ホメイニーの著書『イスラム統治体制』（法学者の統治論）はイスラムに基づく国家と社会のあり方について述べているが、本書の理念はイラン・イスラム共和国憲法の基本原理として盛り込まれた 。法学者の統治論は十二イマーム派の政治理論であり、ホメイニー以前から存在していたもので、ホメイニーはこれを発展させ、『イスラム統治体制』でイスラム法学者はイスラム政治体制を樹立し、国家権力を持った社会統治を行う（連帯）義務を持っているとした。また、『イスラム統治体制』ではイスラムの政治体制の目的はイスラムの法を行うことであり、統治者に必要な条件はイスラム法学についての知識と指導者としての公正さであるとし、一般信徒は無謬のイマームに対するのと同じように従う義務があるとされている。そして、イスラーム法に厳正にのっとった統治を行うことで社会に「イスラーム」的秩序を貫徹させ、汚職のない公平な税収運用、支配者による収奪の徹底した排除、被抑圧者の解放と救済などを達成するよう説いており、彼の主張する「イスラーム的統治」によって、君主や貴族の汚職・浪費・収奪などが批判されたパフラヴィー朝とは全く異なるイスラーム的公益社会を実現しようとした。ホメイニーは君主制・世襲権力をイスラームの理念に反しているとして否定している。直接にはパフラヴィー朝を指しているが、ホメイニーはそれまで合議制だったカリフ位をウマイヤ家が世襲制にしたことにシーア派が対抗した事例を挙げることで、シーア派の歴史の中に反君主制・世襲権力という動きを見出そうとしている。ただし、当時シーア派がウマイヤ家のカリフ位世襲に反対したのは、預言者の血縁のアリー家によるカリフ位の世襲を目指したためである。
1989年6月3日死去。86歳だった。最期の言葉は「灯りを消してくれ、私はもう眠い」だった。イラン最高指導者の職はアリー・ハーメネイーが継承した。葬儀の際には、棺を移送中に取り扱いの不手際で棺の蓋が開いて遺体が落下、これを見た一部の参会者がショックで卒倒する一方で、多くの参会者はその衣服や体の一部を「聖遺物」として持ち帰ろうとその遺体に殺到、これが暴徒化して大騒動になった。現在はテヘラン南部のホメイニー廟に祀られている。
新政権は、その発足直後からイランアメリカ大使館人質事件やイラン・イラク戦争などの外交危機や戦争、バニーサドル大統領と議会多数党のイスラム共和党の対立など、さまざまな危機的状況にもまれたが、革命イランの最高指導者としてホメイニーは、諸政策に強い影響力をもった。ホメイニーは政治・司法・文化をイスラムに基づいて構築し直すことを目指したが、当初はある程度は現実にあわせたイスラムを考えて改革的な政策も施行していた。ホメイニーは、革命中はかつてのシーア派イマームたちの殉教を「被抑圧者（モスタズアフィーン）」の抵抗の象徴とし、皇帝の独裁に対抗するシーア派社会主義の理念を取り入れ、この革命を「イスラームに基づく被抑圧者解放」と主張した。この主張によってホメイニーは、元来社会主義の支持者だった貧困層や世俗的中産階級からも支持を取り付け、革命を達成した。しかし革命達成後は一転して、世俗主義者や社会主義者を「イスラームの敵（カーフィル）」として弾圧するなど、事実上の宗教独裁体制を敷いた。さらに1988年に発表された、イギリスの作家サルマン・ラシュディがムハンマドの生涯を題材に書いた小説『悪魔の詩』を「冒涜的」だとして、1989年2月14日に著者のラシュディ、及び発行に関わった者などに対して死刑を宣言するなど、強権的な姿勢をさらに強め、イスラム教国を含む世界各国から強い反発を招いた。（日本語訳者が殺害されたが未解決）。
1979年1月16日、ホメイニーが亡命先のフランスから糸を引いた反体制運動の高まりに耐えかね、皇帝とその家族がエジプトに亡命。これを受けて、ホメイニーは2月1日に亡命先のフランスから15年ぶりの帰国を果たし、ただちにイスラム革命評議会を組織した。2月11日、評議会はパーレヴィー皇帝時代の政府から強制的に権力を奪取し唯一の公式政府となると、「イスラム共和国」への移行の是非を問う国民投票を行い、98%の賛意を得た。4月1日、ホメイニーは「イラン・イスラム共和国」の樹立を宣言し、「法学者の統治論」に基づいて、終身任期の最高指導者（国家元首）となり、任期4年の大統領（行政府の長）をも指導しうる、文字通り同国の最高指導者となった。この一連の動きをイラン革命と呼ぶ。
2011年5月、「川崎天然ガス発電所」を視察し、比較的狭い敷地で建設できることや同発電所が採用する、ガスタービンと蒸気タービンを組み合わせて発電効率を高めた「コンバインドサイクル方式」を高く評価した。2011年8月、「東京天然ガス発電所プロジェクトチーム (PT)」を発足。「東京モデル」を打ち出すべく、建設候補地や事業スキーム、国への規制緩和提案について検討している。同PTには環境局、交通局、下水道局など都庁の縦割りを超えて9局が横断的に加わった。原発1基分に相当する100万キロワット規模の発電所建設を目指して、9月には5箇所の適地を発表、電力市場の改革。さらに2012年5月には、葛西水再生センター用地（江戸川区）、砂町水再生センター用地（江東区）、中央防波堤外側埋立地（帰属区未定）の3カ所に絞り込み、電力の卸供給事業者 (IPP) としての東電への長期契約による売電と新電力・特定規模電気事業者 (PPS) としての事業の組み合わせれば、採算性があると確認した報告書を公表している。東京都は3カ所についてアセスメントの手続きを2012年6月に開始した。福島第一原発以降の電力不足を補うとともに需要家が東京電力以外の選択肢を選べるような弾力的な市場に改革していくため、2012年5月16日、経済産業省に枝野幸男大臣と面会した。東京電力の老朽火力のリプレースを進める際に新規参入を促すように規制を緩和したり新電力への資金面での支援策をもうけ、「（現在は3.5%に過ぎない）新電力のシェアを30%にまで伸ばすような政策展開をすべきだ」と提案した。さらに7月18日には古川元久国家戦略大臣と面会して要望書を提出、老朽化した火力発電所の更新期間を短縮するために環境アセスメントの手続きの簡素化を求めた。