染色体的には女性（男性）でありながら男性器（女性器）、もしくはこれに準ずる器官を有したり、男女どちらともつかない外性器を持って生れる個体が存在し、これを半陰陽と呼ぶ。複雑な事情を抱えている分野ではあるが、男女どちらかの性として明確にされたほうが良いとされる。特殊なケースとしては1996年および2001年、中国の重慶市に生まれた姉妹が挙げられる。重慶朝報、および腾讯网新闻中心（テンシャンネット・ニュースセンター）の報じるところによれば長女は両性具有であり、2歳の頃から外陰部に矮小陰茎が形成されていった。外科手術によって切除したが、数年を経て再生した。一方、次女は先天的半陰陽であり、2007年現在、両親は家庭の経済的な理由から長女の再手術、次女の手術を見送っている。
1966年、割礼手術の医療ミスにより当時生後8ヶ月であったデイヴィッド・ライマーは性器のほとんどに重度の火傷を負うという事故が発生した。これに伴い、彼の形成を行うために1967年、性別再指定手術を施された。
比較的、割礼すなわち包皮の切除術が一般的である国や地域では、その施術ミスによって陰茎の一部もしくは大半を欠損する事故も起きている。次節で触れるデイヴィッド・ライマーの件もその一例である。先進国の多くでは正規の医療施設での包茎手術が整備されているが、一方で家庭でも手軽に施術の行える器具が市販されている。仕組みは器具によって様々であるが、亀頭の包皮を内側と外側から挟み込み、巻き込んだ後にトリガーを動かして器具内部の刃によって切除するといったものが挙げられる。家庭での使用を念頭に置いてあるため、ビデオなどの映像による説明書が添付されていることが多いが、誤って包皮を両側から挟み込まずに作動させ、亀頭に損傷を負うといった事故は懸念される。
性同一性障害などの性別適合手術以外にも、患う病気によっては治療・手術を行う過程で性器の切除を余儀なくされる場合がある。こうした医学的理由による外科的性器切断をPenectomy（ドイツ語：Penektomie）と呼び、ガンや壊疽などに対して部分的もしくは全体の切除が行われる。日本の医療史においては最年少では14歳の少年が泌尿生殖器の腫瘍で手術を受けた記録がある。これは厳密にはガンではなく良性腫瘍であったが、症状が進行しており陰茎切断、後に再建手術を受けている。切断を伴う手術にあっては形成外科手術を経て性転換に到ることもあるが、本件に限って言えば性器の切断そのものが目的ではなく、治療の手段として行われるやむを得ぬものであるため、できうる限り残すか、もしくは人工的に造られた性器を移植する手術を伴うこともある。陰茎の一部切除術を「陰茎部分切断術」、全体を行うものを「陰茎全切断術」と呼ぶ。部位にもよるが、Jackson分類法によるガンの病期分類では1期～2期が前者、2期～3期が後者となる。4期に到るとガンの増殖、転移が陰茎に留まらず、あるいはリンパ節に及ぶため、手術が困難もしくは不可能となる。なお、2006年には中国の広州で、事故によって性器を損傷した44歳の男性が脳死したドナーより移殖を受けたが、術後経過に難があり、患者の要望によって再切断を行った事例がある。極めて珍しいケースと言えるが、性器の生体移植自体、自家移植（接合整復）を除くとこれが世界で初めてのことであった。
フランスからの帰国後は、初代大統領ジョージ・ワシントンのもとで初代国務長官をつとめた（1790年-1793年）。ジェファーソンとアレクサンダー・ハミルトンは国家の財政政策、特に戦時負債の資金集めについて口論を始めた。ハミルトンは負債が各州で平等に負担されるべきものと考え、ジェファーソンは各州がそれぞれに負った負債について責任があるものと考えた（バージニア州は独立戦争の間に多くの負債を抱えてはいなかった）。連邦党員とのさらなる口論の中で、共和制を脅かすトーリーや君主制主義者とハミルトンや連邦党の他の者達を同一視するようになった。連邦主義を王党主義に擬え、「ハミルトン支持者達は王冠、小冠および司教冠を待ち望み、欲しくて堪らないでいると指摘した。ジェファーソンとジェームズ・マディソンは民主共和党を設立し率いた。マディソンや選挙参謀であるジョン・J・ベックリーと共に全国的な共和主義者の同盟ネットワークを作るために動き、国中の連邦党支持者と戦った。この頃、アメリカの首都をニューヨークからワシントンに移転することが決められた。ジェファーソンは1793年にフランスとイギリスが開戦したときに強くフランスを支持した。歴史家のローレンス・S・カプランは、ワシントンがこの戦争にアメリカ合衆国は巻き込まれるべきではないと言っていることに同意しながらも、ジェファーソンが「感情的にフランス側を支持した」と述べている。1793年に新しく行動的なフランス公使エドモン＝シャルル・ジュネが着任して、ジュネがアメリカの中立を犯そうとし、世論を操作し、ワシントンを飛び越えて大衆にアピールしようとさえしたことで、ジェファーソンにとっては危機になった。ジェファーソンはこの計画を阻止しようとした。シャクナーに拠れば、ジェファーソンは国内での政治的成功はヨーロッパでのフランス軍の成功に掛かっていると考えた。ジェファーソンはフランスに対する共感に固執し、フランス軍が海外で成功し国内で元気付けられることを期待した。フランスがヨーロッパの戦場で失敗することは、「わが国の君主制支持者を途方もなく元気付け、政府運営の基調に疑いなく影響する。実際にこの夏がフランスにとって悲惨な結果になれば、私が多くの改革を期待している新しいアメリカ合衆国議会における共和制推進の活力を落とすことになるだろう」と恐れていた。