1535年、ミラノ公フランチェスコ2世・スフォルツァが死去した。フランチェスコ2世に跡継ぎはなく、カール5世がミラノ公妃クリスティーヌ・ド・ダヌマルクの母の兄にあたるためミラノ公を継いだ。当時は民衆もイタリア諸国も反対しなかったが、カール5世の子フェリペが公国を継承すると、フランソワ1世はイタリアに侵攻した。フランスの大将フィリップ・ド・シャボーは1536年3月にピエモンテへ進軍、翌月トリノを落城させたが、ミラノの包囲は失敗した。カールは反撃してプロヴァンスに侵攻、エクス＝アン＝プロヴァンスまで軍を進めて1536年8月に占領したが、フランス軍がマルセイユへの道を塞いだため進軍が止まってしまった。その後、防御を整えたアヴィニョンを攻めずスペインへ撤退した。一方、イタリアにおいてフランソワ1世の軍勢はピエモンテで補給してジェノヴァへ進軍していた。また1536年、ジャン・ド・ラ・フォレの外交努力でオスマン帝国との同盟を結び、年末にはマルセイユでフランス＝オスマン連合艦隊が集結し、ジェノヴァを脅かしていた。艦隊がジェノヴァを砲撃する一方フランス陸軍がジェノヴァを包囲する、という作戦案も定められたが、フランスとオスマン帝国にとっては不幸なことに、1536年8月に連合軍がジェノヴァに到着する頃にはジェノヴァの守備が大幅に強化されていた。その代わり、連合軍はピエモンテで荒らしまわり、多くの城を占領した。1537年、バルバロス・ハイレッディンがイタリア海岸で海賊行為を繰り返したのちコルフを包囲したが、あまりフランスの助けにはならなかった。カール5世は緒戦で不利だった上、フランスとオスマンとの二正面作戦の危険もあるため、結局折れて1538年6月18日にフランソワ1世とニースの和約で戦争を終結させた。
1526年5月22日、教皇クレメンス7世は神聖ローマ帝国の勢力の増大を憂慮し、コニャック同盟を結成する。同盟の成員は教皇領、フランス王国、イングランド王国、ヴェネツィア共和国、フィレンツェ共和国、ミラノ公国だった。1527年、コニャック同盟に報復のため神聖ローマ皇帝軍がローマを攻める（ローマ略奪）。ローマは蹂躙され、教皇庁は屈服する。一方、ローマ略奪の報が伝わると、フィレンツェからメディチ家が追放される。1529年、ジェノヴァがカール5世の支援を受け、フランスの支配下を脱する。ボローニャにイタリア諸国（メディチ家追放中のフィレンツェを除く）が集まり、カール5世に服することを決める。オスマン帝国のスレイマン1世による第一次ウィーン包囲（9月 - 10月）。「貴婦人の和約」でフランスは賠償金を支払い、イタリアを放棄（10月）。1530年、教皇クレメンス7世がカール5世に戴冠式を行う。フィレンツェが皇帝軍に包囲され、凄惨な戦闘の末に敗北。メディチ家が復帰する。メディチ家はハプスブルク家との結びつきを深め、フィレンツェの支配体制を確立する。こうしてイタリアにおけるハプスブルク家の優位が確定する。これ以降もフランスとの戦闘は続くが、覆ることはなかった。フランソワ1世はカール5世に対抗するため、カトリックであるにもかかわらずドイツのルター派プロテスタント諸侯を支援し、異教徒のオスマン帝国皇帝スレイマン1世ともひそかに同盟を結ぶ。1532年、フランスがシュマルカルデン同盟と同盟。
1521年以降、ヴァロワ家（フランス）とハプスブルク家（神聖ローマ帝国・スペイン）がイタリアを巡り争った。1521年、教皇レオ10世（メディチ家出身）は神聖ローマ皇帝カール5世と結び、フランス支配下のミラノを攻め、奪還。1522年のロドス包囲戦でロドス島の聖ヨハネ騎士団とヴェネツィア共和国の連合軍がオスマン帝国に敗北する。ドイツ農民戦争（1524年 - 1525年）。1525年2月24日、パヴィアの戦いでフランス王フランソワ1世は捕虜となり、マドリードに幽閉される。1526年、捕虜となっていたフランソワ1世はカール5世とマドリード条約を締結することを余儀なくされ、釈放される代わりにイタリア、フランドル、ブルゴーニュへの請求を全て取り下げた。
商品のコンセプトは、当時若い女性の間で流行していた、ロングスプーンを使ってパフェを食べるスタイルを気軽に楽しむというもので、商品名も「パフェ」と「カップ」を組み合わせた造語からである。アイスの中に縦向きにソースが充填されているアイスとして知られ、1988年にチョコレート味がラインナップに加わってからは売上げが1.5倍にまで増え、さらに1990年には発売当初の2.5倍と過去最高の売上げを記録した。しかし1990年代後半以降に「明治エッセルスーパーカップ」が発売されてからは、各メーカーによるアイスクリームの主力商品が「量が多く安くて美味しいバニラカップアイス」へと移行する中、江崎グリコも生乳を使ったバニラカップアイス「牧場しぼり」を発売するなど社内競争も激化し、またスナックやチョコレートなど通常のお菓子類と違ってアイスクリームは冷凍ショウケース内のみと売り場面積が決まっているため、その限られたスペースの中での取り合いに巻き込まれたパナップはアイスクリーム売場から追い出されて取り扱い店舗が減少するなど売上が低迷、2000年には全盛期だった1990年の半分以下に、2008年には全盛期の5分の1にまで売上げが落ち込み、一時はブランド存続の危機に見舞われたという。その後、発売から32年が経った2010年3月に大規模なリニューアルを断行。開発担当者がパイのミルフィーユから着想を得て、これまでパナップ最大の特徴であった３～４あるハート型の縦ソースを、ホワイトチョコレートと重ねた層状に横ソースとして充填されるようになり、これによりチョコレートのパリパリとした食感がするようになった。この新しい食感が受け、リニューアル後は売上を一気に全盛期に近い水準にまで回復した。リニューアル前では、2003年に縦ソースが顔型に充填されたものが時折現れる「スマイルパナップ」が口コミにより人気を集め、まゆ毛のスマイルやハート・ニコニコ顔・アザラシなどのスマイルも発売された。近年ではマルチパック、ミニセレといったスモールサイズで発売当初のパナップを再現した縦ソースタイプが生産されており、スマイルパナップはマルチパックとミニセレのラインナップとして現在でも販売されている。2015年には、最初から最後まで満遍なくアイスとソースのバランスを味わうことができると、充填されているソースがトルネード状になった最新リニューアルとして発売された。