十字キーに代わってタッチペンでキャラクターの移動・コマンド選択などが操作できる（ただし、DS版『IV』、『V』のようなアイコン式のメニューにはなっていない）。2006年12月に公開された開発初期の画面では、タッチ操作で主人公などのキャラクターメイキングを行う様子があったが、完成版では全ての操作がタッチを使っても使わなくても行えるようになっている。なお、ボタン操作はAボタンが「便利ボタン」、Xボタンが「コマンドボタン」となり、DS版『IV』、『V』と同様になっている。
「DSワイヤレスプレイ」により、ゲストプレイヤーを招待して2人から4人までの協力プレイに対応する（当初、「Wi-Fiネットワーク」によるマルチプレイに対応とインプレスより報道されたが、発売直前に公式に否定されたため、インプレス側は謝罪・訂正した）。協力プレイ中は従来のように隊列を組むのではなく、ひとりひとりが自由に動き回れる。各プレイヤーの行動は自由だが、物語の進行に関わるような重要な宝箱はゲストプレイヤーが開くことはできない。モンスターと接触すると、接触したプレイヤーのみが戦闘を開始し、フィールドには戦闘中を表すシンボルが出現する。他のプレイヤーはこのシンボルに接触することにより任意のタイミングで参戦することができる。なお、ホストプレイヤーは自身の戦闘中に、ほかのゲストプレイヤーをワープさせ、瞬時に戦闘に参加させることができる。戦闘中はプレイヤーごとにコマンド選択を行い、全員の入力が終了してから戦闘結果が表示される。コマンドを選んでいる間は、ほかの人のコマンドを選んでいる様子を見たり選んだコマンドを変更することができる。マルチプレイやすれちがい通信を多く行うとリッカの宿屋が発展する要素があるが、それ以外のゲーム要素は一人プレイのみでも特に不利になることはない。しかし、後述の地図により、一部のイベントが開放される副作用も存在している。
本作では、所持するアイテムが装備品とその他の汎用アイテム・重要アイテムがそれぞれ別枠になっており、移動中の「どうぐ」コマンドの持ち物の中に装備品は表示されなくなった（持ち物の数にも含まない）。袋とは別に「そうびひんぶくろ」が存在し、装備していない装備品はこれに一括管理され、移動中に使用することも出来なくなった。また、装備しないものを道具として持つことも出来ないため、戦闘中に道具として使える装備品は、装備しているもののみに限られる。ただし、武器のみ戦闘中の装備変更が可能で、持っている武器全種類から選択出来る（当然ながら、そのキャラクターが装備不可能なものは選べない）。進行上の重要アイテムは「だいじなもの」として管理される。また、取得したアイテムは原則自動的に「ふくろ」に入れるが、薬草・毒消し草などの回復系の道具については「ふくろ」に入れずにパーティメンバーが直接所持する。ちいさなメダルは、最初はシリーズで多く使われている「特定の枚数に達するとアイテムをもらえる」方式を採用、そのアイテムを全てもらった後、ファミコン版『IV』および『V』の「メダルとアイテムを交換する」方式に移行する。
本作では「きようさ」、「みりょく」、「かいふく魔力」、「こうげき魔力」のステータスが初登場している。「きようさ」は会心の一撃の発生確率や「ぬすむ」の成功確率、先制攻撃や逃亡の成功確率に影響し、「みりょく」は高いと敵がみとれて攻撃してこなくなるといった特徴がある。「みりょく」は『VI』や『VII』の「かっこよさ」と、前作『VIII』のゼシカに設定されていた能力を発展させたもの。「かいふく魔力」、「こうげき魔力」は前作までの「賢さ」に相当し、前者は回復魔法の効果、後者は攻撃魔法と補助魔法の効果に影響する。
前作から採用された「スキルシステム」が、ほぼ同様の形で本作でも実装されており、戦士ならば「剣スキル」、「槍スキル」、「短剣スキル」、「盾スキル」、「ゆうかん」、僧侶ならば「杖スキル」、「槍スキル」、「棍スキル」、「盾スキル」、「しんこう心」といった、各職業によって持っているスキルが5つずつ決められている。レベルアップ時にもらえることのあるスキルポイントを振り分けることによって、特技を習得したりステータスが上昇する。今作では13の武器スキル（素手を含む）、盾スキル、12の職業の固有のスキル合わせて全26種類が存在する。スキルの効果（覚えた特技やステータスの上昇分など）は、転職しても維持される。なお、個別のスキルの最大値は前作『VIII』同様、100である。前作から変更された点は、各スキルを育てると習得する技などの一覧があらかじめ表示されていることや、レベルアップ時に入手したスキルポイントを全て消費せずに持ち越し、好きな時にメニューからスキルポイントを割り振ることが可能になったことなどである。また前作はレベル99まで上げても「スキルのたね」を使わない限り全てのスキルを完成させることは不可能だったが、今作では転職してもスキルポイントを持ち越せることや転生が可能になったことで、全てのスキルを100まで上げることも比較的容易になった。
現在販売されているブローニングBARにはいくつかのバリエーションがある。代表的なものとしてサファリ（Safari）、ロングトラック（Long Trac）、ショートトラック（Short Trac）、ライトウェイト・ストーカー（Lightweight Stalker）の4種がある。サファリモデルはブローニングBARの主要バリエーションの内、もっとも豪華なものである。刻印入りのスチールレシーバーと高級ウォールナット材を使用した銃床を備える。口径に応じて、22インチ、23インチ、24インチの銃身がある。サファリモデルはまた、ブローニングBOSS（Ballistic Optimizing Shooting System, 弾道最適化射撃システム）を唯一搭載している。このシステムでは反動を軽減し、調整可能な制退器などを用いて精度の向上を図っている。ライトウェイト・ストーカーモデルは無地のアルミレシーバーとマットブラック塗装の合成材製の銃床を備える。また、唯一アイアンサイトを備えているモデルでもある。口径に応じて20インチ、22インチ、23インチ、24インチの銃身がある。ロングトラックモデルとショートトラックモデルは無地のアルミレシーバーとプラスチック製のトリガーガードおよびフロアプレート、シンセティック銃床を備える。ロングトラックとショートトラックは動作の速度により区別される。FNハースタル社の米国現地法人であるFNH USAでは、ブローニングBARを改良したFN FNARを製造している。