NHKは放送法によって広告放送で収入を得ることが禁じられているが、特定企業を宣伝しているかのような内容の番組が放送されているとの批判がある。その代表格であった『プロジェクトX〜挑戦者たち〜』では、2004年に開催したイベント「プロジェクトX21」でNHKが番組で取り上げた企業に資料の提供と「協賛金」を要請したと報じられた。このほか土曜ドラマ『ハゲタカ』を東宝と映画化して展開する、インターネットでの有料配信「NHKオンデマンド」を始めるなど、受信料外収入以外にも収入があることが明らかになっている。なお、フランス、イギリス、アメリカ合衆国、韓国、ドイツなどの日本国外の公共放送では広告収入は認められている。
1973年、朝日新聞記者の本多勝一が『NHK受信料拒否の論理』を発表し、視聴者が視聴するかしないかを問わずに一方的に料金を先払いで徴収すること、NHKの無責任な組織体質、無責任などを指摘したうえで、公共放送としてのNHKを改善するためには受信料拒否という方法があると主張した。2000年代以降、相次ぐNHKの不祥事で受信料の不払いが増加していることから、今後の受信料のあり方について、国会や与野党、総務省などで議論されている。他方、2006年にNHKは受信料未払い問題に対して簡易裁判所に対する支払督促の申し立てを行っており、未契約者に対しても民事訴訟をできるだけ速やかに実施すると発表している。ただしこれについては、「不適切なやり方ではないか」という見方もある。
2013年12月23日、天皇陛下80歳の誕生日にあたりお言葉が発表され、NHKはお言葉を編集した上で放送した。この件に関して、NHKは憲法改正を進める安倍政権に配慮して、憲法に関する部分を恣意的に削除して放送していると批判された。
2009年5月、東京・赤坂のアメリカ軍基地・『赤坂プレスセンター』の敷地の一部をNHKが保有し、40年以上も国に対し賃借してきたことが判明した。歴史的経緯によるものとされるが、報道機関、さらにはNHKそのものの中立性との整合性の面で、論議となっている。
籾井勝人会長（当時）は、2017年の1月19日に行われた任期最後の記者会見において、NHKと政府の癒着関係の一つや二つはあるという趣旨の発言をした。
NHKエンタープライズをはじめとしてNHKには子会社・公益法人・関連会社が存在する。そのいくつかはNHK本体が営利活動が禁止されているため、営利活動を行うための「抜け道」として営利活動を行っているとして批判もある上に、本体を退職した元社員の天下り先となっているという指摘もある。
NHKでは退職者向けの企業年金制度を運営しており、勤務年月などでことなるものの平均月12万円（2008年時点）とされている。しかし2006年度に年金積み立て必要額算定のための利率（割引率）を従来4.5%としていたものを2007年度では市場実勢に合わせた2.5%に引き下げたところ積み立て不足は前年度比2.4倍の2700億円に及び、さらに2008年度では約3300億円に増大、同時点での積立額約3000億円を超える事態にまで発展している。この問題に対してNHK側では15年計画で償却を進めているが、関係筋によると2007年度に約100億円、2008年度には約120億円が放送受信料収入から補填されているという。また労働組合側には確定拠出型年金への移行か確定給付型の維持を条件に現役職員への給付額を引き下げる意向を示したが、職員側からはOBの優雅な生活のためのツケをなぜ現職がとする不満の声も上がっているという。
NHKの人事制度には「役職定年制度」がある。これは「一定以上のポストについた場合」「54〜57歳でその役職としての定年を迎える」というものである。その後は地位を維持したまま嘱託職となるほか、転籍した上でNHKエンタープライズやNHK出版、NHKテクニカルサービスなど関連団体へ“天下る”ことが多い。最長で65歳まで勤めることができるが、60歳以降については、一般の嘱託職扱いとなり、ポストも変わるケースが大半である。アナウンサーの場合は、57歳が役職定年に当たり、この年齢に達するとアナウンスの一線を退くことになる。宮本隆治のように定年でNHKを退職する者や、松平定知のように定年後も嘱託として勤務を続けた者、あるいは完全に嘱託での定年（65歳）を超えてもなおシニアスタッフ（事実上専属的に番組出演契約を結ぶ）や日本語センターに転籍してアナウンサーの活動を続ける者もいる。法令の改正により、60歳が事実上の定年となっている。この制度は子会社整理と絡み、次期経営計画で見直しの対象となっている。
この決定に従って、直ちに独立の商社を設立すべきか、あるいは既存の旧連系会社に寄生させるべきか、検討が重ねられたが、住友土地工務社長の竹腰健造が戦後の事業転換方策の1つとして、同社の土木建築部の知識経験を活用して、復興建設などに必要な土木建築用資材の販売を行いたいということを住友本社に提案していた。同社は住友各社の本拠である住友ビルのほか、大阪北港地域に広大な土地を所有しており、資産内容も良好であったため、住友土地工務の中に商事部門を併設する案が急速に浮かび上がった。昭和20年11月7日、住友本社の解体が決定した同じ日に、住友土地工務の臨時取締役会が開かれ、定款に商事活動を可能にする「土木建築用資材其の他各種製品の販売」が事業目的として加えられた。GHQの財閥解体命令で「住友」の商号が禁止されたため、社名も日本建設産業株式会社と改められ、横すべりで竹腰がひとまず社長に就任した。ここにおいて、四半世紀ものあいだ住友では、タブーとなっていた商事活動の最初の第一歩を踏出したのである。