指紋のセキュリティに対する主な脅威は、攻撃者が被害者の公開鍵と指紋が一致する鍵ペアを作成する原像攻撃である。攻撃者は被害者に成り済まして被害者の公開鍵の代わりに自身の公開鍵を提示する可能性がある。一部のシステムに対する二次的な脅威は衝突攻撃である。攻撃者は自身の指紋と一致する複数の鍵ペアを作成する。これによって攻撃者は自分が作成した署名の否認や、その他の混乱を起こす可能性がある。原像攻撃を防ぐために、指紋に使用される暗号学的ハッシュ関数は、第二原像攻撃耐性を持つ必要がある。衝突攻撃が脅威である場合は、暗号学的ハッシュ関数は衝突耐性も持つべきである。より短くより有用な指紋のために暗号学的ハッシュ関数の出力を切り捨てることは許容できるが、この場合の指紋は力まかせ探索攻撃に対して暗号学的ハッシュ関数の特性を保持するのに十分な長さでなければならない。実際には、現在使用されている殆どの指紋は、切り捨てられていないSHA-1またはMD5に基づいたものである。2019年時点ではSHA-1とMD5の強衝突耐性は突破されているが、原像攻撃耐性はある。従って、将来的にはSHA-2やSHA-3が利用されるようになる。しかし、これらの出力が長い暗号学的ハッシュ関数に基づく指紋は、SHA-1またはMD5に基づく指紋よりも切り捨てられる可能性が高くなる。指紋の長さを最小限に抑える必要がある状況では、指紋の計算コストを増やすことで指紋のセキュリティを高めることができる。例えば、CGAでは「ハッシュ拡張」と呼ばれ、誰でも指紋を計算して0から始まるハッシュサムを検索する必要がある。これは高コストな操作だと見做されている。
SSHなどのシステムでは、ユーザーは指紋を手動で交換および確認を行い鍵認証を行うことができる。ユーザーが他のユーザーの指紋を承認すると、その指紋または公開鍵がそのユーザーの名前かアドレスと共にローカルに保存され、以降のそのユーザーとの通信では自動的に認証されるようになる。X.509ベースの公開鍵基盤などのシステムでは、指紋は主にルート鍵の認証に使用される。これらのルート鍵は、ユーザー鍵を認証するために使用できる証明書を発行する。証明書をこのように使用することで、ユーザー間の指紋の検証を省くことができる。PGPやGrooveなどのシステムでは、指紋は以下のような用途で利用することができる。指紋は他のユーザーまたは認証局の鍵の認証に使うことができる。PGPではユーザーが互いに公開鍵に署名しあうことでWeb of trustを形成することができ、指紋はこの作業をより簡単に行うために使用されている (例えばキーサインパーティーなど)。CGAやSFSや殆どの暗号化P2Pネットワークなどのシステムでは、指紋は既存のアドレスと名前の形式 (IPv6アドレス、ファイル名、その他の識別文字列など) に埋め込まれている。アドレスと名前が信頼できる手段によって交換済みの場合、このアプローチでは指紋をそれらに便乗させることができる。PGPでは殆どの鍵は「鍵ID」と呼ばれるものが指紋の下位32ビットまたは64ビットと等しくなるように作成されている。PGPでは公開鍵を参照するためにこの鍵IDが使用されている。鍵IDは指紋とは異なるものであり、長さが短いので公開鍵を安全に認証するためには使用できない。現在のハードウェアでは僅か4秒で32ビットの鍵IDを作成できるので、32ビットの鍵IDは使用するべきではない。
インターネットなどの信頼できない手段によって公開鍵を入手した場合、入手した者はその公開鍵を検証することを望む。指紋は短いバイト列なので、これよりも遥かに長い公開鍵を伝えることが困難な信頼できる手段でも伝えることができ、公開鍵の検証を行うことができる。例えば、アリスがボブの公開鍵を検証したい場合、彼女は電話や直接会うなどの方法でボブと連絡をして、ボブの公開鍵の指紋を読み上げてもらうか、指紋が書かれた紙を渡してもらう。アリスはこの信頼できる指紋が入手した公開鍵のものと一致するかを確認することができる。このように、値を交換して比較することは、値が長い公開鍵ではなく短い指紋である場合には簡単なことである。指紋は鍵認証データの交換または保管を自動化する場合にも役に立つ。例えば、公開鍵のサイズが問題となる鍵認証データをプロトコルを介して送信するかデータベースに格納する必要がある場合、指紋の交換または保管がより現実的な解決策になる可能性がある。更に、ユーザーがダウンロードしたばかりの公開鍵を第三者による検索エンジンで確実に見つかるように、指紋を検索エンジンで照会することができる。検索エンジンが適切なサイトにリンクされた指紋を参照して結果を返した場合、中間者攻撃のような攻撃によって、鍵が改竄されていないことにより確信することができる。PGPには音声による指紋の交換を容易にするためのPGP単語リストを開発した。
1907年2月にシャクルトンが、ディスカバリー遠征の元本部を次の遠征基地にするつもりだと公表したとき、スコットはまだその時点で次の南極遠征計画公表していなかったが、それに注目した。スコットからシャクルトンに宛てた手紙で、マクマード・サウンドに対して優先権があると主張した。「私自身の行動現場にある種の権利があると感じている」と記し、さらに「探検に関わることになる者は、この地域を主として私の物と見なすことになる」と付け加えていた。スコットはシャクルトンに、以前の隊長に対する忠誠の義務を思い出させて、締め括っていた。シャクルトンの最初の返事は当たり障りの無い「私はできる限り貴方の見解に従いたいと思う。自分で支えられない地位を創出することはしない。」というものだった。しかしエドワード・ウィルソンがシャクルトンから仲裁を求められたときに、ウィルソンはスコットよりも強硬な姿勢を採った。「貴方はマクマード・サウンドを使うべきではないと思う。」と記し、スコットが「どこまで自分の権利範囲にある」と決めるまで、ロス海の全体でどこからも行動する計画を作らない方がよいとシャクルトンに忠告した。これに対してシャクルトンは「彼の権利が基地の所で終わるということに私には疑念が無い。私の限界に達しそれ以上進むことは考えていない」と回答した。この事態は1907年5月にスコットが海軍任務から戻って来たときも未解決だった。スコットは西経170度線を境界とし、それより西のロス島、マクマード・サウンド、ビクトリアランドなどを含む全てをスコットの保留地とする考えだった。シャクルトンは他にも関心事があったので、ここは譲るしかないと考えた。5月17日、「私はマクマードの基地を貴方のために残し」、そこよりも東、ディスカバリー遠征の間に短期間訪れたバリア入り江か、エドワード7世半島のどちらかで上陸点を探すつもりであるという宣言書に署名した。ビクトリアランドの海岸に行くつもりは全くなかった。それはスコットとウィルソンに対する降伏であり、ビクトリアランドにあると見られる南磁極に到達するという遠征目標を放棄することを意味していた。極地の歴史家ボー・リッフェンバーグはこれが、「倫理的に要求されず、渡されるべきではない約束であり、シャクルトンの遠征隊全体の安全性にも影響するものだった」と考えている。この議論は二人の関係を気まずくさせ（それでも公的な礼節は保っていた）、以前は親密だったウィルソンとシャクルトンの関係を完全に崩壊させることになった。シャクルトンはその遠征に関する自身の証言の中で、スコットとの論争には触れていない。単に「我々が最終的にイングランドを離れたときまでに、できるならばマクマード・サウンドの代わりにエドワード7世半島に自分の基地を作りたいと決めていた。