2012年4月4日から2014年2月19日までNHK Eテレ『大!天才てれびくん』内で毎週水曜日に放送された。オープニングを含め7分間のショートアニメーションとなっている。アニメの放送は1年間の予定だったが、2013年4月からさらに1年放送され、計2年間放送された。全60話。基本的には原作に沿った内容になっているが、放送時間の都合上、カットされているシーンや原作から変更されているシーンもかなり多い。また、原作では出番があるもののアニメ版には登場しなかったり、原作と明らかに設定が変わっているキャラクターが多数存在する。アニメオリジナルストーリーやアニメオリジナルキャラクターも存在する。ディズニーチャンネルで再放送されたほか、インターネットテレビ局「AbemaTV」の家族アニメチャンネルにて2016年5月30日より再放送（2本立ての30分枠）された。キッズステーションでも放送されている。DVDは、上巻と下巻の2巻が発売され、1話から32話までが収録されている。33話以降（放送では2年目）はメディア化されていない。
当作品には、著者の石崎洋司が考案したキャラクターと、「読者キャラクター」と呼ばれる読者のアイディアを参考にして作られたキャラクターが登場する。このページでは、石崎が考案したキャラクターには名前の前に※印をつけて表記する。
東京の小さな町に住む小学5年生のオカルト好き少女・黒鳥千代子（チョコ）のもとに、紫苑メグ、一路舞、春野百合という三人の少女が訪ねてきた。三人は新しいクラスで一緒になった少女たちである。彼女たちは美男子・三条ショウが誰のことを一番好きなのかを知りたくて、オカルトに詳しいチョコに「キューピットさん」でショウの本命を占ってもらおうとする。しかし、チョコは花粉症で鼻づまりだったため、「キューピットさん、キューピットさん、南の窓からお入りください」というごく普通の呪文を「ギュービッドざん、ギュービッドざん、南の窓がらお入りぐだざい」と唱えてしまう。そして、呼び出されたのはキューピットさんではなく、なんと性悪でオヤジギャグ好きな美人黒魔女・ギュービッドだった。ギュービッドは火の国の王立魔女学校出身のインストラクター黒魔女で、チョコはギュービッドのもとで黒魔女修行をさせられるハメになってしまう。そしてこれが、チョコの長く、険しく、おもしろい黒魔女修行の始まりだった。
ひょんなことから黒魔女・ギュービッドを召喚してしまったオカルト好きの小学生・黒鳥千代子（通称・チョコ）が、ギュービッドの元で黒魔女修行をしながら様々な冒険を繰り広げるマジカルコメディー。基本はチョコが住んでいる町を中心とした短編が多いが、時にはひょんなことから魔界に赴いて、ギュービッドや妹弟子の桃花・ブロッサムと一緒に冒険を繰り広げるシリアスな長編の話もある。出てくるキャラクター、特に女性に美形が多いのが特徴。事実上の第一話は、2005年7月に発売された青い鳥文庫のアンソロジー「おもしろい話が読みたい! 青龍編」に収録されている「黒魔女さんが通る!!」。2005年9月にシリーズ1作目となる「黒魔女さんが通る!! チョコ、デビューするの巻」が発売され、2015年12月に発売されたシリーズ20作目「黒魔女さんが通る!! PART20 奇跡の5年1組、解散!?」でいったん最終回を迎えている。2016年からは主人公・チョコの進級に伴い、「6年1組 黒魔女さんが通る!!」とタイトルを改めて引き続き新作が発表されている。2015年3月までに読める本は番外編なども合わせて34冊。シンエイ動画によって、2012年4月4日から2014年2月19日までNHK Eテレのバラエティ番組『大!天才てれびくん』内の1コーナーとしてアニメ版が放送されていた。
1568年5月にカトリックのスコットランド前女王メアリー（プロテスタント貴族たちに王位を追われていた）がスコットランドを脱出してイングランドへ亡命し、エリザベスに援助を乞うたが、そのままイングランドで軟禁状態に置かれる事件があった。また同年12月にはネーデルラントでプロテスタント反乱の鎮圧に当たるアルバ公への軍資金を乗せたスペイン船がイングランドに漂着するも拿捕される事件があった。こうした政治情勢から宮廷内ではレスター伯爵を中心に宰相ウィリアム・セシルを排除しようという動きが活発化し、また第7代ノーサンバーランド伯爵トマス・パーシーや第6代ウェストモアランド伯爵チャールズ・ネヴィルらカトリック北部諸侯の間ではメアリーをイングランド王位に付ける計画が推進されるようになった。メアリーもその計画に前向きであり、彼女は自分とノーフォーク公の結婚計画を積極的に推進し、北部諸侯（彼らは結婚計画にはあまり乗り気ではなかった）の同意を得た。ノーフォーク公爵は自分はカトリックではないと主張していたが、最終的にはメアリーと結婚する決意を固めた。ただしノーフォーク公にとってこの結婚計画は大逆のためではなくイングランドの国益を考えてのことであった。エリザベスがメアリーをスコットランド女王に復位させた時、イングランド貴族が夫になっている方がスコットランドとイングランドの関係が好転させやすいし、またメアリーをカトリックの陰謀から引き離すことができるからである。しかしエリザベスがそのように捉える保証はなく、エリザベスが自分への大逆罪と認定した場合はノーフォーク公以下推進者は全員処刑されてしまうので、ノーフォーク公にとってもこの計画は博打だった。エリザベス女王にいつ、どのような形で結婚計画を上奏するか思案しているうちに噂が宮廷中に広まり、1569年9月頃には宮廷内の緊張が高まった。計画から手を引いたレスター伯爵の告白を聞いた女王は「ノーフォーク公爵とメアリーが結婚すれば、私は4か月以内にロンドン塔送りとなるであろう」と激怒した。女王の召還を受けたノーフォーク公は、やむなく計画の一部始終を女王に上奏したが、女王から凄まじい叱責を受けた。これにより宮廷に居づらくなったノーフォーク公は1569年9月16日に女王の許可を得ることなく独断で宮廷を退去し、ロンドンの屋敷に引きこもり、病気を理由にして参内を拒否するようになった。