モグーリスタンの単独統治者となったエセン・ブカはたびたびティムール朝に侵入し、モグーリスタン軍の侵入に悩まされたティムール朝の君主アブー・サイードはチャガタイ家の内部分裂を図り、1456年にユーヌスをモグーリスタンに送り返した。アブー・サイードが送った軍隊を伴って帰国したユーヌスはアミール（貴族）の中に支持者を獲得し、そのうちの一人であるMir Pir Haji Kunjiの娘ダウラト・ベギムを妻とした。ユーヌスはドゥグラト部のアミール・サイイド・アリーが支配するカシュガルに進軍するが、カシュガル北東のフワニー・サーラールでエセン・ブカとサイイド・アリーの連合軍に敗北する。敗戦後ユーヌスはアブー・サイードを頼り、イリ地方、イシク・クル周辺に政権を樹立した。ユーヌスは再びモグーリスタンに戻り、アミールたちの支援を受けて戦ったが、エセン・ブカに決定的な勝利を収めることはできなかった。1457年にアミール・サイード・アリーが没した後、彼の子のSaniz Mirzaはカシュガルの支配を確立するためにユーヌスに援助を求めた。ユーヌスがカシュガルに到着したとき、カシュガルで敬意を払われていたサイイドの一人Amir Zia-ud-Dinをバダフシャーンのシャー・スルタン・ムハンマド・バダフーシーの元に派遣し、バダフーシーの6人の娘のうち一人をユーヌスの元に嫁がせることを提案した。バダフーシーは四女のスルタン・ベギムをユーヌスの元に送り、従属を誓った。後にユーヌスはスルタン・ベギムとの間に2人の息子と2人の娘をもうけた。1462年にエセン・ブカが没し、モグーリスタンはユーヌスとエセン・ブカの子ドースト・ムハンマドを支持する派閥に二分された。ムハンマドはアクスを本拠地としてモグーリスタン東部（ウイグルスタン）を支配し、伝統的な遊牧生活を否定する政策を採っていた。一時期ムハンマドはカシュガルを支配下に置いて優位に立つが、1468年/69年にユーヌスはアクスでムハンマドを討ち、単独のハンとなった。ムハンマドの遺児ケベク・スルタンはトルファンに逃れ、数年の間同地を統治した。
ソロヴェツキー修道院は1429年後半にキリロ＝ベロゼルスキー修道院（Kirillo-Belozersky Monastery）の二人の修道士、ゲルマンとサワティ（Savvatiy）によって設立された。以後16世紀に至るまで、修道院はその領地を急速に広げ、それは白海沿いの海岸と白海に注ぐ川にまで及んだ。この中にはノヴゴロド人であったMafra Boretskayaによって1450年に割譲されたケミとSummaも含まれる。修道院は生産活動および貿易も拡大していき、白海地域の経済および政治の拠点として成長した。修道院の掌院はツァーリおよび総主教によって直接指名された。1694年にはピョートル1世がソロヴェツキーを訪れている。ソロヴェツキー修道院の収入源は製塩（1660年代には54カ所の製塩所を有していた）、海産物の販売、仕掛けを用いた狩猟、漁業、雲母の加工、鉄工業、真珠の加工などであり、これには多数の労働力を必要とすることとなった。17世紀までにはすでにソロヴェツキー修道院は350の修道士、600から700の召使い、熟練工、小作農民を有していた。ニーコン総主教（Patriarch Nikon）が始めた儀式改革により、ソロヴェツキー修道院へ1657年にモスクワから新たな内容の祈祷書が送付されてきた。しかし、修道院の長老会議はその使用を拒否し、古い儀式を堅持する古儀式派を支持した。その後もソロヴェツキー修道院では従来どおりの祈祷が行われていた。1666年-1667年にソロヴェツキー修道院の人々は古い儀式を守るために5通の嘆願書を皇帝に送った。1667年7月23日に当局は改革支持派のヨシフを掌院に任命したが、修道院は彼を追放し、ニカノールを掌院に選出した。このことは当局側からは公然たる反乱とみなされた。1668年に政府はソロヴェツキー修道院に軍隊を送ったものの、修道院側からは8年にわたる頑強な抵抗を受けた。この抵抗は当局などから「ソロヴェツキー修道院における反乱（Solovetsky Monastery Uprising）」と呼ばれた。1676年1月18日、内通者の手引きにより政府軍は修道院を占領した。反乱に参加した者はほぼ全員が殺害された。1765年にはソロヴェツキー修道院は総主教および教会会議直属の修道院となった。ソロヴェツキー修道院は「ソロフキのクレムリ」（城塞）と呼ばれている。Sumskoyとケミの砦柵を合わせれば、ソロヴェツキー修道院は何ダースもの大砲と強力な駐屯部隊を持った国境に面した要塞に相当した。16世紀・17世紀にはスウェーデンによる数回の攻撃（1571年、1582年、及び1611年）を退け、クリミア戦争に際してはやってきた3艇のイングランドの軍艦が7月6日から7日にかけ9時間に渡って修道院に砲撃を加えた挙げ句、得るところ無く退却に追い込まれている。上述のように、修道院は政府軍の攻撃にも8年間耐えた。16世紀から20世紀初頭にかけてはロシアの専制政治や正統教義に反対した者の流刑地および北ロシアにおけるキリスト教布教の拠点となっている。修道院は文書や古書の一大書庫も有している。修道院内の庭園はエキゾチックな植物を有し、修道士達の誇るところとなっていた。その中にはチベットの高僧アグワン・ドルジェフから贈られたチベット野生種のバラも含まれる。十月革命の後、ソビエト当局はソロヴェツキー修道院を閉鎖し、ソロヴェツキー諸島に強制収容所と刑務所を設けた。刑務所では主に木の伐採が行われ、木を切り尽くしてしまうと刑務所は閉鎖された。この収容所での労働や拷問の凄惨な実態は、アレクサンドル・ソルジェニーツィンの小説『収容所群島』に描かれている。第二次世界大戦前には海軍士官学校が設置されている。