明治維新後、明治4年（1871年）に近代社格制度において官幣大社に列した。戦後は神社本庁の別表神社に列している。昭和43年（1968年）には、明治維新後百年の記念として茨城県笠間市産の御影石を用いて大鳥居（二の鳥居）が建て替えられた。昭和61年（1986年）には、境内が国の史跡に指定された。平成23年（2011年）3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震およびその余震により、石造の大鳥居（二の鳥居）と御手洗池の鳥居が倒壊し、境内の石灯籠64基も崩れたほか、本殿の千木も被害を受け、被害総額は1億700万円に上った。その後、境内の杉を用いて大鳥居が再建され、平成26年（2014年）6月に竣工祭が執り行われている。なお平成23年度には、境内北西辺の祈祷殿・社務所の建て替えに伴い、境内で初めての大規模な発掘調査が実施された。この時には奈良時代に遡る鍛冶関連を始めとする遺構・遺物のほか、時代ごとに幾度も整地がなされた様子が認められた。
鹿島神宮は武神を祀るため、中世の武家の世にも神威は維持され、歴代の武家政権や大名から崇敬を受けた。源頼朝から多くの社領が寄せられたように、神宮には武家からの奉幣や所領の寄進が多く確認される。その反面、武家による神宮神職への進出や神領侵犯も度々行われており、頼朝により武家の鹿島氏（常陸大掾氏一族）が惣追捕使に任命されて神宮経営に入り込んだことを発端として、藤原氏の影響下からは離れていった。室町時代には、武家政権の神領寄進に平行して在地勢力による侵犯が進み、社殿造営費用にも欠く状態であったという。江戸時代には江戸幕府からの崇敬を受け、慶長10年（1605年）には徳川家康により本殿（現・摂社奥宮の社殿）が造営された。元和5年（1619年）には徳川秀忠により現在の社殿一式、寛永11年（1634年）には徳川頼房により楼門等が造営された。
平安時代以降の神階としては、承和3年（836年）に正二位勲一等、承和6年（839年）に従一位勲一等の記事が見える。嘉祥3年（850年）には、春日社の建御賀豆智命は正一位に達した（勧請元の鹿島社も同時に叙せられたという見方もある）。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では常陸国鹿島郡に「鹿島神宮 名神大 月次新嘗」と記載されて式内社（名神大社）に列したほか、月次祭・新嘗祭では幣帛に預かっていた。なお、神名帳で当時「神宮」の称号で記されたのは、大神宮（伊勢神宮）・香取神宮と鹿島神宮の三社のみであった。また、常陸国内では一宮に位置づけられるようになっていった。
奈良時代には、史書に多数の神戸の記事が載る（「社領」節参照）。またこの時代、鹿島社は藤原氏から氏神として特に崇敬された。神護景雲2年（768年）には奈良御蓋山の地に藤原氏の氏社として春日社（現・春日大社）が創建されたといい、鹿島から武甕槌神（第一殿）、香取から経津主命（第二殿）、枚岡から天児屋根命（第三殿）と比売神（第四殿）が勧請された。これら4柱のうち特に鹿島神が主神で、春日社の元々の祭祀も鹿島社の遥拝に発したと見られている。その後も藤原氏との関係は深く、宝亀8年（777年）の藤原良継の病の際には「氏神」の鹿島社に対して正三位の神階が奉叙されている。
創建について、鹿島神宮の由緒『鹿島宮社例伝記』（鎌倉時代）や古文書（応永32年（1425年）の目安）では神武天皇元年に初めて宮柱を建てたといい、神宮側ではこの神武天皇元年を創建年としている。一方『常陸国風土記』にも神宮の由緒が記載されており、「香島の天の大神」が高天原より香島の宮に降臨したとしている。また、この「香島の天の大神」は天の大神の社（現・鹿島神宮）、坂戸の社（現・摂社坂戸神社）、沼尾の社（現・摂社沼尾神社）の3社の総称であるともする。その後第10代崇神天皇の代には、大中臣神聞勝命（おおなかとみかむききかつ）が大坂山で鹿島神から神託を受け、天皇は武器・馬具等を献じたという。さらに第12代景行天皇の代には、中臣臣狭山命が天の大神の神託により舟3隻を奉献したといい、これが御船祭（式年大祭）の起源であるとされる。
江戸期は将監新田であり、下総国印旛郡のうち。笠神埜原新田に属する。寛文年間笠神村立野原を開発して成立。寛文11年国手形寺請状改綴によれば、入百姓26、出身地は布川領19、印西領4など（吉植家文書）。はじめ幕府領、元禄3年から佐倉藩領、享保8年から再び幕府領、なお、一部が天保10年浜松藩領、弘化2年幕府領、同４年再び浜松藩領となり、以後幕府・浜松藩の相給。村高は、「元禄郷帳」「天保郷帳」ともに見えず、「旧高旧領」134石余。江戸中・後期は笠神埜原新田10か村組の1つで、天保3年十ヶ村請免状写によれば、反別26町5反余、大部分が畑・埜地畑高で、年貢は米8斗余・永5貫37文。また、同9年諸商渡世向取調書上帳によれば、家数30、うち居酒屋2・穀物買1・小間物1・菓子卸1・餅菓子出商2・絞油屋1、他は農業、人数174（吉植家文書）。明治6年千葉県に所属。神社は大竜神社・天神社、寺院は真言宗密蔵院、ほかに念仏庵（印旛郡誌）。明治22年埜原村の大字となる。