1878年2月7日、教皇宮殿にて死去。在位期間は31年7ヶ月におよび、史実であきらかな教皇たちの中では最長の在位期間を記録した。遺骸は遺言により、ローマ帝国期に殉教した聖人ラウレンティウスを祀るサン・ロレンツォ・フオーリ・レ・ムーラ大聖堂に埋葬された。イタリア王国による自らの苦悩を殉教者に例えるという抗議の姿勢であったが、長年にわたるピウス9世の保守的言動に反感を持つ人々は多く、7月12日の葬儀ではデモが起こり、棺に泥を投げつけ、あわやテヴェレ川に投げ込もうとする騒擾へ発展するなど即位時と全く異なる状態であった。2000年9月3日、教皇ヨハネ・パウロ2世によって列福された。
以降ピウス9世は生涯バチカンから一歩も外へ出ることはなかったが、カトリックの最高指導者としての影響力を存分に行使し気を吐いた。第1バチカン公会議はこのような不安定な政情の中で行われ、普仏戦争の勃発によって予定会期のほとんどを消化しないまま閉会した。ここで採択された「教皇不可謬説」はその解釈をめぐって大きな波紋を呼ぶことになる。1871年にはカトリック抑圧を行ったドイツ帝国のオットー・フォン・ビスマルク首相との間に文化闘争を引き起こすが、ピウス9世は怯むことなく、ドイツのカトリック中央党を応援し、最晩年の1878年には中央党を総選挙で大勝させてビスマルクに圧力を加えるなど、カトリック勢力の維持のため最後まで積極的な活動をつづけた。ピウス9世と日本は縁があり、1862年に日本二十六聖人を列聖したのがピウス9世であり、1868年には長崎での信徒発見(ベルナール・プティジャンを参照)のニュースに対して喜びをあらわす書簡を発表している。
1858年、ナポレオン3世はサルデーニャ王国のカヴールと同盟し、オーストリア軍を攻撃。オーストリア軍をイタリア半島北部から撤退させた。ここにいたってサルデーニャ国王（のちの初代イタリア国王）ヴィットーリオ・エマヌエーレ2世は教皇領への駐留を要求し、拒否されると軍隊を侵入させて制圧した、1870年には、フランス軍の撤退で無防備となったローマを占領した。翌1871年、教皇領が廃止され、ローマが正式にイタリア王国の首都となると、教皇は自らが「バチカンの囚人」であると宣言し、国王をはじめとするイタリア政府関係者を破門に処し、カトリック信者が議会の選挙に投票することを禁じる教令『ノン・エクスペディト』を出したり、王族の冠婚葬祭の招待を無視するなどの対抗処置を行い、イタリア政府とバチカンは断交状態に陥った（ローマ問題）。
6世紀、メロヴィング朝のフランク王国においてすでに自由身分の人間が国王などの領主身分と保護-服従の関係を結んでいる。このような場合、封臣は自由身分を維持しつつ封主に対する服従的関係に入った。これはゲルマン古来の伝統に由来すると思われる従士制度より強固な法的関係であったと考えられている。なぜなら8世紀のフランクの古文書があげるこのような「託身」契約には、ゲルマン従来の従士的な結合関係以外に衣食などの物質的欠乏の保護を目的とした関係が紛れ込んでいるからである。誠実宣誓などを伴い、従士制的要素の強い封臣制度と物質的な要素の強い恩給制度が結びついたのが全体としてのレーエン制であると考えられている。狭義の、そして当時使われていた本来の意味での「レーエン」はこのような恩給制度の目的物、なかんずく土地を指す言葉である。カロリング朝になると、辺境伯や伯などの世俗的な官職もレーエンであるとみなすことが一般的となった。これはもちろん伯が一定の領地と結びついているために自然と恩給として意識されたということも出来る。このことによってレーエンが単なる土地に付随する物質的利益にとどまらず、一定の政治的身分や権力関係が含まれることになった。これをもって官職のレーエン制を国家権力の「私物化」とみなす見方も存在するが、基本的に官職レーエンはレーエン法によって国家権力の統括下にあったのであり、その限りにおいて政治的身分や権力関係が生じていたのであるため、国家から独立して領主権力が存在したというようなことはレーエン制的関係から導き出すことはできない。のちには教会組織にもレーエンが浸透し、ドイツ内の主要な司教・修道院長などの任命もレーエン制的な色彩が強くなった。レーエン法的な帝国組織が完成されたのがシュタウフェン朝の時代である。国王は帝国内のすべての権力に対し、レーエン的な関係を画一的に主張した。国王は封臣にならないということが明確に規定され、諸権力は国王を頂点とし、階層的に編成されたピラミッドの中で定められた位置を占めることとなった。このレーエン的関係を確実なものとするため、10世紀ころから国王権力の有力な対抗勢力となっていた部族大公を解体させ、あらたにレーエン法的身分としての領域大公が創設された。これらの領域大公は部族的関係とは無関係に純粋な官職レーエンと規定されたと考えられている。聖界諸侯は笏により、俗界諸侯は旗によって授封された。1356年にはカール4世の金印勅書によって選帝侯領にかぎってではあるが、相続においてレーエンが不分割とされることが規定された。相続によるレーエンの分割によってレーエン法上の関係がしばしば動揺したからである。とはいえその他の諸侯の間でレーエンの長子相続が一般化するのはずっとのちのことであった。近代になるとレーエン法は領邦国家の拡大に使用された。レーエン関係を設定することによって周辺の諸侯と関係を結ぶことができ、軍事的な協力や対象諸侯に相続者の不在が生じた場合、レーエン法に従ってその領土を獲得することができたからである。こうして獲得された領土は封主のもとにとどめられることは稀で、たいていの場合家臣に再授封された。