永禄元年（1558年）の義輝の帰京以降も三好長慶の権勢は続いたが、それに反発する畠山高政と六角義賢が畿内で蜂起し、三好実休が戦死する（久米田の戦い）と、三好氏に衰退の兆しが見え始めた。こうした中、永禄5年（1562年）に長慶と手を結び幕政を壟断していた政所執事の伊勢貞孝が長慶と反目すると、義輝は長慶を支持してこれを更迭し、新しく摂津晴門を政所執事とした（また、貞孝が幕府法を無視した裁決を行っていたことが発覚したのも更迭の理由とされる）。これに激怒した貞孝は反乱を起こしたが、9月に長慶の手で討たれた。これによって、かつての3代将軍、足利義満の介入すら不可能だった伊勢氏による政所支配は歴史に幕を閉じ、幕府将軍による政所掌握への道を開いた。永禄2年（1559年）、大友義鎮を九州探題に任命し、九州の統治を委ねた。もともと、九州探題は足利氏一族の渋川氏が世襲していたが、少弐氏と大内氏の抗争に巻き込まれてすでに断絶していたため、これを補うための補任であった。大友家は九州において、足利将軍家に最も親しい有力守護大名である（この時、大友義鎮は豊後・豊前・筑後・筑前・肥後・肥前の守護および日向の半国守護を兼ねていた）。永禄7年（1564年）7月に長慶が病死。義輝はこれを機に幕府権力の復活に向けてさらなる政治活動を行なおうとした。
天文5年（1536年）3月10日、第12代将軍・足利義晴の嫡男として東山南禅寺で生まれる。幼名を菊童丸。誕生直後に外祖父・近衛尚通の猶子となる。将軍と御台所の間に生まれた男子は足利義尚以来であり、摂関家出身の女性を母に持つ将軍家の男子も菊童丸が初めてであった。この頃の幕府では父・義晴と管領の細川晴元が互いの権威争いで対立し、義晴は戦をするたびに敗れて近江国坂本に逃れ、菊童丸もそれにたびたび従った。その後も父と共に京への復帰と坂本・朽木への脱出を繰り返した。また、これまでの将軍家の嫡男は政所頭人である伊勢氏の邸宅で育てられる慣例であったが、菊童丸は両親の手元で育てられた。天文15年（1546年）12月、菊童丸はわずか11歳にして、父から幕府将軍職を譲られ、朝廷からも認められた。父・義晴がかつて11歳で元服・将軍宣下を行ったことに加え、自身が健在のうちに実子に将軍の地位を譲ってこれを後見する考えがあったとされる。このときの将軍就任式は亡命先である近江坂本の日吉神社（現日吉大社）祠官・樹下成保の第で行われ、六角定頼を烏帽子親として元服し、義藤（よしふじ）と名乗った。同月の末には義藤のみが京都に戻り、翌年正月には内裏に参内して後奈良天皇に拝謁した。天文17年（1548年）、義晴は晴元と和睦して京に戻った。このとき晴元も義藤の将軍就任を承諾している。
2009年（平成21年）3月10日、道頓堀川・戎橋下流200 - 300メートル付近、南側護岸から約5メートル、水深約2メートルの川底地点で、大阪市建設局による水辺整備事業の一環として障害物調査（不発弾の有無確認を最大目的とする）ならびに除去作業を依頼された南海辰村建設が潜水作業員を投入し、磁気探査作業中に反応があった川底を調査していたところ、1985年（昭和60年）に投げ込まれたとみられるカーネル・サンダース像の上半身が発見され、台船のクレーンで引き揚げられた。引き上げた作業員たちは、これを死体と勘違いしたが、すぐにカーネル・サンダース像であることを確認した。像はヘドロにまみれて灰色になり眼鏡や手首も外れてしまっていたが、原形は留めていた。翌3月11日にも潜水作業員が引き続き調査したところ、8時53分に右手、9時頃に下半身が発見され引き揚げられ、11時25分頃に前日見つかった上半身部分と合体し、同じ像のものと確認された。下半身・右手発見後の時点で眼鏡・両足首・左手は紛失状態であり、付近を入念に調査したが発見の可能性が薄い（水没中に破損もしくは流失したものと思料される）と判断されたため、同日捜索開始から50分後に作業打ち切りとなった。発見された像について日本法人は、2009年（平成21年）3月時点で、他に行方不明の像は無く、外形・発見地点などの要素から当時に投げ込まれた像に間違いない、とコメントしている。像の処遇について、元来の所有権は道頓堀店にあったがすでに閉店しているため、日本法人が引き継いだ形で大阪市と協議していたが、同年3月11日に日本法人へ像の返還が決定し、同年3月13日に日本法人社長に引き渡された。像は専門家にて検査と最小限の修復を行い、当面大阪市内の警備会社金庫で保管されることになった。紛失状態の眼鏡は、投げ込まれる以前に掛けていた同型のフレームが1990年前後まで製造を担当していた鯖江市内のメーカーに残存しており、福井県鯖江市と福井県眼鏡協会から日本法人に贈呈された。日本法人は返還後の像について、この伝説を世に広めるきっかけとなった2009年（平成21年）3月15日放送の「探偵!ナイトスクープ ザ・ゴールデン」に登場し、その後は甲子園球場内の店舗にて公開する構想や2010年春に完成予定の甲子園歴史館に展示する構想もあった。1985年（昭和60年）当時の阪神監督であった吉田義男は「人形が見つかったと聞き、『歴史が終わったな』と感じた。」と語った。