登場武将数は650名。この時点でのシリーズ最多となった。本作では武将を育成できるようになっている。ただし、能力についてはコマンド実行時にランダムで上がるのみである。PS2版では、更に能力の育成も可能になっている。また末期の武将はシリーズでもっとも充実している。仕事のない武将には人材探索をさせることができ、条件によりアイテムやミニイベントが発生する。異民族は圧倒的な兵力を誇り、ゲームクリアには滅亡させることは必須ではないが、一度滅亡させた異民族はその後自分で使用することも可能になる。また、州刺史が州牧より上位となっている。しかし史実では州刺史はただの監視役で軍を指揮する権限がない一方、州牧は全権を掌握しており軍を指揮する権限があり、むしろ州牧のほうが権限が大きかった（なお、『X』では州牧が上位である）。
本作の大きな特徴として、1枚マップの採用がある。『VIII』まででは地図上で全都市が表示されているだけで、実際の戦闘や内政などは専用の画面で行われていたが、一枚マップが採用されたことで、マップ上を軍勢が行軍し、それを見たうえで防衛側も戦略を練る必要性が生じた。また連鎖反応的に戦争が起こりやすく、展開が早くもなっている。時間の進行は10日ごととなっており、戦略フェイズで武将に指示を出した後、進行フェイズで指示を受けた武将が行動を実行するというシステムになっている。遠方の都市を探索したり外交に行ったりすると、距離に応じた日数を消費するため、それを見越した上で指示を出す必要がある。戦争は自動進行で、一部隊に最大5人までの武将を配属し、一枚マップ上にある部隊同士または部隊と都市などが自動で攻撃をし、セットした兵法を一定確率で発動するという形になっている。そのため部隊編成には兵法を合わせて連鎖を狙ったり、相手の行動を制約する謀略系戦法を入れたりと事前に戦略を組み立てなければならない。マップ上には障害物も設置できるので、それで時間稼ぎをし、戦況を自軍に優位に持ち出すことも可能である。他君主との同盟は結べないが、外交関係が「友好」以上の勢力に攻め込むと、信望と配下の忠誠が下がる。
『三國志VII』と『VIII』の武将プレイから再び君主プレイに戻った。クリア条件は自分以外の勢力を全て滅亡させることで、空白都市及び異民族の都市（烏丸、羌、南蛮、山越、倭）を支配する必要はない。ただし、どのような形でクリアしたかによって、エンディングが分岐する。また、倭は購入当初のプレイでは存在が隠れており、発見イベントを起こすことで、勢力として出現するようになる。2006年にはソースネクストからWindows向け廉価版も発売された。それまでの同社販売のコーエー作品にはシリアルが付いておらずユーザー登録、すなわちそれに付随してパッチダウンロードやシナリオ購入などができなかった。しかし本作及び同時発売の作品からはシリアルが付属するようになった。その代わりそれまでの作品よりパッケージの厚さや定価が変更された。さらに2008年には同社の「Uメモ」シリーズとして1GBのUSBメモリに収録したものも発売された。インストールが高速で、CD-ROMドライブを持たないパソコンにも可能なことや通常のUSBメモリとしても使え、削除後もソースネクストサイトから再ダウンロードが可能なこと（要ソースネクストへのユーザー登録）が特徴となっている。ただしUメモ版には前述のシリアルは付属していないため一部のサービスが利用できず、またパワーアップキットも適用不可能となっている。
長谷川が万事屋に持ち込んだのは、流行りのバーチャルすごろく。坂田銀時たちはプレイした後、すごろくをやめようとするが、すごろく世界に閉じ込められてしまった。銀時たちは弟を探しているという新島七重や真選組、桂と脱出を目指す。
複数の動作モードを持つCPUでは、そのうちの少なくとも1つは完全に無制限のCPU動作を許す。この無制限のモードを通常カーネルモード（あるいはスーパーバイザーモード、特権モード）と呼ぶ。他のモードは通常ユーザーモードと呼ばれるが、別の名で呼ばれることもある（「スレーブモード」など）。カーネルモードでは、CPUはそのアーキテクチャの全ての操作が可能である（ハードウェア構成によっては不可能な操作もありうる）。任意の命令を実行でき、入出力操作を開始でき、全メモリ空間にアクセス可能である。他のCPUモードでは、ハードウェアによってCPUの動作に制限が加えられる。典型的には、一部の命令が実行できなくなり、入出力操作ができなくなり、メモリ空間の一部にアクセスできなくなる。通常、ユーザーモードでのCPUの機能はカーネルモードでの機能のサブセットであるが、場合によっては（例えば他のアーキテクチャのハードウェアをエミュレーションしている場合など）、カーネルモードのサブセットとは言えない全く異なった機能になっていることもある。CPUアーキテクチャによっては様々なモードをサポートする。たとえば組込み用プロセッサでは割り込みハンドラ用などのモードを別に持つものがある。また、複数のユーザーモードをサポートし、階層を形成するものもある。このようなアーキテクチャを「リングプロテクション」と呼び、図のようにカーネルモードを中心とした同心円状に概念化することがある。Multicsのハードウェアはリングプロテクションを大々的に採用した最初の例であるが、他の多くのハードウェアプラットフォームも同様の考え方で設計されている。例えば、Intel 80286のプロテクトモードやItaniumなどがある。階層化されたリングプロテクションは、ハイパーバイザ上でのオペレーティングシステムの実行や、デバイスドライバ、またマイクロカーネルにおける「サーバ」の隔離などに活用されることがある。モード保護はCPU自身だけでなく、他のリソースにも応用されることがある。CPUのレジスタが現在の動作モードを保持するが、それ以外に仮想記憶関連のレジスタやページテーブルエントリなどにモードを識別する情報を格納することがある。例えば、CPUはステータスレジスタに示されるリング0で動作しているとしても、メモリへのアクセス毎にアクセス対象の仮想メモリセグメントのリング番号をチェックし、マッピングされている物理ページのリング番号をチェックするといったことが考えられる。