天守台・石垣・土塁などが残っている。ただし東側を中心に車道や神社の建設の際に一部の遺構が破壊されている。また、井戸櫓が清瀧寺に復元されている。昭和36年（1961年）に市（当時は天竜市）の指定史跡に指定され、合併後の浜松市に引き継がれた。その後2018年（平成30年）2月13日官報告示により国の史跡となった。
そのまま大久保忠世が城主を務めたが、本能寺の変後の家康の勢力伸張に伴い忠世自身が信州惣奉行として小諸城に在番することが多く、二俣城にはあまり在城していなかった。天正18年（1590年）、家康の関東転出に伴い堀尾吉晴が浜松城に入り、二俣城はその支城となったが、慶長5年（1600年）に堀尾氏が出雲に転封すると廃城となった。その後も城としての役割を果たすことはなかったが、明治29年（1896年）、日清戦争で戦死した地元有志を弔うことを目的で北曲輪跡に旭ヶ丘神社が建立され、日露戦争の戦死者なども合祀された。太平洋戦争後には城一帯は地元の公園として整備され、現在に至っている。
二俣城といえば、家康の長男・松平信康が若くして父に切腹させられた悲劇の地としても知られる。天正7年（1579年）7月、家康の同盟者・織田信長に家康の正妻・築山御前と長男・信康が武田方に内通したとの報がもたらされた。この信憑性は非常に薄いものであったが、信長は家康にこの二人を処断するよう求めた。家康は悩んだ末まず築山殿を殺害、さらに9月15日かねてから二俣城に幽閉させていた信康を切腹させた。このとき服部半蔵が介錯を務めたが、涙のあまり刀が振り下ろせなかったとの話が残る。（以上が旧来、広く流布されてきた説話だったが、近年では信康が切腹に追い込まれた背景には家康や家臣団との対立があったためではないかという説も強くなっている。）信康は時に享年21。信康の遺体は二俣城から峰続きにある小松原長安院に葬られた。翌年には家康によって同院に廟と位牌堂が建立され、その後家康が詣でた際に寺に清涼な滝があるのを見て寺の名を清瀧寺と改めさせた。この寺・信康の墓ともに現存する。
この二俣への築城は、戦国時代初頭、遠江を巡って今川氏と斯波氏が争った際に、今川氏が拠点とするために城館を築いたのがその初めといわれる。ただし、それは後のように山城ではなく、北東の平坦地にあったと考えられている（現在の浜松市天竜支所周辺。笹岡古城の名が残る）。その後今川氏は当主義元の勢力下で大きく勢力を伸張、その被官松井氏（当主は松井宗信か）が城の位置を変更、天竜川を見下ろす小山に築城したといわれるが確実な史料はない。宗信は永禄3年（1560年）5月、桶狭間の戦いで当主義元とともに討死するが、その子松井宗恒も跡を継いだ今川氏真に重用され、3千貫を与えられた。ところが永禄12年（1569年）、今川氏は甲斐の武田信玄と三河の徳川家康の挟撃にあって滅亡した。松井氏は武田信玄への従属の道を選ぶが、信玄と敵対した徳川家康に攻撃され、降伏した。家康は二俣城に鵜殿氏長を城代として置き、武田勢の攻撃の危険が高まると譜代の家臣である中根正照に城代を交代させた。
二俣の地は、天竜川と二俣川との合流点にあり、水運に恵まれた地であった。加えて、北にある信濃側から見れば山間部から遠州平野への入り口といえる場所に位置し、南の道を気賀まで抜ければ、東海道の脇街道である本坂通（姫街道）が東西に走り、そこからさらに下れば浜名湖の東側（現在の浜松市中心部）に出るなど、街道上の要衝といえる位置にあった。
前作『プリンス・オブ・ペルシャ 時間の砂』で、「時間の砂」を解き放ち、歴史を変えたプリンスは、時の番人「ダハカ」に追われる身となってしまった。彼から開放されるために、プリンスは「時の島」へと赴く。この島にある「時の門」をくぐれば、過去に戻ることができる。そこには「時間の砂」を作る「時の女王」なるものがいるという・・・。
ジョージ・ブッシュはイェール大学卒業後、土木・建築事業のコングロマリットで、CIAと緊密に協力していたドレッサー・インダストリーズ社の子会社アイデコ（インターナショナル・デリック・アンド・エクイップメント・カンパニーの略）のセールスマンになり、アイデコ社のサービスを共産圏も含めた世界各国で営業して回るという仕事を与えられた。ブッシュは、アレン・ダレスのスパイだったジョージ・ド・モーレンシルツというロシアの伯爵と頻繁に接触し、CIAが欲しがるような共産圏の石油関連情報を収集し、CIAに提供していたという。彼にこの重要な仕事を与えたのはドレッサー・インダストリーズ社のヘンリー・ニール・マロン社長であった。マロン社長は父のプレスコットのイェール大学の同級生で、ブッシュ家と親しい間柄であった。またマロン社長は、アレン・ダレスとも親密な関係を持ち、将来有望なスパイ候補者を頻繁にダレスのもとに送ったり、CIAの工作のためにスパイに偽装の職場を提供したりと、CIAと緊密に協力していた。ジョージ・ブッシュは1953年にはザパタ石油会社を立ち上げ、CIAがメキシコでの工作活動に乗り出した1959年には、CIAの活動に積極的に協力した。1963年にFBIはブッシュをCIAの職員と証拠づけるもブッシュは否定しなかった。ブッシュとCIAの関係はその後もCIA長官への就任や、CIA本部にその名前を冠するまで続く。