敗戦はライネにとって高くついた。200人ではなく600人の兵士が市に宿営した。市の財政から軍に毎週400ターラーを支払った。文献により、17世紀当時のこの地域の農民の週給は約1ターラーであったと推定されている。住民たちは飢えと、さらにはペストや赤痢の流行に苦しめられた。同じ年、1623年8月13日から19日まで、ティリー伯の軍隊がライネおよびその周辺地域で休息をとった。「すべての土地が吞み尽くされ、すべての穀物が食い尽くされ、すべての家畜がつぶされた」とある史料に書かれている。惨状は甚だしく、「垣根の柱も無傷で残ったものはなかった」という。
司教の命令の他に、司教領の諸都市にアンホルト軍の宿営を指示するカトリック教会の指示書も発行されていた。しかしこの指示書もライネ市民の意思を変えさせることはなかった。このためアンホルト伯はついにライネ市および司教領のその他の都市に対して軍事的侵攻を行った。1623年2月20日にライネ市の包囲戦が始まった。夜間に8門の砲から併せて145発の弾丸が市に撃ち込まれ、包囲軍は市の壕にまで進軍してきた。同時代の史料は市の防衛に際しての市民の勇気を褒め称えている。「高級官僚が自ら中を携えて出撃した」と書かれているが、市民の抵抗は無益であった。夜中の3時頃、市は包囲軍に降伏し、慈悲を乞うた。
1609年に八十年戦争当事国のスペインとオランダとの間で当初12年と期限を区切った暫定的な平和条約が締結されたことで、市民はつかの間の平安を許されたが、1618年に三十年戦争が勃発したこととその経過は、その後数世紀のこの街の運命を決定づけた。
1609年にやっとスペインとオランダとの間で12年間の休戦が締結され、ライネやミュンスター司教区は一息つくことができた。しかしこの平和の時代は短い間しか続かなかった。1618年には三十年戦争が始まり、この街に改めて貧困と惨状がもたらされた。
三十年戦争に伴う戦闘的な宗教対立が始まり、ライネでは1623年に遂に対抗宗教改革が敢行された。市議会はカトリックの皇帝軍の宿営に抵抗した。ティリー伯による短い包囲戦の後、プロテスタント指導層全員が追放され、皇帝軍により役人が任命された。
ミュンスター司教ヨハン・フォン・ホーヤは1571年に詳細な教会巡視を命令し、1573年にはライネもその対象に含まれた。この街の巡視では特に2つの弊害が記述されている: プロテスタントの教義の侵入と聖職者の「風紀紊乱」である。ライネで告発された状態は、特に牧師アルノルト・トム・ドレッケという人物のことを述べている。この人物は公然と同棲生活を送り、多くの子供をもうけ、息子のヘルマン・トム・ドレッケに遺産としてライネ教区を遺そうとした。ライネで大変人気の有名なこの聖職者は、市議会やヘルフォルト女子修道院長から強い支援を得ていた。ヘルマン・トム・ドレッケは1595年に父親の教区を手に入れた。
1327年に最初の都市防衛施設が完成した後、ティーは市壁の外にあり、自前の防衛施設を持たず、ライネ市とは対照的に完全に農業の村落であった。ティーがライネ市に編入されたのにはおそらく多くの理由があった。重要な理由の一つが、1457年のシュタインフルトの襲撃が成功したことが証明しているように、農村ティーによってライネの都市防衛施設が著しく弱体化されていたことであった。攻撃はティーで行われ、市壁のすぐ外側に建物があることが防衛側から攻撃者接近の早期発見を妨げ、市壁の防衛側からの攻撃に対する優れた遮蔽物となったのであった。早ければ1463年、遅くとも1490年に、ティーは拡張された市防衛施設の内部に取り込まれたことが、文献によって証明されている。ティーは一定の独立を保ち、市内にあっても現代まで伝統を保持している。
鷹狩り場の施設と、数百メートル上流の初代市教会の建物によって、この集落には歴史上古くから2つの中心があった。教会およびその後に造られたマルクト広場の周辺には、後世ライネ市の中心となる建物が建設された。しかし、鷹狩り場のすぐ近くには第2の、村落風の集落があり、1362年に初めて "ty" として記録された。別表記の "Thie"　は、ヴェストファーレンでしばしば見られる農場名で、早くもザクセン時代から村の広場や裁判所として伝えられているが、共同の農場、牧草地、森林についても用いられた。
1451年半ばにホーヤ伯ヨハンとクレーヴェ公ヨハン1世は同盟し、対抗司教のエーリヒ・フォン・ホーヤに司教区における公式な主権を与えるため、新司教ヴァルラム・フォン・モールスとケルン大司教に対して宣戦布告した。ヨハン伯とヨハン公は常に優位であったが、戦闘での勝利や都市の占領にもかかわらず、決定的な勝利を手にすることはできなかった。このシュティフツフェーデはヴェストファーレン北部全域を重大な巻き添えにした。
2015年（平成27年）1月に起こったISILによる日本人拘束事件について、民主党執行部が「政争の具にすべきではない」として当面は政府に協力する考えを取っていた中、自身のメールマガジンで、安倍首相が事件前の1月17日に行った中東政策スピーチにおける「ISILと戦う国々に対して2億ドル支援する」という発言を問題視し、「首相の発言が原因で人質事件が起こったのであれば、発言は慎重であるべきだ」と言及した。また、このISIL対策の金銭支援に関して「その後この資金の目的を難民支援のためだと言い換えていた」とも記しており、人質の身代金要求動画公開後に首相が発言を言い換えたとしているが、実際の発言内容は「イラク、シリアの難民・避難民支援、トルコ、レバノンへの支援をするのは、ISILがもたらす脅威を少しでも食い止めるため」と、難民支援について最初から言及しており、首相が「言い換えた」事実はない、と産経新聞は報道している。