上記のように生物の種1つにつき、学名は1つが原則であるが、菌類については歴史的経緯により大規模な混乱が生じている。菌類の分類には有性胞子形成の段階の形態が非常に重要であるのに対し、子嚢菌類および担子菌類には無性生殖段階（アナモルフ）で長く独立に生活するものがあり、このような菌（不完全菌、アナモルフ菌）はそれ以外の菌と整合的に分類することが困難であった。そこで不完全菌として発見された菌は、まず不完全菌門に属する独立の菌として分類命名され、後に完全世代（テレオモルフ）が発見されれば完全世代としての分類命名が行われた。この場合、後者がこの菌の学名となるが、不完全世代に限っては前者の学名も使用が認められていた（国際植物命名規約第59条）。つまり1つの種につき、完全世代と不完全世代で2つの学名が存在していた。しかし、DNA配列情報が分類に利用可能となったことで、完全世代を見出さなくとも生物の系統的位置を知ることができるようになった。このために1992年のHolomorph Conferenceの場でこれを独立の分類群としては扱わないことが決められた。学名そのものの扱いについても後にテレオモルフが発見されても新たに学名を与えなくてよいことになった。そして現在有効な国際藻類・菌類・植物命名規約では、2013年以降1つの学名に統一することとなった。現在様々な分類群について、通常の優先権に従って学名を統一するか否かの検討作業が進められているところであるが、その結果が周知浸透するまでは長い時間がかかると考えられる。
学名が指し示す対象は、厳密にはその「種」ではなく、記載者が記載論文で指定した「模式標本（タイプ標本とも）」そのもののみである。たとえば、記載者がある、ごく身近で一般的な種「A」に「a」という学名を命名するために指定したつもりの模式標本が、後に、非常に近縁で紛らわしく、たいへん珍しい別の種「B」であると判明した場合には、これまで広く使用されよく知られていた学名「a」は、種「B」に使用され、なじみのある種「A」には、別の有効名を探すか、新たな種として記載する必要がある。この、模式標本と学名との完全な対応関係は、日本の和名には見られない独自のシステムである。
同一の種に別々の人物が異なる学名を命名して記載論文を発表した場合、原則として先に発表された学名が有効となる。逆に、別々の種に同じ学名が命名されてしまった場合にも、原則として先に発表された学名が有効となる。これを先取権の原則という。同一の種が異なる名を持つことはシノニム（異名・同物異名）、別の種が同じ名を持つことはホモニム（同名・異物同名）と呼ばれる。ただし、先に発表されていた学名が、長い年月のあいだ誰にも気づかれることなく使用されず、その後に発表された学名のほうが広く知れわたっていて長く使用されていたと判明することもありうる。このような場合、学名の変更はその生物にかかわりのある分野へ大きな混乱を及ぼすおそれがある。これを避けるための措置が命名規約に明記されている。動物の場合、一定の手続きに従って審査を受け、それが受理されれば、先に発表された学名を遺失名として扱い、後から発表された学名をこれまでどおりに使用することができる。遺失名の決定は、動物命名法国際審議会の強権発動によってのみ行われる。植物の場合、その可能性がある学名をあらかじめリストアップして対処している。本来、ホモニム（同名）は先取権の原則や規約の規定により必ず回避されなければならないが、動物命名規約と植物命名規約は互いに独立しているため、界を越えたホモニムは今のところ規制する事が出来ない。実際に、属レベルでは植物と動物に同名属の存在が数例知られている。
スペインの参戦は、フランスの場合と同様に、1777年10月17日にジョン・バーゴイン将軍のイギリス軍大部隊が、大陸軍とニューイングランド民兵隊の混成軍に降伏したサラトガの戦いの事実上直接の結果だった。この戦闘は2つの大きな結果を生んだ。1つはサラトガで7,000名のイギリス軍が一挙に戦局から消し去られるという軍隊の損失だった。イギリスは既に植民地にいる軍隊が足りなくなっており、この惨劇により地球上に配置する兵力の層がさらに薄くなってしまった。2つ目はサラトガの結果によって反乱側植民地人が以前は持っていなかった自信を新たにしたことだった。フランスは以前から戦争に干渉する考えを弄んでいたが、この時点まで新生間もないアメリカ合衆国を適切な同盟相手とは見ていなかった。サラトガによってこの事態が一遍に変わり、1778年2月6日にアメリカ政府と同盟条約を締結することで正式に戦争に参入した。フランスの戦略は大望のあるものであり、最終的な目標としてイギリス本国への大規模侵略まで描いていた。フランスはアメリカ合衆国に援助の手を差し伸べる一方でイギリスのあちこちに散らばる植民地の占領も目指した。フランスは2年の内にイギリスを圧倒的に打ち負かし、七年戦争で大量に失った領土を取り返せるものと考えていた。フランスの戦略立案家達にとってこれを達成するためには、特にイギリスが圧倒していた海軍の分野でフランスとスペインの戦力を合わせる必要があることが直ぐに明らかになった。フランスは古くからの相互の敵国に対する同盟にスペインが加わるよう圧力を掛け始めた。スペインは初めのうち躊躇った。1777年、新しい宰相のフロリダブランカ伯爵ホセ・モニーノ・レドンドが権力を掌握し、イギリスの自由な伝統の多くを取り込む改革計画を持っていた。フランスは1713年にブルボン家がスペインの王室を支配するようになって以来保たれていた盟約であるブルボン家族同盟の原則を再開することを当てにした。この同盟はオーストリア継承戦争や七年戦争で用いられたものと似ており、国益に付いての感覚と同じくらい血筋の真の絆を重視するものだった。1779年6月までにイギリス側は特に退潮になっているように見えた。スペインは遂にフランスの圧力に屈して参戦し、アランヘス条約を結んだ。ただし、新しいアメリカ合衆国の連合を全体的に認めていなかったので、実質的にその同盟国になることはなかった。