時効から6年後、新たな証言が得られた。その証言によると、この事件は「人違い殺人事件」だったかもしれないということである。当時吉祥寺に倉庫を借りており、この地域の露天商の元締め的存在で、被害者と顔も背格好も年齢も瓜二つの男性（以下、Aと記述する）が、縄張り争いでたびたびトラブルとなっていた外国人露店商を締め出そうとした。ところがその外国人露天商だと思っていた人物は実は某国の特務機関に属する工作員であり、彼らの襲撃予定日が漏洩してしまい、結果的にAは逆に彼らに監視され、命を狙われるようになってしまった。そうして都内にある数箇所のビジネスホテルを転々とする逃亡生活の最中にこの事件が起こったといい、事件発生時も都内のビジネスホテルに潜伏していた。被害者の自宅とAの倉庫は近くにあり、A自身、被害者の知人に被害者と間違えられることがたびたびあり、その間違いを指摘した後も「こんなにそっくりな人がいるなんて……」と驚かれたという。つまり、被害者はAと間違えられて外国人工作員に殺害されたかもしれないということである。
被害者は東京都高井戸の某宗教施設に通っており、その宗教団体と何らかの関わりがあるとも言われている。その一方で、「被害者が宗教に入信していた」という話を否定する報道もなされた。
事件発生直後は、遺体を切断してゴミ箱に入れるなど奇妙な点が多いことからマスコミの注目を集め報道されたが、事件の3日後の4月26日に名古屋空港で264人の死者を出す中華航空140便墜落事故が発生。マスコミがこの墜落事故を集中報道したことで、バラバラ殺人事件に関する報道が一気に激減した。その後も、新たな情報に乏しいことなどからあまり大きくは報道されなかった。また、事件の約11ヵ月後にはオウム真理教による地下鉄サリン事件が起きたことから、警視庁捜査一課の本事件の捜査員もオウム真理教事件に招集され捜査本部は解散となり、三鷹署に単独で引き継がれた。その後、捜査一課が本事件を担当することはなかった。
知人と別れた直後の22日午前0時すぎには、被害者によく似た男性が被害者の最寄り駅で事件現場近くのJR吉祥寺駅デパート脇で2人の若い男に殴られていたという証言があり、被害者の遺体が発見された当日の23日未明（午前4時頃）には公園内をポリ袋を持って歩く不審な2人組の男が目撃されている。2人組の男はともに30代とみられる。その他には、失踪したと思われる時間帯（22日未明）に人と車が激突するような物音がしたという情報もあり、交通事故にあった被害者の死体を隠すためにバラバラにしたという見方も出ている。
カトリック陣営はギーズ公アンリを首領とするカトリック同盟を結成して巻き返し、またも戦争が再開する。1584年、王弟アランソン公フランソワの死に伴い、ナバラ王アンリは筆頭王位継承権者となった。宗教戦争にフランス王位継承問題もからみ、アンリ3世とカトリック同盟のギーズ公アンリ、そしてユグノー盟主のナバラ王アンリによる、三アンリの戦いと呼ばれる様相を呈するようになった。危機感を覚えたギーズ公は、アンリ3世に圧力をかけて1585年にヌムール勅令を出させ、ナバラ王アンリの王位継承権を無効とさせる。ローマ教皇シクストゥス5世もこれに同調する教書を出す。不利になったナバラ王アンリだったが、穏健派カトリック貴族の協力を得て、1587年のクートラの戦いではカトリック軍に大勝することに成功している。アンリ3世は交渉による和平を模索するが、1588年5月にパリで起こったバリケードの日事件を契機としてギーズ公はアンリ3世に、自らの推すブルボン枢機卿シャルル（ナバラ王アンリの叔父）を王位継承者と認めさせることに成功し、カトリック側が優位に立った。だが、巻き返しを図るアンリ3世は同年12月、ギーズ公とその弟ギーズ枢機卿ルイを暗殺した。カトリック同盟と敵対したアンリ3世はナバラ王アンリのユグノー軍と合流して、カトリック同盟の本拠地パリの奪回を図るが、1589年8月にアンリ3世もまた熱狂的なドミニコ会士の凶刃に倒れた。アンリ3世は死の床にナバラ王アンリを呼んで王位を託し、同時にカトリックへの改宗を勧めた。8月2日、アンリ3世が死去してヴァロワ朝は断絶した。35歳のナバラ王アンリがフランス王位を継承してアンリ4世となり、新たにブルボン朝が開かれることになる。しかし、スペインの後ろ盾を持つカトリック同盟はローマ教皇から破門されていたアンリ4世を認めず、ギーズ公の弟のマイエンヌ公シャルルを盟主に擁立、ブルボン枢機卿に「シャルル10世」を称させて新国王に擁立し、アンリ4世に戦いを挑んだ。アンリ4世は各地を転戦してカトリック同盟と戦いつつパリ攻略を目指すが、頑強な抵抗を受け容易に陥落できなかった。一方、1590年にブルボン枢機卿が死去したためカトリック同盟も決め手を欠いていた。アンリ4世は、カトリック信者が圧倒的なパリがプロテスタントの王を受け入れることがないと悟った。1593年7月にアンリ4世は寵妃ガブリエル・デストレへ「とんぼ返りを打つことにする」と手紙を書き送っている。同年7月25日、アンリ4世はサン＝ドニ大聖堂で司祭の祝福を受けてカトリックに改宗した。巷間知られるところによれば「Paris vaut bien une messe」（パリはミサを捧げるに値する都市である）と語ったとされる。これによって、なおカトリックが優勢であったフランス国民の広汎な支持を受けることに成功し、1594年2月27日にシャルトル大聖堂で正式に成聖式（戴冠式）を執り行うことができた（本来はランス大聖堂で行わねばならないが、この時点では未だカトリック同盟の勢力下にあった）。同年3月22日に遂にパリ入城を果たす。その後、地方の各都市も続々とアンリ4世に帰順し、マイエンヌ公と甥でギーズ公の遺児シャルル1世も帰順しカトリック同盟は瓦解した。ブルターニュではスペインの支援を受けたメルクール公が抵抗を続けており、1595年にアンリ4世はスペインに宣戦布告をしてブルターニュ平定を行った。メルクール公が降伏し、スペインとの和平交渉も始まった1598年4月30日にアンリ4世はナントの勅令を発した。同勅令はカトリックをフランスの国家的宗教であると宣言しつつ、プロテスタントに多くの制約はあるものの信仰の自由を認め、フランスにおける宗教戦争の終息を図ったものであった。