ジェファーソンは共和制の理想をイロコイ連邦の合議制民主主義システムに学び、彼らインディアンの議会を自らの政治モデルとして大いに参考とした。「ルイス・クラーク探検隊」を組織し、西方のインディアン部族の文化・言語や風俗を集めてもいる。ジェファーソンはインディアンを「高貴な野蛮人」と呼び、白人とは異なった彼らの文化に対して畏敬の念を隠さなかった。一方でジェファーソンは、大統領としてインディアンの強制移住政策を公式に立案した最初の人物だった。「インディアン民族の強制移住」という民族浄化は、アンドリュー・ジャクソンが始めたと誤認される向きが多いが、これはジャクソンが大統領就任中の1830年に連邦議会が「インディアン移住法」を成立させたからであり、またジャクソン自身が軍人として、また大統領として数多くのミシシッピ以東のインディアン民族に対する絶滅作戦に自ら関わったからだった。しかしジャクソンは単に、ジェファーソンが1803年に始まる一連の私文書の中で立てた計画を法制化し実行しただけである（例えばウィリアム・ヘンリー・ハリソンに当てた下記の手紙を参照）。ジェファーソンが合衆国の植民地領土を拡大するために、始めて「インディアンの強制移住」を政策立案したのは1776年から1779年の間のことであり、これはチェロキー族やショーニー族といった連合国家を、その先祖伝来の土地からミシシッピ川以西へと強制的に追い出すというものである。ジェファーソンのインディアン絶滅政策の手始めは、ジョージア州でのチェロキー族国家をどう排除するかということで、これはもしジョージア州が西方に「発見」した「新しい土地」の公式な権利を手放すようなことになれば、米軍はジョージア州を全力で援助し、ジョージアからチェロキー族を強制的に追放するというものだった。当時チェロキー族は、アメリカ合衆国政府と彼らの領土権の保証条約を締結しており、ジェファーソンはジョージア州と結託してこれを犯したのである。
トーマス・ジェファーソンの宗教観は当時の正統的キリスト教から離れ、広く多様化していた。その生涯を通じて神学、聖書研究および道徳に深く興味を抱いた。最も密接に結びついたのが聖公会、理神論の宗教哲学およびユニテリアン主義だった。「大胆にも神の存在を問題にした。なぜなら神がいるのならば、盲目に抱かれる恐れの尊敬よりも理性の尊敬をもっと認めなければならないからである」と言ったと報告されている。
ジェファーソンは婦人の参政権について提唱する者ではなかった。著作家のリチャード・モリスは「アビゲイル・アダムズを例外として、ジェファーソンは知的な女性を嫌悪した。パリのサロンで女性たちの政治的なお喋りに悩まされ、家に宛てて『我々の良き婦人は...政治的な議論から苛立って帰ってくる夫の心を宥め落ち着かせることに心を配っている。』という期待を表明した。」と記した。ジェファーソンは大統領である間に、「女性を役職に就かせることは大衆が準備できていないような革新である。私も準備できていない。」と書いていた。
1789年3月13日付けフランシス・ホプキンソン宛ての手紙では「私は政治や宗教で所有することを恐れるような意見を一度も持ったことは無い。このことに関してけちな留保はある人々から多くの評価を得たかもしれないが、自分にとっては評価できない。」と記した。
独立戦争後、ジェファーソンは、個人の自由を守る為に必要なときは反逆や暴力で政府を拘束することを提唱した。1787年1月30日付けのジェームズ・マディソンに宛てた手紙で、「ここかしこの小さな反乱は良い事であり、物理的な嵐と同じくらい政治の世界では必要である。...それは政府の健康のために必要な薬である。」と書いた。同様にアビゲイル・アダムズに宛てた1787年2月22日付けの手紙では、「政府に対する抵抗の精神はある状況下では大変貴重なので、私は常にそれを活動的にしておきたいと願う。それは間違ったときに行使されることも多いが、全くやらないよりも良いくらいである。」と記した。シェイズの反乱について流血沙汰があったと聞いた後で、ジョン・アダムズの義理の息子であるウィリアム・S・スミスに宛てた1787年11月13日付けの手紙では、「1世紀か2世紀の間に何人かの命が失われることが重要であることか、自由の木は愛国者と暴政者の血で時から時を経て新しくされていかなければならない。それが自然の肥料である。」と書いた。1787年にウィリアム・S・スミスに宛てた別の手紙では、「そしてどの国が、為政者が時から時を経て警告されなければ、人々が抵抗の精神を保つその自由を守ることができるだろうか？彼らに武器を取らせよ。」と記した。
このような翻訳活動は確かにイスラムに哲学をもたらしたが、これだけではイスラーム哲学の成立の契機とは見なせない。彼らが、本当に哲学的方法を必要としたのは、イスラム法（シャリーア）の解釈が多様化してきたためであった。すでにムハンマドの頃とは違い異民族のムスリムたちを抱えた世界帝国になっていたイスラム帝国は、もはやクルアーンとハディースだけでは、収まりきれないものとなった。収まりきれない場合は、学者たちの合意によって決定されるものとされ、孤立した推論は忌避されていた。柔軟に制定されているイスラム法に対しての正確な解釈が必要とされてきたし、多くの学者が他者の異説よりも、自説が正しいと考えていた。このようなまちまちな解釈では合意にも支障がでるので、客観的妥当的な立場からの見解を持つために、哲学的方法が歓迎されたのである。しかし、これによりイスラム法議論とその正当性を主張する際に、神学（カラーム）との対立が発生した。神学は、一般的に受け入れられていれば、論証することは必要とされない前提（つまり宗教的な教義）で議論されて法解釈の正しさを証明しようとしていたが、哲学は確実に疑い得ない前提が求められており、たとえイスラム教における宗教的な教義でも、論理的に正しくない限り、決して受け入れられないし、それを前提とした議論や推論は断じて証明されるものとはされず、忌避されるべきとした。このことは、哲学と神学との間に不和が発生し、哲学者と神学者の間で激しい罵りあいにまで発展した。哲学者たちは、神学を「矛盾点を嘲り、敵対者や異端を論駁するだけの発展性のない学問」とまで評したが、しかし実際は単なる観点の違い（テクスト解釈（神学）と論証する際の前提（哲学））であり、双方ともに帰結する点では結局のところ、大差はなかったといわれている。いずれにせよ、多様化され混沌としてきたイスラムの法解釈の打開策として哲学は歓迎されたのも、イスラーム哲学発展の要因の一つである。