吉治の子・守治も吉治とともに改易されたが、後に許されて1000俵の旗本となった。五代当主・別所孝治の時には蔵米取りから昇格して、1000石の領地を与えられるようになり、お家再興を果たしたが、領地は八木藩領ではなく、下野国・相模国に分散しており、故地への復帰はできなかった。
藩祖は別所重宗（重棟）である。所領は1万5000石。重棟は織田信長の命を受けて羽柴秀吉率いる中国遠征軍が攻めてきたとき、甥で別所家の当主だった別所長治に、信長に降伏するように進言したが容れられなかったため、甥のもとから去って秀吉の家臣となった。長治は秀吉に居城・三木城を攻められて一族とともに自害したが、重宗は秀吉家臣として存続し、天正13年（1585年）8月に八木城主に任命されたため、ここに八木藩が立藩する。重棟は長男の別所吉治（ただし長治の子という説がある）に家督を譲って隠居した後、天正19年6月に死去した。後を継いだ二代藩主・吉治は、慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いにおいては西軍に味方して細川幽斎が守る丹後田辺城を攻めたため、戦後に改易され、大坂を流浪した。しかし吉治の伯母が徳川秀忠の乳母であったことから、後に罪を許されて八木藩に復帰した。吉治は大坂の役で徳川方として武功を挙げたことから、5000石を加増されて2万石の大名となった。しかし寛永5年（1628年）5月28日、吉治は病を理由に参勤交代を行なわず、狩猟して遊んでいたことが露見し改易された。（『寛政重修諸家譜』巻四百七十二、村上源氏・別所家の項。國民圖書版・寛政重脩諸家譜. 第3輯[国立国会図書館デジタルコレクション・コマ番号238]http://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1082714　より）
八木藩（やぎはん）は、但馬国（現在の兵庫県養父郡八鹿町八木）に存在した藩。戦国大名で播磨三木城主だった別所氏の一族が立藩したものの、後述のように江戸初期に藩主が不行跡で改易され、廃藩となった。
射撃と運動の考え方とは制圧のための射撃と戦場における運動を効果的に組み合わせることにある。例えば正面攻撃を実施する際にも砲兵と重歩兵部隊が敵に制圧射撃を行うことで前進する部隊の戦闘を支援し、その間に前進する部隊は散開して迅速に機動する。このモデルは大部隊だけでなく個々の小銃小隊にも応用されており、交戦中は機関銃手によって敵を制圧し、その間に小銃手が交互に前進していくことで戦闘が遂行される。軍事研究において射撃と運動が重要な研究課題となったのは軍事技術の革新が進んだ19世紀から20世紀にかけての時期である。それ以前の18世紀の戦闘では砲兵部隊によって戦闘支援を受けながら歩兵部隊が戦闘を行っていた。マスケット兵たちは敵に対して横隊で射撃と前進を繰り返しながら戦闘を遂行し、敵に接近した後に銃剣突撃に移行していた。しかし、19世紀における技術革新によって戦場に導入される武器や兵器の性能が向上し、特に内燃機関の発明と車両の導入によって機械化された戦闘部隊の機動力が改善され、同時に砲兵や歩兵は大量の弾薬を使用して火力を使用することが技術的に可能となる。第一次世界大戦の初期には各国の陸軍の機械化は十分ではなかったが、戦車や軍用車両によって機械化が推進され、機関銃の導入により歩兵部隊の火力が強化されたことを背景として、軍事理論における射撃と運動の関係が抜本的に見直されるようになった。運動に対する射撃の役割とは射撃戦闘を遂行して敵の戦闘能力を破壊することにある。これは戦闘部隊が置かれている時期と場所、射撃目標の配置、使用可能な弾薬の性質、戦闘部隊の生存性、そして効率的に火器を使用する能力によって戦果が左右される。さらに長期にわたる戦闘になると戦闘中における応戦能力、つまり火力を展開する兵器システムの運動性や敵の火力に対する防護措置の程度が勝敗を分ける決定的な要因となってくる。射撃には直接射撃と間接射撃の二つの方法がある。前者は直接照準の兵器による目標への射撃であり、後者は間接照準の兵器による目標への射撃である。直接射撃は射撃戦闘でも敵に前進する上で有効な方法であるため、現在でも戦闘部隊の射撃戦闘は直接射撃が主要であるが、高度な反撃能力と運動性、敵の射撃への防護能力が求められる。間接射撃は敵から距離を保って比較的安全に射撃戦闘を行う方法であるが、敵を観測する人員の観察と通信に依存しており、特に時間的猶予がない場面では効果が得られないこともある。一方で射撃に対する運動の役割とは、戦場において戦闘の効果を最大限に発揮しながら損害を最小限に抑制するために、適切な場所と適切な時間に部隊を機動させることにある。地形の状況を考慮しながら緊要地形を確保し、最大限に部隊の機動力を発揮し、そして機動の成果として戦闘効率性を発揮することが機動の成否を分ける要因となる。機動の実施は指揮官の錬度と指揮の内容、そして各部隊の機動力が戦術的に重要な要素となる。自動車化や機械化は機動に伴う消耗を軽減することによって、戦闘部隊が機動する速度と範囲を拡大させることができる。ただし、機械化された戦闘部隊を運用するためには柔軟かつ効率的な指揮系統が必要となる。しかも兵站への負担もより大きくなり、事前により長期的で集中的な訓練も必要となってしまう。