本作はアクションゲームである従来の「メタルギアシリーズ」と違い、トレーディングカードを使った戦術級シミュレーションゲームであり、戦略諜報カードゲームと称される。2005年には、システムを踏襲した続編の『メタルギアアシッド2』（以下、『アシッド2』）も発売された。なお、今まで発売された小島秀夫監督作品（『スナッチャー』『ポリスノーツ』『ボクらの太陽』『ZONE OF THE ENDERS』）や、「メタルギアシリーズ」のテイストがふんだんに盛り込まれている。
TownsOSやMS-DOSのほかに、FM TOWNS専用のWindows 3.0/Windows 3.0 with Multimedia Extensions/3.1も発売されていた。CPUに486やPentiumを搭載した白色のモデルでは、TownsOSのほかにWindows 3.1もプリインストールしたモデルも登場した。なお、『Oh!FM TOWNS』のアンケートの集計結果によると、1992年7月号調査でFM TOWNSユーザー中、Windowsの所有率は12.6%、1994年9月号調査でFM TOWNSユーザー中、Windowsを週に2時間以上使用する率は24.8%であった。Linuxの移植もいちはやく行われている。店頭販売はされず、富士通プラザ(ショールーム)での申し込みという形での販売のみでの発売だったが486以上の白TOWNS II用（HRでも動作は一応可能）向けにWindows 95（OSR1相当）も作られた。但し「Microsoft Plus! for Windows 95」は販売されなかった。また、一部のWindows 95用ソフトウェアでは、正常動作しないことがあった。
TownsOSと、管理ユーティリティ、アプリケーションなどからなる基本的なセットは、Townsシステムソフトウェアという形態で販売または本体に添付されていた。ほぼすべてのユーティリティやアプリケーションは統一されたGUIで構成されており、マウスを使ったわかりやすい操作を行うことが可能。日本語入力にはOAK（オアシスかな漢字変換システム）というかな漢字変換が付属した。付属しているアプリケーションは、Townsシステムソフトウェアのバージョンによって異なった。
『Oh!FM TOWNS』1994年5月号（表記上は「5・6月合併号」）のアンケートの集計結果によるとFM TOWNSユーザーのオプションハードの所有率は以下の通りであった。ビデオカード：24.9%、MIDIカード：12.7%、モデム：29.9%、イメージスキャナ：6.9%。
初代機からモニタ(D-Sub 15pin)、RS-232C (D-Sub 25pin)、プリンタ、増設フロッピィディスクのコネクタがあった。また、2代目モデルからはSCSIコネクタが標準搭載された。Freshシリーズ、白Hシリーズでは増設フロッピィディスクコネクタが廃止されている。
初代から用意されたビデオカードはTOWNS最大の特徴と言われ、ビデオ入力端子（またはS端子）から動画の取り込みが行えた。MIDIカードは後にGS音源を搭載したものもあった。LANカードも存在した。Windowsで使用可能なグラフィックアクセラレータもある。
日本IBMのOptions（純正オプション）としてPS/V VisionなどのPC/AT互換機で動作するISA用のFM TOWNSアプリケーションカードが1993年（平成5年）12月末に発売されている。このカードに加え、CD-ROMドライブを準備するとISAスロット搭載のPC/AT互換機でTOWNSソフトを動作させることができた。
TOWNSが発売された当時の液晶ディスプレイでは、FM TOWNSのアーキテクチャ全てを満たすことは不可能で、TOWNSは全期間を通じて、ノート/ラップトップ形態の本体は1機種しかない。これはMacintoshにPowerBookが存在し、また新規ユーザをめぐっては少なからずPC-9800シリーズやその互換機であるEPSON PCシリーズとも対抗しなければならなかったFM TOWNSにとっては、マーケティング上の大きなハンデとなった。1992年（平成4年）以降、富士通はWindows3.1の動作を前提とし、TOWNS用アプリケーションソフトとも一定の互換性を有し、ユーザターゲットをTOWNSとラップさせたカラーノートパソコンをラインアップした。これらは前述の理由からTOWNSのアーキテクチャ全てはサポートされず、そのため「FMR50シリーズ」を名乗った。1995年（平成7年）、唯一のラップトップモデルとして「FM TOWNSII モデルSN」が発売された。パソコンの普及とそれに伴うシェア争奪戦激化により、ノートパソコン用カラー液晶ディスプレイモジュールの性能が向上し、また価格も大きく下がったためである。バッテリは搭載せずAC電源動作専用である。この機種は教育市場向けモデルのため一般にはほとんど出回っていない。なお、SNではUXと同様、ソフトからの電源制御機能は削除されている。
ブレトンは海事委任契約の下ワシントン州タコマのシアトル・タコマ造船所で1942年2月25日に起工した。1942年6月27日にA・H・ルックス（スンダ海峡海戦で戦死したアルバート・H・ルックス海軍大佐の未亡人）によって進水し、1943年4月12日に艦長E・C・イーウェン海軍大佐の指揮下で就役した。ブレトンは第二次世界大戦を通じて、太平洋艦隊の空母輸送部隊で活動した。太平洋の前線部隊に兵員、物資、航空機を幾度となく運搬した。これらの輸送任務の間に、1944年6月11日から8月10日までサイパンの戦い、6月19日、20日にはマリアナ沖海戦、6月24日には小笠原諸島攻撃に参加し、1945年4月6日、7日には沖縄戦に参加した。ブレトンは1946年1月に西海岸に帰還すると、ワシントン州タコマで不活性化の準備に入る。1946年8月30日に予備役となり、1955年6月12日に CVHE-23（護衛ヘリ空母）、1958年7月1日に CVU-23（雑役空母）に艦種変更される。1959年5月7日には T-AKV-42（貨物航空機運搬艦）に変更される。ブレトンは1972年8月6日に除籍され、スクラップとして売却された。ブレトンは第二次世界大戦の戦功で4つの従軍星章を受章した。