1970年代以降、欧米ではノーザンダンサーの子供たちが猛烈な勢いで大競走を制していき、血統地図を急速に塗り替えつつあった。ニジンスキーを経て祖父にノーザンダンサーを持つマルゼンスキーは、日本においてその血統の優秀さを示した最初の馬であり、それだけに種牡馬としての生産界からの注目度・期待度は非常に高いものだった。マルゼンスキーはその期待に違わず、初年度産駒から菊花賞をレコード勝ちしたホリスキーを送り出し、以後宝塚記念優勝のスズカコバン、朝日杯3歳ステークスと日本ダービーに優勝したサクラチヨノオー、菊花賞に優勝したレオダーバンといったGI優勝馬を輩出した。その種牡馬実績が評価され、1990年にはJRA顕彰馬に選出された。種牡馬ランキング最高成績は1988年の2位（中央3位）。さらに特筆されるのはブルードメアサイアー（母の父）としての実績である。GI競走4勝を挙げたスペシャルウィークを筆頭に、9頭のGIおよびJpnI優勝馬が輩出されており、ランキングでは2位を10回記録。「マルゼンスキー牝馬」は生産者の間で引っ張りだこの存在となり、1996年時点で、北海道日高地方には約170頭が繋養されていたといわれる。これは当時トウショウボーイ牝馬の210頭に次ぐ数字であった。牡馬の後継ではホリスキー、スズカコバン、そして重賞2勝のサクラトウコウらが種牡馬としても健闘した。1995年に高齢のため種牡馬シンジケートが解散したが、その後も種牡馬としての人気は高く、1997年には70頭への種付けを行っていた。しかし同年8月21日午前4時ごろ、翌年の種付けシーズンに向けた体作りのための軽い運動の最中、突然いなないて倒れ、そのまま死亡した。23歳（旧表記24歳）没。死因は心臓麻痺であった。マルゼンスキーを溺愛していた橋本は自身の次男として弔い、3日後の8月24日、橋本牧場において告別式が行われ、多数の生産者や競馬関係者が参列した。その遺骸は当時まだ健在であった母・シルにも見送られたのち、柩に収められた状態で牧場内に埋葬された。
予定していた巴賞と京都大賞典は使えず、一旦橋本牧場に放牧に出され10月初旬に帰厩し、一時はダービー卿チャレンジトロフィーを使うプランも模索され最終調教まで行われたが、納得がいかない点があったことから断念し、有馬記念へは直行することになる
有馬記念のファン投票では、後年「TTG」と並び称されるテンポイント、トウショウボーイ、グリーングラスに次ぐ第4位に選出
それらの強豪との対戦に期待が寄せられていたが、12月15日に行われた最終調教において屈腱炎が再発する
この最終調教では落馬負傷で戦線離脱中の中野渡に代わって加賀武見が騎乗しており、調教時計自体は一番時計を出していたものの直線で異常を感じていたという
症状はごく軽く、獣医師は出走可能との診断を下していたが、橋本が患部に手を当てようとする脚を上げる仕草をすることから、痛がっていると判断、また本郷も「万が一レースで故障したら元も子もない」との考えで、出走を回避させることになった
前述の通り屈腱炎の症状は軽いものだったが、マルゼンスキーには宝塚記念と有馬記念以外に出走できる目標レースがなかったことから、種牡馬とするため引退が決まった
通算8戦8勝、2着につけた合計着差は61馬身におよんだ
1978年1月15日に東京競馬場で引退式が行われ、スタンドには「さようならマルゼンスキー
語り継ごうおまえの強さを
讃えよう君の闘志を」との横断幕が掲げられた
日本短波賞時の2番のゼッケンをつけ、負傷の身をおして式に参加し騎乗した中野渡を背にしたマルゼンスキーは、馬場を半周ののち4コーナーから疾走して最後の走りを披露した
挨拶に立った橋本は「この馬は持込馬という宿命にあって、クラシックレースに出られなかったのは非常に残念ですけど、この鬱憤は子供たちで必ず晴らします
クラシックを獲れるような馬を生産してファンの皆様に応えるべく頑張りますから、よろしく応援してください」と語り、拍手喝采を送られた

黒澤一派との死闘の後、大怪我を負った桐生を見舞った際に、コンサート会場で桐生との関係を公表した遥に対して、スキャンダルになることは避けられないとして「桐生さんと一緒に暮らすには覚悟がいるよ」と忠告した上で、「君らならきっと大丈夫」と激励の言葉を送った。その後は2015年12月（当時37歳）にホームレス達と酒盛りをしていた最中に亜細亜街の火事を目撃し、それを機に神室町に進出してきた中国マフィアの「祭汪会」に目を付けられた事で彼らを欺くために事業を休業状態にして（花も里に返す）ホームレスとなり、しばらく下水道に隠れる。その後、2016年12月（当時38歳）には隠れ家で失踪した遥を探して神室町に来た桐生と再会し、桐生の後をつけてきた祭汪会幹部のエドと手下達を桐生と共に撃退するが、直後に遥が事故に遭ったことを桐生と共に知り、彼女が搬送された病院を訪れる。その後は遥の子供であるハルトの存在を知り、真相を知ろうとハルトを連れて広島の尾道仁涯町に行くという桐生の考えに対して誰かに預けた方が良いと提案したが、そのために意見が割れてしまい、桐生と拳を交えた末に押し切られる。その後、桐生が再び神室町に戻ってきた際は桐生のために祭汪会の情報を集めることに奔走し、エドがいる中華料理屋に桐生や広瀬一家の若頭である南雲剛、若衆である宇佐美勇太（後にハルトの父親と判明）と共に乗り込み、そこで桐生と共闘した。また、事件の黒幕の一人で亜細亜街の火事を引き起こした東城会六代目会長代行の菅井のいるミレニアムタワーへ桐生と広瀬一家の面々が殴り込みに向かう際にも菅井に荒らされた神室町の「返し」と称して神室町の住人代表として同行し、桐生の手助けをした。事件後はスカイファイナンスの営業を再開させ、その事を伊達に知らせた際に疑問に思っていた桐生の死が本当であるかを確認するが、真実を知る伊達からはシラを切られてしまい、それでも何かあると勘付きつつも敢えて引き下がり、最後に「いつか本当のことを聞かせてもらいますよ」と言い残して去った。