荒尾は3ヵ年の清国派遣（漢口楽善堂での活動）から帰国後、「復命書」を提出した。その結論として清国に対する和親策は実効が挙がらず、攻戦策も拙劣であるから採るべきでないと述べ、具体策として対清貿易振興案である「日清貿易商会」の設立を主張した 。貿易商会の構想は、まず上海に一大商社「日清貿易商会」を設け、清国25の開港場に支店を置いて互いに連携し、さらに日本の各商工業者と連絡して両国貿易の振興を図るというものだった。そして、その任務を遂行する者を必要とするため、別に附属研究所「日清貿易研究所」を設立し、清国の事情に通暁する優秀な人材を育成する計画だった。荒尾は清国における我が国の商業権を拡張して西欧諸国の経済侵略に対抗し、日清両国の経済提携によって共に富強を図り、東亜の防衛を達成しようと構想した。
日本陸軍参謀本部将校荒尾精は、白人の侵略から国を守るには、日中が互いに貿易を盛んに行なうことによって経済大国となり（貿易富国）、日中が連携して白人に対抗すべきである（協同防禦）という考えを持っていた。この目的のために漢口楽善堂を拠点として大陸調査活動を行ったが（明治19～22年）、日中貿易振興のためには優秀な貿易実務担当者の育成が不可欠であることを痛感した。そこで日本政府に資金調達を働きかけ、全国を遊説して生徒を集め、上海に日清貿易研究所を設立した（明治23年）。研究所の運営は困難を極め、日清戦争の勃発とともに閉鎖されてしまう（明治26年）。研究所の卒業生は日本軍の通訳、間諜として働き、清国軍に捕まって処刑された者も多い（九烈士）。しかし、荒尾の日中提携による貿易立国の精神は盟友根津一や卒業生らによって引き継がれ、後の東亜同文書院設立となって結実した（明治34年）。
通常、審議会の調査は中立的な立場の者が委員を務めるが、超心理学の検討委員会の座長にはもともと超心理学に批判的であったレイ・ハイマンが選ばれた。その評定報告の依頼先も中立的な者ではなく批判者であったジェームズ・オルコックが選ばれた。この選定には「超心理学の専門家の意見を収集しないのであれば正当な調査とは言えない」と批判があったが、その抗議の採用はされなかった。メタ分析の開祖と言われるロバート・ローゼンタールは、NRC調査において超心理学の研究実績の品質が最も高いと評していた。委員長のジョン・スウェッツはこの評価を取り下げるよう要請した。ローゼンタールは拒絶したが、最終的に彼の評定は引用されず、単なる参考文献にすぎないとされた。こうした経緯をもって、NRCレポートを中立的ではないとする見方がある。
1995年に同プロジェクトはCIAに移管され、「成果無し」と総括された上で終結した。この評価は1987年にNRC（国立研究審議会）によって10年前に提出されたレポート(NRCレポート)が基になっており、「超心理学現象は30年間も研究されたが、科学的な正当性は何も得られなかった」と結論付けられている。このNRCレポートには「作成された経緯が中立的なものではない」という批判も出ている。(→#NRCレポートへの批判)またCIAが下した評価については「スターゲート・プロジェクトが過去に出した肯定的な提出書」はどれも参照されず「極度に否定的な論調のNRC報告」のみが参照されている事や、「限定的な実験データから短絡的に結論を導いている」と批判する者もいる。一方でスパイ衛星などの技術が高まる中、スパイ技術としての遠隔視に実用性を認めなかったのは現実的であるとする見方もある。超心理学者のエドウィン・メイは、プロジェクトに関わった組織(SAIC)を辞職した後に、評価報告の内幕を暴露する記事を書いている。そこでは「CIAの結論は評価を依頼する前から、(プロジェクトの)廃止に決まっていた」と断言されている。
残されたドニー・ヴィーとチップ・ズナフの2人は、チップ&ドニー名義のアルバム『ブラザーズ』（1994年）を、日本のアポロンから発表。同作は、本国アメリカではしばらく発表されなかったが、1997年にはボーナス・トラックを追加して、イナフ・ズナフ名義のアルバム『Seven』としてアメリカ発売された。また、イナフ・ズナフのメジャー・デビュー前の音源を収録した『1985』（1994年）も発表。バンド自体も、オリジナル・ギタリストのジーノ・マルティーノが復帰してインディーズで活動を再開。ほどなく、ジーノに代わる新ギタリストとしてモナコが加入。この頃、ドニー・ヴィーとスティーヴ・スティーヴンスの共作による楽曲「SWEET MOTION」が、松井五郎により日本語詞を与えられて氷室京介のアルバム『I・DE・A』（1997年）に収録された。アルバム『パラフェルネイリア』は1998年に日本で先行発売され、オリコン86位に達した。同作にはリック・ニールセン（チープ・トリック）とジェイムス・ヤング（スティクス）がゲスト参加した。1998年9月には、初の日本公演を行う。2002年、ドニー・ヴィーはツアーへの不参加を表明し、ソロ活動を開始する。2004年にはドニーとチップの関係も修復され、メジャー・デビュー当時の4人が再び集まったアルバム『?』を発表するが、同作リリースを前にした2004年5月28日、デレク・フリーゴが急逝した。その後、ジェイク・E・リーの加入も噂されるが、ジェイクはアルバム『ディソナンス』（2009年）のレコーディングに参加するのみにとどまり、バンドはトリー・シュトフレーゲン（ギター）とランディ・スコット（ドラム）の2人を加えてツアーを行う。