スタジアムDJは日立市のケーブルテレビ「JWAY」の寺田忍が担当している。寺田はホームゲームの進行役はもちろんのこと、アウェイの試合にもサポーターの一員としてたびたび自主参加し、試合開始前にはアウェイ側サポーター席でトラメガ片手にホームゲーム同様の選手紹介を行なっている。またスタジアムの場内演出は茨城大学の学生によるボランティアで運営されており、寺田のDJ活動も2003年の同大在学時からの無報酬ボランティアである。
クラブの存続問題が一息ついたこの年、1980年代に日本代表の主将として活躍した前田秀樹を監督に迎え、守備重視からのカウンター戦術をベースにしたチーム強化に乗り出した。この年は同年シーズンにJ2へ降格していた広島からレンタル移籍で獲得したDFトゥーリオが活躍。センターバックとして水戸の守備を固めると共に、機を見てどんどん攻め上がり攻撃に厚みを加え、DFでありながらチーム内得点王となる10ゴールを記録した。トゥーリオは10月に日本への帰化が認められ、登録名を現在の田中マルクス闘莉王に変更した。これらの活躍もあって、水戸は4回戦制のJ2で開幕ダッシュに成功し、一時は首位、11節終了時の第1クールでも2位という好成績を挙げた。その後は徐々に順位を下げたが、最終順位でもチーム史上最高の7位にまで躍進した。10月からは過去の経営危機への反省から、運営資金を広く集め、地域社会での認知度を高めるために「水戸ホーリーホック支援持株会」が拠出金募集を開始した。
菅野体制2年目。小林新社長が経営安定化とチーム成績向上を迫られた一年となった。菅野体制2年目のチームではFW小野隆儀が14得点を挙げ、守備でもシーズン失点数はリーグ最下位ながら前年比20点減の73失点に抑えて、最終順位は前年より1つ上がり、10位となった。一方、J2リーグ戦1試合の平均観客数は前年の1559人から2739人に増え、2002年W杯のために来日していたコスタリカ代表との国際親善試合も実現した。これらの実績により、水戸はJリーグから加盟継続が正式に承認された。しかし、増えたとは言っても水戸の観客動員数はJ2最低で、平均の約4割にとどまっていたため、更なる努力が求められた。
シーズン前に新潟から木澤正徳、川崎から池田伸康などベテラン勢を獲得するも、シーズン前半は1勝しか挙げられなかった。その後、補強した韓国人選手の活躍や、メインスタジアムの笠松運動公園陸上競技場のグランドオープン効果などがあり、最終的には最下位を脱出し、11位で終了した。監督は川崎で指揮を執っていた小林寛を招いたが、7月にはゼネラルマネージャーへ転身し、コーチの菅野将晃が監督に昇格して後を継いだ。シーズン後、経営難からチーム存続問題が浮上し、FC水戸代表としてのプリマハムFC誘致からクラブ経営を続けた石山徹が社長を辞任し、小林が石山の所有株と社長職を引き継いで、チームのJリーグ加盟が暫定承認されることになった。なお、この年のチーム得点王（10得点）は東海大から加入して2年目の須藤大輔で、翌年に湘南へと移籍したが、その際の移籍金は苦しい水戸の財政を少なからず助けたとも言われている。
チーム初の外国人監督としてセルビア人のバビチ・ブランコを招いた。J2昇格後の初公式戦を3月11日の浦和戦（浦和駒場）で迎え、0-2で敗れた。資金・戦力の欠乏を理由に専門誌などでは先行きを危ぶまれたが、第2節の大分戦でJ初勝利をあげると、全試合出場を果たしたGK本間幸司を中心とした粘り強い守備や（失点数はリーグ7位タイ）、シーズン途中加入で36歳の高齢ながら元ブラジル代表の技を披露したFWジョン・パウロなどの活躍により、昇格初年度の最終順位は9位、しかも6位の鳥栖までは勝ち点5差という善戦を見せた。
2012年4月、音事協が歌謡曲の顧客層が年々高齢化してる事を鑑みて新たな打開策として、1957年のフランク永井の大ヒット曲である「有楽町で逢いましょう」を捩り、「ここから第2の「有楽町で～」となるような、全国区になるヒット曲を生み出したい」との意図を持って企画製作を行い、番組を制作した。放送形態については、番組開始当初はニッポン放送と歌謡ポップスチャンネルとのサイマル放送となっていた。司会及びラジオのパーソナリティとして、歌謡曲に対して造詣の深い中山秀征を起用した中山の冠番組である。収録は有楽町のニッポン放送本社に所在するイマジンスタジオを会場にて隔週金曜に2本録りで、4人の歌手をゲストに迎えて歌を披露してもらう公開番組の形式を採用しており、ゲスト歌手のジャンルは演歌やムード歌謡が非常に多く、偶に若年層向けのゲストを招く場合もある。尚、ニッポン放送の番組において、定時でイマジンスタジオを収録で使う初めての番組となっている。但し、2013年9月に「「音事協の森」植林・植樹プロジェクト」として、『中山秀征の有楽町で逢いまSHOW スペシャル〜音楽は地球を救う in 北杜市2013〜』と銘を打ち、山梨県北杜市の八ヶ岳やまびこホール（高根ふれあい交流ホール）にて公開収録を行った。 また、歌謡ポップスチャンネル放送版では出演歌手へのインタビューシーンも含まれていた。しかし、テレビ放送は2017年3月31日放送分にて、歌謡ポップスチャンネルのサイマル放送は終了。その後、2019年2月からケーブルテレビMSOのJ:COMのコミュニティチャンネル枠の全国共通チャンネルであるJテレで新たに放送する事が決定。J:COMでの放送開始に伴い、平日に新たに『プラス』として、15分版のダイジェスト番組を編成している。番組観覧は音事協、ニッポン放送、J:COMの3つのWebサイトからメール及びハガキにて募っている。ラジオ版の放送時間は2014年迄は平日の夜に放送されていたが、2015年4月放送分から、日曜の早朝番組である『ひろたみゆ紀のサンデー早起き有楽町』のフロート番組となっている。