艦隊総軍は、その起源を大西洋艦隊（U.S. Atlantic Fleet、略称:USLANTFLT）に有する部隊である。2001年10月、当時の海軍作戦部長であるヴァーン・クラーク大将は、大西洋艦隊の下に、同艦隊と並列する組織として新たに「艦隊総軍」（U.S. Fleet Forces Command）を創設し、その司令官には大西洋艦隊司令長官（Commander-in-Chief, Atlantic Fleet、略称:CINCLANTFLT）を「艦隊総軍司令官」（Commander, Fleet Forces Command）の職名を付与し兼任させる旨を決定した。この決定に伴い、当時の大西洋艦隊司令長官であるロバート・ナッター大将が、同日付で初代艦隊総軍司令官に就任した。艦隊総軍の任務・役割については、「大西洋艦隊および太平洋艦隊の両艦隊につき、その隷下部隊の（展開期間の合間の）訓練期間中における人員・装備・訓練等に関する諸要求・政策を統括的に調整・設定・実施すること」とされ、主として部隊の訓練・錬成に関する業務を担当すること（後述する「フォース・プロバイダー」としての役割の付与）、直接の起源となった大西洋艦隊だけでなく太平洋艦隊についても影響を及ぼすこと（後述する管理・指揮命令系統の問題）といった、現在に至るまでの艦隊総軍の基本的性格・位置付けが決定された。また、司令部については、1948年よりバージニア州ノーフォークに置かれていた大西洋艦隊の司令部に併設された。指揮命令・管理系統については、訓練・錬成部隊としての性格と、旧大西洋軍（U.S. Atlantic Command、略称:USACOM）以来の流れを組んで統合戦力軍（USJFCOM）を引き続き上級部隊としたほか、艦隊総軍創設と同日の2002年10月1日付で、それまで統合戦力軍が担っていた本土防衛任務が2001年の同時多発テロ事件の教訓をもとに新設された北方軍（USNORTHCOM）に移管されたことから、北方軍エリアにおける海軍部隊を要する作戦・訓練に関しては北方軍の指揮・管理も受けることとされた。その後短い期間を経て、大西洋艦隊司令長官兼艦隊総軍司令官のポストは再び役職名変更を受けることになる。艦隊総軍創設と同日の2002年10月1日、当時のドナルド・ラムズフェルド国防長官は、「“Commander-in-Chief”という称号は、軍の最高司令官である合衆国大統領だけに称することが許されたものである。」として、序数艦隊（番号付き艦隊、ナンバード・フリート）の「司令官」（Commander）と区別する意味合いで長らく「司令長官」（Commander-in-Chief）と呼ばれていた太平洋艦隊司令長官、大西洋艦隊司令長官、在欧合衆国海軍部隊司令長官の3つの司令官ポストにつき、「司令長官」から「司令官」へと呼称を変更するよう通達を発した。この通達は同年10月24日付で有効となり、これに従い「大西洋艦隊司令長官兼艦隊総軍司令官」職は「大西洋艦隊司令官兼艦隊総軍司令官」へと呼称が変更された。2003年よりアメリカ海軍は、前年10月にクラーク海軍作戦部長が発表した新世紀の海軍戦略構想「シー・パワー21」（“Sea Power 21”）を実行段階へと移行させた。この「シー・パワー21」に基づく諸政策の実施により、艦隊総軍はその重要性を大きく増すことになる。「シー・パワー21」は、「シー・ストライク」（Sea Strike）、「シー・シールド」（Sea Shield）、「シー・ベーシング」（Sea Basing）の3つを実現・獲得すべき目標の柱とし、それらを具現化するため「シー・エンタープライズ」（Sea Enterprise）、「シー・ウォリアー」（Sea Warrior）、「シー・トライアル」（Sea Trial）の3つの政策を掲げた。このうち、様々な試験やウォー・ゲーミング、演習を通じてスピーディな技術革新を図ろうとする「シー・トライアル」は、艦隊レベルで実施を主導し、艦隊総軍司令官がこれを統括するものとされた。さらに「シー・トライアル」実現をサポートするための組織として、海軍大学校の下に置かれていた海軍戦闘開発コマンド（NWDC）が艦隊総軍隷下に移管された。
2014年度の年間大賞に選ばれた「集団的自衛権」と「ダメよ〜ダメダメ」は「集団的自衛権（は）ダメよ〜ダメダメ」とつなげることで、集団的自衛権、ひいては安倍政権に反対する姿勢を示すという左派系で構成される選考委員たちの政治的な思惑が働いたのではないかとの疑念が一部メディアにより指摘され、同月に行われる衆議院選挙の直前の時期でもあったことから物議を醸した。授賞式にて、大賞の「集団的自衛権」については「集団的自衛権という用語は30数年前の『現代用語の基礎知識』からすでに収録されており、ずっとそれは現憲法下では『違憲』だと紹介されてきた。それが今年、安倍政権の下でいきなり解釈を変更されて、限定容認だが、その行使が可能となったのだから、これは大事件だ」などと紹介され、同じく大賞の日本エレキテル連合の「ダメよ〜ダメダメ」の受賞理由コメントでも「『壊憲』と言われる7月の閣議決定。『ダメよ〜ダメダメ』と高まる声を前にして、『いいじゃ〜ないの〜』とするすると受け流して、気がついたら憲法が解釈だけで変更されてしまったのだが、この国では、争点をしっかり掲げて投票でハッキリさせようなんて決定方法がありえないんじゃないかと思えて、こりゃあ『号泣』もしたくなる。そんな日本の不条理な現実を、最高にシュールなコントで『大爆笑』に変えてくれたのが『細貝さんと朱美ちゃん』こと、今年一番の人気コンビ、日本エレキテル連合であった」と紹介された。選考委員の鳥越俊太郎は「特定秘密保護法から始まってアベノミクス、集団的自衛権、原発再稼働も、国民が反対しているにもかかわらず政府は少しずつ推し進めた。それに対して国民の気持ちを最もよく表すのが『ダメよ〜ダメダメ』」とコメントしている。また、選考委員のやくみつるは、授賞式の挨拶で「審査は中立的な立場で行ったが、大賞となった2つの言葉が並ぶと一定の意味をなす。興味深い」と述べていたが、選考委員会では集団的自衛権に反対する政治的な立場から「ダメよ〜ダメダメ」と「集団的自衛権」が見出しで並ぶことを意識して大賞に選んだことを後日談で明かしている。この政治的な思惑に応じる形で集団的自衛権に反対する立場の政治家たちはTwitterで流行語大賞に賞賛を行った。社民党の福島瑞穂はTwitterで「今年の流行語大賞に『ダメよ〜ダメダメ』『集団的自衛権』。これを合わせて『ダメよ〜ダメダメ、集団的自衛権』。どう考えてもダメです。ダメなものはダメ」とツイートし、民主党の有田芳生も「（ニュース番組で新語・流行語大賞を報じた）NHK。この並べ方がサイコー！『集団的自衛権』『ダメよ〜ダメダメ』が大賞」などと書き込んだ。しかし、自民党の佐藤正久は「一部のメディアや政治家が意図を持って、その2つの言葉を並べたり、くっつけた見出しを使うと思われ、特に選挙戦での利用の可能性も否定できない。その場合、エレキテル連合が『政治利用』されて気の毒だ。皆さん、どう思いますか？」とツイートし、流行語大賞の政治利用を批判した。ネットでも「左翼がやりたい放題で政治的な言葉を選んでいると、賞のイメージが悪くなる」などの苦言が相次いだ。また、2014年12月の時点で選考委員のやくみつるは、2015年の流行語大賞に『総選挙で安倍政権が大勝して、いろいろな分野でむちゃな政策が始まる。それを、総括する言葉を定義付けして「アベハラスメント」。通称「アベハラ」を流行らせようと画策している』と『週刊朝日』の座談会で明かしている。