いくかのコース（S1 - S9コース、R1・R2コース）があり、日時によりコースが決められている（ホームページで確認できる）。基本は事前予約制で、定員になり次第締め切りとなるが、ツアー当日に空きがある場合は、当日参加も可能である。ツアー中の写真撮影は可能だが、見学箇所間を移動中の通路での撮影は禁止されている。グラウンド（バックネット裏の人工芝部分のみ）、3塁側ベンチ、3塁側室内練習場（但しブルペンのマウンド部分は立入禁止）、3塁側ロッカールーム、高校野球期間中の監督・選手インタビューやタイガース勝利時の監督インタービューに使用する3塁側通路のインタビュースペースなどの見学が基本だが、稀にロイヤルスイートが見学できるコースが設定されることもある。また、シーズン中では公式戦前の練習をスタンドから見学することができるもの（R1コース）もある。ただし、試合前などは見学のできる場所が限られる。R1コースではゲストのタイガースOBが同行することもある。なお、グラウンドや室内練習場の土の部分には立ち入ることはできないが、グラウンドの土が入った箱が用意されており、これで甲子園の土を触らせてもらえる。R2コースは練習見学のみのコース（雨天の場合は中止）で、2011年4月12日から新設されたコースである。プロ野球のオフシーズン（基本として10月中旬からセンバツ高校野球大会を開催する3月下旬の間）でも、休場・貸し切り以外の日には、一部のコースでスタジアムツアーを実施している。2012年2月には、前年9月からメルセデス・ベンツ製のリリーフカーが甲子園球場に導入されたことにちなんで、スタジアムツアーの中に初めてリリーフカーの撮影会を組み込んだ。2012年1月7・9日には、通常のコースによる見学の途中で、球場のマウンド上からの投球（ウグイス嬢による氏名のアナウンス・球速計測あり）や3塁側ブルペンでのキャッチボールを経験できる「記念投球イベント」を1日3回にわたって開催。前年11月にハガキで参加者を募集したところ、応募者の総数が定員（1日120名）の約12倍に達したため、参加者を抽選で決めていた。なお、2014年にも、1月5日にこのイベントを開催している。
歴史館1階の出口付近に併設されたショップで、タイガースや高校野球グッズに加えて、歴史館オリジナル商品も販売。2014年3月21日からは、歴史館初の図録『甲子園歴史館コレクション』の発売も開始した。
開館日や時間帯によっては、バックスクリーンウォーク2と3の間に設けられている屋外階段から、スコアボードの真下（オープンエア形式のレストラン「ココナッツガーデン」の真上）に出られる。この場所は、上下2段式のバックスクリーンの中間スペースに当たるため、後部（上部）バックスクリーンの前から球場全体を眺めたり写真を撮影したりできる。入場可能な時間については開館時間を参照。プロ野球の試合前の練習時間と重なる場合には、練習へ支障を来さないようにバックスクリーンと同色の可動式スクリーンが並べられるため、スクリーンに開けられた長方形の穴から球場全体を覗くことになる。
いずれも2014年度以降の料金で、「団体」とは事前に予約を済ませた20名以上の団体を指す。なお、甲子園歴史館倶楽部（後述）会員証、阪神タイガースファンクラブ会員証、障害者手帳、療育手帳、歴史館主催イベントへの参加申込者宛てに郵送されたハガキのいずれかを持参した入館者にも、以下の料金に対する割引サービスを設けている。
阪神電気鉄道・日本高校野球連盟・毎日新聞社・朝日新聞社・阪神タイガースは、「甲子園歴史館」の開館を前に、「甲子園歴史館運営会議」を発足。甲子園球場と縁の深い著名人・有識者を、顧問に迎えている。歴史館のオープニングセレモニーでは、当時の顧問が全員出席。以降も年に数回、顧問を交えての理事会・定例報告会や、顧問による企画・トークイベントを実施している。
開戦前のボストンでは反抗的活動が続き、1774年にイギリス政府は懲罰のためマサチューセッツ統治法を制定して自治を取り上げた。しかし、この政策は民衆の間に反発を広げる結果となり、新たに本国から任命された役人は辞職したり暴徒に追われてボストン市内を逃げ惑うことになった。イギリス軍北アメリカ総司令官になったトマス・ゲイジ中将はボストン市内の本部からイギリス正規兵4個連隊を指揮していたが、市内を外れれば革命勢力の手中にあった。1775年4月18日の夜、ゲイジ将軍はマサチューセッツ州コンコードに植民地民兵が保管している弾薬を押収するために700名の部隊を派遣した。革命勢力に属するポール・リビアなどの伝令が郊外の町を駆け回り、イギリス軍が出動したという警告を伝えた。4月19日の朝、イギリス軍がレキシントンの村に入ると、77名の民兵が村の緑地に待ち構えていた。銃火が交わされ、数人の民兵が殺された。「1発の銃声が世界を変えた」という出来事であった。イギリス軍はコンコードに移動し、3個中隊の分遣隊がノースブリッジで500名の民兵軍と戦ったが成果を上げられなかった。イギリス軍がボストンに引き揚げ始めると、数千に及ぶ民兵が集まってきて、道路沿いからイギリス軍を攻撃し大きな損失を与えたが、イギリス軍は援兵が到着し壊滅を免れた。このレキシントン・コンコードの戦いで独立戦争が始まった。民兵達はボストンに集結し、ボストン包囲戦が始まった。約4,500名のイギリス援兵が大西洋を渡って到着し、1775年6月17日、ウィリアム・ハウ将軍の指揮するイギリス軍がバンカーヒルの戦いでチャールズタウンの半島を占拠した。アメリカ軍は後退したが、イギリス軍の損失が大きく次の攻撃に移ることが躊躇された。包囲戦は破られず、イギリス軍の指揮官はゲイジからハウに挿げ替えられた。1775年7月、新しく指名されたワシントン将軍がボストン郊外に到着し、植民地軍の指揮を執り、大陸軍を組織化した。ワシントンは自軍に弾薬が不足していることを認め、新しい入手源を求めた。武器庫を襲撃したりまた製造も試みられた。1776年末までの軍需物資の90%は輸入に頼った。その総額は200万ポンドに上り、輸入元の大半はフランスからのものであった。手詰まり状態が秋から冬まで続いた。1776年3月早く、愛国者がタイコンデロガ砦で捕獲した大砲がヘンリー・ノックス少佐によってドーチェスター高地に運び上げられた。大砲がイギリス軍を見下ろす形になったので、ハウ将軍は防衛できないと判断し、3月17日にボストン市を明け渡し、船でノバスコシアのハリファックスの海軍基地まで移動した。その後ワシントンはニューヨーク市を守るために大陸軍の大半を移動させた。