奈良電車区（現在の吹田総合車両所奈良支所）には、1989年2月から7月にかけて、1・2次車として4両編成12本、2両編成12本の計72両が配置された。同年4月10日から関西本線（大和路線）・大阪環状線で大和路快速を中心に運用を開始した。1990年度には、4次車として中間車のみの6両（モハ220+サハ220）が配置され、大和路快速の編成増強に充てられた。この時点で奈良電車区には 6両編成3本・4両編成9本・2両編成12本の 計78両が配置された。
当初から新快速としての運用以外にも近郊線区への配属も視野に入れていたこと、常にMT比（編成内の電動車と付随車の比率）が1:1になるように設定したことから、電動車2両でユニットを組む221形グループと電動車1両と付随車1両の2両でペアを組む220形グループが並行して製造された。この結果、奈良線向けの2両編成から東海道・山陽本線の最大12両編成まで需要に応じた編成を自由に組成でき、また6両編成時の113系のように電動車比率が必要以上に高くになることもなくなった。
2017年4月、奈良支所のNB805編成およびNC608編成を筆頭に京都支所と奈良支所の車両は側面行先表示器のフルカラーLED化が行われ、奈良支所の6両編成を除き完了した。
運転台のマスター・コントローラー（マスコン）は、ブレーキとマスコンが別々の横軸ツインレバー型をJRグループで初めて採用した。これは近畿地方の私鉄・地下鉄事業者の車両に多く見られる方式で、ブレーキを掛けた状態から加速すると発車時の衝撃を緩和できるとの発想などから採用されている。他のJRグループでは1990年代以降JR四国を除いて左手ワンハンドル型の採用が相次いだが、JR西日本では221系以降、全ての在来線新造車両でこのマスコンを採用している。車掌スイッチは個別開閉機能を設けた間接制御式（リレー式）を採用した。
連結器は1編成を1車両として運用する考え方を基本としたため、中間連結部は半永久連結器を使用する。先頭車運転台寄りの連結器は117系に倣い、増解結作業の容易化のために、電気連結器・自動解結装置付き密着連結器を採用する。保安装置は、新製当初はATS-SWのみを搭載していたが、1998年から2001年にかけてATS-P取り付け工事が鷹取工場と網干総合車両所（以下網干と略称）で行われている。また、2006年から2011年にかけてEB・TE装置の取り付けが網干および吹田工場（以下吹田と略称）で行われている。EB・TE装置の取り付けに合わせて、連結面間への旅客の転落を防ぐために中間車連結面への転落防止幌の取り付けが網干と吹田で行われた。2011年からは、運転台に映像音声記録装置（ドライブレコーダー）の取り付けが網干・吹田と下関総合車両所で行われている。警笛は、AW-2およびAW-5が先頭車両床下に搭載されている。ミュージックホーンは装備されていない。
冷房装置はそれまで国鉄が採用していた集中式AU75 1基搭載とは異なり、集約分散式の WAU701（冷凍能力18,000kcal/h）2基を各車毎に搭載する方式が採用された。これにより冷房装置の重量が2分されるため、集中式1基搭載と比較して構体、特に冷房装置を支持する天井の梁や側柱の強度設計が容易になっている。冷房装置 WAU701 に加えて、横流送風機、マイコン式温度調節器、自動巻き取り式フィルタおよび電気暖房機をマイコン制御により全自動運転が可能である。また、車外放送向けに放送用スピーカーを内蔵している。
ツツは聖公会（Anglicanism）に惹きつけられていた。なぜならば、それに寛容と包括性を見出し、聖書と伝統に寄り添いつつ理性に訴えかけていると見たためである。また、それを構成する諸教会は、いかなる中央集権的な権力からも自由であった。ツツの聖公会へのアプローチは、実際のところアングロ・カトリシズムとして特徴づけられる。彼は内部の小競り合いが絶えないアングリカン・コミュニオンを家族と見做した。1970年代、ツツは黒人神学（black theology）とアフリカ神学（African theology）双方の提唱者となり、この二つのキリスト教思想の学派を融合させる方法を探求した.。彼は、特定の神学の一派（any particular variant of theology）が普遍的有効性を持つという考え方を拒否し、神学はそれらが存在する社会文化的条件の「文脈」に関係性を保持しなければならないとした。ツツは西洋の神学がアフリカ人が問うていない問題についての答えを探しているという見解を表明した。ツツにとっては、アフリカのキリスト教によって二つの大きな疑問が提示されていた。それは外来のキリスト教の信仰表現を真のアフリカ人の方法に置き換える方法についてと、人々を隷属から解放する方法についてであった。彼は同時代のアフリカ人が持つ神についての理解と、旧約聖書における神の特徴とについて、多くの類似点があると信じていた。真実和解委員会の議長を務めていた時、ツツは明らかにキリスト教のモデルによる和解を提唱した。その一環として、彼は南アフリカ人が、彼ら自身の行動が引き起こした結果を受け入れ、そのダメージに正面から対峙しなければならないと信じていた。その一部として、彼はアパルトヘイトの加害者と受益者は自身の行為を認めなければならないが、アパルトヘイト制度の被害者は広い心で応じなければならないと信じており、赦すことが「福音の指示（gospel imperative）」であると述べた。それと同時に、責任ある者たちは賠償の形で真の懺悔を表明しなければならないと論じた。