11月15日、諸隊は、山口を出て長府へ向かう。諸隊は途中、高田殿へ赴き三條実美ら五卿に謁見し、五卿は諸隊の長府行に同行する事となる。武力衝突に至らないものの、萩藩政府の統制から完全に逸脱する行動であり、諸隊の行動はこの時点でクーデター同然であった。驚愕した浦は、すぐさま諸隊を追いかけ五卿に留まるよう進言したが聞き入れられなかった。浦は諸隊鎮静を果たし得ずとして萩藩政府へ辞表を提出し、家臣には諸隊に与しないよう命じた。諸隊は山口を立つにあたり、俗論派に捉えられた松島剛蔵ら正義派高官7名の釈放と諸隊存続、武備恭順などを俗論派の藩政府と交渉するため、奇兵隊総管赤禰武人を萩へ派遣した。萩行きには時山直八らが随行しており、赤禰武人は正式な諸隊代表という立場であった。11月16日、征長軍総督徳川慶勝が広島に着陣する。11月17日、諸隊と五卿が長府へ到着する。長府藩主毛利元周は五卿の到着を歓迎した。功山寺を五卿の滞在所として尚義隊・忠勇隊がこれを警護し、残余の諸隊は功山寺とその周辺の各寺院に分宿する事となった。同日、三田尻に駐屯していた忠勇隊も長府に至り、諸隊に合流した。
11月14日、広島国泰寺へ急行した長州藩士志道安房が三家老の首級を征長軍総督名代成瀬隼人正と、江戸幕臣戸川安愛へ提出した。さらに志道は四参謀も斬首した旨を伝えた。総督府はこれを受け、従軍する諸侯に「毛利大膳父子事伏罪之姿も相見候付　当月十八日攻懸日限之儀重て一左右相達候迄攻懸可被見合事」と布告し、18日に予定されていた開戦を延期した。同日、高田殿（井上聞多の実家であり山口での三條ら五卿の住居）の三條に奇兵隊より手紙が届く。内容は、俗論派が諸隊討伐の命を下すようなので、山口では防戦しがたく長府へ移る為、五卿の諸隊との同行を願うというものであった。五卿は衆議の後、これに同意した。また同日、福岡藩士筑紫衛が萩に入り、藩政府へ正義派と俗論派の和解を説き、捕縛されている正義派高官を開放し要職に付けるよう進言した。これは福岡藩士らが、長州の内部抗争は藩の要職を俗論派が占めた為に生じたと考え、正義派と俗論派の均衡がとれれば内部抗争も自然解決すると考えたためとされる。筑紫の案は採用にならなかったものの、これ以降萩藩政府と福岡藩の間に度々密使が行き来し、諸隊も度々福岡に赴くようになる。
同日、福岡藩士の喜多岡勇平、薩摩藩士の高崎五六（兵部）が、吉川経幹と開戦回避の話し合いのため岩国新湊に到着する。吉川は山口出張中であったため、高崎は吉川の書状の入手を依頼した。また高崎は、薩摩藩と長州藩は禁門の変で戦ったが、薩摩に遺恨はなく薩摩藩が捕虜とした長州人十人について引渡しの用意があることを伝えた。2藩の関与は、長州に亡命していた久留米藩の脱藩浪士淵上郁太郎が、知己の福岡藩士に長州藩の危急を救うための助力を求めたのが始めとされる。長州藩に深入りすることを反対する福岡藩上層部を、加藤司書らが内戦回避は幕朝の為でもあると説得し和平斡旋に乗り出した。ただ福岡藩単独では事態打開は困難と考えたのか、喜多岡を京都の薩摩藩邸に派遣し助力を依頼し、当時京都に居た西郷がこの提案を受け入れ、高崎五六を同行させ岩国に向かわせたのがこの訪問である。
1936年（昭和11年）8月に、関東軍軍馬防疫廠は大陸地域での軍馬などの軍用動物の衛生管理のための部隊として発足した。一個師団では3000頭近くの軍馬が必要とされていた。大陸の放牧地では現地では堂々たる体格のでも蒙古の末系が多い大陸の馬は全体に小ぶりであったため、あまり輸送には適さなかった。日本軍は日露戦争以後にアラブの品種やサラブレッドの馬の馬匹の育成と改良を行っていたが、部隊でも現地の馬の育成や研究を行っていた。それでも兵員輸送では頭数が不足していたが、砲兵連隊は大砲を複数雨の馬で引っ張ることにも利用するために品種改良された体格の良い馬の飼育も行っていた。しかし、戦後に放棄された馬は放牧された形となった。大陸の品種にしては体格の良い馬がいたら、部隊の放棄した馬だとされている。昭和11年度の兵備改善計画の一環として創設されたもので、人の感染症に関する関東軍防疫部とともに、昭和11年軍令陸甲第14号として裁可された。1938年2月末時点の所属人員は軍人14人（編制定員54人）と軍属85人で、保有軍馬247頭であった。1945年（昭和20年）8月15日の日本の敗戦まで、関東軍の隷下部隊として軍用動物の管理を続けた。正式名の関東軍軍馬防疫廠の通り、軍馬に代表される軍用動物の現地での衛生管理を任務としたために動物の感染症研究や血清の製造、軍馬移動時の検疫作業などを行ったり、徒歩移動が困難な地形での移動補助や物資支援のために用いられる馬の育成をしていた。補充馬廠などで軍用動物の衛生管理を行う兵員を教育する機関としての役割もあった。さらに防疫対策の所属の軍人・軍属の一部が軍馬への試験研究を行っていた。