宇宙教育センターが設置され、宇宙科学研究所を始めとして、宇宙基幹システム本部、宇宙利用推進本部との連携によって、小学校・中学校・高等学校の生徒を対象に宇宙教育事業を展開。その成果等については、宇宙のポータルサイト等にて公開。宇宙科学研究所には月・惑星探査プログラムグループが設置されており、惑星探査計画実施の実行本部がおかれる。
2003年に当研究所と、宇宙開発事業団 (NASDA)、航空宇宙技術研究所 (NAL) が統合され宇宙航空研究開発機構 (JAXA) が発足し、それに伴う改組とともに宇宙科学研究本部という名称となった。しかし2010年には、同機構の一部という位置などに変更はないが、宇宙科学研究所という名称に復帰した。なお1981年以来の「ISAS」という略称は一貫して使われてきている。大学の共同利用機関でもあり、東京大学大学院理学系研究科・工学系研究科や総合研究大学院大学（物理科学研究科宇宙科学専攻）他の大学院教育としての研究教育活動を展開している。今後予定しているミッションとして、金星探査ミッション、水星探査ミッション、次期月探査ミッション、次期小惑星探査ミッションなどがある。共同ミッションとしては、国立天文台などと共同で実施しているスペースVLBI計画がある。その他、共同研究ミッションとしては宇宙望遠鏡計画の実現に向けた技術開発や深惑星探査ミッションなども国際共同研究ミッションとして提案を実施した。
東京大学宇宙航空研究所は、1981年に、組織を東京大学から離し文部省宇宙科学研究所 (ISAS) に改組した。その際に一部は東京大学に移管され、工学部附属境界領域研究施設（現：東京大学先端科学技術研究センター）となった。1989年4月には、キャンパスを駒場から相模原に移転した。この間も東大時代に引き続き、X線天文衛星・ハレー彗星探査機・太陽風・地球磁気圏観測衛星など、宇宙科学の分野で多くの成果を上げた。2001年の中央省庁再編により文部科学省が発足し、文部科学省宇宙科学研究所になった。
東大生産技術研究所は、その後多数の発展型ロケットを開発、1960年には本格的な衛星打ち上げの能力を持つミューロケットの構想を持つまでになった。1964年に東大生産技術研究所の一部と東大航空研究所が合併し駒場に移転し東京大学宇宙航空研究所が発足した。また同年には科学技術庁内に、現JAXAの前身の3組織目、後の宇宙開発事業団 (NASDA) の前身となる宇宙開発推進本部が設立された。これにより日本の宇宙開発は、固体燃料を使用して科学衛星を打ち上げる東大・ISAS（文部省）の系列と、液体燃料を使用して実用衛星の打ち上げを目指すNASDA（科学技術庁）の系列の2つが並行して進んでいくことになる。1969年に宇宙開発事業団 (NASDA) が発足した際に、東京大学および日産自動車における固体燃料ロケットの開発は中止に追い込まれそうになった。原因は、固体燃料ロケットには兵器への転用の恐れがあるにもかかわらず、輸出先を確認していなかったことによる（カッパロケット参照）。しかし、実用衛星ではない科学研究のためだけの衛星のみを打ち上げることを条件に研究の続行が許可された。1970年に東京大学宇宙航空研究所は鹿児島県内之浦の射場から人工衛星「おおすみ」の地球周回軌道への投入に初めて成功した。これにより日本は世界で4番目の自国ロケットによる人工衛星打ち上げ国になった。またこれは、世界初の大学による人工衛星の打ち上げ成功であった。
三千院財閥の一人。「ナギ」という名前は、「この世のすべてをナギ倒せ」という願いをこめて母・紫子が名付けた。公園でハヤテに誘拐されかけた際の言葉を、愛の告白だと思い込んで一目惚れし、その後、ハヤテの借金を立替払いし、ハヤテを執事として雇う。ナギ曰く、父親は物心つく前に、母親は1997年3月13日（5歳の時）に他界している（コミックス１巻末のプロフィールでは、両親共に幼少の頃、事故で死亡したとされている）。両親もいないことから、寂しい幼少時代を送ってきた。唯一の直系の血族は祖父・帝だが、ナギとは不仲である。咲夜は従姉。幼少時から様々な分野で英才教育を受けており、白皇学院の飛び級制度により13歳で高校1年生になり、そこでもトップクラスの成績を修めている。2年に進級時には、1年時と同様ハヤテと同じクラスになった（出席番号は11番、担任は雪路）。部活は剣道部（幽霊部員）と動画研究部に在籍している。8か国語を話すことができ（日本より国外で生活していた時期が長かった）、カラオケで100点を出すほどの歌唱力を持っている。設定故に経済学にも精通しており、本人曰く「三千院家の遺産がなくても、WBSと株式市場があれば私がお金に困ることなどない」とのこと。三千院家の遺産を単独相続する者として命を狙われる立場にあったが、ミコノス島で三千院家の遺産の相続条件が「ハヤテが持っている王玉を守り抜くこと」に変更および正式決定され、アテネで王玉の事で決断が揺らいでいたハヤテを見かね自らの手で王玉を破壊したため、三千院家の遺産の相続権をすべて失った。このため三千院家別宅から退去することとなったが、家賃収入での生活を目論みハヤテに物件探索を依頼しており、結果クラウスから提供を受けた紫子のアパート「ムラサキノヤカタ」に転居する運びとなった。第27巻で足橋剛治の原稿を見てショックを受け、自分の漫画を見られて、一度立ち直れなくなった（この時かなり暗い性格になった）。しかし千桜の励ましと「サークル真泉」の同人誌を読んだ時の気持ちを思い出し、作家を目指すことを決めたとされる（同時にいつもの調子を取り戻す）。その後、ハヤテが帝邸から王玉を盗み出して提出した事により、無事相続権を取り戻して屋敷に戻った。