ジェファーソンは弁護士として鍛えられていたので、才分ある書き手だったが、話や弁護は下手で、法廷でも決して巧くはいかなかった。ジェファーソンは判事は専門分野のスペシャリストであるべきだが、政策を据えるべきではないと考えた。1803年の「マーベリー対マディソン事件」に関する最高裁判所判決が民主主義に対する侵犯であると非難したが、それを覆すための憲法修正を提案する連邦議会を十分に支持しなかった。違憲審査制の原理には反対を続け、次のように記した。憲法に関するあらゆる疑念を究極的に判断する者としての判事を考えることは、実に大変危険な原理であり、われわれをして寡頭政治の独裁下におくようなものである。我々の判事は他の者と同じくらい正直であり、それ以上ではない。彼らは他の者と同じくらい党派、権力およびその所属団体の特権について熱情がある。かれらの金言は「良い裁判官は広い司法権である」（boni judicis est ampliare jurisdictionem）であり、彼らの権力は、彼らが終生その職にあり、選出されることで統制される他の役人よりも責任が無いことでより危険なものになる。憲法は、どのように信頼できるものであっても、時の経過と党派によって、その成員が暴君にもなりうることが分かっていて、そのような単一の裁判所を作ったのではない。あらゆる府が互いの中で共に平等であり主権を持ち合うよう賢明に作られたものである。
ジェファーソンは1816年にジョージ・ローガンに宛てて次のように書いた。この点においてイギリスはその政府の不品行とその市民の高潔さの間の対照で、宇宙における最も注目すべき現象を示している。それ故に美徳と利益は不可分であるという金言の真実の例を証明している。それは予測されてきたようにその人民の破滅だが、この破滅は何世代にもわたって惨事の準備をしてきた世襲貴族制に落ちかかるべきものであって、最も重く落ちかかることになる。私はこの例から警告を受け取り、既にわれわれの政府に力を試そうと挑戦し、わが国の法に抵抗しようとする、我々の金を注ぎ込んだ法人の貴族制をその誕生のときから潰すことを期待している。
ジェファーソンの自由への傾倒は個人の自由の多くの分野にまで及んだ。著作『当たり前の書』（Commonplace book）の中で、銃統制に関するチェーザレ・ベッカリーアの言葉を引いた。「武器携行を禁じる法は...犯罪を犯す恐れの無いあるいは犯さないと決めた者をのみ武装解除するのである。...そのような法は襲撃される者には悪く、攻撃者には良く機能する。武装していない人は武装した人よりも大きな確率で攻撃されるかもしれないので、殺人を防ぐよりも奨励する方に機能する。」
特に1798年のケンタッキー州およびバージニア州決議でジェファーソンが州の権限を強く弁護したことは、連邦政府の権限拡大に対する敵意を始めさせた。しかし、ジェファーソンの外交政策の幾つかは政府の強化そのものだった。最も重要なことは1803年のルイジアナ買収であり、その広大な外国の領地とフランス人やインディアンの住人まですべて併合するために暗黙の権力を使った。1807年の通商禁止法を執行したことは、外交政策では失敗したが、連邦政府が戦争に繋がるかもしれない貿易を統制することで地方レベルまでもその大きな力で干渉できることを示した。
ジェファーソンは第二合衆国銀行の設立に激しく反対した。「私は貴方達と共に、この銀行を設立することは軍隊を維持することよりも危険だと心から思う。資金調達という名前で子孫が支払うことになる金を遣うという原則は、未来に大規模な詐欺行為を行うことである。」それでもマディソンと連邦議会は米英戦争で生じた財政的混乱状態を見て、ジェファーソンの忠告を無視し、1816年に第二合衆国銀行を設立した。ジェファーソンは同僚達に多くの手紙を書き、銀行に関する自分の見解を定義することが多かった。その中でも最もはっきりしているのが1816年5月28日付けジョン・タイラーに宛てた手紙であり、「...銀行制度は我々が同じくらいかつずっと非難してきたものである。私はそれが我々の組織全体に残された汚点と考え、それは保護されていなければ破壊に繋がるものであろうし、既に腐敗したギャンブラーに攻撃されており、我々市民の資産と道徳を吹き飛ばすことが進んでいる。」と書いていた。
同日、広島総督府で状況を確認した若井鍬吉が、岩国に急行し吉川と面会した。若井は諸隊鎮圧に兵力を用いれば、五卿移送も困難になる事が予想されるため諸隊追討部隊編成を取りやめるよう求めた。また武力の不使用は、長谷川より上席である総督府名代成瀬正肥も同意していると伝えた。吉川は、兵力の使用は長谷川の発案であり、尾張藩からの助言に矛盾があることを指摘した。吉川は、近日中に長谷川も岩国を通り広島へ帰還する為、若井に岩国に留まってもらい、どちらが正しいか確認して欲しいと言った。若井はすぐに京都へ行かねばならず滞在は困難と答えた。吉川は若井に対し、長州藩は謹慎中であるため武力を用いるのは良くないと言った。しかし、萩藩政府は追い詰められた高杉ら遊撃隊が狂騒して小倉の征長軍を攻撃した場合を心配している。萩藩政府の統制を離れているとはいえ、長州人の部隊が征長軍に攻撃を仕掛ければ長州内訌戦どころではなく、本当の長州征討が始まる事になる。現在の萩藩政府ではこれを最も恐れており、諸隊追討の意思は固いと伝えた。同日、伊佐よりニ卿の使いとして中岡慎太郎が萩へ赴き、藩主父子へ別れの挨拶をした。この際に中岡は、膨大な諸隊追討軍が準備されつつあるのを目撃している。追討軍の規模は一般的に2,000人と言われている。12月24日、長府に残留していた太田市之進と野村和作は、馬関の高杉晋作、伊藤俊輔の元を訪れ、総督府広島本営に赴き、哀願書を提出し、切腹して陳謝して藩主の赦免を求めたいと語った。高杉と伊藤は無駄死になるとして止め、太田らは助言を受け入れ、馬関在住の総督府使者へ哀願書を提出するのみにとどめた。