2002年にCzerkasおよびはYuanは長く、後方を向いた恥骨、短い坐骨、貫通した寛骨臼といったいくつかのマニラプトル類の特徴がスカンソリオプテリクスには無いことを報告した。そしてスカンソリオプテリクスは真の獣脚類より原始的でありと考え、マニラプトル類は非常に早い段階で獣脚類から分岐したか、もしくは獣脚類以前の恐竜の子孫である可能性もあると仮定した。 Zhangらはスカンソリオプテリクスと近縁もしくは同種であるエピデンドロサウルスの標本の記載論文の中で、CzerkasおよびYuanが述べたような原始的な特徴は全く報告しなかったが、肩甲骨に原始的な特徴が見つかったとした。この点があったものの、Zhangらはエピデンドロサウルスを確実にマニラプトル類内に配置した。
マニラプトル類は伝統的に祖先的には純肉食性、つまり鳥類以外の種は主に他の脊椎動物のみを捕食していると仮定されてきた。しかし、2000年代の多数の発見や、古い資料の再評価などからマニラプトル類は主に雑食性の分類群であり、主として植物、昆虫など肉以外の他のものを食べる分類群も含まれていることが分かって来た。加えて、系統関係の研究からは草食や雑食は以前考えられていたような単一の側枝ではなくマニラプトル類全体に広がっていることが分かって来ている。この分布からLindsay Zannoに代表される研究者はマニラプトル類は祖先的には雑食性であり、純粋に草食性の分類群（例えばテリジノサウルス類、原始的なオヴィラプトロサウルス類、およびアヴィアラエの一部）、非鳥恐竜では1つの分類群（ドロマエオサウルス科）のみが純粋な肉食に戻ったという結論に至っている。他の多くの分類群ではこの両極端な食性の間に入り、アルヴァレスサウルス科やアヴィアラエの一部では昆虫食、進歩的なオヴィラプトロサウルス類やトロオドン科では雑食性である。
現代の正羽や風切羽は進歩的なマニラプトル類の分類群であるアヴィレミギア（Aviremigia）で知られている。テリジノサウルス類（特にベイピアオサウルス）などより原始的なマニラプトル類では単純な綿毛状の繊維と独特の細長い羽軸の組み合わせが見られる。単純な羽毛はシノルニトサウルスのようなより原始的なコエルロサウルス類でも見られ、鳥盤類のティアニュロング（Tianyulong）や翼竜などより類縁関係が遠いものにすら存在していた可能性がある。このようなことから、少なくとも若い頃は全てのマニラプトル類に何かしらの羽毛もしくは綿毛状の外皮に類するものが存在したと見られる。系統内のどこまで遡れるかについては議論があるものの、マニラプトル類は唯一飛翔能力のある種を含む恐竜の分類群である。羽ばたき飛行もしくは滑空飛行はラホナヴィス（Rahonavis）やミクロラプトルといったドロマエオサウル科のいくつかの種でも可能であったと考えられている。他の分類群ではオヴィラプトロサウルス類の様に飛翔能力がある種が知られていないものの、一部の研究者により飛行していた祖先を持つと示唆されているものもある。グレゴリー・ポールはこの説を支持している。ポールはテリジノサウルス類、アルヴァレスサウルス上科（Alvarezsauroidea）、さらにはマニラプトル類ではないオルニトミモサウルス類についてすら飛翔能力のある祖先を持つという説を提案している。
マニラプトル類は長い腕と三本指の手（いくつかの系統では減少、癒合が見られる）および半月状手首の骨（手根骨）によって特徴付けられる。恐竜では唯一硬骨化した胸骨を持つ。2004年にトーマス・ホルツおよびハルツカ・オスモルスカは骨格の詳細に関して他に6つのマニラプトル類に独特の特徴があると指摘した。恥骨が前方を向いている他の竜盤類とは異なり、マニラプトル類のいくつかの分類群では鳥盤類の様に後方を向いていた。恥骨が後方を向いているのはテリジノサウルス類、ドロマエオサウルス科、アヴィアラエ、一部の原始的なトロオドン科である。後方を向いた恥骨がマニラプトル類の多様な分類群で見られることから、研究者らは進歩的なトロオドン科やオヴィラプトロサウルス類に見られる「原始的な」前方を向いた恥骨は逆戻りの進化をしたもので、これらの分類群は後方を向いた祖先から進化したものであると結論している。
現代のビルディングの構造は、その多くがラーメン構造という柱・梁からなる構造形式によって構成されている。それは、前世紀の初頭にミース・ファン・デル・ローエによって提示された「ユニヴァーサル・スペース」、すなわち均質な柱と梁の構造体からなる建物内にあらゆる機能を内包することができるという概念と、ル・コルビュジエによって提示された「ドミノシステム」、すなわち柱と床、上下の階にアクセスするための階段という建築にとって必要最低限の構成要素にまで構造形式を還元する概念との延長上にある構造形式である。伊東豊雄は、こうしたラーメン構造の建築の均質性を打破する新しい建築のあり方を提示した。通常のラーメン構造ではできるだけ等間隔に建てられる四角い柱を、スパイラルを描くたくさんの細い鉄柱に分解することで「すけすけの柱の内部」（チューブ）を作り出し、それらをできるだけ不規則に配置することで不均質な場としての内部空間を計画した。このチューブは床を貫通し、設備系統、エレベーターや階段、屋上からの採光や通風など、その内部が見える縦方向のコアとして機能している。明らかにこれは「近代建築」、「ル・コルビュジェ」、「ドミノシステム」を乗り越える試みであり、「柱の概念を解体する」挑戦とも受け取れる。世界の第一線級の建築家は、近代建築に対する批判的思考を経て新しい建築形式を生み出そうと試みているが、smtで実現した新しい建築のスタイルは、そうした伊東自身の発想もさることながらコンピュータにより複雑な立体物の構造計算が可能になった現代だからこそ生まれた形でもあった。伊東はこの作品以後、冒険的な構造の建築を積極的に試みるようになった。