1988年3月13日改正で、東京駅 – 新大阪駅間3往復の「ひかり」で運転を開始。当初は東京駅 - 新大阪駅間の「ひかり」のみ使われていたが、増備が進むにつれて運転区間が拡大した。1989年3月11日改正で広島まで、1993年3月18日改正で博多まで運転区間を拡大した。それでも、東京駅 - 博多駅間の「ひかり」はX編成やV編成などを使用していたことからG編成が使用されることは少なかったが、X編成が「こだま」へ転用された後は本数が増えた。一方では300系の増備と0系の廃車が進んだために1995年ごろから「こだま」にも充当されるようになっていた。2003年9月16日の「ひかり309号」（東京発新大阪行き：G49編成）を最後に東海道新幹線での運用から離脱、2004年3月1日のG50編成の廃車を最後にJR東海所属のG編成は消滅した。山陽新幹線においては、2003年9月15日の「ひかり556号」（博多発新大阪行き：G2編成）を最後に16両編成の営業運転を終了する予定であったが、2004年1月22日に代替編成として使用され、「こだま651号」（岡山発博多行き：G7編成）が最後の営業列車であった。2004年3月30日にG7編成が廃車となったことでG編成は消滅した。これによって16両編成の100系も消滅した。
「ひかり」運用の増加に対応するため、9次車として1991年1月から3月にかけて4編成64両（G42 - G45編成）が、10次車として1991年5月から1992年2月にかけて5編成80両（G46 - G50編成）が落成した。1992年2月26日落成のG46編成が100系の最終増備編成である、落成時から特高圧引き通しの実施と集電装置の削減（2・6・12号車のみ搭載。）、集電装置すり板の改良（すり板幅を25mmから40mmに拡大）が行われた。既存編成には追工事の形で対応がなされた。
0系16 - 20次車置き換え用として、1990年4月から1991年2月にかけて10編成160両（G32 - G41編成）が落成した。視認性を向上させるため、電光掲示板の文字の拡大と行先表示器への蛍光灯内蔵、2・3人用個室のデザイン変更が行われた。このため、電光掲示板の時計と距離表示は省略された。電光掲示板の改良は既存編成には行われていない。
0系16 - 20次車置き換え用として、6次車として1989年4月から9月にかけて5編成80両（G16 - G20編成）が、7次車として1989年7月から1990年3月にかけて11編成176両（G21 - G31編成）が落成した。普通車座席に足掛けとバケット形状の座席が採用され、カフェテリア通路部分のポールの本数が5本から4本に減らされている。また、東海道区間のATき電化への準備としてパンタカバー設置と特高圧引き通し準備工事が施された。
山陽新幹線博多開業用として増備された0系16 - 20次車置き換え用として、1988年12月から1989年3月にかけて12編成192両（G4 - G15編成）が落成した。落成時から個室配置が、1人用3室、2人用3室、3人用・4人用各1室となっている。
G編成としての最初の編成であるが、X編成から連続して扱われたため4次車となっている。山陽新幹線博多開業用として増備された0系16・17次車置き換え用として、1988年2月から3月にかけて3編成48両（G1 - G3編成）が落成した。新製時、8号車が食堂車（168形）からカフェテリア・グリーン合造車（148形）に変更された以外はX編成と同様であった。1989年1月から2月にかけて、5次車以降と個室配置を統一するための工事（1人用2室を4人用1室に変更）を実施した。それに伴い、車両番号の変更が行われている（149-7, 8, 9 → 149-101, 102, 103）。
デスクトップでのフォーカスの振る舞いは、ウィンドウ管理のポリシーが支配している。マイクロソフトやアップルのGUIでは、クリックに追随してフォーカスが移動する (focus follows click, FFC)。すなわち、あるウィンドウ内でマウスをクリックすると、そのウィンドウがフォーカスを得る。その際に同時にそのウィンドウが最前面に表示される。UNIXの X Window System では、マウスの移動に追随してフォーカスが移動する (focus follows mouse, FFM) というポリシーもある。すなわち、マウスカーソルの現在位置に従ってフォーカスがウィンドウからウィンドウへ移動する。このポリシーの当然の帰結として、マウスカーソルの下が背景であってどのウィンドウの上でもない場合、どのウィンドウにもフォーカスがない状態になる。そこで、マウスカーソルがどのウィンドウ上でもない場所に移動したときは、直前までフォーカスを持っていたウィンドウが引き続きフォーカスを保持するというポリシー (sloppy focus) もある。なお上述のとおり、マイクロソフトのGUIは通常focus follows clickポリシー動作だが、Windows 10ではコントロールパネルでの設定により「focus follows mouseポリシーで動作させる」ことも可能になっている。どのポリシーがよいかは議論の分かれるところである。FFMの場合、マウスに何かが当たるなどしてマウスカーソルが意図せずに移動したとき、知らないうちにフォーカスも移動するという状況があり、初心者が戸惑うことがある。しかし、慣れてくると便利であり、特にフォーカスを得たウィンドウを最前面にしないポリシーと組み合わせると、様々な制御が可能になる。例えば、大きなウィンドウが背面にあって小さなウィンドウが前面にあり、これらウィンドウ間のコピー・アンド・ペーストをするときに、ウィンドウ配置（前後関係）を全く変えることなく実行できる（Alt+Tab でアクティブウィンドウを切り替える必要がない）。FFMは、メニューバーが個々のウィンドウ内に組み込まれているようなインタフェースでのみ実施可能である。macOS のように単一のグローバルなメニューバーが画面上端にある場合、画面下部にある小さいウィンドウのメニューを使おうとすると、まずそのウィンドウにマウスカーソルを移動させてフォーカスを与え、続いて画面上端まで他のウィンドウを横切ることなくマウスカーソルを移動させなければならない。したがって、非常に使いにくくなる。