融合により、その身に精霊ユベルの魂を宿しており、決闘以外でも精霊の力を用いてモンスターを実体化させるなど、自在に力を使えるようになった。この能力を発動する際には、目の色がユベルのように変色している。前編までと比べると子供のような軟らかい表情が減り、顔つきも凛々しくなり精神的にも大きく成長を遂げた。この時点ですでに学園最強と称されるようになっている。ユベルとの事件から一ヶ月間自室に篭っていたが、精霊界と人間界とを結ぶ新たな異変を感じ取る。責任の一端を感じ、皆に迷惑をかけまいとアカデミア校の退学を決意するが、藤原優介とオネストの一件を経て仲間達と再び行動を共にすることを誓う。異世界での一連の出来事が尾を引き、デュエルを「楽しむ」事を忘れていたが明日香や剣山、早乙女レイとのペアデュエルを経て本来の熱い心を取り戻していく。物語後半からはオブライエンからの連絡により卒業デュエルを抜け出し、ヨハンと合流して、藤原と戦い、さらに元凶であるダークネスを打ち倒す。ダークネス戦後は周囲との蟠りを解消し、無事卒業式を迎える。祝賀会で一行が盛り上がる中、一人静かにアカデミアを去ろうとするが、ハネクリボーにより遊戯デッキの展示室へと連れて行かれ、そこで遊戯と再会する。遊戯によって、バトルシティ直後の闇遊戯の元へと導かれ、｢真の卒業デュエル｣を行い、純粋にデュエルを楽しむ気持ちを思い出した。アカデミア卒業後はカードの精霊を見える力を役立てる道を探す事にしている。
精霊が見える少年・ヨハン・アンデルセンと出会い、親友となる。デスデュエルや、異次元での命懸けの決闘を続けていく内に、戦う事の重圧や仲間を守ることへの責任感に苦しみ、デュエルを純粋に楽しめなくなってしまう。物語中盤でヨハンを救出しに仲間とともに異世界へ向かうが、暗黒界の狂王ブロンとの戦いで、大切な仲間達を失ってしまい、覇王を目覚めさせてしまう。オブライエンが覇王と引き分けたことで、その呪縛から解放されるが、覇王十代として人々を虐殺していた時の記憶が蘇る「融合」が使えなくなるなど、傷心しきっていた。しかし、亮や三沢、E・HEROたちに励まされ、復活を果たす。そしてユベルとの二度の決闘の末にヨハンを救い出し、ユベルとは和解の末に融合を果たした。
エドに完敗したショックにより、カードの絵柄が見えなくなってしまう。しかし、新たなる切り札「E・HEROネオス」や、宇宙の戦士「ネオスペーシアン」達のカードを手に入れたことによって復活し、元の明るさを取り戻した。斎王に洗脳され光の結社の幹部となった万丈目と天上院明日香をはじめ、多くのデュエリストを次々に倒し、ついには斎王に取り付いていた「破滅の光」を打ち破った。
入学試験に電車の事故で遅れてしまい、デュエル・アカデミア入学のためにクロノス教諭とデュエルし入学を果たす。実技最高顧問のクロノスを制したことで学園の名だたるデュエリストから一目置かれるが、学力が110位と最低クラスなため、アカデミアで最も地位の低いオシリスレッド寮に配属される。クロノスから一方的に目の敵にされ、学園の強豪達を差し向けられるが、当の本人はそんな冷遇を気にすること無くマイペースに学園生活を送ってゆく。万丈目準との戦いでラーイエローに昇格する権利を得たが「俺はここが気に入っている」と自らの意思でオシリスレッドに残留している。そして、次々に襲い掛かってくる「セブンスターズ」や「三幻魔」の危機から世界を救うことに成功した。
E-HERO（イービルヒーロー）。覇王十代が用いていたカード。E・HEROの多くが戦士族なのに対して、こちらは全て悪魔族である。専用の融合カード「ダーク・フュージョン」により、更に凶悪なモンスターとなる。
「E・HERO ネオス」と「コンタクト融合」を行える「N」と名のついたカード。カードの属性一つにつき、一体ずつ存在する宇宙人。幼少の十代が全てを創作し、海馬コーポレーションによってカード化され宇宙の波動を取り込んで完成した。作中では十代と話をするなど、一体一体が意思を持っている。「C」と名のついたコクーン（繭）といわれるカードはネオスペーシアン召喚の補助として使われる。「NEX（ネオスペーシアンエクステント）」により「N・アクア・ドルフィン」は「N・マリン・ドルフィン」に、「N・グロー・モス」は「N・ティンクル・モス」に進化する。
前作『イナズマイレブン』シリーズの続編であり、完全新作となる。前作の主人公である「円堂 守（えんどう まもる）」の世代から10年後の雷門中学校が舞台となっており、今作の主人公である「松風 天馬（まつかぜ てんま）」が雷門中に入学し、サッカー部に入部することから物語は始まる。前作の主人公である円堂守は雷門サッカー部の監督として登場する。なお、『イナズマイレブン3 世界への挑戦!! ジ・オーガ』にはクリア特典として、本作の4年前を描いたプロローグストーリーや、設定資料集が収録されている。また、松風天馬、剣城京介、神童拓人、霧野蘭丸、西園信助の5人は『イナズマイレブン ストライカーズ』にて一足先にプレイヤーキャラクターとしてゲスト出場し、必殺技を披露している。2012年3月にシャイン/ダークの続編となる『イナズマイレブンGO2 クロノ・ストーン ネップウ/ライメイ』（イナズマイレブンゴー・ツー クロノ・ストーン ネップウ/ライメイ）の製作が発表され、2012年12月13日に発売された。2013年3月にはネップウ/ライメイの続編となる『イナズマイレブンGO ギャラクシー ビッグバン/スーパーノヴァ』（イナズマイレブンゴー ギャラクシー ビッグバン/スーパーノヴァ）の製作が発表され、2013年12月5日に発売された。同シリーズは『ギャラクシー』でアニメ放送・ゲーム開発共に終了と一旦区切りをつける形となったが、2016年7月に行われたレベルファイブの新作発表会『LEVEL5 VISION 2016 -NEW HEROES-』内で、同シリーズ完全新作となる『イナズマイレブン アレスの天秤』の製作が発表された。