明治維新直後より近代的な中央集権化に適応する新たな体制の整備が始まった。律令神祇官の家柄である白川家・吉田家をはじめとする近世までの制度が廃止され、政府内に神社行政機関が設置された。また、古代以来の神仏習合（神仏混淆）を解消する神仏分離が行われ、明治4年に封建的な土地支配制度を廃止する社寺領の上地が実施されたのち、全国の神社が「国家の宗祀」と定められ、神社に関するあらゆることが、国家の法制度によって規定されてきた。戦前はいわゆる「国家神道」も「神社」と称した。
神社の起源は、磐座（いわくら）や神の住む禁足地（俗に神体山）などでの祭事の際に臨時に建てた神籬（ひもろぎ）などの祭壇であり、本来は常設ではなかった。例としては沖縄の御嶽（ウタキ）のようなものだったと考えられる。創建が古い神社には現在も本殿がないものがあり、磐座や禁足地の山や島などの手前に拝殿があるのみの神社、社殿が全く無い神社がある。「神社には常に神がいる」とされたのは、社殿が建てられるようになってからだと言われる。古代中国にも土地神などを祀る「社」が存在したが、屋根が付いた社を建てるのは「喪国の社」（『礼記』郊特性）とされ、日本の社とは異なる。そのため、多くの神社に社殿が造営された背景について諸説が述べられた。社会の発展により自然から人格神へと信仰の対象が変わったためとする説、仏教寺院の影響を相互に受けたとする説、武器や貢納物を納めた神庫（ほくら）が先行して存在したとする説、7世紀後半以後に国家が一部の社にのみあった神庫を全国に建設したとする説などがある。古社はそれぞれの縁起により御神体の近くに社殿を構える事が多い。新しく神社を造営するときは、適当な場所に分霊や氏神を祀った。場所の選定の仕方は様々で、縁起から選ぶ、清浄な場所を選ぶ、参拝のしやすさで選ぶなどがある。社殿を海上・山頂、現代ではビルの屋上などに祀ることもある。
宮大工による木造の日本式建築が多い。現代では、建築技術の変化や法律上の問題（耐震強度や火事対策）により、鉄筋コンクリート造も増えている。前述のようにビルの中にある神社もあり、必ずしも日本風の建物ばかりではない。ただし、神体が鎮座する本殿の形は日本式建築である。神社は周囲に森があることも多く、夜間は警備もしにくく、放火などもみられる。そのため、一部では警備会社と契約して機械警備などを行う。防火や盗賊除けの神が鎮座する神社に警備会社のステッカーが貼ってあるのが見かけられることも多い。
鳥居の内の区域一帯を、「神霊が鎮まる神域」とみなす。神社の周りには鎮守の杜という森林があることが多い。御神木といわれる木には、注連縄を結ばれているものもある。神社の入口には、境内と俗界の境界を示す鳥居があり、社殿まで参道が通じる。参道のそばには「身を清める」手水舎、神社を管理する社務所などがある。大きな神社では神池や神橋もみられる。社殿は本殿（神殿）や拝殿からなる。人々が普段参拝するのは拝殿で、神体がある本殿は拝殿の奥にある。本殿と拝殿の間に参詣者が幣帛を供えるための幣殿が設置されることもある。神社の敷地（境内）には、その神社の祭神に関係のある神や本来その土地に祀られていた神を祀る摂社や、それ以外の神を祀る末社があり、両者をあわせて摂末社という。境内の外にある摂末社は境外社と呼ばれる。また、神仏習合が始まる奈良時代以降は神社の境内に神を供養する神宮寺（別当寺、宮寺）が建てられたり、神社内に寺院が建てられたりしたが、明治初期の神仏判然令（神仏分離令）により、神社と寺院は分離され、神社の境内の五重塔や仏堂などは撤去され、神職と僧侶も区別された。
ベーシストとしての実力は高く、また曲によってはベースでリードを採ったりと革新的なプレイは非常に有名。彼は、ベーシストとして全く珍しくない指弾きスタイルではあるが、BPM値の速い曲をいとも簡単にツーフィンガー奏法で弾く事が出来た。その特徴的かつ、ベースギターを自由自在に操るプレイスタイルから、"ベースのジミ・ヘンドリックス"と呼称された。以上のような事から、他のメンバーからも一目を置かれる存在で、初期のライブに於いて視覚的なパフォーマンスなどは、殆どクリフに任せていたと言われる。そのメンバーとの関係も大変良く、彼が参加したメタリカのスタジオ・アルバム(1st〜3rd)1作につき、必ずベースが主体となる曲が1曲は収録されていた。クリフと同じく後からバンドに加入したカーク・ハメットは「俺もクリフのように尊敬されたかった」と語っている。また、ファッションの面でも特徴的で、当時の流行とは正反対といってよいデニムジャケットやベルボトムジーンズを好んで着用しており、影響を受けたミュージシャンは多い。ミスフィッツなどのバンドTシャツを愛用していた事から、パンク・ロックからの影響も窺える。1986年、人気を不動のものにしつつあったメタリカは、ヨーロッパツアーでスウェーデンを訪れた。そのツアーでの移動中の9月27日早朝、就寝中のメタリカのメンバー、及びクルーを乗せたツアー用のバスが路面凍結でスリップし、横転。その際、クリフは窓から投げ出され、バスの下敷きとなり、即死した。クリフを失ったバンドメンバーは落ち込むが、彼の為にも活動を存続することを決意、新しいベーシスト探しを始める。だが、クリフのプレイは他人にはコピーできない程、特徴的かつアグレッシヴであったため、何人もの候補者をあたる必要があった。結果、元フロットサム・アンド・ジェットサムでベースをプレイしていたジェイソン・ニューステッドが加入する事となったが、ジェイソンの演奏スタイルはピック奏法のみであり、クリフとは正反対といって良いタイプである。1987年、メタリカは"Cliff'Em All"と名づけられたヴィデオをリリース。クリフのプライヴェート・フッテージやライヴでのベースソロなどが多数収録されている。2009年、メタリカがロックの殿堂入りを果たした際、クリフも含めた形での受賞となり、父親のレイ・バートンがスピーチを行った。