1931年4月に正式開所。研究所章程では「自然科学の純粋学理」の研究を目的とし「中国にとって必要な事項」を優先することを標榜した。医学部（病理学科・生薬学科）・理学部（物理学科・化学科・生物学科・地質学科）の2部門5学科から構成された。中国側委員の辞職後も比較的日中共同の研究体制が維持され、「研究生」は中国人のみを採用した。第2代所長の新城新蔵（1935 - 38在任）の時代にはリベラルな雰囲気が保たれ、小宮義孝・柘植秀臣ら左翼運動の前歴をもつ研究者が嘱託として採用されることもあった。しかし新城が急死した後、佐藤秀三（東京帝大教授）が所長になると独裁的・官僚的運営が行われ、国策機関への転換が進められるようになり、日中共同の雰囲気は完全に失われた。この結果多くの所員が熱意を失い研究所を去っていった。日本の敗戦と同時に研究所は国民政府に接収されて中央研究所の研究機関の一部に編入、さらにその後中華人民共和国に引き継がれ、中国科学院の薬学研究所および生理学研究所によって使用された。
1927年10月に発足（総委員会臨時総会・第2回総会の決定）し、柯劭忞が総裁、服部宇之吉と（中国側）王樹柟が副総裁に就任した（柯の辞任後は服部副総裁が運営の中心となった）。主な事業は乾隆帝による『四庫全書提要』を補う『続修四庫全書提要』の編纂であり、そのため四庫全書から漏れた多くの古書籍の善本を蒐集し書目を選定した。提要は主として若手の中国人スタッフ（中国側委員が総辞職したため嘱託として採用）により執筆が続けられたが、日本の敗戦までついに完成を見なかった（原稿の一部は台湾に送られ戦後刊行された）。日本の敗戦後、北京人文研の蔵書はすべて中華民国政府に接収され、現在中国科学院の所有となっている。なお人文研と同時に設立が企画されていた「東方文化図書館」は、人文研の古書籍蒐集事業に解消され実現しなかった。
敗戦後、中国に残されていた機関・施設・図書などはすべて中華民国政府に接収され、その後多くは中華人民共和国政府に移管されたようである。日本国内では、この事業のほとんど唯一の遺産として残った旧・東方文化学院の両研究所は、東京大学・京都大学にそれぞれ吸収あるいは統合された。
1928年以降日中両国の共同事業としての東方文化事業は事実上挫折し、日本側単独の事業に移行したが、中国現地における事業がこれにより完全に頓挫したわけではなかった。外務省文化事業部は、北京と上海に比較的小規模な図書館を設立する準備を進め、1936年12月に「北京近代科学図書館」、翌1937年3月に「（在上海）日本近代科学図書館」を開館し、日本の自然科学や産業を中心とする図書を蒐集し広く市民の閲覧に供した。しかし中国政府はこれらを日中共同の機関とは認めず積極的に事業に協力しようとはしなかった。日本側関係者の中には、例えば上海自然科学研究所所長として中国人スタッフを多数採用し、日中共同での研究活動をあくまで維持しようとした新城新蔵のように、個人レベルで善意的な態度を示した人も少なくはなかったが、総体的には中国側から「文化帝国主義」とみなされ、結果として対日感情の緩和という日本側の当初の事業目的は達成されなかった。日中戦争が始まった翌年の1938年、東方文化事業は外務省から興亜院の管掌に移されて予算は大幅に削減、以後諸施設は国策遂行の機関としての役割を押しつけられるようになった。日米開戦後の1942年には外務省文化事業部も不要不急として廃止となった。
紙屋院の廃絶以後、和紙の生産は地方の生産地に舞台を移していくことになる。この頃には和紙の生産・流通を扱う業者による紙座（かみざ）が形成されて生産・流通を支配していった。紙座は本来は紙を生産して公家や寺社（本所）に納入することで奉仕する供御人・神人などの集団であったが、後に本所の保護を受けて一般の生産・流通にも関与するようになったのである。彼らは本所に商品や座役を納める代わりに営業や身分保障を受けた。代表的な紙座に元の紙屋院の職人達が蔵人所を本所として結成した宿紙上座と新規業者による宿紙下座から構成される宿紙上下座（しゅくしかみしもざ）や奈良南市の紙座、六波羅蜜寺を本所とした紙漉座、美濃大矢田や近江小谷などの産紙の販売権を独占した近江枝村商人（枝村紙座）などが著名である。だが、この時代に入っても和紙が貴重品であったことは、近衛家の財務内容を記した目録である『雑事要録』から知ることが可能である。長享3年（1489年）に八朔に用いるために引合紙5束を190疋（1900文）、杉原紙8束を2貫100文（2100文）で買ったことが記されている。ところが、同年春に近衛邸の浴室を新造したときの職人の日当が平均110文であった。つまり、杉原紙1束を買うのに職人2日半分の日当を必要としたのである。こうした事情が、上級公家であっても宿紙や紙背文書を用いた背景にあったと考えられている。戦国時代に入ると、領国内に文書による支配体制を成立させた戦国大名が出現する。戦国大名は文書料紙の確保のため和紙の生産を奨励していたと考えられており、甲斐の武田信玄が楮・三椏の生産を奨励した逸話は良く知られている。だが、こうした戦国大名の政策は紙座の方針と対立するようになり、織田信長・豊臣秀吉らが推し進めた楽市楽座によって紙座の特権は否定されるようになり、紙商人の御用商人化や生産業者に対する支配強化が進められることになった。