世界設定は2000年代の架空の日本となっており、主な舞台は川神市（モデルは神奈川県川崎市）。川神市には主人公らが通う川神学園があり、学園の学長はヒロインの一人である川神百代の祖父、鉄心が務めている。鉄心は川神院という名高い寺院の総代でもあり、院は武術の鍛錬場所としても有名である。川神学園は鉄心の教育理念から変わった校風をしており、ユニークな行事・授業が特徴である。その中には合法的に生徒同士が行う決闘の制度があり、この決闘は学校側が認めればどんな形式で戦っても良い（一対一からチーム戦まで様々）。学内には特進クラスのSがあり、このSクラスは、成績が学年50位以下になると在籍できなくなるというエリート集団である。対して主人公の所属する2-Fは問題児だらけのろくでなし集団と呼ばれるクラスである。また、川神学園には寮がいくつもあり、島津岳人の母・麗子が管理人を務める島津寮もその中の一つである。島津寮では直江大和、風間翔一、源忠勝、黛由紀江、椎名京、クリスの6名が生活しており、男子が1階、女子が2階を使用している。風呂場は元々別々だったが百代が壊したため男女とも一階の風呂を共用することになった。寮のすぐ後ろには島津家がある。この他、主人公らの友人グループ、通称「風間ファミリー」が定例的に集まる場所として廃ビルがある。中学時代にクラスがバラバラになった際に毎週金曜日に廃ビルに集まるようになっていた習慣が未だに続いているという設定。なお、2007年にみなとそふとより発売された『君が主で執事が俺で』（以下きみある）と世界観を同じくしており、世界三大財閥として設定されている九鬼家も引き続き登場する。まじこいSでは九鬼家が歴史上の偉人達のクローンを使って人材難を克服しようという武士道プランを実行する。時系列はきみあるの2年後。
まじこいA(アペンド)は、S発売後、ユーザーから要望の多かったS新ヒロインとのその後や過去のシリーズで攻略対象になっていなかったキャラクターにフォーカスをあてた作品。これまでと違い、ダウンロード販売という販売形態であるため、それぞれ2～3人のヒロインを攻略対象にしたA-1からA-5までの5本が販売されており、全5本が発売された後これらを一つにまとめたパッケージ版も発売された。ルートの選択は前作Sと同じようにオープニング後に選ぶ形になっている。各ヒロインA-1（発売中）：武蔵坊弁慶、忍足あずみ、黛沙也佳A-2（発売中）：葉桜清楚、九鬼紋白（Sの後日談）、クッキー４isA-3（発売中）：李、ステイシー、松永燕（Sの後日談）A-4（発売中）：大友焔、林冲A-5（発売中）：源義経、橘天衣、マルギッテ（Sの後日談）Aパッケージ版（発売中）：1-5のヒロイン全てAプラスディスク（パッケージ版の初回特典）：最上旭、武松、猟犬部隊(主にテルマ)
前作でのそれぞれのエンディングの後のストーリーを選択できるようになっている。ルートの選択はオープニングの後に行われ、各メインヒロインとのルートのほかに「誰とも恋仲になってない未来」があり、このルートを選ぶことで新たなヒロインとのストーリーへと進むことができる。「誰とも恋仲にならなかった未来」では度を越した財力を持つ九鬼財閥が武士道プランという計画を実行した関係から、その関係者が大量に川神学園に転入するところから始まる。新たにヒロインとして追加されたのは九鬼財閥の末子・九鬼紋白と九鬼家とは関係なく突如として3年に転入してきた松永燕の2名。このほか前作では攻略できなかった不死川心、マルギッテ、板垣辰子がヒロイン扱いになっている。
これに対して能登畠山家中は謙信の介入を嫌い、対決する姿勢を鮮明にした。七尾城内では老臣筆頭の長続連以下兵2000での籠城戦と決定する。続連が七尾城の大手口、温井景隆が古府谷、遊佐続光が蹴落口をそれぞれ守備することを決めた。さらに続連は謙信の背後を撹乱するために、笠師村や土川村、長浦村などの領民に対して一揆を起こすように扇動したのである。ところが、謙信もかつて一向一揆に悩まされた経験から一揆に関する情報網があり、これらを全て鎮圧した上で七尾城を囲んだ。しかし、七尾城は畠山義総によって築かれた難攻不落さで縄張りも広く、春日山城にも匹敵する堅城だったためさすがの謙信も攻めあぐねていた。そこで七尾城を孤立させるためにその支城群に矛先を転じた。鹿島郡中島町谷内にある熊木城、珠洲市正院町川尻の黒滝城をはじめ、羽咋郡富来町八幡の富来城、羽咋郡富来町の城ヶ根山城、羽咋市柳田町にある粟生七郎の粟生城、鳳至郡柳田村国光にある牧野上総介の米山城などが、あっという間に落城し七尾城は孤立した。しかしそれでも、堅城を頼む七尾城の続連らは降伏しなかった。越年して天正5年（1577年）に入り、3月に北条氏政が北関東方面に出兵したため、謙信は本国の仕置を兼ねていったん越後に帰国した。このとき、謙信は熊木城に三宝寺平四郎と斉藤帯刀・内藤久弥・七杉小伝次を、黒滝城に長景連を、穴水城に長沢光国と白小田善兵衛を、甲山城に轡田肥後と平子和泉を、富来城に藍浦長門を、石動山に上条織部と畠山将監をそれぞれ配置した。