安芸から大内方勢力を一掃した毛利氏は、大内氏・陶氏との全面対決の準備を急速に整えていった。また、元就らの動きに驚いた晴賢は、元就を「悪逆の企て」「猛悪無道」と激しく非難する（新裁軍記）。そして、陸路・海路の要衝である厳島とその周辺地域を奪還すべく、陶家臣の宮川房長を向かわせることで、早くも6月5日に明石峠で合戦が生じることになった（折敷畑の戦い）。
大内氏と抗争を繰り広げていた尼子晴久が、大内の支配下だった備後国に出陣すると、政変後の処理に追われる義長・晴賢に代わって元就と安芸国人衆が対抗。天文21年（1552年）7月から翌22年10月まで断続的に続いた攻防の末に尼子氏を撤退に追い込んだ。一方で、尼子撃退後の安芸・備後周辺の戦後処理を巡って、元就と晴賢の間には確執が生まれ始める。10月19日夜に陥落した備後旗返山城（三次市）に関しては、この旗返城を毛利家が守りたいとする元就に対して、晴賢は陶家臣の江良房栄を城番とした。晴賢が元就の意見を蹴ったのは、毛利がこれ以上勢力を伸長することを快く思わなかったためとされ、江良には毛利の監視という役割も担っていたと考えられる。その頃、義隆に恩義があった石見国三本松城主の吉見正頼が、陶晴賢打倒を目指して挙兵。正頼は既に5月には吉田郡山城に使者を使わしており、毛利の力添えを要請していた。一方、義隆の敵討ちという大義名分のある吉見軍に苦戦していた晴賢らは、天文23年（1554年）の春に大規模な石見遠征を計画、同年正月頃に毛利と安芸国人衆の出兵を元就に要請した。
大内氏第31代当主の大内義隆は、天文20年（1551年）に大内重臣・陶隆房によって自害に追い込まれた（大寧寺の変）。毛利氏は長年大内氏に臣従していたが、安芸国での義隆支持派の諸城を攻略して、隆房の謀反に同調。その後も、大内の家督を継いだ大内義長と、実権を握った陶晴賢（隆房から改名）に従い、大内氏に臣従する毛利氏の関係は従来通りに維持されていた。元就の嫡男である毛利隆元は、岳父・義隆（内藤興盛の娘である隆元の妻は、義隆の養女）の敵討ちをかねてより主張していたが、元就は毛利・大内の力の差などを現実的に判断して思いとどまった。むしろ、この機会を通じて安芸国人領主たちの掌握に尽力し、毛利家の勢力拡大に成功した。
プロ1年目の2006年6月9日のオリックス・バファローズ戦でプロ初安打を記録するも、2007年、2008年と一軍出場は無かった。ファームでは2007年は打率.216に終わるも、2008年は主に中軸を任され、打率.261、10本塁打、44打点の成績を残す。2009年、オープン戦から好調を維持して開幕一軍入りを果たし、三年ぶりに一軍の試合に出場する。開幕6試合目では5番・一塁手でスタメン起用される。同じ左打者であった打撃コーチの駒田徳広に重点的に指導され、新人王有資格者で最多の5本塁打を放つなど、ブレイクの一年となった。主に左の代打の切り札として69試合に出場。三塁手13試合、中堅手10試合、一塁手9試合、左翼手3試合、右翼手1試合で起用されていずれも無失策と、どの守備位置も無難にこなした。2010年も開幕一軍入りを果たしたが、打率1割台と結果を残せなかった。2011年、開幕戦の4月12日の対中日ドラゴンズ戦で、4対4で迎えた9回裏1アウト一・三塁の場面で代打で出場し、浅尾拓也からサヨナラ安打を放ち、チームは8年振りの開幕戦に勝利した。ヒーローインタビューでは涙を見せ「本当に、言葉が出ないぐらいうれしいです」、「今までなかなか結果が出なかったけど、一生懸命やってきて良かった」と喜びをかみしめた。その後も二軍落ちすることなくシーズンを一軍で過ごし、自己最多の試合出場を記録した。また守備では、外野、一塁、三塁に加え二塁も守り、練習ではキャッチャーの練習もするなど、マルチプレイヤーぶりを見せた。2012年には、一軍で8試合に出場。ノーヒットノーランを達成した前田健太からの、四球がシーズン唯一の出塁であった。2013年には、一軍での出場機会がなく、シーズン終了後の秋季キャンプで中畑清監督に高く評価されながら10月29日に球団から戦力外を通告された。しかし、内藤を2014年の戦力構想に入れていた中畑への事前説明を欠いたままフロントが戦力外を通告したため、中畑は通告後に高田繁ゼネラルマネジャーと会談。これに対して、高田は「（内藤のプレーを前年から）ずっと見ていたファームのコーチの方が（内藤の力を）判断できる」という理由で、通告を撤回しなかった。結局、内藤は通告後に第1回12球団合同トライアウトへ参加したものの、「気持ちに踏ん切りが付いた。世間を勉強して家族のために頑張りたい」として11月20日に現役引退を表明。引退記者会見では、戦力外通告をめぐる前述の経緯から、「『まだできるのでは』という期待もあったし、現場が知らないでクビになるのは残念。自分のような選手はこれから出て欲しくない」と訴えた。