この事故により酒田 - 鶴岡間が一時不通になった。この区間は日本海縦貫線の一部を構成しているため、寝台特急「あけぼの」「日本海」「トワイライトエクスプレス」が全区間運休。貨物列車も一部区間運休や東北本線、東海道本線経由に輸送ルートが変更になるなどし、広範囲に影響が出た。昼行特急列車、普通列車も一部区間でバス代行輸送を行い、陸羽西線直通の列車は同線内のみの運行になった。現場周辺の暴風雪により、被害者の捜索や事故車両の撤去は年を越した2006年1月1日まで掛かった。事故発生以来鶴岡 - 酒田間が不通となっていたが、その後復旧工事が完了し、1月21日の大学入試センター試験にも配慮して1月19日より運行が再開された。事故現場付近は45km/h以下での徐行運行が続けられていたが、2006年11月30日に事故現場の前後2.3km区間に亘る恒久的な防風柵の設置工事が完了。その後は平常運行に戻っている。事故車両については大破しているものの、捜査資料として警察から証拠物件の保全命令が出されていた。捜査の終了により全車が2007年3月31日付で廃車となった。なお車両補充のため、青森車両センターから新潟車両センターへ2006年度中に同型車4両が転属している。
乗客として乗り合わせた新潟県の見附市消防本部の消防士や、JR東日本新潟支社の社員が、自らが腰や背骨に全治数か月にもなる重傷を負いながらも救助活動を行い、動けない人に声を掛けて励ましていた。当初、乗客の目撃情報から、秋田県内在住の母子2名が車内に閉じ込められたままだと報道されていたが、その母子は事故発生現場よりも70km以上手前の羽後本荘駅で下車しており、無事だったことが数日後に判明している。
事故発生直後から、地元の酒田地区消防組合を主として山形県庄内地方から鶴岡市消防本部、最上地方から最上広域消防本部、村山地方から天童市消防本部、尾花沢市消防本部、西村山広域行政事務組合消防本部、東根市消防本部、村山市消防本部、山形市消防本部の特別救助隊などが山形県消防広域応援隊として出動し、山形県警察からも機動隊が出動し、横殴りの地吹雪の中、各機関が協力し不眠不休で救助活動に当たった。翌26日午後からは山形県消防広域応援隊として置賜地方の消防本部や山形県消防防災航空隊も参加し、山形県内の全14消防本部から救助隊・救急隊・指揮隊など各部隊が総動員された。山形県警の要請で宮城県警察機動隊も出動し28日以降に活動を行った。
この事故では、山形県酒田市の山形県立日本海病院の対応が早かった。日本海病院では、この年の12月3日に有事を想定した対処訓練を行ったばかりであり、この訓練が、半月後に発生した事故の現場で役に立った。日本海病院は事故発生の一報を受けると、速やかに救急医療センター副センター長と看護師からなる医療チームを事故現場に派遣した。21時前に現場に到着すると、救助隊とともに、一人がやっと入れるほどの狭い救助現場に入り、要救助者に対して点滴の投与などの治療を行い、レスキュー隊に対し医学的なアドバイスを行った。これにより、クラッシュ症候群などを防ぐことが出来、死者の増加および救助者の後遺症を食い止めることが出来た。日本海病院内でも、全医師を緊急招集し、救助者が到着するまでの間に首提げのトリアージ・タッグ（名前・症状・加療の状況などを一覧できるボード）を大量に用意するなど、初動は迅速であった。庄内余目病院など、救助者が搬送された他の病院においても、救急救命士など救急隊員と病院との話し合い・研修が他の地域に比べて盛んに行われており、救急隊員と医師との連携も密になっていた。
事故の原因については航空・鉄道事故調査委員会によって調査が続けられ、2008年4月2日に報告書が公表された。脱線原因として瞬間風速40メートル程度の局所的な突風で車両が傾いたと結論づけた。そして、予見はほぼ不可能であり、事故は避けられなかったものとした。そして、今後の対策として気象庁や鉄道事業者や行政等の連携や観測網の強化などで実効性のある対策が必要との所見を述べた。このほかに当時の状況や関係者の証言などから、以下の点について議論されている。
小泉八雲の怪談「雪おんな」は、英語版の序文によれば武蔵国西多摩郡調布村の百姓が語った土地の古い言い伝えとされる。物語の中に出てくる渡し船は、多摩川のもので、調布橋の下流にあった千ヶ瀬の渡しに比定されるとして、千ヶ瀬町の調布橋のたもとには、2002年3月10日、「雪おんな縁の地」の碑が設置された。
1960年代にモータリゼーションの発達に伴う諸問題を解決すべく計画された新交通システム計画の一つとして通商産業省と機械振興協会が中心となり構想を発表。1970年に開催された日本万国博覧会の自動車館で展示されたコンピューター制御の2人乗り電気自動車を用いた未来の都市交通の可能性を表した「交通ゲーム」システムを発展させる形で開発に着手。全体を石井威望、車両を井口雅一、ガイドウェイを越正毅が取りまとめ民間企業に委託し三菱自動車・三菱重工業・東洋工業が車両、東芝・日立製作所・富士通・住友電工・日本電気が通信やシステム、新日本製鐵がガイドウェイを担当した。運輸省の新交通システムの分類では「個別輸送システム」として扱われた。1971年東京モーターショーにて東京銀座を1/20スケールで再現したジオラマの上をコンピュータ制御された60台の模型自動車が走行するデモンストレーション展示を経て、同年後半より実規模実験計画へ移行。1973年8月から1976年6月にかけては東村山の通産省機械試験所跡地に全長4.8kmに及ぶ実験線を設けて総合実験を実施。内側メンテナンスエリアでの低速実験を皮切りに1974年1月に2kmの外周部「スーパーウェイ」にて高速実験に着手、実物大のCVS車両100台をコンピュータ制御により時速60km・1秒間隔での安全走行実験に成功している。1975年に開催された沖縄国際海洋博覧会では1.6kmの周回コースに停留所5か所を設け16台の車両で会場内のアクセスを担った。その後はオイルショックに伴う経済性の重視からコストのかさむ無人運転の新交通システムは需要の見込める地域に列車編成を設ける形で開発される事となり、本システムで培われた技術は軌道輸送型の新交通システムや自動車の電子制御サスペンションに用いられた。