翌宝永元年（1704年）12月21日、綱吉の後継に甲府徳川家の綱豊が決まると、綱豊の後任として甲斐国甲府城と駿河国内に所領を与えられ、15万1200石の大名となる。翌宝永2年（1705年）1月15日には国替に際した家中禁令を改定している。同年2月19日の甲府城受け取りは家臣の柳沢保格・平岡資因らが務めている。3月12日、駿河の所領を返上し、甲斐国国中3郡（巨摩郡・山梨郡・八代郡）を与えられる。吉保が拝領した15万石余の石高は表高であり、実際には内高を合わせて22万石余を有していた。同年4月10日から4月12日には甲斐恵林寺（甲州市塩山小屋敷）において武田信玄の百三十三回忌の法要を行なっている。吉保はこの法要において自身が武田氏に連なる一族であることを強調している。同年4月29日と6月12日には国中三郡の領知朱印状・領地目録を受け取っている。5月3日には甲斐国内の所持者に祈祷領米を寄付している。同年5月11日には側室の飯塚染子が死去し、龍興寺に葬られた。染子は多くの和歌を残しており、吉保は染子没後に『染子歌集』を編纂している。5月13日には黄檗宗寺院の萬福寺（京都府宇治市）の悦峯道章に禅問答を行っている。吉保は7月9日に甲斐国内への菩提寺建立を発意し、8月21日には岩窪村（甲府市岩窪町）に境内地を定めた。8月13日に吉保は自身の参禅録を編纂し、これを霊元上皇に対して題を出願している。これに対して、9月23日に霊元上皇は吉保に「護法常王録」の題を授けた。吉保は大老格の要職にあったため江戸を離れて甲斐を訪れることはなかったが、甲府に配置した家老の薮田重守に指示し、甲府城・城下町の整備、検地の実施、井堰（用水路）の整備、甲州金の一種である新甲金の鋳造などを行っている。また、柳沢時代の年貢割付状では柳沢氏入国前に行われた検地増分を減免し、実質的な減税を行っていた。吉保側室に正親町町子がいる。町子の出自は諸説あるが、実父は正親町公通で、母は水無瀬氏信娘とする説がある。正親町公通は霊元天皇使者としてたびたび江戸を訪れており、霊元天皇は吉保の和歌へ添削を行い、六義園十二境を定めたことや参禅録に題を授けるなど和歌や文芸面において吉保へ影響を及ぼしている。また、この場合に町子の母となる水無瀬氏信娘は新上西門院房子（鷹司房子）の侍女で「常磐井」を称し、房子の伯母にあたる鷹司信子が将軍綱吉の御台所になると、常磐井は「右衛門佐局」と改名し信子に従い下向し、江戸城大奥総取締役となっている。正親町町子も、こうした両親の縁により江戸へ下向し、吉保の側室になったと考えられている。町子は後に吉保の半生を王朝風の日記文学として記した『松蔭日記』を記している。元禄15年（1702年）に将軍綱吉の生母桂昌院が朝廷から従一位に叙されたのも、吉保が関白近衛基煕など朝廷重臣達へ根回しをしておいたおかげであった。宝永2年（1705年）、家門に列する。宝永3年（1706年）1月11日には大老格に上り詰めた。
日露戦争終結後は、「長寿丹」や「全治水」といった薬が大変な人気を博し、豐太郞の薬局では店員が30名ほど店先に並んで詰めかける客を捌いたとされる。店員が銭箱に売上を放り込む音と、店員の挨拶の声は、当時の神楽坂の名物の一つとされていた。また、1908年（明治41年）に日本新聞社の主催で神楽坂の商店の総合セールが行われ、豐太郞の薬局もそれに参加したところ売上がひじょうによかったことから、以降は豐太郞の薬局のみ単独でセールを行うようになった。中元と歳末にそれぞれ7日間ずつ行われたが、商品を購入した顧客に対して籤の入っている紅白最中を配布し、その籤で鏡台、反物、火鉢、薬缶、塵取りといった景品が当たるという趣向だった。蓄音機で音楽を流し、景品が当たる度に店員が鈴を鳴らす様子は、評判を呼んだ。その結果、豐太郞の薬局のセール期間中は、同業他店の医薬品や化粧品の売上が減少する事態となった。また、同じく神楽坂に住んでいた小説家の石橋思案に依頼し、『桃太郎』や『浦島太郎』をベースにした創作噺『是非御覧日本一』を制作している。この『是非御覧日本一』は、ストーリーの中に豐太郞の薬局の商品の宣伝が盛り込まれており、プロダクトプレイスメントの手法が用いられている。1913年（大正2年）には、のれん分けして独立させていた従業員や親族の薬局をチェーンストアとして組織化し、その本部として東京医薬商会を設立した。工場で大量生産した医薬品をチェーンストア傘下の各店に配送するという手法は、当時の薬局としては革新的な方式であった。その後、1918年（大正7年）になると、拡大し過ぎた事業をいったん整理し、東京府東京市牛込区上宮比町（現・東京都新宿区神楽坂）の薬局の運営を退くと、東京府東京市牛込区払方町（現・東京都新宿区払方町）に移転し以降は自らの薬業に専念した。そのほか、満韓起業の取締役、内国国債の取締役など、多くの企業の役員を務めた。のちに喫茶店事業も展開するようになり、神楽坂店の横に「カフェーオザワ」を出店した。もともと神楽坂には著名な喫茶店として田原屋があったが、カフェーオザワはその真向かいに位置しているため、その出店は驚きをもって迎えられた。田原屋はこじんまりとした店舗で料理が評判だったのに対し、カフェーオザワは2階が食堂になっており広く開放的であったことから、自ずと棲み分けができていった。結果的に神楽坂の高級喫茶店では田原屋とカフェーオザワが双璧を成すようになり、小説家の加能作次郎は「神楽坂のカッフェといえば田原屋とその向うのオザワとの二軒が代表的なものと見なされている」と評している。しかし、1923年（大正12年）9月1日に発生した関東地震により関東大震災が引き起こされ、カフェーオザワも大きな被害を受けた。罹災の様子について、小説家の浅見淵は「老舗の尾沢薬局が、そのころ、隣りにレストランを経営していた。このレストランの二階が潰れていた」と描写している。なお、1922年（大正11年）12月18日には、カフェーオザワに評論家の島中雄三、青野季吉、ジャーナリストの鈴木茂三郎、高橋亀吉、政治活動家の赤松克麿、福田秀一らが来店し、店内で会合が開かれている。これが政治問題研究会の第1回会合とされており、これをきっかけに無産政党の結成に向けた動きが加速していった。