ジョンストンは、1931年に太平洋会議への出席のために再び中華民国を訪れた際に溥儀と再会する。その後1934年に公務を引退して故郷のスコットランドに帰り、小さな島（Eilean Righ）に膨大な中国古典の蔵書とともに住んだ。同年には溥儀の家庭教師時代から溥儀の満州国「元首」（執政）までの動向を綴った「紫禁城の黄昏」（原題：『Twilight in the Forbidden City』）を著し、同著は溥儀に捧げた。翌1935年には満州国を訪れ「皇帝」となった溥儀と再会するなど、溥儀との交流は生涯を通じて続いた。その後1938年にエディンバラで死去。
1927年には、イギリスが中華民国から租借していた山東半島北部の威海衛植民地行政長官（弁務官）に就任した。威海衛は1898年に、当時海峡を隔てた旅順はロシア、山東半島南部の膠州湾（青島）はドイツが租借していたため、勢力均衡上イギリスが租借した土地で、「ポート・エドワード」と呼ばれていた。1930年始めには、イギリス王よりサーの称号を授けられた。同年10月1日、威海衛が蒋介石の南京国民政府に返還されるまで長官をつとめ「威海衛を清朝のマンダリン（官人）のように統治した」といわれている。なお、ジョンストンはイギリスに帰国する直前に天津に滞在していた溥儀を訪問し、この際に溥儀はジョンストンに記念品を下賜している。
溥儀の身元が安定したことを受けてジョンストンは帝師を辞任し、天津港よりP&Oの汽船でイギリスに帰国した。なお、ジョンストンはイギリスに帰国する直前に天津に滞在していた溥儀を訪問し、ジョンストンの献身に深く感謝した溥儀は、この際にジョンストンに記念品を下賜している。帰国後にはロンドン大学の東洋学及び中国語教授に就任した。
しかしその後中国の武力統一を図る軍閥同士の戦闘はますます活発化し、1924年10月には馮玉祥と孫岳が起こした第二次奉直戦争に伴うクーデター（北京政変）が発生し、直隷派の曹錕が監禁され馮玉祥と孫岳が北京を支配することとなった。さらに馮玉祥と孫岳は政変後に、帝号を廃し清室優待条件の一方的な清算を通達し、紫禁城に軍隊を送り溥儀とジョンストンらを紫禁城から強制的に退去させた。
その後溥儀はジョンストンより日々教育をうける中で、洋服や自転車、電話や雑誌などのヨーロッパの最新の輸入品を与えられ、「洋服には似合わない」との理由で辮髪を切るなど、紫禁城内で生活をしながらも、ジョンストンがもたらしたヨーロッパ（イギリス）風の近代的な生活様式と思想の影響を受けることとなる。その後溥儀はジョンストンや、清国の大阪総領事や総理衙門章京、湖南布政使等を歴任した後に総理内務府大臣（教育掛）となった鄭孝胥の薦めを受けて、紫禁城内の経費削減と近代化を推し進めるとともに、宦官の汚職や紫禁城内の美術品の横領を一掃するために、中華民国政府の力を借りて約1,200名いた宦官のほとんどを一斉解雇し、女官を追放するなどの紫禁城内の近代化を図り議論を呼んだりした。この様な溥儀の「近代化」に対して影響力があると見られたため、宦官らの一部から嫌われることもあった他、宦官や中華民国政府内の一部から御用マスコミを通じて攻撃を受けることもあった。
その後、辛亥革命後も紫禁城に住んでいた清朝皇帝の愛新覚羅溥儀（在位1908年-1912年）の後見役的立場になっていた醇親王載灃と、西太后の側近であった李鴻章の息子で、清国の欽差全権大臣を務め、駐イギリス特命全権大使でもあった李経方の勧めによって、1919年に溥儀の帝師（家庭教師）に選ばれ、ヨーロッパ人としては初めて紫禁城の内廷に入った。溥儀は当初、見ず知らずの外国人であるジョンストンを受け入れることを拒否していたものの、ジョンストンとの初対面時にその語学力と博学ぶりに感心し、一転して受け入れることを決断した。その後は家庭教師として溥儀に大きな影響を与え、その信頼を得た。
黄帝紀元（こうていきげん）とは、中国人の先祖とされる伝説上の帝王黄帝に基づき、清朝末に創始された紀元。「黄紀」ともいう。紀年法としては黄帝紀年（こうていきねん）という。光緒29年（1903年）、劉師培は『国民日日報』に「黄帝紀年論」を発表し、年号制に反対し、同時に康有為ら変法派が主張した孔子紀年にも反対した。劉師培は黄帝誕生の年を紀元とすることを主張し、1903年を黄帝紀元4614年とした。しかし、生卒年は文献上で一致する年がないため、宋教仁は黄帝即位の年とされる癸亥の年を紀元とすることを主張し、1904年を黄帝紀元4602年とした。中国同盟会の機関誌『民報』を始めとして革命派の雑誌はこれを採用した。武昌蜂起（辛亥革命）が起こり、中華民国湖北軍政府が成立すると、清朝の年号である宣統を廃止して黄帝紀元を採用、宣統3年（1911年）を黄帝紀元4609年とした。各省政府もこれに応じたが、共和政府樹立の議論のなかで黄帝紀元は帝王在位に基づく紀年法であって民主共和の精神にそぐわないとの意見が出された。孫文が中華民国臨時大総統の地位に就くと、黄帝紀元4609年11月13日（1912年1月1日）を中華民国元年元旦とすると通達し、黄帝紀元の使用は停止された。