豊後高松藩主松平忠昭が大分郡内の府内藩へ転封されると、大分郡のうち46村が幕府領に復帰し、そのうち35村は、正徳2年（1712年）に牧野成央が日向延岡藩へ転入した際に延岡藩領に編入され、最終的に幕府領として残ったのは11村（高松・原・乙津・松岡・真萱・光吉・赤仁田・百木・安田・長野・今三川）であった。このうち今三川村については、「旧高旧領取調帳」の現存写本では欠落している（取調帳の原本および豊後国分の一次写本は既に失われている）。高松陣屋は日田陣屋と共に郡代の拠点となっていたが、寛政11年（1799年）に幕府は日田での一元管理に方針を転換し、高松陣屋の管轄下にあった大分郡11村は肥前島原藩主・深溝松平忠馮の預地となり、以後は島原藩士が高松陣屋に詰めて管理にあたった。この村々は慶応3年（1867年）に島原藩預地から熊本藩預地へと変更され、慶応4年8月28日（1868年10月13日）に日田県へと移管された。
天平12年（740年）頃までに成立したとされる『豊後国風土記』において、豊後国の8つの郡のひとつとして大分郡が挙げられている。同書の大分郡の条によれば、景行天皇が巡幸した際に、地形を見て、広く大きいので碩田国（おほきたのくに）と名付けたものが訛ったとされる。また、承平年間（931年 - 938年）に成立した『和名類聚抄』には、この郡に、阿南、稙田、津守、荏隈、判太、跡部、武蔵、笠租、笠和、神前の10郷があったと記されているが、笠租と笠和は重複であるという説もある。
サマール沖海戦後の第三戦隊（金剛、榛名）はフィリピンやブルネイを転々したのち、日本本土への帰還が決定した。戦艦3隻（大和、長門、金剛）、軽巡洋艦1隻（矢矧）、駆逐艦6隻（第17駆逐隊〈浦風、磯風、雪風、浜風〉、松型駆逐艦〈梅、桐〉）という編成である。11月16日、艦隊は榛名や第二遊撃部隊各艦をブルネイに残置して外洋へ出た。11月20日、駆逐艦2隻（梅、桐）が艦隊から分離して台湾の馬公へ向かった。これにより、護衛の駆逐艦は第17駆逐隊の4隻だけとなった。川畑（当時桐駆逐艦長）によれば、悪天候のため大和から『桐は大丈夫か』と度々心配され、台湾基隆沖合で直衛任務を解かれたという。川畑は「もう少し（桐と梅が）護衛を続けていたら金剛も無事だったかもしれない」と回想している。磯風乗組員によれば、金剛側に燃料補給を依頼すると『やる油はないから、後からついてこい』との返事があったという。20日20時、大和から陣形変更の信号があり大和→金剛→長門から、金剛→長門→大和に序列が変わったという。ただしブルネイ出港時から金剛→長門→大和だったという証言もある。11月21日零時、先頭金剛、2番長門、3番大和の順で航行する日本艦隊は正体不明の電波を探知、之字運動をやめ速度をあげて現場海域を突き切ろうとした。艦隊の先頭を矢矧が、戦艦戦隊の右舷側を浦風と雪風、左舷側を浜風と磯風が航行していたが、台風に突入したためレイテ沖海戦で損傷していた矢矧は落伍、駆逐艦も危険な状態となっていた。ところが午前3時ごろ、金剛は台湾沖・基隆北方50浬で米海軍の潜水艦シーライオン(USS Sealion, SS/SSP/ASSP/APSS/LPSS-315)の魚雷攻撃を受けた。シーライオンは6本の魚雷を発射し午前3時6分、12ktで航行していた金剛左舷艦首と2番煙突下の缶室に合計2本の魚雷が命中した。この時、長門を狙って外れた魚雷1本が護衛の第17駆逐隊司令駆逐艦の浦風に命中して浦風は轟沈、第17駆逐隊司令部、浦風の艦長以下乗組員全員が戦死している。3隻となった第17駆逐隊は、雪風が大和と長門の護衛として現場海域を離脱。金剛は『六・八罐室浸水、十六節、傾斜十四度』等を報告し、磯風と浜風に護衛され基隆へ退避することになった。鈴木司令や島崎艦長は金剛夜戦艦橋にて指揮をとった。当時、金剛はすでに艦齢30数年と老朽化が進んでおり、レイテ沖海戦でも至近弾で浸水被害を受けていた。魚雷命中破孔に加えてリベットの継ぎ目などからも浸水、徐々に破損箇所が広がって傾斜が増大する。傾斜12度になり、艦長は左舷副砲指揮官兼衛兵司令の佐藤中尉を呼び、艦長公室の御真影を艦橋に移させた。午前5時の時点でも11ktで航行しており、乗組員の誰もが魚雷2本で沈むとは考えず楽観視していたため、駆逐艦を接舷させての乗員退避は実施されなかった。応急決死隊が潜水具をつけて作業にあたるも手遅れであり、傾斜18度で司令官及び艦長より総員退去命令が出される。5時20分には機関が停止、10分後の午前5時30分に転覆した。沈没直前、弾薬庫の大爆発が起きて艦中央付近にいた多くの乗員が吹き飛ばされ犠牲となった。被雷してから沈没まで2時間があったにもかかわらず、損害の軽視、総員退艦の判断の遅れなどにより、島崎利雄艦長、第三戦隊司令官鈴木義尾少将以下1,300名とともに沈むこととなった。磯風、浜風は準士官以上13名、下士官兵224名、計237名を救助したとされる（浜風：准士官以上7名、下士官兵139名。磯風：准士官以上副長以下6名、下士官兵85名）。23日、浜風は矢矧に金剛生存者を引き渡した。この後、第17駆逐隊は日本帰還後、横須賀へ回航される長門護衛任務につき、折り返して、大和型戦艦を改造した空母信濃の呉回航の護衛任務につくことになった。なお金剛は、日本戦艦で唯一潜水艦の雷撃により撃沈された艦でもあった。第二次世界大戦中に潜水艦に撃沈された3隻の戦艦の一つとなった（残りはイギリスのバーラム、イギリスのロイヤル・オークであり、いずれもイギリス製であった）。一部連合国側戦史では、金剛を日本海軍戦艦の最高殊勲艦とされている。1945年（昭和20年）1月20日、金剛と重巡2隻（熊野、那智）は除籍された。