日本ビジネスプレスは、菅政権の高支持率を維持するため、重要問題を議論することを避け第22回参議院議員通常選挙に突入しようとしていると批判している。国民新党は国会の会期延長を求めたが、民主党はこれに応じなかった。民主党の輿石東は「選挙のためではなく、参院総務委員会は与党が開催に必要な委員の半数を確保できない可能性があり、会期を2週間延長しても郵政改革法案などは参院で成立できないことが予想されたからだ。法案を通すことができなければ延長の意味はない。多くの法案は残るが、それは次の臨時国会で成立できると判断した」と反論している。
野党時代の民主党は、自民党政権が総理を1年ごとに交代させた際に衆議院の解散総選挙を求めたが、今回の菅直人内閣の誕生にあたり、直後に参議院の通常選挙があったものの、衆議院の解散総選挙を行わなかった。
2010年11月23日に起きた朝鮮半島における北朝鮮と韓国の砲撃戦について菅首相は午後5時すぎ、「国民に備えが万全だと言える態勢を作りたい」と述べ、午後9時48分に仙谷由人官房長官が非難声明を発表した。翌24日「一般市民が生活している地域への砲撃であり、許し難い蛮行だ。韓国の立場を強く支持する」と北朝鮮を非難した。この対応について田中秀征は、菅首相は名誉挽回の機会を逃したと評している。また菅首相の「北朝鮮が韓国の島に砲撃を加え、韓国軍も応戦したという報道があり、私にも3時半ごろに秘書官を通して連絡がありました」発言、岡崎トミ子国家公安委員長が砲撃当日の23日には一度も警察庁に登庁しなかったこと、仙谷官房長官や北澤防衛大臣などとの関係閣僚会議が事件から数時間が経過した夜に行われた件について、野党側から「対応が遅い」と批判を浴びた。11月25日の参議院予算委員会では、野党から「安全保障会議設置法が定める重大緊急事態に当たるから速やかに安全保障会議を開催すべきだ」と批判された。。。
2010年9月、ソビエト連邦や蒋介石がポツダム宣言に従って旧日本軍から受領した兵器のうち、中国国内に遺棄された化学兵器を「化学兵器は日本の軍国主義が犯した重大な罪の一つ。一刻も早く処理することで人びとの生命や安全への脅威を取り除き、中日関係の安定的発展に貢献する」という中国政府の要望に従って、日本政府の責任で爆破処理する作業を開始した。
2010年4月10日、中国海軍艦艇が沖縄近海、さらに沖ノ鳥島近海を航行した。6月15日、中国経済界に人脈を持つ丹羽宇一郎・伊藤忠商事相談役を日本国中国大使に起用。産経新聞はビジネス重視でこうした問題には触れないつもりなのかと批判している
マフムード・アフマディーネジャード大統領は、2010年6月13日国営放送を通じて、核開発を進めるイランへの制裁決議に賛成した日本に対して「一度も独立した行動をとったことがない」と批判した。
仙谷由人官房長官は日韓戦後処理は不十分であるとし、改めて決着必要であると述べている。菅首相は2010年8月10日、日韓併合100年に合わせて「反省とおわび」を表明した（いわゆる「菅談話」）。これについて民主党の松原仁衆院議員など保守系議員から批判が相次いだ一方で、毎日新聞は共感できる認識と評し、同紙と朝日新聞は談話を両国関係構築の出発点とするよう求めた。菅直人首相は10月18日の参院決算委員会で首相談話は韓国だけでなく北朝鮮にも適用されるとの認識を示した。
民主党参院議員喜納昌吉の著書「沖縄の自己決定権 地球の涙に虹がかかるまで 」(ISBN 9784624301149)によると、2009年の政権交代直後、菅は「基地問題はどうにもならない」「もう沖縄は独立した方がいい」と述べたとされる。多くの中国メディアは菅首相の発言を報じ、中国人に賞賛されている。この発言が報道された6月以降、中国では「沖縄独立論」と唱える中国人学者があらわれた。菅直人首相は中国人に「沖縄独立論」を勢いづかせた。尖閣諸島漁船衝突事件後の2010年10月、中国では「解放沖縄」の文字が躍るゲートフラッグを掲げ反日デモが起きた。
9月22日、八路軍は、部隊を集結させて同蒲線に対する攻撃を再開した。同蒲線沿線の寧武県を警備中の独混第3旅団隷下の拠点は、22日早朝に一斉攻撃を受けてかなりの損害を生じた。独混第3旅団は翌23日から反撃を開始し、10月2日までに八路軍を撃退した。石太線方面に対しても、9月24日朝、第129師を中心とした八路軍の精鋭部隊が再攻撃を行った。楡社県と遼県の間などに分散配置されていた独混第4旅団の脆弱な警備拠点の多くが、全滅に近い損害を被った。9月の同旅団の損害は、百団大戦期間中で最多の戦死162人に達している。独混第4旅団は救援部隊を派遣し、石太線の各拠点を復旧させた。反撃を受けた八路軍は、遼県付近の山地や東潞線（同蒲線から太谷にて潞安へ分岐）西方山地の根拠地に帰還し、東潞線への襲撃を続けた。これに対し、日本の第1軍は、第二期晋中作戦を実施して共産党勢力の撃滅を図った。第1軍は、10月11日から12月3日にかけて、第36師団・第37師団・第41師団・独混第4旅団を出撃させ、八路軍部隊の追跡と根拠地に対する燼滅作戦を行った。