他の全てのタンパク質が、それぞれに独特の機能を持てる理由は、それぞれの一次配列、つまり、どのような順番でアミノ酸がアミド結合してゆくことによって、そのタンパク質ができているかということに大きく関係している。それと同様に、GLUT4もまた独特の一次配列を持つことによって、細胞膜を越えたグルコースの輸送を行うという機能を持つことができている。ところで、GLUT4の場合は、例えばインスリンのシグナルが入ると細胞内にあったものが細胞膜上に移動するといった、ダイナミックな動態を示す。N末端のフェニルアラニン残基に加え、C末端の2つのロイシン残基と酸性を示す官能基が、エンドサイトーシスやエキソサイトーシスといったGLUT4の動態に重要な役割を果たすと考えられている。
CBTCの主なリスクとしては、列車との通信がどれか1つでもつながらなくなると、通信問題が解決するまで、システム全体あるいは一部をフェイルセーフモードにしなければならなくなることがある。通信切断の深刻さの程度により、通信の再確立まで、列車の一時的な徐行や停止、あるいは機能制限モードでの運行といったフェイルセーフモードを使わなければならない。通信切断が長期間にわたる場合、固定閉塞を使った手動運転や、最悪の場合、バス代行などの代替輸送手段を用意するといった、緊急対応策を用意しなければならない。このため、特に輸送力を増強するためにCBTCシステムを使うと考えるのであれば、適切な運行のためには高い可用性が重要である。そして運行の高い頑強性を実現するために、システムの冗長性と回復の仕組みを全体にわたって確認しなければならない。CBTCのシステムの可用性を高めたうえで、システム運用者について回復手順を全般に訓練し、定期的に訓練をやり直す必要性を考えなければならない。実際のところ、CBTCの主な問題点としては、システムがダウンした際の回復手順に際して人間が誤りや不適切な対応を行ってしまう可能性があるという点にある。通信障害は、機器の故障、電波障害、信号の強度不足、周波数帯の飽和といったものが原因となる。こうした場合、列車の状態を常時把握しておくことがCBTCの安全要求上重要であるため、通信障害があると列車が常用ブレーキあるいは非常ブレーキをかけることにつながり、もしこうした通信障害が頻繁に起きるならば、運行への影響は重大なものとなりうる。これが歴史的に、必要な無線通信の技術が重要な用途に利用できる程度に十分成熟したとされた2003年になって初めて、無線通信利用のCBTCが導入された理由である。見通しが悪く、あるいは利用可能な周波数帯域に制限がある条件では、運用にあたって予想したより多くの送信機が必要になることがある。これは、既存の都市鉄道のトンネルにCBTCを適用する場合に特に問題になるもので、こうしたトンネルは最初からそうした無線通信に対応して設計されていないからである。トンネル内でのシステム可用性を改善する他の手段として、材料費も工事費も高くなるが、漏洩同軸ケーブルを採用することでより信頼性の高い通信を確保することができる。無線通信を利用するCBTCでは、かなり大きな攻撃対象領域を持っており、通信ネットワークへの侵入や安全上重要な通信の改竄などの様々な攻撃のリスクがあり、最悪の場合安全上の問題を引き起こす。こうした攻撃問題に対しては、EN 50159-2標準に規定されているような防衛技術を用いることで緩和することができる。ISMバンド（2.4ギガヘルツ帯または5.8ギガヘルツ帯）を使う通信が増加しつつあり、重要なCBTCの通信を妨げる可能性があることから、国際団体などから、都市鉄道向けの無線通信専用の周波数帯を確保するよう求める声が上がっている（たとえば、UITPの報告676号、「都市鉄道専用の安全上重要な目的に向けた周波数帯域の確保」）。こうした決定が行われれば、市場におけるCBTCシステムの標準化（多くの事業者が望んでいることである）や、安全上重要なシステムの可用性確保に貢献するであろう。CBTCシステムは高い可用性を持っていることを求められるため、CBTCが一部あるいは全部使えなくなってしまった場合でもある程度の運行を確保できるようにする2次的な信号システムを持っていることがある。これは特に、線路の配置をCBTC向けに設計できなかったり、少なくとも一時的には旧信号システムとの共存が求められたりする、ブラウンフィールド (brownfield) と呼ばれる、既存の信号システムがある路線にCBTCを導入する場合に関連している。たとえば、ニューヨークのBMTカナーシー線では、CBTCで運行時には1時間に26本の運行ができるが、バックアップとして1時間に12本の列車の運行ができる自動閉塞式の信号システムを備えている。これは既存路線の信号システム更新においてはかなり一般的なやり方ではあるが、新線にCBTCを導入する場合にこうしたバックアップ信号システムを使うと、CBTCによるコスト削減をかなり無意味にしてしまうことになる。これはCBTCの発展においては鍵となり、依然として議論されているところであり、一部のメーカーや事業者はCBTCの完全な冗長性を持った構成だけでも高い可用度を達成できるかもしれないと主張している。基本的に、CBTCでは保守性を改善し設置費用を削減するために、中央集中の運行管理システムを前提として設計されることがある。この場合、路線全体の運行停止につながるような事態が1か所の故障だけで発生してしまうリスクを抱えることになる。固定閉塞方式では、通常はこうした問題により強い、分散した処理方式で動作する。このため、システム設計に際しては、所定のCBTCの構成（集中か分散か）の利点と欠点について十分分析する必要がある。それ以前に、運行指令員が視認に頼って完全な手動の運行管理を行っていた路線にCBTCを導入した場合、実際には安全の向上と引き換えに運行容量が減ってしまう結果となることがある。これはCBTCでは、人間の視認に頼った場合に比べて列車位置認識の正確性に劣っており、また非常ブレーキや常用ブレーキの減速度などの設定において最悪の場合を想定した値を使って、誤差に備えたより大きな余裕を持たせるからである。たとえば、南東ペンシルベニア交通局地下-地上トロリー線にCBTCを導入した際には、保安装置のない手動運転の頃に比べて、当初は所要時間が延び、線路容量が減少していた。これは、手動運転では排除できない車両同士の衝突を完全に撲滅する代償であり、運行と安全の間にいつも見られる相反を示した例となった。