「しんかい6500」との間の音波通信機や画像受信機を備え、その調査潜航を管理する司令室としての役割を担う。深海用マルチナロービーム測深機、精密音響測位システムのほか、最大運用水深4,500mの深海調査曳航システム「ディープ・トウ」を搭載するが、これはしんかい6500の潜航事前調査にも用いられる。なお1995年より、「しんかい6500」の事前調査および救難用としてROV「かいこう」も搭載・運用するようになった。ただしその後「しんかい6500」の救難体制の変更に伴って本船に搭載する意義は薄くなったことから、「かいこう」の調査能力を十全に発揮できるよう、1997年に専門の母船「かいれい」が建造されて、そちらに移設された。またその後、JAMSTECが開発した深海巡航探査機「うらしま」の運用支援も行うようになった。
下記の「しんかい6500」による採取のほか、本船自身も、ピストンコアラーによる地層試料の採取や、各種採泥器やドレッジによる海底試料の採取が可能となっている。またMBESのサブシステムである地層探査装置（sub bottom profiler, SBP）により海底表層付近の地層を得ることができるほか、シングルチャンネル音波探査装置（SCS）による海底下深部構造探査にも対応できる。
本船では、「しんかい6500」の運用能力が最重要事項であることから、測位・地形調査関連の各装置を中心として潜航支援システムが構築されている。測位用としては高精度航法装置と音響航法装置が搭載された。高精度航法装置は、NAVSTAR/GPS衛星測位システム、ロランCおよびデッカ航法の情報を統合処理することによる高精度測位機能を備えるとともに、あらかじめ設定された計画航路との比較によりオートパイロットを制御して、自動航行機能も有している。また後にディファレンシャルGPSにも対応した。一方、音響航法装置は、海底に設置されるトランスポンダと「しんかい6500」搭載のレスポンダ、船底の送受波器アレイ、船上処理装置で構成されている。測位方式はスーパーショートベースライン（SSBL）方式とロングベースライン（LBL）方式である。海底トランスポンダは大深度用の7キロヘルツ帯と中深度用の14キロヘルツ帯の2種類を装備しており、最大深度11,000メートルまで対応できる。海底地形調査のため、船底にはマルチビーム音響測深機（MBES）が設置されている。当初は「かいよう」と同じくアメリカ製のシービームの搭載が要望されたものの、予算上の理由から古野電気製のHS-10とされた。その後、1998年には、この時期に建造されていた「かいれい」「みらい」と同じシービーム2112.004に換装された。またその他の測地学・地球電磁気学的調査のため、船上重力計やプロトン磁力計、および3成分磁力計も搭載されている。
本船は、しんかい6500の輸送・運用を担う深海潜水調査船支援母船として設計された。船型は2層の甲板を備えた船首楼型とされている。船尾甲板には、しんかい6500用の着水揚収装置とそれを支えるAフレームクレーン、その前方にあたる上部構造物の後端には整備施設を備えた格納庫が設けられている。 なお動揺軽減のため上甲板下には減揺タンクが設けられており、シーステート4以下の海況であれば「しんかい6500」の着水揚収作業が可能とされている。主機関としては、ダイハツ8DLM-32 中速ディーゼルエンジン（3,000馬力 / 600 rpm）を2基備えている。深海潜水調査船との交信に用いる超音波の障害とならないよう、水中放射雑音の低減に意が払われており、防振対策として主機関はV字型の防振ゴムを介して据え付ける方式とされている。電源としては、ディーゼルエンジンを原動機とする主発電機（出力740キロワット）が3基、非常発電機（出力64キロワット）が1基搭載された。
独立戦争時、貧弱な軍備のために敵前逃亡した苦い経験から、富国強兵政策を推進した。ジェファーソンは連邦政府の多くの税を撤廃し主に関税収入に頼ろうとした。ジョン・アダムズ政権で成立しており、ジェファーソンが違憲だと信じていた外国人・治安諸法の下で投獄されていた人々を釈放した。1801年の司法権法を撤廃し、アダムズの「真夜中の判断」で任命されていた多くの判事を解職した。このことで「マーベリー対マディソン事件」に関する重要な最高裁判所判決が導かれることになった。ジェファーソンは、アメリカとしては初の重要な海外戦争となった第一次バーバリ戦争（1801年 - 1805年）を指揮してこれに勝利した。1802年にはウェストポイントの陸軍士官学校を設立した。1803年、連邦議会の土地を購入する権限について合憲性に疑念があったにも拘らず、ミシシッピ川以西のルイジアナをフランスから1500万ドルで買収した（アメリカの小学生用歴史教科書にはジェファーソンは、「わが国のために、おそらく史上最大のバーゲン品を買い上げた」と紹介されている）。こうして得られた土地は現在のアメリカ合衆国領土の23％に相当している。1807年、ジェファーソン政権では最初の副大統領だったアーロン・バーがジェファーソンの命令で反逆罪で裁判に掛けられたが、無罪となった。この裁判では首席裁判官のジョン・マーシャルがジェファーソンを召還したが、ジェファーソンは大統領特権を行使し、大統領として従う必要は無いと主張した。マーシャルが憲法では裁判所命令に従う任務について大統領に例外を認めていないと主張し、ジェファーソンが折れた。ジェファーソンの評判はその2期目の終わりに撤廃された1807年の通商禁止法が効果が無かったことで傷つけられた。1803年、ジェファーソンは黒人をアメリカ合衆国の郵便を運ぶ業務から排除する法案に署名した。歴史家のジョン・ホープ・フランクリンは、この署名を「それをすることで利益を得られない自由黒人に関する根拠の無い嫌悪の表明」と呼んだ。1807年、3月3日、ジェファーソンはアメリカ合衆国で奴隷の輸入を違法とする法案に署名した。