1937年ルイはブエノスアイレスへ戻り、1943年にはアメリア・スベルブーレルと結婚した。しかしこの時期のアルゼンチンは混乱と紛争の真っ只中にあった。彼の盟友ウッセイはドイツでナチ政権のファシストに抗議する署名にサインしていたため、枢軸国寄りのペドロ・パブロ・ラミレス軍事政権によってブエノスアイレス大学から追放された。1944年、ルイも避難する形でアメリカに移住し、セントルイス・ワシントン大学薬理学部の、カール・コリ、ゲルティー・コリ等の研究室助手の職を得た。その後彼はコロンビア大学医科大学院でデヴィッド・グリーンの研究室助手を務めた。後に彼は、母国での研究所設立の動機付けをしてくれたのはグリーンであると回想している。ただ、彼にアメリカの外国人永住権が発行された時には、既にルイはアルゼンチンに帰国し、研究所設立準備を進めていた。
ウッセイとの共同研究を始めてわずか2年後には、ルイは非常に優れた博士論文を執筆する研究者としてブエノスアイレス大学薬学部から注目されていた。その一方でルイ自身は物理学・数学・化学・生物学などでの己の知識不足を自覚し、聴講生として大学に通っていた。そして1936年、彼はより深い知識を得るためにイギリスに渡り、ケンブリッジ大学の生化学教授にして1929年に成長を促進するビタミンの発見でノーベル生理学・医学賞を受賞していたフレデリック・ホプキンズ教授に師事した。ここでルイは生化学研究所に属し、酵素特にシアン化物とピロリン酸塩が酸脱水素酵素活性にもたらす影響を専門に研究を行なった。この時から彼は糖代謝の専門家としての道を歩み始めた。
アルゼンチンに戻ったルイは、公民権を得てブエノスアイレス大学の薬学部に進み、博士号取得を目指した。4度もあった解剖学試験などに苦しみはしたが、1932年、彼は卒業に漕ぎ着けて付属病院に職を得、ラモス・メヒア病院でインターンとして働き始めた。しかし、そこで同僚との衝突や治療方法の混乱などを目の当たりにし、ルイは病院を去り研究に打ち込む決心をした。彼はその真意について「私たちが患者のために出来ることはほとんどなかった…抗生物質、向精神薬、その他の新しい治療薬について（その当時の）私たちはあまりにも無知だった」と述べている。1933年ルイは、後に彼の研究主題を副腎と糖代謝の探求に導くことになる、ノーベル生理学・医学賞1947年度受賞者のバーナード・ウッセイと出会った。これは、ウッセイがルイのいとこにあたる作家ビクトリア・オカンポの義兄弟と友人関係にあったことがきっかけとなった。この義兄弟の紹介で二人は共同研究を始め、この良好な関係は1971年にウッセイが世を去るまで続いた。ウッセイ死去の前年、ノーベル賞授賞式スピーチでルイは自分のキャリアを振り返り、「私が研究者としてここにいるのは、さるお方の導きによるものです。それは、バーナード・アルバート・ウッセイ教授です」と語った。
2016年7月に、教え子の女性を地下室に監禁し、非常識的な性行為を強要した強姦容疑で警察に逮捕・起訴された。強姦の総時間数は13時間であると警察が発表した。2015年5月には学長によりミュンヘン音楽・演劇大学を正式に解雇されており、その際の強姦疑惑とは別の21歳の女性が地下室に監禁されていたことも判明した。警察は2015年当時の容疑に基づくもので逮捕状を取っており、2016年7月に偶然発見された女子生徒について警察は把握していなかった。このほか、常習していたコカインが発見されており、拳銃の所持も明らかになっている。また、ボーゼ作品の有力な演奏家であったピアニスト兼音楽学者のジークフリート・マウザーに共犯容疑がかけられ、実刑はかろうじて免れたものの、15か月の執行猶予と25000ユーロの罰金刑を言い渡された。マウザーはミュンヘン音楽・演劇大学の教授職に加え、モーツァルテウムの学長を2014年から務めていたが、2016年6月時点で両方とも退職している。ボーゼの妻は警察の摘発の1日前に、ボーゼの公式ウェブサイトでオペラ公演およびボーゼの健康維持のためのカンパを募っており、無関心を貫いていた。強姦に及んだ女子生徒の数は少なくとも29人と『南ドイツ新聞』は発表している。
比較的近年にエリザベート王妃国際音楽コンクールで作曲部門の優勝を果たした Jeon Minjeが彼の弟子である。そのほかモーリッツ・エッゲルトほかをはじめとして彼の教えを受けた弟子は多い。かつてはモーツァルテウムでも教鞭をとっており、2015年5月までミュンヘン音楽・演劇大学の教授であった。
紹興県学堂を17歳の時に卒業し、上海の教会が経営する中西書院（東呉大学の前身）に進学した。1904年（光緒30年）に卒業すると、天津・北洋大学（天津大学の前身）で冶金学を学んだ。在学中にアメリカへ留学することになったが、当時の国内における冶金技術の低水準の低さから冶金学に将来性を見出せず、イェール大学では経済学専攻に転じている。1910年、修士号を取得し、さらにコロンビア大学大学院に進学して、経済学・哲学の両博士号を取得した。なお、卒業論文「ニューヨーク市の財政」は学術界から高く評価され、コロンビア大学の1年生向け教材として採用されている。帰国後の1915年（民国4年）9月、北京大学校長蔡元培の招聘に応じ、馬寅初は同大学経済学教授となった。1917年（民国6年）、同大学経済研究所主任となる。この頃、馬はロシア革命への支持を公にし、李大釗らと交友した。翌年10月、大学評議員となり、1919年（民国8年）には教務長に選出されている。同年の五四運動では、学生に同情と支持を寄せ、当局に逮捕された学生の解放交渉にも取り組んだ。1920年（民国9年）、馬寅初は上海方面へ活動の場を移し、東南大学商学院（上海財経大学の前身）の創設に関わった。翌年、北京に戻り、北京大学経済学会を組織して会長に選出されている。1923年（民国12年）、中国経済学社を創設して社長となり、雑誌『経済学専刊』を刊行した。