いかなる国家にも属さず、『軍事力による平和の維持』を目的とする対テロ極秘傭兵組織ミスリルは、軍事的な緊張状態にある紛争地帯などに出没し、強襲揚陸潜水艦「トゥアハー・デ・ダナン」や最新鋭の人型強襲兵器「アーム・スレイブ」などを送り込み、テロリストや独裁政権を極秘裏に殲滅していた。ミスリルの特別対応班に所属する最年少エージェント相良宗介は、都立陣代高校に生徒として潜入し、仲間と共に千鳥かなめを秘密裏にボディーガードするという特殊任務を与えられる。幼少時からゲリラや傭兵として激戦地を渡り歩いてきた宗介は、平和な日常での常識が皆無で、日本の生活に全く馴染めず失敗を繰り返すが、二人は次第に打ち解けていく。そんな中、宗介のかつての仇敵でありミスリルの敵対組織アマルガムのガウルンが、沖縄への修学旅行中のかなめを拉致すべく学年全員を巻き込んで、ハイジャックを決行して北朝鮮へと着陸する。なぜ、かなめが狙われるのかさえ分からない絶望的な状況下で、援軍の到着を待つ宗介はひとり決死の反撃を開始する。享楽的に戦闘を楽しむガウルンの駆る、謎の特殊兵器「ラムダ・ドライバ」を持つ新型アームスレイブとの戦闘により負傷した宗介らは、かなめを連れて逃亡するが、次第に敵の包囲網は狭まっていき包囲されてしまう。絶体絶命の窮地に陥ったその時、ダナンからの緊急展開ブースターにより射出されたミスリルの最新型アーム・スレイブ「アーバレスト」が、その姿を現すのであった。
シリーズ開始当初は学園物として売り出そうとしていた出版社の意向に原作から逸脱したメディアミックスが多く、本作のメディアミックスは長らく迷走していたが、長編や相良宗介を始めとした男性キャラクターやASの方が人気が出た事もあり、次第に長編をベースにした原作に寄せたメディアミックスが増えていった。2000年（平成12年）に館尾冽による漫画版『フルメタル・パニック！』がスタート。2002年（平成14年）からはアニメ版が放送開始された。2005年（平成17年）にはゲーム『スーパーロボット大戦J』にアニメ版1作目と2作目が登場し、2007年（平成19年）には『スーパーロボット大戦W』にアニメ版1作目と2作目に加えアニメ版三作目も登場した。2014年（平成26年）、及び2015年（平成27年）には『第3次スーパーロボット大戦Z』シリーズに初のボイス付きで参戦。天獄篇では原作小説版が初参戦。TVアニメ化に先駆けてARX-8レーバテインが映像化した。立体物関係はリボルテックヤマグチ『No.59 レーバテイン』を皮切りにROBOT魂など数多くのシリーズでASが立体化されている。2009年（平成21年）にハリウッドで実写映画の企画が発表されている。2011年（平成23年）8月からは本作品の十数年後を舞台にした初のスピンアウト作品『フルメタル・パニック！アナザー』（著・大黒尚人、原案&監修・賀東招二）が連載開始され、2016年に完結。2012年（平成24年）にカサハラテツローによる再コミカライズ作品が連載開始された。2013年（平成25年）10月25日にシリーズ15周年を記念し『フルメタル・パニック！ Blu-ray BOX All Stories』が発売。2016年（平成28年）12月23日にTVアニメ新シリーズ放送記念のオーディオドラマ『フルメタル・パニック！ 踊るベリー・メリー・クリスマス』が配信開始。2018年（平成30年）4月よりテレビアニメ第4作『フルメタル・パニック！ Invisible Victory』が放送。また、時期を前後して同年3月より長編シリーズが順次、データ配信のオーディオブック化されている（前述のオーディオドラマとは異なる）。
発行ペースが不安定ながら、連載開始から長きに渡って『富士見ファンタジア文庫』を代表する看板作品として扱われていた。連載12年目に発売された長編シリーズ最終巻 『ずっとスタンド・バイ・ミー 下』でも、オリコン週間本ランキングで文庫部門初週売り上げ第1位獲得しており、シリーズの発行部数は1100万部を超える。また、長編シリーズは特に評価が高く、長編9巻『つどうメイク・マイ・デイ』発売時には『このライトノベルがすごい！ 2008』にて作品部門ランキング1位を獲得。さらに主人公の相良宗介が男女総合キャラクターランキング1位を獲得し、ダブル受賞となった。解説では、シビアなストーリー展開と魅力的な男性キャラクターが主に支持を集めていると書かれており、この件に関して「ライトノベルというジャンルに置いて主人公がここまで支持される事は本当に珍しい」例として挙げられた。
2007年（平成19年）6月にシンガポールの外食企業とフランチャイジー契約を締結し、2009年（平成21年）4月にシンガポールに得得の1号店、同年9月にシンガポールの得得2号店を開店して海外での店舗展開を始めた。2009年（平成21年）6月にタイのOISHI GROUPとフランチャイジー契約を締結して同年11月にタイに家族亭1号店、12月にタイの家族亭2号店を開店してタイでも多店化を始めた。2009年（平成21年）1月に台湾系大手食品会社、旺旺集団（ワンワングループ）の巨儒有限公司と中国本土における外食チェーン事業展開に関する基本合意書を締結して、同年12月に合弁会社上海族旺餐飲管理有限公司を設立し、2010年（平成22年）1月に上海市の石門一路に1号店、同年4月には同じ上海市の豫園に2号店を開店させて中国本土での外食チェーン展開を始めた。2010年（平成22年）9月にタイに新業態「大阪串屋」を開店し、10月にシンガポールに、家族亭の1号店を開店するなど海外の進出先でも複数の業態の店舗展開を行い始めた。2010年（平成22年）12月にタイのソンブンと提携して、2011年（平成23年）9月にタイに炭火焼や鉄板焼、天ぷら、寿司という日本食を代表する料理の調理パフォーマンスを見ながら楽しめる新業態「旬の舞」を出店し、2010年（平成22年）12月にタイの財閥、KPNグループと提携して当社が14.8%、KPNグループが75.4%、キンレイが9.8%を出資する合弁会社を設立して、タイで和食レストラン「かごの屋」のFC展開を目指し、2011年（平成23年）に1号店を開店させるなどタイでは複数の合弁相手と組んで業態の多様化を進めている。また2010年（平成22年）8月にインドのコンサルティング会社アバカスと合弁会社を設立することを発表し、同年12月に合弁契約書を締結し、クレープを中心にした日本のスイーツとスナック専門店の新業態「Harajuku Delights」の展開を始めるなど日本国内での本社では展開していない業態を含めて新興国での事業展開を強化している。