1870年2月27日（明治3年1月27日）制定の商船規則（明治3年太政官布告第57号）に「御國旗」として規定され、上述の幕府による「御国総標」を継承して日本船の目印として採用された。規格は現行とは若干異なり、縦横比は7対10、日章は旗の中心から旗竿側に横の長さの100分の1ずれた位置とされていた。この日を記念して国旗協会は国旗制定記念日を制定し、国旗掲揚の日としている。
幕府海軍に続き、1862年（文久2年）に創設された幕府陸軍も軍旗に日の丸を採用したことが、2年後の第二次長州征伐頃の幕府陸軍を描いた1864年10月8日付の英週刊新聞『イラストレイテド・ロンドン・ニュース』の挿絵より伺える。以降も幕府陸軍は日の丸を軍旗として使用していた。戊辰戦争においては、鳥羽・伏見の戦いの2日目の慶応4年1月4日に、薩長同盟に基づく薩摩藩と長州藩を中心とする軍勢が朝廷から「錦の御旗」を授けられて正式に官軍（天皇・皇室、朝廷の軍）になったのに対し、それ以降の旧江戸幕府軍は賊軍・朝敵となり、戦局に決定的な影響を与えた。旧幕府方の彰義隊、会津藩（白虎隊など）、奥羽越列藩同盟の一部などは、自分たちの共通の旗として上述の「御国総標」たる日章旗を掲げて戦った。
1858年（安政5年）、幕府目付岩瀬忠震と下田奉行井上清直は、日章旗を掲げて神奈川沖に停泊中のポーハタン号に渡り、孝明天皇の勅許を得ないまま、日米修好通商条約に調印・署名した。翌1859年（安政6年）、幕府は縦長の幟（正確には四半旗）から横長の旗に代えて日章旗を「御国総標」にするという触れ書きを出した。日章旗が事実上「国旗」としての地位を確立したのはこれが最初である。1860年（万延元年）、日米修好通商条約の批准書交換のため、外国奉行新見豊前守正興を正使とする幕府使節団がアメリカ合衆国に派遣され、アメリカ軍艦ポーハタン号と日章旗を掲げた咸臨丸に分乗して太平洋を横断した。使節団はサンフランシスコに到着後、更に陸路・海路を経由して首都ワシントンD.C.に到着し、当時のアメリカ合衆国大統領ジェームズ・ブキャナンに謁見して批准書の交換を終えた。その後、使節団一行はニューヨークを訪問するが、日章旗と星条旗が掲げられたブロードウェイをパレードする模様が伝えられている。これが国旗として日本国外で初めて掲げられた日章旗とされる。こうして、「日本国惣船印」は国旗とほぼ同様な使い方をされることになり、次第に「国印」（1863年（文久3年））と呼び方が変わっていった。
1945年（昭和20年）、早稲田大学法律学科に入学するが、勤労動員に追われる。翌年に小説家を志し、国文科の聴講生となる。大学の創作研究会懸賞小説に応募し、「麦秋」で入選するが、原稿は行方不明になってしまい、発刊もされなかったので、幻の処女作となった。1947年（昭和22年）より米本光代と結婚したことを受け、日本へ帰化。相手方の姓をとって、米本 正秋となる。1948年（昭和23年）7月、長男潮誕生とともに婚姻届を提出。日本の古典、とくに中世の古典に強く惹かれ、能、陶磁器、日本庭園などを好み、世阿弥の『風姿花伝』で作家としてのあり方を学ぶ。小説を本格的に書き始める。1949年（昭和24年）2月発行の民族雑誌『自由朝鮮』に、短編小説「ある父子」を金胤奎名義で発表。1951年（昭和26年）に丹羽文雄主宰の『文学者』に載った「晩夏 或は別れの曲」は、現存する最初の作品である。この時に名乗ったペンネーム『立原正秋』が、生涯を通した名乗りとなる。1953年（昭和28年）4月、長女幹誕生。1961年（昭和36年）、「八月の午後と四つの短編」で第2回近代文学賞を受賞。1964年（昭和39年）、『新潮』に発表した「薪能」が芥川賞候補となり、単行本として出版された初の作品となった。同年11月、同人雑誌『犀』を1967年（昭和42年）まで刊行することとなる。1965年（昭和40年）には「剣ヶ崎」で再び芥川賞候補になるとともに『別冊文藝春秋』第93号に発表した「漆の花」は直木賞候補となり、第94号に発表した「白い罌粟」で翌年の直木賞を受賞した。1968年（昭和43年）より第7次『早稲田文学』編集長を務める。同年、初の新聞連載小説「冬の旅」を『読売新聞』にて開始。1973年（昭和48年）から『日本経済新聞』で「残りの雪」を連載。その後、日経映画社・東京12チャンネルによってテレビドラマ化される。同年、29年ぶりに韓国を訪ねる。1976年（昭和51年）、『藝術新潮』に「日本の庭」連載。1977年（昭和52年）、『日本経済新聞』に「春の鐘」を連載。1979年（昭和54年）、『読売新聞』で「その年の冬」の連載を開始するが、体調を損ねる。1980年（昭和55年）、書き下ろし小説『帰路』を発表するが、4月に聖路加国際病院に入院。6月に戸籍名も『立原正秋』と改めたが、その2ヶ月後の8月12日、国立がんセンターにおいて食道癌により死去。54歳没。戒名は凌霄院梵海禅文居士。墓所は鎌倉市二階堂の瑞泉寺。