日清貿易商会の設立は依然困難だったので、これに代わるものとして日清商品陳列所を設けることになった。これは大阪の豪商岡崎栄三郎の出資により、26年の春から開館準備に着手することができ、その南隣に「日華洋行」と称する岡崎の商店が設けられた。研究所の学生は、明治26年6月末に卒業式を挙行、89名に対し卒業証書が授与された。卒業生は引き続き商品陳列所で実習に当たることになっていたが、その多くが帰国したまま、学費その他の関係で帰来せず、継続実習に従事した者は約40名だった。翌27年8月、日清戦争が起こり、実習生は英船アンヂアス号に搭乗して帰国し、日清貿易研究所は一期生のみで、3ヵ年の短命に終った。にもかかわらず，何人もの革新的企業者がこの研究所において育てられたという。
明治23年12月28日、研究所の職員が、荒尾から資金の早急調達不能の通知を受け取った。財政窮迫の事態は学生らに察知され、人心は動揺、次第に騒擾化の様相を呈した。根本的な善後策を講ずる必要があるとの根津の報告書によって、明治24年2月15日、荒尾は急遽東京から帰所し、学生一人一人に会って説得し、事態は終息した。これを機会に研究所経営の大改革を行うことになり、日清貿易商会関係の業務をやめて研究所一本に絞り、教務改善と人心刷新を計った。その後も財政難は続いたが、研究所の運営は漸次軌道に乗った。
一方、開学早々から、学生の間には気候風土の変化と食事の不慣れにより、下痢患者が多数発生した。また当時上海附近には湿地が多く、そのため上海熱と称する熱病が多発していた。研究所宿舎もこの奇病に襲われ、200名近い職員学生もほとんど罹患し、健康者は10余名にすぎない状況となり、課業は休講、寄宿舎は病棟に早変りした。荒尾・根津らも自ら学生の看護に当たるという非常事態となり、莫大な出費を余儀なくされ、研究所の財政を追いつめた。
荒尾は明治23年11月初句、政府の補助金受領交渉のため帰国し、漢口から根津を迎え、代理所長として後事を託した。政府は研究所に対する年間経費1万円の支出を内定していたが、当時開会された第一議会においては、自由・改進両党の合同勢力が政府の補助金支出は実現できなくなり、研究所の運営は大きな障害に直面した。
研究所は遠大な理想を掲げて開所され、150名の学生は異郷での勉学を開始したが、まもなく思わぬ大問題に遭遇した。その一つは運営資金の枯渇であり、もう一つは熱病の大流行だった。
明治23年（1890年）9月3日、150名の学生と研究所職員、それに日清貿易商会関係の役員等を合わせて約200名の一行は、荒尾所長に引率され、横浜丸に搭乗して清国に向かった。7日長崎を出航、9日上海の研究所に入った。中国家屋10軒を3棟に改造接続したもので、1棟は学生の寄宿舎にあてられ、階上が自習室、階下が寝室だった。1棟は教室で、第一教室の下が受付と応接室、第二教室の下が学生倶楽部、第三教室の下は柔道場だった。残りの1棟は主として職員の住宅にあてられた。
荒尾は貿易商会の設立について全国各方面に遊説を開始したが、当時の日本の国力や、世間一般の中国認識の低さのため、資金の調達は非常に困難だった。そこで商会の設立は後回しにして、まず人材育成のための日清貿易研究所の設立に全力を注ぐことにした。日清貿易商会案と付属研究所の計画は、黒田清隆首相以下、松方正義蔵相、岩村通俊農商務相らの賛同を得、約1ヵ年にわたる全国遊説によって約300名の応募者を集め、そのうちから頭脳優秀、身体強健な青年150名を選抜した。研究所の開設資金については、岩村農商務相が尽力し、北海道の山林払い下げにより約10万円調達の見込みがついたが、岩村大臣が病に倒れ、払下げ反対の意見もあり、この資金計画は消滅した。荒尾は、川上操六参謀次長に訴え、内閣機密費から４万円か支出されることになり、これが研究所の創立費と渡航費になった。川上はその邸宅を抵当に数千円を調達して援助、荒尾・根津も私的に金策して不足を補った。
1993年に西大寺南のカネボウ西大寺工場が閉鎖したが、1995年に岡山市土地開発公社が取得。しかし用途が決まらず長期にわたり利用されないままであった。2010年3月に岡山市が買い取った。面積は約8.2ヘクタール。2009年に岡山県で開かれた全国都市緑化フェアのメイン会場となることが決定し、整備が行われた。全国都市緑化フェア後、南側が西大寺緑花公園、体験学習施設百花プラザとなり、2010年4月にリニューアルオープンした。北部エリアは民間活用、北東エリアは公共公益施設予定地とされた。2010年4月、緑化公園内に図書館（西大寺緑花公園緑の図書室）がオープンした（向洲の西大寺図書館は閉鎖）。2011年2月14日、岡山市は北東エリアに岡山市東区役所、東消防署などを移転させる方針を明らかにし、2014年11月25日に移転開設した。2011年10月、三菱地所は、当地を賃借し同年11月9日に商業施設「西大寺グリーンテラス」を開業するとし、家電量販店（ケーズデンキ）・ホームセンター（コーナン商事）・スポーツ用品店（モミジヤ）など計7店舗が12月までに順次オープンさせた。約25800平方メートルを賃借し、2階建ての施設を建設、店舗面積は約13000平方メートル、駐車場は約590台分。三菱地所は、同年3月に市と借地契約を締結、2033年までの契約で、借地料は約15億円で、それ以外の事業費は約20億円。年間35億円の売上高を見込んでいる。