党組織は、規約第4条に定める党員の資格を明白に失った党員、あるいは著しく反社会的な行為によって、党への信頼をそこなった党員は、調査・審査のうえで、除籍することができる（第11条）。除籍にあたっては、本人と協議することが原則だが、党組織の努力にもかかわらず協議が不可能な場合は、行わなくてもよいとされる。伊里一智は東京大学大学院在学時、日本共産党中央委員会議長を務めていた宮本顕治の辞任を要求したが志位和夫の働きによって第11条によって除名された。なお後述の「10条該当党員」になった者は、支部からの離党勧告に応じない場合、除籍措置を行うことがある。1994年（平成6年）の第20回党大会で規約が改正される前は、10条該当党員の整理は一律除籍となっていた。また1980年（昭和55年）以前は、活動に参加しなくなってから6ヶ月が経過した時点で協議なしに除籍することも可能だった。除籍は、基本的に一級上の指導機関の承認を受ける。なお、除籍された人が再入党を希望するときは、支部・地区委員会で審議し、都道府県委員会が決定する。ただし、中央委員会や党大会をもってしても覆せないこともある。除籍は単なる党員資格喪失者の党籍を抹消することであって、規律違反者を対象とした「処分」とは別の措置である。しかしながら除籍は、最も重い処分である「除名」と、党員を党から除くという点で同じ効果をもつ。また、除籍は規約と綱領を明白に否定する立場に立った党員も射程に入れることもあり、両者は混同されやすい。この問題は理論部門担当の副委員長浜野忠夫も指摘しており、実際に論文の中で両者を区別して使うように注意を促したことがある。「処分」の場合は、中央委員会および党大会にまで上訴することができる（後述）が、除籍の場合はそれが認められていない。中央委員会が党大会で決定するまでもないとの理由で事実上除名に準じる形の除籍措置を行った場合は、党大会で執行部側の提案により新たな決定をしなければ覆すことができない。
党籍長期継続者には「永年党員」（党歴30年以上）、「50年党員」（党歴50年以上）といった表彰制度がある。党歴の計算には、日本共産党に合流する前の沖縄人民党の在籍期間も通算するが、あくまでもこの間の党費を完納、なおかつ党の活動に参加し続けていることが前提となる。途中で党費の減免を受けていたり、10条該当党員となった期間がある者は、入党以来所定の期間を満たしても永年党員になれないことがある。著名な長期党歴者には、俳優の花沢徳衛（50年党員）、教育評論家・労働運動家の三上満（50年党員）らがいる。中央委員を20年以上務めた党員については、中央委員会から名誉役員に選出されることがある。また、都道府県委員会・地区委員会でも、名誉都道府県委員・名誉地区委員・顧問など、各組織が独自に名誉役員を選出することがある。
脳波で遠隔操作できるロボット＜サロゲート＞が開発された近未来。人々はサロゲートを分身として使役し、自身は家から一歩も出ずに社会生活を営むことが可能となった。生身より高い身体能力や自由に選べる容姿など、サロゲートには様々なメリットがあったが、最大の特長は安全性にあった。機体に何が起きてもオペレーター（操作者）には危害が及ばない、その絶対的な安全性能が人々に支持され、需要は急拡大。発表から14年後には普及率98％を達成し、開発元のVSI社は超巨大企業へと成長していた。ある夜、カップルのサロゲートが奇妙な武器を持つ男に襲われる事件が起きる。男の武器から電光が走ると、2体のサロゲートは回路を焼き切られ大破、接続していたオペレーターまでもが脳を破壊されて死に至った。サロゲートを介してオペレーターを殺傷できる武器が存在する。世間に知られれば大パニックを招きかねないこの事件は極秘扱いとされ、FBI捜査官のトム・グリアーとジェニファー・ピータースが密かに捜査を進めることとなった。被害者の１人はジャリッド・キャンター。サロゲートの開発者として名高いライオネル・キャンター博士の息子であった。事件当夜、ジャリッドは博士から借りたサロゲートを使用していたことから、犯人の本来の標的は博士であった可能性が高い。通常サロゲートは特定のオペレーターにしか使用できないが、生みの親たるキャンター博士ならば登録を自在に変更できる。それゆえに起きた誤認殺人であった。「私のせいで息子が死んだ…」グリアー達から事件を聞いた博士は、悲嘆に沈む。操作を進める中で、グリアー達は接続を強制遮断するソフトウェアなどが存在することも知る。サロゲートのシステムは、一般に信じられているほど完璧ではなかった。被害者のスティムチェア（接続装置）に残った映像記録から、容疑者の身元が判った。男の名はマイルズ・ストリックランド。彼は１ヶ月前に強盗容疑で逮捕され、すぐに釈放されるという奇妙な前歴があった。今回の件で特殊な武器を使用したことも考え合わせると、相当な力を持つ黒幕が背後にいることは間違いない。街頭カメラによってストリックランドを発見し、グリアーと警官隊が追跡を開始する。件の武器で数名の警官を殺傷した末、ストリックランドは＜独立区＞へ逃げ込む。そこは、サロゲートの使用を拒む少数派の人々が住む治外法権区域であった。協定に構わず区内に侵入し、ストリックランドを追い詰めるグリアーだったが、区民がその行く手を阻む。サロゲートを目の敵にする区民に銃撃され、グリアーの機体は大破。容疑者を取り逃がしてしまうのだった。治外法権区で騒動を起こしたうえ捜査用サロゲートを失ったとして、グリアーは上司から解任を言い渡された。だが一方的な解任命令に納得できないグリアーは、自らの足で独自に捜査を続行する。軍事用サロゲートの中に、あの事件と同じように回路を損傷した機体があることを知り、グリアーは陸軍のブレンドン大佐を訪問。自身の持つ捜査情報を取引に使い、武器の情報を引き出すことに成功する。武器の名は＜OD＞（オーバーロード・デバイス）といい、以前にVSI社と軍が開発していたものだという。本来は特殊なソフトウェアを入力してサロゲートを無力化するものだが、安全機構をも無効化してオペレーターを危険に晒すという副作用が発覚し、開発を中断・破棄されたはずであった。ストリックランドの手に渡った経緯は不明だが、どのみち放置はしておけない。大佐は自らOD奪還のための部隊を編成し、独立区へ踏み込むことを決めた。一方独立区では、区のリーダーである＜予言者＞ザイール・パウエルがストリックランドを尋問していた。パウエルはなぜか極秘扱いの事件を知っており、黒幕の正体や目的を白状するよう迫る。ストリックランドが何の情報も持たない末端要員だと判ると、パウエルはあっさりと彼を殺害。奪ったODを部下に運ばせ、ある人物に渡すよう命令する。その先では、サロゲートに関わる者すべての命を脅かす、恐るべき計画が動き始めていた。