2005年からは、フランスの大メーカー、プジョーに移籍するが、前年から投入された307WRCの挙動に馴染めず苦戦。フィンランドから投入されたプログレッシブ・ダンパーがドライビングにマッチし3位に入るものの、フォード時代の速さは影を潜めてしまう。その不調のなか、不幸な出来事が襲う。2005年9月18日のラリーGBレグ3、序盤のSSの左コーナーでクラッシュ。不運なことに、そのコーナー側にあった立ち木が助手席側にめりこむ形でマシンはストップ。この事故によって、全幅の信頼を置いていたコ・ドライバーのマイケル・パークが亡くなってしまう。この出来事によって、ラリーGB以降の参戦を見合わせ、その年の終盤、正式にWRC引退を表明した。ラリーGBでのアクシデントが原因かと囁かれたが、後のインタビューでWRCにおけるドライバーのコスト的負担や、運営がスポンサー寄りになりつつある風潮に嫌気がさし、30歳を区切りとして引退するつもりでいたと明かした。引退後、ラリー界に関わることはないとコメントしていたが、2008年から再起を狙う古巣スバルに復帰し、インプレッサWRC2008の開発に携わる。スバルのWRC撤退後はフォードでフォーカスWRCとフィエスタS2000およびフィエスタWRCの開発に関与し、また2010年9月にはミニ・ジョン クーパー ワークス WRCのテストにも参加した。一方で個人所有のラリーチームを結成し、エストニア・ラリー選手権に若手を送り込んでいる。母国の後輩オット・タナクのWRCへのステップアップを支援し、その後もタナクの個人マネージャーを務めている。自身は競技生活からは一切離れる予定であったが、近年ポルトガルやエストニアなどのWRCおよびインターコンチネンタル・ラリー・チャレンジ (IRC) 以外のラリーイベントにエントリーするようになった。
2000年からは、イギリス人コ・ドライバー、マイケル・パークと組み、カローラWRCで引き続きWRC参戦を継続。その年の8月に、スバルとワークス契約を交わした。当初、同時期に契約を結んだペター・ソルベルグとのジョイントナンバー2扱いとみられたが、2001年シーズンが始まると、開幕戦のモンテカルロ以降一度もワークスノミネートされることはなく、フル参戦の契約にもかかわらずシーズン途中には欠場することもあった。結果的にソルベルグを優遇した扱いに不満を爆発させ、シーズン中にフル参戦を条件にフォードと契約を交わした。2002年から、フォードのワークスチームに移籍。念願のフル参戦が叶い、その年のベストリザルトは、ソルベルグとの接戦の末に掴んだ最終戦のグレートブリテンでの2位だった。フォードのWRC活動予算の削減で、コリン・マクレー、カルロス・サインツらが去ると、2003年からフォードのエースを務める。前年のフル参戦でめきめきと頭角を表していたが、ライバルよりもパフォーマンスの劣るマシンが祟り序盤は低迷した。だが、スバルから移籍してきたクリスチャン・ロリオーが手がけたフォード・フォーカスWRC03を得ると、持てる速さを遺憾なく発揮。アクロポリスで待望の初優勝を飾ると、フィンランドではマーカス・グロンホルムとの死闘の末に勝利を掴み取った。この年の活躍により、ソルベルグやセバスチャン・ローブと並んでWRC若手御三家と称され、将来のチャンピオン候補と言われた。2004年は、メキシコでの勝利以降コンスタントな結果を挙げていたが、シーズン中盤に入ると経営不振に陥ったフォード本社の影響で、来シーズン以降の参戦危惧が囁かれ始める。だが、マルティンはWRCの中でも特に厳しいラリーといわれるカタルニア、ツール・ド・コルスで見事勝利を挙げ、それによりフォード本社は2005年以降のWRC参戦を決断。フォードのワークスラリー活動継続に大きく貢献した。
「ビリー」ことウィリアム・サイアニスは、1895年にギリシャ王国アルカディア県パレイオピルゴスで生まれる。1912年1月4日に移民としてアメリカに移り、シカゴに定住して居酒屋に勤務するようになる。1934年、1919年から続いた禁酒法が撤廃されてから2か月後にビリーはシカゴ・スタジアムの向かいに居酒屋「リンカーン・タヴァーン」を開く。同じ年の夏、店の外の通りを走っていたトラックの荷台から、1頭の赤ちゃんヤギが落ちた。ビリーは赤ちゃんヤギを助けて看病し、健康を取り戻したヤギに「マーフィー」と命名。ついでに、店の名前にヤギを取り入れて「ビリー・ゴート・タヴァーン」と改名した。改名後の「ビリー・ゴート・タヴァーン」は、1940年代のシカゴにおいて多くの客が訪れた店となった。ビリーは、「マーフィー」を店の看板として活用していたが、やがてビリー自身もヤギのようなひげを蓄えるようになった。また、店の宣伝のためにシカゴのあらゆる場所に「マーフィー」を連れて行くようになった。ビリーはシカゴに定住してから、ずっとカブスのファンであった。1945年10月6日、リグレー・フィールドで行われたワールドシリーズ第4戦の観戦のため、ビリーは7ドル20セントのチケットを2枚購入した。1枚はビリー、もう1枚は「マーフィー」の分であった。試合開始前、ビリーは対戦相手のデトロイト・タイガースを意識して『われわれはデトロイトのヤギを頂戴した』 (We Got Detroit's Goat) と書かれた服をまとわせた「マーフィー」を公開した。かねてからビリーは「マーフィー」がカブスに幸運をもたらすと信じており、当日のリグレー・フィールドには42,922人の観客と「マーフィー」が入るはずであった。ところが、リグレー・フィールドに入ろうとしたビリーと「マーフィー」は、案内係に入場を阻止された。ビリーはカブスの勝利のためにはぜひとも「マーフィー」を入場させなければならないと抗議するが、話は進展しなかった。たまらずビリーはカブスのオーナーであるフィリップ・K・リグレーにも「マーフィー」の入場を訴え出たが、これに対してリグレーはヤギを中に入れることはダメだと答え、これに対しビリーが「ヤギだからか？」と問いかけると、リグレーは「ヤギは悪臭を放つからだ」と答えた。悪臭を理由に「マーフィー」の入場を拒否したリグレーに対してビリーは、「カブスはこれ以上勝つことはない。ヤギがリグレー・フィールドに入ることが許されない限り、（カブスが）ワールドシリーズを制することはない。」(The Cubs ain't gonna win no more. The Cubs will never win a World Series so long as the goat is not allowed in Wrigley Field.) と言い放った。（実際は4回まで球場内で試合を観戦していたものの、周囲の客からの悪臭に関する苦情が元で追い出されたとする証言もある）ビリーの家族は、ビリーがリグレーに対して直接ではなく電報で「カブスは、このワールドシリーズには勝てない。また、別のワールドシリーズにも行けない。あなたは私のヤギを侮辱したため、（カブスが）再びワールドシリーズに進出することはないだろう」と「呪いをかけた」と主張している。ワールドシリーズ第4戦と第5戦はカブスが敗戦し、第6戦こそサヨナラゲームで制して3勝3敗のタイに持ち込んだが、タイガースのエースであるハル・ニューハウザーが第5戦に続いて第7戦に登板して勝利し、カブスは敗退した。敗退後、ビリーはリグレーに次のような電報を送った。「『臭い』と言ったのは誰だろう？」(Who stinks now?) 。ビリー・サイアニスは1970年10月22日早朝、自宅にしていたセントクレア・ホテルで急死した。コラムニストのマイク・ロイコはビリーの死に際し「シカゴの偉大なる居酒屋の主」と称え、続いてビリーの死のタイミングに関して「店は5時間だけ閉めているが、彼はその5時間の間に死んだ。まるで典型的なヤギのようであったが、いずれにせよ、彼は良い実業家であった。」と記した。