『ネギま!?』のストーリーには、原作のパクティオーカードとは異質の新たなカード「ネオ・パクティオーカード」が重要な要素となる。これは生徒1人に3枚ずつ用意されており、それぞれ「アーマー」「コスプレ」「スカ」の属性を持つ。原作と違い、契約時、カードがパートナーの体内に取り込まれる描写がある。契約発動時には3枚の内のどれかがランダムで出現し、パートナーはそのカードの絵柄と同じ姿になって戦う。CDやDVDの初回生産分や、コミックスの限定版、各種グッズなど、多くの『ネギま!?』関連商品にこのカードが付属した。このような商法は、過去には仮面ライダー龍騎の「アドベントカード」、仮面ライダー剣（ブレイド）の「ラウズカード」、近年では地獄少女の「地獄あわせ」などがあった。企画を発案したのはスターチャイルドの大月俊倫である。全種類のカードが登場したのは放送終了から実に1年が経過した2008年4月のことであった。全種類をコンプリートした者には原作者・赤松健の個人的なはからいにより、全93枚のカードを全て送ることで希望の声優3名のサインを該当キャラのカードに入れてもらえることになった（応募自体は数時間で締め切られた）。
完全オリジナルストーリーのため原作ではほとんど出番が無かった生徒もよく登場する。一方、神楽坂明日菜と魔法世界の関係、近衛木乃香の魔法使いの素質、桜咲刹那が鳥族のハーフであることなど、重大な設定がカットされている。また、第一期のアニメ同様テレビ東京の表現規制（テレ東規制）に加えて、放送時間が夕方ということもあり、パンチラなどのお色気描写はほとんど無くなった。下記でも説明してあるが、ネオ・パクティオーカードには原作のパクティオーカードによる「魔力供給」と「コピーカード」の概念が無い。そのため従者がアーティファクトを自由に呼び出すことや、自分の意思で魔力を受け取ることができない。また、カード自体も仮契約のときに光った状態で出現して、すぐにパートナーの体内に取り込まれるので、柄は契約発動したときにのみ見ることが出来る。ただし、14話で3-A全員（ただし、エヴァと茶々丸は取りあえずノーカウント）と仮契約した時には、契約発動をしていないのにカードが出現していた。また、呪文の構成が若干異なり、まず始動キー（「ラス・テル・マ・スキル」）を唱え、つぎに日本語で呪文を唱える。最後にまた始動キーのような締めの呪文（「テル・マ・アモリスタ」）を唱えて魔法を発動させる。しかし、「炎よ灯れ・アールデスカット」や「テル・マ・アモリスタ」、「アモリスタ」と詠唱するだけの場合もあり、必ずしも上記の構成通りではない。
上記のOVAとほぼ同一のスタッフで、2006年10月4日から2007年3月28日まで、テレビアニメ『ネギま!?』が、テレビ東京系列で毎週水曜日17時30分（アニメ530枠前半）から放送された。BSジャパンでは2日遅れの金曜日18時00分からの放送。AT-Xでも放送されている。さらに、2011年4月3日からTOKYO MXで放送を開始した。また、2011年8月15日からニコニコ生放送にて放送されている。全26話。第1期同様、OP・ED主題歌の歌詞字幕は表示されていない。完全オリジナルストーリーということもあり、原作と異なる箇所が第1作より多い。各生徒の交友関係なども変更されている。また、第1作では最終話近くになって初めて台詞があったクラスメイトもいるが、今回は「できるだけ一言でも、キャラクターがセリフを言えるようにしたい」という監督の意向で、第1話では紹介を兼ねて全生徒の台詞があり、さらに13話以降ほぼ毎回全員に台詞が用意されている。本作オリジナルキャラクターについては魔法先生ネギま!の登場人物を、コミカライズ作品である『ネギま!?neo』についてはネギま!?neoを参照。
2014年4月19日、UFC初参戦となったUFC on FOX 11でジャック・メイと対戦し、パウンドでTKO勝ちを収めた。2016年4月10日、UFC Fight Night: Rothwell vs. dos Santosでガブリエル・ゴンザーガと対戦し、パンチラッシュでKO勝ち。パフォーマンス・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2016年7月7日、UFC Fight Night: dos Anjos vs. Alvarezでヘビー級ランキング10位のロイ・ネルソンと対戦し、判定勝ち。2016年12月9日、UFC Fight Night: Lewis vs. Abdurakhimovでヘビー級ランキング15位のシャミル・アブドゥラヒモフと対戦し、マウントパンチでTKO勝ち。2017年2月19日、UFC Fight Night: Lewis vs. Browneでヘビー級ランキング9位のトラヴィス・ブラウンと対戦し、パウンドでKO勝ち。ファイト・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2017年6月11日、UFC Fight Night: Lewis vs. Huntでヘビー級ランキング7位のマーク・ハントと対戦し、TKO負け。2018年2月18日、UFC Fight Night: Cowboy vs. Medeirosでヘビー級ランキング9位のマルチン・ティブラと対戦し、右フックからのパウンドでKO勝ち。パフォーマンス・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2018年7月7日、UFC 226でヘビー級ランキング1位のフランシス・ガヌーと対戦し、3-0の判定勝ちを収めるも、両者共に手を出さず終始お見合い状態となってしまい、UFC解説のジョー・ローガンから「歴史上、最も退屈なヘビー級マッチだ」と酷評された。2018年10月6日、UFC 229でヘビー級ランキング5位のアレキサンダー・ヴォルコフと対戦。ヴォルコフの打撃に苦戦し終始劣勢となるものの、試合終了直前に右ストレートでダウンを奪い、追撃のパウンドで大逆転の3RKO勝ちを収め、パフォーマンス・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2018年11月3日、UFC 230のUFC世界ヘビー級タイトルマッチで約1ヶ月前のオファーを受けて、王者ダニエル・コーミエに挑戦。グラウンドで圧倒され、2Rにリアネイキドチョークで一本負けを喫し、王座獲得に失敗した。2019年3月9日、UFC Fight Night: Lewis vs. dos Santosでヘビー級ランキング8位のジュニオール・ドス・サントスと対戦し、パウンドで2RTKO負け。敗れはしたものの、ファイト・オブ・ザ・ナイトを受賞した。