日本の皇室とスペイン王室との間には緊密な交流があり、日本の上皇明仁は4回、徳仁親王は5回訪西し、またスペインの国王フアン・カルロス1世・ソフィア王妃夫妻は7回、国王フェリペ6世は王太子時代に3回訪日している。首脳間の往来では、1987年に中曽根康弘首相、2003年に小泉純一郎首相が訪西し、フェリペ・ゴンサレス首相が1985年と1991年、ホセ・マリア・アスナール首相が1997年、ホセ・ルイス・ロドリゲス・サパテロ首相が2010年9月に訪日している。また2007年に麻生太郎外務大臣、2009年に御手洗冨士夫経団連会長等が訪西している。2010年9月にはサパテロ首相に随行してモラティノス外相他が訪日している。
1952年、日本とスペインは国交を回復した。1957年には「スペインのある種の請求権に関する問題の解決に関する日本国政府とスペイン政府との間の取極」を締結し、日本は550万ドルの補償を行った。
1936年のスペイン内戦勃発後、フランシスコ・フランコ政権は日本に承認を求めてきたが、日本はしばらく要求を無視していた(フランコ派への軍事援助は少量ながらしてた)。一方で在日本のスペイン外交官はフランコ派支持を表明したため、スペイン共和国政府が新任の公使を派遣した。日本はこの公使の信任状は受理したものの（アグレマン）、スペイン公使館の引渡しは拒否した。日本は反共・反ソビエト連邦を唱えるフランコ派にシンパシーを持ち、非公式な接触を続けていた。同年、日本と同様に親フランコ派であったドイツは防共協定を締結したが、この際にはドイツの駐スペイン大使がフランコ派の防共協定加入を進言し、ドイツ外務省に却下されたこともあった。1937年11月には防共協定にイタリアも参加し、独伊両国はフランコ派承認を日本に求めた12月1日、日本はフランコ派を承認し、スペイン共和国との外交関係を断絶した。フランコ派のスペイン政府はただちに満州国を承認し、日本の外交的孤立を緩和した。一方で共和国政府側の国際旅団にはジャック白井という日本人が参加している。1939年になると、日独伊三国は防共協定への加入をフランコ派に求めるようになった。フランコは当初抵抗していたものの、3月にスペインは防共協定に正式加盟した。フランコはこの加盟を秘密にして立場を守ろうとしたが、おそらくドイツからのリークによって世界に公表された。
1868年（明治元年）、日西修好通商航海条約が結ばれ、日本とスペインの国交が樹立される。1895年（明治28年）8月、「国境確定ニ関スル日西両国宣言」が東京で調印された。この宣言は両国の所領権を明確にするため、台湾（日本領）とフィリピン（スペイン領）の間のバシー海峡を両国の境界線と定めた。
1609年（慶長14年）には前フィリピン総督ドン・ロドリゴがヌエバ・エスパーニャ（現在のメキシコ）への帰任に際し海難で上総国岩和田村（現御宿町）に漂着し、1611年（慶長16年）にはセバスティアン・ビスカイノが答礼使として来日した。田中勝介等の使節団はドン・ロドリゴの帰郷に同船しヌエバ・エスパーニャを訪問、セバスティアン・ビスカイノに同行し帰国した。1613年（慶長18年）に、セバスティアン・ビスカイノの協力でサン・フアン・バウティスタ号を建造した仙台藩が、ルイス・ソテロや支倉常長らの慶長遣欧使節団をヌエバ・エスパーニャ経由でスペインに派遣し、常長等は1615年1月にマドリードでフェリペ3世に、同年11月にはバチカンでローマ教皇パウルス5世に謁見する。しかし、その後江戸幕府はキリスト教の禁教政策を強化し、1624年（寛永元年）にはスペイン船の来航を禁止するに至った。
その寿命を迎えようとしている太陽・ビシニアンを見上げながら100年余に渡って戦争を続けてきたロギナ共和国とシリカ帝国。その社会は支配者である人間（ヒューマン）と、使役される亜人（サブヒューマン）によって成り立っていた。亜人は超能力を操れるものの、5歳から与えられる薬物「エラン」によって人間に逆らうことが出来ずにいた。4歳の時に亜人収容所を脱出したガイは長じて宇宙海賊となり、ロギナ共和国軍の旗艦オーディンを襲撃した際に、艦長として乗艦していた幼なじみのクレーネと再会する。しかし混乱の最中、シリカ帝国軍に攻撃を受けたオーディンは地上に墜落。辛うじて脱出し、負傷して倒れているところをミルダによって救われたガイは、人間であるミルダが亜人であるアトルと姉弟として暮らしていることに驚愕する。一方、乗員の中でただ一人助かったクレーネはエランの禁断症状で意識を失ったのちに救出されるが、自分がエランを必要としなくなっていることに気づく。ロギナ軍に捕らえられたガイは、処刑寸前にクレーネの部下によって救出されてミルダたちと再会するが、そこをロギナ軍偵察機に発見・襲撃された。危機に際し、能力によって偵察機を500キロも瞬間移動させたアトルだったが、その代償として近くを飛んでいた小鳥の命を奪ってしまう。アトルは物質や生命エネルギーを変換して念動力に出来る能力者で、精神力のみを使う普通の亜人と違って事実上そのエネルギーは無限。ガイはアトルが伝説に語られる「救世主」ではないかと考える。そんな中「救世主」を名乗るクレーネによってエランから解き放たれた亜人たちは人間への反乱を起こす・・・