ギガントマキアーでゼウスたちを懲らしめられなかったガイアは、タルタロスと交わり、ギリシア神話史上最大にして最強の怪物テューポーンを生み出してオリュンポスを攻撃させた。テューポーンは頭が星々とぶつかってしまうほどの巨体を有しており、両腕を伸ばせば東西の世界の果てにも辿り着いた。神々と同じく不老不死で、肩からは百の蛇の頭が生え、炎を放つ目を持ち、腿から上は人間と同じだが、腿から下は巨大な毒蛇がとぐろを巻いた形をしていた。テューポーンは世界を大炎上させ、天空に突進して宇宙中も暴れ回った。これには神々も驚き、動物に姿を変えてエジプトの方へと逃げてしまった。しかし、ゼウスただ一人だけがその場に踏み止まり、究極の怪物にして怪物の王テューポーンとの壮絶な一騎討ちが始まった。ゼウスは雷霆とアダマスの鎌でテューポーンを猛攻撃し、テューポーンは万物を燃やし尽くす炎弾と噴流でそれを押し返した。この決戦は天上の宇宙で繰り広げられ、これによって全秩序は混沌と化し、全宇宙は焼き尽くされて崩壊した。両者の実力は拮抗していたが、接近戦に持ち込んだゼウスがテューポーンの怪力に敗れ、そのとぐろによって締め上げられてしまう。テューポーンはゼウスの雷霆とアダマスの鎌を取り上げ、手足の腱を切り落とし、デルポイ近くのコーリュキオンと呼ばれる洞窟へ閉じ込めた。そしてテューポーンはゼウスの腱を熊の皮に隠し、番人として半獣の竜女デルピュネーを置き、自分は傷の治療のために母ガイアの元へ向かった。ゼウスが囚われたことを知ったヘルメースとパーンはゼウスの救出に向かい、デルピュネーを騙して手足の腱を盗み出し、ゼウスを治療した。力を取り戻したゼウスは再びテューポーンと壮絶な戦いを繰り広げ、深手を負わせて追い詰める。テューポーンはゼウスに勝つために運命の女神モイラたちを脅し、どんな願いも叶うという「勝利の果実」を手に入れたが、その実を食べた途端、テューポーンは力を失ってしまった。実は女神たちがテューポーンに与えたのは、決して望みが叶うことはないという「無常の果実」だったのである。敗走を続けたテューポーンは悪あがきとして全山脈をゼウスに投げつけようとしたが、雷霆によって簡単に弾き返され、逆に全山脈の下敷きになってしまう。最後はシケリア島まで追い詰められ、エトナ火山を叩き付けられ（シケリア島そのものを叩き付けたとする説もある）、その下に封印された。以来、テューポーンがエトナ山の重圧を逃れようともがくたび、噴火が起こるという。こうしてゼウスはテューポーンとの死闘に勝利し、もはや彼の王権に抗うものは現れなかった。また、神統記によれば、ゼウスはテューポーンと全宇宙を揺るがす激闘の末に、雷霆の一撃によって世界を尽く溶解させて、そのままテューポーンをタルタロスへと放り込んだのだという。
マームド・シャーはムラカ（マラッカ）南方のムアルに逃れてマラッカ王国の再起をはかったが失敗し、さらにパハンやビンタン島に移って体勢を立て直し、数度にわたってムラカ奪回を試みたが失敗した。マームド・シャーの子息アラウッディン・リアヤト・シャーは、マラッカ王室の分流であったパハン王家の協力を得てマレー半島南部のジョホールにジョホール王国を建て、港市国家を再興した。ジョホール王国では、1612年に「ブンダハラ」と称される世襲の宰相によって、マラッカ王国の盛衰を記した歴史書『スジャラ・ムラユ』が整えられている。ジョホール王国の王（スルタン）は、交易従事者が必要とするすべての施設を提供した。17世紀後半に黄金時代をむかえたジョホールは、スマトラ島の胡椒や金、マレー半島の錫を主な交易品として、外来商人たちを引きつけ、ジョホール王国自身もインド綿布を購入するため、オランダ公認の下でインド東部のベンガル地方や南東部のコロマンデル海岸に船舶を派遣し、さらには中国の南シナ海沿岸に船舶を派遣して交易の振興に努めた。また、香辛料を輸入するため、さかんにマカッサル王国とも交易をおこなった。こうした努力により、中国南部や台湾からの商人、ヴェトナム・カンボジア・シャムの商人、また、アラブ人、インド人の商人がジョホールの王都に多数逗留し、さらにポルトガル人、イギリス人、デンマーク人らも寄港した。17世紀後半、ジョホールは東西の中継貿易港として、オランダ領マラッカをしのぐ繁栄をきずいている。一方、スンダ海峡に臨むジャワ島西部の港市バンテンは16世紀から18世紀にかけて栄えた港市で、イスラーム政権バンテン王国の王都として最盛期には10万人前後の人口を擁していたといわれている。文献資料による従来の研究では、バンテンがオランダに屈服した1683年以降は衰退期とみなされてきたが、遺跡から出土する陶磁器片の量は18世紀代のものが圧倒的に多いことが確認されており、遺物の詳細な検討により、この時期のバンテンが、東の華人によるジャンク船の交易ネットワークと西のインド洋イスラーム交易ネットワークの結節点という役割をにない、中国産ないし日本の肥前産の陶磁器の再輸出センターとして繁栄していたことが判明した。現在、今まで蓄積された詳細かつ精緻な陶磁器研究の成果を活用した考古学的研究法が採用されることによって、港市国家の内実や東西交易ネットワーク全体の構造や動態がいっそう明らかになりつつある。15世紀末に建てられたスマトラ島北部のアチェ王国は、マラッカ陥落後も胡椒と錫の貿易で繁栄した。全盛期は17世紀の前半で、ポルトガル勢力およびジョホール王国とのあいだに「三角戦争」と呼ばれる三者抗争を戦い、オスマン帝国のスレイマン1世の支援を取り付けたことで、一時、両者に対し優位に立った。オランダとジョホールの連合によりマラッカよりポルトガル勢力を駆逐したのちは、両者と友好的な関係を築いたが、1871年、オランダ東インド政庁が1871年のスマトラ条約によってイギリスの干渉を排除すると、1873年、マラッカ海峡の安全確保を名目にアチェ王国の保護領化を企図して王国への侵攻を開始した。これがアチェ戦争であるが、アチェの人々の頑強な抵抗により、この戦争は長期化し、オランダ軍がスマトラ全土を制圧してインドネシア全体の植民化（オランダ領東インド）が完成したのは1912年のことであった。スラウェシ島（セレベス島）の港市マカッサル（ウジュン・バンダン）は、西のジャワ島やマレー半島と東のモルッカ諸島を結ぶ中継貿易港として、また、マカッサル王国（ゴワ＝タッロ王国）の王都として繁栄した。香料産地モルッカ諸島を後背地とするマカッサルは、16世紀における東南アジア島嶼部最大の都市であったといわれる。中小の港市を帰属させたマカッサルの王は、すべての来訪者が商売を行う権利を保障して自由貿易政策を維持した。戦略上の要地であったため、近世にはポルトガル、イギリス、オランダの侵入を受けた。しかし、そのなかでオランダが専売会社を設立する試みをいったんは阻止している。王国の最盛期は17世紀前半から中葉にかけてであり、17世紀後半にはオランダ領となった。なお、スラウェシ島全体がオランダ領東インドに帰属したのは1905年のことであった。