東京都の幹部と新銀行東京の幹部の会議に立ち合って記録を取る係だった元行員が、この会議録をまとめたブリーフィングメモとICレコーダーの会議録音を週刊誌などのマスコミに提出。新銀行東京の拡大路線が都による強要だという証拠として提示した。これに対し、新銀行東京は、元行員がテレビ番組に出演して機密情報に当たる会議内容を記録した資料を暴露したことや、複数の週刊誌に機密情報を伝達したとして、「新銀行の社会的評価や信用が著しく低下した」として1320万円の損害賠償を東京地裁へ求めた。2009年（平成21年）11月に和解が成立し、新銀行東京は損害賠償を取り下げ、元行員は録音データを消去し、ブリーフィングメモを銀行側に返却した。
2008年（平成20年）3月に都議会は400億円の追加出資を自民党、公明党の賛成により可決した。『しんぶん赤旗』によると、有権者の多くは追加出資に反対している。2009年（平成21年）7月、東京都議会議員選挙1週間前に、四半期黒字見通しという記事が産経新聞に載った。
本来は中小企業を救済するはずだったが、貸出総額に占める中小企業の比率は、2006年（平成18年）3月（開業初年度末）の62.5%をピークに、2007年3月は51.5%、2007年（平成19年）9月末時点の貸出残高2218億円に対して中小企業向け融資は1046億円と貸出金全体の47.2%と半分を切るまでに低下しているなど、資金繰りに苦しむ中小企業の支援という設立目的も揺らいでいる。2008年（平成20年）3月18日、2005年（平成17年）の開業当初から、中小企業の資金繰り対策として看板に掲げてきた無担保・無保証融資を不良債権の急増で継続が困難と判断、再建計画の一つとして2008年（平成20年）4月以降原則廃止することを決定した。
2006年（平成18年）に財政破綻したベンチャー企業に対し、破綻の約2カ月前に3億円を融資していたことが分かった。当時の銀行幹部によれば、3億円の融資は役員会に諮る融資額に達していたにもかかわらず、「役員の友人の会社だからいいんだ」という理由で審査も行われずに融資が決定したとされる。融資直後の貸付先の経営破綻は、与信審査をする通常の銀行経営では有り得ない。
店舗外に設置されたATMは事業の大幅縮小のため2007年（平成19年）8月31日23:00をもって稼働を停止し、後に順次すべて撤去された。2011年（平成23年）2月17日の新銀行東京「トピックス」において、本店に3台だけある最後のATMも3月18日で全廃することを発表。代わりにセブン銀行のATMを設置した。
2005年（平成17年）は、4月1日に東京都千代田区大手町の本店、2005年（平成17年）5月13日に新宿出張所（新宿区）と蒲田出張所（大田区）、2005年（平成17年）7月1日に立川出張所（立川市）と上野出張所（台東区）、錦糸町出張所（墨田区）を開店させた。2006年（平成18年）度は都合9店舗体制とし、シティバンク銀行（当時は、シティバンク、エヌ・エイ）や新生銀行の都内店舗並の展開をしていく予定としていたが、2007年度の第3四半期には、3店舗がブランチインブランチ化された。2008年（平成20年）5月7日より、すべての店舗が本店（同時に、本店を大手町より従前の新宿出張所所在地に移転）にブランチインブランチ化された。2014年5月現在、ゆうちょ銀行の統括店以外の直営店舗同様、出張所(すべて、本店窓口で対応)の呼称を「店」と称している。2018年5月1日に、八千代銀行（同日にきらぼし銀行に改称）に吸収合併され解散。同時に、当行の店舗は、すべて本店営業部（かつての東京都民銀行本店営業部を前身とする）内にブランチインブランチとされた。
駅北口を出て北方向へ進む道が旧・藤代町の中心市街地であり、北へおよそ100m先の丁字路西方面は、片町を経て茨城県道208号長沖藤代線片町交差点を超えて相馬神社付近まで、小さな店が集まった旧来の商店街が続く。ほぼ旧・水戸街道藤代宿と重なる。丁字路を東へ進む道は旧宮和田宿へ続く道で、こちらにも呉服店、写真館といった昔ながらの小さな商店が点在する。北側は小貝川に近いため、地理的にも古くからの市街地の基盤が保たれており、その外周部にマンションなどが存在する。旧・藤代町によって再開発が計画されたものの地権者の反対で頓挫し、狭隘な駅前のままとなっている。2018年（平成30年）11月28日、JR東日本水戸支社から、藤代駅周辺の待機児童解消に向けて、水戸支社初の子育て支援施設として、2019年（平成31年）4月1日に常磐線藤代駅北口に認可保育園「藤代駅前ナーサリースクール」を開園した。一方駅南側は、水田が広がる中に部分的に開発された宅地があるだけであったが、南口が開設され、旧・藤代町による大規模開発が行われたことによって住宅や大型店舗が並ぶようになった。取手市に合併されてからも開発が進んでいる。