1950年の物理学賞は、「写真による原子核崩壊過程の研究方法の開発およびその方法による諸中間子の発見」に対してセシル・パウエルに授与された。しかし、パウエルの研究チームの主たる研究者はブラジルの物理学者セザーレ・ラッテスであり、パイ中間子の発見を報告する『ネイチャー』記載の第一筆者もレッテスだった。ラッテスはパウエルが使用する原子核乳剤の改良を一人で行っていた。コダック社に乳剤にホウ素を追加するよう依頼し、それによりラッテスは1947年にパイ中間子の検出に成功した。これがノーベル賞の授与につながったが、受賞したのは研究グループの責任者のパウエルのみだった。ラッテスはパイ中間子の質量を計算し、アメリカの物理学者ユージン・ガードナーと共に、シンクロトロンによる原子の衝突により生成されたパイ中間子を検出した。
1956年の物理学賞は、「半導体の研究およびトランジスタ効果の発見」に対してジョン・バーディーン、ウォルター・ブラッテン、ウィリアム・ショックレーに授与された。しかし、委員会は先行する特許出願が多数あることを認識していなかった。1928年にユリウス・エドガー・リリエンフェルトは、いくつかのタイプのトランジスタの特許を取得した。1934年、ドイツの物理学者オスカー・ハイルは電界効果トランジスタ(FFT)の特許を出願した。リリエンフェルトやハイルが特許を出願した装置を実際に製作したかどうかは不明だが、これらの特許の存在が、後の開発者に対し重要な特許問題を引き起こした。さらに、ウェスティングハウスパリのヘルベルト・マタレとハインリッヒ・ベルカーが、1948年に少数キャリア注入プロセスに基づくアンプの特許を申請した。マタレは、第二次世界大戦中にドイツのレーダー機器用のゲルマニウムダイオードの製造時に最初に相互コンダクタンスの影響を観測した。ショックレーの受賞は、それが彼の会社内での地位と自己宣伝の努力の結果であったことから、論争となった。ショックレーがブラッテンとバーディーンに提示したオリジナルの設計はうまくいかなかった。ショックレーが受賞者となっているのは、エレクトロニクス革命の基礎となったジャンクショントランジスタの開発に起因している。ショックレーは、たとえそのアイデアがブラティテンとバルディーンによるのものであったとしても、このプロセスから得られる収益から彼らを除外した。ショックレーに関しては、優生学を彼が支持していることも論争となった。彼はこのトピックに関する出版物を自身の業績の最も重要な作品と見なしていた。
1957年の物理学賞は、パリティ対称性の破れについての研究により李政道と楊振寧が受賞した。2人の理論は中国出身の女性物理学者呉健雄により1956年に実証され、それにより1957年のノーベル物理学賞受賞につながったが、呉は受賞対象に入っていなかった。呉は1978年に第1回ウルフ賞物理学部門を受賞し、1997年に亡くなったが、死ぬまでノーベル賞は受賞できなかった。呉の著書『Beta Decay』（1965年）は、現在でも原子核物理学の標準的な参考書となっている。
1969年の物理学賞は、「素粒子の分類およびその相互作用に関する貢献と発見（クォークの存在を前提とした）」に対してマレー・ゲルマンに授与された。カリフォルニア工科大学の博士課程の学生であったジョージ・ツワイクは、クォークと本質的に同じものである「エース」(aces)の物理的存在を独自に信じていた。残念ながら、ツワイクは査読論文誌に研究成果を発表していなかったが、彼の研究はCERNのプレプリントとして広く利用できた。イスラエルの物理学者ユヴァル・ネーマンは、1962年にゲルマンとは独立にSU(3)フレーバー対称性によるハドロンの分類を発表しており、自身のクォークモデルに対して物理学賞を受賞できなかったのは不当だと感じている。
ゲームと同様、ギラ系呪文が閃熱呪文で、火炎を発するメラ系呪文と差別化されていたり、ラリホーが「ある程度のレベルのものには効きにくい」とされるなどゲームに忠実な設定がある一方で、ゲームとは呪文の力関係や威力の設定が幾つか変更されている。例えば、ゲームでは終盤に登場するメラゾーマを見習い魔法使いだったポップが使いこなし、かと思えば中級呪文であるベギラマを使えないなどといった描写がある。メラゾーマはゲームでは敵1体に特大ダメージを与えるという特に対単体、ボス戦で有効な呪文だったが、本作ではベギラマより威力で劣るような描写が目立つ。また、イオナズンよりベギラゴンの方が評価が高い等、全体的にギラ系の優遇が目立つ。これについて原作者の三条陸が「ドラゴンクエストシリーズ皆勤であるギラ系に敬意を表したため」と発言している。さらに、同じ呪文でも術者の魔法力のレベルによって威力が大きく異なる。例えば、バーンとの初対戦時にバーンのメラがポップのメラゾーマより威力が大きかったり、キルバーンの殺しの罠「◇の9」（ダイヤ・ナイン）に対し、ポップのヒャダルコは内側から火炎の落下を支えていたが、レオナのヒャダルコは炎の壁にあっさり弾かれるといった実例が挙げられる。この現象は、本家シリーズの『VIII』や『ジョーカー』で、かしこさ（『IX』よりこうげき魔力とかいふく魔力）の値によって攻撃呪文の威力が変動するといった形で採用されている。もう一つ原作との大きな違いは、魔法を無効化・回避する表現があること。無効化は同等の呪文もしくは反属性の呪文の使用、または同程度の威力を持つ技などで相殺することが出来る。作中でも初期から終盤まで多用された表現である。最終決戦でのポップは少し特殊で、バーンのカイザーフェニックスに対し、呪文そのものに魔法力で干渉して無効化する描写がある。また単純に体術を使ったりルーラによる瞬間移動での回避表現も多い。攻撃呪文のみならず、後述のマホトーンのように補助呪文を物理的に回避する描写も見られる。番外編・勇者アバンでは、動きを封じた後にメラゾーマを使うなど、呪文の弾速や特性を生かした戦闘を繰り広げている。威力と属性しか考慮されないゲームと違い、漫画という媒体を生かした表現となっている。攻撃呪文の回避については後に盾や武器によって無効化する効果が追加されている。