大坂中之島（現在の大阪市北区）の高松藩蔵屋敷で上月安範の子として生まれ、父の遺言により13歳の時に摂津の法楽寺（大阪市東住吉区）で出家、同寺の住職・忍網貞紀に密教と梵語（サンスクリット）を学ぶ。18歳の時に、忍綱の命で京都に行き、伊藤東涯に古学派の儒学を学ぶ。翌年に奈良に遊学し、顕教、密教、神道と宗派を問わず学び、河内の野中寺（羽曳野市）で秀厳の教えを受けて、戒律の研究を始め、1738年(元文3年)、具足戒を受けた。翌年には忍網から灌頂を受け、法楽寺の住職となったが、2年後に住職を同門に譲った。その後、信濃に曹洞宗の僧侶の大梅を訪ね、禅も修行した。1744年(延享元年)、河内の長栄寺（東大阪市）を再興して住職となり、初めて戒律の講義を行なったのを皮切りに、高野山や近畿の各地で修行と講演を続ける。1758年(宝暦8年)から生駒山中の雙龍庵という草庵に隠居して研究に専念し、千巻にも及ぶ梵語研究の大著『梵学津梁』を著す。その内容は、密教で行われてきた梵字の呪術的解釈を排し、梵語の文法を研究して、梵文で書かれた仏教教典の原典の内容を正しく読解しようとするものであった。この『梵学津梁』の内容は、明治時代に来日したフランス人のサンスクリット研究家シルヴァン・レヴィから高く評価されたほどであった。1775年(安永4年)、『十善法語』を著す。1776年(安永5年)に河内の高貴寺（南河内郡河南町）に入寺した。大和郡山藩主・柳沢保光の支援を受け、高貴寺の堂舎を整備し、この寺を正法律の本山と定めた。保光は慈雲に深く帰依し、慈雲の死後に保光が剃髪した際には、毛髪を高貴寺にある慈雲の墓のそばに埋めたほどであったと伝えられる。晩年に、独自の神道説を唱え、磐船神社を根本道場とした。慈雲の提唱した神道は後に雲伝神道（うんでんしんとう）または葛城神道（かつらぎしんとう）と呼ばれた。1804年、京都の阿弥陀寺でその生涯を終えた。遺体は高貴寺に運ばれ埋葬された。
第1回目は、漫画『ペニーアーケード』のイベントとして、2004年8月28日と29日の2日間にわたって、ワシントン州ベルビューにあるメイデンバウアー・センターにて開かれ、この時の来場者は約3,000人だった。第1回目から3回目の間、8月に同じ会場で開かれてた。来場者は急激に増加し、2005年に開かれた第2回目の来場者は9,000人を突破した一方、2006年に開かれた第3回では19,000人を突破した。イベントの規模が大きくなりすぎたことから、2007年にはメイデンバウアー・センターの2倍の広さを持つワシントン州会議場に場所を移して行われ、39,000人の来場者が詰めかけた 。2008年には来場者が 58,500人を記録し、翌年の2009年には 60,750人を記録した。2010年3月26日から28日の3日間、マサチューセッツ州ボストンにあるハインズ・コンベンション・センターにてPAXが開催された。東海岸初のPAXとなるこのイベントには、前年にワシントンで開かれたPAX 2009に匹敵する52,290人が来場した。以降、混乱を避けるため、ワシントン州で開かれるPAXは PAX Prime という名称に変更された。2010年のPAX Primeでは初めて場外イベントも開かれており、これらのイベントを合わせて 67,600人が来場した。2011年には、PAX Primeに先駆けて開発者向けイベントPAX Devが開かれ、750人が参加した。このイベントは、開発者が自分たちのビジネス全体について気楽に話せるようにするために開かれたものであり、マスコミの入場は認められなかった。同年3月、2回目となる PAX Eastがボストン・コンベンション&エキシビション・センターで開かれた。2012年4月6日から8日にはPAX East 2012 が開催され、8月31日からレイバー・デーの週末にあたる同年9月2日にはPAX Prime 2012が開催された。2013年3月22から24日にはPAX East 2013が開かれた。同年、PAX史上初となるアメリカ国外を会場としたPAX Australia がオーストラリアのメルボルンにあるメルボルン・ショウグラウンズにて開催された。同年8月30日から9月2日に開催されたPAX Primeは、入場チケットが発売から6時間で売り切れる事態が発生した。2012年初頭、2023年までPAX Eastの本拠地としてボストンを使う契約が結ばれた。2013年10月31日から11月2日までメルボルン・コンベンション・アンド・エキシビション・センター で開かれたPAX Australiaも同様に、2019年まで本拠地をメルボルンとする契約が結ばれた。2015年1月23日から25日には、テキサス州サンアントニオのヘンリー・B・ゴンザレス・コンベンションセンターにて初めてPAX Southが開かれ、来場者数が他のPAXのイベントの初回来場者数を上回った。同年3月6日から8日にはボストン・コンベンション&エキシビション・センターにてPAX East2015が開催され、8月28日から31日にはワシントン州会議場にてPAX Primeが、メルボルンカップ期間中の10月30日から11月1日にはメルボルン・コンベンション・アンド・エキシビション・センター にてPAX Australiaが開催された。その後、同年11月18日にPAX PrimeはPAX Westに改名された。2016年1月29日から31日にはテキサス州サンアントニオのヘンリー・B・ゴンザレス・コンベンションセンターでPAX South 2016が開催されたほか、同年4月22日から24日にはボストン・コンベンション＆エキシビション・センターにてPAX East2016が、9月2日から5日にはワシントン州会議場にてPAX West 2016 が、11月4日から6日にはメルボルン・コンベンション・アンド・エキシビション・センター にてPAX Australiaが開催された。2017年の1月27日から29日にテキサス州サンアントニオのヘンリー・B・ゴンザレス・コンベンションセンターで開催されたPAX South 2017では、PAX Unpluggedというアナログゲーム専門のイベントの開催が予告され、同年11月17日から19日にフィラデルフィアのペンシルバニア・コンベンション・センターで開催された。2017年3月10日から12日にはPAX Eastがボストン・コンベンション&エキシビション・センターにて開催され、同年8月29日と30日にはPAX Dev 2017が開催された。また、2017年10月27日から29日にはメルボルン・コンベンション・アンド・エキシビション・センター にてPAX Australiaが開催された。2018年1月12日から14日にはPAX South 2018が開催された。PAX East 2018は2018年4月5日から8日まで開かれ、PAX史上初となる4日連続の開催となった。PAX Westも同様に2018年8月31日から9月3日までの4日連続開催を予定している。