現在、ゴミ焼却施設組合に参加していないため、他市の厚意を受けている。焼却炉停止後は、暫定処置として、隣接の国分寺市と協定を結んだ。内容は二枚橋清掃工場停止後、新ごみ処理施設の計画を策定することを前提に、国分寺市が運営するごみ処理場で焼却処分を受け入れてもらえることとなった。但し、全体の3割分のみの受け入れであり、残り7割はたくさんの他組合に処理を依頼している。2010年度は、稲城市・狛江市・府中市・国立市で構成される多摩川衛生組合に7500トン、日野市に2400トン、昭島市に2000トン、八王子市に1500トンを、それぞれ処理してもらっている。また、西東京市・東久留米市・清瀬市共同運営の柳泉園組合の清掃工場にも受け入れを交渉したが、東久留米市議会が小金井市の計画の甘さを指摘して受け入れに難色を示す意見書を発表した。
かつて武蔵小金井駅そばの蛇の目ミシン工業小金井工場跡地を新清掃工場の有力候補地としていたが、小金井市民の反対運動により断念し、二枚橋清掃工場跡地にゴミ処理施設を建設することを決めた。しかし、二枚橋清掃工場跡地は、調布市と府中市の市有地であり、そもそも市有地管理の両市の同意を得ずに決定した計画であるため、調布市は拒否している。そのため予定表を作成できず2006年10月1日、無期限でごみ非常事態宣言を出した。
以前は「二枚橋衛生組合」に参加し、その施設でゴミを処理していた。組合は小金井市、府中市、調布市で構成され、3市の境界にある「二枚橋清掃工場」を運営していた。しかし、施設の老朽化が著しく進んだことから建て替えが検討されたが、小金井市民の反対運動が起こるなど実現が不可能な事が判明、2007年3月31日にすべての焼却炉が停止された。2010年3月に組合が解散された。府中市、調布市は停止計画に沿って事前に対応策を策定し、それぞれ別途他市と構成し直したが、小金井市の対応策は一向にすすむ事が無く小金井ごみ問題が浮上してくる。
2005年8月1日から家庭ゴミの回収が有料化。また、同年7月から順次ゴミ収集所が廃止され、原則として各戸別に回収となる。ゴミ袋は40リットル入りゴミ袋10枚で800円。実施当初と変わって、2012年現在では周辺自治体やゴミ引受先自治体でも同程度の価格の指定ゴミ袋を販売している自治体が多い（武蔵野市、西東京市、府中市は同額。三鷹市は40L10枚で750円）。生ゴミの堆肥化・肥料化を推進、生ゴミ処理機の購入に対する補助金を積極的に継続して実施。堆肥化促進剤の無料配布も実施。また保育園・小中学校の給食等で出る生ゴミを生ゴミ処理機で回収し、肥料化した上で市内の農家に配布する試みもなされている。夏休みなどの長期休暇中は一般家庭から小学校への生ゴミ持参による回収も行われている。めずらしいケースとしては2010年より乾燥生ごみ処理済みのごみを資源ゴミとして、希望者へ専用容器を事前に配布し、戸別回収を実施している。最終処分場には日の出町にある「二ツ塚廃棄物広域処分場」を利用。処分場の設置者は「東京たま広域資源循環組合」（略称「循環組合」）で、多摩地域の多くの自治体が加盟。
地下水保全 「小金井市の地下水及び湧水を保全する条例」と「小金井市雨水浸透施設等設置助成金交付要綱」を定めている。「東京の名湧水」となっている湧水を守る。
サンクス東四国は当初の契約が2010年に満了したのち、同年に契約期間を2年、2012年に1年延長したが、2013年1月に満了する契約は更新せず、セブン-イレブンへ転換する方針を表明していた。サークルKサンクス側はこれを了承せず、2012年8月に差し止めを求める訴訟を東京地裁に提起している。その後、同社がサークルKサンクスに解決金を支払い、123店舗中、香川県の16店舗と徳島県の14店舗合わせて30店舗を同社から、サークルKサンクス本部との直接契約に切り替えることで、同年12月27日に和解成立したのち、セブン-イレブンと翌年2月7日に正式契約をした。サークルKサンクスとの契約が切れる2013年1月11日をもって、直接契約に移行する店舗以外は全店閉鎖した（24時間営業でなかった瓦町駅東口店などを除き、実際の閉鎖は翌12日の午前7時）。同年3月1日に12店舗がセブン-イレブンとして再開業し、前述の通り商号を変更した。これを皮切りに、5月までに転換を終えている。なお、サンクス東四国・サークルKサンクス両社ともこれに関するインターネット上での告知は一切なされなかった。また、善通寺病院店については新病院（四国こどもとおとなの医療センター）の発足が間近に迫っていたため、転換されずにそのまま廃店となった。この一連の出来事はセブン-イレブン本部の店舗展開にも影響し、高松市西部など中心市街地以外でサンクスの店舗がある地区では出店開始から1年が経った2014年3月まで出店を見合わせていた。直接契約に移行した店舗は、2013年2月27日までに全店舗とも一旦閉店し、本部直営化と店内什器の充実化等の改装を行い、3月上旬に店舗名を変更（例：古馬場町店→高松古馬場町店。同店は2016年10月閉店）したうえで順次再開業しているが、2015年3月以降順次サークルKにブランド変更している。閉店予定だった徳島大原町店を除き、同年8月までにブランド変更が完了し、9月末にその徳島大原町店が閉店したことで、四国からサンクスは消滅した。なお、セブン-イレブンに転換した店舗も、サンクス東四国時代は同社の意向により店舗名に市町村名を頭につけず、町名のみの店舗名だったが、セブン-イレブン・ジャパンの意向により、町村名のみの店舗（例：なおしま店）を除き、転換時には市町村名+町名に変更（例：屋島西町店→高松屋島西店）された。鞍替え後は本部とは別に新規出店を行っている。2016年には愛媛県に進出している。本部作成のオーナー募集のポスターが掲出されない代わりに、自社作成の経営責任者募集のポスターが掲出されているのが本部管轄の店舗との識別点である。