上記の救援活動の費用は、まず1880年（明治13年）に太政官布告により公布された、備荒儲蓄金の制度により賄われたものがあった。備荒儲蓄金とは凶作や天災時、被災者に対して国と地方が平時に蓄えていた資金を、食糧援助、小屋掛料、農具・種籾代として支給し、地租の負担が困難となった者には補助ないし貸与することを定めていた。磐梯山の噴火では炊き出しと救助米の支給、そして小屋掛代の一部として支出された。なお小屋掛代は恩賜金と義援金からなる救済金から、その多くが補助されている。避難所の運営資金は地方税の救育費からと、一部は救済金から支出された。そして医療に関する資金は全て恩賜金と義援金からなる救済金から賄われた。
また被災地の治安維持も課題であった。磐梯山噴火が広く報道される中で、噴火後数日にして磐梯町には多くのジャーナリスト、学者らが集まり、外国人も大勢やってきた。猪苗代町は大勢の来訪者でごった返し、宿泊施設はたちまちのうちに満員となり、一般住宅にも宿泊する例が相次いだ。不測の事態を警戒した警察、猪苗代町は保安対策を強化した。そして後述のように岩屑なだれのために長瀬川が河道閉塞されてしまったため、長瀬川下流域の農民は農業用水不足に悩まされることになった。乏しい水を巡って水争いが勃発しそうな状況にまで発展したため、争論中の農民たちに警察が解散命令を出す事態も発生した。
家を失うなど困窮した人たちのために炊き出し、そして避難所の設置も行われた。炊き出しは長瀬川流域方面で主に実施され、被災集落が全滅状態であった檜原村方面では少なめであった。炊き出しは10日間実施され、その後20日間は救助米が支給された。そして檜原村の被災集落の住民でたまたま集落に不在であったため難を逃れた人々のために、猪苗代町新堀の民家を借り上げて避難所を開設した。避難所には世話人を2名配置して事務や被災者の支援に当たった。檜原村以外で被害が大きかった磐瀬村長坂、磐瀬村見祢の被災者もまず猪苗代小学校に設けられた避難所に入所したが、その後に猪苗代町新堀の避難所に統合された。避難所の入居者は、家族が亡くなり取り残されて身寄りが無くなった者や、両親を失った子どもたちが多かった。なお、避難所がいつまで開設されていたかについては明らかになっていない。そして家を失った人たちのために、家屋の再建費用に当たる小屋掛け費用の補助も行われた。1888年の磐梯山噴火災害の場合、岩屑なだれや土石流で集落が埋まってしまったケースが発生したため、前住宅地の近隣に集落を再建することをも考慮しながらの支給となった。
生死や世界の変化は描かれるものの起伏のあるストーリーはほとんど存在しない前衛的内容である。押井が言うに、見所はストーリーではなく、たまごの中に何が入っているのかという点であるという。旧約聖書創世記に登場するノアの方舟のエピソードを独自に解釈した物語をベースにしている。キーワード「方舟」は押井の複数の後作に形を変えて登場しており、押井の作品世界を語る上で重要な一作である。なお「はこぶね」の一般的な漢字表記としては「箱船」「箱舟」等複数の表記があるが、押井はこの作品以降「方舟」に統一した。この作品は海外へのロケハンの予算が得られなかったため、フランスの地方都市の写真集を基にして構想されている。その無人の路地、石畳の舗道、建築の奇怪な意匠や、空を映す窓-等の写真から、半ば自動的に設定が生まれ、街の様式や意匠を描写することで物語以前の何かを、表現のみで成立するアニメを実現しようと試みたという。当初押井はこの作品を、「わけのわからない連中がたむろするコンビニに、卵を抱えた少女が突如やってくる」という、コミカルで軽い雰囲気に仕上げようと考えていたそうだが、天野の絵を見た途端に「これはまっとうなファンタジーでやらないと駄目だ」と考えを改めた。押井はスポンサーの徳間書店に対し、この作品のことを「単純な、男と女の物語」であると説得したという。結果徳間書店の後押しを受け、この『天使のたまご』が世に出ることになった。押井と当時徳間書店の編集者であった鈴木敏夫が組んだ初めての作品である。一方で押井はこの作品を作ったことにより、「わけのわからない物を作る監督」というレッテルを貼られ、『機動警察パトレイバー』の企画が来るまでその後の仕事の依頼がさっぱりなくなってしまったという。ちなみに監督本人も通して見ると疲れるらしく、TVプロデューサーの堀越徹は一回目に寝てしまい、讀賣テレビ放送の諏訪道彦も訳の解らないままテレビで放送したという。宮崎駿は本作に対し「努力は評価するが、他人には通じない」と述べており、さらに押井によると、直接自分に対して「帰りのことなんて何も考えてない」「あんなものよく作れた」「頭がおかしい」と言ったという。本作を観た押井の母親からも、もう観客が来なくなるのではないかと、今後を心配されている。この作品自身もビデオソフトが後に廃盤になり、DVDなどで再発されるまでの間、作品の入手手段が完全になくなる不遇の時代を経験している。製作中、監督料はいらないから印税が欲しいと頼んだが、印税はほとんど入らなかったので貧乏生活を送った。登場する意味深げなモチーフは聖書におけるシンボルの暗喩で、例えば「魚」は「言葉」、「鳥」は「命」を意味するなどが挙げられるという考察もある。原画担当だった当時若手の貞本義行曰く、この時の押井は聖書のシンボル事典を横に置いて作業していたという。全体のモチーフは、押井が影響を受けたアンドレイ・タルコフスキーの『惑星ソラリス』に酷似している。押井は、この作品でレイアウト監修である小林七郎の傍らで基本的なレイアウトの見方を学び、後に独自のレイアウトシステムを確立する契機となった。日本国外での権利は、著作権者である徳間書店がロジャー・コーマンに売却し、その後は転売が繰り返されて、2010年時点での国外での著作権者は不明になっているという。