世界最大級の天然ガスプラント「レガリア」の爆発事故から2年。仙崎は自ら志願し、海難救助のエキスパートであり最も危険な事案に従事する「特殊救難隊」で後輩の吉岡と共に海難現場の最前線にいた。嶋副隊長の指導の下、日々苛烈な任務に就いていた二人だが充実した毎日を送っていた。仙崎の妻・環菜は2人目の子を身ごもり、吉岡にはキャビンアテンダントの美香という恋人が出来ていたのだ。そんな折、美香の搭乗するジャンボ旅客機・G-WING206便が羽田空港を目指し飛行中、エンジンが炎上し飛行が困難な状況に陥る。様々な救助案が検討される中、総合対策室の下川救難課長は、夕闇が迫り視界が悪くなる状況の中で、前代未聞の東京湾への着水を提案。特救隊や現場に駆け付けた第5管区の服部たち、警察や消防、現場周辺の関係機関を巻き込んだ空前の大救出計画を、日本中が固唾を飲んで見守る中、村松機長は東京湾着水に向けて降下を始める。しかし、予想だにしない事態が仙崎たちを待ち受けていた―。
2010年9月、大型台風が接近する中、福岡沖に国家プロジェクトとして建設された天然ガス採掘プラント施設「レガリア」（REGALIA）で火災が発生した。仙崎は吉岡と「レガリア」設計主任の桜木とともに現場へ向かうが、救助作業中に爆発が起こり、仙崎や桜木たちは施設内に取り残されてしまう。ヘリも船も近づけない中、仙崎は知り合ったばかりの機動救難士・服部とバディを組み、全員で無事帰還する方法を探る。
鹿児島へと異動し機動救難士となった仙崎と吉岡。仙崎は遠距離恋愛ながらも、環菜と順調に交際し、結婚は目前だった。ある日、訓練中に出動が命じられる。任務は鹿児島湾内で座礁したフェリー「くろーばー号」での救助活動。しかし、予想以上の速さで浸水、傾いていく船体。仙崎と吉岡、そして要救助者2名は、絶体絶命の状況に追いやられていく…。
海が好きという思いで、転職してまで海上保安庁に入った仙崎。第七管区福岡海上保安部に配属されたが、地上や船上勤務を退屈と感じ、エリート集団である潜水士を目指し、海上保安大学校の潜水士課程に入校するところから物語は始まる。海猿と呼ばれる若き潜水士候補生の友情、恋、挫折、試練、成長が描かれた。
フジテレビ制作により伊藤英明主演で映像化された。2004年に『海猿 ウミザル』として映画化、2005年7月には映画と同じ主要キャストによる連続テレビドラマ『海猿 UMIZARU EVOLUTION』を放送した。2006年5月6日に映画第2作『LIMIT OF LOVE 海猿』が公開。2010年9月18日にフジテレビ版の完結編となる映画第3作『THE LAST MESSAGE-海猿』が公開された。2008年の『土曜プレミアム』枠での映画『海猿』シリーズ2作品の放映後に続編決定がアナウンスされ『THE LAST MESSAGE-海猿』が完結編として位置づけられていたが、2012年7月に続編『BRAVE HEARTS 海猿』が公開された。この映画版とフジテレビ版の一連の作品は、主人公のイメージや恋人の設定から、ストーリーに至るまで、原作とは大きく異なる。
潜水士を指して「海猿」を使用するのは本作品における創作であり、海中で猿のように敏捷に活躍するイメージに由来した造語とされる（歯を食いしばることの多い業務であり猿の歯ぐきを連想させることから猿を隠語として扱ったという説もある）。しかしながら、一連の映画やドラマのヒット以降、マスコミや一般人が海上保安官の潜水士を指して「海猿」を用いる例も散見されるようになっている。なお、実際の猿は海中に潜って敏捷に活動することはない（さらにはシーモンキーとは全く関係がない）。また、海中で高圧空気による呼吸をしている場合の激しい運動や急な深度変化は、窒素酔いや潜水病の原因となるため慎まれている。
ホルマリンは強力な架橋反応を起こして細胞を殺すため、生体にとっては有害であり、組織の形状のみを維持するために用いられる。医学、生物学において、ホルマリン原液を3〜5%に希釈したものは、生物個体あるいは組織片の標本作製のための防腐、固定処理に広く用いられている。これはホルマリンに含まれるホルムアルデヒドが、組織の細胞内外に浸透し、分子中のアルデヒド基が主に組織中の蛋白質のアミノ基に結合し、さらに架橋することで、蛋白質の立体構造を損なわせ、酵素活性、輸送、分泌などの様々な生物活性を働かなくさせる作用のためであると考えられている。このような作用が起きれば細胞は生存できなくなり、完全に死滅するが、それ以上の蛋白質の変性の進行、腐敗などをはじめとする死後変化は起きなくなる。あるいは、死後ホルマリンに漬けられたのであれば、その時点で死後変化は停止する。生体の機能面で見た場合には、架橋反応によりタンパク質の分子が変性した後に固定されるため、機能は完全に廃絶する。生物の個体や組織片をホルマリンに漬けると、生物の体は多くの場合、浸漬時間とともに非常に硬くなり、また架橋反応の進行に伴い、最大で十数%収縮する。一方、主な作用が蛋白質分子の架橋反応なので、脂肪などの他の物質にはホルマリンによる固定作用は働かず、流れ出してしまう。また、ホルムアルデヒドは水溶液中で徐々に酸化してギ酸を生じるので、石灰質の硬組織を持つ脊椎動物や甲殻類の内骨格や外骨格の燐灰石や炭酸カルシウムの結晶を侵食し、損なう。そのため、こうした硬組織を持つ生物の標本作成に際しては、ホルマリン原液に炭酸水素ナトリウム（重曹）、ヘキサメチレンテトラミン（ヘキサミン）などを溶解させ、ギ酸の中和を図る、あるいは固定後に標本を水洗してアルコール（エタノール）液浸に切り替えるのが通例である。ホルマリン処理は、生物体の肉眼的な保持のほかに、顕微鏡観察を行う標本作製の準備段階としても行われる。また、生物体を長期間保存して、後でDNAを抽出したい場合にも、冷凍庫が利用できない場合にはホルマリン浸漬が用いられることもあるが、DNA分子の塩基部分のアミノ基とも結合し、架橋反応を引き起こすのであまり好ましくない。そのため、分類学の分野で形態記載の全身標本とDNA抽出用の標本を1個体で両立させるため、全身をホルマリン固定で保存するに先立ち筋肉片など一部の組織片を生の状態で取り出し、こちらは無水エタノールやアセトンに浸漬して組標本として保存することがよく行われる。