再び路線延長が行われるようになり、おもにDejvice、Nusle、žižkovといった新たに拡大した市街地へ路線が伸ばされていった。1927年には総延長が100kmを突破した。この時期、片運転台車の導入が始まるとともに、路線の終点では方向転換用のループ線を設ける改修を行っている。
1900年代初頭、市内の交通は経営が一元化される。Eduard Otletの経営していた馬車鉄道も一元化され、馬車鉄道の電化が進んだ。一元化が進むにつれて、私営で残っていた路線も順次統合されていき、最後まで残ったFrantišek Křižíkの経営する路線も1907年までに移管された。1905年には全線電化も完成しており、最後まで馬車鉄道として残ったカレル橋を通るルートでも電化が完成している。カレル橋の路線は1908年まで運行された。
1891年、プラハ初の電化された路面電車路線がLetnáに開業した。この路線は、レトナー公園にあるケーブルカーの山上駅からOvenecká通りを通ってJubilee Exhibitionまでのものである。さらに数年後には、Governor's Villaまで延伸された。1896年5月にはFrantišek Křižíkにより、プラハで2番目で、より重要な位置づけとされる路線がFlorenc - Libeň・Vysočany間に開業した。これによって、郊外の工業地域と都心の住宅地域が結ばれることになった。プラハ市電の路線が急速に伸長するなかで、1897年には別の路線も開業した。プラハの郊外を走るルートで、Smíchov - Košíře間を結び、Hlaváčkova電気鉄道と呼ばれた。さらにその後、Královské Vinohradyへも新路線が開通している。Královské Vinohradyへの開通によって、Košíře - Královské Vinohrady間の直通運転も開始された。最終的には、公営企業であるプラハ交通の成立へと進んでいく。1898年、プラハ交通は馬車鉄道の運行会社を買収する。これにより、新線建設とともに既存路線の電化も始まった。
プラハで馬車鉄道の運行が開始されたのは1875年9月23日のことで、経路はKarlín - Národní Divadlo（国民劇場）間であった。創業者で社長を務めたのは、ベルギーからやってきたEduard Otletであった。1876年にはNárodní Divadloから西へ路線が延長され、Újezdを経由してSmíchovské nádraží（スミコフ駅）へ達した。1882年には、路線はVinohradyとžižkovへ伸びている。1883年の路線延長は19.43kmになっていた。
深夜系統は、深夜から朝5～6時頃まで運行され、日中とは異なる運行系統となる。すべての系統が市内中心部のLazarskáを通り、各系統相互に5分以内で乗り換えが可能となっている。各系統とも30分間隔で運行されている。
新宿駅という駅名は、江戸時代に甲州道中（甲州街道）の日本橋と高井戸の間に新しく作られた宿駅である「内藤新宿」が由来となっている。新宿に鉄道の駅ができたのは、1885年（明治18年）に日本鉄道により赤羽駅 - 品川駅間の路線、（現在の山手線および赤羽線【埼京線の一部】）が開設されたときである。しかし、この頃は新宿と言っても町外れに駅が設けられたために1日50人程度の乗降客数であり、雨の日はほとんど利用がないこともあったと伝えられている。次いで、1889年（明治22年）に甲武鉄道によって立川までの路線（現・中央本線）が開設され、同年8月には八王子まで延長された。また、この頃に電車線用のプラットホームとして、本来の新宿駅のプラットホームのほかに、構内の大久保駅寄りの青梅街道付近にもプラットホームが設けられていた。その後も私鉄の乗り入れは相次ぎ、1915年（大正4年）に京王電気軌道（現・京王電鉄）が南口の甲州街道上に、1923年（大正12年）には帝国電灯西武軌道線（後の都電杉並線）が東口に、1927年（昭和2年）には小田原急行鉄道（現・小田急電鉄）が西口にそれぞれ新宿駅を開業させている。京王線の新宿起点は、新宿駅ではなく新宿追分交差点であり、現在の新宿三丁目駅の位置付近（伊勢丹新宿店の交差点南側路上）にあった。後に隣接する路面外の土地に移設され京王新宿駅を名乗るが、太平洋戦争末期の1945年（昭和20年）に空襲で初台の変電所が被災して京王線の電圧が下降した影響で南口跨線橋の急勾配を電車が走行できなくなり、同年7月に東横線新宿駅予定地だった現在の西口に移転している（京王線の新宿駅付近の廃駅を参照）。1952年（昭和27年）には西武鉄道の新宿線が西武新宿駅（歌舞伎町付近）まで延伸した。京王と小田急のホームが地上にあった一時期に、のりばの番号が国鉄（現・JR）→小田急→京王の順で連番だったこともある。この当時は、各社の駅をつなぐ連絡跨線橋が設置され、乗客の乗り換えに供用されていた。また、軌間が同じ国鉄と小田急の間には連絡線が設置されていた。戦後の復興と経済成長の中で、新宿駅を出てすぐに甲州街道上を走っていた京王線が路面区間解消のために地下化された。小田急小田原線も限られたスペースでの発着番線確保のために駅が二層化され、地下鉄各線の開業、ターミナルビルの建設などが相次いで行われ、現在の姿となった。