有妖気にユーザー登録したあと、自由に漫画作品を投稿することができるようになる。アップロードされた作品はサイト運営者に審査されたあと公開される。有妖気には専属契約の漫画家は存在せず、漫画作品とそのライセンスを作者と契約する仕様になっている。 ただ人気作品になれば、有妖気から原稿料が支払われている。更に作品が商業化した場合は作者に収入の一部が入る。さらに有妖気には「月票」というシステムがある。これは読者が気に入った漫画に送るアイテムで、それに応じて漫画家に収益が入る。しかし大人気作品でも作者は月3000元（約5万円）程度の収入しかもらえず、多くの作者は漫画の最後のページに「月票ください」と宣伝ページを載せている。作者の創作意欲を促すために新作漫画対象の漫画コンテストが開催されている。入賞者には賞金、賞状、トロフィーと日本旅行が授与される。さらに有妖気と契約することもできる。2014年には「夢激励計画」と称して、多くの賞が設置され毎年1600万円以上の賞金が支給されるようになった。有妖気の作品の中には、Ｓ級、Ａ級とランクづけされるものがある。Ｓ級漫画はお気に入りリストに登録された数が2万以上で2か月以内に更新される作品が対象となっていて、Ａ級漫画はお気に入りリストに登録された数が5千以上で2か月以内に更新される作品が対象である。Ｓ級、Ａ級漫画はトップページ上部のＳ級、Ａ級漫画欄に表示される。しかし有妖気が版権を所有しない作品はこのランキングに表示されない。
2013年8月1日、15日間限定の漫画アフレコ機能が追加された。ユーザーは好きな作品のアフレコを自由にすることができる。この機能は、ユーザー体験の向上や優秀な新人声優を発掘するために追加された。さらに、お気に入りのアフレコに「いいね」することができ、いいね数によるランキングもあった。 15日間でアフレコ作品の総数が10万を超える人気を見せた。
日本に帰国後、1968年11月より東京教育大学にて理学部の助手を務めた。1970年7月、東京大学に転じ、原子核研究所の助教授に就任した。1974年10月、文部省の機関である高エネルギー物理学研究所に移り、物理研究系の教授に就任した。1983年4月から1987年5月にかけては、物理研究系の研究主幹にも併任された。1987年5月より、高エネルギー物理学研究所の物理研究部にて、第一研究系の教授となった。同時に物理研究部の研究総主幹にも併任されることとなり、1989年3月まで務めた。西川哲治の退任にともない、同年4月、高エネルギー物理学研究所の所長に就任した。所長就任後は、Bファクトリー計画の遂行に力を注いだ。また、高エネルギー物理学研究所での活動の傍ら、複数の大学共同利用機関などの役職を兼任した。同年4月より2003年3月まで、総合研究大学院大学にて数物科学研究科の教授を兼任することになった。さらに、総合研究大学院大学では、1989年4月から2003年3月まで評議員を、1989年4月から1997年3月まで数物科学研究科の加速器科学専攻にて専攻長を、1992年4月から2000年3月まで運営審議会の委員を、それぞれ務めていた。1989年6月には生理学研究所にて、1989年9月には国立極地研究所と核融合科学研究所にて、1991年6月には岡崎国立共同研究機構にて、1995年5月には宇宙科学研究所にて、それぞれ評議員に就任している。その後、高エネルギー物理学研究所は東京大学原子核研究所や東京大学中間子科学研究センターと統合されることになり、1997年4月に新たに高エネルギー加速器研究機構が発足した。それにともない、同機構の初代機構長に就任した。機構長としては、引き続きBファクトリー計画に力を注いだ。このBファクトリー計画に基づき、高エネルギー加速器研究機構のKEKBを用いたベル実験が1999年よりスタートしたが、この実験はのちにCP対称性の破れを観測するなど大きな成果を挙げることになる。また、関係機関に働きかけるなど、長基線ニュートリノ振動実験の実現に向けて尽力した。その結果、高エネルギー加速器研究機構のニュートリノビームラインから、東京大学神岡宇宙素粒子研究施設のスーパーカミオカンデにニュートリノを照射する実験を行うことになった。この実験は、高エネルギー加速器研究機構と東京大学宇宙線研究所との協力の下で1999年より始まったが、のちに世界で初めて長基線ニュートリノビームの観測に成功するなどの成果を挙げた。さらに、高エネルギー加速器研究機構と日本原子力研究開発機構による共同事業として大強度陽子加速器計画を推進し、大強度陽子加速器施設の建設を推し進めた。2003年3月に機構長を退任し、後任には戸塚洋二が就いた。機構長退任後は、同年4月よりハワイ大学にて教授を務めた。2004年4月、総合研究大学院大学の設置者である「国立大学法人総合研究大学院大学」にて、理事（経営・運用担当）に就任した。また、2004年4月から2007年3月にかけては、総合研究大学院大学の葉山高等研究センターにて、センター長も兼務した。2008年、日本学術振興会のワシントン研究連絡センターにてセンター長に就任し、2012年まで務めた。センター長退任後は沖縄科学技術大学院大学に転じ、同年より学長特別顧問を務めている。なお、高エネルギー加速器研究機構より、名誉教授の称号を贈られている。また、2003年4月1日には、総合研究大学院大学からも名誉教授の称号を贈られている。