フィールドで敵シンボルと接触すると戦闘となり、メニューからコマンドを選択する形式で戦闘が進行する。戦闘バランスは決して過酷すぎず、しかし単調に戦っていては勝てないという匙加減が意図されている。敵キャラクターは縦3×横3に区切られたマスの中に配置されており、同じマス目にいる複数の敵キャラクターには一度にダメージを与えることができる。味方キャラクターが持つ攻撃手段の中には敵の位置を前後左右に吹っ飛ばして位置を変えることができるものが用意されており、これを用いて複数の敵を一か所に集め、そこにダメージの大きな攻撃を当てることによって、敵を効率的に殲滅することができる。キャラクターの行動の頻度は素早さに応じて変化し、敵と味方の行動順序が入り乱れて訪れ、プレイヤーは味方側のキャラクターに行動順が回ってきた際に行動を選択する。このときプレイヤーは防御力の一時的な低下と引き換えに、味方側キャラクターの行動を遅らせ、敵キャラクターを含む他のキャラクターの手番と入れ替えることもでき、これを用いて仲間側キャラクターの手番が連続するように仕向け、敵に移動する時間を与えないようにして連続攻撃で畳み掛けることもできる。連続攻撃によりコンボが発生するとダメージでも有利な修正を受ける。なお味方側キャラクターの手番が連続する場合、プレイヤーはそれらを一度にまとめて指示する形式になる。各キャラクターはヒットポイント、マジックポイントに加え、マナバーストゲージと呼称されるゲージを持っており、このゲージを最大値まで溜めることで強力な必殺技「マナバースト」を使うことができる。マナバーストは強力だがゲージが溜まるまでには時間がかかるため、使いどころの見極めが必要となる。
主人公は、物語のキーアイテムでもある魔法の書物「白示録」の力を借りることにより、時間を遡って過去の失敗をやり直したり、歴史を改編したことによって生じたパラレルワールドを渡り歩いたりすることができる。この際には主人公の記憶だけでなく、その時間軸で得た能力や所持アイテムなども維持される。白示録はしばしは仲間の死といった不吉な未来の映像を主人公に見せる。主人公はそのままでは実現してしまう可能性のある未来を改編するため、この力を使って複数の時間軸を奔走することになる。主人公は絶体絶命の窮地を、別の時間軸やパラレルワールドで得た情報や能力、アイテムを活用して乗り越えたり、またパラレルワールドの出来事を通してもう一つの世界へと影響を与えたりするなどして歴史を改編していく。物語開始時点において白紙の本であった白示録は、主人公の行動を記録することで埋まっていく。白示録の力には制限もあり、やり直しのできる場所はある程度決まっている他、持ち主が居合わせなかった歴史には介入できない、持ち主自身が命を落とすとやり直しはできない、といったルールが付随し、主人公の行動次第では世界が滅亡してしまうパラレルエンディング（ゲームオーバー）へと派生する場合もある。
フィールドはトップビューで描かれ、フィールドや戦闘画面上のキャラクターはドット絵の技法で描かれている。DS版では、会話イベントでのバストアップのイラストも表示されるものの、発売当時のゲームとしては珍しく、ボイスやイベントムービーを用いないシンプルな演出方針が用いられた。後に発売された3DS版『パーフェクトクロノロジー』ではボイスが追加されたほか、重要なイベントで一枚絵を表示する演出が用いられるようになり、オープニングアニメーションも追加されている。
統治章典に基づく護国卿オリバー・クロムウェルを中心とした政権は第一議会の批判運動で早くも動揺、1655年の議会解散で統治章典は批准されず政権は不安定な状態に置かれた。軍政監設置も不評で財政難により1656年9月17日に召集した第二議会でも国務会議の非難と軍政監廃止など反政府論陣が張られ、政局は不安定なままだった。転機となったのは1657年1月、クロムウェル暗殺未遂事件が発覚した時である。彼に万が一のことがあった場合が討議され、ロンドンの商人クリストファー・パックら富裕層が社会の安定を願いクロムウェルの国王即位を提案した。背後にクロムウェルの側近のブロッグヒル男爵ロジャー・ボイルやジョン・サーローの関与もあった。従来の体制、すなわちイングランド共和国に廃止された王政への回帰を図った議会は大勢が賛成し、3月に統治章典廃止による新たな憲法制定とクロムウェルへの王位奉呈を可決したが、ニューモデル軍幹部でクロムウェルの腹心ジョン・ランバート、チャールズ・フリートウッドを始めとするクロムウェルの多くの友人・部下達が即位に反対しクロムウェル本人も拒否し続けていたため、5月8日の議会で彼は最終的に王位を拒否、議会も受け入れ王号問題は立ち消えとなった。とはいえ政治的安定を願うクロムウェルは旧来の制度回帰へ心を傾け、王号を除く議会の新憲法制定を承諾して両者の思惑は一致、25日に謙虚な請願と勧告と名付けられた憲法が成立、6月26日にクロムウェルは新体制下の護国卿に就任し議会は休会した。謙虚な請願と勧告の特徴は共和国に廃止された王制の機関が復活した点にあり、議会は下院の一院制から二院制に戻され、護国卿指名の議員70名からなる第二院と名付けられた上院同然の政治機関が発足、権力乱用が問題視された国務会議は名称を枢密院に改められ権限を弱められた。また統治章典で問題にされた議会の弱い権限が強化され、下院議員は下院の同意なしに追放されない、議会は3年に1回護国卿により召集される、護国卿の立法・課税・第二院議員指名および政府と軍の歳入は議会の同意が必要と規定され、コモン・ローで重視された議会の権利が確認された。護国卿の権力も強化され後継者指名権が認められ、政府の年間収入130万ポンドと3年間の戦費支出60万ポンドも認められた。クロムウェルは依然として王ではないがそれに近い権力者となり合法的に正統性も確保、議会も権限強化で立憲君主制に似た議会主義の政治形態に改定、権力均衡が重視される伝統の回帰で社会安定が図られた。体制は転換されたが1658年1月20日に議会が再開されると、クロムウェルの指名で下院から第二院へ移った議員40名の代わりに共和主義者が下院へ入ったため、政治的安定は得られなかった。共和派の策謀で政治は混乱、2月にクロムウェルの議会解散で混乱は回避されたが、9月に彼が死去したため護国卿時代および共和国は終焉へ向かった。共和国は存続出来なかったが社会に根強い伝統の回帰は加速され、1660年の王政復古として結実した。