高野山真言宗の寺院住職に補任されて、20年を経るなど、高野山真言宗の定める要件を満たすと、名誉住職（めいよじゅうしょく）の称号が許される。高野山真言宗では住職には任期がなく、終身制を採っていたが、高齢などの理由で住職を辞した場合、辞した住職は、厳密にいうと身分上、その住職が務めていた寺院の徒弟となる。他の徒弟と同じ身分となる。これは、住職を辞して後も引き続き寺院に居住して、後継の住職に対して指導・教育に当たるとき、身分上と言えども、寺院の徒弟（前住職）が住職に指導するということになってしまうので、住職を辞しても身分を保障する配慮として、名誉住職という地位を設けた。また、名誉住職を設けることで、住職の交代を容易にして世代交代を活発化させる目的もある。住職と名誉住職の、寺院内での職務上の権利の差異はほとんどないが、名誉住職に関しては、高野山真言宗管長の被選挙権がないなど一部制限が設けられている。
大真言宗から1946年（昭和21年）高野山真言宗として独立、1952年（昭和27年）2月18日に包括宗教法人認証。2013年（平成25年）2月末、資産の一部を金融商品で運用し、2002年（平成14年）4月から2012年（平成24年）5月までの間に9億0184万円の利益と6億8933万円の短期的な損失を出していたことが公になった。。2月27日、宗会（＝議会）で宗務総長不信任決議が行なわれ、これを受けて庄野光昭総長は宗会を解散した。2013年6月7日、総長選挙に末寺の住職一名が立候補をし、同月下旬に開催予定の臨時宗会で承認された。2015年、高野山開創1200年記念大法会が執行された。
1872年（明治5年）、高野山の女人禁制が解かれる。明治政府の宗教政策により、他の真言宗宗派と1879年（明治12年）に合同するが、1900年（明治33年）9月、金剛峯寺を本山とする真言宗高野派として独立する。1926年（大正15年）には（真言宗御室派（総本山仁和寺）・真言宗大覚寺派（大本山大覚寺））と合同して古義真言宗を組織し、金剛峯寺は古義真言宗総本山となる。1941年（昭和16年）3月、古義真言宗・新義真言宗系の宗派が政府の政策によって合同し、大真言宗が成立する。
高野山（和歌山県伊都郡高野町）は816年（弘仁7年）に嵯峨天皇より空海に下賜された。それ以後、高野山内に伽藍・諸堂を整備して、修法と門弟の教育を行った。1593年（文禄2年）に豊臣秀吉が母・大政所の追善菩提のために高野山に建立した清巌寺とその隣にあった1590年（天正18年）に木食応其が建立した興山寺 (廃寺)を1869年（明治2年）に合併して、寺号を金剛峯寺とした。青巌寺は、建立当初は寺号を剃髪寺と称していた。興山寺は後陽成天皇より「興山寺」の勅額が下賜された勅願寺であった。合併以前は、寺号の金剛峯寺は高野山全体を指す名称であった。現在のように特定の寺院を指して寺号とすることはなかった。現在の金剛峯寺の建物は1863年（文久3年）に建立され、高野山真言宗管長(兼金剛峯寺座主）の住居としても使用されている。
その後、仙波はタイトーへ入社、多くのアーケードゲーム開発に携わる。そこでもアニメーター時代の経験が活かされる。初担当作品である『ダライアスII』では、「核トーチカ」を破壊することによって画面中の敵を一掃することができるスペシャル核攻撃が登場した。これは『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』における核の応酬に着想を得たものと推測されるが、後年「やりすぎだった」と反省の言葉を残す。やがて、自らプロデュースからデザイン・演出までを手がけるガンフロンティア、メタルブラック、ダイノレックスの制作に携わる。これらはプロジェクトガンフロンティア三部作ともユーザーから呼称されている(実際はダイノレックスは関連がなく、関係者で呼称されたのはメタルブラックでのプレゼンテーションから)。それぞれの作品に直接のつながりはなく、それまでのアーケードゲームに見られなかった演出重視のゲームを開発するといった意味合いである。特に、ガンフロンティアとメタルブラックは、シューティングゲームにおいて後続の作品に影響を与えるほど有名である。一作目の『ガンフロンティア』は、ゲーム本編とは無関係とも思える細かな演出で西部劇風の世界観（麦畑を撫でる風や、映画館）を表現した上、全ての登場兵器のモチーフを銃に統一するという徹底的なこだわりを見せた。美しいグラフィックスが目を引くだけでなく、後に弾幕系シューティングと呼ばれる作品群の先駆けというべき過激な敵攻撃のデザインが施されていた。とはいえ後年の弾幕系シューティングのように極端にプレイヤーを選ぶ作品ではなく、オーソドックスで保守的なゲーム内容だった。二作目の『メタルブラック』も、グラフィックスやレイアウトだけにとどまらず、人類がほぼ絶滅した地球などの強烈な世界描写（砂漠化した高層街に突き刺さる船舶や地球破壊）によりカルト的な人気を集めた。『メタルブラック』および『ガンフロンティア』は、タイトー社内でのF3システム製新作ゲームの営業向けプレゼンにおいて、新旧比較のためF2システム製の旧作として展示されていたが、営業担当から新作と勘違いされていた。話題に上った前二作に比べ、『ダイノレックス』は稼働台数が少なく知名度も低かった。仙波本人のサイトには、北米向けに企画されていたものが急遽日本向けに変更されたと書かれている。開発現場から退いてからは、開発者の教育や開発機材の管理などを任された後、タイトーを退社する。余談で仙波は退社する前、置き土産としてダライアスの続編の企画書を残したが、それが後のダライアス外伝になったという。