欧州安全保障協力機構 (OSCE) は決選投票の監視団として60人を派遣した。初期の評価において監視団は2度目の投票について、1度目よりも一定の改善が見られるとしたが、なおも重大な問題が残っていると強調した。OSCEは1度目の投票について、多くの点で国際基準を満たしていないと評価していた。ところが独立国家共同体 (CIS) から派遣された選挙監視団はこれを否定した。決選投票は正しく準備され、自由かつ公正に行われたと評価した。そのうえCISの監視団はいくつかの地方において、地方政府の政情不安への対応について自制をもって臨み、その能力を発揮したとして賞賛した。このOSCEとCISの選挙監視団の見方の対立は最後まで続き、ロシアはCISの報告を支持し、OSCEの見解を批判した。ロシアは両者に加盟しているが、CISでは中心的な役割を果たしていることが影響している。初期の暴動を受けて、国際世論は直ちに緊張の高まりに対して沈静化と平和的な決着を求めた。アメリカ政府高官は両者に対して対話を通じて相違の解決を促していると国務省報道官が述べた。アメリカは戦略的軍事施設であるマナス空軍基地をビシュケクのマナス国際空港の近くに持ち、選挙の不正と反体制派による政府ビル占拠を穏やかではあるが非難した。ニューヨーク・タイムズなどの国際的な通信社は、政府系、非政府系を問わずアメリカの財政拠出や支援により印刷用資材や出版物が普及し、これによって反体制派によるデモ行進のために道を舗装した、と伝えた。このような主張はアメリカ国務省の声明によって部分的に立証された。一方で国際連合は事務総長コフィ・アナンの名前で、「事務総長として選挙と政治の問題解決のために暴力と脅迫が用いられることに反対する。すべての政党が自制することを求める」とする声明をウェブ上で発表した。3月21日、ロシア外務省は公式ウェブサイト上で不安定な状況について、反体制派の行動に対する懸念を表明した。声明ではデモ参加者に対し憲法の枠組みの中にとどまり、アカエフ政権との建設的な対話を継続するよう求めていた。またOSCEを含むキルギス国内にいる選挙監視団に対して責任を果たし、また破壊因子に対してその非合法行為を正当化させるようなことをしないよう主張した。3月23日ウズベキスタン外務省は、「ウズベキスタン国民は、キルギスの密接な隣人であり、キルギスの、とくに南部で起きている事件を懸念している。」との声明を発表した。ウズベキスタン政府の支配下にあるメディアは国境の町アンディジャンの騒乱を誘発することを恐れて、これまでにキルギスでの一連の出来事について伝えてこなかった。2004年以降この地域では商業活動を制限する新法を頓挫させようとする貿易商によるデモが確認されている。
3月21日の暴動を受けて、アカエフは中央選挙管理委員会と最高裁判所に不正の容疑について調査するよう求めた。このときアカエフは両者に対して、世論の過激な反応を惹き起こすおそれがあるような選挙区の結果については細心の注意を払い、国民に対して誰が正しく、誰が間違っているのかを明らかにするよう指示した。3月23日、アカエフは内相バキルディン・スバンベコフと検事総長ミクティベク・アブディルダイェフを、反政府運動が拡大し、対応が失敗しているとして解任した。
幕末の熊本藩には学校党、実学党、敬神党の3つの勢力があったが、維新後の1870年（明治3年）に進歩的な実学党が政権を握り、「戦国の余物」「無用の贅物」であるとして熊本城の解体を新政府に願い出た。これは諸藩の改革を促進したい新政府の意向を受けたもので、願い出は聞き届けられた。しかし、作業開始当日になって解体の方針は凍結されることになった。藩知事細川護久の主導で進められた方針に対し、前藩知事で保守派の細川韶邦が不満であるなど、藩内に意見の相違があったためといわれる。代わりに、城内は天守を含めて一般に公開されることとなった。軍都熊本の名前もあるように、太平洋戦争終戦前は陸軍が使用していた。熊本空襲では一部（将校集会所）を除き、焼失を免れた。それに先立つ維新直後の1871年、鎮西鎮台が設置された。二の丸を中心に1875年歩兵第13連隊、1925年、熊本陸軍教導学校、1943年、熊本予備士官学校ができた。またその近くの現在監物台樹木園の場所に熊本陸軍幼年学校(1897年9月1日-1927年3月31日)ができた。この施設は軍縮により廃止。その後、清水町に再建された。二の丸と古城の間は、江戸時代は大名屋敷であったが、明治4年、鎮西鎮台病院、その後は陸軍病院となった。1945年より国立熊本病院、その後は国立病院機構熊本医療センターとなっている。1871年（明治4年）の廃藩置県後は熊本県の県庁が二ノ丸に置かれ、同年に花畑邸鎮西鎮台（後に熊本鎮台に改められた）が置かれた。この時の熊本鎮台司令であった桐野利秋は老朽化した櫓、多重櫓の破却を指示し、特に西出丸は石垣を取り崩し、郭自体を破却している。西南戦争前には天守・本丸御殿を中心とした本丸主要部のみ保存されていた。1876年（明治9年）の神風連の乱の時には反乱士族が鎮台司令官種田政明などを襲い城内の砲兵営を制圧したが、1日で鎮圧されている。西南戦争では政府軍の重要拠点であると同時に西郷軍の重要攻略目標となる。西郷軍の総攻撃2日前、1877年（明治10年）2月19日午前11時40分から午後3時まで原因不明の出火で大小天守などの建物（同時に30日間の米、城下の民家約千軒）を焼失した。現時点で西南戦争での焼失が確認されているのは以下の建造物である。大天守・小天守・本丸御殿・本丸東三階櫓・月見櫓・小広間櫓・小広間西三階櫓・長局櫓・耕作櫓門・三之櫓門・東櫓門。焼失を免れた建造物は現存のものを除くと西竹之丸脇五階櫓・飯田丸三階櫓・札櫓門・六間櫓・書物櫓・堀預り櫓が確認されているが、西南戦争後から大正期までに陸軍により順次破却されている。政府軍と西郷隆盛率いる薩摩軍の間には田原坂（たばるざか）の戦いを含む激しい攻防が行われたが、熊本城は司令官谷干城の指揮の下、4000人の籠城で、西郷軍14000人の攻撃に耐え撃退に成功した。なお、この戦いでは武者返しが大いに役立ち、熊本城を甘く見ていた西郷軍は、誰一人として城内に侵入することができなかったという。「おいどんは官軍に負けたとじゃなか。清正公に負けたとでごわす」と、西郷が嘆いたというエピソードが伝わっており、清正公が心血を注いで築城した熊本城は、最初で最後の攻防戦でその防衛力の高さを発揮することとなった。1884年　城内に午砲台が設置され、空砲による報時業務が始まる（1941年廃止）。1888年（明治21年）には、熊本鎮台を母体とする陸軍第6師団の司令部が天守台に置かれた。