一部の階層にはボールが出現してサッカーをプレイできるサッカーロビーが存在する（Ver2以降）。このサッカーロビーは厳密に決められたルールの元に稼動しているわけではなく、単に玉（プレイヤーが触れる事で蹴って転がせる）とゴール（玉を重ねるとスコアが加算されるポイント）が設置されているだけであり、どのように遊んでも基本的に自由である。玉には数種類のパターンがあり、形状によって飛距離が異なる。また、しばらく蹴らないでほうっておくか、一定時間がたつとマップの中心にリセットされる。しかしゲームシステムの仕様上、ボールやプレイヤーの位置などに同期ズレが発生しやすく、多少遊びにくい。
オンラインモードのサーバー（本作ではSHIP、船と呼ぶ）に接続すると最初に降り立つ場所はパイオニア2の街中ではなく、ビジュアル・ロビーに転送される。このビジュアルロビーはバージョンによって異なるが、一度に数十人のプレイヤーが混在することができ、プレイヤーが満員だった場合は同じサーバーの別の階層に転送される。また、階層ごとにロビーのグラフィックと形状は微妙に異なる。
本作にも他のゲーム同様にBGMが流れているが、本作では一つのミュージックデータに複数のループポイントが設定されており、エネミーとエンカウント（近寄ったり、攻撃を受けたり）するとシームレスに戦闘用にアレンジされたBGMに切り替わるという特徴を持つ。BGMのシームレス変化は『時の継承者 ファンタシースターIII』の時点で存在した演出で、それを踏襲したものである。
本作では「ノーマルアタック」「ヘビーアタック」「エクストラアタック」の3種類攻撃方法を使い分けて戦いを進める。「ノーマルアタック」は命中率が高いが威力が弱く、「ヘビーアタック」は攻撃力が高い代わりに隙が大きく命中率が低い。「エクストラアタック」は後述するエレメントの発動に使い、隙が大きく命中率は非常に低い。通常攻撃はタイミングよくボタンを押すと最高3連続攻撃を出す事ができ、段階を踏むごとに命中率に補正がかかるようになっている。基本的に初段はノーマルアタックで牽制(けんせい)し、さらにノーマルアタックに繋げるかヘビーアタックに繋げる事になる。もちろん初めからいきなりヘビーアタックやエクストラアタックで攻撃を仕掛けても良いが、攻撃を外してしまうと反撃を受けるリスクがあるためギャンブル的な戦いになってしまう。堅実に戦うのなら初段はノーマルアタックが基本となる。また、武器によって攻撃速度や回数が異なり、種類によっては同じタイミングでボタンを押しても敵に割り込まれたりするため、一種類の武器に固執して戦うのではなく、相手や状況によって武器を素早く切り替えて戦うのが武器戦闘の基本である。
本作が初めてリリースされたドリームキャストのボタンは4ボタン、スタートボタン+LRトリガーで、メインで使うボタンは4つの色（赤・青・緑・黄）に着色されていた。画面の右下にはそれと同じ配列と同じ色の"パレット"が表示されており、そこに"アクション"を振り分けて「同じ色のボタンを押す＝そのアクションを起こす」といった視覚的なユーザーの誘導が行われている。この「アクションパレット」は一部を除いた3つのボタン プラス特定のキーを押しっぱなしにしているときだけ姿を出す「裏パレット」にも登録する事で 最高6個のアクションを登録する事ができる。例えば従来のRPGであれば「メニューを開いて回復薬を選択し、使う」という三重構造だったが、アクションパレットにあらかじめ回復薬を登録しておけば ボタン一つでいつでも回復アイテムを使う事ができるようになる。アイテムを使い切ってもパレットからは消去されないので、同じ回復薬を冒険中に拾えば またアイテムを登録しなおす事はない。しかし複数の特殊能力を使う「フォース系」のキャラクターには絶対的にボタンとパレット数が足りないといった問題があり、赴くステージによって いちいちパレットをカスタマイズする手間があった。この問題は、続編のドリームキャスト版Ver.2において裏パレットを開いた状態で上パレットボタンを押してショートカットウィンドウを開くことができるようにすることで改善された。その後、最新バージョンであるWindows版「ファンタシースターオンライン ブルーバースト」ではキーボードの数字キー（設定次第ではテンキー）にアクションパレットを割り当てる事でさらに拡張されている。
本作は非常にシンプルな作りになっている反面、ネットワークRPGにしては奥が深いゲーム性を持つ。近年の量産型MMORPGと比べる事自体が不毛であるが、現在プレイしても その操作性や（一部を除いた）ゲームバランス、システムは水準が高く いまも名作と言われ続ける所以である。なお、以下の説明は多くがGC版以降に基づいており、特記無い限りはDC・PC版とは異なる事が多い。
2017年（平成29年）は、皐月賞でアルアインが、安田記念でサトノアラジンが、朝日杯フューチュリティステークスでダノンプレミアムがGI制覇を果たした。海外ではドバイターフをヴィブロスが制し、産駒の同競走連覇を達成した。また、日本で生産され離乳後にアイルランドに渡ったサクソンウォリアー(Saxon Warrior)がベレスフォードステークス(G2)を勝利し、産駒初のアイルランド重賞制覇を果たした。さらに同馬はイギリスのレーシングポストトロフィー(G1)を勝利し、産駒初のイギリス重賞制覇をG1制覇で達成すると同時に、日本産馬初のイギリスG1制覇を成し遂げた。2016年にオーストラリアに移籍したトーセンスターダム(Tosen Stardom)が、トゥーラックハンデキャップとエミレーツステークスの2つのG1を勝利した。11月19日に行われたメイクデビュー京都ではフランツが勝利し、産駒によるJRA通算1500勝を史上最速で達成した(史上6頭目、7年5カ月0日)。この年はJRA年間勝利数(251勝)で自己最高記録を更新し、6年連続でJRA・全国リーディングサイアーを、2年連続でJRA・全国2歳リーディングサイアーを獲得した。なお2歳戦では勝馬数50、勝利数57を記録し、サンデーサイレンスが2004年に記録した勝馬数47、勝利数54のJRA記録を13年ぶりに更新した。この年には、セダブリランテスがラジオNIKKEI賞に勝利して父の父として、キセキが菊花賞に勝利して母の父として初めて重賞勝ち馬を送り出し、孫の代からも活躍馬が現れ始めている。