アクレ共和国として独立を宣言した反乱軍は、アクレ地方の南側の境界線を、マドレ・デ・ディオス川に沿って主張していた。しかし、アクレ川上流とアブナ川で強い影響力を有していたゴム商人のニコラス・スアレスの暗躍により、マドレ・デ・ディオス川より北側のアクレ川の上流部分とアブナ川に沿った国境線とすることでブラジル政府は譲歩した。この合意に反乱軍は不満を持った。
1902年11月、ブラジルに新政権が誕生し、リオ・ブランコ男爵の称号を持つホセ・マリア・ダ・シルバ・パラノス・ジュニオール（以後、「リオ・ブランコ男爵」と呼称）が、外務大臣に就任した。リオ・ブランコ男爵は、アクレ紛争の恒久的解決を目指した。リオ・ブランコ男爵は、12月26日、ボリビア政府に対して「アクレ地方のブラジルへの併合と、代償として十分な対価を支払うこと」を提案した。一方、ボリビアのマヌエル・パンド大統領は、自ら軍隊を率いてプエルト・アロンソの救出に向かうことを決意した。1903年1月26日、数百の兵を引き連れてアクレ地方に向けて出発した。リオ・ブランコ男爵は、1903年2月6日、ボリビア政府に対して、再度アクレへの遠征を中止と、受け入れられない場合には交戦も辞さないとする最後通牒を行った。これは外交上の駆け引きではなく、実際に、ブラジルはボリビアとの国境線に数千の兵を移動させていた。マヌエル・パンド大統領は、プエルト・アロンソのボリビア軍が1月24日に降伏したこと、およびブラジルが最後通牒を送ってきたことを知り、ラ・パスへ引き返した。陸軍大臣の職にあったイスマエル・モンテスを司令官として再び遠征軍を送る計画もあったが、ブラジルとの戦争に発展することを恐れ、最終的に遠征を中止した。1903年3月21日、マヌエル・パンド大統領は、正式にブラジルの提案を受け入れた。
1903年1月8日、プラシド·デ·カストロ率いる反乱軍は、プエルト・アロンソを包囲した。プラシド·デ·カストロは、攻撃開始まで1週間の猶予を与え、降伏を促したが、リノ・ロメロはこれを拒否した。1月15日、朝から反乱軍は攻撃を開始した。銃の性能で劣る反乱軍は、ボリビア軍の弾薬を消費させるため、銃撃戦を続けた。反乱軍は前線の兵を交代制にし、昼夜を問わずボリビア軍の陣地を射撃させた。一方で、ボリビア軍は、昼夜を問わない銃撃戦で長時間、緊張状態に置かれ、食料、弾薬も減少し、疲労困憊の状況に陥った。銃撃戦は、1月23日まで続き、リノ・ロメロは、援軍が来るまでプエルト・アロンソを維持することは不可能であると考えるようになった。1903年1月24日、リノ・ロメロは降伏に合意した。
プエルト・バイーア（西: Puerto Bahía、現在のコビハ）でも、プラシド・デ・カストロのに呼応してアクレ独立を求めた反乱が起きた。プエルト・バイーア周辺は、ゴムで財を成したボリビア人の豪商であったニコラス・スアレス・カリャウが、事実上支配していた。ニコラス・スアレスは独自にゴム液採取労働者たちを集めて私設部隊を組織し、10月11日、プエルト・バイーアでの反乱を鎮圧した。プラシド・デ・カストロは、ニコラス・スアレスの私設部隊がボリビア軍に合流することを恐れた。プラシド・デ・カストロ率いる反乱軍は、11月、南へ進みアブナ川でボリビア軍の部隊と遭遇した。ボリビア軍の部隊は50名程度で、ロセンド・ロハスの部隊に弾薬を補給することが目的であった。このボリビア軍の部隊は、反乱軍を見ると退却した。プラシド・デ・カストロは、追撃を実施しようとするが、反乱軍の兵士たちはこれ以上の遠征に強く反対した。一方で、ニコラス・スアレスはシャプリの反乱軍を攻撃しようと考えていたが、スアレスの私設兵も遠征してまで戦うことには消極的であった。
植物を神饌として奉げる神社も多い。奈良県奈良市にある率川神社ではササユリの花で飾られた酒樽が献供される。これは主催紳である媛蹈韛五十鈴姫命（ひめたたらいすずひめのみこと）が幼い頃暮らした三輪山の狭井川のほとりが、山百合（ササユリの別称）の咲きほこる場所であったという伝説にあやかり、現在も三輪山で摘み取られたササユリが奉げられる。また、ササユリは昔は「山百合」と呼び、古典では「佐韋」と記し、これが狭井川の語源になっている。『神祗令』には既に謂。率川社祭也。以二三枝花一。飾二酒罇一祭。故曰二三枝一也。（三枝の花を以て酒樽を飾る故に三枝といふ） — 神祇令と記され、古くから行われてきた、花を奉げる神事であることがわかる。北野天満宮では主祭神である菅原道真にあやかり、紅梅と白梅が神饌として奉げられる。北野天満宮では従来は建立された経緯から菜種を奉げていたが、渡唐天神信仰による影響や、新暦への移行により祭事の日時が1ヶ月ほどずれたため、それ以降は梅を奉げ、菜種は神職一同が身につけ神事に臨む形で残されている。石清水八幡宮では自然物から構成された造花（供花神饌）が神饌として奉げられる。これは竹、梅、菊、南天、椿、水仙、松、牡丹、橘、桜、杜若（かきつばた）、紅葉などの植物に、鳳凰、鶯、鶴、兎、鶺鴒、雉子、鳩、巣籠子（すごもりひな）、蜻蛉、鷹、蝶、鴨、鹿などの動物を組み合わせ、12座の神饌で四季を表現するものである。このような食材は明治以前には社領から御厨家が調達にあたったが、明治以降は氏子などから献上された食材の中から祭事や季節に応じて選択され、神饌として奉げられている。例として、以下に4種の神饌の内容を列挙する。