スタートボタンを押すと「スターメニュー」というメニュー画面が開く。そこではマリオ＆ルイージやクッパの健康状態、持ち物を確認できるほか、キノコやシロップ、チキンなどを使って体力の回復や、装備品の変更などが可能。また、覚えている「スペシャルアタック」の詳細やお手本を見たり、実際に練習をすることもできる。
このゲームは基本的にDSは横持ちで操作するが、あるイベントでクッパが蘇生された反動で巨大化し、そのクッパが巨大な敵と戦う場面では、DSを縦に持ち替え、タッチペンとマイクで操作をする。このバトルでは基本的にパンチや火炎放射で攻撃を行ったり、巨大な敵から出てくる敵をタッチペンで角度を指定して炎を吐き攻撃の迎撃などをする。ほかにも、戦闘毎に異なった操作が用意されている。
マリオ&ルイージがクッパの体内にいる場合は、DSの下画面にマリオとルイージ、上画面にクッパが映し出され、操作するキャラクターを切り替えることができる。Aボタンがマリオ、Bボタンがルイージ、XとYボタンがクッパの操作となり、状況に応じてマリオたちとクッパの操作を切り替えながらゲームを進めていく。マリオとルイージの操作方法はこれまでのシリーズとほぼ同様にAボタンとBボタンを使い分け、クッパは強力なパンチと炎で障害物を破壊して道を作りながら進む。クッパの体内はいくつかのスペースで区画分けされており、体内マップで行きたい場所にマリオ&ルイージのカーソルを合わせて、A(B)ボタンを押すとそのスペースを探索できる。イベントが起こりクッパの体に変化が起こると、クッパの体内マップに反応が表示される。区画には「ガラクタスペース」などのいわゆるダンジョンのほか、「チャレンジホール」や、ショップなどがある「キノピオひろば」がある。クッパの体内は2Dの横移動（往年のマリオシリーズと同じ）である。中盤になるとクッパの体内から出ることができるようになり、クッパの体内と外の世界を行き来しながらゲームが進行していく。また、マリオとルイージがクッパの体内で行ったことがクッパの行動に影響を与えることがある（例として、腰の神経を叩くことで気絶しているクッパを起こしたり、筋肉を刺激することでクッパの筋力を上げて激しい力仕事を可能にしたり、クッパが食べた食べ物をタッチペンで突いて消化を助けるなど）。反対に、クッパの行動がマリオとルイージがいる体内に影響を与えることもある（クッパが水を飲むとある区画が水没したり、マリオとルイージがクッパが吸い込んだ敵と戦うことになるなど）。
ある日、突然体が丸く膨れコロコロと転がり続ける奇病「メタコロ病」がキノコ王国のキノピオ達に流行。この事態を救うべく、ピーチはスターの精やマリオとルイージも招集しての会議を開く。その会議の最中、自分が呼ばれなかったことに腹を立ててピーチを攫いに来たクッパが乱入するも、マリオに返り討ちにされる。返り討ちに遭ったクッパは、森の中にいた怪しい商人から奇妙な色をした「ラッキーキノコ」なるものを渡される。あまりの怪しさに初めは敬遠していたが、それを食べれば劇的にパワーアップできるという言葉を聞き、マリオに勝利したいという思いからクッパはそれを口にしてしまう。会議の結果、「キノコ王国民では無い男から『メタコロキノコ』というキノコを貰い、それを食べた」ことしか患者の共通点が無く、スターの精の代表・イエロースターにも対処法が分からないため、マリオとルイージがその人物を懲らしめ、解決方法を探るための旅に出ることになった。しかし突然、様子がおかしいクッパが現れ、その場にいた人々を掃除機のように1人残らず吸い込んでしまった。クッパは皆を吸い込んだ後気絶し、ゲラコビッツの命令を受けたメタボスによってどこかへ連れて行かれてしまう。かくして、マリオとルイージはクッパの体内で行方知れずになったピーチ姫たちと合流して何とか脱出するために、クッパはゲラコビッツに奪われたクッパ城を奪還し、あわよくばピーチ姫とキノコ王国を奪うための冒険に出る。
球場周辺には観客用の専用駐車場はないため、違法駐車の防止も含めて、電鉄・球団側はシーズン中、CMや球場内・駅構内・車内アナウンス、駅ポスターなどで「来場には電車・バスをご利用ください」と頻繁に告知している。そのため、阪神西宮駅などの少々離れた駅近くの駐車場に車を停めて、電車や路線バスで来場すること（パークアンドライド）を勧めている。なお、ロイヤルスイート席の利用客に限り、球場敷地内に用意された駐車場を1室につき1台分のみ利用することができる。球場より南方に1kmほど下った浜甲子園駅跡地にごく少数だけ駐車場が用意されているが、一般客の利用はできず、あくまで高校野球大会などの際に遠方からの来客と観戦ツアーバスのために用意されているものである。球場まで距離があるため、夏の高校野球選手権大会開催時にはシャトルタクシーが用意される。高校野球出場校の中には、自校の応援貸切バスを球場近くのマンションといった一般住宅の駐車場を開催期間借用する形で使用したり、球場至近のCorowa甲子園（旧プランタン甲子園→ダイエー甲子園店→イオン甲子園店）の駐車場や野球開催時にのみ営業される私営駐車場を観客が利用するといったことも多々見られる。甲子園阪神パークの跡地にあるららぽーと甲子園の駐車場は、当球場での試合開催日は観戦客の駐車を排除するため、3時間を超える駐車には本来の駐車料金に加え、特別駐車料金6,000円が加算される（買い物客およびキッザニア甲子園利用客には一定の条件で特別駐車料金は免除される）。また、球場周辺のコインパーキングも同様に、試合開催日当日に限り割増料金を設定している。甲子園阪神パークが閉園した2003年までは、阪神パークの南側にあった大駐車場を球場の客向けに使用していた。また、2002年までは甲子園競輪場の駐車場を借用することで、両駐車場合わせて2000台以上の駐車スペースを確保していた。近年では、ベンチャー企業のakippaが、球場周辺で空きガレージを保有する民家と提携し、会員向けにその空きガレージを一時的に駐車場として提供するサービスを行っている。