法名は台徳院殿興蓮社徳譽入西大居士。墓所は東京都港区の一角にあった台徳院霊廟であったが戦災で焼失し、昭和33年（1958年）に台徳院霊廟が増上寺本堂近くに移転改築された際、土葬されていた秀忠の遺骸も桐ヶ谷斎場で荼毘に付されて改葬された。この際に秀忠の遺体の調査が行われたが、その遺体は、棺の蓋や地中の小石等の重みにより、座した姿勢のままその衣服等とともに縦に圧縮され、畳んだ提灯の如くつぶれていた。圧縮により変形が激しく、また骨が著しく分解され軟化していたため、詳細な調査は不可能であった。毛髪等の調査の結果、秀忠の血液型はO型で、四肢骨から推定した身長は157.6cmであった。また、かつての霊廟室内には宝塔が祀られていたが、こちらも戦災で焼失した。現在は内室崇源院（江）と共に合祀されている。
元和9年（1623年）に上洛をして6月25日に参内すると、将軍職を嫡男・家光に譲る。父・家康に倣って引退後も実権は手放さず、大御所として二元政治を行った。当初、駿府に引退した家康に倣って自身は小田原城で政務を執ることを考えていたようだが、結局は江戸城西の丸（現在の皇居）に移った。寛永3年（1626年）10月25日から30日まで後水尾天皇の二条城への行幸の際には秀忠と家光が上洛、拝謁した。寛永6年（1629年）の紫衣事件では朝廷・寺社統制の徹底を示し、寛永7年（1630年）9月12日には孫の女一宮が天皇に即位し（明正天皇）、秀忠は天皇の外戚となった。寛永8年（1631年）には忠長の領地を召し上げて蟄居を命じるが、このころから体調を崩し、寛永9年1月24日（1632年3月14日）に薨去。享年54（満52歳没）。家光に対して「当家夜をありつの日浅く、今まで創建せし綱紀政令、いまだ全備せしにあらざれば、近年のうちにそれぞれ改修せんと思ひしが、今は不幸にして其の事も遂げずなりぬ、我なからむ後に、御身いささか憚る所なく改正し給へば、これぞ我が志を継ぐとも申すべき孝道なれ」（『徳川実紀』）との遺言を残している。
関ヶ原の戦いのあと家康は三人の息子のうち誰を後継者にすべきかを家臣を集めて尋ねた。本多正信は結城秀康を推し、井伊直政と本多忠勝は松平忠吉を推し、大久保忠隣のみが「乱世においては武勇が肝要だが天下を治めるには文徳も必要。知勇と文徳を持ち謙譲な人柄の秀忠様しかいない」とただ一人秀忠を推した。後日家康は同じ家臣を集め後継者は秀忠とすると告げた。慶長8年（1603年）2月12日に征夷大将軍に就いて幕府を開いた家康は、徳川氏による将軍職世襲を確実にするため、嫡男・秀忠を右近衛大将にするよう朝廷に奏上し、慶長8年（1603年）4月16日に任命された（すでに大納言であり、父・家康が左近衛大将への任官歴があったので、すぐに認められた）。それまでの武家の近衛大将任官例は武家棟梁にほぼ限られ、征夷大将軍による兼任が例とされていた。これにより、徳川家の将軍職世襲がほぼ内定し、また秀忠の徳川宗家相続が揺るぎないものとなった。この時期の秀忠は江戸右大将と呼ばれ、以後代々の徳川将軍家において右大将といえば、将軍家世嗣をさすこととなる。関ヶ原の戦いの論功行賞の名の下に、豊臣恩顧の大名を西国に移した徳川家は、東海・関東・南東北を完全に押さえ、名実ともに関東の政権を打ち立てた。ここに頼朝（右大将家）を崇拝する家康の願いが現実のものとなる。そして2年後の慶長10年（1605年）、家康は将軍職を秀忠に譲り、秀忠が第2代征夷大将軍となることとなる。
ホメイニーは著作に於いて「イスラムの支配下に於いて異教徒は一定程度の人権を守られるだけで満足するべきであり、政治的権利など与えられない」と主張している。著書において、現代においてもジズヤ徴収（すなわちズィンミー制）は有効だと主張している箇所がある。パフラヴィー朝下の1962年10月6日に、政府が地方選挙において選挙権・被選挙権をムスリムのみに限った条項を撤廃し、バハーイー教徒などにも市民権を拡大させようとした時には、バハーイー教徒を背教者として憎悪する12イマーム派の立場から、同僚の法学者とともに激しい抗議運動を行い、同法を撤回させた。しかし、後に「彼ら（バハーイ教徒）が我々（ムスリム）をしだいに弛緩させて相互に離反させ、各個人に「宗教義務」を明らかにした結果、[我々]に言葉の違いと混乱が広がった。そして今や、彼らが望むことを何でもムスリムたちやイスラーム国家に対して行っている」と主張している。著書でイスラム以前の時代に関して、アメリカ先住民を「野蛮な状態で日々を過ごす半開化の赤色人」、古代の（自国である）イランとローマの国家を指して「専制支配、貴族性、差別性の下にあり、専横なる人々の支配下で、人々や法による統治の痕跡は無かった」と述べている。イスラム教では、発祥の地であるアラビア半島のこともイスラム教以前の時代は「ジャーヒリーヤ時代（無知、無明時代）」とされ、野蛮な時代とされている。イスラエルのユダヤ人に対してはイスラエルのパレスチナ占領およびパレスチナ人への抑圧という事情もあって対立する立場で、イスラームの初期におけるユダヤ人との確執を「反イスラームの宣伝と陰謀」とし、現在のパレスチナ問題に至るまでこの対立が尾を引いたものと認識している。また、公正なる支配者に関する記述で、「ムスリムたちと人類社会を統治するものは常に公的な諸面と利益に配慮し、個人的な諸面や個人的な愛着には目をつむらなければならない」とし、それゆえにイスラームでは社会、人類の利益に反する部族・集団は滅ぼしてきたとしている。例としてムハンマドがクライザ族が腐敗を増やしていたために滅ぼした(クライザ族虐殺事件)ことを挙げている。