本名の姓"Schwartzerd"（シュヴァルツェルト）はドイツ語で「黒い土」を意味するものであるが、「メランヒトン」もギリシア語で「黒い土」を意味するものである。このようにギリシア語名を自称したことにも、フィリップ・メランヒトンがギリシア文化を重視する人文主義者として育ったことが示されている。1517年に若くしてヴィッテンベルク大学のギリシア語教授になる。1518年、ルターに共鳴して宗教改革に参加。非体系的・直感的なルターに対し、メランヒトンは体系的・知性的であり、ルターの思想を体系化していく役割を担った。また人文主義に基づく中等学校、古典的なコレギウムを開き、ルター派の中等教育・高等教育に貢献した。1521年『ロキ・コンムネス』（神学総覧、単に『ロキ』とも。表題表記例は多数あるが"Loci communes theologici"などがある）を執筆する。『ロキ』では神学的議論のみならず倫理的な論点が含まれており、信仰によって義とされる説が強調されている。1530年に福音主義教会の最初の信仰告白『アウクスブルク信仰告白』を執筆する。これにはローマとの対立を出来るだけ緩和しようという意図もあり、教皇権、煉獄といった問題には触れられていない。しかしカトリック教会はこれに反撃して"Confessio pontificia"を出したため、メランヒトンは『アウクスブルク信仰告白の弁証』を書いて再反論を行った。『アウクスブルク信仰告白』と『アウクスブルク信仰告白の弁証』は、ルター派の信仰告白となった。しかし次第に、ルターとの思想的相違が顕在化してくる。ルターは宣義と聖化を動的に結合させて理解したが、メランヒトンは両者をはっきり区別し、宣義を罪の赦しと同一視する傾向があった。さらに後年には、メランヒトンは自由意志をある程度容認するようになり、聖餐論ではカルヴァンに接近した。『ロキ』の第2版、アウクスブルク信仰告白の改訂版にもそれが表れている。このことから、ルター派内部に神学論争が起きることになった。メランヒトンに同調する人々は「フィリップ派」と呼ばれる。。メランヒトンが「人は神の恩寵に対して自ら応え得る」とした主張は神人協力説と位置づけられ、メランヒトンの説が元になって起きた自由意志を巡る論争は神人協力説論争と呼ばれる。この論点において、メランヒトンの主張はエラスムスと同様のものであるとされることがある。1560年4月に召天。墓はヴィッテンベルクの諸聖人教会（All Saints' Church, Wittenberg）内、マルティン・ルターの隣にある。
チャールズ2世には王位継承権を持った子供がいなかったことから、一番近い王位継承者は実弟であるヨーク公ジェームズであった。ところが、ジェームズは1670年以後公然とカトリック信仰を示す動きに出ており、プロテスタントが多数であるイングランド国民の反感を買っていた。1678年にいわゆる「カトリック陰謀事件」が勃発すると、カトリックに対する反感が高まり、シャフツベリ伯爵アントニー・アシュリー＝クーパーを中心とする地方派と呼ばれる人々はジェームズに王位継承を行わせることに不安を抱き、ジェームズの王位継承権を剥奪する一方、本来は王位継承権の無いチャールズ2世の庶子であるモンマス公ジェームズ・スコットに王位継承を認めるように働きかけを強めた。地方派は1679年3月に議会に対してカトリック信者を王位継承から排除する法案を提出した。これに対して宮廷派と呼ばれていた親チャールズ2世派は王位継承は血統を優先すべきであるとしてこれに反発、7月に下院は通過したもののチャールズ2世は議会解散でこれに対抗した。だが、翌月の選挙では地方派が勝利したため、チャールズ2世は議会に停会を命じて議会召集を事実上拒否した。このため、地方派に同調して議会開催を求める動きが広がり、地方派を中心とした「請願派」が成立した。これに対して議会停会を支持する宮廷派は「嫌悪派」とも呼ばれた。1680年10月になってようやく新議会が開かれると、請願派は2度目の法案提出を行った。翌月法案は下院を通過したものの、嫌悪派が多数を占める上院はこれに対する反発を強め、下院側の否決すれば国王への供与金（封建的租税の廃止の代わりに消費税から国王に支給された予算）の支払を凍結するという警告にも関わらず法案を60対30で否決した。これに自信を持ったチャールズ2世は翌1681年1月に議会を再度解散した。3月に開かれた次の議会は請願派への支持が強いロンドンを避けてオックスフォードで召集された。だが、請願派は3度目の法案提出を行ったために、チャールズ2世はわずか1週間で議会を解散して、以後死ぬまで議会を召集しなかった。この間に、カトリックの国王誕生に期待する従兄のフランス王ルイ14世からイングランド王室への財政援助が決定されたために、供与金のために議会との妥協を行う必要性が無くなり、地方派の地盤を崩してシャフツベリ伯をロンドン塔へ投獄、亡命に追い込んだ。続いてライハウス陰謀事件が発生、指導者層が陰謀の首謀者として逮捕・処刑されたため請願派の動きは衰退し、1685年のチャールズ2世の没後にヨーク公ジェームズが新国王として即位した（ジェームズ2世）。モンマスはジェームズ2世即位直後に反乱を起こしたが、敗れて処刑された。この一連の過程の中で、地方派→請願派と宮廷派→嫌悪派の対立が激化して、後のホイッグ党・トーリー党の結成へと発展した。また、この議論中の1680年に王権神授説を擁護したロバート・フィルマー（1653年没）の『父権論』が刊行されたことに対して、ジョン・ロックが厳しく批判し、名誉革命後の1690年に『市民政府二論』として刊行された。イングランドでは歴史的に王権神授説は成立し得ないとするロックの批判は、一部のジャコバイトを除いたホイッグ、トーリー双方から基本的に受け入れられて、イギリスにおける絶対王政の可能性を否定される結果となった。