真里谷城の構造は、房総丘陵の尾根上に築かれた丘陵城郭で、中世日本で見られる山城の特徴を持つ。日本国内が戦国時代に入るより前の時代の関東争乱期に築城され、戦国末期に登場する城と比較すると古いタイプの城郭である。城の規模は東西400m、南北700m程の規模で、縄張は多郭雑形形式で最南部に主郭があり、主郭から北西方向の尾根上に曲輪群が二の郭、三の郭、四の郭と展開されている。主郭は城の最南部に位置し、通称「千畳敷」とも呼ばれる詰の曲輪と城山神社社地を主とし、その周囲を腰曲輪で囲んだ曲輪群で構成されている。千畳敷は主郭の中心位置にあたり、長方形型の東西50m、南北70m程度の広さの平坦な曲輪で、土塁で囲って防御性が高められている。特に東側には約7m程の高さの大土塁が設置されている。主郭北の土塁の下に城山神社が鎮座する。二の郭は主尾根から南西方向に張り出した支尾根上に設けられており、主郭と二の郭は大堀切で隔てられている。さらに二の郭は堀切によって北東と南西の2つの曲輪に分断されている。この堀切は三の郭と大堀切とを結ぶ堀底道として使用されていたと考えられ、ここに主郭に入る手前の防御施設として木戸口を設置していたと考えられている。三の郭は主尾根から西南西方向に張り出した支尾根上に設けられ、二の郭と三の郭、三の郭と四の郭との間は支谷で区切られている。三の郭は四の郭との中間にある支谷を登る大手道を防御する役割を有する。四の郭は城址の北端に位置し、出郭的なものであったと考えられる。
1944年2月のトラック島空襲の後、連合艦隊は新たな内南洋の拠点としてパラオを利用していたが、3月に連合軍の大空襲を受けた。そのため、連合艦隊司令長官古賀峯一海軍大将ら司令部要員はパラオからミンダナオ島のダバオへの退避を検討した。これは連合艦隊が陸上に司令部を置き、作戦にあわせて漸次各方面陸上基地を司令部が移動する事案の予行演習を兼ねたもので、連合艦隊司令部は戦艦「武蔵」と第十七駆逐隊を遊撃部隊に編入させた上で、31日乃至4月1日黎明にパラオ発、ダバオ経由サイパン進出の予定と電報で通知していた。ところが、4月1日昼間の出発を予定していたが、31日に七六一航空隊の偵察機（陸攻）から「1730、ヤップの200度、163マイルに空母2隻を基幹とする大部隊、進行方向西18ノット」の報告があり、加えてアラカベサン飛行艇基地が空襲警報の誤報を発した。これらの情報により、連合艦隊司令部は米軍がパラオに上陸すると判断した。そのため、司令部要員は3月31日夕刻にミンダナオ島のダバオへ飛行艇（二式大艇）2機での移動を急いだが、途中で低気圧に遭遇し、古賀が乗っていた一番機（八五一航空隊所属、機長：難波正忠大尉）が行方不明となった。二番機（八〇二航空隊所属、機長：岡村松太郎中尉）も後述のように不時着した。これは2機が異なる航空隊に所属していたため、天候不順の場合に海面を這うか（一番機）、雲上に出るか（二番機）という違う教育を受けていた為だとされる。一番機は、南方→パラオ→サイパン→パラオ→遭難という経緯であった。この事故で一番機に乗った古賀以下の司令部要員7人を含む全搭乗員は「殉職」とされた。これは嶋田繁太郎海軍大臣が、古賀の行動を前線からの逃走と批判し、戦死ではなく「殉職」扱いにさせた為である。古賀の殉職はすぐに国民には知らされず、同年の5月5日に発表され、古賀は元帥府に列せられ元帥の称号が与えられた。なお、嶋田は戦後になって「(古賀の殉職を)戦死に直せないか」と復員局に問い合わせたが、認められなかった。一方、二番機はセブ島沖に不時着し、搭乗していた連合艦隊参謀長福留繁中将以下の連合艦隊司令部要員3人（他、山本祐二作戦参謀、山形掌通信長）を含む9人は泳いで上陸したが、ゲリラの捕虜となり、1944年（昭和19年）3月8日に作成されたばかりの新Z号作戦計画書、司令部用信号書、暗号書といった数々の最重要軍事機密を奪われた。ゲリラに対して警戒心を抱かなかった福留らは拘束時に抵抗や自決、機密書類の破棄もしなかった。（かばんを川に投げ込んだが、すぐに回収されたという。）元々フィリピンはアメリカの植民地であったが、戦前は独自の憲法・議会・裁判所を含めた大幅な自治が認められており（フィリピン・コモンウェルスを参照）、日本軍の軍政が上手く行かなかったこともあって、住民の感情はどちらかといえば親米的であった。そのためアメリカ軍は日本の支配が続いていた間、潜水艦で連絡員を送り込むなどして現地のゲリラと連携し、その組織化に手を貸していた。日本側のセブ島の守備隊長はゲリラのリーダーに対して「解放しなければ報復を加える」と、取引に応じるようにゲリラ側を脅したとされるが、春名幹男は米軍の指揮官（クッシング陸軍中佐）の指示を受けたゲリラが乗組員の一人（岡村松太郎中尉）を伝令として守備隊（独立混成31旅団）に「ゲリラへの攻撃中止を条件に海軍軍人を引き渡す」と守備隊の大隊長（大西精一中佐）に伝えたと記している。このことにより福留等は解放されたもののカバンはゲリラに没収され、作戦計画書等の機密文書はのちにゲリラからアメリカ軍の手に渡り、ブリスベーン郊外の連合国軍翻訳通訳部で、アメリカ陸軍情報部（Military Intelligence Service, MIS）の要員によって翻訳された。先の山本五十六長官搭乗機が撃墜された事件（1943年（昭和18年）4月18日）を「海軍甲事件」と呼ぶことから、本件は「海軍乙事件」と呼ばれた。