1874年（明治7年）江藤新平を中心とした佐賀の乱が起こり佐賀城はこの反乱軍に一時占拠された。この戦闘の際に建造物の大半を失った。なお、鯱の門には当時の弾痕が現在も生々しく残っている。以後、佐賀城址には学校、測候所、県庁など公共施設が次々と建設された。鯱の門と続櫓は1953年（昭和28年）佐賀県重要文化財に指定され、1957年（昭和32年）には国の重要文化財に指定された。この年、明治時代の建造物「協和館」が天守台に移築されサークル活動等に利用されていたが、天守の構造物と誤解されることが多かったため2003年（平成15年）の佐賀市議会で解体されることが決定された。本丸御殿の一番奥にあり天保期の建物と見られる「御座間」は鍋島直正の居室であったが、1958年（昭和33年）に水ヶ江大木公園に南水会館として移築された。2001年（平成13年）市の重要文化財に指定された。2004年（平成16年）本丸御殿の復元に伴い元の位置に戻された。2006年（平成18年）4月6日、日本100名城（89番）に選定された。2012年より大規模な天守台の発掘調査及び、文献調査が行われている。これにより、外観は4重屋根ながら内部は上から上段（5階）、下段（4階）、二段（3階）、三段（2階）、其外（1階）の5階建てとなっており、最上層が上下2階建てとなっているのが特徴で、一階は礎石の配置状況から後期天守閣としては珍しい書院造りであったと推定されている。また、窓は天守台の発掘によって出土した金具から突上戸と推定されている。そして、現代に伝わる天守閣が描かれた絵図が寛永3年（1626年）寛永御城并小路町図と慶長佐嘉小城内絵図の二枚が残されているが、両者には幾らかの相違は見られるものの、最上部を除き破風などの屋根装飾が一切描かれていないのが共通点としてあげられる。これらの特徴は参考にしたとされる小倉城天守の特徴と一致することが分かって来た。
クリスマス・イヴにデロリス・ヴァン・カルティエは、愛人であるギャングのカーティス・ジャクソンの所有するナイト・クラブで演奏している(『Take Me to Heaven 』)。デロリスはこの日、カーティスが自分をレコード・プロデューサーに紹介してくれるものと思い込み大喜びするが、すぐにそれが間違いであることに気付く。カーティスはクリスマスの日は一緒にいられない代わりにコートをプレゼントするが、デロリスはそれがカーティスの妻のものであったことに気付く。傷付きいらいらし、バックアップ・シンガーのミシェルとティナにスターになり名声を得る夢を語る(『Fabulous, Baby! 』)。カーティスと別れて、夢を叶えるためフィラデルフィアを出る決意をする。カーティスに会いに行くとちょうど甥のTJ、ジョーイ、パブロと共に、警察に彼らのことを密告したとされる者を撃つ場面に出くわす。恐ろしくなり、デロリスは逃げ出すが、カーティスは仲間にデロリスを捕まえて連れてこさせようとする。デロリスは警察署に行き、エディ警部に何が起きたかを話す。2人は学生時代の友人であることに気付き、デロリスは当時のように彼を「スウェティ・エディ(汗かきエディ)」と呼ぶ。エディはデロリスに証人保護プログラムを適用する必要があると考え、カーティスが彼女を決して見つけることができないであろう女子修道院へ送り込む。修道院長が外部との接触を限定、禁煙、禁酒、華美な服装を禁止すると語ったことからデロリスはがっかりする(『Here Within These Walls 』)。デロリスは他の修道女との夕食に参加し、メアリー・クラランスという名で紹介され、元気すぎるシスターのメアリー・パトリックと楽しい会話をした後、デロリスは修道女としてどれほど制限を受けるのかを知る(『It’s Good to Be A Nun 』)。デロリスが他の修道女達に何がなくて困るかを聞いていると、修道院長から断食を命じられる。一方ナイトクラブではカーティスがデロリスの居所が掴めずいらいらしている。カーティスはジョーイ、TJ、パブロにデロリスを見つけて殺害するよう命じる(『When I Find My Baby 』)。修道院でデロリスは断食により空腹であった。道を挟んで向かい側にある隠れ家的バーへ行くと、メアリー・パトリックとシャイで大人しいメアリー・ロバートがこっそり後からついてきた。彼女達2人の修道女が到着すると、修道院の外はこんなに楽しいのかということに気付く。デロリスはバーの中にジョーイ、TJ、パブロがいるのを見つける。突然バーの中で喧嘩が起こり、その隙にデロリス、メアリー・パトリック、メアリー・ロバートは逃げることができる。エディと修道院長は彼女達が修道院へ戻ってくるのを見つける。修道院長はデロリスに他の修道女達との生活に順応するよう戒める。エディはこれに賛同し、カーティスがデロリスの首にかかった報奨金を増額したことを告げ、デロリスに注意を促す。修道院長に朝5時に起きて聖歌隊に参加するように告げられデロリスは修道院に戻る。エディは道端で酔っ払いやホームレスと共に、クールになりたい、自由に生きたいという願い、デロリスへの想いを歌う(『I Could Be That Guy 』)。翌朝デロリスは聖歌隊の練習に参加するが、この聖歌隊は物凄く下手である。デロリスは年長修道女のメアリー・ラザラスの後を継いで聖歌隊の指導を申し出る。デロリスは修道女達に確かな音程でテンポに合わせる歌い方を教える。また大人しく内気なメアリー・ロバートの殻を打ち破らせる(『Raise Your Voice 』)。日曜日、聖歌隊はアップ・テンポの聖歌を演奏し(『Take Me to Heaven 』(リプライズ))、教会の人々は驚くが、より多くの信者および多くの寄付金が集まる。しかし修道院長は伝統的な質素な聖歌がモダンに変更されたことに恐れを抱く。