日本スポーツ出版社もバブル崩壊に伴い経営が悪化し、経営悪化と同時期に出会い系サイトなどの性風俗系企業や闇金融の広告が増え、広告もそれらの広告が半数以上を占める号もあった。2004年8月に経営陣が刷新され、これによりゴング(月刊)創刊者で日本スポーツ出版社代表取締役社長だった竹内宏介と週刊ゴング3代目編集長で日本スポーツ出版社執行役員を務めていた小佐野景浩が日本スポーツ出版社の役員を退任した他、週刊ゴング歴代編集長の日本スポーツ出版社の退社が相次ぎ、2005年11月には2004年10月まで4代目編集長を務め、以降はプロデューサーの肩書で週刊ゴングに関わっていた金沢克彦が、2006年2月には5代目編集長の吉川義治がそれぞれ退社した。2006年11月には目玉コーナーでなおかつ最長連載企画だった評論家座談会コーナー「三者三様」が終了した。同年12月には、日本スポーツ出版社が金沢に対し週刊ゴング編集長への復帰を打診したものの、金沢はこの話を拒否した。また、2007年に入ってからは、記者やカメラマンに対しての取材費が削減された。2007年2月19日に日本スポーツ出版社社長である前田大作が民事再生法違反容疑で逮捕された際には、3月7日発売号で廃刊となると一部マスコミが報じた。また、モバイルサイトが3月で閉鎖されることも相まって読者の不安が拡大し、さらに初代編集長の舟木昭太郎や3代目編集長の小佐野景浩、元『週刊プロレス』編集長のターザン山本が編集スタッフやフリーライターに対して2月分の給料や原稿料が支払れていないことや、『ゴング格闘技』の編集スタッフ全員が2月23日発売号を以って日本スポーツ出版社を解雇されたり、日本スポーツ出版社の役員や社員が週刊ゴング存続のために金策に奔走していることを明らかにした。日本スポーツ出版社は2007年3月2日にウェブサイト上で、編集スタッフの中に退職希望者がいる事実を認めた上でマスコミの報道を否定し、フリーの立場で週刊ゴングに寄稿していた小佐野も3月14日発売号まで仕事があるとして休刊を否定した。「三者三様」のメンバーだった門馬忠雄は知人などから事実確認を求める電話があったことを明かし、2007年3月4日のプロレスリング・ノア日本武道館大会や同年3月6日の新日本プロレス後楽園ホール大会で、門馬に声をかけられた編集スタッフから、廃刊騒動直後に日本スポーツ出版社を退社した編集スタッフが実際にいた事を明らかにした。最終的に、2007年3月14日発売号での休刊が、3月13日付のスポーツ報知で改めて報じられ、実際に同号の誌上にて正式に「一時休刊」が発表された。なお、前述のスポーツ報知では報道では休刊号は1167号とされたが、実際には1168号である（別冊ゴングから数えたバックナンバーは、38巻64号通算1347号）。
草創の縁起は『粉河寺縁起絵巻』（国宝）に伝えられている。「粉河寺縁起」には2つの説話が語られている。1つ目の話は粉河寺の草創と千手観音の由来に関するものである。紀伊国の猟師・大伴孔子古は宝亀元年（770年）のある日、山中に不思議な光を発する場所を見つけて、そこに小さな庵を営んだ。これが粉河寺の始まりという。その後のある日、孔子古の家に一人の童子（童男行者）が訪ねて来て、一晩泊めてくれと言う。童子は宿を借りたお礼にと言って、7日かけて千手観音の像を刻んだ。8日目の朝、孔子古が見てみると童子の姿はなく、金色の千手観音の像だけがあった。孔子古は殺生をやめて観音を信仰するようになったとのことである。2つ目の話は千手観音の霊験説話である。河内国の長者・佐太夫の娘は重い病で明日をも知れぬ命であった。そこへどこからともなく現れた童行者が千手千眼陀羅尼を称えて祈祷したところ、娘の病は全快した。喜んだ長者がお礼にと言って財宝を差し出すが童行者は受け取らず、娘の提鞘（さげざや、小太刀）と緋の袴だけを受け取り、「私は紀伊国那賀郡におります」と言って立ち去った。長者一家が那賀郡を尋ねて行くと、小さな庵に千手観音像が立ち、観音の手には娘の提鞘と緋の袴があった。長者一家は、あの行者が観音の化身であったことを知ってその場で出家し、孔子古とともに粉河寺の繁栄に尽くしたとのことである。以上の説話がどこまで史実を反映したものかは定かでないが、粉河寺は平安時代には朝廷や貴族の保護を得て栄えたことは確かである。清少納言の『枕草子』194段には「寺は壺坂、笠置、法輪（中略）石山、粉川、志賀」とあり、『梁塵秘抄』に載せる今様には、「観音験（しるし）を見する寺、清水、石山、長谷の御山、粉河（後略）」とある。西行の『山家集』や、架空の物語である『うつほ物語』『狭衣物語』にも粉河寺への言及があるなど、遅くとも平安時代中期・10世紀には観音霊場として著名であったことがわかる。平安時代後期には、その頃から始まった西国三十三所観音霊場巡りの札所の1つとして栄えた。中世には広大な荘園を持ち、大勢の僧兵を擁し、根来寺や金剛峯寺と比肩しうる大寺院となっていた粉河寺は、さらに天正元年（1573年）に境内南側の猿岡山（現・秋葉山）に猿岡山城を築き、寺の防衛を図った。しかし、天正13年（1585年）、豊臣秀吉の紀州征伐にあい、根来寺や雑賀衆とともに抵抗したものの全山焼失し、猿岡山城も陥落した。この時、粉河寺縁起絵巻も焼損した。正徳3年（1713年）にも火災があり、現在の伽藍はほとんどがそれ以降の江戸時代の再建である。寛政12年（1800年）、紀州藩10代藩主徳川治宝により、正暦元年（990年）に塔頭として創建された十禅院が天台宗の寺院に改宗され、十禅律院として粉河寺から独立している。大門から南に約1キロメートル続くJR粉河駅前通は、門前町として栄えたが、県道の拡幅工事により、かつての面影はなくなってしまっている。また、寺の鎮守として宝亀元年（770年）には粉河産土神社も創建されている。