山崎家が統治した時代に入ると、町は東へ発展しだし、通町周辺までが城下町のエリアが拡大していったと考えられる。山崎家治が入封した4年後の正保2年（1645年）に幕府に提出したと思われる『正保城絵図』では、城郭には内堀と外堀とに囲まれ、さらに外堀東側は東汐入川に続き河口から海浜地域へと続く。西側では外堀から分かれた堀が途中北へ屈曲しつつ船頭町（現在の本町西側）で海に流れ込んでおり、東西はおよそその範囲が当時の城下とされている。またこの図会では、南条町、塩飽町、現在の本町である横町、三浦とされている、御供所町、西平山、北平山が古町と記されている。図会では、現在の大手町、城東町二丁目、六番丁から十番丁周辺に侍屋敷や歩者屋敷、足軽屋敷が記されており、当該エリアに侍屋敷が形成されていたと考えられる。その他、一部古町や新町と記載のある地域にも、侍屋敷等が確認できる。外堀の西、現在の城西町二丁目や中府町五丁目、城下の東南にあたる部分に、足軽屋敷等の記載がある。外堀内にまた、現在の富屋町から葭町西部までのエリアが新町として記されていることから山崎氏時代に当該地域が開発され、城下町が東進したと考えられる。また、現在の葭町東部から風袋町、瓦町、御供所町と北平山の南部が、畑と記載されており、これらの地域が当時、町としてまだ開発されていない地域であったことが考えられる。さらにこの時代に、近隣地域の多度津や塩飽諸島などから豪族を呼び入れ、後にそれらは見附屋、唐津屋、塩飽屋、三島屋、を名乗る地域の豪商となり丸亀の城下町の繁栄に寄与した。
丸亀城築城のころに、那珂郡郡家に大池をつくり南条郡国分村の池を拡張して香西郡笠井村の池などを掘らせたことが生駒家の歴史を生駒親孝が記したとされる『讃羽織綴遺録』に伝えられているが、南条郡の池付近の村民を城下に移住させたのが現在の南条町であり、また豊臣秀吉が生駒氏に朝鮮出兵を命じた際に従った塩飽諸島や鵜足津（現在の綾歌郡宇多津町）の水夫とのかかわりができたがそのうちの南条町の東側に塩飽出身の有志を住まわせたのが塩飽町の発祥とされる。これら南条町、塩飽町に本町をいれたエリアは、丸亀城に最寄りの海浜地帯である丸亀浦において西の微高地であり、ここに町を形成した。さらに慶長6年（1601年）に三浦と呼ばれる、現在の丸亀市御供所町、西平山、北平山の三か所に現在の宇多津町及び坂出市から280人の水主を呼び寄せ、集落を形成し町を形成した。。これらが生駒氏時代に形成された町であり、古町と記された絵図によってわかる。
丸亀平野北部に位置する岩頸である亀山に築かれた丸亀城を核に形成された城下町で、北は福島湛甫と新堀湛甫、東は東汐入川、南は南御門、西は塩屋口と中府口に囲まれた地域。
アウラングゼーブは先述したように若年よりスンナ派に沿った生き方をし続けた人間であり、サティーシュ・チャンドラは「生きた聖者」、ウィリアム・ノリスは「宗教に全てを捧げたムガル王」とさえ呼んでいる。近藤治は、アフマド・シルヒンディーの思想がアウラングゼーブの考えた方につながり、ひいてはその統治に大きな影響を与えたと述べている。アウラングゼーブの書簡の中で最も多い話題は、神（アッラー）への恐れであった。また、アウラングゼーブはその生涯で数度にわたって自らコーランの書写を行っている。アウラングゼーブの私生活は禁欲主義に基づいて、宝石はほとんど身に着けず、値段の安い服を着ている質素倹約なものであった。そればかりか、自ら貴族のために作った帽子、装飾文字で書かせた自身のデリー近郊にあった小さな農場などから得られる僅かな収入だけで私生活を賄おうとした。彼はペルシア語の詩作を趣味とし、良馬を好み、果実を好物としていた。アウラングゼーブは皇位継承戦争のおいては3人の兄弟を抹殺する非情な手段をとったが、帝位が盤石になると人間味を表し、とりわけ身分の低いものには見せるようになった。アウラングゼーブはもともと謙虚で、自分に厳しく他者の弱点には寛大な人物であった。ただ、アウラングゼーブが血塗られた勝利を得たことで、多くのヒンドゥー教徒やイスラーム教徒に悪評を加えさせてその悪名を定着させ、怪物に仕立て上げようとしたが、その実像はかけ離れたものであったという。また、アウラングゼーブは若いころに一度だけヒンドゥーの踊り子に情熱的な恋をし、音楽といった快楽を求め続けるような生活をしていたことがあった。フランシス・ロビンソン曰く、その踊り子が死ぬことさえなければ、そういう快楽に溺れたままであったかもしれないという。シャー・ジャハーンの治世とは違い、アウラングゼーブの治世に文化は衰退した。建築は宗教関係に限られ、宮廷にいたムガル絵画の画家集団は解散させられ、ヒンドゥスターン音楽への保護も打ち切られた。アウラングゼーブが帝国の文化事業に終止符を打ったのは、シャー・ジャハーンやダーラー・シコーがその保護者であったからと考えられている。しかし、宮廷にいたムガル絵画の画家はラージプート諸王国に仕え、ラージプート絵画の発展に寄与し、18世紀にラージプート絵画が最盛期を迎える端緒をつくった。アウラングゼーブはアクバル帝以来ムガル帝国で進められてきたイスラーム教徒と非イスラーム教徒の融和政策と、その結果として一定程度実現された信仰の自由と宗教間の平等を破壊し、シャリーアの厳格な適用によってイスラームの優位に基づく秩序を復活させた。故にイスラーム復古主義者の間ではアウラングゼーブを「護教者」とする見解が主流だが、現代的な多元主義者は、アウラングゼーブはイスラームの中からムスリムとズィンミーという二元的関係に基づく「不平等の共存」を越えた真の多元主義が生まれる芽を摘んだという意見をもっている。パキスタンでは建国の経緯からイスラーム復古主義と世論の親和性が強く、アウラングゼーブは国民的英雄とされており、インドでアクバルが尊敬されているのと対照的である。