この遺跡は、久しく忘れ去られ密林のなかに埋もれていた。その原因については、火山の降灰によるものであるとする説と、イスラム教徒による破壊をおそれて人びとが埋めたという説がある。1814年にイギリス人のトーマス・ラッフルズ（当時ジャワ総督代理）とオランダ人技師コルネリウスによって森のなかで再発見され、その一部が発掘された。1851年から1854年にかけての第2次調査では、壁面のレリーフのほとんどが現れ、1885年の発掘調査の際には、土台の内壁に、人間のあらゆる欲望を描いた160面のレリーフが現れた。崩落の危険性があるため、埋め戻され、再び覆い隠されることとなった。1900年にはオランダ政府によって発掘調査委員会が組織され、1907年には写真記録がおこなわれた。また、1907年から1911年にかけてはオランダ人技師ファン・エルプによって復原工事がおこなわれている。インドネシア独立後の1960年代初頭には、遺跡は崩壊寸前の危機にあったが、地盤沈下による壁と床の傾斜、ムラピ火山の噴火後の構造破壊を防ぐ目的で、ユネスコ主導のもと1973年から10年の歳月と2,000万ドルの費用をかけて修復工事がおこなわれ、1982年に完了した。その際、水による浸食を防ぐため排水路を設ける必要が生まれたため方形壇部分をいったん全部解体し、石のひとつひとつにナンバリングを施し、コンピュータ管理をおこなっている。なお、この修復事業には日本はじめ27か国が資金協力をおこなった。日本では国際技術諮問委員として千原大五郎が選出されている。また、1980年からは日本が技術協力をおこない、ボロブドゥールとプランバナン寺院群の2大遺跡とその周辺を歴史公園として整備し、文化遺産を保護しながら、観光と地域振興を図る計画が実施に移された。1991年にはボロブドゥール東3kmのムンドゥッ寺院、東1.8kmのパオン寺院とともに「ボロブドゥール寺院遺跡群」として世界遺産に登録された。この3寺院は、一直線に並んで立地することから、付近一帯がこれらを含む多数の寺院群で構成された巨大な仏教複合構造物ではなかったかという推測も持たれている。その後、2006年5月27日にジョクジャカルタ付近を震源地とするマグニチュード6.2のジャワ島中部地震が起こり、寺院の石塔の一部が崩れるなどの被害を受けた。これについては、被害状況の調査がなされ、事後の修復を予定している。
5層の方形壇の縁には壁がめぐらされ、壁には計20の吐水口が取り付けられている。吐水口は、想像上の生き物の彫刻で飾られている。また、壇の上下を結ぶ階段の入口は、カーラ（鬼面）とマカラ（海竜）で装飾された拱門（アーチ）になっている。
建築資材となったのは、厚さ20cmから30cmの切石（煉瓦様ブロック）である。ブロックは、質の粗い黒灰色の安山岩や凝灰岩を切断して製造されており、寺院はこのブロックを積み上げて建造されている。使用されたブロックの個数は200万弱におよび、容積は5万5,000m³、総重量は約350万tにもなるといわれる。
※大分トリニータ#歴史の欄も参照2016年より、同年J3へ降格した大分トリニータの監督に就任。U-15コーチを務めていた2006年以来の大分で、初の監督業挑戦となった。大分は前年のJ3降格の影響より昨季の主力が多数流出した為、「結果（J2復帰）」と「育成」の両立を求められることになった。その中で開幕戦・長野戦では分析の結果、攻略に適した人材と判断した ルーキーの岩田智輝、吉平翼を先発に起用。岩田は以後先発に定着し、その後も怪我人や戦術変更をきっかけに福森直也や姫野宥弥を先発に抜擢し大きな成長を促した。一方で昨年飛躍した4年目の松本昌也と2年目の鈴木義宜に対しては中心選手としての役割と責任を与えることで、チームに欠かせない存在に成長させた。前半戦を昇格圏外の3位で折り返し、第19節では首位・栃木との直接対決に敗れ、勝ち点差が9にまで広がったが、以降は失点リスクを抑えた戦い方に変更した結果、第20節から最終節まで5連勝を含む9勝1分1敗の成績を残した。同期間で栃木が4勝5分2敗と勝ち点を伸ばせなかったこともあり第29節で首位を奪取し、逆転でJ3優勝を達成。大分を1年でJ2復帰に導いた。2017年はJ2残留を視野に目標勝ち点を45に設定。前年と同じくパスサッカースタイルを掲げる中でよりボールを握る為、システムを前年の4バックから3バックへ変更したが、時には相手との力関係を判断し守備重視の4バックへの変更もするなど割り切りも見せた。目標以上のペースで勝ち点を積み上げ、第30節・山口戦での勝利により目標勝ち点の45に12試合を残して到達した。最終的に勝ち点は64まで伸ばし9位でシーズンを終えた。2018年は勝ち点70・J1参入プレーオフ圏内（6位以内）を目標に設定。前年基本システムとした3-4-2-1を継続しながらも得点力の向上を図る為、ボールを回しながら相手の隙を探す作業に特化。プレスのかけ方や、ポジション取り、ボールを奪った後の動きなどを、具体的なアクションを交えながら事細かに選手に示した。選手起用については実力が伯仲した選手が多く集まった事を生かし、ゲームプラン・コンビネーション・コンディションの3つの基準の元、対戦相手毎にメンバーを入れ替えるという手法をシーズン通して貫いた。その結果、チーム全体の競争力・モチベーションの向上をもたらし、4選手が2ケタ得点を達成するなどリーグ最多となる76得点を記録。シーズン成績も勝ち点76の2位と目標を上回る自動昇格圏入りを果たし、大分を6年振りのJ1復帰へと導いた。シーズン終了後には、J3からJ1までチームを引き上げた事などが評価され、J2優秀監督賞を受賞した。