バトルにおけるポケモンの能力は、HP（体力）、こうげき（物理攻撃）、ぼうぎょ（物理防御）、とくこう（特攻：特殊攻撃の略）、とくぼう（特防：特殊防御の略）、すばやさ（素早さ）の6つからなり、「ステータス」とも呼ばれる。第一世代においては「とくこう」「とくぼう」がとくしゅ（特殊）という1つのステータスだった。『金・銀』で「とくこう」と「とくぼう」が新設された際、第一世代のポケモンではもとの「とくしゅ」の能力値をそのまま両方に受け継いだ者もいれば、いずれか一方だけもとの値が保持され、もう一方がより高い / 低い値に設定されたことによって強化 / 弱化された者もいる。これらの能力は技の効果などで一時的に上下することがある。「めいちゅうりつ（命中率）」と「かいひりつ（回避率）」は上記のステータスではないが、同様に一時的に変化することのあるパラメータである。ゲーム中で「こうげきが あがった」「かいひりつが さがった」などと表示されたときはこの一時的な変化が起こっている。この変化は段階的に起こるものであり、1つの能力に対し上下各6段階まで変化する。「○○があがった / さがった」と表示された時は1段階、「ぐーんとあがった / がくっとさがった」と表示された時は2段階、「ぐぐーんとあがった/がくーんとさがった」と表示された時は3段階以上変化している。この変化はあくまで一時的なものであり、ポケモンがバトルから離れたりバトルが終了したりすると元に戻る。一方、ポケモンコンテストにおける「コンディション」やポケスロンでの「パフォーマンス」という能力もある。
基本的には「けいけんち（経験値）」の蓄積によるレベルアップという、多くのRPGと同じシステムとなっている。レベルの最大値はいずれのポケモン・シリーズにおいても100である。レベルアップに伴って能力値も上昇する。ポケモン毎に成長速度が異なる。レベル100になるために必要な経験値の量には、60万、80万、100万、106万、125万、164万の6種類のタイプがある。nの3乗からとられることが多い。基本的にレベルが高いほど次のレベルまでに必要な経験値が多くなる。最多で68116である。164万タイプのみ、レベルアップするのに必要な経験値が多くなったり少なくなったりする。
本シリーズに共通しているゲームシステムを述べる。特に本シリーズを代表する要素である、育成・対戦・通信といったものを中心に解説する。同一の世代に分類されるものは、ストーリー等は異なっていてもほぼ同一のゲームシステムであり、高い互換性を持つ。たとえば、『ダイヤモンド』と『ハートゴールド』はストーリーや舞台は全く異なるが、互いに通信対戦や通信交換を行うことができる。他方で、世代の異なる作品同士の互換性は低い。第一世代と第二世代は双方向のポケモン移動が可能、第二世代と第三世代では一切のデータの互換性がなく、第三世代以降は後世代への一方向のポケモン移動が可能である。データの互換性が低くなる理由は、世代が更新されるたびに新たなポケモン・わざ・アイテムなどが追加される為である。逆に言えば、世代が更新されない限り新ポケモンや新アイテムが追加されることはない。なお、一部例外はあり、例えば、「はっきんだま」は第四世代の途中（『プラチナ』）で新たに追加されたアイテムである。そのため、このアイテムには「通信交換できない」等の特殊な制約がある。同一世代であっても後で発売されたソフトで追加された道具・技・フォルムは先に発売されたソフトには転送できない場合がある。
外観は一般には、頭を芥子坊主にした子供のようだとも、猫のような動物とも、姿が見えないともいう。島根の隠岐諸島では1歳ほどの赤ん坊のような姿で、一本足ともいう。古書『観恵交話』では、一つ目で体毛がないが、それ以外は人間そっくりとされる。但し民間伝承上においては、セコが一つ目という伝承は見受けられない。妖怪漫画家・水木しげるによる妖怪画では、一つ目と二つ目のものが存在する。夜中に、山を歩いていると、楽しそうな声や音が聞こえるのは、このセコによるものとされる。夜は木の周りで踊っているという。人に対して様々な悪戯を働くともいう。島根県では石を割る音や岩を転がす音をたてるという。宮崎県では山中で山鳴りや木の倒れる音をさせたり、山小屋を揺すったりするという。大分県では山道を歩く人の手や足をつかんでからかう、牛馬に憑く、人をだまして道に迷わせる、怪我を負わせる、人が山に入るときに懐に焼き餅を入れていると、それを欲しがるなどといわれる。前述の『観恵交話』では20～30人ほどで連れ立ち、大工の墨壺を欲しがるという。基本的にこちらから手を出さない限り直接的な害はないが、悪戯を受けた際は鉄砲を鳴らす、経を読む、「今夜は俺が悪かった」などと言い訳をするなどの方法が良いという。セコはイワシが嫌いなため「イワシをやるぞ」と言うのも効果があるという。山と川を移動するとき「ヒョウヒョウ」「キチキチ」「ホイホイ」などと鳴くという。この「ホイホイ」は、狩猟で獲物を刈り出す勢子（せこ）の掛け声「ほーい ほーい」を真似ており、セコの名はこの勢子が由来とされる。大分では日和の変わり目に群れをなして「カッカ」と鳴きながら山を登るといい、セコが通る道に家を建てると、家の中には入ってこないがその家が揺すられたり、石を投げつけられたりするという。熊本県では、セコは老人のような声から子供のような声まで出し、木こりはその声によってセコの機嫌を知るという。島根県隠岐諸島では、セコはカワコ（河童）が秋の彼岸に山に入ったものとされる。「ヨイヨイ」「ホイホイ」「ショイショイ」などと鳴き、イタチのように身が軽いので、こちらで鳴き声が聞こえたかと思えば、すぐに別のほうからも鳴き声が聞こえるという。足跡は1歳ほどの赤ん坊のものに似ているという。また、セコは年老いた河童のことで、川や溝を一本足で歩くともいわれる。宮崎県米良地方ではカリコボーズとも呼ばれており、西米良村で1996年度に「ホイホイくん」の名でイメージキャラクターに決定している。