日本国内において『ダイヤモンド・パール』は、発売初週（9月28日～10月1日）の4日間で販売本数が158万本と、ニンテンドーDSで発売されたソフトとしては最速でミリオンセラーを達成し、シリーズ最高の出足となった。また、12月27日には、発売元である株式会社ポケモンより、出荷本数が500万本を突破したと発表される。DSタイトルとしては初の500万本突破作品となる。日本ゲーム大賞2007年度ベストセールス賞受賞。
『ダイヤモンド・パール』の初期出荷分でのみ発生するこの現象は、特定の状況下で本来通り抜けられないはずの壁の中に入ってしまい、没データの類であるマップ「なぞのばしょ」に行けてしまう。ここでレポート（セーブ）を行ってしまうと元の場所に戻れず続行不能となる可能性があるため、公式では注意喚起を行った。壁の中でレポートを行ってしまった場合の救済措置として、ニンテンドーDSステーションやニンテンドーゾーン、Wii『みんなのニンテンドーチャンネル』にてDSダウンロードプレイを用いた修復プログラムが配信され、これを実行するか、任天堂サービスセンターにソフトを送付することで修復することができた。この措置はいずれも2018年2月に終了している。
ある日、シンオウ地方のフタバタウンに住む主人公は、ジョウト地方の「いかりのみずうみ」にいるという赤いギャラドスを特集したテレビ番組に触発された幼馴染のライバルに誘われ、町の近くの「シンジこ（シンジ湖）」に赤いギャラドスを探しに出かける。湖畔の草むらに置き忘れられたナナカマド博士の鞄に入っていたポケモンを偶然から手にした2人は、改めて正式にポケモンをもらい、頼まれたポケモン図鑑の完成のための旅に出る。
『ダイヤモンド・パール』『プラチナ』『ハートゴールド・ソウルシルバー』専用のオンラインサーバーを利用した匿名のポケモン交換システム。自分の希望するポケモンとレベルの範囲を指定した上で、交換に出してもよいポケモン1匹をGTSに預けておくと、相手の希望する条件とこちらの希望する条件があった場合に自動で交換される。現在では、ニンテンドーWi-Fiコネクションのサービス終了に伴い、GTSも利用不可能になっているが、仕組みが改良されつつ同じ名称で後のポケモンシリーズにも受け継がれている。
「ちかつうろ」とは、シンオウ地方の地下に張り巡らされた網目状のトンネルで、その領域は地方とほぼ同じという広大なもの。道具「たんけんセット」を手に入れると遊べるようになり、これを使って地下に潜ると、化石や進化の石といった道具や「タマ」と呼ばれる石や模様替えグッズ、「トラップ」との交換用アイテムを採掘する「カセキほり」をしたり、「ひみつきち」を作ったりすることができる。秘密基地は、『ルビー・サファイア・エメラルド』の同名の要素と似た内容で、集めた模様替えグッズを配置できる。各基地には「ハタ」が存在しており、ワイヤレス通信時には、同時に最大8人までが他のプレイヤーの基地からこの「ハタ」を奪い合う「ハタとり」をすることができる。奪った数に応じて自分のフラッグのランクが「ブロンズ→シルバー→ゴールド→プラチナ」の順に上がっていく。トラップはハタを持った他のプレイヤーを妨害するためのもので、トラップにかかると遠くへ飛ばされたり、一定時間の間ボタン操作が入れ替わってしまったりする。かかった場合はハタを手放すことでもトラップを解除できる。この地下通路で他のプレイヤーと遊ばないと手に入らないポケモン、ミカルゲが存在する。
アプリをインストールすることで、機能を拡張することができる腕時計型の装置。入手後はフィールド画面表示中の下画面に常に表示される。冒険の途中で手に入る「ポケッチアプリ」が追加されていくことで、さまざまな機能が使えるようになる。プリインストールされているアプリは、DS本体の時間を表示するデジタル時計や電卓といったゲーム攻略には直接関係のないものだが、ゲームを進めることで、見えないアイテムのありかを表示する「ダウジングマシン」や、これまでに手に入れたポケモンの履歴を閲覧できる「ポケモンヒストリー」のような、サポートや便利ツールの要素を含んだアプリが追加されていく。
ファンからの苦情も相次いだ。パリのオランピア劇場で行われた特別公演では、通常のコンサートとチケット料金が同一にも関わらず短縮版の45分で終了したことを理由にファンの顰蹙を買ってしまった。2012年11月19日に行われたマイアミ公演では、午後8時の公演開始が深夜11時23分まで押してしまったことでブーイングのなかステージに立つこととなった。多くのファンが公演前または途中で席を離れることを余儀なくされ、公演終了時点では空席が目立った。マドンナは後に熱狂しない観客やメンバーに侮辱的な言葉を吐く観客に対しての不満を漏らした。アメリカのゴシップブロガーであるペレス・ヒルトンは、この日の公演について「#マドンナ のマイアミ公演は歴史的な遅延でブーイングの嵐。愛するクイーンだとしても、これはオソイ！オソイ！」とツイートした。マイアミ公演はDVD化のために撮影が行われており、撮影に伴う機材トラブルのため開演が遅れていた。南米ツアーにおいても様々な機材トラブルに見舞われた。チリ・サンチアゴ公演ではマドンナの登場が午後11時を過ぎまで遅れ、第1セグメントは豪雨による機材不調の為カットされた。観客には告知がなく、チリの地元メディアにはコンサートを観た観客からのネガティブなコメントが寄せられた。同日のコンサートは荒天や一部観客の喫煙行為により開催が危ぶまれていた。マドンナは観客に対して「煙草を止めないなら今日のショーは中止。私に配慮をしないなら、あなた達に配慮はしないわ。私をバカにしているの？」と怒りの声をぶつけた。この時の模様はビデオに撮られ、ネットに投稿された。ツアー最終日となったコルドバ公演では、『Open Your Heart』のパフォーマンス中にステージ用の発電設備に問題が発生し、停電が起きた。停電中もマドンナやダンサーはステージに留まり、MCや『Holiday』のアカペラバージョンを披露。復旧までの50分間を待ち、電源復旧後は予定通りに公演が行われた。