原子の電子殻にはK殻、L殻、M殻…というような呼び名が付いている。当初発見された電子殻が、そこより内側にさらなる電子殻がある可能性を考慮してKとされたものの、K殻より内側の電子殻は存在せず、A殻～J殻までは欠番となった。また当該番号を予備として開けておくこともある。日本銀行券では紙幣番号が900000に達すると000001に戻るが、これは900001以降は不測の事態に備えて空けてあるためである。
番号自体は連続して振られているものの、一般には番号以外の呼称があるなどの事情により、表向きは欠番になっている事例も存在する。例えば、ウィルコムのW-SIM端末では、WS009KEの次がWS011SHとなっているが、「10番目」の端末はサードパーティーから発売されているものとなっている。首都高速の場合は、首都高速8号線は極端に短いため、案内では都心環状線の一部としており、8号線は案内上で欠番となっている。さらに、東京都日野市の一部地域では、4番地や9番地といった地番を、中央自動車道や鉄道用地などに割り当てており、宅地だけ見ていくとこれらが欠番となっている。
新幹線のうち、E1系は当初600系となるはずだったが、東日本旅客鉄道の形式付番方式を変更したことにより、600系は欠番となった。また、500系のV1編成は改造元となるはずだったW1編成が廃車となったため欠番となった。イベントの開催が中止された場合、回数としてはカウントされることも多く、それにより欠番扱いとなることもある。但し冬季オリンピック等中止された回のカウントを行わないイベントや、早期に中止が決まった場合はカウントをしないケースも存在する。例えば東京湾大華火祭の場合、強風のために中止された1997年大会は第10回としてカウントされているのに対し、2011年大会は3月22日に中止が決定したこともありカウントの対象から除外されている。
東京の地下鉄は、都市計画にもとづいて通し番号がふられた。そのうち、都営地下鉄が運営する路線と、東京メトロが運営する路線が番号が混ざっているので、それぞれの会社にだけ注目すれば、存在しない番号が生まれる。実際、都営地下鉄は路線名を東京メトロと共通の地名式にするまでは番号表示にしていた（浅草線が「1号線」、三田線が「6号線」、当時計画中だった新宿線・大江戸線がそれぞれ「10号線」「12号線」）ので、これ以外の路線番号は存在しない。残りはメトロの路線になっているので、メトロでは逆に1号・6号・10号・12号が存在しないことになる。メトロは開業時に路線名を決定するので、一般には開業後は番号は使われない。小田急電鉄では、6000形は営団6000系との競合防止のため、当初から欠番となった。同じような例として、西武鉄道では7000系が営団7000系との競合防止のため、当初から欠番となった。これ以外に歴代王のカウントとして古代エジプトの第22王朝のファラオには、「シェションク」が1・2・3・5世・「オソルコン」は1・2・4世が存在しており、これだけ見るとシェションク4世とオソルコン3世が欠番のように見えるが、これは並列して第23王朝が存在していたため、こちらの王朝のファラオとまたいで代数が数えられたためである。
征服活動が一段落したのちは漸次制圧地域の安定化が図られ、南アメリカのエンコミエンダ制やコレヒドール制、ミタ制といった植民地支配のための制度の整備は1569年から1581年まで着任したペルー副王フランシスコ・デ・トレドの統治によって完成した。ミタ制でかき集められ、ポトシの鉱山で強制労働に服したインディオは強制労働によって多数死亡し、「鉱山のミタ」はインディオから恐れられた。 ポトシ鉱山は1545年に現ボリビア共和国の南部に当たる地域に発見されたが、その豊富な銀を採掘するためにトレドの改革によって定められたミタ制によってティティカカ湖周辺やクスコから集められた人々は酷使されたのである。トレドは1572年に水銀アマルガム法を導入して銀生産量を上げたが、採掘のために酷使された先住民の多くは苦役の末に死亡し、その数は100万人とも言われる。このようにインディオは奴隷や農奴として搾取され、安価で酷使されるプロレタリアートとなってスペイン人の経済活動に奉仕させられた。イスパノアメリカのポトシやグアナファト、サカテカスの鉱山では銀が、ベネズエラではプランテーション農業でカカオなどが、インディオや黒人の奴隷労働によって生産され、生産された富はスペインでは蓄積されずに戦費や奢侈に使われ、西ヨーロッパ諸国に流入して価格革命や商業革命を引き起こした。この重商主義的過程は、大西洋三角貿易によるイギリス領バルバドスやジャマイカ、フランス領サン＝ドマングでの砂糖プランテーションによる収益や、18世紀のゴールドラッシュによりポルトガル領ブラジルからイギリスに大量に流出した金と共に、西ヨーロッパ諸国の資本の本源的蓄積を担い、オランダやイギリスにおける産業資本主義の成立と、それに伴うヘゲモニーの拡大を支えた。一方、ヨーロッパの繁栄とは対極にラテンアメリカ現地では資本流出により経済の従属と周辺化が進み、僅かに残った資本もスペイン同様奢侈に使われ、蓄積されることがなかった。鉱山やプランテーションでの重労働により民衆の困窮も続いた。エドゥアルド・ガレアーノは西インド諸島での奴隷貿易や、砂糖プランテーションによる西ヨーロッパ諸国の資本の本源的蓄積と併せてこの過程をこう述べている。「この全過程は、たとえて言えば、ある一式の血管から別の血管にポンプで血液を注入する過程だった。すなわち今日の開発の進んだ国々は開発を進め、他方、開発の遅れている国々は低開発を開発していったのである。」