ジェファーソンはアメリカ合衆国で共和制を発展させる指導者だった。イギリスの貴族性は本質的に腐敗しており、アメリカ人が市民道徳に献身したことが独立を要求したと主張した。1790年代、ハミルトンやアダムズが共和制を脅かすイギリス的な君主制を課そうとしていると繰り返し警告した。米英戦争を支持し、カナダからイギリスの軍事と思想的な脅威を排除できることを期待した。ジェファーソンがアメリカの美徳として描いたものは、自分のことは自分で処する自作農の農本的国家のものだった。それはハミルトンが描く商業と製造業の国家というものと対照をなし、ジェファーソンはハミルトンの考え方をあまりに誘惑が多すぎて腐敗に繋がるものだと言った。ジェファーソンのアメリカの特異性と可能性についての深い思い入れがアメリカ例外主義の父と言わせるまでになった。特にまだ人口の少ないアメリカは階級に分かれ、工業化されたヨーロッパの恐怖と考えられるものを避けられると確信していた。ジェファーソンの共和制原理は18世紀イギリス政府に対抗した著作家達の農業政策を支持する党によって強く影響を受けた。特にジョン・ロックの不可分の権利原則について影響を受けた。歴史家達はフランスの同時代人ジャン＝ジャック・ルソーの影響もいくらか見出している。
ジェファーソンは痩せ型で背が高く、身長約6フィート (183cm) でとても姿勢が良かった。「モンティチェロの聖人」は別のニックネームである「人民の中の男」を得るようなイメージを育てた。ホワイトハウスへの客人をローブとスリッパというような普段着で迎えて大衆的な雰囲気を作った。国務長官ジェームズ・マディソンの妻であるドリー・マディソンやジェファーソンの娘達がホワイトハウスの外交儀礼を和らげ、フォーマルな公式晩餐会もより形式ばらない楽しませる社交行事に変えた。ジェファーソンは言論出版の自由の抜きん出た守護者だったが、時には党派的な新聞と言い争い、大衆にアピールした。ジェファーソンの書き物は実利的であり大きな知性を示している。また多くの言語に堪能だった。オシアンを翻訳するためにゲール語を学び、原稿を求めてジェイムズ・マクファーソンに手紙を送った。ジェファーソンは大統領として自ら一般教書演説を行う慣習を止め、文書で議会に演説原稿を配った（一般教書演説はウッドロウ・ウィルソンが復活させた）。このために大統領でいる間にはわずか2回の演説を行っただけだった。ジェファーソンは舌足らずであり、このこともあって演説するよりも書くことを好んだ。死ぬ時に彼と妻の間に交わされた手紙を全て燃やし、折々個人的な殻を守ろうとする人のイメージを作った。実際に公衆の面前にあるよりも事務所で個人的に働くことを好んだ。ジェファーソンはコーランを所有していた。このコーランは、200年以上後に初のムスリム下院議員となったキース・エリソンの宣誓式に用いられることになった。
1796年アメリカ合衆国大統領選挙でジェファーソンは民主共和党の候補者となり、ジョン・アダムズに敗れはしたが、選挙人投票で2位となって副大統領に就任した（1797年-1801年）。この期間にジェファーソンは議会手続きのマニュアルを書いたが、その他のことでは上院での議論を回避した。フランスとの宣戦布告なき海洋戦争である擬似戦争が進行している中で、ジョン・アダムズが指導する連邦党は海軍を作り、陸軍を強化し、新しい税を課し、戦争の準備をし、また1798年には外国人・治安諸法を制定した。ジェファーソンは外国人・治安諸法が危険な敵性外国人よりも自分の民主共和党に対する攻撃だと解釈した。それらの法はバーモント州選出のアメリカ合衆国下院議員マシュー・ライアンからの最も著名な攻撃を初めとして民主共和党に対する攻撃に使われた。ジェファーソンとマディソンは、連邦政府が各州によって具体的に委嘱されていない権限を行使する権利が無いことを宣言したケンタッキー州およびバージニア州決議を匿名で書くことで、民主共和党側への支援を訴えた。この決議は、もし連邦政府がそのような権限を行使した場合に、その法は1つの州によって無効化され得るということを意味した。この決議は州の権限理論を始めて世に出したものであり、その後の無効化と干渉の概念を作った。
ジェファーソンは1793年暮れに20数年ぶりにモンティチェロに戻り、そこでハミルトンやワシントンに対する反対運動を画策した。しかし、ハミルトンが主導した1794年のジェイ条約がイギリスとの和平と貿易復活をもたらし、一方ジェファーソンから強く支持されていたマディソンは戦争をせずに「かつての母国と戦うことを」望んだ。「『商業という武器』がアメリカ合衆国の選ぶ条件にイギリスを同意させるに足るというのが共和制推進者のあいだの信条になった。」公職を離れていたジェファーソンは強くマディソンを後押しした。自宅を新築し後にアメリカ住居で唯一世界遺産に登録されている。また、ひたすら農業に従事し研究もした。現在、ホワイトハウスの農場には、この地の種子がまかれている。
高岡りらは小さいころから兄に甘やかされて育ってきた重度のブラコンである（兄もかなりのシスコンである）。そんな兄からある日突然結婚すると聞かされ、ショックのあまり兄を殴って髪を切り、私立ライラック女子学園高等学校（通称：ライ女）に入学し、寮生活を送ることになった。ところが、入寮直前に道で迷っていると、兄とそっくりな声の少年と出会い頭にぶつかってしまう。その少年は近くの男子校花海棠（はなかいどう）高校の生徒の2年生佐倉央司と言い、今後彼女と何回も出会い頭にぶつかり、けんかするという因縁の出会いであった。初めての出会いは、りらが央司をノックアウトしてしまう。寮では同室の小野楓、隣室の梁瀬蔦、中崎くるみの3人と仲良くなることが出来寮生活が始まったが、りらはお兄ちゃんまかせの甘えっ子（「暴れ馬」とも呼ばれる）なので、一人では日常生活も満足にできない。同室の小野楓は面倒見が良い（というより、面倒を見ないと禁断症状がでる。これは彼女の弟の柊が超シスコンで甘えん坊だったからである）ので、りらは「おはようからおやすみまで」楓に面倒をみてもらうことになる。このままではいけないと、自分をかえるために入ったのが家庭科部だったが、ここでもやることなすことメチャクチャで、部長の石蕗はノイローゼ寸前になる。そんな石蕗に片思いするのは花海棠の家庭科部長をしている是枝直志、その是枝にりらが片思いをしてしまい話がややこしくなる。そしてりらは努力のすえ振られてしまい、是枝の片思いと石蕗の迷惑が残る。りら達も進学していく。新入生の葉山菜生を無理やり家庭科部へ引き込み先輩ぶろうとした作戦も大失敗。新しい恋は訪れない。そんな日々でも佐倉央司との喧嘩は毎日のようにするのだった。