3月23日、抗議運動が各地に広がり、とくにウズベキスタンとの国境の南側にある町では、選挙中の大規模な不正や票の操作の嫌疑が向けられたことを受けて活動が激化していた。反体制派はバキエフとオトゥンバエヴァの2人の指導者を中心に連帯が進む様子が見られた。3月24日木曜日、抗議運動はビシュケクまで拡大し、数万人の大群衆が政府ビルの前に集結した。治安部隊と政権派の工作員が多くの青年デモ参加者への攻撃を開始し、その後ろの列にいた中心となる群衆や多くの若者が治安部隊を押し切り、政府本部ビルに襲撃し、国営テレビ局を占領した。反体制派と警察との間で多くの小競り合いがおき、抵抗運動の群集が強引に政府庁舎を占拠し、若者によって破壊された。同日、アカエフは家族とともにヘリコプターでカザフスタンに逃亡し、そこからモスクワに向かった。その時点ではアカエフは大統領辞任を拒否していたが、国営テレビ局など主要な政府機関を反体制派が抑え、ニコライ・タナーエフは首相を辞任、警察も降伏し反体制派に付いた。またフェリックス・クロフなどの投獄されていた反体制派の指導者が解放され、最高裁判所は選挙の無効を宣言した。新たに選出された議会は南部出身のバキエフを首相に指名し、また大統領代行を兼務させた。この数日前に解放され、旧反体制派の連帯が可能であると多くの見方があったクロフはテレビで国民に対して平穏を呼びかけた。法と秩序が無力化し、ビシュケク市内では一晩中商店やATMに対する略奪がなされ、多くの建物が放火の被害を受けた。3月25日までに3人の死者を含む被害が報告され、一部では略奪が続いていた。バキエフはクロフを内相に任命し、首都の治安回復を支持した。その後さまざまな反アカエフ派の団体や民族の代表で構成される暫定内閣が任命された。3月26日、報道によると武装したアカエフ派の支持者がビシュケクに強引に入ろうとしたが、そこで支持を受けることができないとわかり首都入りを断念した。このグループはアカエフに非常に近い元内相代行のケネシュ・ドゥシェバエフや、一連の事件まで緊急事態担当相を務め、かつては内相で、2002年のアクスィ南部の町での5人の非武装デモ参加者が射殺された事件を担当していたテミルベク・アクマタリエフの指示を受けていたものであった。3月29日、アクマタリエフは次期大統領選挙に立候補することを発表した。
バンドは2004年に活動休止を宣言し、パルンボはラリー・ゴーマンを含む新しいバンド、ヘッド・オートマティカを結成し、ベックは服飾の仕事に携わることになった。2004年の終わりにはトッド・ウェインストック、デイヴ・アレン、ラリー・ゴーマンの全員がバンドから解雇され、｢バンド内で何らかの和解し難いトラブルが発生して｣解散したらしいという噂話が囁かれる中、グラスジョーとしての未来は暗礁に乗り上げた。冗談であると思われるが、実際バンドのウェブサイトには一時｢RIP GlassJAw(グラスジョーよ安らかに眠れ)｣と表示されていたことがある。バンドは解散しているということを否定し、現在進行中のパルンボのクローン病が活動休止の理由の一つだと発表した。メンバー間でのコミュニケーションが断絶している中、少なくともトッドの与り知らぬところで予定されていたライヴ(結局はキャンセルされるが)は、それが彼への(そして他のメンバーに対しての)通知だとするのなら、バンドから排除されたことを意味していた。トッドはバンドのウェブサイトで以下の声明を発表した。｢みんなが俺に12月に予定されているグラスジョーのライヴについて訊いてきた。でも俺はそれについて何も知らないんだ。そこでパソコンで確認してみると、確かにライヴは予定されている。少し考えた後、これは単なるミスだと思ってベックに電話して確かめようとした。そこで俺はベックがグラスジョーについて俺とは全く違うビジョンを持っていると知ったんだ。俺の知る限り、ベックは自らギターを弾き、パルンボとドラムとベースの二人の雇われミュージシャンでライヴをするつもりだ。ベックのグラスジョーについてのビジョンを知った後、俺はもうそこにはいないんだと判った。(中略)それをどう受け止めればいいのかは分からないけれど、とにかく俺は動かなければならないみたいだ。｣そして彼は脱退するとメン・ウィメン・アンド・チルドレンを結成した。2005年、およそ二年の活動休止の後、バンドは3つのライヴに出演した。うち1つはニューヨーク州ファーミンデールで催されたチャリティイベントで、1つはザ・ユーズドのツアーでの出演だった。これについては、当初、彼らは全ての日程に帯同する予定だったが、この時パルンボのクローン病が悪化していた。(ヘッド・オートマティカの全米ツアーもキャンセルされている。) 再結成時、マニュエル・カーレロはザ・ジャイアントというバンドのメンバーだったが、5年の時を経てアレンの後任としてグラスジョーに加入した。初期のバンドメンバーであったドゥリジャー・ラングも、ラリー・ゴーマンの後任として加入した。ギタリストが一人分空席となっていたが、バンドはこのメンバーを補充せず、4ピースという形を維持した。2005年10月、バンドは『ウォーシップ・アンド・トリビュート』に収録されなかったB面曲を集めたEP『エル・マーク』をリリースした。2006年11月には公式サイトも再び更新され、その年の12月にデフトーンズのサポートとしてツアーを敢行し、ヘッドライナーとしても数公演行った。｢このツアーで最も良かったことは、それができたことだ。｣パルンボは言う。また2006年の大晦日、彼らはコネチカットで開催されたフェスにヘイトブリードらと共に出演した。グラスジョーの公式サイトには「7．7．7．」という文字が太字で表示され、イギリスでの一度限りのライヴを予告した。すると次はファンサイトであるGlassjaw.netにてウォームアップライヴとして6．7．7．という日程も予告された。それらのライヴはイギリスに於ける直近4年間での初めてのものとなった。2007年の終わりにはアメリカの各地でもヘッドライナーとしてのライヴを行った。それらのツアーはバンドが頻繁にライヴをキャンセルすることを皮肉り、冗談めかして｢100％ Maybe｣ツアーと名付けられた。また、ニュージャージーではアゲインスト・ミー！と共にヘッドライナーとしてフェスに出演も果たしている。これらの間に、グラスジョーのマイスペース上に掲載されていた曲が消去され、｢Yum Yum｣という曲が新たに公開された。これはディストーションのかかったドラムラインのループトラックで、最後の数秒間はディストーションが取り去られたドラムが登場するというものだった。六日後、その曲が削除されると、今度は｢Last Lisp｣という曲が公開された。これは｢Yum Yum｣とは違い、最後の処理が為されていないベースラインのループトラックだった。それらはレコーディング中である次のアルバムの切れ端である。