自チーム、もしくは敵チームの本拠地となる。自チームの物は赤色、敵チームの物は青色のデザインである。城からは定期的に兵士（ミニオン）が各レーンに10体ずつ出撃する（そのうち1体はやや大きい兵士となり、通常時のドローショットの貫通効果を防ぐことができる）。城の周りの一定範囲にはレーダーのようになっており、その範囲内にいる敵キャスト・敵兵士が表示される。兵士や巨人が攻撃する、キャストが攻撃することでチームゲージにダメージを与えることができる。兵士はより多くのダメージを与えるが、ダメージを与えた時点で残り体力に関わらず倒れる。
2003年はマイナーリーグ（A級とAA級合計）で130試合に出場し、打率.297、8本塁打、62打点、出塁率.388、OPS.819、40盗塁を記録、サウスアトランティック・リーグのオールスターに出場した他、レイズ内のマイナーリーグ・プレーヤー・オブ・ザ・イヤーを受賞。遊撃手として56個もの失策を犯したが、同リーグ監督選のベスト・ベースランナーとベスト・インフィールド・アーム、No.1有望株の3部門に選定。2004年は、ベースボール・アメリカ誌の「野球界の有望な選手」として2位にランクされ、AA級とAAA級合計で98試合に出場して打率.315・14本塁打・51打点・出塁率.406・OPS.911・20盗塁と着実に成長を遂げる。守備では35失策を記録したものの、同誌が選ぶマイナーリーグ・オールスター代表チームに選出。8月1日にメジャー初昇格し、翌2日のボストン・レッドソックス戦において9番・指名打者でスタメン起用され、ティム・ウェイクフィールドからキャリア初安打となる右前安打を放つなど、3打数1安打1四球2出塁1得点の好結果でデビュー戦を飾った。19歳でのメジャー・デビューは球団史上最年少であり、ルー・ピネラ監督をして「A-RODの再来」と言わしめた。2005年はメジャー未出場に終わったものの、AAA級ダーラム・ブルズで139試合に出場、打率.303、出塁率.392、OPS.882、44盗塁の好成績を挙げ、7月10日にはオールスター・フューチャーズゲームに出場。53個もの失策を犯したが、ベースボール・アメリカ誌選のマイナーリーグ・オールスター2ndチームにも選出され、インターナショナルリーグのモスト・エキサイティング・プレーヤーに選定される。2006年はAAA級ダーラムで106試合に出場して出塁率.374、46盗塁（両リーグ最多）。33失策も記録したが、7月12日にはインターナショナルリーグのオールスターに出場。マイナーでは遊撃手であったが、8月1日にメジャー再昇格を果たしてからは三塁手にコンバート。20日と22日に左肩を故障したこともあり、50試合に留まった。2007年はシーズン開幕戦から9番打者として先発出場を果たし、ポジションは岩村明憲の加入もあって二塁手を守る。5月27日と6月5日にはキャリアハイとなる1試合4安打を放ったが、6月8日の試合で走塁中に左足を痛めて約1か月間戦線離脱。7月13日に復帰してからは、「B.J.は攻撃に専念させたい」との球団フロントの意向によって中堅手にコンバート。復帰後間もない15-21日にかけて6試合中4試合で3安打を放ち、特に20日には自身初の1試合2本塁打を叩いた。この活躍により、プレーヤー・オブ・ザ・ウィークを受賞（16-22日の週）。8月22日は松坂大輔から決勝点となる2点本塁打をライトスタンドに叩き込み、24日からは4番に定着。故障に見舞われたものの、初めて規定打席をクリアし、23歳以下ではMLB史上5人目となる打率3割、20本塁打、20盗塁を達成。ボールの見極めが上達し、更に長打率はリーグ9位、外野補殺数は同6位と飛躍のシーズンとなった。2008年は開幕当初は4番に座っていたが、4月16日からは3番を、7月20日からは2番を務めた。8月以降は3度も怠慢プレーを理由にベンチに下げられる失態を犯し、9月には左足負傷により10試合欠場したが、シーズン通算では自己最多の145試合に出場した上、リーグ2位の盗塁数（44）と補殺数（16）とレンジ・ファクター（2.84）、同4位の四球数（97）、同7位の出塁率（.383）をマーク。身体能力と出塁能力、両面において高いパフォーマンスを発揮した。ポストシーズンでは16試合に出場して66打数19安打、打率.288・7本塁打・16打点・出塁率.333・長打率.652・6盗塁。ポストシーズンにおける単年7本塁打はアメリカンリーグのタイ記録であり、球団史上初となるリーグ制覇の原動力になった。ワールドシリーズでは1勝4敗でフィラデルフィア・フィリーズに敗北したが、レイズの24盗塁はそれまでの21盗塁を塗り替えるポストシーズン新記録となった。シーズン終了後の11月11日に左肩の手術を受けている。2009年は、開幕から1週間遅れの4月13日（対ニューヨーク・ヤンキース戦）から戦列に復帰し、打順は1番になった。そして3打数1安打3四球4出塁2盗塁2得点とインパクトを与え、「彼は一段と進歩・成長している、新しい役割に見事に順応している」とジョー・マドン監督を感心させた。マドンは更に「彼はリッキー・ヘンダーソンやルー・ブロックに比肩する存在になれるかもしれない」と述べ、アップトンのリードオフとしての攻撃能力に一目置いている。10月2日のヤンキース戦で球団史上初のサイクル安打を達成した。第1打席で走者一掃の三塁打を放つと、3回の第2打席で左中間へ二塁打。4回の第3打席では右中間へ2点本塁打。さらに5回の第4打席で右前安打を放ち、球団初のサイクル安打を達成した。8回にも左前安打を放ち、この試合5打数5安打6打点を記録した。2012年のオフにFAとなった。