過去作にあった武将の「引抜」や「暗殺」などは廃止され、「調略」コマンドは「国人衆」に対するもののみとなった。本作の国人衆は過去作の「諸勢力」に当たるが「忍者衆」や「水軍衆」などの区別はなく、後述する特能によって差別化されている。国人衆には大名家への「支持率」のパラメータがあり、「懐柔」によって上げる事ができるほか、大名家の勢力範囲によっても変動し、近接する大名家のうち、影響力の強い側を支持する傾向がある。支持率が高いと合戦の際に援軍を出してくれたり、支持率が100％になると「特能」という能力を発揮し、物資の提供など、特能の種類ごとに異なる恩恵が受けられる。また、支持率が100％でなおかつ、その国人衆が存在する国の本城を支配している場合のみ「取込」で国人衆を完全に支配下に置く事ができる。取り込まれた国人衆は本城の人口に加算され、名のある国人衆の頭領（風魔小太郎や黒川晴氏など）は家臣に加わるが、援軍や特能の効果が失われるデメリットもあるため、取込を行うかどうかは慎重に判断する必要がある。
本作の兵士は「常備兵」と「領民兵」の2種類が存在する。常備兵は内政パラメータの兵舎の高さによって最大兵数が決まり、人口や民忠に左右されないが、領民兵に比べて数が少ない。領民兵は城の人口と民忠の高さによって最大兵数が決まり、城下の発展に伴って自然と増加していく。本作では兵士の所属が城ごとに定められており、他の城からの移動による兵士の補充は不可能となっている。さらに任意で徴兵を行うコマンドも存在しないため、兵力の回復は時間の経過を待つしかなくなった。なお、兵士の補充速度は民忠が高いほど速くなる。合戦の際は一部隊につき、最大三人（大将一人、副将二人）まで率いる武将を選ぶ事ができる。部隊の強さは主に大将に据えた武将の能力に左右され、副将は主に戦法や特性によって選ぶ事になる。また、軍馬や鉄砲を携行すれば、クリティカルが発生するようになり、会戦の際に軍馬は「突撃」、鉄砲は「斉射」のコマンドの効果をアップさせるが、携行にはそれぞれ部隊の兵数の2割の数量が必要となる。兵糧は一部隊につき、最大120日分まで携行が可能であり、自勢力の城や同盟または従属勢力の城に立ち寄る事で補給できる（兵糧の備蓄がない場合は補給できない）。また、敵城包囲時に部隊コマンドの「焼討」で城下から略奪を行う事でも補給が可能だが、その城の内政パラメータや民忠が下がるため、無闇に焼討を行うのは敵城攻略後において不利に作用する。兵糧が尽きると兵士が脱走し始め、戦闘の継続は極めて困難となる。部隊の表示は『覇王伝』以来となる凸型が採用され、高速で移動する際は三角型、城を包囲する際は亀甲括弧型、水上を移動する際は船型に表示が変化する。
明治20年（1887年）8月、条約改正交渉で行き詰まった井上馨外務大臣は辞意を示し、後任として大隈を推薦した。伊藤は大隈と接触し、外務大臣に復帰するかどうか交渉したが、大隈が外務省員を大隈の要望に沿うよう要求したため、交渉はなかなか進まなかった。明治21年（1888年）2月より大隈は外務大臣に就任した。このとき、外相秘書官に抜擢したのが加藤高明である。 また河野、佐野を枢密顧問官として復帰させ、前島密を逓信次官、北畠治房を東京控訴院検事長に就任させている。同年、黒田清隆が組閣すると大隈は留任するが、外国人判事を導入するという条約案が「官吏は日本国籍保持者に限る」とした大日本帝国憲法に違反するという指摘が陸奥宗光駐米公使より行われた。大隈は裁判所構成法の附則から違憲ではないと主張するが、井上毅法制局長官からも同様の指摘が行われた。山田顕義法務大臣は外国人裁判官に日本国籍を取らせる帰化法を提案し、伊藤枢密院議長、井上馨農商務大臣もこれに同意して条約改正交渉の施行を遅らせるよう求めた。大隈は帰化法の採用には応じたものの、条約改正交渉の継続を主張した。大隈を支持するのは黒田首相と榎本武揚文部大臣のみであり、また世論も大隈の条約改正に批判の声を上げた。明治22年（1889年）10月18日には国家主義組織玄洋社の一員である来島恒喜に爆弾による襲撃（大隈重信遭難事件）を受け、一命はとりとめたものの、右脚を大腿下三分の一で切断することとなった。大隈の治療は、池田謙斎を主治医とし、手術は佐藤進・高木兼寛・橋本綱常・エルヴィン・フォン・ベルツの執刀で行われた。翌10月19日、東京に在留していた薩長出身の閣僚すべてが条約改正延期を合意し、黒田首相も条約改正延期を上奏、10月23日に大隈以外の閣僚と黒田の辞表を取りまとめて提出した。大隈は病状が回復した12月14日付で辞表を提出し、12月24日に裁可、大臣の前官礼遇を受けるとともに同日に枢密顧問官に任ぜられた。その後大きな活動は見せなかったが、裏面で改進党系運動に関与しており、明治24年（1891年）11月12日には政党に関わったとして枢密顧問官を辞職することとなっている。12月28日には立憲改進党に再入党し、代議総会の会長という事実上の党首職についた。これ以降大隈は新聞紙上に意見を発表したり、実業家らの前で演説をすることも増えていく。明治26年（1893年）3月25日には進歩党系新聞の『郵便報知新聞』紙上で「大隈伯昔日譚」の連載が開始されている。明治29年（1896年）3月1日には立憲改進党は対外硬派の諸政党と合同し、旧進歩党を結成した。大隈は新党において中心的存在とされたものの進歩党には党首職はなく、8ヶ月たってから設置された5人の総務委員のうち大隈派と呼べるのは尾崎行雄と犬養毅にとどまり、内訌を抱えたままの存在であった。4月22日から5月17日には、長崎赴任以来28年間帰省していなかった佐賀に戻り、大規模な演説会などを催している。