この頃になると「ほぼ100円ショップ」と単発企画が主になった。さらに梶原の身内が起こした不祥事が関係しているのか5月以降視聴率が一桁に低迷している。2月1日に約5か月ぶりにレギュラー放送がされた。視聴率11.3％。8月15日、通常回での最低視聴率7.4％を記録。9月26日、11年半（深夜時代とゴールデン進出後から合わせて）の放送を終了した。２時間スペシャルとして深夜時代のコントを振り返る企画やメンバーらによるスピーチが放送されたが、視聴率は6.7％とゴールデン昇格後の最低視聴率を最終回で更新した。10月24日から「はねるのトびら」の後釜として「世界は言葉でできている」が放送開始。
この年になるとフジ系ドラマや映画の番宣でゲストとして出演している俳優たちが「ほぼ100円ショップ」の企画にメンバーらと一緒に挑戦する内容がメインとなり、放送1回分すべての放送時間を使って企画を放送することもあり、他の企画との比重が大きくなった。2月3日、「アブandチェンジ」の後企画として「しりたしキャバクラ」放送開始 (後に「しりたしモナリザ」にリニューアル)。経年劣化も否めず、2月24日の放送分では10.5%を記録。11月3日放送分ではゴールデン昇格後での最低視聴率8.4%を記録した。2010年3月現在、フジテレビのゴールデンタイムにおけるレギュラー番組で唯一、字幕放送をおこなっていなかったが、4月14日放送分より実施することになり、これで、フジテレビのプライムタイムのレギュラー録画番組はすべて字幕放送対応になる。視聴率は9~14％前後であり、場合によっては15％を越えることもあった。西野メインで「スベルトンズ」というガイコツをモチーフにした３人組ユニットを結成。ショッピングモールでイベントまで開催したものの、「悲壮感」のように注目されることはなかった。
2009年には、これまでのコーナーに加えて『ザ・ウラモネア』や『女芸人手作りバトル』が主力企画となったほか、ドッキリなどのお笑い企画が増えた。視聴率は前年のように20％を超えることはなくなったが、それでも15~18％をキープしていた。しかし夏ごろから15％を切る回が多くなっていった。年間平均視聴率は15.7％ (関東地区)。この年の最高視聴率は1月14日の19.7％。秋頃からフジテレビの携帯サイトやフジテレビ On Demandで動画を配信している。未放送のオリジナルコンテンツを含む。一部有料。夏~秋ごろにかけて「スターだらけの大運動会」、「短縮鉄道の夜」に「オシャレ魔女 アブandチェンジ」などといった人気コーナーが終了。
放送が一旦終了されてしまったが、DVD・VHSがお笑い作品では異例の大ヒットを記録。11月23日には池袋の東京芸術劇場で「はねるのトびらTHE LIVE はねるのトびらで逢いましょう」が開催された。のちにCS放送のフジテレビ721で放送され、DVD第2弾にはノーカット収録された。12月7日（土曜日）には、13時から60分という異例の枠で新作が特別番組として単発放送された。2002年12月31日深夜（元日の午前）にはスペシャルが放送された。生放送でドランクドラゴン鈴木の結婚式を行うドッキリであった。2003年1月、ドランクドラゴン塚地とロバート秋山が月9ドラマ『いつもふたりで』に抜擢され、コント「MUGA様とおーたむSAN」のようなキャラクターを演じた。ドラマで共演した葛山信吾と木村多江がのちにはねトびにゲスト出演している。
無名からスタートした深夜番組が1年も続くこと自体が異例だったが、さらに「NEW GENERATION」（月曜深夜の週替わり60分枠）内で継続。5週に1回のペースで半年間で7回放送された。4月にコント「出棺」の公開収録がフジテレビ前の池広場で行われたが、ファンが殺到しすぎて警察の指導により短縮されている。5月には北陽伊藤が扮する「ネットアイドル夢子」のCDデビューイベントを開催。北陽虻川がレギュラー出演したドラマ「整形美人。」の1シーンにメンバー全員でゲスト出演した（山本は編集上の都合でカット）。そして7月には初のDVD・VHSが発売され、発売記念イベントも開催された。放送回数は少ないが、非常に実りの多い半年間だった。
2001年4月9日放送開始。毎週火曜1:35 - 2:05（JST、毎週月曜深夜）に放送された。第1回は電源の入ったビデオカメラが各コンビの代表者の自宅に郵送され、お台場のフジテレビまでの道のりをそれぞれが撮影するというドキュメントだった。ショートコントの他、「ポセイドン物語」「グレーもんどう」というコーナーがほぼ毎回放送されていた。東京・小平のドン・キホーテで行われた「ポセイドン物語」のイベントには1万5000人のファンが集結。以降、イベントを行うたびに熱狂的な成功を収めていた。
2010年1月には、ドイツの副議長で、欧州評議会の保健委員会長のヴォルフガング・ワダルグが主張するには、大企業が、ワクチンを売るために「偽りのパンデミック」を宣言するよう、世界保健機関 (WHO) に圧力をかけるためのパニック・キャンペーンを画策してきた。政界最大の医学のスキャンダルの1つだと述べ、2009年5月にメキシコシティで始まったとされる「偽りのパンデミック」キャンペーンは、数百人程度の「通常」のインフルエンザ症例が報告され、これが新たなパンデミックの脅威だとされたが、その根拠は乏しかった。3月には、欧州評議会は、国際的な豚インフルエンザ・キャンペーンは製薬会社の影響を受けているとして調査を開始。4月、WHOのインフルエンザの責任者であるケイジ・フクダは、パンデミック宣言を導いた体制が、H1N1についての混乱をもたらしたと述べ、その懸念を表明したがそれは、恐れるほどの致命性がないものだと判明したこの新しいウイルスに関する、不確実な部分について、情報伝達が失敗したということであり、マーガレット・チャン・WHO事務局長は、レビューを実施するために機関の外部の専門家を任命したことを伝えた。6月、BMJのフィオナ・ゴッドリー編集長は調査をもとにWHOを批判し、パンデミックに関するWHOの顧問に、抗ウイルス薬とワクチンを生産している製薬会社との間に金銭関係があるという調査があるとした。マーガレット・チャンは以下のように応答し、製薬業界の影響を受けているという印象を残してしまうだろうが、パンデミック宣言の決定は定義された基準に基づいたもので、この基準をねじまげるのは難しい、と。