民間が所有するライフラインの復旧にあたっては、公共財であると同時に企業等の収益源であるという観点から、原則として所有する企業等が復旧費用の全額を負担する。しかし、生活に著しい影響があり復旧費用に多大な支出を必要とする施設の復旧にあたっては、地元自治体が負担を行う場合がある。ただしこれらには特定の法令が存在するわけではなく、個別に対応が検討されることになる。鉄道においては、鉄道軌道整備法第八条第四項に鉄道事業者が実施する災害復旧工事費を国が一部（25%以内）補助できる規定が設けられている。近年では平成16年7月福井豪雨で足羽川にかかる橋梁が流失したJR越美北線と、2010年（平成22年）の豪雨で厚狭川にかかる橋梁が流失したJR美祢線の復旧費用について、国と地元自治体が整備主体の西日本旅客鉄道（JR西日本）に対して復旧費用の一部を補助（負担）している事例がある。また、平成25年台風第18号によって、杣川にかかる橋梁が流出するなどした信楽高原鐵道は上下分離方式で運営されていたことから、信楽高原鐵道と甲賀市（地元自治体）に対して復旧費用の一部が補助されている。
国が直接管理している施設（一級河川、国道のうち指定区間、等）が異常気象により被災した場合、直轄災害復旧事業として特別の予算措置が行われ、施設の復旧が実施される。基準は負担法の基準に準じ、復旧費用の一部については都道府県からの負担金が支出される。また、これとは別に、本来地方公共団体が施行すべき災害復旧事業について、被災規模が特に甚大、または直轄事業と一体的な復旧が必要と認められる場合には、国が直轄事業として災害復旧事業を行う場合がある。これも前項と同様に復旧費用の一部については都道府県からの負担金が支出される。
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