路線上で走行していた車両は、地震発生直後に急停車し車両自体に大きな損傷はなかったものの、駅施設関係では、高架橋や柱に大きな被害を受け、橋桁が落下したり桁ずれなどが発生した箇所もあった。特に国道2号線直下の橋桁は宙吊りになっていたほか、新港第4突堤の橋脚が余震のたびに傾斜が進んでいる状況であった。ポートアイランド内でも、液状化現象による基礎の損壊や地盤の軟弱化が確認された。また、車両基地でも損傷を受けたほか、三宮駅とポートターミナル駅では駅舎が傾斜、特に大きな損傷が見られた。案内軌条や電気設備にも大きく損傷した箇所があり、復旧には相当な日数がかかるとされた。市内のJR神戸線を初めとした私鉄各線が、当初見込みを大幅に短縮して復旧されていく中で、ポートアイランド線は、全線高架構造で高さ30mに及ぶところもあり、安全上仮支柱で仮復旧させることができないこと、仮復旧で営業を始めると本復旧が困難になること、落下等による橋桁の損傷が激しかったこと、在来鉄道に比べて集電装置が小さく、ミリ単位の高い精度が要求されること、全線が高架で幅員の狭い構造物であるため、同時並行作業が困難であったことなどにより、大幅な工期短縮が困難であった。さらに、液状化現象が発生した箇所に路線があったことや、AGTというこれまでにない構造の路線であったため、世界的にも前例がなく復旧策がはっきりしていなかった。できる限りの工期短縮のために、橋桁や走行路のうち従来コンクリート床版であった箇所を鋼床版に変更したこと、案内軌条などを橋桁製作時に先行的に取り付けしたこと、応急的な補修で安全性が保てる箇所は応急処置のみを行い、開業後に夜間作業で交換したことなどを行い、工期短縮が図られた。2月8日に記者発表した資料では、8月下旬を目途に、貿易センター駅 - 市民広場駅間と貿易センター駅 - （北埠頭駅） - 南公園駅間をそれぞれ1列車による単線往復運行による部分的な運転再開をするとし、三宮駅 - 貿易センター間の復旧は目処が立っておらず年末までかかるとされ、損壊の激しいポートターミナル駅の復旧も年末までかかるとされ、当面通過駅となる予定であった。
開業当初は目新しさから、三宮から乗車し島内をそのまま循環して三宮で下車する体験乗車組も多く見られた。開業と同年の3月20日から9月15日まで開催された神戸ポートアイランド博覧会（ポートピア'81）の会期中は、観客輸送が中心となった。乗客数は当初の需要予測を大幅に上回り、AGTに対する利用者の不慣れもあいまって、博覧会の開催間もないころは、自動停止や出発不能などのトラブルが多発し、AGTに対しての批判も少なくなかった。しかし、その後は安定輸送で博覧会輸送を乗り切り、以後全国にAGTおよび無人運転システムが広まる先駆けとなった。博覧会終了後は、島民の移動の足や島内施設へのアクセス路線の一つとなっている。
本来貨幣は貴金属など普遍的な価値を持つ財貨そのものであり、昔から王侯がコインの鋳造権を独占して市場に流通させていた。これらの貴金属による貨幣は運搬に不便であるだけでなく、摩耗による減価の問題もあったため、次第に貴金属との交換を保証された債務証書（手形）に置き換わっていった。これが紙幣のはじまりといえる。紙幣に先だって（紙が発明される以前に）、カルタゴにおいては革製の通貨が普及していたとされる。ただしカルタゴの滅亡とともに断絶し、また考古学的資料にも乏しい事から、詳細は不明である。他、古代エジプトにおいても、倉庫への穀物の預かり証（パピルス製）が通貨の代わりとして使用されていたが、古代ローマの征服により断絶している。世界初の紙幣は宋代に鉄銭の預り証として発行された交子である（中国の貨幣制度史を参照のこと）。ヨーロッパでは、民間の銀行が発行した金銀の預り証である金匠手形（Goldsmith's note）が通貨として流通していたが、国家による承認を受けたものとしては1661年にスウェーデンの民間銀行・ストックホルム銀行が発行したのが、銀行券としては最初のものである（だが、7年後に同行が経営破綻したために政府が受け皿として国立のリクスバンクを創設、これが世界最初の中央銀行となった）。また、1694年にはイギリスでイングランド銀行が設立され、同行の約束手形が発行された。同行の約束手形は当初手書きであったが、のちに印刷に改められたことにより、交換手形として広く流通し始めた。イングランド銀行は1844年のピール銀行条例によってイギリス唯一の発券銀行とされた。近代になって、金本位制（または銀本位制）が確立し、本位貨幣たる金貨や銀貨又は銀行に保管する金地金等と交換ができる紙幣は兌換紙幣と呼ばれ、券面にはそれらの記載があった。例えば、アメリカでは、ブルーシールの兌換銀券とイエローシールの兌換金券があった。日本の兌換紙幣は最初は兌換銀券であったが、1897年（明治30年）に金本位制が採用されてからは、兌換金券となった。紙幣が広く流通するためには兌換が保証されていることが重要であって、銀行など紙幣発行機関の信用がその存立基盤を形成していた。すなわち特定の銀行に正貨（つまり金銀）の準備がないという流言が広まれば、途端に信用不安を引き起こし、取り付け騒ぎが起こって銀行券が紙切れになる危険が生じたわけである。しかし、1929年の世界恐慌以降、財政・金融政策が困難になるなどの理由から各国で金本位制を廃止し、管理通貨制度へ移行、多くの国の紙幣は兌換紙幣から正貨との交換が出来ない不換紙幣となった。普遍的な財貨である金銀との交換価値が失われた紙幣は、時に政府による濫発や中央銀行による国債大量引き受けなどで、ハイパーインフレーションを引き起こしたが、中央銀行による不断の通貨安定政策により一定の信頼を得て、中心的な法貨として国民生活に広く流通している。