1949年、当時、日本はユニセフからの支援を受けていた。ユニセフからの要請に基づき、財団法人日本国際連合協会が人員を募集し、支援物資の提供元への礼状を書く作業を始めたのがその起源である。1950年には財団法人日本国際連合協会から独立し、任意団体日本ユニセフ協会となった。当初は、共同募金の一部をユニセフに送金する運動などを行った。1954年に募金活動を開始。最初の寄付金は、まだユニセフからの支援を受けていた日本への援助に当てられた。1955年、財団法人となる。1977年、ユニセフ本部の承認を受け、正式なユニセフ日本委員会となった。2001年6月、協会ビル「ユニセフハウス」を建設し、本部を同地に移した。2003年、ユニセフ本部への拠出金が1億ドルに達し、すべての国内委員会の中で最高となった。しかし、2007年はドイツ国内委員会が最高額となり、日本ユニセフ協会拠出額は2位となった。2007年4月、日野原重明が日本ユニセフ協会大使に就任。 2011年4月、内閣府の認定を受け、公益財団法人に移行した。
日本ユニセフ協会では本部以外にも各地に活動拠点を設置しており、19か所に道府県支部、6か所に友の会、1か所に募金事務局が設立されている。これらの活動拠点を、日本ユニセフ協会では「地域組織」と呼称している。
街頭キャンペーン、募金箱、ダイレクトメール等による募金事業や、グリーティングカードなどの販売事業を行っている。また、日本においては、飢餓に苦しむ子どもたちの人権擁護、開発途上国の子どもの人権状況や、国際協力に関する啓発活動、子どもの権利条約締結や児童買春禁止に関する支援活動をおこなう。協会ビル「ユニセフハウス」において、併設のホール、展示スペース、ミニシアターを使用して活動状況や子どもが置かれている現状について、主に子どもが学習できる場として公開し、広報活動を行っている。また、ショップにて、一部が国際連合児童基金への寄付金となる商品の販売をしている。ユニセフハウス内には元専務理事橋本正（第24・36代厚生大臣橋本龍伍の妻）の名を冠したホールがある。日本国内では、日本ユニセフ協会への寄付金は税制上の優遇措置があり、寄付金控除として「所得控除」か「税額控除」のどちらかを選択できる。同協会では、近年、寄付金を活用した相続税対策として、「ユニセフ・相続セミナー」などの遺贈プログラムも展開している。
日本における「ユニセフ国内委員会」として、世界におけるユニセフの活動を支援するために、日本において寄付募集、広報・啓蒙活動、政策提言協力を行うことを使命としている。世界の途上国と地域に展開して現地の子供たちの直接支援を行うという組織の目的により、ユニセフの各国支部は日本を含む世界34の先進国と地域（香港）には設置されていない（つまり、UNICEF日本支部は存在しない）が、一方で先進国では各国の民間人に働きかけて資金援助を募る民間団体（NGO）としてユニセフ国内委員会が各国に設置されており、日本では日本ユニセフ協会（UNICEF日本委員会）がそれにあたる。そのため、日本ユニセフ協会と国際連合児童基金（ユニセフ）ニューヨーク本部は組織系統上のつながりはなく、別組織であり、UNICEFの日本支部ではない。アジア太平洋地域では、先進国として日本と韓国（と香港）に、UNICEF支部の代わりに「ユニセフ国内委員会」が設置されている。そのため民間からの援助とは別に、日本政府と韓国政府向けにUNICEFを代表して資金援助などの交渉をするために必要となるUNICEFの組織が、「ユニセフ東京事務所（UNICEF TOKYO Headquarters office）」として日本の東京に設置されている。これは、UNICEFの組織系統上では「office（支部）」ではなく「Headquarters office（本部）」であり、UNICEFの本部の一つが日本にあるというだけで、途上国に設置されているようなUNICEFの日本支部ではない。実質的な権限はUNICEFニューヨーク本部にあるものの、ユニセフ東京事務所はジュネーブUNICEFヨーロッパ事務所やUNICEFブリュッセル事務所などと同じく、途上国にあるUNICEFの各国支部の上位にあるUNCEF本部の一つであり、民間団体である日本ユニセフ協会や韓国ユニセフ協会とは組織系統上のつながりはないものの、強い協力関係にある。詳細については、別項（UNICEF本部（国際連合児童基金）との関係）に述べる。
グレッグは1861年2月15日のアメリカ連合国臨時議会に出席し、8月には代議員を辞職して南軍に入隊した。グレッグはテキサス州に戻って、第7テキサス歩兵連隊を立ち上げ、9月にその大佐となった。グレッグと第7テキサス歩兵連隊は1862年2月12日から16日に行われたドネルソン砦の戦いが初戦であり、このとき守備隊の大半と共に捕まえられた。グレッグは監禁のためにマサチューセッツ州ボストンのウォーレン砦に送られた。1862年8月15日、グレッグは捕虜交換で釈放され、8月29日には准将に昇進した。その後西部戦線任務のためにミシシッピ州に派遣され、1862年10月24日から1863年3月までミシシッピ軍第1師団の第10旅団長を任された。グレッグの第10旅団はその後1863年3月から5月まで、ミシシッピ・アンド・東ルイジアナ方面軍第3地区軍に割り付けられた。グレッグの部隊はグレッグ旅団と呼ばれるようになり、1863年5月10日には西部方面軍ウィリアム・H・T・ウォーカー師団に付設された。グレッグにとってミシシッピ州では最初の大きな戦闘は5月12日のレイモンドの戦いであり、その配下3,000名の旅団は北軍ジェイムズ・マクファーソン少将の指揮する総勢10,000名の第17軍団と大変な6時間の戦闘を続けた。この戦闘後グレッグ旅団はミシシッピ州ジャクソンへの撤退を強いられ、6月14日にはジャクソンの戦いに参戦した。グレッグ旅団は1863年9月、一時的にテネシー軍予備軍団の一部となった。9月19日のチカマウガの戦いの時は、テネシー軍第3軍団ブッシュロッド・ジョンソン師団に付けられた。グレッグは9月20日に首を撃たれて重傷を負った。傷が快復したグレッグはロバート・E・リーの北バージニア軍において有名なフッドのテキサス旅団指揮を任された。グレッグの旅団は1864年春の東部戦線で、荒野の戦い、スポットシルバニア・コートハウスの戦い、コールドハーバーの戦いおよびピーターズバーグ包囲戦に参戦した。1864年5月3日の荒野の戦いでグレッグは負傷し、その後はピーターズバーグ包囲戦までリー軍に随った。