ピナトゥボ山の噴火は周辺地域の経済発展を著しく阻害した。広範に損害を受けた建物とインフラの復旧には数十億ペソの費用がかかり、噴火後の火山泥流を制御するための堤防やダムの建設にさらなる経費がかかった。防災工事の一部は日本政府からの援助で行われている。総計で364ものコミュニティの2100万人が、噴火の影響で生活基盤と家屋を損傷・破壊された。全壊家屋は7000戸を越え、さらに7万3000戸が損傷を受けた。こういったコミュニティへの被害に加えて、火山周辺の道路と交通機関が火砕流と火山泥流により損傷・破壊を被っている。インフラストラクチャーの修復にかかる費用は38億ペソと見積もられた。地上で被害を受けたり飛行中に火山灰を吸い込んでエンジントラブルを起こした航空機も多く、それらの損害の合計額は1億USドルを越えるという。多くの森林再生事業が噴火で頓挫し、合計で150km²の面積が被害を受け、被害額は1億2500万ペソに上る。農業被害も極めて深刻で、800km²（20万エーカー）の稲作地帯が破壊され、ほぼ80万頭の家畜と家禽が死んだ。農業の被害額は15億ペソと見積もられた。医療施設の損傷と、避難所での病気の蔓延のために、噴火から数ヶ月の間、死亡率が大きく跳ね上がった。学校が破壊され、数千人の児童教育が中断した。ピナトゥボ山周辺の地域内総生産は国内総生産の約10%を占め、噴火以前は毎年5%ずつ成長していたが、1990年から1991年にかけて3%以上下落した。
6月15日、噴火は絶頂を迎えた。台風第5号 (YUNYA) が接近する中で早朝から噴火が繰り返され、雨に混じってゴルフボール大の軽石が降り注いだ。13時42分に始まった大きな揺れは、クラーク空軍基地のすべての地震計の針を振り切った。マニラでも地震が続いた。火砕物の混濁流のために、14時30分までにすべての地震計が計測不能に陥った。また、強烈な空振が記録されている。火山の北75km近辺を通過した台風による雨で噴火の目視観察は不可能だったが、センサの示すところ、噴火のピークは3時間ほど続き、火山灰が高度40kmまで噴き上げられた。火砕流が山頂から16km流下し、台風の豪雨が降り積もった火山灰に染み込んで大規模な火山泥流（ラハール）を引き起こした。まさに、プリニー式噴火である。火山灰からなる雲は、125,000 km²もの面積をおおい、ルソン島中心部の大部分が闇に包まれた。島のほぼ全域で火山灰が降り、水を吸って重量を増し雪のような状態で一面をおおった。南シナ海一円で火砕物が降り、降灰はベトナム、カンボジア、マレーシアにまで及んだ。噴火のピークに至った9時間後の22時30分頃には、空振は噴火前のレベルにまで落ちていた。この時の地震の記録は存在しないが、火山学者は22時30分に噴火のピークが終わったと考えている。
新期ピナトゥボ山が誕生した際、その噴火史における最大の爆発を引き起こしている。火砕流が山腹のあらゆる方向に流出し、その堆積の厚みは最大100mに及び、噴出物の総量は25km³に達した。マグマ溜まりから大量のマグマを噴出したために、山体が陥没して大きなカルデラが生じている。それ以後も17,000年前、9,000年前、6,000-5,000年前、3,900-2,300年前に大噴火が起きている。そのすべてが10km³以上の噴出物を出し、周辺地域の大半を火砕流堆積物で覆いつくすほどの巨大噴火だったと考えられている。科学者の見積もりでは、1991年以前の最後の噴火は約500年前に起こったとみられ、それ以後は休眠状態にあった。濃密な熱帯雨林が山腹を覆い尽し、斜面が浸蝕され峡谷が刻み込まれた。
現在のピナトゥボ山周辺の起伏に富んだ地形の大半が、古期ピナトゥボ山の残滓である。古期ピナトゥボ山は現在の山と位置を概ね同じくし、約1100万年前に活動を始めたと見られている。古期ピナトゥボ山は、残存する山麓部分の傾斜からの推定で、標高2300mに達していた可能性がある。新期ピナトゥボ山近傍の山には、元々古期ピナトゥボ山を取り巻いていた古い噴気孔に生じた岩栓や溶岩ドームから成るものがある。隣接する峰々も古期ピナトゥボ山の残余で、山の斜面が風雨で侵食されたあとに残った耐食性の高い部分である。古期ピナトゥボ山の噴火活動は新期ピナトゥボ山ほど激しくなかった。噴火活動が終息したのは、おそらく約4万5000年前である。長い休眠期間のあと、約3万5000年前に始まった噴火活動により新期ピナトゥボ山が誕生した。
ピナトゥボ山周辺には、前回の大噴火に関する伝承が無いように思われるが、1991年には数名のアエタ族から「古老の中に過去に起きた小規模な噴出現象を思い出した者がいる」という報告が寄せられている。ただし、ピナトゥボ山は1991年の噴火以前から地熱地帯として知られており、こういった地域では小規模な水蒸気爆発は珍しくない。火山活動の開始以後、地質学者は初めてこの地域の噴火の変遷を詳細に研究した。この領域の噴火は、大きく2つの時代に分けられる。
明治維新後の廃藩置県では、市域は大多喜県・花房県・宮谷県の管轄区域となったが、のちに木更津県、そして現在の千葉県となった。明治初期の自由民権運動の広がりにより、市域でも、私塾「薫陶学舎」を創設した三島村（上布施地区）の井上幹らにより以文会が結成された。1884年（明治17年）11月の夷隅事件により官憲からの弾圧を受けたが、以文会はその後も大政翼賛会の結成まで戦前を通じて千葉県政に大きな影響を与え続けた。房総鉄道の整備に伴い、夷隅川河口付近から大原海岸にかけては、東京方面から多くの人々が訪れる避暑地となり、別荘も建てられるようになった。この時期多くの著名人も当地を訪れている。作家山本有三は、大原海岸の塩田川河口近くの旅館に逗留し、この周辺を舞台にした小説「真実一路」を著した。林芙美子は「放浪記」の中で、日在海岸の情景や人々との交流の様子を記している。文豪森鴎外は夷隅川の河口近く（日在地区）に別荘を建て、「妄想」の中で周辺の光景を描写している。鴎外の別荘近くには、鴎外の親友で陸軍軍医の賀古鶴所、日活の前身であるM・パテー商会など映画事業で財を成して中国の革命家孫文の革命運動を支援した梅屋庄吉の別荘もあった。昭和初期には国吉周辺で生産された米は「国吉米」として東京方面に出荷され高値で取引され、皇室献上米にもなった。現在でも「いすみ米」としてそのブランドは引き継がれている。