同日、幕府の巡見使、石川光晃、戸川安愛が山口城破却の状況を確認した。山口は城ではなく館であり、破却の仕方も屋根瓦十数枚を落としただけであったが、巡見使はこれを問題なしとして了承した。12月20日、防長回天史によると、7人の処刑を知らない喜多岡は、岩国の吉川の元を訪れ正義派の助命嘆願を行った。西郷も駆けつけてきて吉川に正義派の助命嘆願と、軍事衝突を起こさないように萩藩政府を説得するよう求めた。吉川は二人の言葉を入れて正義派の助命を約束したが、会議の途中、萩より急使が来て既に7人が処刑された事を告げた。西郷らは愕然とした風体であったと吉川は書き残している。喜多岡は、長谷川に諸隊の鎮撫について相談した事を話し、7人の処置は長谷川の発案に違いないと言った。西郷は武力衝突の生じないよう調整してきたことがすべて無駄になったといい、長谷川を巡見使にした総督府の失敗であると言った。
同日、萩に滞在していた総督府巡見使である長谷川に、藩主父子は使者を送った。長谷川は諸隊鎮撫、五卿九州行の状況を質問し、使者は現状をありのまま述べた。その後、萩に滞在していた福岡藩士の喜多岡らも長谷川に面会した。喜多岡は、諸隊鎮静に手を焼いていることをありのまま長谷川に伝えた。萩藩政府と喜多岡の報告を聞いた長谷川は機嫌を損ね、形勢がそのようであれば総督府に報告し、巡見を中止すべきと発言した。長谷川は、長州藩が諸隊鎮撫出来ないのであれば、尾張藩兵を用いて諸隊を討つと言った。この強行な発言が総督の意向を含んだものかは不明である。しかし萩藩政府は巡見使の発言を総督府の意向と重く受け止め、それまでの説得による諸隊鎮撫を改め、武力行使による諸隊征討方針に転換する事となる。
同日、毛利元周の世子と清末藩主毛利元純が五卿に拝謁した。五卿は支藩藩主らに正義派を庇うよう諭したという。拝謁の後、毛利元周は諸隊に軽挙を慎むよう布告し、その後支藩藩主ら三人は萩へ向かった。この時の支藩藩主らは正義派に同情的で、萩行きについても、藩主父子へ藩政が俗論派に傾きすぎている事を説き、正義派の赦免・復権を求める為であったとされる。
また同日、野村望東尼の元に潜伏していた高杉は、月形洗蔵より長州正義派の家老が切腹された旨の手紙を受け取る。高杉は即座に長州へ帰還し俗論派を打倒する事を決意する。しかし多数の間者や征討軍に囲まれる長州への帰還は困難を極めた。月形らが帰国の世話をし、高杉は町人に変装して帰国することとなる。高杉を匿っていた家主の望東尼は、変装の衣服の用意を徹夜で行い、以下の歌を添えて送り出した。　　　まごころを つくしのきぬは 国のため 立ちかへるべき ころも手にせよ高杉はこの心遣いに感激し、後に野村望東尼が乙丑の獄において、高杉ら脱藩浪士を匿った罪で姫島へ流刑になった際は人を遣わして奪還している。またその後に病に倒れた高杉を看病し、最期を看取ったのは望東尼であった。11月22日、藩政府は諸隊鎮静御用掛として杉孫七郎を長府に派遣した。杉は若干の金銭を諸隊に与えたが、五卿の筑前退去を要求すると諸隊は激怒し拒否した。11月23日、小倉に滞在する西郷は、五卿とその周辺の動向を観察し、五卿を守護するのは脱藩浪士のみではなく諸隊も含まれる事や、小倉に参集した諸侯が疲弊している事などを把握した。西郷は九州諸藩とも度々衆議を行い、五卿の長府退去について方策を話し合った。その結果、福岡藩による説得を第一とし、説得が決裂した場合にのみ武力行使をして五卿を奪還することが決められた。11月25日、藩政府は椙杜駿河を長府へ派遣し、再度藩命として至急五卿を筑前に移送すべきことを伝えるも、諸隊は再び拒否した。
「週刊ファミ通」のクロスレビューにおいて、40点満点（1人10点満点採点で4人評価）を獲得した。後に同誌が行ったユーザーアンケートでも、1300人の投票平均が10点満点中8.75点で、不満点1位がゲームバランスとは直接関係ない「セーブデータの数」だったという、高水準の評価を得ている。発売直後には、すれちがい通信のために、観光スポット（お台場など）にDSを持って来る人が多いとテレビ報道されたり（『めざましどようび』）、2009年8月からはヨドバシAkibaの敷地内にすれちがい通信専用のコミュニティースペース「ルイーダの酒場」が設置されるなど、都市部を中心にすれちがい通信が人気となった。また、地方でもバナナFMのように、スタジオを貸したり、書店のブログなどですれちがい通信場所を提供をする所も出始めている。追加クエスト配信やすれちがい通信の効果で、発売約1ヶ月後の中古品出回りは過去作の半分以下に抑えられた。2010年4月の「ファミ通アワード2009」では「ベストヒット大賞」「MVP（堀井雄二）」「ゲーム・オブ・ザ・イヤー」の3冠を獲得する。そして、「ワイヤレス通信を通じて1億1757万7073人を超えたゲームソフト（2010年3月4日現在）」としてギネスブックに認定された。2010年9月に行なわれた東京ゲームショウ2010の「日本ゲーム大賞」にて『IX』が「ベストセールス」「優秀賞」を受賞した。この発売前後の評価変化に関しては、発売前および直後に批判的意見を述べていたのは従来のシリーズらしさを求めたコアユーザー・ヘビーユーザーが中心であり、発売後は上記のすれちがい通信などの新要素がプレイヤー人口の大多数を占めるミドルユーザー・カジュアルユーザーに広く受け入れられたため、高評価になったのだという分析が各アナリスト見解などで出ている。