ギルガメス・バララント両陣営にとって影響力のない団体と嘲笑される中、いくらか立ち直るも現状打破を図ったモンテウェルズは、惑星ヌルゲラントへのワイズマンの転移と「神の子」の誕生を知らされ、その養育を熱望してワイズマンの元を訪れる。しかし、ワイズマンはモンテウェルズの申し出を拒否し、キリコを養育者として選ぶことを告げる。そして「神の子」を抹殺せんとしたモンテウェルズの銃弾は、彼自身を襲う。それ以後モンテウェルズはアレギウムの歴史から姿を消す。なお、この時のいきさつから、ワイズマンの存在とキリコがワイズマンを殺した事を、マーティアルは把握していなかった様子だが、モンテウェルズ自身は経過は不明だが知っていた様子である。
6月、ミッドウェー海戦に攻略部隊支援隊として参加。麾下の重巡三隈を失う。重巡「最上」と「三隈」の衝突後、この2隻を置き去りにして撤退行動を続けたことが問題とされた。一昼夜無線封止をしたため味方である連合艦隊司令部ですらどこに栗田部隊がいるかわからない状態になった。その後安全圏に退避した後に初めて位置報告をしている。その間に栗田が見捨てた重巡「三隈」は米軍機動部隊の追撃により撃沈され、最上・朝潮・荒潮は辛うじて自力で退避に成功している。インド洋作戦などで、航空支援がない中小艦船が脆弱であることを日本側の現場指揮官達は良く知っていたが、連合艦隊は機動部隊が壊滅し制空権を失ったのに第七戦隊だけでのミッドウェー砲撃命令をだし、それもミッドウェーから90浬の近距離まで接近した頃に撤退を命令し、撤退に対する支援行動は一切行わなかった。更に第七戦隊3番艦「三隈」と第七戦隊4番艦「最上」」が衝突した(現地時間6月4日2時18分頃)際、栗田は2時30分にはこれを通報しているが、これに対する連合艦隊や上級司令部である第二艦隊からの指示や救援行動は一切なく、最初の指示は4時間も経過した6時25分であった。衝突時点で戦隊はミッドウェーから100浬程の地点におり、既に敵に発見されている状況(衝突したそもそもの原因は航行中に敵潜水艦タンバーを発見して回避行動をとった為)なので、夜明けとともに空襲を受ける可能性が高かった。栗田は損傷の少ない「三隈」と艦首を失った「最上」だけでミッドウェー島から南西のトラック諸島へ避退するよう命じた（のちに6時25分の指示で栗田の指揮下にあった第8駆逐隊の駆逐艦2隻〈荒潮、朝潮〉を護衛に向かわせる事になるが燃料が欠乏しており、重巡から燃料を分けて急行させたため遅れた）。栗田自身は作戦を継続すべく、無傷の第1小隊（熊野、鈴谷）を率いて連合艦隊主力部隊との合流を急いだ。これは第七戦隊は連合艦隊主隊に合同せよという命令が継続しており、栗田にはそれを行う義務があったからである。連合艦隊参謀長宇垣纏は「戦藻録」に「第7戦隊は全部集結して最上の護衛に当たるこそ望ましき次第」と書いているが、連合艦隊が集結命令を取消して救援を命じ、自身らも応援部隊を出さなかった、指示が遅れた事に関しても一切触れていない。また「三隈」と「最上」が米軍機動部隊に追撃され、「三隈」が撃沈されたのは、レイモンド・スプルーアンス少将が「三隈」を「空母か戦艦と誤認した」ためだった。大破した「三隈」の写真を見たスプルーアンスは「戦艦を爆撃した」とニミッツ提督に報告したことを後悔している。重巡三隈が撃沈された件に関して、ミッドウェー海戦における連合艦隊の責任や事故の直接原因（三隈と最上の信号誤認）を認めつつも、第七戦隊司令官として栗田にも責任があるとする意見もある。熊野艦長・田中菊松大佐は、栗田の戦意のなさに批判的である。7月、第三戦隊司令官に任官。10月、ガダルカナル島ヘンダーソン基地艦砲射撃作戦を指揮。ヘンダーソン基地艦砲射撃に栗田は反対の態度を示していた。この判断は当時の海軍軍人の常識（陸上砲台と艦船が砲撃しあうと、船体が揺れ不安定な艦船は不利で安定する陸上砲台が有利）では妥当なものである。実際日露戦争緒戦の連合艦隊と旅順要塞及び艦隊との砲撃戦や第一次世界大戦でのガリポリでの戦いでも戦艦からの砲撃は陸上の敵拠点を無力化できず、目的を達しえなかった。会議の席上でも栗田と同じく戦艦による陸上砲撃に反対を唱える者がほとんどであった。山本長官の「第三戦隊が行かないのであれば、私が大和を率いて突入する」という発言を受けて、栗田は作戦を引き受けるが、引き受けた以上は成功させるべく、全力を注いでおり、打ち合わせで会った奥宮正武(当時は第二航空戦隊参謀)は、初めて会った栗田が首席参謀の有田雄三中佐と共に強い自信を示していたと述べている。この作戦は戦艦を伴った砲撃作戦としては唯一の成功となった。26日、南太平洋海戦に参加。1943年2月、ガダルカナル島撤収作戦であるケ号作戦を支援。1943年8月、第二艦隊司令長官に親補される。海軍大学校甲種学生を経ずに司令長官に親補された数少ない人物の一人である（栗田の拝命した海大乙種は同期生の約8割が進み、高等数学など主に普通学を学ぶ課程である）。海大甲種を受験しているが、相次ぐ転勤と激務で知られる艦隊勤務のため、勉強の暇がなく、口頭試問で不合格になっており、栗田は「頭が悪かったんだな」と述べている。第二艦隊司令官に親補された時の心境について「じょうだんじゃない。ねえ。こんな野武士を……だめじゃないか。そう思ったね」と戦後述べている（予備役になれると思っていたという）。11月、ろ号作戦に伴い、ブーゲンビル島逆上陸支援のため、第二艦隊主力を率いてラバウル入泊した際にラバウル空襲に遭遇した。同年勲一等瑞宝章を受章。1944年6月、マリアナ沖海戦に参加。その後、栗田の指揮する第二艦隊は一旦本土に戻ったものの、燃料事情を考慮してスマトラ島のリンガ泊地に移動し、捷号作戦に備えた艦隊訓練に当たった。