17世紀に入ると寺院再興の動きが生じ、『壱岐国続風土記』によれば、寛文2年（1662年）当時には釈迦堂のみの状態であったが、平戸藩主の松浦鎮信が白銀100枚を施入、松浦半左衛門が寺田10石を寄進するとともに、平戸の普門寺（平戸市木ヶ津町）から暗宗が招かれて再興開山されたという。その後は那賀郷の阿弥陀寺住職の兼帯所とされている。享保5年（1720年）には平戸藩主の松浦篤信によって京都の大徳寺から興宗が招かれて請待開山され、享保8年（1723年）には安国寺（壱岐市芦辺町深江栄触）末の阿弥陀寺など6寺が国分寺末とされた。元文3年（1738年）には、那賀郷域内で阿弥陀寺が国分寺とされ（現在の護国山国分寺）、国分寺跡には小堂が建てられて阿弥陀寺とされた（寺号の交代）。宝暦-明和年間（1751-1442年）には伽藍修築のことがあったほか、寛政10年（1795年）当時には寺領新田高30石で、『伊能忠敬測量日記』でも国分寺領30石と見える。
弘仁11年（820年）の『弘仁式』主税寮の規定では、壱岐島の国分寺料として2万束があてられており、寺院の成立も認められる。承和11年（844年）には、大隅国・薩摩国・壱岐島の2国1島において停止されていた講師が復活された。延長5年（927年）成立の『延喜式』主税寮では、肥前国正税のうちから壱岐島国分寺料1万6,697束があてられているほか、大宰府管内諸国正税から壱岐島島分寺の法会布施供養料1万2,907束1把1分5毫が、筑前国正税から仏餉供料稲1,332束・講師常供4,726束があてられている。天禄元年（970年）には壱岐島分寺領の中浜荘が大宰府の安楽寺に寄進された。その後の文書によれば当寺は安楽寺末とされており、南北朝時代の観応3年（1352年）の文書にも安楽寺末の「島分寺」として見える。ただし発掘調査によれば、10世紀末-11世紀初頭頃には寺院の衰退が認められる。
記録に残るプロビンスタウンの歴史において、長年、特に自然に深い港で船が安全に航行でき、風や波の影響をあまり受けない南の海岸では海運と深く繋がっている。またプロビンスタウンは細長い半島の先端にあるため地形的に分断されていた。プロビンスタウンで最も安全な係留地であったイースト・ハーバーはプロビンスタウン・ハーバーから-wide1,000フィート (305 m)入り江にあり、土地が隔てて往来が困難であった。19世紀後期まで、「バックショア」(後浜)と呼ばれる北の細くのびる海岸に沿った道以外に本土と繋がる道路はなかった。1854年、イースト・ハーバーに木製の橋が架けられたが、2年後の冬に嵐と凍結で崩壊した。翌年再建されたが、この橋を渡るルートはバックショアのルートと同様に何マイルもの砂地を通らねばならず、嵐で水嵩が増して通れないこともあった。これによりプロビンスタウンは半島というよりも島と同等ともいえた。住民たちはコミュニケーション、航行、商業において結局港を使用しなければならなかった。1868年、イースト・ハーバーに堤防ができ、鉄道線路が設置された。1873年、鉄道の開通式が盛大に行われ、1877年、木製の橋と砂の道は自動車用の道路に作り替えられた。鉄道の終点は現在のマクミラン埠頭となる鉄道埠頭であった。鉄道および道路ができたことにより漁師は船の乗り降り、および鉄道での魚の移送が簡単になった。プロビンスタウンに鉄道および道路ができたのはだいぶ遅かった。"当時町に道路はなかった。カート、馬車、ワゴン、馬、牛もいないのだから道路がある訳がない。各家に船着き場までの小道があり、一度外に出れば税金や通行料なしで通ることができる。近所への小道、学校への小道、教会への小道がある。曲がりくねった小道もあるだろうが、彼らは昼夜問わず、陸地だろうと水域だろうと上手に通る。一方、浅い水が流れる道路は毎年1日2回広く長い範囲に亘って水嵩が増し、もし通ればオランダ兵が喜ぶことだろう。"—シェナ・リッチ、 『Truro—Cape Cod. Or, Land Marks and Sea Marks 』(1883年)町内の道路区画は歴史的に重要な海岸を考慮し、国際的なコミュニケーションおよび商業の鍵となった。町が発展するにつれて、沿岸が組織的に拡大していった。主要な道路が町内全ての商業、社会生活が営まれる海岸の繋がりを密にした。当初住宅の後ろから続く歩道を進化させた通りを「タウン・ロード」と呼んでいた。1835年、郡政委員会は「フロント・ストリート」と改名し、その後現在の「コマーシャル・ストリート」となった。フロント・ストリートと内陸に並行して「バック・ストリート」が通っていたが、現在は「ブラッドフォード・ストリート」という名になった。"当時住宅は海岸に面していた。当時から向きを変える家もあったが、おもて玄関を海側に向けたままの家もあった。町に越してきて短いとある医者の男が区画を64フィート (20 m)に定めようと提案したが、住民投票で否決された。彼は譲歩して32フィート (9.8 m)で提案し直したが、22フィート (6.7 m)がいかなる用途にも適しているとされた。"—ナンシー・W・ペイン・スミス、『The Provincetown Book 』(1922年)