“イデ”のシステムは、実験段階では成功した。しかし、数億に及ぶ第六文明人の意志を実際に結集させた本番では、科学者の予想を越えた吸収力を示してしまい、第6文明人の意志そのものをことごとく吸い尽くすパワーとなってしまう。こうして第6文明人は滅びた。富野由悠季の見解によれば、第六文明人達は、意志をエネルギーに転化するというシステムを思いついた際、そのエネルギー・システムを自分達がコントロール出来ると思っていて、実験的にやってみてもそれほど問題は起きなかった。この時点で、“イデ”を開発している科学者は第6文明人全体の意志を集合させたらどうなるのか？という疑問点を見出す事が出来なかった。そして第六文明人達が実際に実験を行って“イデ”が出来てしまった時、“イデ”本体は己自身のパワーを知らなかった為、決定的かつ爆発的に始動してしまう。イデが「しまった！」と思ったときには、時既に遅し、第六文明人の意志は全部吸い尽くされてしまっていた。「意志の場」をつくるという生易しい段階では止まらず、一気にイデが吸収し尽くしてしまった。それほど、瞬間的に“イデ”が始動してしまったから、イデオンにはイスなどのパイロットが使う居住施設が全く無かったのだという。『アニメック』13号のインタビューで富野由悠季は上記のイデ発生の顛末をSF映画の古典である『禁断の惑星』のイドの怪物と同じ物だと考えてくださいと説明した。小説版によれば、イデは初めての目覚めを得た時、己があまりに雑多なものであるらしいと、つまり混沌そのものである己に戸惑った。イデは己のありようが雑多で、時も所もわきまえずに時空をぐるぐるとかき乱して果てる存在のように思え、それが不愉快なものであると感じる思惟が己の中心にあった。そう感じ得るのは己があるからであろうと、イデには推測はついたが、己の存在の中心を見定める事は出来ず、己があまりに不定形で己のありようを示すべきものを有していないのに、己があるのかと思うのはなぜか不自然のように思えた。自己嫌悪と己の不在から始まったイデのエゴイズムによって、己を確認できないままにイデは安らぎの源となり得る「眠る場所」にて、己のありようを最小のものにして、再度、己を力付けてくれる思惟が手に入るまで眠りにつこうと、イデは思い立ったのである。
高度に進化した第六文明人は、精神エネルギーを基本にした文明を構築し、肉体はいずれ老化するもので、進化にも自ずと限界があると結論付けていた。そこで、精神エネルギーは物理的な制約を受けないので無限量のエネルギーになり得ると判断して、有限の肉体を離れた精神エネルギーを利用した科学を考案し、遂には“イデ”を誕生させた。巨大な乗物を建造するのはたやすいが、それを支える機関やエネルギーの問題は、古来より至難の業だった。科学の進捗により、高性能の機関が開発されたとしても、無限かつ問題なく使用出来るエネルギー確保は難しいと考えられていたが、“イデ”の精神エネルギーによりこの問題が解消されたのだった。そして、“イデ”が初めて導入された乗物が、イデオン、ソロシップだった。
ドロシーはオズの国での冒険からカンザスに帰ったが、オズの国の事ばかり話すようになり、不眠症になってしまう。ヘンリーおじさんとエムおばさんは、とても心配する。ある晩ドロシーは流れ星を見た。翌朝めんどりのビリーナが庭に落ちていた鍵を見つける。鍵にはオズの国のイニシャル"O"と"Z"の印があった。ドロシーはオズの国の友達が届けたものと信じるが、エムおばさんは、竜巻で飛ばされた以前の家の鍵だと言う。その日の午後、エムおばさんはドロシーに最新式の電気治療を受けさせようと、彼女を遠くの街のウーレイ医師の病院へ連れて行く。ウーレイ医師は、オズの国のことはすべてドロシーの脳の故障が作り出している幻覚で、電気治療をすれば一切忘れ、ぐっすり眠れるようになると自信満々に説明する。ドロシーはウーレイ医師の病院に入院することになる。その晩、診察室でドロシーの電気治療が始まりかけた時に停電が起き、見知らぬ少女がドロシーを助けに現れる。少女の導きでドロシーは病院から脱出するが、外は大嵐で2人は川の濁流に飲まれてしまう。翌朝ドロシーが目を覚ますと、オズの国に着いていた。となりには人間の言葉が話せるようになったビリーナが居た。ドロシーはすぐにエメラルド・シティに向かうが、住民はみな石に変えられ、エメラルドは奪われ、廃墟になっていた。王様のかかしの姿も見当たらない。ドロシーは、「にわとりを連れている罪」や「ランチの木の実を盗んだ罪」で車輪人間のホイーラーズに追いかけられてしまう。ドロシーはビリーナの見つけた鍵で開く部屋を見つけて逃げ込むが、その部屋で《オズの国の軍隊》のぜんまい仕掛けの兵隊ティック・トックと出会う。ドロシーはティック・トックの力を借り、ホイーラーズのボスを懲らしめ、かかし王の行方は城に住むモンビ王女が知っていると聞き出す。ドロシーとティック・トックは早速モンビ王女に会いに行く。モンビ王女は、シティを征服したノーム王が、かかしを王の領地の山へ連れ去ったことを教えてくれるが、ドロシーの“首”を自身のコレクションに欲しがる。モンビは好みの“首”を集めては着替えて楽しむ魔女だった。そしてドロシーは城の塔の上の物置部屋に閉じ込めてられてしまう。その部屋でドロシーは新たな仲間ジャック・ザ・パンプキンヘッド(かぼちゃ頭のジャック)と出会う。ジャックはモンビの持つ「いのちの粉」の実験で生命を与えられたと話す。ドロシーはいのちの粉で空飛ぶソファ・ガンプを作って塔から脱出する計画を思いつく。