前作でフィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。ハネムーンから帰って来てみると、フィオナの両親である「遠い遠い国」のハロルド国王、リリアン王妃からの使いが待っていた。フィオナの結婚を知って、祝福するために2人を王国へ招いているのだ。気が進まないシュレックだったが、フィオナに押し切られる形で、留守をクッキーマン達に任せ、ドラコンと気まずい感じになったというドンキーも勝手に同行し、旅出つことになった。遠い遠い国は大都会。出迎えた国王夫婦と国民たちは、シュレックが緑色の怪物だと知って茫然となる。晩餐会でも国王とシュレックの溝は深まるばかりでフィオナは途中で席を立って部屋に閉じこもってしまう。そこへフェアリー・ゴッドマザーが現れ、フィオナの願いをかなえてあげると唆すが、フィオナは断る。その後、シュレックもフィオナの部屋を訪れ、帰ると主張するシュレックに、フィオナは両親と仲良くする努力をしてほしい頼み、シュレックとフィオナは仲違いする。その夜、偶然子供時代のフィオナの日記を見たシュレックはその中にチャーミング王子という婚約者がいたことを知り、怪物であることに苦悩する。フェアリー・ゴッドマザーは次に国王を呼び出し、昔に国王の望みをかなえる代わりに取り交わした約束に従って、フィオナをフェアリー・ゴッドマザーの息子・チャーミング王子と結婚させるよう責め立てる。しかたなく国王は殺し屋・長ぐつをはいた猫をシュレックに差し向ける。しかし、偶然の出来事もあって暗殺は失敗し、さらに長ぐつをはいた猫も恩を返すためにシュレックの仲間に加わる。シュレックは国王にそんなに嫌われていたのかと落ち込み、フィオナのためにも自分を変えようと決心する。シュレックはフェアリー・ゴッドマザーにフィオナを幸せにする方法を相談するが「プリンセスは怪物とは幸せになれない」と追い返される。その帰路、魔法薬工場で「いつまでも幸せに」と書かれた薬を見つけて盗み出す。その薬を飲んだら、シュレックはハンサムな人間の男性に、ドンキーは白馬へと変身。城にいたフィオナもかつての美しい人間の女性の姿になった。薬の効果を永遠のものにするためには、夜中の12時までに運命の人とキスしなければならない。シュレックは城に戻るが、フェアリー・ゴッドマザーの計略で人間になったシュレックになりすましたチャーミング王子がフィオナを抱きしめていた。フィオナがチャーミング王子を愛していると思い込んだシュレックは身を引くことを決心するが、その途中で全てがフェアリー・ゴッドマザーの策略だったと知ると、フィオナとチャーミング王子の結婚式を阻止しようとするシュレック達だったが、フェアリー・ゴッドマザーの手下によって捕えられてしまう。監禁されていたシュレック達は魔法の鏡でその様子を見ていたクッキーマンやピノキオたちおとぎ話のキャラクターに助けられ、仲間たちと共に城に乗り込んだ。シュレックが乱入したことでチャーミング王子はシュレックではないことを知ったフィオナは彼の元に向かうも惚れ薬入りお茶を飲んだ彼女にチャーミング王子はキスをして自分のものにしようとするが罪悪感を抱いた国王が普通のお茶とすり替え、阻止された。フェアリー・ゴッドマザーは魔法の杖でシュレックを攻撃するが、国王がシュレックを庇い、鎧によって跳ね返った魔法によってフェアリー・ゴッドマザーは消滅した。その効果で国王は元の「カエルの王様」のカエルに姿に戻り、今までの非礼を詫び、二人の結婚を祝福した。シュレックはフィオナに、今キスすればこの美しい姿のままでいられると言ったが、フィオナは怪物の姿を選び、2人はまた緑色の怪物夫婦に戻って、みんなから祝福されて醜く幸せに暮らしましたとさ。そしてドンキーもドラゴンとの間に生まれた子供達に囲まれ、幸せに暮らしましたとさ。
翌紀元前494年、アウェンティヌスの丘とエスクイリヌスの丘でのプレブスの会合の内容が、元老院に届いた。元老院はインレギッレンシスのような激しい対応を求め、同年の執政官（アウルス・ウェルギニウス・トリコストゥス・カエリオモンタヌスとティトゥス・ウェトゥリウス・ゲミヌス・キクリヌス）に対して、軍を編成して騒乱を鎮圧しさらにアエクイ、ウォルスキ、サビニへの脅威に備えるよう命令した。しかし、プレブスを圧迫している債務の救済と自由が認められない限り、召集に応じるものはいないであろう。両執政官とものそのような命令を実行できるはずもなく辞任しようとしたが、執政官がこの方策を実施する場合にはその側に立つよう要求した。結局元老院はこの方策をあきらめ、代わりに3つの代案を検討した。執政官カエリオモンタヌスは、全面的な債務取り消しには反対であったが、前年の執政官ストルクトゥスの約束を利用して、ウォルスキ、アウルンキおよびサビニと戦った兵士に関してはこれを認めるとした。執政官を二度、ローマ最初の独裁官も務めたティトゥス・ラルキウスは、一部の債務者にのみ取り消しを認めると、その対象から外れたものが不満を抱くとし、全面的な債務解消のみが解決策であるとした。インレギッレンシスはいかなる救済策にも反対した。真の原因は市民が法を無視し、また訴訟権利が与えられているため、執政官が正当な権限を行使できないためであると考えたためであった。多くの元老院議員にとっても、インレギッレンシスの意見は過度に厳しいものと思われたが、結局は彼の意見が優位となり、彼自身独裁官に任命される寸前となった。しかし最終的に元老院はマニウス・ウァレリウス・マクシムスを独裁官に指名した。マニウスはローマ市民の訴訟権利を認めたウァレリウス法を制定したプブリウス・ウァレリウス・プブリコラの兄弟であった。マクシムスは信頼を勝ち得ていた人物であり、前年にストルクトゥスが約束した債務の解消と身体の自由を再度訴え、ために10個軍団の編成が可能となった。マクシムスと両執政官はこの軍を率いてアエクイ、ウォルスキ、サビニに勝利した。勝利を得て帰還したマクシムスは凱旋式を実施し、また元老院に約束の履行を促した。しかし元老院はこれを拒否、マクシムスは辞任した。そのすぐ後、元老院は兵が執政官の命令に服することを期待して、アエクイ軍に対処するために軍に出撃するように命令した。しかし、兵士は反乱を起こし、モンテ・サクロ（聖山）に立て篭もった。ローマは全く無防備となり、残った市民はお互いを恐れた。紀元前503年の執政官アグリッパ・メネニウス・ラナトゥスは元老院にプレブスとの和解を促し、マクシムスを支持した。マクシムスはインレギッレンシスを「国民の敵で、ローマを破壊に導いた寡頭政の王者」と非難していた。一方インレギッレンシスはマクシムスとラナトゥスを弱腰と非難し、プレブスを野獣と表現してあらゆる交渉に対して反対した。激しい議論の後、元老院は10人の使節を派遣してプレブスと交渉することとした。使節にはマクシムスとラナトゥス、前年の執政官ストルクトゥス、前独裁官ラルキウス等が含まれていた。この紛争は元老院が債務取り消しに最終的に合意 - インレギッレンシスは再び反対したが - したことにより解決した。また、元老院と執政官に対して拒否権を持ち、不可侵特権を持つ護民官が設立された。これによち兵士達はローマに戻ることに同意し「聖山事件」は終結した。しかし「パトリキとプレブスの対立」はその後2世紀続くことになる。プレブスはより大きな権利と平等を求め、パトリキは国家運営を自身の手に維持するために戦った。その後長年にわたり、インレギッレンシスとその子孫のクラウディウス氏族は、この種のあらゆる改革に対して継続的に反対し続けた。