休養の後、3月に阪神のマイラーズカップで復帰。栗田はヤマニンゼファーの将来の種牡馬入りに備え、当年秋に中距離競走である天皇賞（秋）への出走を計画しており、その距離適性を見極めるため、鞍上には相馬眼に評価の高かった田原成貴を据えた。この競走は前走に続きニシノフラワーに敗れて2着だった。関東に戻っての中山記念も田原騎乗で4着に終わったが、本競走では初経験の1800mを速いペースで先行しながら、勝ち馬から0.3秒という僅差で、田原は天皇賞の2000mをこなせるという見解を示した。これを受け、当年の最大目標は天皇賞（秋）に定められた。次走、京王杯スプリングカップでは田中勝春が騎乗停止中であったため、柴田善臣が騎乗、シンコウラブリイを1馬身半退けて勝利した。柴田の騎乗は本競走のみの予定であったが、同時期に田中が所属する藤原敏文厩舎からセキテイリュウオーが台頭し、田中は同馬への騎乗を余儀なくされたため、次走の安田記念も引き続き柴田が騎手を務めた。迎えた安田記念では、ニシノフラワーに次ぐ2番人気の支持を受けた。レースでは逃げるマイネルヨースの直後二番手を進み、直線先頭に立つとそのまま押し切って優勝、連覇を達成した。前年優勝した田中勝春に続き、柴田にとっても初めてのGI勝利とあった。夏を休養に充てると、秋は目標の天皇賞へ向けて1800m戦の毎日王冠から始動した。しかし当日は2番人気に支持されながら、先行策から直線で失速して6着に終わった。しかし栗田は天皇賞挑戦の意志を変えず、当日までにスタミナの向上を図り、ヤマニンゼファーに厳しい調教を課した。10月31日の天皇賞では、大本命と目されていたメジロマックイーンが競走4日前に故障、競走生活から退き、一転して混戦模様を呈した。毎日王冠でのレース振りから、当日は5番人気の評価となった。レースはツインターボの大逃げの後方で3番手を進むと、最終コーナーで早々に先頭に立ち、最後の直線では、直後に中団から抜け出したセキテイリュウオーが外から並び掛け、ここから300mに渡る競り合いとなった。セキテイリュウオーが一旦は前に出ると、ヤマニンゼファーが自ら外に馬体を併せに行き、最後は両馬が馬体を接して入線、写真判定の結果、ヤマニンゼファーがハナ差で優勝した。年末にはスプリンターズステークスに出走し、サクラバクシンオーの2着となって引退した。翌1月には、当年の年度表彰において最優秀5歳以上牡馬、最優秀短距離馬、最優秀父内国産馬と3つのタイトルを獲得した。年度代表馬選出も有力視されていたが、こちらは菊花賞優勝、ほかGI競走で3度の2着となっていた4歳馬ビワハヤヒデが受賞。この結果については批判もあった。同月30日に東京競馬場で引退式が行われた後、種牡馬入りのため北海道へ戻った。
投資ファンドの村上ファンドの電撃的な阪神株買い占めへの対抗策として行われた阪急ホールディングスによる株式の公開買い付けを経て2006年10月1日に阪神百貨店の親会社であった阪神電気鉄道が阪急百貨店の兄弟会社であった阪急ホールディングスと経営統合して阪急阪神ホールディングスになることに伴う事業分野ごとの経営統合の一環として阪急百貨店と阪神百貨店の経営統合も構想されていた。ただし、阪急百貨店が阪急ホールディングスと資本関係が薄く、兄弟会社の位置づけで阪急ホールディングスの傘下に入っていなかったため、阪急阪神ホールディングスの傘下に加えず別途統合する方向とされていた。しかし、先述のとおりこの2百貨店は異なる特徴を持ちながら、最大のライバルとして至近距離で激しい競争を繰り広げてきたため、店そのものにお客さまがついていて「同質化すると店の魅力を失う」だけでなく、規模などの関係で吸収合併される形となる阪神百貨店の側の反発を回避して従業員のモラールを維持する必要性があったり、「日本一のデパ地下」を作った実力者で3代目株式会社阪神百貨店の当時の会長を務めると同時に親会社の阪神電気鉄道専務も兼務していた三枝輝行が「阪神経営陣は100年間の『無風状態』に慣れ、村上という嵐に慌てふためいた。」阪神の当時の経営陣が村上ファンドから逃げだしたいという思いだけで最大のライバルだった阪急との経営統合という常識ではあり得ない道を選択しているとして最後まで統合に反対していたため、「一体化は簡単ではない」との声も強かった。そのため、2006年6月19日に阪急ホールディングスによる阪神電気鉄道株の公開買い付け(TOB)が成立して経営統合が事実上確定した1ヵ月後の7月20日時点でも具体的な連携策が決まっていない状況にあった。だが、経営統合が事実上確定したことを受けて阪急と手を組んで仕事をすることは考えられないとして三枝輝行が阪神百貨店を去る決意をしたことなどもあって、阪急阪神ホールディングスの発足直前の9月22日に包括的な業務提携を行う合意が成立し、2006年10月に阪急百貨店と阪神百貨店の両社による業務提携委員会を発足させて経営統合も視野に入れた協議が進められていった。2007年3月には第三者機関による資産などの適正評価手続き(デューデリジェンス)を終え、初代株式会社阪急百貨店が完全親会社として3代目株式会社阪神百貨店を完全子会社とする株式交換を実施した上で百貨店事業を新設分割することで共同持ち株会社の傘下に新たに設立される2代目株式会社阪急百貨店と3代目株式会社阪神百貨店が事業会社として傘下に入る形態で統合することで基本合意したことを3月26日に正式に発表した。この合意を受けて2007年4月に約70万人ずつの会員を持つ百貨店カードの相互利用を始めて阪急百貨店と阪神百貨店の両方のうめだ本店同士の買い回りの促進を図ることから協業をスタートさせた。2007年10月1日に初代株式会社阪急百貨店が株式交換により3代目株式会社阪神百貨店の全株式を取得し、同日付で初代株式会社阪急百貨店の百貨店事業を新設分割して2代目株式会社阪急百貨店を設立、初代株式会社阪急百貨店が持株会社となって商号を変更を行い、エイチ・ツー・オー リテイリング株式会社が発足して経営統合し、2代目株式会社阪急百貨店と3代目株式会社阪神百貨店が事業会社として傘下に入ったほか、スーパーマーケット事業を統括する阪食も傘下の企業の一つとなった。「店そのものにお客さまがついている」との考えから経営統合後も百貨店名は変更しなかった。