1978年（昭和53年）3月19日の昇圧工事完成当日より、本線系に残存した3783編成・3787編成・3788編成を除く7編成14両が瀬戸線において運用を開始し、同年8月20日の瀬戸線の栄町乗り入れ工事完成に際しては前述した3編成も瀬戸線へ転属、全編成が瀬戸線において運用を開始した。運用開始当初の本系列は当時の瀬戸線における唯一の冷房車であったことから、主力車両として主に瀬戸線における最上級種別である急行列車運用に充当された。後年瀬戸線の利用客増加に伴って収容力の向上を図るため、1985年（昭和59年）5月から翌1986年（昭和60年）3月にかけて本系列全車とも座席のロングシート化が施工され、特徴ある座席配置は消滅した。また、同時期には種車由来の雑多な台車を装着したク2780形について、3880系など本線系において廃車となったAL車各形式より発生した台車を転用して台車形式の整理が実施された。幾度かの台車振り替えを経て、最終的にク2780形の台車は全て3880系由来の扶桑金属工業（のちの住友金属工業）製のKS33E鋳鋼組立形釣り合い梁式台車で統一された。AL車の車体更新車である6750系2次車の導入に伴って、本系列とも混用された瀬戸線に在籍する3730系・3770系は1990年（平成2年）に全廃となった。ただし、冷房車である本系列は代替対象から外れ、瀬戸線に残存する唯一のHL車として運用された。また同時期には2編成を併結した4両編成での運行が常態化し、編成替えを行う機会も減少したことから、一部の先頭車については前面の貫通幌を撤去した。その後、瀬戸線の輸送力増強および本系列の代替を目的として、6000系2両編成8本が1995年（平成7年）4月から7月にかけて本線系より転入したことを受け、同年6月から7月にかけて3782編成・3783編成・3786編成・3788編成の計4編成8両が廃車となった。翌1996年（平成8年）5月には前述した6000系2両編成のうち6本を4両編成化するため中間車12両が転入し、残る6編成12両についても同年5月2日付で3787編成・3789編成が、同年5月18日付で3785編成・3790編成がそれぞれ除籍された。同年5月26日には最後まで残存した3781編成・3784編成の両編成で組成された4両編成を用いてさよなら運転「さよなら瀬戸線HL3780形」が実施され、同年6月1日付の3781編成・3784編成の除籍をもって本系列は形式消滅した。また、本系列の形式消滅によって、名鉄の架線電圧1,500 V路線区に在籍するHL車は全廃となった。本系列の全廃後、モ3781 - モ3784が装着したFS35台車のうち3両分が、1996年（平成8年）7月に6750系の付随車サ6680形6683 - 6685へ転用された。
アトピー性皮膚炎は、しばしば複数の因子で悪化する多因子性疾患であり、複数の要因が複雑に重なり合っている可能性もあり、ひとつの因子のみ対策を行ってもうまくいかなかったり、不十分に終わってしまう可能性が高い。悪化因子に本人が全く気付いていないこともある。発症原因も完全に解明されておらず、マスコミによって標準治療で使われるステロイド外用薬に悪いイメージが広められたため、医学（現代医学）の標準治療を思い込みから忌避する患者もおり、患者や患者の家族の悩みも深いものとなっている。アトピー性皮膚炎におけるステロイド外用薬不信は、1990年代のメディア報道にはじまり、インターネットの普及で誤った情報が一気に拡散した。アトピー性皮膚炎の特集を行ったNHKディレクターの渡辺隆文・井馬直実は、インターネット普及による情報過多の負の側面は、様々なテーマで取材しても感じるが、特にアトピー性皮膚炎では、真偽の定かでない情報の爆発的な氾濫が患者を混乱させ、出口の見えない迷路に連れていってしまっている、と指摘している。そうした状況下、民間療法の業者の中にもアトピー性皮膚炎の患者を対象に商売を行うものも多い。そうした民間療法の業者の中には、医師が処方する医薬品の問題点をことさら強調することで、人々の恐怖心を煽るものである。もっとも多いパターンとしては、ステロイド外用薬の副作用などの問題点をことさら強調することであるが、これは膠原病の治療などに使われるステロイド内服薬の副作用をステロイド外用薬の副作用であるかのように喧伝することも多い。しかし一般的にステロイド内服薬は、アトピー性皮膚炎の治療に使われない。アトピー性皮膚炎患者をターゲットにする業者は、標準治療の害を説く一方で、自らが用意した食品や療法に関しては、実際には効果の有無に関する疫学・統計学的な大規模調査が行われていないにもかかわらず、さも効果が科学的に証明されたかのように印象付ける巧みな宣伝手法を用いて、人々に様々な食品を売りつけたり、“療法”（何かしら療法に似たような独特の行為）を行い料金を得る業者（商人）が数多く存在する。「アレルギーの元となる毒素を内臓から排出させる」とする無許可の内服薬・サプリメントやステロイドを含むことを隠し「100%天然」を謳うクリーム、疑似科学的な説明がされた水など、様々な商品が存在する。アトピー性皮膚炎で悩む患者や患者家族の数は多く、痒みや痛みなどの身体的苦痛、皮膚の状態を悪化させることから生活に及ぼす影響も大きい。患者の藁にもすがる気持ちつけこむことで、儲けの得やすいビジネスだと見なしている一群の業者と、そのターゲットにされている患者群がおり、結果として様々な問題が起きている。さらに厄介なことに、正規の医師の中にも根拠の無い療法などを患者に勧めて安易に収益を増やすようなことを行っている者がおり、このことを人々に喚起するために竹原和彦が「アトピービジネス」という用語を造った。また2014年には、アトピー性皮膚炎などへの効能を謳う無許可の医薬品を販売したとして、薬事法違反の疑いでサプリメント販売会社ブライトライフ（横浜市中区）が摘発されている。警察によると、同社は2009年11月から2013年11月にかけ、延べ約3700人に原価の3～10倍でサプリを販売し、計約2400万円を売り上げていた。ホームページで「アレルギーの元となる毒素を内臓から排出させる」と商品を宣伝し、ステロイド外用薬を危険視する自社商品愛用者の書き込みを複数掲載し、客を集めていた。これらの例のほか、多数の逮捕例がある。