引退後は社台スタリオンステーションで種牡馬となった。初年度産駒のデビューした2005年に中央競馬の夏のローカル開催で複数の産駒が次々と勝利を飾り、最終週には東の新潟2歳ステークスでショウナンタキオンが優勝、西の小倉2歳ステークスでもトーホウアモーレが3着という活躍を見せた。中央開催に移ってからも産駒は優秀な走りを見せ、初年度産駒は中央競馬の2歳戦で合計27勝をあげた。最終的にJRAリーディングフレッシュサイアーに輝き、JRA2歳リーディングでも総合2位（地方競馬も含めたランキングでは3位）となった。このような活躍を背景に、2006年の種付け料は前年の500万円から1200万円になった。2006年には二世代の産駒で中央競馬において91勝を挙げ初年度産駒のロジックがNHKマイルカップを制し、これが産駒のGI初勝利となった。ファーストクロップから順調に活躍馬を輩出しておりサンデーサイレンス亡き後のエース格として扱われ2008年にJRA総合リーディングサイアーを獲得。内国産種牡馬としては1957年のクモハタ以来51年ぶりとなる快挙を達成した（地方競馬も含む日本総合リーディングでは1980年と1981年にアローエクスプレスが1位になっている）。リーディングサイアーを獲得した翌年2009年も順当に種付けをこなしていたがシーズン終盤の6月22日、繋養先の社台スタリオンステーションで死亡した。死因は急性心不全だった。2010年度の産駒がラストクロップとなる。2010年4月18日に中山競馬場第12競走として施行したJRAプレミアムレース「中山スプリングプレミアム」において、当馬が最多得票を獲得したことから「アグネスタキオンメモリアル」の副名称を付与して施行された。
同馬が下した同世代のジャングルポケット、クロフネ、マンハッタンカフェ、ダンツフレームらが後に活躍を見せたため各紙では最強世代との呼称で呼ばれ、その世代で突出していた同馬の評価は引退後も高まっていき「幻の三冠馬」と呼ばれることもある。ジャングルポケットが勝った東京優駿のテレビ中継では、ある解説者から「ジャングルポケットがゴールした瞬間に、2馬身先にアグネスタキオンが走っている姿が見えた」との発言も出ている。また完勝に見えた皐月賞であるが、鞍上の河内は「この馬本来の走りではない」とコメントしている。
僚馬であるアグネスゴールドとの兼ね合いから陣営は、翌2001年の年明け初戦に弥生賞を選択。「前から公言しているように三冠を取れる可能性のある馬」と長浜に評されたアグネスタキオンの出走を受け、他陣営は次々と回避を表明、8頭立てという少頭数で行われたこのレースでも強さを発揮。不良馬場の中、手前を変えることなく2着のボーンキングに5馬身差をつけ勝利、また4着には後の菊花賞馬であるマンハッタンカフェもいた。この日のレースを振り返り「良馬場ならもっと強い競馬をお見せできたと思う」「今日は少頭数だから参考にはならない」と強気なコメントを残した河内に対し、ボーンキングに騎乗した武豊は「強すぎるね、クラシックもハンデ戦にしないとね」と冗談交じりにコメントしている。前走にて課題であった「前に付ける競馬」をクリア、またアグネスタキオンと並び有力視されていたアグネスゴールドの故障離脱により皐月賞にて圧倒的1番人気を集めた同馬は歴代2位（当時）となる59.4%の単勝支持率を受け出走。好位4、5番手から難なく押し切るレースで優勝。この勝利に河内は「単勝1.3倍。お兄さん（アグネスフライト）とは立場が違っただけに（勝てて）ホッとした」と心境を述べている。これで4戦全勝、しかもいずれも危なげのない内容での勝利であったことから三冠達成が期待されたが、5月2日に左前浅屈腱炎を発症し、日本ダービー出走を断念。「嬉しいが（骨折した）アグネスゴールドのようにならないかが気になる」と皐月賞優勝の傍ら、今後を憂う長浜の不安は現実のものとなってしまった。その後社台ファームに放牧され、関係者協議の上で引退が決定。8月29日に引退発表がなされた。9月30日には阪神競馬場で引退式が行われた。屈腱炎を発症した左脚は不安を抱えていた右脚をかばって発症したという意見もあり、特に極悪の不良馬場で行われた弥生賞に原因があるという意見もある。
2016年2月4日、経営再建中のシャープを7000億円超の規模で支援する意向を示し、シャープは同日開いた取締役会で鴻海案を協議した。シャープはもともと官民ファンドである産業革新機構からの出資を受け入れる方針だったが、対抗策として支援額を上積みした鴻海案の採用に判断が傾いたと報じられている。翌2月5日には、シャープは鴻海との合意書を締結したと発表した。契約条件について協議を継続することや、鴻海が示した支援策の有効期限を同月末まで延長する内容である。鴻海の今回のシャープ買収の理由については、ここ数年鴻海の成長の鈍化がある。2015年12月期の連結売上高（速報値）は前の期比6パーセントである4兆4830億台湾ドルであり、目標の10パーセントに届かなかった。鴻海を率いる郭台銘董事長は「今後は（現在の2倍超の）売上高10兆台湾ドルを目指す」としており、シャープをその成長エンジンにしたい考えという。過去には2012年に鴻海がシャープに10%出資する案で合意したものの、その後の株価変動などの理由により中止、翌2013年には高橋興三が社長に就任し銀行からの支援を受けたものの立て直しができなかった。シャープが再建に鴻海案に傾いた理由としては、産業革新機構案が成長性の期待できない液晶事業を分社化し、社長を含む3首脳を退陣させる方針であるのに対し、鴻海案が現経営陣の継続と液晶事業、雇用の維持を約束するものである上に、最大で3500億円の産業革新機構の支援に対し鴻海案が7000億円の支援であったことで、社外取締役の一部が革新機構案を選んだ場合に、株主に合理的な説明ができないことなどが指摘していたことが挙げられる。2016年3月30日、 鴻海は取締役会を開き、シャープ買収を決議した。鴻海グループでシャープの3888億円の第三者割当増資を引き受け、議決権の66％を握る筆頭株主となる。シャープの業績悪化や将来負債となる恐れのある偶発債務を踏まえ、出資を当初予定の4890億円から1000億円程度減らした。鴻海とシャープで発表されたその他の概要は以下のとおりである。有機液晶パネルへの2000億円の投資は維持する。成長への投資総額は3580億円（当初案4170億円）。太陽電池事業の再編を示唆した。買収が破談になれば、鴻海がシャープの液晶事業を買い取れる権利を有する。鴻海はシャープの取締役9人のうち6人以下または総数の3分の2以下を指名する。シャープもまた、同日開いた臨時取締役会で出資の減額などを受け入れた。