国王エドワード7世と王妃アレクサンドラ・オブ・デンマークに拝謁した後、ニムロドは1907年8月11日に出帆した。シャクルトンは遠征の手配で後に残り、他の遠征隊員と共に快速船でニムロドを追うことになった。隊員が揃ったのはニュージーランドであり、1908年元日に南極へ向けて出港する用意ができた。燃料を節約する手段として、ニュージーランド政府に頼み、ニムロドを南極線まで曳航して貰った。距離にして約1,400海里 (2,600 km; 1,600 マイル) あり、曳航費用をユニオン蒸気船会社と政府で折半した。1月14日、最初の氷山が見られたときに、引き綱が切られた。ニムロドはそれ自体の動力で浮いている海氷の中を南に進み、6年前にディスカバリーが停泊したバリア入り江に進んだ。そこはスコットとシャクルトンが気球による飛行実験を行ったところだった。バリア（後にロス棚氷と呼ばれた）は1月23日に視認されたが、入り江は消えていた。バリアの縁は時が移った間にかなり変わっていた。入り江を含んでいた所は壊れてかなりの湾を形成しており、数多くの鯨が見られたので、シャクルトンはそこをクジラ湾と名付けた。シャクルトンは氷が海に分離するかもしれないバリアの表面で冬季宿営するリスクについて準備はしていなかったので、船をエドワード7世半島の方へ転じた。この海岸に何度か寄せようとして失敗した後、急速に動く氷が船を閉じ込める恐れもあったので、ニムロドは後退を強いられた。このときシャクルトンが持っていた唯一の選択肢は、遠征の目標を放棄することを除けば、スコットとの約束を破ることだった。1月25日、マクマード・サウンドに向かうことを命じた。
1907年7月初旬、シャクルトンはベアドモアの保証以上の資金を集められておらず、船の再艤装を完成させる金も無かった。7月半ば、慈善事業家でアングロ・アイリッシュのビール発酵者一族の長のアイビー伯爵エドワード・ギネスに掛け合い、2,000ポンド（インフレ換算で18万ポンド）の保証を得た。さらに6,000ポンドを寄付してくれる別の後援者を見つける手立てになった。シャクルトンはそれを確保し、フィリップ・ブロックルハースト卿からの2,000ポンドを含む追加資金を得た。ブロックルハーストはこれを払って遠征隊での地位を手に入れた。最後はシャクルトンの従弟ウィリアム・ベルから4,000ポンドが入ったが、それでも全体の3万ポンドには届いていなかった。しかしニムロドを再艤装するだけの金はできた。船がオーストラリアに到着したあとも資金集めは続いた。オーストラリア政府から5,000ドルの寄付が寄せられ、ニュージーランド政府も1,000ドルを出した。これらに加えて少額の借金や寄付により、3万ポンドが集められたが、遠征が終わるまでに費用が嵩んでおり、シャクルトンの計算では総費用が45,000ポンドになっていた。シャクルトンはこの遠征について執筆する本、および講演から多額の収入を得られると期待していた。また南極郵便局の消印を打った特別郵便切手の売り上げからの利益も期待していた。シャクルトンはニュージーランド政府から臨時郵便局長に指名されており、南極に郵便局を作る考えだった。これら計画のどれも予想通りの利益を生まなかった。郵便局はケープ・ロイズに設立され、遠征の郵便を発送する場所として使われはした。
シャクルトンは1908年1月にダグラス・モーソンと共に南極に到着しているつもりであり、つまり1907年夏にはイングランドを出発している必要があった。そのために資金を集め、船を入手して艤装し、装備や物資を全て買い、人員を募集するために6か月があるだけだった。4月、スコットランドの実業家ドナルド・ステュアートの支援を得られるものと考え、ノルウェーに行って、遠征用船として理想的と考えられた700トンの極地探検船ビヨルンを買おうとした。しかし、ステュアートがその支援の手を引っ込めたので、ビヨルンはシャクルトンの手が及ばないものになった。最終的にビヨルンはドイツの探検家ヴィルヘルム・フィルヒナーが入手してドイチラントと改名し、1911年から1913年のウェッデル海航海に利用した。シャクルトンは老朽でかなり小さなニムロドで済ますしかなくなった。ニムロドは船齢40年、木製、登録総トン数334トンのアザラシ猟用船であり、シャクルトンはこの船を5,000ポンド（インフレ換算で448,000ポンド）で手に入れた。1907年6月、ニューファンドランド島からロンドンにニムロドが到着した時に初めて見たシャクルトンは衝撃を受けた。「その船はくたびれていて、アザラシ油の臭いがし、検査するとコーキングが必要であり、またマストも変える必要があった。」しかし、手慣れた艤装屋の手に掛かって直ぐに「よりましな外観」になった。後にシャクルトンはこの小さなたくましい船を極めて誇らしく思えるようになったと報告していた。
1865年4月14日、ジョン・ウィルクス・ブースがリンカーンを暗殺したのと同じ夜同じ時間に、ブースの仲間ルイス・パウエルがスワードを暗殺しようとした。スワードの従僕ウィリアム・ベルを「医薬品の配達のために来た」と欺いて邸内に侵入した。スワードは4月5日に馬車の事故に遭って負傷し、養生していた。パウエルが2階に上がろうとすると、長男のフレデリック・ウィリアム・スワードが出てきた。パウエルの行動を不審に思ったフレデリックが父親は眠っているため帰ってほしいとパウエルに伝えると、パウエルは階段を降りるふりをしたが、突然振り向いて突進し、フレデリックの頭に銃をつきつけた。しかし、銃が不発であったため、パウエルはパニックになってフレデリックの頭を銃床で何度もたたきつけた。フレデリックは重傷を負って倒れた。続いてパウエルはウィリアム・スワードの寝室に跳び込みスワードの顔と首を何度か刃物で刺した。パウエルはスワードの他の子供2人、息子のオーガスタスと娘のファニー、看護兵として勤務していたジョージ・ロビンソン軍曹、およびパウエルが逃げるときに丁度到着した電報配達人エメリック・ハンセルにも傷を負わせた。スワードが目覚めた時、妻のフランシスがスプーンで紅茶を飲ませようとしていたと報告されている。襲撃の時に、スワードは先の事故に対する手当てのために顎の添え木を着けており（しばしば「首のギプス」と誤って伝えられている）、これで命を奪われずに済んだと言われている。しかし、顔の傷跡は終生残った。この夜の出来事で妻や娘のファニーにショックを与え心配させることになった。妻のフランシスはこの年の6月に死に、ファニーは翌1866年10月に死んだ。パウエルは翌日逮捕され、1865年7月7日に、リンカーン暗殺計画に加担した他の3人（デイヴィッド・ヘロルド、ジョージ・アッツェロット、メアリー・サラット）と共に処刑された。