2005年、ファン・ラモン・ロペス・カロ監督が指揮し、チームがセグンダ・ディビシオンへ復帰すると、レアル・マドリードBは「カスティージャ」の名称を復活させ、レアル・マドリード・カスティージャとなった。2006年にはクラブ施設のシウダード・レアル・マドリード（Ciudad Real Madrid）内の新スタジアムが「エスタディオ・アルフレッド・ディ・ステファノ」と命名され、フランシスコ・モレーノ・カリニェーナがここ16年間で初のトップチームから独立した会長に就任した。2006-07シーズン、22チーム中19位（下位4チームが降格）という成績で、セグンダ・ディビシオンBへの降格が決定した。2008年12月には監督を務めていたミチェルがカンテラ軽視政策を批判して辞任。フレン・ロペテギが監督に就任した。2011年1月にはアルベルト・トリルが監督に就任。2010-11シーズンはリーグ3位となるも、プレーオフの結果昇格することはできなかった。翌2011-12シーズンにはリーグ優勝を果たし、プレーオフでもカディスCFを2試合合計8-1で下してセグンダ・ディビシオン昇格を決めた。2013-14シーズンには22チーム中20位となり、セグンダ・ディビシオンBに降格した。2014年7月にジネディーヌ・ジダンが監督に就任。2015-16シーズン中の2016年1月4日、トップチームの監督であったラファエル・ベニテスの解任に伴い、ジダンがトップチームの監督に昇格。カスティージャの新監督にはフベニールAの監督を務めていたルイス・ミゲル・ラミスが就任したが、2015-2016シーズンのプレーオフでセグンダ・ディビシオン昇格を逃した結果、退任した。2016年6月、後任にクラブOBでフベニールAの監督であった元アルゼンチン代表のサンティアゴ・ソラーリが昇格。2018年10月、トップチームの監督であったフレン・ロペテギが成績不振により解任、ソラーリがトップチームの暫定監督に就任した（同年11月に正式に監督に就任）。後任にはSDポンフェラディーナの元監督であったホセ・マヌエル・ディアスが復帰したが、2018-2019シーズンはプレーオフでセグンダ・ディビシオン昇格を逃した2019年6月20日、現役時代はクラブの象徴的存在であり、前フベニールB監督のラウル・ゴンサレスが監督に昇格。
1991年、スペインサッカー連盟がトップチームと下部組織のチームの名称の統一化を図ったため、カスティージャCFはレアル・マドリード・デポルティーバ（Real Madrid Deportiva）と名称を変更した後、最終的にレアル・マドリードB（Real Madrid B）に落ち着くこととなった。1990年代、二人の元レアル・マドリードの選手達、ビセンテ・デル・ボスケとラファエル・ベニテスがこのチームで監督のキャリアをスタートさせている。1997年、レアル・マドリードBはセグンダ・ディビシオンBに降格するが、チームは素晴らしい選手達を輩出し続けた。レアル・マドリードのトップチームで地位を確立した、ラウール、ラウール・ブラボ、グティ、イケル・カシージャスなどのメンバーである。また、イスマエル・ウルサイス、サンティアゴ・カニサレス、ミスタ、ルイス・ガルシア・フェルナンデスなどの元レアル・マドリードBの選手達も、移籍先のリーガのクラブで成功を収めている。
1 - 6番線の北側と7 - 16番線の中央を東西に（やや東が北寄りになる）連絡する地下通路である。東端は中央東口でルミネエスト新宿の地下1番街の南端に出る。改札内で東口とつながっており、自動券売機も北通路と共通である。なお、5・6番線ホームはここから大きく離れているため、地下通路が設置されている。中央東口改札口は京王線と小田急線の改札口（出札・集札）を兼ねており、京王と小田急にとって唯一の駅東側の改札口で、JR東日本に改札業務を委託している。中央東口改札口に隣接して、JR東日本線の他に京王線と小田急線の運賃表と自動券売機がある。JR改札内（中央通路）を経由して連絡改札口を通ることで、京王や小田急の改札内へ入れる。なお、中央通路からSuica、PASMOで京王線や小田急線を利用する場合は中央東口改札口から入場しなければならない（その逆も同様）。Suica、PASMOのチャージは京王線・小田急線用の券売機ではできないが、JR線用の券売機でできる。なお、京王線・小田急線用の券売機はSuica、PASMOには対応していない。また、京王線用の券売機は通常の私鉄共通の地紋の券を発行するが、小田急線用の券売機はJR東日本の地紋の券を発行する。ここで購入した券は中央東口でしか使えない旨の告知があるが、それは他のJRの改札口で使えないことを意味しており、実際はここで購入した券を各社の改札口で用いたり、各社の改札口の券売機（都営大江戸線改札Cで発売する都営地紋の京王線乗車券を含む）を中央東口で用いることができる。ちなみに、京王線および小田急線の入場券で入場することもできるが、他のJRの改札口や各社への連絡改札は通ることができず、中央東口からしか出場できない。また、京王線については京王線新宿に準じているため、前述の通り都営地紋の京王線乗車券での入場は可能（逆にJR中央西口で京王線に乗り継ぎ精算したJR地紋の京王線乗車券でJR中央西口を出場し都営大江戸線改札Cから入場することも可能）なものの、自動改札機においては都営線乗車券では入出場共に不可。出場については京王線および小田急線の精算券の取り扱いは可能なので都営線の切符を京王の精算機で精算したものは中央東口から出ることができる（京王線のものについては後述）。ちなみに、Suica・PASMOでの入出場であればJR中央東口から京王線ホームを経由しての都営線の利用も可能である。西端の中央西口改札口は5つある。地下道から見て左端および右から2番目が小田急線連絡口、右端が出口専用改札（中央通路から西口へ出るためにある。改札内で中央通路から西口に行くにはホームかアルプス広場を経由する必要がある。）である。出口専用改札を出ると小田急百貨店新宿店の地下から西口地下広場に出る。2つの小田急線連絡口の間には京王線連絡口へと通じる通路が続いている。その通路を歩くと右が京王線連絡口、左が出入口兼用のJR中央西口（通称京王口）改札口であり、出ると京王百貨店の地下入口から小田急エース南コーナー、京王モール方面に連絡する。京王口は京王に改札業務を委託しており、京王線と同じ係員が京王線と同じ機器で対応する。トイレはJR中央東口の外に向かって右側と前述の北通路に通じるアルプス広場にある。車椅子やオストメイトなどの利用に対応した多機能トイレも設置されているが、普段は施錠されており、利用時はドア横のインターホンから駅員に連絡する。エスカレーターは7 - 14番線の各ホームと中央通路を結び、エレベーターは7・8番線と中央通路を結んでいる。なお、9・10番線のホームには、7・8番線ホームと同じ位置にエレベーターを設置するスペースが確保されている。中央東口に近いコンコースにある発車標は、通常よりも小さいものが設置されている。