こうしたフランコ政権の中で最も有力なファシストがフランコの義弟ラモン・セラーノ・スニェールであった。セラーノはファランヘ党の書記長、内相を務め、1940年からは外相となった。また第二次世界大戦においては枢軸国への接近を主張し、1940年のフランコ・ヒトラーのアンダイエ会談を実現させた。ヒトラーはスペインの参戦を求め、フランコも一時はこれに同意した。しかしその後は言を左右にして参戦を拒み、中立国ではあるものの親枢軸国側である「非交戦」国家として振る舞った。スペインは諜報活動などで枢軸国側に便宜を図ったものの、これは原油の一大輸入先であるアメリカの怒りを買った。アメリカはスペインへの石油禁輸を行って圧力を加え、枢軸側への資源売却が監視されるようになった。その後枢軸側の退勢が明らかになる1942年には、フランコは枢軸国側を見切る方針を固めた。セラーノはすべてのポストから解任されて失脚した。体制が揺らぐ中、1943年9月15日には王党派の中将8名が王政復古を求める意見書をフランコに提出するという事件が起きた。1944年には連合国の圧力により諜報支援も打ち切られた。日本の降伏後、駐米スペイン大使が祝辞を述べに国務省を訪れたが、これに高官が対応することはなかった。
フランコ政権を支えていたのはスペイン国内の多様な右派であり、思想的統一はなされなかった。スペインでは伝統的なカトリックの勢力が強く、ファシズム勢力の浸透を妨げた。フランコはホセ・アントニオ・プリモ・デ・リベラが設立した急進ファシズム政党ファランヘ党と右派を結合させ、新たなファランヘ党を結成させた。新ファランヘ党は旧来の綱領をほとんどそのまま受け継ぎ、1939年に国家唯一の政党であると定義されたが、影響力はさほど強力ではなかった。1938年から1962年に就任した閣僚の出身身分のうち、ファランヘ党出身者はわずか25％にすぎず、最も多いのは39％の軍人であった。またファランヘ党への国庫からの支援もほとんど無く、むしろファシズム勢力が退潮したとされる時期のほうが国庫支援や党員数を増加させている。フランコは各派の勢力均衡のため、突出した勢力が出ないよう配慮していた。また体制内で失脚した者を粛清することはなく、1940年代に王政復古をはかった将軍も赦免されている。このため体制派から反体制派に転身したものは非常に希であった。ただし国内が自由であったと言うわけではなく、1940年の共産主義者・フリーメーソン弾圧法に見られるような政治的抑圧は続いていた。経済面においては、一国内での自給経済を志向する「アウタルキー」政策が1950年代までとられた。しかし総じて好況とはほど遠く、国民経済では困窮が続いた。
初期型である75 Cobra Mk I（試作車も含む）は260 in³（4.2 L）エンジンを搭載。51 Mk Iモデルにはウィンザー・フォード・エンジンの289 in³（4.7 L）V8が載せられた。1962年末、ACカーズのチーフ・エンジニア アラン・ターナーはフロントエンドのデザインの最終決定を下し、前後共にアッパーが横置きリーフスプリング、ロワがウィッシュボーンの4輪独立サスペンションを引き続き使用しつつ、ラック・アンド・ピニオン式のステアリングギアボックスを流用した。初期型は1963年明けに本格的生産体制に乗ると共に、次期型のMK IIのデザインもスタートした。MK IIのステアリングラックはMGBの流用、ステアリングコラムもフォルクスワーゲン・ビートルにも採用されていた新型のものを流用した。528 Mark II Cobraは1965年夏より生産された。1963年、シェルビーはコブラMK IIにフォードFEエンジン（390 in³/6.3 L）を搭載してレースに挑んだものの、ドライバーのケン・マイルズはコントロールすることができず、同車を"The Turd"（クソったれ）と罵った。これを期に、さらなる巨大出力に耐えうる新しいシャシを求めてMK IIIの開発が始まった。新型のMk IIIはフォードの協力で開発が進められた。フレームを構成する2本のメインチューブ径を3インチから4インチに太くし、前後にコイルスプリングによるダブルウィッシュボーン式サスペンションを採用するなど、シャシは近代化された。同時にエクステリアデザインも変更され、大きく膨らんだ前後フェンダーと、ラジエーターが覗く大開口のグリルレスエアインテークのフロントエンドとされた。この結果、ホイールベースは2,286 mmのまま、全幅は175mm拡大された。排気量427キュービックインチ（7.0 L）、最高出力425馬力（317 kW）のフォードFE エンジンを搭載したスタンダードモデルは最高速度が262 km/hで、485馬力（362 kW）エンジンを搭載したコンペティションモデルは290 km/hに達した。1964年10月に2台の試作車が未塗装のローリングシャシのみでアメリカに輸送され、エンジンなどはシェルビーのもとで組み上げられ、完成された。1965年1月1日にMK IIIの生産が始まった。MK IIIは強い印象を与えるモデルではあったがセールスの面ではあまり振るわず、ACカーズの経営は良い状態とはいえなかった。コスト削減から多くのMK IIIは一般道で使用するニーズに応え、スモールボア・ロングストロークでより低価格のフォード428 in³（7.0 L）エンジンが搭載された（427は107.5 mm x 96.1 mm、428は105.0 mm x 101.1 mm）。コンペティションモデルを含め、1965年から1966年にかけてアメリカのシェルビーの下に約300台のMK IIIが輸出されたとみられる。小ぶりなフェンダーのAC289は主にヨーロッパ市場で販売された。不運なことに、Mk IIIのFIAホモロゲーション取得が1965年のレースシーズンに間に合わず、シェルビーチームによる参戦は叶わなかった。しかし市販されたコンペティションモデルは1970年代に入っても数多くのプライベーターを勝利に導き、圧倒的な強さを誇った。31台あった売れ残りのコンペティションモデルは、一般公道向けにデチューンされ、ストリート用のフロントウインドシールドが取り付けられており、S/C（セミ・コンペティション）と呼ばれている。これらは世界で最も希少価値のある自動車として有名で現在では市場で1億5000万円程度の値段が付けられたこともある。