戦国時代後期に入ると湊家に後嗣がなく断絶の危機を迎えたため、詳細は不明であるが 下国家の愛季が湊家をも継承して、元亀元年（1570年）に安東氏を統合し、安東氏の全盛期を築き上げた。愛季は上杉謙信、織田信長 らと対等の誼を通じ、天正5年7月22日（1577年8月6日）に従五位下に、天正8年8月13日（1580年9月21日）には従五位上侍従となる。一方、当時配下であった蠣崎慶広を使い浅利勝頼を謀殺するなど領内の反抗勢力を滅ぼし、旧湊家系国人衆の反乱である湊騒動を収め由利地方から大宝寺氏の干渉を駆逐する など権力基盤を固めた。これらにより、安東氏は戦国末期に至り、秋田郡・檜山郡・豊島郡・由利郡を勢力範囲とする戦国大名へと成長した。居城も檜山から脇本城（秋田県男鹿市）を経て天正17年（1589年）湊城へ移している。
上国家は、室町幕府関係の史料上一貫して湊家と記載されているため、本節以後は湊家と表記する。湊家は遅くとも天文年間には京都扶持衆となっていること、代々「左衛門佐」を名乗り本願寺や細川氏とも誼を通じるなど中央との交流があったこと等が確認されているものの、事績を伝える確実な史料に乏しく研究が進んでいない。湊家は上述のとおり秋田郡に拠り出羽小鹿島や出羽湊（現・秋田県秋田市）を領し、後に秋田郡全体を制して秋田城介を自称した。檜山屋形と並び、秋田屋形とも呼ばれる。湊家の成立について、従来の説は鹿季が出羽湊に入ったとの系図記載記事を踏襲したものであったが、近年、南北朝時代成立の史料により男鹿半島の領主として確認される安藤孫五郎、安東太の両者や、「市川湊文書」に含まれている寺社修造棟札写に残る寂蔵、安倍忠季、安倍浄宗等が鹿季の南遷と伝えられている時代以前に遡れること、湊家以前の男鹿半島の領主を女川家と伝える伝承があること等から、湊家の成立と伝えられる以前に安東一族が秋田郡に土着していた可能性を指摘する見解 や、鎌倉末期に安藤氏の乱において惣領から退けられた季長を上国家の祖と見なす見解 などが出されている。また、鹿季を宗季の子とする系図を支持する見解もある。伝承されている系図は南部氏関係の史料とは概ね一致するものの、前述のように寺社修造棟札写から復元される歴代とは異なっており、その実態については今後の研究が待たれている。
下国家は忠季以降、尋季、舜季、愛季、実季まで5代にわたり、陸奥国比内・阿仁地方に勢力を拡大したと見られる。この地方が出羽国の一部として扱われるようになったのは、これ以後と推定される。忠季以降の下国家は、檜山築城や寺院建立を行う一方で夷島の経営にも努め屋形号を称したため、檜山屋形とも呼ばれる。しかし、次第に夷島が下国家の統制から離れ始め、特に夷島において被官であった蠣崎氏が上国守護職に加えて松前守護職を名乗ったことを追認せざるを得なくなるなど、戦国時代前期には実質上北出羽の一豪族となった。下国家は東海将軍、日之本将軍を称し、出羽、陸奥北部から夷島にかけての支配圏を内外に誇示しようとしたとされているが、これには否定的見解も出されている。舜季は、天文19年（1550年）夷島に渡り蠣崎氏とアイヌとの講和を仲介するなど蝦夷に対する一定の権威を示し、以後も蠣崎氏の徴収する関銭の大半を上納させ、軍役を課している。一方で日本海海運の拠点であった小浜湊に代官関戸氏を置いていたとの見解もあり、北日本海に止まらない活動範囲も指摘されている。
この頃の下国家は幕府との関係性が薄く、後述するように中央との交流が頻繁な湊家とは性格が異なることから、海賊的存在であったとの指摘がある。また、下国・上国の二家は相対しながらも檜山郡と秋田郡とを分け合い、一連の湊騒動を除き戦闘は確認されていない。
現在のウクライナのゾロトノシャの農園主の家に生まれた。1894年に家族とシベリアの、エニセイスクに移った。農場で働いた後、村の役人となり1896年にカンスクで警察の事務職となるが、1899年にエニセイスクに戻って学校に入り、1902年に卒業し1905年まで小学校の教師をした。1905年に日露戦争のために軍に召集されるが、同年政治運動に参加し起訴されるが、1906年5月偽名を使って満州に逃れ、1908年まで教師として働いた。1908年からフランスのナンシー大学で農学を学び1910年に卒業した。ロシアへの帰国はできなかったので、ブラジルに渡り、1911年からカンピーナス農学研究所の研究助手として働いた。1913年にブラジルの市民権を取り、ルイス・デ・ケイロス農業大学の農業動物学（昆虫学）の教授となった。1916年の初め、第一次世界大戦中のロシアに帰国し、士官学校に入学するが、1905年の反乱参加が露見し、逮捕されクラスノヤルスクで刑務所に収監された。ロシア革命によって、1917年に赦免された。ロシア革命では白軍に参加し、エニセイスクの副郡長となったが、白軍の敗北によって逮捕され、1919年に死刑を宣告されるが、死刑は執行されずに、1920年にエニセイスク南部の蝗害の対策を指導させるために釈放された。ボンダールは再びロシアからの脱出を図り、モンゴル、満州、朝鮮、日本を経由して、1920年9月、シカゴ丸でブラジルに戻った。1921年にバイア州の農務省に昆虫学者、植物病理学者として雇われ、終生バイア州で過ごした。1938年から農業研究所（Instituto Central de Fomento Econômico da Bahia）のコンサルタントを務めた。植物学の分野ではヤシ科の植物のいくつかの新種を記載し、農学関係の論文を執筆した。著書"Palmeiras do Brasil"は没後の1964年に、サンパウロ植物研究所から出版された。昆虫学の分野では植物の多くの害虫など318種の昆虫を記載した。ボンダールの収集した昆虫コレクションは、ボンダールの記載したタイプ標本も含めてデイヴィッド・ロックフェラーによって購入され、アメリカ自然史博物館に寄贈された。