ナチス・ドイツとソ連は1939年8月に独ソ不可侵条約の秘密協定を結んだ。この中で独ソは、ポーランドを共に侵略して分割占領し、さらにバルト諸国をソ連に割譲することを取り決めていた。これに基づき、ソ連は1940年6月にリトアニアに赤軍を侵攻させて全土を占領した。コヴノもソ連に占領された。しかし1941年6月に独ソ戦が開始されたため、リトアニアやコヴノからソ連軍は駆逐され、ドイツ軍によって占領されることとなった。コヴノには全人口の25%を占める4万人のユダヤ人が暮らしていた。ソ連に理不尽に侵略されたリトアニアでは反ソ・反ユダヤ主義感情が蔓延していた。リトアニア人の報復的な殺人行為にドイツ当局も協力し、ドイツ軍の占領からわずか1カ月の間でコヴノでは約1万人のユダヤ人が殺害されることとなった。並行してドイツ占領当局はゲットー創設を開始した。アインザッツグルッペンはコヴノのユダヤ人名士を招集し、ユダヤ人住民全員をヴィリアンポリ（リトアニア語: Vilijampolė、ヴィリヤンポレ）街区に移住させることを通達した。ユダヤ人側は中止してほしいと請願したが、アインザッツグルッペンは「これが現地民によるポグロムを防止する唯一の方法だ」などと返答した。1941年8月にはゲットーが封鎖されて、約3万人のユダヤ人が隔離された。しかしそれから数カ月のうちにゲットー住民のうち3,000人が殺された。さらに1941年10月28日には約9,000人（コヴノ・ゲットー全住民2万7,000人のうちの3分の1にあたる）が町はずれの第9砲塁に連行されて殺害された。この結果、コヴノ・ゲットーは約18,000人ほどのゲットーとなった。コヴノ・ゲットーのユダヤ人評議会は他の東ヨーロッパのゲットーのユダヤ人評議会と異なり、住民の選挙によって選ばれていた。そのため、コヴノ・ゲットーのユダヤ人評議会はゲットー住民から比較的支持を集めており、ゲットー内の地下組織ともユダヤ人評議会は協力していた。ユダヤ人ゲットー警察さえもナチスに対するゲリラ活動を支援していた。1943年秋に親衛隊が直接のゲットー管理に乗り出して、コヴノ・ゲットーは強制収容所に転換された。以降、ユダヤ人評議会の権限は大幅に小さくなった。親衛隊はコヴノ付近に付属収容所を次々と創設して、ゲットー住民を分散させていった。1943年10月には基幹収容所の囚人から2,700人ほどを移送した。健康な者はエストニアの労働収容所へ、一方労働できそうにない者、老人、子供などはアウシュヴィッツ＝ビルケナウ強制収容所へと移送した。ソ連軍の接近に伴い、1944年7月8日に親衛隊はコヴノ強制収容所の撤収を決定。残っていた囚人たちはダッハウ強制収容所かシュトゥットホーフ強制収容所へと移送された。ソ連軍がコヴノに到着する前にゲットーや収容所は徹底的に破壊された。この際に2,000人ほどのユダヤ人が殺された。
マダガスカルに人類がいつごろから定住し始めたかという問題については不明な点が多い。マダガスカル島は地球上にある主要な陸塊の中で、人類が最後に定住するようになった場所である可能性がある。最も古い住居跡はアンツィラナナ近くの洞窟にあり、ここで採取された炭は放射性炭素年代測定により西暦420年ごろのものと判明した。しかし、ここに住んだ人々が定住するに至ったかどうかまでは明らかではなく、人骨の出土はなく、出土遺物からも漂流者の一時的避難場所であったことが示唆される。長期にわたって利用された住居跡として最も古いものはヌシマンガベ島にあり、8 - 9世紀ごろの地層から土器片や陶器片、焼畑の痕跡が見つかっている。ここで人々が生活していた証跡は18世紀初期まで連綿と続く。住居跡でない、もっと曖昧な証拠であれば、紀元前89年から紀元後70年までのものと推定される、金属器の切りつけ痕の残るコビトカバの大腿骨がマダガスカル島南西部から見つかっている。2011年にも、紀元前2000年ごろのものと見られる、人為的な切りつけ痕のある動物の骨が発見された。比較言語学の知見に基づくと、マダガスカル語はボルネオ島南部のバリト川流域で話されているマアニャン語などが含まれるオーストロネシア語族ヘスペロネシア語派南バリト諸語に系統的に最も近い。マダガスカル語がマアニャン語などと分岐した時期は、今から1200年から1300年ほど前と考えられている。20世紀終盤から遺伝学は人類集団の移動の軌跡を調べる上で強力なツールとなっており、マダガスカル人の歴史的形成を研究する分野においても有用な研究方法の一つとなっている。任意の属性を有する人間集団におけるY染色体ハプログループの分布を、他の人間集団の分布と比較するという手法を用いた研究によると、アジア由来のマダガスカル人のY染色体ハプログループの分布は、他のどの地域の人間集団の分布よりも、マアニャン語話者の多いバンジャルマシン住人の分布に近いことがわかった。この結論は言語学的知見に基づく推定と一致する。ボルネオ島南部からマダガスカルへの移住の態様についも不明な点が多く、諸説あるが、移住民がアウトリガー・カヌーに乗ってやってきたであろうことは確実である。このようにインドネシア系の人々を先祖としてマダガスカル人の基層が形成されたが、そこに（イスラム教を信じる）アラブ系の人々が加わった、もしくは少なくとも文化的な寄与をしたことは、全島的に見られる男子割礼、豚肉の禁忌、先祖がメッカからやってきたという伝承を受け継ぐ民族集団の存在などを証拠に確実視される。アラブ人たちがマダガスカル島に初めてやってきたのは7世紀から9世紀の間で、交易を目的として渡来した。バンツー語族の言葉を話す人々の移民の波がアフリカ大陸の南東部からやってきたのは、西暦1000年ごろである（cf.Bantu expansion）。彼らは角を持ちコブのあるタイプの牛であるゼブ（コブウシ）を島に導入し、大規模な群れで飼い始めた。中央高地のベツィレウ王国群では、17世紀までに水田の灌漑が発達し、17世紀には隣接するメリナ王国にも水田の灌漑が広まった。メリナ王国では棚田も作られるようになった。中央高地の森林生態系は、土地の耕作意欲の高まりと、コブウシの牧草地需要の恒常的な増加により、17世紀までには草原へと、大きくその姿を変容させた。メリナ人たちは、牛牧にイネの灌漑施肥農耕を組み合わせた農法による新田開発で社会を富ませることで、勢力を拡大していった。メリナ族は、彼らの間で口承で伝えられた歴史叙述によると、今からおよそ600年前から1000年前までの間に中央高地にやってきたことがうかがわれ、また、そのときに「ヴァジンバ」と呼ばれる人々に出会ったと伝わる。彼らは、アンヂアマネル、ラランブ、アンヂアンザカといった16世紀から17世紀にかけての歴代のメリナ王により、同化させられるか、中央高地から排斥されて、歴史の表舞台から姿を消した。「ヴァジンバ」は子孫が絶えてしまったためマダガスカル人が非常に重視するところの「祖先になる」ことができず、その死霊がいつまでも彷徨っているとして畏れられている。「ヴァジンバ」が単なる伝説か史実かは議論があるところである。史実と見る学者は、彼らがメリナ人に先行するオーストロネシアン移民の子孫で、技術的にはメリナ人に劣っていた人々ではないかと考えている。