ミドリ十字ルートについて、2008年3月3日、松村に対して最高裁は、一般論として公務員の不作為が服務上の責任や国の賠償責任を超える刑事法上の責任を直ちに生じさせるものではないとしながらも、松村自身が加熱第Ⅷ因子製剤や加熱第Ⅸ因子製剤の早期承認を図る方針を示したことを根拠として、「非加熱製剤の継続使用によってエイズを発症させて死亡させる恐れがあることを予見できた」と認定した。その上で、薬務行政上必要かつ十分な対応を図るべき義務があったとして、1986年1月に日本における販売が開始された加熱製剤の十分な供給量を確保することが可能となったにもかかわらず、非加熱製剤の販売中止と回収の指示を怠った責任を免れないとして上告を棄却した。なお、松村については帝京大ルートについては高裁段階で「無罪」が確定した。検察はフランソワーズ・バレ＝シヌシ博士を尋問、調書を作成。同博士は安部が執った判断は妥当な行為（リスクのトレードオフ）だったとし、ロバート・ギャロ博士の調書も安部の判断に対して概ね正当だとしているが、裁判で検察がその調書を出す事は無かった。1996年8月9日にミドリ十字の当時の取締役に対する株主代表訴訟が起き、2002年4月に和解した。株主代表訴訟の和解条項などに基づき、2006年5月以降社内に調査委員会を設置し、ミドリ十字が当該事件の惹起を防止できなかった原因を調査検討した。その結果、2007年7月9日に薬害事件の再発防止策に関する提言を含む報告書を取りまとめ、提言を受けた改善策と併せて公表した。
1996年8月から10月に帝京大学医学部附属病院第一内科の責任者だった安部英、ミドリ十字の代表取締役だった松下廉蔵・須山忠和・川野武彦、厚生省官僚だった松村明仁が業務上過失致死容疑で逮捕・起訴された。なお、安部の容疑は、自らが担当した患者にHIVに汚染された非加熱製剤を投与して死亡させたことであり、HIVに汚染された非加熱製剤を流通させたことではない。この裁判は2000年に、ミドリ十字の3被告人に実刑判決、2001年3月28日、安部英に一審無罪判決、9月28日、松村明仁に禁固1年執行猶予2年の有罪判決が出た。上訴中に認知症を患い2004年から公判が停止されていた安部は2005年4月25日に死去した。安部に対する無罪判決に対し、医療刑法を専門とする加藤久雄慶應大学教授は、「薬害エイズ裁判無罪判決」と題して、HIV のみならず、薬害の全体像をおさえたうえで、無罪判決を分析し、問題点を鋭く指摘し「裁判所が、森永ヒ素ミルク事件やサリドマイド事件など、多くの犠牲を出した医療過誤訴訟の教訓に学ばず、海外の薬害エイズ事件処理も視野に入れていない、と感じた」と感慨を述べた。
スペイン語写本の80個の章が欠けているのを別にしても、イタリア語写本とスペイン語写本の間には章割りに関して相違が存在する; またシドニー写本とホワイト博士による英訳版の引用との間でも相違が存在する。イタリア語写本とスペイン語写本との間で、プロローグから第116章までの章割りは同じである。しかしイタリア語写本の第117章はスペイン語写本では第117章と第118章に分割されている; そしてイタリア語の第118章と第119章はスペイン語では合体して第119章になっている。脱落箇所の直前の第120章は両言語版で共通である; しかしスペイン語写本が再開する第200章はイタリア語写本の第199章に対応している。そのあとはこの1章のずれがずっと続き、シドニー写本の最終章第222章がイタリア語写本の第221章に対応する。イタリア語写本の最終章第222章はスペイン語写本では欠落している。ジョゼフ・ホワイトの引用ではさらに大きな違いが存在しており、長い章である第218章(イタリア語写本の第217章に相当)が分割されてホワイト博士のテクストの第220章がシドニー写本の第219章およびイタリア語写本の第218章に対応している。ホワイト博士の第221章はシドニー写本の第220・221章やイタリア語写本の第219・220章に対応する。この点、イタリア語写本の第218章は正しい章割りがなされており、写本製作者は最後の段落を分割して第219章に編入し、区分を消去して書きすぎたことが注記される。このことから、この部分の章割りに関してイタリア語写本の作成者はいかなるテクストをコピーしたのかが不明であると提議される。既述した大きな欠落の他に、スペイン語写本には第222章(イタリア語版でいえば第221章)からの100語ほどの欠落や、第211章(イタリア語版の第210章)からのより短いが有意な欠落もみられる。これらは、写本が途中から終わりまで傷んでいるというセールの注に関係があるかもしれない。他の部分でもイタリア語写本に存在する(し意味上必要な)語句がスペイン語写本には存在しないという部分が大量にある。逆に、イタリア語写本で語句が偶然欠落してしまったとRaggsが推測している箇所が12か所あるが、スペイン語写本がその欠落している語句を補ってくれている。イタリア語写本と違って、スペイン語写本にはアラビア語での傍注や各章の要約が存在しないが、イタリア語写本にはスペイン語写本にある第1-27章の章題が存在しない。スペイン語写本ではプロローグの上に表題が与えられているが、これはイタリア語写本のプロローグの上にある表題と異なっている。一方、シドニー写本の第218章の上に与えられている章題はイタリア語写本の第218章にもホワイト博士の引用にも見られない。これらの写本作成時に生じた個々の間違いの他にも、スペイン語写本とイタリア語写本との間で意味に違いが生じるような実質的な違いはほとんどない; しかし注目すべき差異がスペイン語写本第218章の(イタリア語写本で言えば第217章の)イスカリオテのユダの磔刑の描写にみられる。イエス・キリストは磔刑から奇跡的に逃れた; そしてユダはイエスそっくりに変装し、イエスが受けるべきだった磔刑を受けた。スペイン語写本ではイエスの弟子たちは「ペトロを除いて」皆磔刑の間変装に欺かれたままであったとされる; しかしこの特徴的な描写はイタリア語写本には存在せず、スペイン語写本の第217章で述べられていたようなペトロだけがあらかじめ変装を知っていたということはない。