2012年1月24日の報道によると、2009年に刑事事件で服役後に出所した信者の受け入れについて、2010年に死刑が確定した元教団幹部と信者の養子縁組などについて、それぞれ教団の信徒が当人と三女に対して承諾を求める文書を送付し、伺いを立てており、依然として教団への影響力を保っていると報じている。
1995年（平成7年）3月、一連の強制捜査が始まったころ、捜査かく乱のために松本を犠牲者として狙撃する計画が立てられた。計画は麻原にすら知らせず、騙して引っ張り出した上で狙撃するというものだったが、松本は偶然にその計画を知る。計画の実行は警察庁長官狙撃事件が起こったため、急きょ中止されたと推測される、と松本自身が述べている。石川公一によると、1995年3月19日のリムジン謀議のときに、強制捜査が来たら石川が撃たれて犠牲者役になることを志願したところ、麻原は石川では無名なので役に立たない、撃つなら松本知子でないと駄目ではないか、ということを話したという。
夫である麻原彰晃との間に男2人、女4人の子をもうける。夫がオウム真理教を立ち上げる中で、妻として献身的にサポート。1987年9月に入信。夫が薬局を開設していた千葉県船橋市に居住していたが、1988年10月に富士山総本部のある静岡県富士宮市へ子供を伴い移住、大師となる。1989年10月には正悟師、1991年6月には石井久子、三女松本麗華（アーチャリー）に続き3人目の正大師となり、教団内でも重きをなしていった。教団が省庁制を採用した後は、「郵政省」大臣となった。1995年5月16日に夫である麻原彰晃が逮捕された後は教団代表代行として教団の存続に務める。しかし同年6月に薬剤師リンチ殺人事件に関与したとして逮捕された。逮捕された事により子供達が親不在となり散り散りとなった。教団代表代行は村岡達子が引き継いだ。
当時、松本家は千葉県船橋市に住み、3女をもうけ貧しく家族全員で1つの寝室を共有していた。後の麻原の著書のいくつかは、知子が書いたものであった。麻原は子供に向かって「蚊に刺されると痒くていやだね。でも蚊も生きているんだよ」とか「お釈迦様によれば、私たちは死後生まれ変わり、もしかしたら蚊に生まれ変わるかもしれない」などと話していたが、一方知子は蚊を平気で殺していた。ヘビが苦手で麻原からヘビを見せられて気絶したこともある。自著『転換人生』の中で20代に許容量をはるかに超える精神的葛藤のために、精神の異常が現れ始め、神経症に罹ったと告白。その後、対人恐怖症・外出恐怖症を発症、強迫神経症もひどくなる。3女によれば、1982年に麻原が薬事法違反で逮捕されたことや、宗教にのめり込み家に戻らなくなったことと関係しているという。このため、家庭でも精神不安定が目立ち、外で愛想のよい笑顔を浮かべた日に限って家庭では些細なことで怒りを爆発させていた。夫婦喧嘩の末に家出をすることもあり、「もう勝手にして!こんな家、出て行くわ」と叫びながらも実際に家を出るまで怒鳴りながら部屋と玄関の間を何往復もしていた。しかし、3姉妹の中で知子についていくものはなく、3女の麗華が気の毒になり何度か家出について行った。夕食の時間に戻らなかった時には麻原は、インスタントラーメンを作ろうとし湯を煮詰めて鍋を焦がしたことがあり、それ以降は長女にラーメン作りを依頼するようになる。
千葉県立木更津高等学校卒業後、浪人し、代々木ゼミナール代々木本校に通う。予備校時代にとなりの席の麻原彰晃と知り合い結婚。麻原は髪が長い女性が好きといわれており、当時は知子の髪も長かった。オウム時代は在家信徒として扱われていた。
3歳初戦となった2月10日の共同通信杯は道中好位グループで追走すると、最後の直線で逃げる1番人気の朝日杯フューチュリティステークス優勝馬アドマイヤマーズを内から交わして快勝、重賞初制覇を飾った。　4月14日の皐月賞ではホープフルステークス優勝馬サートゥルナーリア、アドマイヤマーズに次ぐ3番人気に推された。レースでは好位に位置を取り、直線では内を突いて前を追い込んだが、サートゥルナーリア、ヴェロックスとの叩き合いに敗れ3着に惜敗した。次走5月26日の第86回東京優駿はサートゥルナーリア、ヴェロックスと共に抜けた上位人気に推され、4.7倍の3番人気での出走となった。先手を取ったリオンリオンが前半1000m57.8秒で飛ばす中で5番手から競馬を進めると、4コーナーで内から3番手に抜け出し、直線では先頭のロジャーバローズを外から猛追したが、僅かに及ばずクビ差の2着となった。鞍上の戸崎圭太は前年に騎乗したエポカドーロに続いてのダービー2着となり、「あそこまでいったので、悔しかったです」とコメントした。秋は毎日王冠から始動。2017年のNHKマイルカップ勝ち馬アエロリット、本年の安田記念で三冠牝馬アーモンドアイを破って優勝したインディチャンプをはじめとするGI馬5頭が集まった中でGI未勝利ながら1番人気に推される。レースではスタートで後手を踏み最後方追走を余儀なくされるも、直線に入ると外から豪快に突き抜け先頭でゴール。重賞2勝目を飾ると共に、天皇賞（秋）の優先出走権を獲得した。