文学や哲学に関する読書は広範にわたるもので、ドイツ・ロマン派の詩人ヘルダーリンの詩を暗唱し、ドストエフスキーの作品を愛好していた。ブエノスアイレス大学の学生時代には、アルゼンチン現代文学を代表する作家ホルヘ・ルイス・ボルヘスの講義も聴講した経験もあり、作家と親交のあったベルゴリオは、インマクラーダ学院で文学を教えていた時代に、生徒たちに書かせた作品の序文を書いてもらった。神学分野では、ロマーノ・グアルディーニや、かつて指導を受けたヨーゼフ・ラッツィンガー、ウルス・フォン・バルタザールなどの著作に傾倒していた。寝室に向かう廊下の前にはアッシジのフランチェスコの肖像画が掛かり、居室にはリジューのテレーズに捧げられた白い薔薇を生けた花瓶があって、悩みを抱えたときは聖女に執り成しを願うという。美術ではマルク・シャガールを愛好し、最も好きな画は『白い磔刑』である。
2013年現在ブエノスアイレス在住のアマリア・ダモンテという女性は、子供の頃にホルヘ・ベルゴリオ少年と同じフローレス地区に住んでいた幼なじみである。同女性によると、彼女とベルゴリオ少年が12歳の頃、彼女はベルゴリオ少年から「君と結婚したときに買う家」として赤い屋根と白い壁の絵を描いたラブレターをもらった。ベルゴリオ少年は「結婚できなければ司祭になる」と言ってアマリアに求婚したが、ラブレターはアマリアの両親に破り捨てられ、返信しようとした彼女はその父親に殴打された。その後は彼女と会うこともできないまま、ベルゴリオ少年は聖職者の道を歩むことになったという。彼女自身はそれを「恋愛というには幼い頃の単なる経験」としている。
児童虐待の問題を軽んじるラテンアメリカ地域の文化的風土を非難するベルゴリオは、「アパレシーダ文書」の中で、児童虐待を「人口統計学上のテロ」であると糾弾し、「子どもたちは残虐に扱われ、教育も受けられず、充分な食事も与えられていません。そして少女たちは、売春を強いられた挙句に捨てられているのです」と指摘して、貧しい家庭の子供たちの悲惨な境遇に目を向けるべきだとしている。2011年ベルゴリオは、ブエノスアイレスでの児童の人身売買と性的搾取を、以下のように糾弾した。この街では、人形と遊ぶかわりにバラックのゴミの山に放り出される少女たちが大勢いる。彼女たちは誘拐され、売り飛ばされ、騙される。街では女性や少女が誘拐され、性と虐待の対象となっている。こうして彼女たちの尊厳は破壊されてゆく。主イエスは人間の肉体をもって生まれ、そして死なれた。しかし、この場所では、その人間の肉体が、ペットの肉体以下の扱いなのだ。一頭の犬のほうが、ブエノスアイレスで奴隷扱いされている少女たちより大切に扱われている。彼女たちは、足蹴にされ、ボロボロにされる。
2007年 ブエノスアイレス大司教であったベルゴリオは、ベネディクト16世の委嘱を受けて、「アパレシーダ文書」と呼ばれるラテンアメリカの司教の共同声明を発表し、アルゼンチンの社会問題をとりあげた。同文書の中でベルゴリオは、ラテンアメリカで最も安価なものが「生命」である事実に教会は慄然とすると述べ、それが故に、アパレシーダ文書では「生命」に最も頻繁に言及したと記している。
フランシスコは使徒的勧告「愛のよろこび」において、結婚無効の宣言のための教会法的手続きを簡略化するという宣言をしている。また、離婚と離婚者の聖体拝領を認めなかった従来のカトリックの姿勢に反し、「離婚して再婚したカトリック信者」の聖体拝領を認めるという宣言もなされている。
2012年5月、ベルゴリオは、シングルマザーの子供に対する幼児洗礼を拒否するアルゼンチン人司祭らに対し、「グノーシス主義の偽善的ファリサイ派」であり、人々を救いから遠ざけていると断言した。婚外子を秘跡の対象外として遠ざけることは一種の「新教権主義」であると厳しく批判し、秘跡を自分たちの権限の誇示のための道具にしているとの見方を示した。ブエノスアイレス大司教として、司祭たちを敢えて洗礼の秘跡から遠ざけられた家族のもとに派遣するとともに、律法主義的な偽善を克服する積極的提案の一環として、『宣教の鍵としての洗礼』と題した小冊子（共著）を上梓した。
枢機卿時代の2010年にラビのアブラハム・スコルカと共著した『天と地の上で』の中で、ベルゴリオは司祭の独身制についてこのように語っている。独身制は規律の問題であって信仰の問題ではありません。変えることのできる事柄です。しかし、現時点において、私は全ての長所と短所を含めた上で、独身制の維持に賛成です。なぜなら、弊害よりも10世紀にものぼる良い経験に裏打ちされているからです。伝統には重みと妥当性があります。ビザンチン、ウクライナ、ロシア、ギリシャのカトリック教会では司祭は結婚できますが、司教は独身でなければなりません。もし、仮定上の話として、西方ローマ教会が独身制の問題を見直すとした場合、それは普遍的な選択ではなく、文化的理由によって行われることであろうと私は考えています。ベルゴリオは同時に、規律は厳格に守られなければならず、従えない司祭は教皇庁から去らねばならない、と強調している。
厳密に動物性の食物を口にしない菜食主義者（ピュア・ベジタリアン）もいるが、乳製品や卵、あるいは魚を食べる菜食主義者も存在する。その人が何を食べるが、何が食べられないかはその人の家系（宗教やカースト）によって決まっている。インドでは「血を流す」ことが大いなる穢れとみなされるため、血を流さずに入手できる乳製品を食べる乳菜食や、乳製品に加えて卵を口にする卵乳菜食もいる。一般に上位カーストの人ほど食物に対する規制が厳しい。ピュア・ベジタリアンにはジャイナ教徒、保守的なヒンドゥー教徒、厳格なバラモン家系の人、修行者などがいる。野菜の中でも根菜類は「採取時に地中の虫を殺すことがある」ため、非暴力を重視するジャイナ教徒や、カシミール地方のバラモン階級の人は、これらを食べない。ベンガル地方のバラモン階級の人は、特別な日を除いて魚を食べることが許されているが、他地域の菜食主義者は精進料理の鰹節の出汁でとった味噌汁も飲まない。インドの人口の約12%を占めるイスラム教や同じく2%を占めるスィク教は、肉食を禁じていない。