妻と次男篠原新次郎、三男篠原義房らは無事教行寺につき、その後紀伊国へ落ち延びていった。その後、豊臣秀吉の用人として仕えたとも言われている。新次郎は後に帰国し、父や兄の供養碑を建てている。この戦いが導火線となって、三好家臣団は離反していき、荒田野の戦い、長宗我部元親による阿波国侵攻の誘発など阿波国全土に戦いに巻き込まれていく。この戦いの後、上桜城は廃され、長房討伐で功績を挙げた川島惟忠が川島城を築城した。
室町幕府の実権を握った三好長慶は、阿波国国主細川持隆を弟三好実休によって滅し、三好実休が阿波国の国主となり勝瑞城を収めた。その後、足利義輝派であった畠山高政、六角義賢連合軍と三好実休、篠原長房連合軍との間で久米田の戦いとなったが、この戦いで三好実休が戦死してしまった。その後阿波国の国主は実休の長男であった三好長治が継ぎ、二男の十河存保は十河氏の養子になり、十河城の城主となった。しかし三好長治は当時8歳であったため、上桜城城主篠原長房、木津城城主の篠原自遁、板西城城主の赤沢宗伝らが、国政と三好政権を補佐した。特に篠原長房は三好家臣団をとりまとめ、分国法「新加制式」を制定したと言われており、三好氏の中心人物として活躍した。その後篠原長房は、1570年（元亀元年）9月摂津の野田城・福島城の戦いで織田信長軍と戦い、翌1571年（元亀2年）5月備前国児島で毛利軍と戦い、同年9月摂津の白井河原の戦いで和田氏の高槻城を攻城し各地を転戦していた。『姿なき阿波古城』によると、篠原長房は「三好家中の中でも長房はもっとも堅実で、しかも軍事・政治の両面に通じていたので、ときにはそれが諸臣たちのあいだで妬みをうけるほどの才能があった」と評価されている。ここに小少将という人物がいる。『三好記』によると小少将は絶世の美女と評されている。小少将は細川持隆の側室であったが、細川持隆の生存時より三好実休と不倫の関係にあり、後に三好実休の妻となり三好長治、十河存保の2子をもうけた。篠原長房が阿波国に帰国した前後より、小少将は三好氏を支えていた篠原自遁と相通じあう仲となり、篠原長房をうとんじるようになった。政務を正し小少将の不倫を諌めたため怒りをかったと言われている。篠原長房はこのような状況にうんざりしたのか、元亀4年（1573年）3月22日、勝瑞城を出て上桜城に閉居してしまう。しかしこの事が逆に裏切り、反撃に出ると思われたのか、三好長治と細川真之は、篠原長房討伐の兵をあげることとなった。
1920年代、ミュラー＝アルマックは、自分の名前に母親の旧姓を加えて、1929年からは「ミュラー＝アルマック」という名前で自著を出版した。1933年5月始め、彼はナチスに入党した。ナチス体制は「強い国家」として、ヴァイマル共和政よりも優れていて安定的な経済政策を実行できるだろうと期待していたからである。1945年まで、消極的ではあったが党員でありつづけ、あるパンフレットのなかでは、当時可能になった経済政策への期待を力説していた。1933年、彼は国家社会主義に理念的に近い立場にたった『新しい帝国における国家理念と経済秩序』を出版した。1940年、彼はミュンヘンのヴェストファーレン・ヴィルヘルム大学で正規教授および管理ディレクターとなり、そこでナチス体制とドイツ国防軍に対するアドバイス業務を請け負った。ドイツ帝国の「究極勝利」を無条件では信じない人たちが集まった内輪の経済懇談会で、彼はルートヴィヒ・エアハルトとも出会いつつ、戦後の経済秩序構想を練った。1943年からブレーデンに疎開して活動した。1948年、『神なき世紀』という研究で、彼はナチズムの宗教社会学的な説明も試み、ナチスを無宗教時代の「代理宗教（Ersatzreligion）」であるとみなした。第二次世界大戦後、彼はCDUに入党し、1946年に著書『経済統制と市場経済』（出版は1947年）で「社会的市場経済」の理念と概念を記述し、それは「社会的公正と補完しあう関係に立った市場経済」とした。1950年、彼は経済国家学の正規教授としてケルン大学に移り、フランツ・グライス（Franz Greiß）とともに、独立した経済学研究所としてケルン大学経済政策研究所を設立した。1952年からは経済省で原則部の部長であったルートヴィヒ・エアハルトのもとで活動した。社会的市場経済を理論的・実践的にさらに発展させる際、彼はルートヴィヒ・エアハルトとオルド自由主義者の思想世界をも拡張させた。1958年から1963年まで欧州問題担当閣外大臣を努めた。ミュラー＝アルマックが影響を受けたのは、社会主義的な新自由主義だけでなく、オルド自由主義のフライブルク学派、キリスト教社会論の影響も受けている。1971年、『ヨーロッパへの道』という自伝を出版。1972年、ミュンスターヴェストファーレン・ヴィルヘルム大学のエルンスト・ヘルムート・ヴィッツ賞を受賞した。1976年、アレクサンダー・リュストー記念メダルを受賞した。エアハルトとは異なり、彼は1978年に死ぬまで、社会的市場経済は、実際の経済秩序に調和していると信じて疑わなかった。社会的市場経済の様式原理は、永続的な変容によって達成可能になる。[...]私が考えているのは、貯蓄援助、資産再分配政策の拡充、動的な年金規約、経営体規則法とそれに関する全てのものだ—Alfred Müller-Armack、Die Grundformel der Sozialen Marktwirtschaft, in: Ludwig-Erhard-Stiftung (Hrsg.): Symposion I: Soziale Marktwirtschaft als nationale und internationale Ordnung, Bonn 1978, S. 13