与那国町長の外間守吉は、海底地形の保護のために、2005年には水中文化遺産条例の制定、2010年にはユネスコの水中文化遺産への登録に言及していた。2015年8月15日には、参議院議員秋野公造らが与那国島を訪れて現地視察を行った後に、与那国町教育長と意見交換し、ジオパークや水中文化遺産等として保護ができないかと語っている。外間は、2016年3月には、学術的調査を行った上で、国の史跡、世界遺産、ジオパークへの登録への取り組みを検討することを表明。与那国町は2016年10月13日に文化財指定に向けて学術的評価を行う調査事業に着手した。この調査事業では、2016年度内に2回の検討会議を開き、文化財的な価値があると判断された場合は2017年度以降に本格的な調査を実施する方針とされた。同日には木村や琉球大学教育学部准教授で地球科学を専門とする尾方隆幸らが半潜水艇で海底地形を見学した結果、尾方は「90％以上は自然の地形であり、東崎や軍艦岩等の陸上の地形の連続だとほぼ確信した」との見解を示している。翌10月14日に行われた第1回検討会議では、出席した専門家は保護すべきとの意見で一致した。木村は「人工物か自然かは別にしても保護すべき地形だ。」と述べた。一方、尾方はジオパークとしての保護に触れ、また、与那国町教育委員会の出席者は天然記念物の緊急調査事業を紹介し、いずれも自然地形としての保護を前提とした発言を行った。九州大学大学院地球社会統合科学府教授の菅浩伸も「非常に特徴的な地形」との見解を示した。
1992年、1994年の予備調査を経て、1997年から1999年にかけて7度にわたり、調査が行われた。2002年には、水中テレビロボを用いた調査も行われている。また、水中ロボットの研究を行っている東京大学生産技術研究所・海中工学研究センター浦研究室も、2005年に調査を行っている。
地質学者でボストン大学准教授のロバート・ショックは、この地形は人工物と考えることは困難であり、基本的に自然のものであるが、崇拝の対象とされ、人によって加工された可能性はあるとの説を唱えている。すなわち、与那国島で太古に人間が生活していた痕跡が認められていないと留保しつつも、海底地形は少なくとも95％以上は自然のものであるが、ヨーロッパにおける洞窟壁画と同様に古代人がそれに手を加えた（touched up）ことはありうるとし、紀元前8000年代には与那国島は北回帰線（夏至線）に非常に近い位置にあったため、この地形はおそらく天文学的にこれに整列する神殿（shrine）であったのだろうと指摘している。
施設を作るために石を切り出す場所であったとする説。この説によれば、階段状に直角に切り出されている部分は説明がつくが、切り出した石の行方が説明できない、という主張がある。
かつて古代文明がこの地に存在し、何かに使用した建物であるとする説。「遺跡」であれば、水没したのは動植物の分布や鍾乳石から、前回の氷河期が終わって海面が上昇したときであるとの説があり、これが事実ならば、1万年以上前の世界最古の古代遺跡ということになる。また、発見者である新嵩喜八郎主催の与那国海底遺跡博物館のウェブサイトでも、約1万年前に海面上昇により水没したことがはっきりしてきたと主張されている。木村は、当初遺跡の年代を4,000 - 2,400年前とし、その後、1万年以上前、6,000年前頃と年代の主張を再三転じていたが、2007年には3,000 - 2,000年前に形成されたとする説を唱えている。
上記の通り、中村衛や安里嗣淳らの複数の学者は自然地形説を採っている。また、木村によって2007年に主張された3,000-2,000年前に形成されたとする説に対して、東アジアを専門とする考古学者でブリティッシュコロンビア大学教授のリチャード・ピアソンは、与那国島では焚火跡、石器、土器を含む紀元前2500年 - 2000年の小規模な居住地の遺跡が発見されているが、その住民には石造記念物を建造する余力はなかったであろうとの見解を示している。
アリストテレスが「第一の師」とイスラム世界で仰がれてアリストテレスの哲学解釈が興隆していく中、それに続く「第二の師」と呼ばれたファーラービー（870年頃 - 950年）はキンディーが開いた道に基礎を固めた人物として知られている。キンディーのように彼も、著作が多く、殊にアリストテレスの注釈書はおおく、アヴェロエスを凌ぐものであった。キンディーと比べ、ファーラービーはアリストテレスの理解も正確であった。彼も、キンディー同様に真理を追究する情熱は確かなものであり、彼ももちろんムスリムであったが、真理に反対するものであれば服従すべきはずのクルアーンでさえも、許されるものではないと考えていた。ファーラービーは哲学は真理を求める学問であって、人はこれに専念さえすれば最高の精神の境地へと到達することができると考えた。ファーラービーは、イスラム的であるよりも、哲学的であるべきだと考えていた。しかし、イスラームを始めとする宗教に対して敵意を抱いていたわけではない。彼は、イスラームに哲学の概念を導入することによって、イスラームの国家、政治、社会が安定するように考えていた。また、ファーラービーによると、イスラームにとって重要な概念である啓示は、本来哲学者が直接的に形而上学的認識として把握すべきものとし、預言者ムハンマドはこれを形象的、詩的に表現した天才ではあるが、哲学者よりは一段下と考えざるをえないとまで考えていた。また、論理学にも長けており、後のヨーロッパのスコラ哲学で大論争となったいわゆる普遍論争は、ファラービーに端を発しているともいわれている。他にも、世界の存在をネオプラトニズム的な流出論からの説明を行ったり、形而上学やキンディーも論じていた知性論を踏まえ、10の知性流出説など深い論及をし、イスラーム哲学においては偉大な存在の人物であったことはもちろんであるが、ファーラービーの論及した問題は後のヨーロッパの中世哲学の要になるようなものばかりであった。