ドルはフランスの歴史と芸術のまちに登録されている。1993年、市は113ヘクタールの保護地区を指定した。ドルの文化遺産は、旧市街にある典型的な狭い路地（15世紀から18世紀の住宅が並ぶ）、教会周辺が特徴である。
フランス宰相リシュリューは、スペイン・ハプスブルク家が支配するフランシュ＝コンテへの野望を再び露にした。三十年戦争で神聖ローマ帝国は弱体化し、スペイン経済は衰退し始めた。1636年5月27日、コンデ公アンリ2世の軍がドルに到達した。非常に困難な包囲戦が始まった。城壁が頑丈であったため攻城は80日間続き、ペスト流行が猛威を振るった。ドル市民の情熱がフランス軍を退け、彼らは8月15日に野営をやめた。包囲前に4500人であった住民は、662人に減っていた。ドル住民は市を再建した。都市の生活が続く一方で、安定した家が与えられた。しかし1668年、ルイ14世はフランシュ＝コンテ征服を再開するため、再びカルロス2世の弱さにつけこんだ。2月10日、王はドルに2万人の軍を送り込んだ。ドル側の兵は千人たらずだった。包囲戦は3日間続いた。騎乗のルイ14世はアラン門を通ってドルに入城した。ルイ14世はフランドルをも得ようとヨーロッパと同盟を準備し、低地諸州を監督することにした。王はフランドル伯領を選び、6年後には再びドルを包囲した。1674年6月6日、王はヴォーバンらを引き連れ包囲戦の場にやってきた。7月9日に門が開けられた。最初、ドル住民はフランス征服によってちっぽけな町のランクに落とされたという屈辱を覚え、フランスに併合されたと感じた。議会が廃止され、高等法院が1676年にブザンソンへ移された。ドルの大学は1691年にブザンソンに再統合され、ドルの造幣所は閉じられた。ハプスブルク家時代に築かれた要塞はヴォーバン指揮のもとで破壊された。ドルの有力家族はブザンソンへ移住した。
1493年のサンリス条約によって、フランスはブルゴーニュ伯爵領を神聖ローマ皇帝マクシミリアン1世（突進公の娘マリー女公の夫）へ返還した。ドルの町はゴシック様式で再建された。ノートルダム教会はこの時代のものである。マリーの嫡男フィリップ美公が死ぬと、フィリップの妹マルグリットが公国を治めた。彼女はフランスと交渉を行って「貴婦人によるカンブレーの和約」で中立を保った。マルグリットの死後に公領を継いだのは甥で神聖ローマ皇帝兼スペイン王のカール5世で、彼はドルをフランス王に立ち向かう能力を持つ軍事拠点として強化することにした。ジェノヴァ人のプレシピアーノが、後のヴォーバンの様式が垣間見える円形要塞建設を行った。フェリペ2世が父の事業を完了させ、町を取り囲む堀にドゥー川の水を引き入れた。フェリペ2世の死後、南ネーデルラント総督およびフランドル伯、フランシュ＝コンテの監督者となったのは王女イサベル・クララ・エウヘニアであった。彼女の治世は繁栄の時代で、多くの学生をひきつける大きな名声を得ていた。卸売市場は香辛料で満ち溢れ、シトー会の神学校、イエズス会の神学校といった教育機関が増加した。市立病院の建設はジャン・ボワヴァンの設計案で行われた。1633年に総督イサベルが死去した後も、ドールの繁栄は続き、商業が発展し、農業が盛んで市場は品揃えが豊富であったが、危険は門の外にあった。
良源は延喜12年（912年）、近江国浅井郡虎姫（現在の滋賀県長浜市）に、地元の豪族・木津（こづ）氏の子として生まれた。幼名は観音丸（日吉丸とも）といった。12歳の時（15歳ともいう）、比叡山に上り、仏門に入った。良源は、最澄（伝教大師）の直系の弟子ではなく、身分も高くはなかったが、南都（奈良）の旧仏教寺院の高僧と法論を行って論破したり、村上天皇の皇后の安産祈願を行うなどして徐々に頭角を現し、康保3年（966年）には天台宗最高の地位である天台座主に上り詰めた。延暦寺は、承平5年（935年）の大規模火災で根本中堂を初めとする多くの堂塔を失い、荒廃していた。良源が天台座主に就任した康保3年（966年）にも火災があったが、良源は村上天皇の外戚（皇后の実父）である藤原師輔の後援を得て、焼失した堂塔を再建した。また、最澄の創建当初は小規模な堂だった根本中堂を壮大な堂として再建し、比叡山の伽藍の基礎を造った。天禄元年（970年）には寺内の規律を定めた「二十六ヶ条起請」を公布し、僧兵の乱暴を抑えることにも意を配った。ただし、応永16年（1409年）の『山家要記浅略』では、反対に僧兵の創始者とされている。良源は、比叡山の伽藍の復興、天台教学の興隆、山内の規律の維持など、様々な功績から、延暦寺中興の祖として尊ばれている。弟子も多く、中でも『往生要集』の著者・源信（恵心僧都）は著名である。朝廷から贈られた正式の諡号（おくりな）は「慈恵」（大師号はない）であるが、命日が正月の3日であることから、「元三大師」の通称で親しまれている。比叡山横川（よかわ）にあった良源の住房・定心房跡には四季講堂（春夏秋冬に法華経の講義を行ったことからこの名がある）が建ち、良源像を祀ることから「元三大師堂」とも呼ばれている。また、全国あちこちの社寺に見られる「おみくじ」の創始者は良源だと言われている。