6世紀、クロヴィス1世によってシェルは王家のvillaeとなり、王はサン＝ジョルジュ教会を建てた。この後のシェルはネウストリア（またはパリ王国）に長く属すことになり、イル＝ド＝フランス有数の王立ヴィラとなった。584年、クロヴィス1世とクロティルダの孫であるキルペリク1世がシェルで暗殺された。クロタール2世はシェルを夏季の住居とした。7世紀半ば、クロヴィス2世の王妃バティルダは、数年間摂政を務めた後地位を追われ、シェルへ追放された。彼女は656年にシェル修道院を創設した（1790年廃止）。8世紀後半、ピピン3世の娘でカール大帝の妹にあたる修道女ジゼルは、修道院に新しい建物を建て写字室を寄贈した。ここでは修道女たちが多くの本を執筆した。798年、シェルでカール大帝とその家族が休暇をすごした。ルイ6世時代、シェルはコミューンとなった。百年戦争では町と修道院は略奪の対象となり、飢饉が一帯を襲った。シェルから逃亡した修道女たちはパリへ避難した。彼らはシェルへ戻ると、シャルル6世に都市防衛強化を求めた。1202年、サンタンドレ教区が買収されたことで、13世紀からシェルの領域の大半が女性領主の支配下に置かれた。1358年、シャルル5世がナバラ王カルロス2世への遠征へ向かう途上、シェルに滞在した。同じ年、侵攻してきたイングランド軍はシェル修道院建物の大半を破壊した。
オルドワン石器がコミューンの周辺、特にシェル山地で見つかっていることから、古くから人が定住していたことがわかっている。1902年、古いガリア人墓地がスフランス礼拝堂（La Chapelle de Souffrance）と呼ばれる場所から発見された。この場所から人が家畜を飼っていたり、コムギやオオムギを栽培していたことを証明する道具が見つかった。ここでの貿易はマルヌ川一帯に広がっていた。21世紀初頭に行われた発掘では、公衆浴場や神殿といった、ローマ時代の建築物が見つかった。紀元前6世紀、ガリア人、特にメルディ族とパリシイ族の侵略が始まった。このことをガイウス・ユリウス・カエサルはガリア戦記に記している。2世紀にローマ化が進み、集落や村が大きくなっていった。シェルは、都市パリに達する境界より前にある都市であった。
6世紀、この地はヴィラ・カラ（Villa Cala）と呼ばれていた。580年、トゥールのグレゴリウスは、将来のシェルとなることを予想させるカラの名を用いていた。しかし他の研究者たちは、シェルとはラテン語でスケール（scale）を意味するスカラ（Scala）から派生したとしている。この名前は時間の経過とともに変化していった。632年、シェルはKanlenseと呼ばれ、その200年後にはCalenseそしてCalensisと呼ばれていた。811年にはKalaとなり、40年後にはCaleとなった。1026年にはKalasとなり、次の世紀にはChela、そしてCaleと呼ばれた。12世紀にはScalensisとなり、Cela、ScalaまたはScallaとなり、最終的に1346年にChieleとなった。1388年から、町の現在の名は徐々に登場するのみとなった。Chiel、1550年にはChelles Sainte Bautour、1672年にはChelles Sainte Bathilde、1788年にはEchelle Sainte Bandourとなった。フランス革命後、現在のChellesに固定された。
シェルは、フランス国道のゼロ地点であるパリのノートルダム大聖堂の東約80kmにある。南を流れるマルヌ川が隣接コミューンとの境界となり、マルヌ川の支流シャントレーヌ川が流れる。かつて、コミューンの北部は湿地で覆われ、いくつかの小川や支流が横切っていた。コミューンの標高最高地点は、シェル山地（montagne de Chelles）と呼ばれる丘陵である。シェルには650ヘクタールに及ぶ緑地がある（コミューンの40%を占める）。
保安4年（1123年）に長快が死去すると、新宮にいた次男の長範（1089年 - 1141年）が別当職を継承し、弟の長兼（長憲）を権別当として田辺近くの岩田（上富田町岩田）に配し、新宮には子の行範（1115年 - 1173年）を置いた。長範は、父の長快に続いて法印の地位に上った。さらに、天承元年（1131年）には宣旨により那智別当を兼ねるようになり、本宮・新宮に対し強い独立性を保持していた那智山を掌中に収めて熊野三山の統括組織を一体化するべく努めたが、那智山では大衆による自治運営が強力であったため、この時点では成功を収めるには至らなかった。長範の死後、康治元年（1142年）に長兼が別当となり、弟の湛快（1099年 - 1174年）を権別当としたがその在任は4年の短期に終った。長兼の死後、別当職を受け継いだ湛快は、田辺に新熊野三所権現（闘雞神社）を勧請したことで知られる。湛快は、長兼が進めていた石田庄付近での王子社や宿舎設置といった在地支配を引き継ぐと同時に、大治2年（1127年）には牟婁郡芳益村（田辺市中芳養・芳養町）に見作田五町所官物を得て、所領経営に努め、これによって田辺別当家の財政基盤が確立された。これと並行して、新宮でも行範が新宮在庁として別当の代行者の職務に励む一方で在地支配を進めた。こうして、熊野別当家の勢力は熊野全域に拡大すると同時に、新宮と田辺に別当家の2つの家系が対峙する構図が出来上がっていった。こうした熊野内部での別当家の勢力伸張の一方、外部に眼を向けると、湛快の在任期間中は、保元・平治の乱の時期でもあり、湛快は激動の時代を乗り切る舵取りを任されることになった。湛快は引き続き院や貴族の熊野参詣を受け入れ続けるとともに、平氏政権との結びつきを強めて、多くの荘園や所領を獲得して熊野三山の勢威を高め、日高郡にまで勢力を広げた。また、この時期の特筆する事件として、甲斐国八代荘でおきた熊野本宮領荘園を国衙の官人が侵犯した事件がある。この一件は『長寛勘文』に詳しく記されたところであり、断罪の論争の過程で熊野三山が伊勢とは独立した祭神をもつことが公式に確認された点で意義深い。こうして、12世紀を通じて熊野別当家は新宮家（長快次男流長範家）、石田家（長快三男流長兼家）、田辺家（長快四男湛快家）、佐野家（長快五男流範快家）、さらに那智執行家（行範次男流行誉家）といった分家を牟婁・日高両郡の熊野参詣道沿い各地に成立させると同時に、在地領主化を進め、別当権力を増大させていった。