2002年からパレスチナ自治区ヨルダン川西岸の占領地（ユダヤ・サマリア地区）との間に、長大な分離壁の建設を開始した。2003年12月、これを受けた国連総会は国際司法裁判所に対して、分離壁の建設に関する勧告意見を出す要請をした。2004年7月、この要請を受けた国際司法裁判所は、「パレスチナ人の土地に壁を建設することは違法であり、撤去されなければならず、パレスチナ人に対してイスラエルは補償を支払わなければならない。」とする勧告意見を出している。また、同年8月にはイスラエル最高裁判所は政府に対し、分離壁が、グリーンライン上に建設されないことの説明を求める命令を下している。2005年9月には分離壁の経路変更を命じる最高裁判決も下されている。同判決はパレスチナ人の村を併合すべきではないとしている。その後もパレスチナ人およびイスラエルの人権団体による分離壁の経路変更を求める裁判が数多く提起され、最高裁の判決が相次いで出されている。この中には違法ではなく承認する判決もある。また、西側諸国からも「かつてあったベルリンの壁を彷彿させる」「報復措置としての包囲・破壊」などと非難された。
1944年、太平洋戦争中の南太平洋戦域での空戦中、とある島に墜落したアメリカ兵マーロウは、同じく墜落した日本兵イカリから逃れるため島の奥地に入り込み、追って来たイカリと戦う。止めを刺されそうになったマーロウだったが、突然そこに巨大な猿の様な生物が姿を現す。1973年、アメリカがベトナム戦争からの撤退を宣言した日、特務研究機関モナークの一員であるランダは、ランドサットが発見した未知の島・髑髏島への地質調査の件でウィリス上院議員を説き伏せる。ランダは護衛の部隊を派遣するようにも要請し、ベトナムから帰還予定だったパッカード大佐の部隊が同行することになる。また、元イギリス特殊空挺部隊隊員のコンラッドを島の案内役として雇い入れる。ランダたちの行動を知った戦場カメラマンのウィーバーも調査隊に加わり、一行は髑髏島に向けて出発する。髑髏島の周囲は暴風雨に覆われて船での接近は不可能な状態だったが、ランダたちはパッカード部隊のヘリコプター数機に乗り換え島へと向かう。暴風雨を突破して島に乗り込んだ調査隊は、地質調査の名目で眼下の地にサイズミック爆弾を次々と投下していく。しかし、その騒ぎを聞き付けたコングが姿を現し、怒り狂うコングによりヘリコプター部隊は全滅して調査隊は散り散りとなる。コンラッドやウィーバーたちは島を脱出するために船から来るヘリコプターとの合流地点である島北部に向かい、パッカードは部下を殺したコングを抹殺する武器を手に入れるため、救出も兼ねて部下のチャップマンが落ちた島西部に向かう。コンラッドたちは北に向かって進む中で島民であるイーウィス族と遭遇し、その際に太平洋戦争以来島に取り残されていたマーロウと出会う。マーロウの招きでイーウィス族の集落を訪れたコンラッドたちは、彼らが聖廟として使っている廃船に案内され、そこでコングが島の守護神であることを聞かされる。コンラッドたちは合流地点に向かおうとするが、マーロウに「徒歩で向かっても間に合わない」と忠告され、彼が脱出用に作っていた小型船グレイ・フォックス号を整備して共に合流地点へ向かうことにする。コンラッドやマーロウがグレイ・フォックス号の整備を進める中、ウィーバーは集落の外で撃墜されたヘリコプターの下敷きになっていたスケル・バッファローを助けようとする。そこにコングが現れてスケル・バッファローを助け、彼女に敵意がないことを判断したコングはその場を立ち去る。翌朝、コンラッドたちは整備が完了したグレイ・フォックス号に乗り込み出発する。その途中でパッカードやランダたちと合流するが、島から脱出しようとしていたコンラッドは部下のチャップマン救出を主張するパッカードに押し切られ、共にチャップマンのいる西部の山に向かうことになる。しかし西部の山は島の怪物たちの棲み処となっており、コンラッドたちは島で最も凶悪な生物であるスカル・クローラーに襲われる。ランダをはじめ多数の犠牲者が出たものの、何とかスカル・クローラーを撃退した一行だったが、直前にスカル・クローラーが吐き出したチャップマンの認識票が巻き付いた頭蓋骨を目の当たりにして彼が死んだと判明。だが、それでもパッカードはコングへの復讐を理由に西部へ進むと断言し、コンラッドやコング抹殺に反対のマーロウたちと対立する。最終的にコンラッドたち民間人はグレイ・フォックス号に戻り、パッカードたち軍人はコングを攻撃することに決まり、一行は二手に分かれる。その夜、コンラッドとウィーバーはグレイ・フォックス号を探すため山に向かい、そこでコングと出会う。ウィーバーと触れたコングは敵意の無い二人を残してその場を立ち去ろうとするが、パッカードがサイズミック爆弾を爆発させたため怒り出し、パッカードたちの元に向かう。コンラッドとウィーバーはマーロウと共にパッカードを止めるためコングの後を追う。パッカードは誘い込んだコングを火攻めにし、弱って倒れ込んだコングを爆薬で吹き飛ばそうとするが、それを阻止しようと現れたコンラッドたちと対峙し状況は一触即発となる。三人の説得にパッカード以外の兵士たちは説き伏せられるが、そこに大型のスカル・クローラーが出現。コンラッド達がその場から逃げていく中、コングは一人になってもその場から逃げようとせず自身を抹殺しようとしたパッカードを葬り、スカル・クローラーに立ち向かう。夜が明け、コンラッドたちは先にグレイ・フォックス号に乗り込んだブルックスとサンの元に合流しようとするが、スカル・クローラーに追い付かれてしまう。だが、後を追ってきたコングに攻撃を仕掛けられ、再び2体は戦いを開始。コンラッドたちもコングを援護する。コングは廃船のスクリューを武器にスカル・クローラーを倒し、戦いの衝撃で川に投げ出されたウィーバーを助け出すと、姿を消す。コンラッドたちは無事に合流地点に到着し、救助隊のヘリコプターに救出され、髑髏島から脱出する。アメリカに帰国後、マーロウは出征以来生き別れとなっていた妻子と無事に再会を果たした。一方、コンラッドとウィーバーはモナークに招かれ、ブルックス、サンと再会して調査への協力を依頼される。ブルックスは「王はコングだけではない」と語り、モナークが集めた古代生物が描かれた壁画の資料を見せる。その壁画には巨大な恐竜、翼竜、蛾、三つ首の竜の姿が描かれていた。