第4部（第46条〜第54条）に規定されるのは「群島国」である。群島国とは島の集団で構成される国家のことで、それらの島々が地理的、経済的、政治的、歴史的に周囲の水域と密接な関連をもつもののことであり、こうした水域のことを群島水域という（第46条）。群島国は群島の最も外側の島々を結ぶ線を群島基線として設定することができ（第47条）、群島国の場合には領海、接続水域、排他的経済水域、大陸棚を設定することのできる幅をこの群島基線から算出する。この群島基線より内側の海域であって、内水を除くものが群島水域とされる。この群島水域は領海とほぼ同様の性質をもち、群島国の主権が群島水域とその地下およびその上空に及ぶが、領海の場合と同じように群島国は他国の無害通航権を受忍しなければならず、これに加えて他国船舶、航空機の群島航路帯通航権も受忍しなければならない（第51条〜第53条）。群島国の群島国たる条件は、基線の内側の水域と陸地の面積の比が、1対1から1対9の間であり（国連海洋法条約第47条1項）、ひとつ直線基線の長さが100カイリを超えず、全体の3パーセントは最長125カイリまで（同条約第47条2項）である。例えばインドネシアやフィリピンなどが、これに当てはまる。
第3部（第34条〜第45条）では「国際航行に使用されている海峡」として国際海峡に関する制度を規律する。本部ではこれに該当する水域としてまず「公海又は排他的経済水域の一部分と公海又は排他的経済水域の他の部分との間にある国際航行に使用されている海峡」（第37条）を挙げ、この水域を航行する船舶は、その水域が他の国の領海内であったとしても通過通航権を享受することができる（第38条）。この通過通航権は沿岸国にとっての無害性が条件とされていないという点で、領海における無害通航権よりも船舶の旗国にとって強力な権利と言える。同部ではさらに「公海又は一の国の排他的経済水域の一部と他の国の領海との間にある海峡」を挙げ、ここにおいては沿岸国は他国船舶の無害通航権を認めなければならない（第45条第1項）。ただしこの無害通航権は、沿岸国が航行を「停止してはならない」（第45条第2項）とされるなど領海における無害通航権と異なる点があるため、「強化された無害通航権」とも呼ばれる。
第2部「領海及び接続水域」（第2条〜第33条）では、内水、領海、領海基線、領海の無害通航権、接続水域に関する規定がおかれている。第2部によると、内水とは陸地側から見て領海基線より内側のすべての海域であって群島水域（「群島国」を参照。）を除くものであり（第8条第1項、第9条）、河川、湾、港、内海、湖もこれに該当する。自国の内水に対して国家は領土と同程度に排他的な権利を行使することができる（第8条第2項）。内水の外縁となる領海基線から外側に12カイリまでの水域を沿岸国は領海として設定できることとされ（第3条）、内水の場合と違い領海においては、沿岸国は他国に対して無害通航権を認めなければならない（第17条、第19条第1項）。接続水域に関する規定（第33条）は、「通関上、財政上、出入国管理上又は衛生上の規則」への違反を防止するために沿岸国が規制権を行使できるとした領海条約第24条を引き継いだものであるが、領海条約では接続水域は領海基線から12カイリまでとされていたのに対し、国連海洋法条約においては領海の範囲が12カイリまで拡大されたことに伴い、接続水域を24カイリにまで拡張できることとされた。
フィールドやダンジョンの画面上の敵(友好キャラと外見で見分けは困難だが、基本的には移動しているものが敵)と接触すると戦闘になる。戦闘システムはコマンド入力式のRPGで、常に敵と自分の1対1で、基本的には自分が先手となる。敵を倒すと「進化因子」というポイントが入り、1ポイントでステータスを1上昇できる。パラメーターは知力・持久力・体力・攻撃力の4つがあり、どれかをその種族の最大値まで上げると、どのパラメーターを最大まで上げたかによって異なる進化をする。1つのパラメーターばかり上げて進化させると、進化させた瞬間にバッドエンドになる。また、最終的に人類になれるように進化しなければバッドエンドである。また、知力・持久力に偏った進化（右回りの進化）をするとフィールド上の移動速度が若干増加し、体力・攻撃力に偏った進化（左回りの進化）をするとフィールド上の移動速度は若干低下する。ゲーム中、2章と3章、4章と5章の間でディスク容量の都合上、ディスクを入れ替える必要がある。また、各章に数種類の架空生物がいて、それに進化することもできる。5章に於いては、4章の最終進化によって完全に二つの系統に分割され、片方は歴史通りの進化を辿り、片方は完全に架空生物のみ（リザードマンや恐竜人、ノーム等）の進化を辿ることになる。ティラノサウルス等に進化させてしまうと5章で後者の進化のルートが確定してしまうので注意が必要である。5章で架空生物のみのルートが存在する理由については、物語の核心に触れてしまうので割愛する。なお、5章の架空生物ルートにおいて「カワマータン」（原案の川又千秋から）、「スギヤマン」（音楽のすぎやまこういちから）、「ナカムーラン」（ゲームシナリオの中村賢治から）、「アサミン」（原画のあさみつよしから）等の開発者をモデルにしたユニークな生物が登場し、他の章の架空生物の解説が「このキャラクターは、ゲーム用に創られたもので実在しません」と表示されるのとは異なり、全ての生物の設定が実在するかのように定められている（スギヤマンのオスは求愛の為にメスに歌を歌う等）。また、スギヤマンの特殊攻撃では「ロトのテーマ（序曲）」をアレンジしたBGMが流れる、あるバッドエンドではスライムが出てくるなど、同じエニックスのゲームであるドラゴンクエストシリーズをパロディ化した要素も入っている。