「政策」は勢力全体に影響する指針であり、「目安箱」「楽市楽座」「兵農分離」など、多種多様な政策が存在し、本城を2つ以上支配している事が実施の条件となる。実施可能な政策は勢力の主義や創造性の高さによって異なり、中には事前に特定の政策を実施する事で実施が可能になるものや特定の勢力のみ実施可能な特殊な政策（甲斐武田家の「甲州法度次第」、今川家の「今川仮名目録」など）も存在する。いずれの政策もメリットだけでなく、デメリットも含むほか、一月あたりの費用も異なるため、それらを考慮して決定する必要がある。クリア条件の一つである「惣無事令」も政策扱いであり、山城国の本城を含む30以上の本城を支配し、さらに他のどの勢力よりも本城の支配数が上回っている事が実施の条件となる。
本作の内政は過去作にあった「箱庭内政」や「町並内政」を簡略化したようなシステムを採用している。投資によって開発可能な内政パラメータは城ごとに、米の収穫量に影響する「石高」、税収に影響する「商業」、登用できる常備兵の最大兵数に影響する「兵舎」の3つが存在し、毎月の評定において内政コマンドの開発でどれか一つに投資する事で発展していく。なお、基本的に石高が高い城ほど多くの常備兵を雇う事が可能であるが、兵舎の上限値が石高の上限値を下回る城も存在する。武将の一人を内政を専門に行う「奉行」に任命していると政治の高さに応じて開発の効率が上がるが、奉行を務める武将は他のコマンドの実行ができないという制約が課され、実行させたい場合は奉行を解任しなければならない。3つすべての内政パラメータが上限値に達すると武将は自ら奉行を辞任し、コマンドの制約もなくなる。城の周辺は石高、商業、兵舎の用途ごとに区画分けがされており、本城の場合は一定の度合まで発展した区画は普請コマンドの「建設」によって一区画につき一つだけ施設の建設および建替が可能となり、施設の種類によって様々な恩恵を得る事ができるほか、人口が一定数に達するごとに最大10区画まで新たに区画を拡張する事もできる。既存の区画の用途を変更する事も可能だが、3種類の用途はそれぞれ最低でも1区画は必要であるため、すべての区画を同じ用途にする事はできない。
国道線は、一本の軌道路線としては日本最長の路線だった。野田 - 東神戸間で約2時間を要するため、通しで乗る人はまず居らず、阪神本線の補完的路線であった。ただし、国道2号が国鉄（東海道本線）寄りを走っていたためか、両端部の野田、西灘と甲子園線甲子園を除いて本線との連絡は良くなかった。国道線東端の野田では北大阪線と接続していたが、直通運転は設定されていなかった。大阪市電とは阪神本線を隔てており、繋がっていなかった。一方、脇浜町（現在の阪神バス・敏馬停留所附近、阪神本線岩屋駅南側）にあった国道線西端の東神戸では、1935年に延長してきた神戸市電の東部国道線と連絡しており（神戸市電の電停名は脇浜町）、レールもつながっていたが、直通は花電車など、記念列車的なものに限られていた。なお、ここが阪神国道線の西端となりかつ神戸市電と線路がつながっていたのは、1927年の開業当時はここが神戸市の境だったことが関係している。ここより東側が神戸市に編入されたのは2年後の1929年で、その後に神戸市電と接続したことになるが、その後も、神戸市電の阪神国道線への乗り入れおよび阪神国道線電車の神戸市中心部への乗り入れは、定期列車に関しては特に行われていなかったようである。プラットホーム設置は野田（乗車ホームのみ）、甲子園、浜甲子園、および路線短縮後の西灘の4駅のみで、それ以外の電停には安全地帯も無く、路上から直接乗降するようになっていた。そのため、停車中は車掌が赤旗を車外に掲出して電車の脇を自動車が通行しないようにしていた。戦前は安全地帯が各停留所にあったが、道路を臨時の滑走路としての使用を考えた軍部の要請により戦時中に撤去されたまま、復活しなかったとされる。車庫と工場は浜田にあった。浜田車庫は阪神バス車庫のほか、阪神タイガース二軍用の浜田球場に転用された。また、野田には留置線があり、北大阪線用の車両が留置されていた。ホームや留置線跡はバスターミナルや阪神電鉄本社が入るWISTE（1992年完成）の用地となった。現在、国道線・甲子園線のルートは、ほぼ阪神バスが引き継いで走っている。系統は大阪ローカル線（野田阪神前 - 阪神杭瀬駅北 - 浜田車庫 - 阪神甲子園、ただし西宮市内の国道を外れた区間の経路が電車とは異なる）、尼崎芦屋線・西宮神戸線（阪神尼崎 - 阪神芦屋、阪神西宮 - 三宮駅 - 神戸税関前）などに分断されている。ただ、大阪ローカル線は1997年のJR東西線開業などの影響で利用客が減少したこともあって運行回数が2000年代以降大きく減便され、現在でも15 - 20分毎で運行する尼崎 - 西宮 - 神戸間とは明暗が分かれている。バス停留所も多くは国道線の停留所名を引き継いでいたが（北今津や甲南学園前など）、阪神バス分社化などの影響もあり、改名されたものも多い。1990年代に入って、国道2号線の改修工事及び共同溝設置工事が行われた際、中央分離帯付近のアスファルトを剥がしたその下から、レールが"出現"した。懐かしさから話題となり、新聞にも取り上げられたが、共同溝が設置された区間ではレールが撤去されている。