食糧法を大幅に改正する主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律等の一部を改正する法律（平成15年法律第103号）が2004年（平成16年）4月1日に施行され、従来からの農業従事者に限らず誰でも自由に米を販売したり流通させることが出来るようになるなど、1995年の食管法廃止・食糧法制定に匹敵するような制度改革が実施された。この大幅改正後の食糧法は、それまでの食糧法と区別するため「新食糧法」あるいは「改正食糧法」と呼称される。法改正により、米穀の販売については、従来は登録制であったが、これが届出制になった。すなわち、47条1項は、「米穀の出荷又は販売の事業（その事業の規模が農林水産省令で定める規模未満であるものを除く。第五十九条において同じ。）を行おうとする者は、農林水産省令で定めるところにより、あらかじめ、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない」と規定している（届出制について参照、）。また。米穀の輸入についても、一定額を支払えば自由に行うことができるようになった。34条1項は、「米穀等の輸入（関税法 （昭和二十九年法律第六十一号）第二条 に定める輸入をいう。以下この項及び第四十五条第一項において同じ。）を行おうとする者は、国際約束に従って農林水産大臣が定めて告示する額に、当該輸入に係る米穀等の数量を乗じて得た額を、政府に納付しなければならない」と規定している。
1970年代になると、食生活の変化の影響で、米が余るようになり、備蓄米が年間生産相当量まで達する事態も生じた。このため、日本国政府が主導して減反政策を推進してきたが、2004年（平成16年）に方針を転換し、2018年（平成30年）に減反政策をやめることになった。
1994年（平成6年）12月14日、主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律（いわゆる食糧法）が公布、一部の条項を除き翌1995年11月1日に施行され、これに伴い食糧管理法は廃止となった。また、制度の呼称としての「食糧管理制度」も内容の変更に沿って「食糧制度」に改められた。ただし、食糧管理特別会計（2007年度から食料安定供給特別会計）・食糧管理勘定など、一部の用語には「管理」の文字が残った。食糧法の施行により、農家が自由に米などの作物を販売できるようになった。これはその後の米輸入解禁に備え、あらかじめ自由に米を流通させることで日本国内の農家の競争力・対応力の向上を目指したものである。一方で、政府による管理は緩和されることとなった。
17世紀後半、日本国内の銅の産出量低下、および銅貨の原料としての銅の国内需要の高まりによって、輸出用の銅が不足する事態が起きていた。銅の代わりに俵物を輸出品にしようという政策に対し、当時の老中松平定信は長崎会所の乱脈経営を批判し、貿易の削減と会所の改革を目指した。天明8年（1788年）に、同僚の長崎奉行の末吉利隆が長崎在勤中に処罰を受けたため貿易業務は滞った。国内の銅不足とあいまって、貿易用の銅搬入が遅延し、そのために後任の水野は離日を控えたオランダ商館長に責められた。水野は、輸出銅が枯渇したのは長崎会所の乱脈経営にあると考え、会所改革のため翌寛政元年（1789年）にオランダ貿易に深く関与していた年番大通詞の堀門十郎と長崎会所調役の久松半右衛門を処分した。寛政2年3月20日、水野は、銅の代わりに俵物の輸出を本格化しようと考える勘定奉行の久世広民と長崎の政策をめぐって衝突した。それを聞いていた松平定信は、その場ではどちらの意見が良いとは言わず、笑って席を立ったが、後日定信は水野を長崎奉行兼任の勘定奉行格に引き上げた。松平定信の長崎貿易を縮減させる方針に沿って、長崎に着任した水野は、貿易額の規模を半分に、オランダ船の来航許可数を年2隻から1隻にし、オランダ商館長の江戸参府を4年に1回とする「半減商売令」を布告した。水野は長崎の住民に対しては厳しい態度で臨んでおり、寛政2年9月に久松半右衛門を町年寄から退任させ、慣習通りに樟脳の輸出手続きを進めたオランダ通詞たちを11月に処罰する。翌12月には貿易半減令をしっかり翻訳しなかったとして、オランダ通詞たち8名が入牢や町預などの処罰を受けた。その一方で、長崎の地役人の中から28人を長崎奉行所の直接に配下に置く措置を執った。これは、奉行の直接配下とすることで、実質的に町政・貿易の実務を担っていた地役人の取り込みを図ったと考えられている。オランダ商館長にも改革を容認できないなら長崎住民を全て江戸に移住させると告げた。そして長崎市民に対して外国貿易に依存せず手工業や農業を身に付けるように言い、貿易に関する罪を犯した者にはそれが微罪であっても重罰を科した。長崎に蔵屋敷を置いた西国諸藩の長崎聞役に便宜を図ることも無くなり、佐賀藩の聞役は、更迭された末吉利隆の在勤中は事前に様々な案件について長崎奉行と内談できたのに、近年はそれができないと申し立てた。寛政2年の初頭ごろには、久世広民の屋敷の門に、「長崎奉行が水野忠通では長崎が立ちいかないし、また永井直廉では困る」という訴えもなされた。