養和年間（1181-82年）2年間にわたって飢饉（養和の飢饉）があり、多くの死者が出た。旱魃、大風、洪水が続いて作物が実らず、朝廷は様々な加持祈祷を試みたが甲斐なく、諸物価は高騰し、さらに翌年には疫病が人々を襲った。仁和寺の隆暁法印が無数の餓死者が出たことを悲しみ、行き交うごとに死者の額に「阿」の字を書いて結縁し、その数を数えたところ、養和2年4月・5月の左京だけで、42,300人余に達したという。なお、この飢饉は福原遷都や、源頼朝・源義仲をはじめとする各地での武力蜂起とその追討の影響によって拡大した面があるが、方丈記にはその点は触れられていない。
治承4年（1180年）4月、中御門大路と東京極大路の交差点付近（現在の京都市上京区松蔭町、京都市歴史資料館の辺りか）で大きな竜巻（長明は「辻風」と記述）が発生した。風は周囲にあるものをあっという間に飲み込み、家財道具や檜皮、葺板などが、あたかも冬の木の葉のように宙を舞った。風の通ったあとには、ぺしゃんこに潰れたり、桁や柱だけになった家が残された。竜巻は市街地を南南西に向かって走り抜け、現在の東本願寺の手前辺りで消滅したものと思われる。
安元3年4月28日（1177年5月27日）午後8時頃、都の東南（現在のJR京都駅付近か）で、舞人の宿屋の火の不始末が原因で出火した。火はまたたく間に都の西北に向かって燃え広がり、朱雀門・大極殿・大学寮・民部省などが一夜のうちに灰燼に帰した。公卿の邸宅だけでも16軒、一般家屋に至っては都の3分の1が焼失した。死者は数十人（『平家物語』の記述では数百人）であった。
『方丈記』の中で長明は、安元3年（1177年）の都の火災、治承4年（1180年）に同じく都で発生した竜巻およびその直後の福原京遷都、養和年間（1181年～1182年）の飢饉、さらに元暦2年（1185年）に都を襲った大地震など、自らが経験した天変地異に関する記述を書き連ねており、歴史史料としても利用されている。
1983年、銀行員の父を持つ二人兄弟の次男として生まれる。7歳のときに母を病気で亡くし、父親に育てられる。映画監督になろうと決めたのは高校生のときで、幼い頃から生と死に対する意識を強く感じており、自分にとって生きている事への実感に行きついたのが映画を撮る事だった。大阪芸術大学進学後は映画制作のためにひたすらバイトで制作資金を稼ぎ、映画を作り続けた。2005年『剥き出しにっぽん』を大阪芸術大学の卒業制作として監督、第24回そつせい祭グランプリを受賞し、その後2007年、第29回ぴあフィルムフェスティバルにおいてもグランプリを受賞。2008年に行われた第37回ロッテルダム国際映画祭では『剥き出しにっぽん』を始め、京都国際学生映画祭やTAMAシネマフォーラム、ゆうばり国際ファンタスティック映画祭にノミネートされた低予算映画『反逆次郎の恋』、大阪市より助成金が給付され制作された2007年の映画『ガール・スパークス』、そして『ばけもの模様』の計4作品が選出され、特集上映された。国際舞台のみならず日本でもほとんど名を知られていない新人監督の自主制作映画が特集上映されるという異例の待遇を受け、開催期間中はその前評判から各上映のチケットが完売となり約4000人を動員した。その後、続けて第32回香港国際映画祭においても長編4作品が特集上映され、さらにアジア・フィルム・アワードでは第1回「エドワード・ヤン記念」アジア新人監督大賞を受賞した。2009年、第19回PFFスカラシップ作品として長編映画『川の底からこんにちは』を完成させると、第60回ベルリン国際映画祭正式出品され、モントリオールファンタジア映画祭では作品賞を受賞。さらに商業映画デビュー作にして第53回ブルーリボン賞監督賞を史上最年少（28歳）で受賞した。2013年9月、松田龍平主演の映画『舟を編む』（同年4月公開）が史上最年少（30歳）で第86回アカデミー賞外国語映画部門日本代表作品に選出された。同作では、第37回日本アカデミー賞最優秀作品賞や最優秀監督賞、芸術選奨新人賞（映画部門）など国内の映画賞も多数受賞。自主制作時代から、家族の話を取り入れた作品を多く作ってきたが、2014年、『ぼくたちの家族』で余命宣告された母を救おうとする家族の姿を描き、20代最後に改めて家族に全力で向き合う作品を作る。この作品は原作がありながらも石井にとって自分自身の話でもあったが、普遍的な要素が重なり、多くの人が自分と重ねる作品となった。この年続けてカナダに実在した日系人野球チームを描いた大作映画『バンクーバーの朝日』を制作。『ぼくたちの家族』で主演を務めた妻夫木聡が続けて主演し、弟役だった池松壮亮も続けて出演した。2017年、最果タヒの詩集から石井が物語を作り出し映画化した『映画 夜空はいつでも最高密度の青色だ』が、第91回キネマ旬報ベストテン 日本映画ベスト・テン第1位を獲得した。石井自身もアジア・フィルム・アワードで監督賞を受賞するなど様々な賞を受賞。9月には舞台『宇宙船ドリーム号』で舞台演出に初挑戦した。私生活では『川の底からこんにちは』の主演を務めた女優の満島ひかりと約1年の交際期間を経て2010年10月25日に婚姻届を提出し結婚、「生活や価値観のズレ」から2016年1月に離婚した。同年5月に離婚が成立していたことが発表された。2018年春には、共通の知人を介して知り合い交際に発展した女優の相楽樹と婚姻届を提出し再婚、同年に相楽との間に第1子が誕生した。