航空自衛隊においては1970年代以降、航空機に正式な愛称をつける習慣を持っておらず、F-2は単に「エフに」や「エフツー」と呼ばれる。しかし非公式に「バイパーゼロ (VIPER ZERO)」と呼ばれることがある。「バイパー」はF-2のベースとなったF-16の非公式の愛称で、「ゼロ」は量産機が納入された2000年から取った「ゼロ」（自衛隊装備品の制式名は制式化年の下2桁を取って「○○式」の名称が与えられるが、航空機は制式化されないため、F-2 に「〇〇式」方式の名称は与えられていない。さらに自衛隊では西暦2000年制式の装備品には「00式」（00の呼称は「マルマル」）の名称を使用している）と、最も有名な日本製戦闘機である零戦の「ゼロ」とを掛けたものだと言われている。ここから航空雑誌等ではF-2を指して「平成の零戦」といった呼び方もされることがある。
塗装は、量産機では「洋上迷彩」が施されている。これは同じ航空自衛隊のF-15J/DJや米空軍のF-16で採用されている灰色の濃淡を参考とし、機体上面と側面には青の濃淡の迷彩を施し、機体下面には空と交じり合う明るい青一色という配色を施す迷彩パターンである。ロシアなどの洋上迷彩は、地上では大変目立つ色合いであることもあるが、日本で採用されてる物の場合、渓谷など濃い緑色の土地にも効果があると思われる。洋上や空中では大変識別しにくいため、支援戦闘機の主任務である対艦攻撃の際にはかなりの効果を挙げると考えられている。日本以外の国では必要性が薄いことから非常に珍しい塗装でもある。量産機に対して試作型4機（XF-2A/B各2機ずつ）には、それぞれ1機ずつ異なるカラーリングの塗装を施されている。XF-2の1号機が白地をベースに赤、2号機 (#502) が白地をベースに青と橙、3号機 (#101) は色は白地をベースに赤と青だが、スピン試験用機であるために機体の上下左右でそれぞれ異なる配色とされ、4号機 (#102) は上面が青（ただし洋上迷彩の青とは異なる）・下面が白となっており、いずれの機体も量産機に対して明るく鋭敏な印象を与えるカラーリングとなっている。
航空自衛隊では支援戦闘機として対艦攻撃任務を念頭に置き『空対艦ミサイルを最大4基搭載』という要求を行ったため、単発戦闘機としてはかなりの搭載量を有する。搭載ステーションとして翼端に各1箇所（空対空ミサイル用）、翼下に6箇所、胴体下面に1箇所の9ヵ所のハードポイントを設定している。兵装のサイズや重量の影響で実際に同時使用可能な翼下ハードポイント数は片側3-4箇所までだが、空自の要望である空対艦ミサイル4基はクリアしている。また誘導爆弾やミサイルにより翼下ハードポイントが埋まった状態でも増槽と自衛用の空対空ミサイルを搭載できるため、護衛の随伴を必要とせず柔軟な運用が可能となった。支援戦闘機（攻撃機）として設計されているが機動性が良好で、固定武装としてF-15Jと同じくJM61A1 20mmバルカン砲を1門搭載しているため、格闘戦も可能である。後にFLIRポッド（J/AAQ-2）や照準ポッド（AN/AAQ-33）などにも対応した。
エンジンはF110-GE-129 ターボファンエンジン（クリーン時約75.62kN/アフターバーナー時約131.23kN）をIHIでライセンス生産して搭載している。F-16ではEPUの燃料に70%のヒドラジン水溶液を使用しているため、取り扱いに細心の注意が必要だったが、F-2ではジェット燃料を使う物が採用され、対応機材が不用となり整備員の負担軽減に繋がっている。
前述の著作の内容のうち、中華民国の奉天軍閥の首魁張作霖殺害はソ連特務機関が実行したとする張作霖爆殺事件ソ連特務機関犯行説がユン・チアン『マオ 誰も知らなかった毛沢東』で簡単に触れられていたことから日本でも知られるようになり、2006年2月28日の産経新聞朝刊と正論2006年4月号で紹介された。この説は『マオ 誰も知らなかった毛沢東』日本語版では、「旧ソ連共産党や特務機関に保管されたこれまで未公開の秘密文書から判明した事実」として紹介されているが、産経新聞記者内藤泰明（モスクワ支局長）がプロホロフにインタビューしたところ、既出の文献を総合して書いたもので、「旧ソ連共産党や特務機関に保管されたこれまで未公開の秘密文書を根拠としているわけではない」と話したという（『正論』2006年4月号）。このコミンテルン陰謀説を肯定する中西輝政や田母神俊雄は、このプロホロフの説を根拠に関東軍の関与を否定する発言をしている。また前述のように来日したが、対談の中で中西が根拠にした一部の説について知らないと発言したが、実行犯について「日本軍に属していたソ連側エージェントが、指令を受け爆弾を仕掛けた」と改めて主張していた。2013年現在、この説が歴史学の専門誌である『史学雑誌』『歴史学研究』では採り上げられたことはなく、文部科学省検定済学校教科書でも、この説について記述したものはない。2009年12月に行われた、プロホロフと元谷外志雄代表との対談で、元谷は張作霖爆殺事件ソ連特務機関犯行説の日本語版出版を要請し、プロホロフも前向きなコメントをしていた。