池袋駅を発車する川越行きの終電は平日・土休日問わず24時であり、並行路線と比較しても早めの時間帯に設定されている。この時間を遅らせて欲しいという意見は埼玉県議会でも取り上げられており、2014年には議長名でJR東日本に対して要望書も提出されている。車両基地が遠方の川越線内に設定されている都合上、車両の送り込みや保守の関係から、終電時間の繰り下げは難しいとしていたものの、後述の相模鉄道との直通開始に伴う2019年11月30日のダイヤ改正にて、川越行き最終列車の発着時刻が各駅5分ずつ繰り下げられる事が発表されている。
東北・上越新幹線の高架化により、騒音や振動の問題が起きることを懸念した建設反対運動の「見返り」として建設された埼京線だが、実際に開業すると、隣を走る東北・上越新幹線の200系が最高速度110km/hで走行するよりも、埼京線の103系が最高速度100km/hで走行する方が10dB程騒音が高いという結果になった。これは、103系の車両重量や加速し高速走行すると甲高い音を発する「外扇形」の主電動機を使用していた影響によるもので、「新幹線より騒音が高い」と沿線住民からの苦情を受け、205系新製投入時の車両の主電動機は冷却ファンをケース内に収めた「内扇形」を採用して低騒音化を図り、103系時代よりも走行音は小さくなった。その後車両のE233系7000番台への再度の置き換えによる騒音自体のさらなる低下と、埼京線がもたらす恩恵の大きさから、この問題は収束に向かっていった。
1985年9月30日の開業初日、新機構として国電区間に初めて導入したPRC（自動制御装置）のシステム不具合が生じてダイヤ乱れなどの混乱が生じた。この機構は、CTC（列車集中制御装置）を埼京線に導入するにあたり、司令室でコンピューターにあらかじめ列車の運転順序・時刻を記憶させておき、これにより決められた列車の運転を行うもので、自動的に各駅や川越電車区（現・川越車両センター）の到着線・出発線の線路にポイントが切り替わる。また、列車の位置表示や進路表示、各駅の配線略図はCRT（ブラウン管ディスプレイ）に表示され、その中に列車位置・列車番号・信号表示・遅延時分などがカラーで表示されるという、当時としては近代的なシステムの導入をした。ところが、開業初日の朝からシステムに不具合が生じてポイントが自動的に切り替わらなくなり、池袋駅での開業記念祝賀行事も開始が遅れ、当日のダイヤも乱れて混乱し、さらに、このシステムの不具合対策が完了する1986年1月15日までは、手動での運行管理を強いられた。
洗練された空力設計とマーリンエンジンの能力により同世代のレシプロ機としては最速クラスの最高速度を有していた。このため一撃離脱戦法は効果的になり敵対するドイツや日本からも脅威と見なされていた。最高速度についてはアメリカ軍が1946年4月2日から5月10日にかけて、ペンシルベニア州のミドルタウン航空兵站部(Middletown Air Depot)で各国の戦闘機の試験を行った。高度6,096mにおける速度試験ではマスタング（D型）、P-47D、四式戦闘機をテストしたが、結果は四式戦が687km/h、マスタングが682km/h、P-47Dが652km/hと5km/hであるが劣っている。またジェット機のメッサーシュミット Me262は870km/hを発揮するため、追従は難しかった。加速力については、1945年2月、中国戦線の漢口にて第51戦闘航空群第26戦闘飛行隊のサミュエル・マクミラン・ジュニア少尉のC型が日本陸軍の対空砲火で被弾、不時着し鹵獲された。陸軍航空審査部は飛行実験部戦闘隊の陸軍准尉2名を派遣、同地にて飛行可能な状態まで修理し、3月にはベテラン操縦者である光本悦二准尉の操縦により、審査部のある多摩陸軍飛行場（現横田基地）に空輸、改めて本格的な調査が行われた。陸軍航空審査部では同様に鹵獲していたP-40E、ドイツから輸入したフォッケウルフ Fw190A-5、三式戦闘機および四式戦と、加速力と全速力の比較を行っている。高度5000mで横一列に並んだ5機は一斉に水平全速飛行を実施。最初の数秒でトップに立ったのはFw190A-5だった。3分後にC型がこれを追い抜き、「疾風」もFw190A-5との距離を縮めた。5分後にストップをかけた時には、マスタングははるか彼方へ、次いで疾風とFw190A-5がほぼ同じ位置、その少し後に飛燕、さらに遅れてP-40Eという順だった。その後、マスタングは飛行実験部戦闘隊のパイロットが搭乗し、内地の各防空飛行部隊機を相手とする巡回戦技指導に用いられたが、7月に発電機不調によって飛行不能となり、日本製部品では修復が不可能だったため放棄された。このように最高速度・加速力共に優秀ではあったが、最高ではなかった。しかし四式戦はアメリカ軍のテスト時には100オクタン/140グレードのガソリンとアメリカ製の点火プラグに変更し、武装を撤去して3,397kgまで軽量化（四式戦の正規全備重量は3,890kg）するという理想的な状態でも687km/hが頭打ちであり、Me262はエンジンが不安定で加速に時間がかかるという欠点があった。これに対しマスタングは『高度7,600 mで703 km/h』というカタログスペック通りの性能を安定して発揮できることが利点だった。