2007年現在、特に熱心に行われているのが急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、悪性リンパ腫に対してである。現在は、造血幹細胞のソースを増やし、移植が必要な患者にどれだけ治療を受けさせることができるのかが焦点となっている。近年は、GVL効果をねらったT細胞の分離なども可能となり、患者の病態に合わせて、移植する細胞を決定していくという細胞治療として発展していく可能性がある。
造血幹細胞移植は画期的な治療法であるが、基本的には大量化学療法となるため、長期生存者のQOL（生活の質）は概して低い傾向がある。大量化学療法とGVHDなどによる後遺症状や合併症状の治療は難しく、障害や慢性疾患として持続もしくは増悪する場合も多くみられる。少なからず、痛みや就業などの深刻な問題となる場合がある。したがって、事前の十分なインフォームド・コンセントの実施が重要であると考えられる。近年はQOLも含めて治療効果判定がされる傾向にある。
日本においては感染症対策として無菌室で管理されることが多い。移植前処置開始前後から生着が確認されるまで無菌室で行われることが多い。感染症は前処置開始後、急性GVHD治療後、慢性GVHD発症後など時期によって原因病原体、患者の全身状態が異なるため、特殊な感染症対策が必要と考えられている。傾向としては早期は単純ヘルペスウイルス感染症、カリニ肺炎、その後はサイトメガロウイルス感染症、アスペルギルス感染症が多い傾向はある。
移植後100日以降に発症したGVHDを慢性GVHDという。発症時期によって区別されているが、急性GVHDとは異なる病態が考えられている。急性GVHDと比較してより多くの臓器を障害を受けること、しばしば自己免疫疾患に類似した病態となるのが特徴である。肝障害や間質性肺炎、皮膚のこわばり、口腔病変などが典型的であるが多様である（全身倦怠、関節痛、白内障、性器粘膜炎、筋肉炎、血液再生不全など）。急性GVHDは移植片中の成熟T細胞が関与するのに対して、慢性GVHDは移植された造血幹細胞から分化、成熟したT細胞が関与すると考えられている。限局した軽い症状のみの慢性GVHDはステロイド外用などの局所療法で対応可能であるが、多くの臓器に障害が生じている場合や単一臓器でも重篤な障害を有する場合は全身的免疫抑制療法の適応となる。慢性GVHDにもGVL効果はあるといわれている。慢性GVHDになったからといってステロイドや免疫抑制剤を一生続けなければいけないとは限らないが、GVHDの根治につながるかは不明である（発症の予防としては効果がない可能性が高い）。様々な症状に対して、これらの薬剤では効果が不十分、もしくは効果がない場合も多い。また、効果があっても長期間の服薬が必要になる場合も多く、副作用に鑑み治療継続できない場合もある。
江戸時代中期に活躍した通詞吉雄耕牛（幸左衛門）の自宅は、2階にオランダから輸入された家具を配して「阿蘭陀坐敷」と呼ばれており、庭園もオランダ渡りの動植物にあふれ、長崎の名所となっていた。通詞以外の全国の蘭学者も多く師事した耕牛の家では、やはり太陽暦の元日に合わせ、オランダ正月が催されていた。江戸の蘭学者で指導的な地位にあった大槻玄沢も、この吉雄家洋間のオランダ正月に参加して感銘を受けた。歴代のオランダ商館長（カピタン）は定期的に江戸へ参府することが義務づけられていたが、寛政6年（1794年）のヘイスベルト・ヘンミー（Gijsbert Hemmij）の江戸出府でオランダ人と初めて対談した大槻玄沢は、これを機にこの年の閏11月11日が西暦で1795年1月1日に当たることから、京橋区水谷町にあった自宅の塾芝蘭堂に、多くの蘭学者やオランダ風物の愛好家を招き、新元会（元日の祝宴）を催した。ロシアへ漂流した大黒屋光太夫なども招待されていた。これが江戸におけるオランダ正月の嚆矢となる。記念すべき第1回の江戸オランダ正月は津藩の市川岳山が描く『芝蘭堂新元会図』で知られ、出席者による寄せ書きがされており、当日の楽しげな様子が十分伺える。大きな机にはワイングラス、フォーク、ナイフなどが置かれ、部屋には洋式絵画が飾られている。出席者は他に玄沢の師でありすでに『解体新書』の翻訳で名を上げていた杉田玄白や、玄沢の弟子の宇田川玄随、稲村三伯などがいた。オランダ正月の背景には、8代将軍徳川吉宗による洋書輸入の一部解禁以降、蘭学研究が次第に盛んとなり、この頃には蘭癖と称されたオランダ文化の愛好家が増加していたことがある。蘭癖らの舶来趣味に加え、新しい学問である蘭学が一定の市民権を得ていたことを受け、日本の伝統的正月行事に把われることなく、蘭学者たちが親睦を深め、自らの学問の隆盛を願い、最新情報の交換を行う集まりとして、以後も毎年行われるようになっていった。ただし、当時使用されていた寛政暦などの太陰太陽暦と西洋のグレゴリオ暦とのずれは毎年異なっていたため、便宜上、翌年以降は冬至（太陽暦では毎年ほぼ同じ日であり、太陽太陰暦の計算にも使用される）から数えて第11日目にオランダ正月の賀宴を開催するのが恒例となった。玄沢の子・大槻磐里が没する天保8年（1837年）まで計44回開かれたという。一方、日本で祝宴を開いた1795年1月のオランダ(ネーデルラント連邦共和国)では、その国土がフランス革命軍に占領され、オランダ国が滅亡した月である。同時に、オランダ国であった土地で、フランスの衛星国バタヴィア共和国が建国を宣言した。そして、オランダ国は、1815年にネーデルラント連合王国が建国するまでの20年間、地球上に存在していなかった。すなわち、蘭癖の日本人は、オランダ滅亡と同時に存在しないオランダの正月を祝い始めたことになる。