長らく慣行（商船規則で定められた制式）として、縦横比を7対10とし、日章を旗の中心より旗竿側に100分の1近づけた点を中心として描くものが使用されてきたため、国旗国歌法の附則第3項で当分の間この制式も用いることができる旨の特例が定められている。両者の縦横比を最小公倍数に換算すると、本則:14対21、特例:14対20となり、本則の方がやや横長（あるいは特例の方が縦長）となる。この違いを取り上げる意見には、日章と白地のバランスとしては特例の方が安定している、風にはためく時の見栄えは日章が旗竿に寄っている方が美しい、とするものもある。なお、1998年（平成10年）の長野五輪では、「円の直径が縦の2/3（本来は3/5）」の日の丸を掲げた。この比率は1962年（昭和37年）の日本宣伝美術会展での永井一正ほか2名による提案でもあったが、1964年（昭和39年）の東京五輪では採用が見送られた（2020年の東京五輪では1999年（平成11年）に法制化された「3/5」を使用予定）。
国旗国歌法の本則における日章旗の制式は、縦横比を2対3、旗の中心（対角線の交点）を中心とし、縦の長さの5分の3を直径（縦を2とした場合r=0.6）とした円（日章、日輪）を描き、白地に紅色の日章とするのが正式である。なお、日章の色に定められている「紅色」は、JIS慣用色名としてはマンセル色体系で 3R 4/14 であるが、より明色に見える朱色系の金赤（同 9R 5.5/14）が使われることも実際には多い。
国旗国歌法成立後も一部の教育現場において国旗掲揚に対する賛成派と反対派の対立が続いた。このため、2006年（平成18年）10月31日には衆議院の教育基本法に関する特別委員会において自民党の稲田朋美議員から「学習指導要領の国旗・国歌条項にのっとって教職員には入学式、卒業式において国旗に向かって起立し国歌を斉唱する職務上の義務があるかどうか」との質問が出された。この質問に対して第1次安倍内閣（安倍晋三首相）の伊吹文明文科大臣と民主党の藤村修議員の両名とも「教職員にはその義務がある」と答弁している。
1997年1月2日にサザンクロス・リソーシズという社名で設立された。2005年7月5日にはサザンクロス・リソーシズと南アフリカの資源企業アフリーズ・ゴールド・アンド・ウラニウム・リソーシズが合併して SXR ウラニウム・ワン となることが発表された。2007年にはバンクーバーを本拠とするユーラシア・エナジー（UrAsia Energy）の経営権をフランク・ギアストラから買収した。ユーラシア・エナジーはカザフスタンのウラン権益を保有しており、これは2005年にギアストラがビル・クリントン元米大統領とアルマトイを訪問してナザルバエフ大統領と面会した際にカザトムプロムから購入したものであった。この際、ギアストラはクリントン財団に多額の寄付を行っている。2009年2月10日には東京電力が東芝、国際協力銀行とともにウラニウム・ワンに202億円を出資し、保有株比率19.95%を確保すると発表した。一方、2009年6月にロシアのウラン採掘大手 ARMZ ウラニウム・ホールディング（ロシア国有企業ロスアトム傘下）がカザフスタンのカラタウ鉱山権益の50%と引き替えに、ウラニウム・ワンの株式を取得して保有株比率16.6%を確保した。2010年6月にはカザフスタンのアクバスタウ鉱山およびザレーチノエ鉱山の権益のそれぞれ50%、49%をARMZから買収した。代わりにARMZはウラニウム・ワンへの出資比率を51%に引き上げた。これによってウラニウム・ワンの年間ウラン採掘量は60%増となり、1,000万ポンド（4,536トン）から1,600万ポンド（7,257トン）になった。この取引は独占禁止法などの定めによりカザフスタン当局やカナダ当局、対米外国投資委員会、トロント証券取引所およびヨハネスブルグ証券取引所からの承認を得て2010年の終わりに完了した。同時にウラニウム・ワンは少数株主に1.06ドルの配当を行った。この間、東京電力らはARMZがウラニウム・ワンの株式の過半数を取得する見通しとなったことを受けて2010年8月にウラニウム・ワンとの協力関係の見直しを発表した。結局、日本側は2014年から2025年までの間 最大250万ポンド(1134トン)/年のウラン精鉱引取権を確保した上で、ウラニウム・ワンから転換社債の買い戻しを受けて投資関係を解消することになった。2013年1月にARMZは対米外国投資委員会のレビューを受けた上でウラニウム・ワンの経営権を掌握した。同年12月にはロスアトムの内部組織改正によりウラニウム・ワンはロスアトムの完全所有間接子会社となった。ロシア国有企業による米国内ウラン資源の買収手続きの承認は、ヒラリー・クリントン国務長官の在任中に行われた。このとき、ウラニウム・ワンの会長がクリントン財団へ多額の寄付を行っていた。さらに、同時期にビル・クリントン元米大統領がロシアとの間で50万ドルの資金拠出を約束していた。クリントン氏が買収手続きの承認に便宜を図ったかどうか確かな証拠はないが、報道では倫理的な問題だとしている。