伊勢国桑名郡木曾岬村（現在の三重県桑名郡木曽岬町）加路戸大新田の大庄屋・諸戸家に父・清九郎（養子）、母みかの長男として生まれた。諸戸家は長島一向一揆当時からの庄屋としてこの地に居を構えていたが、清九郎が始めた塩問屋の商売に失敗して身代を潰した事から弘化4年（1847年）桑名に移住。安政7年（1860年）に父・清九郎が、文久3年（1863年）に後見人でもあった義兄・清助が亡くなった為18歳で家督を継いだが、その時の家財はわずかな布団や衣類などと約二十石積の船一隻のみ。対して借金は千両以上あったと言う。借主に対して「無利子十カ年」での返済を頼みこんで了承を得た清六は、寝る間も惜しんで米の仲買に励み僅か3年で借金を完済。明治維新を商機として事業を拡大し、明治9年（1876年）の西南戦争における軍用御用（兵糧調達）での仕事ぶりで多くの政府要人や三菱財閥の創始者・岩崎弥太郎などの信頼を得て、明治11年（1878年）には大蔵省御用の米買付方となった。明治18年（1884年）に山田家屋敷跡（現在の諸戸氏庭園）を購入。明治20年（1888年）に居を移した後は商売だけでなく水道敷設など公共の事業も行った。明治39年（1906年）死去。享年61。
本編は第一幕から第七幕までの全7面で構成。旧アプリ版では登場しなかった腰元が復活した他、竹槍に忍者が投げる手裏剣を弾く効果が付加されている。また、これまで倒すことが不可能だった妖怪が倒せるように変更された。ゲームを進めていくうちに敵のグラフィックを変更（忍者→くノ一、腰元→姫）できるようになる。ゲーム中で拾った小判はミニゲームの掛金や「とれぇでぃんぐかぁど」の購入に使える（代官を捕まえた場合は小判10枚のボーナス）。
ターミネーターとサラ達との死闘から10年。『T1』では2029年において最新鋭の機体であったが、前作の出来事がきっかけで歴史が改変され、開発が数年早まったため、今作の2029年の戦場においては通常戦力として多数投入されている。スカイネット側が今度は少年期のジョンを殺害するために新型ターミネーター、T-1000を送り込まれたのを受け、人類側からもジョンを守るよう再プログラミングを受けたT-800が送り込まれ、死闘を繰り広げる。ジョンの保護の命を受けてロサンゼルスに送り込まれ、近くのバイカーバーから衣服とショットガン(ウィンチェスターM1887)、移動手段のバイクを強奪して行動を開始。捜索途中でジョンを発見、T-1000との一戦を交えるもどうにか保護する。そのまま安全圏まで逃げようとするが、ジョンの頼みで、母のサラの救出に向かう。その直前に、人間を殺さないように命令を受ける。サラを発見するも、かつて自分を殺害しようとした個体と全く同じ外見をしていたため、恐れられ逃げられてしまうが、その際、サラを押さえ付ける病院の職員を殺さない程度に痛め付けていなす。「自分は味方だ。」と告げ、へたり込むサラを起こした直後に再びT-1000に襲撃され、その際にサラが負傷するも、再び振り切る事に成功、事なきを得る。自らの修理の際、かつての経験により、T-800を信じきっていなかったサラにチップを破壊されそうになるものの、ジョンの必死の説得により、事なきを得る。その後、サラのケガの治療を終え、車での移動の間の過程でスカイネットが出来上がった経緯をサラに説明し、サラの友人のエンリケの元で暫く過ごし、その過程でジョンと交流を深めるT-800の姿を見てサラからも次第にT-800に対する見方を改められ、理解されるようになる。その後、夢で審判の日を見たサラがスカイネットの基礎を作ったサイバーダイン社の社員、マイルズ・ダイソン殺害に向かった事が分かると、サラを止めるべく、ジョンと共にダイソンの自宅に向かい、サラを止める。そして自らの腕の皮を剥がして金属骨格になった腕を見せて正体を明かす。ダイソンにこれまでの経緯を説明すると、ダイソンは最初に送り込まれたT-800の腕やチップ、マイクロプロセッサ等の破壊の協力を申し出る。警察隊に包囲されるという苦難もあったものの、ダイソンの犠牲とT-800の活躍により一切のデータや記録は破壊され、焼き尽くされた。直後にT-1000の襲撃を受け、カーチェイスを展開。T-800の捨て身の攻撃により、T-1000の乗る液体窒素を積載したタンクローリーを横転させ、そのまま製鉄所へ突っ込ませる。大量の液体窒素を浴びて凍り付いたT-1000を木端微塵にするも、溶けた鉄の熱により融解、再生されてしまう。T-1000は機能異常を起こしていたものの、軟体を駆使した攻撃に苦戦する。結果、左腕を失い、胴体を突かれたことで動力源を破損されて機能停止に追いやられる。だが、予備電源で復活。サラとの共闘でT-1000にダメージを与え、グレネードランチャーで体を吹き飛ばして溶鉱炉に突き落とす。それにより、T-1000は消滅し、遂に破壊に成功する。その後は、（1984年に現れた個体の）T-800の腕とチップを溶鉱炉に落として破壊する。しかし、自らの存在がスカイネットの発生に繋がることを憂慮して、泣いて止めるジョンの命令をこの時だけは聞かずにサラに自らを溶鉱炉に沈めるよう頼んだ。この瞬間、T-800は初めて人間の悲しみの感情と生命の尊厳を理解する。自分の死を泣いて悲しんでくれるジョンに抱擁を、サラから自らとジョンを守り通してくれた事に感謝の握手を交わすと、鎖に掴まってそのまま溶鉱炉に沈み込み、右手のサムズアップと共に消滅した。