別の部所（録音係）から、円谷を慕って円谷特殊技術研究所に加わった有川貞昌は、円谷とともに切り金加工をして「東宝マーク」を作るなどの仕事をしながら、「いつかはこの東宝の撮影所に、特撮専用のスタジオを設立させる」という夢を語り合ったという。そんな肩身の狭い思いを強いられた円谷たち特技スタッフの苦労も、『ゴジラ』によって一気に報われることとなる。『ゴジラ』のおかげで円谷は専用のスタジオを持てたし、スタッフも正当な報酬を得られる身分となれたのである。一方で、何かというと『ゴジラ』の話題ばかり出されることを、円谷は煙たがっていたという。『ゴジラ』以前に既に30年近い確固たる現場のキャリアを持ち、様々な特撮を銀幕に描いてきた円谷にすれば当然であろう。そんな東宝の看板番組となった「ゴジラシリーズ」にしても、円谷が最も気にかけていたのは「マンネリ化」であった。有川や円谷一夫は、「オヤジは『ゴジラの逆襲』ですでにゴジラを描き切っていた」と述べているほどで、新味の無くなった『ゴジラ』が飽きられることは、特撮映画全般の制作にも影響が及ぶ。実際、『キングコング対ゴジラ』以降、円谷は新怪獣の造形に力を注ぎ、その描写にゴジラ以上のカットを費やしている。ついにゴジラが宇宙へ飛び出した『怪獣大戦争』で、ゴジラものの企画は限界に来た感があり、実相寺昭雄は本多猪四郎の言として「段々怪獣の数が増えて情けない」との当時の円谷のボヤキを紹介している。この『怪獣大戦争』での「ゴジラのシェー」にしても、このアイディアを柴山撮影所長（当時）が提案した際には円谷は早速これを採り入れていて、「お客さんが喜ぶ面白いアイディアを入れることが出来て、本当に良かった」とコメントしている。有川によると『南海の大決闘』でのゴジラとエビラの岩石バレーボールや、加山雄三の物真似であるとかいったものも、そういった流れの一つである。円谷にしてみれば、こうした観客サービスはファンの思惑とは別次元の、娯楽映画の一環として自然なものだったのだろう。そして、この『南海の大決闘』から、円谷はゴジラシリーズの特撮演出を後進の有川に任せ、自身は他作品にウェイトを移しているのである。
子供にサインを求められると、自分の名前を図案化した「スキーボーヤ」を描き、大人には「子供に夢を」と書いた。『モスラ』で幼稚園児からファンレターが来た際には、仕事の合間にモスラを作り、プレゼントしている。東北地方で怪獣ファンの児童が交通事故死した際には涙を流し、小さな怪獣を作って仏壇に添えてあげた。短気なところもあり、広瀬正一は1966年、「また、怪獣役を頼むよ」と言われた際に「ちょっと別のシャシンが入っているんで」と答えたところ、「ああ、じゃあもういい！」と言われ、それっきり怪獣役は回ってこなかったそうである。何につけても判断が早く、即決で物事を進める性質だった。『ウルトラQ』制作時にも、企画段階にも関わらず、当時で4千万円するオプチカル・プリンターを払える当てもなしにアメリカに発注してしまったというエピソードが残っている。ロケ先で雨天待機になった時など、旅館にあった三味線や、旅館中の壊れた時計全部を持ってこさせ、暇潰しにそれら全てを一晩で直してしまったことがある。驚く女中達に、「こういうものは雨が降っていると、湿気の関係でうまく直るんだよ」などととぼけていた。また「時計というものは地磁気」の影響を受け易いから、東を背にして10時の方向に置くのがいちばん良い」と、時計を置く位置まで指示した。あとで中野昭慶がその真偽を問うと「そんなことあるわけないじゃないの」と答え、旅館の女将や女中らの驚きぶりを思い出しながら笑っていたという。「空中を飛ぶ飛行機は、どうやって爆発させているんですか？」と取材で聞かれた際には、「あれは火薬をピアノ線で吊っておいて、そこに飛行機をぶつけて爆発させているんだよ」などととぼけた返事をしている。
苗字の同じ円谷幸吉も同じ須賀川市（当時は町）の出身である。戸籍上の姓の読み方が「つむらや」であった点も同じであった。鷺巣富雄によると、「初対面の人には大抵、“エンヤ”とか“エンタニ”とか呼ばれるんだよ」とよくぼやいていたという。
第二次世界大戦が勃発すると、1939年9月に機雷敷設艦「タンネンベルク（Tannenberg）」と「ハンザ（Hansestadt）」の護衛として、また10月に兵員輸送艦としてバルト海からポーランド沿岸部にかけて活動した。1939年11月7日には軽巡洋艦「ライプツィヒ」と衝突している。一旦練習艦に戻ったが、1940年4月の北欧侵攻に際して第3艦隊に加わりベルゲン攻略に当たった。この時、沿岸砲台からの21cm砲弾3発が着弾して損傷。乗艦していた兵に12人の死傷者が出た。4月30日に座礁し、スタヴァンゲルで修理を行った。一度キールに戻り、10月30日に再びノルウェーへ向け出発したが11月1日に商船「ドナウ（Donau）」に衝突されて損傷。修理の後、11月26日に出港し、オスロ経由でスタヴァンゲルへ11月30日に到着した。だが12月2日にFaafjordで再び座礁。スタヴァンゲルで修理を受け、完了後ドイツに戻った。バルバロッサ作戦開始当初、バルト海において通商破壊任務を帯びていたが、程なく1941年6月に北海へ移動した。1941年7月6日、ノルウェーへ向け出発。スタヴァンゲル、トロンヘイム経由で7月10日にトロムソに到着した。1941年7月30日、キルケネスでイギリス空母ヴィクトリアスの艦載機である20機の艦上攻撃機アルバコアと9機の艦上爆撃機フルマーからの空爆（EF作戦）を受けたが、無傷で切り抜けている。8月21日、イギリス潜水艦トライデントの雷撃を受けるが命中せず。1941年9月7日、輸送船「バルセロナ（Barcelona）」と「トラウテンフェルス（Trautenfels）」を他の小艦艇3隻（V6103、UJ1701、R162）と共に護衛中、マーゲロイ島とノールキン岬の間でイギリス海軍の軽巡洋艦「ナイジェリア」及び「オーロラ」に攻撃された。ドイツの輸送船2隻には第6山岳師団の兵員1,500名が乗っており、ハンマーフェストからキルケネスへ向かう途中であった。ブレムゼは、輸送船の退避を支援するため交戦、輸送船の退避には成功したが夜間の砲戦において撃沈された。37名が救助されたが、160名が死亡した。