まず最初に全てのキャラクターが必殺技を選択し、戦闘を開始する。通常技や必殺技を使って戦う。ヒットポイントはMAX 100となっている。0になるとダウンしてしまうといって戦闘が終了するわけではない（例外：エメルのストーリーモードでのバーチャルトレーニング）。ヒットポイントが0になったプレイヤーは、再び必殺技を選択し、フィールドの好きな場所を選択し、復帰できる。復帰した場合、ヒットポイントは満タンになり、イチコロゲージはダウン前の状態が引き継がれる。こうして、だれかが戦闘終了条件を満たすまでひたすら戦い続けることになる。
ストーリーモードにおいてエメルが戦闘に参加している場合、戦闘が終了するとスキル、スキルポイントを手に入れることが出来る。スキルは、その戦闘に参加していたキャラクターのスキルのうち、いずれかをランダムで入手できるが、極稀にレアスキルを入手できることがある。スキルポイントは、ノーダメージだと5ポイント、ノーミスだと2ポイント、1回以上ダウンした場合は1ポイント貰える。手に入れたスキルは、エメルに装備することで強化、カスタマイズができる。ただし、装備するためには一定のスキルポイントが必要である。当然、スキルによって必要なスキルポイントは異なる。スキルポイントは、500までしか溜めることは出来ない。ストーリーモードにおいて、カオスエメラルドの入手イベントを見ることでスキルポイントを10ポイント手に入れることが出来る。なお、スキル、スキルポイントのデータは全てのシナリオで共通である。
今作は、ソニック、テイルス、ルージュ、ナックルズ、エミー、クリーム、シャドウ、エメルの8人のキャラクターのシナリオが存在する。ただし、最初はソニックしか選べず、ソニックシナリオをクリアするとテイルスシナリオがプレイできる、というようにクリアするたびに次のキャラクターのシナリオがプレイ出来るようになる。なお、各キャラクターのシナリオは、同じ時間の物語を別キャラ視点でプレイ、というものではなく全てのシナリオの物語が順番につながっている。ストーリーモードでは、マップ上の特定のポイントでイベント、戦闘が発生し、ストーリーが進んでいく。戦闘では現在プレイ中のシナリオの主人公キャラ、およびエメルを使用することになる。
ソニックがビーチに来ると、謎のロボットが倒れていた。そのロボットをテイルスのところに連れて行くと、突然シャドウが現れる。ロボットを引き渡すように要求するシャドウ。ソニックがそれを拒否すると、シャドウは戦いを挑んでくるのだった。
万家一座の座長は、かつての看板女優「桜」の借金を肩代わりしてしまう。そして結局、座長の作った借金をアルバイトで返済することになった花形「万家徳治朗」は、英進館の塾講師をすることに。そこで出会う、英進館載専務である広瀬と、看板女優「桜」、桜の子「小春」。それぞれ抱く想いが交錯する中、万家の「いろは唄」の公演が刻々と近づいていく。3人は、どのような結末を迎えるのであろうか。
万家一座の座長は、悪徳商売に引っかかってしまい、一座は借金を背負ってしまう。そして、万家一座の花形を務めている「万家徳治郎」は、「薬剤師」のアルバイトを始める。そんな中、大賀屋薬局の御曹司「清三郎」と薬局店員の「はな」、そして万家一座の副座長である「千之助」の3人の間で三角関係が生じてしまう。この切ない三角関係が生じている中、ライバル一座も関係し、物語は急展開を迎える。
俗世とはかけ離れた生活を送る旅芝居一座である「万家一座」。その座長が借金を迫ったことにより、一座花形「万家徳治朗」は借金返済のためアルバイトを始めることを決意。紆余曲折あり、知り合いのスナックで働くことになった徳治朗であった。そのスナックで起こる出来事が、一座で公演を行う予定の演目とそっくりであった。
英国の文芸批評家ウィリアム・フィールドは以下のような逸話を伝える。ロシア出身のパウロ・ドゥミドフ大公は、コーラ・パールを困らせようと、レストラン「メゾン・ドール」で帽子を脱がなかった。彼女は大公のステッキを奪うや、彼の頭を叩きつけたあげく「ごめんなさい。このステッキとても綺麗だったのに壊れてしまったわ」と平然と述べたという。大公は驚くと同時にやり込めてやろうと、コーラのネックレスの真珠が偽物であると主張すると、コーラはいきなりそのネックレスを床に投げつける。飛び散った真珠を指して「さあ、拾い集めて本物であることを確かめなさい。あなたのネクタイピン用に一つ差し上げるわ」と言い捨てて去った。大公は茫然自失のままだったが、レストランで食事をしていた他の貴族たちは、腹ばいになって真珠をかき集めたという。コーラの気性は激しく、女性としては珍しい決闘経験者でもある。1863年にはセルビア王子の容貌をめぐって別の娼婦マルト・ド・ヴェールと口論になった。二人とも乗馬に自信を持っていたため、乗馬用の鞭を武器として決闘することになった。双方とも顔に多くの傷を受け、一週間は人前に出られないほどだったという。彼女は後援者からの経済的支援に恩義を謝するどころか、ほとんど罵倒と侮辱をもって返答した。しかし彼女にとっては自然体でしかないその異常な言動は、フランス社交界の男達の間で逆に喝采を浴びることになる。女王然と振る舞ったコーラ・パールに、ナポレオン公はおろか皇帝ナポレオン3世すら頭を垂れて思し召しを伺ったという。ラノーは「彼女は洗練されていない本能の粗暴さゆえに、また自分が奉仕している男達への復讐のために、閨房でも彼らを蔑み、侮辱し、行為の最中も男達を跪かせてその快楽を楽しんだ」と述べており、ミュファ伯爵をなぶりものにする『ナナ』と同様である。しかし彼女は女王扱いされたとしても、まだ満足できず、女優としての道も諦めていなかった。1866年には以前の失敗にも懲りずに再び舞台に立つ。オッフェンバックの『地獄のオルフェ（天国と地獄）』のウェヌス役を演じ、ほとんど全裸に近い格好で舞台に立ったのである。しかしその下品な振る舞いや声質の悪さは、閨房における上流階級の男性とは違い、全く受け入れられず、無残な結果に終わり、彼女を失望させた。娼婦をへて舞台女優となり、上流階級の男たちをすさまじい浪費で次々に破滅させてゆく姿は、まさに『ナナ』そのものであった。