戦闘は敵のターンと味方のターンを交互に繰り返す形式で行われる。戦闘に参加できる人数はヴァルキリーと仲間3人までの最大4人。ひし形に配置されたパーティの内の左側3人が前衛となり、一番右端の1人が後衛となる。後衛は敵の攻撃を受けにくいが、魔法か弓による攻撃しかできない。味方のターンでは、最大4人の仲間を同時に動かして戦う。ゲームパッドの○×△□の各ボタンを押すと、ボタンに対応した位置にいるキャラクターが目標に対して攻撃を行う。戦士系のキャラクターには攻撃技が3種類用意されており、ボタンを押すごとにあらかじめ設定しておいた技の順番に沿って、最大3回連続で攻撃できる。装備武器によって使える技が異なり、「1撃目しか出せない」「1・3撃目しか出せない」「1・2・3全て出せる」などの種類がある。魔法使い系のキャラクターは習得している魔法の中から、あらかじめ選んでおいた魔法で1回だけ攻撃する。これらをタイミングよく繰り出していくことで、コンボを繋ぐことが出来る。武器による攻撃は一定確率で敵にガードされてしまう場合もあるが、攻撃がタイミングよく繋がりコンボが成立している場合、敵はコンボの途中でガードすることができない。なお魔法はガードされない。通常攻撃のモーションはキャラクターや技によってさまざまで、地面すれすれに攻撃をするものや、ある程度高い位置や上空に向かって攻撃するもの、ボタンを押してから攻撃が出るまでが早いものや遅いもの、リーチの長いものや短いものなど、多彩な種類がある。また、多くの攻撃は敵を大きく浮かせたり、後ろに仰け反らせたり、ダウン状態にしたりといった性質を持っており、結果としてコンボを受けている敵は絶えず画面内を動き回ることになる。そのため、どのキャラクターがどのような順番で攻撃を繰り出すかを考えないと、攻撃がうまくヒットしないという状況が生まれることがある。これらの攻撃内容はキャラクターごとに大きく異なっているが、このゲームでは大勢のキャラクターを戦闘に参加させて育成し天界に送らねばならない都合上、戦闘に参加するメンバーを頻繁に変更しなければならない。このため、プレイヤーにはメンバーの編成や装備に合わせた攻撃順やタイミングを試行錯誤し続ける必要性が生まれる。全員が武器の攻撃回数分の攻撃を終えると敵のターンに切り替わり、味方が攻撃を受ける。このとき攻撃を受けたキャラクターの装備やスキルによっては、一定確率で敵の攻撃を無効化したり、反撃（カウンター攻撃）のチャンスを得たりする場合もある。反撃の機会が生じた場合、タイミングよくボタンを押すことによって攻撃を回避しつつ敵にダメージを与えることができる。
ダンジョンはサイドビュー形式の2DCGで表示される。プレイヤーはレナスを操作し、左右への移動およびジャンプ、しゃがみ、スライディングといったアクションのほか、物を持ち上げて動かす、剣を振って物を壊す、晶石と呼ばれる氷塊を打ち出すといったアクションを行うことができる。晶石によって床や壁に生じた氷柱にはジャンプで飛び乗ることが可能のほか、剣で砕いて破片にすれば、持ち上げて積み上げ、更に高い足場を築くことができる。これを利用して垂直な壁をよじ登ったり、通常のジャンプで超えられない崖に踏み台を作ったりすることが可能となる。ダンジョン内のモンスターはシンボルで表示され、接触すると戦闘画面に切り替わっての戦闘となる（シンボルエンカウント）。このとき剣で攻撃すれば先手を取った有利な状況で戦闘を開始することができ、また晶石によって凍らせれば足止めすることができる。例外を除いて各ダンジョンにはボスキャラがおり、倒すと「アーティファクト」と呼ばれる特殊アイテムを手に入れることができる。
主人公であるレナスには「評価値」「封印値」と呼ばれるパラメータが存在し、これがエンディングの分岐に関係する（詳細は「エンディング」の項目を参照）。評価値はオーディンからの評価を示す数値で、後述のダンジョンで「アーティファクト」と呼ばれる武具やアイテムを献上したり（「#作中用語」の項目も参照）、神界に転送したエインフェリアが神界フェイズで活躍したりすることで上昇するが、アーティファクトやエインフェリアの転送を拒むと下降していく。封印値は、レナスの記憶を奪っている封印の強さを示す数値であり、レナスの前世の秘密に関連するイベントをこなすことで低下していき、一定値以下まで下げればレナスが記憶を取り戻してAエンディングルートへの道が開かれるのだが、エインフェリアを神界に転送すると上昇してしまう。封印値を下げようとしてエインフェリアの転送を拒めば評価値も下がってしまい、バッドエンドであるCエンディングが発生してしまうため、Aエンディングを見るためには双方の数値を調整しながらゲームを進める必要がある。
このUCIプロツアーは、近年特にヨーロッパでは自転車ロードレースの人気低下が顕著になっており、また「自転車ロードレース＝ツール・ド・フランス」といったような一極化をどうにか食い止め、UCIが旧UCIワールドカップで浮上した諸問題を解決し、人気回復のための改革として導入された。UCIは20のプロツアーライセンス（基本的に4年間有効）を発行し、各チームはこのライセンスを買い取るという形をとる。このライセンス発行にはチームにドーピング対策、チームの経済力等厳しい審査を課す。実際に2005年にはフォナック・ヒアリングシステムは多くのドーピング違反選手を出し、改善策を示したが当初のライセンス発行は認められず19チームでの施行となる。チームはライセンス料を払うことにより、UCIプロツアーに組み込まれたすべてのレースに出場しなければならず、またその際に「チームの上位5選手のうち少なくとも2人を出場させる」ことが求められた。一方で、プロツアー制度の施行直後は旧UCIワールドカップに含まれなかったツール・ド・フランス、ジロ・デ・イタリア、ブエルタ・ア・エスパーニャの世界3大ツールなどもプロツアーに組み込まれたことから、プロツアーへの参加を認められたチーム（UCIプロチーム）は、それら有力レースへの出場権が自動的に確保できることになった。しかし2007年からグランツールへの出場権は各レースの主催者が独自に付与することとなったため、この恩恵は薄れている。UCIは各レース種別ごとに獲得ポイントを定め、各年度の1月1日から12月31日の累計獲得ポイントからリーダーを決める。各レース時点でのポイントリーダーは白色のリーダージャージを着用することが許される。さらにプロツアーの下に大陸ごとに五つのコンチネンタルサーキット（UCIアフリカツアー、UCIアメリカツアー、UCIアジアツアー、UCIヨーロッパツアー、UCIオセアニアツアー）を創設している。プロツアーに組み込まれているレースは、UCIプロチーム20チームの他、主にプロフェッショナルコンチネンタルチームを中心とした数チーム（実質は地元チームが中心）だけがワイルドカードとして出場できる。このためUCIプロチーム以外のチームにとっては、逆に各レースへの参加の門は狭くなってしまった。コンチネンタルサーキットに組み込まれているレースは、さらにカテゴリーをHC（Hors Classe＝カテゴリー超級）、クラス1、クラス2と細分化し、獲得ポイントなどをレースごとに変えている。これらに基づいたポイントにて個人・チーム別・国別ランキングを毎月25日（休日である場合には翌日）に発表している。2008年7月15日、この年のUCIプロツアーライセンスを保持している20チームのうちの17チームが、2009年度以降のUCIプロツアーライセンス更新を行わないことを共同で表明し、併せて2009年以降はグランツール主催者と共同で新しい制度を構築することを発表したことから、2009年度以降のプロツアー制度の継続について危ぶむ声が生じた（詳細は後述）。