静岡地区への投入も始まり、1989年7月に3連×17本が製造されたが、今回の増備車では新しい区分番台が起こされた。1・2次車では短距離運用が主体であることからトイレを省略していたが、車両の増備に伴い中央本線での快速運用が増加した。このため長距離利用客からトイレがないことへの不満が続出し、クハ210形にトイレを設置した5300番台が登場した。同時にクモハ211形にも狭小建築限界トンネルの存在する中央本線中津川以北や身延線への入線に備え、屋根の一部をわずかに切下げ、狭小建築限界トンネル対策パンタグラフC-PS24A形を装備した5600番台が登場した。まず3連×6本が神領電車区に投入され、1・2次車の4連からサハを抜き取り、それを組み込むことで4連化した。残る11本については、神領区にクハ210形5300番台が必要であったこと、静岡地区投入車に身延線の運用を考慮したクモハ211形5600番台が必要だったことから、神領区の2次車4連×11本のクハ210形5000番台と新製車のクハ210形5300番台と差し替えた。差し替えられたクハ210形5000番台は、クモハ211形5600番台を含むユニットと3連を構成し、静岡区に投入された。この編成変更で5000番台系列初の転属車が発生した。2次車からの変更点は、側面方向幕が幕式のまま天地寸法が拡大（0番台と同様のサイズとなる）された他、将来の最高速度を120km/h対応を考慮して増圧ブレーキを準備工事とした点である。クハ210形5300番台は、トイレ部分の明かり窓を廃止し、便所対面側の座席は211系2000番台同様に背もたれはロングシートと同じ高さのクロスシートとした。
老朽化した103系電車や113系電車の置き換えおよび列車増発、編成増強のため1988年11月から1989年3月までに4連×16本、3連×11本の計97両が神領電車区に、3連×11本の計33両が大垣電車区に投入された。これにより東海道本線での運用も開始された。1次車のLED式の側面行先表示機は視認性に難があったため、本次車からは天地寸法はそのままで幕式に変更された。またコンプレッサは容量の大きいものに変更された。なお、サハ211形の増備とクモハ211形5000番台の増備はこの2次車で終了となる。
1988年7月に4連×4本、3連×6本の計34両が神領電車区に投入され、中央本線で運用を開始した。側面行先表示機は幕式でなく、省メンテナンスを考慮したLED式になった。1段表示のため表示窓の天地が低くなり幕板部の飾り帯と同じ高さとなったのが特徴である。そのため、日本語と英語を同時に表示することができず、両語が交互に表示される。4連は快速運用にも充当された。
2018年6月24日から前売り券の販売が始まり、インド4,200スクリーン、海外1,300スクリーンで公開された。公開初日の国内上映館の占有率は85%を記録しており、国内興行収入は2018年公開のインド映画で最高額となる3億4,750万ルピーを記録した。これは、2014年に公開されたヒラーニ監督作品『PK』の記録（2億6,630万ルピー）を上回るものだった。公開2日目にはヒンディー語映画の歴代国内成績を塗り替え、公開3日目には4億6,710万ルピーの純利益を上げて『バーフバリ 王の凱旋』（ヒンディー語吹替版）を抜き歴代単日興行成績を塗り替え、さらに公開初週末の歴代興行成績も塗り替えそれぞれ第1位となった。また、公開3日以内に100カロール・クラブ入りを果たしている。公開第1週の月曜日は平日でチケットの販売数も減っていたものの2億5,350万ルピーの純利益を上げており、『SANJU サンジュ』は200カロール・クラブ入りを果たした。同作は2018年公開のインド映画公開第1週の興行成績第1位となり、歴代記録では第4位、また平日公開でありながら公開第1週で20億ルピーの収益を上げた最初のヒンディー語映画となった。ランビールにとっては興行収入が20億ルピーを超えた最初の主演作となった。公開第2週の興行収入は金曜日1億2,500万ルピー、土曜日2億1,500万ルピー、日曜日2億8,000万ルピーを記録しており、公開10日以内に250カロール・クラブ入りを果たした。また、インド映画公開第2週の歴代興行成績第4位（9億ルピー）となった。公開第2週末までに海外興行収入を含めた合計興行収入は50億430万ルピーを記録している。公開第3週末には300カロール・クラブ入りを果たし（ランビール主演作としては初）、7番目にクラブ入りを果たした映画となった。同作は『パドマーワト 女神の誕生』の国内興行収入30億2,150万ルピーを抜き、2018年公開のインド映画で最も興行的に成功した映画となり、ボリウッド映画歴代興行成績第5位となった。また、2018年公開のインド映画第3週興行成績第1位にもなっている。第3火曜日までに国内興行収入は32億1,570万ルピーを記録し、『バジュランギおじさんと、小さな迷子』の国内興行収入32億340万ルピーを抜きボリウッド映画歴代興行成績第4位となった。公開第4週の興行収入は1億480万ルピーを記録し、累計国内興行収入は33億7,280万ルピーを記録している。これにより、『SANJU サンジュ』は『Tiger Zinda Hai』『PK』を抜きボリウッド映画歴代興行成績第2位となった。