『失踪日記』出版当時のインタビュー（『芸術新潮』2005年5月号）などで「仕事は来ないし、限界だし、自分を苦しめるだけなので、ギャグ漫画をやめる」と宣言、公式サイトには「今後は暗い漫画を描くつもり」と書いた。しかしその後も、雑誌連載、単行本のあとがき、公式サイトなどでギャグ要素の強い作品を発表し続けており、結局のところ、やめようとしてもやめられないとのことであるが、植田まさしの様なホームドラマを描いていきたいともしている。2012年、KAWADE夢ムック（編集：穴沢優子）で刊行された『吾妻ひでお〈総特集〉---美少女・SF・不条理ギャグ、そして失踪』（河出書房新社）が、第43回日本SF大会で星雲賞ノンフィクション部門を受賞した。2013年10月、アルコール依存症の入院経験を作品化した『失踪日記2 アル中病棟』を刊行。
2005年3月、『失踪日記』を出版。一度目の失踪を描いた「夜を歩く」、二度目の失踪を描いた「街を歩く」、アルコール依存と治療の時期を描いた「アル中病棟」を収録している。出版とともに各メディアで話題となり、第34回日本漫画家協会賞大賞、第9回文化庁メディア芸術祭マンガ部門大賞、第10回手塚治虫文化賞マンガ大賞、第37回日本SF大会で星雲賞ノンフィクション部門を受賞した。テーマの暗さにもかかわらずあっけらかんと描かれているが、吾妻は「自分を第三者の視点で見るのは、お笑いの基本ですからね」と片づけている。
1980年代半ばからさかんに飲酒し、「アル中」と自称していたが、吾妻の場合は2回の失踪を挟んだこともあって、一般的なアルコール依存症患者よりも症状の進行が遅かった。しかし1997年の暮れには手に震えが来る様になっており、1998年春までには重症のアルコール依存症、すなわち眠っている時以外は酒が手離せなくなるという「連続飲酒」状態になっていた。その状態が半年続き、しだいに奇行が多くなりまた自殺未遂なども行う様になり、同年12月25日、家族によって三鷹市の某病院に強制入院させられる。1999年春、三ヶ月の治療プログラムを終了して退院。以後、断酒を続けている。
1992年4月 - 1992年8月ごろ、大塚英志に『夜の魚』のあとがき（『失踪日記』の最初のエピソード）を宅配便で送ったその足で再び失踪する（西東京市東伏見または小金井公園近辺において）。同年8月ごろ、アル中の上森さん（仮称）にスカウトされて東京ガス会社の孫受け会社で配管工として働きはじめる。肉体労働をしていると芸術活動がしたくなり、社内報に四コマ漫画を投稿し採用された。しかし仮名の「東」がメジャー誌で連載していたことがある漫画家だとは誰にも気付かれなかったという。しかし、当時の東京ガスの広報誌には仮名の「東英夫」としてセミプロとして雑誌等で活動していたと本人のイラスト（資料提供・高千穂遥）と共に紹介されている。翌年春、上森さんに譲られ乗っていた自転車が盗難車だったため、警察の職務質問を受けた際に逮捕され、家族に連絡される。その後も半年間配管工の仕事を続けている。
1989年11月 - 1990年2月。一日中酒を飲んでは寝るという生活を繰り返しているうちにうつが重くなり、山で首つり自殺をしようとしたが失敗。そのまま埼玉県入間市の雑木林でホームレス生活を始める。深夜に駅前でシケモクを拾っていたとき、警官に発見・保護された。
この時期の吾妻の生活は、脚色を加えた上で失踪日記として作品化されている。1980年代半ばから約8年に渡る沈黙期に入る。その間に二度長い失踪をしている。吾妻は従来より鬱病または躁鬱の傾向があったが、1990年代後半にはアルコール依存症となり入院。1990年代後半に再び漫画作品を発表し始める。ある出版社に持込みをしたとき、若い編集者は吾妻ひでおをフォロワーの無名のマンガ家と思い、失礼な対応をしたという。
1/72スケールは、航空機のスケールモデルによく使用される縮尺であり、1フィートを1/6インチ（あるいは6フィートを1インチ）に縮小した大きさ｛(1/12)÷6＝1/72、72÷6＝12｝、或いは1ラインを2倍にした大きさ｛(1/144)×2＝2/144＝1/72｝である。言い換えれば、模型の長さを72倍したものが実物の長さとなる。このスケールでは、身長6フィート（180cm）の人間は丁度1インチ（25mm）の高さになる。1/72スケールは航空機の模型の主流となっている。航空機には小型の戦闘機から大型の爆撃機まであり、同一縮尺で全ての種類の航空機を揃えるためには、1/72スケールが事実上唯一の選択肢であるためである。1/72スケールは、1930年代半ばにイギリスで作られたスカイバード（Skybirds）シリーズとIMA社のフロッグ・ペンギンシリーズの航空機模型で初めて採用された。また、第二次世界大戦中に連合国で使用された航空機の識別用模型でも採用されている。現在では、他のスケールに比べてより広範囲なものを対象とした模型が1/72で作られている。1/72スケールは、東西ヨーロッパ、日本を含む極東アジア、ラテンアメリカ、そして特にイギリスで広く普及している。それに対し、アメリカ、カナダ、オーストラリアなどでは1/48スケールが主流であり、1/72スケールはそれほど普及していない。近年、1/72スケールはミリタリーモデルでも主要スケールの1つとなり、さらに日本のキャラクターモデル、ダイキャスト製のミニカー、フィギュア、ラジコンの船舶モデルなどでも採用されている。