西暦2009年、巨人種族ゼントラーディとの間に勃発した第一次星間大戦において絶滅の危機に瀕した地球人類は、種の保存のため大規模な移民船団を作り、銀河系各方面へと旅立っていった。50年後の西暦2059年、銀河系中心宙域を旅するマクロス・フロンティア船団において、マクロス・ギャラクシー船団の人気歌手シェリル・ノームのライブが行われた当日、巨大な昆虫型宇宙生物バジュラの群れが襲来し、人類対地球外生命体の新たな戦いが始まる。その最中で、パイロットを目指す少年早乙女アルトと歌手を夢見る少女ランカ・リーはシェリルと巡り会う。アルトは民間軍事企業S.M.Sに入隊してバジュラとの戦いに身を投じ、ランカはアイドルを目指して下積みの仕事に励む。シェリルはギャラクシー船団からのスパイではないかと疑われ、3人の間には恋愛と疑いの感情が交錯する。バジュラの襲撃によりギャラクシー船団は壊滅し、フロンティア船団もバジュラ艦隊の攻撃を受ける。市街地の激戦において、シェリルとランカの歌声から伝わるフォールド波がバジュラの活動に影響を与えることが分かる。ふたりはフォールド波を放つフォールド細菌の宿主（キャリア）だったが、生まれながらに共生関係にあるランカの能力が覚醒する一方、免疫を持たないシェリルは声帯を蝕む死の病に侵されていく。3か月後、バジュラを操り銀河系征服を目論む為政者の野望が顕わとなる。フロンティア政府は難民船団に潜むギャラクシー船団幹部のクーデター計画を制圧し、歌姫の力を利用してバジュラネットワークを掌握する。バジュラを物理的に支配し、希少資源フォールドクォーツが眠るバジュラ母星へと侵攻するが、土壇場でギャラクシー勢力の再蜂起にあい船団を乗っ取られる。S.M.Sは人類の暴虐を食い止めるため、旗艦マクロス・クォーターで単独追撃する。決戦を迎えてランカはアルトに想いを告白し、アルトはシェリルとの縁（えにし）を知る。アルトはふたりの歌声をバジュラに伝えるためYF-29デュランダルに乗り、大空に黄金色の舞を描く。群れの中枢たるバジュラクイーンをギャラクシーの支配から解放するが、直後に援軍から一斉砲撃を浴びる。爆発間際、アルトはシェリルとランカに己の気持ちを伝え、バジュラクイーンと共に超空間転移（フォールド）して姿を消す。1か月後、フロンティア市民はバジュラ母星への入植作業を行う日々を過ごしている。生命を賭して歌ったシェリルは静かに眠り続け、ランカはアルトの帰還とシェリルの目覚めを信じて歌を捧げる。
ルーキーイヤーの1995年に1軍に昇格するもわずか1試合の登板に終わった。翌1996年は1軍登板なしに終わった。同年オフに「秀雄」から「暁」に登録名を変更。3年目の1997年から頭角を現し始める。その後日本ハムのエースに成長したが、かつては怪我がちで「ガラスのエース」とも呼ばれていた。1998年、開幕から中継ぎとして一軍に定着、初のオールスターゲーム出場を果たす。後半戦は先発ローテーションに入り、5完投も記録。135イニングでぎりぎりで規定投球回に到達し、防御率2.73で4年目、22歳にして最優秀防御率を獲得。1999年、開幕ローテーションに入り、開幕から2試合連続完封勝利、3試合連続完投勝利。3戦目の9回にイチローに史上最速1,000本安打となる本塁打を浴びるまで開幕から26イニング連続無失点を記録。この3試合の登板のみで初の月間MVPを獲得したが、3試合目の直後に右肩の痛みを訴え離脱、9月まで復帰できなかった。2000年、2年連続で4月に月間MVPを獲得し、順調な滑り出しを見せたが、直後に再び右肩痛で離脱。2001年は初の開幕投手を務めた。故障がちだったため監督の大島康徳が完投させず起用した結果、故障なく初めて1年ローテーションを守りきり、規定投球回にも到達という最低限の役割を果たしたものの、7勝13敗、防御率4.89と不振。故障のリハビリでウェイトトレーニングなどで肩を鍛え、この年から故障での離脱はしなくなった。2002年は開幕からしばらくはチームの方針で中継ぎだったが、すぐにローテーションに戻る。安定感も戻ってシーズン通して活躍し、初の2桁勝利をマーク。フォークがさえ、自己最多の143奪三振を記録。2005年まで4年連続2桁勝利を記録し、日本ハムのエースとして活躍。2003年は前半戦で3勝どまりと不振だったが、後半戦7勝と巻き返し2年連続の10勝に滑り込む。2004年、日本ハムの本拠地移転1年目の札幌ドームの初戦で先発。勝利投手となり、ヒーローインタビューでは北海道弁を取り入れ「なまら最高です!」と叫び、北海道のファンを沸かせた。この言葉はその後、金村のトレードマークにもなり、「なまら最高タオル」などのグッズも発売される。このセリフは自身の公式ブログのトップにも記されている。自己最多の13勝をマーク、6年ぶりにオールスターにも出場。シーズンオフには、札幌グランドホテルで開催した「日ハム選手ディナーショー」に出演し、自慢の歌を披露した。2005年、自己最多の174イニングを投げ、2年連続で13勝を挙げる。オールスター出場も果たすが、チームのローテーションの関係で登板はなかった。2006年4月16日の対福岡ソフトバンクホークス戦のフリオ・ズレータとの第4打席で、投球直前に2度マウンドを外してじらした後に腹部に死球を与えたことから、ズレータは激昂して金村のいるマウンドに突進。金村は逃げずにズレータの巨体に衝突してマウンドに倒され、さらに暴行を受けて神経痛を負い4月後半を棒に振った（ズレータは退場処分）。5月7日の楽天戦で復帰登板して勝利投手となった。その後、後述の騒動により2軍降格となるが、日本シリーズで復帰。第4戦（札幌ドーム）に先発投手として登板し、勝利投手になる。また、アジアシリーズでも勝利に貢献した。オフには財政再建団体になった夕張市を応援しようと、市民を毎試合札幌ドームに招待する「金村・夕張シート」を設けた。2007年は、肘の不安で諦めていたカーブの習得に励み、数少ない先発の柱として2桁勝利を目指すも、5月に故障のため戦線離脱。交流戦終了後に復帰し、7月11日に完投で5勝目を挙げた時点で防御率も2点台と成績を残していたが、前半戦最終戦の対ソフトバンク戦でプロ最短の0回2/3を4失点でノックアウトされ、後半戦の対千葉ロッテマリーンズ戦でも2試合連続でKOで2軍へ降格。結局そのままレギュラーシーズンで1軍に再昇格することはできず、日本シリーズではベンチ入りは果たすも登板はできなかった。11月9日、中村泰広との交換トレードで阪神タイガースへ移籍。この時点で金村はすでにプロ通算80勝を記録しており、一方の中村はそれまでに3勝しか挙げていなかったため、この両投手が1対1で交換トレードされることが話題になった。