名古屋ターミナルビル（名古屋バスターミナル）の1階にJRハイウェイバスのりば（JR東海バスなどが発着）、2階・3階に名古屋市営バスが発着していたが、ターミナルビル取り壊しのためJRハイウェイバスは2010年12月9日に太閤通口へ移転、名古屋市営バスは同年12月23日より駅周辺に移転していた。2017年4月1日、JRゲートタワーとJPタワー名古屋の1階に新たに名古屋駅バスターミナルを整備。桜通口周辺に散らばっていた停留所が集約された。
太閤通口には、いわゆるツアーバスなど貸切バスや団体バス用の乗降スペースが2箇所ある（愛知県バス協会が管理）が、2013年7月31日から新高速バス制度施行に伴い、高速ツアーバスから移行した事業者が新たに停留所を設置した。なお、一部の便はささしまライブ駅近くの名古屋南バス停から発車する。
桜通口にあったバスターミナル（名古屋ターミナルビル）の取り壊しに伴い移転し、2010年12月9日より使用開始した。JR東海バスなど運行会社では「名古屋駅（新幹線口）」と呼称している。桜通口に市バスターミナルが復活した後も引き続き使われており、元の場所には戻らなかった。
太閤通口は「新幹線口」「西口」「駅西」とも呼ばれる。また「駅裏」と呼ばれることもある。地下にはエスカ地下街がある。駅北西には大手予備校や学習塾が進出し学生街や若者街として発展している。付近にはアニメショップや同人ショップが林立し、オタク街としての一面も持つ。また、会員制ツアーバスやジェイアール東海バスのバスが発着する。駅前広場はテレビ番組のロケでよく使用される。桜通口や広小路口側に比べると開発が遅れていることから、少し入ると昔ながらの商店が多く残っている。かつて花街として栄え、現在は特殊浴場街である大門（おおもん）地区も徒歩圏内である。
旧来から名古屋の玄関口で、バス・地下鉄・近鉄・名鉄やJR間の乗り換え客などで人通りが多く商業施設も多い。主な大型商業施設は、JRセントラルタワーズを筆頭に、近鉄パッセ・名鉄百貨店本店・ヤマダ電機・ミッドランドスクエア・名鉄レジャックなどがある。また市バスターミナルの他、市内最大のバスターミナル「名鉄バスセンター」もある。地下にはサンロードやメイチカ・ゲートウォーク地下街・ユニモール・ミヤコ地下街と広大な地下街が広がる。
名古屋市中村区と西区に置かれている。中村区名駅は1丁目から5丁目まで、西区名駅は1丁目から3丁目まで設置されている。名古屋駅は中村区名駅1丁目と西区名駅1丁目に跨っている（ただし、駅ビル（セントラルタワーズ）など駅建築施設の大半は中村区側にあり、西区に所在するのは駅構内のホーム下り側（岐阜方面）半分のみである）。
本庄駅が管理するJR東日本ステーションサービスが駅業務を受託する業務委託駅である。単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅で、橋上駅舎を有している。また、留置線が2線ある。かつては1番線と2番線の間にも中線が存在していたが、既に撤去されている。みどりの窓口・自動改札機・指定席券売機・多機能券売機を設置している。橋上とホーム両方に冷暖房付きの待合室を有し、橋上には市民ギャラリーや市民サービスセンターもある。初電 - 6:30の間の改札はインターホンを使用しての対応となっている。改装された現在の駅舎は東京駅の赤レンガ駅舎をモチーフにしたデザインで、「ミニ東京駅」とも呼ばれる。これは、大正時代に竣工した東京駅・丸の内口駅舎の建築時、深谷に所在する日本煉瓦製造で製造された煉瓦が70km以上離れた東京駅まで鉄道輸送されて使われた史実に因む。ただし、この深谷駅舎自体はレンガ構造ではなく、コンクリート壁面の一面にレンガ風のタイルを貼ることによって東京駅に似せている。これはレンガが線路上に剥落する可能性が指摘されたためである。本物のレンガではないものの夜間ライトアップ時を含めて人気は高く、撮影する地元利用者や遠方から訪れる鉄道ファン・観光客が絶えない。改築時には約35億円が投じられた。1994年（平成6年）8月着工、1996年（平成8年）7月10日の始発列車から供用を開始した。鉄骨造り3階建てで、駅施設部分は約1200平方メートル、このほかに深谷市の行政施設として約1800平方メートルが充てられている。ホーム有効長は15両編成に対応しており、朝の当駅始発と夜の当駅止まりの列車、輸送障害時に急遽岡部駅または本庄駅で折り返す列車は15両編成で発着する。高崎線で運行される15両編成の普通列車・快速列車は、前述の列車を除きすべて籠原駅で連結・切り離しを行う。2017年度末までは、1番線は有効長は14両で、普通・快速列車では10両編成のみ入線が可能だった。2018年5月現在、当駅始発・止まり列車は変わりなく、定期列車で15両編成のまま岡部駅や本庄駅で折り返す列車の新規設定もない。通常は上り列車が1番線、下り列車が2番線を使用するが、3番線は臨時用の下り待避線となっている（2010年12月3日までは、定期列車で3番線から高崎方面に向かう設定があった）。この3番線は大宮方面への折り返しにも対応しているため、21時過ぎ（土曜・休日は20時台終わり）に1編成が当駅到着後停泊となり、翌朝の折り返し始発として平日6時台の上り上野行き（土曜・休日は7時台の上野東京ライン）として運用されている。なお高崎方面から向かう上り列車は待避ができない。2006年（平成18年）4月1日から、発車メロディが深谷ねぎのイメージソング『おねぎのマーチ』に変更された。