失踪当初、坂本弁護士が所属していた「横浜法律事務所」等の関係者からは、オウム真理教の関与を指摘する声があったが、神奈川県警察は事件性は不明であるとの認識であった。これは「横浜法律事務所」はリベラル色が強く日本共産党系とされる「自由法曹団」に所属しており、横浜法律事務所が労働問題（国労横浜人活弾圧事件で神奈川県警が誤認逮捕）や日本共産党幹部宅盗聴事件において警察側と対立していたうえ、坂本が労働運動弁護を行っていたことから、神奈川県警察が反共主義的な意識（これは日本の警察全てに共通する）から坂本を快く思っておらず、捜査も「手抜き」をしているという批判があった。江川紹子によると、神奈川県警幹部は「横浜法律事務所の言うように拉致だ、拉致だ言ってると今に恥をかくぞ」「横浜法律事務所の弁護士さんたちが、マスコミにベラベラ喋るので困る」などと言っていた。また、遺族の家に来て本棚の本のタイトルを記録し、思想調査をしていた。横浜法律事務所の弁護士の訴えに対して必要以上に慎重な姿勢をとっていたのではないかとの疑念も残る。特に「国労横浜人活弾圧事件」は坂本が主に担当していた。ただでさえ反権力志向とされる在野法曹の中でも、特に日本共産党系とされる弁護士らは警察と対立する立場にあった。そのため記者クラブにおいて、神奈川県警は「坂本弁護士は借金を抱えて失踪した」「（仕事で得た）大金を持ったまま逃げた」「（学生時代から関わりのある）共産主義過激派の内ゲバに巻き込まれた」などの事実無根の噂を新聞社数社に流している。しかも、それと同時に神奈川県警は「任意の失踪の可能性は五分五分」とリークしている。オウムもこれに便乗し「労働運動などが関係している」「犯行現場にわざわざプルシャを落とすことは明らかに不自然であり謀略」と主張した。この神奈川県警の不手際は、オウムの暴走を増長させてしまう結果となり、松本サリン事件や地下鉄サリン事件など多くのオウム事件が発生する事になった。一方で、事件当時に横浜地方検察庁検事正であった佐藤道夫は「この批判は的外れ」とし、県警はオウムの関与は間違いないだろうと判断しており、事の性質上、捜査の方向や進捗状況を明らかにするわけにいかなかった。あの時点では家宅捜索なりを行うことも無理であったとしている。相手が宗教団体だったことで、捜査上大きな障害となった。
遺体はビッグホーンで上九一色村へ運ばれた。その後ブルーバード、ビッグホーン、マツダ・ボンゴに分け、坂本弁護士は新潟県西頸城郡名立町（現・上越市）の山中に、妻は富山県魚津市別又の林道別又僧ヶ岳線脇に、長男は長野県大町市日向山の山中に、服を脱がして埋められた。遺体の処理は乱暴であり、村井は歯型から身元がわからぬように歯形を潰そうと提案、坂本弁護士の歯をツルハシで叩きつけたり、岡﨑・村井・新実がツルハシや石で坂本弁護士の顔を潰そうとしたりしていた。遺棄現場の新潟で景気付けに早川が買ってきたベニズワイガニの殻と一緒にゴミ同然に埋められた。ビッグホーンとブルーバードは海中投棄する予定であったが中止された。
予定では、坂本弁護士が通勤で利用する横浜市磯子区の洋光台駅付近で待ち伏せし、車に連れ込み塩化カリウムを注射して殺害し、遺体をそのまま運び去るものであった。しかしこの日は祝日（文化の日）であることを中川以外忘れていたため坂本弁護士は現れなかった。中川がそのことを指摘すると、新実は中川を指さして「かしこい」と褒めた。このため、同区にある坂本弁護士の自宅に向かう。午後10時、岡﨑が坂本弁護士宅に向かうとドアに鍵がかかっていないことが判明した。早川がこれを麻原に電話連絡した。電話では、坂本弁護士の「付属物」即ち家族をどうするかが検討された。麻原は「ほほう、そうか。じゃ、入ればいいじゃないか。」「（家族を巻き添えにすることは）しょうがないんじゃないか。一緒にやるしかないだろう。」と一家全員の殺害を命令した。麻原は検事調書の中でこの時の心境を「私は一瞬、子どものことが頭に浮かびましたが、私も小さいときから親から離れて苦労しており、子どもだけ生き残らせても逆に残酷だと思い、殺害を許可した」と語っている。
F1で4度のワールド・チャンピオンを獲得したアラン・プロストは、現役時代より何回か自らのF1チームを立ち上げようと試みていた。マクラーレン時代の1989年には、盟友でありマクラーレン・MP4シリーズのデザインなどで有名なジョン・バーナードと共同でチーム設立を試みた。この時はルノーエンジンの供給を受け、1stドライバーはプロスト自身、2ndドライバーはエリック・ベルナールを迎え、オールフレンチ体制で臨むことが内定したと噂されたが、スポンサーを得られずに話がご破算になり、結局プロストはフェラーリ入りすることになる。1991年にフェラーリを解雇された直後には、やはりバーナードと組んでイギリスのトムスGBを母体にF1チームを立ち上げようと試みた（そのためバーナードは一時的にトムスに移籍している）。プロストらはトムスの事実上の親会社であり、当時スポーツカー世界選手権（SWC）参戦用にトヨタ・TS010を開発していたトヨタに、同車に搭載される3.5リッターNA・V10エンジンを供給してもらうことを目論んでいたが、最終的にトヨタにエンジン供給を断られたため計画は頓挫した。そのためプロストはリジェ買収に方向を転換し、まずはドライバーとして自らリジェのマシンをテストドライブしたが、オーナーシップの譲渡について交渉がまとまらなかったこと、ルノーV10エンジンを得てもチャンピオンシップを争うレベルではないと判断、1992年シーズン1年間の浪人生活を送る決断を下した。翌1993年、ウィリアムズに加入しワールドチャンピオンに輝き、有終の美を飾る形でを引退し、テレビ解説者を務めながら新たな機会を探った。ホンダ撤退後、最強エンジンメーカーであったルノーのアンバサダーに就任したが、ルノーから支援の確約を得られなかった。その間にも、リジェの所有権は創始者のギ・リジェ→シリル・ド・ルーブル→フラビオ・ブリアトーレ→ブリアトーレとトム・ウォーキンショーの共同、と転々としていた。1996年、モナコGPでリジェのオリビエ・パニスが優勝したことから、フランス国内でフランスチームの復権を望む機運が高まる。折しも、ウォーキンショーがリジェの完全買収が座礁に乗り上げたことで手放す（その上でアロウズを買収した）。プロストは各方面から後押しを受けて1994年にF1に参戦して以来、まだ勝利のないプジョーと接近し、リジェ買収に名乗りを上げた。プジョーとの提携、およびリジェからのチーム名変更は、プロスト本人よりも政界や出資者の意向だったとされる。名称変更には全チームの承認が必要とされたが、プジョーエンジンを失う可能性があるジョーダンが反対したため、参戦決定までが難航した。1997年2月14日に「プロスト・グランプリ」の発足が正式発表され、あわせて1998年より3年間契約でプジョーエンジンの供給を受けることがアナウンスされた。リジェ時代から続くゴロワーズタバコのほか、アルカテルやCanal+、ビックなどのフランス系企業ともスポンサー契約が結ばれた。