このゲームには「全体マップ」と「レベル内のマップ」の2種類のマップ画面がある。全30以上あるコースは、おおむね5-6コースをひとまとめにした「レベル（『スーパーマリオブラザーズ』などで言うところのワールド）」で区切られており、レベルの最後にはボスとの対決をするコースがあり、倒すことで次のレベルに進める。クリア済みのコースやレベルを訪問することも自由にできるが、「全体マップからレベル内マップに入る」ことは自由にできる反面、「レベル内マップから全体マップに出る（=レベル間を移動する）」ことには制約があり、その方法は「ファンキーコングの小屋を利用する」「ボスを倒す」のどちらか。それぞれのレベル内にはコングファミリーの施設も個別に設置されており、レベル内の攻略具合に応じて利用できるようになる。マップ上のレベルやコースには顔のアイコンが表示されており、クレムリン（ワニ）の顔が描かれているならばまだクリアされておらず、コングの顔が描かれているならばクリアしたことになる（ドンキー・ディディーのどちらの顔になるかは、最初にクリアした方のコングとなる）。コングファミリーの施設には、そのコングの顔のアイコンが常時表示されている。ステージ名の末尾に「!」が付くと、そのステージを完全クリア（ボーナスステージ全制覇およびコースクリア）していることを示す。レベル内の全てのコースを完全クリアすると、レベル名の末尾にも「!」マークが付く。
基本は横スクロールのアクションゲームで、待ち受ける敵を倒したり避けたりしながら、ステージの最後にあるゴール（「EXIT」と書かれた看板のある出口）にたどり着けばステージクリアになる（ボスステージではボスとの対決のみが行なわれ、倒すとクリアになる）。コースは6つの「レベル」に分かれ、1レベルあたりそれぞれ5-6のステージとボスステージで構成されている。ステージの分岐という概念はなく、順番にこなしていく必要がある。ただし、一度クリアしたステージは何度でもプレイすることができる。操作できるキャラクターはドンキーコング及びディディーコングの2種類であるが、一度に同時操作はできず、常に一方のキャラクターを操作することになる。両者には性能差があり、ドンキーはより頑丈な敵を倒すことが可能で、ディディーは素早さとジャンプ力に優れている。状況に応じて操作キャラクターの交代が可能で、活用することで有利に進めることができる。敵やトラップからダメージを受けた場合、コングが2匹いる場合は操作中のキャラが逃げ出して、もう片方のコングに自動的に交代する。コングが1匹しかいない場合および谷底に落下した場合やトリックトラックリフトが落下されて足場で置き去りにされた場合はミスとなり、残機が1減る。本作では残機をライフと表現しており、他のゲームに見られる「ライフ=体力」の構図とは異なる（これは本作に限らずレア社のゲームにたびたび見られる「ライフ=命の数」という構図である）。残機はドンキーコングのバルーンでカウントされ、残機が0のときにミスをするとゲームオーバーとなる。一部の裏技を使用しない限り原則的にコンティニュー機能はなく、セーブはステージマップ上にあるセーブポイントで行うことができるが、レベルによってはセーブポイント（後述）が後半部分に設けられていることがあるため、セーブできない区間の攻略に注意を要することもある。ステージによっては味方キャラ（アニマルフレンド/後述）がいる場合があり、コンテナを壊して跳び乗るとアニマルフレンドを操作できる（一部操作できない者もいる）。アニマルフレンドに乗っている間は、操作方法もアニマルフレンドのものに変更され、それぞれ独自の能力を活用して攻略することが可能だが、他のステージには持ち越せない。アニマルフレンドはダメージを受けると高速で逃げ出すが、谷底に落ちるなどして見失わない限りは乗り直せば再び利用できる。
元祖ドンキーコングの孫である新世代のドンキーコングが登場した初の作品。当時最新の3DCGを用いており、複数の色を交互に高速に点滅させることで、スーパーファミコンの持つ性能以上の色数を表現する。キャッチコピーは「デジタルゴリラ出現!!」この作品を元にしたテレビアニメも製作・放送された。
1964年、シンシナティ市出身でフォーク・シンガーとして国内で活動していたディヴィッド・フライバーグ(David_Freiberg･英語版)が西海岸に流れ着いたパロ・アルト、のコーヒー・ハウスでポール・カントナーとデュオを組み、デヴィッド・クロスビー、ジェリー・ガルシア、ロバート・ハンターらと演奏を繰り返していた。フォーク・シーンは下火となりビートルズの登場とともにカントナーはバンドを組む為にデュオを解消し、クロスビーはロサンジェルスに移りロジャー・マッギンというパートナーを見つけてザ・バーズ結成へ、ガルシアはサンフランシスコで新しいグループを組み後のグレイトフル・デッドへと動き出す。フライバーグはマリファナ所持で収監され、出所後、シンガーでハープ奏者のジム・マレイを通じて友人のギタリストジョン・シポリナと出逢う。1965年の夏頃にフライバーグはある日ディノ・ヴァレンティという人物の評判を聞き、演奏を聴いた後にグループの結成を持ちかける一方でジョン・シポリナはアメリカのトップ40を演奏するバンド、ザ・ブローグスのゲイリー・ダンカン(ギター）、グレゴリー・エルモア（ドラムス）らとセッションを行う。ローリング・ストーンズのヴァージョンの「モナ」（オリジナルはボ・ディドリー)を演奏した。その後フライバーグは再びマリファナの所持で収監され、彼が出所してグループを始める寸前にヴァレンテが同じく所持で収監されてしまう。フライバーグがベースを担当し、シポリナ、マレイにアレキサンダー・スペンスとセッション・ドラマーが加わりマーティ・バリンの所持するクラブザ・マトリックスにてリハーサルを開始するが、スペンスをバリンのグループ、ジェファーソン・エアプレインにスカウトされてしまい、結局ダンカン、エルモアが加わりグループのメンバーが皆処女宮に関連することからクイックシルヴァー・メッセンジャー・サーヴィスと名付けて12月に慈善コンサートでデビューする。名前の由来についての補足 『マレイとフライバーグが名前を思いついたんだ。俺とフライバーグは同じ日に生まれている。ゲイリーとグレゴリーも同じ日に生まれている。みんなおとめ座だった。マレイはふたご座。ふたご座とおとめ座の守護星は水星(マーキュリー)。マーキュリーの別名はクイックシルバー(水銀)。水銀は古来ギリシャ神話になぞって神の使い(the messenger of the Gods)とされている。そしておとめ座(Virgo)はそれに仕える人(servant)。そしてフライバーグが言ったんだ。 'Oh, Quicksilver Messenger Service'』（ジョン・シポリナ）