3月20日に東北で準急の急行化を推し進める小規模なダイヤ改正が行われた後、10月1日に東海道新幹線東京 - 新大阪間が5年半の工期の末、開業した。「ひかり」・「こだま」が毎時1本ずつ設定されたが、この時では地盤が固まっていなかったことから徐行運転を行った。これに伴い東海道本線の輸送力は抜本的な改善が図られることになったが、それ以外にそれまで狭軌を採用していたことで欧米など標準軌の鉄道などに輸送力・速度の面で劣っていたのを、できるだけ改善しようと国鉄が切磋琢磨して開発した技術がこの標準軌新線である新幹線に応用されたことから、世界に国鉄の技術力の高さを見せ付けることになった。また新幹線との連絡輸送が中心となる山陽本線では全線電化が完成するなど、日本の大動脈といえる東海道・山陽両本線では輸送の大転換が起こった。詳しくは1964年10月1日国鉄ダイヤ改正を参照。
4月20日、北陸本線の電化区間が金沢駅までに至ったことによるダイヤ改正が行われて、同線に電車急行が誕生し、他にも列車の何本か新設が行われた。6月1日、東京以西・以北各線で小規模なダイヤ改正が実施され、東京以北各線では急行の電車化が進むことになった。このように電車急行が増加した背景には「第二次5ヶ年計画」による電化区間増加があったといえ、その多くは地上側の設備が小規模ですむ交流電化で行われた。また、準急列車の急行への格上げもこのころから顕著になっている。10月1日、再び全国各線でダイヤ改正が実施される。東海道本線では新幹線開業前の最後の増発であり、東京以北では準急の格上げに伴う急行列車の増発が中心となったが、信越本線では碓氷峠区間（横川 - 軽井沢間）にあったアプト式が廃止されてEF63形電気機関車による粘着運転方式に変更になったことから、大幅な速度・輸送力の面で向上が図られることになった。
この年は、5月10日に北海道で小規模なダイヤ改正があった後、6月10日に北陸本線の北陸トンネルと山陽本線三原 - 広島間の直流電化が完成したことに伴うダイヤ改正が実施され、前者では特急「白鳥」などの時間短縮と一部急行列車の新設、後者ではそれまで東京 - 大阪間を走行していた「つばめ」1往復が広島駅まで延伸され、さらに同区間に急行「宮島」が昼夜行1往復ずつ設定されるなどした。また同日には上越線でも改正が行われ、同線初の特急列車「とき」が上野 - 新潟間に新設されている。さらに10月1日に東京以西・以北各線で、12月1日に中央本線・信越本線でまたしてもダイヤが改正された。前者では毎日運行であったが不定期列車扱いとなっていた特急「みずほ」と急行「あかつき」が定期列車に格上げられ、宮崎 - 小倉 - 西鹿児島（現在の鹿児島中央間）と九州を3分の2周する急行「フェニックス」が新設されるなどしている。後者では、名古屋 - 長野 - 新潟間を直通する急行「赤倉」が新設されたりした。
3月1日、まずこの年初の全国ダイヤ改正が実施された。主に急行列車・準急列車の増発と配列見直しが主眼に置かれ、その他東北本線の特急列車「はつかり」の速度向上が図られたり、東海道本線の急行「なにわ」・「金星」の電車化がなったりした。そして10月1日、初めて白紙ダイヤ改正と呼称が使われる大規模なダイヤ改正が実施された。後に鉄道ファンや関係者からは「サンロクトオ」と呼ばれることになる大改正で、それまで限られた線区しか走行していなかった特急列車が気動車を使用することで全国の主要線区で走行するようになり、また急行列車・準急列車も大幅に増発された。詳しくはサンロクトオを参照。
1961年-1975年の国鉄ダイヤ改正（1961ねんから1975ねんのこくてつダイヤかいせい）では、東海道新幹線の建設、主要幹線の電化・複線化、車両近代化を推し進める「第二次5ヶ年計画」の始まった1961年（昭和36年）から、山陽新幹線岡山 - 博多間が開業し蒸気機関車の運用が消滅した1975年（昭和50年）までの、日本国有鉄道（国鉄）の「輸送絶頂期」にあたる時期のダイヤ改正について記す。
1989年、日本の京都府宇治市の宇治郵便局向側に京都科学技術学園と共同で日本校を開校した。日本校の学生はイーニドキャンパスで1年間授業を受ける必要があり、卒業後はフィリップス大学の学位を取得できた。日本校のいくつかの授業はイーニドキャンパスの教員が担当していた。大阪府大阪市に京橋キャンパスと天満キャンパスが設置されていたが、宇治キャンパスとは違い単なる都会にあるビルのような造りとなっていた。協定により、学生は日本国外で取得する必要がある単位を大阪のキャンパスで取得することもできた。1992年、フィリップス大学は、京都科学技術学園とともに日本で大学を運営していた民間企業であるフィリップスジャパン株式会社と、京都科学技術学園の理事長・山崎種三に対して訴訟を起こした。この訴訟では、被告が日本政府に対して税金を払わず、フィリップス大学が契約に基づいて支払った税金を支払わず、フィリップス大学の名前を不正に使用した疑いがあると主張した。1995年4月、新しいバイリンガル・バイカルチュラルな教育プログラムを作成することにより、日本でのアメリカ式教育をさらに進歩させるという新たな目的のために、フィリップス大学インターナショナル(PUI)が創設された。1996年秋、PUIは京都府京田辺市に移転し、京都インターナショナルユニバーシティーの名称で、フィリップス大学から独立した教育機関になった。現在、京橋キャンパスは天満研修センターとして活用されている。