総武線快速が朝の1往復のみ木更津駅発着である以外は君津駅まで乗り入れている。内房線内では巌根駅を除く各駅に停車する。グリーン車付き15両編成または11両編成での運転である。運転本数は一部時間帯を除き1時間に1本で、1972年の設定当初は千葉駅 - 木更津駅間の停車駅は五井駅のみだったが、ダイヤ改正を重ねるにつれて停車駅が増えていき、1990年時点の千葉駅からの停車駅は蘇我駅・八幡宿駅・五井駅・姉ケ崎駅・木更津駅となっていた（ラッシュ時のみ長浦駅にも停車）。その後も沿線自治体による快速停車の陳情で、徐々に停車駅が増えていき、2001年12月1日の改正でラッシュ時のみ袖ケ浦駅に停車、2004年10月16日からは長浦駅・袖ケ浦駅に終日停車し、2009年3月のダイヤ改正では浜野駅、2010年12月4日のダイヤ改正から本千葉駅にも停車するようになり、千葉駅 - 木更津駅間の通過駅は巌根駅のみとなっている。2015年3月14日のダイヤ改正では特急「さざなみ」の本数減便による建て替えで一部の普通列車を総武快速線直通に変更、千葉発木更津行きの列車（巌根駅は通過）も朝に下り1本のみ新設された。2017年3月4日のダイヤ改正では特別快速が走っていた時間帯に増発され、これにて総武線快速の設定のない時間帯がなくなり、1時間に1本以上運転されるようになった。
普通列車は、日中は主に千葉駅 - 木更津駅・君津駅間、木更津駅 - 館山駅間および館山駅 - 安房鴨川駅間の列車が運転される。千葉から安房鴨川までの内房線全線を直通運転する列車は少ない。複線区間の千葉駅 - 木更津駅・君津駅間は総武線快速直通列車も合わせると1時間に3本程度（巌根駅を除く）運行されている。君津駅以南は単線で、朝夕は多少本数が増えるが、基本的に1時間に1本程度の運行となっている。なお、2017年3月4日の改正で、日中時間帯の千葉駅 - 館山駅間の系統は木更津駅 - 館山駅間の運転に変更され、横須賀・総武線からの快速列車と木更津駅 - 館山駅間で運行する普通列車を君津駅で隣のホームで乗り換えるようになった。館山駅 - 安房鴨川駅間についても、区間内を折り返し運転する列車がほとんどで、館山以北との直通列車は少なくなっている。館山駅での木更津方面の列車と安房鴨川方面の列車の接続も良くない。かつては安房鴨川駅で外房線と相互直通を行う列車もあったが、現在は安房鴨川駅を越えて運転される列車はない。京葉線直通列車は君津発東京行きの普通列車（京葉線内も各駅停車）が夜に2本設定されている。千葉駅 - 千倉駅間では最大10両編成、千倉駅 - 安房鴨川駅間では最大8両編成（ホーム自体は10両編成に対応）で運転されている。
京葉線の東京駅から君津駅まで特急「さざなみ」が運転されている。かつては特急「ビューさざなみ」や、朝の上りに「おはようさざなみ」、夕方下りに「ホームタウンさざなみ」が運転されていたが、2005年12月10日のダイヤ改正で「さざなみ」に統一された。また、臨時列車であるが、週末に特急「新宿さざなみ」（主に新宿駅 - 館山駅間）が運転されている。かつては千倉駅まで運転する列車もあった。またかつては停車パターンが列車ごとに異なっていた。2015年3月14日のダイヤ改正で、特急「さざなみ」の定期運用ではすべての列車が平日に東京駅 - 君津駅間での運転に統一され、君津駅 - 館山駅間の特急列車の運用は土曜・日曜・祝日の臨時特急「新宿さざなみ」のみとなった。
明治2年（1869年）、廃仏毀釈により廃寺となり、跡地は墓地となった。西南戦争の際には、この場所でも薩摩の志士が集団自決をしたという。現在、跡地の墓地には隣に鹿児島県立伊集院高等学校が建てられており、案内看板が建てられている入口には阿形（あぎょう）の仁王像がある。この仁王像について妙円寺61代住職・伊藤憲一は、これは広済寺の仁王像ではなく、妙円寺にある2体の仁王像こそが廃仏毀釈のときに広済寺から運び出されたものと主張している。他に、本堂の鬼瓦も残っている。入口近くの墓地には、海軍中将・有馬正文の墓や、第14代住職・義海の墓、六地蔵塔などがあり、道をさらに奥へと進み一段高くなった場所には、第17代住職・関宗や、第20代住職・有山玄怒など歴代住職の墓や、明治16年（1883年）6月24日に亡くなった善福寺最後の住職・悟山大道の墓が残されている。『三国名勝図会』にも描かれている広済寺の鎮守社「熊野神社」は「五郎八神社」とも呼ばれており、伊集院高校では体育祭で、花咲かじいさんのメロディに乗せ「ごろはち神社に願かけて、どちらが勝つかと聞いたれば、我ら〇軍、勝ち、勝ち、勝ち勝ち」という応援歌を歌っている。広済寺が廃寺となった後も、廃仏毀釈に伴う神仏分離により、この熊野神社は今も存在しており、広済寺跡側にある伊集院高校の脇から入れる、車も入れない細い小道を奥に行った、伊集院高校のグラウンドに隣接した場所に、こぢんまりと存在している。熊野神社は現在、地元の者たちによる寄付により改築された社が建っており、上部に掲げられた扁額には、「熊野権現、日吉山王、三寶荒神」と書かれており、鳥居の手前にある門柱には、「無格社　熊野神社」と記載されている。ちなみに、広済寺については『伊集院郷土誌』にも詳細が記載されている。伊集院駅北口から日置市伊集院総合体育館までの通りは「駅東口線」という通り名があったが、新たに正式名称を公募で行い、新たな伊集院駅舎における橋上改札口と、北口から南口まで繋がる通路が2015年6月6日に仮オープンしたのに合わせ、同月に「広済寺通り」となった。