1945年（昭和20年）8月15日に終戦の詔勅、9月2日には戦艦「ミズーリ」において対連合国降伏文書への調印が行われ、日本は連合国軍の占領下となる。東條は用賀の自宅に籠って、戦犯として逮捕は免れないと覚悟し、逮捕後の対応として二男以下は分家若しくは養女としたり、妻の実家に帰らせるなどして家族に迷惑が掛からないようにしている。その頃、広橋には「大詔を拝した上は大御心にそって御奉公しなければならぬ」「戦争責任者としてなら自分は一心に引き受けて国家の為に最後のご奉公をしたい。…戦争責任者は『ルーズベルト』だ。戦争責任者と云うなら承知できない。尚、自分の一身の処置については敵の出様如何に応じて考慮する」と複雑な心中を吐露しており、果たして、1945年（昭和20年）9月11日、自らの逮捕に際して、東條は自らの胸を撃って拳銃自殺を図るも失敗するという事件が起こった。
辞任後の東條は、重臣会議と陸軍大将の集会に出る以外は、用賀の自宅に隠棲し畑仕事をして暮らした。鈴木貫太郎内閣が誕生した1945年（昭和20年）4月の重臣会議で東條は、重臣の多数が推薦する鈴木貫太郎首相案に不満で、畑俊六元帥（陸軍）を首相に推薦し「人を得ぬと軍がソッポを向くことがありうる」と放言した。岡田啓介は「陛下の大命を受ける総理にソッポを向くとはなにごとか」とたしなめると、東條は黙ってしまった。しかし現実に、小磯内閣は陸海軍が統帥権を楯に従わず、苦境に陥っていた。正しく「軍がソッポを向いた」のであり、東条の指摘は的確であった。唯一の同盟国のドイツも降伏が間近になり、日本も戦局が完全に連合国軍に対して劣勢となったこともあり、重臣の大半が和平工作に奔走していく中で、東條のみが徹底抗戦を主張し重臣の中で孤立していた。
戦局が困難を極める1944年（昭和19年）には、複数の東條英機暗殺が計画された。9月には陸軍の津野田知重少佐と柔道家の牛島辰熊が東條首相暗殺陰謀容疑で東京憲兵隊に逮捕された。この時、牛島の弟子で柔道史上最強といわれる木村政彦が鉄砲玉（実行犯）として使われることになっていた。軍で極秘裡に開発中の青酸ガス爆弾を持っての自爆テロ的な計画だった（50m内の生物は壊滅するためガス爆弾を投げた人間も死ぬ）。この計画のバックには東條と犬猿の仲の石原莞爾がいて、津野田と牛島は計画実行の前に石原の自宅を訪ね「賛成」の意を得てのものだった。計画実行直前に東條内閣が総辞職して決行されなかった。また、海軍の高木惣吉らのグループらも早期終戦を目指して東條暗殺を立案したが、やはり実行前に東條内閣が総辞職したため計画が実行に移されることはなかった。
1941年（昭和16年）12月8日、日本はイギリスとの間で太平洋戦争に突入し、間もなくアメリカとの間にも戦いを開始した。マレー作戦と真珠湾攻撃を成功させた日本軍はその後連合国軍に対して勝利を重ね、アジア太平洋圏内のみならず、インド洋やアフリカ沿岸、アメリカ本土やオーストラリアまでその作戦区域を拡大し、影響圏を拡大させた。なお、開戦4日後の12月12日の閣議決定において、すでに戦闘中であった支那事変（日中戦争）も含めて、対連合国の戦争の呼称を「大東亜戦争」とするとされた。この時の東條はきわめて冷静で、天皇へ戦況報告を真っ先に指示し、また敵国となった駐日の英米大使館への処置に関して、監視は行うが衣食住などの配慮には最善を尽くす上、「何かご希望があれば、遠慮なく申し出でられたし」と相手に配慮した伝言を送っている。しかし8日夜の総理官邸での食事会を兼ねた打ち合わせの際には、上機嫌で「今回の戦果は物と訓練と精神力との総合した力が発揮した賜物である」、「予想以上だったね。いよいよルーズベルトも失脚だね」などと発言し、緒戦の勝利に興奮している面もないわけではなかった。同じ8日夜には、日本放送協会ラジオを通じて国民に向け、開戦の決意を「大詔を拝し奉りて」という演題で表明した。
現役引退後、1991年から1995年はメッツ傘下のマイナー球団のコーチを務め、1996年から2006年にかけてオークランド・アスレチックスの三塁コーチ（1996年は一塁コーチ）を務めた。2006年11月6日にレンジャーズの監督に就任。この時、レンジャーズのベンチコーチのドン・ワカマツ、メッツの三塁コーチのマニー・アクタ、北海道日本ハムファイターズ監督のトレイ・ヒルマンらが監督候補だった（ワカマツ、アクタ、ヒルマンの肩書はいずれも当時のもの）。2010年3月、前年7月の薬物検査でコカインに陽性反応を示していた事が発覚した。監督としてはレンジャーズを11年ぶりにアメリカンリーグ西地区優勝に導き、さらには球団史上初となるリーグ優勝決定シリーズ進出、そしてワールドシリーズ進出を果たした（1勝4敗でサンフランシスコ・ジャイアンツに敗退）。2011年にもリーグ優勝を果たし、ワールドシリーズに2年連続出場。セントルイス・カージナルスと対戦し、3勝2敗と王手を掛けながらもその後連敗。2年連続でワールドシリーズ敗退となる。2014年2月24日にレンジャーズとの契約を2015年まで延長することに合意したが、9月5日に一身上の理由で監督を辞任した。また、これに伴い、同年11月に日本で開催される日米野球MLB選抜の監督も辞退することになった。2015年5月22日に守備インストラクターとしてアスレチックスに復帰。8月24日より三塁コーチに配置転換され、2016年まで務めた。2016年10月11日に2017年シーズンよりアトランタ・ブレーブスの三塁コーチへの就任が発表された。