ストーリー中、会話の中で二者択一の選択肢が発生する箇所が複数存在し、そこで選んだもの（＝クラウドの回答）や戦闘時にクラウドが仲間に対してとった行動等によって、仲間内の好感度が上下する場合がある。好感度はステータス画面にも表示されない裏ステータスであり、このステータスによって中盤以降、仲間あるいはクラウドが話す台詞や行動に違いが表れる箇所が幾つか存在する。この好感度システムは『X』などでも採用されている。
シリーズで初めて導入された要素。ワールドマップでモンスターと一緒に現れる野生チョコボを捕まえ、エサ（野菜）を与えて能力を強化しつつレースに出場させたり、繁殖させて特殊能力を持つ子供を産ませる事が出来る。カップリングで産まれる特殊チョコボは、ワールドマップの通常入れない地域を移動できる能力を持つ。マテリアの中には特殊チョコボを使わないと入手不可能な物が存在する。
シリーズの特徴であるATB（アクティブ・タイム・バトル）は引き継いでいる。また、待ち時間を表すTIMEゲージの他にLIMIT（リミット）ゲージとBARRIER（バリアー）ゲージが存在する。LIMITゲージは敵の攻撃でダメージを受けると蓄積され、最大まで溜まると、それを消費してキャラクターごとに様々な効果を持つリミット技を使うことができる。リミットはレベル1からレベル4（ケット・シーはレベル2）まであり、レベル4以外はそれぞれのレベルに2つずつ技が存在する（ケット・シーとヴィンセントは各レベルに1つずつ）。各キャラクターは敵を倒した（最後の一撃を決めた）数に応じてリミットレベルの最高値が上昇し（3まで）、ケット・シーとヴィンセントを除く全キャラクターは各レベルのリミット技の使用回数によりそのレベルのもう1つのリミット技を習得する。レベル4の技は究極リミット技と呼ばれ、その習得にはレベル3までの全てのリミット技を習得するだけでなく、世界のどこかに存在する「奥義書」を入手する必要がある。ゲージの蓄積率は設定したリミットレベルが上がるほど低くなり、溜まりにくい。またリミットレベルはメニュー画面で設定でき、必ずしも高レベルのリミット技を使わなくてはならないわけではない。リミット技の原型は『ファイナルファンタジーVI』で初登場となったが、LIMITゲージが表示されるのは本作から。リミット技はトランス、オーバードライブ、ウェポンスキル等『IX』『X』『XI』でも形を変えて登場している。BARRIERゲージは魔法「バリア」と「マバリア」における残り時間を表し、前者は物理防御力、後者は魔法防御力を上げる効果がある（効果がある間は対応する種類のダメージが半減される）。この両魔法は以前からプロテスおよびシェルとして存在しているが、本作ではこの2つで効果の持続時間が表示される。
兜や鎧、盾といった物で全身を着込む形式だった旧来シリーズとは異なり、本作では装備できるアイテムは「武器」と「防具（腕輪）」と「アクセサリ」の3スロットのみである。また、武器の装備系統はキャラクターごとに専用化されている。その内、「武器」と「防具」には最大8個までの「マテリア穴」が存在し、この穴に後述するマテリアと呼ばれる球状のアイテムを装着することにより、戦闘中に使うコマンドが増えたり能力値が変動したりする。マテリアを装備することで備わる能力をアビリティと呼ぶ。穴の数はアイテムの種類により固定されており、何らかの方法で増やしたり、減ったりすることは無い。また旧作同様、武器によって攻撃可能距離の概念が存在する。例えば接近用の武器の場合、飛んでいる敵や遠く離れた場所に居る敵に対して攻撃を加えることはできず、移動可能な範囲内でも後列にいるとされている敵に対しては一部の例外を除き威力が落ちる。逆に、銃や手裏剣などの遠距離攻撃が可能な武器の大半は、パーティーの後列に並んでいても威力の減退は発生しない（ただし接近用武器と比較して元々の威力は低くなりがちである）。キャラクターごとに装備できる武器の種類は決められているが、防具とアクセサリに関しては、全キャラクタでほぼ完全互換である。例外として、防具のエスコートガードとミネルバブレスはそれぞれ男性のみ、女性のみ装備可能となっている。
1984年 　第3回メガロポリス音楽祭　新人賞　　　　　ABC新人賞　審査員特別賞　　　　　あなたが選ぶ全日本歌謡音楽祭　新人賞　　　　　第14回銀座音楽祭　銀賞　　　　　第17回新宿音楽祭　銀賞　　　　　第11回横浜音楽祭　特別賞　　　　　第15回日本歌謡大賞　新人賞　　　　　第17回日本有線大賞　新人賞1985年 　第16回日本歌謡大賞　放送音楽賞　　　　　第27回日本レコード大賞　金賞　受賞曲「男船」　　　　　第18回全日本有線大賞　敢闘賞1987年    第13回日本演歌大賞　演歌スター賞1989年    第31回日本レコード大賞　美空ひばり賞ノミネート1990年    第17回横浜音楽祭演歌選奨1998年    第40回日本レコード大賞　企画賞2003年    第45回日本レコード大賞　金賞　受賞曲「浮雲ふたり」2004年    第46回日本レコード大賞　金賞　受賞曲「あかね雲」2007年    平成19年度　藤田まさと賞　受賞曲「ふたりの旅栞」2016年    第58回日本レコード大賞　作曲賞　受賞曲「命の恋」