戦前は、地域コミュニティを構成するための国家神道が行われたが、北海道にあっては札幌神社がその中心地となった。札幌神社には皇典講究所の分所が設けられ、北海道内の神職の養成や教布が行われた。これ以前に北海道の各地にあった神社は、各地方の人々の個々の信仰に拠って建立されたものだったが、これ以降、公式に認可される神社は日本の祭政一致の政治制度の一つとして建てられるようになった。北海道における札幌神社の有り様は、のちに台湾、朝鮮などに建立される外地神社のモデルとなった。
1889年（明治22年）に、伊勢神宮の式年遷宮により、伊勢神宮の外宮正殿を移築し本社殿とした。1893年（明治26年）には官幣中社、1899年（明治32年）にはついに官幣大社となった。
当初は9月1日を例祭としていたが、1872年（明治5年）に6月15日を例祭とする勅旨が出た。当時の開拓使長官黒田清隆は、6月15日当日は官民をあげて業務を休みとし、参拝（遠方の場合は遥拝）するよう、全道に布告した。これ以降6月15日が札幌祭りの日となって、現在も当日は郷土の日として札幌市内の公立学校などでも半日休業が行われる。また、札幌一円の建設業界は一斉に休業する習わしになっている。
『北海道神宮史』によると、正式に「一ノ宮」とされたことはないが、一般には「一ノ宮」と呼ばれていた。上述のように、構想段階ではしばしば「蝦夷地一ノ宮」とか「北海道一宮」と称するものがあったものの、これらが採用されたことはない。しかし、当時の史料や後世の文献でも「一宮」と称する例は多くみられ、例えば当時作られた札幌の地図では「一之御宮」と記されている。北海道神宮（当時は札幌神社）の創建の際、神職の選任にあたって函館本願寺の僧が選ばれたが、この時も「北海道一ノ宮の神職」として発令された。
1871年（明治4年）6月14日に勅旨によって札幌神社と命名され、国幣小社に列せられた。当時の東久世通禧の日誌によると、明治天皇の勅命によって奉斎されたことから、札幌神社は勅祭社と同様の扱いとされた。
これより古く、安政4年（1857年）から福島出身の早山清太郎が札幌に住み着いていた。早山清太郎は豊平街道と元村街道の辻に小祠を建て、周囲からは当時一般的な山神を祀るべきだと言われるにもかかわらず、出雲神を祀っていた。札幌に着任した島義勇は、明治天皇から預かった開拓三神を既に早山清太郎が札幌で祀っていたことに感銘を受け、1870年（明治3年）5月に北海道 (令制)石狩国札幌郡の創成川河畔に仮社殿を造り、官舎から神代を移して開拓神勅祭社とし、北海道一宮と称した。仮社のあった場所は2通りの説があり、定まらない。一つは現在の札幌市北区北6条東1丁目、もう一つの説は北5条東1丁目で、通りの北側か南側のいずれかということになる。『北海道神宮史』では、各種の史料と当時の地図を検証し、北5条東1丁目が正しいであろうとしている。早山草太郎は後述の通り、現在の北海道神宮の位置選定に携わった。その後も札幌神社に関わり、昭和30年代までは毎年の祭りの神輿渡御の先頭を務めていた。
北海道の開拓は明治初年から懸案事項となっていたが、開拓にあたって、明治天皇は北海道鎮護の神を祭祀するよう勅を発した（明治2年9月21日）。北海道開拓の守護神として、大国魂神・大那牟遅神・少彦名神の開拓三神が奉遷されることになった。北海道鎮座神祭が行われ、北海道開拓使長官の東久世通禧以下23名らが参列した。神祇伯中山忠能によって祭祀が行われ、三面の神鏡が東久世通禧に託された。開拓使の一行は英国船テールス号で品川から函館へ到着した。東久世通禧は函館に赴任したが、函館は北海道の南端にあり、全土を管掌するにはより中央部に行かなければならなかった。そこで、東久世通禧の名代として島義勇が三神鏡を携えて札幌に赴くことになった。島義勇は自ら神体を背負い、雷電、黒松内、岩内、余市を経て10月に銭函に到着した。札幌に官舎が完成してすぐの12月3日に札幌に移った。
富士重工業製レールバスの一種、LE-Carのボギー車版LE-DCで、信楽高原鐵道列車衝突事故を契機に作られた安全推進会議の提言をできる限り採用した。塗装は登場当初より、緑帯に狸のキャラクターと会社のロゴが描かれており、SKR200形と狸のキャラクターが異なる。内装は、デビュー時のSKR200形と窓の配置・定員以外は同様で、SKR200形と同型の料金箱・整理券発行機が搭載されている。正面の下部に油圧バンパーを設置、車内のバリアフリー化を行い車椅子スペースが取られた。その影響で、定員が4人減少した。老朽化の進行により2015年（平成27年）に代替車としてSKR400形が導入された。当車には同年9月28日からさよならヘッドマークが装着され、10月3日をもって営業運転を終了し、翌4日付で廃車された。廃車後は当初スクラップとして解体される予定だったが、譲受したい意向を示した紀州鉄道に無償譲渡され（同鉄道はそれまでレールバス車両2台体制で運行していたが、車体の老朽化などで1台が使えなくなっていた）、KR301となり、2016年（平成28年）1月31日に営業運転を開始した。