B1・B2ラインで流れてくる生放送番組には、「ローカル編成可能枠」（ローカルへんせいかのうわく）が設定されている。特に、平日朝の『ONE MORNING』・『ONE MORNING FRIDAY』・『OH! HAPPY MORNING』、昼の『simple style -オヒルノオト-』・『Seasoning -season your life with music-』・『FRIDAY GOES ON! 〜あっ、それいただきっ!〜』、夕方の『Happy Hour Party!』、週末の『サタ☆スポ!』・『SUNDAY FLICKERS』の各番組には、番組途中で3 - 5分のBGM枠があり、その時間でネット局からローカルのニュースや交通情報などを編成できるようにしている。その他、30分毎以外にも飛び降り・飛び乗り出来るように、細切れでコーナーが設定してあり、コーナーごとに「●●（パーソナリティ名）がお届けしている△△（番組名）。」という挨拶を入れるようにしてある。そのため、原則的にネット局は中途半端な飛び乗りを防ぐためJFNCに対してローカル編成する時間帯を報告する必要がある（かつてAM夜ワイドで見られたブロックワイドと考え方は同じである）。なお、平日 8:00 - 8:20は、ほとんどの局が実際はJFN Aライン（TOKYO FMからの全国ネット番組）を放送し、一部放送しない局でも、ローカル番組を放送している。土曜日の10:00 - 10:55、13:00 - 17:55、22:00 - 23:55、日曜日の10:00 - 17:55と23:00 - 23:55は一部時間を除きAライン番組である。『ONE MORNING』（6:55まで）・『ON THE PLANET』・『やまだひさしのラジアンリミテッドF』はB2プログラムである（ONE MORNINGの7:00以降はAライン）。
通信衛星による「JFNサテライトネットワーク」を用いる。Aライン、Bラインがある。悪天候・太陽雑音などにより衛星からの信号が受信困難なときは、IP伝送を使った音声CODECでバックアップするシステムも包含している。また、ラインネット以外の番組素材は、JFN情報ネットワークを使用して、BWF-Jフォーマットの音声ファイルとして搬入される。原則生放送を基本としている。番組自体はユニット単位で構成されており、各放送局にて編成を容易にできるようにしている。ネットしている放送局が1局しかない時間帯はネットしている地域に向けた話題をする場合がある（good morning! That's wakeman showにおける高知県向けコーナーの『ウィ・ラブ・コーチ』や秋田県向けコーナーの『アキタ A TO Z』など）。番組は各放送局からの放送となるため、JFNC自体ではそのまま放送を電波に乗せるわけではない。そのため、「放送」という言葉を用いずに「送出」という言葉を使用することがある。したがってこの場合、以前流したものを再度流す際は「再送出」となる。また午前中のワイド番組ではローカルでの情報挿入が可能である。番組は原則的にエフエム東京も入居する千代田区麹町のFMセンター7階にあるJFN配信番組制作専用スタジオを中心に制作・送出を行っている。これは後からでき、FMセンターにほど近いところにあるJFNセンターには生番組や録音番組を制作・放送するスタジオやマスターなどの「放送局としての機能」を持ち合わせていないこともあるが、JFNセンター開設前からFMセンターでJFNの番組制作を行っていたという事情にもよる。同一フロアにはTOKYO FM アースギャラリー（東京向け・東京発全国向け生放送スタジオ）や東京向けに放送されるスタジオも設置されている。2008年にスタートした『Eyes on Japan』以降の【平日朝のワイドプログラム】に関しては全国向けの番組でもあるが、東京向けの時間帯を複合しているため、番組全体はアースギャラリーから放送されている。また、小さめのアナブースも設置されており、『JFNニュース』はこのスタジオから送出される。
1984年（昭和59年）5月31日に設立される。最初の供給局はFM沖縄。当初は平日の日中の番組供給が中心だった。1985年、レディオキューブ FM三重やFMぐんまといった既存FM局とエリアが広く重複する地域に民放FM局が開局すると、平日の夜間や土日にもAラインと呼ばれるTOKYO FM制作の番組とは一線を画したBラインと呼ばれた独自の番組を供給した。とりわけこの2局の編成は、既存FM局と同一系列とは異なるものになっている。広告収入源の小さい地方のJFN新規加盟各社が次々と開局するようになると、ジャパンエフエムネットワークへの依存度を更に高め、番組供給が深夜にまで広がる結果となった。現在JFNCの番組は、B1プログラムという呼称で配信されている。ただし、エフエム東京からの放送となるがJFNCネット扱いの深夜早朝の番組はB2プログラムという呼称で、60分以下の番組はファイル配信システムを使用して配信されている。番組配信は、JFN加盟各局に限られ、コミュニティFM局への配信は一切行っていない。ちなみに、逆にミュージックバードがJFN系列局に供給する番組はある（トランス・ワールド・ミュージック・ウェイズ）。
1981年7月の組長・田岡、翌年2月の若頭・山本の相次ぐ死で、風雲急を告げる格好となったトップとナンバー2を巡る争いは同年6月、過去に若頭・梶原清晴の事故死（1971年7月）による後任若頭争いで、一時は後任若頭に決まりながら山本健一の強い抵抗にあい、やむなく若頭就任を辞退させられた若頭補佐・山本広が組長代行に就任。 一方でナンバー2の若頭には「山本健一の遺志」として竹中が就任し、にわかに“山健派対山広派”の様相を呈すことになる中、竹中は若頭就任間もない同年8月に賭博開帳による収益が無申告だった所得税法違反で逮捕され、翌1983年6月まで勾留された。組内では過去に悲運を味わった山本広に同情する者が多かったが、三代目の妻であった田岡文子（フミ子）の強い意向で、1984年6月5日、遂に山口組四代目を受諾。同年7月10日に継承式が執り行われた。文子に反発した山広派は山口組を脱退、一和会を結成し山一抗争へと発展した。勢力数こそ当初は一和会が山口組を上回っていたものの、武闘派・竹中四代目の怒濤の攻撃（切り崩し）を前にして一和会は徐々に弱体化、焦った一和会側は密かに竹中暗殺を計画し、同年9月には暗殺部隊を結成。翌1985年1月に竹中に懲役6ヶ月の有罪判決が確定。同月26日、収監前の竹中は神戸の山口組新本部の上棟式の後、大阪府吹田市のマンションで、待ち伏せていた一和会 二代目山広組系組員に銃撃され、意識不明のまま翌27日に死亡した。竹中に同行していた若頭・中山勝正（豪友会会長）も射殺され、山口組は短期間の間に、再びトップとナンバー2を失う事態となった。