平成初期から学校の入学式・卒業式における日章旗掲揚に係わる問題が頻発、掲揚に反発する日本教職員組合（通称：日教組）・全日本教職員組合所属教職員と管理職教職員のトラブルから高校校長に自殺者が出るに至った。背景には教育現場における日の丸掲揚と君が代斉唱に対する反対運動があった。このことに対処するため、1999年（平成11年）には国旗及び国歌に関する法律（国旗国歌法）が公布され、正式に国旗として定められた。なお、天皇の崩御による大喪（一般でいう葬儀）時の掲揚方法は、大喪中ノ国旗掲揚方（1912年、大正元年閣令第1号）に定められている。
1945年（昭和20年）、連合国軍総司令部（GHQ/SCAP）の指令により日章旗の掲揚が原則禁止された。この間、商船旗としては国際信号旗のE旗に基づいた旗が代用された。祝日に限定した特例としての日章旗掲揚許可を経て、1949年(昭和24年)1月1日にマッカーサーは日本の国旗の使用を自由とする旨の声明を発表。これより正式に日章旗の自由掲揚が認められるようになった。
以後、日章旗は国旗として扱われるようになったが、「国旗」としての法的な裏付けは太政官布告のままであり、法令として存在しなかった。1931年（昭和6年）2月、第59回帝国議会において全11条及び附則からなる「大日本帝国国旗法案」が衆議院議員石原善三郎により提案され、同年3月26日衆議院本会議において可決された。しかしながら貴族院送付後の3月28日、会期終了に伴う帝国議会閉会により審議未了廃案となり、続く第60回帝国議会に再提出されたものの衆議院解散により再度廃案となり、結局成立しなかった。1936年（昭和11年）のベルリンオリンピックにおいては、大日本帝国外地の朝鮮出身の孫基禎が日本代表選手として男子マラソンに出場し優勝した際に、日本統治下の京城（現在のソウル）で創刊された東亜日報は日章旗を黒く塗り潰した写真を掲載してそれを報じ11ヶ月の停刊処分を受けた。
日本海軍については、1870年10月27日（明治3年10月3日）制定の太政官布告「海軍御旗章国旗章並諸旗章ヲ定ム」（明治3年太政官布告第651号）において、各種の旗章の一つとして艦尾に掲揚する海軍御国旗として白布紅日章が定められ、幕末から使用されていた日の丸が引き続き使用された。規格は現行と同じく、縦横比は2対3、日章は旗の中心とされていた。また、幕末には「国印」と呼ばれるようになっていた日の丸は、同布告のとおり、国際法にもとづいて「国旗」と呼ばれるようになった。
日本陸軍において、1870年6月13日（明治3年5月15日）制定の陸軍国旗章並諸旗章及兵部省幕提灯ノ印ヲ定ム（明治3年太政官布告第355号）に「陸軍御国旗（陸軍御國旗）」として旭日旗が定められた。
父小杉豊治は、羽後国六郷で油絞り、醤油醸造、呉服、古着の店を経営していたが、戊辰戦争では有志隊を組織し勤王軍を支援した。天外はその長男として生まれ、少年時代は漢学者岩谷順太郎に学び、大曲の岡田好成の塾で英語などを学んだ。1886年（明治19年）に東京に出て、英吉利法律学校と国民英学会に通う。こののちいったん帰郷して政治結社鳥峯倶楽部にかかわった。はじめ政治家を志したが文学に転向し、斎藤緑雨に師事した。『當世志士伝』（1892年）などの政治小説を書き、1895年（明治28年）から「奇病」「改良若殿」「卒都婆記」で諷刺作家として高い評価を得た。1897年（明治30年）には後藤宙外とともに丁酉文社を組織し『新著月刊』発行に参加、小説執筆の他、川柳欄の選者を務めたが、この欄への尾崎紅葉の投稿が原因で紅葉と疎遠になった。1900年（明治33年）に発表した『はつ姿』はエミール・ゾラの影響を受けたことで注目され、1902年（明治35年）の『はやり唄』は、人妻の姦通などを描いて初期ゾライズム、自然主義のさきがけとされた。尾崎紅葉亡きあとの1903年（明治36年）、読売新聞に連載した青春小説『魔風恋風』が連載190回の人気となって、このために新聞の再版を出すといった椿事さえ起こっている。一方では激しい非難もあり「淫蕩文学」という言葉も造られるほどであった。これにより流行作家となり、『コブシ』『長者星』などを書くが、1907年（明治40年）以降、大衆作家としての天外は文壇の中心から遠ざかった。しかし、1948年（昭和23年）日本芸術院会員となって長命を保ち、1952年（昭和27年）9月1日、老衰による萎縮腎のため神奈川県鎌倉市の自宅にて死去した。「芸術の美の人を感じせしむるや、よろしく自然の現象の人の官能に触るるが如くなるべし」（「はつ姿」序）、「自然は自然である。善でも無い、悪でも無い、美でも無い、醜でも無い、たゞ或時代の、或国の、或人が自然の一角を捉へて、勝手に善悪美醜の名を付けるのだ。小説または想界の自然である。善悪美醜の孰（いずれ）に対しても、叙す可し、或は叙す可からずと羈絆（きはん）せらるゝ理窟はない。」（「はやり唄」序）という語は、フランス自然主義思想の日本の作家への影響の最初の表現として知られるが、エミール・ゾラの医学的見地に基づく小説の構成といった方法には到達しえなかったとも評される。『魔風恋風』は戦後岩波文庫に入り、いったん絶版となったが、本田和子が『女学生の系譜』（1993年）で論じてより、明治の女学生を論じる際の定番テクストとなった。