ガイロス帝国（正確にはガイロス帝国内のネオゼネバス派）は西方大陸撤退直前に発掘されたインターフェイスと呼ばれる小ゾイドからOSの制御に成功。デススティンガーの改良機であるKFD（キラー フロム ザ ダーク）を開発したが、この際は実験機だった事もあり、出力を70%に抑えた状態で出撃していたため、最終的にはライガーゼロを含む共和国ゾイド群に全滅している。また、OSの持つゾイドコアの分裂促進能力を活用し、ZAC2101年にはウオディックやデスザウラーを完全に復活させた。この時のデスザウラーは最大の激戦地セスリムニルの戦場の30機を含め、暗黒大陸本土決戦時には総計50機が完成し投入された。旧ゼネバス機よりも操縦性が悪くなったものの出力は格段に向上しており、マッドサンダーの反荷電粒子シールドを荷電粒子砲で強引に突破し溶かしてしまう程の力を発揮した。その後、ZAC2106年の時点でネオゼネバス帝国はOS解析をほぼ完全に成功しており、デススティンガーをベースにしたステルススティンガー、サックスティンガーといったOSを標準装備し、従来機よりも高い戦闘能力と再生能力を併せ持ったゾイドを多数配備している
真オーガノイドは西方大陸ガリル遺跡からガイロス帝国が回収したゾイドコアである。ジェノザウラーやレブラプターといった実験型OS搭載機を凌駕する性能を誇るが、これを搭載したデススティンガーは戦闘中に自己防衛本能を覚醒させた結果暴走し、パイロットの死亡後も活動を続けるゾイドへと変貌した。さらに暴走時の各性能は製作者の想定を遥かに超えるレベルに達した。真オーガノイドには自己増殖、自己進化の能力があり、これによって暴走したデススティンガーは襲撃したゾイドを糧にして自ら増殖、進化していったが、真オーガノイドの危険性を察知した前述のヘリック、ガイロス両国のエースパイロット二人とその専用機の活躍と犠牲によってデススティンガーの暴走は阻止された。後に量産されたデススティンガータイプの機体には「インターフェイス」と言うパイロットへの精神負担を肩代わりする事で暴走を抑える人間サイズのゾイドを一緒に搭載する事によって真オーガノイドのコントロールは可能となった。
ZAC2100年にガイロス帝国が、デスザウラー復活計画が行われていたオリンポス山の山頂の遺跡に残されたデータからOSの一部解析に成功し、試作機に搭載。ジェノザウラーとして完成した機体は模擬戦闘でセイバータイガーATとレッドホーンGCを瞬時にして葬るという恐るべき戦闘力を見せつけた。しかし、ジェノザウラーはOSの精神的負荷に耐えられるパイロットがおらず、量産化は遅滞する。共和国でも遺跡から持ち帰られたデータを元に、シールドライガーにOSを搭載する事でブレードライガーを完成させるが、こちらも操作性の悪化により一部のエースパイロットにしか扱えない機体となっている。同様にゴジュラスにOSを搭載したゴジュラス・ジ・オーガも開発されたが、性能こそ通常ゴジュラスの10倍の戦闘力を持つに至ったものの、元々扱いにくかったゴジュラスが誰にも扱えなくなってしまい、無人仕様に改修されているまた、OSを限定的に搭載した機体も登場し、レブラプターやガンスナイパー、ストームソーダー、ライトニングサイクス等が開発されている。
オーガノイドシステム（以下、OSと表記）とは、ゾイドコアを活性化させ、戦闘能力の強化と進化をもたらすプログラム。元々は古代Zi人によって生み出されたテクノロジーであり、西方大陸に点在するオリンポス山や、ガリル遺跡などの古代遺跡からその情報を記した物が出土し、へリック共和国・ガイロス帝国両軍のゾイドにおいて導入された。そのシステムを搭載されたゾイドは、闘争本能の刺激によるコアの活性化に伴い従来型を上回る戦闘力・運動性・生命力を獲得し、金属細胞再生能力を劇的に高める}。さらにはゾイドコアの分裂・成長を促進させる技術的な応用性をも併せ持っており、仮死状態のコアの復活や、絶滅したコアの遺伝子情報を復元することも可能となる。その反面、凶暴化したゾイドの闘争心がパイロットの精神にも多大な影響を及ぼす危険性を持ち、操縦者には心身ともに多大な負担を強いられるなど問題点を露呈している。OSの効果を限定的に施す調整を行えば一般兵でも扱う事は可能ではあるが、性能はシステムが未調整の機体には及ばない。また、システムそのものにゾイドの精神破壊を招き、コアの寿命を極端に縮めるデメリットも存在した為、ある時期を境にその採用は見送られていった。一方で、ネオゼネバス帝国ではその効力をコントロール下に置く事に成功している。
平叙文（へいじょぶん）の際，文末で軽い「うなずき」があらわれる。「〜です」「〜だ」という意味となる。肯否疑問文（こうひぎもんぶん）（いわゆるYES or NO疑問文のこと）の場合文末に「まゆあげ」の表情が付き、「そうなの？」とたずねるような表情となる。「〜ですか？」の意味。下の画像および説明はその例。勝つ。：「勝つ」という手話とほぼ同時に“うなずき”の非手指標識があらわれる。「勝ちます（現在形）」という意味となる。「勝つ」という手話は両手で「男」という単語を作っておき，利き手側の「男」を反対の「男」にぶつけ，ぶつけられた方が倒れるという様子で示す。（「単語の成り立ち」の5に基づく表現である）＜「勝ちました」という過去形については後述の「手話口形」参照。＞注意:「日本語対応の手話」では手の平を下に向け，押し下げるような動き「〜です」が平叙文のマーカーとして用いられているが，日本手話ではここで示す平叙文の非手指動作「文末のうなずき」がそのマーカーとなる。「〜です」の表現はむしろ「存在する」「〜がある」の意味で用いられる。勝ちますか？：「勝つ」という手話とほぼ同時に“まゆあげ”の非手指動作があらわれる。「勝ちますか？」という意味となる。注意:「日本語対応の手話」では手の平を相手に突き出す「〜か」を肯否疑問文のマーカーとして用いているが，日本手話ではここで示すイエスノー疑問文の非手指動作「文末のまゆあげ」がそのマーカーとなることに注意。「〜か」の表現はむしろ「敬語（あるいは敬意的表現）」の際に用いられる。