DNA超らせん（DNAちょうらせん、DNA superhelix）とは、DNAの二重らせんにさらにねじれを導入したときに生み出される高次のらせん構造のことをいう。DNAスーパーコイル（DNA supercoil）ともいう。
日本時間6月5日午後2時3-5分、飛龍はエンタープライズとヨークタウン(艦載機のみエンタープライズに移動)のSBDドーントレス急降下爆撃機24機の集中攻撃を受け、1,000ポンド爆弾4発を被弾した。前部エレベーターは最初の命中弾で吹き飛ばされて艦橋の前に突き刺さったが、一種の防護壁となって残り、爆弾命中時の爆風から艦橋を守った。続いてホーネットのSBDドーントレス14機、B-17爆撃機12機が炎上する飛龍や護衛艦（榛名、利根、筑摩）を攻撃したが命中弾はなかった。当初、飛龍はタービン4基正常、ボイラー8罐のうち5罐は正常で、機関科は速力30ノット可能と報告した。ところが舵駆動用モーターが停止し、バッテリーに切り換えたところで機関室と艦橋との電話が通じなくなる。これは電話と舵取りバッテリーが同じ電源を使っていたためだった。艦橋にいた機関参謀からの最後の電話は「何か言い残すことはないか」であり、機関科員は愕然としたという。戦闘詳報は、「機関部は最後迄電話連絡可能にして機関長海軍機関中佐 相宗邦造以下最後迄努力し従容として死に趣く」と表現している。機関科乗組員はなんとか艦上部へ出ようとしたが、通路に積み上げられた米俵が炎上し、艦橋への連絡に失敗している。艦幹部も決死隊を編成して機関室への連絡を試みたが、こちらも失敗したという。火災による熱のため右舷機関は放棄されたが、機関科兵は左舷機関室に移動して任務を継続している。午後6時30分頃より第八戦隊(筑摩、利根)、第10駆逐隊の放水消火活動が開始され、艦内部に延焼した火災の消火に手間取っていたところ、午後8時58分に再び爆発が起きた。第三戦隊（榛名、霧島）による曳航も検討されたが、飛龍前部の損傷が激しいため中止されたという。午後10時、駆逐艦巻雲が飛龍に横付けして負傷者と御真影(昭和天皇の写真)を引き取る。加来艦長は消火に努力していたが、機関科全滅の報告(誤報)を受けて飛龍の放棄を決定した。午後11時50分、軍艦旗降下。6月6日午前0時15分、総員退去命令が出る。生存者は第10駆逐隊（司令阿部俊雄大佐：巻雲、風雲）に移り、午前1時30分に移乗完了した。午前2時10分、巻雲の発射した魚雷2本のうち1本が命中する。第10駆逐隊は飛龍の沈没を見届けず、西方に退避した。機関科生存者の証言によれば命中から沈没まで2時間以上かかったという。戦闘詳報による沈没位置北緯31度27分5秒 東経179度23分5秒。のちに飛龍生存者は戦艦榛名や霧島に移り、日本本土へ戻っている。数時間後、山本五十六連合艦隊司令長官（戦艦大和座乗）率いる第一艦隊の空母鳳翔から偵察に飛来した九六式艦上攻撃機が、漂流する飛龍および飛行甲板にたたずむ人影を発見し、帰艦後「飛龍に人影があり帽子を振っていた」と報告する。これをうけた軽巡長良艦上の南雲中将は、第17駆逐隊（谷風）に生存者の救出と飛龍処分を命ずるが、谷風は途中アメリカ軍機の集中攻撃を受けて現場到達へ遅延を生じ、飛龍も脱出した艇も発見することができなかった。なお、鳳翔艦攻が見た人影は、飛龍と運命を共にした山口少将と加来止男飛龍艦長だといわれていたが、生還者の証言により池田幸一三等機関兵曹、岡田伊勢吉三等整備兵の両名であることが判明している。機関部から脱出した100名以上のうち、39名(漂流中に5名死亡)は食糧と水を積み込んだカッターボートで飛龍を離れた。日本時間6月6日午前6時6-15分、飛龍は左舷に傾きつつ艦首から沈んでいった。機関科脱出者達は15日間漂流したのち、アメリカ軍哨戒機に発見される。飛龍の軍艦旗はカッターボートに持ち込まれていたが、彼等が捕虜になる前に海中へ投棄された。現場に到着した水上機母艦「バラード」は34名を救助、飛龍の救命ボートがわずかしかなかった事に対し、アメリカ軍は「救命用具がまったくない状態というのは、国家による重要な人命軽視であると思われる」と報告した。ミッドウェー海戦時の飛龍に乗り組んでいた実員は不明だが、飛龍の定員は准士官以上95名、下士官兵1315名、傭人6名、計1,416名である。これに第二航空戦隊司令部員23名と航空機搭乗員、ミッドウェー基地占領の場合、基地要員として赴任予定の便乗者が乗艦していた。飛龍の戦死者は戦闘詳報によると山口司令官、加来艦長ら准士官以上30名、下士官兵387名の計417名であるが、上記の機関科兵34名がアメリカ軍の捕虜となり、相宗邦造(飛龍機関長)海軍中佐以下9名は、重巡古鷹（サボ島沖海戦で沈没）や戦艦霧島（第三次ソロモン海戦で沈没）生存者と共に、捕虜尋問所「トレイシー」へ移送された。また2度のヨークタウン攻撃で多くの損害を出した飛龍搭載機搭乗員の戦死者は機上64名、艦上8名の合わせて72名（戦闘機11名、艦爆27名、艦攻34名）に上り、同海戦で日本海軍が喪失した4空母中、群を抜いている（赤城7名、加賀21名、蒼龍10名）。飛龍は海戦参加の日本空母中、最も搭載機搭乗員の戦死者が多かった艦となった。飛龍の慰霊碑が長崎県佐世保市の旧海軍墓地東公園にある。1999年10月29日、アメリカの深海調査会社ノーティコスが、ミッドウェー沖の海底4,800m付近で飛龍を発見した。