イットリウム・バリウム・銅酸化物 (YBa₂Cu₃O₇, YBCO, 1-2-3) は1987年にアラバマ大学とヒューストン大学で開発された超伝導体である。この超電導体は約93 Kでその性質を現すが、液体窒素の沸点77.1 Kより高いという点で有用である。液体窒素は液体ヘリウムより安価なので、冷却のコストを大幅に減らすことができるためである。イットリウム・バリウム・銅酸化物は化学式YBa₂Cu₃O7−dで表されるが、超電導性を示すには d は0.7より小さくなければならない。その理由はわかっていないが、空孔が結晶中の特定の場所（平面状または鎖状の銅酸化物）にしか発生せず、銅固有の酸化数を上げることが知られていて、これが超電導性に関係しているのだろうとされている。1957年にBCS理論が発表されてから、低温超伝導性の理論はよく理解されるようになった。基礎となるのは結晶中の2電子間の相互作用の独自性である。しかし、BCS理論では高温超電導性を説明できず、詳細な機構は明らかになっていない。わかっているのは、超電導性を起こすには銅酸化物の組成を正確に制御する必要があるということである。YBCOは、黒緑色、多結晶、多相の無機物で、ペロブスカイト構造を基にしている。研究者はペロブスカイトについて、実用的な高温超電導体の開発を目指している。
放射性同位体であるイットリウム90はイットリウム90-dota-tyr3-オクトレオチドやイットリウム90イブリツモマブ・チウキセタンなどの医薬品に含まれている。これらの薬は悪性リンパ腫、白血病、子宮、結腸直腸、骨などの癌の治療に用いられている。これらはモノクローナル抗体に付着し、癌細胞へと結合して、これをイットリウム90の発するβ線で破壊する。イットリウム90でできた針は、メスよりも正確に切断を行うことができるので、痛覚を伝達する脊髄の神経を切り離すのに使われる。イットリウム90は、関節リウマチなどにより膝などに炎症を起こしている患者の治療のため、放射線滑膜切除術を行う際にも使われる。ロボットを補助的に利用し、側枝神経や組織への損傷を減少する目的で行われた、イヌでの前立腺全摘除術実験に、ネオジムをドープしたYAGレーザーが用いられた。一方、エルビウムがドープされたものは、美容外科において皮膚再生（スキン・リサーフェイシング）への利用が検討されている。
全日空では、中部国際空港発着の快速特急（現在のミュースカイ）・特急と福岡空港・新千歳空港発着の便との接続を便利にした「Door to ANA」という新ダイヤを発表した。このプロモーションのため、2005年1月から2月まで、2・3番ホームと中央改札口の柱や壁が全て「Door to ANA」の広告になった（同様のプロモーションは金山駅でも行われた）。また同時期に全日空の自動チェックイン機が中央改札口の精算所の隣りに設置された。なお、金山駅も西改札口内に設置されたが2008年に撤去された。名鉄百貨店の全館一体改装工事に合わせ、改修工事が行われた。2002年4月から閉鎖されていたメルサ側の改札口（豊橋方面入口専用）は2005年9月27日から再開され、百貨店売り場と混在していた駅施設の一部移動や、ホームと車両との段差をなくすためレール面を低くするバリアフリー化工事を行った。2006年春には地下鉄改札口から中央改札口へと向かう通路の幅を広くする工事が完了した。1番線と4番線ホームにはファミリーマートがある。24時間営業ではなく、電車の運行時間帯（朝6時-24時）の営業である。以前はサンクスがあり、店舗名には旧駅名が使用されていた。NEWDAYSなどの駅売店系を除いた一般的なチェーンによるコンビニは、過去は全国的にも少なかったが、2016年現在はJR西日本・四国・京急のセブンイレブン、東武・近鉄のファミリーマート、東急・東京メトロのローソンなど各地に広がっている。以前は1番線にはなく改札口付近にあったが、その後閉店して1番線に移転。閉店後の跡地はトイレに改装された。この他1番線の近鉄連絡改札口近くにはドラッグスギヤマもある。ミュージックホーン搭載車両の進入時にミュージックホーンを吹笛する列車が他の駅に比べて多いため、鉄道ファンにとっては人気が高いポイントであったが、2009年2月頃より利用客から「案内放送が聞こえない」というクレームを受け、ホーム進入後の吹鳴が禁止された（ただしトンネル内は吹鳴可）。また、それ以外の列車は進入時に警笛を鳴らす。JRセントラルタワーズ側にあるタクシーのりばは、名鉄交通など名鉄グループのタクシーに加え、近鉄グループの名古屋近鉄タクシーも発着し、「名鉄・近鉄タクシーのりば」と表記されている。名鉄グループのタクシーはJR名古屋駅から乗ることができない。岐阜・津島方面と犬山方面は当駅で乗り換える客が多く、庄内川鉄橋の北側の枇杷島分岐点から当駅までは重複乗車となるが、料金計算上は同分岐点で乗り換えたものとして計算され、重複乗車部分の料金はその区間で途中下車しない限り不要である。路線区分上は同分岐点が犬山線の起点であるが、同分岐点は犬山線の線路が本線の線路に合流しまた分岐するためのポイントがあるだけであり、この分岐点では乗降・乗換することが不可能であり、分岐点～当駅の間の東枇杷島駅及び栄生駅にはミュースカイなどの優等列車の大半は停車しないので、名鉄名古屋駅もこの両駅と同じく(当駅は全列車の停車する駅であるので最も実質的な、とも言える)犬山線の起点駅としても機能している。ダイヤが乱れた場合は、遅れが広がらないよう、当駅に来る列車の到着順序を変えて運行する。2016年1月23日から2月4日までに期間限定で、テレビドラマ『名古屋行き最終列車』のPRの一環で、松井玲奈が構内アナウンスを担当。当駅の開業から2005年までの名称であった「新名古屋駅」は、鉄道省（現・JR東海）の名古屋駅が1937年（昭和12年）に現在地に移転した際も、通称として使われていた。そのため、当時の資料を確認する際は注意が必要である。