2007年1月10日に彼の資金管理団体「明風会」が、賃貸料がかからない議員会館を事務所にしながら、年間約4000万円を事務所費として政治資金収支報告書に記載していたと一部で報道された。また、一部の資金を交通費・飲食費などにも流用していた。秘書官は「飲食を含む会合費としても300万～400万円かかっているし、夫人や秘書の京都との往復交通費もかかる。事務所が議員会館だけでなく京都にも存在している」と説明している。また、彼が代表を務める「構造改革研究会」も政治活動が乏しいのに事務所費を支出したと報道された。1月12日深夜、自身が記者会見に応じ「（会員の国会議員間の）勉強会はやめたが、相互の親睦をやっている」と不正支出疑惑を否定した。「（領収書の必要な）政治活動費に入れるべきだという考えはあるが、冠婚葬祭費など領収書が取れないので事務所費に入れた。総務省と議論してきたうえでのことだ」と資金の正当性を改めて強調した。
伊吹の秘書が代表を務める自由民主党京都府明風支部が、京都ホテルから2003-2006年の4年間に渡り寄附金を受け取っていたことが発覚した。京都ホテルは10年超に渡って累積赤字を抱えており、京都ホテルの寄附は政治資金規正法第22条の4に違反すると指摘された。京都ホテル総務部部長は「年会費として支出しており、寄付という認識がなかった。今後は管理部門が精査する社内体制を築き、認識の違いが起こらないようにしたい」と謝罪している。伊吹の事務所は「欠損があるとは全く知らなかった」と釈明している。
2012年12月16日の第46回衆議院議員総選挙では京都1区で10選。12月26日、第74代衆議院議長に就任。それに伴い、志帥会会長を退任する（後任は二階俊博）。2014年11月21日、衆議院解散により議長を退任。衆議院議長が解散詔書を読み上げる際、御名御璽以下を読まないのが慣例となっていたが、伊吹は慣例に反して読み上げ始めた。このとき伊吹が「御名…」と言いかけたところで議場から万歳が起こったため、静まったところで改めて詔書を最後まで読み上げた後、万歳を先にやった議員に「万歳はここでやってください!」とフライングでの万歳を渋面で窘めた。同年12月14日の第47回衆議院議員総選挙では京都1区で11選。2015年6月16日、後任の衆議院議長である町村信孝が死去した際には当選同期である伊吹が町村への追悼演説を行った。産経新聞に第3次安倍第3次改造内閣で文部科学大臣就任を打診されるも衆議院議長を務めたことを理由に固辞したと報じられた。2017年10月22日の第48回衆議院議員総選挙では12選を果たし、同時に現職の衆議院議員の中で最高齢議員となった。
2007年同年9月24日、福田康夫の下、自民党幹事長に就任。2008年8月2日発足の福田康夫改造内閣では財務大臣に任命された。2009年8月30日の第45回衆議院議員総選挙では京都1区から立候補するも、民主党の平智之に敗北。重複立候補していた比例近畿ブロックで復活し、9選。11月12日の伊吹派の会合で民主党政権による行政刷新会議の事業仕分けについて、「公の場で、悪代官をみんなで懲らしめる絵を作ろうとした知恵者は大したものだ」と述べつつも、「民主党の価値観で無駄か無駄でないかを判断するのは乱暴だ」と仕分けのあり方に苦言を呈し、自身の大蔵官僚時代の経験を振り返って「昔の評判の悪い主計官だって、あんな態度はとらなかった」と仕分けチームの高圧的な姿勢に疑問を呈した。
同年9月26日、安倍内閣で文部科学大臣に就任。安倍改造内閣でも留任。11月17日、学校におけるいじめを原因とした自殺の多発が問題となったことを受け、緊急アピール「文部科学大臣からのお願い」を発し、全国の児童生徒、およびその保護者らに配布した。12月15日、教育基本法改正案の審議に絡み、民主・社民・共産・国民新の野党4党から参議院に問責決議案を提出されたが、反対多数で否決された。
大蔵省入省。入省同期に篠沢恭助、千野忠男、朝比奈秀夫らがいる。外務省在イギリス大使館二等書記官、国際金融局国際機構課長補佐、主計局主計官補佐、理財局国庫課長などを歴任。大蔵大臣秘書官を最後に退官。
アレシボ天文台でのレーダー観測によって、百武彗星の核は直径約2kmで、核から数m/sの速度で放出された小石サイズの粒子の「雨あられ」がその周囲を取り巻いていることが分かった。この核の直径の測定値は赤外線放射や電波の観測から間接的に見積もられた値とよく一致している (Sarmecanic, Fomenkova, Jones & Lavezzi 1997; Lisse, Fernández, Kundu et al. 1999)。このように核のサイズが小さい（ハレー彗星の核は直径約15km、ヘール・ボップ彗星は約40km）ことから、百武彗星は増光時にかなり激しい活動が起きたことが示唆されている。多くの彗星ではガス放出は核表面の狭い範囲でしか起こらないが、百武彗星では表面の大半または全体で放出活動が起こったと推定される。ダストの放出率は3月初めの時点で約 2 × 10³ kg/s、近日点通過の頃には 3 × 10⁴ kg/s まで増加したと推定されている。また同じ期間にダストの放出速度も 50m/s から 500m/s に増加したと見られる (Fulle, Mikuz & Bosio 1997; Jewitt & Matthews 1997)。また、核から放出された物質を観測すると、核の自転周期を見積もることができる。百武彗星が地球を通過したとき、彗星物質の大きな塊が太陽の方向に向かって6.23時間ごとに放出される様子が観測された。さらに別の小規模な放出も同じ周期で観測されたことから、この周期が核の自転周期であることが確認された (Schleicher, Millis, Osip & Lederer 1998)。