アレン・オルガンは電子オルガンではパイオニア的存在の老舗メーカーである。ジェニシス・シリーズでは、全ストップをクラシック/英国風カテドラル/フレンチ・ロマンティック/バロックの4種類に自在に切り換えして使用することが可能な画期的な装備を持つため、実際の総ストップ数の4倍の音色（音源）を搭載する。低音に64'(32'と21 1/3'との差音効果による擬似的な64')を装備する珍しい仕様で、最大では5段手鍵盤101ストップ×4仕様まである。価格帯はかなり高額なため個人宅では購入が難しいものの、ホコリの入らない構造や、鍵盤の非接触式発音機構（故障しにくく耐久性が高い）、そしてストップ数の多さや、修理部品の保存期間の長さ、音色に対する研究の深さが根強い支持を得ており、多くの教会や施設に搬入されている。各ストップは詳細に整音が可能であるが、メーカー技術者が出張にて端末から行うため、自分で調整することはできない。パイプ・オルガンの設置されていないホールにおける管弦楽団との共演などでも、アレンを持ち込んだ本格的な演奏が世界的指揮者と共に行われた実績が多く、それは業界での信頼に裏打ちされている。本物のパイプ群を増設することも可能。日本での設置例は少ないが、欧米では年々増加している。2018年で日本総代理店パックス・アーレンは大阪の玉造に移転した。
パイプ・オルガンや足踏み式オルガンの送風機能を機械化したオルガンを電気オルガンと称する場合があるが、こちらは構造から命名された「電動(式)オルガン」(Electric blow)という名称が存在する。電動オルガンも当然のごとく進化し続けており、かつては鍵盤を押したまま電源を急に切るとエアー排出ノイズとしてグリッサンド音が響く仕様もあった(ルーカス・フォス作曲Four Étudesの最終曲を参照)が、現在はこれはできない。
一般的には初期のハモンド・オルガンB-3, C-3などに代表されるトーン・ホイール方式や、回転するガラス円盤から波形を走査する様な機械駆動の構造が存在する発音方式を指す。トーン・ホイールにこだわったPARI.E K-61が「現役の電気オルガン」だが、稼働している楽器は多くない。現役で稼働しているハモンドオルガンはハモンドスズキによるクローンがほとんどのため、クローンホイール電子オルガンとして分類される場合がある。
原則として、発振機能やリアルタイムでのサンプリング音声の読み出し、音色の制御機能が電子回路で成立している方式を指す。したがって発音機構に、トーン・ホイールや光ディスクを持たないもの、という定義も可能である。ただし回転スピーカーや内部のメモリにCD等の光ディスクやハードディスクから読み込む物については定義の対象外とされている。
1970年代、電子楽器の世界でサンプリング音源が登場し、生楽器の音をテープレコーダのように取り込んで演奏する事が可能になった。1980年代には電子オルガンの世界でも同様な技術(PCM音源)が採用され、あらかじめ収録済みのパイプオルガン、オーケストラ楽器、リズム楽器の音の再現に使用された。1990年代には、高性能で安価なマイクロプロセッサやDSPを駆使したソフトウェア音源が一般に普及しはじめ、電子オルガンでも、それらの技術を内部使用した製品や、完全にソフトウェア化した製品が登場した。
太いパイプに水を満たしたものは導線に相当する。導線に例える場合は、パイプの両端にキャップがついていると考える。導線の片方の端を回路に接続することは、パイプの片方の端のキャップを外して別のパイプに接続したことに相当する。高圧電源に接続したような少数の例外を除き、片方の端だけ導線を回路に接続しても何も起こらない。他方の端にはキャップがついたままなので、回路には何も流れない。抵抗は細くなったパイプに相当する。細いパイプでは、同量の水を通すにもより強い圧力を必要とする。いかなる導線にも電流に対する抵抗があるように、すべてのパイプもまた、水が流れる時に抵抗がある。キルヒホッフの法則におけるノード（接点）はパイプの分岐に相当する。分岐に正味で流入した量と同じだけ流出がある。水流モデルにおけるコンデンサは、両端がそれぞれパイプにつながったタンクで、タンク内がゴムシートで分割されている（油圧アキュムレータ）状況に相当する。水が片方のパイプから入り込むと別の側のパイプから出ていくことになるが、ゴムシートを水が貫くことはない。ゴムが伸びることによってエネルギーを蓄えることができる。より多くの水がコンデンサを「通る」につれて、コンデンサの流入側圧力は高まる。このように、コンデンサでは電流が電圧を生み出すといえる。流入側の内圧が印加された圧力と等しくなるにつれて電流は減っていく。このようにして、コンデンサは一定の圧力やゆっくり変化する低周波圧力を通過させず、高速で変化する圧力のみを通過させる。インダクタは水車に相当する。水車の質量とブレードのサイズが大きいと、慣性によって水の流速はゆっくりとしか変化できなくなる。しかし、一定流速の流れは、充分な時間が経てば水車から抵抗を受けずに通過できるようになる。このとき水車は流速と等しい速度で回転している。水車の質量やブレード表面積はインダクタンスにあたり、軸とベアリングの間の摩擦はインダクタの抵抗に対応する。別のインダクタのモデルとして、単に長いパイプを考えることもできる。考えやすいように渦巻き状に捻ってあっても構わない。流体の慣性を利用するこのようなデバイスは、水槌ポンプの基幹部に実際に用いられている。パイプを通る流水の慣性はインダクタンスの効果をうみだす。インダクタは流れの急激な変化を「排除」して、遅い変化だけを通過させる。パイプ内壁から流体が受ける抵抗力は寄生抵抗に例えられる。いずれのモデルでも、最初に電流が流れ始める時にはインダクタをまたいだ圧力源（電圧）が必要である。このようにインダクタ中では電圧が電流を生み出す。電流が増加し、素子内部の摩擦や回路中の他の素子が定める限界の大きさに近づくにつれて、インダクタをまたいだ圧力低下は小さくなっていく。理想的な電圧源（電池）はフィードバック制御付きのポンプである。両端に圧力計を置けば、電流がどんな値であってもこの種のポンプは一定の圧力差を作ることがわかる。回路の一端が接地されているなら、ポンプのモデルの代わりに、水が高い位置に貯められていて、多少の水が流れても水位が変化しないほど充分な量がある状況を考えてもよい。理想的な電流源のアナロジーを考えるためには容積式ポンプを用いることになる。流量計を付ければ、このようなポンプが一定速度で駆動すると流速が一定に保たれることがわかる。