元々「OVAのようなストーリーを短期間で連続展開していく」というコンセプトで作られていたが、初期段階で人事異動がありプロデューサーを稲垣浩文、ディレクターを徳島雅彦、シナリオを千葉智宏が担当することとなった（これを開発者の座談会では「キラーパス」と呼称していた）。特に千葉にパスが行ったのが一作目のシナリオ締め切りの2週間前というタイトなスケジュールであった。また攻略本制作が仕事であった千葉にとってはゲームのシナリオを初めて挑む作業となった。「戦慄のブルー」というタイトルや「EXAM」などの設定は前任のシナリオ担当の時点で作られていた。元々はジオン軍視点のゲームであったが、開発当時のガンダム作品の設定では連邦軍のMSや兵器のバリエーションが不足しており連邦軍視点として作り直す事となった。連邦及びジオンのMSのカラーリングが修正されているのは当時のゲーム機のポリゴンの計算精度及び描画性能に限界があり、色違いパーツが重なる部分が頻繁に書き換わって目立つのを防止するための措置である。ブルーが青一色のカラーリングになっているのはこれが要因の1つ。開発当時の状況は、セガサターンのポリゴン性能はライバル機であったプレイステーションに見劣りするものであったし、またジムや新規のモビルスーツが主役のオリジナル作品は未知の分野であり受け入れられるかどうかも分からず、タイトル発表時は期待されていなかったという。　しかし各媒体へのテストロムの配布後に状況は好転する。各ゲーム雑誌でも大きく取り上げられるようになり、また体験版の配布などではセガの協力も得ることができた（当時は劇中設定が厳密に規定・管理されておらず、劇中設定と矛盾するMSをゲームに使うことができた。そのため公式設定と異なる部分があるという注釈をつけて発売されることになった。一作目でパッケージにジム、ゲーム本編にジム・コマンドが使われているのはこれが理由）。
正式名称は「第11独立機械化混成部隊」。本作の主人公であるユウ・カジマらが所属する地球連邦軍のMS部隊の通称である。特定の方面軍ではなくジャブロー直属の独立部隊であるため、作戦ごとに戦場を渡り歩いている。これは部隊の目的がMSの運用データの収集（モルモット隊という通称はこれに由来する）にあり、激戦区を転戦することによりその任務を達成するためである。ただし、現地の部隊からは上層部からのお墨付きを得て戦果を独占しているとして、やっかみや嫉妬の目で見られることが多く、他の部隊との関係は良好とはいえない。MSパイロットをはじめとする人員は各方面から選抜された者によって構成されている。ただし消耗率も極めて高く、優先的に補給を受けられるとはいえ、それらはほぼ帳消しとなっている。また、人的消耗も著しく、部隊創設当初は10名のパイロットがいたにもかかわらず、作中ではユウ、フィリップ、サマナの3名のみが生き残るに留まっている（小説版ではパクが新たに配属された）。漫画『ザ・ブルー・ディスティニー』ではユウたち第一小隊の他に、第二小隊、第三小隊も存在している。戦力としてはMS5機とホバートラック2両、支援ヘリ2機を有する。通常はMS3機とホバートラック1両もしくは支援ヘリ1機の編成で運用される。残りのMS2機は本隊警護及び予備機とする。これらの機体と人員の輸送は7機のミデアによって行われる。ちなみにこのミデアは、小説版の記述によればTV版の機体とは異なり、ミサイルを装備するなどして火力を強化している。形状も『機動戦士ガンダム0080 ポケットの中の戦争』に登場したC-88と呼ばれるタイプである。なお、「裁かれし者」で宇宙へ戦場を移した際には、宇宙用の機体、装備が配備されず、フィリップとサマナは鹵獲したザク、果てにはボールに乗って出撃していた。作中、MSの運用データ収集はジャブローにアムロ・レイの操縦するガンダムのデータが届けられたことによって終了し、以後はブルーの実験部隊としてだけでなく、独立遊撃部隊として各方面を転戦する。ブルー2号機が奪取された後には宇宙へと上がり、実質的な討伐部隊となる。星一号作戦にも参加し、一年戦争終戦後に解散した。
コクピット視点による3Dシューティングゲーム（FPSに該当）、自分の操縦する機体を見ることはできない。ミッション（ステージ）数は各巻につき5ずつ。ミッションをクリアするとそのステージで獲得した得点と装甲の被弾率、オプションで設定された難易度によってAからEの5段階でランクがつけられ、その巻のミッション全てをAでクリアすると、主人公であるユウ・カジマの階級が一段階昇進する（少尉から始まり最高で少佐まで）。昇進したデータは次の巻に引き継ぐことができ、最終的なエンディングで語られるユウの戦後の消息が変化する（マルチエンディング）。2作目以降は、セガサターンツインスティックでの操作にも対応している。
ὁ βίος βραχὺς, ἡ δὲ τέχνη μακρὴ, ὁ δὲ καιρὸς ὀξὺς, ἡ δὲ πεῖρα σφαλερὴ, ἡ δὲ κρίσις χαλεπή. δεῖ δὲ οὐ μόνον ἑωυτὸν παρέχειν τὰ δέοντα ποιεῦντα, ἀλλὰ καὶ τὸν νοσέοντα, καὶ τοὺς παρεόντας, καὶ τὰ ἔξωθεν.— ヒッポクラテース、『箴言』i.1.人生は短く、技術は長い。 危機は逸しやすい。 経験は危うく、判断は難しい。 医者は自分自身にとって正しいことをするのに備えるだけでなく、患者、付添人、その他外部の人たちを協調させることにも備えなければならない。 （Francis Adamsによる英訳からの重訳）大意としては「人が手技を学ぶにはあまりにも時間がかかるため、一生涯は十分ではないだろう」という意味であり、技術者（ここでは特に医者）が勉学をおろそかにし、時間を無駄にすることへの警句である。 上記の原文をラテン語に訳した際に、「人生は短い」と「技術は長い」の順番が入れ替わって"Ars longa, vita brevis, occasio praeceps, experimentum periculosum, judicium difficile."、アルス・ロンガ、ウィータ・ブレウィス、オッカースィオー・プラエケプス、エクスペリメントゥム・ペリクロースム、ユーディキウム・ディッフィキレとなり（「医者は自分自身にとって…」以降は省略）、この先頭部分が成句となった。この警句はルーキウス・アンネウス・セネカ のDe brevitate vitaeにInde illa maximi medicorum exclamatio est. «vitam brevem esse, longam artem と引用されているほか、近世以降もヨーロッパ文学に様々に引用されている。