1996年、初めての総統直接選挙において54.0%の得票率で当選し、台湾史上初の民選総統として第9期総統に就任した。この選挙に際して中華人民共和国は台湾の独立を推進するものと反発し、総統選挙に合わせて「海峡九六一」と称される軍事演習を実施、ミサイル発射実験をおこなった。アメリカは2隻の航空母艦を台湾海峡に派遣して中華人民共和国を牽制し、両岸の緊張度が一気に高まった。総統に再任後は行政改革を進めた。1996年12月に「国家発展会議」（「国是会議」から改称）を開催したが、この会議の議論に基づいて1997年に憲法を改正し、台湾省を凍結（地方政府としての機能を停止）することが決定された。これによって台湾省政府は事実上廃止となった。2000年の総統選挙では自身の後継者として副総統の連戦を推薦して選挙支援を行なうが、この選挙では国民党を離党した宋楚瑜が総統選に参加したことから、国民党票が分裂、最終的には民主進歩党候補の陳水扁が当選し、第10期中華民国総統に就任した。これにより中華民国に平和的な政権移譲を実現したが、野党に転落した国民党内部からは登輝の党首辞任を求める声が高まり、2000年3月に国民党主席職を辞任した。
1991年6月、登輝は李煥に代わって郝柏村を行政院長に指名した。このときシビリアン・コントロールの原則に従って郝を軍から除役させたため、郝の軍に対する影響力が弱まり、軍の主導権も登輝が握ることになる。1993年に郝が行政院長を辞任し、登輝の側近だった連戦が行政院長に就任したため行政院の主導権も握った。この後、登輝はより一層の民主化を推進していくことになる。1994年7月、台湾省・台北市・高雄市での首長選挙を決定し、同年12月に選挙が実施された。さらに登輝は総統直接選挙の実現に向けて行動した。しかし国民党が提出した総統選挙草案は、有権者が選出する代理人が総統を選出するというアメリカ方式の間接選挙を提案するものであった。それでも登輝はフランス方式の直接選挙を主張し、1994年7月に開催された国民大会において、第9期総統より直接選挙を実施することが賛成多数で決定された。同時に総統の「1期4年・連続2期」の制限を付し独裁政権の発生を防止する規定を定めた。
1988年1月13日、蒋経国が死去。憲法上任期中に総統が死去すると副総統が継承するため登輝が総統に就任する。国民党主席代行に就任することに対しては蒋介石の妻・宋美齢が躊躇し主席代行選出の延期を要請したが、当時若手党員だった宋楚瑜が早期選出を促す発言をしたこともあり主席代行に就任する。7月には国民党代表大会で正式に党主席に就任した。しかし登輝の政権基盤は確固としたものではなく、李煥・郝柏村・兪国華ら党内保守派がそれぞれ党・軍・政府（行政院）の実権を掌握していた。この後、登輝はこれらの実力者を牽制しつつ自らの政権基盤を固め、民主化を進めていった。1989年に国民党内の支持が低いことを理由に兪国華が行政院長を辞任すると、国民党秘書長の李煥が行政院長に就任した。この時、後任の秘書長に登輝の国民党主席就任を支持した宋楚瑜を据え、登輝は党の主導権を握った。
1943年9月、台北高等学校を卒業。同年10月、現地の台北帝国大学には現地人に対する入学制限から進学することが叶わず本土の京都帝国大学農学部農業経済学科に進学した。農業経済学を選択した理由として、本人によれば幼少時に小作人が苦しんでいる不公平な社会を目の当たりにした事と、高校時代の歴史教師である塩見薫の影響によりマルクス主義の唯物史観の影響を受けたこと、農業問題は台湾の将来と密接な関係があると思ったことを理由として挙げている。大学時代は自ら「農業簿記」を学び、同時にマルクスや河上肇などの社会主義関連の書籍に親しんでいた。1944年にほかの文科系学生と同じように学徒出陣により出征する（農業経済学を専攻している学生は、農学部所属ではあったが、文系として扱われた）。大阪師団に徴兵検査第一乙種合格で入隊し、台湾に一時帰って基礎訓練を終えた後日本に戻り、その後名古屋の高射砲部隊に陸軍少尉として配属され、終戦を名古屋で迎えた。ちなみに、召集された際、日本人の上官から「お前どこへ行く？何兵になるか？」と聞かれ、迷わず「歩兵にしてください」と言い、加えて「二等兵にしてください」とまで要求したところ、その上官から「どうしてそんなきついところへ行きたいのか」と笑われたという。
ワルサー社のVG-1はボルトアクション式小銃である。粗雑なボルトハンドルや安全装置付の機関部は鋳鋼製で、2つの前方ラグで閉鎖される単純な回転ボルト機構を使用している。装弾にはG43自動小銃用の着脱式箱型弾倉が使用された。安全装置も非常に簡易なもので、用心鉄に固定されたプレス加工鋼のレバーが引き金の後ろにあるのみである。安全状態では、このレバーによって引き金の動きが阻害される。解除する際には単にレバーを側面へ起こすのである。銃床は木製で、至近での射撃のみを想定した固定式照準器を備えていた。スプリーベルク社のVG-2もまた、類似の機関部や安全装置を備えたボルトアクション式小銃である。閉鎖機構はプレス加工鋼の機関部内にある2つの正面ラグで閉鎖される。VG-2もまたG43の弾倉が使用できる。木製銃床はショルダーストック部とセミピストルグリップ及びフォアエンド部の2部品で構成されている。照準器は固定式で、照準距離は100mに設定されていた。ラインメタル社のVG-3 詳細不明モーゼル社のVG-4 詳細不明シュタイヤー（ステアー）社のVG-5またはVK-98（Volkssturm-Karabiner 98）は、最も単純化された単発式ボルトアクション式小銃である。Gew98と同等の機関部を使用してはいたものの、内蔵弾倉を備えておらず、射撃ごとに1発ずつ薬室へ銃弾を装填しなければならなかった。銃身はGew98のほか、加工したMG34またはMG42機関銃用の余剰品が用いられた。照準器は固定式で、安全装置も備えていなかった。