掘削は6月下旬に始まったが、グラントやミードですらこの作戦を「単に兵士を休ませないでおく手段」と見ており、その戦略的価値は疑っていた。2人は直ぐに興味を失くし、プレザンツは間もなくその計画に必要な資材の欠乏に気付いた。その兵士達は坑道を支える木材を徴発に行かなければならなかった。しかし、作業は着実に進行した。手作業で掘り出した土は取っ手の付いたクラッカー箱から作られた間に合わせの橇に詰めて運び出され、坑道の床、壁および天井は放棄された製材所や古い橋の解体片からも集められた木材で支えられた。坑道は南軍の前線に近付くにつれて上向きとなり、湿気で坑道が塞がれないようにした。入り口近くに置かれた巧妙な換気装置を介して新鮮な空気が坑道に吹き込まれた。坑夫達は北軍前線の後方に通気用立坑を掘った。立坑の底では火を燃やし続け、火で暖められた坑内の空気を立坑を通して排気し、一方坑道の全長に渡って走る木製の導管が坑夫達が働いている坑道の先端まで新鮮な空気を送った。このことで通気管を別に設ける必要がなく、掘削の進行を隠蔽する役にも立った。7月17日、主抗が南軍陣地の下に到達した。坑道を掘っているという噂は直ぐに南軍の耳にも達していたが、リーはそれを信じようとせず2週間も放置した後で、抗敵坑道を掘り始めたが、緩慢で協調も取れていなかったので、敵の坑道を発見できなかった。しかし、ジョン・ペグラム将軍はその砲台が爆発点の上になるはずだったが、この脅威を真剣に捉えて、予防処置としてその砲台の背後に新しい塹壕線と砲台を構築した。坑道はT字形をしていた。接近のための坑道は全長511フィート (156 m)あり、丘の斜面を降った窪んだ場所から始まり、南軍砲台の下50フィート (15 m)はあったので、検知は難しかった。トンネル入り口は狭く、幅3フィート (90 cm)、高さ4.5フィート (137 cm)しかなかった。そのどん詰まりで直角方向の通路があり、両側に75フィート (23 m)ずつ伸びていた。グラントとミードは後に第一次ディープボトムの戦いと呼ばれる失敗した攻撃の後で突然、この坑道が完成すれば3日後に使うという決断をした。北軍は火薬32樽、総計で8,000ポンド (3,600 kg)を埋め込んだ。爆発は南軍工作物の下約20フィート (6 m)で行われ、T字形の溝は通路内側の土11フィート (3.3 m)で埋められ、主通路は32フィート (10 m)は埋められてしまうので、爆風が坑口に及ぶのを防げた。7月28日に火薬の充填が終わった。
生態系に与える他の影響として、Btトウモロコシの花粉がトウモロコシ畑の近傍の有毒雑草であるトウワタにかかり、それを食草とする蝶・オオカバマダラの幼虫の生育を阻害して生存率を下げたという報告が有名である。この論文は、実験室内でトウワタの葉にBtトウモロコシ、トウモロコシ栽培品種の花粉をかけたものとかけなかったものを餌としてオオカバマダラの幼虫を飼育して経時的に体重と生存率を測定したものである。その際に、トウワタに散布した花粉の密度が、"Pollen density was set to visually match densities on milkweed leaves collected from corn fields."と非定量的であるにもかかわらず、体重変化や生存率を定量的に示したという問題点を含んでいる。著者らが、"it is imperative that we gather the data necessary to evaluate the risks associated with this new agrotechnology and to compare these risks with those posed by pesticides and other pest-control tactics."と述べているように、Btトウモロコシの栽培と慣行栽培によるリスク評価の比較を行うことは重要である。すなわち、殺虫剤の散布に伴う生態系への影響や残留農薬、食害に伴う微生物汚染などのリスクとBtトウモロコシのリスクを比較する必要がある。たとえば、慣行農法によって殺虫剤をまくことによって害虫以外への影響とBtトウモロコシの栽培による影響を相互比較した場合、どちらが生態系への影響が大きいかを検定することなどである。なお、Bt toxinを生産させるための発現カセットのプロモーターを花粉で発現しないものにすることにより、花粉に含まれるBt toxinの量は激減させることができる。MON80100やMon809などのように、Btタンパク質が花粉中にはほとんど含まれないが他の組織には含まれるトウモロコシ組換え品種などがその例である。なお、全ての組織で強く発現するとされるCaMV 35sプロモーターやその改変したもの、他のウイルスのプロモーター、ユビキチン、熱ショックタンパク質類似タンパク質の遺伝子のプロモーターなどがBt toxin生産に使用されている組換え品種でも、花粉中にはBt toxinはほとんど含まれていない。また、全組織で強く発現するとされるプロモーターを用いた場合でも、得られた形質転換植物の系統の中からBt toxinを花粉では生産しない系統を選択することでも避けられる。なお、国内外の大学の生物学の教科書として広く利用されている「キャンベル生物学」において、この論文や論争については以下のように記載されている。One laboratory study indicated that the larvae (caterpillars) of monarch butterflies responded adversely and even died after eating milkweed leaves (their preffered food) heavily dusted with pollen from transgenic Bt maize. (オオカバマダラというチョウの幼虫（芋虫）は、(この蝶が好む食物である)トウワタの葉に形質転換Btトウモロコシの花粉を大量に降りかけられた後に食べると、有害な反応を示し死ぬことさえあったということを、ある研究室の研究が示した。) This study has since been discredited and affords a good example of the self-correcting nature of science. (この研究は、もとより信用されず、科学の自己の過ちを修正する特性のよい例を提供している。) As it turns out, when the original reserchers shook the male maize inflorescences onto the milkweed leaves in the laboratory, the filaments of stamens, opend microsporangia, and other floral parts also rained onto the leaves. (結局のところ、もともとの(論文の)研究者がトウモロコシの雄花をトウワタの葉に実験室でふりかけたとき、雄蕊の花糸やはじけた花粉嚢と他の花の部分も葉に降り注いでいた。) Subsequent research found that it was these other floral parts, not the pollen, that contained Bt toxin in high consentrations. (引き続き行われた研究は、Bt毒素を高濃度で含んでいたのは、花粉ではなく、これらの他の花の部分であることを明らかにした。) Unlike pollen, these floral parts would not be carried by the wind to neighboring milkweed plants when shed under natural field conditions. (花粉とは異なり、これらの花の部分は自然な圃場の環境下で落下した場合、風により隣接するトウワタの植物体に運ばれない。)このようにこの論文の評価はほぼ定まっている。