鎌倉時代には大友氏が豊後国守護に任じられ、第3代当主大友頼泰（貞応元年（1222年） - 正安2年（1300年））の代に豊後国に下向して土着した。元弘3年（1333年）には豊後国の守護職に任ぜられている。室町時代に入ると、第7代当主大友氏泰は、拠城をわずかに北にずらして大分川河口付近に館を構えた（現在の市の中心部の東側で、顕徳町等にあたる）。これが現在の大分市に連なる城下町のはじまりで、町の名を府内といった。現在の大分市街地中心部に残る「府内町」という地名や「府内5番街」という商店街はこの名残である。戦国時代の府内は、最盛期には九州の過半を手中に収めた第21代当主大友義鎮（宗麟）のもとで、日本で初めての西洋式の病院が開設されるなど、南蛮文化を受容し栄えた。しかし、大友氏は島津氏等との抗争に敗れて衰退し、府内は1586年（天正14年）の島津家久の侵攻（豊薩合戦）によって炎上し壊滅したとされる。近年、大分駅付近の連続立体交差事業および区画整理事業に伴い、大友氏館跡をはじめとする中世から戦国時代にかけての府内の遺跡が発掘され、2001年（平成13年）には大友氏館跡として国の史跡に指定されている。義鎮（宗麟）の跡を継いだ大友義統が文禄の役での失態のために改易された後、豊後国は細分され諸侯に封じられた。1597年（慶長2年）に府内を封じられた福原直高は府内城（大分城）の築城を開始した。
古代には、現在の大分市周辺は大分郡（おほきたのこほり）と呼ばれ、現在の市の中心部からやや南に外れた大分川下流沿い（現在の古国府）に、豊後国の国府が置かれたと推測されている。「大分」の名は、『豊後国風土記』によれば、景行天皇がこの地を訪れた際に「広大なる哉、この郡は。よろしく碩田国（おおきたのくに）と名づくべし」と言って名づけたもので、「碩田」が後に「大分」と書かれるようになったとされる。実際には大分平野はさほど広大であるとは言えないため、今日では、景行天皇の言葉は、平野の広大さではなく、多くの田が並ぶ様子を描写したものと解されているが、いずれにしても大分平野に古くから田圃が開けていたことを示すものと言える。
大分県の沿海部のほぼ中央に位置し、大分県の行政・経済・交通の中心地で、人口約74万人の大分都市圏の中心地でもある。県内の総人口の42%が集中する首位都市であり、これは九州地方の県庁所在地の中では、熊本市（42.3%）に次いで高い。人口が微増していた本市も、2017年度には1981年の統計開始以来、初めて減少に転じたが、減少率は県内の市町村の中では最も少ない。現在の市域は、かつて大分郡及び北海部郡（明治初期までは海部郡）に属していた。古くは豊後国の国府が置かれ、府内（ふない）と呼ばれた。中世には大友氏の城下町として発展し、戦国時代にはキリシタン大名大友義鎮（宗麟）の庇護のもと、日本におけるキリスト教布教の中心地となり、南蛮文化が花開いた。高度経済成長期に、鉄鋼業、化学工業などの重化学工業の進出に伴い工業都市として急成長し、近年では電子工業の立地が進んでいる。
大分海上保安部（おおいたかいじょうほあんぶ、英称：Oita Coast Guard Office）は、大分県大分市にある海上保安庁第七管区海上保安本部の海上保安部である。
パーヤップ大学の歴史は長く、その前身のひとつは1888年に設立された神学校に求めることができる。この神学校はマックギルバリー神学カレッジ（McGilvary College of Divinity）と呼ばれていたが合併して、現在の神学部となっている。当初は初等教育を修了した学生を受け入れていたが、次第に高校課程修了が受け入れ条件となって行き、1960年に設置された7年課程神学学士コースでは公式に高校卒業が受け入れ条件となった。もうひとつの大学の前身となるマコーミック病院看護学校は1923年に創設された。当初は最低限の教育を受けていることを条件に入学を許可していたが、1961年に高校課程の修了を入学条件とした。学位は各学校機関から授与したが、当時タイ王国政府から大学の学位として承認を受けていなかった。1969年、政府が私立大学法を公布すると、タイにおける私立高等教育機関は法律上の地位を獲得することになった。この法律を受けて、タイ国神学校（Thailand Theological Seminary）とマコーミック病院看護学校は私立大学設立のための協議を開始。最終的には、タイ国キリスト教団、米国長老派ミッション、ディサイプル派海外牧師部が共同して大学設立文書を作成し、タイ政府に提出した。1974年3月21日、パーヤップ大学はバンコク都圏を除いて、タイで第一番目の私立大学となった。創設時、パーヤップ大学は大学設備を借りながら運営された。大学は当初、2カ所にキャンパスを持っており、ひとつはマコーミック病院の隣地、もうひとつは8 kmほど離れたチェンマイ市西部地域にある4エーカーの土地であり、3棟の寄宿舎があった。当初の計画では、この二ヶ所のキャンパスを開発してゆく予定であったが、すぐにチェンマイ市西部地域の4エーカーのキャンパスの開発は実行不可能になってしまった。これはチェンマイ市西部地域の不動産価格の急騰により、土地の追加購入が不可能になったためである。さらにマコーミック病院の向かいにある東部のキャンパスでは、看護学校と神学校の学生と看護師の宿舎の収容力が限界に近づいていており、もし16エーカーの東部キャンパスに新しい建物を建てたとしても、今後数千人分の学生が収容できなくなってしまう状況になっていた。1974年大学理事会はマコーミック病院の西3 kmほどにある120エーカーの土地の購入を投票により決定した。このキャンパスが現在、メインキャンパスとして使用されているメーカーオキャンパスである。その後も土地の追加購入があり、最終的には、キャンパスは275エーカーまで拡大した。1975年、パーヤップ大学は、バンコクの建設会社メトロポリタン・エンジニアリングコンサルタント（Metropolitan Engineering Consultants Co., Ltd.,） と、キャンパス10カ年開発計画の策定準備のために契約を締結した。この計画ではまず1982年までに5棟の校舎をメーカーオキャンパスに建築した。さらにその後、16棟の校舎がメーカーオキャンパスに建設された。他方、ゲーオ・ナワラットキャンパスでも神学部、看護学部、音楽部、キリスト教交流インスティチュート、大学アーカイブを設置し、授業を継続して行っていた。1984年にパーヤップ大学の成果は、タイ政府に認められることになり、タイ国内私立大学で初となる完全に政府公認を受けた私立総合大学に昇格した。これを契機に、大学はさらに発展し、学生の収容力や大学教育も順調に増強された。また米国やそのほかの国々の支援を受けて大学院教育が進み、教員の訓練も充実してゆくことになった。さらに東南アジアや世界各地から学生を求め、幅広い分野で国際プログラムをスタートさせた。