中央官僚機構の完成と平行して、685年には完山州（全羅北道全州市）の再設置、居列州（慶尚南道居昌郡）を分割して菁州（慶尚南道晋州市）を設置して、九州が完備した。687年までに九州は旧高句麗・百済・新羅の領域にそれぞれ三州が置かれるかたちに再編され、それぞれの州治は王都金城（慶州市）に対する副都の位置づけとして、地方統治の拠点となった。また、685年には西原小京（忠清北道清州市）・南原小京（全羅北道南原市）を設置して五小京も完備し、これらへは王都の住民を移住させて、半島内に新羅文化を普及させるための拠点となった。詳細は新羅#九州、新羅#五小京を参照。
真平王代の581年に設置された位和府（人事）には令（長官）が配置されていなかったが、神文王の682年4月になってようやく令2名を配置し、律令体制の維持に重要な人事評価が機能することとなった。また、例作府（営繕）の長官1名、次官2名を配置した。こうして執事部を中心とする13の上級官庁による整然とした官僚機構を成立させ、また、こうした官僚を育成する機関として682年6月には礼部の配下に国学を創立した。689年には官僚に対する禄邑制をやめて租米による俸禄制を始め、官職に取り立てられた中下級貴族層の官僚化を一層進め、先の中央貴族の粛清とあいまって王権の伸長を果たした。
即位直後に、唐からは父文武王の官爵である＜開府儀同三司・上柱国・楽浪郡王・新羅王＞を引き継ぐことを許された。一方国内では即位から一月と経たないうちに、王妃の父である蘇判（3等官）金欽突や波珍飡（4等官）金興元らの王族や、文武王時代の上大等であった伊飡（2等官）の軍官が反乱を謀ったとして、これらを誅殺した。反乱鎮圧の2ヵ月後には王宮警護として将軍6人を配置しており、中央貴族勢力の抑圧と王権の強化を図っての粛清劇と考えられている。683年10月には、高句麗の遺民を封じた傀儡政権である報徳国の安勝に対して、蘇判（3等官）の官位とともに新羅王家と同じ金姓を与え、高句麗王家と新羅王家との結合を図り、安勝は王都金城（慶尚北道慶州市）に住まわせた。しかし、684年11月には報徳国の置かれた金馬渚（全羅北道益山市）で安勝の一族の将軍が反乱を起こしたため、神文王は報徳国を滅ぼし、名実ともに新羅による半島の統一支配が完成した。また、687年4月には父の文武王、祖父武烈王、曽祖父文興葛文王（金龍春）、高祖父真平王、及び太祖大王（金氏王統の始祖である13代味鄒尼師今）の祖廟を祭る五廟の制度を整備し、儒教理念の明確化による内政の安定を図った。そのほか、中央官庁の整備、地方統治制度の確立を成し遂げ、692年7月に在位12年で死去した。神文王と諡されて狼山の東に埋葬され、その王陵は現在の慶州市排盤洞の史跡181号に比定されている。
北魏の太和16年（492年）、孝文帝の下で新たな律が定められ、ここで初めて後世知られるような主刑としての「流刑」が登場する。新しい律はこの年の4月に制定されたが、翌月になって孝文帝が詔によって自ら追加したのが流罪の規定であったという（『魏書』巻7下、高祖紀）。北魏では前代以来の徒遷刑が文成帝の時代に終身刑の要素を加えた代替刑「徒辺」として実施されていた。が、ここにおいて主刑としての流刑が登場して死刑の次に重い刑として位置づけられたのである。その後、北魏は分裂して北斉と北周となるが、北斉では労役として配流先での戌辺（兵役）と組み合わされ、北周では罪の重さによって流される距離に差異を置く規定（北周では5段階）が加えられた。両国に代わって北朝を再統一した隋が流罪を1つの体系の元に整理し、更に南朝を征服してその支配地域にも流罪を適用していくことになる。隋の制度では北斉・北周の制度を受け継ぎつつも、いくつかの手直しも図られた。まず、罪によって配流する距離を3段階（千里・千五百里・二千里）に整理して、また配流先での居作（兵役を含めた労役）も最高3年（徒刑における最高刑と等しい）を併せて課した。その上で一度配所に到着した流人は恩赦があっても特別なこと（流人の帰還が明記されているなど）がない限りは郷里への帰還が許されなかった。また、事情によっては居作は課すものの、配流を行わずに罪に応じた杖刑によって代替されるケースもあった（隋独自の規定である。以上、『隋書』刑法志）。北魏から隋にかけて、戸籍などが整備されて民を特定の居住地に拘束して他の地域への自由な移動が禁止される（役人や商人などにならない限りは一生故郷で過ごす）ようになった状況下で、見たことも無い他の土地へ強制的に移されることは威嚇効果としては相当のものがあった。また、本来死刑と徒刑などの労役刑との中間の刑罰にあたる肉刑の復活が困難な状況において、儒教の経典である『尚書』の故事を根拠として用いることが可能な（儒教道徳的見地から批判される可能性が低い）流刑を新たに導入することで死刑と労役刑の間の大きすぎる格差の解消をもたらす意味もあった。