アペピという誕生名に冠せられた即位名には、ネブケペルラー、アケンエンラー、アウセルラーの3つがある。近年までこれら3つの名前がアペピという王が複数いたことを示しているのか、あるいは第11王朝のメンチュヘテプ2世がホルス名を次々と変更したように、同一の「アペピ王」が次々と即位名を変えていったものであるのかはよく分かっていなかった。特に、アウセルラー・アペピはしばしば、アケンエンラー・アペピ1世とは別人で、その死後に王位を継承したアペピ2世であると仮定されていた。だが現在では、この二つはどちらも一人の人物が用いた名前で、アペピ王の後継者はカムディという名の王であったとする説が主流となりつつある。
ヒクソスの王たちの中では比較的多くの記録が残っている人物で、トリノ王名表によれば、40年間エジプトを統治した。第15王朝は主にデルタ地帯の東部からパレスティナまでの地域を直轄領として支配し、それ以外の地域は土着の支配者たちに貢納の義務を負わせて従属させる形をとっていた。彼の治世はこのようなヒクソスによるエジプトの支配体制が最も盤石だった時代であったと考えられる。実際、土着のエジプト人による第17王朝が治めていたテーベ周辺の地域でもヒクソスによる建築活動の痕跡が見られ、アペピの名を記した印章は遠くヌビアでも見つかっている。アペピの治世の半ば頃まで、テーベの王国との関係は概ね良好であった。だが平穏な時代が続いたことで第17王朝は徐々に力をつけ、アペピの治世の後半には第15王朝の支配を脅かすようになったと考えられる。第19王朝時代に記録された説話『アポフィスとセケンエンラーの争い』によれば、アペピ（アポフィス）は、テーベのアメン神殿の聖なる池で飼われていたカバの鳴き声がうるさく、安眠ができないので殺すように要求した。このような理不尽な命令に対して、テーベを治めるセケンエンラーはアペピの使者を親しく迎え入れ、二心なきこと誓った。この話におけるアペピには、不穏な動きを見せるテーベに対して、アヴァリスの権威を改めて承認させる意図があったと考えられる。この逸話が史実とは言い難いが、実際、セケンエンラーの時代に第17王朝は第15王朝に対して反旗を翻し、異民族支配の打破を大義名分として戦争を開始した。戦いは長く激しいものであったが、第15王朝は第17王朝に対して勝利を収め、セケンエンラーを戦死させた。その後継者のカーメスはヒクソス領の奥深くまで侵攻し、一時はアヴァリスを包囲するに至ったが、その直後に早世した。カーメスの跡を継いだセケンエンラーの子イアフメス1世は幼少だったこともあり、第15王朝との戦闘は中断された。しかし、カーメスの死期に前後してアペピもまた死去したと思われる。
1997年のMLBドラフトでフロリダ・マーリンズから三塁手として3巡目（全体96位）指名され、プロ入り。入団当初は若手有望株と期待されていたが、2シーズンをルーキー級、2シーズン半をA級及びA+級で過ごすことになった。1999年途中には外野手にコンバートされた。2001年はAA級ポートランド・シードッグスでプレーし、64試合で打率.257という成績だった。2002年も引き続きポートランドでプレーし、打率.294という結果だった。2003年はマーリンズが提携先を変えたため、引き続きAA級の所属となったもののチームはカロライナ・マドキャッツに変更。この年は93試合で打率.320という結果を残し、実力を証明したアギーラは翌年の2004年にはマーリンズのスプリングトレーニングに招待された。アギーラは2004年の開幕メジャー入りは逃したものの、監督のジャック・マキーオンに印象を与えることになった。AAA級アルバカーキ・アイソトープスでは打率.312を残し、マーリンズでメジャー初昇格を果たす。この年は29試合の出場にとどまった。2005年は開幕メジャー入りを果たした。ミゲル・カブレラ、フアン・ピエール、フアン・エンカーナシオン、ジェフ・コーナインに続く5番手の外野手としてプレー、しかし主な役割は代打となった。始めの2か月ではわずか16打数しか立てず、5月27日にはAAA級アルバカーキに降格した。AAA級アルバカーキでは正中堅手として起用され、35試合で打率.351・7本塁打・25打点と活躍し、7月7日にはジョシュ・ウィリンガムが故障者リスト入りしたことに伴いメジャーへ復帰した。この年の残りはマーリンズでプレーしたものの、引き続き代打としての起用が主で先発出場は12試合に終わり、そのほとんどが怪我のエンカーナシオンの代役としてのものだった。結局78打数で打率.244、本塁打ゼロ、4打点という結果でシーズンを終えたアギーラはこのオフはドミニカウインターリーグでプレーをした.。2006年も開幕メジャー入りを果たした。ハーミダが控えの間、マーリンズがジョー・ボーチャードと契約するまでは右翼手として出場。ボーチャードと契約後はエリック・リードやレジー・アバークロンビーと中堅手を争うことになった（ウィリンガムは時々捕手として出場したものの、ほとんどは左翼手として出場）。リードは35打数4安打と不調だったためにAAA級アルバカーキへ降格したものの、その間にアバークロンビーは11試合連続安打を放ち、アギーラは出場機会を奪われ、5月3日以降の16試合で先発はわずか3試合だった。5月26日にはシンシナティ・レッズからコディ・ロスをトレードで獲得、そのためアギーラはAAA級アルバカーキへ降格することになった。3Aアルバカーキでは打率.383（47打数18安打）・1本塁打・13得点を記録し、ウィリンガムが故障者リスト入りしたためにマーリンズへ昇格した。その後再びAAA級アルバカーキに降格したがマイナーのシーズン終了後は再び昇格し、8試合で9打数3安打という内容だった。先発出場は1試合も無かったものの、フィラデルフィア・フィリーズ戦では二塁打を含む3打数2安打と活躍し、このシーズン最後の勝利に貢献した。オフの10月13日、マーリンズはアギーラのメジャー契約を解除した。