2004年12月、2003年12月11日の連邦大陪審において「2001年から薬物の使用を始め、2002年秋の日米野球で日本を訪れた際にバリー・ボンズの専属トレーナーであるグレッグ・アンダーソンと知り合い、帰国後に同被告から渡された薬物を2003年まで使用していた」と証言していた事が明らかになった。2005年2月10日にヤンキースタジアムで記者会見を行い、ファンに向けて謝罪した。薬物使用については明言を避けたが「ファンがどう感じているかは完全に理解している」と話して使用を示唆した。証言内容については「進行中の法的問題なので話せない」と述べたが、「証言した事は全て真実」と明言した。2007年5月16日に再び謝罪を表明し、「メジャーリーグはファンに対して薬物使用について謝罪すべきだ」と述べた。また、2006年シーズン前に改正された3度の違反で永久追放となるMLBのステロイドやアンフェタミンの検査プログラムについても「感謝している」と語った。ジョージ・J・ミッチェルがジアンビ本人に面会し、その時の証言をもとに2007年12月13日に発表されたミッチェル報告書によると、2001年からアナボリックステロイドのデカ・デュラボリンの使用を始めた。自宅では常に自分自身で薬物を投与していた。ドーピング検査対策としてアンダーソンからデカ・デュラボリンを中止するように提言された。検査にも引っ掛からない薬物であり、匹敵する効果が期待出来るクリームとクリア（THG）についての説明を受け、2002年12月または2003年1月に「アンダーソン・プログラム」を開始した。2003年のオールスターゲームでベースへ滑り込んだ際に膝を負傷したために使用を中止する事を決めるまで、アンダーソンから提供されたカレンダーに従ってヒト成長ホルモン（HGH）、注射テストステロン、クリーム、クリアの使用を続けた。2011年3月29日には薬物使用についての偽証罪に問われたボンズの裁判で、弟で元MLB選手のジェレミー・ジアンビ、ジャイアンツ時代のボンズの元チームメイトのマービン・ベナードと共に召喚され、アンダーソンから禁止薬物の提供を受けた事を改めて証言した。
2013年2月10日にクリーブランド・インディアンスとマイナー契約を結んだ。3月25日にインディアンスとメジャー契約を結んだが、同日に腰の故障で15日間の故障者リスト入りし、4月12日に復帰した。9月8日には、通算2000本安打を達成した。9月26日に自身が持つMLB史上最高齢記録を更新する42歳でのサヨナラ本塁打を放った。オフの10月31日にFAとなったが、同日にインディアンスとマイナー契約で再契約した。2014年3月30日にインディアンスとメジャー契約を結んだ。同日に肋骨の故障で15日間の故障者リスト入りし、4月11日にリハビリのためAA級アクロン・ラバーダックスへ異動した。4月21日に復帰した。復帰後は4試合に出場したが、10打数無安打2三振と結果を出せず、5月4日に右ふくらはぎを痛め、5月5日に15日間の故障者リスト入りした。5月20日に復帰した。復帰後は指名打者として先発起用され、11試合に出場していたが、打率.128と復調せず、6月12日に左膝の故障で15日間の故障者リスト入りした。7月12日に60日間の故障者リストへ異動した。9月1日に復帰したが、復帰後は18試合の出場で13打数2安打に終わった。この年は26試合に出場し、2本塁打5打点、打率.133だった。オフの10月30日にFAとなった。2015年2月16日、現役引退を表明した。
2009年8月23日にコロラド・ロッキーズとマイナー契約を結んだ。AAA級コロラドスプリングス・スカイソックスでプレー後、9月1日にロッキーズとメジャー契約を結んだ。ロッキーズでは19試合に出場し、2本塁打11打点、打率.292だった。オフの11月5日にFAとなった。2010年1月23日にロッキーズと1年契約に合意。87試合に出場し、6本塁打35打点2盗塁、打率.244だった。2011年1月17日にロッキーズとマイナー契約を結んだ。3月31日にロッキーズとメジャー契約に合意。64試合に出場し、13本塁打32打点、打率.260だった。10月29日に球団が2012年シーズンのオプションを行使した。2012年は60試合に出場し、1本塁打8打点、打率.225に終わった。オフの10月29日にFAとなった。
1992年ごろ、ガイナックスは『王立宇宙軍 オネアミスの翼』の続編の「蒼きウル」と呼ばれるアニメ映画の企画制作を行っていた。しかし、ガイナックスの財政的な事情により、1993年7月ごろに制作が中止された。このプロジェクトの失敗で「蒼きウル」の監督から解放された庵野秀明は、すぐにキングレコードの大月俊倫にテレビアニメの放送時間枠の確保を要請し、前々から企画として温めていたオリジナルロボットアニメの制作にとりかかった。当然のことながら、蒼きウルの要素は初期のエヴァンゲリオンにとりいれられている。本作のテーマである「神と人類の戦い」は庵野秀明による提案で、最初の打ち合わせ段階で決まっており、当初の主人公は女の子とコーチのような女性だった。更に初期では、単なる未来の学園ものだったが、監督の鬱状態が影響して現在の形に変化していった。現在までに公開されているエヴァンゲリオンの初期コンセプトは、本編といくらかの違いがある。例えば、使徒の数が17体ではなく28体だったり、物語のクライマックスでの第12使徒との戦いや人類補完計画の発動が含まれていた。初期のタイトル案には「アルシオン」などもあったが、一度却下されていた「エヴァンゲリオン」の方が濁点があって強そうだという貞本義行の意見が採用される。庵野は貞本らスタッフに対し、目指している方向性は『マジンガーZ』であると提示している。山下いくとによるEVAのメカデザインは、当初「決して売れないだろう」としてロボットアニメのスポンサーとなることが多い玩具会社から非難された。結局はセガがビデオゲームと玩具のライセンスを取得し、本放送のスポンサーには角川書店とセガの2社がついた。1994年4月の時点でスポンサーなどへの外部企画書が完成し、同年6月にはガイナックスのファン会報とGAINAX-NETにて、ガイナックスの新作アニメーションが発表された。同年11月26日に発売された月刊少年エース1月号にて漫画「エヴァンゲリオン」の連載が告知され、同年12月26日発売の少年エース2月号で貞本義行による連載が始まった。1995年3月10日に発売されたニュータイプ4月号では、監督・庵野のインタビュー他、キャラクター設定とイメージボードが公開された。同年7月22、23日に茨城県潮来市にある潮来ホテルで開催された「ガイナ祭95」で、本作第壱・弐話が初公開された。当日はスタンディングオベーションが起こったほど、ファンに期待を抱かせた。9月1日には貞本義行による漫画第1巻が発売され、10月4日に本放送が開始された。