磐梯山の火山活動の特徴として、これまで山体崩壊を頻繁に引き起こしてきたことが挙げられている。磐梯山の山麓からは15層もの山体崩壊に伴う岩屑なだれの堆積物層が確認されている。磐梯火山の形成史の中でこれまで多くの山体崩壊が発生してきたのには、何らかの原因があったものと考えられている。千葉、木村、佐藤（1995）では、磐梯火山の活動を6噴火フェーズに分け、各フェーズの間には活動の休止期があったとした。そして休止期を終えて新たな噴火フェーズに入る時期に、プリニー式噴火に伴い、前噴火フェーズで形成された火山体が大規模な山体崩壊を引き起こしたとの説を唱えている。他の火山に比べて急峻な磐梯山の地形が、山体崩壊を引き起こしやすくしているとの説もある。この説では、後述のように成層火山の形成が一段落した後、水蒸気爆発によって規模の小さな山体崩壊が繰り返され、その結果として急峻な上に小崩壊の影響で不安定となった山体が大崩落するタイプの山体崩壊が発生するというメカニズムが提唱されている。また大谷（1995）は、磐梯山の火山体の北西から南東方向には断層活動に伴って地殻弱線帯が形成されていて、地殻弱線帯は破砕や温泉による地質の変質作用の結果、もろく崩れやすくなっているとした。つまり磐梯山の北西から南東側にかけて、帯状のもろく崩れやすい地殻弱線帯が存在していると考えている。そしてこれまで磐梯山で頻発してきた山体崩壊は、この地殻弱線帯部分の崩壊をきっかけにして発生しているとしており、北西や南東方面といった地殻弱線帯に平行した山体崩壊は、崩壊の開始部分が地殻弱線帯の太さに限定されるために比較的小規模なものに留まるが、一方、地殻弱線帯と直交する南や北方向へ向けての山体崩壊は、地殻弱線帯に沿って大規模に崩れだしてしまった場合、規模が大きな山体崩壊に発展してしまうことになる。この説では、約4万年前の磐梯山の南西部で発生した翁島岩屑なだれや、1888年の小磐梯を消滅させた磐梯山の北側で発生した山体崩壊は、地殻弱線帯に沿って発生した大規模な崩壊がきっかけとなって、大規模な山体崩壊に発展したものと判断している。
1888年の噴火に伴う山体崩壊によって消滅した小磐梯の形成時期は、約5万年前という説と大磐梯と同じく新期の磐梯火山の活動によるものであるとの説がある。約5万年前との説の根拠は、絵画資料などから復元された消滅前の小磐梯は、浸食があまり進んでいない大磐梯よりも開析が進んでいたと考えられること。そして小磐梯の火山活動によって噴出したと考えられるとした火山灰の層序を根拠としている。一方、大磐梯と同じく新期の磐梯火山の活動によるとする説の根拠としては、復元された小磐梯は古期の火山活動によって形成された櫛ケ峰と赤埴山よりも浸食が進んでいないこと。また磐梯山の北西部に見られる、溶岩上の皺や溶岩堤防がはっきりと残っている長さ約4.5キロメートル、幅約750メートル、厚さ約50メートルの、磐梯火山の溶岩流の中でも最も新しい時代のものと判断される溶岩流について、その流出経路から考えて小磐梯の活動によるものであるとして、磐梯火山の中でも最も新しい時代に形成が進んだ火山体であると見なしている。1888年に消滅した小磐梯は、各種資料による推定によれば、大磐梯の北ないしやや北北東寄り、櫛ケ峰の西ないしやや西南西寄りにあって、標高は1819メートルの大磐梯よりも数十メートル低い、1740メートルから1760メートル程度であったと考えられている。また小磐梯の西側山体には小磐梯の一部と見られていた湯桁山と呼ばれた峰があり、湯桁山から北西に延びていた尾根周辺には上ノ湯、中ノ湯、下ノ湯という3つの温泉があったと考えられている。
一旦兵を引いた織田軍だったが、天正3年（1575年）3月22日に信長は細川藤孝に対して、「来たる秋、大坂合戦を申し付け候。然らば、丹州の舟井・桑名郡の諸侍、その方へ相付くる上は、人数など別して相催し、粉骨を抜きんぜられべく候。この旨を申し触れ、おのおのその意をなすべきこと肝要の状、件の如し」（『細川家文書』）という朱印状を与えた。秋には石山本願寺を攻撃するので、丹波の国人衆を与力として兵力を増強し、準備を進めるよう命じたものである。また摂津住吉郡に、「陣取り、放火、濫妨、狼藉、ならびに竹木を伐ち取るの事、停止せしめ畢。もし違反の輩においては、成敗を加うるべきの状、件の如し」という禁制を発し、同地域の安全を確保した。同3月、本願寺の一揆勢は大和田に大和田砦をつくり、渡辺や神崎あたりまで進軍した。これに対して荒木村重が兵を送り破れてしまったが、村重は策を巡らし、一揆勢を十三の渡し周辺に誘い出し攻撃を加え、大和田砦と天満砦を奪うことに成功する。これを好機とみたのか、4月6日、信長は秋を待たずに京都を出発した。「辰刻、信長南方へ出陣す。一万余。室町通り五条へなり」（『兼見卿記』）とあり、当時京にいた信長は1万ほどを率いて出撃したようである。織田軍は八幡を経て、7日に若江城へ入城。8日には駒ヶ谷山に布陣し、高屋城攻城に動き出した。三好康長も高屋城の不動坂口より出撃し、双方激しい合戦となった。織田軍は高屋城の周辺を焼き討ちにし、麦苗も薙ぎ捨てにした。12日、織田軍は住吉へ移動。13日には摂津・大和・山城・若狭・美濃、尾張・伊勢・丹波・丹波・播磨・根来衆の増援軍が続々と到着し、総勢10万余の大軍となった。信長は天王寺を本陣とし、住吉・遠里小野にも布陣させ、石山本願寺と対峙した。14日に石山本願寺に押し寄せ、ここでも石山本願寺周辺の作物を薙ぎ捨てにした。16日には遠里小野に移動し信長自身も作毛を刈り取り、新堀城周辺に陣を張った。新堀城には十河一行や香西長信が立て篭もっており、高屋城と石山本願寺との中間にある城で両城を支援していた。17日、織田軍はこの城を取り巻き、19日に堀に草などを入れ埋め立て、夜になって火矢を射かけ大手門、搦手門の両方に突撃し、170余の首級をあげた。十河一行は討ち死にし、香西長信は生け捕りにされ、斬首された。新堀城が落城すると、三好康長は信長の側近であった松井友閑を仲介にして降伏を申し出た。信長は康長を赦免し高屋城の戦いは終結した。遊佐信教は弓倉弘年によると以後、「遊佐河内入道」として本願寺と共に対信長戦を続けたとする。事実、当時の記録のどれにも信教が高屋城の戦いで戦死したとしているものはない。通説では信教はこの戦いで死んだ事になってはいるが、やはり後世に作られた軍記物の記述であり、信ぴょう性は無い。