自然環境から大気中に放出されるメタンは温室効果ガスであり（二酸化炭素の20-30倍の温室効果）、地球温暖化への影響が心配されている。二酸化炭素は現在温暖化の原因として悪名高いが、現状の上昇グラフや温暖化への寄与率を考えると二酸化炭素以外の温室効果ガス（メタンを含む亜酸化窒素、オゾン、フロンなど）が50年後には二酸化炭素の温室効果を上回ると考えられている。原始地球においてはメタン生成菌によるメタン放出によって地球大気が暖められ、生命の進化を促したと考えられる。またニッケルが減少した事によりメタン生成菌の繁殖が抑えられ、メタンの放出が減り藍藻類が登場して大気中の酸素が増え始めたという説もある。大気中メタンは17世紀以前は一定の量を維持していたが、人口増加や産業革命に伴い増加の一途をたどっている。特にここ50年間で発生量は2倍になっており、これは水田や家畜などの寄与率が大きいと考えられる。メタン生成菌の関与しているメタン生成量はZinderのデータによると年間3億〜7億トンである。一方、メタン生成菌非関与の生成量は5千万〜1.5億トンであるからその寄与率の大きさは明らかである。汚泥の除去など有効利用が行なわれる一方、水田や家畜からのメタン発生の抑制を行なう研究が進行中である。例えば、水田では稲藁をそのまま投入するより、一度発酵させ堆肥として用いたほうがメタン発生を抑制できるとの研究結果もある。
シロアリ後腸でもルーメンと同じように酢酸はシロアリに吸収される。したがって水素-二酸化炭素を利用するところだが、シロアリの種類によっては水素-二酸化炭素より酢酸生成菌が酢酸を生成する。自由エネルギー変化は酢酸生成系のほうが低い(ΔG⁰’ = -105 kJ/mol)が、シロアリ腸内では酢酸生成菌が優占種となるケースが多い。
腸内で発酵によって生じる酢酸やプロピオン酸は腸によって吸収される。したがって、それ以外の基質である水素と二酸化炭素およびギ酸がルーメンでは利用される。発生するメタンのうち80%は水素-二酸化炭素由来、20%はギ酸由来である。
海洋中では硫酸イオンが豊富に存在するために、堆積物中で発生する水素、ギ酸、酢酸はほとんどが硫酸還元菌によって消費される。そのため、それ以外の基質（例えばメチルアミン、硫化ジメチルなど）を持ってメタン生成菌が生育する。硫化ジメチルは 2 μM 以下の低濃度だと硫酸還元菌が用いるが、高濃度ではメタン生成菌(Methanolobus属)が優先的に利用する。
淡水堆積物は発酵性真正細菌の働きが活発であり、硫酸イオンに乏しい。そのため、有機物はほとんど二酸化炭素、ギ酸、酢酸にまで分解される。また有機酸を電子供与体として水素も発生するので、メタン生成菌の生育の場としては理想的である。特に、淡水中では酢酸の量が多く、淡水で発生するメタン生成の60%は酢酸、40%は水素、二酸化炭素経由である。多くのメタン生成菌が湖沼や嫌気消化槽から分離されているものの、潜在的なメタン発生源となっているとされる水田から分離された種は多くなく、Methanobacterium spp.や Methanoculleus spp. などが知られるだけである。これは、水田土壌が農閑期に乾燥状態に置かれるため、偏性嫌気性のメタン生成菌の中では特に酸素耐性が高い種が優勢になり、分離される率が高いからだという説もある。しかし最近では、RICEクラスターと言われる難培養性の水田由来のメタン生成菌が多く分離されている。
メタン生成菌は極めて広範な環境に生育するが、メタン生成によるエネルギー獲得の基質はそれほど多様ではない。一般的なメタン生成菌の生育基質は、二酸化炭素である。しかし、この他にも多様な炭素源をメタンへと変換できるメタン生成菌も何種類か存在する。例えば、Methanosarcinacea綱のメタン生成菌は、一酸化炭素、酢酸、メタノール、メタンチオール、メチルアミンなどを用いることができ、油井から分離された Methanolobus siciliae などはジメチルスルフィドを資化できる。また、Methanogenium organophilumは、第一級アルコールであるエタノールや1-プロパノールを利用できる。かつては、Methanobacterium omelianskii がエタノールからメタンを生成できると考えられていたが、これは後に細菌であるS菌（エタノールを水素と二酸化炭素に分解する）との共生系であり、今では Methanobacterium bryantii と名前が変更されている。また、第二級アルコール（イソプロパノール、シクロペンタノール、2-ブタノールなど）を電子供与体として利用するものやメトキシ基芳香族化合物を利用するものもいる。
8801形は本線の急行用車両として、7890形は武庫川線専用車両として運用された。両形式とも1995年の阪神・淡路大震災での被災はなかった。1998年2月の直通特急運行開始時には、8801形は直通特急対応の改造は実施されなかった。2001年3月の直通特急大増発に伴うダイヤ改正では、8801形は阪神本線内完結の運用が多くなり、朝夕ラッシュ時と甲子園行き臨時特急にのみ運用されることが多かった。阪神なんば線を介した近鉄奈良線との乗り入れに際して、2006年から2008年にかけて既存先頭車の連結器を従来のバンドン式から廻り子式に換装する工事が実施されたが、8801形、7890形では実施されていない。7890・7990形では7890形の座席下に偏差アダプタを収納している。8801形は1000系の増備に伴う代替廃車の対象となり、2008年11月22日に阪神尼崎車庫から山陽東須磨車庫に回送後、深夜に山陽東二見車庫へ回送され、同車庫に留置された。西大阪線の難波延伸（=阪神なんば線開業）を見込んで製造されたものの、その阪神なんば線へは乗り入れることなく、2009年2月16日付で廃車された。2000年10月1日からの武庫川線のワンマン運転開始に伴い、7890形は7861形7964F・7966F・7968Fとともにワンマン運転対応改造が施工された。2011年に乗降扉を8000系 (8231F) のリニューアル工事で捻出されたものに交換され、ドアエンジンも更新された。2017年4月1日時点では、7890・7990形の1編成2両が在籍している。