また、ホルブルックは米独の文化交流にも大きな役割を担った。彼の発案に基づき、第二次大戦・冷戦の象徴でもあったアメリカ陸軍ベルリン旅団が撤退を完了した翌日の1994年9月9日、リヒャルト・フォン・ヴァイツゼッカー元ドイツ連邦大統領とヘンリー・キッシンジャー元アメリカ合衆国国務長官を共同所長とする文化研究機関「ベルリン・アメリカン・アカデミー」の設立が発表された。この3日後にホルブルックはドイツ大使を離任したが、発表からおよそ3年後の1998年には、ヴァンゼー湖畔にあるドイツ系ユダヤ人の銀行家ハンス・アルノルト（Hans Arnhold）がかつて所有していた別荘を利用した研究施設が開設されるなど、計画は引き続き推し進められた。ちなみにホルブルック自身も、2001年にジョージ・W・ブッシュ政権への政権交代に伴って国連大使を離任した後、同アカデミーの所長に就任している。現在同アカデミーは、米独関係における重要なコネクションの1つとなっており、フェローとして作家や経済学者、各国政府高官、公共政策の専門家など様々な分野の専門家が招聘されている。招聘された人物の中には、ピューリッツァー賞受賞者で劇作家のアーサー・ミラーや、同じくピューリッツァー賞受賞者で小説家のジェフリー・ユージェニデスのような著名な文化人、あるいはデニス・ロス（Dennis B. Ross）やJ・ステイプルトン・ロイ（J. Stapleton Roy）のような高位の外交官なども含まれている。また、ベルリン・アメリカン・アカデミーは2007年から「ヘンリー・A・キッシンジャー欧米関係賞（Henry A. Kissinger Award for Transatlantic Relations）」を設立し、1年ごとに欧米関係の発展に功績のあった人物に対する表彰を行っている。2007年の第1回受賞者にはドイツのヘルムート・シュミット元首相が、2008年の第2回受賞者にはジョージ・H・W・ブッシュ元合衆国大統領がそれぞれ選ばれている。
1993年、前年の大統領選挙で現職のジョージ・H・W・ブッシュを破ったビル・クリントンが大統領に就任すると、選挙戦でクリントン陣営のアドバイザーを務め、外交経験も豊富なホルブルックにも外交ポストが割り当てられるのではないかと予想された。当初は、そのアジア外交における長年の経験と深い知識を買われ、駐日大使への任命が予定されていたが、駐日大使にはモンデール元副大統領が任命され、ホルブルックには予想外ともいえる駐ドイツ大使のポストが割り当てられた。この時の経緯については、デイヴィッド・ハルバースタムが著書『静かなる戦争』の記述の中で詳細に取り上げている。それによればホルブルックは当初、国務長官候補に挙がったとされているが、人選担当者から「圧倒的な行動力と知性を持つが、『自己中心的』という点でも飛び抜けている」など（詳細は後述）、才能を評価しつつも人格・性格面での欠点を懸念する声があったことに加え、 クリントンの下で政権移行チームに加わっていたウォーレン・クリストファーやアンソニー・レイクらが彼を政権の高位ポストに就けたがらなかったこともあって、ホルブルックの国務長官や副長官、さらには次官に就任する道は閉ざされたとされている。そこで、彼のアジア外交における長年の経験と深い知識を生かすことの出来る駐日大使のポストに就けることが検討されたが、当初は駐ロシア大使に内定していたモンデールが、芸術に関心の深いジョアン夫人の意見もあって駐日大使を希望するようになったため、ホルブルックは一時何のポストにも就けない可能性すらあったという。しかし、クリントンとホルブルックの共通の友人で、のちに国務副長官としてクリントン政権入りを果たすことになるストローブ・タルボットらの強力なプッシュにより、結果的に残っていたポストの1つである駐ドイツ大使が割り当てられたとされている。ホルブルックがドイツ大使を務めた時期は、ちょうど東西ドイツ統一から数年後のことであり、彼も大使として新生ドイツとアメリカの関係構築に取り組んだ。彼のドイツ大使在任中におけるハイライトとなったのは、1994年7月のクリントン大統領の訪独（ベルリン訪問）である。この時は、数千人ものドイツ市民が沿道を埋め尽くして訪問を歓迎するなどクリントンの訪独は成功裏に終わり、ホルブルックは訪問成功の立役者の1人となった。また彼はドイツ駐在中、対ドイツ政策以外にもアメリカのNATO拡大促進政策やボスニア内戦への対応など、クリントン政権の外交政策決定において重要な役割を担った。
1945年（昭和20年）8月6日、広島女子商業学校（後の広島翔洋高等学校）1年生（12歳）のとき、広島原爆により爆心地から東南1.5キロメートルの鶴見町で被爆。顔や手足を負傷したことで、戦後も被爆者や障害者に対する差別を受け、就職も結婚もできない日々を送った。20歳のとき、作家の真杉静枝の主催する募金で援助を受け、入院。計10回以上にわたる整形手術を受けた。その後、戦争未亡人や被爆女性の勤める盲児施設に保母として勤めた。1962年（昭和37年）、アメリカでの核実験に際し、アメリカの平和運動家であるバーバラ・レイノルズが世界平和巡礼を企画した際、「原爆乙女の会」の推薦でメンバーに選ばれ、バーバラやほかの応募者たちと共に半年近くにわたってアメリカ各地を回った。1964年（昭和39年）にもアメリカに渡った。しかし、この2度目の渡米中に父が死去、兄夫婦も急死。遺された3人の子供を未婚の身で引き取り、家の大黒柱として働く立場となった。1967年（昭和42年）、広島平和文化センター開設後、非常勤嘱託として勤務。1976年（昭和51年）に同センターが独立法人化された後、正式職員となった。第2回国連軍縮特別総会が開催された1982年（昭和57年）には、原爆の絵運動によって広島市民から集められた原爆の絵をアメリカで展示することを企画。バーバラ・レイノルズらとともにアメリカ各地を回り、アメリカ16州の29都市とカナダの1都市で68回にわたって開催された「市民が描いた原爆の絵」展で、のべ11万人を超える人々に核廃絶を訴えた。1993年（平成5年）3月31日、広島平和文化センターを定年退職。その後も毎年2回程度、日本国外で被爆体験を語り続けた。1996年（平成8年）4月、大学生・教師ら若い世代を中心とした平和学習グループ「ヒロシマの心を伝える会」を作り、広島を訪れる国内外の教育者や学生に対しての被爆体験談、広島平和公園内の碑巡り案内などを日本語・英語で行った。2004年（平成16年）に交通事故で骨折、2006年（平成18年）には脳梗塞に倒れ、日本国外に回ることはできなくなった。広島平和文化センター退職以来、回った国は欧米やアジアなど11か国、期間は計506日間、回数は413回、証言相手は約35,800人に昇る。2010年（平成22年）には自分も含む被爆者の高齢化への対応として、インターネットを利用した体験証言活動に乗り出した。2018年（平成30年）2月10日に死去。85歳没。著書に、1982年のアメリカ巡業当時のことを綴った『原爆の絵 アメリカを行く』がある。