三昧耶形は如来眼(肉髻と微笑む両目)、金剛眼（独鈷金剛杵の両側に微笑む眼）、あるいは如意宝珠。種子はギャ(ga)、またはシリー(zrii)。その姿は、日本では一般に装身具を身に着けた菩薩形で、喜悦微笑して法界定印の印相をとる姿に表される。人は真理を見つめて世の理を悟り、仏即ち「目覚めた者」となる。これを「真理を見つめる眼が仏を産む」更に「人に真理を見せて仏として生まれ変わらせる宇宙の神性」という様に擬人化して考え、仏母即ち「仏の母」としての仏眼信仰に発展した。また『大日経疏』では、「諸々の仏が人々を観察し、彼らを救うために最も相応しい姿を表す」という大乗仏教の下化衆生思想に基づく解釈も行われている。密教においては「目を開いて仏として生まれ変わらせる」その役割から、仏像の開眼儀式でその真言が唱えられる。また、仏眼仏母は胎蔵界大日如来が金剛界月輪三昧という深い瞑想の境地に至った姿ととも解釈され、一字金輪仏頂とは表裏一体の関係にあるとされる。例えば、一字金輪仏頂がその輪宝で悪神を折伏するとすれば、仏眼仏母は悪神を摂受によって教え導くという。そのため仏眼仏母の曼荼羅には必ず一字金輪仏頂も描かれ、一字金輪仏頂曼荼羅にも必ず仏眼仏母が描かれる。
2003年のシーズン終了後、多くのファンから来季の復活を期待されていたが、11月3日に突如読売ジャイアンツへ無償トレードで移籍することが発表された。移籍の理由は、当時の球団社長である高塚猛と意見が合わなかったことや、アメリカでの治療費・渡航費である約2000万円が球団から一切支払われなかったことが挙げられ、小久保はアメリカから一時帰国した2003年6月中旬に球団に対して契約解除（自由契約）の希望を伝えていた。無償トレードとなったのは、当時のオーナーである中内正が、金銭トレードの分を小久保の年俸に上乗せするよう巨人側へ伝えたからとされる。小久保はのちに、「トレードを訴えたのは僕自身」「ホークス以外ならどこでもよかった」「無償トレードになった理由は知らない」と語った。この一件はチームメイトやダイエーファンのみならず、球界全体に大きな衝撃を与え、前年優勝していたチームは優勝旅行をボイコットした。この事件について小久保を慕う松中は、中日新聞の取材に対して「球団にふざけるな、と言いたい。どうして小久保さんをタダで巨人に出さなきゃいけないんですか。あんなにチームのために一生懸命やった人が簡単に放出されるなら、ぼくらだって同じ目に遭う。この球団は勝ちたくないんでしょうね。終わりですよ。ファンには申し訳ないけれど、来年連覇したいという気が急激に薄れています」と怒りをぶちまけ、小久保と自主トレを行ってきた斉藤和巳は「今、頭の中が真っ白で何も考えられません。恥ずかしいです。とても日本一の球団がやることじゃない。選手としては侮辱されているとしか思えない」と大きなショックを隠さなかった。一方、巨人としては、松井秀喜がメジャーリーグに移籍して以来、長距離打者に恵まれていなかったことから、右打者の松井と評されるほどに期待されており、2004年、故障箇所にサポート器具を装具、膝関節も曲がりきらないというシーズンを迎えるが、3番・三塁手で阪神との開幕戦に出場すると、翌試合に福原忍から東京ドームのライトスタンド中段へ移籍後初安打・初本塁打を記録。その後はなかなか成績が上がらない中、徐々に膝への不安が減り、5月には負担の少ないすり足打法から元の一本足打法に戻して本塁打を量産する。前半戦最後の3連戦で4本塁打を放つなど活躍し、7月度の月間MVPに輝いた。シーズン後半にはアテネ五輪で離脱した高橋由伸に代わって巨人軍第69代4番に座り、長嶋茂雄、原辰徳、落合博満、清原和博らも達成できなかった巨人の右打者としては史上初のシーズン40本塁打以上（41本塁打）を達成。2005年、交流戦初年度に12本を放ち、交流戦本塁打王になる（タイで4人受賞）。レギュラーシーズンでは不調期間が長く安定感には欠けたが、5月3日から、1試合を除く全試合に4番で出場。横浜・土肥義弘からプロ入り初の3打席連続本塁打を放つなど、シーズンでは34本塁打を記録し、低迷するチームの中で孤軍奮闘の活躍をみせた。FA権を取得したが、入団時に2年+1年（球団側に選択権がある）オプションの最高3年契約を結んでおり、球団がこのオプションを行使し、巨人に残留した。2006年、巨人代表清武英利に巨人軍第17代目の主将を依頼される。主将制度は1998年の吉村禎章以来8年ぶりに復活されたが、移籍選手の主将指名は初。小久保のユニフォームの右袖には15×80mmのキャプテンマークが縫い付けられていた。年俸は3億円に達した。6番・三塁手で開幕戦出場すると、4月に打棒を爆発。3試合連続を含む9本塁打を記録し、チームは首位を独走。その後、調子を落としたがチャンスになると送りバントを積極的に行うなど、何とか首位を守り、6月1日の日本ハム戦では札幌ドームで延長12回に武田勝から決勝本塁打を放った。しかし、その翌日の6月2日、対西武戦で和田一浩の打球を処理する際、古傷の右手親指内側側副靭帯を剥離骨折し、長期にわたり登録抹消となる。チームもそこから極度の不振に陥った。リハビリも思うようにいかず、8月18日の中日戦にてようやく一軍復帰。打撃面でも怪我前に比べて精彩を欠いてしまう。最終的に4番での出場は9月3日対中日戦の1試合のみ、打率は.256、二塁打数はわずか5本。そして結局チームは2年連続Bクラスに終わってしまう。11月11日にFAにより福岡ソフトバンクホークスに復帰が決定した（詳細は#ホークス復帰参照）。12月10日、小久保の人的補償として吉武真太郎が巨人に移籍した。尚、逆指名制度で入団した選手としては初めてのFA権を行使して国内移籍した選手となった。