この時期、日本のホワイトボックス市場から活力が失われていった。結果から言えば、全体のパソコン出荷台数自体が頭打ちとなり、ナショナルブランドから奪取できるシェア的伸びしろも、国内ホワイトボックスメーカー側が期待したほどのものでは無かったのである。一方で、200x年代の日本のパソコン市場には、ゲートウェイのイーマシンズやデル、ヒューレット・パッカードなどの外資系メーカーが次々と参入し、家電量販店でも販売を始めた。さらにはホワイトボックスメーカーに部品を供給をする立場であったエイサーやASUSなどの台湾メーカーまでもがパーツメーカーとして培った知名度をバックボーンに完成品市場にも本格的な進出を始め、競争相手は増える一方になってゆく。国内ショップブランドパソコンの一大EMSとなっていたMCJも一時は赤字に転落し、事業所の移転集約やコスト削減に追われた。中国は世界最大の組立パソコン市場だったが、北京オリンピック前後で状況が変わり始めた。格安のネットブックが登場し、経済発展によってメーカー製パソコンにも手が届き始めた。一方で違法コピーの取締りが厳しくなり、「番茄花園」の作者が逮捕され、パソコン販売店の宏図三胞がマイクロソフトに訴えられた。それも影響したか中国の組み立てパソコン市場の成長率が鈍化した。一方で中国の月収は2万円程度であり、メーカー製のパソコンには手が届かないという意見もあった。世界的に言えることとして、2000年代後半はノートパソコンやネットブックが急激に普及し、両製品を比較すれば可搬性に難があるホワイトボックスにとっては厳しい時代だった。ホワイトボックスのシェアは世界的に減少しているという説もある。パーツメーカーからはノート型の「ホワイトブック」も登場し、ホワイトボックスパソコンメーカー向けのOEMモデルも用意されたが、ネットブックと競合する「ホワイトブック」は小型のものほど注目を集め需要が高い反面で、各パーツの物理的な制限が厳しく、市場やパーツメーカーから安価に大量買い付けできる余剰部品の流用では対応しきれないというネックを抱えていた。また、「ホワイトブック」はその小ささに比例して組立やパッケージ梱包などといった作業が細密になり、作業効率が上がらないという問題も抱えている。
ホワイトボックスはパソコン専門店が店頭で部品を一から組み上げて自作し、ショップブランドとして販売するイメージがある。確かに1990年代前半・中盤の「DOS/Vショップ」では、そのような形態だったようである。しかし1990年代後半から徐々に産業化が進んだ。例えばマウスコンピューターは1993年に春日部市の自宅店舗「高島屋衣類店」の一角で営業を始めたが、1998年には株式会社化した。製造は工場で行われるようになり、日立製作所豊川工場（愛知県豊川市） などに生産を委託し、ファブレス企業化した。その後は一転してiiyamaを買収し自社工場（長野県飯山市）として整備している。ホワイトボックス各社は自社工場を所有しており、例えばKOUZIROは山口県山口市、パソコン工房（ユニットコム）はICMカスタマーサービスの工場（島根県出雲市） で大量生産している。受注方式にはBTO（受注生産）やCTO（受注仕様生産）などがあり、CTOの方がカスタマイズの範囲が広いようである。工場ではセル生産方式やライン生産方式で生産し、法人向けに大量のカスタマイズの手間を省くコンフィグレーションサービスを提供している会社もある。一般にホワイトボックスでは大手電機メーカーのナショナルブランドが付けられた製品よりも低価格に設定されており、また低価格による競争力を確保しなければ立ち行かない。そのため、製造・物流やこれにまつわる各種人件費などのコストの削減はメーカーにとって重要な要素であり徹底される。メーカー各社は部品の共同購買の仕組みを作ったり、メーカー同士で合併したりしている。2007年にはMCJ（マウスコンピューター）の傘下にユニットコムが入り、両社で日本のホワイトボックス市場のシェアの半数を超えた（自称）。またパソコンの部品は陳腐化が激しく月に平均6％～10％、最悪で30％も価格が下がり損が出るので、受注情報を10分単位で部品商社と共有するITシステムを構築する企業もある。以上のようにして作られたホワイトボックスはメーカー自身による通信販売がなされている他、家電量販店やパソコン専門店に供給されており、店頭で販売されるものの多くは店頭では各社の「ショップブランドパソコン」として販売されている。例えばマウスコンピューターは2003年度に約10社に対して約12万台を納品し約180店舗で販売した。
標高1037メートルの苗敷山（旭山）山頂に本宮が、苗敷山東麓に里宮が所在する。里宮が所在する韮崎市旭町上条南割は甲府盆地の西端に位置する。釜無川右岸の段丘上に立地し、南には御勅使川が流れる。所在する韮崎市旭町上条南割は甲府盆地西部に位置する。中世には甘利荘に属し、近世には上条南割村が成立する。苗敷山は標高1032メートルで、江戸時代には信仰の山として栄えたという。『延喜式』神名帳には巨麻郡「穂見神社」が記載され、論社には当社のほかに韮崎市穴山町の穂見神社や南アルプス市高尾の穂見神社がある。古くは苗敷山権現と称し、山頂には別当寺に真言宗苗敷山宝生寺（廃寺）があったと言われ、山門跡や随神門跡、鐘楼跡や客殿・庫裏跡の礎石やテラスが確認され、土師器や墨書土器、緑釉陶器などの出土遺物も見られる。『甲斐国志』に拠れば、かつては広大な神域を誇っていたが、天正壬午の乱で兵火を被り衰微したという。戦国期には甲斐守護武田氏の庇護を受け、『甲斐国社記・寺記』に拠れば永禄9年（1566年）には棟別銭・普請役を免許されている。また、天正13年（1583年）には徳川家康から社領を安堵されている。近世には境内に本地仏である虚空蔵菩薩を安置した虚空蔵堂など諸堂が存在した。虚空蔵菩薩は甲府盆地の湖水伝承と関係し、盆地を開拓し苗を敷植し人々に稲作を教えたとする開闢伝承があり、作物の豊穣を願う参詣客が訪れたという。なお、「苗敷山」の山名はこの開闢伝承に因む。奥宮までの参道には元禄4年（1691年）に整備された丁石が立ち並び、十三丁目地点には寛文4年（1664年）の石鳥居が立つ。萩原元克『甲斐名勝志』では苗敷山からの眺望を詠んだ西行の和歌を伝えているが、『甲斐国志』ではこれを確実な根拠のないものとして否定している。