スターリンの死後、ソ連の新しい首脳部はユーゴスラビアとの関係の修復の道を探るようになった。ソ連としては、社会主義圏であるユーゴスラビアが西側に取り込まれることを座視するわけにはいかなかったのである。フルシチョフが初めてティトーと会見を行って以降、ユーゴスラビアへは再びソ連の航空技術が提供されるようになった。ユーゴスラビア圏では、現代でもソ連圏の航空技術が優勢である。
しかしながら、戦後のスターリンとティトーの友好関係は長くは続かなかった。1951年、ソビエト飛行家の「最良の友」(スターリンのことである)は、自身のユーゴスラビアの学友を世界の帝国主義のスパイとして痛烈に批判した。また、国家間の関係は真の冷戦体制へと向かっていった。ソ連との断絶は、ユーゴスラビアの航空界に痛烈な打撃を与えた。予備部品や航空機の供給が中止され、またソ連の大学やアカデミー、航空学校で学んでいた専門家たちは早急に国外追放された。ティトーは自身の方針を示した。すなわち、これ以来ユーゴスラビアは外国に翻弄されることのない体制を構築する不断の努力を続けることとなった。航空産業もその例外ではなく、航空機の完全な国産化が目指されることとなった。他国からの独立は無論よいことであったが、ユーゴスラビアはいまだ戦争による荒廃から立ち直っておらずしばらくは自力での空軍への近代的航空機の供給は不可能であった。そこで、すでに開発されていたS-49Aの発展型の開発に平行して、1951年11月にアメリカ合衆国およびイギリスとの軍事的協力の条約が締結された。まもなく、140 機のモスキートと150 機のF-47サンダーボルトがユーゴスラビアへ提供され、その後も西側製の機体が供給された。
ティトーらパルチザンによるユーゴスラビアの解放後、同国ではすぐに国内航空産業の復興が始められた。1946年にはザルコヴォに空軍技術大学が創設されたが、これは国の航空技術及び研究の中心機関となった。そこでは、練習機、連絡機、訓練機といった様々な飛行機のプロジェクトが登場した。また、ユーゴスラビアの技師たちはIK-3をベースとしたS-49(С-49)戦闘機を設計したが、開戦までに生産されたIK-3の機体はすべて失われていたためこの作業は難航し、立案までに11ヶ月を要した。
第一次世界大戦後オスマン帝国やオーストリア・ハンガリー帝国等から独立を成し遂げたユーゴスラビアは、戦間期において独自の優れた航空産業を築き上げた。イカルスやロゴザルスキに代表されるユーゴスラビアの航空機メーカーは、戦闘機、爆撃機、飛行艇、多目的飛行機、グライダーなど軍民様々な機種の航空機を開発していった。ユーゴスラビア王国空軍には、第二次世界大戦直前の時点では、イギリスから輸入したホーカー フューリーやハリケーンMk.I、ドイツから輸入したメッサーシュミットBf 109Eが主力戦闘機として配備されていたが、国内メーカーではフューリーを基にしたイカルスIK-2、ハリケーンを基にしたイカルスIK-3/ロゴザルスキIK-Zといった戦闘機が開発・配備されていた。しかしながら、第二次世界大戦初期におけるナチス・ドイツによる侵攻とクロアチア独立国の「独立」によりあらゆる産業は崩壊の憂き目に会い、航空産業もその例外とはならなかった。戦中は、主にクロアチアやスロヴェニアといった地域は枢軸国側に入り、一方イギリスやソ連などにはユーゴスラビア人部隊が組織された。特に、イギリス空軍に組織されたユーゴスラビアの戦闘機部隊については比較的よく知られており、そこではハリケーンMk.IIやスーパーマリン スピットファイアMk.V/IXなど第一線の機体が運用されていた。一方、クロアチアではBf 109GやフィアットG.50などを運用する戦闘機部隊の他、ユンカースJu 87、ドルニエDo 17などを運用する爆撃機部隊なども組織されていた。
大手製薬会社の野座間製薬は、秘密裏に人工生命体アマゾンの研究を行っていたが、2年前に不慮の事故により4000体の実験体が脱走し、人間社会に潜伏してしまった。アマゾン細胞という人工細胞を培養して作られた彼らは、普段は人間に擬態しているが、人間のタンパク質を好む食人本能を有している。アマゾンは普段、アマゾンズレジスターという腕輪の力でそれを抑えているが、その効果が切れると怪物に変貌し、本能のままに人間に襲いかかって貪り食ってしまう。そのため、野座間製薬は系列会社の害虫駆除業者ノザマペストンサービスに駆除班を置き、秘密裏にアマゾンの駆除にあたらせていた。そんな状況下、野座間製薬の役員の息子・水澤悠は、病弱であることを理由に家から出ることを許されず、義理の妹の水澤美月と共に静かに暮らしていた。悠は自己注射を1日1回義務付けられていたが、正体不明の嫌悪感から注射を拒絶したある日、湧き上がる本能に突き動かされるまま家を飛び出し、アマゾンと駆除班の戦いを偶然目撃したうえ、自身も異形の姿仮面ライダーアマゾンオメガへ覚醒してしまう。野生のカンと戦闘力だけを頼りに獣のように生きるアマゾンの男・仮面ライダーアマゾンアルファこと鷹山仁と、そのパートナーである泉七羽と出会った悠は、仁から自身がアマゾンであること、そしてアマゾンの宿命を知らされる。悠は己の存在について「自分は人間なのか、アマゾンなのか」と苦悩しつつも、その答えを確かめるために駆除班の一員としてアマゾンとの戦いに身を投じる。その中で、悠は駆除班の一員として戦うモグラアマゾンの青年・マモルや、食人を望まず生き続ける未覚醒のアマゾンたちなど、人間と共存しようとするアマゾンたちと出会い、母・水澤令華や仁がアマゾンを生み出したことを知る。アマゾンを作り出した造物主でありながら、自己の都合ですべてのアマゾンを絶滅させようとする母や仁など人間に嫌気が差した悠は、自身の在り方を「人間」ではなく「アマゾン」であると定義し、「アマゾンであっても守るべき者は守り、人間であっても狩るべき者は狩る」という意思を持つ。そして、野座間製薬が実施した大規模なアマゾン駆除作戦トラロックから生き延び、「すべての人間を守り、すべてのアマゾンを絶滅させる」という仁と対立する道を選ぶと、彼との壮絶な一騎打ちを制する。その後、悠は多くの罪無きアマゾンたちを率い、行方をくらませるのだった。