1941年（昭和16年）の昭和17年度計画（マル追計画）で建造が計画され、横須賀海軍工廠で1942年9月29日起工、1943年6月30日進水、1944年6月8日に竣工した。呉鎮守府籍となり、訓練部隊の第六艦隊第11潜水戦隊に編入され、訓練に従事。1944年9月20日に第15潜水隊に編入。10月15日、伊56は呉を出港し、フィリピン東方に進出。24日、米輸送船団へ向け魚雷3本を発射し、米戦車揚陸艇LST-695を撃破した。翌25日2234、レイテ島南東150浬地点付近で、米空母4隻を中心とした機動部隊を発見し、魚雷5本を発射。50秒後、3つの爆発音を聴取した。日米の公式記録では、護衛空母「サンティー」（USS Santee, CVE-29）に対し特攻機と共同攻撃により撃破したとされる。しかし、両軍の時間的な照合では「サンティー」の僚艦であるペトロフ・ベイ (USS Petrof Bay, CVE-80) に対しての攻撃であり魚雷命中はなかった、との可能性が指摘されている。この攻撃で魚雷残数が3本になったため、伊56は帰投命令を受けとる。翌26日、浮上中に昨日攻撃した機動部隊を護衛する米護衛駆逐艦クールバーグ(USS Coolbaugh, DE-217)の爆雷攻撃を受けたため、深度140mへ急速潜航して退避した。再浮上後、クールバーグより発射されたヘッジホッグ対潜迫撃砲の不発弾体が飛行機格納筒横の甲板に残留していたものを捕獲し、日本軍はアメリカ軍の対潜兵器についての情報を得ることができた。11月4日、伊56は呉に帰港した。その後、12月上旬より回天の発射訓練などに従事する。12月21日回天特別攻撃隊(金剛隊)として呉を出港、アドミラルティ諸島の米艦隊の攻撃に向かったが、アメリカ軍の警戒が厳重なため回天出撃地点に到達できず、命令により呉に2月3日に帰港。艦長、機関長、航海長、砲術長、分隊士、掌水雷長、軍医長などが転任交代。1945年3月31日回天特別攻撃隊(多々良隊)として沖縄方面に向かうべく大津島を出港していくのを最後に消息不明。アメリカ側記録によると、4月5日、久米島付近で米大型上陸支援艇LCS(L)(3)-115(USS LCS(L)(3)-115)が浮上航走中の潜水艦を発見し、付近を哨戒中の米駆逐艦ハドソン(USS Hudson, DD-475)に通報。0345、ハドソンは潜水艦をレーダー探知した。ハドソンが潜水艦に接近し、照明弾を発射して潜水艦を照らし出した。すると、潜水艦は急速潜航していき、レーダーの反応が消えた。その後、ハドソンは潜水艦をソナー探知したため、6時間にわたって爆雷攻撃6回を行い、潜水艦を撃沈した。これが伊56の最期の瞬間であり、艦長の正田啓治少佐以下、回天搭乗員ら12名を含む122名全員が戦死した。沈没地点は久米島沖、北緯26度22分 東経126度30分。5月2日沖縄方面で喪失と認定、6月10日に除籍された。撃破総数は1隻、撃破トン数は1,625トンである。
ウガリット一帯には、既に新石器時代には人間が居住していたとみられる。紀元前6000年頃には重要な場所であり、集落全体を壁で囲い、守りを固めていた。後にメソポタミアと文化的に交流が始まり、紀元前3千年紀後半からは西セム人の都市国家として繁栄、紀元前18世紀にはフルリ人もこれに加わった。文字資料にウガリットの名が初出するのは、近くの遺跡エブラから発見された紀元前1800年頃の粘土板文書である。ウガリットは紀元前16世紀頃よりエジプトの影響圏に入り、政治・軍事・文化的にエジプトの影響が浸透し、エジプト人守備隊が駐屯していたこともある。ウガリットがエジプトと接触した最古の証拠は、ウガリットからの出土品のうちの紅玉髄のビーズで、エジプト第12王朝のセンウセレト1世（紀元前1971年 - 紀元前1926年）からのものと判断された。またセンウセレト3世、アメンエムハト3世からの石碑や像も出土している。ただし、これらの遺物がエジプトからもたらされた年代が、これらのファラオたちの治世と同時期なのかどうかについては定かではない。シリア方面からエジプトにヒクソスが侵入した時期（紀元前17世紀ごろ）には、ウガリットもこれに関係するとみられる民族の手に落ち、エジプト風の記念碑などは破壊された。紀元前16世紀から紀元前13世紀にかけてのウガリット全盛期、エジプトやキプロスとは緊密な外交関係があった。紀元前1350年頃にウガリットの王族（紀元前14世紀中期のウガリットの王アンミスタムル1世、ニクマドゥ2世、およびその妃）がエジプトへ出した書簡がエジプトのアマルナから発見されている（アマルナ文書）。アマルナ文書によると、紀元前14世紀半ば頃に市街は大火によって破壊されたが、再びエジプトの影響下の貿易都市として復興したことがうかがえる。紀元前13世紀初頭にはエジプト・ヒッタイト間でシリアをめぐる勢力争いがあったが、この際にはヒッタイト側に立った。ヒッタイトのシュッピルリウマ2世（紀元前13世紀後半）と同時代にウガリットにはアンムラピという王がいたことが分かっているが、その治世がいつからいつまでであるかは定かではない。この時代の市内外からは多くの墳墓が発見され、その副葬品によってウガリットにはキュプロス、クレタ島、ミュケナイなどエーゲ海周辺の出身者が住んでいたことが知られる。出土品には、土器や金属製武器、金属器、象牙製品、アクセサリー類があったが、その他の目立つものに神像や奉納石板があり、それらは祭司長の家の文書館から出土した粘土板文書中の宗教文学の内容に対応している。ウガリットは青銅器時代の末期、紀元前1200年ごろ、「海の民」の侵入によって破壊された。ウガリット遺跡のうち、街の破壊の跡が残る層からはヘラディック期（古代ギリシャの青銅器時代）後期IIIBの土器（Late Helladic IIIB）が発見されているが、ヘラディック期後期IIIC（ミケーネ文明）の土器は発見されていない。ウガリットの破壊の年代は、後期ヘラディック期の土器の年代推定にとって重要である。また破壊された時期の地層からはエジプト第19王朝のファラオ・メルエンプタハ（在位紀元前1212年 - 紀元前1202年）の銘のある剣が見つかっており、後期ヘラディック期IIICの開始年代はメルエンプタハの治世より後の紀元前1190年と推定されている。1986年に発見された楔形文字文書によればウガリットの破壊はメルエンプタハの死後であり、ウガリットの破壊は紀元前1202年から紀元前1190年の間（おそらく紀元前1195年）とみられている。エジプト第20王朝のラムセス3世（紀元前1186年 – 紀元前1155年）の治世8年目にはすでにウガリットは破壊されていた。地中海からメソポタミアに至る広い範囲の文明が、この時期に「海の民」によって破壊された。ヒッタイトの首都ハットゥシャの破壊がウガリットの破壊より前か後かも論争の的となっている。