国鉄発足後の1950年、湘南電車に使用される80系電車が緑2号と黄かん色の2色塗りで登場した。この2色塗装パターンは、アメリカのグレート・ノーザン鉄道のディーゼル機関車の塗装にヒントを得たもので、これに近い色合いを採用したものである。オレンジ色は警戒色でもあることから、高速電車の色としてもふさわしいものと考えられた。この塗装デザインは、後に「湘南色」と呼ばれることになる。当初「沿線のミカンの実と葉の色」として宣伝されたが、これは後付けの理由によるものである。同時期、横須賀線の車両では青2号とクリーム2号の2色塗りが採用された。これが「横須賀色（スカ色）」と呼ばれる。のち、「スカ色」は若干色合いの異なる青15号とクリーム1号に変更されたが、現在も使用されている。こちらは、海沿いに向かうため「白砂青松を表現した色」として宣伝されることになった。また、関西地区での急行用にも80系電車が投入されることになったが、この車両では塗り分けパターンは多少の差はあるが、大阪鉄道管理局の意向を汲み、戦前のモハ52形にも通じる濃いクリーム色（クリーム3号）とマルーン（ぶどう色3号）の2色塗りが採用された。また、1956年（昭和31年）11月19日の東海道本線の全線電化時、特急「つばめ」「はと」に用いられる車両に明るい塗装を施し、全線電化のPRを行なう方針がまとまり、機関車と客車では淡緑5号一色の塗装が施された。その色から「青大将」と呼ばれることになった。通勤形電車においては、1957年（昭和32年）に中央線に投入された90系電車（後の101系）にオレンジバーミリオン（朱色1号）が採用され、イメージチェンジが図られた。その後、新たな線区に通勤型電車が投入されるたびに、誤乗防止の観点などからカナリアイエロー（黄5号）やウグイス色（黄緑6号）といった新たな色が制定され、路線別カラー（ラインカラー）が普及することとなった。路線別のカラーは他の鉄道事業者（特に地下鉄で顕著）にも波及し、国鉄を引き継いだJR各社において、今もなお使用されている点で大きな功績といえる。これらの多くの色を使用した塗装は、それまで無味乾燥だった国鉄車両に文字通り色を添えることになり、国鉄車両はカラフル化の一途をたどっていったが、国鉄時代は1両の側面や妻面に塗られる色数は原則的に2色までであった。塗色の多色化が進むのは、国鉄分割民営化後のことである。
実験的・挑戦的な斬新な企画がほとんどで、レギュラー陣の芸風や、忘れた頃に昔の企画やキャラクター、設定が使われたりするため、「分かる人でなければ笑えない」、「長年見続けていないと笑えない」などマニアックなネタが多く、浜田は「マニアックで排他的な作り方をする番組」、総合演出・斉藤敏豪も「視聴者に無理に擦り寄っていく作り方は敢えてしない。分かる人だけ分かってくれればいいし、見れば絶対に面白いと思ってもらえるものを作りたい」などと語っている。番組の企画に関しても、即興性が求められるもの、瞬間のリアクションを楽しむもの、シナリオに基づいてきっちり作り込んだものなど、毎週違った作風で番組が作られている。そのこともあってか、企画意図を理解できない視聴者が「どこが面白いのか」「あれはヤラセでは」といった疑問や苦情を投げかけるケースが見られる。例えば、幾度か放映されている「板尾いちゃもんシリーズ」はシナリオに基づいて制作されている企画だが、あまりにもリアルな演技であることも相まって、一部の視聴者が真に受けてしまい、「板尾は金に汚い性格」などと本当に思われた。また、2002年10月20日放送の「芸能界男と男の手料理対決」でも同様のクレームが発生。内容は、岸部四郎が幾度も落とし穴に落とされ「もう金（で解決してもらう）しかないなぁ!!」と激怒するというもの。これも台本に基づいた芝居であるにも関わらず、真に受ける視聴者が現れ、読売新聞の投書欄に「彼の出演コーナーがなくなってしまった上、落とした側も悪びれる様子がない」などと苦情が掲載されるという珍事となった。番組スタッフが頻繁に出演することもこの番組の特徴で、一見単なる「内輪ウケ」「楽屋オチ」ととられかねないが、松本は「本当に製作費が少ないんでなかなかタレントを呼べないだけ。でもどこが面白いのかを踏まえた上で出してるから、決して内輪ウケにはなっていないと思う」と語っている。菅も「僕らは元々内輪ネタが大嫌い」「企画によってタレントにオファーを出すよりもスタッフの誰かを出した方がはるかに面白いと判断した時だけ、スタッフが出ることにしている」「ほかの番組でスタッフが出演することは、ガキでスタッフが出演する必然性と全く違う」「だから僕らが（ひょうきんディレクターズや野猿のように）CD出したりなんてことは絶対にしない」などと、番組に出演することへの絶対の自信を語っている。実際スタッフが他の番組に出演することは滅多にない。レギュラー放送並びにゴールデンタイムの放送を問わず、企画によっては放送局に抗議の電話が多数掛かってきたり、BPOにも苦情が寄せられ、BPOがそれを基に日本テレビに対して回答を求める事もある。また、2012年まで調査を実施していた「子供に見せたくない番組」の調査では2008年から2011年までは4年連続でに上位にランク（2008年度・2009年度・2011年度は10位、2010年度は7位）していた。その上、番組の内容などを巡っては、内容の過激さなどからネットを一時的に打ち切る局があった他、同時ネット局では当日知事選挙や市長選挙が行われた場合、当番組の時間帯に選挙特番に差し替えた上で当該回を後日時差ネットに変更したり休止とする局や、時差ネット局では内容によっては過去の再放送に差し替える局もある他、現在時差ネットを行っているNNS4局においてもテレビ岩手・広島テレビ・テレビ大分が自社制作番組放送の為、札幌テレビが編成見直しのためそれぞれ同時ネットから時差ネットに変更された他、2015年3月まで遅れネット局だった読売テレビと中京テレビの2局では2005年4月の再開から2015年4月の同時ネット化まで、幾度となく時間変更が行われたりするなど、キー局と系列局の間に番組製作基準などの面で今もなお少なからず相違があり、福岡放送のように自らの判断で「危険ですので真似しないでください」と注意テロップの後付け（提供クレジットと同様に、放送局マスター送出による）を行うケースもしばしば見受けられる。これらの見解に対して日本テレビは2008年9月7日・14日放送分（企画は「テレビ史上初!著作権あり罰ゲームを考える」）におけるBPOに対する回答において、「ダウンタウンと主要スタッフが細部の演出を詰めていく制作体制を取っており、番組内容の判断と品質管理はチーフプロデューサーとプロデューサーが担当している」「企画に関しても、出演者の安全や笑いの質についてもチーフプロデューサーがルールを定めた上で、オフライン編集やスポンサー試写に至るまでスタッフと共に立会った上で、番組の内容の管理に努めている」などとコメントしている。そのため時差ネットを行っている札幌テレビ・テレビ岩手・広島テレビ・テレビ大分の4局は深夜1時台の放送となっており、午後や夕方に本放送を行うのは同時ネット局における振替放送のみとなっている。しかしこのような批判の一方、優良放送番組推進会議による調査では、2011年に放送された『絶対に笑ってはいけない空港24時』が、第34回アンケート調査 年末年始特番 平均点ランキング3位に選ばれた。