その後、高宗は武照（武則天）を新しく皇后に立てたいと思い、臣下に下問した。このときの李勣以外の主な人物が長孫無忌・褚遂良・于志寧であった。長孫無忌と褚遂良は反対し、于志寧は沈黙を守り、李勣はこの会議に欠席していた。高宗はあきらめ切れずに、自ら李勣に対して下問し、李勣は「これは陛下の家事です。なぜ赤の他人である私に聞くのですか。」と答え、これに力を得た高宗は武照を皇后に立てた。この後、武照による専横の時代が始まり、李勣はこの時代を保身のために招いてしまったと後世から批判を受けることになる。李勣からすれば、長年粉骨砕身して仕えてきた太宗からあのような疑いを受けたことが微妙な恨みとして残ったようであり、「そちらがそのように疑うのならこちらは保身に走るしかない」と感じていたようである。その後、長孫無忌・褚遂良・于志寧は武則天によって左遷され、長孫無忌と褚遂良は南方の辺境の任地で自殺に追い込まれたり病死したりした。李勣にはもちろんお咎めがなく、むしろ更に信頼されるようになる。667年～668年の高句麗遠征（唐の高句麗出兵、第3次）では唐軍の主将として活躍し、長年の敵であった高句麗を滅ぼすことに成功する。669年、死去。享年76。
しかし太宗も晩年になると李勣の才を恐れ、皇太子李治（高宗）に対して李勣が忠誠を誓うか否か心配になり、ある策謀を行った。それは李勣を畳州都督へと左遷することであった。太宗は李治に対して「もし李勣が左遷されて、任地へ行くことを渋るようであれば即座に殺せ。もし任地へと素直に赴くようであれば、お前が即位した後に中央に呼び戻してやれ。左遷者を登用する事は大恩であり、それにより恩に感じてお前に対して忠誠を尽くしてくれるだろう。」と言い残して、死去した。李勣も太宗の思惑を察知していたので、この詔勅が出た後に家にも帰らずにその足で任地へと赴いた。李治が即位して高宗になるとすぐに李勣は呼び戻されて中書門下三品（宰相）とされ、一躍朝廷の重鎮のひとりとなる。
1962年（昭和37年）7月27日、東京都世田谷区に生まれる。その後、千葉県船橋市に移り、1978年（昭和53年）4月、千葉県立千葉高等学校に進学した。同校の1学年上に、のちの映画監督の塩田明彦がいた。同校卒業後、早稲田大学政治経済学部経済学科に進学、同学在学中に早大シネマ研究会に所属、映画製作を行なう。1986年（昭和61年）に製作を手がけ、福本淳とともに撮影技師も務めた監督・脚本作『ついのすみか』（8mmフィルム、35分）を完成、翌1987年（昭和62年）、同作が第10回ぴあフィルムフェスティバル入選を果たす。同作は、同年にはイタリアのトリノ国際映画祭、翌年には1988年（昭和63年）にはベルギーで行なわれたブリュッセル・スーパー8&ビデオ・フェスティバルにも出品された。同作の撮影技師をつとめた福本はのちに撮影監督になり、録音技師を務めた山岡隆資は現在は映画監督として知られる。早大シネマ研究会の先輩にあたる高橋洋によれば、井川は当時から神代辰巳のリハーサル手法に着目し、「俳優の生理に迫って演技を引き出す独自のリハーサルの方法論」を実践していたという。1989年（平成元年）8月18日、高橋同様に先輩にあたる島田元が創刊した季刊誌『映画王』に参加、1990年（平成2年）2月18日に発行された第3号、同年5月18日に発行された第4号において、井川は、高橋とともに大和屋竺へのインタビューを行った。1993年（平成5年）、『のぞき屋稼業』（監督後藤大輔）で商業脚本家としてデビューした。その後、『女課長の生下着 あなたを絞りたい』（監督鎮西尚一）、『黒い下着の女教師』（監督常本琢招）、『のぞき屋稼業9 恥辱の盗撮』（監督大工原正樹）、『痴漢白書10』（監督山岡隆資）、『片目だけの恋』（監督渡辺護）などの脚本を手がける。1998年（平成10年）10月、映画美学校で第2期「演出・脚本部門」講師に就任する。2000年（平成12年）、同校の生徒とのコラボレーション作品『寝耳に水』を監督し、同年の東京フィルメックスに出品されたほか、2007年（平成19年）に劇場公開される。2009年（平成21年）7月2日・15日には東京国立近代美術館フィルムセンターで『ついのすみか』が上映された。同年、渡辺護のために『色道四十八手 たからぶね』の脚本を執筆するも、製作が延期になり、同年12月、井川が構成・撮影を務める「渡辺護自伝的ドキュメンタリー」シリーズの撮影を開始する。同作は第1部・第2部の長篇のほか短篇8篇を含めた全10部からなり、撮影期間は翌2010年（平成22年）12月までほぼ1年かかった。2012年（平成24年）3月9日、「映芸シネマテークvol.12」として、井川が脚本を手がけた『姉ちゃん、ホトホトさまの蠱を使う』（監督大工原正樹）とともに監督作『西みがき』『玄関の女』が上映され、大工原とのトークを行なった。2013年（平成25年）12月7日 - 同8日、名古屋のシアターカフェで「脚本家&監督 井川耕一郎の世界」が開催され、『寝耳に水』『玄関の女』『弱い魂』の3作品の上映と、シナリオ講座および伊藤大輔についてのレクチャーを行った。高橋洋によれば、井川のレクチャーには定評があり、「受講生以上に、万田邦敏はじめ講師陣に強い影響を与えてきた」という。井川が脚本を執筆した『色道四十八手 たからぶね』は「ピンク映画50周年記念作品」として製作されることになったが、「ピンク映画50周年」にあたる2012年には製作のめどが立たなかった。その後、準備中であった2013年（平成25年）12月24日に渡辺護が死去、2014年（平成26年）、同作を自ら監督することになった。同作は、井川の商業映画初監督作となり、同年10月4日にユーロスペースで公開された。2015年（平成27年）1月19日に発表された『映画芸術』誌の「2014年日本映画ベストテン」で、同作は『まほろ駅前狂騒曲』（監督大森立嗣）とともに同率9位に選ばれた。