ビジャープル王国とゴールコンダ王国の征服後、アウラングゼーブは再びマラーターとの戦いに戻った。一方、マラーター王サンバージーも、1686年に 南インドのマイソール王国がムガル帝国の結ぼうとしたため、これと戦っていたが、戦闘を切りやめてデカンとの戦いに戻った（しかし、マイソール王国とムガル帝国との間で、マイソールが帝国に臣従するかわり、その領土にマラーターが侵入した場合、帝国がこれを撃退するという条約が結ばれた）。。1687年以降、アウラングゼーブとサンバージーは、2年近くにわたり戦ったが、戦線は依然として膠着状態だった。だが、2月1日、アウラングゼーブはサンガメーシュワルのサンバージーの陣に奇襲をかけ、彼と宰相をはじめとする25人のマラーター側の指揮官をとらえた。サンバージーは捕えられたのち、拷問にかけられ、3月5日にアウラングゼーブは彼と宰相などの家臣をビーマ川の河畔で殺害した。サンバージーの死をうけて、その弟ラージャーラームがマラーター王となったが、同月25日にアウラングゼーブは部下アサド・ハーンとその息子イティハード・ハーンに王国の拠点ラーイガド城を包囲させ、11月3日に城を落とし、サンバージーの息子シャーフーを捕虜とした。ラージャーラームは陥落に城を離れており、11月1日にプラタープガド城に逃げていたが、そこも危なくなったため、1690年4月にこの地も捨て、南インドのシェンジ（ジンジー）を拠点とした。こうして、1690年までにアウラングゼーブはデカンを制圧し、帝国の4分の1に当たる領土を版図に加え、ムガル帝国の勢力は南インドにまで及んだ。
同月、アウラングゼーブは領土拡大とマラーター討伐のため、総数50万というかつてないほどの大軍を率いてデカンに大挙南下し、11月にはデカン地方への入り口たるブルハーンプルに到着した。これ以降、アウラングゼーブはデカン戦争に残りの生涯を費やし、死ぬまで帝都デリーには戻らなかった。同年末、ムガル帝国軍はマラーター側の拠点ラームセージュを包囲したが、攻めあぐねる結果となり、足止めされた。一方、同年12月にマラーター王サンバージーも、ムガル帝国側の拠点ジャンジーラを攻めたが、彼も攻めあぐねていた。同時に、アウラングゼーブは指揮官の一人フサイン・アリー・ハーンに命じて、マラーター王国の北コンカン地方の領土を攻めさせた。1682年初頭、サンバージーはこれに対処するため、ジャンジーラの包囲を解き、フサイン・アリー・ハーンと交戦し、これを撃退した。この頃、アウラングゼーブは莫大な兵糧をデカンに供給するため、陸路だけでなく海路も考え、ゴアのポルトガル総督から港の使用許可を得ることを試みている。1683年末、アウラングゼーブはアフマドナガルに移動し、この地からマラーターとの戦闘指揮にあたった。1684年2月、アウラングゼーブは指揮官の一人シャハブッディーン・ハーンに、マラーター王国の拠点ラーイガド城を攻めさせたが、落とすことはできず、1685年初頭になっても進展が見られなかった。このように、ムガル帝国とマラーター勢力は4年近くにもわたりデカンで争ったが、戦線は膠着したため、アウラングゼーブの目はデカンで細々と存続していたビジャープル王国とゴールコンダ王国に向けられた。長い包囲戦を経たのち、1686年9月にビジャープル王国を、翌1687年9月にはゴールコンダ王国を制圧し、これらを併合した。
香川県豊田郡柞田村（現 観音寺市柞田町）出身。農家の秋山清五郎、イセの五男として生まれる。中農だったが、厳しい家庭で、当時は機械化されておらず秋山も小さい頃から農業を手伝い、海兵時代も休暇の度に帰宅して農作業をしていた。旧制香川県立三豊中学校（第7回）を経て、1911年（明治44年）9月11日海軍兵学校（第42期）に入校。同期には加来止男がいた。1914年（大正3年）12月19日卒業、席次は117名中66番。1915年（大正4年）少尉任官。砲術学校高等科及び専攻科を修了後、重巡洋艦「愛宕」砲術長、舞鶴要港部参謀、戦艦「榛名」副長などを歴任した。1937年（昭和12年）12月、大佐進級。「間宮」特務艦長、呉海兵団副長、金沢地方人事部長、厦門方面特別根拠地隊副長兼参謀、艦本広島監督官を歴任。呉海軍工廠総務部長在任中の1943年（昭和17年）5月、少将へ昇進した。1943年（昭和18年）第六根拠地隊司令官としてマーシャル群島クェゼリン島で指揮を執る。タラワ、マキンを制圧した米軍はマーシャル諸島クェゼリン環礁の占領を乗りだした。クェゼリンの日本軍は陸海軍合わせて約5000名、ルオット、ナムル島には海軍3000名がおり、これらの部隊の指揮をとったのは、秋山門造少将（海軍第六根拠地隊司令官）である。秋山が同島に赴任したのは、1943年11月。米軍上陸が明白だったが、独特の地形に阻まれ陣地構築が不完全であった。すでに、絶対国防圏の圏外であったクェゼリン島には、初めから救援部隊を送る予定はなかった。秋山は、米軍上陸初日、前線視察のため司令部壕を出たところ米軍の砲弾を浴びて戦死。死後海軍中将に昇進。1967年（昭和42年）12月、勲二等旭日章の叙勲が授与された。また、子息の秋山正清海軍大尉は、クェゼリン遺族会をつくり、1966年（昭和41年）遺骨収集を行い、1968年（昭和43年）現地に慰霊碑を建立した。