15歳の時に最初のバンド、ザ・デルタズに加わった。その後、ロンドンのジャズ/ロックバンド、ジェッツ・ブラックスでベーシストを務めた。彼の大きな転機は、1962年にジェット・ハリスとトニー・ミーハンに出会ったことだった。ジョンは、彼らのバンドで2年間演奏した。彼ら最大のヒット作「ダイヤモンズ」にはジミー・ペイジも参加していた。1964年になると、ジョンはミーハンの推薦でデッカ・レコードのセッション・ミュージシャンとなる。1964年～68年まで、彼は多数の編曲やキーボード、ベースの演奏をこなしていた。彼がレコーディングに参加したアーティストは、ローリング・ストーンズやハーマンズ・ハーミッツ、ミッシェル・ポルナレフ、ドノヴァン、ジェフ・ベック、キャット・スティーヴンス、ロッド・スチュワート、シャーリー・バッシー、ルルなど多数。ダスティ・スプリングフィールドとのセッションでは、彼女の「トーク・オブ・ザ・タウン」シリーズでベースで参加している。ドノヴァンの「サンシャイン・スーパーマン」での彼の演奏と編曲で、プロデューサーのミッキー・モストは自身の多くのプロジェクト、トム・ジョーンズ、ニコ、ウェイン・フォンタナ、ザ・ウォーカー・ブラザースのレコーディングにジョーンズを参加させることを決心した。ジョンはさらに、トニー・ミーハン及びジェット・ハリスの友人や、クリフ・リチャード・アンド・ザ・シャドウズとのレコーディングも行った。これらの録音の前に、クリフ・リチャード・アンド・ザ・シャドウズは歴史を変える間際にあった。彼らはジョンにベーシスト、ブライアン・ロッキングに代わって加入を呼びかけたが、ジョンは参加せず彼らは代わりにジョン・ロスティルを加入させた。芸名の"ジョン・ポール・ジョーンズ"は、このセッションワーク時代から使い始めた。同名のアメリカ独立戦争の英雄を描いたアメリカ映画「ジョン・ポール・ジョーンズ」のポスターを見た友人から提案されたものである。
ケント州シドカップで生まれる。父親のジョー・ボールドウィンは、1940年代から1950年代にかけてアンブローズ・オーケストラなどのビッグバンドで、ピアニスト及びアレンジャーとして活躍した。彼の母親も音楽ビジネスに関わり、家族は共に英国中を演奏旅行出来る環境にあった。ジョンは、父親からピアノを習い、やがてビッグ・ビル・ブルーンジーのブルースやチャールズ・ミンガスのジャズからラフマニノフのクラシック・ピアノまで興味を抱く。その後、ケント州のクライスト・カレッジ寄宿学校に入り、そこで正式に音楽を学ぶ。14歳で、地元の教会で聖歌隊指揮者兼オルガン奏者となった。同時期には、シカゴのミュージシャン、フィル・アプチャーチを聴いた影響でフェンダー・ジャズベースを購入、以降1975年まで使い続けた。
本系列のうち、信濃鉄道から松本電気鉄道に移ったデ968 → ハニフ1については、国鉄電車の祖としての価値が認められ、廃車後も同社新村車庫に設けられた専用の庫内に保存された。その間、何度も国鉄による保存計画が取り沙汰されたものの、実現に至ることはなかった。しかし、2007年（平成19年）10月14日にさいたま市大宮区に開館した鉄道博物館で保存展示されることが決定し、同車は同年3月に松本電気鉄道から東日本旅客鉄道へ寄贈され、ハニフ1のままで展示されている。デ968への復元は今後検討されることとなっていたが、復元を断念して2018年（平成30年）4月26日より車体にプロジェクションマッピングでデ968時代の再現映像を投影している。デ968時代と比べると妻面の窓が塞がれ運転台を撤去、荷物室化のために窓を2枚分潰して扉を設け、その横にあったデッキ部分には新たに窓2枚分の壁を作ってある。他にも自動連結器化、車輪が客車用の松葉スポーク車輪に交換されているなど変化が多く、当時の資料も少なく復元は容易ではない。デッキ側の出窓の下にある信濃鉄道の社紋をかたどった装飾も取り外す必要がある。
2014年に長崎県で開催される第69回国民体育大会と第14回全国障害者スポーツ大会のメイン会場として大会の開閉会式および陸上競技の会場として利用するため、2011年3月から改修工事を開始した。長崎県を本拠地とするV・ファーレン長崎のJリーグ加盟を視野に入れてJリーグが定める試合開催基準に適合させる。旧競技場は2010年6月まで使用されていたが、同年7月から旧競技場の解体準備に入り、11月から旧競技場の解体工事が本格的に開始された。解体工事は2011年2月までに完了した。現競技場は、9レーンの400メートルトラックを備え日本陸連の第1種公認規格に認定されている。収容人数は約20,000人で、スタンドは全周がテント膜屋根で覆われている。全ての席は背もたれ付き独立シートとなっており、92席の車椅子用スペースも用意された。横17.88メートル、縦7.68メートルの大型LEDビジョンが据えられている。屋根は長崎の教会をイメージしており、屋外広場は出島風を意識したデザインが採用された。150キロワット発電力を有する太陽光発電や雨水再利用システムなど環境にも配慮している。周辺整備も含めた総事業費は約100億円となっている。当初の計画では2013年10月に供用開始となる予定であったが、V・ファーレンが2013年シーズンからJリーグ ディビジョン2（J2）に参入するため2013年3月に工事スケジュールを前倒しした。長崎県陸上競技協会も2013年8月に開催される国体リハーサル大会の準備のために共用開始の前倒しを要望していた。長崎県は芝生張替え部分の工法を変更することによって工期を短縮した。2013年3月2日に落成式と記念イベントがおこなわれ、翌日3日から一般供用が開始された。なお、改修工事自体は2013年6月に終了した。3月10日にはV・ファーレンのJ2参入後初のホーム公式戦（第2節 ガンバ大阪戦）が開催され、18,153人の動員を記録した。2017年11月11日に開催されたカマタマーレ讃岐戦では、V・ファーレンのJ1昇格を見届けようと22,407人の動員を記録し、収容率が110.67%となり収容能力を上回る事態となった。