1858年10月24日、妻と母、宣教師イワン・マホフ、医師ゼレンスキーなどを伴ない、シベリアを経て、軍艦ジギット号で箱館（現・函館市）に着任。当初は実行寺を仮領事館とするが、1860年、現在の函館ハリストス正教会敷地内に領事館を建設する。箱館奉行竹内保徳・村垣範正らと交流し領事任務に従事する一方、駐在武官とは折り合いが悪く、ナジモフ海軍大尉を帰国させたりしている。1861年に起きたポサードニク号（艦長:ニコライ・ビリリョフ海軍中尉）による対馬占領事件の際にも、暴走しがちな海軍の方針を横目に、幕府側との冷静な対応に努め、カウンターパートである外国奉行の村垣や小栗忠順と交渉。ポサードニク号を対馬から退去させることを約した。その後、老中安藤信正の依頼を受けた英国公使ラザフォード・オールコックらが介入の姿勢を見せたことで、ロシア海軍の作戦は完全に失敗。ビリリョフもゴシケーヴィチの説得に応じ、対馬を退去した。同年総領事に昇格。その後も主に箱館の領事館に滞在し、日本に関する情報を本国外務省へ定期的に送る一方、サハリン領有を目指して調査・日本との交渉を行うが、日露雑居地であったサハリンの領有問題はゴシケーヴィチ時代には解決しなかった（1875年の樺太・千島交換条約で決着）。1862年9月20日（文久2年閏8月9日）にはロシア人としては初めて将軍徳川家茂に謁見を許される。しかし、この頃から任務への疲れや相変わらずの駐在武官との対立などもあり、しきりに外務省に対して離任願・本国帰還を求めるようになっていく。この間にも外国奉行柴田剛中と横浜鎖港問題で交渉。1864年6月には帰国許可が出るが、1865年2月には箱館領事館の火災焼失などもあり、同年4月ようやく後任に領事館運営を托して帰国の途についた。
1814年、ベラルーシのミンスク県レチツァ郡ヤキモヴォ・スロボダ（現ベラルーシ共和国ゴメリ州）で、ロシア正教会の神父の子として生まれる。ミンスク神学校を経て、1839年にサンクトペテルブルク神学校を卒業。翌年から1848年までロシア宣教師団の一員として、北京に駐在する。駐在中、中国語・漢字を学ぶ。帰国後、ロシア外務省アジア局に入り、1852年からエフィム・プチャーチン海軍中将率いる日本派遣使節団に中国語（漢文）通訳として加わった。この後、日本人、橘耕斎から日本語を学ぶ。帰国途中、樺太沖でイギリス軍艦に拿捕され（当時、クリミア戦争により英露は敵対関係にあった）、戦争が終わるまでの9ヶ月間、艦内で抑留生活を送る。この間、橘とともに和露辞典『和魯通言比考』を作成した。この和露辞典は帝国科学アカデミーのデミードフ賞受賞対象となり、金メダルを授与された。1857年12月21日、日本語の知識を認められ、アレクサンドル・ゴルチャコフ外相から初代駐日領事に任命された。
1904年2月6日、日露戦争開戦。信濃丸は最初、陸軍御用船として徴用されたが、同年12月には徴用解除となった。翌1905年3月15日、信濃丸は海軍に徴用され、呉鎮守府所属の仮装巡洋艦として整備された。仮装巡洋艦としての兵装は十五栂安式速射砲1基、十二斤安式速射砲3基であった。4月に入ると信濃丸は僚艦とともに対馬尾崎湾に移動し、対馬海峡の哨戒にあたった。5月27日午前2時45分、信濃丸は五島列島白瀬西方40海里の地点を北東方向に向かって航行中、左舷側に同航する1隻の汽船を発見した。しばらく観察すると、この汽船は後マストに「白・赤・白」の信号灯（これは赤十字の意味だったとされる）を掲げていた。折りしも、東側に月が出ており、信濃丸からは見難い態勢だったので、信濃丸は西方に針路を変えて汽船の左舷側に出た。4時30分になって汽船に近寄り、相手は仮装巡洋艦と見当をつけたが、兵装が見当たらなかったので相手は病院船と推定した。そのうち、相手は信号をやり取りしていたことから、付近に別の艦船がいると判断された。信濃丸は見張りを厳にしつつ汽船に対して停船命令を発しようとしていたその時、船首左舷方向に十数隻の艦艇と数条の煤煙を発見。信濃丸は、病院船オリョール（4,500トン）に接近し、オリョールの左舷側に回った結果、オリョールとバルチック艦隊の列間に入り込んでいたのである。この時まさに午前4時45分。信濃丸は直ちに転舵し、全速力で退避。それと同時に三六式無線機にて「敵艦見ユ」として知られる一連の通報を送信し始めた。その後も6時過ぎに巡洋艦和泉に引き継ぐまで触接し続け、バルチック艦隊が確実に対馬海峡を目指していることを確認した。なお艦長はバルチック艦隊からの妨害電波を受けたと報告しているが、ロシア側は信濃丸に気付かなかったとされている。和泉に触接任務を引き継いだ後、信濃丸はアメリカ商船を臨検した。夕方に入り、仮装巡洋艦台南丸（大阪商船、3,176トン）と合流し対馬海峡の哨戒を続けた。※注戦史（久松五勇士）翌5月28日、信濃丸と台南丸は仮装巡洋艦八幡丸（日本郵船、3,818トン）と合流し3隻で沖ノ島北方海上で哨戒を行った。6時を過ぎた頃、信濃丸の左舷前方に戦艦と駆逐艦がいるのを発見。駆逐艦は遁走して八幡丸がこれを追跡。信濃丸と台南丸は戦闘配置を令して戦艦に近寄った。戦艦は前日の日本海海戦で損傷した海防戦艦シソイ・ヴェリキィーだった。大破していたシソイ・ヴェリキィーは全く反撃せず、ただ救助を求めるのみだった。信濃丸はシソイ・ヴェリキィーに降伏するかどうか信号で呼びかけると、降伏を了承する信号を返してきたため、信濃丸はただちに捕獲班をシソイ・ヴェリキィーに乗り込ませ、軍艦旗を掲揚して一旦は捕獲に成功した。しかし、シソイ・ヴェリキィーは前部から徐々に沈み始め、曳航も試みられたが困難となり、信濃丸は台南丸、引き返してきた八幡丸とともにシソイ・ヴェリキィー乗員の救助にあたった。シソイ・ヴェリキィーに一旦は翻した軍艦旗も撤去され、シソイ・ヴェリキィーは11時5分に対馬韓崎の東方海上で沈没した。6月14日、信濃丸は仮装巡洋艦としての役目を解かれ、6月26日に徴用解除となった。