開通当時はみどりの窓口を省略した駅が多かった。東京開通時点では越中島駅・潮見駅・葛西臨海公園駅・市川塩浜駅 - 新習志野駅間・千葉みなと駅が該当した。そのためこれらの駅では100km超の乗車券が発売できず、「1,750円以上のきっぷは1,590円のきっぷをお求めになり着駅または車内で精算してください」と掲示されていた。その後設置されたものの、指定席券売機の導入により、みどりの窓口を廃止した駅も多い。東京駅・八丁堀駅・越中島駅の地下区間3駅と蘇我駅をのぞき、首都圏の多くの線区で導入されていたような発車メロディは長い間導入されず、電子ベルを使用している駅が多く存在していた。しかし、2004年6月14日に舞浜駅にディズニーのメロディが、2005年3月26日には海浜幕張駅に千葉ロッテマリーンズ応援歌のメロディなどご当地ソングが導入され、2006年8月25日には利用者の増加から、新浦安駅でテイチク製の発車メロディが導入された。その後、老朽化した放送機器の更新を兼ねて2007年3月10日（千葉みなと駅）から同年3月25日（潮見駅）にかけて、ほかの電子ベル使用駅についても順次発車メロディが導入され、すべての駅で導入されている。発車メロディの一部はこの路線でしか採用していないものもある。また、地下区間の3駅のコンコースやホームには、他駅とは異なる独自の案内サインが開業時より設置されている。ただし、近年は他駅と同様の標準タイプに変更されたものもみられる。ホーム番線は蘇我駅を除き下り線から1番線となっている。
東京湾岸を走ることにより、強風など気象条件に弱い。海岸沿いの高架線を走るため、海風の影響を強く受け、強風などの荒天の時は運転中止やダイヤの大幅な乱れに見舞われやすい。このため、沿線では強風対策を求める声が上がり、2007年に一部の高架橋の海側に風対策フェンスが設置された。さらに2010年、潮見駅 - 葛西臨海公園駅間の両側と二俣新町駅 - 南船橋駅間の海側で、新たな防風柵の設置工事を開始し、2012年10月31日から全面的に使用を開始している。JR東日本千葉支社によれば、防風柵設置後は、運転見合わせが設置前の約9割減となっている。ダイヤが乱れた時は武蔵野線との直通運転を中止し、同線用の8両編成（車体はオレンジ+茶帯）の電車が京葉線内の東京駅 - 西船橋駅間のみで運用され、赤帯のE233系10両編成なども西船橋駅まで運用されることがある。京葉線は周辺にほかの鉄道路線がないエリアを走行しているため、運転を見合わせると代替交通手段がなくなる。
東京駅 - 蘇我駅間には、総武本線・外房線との間に経路特定区間が設定されている。この区間を経由する場合は総武本線・外房線経由で運賃計算を行い、いずれの経路を経由することも（乗車券が101km以上、かつ東京近郊区間相互発着ではない場合は）経路上で途中下車をすることも可能である。また、電車大環状線通過の規定により、蘇我駅以遠（鎌取駅・浜野駅方面）と三河島駅以遠（南千住駅方面）・川口駅以遠（西川口駅方面）・北赤羽駅（浮間舟渡駅方面）・大久保駅以遠（東中野駅方面）のいずれかとの相互発着の場合は、本千葉駅・新小岩駅（外房線・総武本線）経由の上、錦糸町駅 - 秋葉原駅 - 日暮里駅・赤羽駅・新宿駅の経路で運賃を計算する（使用上は、京葉線を経由してもよい）。京葉線の東京駅ホームは東京駅と有楽町駅の中間に位置しており、そのため有楽町駅有人改札及び京葉線最寄り有人改札では同区間を駅外を通って乗り継ぐ場合に乗り継ぎ券を発行している。
2000年12月2日のダイヤ改正より、日本貨物鉄道（JR貨物）による貨物列車が西船橋駅 - 蘇我駅間で乗り入れを開始した。京葉臨海鉄道からの車扱貨物とコンテナ列車が乗り入れる。これらの列車は総武本線・新金貨物線経由で武蔵野線などを走っていたが、京葉線経由にシフトした結果、以前のルートより最大8時間35分短縮することができ、千葉方面から日本各地への貨物輸送の一層の効率化が図られた。電気機関車は高崎機関区のEH200形と新鶴見機関区のEF65形・EF210形、岡山機関区のEF210形が入線する。
前述の通り、沿線に東京ディズニーリゾートなどの観光施設を抱えていることから、最寄り駅の舞浜駅などに停車する東京駅発着の臨時列車が土曜・休日やゴールデンウィーク・夏休み・冬休みを中心に設定されることがある。常磐線日立方面からの「舞浜・東京ベイエリア号」や、東京駅 - 仙台駅間（武蔵野線・東北本線経由）で583系を使用した臨時夜行快速列車「ムーンライト仙台」・「ムーンライト東京」が運転されていた。「舞浜・東京ベイエリア号」は以前は「わくわく舞浜・東京号」・「ワンダーランド号」・「イクスピアリ号」として運行されていた。また、過去には強風や台風が接近した時に、京葉線の新木場行きが運行されたり、京葉快速が普段は停車しない、新習志野駅に停車したこともある。
全国のインディーズバンドを紹介し、ランキングの発表やライブのレポートを行なっている番組。毎年夏には、番組で取り上げたインディーズアーティストや番組出身の卒業生が出演するライブイベント「BreaK Out祭」が日本各地で行われており、1997年と1999年には最終公演が渋谷公会堂で、1998年には日本武道館で行なわれた。2000年には「BreakOut祭2000」と銘打ち大々的に参加バンドを募りweb投票が行われ、中間発表でBASILISK GLANCEが1位を獲得したが最終発表はなぜか行われずBreakOut祭2000自体がなかったかのようにスルーされた。1999年頃からはヴィジュアル系ブームの沈静と共にメロコアバンドを中心に取り扱うようになり、また、2000年にはギターポップ系中心の内容へとシフトしたものの、2001年末に番組自体が終了。番組の基本コンセプトは2002年4月放送開始の『ストリートファイターズ』へと受け継がれた。それから10年後の放送再開時には「復活」ではなく「新生」を掲げており、ロックやヴィジュアル系のみならず、声優やニコニコ動画などの動画サイトで活躍する歌い手なども積極的に採り上げている。各シーンで人気を呼ぶ男性アーティストや注目バンドを中心に採り上げ、最新の音楽情報も紹介する。当初は九州朝日放送を除くテレビ朝日系主要5局のみで放送していたが、第2期からはANNフルネット24局へ放送範囲が拡大している。2013年5月から11月まで、グリーの同名ゲームを原作とするコーナーアニメ「踊り子クリノッペ」を放送。現在、“甘めで、ゆるめで、きれいめで”をコンセプトとした若い男性たちを中心とした朗読コーナー「Candy Boy」が展開中。また、2015年9月から、コーナーをコンセプトとした「Candy Boy CAFE」が原宿にオープンしている。