翌13日の深夜に林彪や林立果、葉群、パイロット、整備士ら計9名を乗せたトライデント機は山海関空軍基地を強行離陸し、ソビエト連邦に向けて逃亡したものの、モンゴル人民共和国のヘンテイ県のベルフ市の10キロ南方付近に不時着陸を行おうとして失敗し、9人全員が墜落死した。翌日モンゴル政府は領空侵犯と墜落を確認し、許文益駐モンゴル特命全権大使に対してトライデント機の領空侵犯について抗議した。その後、許文益らは墜落現場を確認したが、林彪らの遺体について中華人民共和国当局は返還を要求せず、現地での埋葬に同意した。また、事件翌日にモンゴルの友好国であるソ連のKGBは現地に赴き、モンゴル国内に墜落したトライデント機の中から9体の焼死体を回収、その中の1体を林彪と断定した。日中戦争当時、林彪は頭部の戦傷の治療のため、ソ連の首都のモスクワに赴いたが、その当時のカルテが保存されていた。その焼死体の頭蓋骨部分に認められた傷とカルテの記載が一致、これが決め手になったという。ブラックボックスは、ソ連に解析が依頼された。なお、トライデントの墜落の理由として、燃料切れによる墜落説と、機内での発砲による墜落説、ソ連による地対空ミサイルでの撃墜説がある。当時のモンゴルとソ連の合同調査による報告書では、「墜落時に長時間にわたり広範囲で火災が発生しており、飛行継続可能な燃料があった証拠」として燃料切れによる墜落説を否定し、併せて墜落機内の調査により撃墜説を否定している。また、現場から8丁の銃が見つかっており、そのうち1丁には銃弾1発が装てんされていたため、機内が緊迫した状況だったことを示唆した。だが、機内や遺体には銃弾がなかったことから、機内での銃撃説には否定的見解を示している。報告書では墜落の直接の原因を「操縦ミス」としている。なお、林彪らの逃亡の通報を受けた毛沢東は「雨は降るものだし、娘は嫁に行くものだ。好きにさせればよい｣と言い、林彪らの乗ったトライデント機の撃墜の指令は出さなかったといわれる。
9月12日の夕方に、毛沢東暗殺に失敗したことを知った林彪と側近らは、中国人民解放軍が所有するイギリス製のホーカー・シドレー トライデント1E型機（シリアルナンバー256、パキスタン国際航空が1965年に導入して運用後に中華人民共和国に譲渡。塗装は中国民航のものを軍仕様にしたものであった）を北京市郊外の基地から、林彪らが待つ河北省北戴河の山海関にある中国人民解放軍空軍基地へ移動させた。その後、林彪らはトライデント機を大連に向けて飛ばすと通告したが、暗殺計画とその後のソビエト連邦への亡命計画を知った周恩来から、同機の離陸阻止の命令を受けた現地の山海関8341部隊が林彪らの乗った自動車を発見し、空港へ向かうのを阻止すべく銃撃したものの失敗した。
1991年12月3日、バーンズヘッドコーチが退任を発表、6シーズンの成績は52勝43敗（勝率54.7％）であった。後任にはアフリカ系アメリカ人でスタンフォード大学ヘッドコーチだったデニス・グリーンが就任し彼は10シーズンを97勝62敗、8シーズンプレーオフ出場、4回の地区優勝、2回のNFCチャンピオンシップゲーム出場の成績を残した。1992年、テリー・アレンがチーム記録を更新する1,201ヤードを走りチーム記録に並ぶ13タッチダウンをあげた。またクリス・ドールマンはNFL3位の14.5サックをあげた。1993年、フリーエージェント制導入によりブライアン・ハビブ、カーク・ローダーミルク、ゲイリー・ジマーマンと先発オフェンシブラインマンの3人、アル・ノガを失った一方でQBジム・マクマーンを獲得、彼はチームをプレーオフに導いた。1994年にチームはヒューストン・オイラーズのQBウォーレン・ムーンを獲得、1994年、1995年と彼は2年連続で4,200ヤード以上を獲得する活躍を見せたが1996年シーズン半ばに鎖骨を骨折し戦列を離れた。NFLでほとんどプレーしたことのないブラッド・ジョンソンがシーズン後半から先発しチームはプレーオフ出場を果たした。1997年もエースQBとなったブラッド・ジョンソンが活躍、シーズン終盤にシーズン絶望となったもののプレーオフに出場、ワイルドカードプレーオフのニューヨーク・ジャイアンツ戦でランドール・カニンガムが2タッチダウンパスをあげる活躍を見せて敵地ジャイアンツ・スタジアムで勝利したがディビジョナル・プレーオフでサンフランシスコ・49ersに敗れた。1998年、チームは2億ドルでロジャー・ヘドリックからレッド・マコームズに売却された。この年チームはQBランドール・カニンガム、RBロバート・スミス、WRクリス・カーター、ルーキーのランディ・モスらの活躍でNFL記録となるシーズン556得点、全ての試合で24得点以上をあげた。この記録は2007年にニューイングランド・ペイトリオッツに破られるまで残った。チームはタンパベイ・バッカニアーズに3点差で敗れた試合を除き15勝1敗でプレーオフに出場、アリゾナ・カージナルスを41-21で破りNFCチャンピオンシップゲームで14勝2敗でシーズンを終えたアトランタ・ファルコンズと対戦したがシーズン中フィールドゴール、エクストラポイントを1度もミスしていなかったキッカーのゲイリー・アンダーソンが残り2分を切って27-20とリードしているところで38ヤードのFGを失敗した後に追いつかれ、最後はオーバータイムでのモーテン・アンダーセンの38ヤードのFGで敗れ第33回スーパーボウル出場はならなかった。1999年もカニンガムが先発したが2勝4敗となったところでジェフ・ジョージが先発QBとなり残り試合を8勝2敗とし、10勝6敗でワイルドカードプレーオフではダラス・カウボーイズを27-10と破り、その年のシンデレラボーイ、カート・ワーナー率いるセントルイス・ラムズと対戦した。前半バイキングスは17-14とリードしたが後半ラムズが35-20と圧倒し、最終的に37-49で敗れた。ラムズは第34回スーパーボウル優勝を果たしている。