みろく院善福寺は行基の草創、773年（宝亀4年）、勤操僧都の再興と伝え、もとは松ヶ島（現・松阪市松ヶ島町）の弥勒屋敷（天王屋敷）にあったといわれる。境内社に牛頭天王社があり、870年（貞観12年）森田豊前守政直が京都の祇園の社を勧請したものである。1588年（天正16年）、蒲生氏郷が松阪城を開き城下町を整備した時、現在の地に移した。1729年（享保14年）の五月、類火に堂、社ことごとく消失し、多数の寺宝、古記録などを失ったが、その後、享保から宝暦頃に諸堂が再興された。明治の神仏分離令が行われるまでは、隣接する八雲神社の前身牛頭天王社の別当寺として、社に関するすべての事が寺の住僧によって行われていた。八雲神社神輿（松阪市指定文化財）に「元禄十五壬午天六月吉祥日松坂惣中産寺弥勒院 覚翁代」の陰刻があることから、その様子がうかがえる。
選手名および球団名は2009年9月初旬時点のデータを搭載したものである。なお、チーム配列は2009年シーズン終了時の順位ではなく2009年10月初旬時点の順位に準拠しており、2009年シーズン終了時の順位と異なっている。ウグイスコールや顔写真のデータがゲーム内に存在するが、配信はされなかった選手がいる。
ベルデンの街の空に「それ」が現れたのは、夏の終わりの頃だった。それは空に浮かぶ城。神の御枝か、悪魔の仕業か。目にした誰もが話のタネにしたが、それはただ静かにじっと夜空に浮かんでいた。そして始まる。人間と魔族の戦いの物語。
第2章からは野球人形に作成するための素材が追加され、野球人形用の素材で錬金術で合成してパーツを作成する。前作とは異なり、選手を作成するのは選手工房のモードではなくファイル内で作成するものになっており、素材はファイルごとに別々になっているので共有は出来ない。また、1度に作成できるのは1体ずつであり、1度作成を始めると完成するまで別の選手を作成したりやり直すことは出来ない。選手の作成方法は前作とは大きく異なり、錬金術と同じように野球人形用の素材を合成して、合成すると能力が強化して許容量が上昇される。能力アップごとに表示される項目はあくまで参考であり、ランダムで普段より能力の上昇が多かったり、別の能力が身に付くことがあったり、能力が下がることもある。野球人形には許容量が設定されている。強化した能力や結果によって許容量の上昇値は異なり、許容量が50%以上になれば選手登録できるようになるが、許容量が100%を超えた状態に許容量を上昇すると一定の確率で壊れてしまい人形が失敗作の素材となってしまう。許容量は能力に依存するので、強力な選手を作るには100%を超える必要がある。また、中和剤を使うことで許容量を少しだけ減らすことが出来るが、何度も使いすぎると減らなくなってしまうので、無限に強力な選手を作ることが出来ないようになっている。変性剤を使うとランダムで能力が上がるが、たまに能力が下がることがある。能力以外で特殊能力をつけるときは特殊能力用の素材を集めて、これを能力アップと同じように合成することで身に付いて強化することが出来る。特殊能力は余白がある分だけ身に付けられ、ランダムで取得する「特殊能力」と「強い特殊能力」があり、「強い特殊能力」ではまれに超特殊能力が付くことがある。能力アップすることで鍵マークが1つ開放して、身に付けることが出来る余白が増えることがある。
戦闘も前作と同じであるが、本作では主人公だけでなく仲間も行動できるようになっている。ただし、主人公のみに設定されているCPという指揮するためのポイントを消費しないと仲間の指示や主人公の行動選択や作戦が選べない。オート行動や何も選ばなかった場合は自動で行動になるがCPは消費しない。アイテムを使うときはCPは消費しない。なお、仲間の指示を消費するCPは信頼度で決まっており、クエストをクリアすると上がっていくが、戦闘中にやられたりクエストに長く連れていかなかった場合は下がり、イベントによって増減することもある。クエストや戦闘などで獲得した素材のアイテムは錬金術で合成し、より強力な装備品などを作成することが出来る。レベルが高くなればなるほど、合成可能なレベルに達すると強力な装備品などが合成可能になり、合成結果が良い状態になりやすくなる。合成レベルは前作では最高レベル10の状態で始まっていたが、本作では最低レベル1（最高レベルは15）から始まる。前作と同じように一定のガラクタを集めることでレベルが上がる。イベントなどでレベルが下がってもこの方法で再び上げることも可能。
マーク・トウェインのものとされる同趣旨の引用がある。「電信、蒸気機関車、蓄音機、写真、電話など重要なものを発明するには千人の人が必要である。そして最後の一人だけが名声を得て、他の人たちは忘れられてしまう。最後の一人はひとつわずかな何かを加えた、それだけである。これらの客観的な教訓は、知性から生まれるものの99パーセントが、純粋で単純な盗用であることを教えてくれる。この教訓から、我々はもっと謙虚になるべきである。しかし、それはできない。」スティーブン・スティグラーの父の経済学者ジョージ・スティグラーもまた、経済学における発見の過程を調べた。彼は「ある理論について、早くに行なわれた有効な陳述が科学界に認められず、後に行なわれた陳述が認められたとすれば、それは科学界がその時代の流れに沿った考えしか認めないという確かな証拠である」と述べた。彼は、本来の発見者が発見者と認められていない例をいくつも挙げている。マタイ効果はロバート・マートンが提唱したもので、著名な科学者と比較的知られていない研究者とでは、たとえ両者の研究内容が似ていても、著名な科学者の方が多くの評価（credit）を得るというものである。マートンは、「定評ある科学者に有利な歪みを見せるこの認識パターンは、主に (i)共同研究の場合、そして (ii)明らかに格の違う二人の科学者が独立して行なった発見の場合、に現れる」と述べている。女性に対する類似の効果をマチルダ効果という。ボイヤーの法則(Boyer's law)は、1972年にヒューバート・ケネディが提唱した「数学の公式や定理には通常、本来の発見者の名前が付かない」という法則である。この法則の名前は、科学史家カール・ベンジャミン・ボイヤーの著書A History of Mathematics（数学の歴史）に実例が多く挙げられていることによる。「重要なことは必ず、その発見者[とされている者]以外の誰かがすでに言っている」は、アルフレッド・ノース・ホワイトヘッドのものとされる格言である。