ソニックでプレイしたときのみ、スペシャルジェネレーターが出現する。これは、各ゾーンのアクト1～2に、それぞれ3つずつ存在し、どれでも良いのでつかまってテンションゲージを一本分消費することでスペシャルステージにアクセスできる。スペシャルステージは、タッチペンによりソニックを操作し、リングを獲得していく。スペシャルステージ中には、敵が出てくることもあるが、敵はタッチペンで触れることで倒せ、リングが貰える。また、トリックボールに触れることでトリックができ、この場合は画面上に現れる数字を順番に触ることでリングが貰える。リングを規定数とることでカオスエメラルドを入手できる。ソニックアドバンスシリーズに比べ、スペシャルステージの難易度は並である。失敗した場合は、テンションゲージさえあれば直ぐに再チャレンジできる。さらに、一つのスペシャルステージにアクセスできる場所が6つもあるため、カオスエメラルドを集めるのはかなり楽になった。カオスエメラルドを入手できるのはソニックのみである。ブレイズは、ソルエメラルドを集めることになるが、これはストーリーの進行により自動的に入手されていく。カオスエメラルドを全て集め、ソニックとブレイズでゲームクリアすることで、真のラスボスと戦うことができ、真のエンディングが見られる。
ソニックアドバンスシリーズに存在した、アタックボタンによる攻撃が一切排除され、そのかわり、XボタンかYボタンを押す事によって高速移動できる「スーパーブースト」（これはソニックの技名で、ブレイズの場合、名称は「ファイアーブースト」）や多彩なトリックアクションが使えるようになっている。ソニックとブレイズでは、行えるアクションはほとんど同じであるが、性能が微妙に違っている。今作にはテンションゲージが存在し、敵を倒す、トリックを決める等の行動によりテンションゲージが溜まっていく。テンションゲージを消費することで何時でもブースト状態になれる。テンションゲージがMAXになると、しばらくの間ブーストを使用し放題になる。ブースト中でも、ジャンプやトリック、グラインドは可能である。ブーストには攻撃判定もあるため、ブースト状態を維持し続けることで敵を吹っ飛ばしつつステージを駆け抜けられる。トリックアクションに関しては、今回はグラインド中でも使用可能になっている。ギミックによるジャンプ中では、Aボタン、Bボタン、Rボタンの組み合わせてトリックを連続で決められるようになっている。
基本的なシステムは、各ゾーンをクリアしていくステージクリア型のアクションゲームであるが、今作にはゾーンマップが存在し、そこから各ゾーンにアクセスできる。エリアマップ上でイベントが発生することもある。ゾーンをクリア、及びイベントを発生させることで、アクセスできるゾーンが増えていく。各ゾーンにはアクトが2つ存在し、アクト1とアクト2をクリアすると、ボスと戦うことになる。ボスを倒すとそのゾーンはクリアとなる。プレイヤーキャラクターはソニックとブレイズの2人だが、ブレイズは最初は使えない。ゾーンは全部で7つ存在するが、ソニックとブレイズでは、ゾーンをプレイする順番が異なる。ゾーン7をクリアすると、ファイナルゾーンに行くことができ、（表向きの）ラスボスと戦うことになる。カオスエメラルドを全て集めて、ソニックとブレイズの両方でファイナルゾーンをクリアすると、エクストラゾーンをプレイできる。一度ゲームをクリアすることで、タイムアタックモードが追加される。
再び悪さを始めたDr.エッグマン。ソニックがエッグマンを懲らしめると、そこにはカオスエメラルドとは違う輝きを持った宝石が落ちていた。ソニックがそれを拾おうとすると、猫の少女が現れ、一瞬早くそれを奪い去っていく。がぜん盛り上がる展開に喜ぶソニックは、さらに冒険を進めることになった。
1943年（昭和18年）11月、｢伊52｣潜水艦艤装員長に補され、竣工後に同艦の初代艦長となる。翌年3月、第六艦隊第八潜水戦隊に編入となるが、宇野に独国への派遣命令が下る。独国の戦況はすでに不利に傾いており、宇野は第二次遣独作戦に成功していた内野信二に目的地であるロリアン（仏国）に到着するまで、独はもちこたえることが可能であるか質問している。内野は宇野の潜水学校時代の教官という師弟関係にあったが、内野にも答えることができなかった。戦後、内野は｢本当に彼には同情しました｣と語っている。大海指第三二二号 昭和一九年一月二四日 古賀連合艦隊司令長官ニ指示連合艦隊司令長官ハ伊号第52潜水艦ヲ三月上旬頃内地発九月中旬頃本邦帰還ノ予定ヲ以テ欧州ニ派遣シ特別任務ニ従事セシムスヘシ— 伊号潜水艦訪欧記より引用大本営から発せられたこの大海指によって、宇野が指揮する｢伊52｣潜水艦は独国が占領していたロリアンへ向かうこととなった。｢伊52｣は、独国からの技術導入や、物資運搬のため以下の人員や物資を搭載して3月10日、午前8時50分に呉を出港した。｢伊52｣にとっての処女航海である。シンガポール出港は4月23日、ペナンで井浦祥二郎と打ち合わせを行い、大西洋に突入。赤道を通過したのが6月4日である。順調な航海が続いていたが、6月6日、宇野の懸念していた事態が発生した。連合国のノルマンディー上陸作戦が開始されたのである。ノルマンディーはロリアンの北東250kmに位置し、連合国はロリアンにも進撃したのである。｢伊52｣には6月22日に独潜水艦と会同するよう指示が出された。独製のレーダーを受領、装着し、連絡将校を乗船させる必要があったためで、1日遅れた23日に日独潜水艦は会同を果たした。この際の独潜水艦の乗員の回想では、両艦の分離に際し、宇野は別れの挨拶を行った。しかし、その後の｢伊52｣は消息を絶ち、ロリアン入港予定の8月1日になっても到着することはなかった。｢伊52｣は米護衛空母｢ボーグ｣の艦載機によって撃沈され、乗員等115名は全員戦死していたのである。｢伊52｣の行動は、米国の暗号解読によって筒抜けになっており、護衛空母｢ボーグ｣は｢伊52｣の出現地点を承知の上で待ち構えていたのであった。会同した独潜水艦はすぐに潜航したが、｢伊52｣は浮上しているところを発見された。浮上していた理由については、レーダーを装着し、その試験を行っている最中であったのであろうという推測がある。護衛空母｢ボーグ｣を発進したアベンジャー雷撃機はレーダーで「伊52」を捉え、ソノブイを投下。「伊52」は急速潜航を行ったが、アベンジャー雷撃機から投下された音響誘導式魚雷が命中し撃沈された。1995年（平成7年）、5千mの海底に沈んでいる「伊52」が発見された。