本系列のうち戦災を免れた18両は、改造を繰り返されながらも昭和50年代まで現役で使用された。最初に淘汰されたのは、横須賀線から京阪神地区に転出し、さらに山陽本線岡山地区や宇野線で使用されたサハ58形6両で、除籍は1976年（昭和51年）度のことである。これらは順次吹田工場で解体された。飯田線で使用されていたもののうち、豊橋機関区のクモハ52形・サハ48形、中部天竜支区、伊那松島機関区のクハ47形については、1978年（昭和53年）10月をもって全廃されたが、それ以後も伊那松島機関区に配置のクモハ53007・クモハ53008の2両は、旧形国電最末期の1983年（昭和58年）8月まで使用された。身延線に転用されたクモハ43810については、身延線へのモハ72系改造の62系（2代）投入により、1975年（昭和50年）に松本運転所北松本支所に転出、中央西線・篠ノ井線の麻績（→聖高原） - 上松間ローカル運用にクモハ43800などとともに運用された。最初は専任であったようだが、後に大糸線でも使われるようになり、中央西線・篠ノ井線ローカル運用撤退後は大糸線運用に転用され、同線が新性能化される1981年（昭和56年）まで使用された。
1965年3月、伊那松島機関区にあったクモハ43039は、浜松工場において身延線転用のためパンタグラフの取付け部の屋根を削り、低屋根化された。この改造により、同車はクモハ43810に改称されている。
1959年（昭和34年）6月1日付けの車両称号規程改正により、運転台を持つ電動車（制御電動車）に、新記号「クモ」が制定されたため、本系列に属するモハ43形・モハ52形・モハ53形は、それぞれクモハ43形・クモハ52形・クモハ53形に変更された。また、従来は記号を含めない2桁の数字のみが形式であったが、今回の改正により記号までを含めて形式とされた。本系列においては、この車両称号規程改正により番号の変更を行った例はなかった。
1950年、東京地区の旧51系のモハ41形と交換で、大阪地区の42系が横須賀線に転属した際、宮原電車区に配置されていたサハ48形5両（48029 - 48033）も横須賀線に移った。その後、2両（48034・48035）が追加で転用され、計7両が横須賀線で使用されることとなった。
1948年 (昭和23年) 4月23日、モハ52形を使用して、東海道本線の三島 - 沼津間で高速度試験が行われた。この試験に充当された52002と52005は、濃緑色に塗装され、中間に木造の性能試験車クヤ16形（16001）を連結した。この時、119km/hの最高速度を記録し、長距離列車の電車化、80系電車開発の礎になった。その後同様の高速度試験は茅ヶ崎 - 辻堂間でも行なわれ、この時は52002 - 16001にモハ63形を連結して走行した。
本系列では、1945年（昭和20年）7月7日に明石電車区構内で全焼した52006と、同年8月6日に住吉駅構内で全焼した43038が廃車となっている。他系列では、70系客車として復旧・復籍されたり、私鉄に譲渡されたものもあるが、本系列では52006が一旦は川崎車輛兵庫工場に搬入されているものの再生はされず、2両ともそのまま解体処分となっている。これらは書類上、いずれも1946年（昭和21年）11月28日付で除籍されている。
本系列は、戦時中に扉を増設する等の改造は行われなかったが、他の例にもれず、座席のロングシート化やクロスシートの撤去が行われており、戦時中の酷使や戦後の乗客の急増、整備の不徹底によって荒廃した状態となっていた。しかしながら、本系列は戦後いち早く整備が行われ、1948年（昭和23年）にはモハ52形を使用した高速度試験が行われた。翌1949年（昭和24年）6月には京都 - 神戸間の急行電車復活にともなって本系列が起用され、2編成が整備のうえこれに使用された。
叔父の水梨岩太郎の死去に際してその所有馬を譲り受けたことを活動の端緒とし、以後「クリ」という冠名を使用して、「変則三冠馬」クリフジ（JRA顕彰馬）、帝室御賞典優勝馬クリヒカリ（坂本清五郎から購買。旧名：アルバイト）などを所有。前後して千葉県の羽田牧場の土地を購買して大東牧場を創設し、1952年のクラシック二冠馬クリノハナ、さらにその産駒から天皇賞優勝馬クリペロとクリヒデを生産した。日本においてオーナーブリーダーという存在を確立した人物とも評される。ほか、故郷室蘭のユートピア牧場も買収している。馬の購買に当たっては縁起を担ぎ、栗毛の馬しか選ばなかった。1951年に全日本馬主協会連合会が創設されると、その初代会長に就任。会として軽種馬生産農業協同組合、全日本調教師騎手連合会と共に、当時国営であった競馬の民営化を推進し、日本中央競馬会発足後は運営審議会委員に任命された。馬主会では会長退任以降顧問を務め、表に出ることがなかったが、1965年に小川乕三、川端佳夫の要請を受けて日本馬主協会連合会の第3代会長に就任、一期2年を務めた。退任後は名誉会長職が新設され、1975年までその地位にあった。自身が獣医師資格を持ち、馬術にも長けていたことから、こと馬に関しては非常な自信家であった。また、三船久蔵に教えを受け、柔道七段という練達の人物であり、三船と一緒に落馬時の受け身の取り方について騎手・調教師に対する講習を行ったこともあった。