裁判ではマイケル側の主張が証明される証拠が多く挙げられた。検察側の証拠は状況証拠だけであり、信憑性が薄かった。法廷において母親には感情的な行動が多く見られ、その反抗的な態度も問題となった。「ジャクソン被告とその部下に誘拐された」との証言について問われた時「無理矢理閉じ込められたと感じたか」と言われたとき母親は「そうは思わなかった。けど、後で思った」と証言した。また、「強要されたと感じたか」と2回追及された際には、「どういうことですか?」としか言わない母親に対し弁護団は「強要がどういう意味だか分かりますか?」と言ったところ「分かりません!」と言うこともあった。マイク・ラダコビッチの証言により母親は「ジャクソンの監禁下にあった」と主張している間に、ジャクソンの会計で7000ドルを浪費していた事実が明るみとなり、さらに「JCペニー」からの示談金32308ドルが母親の口座に、25000ドルが少年、5000ドルが弟に振り込まれていたことが明らかとなる。オーストラリアの「Undercover」誌によると母親は年間8万ドルの福祉金詐取を行っていたとも報じられていた。また、2005年4月15日には、「誘拐され監禁されていた」と証言していたネバーランドからの「脱出日」であるとされる2003年2月11日に、140$（レシートが存在していた）で全身のワックスを塗っていた事が議論となる。これに対し母親は「全身のワックスを塗ったのではなく足のワックスを塗った」と反論した。だが、5月16日にキャロル・マッコイの目撃証言によりそれが全身のワックスであった事が確認された。
カリフォルニア州は懲役を単純に足していく「併科主義」のため、ジャクソンが有罪になった場合、最大で懲役80年以上の判決が出る可能性もあった。現地時間2005年1月31日初公判は行われた。検察側の主張では、「マイケルジャクソンの真実」が放映された後に、ジャクソン被告がパニックを起こして少年達を誘拐したとされた。自家用ジェット機により誘拐されたと主張したが、弁護側は有名人の知人達と会うため等に買ったものと述べた。70人を動員して行った家宅捜索ではポルノ雑誌等が発見されたのだが、違法なものは出てこなかった。検察は、ジャクソン被告が1年に1100万～1200万ドルを稼いでいる間に、1999年から2001年まで1年に3500万ドルを使っており、そしてその結果破産の瀬戸際に臨んでいると主張した。検察側は、その行為の具体的な様子や、少年ポルノ雑誌やウェブサイトを見せ、少年にアルコールを与え、自分のことを「ダディ」と呼ばせていたといった主張をした。1993年・2003年の性的虐待の裁判を担当したトム・スネドン検事について、マイケルは1995年発表の「HIStory」の「D.S.」でスネドン検事の事を批判している。スネドン検事は「絶対の自信」を持っていると主張していた。探偵事務所への不法な家宅捜査を行ったとして弁護側に質問された時には「イエスともノーとも答えられない」と発言した。裁判中にはオーストラリアに行っていた。本人は調査のためと語った。日本のマスメディアには、マイケルに続きスネドン検事も批判された。
2004年4月21日、ジャクソンは起訴される。証拠は、2004年5月28日のヒアリングで審理された。弁護団のメンバーは当初何度か変わったが、トーマス・メゼロウが2004年4月に引き受ける事が決まった後は彼が中心となり最後まで裁判を引っ張っていく事になる。トーマス・メゼロウは刑事事件専門の弁護士であり、「マイケルの裁判に人種カードは使用しない」と明言し裁判に挑んだ。一方、日本ではマスコミの報道によりまるで「マイケルがもはや有罪である」という憶測が広がっていた。「読売新聞」は、裁判中は「アメリカの性犯罪情報公開の記事」と題しマイケルの写真を載せたこともあった。また、「NHK」の視聴者参加型の2時間洋楽専門番組では、マイケルのNo.1ヒットには投票できないようにされていた。2004年7月28日に、裁判官メルビルは裁判の遅延を与えた。2004年12月3日、ネバーランドで再捜索された。その月に、ジャクソンのDNAは採取された。だが証拠は見つからず、検察側は捜査令状を発行し続け、令状の数は120を突破した。状況証拠の一つとして、「異性愛の」ポルノ雑誌に指紋がついているというものがあった。だが、マイケルの指紋がついているのが100の雑誌中12であったのに対し、少年の指紋がついているのはそのうち1つの雑誌であり、また、同一のページではなかった（54ページと93ページ）。そして、その証拠は家宅捜索から1年以上経って提出されたものであった。後に指紋を取り違えていたことも明らかとなった。
マリオンは、兄ハインリヒの結婚後、しばらくの間、プロイシッシュ・ホランド郡の所領を管理していたが、ハインリヒが徴兵されたときにフリードリヒシタインに戻っていた。次兄ディーターはレーンドルフ家のカーリーンと結婚したが、カーリーンの兄ハインリヒ（ハインリヒ・グラーフ・フォン・レーンホフ＝シュタインオルトは、レーンドルフ伯爵家の本拠シュタインオルト（現ポーランドのシュティノルト）所領を1936年に相続した同所領最後の所有者である。1944年7月20日にクラウス・フォン・シュタウフェンベルク大佐が敢行したヒトラー暗殺計画（7月20日事件、ヴァルキューレ作戦）の舞台の一つ、マウアーヴァルト陸軍総司令部（現ポーランドのマメルキ）はシュタインオルト所領内にあり、ハインリヒはこの暗殺計画に加担し、同年9月4日にプレッツェンゼー刑務所で絞首刑に処された。また、マリオンが個人的に協力を求めたドーナ家のハイリンリヒ（ハインリヒ・グラーフ・ツー・ドーナ＝シュロビッテン）もまた、プレッツェンゼー刑務所で処刑された。さらに、1926年から1933年までデーンホフ家の森林管理人を務めたクルト・フォン・プレッテンベルク男爵は暗殺計画の準備に関わったために翌45年にゲシュタポに逮捕され、自白して仲間を危険にさらす代わりに投身自殺した。マリオン・デーンホフは、フォン・プレッテンベルクが彼女の思考や判断に大きな影響を与えたと語っている。シュタウフェンベルクを中心とするこうした有力貴族の反ナチ運動において、マリオン・デーンホフは主に連絡係を担当し、重要文書の伝達のために東プロイセンとベルリンの間を行き来した。シュタウフェンベルクらの処刑後、仲間が次々と逮捕・処刑され、彼女もゲシュタポに逮捕された。前年から彼女の活動に疑いを持ったナチス党の叔父が、郵便局に彼女が発送する郵便物の宛先を書き留めておくよう頼んでいたからである。だが、彼女は、厳しい尋問を受けた後に釈放された。