依然としてジュベネイル・ガイドに対する批判が続いていた2005年4月には、自民党の野田聖子衆議院議員の協力を受け、大阪府の人権団体カスパルと共同で「少女アダルトアニメ及び同シミュレーションゲームの製造・販売に関する勉強会」を国会内で開催。アダルトゲームの撲滅を超党派の議員に訴えた。ところがその直後に週刊新潮が、ジュベネイル・ガイド理事長の長岡道子がActiveの元代表であることや、当時、本部事務局として届け出ていた東京都渋谷区のビル（ソシエッタ代官山がかつて入居していた）が廃墟同然の状態であることを報道する。新潮の取材を受けた長岡は、「アダルトゲームの中には芸術作品に昇華した物がある」「自分たちの作っていたアダルトゲームは芸術作品だから問題無い」などと弁明に終始した。また同じく取材を受けた野田は、あくまで自分は長岡に騙された被害者であるという立場を崩さなかった。この報道後、ジュベネイル・ガイドは「当団体の活動妨害ならびに関係者の皆様への中傷行為が続いている」との声明を出し、サイトの更新を停止した。
1933年、代々東京・元浅草の最尊寺の住職を勤めていた永忠順（1900年 - 1991年）の息子として生を受けた。江戸時代初期に渡来した中国の学僧を先祖に持つ在日本外国人17代目と自称。父や祖父は永という姓を「ヨン」と名乗っていた。東京都下谷区（現・台東区）の国民学校に通っていた1944年、学童疎開により長野県北佐久郡南大井村の国民学校に転校し、そこで終戦を迎えた。1946年に長野県立上田中学校（旧制）に入学するが翌年東京へ帰り早稲田中学校（旧制）に2年編入で転校。この間同校が学制改革により新制の早稲田中学校・高等学校となったため3年で高等学校に昇級進学して卒業する。ラジオに興味を持ち、焼け跡の金属を換金し秋葉原で部品を買い鉱石ラジオを組み立てるグループを作る。そのグループのリーダーが渥美清であった。この頃からNHKのラジオ番組『日曜娯楽版』にネタを投稿するようになり、そして学校をさぼって実家から近い国際劇場を本拠地にしていた松竹歌劇団のレビューを見続けたことがのちの放送作家やテレビ演出活動の原点になった。また、1948年から淀川長治が主催していた「東京映画友の会」の初期の参加メンバーであった。1952年に早稲田大学第二文学部へ入学。大学では民俗学者であった宮本常一の影響を受ける。在学中に三木鶏郎（『日曜娯楽版』の発案者）にスカウトされ、トリローグループのメンバーとして放送作家、司会者としてデビューする。早稲田大学第二文学部を1952年に中退。以後、ラジオ・テレビ番組の企画・演出や、ピアニストで作曲家の中村八大らと組んでの歌曲作詞、また軽妙な語り口を生かしたタレントとしての活動など、マルチプレイヤーとして活動を続けてきた。特にラジオパーソナリティーとしての知名度が高い。古今の芸人についての研究や、日本政府によるメートル法の厳しすぎる施行で過度に排除された尺貫法の復権を志す運動、佐渡島の独立運動、「天皇陛下に公式の場で和服（着物）をおめしいただこう」という運動（「天皇に着物を!市民連合」略称「天着連」）など、ユニークな取り組みも多い。ディズニーの日本語版製作のアルバイトをしていた関係で1956年には同社のアニメ映画『わんわん物語』でチワワのペドロの声を演じた。続けて『バンビ』『ダンボ』にも声優として出演している。1958年には、若手の文化人らと「若い日本の会」を結成し、安保闘争時に安保改正に反対した。当時、『光子の窓』の脚本を担当していたが、安保デモに参加して脚本を落とし、しかも永を捜しにデモ現場に駆け付けた日本テレビの担当者の「安保と番組、どっちが大事なんだ!」との問いに「安保です」と答えたために番組を降ろされている。1960年代には1年間大阪で漫才作家の修行を積み若井はんじ・けんじらの漫才台本を書く。この頃にのちにやなぎ句会で一緒になる桂米朝と出会う。1977年革新自由連合の結成に参加し政治活動にも進出。1983年6月26日執行の第13回参議院議員通常選挙に比例代表区から出馬したが落選。以降選挙への立候補からは撤退している。1994年には『大往生』を発表。日本のあちこちの無名の人々の生、死に関する様々な名言を集めたこの本は、200万部を超える大ベストセラーとなる。他に、多方面でのエッセイの著作が多数ある。2000年に、全業績で菊池寛賞を受賞。2002年 - 2007年まで、校長が中山千夏、講師陣が永・矢崎泰久・小室等という私塾「学校ごっこ」に係わった。2008年6月、第45回ギャラクシー賞において、ギャラクシー賞45周年記念賞を受賞。音楽ではシャンソンが好きで、石井好子との学生時代からの交友関係もあった。その一方で、演歌はあまり好きでないが「好きな演歌もある」そうである。2009年に呂律が回らなくなったと『週刊女性』に報じられ、そのときは加齢と入れ歯のせいだとしていたが、2010年になってパーキンソン病と診断されてこれを公表し、投薬治療を受けていた。2010年9月30日には、前立腺癌とパーキンソン病と闘病しながら活動を行う永を密着取材したドキュメンタリー番組『永六輔 戦いの夏』がNHK総合で放送された。一時は引退も考えたと語ることもあったが、投薬治療されるようになってからは症状が良くなりラジオでも会話が滑らかになっていた。パーキンソン病の影響で歩行困難になり、2006年に奄美大島で転倒して右足小指骨折し、半年間杖で歩行していた。さらに2011年11月16日夕、東京都内の自宅で転倒して大腿骨頸部を骨折し入院・手術。永の強い意志で仕事は極力休まず、ラジオのレギュラーは病室からのゲスト参加や収録という形式が採られた。同12月27日、イベントへ車椅子で参加。以後、レギュラー2番組の放送・収録は病院からスタジオへ赴いた。2012年1月17日に退院、リハビリは継続して行った。2013年、毎日芸術賞特別賞を受賞。