就隆は晩年の十数年間江戸に滞留して直接政務を執れず、元賢は幼少で封を継いでいたため、元次が藩主となった頃は高禄家臣の権勢が強くなっていた。そこで翌元禄4年（1691年）6月25日に藩主として初めて徳山に入部した元次は、藩政改革として衣類定や家中諸法度といった法制を整備するとともに、藩主の実権強化に乗り出した。手始めとして、同年7月28日、萩藩からの付家老で1300石を知行する次席家老の神村隆忠を、妻が百姓家の裏山から木を5本盗んだという理由により閉門に処し、10月25日には知行のうち600石を召し上げた上で隆忠を隠居させた。これによって12月には神村家の一族は追われるように徳山を立ち退いて広島へと移り、徳山藩次席家老の神村家は断絶した。同じく萩藩からの付家老で1700石を知行する筆頭家老の桂賢恒も元禄6年（1693年）12月に隠居させられ、徳山藩筆頭家老の桂家も断絶することとなる。元次が桂・神村の両家を断絶させた理由として、『徳山略記』では、藩主となる以前の元次に対して同輩以下の扱いをしていたことや、毛利匡英擁立を図ったことを挙げている。元次が藩主就任早々、萩藩からの付家老の家を断絶させたことは、付家老を通じて徳山藩へ意向を反映させようとした萩藩に対する拒絶姿勢を示すものであった。元次は、かつて『塩鉄論』を読んで、この書が経国済民に有益であると知り、かねて私淑していた京都の伊藤仁斎の子・伊藤東涯に依頼して、訓点を加えて世に刊行した。また、宇都宮遯庵・桂方直・長沼玄珍・林義端ら当代一流の学者を招き、優遇した。藩政にも大いに文教を取り入れ、就隆以来の制度を整え、徳山の本町筋の町名を定め、城下町の発展にも種々画策するところがあった。居館の傍らには学問所を兼ねた遊息の場として棲息堂を建て、また松屋の亭を設け、「松屋十八景」を選んだ。また、自ら遠石八幡宮と遠石町のことを叙して、『遠石記』を作り、桂方直に『松屋十八景記』、長沼玄珍に『徳山府記』を作らせ、更に関係の詩文を集めて『徳山名勝』及び『徳山雑吟』を刊行した。折りしも、本家萩藩において藩主毛利吉広が死去し、輝元系が断絶した際に、血筋的には最も吉広に近かったが、家臣永井氏の養子となって毛利氏から外れていた時期があったために後継者候補から外され、秀元系の吉元が藩主となった。これ以前、元賢が死去した際に長府藩が徳山藩主の後継者に秀元系の人物を押し込めようとしていたこともあり、徳山藩と秀元系の長府藩や萩藩との確執が決定的となる（「毛利重就」吉川弘文館）。
父カルロス4世が1808年3月にアランフエスの民衆の暴動で退位を余儀なくされると、フェルナンドがスペイン王フェルナンド7世として即位した。フェルナンドはフランスの自身への助力を期待していたが、ナポレオンの考えは自身によるスペイン支配へと変わっており、結局フェルナンドも退位を強要されることになる。その後スペイン本土はナポレオン支配に反発する民衆の組織したゲリラと、それを支援するイギリス軍と、フランス軍との間で7年近くもの間スペイン独立戦争の舞台となるが、フェルナンドは無為無策のままフランスのヴァランセ宮殿に囚われていた。1814年3月、ナポレオンの敗北が決定的となり、フェルナンドも解放された。それを知った連合軍はフェルナンドをマドリードに帰還させた。解放を非難するスペイン人は、初めてフェルナンドを歓迎することでナポレオンによる占領と戦争に対してフランスびいき（afrancesados）であることを明らかにした。フェルナンドはじきにスペイン国民が自分の名において対仏戦争を戦い、自分の名においてフンタがラテンアメリカを統治してきたとはいえ、スペインが外国の侵略と国内の革命で誕生した新しい国家となっていることを知った。憲法に基づいた開放的な政治が要求され、絶対君主制は過去のものとなりつつあったのである。だが王に返り咲いたフェルナンドは、当初は1812年に制定された憲法に基づいて統治を行うとした開放政策を保証したが、教会の後押しを受けた保守派に煽られて、復位数週間後の5月4日には憲法を拒否し、5月10日、解放派の指導者を逮捕し、現行の憲法について、自分の不在中に同意なしにコルテスが制定したものであるとしてこれを無効とした。従って王権は王個人にのみ帰属するとしたボルボン朝の政策に回帰したことになる。一方、スペイン本国の弱体化により、南米各地のスペイン植民地では独立戦争が相次いで勃発した。初期には共和派の多くで派閥抗争が絶えず、王党派が多くの地域で優勢であった。しかしシモン・ボリーバルら卓越した指導者に恵まれた共和派が徐々に勢力を盛り返し、1817年ころにはスペインが植民地の殆どを喪失することは確実になっていた。マニラ・ガレオン船に代表される植民地間をつなぐ長大な航路網とそれがもたらす膨大な税収は途絶え、国家財政は破綻するしかなかった。フェルナンドはスペインを強引に古来よりの君主制に回帰させたが、政治的に無能であった彼は実際の政治をごく少数の取り巻きに任せきりにした。彼らの言うままにフェルナンドは数か月ごとに気紛れに容赦なく次々と閣僚を交代させた。列強はフェルナンドをスペインの正当な統治者として認定していたが、彼の惨憺たる統治にうんざりしながら警戒の目で動きを見守っていた。厳しくなる一方の内外情勢にフェルナンドも混乱し、疲弊していたようで1814年12月1日にカラデャ卿フリードリッヒ・フォン・ゲンツに「自分が最初の閣僚の一員になり、連中を逮捕し、残虐な敵に引き渡す」と書き送り、再び1815年1月14日に「国王には国家の警察長官と看守にしかなれない非常に堕落した自分がいる」と書いている。スペインの金羊毛騎士団団長であり、この資格で半島戦争に功のあった初代ウェリントン公爵アーサー・ウェルズリーをプロテスタントで最初の団員にした。