政府は戦後の帰還兵の住宅用資材を確保するため民間工事を制限していたが、1946年3月末、生産統制局CPAがシーゲルとデル・ウェブにフラミンゴの工事凍結を命じた。最終的に工事は認められたが、政界実力者の口利きがあったと信じられている。FBIはシーゲルがネバダ州地盤の上院議員パット・マッカランにリベートを送ったと見て収賄の疑いでシーゲルとマッカラン両方をマークしていた（1946年8月26日付のFBIメモ）。FBIにマッカランとの関係を質されたシーゲルは地元の慈善団体に500ドル寄付しただけと、リベートを否定した。一説によると、マッカランは資材待ち工事リストでフラミンゴプロジェクトの順位を上にして資材の供給を優先的に受けるようにしたとも言われた。当時のロスの新聞が「住宅がなく帰還兵が路頭に迷っているのに政府は娯楽ホテルの建設を許可した」と批判した。
1939年11月、マーダー・インクを密告しようとした元仲間ハリー・グリーンバーグを、フランキー・カルボやアルバート・タネンバウム、ホワイティ・クラッカウワらと共謀してロスで殺害した。1940年8月、逮捕されたが、証人が揃わず放免された。1941年10月、政府内通者に転じたマーダー・インクのエイブ・レルズらの証言によりグリーンバーグ暗殺関与で再び逮捕された。クラッカウワは1941年2月口封じで殺され、レルズは1941年11月に謎の転落死を遂げた。更に、レルズに追随して密告者に転じたタネンバウムによるシーゲルの殺害関与の証言が証拠として採用されず、1942年2月、無罪釈放された。シンジケートがシーゲルを救うためにロスの検察当局を買収したとされる。グリーンバーグ関連の裁判中に収容された刑務所では、刑務所の食事を拒否して自分のシェフに食事を作らせた。電話の無条件使用や独房への女性面会者の入室も許可され、歯医者に行く名目で19回も外出を許可された。歯の治療の代わりにハリウッド女優との食事を楽しんだ。
ハリウッドの社交界に出入りして人脈を築く傍ら、手練手管でハリウッド映画のエキストラ組合に強引に入り込み、組合ストを盾に大手映画会社から示談金を巻き上げた。また映画スターから金を借りて返済せず、そうして懐に入れた金は年に40万ドルにも達した。ケーリー・グラント、ハンフリー・ボガートら多くの映画スター、プロデューサーと交際し、ケティ・ガリアン、ウェンディ・バリー、ジーン・ハーロウ、マリー・マクドナルドらハリウッド女優と浮き名を流した。1930年代後半、イタリアの伯爵夫人で社交家のドロシー・テイラー・ディフラッソと恋仲になり、その奇抜な儲け話に翻弄された。1940年代初め、元ショーガールのヴァージニア・ヒルと出会い、付き合うようになった。東海岸から妻子を呼び寄せて一緒に住んでいたが、ほとんど家に帰らず、1946年8月、週350ドルの養育費を条件に離婚した。娘が幼かったため離婚を先延ばししていた。
1937年、西海岸での組織拡大も兼ねてカリフォルニア州に拠点を移した。当地のギャングボスのジャック・ドラグナには組織をまとめる力量がなく、シーゲルには小物のローカル・ギャングにみえた。ルチアーノやコステロの代理でホテルや不動産ビジネスを始めたほか、仲間のモー・セドウェイと組んで西海岸の競馬通信社や私設馬券場を勢力下においた。1938年、地元ギャングのトニー・コルネロと共に当時カリフォルニアで違法だったギャンブルをサンタモニカ海岸3マイルの沖でレックス号という船の上で開いた。3マイル沖の海上なら法律の適用外になるという目論見だったが、ロサンゼルスの郡警察はすぐに手入れに乗り出し、レックスを開店即休業に追い込んだ。そのため2人はさらに離れた12マイル沖で始めた。しかし今度は陸地から遠すぎで客がほとんど訪れなかった。この件で2人は大損したという。メキシコの麻薬密輸にも関わったと伝えられた。1944年、カリフォルニアのセアリトスに仲間アレン・スマイリーと共に倉庫を買い、盗難くず鉄を安く買って政府に高く売った。
ニューヨークのブルックリンのウィリアムズバーグ生まれ。両親はウクライナ出身のユダヤ系移民。生まれる数年前キエフから渡米した。貧困家庭で育ったものの、家族には裏社会と関わりのある人間はおらず兄は医者の道に進んだが、シーゲルは少年時代からストリートギャングとなり、マンハッタンのロウアー・イースト・サイド地区のラファイエット通りを中心として窃盗などの犯罪を働き、露天商から上納金を取り立てていた。この頃、ヘルズ・キッチン地区のアパートのベランダから下を歩く警邏中の警察官に水を入れた袋やレンガを投げつけていた。バグジーの渾名はここからきたと言われている。バグジーとはばい菌、害虫、狂人という意味の蔑称で、彼はよほど親しい人間でない限り、自分をそう呼ぶことを許さなかった。シーゲルは人生で1度だけ正業についたことがある。それはタクシー運転手だった。当時のタクシー利用客はもっぱら富裕層だったため、客を外出先に送り届けた後で客の自宅へ空き巣に入ったという。1926年1月、タクシーの乗客を強姦した容疑で逮捕されたが、被害者が証言を変え放免された。
伝染病の蔓延を恐れたGHQが、日本政府に検疫措置の厳格な履行を求めたので、引き揚げ船で前述の港にたどり着いた引き揚げ者達には、厳しい検疫が課せられた。厚生省の記録によれば、栄養失調症、マラリア、結核、脚気等の罹患者は、引き揚げ者全体のうち10パーセントにのぼり、1950年（昭和25年）末までに、18万人が最寄りの国立病院等に搬送され、うち3980人の死者数を記録する。1946年（昭和21年）4月には、広東から浦賀に入港した引き揚げ船においてコレラが発生したため、20隻もが海上隔離のため沖合停泊を命ぜられた。7万人近い引き揚げ者が、祖国を目の前に待機を余儀なくされ、うち70名が死亡した。入港後の引き揚げ者には、旧兵舎を利用したあるいはバラック造りの宿泊所が無料で提供された。食事も無料で提供され、主食は1日400グラムとされた。当時の一般国民への配給が310グラムであったのに比べ優遇されていた。また、1人100円（1世帯では500円）を上限にして、上陸港から郷里までの旅費も提供された。その後、引き揚げ者は、居住地の移動証明書に代わる引き揚げ証明書をもらい、郷里へと向かった。鉄道輸送力が荒廃していた時代であるが、引き揚げ者輸送のため、特別列車（いわゆる復員列車・引揚列車）が他に優先して運転された。