日本ユニセフ協会へ寄付を行っても全額がユニセフ本部に送金されるわけではなく、ユニセフ親善大使のアグネス・チャンがその活動を通じて利益を得ているという中傷も散見される中、ユニセフ本部が指名任命した黒柳徹子は無報酬で広報活動に従事している。黒柳徹子が「わたくしの場合は、1円も事務費用などをいただかずにユニセフに募金を送っているので、全額を子どものために使うことができます（2012年10月18日）」と表明しており、このことを西村博之が取り上げ、アグネス・チャンへの公開質問という形で「子供のためを思えば、100％をユニセフ本部に送っているユニセフ親善大使の黒柳徹子さんを薦める（一本化する）べきではないでしょうか？（2013年11月14日）」とインターネットで主張している。一方で「広報活動があるからこそ8割のユニセフ本部への金も生まれている。世の中に一定額の募金があってそこから上前をはねているというのとは話がちがう。募金というのは勝手に集まるものじゃない。集める努力をしないと集まらないのだ」という山形浩生などの意見もある。なお、黒柳徹子を介したUNICEF本部への寄付は黒柳徹子が個人の善意としてやっていることであり、ユニセフの公的な募金ルートではないが、ユニセフ東京事務所がその事務処理をサポートしている。アグネス・チャンは黒柳徹子個人が行っている行動について、協会の方針として何らかの公式な回答ができる立場にはないとしている。
東日本大震災発生3日後の2011年3月14日、ウェブサイトで緊急募金を呼びかけたが、その告知には「当緊急・復興支援に必要な資金を上回るご協力をいただいた場合には、ユニセフが実施する他国・地域での紛争・自然災害などによる緊急・復興支援に活用させていただくことがありますのでご理解のほど、お願い申し上げます」という但し書きがあった。このことで「これでは“ユ偽フ”じゃないか」などと批判が殺到した日本ユニセフ協会は、24日に当該ウェブページの但し書きを訂正した。日本へのUNICEFの直接支援は日本が戦災から復興した1964年で終了しており、ユニセフ国内委員会に過ぎない日本ユニセフ協会には募金を集めてUNICEF本部に送る機能しか無く、集めた募金を日本の被災地に回すかどうかを決める権限も、日本の直接支援を行う権限も、日本の直接支援を行うかどうかを決める権限も持たないためと釈明している。
UNICEFの財政は、ホームページでも簡単に紹介されているが、UNICEF本部や日本ユニセフ協会など各国国内委員会の物も含め、UNICEFの活動の全ては毎年「UNICEF Annual Report」として財政を含めて詳細に公開されているため、収入や支出の内訳が完全に解るようになっている。世界36のユニセフ協会（国内委員会）が集めた寄付金等の収入は、協会の活動費として用いられる会費の他は、ユニセフ本部との協力協定に基づき、一部をその活動費（人材育成・広報・人件費・光熱水費等）やユニセフ活動の啓蒙費等に当てた後、残額がユニセフに拠出される。この方式は他すべてのユニセフ国内委員会で共通の条件であり、特に日本ユニセフ協会に特有のシステムではない。協力協定において、ユニセフ協会の活動実施費用は各協会募金の最大25％までの範囲内で支えるよう定められている。2007年度は、日本ユニセフ協会は176億5671万円を集め、その81%をユニセフ本部に拠出した。2012年度、ユニセフ募金（161億1,252万円）の81％にあたる130億円をユニセフ本部に拠出し、世界36のユニセフ協会の中で最高額となった。2014年度（2014年1月〜12月期）の169億3,784万2,414円を集め、活動費への割り当ては18.5％で、全ユニセフ協会中で米国に次ぐ金額（138億円）をユニセフ本部に拠出している。職員数は約40名。役員にいわゆる天下りの公務員が存在するかについては「理事、評議員の中に官庁出身者がおりますが、民間出身で常勤の専務理事を除き、会長以下すべて無給のボランティアとして協力しています。」と説明している。
2018年11月17日・18日開催の「ゆるキャラグランプリ2018」に向け、森市長は同年6月の定例記者会見で、四日市市のマスコットキャラクター「こにゅうどうくん」を「1位にする」と発表。「ゆるキャラグランプリ2017」で、「こにゅうどうくん」は4位だった。まちの一体感の醸成とシティプロモーションを目的とし、市役所が旗振り役となり、市民・会社を含むまち全体を巻き込むかたちで応援を展開。森市長自ら庁内放送でも協力を呼びかけた。市観光交流課は約2万のメールアドレスを使って投票用IDを取得し、市役所各部局ほか、投票を呼び掛けに応じた市内に事業所を持つ会社、投票を希望する市民などにIDを配布し、「こにゅうどうくん」の応援に徹した。。市当局の応援の過熱ぶりに、一部では強要による組織票ではないかとの声が上がり、様々なマスコミにとりあげられたが、森市長は一貫して「まちの一体感の醸成とシティプロモーションの重要さ」を訴え続ける姿勢を崩さなかった。組織票ではないかとの批判が広まる中、森市長自ら「クローズアップ現代」(NHK)等のテレビ番組に出演し、ここでもまた、グランプリ参加の目的は「まちの一体感の醸成とシティプロモーション」であることを訴える姿勢を貫き通し、当該取り組みに対して「組織票と報道されるのは不本意」と報道陣に対して述べた。批判されることを恐れて雲隠れする自治体もあった。しかし、森市長は、批判の矢面に立ってでも、その思いを訴えた。これは、市役所のみならず、グランプリ期間中ずっと「こにゅうどうくん」を応援してくれた市民を裏切れないとの強い想いからの行動だった。グランプリの実行委員会は、使用頻度の低い「捨てアカウント」による投票は認めないと述べ、主催者側からのメールに返信のないアドレスを「不正ID」とし、得票数を削除。暫定1位だった「こにゅうどうくん」は数十万票を減らした。尚、本得票数削除は、「こにゅうどうくん」以外にも、「じゃー坊」(大牟田市）、「イヌナキン」(泉佐野市）も対象となった。11月18日の開票の結果、目標の1位を逃す結果となったが、森市長は四日市市の4位から三重県の3位となったと笑顔を見せた。