この年のパレードインの音楽はディズニー・チャンネルオリジナルムービー「ハイスクール・ミュージカル」の『We're All in This Together』。パレードアウトの曲が2001年度より使用されていたものから『YMCA』などのダンスメドレーに変更された。この年よりカウントダウンパレードは12月28日、29日に行われる特別営業「カウントダウン・プレビューナイト」にて実施されることになり、特別パスポートを持っていないと見られなくなった。
この年のパレードは昼のパレードおよびカウントダウンパレード専用フロート、ブレイジングリズムのフロートで構成されている。なお、カウントダウンパレード専用フロートには炎を出す装置と照明に加えドラム演奏者が1フロートにつき一人乗っている。この年も12月28日-30日に通常の夜のパレードの代わりにカウントダウンパレードが実施された。
この年のパレードは珍しく昼のパレードのフロートが一切使われておらず、炎を出す装置と照明が設置されているカウントダウンパレード用のフロートとブレイジングリズムのフロートのみで構成されている。パレードインやショーモードの曲、ミッキーの衣装がラテン調で統一されている。この年から花火打ち上げ時の音楽がヘラクレスの『Go the Distance』からオリジナル曲『Light Up the Sky』に変わった。この年も12月28日-30日に通常の夜のパレードの代わりにカウントダウンパレードが実施された。また、カウントダウンパレード後にミニパレード「サンバ2005」やブレイジングリズムが行われた。
この年は、翌年に20周年を控えているため、パレードインの曲にグランドオープン、5th、10th、15thのアニバーサリーソングが一部使用された。この年のみ花火打ち上げ時の音楽がヘラクレスの『Go the Distance』でなく、ピノキオの『星に願いを』が使用された。この年より期間が短縮され12月28日-30日に通常の夜のパレードの代わりにカウントダウンパレードが実施されるようになった。
2001年のカウントダウン・パーティーの名称は「カウントダウン・パーティー2002」（以降、西暦年が四桁表記となる）。パレードインの音楽は15周年キャッスルショー「ビバ・マジック」で使用されていた『Mickey's Magical Land』をアレンジしたもの。レインボーカラーがテーマであり、この年に実施されたイベント「ディズニーパーティーエクスプレス」で使用された色とりどりの機関車形状のフロートが大量に使われた。ショーモードではディズニーソングに合わせ踊りやウェーブをして楽しんだ。この年も12月26日-30日に通常の夜のパレードの代わりにカウントダウンパレードが実施された。
世紀が変わる2000年から2001年にかけて開催されたカウントダウン・パーティーは「ニューセンチュリー・カウントダウン・パーティー」という名称だった。キャッチコピーは“FUN FOR THE 21ST CENTURY ”。パレードインの音楽はTDLグランドオープン、5th、10th、15thのアニバーサリーソングが使用された。ショーモードは『Sing Sing Sing』から『ミッキーマウス・クラブ・マーチ（パラパラバージョン）』まで20世紀の音楽を振り返るという世紀末にふさわしい内容であった。この年のパレードアウトの曲は2006年まで継続してパレードアウトの曲として使われた。この年も12月26日-30日に通常の夜のパレードの代わりにカウントダウンパレードが実施された。
西暦2010年4月、壊滅した地球統合政府を再建させるためにマクロスを中心として新統合政府（正式名称：新統合宇宙政府）が樹立、地球統合軍はマクロスやアポロ基地の残存兵力とブリタイ艦隊揮下のゼントラーディ兵力を再統合し、新統合軍として再編される。初代新統合政府総司令（総帥）には、マクロス艦長であるグローバルが就任し、地球人類復興の大任を担うこととなる。同年同月、ゼントラーディ人への教育プログラムを開始、同時に希望者はマイクローン化を開始。西暦2010年5月、新統合政府は落着したマクロスを中心に都市を建造する「マクロス・シティ計画」を発動。同様に世界各地に落着したゼントラーディ艦艇を中心に、都市の建立が開始される。ゼントラーディのマイクローン装置の技術を活用したクローニングにより、世界各地のシェルターからかき集められた動植物、種子、染色体等の複製を開始する。複製された植物や種子は、新統合政府の慎重な再生管理プログラムにより、荒廃した大地へと散布されていった。西暦2010年6月、基幹艦隊からの爆撃を免れたアポロ基地にて、建造が中断していたマクロス級2番艦 SDF-2 メガロードを、超長距離移民船としてメガロード級移民船1番艦 SDF-2 メガロード-01に仕様変更して建造が再開される。同時に基幹艦隊再襲来に備え、太陽系内パトロールのためバルキリー大隊が配備される。地球においては、マクロス艦内に新統合軍中枢指令所を設置。西暦2010年12月、地上に落着していたが損傷が軽微であったブリタイ艦は修復・改良を受け、新統合宇宙軍の1番艦として就役。艦長は引き続きブリタイ・クリダニクが就任する。以後ブリタイは新統合宇宙軍艦隊総司令官に就任し、地球圏防衛の任と地球文化の保守に尽力する。西暦2011年8月、基幹艦隊の再襲来への備えと、人類種の保守・保存を目的とした人類移民計画（銀河播種計画）を立案。メガロード級による大規模長距離移民プランと、既存艦艇を再利用した小中規模近距離移民プランが併進される。この近距離移民プランの成功例が、『マクロスプラス』の舞台となる惑星エデンである。西暦2012年1月、カムジン・クラヴシェラを首謀者としたゼントラーディ暴動勢力の強襲にて、第一次マクロス・シティ攻防戦が勃発する。マクロスは2年ぶりに再浮上し、主砲とダイダロスを含む右舷を大破しながらも撃退に成功する。この戦闘で大破したマクロスであったが、攻防戦終結後に全面大修復が行われる。第一次装甲の全面換装や主砲を含む対空砲を修復したほか、ダイダロスとプロメテウスは艦籍抹消・廃艦となり、本来接続されるはずであったアームド級を両舷に搭載し、ほぼ当初の計画通りの形状へと修復される。