えちごトキめき鉄道の妙高はねうまラインと日本海ひすいラインが乗り入れ、それぞれ終着駅となっている。妙高はねうまライン、日本海ひすいラインは同じえちごトキめき鉄道線ではあるが、JR時代の運転系統を継承しているため当初相互の直通運転はしていなかった。しかし2018年3月のダイヤ改正で、日本海ひすいライン方面から妙高はねうまラインに直通する泊発新井行が一本設定された。所属線は妙高はねうまラインで、駅名標等のカラーリングには同線のラインカラー「フレッシュグリーン」が用いられている。加えてJR東日本の信越本線が乗り入れており、新潟県内の区間は当駅が起点駅となっている。この信越本線の犀潟駅からは北越急行ほくほく線の列車の直通運転も行われている。信越本線・ほくほく線（および同線経由で上越線）から妙高はねうまラインを経由して、上越妙高駅で北陸新幹線に乗り継ぐ場合は、前後および中間のJR線の営業キロを通算した運賃・料金に、妙高はねうまラインの運賃・料金を合計して計算され、北陸新幹線と特急「しらゆき」を乗り継ぐ場合は「しらゆき」のJR線内の特急料金が半額となる乗継割引が適用される。ただし、妙高はねうまラインの特急料金は割引対象外となる。前掲のように、直江津駅は現在に至るまで上越市の交通の要衝のひとつとして機能し続けているが、北陸新幹線の上越市内の駅は、市南部の和田区に所在する上越妙高駅に設置されている。また上越市のもう一つの中心市街地である、城下町高田（旧高田市）の最寄り駅は妙高はねうまラインの高田駅、上越市役所本庁舎（木田庁舎）の最寄り駅は当駅と高田駅の中間の春日山駅となっている。
当駅は上越市北部の海岸線に程近い直江津地区の市街地（旧直江津市）に位置する。えちごトキめき鉄道の妙高はねうまラインと日本海ひすいラインの2路線が乗り入れる拠点駅で、北口側には同社の本社が所在する。JR東日本の信越本線が乗り入れているが、駅舎や車両基地など構内施設の大部分は、えちごトキめき鉄道が管理を行っている。信越本線の新潟駅・長岡駅方面から北陸新幹線の上越妙高駅への接続列車として運転されている特急列車「しらゆき」5往復のほか、快速列車（新井駅まで上り1本）と普通列車（上り2本）が、えちごトキめき鉄道への直通運転を行っている。また上越線の越後湯沢駅・六日町駅方面からは、ほくほく線全線を走行する快速列車と普通列車（平日18往復、土曜・休日19往復）のうち平日15往復、土曜・休日16往復が、同線終点の犀潟駅から当駅まで直通運転を行っている。このうち1.5往復は超快速「スノーラビット」として運行され、妙高はねうまライン内へは同列車の越後湯沢駅発1本が、当駅から新井駅まで直通運転を行っている。国鉄時代から長らく在来線の拠点駅として長年機能しており、1987年（昭和62年）のJRグループ発足後は信越本線を管理するJR東日本と、北陸本線を管理する西日本旅客鉄道（JR西日本）の境界駅でもあった。特に当駅では全ての特急列車が停車し、後年も「はくたか」「北越」「トワイライトエクスプレス」などの特急列車は当駅で乗務員（運転士及び車掌）の交代を行っていた。2015年（平成27年）3月14日に北陸新幹線・長野駅 - 金沢駅間が延伸開業した際に、JR東日本が管理していた信越本線の妙高高原駅 - 当駅間と、JR西日本が管理していた北陸本線の市振駅 - 当駅間は並行在来線としてえちごトキめき鉄道へ移管され、路線名を「妙高はねうまライン」と「日本海ひすいライン」にそれぞれ改称した。構内には多くの側線が広がり、列車が留置されている光景を見ることができるが、前掲の移管に伴って構内東側の直江津運輸区は長岡運輸区へ統合される形で廃止され、駅舎および構内の施設と設備はえちごトキめき鉄道へ譲渡された。
1964年（昭和39年）、京都・伏見の玉乃光酒造は業界に先駆け純米酒を復興し発売した。純米酒はアル添の普通酒に比べ1.8倍の米の量が必要で、アル添の2級酒に比べ価格が2倍ほどの純米酒を「無添加清酒」（2級酒）として、発売に踏み切った。今日でいう純米酒である。埼玉県では1975年（昭和50年）ごろから蓮田市「神亀」（しんかめ）の神亀酒造がアルコール添加をしない酒造りへの移行を始め、1987年（昭和62年）には全国で最初に全量純米へ切り替えた。当時はこの意味が評価されず、「最初は一滴も売れなかった」と蔵人が回顧しているが、この変革は各地の酒蔵に勇気を与え、石川県「加賀鳶」（かがとび）、「黒帯」の福光屋、兵庫県「富久錦」（ふくにしき）の富久錦、茨城県「郷乃誉」（さとのほまれ）の須藤本家などが同様の選択をおこなった。平成時代に入ってこれらの蔵に範を取り、いわゆる「純米蔵宣言」する酒蔵が増えてきている。また長野銘醸によれば「元禄の時代より1年たりとも休む事もなく酒造りを継続し、戦後全面的に三倍醸造法が普及する中で、『清酒の技術を冒濱するようなもんはみとめられん』と大反対し、純米酒を守り続けた」としている。一方ではアルコール添加を、かつての三増酒に施した防腐や嵩増しの目的ではなく、あくまでも酒質を高めるための究極の技法として追究している石川県「菊姫」の菊姫合資会社のように、純米蔵宣言とは別の方向で日本酒の品質向上と信頼回復に励んでいる蔵もある。同社では「一切の妥協を排した酒造りのできる次代のスペシャリスト養成」のため、すでに1986年（昭和61年）から酒マイスター制度を導入し、伝承技術と企業ノウハウの両方を身につけた新しい世代の杜氏を育成しはじめた。日本酒の消費が表向き数字の上では右肩上がりであった昭和時代中期には、日本酒の将来をまじめに考える造り手は圧倒的な少数派であり、脚光を浴びるには至らなかった。皮肉なことに、1973年（昭和48年）以降は消費の減退というかたちで日本酒業界の衰退が明らかとなったために、かえって光が当たり、これ以後はむしろ復活への試みと努力が歴史の表に出てきた。