イタリアは同じヨーロッパのギリシャやトルコと同様に地震の多い国であり、古代・中世以降の地震被害の記録が数多く残されている。イタリアで地震が多いのは、端的に言えばユーラシアプレートとアフリカプレートの境界部分にあたり断層が多いためであるが、この地域は地質構造が日本以上に複雑で、単純なプレートの沈み込みなどでは説明できない。イタリアでは、中生代以降の地殻変動により現在のイタリア半島西岸に当たる地殻が今のコルシカ島付近から東に移動してきた。この地殻の東縁では古期地中海に当たる海洋プレートがこの地殻（アフリカプレート）に向かって沈み込み、付加体や火山帯を作りながら、現在のイタリア半島東岸に当たる地殻へと接近していった。やがて両者が衝突すると沈み込みは緩んで衝突・圧縮に変わり、アペニン山脈を形成した。現在のイタリアの地震の分布をみると、アルプスの南西端からアペニン山脈へと長い弓のように連なっており、山脈と地震帯が一致している。ただ、この説明通りにいくと地震は圧縮力による逆断層型の地震になってしまうが、実際は引っ張りによる正断層型の地震が起きている。この原因として、古代の活動と現在の活動が違ったものになっていることが挙げられる。現在この地域の地殻変動は、カラブリア半島-シチリア島-アトラス山脈とつながる曲がりくねった海溝の沈み込み運動と、それに伴う背弧海盆であるティレニア海の拡大運動が主役となっている。この影響でヨーロッパの大地殻にくっついた不動のイタリア東岸に対して、イタリア西岸がティレニア海側に引っ張られていわば「古傷」であった逆断層を正断層として動かしている、との見方がある。観測されている断層の向き（北西-南東方向に長い）と断層の移動方向（北東-南西方向の引張力による正断層）はこれに当てはめると説明がつく。
マグニチュードの小さな揺れが4か月にわたって断続的に続く中、決定的な揺れが2009年4月6日3時32分に発生した。イタリア国立地球物理学火山学研究所(INGV)はマグニチュード(ML)5.8（モーメント・マグニチュード=Mwでは6.3とされている）、直下型地震であり、地下約1.2キロのごく浅い場所で断層が動いたため、被害が拡大したとみられている。震度は改正メルカリ震度階級でVIII〜IXと推定されている。また、日本における気象庁震度階級においては、震度4程度だったとも、震度5強から6弱程度だったともいわれている。また、地震のエネルギーは阪神淡路大震災の8分の1程度であった。地震はポツダムのGFZ研究所の自動地震観測装置によるとマグニチュード6.2であったとされる。この揺れはイタリア全土に伝わった。地震はアヴェッツァーノとスルモーナにパニックを引き起こした。市民保護局によると、4時37分に発生したマグニチュード5.1の余震により被害がさらに拡大したとされる。4月6日3時32分の大地震から48時間の間に256の余震が観測されており、4月7日火曜日には150以上、そのうちマグニチュード3.0以上のものは56を数える。
主人公の沖田そうじは、都内の高校「ピーマン学園」に入学した1年生。その入学式の日、校庭で同学園のOBらしき2人組を目撃する。式が終了して教室に入ると、なぜかさっきの2人組が教室の中にいた。実は2人は同学園の究極の落ちこぼれ、落第生として学園内で知らない者はいない金藤日陽と膝方歳三であった。「あんな人たちと同じクラスだなんて…」と落ち込みながらも、そうじは学校終了後、下宿先となるアパート「菠薐荘」（ほうれん荘、設定上の所在地は「杉並区井草」方面）へと向かう。そこで管理人の娘である姫野かおりから、このアパートに住んでいる"変な2人"の存在を教えられ、「絶対に関わらないように」という注意を受ける。そして2人で部屋へと向かうと、その部屋の中に勝手に入っていたのは何とその"変な2人"だった。こうして、沖田そうじと落第生2人組による奇妙な同居及び学園生活は幕を開ける。
1944年7月10日、263空は解隊、第二〇一海軍航空隊（201空）戦闘306飛行隊に編入。ダバオに滞在中、笠井らは喧嘩になって相手を殴ったが、その相手は陸軍憲兵であり、笠井らの身柄引き渡しを201空に要求した。分隊長菅野直大尉は、そんなやつは知らないし、部下は渡さないと断ったが、再三要求され、それを避ける意味もあり、菅野は派遣隊として笠井らを率いてヤップ島に移動。7月10日-23日、ヤップ島でB-24の迎撃に参加。笠井はこの戦闘で1度被弾し不時着水して救出されている。派遣隊は撃墜17機（不確実9）撃破46機の戦果を上げ、第一航空艦隊司令長官から表彰を受けた。笠井は表彰で書かれた程には落ちていないだろうと戦後語っている。その後はセブ島へ引き上げ、笠井らは反跳爆撃の訓練に入る。10月、損耗した零戦を補充するために本土に派遣された菅野を隊長とした空輸隊に参加。レイテ沖海戦直後にマバラカットに帰還。10月27日、神風特別攻撃隊忠勇隊の直掩任務に参加。笠井と同期の野々山尚も特攻隊員に含まれていた。笠井によれば、野々山は直掩が笠井と知り、よろしく頼むぞと明るく話していたという。11月1日、上飛曹に昇進。11月、前線基地のセブ島に着陸した菅野隊は現地部隊から機体不足を理由に零戦を取られた。中攻に便乗してマニラへ帰還することになるが、途中、P-38に襲われ「もう駄目です、皆さん諦めてください」と中攻操縦員が告げると菅野が「どけ、俺がやる」と操縦を交代し敵機の追撃を振り切りルバング島へ不時着、脱出直後中攻は爆破された。特攻直掩に任務が続いたが、笠井は杉田庄一に連れられ、杉田とともに司令の玉井中佐に特攻の志願を行う。しかし、玉井は「特攻はいつでも行ける。俺の代わりに内地に行って豹部隊の墓参りをしてこい。そこで菅野に合流し指示に従え」と言われた。内地に帰還する途中、台湾で米機動部隊襲来に遭遇し、現地部隊から特攻を命じられて待機したが、内地で菅野が待っているから行けと取り消された。菅野と合流後、252空に編入され、桜花の直掩任務に当たる予定と説明されたが、その後取り消された。