2010年は3月にメキシカンリーグのキンタナロー・タイガースに入団したが、1週間で解雇された。4月7日に横浜ベイスターズと2年契約を交わし、12年ぶりに日本球界に復帰。背番号は44。5月2日の東京ヤクルトスワローズ戦（明治神宮野球場）に先発で復帰登板し、6回1/3を投げ1失点の好投で勝利投手となった。日本では前述の初勝利である1994年4月29日のヤクルト戦以来16年（5847日）ぶりの勝利であり、これは遠山奬志の10年ぶりの勝利を抜く日本プロ野球最長ブランク記録である。2011年は開幕から不調が続き、7試合に先発して6敗と1勝もあげることが出来なかった。9月27日に右肩のクリーニング手術を受けた。10月9日に球団から戦力外通告を受けた。12月2日、自由契約公示された。
2008年12月6日、クリーブランド・インディアンスとマイナー契約。2009年5月28日にメジャーに昇格。5月30日のニューヨーク・ヤンキース戦に登板しメジャー通算1000投球回を達成した。
2007年6月19日にセントルイス・カージナルスとマイナー契約を結ぶ。7月4日に契約解除される。2007年7月13日にシアトル・マリナーズとマイナー契約を結ぶ。8月5日に解雇される。2008年2月22日にシカゴ・ホワイトソックスとマイナー契約。傘下のAAA級シャーロット・ナイツでプレーし8試合のリリーフ登板を含む28試合の登板で5勝11敗、防御率4.18、WHIP1.33の成績に終わり、メジャー昇格はなかった。
2007年1月にトロント・ブルージェイズと1年150万ドル＋最高150万ドルの出来高で契約。4月29日に野茂英雄に次いで日本人メジャーリーガー史上2人目となるメジャー通算50勝を達成する。6月18日に解雇された。
2005年6月10日にトレードによりミルウォーキー・ブルワーズに移籍。6月14日のタンパベイ・デビルレイズ戦で移籍後初先発し、自身初の完封勝利を挙げる。前半戦を5勝4敗、防御率3.62、WHIP1.32で折り返し、9月5日のシンシナティ・レッズ戦で10勝に到達。与四球率も移籍後は1.99と復調した。2006年2月の前半二週間、毎日放送のラジオ番組『月極ラジオ』で、メインパーソナリティを担当。15日にNPB/MLB合わせてこの年の日本人投手最高年俸となる1年453万ドルでブルワーズと再契約。4月15日のニューヨーク・メッツ戦では7回5安打2失点に抑え、打撃でも4回にバスター打法で勝ち越し2点適時打を放ち勝利投手となる。25日のブレーブス戦で長谷川滋利を抜いて日本人メジャーリーガー史上2位となる通算46勝を挙げた。2勝1敗、防御率3.18、WHIP1.356と好投を続けていたが、5月1日のヒューストン・アストロズ戦で右肩の張りを訴え途中降板。回旋筋裂傷が判明し故障者リスト入りし、7月18日のサンフランシスコ・ジャイアンツ戦で復帰。8月24日のコロラド・ロッキーズ戦では6失点を喫するも、初めて左打席に立ち自ら4打点をマークし勝利。しかし9月15日の走塁中に左太腿を痛めシーズンを終了した。
地元バレンシアに本拠地を置くレバンテUDでキャリアを始め、3シーズン後の1997年に移籍金100万ユーロで強豪バレンシアCFに移籍したことから注目を集めた。同年8月31日、1-2で敗れたアウェーのRCDマヨルカ戦で1部デビューを果たし、バレンシアで公式戦に50試合出場した。1999年には移籍金400万ユーロでセルタ・デ・ビーゴに移籍し、UEFAカップやUEFAチャンピオンズリーグでレギュラーとしてチームを支えていた（後者の1-1と引き分けたクラブ・ブルッヘ戦では得点を決めた。）が、2003-04シーズンにチームはセグンダ・ディビシオンに降格した。2004年、セルタの2部降格に伴いトルコ・スュペルリグのベシクタシュJKに350万ユーロで移籍したが、フアンフランをイスタンブールへ連れてきた同胞ビセンテ・デル・ボスケ監督はシーズン途中に解任されると新監督ルザ・チャルンバイの構想からすぐに外れ、2005年にオランダ・エールディヴィジのアヤックス・アムステルダムに完全移籍のオプション付きでレンタルされた。2006年、スペインに戻り150万ユーロでレアル・サラゴサに移籍すると、同時期に加入したパブロ・アイマール、 アンドレス・ダレッサンドロ、セルヒオ・フェルナンデス・ゴンサレスらと共にチームを引っ張りUEFAカップの出場権を獲得に貢献したが、2シーズン目は個人としてもチームとしても振るわず、クラブは5シーズンぶりに2部に降格した。2008年7月30日、ギリシャ・スーパーリーグのAEKアテネFCに2年・シーズンごとに100万ユーロが支払われる契約で加入した。AEKでは主力としてプレーしていたが、2010年1月後半にキャリアを開始した古巣レバンテUDに2部のシーズン終了までの期限でレンタルの形で復帰。復帰後は19試合5得点を記録し、2シーズンぶりの昇格に貢献したことから、2012年6月までの契約でレバンテへ完全移籍。同クラブではキャプテンに就任した。2010-11シーズンは、34歳ながら23試合とチーム内の左SBで一番起用され1部残留に貢献した。翌シーズンは、6位でクラブ史上初のUEFAヨーロッパリーグ出場権獲得と更に健闘した。2012年9月20日、レバンテのヨーロッパデビューとなったホームにヘルシンボリIFを迎えた試合で唯一の得点を挙げ勝利した。2015-16シーズン限りで23年間の現役生活に終止符を打った。