新宿バベルをはじめ、多くの若者たちの間に「プチデモナイズド（＝プチデモ）」と呼ばれるサブカルチャーが大流行。だが、とても危険な大きな副作用があるため問題視されていた。スネークマンから調査を命じられたプレイヤーは新宿バベル内で、血生臭い詩を売る詩人や後輩のデビルバスター候補生、プチデモをした若者たちと接触のさなか、デビルバスターを狙った凄惨な殺人事件が発生してしまう。その背景には、過去の戦いから歴史の闇に消えた組織と人物の名が暗躍していた（※メインActと異なり、未完結のシナリオである）。
マグネタイトを媒介にしてプレイヤーに仲魔の力を宿らせる事が可能なシステム。実装当時は「御霊合体」と呼ばれる特殊な合体を施す必要があったが、システムのアップデートにより御霊合体を施していない仲魔でもデジタライズが可能になったが「DLv（デジタライズレベル）」と呼ばれる悪魔の小種族ごとに設定されているレベルに制限がかけられている。このDLvを上げることでデジタライズ可能な種族が増えたり、デジタライズアシストと呼ばれる仲魔のステータスがプレイヤーへのボーナス値としてステータスの反映され、より強くなる事が出来る。
ダンジョンには、すべてのプレイヤーが同じマップ、同じ悪魔を相手にプレイするMMOダンジョンと、プレートと呼ばれる専用アイテムで生成するプライベートダンジョン（以下PD）がある。PDはプレートの色によって難易度が変化し、クエスト専用プレートも存在する。プレートは悪魔からのドロップもしくは入り口で購入する。PDは生成されるたびにマップが変化し（マップは4 - 5種類程度、クエストによっては変化しない）、悪魔のリポップはない。最深部にはボス部屋が存在し、一度出ると（ログアウトやサーバ切断でも）同じ条件の（攻略途中などの）Pダンジョンに戻ることはできない。MMOダンジョンでは悪魔はリポップし、ルートの変化はない。
女神転生シリーズに共有の属性変化システムが2007年8月9日から実装されている。LNCとはLaw、Neutral、Chaosの3属性の頭文字であり、プレイヤーの行動によって属性が変化する。IMAGINEにおいてはLNCは一部クエスト内の選択、各勢力への寄付によって変動し、その変動値により仲魔召喚コストが変化する。例えばLaw側ならLaw属性の仲魔召喚コストが少なくて済む。また、メシア教、ガイア教それぞれの本拠地では属性専用装備・アイテムが販売されており、通常の消費アイテムの価格も属性によって変動する。例えばLaw側ならメシア教の聖都で消費アイテムを購入すると、他の街より安価で済む。
MMORPGということで移動や戦闘、交渉などもリアルタイムになっており、プレイヤーが何もしなくてもゲーム内の時間が経過していくことや、多数のプレイヤーが同時にプレイするのが従来のスタンドアローンの真・女神転生シリーズとの大きな違いである。このため魔法の詠唱中に妨害されて魔法が発動できなかったり、交渉が攻撃で中断されることもあり、気の抜けないシステムになっている。プレイヤーは最大5人までのパーティーを組むことができる。一部のアイテムはゲーム内の専用通貨「CP」で購入できる。10CPあたり100円に換算。
ヴェーザー川は、ヴェラ川とフルダ川の合流点から河口まで船で航行することが可能である。最大どれだけの大きさの船が、あるいは喫水がどれだけの船が通れるかは、その区間によって異なっている。ある区間で実際に貨物輸送が行える量は、その制限に依存している。オーバーヴェーザー（水路クラス IV の制限）は最大長 85 m、最大幅 11 m までである。航行可能な最大喫水は水位に依存する。喫水は実際の水位から区間ごとに異なる余裕が必要となる。その余裕分は、ハン・ミュンデン - カールスハーフェン間が 17 cm、カールスハーフェン - ボーデンヴェルダー間が 5 cm、ボーデンヴェルダー - ハーメルン間が 28 cm、ハーメルン - ミンデン間が 31 cm である。実際の水位は、船長がハン・ミュンデン水利・水運局に問い合わせなければならない。これらの規制に基づき、採算性を考慮した結果、オーバーヴェーザーに貨物船はほとんど見られないが、第二次世界大戦直後にはまだオーバーヴェーザーを艀が航行していた。当時は年間約 3万tの貨物が内陸水運によりオーバーヴェーザーを運ばれていたのである。貨物の主なものはベーヴェルンゲン、ホルツミンデン、ハーメルンからブレーメンへの穀物であった。ハン・ミュンデンのヴァーレウムシュラーク港（貨物積み替え港）は1970年代に廃止され、1989年に鉄道施設も撤去された。2008年6月、ハン・ミュンデンのヴァーレウムシュラークは、港湾活動を再開した。これ以後、大型トラックと内陸船舶との間で大型機械部品の揚げ降ろしが行われている。ミンデンとブレーメンの間のミッテルヴェーザーは、全長 85 m、全幅 11.45 m までのヨーロッパ船および全長 91 m、全幅 8.25 m までの艀で、最大喫水が 2.50 m を超えない船舶が航行可能である。これは水路クラス IV の制限に適合している。2012年までには、ヴェーザー里程 204.5km（ミンデン）から ヴェーザー里程 360.7 km（ブレーメンのフルダ港）までがクラス Vb の制限にまで緩和される予定である。この規制では全長 110 m まで、喫水 2.50 m の大型貨物船がこの区間を航行できることになる。フルダ港から鉄道橋（ウンターヴェーザー里程 1.38 km）まではすでにクラス Vb の規制が適用されている。内陸船舶水路法の規制範囲はここで終わり、海洋船舶水路法の規制範囲が始まる。ヴェーザー川はクラス VIb に属す。ウンターヴェーザーは外洋船も航行可能である。干満にも依存するが、航行可能な最大喫水は、ブレーメン地域で 7.5 m、ブラーケとノルデンハムとの間は 9 m、ノルデンハムとブレーマーハーフェンとの間は 13.50 m である。平均干満差は 3.96 m である。ブレーマーハーフェン以降のアウセンヴェーザーの 14.5 m 拡張工事は2003年に完了した。