また類似の問題として、同一種内の亜種や人類集団のように互いに混合が生うじる集団の場合、従来の枝分かれのみの系統樹では近縁度のみを示すだけで、複雑な分岐、混合を経た歴史を表すことはできない。系統樹上で姉妹関係と出た2つの集団が、1．純粋に共通集団から分岐した後に他集団と全く混合していないか、2．別ツールの集団の双方に共通の集団が混合したため見かけ上の姉妹関係のように表されているか　は全く判別できない。右の系統樹のように人類集団の混合を無視して単一祖先からの分岐のみで説明しようすることは実態を反映していない。単一祖先からの分岐のみを仮定する系統樹は生殖隔離が成立している種間の系統のみで適用可能であり、生殖隔離が成立していない種内の集団については個体レベルでは系統樹を描くことは原理的に不可能である。（単一の遺伝子指標のみでは可能である。）
今日の進化的知見に基づく、系統樹作成の問題の一つが、細胞内共生説である。つまり葉緑体やミトコンドリアが独立生物起源であり、独自のゲノムを持つことがわかったことである。これまでの進化論では生物進化は種分化の積み重ねと考えられてきた。したがって、その系統を図示すれば樹状になるのは当然と考えられてきた。しかし、共生によって二つあるいは三つの生物が一つにまとまるとすれば、この根拠は崩れる。ただし、当初はこの共生は、真核細胞形成段階の一回きりのものと見なされ、それ以外の部分での変更はなかった。むしろ、葉緑体やミトコンドリアの系統を明らかにすることで、新たな展開が開けた部分がある。しかし、その後、共生がさらに何度も独立に起こったらしいことが知られるようになった。しかも細胞内共生をおこなった真核細胞が細胞内に共生している例など、大変に入り組んだことが起こっているのがわかってきた。個々の部分ではとにかく、これによって原生生物全体の系統樹は非常に描きにくいものとなった。さらには、遺伝子の水平伝播も細菌などでは普遍的に起こっていることが明らかになり（他の生物にもそれらしい例がある）、これを厳密に考慮すれば、系統「樹」ではなく甚だ複雑なネットワークとなってしまう。ヘッケルの描いた系統樹は広葉樹の大木のようだった。太い幹は何度か枝分かれしつつも、上に向かって伸びていた。ジャン＝バティスト・ラマルクがもし系統樹を書いていれば、多分針葉樹のようなものを描いたであろう。ホイッタカーの系統樹は、根元で枝分かれした灌木の形であった。現在では、生物進化が本質的に枝分かれだけで表現できないことを踏まえ、車輪樹法という系統樹表現法も提唱されている。
表現形式は「有根系統樹」と「無根系統樹」に分けられる。有根系統樹（ゆうこんけいとうじゅ）は有向グラフ（向きが進化の方向を表す）で、特定のノードが葉の部分（最末端）に当るものすべての最近の共通祖先と考えられるものに相当する。無根系統樹（むこんけいとうじゅ）は有根系統樹から共通の根（全体の共通祖先）を除いて得られた、すなわち共通祖先を考慮せず現存種どうしの関係を重視する系統樹である。逆に、無根系統樹の対象とした生物に、それらとかけ離れていることが明らかな生物種（外群[アウトグループ]という）を加えて比較することで、有根系統樹が得られる。
上記のように伝統的な大まかな系統樹とは異なり、分岐分類学（分岐学）における系統樹は、分岐図、ないし、クラドグラムと呼ばれる厳密なものである。ある意味で、分岐分類学は系統樹を書くための学問とも言える。ただし、その系統樹は上記のように古典的なものとは大きく趣を異にする。
21世紀初頭である現在は、一般向けにわかりやすい系統樹を書くには、とても困難な状況にあると言える。系統分類学は、いくつもの分野で、新しい方法によって旧来の体系の問題を指摘し、しかし新しい知識は完全な代替案を提出できていない。分岐分類学は、これまでの手法では思いつかなかった分類群間の類似点を指摘することになる場合も多く、さらにそれを分子遺伝学的情報が裏打ちする場合もあれば、さらなる見直しを要求する場合もある。
神宮の神饌にとって鰒は特別な御物である。それは御贄調舎に神職一同が介し、神饌の代表として忌刀で三度切り、御塩で和える特別な儀式があることからもわかる。内宮に天照大御神が鎮座した後、倭姫命が御贄を探して志摩の国々を巡った際、現在の鳥羽市国崎町で湯貴潜女の海女が差し出した鰒に感動し、それを神宮へ献納するよう伝えた古事があるように、神宮鎮座以来2000年以上に渡って鎧崎で獲れた鰒が奉納されてきた。鎧崎には御料鰒調製所があり、毎年漁の盛んになる5月にはここで熨斗鰒が作られる。熨斗鰒とは、もみ洗いしてぬめりを取り除いた鰒を桂剥きにした後、竿に干し、白い布で覆った上からぬるま湯をかけて伸ばしながら作られる乾物である。中型の鰒では3メートル程度に桂剥きが可能で、湯をかけながら4時間から5時間かけて伸ばし終わった頃には3倍ちかくにまで伸びている。こうして伸ばされた鰒はさらに竹筒を用いて餅やうどんのように伸ばされ、見取鰒、玉貫鰒用に決められた寸法に切りそろえられる。大きい身取鰒では片側10枚、合わせて20枚の熨斗鰒が藁紐でくくられ、小さい身取鰒では片側3枚と2枚ずつ、合わせて5枚が一組となってくくられる。玉貫鰒は編んだ藁紐に片方に12枚、両方で24枚が縄梯子のように配置されて干される。国崎からは2010年で生、熨斗鰒あわせて約660キロが奉納され、その他に若布、鹿尾菜（ヒジキ）、荒布（アラメ）、栄螺（サザエ）なども奉納される。