太平洋とアジアの戦場における連合軍将兵は、降伏しようとした、もしくは降伏した日本軍将兵を殺害することがあった。太平洋戦争についての歴史家、ジョン・ダワーによれば、「日本との戦いにおける最後の年まで、日本軍による降伏への無関心と連合軍が公平無私に捕虜を受け入れることができるかという部分のかみ合わせの部分で悪循環が発展していった。」としている。さらに、大部分の日本軍将兵が連合軍の手中に落ちるならば、彼らが「殺されるか、拷問されるだろう」と言われたことを示唆しており、結果として戦場において敗北に直面した場合、ほとんどの日本軍将兵が最後まで戦うか、自殺をしたとしている。その上、日本軍将兵が降伏することは恥ずかしいこととされており、捕虜になるかどうかという個人の信条に関係なく多くの将兵が自殺、もしくは最後の最後まで戦うよう導かれた。実際、戦陣訓においては「生きて虜囚の辱を受けず」とされていた。そして連合軍が捕虜を捕らないことが「公式方針でなかった」間、「アジアにおける広範囲の戦場においてはごく当たり前の行為であった」。また、広範囲における報告書により、降伏後、武器を隠匿していた日本軍将兵捕虜が連合軍の医療関係者や警護兵を殺害したことも報告されており、これらのことから連合軍将兵が日本軍将兵を捕虜として連行することが余りにも危険と結論付けることとなって、海軍では漂流する日本人を救助する際には、抵抗されないようにまずオールで殴ってから助けるということも行われていた。
ニュルンベルク裁判において、ドイツ海軍司令官カール・デーニッツは無制限潜水艦作戦を命令したことから他の嫌疑とあわせて審理された。イギリス海軍、アメリカ海軍において類似した命令があったという証拠にも関わらず、デーニッツは有罪とされ、禁錮10年の刑を宣告され、刑に服した。
大戦中にユーゴスラビアを掌握したユーゴスラビア・パルチザンは、捕らえたドイツ軍協力者に対する報復的殺害を各地で行った。中でも、1945年5月に引き起こされたブライブルクの虐殺（en）では、数万人の捕虜が殺害されたと信じられている。この事件は、ユーゴスラビアでの戦いに敗北したドイツ軍と、ドイツ軍に協力したクロアチア人やボシュニャク人のウスタシャ、セルビア人のチェトニックの将兵らが、イギリス軍への降伏を望んでブライブルク（en）近くでオーストリアとの国境を越えた。これらを捕虜としたイギリス軍は、ハーグ陸戦条約の第20条に基づき、ドイツ軍に従事したユーゴスラビア国籍の捕虜は、武装解除し、ユーゴスラビアに返還することを決定した。ユーゴスラビア・パルチザンに引き渡されたウスタシャやチェトニックの将兵はその後、劣悪な条件下での死の行軍を強いられ、その多くがユーゴスラビア領のスロベニアで殺害され、集団墓地に埋められたと考えられている。スロベニア、マリボル近くのテズノの森では、数千の骸骨が発見されており、パルチザンによって殺害されたものと信じられている。
ドイツのユルグ・フリードリヒ（en）によれば1945年1月から5月の間、ドイツを爆撃するというイギリス首相、ウィンストン・チャーチルの決定は戦争犯罪としている。歴史家ドナルド・ブロクサムによれば1945年2月13、14日に行われたドレスデン爆撃は戦争犯罪としている。さらに彼はチャーチルがこれを強く印象付けようとしたとしており、彼を有罪とすることができる理論的な場合があるとさらに主張している。「これらのことは冷静に考えなければならないが、これらはおそらく国際法のニュアンスとして広範囲における判断の結果、大衆の中で「戦犯」が「ペドフィリア」や「テロリスト」のように法的な分類ではなくモラルの分野へと発展したことは驚くべきことである。」「ドイツ兵捕虜収容所（通称London Cage）」（第二次世界大戦中、イギリスMI19が使用した捕虜収容施設）では拷問が行われた。
ソビエト連邦は当時、捕虜の扱いについて規定した国際条約、俘虜の待遇に関する条約に調印していなかった。このことにより、ソ連による枢軸軍将兵捕虜の扱いが戦争犯罪と規定すべきかどうかについての疑いを投げかけることになったが、ソ連は「ジュネーブ条約から離れて扱うことにする」とし、何十万名もの捕虜の死を引き起こすこととなった。しかし、ニュルンベルク裁判においては捕虜の待遇に関するハーグ陸戦協定（1929年に結ばれたジュネーブ条約はそれに代わるものではなく、内容を追加したものであった。そして1929年に結ばれた条約と異なり、それまでの条約はロシア帝国が批准したものであった。）やその他の慣例による戦時国際法がすべての国に拘束力があると判断、一般的議論であるとして戦時国際法の適用を主張した。ソビエト連邦は枢軸国の将兵や民間人だけではなく、ポーランドを占領するとまもなくカティンの森事件などでポーランド人将校や民間人などを大量虐殺した。ベルリン市街戦の後やプロイセン州東部（ダンツィヒ）、ポメラニア、シレジアを占領している間にソビエト赤軍により大規模な強姦等、戦争犯罪が行われた。
1923年（大正12年）9月1日、関東大震災が発生した。『種蒔く人』では10月1日に「帝都震災号外」を刊行し、震災後の朝鮮人に対する虐殺事件に対して強く抗議した。なお、「帝都震災号外」は被災地の東京ではなく、再び土崎にて印刷されている。その中で発行人兼編集人の今野は、朝鮮人の虐殺に対して流言飛語の出所はどこにあったか、誰が企図したものであるのかを指弾し、虐殺に対して中央の新聞が沈黙していることについて批判した。また、翌1924年（大正13年）1月には総同盟の資料協力を得て、金子が主となり亀戸事件などの社会主義者に対する弾圧の事実をまとめて『種蒔き雑記』を刊行した。この「種蒔き雑記」の中では九編の告発文が金子の名のもとに掲載され、亀戸警察署で起きた虐殺を伝えるルポタージュとなっている。この「種蒔き雑記」は小牧によってフランス語に抄訳され、1924年6月にパリを訪問した際、『リュマニテ』に伝えられた。しかし、資金難もあって雑誌の継続は困難で、「種蒔き雑記」を最後に『種蒔く人』はその歴史に幕を下ろすことになる。同年6月には『種蒔く人』の同人から小牧ら13人が参加して『文芸戦線』が創刊され、これが後裔となっていった。