全国各地の旅館が会員として登録している。登録においては、その加盟申請した旅館が入会審査にとおることが条件である。「秘湯」の名を冠しているが、特に明確な定義・基準があるわけではなく、宿の環境はもちろんのこと、温泉などに対する会の理念と一致しているかどうかも考慮される。数時間の登山をしなければ辿り着かない一軒宿や、自家発電のみ、固定電話無しの施設も珍しくない。会員旅館が少ないためか宿同士の交流が深く、宿泊帰りに別の会員旅館を勧めてくれることもある。加盟しているのは、おおむね小規模から中規模の旅館で、民芸調・純和風旅館・山小屋風など秘湯のイメージに沿う施設が多い。一軒宿の比率も高い。ただし、加盟申請を行った宿だけによる会であるため、誰もが秘湯と認めるような宿がすべて加入している訳ではない。逆に、入会後に交通の便が良くなったり、周辺の観光開発の進展などにより秘湯のイメージが薄らいだ場合でも、資格がなくなるということはない。会員旅館である事を示す提灯は、各旅館の玄関先に下げられていることが多く、テレビの旅番組などでよく見られる光景である。この提灯を頼りにその日の宿泊先や入浴先を決める客も多い。
朝日旅行会（朝日新聞社系列の旅行会社・朝日旅行の前身）の創業者である岩木一二三によって、1975年4月に設立された。旅行会社が扱わず、バスも通らないような辺境の温泉宿が集まり、宣伝や誘客をしていくことや、その土地の風習や食などを伝えていく温泉宿の支援を目的としている。発足時に33軒であった会員は、1977年には38軒になり、同じ年に「日本秘湯を守る会」監修、「朝日旅行会」発行によるガイドブック「日本の秘湯」が創刊された。以降、約2年ごとに改訂が続けられ、2006年発行の第16版には185軒が収録されている。主な集客手段の一つとしてスタンプ帳事業がある。朝日旅行もしくは本会公式サイトからの予約、または各会員宿への直接予約により宿泊した場合は、専用のスタンプ帖に宿オリジナルのスタンプが押印される（ただし団体予約・湯治など、一部スタンプ対象外のプランもあるため、事前確認が推奨されている）。最初のスタンプが押印されてから3年以内にスタンプが10個貯まると、押印された宿の中から希望の宿に無料で再度宿泊できる。その他、2017年度よりるるぶトラベルと業務提携し、本会の公式サイトにある宿泊プランを、るるぶトラベルでも予約できるようになった。任意団体であったが、2004年4月に法人格を取得して有限責任中間法人日本秘湯を守る会となり、2008年の公益法人制度改革により一般社団法人となった。
一般社団法人日本秘湯を守る会（にほんひとうをまもるかい）は、株式会社JTBの子会社である株式会社朝日旅行が主催する、温泉旅館による社団法人である。
古河城の発祥は平安時代末期から鎌倉時代初期にかけての御家人である下河辺行平により築城された。室町時代になると足利尊氏は関東統治のために鎌倉府を設置した。初代鎌倉公方（関東公方）は尊氏の子基氏であった。鎌倉公方は基氏の曾孫で第4代持氏の時、京都の第6代将軍で尊氏の曾孫義教と対立。永享の乱を引き起こして持氏は自害させられ、鎌倉府は滅亡した。義教の没後、持氏の遺児成氏は罪を許され、宝徳元年（1449年）に鎌倉に戻って第5代鎌倉公方となる。享徳3年（1454年）12月、成氏が関東管領上杉憲忠を謀殺したことを端緒として享徳の乱が引き起こされる。山内上杉家は憲忠の後継者に実弟の房顕を立てて体制を立て直し、室町幕府の第8代将軍足利義政に支援を要請した。成氏は房顕を武蔵分倍河原で破ったが、房顕の支援を決定した義政が駿河の今川範忠を動かし、享徳4年（1455年）4月には後花園天皇より成氏追討の綸旨と御旗を賜って成氏を朝敵としたため、成氏は鎌倉を放棄して古河を本拠とした。以後、成氏の系統は古河公方と呼ばれる。成氏は長禄元年（1457年）に修復が完了した古河城に正式に入城した。当時の古河公方は下総・下野・常陸に及ぶ強大な勢力圏を誇った。成氏は幕府の派遣した堀越公方の足利政知や上杉家と抗争を続けたが、文明9年（1477年）に成氏は和睦を申し出て5年後に幕府と古河公方家は和睦した。成氏は明応6年（1497年）9月に病死。息子の政氏が第2代古河公方となる。政氏は外交方針をめぐって嫡子の高基と対立。父子が不和になって内紛を起こし、最終的に高基が勝利して政氏は追われて高基が第3代古河公方となる。だが高基の実弟の義明が還俗し、上総守護代の武田氏の勢力を背景にして小弓公方として独立するなど、次第に古河公方の衰退は明らかになっていく。高基は勢力挽回のため、関東で台頭し始めていた北条早雲・氏綱に接近し、嫡子晴氏の正室に氏綱の娘を迎えて北条との連携を図り、天文7年（1538年）には小弓公方を滅ぼした。だが高基の跡を継いだ晴氏は関東管領上杉憲政に接近して氏綱の嫡子氏康と敵対。天文15年（1546年）に武蔵河越で氏康と戦い兵力では圧倒的に優位ながら大敗した（河越城の戦い）。以後、古河公方家は後北条家の影響下に置かれ、その勢力範囲内の各所を居所として転々とした。晴氏は永禄3年（1560年）に死去。子で第5代の義氏は北条準一門として古河公方に立てられるが、嗣子が無く天正10年（1582年）に死去。古河公方は断絶して後北条家より以後は古河に城番が置かれた。