シンジの作った味噌汁のおいしさにちょっとした感動を覚え、自分のためにお弁当を作ってくれたことから、シンジのために料理を練習し、シンジとゲンドウの距離を縮めるために関係者を招き食事会を開くことを企画する。朝、教室に入る時に「おはよう」と挨拶したり、アスカとのエレベーターの会話はよりアスカを気遣うものに変化し、アスカのビンタも受け止める。またその際にシンジのことをどう思ってるのか聞かれ、「碇くんと一緒にいるとぽかぽかする」と好意感情を口にする。そして3号機の起動実験のテストパイロットを代わってくれたアスカへ「ありがとう」と電話をするなど、シンジのみならず他の者に対してもアニメ・旧劇版より感情を発露するようになっている。記憶を保存する作業をしている際、首輪にREI-02と書かれている事から、原作と同じく2人目のレイである事が判明している。また、EVAに搭乗することを拒否したシンジがNERVを去る際にゴミ箱に捨てたS-DATを、ゲンドウの眼鏡の代わりに零号機のコクピットに持参し、「碇くんがもう二度とエヴァに乗らなくてもいいようにする」という決意で第10の使徒との戦いに臨むなど、彼女にとってシンジが大切な存在になっていることがより明確に描写される。旧世紀版と同様、N²兵器を使い第10の使徒を特攻の形で殲滅しようとした際には、起爆の直前、援護してくれた2号機と搭乗者（マリ）が爆発に巻き込まれることを避けるため、「ありがとう」の言葉と共に後方へ払い飛ばした。その後、第10の使徒に零号機ごと捕食され取り込まれてしまうが、「綾波を助けたい」というシンジの強い願いから、初号機のコアにサルベージされる。この一連の出来事が初号機の覚醒を促すこととなった。
彼女の登場シーン、および性格や人格には旧世紀版から特に変更は見られない。ただしゲンドウと冬月の会話において、レイとシンジとの邂逅自体が仕組まれたものであったことが示唆されている。またシンジ同様に、旧世紀版における呼称「第1適格者(ファーストチルドレン)」は用いられず、「第1の少女」と呼ばれている。ヤシマ作戦において、零号機の暴走事故の際に落としたゲンドウの眼鏡をケースに入れて携帯している描写が見られる。
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』（漫画：林ふみの）では、最終回の碇シンジの補完世界の可能性において登場した転校生の綾波レイ（リナレイ）のキャラクター性が基本となっている。出生の経緯が謎に包まれているなど、背景は原作と同様の設定ではあるものの、感情表現も豊かで明るく活発な性格。『新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画』（漫画：高橋脩）では鋼鉄2ndより大人しく、原作アニメより社交性が高いキャラクターとなっている。この作品ではアスカとはシンジを巡って三角関係だが、原作に比べて仲は比較的良好である。『新世紀エヴァンゲリオン 学園堕天録』（漫画：眠民）では原作に近いキャラクターとなっている。また、多少の天然キャラを思わせる性格も見え隠れしている。
古い集合団地（『新劇場版：序』では「第3新東京市市営住宅第22番建設職員用団地6号棟」）の402号室に独り住まい。部屋は打放しコンクリート柄の壁紙が貼られた殺風景なもの。カーテンは昼間から閉め切られ、僅かに光が差し込む程度になっている。自室には生活用品も家電製品も必要最低限のものしか置かれておらず、装飾品や調度品の類は一切存在していない。唯一、零号機の起動実験時に割れてしまったゲンドウのメガネを所持・保管している。私服なども着用している場面はなく、多くの場合、学校の制服で活動していた。肉が嫌いであり、一度ラーメンを食べに行った際には、ニンニクラーメンチャーシュー抜きを注文していた。自身が趣味として認識しているかは不明だが、ドイツ語で書かれた遺伝子工学の原書を読んでるなど、読書をしている姿が度々描かれている。
前橋育英高校が優勝し、柏レイソルU-18が2位、市立船橋高校が3位となった。この3チームがプレミアリーグ参入戦に出場し、柏レイソルU-18と市立船橋高校が昇格した。前橋育英高校は第16節までに2位以下に勝点差6をつけており、第17節の山梨学院大学附属高校戦で引き分けたことで優勝を決定した。柏レイソルU-18は第11節で最下位だった山梨学院大学附属高校に敗れて首位を陥落する と、続けて前橋育英高と市立船橋高校にも敗れるなど、苦戦が続いた。だが、第17節の浦和レッズユース戦で後半アディショナルタイムの決勝ゴールにより4-3で勝利したことにより、参入戦出場を決めた。柏レイソルU-18からは、中谷進之介がトップチームに昇格した。白井永地は、水戸ホーリーホックに入団した。市立船橋高校は、第17節終了時点で3位の大宮アルディージャとは勝点差1の4位につけており、第18節の横浜FC戦で4-0で勝ったことにより逆転で3位となってプレミアリーグ参入戦出場を決めた。市立船橋高校からは、磐瀬剛と石田雅俊が京都サンガに入団した。柴戸海は明治大学に進学し、2018年に浦和レッズに入団した。大宮アルディージャユースは、第18節で前橋育英高校に敗れて4位となり、プレミアリーグ参入戦への出場はならなかった。大宮アルディージャユースからは、大山啓輔がトップチームに昇格した。山崎浩介は明治大学に進学し、2018年に愛媛FCに入団した。5位のFC東京U-18からは、矢島輝一が中央大学学友会サッカー部に進学し、2018年にFC東京に入団した。6位の横浜F・マリノスユースからは、汰木康也がモンテディオ山形に入団した。7位の山梨学院大学附属高校からは、毛利駿也が順天堂大学進学後にツエーゲン金沢へ、山口一真が阪南大学進学後に鹿島アントラーズへ、それぞれ2018年に入団した。8位の浦和レッズユースからは、関根貴大と広瀬陸斗がトップチームに昇格した。9位の横浜FCユースからは、高丘陽平と石井圭太がトップチームに昇格した。降格チーム数は、プレミアリーグとの間で桐光学園高校1チームが降格する一方で柏レイソルU-18と市立船橋高校の2チームが昇格したため、プリンスリーグ関東への昇格チーム数3よりも1少ない2となった。その結果、9位の横浜FCユースと10位の八千代高校が県リーグに降格した。