里きは生涯に3度結婚しており、最初の夫は東京で知り合った中安守、2番目の夫はアメリカ人男性（姓名不明）、3番目の夫はアメリカで知り合った宇都宮源吉（山田源吉とも名乗る）である。最初の夫とは離婚、2番目の夫とは死別している。子どもは1人で、2番目の夫との間にできた娘のモヨだけである。娘のモヨ（1891年〔明治24年〕8月11日 - 1973年〔昭和48年〕9月17日）は、アメリカで生まれ、1894年（明治27年）に母・里きに連れられて日本に渡り、加藤夫妻に預けられた。目が青かったことから小学校でいじめに遭い、加藤夫妻の計らいにより和裁学校に通うことになった。その後兵庫県神戸市に移り浴衣や寝具を仕立てる仕事に就くも、暗い工場での勤務で視力を悪化させ、その工場から浴衣や寝具を仕入れていた兵庫県氷上郡幸世村甲良（現在の氷上郡氷上町甲良）の料亭旅館玉屋で働くことになった。そこで武士の家系である足立國太郎と出会い、結婚した。モヨは町の人からお英さん（おえいさん）と呼ばれて親しまれ、「外国人風の顔つきとは裏腹にどの日本人よりも日本人らしい」と言われていたという。里きとは違い神道を信仰し、戦中は憲兵から目が青いことを聞かれるたびに、「眼は青いけれども心も体も日本人です、私は日本を愛しています」と答えていた。
里きの先祖である伊東氏は平安時代の伊豆国の住人・伊東祐家の息子伊東祐親までさかのぼることができる。祐親は伊豆に流されていた源頼朝の監視役を司ったという。伊東氏はその後尾張国に移り、尾張藩の御典医を務め、更に伊勢国桑名を経て、里きの祖父・雲琳が志摩国片田村に居を構えた。里きの父・雲鱗は雲琳の長男で本家を継ぎ、雲鱗の弟の雲龍と雲碩は分家として「伊藤」姓を名乗った。雲碩は和具村で漢方医をしており、自宅庭で薬草を栽培していた。里きは6人きょうだいの4番目の子（三女）であり、兄の一郎、姉のなか・なを、弟の八郎、妹の操がいた。弟の八郎は若くして亡くなり、9歳年上の兄・一郎は父・雲鱗と同じ1900年（明治33年）に亡くなっている。兄・一郎の死後、生家は取り壊され、里きに関する多くの資料が失われたため、里きの経歴には明らかになっていない点が多数存在する。いとこ（従妹）の伊藤くにゑは、「おりきの松」を贈られた伊藤雲碩の娘であり、伊勢の宇治（現在の伊勢市南部）で磯部百鱗に日本画を習った。磯部の弟子には他に伊藤小坡などがいる。
里きが持ち帰ったフェニックスは、姉・なをに贈られ、なをの嫁ぎ先である片田村の三蔵寺境内に植えられた。その後、1970年（昭和45年）に開かれた日本万国博覧会（大阪万博）の会場跡地に建設された万博記念公園（大阪府吹田市）の一角にある「世界の森」に移植された。
全豪オープンは胃の感染症を理由に欠場。2月、復帰初戦のVTRオープンでは単複ともに決勝まで進出するも、シングルスでは世界ランク73位のオラシオ・セバジョスに7-6, 6-7, 4-6で敗れるなど、どちらも準優勝に終わった。翌週のブラジル・オープンで復帰後初優勝を飾ると、アビエルト・メキシコ・テルセル、BNPパリバ・オープンで優勝。ヨーロッパクレーシーズンは、モンテカルロ・マスターズ決勝でジョコビッチに2-6, 6-7で敗れ大会9連覇とはならなかった。しかしその後のバルセロナ・オープン・バンコ・サバデル、マドリード・マスターズ、BNLイタリア国際の3大会で優勝。復帰してから全仏オープンまでで出場した8大会全てにおいて決勝進出し、そのうち6大会で優勝するなど完全復活を果たす。全仏オープンでは、準決勝で第1シードのジョコビッチに6-4, 3-6, 6-1, 6(3)-7, 9-7、4時間37分に及ぶフルセットで勝利し、決勝ではフェレールをストレートで下して大会2度目の4連覇と8度目の優勝を達成。グランドスラム1大会における8回の優勝は史上初であり、また、ギリェルモ・ビラスが保持していた全仏オープンでの最多マッチ勝利数を更新する59勝目を挙げた。ウィンブルドンでは、1回戦で当時世界ランク135位のスティーブ・ダルシスに6-7, 6-7, 4-6で敗退してしまう。ナダルが4大大会初戦で敗退するのはプロ転向後初めてのことだった。しかし、その後の北米ハードコートシーズンでは好調さを取り戻し、ロジャーズ・カップでは決勝で地元勢のミロシュ・ラオニッチを、翌週のシンシナティ・マスターズでも決勝で地元勢のジョン・イズナーを下し、ハードコートのマスターズ大会で2週連続優勝を果たした。全米オープンでも決勝に進出。ジョコビッチに6-2, 3-6, 6-4, 6-1のセットカウント3-1で勝利し優勝。歴代単独3位となる4大大会13勝目を挙げた。その後のチャイナ・オープンでは決勝でジョコビッチに敗退。上海マスターズ、BNPパリバ・マスターズでは、デルポトロとフェレールにいずれも準決勝で敗れた。ATPワールドツアー・ファイナルではラウンドロビン全勝で3年ぶりに決勝まで勝ち進むも、ジョコビッチに敗れ準優勝に終わった。それでも2013年は10大会で優勝し、3年ぶりにシーズンランキング1位に輝き、自身初の年間勝率90%超えを果たした。また1シーズンにおける獲得賞金が1,456万915ドルにのぼり、前年度のジョコビッチの記録を上回る歴代最多記録を更新した。