黒塗り一つ目の謎の生物。ゲーム開始当初、パタポンという種族はほぼ壊滅状態にあり、ほとんどの兵士とかつての英雄たちはみな死に絶えしまっていた。神様（プレイヤー）の太鼓によって息を吹き返したパタポンたちの望みは、未だ見ぬ伝説に残された「セカイの果て」とそこにあるという「それ」をその目で見ること。その願いをかなえてくれる神様を絶対信仰しており、神の太鼓に合わせて進み、戦い、踊りながら旅を進める。しかし彼らとどこか似た種族「ジゴトン」が、パタポンたちの行為を世界を破滅させることだとして行く手を阻む。「セカイの果て」にある「それ」とは何なのか、すべては謎に包まれている。「パタポン」には様々な種類があり、種類によって役割が異なる。パタポンは、「肉」「木材」「鉱石」「野菜」「合金」の素材を2つを生命の木マテールに合成することで誕生し、よりレアな素材同士を合成することにより、10つあるランク中の高いランク強いパタポンが誕生する。クエストで力尽き、死んでしまっても、倒された際に出てくるキャップを回収し、新しいパタポンを生み出すのと同じようにマテールに埋めることで復活させることが可能。ただ、キャップは一定時間経つと消滅してしまうので、急いで回収する必要がある。
「3」から登場したミラクルに代わる特殊技。古代の神を召喚し、古代の神とセッションして攻撃する。発動条件は入手したショカーン神のお経を装備し、フィーバー中に現れるフィーバー虫をコマンドを入れることでショカナジーが溜まり黄金に輝かせ、ドン・ドドン・ドドンのコマンドを入力する。種類はやり神、たて神、そら神、やま神、超やり神、超たて神、超そら神、超やま神の8種類。ショカナジーは、ドンチャカの歌（パタ・ポン・ドン・チャカ）で早くたまる。また、ショカーン神とのセッションが上手くいくと、ショカーン神がパワーアップし、強いダメージを与えられる。ショカーンが発動すると一度死んだ仲間が半分のHPの状態で復活できる。
ミラクルとは太古の神に奇跡の踊りを捧げ、様々な奇跡を起こすパタポンの特殊技である。ミラクル発動には事前にゲーム中で入手したミラクルを装備していなくてはならない。また、ミラクルを発動させるにはミラクル発動のコマンド「ドン・ドドン・ドドン」の後に発生するパタポンたちの歌に合わせて改めて太鼓をたたかなくてはならない。このコマンド内容は装備しているミラクルによって異なる。また、基本的にミラクルは直接的に害を与える効果は無く、フィールドの状況を強制的に変化させる効果となっている。たとえば風向きを追い風にすれば敵の投擲武器が当りにくくなり、味方の攻撃がより遠くにまで及ぶようになる。但し「地震のミラクル」のみ、敵だけにノックバック・よろめきの効果を与える。
ゲーム中で使うボタンは○□△×の4つのみで、十字ボタンはカメラの左右移動に使われる。ボタンのそれぞれはパタポンのカミ様(プレイヤー)が持つ太鼓であり、「ポン」(○)、「パタ」(□)、「チャカ」(△)、「ドン」(×)の音が配置される。4拍子の異なる音の組み合わせ（＝リズム）が1つのコマンドになる。基本となるリズムは「進め」「攻撃」「守れ」の3つだが、ステージを進めるごとにこのコマンド（リズム）は増える。また、使用ボタンもゲーム進行で新たな太鼓を入手して増やすため、ゲーム開始直後は○のみ(3は□以外の三つ)。10回ある程度正しいリズムで叩くとFEVER（フィーバー）状態となり、奇跡の唄のリズムをコマンド入力することで「ミラクル」を起こすことが可能になる。10回叩かなくても、リズムを正確にたたくと2回でもFEVERさせる事が出来る。
朱印船貿易が行われていた江戸時代初期、明（中国）は朱元璋以来冊封された国としか貿易を行なっていなかった上に朝鮮の役による影響により日本商船はほぼ中国本土に寄港することはできなかった。そのために中継ぎ貿易として主な寄港地はアユタヤ（タイ）やトンキン（ベトナム）などがあり、また台湾島南部には昔から明（中国）や日本の船などが寄航する港が存在した。当時、日本、ポルトガル王国（ポルトガル）、ネーデルラント連邦共和国（オランダ）、イギリス第一帝国（イギリス）の商人が日本貿易や東洋の貿易の主導権争いを過熱させる時代でもあり、1622年（元和8年）には明（中国）のマカオにあるポルトガル王国居留地をネーデルラント（オランダ）が攻撃した。しかし敗退したネーデルラント（オランダ）は対策として台湾の澎湖諸島を占領し要塞を築いてポルトガルに備えた。このことに明（中国）は大陸から近い事を理由に澎湖諸島の要塞を放棄することを要請し無主の島である台湾から貿易をすることを求めたため、2年後の1624年（寛永元年）、ネーデルラント（オランダ）は台湾島を占領、熱蘭遮（ゼーランディア）城を築いて台南の安平をタイオワンと呼び始める。オランダはタイオワンに寄港する外国船に10%の関税をかけることとした。中国商人はこれを受け入れたが、浜田弥兵衛（長崎代官で朱印船貿易家の1人でもある末次平蔵の配下）ら日本の商人達はこれを拒否した。これに対し、オランダはピーテル・ノイツを台湾行政長官に任命し、1627年（寛永4年）、将軍徳川家光との拝謁・幕府との交渉を求め江戸に向かわせた。ノイツの動きを知った末次平蔵も行動に出る。同1627年、浜田弥兵衛が台湾島から日本に向けて16人の台湾先住民を連れて帰国。彼らは台湾全土を将軍に捧げるためにやって来た「高山国からの使節団」だと言い、将軍徳川家光に拝謁する許可を求めた。しかし当時の台湾は流行り病が激しく皆一様に疱瘡を患っていたため理加という者のみを代表として拝謁させ、残りは庭に通すのみの待遇となった。彼らはあまりにも汚れていたため、城の者から2度と連れて来ないようにと言われたという話もあり具体的な話が進められたわけではなく、遠路から労いも含め皆、将軍家光から贈り物を授かり一旦帰国の途に着いた。しかしながら、結果としてノイツの家光への拝謁を阻止することに成功し、ノイツは何の成果もなく台湾に戻った。