アイタペ決戦に敗れた第18軍はウェワクへ後退した。各部隊はウェワクからセピック川流域の地域に分散し、1944年秋にアメリカ軍と交代したオーストラリア軍との散発的戦闘を繰り返しながら、原住民の協力を得て食糧を採取し自活した。サクサクのほか、草の根やトカゲ、昆虫の類など、食べられるものは何でも食べたが、将兵は飢餓と感染症に倒れていった。毒のある植物を食べて中毒死したものも少なくない。4000メートル級の山地越えでは貧弱な装備と低下した体力のために凍死者も続出している。後の証言によれば、日本兵が日本兵や現地人を襲って食べる人肉食事件が発生したとされるのもこの時期である。1944年12月に第十八軍は「友軍兵の屍肉を食す事を罰する」と布告していたが、これに反して友軍に対する人肉食が発覚した4名が処刑されている。掃討作戦に積極的なオーストラリア軍は包囲の輪を次第に狭め、1945年5月にはウェワクにも侵入、日本軍を内陸部へと追い込んだ。この頃には、日本軍としては珍しい集団投降をする部隊も発生した（竹永事件）。第18軍主力の食料・弾薬は1945年9月までには尽き果てると予想され、1か月後の玉砕全滅を覚悟していた1945年8月15日、終戦の知らせがニューギニアに届いた。9月13日、東部ニューギニアの日本軍はオーストラリア軍に対して降伏し、武装解除の後ウェワク沖合いのムッシュ島に収容された。収容された陸海軍将兵の人数は1万1,197名であった。日本政府はニューギニアの惨状に配慮し復員船を優先的に送ったとされる。ムッシュ島には11月末に最初の復員船「鹿島」が到着し、1946年1月末までに将兵は順次日本へ帰国した。この間にもムッシュ島では、祖国へ帰る日を待ちわびながら1,148名が衰弱し息を引き取った。
1944年7月2日、アメリカ軍はヌンホル島（マノクワリの東方、ビアク島の西方）にも飛行場確保を目的として進攻した。ヌンホル島には日本軍の飛行場があったが兵力は守備隊の歩兵第219連隊の1個大隊と航空関係部隊を合わせて約1,500名に過ぎなかった。上陸したのはアメリカ軍第158連隊戦闘団で、翌3日に第503空挺連隊も降下した。アメリカ軍は8月31日に完全制圧を発表、日本軍の生存者はわずか12名であった。続いて7月30日、フィリピン奪還に向けてニューギニア北岸を西進していた連合軍の最後の上陸がマノクワリとソロンの中間のミオス島（双子島）と対岸のサンサポールで行われた。次のモロタイ島上陸作戦に向けた基地と飛行場を設営するためで、上陸したのはアメリカ軍第6師団であった。これに対し日本軍は若干の抵抗をなし得ただけで、マノクワリ－ソロン間は陸上、海上とも遮断された。1945年1月、ソロンの第35師団は部隊をサンサポールに派遣し2月から攻撃を開始した。しかし、すでにフィリピン上陸を果たしていたアメリカ軍にとってサンサポールの飛行場は無価値で積極的に防衛する意図はなく、飛行場を放棄した。日本軍も5月に作戦を打ち切り、監視部隊を残してソロンに撤収した。
ワティーは1806年12月12日にチェロキー族国家のウースカロガ（現在のジョージア州カルフーン）で、「ウワティー」（チェロキー語で「古代の人」）、キリスト教洗礼名「デイビッド・ウワティー」と、チェロキー族と白人の混血だったスザンナ・リースの息子として生まれた。ワティーは「ガレジナ・"バック"・ワティー」（エリアス・ブーディノット）の弟だった。この兄弟はメジャー・リッジの甥であり、ジョン・リッジとは従兄弟だった。1827年までに父のデイビッド・ウワティーは富裕な奴隷所有農園主となった。スタンド・ワティーもキリスト教徒であり、アイザック・ウワティーの洗礼名を持つ。しかし、そのチェロキー語の名前「テイカートーカー」の英語訳（Stand Firm、断固たる態度を取る）を好んだ。後に「ウワティー」から「ウ」が落ちて、姓がワティーになった。ワティーはチェロキー族国家のスプリング・プレイスにあるモラヴィア教会学校で英語の読み書きを習い、時には新聞「チェロキー・フェニックス」のために記事作成で貢献し、そのためにジョージア州の抑圧的反インディン諸法に関する論争に巻き込まれることになった。後にジョージア州北部のチェロキー族の土地で金が発見されたとき、何千という白人開拓者がインディアンの土地に侵入した。インディアンを州の行動から守る連邦の条約があったにも拘らず、ジョージア州は1832年にチェロキー族の土地の大半を押収し、ジョージア州民兵がチェロキー・フェニックスを破壊した。ワティー兄弟はオクラホマへのチェロキー族移住に賛成の立場を採り、ニューエコタ条約に署名した集団の一員になった。チェロキー首長グウィスグウィ（ジョン・ロス）に随う反移住国民党は条約の批准を拒否したが、ワティーとその家族および多くの他のチェロキー族は西部に移住した。東部の種族の土地に留まったチェロキー族（およびその奴隷達）は1838年にアメリカ合衆国政府により「涙の道」と呼ばれる連行で強制移住させられ、その連行で数千人のチェロキー族が死んだ。国民党のメンバーは、スタンド・ワティー、その兄のエリアス・ブーディノット、メジャー・リッジおよびジョン・リッジなど条約に署名した党派の者達を暗殺のターゲットにし、そのうち4人は1839年6月22日に暗殺に成功し、スタンド・ワティーのみがなんとか免れた。兄弟のトマス・ワティーも1845年にロスの党派の者に殺された。奴隷所有者であるワティーはインディアン準州のスパビノー・クリークでプランテーションを始め成功した。1845年から1861年にはチェロキー族部族会議の議員を務め、その間に議長も務めた。