幕末の1865年（慶応元年）、英国商人グラバーが長崎の大浦海岸に数百メートル程度の線路を敷き、そこで輸出予定の蒸気機関車をデモンストレーションとして約1か月間走らせた。これが九州及び日本国内で初の実物の鉄道車両の運転となる。なお、長崎市梅香崎町にはこれを記念した「我が国鉄道発祥の地」の碑がある。正式な事業としての九州の鉄道の歴史は、1889年（明治22年）に九州鉄道という半官半民の会社が博多 - 千歳川仮停車場を開業させたことに始まる。この形態の会社として最初の事例である日本鉄道が成功を収めたこともあり、政府の予算不足から財閥資本を投入して開業にこぎつけた。九州鉄道は、現在の鹿児島本線・日豊本線・長崎本線・佐世保線など、後に九州の基幹となる路線の全線ないし一部区間を開業させた。北部九州では産業振興に必要な石炭を産出する地域が多かったが、九州鉄道は筑豊炭田内を運行する筑豊鉄道や唐津炭田内を運行する唐津鉄道を買収し、産炭地に網の目のように路線を張り巡らした。1898年（明治31年）には、門司港 - 長崎間に「港間列車」（長崎本線夜行列車沿革も参照）が運転されるようになった。
九州島内の多くの路線は、国鉄分割民営化に際して九州内の在来線を継承した九州旅客鉄道（JR九州）により運営されている。ただし、山陽新幹線は全線が西日本旅客鉄道（JR西日本）の管轄であるため、同線の小倉 - 博多間および新幹線に付帯する博多南線は、九州内の路線でありながら例外的にJR西日本が運営している。幹線の多くは電化されているが、筑肥線を除くとその全てが交流電化である。福岡市から大牟田市にかけては、九州で唯一の大手私鉄である西日本鉄道（西鉄）が路線を展開しており、天神大牟田線はJR九州の鹿児島本線と熾烈な競争を繰り広げている。その他の区間では、JR九州の特急が高速道路網の発達に伴い勢力を伸ばした都市間高速バスとの競争を強いられている。さらに、福岡都市圏 - 宮崎・鹿児島間では航空機も旅客争奪戦に加わる。市内交通としては地下鉄が1都市（福岡市=福岡市交通局）、モノレールが1都市（北九州市=北九州高速鉄道）、路面電車が3都市（長崎、熊本、鹿児島）で運行されている。特に路面電車は日本初の超低床電車である熊本市交通局9700形電車を皮切りに、それぞれバリアフリーに配慮した新しい超低床電車の投入を行うなど積極的な施策を進めている。一方、地方都市近郊等で運行されている中小私鉄や第三セクター鉄道は、いずれもモータリゼーションや過疎化、少子高齢化に直面しており、2008年には島原鉄道の一部区間が廃止されるなど、なお先行きの厳しい状況が続いている。
1944年8月29日午後、陸軍航空隊副参謀長ザイルズは、それまで原爆投下部隊隊長の候補者ではなかったティベッツを審査のうえで候補者に変更した。1944年12月、原爆投下部隊である第509混成部隊の部隊長を拝命し、部隊を編成する。以降、ネバダ砂漠の秘密基地にて原爆投下の演習を繰り返した。原爆投下作戦の責任者となったティベッツのあらゆる要望は認められ、準備は進められた。1945年5月第509混成部隊は太平洋のマリアナ諸島テニアン島に移動。第20空軍に編入。マンハッタン計画責任者レズリー・グローヴス少将は精密作業能力を持つ軍工場があり、深い港があるグアムを考えていたが、ティベッツが最良の滑走路があるテニアンを希望した。マリアナに移るとティベッツは、現地司令カーチス・ルメイ中将に対し、上陸作戦は犠牲が大きいため、原爆が日本人に分別を持たせ、無用な流血が避けられればいいと語った。ルメイはティベッツに日本上空を飛ばないように注意したが、ティベッツは必ず自分で原爆投下に飛ぶと決めていた。第509混成部隊を原爆任務から降ろし、他の補充や航空隊に編入する話が持ち上がっていたが、1945年7月19日ティベッツはルメイに対し、第509混成部隊をいじらないでほしい、最初の原爆は自分で指揮するつもりだと説得した。1945年7月20日東京空襲に初めて第509混成部隊10班を選んだ。目的は、日本人に単機による高空からの一発の爆弾投下に慣れさせるためである。広島、京都、小倉は原爆のため爆撃を禁止したが、他は自由に爆撃させた。第509混成部隊は日本本土にてパンプキン爆弾と呼ばれる模擬原爆を使い、京都、広島、新潟、小倉などを爆撃し百数名あまりの日本人の犠牲者を出しながら原爆投下の練習をした。1945年8月2日ティベッツは前日作成した命令書草案に書けなかった細目について決めるため、ルメイ司令部へ訪れる。目標に関して、ルメイは京都に反対し、広島に賛成した。ティベッツは「私もいつも広島のつもりでした」と話した。そして、ティベッツが立案した原爆投下の命令書草案は、ほぼそのまま命令書第13号としてルメイからティベッツに渡された。1945年8月6日午前2時45分、ポール・ティベッツ大佐はB-29爆撃機「エノラ・ゲイ」をテニアン島から離陸させた。同機は北に向かって6時間飛行し日本列島に到着した。そして午前8時15分、ティベッツは広島市上空で原子爆弾を投下した（詳細は広島市への原子爆弾投下）。このB29につけられた名前の「エノラ・ゲイ」は、ティベッツが母親の名前から命名した。