クラブスローガン：「ONE HEART～共に夢を叶えよう～」望月体制2年目。MF松野大輝が栃木U、前年度のチーム得点源であった中筋誠、小林定人、玉田道歩、金子顕太の各FWが移籍した一方で、FWでは滋賀から村上聖弥、愛知学院大学から水谷侑暉、盛岡からDF岡田祐政、FC今治から元日本代表のDF市川大祐など15人が加入した。1stステージは第7節・ヴェルスパ大分戦まで黒星なしで上位をキープしていたが、次節のホンダロック戦で敗れて以後は星を落とし、1st最終順位は5位。シーズン途中に水谷が東京武蔵野シティFCに移籍した一方、9月にJ1磐田からFW岩元颯オリビエを期限付き移籍で獲得した。2ndステージは8位。年間順位は7位。シーズン終了後、望月が監督を退任、市川が現役を引退した。同年夏に多賀地区多目的運動場（ダイハツスタジアム）が完成して10月2日にこけら落としが行われた。また、ダイスタの完成を踏まえ、J3クラブライセンスが初めて交付された
クラブスローガン：「進化×真価」元沼津監督の望月一仁が監督に就任。DF久利研人がJAPANサッカーカレッジ、MF鶴野太貴がサウルコス福井に完全移籍した一方、戦力補強として盛岡からDF藤嶋洸とFW佐藤幸大、JFL・ソニー仙台FCからMF李澤忍治、鹿児島からFW中筋誠、ラインメール青森からGK野口貴裕が移籍加入、DF鳥山祥之（仙台大）、DF佐々木航（道都大）、MF松本晃（富士大）、FW阿部稜（八学野辺地西高）が入団した。1stステージでは序盤は第6節のソニー戦の1敗のみで中位をキープしていたが、前年2位のHonda FCに勝利するなど徐々に順位を上げ、上位陣が星を落とすなどもあって第11節終了時点で3位に浮上。第14節でホームでのMIOびわこ滋賀戦に勝利し、首位のソニーと2位のFC大阪の直接対決が引き分けに終わったこともあり、得失点差で首位に浮上した。最終節（第15節）でファジアーノ岡山ネクストに勝利。2位ソニーも勝利したが、得失点差は変わらずで、1stステージ優勝（年間順位2位以内）が決定した。2ndステージは勝点は25点で6位。チャンピオンシップはPK戦でソニーに敗れた。J3クラブライセンス申請は、ホームスタジアムとして申請した多賀地区多目的運動場が2016年10月完成の見通しで、2016年9月までJ3ライセンスを満たすスタジアムが確保できていないとして、三度目のライセンス不交付となった。
2006年4月、八戸工業サッカークラブ（八戸工業SC）と南郷FCが統合、旧・八戸工業SCをトップチーム、旧・南郷FCをセカンドチーム（現存しない）として創設された。チーム名はそれぞれヴァンラーレ八戸FCとヴァンラーレS八戸。トップチームは八戸工業SCが所属していた東北社会人サッカーリーグ2部北リーグに、セカンドチームは南郷FCが所属していた青森県社会人サッカーリーグ1部に参加した。2010年、元湘南監督の山田松市が監督に就任。青森県サッカー選手権大会で初優勝し、天皇杯に初出場した。2011年、この年の東北リーグ2部は東日本大震災のため出場辞退チームが相次ぎ、「南北統合リーグ」として行われて全勝優勝したが、同年は1部と2部の入替を行わないことが同年4月に決定されており、東北リーグ1部への昇格は見送られた。2012年は東北2部北リーグで2位の成績。1部昇格決定戦で東北2部南リーグ2位のCobaltore女川を破って2013年の1部昇格が決定した。
有限会社バジルによるゲームブランドBasiLは2002年制作の『それは舞い散る桜のように』が大ヒットしたが、所属スタッフのほとんどが社長と対立し退社。BasiLの中心人物であった西又葵、アッチョリケらが、所属スタッフのほとんどや先に退社していた鈴平ひろらともに2003年2月に有限会社オメガビジョンを設立し、3月25日にNavelのオフィシャルウェブサイトを開設した。さらに3月29日発売の『マジキュープレミアム MARCH2003』にてブランド処女作『SHUFFLE!』の制作を発表した。2004年1月30日に発売された『SHUFFLE!』が、同年のGetchu.comセールスランキング第3位を記録するほど大ヒットし、一躍人気ブランドの仲間入りをした。同作は翌年にアニメ化、またスピンオフ作品が続けて作られるなどの人気シリーズとなった。2006年3月25日、メーカー公式サイトおよび同日発売の雑誌『PUSH!!』2006年5月号にて姉妹ブランドLime発足、及びブランド処女作『ノストラダムスに聞いてみろ♪』の制作を発表した。2009年1月30日、ブランド設立当初から企画されていた『俺たちに翼はない』が発売され、計6タイトルのコミック化やCDドラマ、テレビアニメ化などのメディア展開が広がった作品となった。2012年4月21日、ブランド「Lime」から派生した新ブランド「Lime vert」（ライム ヴェール）を発足した。過去のLime作品と比べ、「純愛・恋愛要素、Hシーンなどに重みをおいた作風」をコンセプトとし、6月29日、第一弾として『×××な彼女が田舎生活を満喫するヒミツの方法』を発表した。2012年10月26日に発売したNavel10周年記念作、『月に寄りそう乙女の作法』は女装・お嬢様学園ものとして人気を博し、萌えゲーアワード2013大賞を受賞した。2013年11月30日、『SHUFFLE!』のデビューから10周年ということで、新ブランドNavel honeybellを立ち上げるとともに、処女作『空飛ぶ羊と真夏の花』の制作を発表し、2014年4月25日に発売した。2018年11月23日、新ブランドCitrusを立ち上げるとともに、処女作『黄昏のフォルクローレ』の制作を発表した。