戦国時代から江戸時代には、塩硝（煙硝）製造の歴史がある。石山合戦（1570年（元亀元年） - 1580年（天正8年））の織田勢との戦いにも五箇山の塩硝が使われた。また、黒色火薬自体を製造していたとされる。日本古来から、古民家の囲炉裏の下には自然と塩硝は製造されていたが、五箇山では、自然の草（ヨモギ、しし独活、麻殻、稗殻…など）と、蚕の糞などで製造する「培養法」を使って、より多くの塩硝を製造した。16世紀後半には、前田家が加賀一帯を統治し、一向一揆が沈静化したころより、加賀藩に召し上げとして買い付けられる。加賀藩は、外様大名として100万石の経済力をもち徳川家の2分の1の石高を持っていたので、取り潰しの危機にあったが、裏では五箇山での火薬の原料を調達していたのである。しかし、この塩硝も、日本が鎖国を解いてから南米のチリからの硝石（チリ硝石）の輸入によって廃れてしまう。
赤尾谷、上梨谷、下梨谷、小谷、利賀谷の5つの谷からなるので「五箇谷間」となり、これが転じて「五箇山」の地名となった。この名称が、文献に出てくるのは約500年前、本願寺住職第9世光兼実如上人の文書が最初である。これ以前には、荘園時代に坂本保、坂南保、坂上保、坂下保、坂北保の5つの領に区別し「五箇荘」とも呼んだ。この五箇と呼ばれる地名は全国に約120ヶ所程度あると言われ、中国の故事より「五を一括り」を由縁とするらしい。日本で「五穀豊穣」や「五人組」「伍長」との語句などである。平家の落人伝説が「五箇」が多いとの所以は、「五箇」が山間地に多いことや落人が山間に逃げることから源平合戦の近隣の地域に伝説が多い。
安永6年（1777年）7月4日、3代藩主・松平乗穏の四男として江戸で誕生。父の隠居後は兄・乗友が4代藩主となっていたが、兄の長男・乗詮が渡辺規綱と名乗って渡辺綱通の養子となっていたため乗友の養子となり、寛政2年（1790年）3月6日の兄の隠居で家督を継いだ。寛政3年（1791年）に従五位下・対馬守に叙位・任官し、寛政5年（1793年）に主水正に遷任した。しかし病弱であり、藩政の実権は隠居した兄に握られ、自らは日光祭祀奉行や江戸城門番役、大坂加番などを歴任しただけにとどまった。享和2年（1802年）12月2日に隠居し、家督は12月6日に甥で養子・乗羨が継ぐこととなった。文化13年（1816年）5月に出家して木斎と号した。文政元年（1818年）5月23日、奥殿で死去。享年42。
旧石器時代前期とされる定住地跡が、ボシュ洞窟とロス・アスレス洞窟で見つかっている。そこには石柱や骨、あらゆる種類の動物とジオメトリックなモチーフを取り混ぜた洞窟壁画が残っていた。新石器時代の定住地跡はセルムラやトレスパの洞窟で発見されている。同様に、保存状態のよいドルメンが見つかっている。アストゥリアス人とカンタブリア人はともにローマの侵攻に抵抗した民族である。ローマ化を進めるには、既にローマが平定した地域とカンタブリアとを結ぶ道路を建設することが必要だった。伝説では、722年にコバドンガの戦いで勝利した後、既存のローマ定住地を利用して、ペラーヨはアストゥリアス王国の首都をカンガス・デ・オニスにおいたと言われている。彼の後継者であるアルフォンソ1世は王国を拡大し、アストゥリアスの高原地帯にキリスト教徒たちを再植民させていった。12世紀には既にカンガスの区分が始められていた。14世紀にオビエド司教の領土となったこの地域は、やがてカンガス・デ・オニスの名で呼ばれるようになった。別の例として、エンリケ2世は自らの庶子の領土にカンガス・デ・オニスを加えて与えたが、後年王領へ復帰させている。16世紀、カンガス・デ・オニスはオビエドで開かれたアストゥリアスのフンタ・ヘネラル（現在はアストゥリアス自治州議会を指す。全体議会とも）へ代表を送っていた。これらの職務には当時の名家の出身者たちがついていた。コバドンガに関してフェリペ3世は、修道士たちの協力を得て洞窟の中の重要な作品を王宮へ移させた。しかし火事のために絵画や宝石などが失われてしまった。この火事は非常に肯定的なものをもたらした。カルロス3世は王家の離宮を心配し、新たな宗教施設の建設や、コンセユでの生活の向上、はるかに活発な商業取引をもたらす通信手段の改善を行う一連の事業や仕事を行った。19世紀初頭のスペイン独立戦争ではカンガス・デ・オニスに連隊が創設され、カンガス・デ・オニスは軍事政府の首都となった。数回のフランス軍による侵略で双方に死者が出た。メンディサバル法も変化をもたらした。修道院や教会の建物より少ない物品が売り払われた。カルリスタ戦争も町と住民に衝撃を与えた。19世紀半ば、ポントンとリバデセリャへ向かう道路が改善された。ブフェレラ鉱山を運営するイギリスの会社が、地元労働者を大勢雇用した。20世紀、コバドンガ山岳国立公園が設置され、カンガス・デ・オニスはビリャ（町）の称号を得た。1930年代後半のスペイン内戦ではコンセユ全体が数回爆撃を受け、共和国側がセリャ川に架かる橋に爆弾をしかけ破壊した。内戦ではコンセユ側が反乱軍に対してゲリラ戦を行ったために、フランコ体制期には政権側がカンガスに対して報復を行った。