ハドンフィールドで起こったマイケル･マイヤーズが実の姉ジュディスを殺害した事件から30年以上の年月が過ぎた。20年前に起こったマイケルによる連続殺人事件の後、事故死したかに思われたローリー・マイヤーズ。しかしそれは、既にこの世を去ったルーミスが、ローリーをマイケルの手から逃れさせる為に仕組んだ偽装の事故であり、生きていたローリーは、ケリー･テイトと名を変えてヒルクレスト高校の校長を務めていた。だが20年前の事件のトラウマから、ローリーは一時期アルコール依存症になり、現在でもハロウィンになると神経質になっている為、息子のジョンはウンザリしていた。そして、ローリーが襲われた事件から20年過ぎた10月30日。今は亡きルーミス医師が晩年を過ごした家とその付近にて殺人事件が発生。殺されたのはルーミスの看護婦であったマリオンと近所の若者達。そしてルーミスの部屋からは、ローリーに関する資料を持ち出された形跡があった。その翌日のハロウィン。ヒルクレスト高校の門前に一台の不審な車が止まる。それを運転していたのは、20年もの間ローリーの前に姿を現さなかったマイケルであった。
2年に渡るマイケルの殺人事件から6年後。爆発する警察署からマイケルと共に行方不明になったジェイミーだが、彼女はマイケルを信奉する邪教団によって捕まっていた。ジェイミーが妊娠して生まれた赤ん坊に儀式を行い、マイケルの生贄にしようと考えた教祖であったが、助産婦の手助けによってジェイミーは赤ん坊を連れて脱走する。しかしその後を追うのは、邪教団が行った「イバラの呪い」によって復活したマイケルであった。一方、かつて幾度にも渡ってマイケルを追い詰め現在隠居中のルーミスと、かつてマイケルの引き起こした連続殺人事件から生き延び青年に成長したトミーは、電話を利用したラジオ番組から、ジェイミーの助けを求める声を聞く。本作では、マイケルの手の甲に「þ（スリサズ）」のルーン文字がある事から、英語版のタイトルはそれにちなんで「Hþlloween 6」となっている。
前回のハドン・フィールドでの殺人事件から1年後。事件のショックで失語症に陥ったジェイミーは、毎晩のようにマイケルの悪夢にうなされており、更には一部の心無い住民達からは、嫌がらせを執拗に受けていた。死んだと思われていたマイケルであったが生きており、1年の歳月を経て再び覚醒。またしてもジェイミーの命を狙いにハドン・フィールドに現れる。10月31日の夜、ハロウィンのパーティーに出席するジェイミーであったが、突如発作に襲われて苦しみだす。次々と友人や家族を殺されるジェイミー。ルーミスはマイケルと決着をつけるべく、ジェイミー達と共にマイヤーズ家に立て篭もり、マイケルをおびき寄せる。
「ハロウィン3」の評判により、観客が求めているものがあくまでブギーマンであるという認識から「ハロウィン2」で死んだブギーマンやルーミス医師が実は重傷だったが生きていたという新設定で再起動された新章。マイケルの引き起こした悪夢のような殺人事件から10年後、以前の事件のガス爆発で焼死したかに思われたマイケルであったが、死んではおらず、意識不明のまま再び精神病院の地下病棟に収容されていた。しかし10年以上マイケルを病院内で入院させ、我慢の限界を迎えた病院長は、ルーミスに無断でマイケルを別の病院に移送させる。マイケルを移送する救急車の中、ハドン･フィールドにローリーの遺児であるジェイミーが引き取られた形で暮らしている事を医師達の会話で知ったマイケルは、突如覚醒。救急車内の人間を皆殺しにして、ハドン・フィールドへ向かう。一方、マイケル移送の事実を知り、病院を訪れていたルーミスは、そこでマイケルを搬送した救急車内の人間達が死んだという連絡を聞き、マイケルが、ローリーの遺児であるジェイミーの命を狙っている事を察知する。
シリーズの外伝作。ハロウィン2でマイケル・マイヤーズが死亡しブギーマンのストーリーは完結した。ブギーマンのストーリーはこれで終了させ、今後は「ハロウィン」のブランドを活かし、ハロウィンに関わるホラーストーリーのシリーズ化を目指して作成された。そのため全２作とは全く関連性がない新しいストーリーである。ハロウィンの起源であるサウィン祭を行っていた古代ドルイド教が現代に甦り暗躍するというオカルトサスペンス。古代ドルイド教の神殿ともいわれるストーンヘンジの一部の盗難事件、不死身な上に自殺すると死体が残らない謎の殺人鬼、大企業シルヴァー・シャムロック社に依存した町で起きる不気味な事件など、謎に迫るダニエル医師と犠牲者の娘エリーの冒険と探索を描く。耳に残るシルヴァー・シャムロックのテレビCMの不気味さや様々な伏線の数々、登場人物が単に殺されるだけではなく悪夢のような運命をたどるストーリー展開などスプラッタというよりオカルト・サスペンスの傾向が強い。悪くない出来ではあったがブギーマンを期待して劇場に足を運んだ観客からは人気が出ず、次回作からはブギーマンのストーリー一本に絞った展開に戻ることになった。
人間世界とは異なる場所に存在する、幸せな音楽の国メイジャーランド。そこで年に一度だけ行われる演奏会において、歌の妖精ハミィは世界の人々の平和を願い「伝説の楽譜」に記された「幸福のメロディ」を歌おうとしていた。しかし 演奏会の最中、悲しい音楽の国マイナーランドの王メフィストが現れ、楽譜を「不幸のメロディ」に変えようとする。メイジャーランドの女王アフロディテは音符を別の世界である人間世界にばらまいて それを阻止したが、散らばった音符を取り戻すため メフィストは配下のセイレーンと トリオ・ザ・マイナーを、アフロディテはハミィと7体のフェアリートーンを人間世界に遣わす。一方、人間世界の加音町に住む北条響は、かつての親友である南野奏とすれ違う日々を送っていた。そんな中、2人はハミィやマイナーランドの刺客達と遭遇し、なし崩しにプリキュアの戦士キュアメロディとキュアリズムとして目覚めることになる。最初はすれ違いの出来事を引きずって喧嘩の多い響と奏であったが、徐々に友情を取り戻していき、プリキュアとしても一歩ずつ成長していく。やがて、ハミィと対立していたセイレーンも、様々な出来事を通じて和解し、黒川エレン（＝キュアビート）としてプリキュアに覚醒。3人のプリキュアは互いに助け合ってメフィストやトリオ・ザ・マイナーの襲撃を打ち破っていくが、やがて謎の仮面のプリキュア・キュアミューズの正体が調辺アコだったことが判明し、キュアミューズとメフィストとの「驚くべき関係」と、マイナーランドを裏で操る真の黒幕・ノイズの存在が明らかになっていくのだった。