律法研究における中心地の1つであり、唯一ホロコーストを切り抜けたヨーロッパのイェシーバーであるミール・イェシーバーの面々は、リトアニア在カウナス領事館杉原千畝副領事のビザによって壊滅を免れた。
だが日本政府は、主要都市や軍港、商港の近くに多数のユダヤ人難民を抱えることを不安視するようになった。1941年8月には、神戸のユダヤ人を上海へ再配置することを決定した。同地に留まることを認められたのは、難民到着以前に神戸に居住していた人々だけとされた。なお、同年6月にドイツが不可侵条約を破棄し、ソ連に宣戦布告した（独ソ戦）ことを受け、ウラジオストク - 敦賀間の船便は運航を終了している。1941年には、日米間の和平交渉が決裂、12月に太平洋戦争（大東亜戦争）が勃発する。これにより、アメリカのユダヤ資本導入の道は閉ざされた。こうした内外の情勢の変化によって本計画は実質的に破綻した。太平洋戦争開戦後、日本は上海全域を占領した。ユダヤ系アメリカ人からの資金援助及び全ての連絡は、英米対敵通商法（Anglo-American Trading with the Enemy Act）によって事実上途絶した。上海におけるユダヤ難民への連絡と援助に関するアメリカ財務省の規制は、法的には相当緩いものであったものの、アメリカのユダヤ人組織は強い愛国心を示し、反逆活動の切っ掛けを与えぬよう主張した。1942年に日本政府は、既に有名無実となっていた支援を完全に中止して、五相会議決定「猶太人対策要綱」を公式に無効にした。
1939年に、ソ連がドイツと独ソ不可侵条約を締結したことにより、ヨーロッパのユダヤ人をソ連経由で日本へ移送する計画に暗雲が立ちこめた。同年9月、第二次世界大戦の発端となるドイツのポーランド侵攻が始まった。同国のユダヤ人は亡命を余儀なくされ、その一部は隣国リトアニアへ逃れた。だが、翌1940年7月から8月にかけ、ソ連はリトアニアを含むバルト三国を次々に併合した。これによりヨーロッパのユダヤ人が脱出する可能性はほぼ断たれた。9月には、日本政府は日独伊三国防共協定をさらに発展させ、ドイツとイタリアと日独伊三国軍事同盟を締結した。その翌日、東条は安江の大連特務機関長職を剥奪し予備役に編入した。また、同年12月の開催を予定していた第4回極東ユダヤ人大会を中止させた。
以後数年間、計画者だけでなく、ユダヤ社会のメンバーらも含めた会合が頻繁に行われた。しかし計画は、如何なる公的・組織的手段によっても、軌道に乗らなかった。1939年には、ユダヤ共同体による支援の分散を懸念した上海のユダヤ人が、上海へのユダヤ難民流入をこれ以上許可しないよう要求した。極東ユダヤ人会議議長となっていたカウフマンは記者を通じ、日本への警戒心を緩めるようアメリカ社会に説いたが、フランクリン・ルーズベルト大統領の側近で世界ユダヤ人会議議長のスティーヴン・サミュエル・ワイズは、「ユダヤ・日本間の如何なる協力も非愛国的行為だ」とする強い見解を示した（アメリカが日本に対して行った通商停止措置に違背するため）。1940年には、在米ユダヤ人の有力者との間にパイプを持つ田村光三（ユダヤ系学生の多いMIT卒で東洋製缶ニューヨーク出張所職員）が移住構想を進言したが、にべもなく断られている。
水野信元に属し、尾張緒川に住す、と「寛永諸家系図伝」にあるが、元来は三河の出身という。若年の頃、信元の下を去って織田信秀に属し、天文17年（1548年）の小豆坂の戦いで高名という。その後、再び信元に属し、刈屋の戦い、石瀬の戦い、姉川の戦い、長島攻め、長篠の戦いなどに従軍。特に石瀬の戦いでは大功を立てたという。清秀は、石瀬合戦で家康の重臣石川数正と七度にわたり槍を交えた。永禄6年（1563年）秋に三河一向一揆が蜂起し、家康は苦戦を強いられる。信元は甥家康を救援するために出馬し、これに従った清秀は一揆勢を相手に奮戦、浅手を負った。一揆を鎮圧した家康は、翌永禄7年（1564年）6月、清秀が水野家に属しているのもかかわらず、高木氏の故地三河大岡郷領知の判物を与え、その働きを賞した。天正2年（1574年）7月、伊勢長島一向一揆攻めに出陣し、先頭を進み、敵陣に切り込んで一揆の主魁盛林坊を討ち取って武名を響かせた。が、この合戦では嫡男光秀を失っている。また、『日本戦史 長篠役補伝』第五十八には高木清秀と真田昌輝が鑓を合わせたという記述がみられる。天正3年（1575年）に信元が武田勝頼に内通した罪により信長によって殺されると、佐久間信盛の与力となる。天正4年（1576年）より信盛は大坂攻めを担当するが、清秀はそれに従って天王寺城にはいり、しばしば大坂の一揆と戦った。天正8年（1580年）8月佐久間父子譴責状中に、信盛が三河にも与力を持っていたことがかかれているが、この清秀を指すのであろう。信盛に従って、対大坂だけでなく、松永攻め、有岡攻めにも活躍したという。ところがその信盛も天正8年（1580年）に信長によって追放された。おそらく、信長直属の家臣として仕えるようになった、と思われるが、この頃の行動は全く伝わっていない。