当時の在極東イギリス軍は、終戦時まで日本に占領されていたアジアにおけるイギリス最大の植民地であるマレー半島（海峡植民地のシンガポールを含む）や香港、終戦直前まで日本軍に占領されていたビルマなどの主権回復と、インドを含む東方植民地の独立運動の抑制に多数の兵力を廻さねばいけなかった。さらにドイツ空軍の猛爆にさらされたイギリス本土も荒廃、疲弊していたこともあり、遠方にある日本への大量の出兵は当初ままならず、その結果イギリス連邦占領軍の主力は当初日本の近くに位置するオーストラリア軍、それを補佐するニュージーランド軍とイギリス領インド軍となった。イギリス軍とオーストラリア軍、ニュージーランド軍とイギリス領インド軍は中四国の基地や駐屯地に、総勢4万人の陸軍と海軍および空軍部隊が進駐した。
日本の占領任務は終了したものの、朝鮮戦争が継続中であったために、日本におけるイギリス連邦占領軍は、国連軍の一員として朝鮮イギリス連邦軍（British Commonwealth Forces Korea, BCFK）に改編され、日本との協定の元で引き続き1956年まで日本に駐留した。
イギリス連邦占領軍は、1946年末までに初期の任務としていた日本の陸海軍の武装解除をほぼ終了し、その後は上記のように占領担当地域内の治安維持が主な任務となったが、同時に日本の警察機構の再建も速やかに行われたことや、マレー半島やビルマ、インドなど各植民地の独立運動が激しさを増し、さらにイギリス本土も荒廃、疲弊していたこともあり不必要になった部隊を1946年末から帰国させた。イギリス陸軍および、独立闘争が武力化するなど激化していたイギリス領インド陸軍は1947年に帰国し（その後独立）、1948年にはニュージーランド陸軍が帰国するなどその規模は大幅に縮小され、イギリス海空軍とオーストラリア陸空軍がその中心となった。しかしもともとは日本領土であり、日本海を隔てた対岸にある朝鮮半島において1950年6月25日に朝鮮戦争が勃発した。この時にはイギリス軍の陸軍及び海軍部隊の大部隊が日本に戻り、日本国内のイギリス連邦占領軍の基地が、朝鮮半島で国連軍の1国として参戦したイギリス連邦軍の後方基地となっている。1952年に日本国との平和条約が締結されると日本の占領任務は終了し、1955年に解散した。
中国及び四国地方、及び東京、横浜、横須賀、神戸などに最も多い時には兵力は約4万名に達した。これは当時日本各地に駐留していたイギリス軍やアメリカ軍、ソビエト連邦軍やフランス軍などから構成された連合国の占領軍としては2番目に大きい兵員数で、連合国の占領軍として最大の陣容であったアメリカ占領軍の兵力の25%に相当する。また、連合国軍最高司令官総司令部が置かれていた東京や横浜、横須賀にも相当の兵力と、戦前より日本の主要な貿易港として、P&Oや香港上海銀行など多くのイギリス企業の支店が置かれていた神戸市にも相当数の部隊が駐屯した。なお、武装解除や廃棄兵器の処分のため、専門知識を持つ元日本軍人や民間人も雇われた。
主に中四国地方の日本の陸海軍の武装解除や廃棄兵器の処分、闇市の取り締まりや朝鮮人の不法入国取締りなどの治安維持にあたり、民間行政はアメリカ軍が担当した。また、横浜や横須賀、千葉県など首都圏での武装解除や廃棄兵器の処分、イギリス連邦軍に対する「一宮町事件」や捕虜虐待などの、日本軍による戦争犯罪の捜査も行った。
熊本県の宇土半島先端の三角から大矢野島・天草松島を経て上島に至るルートは、1966年（昭和41年）に開通した天草五橋でつながっており、「天草パールライン」と呼ばれている。夏のピーク時には観光・海水浴などで自動車の通行量が1日平均2万5000台にも上り混雑する。上島と下島とは、天草の中心地である本渡の市街（下島）の近くで幅約100m、長さ約3Kmの細長い本渡瀬戸によって隔てられているが、ここも1974年（昭和49年）に開通した天草瀬戸大橋と本渡瀬戸歩道橋で結ばれている。また、鹿児島県に属する長島と九州本土の間にも黒之瀬戸大橋が架かり、自動車での往来が可能である。海に囲まれた天草へは九州本土と陸路で結ばれる一方で、2005年（平成17年）5月に大道港 - 佐敷航路が、2006年（平成18年）8月に牛深 - 水俣航路が、2007年（平成19年）5月に本渡 - 水俣航路が廃止され、同年10月に松島 - 八代航路が、2008年（平成20年）5月に御所浦港 - 米ノ津港航路が、2009年（平成21年）3月には本渡港（下島） - 熊本港（熊本市）を約65分で結ぶ高速旅客船「マリンビュー」が運航休止されるなど、海上航路は次々と数を減らしている。松島 - 八代航路は2009年4月に天草フェリーライン有限会社と松島フェリー株式会社の共同運航便として運航を再開したが、利用客の低迷により松島フェリーが経営破綻のため松島フェリー便が2011年（平成22年）11月27日より運航を無期限休止し、運航を再開することなく同年12月20日付で航路廃止となった。残った天草フェリーライン便も2013年（平成25年）3月31日の運航をもって再び無期限休止となり、天草 - 八代航路は全て消滅した。現在、下島の鬼池より口之津まで、牛深より長島の蔵之元港まで、中田より獅子島・諸浦島までのフェリーが運行されている。地域高規格道路の候補路線「島原天草長島連絡道路」においては島原と天草間および天草と長島間の架橋が計画されている。