2001年10月8日、アメリカ同時多発テロ事件直後で厳戒な警備体制の敷かれる中、羽田空港で機内にナイフを持ち込もうとして身柄を拘束される。手荷物検査でナイフの所持が発覚したため、銃刀法違反の現行犯で警視庁東京空港警察署に逮捕された。その後の同署内での身体検査で覚醒剤を所持していることも発覚し、覚せい剤取締法違反で再逮捕された。これに対して、JRA裁定委員会は田原の調教師免許剥奪を審議。12月21日に田原に対する聴聞（弁明）機会を設けたが、田原は聴聞に現れず、同日付で調教師免許剥奪が決定した。6日後の12月27日、東京地裁で懲役2年・執行猶予3年の判決を受け、控訴は無く刑が確定。これを受けた2002年1月18日、JRA裁定委員会は、2017年1月18日までの間、当時最大であった15年間の競馬への関与を停止（トレーニングセンターなどへの立入禁止など）する処分を発表した。その後、2002年5月に自身の覚醒剤の経験を記した『いかれポンチ』を出版。一方で有料制の競馬予想ホームページを開設し、また雑誌『競馬最強の法則』でコラムを連載し、予想家・評論家として活動を続けていた。
卒業後の進路は普通科と実業系の専門学科を定員の半分ずつ抱えているということもあって多岐に渡る。年度にもよるが普通科は大学50〜60%、短大・専門学校30〜40%、就職約3〜5%、その他(浪人等)5〜10%となっている。一方、商業系学科は大学25〜35%、短大・専門学校35〜45%、就職20〜30%、その他5〜10%(同上)である。全体としてはおおよそ大学40〜50%、短大・専門学校30〜40%、就職10〜15%、その他5〜10%となっており、同校では学力強化のため、課外授業などを設けている。そのかいあってか近年では茨城大学などの国公立大学や中堅私立大学への合格者数が少しずつ増えてきている。また、筑波大学のような難関国公立大学合格者を出し、私立大学では早稲田大学や明治大学、立命館大学のような難関私立大学に合格者を出している。
運動部では、ソフトテニス部、弓道部などが強い。野球部は古くは強豪校として知られていた。1999年夏の選手権茨城県大会では準優勝、2001年秋の大会では県大会で準優勝、続く関東大会で8強入りするなど甲子園まであと一歩と迫った。また、陸上部は2005年度のインターハイに出場した実績がある。特に陸上部では2005年の総体において石塚祐輔が100m走と200m走の2種目において優勝し、全国制覇を果たしている。ソフトテニス部では2008年、2009年に東海大学・早稲田大学の井坂・牧野ペアが2年連続で県大会優勝し個人戦インターハイに出場、団体戦では2009年に46年ぶりの出場を果たした。
同校は土浦市と阿見町の境に位置し、国道125号沿いという立地条件もあって阿見町、美浦村、旧江戸崎町、旧桜川村、最も遠いところでは旧稲敷郡東村の中学校出身者もいて東方面には非常に通学範囲は広い。一方、東方面以外では北は石岡市、西方面はつくば市北西部、南方面は牛久市やつくば市南部と東方面に比べると通学範囲は狭い。
1946年（昭和21年）2月7日に土浦市大岩田の旧海軍第一航空廠第二工員寄宿舎を利用して旧制の土浦市立中学校として開校した。同年4月20日に第1回入学式を挙行し、1947年（昭和22年）9月9日に中高津の電気学校を買収して新校舎とした。1948年（昭和23年）4月1日、学制改革に伴い、土浦市立高等学校に改称し、併設中学校を付置した。この時商業科を設置し、翌1949年（昭和24年）に普通科を開設した。1951年（昭和26年）4月1日、茨城大学教育学部の校舎として利用されていた旧海軍航空隊適性部の建物に移転し、再び大岩田の地に戻った。翌1952年（昭和27年）4月1日に県立に移管し、茨城県立土浦第三高等学校と改称した。
明治40年代から昭和30年代にかけて、上流で伐採した丸太を河川を利用して中流域へ流す、木材の流送が道内屈指の規模で盛んに行われていた。1909年、穂別町（現むかわ町）から占冠村一帯の森林伐採が始まった。当時は、周辺に道路が存在しなかったため、上流で伐採した原木は川沿いに集積され、融雪期から秋期にかけて鵡川の水流を利用して当初は鵡川町まで、昭和5年からは穂別中島地区の網場（木材を川から引き上げ、富内線の貨車へ積み替える拠点）へ向けて流された。流送には、鉄砲堰やいかだ流し技術を有する越中（富山県）や東北地方からの技術者（季節労働者）が従事。技術者が穂別を訪れる春先、穂別を去る晩秋の頃には、穂別駅を利用する技術者のチッキ（荷物）が山のようになっていた。道内屈指の規模を有した鵡川の流送も、鵡川沿いの農地が拡大すると、橋梁や堤防を損壊することが問題視されはじめたこと、道路事情の改善されたことなどから1961年に幕を閉じた。往時の様子は、2016年現在、第33回を数える穂別地区の「流送祭り」として語り継がれている。