デルタ地帯付け根部分の東岸にあるマーディ遺跡から、メリムデ、オマリ文化に続く時代の文化遺構が発見され、マーディ文化と名付けられた。その後同種の文化がブト遺跡でも発見されたことから、マーディ・ブト文化とも呼ばれる。この文化は、先行するメリムデ文化やオマリ文化を引き継いで発展したものと考えられ、牧畜においてはロバ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、イヌが飼育されていたことが明らかとなっているが、特に重要なのは発見された動物骨の大半が飼育動物のものであることで、未だ狩猟は行われていたもののその重要性は大きく下がっている。ただし、漁労は非常に盛んであり多数の魚の骨が発見されている。遺跡において特徴的なのは楕円形をした半地下式の住居で、類似する形態の物がパレスチナ地方からも発見されており、その密接な関係を示唆している。また、農耕・牧畜のみならず銅製品の加工も行われていたことが明らかになっている。下エジプトで銅は得られない事から、周辺地域から原材料を輸入していた事を示すものであり、このこともマーディ・ブト文化の人々の周辺地域との関係の大きさを知る事ができる。マーディ・ブト文化の遺跡は下エジプトの全域から発見されているが、ナカダ2期の終わり頃（紀元前3500年～紀元前3300年）から次第に独自性を喪失し、上エジプトから広がったナカダ文化が下エジプトに定着していく。
カイロの南約20キロメートルのナイル川東岸にあるオマリ遺跡では、ファイユーム文化やメリムデ文化の最終段階と同時期に位置付けられる文化が発見され、遺跡の名前を取ってオマリ文化と呼ばれている。放射性炭素年代測定による年代測定では紀元前4600年頃～紀元前4400年頃という年代が得られている。やはりエンマー小麦、クラブ小麦や大麦などを栽培し、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギを飼育、野生の植物や動物を捕食していた。水産物もナマズやナイルパーチ等が豊富に捕獲されていた。石器はフリントを用いた剥片石器が中心であるが、少数ながら石刃技法によるものも認められる。石皿等穀物を食するのに必要な道具類の数が少ないことから、ここでも穀物栽培は未だ補助的な役割を果たしていたに過ぎないと推測されている。オマリ文化はメリムデ文化と並行する時代であり、共通点も相違点もあることから、相互の関係については明確ではない。
現在のカイロの南西45キロメートルの地点、現在のワルダーン村近くにあるメリムデ・ベニ・サラーム遺跡では、ファイユーム地方と並ぶ時代の新石器文化が発見されており、遺跡の名前からメリムデ文化と名付けられている。この遺跡から検出された石器等の史料はこの地方がシリア地方と交流を持っていた事を示し、集落の形態にもシリア地方、メソポタミア、キプロスと共通する要素があると見られる。エンマー小麦、六条大麦、豆類、亜麻等を栽培し、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタを飼育していたことが知られる。またファイユームと同じく狩猟は重要であり、アンテロープ、ガゼル、カバ、ワニ、鳥類が捕獲されていたほか、多数の魚の骨が発見されている。また死者の頭を東側に向けて埋葬する習慣があったことから、この当時既に死者の埋葬について宗教的な習慣が確立していた可能性もある。メリムデ文化の絶対年代は不明であり、放射性炭素年代測定では紀元前4750年頃から紀元前4250年頃であるが、研究者の中にはこの年代は新しすぎると批判するものもいる。
エジプトにおける最古の確実な農耕の痕跡はこの地方で発見されており、ファイユーム文化と呼ばれている。放射性炭素年代測定によれば紀元前5230年頃から1,000年あまり継続した。剥片石器を中心とする石器を用い、穀物を栽培、ヒツジとヤギを飼育していた。漁労・狩猟も未だ重要であり、ガゼルやハーテビースト、カバ、ワニ、カメなどの動物骨、魚類の骨が発見されている。ウシも発見されているが、家畜化されたものであるかどうか不明である。ファイユーム文化はエジプトで初めて農耕・牧畜を導入した文化ではあったが、これによって生業は多様化したものの、未だ本格的な生産経済に基盤を置く文化であったとは言い切れない。このファイユーム文化と、終末期旧石器時代の文化の間には1,000年以上の時間的隔たりがあることが判明しており、学者の中には農耕・牧畜の技術を持った人々が外部からファイユームに移動してきた結果、古代エジプト王朝の基礎を築いたとする主張する者もある。
計画の危機は経年劣化したミールの安全性に関するものであり、特に1997年の火災とプログレス補給船の衝突があげられる。火災はバックアップ用の固体燃料酸素発生器（SFOG）の誤作動に起因し、さまざまな物資に延焼し、90分14秒の間燃えた。これによって大量の有毒の煙が45分間にわたって船内に充満した。これによってレスピレーターを装着せざるを得なくなったが、最初に装着されたいくつかのレスピレーターマスクは故障していた。モジュールの壁につけられた消火器は固定されていた。火災はクルーのローテーション中に起こったため、通常の3人より多い6人の乗員がいたが、3人乗りのソユーズ脱出船に入るための道のひとつは火災で閉ざされており、半分の乗員の脱出を妨げた。類似した事故は初期のミール長期滞在でも起こっており、このときもSFOGが燃えたが数分間であった。ニアミスと衝突事件は更なる安全性問題をあらわにした。この2回の事件はどちらもテスト中であったTORU手動ドッキングシステムの失敗によって引き起こされ、このテストは資金繰りの苦しいロシアが高価なクルスシステムから脱却するための長距離ドッキング性能試験として企画されたものであった。この事故はステーションの信頼性に対する批判の声をますます強めた。ブレイン・ハモンドはミールにかかわる彼の安全を要求したがNASAの職員に無視され、安全会議の記録は「ロックされた保管庫から消えた」。ミールはもともと5年の計画寿命で設計されたものであったが、最終的にその3倍の期間にわたって飛行した。シャトル・ミール計画の期間中とその後、ミールはその経年劣化に由来する恒常的なコンピューターのデータ破損、電力喪失、操作不能の回転、漏れパイプのなどが起こり、これらは常にクルーが憂慮するところであった。エレクトロン酸素発生システムのさまざまな故障も問題になっており、この故障がSFOGへの依存につながったが、SFOGは1997年に火事の原因となっている。SFOGはISSにも乗せられており問題であり続けている。ほかに議論の的となったのはこの計画の科学的リターンの度合いであり、特にこの議論はスペクトルモジュールの喪失後に大きくなった。宇宙飛行士、運営者、さまざまな報道関係者は計画の利益よりリスクが大きいと不平を言い、特に多くのアメリカの科学実験設備はスペクトルに搭載されている事実があったために大きな議論になった。スペクトルの喪失によって多くのアメリカの研究は達成しづらくなり、可能な化学実験を制限した。安全性問題はNASAに未来のさまざまな計画を再考させたが最終的に継続を決定し、この決定はさまざまな方面の報道関係者から非難された。