1203年の秋にアンドラーシュはイムレに対して再び反乱を起こし、10月に両者の軍隊はドラーヴァ川近くのヴァラジュディンで対峙した。イムレは武装を解いてアンドラーシュの陣営に向かい、 "Now I shall see who will dare to raise a hand to shed the blood of the royal lineage!"と呼びかけたことが、同時代のスプリトの大助祭トマスによって伝えられている。アンドラーシュの軍の中にイムレに近づこうとする者はおらず、イムレは抵抗を受けずアンドラーシュを逮捕した。数ヶ月の間アンドラーシュは監禁されていたが、1204年の初めにアンドラーシュは支持者の手引きを受けて脱走する。ブルガリア皇帝カロヤンはハンガリーの内戦に乗じて軍を進め、ベオグラード、ブラニチェヴォなどの城砦がブルガリアによって占領される。イムレはブルガリアへの反撃の準備を進めるが、インノケンティウス3世の介入によって軍隊を解散しなければならなかった。ブルガリアと教会合同の交渉を進めていたインノケンティウス3世はカロヤンに王冠を授けるが、王冠を携えた教皇特使がハンガリーを通過しようとしたとき、イムレは特使を投獄する。1204年8月26日に重病に罹ったイムレは4歳の息子ラースローに戴冠し、教皇特使を釈放した。 スプリトの大助祭トマスの記録によれば、「ラースローが成年に達するまでの間、彼の後見人となり、ハンガリー王国全土の統治を委任する」ことを条件にイムレはアンドラーシュと和解した。『彩飾年代記』には1204年11月30日にイムレが没したことが記されており、イムレの遺体はエゲルの大聖堂に埋葬された。
1200年頃からハンガリー王国はバルカン半島の情勢に深く関わるようになっていた。1200年10月11日にインノケンティウス3世はイムレに異端と見なしていたボスニア教会の弾圧を促しており、教皇はイムレの要請に応じてセルビア王ステファン・ネマニッチへの戴冠を拒否した。1201年/02年にイムレはセルビアに進攻し、ステファンと対立する彼の弟のヴカシンを支援した。イムレはセルビアに宗主権を行使し、1202年にハンガリーの君主として初めて「セルビア王」の称号を使用する。1202年夏、ヴェネツィア共和国のドージェ・エンリコ・ダンドロは第4回十字軍の指導者との間に交わした条約に調印し、ヴェネツィアは十字軍からハンガリーの勢力下に置かれていたダルマチア地方の都市ザダル奪回の支援の約束を取り付ける。インノケンティウス3世が十字軍にザダルの包囲を禁じたのにもかかわらず、1202年11月24日にザダルは十字軍によって占領され、町はヴェネツィアに譲渡される。インノケンティウス3世はイムレの訴えに応じてヴェネツィアと十字軍を破門するが、ザダルはなおもヴェネツィアの支配下に置かれていた。ハンガリーがボスニア教会への弾圧を行う中、1203年4月6日にボスニアのバン・クリンはゼニツァでボスニア教会の教会会議を開催する 。合議の結果ボスニア教会はローマ教皇の優位を認めるとともに、教会の儀式の改革を決定し、クリンはハンガリー王国の宗主権を承認した。1203年にブルガリア皇帝カロヤン・アセンがインノケンティウス3世に宛てた書簡には、イムレによってブルガリアの5つの地域が占領されたため、ブルガリアが教皇に介入を要求したことが記されている。
居貞は藤原済時（師尹の長男）の娘娍子と道隆の娘原子を妻としていたが、済時と道隆は長徳元年に揃って死去してしまい、居貞は有力な外戚の後ろ盾を得ることもできなかった
しかも原子は長保4年（1002年）に子どもを遺さずに死去してしまった
また、一条がわずか11歳で入内した彰子が皇子を産むのを待ち続けた結果、居貞は皇太子のまま25年も即位を待たされることになった
寛弘8年（1011年）、一条は死に臨んでようやく皇太子居貞（三条天皇）に譲位した
次の皇太子には、彰子が産んだ一条の第2皇子敦成親王が立てられた
この立太子も一条の譲位の宣命により命じられたものである
次代の天皇の外祖父の地位を確保した道長は三条の早期の譲位を望み、両者の折り合いは悪かった
一方で、道長は娘妍子を三条の皇后にしようとして、長年連れ添った娍子を尊重する三条とさらに軋轢を生じさせた
結局、定子と彰子の2人を同時に皇后としていた一条の先例にならい、娍子と妍子を揃って皇后とすることになったが、道長の強大な勢威と三条の権力基盤の弱さを反映して、まず妍子を立后させ、その後に娍子を立后させることになっただけでなく、妍子の立后の儀式には多くの貴族たちが積極的に協力したのに対し、娍子の立后の儀式には道長の妨害工作もあって貴族たちのサボタージュが続出し、三条やその側近たちを憤激させた
やがて三条が眼病を患うと、道長ははっきりと三条に譲位を勧めるようになり、視力の低下で政務や日常生活にも支障をきたすようになった三条は、長和5年（1016年）には皇太子敦成（後一条天皇）に譲位せざるを得なくなった
三条の強い意向により、皇太子には娍子を母とする三条の第1皇子敦明親王が立てられた
三条は、譲位の宣命に敦明の立太子を命じる旨を明記して、道長の反対をあらかじめ封じ込めることを忘れなかった
敦明は皇太子にはなったものの、やはり父同様に道長からの圧迫と政界での孤立に悩むことになった
寛仁元年（1017年）に三条が死去すると、敦明はついに皇太子の辞退を決意した
これは単なる逃避行動ではなく、政治的取引であった
敦明は、皇太子の地位と引き換えに、太上天皇に准じた待遇を得て、さらに道長の娘婿となることを交換条件として提示し、道長に承諾させたうえで皇太子を退いている
この約束は遵守され、敦明には上皇に准じて「小一条院」の院号と年官年爵などが与えられ、上皇同様に院庁も設置されている
また道長の娘寛子が小一条の女御となった
代わって皇太子に立てられたのは、後一条の同母弟（彰子の息子）であり、やはり道長の外孫である敦良親王（のちの後朱雀天皇）である
こうして、道長の権威と権力が朝廷を圧するなかで両統迭立は終焉し、皇統は円融の子孫に一本化された