2017年4月8日にサンフランシスコ・ジャイアンツとマイナー契約を結び、6月より傘下のAAA級サクラメント・リバーキャッツでプレー。だが、成績は12試合で打率.244・1本塁打・4打点にとどまり、8月21日に自由契約となった。
2016年7月26日にハンセル・ロドリゲスとのトレードで、トロント・ブルージェイズへ移籍した。ブルージェイズ加入後も左翼手のレギュラー格となったが、不振がぶり返して57試合で打率.196・4本塁打・16打点・7盗塁という成績に終わった。それでも、パドレス時代との合算で見れば、149試合で打率.238ながら20本塁打・27盗塁をマークし、自身4度目となる「20本塁打・20盗塁」の同時記録を達成した。2017年4月2日に自由契約となった。
2015年4月5日にキャメロン・メイビン、カルロス・クエンティン、マット・ウィスラー、ジョーダン・パローベック、さらにこのシーズンのドラフト指名権とのトレードで、クレイグ・キンブレルと共にサンディエゴ・パドレスへ移籍した。弟のジャスティンもオフにパドレスにトレードで移籍していたため再び兄弟揃って同じチームでプレーすることとなった。シーズン開幕は故障者リストで迎えたが、6月に復帰。その後は控えとして87試合に出場したが、メジャー定着後の2007年以降では試合数、打席数共に最低に終わった。後半戦は打率.278を記録するなど調子を上げた。2016年は左翼手のレギュラーの座を掴み、92試合で打率.256・16本塁打・45打点・20盗塁という成績を記録。ブレーブス移籍時から続いていた不振から脱却した。
2012年11月28日にアトランタ・ブレーブスと総額約7500万ドルの5年契約を結び移籍した。同年オフにジャスティンもブレーブスに移籍したため兄弟揃ってプレーすることになった。2013年4月23日のコロラド・ロッキーズ戦（クアーズ・フィールド）の5回に本塁打を放つと、続く打者の弟ジャスティンも本塁打を放ち、ポール・ウェイナー、ロイド・ウェイナー兄弟に続いて、メジャーで2例目の兄弟での連続本塁打を75年ぶりに記録した。レギュラーシーズンでは126試合の出場で打率.184・151三振を記録した。2014年は、2年連続で不振に陥った。2年ぶりとなる規定打席到達を果たし、同じく2年ぶりとなる三桁安打と二桁本塁打・盗塁を記録したが、打率.208・自己ワーストの173三振を喫した。2015年2月に登録名をメルビン・アップトン・ジュニアに変更した。2月27日に左足を負傷し、スプリングトレーニングを離脱。レントゲン及びMRI検査の結果、左足の母趾球の炎症と診断され、2週間ほど患部をギプスで固定。さらにその後、6週間は医療用ブーツを着用することになり、普通に歩行できるまで約2ヶ月の重症を負った。このため、開幕は故障者リストで迎えることになった。
中学時代は水泳部に所属。佐賀県立佐賀工業高等学校から私立佐賀龍谷高等学校へ転校し、在学時から自転車競技を行う。しかし日本競輪学校第39期を受験したが失敗し、その後法政大学に進学。在学中に日本競輪学校第41期を受験して合格したため法大を中退し競輪学校に入学。在校成績は55勝で7位。卒業後は1978年4月1日に選手登録し、初出走は同年5月14日の武雄競輪場で初勝利も同レース。伊豆のサイクルスポーツセンターでの新人教育訓練の際、夜中に同期と宿舎で缶ビールを飲んで騒ぎ、選手会からの制裁として7月から半年間の出場停止を受ける。この期間の反省と乗り込みが後の成績に結びついたのではと語っている。デビュー後しばらくは先行選手として活躍していたが、1980年までは天才といわれた同期村岡和久や原田則夫の影に隠れ目立った活躍もない有望新人に過ぎなかった。しかし追い込み選手（マーク屋）への転向をはかると共に実力を発揮するようになり、1981年のオールスター競輪優勝を皮切りとして急速に台頭した。その後も次々とGIを制覇、1988年6月7日には高松宮杯競輪を制し、史上初めて特別競輪全冠制覇（グランドスラム）を成し遂げた。これは同じ九州で福岡出身の中野浩一も成し遂げられなかった偉業であり、後に滝澤正光・神山雄一郎が井上に続く事となる。また、第2回大会のKEIRINグランプリ'86を初めに、同大会を通算3度制覇した。この頃の特別競輪では中野浩一の後ろをマークできることが多かったこともあり、井上が取った特別競輪12勝の内、実に7勝までが中野2着である。中野は井上に他の先行選手からの仕掛けを体当たりなどでブロックして守ってもらう反面、後ろに最大のライバルを引き連れて走らねばならなかった。井上は1987年にレース中の失格による斡旋停止処分を受けたためKEIRINグランプリ'87の出場選考から除外されたり、一時期はレース中での位置を巡って中野浩一と競りを行うなど（本人いわく1991年の一宮ダービーが発端）ファンだけでなく競輪関係者まで驚かせる一面もあった が、特に競輪道を重んじる選手としてファンの信頼も厚かった。中野引退後も、その後継者の吉岡稔真を守り立てるなどして、九州の競輪界を盛り上げた。しかしレース中の事故減点制度が厳しくなったことや、1998年1月に立川で落車して右鎖骨を骨折した影響によって、当時の最上位格であるS級1班からの陥落が決定した時点で自ら引退を発表。1999年の静岡競輪場での日本選手権競輪を最後にバンクを去った。同年3月31日に選手登録削除。