ギャラクティカと船団の旅は長く、そして苦難に満ちたものとなった。サイロンの総攻撃を逃れたもう一隻の宇宙空母ペガサスと邂逅こそあったものの、潜伏する人型サイロンによる工作・疑心暗鬼、物資の不足、船団内での政治活動による人心の分裂で人々は疲れ果て、居住可能な惑星をニューカプリカと名付けて旅を終わらせようと試みる。だが安息の地はなくニューカプリカはサイロンに制圧されてしまう。サイロン占領下では、拷問を受ける者、抵抗を試みる者、市民を巻き込んだテロを行う者、進んでサイロンに協力して新秩序を守ろうとする者、様々な人間模様が交錯する中、占領下の人びとを救うべくアダマはギャラクティカに前代未聞の大気圏内FTLを伴う救出作戦を実行する。1万人以上の命とペガサスを失ってようやく得た自由。しかし地球はまだ見つからない。探索の途中でスターバックは機体ごと爆発して遭難するが、2カ月後に新品の機体で帰還する。100％本人だが遭難の記憶は無い。
アダマは人々に希望を持たせるため、太古の伝説に語られる13番目のコロニー「地球」を最終目的地とすることを宣言した。だが、地球に至る道筋は誰も知らなかったのである。また、サイロンも人類殲滅をあきらめてはいなかった。人型サイロンは船団の中にも潜み、こうして長く絶望的なギャラクティカと人類船団の旅が始まった。
一方、奇襲当時に宇宙空間にいて難を逃れた民間船は、唯一生き残ったコロニー政府閣僚であるローラ・ロズリン教育庁長官（大統領に昇格）の指示によって集結した。しかしそこにもサイロンの攻撃が迫り、ロズリン大統領はやむなく超光速ジャンプ能力を持たない数多くの民間船を置き去りにし、ギャラクティカと合流するに至った。そして、ロズリンは抗戦を主張するアダマを説得し、新天地をめざして未踏の宇宙空間への逃走を始めたのである。この人類最後の船団の構成人口はわずか5万人弱。
コロニアル艦隊の主力である宇宙空母（バトルスター）のうち、この奇襲を生きのびることができたのは、第一次サイロン戦争の英雄であり、当時の戦訓にしたがって艦のネットワーク化をかたくななまでに拒んできたウィリアム・アダマ艦長率いる老朽艦ギャラクティカだけであった。開戦当時、惑星カプリカ近傍で博物館に改装される途中であったギャラクティカは、右舷が売店に改装済みである上、主力戦闘機群をサイロンのウイルス攻撃により失ってしまったが、展示用に収納されていた旧式戦闘機バイパーII型を使って、辛くも敵の襲来を生きのびた。
だが、サイロンは人間と見分けのつかない12タイプの人型サイロンを開発し、12コロニーに潜伏させていた。そのうちのモデルナンバー6の一体が、天才科学者ガイアス・バルターを誘惑し、コロニアル艦隊の防衛ネットワークへの秘密工作に成功する。そして休戦ステーションに人類側の使節が到着したその日、サイロン軍による12コロニーへの大規模核攻撃を含めた総攻撃が行われた。バルター博士開発の新型ネットワークを導入していたコロニアル艦隊は、ナンバー6によってうがたれたセキュリティ・ホールから送り込まれたコンピュータウイルスによって無力化され、なすすべもなく壊滅した。12コロニー惑星は無差別核攻撃によって滅び去り、何十億人もの人々が犠牲となった。こうして、第二次サイロン戦争はサイロンの一方的な勝利と人類世界の壊滅によって、わずかな時間で事実上終結した。
はるか彼方の宇宙にある人類の12コロニー惑星（コロニアル連合）。あるとき、人間が開発したロボット・人工知能であるサイロンが突如反乱を起こした。激戦の末、双方で休戦が宣言され休戦ラインを策定、戦争は終結した。人類は、サイロンのウイルスなどに対抗するため、コンピューターなどの最先端機器の大半を捨てた。両者は毎年休戦ライン上にある宇宙ステーションで会合を開くことになっていたが40年以上後の第二次サイロン戦争開始直前までサイロン側が現れたことはなかった。
そもそも、1960年代の声優が主に海外作品の吹き替えで活躍していた時期（第一次声優ブーム）から、JRN系深夜放送パックインミュージックにて、ブームの中心で活躍したナチチャコこと野沢那智と白石冬美をはじめ多くの声優が起用されたなど、朝～昼のワイド番組を含む、声優がパーソナリティを務めるは多く存在したが、アニメなどが前面に出されることはなかった。初めてラジオにてアニメで活躍する声優にスポットライトが当てられたのは1978年、NHKラジオ『ラジオSFコーナー』の特番として放送されたものとされる。これはNHK総合テレビで『未来少年コナン』が放映開始されたことによる宣伝として平日のある1週間22:15 - 23:00に日替わり5人の声優が一人語りしたもので、半年後にも別の5人で放送されている。そして、第二次アニメブームに合わせ1979年10月から始まったラジオ大阪『アニメトピア』を皮切りに、文化放送『アニメNOW!』、東海ラジオ『週刊ラジオアニメック』など、1980年代前半頃に東名阪を中心にアニメなどの情報を総合的に扱う番組が放送された。うち、『アニメトピア』はアニメから脱線した内容が好評となりブーム末期まで続いた他は短命に終わる。これらの番組を指す一般的な呼称も生まれなかった。アニラジが安定して放送されるようになったのは第二次アニメブームが沈着した1980年代中頃。地方局を中心にローカル番組でアニメを扱う番組が放送され、そこから現在のアニラジが確立していく。この時期に開始した代表的な番組として、東海ラジオの当時ラジオたんぱにて学生DJとして『ヤロメロジュニア出発進行!』で人気を博した小森まなみと『週刊ラジオアニメック』にてレポーターを務めたミンキー・ヤスによる『mamiのRADIかるコミュニケーション』、南日本放送、采野吉洋アナウンサーによる『アニメでGo!Go!』・エフエム山口、水谷寛アナウンサーによる『ウキウキ放送局』・ラジオ関西、岩崎和夫アナウンサーによる『アニメ玉手箱』・文化放送、「アニメチックアナウンサー」長谷川のび太とタッチ等で人気を博していた日高のり子の『ノン子とのび太のアニメスクランブル』など。これらはアニメを趣味とする声優ではない男性パーソナリティ(特に、主に地方局など編成に自由度がある局のアナウンサーが多い)が出演している、20年以上続く長寿番組になっていることが共通している。この他、『アニメトピア』でDJデビューした冨永みーながKBS京都ラジオ『はいぱぁナイト』月曜日や文化放送『走れ!歌謡曲』土曜日など一般向け深夜ワイド番組で人気を博したことも特筆される。