大型の肉食動物は飼育していないが、リャマ・カピバラ・リスザルなど哺乳類を中心に淡水魚、昆虫類まで多数飼育している。また、1994年には日本で初めてカバの人工哺育に成功した。行動展示も積極的に行っている。園内は檻などが少なく、シロサイやシマウマなどの動物を除いてほとんどの動物を間近で見ることができ、餌付けもできる。他のゾーンとの仕切りは低い塀や水路・暗い通路などで、それぞれの動物の習性により他のゾーンへ逃げ出すことは少ないが、カピバラやマーラなどはたまに他の区域にも出没する。2008年6月19日 マレーシア国立マラッカ動物園と姉妹動物園提携を結んだ。これに伴い、マレーシア国立公園・動物園管理局ならびにPAMAJAからコツメカワウソ10頭が寄贈されることが決まった。2009年1月現在 先行して寄贈された4頭のコツメカワウソが展示されている。2005年春より福岡市郊外の福岡県久山町にあるショッピングモール「トリアス」に「トリアスふれあい動物園」を開園した。「長崎バイオパーク」から主要な動物が1-10匹程度派遣され、狭い敷地面積ながらかなりの動物の種類が放し飼いされており「ミニバイオパーク」的なふれあいが体験できる。入園料は3歳以上300円。2015年2月から松浦市が運営する鷹島モンゴル村の指定管理者となり、同年8月1日のリニューアルオープン以降の施設運営を担当していたが、不振のため2016年10月を持って撤退した。
長崎オランダ村に先立って1980年11月に神近義邦が開園した。神近は西彼町役場職員から東京・永田町の料亭「一条」の幹部となった人物で、一条の所有する西彼町の土地に1973年に開園した観光果樹園をもとに「伊豆シャボテン公園」の創設者である東京農業大学近藤典生教授の指導により、「人と自然の調和」を主題にした自然動植物公園「長崎バイオパーク」を1975年より建設。総工費約2億円は、一条の顧客で神近と親しかった地元の親和銀行が出資した。
1905年（明治38年）の秋、天川は樺太へ居を移した。五年間樺太に滞在した後、浜益へ帰郷。1915年（大正4年）11月には、熊害を引き起こした羆の駆除に一役買い、写真が残されている。昭和に入ると、金田一京助のもとを訪ね、給与地問題の経緯について語った。1933年（昭和8年）1月23日には、「天川恵三郎手記」を記し、自ら給与地問題を記録している。1934年（昭和9年）4月5日死去。
自身への疑いが晴れた天川は、近文アイヌは旭川町長・奥田千春にその土地を奪われたとの情報を目にする。報復として栗山の告訴を検討し、それを弁護士に相談する。しかし弁護士からは、それよりも旭川町長を訴え、アイヌの土地を取り返すべきだと諭される。近文の川村モノクテ首長らと面会した天川は、この一件は旭川町長と栗山国四郎、仲間であったはずの川上コヌサらの結託による謀略と判断。1905年（明治38年）6月、天川は川村首長を代理し、旭川区裁判所へ奥田千春に対する訴訟を起こす。その結果、町長の側から、旭川町がアイヌ給与地を保護することにしてはどうかとの提案があり、天川はそれを受け入れ、示談が成立した。
1904年（明治37年）9月、深川のアイヌ・栗山国四郎により、天川は告訴された。告訴状によると、「天川は二千円を借り受けたが、それを全て私用した。近文アイヌによる開墾と借金とは無関係であり、私印盗用・官文書偽造である。」というものであった。未決監へ収監された天川であったが、1905年（明治38年）5月、予審免訴となり、釈放された。
二千円の借金を元手に、近文アイヌは四十五万坪の土地を開墾し終えた。約束を果たした天川らは、道庁へ給与地の下付を求めに札幌へ足を運ぶが、門前払いされる。1902年（明治35年）、北海道土人教育会（二条基弘会頭）で「天川恵三郎が近文アイヌの名義で二千円の借金をして私用した、処分する。」という話があった、との新聞報道を目にした天川は、たまらず二度目の上京をした。二条のもとへ抗議に赴いた天川は、北海道土人教育会の臨時会への出席を認められる。臨時会にて、新聞報道は偽りであることを説明し、給与地の下付を求める天川の訴えが認められ、天川は満足して浜益村へ帰郷した。
ツツはまた、パレスチナ紛争について意見を述べた。1989年にニューヨークで、彼はイスラエル国家を建設した神をたたえ、「領土の保全と、その存在を否定する人々からの攻撃に対する基本的な防衛」の権利があることを主張した。彼はカイロで、パレスチナ解放機構の指導者ヤセル・アラファトを訪問し、彼にイスラエルの存在を認めるよう促した。同時に彼はイスラエルがアパルトヘイト時代の南アフリカに武器を供給したことに怒りを表明し、ユダヤ人国家が如何にしてナチス同調者が多数いる政府と共同することができたのか、と困惑を表明した。ガザとヨルダン川西岸地区のイスラエル占領地に言及し、それが南アフリカのアパルトヘイトの状況の「深く、深く、悲惨な」相似であると述べた 。彼は明確なパレスチナ人国家の形成を呼びかけ、自身の批判の重点はより広い意味でのユダヤ人グループではなく、イスラエル政府に向けたものだと強調した。パレスチナ人の主教サミル・カフィティの招待を受け、ツツはエルサレムにクリスマス巡礼をすることを引き受け、ベツレヘム近郊のシェパーズ・フィールド（Shepherd's Field）で説教を行い、2国家共存解決を呼びかけた。その旅程で、彼はまたヤド・ヴァシェムのホロコースト記念館を訪問して献花し、ジャーナリストに許しの重要性について語った。ツツがホロコーストを行った人々への赦しを呼びかけたことは、彼がパレスチナ国家を支援していることと相まって世界中の多くのユダヤ人グループから非難された。このことは、反ユダヤ主義の疑いを免れようと「私の歯科医はコーエン博士だ」などの発言をしたことで更に悪化した。ツツは、ホロコーストに対する赦しの重要性をその後も説いており、『赦しなくして未来なし（No Future without Forgiveness）』と題する1999年の著作においても、ユダヤ人の心情に理解を示しつつも、未来のために異なる道を模索することを呼びかけている。また、ホロコーストにおいて「殺されてしまった人の代わりに他人が赦す権利などない」とする反論に対し、その意見の正当性を認めつつも、生き残ったユダヤ人が死者に代わってナチを赦せないなら、なぜ死者が受け取るべき賠償金を代わりに受け取っているのか、とユダヤ人の取り組みの矛盾をも指摘した。