イブン・スィーナーはアリストテレスを哲学、ガレノスを医学の師とし、アラビア医学の体系化に努めた。医学のみならず、史上初めてのイスラーム哲学の体系化、アリストテレス哲学の明快な紹介が、イブン・スィーナーの哲学面での功績として挙げられている。彼は形而上学を頂点とする学問体系を構築し、代数学を数学の一部に含め、工学と計量学と機械学を幾何学に含めていた。特に「存在」の問題について大きな関心を寄せ、独自の存在論を展開した。外界も自身の肉体も感知できない状態で自我の存在を把握できる「空中人間」の例えを用いて、存在は経験ではなく直観によって把握できると説明した。この空中人間説は形而上学ではなく、自然科学によって説明がされている。存在を「このもの」と指示できる第一実体、「このようなもの」としか言えない普遍的な第二実体に分けたアリストテレスと異なり、イブン・スィーナーは非抽象的な捉え方をした。彼は存在を「不可能なもの（mumtani）」「可能なもの（mumkin）」「必然的なもの（wajib）」に三分する独自の区別を打ち出し、この区分はスコラ学者やイスラーム哲学者の受け入れるところとなった。イブン・スィーナーはこの3つの区分、本質を構成する要素と存在の関連性を哲学の基礎としていた。また、存在を本質の偶有であると考え、1つの本質が個々の事物としての存在を獲得するために、他者に原因を求めた。イブン・スィーナーは最終的に全ての存在の原因を「第一原因」に帰着させ、神こそが「第一原因」であるとみなした。新プラトン主義の流出説を用いることで、神の超越性を確保し、さらに創造者である神と創造物を明確に区別する線を引き、汎神論と異なる立場をも確立した。アリストテレスが認めていなかった流出論を主張するなど、彼の思想はアリストテレス主義から数歩踏み出していたものであったため、しばしばよりアリストテレスに近い思想のイブン・ルシュドと比較される。しかし、思想の根本ではアリストテレスの思想を継承していた。後進のトマス・アクィナスよりもアリストテレスの手法に忠実であり、そのためにアリストテレスの思想をイスラム文化に根付かせることができた。イブン・スィーナーの存在の研究は弟子のバフマンヤール・イブン・アルマルズバーンらに引き継がれ、モッラー・サドラーら後期イスラーム思想家が発展させた。
イブン・スィーナーは因習に縛られない考えの持ち主であり、同時代の学者であるビールーニーと書簡を通して自然科学の諸問題を議論していた。彼の父のアブドゥッラーフはイスマーイール派を信奉しており、イブン・スィーナー自身はイスマーイール派に入信しなかったが、その思想には共感を示していた。イブン・スィーナーは王侯貴族にも気兼ねなく話しかける大雑把な性格であり、禁欲的な聖人とは対極にある、世俗の愉しみをよく知る人間だった。自身の世俗的な生活と尊大さが反感を買ったこともあって、イブン・スィーナーの思想は多くの論争を引き起こした。しかし、イブン・スィーナーは敬虔なイスラム教徒であり、保守的な神学者や法学者からの批判を避けるため、信心を示すペルシャ語の四行詩をしたためた。また、人間の霊魂、神、天体の霊魂の間に共感があると考え、その繋がりを強化するには礼拝などの宗教的行為が有効であると説明した。後世のイスラム世界の学者のうち、ガザーリーらはイスラーム神学の立場から、イブン・ルシュドはアリストテレス主義の立場から、イブン・スィーナーの哲学に批判を加えた。しかしナスィールッディーン・トゥースィーを初めとする学者は彼の思想を支持し、照明学派やイスファハーン学派などのイスラーム哲学の諸派や、イスラーム神学やイルファーン（神秘主義哲学）に影響を及ぼした。その思想はキリスト教世界にも紹介され、13世紀のスコラ学の発展に多大な影響を与えた。
19世紀、アイルランドのダブリン。アルバート・ノッブス（グレン・クローズ）は、ホテルのレストランで住み込みのウェイターとして生真面目に働き、ホロラン医師（ブレンダン・グリーソン）をはじめとする常連客や他の従業員からの信頼も厚かった。アルバートは若くして両親を亡くし、一人で生きていかねばならなかった（男たちに集団レイプされた経験もあった）ため、若い頃から男性として働いてきた。女性であることを隠してきたので、アルバートは他の人との関わりを極力持たないようにして長年過ごしていた。そんなある日、泊まり込みで仕事に来たペンキ職人ヒューバート・ペイジ（ジャネット・マクティア）と知り合う。互いに男性として生きている女性であることを知った2人は親しくなる。そして、ペイジが女性と「結婚」し、夫婦として暮らしていることを知ったアルバートは、かねてより開業を計画していたタバコ屋を、同僚のメイドであるヘレン・ドーズ（ミア・ワシコウスカ）と「結婚」して2人で営むことを夢見るようになる。ダブリンの他のホテルを解雇されたポーターのジョー・マッキンス（アーロン・ジョンソン）は、ボイラー職人として、アルバートの働くホテルの女主人ベイカー夫人（ポーリン・コリンズ）に雇われる。ジョーはしばらくすると、ヘレンと恋仲になってしまう。しかも、アルバートがヘレンに交際を申し込んでいることを知ったジョーは、アルバートから金を巻き上げてアメリカに行こうとヘレンをそそのかす。アルバートはヘレンがジョーと交際していることを知った上で、デートに誘う。ヘレンはジョーの言う通りにアルバートにたかっていたが、次第に罪悪感を抱くようになる。そんな中、ヘレンはジョーの子を妊娠し、その事実を告げられたジョーは激しく困惑する。そんな折、ダブリンをチフスの大流行が襲い、アルバートが働くホテルも閉鎖される。アルバートも病に倒れるが、何とか仕事に復帰する。多くの人が亡くなったことを知ったアルバートがペイジの家を訪ねると、ペイジの「妻」は亡くなっていた。孤独を避けるためにペイジに一緒に暮らそうと提案したアルバートに、ペイジは「妻は自分の全てだった」と告げ、妻が手作りした女性の服を着て、2人で海辺にやって来る。久しぶりに女性の姿となったアルバートは、「本当の自分」を満喫する。ペイジからあるがままの自分であるべきとアドバイスされたアルバートはヘレンに求婚するが、拒否される。落胆するアルバートだったが、子供のことでもめているヘレンとジョーの仲裁に入ったところ、ジョーに突き飛ばされて頭を強く打ってしまう。意識が朦朧としながらもアルバートは何とか部屋に辿り着き、ベッドに横たわる。同僚らの仲裁にもかかわらず暴れ続けるジョーに対し、ヘレンは遂に別れを告げる。翌朝、仕事に出て来ないアルバートを心配したヘレンがアルバートの部屋にやって来ると、アルバートは既に亡くなっていた。アルバートを診たホロラン医師は、そこではじめてアルバートが女性だったことに気付く。アルバートが女性だったと言う事実は、新聞に載るほどの騒ぎとなる。アルバートが密かに貯めていた大金をこっそり盗み出したベイカー夫人はホテルの大改装を始め、「お気に入り」のペイジを呼び出して塗装を頼む。ペイジはベイカー夫人との会話から、夫人がアルバートの金をかすめ取ったことに気付く。アルバートの部屋に泊まることになったペイジは、そこでアルバートが大事にしていた実母の写真を見つける。一方、ヘレンはジョーの子を産んだものの、ジョーはヘレンと子供を捨ててアメリカに行ってしまい、ヘレンはただ働きの条件でベイカー夫人に雇われていた。他に行き場のないヘレンに、ペイジは共に暮らすことをそれとなく提案する。