1532年にスペインのコンキスタドール（征服者）がペルーに戻ってきたとき、インカ帝国はかなり弱体化していた。その原因としては、インカ帝国内戦が勃発したことや新たに征服された領土内に不安が広がったことが挙げられるが、それ以上に中央アメリカから広まった天然痘の影響が大きかったと考えられる。コンキスタドールは身長こそ少し高かったものの、インカには確かに途方もない高地に順応しているという利点があった。ピサロ隊の兵力は、わずか168名の兵士と大砲1門、馬27頭と決して抜きんでたものではなかった。そのため、万一、自隊を簡単に壊滅できそうな敵に遭遇したら、その場をどのように切り抜けるかをピサロはいつも説いていた。完全に武装されたピサロの騎兵は、技術面ではインカ軍に大きく勝るものであった。アンデス山脈では、敵を圧倒するために大人数の兵士を敵地に送り込む攻城戦のような戦闘が伝統的な戦法であったが、兵士の多くは士気の低い徴集兵であった。一方、スペイン人はすでに近代以前に「鉄砲」（Arcabuz）などの優れた兵器を開発しており、イベリア半島で何世紀にもわたるムーア人との戦いを経験し、さまざまな戦術を身につけていた。このようにスペイン人は戦術的にも物質的にも優位であったうえに、インカによる自領の統治を断ち切ろうとする何万もの同盟者を現地で獲得していた。最初の交戦は、現代のエクアドル、グアヤキル近郊の島で1531年4月に始まったプナの戦いであった。その後ピサロは、1532年7月にピウラを建設した。エルナンド・デ・ソトは内陸部の探検のために送り出され、兄との内戦に勝利し8万人の兵とともにカハマルカで休息中の皇帝アタワルパとの会見への招待状を携え帰還した。ピサロとビセンテ・デ・バルベルデ神父らの随行者は、少数の供しか連れていなかった皇帝アタワルパとの会見に臨んだ。バルベルデ神父は通訳を通し、皇帝と帝国のカルロス1世への服従とキリスト教への改宗とを要求した投降勧告状(requerimiento)を読み上げた。言語障壁と拙い通訳のため、アタワルパは神父によるキリスト教の説明に幾分困惑し、使節の意図を完全に理解できてはいなかったと言われている。アタワルパは、ピサロの使節が提供したキリスト教信仰の教義について更に質問を試みたが、スペイン人たちは苛立ち、皇帝の随行者を攻撃、皇帝アタワルパを人質として捕らえた（アタワルパの捕縛、1532年11月16日）。人質として捕らえられた皇帝アタワルパはスペイン人たちに、彼が幽閉されていた大部屋1杯分の金と2杯分の銀を提供した。ピサロはこの身代金が実現しても約束を否定し釈放を拒否した。アタワルパの幽閉中にワスカルという者は余所で暗殺された。スペイン人たちはこれをアタワルパの命令であったと主張、1533年7月のアタワルパ処刑に際しては、これは告訴理由の一つとなった。
八相の構えより剣を天に向かって突き上げ、腰を低く落とした、示現流とは異なる「蜻蛉（トンボ）」の姿勢を基本とし、「横木打ち」を反復して練習する。ちなみに、時代劇や剣術の解説書等で「蜻蛉の構え」と説明されるが、「構え」とは敵の攻撃からの防御を意味する言葉なので、薬丸自顕流の修業者はこの呼び方を嫌い、「蜻蛉を取る」と呼ぶ（これは示現流にも共通である）。薬丸自顕流は先制攻撃を重視する流派であり、万一、敵に先制攻撃を仕掛けられた場合には、自分が斬られるより先に一瞬の差で相手を斬るか、相手の攻撃を自分の攻撃で叩き落とすかで対応する。防御のための技は一切無い。また、抜刀術的な技である「抜き」も備え、「抜即斬」（抜刀がそのまま斬撃となるの意）と称される神速の攻撃が特徴。刀を腰に差した状態からの電光石火の斬り上げは、かわすのが困難だったと云われる。一度刀を抜いたら相手を斬り殺すまで攻撃を止めることはない。示現流よりも技の数が少ないが、ひとつひとつの技は示現流よりも強烈であり、その少ない技を徹底して鍛え上げる。実戦的で有名な示現流よりもさらに実戦を重視した剣術である。また、示現流のような難解な精神論はもちろん他の流派と比較しても複雑な精神論は存在せず、ただ「一の太刀を疑わず、二の太刀は負け」という一撃必殺の精神を尊ぶ。長大な野太刀と特化して鍛えられた振りの破壊力は凄まじく、逸話には枚挙にいとまがない。幕末の抗争で薬丸自顕流と戦い敗れた者の中には、初太刀を受けようとして刀ごと斬られた遺体や、巻藁の如く胴体を切断された異様な遺体も多かったという。また西南戦争の際、打ち込みを小銃で受けた兵士が小銃ごと頭蓋骨を叩き割られたと云う記録も残っている。薬丸自顕流がいかに実戦的な剣術であるかを証明するエピソードである。生麦事件の際、馬上のイギリス人に初太刀をあびせたのは薬丸自顕流を修めた奈良原喜左衛門であった。奈良原は洋馬（日本産の馬より背が高い）に乗った人物に対し、「抜き」で抜刀しながら飛び上がり斬り付けたといわれている。打ち込みの際に発する裂帛の気合いは「猿叫（えんきょう）」と呼ばれ、「鶏の絞められる声」などと例えられる程の、独特の掛け声を用いる（小説や漫画で「チェスト！」と叫ぶ場面があるが、実際にはそうは言わない。「キエーッ」と叫んでいるように聞こえる）。このことから、薬丸自顕流を知らない人からは異常な人物ではないかと誤解を受けることがあり、薩摩藩第27代藩主島津斉興は、薬丸自顕流の稽古を見た際に「まるでキチガイ剣術じゃ」と言って席を立ったと言われている。近年も同様の理由で東京の練習場を住宅街の中にある九品仏から練馬の自衛隊訓練場に移転を余儀なくされるなどの事態が起きている。しかし、地元では小学生による演武の見学なども行われており、徐々にではあるが認知を獲得しつつある。