同日、長府藩が萩へ使者を送り、五卿と諸隊の動向を報せ、長州藩政府へ事後策の指示を依頼した。馬関は長府藩領であるが、長州藩は複数の会所を設置し長州藩の出張所とし、馬関総奉行を置いていた。ようは馬関の会所は長州藩の飛び地の様な存在で、攘夷実行に備えて会所内には多数の武器・金品・糧秣が保管しされていた。諸隊が馬関の会所の武器を奪うことを恐れた萩藩政府は、会所の武器を回収し萩に回送するよう命じた。しかし馬関総奉行である根来上総は、征長軍が眼前にある事もあり、危急の事態の際の便を考慮して萩には送らず、武器は長府藩内へ移した。この処置は、諸隊は長府・清末の両支藩を頼りにしており、長州藩の領分である馬関の会所は襲撃できても長府藩を攻撃することは出来ないだろうという考えからである。また長府藩がいくら諸隊に同情的であっても、宗藩である長州本藩から預けられた武器を諸隊に渡すことは出来ないと考えたからであった。（ただし実際に諸隊が決起した際、長府藩家老が独断で諸隊へ、会所の物であるかは不明だが多くの金品を送っている）
11月20日、総督府は、福岡熊本久留米薩摩佐賀の五藩に、長州より五卿を受け取り、分散して預かるよう命令を下す。また五卿の長州からの受け取り及び各藩への分送は福岡藩が行うこと、さらに実行の際は五藩がよく相談して行い、必要な場合は兵力を以って強行する事を命じた。脱藩浪士については福岡藩に『便宜の慮置可被有』という曖昧な命令を出し一任した。これにより五卿九州行についての処置は、内戦回避に積極的な姿勢をみせる福岡藩と薩摩藩がイニシアチブを取ることとなった。同時に九州を所管する征長軍副総督越前藩主松平茂昭へ、五卿受領は征長軍の『處分事務外』なので、五藩が五卿請取の際に長州と武力衝突を起こしても、小倉に参集させた諸藩の軍勢を動かしてはならないと命じた。征長軍として長州と戦端を開くのを嫌ったための処置と思われるが、松平茂昭は五卿受領の際に戦闘に至った場合、副総督の責任として傍観できないと反発した。総督府は松平茂昭に折り返し、『時宜に応じ更に指揮する所あるべし』という曖昧な返答を出した。九州諸藩に戦争条件の条件が伝わると広島と同じく軽すぎると反発が出た。総督府は九州諸藩と副総督松平茂昭を説得するため小倉へ西郷隆盛を派遣した。
11月19日、幕府征長軍は吉川経幹へ、以下の戦争回避の条件を正式に提示した。一、三老臣の首級は請取　参謀之輩斬首之儀も承届候　五卿之儀も申出之通無遅引可指出候　且右に付附属之脱藩人之始末も早々可申達事一、山口之儀は新規修築之事に付速破却可有之事一、先達て戸川鉾三郎より申渡候追討之御主意之趣に付　吉川監物を以申出候　謝罪之廉々は有之候得共　尚大膳父子恐入之次第自判之書面を以早々可申出候要約すれば、「五卿の引き渡しと附属の脱藩浪士の始末、山口城破却、藩主父子からの謝罪文書の提出」であった。出張幕閣や広島に集結していた諸侯の中には、軽すぎる処分に不満を持つ者もいたが、尾張・薩摩という二つの大藩の支持の前に沈黙せざる得なかった。これらの条件について注意すべき点は、最終的な降伏条件ではなく、戦争回避の為の条件という事である。この時点では総督府の誰もが、戦後落ち着いた時期に別途沙汰があり、長州藩は改易ないし減封されると考えていた。西郷隆盛ですら、長州毛利は東北に数万石で減封すればよいと考えていた。ただ最初から領土削減を戦争回避の条件として持ち出すと、短期間での妥結が不可能となるため、この時は総督府側はあえて減封に言及せず、吉川も一切触れなかった。
1973年4月19日、西ドイツのバート・ミュンスターライフェルで結成された。当時のポルトガルはエスタド・ノヴォと呼ばれるファシズム政権だったために国内では活動できなかった。初代書記長にはマリオ・ソアレスが就任した。1974年4月、リスボンの春と呼ばれるポルトガルの民主化革命によって独裁政権が倒れるとマリオ・ソアレスらが帰国し、臨時政府に参加した。そして、1976年4月の総選挙でPSが勝利してマリオ・ソアレスが首相に就任、1978年まで務めた。1983年には、マリオ・ソアレスが首相に再び就任した。しかし1985年の総選挙で敗北した後は、1995年の総選挙でPSDに勝利するまで野党となっていた。1995年から2002年までアントニオ・グテーレスが首相を務めた。2004年10月、ジョゼ・ソクラテスが書記長に当選。翌05年2月の総選挙で勝利し、ジョゼ・ソクラテスが首相に就任した。続く09年9月の総選挙では過半数を下回ったが、第一党を確保し政権維持に成功した。緊縮財政案の否決を受けて任期を2年前倒して行われた2011年6月5日の総選挙では、PSDに敗北しジョゼ・ソクラテスは書記長辞任を発表した。同月15日にシルヴァ大統領がペドロ・パソス・コエリョPSD党首を首相に指名したことで、PSは野党に転落した。2015年10月4日に行われた総選挙の結果、社会民主党が過半数割れし、協議の結果左翼ブロック・共産党・緑の党の左派三政党からの閣外協力を得ることに成功。11月24日、シルヴァ大統領によりアントニオ・コスタ書記長が首相に指名され、4年ぶりに与党に返り咲いた。2019年10月6日投開票の総選挙では社会党が改選前より議席数を増やし勝利し、コスタ政権が信任された。