古代エジプトの暦では、古くは、1ヶ月を30日（1週間は10日。1ヶ月は3週間）、1年を12ヶ月（1年を12ヶ月に分ける方法は、月の満ち欠けの周期（1ヶ月）を12.37回繰り返すと1年経つことに由来する）、1年を360日、とする変則的な太陰暦であることから、古代エジプトでも記録に残る以前の時代には、他の地域（文明）と同じく、太陰暦を使っていたと考えられている。古代エジプトでは紀元前5600年頃に農業が始まり、紀元前3500年頃には灌漑が始まったと考えられている。古代エジプトの農業は、主にナイル川に依存していたため、その氾濫の時期を正確に知る必要があった。紀元前4000年頃には、エジプト人は、恒星シリウスの観測から、また、ナイル川の毎年の増水開始の時期に注目して次の年の増水開始までの日数を数え上げ、1年が約365日であることを、既に知っていたと考えられており、これがエジプトにおける太陽暦の始まりとされる。しかし厳密には太陽ではなくシリウス（ソティス）や洪水の周期に基づくものなので、これを「ソティス暦」（シリウス・ナイル暦）という。ソティス暦は紀元前4241年、または、紀元前2781年に始まったとする説がある。紀元前3000～2000年頃になると、伝統的な「30日×12ヶ月＝360日」に、1年のどの月（暦日）とも関係のない「5日」（360日の70分の1の端数切り捨て）を加えた「365日」からなる、国定の民間暦（民衆暦、シビル暦）が創出された。これは神話ではラーとトート（ヘジュウル）神から与えられたものとして、神聖視され、代々の国王は即位時にこれを遵守することを神々に誓った。古代エジプトの民間暦では、1年を「アケト」（洪水期、1～4月）「ペレト」（播種期、5～8月）「シェムウ」（乾季・収穫期、9～12月）の3季に分け、1季は4ヶ月であった。1年の始まりである「アケト」の第1月は「ヘジュウル月」と称され、新年（古代エジプトの新年は、現在の真夏の7～8月頃にあたる）の祝いとして、時の主人であるトート神の祭儀が行われた。だが、単純な1年=365日暦であったために、次第に季節と日付のズレが生じてきた。そこで神官は、1年を365.25日とし、4年に1度の閏年に1日の閏日を加えた神官用の官暦を用いて年中行事を行っていた。しかし、民間暦の改訂については神への冒涜であるとして否定的な考えをとり続けた。紀元前238年に、プトレマイオス3世のカノプス勅令によって官暦への統合（民間暦への閏日の導入）が試みられた。しかしこれは成功しなかった。閏日の導入に成功するのはローマによる支配後のアウグストゥスの頃である。ペルシアでは、エジプトの民間暦に年始を90日遅らせたものを用いていた。セルジューク朝時代にウマル・ハイヤームらによって、ユリウス暦の要素をとり入れたジャラリー暦を導入した。現在のヒジュラ太陽暦はその後継であり、春分を年首、1-6月を31日、7-11月を30日、12月を平年29日・閏年30日としている。これは黄道十二宮とのズレをなくすための配列である。
町医萩原静安（復斎）の嫡男として土佐国土佐郡一宮村（現在の高知県高知市一宮）に生まれた。母は田内氏の娘。生年月日とも「十一（土）」であるため「三圭」と洒落て雅号にした。1843年（天保14年）、父静安がおこぜ組の獄に連座して高知城下の小高坂・潮江・井口・江ノ口の4村で禁足処分となり、香美郡深淵村（現在の香南市野市町深淵）へ転居したため、これに伴って深淵に移った。静安は1850年（嘉永3年）5月25日、土佐国幡多郡にて種痘を行いその医術の名声が広まり、1860年（万延元年）12月26日、禁足処分を解かれて三人扶持を下し置かれ、格式御用人格にて召し出され藩医となった。三圭は高知城下で細川潤次郎に蘭学を学び、1859年（安政6年）2月25日、大坂の適塾で緒方洪庵に遊び、塾頭長与専斎と交誼を結んだ。1865年（慶応元年）、長崎に出て精得館（長崎養生所の後身）で、オランダ人医師のコンスタント・ゲオルグ・ファン・マンスフェルトやアントニウス・ボードウィンについて西洋医学を修めた。戊辰戦争さなかの1868年（慶応4年）8月、三圭はプロシアで医学伝習のため、長州藩の青木周蔵と共に長崎を出航した。1869年（明治2年）1月、フランスの国都パリに着き、3か月留まったのちにドイツに到着し、日本人として初めてベルリン大学に留学した。1873年（明治6年）7月、文部理事官田中不二麿に随行していた欧州視察中の長与に再会し、医学東校の解剖学教授として招聘され、ドイツ人解剖学者のヴィルヘルム・デーニッツを伴って帰国。文部省出仕を命じられ、医学校に奉職した。1874年（明治7年）12月、デーニッツと共に東京医学校教授（東京大学医学部の前身）に任ぜられたが、間もなく退官した。1875年（明治8年）、京都療病院に奉職し、1879年（明治12年）に附属医学校（京都府立医科大学の前身）の創設にあたってその監学（校長）となった。1881年（明治14年）同校を辞して翌1882年（明治15年）東京に戻り、旧土佐藩主の山内豊範侯爵の主治医となった。この時、豊範の子山内豊景が病を得ており、他の医師がこれを治療できず生命の危機にあったところ、三圭によって快復を果たした。豊範は感謝して報酬を申し出たが、三圭はこれを再三固辞し「自分は豊範侯のおかげで学問の一端を修めることができたが、いまだその道半ばである。もし今回のことで報酬を受けられるのであれば、学問を最後まで全うしたい」と申し出、豊範もこれを許した。1884年（明治17年）8月、三圭は再びドイツに留学し、森林太郎（森鴎外）・長與稱吉らと共にライプツィヒ大学で医学全科を学んだ。この時の留学メンバーは三圭と鴎外・長與に加え、片山国嘉・丹波敬三・田中正平・宮崎道三郎・隈川宗雄・穂積八束・飯盛挺造の合計10名。後に鴎外はこの10名を題材に「日東十客歌」を書いている。1886年（明治19年）ドクトル（医学博士）の学位を得て帰国し、宮内省侍医局に奉職。1887年（明治20年）明治天皇皇女・久宮静子内親王の侍医となり、また大正天皇の御附医官に任ぜられた。1894年（明治27年）1月14日死去。葬儀の列席者は数百人に及んだ。墓は東京の谷中霊園の乙3号15側6番にあり、「故侍医萩原三圭之墓」と彫られている。