1945年5月4日、連合軍に逮捕された。1945年11月からはじまったニュルンベルク裁判で起訴された。フリックは4つの起訴事項（第一起訴事項「侵略戦争の共同謀議」、第二起訴事項「平和に対する罪」、第三起訴事項「戦争犯罪」、第四起訴事項「人道に対する罪」）全てで起訴された。公判中、フリックは無表情な顔と生気のない目をしていたため、精神分析医ダグラス・ケリー少佐はフリックを「最も目立たない被告」と呼んだ。裁判ではフリックは証言を拒否し、証言台に立たなかった。1946年10月1日に判決が下った。判決はフリックについて「常に過激な反ユダヤ主義者として、ユダヤ人をドイツの生活・経済から締め出す目的を持つ、数多くの法律を起草し、署名し、実施した。」「フリックの反ユダヤ主義法令が"最終解決"への道を開いた。」「ベーメン・メーレン保護領総督としてのフリックの権限は前任者に比べてかなり制限されたものであったことは事実である。しかし彼はヨーロッパにおけるナチスの占領政策、特にユダヤ人に対する処置は十分に承知していた。」「メーメル、ダンツィヒ、西プロイセン、ポーゼン、オイペン、マルメディ、モレスネートなどにドイツ化を行ったことに責任を負う。」として、第二起訴事項「平和に対する罪」、第三起訴事項「戦争犯罪」、第四起訴事項「人道に対する罪」の3つで有罪とした。彼に下された量刑判決は絞首刑だった。
1943年8月24日、フリックはコンスタンティン・フォン・ノイラートの後任としてベーメン・メーレン保護領総督に任命された。しかし、ここでも実権は同保護領担当国務相カール・ヘルマン・フランクが握っており、事実上の左遷措置をとられたフリックは相変わらず形式的な存在でしかなかった。
1929年12月8日のテューリンゲン州(de)議会選挙でナチ党は11パーセントの得票を得て州議会に6名の議員を出した。その結果テューリンゲン州首相エルヴィン・バウム(de:Erwin Baum)はナチ党との連立を決意した。1930年1月23日にフリックがテューリンゲン州内務大臣兼教育大臣に就任した(de)。地方政府とはいえナチ党員が閣僚職を手にしたのはこの時が初めてだった。テューリンゲン州内務大臣・教育大臣としてフリックが行った政策は後のナチ党政権の政策の先駆けだった。ヴァイマル共和政シンパの警察官はテューリンゲン州警察から次々と追放され、ナチ党員やナチ党シンパの警察官が続々と送りこまれた。1930年7月にはイエナ大学にナチ党お抱えの人種学者ハンス・ギュンターの人種学の特別講座を設けさせた。反戦映画「西部戦線異状なし」は上映禁止処分となり、ジャズも禁止された。州の芸術大学ではかつてヴァイマルにあったバウハウス色の一掃が図られ、退廃美術反対派の評論家シュルツェ＝ナウムブルクが招聘されて近代美術の展示や近代音楽の演奏が禁止された。一方で反ユダヤ主義プロパガンダ作品には一切の検閲が廃されてやりたい放題となった。1931年4月1日にテューリンゲン州内務大臣・教育大臣職を辞した。1932年から再びミュンヘン最高保健局所属となる。
区間準急は主に浅草駅 - 東武動物公園駅間で運行され、一部は久喜駅発着（土休日のみ）、館林駅発着（始発は平日のみ）、太田始発（平日のみ）、日光線南栗橋駅発着で運行されている。また運用の関係で北千住駅発着（始発は土休日のみ）、北越谷駅発着（平日のみ）、北春日部駅発着もある。急行線を走行する北千住駅 - 新越谷駅間の停車駅は急行と同じであるが、それ以外の区間では各駅に停車する。2013年までは日中にも運転されていたが、現在は朝ラッシュ時と深夜に運転されている北越谷発着の普通を補完する形で早朝と深夜に運転されている。また、土休日運行の久喜行きは東武動物公園駅で後発の南栗橋行きとの接続を行う。基本的に6両編成であるが8両編成で運転される場合もある。なお、2013年3月15日までは平日朝の区間急行の折り返しと夜間の北千住発北春日部行きの1本のみは10両編成で運転されていた。路線図上のシンボルカラーは黄緑■で、英文表記は「SECTION SEMI EXPRESS」もしくは「SECTION SEMI EXP.」。フルカラーLED搭載車（現在は運用に入らない東急5000系含む）は無点灯地に緑文字で区間準急、字幕車は緑地に白文字で区間準急と表記される。現在は運用に入らないが、東急5000系の字幕車は白地に緑文字で区間準急と表記されていた。区間準急は1997年3月25日より運行開始。北千住駅 - 南栗橋駅間で30分おきに運転され、浅草発北春日部行き（北千住駅までは各駅に停車）の列車も深夜に1本のみ設定された。2003年3月19日から日中の北千住駅発着列車を延長・増発して曳舟駅 - 北千住駅間ノンストップの押上・半蔵門線方面直通列車（現在の準急）が設定されたが、朝夕を中心に北千住駅発着と浅草発北春日部行きも残存した。準急の節で述べた停車駅の違いによる問題から、2006年3月18日のダイヤ改正から、押上・半蔵門線方面への区間準急が準急に名称変更され、浅草駅・北千住駅発着専用の種別となった。同時に運転区間も浅草駅 - 北千住駅間、東武動物公園駅 - 太田駅間に延長され浅草駅発着が主となった。北千住駅発着は朝夕に限定され、2009年6月6日に北千住行きが、2013年3月16日に北千住始発が廃止された。その後北千住行きは2013年に、北千住始発は2017年4月21日にそれぞれ復活した。昼間時間帯の浅草駅 - 久喜駅間は廃止となり浅草駅 - 竹ノ塚駅間の普通列車に格下げされた。区間急行同様に北千住駅発着も「区間準急」であり「準急」とはならない。平日朝の下りに、前記の区間急行の折り返しとして地下鉄半蔵門線直通車両（30000系の直通対応車または50050型）が使用される列車が1本存在したが、2013年3月16日のダイヤ改正で当該列車は急行となりこの運用は廃止された。