1760年8月31日にソミュール近郊のブーメーの城で生まれた。幼年学校（Prytanée National Militaire）で学んだ後、1778年にフランス海軍に入隊した。その年にウェサン島の海戦に参加し、1780年にはセネガルのサンルイ攻略に加わった。その後、アンティル諸島で、イギリスのロドニーと対抗したド・グッシェン伯の指揮の下、80門艦クーローヌに勤務し、1782年のセインツの海戦に参加した。1792年に海尉（Lieutenant de Vaisseau）に昇進すると、その年は12門ブリッグ「ディリジャン」でジャン＝フランソワ・ド・ラ・ペルーズの捜索に費やした。ポルトガルによってブラジルに収監されたが、1793年に解放された。その後、アメリカ合衆国で3年を過ごした。フランスに戻ると再び海軍に呼び戻されて（それまで彼は貴族として収入の道を断たれていた）艦長に昇進し、1798年8月2日、戦列艦トナンを指揮してナイルの海戦で戦死した。海戦ではイギリス艦マジェスティックと戦い、相手にウェストコット艦長を含む50名の戦死者と143名の負傷者という損害を与えた。デュプティ＝トゥアールは両脚と片方の腕を失ったが、小麦の入った桶の中から死ぬまで命令を出し続けた。彼の最後の命令として伝えられているのは、トナンの旗をそのミズンマストに釘づけにし、決して船を渡すな、というものだった。しかし結局トナンはイギリスに捕獲された。
ルーキーとして臨んだ2006年のインディアナポリス・モーター・スピードウェイにおいて、予選9番手を獲得。決勝でも並み居る強豪に臆することなくバトルを繰り広げ、残り3周となる198周目、父マイケルを抜き去ってトップに立つ。そこから2周をリードしてルーキーウィンと父子1-2フィニッシュの大記録を目前にしたが、ファイナルラップで父ともどもサム・ホーニッシュJr.に抜かれ2位でレースを終えた。特にマルコは最後のターン4までトップに立っていながらチェッカー寸前でかわされ、フィニッシュでのホーニッシュとマルコの差は0.0635秒。インディ500史上2番目に小さいタイム差での決着であった。
AGR改めアンドレッティ・オートスポーツで引き続きドライブ。前年よりは復調し、何度か優勝争いに絡み、インディ500を含む3度の3位を獲得するも、優勝にはまたも手が届かなかった。ランキングは前年と同じ8位。
引き続きAGRをドライブ。しかしテキサス・モーター・スピードウェイで4位になったのが最高で、チームの中でただ1人表彰台にさえ上ることはなかった。ランキングは武藤を上回ったものの、8位にとどまる。
引き続きAGRをドライブ。開幕戦のホームステッド＝マイアミ・スピードウェイでいきなり予選4番手から2位フィニッシュしてキャリア2勝目を予感させる幸先のいいスタートを切る。その後も第6戦インディ500で3位入賞、第7戦ミルウォーキー・マイルでは自身初となるポールポジションを獲得するなど局面での速さは見せたが、しかしその反面第13戦エドモントンでチームメイトのダニカ・パトリックと接触事故を起こすなどアクシデントの多さも相変わらずで、17戦中リタイア7度を数えた。結局ラップリード330周を記録しながらこの年も勝利を挙げることはできず、396点でランキング7位、チーム内ではルーキーの武藤英紀こそ上回ったものの、トニー・カナーンやダニカの後塵を拝す結果となった。
前年に才能を見せつけ飛躍を期待されたが、突如としてドライビングから安定性が消え、全17戦のうち5戦連続を含む10回のDNFを記録する期待はずれのシーズンを過ごす。第8戦アイオワ・スピードウェイと第13戦ミシガン・インターナショナル・スピードウェイでこそ2位表彰台を獲得したものの、第15戦〜最終戦でも3連続リタイアを喫してシーズンを終えることとなり、結局350ポイントでランキング11位にとどまった。
オーストリア共和国では、オーストリア社会民主党の私的軍隊である「共和国防衛同盟軍」と政府の護国軍とが対立し、不安定な政情となっていた。オーストリアの議会制は事実上崩壊していた。隣国ドイツではナチスが急速に勢力を拡大し、オーストリア国内では大ドイツ主義にもとづきドイツに吸収されることを望む声が高まっていた。ドイツとの合邦を望む声が高まる一方で、君主主義的感情もまた増大しつつあり、オーストリアの地方自治体は当時ベルギーに住んでいたオットーに名誉市民の称号を授与し始めた。毎年「皇帝の自治体」という名のリストが新しく公表されるようになり、最終的にオットーを名誉市民とした地方自治体の数は1,603以上にも及んだ。ハプスブルク法の失効を求める署名運動が、25もの君主主義者の団体によって繰り広げられた。運動初期の代表的なものとして、チロル地方の農村アムパスの村長らによる覚書を次に例示する。いかなるオーストリアの国民も、オーストリアの法によって外国に引き渡されたり追放されたりすることは許されないし、私有財産を奪われることも許されない。法の前には全ての国民は平等とされている。（中略）オーストリアにおける正義は、ハプスブルクに対する特例法によって傷つけられ、法は枉げられた。（中略）我々は例外なくすべての人々のための正義を求める。我々はハプスブルク家のための正義も求める。この恥ずべき法律を廃止しない限り、オーストリアに正義は存在しない。我々はハプスブルク家の人々に対する特例法の廃止を要求する。 — 1931年12月7日、アムパス村参事会こうした情勢下で、1932年に首相となったエンゲルベルト・ドルフースは君主主義をナチズムの対極としてとらえ、オットーをオーストリア独立維持のキーマンであると見なした。1933年にヒトラー率いるナチスがドイツで政権を取ると、情勢はますます逼迫した。1934年、ドルフースは首相官邸を襲撃されてオーストリア・ナチスに殺害された。ドルフースに代わってオーストリア首相に就任したクルト・シュシュニックは、先任首相の誰よりもハプスブルク家の主張に同情的であり、その在任中は絶えずオットーと協議し、オットーを政府の仕事について十分な消息通とした。君主主義者であったシュシュニック首相は「ハプスブルク家の復位はオーストリアの国内問題である」と主張して、その問題に関するオーストリアの決定権を一貫して擁護した。1935年7月にはハプスブルク法が廃止され、皇室財産の多くがハプスブルク家のもとに戻った。こうしてオットーは、オーストリアにおいて最も裕福な者のひとりとなった。この時期、フランスの新聞各紙は「ハプスブルク家がオーストリアに戻ってくるのだろうか？」と問いかけている。しかしユーゴスラビア政府が「ハプスブルクの復位を防ぐためには宣戦布告も辞さない」と明言していたり、ヒトラーが猛烈な反ハプスブルク論者であったりして、君主制の復活はほとんど不可能な状況だった。数年前にはハプスブルク家の復位を支持していたイタリアですら、この時期には反対を表明していた。