前作では原則としてルールの範囲で自由にデッキを組めたが、本作では使用するカードなどに条件をつける敵キャラが登場する。また、カードバトルにも変則的なルールが追加される場合もある。実際のカードにあった「スタジアムカード」が本作には存在しないため、その効果をイメージさせる変則ルールが多い。移動中ならいつでもデッキの整理やカードリストの確認ができるようになり、よりプレイしやすくなった。「ゲームセンター」という施設が登場。スロットマシンなどのミニゲームで遊ぶことができる。ゲームでためたポイントを使って新しいカードを手に入れたり、既存のカードを合成する「ブラックボックス」も使用することができる。前作ではオリジナルカードの一部のレベルの数値が（効果の異なる）実際のカードと被っていたが、本作では区別のためいくつかのカードのレベルが修正されている。また、前作では実際のカードと全く同じであったレアリティも、本作ではゲームの設定に合わせて大量に変更されている。
全部で441種類のカードが登場する。前作に登場したカードは引き続き全て登場している。さらに『ロケット団』『拡張シート』『イントロパック』のカード、一部のプロモーションカードが新たに登場し、『GR団参上!』のタイトルの通り、独自の「わるいポケモン」のオリジナルカードも多数追加されている。同梱カードは「GR団のミュウツー」。前作同様、効果再現の難しいカードは全て未収録となっており、特に『拡張シート』によく見られた、専用マーカー系の技を使うポケモンは「くいしんぼカビゴン」以外は収録されていない。また、『拡張シート』や『ジムシリーズ』にあった「スタジアムカード」も収録されず、『ジムシリーズ』からは「ロケット団のワナ」の1枚のみが登場している。『ポケットモンスター 金・銀』のポケモンは旧シリーズのプロモーションカードであった「トゲピー」「マリル」「ルギア」のみが登場する。「ポケモンカードneo」シリーズ以降のカードは「リサイクルエネルギー」と「わるいライチュウ」が登場しているのみだが、これら2枚はゲーム上はGBオリジナルカードとして分類されており、「わるいライチュウ」は他のオリジナルカードのようなランダムダメージ効果に変更されている。
ポケモンシリーズでは初めて、ゲーム中のメッセージに漢字を使用している（「円」などの記号的なものを除く）。カードGBシリーズ以外で初めて漢字を使ったのは『ポケモンコロシアム』（2003年発売）である。同じく、移動画面においてBダッシュが使用できるようになったのもポケモンシリーズでは初である。本編では『ポケットモンスター ルビー・サファイア』（2002年発売）にて採用。
ポケモンカードが大好きな少年が、ある日「伝説のカード」の噂を耳にする。興味を持った彼は、カードの研究家であるオーヤマ博士の研究所に駆け足で向かうのであった。
最初期のシリーズである『第一弾』『ポケモンジャングル』『化石の秘密』のカードを中心に、キャンペーンで配布されたプロモーションカードとゲームボーイ版オリジナルカードを加え、228種類のカードが登場する。カードプールの少なさからユーザーから不満の声が上がったとする文献もある。マルマイン（第1弾）やメタモン（化石の秘密）のように効果の再現が難しいカードは未収録で、その代わりにコンピュータがランダムに対象を選択、メタモンがその戦闘中のみ他のカードに完全に変身する、など実際のカードでは再現困難なGBならではの効果を持ったオリジナルカードが十数種類登場した。「伝説のカード」と呼ばれるオリジナルカードも4枚登場し、そのうちの1枚カイリューのカードはゲームの同梱特典となっていて、当時実際にカードゲームで使用することもできた。この他のオリジナルカードも、後に実際のカードとしても登場したものがいくつか存在する。
ポケモンカードの好きな人が多数いる島を舞台にしている。生身のポケモンそのものは一切登場しない（ただし取扱説明書に載っている漫画には、ランドと共にピカチュウが登場している）。また、人々の生活感のある描写もなく、カードバトルとそれに関連する施設以外も存在しない、極めて抽象的な世界描写が見られる。本シリーズの登場人物の大部分は、ポケモンカードゲームの関係者や大会での入賞者がモデルとなっている。
赤外線通信を利用した、本作独自の通信システム。ゲーム起動直後のメニューから手軽に選択できる。通信プレイヤー双方が何らかのカードを1枚ずつ手に入れることができる。お互いに損をしない通信というのが特徴。他のプレイヤーと一定人数以上通信しない限り、一度通信したプレイヤー同士は通信することができなくなるので、多くのプレイヤーと接触するほど有利になる。この方法でしか手に入らない特別なカードも存在する。なお、ゲームボーイカラーの赤外線ポートではなくカートリッジに内蔵された赤外線通信機能で行われているので、ゲームボーイカラー以外のゲームボーイでも可能。この通信と類似のシステムが本編でも「ふしぎなおくりもの」として逆輸入されたが、一日当たりの通信回数が制限されていたり、通信後にゲームを再開して手に入れたアイテムを引き取らないと再通信できないといった相違点がある。
死の直前まで愛に生きたふみ子は、一方では子ども思いの母親でもあった。長女、雪子の回想によれば、帯広時代は料理、裁縫などといった家事や育児に手を抜かない、家庭的でやさしい母親であった。入院中もこまめに子どもたちに手紙を書き続け、ふみ子のもとで成長していた長男の孝、長女の雪子ばかりでなく、札幌の中城家に引き取られていた三男の潔も、別夫中城博の再婚相手の女性や、博の継母に連れられてしばしば病室にふみ子を見舞った。なお歌友の大塚陽子の回想によれば、病室での子どもとのやり取りは世間一般の母親のそれであったというが、ふみ子が関心を抱く男性がやって来ると、いきなり子どもを邪険に扱っていたという。中井がふみ子の病室に留まっていた7月31日、ふみ子と子どもたちの事実上のお別れがあった。子どもたちはめいめいふみ子の手を取って頬ずりをした。ふみ子は子どもたちに対して「もう、お別れね」と伝えた。母の言葉を聞いた長男の孝は病室のドアにしがみつき、帰りたくないと泣きじゃくりだした。ふみ子もまた涙ぐみながら孝のことを慰めた。ふみ子が食べものを受け付けたのは8月2日までであった。翌3日の朝、ふみ子の意識は清明であり、胸部の苦しみを訴え続けた。午前10時40分過ぎくらいから脈拍が弱くなっていき、午前10時50分、中城ふみ子は亡くなった。31歳であった。ふみ子の最期の言葉は「死にたくない」であったとの説と、容体の急変にうろたえる母を制する「お母さん、騒がないで」であったとの説がある。