2009年7月には、ソマリア沖の海賊に対応するため、海賊行為の処罰及び海賊行為への対処に関する法律が施行され、同法及び自衛隊法に基づきJTFが編成された。派遣海賊対処行動支援隊はジブチに地上航空基地を置いている。この基地について警衛の必要性があることから、海上自衛隊の派遣支援隊指揮官の下に、陸上自衛隊の警備部隊などが組み入れられている。
2009年4月に北朝鮮によるミサイル発射実験に際してのBMD統合任務部隊が編成された。これは、初めて編成されたJTFでもある。2009年3月27日の「弾道ミサイル等に対する破壊措置の実施に関する自衛隊行動命令」により編成された。ミサイル防衛を任務として航空総隊司令官を指揮官とし、航空自衛隊の警戒部隊、地対空ミサイル部隊のほか、海上自衛隊のイージス艦部隊も指揮下におさめた。これは4月6日の終結命令により解散している。2012年3月30日に、北朝鮮によるミサイル発射実験の予告を受けて、国会内で開かれた安全保障会議で自衛隊に対する破壊措置命令が発出され、再び航空総隊司令官を指揮官とするBMD統合任務部隊が編成された。4月16日までの間、破壊措置活動を行うとし、石垣島や宮古島を中心に展開していたが、4月13日の発射失敗を北朝鮮が報じたことから統合任務部隊は即日解散している。2012年12月1日、北朝鮮が12月10日から22日までの間に「人工衛星」と称するミサイル発射予告を行ったことから、自衛隊法第82条の3「弾道ミサイル等に対する破壊措置命令」が発令される可能性を踏まえ沖縄県に自衛隊の部隊を配備する計画であることが発表された。2012年12月12日午前9時49分に発射されたが、直接の被害は認められなかったため統合任務部隊はこの日をもって編成解組に入った。以降も北朝鮮が人工衛星と称した弾道ミサイルの発射報道を行うたびに同種の部隊が編成されているが、近年（2014年以降特に）この動きがさらに活発化していることから、防衛省市ヶ谷地区においては航空自衛隊第1高射群の部隊の一部を市ヶ谷分遣班として常駐させるなどの施策により即応体制の強化を図っている。
本作の企画はほしののぶゆきによって起案され、『ファイナルファンタジー』発売後から2年後に河津秋敏の監督のもとで開発が進められた。本作は、サガシリーズ第一作であると同時に、スクエアが初めて開発したゲームボーイ用ソフトでもあった。It was the first installment of the SaGa series in Japan and the first Game Boy game produced by Square.当時スクウェアの代表だった宮本雅史は、ゲームボーイ版『テトリス』が成功し、携帯ゲーム機プレイヤーの人口が増加していることを受け、ゲームボーイ用ソフトの開発を命じた。河津と石井浩一は、『テトリス』のようなゲームではなく、ユーザーが一番求めているであろうRPGの開発を決意した。当時河津らは『ファイナルファンタジーII』を開発し終え、続編についての話をしていたところだったため、同作のファミコン向けとして続編として用意していたアイデアをゲームボーイ向けにアレンジする形で本作の開発を進めた。。河津は2015年の電撃オンラインとのインタビューの中で「今考えると『ファイナルファンタジーIII』は派手な演出を特徴とするファイナルファンタジーシリーズの原点ともいえるところがあったから、良い差別化できたと思う」と振り返っている。スクウェアは本作のコンセプトを、成田からホノルルまでの時間に相当する、6時間から8時間で遊べるゲームとした。開発者たちは、電車に乗っている間でも遊びやすくするため、短い間にゲームが一気に進んでいることを視覚化するための努力を重ねた。ゲームの面白さを保つためには、短いプレイ時間の中で最低一体以上の敵を出す必要があることから、本作では敵の出現率が他のスクウェアのRPG作品よりも高く設定された。本作の難易度は高く、一歩進んだシステム設計となっており、そこがサガシリーズとファイナルファンタジーシリーズとの違いであると河津はGame Spyとのインタビューの中で答えている 。河津は他のスクウェア作品と並行する形で 、石井と伊藤裕之と時田貴司とともに本作のシナリオ執筆に直接携わった。また、石井と伊藤は本作の世界観や地形も手がけたほか、背景グラフィックはたなかりょうこが手がけた。時田はキャラクターのデザインとスプライトの作成も担当した。ゲームボーイではモノクロによる表現しかできないことから、炎といったエフェクトをモノクロで示すことは難しかった。その結果、開発チームは白黒で表現された世界を構築する必要があった 。時田は、色を考えなくていいので良かったと話す一方で、説明書の時点で初めて色を意識したとサガシリーズ20周年イベントの中で振り返っている。本作は統一感のない世界観を有しており、このような世界観に合わせるために、原子力発電所に生身で突入する暴走族など常識の概念に囚われない設定の登場人物が、あえて多く用意された。開発当初はただ下へ潜った末に魔王となって神と戦うという構想もあり、この構想では上に登って行った場合はアシュラとの最終決戦を迎えるというものだった。本作では独自のシステムがいくつか用意されており、その一つである「倒した敵キャラクターの肉を食す」というシステムは、元々は倒した敵キャラクターの能力を取り込めないかと考えた末に、ビジュアルとして肉という形にしたのが始まりであり、最終的にはマンガ肉による表現が用いられた。『Sa・Ga2 秘宝伝説』のスタッフである田中弘道は20周年イベントの中で、当時のゲームボーイのカートリッジの容量が2メガビットだったため、最良のパフォーマンスでゲームを動かすために要素を削っていったと話している。また、河津も同様の理由でシナリオを短くしたと2001年のファミ通とのインタビューの中で話している。『魔界塔士Sa・Ga』という題名はスタッフたちの間で話し合って付けられたが、「魔界塔士」の部分は河津秋敏がつけた。「魔界」という単語を入れた理由について、河津は「Apple II向けコンピュータゲーム『Phantasie』の海賊版『幽霊戦士』のイメージが強く、本作の世界観の観点からも、アジア的ないかがわしさを出したいと思い、『魔界塔士』という漢字四文字で表現した」と電撃オンラインとのインタビューの中で述べている。