タンクレードは1112年に死去し、サレルノ伯ロジェ（ルッジェーロ）が摂政に就くが、1119年のサルマダの合戦で、シリア・セルジューク朝滅亡後アレッポの君主となっていたイル・ガーズィーとの戦いで戦死した。代わってエルサレム国王ボードゥアン2世が摂政に入ってアンティオキア公国はエルサレム王国の保護国となった。1126年には公位の正統後継者であるボエモン（1世）の遺児ボエモン2世が公位に立ったが、1130年、小アジアへの攻略中、ダニシュメンド王の息子に当たるエミール・ガーズィーとの戦いの最中に伏兵にかかり死去した。未亡人でエルサレム王ボードゥアン2世の娘であったアリックスがアンティオキアの女公となった。彼女は、1128年以降アレッポを拠点にして急速にシリアを回復しつつあったムスリム君主のザンギーと組もうとしたが、ボードゥアン2世は娘の反逆に激怒してアンティオキアを奪回して娘をラタキアに流罪とし、アンティオキア公国は再びエルサレム王（ボードゥアン1世、および1131年よりフールク）の影響下に入った。フールクは1136年に至ってアンティオキア公位継承者である10歳の公女コンスタンスに36歳のレーモン・ド・ポワティエを娶わせて公位を継がせ、コンスタンスの母であるアリックスの影響を排除したが、この年までにオロンテス川の内陸側の領土はザンギーによって征服されていた。さらに1138年、アレクシオス1世の息子である皇帝ヨハネス2世コムネノスが南下してアンティオキアを攻囲し、レーモン・ド・ポワティエは東ローマ帝国への臣従の誓いを余儀なくされた。十字軍諸国はアンティオキアを東ローマ帝国に返す代わり、東ローマ帝国はシリアの数都市を征服して十字軍諸国に渡すという取り決めとなったため、アンティオキア公国はエデッサ伯国とともに東ローマ帝国のシリア攻撃に従わせられた。最初の攻撃目標であった都市シャイザルの攻撃にあたって、救援に来たザンギーによるムスリム諸王への応援呼びかけや、十字軍国家側と東ローマ帝国側の離反策のために、結局東ローマのシリア征服は成功しなかったが、アンティオキアは1142年にヨハネス帝が死ぬまで圧力を受け続けた。1144年、エデッサ伯国がザンギーによって征服された。アンティオキア公国は、1146年にザンギーの死後ザンギー朝を継いだ息子ヌールッディーンの強い攻勢にさらされることになった。この危機に対して派遣された1148年の第2回十字軍はエデッサでもアンティオキアでもなくダマスカスへ向かい失敗に終わり、1149年レーモンはイナブの戦いでヌールッディーンに敗れて戦死し、アンティオキア公国の東半分はアレッポのザンギー朝によって完全に奪われた。
1月場所は5日目の隠岐の海との一番で右足太ももを痛め、6日目はテーピングをして強行出場するも症状が悪化し7日目から休場した。7日目の勢戦は不戦敗となった。詳しい症状は右ハムストリング肉離れで全治まで1か月程度の安静加療を要する見込みと診断され、日馬富士の休場は2015年秋場所以来7度目となった。2月11日、NHK福祉大相撲で復帰し、横綱土俵入りと取組を行った。「順調に回復している。春場所に向けて頑張る」と話した。約1週間前から四股も踏んでいるという。3月場所は3日目に2敗を喫し、4日目には左目付近を負傷するなど序盤が散々な展開であったが、13日まで3敗と尻上がりの成績を見せた。しかし残りを連敗したため、結局この場所は10勝5敗の平凡な勝ち越しに終わった。4月2日に行われた伊勢神宮奉納大相撲では幕内トーナメントに参加したが、膝の不調などから1回戦での敗退に甘んじた。4月29日、30日の2日間に渡って行われた「ニコニコ超会議場所 2017」では幕内力士によるトーナメントに優勝。賞金100万円とカップヌードル1年分が贈られた。5月場所も負傷の影響を残した満身創痍ながら相撲は好調で初日から連勝。19場所ぶりの中日給金を記録。9日目に足を負傷するもそのまま、10連勝を記録。11日目の御嶽海戦は土俵際で足が出てしまい黒星を記録するも翌日は貴ノ岩が休場したため不戦勝で11勝目を記録し、1敗で優勝争いをする。しかし、大関取りを目指していた高安に負けるなど連敗し優勝争いから脱落し14日目に白鵬に優勝を決められてしまった。千秋楽も白鵬に敗れ結局3連敗の11勝4敗で場所を終えた。しかしこの場所は鶴竜、稀勢の里が休場したこともあって、場所後には皆勤して本場所の土俵の屋台骨を支えたことを慰撫する記事も見られた。八角理事長も過去8勝8敗と合い口が悪い嘉風と7日目に対戦して勝利した相撲を見て「いい流れで、いい巡り合わせになっている。肘や膝はよくなっていないだろうが、気力で取っている」と復調を感じた。7月場所は初日から連敗。体の状態も悪く、休場の心配も出ていたが3日目からは連勝し復調。7日目には3年ぶりに首投げを決めて琴奨菊を倒している。本人は「琴奨菊に昔、首投げ決めたのを覚えてる。十両（04年秋場所14日目）で、その場所は優勝した。（じゃあ今度も？と聞かれて）ハッハッハッ！」と笑顔を見せていた。その後6連勝まで連勝を伸ばすが9日目に宇良に敗れて金星を与えてしまい、3敗に後退。だが翌日から連勝して11日目に勝ち越しを決めた。3敗で終盤まで優勝争いに絡み、5連勝まで連勝を伸ばしたが白鵬が1敗を守ったため優勝の可能性が消滅。その後、千秋楽は熱戦の末敗れるも11勝4敗で場所を終えた。千秋楽で横綱通算100敗目を喫しており、29場所目での到達は歴代横綱で最速。場所後の武蔵川のコラムでは、怪我の影響で立合い負けして押される相撲が多かったと指摘されている。9月場所は他の横綱3人が相次いで休場したため初の一人横綱として臨む。怪我の治療などの調整不足で3日目から琴奨菊、北勝富士、阿武咲と3連敗、10日目にも貴景勝に敗れ、4金星を配給するが、一人横綱ということもあり休場せず出場を続ける（3日連続金星配給は2003年名古屋場所の武蔵丸以来、通算4金星配給は2001年秋場所の武蔵丸以来）。その後は無敗でトップの豪栄道とは星一つの差で千秋楽を迎え、直接対決の本割・優勝決定戦と連勝して9回目の優勝を決めた。千秋楽直接対決から1差逆転優勝は、日馬富士以前に10例あるが、4個金星を配給した横綱が優勝したのは史上初。11勝での幕内最高優勝は15日制定着以来3度目であり、11日目終了時点でついた3差をひっくり返しての優勝は史上初であった。場所後のサンデースポーツの生出演では杉浦友紀キャスターの問いに対して「おかみさんに何があっても十五日務めてくださいと言われました。支えていただいた方の気持ちに応えたかったです」と感謝の言葉を口にした。さらに若手の台頭について「新しい時代が来てほっとしています。若い子が上がってくると気合いが入ります。精いっぱい務めて次の世代に渡したいとも思っています」と大相撲の新時代を担う力士養成への思いも語った。11月場所は初日から2連敗したのちに3日目から後述の暴行問題により途中休場。