沿線に阿蘇を有する豊肥本線は古くから観光路線として位置付けられ、1958年からは準急「ひかり」が運行され、1961年からは循環列車となる準急「ひまわり」が設定された。その後の変遷を経て、豊肥本線内を運転する優等列車は急行「火の山」に統合され、その一部は天草諸島や島原半島へ向かう観光客の利便を考慮して三角線三角駅まで直通運転が行われた。1992年に「火の山」が特急に昇格して「あそ」と改称し、車両もキハ185系気動車に置き換えられた。2004年3月13日には「あそ」と肥薩線の特急「くまがわ」の一部の列車を統合し、運転区間を別府駅 - 大分駅 - 熊本駅 - 人吉駅間に変更したうえで「九州横断特急」と改称した。1987年から途中の中断を経て九州新幹線（鹿児島ルート）全線開業時まで、鹿児島本線博多駅発着の特急「有明」が豊肥本線内の熊本都市圏部に乗り入れていた。熊本駅は熊本市中心部から離れており、熊本市の中心市街地や住宅地が豊肥本線沿線にあることから、熊本都市圏からの利便性向上を図り運行され、九州自動車道経由で福岡市と熊本市を結ぶ高速バスのひのくに号との競合を意識していた。当初は非電化であったためDE10形ディーゼル機関車が485系電車を牽引して豊肥本線を水前寺駅まで走行していたが、1994年に一旦廃止された後、1999年の熊本駅 - 肥後大津駅間の電化開業に伴い再開され、運転区間も熊本駅 - 水前寺駅・武蔵塚駅・光の森駅・肥後大津駅間となった。2007年3月18日改正からは、早朝の博多方面行きの「有明」1本が豊肥本線内（光の森駅→熊本駅間）普通列車として運転されていた。九州新幹線（鹿児島ルート）全面開業に伴い、2011年3月11日限りで「有明」の豊肥本線内での運行を終了した。「九州横断特急」も一部が熊本駅発着に変更されている。2016年3月26日のダイヤ改正で「九州横断特急」は熊本駅 - 人吉駅間の運転が取り止められ、すべて熊本駅発着となった。
大分駅 - 阿蘇駅間に特急が1往復運行されており、おおむね金・土・日・祝日や長期休暇期間には「あそぼーい!」、それ以外の期間には「九州横断特急」が運行される。運行時刻は同一。「あそぼーい!」は観光特急仕様のキハ183系1000番台で運行される。「九州横断特急」はキハ185系が使用され、運転台に『ワンマン』と表示してワンマン運転が行われる。肥後大津駅 - 熊本駅間では熊本地震以降、特急列車は運行されない。
この区間は、1999年に熊本国体（くまもと未来国体）に合わせて電化された。2両編成の815系・817系電車により昼間は1時間あたり3本程度の普通列車が運転されている。また、早朝と朝の通勤時間帯および深夜には熊本駅 - 光の森駅間の区間運転列車も設定されている。平日の朝ラッシュ時は約10分間隔で運転されるが、それでも混雑するため815系・817系では4両編成での運転も行われる。このほか、鹿児島本線との直通列車も少数ながら設定されており、鳥栖駅・大牟田駅・玉名駅・八代駅 - 光の森駅・肥後大津駅間で運行されている（鹿児島本線上り玉名・大牟田方面への直通列車の設定は休日の2本のみ）。九州新幹線との接続を考慮して、始発は5時台、終電は0時台になっている。0時台の終電は新幹線全線開業後に新設された。熊本都市圏の人口の多い区間のため、終日に渡って利用が多い。2011年3月12日に九州新幹線全面開通後、後述の特急「有明」の豊肥本線内での運行が廃止されるのに伴い新たに快速列車「豊肥ライナー」が熊本駅 - 肥後大津駅間に設定された。停車駅は特急「有明」と同じく新水前寺駅・水前寺駅・武蔵塚駅・光の森駅となっていた。肥後大津発3本・光の森発3本、肥後大津行き3本・光の森行き4本の計13本が10時台から16時台にかけて運行されていた。しかし、2013年3月16日のダイヤ改正をもって豊肥ライナーの愛称は廃止され、各駅停車の普通列車となった。
全てのマルチバースが破壊され、バトルワールドが創造された時、ローガンはバトルワールドの領地の1つであるウェイストランドに転生する。どうやってバトルワールドに来たのかはわからなかったが、彼は元の世界の記憶は残していた。世界をより良くすると宣言した彼はポーカーを楽しんでいたグラディエーターとフライング・デビルズを殺害し、彼らの人身売買組織を潰して捕らわれていた人々を解放する。その後ダニエル・ケイジに会いに戻るローガンは空から落下してくるウルトロン・センチネルの頭部を目撃する。ブルース・ジュニアとダニエルが住む家に戻った後、ウルトロンの頭部の出処を調べるローガンはハンマーフォールズを訪れ、瀕死のエマ・フロストと会う。頭部がウェイストランズの向こう側から来たことを知ったローガンは自身の住む領地を超えて旅を始める。ローガンが国境を乗り越えようとするとソー・コァの1人が彼に接近する。彼女はローガンがドクター・ドゥームの法を犯したとして電撃で攻撃し、それにより彼はドメイン・オブ・アポカリプスに吹き飛ばされる。ソーの攻撃による火傷が癒えたローガンはクリード（ホースメン・オブ・アポカリプスの1人）とその兵士に攻撃されるが、X-メンにより助けられて彼らの隠れ家へと連れて行かれる。彼らはそこでアポカリプスと他のホースメンの襲撃を受ける。直後に始まった戦闘は以前にローガンを襲ったソーの介入で中断され、彼女がアポカリプスと口論を始めるとローガンは逃げ隠れる。怒ったソーはX-メンとホースメンの両方に雷撃を浴びせ、ローガンを探し始める。彼女が領域を隔てる壁の付近に現れるとそこをよじ登るローガンの攻撃を受ける。怒った彼女がローガンに雷撃を浴びせると彼は今度は隣の領域であるテクノポリスに落下する。ローガンはバロン・スタークとこの領域のソーであるグランド・マーシャル・ローズによりスターク・タワーへと連れて行かれる。傷が癒えたローガンはローズと戦うが敗北し、ドゥームの法を破った罰としてデッドランドへと追放される。デッドランドで目覚めたローガンは襲ってくるゾンビの群れを退け、洞窟へと避難し、そこで長年暮らしていたという未感染のシー・ハルクを見つける。2人がゾンビに襲われるとシー・ハルクはローガンを救うために彼を掴んで壁の向こう側へと投げ飛ばし、自らを犠牲とする。ローガンが飛ばされたのはキングダム・オブ・マンハッタンと呼ばれる領域であった。数年ぶりの文明世界をさまよっていたローガンはこの領域のジーン・グレイとエマ・フロストに会う。2人はローガンを残りのX-メンと「彼の」息子であるジミー・ハドソンに会わせる。その後ローガンはゴッド・エンペラー・ドゥームに反乱するキングダム・オブ・マンハッタンのスーパーヒーローたちを率いる。事件後、ローガンは新たな世界で目覚める