2012年7月30日、ウルヴァーハンプトン・ワンダラーズFCに買い取りオプション付きレンタルで加入。2012年11月13日、買い取りオプションが行使され2016年夏までの契約を結んだ。最終的に35試合に出場したが、チームはフットボールリーグ1に降格した。降格後、ケニー・ジャケット新監督が就任すると、ドゥンビアは来シーズンの構想から外れた。2013年8月6日、リーグ・アンのヴァランシエンヌFCにレンタル移籍。レギュラーを獲得するも、チームの降格を阻止出来なかった。
筑後国分寺を移転、再興したものと考えられている。足利尊氏により、寺産15町を付けて再興される。慶長年間に柳川藩主田中吉政により再興される。1778年（安永7年）に久留米藩7代目藩主有馬頼徸により筑後三十三観音霊場第11番札所に定められる。1869年（明治2年）に藩命により、高良山明静院の住持が当寺に移るが、その際に高良山明静院の石仁王像、元三大師、大聖歓喜天も当寺に移される。
FC東京では、今野泰幸のセンターバックへのコンバートもあり、激戦区であるボランチに割って入ると、J1第9節大宮戦からスタメンに定着。梶山陽平とのダブルボランチを組み、7月には得意としていた守備に加えて「プレスを外せるところや、DFからボールを引き出す場所が分かってきた」とオフ・ザ・ボールの動きの向上にも自信を見せ、チームの連勝に貢献。梶山からも「（ボールを）つないで時間をつくれるようになった」と成長ぶりを認められた。7月12日の対名古屋戦では、視察に訪れた岡田武史日本代表監督の称賛を受けた。シュートは上手くないとしながらも「一生懸命練習」し、第24節対大分戦で、30メートル超のミドルシュートでリーグ戦初得点。ナビスコカップ決勝戦では、前半にペナルティエリア外からミドルシュートで先制点を決め、2-0の勝利に貢献。ニューヒーロー賞と史上最年少での決勝MVPを獲得した。Jリーグ技術委員長の上野山信行からは「豊富な運動量をベースに、相手の攻撃の芽を摘む鋭い守備力、的確な判断力に加え、攻撃面におけるゴールに向かう多彩な展開力は将来の日本代表の一翼を担える」と評価された。12月21日にはアジアカップ最終予選に向けたA代表に初招集され、対イエメン戦にフル出場。中盤の底を一人で支え、逆転勝利に貢献した。2010年には、尊敬する浅利悟 の背番号「7」を引き継ぎ（浅利も「7番は米本に」と希望していた）、開幕スタメン入りを目指していたが、2月25日の小平グランドでの練習中に負傷し、後に左膝前十字靱帯損傷および左膝外側半月板損傷と診断され戦線から離脱。長期のリハビリ期間を強いられた中で筋力トレーニングに励んで体重を5キロ増やし、10月23日のJ1第27節新潟戦でベンチ入りを果たした。翌節の清水戦からは先発出場。大熊清監督やチームメートの石川直宏から、守備のアプローチが速く、勇気あるプレーで攻守に好影響を与えたと評価された。一方で、自身はブランクによるスタミナ不足を感じており、出場を続ける中で克服に努めた。最終節にチームは16位となりJ2降格を喫したが、米本の復帰以降は3勝2分2敗 と調子を上向かせていた。当時の米本についてスポーツライターの小宮良之はスペインのマルコス・セナに似たタイプの選手と評した。2011年は攻撃参加を目標としており、ガーナのマイケル・エッシェンを理想の選手に挙げていた。ロンドンオリンピックを目指すU-22日本代表にも選出され、ボランチを組んだ山村和也には「ヨネはバランス感覚が優れ、守備の能力が高いから（自分は）好きなように攻撃参加できる」と評価された。しかし、4月24日の千葉戦で再び左膝前十字靱帯を負傷し、手術することになった。2012年3月17日、J1第2節名古屋戦にて途中出場し11ヶ月ぶりの試合出場を果たした。体重を増やしパワーを付けたこともあって、武器であるボールホルダーへの寄せはタイミングを見計らってのものへと変化した。U-23代表には1年以上の間選外になっていたが、関塚隆U-23日本代表監督からの評価は高く同年7月、ロンドンオリンピックに臨むU-23日本代表のバックアップメンバーに選出された。2013年は、FC東京の副主将を務める。昨季以上の激しく素早い守備に加え、J1第24節広島戦では4年ぶりの得点を挙げ 完調を印象付けた。同年リーグ戦におけるボール奪取数において日本人最多を記録。2014年、インサイドハーフにポジションを上げ、手薄になりがちな中盤のスペースを埋める 高い守備能力はそのままに自身初のリーグ戦複数得点を記録。前年に続き日本人最多のタックル数を数えた。2015年7月、東アジアカップ2015に出場するA代表メンバーに5年4ヶ月ぶりに 選出された。同年のリーグ戦ではパス、タックル、インターセプト、走行距離においてチーム最多・最長を記録。2016年は4年ぶりのAFCチャンピオンズリーグでアジアの強豪相手に引けを取らない姿を見せるなど 健闘していたが、7月のJ1・2nd第5節川崎戦で負傷退場し、後に右膝前十字靱帯断裂及び内側側副靱帯損傷と判明。翌8月にはスペイン・バルセロナの病院で再建手術を受け、全治8ヵ月と発表された。2017年4月30日、J3第6節の長野パルセイロ戦で実践復帰を果たし、5月10日のルヴァンカップ第5節の大宮アルディージャ戦でトップチームの公式戦で復帰を果たした。2018年7月18日、柏レイソル戦でJ1リーグ通算200試合を達成した。2019年より名古屋グランパスへ完全移籍することが発表された。