インターネットでは大規模な抗議活動が行われていた一方、朝日新聞や産経新聞、読売新聞などの他紙は、この問題を非常に小さく取り上げるのみに留まり、その内容も単に報告書の内容を淡々と取り上げるのみであった。テレビ局もほとんどこの問題を詳しく取り上げなかった。このようにマスコミが自らの「問題のある報道」に無視を決め込む理由について、元毎日新聞社の記者で現在はフリージャーナリストの佐々木俊尚は、「ネットの攻撃のパワーが大きいことを明確にしてしまうと、今度は自分たちのところに刃が向かってくるのではないかという恐怖感がある」と指摘している。また、石井孝明は、これまで世論を操ってきたマスメディアが、世論を操れなくなって怖がっているとの説を主張している。
海外メディアの一部では記事の捏造または意図的な誤訳というプロセスに着目して報道し、マスコミ業界における一大事とした。一方、国内では一部雑誌等を除き、大手マスコミは大きく扱わなかった。また、すでに、海外のブログなどで毎日デイリーニューズの記載が取り上げられるなど、記事の影響が広がっていた。
「毎日新聞が対応ミスを犯してしまった」と複数で指摘されている。かつて毎日新聞で社会部記者をしていた佐々木俊尚 は「あり得ないほどひどい事後対応」であると述べ、ブログ型ニュースサイトの1つであるGIGAZINEでは、この問題が拡大した原因であると指摘している。その最大のミスとして、「毎日新聞はこうした名誉を棄損するなど明らかな違法行為に対しては、法的措置を取る方針でいる」という方針を公表した事としている。この方針は、「毎日新聞にとって都合の悪いことを言いふらす奴らは片っ端から訴える」と捉えられ、「反省していない」と映り、結果として問題を拡大したという。（毎日新聞は2019年現在まで、どの書き込みが名誉毀損しているのか明らかにしていない）。さらに、取材に対する対応があまりに酷く、毎日新聞社としてどう問題をとらえ、議論し、インターネットからの反応を、どう受け止めているのかが見えないことも、佐々木俊尚は問題視している。
社内調査結果の中で、『「WaiWai」は既に閉鎖しておりますが、過去の記事を転載しているサイトなどが判明すれば、事情を説明し、訂正や削除の要請を続けていきたいと思います。』と書かれているが、幾つのウェブサイトに対して削除や訂正を求め、その結果削除や訂正に応じたのはどれだけかなど、具体的な動きは全く明らかにされていない上、過去の記事を転載しているウェブサイトを探すための部署などはない。また、毎日新聞からの要請で、削除されたと思われるウェブサイトは見つかっていない。
また、インターネット・ユーザーにより、対象を毎日新聞社から、同社の媒体に広告を掲載する企業や提携先、関連団体などにも広げて、広範囲な「電凸」（電話作戦）抗議活動が行われたと、ヤフー社員が証言した。毎日新聞社の集計では、200社以上が電凸の対象になったという。この問題の影響は、日本語報道サイト「毎日.jp」のウェブ広告にも及び、Yahoo! Japanが広告配信を一時停止し、同年7月上旬には、ウェブ広告スペースが、毎日新聞社の広告で埋め尽くされる状況となった。
3人兄弟の次男で、兄と弟が1人ずついる。実家は自身の生地を拠点に水道工事店を経営しており、水道工事店は木根の兄が継いでいる。宇都宮とは小学生時代からの親友で、付き合いは50年以上に亘る。かつては喫煙しており、一日にタバコ（TMの時はイメージ作りのために外国産に替えたという）を3箱吸う程の愛煙家だったが、現在は禁煙している。TMNのメンバーの中ではただ一人常時サングラスをかけているのが特徴で、TM結成時に、当時のビジュアルコーディネーターから坊主頭を提案され拒否したところサングラスが提案され受け入れた。しかし、常にサングラスをかけたことで視力が0.01にまで大きく落ちた（現在は訓練を受け回復、私生活ではサングラスは常用していない）。またTM時代、シングル、アルバム『Self Control』のジャケットで初めてサングラスをはずし、TMN時代は「Love Train」のPVでは眼鏡をかけたことがある。子供は娘と息子が1人ずつおり、娘は女優としても活躍している木根早織（現在は名前をshaoと変更して活動）であり、テレビ番組で共演が増加している。2009年8月10日に東京都港区南青山の路上で歩行者との接触事故を起こした。この件に関して、所属事務所を通じて謝罪コメントを発表した。2014年5月28日夜に放送されたMBSテレビのバラエティー番組「解禁、今だから言えるナイショ話」（関西ローカル番組）に出演、「Get Wild」ではギターを弾かず、弾いているフリだけの「エアギターだった」と告白した。もともと、TMでは、キーボード担当・ギターはアコースティックギター（アコギ）なら弾けたが、小室哲哉の「キーボード2人は地味だし、木根（アコースティック）ギター弾いていたからエレキギター（エレキ）も出来る筈」の一言がきっかけでギターを担当することになるが「アコギとエレキは全く違う、エレキは弾いたことがない」旨を伝えたところ「音を出さずに弾く振りをしていれば良い」と言われ、エアギターになった。だが実際のライブにおいての木根のエレキギターからは小音量ながらも音が出ている。また後のテレビ番組で、エアギターであったのはファーストツアーのみでそれ以降はちゃんと弾いており、バラエティ番組の演出で歪められた部分があり、自身もその方がネタになるならと安易に乗っかってしまったことを指摘している。また、そのネタを木根本人が逆手に取り、実際に「Get Wild」をエレキギターで演奏した動画を木根自らニコニコ動画に投稿したところ、再生回数が約40万回に迫る反響を呼んだ。小室哲哉からは「良い意味で器用な作曲家だと思う。『こういうメロディしか書けません』って事がない。色んなメロディを書きながらも、個性的なものは必ず入っているから」と評されている。創価学会員で、副芸術部長を務める。