海上交通の要衝である国際海峡においては、伝統的に通常の領海におけるよりも緩和された通航が認められる「強化された無害通航」の制度が認められてきた。1958年の領海条約第16条第4項では、沿岸国は国際海峡における無害通航を停止することが認められず、平時には海峡の閉鎖などが禁止された（国際海峡でない領海においては領海条約第16条第3項により一定の条件下で停止権が認められる。#沿岸国の規制権も参照）。こうした国際海峡の非閉鎖性は、1894年の万国国際法学会の領海の定義と地位に関する決議や1930年のハーグ国際法法典化会議準備委員会の報告書においてもすでに定められていた。また1947年のコルフ海峡事件も認めたように、軍艦の通行も認められた。1982年の国連海洋法条約により領海の幅が12カイリまでとされたことにともない、多くの国際海峡がいずれかの国の領海とされることとなった。しかし1973年から始められた第三次国連海洋法会議においては、大きな海軍力を持つアメリカとソ連がこうした従来の「強化された無害通航」に否定的で、国際海峡においては公海なみの航行自由を認めるべきであると主張した。こうした主張に対してスペイン、モロッコ、インドネシアといった海峡を有する国々は反発し、国際海峡において厳格な無害通航制度の適用を主張した。この対立に対する打開策としてイギリスは通過通航制度を提唱した。通過通航制度とは、「継続的かつ迅速な通過の目的のみのための航行及び上空飛行の自由」と定義され、無害性が通航の直接の基準とはされず、軍用機を含め上空飛行が認められたことが無害通航との違いである。1982年の国連海洋法条約ではこの通過通航制度が定められ（第38条第2項）、それまでの「強化された無害通航」の制度が改められることとなった。
沿岸国は航行の安全、資源保護、汚染防止、関税・出入国管理のために必要な法令を制定することができ、安全確保に必要なときは航路帯や分離通航方式を採用することができるが、外国船舶に国際基準を上回る重い規制を課すことはできず、一方的に基準を超える厳しい基準を課せば部外通行を阻害することとなり国家責任を追及されることとなる（国連海洋法条約第21条、第22条）。内水に出入りせずに領海を通行する外国船舶が沿岸国の法令違反となる行為をした場合には一定の強制措置を実施する権限が沿岸国に認められるが、前述の国連海洋法条約第19条に規定される無害ではない通航に該当する場合を除き、通行権そのものを否定したり通航を阻害する結果となってはならない（国連海洋法条約第24条第2項）。無害ではない通航に該当する場合には、その通航を防止するために必要な措置をとることができ、軍事的安全保護のために不可欠な場合には特定海域において外国船舶の無害通航を一時停止することができる（国連海洋法条約第25条）。無害通航中の船舶内で起きた犯罪行為に対しては基本的に船舶の旗国が裁判管轄権を有するが、密輸、不法入国、汚染、安全保障に関する法令違反など、犯罪の結果が沿岸国に及ぶ場合、犯罪が沿岸国の平和、領海の秩序を乱すものである場合、船舶の船長や旗国の外交官・領事官から沿岸国に援助要請があった場合、麻薬・向精神薬不法取引の抑圧に必要な場合、これらの場合に限り沿岸国は捜査や逮捕などの刑事管轄権を行使することができる。ただしその場合にも沿岸国は犯罪の重大性と運航阻害の危険とをくらべ航行の利益に妥当な考慮を払わなければならない（国連海洋法条約第27条）。
国連海洋法条約第20条において、潜水船その他の水中航行機器は、沿岸国の領海を航行する場合、海面に浮上し所属を示す旗（軍艦旗、国旗）を掲揚すれば無害通航権を行使できる。
ETAは2006年中頃にバスク紛争の停戦を宣言し、ETAの関連政党であるバタスナ、ETA、バスク州政府、スペイン政府の間で対話が開始された。しかし、12月30日にはETAが2006年マドリード＝バラハス空港爆弾事件を実行して休戦を破ったため、スペイン政府らとの和平交渉は打ち切られていた。2007年6月、ETAは正式に休戦の終了を宣言し、スペイン各地での攻撃を再開した。スペイン警察やフランス警察によって数十人のメンバーが逮捕されたが、組織が攻撃を実行する能力を失うことはなかった。2009年5月にはバスク民族主義党(PNV)のフアン・ホセ・イバレチェに代わってバスク社会党(PSE-EE)のパチ・ロペスがバスク州首相（レンダカリ）に就任し、1979年の自治州成立後初めて、バスク民族主義者ではない首相が誕生した。6月19日、ETAはビスカヤ県ビルバオ近郊のアリゴリアガで、車の下部に設置した爆弾でエドゥアルド・プエリェス・ガルシア警部を殺害した。7月9日にはビスカヤ県ドゥランゴにある社会労働党の支部で強力な爆弾を爆発させたが、負傷者はいなかった。2009年7月末、ETAが「夏のキャンペーン」を準備していると報じられ、スペイン警察は組織がすでに爆弾を仕掛けたとされるバン数台を捜索した。7月29日には2009年ブルゴス爆弾事件が起こった。カスティーリャ・イ・レオン州ブルゴス県ブルゴスの治安警察の兵舎前に駐車された、300kgの爆発物を乗せたバンが爆発し、幸いにも死者は出なかったが、女性や子供を含む65人が負傷した。ETAの攻撃によって1人以上の死者が出たのは、2007年以降ではパルマノバの爆弾事件が初めてだった。2007年12月2日、フランス領バスクのアキテーヌ地域圏ランド県カップブルトンで、潜入捜査中の2人のスペイン人治安警察官が射殺された。バレアレス諸島州はETAが標的とすることの少ない地域であり、ETAがマヨルカ島で殺人事件を起こしたのは、この攻撃が初めてだった。死者が出なかった攻撃はいくつかあり、1977年8月18日には海岸沿いの遊歩道に爆弾が仕掛けられたが不発だった。1991年7月31日にはパルマ・デ・マヨルカで2つの爆弾が爆発して2人が負傷し、その2か月後には、パルマ・デ・マヨルカの中心的なビーチで自動車爆弾が爆発している。1995年夏にはスペイン国王フアン・カルロス1世を殺害しようとしたが、スペイン当局は爆発前に爆弾を解体した。組織は2005年に再びマヨルカ島でフアン・カルロス1世の殺害を試みたが失敗した。