事件によって有力な活動家が拘束され、また、活動を行うと逮捕されるかもしれないという不安から鉱毒反対運動が下火になったと考える研究者がいる。田中正造も、1901年当時、同様の主張を行った。これに対し、第5回、第6回押出しが行われており、鉱毒反対運動の弱体化は、事件や裁判とは関係ないと考える研究者もいる。この説をとる研究者の多くは、1903年秋以降、鉱毒被害地が豊作になったことで運動が弱体化したと考えている。第6回押出しの次の押出しが行われたのは56年後の1958年6月11日のことで、毛里田村農民らが足尾線で足尾町の古河鉱業に押出しを行った。衆議院議員であり、農民運動の先導者であった田中正造は、1900年2月15日、事件に関する質問演説を行っている途中で、当時所属していた憲政本党を離党した。
11月27日、仙台控訴院での第1回公判が開かれたが、仙台の弁護人が、突然、申立書が検事直筆でないため、控訴は無効と主張した。（当時の刑事訴訟法では、裁判で使われる調書類はすべて直筆の署名がないと無効になった）申立書が無効という事実は東京側弁護団や被告には知らされていなかった。実は、検察側が前橋地方裁判所に提出した最初の起訴状そのものも代筆で、そもそも裁判は最初から無効であった。仙台側弁護士は、初公判の時点でこのことにも気づいていたが、軽罪での時効が迫っていたため、あえて裁判を長引かせ、時効を狙うために1審の起訴状については言及しなかった。しかし、公判後、裁判所が署名を点検してこの事実に気付き、12月25日の第2回公判で、1審の起訴状に担当検事の署名がなく、起訴無効という判決がおりた。仙台の弁護士が、何故、起訴状の署名が代筆だと気づいたのか、遠く離れた前橋の検察官の直筆署名をどうやって手に入れたのかは不明のままである。一説によれば、当時、東北地方の強姦事件の公判で、被害者の調書に被害者本人の署名がないという理由で無罪になることが立て続けにあり、それ以来、仙台の弁護士は調書の署名を注意してみるようになったともいう。なお、のちに法が改正され、被害者の調書については、直筆署名でなくてもよいことになった。この時点では川俣事件の時効は完成しておらず、検察側は再び1審から起訴をやり直すこともできたが、行わなかった。再度世論が沸騰するのを防ぐためだと考えられている。ただし、第2回公判直前の12月23日に、複数の被告が再収監されており、これを再起訴の準備と見る研究者もいる。
2審判決は、1名を重禁固15日、2名を罰金とするもので、ほとんど農民側全面勝訴に近いものだった。これに対し、検察側は上告。農民らも、あくまで全員無罪をかちとるために、無罪となった47名を含む全被告が上告した。大審院では書類のみの審査が行われ、5月11日、大部分の被告を無罪とするのは不当として2審判決を破棄、差し戻しとなった。無罪となった者のうち11名の上告は認められず、この場で無罪が確定した。差し戻し審は仙台控訴院で行われることになった。これを農民らに負担を強いるようしむけたものだと考える研究者もいるが、差し戻し審を前回と別の裁判所で行うのは当時の慣例だったという主張もある。
判決は1902年3月15日と決まったが、これに合わせて、2月19日、3月2日に、第5回、第6回の押出しが行われた。第5回押出しは、それまでの雲龍寺ではなく、埼玉県利島村（現加須市）の養性寺を起点として行われた。雲龍寺でも農民が1100人程度集結したが、警官の監視が厳しく、実際に東京に向かえたのは養性寺組の700名だけだった。この押出しは、女性が多かったため女押出しとも呼ばれる。女性5名が近衛篤麿貴族院議長との面談に成功した。第6回押出しも、養性寺を起点として行われ、農民2000名が東京に向かい、うち7名が3月6日に平田東助農商務大臣との面会に成功。大臣は第2次鉱毒調査委員会の設置を確約させることに成功した。ただし、第2次鉱毒調査委員会の設置は、既に閣議決定されていて、公布されていないだけであった。委員会は、実際に3月15日に設置された。別の日に内務省に150名がなだれこんだが、内務大臣は面会を拒否した。
ニザーム王国の始祖で彼の父でもあるアーサフ・ジャー1世が没した時、統治権の相続者であるその長男ガーズィー・ウッディーン・ハーンは、父の代理としてデリーのムガル帝国宮廷に出仕していた。この機をついて、次男のナーシル・ジャングがニザームを宣言し、これが火種となり、他の兄弟や親族を巻き込んだ凄惨な王国の跡目争いが起こった。イギリスおよびフランスは、これをデカン地方進出の好機と捉えて、この跡目争いに干渉し、自身の兄であるナーシル・ジャングや甥のムザッファル・ジャングはカーナティック戦争のさなかに死亡した。1751年2月3日にムザッファル・ジャングが殺害された際、ビュシーによってアーサフ・ジャーの三男であるサラーバト・ジャングを新ニザームとされた。早速、その謝礼として、同年3月にサラーバト・ジャングはニザームパトナム、コンダヴィードゥなどをフランスへ割譲した。また、サラーバト・ジャングはマラーター王国と戦い続けたが、次第に劣勢となってしまい、1752年1月7日に講和を結んだ。それによると、ニザーム王国はベラール地方西半分およびハーンデーシュ地方をマラーター王国に割譲し、なおかつナーシク城やトリンバク城も引き渡すことが決められた。1753年11月23日、サラーバト・ジャングはフランスとアウランガーバード条約を結び、フランス軍の駐留費として、北サルカールと呼ばれる地域を割譲した。1760年2月3日、ニザーム王国軍はマラーター王国軍にウドギルで敗れ（ウドギルの戦い）、年620万ルピーにも歳入を生み出すデカンの広大な地域を割譲せざるを得なかった。そして、1762年7月8日に弟のニザーム・アリー・ハーンにその地位を追われ、ビーダル城に幽閉されたのち、翌1763年9月16日年に殺害された。