武蔵国足立郡小室（現・埼玉県北足立郡伊奈町小室）及び鴻巣において1万石を与えられ、関東を中心に各地で検地、新田開発、河川改修を行った。利根川や荒川の付け替え普請、知行割、寺社政策など江戸幕府の財政基盤の確立に寄与しその業績は計り知れない。関東各地に残る備前渠や備前堤と呼ばれる運河や堤防はいずれも忠次の官位「備前守」に由来している。また、伊奈町大字小室字丸山に伊奈屋敷跡がある。諸国からの水運を計り、江戸の繁栄をもたらした忠次は、武士や町民はもとより、農民に炭焼き、養蚕、製塩などを勧め、桑、麻、楮などの栽培方法を伝えて広めたため、農民たちからも神仏のように敬われていたという。伊奈町は忠次が町名の由来である。次男・忠治は茨城県筑波郡伊奈町（現在のつくばみらい市伊奈地区）の町名の由来となっており、親子2代で地名の由来となっている。伊奈町音頭は「ハァ〜伊奈の殿様忠次公の（ヤサヨイヤサ）」と歌い出される。
三河国幡豆郡小島城（現在の愛知県西尾市小島町）主・伊奈忠家の嫡男（忠家の父・忠基の末子との説もあり）に生まれる。永禄6年（1563年）に父・忠家が三河一向一揆に加わるなどして徳川家康の下を出奔。天正3年（1575年）の長篠の戦いに陣借りをして従軍して功を立て、漸く帰参することができた。家康の嫡男・信康の家臣として父と共に付けられたものの、信康が武田氏との内通の罪により自刃させられると再び出奔し、和泉国・堺に在した。天正10年（1582年）に本能寺の変が勃発し、堺を遊覧中であった家康を本国へと脱出させた伊賀越えに小栗吉忠らと共に貢献する。この功により再び帰参が許され、父・忠家の旧領・小島を与えられた。また三遠奉行の一人として検地などの代官であった吉忠の同心となり、後に吉忠の跡を継ぐ形で代官衆の筆頭になる。以後駿・遠・三の奉行職として活躍、豊臣秀吉による小田原征伐や文禄・慶長の役では大軍を動かすための小荷駄による兵粮の輸送、街路整備などを一手に担い、代官としての地位を固めた。家康が江戸に移封された後は関東代官頭として大久保長安、彦坂元正、長谷川長綱らと共に家康の関東支配に貢献した。慶長15年（1610年）、61歳で死去、遺領と代官職は嫡男・忠政が継いだ。
1944年（昭和19年）5月1日、伊勢型戦艦2隻（日向〈航空戦隊旗艦〉、伊勢）と第六三四海軍航空隊にて、世界でも類を見ない航空戦艦による航空戦隊として編制される。四航戦司令官は松田千秋少将。 6月19日-20日のマリアナ沖海戦には参加しなかった。 本海戦で第二航空戦隊は空母「飛鷹」を喪失、7月10日附で解隊される。残存の空母「龍鳳」は第一航空戦隊に、「隼鷹」は第四航空戦隊にそれぞれ編入、四航戦は3隻（日向、伊勢、隼鷹）となった。 7月20日には、高松宮宣仁親王（昭和天皇弟宮、軍令部大佐）が四航戦の射出訓練を視察している。8月上旬、戦闘第163飛行隊、戦闘第167飛行隊を順次第634空海軍航空隊に編入した。 8月10日、第一航空戦隊を雲龍型航空母艦2隻（雲龍、天城）で再編し、それにともない「瑞鶴」を第三航空戦隊に、「龍鳳」は第四航空戦隊に編入した。四航戦は4隻（日向、伊勢、隼鷹、龍鳳）となった。 搭載予定の航空隊は両艦に一部配備されて訓練に従事したが、10月上旬に台湾沖航空戦が発生し、九州・フィリピン方面に転用されてしまった。このために、実戦における航空戦艦の艦載機運用の実績は無い。捷一号作戦におけるレイテ沖海戦（エンガノ岬沖海戦）では、四航戦のうち航空戦艦2隻（日向、伊勢）のみ参加した。両艦は米海軍機の激しい攻撃を回避、多数を撃墜して生還した。 11月15日、日本海軍は第一機動艦隊および第三艦隊を解隊し、第四航空戦隊を第二艦隊（旗艦「大和」）に編入した。及川古志郎軍令部総長は昭和天皇に戦時編制改定方針を説明した際（11月14日）、「第四航空戦隊ハ航空母艦ヲ除キ　伊勢、日向ノミト致シマシテ　第二艦隊ニ編入致シマス　伊勢、日向ニハ当分飛行機ハ登載致シマセヌ」「航空母艦ハ第三航空戦隊ヲ解隊　第四航空戦隊ノ隼鷹、龍鳳ヲ第一航空戦隊ニ編入致シマシテ　聯合艦隊直属戦力ト致シマス」と述べている。この方針により、隼鷹と龍鳳は第一航空戦隊に編入、四航戦は航空戦艦2隻（日向、伊勢）だけになった。内地より東南アジアへ進出中、四航戦は第二遊撃部隊（指揮官志摩清英中将/第五艦隊司令長官）に編入された。1945年（昭和20年）1月1日附で、第四航空戦隊（日向、伊勢）は南西方面艦隊に編入される。2月5日、日本海軍は第五艦隊（第二遊撃部隊）を解隊し、第十方面艦隊（司令長官福留繁中将）を新編する。第二遊撃部隊に所属していた第五戦隊（足柄〈2月5日附編入〉、羽黒、大淀）・四航戦（日向、伊勢）・第二水雷戦隊は、当面のあいだ第十方面艦隊に所属もしくは指揮下に入った。 だが日本本土への撤退と物資輸送作戦を兼ねた北号作戦実施にあたり、第四航空戦隊は2月10日附で連合艦隊に編入。また軽巡洋艦「大淀」を第四航空戦隊に編入、四航戦の所属艦は3隻（航空戦艦〈日向、伊勢〉、軽巡〈大淀〉）となった。 第四航空戦隊および第二水雷戦隊（司令官古村啓蔵少将、旗艦「霞」）で編成された『完部隊』〔指揮官松田千秋第四航空戦隊司令官：四航戦（日向、伊勢、大淀）、二水戦（霞、初霜、朝霜）〕は2月10日にシンガポールを出撃。連合軍の攻撃を巧みに回避して2月20日に内地（呉）に帰還、作戦は完全な成功を収めた。 3月1日、第四航空戦隊は解隊される。日向と伊勢は予備艦、大淀は兵学校練習艦となる。その後は呉軍港に繋留され、7月の呉軍港空襲で大破着底した。