日本の一般国道は、2018年現在1号から507号まであるが、そのうち59号〜100号・109号〜111号・214号〜216号の48路線が欠番であり、実在するのは459路線である。2桁の後半が欠番なのは、かつて一級国道に1桁・2桁を、二級国道に3桁を割り当てた名残である。109号は108号に統合、110号は48号に変更、111号は45号に変更、214号〜216号は統合して57号に変更されたため、欠番となっている。都道府県道にも欠番が見られるケースがある。例えば東京都道1号・神奈川県道1号は、国道1号との混同を避けるため欠番となっている。このような配慮は行う都道府県も行わない都道府県もある。たとえば国道23号は、名古屋南ジャンクション周辺の道路が密集する区間で愛知県道23号東浦名古屋線と交差しており、ややわかりにくい。都市高速道路の路線番号において、環状線を境にして放射線の路線番号が変わる際に、事実上連続する放射線同士を似た番号にするため、欠番が生じることもある。首都高速道路では、5号池袋線が東京外環自動車道を境に路線番号「S5」の埼玉大宮線に変わるが、路線番号「S3」「S4」は欠番である。また名古屋高速道路では、1号楠線と6号清須線が名古屋第二環状自動車道を境にしてそれぞれ11号小牧線と16号一宮線に変わるが、7号から10号、12号から15号は欠番である。日本の高速道路ナンバリングにおいては、E1 - E58までについて、概ね並行する国道の番号から付番することとされているが、「並行する高速道路に別の番号が振ってある」「付番対象となる道路が並行していない」などの理由によりいくつかが欠番となっている。
連続番号を振る際は時系列順に番号を振ることが多いが、別の付番規則を採用することもある。このような時には、最終的にすべての計画が完成すれば欠番にはならないのだが、計画が完成するまでの間は暫定的に欠番が生じることもある。たとえば、名古屋高速道路の放射線の路線番号は、1995年以降1号楠線を基準にして時計回りに振られており、完成順とは一致しない。1995年に現行の番号に移行した際に開通していたのは、部分開通を含めても1号楠線、2号東山線、3号大高線、5号万場線だけであり、4号は2010年の部分開通まで欠番だった（その後、4号東海線になった）。また、京福電気鉄道の嵐山本線では、駅ナンバリングを導入した際に、当時未開業であった嵐電天神川駅に振る「A6」が欠番となっていた。また、壬生付近に新駅を建設する構想があったため、「A2」も欠番になっていた（両者とものちに振り直されている）。
番号を再利用するシステムでは、消滅等により番号が一時的に未使用になっても、いずれ再利用される。しかし、その番号のかつての使用者に敬意を表し長く記憶に残すためなどの理由で、将来にわたって再利用をしないと定めることがある。しばしば（特にスポーツでは）永久欠番と呼ばれる。スポーツ以外では、航空で事故を起こした機体の機体番号を、軍隊で英雄的な戦闘により全滅した部隊の部隊番号を、欠番とすることがある。
その番号の対象が、消滅・廃止・統合・番号変更などによりなくなって以後を繰り上げない場合欠番となる。たとえば、国道109号は国道108号に統合され、国道110号は国道48号、国道111号は国道45号、国道214 - 216号は統合し国道57号にそれぞれ変更され、欠番である。また、駅ナンバリングが割り振られた後で廃駅が発生した場合、運用上の混乱を防ぐためにその番号を、そのまま欠番とする例もある（例：阪堺電気軌道の上町線・住吉公園停留場のHN11）また、番号対象の使用機会が減少したため、正式には欠番とはなっていないものの、表向きは欠番になっている事例も存在する。たとえば、MS-DOSやWindowsで使用されているドライブレターはAとBがフロッピーディスク用に確保されているため、フロッピーディスク自体が衰退した現在では事実上の欠番となっている。但し、一部のドライブを除いてコントロールパネルの「ディスクの管理」画面からAやBに変更することも可能である。一般に、欠番となった番号を再利用することは好ましくないとされているが、番号として使える領域が少ない場合には再利用されることもある（日本の一部地域におけるアマチュア無線の呼出符号など）。ビタミンB群にはB1～B12まで番号が付されているが、後に重複登録やビタミンの定義を外れた物、他のビタミンとの混合物であったことが判明して、4,8,10,11が欠番となっている。
ヴァスコ・ダ・ガマのインド航路開拓以降、ポルトガルは16世紀前半のインド洋において一大勢力を築き、1510年に獲得したゴアを拠点としてアラビア半島やインドの沿岸諸都市を脅かした。オスマン帝国は、セリム1世の時代にリダニヤの戦いでマムルーク朝を滅ぼし、エジプトを獲得した。さらにセリム1世がエジプトに到達してわずか数週間のうちに、ピーリー・レイースがヒジャーズやティハーマといったアラビア半島の居住可能地域のほとんどを制圧し、セリム1世に献じた。これによりオスマン帝国は紅海をも支配下におさめた。ピーリー・レイスはこのときの知見を含めて1513年に世界地図を作製したが、現在大西洋側の地図左半分が「ピーリー・レイースの地図」としてトプカプ宮殿に現存しているのに対して、インド洋やオスマン帝国の大部分を描いたはずの右半分は失われてしまった。これは、セリム1世がより東方への遠征を目論み、その戦略立案のため持ち去ってしまったためであると言われている。同時期にインド洋への進出を達成したポルトガル（海上帝国）とオスマン帝国は、ここでの覇権をめぐり激しく争うようになった。セリム2世はゴアのポルトガル植民地を潰すためにグジャラート・スルターン朝のムザッファル2世と手を組もうとしたが、事が成る前の1520年に死去した。跡を継いだスレイマン1世は、1525年に元海賊のサルマン・レイースを紅海の小艦隊の提督に任じた。彼の任務は、オスマン帝国領の沿岸諸都市をポルトガルの攻撃から防衛することだった。1534年、スレイマン1世はサファヴィー朝からイラクの大部分を奪い、1538年にはペルシア湾に通じるバスラまで領土を広げた（オスマン・サファヴィー戦争）。しかしこの時すでに、ポルトガルはアラビア半島沿岸都市のほとんどを属国化しており、オスマン帝国とポルトガルの衝突は不可避となった。両国の対立が深まったのには、東洋からヨーロッパに至る香辛料貿易が15世紀までは紅海とエジプトを経由していたものを、ポルトガルがアフリカ大陸周回航路を開拓したことでオスマン帝国の利益が奪われたことも理由として挙げられる。オスマン帝国は地中海に強大なガレー船艦隊を有していたが、これを紅海に移動させることはできないので、スエズで一から艦隊を建設し「インド艦隊」と名付けた。その艦隊の戦略目標は、まず何よりもインド侵略であった。