2006年9月、当時の飛騨市船坂勝美市長が定例市議会で、神岡鉄道廃止後に鉄路を不定期の観光鉄道として存続させる道を模索する意向を表明し、注目を集めた。同年11月29日には、三井金属鉱業との間で存続に向けて15億円の寄付（再開後の経営に失敗した場合に必要となる線路撤去費などへの備えなど）と軌道の無償譲渡を受けることで大筋合意した。また、2007年1月10日に飛騨市神岡振興事務所内には神岡鉄道再開準備室を設け、船坂市長は「2008年5月には（観光鉄道として）再開させたい」と発言。設立から5年後の黒字を目指すとしていたが、2008年2月に行われた市長選挙で、船坂市長は観光鉄道化を含めた現市政を批判する井上久則候補に敗北した。井上新市長は「15億円の寄付金は再開に向けての物とは考えていない。レールや鉄橋は撤去する。」と表明しており、計画再開は非常に困難な見通しとなった。一方、地元の住民グループ「神岡鉄道協力会」のメンバーは廃線の線路上で軌道自転車を運行する「レールマウンテンバイク」の運行を考案、2007年から飛騨市観光協会に飛騨市も協力する形で廃線跡のうち、2.9kmで実験運行を開始した。実験運行は主に土日と祝日で実施され、好評を博したことから営業日数が徐々に増やされた。2012年からはシーズンを通しての運行となり、運営はNPO法人の「神岡・町づくりネットワーク」に移管された。2013年の利用者は2万6249人。2012年には鉄道の日実行委員会の日本鉄道特別賞を受賞した。人気の高まりに対して、1日8便で310人までしか利用できず、予約が必要な状況になっている。その対策もかねて、「神岡・町づくりネットワーク」では未使用の廃線跡も活用する「旧神岡鉄道の利活用プラン」を市に提出し、それに対して市は2013年12月から一部区間の安全対策調査を開始した。2016年12月、飛騨市は補正予算に、廃線跡を活用した「ロスト・ライン・パーク」構想のための費用を盛り込み、シンポジウムの開催と、旧神岡鉱山前駅に保存中の車両の中の1両(KM-101)を旧奥飛騨温泉口駅に移設する事業を実施するとした。移設の際には廃止以来約10年ぶりに自力走行を実施することが告知され、予定された2017年4月8日に実際に走行した。今後は奥飛騨温泉口駅で展示し、冬に入る頃には再び自力走行により旧神岡鉱山前駅の車庫に戻る。
神岡線廃止後、猪谷駅と神岡町を直接結ぶ列車代行バスは設定されていないが、猪谷駅前の国道41号線沿いにある猪谷バス停から濃飛バス・富山地鉄バスが運行する路線に乗車するか、飛騨市巡回バスに乗車すると神岡に行くことができる。その他、東海旅客鉄道（JR東海）高山本線の高山駅・飛騨古川駅、西日本旅客鉄道（JR西日本）北陸新幹線・高山本線・あいの風とやま鉄道の富山駅から路線バスで神岡町に行くこともできる。
旅客列車はすべてワンマン運転の各駅停車で、廃止直前時点で1日に9往復が運行されていたが、うち3往復は神岡の市街地を通る神岡鉱山前駅から奥飛騨温泉口駅までのみの運転となっていた（開業当初は猪谷 - 奥飛騨温泉口間の8往復だった。廃線間際には臨時で猪谷まで延長運転された）。2005年10月1日に下り猪谷発21時台・上り奥飛騨温泉口発20時台の列車が廃止され、最終が下り猪谷発19時台・上り奥飛騨温泉口発18時台に繰り上げられた。猪谷 - 神岡鉱山前間に貨物列車も運転されていたが、2004年に貨物輸送は休止となった。
2006年のMLBドラフト5巡目（全体155位）でフロリダ・マーリンズから捕手として指名され、6月12日に契約。契約後、傘下のA-級ジェームズタウン・ジャマーズでプロデビュー。36試合に出場して打率.181、2本塁打、17打点、3盗塁を記録した。2007年はA級グリーンズボロ・グラスホッパーズでプレーし、102試合に出場して打率.242、15本塁打、50打点、8盗塁を記録した。2008年はA+級ジュピター・ハンマーヘッズでプレーし、63試合に出場して打率.178、6本塁打、28打点、3盗塁を記録した。2009年はA+級ジュピターとAA級ジャクソンビル・サンズでプレー。AA級ジャクソンビルでは51試合に出場して打率.218、8本塁打、27打点、1盗塁を記録した。2010年はAA級ジャクソンビルで開幕を迎え、7月にAAA級ニューオーリンズ・ゼファーズへ昇格。9月1日にマーリンズとメジャー契約を結んでアクティブ・ロースター入りし、8日にAA級ジャクソンビルへ降格。19日に再昇格し、同日のシカゴ・カブス戦でメジャーデビュー。9回裏に代打として出場したが、三振に終わった。この年は5試合に出場し、6打数無安打5三振に終わった。2011年から投手に転向。3月11日にAA級ジャクソンビルへ配属され、開幕を迎えた。7月8日にメジャーへ昇格し、16日のカブス戦でメジャー初登板を果たした。8点ビハインドの8回裏から登板し、1回を無安打無失点1奪三振に抑えた。翌17日にAA級ジャクソンビルへ降格。8月18日に再昇格した。この年は11試合に登板して防御率6.97だった。2012年は3月15日にAAA級ニューオーリンズへ配属され、開幕を迎えた。5月5日にメジャーへ昇格。2試合に登板したが、防御率13.50と結果を残せず、10日にAAA級ニューオーリンズへ降格した。6月16日に再昇格したが、登板のないまま21日にAAA級ニューオーリンズへ降格。8月3日に再昇格した。この年は11試合に登板して防御率4.30だった。2013年2月20日にマーリンズと1年契約に合意。3月13日にAAA級ニューオーリンズへ配属され、開幕を迎えた。7月7日にメジャーへ昇格。翌8日のアトランタ・ブレーブス戦では、同点の延長14回表から登板したが、1回を投げ4安打6失点（自責点5）3四球の乱調でメジャー初黒星を喫した。試合後にAAA級へ降格。ロースターが拡大された9月1日に再昇格した。この年は7試合に登板して0勝1敗、防御率12.46だった。2014年2月11日にDFAとなり、15日に40人枠を外れる形でAAA級ニューオーリンズへ降格した。開幕後の4月29日にマイアミのバーでチームメイトのサム・ダイソンと喧嘩になり、ダイソンの顎の骨を折ったため、5月1日に制限リスト入りした。5月22日に再びマーリンズとメジャー契約を結んだ。この年は52試合に登板して0勝3敗、防御率3.38、60奪三振を記録した。