2002年3月上旬に、村上市で開催された「村上町屋の人形様巡り」のオープニングイベントとして、高崎車両センターより借り受けた蒸気機関車D51 498および「ばんえつ物語」用の12系客車を使用して、「SL村上ひな街道号」を新潟駅から白新線経由で、村上駅まで運転した。当初、坂町の転車台の整備が整っていなかったことから、下り列車のみの運転であったが、好評のため翌年以降にも運転。以後、ばんえつ物語用12系の本来の牽引機であるC57 180とともに毎年運転されている（ただし、2006年は団体臨時列車として運転、2007年はC57 180が全般検査中かつばんえつ物語用12系もリニューアル工事中だったため、D51 498と12系一般車6両編成で運転された）。また、2003年7月6日も同じく「村上大祭」に合わせて、「SL村上大祭号」をC57 180牽引で運転。2004年も団体臨時列車として運転されたが、これ以降の運転は無かった。2004年9月には、「おいしい山形デスティネーションキャンペーン」の締めを飾るため、村上駅 - 酒田駅間を2日1往復で「SL出羽街道号」を運転。これは同区間で蒸気機関車の運転が終了してから34年ぶりのことになる。
前節の「きらきらうえつ」の後継として、2019年10月5日からハイブリッド気動車HB-E300系を使用して新潟駅 - 酒田駅間で金曜・土曜・休日を中心に運転を開始した観光列車。
JR東日本では沿線活性化を図るために、485系を改造した「きらきらうえつ」が2001年11月から白新線新潟駅 - 新発田駅間を経由して、酒田駅まで運転されていた。2003年からは時折、象潟駅や羽後本荘駅、2016年からは秋田駅まで延長運転が行われていた。2019年9月29日で定期運行を終了した。
日本海縦貫線の一部である本路線は、貨物輸送が盛んである。県境区間等では旅客列車の本数の少なさゆえ、貨物列車の本数の多さが目立つ。その全てがEF510形及びEF81形電気機関車牽引のコンテナ列車である。沿線のコンテナ取り扱い駅は新潟貨物ターミナル駅（白新線東新潟駅）、中条オフレールステーション (ORS)、羽前水沢ORS、酒田港駅、羽後本荘ORS、秋田貨物駅（奥羽本線）。また臨時車扱貨物の取扱駅として新津駅・新発田駅がある。また、秋田貨物駅 - 酒田駅間に臨時貨物列車として8880・8881列車の設定があり、ED75形電気機関車が牽引にあたっていた。羽越線内でED75が運用されるほぼ唯一の列車であったが、2007年3月18日のダイヤ改正で運転を終了した。秋田新幹線の車両E3系やE6系を秋田車両センターに納入する際に、羽越本線を利用して甲種輸送した編成がある。
パク人のプロテクターは同族の近縁者の面倒をみなければならない（あるいは名前の元となっているように「プロテクト」せねばならない）という本能を持つ。プロテクターは同族のブリーダーを匂いで識別し、半ば強制的・自動的に彼らが最大の利益を得るよう行動する。またプロテクター同士であってもしばしば一族のための領土や資源を賭け系統を根絶やしにするような闘争も行う。守るべきブリーダーを失うとプロテクターは食欲を失って餓死してしまうが、中には守る対象を全パク人に拡げ種族全体に貢献するために生き続けることを選ぶ者もいる。その知能の高さゆえ、プロテクターはいかなる場合でも与えられた条件での最適解が分かってしまう。情報が不足している・前提条件が間違っている場合は選択を誤る事もありうるが、情報が十分ならば状況把握のため、現状を定義できる学術体系を個人がその場で組み立てる事すらある。得られた解がブリーダーたちにとって有益な場合は是も非もなく行動に移す。加えて、プロテクターが採るあらゆる行動において、絶対の前提条件は血族への義務感であるため、実際のところプロテクターには人間でいうところの自由意志というものがほとんどない。同じ条件を与えられた同じ種族のプロテクターは、どの個体であっても常に同じ選択肢を採らざるを得ないのだ。総じて言えばパク人のプロテクターの本質は自分の種族が第一で差別主義的、好戦的ということであり、自身の直系子孫以外のものを一切許容しない。または最も「進んだ」プロテクター（全パク人を保護の対象と選んだ者）の場合でも他の生物種を敵とみなす。異なる血族のプロテクター同士が協力することもあるが利害が一致する場合だけである。しかし一方が他方を裏切ることで有利になると判断した場合はその限りではない。かくしてパクの母星は恒常的な戦争が続くこととなった。人間がプロテクターになると、自分は、ブリーダーだったら非道徳とみなすような行動をとる存在であると自覚するようになる。例えば小説『プロテクター』の登場人物であるジャック・ブレナンはプロテクター化した後、誰もが忘れかけていたとある事件で数名の人類を殺されたことの報復として火星人を根絶やしにしてしまった。プロテクターであるブレナンにとっては火星人の存在自身が抹殺すべきリスクであるというのは自明の理である。ブレナンはホーム星の住民に対しても同様に無慈悲であった。ブレナンが破壊したこの惑星では、生命の樹のウイルスを遺伝子操作で改造したものを使って子供のいないプロテクターの軍隊を作り、侵略してきたパク艦隊との戦闘を行った（前述の小説参照）。ブレナンにとっては数十万の罪のない人々の死よりも、地球にいる彼にとって守る対象の人類全体が生き残ることのほうが論理的に見合うことだった。なおニーヴンが後に発表した小説ではホーム星は再入植がなされたことになっているが、生命の樹のウイルスをどのようにして生態系から取り除いたかは説明されていない。ニーヴンは未来史の作品『リングワールドの子供たち』でARMの活動について多くのことを描いている。それによればARMの背後には少なくとも一人のプロテクターがおり、また長命薬（ブースタースパイス、人類の寿命を飛躍的に延ばすもの）は生命の樹からもたらされたものであることが示唆されている。