2月の東京の500万下戦は前目からの競馬から直線抜け出して2勝目を飾った。3月の中京のファルコンステークスは上がり最速タイの34.7秒で差しきって重賞初制覇を飾った。そしてNHKマイルカップは直線で一旦先頭に立つもマイネルホウオウに差しきられて2着に惜敗した。レース後、左橈骨遠位端骨折を発症していることがわかり、休養に入った。休養後、京成杯オータムハンデキャップで復帰したが12着。その後も惨敗が続き、この年を終える。
デビューは7月28日の新潟競馬場の芝1600m戦。惜しくも2着となり、デビュー戦を飾ることはできなかった。この後4ヶ月の休養を挟んで11月の東京戦で中団から競馬となったが最後差しきり、初勝利を飾った。
黒崎薫著・和月伸宏絵の小説2冊（『武装錬金//』・『武装錬金/Z』）が集英社のジャンプ ジェイ ブックスレーベルから刊行されている。『武装錬金//』は2006年10月30日に、『武装錬金/Z』はは2007年5月25日に発行された。2007年5月2日には『オフィシャルガイドブック 武装錬金∞（インフィニティ）』が発行された。ニンテンドーDS向けの格闘ゲームである『ジャンプスーパースターズ』・『ジャンプアルティメットスターズ』には、武装錬金の登場人物が出演している。2007年6月28日には、マーベラスインタラクティブからPlayStation 2向けに『武装錬金 ようこそパピヨンパークへ』というゲームが発売された。日本国内では、アクションフィギュア・Tシャツ・トレーディングカードゲーム・キーホルダー・ストラップなどの商品が発売された。2007年9月9日には、東京都内で「パピヨンフェスタ」というイベントが行われた。
集英社は武装錬金のドラマCDを2つ発売した。2005年5月26日に第1弾が、2006年10月6日に第2弾が発売された。Geneon Universal Entertainmentは2007年1月25日に、武装錬金アニメ版のサウンドトラックCDを発売した。Geneon Universal Entertainmentは、ラジオドラマ・オープニングテーマ・エンディングテーマなどを収録した『武装錬金EXPERT-CD』を2つ発売した。『武装錬金EXPERT-CD1』は2007年3月28日に発売され、『武装錬金EXPERT-CD2』は2007年6月8日に発売された。
和月伸宏は武装錬金を彼が描く最後の少年漫画として描き始めた。和月は少年漫画に求めていたすべてを武装錬金に組み込もうとした。戦闘シーンを描く際に予想外に苦労し、コミカル要素にも苦心したと和月は述べた。武装錬金はいくつかの情報源を元に描かれている。和月自身の作品である『るろうに剣心』・『GUN BLAZE WEST』やアメリカン・コミックス、その他の映画・アニメ・漫画なども参考にされている。錬金術を作中で扱っているのにもかかわらず、作品の序盤では賢者の石に関する言及が避けられている。これは、他の作品からの盗用と非難されるかもしれないと和月が考えたからである。結局、作中で賢者の石について言及したが、それが一般知識であることを和月は述べた。連載期間中に和月は重い風邪に4回罹り、最後の風邪を引いた際は、週刊少年ジャンプに送るべき章を和月は描き終えることができなかった。
その昔、奈義の地を支配していた菅原道真の子孫を称する領主が、那岐山の麓にある菩提寺で絶世の美女と出会い恋に落ちた。二人は、夫婦となり、「太郎丸」という名の男児をもうけ、女は太郎丸に乳をやるときだけ、なぜか産屋にこもり、けっして覗かぬように男に約束させた。しかし、男は我慢ができず、産屋の様子をこっそり覗いてしまう。そこで男が見たものは、大蛇がとぐろを巻いて太郎丸に乳をあたえる姿だった。驚いた男が思わず声を上げ、それに気付いた大蛇は、去り際、山を八巻きして約束を破った男への恨みをあらわし、太郎丸と男を残し山へ姿を消してしまう。残された太郎丸は泣くばかりでなにも口にしなかった為、男はなんとか大蛇を探しだす。けれども、家に戻る願いは叶わず大蛇は「太郎丸が泣いたらこれをしゃぶるように」と、五色に輝く自分の目玉を男に渡して山の淵の奥深くに姿を消し、二度と現れることはなかった。母親の乳代わりに五色玉をしゃぶって育った太郎丸は、その霊力により那岐山をも超えるほどの巨人に育った。そして、京の都まで三歩で行き来し、禁裏の護衛を奈義の地に居ながら勤めていたので『三歩太郎』と呼ばれるようになったという。他にも、三穂太郎の大きさを表すエピソードとして、那岐山頂に座って瀬戸内海や因幡の賀露の浜で足を洗った、那岐山と八頭寺山を一跨ぎした時に陰部が擦れて淵が出来た、足跡が各地でため池となる、飯に入っていたと云われる巨石や杖の跡、などが史跡となり今も伝わる。地域の領主となった三穂太郎は、心優しい豊田姫か美しい佐用姫のどちらかと婚姻することとなり（佐用姫を愛人にしたとも伝わる）、豊田姫と契りを結ぶことに決めた。しかし、嫉妬に狂った佐用姫が三穂太郎の草履に針を仕込む（頼光という恋敵が仕込んだとも）という暴挙にでる。蛇は金気に弱いという言い伝えがあり、蛇神の血を引く三穂太郎は、針の毒が体中に回り狂乱してあっけなく死んでしまう。大地に倒れた三穂太郎の遺体は四散し、それぞれ神社として祀られ、血は川に、肉は黒ぼこという肥沃な黒土になり、息吹は北大風をよび、那岐山から大風が吹き下ろすたびに地元の人々は「さんぶたろうが吹く」と言って怖れたという。