前述の通り自機には2種類ある。1つはゲームスタート時のデザインのもので、発射できるビームは2連射。もう1つはコクピット左右後方に2基のエンジンが付いたデザイン（スター・ウォーズシリーズのYウイング風）で、発射できるビームが3連射になり横方向の移動速度が速い。後者は通称「アブノシップ」と呼ばれる。「アブノシップ」形態はパワーアップとは異なり自機が破壊されても有効で、2人交互プレイで1P側が変身した場合は2P側も自動的に変身してしまう（1P側が変身するためにクイーンの体当たりを行ったあと、2P側最初の自機からすでに変身している）。3連射出来る自機に変身させるには2通りあって、1つはPARSEC1でスペシャルフラッグを出現させた後、QUEENに自機を体当たりさせるというもの、もう1つはPARSEC31でブラスターヘッドを装着するというものがある。PARSEC1で変身する場合はQUEENに体当たりするときに得点が100点以外だったり、ブラスターヘッドに体当たりしてしまったり、スペシャルフラッグを取ってしまうと「失敗」となる。PARSEC31以降は、15のPARSEC毎のブラスターヘッドを入手することにより変身ができる。ただし、PARSEC31以降の1桁目が1のPARSECではギャプラス編隊の動きが異常に速いので難易度が高い。PARSEC1の方法だと自機を1機失ってしまうものの弾を撃たずに待ちよけいなことをせずスペシャルフラッグを出現させクイーンに体当たりすることで安定して行え、また初心者もそれを見て簡単に習得することができるため多くのプレイヤーがPARSEC1の方法を実践していた。3連射バージョンの3発目の弾は貫通弾になっており、射線軸上の敵は全滅させることができる。貫通弾は通常弾が画面内に2発存在するときにボタンを押すと発射される。貫通弾を発射する前に先に発射した通常弾が（敵にヒットするなどして）1発でも消えると、次の発射されるのは通常弾である。この性質を利用して、通常弾を連射したいチャレンジング・ステージではギリギリの近さで撃つなどの工夫ができる。3連射のほうの自機は、『スターイクシオン』では、「オウガヘッダー」という名前で登場している。ブラスターヘッド装着も可能。
自機ファイターを操り、次々に来襲してくるギャプラス編隊を倒していくというもの。各面は「PARSEC（パーセック）」と呼ばれるステージで区分されている。ギャプラス編隊が全部揃う前に自機が破壊されてしまった場合は、強制的にそのPARSECの最初からやり直しとなる。ギャプラス編隊が揃うと真っ先にボスであるQUEENが単体で攻撃を始め、続いて他の敵キャラも単体または編隊を組んで攻撃をしかけてくる。敵を倒したときのスコアは、待機中よりも攻撃中の方が高くなっている。QUEENはブラスターヘッドを持っていることが多く、そのQUEENを倒すことによりブラスターヘッドを入手することができ、それにより自機をパワーアップさせてギャプラス軍を迎え撃つ。ギャプラス編隊がある程度倒されると、またどこからか別のギャプラス小編隊が現れてくる。これも撃破して全てのギャプラス編隊を倒すとそのPARSECはクリアとなり、次のPARSECと進む。これを繰り返していくことになるのだが、途中大量ボーナスを得ることができるチャレンジングステージがあったり、その後にある「逆襲面」（QUEENがブラスターヘッドを持たず、ギャプラス編隊の動きなどが速くなる）もあったりする。PARSECが進むにつれて敵の動きは速くなり、多彩な攻撃もしかけてくるのでより難易度は上がる。
かつて銀河連合軍との戦いに敗れた、ギャラクシアン、ギャラガと呼ばれていたエイリアンは、第三世代となっていた。彼らは進化によって三種族に分化し争い合っていたが、第三種族が他族を圧してギャプラス帝国を築き上げたのである。三度宇宙制圧をもくろんだ彼らは、銀河連合軍に対して攻撃を開始してきた。戦闘のさなか、銀河連合軍は開発段階にある秘密兵器ブラスターヘッドをギャプラスに奪われてしまった。ブラスターヘッドの機密を守るべく、奪還命令を受けたファイターは宇宙へと飛び立ったのである。
『ギャプラス』（GAPLUS）は、ナムコ（現バンダイナムコアミューズメント）から1984年4月に発表されたシューティングゲーム。1981年9月に発表された同社の『ギャラガ』の続編として登場。ゲームデザイナーは中谷始（現バンダイナムコスタジオ代表取締役）。UGSFシリーズの一作でもある。『ギャラクシアン』『ギャラガ』では、自機は画面下端で左右の2方向しか移動することができなかったが、『ギャプラス』では8方向に移動することができるようになり（ただし移動できるのは画面下半分だけ）、パワーアップアイテムによってさまざまな種類のパワーアップが可能となっている。また、敵キャラの種類やデザインも増えた。
神田川の前身である平川は、台地ハケからの湧水や雨水を多く集め、豊嶋郡と荏原郡との境界をなす大きな川だったが、江戸城を普請する上で深刻だったのは、江戸城内へ飲料水の確保と、武蔵野台地上の洪水だった。潮汐のため平川は現在の江戸川橋あたりまで海水が遡上して飲料水に適さず、また沿岸の井戸も鹹水が混じった。平川の普請は、まずは江戸市中の飲料水確保のために行われた。1590年（天正18年）、徳川家康が江戸に入府する前後に大久保忠行が小石川上水を整備して主に江戸城内への用水としていたが、城下を含めより多くの上水を確保する必要から、豊富な真水の水源を有した井の頭池に加え、善福寺池からの善福寺川、妙正寺池からの妙正寺川も平川に集めて神田上水を整備した。目白下（現在の文京区関口大滝橋付近）に、石堰を作って海水の遡上を防ぎ、分水を平川の北側崕に沿って通していた。これは下流への高低差を確保することと、洪水によって水道施設が破壊されてしまうのを防ぐ目的もあった。川の本流から水戸藩上屋敷（現在の小石川後楽園）を通った後に懸樋（空中を通した水道で、これが水道橋の由来）や伏樋（地中の水道）により現在の本郷、神田から南は京橋付近まで水を供給した。石堰から下流は江戸川（現在の江戸川と区別するため以下この節では「旧・平川」とする）と呼ばれた。次に、江戸城拡張のため、江戸前島の日比谷入江に面していた老月村、桜田村、日比谷村といった漁師町を移転させて入江を埋め立て、江戸前島の尾根道だった小田原道を東海道とし、その西側に旧・平川の河道を導いて隅田川に通じる道三堀とつなぎ、江戸前島を貫通する流路を新たに開削して江戸城の（外濠、外濠川とも）とした。これらは家康が将軍を任官する以前の普請であり徳川家のみで行われていた。旧・平川に架けられた橋や河岸、蔵地、埋め立てた日比谷入江に建てられた大名屋敷（大名小路）はたびたび大規模に氾濫して流されていたが、慶長8年（1603年）に江戸幕府を開いてからは大名を集めての天下普請として大規模に行われるようになる。なお、拡大急増した江戸の人口を潤すための上水はこの頃にすでに足りなくなり始めており、1653年（承応2年）に新たに玉川上水が引かれ、主に江戸の西部から南部にかけて供給された。