このような教皇の変化に対して、民衆は反感を持ち、1848年には教皇の信頼の厚いローマ暫定政府首班ペレグリーノ・ロッシが暗殺されて暴動が起こり、教皇自らも市民軍によって軟禁される。11月24日、ピウス9世は政情不安定のローマを離れ、密かにガエータへ逃れた。1849年にはローマ共和国が成立、これを警戒した教皇はフランスに援助を求めたため、フランス軍がローマに進駐した。さらにローマ共和国に破門を宣言するが、かえって人々の嘲笑を買うだけであった。翌1850年、教皇はローマに戻るが、イタリア統一を目指すサルデーニャ王国が教会の力を押さえる政策をとると激しく反発し、教皇と王国との対立は避けられなくなった。
だが、フランス2月革命の影響を受け、イタリアでも立憲政治を求める市民階級が革命運動を広めると、教皇自身は自由主義に次第に距離を置くようになる。まず、1848年3月にローマ新憲法を発布するも、教会側の優位を認めた保守的なもので人々の失望を集めた。折から、統一運動を推進していたサルディーニャ国王カルロ・アルベルトがオーストリアに宣戦布告すると、教皇は、カトリック国のオーストリアとの摩擦を恐れ、同年４月に、戦争はカトリック分裂の恐れがあるとの理由で教会は一切戦争に介入しないという教書を発し、リソルジメントとは一線を引くことなる。このスタンスは、1864年の回勅『クアンタ・クラ』に付属する形で発表された『誤謬表』（シラブス）へと受け継がれていく。これは自然主義や合理主義、自由主義など近代思想・文化を否定する内容で、教皇庁と近代社会との断絶は決定的になった。
まず教皇領において政治犯の恩赦を行った。また、近代化にも理解を示し、先代グレゴリウス16世が頑として許可しなかった鉄道敷設を認めたり、出版の検閲緩和などの自由主義政策を推進させた。また当時イタリア半島に大きな影響力を有していたオーストリア帝国が教皇領に軍を駐屯していたが、それに対して治安維持の目的で市民軍を結成、帝国の指導者メッテルニヒらの脅しにも毅然と教皇領の独立を主張するなどの姿勢を取った。その背景にはイタリア統一運動（リソルジメント）の高まりがあり、教皇領の住民たちはピウス９世を『覚醒教皇』と呼び、国土統一の象徴として支持した。彼の乗った馬車に労働者が駆け寄って「聖なる父よ。勇気を持ってください。猊下には我らがついています。」と激励する事件が起こるほどであった。
大阪府豊中市生まれ。1979年愛知教育大学教育学部卒。1982年東京都立大学（現・首都大学東京）大学院人文科学研究科史学専攻修士課程修了。1985年同大学院博士課程単位取得退学。同大学人文学部助手を経て、1994年明治大学文学部史学地理学科助教授、1999年より現職。2010年明治大学平和教育登戸研究所資料館初代館長に就任。佐々木隆爾に師事。1999年東京都立大学より博士（史学）の学位を取得。『大元帥・昭和天皇』で第20回野呂栄太郎賞を受賞。自衛隊再編（縮小のうえ、国境警備隊と国家レスキュー隊に改編）論者とされ、時事的な政治・外交について言及した著作や映画評論もある。満州事変・日中戦争・太平洋戦争に関する上奏文などの史料検討を通じて、戦時下の昭和天皇が、一般に論じられてきたような「軍事に疎く、戦争を忌避する平和主義者」といった性格を持つ人物ではなく、十分な軍事的知識・情報を有する存在であり、様々な戦争の局面で「御下問」「御言葉」によって積極的に戦争指導に関与していた「政戦略の統合者」「穏健な膨張主義者」であったとすると主張している。しかし昭和天皇が軍部にありがちな「精神主義」「冒険主義」に嫌悪していたと述べている。2000年の女性国際戦犯法廷では、「昭和天皇の戦争関与と＜戦争責任＞」と題して「国体」思想が戦前には兵士の強かん・虐殺を扇動し、現在でも歴史修正主義として生き延びていることを論じた。伊藤之雄によると、山田の著書である『昭和天皇の軍事思想と戦略』において、1941年10月13日の『木戸幸一日記』を引用して天皇の開戦の覚悟を示す際に天皇の木戸への言葉の中で、開戦に躊躇している部分は（中略）として引用部分からすべて削除しているという。それに対し、山田朗『昭和天皇の軍事思想と戦略』は、天皇は1941年10月の中旬にかなり開戦に傾き、12月1日の御前会議で開戦が最終的に決定されたと（175～183頁）、ハル・ノートの影響に言及せず、天皇の開戦への意思を強調している。さらに、10月13日の『木戸幸一日記』を引用して、天皇の開戦への「覚悟」を示す際に、天皇の木戸内大臣への言葉の中で、開戦に躊躇していることを表す以下の部分は、「[中略]」として引用部分からすべて削除している。「其の場合、今迄の詔書について見るに、聯盟脱退の際にも文武恪循[文武が謹んで寄り添う]と世界平和と云ふことに就て述べたのであるが、国民はどうも此点を等閑視して居る様に思はれる。又、日独伊三国同盟の際の詔書に就ても平和の為めと云ふことが忘れられ、如何にも英米に対抗するかの如く国民が考へて居るのは誠に面白くないと思ふ」このように、天皇は国民が「武」（開戦）の方に傾いていくことを危惧していた。