戦前の1935年前後頃には、春期・秋期の中央線の臨時列車で使用されており、青梅電気鉄道の御嶽駅へ乗入れる列車にも使用されている。また、1942年10月の横浜線の電車化に伴い、モハ32形のうち3-5両が東神奈川電車区に貸出されている。戦中・戦後においては、前述の配置転換により一部車両が横浜線、常磐線、赤羽線で運行されたほか、東神奈川や品川でモハ32に復旧機材を搭載して救援車代用として使用された。戦後の1948年11月からは横須賀線電車による東海道線平塚までの運行が開始されたほか、1952年4月1日の高崎線の電化と熊谷までの電車化に際しては、横須賀線の4両編成が貸し出されている。また、1949年5月15日から電車運転が開始された伊東線では、区間列車用として田町電車区伊東支区に42系のモハユニ44形2両とともに32系のモハ32形4両、クハ47形3両が配置され、その後も1953年7月1時点ではクロハ49形2両が42系7両や40系2両とともに配置されて運行されていた。
サロ45形は、本系列では最も遅くまで横須賀線で使用されたが、老朽一等車の二等車への変更が決定されたことにより、1964年8月および1965年3月に5両（45004, 45005, 45007, 45008, 45012）全車を二等車のサハ45形に改称（番号は不変）した。この際に車内設備の変更は行なわれず、一等車時のままであった。本形式は、格下げと同時に静岡鉄道管理局の身延線と飯田線に転用されたが、飯田線からは間もなく転出し、後に一部は大糸線に移り、いわゆる旧形国電の最末期の1981年まで使用された。
1959年6月1日付けで、新性能電車の形式称号を別体系に移行させる車両形式称号規程の改正が行なわれた。この改正では運転台付きの制御電動車と、運転台を持たない中間電動車が分離され、制御電動車には新たに記号「クモ」が制定されるとともに、従来番号のみで表記されていた形式は、従来の記号と合わせて形式とするよう変更された。また、従来雑形の形式番号体系に組み込まれていた事業用車も、制式車の形式番号体系に編入されている。これにより、旧32系のうちモハ14形はクモハ14形に、事業用車のクヤ9020形（旧48008）はクヤ99形に変更された。
48008は、連合軍専用車時の1951年6月26日に久里浜駅構内で架線事故により焼損し、そのまま長期休車となっていたが、従来からの木製試験車クヤ16001（クヤ9010）の老朽化が著しくなってきたことから、本車両を代替車として改造することになった。1955年4月に大井工場で車両性能試験車クヤ9020に改造され、同時に濃緑色に塗装された。本車両は形式番号も切抜き文字で表示されており、これは国鉄旧形電車としては唯一である。後述の1959年の改番によりクヤ99形（99000）となり、冷房装置が搭載されたが、1966年に後継のマヤ11形が落成したこともあり、1976年に廃車となった。
伊東線に転用され、半室三等室化の上でクロハ49形として使用されていた元クロ49形2両は、同線では二等車が編成中間に連結されるようになったため、1956年の更新修繕IIの施行に際して運転室を撤去して中間付随車化とした。旧三等室（旧々随伴員室）を二等室とし、旧二等室（旧々特別室）側は運転室と便所・洗面所を撤去して窓配置を322D2222D2に変更し、貫通扉を設置して三等室とした。ただし、客用扉の位置はそのままとされたので、特徴のあるスタイルはある程度そのままとなった。形式はサロハ49形に改められ、運転台が撤去されて向きが関係なくなったことから、49002は49001に改番された。
撃墜数は、戦後の自己申告である202機のほか、戦後調べでは撃墜報告80機とする文献もある。（日本海軍では1942年末以降、個人撃墜数を記録していないため、正式な数は不明）岩本は編隊による優位位置からの一撃離脱戦法を多用していた。1943年末日本は4機編隊構成を採用していたが、岩本は機上無線機のモールス電信を活用し連携を心がけ、基地司令部との交信で来襲情報を受信し、迎撃隊を有利な位置に導いて戦闘指揮した。また格闘戦にも絶対的な自信を持っていた。ある日の空中戦では、岩本単機対F6F戦闘機4機で空戦に入り、そのことごとくを撃墜したことが地上監視所から報告されている。この頃の岩本は「5倍や10倍の敵など恐くはない。ただし、エンジントラブルだけはどうしようもない。」と戦場で活躍する零戦の現実を記している。空中戦では常に一番に敵を発見していたが、視力検査をすると彼の視力は日本海軍パイロットとしては良い方ではなかった。敵機の索敵方法について教えを請われると「敵機は目でみるんじゃありゃんせん、感じるもんです。」と言いつつ、戦場の経験から敵編隊群の進攻方向を想定し、プロペラが太陽の光を反射する輝きを察知してゆく彼の索敵方法を教えていった。また、会敵までの敵距離の予測を、米軍機の機上電話（短波無線）を傍受しその強弱によって、敵との遠近を推測する彼独自の電子戦を実施していた。岩本は「媚（こ）びず、諂（へつら）わず、とらわれず。」という武士道的な言葉を常々自身に言い聞かせていた。堀建二2飛曹は岩本から「どんな場合でも、実戦で墜されるのは不注意による。まず第一は見張りだ。真剣に見張りをやって最初にこちらから敵を発見する。そして、その敵がかかってきたら、機銃弾の軸線を外す。そうすれば墜されることはまずない。地上砲火による場合。これは、どうにもならん。避けようがないからな。その場合は潔くあきらめるさ！」と指導を受けたという。