2015年10月、文部科学省が岩手県矢巾町のいじめ自殺不認知問題を受けて全国の小中高校等に再調査させたところ、前年度減ったとされる15万件である結果から約3万件増え、最終的に前年度を二千件上回る結果となった。増えた件数について福島県で4.3倍、福岡県で2.7倍、岩手県で2.1倍となった。さらに、加藤・太田・水野 (2016) は、公立小中学校の児童生徒41,043人を対象に、いじめ被害の実態を質問紙を用いて調査した（調査では、児童生徒が質問紙に回答後、質問紙を配布された封筒に入れて封をし、その封筒を回収している）。その結果、文部科学省が公表しているいじめ認知件数は、実際のいじめ被害人数の5%以下であること（日本全国の児童生徒数に対する文科省が公表するいじめ認知件数の割合と、加藤らの調査の対象となった児童生徒41,043人に対する同調査におけるいじめ被害人数の割合を基に算出）が判明した。これは、文科省が公表するいじめ認知件数は、教師がいじめだと認知したものに限られるのに対して、加藤らの調査では、上述のように児童生徒が安心して真実を回答できるよう配慮された方法で行われたアンケート調査を通して児童生徒本人がいじめ被害を回答したからであると思われ、教師がとらえているいじめ（文科省が公表するいじめ認知件数）はいじめ被害全体のごくわずかであることが明らかになった。
間接的、隠れた虐め、学校での虐め、学友迫害も参照。日本のいじめは特に1985年（昭和60年）ごろから陰湿化した校内暴力をさすことが多い。いじめによる暴行で重篤な場合は重傷を負わせられる、傷害の結果死に至ったり（山形マット死事件）、強姦されたり（1996年の旭川女子中学生集団暴行事件）、自殺する例もある（1986年の中野富士見中学いじめ自殺事件）。また、中学生が5000万円も恐喝によって得たり（名古屋中学生5000万円恐喝事件、2000年）、いわゆる問題児（モンスターチルドレン、不良行為少年）による単純な暴力だけでなく、使い走り（パシリ）をさせたり、「物を隠す」「第三者の物を隠し、被害者に罪をなすりつける」「交換日記で悪口を書く」「机に花を置き死亡したことにする」「被害者の名前を隠語にして被害者がききかえしても別人のことをしゃべっているふりをする」といった「心に対するいじめ」もあり、シカト（無視、仲間外れ）などは水面下で行われることから、教師や周囲が気づかないうちに深刻な事態になりうる。1996年（平成8年）に文部大臣（当時）が緊急アピールしているように、「深刻ないじめは、どの学校にも、どのクラスにも、どの子供にも起こりうる」もので、児童生徒1,000人あたりの7.1人がいじめを受けている。調査では「小学校4年生から中学校3年生までの6年間の間に、いじめ（仲間はずれ、無視、陰口）と無関係でいられる児童生徒は1割しかいない」ことが指摘されている。
一方で5歳の頃より父から読書を授けられ、7歳の時には従兄の尾高惇忠の許に通い、四書五経や「日本外史」を学ぶ。剣術は、大川平兵衛より神道無念流を学んだ。19歳の時（1858年）には惇忠の妹、尾高千代と結婚、名を栄一郎と改めるが、文久元年（1861年）に江戸に出て海保漁村の門下生となる。また北辰一刀流の千葉栄次郎の道場（お玉が池の千葉道場）に入門し、剣術修行の傍ら勤皇志士と交友を結ぶ。その影響から文久3年（1863年）に尊皇攘夷の思想に目覚め、高崎城を乗っ取って武器を奪い、横浜を焼き討ちにしたのち長州と連携して幕府を倒すという計画をたてる。しかし、惇忠の弟、尾高長七郎（従兄弟）の懸命な説得により中止する。親族に累が及ばぬよう父より勘当を受けた体裁を取って京都に出るが、八月十八日の政変（文久3年（1863年））直後であったため、勤皇派が凋落した京都での志士活動に行き詰まり、江戸遊学の折より交際のあった一橋家家臣、平岡円四郎の推挙により一橋慶喜に仕えることになる。仕官中は一橋家領内を巡回し、農兵の募集に携わる。主君の慶喜が将軍となった（慶応2年（1866年）12月5日-慶応3年（1867年）12月9日）のに伴い幕臣となり、パリで行われる万国博覧会（1867年）に将軍の名代として出席する慶喜の異母弟、徳川昭武（後の水戸徳川家11代当主）の随員として御勘定格陸軍付調役の肩書を得て、フランスへと渡航する。パリ万博を視察したほか、ヨーロッパ各国を訪問する昭武に随行する。各地で先進的な産業・軍備を実見すると共に、社会を見て感銘を受ける。ちなみにこの時に彼に語学を教えたのは、シーボルトの長男で通訳として同行していたアレクサンダーである。帰国後もその交友は続き、アレクサンダーは弟のハインリヒと共に後に明治政府に勤めた渋沢に対して日本赤十字社設立など度々協力をするようになる。なおフランス滞在中に、御勘定格陸軍付調役から外国奉行支配調役となり、その後開成所奉行支配調役に転じている。パリ万博とヨーロッパ各国訪問を終えた後、昭武はパリに留学するものの、大政奉還に伴い、慶応4年（1868年）5月には新政府から帰国を命じられ、9月4日（1868年10月19日）にマルセイユから帰国の途につき、同年11月3日（12月16日）に横浜港に帰国した。