館跡の背後には海応寺があり、境内には吉川元春・元長・夭折した末子のものとされる墓所がある。志路原川を越えた山中に吉川元長の建立となる万徳院跡、また、元春夫人が館の完成まで過ごしたと言われる松本屋敷跡などがある。城郭では、居城となった日野山城や小倉山城などがある。駿河丸城跡、小倉山城跡。日野山城跡、西禅寺跡、万徳院跡、洞仙寺跡、常仙寺跡、松本屋敷跡は、吉川元春館跡とともに一括して国の史跡となっている。
その他の検出遺構としては、石組みの暗渠や鍛冶炉があり、戦国社会の領主の生活の一端が伺われる。また、遺物としては、土器や陶磁器類のほか多数の生活用の木製品が出土した。上記で紹介したもののほかには、朱塗の漆器杯や柄杓の曲物部分などがある。
遺構外からは「こほりさたう」と墨書され氷砂糖の容器と考えられる円形の木の蓋板、「かかいさまへ（おかあ様へ）」と書かれていることから元春の妻に宛てられたであろうと考えられる木製の荷札などが出土している。
調査の結果、館内の井戸跡の1つが呪いの言葉とともに石や粘土で丁寧に封印されていることがわかった。何らかの不幸が館内であり、その原因となったこの井戸を埋めて、鎮めたのではないかと考えられる。当時の人びとにとって、井戸は集団生活の命綱のような存在であり、同時に疫病などの発生源として恐ろしい存在でもあったことから、地下水の湧出に際しても、井戸の廃絶に際しても念入りな祭祀が執り行われたものであろう。
特筆すべき遺構としてトイレ遺構が挙げられる。この遺構は北側にある門を入って屋敷の正面奥に位置し、径3×1.2m、深さ0.7mの長楕円形の土坑に木製桶が2基南北に並べて埋設され、この桶を便槽とする桶形汲取式（おけがたくみとりしき）のトイレである。南側埋桶からは籌木、折敷、筒状竹製品、猿形、人形形代、聞香札、楔、土師質土器、北側埋桶からは部材片、楔、土師質土器が出土している。なお、籌木には竹製のものが2点混じり、また短いもの、折れたものが出土していることから、使用し汚れた先端を折り、再び使用した例ではないかとも考えられている。南側埋桶からは1cm³あたり6,000個の寄生虫卵が検出され、ベニバナやイネ科の花粉、ヒエ穎・イネ穎・ナス・ウリ類・ウメ・キイチゴ属の種実、北側埋桶では寄生虫卵は痛み分解していたため検出密度は低かったが、イネ科・ソバ属の花粉、イネ穎・ヒエ穎・ナス・ウリ類・キイチゴ属の種実が検出された。なお、遺跡を区画する大溝からは金隠しと「蝿打たんが為これを造る者也」と墨書された幅2.5cm、長さ43.5cmの木の札が出土している。
1996年に抗ウイルス薬を数多く手掛ける米ギリアド・サイエンシズ社（1997年から2001年まで元アメリカ合衆国国防長官のドナルド・ラムズフェルドが会長を務めた）が開発、スイスのロシュ社がライセンス供与を受け全世界での製造、販売を行っている。中国においては Shanghai Pharmaceutical Group 社、インドにおいては Hetero Drugs 社が製造のサブライセンスを保持し、製造している。1999年にFDAが承認し、まもなく欧州医薬品庁 (EMA) も承認し、大半がロシュ社が出資した研究によって安全性や有効性が宣伝された。日本では2001年2月に保険適用となり、以降広く使用されている。しかし、オセルタミビルに耐性を持つウイルスも2004年頭頃から徐々に見られるようになり、2009年1月の調査では日本国内の H1N1 型への感染者のうちの90%以上から耐性を持つインフルエンザウイルスが検出されている。また、幼児・小児など免疫力が弱い者にオセルタミビルを投与し続けた場合、ウイルスの淘汰に時間がかかるため、その間に体内のウイルスがオセルタミビルに対して耐性を持つとされている。そのため小児への投与は慎重に行う必要がある。2005年11月に FDA の小児諮問委員会で報告された際には、「タミフル」の全世界での使用量のうちおよそ75%を日本での使用が占めており、世界各国のうちで最も多く使用されている上、同2位のアメリカ合衆国と比べ、子供への使用量は約13倍であった2005年には、新型インフルエンザの発生懸念のため、一部の大病院などで買い占めがおこり、世界的に品薄状態と報じられた。また、原料であるシキミ酸を含む八角（トウシキミの果実）の買占めが懸念された。2006年に入ると、八角のような天然物ではなく、石油など由来の、より入手容易な化学物質を原料としたリン酸オセルタミビルの化学合成法が日本とアメリカ合衆国の2つの研究グループによって発表された。その後も安定供給をめざし、複数のグループにより研究が行われている。2009年までにはインフルエンザのパンデミックへの恐れが絶頂期となり、堅牢な科学的証拠のないまま、世界保健機構など主な機関から勧告がなされ、各国はタミフルを大量に備蓄することへとつながった。2009年に世界保健機関が実施したシステマティックレビューでは死亡率や入院を減少させる可能性があるとしたが、集まった証拠の質は低かったため一般化できるものではなく複数のバイアスがあった。2009年には、ロシュ社が未公表の試験に基づいて、オセルタミビルが入院と合併症のリスクを低下させると主張し、インフルエンザの流行に備えてアメリカ政府は15億ドル、欧州の政府は10億ユーロを費やし備蓄した。『イギリス医師会雑誌』（BMJ）は、ロシュ社に対して完全な臨床試験データを公開するよう促していた。#有効性に示したように完全なデータによって見解は訂正されることとなったが、このような事例の再発を防ぐには、医薬品規制庁と製薬会社はデータをパブリックドメインに置き共有する必要がある。