上述のように、人間は一方においては物質でありながら、アダムとエバの子孫としては大量の光の本質を有するという矛盾した存在である。マニは、そうした中にあって、人間は「真理の道」に従って智慧を得て現世の救済に当たらなければならない、そして自分自身における救済されるべき本質を理解して自らを救済しなければならないと説いた。このような考えに立って、マニは生存中に自ら教団を組織した。マニ教の教団組織は仏教のそれに倣ったと考えられる。マニは、12人の教師、72人の司教、360人の長老からなる後継者を、2群の信者に分け、それぞれ、守るべき戒律も異なるものとした。仏教における出家信者ないし僧侶に相当するのが義者（エレクトゥス electus, 「選ばれた者」）であり、聖職者として「真実」「非殺生・非暴力」「貞潔」「菜食」「清貧」の五戒を守り、厳しい修道に励むことを期待された。肉食は心と言葉の清浄さを保つために禁止され、飲酒も禁じられた。また、殺生に関しては、動物を殺すことばかりではなく、植物の根を抜くことも禁じられた。そして、メロン、キュウリなどの透き通った野菜やブドウなどの果物は光の要素を多く含んでおり、聖職者はこれらをできるだけ多く食べ、光の要素を開放しなければならないとされた。最終的に、これらはマニ教で行われる唯一の秘蹟と定められた。俗人よりなる聴問者（聴聞者、アウディトゥス auditus ）は、比較的緩やかな生活を許され、十戒を守ることを期待された。十戒はユダヤ教の「十戒」（モーセの十戒）に似ており、俗人の場合はそれほど強く戒律を守ることは求められていなかった。聴問者は結婚して子をもうけることが許され、生産活動に従事して聖職者たちを支えることが期待された。聴問者たちも、いずれは「選ばれた者」になることが期待されていたものと考えられる。以上のように、マニ教の教団は、清浄で道徳的な生活を送り、また、そのことによって壮大な宇宙の戦いに参画しているという意識に支えられていた。
マニが主として経典にアラム語を用いたのには、当時の中東世界の共通語として広く意思疎通に用いられていたからだと考えられている。マニは自身の教義が広く万人を対象としていることを意識しており、それゆえ誰にでも理解できる言葉で経典を書き記したものと思われる。また、彼は速やかに経典を各地の言語に翻訳させたが、その際、彼は自身の教義の厳密な訳出よりはむしろ各地に伝わる在来の信仰や用語を利用して自由に翻訳することを勧めた。場合によっては馴染みやすい信仰への翻案すら認め、このことは異民族や遠隔地の布教にあたって功を奏した。
マニ教では、十層の天と八層の大地からなるという宇宙観を有しており、布教にあたっては経典のほか、これを図示した『宇宙図（アールダハング）およびその註釈』も使用していた。『宇宙図』は従来散逸したと考えられていたが、2010年になって元代前後に描かれたとみられる『宇宙図』が日本で発見された。これは、文献言語学の吉田豊（京都大学）らの調査によるもので、マニ教の宇宙図がほぼ完全な形で確認されたのは世界初のことであり、極めて貴重な発見として国際的にも高い評価を受けた。
鉄道国有法により九州鉄道は1907年に国有化、路線はそのまま鉄道院（→国鉄）に引き継がれた。八代まで伸びていた九州鉄道の路線は難工事の末1909年（明治42年）に延長され、吉松 - 鹿児島間で開通していた官設鉄道の路線と接続したことで、門司（現門司港） - 鹿児島間が人吉経由で全通、ここに九州の南北が鉄道で結ばれた。九州の東側にあたる大分・宮崎両県への鉄道の建設は遅く、1923年（大正12年）に豊州本線重岡 - 宮崎本線市棚の宗太郎越えを最後にようやく全通、九州7県の県庁所在地をつなぐ鉄道網がひとまず完成した。昭和時代初期には改良に伴う大幅な路線変更が相次いだ。鹿児島本線は、開業時は軍の要請もあり内陸部を経由して建設されたが、矢岳越えという難所を抱えているため、八代海沿いに南下する海岸回りの路線が建設され、1927年（昭和2年）に全通。これにより鹿児島本線は川内経由に改められ、それまでの人吉経由の路線は肥薩線とされた。軍港である佐世保に近い早岐経由で建設されていた長崎本線は、路線延長も短く急勾配も無い有明海沿いのルートが1934年（昭和9年）に開通し、旧線は佐世保線の一部と大村線とされた。国鉄線の延長と改良が進む一方、1900年（明治33年）の豊州電気鉄道（のち大分交通別大線、1972年全廃。全国で5番目、九州で初の電車運転であった）開業を皮切りに、主要都市において路面電車が発達し、国鉄線から接続する地方私鉄線も増えた。また、1924年には九州鉄道 (2代)により現在の西鉄天神大牟田線の一部となる福岡（現西鉄福岡（天神））～久留米（現西鉄久留米）間が開業、九州では初めての本格的な都市間高速鉄道となった。また、筑前参宮鉄道（のち国鉄勝田線、廃止）や北九州鉄道（現JR筑肥線主要部）では、当時全国でも数少ないディーゼルエンジン駆動の気動車による運行が行われていた。九州島外の鉄道網との連絡は開業以来鉄道連絡船（関門連絡船など）に頼っていたが、明治末年から既に海底トンネルまたは架橋により本州と九州の鉄道を結ぶ計画が検討されていた。最終的に単線並列の関門トンネルを建設することになり、1936年（昭和11年）着工から約5年の工事を経て1942年（昭和17年）7月1日に下り線が貨物営業を開始、同年11月15日から旅客営業も開始され、同時にダイヤ改正が行われて特急「富士」がトンネルを通って長崎まで運転されるようになった（戦況悪化により1944年（昭和19年）4月に運行中止）。第二次世界大戦（太平洋戦争）では九州各地の産炭地からの石炭輸送や兵員輸送等に鉄道が酷使される一方、一部の不急不要とされた路線は休廃止された。戦争末期には空襲で特に都市部の鉄道が多く被災した。1945年（昭和20年）8月9日には長崎市浦上に原爆が投下され、国鉄長崎本線と長崎電気軌道線が大きな被害を受けた。