『続日本紀』巻第一によると、文武天皇4年（700年）、大宝律令撰定の功で、刑部親王以下19人が禄を与えられたが、この中に額田部連林の名前も、位階「進大壱」大初位上に相当）では記載されている。額田部連一族は、天武天皇13年（684年）に八色の姓が制定されたことにより、宿禰を賜姓されているが、彼の姓が「連」であったところからすると、本家筋ではなく、傍系であった可能性が高い。
当初は60人が最大限の定数であったが、1911年（明治44年）の市制改正により、有権者の増加に合わせて定員を増やすことが可能になった。東京市人口の増加と参政権資格の拡大に伴い、有権者も増えてきたため、定数も少しずつ増えていった。関東大震災の影響で、一時定数減になった時期もあったが、1932年（昭和7年）の市域拡大により一気に144人になった。都制施行直前には180人となった。
名称は「東京市議会」でなく「東京市会」が正式名称である。東京市と共に戦前の六大都市であり、かつ現存する横浜市・名古屋市・京都市・大阪市・神戸市の5市に設置されている市議会は全て、現在も「市会」を称している。なお、札幌市や福岡市を始めかつての六大都市以外で戦後に政令指定都市となった市については「市議会」が正式名称である。
1889年（明治22年）5月1日に市制・町村制の施行に基づいて東京15区を市域とする東京市が設置された。東京市は市制特例によって京都市・大阪市と共にいわゆる「三都」として一般の市よりも上位に位置付けられ、東京府知事が東京市長を兼務すると共に従来の区も東京市長の指揮下でそれぞれ単独の区長（官選制）・区会を持つ変則的な自治体制が敷かれたが東京・大阪両市有志同盟が特例撤廃を働き掛けた結果、1898年（明治31年）10月1日に東京市は一般市となり東京市長（官選制）と府知事の役職分離・東京市役所（庁舎は麹町区有楽町の東京府庁と共用）の設置が実現した。1943年（昭和18年）7月1日の東京都制施行により東京府と東京市が廃止され新たに東京都が設置されたため、東京市会も54年の歴史に幕を閉じた。
この都市の名前は、聖ニコラウス教会の守護聖人に由来している(聖ニコラウスのポーランド語の名前が聖ミコワイ)。現在のミコワイキのある場所には、もともと古プロイセン人の集落があった。ミコワイキが歴史に最初に登場したのは1444年である。15世紀の半ばには橋のたもとに二件の宿場があり、1516年に宿場に対する特権が更新されている記録が残っている。宿場は、ドイツ騎士団の衣料・食料を2頭立ての馬車でリン(ミコワイキの北約20kmの場所)まで輸送して戻る義務を負っていた。ミコワイキにおいて、ドイツ騎士団は取れた魚の半分を独占的に取り扱う権利をもっており、その魚は外国へ輸出された。また、湖と湖の間にある地峡に橋がかかっており、その橋を渡る人から通行料を徴収することで収入を得ていた。このミコワイキでタウテ湖とミコワイ湖がつながっているが、これらはドイツ騎士団領の時代につながった。宗教改革以前のミコワイキの教会は、ヴァルミア教区群の教区ないし支部教会のリスト含まれていなかった。おそらくはリンのドイツ騎士団司祭が祭儀を行っていたのであろう。ドイツ騎士団領が世俗化しプロイセン公国に移行した(1525年)後、マズーレの多くのプロテスタント教区でポーランド語を話す牧師を迎えた。ミコワイキには、1552年にポーランド人牧師ヤクブ・ヴィラモフスキがやってきた。1798年には、ミコワイキでシュフィエンタ=リプカのカトリック神父が布教を行っている。18世紀に定住地が拡大し、1726年にはプロイセン国王のフリードリヒ・ヴィルヘルム1世によって、ニコライケンの名で町特権が与えられた。当時はリネック、クニエッツ、コズウォヴォの3つの地区からなっていた。最後のコズウォヴォは、ミコワイキの中心部から見て、湖の対岸にある地区である。シニャルドヴィ湖に近接する立地から、ニコライケンの漁業は繁栄を続けていた。地域で獲れるマスは、東プロイセン中で特に人気であった。1843年にはマズーレの定期航路が開設され、ミコワイキが栄えるきっかけとなる。1911年には、ムロンゴヴォやオジェシュと鉄道で結ばれた。1920年からは観光地として知られるようになる。1945年まで、町はプロイセン王国の東プロイセン、ゼンスブルク郡の一部であった。第二次世界大戦中のニコライケンは、戦闘で破壊されなかった数少ない東プロイセンの町の1つであった。ミコワイキ内、ミコワイ湖の西岸にはワルリⅡというコードネームのアプヴェーアが活動していた。1940年から対ソ連情報を収集しており、総統大本営がケンシントン付近の森に移転してからは、このヴォルフスシャンツェに直接報告をおこなっていた。1944年8月のケーニヒスベルク爆撃の前には、ケーニヒスベルクの公文書がミコワイキに移された。大戦後、町はポーランド領となった。ドイツ系住民は、ポーランドとソビエト軍による東プロイセン撤収（en）とドイツ人追放によって町を追われた。チェルノブイリ原子力発電所事故の際は、汚染大気が流れ込んできていることをポーランドで最初に検出したのは、ミコワイキにある放射線監視施設である。