11月24日、国務省はさらに修正した暫定協定案と基礎協定案を作成した。11月24日暫定協定案では、特に通商問題に関して細かく言及され、また協定の有効期限は平和解決の目途がつけば延長を協議できる、と付け加えられた。ハルは再び英・豪・蘭・中の大・公使と協議したが、胡適中国大使は北部仏印への日本軍駐留に反対した。ハルは「2万5千の兵力は脅威ではない」と反論し、「この臨時的合意が必要なのは、わが陸海軍にとって時間が重要な問題であること、また一層の準備が必要なため」と説明した。胡適は5千に引き下げるべきだと強く主張したが、ハルは倍の5万でも脅威ではないと冷淡であった。この会談の段階では、オランダ政府以外は22日暫定協定案に対する訓令を与えておらず、ハルを立腹させた。ハルは、この問題でより利害があるのはアメリカではなく関係諸国であり、各国政府が現在の状況がいかなるものか熟知していないと不満を述べ、「これら予想されなかった発展、関心の欠如及び協力せんとする意向の欠如には、決定的に失望した」と会談の模様を記した。この日、ハルはチャーチル英首相宛に乙案と暫定協定案を知らせる電報を送った。電報には、暫定協定案を日本に対する公正な提案としつつも、日本が受諾する可能性はあまりないとするルーズベルト大統領の追記が添えられていた。
しかし、国務省極東部で検討・修正が重ねられた結果、日本軍の（少数師団の）満州駐兵を認める項目、太平洋の米海軍力の削減、「1924年排日移民法」の廃止を議会に請願する、日本への20億ドルの借款などの融和的な項目は削除された。モーゲンソー案から基礎協定案（ハル・ノート）に受け継がれたのは、中国及び仏印からの全面撤退などの非妥協的な項目であった。また、三国同盟については、11月22日基礎協定案で「日独伊三国条約の各条項は、日本により太平洋地域における平和維持に関する紛争に対して適用なきものと解釈すべきことに同意する」との項目が付け加えられた。最終案においては抽象的な表現になったものの、「三国同盟からの事実上の離脱を明文化」したものであった。なお、11月22日の基礎協定案では、日本軍の全面撤兵の項目には「中国（満州を除く）」との明記があり、モーゲンソー案第3項は「日中両政府に対して、満州の将来の地位に関し平和的交渉に入るべく示唆すること」との表現となって取り入れられていた。しかし、最終案では満州問題の平和的交渉を示唆する項目は削除され、さらに「（満州を除く）」という文言も削除された。
アメリカ側でも日本の甲案に相当する基礎協定案、乙案に相当する暫定協定案が検討された。基礎協定案はモーゲンソー財務長官による私案が叩き台になっており、暫定協定案はフィリピン防衛の遅れをカバーするための時間稼ぎを求める軍部の要請に応えるものであった。基礎協定案は、暫定協定案につけ加える恒久的な協定という位置付けとなっている。国務省で基礎協定案と暫定協定案が作成されたのは11月22日であるが、最終的には暫定協定案が放棄され、基礎協定案のみがハル・ノートとして日本に提示されることになる。なお、アメリカの対日回答は、あくまで暫定協定案と基礎協定案の二部構成であり、暫定協定案のみを渡すという議論はなかった。
一方、15日に着任した来栖大使は、17日、野村大使とともにルーズベルト大統領と会談した（ハルも同席）。交渉の早期妥結を訴える来栖に対し、ルーズベルトは「友人の間に最後という言葉はない」(There is no last word between friends.)という言葉を引き合いに出して一般的諒解案を作る意向を示し、日中の和平問題についても「米国としては介入(intervene）も調停(mediate)もしない。外交用語にあるかは知らないが紹介(introduce)ということにしたい。双方を引き合わせるだけで話の内容に立ち入る必要はない」旨を述べた。三国同盟の参戦義務については、来栖は「日本独自の立場で決めるということは、決してドイツの言いなりになって米国の背後をおびやかすということではない。日米間の了解が成立すれば三国同盟は自然に光を奪われる(out shine)ようになる」として理解を求めた。この会談で来栖は交渉の前途に希望を持ったというが、ハルの記録によれば、大統領は両大使の訴えを軽く受け流し、会談の成果はなかったと記されている。
男将軍として就任した家斉だが、政治に口を出すことは許されず、実権は母・治済が握っていた。治済は家斉に子作りを強制させ、その一方で、生まれた子らを退屈しのぎに暗殺していく。そんな中、家斉は治済に隠れて黒木らに接触し、極秘裏に赤面疱瘡研究を再開させる。やがて黒木らは熊の弱毒赤面疱瘡を種とする熊痘法に辿り着き、副作用のない赤面疱瘡予防に成功。だがその評判が江戸城まで届いたことにより、家斉が隠れて赤面疱瘡研究に手を貸していたことが治済に露見してしまう。治済は家斉を毒殺しようとするが、その瞬間、毒に倒れたのは治済の方だった。実は家斉の正室・茂姫と側室・お志賀が、それぞれの子を毒殺したのが治済であることに気付き、長年にわたって家斉すら欺きながら治済暗殺の計画を進めていたのだ。治済の毒見役として自らも長年毒を摂り続けていたお志賀はその場で死亡、治済は一命をとりとめたものの話すことも身動きすることもできない身となった。その後、家斉は本来の将軍としての力を発揮し、半ば強権的に赤面疱瘡予防接種を普及させていった。結果として男子の人口は急速に回復し、化政文化は頂点に達する。家斉は将軍職を息子・家慶に譲りつつも引き続き大御所として政治の実権を握り続け、数年後、治済毒殺未遂事件以来疎遠だった茂姫と和解し、この世を去った。