広島藩医呉黄石（くれこうせき）の三男として、江戸・青山の広島藩邸（現在の東京都港区）に生まれた。母・せきは箕作阮甫の長女。統計学者の呉文聰は長兄。幼少時より、漢籍を学んで漢学を愛好し、5，6歳の頃には『唐詩選』『三体詩』を暗記していたという。16歳で父母を相次いで亡くし、経済的困窮もあったため、学生時代から医学書を出版した。東京大学医科大学入学、1890年、卒業。大学院に入り、精神医学を専攻した。1891年、助手兼東京府巣鴨病院医員、1891年に最初の論文「日本の不具者」「精神病者の書態」を著している。1893年に富士川游と共著で『日本醫籍考』を、1894-1895年には単著で『精神学集要』を、1896年には法医学教授と共に『法医学提要』を刊行した。1896年4月助教授となり、オーストリア＝ハンガリー帝国・ドイツ帝国へ留学。1897年7月-1901年10月、ウィーン大学のオーバーシュタイナー教授に神経病理学を学んだほか、クラフト・エービング教授、ハイデルベルク大学のクレペリン、ニッスル、エルブ教授に師事。母校教授のほか、東京府巣鴨病院の医長や病院長、初代松沢病院長等を歴任し、「日本の精神医学の草分け」と言われた。また医学史にも深い関心を持ち、シーボルトや華岡青洲、外祖父・箕作阮甫等の伝記を著した。1932年、尿毒症のため死去。森鴎外との交流があったことも知られている。富士川游と同郷であり、共著・共同編集している著作も多い。『精神病者私宅監置ノ實況及ビ其統計的觀察』（1918年）の中で述べた『わが邦（くに）十何万の精神病者は実にこの病（やまい）を受けたるの不幸の他（ほか）に、この邦（くに）に生まれたるの不幸を重（かさ）ぬるものというべし』という一節は特に有名であり、東京都立松沢病院の敷地内に建立されている呉の銅像の元にも書かれている。この言葉に表れているように、座敷牢や拘束に頼りがちだった精神病患者への対応を調査・報告し、その改善に努めた（ただし制度としての私宅監置は太平洋戦争後の1950年まで存続した）。こうした呉の業績を描いたドキュメンタリー映画『夜明け前 呉秀三と無名の精神障害者の100年』が2017年、きょうされん（共同作業所の団体）と日本精神衛生会により制作された。
ローマ共和国の統治機構は、都市国家のそれから生まれたものであり、広大な領土を統治するのに相応しい物ではなかった。元老院は領土が拡大される度に制度改良を行い諸問題に対処してきたが、大本が都市規模の国家を統治するためのシステムである以上、そうした改革にも限界があった。それゆえローマ領内において様々な歪が生じ始めたが、硬直化した元老院はこれに対し制度の抜本的改革ではなく、軍隊を動員しての抑圧という短絡的な手段で答えた。紀元前139年にローマを揺るがす大反乱が発生（シチリア島奴隷反乱）、騒乱自体は無事鎮圧されたものの、ローマにおける共和政は明らかな行き詰まりを見せ始めていた。この腐敗した共和政を改革するべくティベリウス・グラックスが護民官として制度改革を推進するが、その過程で元老院と対立し、紀元前133年、志半ばにして支持者達と共に非業の死を遂げる。紀元前121年、兄の志を継がんとした弟のガイウスもまた元老院と対立し失脚、数千人と言われる支持者達も処刑された。このグラックス兄弟の死と改革の頓挫は共和政ローマの混迷を決定的なものとし、これにより内乱の一世紀が始まる。その後、軍人出身の執政官ガイウス・マリウスは上述の「歪」の一つである軍の弱体化と自作農の没落に対処すべく軍制改革（詳細はマリウスの軍制改革を参照）を行ない、軍の質的向上と失業農民の雇用確保に成功。またマリウスは自らの改革により精強さを取り戻したローマ共和国軍を率い、ゲルマニアからローマ領内へ侵入したゲルマン人の軍勢に大勝（キンブリ・テウトニ戦争）するなど、ローマの国防力再建に成果を挙げた。しかし軍内部でイタリアの同盟市民とローマ市民との待遇差が消えたため、彼らは同じローマを構成する住民として市民権の付与を求め始めるようになり、これを既得権益が失われると考えた元老院とローマ市民が拒絶したことで同盟市の大反乱を引き起こすことになる（同盟市戦争）。更に軍を構成する兵士が市民兵から職業軍人へ変化したことで軍からは世俗性が失われ、次第に議会や民衆よりも直近の上司である将軍達に忠誠心を抱くようになり、これは後に起きる内乱の一端となる。紀元前88年、ついにローマ国内での内部対立はオプティマテス（閥族派）のルキウス・コルネリウス・スッラとポプラレス（民衆派）のガイウス・マリウスの軍事的衝突という内戦状態に発展し、ローマの混迷は頂点に達する。ローマ人の犠牲者は6年間で数万人となった。内戦に最終的な勝利を収めたスッラは独裁官となり、元老院の権限強化を進めた。スッラの死後、ローマはスパルタクスを首謀者とする第三次奴隷戦争（紀元前73年-紀元前71年）を鎮圧したマルクス・リキニウス・クラッスス、オリエント一帯を征服した軍の実力者グナエウス・ポンペイウス、そしてマリウスの甥として頭角を現しつつあったガイウス・ユリウス・カエサルによる三頭政治へ移行する。三頭政治の一角を占めていたカエサルはガリア戦争（紀元前58年-紀元前51年）の成功によって名声を挙げ、クラッススの死後に起きたポンペイウスらとの内戦にも勝利、ローマの権力を一手に収めると終身独裁官となり急進的な政治改革を推進した。だがこうした大胆な改革と専制的な独裁は元老院を中心とする国内の共和派の反感を買い、紀元前44年3月、反カエサル派の元老院議員たちによって暗殺された。カエサルの姪の息子にあたり、養子となってその後を継いだオクタウィアヌスはカエサルの腹心であったマルクス・アントニウスらと同盟を結んで共和主義者を打倒した。しかし、その後主導権を巡って両者の対立は深まり再び内戦へと発展してしまう。オクタウィアヌスはプトレマイオス朝エジプトの女王クレオパトラと組んだアントニウスを、紀元前31年アクティウムの海戦で破った。これにより内乱は終結し、約1世紀に渡る混迷に終止符が打たれた。