競艇では、競走で艇がスタートでフライングを切ると、その艇に関わる舟券は全て返還となり、特にSGの優勝戦ともなるとその返還額は数億円に及ぶ事もあるため、フライング防止は主催者にとっては死活問題となっている。そこで1995年8月に住之江競艇場ではフライングの防止のために、スタートラインの手前に設けられた装置が艇の進入のタイミングを自動的に計算して、フライングを切りそうなタイミングで突っ込んできた艇に乗っている選手に対し（選手のヘルメットに装着されている）スピーカーを通じて音を発して減速する（レバーを放る）ように警告するフライング警報装置 (FKS) を導入した。その後、レースではFKSの警報音を鳴らした選手がスリット寸前で大きくアジャストする場面が多く見られ、本当のスタート勝負が出来なくなってレースの面白みに欠くようになった他、装置が数億円と非常に高価なものであったなどの理由で2003年3月に廃止された。
2006年は5月10日に初めて一軍に昇格し、5月11日に代走で初出場。5月12日に「9番・二塁手」で初めてスタメン出場を果たし無安打だったが、5月13日は休養の西岡剛に代わり「1番・遊撃手」でスタメン出場。この日も4打数無安打だったが、10回裏二死二塁の場面でプロ初安打よりも先にプロ初敬遠を記録する珍しい事態が発生した（試合は福浦和也がサヨナラ安打を放ち勝利）。5月14日に黒田博樹からプロ初安打を放った。最終的には31試合に出場するも打率1割台、三振率は4割を超えるなど結果を残せず、昇格してからちょうど1か月後に二軍落ちした。二軍では左方向への安打を量産し、打率.343でイースタン・リーグ首位打者を獲得し、1年目から二軍の主力選手として活躍した。二塁打24本も同リーグ1位。11盗塁を決めたが盗塁失敗は12回も記録した。5月25日の阪神タイガース戦で、3-2と1点リードの9回表無死三塁のピンチで、4番・金本知憲のセンター前に抜けるような当たりを前進守備ながらもダイビングキャッチで好捕し、一塁に送球する前にずれた帽子を一瞬で直すという新人離れの余裕を見せた（根元自身は無意識だったと話している）。このプレーが相手に傾きかけた流れを阻み、試合に勝利した（このプレーは好プレーなどプロ野球の好珍プレー番組で何度か紹介された）。5月27日の対巨人戦では代走から途中出場し、10回表無死一塁で打席についた。ここで、ボビー・バレンタイン監督からバスターエンドランを指示されると、福田聡志が低めに投じたストレートをセンター前に弾き返し、直後の福浦の決勝適時打を呼び込んだ。本人の最も印象に残っている試合・プレーとしてあげている。2007年は「9番・二塁手」で初の開幕戦スタメン出場を果たす。プロ初本塁打を打ち、打率.266とまずまずの成績を残していたものの、二塁のレギュラーには青野毅が定着し、青野の離脱後はホセ・オーティズが二塁のレギュラーになったため、怪我の影響もあり結局この年も一軍定着はならなかった。二軍では規定打席には到達しなかったものの、打率.383と引き続き高打率を記録した。2008年は春先から好調を維持。4月13日の対北海道日本ハムファイターズ戦では、10回裏に武田久からプロ入り初のサヨナラ安打を放った。また、7月11日の対東北楽天ゴールデンイーグルス戦で、球団新記録となるチーム今季4本目のランニングホームランを放ち、こちらも球団新記録となる高卒ルーキー5勝目をあげた唐川侑己と共にヒーローインタビューを受けた。打率は3割台前半を推移していたが、8月に調子を落とし、最終的には打率.296と3割を切ってしまった。しかし、110試合に出場し、プロに入ってからは最高となる成績を収めた。なお、この年から2010年まで姓が同じ読みの根本朋久が在籍したため、「ねもとしゅんいち」とアナウンスされている（スコアボード表記は「根元」のまま。千葉マリンスタジアムでのベンチ入りメンバー紹介の時だけ「根元俊」と表記。ちなみに根本朋久は「根本朋」と表示される）。2009年は井口資仁の入団で出番が減少し、井口や西岡の負傷離脱時も結果を残すことが出来ず打率.174に終わり、西岡離脱の穴を埋めた早坂圭介やこの年初めて3割を記録した塀内久雄に多少遅れをとってしまった。守備面でもイップスを発症し安定した送球ができなくなり、克服のための苦難が始まった。2010年は1月10日に一般人女性と結婚。打率.196に留まり、目立った成績を残せなかった。2011年8月21日の対西武戦で、牧田和久から自身3年ぶりのサヨナラ安打を放った。2012年は、オープン戦で打率.390と好結果を残し、開幕戦で2番・遊撃手としてスタメン起用された。その後、1年を通じて遊撃手のポジションに定着。自身初の規定打席到達を果たした。チームでホームラン数が多いことから、シーズン終盤には3番打者として起用されることもあった。また、この年の犠打数40は日本ハムの小谷野栄一と並びこの年のパリーグ最多である。2013年シーズンより、背番号を2に変更。春先に肩の弱さや送球の不安定さを露呈してしまう場面が多くあり、セカンドを守っていた鈴木大地と二遊間を交換する形でセカンドにコンバートされた。また、7月26日に左太もも痛で登録抹消されたこともあり、成績は昨年より下がった。2014年も開幕スタメンに名を連ねたものの、打撃の調子が上がらず、新外国人のルイス・クルーズの加入もあって出場機会が激減した。終盤は井口に代わって一塁手として起用されたが、結果を残せず打率は1割台に終わった。2015年は、ルーキーの中村奨吾の加入や高濱卓也の台頭により、出場機会はさらに減少した。打率は前年より持ち直したもが、守備では一塁手や指名打者での出場が多くなり、62試合の出場に終わった。2018年9月27日に今季限りで引退することを発表した。10月7日、ZOZOマリンスタジアムでの福岡ソフトバンクホークス戦で引退試合が行われ、7番・左翼手としてスタメンフル出場(8回から右翼)。遊ゴロ、中飛、左邪飛、二ゴロと4打数無安打で現役生活を終えた。10月16日、球団から一軍内野守備・走塁コーチへの就任が発表された。