元々設けられていた出入口は北口で、直江津地区の旧市街地に面している。自由通路の北口側階段下には上越警察署直江津駅前交番などがある。交番に隣接して、前掲の「びゅうプラザ」と「駅レンタカー」の窓口が設けられていたが、いずれも2015年3月13日をもって営業を終了している。駅前広場ロータリー内の歩行者道には、直江津駅前観光案内所と、立ち食いそば店「直江津庵」が設けられている。ロータリーの車道西側はバスターミナルやタクシープールとなっており、駐車場が設けられている。
自由通路（直江津駅自由通路）は上越市が管理しており、通路は「市道直江津駅線」に指定されている。駅舎および自由通路は客船「飛鳥」をモデルとしてデザインされたもので「あすか通り」という愛称が付けられており、通路内には駅舎・通路と「飛鳥」のデザインを対比できるパネルが設置されている。終日通行可能で、歩行者のほか自転車も通行できるが、自転車は安全のため、押して徒歩で通行する必要がある。バリアフリー対策として、北口と南口の双方にエレベーター（北口・南口北側各1基）と誘導チャイム、エスカレーター（北口：上下各1基、南口北側・南側：上り各1基）がそれぞれ設置されている。北口側のエスカレーターは上り・下りとも途中で水平になっている箇所があり、運転時には足許の注意を促すアナウンスが放送される。車椅子対応トイレ（オストメイト対応設備なし）は北口・南口双方の駅前広場に設置されているが、このうち北口の車椅子トイレは男女別に各1箇所設置されている。
JR東日本新潟支社が管理する直営駅で、管理駅（地区駅）として信越本線の関山駅 - 柿崎駅間の直営駅を除く全駅を直江津駅長が統括管理していた。コンコースに所在したみどりの窓口は窓口が2箇所設けられていた。北口には旅行センター「びゅうプラザ直江津駅」と、ジェイアール東日本レンタリース運営の「駅レンタカー直江津営業所」も設けられていたが、新幹線開業に伴い2015年3月13日を以って営業を終了し、いずれも上越妙高駅へ移転した。先代の駅舎は1940年（昭和15年）竣工の3代目駅舎には木骨真壁造（ハーフティンバー様式）が用いられ、三角屋根のファサードが特徴的なデザインとなっており、市民や利用者からは「三角屋根の駅」「山小屋風の駅」として親しまれていた。
島式ホーム3面6線を持つ地上駅で、橋上駅舎を有し、上越市が管理する南北自由通路に面している。JR東日本とトキてつの共同使用駅で、駅業務はトキてつが直営駅（社員）として管理しており、信越本線の駅業務はJR東日本からトキてつが受託している。改札口には自動改札機が設置されており、信越本線のエリア内において交通系ICカードが利用可能となっている。なお当駅はSuicaの一部対応駅のため、カードの発売・払い戻し・再発行は取り扱っていない。コンコースにはみどりの窓口・自動券売機（トキてつ2台・JR1台）・JRの指定席券売機・待合室・売店（NewDays）・コインロッカー・化粧室がある。みどりの窓口は経営分離後も窓口が2つ（トキてつとJRで分離）設置されていたが、現在は1つの窓口で両社のきっぷを発売している。バリアフリー対策として、改札内コンコースと各ホームを連絡するエレベーターが計3基設置されているほか、多機能トイレが併設されている。
2005年4月19日、マスカラ・オリエンタル（Máscara Oriental）のリングネームでプロレスラーデビューを果たし、NWA加盟団体であるNWAメキシコやレスリング・イン・パチューカ（Wrestling In Pachuca）といったインディー団体に参戦。2011年1月、メキシコのメジャー団体であるAAAと契約を交わし入団。27日、Sin Limiteにてアトミック・ボーイ & エル・ガトと組んでラ・ミリシア（ダーク・ドラゴン & ティグレ・コタ & ティト・サンタナ）と対戦し、デビュー戦を勝利で飾る。AAAデビュー後ラ・ミリシアと抗争を展開しつつ、クレイジー・ボーイが主宰するDTU（Desastre Total Ultraviolento）やEAW（Extreme Air Wrestling）、IWRG（International Wrestling Revolution Group）といったインディー団体に参戦してプロレスの基礎を高めていく。2012年、ラ・ソシエダドやロス・インフェルノ・ロッカーズといったユニットとの抗争やAAA世界クルーザー級王座への挑戦などでメインイベンターへと昇格。11月27日、プロレスリングWAVEと合同で行われたReina de Reinas 2012に参戦するため初来日を果たす。男女オカマ混合のミックスドマッチでロリータ & ピンピネーラ・エスカルラタと組んで浜田文子 & バチコ & CIMAと対戦するが敗戦した。2013年1月26日、ペサディーヤと組んでスペル・クレイジー & リッキー・マルビンが保持するプロレスリング・ノアのGHCジュニアヘビー級タッグ王座に挑戦するが敗戦。3月17日、Rey de Reyes 2013にて16選手参加の4wayトーナメントに決勝まで進み、ダガ、クレイジー・ボーイ、フベントゥ・ゲレーラと対戦して勝利し、優勝を飾る。初代AAAフュージョン王者となる。9月22日、ノアに参戦し、石森太二が保持するGHCジュニアヘビー級王座に挑戦。18分20秒、変型レヴォルシオンからのエビ固めの前に沈んだ。2014年11月28日、ミステシスとロス・レイエス・デル・アイレなるタッグチームを結成してタッグ戦線に進出。12月7日にGuerra De Titanes 2014にてAAA世界タッグ王座を懸けた3wayマッチにロス・ペロス・デル・マール（ジョー・ライダー & ペンタゴン・ジュニア）、王者チームのアンジェリコ & ジャック・エバンスと対戦するがベルトを奪取するに至らなかった。2016年4月20日、曙太郎中心に旗揚げされた王道の後楽園ホール大会に出場、兄のペンタゴン・ジュニアとシングルマッチで対戦。