長崎医大教授の浅田による鑑定結果は、9月17日に提出された。その鑑定は矢野鑑定と同様、小笛が踏み台上で首を圧迫した際に（ロ）溝が生じ、その後全身の痙攣によって身体が踏み台からずり下がったところで（イ）溝が形成された、というものであった。手足の痣は痙攣の際にまな板、あるいは鴨居付近の障子にぶつかって生じたものとされ、（ロ）溝の皮下出血が激しい点も、三田鑑定と同じく急激に首が圧迫から解放されたためとした。また、尻を突き出して両腿を内転させ、肩をいからせるという一見不自然に見える遺体の姿勢も、他殺体の偽装では決して生じ得ず、自死の証明であるとした。
大阪控訴院での控訴審は、事件から2年近くが経過した1928年（昭和3年）5月18日に公判が開始された。同月26日には4度目の現場検証も行われ、6月11日の第2回公判においては検察側から遺体の再々鑑定申請が出された。これを受けて裁判所は、検証調書と小南鑑定書を資料として、長崎医科大学教授の浅田一、そして東北帝国大学医学部教授の石川哲郎の両名に遺体の再々鑑定を命じた。
2007年8月31日に移籍金300万ユーロでヴェルダー・ブレーメンと2011年6月30日までの4年契約を締結。それから4ヶ月後に同じくシャルケの下部組織出身のメスト・エジルと再び同僚となった。ブレーメンでは、9月1日のアイントラハト・フランクフルト戦（2-1）でドゥシュコ・トシッチと交代で80分に初出場を飾ったものの、それから数日後の14日のボルシア・ドルトムント戦で負傷したことが原因となって10月19日に右膝の手術により3ヶ月離脱することが発表された。一時解雇を経て、2008年2月6日に約5ヶ月ぶりにチームの練習に復帰を果たし、2月16日の1.FCニュルンベルク戦（2-0）でアーロン・ハントと交代で84分に復帰すると、復帰から3週間後のVfBシュトゥットガルト戦（3-6）で記念すべき初得点を記録した。同3月は、先発の座を掴むことに成功した一方でMSVデュースブルク戦で相手へパスを渡す失態からファンから批判を浴びており、翌4月にハムストリングを負傷したことで残りのシーズンを離脱する不満の残るものとなった。なお、同シーズン最終戦のレバークーゼン戦でメンバー入りを果たしているが出番は訪れなかった。翌2008-09シーズンは、シーズン開始程なくの2008年8月6日に左足首を捻挫となったが、全体を通して主力の1人としてプレーし、UEFAチャンピオンズリーグ 2008-09で初出場を飾り、また、ウクライナ・プレミアリーグのシャフタール・ドネツクとのUEFAカップ 2008-09決勝という重要な舞台に延長戦含めて先発フル出場した。なお、決勝は異議を唱えたことで試合残り2分の所でイエローカードを提示され、チームは1-2で優勝を逃しこそしたものの、同大会では出場9試合中7試合に先発する左サイドバックの1番手としてチームを支えた。レバークーゼンとのDFBポカール決勝でも左サイドバックで先発フル出場し、こちらの方では1-0で優勝して自身初タイトルを獲得している。2009-10シーズンは、8月に腰痛となったことで開幕戦を逃したが、2節目のリーグ戦で復帰し、UEFAヨーロッパリーグ 2009-10予選のFCアクトベ戦（6-3）でシーズン初得点を挙げる。12月の古巣シャルケ戦中に相手DFカルロス・ザンブラーノと衝突した際に右膝を再度負傷し、2010年3月20日のVfLボーフム戦（3-2）まで約3ヶ月を復帰に要する等、同シーズンは度々負傷で離脱していたものの、それまでの貢献が評価されてシーズン終盤の4月には、クラブと契約延長について協議をしており、バイエルン・ミュンヘンとのDFBポカール決勝戦（0-4）で先発を任されフル出場した。2010-11シーズンは、8月から9月上旬を通して幾つかの試合に出場した後、膝軟骨損傷によって4～6ヶ月後の離脱が決定した。手術は成功し、3月に一旦復帰となり、以前のように再びプレー出来ることが望まれたが、すぐに怪我が悪化してしまい、シーズン残りの欠場となったことで同シーズンはリーグ戦1試合を含めて公式戦僅か4試合の出場にとどまったものの、4月に契約延長の交渉の末に最終的に2012年までクラブに残留することが決定した。9月には、2011-12シーズン後半に復帰出来る見込みとの発表がされ、11月中旬に負傷から回復してチームの練習に復帰を果たした。2012年1月にクラブのリザーブチームで復帰し、その後、負傷に再び見舞われて予定より本格的な復帰にずれ込んだものの、最終的に3月24日のFCアウクスブルク戦（1-1）でトム・トリブルと交代で78分に2010年9月以来のトップチームの試合に復帰を果たす。4月10日のボルシア・メンヒェングラートバッハ戦（2-2）で前半にレッドカードを提示されたことで2試合の出場停止となった。2011-12シーズン終了に伴って契約満了になるために自由契約選手となると、シュトゥットガルトから獲得の申し入れがあったものの、UEFA EURO 2012でのパフォーマンスの欠如を理由にオファーが取下げられた。2012年8月6日には、イングランド1部のストーク・シティFCのトライアルに参加し、トーキー・ユナイテッドFC、ヨーヴィル・タウンFCとのシーズン前の親善試合に出場したが、トライアルに失敗したことで契約には至らなかった。これに対してボエニシュは、ストークのトニー・ピューリス監督から最高と称賛されたにもかかわらず拒否されたことに当惑しているとkreiszeitung.deに語った。