大元ウルスが洪武帝の攻撃によって北走し、明朝が成立するとメクリン部を取り巻く情勢は大きく変わった。メクリン部はオゴデイ・カーンやカイドゥ以来縁の深いオゴデイ家との結びつきを強め、14世紀に即位したオゴデイ裔カーンのオルク・テムルやアダイの有力な支持母体になったと見られている。宣徳5年(1450年)にメクリン(麦克零)部は始めて明朝の記録に表れ、この時明朝はエジナ方面に居住するメクリン部が辺境に侵攻することを恐れ、使者を派遣して招諭しようとした。これを受けて9ヶ月後、メクリン部の長モンケ・ブカ(猛哥不花)は沙州衛・赤斤蒙古衛とともに使者を派遣し、明朝に朝貢した。宣徳帝が亡くなり正統帝が即位した頃より、モンケ・ブカ率いるメクリン部は明朝統治下の沙州衛・赤斤蒙古衛に侵攻するようになった。正統元年(1436年)には沙州衛・赤斤蒙古衛とメクリン部との間に大規模な軍事衝突があり、この戦いでメクリン部を破った功績によって両衛の指導者は明朝より恩賞を受けた。正統5年(1440年)にはオイラト部の賢義王タイピンの息子ネレグ(捏列骨)がコムルを攻囲し、当時バルス・クル地方で遊牧していたモンケ・ブカはメクリン兵を率いてネレグを破り、これを敗走させた。しかしネレグを撃ち破ったモンケ・ブカは今度は自らがコムルを攻撃し、コムルとの対立関係は正統5年(1443年)まで続いたようである。一方、同時期に北方のオイラト部はトゴン-エセン父子の下で勢力を拡大し、モンゴリア全域を支配するまでになっていた。正統12年(1447年)にはモンケ・ブカとマウラー平章がオイラト部エセン配下の把把来王を襲撃する事件が起き、メクリン部はオイラト部と敵対関係に陥ってしまった。これ以後の趨勢は不明であるが、コムル同様一時的にオイラト部の勢力下に入ったものと見られている。
チャガタイ家当主バラクが死んだ後、カイドゥは事実上チャガタイ家を併合し、カイドゥ・ウルスの傘下に入れた。この間にチャガタイ家の混乱を避けて東方の大元ウルス領に逃げ込むチャガタイ家王族が多く見られ、クビライはこれらの王族をチュベイを中心として河西〜ウイグリスタン方面に配置し、カイドゥに対する防波堤とした。チュベイを中心としたチャガタイ家諸王の連合体(チュベイ・ウルス)の領域にメクリン部の居住地は入っており、このため元代以後メクリン部はチュベイ王家(豳王家)傘下の部族として扱われるようになった。メクリン人はチュベイ家の投下・分民としてシバウチ(sibau’či,鷹夫)やアバチ(abači,猟人)を務める一方、コムル東方の石城(タシュ・バルガスン)に設置されたジャムチに務める義務も有していた。そのため、チュベイ家の業務とジャムチの業務どちらを優先すべきかという問題が生じ、大徳11年(1307年)にはメクリン部はチュベイ家の業務よりもジャムチの義務を優先させよとの命令がクルク・カーン(武宗カイシャン)より下された。また、『経世大典』「站赤」にはチュベイの後を継いだ息子のノム・クリが同様に自らのシバウチを務めるメクリン人のジャムチの義務免除を願ったが、許されなかったことが記されている。また、元代のメクリン部は「四枝滅吉憐民」とも記されており、4つの遊牧集団から構成されていたと見られる。
チンギス・カンの死後後を継いだオゴデイはレヴィレイト婚によってムカイ・ハトゥンを娶り、非常に寵愛したためムカイ・ハトゥンは他の妃に妬まれるほどであったという。オゴデイの兄チャガタイもムカイ・ハトゥンに目をつけており、オゴデイがムカイ・ハトゥンを娶ったことを知らなかったチャガタイは使者を送って自分の后妃となるよう要求した。そこでオゴデイはムカイ・ハトゥンは既に自分が娶っており、他に気に入った女性がそちらを与えようと答えたが、チャガタイは自分が気に入ったのはムカイ・ハトゥンであって、その他の女性ならば望まないと答えた。オゴデイの息子カシもまたメクリン部出身の女性スィプキナ(Sīpkīna)を娶っており、彼女から生まれたのがカイドゥであった。カイドゥはモンケ・カーンによって弾圧されたオゴデイ家を建て直し、正統な大ハーンであるクビライの主権を認めない独立した王権(通称カイドゥ・ウルス)を中央アジアに建設した。メクリン部の住地はカイドゥ・ウルスの領域に近かったため、カイドゥはジタンジュ(Jītānj)が治めるメクリン人を捕らえて自分の配下にした。
13世紀初頭、チンギス・カンによってモンゴル帝国が建国されると、メクリン部もまたモンゴル帝国の傘下に入った。モンゴル帝国に投降したメクリン部の長は娘のムカイ・ハトゥン(Mūkāī Khātūn)を差し出し、チンギス・カンはムカイ・ハトゥンを寵愛したが、子供はできなかった。モンゴル帝国時代、メクリン部の住地はオゴデイ家・チャガタイ家と近かったため、この両家との関係が深かった。
中央競馬で競走生活を送る。1987年7月19日に札幌競馬場で田原成貴を背にデビューし3着。その後勝ちきれないレースが続いたが、武豊に乗りかわった6戦目で勝ち上がり。その勢いで続く条件戦も制した。翌年は、春のクラシックを目指し、武豊騎乗でエルフィンステークスに参戦するもブービー。その次のレースでは塩村克己に乗り代わり3勝目。塩村とのコンビはエリザベス女王杯まで続いたがその後は勝ち負けできなかった。翌1989年、条件戦9着を挟んで格上挑戦した京都牝馬特別で5着に善戦。その後2着2回と勝ちきれない競馬が続いたものの、年明け5戦目で3勝目をあげオープン入りした。 オープン入り後は4戦するものの掲示板に載ることもままならず秋に突入。秋緒戦のセントウルステークスで4着と復調の兆しを見せ始めた。 続く柴田善臣がテン乗りで臨んだ牝馬東京タイムズ杯。これまではまりきっていなかった後方待機策がうまくはまり出走馬中最速の上がりで快勝し、重賞初勝利。勝った勢いで臨んだG1マイルチャンピオンシップ。前走で勝ちに導いた柴田はホクトヘリオス騎乗が決まっており、3勝目を上げたときの騎手であり相性のよかった岡潤一郎が騎乗して参戦。 道中は前走同様に後方で直線にかける作戦に出て、ホクトヘリオスとともに後方から鋭く伸びたものの前には届かず4着。それでも牝馬の中では最先着であった。中1週でダービー卿チャレンジトロフィーに参戦するも8着。同じくマイルチャンピオンシップから参戦したホクトヘリオスには先着した。その後、中2週で阪神牝馬特別に参戦。再コンビを組んでいた岡がマロングラッセに騎乗することになり、塩村とエリザベス女王杯以来の再コンビとなった。 詰まったローテと前走の負けから、人気がなかったもののいつもの後方待機から一頭だけ桁違いの末脚を繰り出し、マロングラッセ以下を差しきり快勝。なお、重賞2勝とマイルチャンピオンシップ牝馬最先着という成績が評価され、この年のJRA賞最優秀5歳以上牝馬に選出された。翌1990年も現役を続行したが、4戦して未勝利。京阪杯14着を最後に引退した。