2013年7月1日には漫画化第2弾として、さおとめあげは作画による「ニンジャスレイヤー グラマラス・キラーズ」がpixivコミック内のB's-LOG COMIC 2013 Jul. Vol.6において漫画化され、以後はB's-LOG COMIC誌上で連載していた。本兌有と杉ライカが翻訳・監修として参加しており、ストーリーに大きな変更はないが、キャラクターに関しては、わらいなくのデザインをベースにしつつ「グッドルッキングガイズ重点」が謳われているなど、大幅にリファインした男性キャラ達の関係描写や、フジキド以外のキャラ視点によるストーリー補完に重点が置かれている。略称は「グラキラ」。
2014年の時点で3種類の漫画版が発表されている。2013年まではエンターブレイン（KADOKAWA系列）での展開だったが、2014年からは講談社での漫画がスタートするなど出版社を横断した展開がなされている。しかし原則として全編がTwitter上で無償公開されている（サイドストーリーや特典などは除く）。エピソードごとの独立性が高いことを生かし、各作家が翻訳済みのエピソードから自由に選択しているため、「1部の次に3部が連載される」など、原作と同じく時系列に縛られない連載となっている。
台湾（繁体字）圏において2013年12月3日に刊行。漢字タイトルは「忍者殺手」となっている。また韓国語版「닌자 슬레이어」も刊行されている。
現行版は複数の雑誌で個別に掲載されたエピソードをまとめたもので、Ninja Entertainmentから発行されたが、発行部数が非常に少ないため入手は困難。著者の公式サイトでタイトルや価格を確認できる。表紙画像は消失しているがイラストはアメリカン・コミックス作家のデイヴ・マッキーンが担当したとされる。1996年に発行された初期版の「the Ninja Slayer」は「プロトニンジャスレイヤー」と呼ばれており、現行版とはストーリーやキャラクター設定が異なっている。また著作権上の問題があるため公開を禁じているという。一部の翻訳を許可されたというファンサイトの情報では、2000年の時点で9巻まで出版されておりAmazon.comでも取り扱っていたという（現在はデータベースに存在せず）。またフィギュアなどの商品展開もあったとされる。「ゼロ・トレラント・サンスイ」のサウンドドラマ公開に合わせ、公式フェイスブックに原文の一部が公開されている。2014年4月からは日本のコンテンツを海外に紹介するTokyo Otaku Modeのサイトにおいて、原語版の「マシン・オブ・ヴェンジェンス」の連載がスタートした。
本篇の他にもスピンオフなどを集めた短編集「テイルズ・オブ・ジ・エイトミリオン・ニンジャソウルズ」が存在する。またネット配信公式同人誌『ニンジャスレイヤープラス』では第四部外伝「AOMサブストーリーズ」、三部作の外伝「ニンジャスレイヤー・トリロジー」などが連載されている。
IRCネットワークが世界を網羅し、サイバネティックス技術が普遍化した近未来。鎖国体制下にある日本は、影から暗黒メガコーポと称される巨大企業によって操られ、首都である巨大人工島ネオサイタマの治安は悪化、そして時を越えて蘇った半神的存在「ニンジャ」が暗躍を繰り返し、まさに古事記に予言されたマッポーの世を迎えていた。平凡なサラリマンであったフジキド・ケンジは、ニンジャ同士の抗争に巻き込まれて妻子を殺されてしまう。しかし瀕死の重傷を負った彼に、全てのニンジャへの憎悪を燃やすナラク・ニンジャのソウルが憑依。フジキドは赤黒い装束を纏い、「忍」「殺」の二文字と共に復活する。ニンジャを殺すもの、ニンジャスレイヤーとして。
原作者や翻訳チームは活動当初から、Twitterを利用したファンとの交流を積極的に行っており、時系列が曖昧で登場人物が多い本篇のフォローとして、公開済みエピソードの「再放送」や人物紹介の「ニンジャ名鑑」をつぶやくなど地道な活動を続けた結果、「ニンジャヘッズ」と呼ばれる熱心なファンの獲得に繋がった。書籍版のイラストを担当したわらいなくも、以前からネット上にイラストを公開していたファンの一人である。日本語翻訳テキストを許可なく公開・再配布する行為は、一般的な作品と同じく引用を除き認められていないが、同人誌など二次創作（ファンジン）については、「コンベンション（同人即売会などのイベント）でのニンジャスレイヤーをテーマとした二次創作・ファンジンの販売は、原作出典として当アカウントと国内公式サイトURLを明記して頂ければ自由にやっていただいて大丈夫です。当方への許可取りは特に要りません」としたり、書籍に掲載するイラストの募集についても「わらいなくのデザインに準拠する必要は無い」と明言するなど、ファンの活動に対し寛容な姿勢をとっている。他にもニンジャスレイヤーの同人ゲーム「バリキジャンプ」を公開していたネコ忍者コアに公式サイトのミニゲーム制作を依頼したり、有志の作成したまとめwikiにリンクを張るなど、ファンを巻き込んだ活動を継続している。
一般的には、歴史小説と時代小説とはほぼ同じ意味に用いられているが、文学の上ではかなり明確な区別がある。歴史小説は、主要な登場人物が歴史上実在した人物で、主要な部分はほぼ史実の通りに進められる。著者がその主人公の生き方や思想に感動したことによって物語が生まれ、主人公の行動あるいは言動に、著者が訴えたいモチーフが込められており、歴史を題材とした評論的な趣が強い。山岡荘八の『徳川家康』や丹羽文雄の『親鸞』、『蓮如』などは典型的な歴史小説といえる。これに対して時代小説は、『銭形平次 捕物控』のように架空の人物を登場させるか、実在の人物を使っても史実と違った展開をする。徳川光圀（水戸黄門）は実在の人物であるが、『水戸黄門漫遊記』のように助さん・格さんの二人の子分を従え、諸国を巡り歩いて裁きをするなどというのは、史実と照らし合わせるとかなり荒唐無稽である。いくら「天下の副将軍」でも、大名が勝手に他の領主の領地に入ることは禁止されていたからである。つまり、史実や著者の訴えよりも面白さ、いわゆるエンターテインメント性を重要視したのが時代小説である。吉川英治の一連の作品や池波正太郎の『鬼平犯科帳』などは時代小説である。かつて「チャンバラ」と呼ばれた劇を「時代劇」というが、その小説版と見てもいい。