薄熙来の現在の妻である谷開来（こく かいらい、グー・カイライ。旧名は「谷開莱」）は、弁護士であり北京で法律事務所所長を務めている。1997年に中国人弁護士としてアメリカで中国企業を勝訴させて名を挙げ、訴訟の経緯を記した著書はテレビドラマ化されるなどし、「中国のジャクリーン（ケネディ元大統領の夫人）」とも呼ばれた。谷開来との間に長男の薄瓜瓜（はく かか、ボー・グァグァ）がおり、ニール・ヘイウッドの紹介で最初にイギリスのハロー校に留学・卒業、ついでオックスフォード大学で2010年に政治哲学部の学士号を取得し、2012年5月、ハーバード大学大学院の修士号を取得した。2013年7月にはコロンビア大学ロースクールに入学した。薄熙来は離婚歴があり、北京市党委第一書記などを歴任した李雪峰の娘で、301医院（人民解放軍総医院）に務める軍医だった李丹宇と結婚していた。彼女との間にも一男・李望知がおり、北京大学法学院で学び更にアメリカのコロンビア大学に留学して修士号を取得後、米シティグループに勤務していた。
2013年7月に薄熙来に対して、遼寧省時代の職務に絡んだ約2000万元（約3億2000万円）の収賄罪と約500万元（約8000万円）の横領罪、重慶市共産党委員会書記時代の職権乱用罪で起訴されたことが発表された。山東省済南市中級人民法院は、微博で起訴内容や法廷内の写真を次々と伝える異例の対応をしたが、これは裁判の透明性と公正性をアピールする狙いがあるとみられる。一方で、裁判では薄熙来の両脇に身長2メートル近い警備員を2人配置し、警備員の1人は元バスケットボール選手であったことがネットユーザーで明らかにされたが、これは身長180センチを超える薄熙来を小さく見せて政治的失脚を印象づける意図があったとみられている。この裁判においては当初は罪を認めると見られた薄熙来が証人質問で検察側証人から自らに有利な証言を引き出すなど、異例の裁判となった。例えば薄熙来に賄賂を送るため妻と子（薄瓜瓜）に便宜を図ったとされる経営者に対しては、薄：あなたは瓜瓜に航空券やクレジットカード、セグウェイ（自立型スクーター）を与えたことを私に言ったことがあるか。証人：ない。薄：（瓜瓜と友人の）アフリカ旅行については？　費用を出してくれたそうだが。証人：ない。薄：事実に忠実な証言に感謝する。谷開来への高価なプレゼントや瓜瓜への高価な腕時計について、私に話したことは？証人：ない。と収賄に自分が関与していたことを否定する証言を検察側証人から引き出している。2013年9月21日、山東省済南市の裁判所は、薄に対して無期懲役の判決を言い渡し、同年10月25日に確定した。
1998年（平成10年）1月6日、自由党を結成、小沢は党首に就任した。当初、100名以上の衆参両議員が集まると思われたが、結局、衆議院議員42名、参議院議員12名の計54名が参加するに留まり、野党第1党の座を民主党に譲り渡した。同年7月12日の第18回参議院選挙では苦戦必至と思われていたが、小沢人気もあり、比例代表で514万票、合計6議席を獲得し善戦した。参議院選挙後の臨時国会では、首班指名に民主党代表の菅直人を野党統一候補に臨み、参議院では自民党の小渕恵三を抑え、菅が指名された（衆院では小渕が指名されたため、衆議院の優越の原則から小渕が首相に就任した）。小沢は参院での野党共闘により政府・自民党を追い込む戦略であったが、菅は「政局にしない」と発言、金融再生法の制定で自民党と協力したことにより、野党共闘はほころびを見せた。1998年10月、小沢は内閣官房長官野中広務と会談、連立交渉を開始した。小沢は党としては国政選挙を遥かに上回る広告宣伝費を使って、自身の顔写真を用いたポスター数十万枚を全国の街頭に貼り張り巡らし、テレビでも自身の顔写真を全面に押し出したモノクロのCMを連日放映して連立交渉を優位に進め、ビル・クリントンアメリカ大統領訪日直前の同年11月19日、自民党との連立政権について小渕と合意書を交した。1999年（平成11年）1月14日には正式に自自連立政権が発足し、党幹事長の野田毅が自治大臣として入閣、小沢は5年ぶりに与党へ復帰した。この連立の間に、衆議院議員定数20の削減、閣僚ポストの削減、およびイギリス型内閣や二大政党制を目指すとして、政府委員制度の廃止と政務次官制から副大臣・政務官制への移行と、党首討論設置を含む国会改革を自民党に呑ませた。また、同年発刊された『文藝春秋』9月特別号に「日本国憲法改正試案」を寄稿し、自らの改憲論について語っている。1999年10月、公明党が政権に入り、自自公連立政権が成立した。自民、公明両党で参院の過半数を抑えることになったため（野中らは公明を引っ張るために、自由党と連立を組んだという事情もあった）、政権内部での自由党の存在感は必然的に低下した。自自両党の選挙協力も遅々として進まず、小沢は自民党総裁の小渕総理大臣に対して自自両党の解散、新しい保守政党の結成を要求した。中曽根康弘、亀井静香等は小沢の復党を認める方針であったが、党内の反小沢勢力は「小沢の復党は認められない、小沢抜きでの復党は認められる。」とし、小沢自身も「復党が認められなければ連立解消だ。」と応酬し、両者は2000年（平成12年）4月1日に会談するが、合意に達せず結局連立を解消した。直後に小渕は脳梗塞で倒れ、5月14日に死去した。