大正4年の夏。 家都合等により結婚が叶わぬ初恋を清算。翌年、慶雲寺(住職は、宗厚の叔父と道友関係であった)に出入りするようになり次女との関係を、恋愛ではなく結婚の対象として、考えるようになる。大学進学が控えていることもあり宗厚の師匠は反対をしていたが大学卒業まで親元預かりの約束を交わすことにより大正6年2月、関係者全員の合意の上において、形式上ではあったが挙式を執り行った。この最初の妻は、大正7年2月および大正11年2月に、長男、次男を授かるものの7月に、肺結核を患うこととなり大正15年1月13日に、宗厚と二男一女を残し亡くなる(行年32歳)。
1909年、高等小学校を卒業したものの約束されていた中学進学については約束の円滑な実行がなされなかった。また叔母が胃癌により失ったため進学を留保するも兄の使っていた教科書を譲り受け勉学に勤める。翌年の秋に、曹洞宗第四中学林の規則書を取り寄せるよう師匠に命じられ山口県三田尻の宮市(防府市)にある宗立中学の受験を目指す。進学の決意にあたっては、師匠から「典座教訓」「衆寮箴規」「永平清規」などの道元の素読を教わっていたため「宗乗」「余乗」の学科に興味を持ったためと宗厚本人は、述べている。当時の教師の中で特に印象深かったのが国漢を担当した恒藤という人物であると宗厚は振り返っている。　卒業生への送辞を読むにあたり原稿の校正を願い出たところ翌日には、以下のような漢文調の送辞の原稿が渡されたため、当時もっとも親しかったとする越智という人物に奉書に書いてもらうこととなった。前ニハ白帆碧波ノ風光ヲ望ミ後ニハ青松ノ幽邃ヲ控エタル我ガ学園ニ蛍雪ノ功ヲ積ミ将ニ錦衣ヲ故郷ニ飾ラントス兄等ノ光栄何者カ之ニシカン(中略)同釜ノ飯ヲ喫シソノ情骨肉モ啻ナラザリシ今ヤ桓山飛鳥ノ別レヲ告ゲテ袖ヲ呉越ニ分タントス(中略)諸兄ノ前途ニハ濁浪天ヲ打ツノ海アリ峻嶺天ヲ衝クノ山アリ徒ニ枯禅ニ守株シテ死セル宗教ニ満足スベケンヤ云々自著『最後の国立図書館長』35頁より原文ママ。続く注意書きとして、記憶のあいまいの部分ありとのことこの送辞の55年後、駒澤大学入試監督のため多々良に赴いた際に奉書が返還され、表装保存されて現在に至っている。
以降、引き取った叔父を師匠と表現する。引き取られてから後、高等小学の上級になる頃には、お経もいくらか覚えたとのことで師匠と檀家廻りを行いつつ有志依頼を受け数名の子供の勉学を見る生活を送る。1908年、13歳の頃に得度式を行い「宗厚」と命名される。年を重ねるにつれ、師匠との間にあった情は薄れ厳格な関係となる。また師匠からの「飲酒」「喫煙」の誘惑。師匠の「博打」の生活態度に対する反発心から人生において、この3つを、断つに至る。ただし飲酒については、完全に断ったわけではない。酒嫌いというわけではなく周囲の気遣いもあった。
スペインと接するオート＝ピレネー県の、トゥールネ（Tournay）に生まれた。1874年、町の小学校に入ったが、いじめられ、通学を嫌った。収税吏の父が転勤を重ね、フランシスはポー、次いでボルドーのリセに入ったが、散策や採集を好んで、学業には身を入れなかった。1888年（20歳）、大学入学資格試験に落ち、文学への傾斜を深めた。同年父が没し、母と姉と、フランス南西端ピレネー＝アトランティック県の、オルテーズ（Orthez）に移った。父祖代々の地であった。翌年公証人事務所に勤めてやめ、詩作に打ち込み、1891年の『6つのソネット』を皮切りに詩集を出し、それらがステファヌ・マラルメやアンドレ・ジッドに認められた。1895年（27歳）、初めてパリに遊びはしたが、オルテーズを好み、その山野・鳥獣・草花、そして少女らを愛し続けた。1896年、ジッド夫妻の北アフリカ旅行に合流した。1897年、文芸誌上に、自らの文学姿勢のマニフェスト『ジャミスム宣言』を載せた。初期の詩の朴訥なうたいぶりは、清新だ衒いだと褒貶が割れたが、力強さを加えた1898年の『明けの鐘から夕べの鐘まで』で、世評が定まった。1900年、ポール・クローデルを知り、カトリックの信仰を固め、1905年、聖地ルルドへの巡礼に、クローデルと連れ立った。この前後、少女に恋しては破れ、また、『クララ・デレブーズ』（1899年）、『アルマイード・デトルモン』（1901年）、『ポム・ダニス』（1904年）など、「少女もの」を書いた。1907年（39歳）、カトリックの女性、ジュヌヴィエーヴ・ゲドルプ（Geneviève Goedorp）と結婚した。1912年、オルテーズ教区の参事会員となり、1914年の第一次世界大戦開戦のときは、オルテーズの野戦病院を管理した。1921年、バス＝ピレネー県（現在のピレネー＝アトランティック県）のアスパラン（Hasparren）へ移った。1922年、レジオンドヌール勲章の授与を辞退した。1917年に作家の全作品に対して贈られるアカデミー・フランセーズ文学大賞を受賞した。アカデミー・フランセーズ会員には何度か立候補したが選出されなかった。その後も活発な文筆活動をしたが、1938年（70歳）アスパランの自宅で没した。村の墓地に小さな十字架が立てられた。