80分の筆記試験後に行われ、解答時間30分（受験生がICプレイヤーの動作テストをするため試験時間は60分）・配点は50点となっている。ICプレーヤーは再生機能しかなく、巻き戻しや一時停止などはできない仕組みとなっている。問題開始前や、各大問（第1問など）の合間には「〜ページを開いてください」という音声が流れるが、これはあくまでも試験者に対して、問題が始まる旨を知らせるだけであって、必ずしも従う必要はない。また、次のページに問題が移る場合でも、同じ大問であれば「〜ページを開いてください」という音声は流れない。問題音声が終了した後に、解答をマークシートにまとめて転記する時間は用意されていない。各設問ごとにマークする必要がある。ただし、問題音声が終了しても、試験監督者から解答をやめるよう指示があるまで、マークシートへのマークやマークの確認を行うことができる。2010年度以降、ICプレーヤーとメモリーカードは試験実施後に回収されるようになった。また、イヤホンに関しては必ず各自が持ち帰ることとなった。2015年度以降はイヤホンも試験実施後に回収される。
提出した答案用紙は、独立行政法人が取得した『個人情報を含む行政文書』に該当するため、個人情報開示制度の対象となる。この制度を利用して提出後に答案用紙の原本と読み取った成績のデータが開示された事例がある。この事例ではさらに開示された内容と自身が試験会場でマークした内容が違うと主張し、『個人情報の訂正』として答案用紙の訂正を請求したが却下された。
受験生は各大学に出願する前に自身のセンター試験での成績を知ることができない。そのため、解答時に問題用紙に自身の解答をメモしておき、後日、新聞などで発表される正解・配点と照合して自身の成績を推定する、いわゆる「自己採点」を行う。2012年度までは解答は「○（正解）」か「×（誤答）」のどちらかであったが、2013年度からは「△（部分点）」が与えられる回答がある問題も登場した。出願時はこの自己採点が唯一の情報源になるので、自分の解答を正確に控えておかなかったり、マークミスなどを犯していたりすると、自己採点の点数と実際の得点が違うということが起こり、受験校を決める上で致命的なミスにつながることもある。現在では、採点結果を大手予備校に送ることにより、ある大学の志望者の中における成績の位置を知ることのできるシステムも整備されている。予備校は試験終了翌日の夜までに全国の高校・予備校・書店から申込者の自己採点結果を回収し、コンピュータシステムを使いデータを分析する。そして、試験終了から4日後には申込者に分析結果を配布するのである。予備校では、このデータ分析に加えて各高校などに配布する成績資料も同時に作成しなければいけないため、この時期は繁忙を極めている。なお、受験者の多くは複数の予備校に自己採点の結果を送るため、予備校ごとに順位や合格判定の結果に大きな差が出ることはあまりない。代表的なものでは、河合塾のセンター・リサーチ（Web入力はバンザイシステム）、駿台予備学校・ベネッセコーポレーションのデータネット、東進ハイスクールの合否判定システムなどが挙げられる。
国公立・私立問わず、各大学入試・選抜試験における受験特別措置について、学生募集要項等に「大学入試センター試験における身体障害者受験特別措置方法に準ずる」と記載する大学があり、大学入試センター試験の基準が、判断基準として採用されている場合がある。
疾病・負傷や身体障害等のため、解答方法、試験室、座席、所持品などについて、特別の措置を希望する受験生は、出願時に受験上の配慮を申請することができる。受験特別措置は申請に基づき審査され、個別に「受験特別措置決定通知書」が送付される。日常生活において使用している補聴器、松葉杖、車椅子等を持ち込む場合は、申請が必要である。出願後の不慮の事故等で、受験特別措置を申請することもできる。ただし、申請する理由が出願後に発生した場合に限られる。志願者本人又は代理人が、受験票に記載の「問い合わせ大学」に、受験票と医師の診断書（形式任意）を持参、大学にある申請書に必要事項を記入し、申請する。出願時の申請と同様、大学入試センターで審査の上、特別措置が決定する。
高さ250mの鉄塔8基（4基×2列）にて長さ1.8km、16条のアンテナ用ワイヤーを支え、逆L形フラットトップアンテナを構成した。アース線は、1.76km×0.88kmの範囲内の地中に深さ60cmで網の目上に敷き詰められた。発信器は周波数5,814Hzを発生させる高周波発電機が用いられた。その出力を三逓倍回路を通して3倍の高調波（17,442Hz）を取り出して使用した。これは当時の発電機で直接17,442Hzを出力することは不可能であったためである。このため発電機の出力周波数には高い安定性が求められ、発電機の回転部分は16トンもの重量（もしくは慣性能率が16トン）となった。また発電機を回転させるのにも商用電源から交流モーターを使って直接発電機を回すのではなく、まず交流モーターで直流発電機を回転させて直流電力を発生させ、取り出した直流を使って直流モーターで高周波発電機を回転させた。これは周波数安定の為に高周波発電機の回転変動を検出し、直流発電機を制御するワード・レオナード方式を採用したためだった。依佐美では予備を含めてこのセットを2組用意し、これらを含めた送信設備は鉄筋コンクリート造り、建延1338.5平方メートルの送信機室に納められた。対となる受信所は三重郡海蔵村（現在の四日市市）に建設された。船橋送信所とともに太平洋戦争開戦の暗号「ニイタカヤマノボレ一二〇八」を送信した送信所の一つ（対潜水艦向けの超長波を担当）。足利義満による相国寺七重大塔の持つ106mという高さ日本歴代記録を約530年ぶりに更新した（当時）。