丙寅洋擾の2ヶ月前、アメリカの武装商船ジェネラル・シャーマン号が平壌大同江に到着し、開港を求めたが、平壌監司の朴珪寿は中軍の李鉉益に食糧や薪と水を支給し退去させよと命を下した。ところが李玄益が乗る小舟が転覆させられ、李玄益はシャーマン号に監禁させられた。その上シャーマン号は民衆を砲撃して民衆との攻防戦になるが、大同江の水位が下がり始め、猛撃の末、シャーマン号は座礁した。大院君は、朝鮮の兵士がアメリカ軍を撃退したと宣言した。アメリカはジェネラル・シャーマン号が朝鮮で消失したことを知り、アメリカ側は朝鮮側に確認をとろうとするが、丙寅洋擾の戦果に自信を持っていたので、アメリカ側の要求を蹴飛ばした。清国駐在のアメリカ公使のローは、この事件への賠償と開港を求めて、艦隊5隻と兵士1200人を用いて、江華島を攻撃し、占領したが、大院君は要求に応えず、持久戦に持ち込んで、撤退させた。
1864年1月大院君は軍事権と行政権を一体化して保持していた備辺司から行政権を議政府に軍事権を国外対策のみに減らした。さらに翌年3月、備辺司は議政府に統合され備局として設置された。1868年には備辺司の軍権を三軍府として復設させ、勢道政治による集権化した軍権を整備するため、訓錬都監など勢道政治の基盤になった、軍権を剥奪し、国王の親衛隊龍虎営の権限を強化し、自らに通じるようにした。また武職には武科出身の専門の軍人、王族、大院君の側近を任命した。とくに三軍府を厚く重用し、格別の待遇を用意した。後に新式軍隊が設置されると、これらの者たちは、大院君側についた。また他にも六曹には執吏を配置し、自らの情報統制などを行い、議政府には、八道都執吏を配属させた。
朝鮮にはそのころ、800ほどの書院が存在したが、ほとんどの書院は華陽洞書院のような横暴や専横がひどく、墨牌という金銭を奉納しろという告知書を不正利用して、納めなければ私刑になるほどで、このような書院が出した弊害は国庫に打撃を与えるほどであったので、1864年8月書院が保有する土地に税金をかけ、所有奴婢の身分解放などを行った。その後、大院君は指定した47書院を除く全ての書院を廃止させ、祀られていた先賢の位牌を国が管理して、庶民の負担を軽減し国民の生活を安定を図ろうとした。この書院整理で搾取に苦しんでいた民衆の支持を得ることはできたが、逆に儒学者からの反発を招き、その度、集団上京してくる儒者を武力で鎮圧した。これは、大院君を支持していた各党派からも批判を受け、執権層の老論派はこの頃から閔妃に近寄り、後に、大院君を弾劾するまでに至った。
法治秩序の再整備に向けて勢道政治や貪官汚吏など堕落した王朝を再建するため、「大典会通」、「六典条例」、「三班礼式」、「両銓便考」、「五礼便考」、「宗府条例」などの法典を編纂して、綱紀粛正を行い、中央集権・専制王権の体制を確立させ、また三政の紊乱などで堕落した税制を変えるため、還穀制を社倉制に切り替え、荒れ果てた土地や作物が取れない土地は土地台帳に記載をやめさせ、守令や郷吏の監理を怠らず、監察を名目で横暴な振る舞いを行った、導掌や宮差の派遣を禁止し、暗行御史などを派遣して、租税の横領や売官売職を行う者を厳しく処罰し、解由文記などの報告書を自らが閲覧するなどして、徹底的に制度改革を実施した。他にも衣服制度を改革し、贅沢を厳禁し、両班の賄賂を隠すための長く伸びた服装を改良したりした。この制度改革は1862年の真珠泯乱で疲弊した民心を一時的に掴むことができた。
政治・軍事の最高機関であった議政府を復活させて、非特権層からの人材登用を図った。三政（田税・軍役・還穀）の税制を改革した。書院の整理・撤廃や、景福宮の再建、願納銭の徴収、当百銭の製造、天主教の弾圧などを強行した。
ウェアはキリスト教プロテスタントの家で生まれているが、彼は1997年にイスラム教に改宗し、名前も「ウスマン（Ousman）」と言うイスラム名で呼ばれ、10年間イスラム教徒としてイスラム教を学んだ。しかし、再びプロテスタンティズム精神を求め、彼が当時在住していたフランスで2007年に「自分はもうイスラム教徒ではない」と語り、イスラム教徒をやめ、元のプロテスタントに戻った。彼はキリスト教徒とイスラム教徒が平和になる事を願っており、彼らは一人だと言う。2017年10月に彼はナイジェリアでナイジェリアの著名なキリスト教伝道師の預言者T・B・ジョシュアの主催の集会に出席した。そこにはリベリアのプリンス・ジョンソン上院議員がおり、一緒に並んでジョシュアと握手を交わしている。なおジョンソン上院議員はリベリア内戦の時、敵対するサミュエル・ドウ大統領を捕らえ殺害したが、その後、ナイジェリアに亡命し、キリスト教に目覚め、牧師となっており、2007年にジョシュアの仲介でジョンソンはドウの残された家族と和解している。2017年の大統領選でジョンソン上院議員はウェア候補を支持しており、T・B・ジョシュア仲介のナイジェリアでのジョンソン上院議員との出会いが彼の2017年の大統領選への立候補に重要な影響を与えたと言われている。フランス語が流暢に話せサッカー選手としてフランスのリーグに所属し長らくフランスに住んでいた事もある縁から、フランスの市民権も持っている。