吸気及び呼気の二酸化炭素分圧を連続的に測定して経時的に曲線で表したもの。横軸が時間、縦軸がPCO₂を示し第Ⅰ～Ⅳ相からなる。この波形や時間経過から得られる情報は非常に多い。患者の呼吸や循環の状態を把握するのに有用であるほか、麻酔中の様々な気道のトラブルを早期発見することができる。・第Ⅰ相：吸気の最後から呼気の初期。気管チューブや気管・気管支など解剖学的死腔に存在するガスが呼出されるPCO₂は0mmHgを示す・第Ⅱ相：次第に肺胞からのCO₂を含んだガスが解剖学的死腔のガスと混合して排出されてくるため、二酸化炭素分圧は徐々に上昇する。・第Ⅲ相：肺胞からのガス排出。正常ではほぼ平坦であり、呼気終了時の値がPETCO₂である。・第Ⅳ相：吸気が開始され、二酸化炭素分圧が急激に下降し、基線(0mmHg)まで戻る。
サイドストリーム方式は、患者に接続された呼吸回路から、患者の呼気の一部をサンプリングチューブを介して吸引し、離れたところにあるカプノメータ本体の二酸化炭素センサでPETCO₂を測定する方式。麻酔ガス濃度も測定できるので手術室などで使用される。麻酔中では、主に気管チューブに接続した人工鼻にサンプリングチューブをつける。利点としては、気道確保がされていなくてもサンプリングチューブを鼻腔などに留置し呼気ガスを採取することにより、PETCO₂の測定が可能となる。欠点としてはサンプリングする位置が患者から離れるほどPETCO₂が低く測定される点、水分や分泌物などによるサンプリングチューブの詰まりが測定誤差の原因となる点がある。
7月に安芸郡で郷士・清岡道之助ら23名が半平太たちの釈放を要求して挙兵し、藩庁から派遣された足軽800人よって鎮圧される野根山屯集事件が起き、9月に清岡らは斬首に処された。この頃より監察府の陣容が一新され、小笠原唯八・乾退助そして吉田東洋門下の後藤象二郎らが土佐勤王党の取り調べに当たるようになると尋問は更に厳しさを増し、同志達は厳しく拷問された。監察府の陣容一新の噂を耳にし、これまで以上の厳しい追及を覚悟した半平太は盂蘭盆の休日を利用して三枚の獄中自画像を揮毫し、それぞれ妻と姉に送っている。以蔵の自白によって新たな逮捕者が相次ぎ、半平太らに対する取調べも厳しさを増していった。半平太の実弟・田内恵吉は監察府による厳しい拷問に耐えかねてついに自供を始めてしまい、更なる自白を恐れて服毒自殺。島村衛吉も拷問死した。また、上士である自身に対しても拷問が行われることを覚悟した半平太は、これが現実になれば、獄中生活による衰弱も相まって拷問に耐えきれず自白してしまう可能性を憂慮し、自殺用の毒を自身にも調達するよう外部に依頼している。獄内外の同志は、なおも自白を続ける以蔵の存在が事態をさらに悪化させる事を恐れ、彼らの間で以蔵を毒殺する（あるいは、半平太の実弟と同様の服毒自殺を促す）計画が浮上した。この以蔵毒殺計画に関しては、後年の小説やドラマ等の創作の影響から、保身に走った半平太が以蔵の自白を恐れ、獄外の同志に指令を発して以蔵毒殺計画を実行したため、以蔵がこれに憤怒し、半平太に対する憤りから自白を重ねたとする風説が流布されている。しかし、「武市瑞山獄中書簡」の編註者である横田達雄の研究によれば、前述の通り、以蔵は早々と拷問に屈して自白を重ねた事、半平太は同志間で持ち上がった強引な以蔵毒殺計画には反対し、以蔵の実家からの承諾を優先させた事、以蔵の実家から承諾を得られないまま獄が結審を迎えたため、最終的に毒殺計画は実行に移されていない事が判明している。さらに以蔵本人は、自身の自白によって同志らが一層厳しい境遇に追いやられた事を後悔し、以後の取調べにおいては、自身の自白内容について曖昧にボカすなどしていた事も判明している。以蔵ら4名の自白はあったものの、半平太らが一連の容疑を否認し続けたため、監察府は半平太や他の勤王党志士の罪状を明確に立証するまでには至らなかった。そして慶応元年閏5月11日（1865年7月3日）、業を煮やした容堂の御見付（証拠によらない一方的罪状認定）により「主君に対する不敬行為」という罪目で、半平太は切腹を命じられる。岡田以蔵、久松喜代馬、村田忠三郎、岡本次郎の自白組4名は斬首、その他は9名が永牢、2名が未決、1名が御預けと決まった。半平太ら勤王党志士が一連の容疑を頑なに否認したことで、死刑は盟主である半平太の切腹と以蔵ら自白組4名の斬首のみとなり、獄外同志やその他協力者への連累は食い止められた。即日刑が執行され、以蔵ら4名は獄舎で斬首。切腹を命じられた半平太は体を清めて正装し、同日20時頃、南会所大広庭にて、未だ誰も為しえなかったとさえ言われてきた三文字割腹の法を用いて、法式通り腹を三度かっさばいた後、前のめりになったところを両脇から二名の介錯人に心臓を突かせて絶命した。享年37（満35歳没）。辞世の句は、ふたゝびと 返らぬ歳を はかなくも 今は惜しまぬ 身となりにけりであった。