こののち、北京・上海の研究所とは別に、日本人研究者のみからなる中国研究の機関を日本国内に設立すべきであるという主張が日本側から起こった。外務省の岡部長景文化事業部長は、日本側委員であった服部宇之吉・狩野直喜に打診し（この2人は義和団の乱当時、留学生として北京の日本公使館に籠城した経験をもつ）、その結果、東京・京都の両研究所よりなる「東方文化学院」の設立が決定し1929年4月に正式に発足した。この後しばらく東方文化事業の予算は東方文化学院に優先的に回されることになり、北京人文科学研究所の事業は一層停滞し、準備中であった上海自然科学研究所の設立はさらに遅れることになった。学院の2つの研究所は、もともと東京帝大・京都帝大それぞれの学者によって運営されており独立性が高かったが、日本政府が要求する時局的研究（中国の現状分析的研究）の受け入れの可否をめぐって完全に齟齬をきたし、1938年には分離して全くの別組織となってしまった。（この項当該項目参照）
この事業に対しては、当初からこれを「文化侵略」とし賠償金の全額返還を求める中国側世論の反発が強く、「東方文化事業総委員会章程」は1926年7月になってようやく決定された。この「章程」に基づき、同年12月には「上海自然科学研究所」（正式な開所は1931年）、翌1927年10月「北京人文科学研究所」「（北京）東方文化図書館」の設立がそれぞれ決定された（このうち東方文化図書館については結局実現には至らなかった）が、日本側委員による独善的運営が目立ち中国側は強く反発したとされる。さらに、1928年日本の山東出兵を発端に済南事件が起こると、中国世論からの風当たりはますます厳しくなり、5月には中国側委員は全員が抗議の辞職を行った。また事業において一方のパートナーだった北京政府が北伐進展により瓦解し、日本は改めて南京の国民政府を交渉相手としなければならなくなった。これらの結果、日中共同での事業継続は困難になり、特に中国側スタッフに多くを依存していた北京人文研の活動は停滞することになった。
1923年（大正12年）3月、日本政府は義和団事件の賠償金、および山東半島利権返還の補償金を基金に「対支文化事業特別会計」を設け、日中両国における学術研究機関・図書館の設立、諸団体による社会活動への援助、留学生招聘などの文化交流を計画した。これに基づき同年5月には外務省内に「対支文化事務局」（のち文化事業部と改称）が設置され、まず東亜同文会の中国における中国人教育施設に援助が与えられた。そして中国政府（北京政府）との合意に基づき1925年7月には両国の学識経験者による「東方文化事業総委員会」が発足した。事業名称が変更されたのは、中国側が「対支」に含まれる「支那」の語や日本中心的な表現を忌避したためであり、この際「東方」文化事業という新たな名称を発案したのは日本側委員の一人であった狩野直喜であると言われる（なお「東方」は、中国において、日本語での「東洋」とほぼ同じニュアンスで使用される語である）。
折しも当時、1920年代の中国においては、五四運動・国民革命を背景に、反帝国主義的な民族意識が高まっており、日本を含む外資企業での労働争議やボイコット運動、列強との不平等条約の改正を求める運動などが激化していた。こうした状況に対応し、列強はそれまでの露骨な利権獲得的な姿勢を改め、義和団事件賠償金の未払い分を事実上キャンセルし中国での文化事業に充当して対外感情を緩和しようとした。これはアメリカが、1908年にいち早く支払いの返上を通告し、賠償金を基金に中国人留学生招聘、および準備教育のための清華学堂設立（1911年）などの事業を進めた先例に倣ったものである。日本政府はやや欧米各国に後れをとったものの、中国国内でアメリカの影響力が拡大している事態を重視し、中国からの賠償金10,000,000ポンドのうち約7,700,000ポンドを日中共同の文化事業に充てることとした。
第二次世界大戦後、日本の地理学界では東京都以外に本部を置く地方地理学会が相次いで設立された。その中で最初に誕生したのが1946年（昭和21年）9月に設立された西日本地理学会であった。西日本地理学会は関西在住の地理学者で組織されたが、機関誌はなく、会員の意見交換や親睦を図るにとどまっていた。こうした中、新教育制度下で社会科が新設され、その中に「人文地理」が置かれたことから人文地理学への関心が高まり、西日本地理学会を発展的に解消し、1948年（昭和23年）3月に人文地理学会が発足した。会員は約200名であった。同年6月には機関誌『人文地理』を創刊、人文地理学の向上発展と一般大衆への人文地理学への知識・関心の普及を目指した。しかし財政難によって機関誌の運営は不安定で、第4号にようやく柳原書店から発行できることになり、文部省から出版物助成も得られ、一応の安定を見ることになった。1948年（昭和23年）11月15日には第1回の学術大会を京都大学東方文化研究所（現在の京都大学人文科学研究所）で開催した。1965年（昭和30年）より他学会との共催による大会の開催を盛んに行っている。発足から20年が経過した1968年（昭和33年）には会員数が1500人に達した。同時期は大学闘争の真っただ中にあり、学会事務所がある建物が封鎖され、わずかな書類だけを搬出して執務することもあった。これを契機として京都大学文学部地理学教室からの移転が検討され、1985年（昭和60年）10月に現在の近畿地方発明センター合同ビルの一室に移転した。1998年（平成10年）11月14日、京都会館において人文地理学会創立50周年記念式典が挙行され、『人文地理学会50年史』が刊行・配布された。また記念講演が同時開催され、成田孝三・竹内啓一・佐々木高明が講演した。2014年（平成26年）10月1日、一般社団法人への登記申請を行い、同日付で受理されたことにより、一般社団法人に移行した。