Q-SNAREタンパク質であるSNAP-25（synaptosomal-associated protein 25）は、ランダムコイルのリンカーで連結された2つのαヘリカルドメインから構成される。ランダムコイルリンカー領域は、4つのシステイン残基を持つことが知られている。αヘリカルドメインはシンタキシンやシナプトブレビン（vesicle associated membrane protein、VAMPとしても知られる）とともに、4本のαヘリックスによるコイルドコイルからなるSNARE複合体を形成する。シンタキシンとシナプトブレビンがそれぞれ標的部位と小胞の膜への結合を可能にする膜貫通ドメインを持っているのに対し、SNAP-25の標的膜への結合はランダムコイル領域のシステイン残基のパルミトイル化に依存している。いくつかの研究では、SNAREを介したシンタキシンとの結合によってこのような膜結合機構の必要がなくなることが示唆されている。しかし、シンタキシンをノックダウンしても膜に結合したSNAP-25の減少は見られず、代わりとなる結合機構が存在していると考えられる。脂肪鎖はSNAP-25の1つまたはそれ以上のシステイン残基とチオエステル結合を介して共有結合しており、この段階で膜への結合や最終的にはSNAREを介したエキソサイトーシスが調節されている。この過程はDHHCパルミトイルトランスフェラーゼ（DHHC palmitoyl transferase）と呼ばれる特別な酵素によって媒介されている。また、このSNAP-25のシステインに富むドメインは細胞膜へ弱く結合することが示されており、後のパルミトイル化のために酵素の近くへ局在する可能性がある。この過程の逆の過程はパルミトイルタンパク質チオエステラーゼと呼ばれる別の酵素によって行われる（図を参照）。SNAP-25のSNARE複合体への取り込みは、標的膜の脂質マイクロドメインへのSNAP-25の局在によって空間的に調節されている可能性がある。パルミトイル化されたシステイン残基は、結合した脂肪酸に相補的で好ましい脂質環境（おそらくコレステロールに富んだ環境）をもつ標的膜上の特定の領域へと局在する可能性がある。
SNAREを介した膜融合が起こるために必要なエネルギーは、SNARE複合体の解体過程に由来するものである。想定されているエネルギー源は、膜融合に関与するATPアーゼNSFである。NSFのホモ六量体は、NSFの補助因子αSNAPとともに、ATPの加水分解と共役する形でSNARE複合体に結合して解体する。この過程によってシナプトブレビンは再び小胞へ取り込まれるが、他のタンパク質は細胞膜へ結合したままである。解離したSNAREタンパク質は、より安定なシスSNARE複合体よりも高エネルギー状態である。融合を駆動するエネルギーは、低エネルギー状態であるシスSNARE複合体への移行に由来するものであると考えられている。ATP加水分解と共役したSNARE複合体の解体は、「銃の撃鉄を起こす」のに似たエネルギー投資であり、いったん小胞融合の引き金が引かれれば、一連の過程は自発的に最適の速度で進行する。類似した過程は筋肉でも起こり、ミオシンの頭部はアクチンとの相互作用に必要なコンフォメーションを取るために最初にATPを加水分解する必要があり、その後パワーストロークが起こる。
澄之を自害に追い込んだ澄元は細川京兆家の家督を継いだ。ところがこのような内紛が周防に逃れていた足利義尹（義材）と大内義興のもとに知らされると、義興は九州・中国の諸大名を動員して上洛を開始したのである。澄元は高国に命じて義興と和睦しようとしたが、高国はその意に反し義興と通じて寝返った。このため、和睦交渉は決裂する。永正5年（1508年）4月、西から義興が率いる軍、東から高国が率いる伊賀などの軍勢に攻められた澄元は京都を放棄して近江に逃亡した。この時、澄元に擁立されていた足利義澄も近江に逃亡した。このため、再び義尹が将軍に復帰し（後に義稙と改名）、高国は京兆家の家督を継いで管領、義興は管領代となって今度は高国・義興の連立による傀儡政権が成立したのである。永正6年（1509年）、京都奪還を目指す澄元・之長らは京都に侵攻するが敗退（如意ヶ嶽の戦い）する。このため、永正7年（1510年）には逆に高国・義興による近江侵攻が行われたが、澄元は近江国人衆の支持を得てこれを破るなど、一進一退の攻防が続けられた。永正8年（1511年）、澄元は細川政賢・赤松義村らを味方につけた大軍を率いて京都に侵攻し、各地で高国・義興連合軍を破った。ところが後ろ盾であった近江守護の六角高頼が高国方に寝返り、さらに8月14日に澄元が擁していた足利義澄が病死してしまう。このためもあって、8月24日に行われた決戦である船岡山合戦で澄元は大敗を喫して細川政賢は戦死し、澄元は摂津に敗走した。将軍足利義稙を擁する高国と義興の連立政権はしばらく続いたが、永正15年（1518年）8月2日、大内義興は周防に帰国したため、高国による単独政権となる。ところが反攻の機会をうかがっていた澄元らは、永正16年（1519年）10月に摂津に侵攻した（田中城の戦い）。この侵攻を高国は防ぎきれず、永正17年（1520年）1月になると山城で土一揆が起こるなどして遂に近江に逃亡する。この時、高国と不仲だった義稙は高国と行動を共にせず、澄元の庇護を受けた。しかし5月になると近江に逃れた高国は大軍を率いて京都に侵攻し、澄元は摂津に敗走し、三好之長は捕らえられて処刑された（等持院の戦い）。そして6月10日、澄元も最終的に逃亡した阿波勝瑞城で病死した。