第二次世界大戦後のシベリア抑留では、多くの日本軍将兵がこの港から帰国した。1956年の日ソ共同宣言による国交回復後は貿易港となり、日本の敦賀港との間に1958年に貨物定期航路が開設された。また横浜港との間に1961年から旅客船の定期航路が開設され、日本人以外でも多くの人や物資がこの港を経由した。1967年には日本が総領事館を設置し、関係がより深化した。しかし、1992年のウラジオストク開放以降は重要性が薄れ、1993年には日本総領事館や対日定期旅客航路（日本側の港は横浜から富山県高岡市の伏木富山港（伏木地区）に変更された後、2009年12月で航路廃止）のウラジオストク移転などが起こったが、現在でも日本との間に貨物船の定期航路を維持している。日本から主に中古車や中古バイクなどが多く輸出されている。現在、イルクーツクの西方にあるイルクーツク州アンガルスクからの石油パイプラインの終着地として計画されている。数十億ドルに及ぶこの東シベリアパイプライン計画が完成すると、ナホトカから日本へ大量の原油輸出が実現する事になり、現在は日露両国、それに自国へのパイプライン整備の先行を求める中国との間で外交交渉が続いている。1961年に京都府舞鶴市と日ロ（当時はソビエト連邦）間で初めて姉妹都市提携を行ったほか、北海道小樽市と1966年に、敦賀市と1982年に姉妹都市関係を結んでいる。
日本海側にあり、ナホトカ湾に囲まれた天然の良港である事、流氷の影響を比較的受けない事などから、日本をはじめとする東アジア諸国への海上輸送が容易である。また、ナホトカ駅方面にはシベリア鉄道からの支線（ナホトカ支線）がここまで建設され、シベリアやヨーロッパが港の後背地として機能している。
1859年にロシア帝国の東シベリア総督ニコライ・ムラヴィヨフ＝アムールスキーがこの地域を探索し、天然の良港であるこの土地にナホトカ（ロシア語で「発見」「掘り出し物」の意味）と名付けた。1860年にこの地域が清からロシアに割譲されると、西側のウラジオストクの機能を補完する港としての開発が始められた。ソビエト連邦時代の1936年、シベリア鉄道のウラジオストク-ナホトカ支線が完成した。1940年に港の拡張工事が始まり、第二次世界大戦による中断を挟んで1946年に第一期工事が完了した。この工事には、シベリア抑留された日本兵捕虜も参加した。1950年に市の地位を得た。その後も拡張を続け、太平洋艦隊の軍港都市として外国人の立ち入りを禁じたウラジオストクに代わり、ソビエトの極東貿易の拠点になった。また、シベリア鉄道を利用する外国人乗客はここからハバロフスクまでの特別列車を利用し、ここでモスクワに向かうように定められていた。1970年代、ナホトカ湾内のウランゲリ湾において、極東最大のヴォストーチヌイ港の建設が始まった。その後はソビエト・ロシア経済の停滞の影響を受け、1990年にゴルバチョフ政権がウラジオストクを開放した事で商港としての重要性は低下したが、同年、ナホトカは、自由経済地帯の地位を得た。ナホトカは、今でもロシアが極東に向ける重要な窓口として機能している。
飛騨川は水量が豊富であり、水力発電の開発には好適地であった。しかしかんがいについては峡谷が深すぎて取水ができずほぼ手付かずとなっていた。だが戦後の食糧不足を解消するためのかんがい事業が飛騨川においてもようやく行われ、川辺用水・森山用水・米田用水が建設されて600ヘクタールが潤されたが、急激な農地拡大には対応できなかった。また中京圏の工業・商業発展は上水道・工業用水道需要の増大を招き、こうした水資源開発の必要性が論じられていた。木曽特定地域総合開発計画によって愛知用水が建設され知多半島に水が供給されるようになった後、農林省は木曽川用水の建設を1964年（昭和39年）に計画。木曽川上流部と下流部の二区域に分けて広域の農地にかんがい用水を供給する構想としたが1965年（昭和40年）、水資源開発促進法による水資源開発水系に木曽川水系が指定されたことで事業は水資源開発公団が継承。以後公団が事業を施工した。公団は木曽川用水上流部の水源として益田郡金山町に岩屋ダム（馬瀬川）を建設、そこから放流された水を下流受益地に送水するための調整池として上麻生ダムの貯水池を選定、中部電力との協議により発電に影響を及ぼさない範囲での利用許可を取り付け、貯水池右岸（JR高山本線側）に2門のゲートを持つ取水口（白川取水口）を1974年（昭和49年）3月に完成させた。ここから最大で毎秒9.54立方メートルの水を取水し、延長9.9キロメートルの白川導水路を経て美濃加茂市の蜂屋調整池と加茂郡八百津町にある上飯田調整池で再度貯水されたあと用水路によって各所に送られる。この木曽川用水によって美濃加茂市、関市、加茂郡（七宗町・川辺町・八百津町・坂祝町・富加町）の農地3,533ヘクタールにかんがい用水と上水道を補給。また電気機器や精密機器工場などが進出した美濃加茂市などの工業団地に工業用水を供給する。上麻生ダムはこうした木曽川水系の水資源供給にも一役買っているが、こうした発電専用ダムを利用して用水路の取水を行う例は比較的多く、木曽川水系でも愛知用水と関西電力の兼山ダム（木曽川。可児市）、東濃用水と関西電力の落合ダム（木曽川。中津川市）が同じ方法を採っている。