事件発生当時は3月20日に地下鉄サリン事件の発生をきっかけに2日後の3月22日に教団施設への強制捜査によってオウム真理教への疑惑が深まった。そして、岐部哲也（4月6日逮捕）、越川真一（4月6日逮捕）、 林郁夫（4月8日逮捕）、石川公一（4月8日逮捕）、新実智光（4月12日逮捕）、早川紀代秀（4月20日逮捕）などの教団大物幹部が次々と逮捕され、村井自身にも疑惑の目が向けられる中で、連日大勢の報道関係者や警察から24時間体制で監視されていた。しかし現場は建物の周囲にロープを張る対策はされておらず、連日見物人が詰めかけている状況だった。4月19日には二人組の男が怒鳴り込む騒ぎがあり、4月20日には泥酔したサラリーマンが教団東京総本部前で腹いせに立ち小便をし、警察に連行される騒ぎが発生していた。事件当日も教団東京総本部前で村井を報道陣が取り囲んでいた最中にTVカメラの前で刺殺された（村井が襲撃を受けた東京総本部ビル前では当時、赤坂署員6人が警護にあたっていた）。
事件直後、警視庁はオウム真理教の捜査に重大な支障となりかねないことから、村井の死を首相官邸に報告している。オウム真理教の事件は1994年6月の松本サリン事件、坂本弁護士一家殺害事件、そして地下鉄サリン事件と世間を震撼させており、首相官邸への報告は当然の義務であった。当時国家公安委員長だった野中広務は「捜査中である、オウム真理教内での科学部門担当トップといわれる村井氏が刺殺されたことは残念だ。どんな理由があれ、殺すことは許されない。（徐裕行は）右翼と名乗っているが、背景などを徹底的に捜査したい」と延べ、背後関係などの解明に全力を挙げる考えを示していた。結果、組織的犯行は認められなかったが、裁判長やメディア、捜査関係者等現在も背後関係を指摘する説が残っている。
司法解剖後、村井の遺体は紺と白の格子しまのある浴衣が着せられ、渋谷区の代々幡斎場へ移送された。遺体はオウム信者が製作した棺に納められた。棺は木くずだらけでラッカーが塗られておらず、窓のレリーフが粗末で、釘を打つ場所がずれている状態だった。火葬後、遺骨は両親とともに、東海道新幹線で大阪府吹田市の実家へ帰郷した。教団では、村井が死亡した4月24日以降の10日間、事件現場となった東京総本部前で弔いの踊り「鎮魂の舞い」を披露し、村井を追悼した。1踊りの期間を10日間とした理由は、「死者は遅くとも死後49日以内に輪廻転生するが、これが早ければ早いほど高い世界に転生し、遅いほど低い世界（人間界は45日目、地獄界は49日目）に転生する。」という教団の教義に基づくもので、村井は幹部としての「功績」が高いので、10日以内に転生するとされたためである。事件から一週間が経った4月30日には、熊本県の市民団体「人権尊重を求める市民の会」の会員10人が、村井の追悼集会と称して事件現場に集まり「あの時、マスコミ、警察はなぜ村井氏を助けなかったか」と拡声器で訴えながら、鐘と太鼓を打ち鳴らした。また、『巨聖逝く 悲劇の天才科学者 村井秀夫』『巨聖逝く マンジュシュリー・ミトラ正大師物語（漫画版）』を発刊し、村井の「功績」を称えた。その中で、オウム真理教教祖の麻原彰晃が、瞑想中に村井の魂と会話を交えた、と声明文を出している。村井の刺殺場所となった教団東京総本部ビルは、当事件発生から20年後の2015年4月に解体された。
1892年（明治25年）に、伊予鉄道の技師長となっていた船田金太郎と結婚。当時としては珍しい恋愛結婚であった。同年、松山幼稚園（現：済美幼稚園）の保母主任となり、結婚後も教育の仕事をつづけた。このころ、沢田裁縫伝習所を経営していた澤田亀と知り合い意気投合している。松山幼稚園では「母の会」を設立。1905年（明治38年）には、清水貞子ら知名人の夫人らと勝山婦人会を結成して「母の会」を合同させ、同年、光野マス子の裁縫研究所の経営を勝山婦人会が引き継いで私立学校令による勝山女学校とした。1907年（明治40年）に清家久米一郎に経営を譲って一旦勝山女学校を離れ、新たに家政女学会を設立した。1908年（明治41年）、ミサヲの家政女学会は、澤田亀の澤田裁縫学校と合同して愛媛実科女学校となった。さらに1911年（明治44年）には勝山女学校と合併し、済美高等女学校を設立。専務理事として学校経営にあたり、以後、特に学校施設の拡充のための資金獲得の分野で尽力した。ミサヲは、地元松山はもとより関西や東京にも出向いて地縁・血縁を頼りに寄付を募った。ミサヲの資金集めには、兄・義則による応援が大きな後ろ盾となった。最終的に陸軍大将まで昇進した義則は、様々な会合に参加して、妹と故郷の教育のために協力を惜しまなかった。済美高等女学校以外でも、上の兄二人が生まれつき目が弱かったこともあり、1906年（明治39年）に松山に盲啞学校を作ることになったときにも力を尽くしている。1919年（大正8年）には、同年設立された松山高等学校の学生のために市の公会堂を寮とする交渉を行い、これが成功して緑寮となると寮母として学生たちの世話にあたった。