1990年代には劇場用アニメ映画は大きく飛躍し、数多くの作品が作られている。1993年には映画『クレヨンしんちゃん』シリーズの第1作『クレヨンしんちゃん アクション仮面VSハイグレ魔王』が、1997年に映画『名探偵コナン』シリーズの第1作『名探偵コナン 時計じかけの摩天楼』が、1998年に映画『ポケットモンスター』シリーズの第1作『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』が公開された。3作とも『ドラえもん』シリーズと並び、現在まで毎年制作され続けている人気シリーズとなった。また、ほぼ毎年のようにアニメ映画が日本映画の興行成績のトップに輝いている。1989年の『魔女の宅急便』を始めとして、1991年は『おもひでぽろぽろ』、1992年は『紅の豚』、1994年は『平成狸合戦ぽんぽこ』、1995年は『耳をすませば』、1997年は『もののけ姫』、1999年は『劇場版ポケットモンスター 幻のポケモン ルギア爆誕』と、その年の日本映画の興行成績のトップを記録している。1997年には他にも『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に』が25億円近い興行成績を上げた。
虫プロダクションは1963年に日本初の本格的テレビアニメ『鉄腕アトム』の制作を開始。これによりテレビアニメ時代の幕開けとなった。翌年には日本初のテレビアニメからの映画化作品『鉄腕アトム 宇宙の勇者』（1964年）が制作される。これ以降、テレビアニメの映画化作品は大量に生み出され、日本におけるアニメーション映画の重要な位置を占めるようになる。これまで長編アニメではフルアニメーションを基本として来た東映動画であった。しかしテレビアニメの影響を受け1966年の『サイボーグ009』からはリミテッド・アニメーションを応用した3コマ撮りによるテレビアニメとの中間的位置付けの「B作」と呼ぶ路線が開始となる。従来のフルアニメは「A作」と呼びとして区別されるようになった。また虫プロは従来の子供向けのアニメーション映画とは逆の方向性を狙い、大人のためのアニメーション映画として1969年公開の劇場用作品『千夜一夜物語』を第1作とするアニメラマ2部作を制作した。このアニメラマは予想外にヒットし、ここから大人向けアニメが制作されることとなる。1970年には第2作『クレオパトラ』、1973年にアニメロマネスク『哀しみのベラドンナ』が公開されている。なお1969年にはレオ・プロダクション（現・スタジオエル）がアニメラマに便乗して日本初の成人指定アニメ『㊙劇画 浮世絵千一夜』を東映系で公開し、1971年には東京テレビ動画（のちの日本テレビ動画）が谷岡ヤスジ原作の長編アニメーション映画『ヤスジのポルノラマ やっちまえ!!』を日本ヘラルド映画の配給で製作・公開しているが、これら便乗作はいずれも興行的・批評的・作品的成功を収められず失敗作として終わった。
脊椎動物の色覚は、網膜の中にどのタイプの錐体細胞を持つかによって決まる。魚類、両生類、爬虫類、鳥類には4タイプの錐体細胞（4色型色覚）を持つものが多い。よってこれらの生物は長波長域から短波長域である近紫外線までを認識できるものと考えられている。一方ほとんどの哺乳類は錐体細胞を2タイプ（2色型色覚）しか持たない。哺乳類の祖先である爬虫類は4タイプ全ての錐体細胞を持っていたが、2億2500万年前には、最初の哺乳類と言われるアデロバシレウスが生息し始め、初期の哺乳類は主に夜行性であったため、色覚は生存に必須ではなかった。結果、4タイプのうち2タイプの錐体細胞を失い、青を中心に感知するS錐体と赤を中心に感知するL錐体の2錐体のみを保有するに至った。これは赤と緑を十分に区別できないいわゆる「赤緑色盲」の状態である。この色覚が哺乳類の子孫に遺伝的に受け継がれることとなった。ヒトを含む旧世界の霊長類（狭鼻下目）の祖先は、約3000万年前、X染色体にL錐体から変異した緑を中心に感知する新たなタイプの錐体（M錐体）視物質の遺伝子が出現し、ヘテロ接合体の2本のX染色体を持つメスのみが3色型色覚を有するようになり、さらにヘテロ接合体のメスにおいて相同組換えによる遺伝子重複の変異を起こして同一のX染色体上に2タイプの錐体視物質の遺伝子が保持されることとなりX染色体を1本しか持たないオスも3色型色覚を有するようになった。これによって、第3の錐体細胞が「再生」された。3色型色覚は果実等の発見に有利だったと考えられる。時代を下ってヒトの色覚の研究成果から、ヒトが属する狭鼻下目のマカクザルに色盲がヒトよりも非常に少ないことを考慮すると、ヒトの祖先が狩猟生活をするようになり3色型色覚の優位性が低くなり、2色型色覚の淘汰圧が下がったと考えられる。色盲の出現頻度は狭鼻下目のカニクイザルで0.4％、チンパンジーで1.7％である。広鼻下目のヨザルは1色型色覚であり、ホエザルは狭鼻下目と同様に3色型色覚を再獲得しているが、これらを除き残りの新世界ザル（広鼻下目）はヘテロ接合体のX染色体を2本持つメスのみが3色型色覚を有し、オスは全て色盲である。これは狭鼻下目のようなX染色体上での相同組換えによる遺伝子重複の変異を起こさなかったためである。ヒトは上記のような霊長目狭鼻下目の祖先のX染色体の遺伝子変異を受け継いでいるため、M錐体を欠損したX染色体に関連する赤緑色盲が伴性劣性遺伝をする。男性ではX染色体の赤緑色盲の遺伝子を受け継いでいると色盲が発現し、女性では2本のX染色体とも赤緑色盲の遺伝子を受け継いでいる場合に色盲が発現する。なお、日本人では男性の4.50%、女性の0.165%が先天赤緑色覚異常で、白人男性では約8%が先天赤緑色覚異常であるとされる。