常磐線では当駅以南が直流電化、水戸寄りの隣駅である藤代駅以北が交流電化と電化方式が異なっている。これは茨城県石岡市柿岡にある気象庁地磁気観測所の観測への影響を防ぐためである。当駅 - 藤代駅間には直流区間と交流区間の境界であるデッドセクションがあり、ここで直流と交流の切り替えが行われる。かつての特急「ひたち」・「スーパーひたち」・「フレッシュひたち」の651系・485系および特急「みちのく」や寝台特急「ゆうづる」の583系、中距離電車の401・403・415系では、デッドセクション通過時にいったん客室内の照明が消え、空調も停止していた。当初は各駅停車も当駅までの終日運転とする予定だったが、後に天王台駅を正式な快速停車駅として各駅停車の運転は我孫子以南を基本としたため、各駅停車の当駅着発は朝夕時間帯に限定されている。なお当駅は、北関東の3県の駅では唯一地下鉄直通電車が停車する駅である。2016年3月26日からはJR東日本、東京メトロ、小田急の3社直通列車には新たにJR東日本と小田急電鉄の車両も使用されるようになり、常磐緩行線を経由して千代田線代々木上原以西の直通先、小田急電鉄所属の4000形が入線する運用も設定されるようになった。2019年3月時点で現在の当駅発の最長運用は小田急小田原線伊勢原駅までである。また、当駅は茨城県の駅としては唯一、東京地下鉄以外の関東の大手私鉄の車両が乗り入れる駅となる。当駅以北で運行トラブルがあった場合、まれに上り普通列車が当駅止まり・下り普通列車が当駅始発となることがある。ただしそのまま折り返しが出来ないため（4番線から一度土浦方の引込み線を使用し5番線に入線すれば理論的には可能ではある。2013年12月7日から8日にかけて実施された利根川橋梁の線路切り替え工事には、実際に当駅で土浦方面への折り返し運転を行い、4番線到着→引き上げ線へ入線→5番線入線という形式で折り返した）、一度我孫子駅まで回送する。これらの事情も絡み、我孫子駅が使用不能の場合は土浦駅から動けない状態に陥ってしまうことがしばしばある。
12月20日、ガードフィッシュは3回目の哨戒でトラック諸島方面に向かった。ウェーク島、タオンギ環礁、エニウェトク環礁近海を抜けて1943年1月1日にトラック北方海域に到着し、一週間の間哨戒を行うこととなった。しかし戦果は挙がらず、1月10日から哨区をニューアイルランド島北方海域に移すこととした。1月12日夜、ガードフィッシュは南緯02度51分 東経149度43分のニューアイルランド島近海でレーダーにより目標を探知し、浮上したまま接近して確認すると「初春型駆逐艦」であると推定された。日付が1月13日になろうとする頃に魚雷を3本発射し、2本目の魚雷が命中して目標は爆発。この攻撃で第一号哨戒艇を撃沈した。1月20日からはニューアイルランド島南方海域での哨戒に移る。1月22日未明、ラバウルにいたる交通路を哨戒していたガードフィッシュは、南緯03度55分 東経152度07分の地点で8,000トン級輸送船と護衛の駆潜艇を発見する。駆潜艇に向けて発射された1本の魚雷は外れたが、輸送船に対して発射された3本の魚雷のうち1本は命中し、目標からは蒸気と煙が高く立ち上った。この戦果は戦後になって、「4,000トン級輸送船1隻撃沈」と下方修正された。翌1月23日未明にも南緯03度42分 東経15度55分の地点で2隻の小型艦艇に護衛された大型輸送船を発見するが攻撃位置を取れず、浮上して捜索を続けた所、夕方になって南緯02度47分 東経150度38分の地点で「朝潮型駆逐艦」を発見して魚雷を3本発射。魚雷は駆逐艦羽風に向かっていき、2本目まではかわされたが、3本目の魚雷が命中して羽風を撃沈した。1月28日にはシンプソン湾口で輸送船団を発見したが、護衛艦に阻止され攻撃はならなかった。ガードフィッシュはウェワク方面を短期間哨戒した後、ヴィティアス海峡を経由して南に向かった。2月15日、ガードフィッシュは56日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。3月9日、ガードフィッシュは4回目の哨戒でビスマルク諸島方面に向かった。ニューアイルランド島とニューブリテン島近海を巡り、日本艦船が多いと思われるコースを哨戒。病院船や駆逐艦、潜水艦を発見したが、結局この哨戒では戦果を挙げることはなかった。4月18日には南緯02度30分 東経149度41分の地点で病院船亜米利加丸（大阪商船、6,070トン）を目撃。4月30日、ガードフィッシュは52日間の行動を終えてブリスベンに帰投。艦長がノーヴェル・G・ワード少佐（アナポリス1935年組）に代わった。5月25日、ガードフィッシュは5回目の哨戒でビスマルク諸島方面に向かった。前回とほぼ同様のコースをたどり、6月1日には南緯05度26分 東経152度19分の地点で日の丸を描いた日本潜水艦の姿を目撃するが、14,000ヤード（約13キロ）離れた先にいたため、見るだけに終わった。6月13日未明、ガードフィッシュは 南緯03度14分 東経151度31分のニューブリテン島北西海域で、レーダーにより目標を探知する。目標は2隻の護衛艦を配し、南に向かっていた。明け方近くになり魚雷を4本発射し、1本が目標である7,000トン級輸送船に命中したと判断される。潜望鏡深度に戻して観測すると、目標は魚雷命中により重油を流出させていた。航空機とサンパンをやり過ごした後、午後に入って南緯03度07分 東経151度24分あるいは南緯03度00分 東経151度18分の地点で「4,000トン級輸送船」と目された輸送船鈴谷丸（北日本汽船、901トン）を発見。魚雷を2本発射し、2本目の魚雷が命中して鈴谷丸を撃沈した。6月19日未明、ガードフィッシュはのアドミラルティ諸島近海で輸送船団を発見する。しかし、攻撃を仕掛ける前に第22号駆潜艇の爆雷攻撃を受け、ソナーが破棄されたりボルトが緩むなどの損傷を受けたが、修理の上哨戒を続けた。7月8日、ガードフィッシュはブリスベンに針路を向けて航行を開始し、7月14日にはツラギ島に寄港。8月2日、ガードフィッシュは70日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。