台湾、朝鮮、南洋諸島などの外地にも神社が建てられた。これはもともとは外地に在留する日本人が自分たちのために建てたものであった。外地の神社建立にあたり、多くの神道家らは現地の神々をまつるべきだと主張したが、政府は同意せず、欧米列強の植民地へのキリスト教伝道、土着信仰の残滓の払拭といった発想と同様に多く明治天皇、天照大神を祭神とした。これは明治政府が宗教勢力を完全に国家の従属化に置き、宗教勢力の意向を政策立案過程から排除することに成功した先進国の中でも稀有な世俗政権だったことも示しているが同時にこれら時期を逆説的に「神道の暗黒時代」とする意見の根拠ともなっている。外地に建立されたおもな神社としては朝鮮神宮、台湾神宮、南洋神社、関東神宮、樺太神社（樺太は後に1943年内地編入）などが挙げられる。台湾については台湾の神社を参照。
橿原神宮、平安神宮、明治神宮、近江神宮などの天皇や皇族を祀る神社や、湊川神社、阿倍野神社、四條畷神社など建武政権・南朝を支えた「忠臣」を祀る神社（建武中興十五社など）、建勲神社や常磐神社など戦国時代から江戸時代における大名を祀る神社が数多く造営された。
明治初期において、神霊の憑依やそれによって託宣を得る行為、性神信仰などが低俗なものや迷信として否定され、多くの民俗行事が禁止された。そのため、出雲神道系などの信仰が偏狭な解釈により大きく後退した。また、神社の祭神も、その土地で古来からまつられていた神々ではなく、『古事記』、『日本書紀』などの皇統譜につながる神々に変更されたものが多い。そのため、地域での伝承が途絶えた場合にはその神社の古来の祭神が不明になってしまっている場合がある。
神道は「国家の宗祀」であって「宗教」ではないというのが政府当局の見解であった。行政上も1900年（明治33年）に内務省社寺局から「神社局」と「宗教局」に分離することにより、神道とその他諸宗教を明確に区別した。戦前の上智大学では、神道は非宗教であるという理論で、クリスチャンでも神社参拝が可能であると説明していた。明治政府は、天皇をトップとした社会構築にあたり、国民の精神的支柱として神道を採用した。 五箇条の御誓文も天皇が神に誓うという形式を採用した。
「国家神道」は宗教ではないとする説と宗教であるとする説がある。非宗教説は敬神を国民の義務とし、この義務は道徳の範疇にあるので、神社・軍隊・学校・官公庁などにおける敬神は宗教ではない、また神道は教義が存在しないため宗教ではない、という説である。一方、宗教説はこの理屈を「近代国家の体裁を整えるために信教の自由を認めることと、神道に基づく天皇崇拝の強制を両立させるための詭弁」とするものである。
1919年、朝鮮神宮(京城)の造営に際して政府は明治天皇と天照大神とを祭神とした。これに対し、国学者賀茂真淵の末裔で靖国神社三代目宮司の賀茂百樹は「朝鮮民族の祖神」の「檀君」もまつるべきであると主張した。
1880-1881年の論争。東京の日比谷に設けられた神道事務局神殿の祭神をめぐって神道界に激しい教理論争が起こった。神道事務局は事務局の神殿における祭神として造化三神（天之御中主神、高御産巣日神、神産巣日神）と天照大神の四柱を祀ることとしたが、その中心を担っていたのは伊勢神宮大宮司の田中頼庸ら「伊勢派」の神官であった。これに対して千家尊福を中心とする「出雲派」は「幽顕一如」を掲げ、祭神を大国主大神を加えた五柱にすべきとした。伊勢派のなかにも出雲派支持者が多く出たが、伊勢派の幹部はこれを危惧し、明治天皇の勅裁により収拾した（神道事務局神殿は宮中三殿の遙拝殿と決定、事実上の出雲派敗北）。政府は、神道に共通する教義体系の創造の不可能性と、近代国家が復古神道的な教説によって直接に民衆を統制することの不可能性を認識したといわれている。
国家神道（こっかしんとう）は、近代天皇制下の日本において作られた一種の国教制度、あるいは祭祀の形態の歴史学的概念である。皇室の祖先神とされる天照大神を祀る伊勢神宮を全国の神社の頂点に立つ総本山とし、国家が他の神道と区別して管理した「神社神道（じんじゃしんとう）」（神社を中心とする神道）を指す語である。1945年(昭和20年)のGHQによる神道指令において「国家神道」の廃止が命じられており、「国家神道」という言葉はこの時に初めて使用されて広まったものである。
ペンシルバニア州のチェスター高校時代の2013年にマクダナルズ・オール・アメリカンゲームに出場し、アリゾナ大学でチームメイトとなるアーロン・ゴードンと共にプレー。更に同年のジョーダンブランド・クラシックではジュリアス・ランドルと共にプレーするなど、全米級の逸材として注目されたホリス＝ジェファーソンは、フロリダ大学、シラキュース大学、メンフィス大学、テンプル大学などの誘いを受ける中で、最終的にアリゾナ大学に進学。1年生の2013-14シーズンはPac-12のフレッシュマンチームに選出、翌2014-15シーズンはPac-12の1stチームとディフェンスチームに選出されるなど、同大学の主力として活躍し、2015年のNBAドラフトにアーリーエントリーを表明。23位でポートランド・トレイルブレイザーズから指名された後、ブルックリン・ネッツとの間でメイソン・プラムリーを中心とした大型トレードが成立し、ネッツでNBA生活がスタートした。守備職人として期待されたホリス＝ジェファーソンだったが、2015年12月に右足首に骨折。3ヶ月の欠場を強いられるなど波に乗れず、2015-16シーズンは29試合の出場で平均5.8得点に止まった。