西湖での発見以降、山梨県水産技術センターでは卵を回収し、種の保存を目的とした養殖を始めている。当初はうまくいかなかった養殖であるが、東京海洋大学の技術を応用するなどした結果、ヒメマスとほぼ同じ条件で養殖が可能になった。孵化した稚魚は山梨県立富士湧水の里水族館や田沢湖畔の各自治体などで公開されたことがある。2014年3月25日、山梨県水産技術センターは、2011年に人工授精させて誕生したクニマスのメスに、人工授精を施した所、22匹が孵化し、完全養殖へのめどが立ったと発表した。
資源のある高級魚であったため、専業の漁師がいた。クニマス漁は一年中行われ、刳り舟（丸木舟）を使用した。漁法は刺し網漁法で、夏は深部に、冬は浅く網を下ろす。田沢湖におけるクニマス漁や孵化・移植事業に関する史料として漁業組合理事を務めた三浦家資料がある。三浦家資料は明治後半から昭和初期にかけての史料が中心で、クニマスの漁、孵化、贈答、山梨県への移植などに関するものが含まれている。
角館を領した佐竹北家（角館佐竹家）の歴代の記録である『佐竹北家日記』（秋田県公文書館所蔵）において、クニマスに関する記事は延宝2年（1674年）を初出とし、17～18世紀には記述が少ないが19世紀に入ると頻出し、角館佐竹家から秋田藩主佐竹本家への、または佐竹本家から他藩諸家への献上品・贈答品として利用され、長期の運搬がなされたと記録される。このことからも、干物・粕漬けなどの加工が開始されていたと考えられている。文化2年（1805年）の記録に「国鱒塩引き」が秋田の佐竹本家へ献上輸送された記録がある。翌々日に秋田藩城詰めの家老名義での礼状が届き、同文中には「在国中であった藩主がとても喜び、残った分は江戸藩邸に送った」旨が記されている。これらは当時クニマスに対し、長期輸送に耐えうる加工がなされていた史料となる。当時の佐竹北家の当主は佐竹義文（佐竹河内）、秋田本藩藩主は佐竹義和。数年後、佐竹義和は田沢湖を訪れ、文人としても知られる義和は紀行文を残しているが、同文中にはクニマスに触れた記述はない。
クニマス（国鱒）の語源について、江戸時代に秋田藩主・佐竹義和が田沢湖を訪れた際にクニマスを食べ、お国特産の鱒ということから国鱒と名付けられたといわれていたが、角館佐竹家（佐竹北家）の記録である佐竹北家日記に、義和の生誕よりも以前から国鱒との表記が見つかっている。原記載には" Kunimasu = Local Salmon "と記されている。地元での名称とされるキノシリマス（木の尻鱒）の語源は、辰子伝説の一つで、木の尻（木の端っこ、木の端材の意味。この逸話の場合は松明）を田沢湖に投げたところ魚の姿になったという伝承から名付けられた。のち、”木の尻鱒”の献上に際し「尻」はいかがなものか、として「国鱒」と改名されたとされるが、前述の逸話と同じくこれを証明する確たる史料はない。ウキキノウオ（槎魚）は田沢湖の別名である槎湖（うききのみずうみ、さこ）、漢槎湖（かんさこ）から名付けられた。田沢湖に生息するすべての魚についてウキキノウオと呼ぶこともある。
山梨県水産技術センターは再発見されたクニマスを忍野村の施設で人工飼育している。そのうち10匹が2017年5月9日に秋田県へ貸し出され、同年7月1日に開館した「田沢湖クニマス未来館」にて展示されている。仙北市などは田沢湖で野生クニマスの復活を目指している。田沢湖では1991年から国土交通省の水中和施設が稼働しているが、強酸性の水が2018年時点も流入して湖水がまだ強い酸性であるため、クニマスの生息は難しい。このほか山梨県水産技術センターは2018年3月23日、ヒメマスを代理親とするクニマスの誕生に成功したと発表した。
2017年公開のアニメ映画『GODZILLA 怪獣惑星』では、人類がオーストラリア大陸を失う原因となった怪獣として登場している。その前日譚である小説『GODZILLA 怪獣黙示録』では、初確認は2017年11月末で、アメリカ合衆国軍の原子力潜水艦シーウルフが南緯47度9分西経126度43分の深海で接触したものとされる。2週間後、アメリカ領サモアにてサラトガをはじめとするアメリカ海軍との交戦で負傷するが、ベーレムの毒のために追撃できなかった軍を尻目に海中へ姿を消す。その3日後にはパゴパゴ港へベーレムが流れ着いたことによる細菌感染症で住民の3分の1が死亡、公式記録ではこれが初の存在確認ということになっている。さらに2週間後の12月25日には、毒素への危惧からオーストラリア海軍が攻撃できなかったことでシドニーへの上陸を許してニューカッスルまで蹂躙されてしまい、首脳部の壊滅で一時的な政府機能の混乱の中で下された攻撃命令により致命傷を負う。しかし、瀕死で飛行して海中で死亡したために海洋がベーレムで汚染されてしまった結果、後に「赤いクリスマスの惨劇」と呼ばれるパンデミックと飢餓が発生し、海洋汚染で外国からの救援も受けられず2018年までに300万人が犠牲となり、推定で約670万人が死傷したされている。