小泉政権は米国から強化要請があったMD（ミサイル防衛）導入予算や、『思いやり予算』維持拡大、米軍基地移転費捻出を防衛予算増額ではなく、正面装備の削減で賄ったという説が流布されているが、それは事実ではない。思いやり予算は1999年の2,756億円がピークで、その後は減少傾向であり、小泉内閣の最後の年度である2006年度は2,326億円、2009年度は1,928億円に減少しているので、小泉内閣時代に思いやり予算を拡大してはいない。米軍基地移転費は2008年度は191億円であり、2008年度の防衛予算全体4兆7,797億円に対しては0.4%、武器購入費（装備品等購入費5,234億円＋航空機購入費1,808億円＋艦船建造費1,639億円）＋研究開発費1,153億円＋施設設備費1,200億円＋IT機器購入費776億円＝1兆1,810億円に対しては1.6%であり、その程度の比重なら、毎年の予算の武器購入費＋研究開発費＋施設設備費＋IT機器購入費の変化の範囲内の差であり、米軍再編費用のために正面装備を削減したというのは過剰な表現である。軍事予算に対する人件費、運営費、管理費、武器購入費、研究開発費、施設建設費などの内訳や、詳細な支出項目は時代状況により変化し、年度ごとに変化するので、例年の変化の範囲内ならば、正面装備を削減というのは過剰な表現である。2014年に完了する予定の、米軍の世界的再編計画と、それに伴う海兵隊のグアムへの移転の経費のうち、日本側の負担分は2009年現在では総額は確定していない。
日米安全保障条約に基き米国は日本防衛の義務を負い（同条約第5条）、そのために米軍（在日米軍）が日本に駐留している。日本は在日米軍が発揮する軍事的プレゼンスはアジア・太平洋地域における安全保障秩序の維持、日本の国防、国際問題への取り組みにおいて必要不可欠であると認識している。日米安保体制をより効果的に機能させるために、平時から日米の戦略目標の認識の共有を進め、役割分担・軍事問題や安全保障問題に関する戦略対話や政策協議に取り組み、また情報交換・運用協力・共同訓練・技術交流なども積極的に推進して体制をより強固にしようと努めている。さらに在日米軍が使用する軍事施設に関係する負担の軽減についても留意することを示している。また、日本防衛の義務を負うものではないが、国際連合の軍隊（国連軍）も日本に駐留している。これは、朝鮮戦争における国連軍がいまだ解散していないところ、日本はこの国連軍の行動を援助しており（1951年9月8日に日本国内閣総理大臣吉田茂とアメリカ合衆国国務長官ディーン・アチソンとの間に交換された公文で確認されている。）、そのため「日本国における国際連合の軍隊の地位に関する協定」（国連軍地位協定）を複数の国との間で締結し、それに基いて駐留しているものである。キャンプ座間には国連軍後方司令部が置かれている。
航空自衛隊は約4万5,000人で、主要作戦部隊は航空総隊、3個航空方面隊と1個航空混成団を管轄する。主要装備は各種航空機約500機、うち戦闘機は約370機である。予備役に当たる予備自衛官は約54,000人を有する。
海上自衛隊は約4万4,000人で、機動作戦を担当する自衛艦隊と近海警備を担当する5個地方隊からなる。主要装備は各種艦艇151隻(護衛艦53隻、潜水艦16隻等)、42.8万トン、航空機約310機である。
慶長3年（1598年）8月、秀吉が薨去すると豊臣政権内で武断派と文治派の対立、及び五大老五奉行らの内紛が始まる。陣借りの大恩がある家康と懇意であった秀久は早くから徳川氏に接近していたとみられる。慶長5年（1600年）の会津征伐に参加を求める家康の書状に応えて兵を招集し、立て続けて関ヶ原の戦いが起きると中山道と北国街道を結ぶ交通の要所である小諸を引き続き鎮撫している。因みに嫡男とされていた次男の仙石秀範は独断で西軍に与した事から勘当されている。信州に徳川秀忠が着陣するとこれを単騎で出迎え、真田攻めの為に小諸を本陣に定めた秀忠軍に参陣した。上田城の戦いで城方の真田昌幸の善戦により秀忠軍が足止めを食うと、秀久は自身を人質に出して秀忠は家康の本陣に向かう様に薦めている。また関ヶ原本戦に遅参して父の逆鱗に触れた秀忠を執り成す事にも務めるなど、外様ながら秀忠の指揮を補佐して深い信頼を得て、後に秀忠が家康の世継ぎとして征夷大将軍に任ぜられると特に重用されるようになる（準譜代大名）。所領面では旧領を安堵され、幕藩体制において信濃小諸藩の初代藩主となった。慶長6年（1601年）、諱を秀久に戻している。小諸藩主としての秀久は熱心に領地の開拓や整備に取り組み、先に述べた小諸城の大改修は24年間の治世で大手門や黒門、二の丸を増築していて、小諸城を近代城郭として完成させた。特に大手門は歴戦の武人らしく華美な装飾を省き、慶長風の質実剛健な作りとなっている。八幡宮（八幡神社）の勧進や街道の伝馬制度や宿場街の整備など多様な治績も残し、笠取垰と小諸城及び城下町を現在のように開拓したのは秀久の治績といえる。一方で大規模な開拓事業の為に農民達には過酷な課役を与えてしまい、佐久郡では一郡逃散という事態が起きている。しかし、その後は農民の逃亡を防ぐ農村復興策として、年貢の減額・猶予による農民の帰還や、農村の有力者に恩給を与えて家臣化するなど改善策に取り組み、後に藩主となった三男の忠政も逃散した農民達への帰還を呼びかけている。幕府からの信頼は篤く、豊臣恩顧の大名達の中で尚且つ一介の外様大名としては過分とも言える程の待遇で扱われており、秀忠付という名誉職を賜っている。秀久が江戸に参府する時は例外的に道中の妻子同伴が許され、必ず幕府からの上使が板橋宿まで迎えに来ていたという。慶長13年（1608年）の冬には秀忠が江戸の秀久邸を訪れて歓談している。慶長14年（1609年）に秀忠の将軍宣下御拝賀に随行し、慶長16年（1611年）正月2日の御謡初めの際にも着座を許されている。慶長19年（1614年）、江戸から小諸へ帰る途中に発病し、武州鴻巣にて5月6日に死去した。享年63（もしくは64）。遺骸は小諸の西念寺で荼毘に付され、墓所が複数存在する事から分骨が行われたと考えられる。『改選仙石家譜』ではその内の一つである芳泉寺の墓所を正式な霊廟としている。家督は三男・忠政が継いだ。