しかし、阪神や京浜、京阪のように大都市間を結ぶ路線でもなく、さらには沿線が田園地帯であったことから、採算が取れないのではないかという懸念が周辺では強かった。その様は「ミミズ電車」と揶揄されるほどであった。いざ開業してみれば営業成績の方は良好で、開業間もない頃の収入は当初予定の2倍になったという。だが一方で、開業から8日間の間には早くも列車衝突事故を2件起こし、3名が死亡するという事態にも至っており、大阪毎日新聞にも書き立てられた。そんな中、同社の専務（社長不在のため、実質的には代表者）となった小林一三は、路線の敷設に先立って周辺の土地を買収し、その開発を行って増収につなげるという施策をとった。まず路線の開業した1910年、池田で当時珍しかった月賦方式による住宅分譲を開始した。同年11月には箕面に日本最大級の広さを誇る箕面動物園、1911年5月には宝塚に新温泉を開いた。1913年には現在の宝塚歌劇団の前身となる、宝塚唱歌隊も創設した。これらの施策は予想通り収益の増加をもたらし、他の私鉄による沿線開発の範ともなった。小林はこれに関して、「乗客は電車が創造する」という言葉を残している。
同社関係者は後、阪神電気鉄道や京浜電気鉄道の事例に倣って、汽車ではなく新たに出現し始めていた軌道条例準拠の電車による運転を画策した。1906年に、箕面有馬電気鉄道として特許を取得した。社名の通り、予定路線には当初計画の梅田 - 池田間のほか、池田 - 宝塚 - 有馬間の延伸線と箕面への支線が含まれていた。免許が早期に下りた背景には、阪鶴鉄道買収の補償という観点もあったとされる。だが直後に起こった恐慌で、株式の引受手が資金の払い込みを躊躇し、約半分の株が引受手無しという苦境に陥った。そこへ乗り出してきたのが、当時恐慌で失職していた小林一三である。彼は路線の有望性を見抜いてそれをかつての上司で北浜銀行の頭取だった岩下清周に説いた。結局、北浜銀行が株を引受けることで決着させた（この時の縁もあり、阪急電鉄・阪急阪神ホールディングスは長らくメインバンクを三和銀行としており、三菱UFJ銀行となった現在でも取引が続けられている）。そして、阪鶴鉄道買収直後の1907年10月19日、箕面有馬電気軌道が設立された。鉄道を軌道と改めたのは、軌道法準拠ということだからという、国の要請のためであったといわれている。ともあれ工事は開始され、1910年3月10日に梅田駅 - 宝塚駅間と石橋駅 - 箕面駅間を同時開業させる。なお、このときは軌道（路面電車）扱いであったことから、梅田駅 - 北野駅（廃駅）・十三駅 - 三国駅・豊中駅 - 石橋駅・桜井駅 - 牧落駅間に併用軌道が存在した。
同社設立メンバーの多くは、現在の西日本旅客鉄道（JR西日本）福知山線を敷設した阪鶴鉄道の幹部であった。阪鶴鉄道は1897年-1899年にかけ、尼崎港駅（現在廃止） - 池田駅（今の川西池田駅）間を開業させた摂津鉄道を買収後、福知山駅まで路線を延伸させ、官営鉄道（国鉄）線の借受で新舞鶴駅（今の東舞鶴駅）、神崎駅（今の尼崎駅）から乗り入れで大阪駅までの直通を果たしていた。しかし、官営鉄道との直通という形では列車本数を増やすこともままならず、さらには沿線人口も伊丹以外に多い所がなかったことから、（川西）池田より分岐し、直接梅田へ乗り入れる補助路線を計画、免許を取得した。だが主要鉄道国有化の方針が立てられている（1906年交付の鉄道国有法により、1907年に実施）ことを知ったことから、阪鶴鉄道では件の計画を実施し、中長距離輸送から近郊輸送に指針を変えて生き残りを図ろうと考えた。
日中時間帯は1時間に12本（新快速・快速・普通が各4本）停車する。朝夕は本数が多くなる。新幹線と在来線の接続駅ではあるものの、在来線特急列車は停車しなかったが、2019年3月ダイヤ改正より「らくラクはりま」と夕方ラッシュ時の下りはまかぜ5号・スーパーはくと13号が同駅史上初の在来線特急列車の停車となった（隣の明石駅は寝台特急サンライズ瀬戸・サンライズ出雲を除く全ての特急列車が停車する）。普通電車は複々線区間が当駅までという関係上大半が当駅で折り返す。そのため、当駅 - 加古川駅・姫路駅間は快速が「普通」として運転されており、大阪・京都方面行きの上り快速は当駅で種別幕が「普通」から「快速」に変わるが、実質的には一つ前の明石駅から各駅停車区間が始まっているため、加古川・姫路方面行きの下り快速電車は明石駅で種別幕が「快速」から「普通」に変わる（2008年3月14日までは当駅ではなく明石駅が快速運転西端とされていた）。列車線と電車線では快速電車の停車駅が異なる。列車線ホームから発車する快速電車は明石駅の次は兵庫駅まで停車しないが、電車線ホームから発車する快速電車の場合は途中の舞子駅・垂水駅・須磨駅に停車する。平日の9時台と毎日深夜1時台に2本、当駅止まりの新快速がある。2017年3月4日改正では、9時台到着の列車は、大久保駅と宝殿駅で、後続の列車を待避しながら、網干駅まで回送される。2018年3月17日改正現在、平日の10時台には当駅止まりの快速が設定されており、到着後は、姫路駅まで回送されて、姫路駅始発の快速(西明石まで普通)になる。この快速も明石駅で種別幕が普通に変わる。2009年3月13日までは当駅止まりの快速が1時台に設定されており、2004年10月15日までは朝9時台にも設定があった。また、1991年3月15日までは日中にも当駅折り返しの快速が設定されていた。現在運行されているものは、2013年3月16日の改正で、従来姫路方面行きだったのが見直されたものである。当駅の終電の到着は午前1時38分で、JR西日本のみならず全国で最も遅い。