ひかりの輪によると、Aleph内では、麻原彰晃の次男を復帰させる動きを見せる麻原の妻松本明香里（松本知子）・二ノ宮耕一ら主流派と反対派が対立。この内紛の中、2014年頃から山田美沙子率いる金沢支部は独立行動をとるようになり、事実上分派化した。この分派は「山田らの集団」と呼ばれる（公安調査庁の定めた便宜上の呼称であり、正式な団体名は不明）。
2008年5月20日、教団は名称の「Aleph」への改称、および旧役員に代えて合同会議による教団運営を主要な内容とする新体制発足を発表した。合同会議は運営委員会が主宰し、その共同幹事である上田竜也と松下孝寿が教団を対外的に代表するとしている。さらに、これまで新代表を名乗ってきた野田成人に対し、教団役員の地位の失効と代表地位の無効を通告した。新体制発足により、活動方針には麻原回帰の傾向がみられるとして公安当局は警戒しているという。
2007年9月30日、『JNN報道特集』においてアーレフへの長期潜入取材による特集が報道された。フリージャーナリストが2006年から2007年8月にかけて潜入して撮影した映像を主体としたものであった。そこでは、上祐派脱会後に教団内で麻原信仰が強化され、麻原彰晃を教祖・グルとして信仰し教育していく旨の教団幹部の発言や、アーレフ発足時に封印したはずのタントラ・ヴァジラヤーナやポアについて麻原が説法するビデオが教材として用いられている様が報じられた。また、ヘッドギアを使用する信者の映像も報じられた。これらの映像をもとに滝本太郎弁護士や公安調査庁の担当課長による危機感を表明するインタビューが併せて放映され、また、野田成人は教義におけるタントラ・ヴァジラヤーナの復活について、制止するだけの実権がないとして、報道を歓迎するむねコメントした。一方、野田から実権を握ると名指しされた荒木浩広報部長は取材を拒否した。
2007年5月7日、上祐史浩は新団体「ひかりの輪」を設立し、アーレフから完全に脱会した。これに伴って公安調査庁に提出された報告書によれば「ひかりの輪」は上祐史浩を代表役員に据え、主流派（反上祐派）は上田竜也・杉内伸浩を共同幹事とした。上祐派脱会後も内部対立は続き、新代表の野田成人は主流派から完全に無視されており後に脱会、杉浦兄弟も脱会、村岡達子も実質的運営から排除され、現在では「師」レベルの主流派幹部が実権を握っている。
2003年夏頃になると、上祐史浩の路線に対する不満が顕在化し、同年10月に上祐は「修行に専念（事実上の失脚）」することになり、教団の運営は旧長老部の手に移ることになった。2004年11月になって教団運営に復帰したが、反上祐派との対立は深まるばかりで、教団の分裂状態が加速されていった。2006年5月には、上祐が「人を神としない、新教団を2007年2月までに作る」ことをセミナーで宣言した。2006年7月には財政面、実務面ともに教団本体からの分離分裂が行われた。その間、麻原夫人の松本知子一家に対して「松本知子作の絵画の使用料」名目で教団が資金援助を行っていたこと、松本一家が間接的ながらも教団に影響力を与えており、そのことが上祐派の排除に繋がっていることが明らかになった。
上祐は教団復帰直後の新団体「アレフ」発足においてこそ教団役員にならなかったが、「正大師」という立場を背景に実権を握った。2001年8月に「旧宗教法人問題担当」として役員に就任したのち、2002年1月30日に正式にアレフ代表に就任した。上祐史浩は、組織防衛のために「麻原外し」路線を推進、麻原を「開祖」「尊師」ではなく、「旧団体代表」と定義し、麻原の肖像を本尊とすることを禁じた。この方針に、麻原を崇拝する多くの信者が反発することになった。なお、2003年2月に団体名を、ファミリーレストランの「びっくりドンキー」等を展開する「株式会社アレフ」との誤認を避けるため「アーレフ」に改称した。
東京府東京市日本橋区（現・東京都中央区）生まれ。化粧品業を営む平尾聚泉の四男として育つ。家は裕福であった。慶應義塾幼稚舎・慶應義塾普通部を経て慶應義塾大学医学部に進んだが、文学部独文科に転じ、1930年に卒業。大学在学中、ソルフェージュと音楽理論をヴァンサン・ダンディ門下の陸軍軍楽隊長、大沼哲に師事した。また、卒業して8ヶ月後の11月に戸沢妙子と結婚。1931年、夫婦でパリへ渡航。始めはスコラ・カントルムで学ぶものの、学校紛争に巻き込まれた結果、セザール・フランク音楽学校に転学。1935年まで在籍した。2つの学校で作曲を、課外でフルートを学ぶ。フルートの師はガストン・クリューネル。1936年に帰国。1948年に作曲グループ「地人会」を安部幸明らと結成。作品に、ソプラノとバリトン独唱と管弦楽伴奏のための「隅田川｣　(1936年)、管弦楽曲「砧」(1942年)、ヴァイオリン・ソナタ(1947年)、ピアノソナタ(1948年)、などがあり、室内楽がほとんどを占める。戦後は国立音楽大学教授、日本現代音楽協会委員長などを務めるが、病気のため「オーボエ・ソナタ」（鈴木清三の委嘱、1951年）を最後として、1953年12月、46歳で没。翌年、「木管五重奏曲」（東京管楽器協会の委嘱）に対して毎日音楽賞を追贈される。弟子に冨田勲、宇野誠一郎、一柳慧がいる。