のちに阿蘇惟光は、九州を制圧した豊臣秀吉に保護を求めて、わずかながらの領地を与えられ、阿蘇神社宮司としての地位も認められたが、大名としての特権は全て剥奪された。なお、惟前の孫である阿蘇惟永（宇治惟永とも）は、そのまま島津家に仕えた。文禄2年（1593年）、惟光は梅北一揆に家臣が加担したとして秀吉に自害させられた。関ヶ原の戦い後に加藤清正の計らいで惟光の弟の阿蘇惟善に所領が与えられた。また、清正の手で復興された一の宮・阿蘇神社（阿蘇市宮地）の大宮司となった。（矢部には戻らず）惟善の次男惟真（友貞の弟）は、庶流大里氏を名乗る。文久年間の地図によれば、阿蘇家出屋敷が現在の熊本県熊本市中央区京町にあった。その後、阿蘇氏は江戸時代を存続して明治時代に至り、明治17年（1884年）、当主の阿蘇惟敦が男爵を授けられて華族に列した。栄枯盛衰、内紛を繰り返しながらも、名家として今日まで存続する稀有な存在である。
天正13年（1585年）、鉄砲という新兵器を持った島津軍が人吉の相良氏を降伏させ、間髪入れず阿蘇氏の領内に侵入してきた。武力に劣る阿蘇勢は総崩れとなり、肥後中部に多数あった阿蘇氏の城はことごとく陥落してしまった。わずか2歳の当主・阿蘇惟光（惟種の子）と弟、母親は側近たちに連れられて、九州山地のなかでも山深い・目丸（山都町・内大臣入口付近）に逃走した（阿蘇合戦・阿蘇の目丸落ち）。惟光を匿った目丸地区では、村人全員が島津軍の襲撃に備え男は「棒術」を、女は「薙刀」を身につけたといわれる。今日、これが郷土芸能「目丸の棒踊り」（山都町指定文化財一覧）の起源とされている。目丸は平家の落ち武者伝説が今も残っているところで、緑川と内大臣川の深い渓谷が横たわり、人里離れて隠れるには格好の場所であった。阿蘇領内の諸将が悉く島津氏の軍門に下る中、天正14年、類縁にあたる大友氏との関係を保ちながら北上する薩摩勢に対し一貫して防戦してきた阿蘇家の大将高森惟居が切腹し、肥後国における最後の砦であった高森城は落城した。これにより島津氏による肥後全土の平定は完了した。ここに九州内で名家・戦国大名として一目置かれていた矢部・阿蘇氏は実質滅亡した。（のちに、大宮司家として再興。）一時期衰退していた島津氏がこの時期、薩摩の三州統一をはじめ、その後、急速に九州内で領地を拡大、阿蘇氏をはじめ諸国の豪族を倒せたのは近代武器「鉄砲」の存在が大きかったと考えられる。
1919年（大正8年）、黒部川の豊富な水資源を活用した水力発電により、アルミニウムを生産するとして東洋アルミナムが設立された。同社は1920年（大正9年）に黒部川の水利権を獲得し、1921年（大正10年）に子会社・黒部鉄道を設立。開発の足がかりとして国鉄北陸本線・三日市駅（現・あいの風とやま鉄道黒部駅）から黒部川に沿って鉄道路線を敷設していき、1922年（大正11年）には下立駅まで伸ばされた。同年、東洋アルミナムは五大電力の一角・日本電力の傘下に収められ、それ以降黒部川の開発は日本電力の主体のもと行われていく。その第一弾として柳河原発電所の建設工事が1924年（大正13年）に着手され、1927年（昭和2年）に完成。これと並行して下立駅から桃原駅（のちの宇奈月駅、現：宇奈月温泉駅）およびそれ以南の工事専用鉄道路線（現：黒部峡谷鉄道の本線）が敷設された。なお、東洋アルミナムは1928年（昭和3年）、日本電力に合併している。日本電力は柳河原発電所完成後、開発の手を上流へと伸ばし、黒部川第二発電所の建設を目指して1929年（昭和4年）に鉄道路線を小屋平駅まで延伸した。しかし、当時は不況下にあって、同年11月には工事の一時中断を余儀なくされてしまう。ところが、1932年（昭和7年）になると一転して景気が回復し、電力が不足する傾向となったことから、1933年（昭和8年）6月に工事が再開された。工事を請け負ったのは大林組（ダム・取水口・沈砂池を担当）、間組（導水路トンネル上流側を担当）、鉄道工業（導水路トンネル下流側を担当）、大倉土木（現：大成建設、水槽・発電所を担当）の4社である。すでに鉄道路線が小屋平駅まで至っていたこともあって工事は順調に進み、1936年（昭和11年）に完成。黒部川第二発電所は同年10月30日から運転を開始し、1937年（昭和12年）6月からフル稼働に入った。日本電力は建設工事と並行して営業活動にも力を入れており、富山平野にいくつもの大工場を誘致し、電力の需要確保に努めた。日本電力はその後も開発の手を上流へと伸ばし、1940年（昭和15年）、小説『高熱隧道』でその難工事ぶりが伝えられている黒部川第三発電所および仙人谷ダムを完成させる。その間、日本政府は電気事業の国家管理下を目指して日本発送電を1939年（昭和14年）に設立し、日本電力は同社への電力設備の出資によって電力会社としての歴史に幕を下ろした。戦後になって日本発送電は分割・民営化され、日本電力が手がけた黒部川の発電所群は関西電力が継承した。