食品中のアクリルアミド問題や福島第一原発事故の放射能問題などにも取り組み、情報発信を行っている。また、毒性部（小川幸男、関田清司、上野克典、井上達ら）がアガリクスについて調査したところ、キリンウェルフーズが販売する「キリン細胞壁破砕アガリクス顆粒」に発癌促進作用があることが判明した。2005年2月13日、厚生労働省はキリンウェルフーズに販売停止と回収を要請し、内閣府食品安全委員会に販売の可否を諮問した。キリンウェルフーズも厚生労働省の要請を受け入れ、当該商品の販売を停止し消費者から商品の回収を行った。なお、国立医薬品食品衛生研究所は当該商品以外のアガリクス製品に対しても同時に調査しているが、それらには発がんプロモーター作用は見られなかった。
多数の分析用試料を同一条件で均質に同時粉砕できる多試料粉砕機の開発を昭和薬科大学、独立行政法人食品総合研究所、安井器械との共同研究で実施している。防衛省技術研究本部先進技術推進センターと生物剤検知システム分野における研究協力に関する取決めを締結している。
国際化学物質安全性計画が1988年から作成を開始した「国際化学物質安全性カード」（ICSC）について、国立医薬品食品衛生研究所が日本語版を作成している。
1983年9月、薬品部長（当時）である江島昭が贈収賄容疑により逮捕された。2008年12月、薬理部長（当時）である中澤憲一が地下鉄内での盗撮により、東京都迷惑防止条例違反で現行犯逮捕された。。2013年8月、国から交付された研究費を巡り、元部長ら6人が業者との架空取引で計784万円を不正にプールしていたと発表した。6人は2007年10月～10年4月、東京都目黒区の業者に物品を計24回発注したように装い、業者に金をプールしていた。経理書類が廃棄された06年度以前にも、業者に1229万円が不正に預けられた疑いもあるという。会計検査院から元部長等の預け金が不適正経理として公表され、外部調査委員会を設置して調べていた。2015年6月、所内パソコンがマルウェアに感染していたことが判明した。
レギュラトリーサイエンスは、前身の国立衛生試験所元所長の内山充により日本に紹介された学問分野で、科学技術と人間生活の調和・調整のための科学である。国立医薬品食品衛生研究所の業務は多岐にわたるが、いずれも、このレギュラトリーサイエンスの考え方に立脚するものである。国立医薬品食品衛生研究所はレギュラトリーサイエンス学会、医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス財団との関係も深い。
1997年、厚生省の機関だった国立衛生試験所が改組され、国立医薬品食品衛生研究所が設立された。国立衛生試験所と同様、医薬品・食品の安全性の試験研究業務を担うとともに、新たに医薬品の承認・審査業務が附加された。それにともなって医薬品医療機器総合機構（港区虎ノ門）が新設された。2001年に行われた中央省庁再編にともない、厚生省は労働省と統合され厚生労働省となり、国立医薬品食品衛生研究所は同省の施設等機関として位置づけられた。
国立医薬品食品衛生研究所は、医薬品、医療機器、食品、化学物質についての品質、安全性、有効性についての調査・研究を実施する機関である。調査・研究によって得られた結果は、安全性に関する国内外の情報とともにデータベース化されており、厚生労働省の薬事行政や他の研究機関での研究などに活用されている。このように、国立医薬品食品衛生研究所の業務は、すべて国民生活に密接に関係しており、その成果は国民生活に還元される。換言すれば、科学技術の進歩によって生み出されたものを、真に国民の利益にかなうよう調整する役割、つまり、科学技術と人間との調和を保つための役割を担っている。このような研究分野は、レギュラトリーサイエンスとよばれ、国立医薬品食品衛生研究所はこのレギュラトリーサイエンスの活発な展開を目指して日々の業務を遂行している。なお、1874年に設立された東京司薬場を源流としているため、日本国内で「最も古い国立試験研究機関」とされている。所内には日本薬局方を創設したアントン・ヨハネス・ゲールツの記念碑がある。元々は上野の谷中天龍院に建立されたものを1974年に当時の世田谷庁舎の敷地内に移設したもので、後述する庁舎移転に伴い、2018年に現施設に移設された。
9月5日、カイロのナスルシティでムハンマド・イブラヒーム内相が乗った車列付近で爆弾が爆発し負傷者が出たが、内相は無事であった。9月6日、先週金曜日に続いてムルシー支持派のデモが各地で行われ、ダミエッタとアレクサンドリアで衝突によりムルシー支持派2人が死亡した。9月11日、シナイ半島東部のラファフの軍諜報機関の建物と検問所に対する自動車による自爆攻撃があり、兵士6人が死亡した。武装勢力「アンサール・バイト・アル＝マクディス」が自らが実行者であるとの声明を出した。9月12日、大統領府が8月14日に出された非常事態宣言の2ヶ月延長を発表した。これに対しては、治安の改善に良い影響を与えない、などの批判の声があがっている。9月13日、ムルシー支持派による、デモ隊強制排除により死亡した人々に対する「殉教者の血に対する忠誠」と銘打ったデモが各地で行われた。アレクサンドリアでは同胞団支持派1人が射殺され、ベニスエフ県では支持派・反対派間の衝突で1人が死亡した。9月22日、新学年の初日、いくつかの大学で反クーデターのデモが行われた。9月23日、裁判所が、ムスリム同胞団の活動停止と暫定政権に対して同胞団の資産没収を命じる判決を出した。9月29日、いくつかの大学のキャンパスで、ムルシー支持派と反対派が衝突し負傷者が出た。9月30日、アリーシュなどシナイ半島各地で計5人の警察官が射殺された。