帝国海軍は航続距離の格段に大きい大型陸上攻撃機の開発を企図し、パナイ号事件などで日米間の緊張が高まる中、1937年（昭和12年）に民間の大日本航空名義で4発のダグラス DC-4Eを輸入、これを参考にした試作「十三試大型陸上攻撃機」を中島飛行機に命じた。ところがこのDC-4Eは後の傑作輸送機のDC-4（C-54）とは全く別の、試作機のみで終わった失敗作であり、重量がかさんだにもかかわらずエンジンの性能が追い付かず、しかも複雑な機構から装備性にも劣るものであった。1941年（昭和16年）2月に試作第1号機が完成し、4月に初飛行した。主翼、降着装置、油圧・電気系統等はDC-4Eと同一か参考にしたものだったが、胴体は新規に設計されたもので垂直尾翼が3枚から2枚に改められていた。また、主翼の配置も低翼式から中翼式になり、翼内の燃料タンクが大型化されていた。これらの改設計は、胴体内に爆弾倉、胴体下面に爆弾倉扉、尾部に銃座を設ける必要からであった。エンジンは、当初予定していた中島製の新型高馬力エンジン護の実用化が間に合わず、やや出力が低い三菱重工業製の火星を搭載していた。試作2号機までは火星を搭載し、その後製造された増加試作機4機には当初の予定どおり護11型を搭載しテストが行われた。なお、増加試作機は深山改と呼ばれた。しかし、護は所定の出力が出なかった上、振動が大きく信頼性に欠けていた。また、機体も元となったDC-4Eが失敗作である上に、前例のない大型機の開発に技術が追いつかず電気系統を始めとする機体各部にトラブルが頻発した。機体重量も当初の予定を2割以上超過しており、運動性も劣悪で陸攻でありながら敵艦に超低空から肉薄雷撃できない、這いよれない機体であったため、「バカ烏」という不名誉な渾名が付けられた（そもそも、運動性が低い大型四発機をこの種の任務に当てること自体が間違っていた）。このため長期間改修を続けながらテストされ1943年（昭和18年）には試製「深山」と正式に改称されたものの、結局6機の試作だけで不採用となった。ただし、本機の試作によって得た経験は後継の連山の設計に生かされることとなった。
1984-85シーズンのキプロス・カップ決勝・EPAラルナカ戦の際には、約15,000人ものAELファンがニコシアに駆け付けた。2008-09シーズンのキプロス・カップ決勝の際には、14,000人ものAELサポーターがリマソールのGSPスタジアムを訪れた。計15,000枚ものチケットが売られ、そのうち9,000枚は1日で捌けたが、これは人口約90万人のキプロスでは異例の出来事だった。中心的なサポーターグループとして「SY.F.AEL」(ΣΥ.Φ. – Σύνδεσμος Φιλάθλων)が挙げられる。AELのサポーターグループはキプロス国内に留まらない。2008年からロンドン市長を務めているボリス・ジョンソンはAELのファンである。ジョンソンは2011年にキプロスを訪れ、「君たちのサッカーはなんて愉快で楽しいのだろう。実に素晴らしい」と述べた。
14,000人収容の多目的スタジアムであるトシリオン・スタジアムをホームスタジアムとしている。トシリオン・スタジアムはオリンピア・スタジアムという名前でも知られており、アポロン・リマソールとアリス・リマソールFCのホームスタジアムでもある。トシリオン・スタジアムは慈善家のPetros I. Tsirosの助けを借りて 1975年に建設されたため、スタジアム名に彼の名が付けられた。
1000番台の新製当初は竹下気動車区（現・博多運転区）に配属され、1988年（昭和63年）3月13日から特急「オランダ村特急」（小倉駅 - 佐世保駅間）で営業運転を開始した。1989年（平成元年）3月11日から「オランダ村特急」の運転区間が門司港駅 - 佐世保駅間に延長され、同年4月29日の運転から4両編成に増強されると同時に、下り列車の門司港→博多間で電車特急「有明」との協調運転を開始した。1990年（平成2年）3月10日からは協調運転区間が門司港駅→鳥栖駅間に延長され、1991年（平成3年）3月16日付で直方気動車区（現・筑豊篠栗鉄道事業部直方運輸センター）に転属した。1992年（平成4年）3月20日にハウステンボス開園とともに特急「ハウステンボス」（博多駅 - ハウステンボス駅間）が485系電車で運行を開始したため、これに役目を譲る形で「オランダ村特急」は廃止された。「オランダ村特急」廃止後、「ゆふいんの森II世」に改造された本区分は1992年（平成4年）7月15日から特急「ゆふいんの森」1往復（博多駅 - 由布院駅 - 小倉駅間、久大本線経由）として新たに営業運転を開始した。1995年（平成7年）4月20日からは運転区間が博多駅 - 別府駅間に変更された。なお、「ゆふいんの森II世」時代には「阿蘇キャンペーン」（1994年12月 - 1995年2月）の一環として、臨時特急「阿蘇キャンペーン号」（博多駅 - 宮地駅間）にも使用された。1999年（平成11年）3月13日にキハ72系気動車「ゆふいんの森III世」が導入され、「ゆふいんの森」としての運行を終了した。1999年（平成11年）3月13日付で長崎鉄道事業部長崎運輸センターに転属した本区分は特急「シーボルト」2往復（佐世保駅 - 長崎駅間、大村線経由）に転用されたが、この「シーボルト」は2003年（平成15年）3月15日に快速「シーサイドライナー」に格下げされる形で運行を終了したため、本系列は一旦保留車扱いとなった。なお、「シーボルト」は1編成のみで使用するため、本区分の検査時などはキハ185系気動車が代走していた。2004年（平成16年）3月13日付で豊肥久大鉄道事業部豊肥久大運輸センター（現・大分鉄道事業部大分車両センター）に転属し、同日から特急「ゆふDX」（博多駅 - 大分駅・別府駅間、久大本線経由）として2011年1月10日まで使用された。「ゆふ」3往復のうち、半分の1.5往復が本形式を使用する「ゆふDX」として運転されたが、奇数日と偶数日で運用される列車が異なり、毎月31日とうるう年の2月29日および本形式の検査や故障などの場合は全列車をキハ185系気動車による特急「ゆふ」として運転された。2011年（平成23年）1月10日、後述の「あそぼーい!」転用のために「ゆふDX」は廃止（全列車がキハ185系による特急「ゆふ」に統一）された。2011年（平成23年）3月12日付で熊本車両センターに転属し、再改造のうえ同年6月4日から臨時特急「あそぼーい!」（熊本駅 - 宮地駅間、豊肥本線経由）として運行されている。