加盟校数の関係から前シーズンの成績を基にした各部6校を基本に1部～3部に分けたブロック運営を行なっている。最上位リーグを1部リーグ、下位リーグを2部、3部と称する。
1946年の学制改革を受けて翌年に全国新制大学野球連盟が発足。1952年には旧制大学連盟による全国大学野球連盟と全国新制大学野球連盟の合併と発展的解消により全日本大学野球連盟が誕生。この時点ですでに関東・甲信越地方には東京六大学野球連盟、東都大学野球連盟、東京都新制大学野球連盟、神奈川県下六大学野球連盟が存在していたが、同年から開始された全日本大学野球選手権大会の代表枠においては東京六大学リーグと東都大学リーグ以外は全て関東地区として編成され、代表決定戦を行う方法が採られた。翌年から名称のみを東部地区と改名。後に1965年の第14回大会から東部地区から東京新大学野球連盟、関東五大学野球連盟が独立し、東部地区は千葉県大学野球連盟とその他の北関東と甲信越の大学のみになった。（1965年のみは北関東地区となったが、翌年から再び東部地区に戻った。）連盟発足の年は1993年としているが、この年にはまだ前身組織の時代から続いていた北関東甲信越大学野球連盟を名乗っていた。この北関東甲信越大学野球連盟がいつ頃発足したのかは資料不足の為詳細不明だが、北関東甲信越大学野球連盟時代の全国大会への出場については、長い間、対象エリア内の全校が集まってのトーナメント大会で連盟代表を決定していた。後年になって、エリア別の予選リーグとその代表校による決勝リーグという方式に移行し、更に数年後には現在のような1部～3部の形に再編成した。この3部制を導入した時期をもって現連盟の発足とし、連盟名称も現在のものに改めた。1991年に全日本大学野球選手権大会の代表枠再編に伴い東部地区大学野球連盟が解消され、晴れて連盟単独の代表権を獲得（ただし当時は連盟名称の改称前で、公式としては現連盟の創設前）したが、関東地区・東部地区時代の39年間は2度しか代表を送り出せていない。なお、現在の連盟名称の由来について改称当時の連盟事務局員の談によれば、「"関甲新"の新は、新潟の新と新しいという意味の新を掛けている」とのことである。
経済関係においては、親中の傾向が強く、今後の主要な貿易相手国としての重要性を認める一方、日本などの同盟国には貿易問題などで厳しい態度を取った。在任中には「チャイナゲート」と呼ばれる中国共産党政府から選挙資金を得た疑惑も起き、与党の民主党政権のみならず、野党の共和党も追及される大きな騒動となった。自動車を中心とした貿易摩擦を契機として、すでにパパ・ブッシュ政権時代の1989年から日米構造協議がもたれるようになっていたが、クリントン政権では、ロイド・ベンツェン財務長官の主導により円高政策が強力に推し進められ、日本の輸出産業に円高不況と呼ばれる程の深刻な打撃を与えた。日本政府に対しては減税や銀行への公的資金の投入、スーパー301条に基づいた市場開放を高圧的に内政干渉にも近い形で要求した。日米包括経済協議の開催と、アメリカ合衆国連邦政府による日本政府への「日米規制改革および競争政策イニシアティブに基づく要望書（年次改革要望書）」もクリントン政権からである。1998年の中華人民共和国訪問時には、江沢民国家主席（当時）との会談で「台湾の独立不支持、二つの中国及び一中一台の不支持、台湾（中華民国）の国連等国際機関への加盟不支持」（三つのノー）を表明したが、帰国後しばらくして対台湾問題についてはアメリカ国内法である台湾関係法を優先するとし、第三次台湾海峡危機でもそれに準じた対応を行った。この訪中では、クリントンが日本に立ち寄ることなく9日間にわたって中華人民共和国に滞在したため、日本からは「ジャパン・パッシング」（日本無視政策）と非難され、日本の政財界に戦後共有されていた「民主党＝反日・親中」という事実を改めて再確認させることとなった。しかし、政権の後半にかけては対日関係の修復に動き、とりわけ日米の安全保障問題に関して、概ね伝統的な日米関係を基軸としながら、その深化を図った。1995年に策定された、ジョセフ・ナイ国防次官補らによるいわゆる「ナイ・イニシアティヴ」に基づき冷戦後におけるアジア太平洋への関与を再定義、日米同盟をその機軸と位置づけた。1996年には日米防衛協力のための指針（新ガイドライン）を策定、冷戦後における日米同盟の新たな定義付けを行った。政権末期には、『ニューヨーク・タイムズ』や『ワシントン・ポスト』などの左派新聞などによる反捕鯨キャンペーンに応じる形で、「日本が調査捕鯨をやめないのならば、ノーマン・ミネタ商務長官（日系アメリカ人）が大統領に対して行った勧告に従って、日本を世界貿易機関に提訴する」と表明した。しかし、これは政務手続き上あり得ない脅しにすぎないものであり、関税・貿易問題でもないため、日本ではマスコミや政治家が批判的に反応しただけで、日米捕鯨摩擦に発展することなく収束した。北朝鮮との間では寧辺核施設の先制攻撃を準備までするも当時の金泳三韓国大統領に制止され、結局核兵器の開発放棄と引き換えにKEDOを発足させたが、監視体制などを厳密に構築せず、結果的に北朝鮮の核武装の防止に失敗した。その後、共和党政権となり、アメリカの北朝鮮政策は転換された。ベトナムとの間では、1994年にベトナム戦争終結の1975年4月から19年間におよんだベトナムに対する貿易禁止の撤廃を発表し、1995年にアメリカとベトナムを国交正常化させた。