今作では新たに放浪軍というシステムが設けられた。放浪軍は都市を持たない勢力のようなもので、客将として保護されていた劉備のような状態を再現している。放浪軍では君主は頭領、一般は同志という身分になる。頭領は在野が同志を募り成功するか、君主が領地を手放し放浪軍になるかでその身分となる（後者の場合、以前の領地を引き継ぐ武将が残れば両者は別の勢力として存続する）。一部シナリオでは初めから放浪軍が存在する場合もある。放浪軍は空白都市で旗揚げするか、隣接都市に攻め込み勝利すれば君主となる。現在滞在する都市を攻めることはできない。代わりに、他勢力は放浪軍に攻撃されない限り、放浪軍を攻撃することはできない。ただし、在野の状態では他に未発見（ゲームに登場しているが、まだ発見されていない状態）状態の在野武将を見つけられない仕様になっているため、ここから放浪軍を結成するのはかなり難しい。勢力に仕えている武将も同志に募ることはできるが、義兄弟（後述）でない限り、親愛が高く忠誠が低くなければなかなか成功しない。
イベントで結婚することもでき、結婚していることで起こるイベントや特技の伝授、さらにパワーアップキット版では子供の育成もすることができる。子供は成人後、プレイヤー武将として引き継ぐことができる。災害として、大雪、洪水、いなごがあり、その被害を受けた都市は実際にグラフィックが変化するといった特徴がある。また、賊も登場するが、黄巾賊だけは勢力自体が賊であるためか、支配都市には賊が登場することがない。ただし、この設定はシナリオ開始時に黄巾賊であった勢力のみが対象で、たとえば何進の跡を張角が継いでも賊が登場しなくなるということはない。また、同じく賊であるはずの区星や張燕などの勢力には普通に賊が登場する。
武将の身分は、前作の君主、太守、軍師、一般、在野の5つに加え、頭領、同志、軍団長（PS2、PSP版では都督）が増えた。ちなみに軍師は、前作では一つの勢力につき一人ずつだったのに対し、今作では一つの都市につき一人ずつ任命できるようになった。太守の軍師よりも君主の軍師の方ができることが多い。
前作に引き続き武将プレイである。そのため、ゲームオーバー条件は前回と基本的に変わらないが、後継候補として義兄弟が追加されている。なお、通常プレイでは350年になると強制的にバッドエンドを迎える。
学園朝日町、学園朝日元町一丁目、学園朝日元町二丁目の一部、学園北二丁目、学園南一〜三丁目、学園赤松町、学園北一丁目、学園新田町、鶴舞西町、鶴舞東町などが該当。戦後、西ノ京丘陵の近鉄奈良線沿線に帝塚山学園が開学され、学園前駅も開業した。前述の綾前池に続く形勝地であるため、以降大型団地が多数造成され急速に宅地化が進行、人口が激増した。学園南には、当地区やあやめ池、新設の地域などを管轄する西部出張所が設置されている。一部、隣接の旧富雄村にまたがっているが、これらの地域を新たに学園前という新たな地区として設置した。
父親譲りの目つきの鋭さのため、ヤンキーに見られてしまうことを気にしている高須竜児は、高校2年に進級し、以前から好意を寄せていた櫛枝実乃梨や、親友である北村祐作と同じクラスになることができた。一方で、新しいクラスメイトの間にはびこる「高須はヤンキー」という誤解を、また最初から解かねばならないことが憂鬱であったが、実乃梨の親友で誰彼かまわず噛み付く「手乗りタイガー」こと逢坂大河との出会いにより、意外に早くその誤解は解かれることとなる。ある放課後、大河は想い人の祐作にラブレターを出そうとするが、それを間違って竜児のカバンに入れてしまう。祐作へのラブレターを送ったことを知られたと思った大河は、深夜取り返すべく高須家に忍び込む。（高級マンションに住む大河の寝室の窓と高須家のベランダがほぼ同じ高さにあり、簡単に侵入できるのである） この夜のやりとりがきっかけで、竜児と大河は「お互いの恋を応援する共同戦線」を張ることになる。翌朝、大河に家に来るように電話で怒鳴られた竜児は大河のマンションに出かけていくが、大河は一人暮らしで部屋はひどく荒れており生活感がなかった。寝ている大河を見た竜児は「作り物の人形みたいで小さくてかわいい」と大河を意識してしまう。大河はなし崩しに高須家に入り浸るようになっていく。共同戦線を張った二人は、想いを寄せる相手にさまざまな手段で自分の気持ちを伝えようとするが、その手段がなぜか相手に伝わらなく、間接的にお互いのことを思い遣ることになってしまう。それが原因で、「二人は付き合っている」と周囲に誤解を生んだことを知った大河は責任を感じ、告白を決意、竜児との関係を白紙に戻そうとする。話を切り出された竜児は言葉を紡ぐことができなかった。祐作への告白の結果は「友人」関係になってしまう。これは祐作が生徒会長の狩野すみれを追い求めているためであった。しかも、1年前、祐作は大河に告白していたが、大河は祐作を一度振っているのだった。この祐作を救ったのが生徒会長の狩野すみれであり、1年の祐作に声をかけ生徒会の雑用で失恋を忘れさせてしまう。大河に、竜児は自分の気持ちを伝える。二人の関係を竜児は「虎と竜」に例え、並び立つために竜になり必ず大河の傍らに居続けるという。このときから竜児と大河は体面的な恋の協力関係から、実はお互いに必要な一人だと徐々にわかり始めるが、体面的な恋愛感にとらわれてお互いに深層心理の関係を認めない状態が続く。ストーリーは大きく分けて、出逢い、プール、夏休み、文化祭、クリスマス、スキー、バレンタインデーのエピソードから構成されていて、高校3年の新学期（アニメ版では卒業式）の日に大河が竜児の元に帰ってくるエピソードで終わりを迎える。