前年の暮れに死期を悟った清拙は南禅寺住持を辞し、退去先の建仁寺禅居庵で最期を迎えた。清拙は禅林において百丈懐海の命日に営む仏事「百丈忌」を設けたが、正月17日は奇しくも百丈の命日であった。伝えるところでは清拙は最期の日を迎えてもいつもと変わらぬ様子であったが、土岐頼貞親子らに永訣の意を表し形見と遺偈を与えたのち、侍者に末期の句を会すと述べ、絶句する侍者をよそに「今日は百丈和尚の命日なり、吾将に行かん」と大笑、そして集まった弟子たちに説法したのちこの遺偈を書し、筆をなげうって示寂したという。遺偈は「棺（龕）割の墨跡」の名で世に知られる。これは臨終に間に合わなかった弟子のために、清拙が棺を割って眼を開いて法を授けたのち、再び眼を閉じたという釈迦涅槃の説話のごとき伝説にちなむ。現在は常盤山文庫（神奈川県鎌倉市）の所蔵に帰し、国宝に指定されている。
『五山禅林宗派図』に記される清拙の法嗣は33名いるが、この一派は大鑑派と称され、のちに天境霊致にはじまる南禅寺聴松院と、建仁寺禅居庵という二つの拠点が形成された。このほか日本国内で清拙にゆかりある禅刹として、建長寺と博多聖福寺の禅居庵・能登安国寺・山城興聖寺・相模成願寺・信濃開善寺がある。ただし、このうち聖福寺禅居庵・安国寺・興聖寺は廃寺となった。
清拙は、禅僧が則るべき規範・儀式である清規の実践を励行し、禅宗寺院における仏事の詳細から僧たちの日常生活における規律などを日本の実情に合わせてまとめた『大鑑清規』を定めた。同書はまた、喫茶儀礼に関する記述を多く含み、禅刹における喫茶の諸形態を知ることのできる資料としても注目されている。
15歳のとき福州報恩寺で出家し、開元寺で受戒、平楚聳に師事する。23歳で福州を離れ杭州浄慈寺の愚極慧に師事し、27歳のとき愚極が亡くなると方山文宝に従い、そこで15年ほど過ごした。その間霊隠寺・阿育王山・蒋山等を訪ね古林清茂らと交わった。のち聖因寺・真浄寺に入山した。泰定3年/嘉暦元年（1326年）6月、日本からの使者・月山友桂らとともに来日。同年8月に博多に到着した。翌嘉暦2年（1327年）正月に京都入りしたのちに鎌倉へ移り、建長寺に入山した。鎌倉在住中に浄智寺、円覚寺の住持を歴任した。元弘3年（1333年）に再び上洛し、建仁寺住持に着任、引き続いて勅命により南禅寺住持に就任した。暦応2年（1339年）1月17日に建仁寺塔頭禅居庵にて66歳で入寂した。唐僧・百丈懐海の忌日である正月17日に営む「百丈忌」の法要を日本で初めて励行した。清拙を派祖とする一派は大鑑派と称され、天境霊致や霊希世彦、黙庵霊淵といった漢詩や水墨画を能くした名僧が輩出した。著作に『大鑑清規』・『大鑑小清規』・『禅居集』・語録二巻がある。
矢掛中学校（現岡山県立矢掛高等学校）を経て、1923年（大正12年）に姫路師範学校（現・神戸大学）を卒業。小学校教諭となる。1925年（大正14年）に東洋大学専門学部文化学科に入学。後に東洋大を中退する。中学校在籍時より詩・短歌・俳句を作り始める。1929年（昭和4年）に処女詩集『野』を自費出版にて発表。1931年（昭和6年）には第二詩集『メクラとチンバ』を同じく自費にて刊行。同年11月、宮崎ミサヲと結婚。1933年（昭和8年）に太宰治らと同人誌『海豹』を創刊。この頃、井伏鱒二と知己となり、以後親交が続く。同人誌創刊以降は小説家としての道を歩み、1939年（昭和14年）に処女小説『抑制の日』を発表、第9回芥川龍之介賞候補になる。1940年（昭和15年）に『河骨』が第11回芥川賞候補になる。1944年（昭和19年）に新境地を開拓すべく満州（現在の中国東北部）の新京（現在の長春）に農地開発公社の嘱託社員として赴任する。1945年（昭和20年）に現地召集を受け兵役に就く。太平洋戦争終戦後、長春で1年程度難民として生活を送り帰国。1954年（昭和29年）に『脳下垂体』、1957年（昭和32年）に『耳学問』が直木三十五賞候補になる。1962年（昭和37年）に、中国での戦争体験をもとに書かれた代表作『大陸の細道』を発表。1963年（昭和38年）に同作で第13回芸術選奨文部大臣賞を受賞。1968年（昭和43年）8月23日に食道癌で東京女子医科大学付属消化器センターにて死去。享年64。墓所は笠岡市の木山家墓地。法名は寂光院寿蘊捷堂居士。1997年（平成9年）に笠岡市などが主催して木山捷平文学賞が設けられ、2005年迄の9回にわたり受賞作が発表された。2006年（平成18年）からは公募の新人賞の木山捷平短編小説賞に模様替えされた。