1931年（昭和6年）から1940年（昭和15年）にかけて、島の北端に陸海軍共用の要塞（壱岐要塞小呂島砲台）が築かれ、陸軍300人、海軍30人の兵士が駐留した。これが原因となり、1945年（昭和20年）8月6日昼に米軍による空襲に見舞われ、本家の1軒を除く全ての家屋が焼け出されている。1889年（明治22年）の町村制施行時には志摩郡小田村に属した。その後、郡制や改称、編入により糸島郡小田村→糸島郡北崎村→福岡市→と変遷している。1961年（昭和36年）に福岡市に編入されて以後は福岡市の最北端となっている。
近世には落人が流れ着いた伝承があるが、ほぼ無人島であった。1645年（正保2年）に福岡藩の漁業権獲得政策により遠見番所が置かれ、北崎村（現在の福岡市西区大字宮浦付近）から「五軒家」と呼ばれた5世帯の漁民を移住させた。後に2世帯が移住したため、近代に入るまではこの島の住民は皆この7種類の名字のいずれかであったという。藩政時代は捕鯨が1679年（延宝7年）から6年間と1725年（享保10年）・1772年（安永元年）の3度試みられたが、台風による波止場の崩壊などでいずれも不調になったとされている。福岡藩の流刑地でもあり、重罪者の流刑地として選ばれた。流人の監視として御常番の名で足軽が配置され、彼らもまた、近代までの小呂島の集落を構成する一部であった。福岡藩の学者であった貝原益軒も3年間この島に追放されている。
小呂島の名が文献上に登場するのは鎌倉時代のことである。島の氏神である七社神社の棟札には、宗像郡東郷村の住人の名がある。建長4年7月12日の『関東御教書』には筑前国志摩郡となっており、宗像大社の社領であった島に関して、中国系博多商人であった謝国明が妻の地頭を名乗って領有権を主張したことで領地争いになり、宗像社雑掌が鎌倉幕府に社役対捍を訴え、幕府が謝国明に戒告したことを記録している。翌建長5年5月3日の『北条長時書下』には、宗像大社を含めた3者による訴訟の記録があり、建武元年3月20日の雑訴決断所牒には、建武政権が宗像大社の小呂島所有を保障したことが記録されている。また、李氏朝鮮の『海東諸国紀』にも於露島の名で登場する。このように、中世の小呂島は海上交通の要所であり、宗像大社が領有権を巡って熾烈な訴訟を繰り広げたことが分かる。
書籍としての発行を前提としない、インターネット上での利用を念頭に置いた百科事典作成プロジェクトが、1990年代ごろから現れ始めた。1991年、Usenet のニュースグループ alt.fan.douglas-adams は、銀河ヒッチハイク・ガイドの実物を作る計画をはじめた。これは小説の中に出てくる何でも書いてある百科事典をネット上に作ろう、という一種のユーモアサイトであった。この試みは、プロジェクト銀河ガイド (Project Galactic Guide：PGG) と呼ばれるようになった。1995年、スタンフォード大学の哲学者ジョン・ペリーとエドワード・ザルタは、ウェブベースでダイナミックに更新されていく、古くならない哲学専門の百科事典としてスタンフォード哲学百科事典 (Stanford Encyclopedia of Philosophy, SEP) の作成に取りかかった。SEP の執筆者は世界中の大学に所属する学者たちであり、質的な面で書籍の百科事典と比べても遜色のないものとなっている。しかし2011年現在も無料での公開（オープンアクセス）を維持しており、この事から、SEP はオンライン百科事典の一つのモデルケースとしてしばしば言及される。2000年、Bomis.com というサイトを運営していた事業家ジミー・ウェールズが、博士号取得者のみが執筆し、7段階の査読プロセスを要する百科事典サイト Nupedia を開始する。しかし人が集まらず半年で更新停止、事実上閉鎖する。翌2001年、ジミー・ウェールズは、誰でも執筆に参加できるウィキ形式の非営利の百科事典作成プロジェクト、ウィキペディアを開始する。サイト設立翌年の2002年には、ウィキサイトを構築するためのウィキソフトウェア MediaWiki をオープンソースで無償で公開。MediaWiki は以降、各種の百科事典サイトの構築に利用されるようになる。ウィキペディアは設立以降 大きい成長を続け、2006年には世界で最もアクセスの多いサイト上位10位にランクインする（Alexaランキング）。これにはGoogle検索がウィキペディアを検索結果の上位に表示する傾向と、そこからの大きいアクセス流入も寄与した。このウィキペディアへのアクセス数の増加はオンライン百科事典という形式と、ウィキという共同編集方法を、広い範囲の人々に知らせるひとつの切っ掛けとなった。ウィキペディアは有名になるにつれ、その内容の信頼性やコミュニティの混乱などが各所でしばしば話題となる。以降立ち上げられていくプロジェクトは、ある程度ウィキペディアの仕組みを意識する形で行われていった。2006年、アメリカの非営利団体デジタル・ユニバースが、信頼性の高い情報の提供を目指して専門家が執筆を行う地学・惑星科学関連の百科事典 Encyclopedia of Earth を開始。2006年、ウィキペディアの共同設立者ラリー・サンガーが、ウィキペディアと違い実名登録を要求するウィキサイト Citizendium を開始。実名登録などの仕組みの導入で、情報の質・信頼性の向上を図る。2006年、ロシア出身の数学者ユージン・イジケヴィッチが、専門家のみが執筆する神経科学系の百科事典 Scholarpediaを開始。業績ある専門家のみが執筆することで、ウィキペディアと違い学術的にも利用可能な百科事典とすることが目的とされる。2008年、マッカーサー基金とスローン財団、全生物種の情報集録を目指す専門家が主導する Encyclopedia of Life プロジェクトを開始。科学者コミュニティが研究上のツールとしても使えるだけの情報の量と質を確保することが目的とされる。