庄内藩主・酒井忠篤は強制隠居の上で謹慎、所領16万7,000石を12万石へ減封。忠篤の弟の忠宝が後継を許された。会津藩や磐城平藩への転封命令も出たが、本間家を中心とする御用商人や上級武士、地主などが70万両を献金することで（実際には全額揃わず、30万両への減額が認められた）、転封命令は撤回された。なお、支藩の松山藩も、藩主・酒井忠良は強制隠居の上で謹慎、所領2万5,000石のうち2,500石を没収され、忠良の三男・忠匡が後を継いだ。新政府軍と対立した中心的な藩のひとつであるにも関わらず、会津藩や仙台藩と比べて庄内藩への処分は寛大なものとなった。これには西郷隆盛の意向があったと言われており、以後の庄内藩士の間では西郷が敬愛されるようになった。忠篤と藩士78名が明治3年（1870年）に鹿児島へ4ヶ月滞在し、西郷の下で軍事教練を受けた他、複数の藩士が西郷と継続的に交流している。西南戦争で朝敵となった西郷の名誉が1889年（明治22年）に回復された際、忠篤が発起人のひとりとなって上野公園に西郷の銅像を設立した。また、旧家老の菅実秀らが西郷の遺訓をまとめ、南洲翁遺訓と題して出版している。
久保田藩では藩士の3分の2が兵火にかかり、人家の四割が焼失した。奥羽鎮撫使に随従した15藩の約1万の将兵、新庄藩・本荘藩・矢島藩から逃亡してきた藩主・藩士の家族のまかないをすべて久保田藩が負担することになり、推定総額675,000両（官軍・藩兵推定15,000人の動員費375,000両、被災領民の年貢免除分50,000両余、その他の軍諸給金25,000両、銃器購入費100,000両、汽船購入費70,000両、その他軍需品購入費55,000両）の戦費を消費した。明治2年（1869年）6月、新政府から賞典（永世禄）として、久保田藩へ2万石、新庄藩へ1万5千石、弘前藩と本荘藩へ1万石、矢島藩へ1千石が、また岩崎藩（久保田新田藩）へは賞典金（一時金）として2千両が下賜された。これらは戦費・戦災に対してまったく見合わない少額であり、藩士・領民には廃藩置県後も新政府に対する不信感が残った。
22日盛岡藩は降伏嘆願書を正使に持たせ久保田藩側に派遣した。25日に沢尻村で正式に盛岡藩の降伏が締結され、これでこの地区の戦闘は終結した。
30日と9月1日は両陣とも攻撃準備を行っている。2日午前6時に佐賀の大砲の音を合図に、岩瀬村において久保田藩側の総攻撃が始まった。盛岡藩側も待ちかまえており、この岩瀬会戦が南部・秋田戦線の最大の戦闘となった。この戦闘では佐賀兵も一時撤退を指揮官に訴えるなど苦戦した。また、盛岡側も楢山佐渡が敗兵を厳しく叱責するなど敢闘精神を見せたが、正午頃には大勢が決まり、盛岡藩兵は撤退した。このとき、米代川沿岸にいた盛岡藩兵は久保田藩側の急迫に退路を失い、渡河する途中で多くの犠牲者を出している。大館南部の山道を辿った久保田藩の部隊は板沢村の盛岡藩の部隊を急襲、盛岡藩側は前線から離れている場所の昼食時という不意を狙われ、幹部級の戦死者4名をだし、多量の軍資金や軍需品を置き去りにして敗走した。2日から5日にかけては大館近郊での戦いが続いた。双方必死の攻防が続いた。6日朝6時に大館への総攻撃を計画していた久保田藩側だったが、盛岡藩側は扇田村が占領され退路を断たれる危険性をおそれたのか、5日夜に既に大館を総撤退しており戦闘はなかった。6日久保田藩は大館を回復した。7日久保田藩兵側は藩境の町である十二所を回復した。その後、十二所地区や雪沢地区で、終戦まで一進一退の攻防が続いた。盛岡藩側も藩境を突破されないように強硬に抵抗を行った。
2003年6月には、サンタバーバラ郡保安官が調査を始めた。2003年7月に、彼らは最初に家族にインタビューを行う。2003年11月18日に、サンタバーバラ郡シェリフは70人を超える調査者を以って家宅捜索。同じ日に私立探偵事務所を強制捜索した。この数時間前に「Number Ones」がリリースされた。2003年11月20日、証拠不十分のまま、その少年に対する性的虐待等の容疑でジャクソンを逮捕した。マイケル・ジャクソンの警察写真は、2003年11月20日に映された。300万ドルで保釈された。この際のジャクソンの身長体重は178センチメートル(5'11")、56kg(120ポンド)。逮捕される前日の11月17日にカリフォルニア州知事が共和党のアーノルド・シュワルツェネッガーに変わったばかりであったため、一部ではジョージ・ウォーカー・ブッシュ大統領がイラク戦争に対する批判を逸らすため工作を行ったのではないかという噂も出る。その当の知事は同月声明を発表。「あの検察官（トム・スネドン）は10年前の借りを返したがっているように思えるね。検察は適切に動いているかどうかも疑問だ」とした。ジャクソンは12月25日、子供を傷つけるくらいならリストカットをすると述べた。また、2003年12月28日にCBSで放送されたインタビューの中で「警察から手荒な扱いを受けた」と公表したが、SB郡保安官事務所は「そのような事実はない。ジャクソン氏は自らの信用を著しく傷つけている」として、ビデオや録音テープを使って反論。しかしマイケルの弁護人マーク・ゲラゴス (Mark Geragos) や家族は映像がカットされすぎているとしてさらにこれに反論した。ジャクソンは、2004年1月16日、サンタマリアの法廷で尋問される。ジャクソンは、20分遅れて現れた。ジャクソンは無罪を主張。2004年2月13日、状況証拠のみながら検察官から400ページにわたる証拠文章が提出される。