「枢軸時代」の提唱は、ヤスパースの企図としてはヨーロッパ中心史観からの脱却という契機があったことは上述のヤスパース自身のことばからも明らかであるが、実際のところはヨーロッパ中心史観へと回帰しているという批判がある。また、上述した村上泰亮は「枢軸時代」で指摘される平行現象に同様の関心と問題意識を払いながら、ヤスパースの構想には何ら言及していない。梅棹の生態史観を「一見多系的にみえながらそこに内在する一元歴史観」として批判する村上の多系史観は、人類をひとつの起源とひとつの目標をもつと考えるヤスパースの宗教的信念や歴史観とはかけ離れているばかりでなく、結論としては逆方向の「多系性」を指向する。「精神革命」を唱えた伊東俊太郎は簡単に「枢軸時代」に言及しているが、その位置づけについてはヤスパースの提案は換骨奪胎されており、伊東自身は「多様化」を主張している。方法論としてヤスパースは上述のとおり、実証的な歴史研究ではなく、哲学的な自覚を通して「枢軸時代」に近づこうとしており、それゆえ歴史学者がこの議論を取り上げることは決して多くない。むしろ従来看過されてきたのであり、樺山紘一の指摘においても「枢軸時代」の用語は登場しない。ヤスパース自身が想定した「異議」、すなわち、枢軸時代において中国、インド、西洋において共通しているようにみえる現象はやはり見かけだけではないのか、枢軸時代とは歴史的事実ではなく、一つの価値判断の結果にすぎないのではないか、そしてまた、こうした平行関係に歴史的性格は認められないのではないかという疑問や批判は依然つきまとうのである。
「枢軸時代」に対する有力な批判のひとつがイギリスの歴史家マーティン・バナールによるものである。バナールは、1987年の自著『黒いアテナ』のなかで、古代ギリシャの女神アテナは、金髪で碧い眼をした「白い女神」ではなく、「黒かった」と述べている。すなわち、バナールは考古学、言語学、諸文献、神話などの綿密な考証から、古代ギリシャの成り立ちは古代エジプトおよびフェニキアの植民地なのであり、その起源はインド・ヨーロッパにあるのではなく、アフリカおよびアジアにこそあったのだとする仮説を提唱している。そして、「古代ギリシャのアーリア起源」説（アーリアン・モデル）にもとづいて古代ギリシャを自らの文明の起源に仕立てあげたのは、近代ヨーロッパ、とくに18世紀後半から始まるドイツを中心とする人種差別的な歴史観にもとづいたものであり、これは一種の歴史の偽造ではないかとして、文明史におけるパラダイムの変換を説いているのである。小田実もまた、バナールの見解を受けてヤスパースの「枢軸時代」の提唱における「隠れた意図」は、ギリシャの事例で露呈すると述べている。すなわち「枢軸時代」説は、ギリシャ人が、この場合は「ヨーロッパ人」が文明世界の端緒に参画していたという説であり、ヤスパースは結局のところアーリアン・モデルに立脚しているのではないかとの疑念を表明している。
I.ウォーラーステインは、ヤスパースの「枢軸時代」構想に具体的な言及をおこなっていないが、「世界システム論」と「枢軸時代」の構想には共通点がある。両者はいずれも、世界を一体的なものとしてみる発見的なモデルなのである。
西洋史学者樺山紘一は、「現在、進行しつつあるグローバルな現実は、いわゆる『世界の一体化』と『歴史の同時化』とよばれているものの行きついた結果である」、と述べ、一体化、同時化とはあくまでも相対的な表現であり、その様態や進行の度合いは多種多様であるとしながらも、「世界の一体化」や「歴史の同時化」がこんにち問題にされるのは、両者が現代社会の顕著な特徴でもあり、その歴史的淵源や展開のプロセスをたどることが「現代」という時代を理解するのに必須であることを主張している。樺山はこのなかで、「一体化」「同時化」を世界史のなかで論ずる際に重視すべき観点 のうちの一つとして、一体化や同時化が歴史上の諸事例においては大帝国や巨大な経済力によってもたらされたことが多いが、そうした巨大な力がなくても一体化、同時化が実現されることがあることを掲げている。そのなかで樺山は紀元前5世紀から紀元前4世紀にかけて、中国、インド、地中海沿岸の各地域において都市国家的な政治秩序が生まれ、それを背景に各地域で古典哲学が生まれたことを特筆している。これはヤスパースの指摘した「枢軸時代」の例にほかならない。ただし、樺山自身は「枢軸時代」の用語には言及しない。なお、同様の例として樺山は、西暦3世紀から4世紀にかけて、ユーラシア大陸の東西両端において経済危機が発生し、諸民族のはげしい移動が起こったことを掲げている。
1999年頃より、一連の事件に対して全く反省していないオウム真理教に批判が集中した。これにより、無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律（オウム新法）が制定されることになった。1999年9月29日、教団は、批判に対応した措置として、対外的な宗教活動の休止と教団名の一時使用停止からなる「オウム真理教休眠宣言」を発表し、さらに同年12月1日、教団は新法逃れのために「正式見解」を発表、事件の関与を認め謝罪し、賠償を行うことになった。しかし、その直後にオウム新法は成立し、公布・施行された。時同じくして1999年12月29日、上祐史浩は広島刑務所を出所し、教団に復帰した。上祐は「正大師」の称号を返上したとされ、2000年1月18日に教団は会見を開き、上祐の謝罪・反省の弁と村岡代表代行による教団改革の発表を行ったが、時は既に遅く、教団はオウム新法の観察処分に処されることになった。ともあれ、発表された教団改革の内容にあわせ、2000年2月に新団体「宗教団体・アレフ」が発足され、教団の活動はアレフへと移行した。アレフの初代代表には、麻原逮捕後からオウム真理教代表代行を勤めてきた村岡達子がそのまま就任した。2000年9月14日の公安調査庁によるアーレフ施設の立入検査にあたっては、教団と関係の深いフリージャーナリストに検査の動向を撮影させるなど、当初は立入検査における妨害行為や敵対行為もあった。