1998年はジョーダン無限ホンダに移籍。マクラーレンからのオファーはあったが、当時のオーナーのロン・デニスから出された「年俸ゼロ、1勝ごとの報酬制」「年間100日の無償プロモーション活動」などの条件を受け入れられずに拒否、ザウバーやプロストからもオファーを受けていた。前半戦こそショートホイールベース化が災いした198で苦戦を強いられたものの、雨の波乱含みのベルギーGPでジョーダンに初勝利をもたらした。これはヒル本人にとって現役最後の勝利であり、また、F1ではウィリアムズ以外のチームで挙げた初めての勝利でもあった。後半戦はコンスタントにポイントを獲得し、最終戦日本GPでチームをコンストラクターズ4位に導いた。1999年は新規定のタイヤの扱いに苦戦し、成績もチームメイトのハインツ＝ハラルド・フレンツェンに圧倒された（予選2勝14敗、ポイント7対54）。カナダGP後に今季限りでの引退を表明したが、チームオーナーのエディ・ジョーダンは「シーズン途中での引退の可能性」を示唆。地元のイギリスGPが最後のレースとなると報道され、チームも後釜としてニック・ハイドフェルドや中野信治、ヨス・フェルスタッペンを検討していたが、イギリスGP後に最終戦までの現役続行を表明した。引退レースとなった日本GPは戦意喪失による「レース棄権」で終えることになり、一部ジャーナリストからは批判を浴びた。
1996年はマクラーレンに移籍したクルサードの後釜として、前年のCARTチャンピオンで「驚異の新人」と言われたジャック・ヴィルヌーヴが加入。FW18が他チームを圧倒する戦闘力だった事もあり、奇しくも「2世ドライバー」同士にしてチームメイト同士のチャンピオン争いと言う展開となった。ヒルは開幕戦オーストラリアGPからの3連勝など前半9戦中6勝を挙げたが、後半戦はやや精彩を欠いてヴィルヌーヴの猛追を受け、タイトル争いは最終戦の日本GPまでもつれ込む。しかしこの時点でヒルとヴィルヌーブとの得点差は9点、ヒル7勝に対してヴィルヌーヴ4勝であり、日本GPでヴィルヌーブが優勝してもヒルは6位1ポイント以上を獲得すると、勝利数の差により無条件でチャンピオン決定と言う非常に有利な状況にあった。ヒルは予選2位ながらスタート時にポールポジションのヴィルヌーヴをかわして先頭に立って一気に優位に立ち、ヴィルヌーヴがタイヤ脱落トラブルでリタイアした瞬間に自身初のワールドチャンピオンが決定、その後は一度も先頭を譲らない完勝劇も演じた。「イギリスで勝ったことより96年最終戦の鈴鹿での勝利が一番嬉しかった」と喜びを語っている。F1史上初となる親子2代でワールドチャンピオンとなり、その後2016年にニコ・ロズベルグ（父、ケケ・ロズベルグは1982年のチャンピオン）がチャンピオンになるまでの20年間、唯一の存在であった。なおヒルはこの年の「全てのレースでフロントロー」を獲得しており、コースによって安定感を欠く事もあったヴィルヌーヴとは、この点で決定的な差を付けた。しかし、この年のイタリアGP直前の8月26日にヒルはチームから翌年の契約を行わないことを通告された。これは1997年限りでルノーとのワークスエンジンの供給契約が終了することが決定していたウィリアムズ側が、その代わりにBMWエンジン獲得のためにドイツ人ドライバーとの契約を必要としていた事が遠因にあった。このヒル解雇劇はチーフデザイナーを務めていたエイドリアン・ニューウェイの逆鱗に触れ（チームからは事前の相談も無かった）、チーム株買収に対するチームとの意見の不一致も加わり、ニューウェイはマクラーレンへ移籍を決断して出社拒否、これに対してウィリアムズ側とは法廷闘争にまで発展した。また、長年ウィリアムズの広報を担当していたアン・ブラッドショーほかヒルを慕っていた数人のスタッフも離脱した。なおこの一件に関しては後年フランク・ウィリアムズ自身が「あれは大きな失敗だったな」と認め、この年を境にウィリアムズの勢いは次第に下降傾向に入ったと評されている。日本GP直後、ウィリアムズを離脱したヒルは翌年F1参戦となるブリヂストンのタイヤテストに参加した。
大逆罪（刑法73条の罪）については、「皇太子…ニ対シ危害ヲ加ヘ又ハ加ヘントシタル者ハ死刑ニ処ス」と定められていたため、死刑以外の刑をもって処断することはできず（刑法73条）、第一審にして終審の大審院で審理することとされていた（裁判所構成法50条第二）。難波を精神病患者とすることは難しかったため、心神喪失により不起訴や無罪とすることはできなかった。そこで政府や検察は、「（被告人の難波に）自己の行為が誤りであったと陳述させ、裁判長は難波の改悛の情を認めたうえで死刑の判決を下すが、摂政の計らいの恩赦により罪一等を減じ無期懲役とする」ことが、天皇の権威を回復するための最も良い手段であると判断し、そのように動いた。予審は長引いたが、難波が反省陳述することをようやく認めたため、1924年（大正13年）10月1日に傍聴禁止の措置が取られた上で、公判が開かれた。だが、難波はこの審理の最終陳述で反省陳述を行わず、次のように述べた。「私の行為はあくまで正しいもので、私は社会主義の先駆者として誇るべき権利を持つ。しかし社会が家族や友人に加える迫害を予知できたのならば、行為は決行しなかったであろう。皇太子には気の毒の意を表する。私の行為で、他の共産主義者が暴力主義を採用すると誤解しない事を希望する。皇室は共産主義者の真正面の敵ではない。皇室を敵とするのは、支配階級が無産者を圧迫する道具に皇室を使った場合に限る。皇室の安泰は支配階級の共産主義者に対する態度にかかっている。」 — 最終陳述（抜粋）、今井清一『日本の歴史〈23〉大正デモクラシー』p416より引用これにより、被告人に改悛の情を認めることは困難となり、政府・検察の計画は崩れた。同年11月13日、大審院は、難波に対し、大逆罪につき死刑判決を宣告した。判決公判で難波は、「日本無産労働者、日本共産党万歳、ロシア社会主義ソビエト共和国万歳、共産党インターナショナル万歳」と三唱して周囲を狼狽させた。難波の死刑は、同月15日に市ヶ谷刑務所で執行された。25歳没。父の作之進が遺体の引き取りを拒んだため、無縁仏として埋葬された。その際、難波の遺体を引き取りに出向いた自然児連盟の山田作松、横山楳太郎、荒木秀雄らアナキストが検挙された。作之進は事件当日に衆議院議員を辞職した。息子の死刑執行後は山口の自邸の門に青竹を打ち、すべての戸を針金でくくり閉門蟄居して断食し、半年後に餓死した。難波の生家は、今も山口県光市立野に存在する。屋敷の中にある土蔵の「向山文庫」は、山口県内初の図書館として光市指定文化財に指定されているが整備はされておらず、荒廃が進んでいる（詳しくは難波作之進の項目中難波家屋敷の記述を参照）。