本種は日本では最も古くから用いられた染料であるとされている。中国からアイ（タデ科）やリュウキュウアイ（キツネノマゴ科）が伝わる以前から、本種は摺り染め用の染料として用いられた。万葉集や源氏物語にもその名があがっており、皇室が神事に用いる小忌衣（おみごろも）の染料も本種が使われた。生の葉を布に摺り付けることで染色を行い、それによって出る色は青ではなくて緑である。ヤマアイにはインジゴが含まれておらず、青は出ない。文献では山藍摺りは青色と記されている。上記の小忌衣は「紅（あけ）の長紐」をつけた「青摺衣（あおずりぎぬ）」であり、それを染めるのに本種が使われたという。ただし、日本語の「あお」が現在その名で呼ばれる色を示すようになったのは室町以降ではないかとも言われ、それ以前には緑色をも含めてこの名で呼んでいたと考えられる。ただし、それはやはり青色だったのではないかとの判断から、本種を使い、何らかの手法を加え、青にすることができたのではないかとの検討も行われている。研究により、地下茎（乾燥させると青くなる）を乾燥させて細かくして水で抽出し、銅を媒染に用いることにより青色を定着させることに成功している。他方、そのような文献に言及がある山藍が、実際に本種を指したのかどうかについて疑問を呈する声もある。それによると、山藍が日本最古の染料、あるいは日本独自の染料とする通説はあるが、その裏付けとなる文献がごく少ないこと、またその植物が本種であるとの文献も江戸時代以降にしか存在しないことなどを挙げており、あるいは単に『山で取れるアイのような植物』の意味であった可能性にも触れている。
小型の多年生草本。地下茎が横に這い、繰り返し分枝し、群落を形成する。地下茎は生時には白いが、乾燥させると紫色を発色する。地上の茎は立ち上がって高さ30-40cmほど。茎の断面は四角で角は稜になる。葉は対生で、披針形の托葉がある。葉身は長楕円状披針形から卵状楕円形で長さ10cm程度。先端は尖り、基部はやや幅広く、縁には鋸歯が並ぶ。葉の面にはまばらに毛が生えている。長い葉柄がある。花期は4-7月、茎の先端の方の葉腋から花序を出す。雌雄異株。雄花序、雌花序ともやや総状に見える穂状花序となる。花は間を置いて付き、特に雌花序では花数が少ない。雄花では、花被は膜質で敷き石状に配列し、蕾では閉じて萼全体で球形をなし、開花すると3裂する。雄蕊は10-30本あり、仮雄蕊はない。花井とは互いに融合せず、花床の中央から束になって出る。葯は2室、基部まで互いに離れ、はじめ下向きに垂れるが後に上を向き、外側上面で縦に裂ける。雌花では花被は3、花盤は2裂して、それぞれ先端が披針形の突起として突き出す。その間に子房があり、子房2室はこの突起2本に挟まれて左右に突き出る形になる。柱頭は2個、子房の各室には胚珠1つのみを含む。蒴果は亜鈴型で径約5mm、表面に突起があり、熟すと2つの小球に分かれる。種子は球形。和名はいわゆるアイが畑にできるのに対し、山に自生することから。
テレビ番組Nazi Murder Mysteriesのあるエピソードで、リヴァプール・ジョン・ムーア大学の「フェイス・ラボ」が頭蓋骨の写真から遺体の復顔を実施することが取り上げられた。依頼者はアンドリュー・スパーク (英: Andrew Sparke) で、この事件に関する書籍の執筆のためだった。
熊本県八代郡（現八代郡氷川町）に生まれる。八代中学校を経て、第五高等学校（五高）に学ぶ。五高での同期には佐々弘雄、細川隆元がいる。1917年（大正6年）、五高卒業後、東京帝国大学に入学する。最初は法科大学（法学部）に入学するが、文科大学（文学部）宗教学科に転学し、姉崎正治に師事する。1920年（大正9年）文学部卒業、さらに法学部政治学科に学士入学する。帝大在学中は、上杉慎吉が指導していた国粋主義的な学生団体である興国同志会に入会するとともに、三井甲之に私淑するようになる。1922年（大正11年）4月、慶應義塾大学予科教授となり、若宮卯之助らと共に約10年間、論理学・心理学を講義する。1925年（大正14年）11月、三井らとともに原理日本社を創立し、雑誌『原理日本』を刊行するようになる。慶應義塾で「精神科学研究会」を組織し、そして、同誌上で国粋主義的な観点から、マルクス主義・自由主義的な学者・知識人批判を展開する。1932年（昭和7年）4月、慶應義塾を退職し、国士舘専門学校教授となる。貴族院議員であった美濃部達吉が辞職させられた、天皇機関説事件に始まる大学粛正運動の理論的指導者であり、滝川幸辰、大内兵衛らの追放、津田左右吉の古代史著作発禁事件も、蓑田の批判論文がそもそものきっかけである。1936年11月に日独防共協定が締結されると、1937年4月に平沼騏一郎や近衛文麿らが顧問を務める反共・国粋主義の国際反共連盟が結成され、その評議員の一人として反共雑誌『反共情報』に寄稿していた。1938年には帝大粛正期成同盟を組み、対外防共協定に呼応した国内に対する滅共を唱えた。1941年（昭和16年）、内紛に巻き込まれて国士舘専門学校を退職。1942年（昭和17年）頃から健康状態が悪化し、論文の発表も『原理日本』1943年（昭和18年）5月号で途切れた。1944年（昭和19年）6月、郷里の熊本県八代に疎開し、終戦後に首を吊って自殺した。これには、発狂による自殺とする説もある。岩波書店の社長であった岩波茂雄は、蓑田の死に際して遺族に金一封を送り、「それでは蓑田は本物であったか」という感想をもらしたというエピソードがある。