最終的に本系列として実現する0系後継車の構想は1981年ごろには既に存在し、今後の国鉄車両の方向性を示すものの一つとして各種メディアや『鉄道ファン』などの鉄道雑誌に取り上げられた。当時公表された構想図のうち、先頭部形状や塗色については大まかな概念図が主であったが、アコモデーションのそれは2階建食堂車のレイアウトやグリーン個室など、この時点で後年の実車にかなり近いものであった。また、実現しなかったものでは2階部分をフリースペースのラウンジとした案もあった。これらの案に基づいて、浜松工場では2階建て車両のモックアップが制作された。また、V編成「グランドひかり」以外の編成による「ひかり」の通称として「スーパーひかり」が使われることがあった。この呼称は、前述の構想とは別の、300系列車およびその源流の超高速運転構想における仮称が転用されたものである。本形式は、鉄道ファンが新幹線に興味をむけるきっかけになったという意見もある。それまで新幹線車両は0系が20年以上継続生産されており、基本的な形態の変化がなかったこと、200系もメカニズムは新規ながら外見はほぼ0系と同じであったため、新幹線電車は鉄道趣味の対象にならないという認識であったが、本形式の接客設備やスタイルが一般に注目されるものであったことから、徐々にカメラを向けるファンが増えていったという。
東海道区間では2003年9月をもって運用終了した100系だが、山陽区間においてはK編成・P編成による「こだま」運用が続けられていた。しかし、前述の走行性能差の問題があることや、経年劣化が進行していることに加え、「のぞみ」のN700系化に伴う500系の8両化改造・「こだま」転用が2008年12月から行われ、さらに2011年3月12日の山陽・九州新幹線直通列車「みずほ」「さくら」への専用車両となるN700系7000番台・8000番台投入に伴う700系7000番台による「こだま」運用への充当に伴い、運用は縮小していった。P編成については2011年3月12日のダイヤ改正で運用離脱（上述）したが、残る100系K編成も2010年12月17日のプレスリリースで2011年度中に全廃する予定であることが発表された。2010年7月2日に、6両編成（K編成）3本を落成当時の白3号と青20号の車体塗装に復元することがJR西日本から発表された。2011年12月16日、この発表日の次のダイヤ改正日である2012年3月17日において、300系とともに運用終了となることが発表された。2012年3月14日のこだま766号をもって定期運用を終了し、3月16日に最終列車として臨時列車のひかり445号（岡山→博多）が運行され、100系の運用がすべて終了した。
2007年9月にK54編成 の鉄製骨組みやステンレス製屋根から、2009年6月にもK53編成2号車の鉄製骨組みからひびが発見されるなど、老朽化が進んでいるとみられるトラブルが発生した。
100系は、300系から採用されているボルスタレス台車の試験車としても活躍した。試作台車として製作されたDT9023A, B, C, D, E, Fの6種類が試験で使用された。A, Bは0系用ボルスタレス試作台車のDT9022の改良版で1985年に製作された。同年に925形に搭載されて270km/h試験、翌1986年にX編成での210km/h走行試験が実施され、100系用のDT202よりも乗り心地の改善と横圧の減少が確認された。C, Dが乗り心地の改良版で輪軸、駆動装置、軸箱支持装置をA, Bから流用している。1987年に製作され、翌1988年から100系に搭載されて営業運転で使用、30万kmの走行を行った。E, Fは1989年に製作された300系仕様のプロトタイプであった。220 km/hでの走行試験を実施後、C, Dと同じく営業運転での30万kmの走行を行った。1991年にはV編成を使用して275km/hでの走行試験を行った。軸箱支持方式は、主にJR東海が「円錐積層ゴム式」と「円筒積層ゴムコイルばね併用式」を、JR西日本がV編成を使用して「軸はり式」を試験走行を実施した。「円錐積層ゴムコイルばね併用式」が300系、700系（JR東海所有分）、N700系（16両編成）に、「軸はり式」が500系、700系（JR西日本所有分）、N700系（8両編成）に採用された。
声 - 木内レイコ（GC版ゲーム、中尾良平）首領パッチの身勝手な行動（ボーボボの司令室で首領パッチが勝手に弄った）で、ボーボボと首領パッチが逆転融合した姿。金とオレンジの髪。顔の作りは首領パッチがベースで、彼のトゲを意識してか、ツンツン頭。真拳も毛を主流にしていた他の融合体とは違い、ハジケ真拳が主流となっている。手の平から放射される特殊な原子分解熱により、2つの（複数も可能）物質を融合して強力な武器を作る物質ハジケ融合という能力を有する。ちなみに融合武器はパッチボボの中の司令室でボーボボと首領パッチが考えて作っているようである。普段の2人からは考えられない程必要以上に喋らず、ほぼ無表情で何をするか分からない。しかし仲間を平気で道具にしたりする辺りは普段の2人を彷彿とさせる。血液型はAP型。誕生日は14月14日。趣味はセパタクロー。特技はカルピス作り。主食はカマボコ。得意な科目は化学と家庭科。出身は神田。『真説』では パパパーパ・パーパパチへパワーアップ（パッチボボに融合した状態から更に魂を融合した融合戦士。首領パッチがパッチボボの中の司令室にあった「ぶっとびターボ」のボタンを勝手に押した事により誕生した）。奥義は、聖魔支配剣ニャンちゃんソード（ただの子猫）を振り上げる事によって地球を割る程の威力で対象を切り裂くハジケ真拳超奥義おニャンコにゃんにゃんにゃんと、その派生技で、猫によって発生させた巨大な割れ目から何百以上ものラッコを噴出させ果てには宇宙まで飛び上がり天体系をも破壊するハジケ真拳超奥義ラッコちゃん・インパクト、左手にウエディングケーキ・右手にバースデーケーキを持った状態で相手の頭部を上下から挟み込む様にして叩き付けるハジケ真拳究極奥義NOハジケ,NO LIFE.などがある。