1916年12月4日、東京地裁は、石井に対して、別件の強盗殺人については無期懲役の判決を言い渡したものの、おはる殺し事件の自白は信用性がないとして、証拠不十分で無罪判決を下した。これに対して、検事側が直ちに控訴したのは当然のことであったが、被告石井も有罪を主張して控訴したことから、大いに話題となった。公判では検事と被告の主張は完全に一致し、被告は終始死刑を希望、被告側弁護士ですら「被告の犯行は事実だが、悔悟の念を示していることから、情状酌量して無期懲役が妥当」との弁論であった。1918年3月30日、東京控訴院刑事第二部において有罪が認定され、希望通り死刑判決が言い渡された。これを受けて、Kは全ての疑いが晴れ、改めて無罪判決が言い渡された。
しかし6月20日、別件の強盗殺人で逮捕された前科五犯の石井藤吉（44歳）が、鈴ヶ森おはる事件も自分がやったと言い出したことで、様相は一変した。石井の自白によると、盗みに入る家を物色しながら横浜から東京に向けて歩いている途中、午後9時ごろに鈴ヶ森を通りがかり、掛け茶屋の床机に腰掛けて一休みしているところに、目の前を女が一人で通り過ぎた。彼女こそおはるであった。周囲に人通りもなかったことから、石井は強姦しようと襲いかかったものの、被害者に騒がれたことから絞殺した。懐の財布から現金を奪って草むらに捨てたのち、痴情のもつれで殺人が起こったように見せかけるため、陰部などを刃物で突き刺した、というものであった。警察側は、当初は凶賊ぶりを誇張するための虚言と考えていたが、態度が真剣であり、また供述内容が現場状況とあまりに一致していたことから捜査を再開、石井の供述した草むらから女物の財布を発見した。これを家人に見せたところ、風雨のために色が褪せているが、材質や型は被害者の常用品と合致するとの証言が得られた。これを受けてKは釈放され、石井が真犯人として起訴された。「鈴ヶ森事件の犯人が逮捕され、いずれ死刑になることを知った。私が黙っていれば無罪の人間が死刑となってしまっては可哀想だ。数え切れないほどの罪を犯してきたが良心はある」（石井の証言より）
警察は殺害の動機を痴情のもつれと判断。おはるには大勢の愛人がいたが、愛人のひとりであったK（当時36歳）が逮捕された。Kは妻子がありながら、2・3年前から被害者との関係を続けていたが、最近になって被害者の側から別れ話を切り出され、悶着の末、40円の手切れ金を取って別れていた。しかしまだ未練が残っており、折を見てよりを戻そうと考えていた。捜査員の厳しい追及に耐えかねて、5月30日になって、Kは犯行を認めた。自白によると、事件当日は、友人と浅草で酒を飲んだのち、ふと思い立って砂風呂旅館に被害者を訪ね、一杯飲みながら連れ出して言い寄った。しかし被害者が拒んだことから喧嘩となり、暴れて騒ぐおはるを黙らせようと後ろから抱きついて左手を首にかけて右手で口を抑えていたところ、死んでしまっていた。殺すつもりではなかったため驚いたが、復縁の見込みがないならいっそ殺してしまおうと考え、持っていたナイフで遺体を損壊したうえで、ナイフは海に捨てて逃げ帰ったおはるの遺体を海に遺棄しようとするが、重くて鬼子母神堂の敷地内までしか運べず、そこで陰部などを突き刺して恨みを晴らして逃げた、というものであった。この供述にもとづいて警察が捜査したところ、物証たるナイフは発見できなかったものの、友人と酒を飲んだことと当日夜に被害者を連れ出したことは確認されたことから、起訴されるに至った。法廷では犯行を否認したものの、状況証拠が揃っていたことから取り上げられなかった。
キャッチコピーは、「空戦魔導師高町なのは25才、不屈の魂（エース・オブ・エース）、いまだ健在。」。シリーズ歴代作品タイトルから「少女」を外し（ゆえに『魔法少女リリカルなのはForce』は誤り）、シリーズ初となる少年主人公・トーマと、彼をとりまく新キャラクター達がメインの物語となっている。そして、25歳となった高町なのはら旧シリーズのキャラクター達を交えた重厚なシリアスストーリーが特徴。「ボーイ・ミーツ・ガール」的な要素を取り入れ、従来のシリーズよりも王道少年漫画のテイストを色濃くした新シリーズとなっている。キャラクター達の新装備や新設定等が多いのも見所となっている。本作は『魔法少女リリカルなのは第4期シリーズ』として『魔法少女リリカルなのはViVid』と共に発表された。テレビアニメ第3期『魔法少女リリカルなのはStrikerS』に続く完全新作の第4作目。時系列的にリリカルなのはシリーズ最新作にあたるのが本作である。新キャラクターをメインにシリーズキャラクターが絡み合うストーリー。同時に社会風刺犯罪ドラマの要素を合わせ持つなど、よりTVシリーズに近い構成となっている。『魔法少女リリカルなのはStrikerS』で本格的に取り入れられたSF組織もの的な要素やメカアクション寄りのバトル描写にスポットを当て、それらの要素が強調された作風となっている。舞台は新暦81年、つまり魔法少女リリカルなのは第1期時点から16年後となっており、新暦75年の「JS事件」（魔法少女リリカルなのはStrikerS）より6年が経過、新暦78年の「マリアージュ事件」（StrikerS サウンドステージX）より3年が経過、新暦79年の同4期シリーズ『ViVid』からも2年が経過している。そうした関係から各シリーズ作品より多くのキャラクター達が引き続き登場し、それぞれの現在の姿が描かれている。事件の発端からトーマ救出までに焦点を当てた第1部はコミックス1〜4巻前半に収録。トーマ達が管理局局員見習いとしてなのは達の所属する特務六課へと加入する第2部は4巻後半以降に収録されている。『娘TYPE』2013年11月号にて長期休載の告知が掲載され、その後2017年11月30日に掲載紙だった娘TYPE（2018年1月号）が休刊となったことで再開の目途が立たないままとなっている。