ある夜、霧島海人は趣味の8mmカメラで湖周辺の夜景を撮っていたが、突然光り始めた空に何かの物体を目撃する。次の瞬間、辺りが閃光と衝撃に包まれると同時に海人は吹き飛ばされて重傷を負い、そのまま湖へと落下していく。朦朧とする意識の中、海人は自分の手を掴む女性を目撃する。翌朝、自室で目を覚ました海人を待っていたのは、普段と変わりないように見える日常だった。姉の七海から彼女がボリビアへ長期出張する旨を聞かされたこと、そして学校の3年生のクラスへ赤い髪の美少女・貴月イチカが転入してきたことを除いて。イチカに何かを感じて戸惑う海人を見かね、友人の石垣哲朗は彼女を自主映画制作に誘う。彼らの古い友達の谷川柑菜と北原美桜、イチカに興味を示す山乃檸檬も仲間に加わる。帰り道にスーツケースを抱えてさまようイチカと遭遇した海人は、行くアテが無いという彼女を1晩自宅に泊めることにするが、その矢先に彼の身体に異変が生じる。イチカの「介抱」により症状は治まるも、傍目には抱き合っているようにしか見えないその現場を、七海と柑菜に目撃されてしまう。紆余曲折の末、イチカは七海の代わりに霧島家に下宿することになり、仲間達の好奇と疑念の目に囲まれつつも、海人とイチカの同居生活が始まった。イチカの登場で人間関係に少しずつ変化が生まれる中、夏休みを利用した映画撮影がスタート、当初は手探りながらも撮影は順調に進んでいき平凡ながらもありふれた楽しい夏の思い出となることを皆が感じていた。その撮影の最中、海人は偶然にも佳織と再会、イチカと柑菜をやきもきさせる事態になってしまう。哲朗も千春から猛アタックを受けたことをきっかけに美桜との距離が一気に縮まり海人と柑菜を通した知り合いの関係から大きく変化、それぞれがお互いを男女として意識していくようになる。そして海人がイチカへの想いをはっきりさせたことで海人、イチカ、柑菜、哲朗、美桜、それぞれが抱いていた恋愛感情が一気にぶつかってしまう。皆がお互いに朧気ながら気づきつつも気づかないふりをしてごまかしてきた恋愛感情がはっきりしてしまったことで皆の心がバラバラになってしまう。撮影自体も危うく中止になりかねない事態へと発展していくが、イチカを探していた捜索隊がついに地球へ到着したことで事態は急展開を迎える。海人がうっかり捜索隊を撃退してしまったことで宇宙から連合による大規模な捜索隊が到来、イチカが宇宙へ帰還しなければならない状況になってしまう。イチカを迎えに来た貴月エミカとは話し合いの末に理解し合うことができたものの、イチカが地球に残るには地球人と交流に成功したとされているイチカの先祖の痕跡の発見が必要と知らされる。こうして海人達は捜索隊に追われつつ痕跡を探さねばならない状況に追い詰められてしまう。捜索隊に追われつつも何とかイチカの先祖の痕跡を発見できた海人達は歓喜するも、発見の報告のためイチカは宇宙へ帰還してしまう。イチカが帰還した後、海人達はそれぞれの道を歩みだす。檸檬は転校という形でMIBへ戻り、特別顧問となったりのんと仕事を開始する。哲朗は美桜の想いに応え交際を開始、二人で東京の大学を目指し始める。海人と柑菜も関係が修復し、今まで通り普通に会話できるよになる。そして互いに違う道を歩き出しつつも、イチカがいる間に完成させることができなかった映画のことは皆の心残りとなったまま夏休みが終わろうとしていた。海人達が卒業した数年後、小諸学園では海人達が完成させた「あの夏で待ってる」が上映され好評となっていた。そのラストシーンはイチカが地球から去った後に海人の元へ帰ってきた七海のボリビア土産の民族衣装を着たイチカとりのんで締められており、イチカが地球を再び訪れ海人達と再会できたことを意味していた。
10月21日、藩政府は諸隊幹部を山口の政事堂に集合させ諸隊の解散を命令した。また出席しなかった奇兵隊、八幡平、眞武隊には解散令を封送した。山口に集められた諸隊幹部はその場で解散を拒否した。諸隊幹部は合議を行い、以後、藩政府から距離を置き諸隊全体で同一行動を取ることで一致した。そして諸隊は山口に在していた五卿を帯同し、正義派家老である益田の知行地・須佐へ移り各地へ檄文を出して藩政の転換を図ることを計画する。ただこの時出された解散令は比較的穏当で、「身元無者（おそらく脱藩浪士）」についても一箇所に差置、また危急の事態がいつ来るか分からず、全員いつでも復隊できるよう支給はこれまで通り行うとあった。俗論派の萩藩政府は正義派高官の追い落としには熱心であったが、身分の低い諸隊には当初注意を払わなかった。10月22日、大坂城にて征長軍総督・慶勝は軍議を開き、11月11日までに動員を終え各攻め口に着陣し、1週間後の18日に開戦することを決定した。一方、慶勝は岩国の吉川に使者を送り、降伏謝罪すれば開戦を回避できる旨を伝えるよう手配した。実は慶勝は長州征討に否定的だった。征長軍総督就任についても何度も拒否したが重ねて依頼されたため、全権を委任する事を条件に就任したという経緯があり、慶勝は戦争回避に意欲があった。吉川は慶勝の使者にたいして、三家老の首を差し出して恭順の意を示したい旨の書状を復命する使者に持たせた。10月23日、高杉晋作は俗論派の台頭に身の危険を感じ萩を脱出した。その際楢崎弥八郎を誘うも楢崎は萩脱出に同意しなかった。残留した楢崎は捉えられ、後に処刑された。10月24日、大阪にて征長軍総督徳川慶勝に、薩摩藩を代表して拝謁した西郷は、開戦回避の為に長州藩が受諾すべき条件とそれを履行させるプロセスを提案した。慶勝は西郷の提案を非常に喜び、その場で西郷へ脇差一刀を与えて信認の証とした。これより後、西郷は征長軍の参謀格となった。10月25日、萩を脱出した高杉は山口へ赴き井上聞多の病床を見舞った。同日、征長軍総督・徳川慶勝が大阪を出発し広島へ向かう。また慶勝が大阪を出発する際、江戸幕府は禁門の変の際に捕らた長州人7人を斬首して征長軍の門出を祝した。10月27日、高杉は山口から三田尻を経て徳地へ赴き山縣と面会し脱藩の意図を伝える。高杉は九州を巡って遊説し、各地で同志を募り攘夷を継続することを考えていた。山縣は隊に留まるよう説得したが高杉の意思は固く翻意させられなかった。山縣は、九州へ赴く高杉に伊藤伝之助らを同行させることにした。二人は夜遅くまで将来の方策を語りあったが、逃げる高杉にも残る山縣にも状況は絶望的であった。高杉は議論の最後に以、下の俳句を書き留めている。　　　ともし火の　影ほそく見る　今宵かな10月29日、富海より船で馬関に到着した高杉らは白石正一郎邸に向かった。高杉は白石邸にて九州諸藩の浪士たちと会談し、九州で同志を得る計画を練る。