クジラの仲間の先祖は、化石研究からは、顆節目に分類されていたメソニクス類、さらにさかのぼれば同じくトリイソドン類と考えられていたが、最近の分子生物学的な研究からは、ウシ目から分化したとする説が出された。これは、最近しばしば見られる、化石研究者と分子生物学者の意見が対立するケースの、典型的な例であった。しかし、パキケトゥス・アトッキの化石骨格の研究により、化石研究者側からもクジラがウシ目起源であるとする仮説を補強する、強力な根拠が提出された。鯨偶蹄目も参照。
イノシシ亜目以外のウシ目の動物は、消化しにくい繊維分を消化するために、本来の胃（第4胃）のほかに、食道から第1-第3の胃を分化させて、合計4つの胃をもつ（ラクダ、キリンなどは、第3胃と第4胃の区別がはっきりしないため、3つとする場合もある）。これらの動物は、複胃または反芻胃と呼ばれるこれら複数の胃によって、一度食べた食物を吐き戻し、噛み返すという反芻（はんすう）を行う。明確な反芻をおこない、系統的にも近いウシ科、シカ科、プロングホーン科、キリン科、ジャコウジカ科、マメジカ科をまとめて反芻類と呼ぶ。反芻亜目、ウシ亜目とも呼ぶが、近年は亜目より下の分類階級とされることもあるので注意が必要である。4つの胃のうち、第1胃には微生物が大量に住み、ここで摂取した食物の分解発酵をしている。この第1胃での微生物による分解と、反芻によって繰り返し咀嚼することによって、他の哺乳類が消化吸収できないセルロースなどを栄養として取り込むことができる。この強力な消化吸収能力が、ウシ目の動物が繁栄した一因とされている。以前は、反芻の度合いに従い、同じウシ目でも反芻をしない、現生のイノシシ類やカバ類を含む系統をイノシシ亜目（猪豚亜目）とし、系統的に両者の中間に位置すると考えられる、現生のラクダ類を含むグループを、ラクダ亜目（核脚亜目）と分類されていた。しかし分子分岐学により、カバ類は（クジラ類と共に）反芻類に近いこと、中間的と思われたラクダ亜目がクジラ偶蹄類の中で最も初期に分岐したことがわかっている。
後述するように、近年の分子生物学的手法の導入により、鯨類とかつての偶蹄類との系統関係が明らかになった。それによれば、鯨類はカバ類と姉妹群であり、両者は、先に反芻類と分かれた1グループ（鯨凹歯下目）から、さらに2つに分岐したものである。また、鯨凹歯類と反芻類が分岐したのは、ラクダ類およびイノシシ類が、相次いで他の鯨偶蹄類から分岐した後のことであったこともわかっている（鯨偶蹄目の系統と分類を参照）。したがって、ラクダ類・イノシシ類とカバ類・反芻類を含んで鯨類を含まない「偶蹄目」は、単系統群ではなく側系統群であることになり、分岐分類学の考え方によれば、（かつての「有蹄目」と同様）1つの分類群としては成立し得ない。これにより、「偶蹄目」（ウシ目）は生物学的な分類群としては無効となり、かつての偶蹄類と鯨類を併せた「鯨偶蹄目」という分類群が新たに設けられた。
1984年には生え抜きの小林千弘が社長に就任。大蔵省印刷局長を経て社長に就いていた青山保光は相談役に追放された。小林のもとでバブル経済期には、1987年3月末の総資金量は6,000億円となり、当時の相銀界69行中24位につけた。また不動産業やいわゆる地上げ業者へ積極的な融資拡大策を執り、暴力団が手がけ同和団体の大物であった尾崎清光も関わった東京都八王子市内のによる霊園開発や、当時“地上げの帝王”と言われた最上恒産の早坂太吉が1987年12月から始めた新宿区西新宿界隈の地上げ、などに対する2,000億円にのぼる融資を実行した。これら融資が問題となり、1987年12月の衆議院土地問題特別委員会で最上恒産グループに対する融資が大口融資規制違反として取り上げられ、大蔵省は第一相互銀の融資姿勢を指導していくと確約した。これによって大蔵省は小林に退陣を要求するが、一向に辞めなかったため第一相互銀を決算承認銀行に指定したほか、長期間に及ぶ銀行検査を実施するなどして、1989年1月、小林はようやく辞任。同年6月の株主総会で太陽神戸銀行常務が社長に、元大蔵官僚が会長にそれぞれ就任。さらに大蔵省が太陽神戸、富士、東海、三和の各行に奉加帳を回し第一相互銀に融資した上で人も出し支援する体制を作った。同年10月第二地銀に転換し、「太平洋銀行」として発足した。しかし、バブル崩壊によって経営が悪化。1992年には第2次支援を実施。太陽神戸の後身であるさくら銀行が頭取や多くの役員を派遣したほか、大蔵省、日銀、都銀も役員を派遣、さらに都銀4行と日銀が2200億円を融資する体制を敷いた。だが、1995年8月に兵庫銀行が経営破綻すると、次は太平洋かと風評が立ち預金の流出が始まり、また地価の下落に伴う担保割れも続出した。この最中、1996年3月には大蔵省と日銀が、さくら銀に処理の決断を促していた所、同年3月29日の東証後場取引終了直後、4都銀によるブリッジバンクの設立構想がマスコミによってすっぱ抜かれた。これが直接の破綻の引き金となった。