工業高校の電気科を在学中に東映動画に足しげく通い、いらなくなったセル画を使って15秒ほどの自主動画を制作したところ、東映動画の広報関係者から紹介を受け、18歳頃に荒木プロへ。その後『ベルサイユのばら』の途中で荒木プロを退社、亀垣一、平山智と共にスタジオZ5を設立、XEBEC M2の代表を務めていた。熱心な横山光輝ファンとしても知られ、いくつもの横山原作作品に参加。男性にしては繊細で柔らかい絵柄を描くタイプで、『六神合体ゴッドマーズ』以降は女性ファンの支持が高い。キャラクターデザインを担当した『ふしぎ遊戯』では先行上映会にて本橋の作画を見て感動した原作者の渡瀬悠宇に泣かれてしまったことがある（泣かれた本橋本人は何か失敗をしたのではないかと勘違いした）。それ以降、渡瀬の別作品である『妖しのセレス』でもキャラクターデザインを担当をすることになった。亀垣一との共同ペンネーム「亀本秀一」名義での仕事もある。
1990年も開幕からの10連勝を含み14勝2敗でシーズンを終えてスーパーボウル3連覇を目指した。プレーオフではワシントン・レッドスキンズを28-10で破ったがNFCカンファレンスチャンピオンシップゲームでニューヨーク・ジャイアンツをTDなしに抑えながら第4Qにモンタナがレナード・マーシャルのヒットを受けて退場、ロジャー・クレイグのファンブル後にマット・バーに5本目のFGを決められて、チームは13-15で敗れた。1988年から1990年までの3シーズン、チームはロードでも18連勝を達成した。シーズン終了後、プロテクトされなかったクレイグとロットはロサンゼルス・レイダーズにプランBの制度で移籍した。またモンタナは続く2シーズンひじの怪我で欠場した。1991年にチームはスティーブ・ヤングを先発QBとしたが彼は左手親指やひざの怪我で数試合欠場した。10試合経過したところでチームは4勝6敗とつまずいていた。控えQBのスティーブ・ボノが先発し5連勝を果たし、最終節はボノが負傷したためヤングが先発しシカゴ・ベアーズに52-14と圧勝しチームは10勝6敗でシーズンを終えてアトランタ・ファルコンズと同率となったが同地区の対戦成績で劣りプレーオフ出場を逃した。1992年の最終週、12月28日のデトロイト・ライオンズとのマンデーナイトフットボールの試合後半、モンタナが怪我から2年ぶりに復帰しプレーを行った。彼はパス21回中15回成功し126ヤードを達成し2タッチダウンをあげて試合に勝利した。チームは14勝2敗でホームフィールドアドバンテージを確保しプレーオフに臨んだ。ワシントン・レッドスキンズを20-13で破ったがダラス・カウボーイズに20-30で敗れた。シーズンオフ、オーナー、ヘッドコーチ、モンタナの話し合いの結果、チームはモンタナをカンザスシティ・チーフスに放出することを決定した。デバートロオーナーはモンタナの残留、先発復帰を望んだがモンタナは自分がチームに残ることは自分とヤングのどちらが先発するとしても問題が起きると発言した。1993年、チームは10勝6敗でNFC第2シードとなった。ニューヨーク・ジャイアンツを44-3で破ったが敵地テキサス・スタジアムに乗り込んだダラス・カウボーイズ戦で21-38と敗れた。1994年、チームは大金をかけてケン・ノートン・ジュニア、ゲイリー・プラマー、リッキー・ジャクソン、リチャード・デント、チャールズ・マン、ディオン・サンダースなどのフリーエージェント選手を獲得した。またドラフトでもブライアント・ヤング、ウィリアム・フロイド、リー・ウッドールなどその後数シーズン先発を務める選手を獲得した。シーズン序盤にフィラデルフィア・イーグルスに8-40、モンタナのカンザスシティ・チーフスに17-24で敗れた試合もあった。イーグルスに敗れた試合の直後には地元ラジオ局によってファンがシーファートヘッドコーチの解任を望んでいると報道された。大差がついたイーグルス戦ではヤングがベンチに下げられたことに対して不満を持ちシーファートと激しく口論する姿が見られた。翌週のデトロイト・ライオンズ戦で14-0とリードしていた場面でパスを投げた後にヒットを受けたヤングは顔面を真っ赤に染めたが2プレー後にはフィールドに復帰しチームは27-21で勝利した。チームは2年連続スーパーボウルを制覇していたダラス・カウボーイズへの21-14の勝利も含み10連勝を果たした。この間チームは平均約20点差をつけて勝ち続けた。8得点、14得点に終わった試合もあったもののこの年チームはレギュラーシーズン総得点、プレーオフまでの合計総得点で新記録を達成した。この記録は1998年のミネソタ・バイキングス、2007年のニューイングランド・ペイトリオッツに破られている。チームは13勝3敗でホームフィールドアドバンテージを獲得、プレーオフでもシカゴ・ベアーズに44-15、ダラス・カウボーイズとの試合では第1Q終了時点で21-0とリードした。前半終了間際にヤングからライスへの29ヤードのタッチダウンパスが決まり、ハーフタイムを31-14で迎えた。第3Q最初のキックオフでファンブルし、それをタッチダウンに結び付けられて31-21と迫られたがヤングが自ら走りタッチダウンをあげて38-21とし、その後1タッチダウンを返されたが38-28で5度目のスーパーボウル出場を果たした。サンディエゴ・チャージャーズとのカリフォルニア州のチーム同士となった試合に49-26で勝利し史上初のスーパーボウル優勝5回を果たしたチームとなった。MVPにはこの試合で6本つのタッチダウンパスを投げたヤングが選ばれた。1995年から1997年までの3年間もチームはプレーオフに出場したがいずれの年もグリーンベイ・パッカーズに敗れた（1997年は地元キャンドルスティックパークでの試合）。この年はライスが負傷で14試合欠場した。1998年、チームは12勝4敗でシーズンを終えて16年連続勝ち越し、全てのシーズンで10勝以上あげた。この年のプレーオフでもパッカーズと対戦したが23-27とリードされた試合時間残り3秒、ヤングからテレル・オーウェンスへのタッチダウンパス（The Catch II とも呼ばれる。）が決まり30-27で勝利した。翌週のアトランタ・ファルコンズ戦でヤングが3回のインターセプトを喫して27-30で敗れた。1990年代終わりにチームオーナーのエドワード・デバートロ・ジュニアはルイジアナ州知事のエドウィン・エドワーズの汚職に絡んで名前が取りざたされたり、ミシシッピ川のリバーボートでのカジノが問題視された。1998年に有罪判決を受けた彼はNFLのオーナー資格を失い、妹のデニス・デバートロ・ヨークと彼女の夫のジョン・ヨークに経営権が委ねられた。1999年、チームは3勝1敗と好スタートを切ったがアリゾナ・カージナルスとのマンデーナイトフットボールでヤングがブラインドサイドからコーナーバックのアニーアス・ウィリアムズにヒットされそのまま引退に追い込まれた。この怪我はそれほど深刻なものと見られておらず、ヤング自身も後に翌シーズンまたは2シーズン後の復帰を希望していたが、GMとなっていたビル・ウォルシュとの話し合いの結果、サラリーキャップに苦しむチーム、自分自身の将来的な健康のために引退を決意したという。ヤングを失ったチームは残り12試合中11試合を落とし1982年以来の負け越しとなった。また1979年からオフェンスラインコーチを務めたボブ・マッキトリックがシーズン終了後の2000年3月15日に亡くなった。