『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』のゴジラは、本作のゴジラが倒されずに生き延びているという設定である（後述）。『ゴジラ×メカゴジラ』では最期の描写が改変され、ゴジラの死亡した場所が東京湾ではなく外房半島沖で、完全に溶解されず骨だけは残っていることになっている。その残された骨を利用し、3式機龍が建造される。『ゴジラ×メカゴジラ』では初代ゴジラの上半身着ぐるみが新造され、新撮された死亡シーンに使用されている。スーツアクターは喜多川務。一部のシーンには、東京マルイが発売した「RC怪獣シリーズ」が使用されている。
ゴジラのメインのスーツアクターは、当初本多猪四郎に口説かれた元プロ野球選手の手塚勝巳が起用されたが、上記のような重さでたいへん体力のいるものだったため、急遽円谷によってより若い中島春雄が呼ばれ、メインを交代した。さらに開米栄三が常時サポートにつき、シーンによっては開米もゴジラに入っている（長身の開米が入ったゴジラは、脚のたるみなどが少ない）。視界は極端に狭く、内部演技者は足元しか見えなかった。このため、補佐を務めた手塚は、懐中電灯で足元を照らすことで、演技者の中島を誘導した。特撮プールでの撮影では一度、誤って水底の電力ケーブルが漏電し、中島が失神する騒ぎとなったという。円谷は連日、中島と手塚両人に、ゴジラの咆哮や動きを直接身振りを交えて念入りに指導。普段から「がにまた歩き」を徹底するよう指示し、これを「ゴジラのアクションのためのシゴキだ」と語っていたという。中島は動物園でライオンの持つ威圧感に、クマの直立する動き、ゾウの脚運びを参考にしたといわれる。2019年公開の『ゴジラ キング・オブ・モンスターズ』のEDロールラストでは、前々年に逝去した中島への追悼と感謝メッセージが、写真と共にクレジットされた。
関連メディアなどでは初代ゴジラ（または略して初ゴジ）と呼ばれることが多い。山根恭平博士が作中で、ゴジラは「200万年前」のジュラ紀から白亜紀にかけてまれに生息していた海棲爬虫類と陸上獣類の中間生態を持つ生物であると語る。自分の環境を破壊されたことにより現れ、人間に恨みを持っているかのように東京湾から品川へと上陸し、東京の各所を次々と破壊するが、最期は東京湾に潜伏中にオキシジェン・デストロイヤーで溶解され、消滅する。
第1作の脚本にもとづき、「水棲爬虫類から陸上哺乳類に進化途中の巨大生物」と設定された。当初、頭部デザインは挿絵漫画家の阿部和助に依頼されたが、彼の画は「キノコ雲のイメージが強すぎて参考程度にしかならなかった」と言われている。次に美術チーフの渡辺明によって、アメリカのライフ誌の図解からイグアノドン、ティラノサウルス、ステゴサウルスなどの恐竜画を参考にイメージがまとめられ、デザイン画が起こされた。表皮の質感には「魚のうろこ状」「いぼのような半球状の突起物」などの試行錯誤のすえ、ワニをモチーフにしたうえで火傷によるケロイドをイメージさせる、「畝のあるごつごつ状」が採用された。「背びれ」は粘土原型の時点で、水爆によって骨化したイメージになっている。また、劇中に「服部時計店（銀座和光ビル）にある時計塔の鐘の音に怒り、破壊する」という描写があるため、本来の爬虫類にはない耳介がつけられた。
プロデューサーの田中友幸はアメリカ映画『原子怪獣現わる』をヒントに、恐竜型怪獣が暴れる映画を当初から構想していた。怪獣の描き方について、『キングコング』に魅了されていた特技監督の円谷英二は同じストップモーション・アニメーションによる撮影に意欲を見せたが、予算の都合や撮影期間の問題で着ぐるみによる撮影に決定した。名前の「ゴジラ」とは、力強い「ゴリラ」と体の大きな「クジラ」を混合した造語である。
その外形は地面から垂直姿勢で立つ姿に復元された大型獣脚類恐竜に似ており、怪獣の代名詞的存在である。日本のみならず、世界各国で高い人気を有する。最初の異名は水爆大怪獣（すいばくだいかいじゅう）で、のちに怪獣王（かいじゅうおう）と呼ばれるのが一般的となった。日本国外ではKing of Monsters。ラドンやモスラと並び、「東宝三大怪獣」と称される。『広辞苑』にその名が載っている唯一の日本の怪獣である。2016年には第29回東京国際映画祭・ARIGATŌ賞を受賞し、2018年には日本の怪獣史上で初めて星座に認定された。
初参戦した2006/07プレミアリーグでは、開幕以来連敗を喫していたが、2月11日にパナソニック・パンサーズから念願の初勝利を挙げ、連敗を12で止めた。結果的に2勝26敗の最下位で終わったが、入れ替え戦でチャレンジリーグ1位のFC東京に連勝し、プレミア残留を決めた。2007/08プレミアリーグも2勝止まりの最下位で終わったが、またしても入れ替え戦でFC東京に連勝しプレミア残留を決めた。2008/09プレミアリーグでもなかなか勝てず、3勝25敗と最下位を抜け出せなかった。2009年4月、チャレンジマッチ（入れ替え戦）でFC東京と対戦。第1戦にストレートで敗れ、第2戦で第1セットを落としたため、この時点でセット率でチャレンジリーグ降格が決まった（第2戦は3-1で勝利）。しかし、NECブルーロケッツの休部を受け2009年7月8日に繰り上げ再昇格した。2009/10プレミアリーグは4勝24敗で自己最高の7位となったものの、チャレンジマッチ出場となったが、富士通を破り残留。2010/11シーズンは3勝止まりの最下位だったが、東日本大震災の影響でチャレンジマッチが中止となり、そのままプレミア残留となった。2011/12シーズンも最下位となり、チャレンジマッチでつくばユナイテッドSun GAIAと対戦。第1戦をセットカウント1-3で落として追い込まれる。しかし、第2戦をストレートで勝利し、セット率でチャレンジリーグ降格を逃れた。