聖イグナチオ教会は、上智学院の一組織ではなく独立している。しかしながら、上智大学において入学式が実施される際には、聖イグナチオ教会は「入学記念ミサ」を捧げ、卒業式が実施される際には「卒業記念ミサ」を捧げており、上智大学において行われる儀式と聖イグナチオ教会において行われる儀式で時間が重複することは無い。また、キリスト教関連の書籍や文献がある「聖三木図書館」は、1953年（昭和28年）に聖イグナチオ教会から上智学院へと移管された。さらに、聖イグナチオ教会も上智学院もイエズス会と関係を有している。それ故、聖イグナチオ教会と上智大学との間には密接な関係があるとみなして差し支えない。しかし、上智大学の構内においては、クルトゥルハイムというミサを捧げる聖堂が別途設けられている。
2008年（平成20年）12月時点での信徒数は13,966人、2009年（平成21年）には14,382人となり、信徒数では日本最大規模の教会である。日本語だけではなく、英語・スペイン語・ポルトガル語・ベトナム語・ポーランド語・インドネシア語でミサが捧げられている。そのため日曜日の午後は、東南アジア系と思われる信徒たちで、教会やその周辺が賑わっている。第二次世界大戦後から、ここに通った土居健郎は、建て直し以前の聖イグナチオ教会が、日本人の美意識にあい、大きな木が何本もあって、神社の境内のようだったという。また、四谷の土手に隣接し、自然に溶け込んでいる、と賞賛している。2009年（平成21年）1月13日、日本カトリック司教協議会社会司教委員会は、カトリック教会のカテキズムにおいて自死を行うことは厳格に禁じられているが、昨今の日本における厳しい経済的な困難に直面して、経済的・構造的に追い込まれ、路上死や自死する人たちが急増しているとし、「2009いのちを守るための緊急アピール」を発表した。これを受け、同教会は「自死と向き合う教会」として出発しようと「聖イグナチオいのちを守るプロジェクト」として活動を開始、その遺族に対するメンタルヘルスケアを行っている。2010年（平成22年）11月13日には「自死された方々のために捧げる追悼ミサ」が同教会において初めて行われた。同教会のウェブサイト上の「祈りの場」においては、日々の説教を閲覧することができる。
新教会の設計はイエズス会員のイグナチオ・グロッペルが担当し、1947年（昭和22年）12月2日に着工、1年4ヶ月に渡って工事が行われ、1949年（昭和24年）4月17日に土井辰雄により献堂式が行われた。教会堂名は設計担当の名前と、イエズス会の創立者イグナチオ・デ・ロヨラに因んで「聖イグナチオ」と命名された。初代主任司祭にはヘルマン・ホイヴェルスが就任した。1992年（平成4年）、聖堂の老朽化と狭隘化により改築が計画され、聖イグナチオ教会建設委員会が発足し、1993年（平成5年）には、アドルフォ・ニコラスが同会日本管区長に就任し、建設委員長も兼任することとなった。1995年（平成7年）4月17日、第1期工事が着工する。1997年（平成9年）9月20日、旧聖堂最後の司祭叙階式が行われ、翌1998年（平成10年）1月、新聖堂の第1期工事が完成し、1月10日、11日に遷堂式が行われた。1999年（平成11年）4月6日には第2期工事が竣工し、現在の教会が完成した。2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災により、鐘楼の十字架がぶら下がった状態となったが、翌2012年（平成24年）に修復された。
2010年1月7日にフィラデルフィア・フィリーズと契約したが、スプリングトレーニング中にロースターから外れた。同年4月5日に阪神タイガースと契約。2シーズン振りにNPBへ復帰した。これを機に、NPBでの登録名をスタンリッジに改めている。阪神がスタンリッジの緊急獲得に踏み切った背景には、岩田稔の故障離脱や新外国人ケーシー・フォッサムの不振などで、先発投手陣が手薄になっていたことが挙げられる。そのためチームへの合流直後から一軍先発陣の一角を担った。当初は投球内容が安定しなかったが、7月6日の対東京ヤクルトスワローズ戦（倉敷マスカットスタジアム）でNPBでの初完投、同月19日の対広島東洋カープ戦（阪神甲子園球場）でNPBでの初完封を記録。8月上旬に腰の張りで一時離脱したものの、9月7日には自身初のシーズン2桁勝利を記録した。2011年の6月は1完封含む3勝0敗・防御率1.24の成績を挙げて阪神の外国人投手で初の月間MVPに選ばれた。翌7月も3勝0敗、防御率0.55の好成績で、6月に続いて月間MVPを受賞し、セ・リーグの外国人投手で初の連続受賞となった。8月以降は1勝どまりで、9勝7敗でシーズンを終えた。2012年は引き続き開幕から先発ローテーションに入り、年間を通して安定した投球を続けた。しかし規定投球回を投げて防御率2.69・WHIP1.19など2011年を上回る好成績を残すも打線の援護に恵まれず、最終的に7勝12敗と大きく負け越した。2013年は先発陣の一員として26試合に登板。投球回は160回以上で、セ・リーグ3位の防御率2.74を記録。しかし、先発した試合で打線の援護に恵まれないことが多く、8勝12敗でシーズンを終えた。さらに、球団ではシーズン終了後に、投打の柱であるマット・マートンおよびランディ・メッセンジャーの残留を内定。その一方で、新外国人選手として投手の呉昇桓と内野手のマウロ・ゴメスの獲得に動いた。このため、同時に一軍へ登録できる外国人選手数の上限（最大4人）との兼ね合いで、11月14日にスタンリッジの退団が決まった。スタンリッジは、退団決定の直後に、自身のTwitterを通じてファンへの感謝の言葉を綴っている。阪神からの退団を受けて、複数球団がスタンリッジの獲得に動いた。