加藤は1976年の正月三箇日の初詣参拝客にまぎれ事前偵察を行った。そして犯行は1976年1月6日午前3時35分頃行われた。加藤は平安神宮内拝殿へ放火し逃亡した。京都市消防局は最高レベルの「全出動」を発令し、市内各消防署、消防団から消防車が駆けつけたが、既に内拝殿や本殿に燃え移っており、外拝殿（大極殿）への延焼を食い止めるのがやっとであった。平安神宮は明治時代の創建であったため文化財指定を受けておらず、当時の消防法の規定では自動火災報知設備の設置が義務付けられていなかった。そのため発見が遅れ、大火事となってしまった。その後、加藤は平安神宮の近くにあった京都会館と京都市美術館に犯行声明の電話をかけ、闘争の存在を誇示した。ところが「電話があった」という報道しかされず、あまり話題にならなかった。続いて2月11日に、加藤は「世界赤軍日本人部隊・闇の土蜘蛛」名義の犯行声明文を新聞社に郵送した。犯行声明文には「桓武朝廷軍による蝦夷征伐を継承する天皇制日本帝国に対して宣戦布告する」旨が記されていた。しかし、何日経っても犯行声明文が公表されることはなかった。実際はただのイタズラ電話だと判断されただけだったが、加藤はこれらの過程で「反天皇制闘争」を黙殺して葬り去ろうとする「天皇制日本国家の陰謀」と感じ、ますます敵対意識を強めることになった。その結果、加藤は黙殺できない大きな事件を起こすため爆弾テロを行うことになった。本事件の最高裁判例(最高裁平成元年7月14日第三小法廷決定)は、刑法学上、現住建造物放火罪(刑法108条)における建造物の現住性の判断において重要な判例とされている。第一審(東京地判昭和61年7月4日判時1214号34頁)、控訴審(東京高判昭和63年4月19日判時1280号49頁)ともに現住建造物放火罪の成立が認められたことに対し、弁護人は、「平安神宮社殿は、人が現住していた社務所などの建物とは別個の建造物であるから非現住建造物放火罪が成立するにとどまる」旨を主張して上告した。しかし最高裁は放火された社殿が、現住建造物である社務所などと物理的機能的に一体性を有するので現住建造物であると判断して、弁護人の上告を棄却し現住建造物放火罪の成立を認めている。
平安神宮は1895年（明治28年）に「平安建都1100年記念事業」として創建された神社で、平安京を建都した桓武天皇を祀っている。加藤は「自らの権威誇示のため、民百姓に塗炭の苦しみを与えるような平安京を造営し、また領土的野心のために蝦夷を侵略し、蝦夷人を虐殺・奴隷化した」桓武天皇を祭神として祀ることは「神」に対する冒涜と思い込んだ。やがてその思いが高じて平安神宮へ放火するに至った。
この事件はアメリカの株式市場の反落を招いたと分析され、事件の発生した10月22日はダウ平均株価は前日比0.92％、ナスダック総合指数は0.83％、S&P 500は0.73％、それぞれ下落した。またアメリカの株価下落を受け、10月23日の日経平均株価も下落した。
両国間の外交関係が樹立したのは1948年10月15日のことである。モンゴルはソビエト連邦に次いで2番目に北朝鮮を国家承認している。モンゴルは1950年から1953年にかけての朝鮮戦争に直接参戦はしなかったものの、中国・北朝鮮連合軍に対して支援を行っており、北朝鮮の戦後復興にも貢献した。1953年末に署名された援助合意に基づいて、モンゴル政府は北朝鮮に10,000頭もの馬を送った。朝鮮戦争後の1960年代から1970年代にかけてモンゴルは400名以上の戦争孤児を受け入れ養育した。1960年代から1980年代半ばにかけての中ソ対立において、モンゴルは一貫して親ソ派の立場を取ったのに対して、北朝鮮は通常ソ連よりも中国に近い立ち位置を取ったため、モンゴル - 北朝鮮間の二国間協力も大きく妨げられることとなった。これらの立場の違いが時として様々な形で軽度の摩擦を引き起こすことがあった。 後の1982年に中ソ関係が改善され、1986年にはモンゴルと北朝鮮の間で最初の友好協力条約が結ばれた。 また1988年には当時北朝鮮の最高指導者であった金日成がモンゴルを訪問した。 しかしながらモンゴルの共産主義政権が崩壊すると、その関係は緊張したものとなった。 1995年に両国は友好協力条約を破棄し、1999年には韓国の金大中大統領によるモンゴル公式訪問をきっかけに北朝鮮はウランバートルの大使館を閉鎖した。なおこれは韓国大統領による初のモンゴル公式訪問であった。 モンゴルはそれまでに2名の北朝鮮外交官をスーパーノート(偽米ドル札)を流通させようとしたとして国外追放していた。 その後、モンゴルは北朝鮮との関係改善を目的に北朝鮮政策の強化を始めた。 2002年には北朝鮮の白南淳が14年ぶりとなる外務大臣によるモンゴル訪問を実施した。 最近のハイレベルな二国間訪問は2007年に行われた。このとき最高人民会議委員長の金永南は3度目のモンゴル訪問を果たした。金は1985年と1988年にもモンゴルを訪問したことがあった。非公式には北朝鮮からの訪問者はモンゴルの経済改革に対して著しい興味を示すという。モンゴル側の見方によれば、モンゴルは同じ非西欧国の仲間であり、また共産圏において共通の経験をしているため、北朝鮮はモンゴルの経済発展を脅威とは見なしていないとされる。 モンゴルが自由市場資本主義を北朝鮮に広めることはモンゴル自体の利益にもつながる。 潜在的には韓国からヨーロッパを繋ぎうる重要な鉄道ルートであるシベリア鉄道は中国とモンゴルの国境にあるモンゴル縦貫鉄道で経由できる。北朝鮮が経済自由化を行えば、韓国から北朝鮮国境を越えての輸送が可能になることで、鉄道ルート上の大きな障害が消えることになり、モンゴルに経済的利益をもたらすであろうとされる。脱北者 (北朝鮮難民) は両国政府にとってデリケートな問題である。 2005年には韓国の慈善団体が、ウランバートルから40km離れたある場所にて、モンゴル政府より1.3km²の土地を割り当てを受け、脱北者向けの難民キャンプを開設したとされる。 しかしながら2006年11月時点でモンゴルの首相のミェーゴンボ・エンフボルド は難民キャンプの存在を公式に否定している。 ある研究者の推計によれば、政府間合意に基づき軽工業やインフラ整備事業に従事する出稼ぎ労働者にまぎれて、毎月500名の脱北者がモンゴル国内に入ってきているという。2013年にモンゴルの大統領のツァヒアギーン・エルベグドルジは北朝鮮を訪問し、特に石油精製の分野において2国間の経済的な繋がりを強化すると発表した。