日本と韓国との間には竹島の領土問題がある。竹島は韓国に不法占拠されているが、岡田克也外相は「不法占拠」との文言を使用しない姿勢を示している。2010年7月28日、政府関係者によると、韓国への配慮を唱える仙谷官房長官が「菅直人首相の意向」を持ち出し、7月末に予定されていた2010年度版防衛白書の閣議了承を9月に先送りした、と報じられた。国民新党の森田高政調会長は、「どこの国に忠誠を誓っているのか、どこの国の国益を重視するのか－と思う国民が出てくる」と指摘している。
東日本巨大地震発生直後にアメリカ政府が技術的支援を申し出たが、東京電力から「自力で対応できる」と伝えられたため政府は支援を断ったとされる。これについて「菅首相が受け入れを決断しなかったために遅れた」との批判や、「（断ったのではなく）具体的な支援内容を調整するためにいったん留め置いた」との声が出ている。。3月11日夜、首相官邸で開かれた与野党党首らの会談で、与野党は、被災地の緊急対応を優先するため、72時間以内は現地視察を控えることも申し合わせたが、首相は12日朝現地を訪れ、1時間近く視察した。現場は首相への対応に追われ、現場の作業を遅らせる一因になったと指摘されているが、電源喪失によりベント開放に手間取ったことが最大の原因とも言われている。福島原発1号機は3月12日午後の与野党党首会談の最中に爆発したが、首相は野党に伝えなかった。そのため野党から「無責任で怠慢な姿勢だ」と抗議された。政府の対応について韓国や中国のメディアにより「天災が人災に発展した」「日本の誰もが不信感を強めている」との批判や指摘があり、自民党は初動の遅れについて人災であるとしている。また西岡武夫参議院議長は菅首相に対して「復興構想会議はやめてもらって、具体的にどう復興するかという方針をきちんと示すべき」と述べている。
2010年10月22日、10年以上かかって全体の8%しかできていないスーパー堤防について、蓮舫行政刷新相は「出口が見えないのは、手段や金の使われ方として疑問だ」と指摘。同29日の仕分けで「200年に一度の災害に備えて400年かけて事業をする意味が分からない」と廃止判定した。その後、2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震をうけて石原慎太郎東京都知事から計画の立て直しを求められたが話し合いは平行線に終わる。6月16日、国土交通省はスーパー堤防事業について規模を縮小して継続する方針を示した。
2010年、菅内閣はどの閣僚も靖国神社に参拝しなかった。サーチナが中国人に対して行ったアンケートによると、参拝しないことを「支持する」と答えた中国人は半数近くに達したが、その理由では「歴史を真剣に考えているから」との回答は2割程度にとどまった。自民党西田昌司参院議員は「まったく情けない。国家の名においての戦争で、国家の犠牲者の代表たる政府の人間が無視している。あり得ない」と述べた。石原慎太郎都知事は「この国はこのままではダメになる。100歳を過ぎたご老人の行方が知れないってどういうことだ。自分の親の弔いもしていない。本当に英霊も浮かばれない」と述べた。一水会の招きで来日したフランスの極右政党国民戦線（現・国民連合）のジャン＝マリー・ルペン党首も靖国神社を参拝し、「立場に関係なく、国のために戦った人に尊敬を持って参拝するのは当然」と語った。一方、菅首相が公式参拝しないことについては「日本政府の問題なので何とも言えない」と述べた。菅首相は靖国神社にA級戦犯が合祀されていることが自身や閣僚の公式参拝の問題となっているとして、在任中には参拝しないことを表明。仙谷由人官房長官も、閣僚の公式参拝自粛が政府の方針であると述べた。前原誠司国土交通相も閣僚としては参拝しないことを表明。また分祀された際には在任中でも参拝すると述べた。
2010年11月8日、民主党は企業・団体献金の受け入れ再開を決定した。菅首相は「マニフェストでは法改正から3年後に禁止する形になっている。マニフェストに反してはいない」としている。
昔からの念願であったアラカン主演の映画「鞍馬天狗」を作るために、それまで勤めていた商社を退職した野崎信一は、小学生の娘・あかりを連れて京都へと向かった。京都へ着いて早々にアラカンの自宅へと向かった信一は、アラカンが近くのパチンコ店に居ると知り、あかりを連れて出向いた。その店で趣味のパチンコに興じていたアラカンを見つけた信一は、その場でアラカンを説き伏せ、出演交渉を行う。アラカンの快諾を得て撮影開始にこぎ着けた信一だったが、事情を知らないアラカンのマネージャー（織本順吉）からは煙たがられたり、信一らの後を追って京都へやって来た信一の妻（中原早苗）からは呆れられたりと散々。それでも撮影を進めて行くうちに、撮影現場にはアラカンの鞍馬天狗見たさにたくさんの人だかりが。しかしある日、鞍馬天狗が白馬に乗って河原を疾走するシーンを撮影中、アラカンが白馬から落ちて左足を怪我をすると言うアクシデントが起こってしまう。それに加えて、杉作役のあかりが信一の妻と共に東京へ帰ると言う最悪の事態の中、信一は自らアラカンの代役となり、そして時にはアラカンのマネージャーの協力を得て撮影を進めて行く。そして、アラカンに自ら監督・撮影した映画を見てもらうべく、完成したフィルムと映写機を携え、アラカンが入院する病院の病室に来た信一。完成したフィルムに映し出された映像を見て、信一とアラカンが思った事とは…。