パウロ・フレイレ（Paulo Freire, 1921年9月21日 - 1997年5月2日）は、ブラジルの教育者、哲学者。ブラジル北東部のペルナンブーコ州に生まれる。大学では法律を学び、卒業後弁護士になるが最初の1件で引退。ブラジル北東部の町、レシフェ市で貧しい農村の非識字の農夫たちに、自分たちの境遇を考え、自分の暮らし、生活を変えていく（意識化）力としての言葉の読み書きを教えるという斬新な識字教育を始めて大成功を収める。これが大資本家たちの機嫌を損ね、1964年のクーデターで軍事政府により国外追放になる。その後は、アメリカを経て、ヨーロッパに渡り、各地の大学で講義。ユネスコの識字教育にも携わる。ブラジルに民主政府の成立後、帰国しサンパウロ市教育長などを勤め、スラムの識字教育を推進した。彼の教育実践から、エンパワメントという言葉が生まれた。20世紀を代表する教育思想家として、イヴァン・イリイチと双璧をなすと言われることもある。
2008年10月に開かれた記者発表会の場にて、本作の情報が公開され 、あらすじや各種システムに加え、タッチスクリーンが多用されることが明らかとなった。E3 2009で、北米・ヨーロッパにてMario & Luigi: Bowser's Inside Storyというタイトルのもと、2009年秋に発売されることが明らかとなった。
前述のスタッフらに加え、音楽担当の下村陽子や声優のチャールズ・マーティネーといったマリオシリーズに携わってきた人物たちも引き続き参加した。クッパの体内と外側を切り替えるとBGMのアレンジが変わるという仕掛けが施された。
前作『RPG2』では4ボタンを生かすために、XボタンとYボタンを技の強化に割り振った結果、操作体系が複雑になってしまったという反省から、本作の開発ではマリオの要であるアクションを重視すると形で原点回帰がはかられると同時に、前作以上に遊びやすいものにして間口を広げるという方針がとられ、特にユーザーインターフェースの改善に力が注がれた。本作の難易度調整には特に細心の注意が払われ、窪田は「いろいろな人にプレイしてもらったアンケートでわかった不満にすべて対応していったので、一番いいバランスになったのかなと思います。」と振り返っている。腕試しとして強敵と戦うことが出来る「バトルコロシアム」はバトルデザイン担当の岩崎潤が自身のストレスを解消するために作った物であり、岩崎自身もストーリー上必ずしも攻略する必要の無いボスと戦う面白さを残したかったと振り返っている。
『マリオ&ルイージRPG』や『マリオ&ルイージRPG2』の開発に携わったアルファドリームが本作の開発に参加した。本作のディレクターとシナリオを務めた窪田博之はNintendo Online Magazine（以下：NOM）2009年3月号のインタビューの中で開発を始めたころは不安でいっぱいだったと振り返っている。その理由として窪田は、『RPG2』では『RPG』との差別化が図るという目的があったのに対し、本作では前作と同じハードでいかにして新しい遊びを提案するか苦労したことを挙げている。
モンスターには「攻撃のクセ」というものが必ずあり、それをよく見ることで、マリオ側・ルイージ側のどちらに攻撃してくるか、あるいは攻撃が頭上へのフェイントであるかどうかなどが分かる。また、マリオたちのスペシャルアタックがそうであるように、モンスター側も1ターンに何度も攻撃してくることがある。
ゲームを進めていくと、バトル中に使用できる「スペシャルアタック」を習得することができる。マリオ＆ルイージはフィールドに隠されている「アタックパーツ」をひとつのアタックに付き10個ずつ集めると習得でき、クッパはどこかに捕らわれているクリボーやヘイホーなどの手下達を救出すると習得できる。ただし、中にはあるイベントをクリアしたり、ある条件を満たさないと習得できないスペシャルアタックも存在する。スペシャルアタックを使用するには、アタックごとに決められた値の「SP（スペシャルポイント）」が必要となる。基本的に威力の高いスペシャルアタックほど、必要な「SP」が多くなる。
1945年（昭和20年）11月5日、大橋武夫の立案によって、事業推進のために内務省から独立して省と同格の戦災復興院（計画・土地・建築・特別建設の4局）が設立され、物資統合の担当を行う経済安定本部（経済企画庁の前身）とともに計画推進の中心を担った。戦前のインフラ行政は一元化されておらず、例えば住宅行政は、内務省社会局から厚生省住宅課が担当するなどしていた。そのため復興院設置の際に住宅行政などを旧都市計画・防空行政の建築行政と合わせ、非戦災都市をも含めて担当する建築局（後に住宅局）とするなどし、各省庁に分かれていた関連部局を戦災復興院に全面移管した。1947年（昭和22年）に片山内閣が成立すると経済安定本部総務長官には後年左派社会党で書記長を歴任した和田博雄が就任し、戦前の革新官僚も再登板した。このため、戦後経済復興の政策プランは満州国の計画経済や企画院による戦時物資動員計画をベースとしており、大半が革新官僚と労農派の合作であるとみなされてもいる。戦災復興院総裁に就任した小林一三は、地方自治の観点から、戦災復興事業を国の事業として執行することを認めず、自治体執行を強く主張した。五大都市も市施行(一部の都市は県施行)になり、予算配分も東京一極集中を避けようと地方都市に優先して配分された。越澤明はその著書の中で、「小林の地方自治の主張は理念としては正しいのだが、自治体の首長や地方議会が都市復興にあまり熱心でない場合は問題が生ずる。」と指摘している。事実、首長や都市計画関係者の熱意の差が戦災復興の進捗に直結することとなり、小林の判断は禍根を残した。内務省は1948年（昭和23年）に解体され、建設部門（国土局）は戦災復興院と合併し、建設院（官房と総務、水政、地政、都市、建築、特別調達の6局）を経て、同年7月に建設省（現国土交通省、当時は官房と総務、河川、道路、都市、建築、特別建設の6局）へと改組された。