党大会は党（中央組織）の最高機関である（詳細は「日本共産党大会」を参照）。原則として2年から3年に1回開くが、特別な事情のもとでは、中央委員会の決定によって、党大会の招集を延期することができる。また、中央委員会の決議や3分の1以上の都道府県党組織の要求によって臨時党大会をひらくこともできる（第19条）。党大会は都道府県党会議の選出する代議員と党大会を召集した中央委員会構成員（前回大会が選出）からなる。党規約第20条は党大会のおこなうことを、（1）中央委員会報告の確認、（2）中央委員会の提案議案の審議・決定、（3）綱領・規約の改正、（4）中央委員の選出、の4項目に定式化している（要旨）。中央委員会は、党大会からつぎの党大会までの党の指導機関である（詳細は「日本共産党中央委員会」を参照）。党大会決定の実行に責任をおい、対外的に党を代表し、全党を指導する。現在は計200名弱の中央委員と准中央委員から構成されている。任務は規約第21条が、（1）対外代表と全党指導、（2）中央機関紙、（3）国際・全国的問題、（4）方針と政策の徹底と実践、（5）理論活動（科学的社会主義）、（6）幹部政策、（7）地方党組織への助言、（8）財政の8カ条に定式化している（要旨）。中央委員と准中央委員はどちらも党大会で選挙によって選出される。その際、中央委員会は候補者を推薦する。代議員（選挙人）も自由に候補者を自薦も含めて推薦することができるが、前例は少ない。2010年1月の第25回党大会では、中央委員会が候補者として中央委員162人、准中央委員35人を推薦し、投票の結果、163人の中央委員と35人の准中央委員が選出された。内部には権限の大きさと任務の内容にしたがって中央委員会総会、幹部会、常任幹部会（他の共産主義政党・団体における政治局に相当）等の合議制機関が階層的に配置されている。中央委員会総会（年2回以上開催）を最高決議機関とし、常任幹部会や書記局、中央機関紙編集委員会などが日常的な指導や事務をつかさどる。書記局は政策委員会や国民運動委員会、中央委員会付属社会科学研究所（所長:不破哲三）、出版局など、さまざまな部署に分かれた中央委員会の内部機構を統括している。総会から総会のあいだ中央委員会の職務をおこなうのは幹部会で、幹部会の職務を日常的に遂行するのは常任幹部会である。したがって、中央委員会の日常的任務をになう機関は常任幹部会ということになる。常任幹部会は毎週開かれる。党規約は最高職を明記していないが、一般的には中央委員会議長、中央委員会幹部会委員長、同副委員長、中央委員会書記局長が党三役として、とくに幹部会委員長は党首として扱われている（現在の具体的人事は#現在の執行体制を参照）。
『吾妻鏡』に拠れば、治承4年（1180年）4月に後白河天皇皇子・以仁王の平家討伐令旨が東国へ到達されると、伊豆の源頼朝ら源氏の一族は反平家の挙兵を行い治承・寿永の乱となる。甲斐源氏の挙兵は伊豆の頼朝が石橋山合戦において平家方に敗退した直前にあたる同年8月20日前後と考えられているが、当初は甲斐源氏の諸族は同一行動を取っておらず、平家方に仕えていた加賀美遠光の子秋山光朝や小笠原長清は在京しており、有義も上洛して高倉天皇中宮の侍長、また左兵衛尉に任官し平清盛の嫡男・重盛に仕えていた。甲斐源氏は有義の父である武田信義らに率いられ挙兵し、富士川の戦いなどで平家方を撃退し有義も活躍している。頼朝が鎌倉において関東経営に着手すると甲斐源氏は南都北嶺衆徒や近江源氏らと共に反平家勢力の中心的存在となり、同年9月5日、11月7日には頼朝追討宣旨が発せられ、頼朝のみならず武田信義ら甲斐源氏の一族も追討の対象となった。京においても富士川の戦いにおける平家方の敗退、遠江・三河方面までの甲斐源氏の勢力伸張の情報はもたらされており、同年12月24日には有義の妻子が都で何者かに殺害され、梟首される事件が起き、翌年正月4日に有義は解官されている。鎌倉の頼朝は平家討伐を進める一方で諸勢力の分断策を図り、甲斐源氏では寿永3年（1184年）に信義の長男である一条忠頼が誅殺され、父・信義を始め板垣兼信、安田義定ら甲斐源氏の有力者は相次いで没落し、また板垣・安田らの没落により甲斐源氏の中心氏族は有義の武田氏と小笠原氏となる。有義は文治4年（1188年）、鶴岡八幡宮における大般若経の供養の式の場において、頼朝によって面罵される。この際有義は頼朝の御剣役を命ぜられ、これを渋る様子を見せたところ、かつて平重盛の御剣役を務めていたことを頼朝から指摘され、満座の中で大いにその面目を失った。この事件の影響で、その後は求心力を失ったという。『吾妻鏡』に拠れば、正治2年（1200年）、頼朝の死後における梶原景時の変に際して、景時と同心したという嫌疑をかけられ、本拠地の甲斐国から逐電し、その地位を失ったとされる。この過程においては、有義を征夷大将軍に擁立するという趣旨の景時の密書がその居館から発見されたとの申し立てが、弟の伊沢信光によって行われた。この事件以降『吾妻鏡』においては有義の名は現れず、「伊沢」「武田」両姓が併記されていた信光の姓が「武田」に統一され、武田氏棟梁の地位は信光に移ることになったと考えられている。鎌倉時代の文治2年4月8日醍醐寺文書目録（『醍醐雑事記』）には志摩荘・小松荘に隣接する荘園として「塩戸荘」の存在が見られ、山梨県甲府市塩部付近に所在していたと推定されている。武田有義の子息である有信は塩部氏を称したとされていることから塩戸荘の在地領主候補には有義が挙げられており、甲府市丸の内3丁目の法輪寺の石地蔵は有義の墓所とする伝承がある。これは西青沼に所在した末寺の地蔵庵から移転されたもので、『甲斐国志』に拠れば「将軍地蔵」「かんかん地蔵」と通称されていたという。また、甲府市善光寺に所在する甲斐善光寺に伝わる阿弥陀如来像は、甲府市千塚に所在した光増寺の本尊像で、これは有義による勧請であると考えられている。