渡部昇一によれば、政治家としての評価は低い東條も、軍事官僚としては抜群であったという。強姦、略奪禁止などの軍規・風紀遵守に厳しく、違反した兵士は容赦なく軍法会議にかけたという。ただし、場合によっては暴虐ともとれる判断であっても、厳しく処罰していない事例もある。例えば、陽高に突入した兵団は、ゲリラ兵が多く混ざっていると思える集団と対峙して強硬な抵抗に遭い、実際にかなりの死傷者が出た。ところが、日本軍が占領してみると降伏兵は全くいなかった。その際、日本軍は、場内の住民の男性をすべて狩り出し、戦闘に参加したか否かを取り調べもせずに全員縛り上げたうえ処刑してしまった。その数350人ともいわれる。しかし、この事件に対して東條は誰も処分していない。この事件が東京裁判で東條の戦犯容疑として取り上げられなかったのは連合国側の証人として出廷し東條らを追い詰めた田中隆吉が参謀長として参戦していたからだろうと秦郁彦は推察している。
東條英機は自らが陸軍大臣だった時代、陸軍に対して靖国神社合祀のための上申を、戦死者または戦傷死者など戦役勤務に直接起因して死亡したものに限るという通達を出していたが、彼自身のかつての通達とは関係なく刑死するなどした東京裁判の戦犯14名の合祀は、1966年（昭和41年）、旧厚生省（現厚生労働省）が「祭神名票」を靖国神社側に送り、1970年（昭和45年）の靖国神社崇敬者総代会で決定され、靖国神社は1978年（昭和53年）にこれらを合祀した。
絞首刑後、東條らの遺体は遺族に返還されることなく、いったん川崎市の米軍基地に車を入れた後、午前7時半、横浜市西区久保町の久保山火葬場に到着し、火葬された遺骨は粉砕され、遺灰と共に航空機によって太平洋に投棄された。小磯國昭の弁護士を務めた三文字正平と久保山火葬場の近隣にある興禅寺住職の市川伊雄は、遺骨の奪還を計画した。同年12月26日の深夜、三文字らは火葬場職員の手引きで忍び込み、残灰置場に捨てられた7人分の遺灰と遺骨の小さな欠片を回収した。回収された遺骨は全部で骨壷一つ分程で、熱海市伊豆山の興亜観音に運ばれ隠された。1958年（昭和33年）には墳墓の新造計画が持ち上がり、1960年（昭和35年）8月には、愛知県旧幡豆郡幡豆町（現西尾市）の三ヶ根山の山頂に改葬された。同地には現在、殉国七士廟が造営され、遺骨が祀られている。墓は雑司ヶ谷霊園にある。
1948年（昭和23年）12月23日午前零時1分、巣鴨拘置所（スガモプリズン）内において東條の死刑が執行された。64歳没。辞世の句は4首であり、「我ゆくも  またこの土地にかへり来ん  国に報ゆる  ことの足らねば」「さらばなり  苔の下にて  われ待たん 大和島根に  花薫るとき」「散る花も  落つる木の実も  心なき  さそうはただに  嵐のみかは」「今ははや  心にかかる  雲もなし  心豊かに  西へぞ急ぐ」
極東国際軍事裁判（東京裁判）の判決は、1948年（昭和23年）11月4日に言い渡しが始まり、11月12日に終了した。7人が死刑(絞首刑)、16人が終身刑、2人が有期禁固刑となった。東條は「真珠湾を不法攻撃し、アメリカ軍人と一般人を殺害した罪」で死刑(絞首刑)の判決を受けた。この判決について、東條をはじめ南京事件を抑えることができなかったとして訴因55で有罪・死刑となった広田・松井両被告を含め、東京裁判で死刑を宣告された7被告は全員がBC級戦争犯罪でも有罪となっていたのが特徴であった。これは「平和に対する罪」が事後法であって罪刑法定主義の原則に逸脱するのではないかとする批判に配慮するものであるとともに、BC級戦争犯罪を重視した結果であるとの指摘がある。なお、東條は、東京裁判の判決について、「この裁判は結局は政治裁判に終わった。勝者の裁判たるの性格は脱却せぬ」と遺書に書いている。
2006年8月10日、京都大学再生医科学研究所の山中伸弥らは、マウスの胚性線維芽細胞に4つの因子 (Oct3/4 ,Sox2, c-Myc, Klf4) を導入することでES細胞のように分化多能性を持つ人工多能性幹細胞（iPS細胞; induced pluripotent stem cells）が樹立できることを科学雑誌セルで発表した。2007年11月20日、山中らのチームはさらに研究を進め、ヒトの大人の細胞に4種類の遺伝子 (OCT3/4, SOX2, C-MYC, KLF4) を導入することで、ES細胞に似た人工多能性幹（iPS）細胞を作製する技術を開発、論文としてセル誌で発表し、世界的な注目を集めた。また同日、世界で初めてES細胞を作製したことで知られるウィスコンシン大学のジェームズ・トムソンらのグループもヒトの胎児の細胞に4種類の遺伝子 (OCT3/4, SOX2, NANOG, LIN28) を導入する方法でiPS細胞を作製する論文を発表した。この2チームはそれぞれ個別に研究していたが、奇しくも同様の研究成果を同じ日に発表するに至った。この2チームの研究成果は、大まかな細胞の作製方法こそ似ているが、導入した遺伝子が一部異なっている。ES細胞の作製時における倫理的問題や拒絶反応の問題を一挙に解決できるため、ES細胞に代わる細胞として大きな注目と期待を集めているが、iPS細胞の研究はES細胞の研究と密接に関連しており、ES細胞との比較研究が必須であるため、今後もES細胞の研究は必要であると考えられる。