1951年4月、盟友のアルバート・アナスタシアをマンガーノ一家のボスに据えて味方陣営を固め、ジェノヴェーゼを牽制した。1951年10月4日、モレッティが梅毒の後遺症による精神障害を理由に粛清され、強力な仲間が一人消えた。モレッティの死や当局のコステロ叩きはジェノヴェーゼに追い風となった。資金協力や便宜の提供を通じて各地の幹部を自陣に加えると共に、ルッケーゼ一家のボスのトーマス・ルッケーゼと連携し、ファミリー内外からコステロ包囲網を敷いた。1956年、一家の中核のアドニスが政府の国外追放手続開始によりイタリアに逃亡し、ロッコ・ペリグリーノらコステロ派の長老幹部2人が一線から身を退いた。1957年5月2日夜、コステロは親しい業界人3人と外で食事した。23時前、家に電話の用事があるからと途中で退席し、タクシーでセントラルパークウェストの自宅マンションに帰った。玄関からロビーに差しかかった時、中折れ帽にスーツ姿の大男が背後に現れ、「これを食らえ、フランク」と叫びながら至近距離からコステロを撃った。コステロは顔を守ろうととっさに腕を上げたが頭に命中し、血が飛び散って崩れ落ちた。大男は玄関へダッシュし、玄関付近で鉢合わせしたドアマンを銃を振り回して威嚇しながら、黒いキャデラックに乗って逃げた。病院に担ぎ込まれたが、発砲は1発だけで側頭部の頭皮をかする軽傷で済んだ。3か月後ドアマンの証言などからジェノヴェーゼの配下ヴィンセント・ジガンテが捕まり、翌年5月、殺人未遂で裁判にかけられた。証人として出席したコステロは警察に尋問された時と同じように、犯人を見ていないと証言し、ジガンテは無罪となった。コステロはボスの座を降りることを決意した。1946年時点と正反対に大方の幹部はジェノヴェーゼ支持に回り、裁判対応に追われ、ボス稼業にうんざりしていた。襲撃後ほどなくジェノヴェーゼに和平のメッセージを送り、二度と自分を襲わないこと、個人的な賭博利権を保持することを条件にジェノヴェーゼに一家を譲り渡した。コステロ襲撃に怒ったアナスタシアは、コミッションの席上、ジェノヴェーゼと戦争の場合は中立を保つようボス達に訴えたが、ボス達は、抗争を始めるつもりなら断固反対すると警告し、抗争しないよう説得したという。同年10月25日、マンハッタンの理髪屋でアナスタシアは2人組のヒットマンに暗殺され、すぐにアナスタシアの副ボスのカルロ・ガンビーノがボスに取って代わった。ルッケーゼの支持の元ガンビーノにジェノヴェーゼが手を回した結果と信じられている。同年11月、全米マフィアが集まったアパラチン会議は警察に捕捉され、多数のマフィアが森に逃げ込むなどして60人以上が拘束された。場所の選定はステファノ・マガディーノが行ったが、全米マフィアの前で権力の移譲を内外に示すという元々のアイデアは、一説に身の危険をまだ感じていたコステロの発案とされる。ジェノヴェーゼは1958年7月に麻薬取締法違反で逮捕され、裁判の末15年刑の有罪となったが、コステロがガンビーノやルチアーノらと共謀し、若い麻薬犯を買収してジェノヴェーゼを罠に嵌めたとする説がある。証言した麻薬犯は全米各地で精力的に麻薬を運んでいたこと、ジェノヴェーゼ以外に多くのマフィアが同じ麻薬犯の証言で捕まっていることなどからコステロ謀略説を疑問視する見方もある。
高校時代は日本大学第三高等学校のキャッチャーとして、1979年の第61回全国高等学校野球選手権大会（夏の甲子園）に出場。プロ野球からの勧誘を断って大学に進んだが、意中の進学先だった明治大学ではなく日本大学であったことや大学での指導方法に不満を持ち、1年生で休部。3年生時に復帰するものの、プロ野球選手への道は断念した。当時の強豪社会人チームプリンスホテル硬式野球部への入部が決まっていたが結局入社せず。1984年に日本大学を卒業し、1987年にフィリピンに渡って実業家となるも、現地でのトラブルから帰国を余儀なくされる。2001年にインドネシア連邦共和国のバリ島へ移住し、現地で出会った女性と結婚した。2003年に地元の青年たちと野球チームを結成し、学生時代以来の野球活動を始めた。2005年にリトルリーグチーム「レッドソックス」を設立、翌年の2006年には硬式クラブチーム「バリ・レッドソックス」も発足させた。この活動から日本人初のバリ州代表チームの監督に抜擢され2007年1月に開催されたインドネシア高校国体にバリ州代表チームを率いて参戦、4位となる。このときのチーム編成と戦略がインドネシアアマチュア野球連盟から評価され、2007年4月に外国人初となる野球インドネシア代表の監督に就任。同年12月、タイ王国で開催された第24回東南アジア競技大会へ出場、銅メダルを獲得。2008年6月にはインドネシア一般国民体育大会出場の東カリマンタン州代表チームの強化練習を担当。本番のインドネシア一般国民体育大会決勝トーナメントでは東カリマンタン州代表チームを同率3位入賞させ同州史上最高位に引き上げた。2009年5月には第8回アジアカップに参戦し初優勝、インドネシア野球史上初となる国際大会で金メダルを獲得。この優勝により同年7月に成田市で開催された第25回アジア野球選手権大会成田ラウンドに出場。アジア内ランキングを7位に浮上させた。2010年4月、インドネシア野球の最大の問題点である国内地方州と少年野球の底上げを試みるべく、野球インドネシア代表の監督を辞任。同年7月のリトルリーグ・ワールドシリーズアジア太平洋大会へ出場したインドネシア代表シニアリーグナショナルチームへ自らが統轄する硬式クラブチームより3名の選手を輩出。インドネシアリトルリーグアソシエーションより、アジア太平洋大会におけるシニアリーグナショナルチームおよびビッグリーグナショナルチームの特別アドバイザーを依頼された。2011年2月にはインドネシア一般国民体育大会へ出場する東ジャワ州代表チーム監督に就任。2011年7月のインドネシア一般国民体育大会予選大会で準優勝（銀メダル）、2012年6月のインドネシア一般国民体育大会前哨戦大会では優勝（金メダル）、同年9月のインドネシア一般国民体育大会決勝トーナメント大会では3位（銅メダル）をそれぞれ獲得。これらはいずれも東ジャワ州野球史上初の快挙となった。2013年3月には、同じく東ジャワ州スラバヤにて新規の少年野球チームを監修し野球未経験の少年達を育成。わずか3か月半の強化練習によってチームを編成し、その中から2名の選手を東ジャワ州代表高校生チームに送り出した。2014年5月、インドネシアアマチュア野球連盟より依頼を受け、野球インドネシア代表監督に再び就任。2015年5月に「地元」であるジャカルタで開催された第11回東アジアカップでは決勝戦に駒を進めたが、フィリピンに0-10で敗れ、準優勝であった。しかし、優勝国フィリピンのアジア選手権大会出場辞退により、同年9月、台湾の台中で開催された第27回アジア選手権大会に出場。アジア内ランキングを11位から9位に浮上させた。2016年9月におこなわれた野球のU-18代表アジア選手権では、代表の顧問として参加したが、インドネシア国体の時期と重なってベストメンバーをそろえられなかった事情もあり、日本代表に0-35の大敗を喫した。日本代表は、高校時代の監督だった小枝守が監督を務めていた。