する偽のテロ活動を行うことで、それを理由にキューバへ侵攻する計画があったりした」「少しでも歴史の勉強をすると国際政治のかなりの部分が謀略によって動いていることが分かります」「学者や評論家がそうした事実を知らないまま国際政治を語っているのは、おそらく日本だけでしょう」などと反論している。
外務省にて孫崎とともに情報調査局設置を働きかけた坂本重太郎は、孫崎の分析能力を高く評価している。坂本は外務官僚としての自身と孫崎について「僕も孫崎も前例は破るもの、前例は作るものだなんて思っていた」と回顧し「官僚としては変わり種だった」と評している。
美術品を愛好し、自宅にはロシア正教のイコンを多数飾っている。また、フランスの画家であるウジェーヌ・カリエール、オディロン・ルドン、ジョルジュ・ルオーらの作品も好んでいる。鶏肉が苦手。
退官後は評論活動や執筆活動などを行っている。また、城西国際大学の大学院にて人文科学研究科の講師を兼任する。2012年から2013年まで筑波大学国際総合学類の講師を非常勤で務めた。2013年4月、鳩山由紀夫が設立した東アジア共同体研究所所長に就任。鳩山由紀夫が顧問を務めるTPP阻止国民会議でも副代表世話人を務める。
1985年 - 1986年、ハーバード大学国際問題研究所研究員として、論文"The Changing Strategic Importance of the Far East: The New Role for Japan."(極東軍事戦略の重要性の変遷：日本の新しい役割)を発表。
1966年（昭和41年）に外務省に入省し、同期には野上義二、浦部和好、斎藤正樹、大塚清一郎らがいた。イギリス陸軍学校、ロンドン大学、モスクワ大学での研修、在ソビエト連邦大使館を経て、外務省の大臣官房総務課企画官となる。上司の坂本重太郎総務課長らと情報調査局（のちの国際情報局）の設立に動き、情報調査局発足後は同局分析課の課長となった。1985年から在アメリカ合衆国大使館の参事官とハーバード大学国際問題研究所の研究員を務めた。1986年に在イラク大使館の参事官、1989年に在カナダ大使館の公使に就任した。また、1991年から1993年まで総合研究開発機構へ出向した。その後、ウズベキスタン駐箚特命全権大使、外務省国際情報局局長、イラン駐箚特命全権大使など要職を歴任した。イラン駐箚特命全権大使としては、大統領モハンマド・ハータミーの日本訪問を実現させた。また、1993年に上梓した『日本外交 現場からの証言――握手と微笑とイエスでいいか』で山本七平賞を受賞した。
1943年（昭和18年）、満州国の奉天省鞍山市にて生まれた。日本の特殊会社たる南満州鉄道が設立した鞍山製鉄所（のちの昭和製鋼所）に父が勤務していたため、満州国にて暮らす。第二次世界大戦終結にともない、父の故郷である石川県小松市に引き揚げた。小松市立松陽中学校を経て、金沢大学教育学部附属高等学校を卒業した。中学校の恩師に宮田恭子がいた。東京大学法学部在学中に外務公務員上級職甲種試験（外交官採用試験）に合格したため、大学を中途退学し外務省に入省した。
間違い以上に間違っている（まちがいいじょうにまちがっている、英語: wronger than wrong）とは、マイケル・シャーマーがアシモフの公理 (Asimov's axiom) と呼んだ、アイザック・アシモフのエッセイ集『誤りの相対性』(The Relativity of Wrong) で議論されている誤謬を評した言葉。二つの誤謬があり、一方が他方より、明らかにより著しく間違っているようなときに、両者を同一視するようなことを「間違い以上に間違っている」と表現する。アシモフは次のように述べている。When people thought the Earth was flat, they were wrong. When people thought the Earth was spherical, they were wrong. But if you think that thinking the Earth is spherical is just as wrong as thinking the Earth is flat, then your view is wronger than both of them put together.地球は平坦であるという考えは間違っていた。地球は球であるという考えも間違っていた。しかし、あなたが地球が平坦であるという間違いと地球が球であるという間違いを同じことと思うなら、あなたの考え方は二つの間違いを合わせた以上に間違っている。アシモフは、科学が、進歩するものであるとともに、積み重ねられていくものであると説明する。科学上の学説は、後の時代に間違っていたことが証明されるとしても、その間違いの程度は、過去の誤りに対応していくことによって、時とともに穏やかなものとなっていく。例えば、衛星を利用したデータの収集によって、極めて高い精度で、地球の形状が、真球とどうに違うのかが明らかにされている。シャーマーは、間違い以上に間違っている状態は、「間違いですらない (not even wrong)」状態、すなわち反証不可能であること以上にひどい間違いだと述べている。ジョン・ジェンキンスは、『誤りの相対性』の書評で、この表題作のエッセーについて、「アシモフの科学についての考えを理解する上で、また、しばしば聞かれる、どんな学説も未熟であって科学は本当は何も「わかって」いないと主張するような、避け難い反科学的な攻撃に対抗する武装としても、重要なものだと思う」と述べた。