永禄5年（1562年）、キリシタンの日本人医師ディエゴが五島の領主・宇久純定の病気の治療をした後、同9年（1566年）来島したルイス・デ・アルメイダと日本人ロレンソ修道士によって多くの島民が洗礼を受けた。天正4年（1576年）に宇久純尭が領主となったころには福江、奥浦、六方にも教会が建てられ五島の信者数は2000人ほどに増加した。しかし、天正7年（1579年）に領主となった五島純玄はキリシタンを弾圧した。21代藩主となった五島玄雅はキリシタンを再興したが、徳川家康による禁教令に従って棄教。弾圧は強められ、1790年代の初めには五島にいたキリシタンはほぼ壊滅した。寛政9年（1797年）、領主五島盛運が、人口が減少した五島への領民移住を大村藩藩主・大村純尹に依頼した。これを受けて、同年11月28日（西暦1798年1月14日）、大村藩外海地方（黒崎村や三重村など。現・西彼杵半島）のキリシタン農民たち108人が、大村藩家老・片山波江の指揮で移住した。福江島六方に上陸した彼らは、平蔵（ひらぞう、福江市奥浦町）、黒蔵（くろぞう、福江市大浜町）、楠原（くすはら、岐宿町）などに居着き、その後も3000人余りが宇久島を除く五島列島の島々に居住した。大村のキリシタンたちが多数移住したのは、五島ではキリシタンの取り締まりが大村ほど厳しくなかったことと、藩の産児制限政策を嫌ったことが原因といわれている。五島へ五島へと皆行きたがる。五島はやさしや土地までも。五島へ五島へと皆行きたがる。五島はいなかの襟を見るという「五島キリシタン唄」が歌われたのはこのころであったが、やがてこの歌は五島へ五島へと皆行きたがる。五島は極楽来て（行って）みて地獄。五島は極楽行てみりゃ地獄。二度と行くまい五島のしまと続くことになった。五島には従来の島民たちが耕作に適した土地にすでに居住しており、農業に適さない山間の僻地や、漁をするにも不便な辺鄙な入り江、離れ小島など、貧しい土地に住むしかなかったためだった。先住者たちから居付（いつき）農民・入百姓と呼ばれた彼らは、隠れキリシタン（潜伏キリシタン）としてキリスト教の信仰を続けていった。慶応元年（1865年）、大浦天主堂のベルナール・プティジャン神父に浦上の潜伏キリシタンが信仰を告白した。これを契機に長崎の潜伏キリシタンたちが信仰を明らかにしていった。五島でも若松村桐の浦のガスパル与作が大浦天主堂を訪れて神父に1000人以上のキリシタンがいることを告げた。慶応3年（1867年）、伝道士として五島に戻った与作がキリスト教司祭の渡来を知らせたことで各地の代表者が長崎に渡り、さらに鯛の浦のドミンゴ松次郎を中心に五島のキリシタンの復活が進められた。
1458年、嫡子のなかった伯父アルテュール3世の死後に公位を継いだ。父リシャールは1438年、フランソワの幼少時にすでに死去していた。公位は1442年から従兄のフランソワ1世・ピエール2世兄弟、伯父アルテュール3世に継承されていたが、いずれも男子が無かったため傍流だったフランソワ2世に受け継がれていった。諸侯への干渉と中央集権化を目論むフランス王ルイ11世と対立、1465年4月にルイ11世の弟であるベリー公シャルルおよびシャロレー伯シャルル（後のブルゴーニュ公シャルル軽率公）と公益同盟を結成したが、外交で同盟を切り崩され同年12月にルイ11世と和睦した。しかし1467年に再びベリー公・ブルゴーニュ公と謀り西からノルマンディーへ侵攻したが、ルイ11世の反撃で翌1468年9月にまたもや和睦を結び、2度の反乱でフランソワ2世は得る所が無かった。だが同年にイングランド王エドワード4世と同盟を結んだ上でベリー公・ブルゴーニュ公とも手を取り、1471年に3度目の反乱に踏み切った。この時も常備軍を所有していたルイ11世が優位を保ち、翌1472年5月にベリー公が急死して反乱軍の一角が崩れ、10月にルイ11世と和睦した。ブルゴーニュ公は戦闘を継続したが1477年のナンシーの戦いで敗死、エドワード4世も1475年にルイ11世とピキニー条約を締結、反乱は平定されフランス王権は強化された。この間、フランソワ2世は薔薇戦争でイングランドから亡命していたヘンリー・テューダー（後のヘンリー7世）と叔父のジャスパー・テューダーを1471年からヴァンヌに匿い、1476年にエドワード4世が2人の引き渡しを要求すると一時従おうとしたが撤回、ヴァンヌはヘンリー・テューダーを中心とする反ヨーク朝の拠点と化したが、1484年にフランソワ2世は精神障害に侵されたため、ヘンリー・テューダーはフランスへ移動した。翌1485年にイングランドへ上陸しボズワースの戦いでイングランド王リチャード3世を討ち取ったヘンリー・テューダーは国王ヘンリー7世に即位、テューダー朝を開くことになる。1483年にルイ11世が亡くなり息子シャルル8世が即位すると、摂政で姉アンヌ・ド・ボージューとブルボン公ピエール2世夫妻がルイ11世の政策を引き継いで諸侯への干渉を企て、ブルターニュの貴族達と接触し、息子の無いフランソワ2世の死後シャルル8世をブルターニュ公とする彼等の支持を取り付けた。反発したフランソワ2世は1486年に2番目の妻との間の長女アンヌを後継者に定め、オルレアン公ルイ2世（後のフランス王ルイ12世）らと結んで王家に4度目の反乱を起こした。道化戦争と呼ばれる反乱は2年間続いたが、1488年7月28日のサン＝トーバン＝デュ＝コルミエの戦いでブルターニュ軍は王軍に敗北し、ブルターニュも制圧され、8月20日にフランソワ2世はシャルル8世の許可なしに娘たちを結婚させてはならないとするヴェルジェ条約を受け入れざるを得なかった。戦後フランソワ2世は乗馬に熱中したが、9月9日に落馬事故で死亡した。55歳だった。当時11歳のアンヌがブルターニュ公位を継いだが、1491年にシャルル8世、後にルイ12世の2代のフランス王の妃となったことで、ブルターニュは事実上王家が手中に収めていった。