政府の対応が遅れた事に対してブッシュ大統領自ら認めたが、大統領が休暇中のテキサスの牧場から声明を発表していたことなどもあって政府に対する非難は各方面から噴出した。Floyd （フロイド、1999年）では、300万人を避難させた連邦緊急事態管理庁（FEMA）であるが、元連邦緊急事態管理庁（FEMA）南部本部長は組織改編による指揮系統の不備と職員の士気低下を指摘している。被害の最もひどかったルイジアナ州では、州兵の3分の1をイラクに送り込んでいる。それにより州兵が不足し、救助活動や治安維持が遅れたのだとの非難がある。これに対し大統領は「被災地支援にもイラクにも、十分な兵士がいる」と反論した。また、被災した地域の住民の多くはアフリカン・アメリカンであり、人種差別や貧困といった問題が被害を大きくした要因だとされ、政府を批判する発言が相次いだ。その後、住民の不満を抑える意味も含め、ライス国務長官が出身地でもあるアラバマ州を訪問した。9月7日のCNNの調査では、「ブッシュ大統領の対応をどう評価するか」という質問に対して、「悪い」と答えた人が42%で、「良い」と答えた人の35%を上回った。また、その後行われた各機関による世論調査では、ブッシュ政権の支持率が過去最低の40%前後となった。また、被災後の対応は議員の間でも問題視され、超党派の上下両院合同委員会を設置して、連邦政府や地元自治体の対応の問題点を究明する事となった。さらに連邦緊急事態管理庁（FEMA）のブラウン局長に責任があるとして、解任すべきだという意見が高まり現地責任者からはずした。しかし、名目上は更迭ではなく「ワシントンで組織全体の指揮に戻す」としている。災害対応を担った国土安全保障省に移籍した22の機関は物理的にもマニュアル上も分散しており、埋まっていない上級職も多数存在した。これらの機関は同じ国土安全保障省の機関であるにも関わらず、組織改編前と変わらず意思疎通がされていなかった。また、国土安全保障省に税務局や入国管理局などを編入したことにより、FBIが国土安全保障省に対して対抗意識を持ち、両組織の協力に少なからず影響が出た。
同年12月、シャウミャンはロシア・ソビエト共和国人民委員会議からカフカース問題臨時委員およびバクー人民委員会議議長に任命された。このバクー・コミューンの政府はボリシェヴィキ、社会革命党左派、メンシェヴィキ、ダシュナク党の同盟から成っていた。1918年3月、現地の富豪であったハジ・ゼイナラブディン・タギエフの息子の葬儀に出席するため、ランカランから船に乗ったアゼルバイジャン兵の一団がバクーに到着した。コミューンは彼らを武装解除したが、それに反対する夥しい数の群衆がモスクに集結して抗議したため、コミューンは兵士から没収した武器を返還する決議を採択した。一方で現地の社会民主主義組織であるヒュンメトは、武器を自分たちの管理下に置くことによって争いの調停を試み、シャウミャンもこれに同意した。ところが、ムスリムの代表へコミューンが武器を受け渡す時刻である同月31日の午後にはすでに街中で銃撃が始まっていた。人民委員のアリョーシャ・ジャパリゼは武器の受け渡しを拒否し、ヒュンメトの指導者であったナリマン・ナリマノフに「ムスリム」が「政治的戦争」を始めた、と語った。最初の発砲者が何者だったかは明らかになっていないが、コミューンはムスリムを非難し、ダシュナク党の支援を得てムスリムの住居を攻撃した。後にシャウミャンはそれがボリシェヴィキが政敵を攻撃する口実であったと認めている。我々はあの要求を拒絶する必要があった。そして我々は騎兵部隊が攻撃を受けたことを奇貨として、前線全域で攻撃を開始した。チフリスやサリカミシュから駆け付けたカフカース軍の軍事革命委員会 (en) と現地のソビエトの応援によって、我々の軍勢は6000人まで増大した。ダシュナク党の3000人から4000人の軍勢も我々の指揮下にあった。このダシュナク党の参戦により紛争は内戦の様相を呈し、民族的な虐殺も発生した。しかしながら、これは避けようのないことだった。我々は意図的にそうしたのだ。今でこそ貧しいムスリムはボリシェヴィキとソビエトの側にあるが、彼らの苦しみは並大抵のものではなかった。およそ1万人のオスマンの軍勢に対して、ボリシェヴィキ側が保持していた軍隊はおよそ6000人のみで、彼らはムスリムのミュサヴァト党かアルメニア人のダシュナク党のいずれかに支援を求めることを余儀なくされた。そして、アルメニア人であるシャウミャンは後者を選んだ。シャウミャンは三月事件によってカフカースにおけるボリシェヴィキの勝利が決定付けられたと考えた。しかし、ボリシェヴィキの指導者がアゼルバイジャンのナショナリストに対抗してダシュナク党に支援を申し出たとき、この紛争はアルメニア人によるムスリムへの、所属政党や社会的、経済的地位を問わない殺戮に成り果ててしまった。この時にバクー一帯で虐殺されたムスリムとアゼルバイジャン人の数はおよそ3000人から1万2000人と推計されている 。4月初旬にコミューンの革命防衛委員会が発行した宣言では反乱の反ソビエト的側面が強調され、ミュサヴァト党とその指導者が非難された。この宣言はさらに、ミュサヴァト党がコミューンを打倒して自身の体制を確立するための陰謀を周到に練っていた、とも主張した。バクー・ソビエトの敵は鎌首をもたげている。彼らが労働者と兵士による革命的政府を見る時に抱く悪意と憎しみはついに溢れ出し、あからさまな反革命活動が始まった。タリシュハノフ (ru) によって率いられていることが明らかになったカフカース先住民騎兵師団の参謀の出現、ランカラン、ムガン (ru)、シャマヒでの出来事、ダゲスタンの連]によるペトロフスコエでの誘拐事件、バクーでの穀物の船積み許可の出し渋り、エリザヴェトポリとチフリスでの脅威、バクーへの反ソビエト進軍、アジカブル (Adzhikabul) でのザカフカース委員部の装甲列車の挑発行動、そして極め付きには船でバクーへ降り立ったカフカース先住民騎兵師団兵らが我が同志たちを射殺した暴虐……これらすべての反革命的犯罪計画は、ミュサヴァト党が中心となって組織化し、ソビエト権力打倒を目標として企てられたものである。そしてそれから半年と経たない9月、オスマン軍のヌーリ・キルリギル率いるイスラーム軍がバクーを占領し、アゼルバイジャン人による報復で1万人から2万人のアルメニア人が殺害された。この時、イギリス軍に支援を求めるかどうかを巡って、イギリス軍を歓迎するメンシェヴィキ、ダシナク党の二者と、イギリス軍の介入を拒否するボリシェヴィキが衝突した。シャウミャンはイギリス軍の支援を拒否するようにとモスクワから直接指令を受けていたが、イギリス軍の支援なしではアルメニア人が虐殺され続けるであろうということも理解していた。また、シャウミャンは駐バクー英国副領事であるラナルド・マクドネル少佐 (Ranald MacDonell) から委員長の地位を降りるよう説得もされた。