フェーズボコーダは Flanagan & Golden (1966) によって、正弦波成分を表す各ビンの位相間で水平コヒーレンスを維持するアルゴリズムとして導入された。 このオリジナルのフェーズボコーダは、隣接する周波数ビン間の垂直コヒーレンスを考慮しなかったので、このシステムによるタイムストレッチ(時間伸縮)の音響信号は明瞭さが欠けていた。振幅変更後のSTFT表現から音響信号を再構築する最適な方法は、Griffin & Lim (1984) により提案された。 このアルゴリズムはコヒーレントSTFT生成の問題を考慮していないが、たとえ変更済みSTFTがコヒーレントでなくとも(いかなる信号も表現していなくとも)、それに可能な限り近いSTFTに相当する音響信号の発見を可能にする。垂直コヒーレンスの問題は、タイム・スケーリング操作の品質に関する大きな問題として、Laroche & Dolson (1999) が周波数ビン間の位相的整合性を保つずっと簡単な方法を提案するまで、(問題が)残り続けた。LarocheとDolsonの提案は、フェーズボコーダの歴史的転換点と看做すべきだろう。垂直位相の整合性保証により、非常に高品質なタイムスケーリング変換が得られることが示されている。Larocheが提案したアルゴリズムは、発声(あるいはノート発音)の瞬間の水平位相コヒーレンスの維持は不可能だった。この問題の解決策はRöbel (2003) が提案した。 ここで説明したRöbel提案までの音質改善策を施した、フェーズボコーダ・ベースの信号変換のソフトウェア実装例として、IRCAM SuperVPを挙げることができる。
STFTによる時間-周波数表現 (STFT表現) の操作で必ず解決が必要な主要問題は、個々の信号成分 (正弦波、インパルス) の複数のフレームやSTFT周波数ビン(bin)への拡散の問題である。これはSTFT分析が、時間軸方向にオーバーラップした分析窓を使用する事に起因する: 窓関数の適用は、個々の正弦波成分が隣接するSTFTビンへと拡散する「スペクトル漏れ」を起こす。窓関数の時間的オーバーラップは、隣接するSTFT分析結果が互いに強い相関を持つという事実に基づいている (時刻 t の分析フレームに存在する正弦波成分は、後続フレームにも同様に存在し続ける可能性が高い)。フェーズボコーダによる信号変形の問題は、STFT表現上で行なう全ての変更は、隣接する 周波数ビン (垂直コヒーレンス) や 時間フレーム (水平コヒーレンス) との間で 適切な相関関係を維持する必要がある、という問題に関連している。この「適切な相関関係」は、合成音が極めて単純な場合以外、近似でしか維持できない。フェーズボコーダの発明以来、研究は主にSTFT表現変更後に垂直/水平コヒーレンスを維持するアルゴリズムの発見のために行われてきた。なお振幅コヒーレンスは、時間スケール操作に関してマイナーな問題に過ぎない。なぜなら分析フレームの時間シフトは、振幅に小さな影響しか与えないからである。しかし位相コヒーレンスの問題は、適切な解決策が得られるまでかなり長い期間の検討を要した。
1998-99シーズン終了後にブラックバーン・ローヴァーズFCからの移籍金200万ポンドのオファーをミルウォールのセオ・パフィティス会長から一旦断られるも、最終的に2003年7月29日に移籍金250万ポンドで4年契約を締結する。8月23日のボルトン・ワンダラーズFC戦において、76分にヴラティスラフ・グレシュコとの交代で初出場を飾っているが、88分にレッドカードによる一発退場になる不運なデビュー戦となった。12月中旬の練習中に起きたハムストリングの負傷で約3ヶ月離脱し、2003-04シーズンへ向けた2004年7月下旬のプレストン・ノース・エンドFCとの親善試合で全治約2ヶ月の足の骨折となったように、ブラックバーン加入から暫くの間、度々負傷に見舞われた。その後、10月に復帰すると、自身の離脱中に就任したマーク・ヒューズ監督によって、それまでのサイドハーフからセントラル・ミッドフィルダーに起用されており、2005年3月6日のエヴァートンFC戦 (1-0)において、スルーパスでジョナサン・ステッドの得点をアシスト、翌2005-06シーズンのウィガン・アスレティックFC戦で30ヤードの距離から12月の月間最優秀得点賞に選出される程の得点を挙げ、2006年5月に行われた最終節のチェルシーFC戦 (1-0)では、コンビを組むロビー・サヴェージのフリーキックから頭で決勝点を挙げ、チームをUEFAカップ2006-07出場に導いた。2005-06シーズンに34試合4試合と主力としてプレーし、シーズン終了後の2006年6月には新たに契約を4年締結する等、順風満帆だったものの、9月上旬の代表戦で全治4ヶ月もの怪我を背中に負い、2007年1月中旬の練習中に十字靭帯損傷と、シーズンの大半を棒に振ることになり、2006-07シーズンの出場は3試合となった。2007年11月25日のフラムFC戦において、約1年5ヶ月ぶりに復帰以来、大きな負傷はなく、2007-08シーズンを過ごしたが、シーズン終了後に膝の小手術を受けたように膝に不安を抱えており、そして、2008年9月中旬のフラム戦の直前に懸念されていた膝を負傷し、当初全治2週間程度と見られた負傷は、手術を要する程のものだった為、早々にシーズンを終了した。2009年8月25日にジリンガムFCとのフットボールリーグカップで11ヶ月ぶりに復帰を果たし、10月27日のピーターバラ・ユナイテッドFC戦でペナルティーキックを決めたが、リーグ戦での出場機会は皆無であった。そのため、キャリアの再起を図り、2009年11月19日にギャヴィン・マホンとマーティン・ローランズの中盤2名を負傷で失ったクイーンズ・パーク・レンジャーズFC (QPR)へ期限付き移籍で参加した。