結婚式を間近に控えたマロリーは、そのリハーサルのためにデンバーへと移動している最中だった。道中、マロリーは妹のエラとビデオチャットをしていた。エラは姉に悔いのない選択をしてもらうために、「本当にその人を愛しているという確信が得られるまで、デンバー行きの飛行機のチケットは買っちゃ駄目」と言った。マロリーは「私は幸福よ」と返すのだが、その声はどこか虚ろだった。通話を終えたマロリーはデンバーへの移動を続けた。その数分後、マロリーの自動車がエンジントラブルを起こしてしまう。マロリーはアメリカ自動車協会に電話をかけたが、何故か繋がらなかった。自力での修理も試みたが、結局直せなかった。車の影でマロリーが服を着替えていると、そこに男性が通りかかった。急いでタンクトップを着たマロリーは、その男性に自分が置かれている状況を説明した。男の名前はクリスチャンと言った。クリスチャンのお陰で、どうにか車は動かせる状態になった。そのお礼として、マロリーはクリスチャンを車に乗せることになった。道中、クリスチャンは徐々に奇妙な振る舞いをするようになった。「私たちが出会ったのは運命だった」とか「自動車が事故を起こしたのも偶然ではない」などと語り始めたのである。ついには「僕のペニスは大きすぎるから、君の口ではどうにも出来ないだろうね」などと言い始めた。我慢の限界に達したマロリーがクリスチャンに車から降りろと言ったところ、クリスチャンはナイフを取り出し、運転を続けろとマロリーを脅迫するのだった。クリスチャンがシートベルトをしていないことに気付いたマロリーは、敢えてガードレールに車をぶつけた。しかし、スピードの加減に失敗し、マロリーは気を失ってしまった。目を覚ましたとき、自動車は上下逆さになっていた。マロリーはシートベルトを外して外に出ようとしたが、自分の体がシートに挟まっていたために身動きがとれない状況にあった。しかも、酷い怪我を負ってしまった。何とか脱出しようとしたマロリーだったが、どうすることもできなかった。そんな中、徐々に意識を取り戻したクリスチャンは「君はこの車から脱出する必要がある」とマロリーに言ってその場を立ち去るのだった。マロリーは助けを求めて叫んだが、誰もそれに応えてはくれなかった。身動きの取れぬまま、マロリーは全ての水を飲みきってしまった。翌朝、クリスチャンが事故現場にやって来て、マロリーの前で飲み食いを始めた。「今回の一件は偶然ではない」と主張するクリスチャンは「運命とは面白いものだ」などと語った。その夜、マロリーはネズミの群れが自分の体に這い寄って来ているのに気が付いた。空腹の限界だったマロリーはその一匹を殺して食べ、自分の尿を水代わりに飲んだ。そこへ、またしてもクリスチャンがやって来た。彼は「家族を人質に取っており、警察官のフリをしているんだ」などと訳の分からぬことを言う。一通り話し終えたクリスチャンはマロリーにノコギリを渡してきた。マロリーはそのノコギリを座席の骨組みの切断に使おうとしたが、クリスチャンは「自分で足を切断しなかったら、君は死んでしまうだろうね」などと言い放つのだった。その夜、嵐がやって来た。クリスチャンはマロリーに別れを告げに来たが、マロリーは渾身の力でクリスチャンを攻撃し、彼の車の鍵を奪って放り投げた。クリスチャンは辺りを探し回ったが、鍵を見つけることが出来なかった。そこへパトカーが通りかかり、クリスチャンは副保安官に助けを求めた。副保安官はマロリーの叫び声を耳にしたが、空耳だと思い込んでしまった。副保安官とクリスチャンはマロリーを残して去って行ってしまった。絶望するマロリーにさらなる悲劇が襲いかかった。大雨のせいで、自動車が流され始めたのである。
2011年のドラフト会議では野村祐輔（明大）、藤岡貴裕（東洋大）とともに「大学ビッグ3」と呼ばれ注目を集めた。伯父の原辰徳が監督を務める読売ジャイアンツの単独指名が濃厚と噂されていたが、北海道日本ハムファイターズの予想を反しての1位指名により、抽選の結果日本ハムが交渉権を獲得した。ドラフト後には祖父の原貢が日本ハムの事前挨拶なしでの指名を「人権蹂躙」などと非難する発言を行った。11月7日には日本ハムの指名挨拶に同席し、進路については「目先のことだけではなく、その先の野球人生を考えた上で判断したい」とコメントしたが、21日には日本ハム入団を拒否する意向を表明。社会人野球や国内独立リーグ、海外のプロリーグ等に進んだ場合は2年間指名されることができないため、プロ・アマのいずれの球団にも属さず、浪人することを選択。東海大の卒業延期制度を利用し大学に残り、大学の練習施設を使用して自主練習をしながら翌年以降のドラフト指名を待つことになった。入団拒否の理由としては「日本ハムさんからいろいろなお話を聞いて光栄に思いました。しかし、それ以上に、自分が小さいころからの夢、そういうものがそれ以上に強かったということです」と述べ、決め手になったという『小さいころからの夢』については「（言葉にするのは）難しいところですが、どうですかね……。分かってください」と語った。これに対し日本ハムは「この程度で諦めるなら最初から指名しなかった。交渉期限のギリギリまで説得を続けたい」としたが、交渉期限最終日の2012年3月31日に菅野の獲得断念を発表。その後、一時は2012年のドラフトでの再指名の可能性を公言したが、後にその方針を変え、日本ハムGMの山田正雄が「うちとしては（1位は）その年の一番力がある選手。1年間のブランクがあることを考えたら（菅野が）一番力のある投手じゃないと思います」との理由で指名を回避するとコメントし、実際に大谷翔平を1位指名した。同時にこの年のドラフトで意中の球団以外が交渉権を獲得した場合について、東海大監督の横井人輝が「アメリカに行くであろうと思う。野球留学も含めて、本人もいろいろ興味があるみたい」と発言し、本人も「また去年と同じことが起こるのだとしたら……。何というんですかね……日本で野球をやりたくないかもしれませんね」と発言したことや横浜DeNAベイスターズの調査書の受け取りを拒否したこともあり、横浜DeNAベイスターズGMの高田繁や監督の中畑清、東北楽天ゴールデンイーグルス監督の星野仙一から批判された。東海大の卒業延期制度を利用して引き続き在学しての野球浪人であったが、浪人中は大学野球の規定により対外試合に出場できなかったため、東海大野球部を練習拠点とし、投げ込みやチームメイト相手の紅白戦やシート打撃に登板して実戦感覚から遠ざかることを防いだ。ただし、紅白戦やシート打撃での登板は、緊張感や重圧という点では実戦とは異なるため、ブランクが懸念された。菅野自身は、大学野球だけでなく、高校野球や日本プロ野球やメジャーリーグなどを積極的に観戦をし、野球選手としてプラスになったと語っている。2012年の1月末から1ヶ月半の間アリゾナ州で過ごし、MLBプレイヤーをはじめ様々な競技のアスリートが集まる施設で陳偉殷に王建民を紹介してもらったりアドバイスを貰ったりした。2012年10月25日に開催されたドラフト会議では、当初はDeNAや楽天も指名の可能性を公言していたものの、巨人の単独1位指名となり、かねてより熱望していた巨人との交渉権を獲得した。ドラフト会議後には伯父であり巨人の監督である原辰徳が東海大を訪れ、背番号「19」とネームの入った巨人のユニフォームに袖を通した。11月21日に仮契約を締結。23日に開催されたファン感謝デーで入団発表された。