浅草線の建設当時、直上の国道15号大門交差点を立体交差化する計画があり、当駅はその高架橋の基礎のスペースを確保した構造で建設された。後に立体交差化の計画はなくなったが、大江戸線開業時に連絡通路としてスペースが有効活用された。大江戸線の建設時、当駅近くにある汐留寄りのトンネルが最後の建設区間となった。建設の際は、地上を走る東海道新幹線や東海道本線の線路を移動し、それぞれの電車の安全運行を確保しながら工事を行った。
駅に近接している増上寺の総門を指す「大門」から由来する。大江戸線の駅は、建設時に仮称として浜松町駅を名乗っていたが、駅名が決定した時に浜松町を副駅名として採用した。乗り換え案内にはJR東日本（浜松町駅）と東京モノレール（モノレール浜松町駅）の案内があり、同線の開通に伴い、浅草線でも乗り換え案内がなされるようになった。ただし、浅草線の案内では浜松町の副駅名を一切用いていない。
浅草線は相対式ホーム2面2線、大江戸線は島式ホーム1面2線を持つ地下駅である。開業当初は国道15号線地下の浅草線の駅のみだったが、世界貿易センタービル北側に面する形で大江戸線の駅が開業し、乗換駅となった。両線は当駅でほぼ直角に交わっている。羽田空港・成田空港への利用客が当駅での乗り換えをスムーズにするために、ホームと改札内連絡通路の間にはエスカレーターが、改札外通路にはエレベーターが設置されている。なお、B1出入口は大江戸線開業時に設置していなかったが、浜松町スクエアのオープン時に新設された。改札外連絡通路には、大門の歴史を記載したパネルが設置されている。大門駅務管区の所在駅であり、大門駅務区（大江戸線築地市場駅 - 麻布十番駅間と浅草線大門駅）、青山駅務区（大江戸線六本木駅 - 代々木駅間）、五反田駅務区（浅草線西馬込駅 - 泉岳寺駅間）を統括する。浅草線駅業務は東京都営交通協力会に業務を委託している。
浅草線と大江戸線が乗り入れており、それぞれ駅番号として、浅草線に A 09、大江戸線に E 20 が制定されている。また、大江戸線に限り「浜松町」の副駅名が与えられており、車内放送や駅構内放送で案内されている（詳細は後述）。
臨床検査センターでは、化血研時代の1977（昭和52）年から実施主体である各自治体から新生児マススクリーニングを受託し、39年間で300万人を超える新生児の検査を行ってきた。現在は熊本県、熊本市、福岡県、福岡市、北九州市、佐賀県の6自治体より、合わせて年間約7万人の検査を委託されている。
ダアイ族はその居住地から広大な砂漠を越えて南のヒュルカニア、ネサイア両地方やパルテュアイア族の平原を荒らしまわった。掠奪を受けた諸族はダアイ族が一定期間だけその土地で（貢納として）掠奪を行うことを許可したが、ダアイ族がその条件を無視して略奪を続けたため、両者の間で戦が起こった。しかし、これは日常茶飯事のことであり、戦の後に和解したり、和解の後に戦をしたりの繰り返しをするのは遊牧民によく見られる習慣であった。
紀元前329年頃、マケドニア王アレクサンドロス3世（在位：前336年 - 前323年）がこの地に侵攻すると、ダハェ族（ダアイ）とコラスミ族（コラスミオイ）はマケドニア軍に臣従した。紀元前3世紀、パルティアが強盛となると、ダハェ族はその支配下に入る。
ヘロドトスの『歴史』にはダオイと記されており、マルドイ，ドロピコイ，サガルティオイなどの諸族とともに、アケメネス朝のキュロス2世（在位：前550年 - 前529年）の召集でメディア王国から離反した。
1993年の中東和平「オスロ合意」によって、ヨルダン川西岸地区の一部と共にパレスチナ自治政府の統治下に置かれた。治安はパレスチナ政府の治安部隊および市民警察軍によって維持されているが、現在も航空管制権と沿岸航行権はイスラエルが保持している。1998年、ガザ国際空港が開港したが、2001年にイスラエルにより破壊された。また、自治政府発足後も、入植者保護の為にイスラエル軍が駐留し、しばしば空爆を行っていた。2004年には、シャロン首相のアドバイザー、アルノン・サフェル (Arnon Soffer) は「一発のミサイルには十発のミサイルをもって応じる。女性や子どもも死ぬだろう。女性たちが夫にもうカッサム（ロケット弾）を使わないように懇願するだろう。ガザに閉じこめられた250万人は、イスラム原理主義者に影響され、恐ろしい戦争になる。もし我々が生き残りたいならば、彼らを一日中、毎日、殺し、殺し、殺し続けなければならない」と発言している。2005年8月までにイスラエルは全てのユダヤ人入植地を撤去、9月には全陸軍部隊をガザ地区から撤退させた（ガザ地区撤退計画）。しかし、直後にイスラーム過激派ハマースが選挙で勝利してパレスチナ政府の与党の座に就くと、イスラエルは態度を硬化した。2006年6月末にはハマース系武装勢力に拉致されたイスラエル兵士（ギルアド・シャリート）1名を救出するため、戦車隊を含む陸軍が侵攻した。その後もハマースによるイスラエルに向けた攻撃とイスラエルによる攻撃は断続的に続いている。また、検問所はイスラエルとエジプトの管理下にあり、ガザ地区は事実上イスラエルに封鎖されている。ガザ地区の住民は、原則としてこの地区から自由に外に出ることはできない。が、ハマース等のイスラーム過激派による武器密輸が行われ、対イスラエルに対する攻撃の拠点となっている。それに対応するためにイスラエル軍による空爆はその後も続き、2008年12月に大規模な空爆を伴う地上侵攻が開始され、多数の死傷者が出ている（ガザ紛争 (2008年-2009年)）。