同時代においては、日本最大の牧場・社台ファームが擁したノーザンテーストがリーディングサイアーの地位を占めていたが、橋本は種牡馬マルゼンスキーはノーザンテーストよりも上であると信じ、彼我の差は相手をする繁殖牝馬の質の差だとみて「俺にもっと金があったら、ノーザンテーストなんか叩きのめしてやるのに」と口にしていたという。ただし橋本はシルに一度ノーザンテーストを交配しており、このときは受胎に至らなかった。また、サクラトウコウを用いて天皇賞優勝馬ネーハイシーザーを生産した大道数美も「ノーザンテーストよりマルゼンスキーの方が数段上」だとしている。他方、大川慶次郎は脚部不安の産駒が多かったことを指摘し、「いい仔は出したけれど、平均値をとるとどうかなという思いがある」と述べている。また、マルゼンスキーはブルードメアサイアーとしてもノーザンテーストに首位を阻まれ続けたが、吉沢譲治は「ノーザンテーストの血を引く繁殖牝馬を数多く擁する社台ファームが、サンデーサイレンス、トニービンといった一流種牡馬を惜し気もなく配合するのに対して、マルゼンスキーの血を引く繁殖牝馬を擁するのは北海道日高の中小牧場が中心で、配合種牡馬の質は全体にそれよりも落ちる。それでいて、この好成績は立派というほかはない」と論じている。なお、2000年に日本馬主協会連合会が馬主を対象に行ったアンケートによる「好きな牝系の血統は」という設問で、「（母父）マルゼンスキー（系）」は「（母父）ノーザンテースト（系）」、「（母父）ノーザンダンサー（系）」に次ぐ3位となっている。
父・ニジンスキーは「20世紀を代表する名馬の1頭」とも評されたが、マルゼンスキーはニジンスキーに非常に似ていたとされ、アメリカからニジンスキーの関係者がやってきたとき「ニジンスキーによく似ている。違うのは外向肢勢だけ」と話したという。また、ニジンスキーを実見したことがある宮原高尚も「マルゼンスキーは父親そっくりの体型」と述べている。ニジンスキーは世界各国で一流馬を輩出したが、日本の競馬界ではマルゼンスキーがその最良の産駒だったのではないかとみる者もいる。イギリスの競馬ジャーナリスト、レズリー・サンプソンは著書『ニジンスキー』の中でマルゼンスキーも代表産駒の1頭として紹介し、「もしマルゼンスキーが日本で走らなかったならば、いったいどれだけの成績をあげられたかは想像するしかないだろう。おそらくチャンピオンとなっていたはずだし、J.O.トビンにとってもシアトルスルーにとっても、きっと難敵だったに違いない」と記している。井崎脩五郎はニジンスキーの血が世界でどの様に広がっているかの調査で来日した米国農務省の人物が、4歳（現在の3歳）時のマルゼンスキーの走りを見て「現在世界中で走っているニジンスキー産駒の4歳馬の中で、間違いなくベスト3に入り、もしかすると一番強いかもしれない。」と評したと語っている
対戦の可能性があった1歳上のトウショウボーイ、テンポイント（いずれもJRA顕彰馬）とは「もしも対戦していたら」という仮定がしばしば語られるが、中野渡と橋本善吉はいずれも、「負けなかった」「勝っていた」と主張しており、小島太は上記2頭にグリーングラスを加えた「TTG」との比較を問われ、「そのあたりとは比べものにならない。（中略）どこから見ても、同じ時代の馬とは一段も二段も抜けていた」としている。一方、トウショウボーイの管理調教師・保田隆芳は「マルゼンスキーとやっても、おそらく負けなかったんじゃないか」と述べている。上述の座談会「正論とミーハー論と」の中でも、トウショウボーイとマルゼンスキーの対戦を期待する会話が交わされていたが、この中では山野浩一が「もし、あの2頭が現在絶好調だとしたら、有馬記念まで待つことなく、その絶好調のときにどこかで対戦する機会がなくちゃおかしい。有馬記念まで無事にいってくれるかどうかが一番心配だもの」と発言していた。なお、『優駿』が2004年に識者へアンケートをとった「年代別代表馬」において、マルゼンスキーは1970年代でテンポイント、トウショウボーイに次ぐ3位となっている。なお前述の通り、マルゼンスキーが出走した日本短波賞の同日に行われた高松宮杯ではトウショウボーイが出走して勝利を収めている。同レースは当時から3歳馬も出走可能な混合レースであった。
第二次世界大戦前、ハンガリー空軍大尉のラズロ・アルマシー男爵は北アフリカに暮らし、探検家や「ゼルズラのオアシス」の発見者として知られていた。この時期の彼を描いた小説『イングリッシュ・ペイシェント』は後に映画化もされている。1939年、アルマシーはアフリカでの暮らしを描いた著書『Unbekannte Sahara; mit Flugzeug und Auto in der Libyschen Wüste』（知られざるサハラ：リビア砂漠にて飛行機、自動車と共に）をドイツ国内で出版した。この際、北アフリカ方面でのスパイ網構築を計画していたアプヴェーアはリッターを派遣し、ブダペストにてアルマシーに接触させた。リッターはエル・マスリ計画と呼ばれる工作を立案した。この計画では、アルマシーはかねてよりアラブ民族主義の支持者として知られ、イギリスの圧力で失脚したエジプトのアジズ・エル・アル＝マスリ元陸軍参謀長と接触し、アラブ人による対英反乱を組織するよう要請することになっていた。カナリス提督はこの計画を承認し、リッターをタオルミーナへ派遣して北アフリカ偵察司令部（Aufklärungskommando Nordost Afrika）を組織するように命じた。アルマシーはリッター付副官となった。リッター指揮下のゾンダーコマンド（特務部隊）の任務は、砂漠戦に関する軍事情報を収集してエルヴィン・ロンメル元帥に報告すること、そしてカイロにてアル＝マスリ将軍に接触してエジプトにおけるスパイ網を構築することだった。作戦に関連した長距離活動を実現するべく、リッターにはパイロット2名、Fi 156連絡機1機、He 111爆撃機2機が与えられた。また、多言語話者の通信士4名がアプヴェーアから派遣され、それぞれシチリア、ギリシャ、リビア、カイロに駐在していた。1941年5月16日、アルマシーはアル＝マスリに接触するべくエジプトへと飛んだものの、一方のアル＝マスリを乗せた飛行機がエンジントラブルを起こし、カイロから10マイル離れた地点にて不時着を余儀なくされていたため、接触は果たせなかった。6月17日、今度はリッターのみが単独で接触を図ろうと試みたが、彼の搭乗していた飛行機のパイロットは地面の状況と暗くなりかけていたことを踏まえて着陸を拒否し、さらにその後戦闘に巻き込まれて地中海に墜落した。リッターらは負傷し、浜辺に流れ着くまで9時間にわたって救命いかだで漂流することとなった。