1997年、V川崎の監督に就任。元JリーガーとしてJリーグクラブチームの監督になった人物は加藤が史上初である。この時に早稲田大学も退職し、加藤は初めてサッカーに専念する生活になった。しかし、世代交代期のV川崎は加藤の指導でさらなる低迷へと導かれ、12試合で4勝8敗の16位と低迷した責任を取って、1stステージ途中の6月に辞任した。その後はV川崎のテクニカルディレクターとして活動し、1998年には東京工業大学の博士課程に進学して、再び大学とサッカーを両立させる生活に戻った。1999年はV川崎を離れてJリーグの技術委員として活動した後、2000年にはJ2・湘南ベルマーレの監督に就任した。V川崎時代に獲得した前園真聖をレンタルで呼び、松原良香などアトランタオリンピックに出場した選手を中心として戦ったが、1年でのJ1復帰というチーム目標は達成できず、シーズン終了後に解任された。この解任劇でフロントに不信感を持った前園、松原らこのシーズンを支えた主力もチームを去った。その後は解説者などとしても活動し、東京工業大学で博士の学位を取得した2003年に沖縄かりゆしFC（九州サッカーリーグ）の監督に招聘されたが、チームの運営に関する内紛に巻き込まれてシーズン途中の9月に今シーズン限りのでの辞任が発表された。それでも加藤はチームを九州サッカーリーグ優勝に導いたが、全国地域リーグ決勝大会で敗れて日本フットボールリーグ(JFL)昇格は逃した。しかし、加藤は沖縄との関係を残し、小学生から高校生まで、女子を含めて青少年世代の育成を目指すヴィクサーレ沖縄FCをNPOとして設立し、その理事長となった。このチームはU-15（中学生年代）で高円宮杯U-15、U-12（小学生年代）で全日本少年サッカー大会に出場するなど、沖縄県内の強豪ユースとしての地位を固めた。2007年シーズンを前に加藤はJ2・京都サンガF.C.に招聘された。加藤はヴィクサーレ沖縄との関係維持を条件にこれに応じ、京都の専務取締役（実質上のゼネラルマネージャー職）に就任。当初はGMとしてチーム編成などにかかわり、美濃部直彦監督を支える立場にあったが、シーズン途中からは総監督として現場指導にも関わった。さらに、チームに敗北が増えて目標のJ1復帰が危うくなってきた同年10月に美濃部監督を解任し、自らが監督に就任して残りのJ2リーグ戦とJ1・J2入れ替え戦を戦い、チームの大目標だった1シーズンでのJ1復帰を達成した。当初は暫定監督扱いだったが、結果を残したことから、以後もGM職との兼任で引き続き京都を指揮。選手を大きく入れ替えてJ1に臨んだ2008年シーズンは、特定の形にこだわらず、相手に応じて様々なシステムを併用する采配を見せ、賛否両論を読んだ。年間通じて残留争いに苦しんだが、結果は14位で、J1残留という最低限の目標を達成。2009年シーズンは上位進出を目指して更に積極的に補強に動いたが、再び下位に沈み、2008年と全く同じ勝ち点での12位に終わる。それでも、2部制導入以降でクラブ史上初となる、3シーズン連続のJ1残留に導いた。2010年シーズンは、足掛け4年目の長期政権となったが、やはり開幕から下位に沈み、10戦未勝利で最下位となった第14節終了後の7月27日に解任が発表された。合わせて、契約途中だった専務取締役職も退いた。2011年、東日本大震災の発生直後から被災地域での復興支援活動に取り組んでいたが、日本サッカー協会に任ぜられ、同年10月よりJFA復興支援特任コーチとして活動していたが、2012年10月末で退任。2013年12月16日、ジュビロ磐田のゼネラルマネージャーに就任。2018年8月1日、第15回日本サッカー殿堂へ掲額されると発表された
1962 年にアラブ社会主義バアス党シリア地域指導部の軍事委員会は、従来型の軍事クーデターを通じて政権奪取する計画に大半の時間を費やした。軍事委員会は、アル＝キスワとカタナーの2箇所の軍の駐屯地を占拠し、アル＝キスワの第70機甲旅団、ホムスの陸軍士官学校、ダマスカスのラジオ局を抑えることを決めた。軍事委員会はすべて若いメンバーであるのに対し、当時の政権は徐々に崩壊し、伝統的なエリートは政治的影響力を失っていた。クーデターを成功させるために、軍事委員会は将校のサポートを得る必要があった。1961年のアラブ連合共和国(UAR) の崩壊によって、将校達は完全な混乱に陥り、反政府活動への端緒を開いた。その時点で、将校たちは5つの異なる派閥に分かれていた。旧体制を支持するダマスカス派、アクラム・アル＝ホーラーニー支持派、ナセル主義者派、バアス党派と無所属グループがあった。ダマスカス派はナーズィム・アル＝クドゥシー政権を支持していたことから軍事委員会の敵であり、一方でホーラーニー派は汎アラブ主義に対する立場のため、ライバルと考えられていた。結局、バアス党派はナセル主義派と同盟を組むことになった。しかし、ナセル主義派はエジプトのガマール・アブドゥル＝ナーセル大統領を支持しており、アラブ連合共和国の再建も目指していた。軍事委員会はナセル主義者との同盟によって、軍情報部長官のキターニー大佐とホムス旅団司令官のスーフィー大佐に秘密裏に接触した。また、下級将校グループに対し、無所属派の大物で対イスラエル前線司令官のハリーリーを取り込むように命じた。この計画は成功し、ハリーリーに「もし我々が勝てば参謀長になれるし、失敗した場合は、あなたは関係を否認することができる。」と約束した。ハーリド･アル＝アズム首相がハリーリーの降格を計画していたこともあり、ハリーリーは軍事委員会を支援した。クーデター計画されている一方で、民間人のバアス主義者は軍事委員会とそのメンバーに眉をひそめていた。軍とバアス党の同盟の理由は、当初は党を抑圧から保護するためであった。しかし、軍事委員会はアフラクが率いる文民の指導部を好意的に見ていなかった。アラブ連合共和国時代にバアス党を解党したのが、アフラクだったからである。しかし、アフラクは権力掌握のために軍事委員会が必要であり、支持基盤のない軍事委員会も権力維持にアフラクを必要としていた。1962年5月8日に第 回バアス党の党大会が開催され、党の再建とアフラクの民族指導部事務総長の続投が決定した。軍事委員会の主要メンバーであったウムラーンも代議員として出席し、アフラクに軍事委員会の計画を伝えた。アフラクはクーデターに同意したが、クーデター後の権力分与については、何の取り決めもなされなかった。1963年2月、バアス党イラク地域指導部がイラクにおいて、アブドルカリーム・カーシム政権を打倒した(ラマダーン革命)。バアス党イラク地域指導部は、軍人に加え、中産階級の市民の支持を得ていた。それまで、アラブ・ナショナリズム運動において、ナセル主義者は独占的な勢力を持っていたが、イラクでのクーデターの成功で、バアス党も侮れない勢力であるとの認識が広まった。一方、シリア地域指導部においては、中流階級の市民の支持は得られていなかった。アフラクは、シリアにおいては支持が不十分だと警告していたが、その認識は共有されなかった。シリアのバアス党軍事委員会はクーデターを1963年3月7日に決行することを計画していた。しかし、軍情報部がクーデター参加者の集まる予定だったアパートを急襲した。アサドは3月8日に変更になったことを他の部隊に伝える役目を担った。