小学校3年生時に津田SCでサッカーを始める。姫路市立飾磨西中学校、姫路市立琴丘高等学校、大阪商業大学と進学し、卒業時に複数のクラブの入団テストを受けたが、右膝半月板損傷などの故障の影響から不合格。8月に大学OBである中村重和がアビスパ福岡の監督に就任した際に、練習生として所属することとなった。なお、播戸竜二は高校時代の同級生、嶋田正吾は大学の同期である。2003年にアビスパ福岡に正式に加入。3月15日、第1節水戸戦（博多の森球技場）で初出場した。本職のミッドフィールダーだけでなく、長身を活かしてフォワードとしても出場した。2004年にはセンターバックにコンバートされ、45試合に出場した。5月19日、第13節大宮戦（さいたま市大宮公園サッカー場）で初得点を挙げた。2005年に名古屋グランパスエイトへ完全移籍。移籍後は怪我も多く本調子ではないシーズンも続いたが、不動のセンターバックとして守備陣に欠かせない存在となった。2009年からは移籍した米山篤志から背番号5を受け継いだ。2010年は浦和から移籍の田中マルクス闘莉王とセンターバックを形成し、チームのリーグ初優勝に貢献。さらにこの年のJリーグアウォーズではDF部門で闘莉王、槙野智章に次ぐ第3位の得票を集めて自身初のJリーグベストイレブンに選出された。2013年限りで名古屋から戦力外通告を受けて、地元のヴィッセル神戸へ移籍。2014年シーズンは31試合に出場したものの、2015年は17試合の出場にとどまり、シーズンオフに神戸からの契約満了による退団が発表された。2016年、北海道コンサドーレ札幌に完全移籍。2017年をもって、退団。2018年2月、京都サンガF.C.に完全移籍に加入すると発表された。
境内には本堂、護摩堂、鐘楼や北側からの参道もある。かつては多くの子院があったが、今は小堂などを残すのみである。また、三重塔が東京都の椿山荘へ移されている。本堂南西の鐘楼付近からは西条盆地、沼田川河口、瀬戸内海が見える。
本職はSF作家であるが、トンデモ本を楽しむ集団「と学会」の初代会長としてもよく知られている。と学会名義では『トンデモ本の世界』や『トンデモ超常現象99の真相』などに執筆しており、その他のオカルト関係の書籍、雑誌、ムックにもよく寄稿している。ノストラダムス、UFO、ゲーム脳などといった疑似科学、オカルトに関するコメントを発表するなど、マスコミでの活動もしている。1997年以降は何度かテレビ番組にも出演しており、2005年には『奇跡体験!アンビリバボー』にも出演し、超能力実験の審査員を務めた。これらの超常現象や陰謀論などを扱ったテレビ番組、雑誌などに関連してマスメディアの姿勢について言及することも多い。マスメディアは人の手によるものであるため、時には誤った内容を伝えたり編集や構成によって取材内容の改竄をおこなうことが可能であり、場合によっては演出や脚本におけるヤラセや捏造もありうる、として実際に活字や映像として出される情報が全てではないこと、また必ずしも事実とは限らないことをたびたび指摘しメディア・リテラシーの必要性を唱えている。また『トンデモ本の世界R』では従来の疑似科学や陰謀論の他に週刊金曜日の『買ってはいけない』や漫画家小林よしのりの『戦争論』をトンデモ本として取り上げたことで一部より政治的な立場を取り沙汰されたが、自称ノンポリである。この件について山本は「左派的色彩の強い『週刊金曜日』と右派的色彩の強い『ゴーマニズム宣言』を並べる事で「ウヨクだ」とか「サヨクだ」とかいう誤解を避ける意図があった」としている。以前より『ニフティサーブ』などで歴史修正主義への嫌悪を隠さず、そうした傾向を持つ本をトンデモ本として取り上げており、1995年のマルコポーロ事件においては、西岡昌紀を宝島30において厳しく批判した。また2003年に出版したSF小説『神は沈黙せず』において南京大虐殺や南京大虐殺論争を取り上げ、作中人物が南京大虐殺否定論（及び中国の南京大虐殺の被害者三十万人説）を批判する描写があった。これによりネット上では賛否両論の議論が繰り広げられ、その後自らこれを解説するサイトを作成している。2002年には特撮・アニメ・マンガ等の「設定の非科学性」を科学的に検証してベストセラーになった『空想科学読本』シリーズ及び柳田理科雄をデタラメとして痛烈に批判した本『こんなにヘンだぞ!「空想科学読本」』をと学会会長名義で出版している。地球温暖化懐疑論への批判も行なっている。また、ASIOS（超常現象懐疑的調査のための会）の会員でもある。東京都青少年の健全な育成に関する条例により非実在青少年の性的描写や暴力的な描写を規制することには強く反対しており、表現の自由や言論の自由を強く尊重すべきとしているが、ヘイトスピーチ規制法案には賛成しており、例えば「非処女の女性は中古品」とネット上に書き込んだ人に対しても、積極的に検挙して取り締まるべきであると主張している。在日特権を許さない市民の会ならびにネット右翼の主張も、デマや捏造が多く含まれている上に「表現の自由の範疇に含まれない悪質な差別行為をしている」として問題視している。2013年頃からは安田浩一と共に批判することが多い。また、日本では在日韓国・朝鮮人が犯罪を行った際に通名報道されることが少なくないが、山本は通名報道を批判する人間は差別主義者であるとの発言もしている。2011年のフジテレビ抗議デモにも全面否定的であり、この見解については、山本も所属するASIOSの客員で元副会長である若島利和と激しく対立した。なお、唐沢俊一の盗作問題に関して、唐沢を擁護する発言を行ったとして藤岡真から厳しい批判を受けている。2014年4月11日にと学会の活動から引退した。