モヒガン族は欧州人の北米到達以前から独立政府的統治制度を築き、維持していた。現モヒガン政府は、20世紀に起草された「コネチカット州先住民族のモヒガン族による憲法」を基礎に、領土内での民事裁判権と刑事裁判権の行使をするまでに発展している。モヒガン国家はモヒガン族の人々によって統治されている。選挙制をとっており、部族評議会に九人、長老評議会には七人が部族内から選出される。長老評議会が受け持たない立法権と行政権の一部は部族評議会に帰属する。長老評議会は司法問題と部族の文化的一体性を監督し、部族員資格と資格認定のルールを定める立法権も行使する。部族裁判所は全ての非ゲーミング関連の事柄を裁定する。1988年のインディアン賭博規制法の成立を受けて、モヒガン国家は1994年後の連邦政府による認定とモヒガン国家（コネチカット）土地返還法による土地返還を経た後、コネチカット州政府との協力的な関係を活かし、ゲーミング協定を交渉した 交渉の結果、アメリカ連邦政府はモヒガン族の主権保留地としての使用するため、ユナイテッド原子力社が元々所有していた洗浄済みの土地を受託した。連邦認定を受けてから2年後の1996年、モヒガン族はモヒガンサン・カジノを開業した。モヒガン族とコネチカット州政府間で結ばれたゲーミング協定はコネチカット州に対してスロット収入の25%が州の公共サービスへと充当されることを保証させた。コネチカット州政府にとって、先住民族は連邦政府からの国庫支出金以外で最大の収入源となっている。コネチカット州政府とモヒガン族政府との良好な政府間関係は、屋内喫煙の規制やアルコール提供、保留地での州警察の駐在など、今までに取り上げられた問題の迅速な解決を可能とさせている。
数々のアルゴンキン系言語を話したコネチカット州の部族にとって、16世紀初期は重大な転機の時代であった。欧州人の急速な入植によって土地と資源を巡る競争が激化し、新たな疫病は危険な速度で先住民人口を激減させていた。当時のピクォート族では、ピクォート族のサッサクス首長と有力者アンカス（1598年 - 1683年）の間で闘争が生じていた。アンカスは従者らと部族を離れ、先祖が称したのに従い、「オオカミの民」の意味を持つ「モヒガン」を自称するようになった。また、各部族はイギリス人や他の欧州人との衝突にそれぞれ違った対処の考えを持っていたが、アンカスはイギリスの入植者たちと協働することを好んだ。サッサクス指導下のピクォート族は入植者と戦争する道を選び、1637年から1638年まで続いたピクォート戦争は、他の先住民族もどちらか一方について戦闘に参加した。止まない戦いによって生じた戦争被害の深刻さを見兼ねたアンカスは、欧州の侵略者と和平な関係を築いたが、先住民族間で物議を醸すようなこの選択肢はアンカスとモヒガン族に対して、ピクォート戦争を戦い続けるイギリス陣営との不安定な同盟を組むのに余儀無くさせた。結果としてモヒガン族は、イギリスがピクォート族を倒す一助となった。戦後、アンカスはナラガンセット族からの侵入を防いだ、テムズ川沿いのシャントック村まで人々を連れた。ナラガンセット族の侵入もまた、欧州人の入植や入植によって派生した先住民族間の衝突から生じたものであった。モヒガン族のイギリスとの同盟は、その後フィリップ王戦争（1675年 - 1676年）中も、入植者からの攻撃から人々の安全を比較的守ったものとされている。
1997年、モヒガン族の長老評議会は次の理念を定めた。我らはオオカミの民、創造者の子、生命の樹の一部である。我が先祖は我が根となり、我が身は幹、子孫は未来の芽である。先祖の語りを記憶し、教える。よく見る。よく聞く。よく学ぶ。母なる大地、長老たち、創造者より与えられた全てを尊ぶ。新旧の傷を癒すためならば平和の矢を折ることをいとわない。過ちを受け入れ、それより学ぶ。一つの精として生命の道を歩む。十三世代先の先祖に導かれ、十三世代先の子孫に責任を負う。我らは過去の叡智に導かれた部族国家として今日も存続する。我らの巡路は我らを民の全しき様へと帰す
1973年、伊方原発周辺の住民が伊方原発1号機の原子炉設置許可の取り消しを求めて松山地方裁判所に訴えを起こした。しかし1978年に地裁は訴えを棄却した。住民は高松高等裁判所に控訴したが1984年に棄却となり、上告審も1992年に棄却されて原告側の敗訴となった。1号機の一審が棄却された直後の1978年6月には、再び住民が2号機増設許可の取り消しを求めて松山地裁に訴えを起こした。この裁判のさなかの1996年に、伊方原発沖の活断層が最大マグニチュード7.6の地震を起こす可能性があると判明し、この活断層に対する国の事前の安全審査が不十分であったことも争点となった。2000年12月、松山地裁は住民の請求を棄却する判決を言い渡したが、活断層の危険性に対する国の判断の誤りを指摘した。住民は控訴せず、一審判決が確定した。2011年12月8日、伊方原発1-3号機の運転差し止めを求める新たな訴訟が松山地裁にて起こされた。さらに2016年3月11日、9都府県の67人が新たに広島地裁に伊方原発の運転差し止めを求めて提訴した。原告の一部は再稼働が予想される3号機の運転差し止めを求める仮処分も申し立てた。2016年8月12日現在、伊方3号機は大分でも住民が運転を止める仮処分を申請している。2016年9月28日、大分県の住民264人が四国電力を相手に伊方2、3号機の運転差し止めを求める訴訟を大分地裁に起こした。2017年3月30日、広島愛媛両県の住民4人が伊方原発3号機の運転差し止めを求めた仮処分の申し立てを広島地裁は住民側の訴えを退けた。2017年12月13日広島高裁は運転を差し止める決定をした。阿蘇カルデラで大規模噴火が起きた際に火砕流が到達する可能性が小さいとは言えず、立地には適さないとしたため。2018年9月25日広島高裁運転を2017年12月13日の差し止める仮処分決定を取り消した。「自然災害の危険をどの程度まで容認するかという社会通念を基準に判断せざるを得ない」と前仮処分決定が社会通念から逸脱していることを指摘した。