ガンダム試作3号機の無断使用の罪状により軍事裁判にかけられる。裁判では紛争中に感じた連邦軍の体制に対する疑問から黙秘を貫き、1年の懲役刑を言い渡される。しかしその翌年、軍上層部により一連の事件の真相の隠蔽のため、ガンダム開発計画が「無かったこと（登録抹消）」とされ、GPシリーズが登録抹消されるに伴い罪状が消滅、釈放された。その後は再び少尉として北米オークリー基地に赴任しニナと再会を果たし、物語はそこで終わる。映画版ではこのシーン自体が無く、テロップで罪状消滅のみが示され、以降の彼については描かれることなく物語は終わる。なお、画面と会話から確認できる総撃墜スコアは、MS16機（ガンダム試作2号機を含む）、MA1機、ムサイ4隻、ザンジバル1隻、コムサイ1隻で、エース・パイロット級である。そのことから後に幻の撃墜王の異名をとったとされるが、真偽は定かではないという。
その後、更なるデラーズ追撃のため、アナハイム・エレクトロニクス社の保有するドック船ラビアンローズに最新鋭のガンダム試作3号機の受領に向かうが、ナカッハ・ナカトらによる待機命令によって妨害される。コウたちはそれを無視して3号機を強奪。デラーズ・フリートが画策する「星の屑作戦」の真の目的であるコロニー落としを阻止するため、3号機を駆り、ガトー分艦隊旗艦ペール・ギュントなど多数の戦艦、敵機を殲滅する。しかし並のパイロットでは扱いかねる特殊機の3号機で戦い続ける代償として、彼は肉体的、精神的に追い詰められ、補給のために一時的に帰還した際にはコックピット内で栄養剤を自ら注射していた（作品の監督を務めた今西隆志によると「何度も言いますが、あれは元気を出すための栄養剤です」とのこと）。そして、その激戦の中で自らが所属する連邦軍の腐敗にも直面し、衝撃と怒りをおぼえる。コロニー落下の阻止限界点が迫る中、軌道の最終調整を行うため、そのコロニー内に侵入したガトー、それを追跡して来たコウ、そして彼の想い人であると同時にかつてガトーの恋人であったニナの三者が、直接対面することになる。この中で、ガトーを銃撃しようとするコウに、ニナは銃口を向ける。そのニナの真意は明らかでないものの、彼にショックを与えるには十分であった。ガトーの仕上げによってコロニーの地球への落下は不可避となり、もはやコウには再び3号機に乗り込み、ガトーのノイエ・ジールと最後の決着に挑む他なくなった。未熟な新兵にすぎなかった物語初頭から、たび重なるデラーズ・フリートとの戦いで飛躍的な成長を遂げていたが、次第に銃撃を受け、負傷した状態のガトーに追いつめられていく。その両者の激突を飲み込む様に、連邦軍が敵味方が入り乱れる中になりふり構わず発射されたソーラ・システムIIが直撃し、3号機は大破（ステイメンは無傷）。コウはステイメンのコクピットの中で気絶し、ガトーは彼に手を下すことなく去っていく。ガトーがノイエ・ジールで特攻をかけたことで、もはや宿敵との決着が叶わないことを知り、絶叫しながら宇宙空間の暗闇にビームライフルを撃った（小説版では、戦場を混乱に陥れ、自分とガトーに向けソーラ・システムIIを起動させたバスク・オムの座乗艦に向け届かぬ銃撃をしている）。
内藤新宿の飯盛女・お杉は、「お父っつぁんが無心してきたので、20両（※単位は演者によって円とも）を用立ててほしい」と嘘をつき、なじみ客の半七に色っぽくねだるが、半七はその半額程度しか持っていないため、応じることができない。そこでお杉は、同じくなじみ客で、隣の部屋に待つ田舎者の角蔵のもとへ行き、「おっ母さんが病気で、高い薬の人参を買ってやりたい」と嘘をつき、角蔵が取引のために持っていた預かり金をせしめ、あらためて半七に足りない分をせびって20両を得る。お杉は半七に「お父っつぁんに渡してくる」と言い残し、半七や角蔵の部屋から離れた一室に向かう。そこには目を布で押さえている男が座っている。男は芳次郎（よしじろう）という名の、お杉の本当の恋人で、なおかつ、お杉に金を無心した本当の相手だった。金を受け取った芳次郎はそそくさと帰る。お杉は置き忘れられた手紙を見つける。読んでみると、小筆（こふで）という名の別の飯盛女が芳次郎に宛てたもので、「田舎の大尽（＝富豪）の身請けを断ったが、代わりに50両を要求されている。眼病と偽り、お杉をだましてしまえ」という意味の内容が書かれている。お杉は悔し泣きをしながら、半七の部屋に戻るために部屋を出る。そのころ、半七もお杉が落としていった手紙を見つけ、読むと芳次郎の名で「眼病をわずらい、このままでは目が見えなくなるので、薬代として20両がいる。父親に無心されたと偽り、半七をだましてしまえ」と書かれていたので、怒り狂う。お杉が半七の部屋に戻るやいなや、互いにだまされ合って気が立っているふたりは、「7両（あるいは5両）かたりやがった（＝だまし取った）な」「なにさ、そんなはした金。あたしは20両だよ」とすさまじい口論を経て、喧嘩になる。お杉と半七の口論を壁越しに聞いていた角蔵は、従業員を呼びつけ、「早く止めてこ（＝止めてこい）! 間夫（まぶ＝浮気相手）から金子（きんす）を受け取ったとか渡したとかで、お杉が殴られているだ。あれは色でも欲でもなく、お杉のかかさまの病のために、おらが恵んだものだ」と言うが、すぐに向かおうとする従業員を押しとどめ、「いや、やめておこう。それを言ったら、おらが間夫だとわかっちまう」