2016年3月12日に全国380スクリーンで封切られ、初日2日間で動員数19万1696人、興行収入2億3705万0500円を記録し、映画ランキングでは初登場2位となった。3週目となる3月28日には、累計興行収入10億円を突破した。
定期運行時は座席車にキハ183系気動車を4両、寝台車には14系客車を2両連結した6両編成を基本に、繁忙期は座席車が増結され最大9両編成で運転されていた。このうち、普通車自由席が2両、普通車座席指定席が2両、開放B寝台車2両で、指定席車および寝台車には女性専用席が設置されていた。運行末期は、寝台車が1両減車され、5両編成で運転されていた。
札幌駅 - 新札幌駅 - 南千歳駅 - 追分駅 - 新得駅 - 帯広駅 - 池田駅 - 浦幌駅 - 音別駅 - 白糠駅 - 釧路駅
札幌駅 - 釧路駅間を約7時間で結んでいた。B寝台料金は通常6,300円だが、この列車に限っては前身の「おおぞら」13・14号時代より、11 - 5月冬季は3,000円と安く設定していた。
1949年に函館駅 - 釧路駅間で運行を開始した夜行急行列車がそのルーツで、札幌駅以東では準急列車として運行される珍しい運行方式を採用した。1950年に運行区間を根室駅まで延長し、急行区間を函館駅 - 釧路駅間とし、釧路駅以東は普通列車として運行されていた。その後、1951年に函館駅 - 釧路駅間の夜行急行に「まりも」の名称が与えられた。1968年に札幌駅 - 釧路駅間の昼行列車「狩勝」に統合されて廃止されたが、1981年に石勝線の開業により札幌駅 - 釧路駅間の急行列車に「まりも」の名称が再び使用され、夜行・昼行ともに1往復運行されていた。しかし、1985年3月に昼行列車を特急「おおぞら」に統合するとともに、札幌駅 - 帯広駅間の臨時急行「まりも」51・54号を廃止、夜行列車も1993年3月19日に「おおぞら」13号・14号として編入された。2001年7月には、特急「おおぞら」昼行便の使用車両をキハ283系気動車へ統一することに伴い、従来どおりキハ183系で運行される夜行便の13・14号は「まりも」に改称した。2006年3月18日のダイヤ改正で「利尻」が季節臨時列車に格下げされて以来、北海道内発着の夜行特急列車としては唯一の定期列車であった。しかし、2007年10月1日のダイヤ改正で臨時列車化され、2008年9月に廃止された。
物理学者ハインツ・シュナイダー殺害の容疑者エリスには裏社会で巨額の賞金が懸けられ、数多くの賞金稼ぎが彼女の行方を追い求めていた。女賞金稼ぎのナディもその1人である。ナディはメキシコの田舎町で遂にエリスを見つけるのだが、エリスに秘められた身体能力が備わっていることを知ることになる。エリスに逃げられたナディは、エリスを匿っていた占い師のサルマに接触する。しかし、ナディはサルマからエリスには目的があり、老いているサルマから離れられずにいることを聞かされ、エリスの行く末を託されることになる。やがて、サルマはエリスを追う賞金稼ぎたちに殺され、ナディはサルマの代わりにエリスの事実上の「保護者」となり、エリスが目指す「南」にある目的を達成したら、ナディの言うことを聞くという条件で、ナディと共に「南」を目指すことになり、こうして、2人の逃避行が始まる。その頃、中央情報局「R-339」室では室長のダグラス・ローゼンバーグが「プロジェクト・リヴァイアサン」という謎の言葉を呟きながら、エリスの情報を集めていた。そして、そんなローゼンバーグを同じ中央情報局の会計担当者ジョディ “ブルーアイズ” ヘイワードが密かに監視する。一方ナディは、その“ブルーアイズ”と密かに連絡を取る。実はローゼンバーグは既に中止された、人工的に魔女を作るという「プロジェクト・リヴァイアサン」の再開を企む一方、ブルーアイズはプロジェクト・リヴァイアサンの再開を阻止すべく、ローゼンバーグの監視役として魔女の世界から派遣されたエージェントだったのだ。そして、ナディはブルーアイズに雇われ、その下命により、人工的に作られた魔女であるエリスの監視と警護を行っていたのである。やがて、魔女たちの圧力でローゼンバーグは失脚し、さらに議長をはじめとする魔女の勢力はエリスの能力が悪用されることを恐れ、ブルーアイズを通じてエリスの引き渡しをナディに要求するが、ナディは報酬の受け取りを拒否し、エリスに降りかかる真実を求めて、共に「ウイニャイマルカ」へと向かう旅を続けることを決意する。そして、真の魔女の末裔であるブルーアイズもまた何かに魅入られたように魔女の勢力と決別し、ナディとエリスの後を追い、道中で出会うリカルドとリリオと共に真実を求め加護する立場を取るようになって行く。方やローゼンバーグもまたエージェントのL・Aを使ってエリスの行動を監視しながら、自らもエリスが目指すウイニャイマルカへと向かい、「目的」を達成させるべく「計画」を着々と遂行し始める。さらにブルーアイズに裏切られた魔女の勢力の指導者である議長も事の行く末を見守るため「ウイニャイマルカ」へと足を進める。そして、長い逃避行の行く末に「ウイニャイマルカ」でエリスとナディを待ち受けているものとは・・・。