『侵略!イカ娘』単行本10巻と12巻DVD付限定版のアニメイト限定版では、主人公のイカ娘がアニメ店長のサンバイザーとエプロンを着けた姿の描き下ろし掛け替えカバーが同梱された。14巻DVD付限定版の掛け替えカバーではイカ娘に代わって相沢千鶴がアニメ店長の姿になっている。
2010年11月20日、アニメイトは『東方Project』との合作として『アニメ店長×東方Project』を上映した。。制作はユーフォーテーブル。アニメイトは「東方Projectとのコラボレーション」と称していたが、東方Projectの原作者であるZUNが「アニメイトの二次創作」「自分は制作には一切関わっていない」と発言した。この作品は2013年現在DVD化などはされておらず上映会などで映写される以外では見ることはできないが、一迅社から設定資料集が流通経路限定で販売されている。
2009年2月28日に東京厚生年金会館にて行われた、アニメイト・ゲーマーズ主催「炎の大感謝祭だにょ．」内での『ヒーロークロスラインアクションショー』に兄沢が登場。ニコニコ動画にて，デジカム1カメで撮影した映像を応援ブログの管理人でもある広石匡司が無編集でアップロードしたものがある。なお、ヒーロークロスラインには元々本作で兄沢を演じる関智一が『銀河ロイドコスモX』の原作を担当しており、後に『アニメ店長』の原作である島本和彦もキャラクターデザインとして参加している。
『らき☆すた』内のケロロ軍曹の声優陣の出演については、#らき☆すたを参照。上記のコラボを意識してか、兄沢風の衣装を着たケロロ店長と道玄坂風のクルル店長がアニメイトの特典となっている。なお『ケロロ軍曹』の作者吉崎観音は、島本の孫弟子にあたる。
2000年当時、ゲーマーズのマスコットキャラクターデ・ジ・キャラットが、アニメファンの間で人気を博していた。競合店のキャラクターであるにもかかわらず自店舗にデ・ジ・キャラットの商品を置かざるを得ない立場に立たされたアニメイトは、デ・ジ・キャラットに対抗するべく自社オリジナルのイメージキャラクターの立案に乗り出した。当初は『魔法のナース』なる典型的萌え企画として進行していたが、担当プロデューサーから相談を受けた脚本家の金月龍之介が「アニメグッズショップの王者であるアニメイトがそのような亜流企画でお茶を濁すなど情けない」と正反対の熱血ギャグ路線を提案。金月の提案に基づき島本和彦がキャラクターデザイン（並びにメインキャラクターの名付け親）に採用され、企画は現在の形に至った（『アニメ店長敢然!ガイドブック』より）。なお島本は「原作」として、金月は「企画」としてクレジットされている。島本はその後、アニメイト店舗で配布している情報誌「きゃらびぃ」において、2000年6月1日号より漫画版を連載。アニメイト店舗を舞台とした漫画であり、アニメイト社長（初登場時はムービック社長）の高橋豊も実名で登場している。また、スピンオフ企画として『アニメ店長B'店長候補生』が誕生している（ただし実制作には島本も金月も関わっておらず、別チームが担当）。その後、『店長候補生』の漫画連載は2007年に『アニメ店長』よりも先に連載終了。新たに、『アニメイト・コンシェルジュ』（原作：渡辺圭子 キャラクターデザイン：松本テマリ）が企画される。ただし、この『アニ・コン』は、『アニメ店長』や『店長候補生』との世界観のつながりは明記されていない。
5月24日付のUSENリクエストチャート「USENリクエスト J-POPHOT30」で1位を獲得した。シングル発売も配信リリースもまだ実施されておらず、発売前にもかかわらず異例の首位獲得となった。6月14日付のオリコン週間シングルランキングで6位に初登場し、ソロデビューから数えて23年連続シングルTOP10入りを果たし自身が保つ、アーティスト歴代1位タイの記録を塗り替えた。CD発売と同日にダウンロードを開始。以降1週間のダウンロード数を集計した週間ランキングで、主要音楽配信サイト10サイトで首位を獲得した。「Just You and I」は、日本音楽著作権協会（JASRAC）での登録上「外国作品」の扱いになっており、2018年度のJASRACの著作権使用料分配額（外国作品）ランキングで総合9位にランクインされた。
境内には本堂（薬師堂）、塔、鐘楼、観音堂、大黒天堂などが配置されている。本堂は文政12年（1829年）の発願で、天保11年（1840年）に起工、万延元年（1860年）に竣工した。その大事業の様子は、造営の年月に加えて「信濃国分寺勧進帳」や建物に記された寄進者名からうかがわれる。桁行6間、梁間4間、入母屋造、妻入りの身舎（もや）の周囲に裳階（もこし）をめぐらす（「間」は長さの単位ではなく柱間の数を表す用語で、本建物の場合は8尺（約2.4メートル）を1間とする）。善光寺本堂同様に庇（裳階）がつけられているので二階建てに見えるが、構造的には単層裳階付きである。近世の堂としては東信最大で江戸時代末期の特徴がよく表れており、長野県宝に指定されている。三重塔は高さ20.1メートル。源頼朝の発願と伝えるほか、塔内には建久8年（1197年）の墨書があったと伝わるが、様式から室町時代中期の建立と推定されている。初層内部は四天柱を立て、来迎壁を設け、大日如来坐像を安置する。建築様式は外観は和様で、内部は四天柱に囲まれた須弥壇上の天井を鏡天井とする点など一部に禅宗様の要素がある。昭和7年から8年に全面解体修理が施された。室町時代の様式をよく表すものとして国の重要文化財に指定されている。そのほか、三重塔の西側には鎌倉時代の作と見られる石造多宝塔（市指定文化財）がある。