隠れ里では、里の発展具合に応じた内容のスケジュールを組んでキャラクターを育てていくことが出来る。組めるスケジュールには刻限が定められており、この刻限の最大数は前回の戦闘で経過した時間が影響する（一定ターン数以内でクリアすることで多くの刻数を得ることができる）それぞれの戦闘幕にて最大刻数が決まっており、戦闘をどれだけ早く終わらせてもそれ以上の刻数は得ることが出来ない。組めるスケジュールには体力や筋力、術力、各種専用術といったキャラクターを強化するものの他に、家屋の増築や馬の買い付けといった隠れ里の発展を行うものと、行商・用心棒といった金策、薬草・薬物・武器・からくり等の開発生産がある。後半になると開発や生産を行うために特定のアイテムや技術が必要になるものもある。
幕前に語りが入り、その後に出撃画面へと移る。隠れ里で育てたキャラクターたちから出撃メンバーを選出し、武器や馬、道具の付け替えを行って出陣する。戦闘は32×32マスの盤面マップで行われ、キャラクターを1ユニットとしてマス上で動かしていく。マップは3Dだがキャラクターは2Dとして表示される。戦闘刻限は100ターンまで。攻撃や術などを使用した際には専用のカットインアニメか、マップ上でエフェクトアニメが挿入される。属性には武器による攻撃スタイル「斬る・叩く」と、一部の武器と術による「火・水・風・地・金・精」がある。マップ中には隠しアイテム、隠しイベントといったものが配置されており、これらの入手やアクションを起こすには誰でもよいものと特定のキャラクターでしか起こせないものに分かれている。
舞台は戦国時代の日本。大名、武田信玄が人知れず育ててきた忍軍、はぐれ透波。はぐれ透波の忍びである主人公・藤丸は、幼い頃から下界を知ることなく隠れ里で育ってきた。信玄が急死した事によって自由を手に入れたはぐれ透波の面々。だが、いずれ脅威となるであろう忍の集団である彼らを、世の有力集団が見逃すはずは無く、各々の思惑を持ってはぐれ透波の抹殺を画策する。血で血を洗う激動の時代、文字通り「はぐれ忍軍」となったはぐれ透波の、生き残りを賭けた戦いが始まる。
戦国時代末期の忍者を中心とした和風シミュレーションRPG。史実と違って忍者が侍よりも強い影響力を持っている世界として描かれ、戦国時代でありながらミサイルやレーザー、バーニアなどといった近代兵器が「からくり」として登場し、物語は戦国ファンタジーとして展開していく。ゲームはキャラクターを駒のように動かして敵キャラクターと戦っていく戦闘パートと、武具や薬草等の開発やキャラの修行等を行う育成パートを交互に行っていくという、戦略+育成SLGというやや特殊なスタイルで構成されている。体力が0になってしまったキャラクターの蘇生が不可能、攻撃やキャラに付けられている属性をゲーム中で確認できない、戦闘マップでの途中セーブ不可、複数面にまたがる一部のマップでは人選が変更不可（特定の仲間を引き連れていないと行えないイベントもある）、ゲーム中盤以降は一定数以上のキャラクターが生存していないと強制的にゲームオーバーになるなど、難易度は高い。さらに真のエンディングを見る場合、全てのキャラを仲間にして全員生存させ、隠しマップを全てクリアするなど、複数の条件を満たさなければならず、難易度が跳ね上がる。これらに関してゲーム中や、ソフトに付属している説明書および「忍者大全」から多少のヒントを得ることができるものの条件模索すらも困難なものが大半で、攻略本などで情報収集しないと達成はほぼ不可能なバランスになっている。
コン・エジソンの事務員であるアリス・ケリーは、重大な健康被害を理由とした労働者災害補償保険の申請から犯人を割り出そうとしていた。 1957年1月18日、直接的・間接的に脅すといった「問題のある」社員が申請した労働者災害補償保険の最後の組を調べる中で、ケリーはあるファイルを見つけ、「不正義」（"injustice"）と「完全に不具になった」（"permanent disability"）という言い回しに赤線を引いた。これらの言葉は、 ジャーナルアメリカンに掲載された公開書簡にも含まれていた。 このファイルの申請者こそジョージ・メテスキーであり、1929年から1931年まで勤務していた彼は、1931年9月5日に発電プラントの事故に巻き込まれた記録があった。 また、ファイルに同封されていた手紙にも「卑劣な仕打ち」（ "dastardly deeds"）という言い回しがあり、ジャーナルアメリカンに掲載された公開書簡と似たような内容だった。 その日の夕方5時前、警察は爆弾魔がメテスキーであることを特定した。 当初警察は、この知らせをたくさんある手掛かりのうちの一つであるとしか考えていなかったが、ウォーターバリー警察には、メテスキーならびに 17 Fourth Streetにある彼の自宅に対して慎重に捜査するよう伝えた。逮捕後のメテスキーの供述をうけ、ニューヨーク市警察の刑事たちはそのファイルを探そうと思った。のちに出された捜査報告書の中で、ケリーがメテスキーのファイルを見つけたことで捜査は大きく進展したことや、月曜日の朝に、多くのファイルの中のうちのひとつにしかすぎないと思った刑事がコン・エジソンの社屋内でそれを受け取ってしまったと勘違いしたことが語られた。ニューヨーク市警察は、ケリーがメテスキーの逮捕に結びつく手がかりを与えたと公式に声明を出したが、ケリーは自分の仕事をしたまでと述べ、26,000ドルの報奨金の受け取りを丁重に辞退した。 また、ケリーと会社はもちろん、株主たちの勇気をたたえるため、コン・エジソンの取締役会も報奨金の受け取りを辞退した。捜査の再評価を行った捜査官は、コン・エジソン側が2年間に何度も「1940年より前に切れたサービスの記録は破棄しました（ので、犯人に関する記録はありません）」と主張するため、捜査が難航したと振り返っている。 メテスキーに関する記録は1月14日付のものだけが残っていたが、それは機密情報という扱いであり、警察から正式な要請があっても、コン・エジソン側が「この書類は法廷書類であり、手に入れたければ、法務部を通すように」と主張したことも、捜査が遅れる原因の一つであったと捜査官は振り返っている。 コン・エジソンの代表者は誤解が原因で捜査に遅れが生じたと述べている。