ライターのマーク・ウェイドは「The Gauntlet」というストーリーラインを『アメイジング・スパイダーマン』612号で発表した。648号（2011年1月)からはダン・スロットがレギュラーライターとなり刊行ペースを月2回とした。この号から8ページが追加され、この刊行形態は第700号まで続いた。700号ではDying Wishというストーリーラインが展開され、この号のストーリーでピーター・パーカーの精神はドクター・オクトパスと入れ替わってしまい、オクトパスの体に入ったピーターは死亡し、ピーターの体のオクトパスが生き残るという結末を迎えた。アメイジングスパイダーマンはこの号で終わるが、ドクター・オクトパスのスパイダーマンが主人公の新シリーズThe Superior Spider-Manが2013年から刊行された。2013年12月アメイジングスパイダーマン700.1 ～700.5が刊行される。ライターはDavid MorrellでアーティストはKlaus Janson
これ以降、マーベルは『アメイジング・スパイダーマン』をスパイダーマンの単独タイトルにし、刊行ペースを月3回とし、シリーズはback to basicsというストーリーの続編に「ブランニュー・デイ」のバナーをつけ、仕切り直しとなった。「ブランニュー・デイ」シリーズではピーターは彼とメリージェーンの結婚が『なかったこと』になった改変後の世界に存在している。この世界では誰も彼らの結婚を記憶しておらず、『なかったこと』になった事による影響がドミノ倒しのように発現している。レギュラーライターは交代制でダン・スロット、ボブ・ゲイル、マーク・グッゲンハイム、ゼブ・ウェルズらが、アーティストにはクリス・バチャロ、マイク・マッコーン、ジョン・ロミータ・ジュニア、マルコス・マーティンらがローテーションに加わった。583号では、バックアップストーリーにアメリカ合衆国大統領バラク・オバマがゲスト出演した。
「ワン・モア・デイ」は4部構成のクロスオーバーストーリーであり部分的にJ・マイケル・ストラジンスキーが脚本を担当し、ジョー・カザーダがイラストを担当し、『アメイジング・スパイダーマン』544号から545号（2007年11月・12月）、『フレンドリー・ネイバーフッド・スパイダーマン』24号（2007年11月）、『センセーショナル・スパイダーマン』41号（2007年12月）にまたがって展開された。フレンドリー～とセンセイショナル～はこのエピソードをもって最終号となった。悪鬼メフィストはピーター・パーカーとメリー・ジェーン・ワトソン・パーカーに、死に瀕するメイ伯母さんの命を結婚したという事実を彼らの過去の一部を改ざんすることで完全に抹消することを条件に救うというファウスト的契約を持ちかけた。このクロスオーバーは2001年から2007年までの6年半、75号分に及ぶ『アメイジング・スパイダーマン』誌での活動に終止符を打つものとなった。
アメイジング・スパイダーマン誌を巻き込んだ2006年のクロスオーバーシビル・ウォーではスパイダーマンは当初アイアンマンと政府側の陣営についてスーパーヒューマン登録法の施行の後押しをし、正体の公表と政府への登録を拒むスーパーヒーロー達を捕えていた。テレビ中継をとおして、彼は自分の正体がピーター・パーカーであることを明らかにしたが、最終的には陣営を変え、キャプテン・アメリカたちの元に身を寄せ、登録法の敵と化し、その過程でアイアンマンのダーティーな秘密のいくつか（最も特筆すべき事は登録をしていないヒーロー達を集中キャンプ形式の牢獄に閉じ込めていた事である。）を暴いた。アイアンマンはピーターが契約を破棄したためにメリージェーンとメイおばさんの警護を解除した。そのため、二人は奔走しスパイダーマンと合流するはめになった。しかし、極悪非道のキングピン＝ウィルソン・フィスクはパーカー一家の殺害を命じ、結果としてメイおばさんは生死に関わる怪我を負った。この事と、キャプテン・アメリカの死により、パーカーは再び長く使っていなかったブラックコスチュームを身に纏う事になった。（実際には、この復活は同じくブラックコスチュームをフィーチャーした映画『スパイダーマン3』へのタイインのためである。）メイおばさんを射殺する命令を下したのがキングピンだと知った彼は、刑務所に討ち入り、「自分の家族に手を出すな」という警告としてキングピンに屈辱的な打撃を与えた。
2000年に、Stigmataというバンド名で結成。結成メンバーは、ニクラス・スヴェンソン (Vo)、トビアス・オルソン (G)、ヨハン・ブロムストロム (G)の3名。こちらのニクラス・スヴェンソンは、エヴァードーンやゲイツ・オヴ・イシュターで活動していたベーシストのニクラス・スヴェンソンとは同姓同名の別人である。その後、ドラマーのクリストファー・ニルソン (Ds)と女性ボーカリストのアニカ・ハプテン (Vo)、ベーシストのスタファン・フランツェン (B)が加入、バンドの体裁が整う。当時は、ゴシックメタルに近い音楽性であった。同年中にデモ『Painreceiver』をリリース。しかし、メンバーのモチベーションの問題で活動を停止する。活動停止中に、クリストファー・ニルソンが脱退。ベーシストのスタファン・フランツェンがドラマーに転向し、ロイ・アーランドソン (B)が加入して活動を再開する。活動再開後、音楽性の変更に伴ってアニカが脱退。2002年に2ndデモ『Tribute to Chaos』をリリースし、スカーレット・レコードと契約。しかし、同名バンドが既に存在していたためトビアス・オルソンの提案でBlinded Colonyに改名する。2003年に1stアルバム『Divine』をリリースしデビューする。日本でもサウンドホリックから日本盤がリリースされた。一般的にメロディックデスメタルと書かれたが、ニクラス・スヴェンソンのボーカルスタイルがデスヴォイス一歩手前の声でメロディラインを追うボーカルスタイルだったこともあり、デスメタルとされずメロディック・ヘヴィ・メタルとされることもあった。1stアルバムリリース後、スカーレット・レコードから離脱。更に、ニクラス・スヴェンソンが脱退する。代わって、ヨハン・シェスター (Vo)が加入。2005年にデモ『Promo 2005』をリリースし、ピヴォタル・ロッコーディングスと契約。2006年に2ndアルバム『Bedtime Prayers』をリリース。引き続きサウンドホリックから日本盤がリリースされた。ボーカリストの交代に伴い、スクリームとクリーンボーカルを使い分けるスタイルに変化し、音楽性もソイルワークなどのモダンなメロディックデスメタルとなった。2ndアルバムリリース後、ピヴォタル・ロッコーディングスから離脱。2007年にはヨハン・シェスターが脱退。元ザ・ビリーヴドのデニー・アクセルソン (Vo)が加入するが同年中に脱退してしまう。また、ロイ・アーランドソンも脱退し、ヨハン・オルソンやクリストファーというベーシストが在籍していた時期もある。結局、ギタリストのヨハン・ブロムストロムがベーシストに転向し、マーティン・バーグマン (G)が加入した。しかし、メンバーチェンジはあったものの、目立った活動は無かった。2010年夏に、バンド名をThe Blindedに変更。同時に新ボーカリストとして、スクリーム担当のヨニー・ブラックアウト (Vo)とクリーンボーカル担当のヨエル・アンデション (Clean Vo)が加入。EP『EP2010』をリリースする。