「待ち死体置き場（waiting mortuary）」は、死亡したとされる人物の死亡を確認する目的で考案された死体安置所である。死亡判断がまだ確立されていなかった時代において、本当はまだ生きているのに埋葬されてしまう恐怖を軽減するために、死亡判断がされた直後の死体をここで保管した（それは同時に付添い人がまだ生きている兆候を発見するための場所という意味もあった）。ただ、死体は埋葬の前に一部腐敗してしまった。この制度は19世紀のドイツで最も人気があり、このための大型の華美な会場もあった。付添い人が生きている兆候を見逃さないために、死体にはベルが結ばれていた。しかし、死亡していると判断されてしまった人がこのベルによって実際に助かったという事例は全く無い。しばしば「ベルに救われた（Saved by the bell、日本語では一般に「ゴングに救われた」）」という成句の語源とされているが、実際にはこれはボクシング由来の言葉である。
多くの国で、死体は死亡から72時間以内に埋葬処理されるが、いくつかの国（例えばアフリカのある地域）では葬儀や埋葬が死亡から数週間、数ヵ月後に行われるのが一般的である。これは、遺族が葬儀に必要な資金を貯めるためであり、その間、死体は病院あるいは葬儀屋の死体保管所に置かれる。いくつかの葬儀場では火葬場が兼ねられている場合もある。宗教の中には火葬の様子を遺族が見なければならないとするものもある。このような宗教上の理由のために、遺族が火葬炉の中に入れられた死体を見るための窓が葬儀場に設置されている。このように、遺族は死体保管所に死体を保管させることなく、自分達の慣習に従って葬儀を執り行える。また、いくつかの国では死体は防腐処理（エンバーミング）され、冷凍保存が用いられない。
1969年、メジャーリーグのチーム拡張に伴いナショナルリーグに加入。しかし1974年まで6年連続の最下位と低迷。同年にはチームがワシントンD.C.への移転の危機にさらされたが、マクドナルドのレイ・クロックにより買収され、サンディエゴにとどまることとなった（1994年以降は、テキサス出身の実業家ジョン・ムーアズがオーナーとなっている）。その後デーブ・ウィンフィールド、ランディ・ジョーンズらの台頭によって、チームも徐々に浮上。1975年に4位、1978年にはチーム初の勝率5割を上回った。1984年、ディック・ウィリアムズ監督の下、安打製造機のトニー・グウィン、スティーブ・ガービーら好選手を揃え、初の地区優勝と共に、初のリーグ優勝を果たす。ワールドシリーズではデトロイト・タイガースと対戦したが、1勝4敗で敗れた。1996年の2度目の地区優勝を経て、1998年には2度目のリーグ優勝。チーム初のレギュラーシーズン勝率6割だったが、ワールドシリーズではニューヨーク・ヤンキースに4連敗を喫した。その後は5年連続負け越し、内最下位3度と低迷したが、2004年には念願のメジャー入りを果たした大塚晶則とベテラン技巧派投手デビッド・ウェルズが加入、大塚はリリーフとしてナ・リーグ最多ホールドを獲得するなど好成績を残した。またこの年、新球場ペトコ・パーク（極めて投手有利で有名）が完成し、ロゴマーク及びユニフォームが一新され、新球場・新戦力効果に後押しされたのか3位ながらも87勝75敗と久々に勝ち越した。2005年には勝率5割そこそこながら地区優勝。プレーオフは、翌2006年共々地区シリーズでセントルイス・カージナルスに敗退した。2007年、12年間チームを率いたブルース・ボウチーがチームを去り、バド・ブラックが監督に就任。6月には宿敵ドジャースをホームに迎えた試合で、チームの顔トレバー・ホフマンが前人未到の通算500セーブを達成しチームのみならず、MLB全体の歴史に新たな1ページを加えた。同年もアリゾナ・ダイヤモンドバックスやコロラド・ロッキーズと最後まで三つ巴の地区優勝争いを続けたが、ワイルドカード争いでロッキーズと同率となった結果行われた10月1日での1ゲームプレーオフで敗れて、3年連続のプレーオフ出場はならなかった。現在ファーム組織は毎年のトレードで有望株を大量に補充しているのでナショナルリーグ西部地区の中では有数といわれている。2005〜2008年にかけては、少ない生え抜きと成績を独自の査定で安価に獲得し、若手の出番を奪い、優勝戦線に残れば7月のトレードデットラインにかけて大量に出し、一時メジャーリーグ最悪のマイナー組織と言われたこともある。2014年オフにトレードやFAで大型補強を行った。トレードでデレク・ノリス、ウィル・マイヤーズ、ウィル・ミドルブルックス、ジャスティン・アップトン、マット・ケンプ、ティム・フェデロビッチ、ショーン・ケリー、クレイグ・キンブレル、メルビン・アップトン・ジュニアを、FAでジェームズ・シールズ、ブランドン・モローを獲得した。2017年1月17日、ウィル・マイヤーズと球団史上最高額の6年総額8300万ドルで契約延長。2018年2月17日、FAのエリック・ホズマーと球団史上最高額となる8年総額1億4400万ドルで契約合意。2019年2月19日、FAのマニー・マチャドとFA選手のMLB史上最高額となる10年3億ドルで契約合意。6月13日～16日に行われた対コロラド・ロッキーズ戦（クアーズ・フィールド）の4連戦で、第1戦は9-6、第3戦は14-8でロッキーズが勝利し、第2戦は12-16、そして第4戦は13-14でパドレスが勝利。ともに2勝2敗の五分で4試合を戦い終えたが、この4試合で両チーム合わせて叩き出した計92点は1929年5月に行われたフィリーズ対ドジャースの88得点を抜き、MLBの歴史の中で4連戦で生まれた史上最多得点となった。また、第1戦は共に13安打ずつの計26安打、第2戦は延長12回までもつれ、パドレスが21安打の計39安打、第3戦は13安打の計32安打、そして第4戦は15安打の計34安打。4試合連続で両軍ともに2桁安打を記録し、計131安打が乱れ飛び、歴史に残る大乱打戦シリーズとなった。