信濃国への藩庁移転後、この藩は田野口藩と呼ばれる。西洋の築城術に関心を寄せていた乗謨は、新しい陣屋を稜堡式城郭（星形要塞）とすることを計画、元治元年（1863年）より田野口村で築城を開始した。田野口陣屋（龍岡城）は、函館の五稜郭とともに日本に2例のみの星形要塞である。慶応3年（1867年）4月には城郭内の御殿が竣工したが、城郭としては未完成のまま明治維新を迎えたという。藩政においてはいちはやくフランス式の軍制を導入し、龍岡城内に設けた練兵場で訓練を行った。乗謨は、慶応元年（1865年）に陸軍奉行、慶応2年（1866年）に老中・陸軍総裁に任じられ、江戸幕府を支えるために奔走した。慶応4年（1868年）、戊辰戦争に際し乗謨は陸軍総裁・老中を辞任、新政府に帰順した。新政府軍に参加し、北越戦争で戦死した藩士の墓が蕃松院（佐久市田口）にある。なお、藩の名称は、慶応4年（1868年）5月28日に龍岡藩に改称されている。明治4年（1871年）、財政破綻のために廃藩を申請し、廃藩置県に先立って廃藩となる。なお、乗謨は明治維新後に大給恒（おぎゅう・ゆずる）と改名、日本赤十字社の前身である博愛社を創設、賞勲局総裁などを務めるなど明治政府の下でも活動した。明治17年（1884年）に子爵、明治40年（1907年）に伯爵に昇った。
奥殿移転後も、享保年間には矢作川の洪水、飢饉を原因とする年貢半減を求める強訴などが起こった。天明年間にも天候不順から凶作となり、そのために藩内で暴動が起こった。このような中で第7代藩主となった松平乗利は有能な名君で、90歳以上の者に対しては長寿を称えるということから毎年、米を100苞与えた。さらに文武を奨励して演武場、藩校・明徳館などを創設している。天保4年（1833年）の凶作時には、窮民に対する救済も万全に行なうなど、他の歴代藩主と比較して賞賛されるほどの藩政を行なっている。乗利の跡を継いだ松平乗謨（のりかた）のもとで幕末期を迎える。幼少より学問を好んだ乗謨は、海陸御備向を経て、文久3年（1863年）1月に大番頭に、同年8月には若年寄に抜擢された。文久3年（1863年）、乗謨は信濃国への陣屋移転・新築許可を江戸幕府から得る。奥殿藩の領地の大部分があった信濃国佐久郡田野口への移転は念願であり、幕府による参勤交代緩和（文久の改革）などを好機と見て届け出たものである。幕末の国内情勢緊迫の中で、東海道沿いにあって動乱に巻き込まれることが懸念される手狭な奥殿から退避する意味もあったという。なお、三河国の領民の多くはこの移転に反対して、嘆願書を差し出すなど騒動が生じている。
4月30日の昼、ヒトラーは秘書官ユンゲとゲルダ・クリスティアン、料理人のコンスタンツェ・マンツィアーリの4人で最後の食事となる昼食をとった。献立は野菜のスープとマッシュポテトであったとも、ラビオリであったとも言われている。食事を終えたヒトラーとエーファは、地下壕のスタッフや、ゲッベルス一家やマルティン・ボルマン一家、秘書官や国防軍の将校らに最後の別れを告げた。14時30分ごろ、ヒトラーとエーファは執務室の奥にある居間に入っていった。「15時30分ごろに大きな銃声を聞いた」と、複数の証人がのちに伝えている。数分待って、ヒトラーの世話係ハインツ・リンゲが、ボルマンの立ち合いのもと居間のドアを開けた。すぐに焦げたアーモンドの匂いに気付いたと、リンゲはのちに証言している。これは青酸（シアン化水素水溶液）の一般的な特徴として知られている。ヒトラーの副官で親衛隊少佐のオットー・ギュンシェが居間に入り、ソファに腰かけた2人の死体を確認した。エーファの死体はヒトラーの左手にあり、膝を胸に抱え込んだ姿勢で、彼から遠ざかるように倒れていた。ヒトラーの死体の状態についてギュンシェは「ぐったりと座っており、右のこめかみからは血が滴っていた。彼はワルサーPPK7.65で自らを撃ったのだ」と述べた。今日では、ヒトラーはまずシアン化物（青酸カリ）のカプセルを噛み砕き、すぐに右のこめかみをピストルで撃ったものと考えられている。自殺に使われたピストルはヒトラーの足元に落ちていた。彼の頭から滴った血が、居間の床に血だまりをつくっていた。ヒトラー専属の身辺警護部隊の隊員だったローフス・ミシュによれば、ヒトラーの頭部は前方のテーブルの上に横たわっていたという。リンゲの証言では、エヴァの死体には外傷が見当たらず、その顔からはシアン化物を用いて服毒自殺したことが見て取れた。ギュンシェが居間を出て、ヒトラーの死を地下壕に残る人々に発表した。その後すぐに、人々は煙草をふかし始めた（ヒトラーは生前喫煙を嫌悪し、許可しなかった）。ヒトラーの生前の指示に従い、2人の死体は地上階に運ばれ、地下壕の非常口を経て、総統官邸裏の中庭に開いた砲弾孔に降ろされたあと、燃やすためにガソリンを浴びせかけられた。ミッシュは、誰かが「早く上階へ急げ、彼らはボスを燃やしている」と叫んだのを聞いたと証言している。何度かガソリンへの点火に失敗したあと、リンゲはいったん地下壕に戻り、厚く巻かれた紙を持って帰ってきた。その後、ボルマンが紙に火をつけ、それを死体の上に投げた。燃え上がったヒトラーとエーファの死体に向けて、地下壕出入り口のすぐ内側から、ボルマン、ギュンシェ、リンゲ、ゲッベルス、エーリヒ・ケンプカ、ペーター・ヘーグル、エヴァルト・リンドロフ、ハンス・ライザーらがナチス式敬礼で送った。16時15分ごろ、リンゲは親衛隊少尉ハインツ・クリューガーと親衛隊曹長ヴェルナー・シュヴィーデルに、ヒトラーの居間の絨毯を巻き上げて燃やすよう命じた。シュヴィーデルは居間に入った瞬間、ソファのひじかけ付近に「大きな皿」ほどの大きさの血だまりがあるのが目に入ったとのちに語っている。シュヴィーデルは、空の薬莢がひとつ、絨毯の上にピストルから1ミリほど離れて落ちているのに気づき、かがんで薬莢を拾い上げた。2人は血痕のついた絨毯を回収すると、総統官邸の中庭まで運び、その場で燃やした。その日の午後を通して、赤軍は断続的に総統官邸の付近を砲撃していた。ヒトラーらの遺体をさらに燃やすため、親衛隊員が追加のガソリン缶を運んできた。リンゲによれば、燃やしたのが屋外であったため、2人の亡骸を完全に燃やし尽くすことはできなかった。死体の焼却は16時から18時30分にかけて行われた。18時30分ごろ、リンドルフとライザーが燃え残った2人の亡骸を掩蔽した。