下鴨署での調べに対して広川は、4人が最後に目撃された日である6月27日に、自分が小笛宅に泊まっていたことを認めた。しかし、自分は同日に4人と食事をとった後、28日の朝5時30分頃に小笛宅を出てそのまま会社へ出ただけである、と主張した。現場の遺書については、鉛筆も用紙も印もすべて自分のものであると認めたが、印は上着のポケットに入れておいたものを勝手に使われたのだと主張した。汽車の中で遺書を書いたのも、発作的な行動に過ぎなかった、と述べた。しかし、広川が小笛宅を出る際に通ったと主張する裏口には、外側から鍵がかけられていた。また、小南の鑑定では4人は食後7、8時間で殺害されたとされるが、5人が27日に夕食をとったのは19時頃であり、広川が小笛宅を出たと主張する時刻には4人は既に死んでいることになる、という矛盾もあった。一方で、広川は事件後の6月30日に小笛と2人の娘の親に挨拶の手紙を出しているが、これは単なる偽装工作と判断された。
6月27日、小笛とAは出町柳の知人宅を訪れ、その家の2人の娘（5歳と3歳）を預かっていった（平松家はこの知人一家と親しく、子供たちを家に泊めることもよくあった）。しかし、その後数日経っても小笛らが姿を見せないことを不審に思った知人は、同月30日に巡査に頼んで小笛宅の鍵を開け、屋内を確かめることにした。そしてそこには、寝床の中で手拭で絞殺されている2人の娘とA、そして鴨居から兵児帯で首を吊っている小笛の4人の遺体があった。現場には外部からの出入りの痕跡はなく、遺体の様子は一見して、小笛が知人の娘たちを巻き込んで母子心中を図ったもののように思われた。だが、直後に予審判事が行った現場検証では、小笛の遺体には索溝（首を絞めつけられた痕）が2条ある点や、両足が床に着くほどに兵児帯の位置が低い点など、自殺としては不自然に思われる部分が発見された。
1925年（大正14年）9月、全国の熱狂的なファンに応え、阪妻は「自由制作」を標榜し、25歳で阪東妻三郎プロダクションを京都太秦に設立。今東光を顧問に据え、自ら陣頭に立ち、映画製作を開始する。阪妻はマキノ時代以来の盟友、寿々喜多呂九平・二川文太郎をマキノからの出向で得て、『雄呂血』の製作を開始するが、京都ではマキノ側の妨害が激しく、やむなく東京の吾嬬撮影所で『異人娘と武士』を撮影。『異人娘と武士』が終わるとすぐに引き返し、奈良で『雄呂血』を撮影。撮影所はなく、旅館に泊まって資金ができるとロケに出るという状況だった。環歌子はこのときの阪妻の様子について、「妻さんは命がけでやっているのがよくわかりました。泣きながら一人で頑張っていました」と語っている。11月、ついに『雄呂血』が完成し、封切り公開。歌舞伎調の立ち回りを完全に破壊した型破りの殺陣は大評判となり、また体制に反逆する主人公の虚無的な英雄像はその時代の風潮ともマッチし、大ヒットとなる。また、その大胆な殺陣で「乱闘劇のバンツマ」として一世を風靡する。12月、阪妻人気に注目した松竹は独立早々の阪妻と配給提携を結び、これにより阪妻人気は全国的なものとなる。阪妻プロでは「三羽がらす」、「四天王」、「十剣士」などといった「からみ（斬られ役）」を揃えていた。河津清三郎は最も多く用いられたからみの一人だった。1926年（大正15年）4月、阪妻プロの太秦撮影所落成。9月、アメリカのユニバーサル社と配給提携。以後、時代劇のみならず現代劇も制作。この年『魔保露詩』、「東山三十六峰静かに眠るとき・・・」の活弁で一世を風靡した『尊王』、アナキスト悪麗之助監督・脚本の『無明地獄』と、代表作とされる傑作を連作。剣戟スタアの地位を不動のものとする。阪妻映画では、講談調の単なる英雄、豪傑と違い、阪妻扮する武士や浪人、やくざに至るまでが人間的な明暗を持ち、不正や不当な権力と闘う不屈な精神が描かれるため、阪妻の映画は幅広い愛好者の支持を受けた。1927年（昭和2年）5月、ユニバーサル社との提携を解除。思い通りに動かない阪妻を警戒した松竹は、六十万円を出資して阪妻プロを株式会社化。山崎修一を目付役に送り込む。以後山崎と阪妻は意見対立・喧嘩の毎日だった。1928年（昭和3年）新春早々、朝日新聞が阪妻のために「賞金五千円」をかけて募集した映画小説一等当選作『霊の審判』の映画化を発表。この作品はすでに朝日新聞紙上で伊藤好市原作で連載中であり、「阪妻の初の本格現代劇主演」とあってセンセーショナルな話題を映画界に投じた。しかし興行主義の松竹と芸術志向の阪妻の対立が次第に表面化。初の現代劇ともあって阪妻も調子が上がらず、また異色の原作映画化といったこともあり、三月封切りの予定を過ぎても『霊の審判』は完成せず、4月、ついに阪妻プロ支配人山崎修一は製作の正式中止を発表。6月28日、阪妻プロは改革縮小を断行。阪妻は取締役を辞任、『霊の審判』主要スタッフの枝正義郎、細山喜代松、江川宇礼雄、近藤伊与吉らが整理退社となり、『霊の審判』製作再開は不可能となる。阪妻の松竹に対する発言力が強かったのは大正15年から昭和2年までで、この昭和3年以降は強大な資本力によって、松竹の阪妻プロ干渉が強力なものとなっていった。松竹での阪妻プロの位置づけは「松竹時代劇救世主」から、「松竹時代劇ブロック構成の一環」に組み込まれていった。昭和2年、松竹は阪妻に替えて林長二郎を二万円（当時）の宣伝費をかけて売り出し、長二郎の人気は阪妻に肉薄していく。1929年（昭和4年）、松竹は阪妻、林長二郎、月形龍之介、市川右太衛門、阪東寿之助と時代劇ブロックを充実させ、芸術志向の阪妻プロとの時代劇製作方針の相克は溝をますます深める。1930年（昭和5年）6月11日、阪妻懸案の大佛次郎との提携作『からす組』完成後に、阪妻は朝日新聞紙上に松竹脱退絶縁声明書を発表。京都の阪妻プロ撮影所を解散する。