清張の没後、新たな『日本の黒い霧』批判が登場した。佐藤一は自著『松本清張の陰謀 「日本の黒い霧」に仕組まれたもの』（2006年）において、『日本の黒い霧』での清張の視点をほぼ全面的に否定した。佐藤は松川事件の元被告で無罪判決を勝ち取った人物であり、占領史の研究で実績を残した。特に下山事件の研究で知られ、「自殺説」を支持する立場から『下山事件全研究』（1976年）を書いている。佐藤からの批判の大要は、『日本の黒い霧』が謀略史観に基づいて書かれたために、その後の日本人の歴史感覚を狂わせたというものである。佐藤は前掲書において下山事件、松川事件、革命を売る男・伊藤律、追放とレッド・パージ、謀略朝鮮戦争、白鳥事件を取り上げ、これらの事件における松本の推理の誤りを説いた。同書の結びにあたる第7章「『日本の黒い霧』が隠蔽したもの」で佐藤は『日本の黒い霧』を「戦後史を辿る上の躓きの石」とたとえ、「過去にこだわりを持つ人たちだけではなく（中略）それより格段に多い人びとを、「黒い霧」という疑似空間に繋ぎとめ、正常な思考を麻痺させた」と自説を述べた。権田萬治は佐藤の自説に対して「一方的に「陰謀」というレッテルを貼って感情的に批判していることを非常に残念に思った」と記述した。権田は佐藤がなぜこのような批判を書くに至ったのかについて、「下山事件研究会」事務局長を務めていた時代の経験に基づく不満と、日本共産党が武力闘争主義を前面に出していた当時の問題を総括していない点に原因があると推定している。
子供たちがコーラスで自身の両親たちの素晴らしさを自慢する。社交ダンスに夢中のワームウッド夫人が病院を訪れるが、自分が妊娠9ヶ月であることに無関心である。その後夫人はマチルダという名の女の子を出産する。医師はこれまで見た子供の中でもマチルダが最も美しいと思うが、夫人は出場できなかった社交ダンスコンテストのことで頭がいっぱいである。中古車販売員でテレビ中毒の夫ワームウッドは男の子が欲しかったが、醜いと言って子供を退け、娘を受け入れられない("Miracle")。5年後、マチルダ・ワームウッドは熱心な読書家となったが、両親と兄マイケルと暮らしていることが不幸に感じる。ワームウッド夫妻はマチルダの才能に無関心で、しばしば マチルダを馬鹿にし、言葉で虐待する。父はロシアの実業家に150台の中古車を売ろうとしており、客をいかに騙して欠陥車を売りつけるか自慢し、マチルダはそれが不正であると訴える。マチルダは自室に戻り、膨大な本の中から選んで読書を始める。マチルダは本の中の物語から着想を得て、復讐として母の過酸化水素を父のヘア・オイルに混入させ、父の髪は明るい緑色になる("Naughty")。地元の図書館にてマチルダはミス・ハニーと出会う。マチルダは書士のミセス・フェルプスに、子供に恵まれない世界で有名なアクロバットと脱出術師のカップルについての物語を語る。2人は悲しみを紛らわせるため、国際的メディアにエキサイティングで危険な演技を披露すると発表する。ミセス・フェルプスは その後どうなるのか尋ねるが、マチルダはその後の話はまだ作っておらず、また話に来ると語る。翌日、マチルダは学校に初登校する。年長の生徒は学校は楽しくなく、監獄のようだと話す("School Song")。ミス・ハニーが担任として登場し、すぐにマチルダの大人びた行動や才能に感銘を受ける。ミス・ハニーは校長にマチルダの飛び級を提案する決心をする。しかしミス・ハニーは校長室の前で怯える("Pathetic")。入室すると、子供嫌いで厳格でオリンピックのハンマー投チャンピオンのトランチブル校長はミス・ハニーの提案を却下し、規則に沿うことが重要だと説教する("The Hammer")。マチルダの自宅では父がロシアの富裕層への使い古しの車の売却に失敗してイライラしている。父はイライラをマチルダにぶつけ、マチルダが借りてきた図書館の本を壊し("Naughty (リプライズ)")、マチルダは復讐で父の帽子に接着剤を塗る。マチルダは学校で同級生のラヴェンダーと友達になり、トランチブル校長が反抗的な子供を内側に棘の並ぶ小さな食器棚に何時間も閉じ込める「チョーキー」など残酷な罰を行なうことを知る("The Chokey Chant")。トランチブル校長の椅子に糖蜜をこぼした罪を責められ、ナイジェルは他の子供たちから後ろに校長が立っていると警告される。その様子を見ていたマチルダは不公平だとしてナイジェルを救出する決心をする。トランチブル校長の足音が聞こえ、マチルダはナイジェルに上着を掛けて隠そうと他の子供たちに語る。トランチブル校長がマチルダにナイジェルの居所を尋ねる。マチルダはナイジェルはナルコレプシーで眠ってしまったため上着をかけてやったと語り、ここで1時間以上寝ているため椅子に近付くことはできなかったと語る。トランチブル校長はこれを信じ、怒りの矛先を他の生徒のアマンダに向け、おさげを掴んで振り回し、ハンマー投げの要領でグランドの向こうに飛ばす。ミス・ ハニーはマチルダを上級クラスへ進級させることを提案するため家庭訪問をすることを決める。ミス・ハニーはマチルダの母とダンス・パートナーのルドルフォに会う。ミス・ハニーはマチルダの母が娘の知性に無関心であることを知る。マチルダの母はミス・ハニーとマチルダが本や勉強に夢中になっていることをあざ笑う("Loud")。マチルダの家を出て、ミス・ハニーはマチルダを助けられなかったことに絶望し、非力を感じる("This Little Girl")。マチルダは図書館に戻り、ミセス・フェルプスにカップルの話の続きをする。子供を怖がらせることが好きなハンマー投げの元世界チャンピオンのアクロバットの姉妹はカップルの公演を設定する。脱出術師はアクロバットが娘を身籠ったため公演を中止すると発表する。観客は沸き立つが、アクロバットの姉妹は観客への払い戻し金が発生するため激怒する。アクロバットの姉妹は公演をしなければ契約違反で刑務所行きと迫る。その後の話はまだ作っておらず、マチルダはミセス・フェルプスにまた話しに来ると語る。学校でマチルダの同級生のブルース・ボグトロッターがトランチブル校長の個人所有のチョコレートケーキをつまみ食いする。トランチブル校長はブルースに同級生が見ている前でホールケーキを完食させる罰を課す。ミス・ハニーと同級生全員がブルースを励ます("Bruce")。ブルースは完食し、同級生はブルースの成功を祝福するが、トランチブル校長はブルースを引き摺りチョーキーに入れさせる。マチルダは「そんなのおかしい」と叫ぶ。