まず医療施設の中で、安全でプライバシーの確保された環境に保護し、一人にさせてはならない。特に児童青年が自傷行為を行った場合、通常は児童青年病棟に一晩入院させるべきであり、それ以降にフォローアップを行うとNICEは勧告している。非精神科病棟への入院は好ましくなく、やむをえない場合は自傷が繰り返されないよう厳密な対策が求められる。境界性パーソナリティ障害や心的外傷後ストレス障害（PTSD）など、関連疾患の症状を呈している場合には、それぞれのガイドラインにならって心理療法・薬物療法などを行う。
自傷者は、ある程度の時間がたつと精神的ストレスを言葉で表現することが多くなってくる。もともと自分自身の抑圧されたストレスが表現できなかった者に多いため、周囲の環境によっては回復することも少なからずある。実際に、精神的に落ち着けば自傷行為が治まる場合も多く、年齢と共に自傷行為をする人口は減る。これは、年齢に応じた経験によって自己を確立する術を手に入れたからと考えられる。また、結婚などによって治まることもある。しかし、愛情にうまく対応できず離婚してしまい、再び自傷行為をしてしまう者も多い。だが、生涯にわたって影響が見られる場合が少なくない。より深刻な心的外傷後ストレス障害や解離性同一性障害の人もいる可能性もある。
リストカットを含む自傷行為が始まるのは精神的に最も不安定であった時期より数年遅れることが多く、若ければ10歳前後から始まる。酒や薬などを用いて始めることもあるが、多くの場合は自然に発症する。当初の感覚は強い憤り、不安、パニックなどである。前兆として、その感情を抑えようと物を投げたり壊したりすることもある。当初は周囲に対する恥辱感から傷口を隠すことが多い。通常は腕時計やリストバンド、長袖などで傷口を隠す。小学生など、年齢が若い場合は自傷行為についての知識がさほどないためか、刃物以外で自傷行為をすることが多い。
虐待された者が必ずしも自傷行為をするわけではない。鹿児島大学が2006年1月に発表した、九州の5大学に通う1〜2年生1626人を対象にした調査がある。回答者1592人（男性831人、女性761人）のうち、自傷行為の経験者は120人（7.5%）であり、「家族からの放任や罵倒などを経験した」と答えた人が自傷行為をする危険性は、そうでない人の8.7倍、「第三者からの性的暴力を受けた」が5.8倍、「教師や友人からの無視を経験した」が5.5倍、「両親からかわいがられた経験がない」が4.2倍であった。
自身の身体についての所有意識が希薄であるケースも見られ、内在する病理の問題点が指摘できるが自傷行為との直接の因果関係は不明である。家父長制度のような社会文化的制度により自身の身体が自分のものではないとする漠然とした認識を持つようになることが誘発因子であるとする見方は当たらない。イスラム社会のように家父長制度が長く、現在でも極めて強い諸国での自傷行為が日本など先進諸国よりも多くみられるとの信頼に足る報告は無い。
自傷行為の原因として、脳内のセロトニン不活性も考えられている。しかし、その生化学的因子は幼少期にトラウマを負ったことによっても形成されるとされているので、現時点ではそれが遺伝的因子と同一であるかについての結論は出ていない。アルコール依存症などの遺伝的因子は、自傷行為をよりひどくする因子であると考えられている。
アルコール乱用、薬物乱用と関連性がある。10〜24歳では、SSRI系の抗うつ薬が自傷行為を増加させると結果が見られており、特に高用量から服用を開始した場合、自傷行為の出現頻度は2倍であった。
自傷行為をする者に最も疑われるのは境界性パーソナリティ障害、解離性同一性障害である。DSM-IV-TRでは境界性パーソナリティ障害の診断基準の5番目に「自殺の行為、そぶり、脅し、または自傷行為のくり返し」が含まれている。この他にはうつ病、双極性障害演技性パーソナリティ障害、自己愛性パーソナリティ障害、強迫性障害なども疑われる。また、統合失調症と判断されることもある。精神医学上は自傷行為はそれらのパーソナリティ障害、解離性障害などの精神障害の二次的な症状であるとされ、それ単独で起こるとはされない。しかしながら実際には、必ずしも症状の深刻さと自傷行為のひどさは一致しないことが分かっている。これは本人に「自傷行為者（リストカッター）としてのアイデンティティ」が確立するか否かによるようである。これはかつて多くの精神病者と病院との間の関係で社会学者達から指摘されたものであり、病院での交友関係が定常化して「自分は健常者」という意識がもてなくなることによるとされる。
小腸上皮細胞の刷子縁膜において、レクチンの一種であるインテレクチン1（別名HL-1）がラクトフェリン受容体として機能していることが明らかになっている。ラクトフェリンは刷子縁側からインテレクチンを介して上皮細胞に取り込まれ、細胞応答を引き起こす。以前はラクトフェリンが小腸における鉄イオンの取り込みを担っていると考えられていたが、この仮説は現在では否定され、DMT-1(Divalent metal transportor 1) がこの役割を担っているとされている。リポタンパク質の細胞内への取り込みを担っているLDL受容体関連タンパク質-1(LRP-1/CD91/α2マクログロブリン受容体)のリガンドの一つがラクトフェリンであることが明らかになっている。骨芽細胞や線維芽細胞において、ラクトフェリンによりLRP-1依存的に細胞内情報伝達経路が活性化される。また、CHO細胞においてヌクレオリンが、マクロファージにおいてグリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素(GAPDH)が細胞表面におけるラクトフェリン結合タンパク質として報告されている。興味深いことに、GAPDHを除いてトラスフェリンはこれらの受容体とは相互作用しない。ナイセリア科の細菌およびモラクセラ科の細菌の一部は、ラクトフェリンが抗菌活性を発揮しない。これらの細菌では、ラクトフェリン受容体が細胞表面に発現しており、生育に必要な鉄を取り込むためにむしろラクトフェリンを利用しているが、これは真核細胞のラクトフェリン受容体とは全く構造の異なるタンパク質である。