反応中間体を捕捉することは反応機構の推定において最も重要な鍵となる。しかし多くの場合、反応中間体は後続する反応によって消費されるため反応系内に存在する濃度は通常かなり低く、また反応性に富む不安定な物質であるため単離精製して取り出すことは困難である。そのため各種の分光法による直接観測や立体障害などで後続の反応を妨害することによる安定化、反応中間体と選択的に反応する試薬によるトラップなどによる捕捉によって存在を示すことが行なわれる。また実験的に捕捉できない反応中間体についても反応速度のハメット則などへの依存性や同位体効果による反応速度への影響、計算機化学実験による反応過程のシミュレーションなどによって存在の推定が行なわれる。また、これらの手法は反応中間体が存在しないことの推定にも利用される。例えばカルベニウムイオン中間体であれば、カチオン中心近傍への電子供与性基の導入による反応速度の増加、隣接するアルキル基上の水素の重水素への置換による超共役の減少に伴う反応速度の減少といったことから存在が推定され、さらに超強酸の存在下で核磁気共鳴分光法で直接観測が可能である。反応中間体の種類によって反応の分類を行なうことがしばしば行なわれる。例えばイオン性の中間体を生成する反応はイオン反応、ラジカル中間体を生じる反応はラジカル反応に分類される。反応中間体が存在せずに複数の結合が協奏的に生成・開裂する反応はペリ環状反応に分類される。
化学において、反応機構（はんのうきこう、英: Reaction mechanism）は、全体の化学的変化を起こす段階を追った一続きの素反応である。反応機構は全体の化学反応の各段階で起こることを詳細に記述しようと試みる理論的な推論である。反応の詳細な段階はほとんどの場合において観測不可能である。推測反応機構はそれが熱力学的にもっともらしいという理由で選ばれ、単離した中間体または反応の定量的および定性的特徴から実験的に支持される。反応機構は個々の反応中間体、活性錯体、遷移状態や、どの結合が（どの順番で）切れるか、どの結合が（どの順番で）形成されるか、も記述する。完全な機構は反応物と触媒が使われた理由や、反応物および生成物で観察される立体化学、全ての生成物とそれぞれの量、についても説明しなければならない。反応機構を図示するために矢印を使った反応機構描画法が頻繁に使われる。反応機構は分子が反応する順番についても説明しなければならない。大抵、単段階変換に見える反応は実際には多段階反応である。
旧土佐山田町の佐古藪や間（はざま）にも山﨑家が数軒ある。間にある香美市市営墓地には家紋の異なる二つの系統の山﨑家がある。一方の家紋は物部山﨑家と同じ「丸に五本骨日の丸扇」であり、他方は「丸に二つ鱗」である。『槇山風土記』の山﨑姓系圖によると、山重の長男盛高の長男六兵衛に喜兵衛という長男がいた。喜兵衛は山田郷（旧土佐山田町）に出て佐古郷佐川（佐古藪）の所右衛門を養子にした。この人物が佐古藪山﨑家の先祖となったわけだが、名前以外にはまったく素性が知れない。山重の弟の太四郎の子孫かもしれない。貞享3年（1686年）に所右衛門と源六（喜兵衛の実子九郎右衛門の子）と小松祐左衛門ら三人は、奉行職の深尾四郎右衛門、大庭又兵衛、吉田次郎左衛門に出自を話し、郷士職に取り立ててもらっている。間の香美市市営墓地における日の丸扇の家紋はおそらく佐古藪の山﨑家のものであろう。丸に二つ鱗の家紋を有する山﨑家についてはそのルーツも含めて不明である。香美市市営墓地には佐古藪山﨑家の先祖記の碑がある。以下はその内容である。なお、原文は縦書きである。〇は判読不可部分である。他の系図（物部山﨑家系図と鴨部山﨑家系図）と比較すると、次の特徴がある。冒頭に山﨑玄蕃丞の名がみえるが、山重の誤りである。通名が同じ（勘解由左衛門）ために生じた混同であろう。出身地の「摂州」は他の系図には記されていない。元親公に仕えて高瀬に落着したこと、知行高、依光四郎右衛門を討ち取った点などは他の系図と一致する。なお、「（以二字不明）」の二字とは「跡目」である。以下には読みやすさを考慮して「跡目」を記した。　　　　　先祖記１．山﨑玄蕃丞二條之院より出摂州山﨑之城に住処　　知行拝領仕居中所、源平一乱之刻浪人し罷城兄玄　　蕃丞弟太四郎弐人之者土佐國浮津之浦に舟を　　寄せ其後元親公に御奉公仕土佐國槇野山ノ内高瀬　　と申す所に住居仕知行弐百参拾八石五斗四升拝領仕右ノ内　　高瀬村に四町壱反山北七代扶高瀬村於玄蕃丞住し御仕　　し村在名山﨑村と申也吉原村に七反大忍村正延跡　　目（以二字不明）打取を被仰付〇〇六町讃州國百三町　　扶〇ハ依光四郎右衛門と申す者元親公江御意〇　　〇前者を打取り仕候得し元親公より被仰付　　右四郎右エ門を無恙打取〇讃州分其〇〇　　〇由〇拝領仕数度の高名故御感状〇通〇　　戴処〇仕候　　　　　　　以上　　　万治元年卯月七日　　　正徳元年神ナ月朔日 山﨑所右衛門梓　　　市平写之〇渡ス　　　　　　　　　　　　　山﨑所右衛門　　　　　　　　　　　　　　　　○○〇　　　　山﨑与兵衛殿