バンドを大きく躍進させる新作『ワンス』が2004年6月7日に発売（日本盤は同年7月21日発売）。今回起用されたオーケストラはロンドン・セッション・オーケストラで、映画『ロード・オブ・ザ・リング』三部作のサウンドトラックに参加したメンバーでもある（正確に言うと、ロンドン在のオーケストラから集められた演奏者の中に参加メンバーがいたということ）。今作は前作までの総売上を上回る大ヒットになり、フィンランドでトリプルプラチナム、ドイツでプラチナムになったほか、世界各国でゴールドディスクやチャート1位になっていった。日本でも前作の倍以上のヒットとなり、2005年3月には初の日本ツアーとして4都市5公演をアングラとともに行った。さらに2005年世界陸上選手権ヘルシンキ大会の開会式で大ヒット曲「ニモ」をパフォーマンスするなど、バンド活動は波に乗っていく。9月にはコンピレーション・アルバム『ハイエスト・ホープス』が発売された。今作に伴うツアーは約1年半に及び、2005年10月21日にヘルシンキのハートウォール・アリーナで行われた最終公演はライブDVD/CD/LP用に収録された。そしてこの日、メンバーはトゥルネンに手紙を渡してバンドを脱退するように伝え、同時にその手紙を公開書簡としてインターネット上に公開した。この事件はニュース番組や新聞で取り上げられて大きな騒動となった。この書簡に対し、トゥルネンも同様に公開書簡で応じている。ツアー最終日の模様は翌2006年6月2日に『エンド・オブ・アン・エラ』として発売（日本盤は同年9月27日）され、即日ゴールドディスクになった。
2002年、ヒエタラのボーカルとヨエンスー市立管弦楽団をフィーチャーした『センチュリー・チャイルド』を発表。同アルバムはフィンランドにおいて発売2時間でゴールドディスク、2週間でプラチナムディスクに認定される大ヒットとなり、日本でも次第に注目されるようになっていく。2003年、ドキュメンタリービデオ『End of Innocence』発表（日本盤は未発売）。ホロパイネンらの証言や過去の貴重映像、ライブ音源などが収録された。
2001年、前年にフィンランドのタンペレで撮影・録音されたライブ作品『フロム・ウィッシュ・トゥ・エタニティ』がDVD、VHS、CDで発売（日本盤は2004年7月22日発売）。6月にゲイリー・ムーアのカバー曲をタイトルトラックにし、新曲やリメイク曲を収録した『オーヴァー・ザ・ヒルズ・アンド・ファー・アウェイ』を発表（日本盤は翌2002年1月23日発売）。フィンランド国外では『フロム・ウィッシュ・トゥ・エタニティ』のトラックが追加された。それから間もない同年10月、ヴェンスケが脱退し、フィンランド初のプロフェッショナル・メタラーであるマルコ・ヒエタラが加入することが発表される。
16歳の時に1964年にトップチームへの昇格とプロ契約を打診されると、小柄な体躯であることを懸念する母を説得し、契約金1500ギルダー（約15万円）、年俸4万ギルダー（約400万円）でプロ契約を結んだ。クライフがプロ契約を結んだ当時のオランダ国内では1954年からプロ契約が認められクライフが所属していたアヤックスは1960年代半ばになると国内のスポーツ界に先駆けて高額の給与での選手と契約を始めたが、この契約に関してアマチュアやセミプロが主流だったオランダサッカー界において2人目の事例であり、1人目はアヤックスの主力選手であったピート・カイザーとする指摘がある。同年11月15日にアウェーで行われたGVAV戦でデビューを果たすと試合は1-3で敗れたものの初得点を決め、11月22日にホームで行われたPSVアイントホーフェン戦でも得点を決め勝利に貢献しサポーターの人気を獲得した。一方、バッキンガムや彼の後任として1965年1月に監督に就任したリヌス・ミケルスの下でクライフはレギュラー選手としてではなくスーパーサブとして起用された。これはクライフの素質を認めながらも時間をかけて育成していきたいとの指導者側の意向によるものであり、ミケルスは「ヨハンは可能性を秘めていたが少年であり精神的や肉体的には依然として未熟だった」と評している。ミケルスは自らが志向する「トータル・フットボール」を実践するために選手達に厳しいサーキットトレーニングを課していたが、クライフはミケルスの課した練習に熱心に取り組んだ。1965年10月24日に行われたAFC DWS戦でクラース・ヌニンハとの交代で1965-66シーズンの初出場を果たすとカイザーとのパス交換から2得点をあげる活躍を見せて勝利に貢献。同シーズンに19試合に出場し16得点をあげエールディヴィジ優勝に貢献するなど順調に成長を見せると、19歳の頃にはミケルスの志向するサッカーを実践する上で欠かすことのできない選手となっていた。また若い頃は、クライフより1歳上でマンチェスター・ユナイテッドFCに所属していたジョージ・ベストに例えられ「オランダのベスト」と称されたこともあったが、クライフは1950年代のスター選手であるアルフレッド・ディ・ステファノのファンであり、ベストに例えられることを嫌っていた。才能がありながら不摂生が災いして表舞台から姿を消したベストではなく、ディ・ステファノのセンターフォワードでありながらミッドフィールダーの位置で幅広く動き周り積極的に守備に加わる、従来の概念を覆すプレースタイルを理想としていた。国内では1965-66シーズンからリーグ3連覇を成し遂げるなどリーグ優勝6回 (1965-66, 1966-67, 1967-68, 1969-70, 1971-72, 1972-73)、KNVBカップ優勝4回 (1966-67, 1969-70, 1970-71, 1971-72)。個人としても1966-67シーズンに33得点、1971-72シーズンに25得点をあげリーグ得点王を獲得した。