1995年（平成7年）春になり、実行犯の一人である岡﨑一明が自供をしたことで、事件の真相が明らかになった。地下鉄サリン事件の起きた1995年3月20日、警察はオウム真理教の捜査を本格的に開始。そんな中、岡﨑が事件を仄めかすような供述を始め、4月6日に真相を語った。岡﨑の自供により坂本弁護士一家が殺害されていたことがわかり、同年9月6日警察による山中の捜索が行われた。同日、坂本弁護士と妻の遺体が発見された。妻の遺体は死蝋化していた。一方、長男の捜索は難航を極めたが、4日後の9月10日発見された。一家の墓所は鎌倉・円覚寺「松嶺院」にある。坂本弁護士の妻が遺体で発見された場所は、新潟県と富山県の県境付近である林道別又僧ヶ岳線の魚津市別又谷の上り口から数kmの地点の山中であった。発見場所には遺族が木製の慰霊碑を建て、慰霊登山も執り行われている。
オウム側はさかんにメディア進出を行い、テレビ番組に出演したり有名人と麻原の対談などを行い潔白を主張するようになった。これもあってオウムへの嫌疑は次第に薄れていった。麻原は中沢新一との対談で「オウム真理教が（そんな事件を）やる意味はまったく見当たらないのです」と断言した。実行犯の一人である岡﨑は、真理党候補として立候補した第39回衆議院議員総選挙の選挙運動中の1990年2月10日に突然、3億円の現金を持ち逃げして教団を脱走する。その後、麻原に電話をかけ、口止め料として現金1000万円を要求。現在の所持金が170万円であることを伝えると麻原は差し引き830万円を振り込むことを約束した。さらに岡﨑は新潟県内より「(長男)が眠っている」「早くお願い、助けて！」という手書きの手紙と目印の写真及び地図を匿名で1990年（平成2年）2月16日付の速達で神奈川県警察に送付し、神奈川県警察は長野県警察と合同で地図の示す場所を捜索するものの発見できなかった。この時遺体は目と鼻の先にあった。警察は手紙を出したのは岡﨑ではないかと感づいており、岡﨑に対しウソ発見器も投入して事情聴取を行った。だが岡﨑は「オウムバッシングの話題をそらすために嘘の投書を送っただけ」とはぐらかし、事態は行き詰った。また、事件の1年半後に警察はブルーバードと村井らを事件当日に目撃したという脱会信者の証言を入手、「ブルーバードを調べ上げれば、必ず手がかりが見つかるはずだ」と調べたが、すでにスクラップ工場で解体されていた。実行犯の一人、早川紀代秀は1990年にオウム真理教国土利用計画法違反事件で一度逮捕されたが、坂本事件については一切聞かれず、指紋除去の傷のことも指摘されなかった。結局「再捜索」は1995年（平成7年）9月の坂本弁護士一家の遺体発見まで行われなかった。また、「再捜索」は長野・新潟両県警察と警視庁が行っており、坂本弁護士の地元である神奈川県警察は参加していない。
小学校2年の時にサッカーを始める。6年次の1982年には清水FCの一員として全日本少年サッカー大会優勝。清水第五中学校3年次には全国中学校サッカー大会準優勝に貢献し、日本ジュニアユース代表に選出された。1986年に清水市立商業高等学校に進学。3年次の1988年に主将を務め、第67回全国高校サッカー選手権では「タレント軍団」の中でエース・精神的主柱となり 抜群の展開力と運動量で 優勝に貢献した。同期には古賀正人など。また同年には日本ユース代表に選出され、AFCユース選手権に出場した。1989年に筑波大学進学。1年次からバルセロナ五輪代表に選出され1991年から1992年に行われたバルセロナ五輪アジア予選に出場、最終予選のバーレーン戦ではハットトリックを決める活躍を見せたが、本大会出場に導く事は出来なかった。また4年次の1992年には同大学の主将を務め総理大臣杯と関東大学サッカーリーグの二冠に貢献した。1993年にJリーグの横浜マリノスに入団。初年度からリーグ戦24試合に出場、翌1994年にはリーグ戦38試合に出場し、果敢にドリブル突破を仕掛けるFW・攻撃的なMFとして活躍した。1995年にはサントリーシリーズ優勝するとともに、ダイナスティカップの日本代表に初選出されるが、代表としての試合出場は成らなかった。1996年、1997年にはJリーグ選手協会の監事を務めた。1998年は試合出場機会が減少し、翌1999年には横浜M在籍時に指導を受けた清水秀彦に請われて京都パープルサンガへ移籍。三浦知良との2トップも経験するも、清水の監督解任を受けてシーズン途中でジュビロ磐田へと移籍。磐田では同年末にJ1年間優勝を経験した。また、この頃からポジションをボランチに転向した。2001年にFC東京へと移籍。背番号「10」を背負った。2002年には開幕直後の対浦和戦（埼玉）にて、福田正博と激突し左膝前十字靭帯断裂及び内側側副靱帯を損傷する重傷を負い長期離脱、年末の天皇杯で復帰するも、投入後わずかで自ら交代を申し入れ、本格復帰は翌2003年になった。FC東京ではバランスを取って 中盤を安定させ、攻守に貢献するプレー面だけではなく、チームを束ねる精神的主柱として絶大な信頼を集めた。2004年にはナビスコカップで優勝を果たした。2005年に入り出場機会を大きく減らしたものの、先発出場の際には好パフォーマンスを見せており、三浦としてもJ2など下位クラブならばまだ十分通用するという自信を持っていたが、愛着あるクラブでの現役引退を望み、2006年11月24日に現役引退を表明した。