2012年、東日本大震災発生の影響を受けての予算見直し（総工費約3億1,200万円　内訳：補助金1億8,200万円、市債8,560万円・市費4,440万円）により、所沢市立狭山ヶ丘中学校の冷房化工事を中止する意向を表明。その理由として、「大震災や原発事故を経た今、快適で便利な生活をそのまま求めていてよいのか」「夏休みがあるのに、財政難の今、予算の使い方は適正か」「うるさくて窓を開けては授業ができないのか」の観点を検証した末であることを挙げた。しかし、同中学校は航空自衛隊入間基地の近距離に位置しており、生徒や保護者からは環境の改善を求める声が強く、藤本の冷房化中止の方針に対しても、署名運動を展開、議会も多くが賛同して、批判を繰り広げた。市長側はクーラー稼働日数は年間30日位、10年使用しても工事費だけでも1日あたりコストは48万円にもなり、さらに燃料費の高騰を挙げ、「教育はモノより人」の考えのもと工事費の一部を「心のふれあい相談員（16名）」の復活や「学校運営マルチサポーター（6名）」、「障害児介助員（3名）」等に3,922万円充てたことなどで理解を求めている。しかし住民側は2014年11月に約8400筆の署名をもって住民投票条例設置を請求し、これが認められ、2015年2月に「公立学校へエアコンを設置することの是非」を争点とする住民投票が行われた。結果、「設置に賛成」とする投票数（約5.7万票）が「設置に反対」とする投票数（約3万票）を大幅に上回ったものの、投票率が「市長が投票結果を斟酌する」ために必要な基準（3分の1）にはわずかに及ばなかった。しかし藤本市長は従来の方針を転換し、2015年4月に狭山ヶ丘中学校他1校へエアコンの設置を決めた。　そして2018年11月に、2020年までに、所沢市立の全小・中学校にエアコンを設置することを表明した。また2018年12月に議会で承認され、2019年夏頃から設置工事を開始し、2020年までに完了する予定。
2011年4月・5月と東日本大震災の被災地支援に石巻で活動したことがきっかけで、所沢市長選に出馬することを決意。10月、県議を3期目の任期途中で辞職し、自由民主党の推薦を受けて出馬。再選をめざした現職・当摩好子、元衆議院議員・並木正芳を破り当選。2015年6月、所沢市東所沢和田の旧所沢浄化センター跡地をKADOKAWAが所有権を獲得したことにより、KADOKAWAと所沢市の共同でSTARTしたプロジェクト「COOL JAPAN FOREST 構想」(ところざわサクラタウン)のジェネラルプロデューサーに就任。2015年10月の市長選挙に自民党・公明党の推薦を得て再出馬し、元衆議院議員・並木正芳、所沢地区労議長・市川治彦、前所沢市議会議員・石井弘の三候補を破り再選。2019年10月の市長選挙に自民党・公明党の推薦を得て再出馬し、野党の推薦を得た元衆議院議員・並木正芳を破り再選。
埼玉県所沢市に育つ。所沢市立西富小学校、所沢市立向陽中学校、埼玉県立川越高等学校、早稲田大学第一文学部卒業。（日本文学専攻・卒論は坪田譲二論）高校時代は野球部（投手）大学では軟式野球の同好会アカネッツに所属した。大学卒業後、所沢市立所沢中学校やニューヨーク日本人学校、所沢市立東中学校で国語の教員を務める。野球部、水泳部の顧問を務めた。平成6、7年当時の教育界は、ゆとり教育への傾斜が加速し、施策として現実化し始めた時であったが、「指導から支援へ」「学校のスリム化」に代表されるような教育界の流れに疑問を感じ、あるべき教育環境を作るため、父・藤本哲正の引退を引き継ぐ形で、1995年、所沢市議会議員選挙に出馬し、初当選した。市議2期8年間は環境問題を中心に活動し、議員提案による「ダイオキシン条例」の制定にも尽力した。また、当時所沢市も参加していた公営競輪による市財政の赤字化問題に取り組み、国に法律の改正を求めるなど、特別委員会委員長として活動した。2003年、埼玉県議会議員選挙に出馬し、当選。3期9年間務めた。県議時代は、教育中心に県政に取り組んだ。その間、県土都市整備常任委員会委員長（2008年）、福祉保健医療常任委員会委員長（2009年）、文教常任委員会委員長（2010年）を歴任した。
1993年（平成5年）に小和田雅子が徳仁親王（後の第126代天皇）と結婚して皇太子妃になり小和田という苗字が珍しい苗字であったため小和田姓がにわかに脚光をあびた。小和田姓は日本全国で約2000人いると推定される。同じ苗字が和田系の大和田姓の約4万人に比べて少ない。和田系統の苗字のもとである和田姓は約25万人と多く、和田姓は日本全国に分布している。小和田姓は東北地方周辺にわずかに分布しているだけの苗字である。大和田氏と小和田氏は大小の和田の違いはあるが、共通点は共に「御」に近い美しい名称である。大阪市の大阪も起源は御坂であり、その後大坂から大阪に転化したものである。東北地方では小和田姓のルーツは源平藤橘の分類では源氏とされている。その他の系統の家柄の小和田姓のルーツは熊野別当や中臣鎌足の子孫の藤原氏とされている。小和田姓の全国の苗字順位は5529位である。栃木県では小和田姓の苗字順位は1066位で比較的に多い傾向であり、山形県では小和田姓の苗字順位が1467位で比較的に多い傾向であり、栃木県と山形県に小和田姓が多い。山形県河北町周辺に小和田姓が多いが、山形県の小和田氏の発祥地は山形県寒河江市であり、寒河江の小和田地域が山形小和田氏の由来である。小和田恆は新潟県新発田市出身であり、村上小和田氏の本籍は新潟県村上市である。小和田姓は日本全体では東北地方に多い少数苗字である。都道府県別では新潟県・静岡県に多い苗字である。皇族と親戚関係の小和田氏以外に歴史学者の小和田哲男が有名である。小和田姓は静岡県にも多く、静岡県の浜松市天竜区にJR東海の飯田線の小和田駅（呼び名は『こわだえき』である）がある。内藤氏が駿河国から国替えによって移動した事が越後国の小和田家のルーツである。歴史学者の小和田哲男は静岡県静岡市出身である。小和田の源流の和田姓は、「の原意は由田」「川などの湾曲しているところにある田」のことである。その他の和田氏のルーツは漢字の当て字の「和処」の事である、和処とはすなわち「平和な土地」の意味である。