1307年10月13日に、フランスに呼び出したテンプル騎士団総長ジャック・ド・モレーを含むフランスにおけるテンプル騎士団のメンバーを一斉に逮捕した。拷問による異端審問を行った後、教皇クレメンス5世に働きかけ、テンプル騎士団を解散させ、フランス国内の資産を没収した。1314年にはモレーら騎士団の最高幹部を異端として火刑にした。テンプル騎士団の解体は、フランスなど各地に広大な所領と権力を持つ汎ヨーロッパ的な騎士団の存在が中央集権を目指す王権の障害になっていたほか、騎士団の資産とその金融システムの獲得が目的だったといわれる。火刑の際、モレーはフィリップ4世と教皇クレメンス5世に呪いの言葉を発したといわれる。同年、フィリップ4世は狩りの最中に脳梗塞で倒れ、数週間後に生誕地のフォンテーヌブロー宮殿で世を去った。同年にはクレメンス5世も死去している。遺体はサン＝ドニ大聖堂に埋葬されている。
ボルドーの大司教であった新教皇クレメンス5世は、当初からフィリップ4世の強い影響下にあり、その登位もフィリップが臨席した上でリヨンにおいて行われた。クレメンス5世は、一度もローマに入ることなく1309年、ローマ教皇庁をフランス南東部のアヴィニョンに遷した（アヴィニョン教皇庁）。アヴィニョンは当時ナポリ王国の所有する都市であったが、フランスの強い影響下にあり、これを歴史上「アヴィニョン捕囚」と呼んでいる。以後、約70年間、教皇庁はアヴィニョンにあって、教皇権はフランス王の強い影響の下に置かれることとなった。
戦費調達のための教会課税は、教皇至上主義を掲げるローマ教皇ボニファティウス8世との激しい対立をもたらした。敬虔なキリスト教国フランスは教皇庁にとって収入源として重要な地位を占めていたため、教会課税は教皇にとって大きな痛手だったのである。そのためボニファティウス8世は、1300年を「聖年」に定めて盛大な祭典を挙行し、全聖職者のローマ巡礼を強制して死後の天国行きを確約した。そのため、ローマは何万という巡礼者であふれかえった。さらにボニファティウス8世は、1302年に「ウナム・サンクタム（唯一聖なる）」という教皇回勅を発し、教皇の権威は他のあらゆる地上の権力に優越すると宣し、さらにフィリップ4世に対し教皇の命に従うよう促した。1302年、フィリップ4世は国内の支持を得るために、聖職者・貴族・市民の3身分からなる「三部会」と呼ばれる議会をパリのノートルダム大聖堂に設け、フランスの国益を宣伝して支持を求めた。人びとのフランス人意識は高まり、フィリップ4世は汎ヨーロッパ的な価値観を強要する教皇に対して、国内世論を味方につけた。これに対し、怒ったボニファティウス8世はフィリップ4世を破門し、フィリップ側も悪徳教皇弾劾の公会議を開くよう求めて、両者は決裂した。1303年、フィリップ4世は、腹心のレジスト（法曹官僚）ギヨーム・ド・ノガレに命じ、教皇の捕縛を謀った。ノガレの両親はかつて異端審問裁判で火刑に処せられていたため復讐に燃えており、教皇の政敵で財産没収と国外追放の刑を受けていたコロンナ家の一族と結託して、ローマ市南東方の教皇離宮所在地のアナーニを襲撃した（アナーニ事件）。ノガレとシアラ・コロンナは、教皇御座所に侵入し、ボニファティウス8世を「異端者」と面罵して退位を迫り、弾劾の公会議に出席するよう求めた。教皇捕縛には失敗したが、辱められたボニファティウス8世は憤死し、1305年、フィリップ4世は次の教皇にフランス出身のクレメンス5世を擁立した。
最大の目標であった第118回天皇賞（秋）であったが、特殊なコース形態である東京2000mのコースで行われるため、一般に特に逃げ馬には外枠不利とされており、また同じ逃げ馬サイレントハンターが出走登録したこともあって同馬にとっては枠順が唯一の課題となっていた。抽選の結果は絶好の最内1番枠からの発走となった。『平成10年11月1日東京11レース1枠1番1番人気』の“1並び”であった。顔ぶれは、前年の優勝馬であり宝塚記念で下したエアグルーヴがエリザベス女王杯に回り、毎日王冠で下したエルコンドルパサー・グラスワンダーは外国産馬のため当時の天皇賞への出走資格はなく、強力なライバルは不在であった。さらに同馬得意の左回り、サイレンススズカの適正距離とされていた2000mということで、単勝1.2倍の圧倒的1番人気に支持された。また、このレース後には距離への挑戦も含めてジャパンカップへ参戦し、翌年はアメリカへ遠征するプランが発表されていた。レース前、多くのTVや競馬紙も上記の有利な条件も踏まえて、サイレンススズカが負ける要素を探したものの、アクシデントがない限りサイレンススズカは負けないという意見が大勢を占めた。さらに武はレース前に同日放送されたNHKのインタビュアーからの「オーバーペースにならないように？」との問いに対し「いや、（普通の馬にとっての）オーバーペースで逃げますよ」と堂々と宣言していた。デビュー以来最高といっていい状態で出走した（武、担当厩務員が口をそろえて「あの時（最後のレースとなった天皇賞（秋））が一番具合がよかった」と語っている）サイレンススズカは抜群のスタートで快調に飛ばし、2ハロン目から急に加速して後続を突き放すと、前走を上回る1000m57秒4の超ハイペースで大逃げをうった。競りかける馬はサイレントハンターも含めて1頭もおらず3コーナー手前では2番手に10馬身、さらにそこから3番手までが5馬身と後続を大きく引き離し、テレビの中継カメラは目いっぱい引かなければすべての出走馬を映し切れないほどであり、ターフビジョンやスタンドの屋根までも画面に入り込むほどズームアウトされている。この時点で二番手サイレントハンターとは約2秒差、最後方ローゼンカバリーとは6秒ほどの差となっていた（『サイレンススズカ スピードの向こう側へ』より）。しかし、3コーナーの辺りを過ぎたところで突然の失速。左前脚の手根骨粉砕骨折を発症したため、競走を中止した。結局予後不良と診断され安楽死の処置がとられた。