1814年、シュタッケルベルクは「彼の」子どもたち（ミノーナも含まれていた）を連れ出すために再び姿を現した。ヨゼフィーネが拒否したため、彼は警察を呼び3人の幼児を腕ずくで奪い去った。しかし、シュタッケルベルクが子どもたちを故郷のエストニアに連れて行かなかったことが分かっている。彼はボヘミアの助祭の元に子どもを預けると、再び各国を巡る旅に出たのであった。独りとなったヨゼフィーネはますます苦悩を深め「胡散臭い数学教師のアンドリアン（カール・エドゥアルト・フォン・アンドレーアン＝ウェルブルク）を雇い（中略）徐々に彼のカリスマ的な呪文に落ちていき、妊娠するとエミリーを産んで（1815年9月16日）小屋に隠した。」一方、兄の死により相続を受けたシュタッケルベルクは1815年4月にウィーンを訪れ、ヨゼフィーネを呼び戻そうとしていた。妊娠していたこと、そして決定的に関係が破壊されて以来長い時間が経っていたことにより、彼女は興味を示さなかった。シュタッケルベルクはこれに対し長い手紙をしたため、自分がいかにヨゼフィーネを「軽蔑」しているかを書き連ね、さらに警察に赴いて彼女を中傷する。1815年6月30日に警察がヨゼフィーネの「評判」に関する報告を行っているが、これは彼女の子どもたちに近親相姦の事案があると申し立てたシュタッケルベルクの報告に基づいている可能性がある。アンドリアンはヨゼフィーネに捨てられ、私生児を引き受けて独力で育てるも娘は2年後に麻疹で息を引き取る。しかし、こうした心痛む出来事がまだ十分でないといわんばかりにさらなる苦悩が続く。1815年12月29日にトルトノフのデシャント・フランツ・レイアーがヨゼフィーネに手紙を送り、親権を受けて3人の幼い娘を預かっているものの、シュタッケルベルクからの仕送りが長い間滞っていると伝えてきた。ヨゼフィーネとテレーゼはほぼ2年越しに子どもたちと再会できると大喜びし、あるだけの資金をかき集めてレイアーに送付すると、間もなく彼は父親が行方不明になってしまったのであれば子どもたちを母のいる家庭に連れて行くべきだと提案してきた。しかしヨゼフィーネが再会を果たす直前、シュタッケルベルクの兄弟であるオットーがトルトノフに現れて子どもたちを連れ去ってしまったのである。ヨゼフィーネとベートーヴェンの2人が1816年の夏にバーデン＝バーデンにいたという証拠がある。彼らは同地で会っていたと思われ、しかも示し合わせたものと考えられる。ヨゼフィーネはバート・ピルモントにある保養所へ行くために旅券の申請を行っているが、結局そこへ赴くことはなかった。興味深いことに1816年8月のベートーヴェンの日記には次の記述がある。「Pへではなく - t、Pと。 - 最善策を取り決める。」
数々の法廷闘争に敗れ、精神をすり減らす紛争と諍いの末、ヨゼフィーネは自暴自棄となりシュタッケルベルクは彼女の元を去った。これはおそらく1812年のことと思われ、突然の宗教的衝動により祈りと信仰的思索に慰めを見出そうとしたらしい。これは緊急に資金を必要としていたヨゼフィーネの助けにはならず、彼女は常にもがき苦しんでいた。1812年6月の日記からは、ヨゼフィーネが明確にプラハへ行こうとしていたことがわかる。ここで彼女とテレーゼの日記は不意に途絶えており、再開するのは2か月後からである。一方、ベートーヴェンはプラハ経由でテプリツェへ向かっており、プラハでは1812年7月3日に間違いなく「不滅の恋人」と呼ばれる人物と会っている。「不滅の恋人」という呼称は、彼が7月6日、7日に書いたものの投函しなかった手紙の中で用いられている。ヨゼフィーネの主な心配事はデイム伯との間に生まれた4人の子どもの財産管理を継続する事であったが、1812年8月に疎遠となった夫との間に新たな協定を結ぶことに成功した。この新たな結婚契約の要点はシュタッケルベルクがいつでも彼女を置いて出ていくことが出来ると書かせたことにある - その後、1813年4月8日に娘のミノーナが生まれると彼はそれを実行に移したのであった。ミノーナが自分の子でないと疑っていた可能性もある。
最近ろくな事件が起きないので暇をもてあまし、退屈しのぎに麻薬を注射したり、ワトソンと喧嘩になりかかったりしていたシャーロック・ホームズのベーカー街の下宿のベルが、ひさしぶりに鳴った。訪問者はひっそりした魅力を持つ若い女性・メアリー・モースタン嬢で、一身上に起きた不可解な事件の相談のために訪れたのであった。元イギリス陸軍インド派遣軍の大尉だったメアリーの父親は10年前に失踪していた。その後、6年前から年に1回、正体不明の人物から彼女に大粒の真珠が送られており、今回その人物から面会を求める手紙が届いたのである。ホームズとワトソンは彼女に同行し、一行は手配された馬車でロンドン郊外のある住宅に連れて行かれた。そして一行は、そこの住人で、手紙の差出人であるサディアス・ショルトという小男から、メアリーの父、モースタン大尉と、ショルトの父であるショルト少佐の、インド駐留時代の因縁話を聞かされる。インド派遣軍の将校だったモースタン大尉とショルト少佐は在任中にインド大反乱に遭遇し、どさくさ紛れに莫大な財宝を入手した。が、ショルト少佐はモースタン大尉の取り分を払わず、一切を独占したまま母国イギリスに逃亡していた。イギリスに帰国したモースタン大尉は分配を求めてショルト少佐と会見するが、口論をしている最中に死亡し、ショルト少佐は死体と財宝を隠蔽したのであった。父の遺言で事情を聞いたバーソロミューとサディアスの兄弟は、屋敷のどこかにあるという財宝を探しながら、モースタン大尉の相続人のメアリーに毎年真珠を送っていた。兄のバーソロミューがついに屋敷の屋根裏で財宝を発見し、二人はメアリーにも分配することに決め、手紙を送ったのであった。しかし一行がバーソロミューの屋敷を訪れると、バーソロミューはインド洋のアンダマン諸島の土人の使う毒矢を受けて死亡していて、財宝は消えていた。そして死体の傍らには義足の足跡と「ジョナサン・スモール」を筆頭にした「四つの署名」が残されていた。ホームズとワトソンは警察犬のトビーを借り出し、殺人現場に残ったクレオソートの臭いを手がかりに、現場からロンドン市中を追跡してゆく。犯人たちの足跡はテームズ川畔の船付き場で途切れ、小型艇に乗ってどこかに潜伏したものと推定された。探索の結果、テムズ河の修理ドックに該当する船が入渠していることを突き止めたホームズは警察に連絡し、逃走を図る犯人たちの船とロンドン市警の警備艇の追跡劇が、夜のテムズ河を舞台に展開する。毒矢の使い手・アンダマン土人のトンガは射殺され、逃走艇は河岸の泥沼に突っ込み、義足の男・ジョナサン・スモールは取り押さえられた。警察署に連行されたスモールは、ホームズたちに事件の全貌を物語る。