新幹線は構内の東側、高架上にある2面4線の島式ホームを使用する。ホームは副本線上に設けられており、本線は通過線となっている。上越新幹線・北陸新幹線とも共通のホームを使用するが、基本的に上越新幹線の下り列車は12番線から、上り列車は13番線から発車し、北陸新幹線の下り列車は11番線から、上り列車は14番線から発車する。なお、北陸新幹線の上り通過列車の一部は本線ではなく14番線を通過する。14番線を通過する場合、可動式安全柵がないため列車は減速する。上越新幹線と北陸新幹線の施設上の分岐点は当駅から約4km北側で、北陸新幹線の下り線はこの分岐点まで上越新幹線の線路を走っている。一方、上り線は当駅構内まで上越新幹線と北陸新幹線の線路が別になっている。この下り線の分岐点には、純日本製で日本最大の「ノーズ可動式38番高速分岐器」が設置されており、分岐側（長野側）へは160km/hで、直線側（新潟側）へは240km/h以上での走行が可能である。なお、この分岐器の挿入工事には延べ3日を要し、その間は上越新幹線の部分運休が実施されその代替として上越線の当駅 - 越後湯沢間で「新幹線リレー号」が運転され上沼垂運転区（当時）所属の485系や長野総合車両所（当時）所属の489系、青森運転所（当時）所属の485系と583系などが使用された。このように下り線だけ一部で線路を共用してその先に高速分岐器を配置しながら、上り線では高速分岐器を使用せずに線路を別にしているのは、線路の立体交差と関係している。北陸新幹線の上り線が上越新幹線の上り線に合流するためには最低でも上越新幹線の下り線をまたがなければならず、分岐点では実際に上越新幹線の上下線の上をまたぎこす立体交差になっている。立体交差をした後に、線路を接続できる同じ高さまで降りてくるためにはある程度の距離を必要とするため、この間が別線となり、そのまま駅構内へと接続することになる。また、双方からの列車がほぼ同時に進入してきた際にも分岐点の手前で待たせることなく、同時に駅構内へ入れることができるという利点もある。これに対して下り線側は上越新幹線と北陸新幹線が同時に駅を出発する必要性は薄い上に、他の線路をまたがずに分岐できることから、別線路を敷設する建設費を節約するために実際の分岐点まで線路を共用している。この間に加速した新幹線が分岐点通過に際して減速を強いられるのは不合理であることから、反位側でも160km/hの高速で通過可能となる38番ノーズ可動式分岐器を配置することになった。ホームの屋根の一部にはソーラーパネルが設置されており、発電された電気は駅構内の照明、空調設備などに利用されている。発車標はこちらも改札・ホームともLED式のものが使用され、コンコースにはLED式の先発列車の編成案内表示機もある。乗車案内表示機が11～14番線のすべての新幹線ホームに設置されている。14番線のものは先発列車のみ表示することができる。なお、下り11・12番線には、北陸新幹線が金沢駅まで延伸開業するのに合わせて設置された。
1989年、ヤンシャは最初期の反体制派政党の1つであるスロベニア民主連合 (SDZ) の創設に携わり、初代副党首に就任、のちに党評議会の議長となる。1990年5月に最初の自由選挙が実施され、ヤンシャはロイゼ・ペテルレ内閣で国防相に任命され、在任中の1991年にはスロベニア独立戦争が起こっている。1992年にSDZが解散すると、ヤンシャは社会民主党（のちの民主党）に入党し、1994年5月まで国防相にとどまった。この年、当時の首相ヤネス・ドルノウシェクに、ヤンシャが軍部に文民司法を妨害させたとして国防相を解任される。この疑惑についてはその後の独立調査によってヤンシャの無実が証明されている。1993年5月、ヤンシャは前党首のヨージェ・プチュニークの支持を受けて社会民主党の党首に選出され、その後1995年、1999年、2001年に再任されている。2000年には6月から11月にかけて、短命だった中道右派政権アンドレイ・バユク政権で再び国防相に任命される。在任中、ヤンシャは国軍に従軍牧師を置く制度を導入した。2004年の民主党と、同党と協力関係にある会派が勝利したことを受けて、ヤンシャは大統領に就任していたヤネス・ドルノウシェクから2004年11月3日に新政権の発足を指示され、その6日後に国民議会において、全90票中57票の賛成を受けて首相に選出された。また新内閣についても同年12月3日に議会に承認されている。ヤンシャはいくつか著書を出版しているが、なかでもよく知られている2冊に Premiki （「戦略」の意。1992年。のちに "The Making of the Slovenian State" という題で英語に翻訳されている）と、Okopi （「バリケード」の意。1994年）がある。これらのなかでヤンシャは、スロベニアが共産主義から議会制民主主義へ移行していくときの問題を、自身の観点から論じている。両著、とくに Okopi において、ヤンシャは当時大統領だったミラン・クーチャンについて、スロベニア共産党の最後の委員長時代に得た裏の影響力を行使して通常の政治を歪めていたと批判している。2007年の大統領選挙で野党候補のダニロ・テュルクが圧勝したことを受けて、ヤンシャは2007年11月15日に政権に対する信任投票実施動議を提出する。その中で野党はスロベニアが欧州連合 (EU) の議長国を務めるあいだはそれに関する政策を妨害しないという政党間の協定がなされていたにもかかわらず、野党の批判により行政執行に支障が出ているとした。ヤンシャ政権は同月19日の信任投票で、51対33で議会の支持を得た。2008年11月に首相を退任。2011年12月の総選挙でスロベニア民主党は第2党となり、2012年2月10日より2期目の首相を務めたが、2013年1月に汚職疑惑が発覚。これにより連立政権は崩壊し、2013年2月27日に不信任決議案が可決され、首相職を解任された。2018年6月3日の総選挙でスロベニア民主党が勝利したもののヤンシャの首相就任には反発が大きく、ボルト・パホル大統領からの首相候補指名も得られなかった。