1992年11月にB型肝炎を発症し入院、長期入院を余儀なくされた。公式発表は内臓疾患であり保子夫人の著書が出るまで病名は隠されていた。鶴田がB型肝炎ウイルスキャリアであることは1985年8月の時点で判明しており、当時の主治医によるインターフェロン療法がうまくいかず症状を悪化させたため、と後に保子夫人が著書で述べている。1993年の復帰後も、再発の危険性があるため、極端に負担のかかる第一線に立つことはなくなった。鶴田自身、その時の様子を「棺桶に片足を入れた状態」と評している。「一昔前なら棺桶に両足を入れていた（つまり、死んでいた）」とも発言している。これでメインイベンターとしての鶴田の価値は消え去ったのだが、それでも馬場は鶴田の給料を下げることをしなかったという。入院中に読んだ雑誌に女子プロゴルファーの桝井映里が大学院に入学した記事があったことがきっかけとなり、教授レスラーへの道を目指す。1994年10月に筑波大学大学院体育研究科コーチ学専攻に合格し、遂には非常勤講師ながら大学教員となった。並行して大会場でのスポット出場という形で現役プロレスラーを継続する。ほとんどの試合は馬場と組んでの6人タッグであった。そして1999年1月31日の馬場が死去した直後に引退・全日本取締役辞任会見をキャピトル東急ホテルで行う。この後に「全盛期に前田日明と戦ってみたかった。藤波君が度々対戦要求を出してきたが、マスコミの前のポーズだけで実際の交渉は一切なかった。僕はそれが大嫌いだった」とコメントしたことも話題になった。後日、鶴田は藤波に「失礼な発言をしてしまい申し訳ない」と、FAXで謝罪した。ただし、鶴田は1990年代のある番組の中で（ファンサービスもあったにせよ）「今年の夢は藤波選手と闘うことです」と発言していた。1987年1月4日、東京スポーツ主催のプロレス大賞授賞式の席上でも、「今年は藤波選手と闘って最高試合賞を取りたい」とコメントしており、週刊ゴングによる鶴藤長天キャンペーンのきっかけの一つとなっていた。一方で、全日本プロレスが1998年に東京ドームにおいて初めて開催した興業の際の、藤波の参加に向けた発言とその撤回の経緯が、引退時の鶴田の発言と符合している。
「プロレス界のキングコング」と称されたブルーザー・ブロディやハンセン、ロード・ウォリアーズといった大型外人レスラーとの戦いがメインとなっていた1980年代中盤、大型の外人と戦っても見劣りしないレスリング技術は、後に全日に参戦した長州力、ブロディが新日本に移籍した後で対戦したアントニオ猪木らの戦いと比較される中で評価されるようになった。相手レスラーからの評価も高く、戦った選手のほとんどは鶴田の運動能力、身体的能力を絶賛している。新日本プロレスのエースであり、1984年末から全日に参戦した長州力と、1985年11月4日に大阪でシングルマッチを行う。結果は、60分フルタイムドローで終わった。また、鶴田は、この一戦はリング中央でどっしりと構え、自身の周りを長州が動き回るようにファイトすることを意識し引退後日本テレビのインタビューで「あれは僕の作戦勝ちでしょ」と語っている（しかし、実際の試合ではそのような場面はなかった）。これは馬場がエース候補生たちに必ず教えていた心構えであり、また、自分が格上のレスラーであると印象付けられる上にスタミナの消費も少ないという効果を狙ったものだった。そのため、鶴田が王道プロレスを体現した試合として名高い。一方、長州は対戦前には鶴田を「ぬるま湯に浸かっている」「アイツはレスラーじゃない、ただのサラリーマン」と散々酷評していたが、対戦後は鶴田へ一目置くようになり、マスコミに対し「ボクシングのような判定制だったら（俺の）負けだったな」と語った。以後、鶴田を評価する発言を度々行うようになる。この評価は鶴田戦後長年にわたり一貫しており、2012年10月5日の長州と高田延彦とのトークショーにおいても、「鶴田先輩は本当にすごい」と、新日・全日時代のキャラクターにとらわれず、アマレス時代の先輩である鶴田に対する敬意を素直に表現している。長州とのこのシングル対決は1985年のプロレス大賞の年間最高試合（ベストバウト）に選出されている。しかし、この時期の鶴田はシングル戦線では苦戦していた。1985年4月と1987年3月にフレアーのNWA王座に挑むが奪取に失敗し、1986年にはAWA王座再戴冠を目指し当時の王者スタン・ハンセンに3度挑むがこれもすべて奪取失敗、同年7月の敗戦では自らのインター王座も奪われるなど（同年10月に奪回に成功）、世界最高峰クラスの王座を奪取した選手としては物足りない戦績であった。
少年は4月22日の朝、寝室で死亡しているところを発見された。手と足に長い靴下と手袋を着用していて、顔以外はすべて隠されている状態だった。ホープリーの知人である医師は、少年が病死であると診断した。ホープリーは少年が心血管疾患で死んでおりすぐに埋葬されなければならない、と主張し、少年の父へ身体の即時切断と埋葬の許可をもとめるための手紙をだし、父は少年の遺体を確認した後に医師の診断を受け入れて埋葬に同意した。ホープリーの妻が殺された少年の遺体をきれいにしているところを見た、との噂がホープリーの家の使用人の間で広がり始めた。4月25日に少年の兄がサリーからイーストボーンへ来て、少年の死の矛盾に気づいて検視を要請した。ホープリーは、王室の産科医もつとめる有名な医師チャールズ・ロコックに、遺体の調査と病死であることの確認を依頼したが、ロコックは、死の原因はホープリーにあると思っていた。少年の死因審問が始まり、4月28日に少年の手袋と靴下の中は血にまみれていることが判明した。少年のももは「ゼリー状」になっていて、右足にある2インチの穴などの傷とあざは骨まで届いていたことが検視官により発見された。検視官の発表によると、それらの怪我以外は少年は健康だったとして、心臓を含む内臓に異常は検出されなかった。検視官は、少年は病死ではなく、ホープリーに激しく殴られたことが死因であると結論付けた。調査者に質問された女性使用人は、午後10時から真夜中まで少年が叫んでいるのを聞いていて、その後急に静かになったと証言した。使用人は、少年の寝室の外に残されたホープリーのろうそく台に血痕がついていたことに気づき、少年とホープリーの服を死亡宣告前に洗濯したと証言した。他の2人の使用人も、同じような証言をした。審問では少年の死因を特定することができなかったが、ホープリーの説明にいくつか矛盾があることを気づかせた。ホープリーは、なぜすぐに医者を呼ばなかったのか、という質問に対して異様な言い訳を行った。また、ろうそく台の血はまめをつぶした手のものである、と説明したが、少年の怪我についての説明は行われなかった。ホープリーは審問に出席しているジャーナリストたちに対して「死亡者の家族感情を逆立てないため」体罰の詳細を報道しないように頼んだとのさらなる疑いが発生した。少年の家族は少年が殴り殺されたことにひどくショックを受け、少年の父は失意のため審問の直後に死んでしまった。