1945年（昭和20年）8月15日、ポツダム宣言を受諾し連合国に降伏することが玉音放送によって発表されると、降伏に反対する右翼団体「尊攘同志会」の首領・飯島与志雄ら12名が愛宕山に篭城した。飯島らは抗戦派軍人の決起を期待し、これに呼応するため日本刀や拳銃、手榴弾等で武装していた。これを知った警視庁では約70名の警官隊を動員し、愛宕山を包囲、投降を呼びかけた。飯島らは説得を拒否し立て篭り続けたため、22日午後6時頃、警官隊が発砲し突入、追いつめられた飯島らは手榴弾で自決を図り、10名が死亡、2名が捕えられた。
本三尊像の作者は、光背銘によれば司馬鞍首止利仏師、すなわち鞍作止利（鳥）である。止利の生没年は不明だが、鞍作多須奈の子で、司馬達等（読みは「しばだっと」「しめだちと」など）の孫とされている。多須奈は高市郡坂田寺の丈六仏と脇侍像を造ったとされる人物であり、達等は『日本書紀』によれば継体天皇の時代に渡日した漢人（あやひと、渡来人）とされ、その出自は中国南朝の梁とも朝鮮半島の百済ともいう。いずれにしても、止利は渡来人の子孫ということになる。一族は「鞍部」（鞍作）を称し、鞍などの馬具製作の技術者集団だったようで、その金工技術を仏像製作に応用したものと考えられている。『書紀』に見える止利の最初の事績は、飛鳥寺の銅繍（銅造と刺繍）の丈六仏像の造仏工に任じられたことである。なお、「止利」については特定個人を指す固有名詞ではなく、一族の「頭領」「長」を指す言葉ではないかとの説もある。
1948年に、波田小学校の東南側（現在は松本市役所波田支所がある場所）にあった長野県東筑摩西部農学校が長野県東筑摩西部農業高等学校に改組されていた。それが、1949年に長野県梓農業高等学校と統合されて組合立長野県梓川高等学校（1952年に県立移管）となり、当初は波田小学校近くにあった梓川高校が1950年度に現在地に校舎を新築し、51年の新学期を期して移転した。そのため校舎つきの跡地ができた。50年3月下旬からは、波田中の職員室などと3年生が、この元西部農学校校舎を使うようになった。しかし、波田小との同居も続いていたので、国道を横断して両校舎を移動する状態だった。中学校の建設地として3か所の候補があった。最初に候補にあがったのは、小学校東側であった。ここにはもともと村有地ながら貸与されてブドウ園が作られていた。48年4月に返還を受けて、49年に生徒や村民の労働奉仕により、ブドウの移植や運動場としての地ならしを行った。しかし、この場所は約8600平方メートルしかなく狭隘にすぎることから、候補地からはずれた（その後も長く活用されなかった。現在では社会体育館の敷地になっている）。もう1つの候補地は西部農学校跡地であり、残りが現在地（村有地であった）である。西部農学校跡地には現在では松本市役所波田支所および公民館がある。しかし、西部農学校跡地も約1万平方メートルで、十分な広さがなかった。そのため、51年1月から6月にかけては、現在地が候補とされていた。しかし、51年9月の公聴会では西部農学校跡地に建設し、活用できる既存建物はそのまま使うことが提案された。このため、52年4月3日のPTA緊急評議員会で校長が敷地を西側の土地（現在地）にして欲しい旨を訴え、4月9日にはPTAが全村の3分の2以上の署名をとり中学敷地変更を村議会に陳情することとなった。これを受けて、4月11日の村議会で敷地変更が議決されたのである。52年4月21日には校舎建築の杭打ちがされ、下旬には地鎮祭も行われた。11月3日に管理棟257坪、中校舎311坪が完成し、落成式が行われた。西校舎200坪は52年12月に工事が始まり、53年5月5日に竣工式が行われた。体育館は、53年5月2日に建築方針が決まった。しかし、建設位置について、中校舎北側の民有地（林檎園）を計画したが、買収交渉に失敗して、中学校果樹園をつぶして建築することになった。53年10月7日に敷地整理を始め、11月16日には地鎮祭を行った。54年3月20日に上棟式、6月18日に竣工式を行ったが、体育館287坪の建設費は、管理棟・中校舎・西校舎の3棟の建設費合計よりも高い1380万円であった。完成後まもなく、NHKののど自慢（のど自慢素人演芸会）ラジオ全国放送が行われた。55年4月15日に、音楽室40坪、東便所、管理棟から体育館への渡り廊下が完成し、竣工式が行われた。54年7月に着工し、12月7日に上棟式を行っていた。56年7月3日に特別教室棟314坪が完成し竣工式が行われた。55年11月に村議会が建築を議決し、西校舎北側の民有地400坪を買収して建築したもので、西部農学校を解体して移転改築したもの。1階に理科室、2階に図書館、また家庭科室・調理室が置かれた。58年6月11日に工作室62坪が完成し竣工式が行われた。57年11月に設計図が作られ、58年1月に建築が村議会で認められ、58年4月11日に地鎮祭が行われていた。60年12月26日に金工室が完成し竣工式が行われた。金属切削用の旋盤2台が設置された。1年生男児が旋盤を囲んで写真撮影し、信濃毎日新聞に写真と記事が掲載された。