現存する本殿・拝殿は、室町時代の明徳元年（1390年）、後光厳天皇の命を受けた室町幕府3代将軍の足利義満が造営を開始し、応永32年（1425年）に遷座した。比翼入母屋造の本殿の手前に切妻造、平入りの拝殿が接続する。比翼入母屋造とは、入母屋造の屋根を前後に2つ並べた屋根形式で、「吉備津造」ともいう。本殿の大きさは、出雲大社本殿、八坂神社本殿に匹敵するもので、随所に仏教建築の影響がみられる。地面より一段高く、漆喰塗の土壇（亀腹）の上に建ち、平面は桁行正面五間、背面七間、梁間八間で、屋根は檜皮葺とする。内部は中央に閉鎖的な内々陣とその手前の内陣があり、その周囲を一段低い中陣とし、中陣の手前はさらに一段低い朱の壇（あけのだん）とし、これらの周囲にさらに低い外陣が一周する。このように、外側から内側へ向けて徐々に床高を高くする特異な構造である。壁面上半には神社には珍しい連子窓をめぐらす。挿肘木、皿斗、虹梁の形状など、神社本殿に大仏様（だいぶつよう）を応用した唯一の例とされる。拝殿は本殿と同時に造営され、桁行（側面）三間、梁間（正面）一間妻入りで、正面は切妻造、背面は本殿に接続。正面と側面には裳階（もこし）を設ける。屋根は本殿と同じく檜皮葺だが、裳階は本瓦葺きとする。これら本殿・拝殿は、合わせて1棟として国宝に指定されている。
朝廷からの篤い崇敬を受け、国史では承和14年（847年）に従四位下の神階を受けた記載が最初で、翌年には従四位上に進んだ。仁寿2年（852年）には神階が品位（ほんい）に変わって四品（しほん）が授けられ、10世紀には一品（いっぽん）まで昇叙された。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では備中国賀夜郡に「吉備津彦神社 名神大」と記載され、名神大社に列している。中世には武家の崇敬を受け、たびたび社殿の修復や社領の寄進があった。江戸中期には三重塔を破却し神仏分離を行った。明治維新後、明治4年（1871年）に近代社格制度において国幣中社に列し、公称を現在の「吉備津神社」に定めた。大正3年（1914年）には官幣中社に昇格した。
社伝によれば、祭神の大吉備津彦命は吉備中山の麓の茅葺宮に住み、281歳で亡くなって山頂に葬られた。5代目の子孫の加夜臣奈留美命が茅葺宮に社殿を造営し、命を祀ったのが創建とする説もある。また、吉備国に行幸した仁徳天皇が、大吉備津彦命の業績を称えて5つの社殿と72の末社を創建したという説もある。
岡山市西部、備前国と備中国の境の吉備の中山（標高175m）の北西麓に北面して鎮座する。吉備の中山は古来より神体山とされ、北東麓には備前国一宮・吉備津彦神社が鎮座する。当社と吉備津彦神社とも、主祭神に、当地を治めたとされる大吉備津彦命を祀り、命の一族を配祀する。本来は吉備国の総鎮守であったが、吉備国の三国への分割により備中国の一宮とされ、分霊が備前国・備後国の一宮（備前：吉備津彦神社、備後：吉備津神社）となったとされる。この事から備中の吉備津神社は「吉備総鎮守」「三備一宮」を名乗る。足利義満造営とされる本殿は独特の比翼入母屋造（吉備津造）で、拝殿とともに国宝に指定。また社殿3棟が国の重要文化財指定されるほか、特殊神事の鳴釜神事が有名である。当地出身の政治家犬養毅は、犬養家遠祖の犬飼健命が大吉備津彦命の随神であるとして、吉備津神社を崇敬したという。神池の畔に犬養毅の銅像が建てられ、吉備津神社の社号標も同人の揮毫になる。
画を渡辺秀実（1778年 - 1830年）に学んで写生を好み、篆刻は源伯民に私淑して自ら学び各地に遊歴して売印生活をした。小曽根乾堂の篆刻の師となる。筑前にて客死。文献により没年は天保2年（1831年）以降である。
ストックホルムの貧しい家に生まれた。11歳の時、家族とヨンショーピングに移り、そこで植物収集への情熱が芽生えた。1907年にルンド大学を卒業した。スウェーデンの船会社のアルゼンチンへの無料乗船券を得て、アルゼンチンに渡り、ミシオネス州のスウェーデン人入植地で3ヶ月間、植物採集を行った。ブラジルで成功したアンデシュ・フレドリク・レグネルの資金で設けられたスウェーデン自然史博物館の研究職に1908年から採用された。ヨーロッパを旅し、多くの植物学者と知り合うことになった。1914年にルンド大学から博士号を得た。同じ年に、レグネルの基金で行われることになった3回目の南米探検に参加することになるが、ドイツの植物学者、イグナーツ・ウルバンとスウェーデン自然史博物館のカール・アクセル・マグヌス・リンドマンから途中、キューバに1ヶ月、イスパニョーラ島に8ヶ月、留まって植物採集をすることを依頼され、エクマンもそれに同意した。エクマンのブラジルへの出発は第一次世界大戦の勃発や、ハイチの政治的混乱、キューバでの疫病の発生によってさらに遅れることになった。1914年にハバナに上陸し、1917年にしばらくハイチを訪れた他は7年間キューバに留まった.。スウェーデン王立科学アカデミーからの異論を受けてイスパニョーラ島に1924年に渡り、数百の新種植物を発見したとされる。1924年から1928年までハイチで、その後はドミニカで植物採集をおこない、1931年にドミニカのサンティアゴ・デ・ロス・カバリェロスにて41歳で病死した。カリブ海諸国の植物に知見に関して、最も貢献した植物学者であり、2,000以上の新種を記載し、集められた膨大な標本はカリブ海諸国の植物相の研究に現在も利用されている。植物研究だけでなく、大アンティル諸島の最高峰でもあるピコ・ドゥアルテ（Pico Duarte、3,087m）の標高を正確に測定し、鳥類、動物の標本も集めた。その中にはエクマンの名前が付けられたヨタカ科の鳥類、Caprimulgus ekmaniがある。1991年にエクマンの名前を冠した基金Instituto Ekman がスウェーデンとカリブ海諸国の交流なために設けられた。イネ科の植物の属名、Ekmanochloa Hitchc.、キク科の植物の属名、Ekmania Gleason、Elekmania B.Nordやノボタン科の植物の属名Ekmaniocharis Urb.（Mecraniumのシノニム）に献名されている。