キプロスはイオニアの反乱に乗じてペルシアからの独立を計ったが、唯一アマトゥスのみは、反乱に加わることを拒否した。このため反乱軍はアマトゥスを包囲したが、この包囲戦の最中にペルシア艦隊が来援したため、キプロス軍はイオニアの援軍とともにキプロス北部のサラミス近郊に布陣し、ペルシア軍を迎え撃った。サラミス王オネシロス率いるキプロス反乱軍は、海戦ではフェニキア艦隊を撃破し、陸戦ではペルシアの指揮官アルテュビオスを討ち取るなど、戦いを優位に進めたが、一部の部隊がペルシア軍に寝返ったために形勢が逆転し、キプロス、イオニアの反乱軍は敗走した。この後、キプロスの諸都市は包囲され、陥落した。カリアでは、紀元前497年にペルシアから討伐部隊が派遣され、マイアンドロス川に合流するマルシュアス川で反乱軍との戦闘が行われた。長時間にわたる激戦の末、反乱軍はラブラウンダに敗走し、ゼウス・ストラテイオス神域に逃げ込んだ。しかし、ここでイオニアからの援軍を得た反乱軍は勢いを盛り返し、ペダソスの街道に進軍。夜間、ペルシア軍を急襲してこれを殲滅した。
紀元前498年、アテナイ船団20隻と、他に唯一支援を決定したエレトリアの船団5隻の増援は、エフェソスでイオニア軍と合流し、サルディスに侵攻した。アルタプレネスはサルディスの下町を放棄し、市中心部のアクロポリスまで防衛線を後退させて援軍を待つ作戦をとったため、反乱軍は殆ど抵抗を受けることなくサルディス市街を占拠した。市街は大部分が戦火によって焼け落ちた。サルディスを攻めきれなかった反乱軍は、騎馬部隊を警戒してエフェソス近郊まで撤退したが、サルディス侵攻の知らせを受けたペルシア騎兵隊に追撃され、大敗した。この敗北によって苦杯をなめたアテナイ、エレトリアの支援部隊は母国に帰還し、以後いかなる援助も行わなかった。しかし、イオニア反乱軍はなおも抵抗を続け、ビュザンティオンを占拠し、カリア（イオニア南部）、キプロスを同盟に加えるなど、小アジア全域に反乱を焚き付けた。
紀元前499年、ダレイオス1世の従兄弟メガバテス率いるペルシアの三段櫂船200隻がナクソスに派遣された。当初、この艦隊はヘレスポントスに向かう航路をとってナクソスの目を欺こうとしたが、アリスタゴラスとメガバテスの不和により目的が露見したため、ナクソスに本土防備の猶予を与えることになった。ナクソスは強固な市壁と山に囲まれた難攻不落の都市で、ギリシア本土から商人船を利用した補給を確保して籠城したため、包囲戦は4か月に渡り、ペルシア軍は軍資金欠乏によって撤退を余儀なくされた。ミレトスは艦隊の派遣にも多額の戦費を負担したが、ナクソス遠征が失敗に終わり、資金の回収は困難になった。地位の維持に不安を覚えたアリスタゴラスは、ペルシアに対して反乱を企てた。彼は、イオニアにある主要な都市国家の僭主を捕えて追放し、民主制を敷くことで市民の歓心を買う一方、スパルタ王クレオメネス1世に援軍を求めた。この交渉は決裂したため、アリスタゴラスは 今度はアテナイに援軍を要請した。当時のアテナイは、スパルタ、アイギナ、ボイオティア、テーバイと敵対する四面楚歌の状況にあった。このため、アテナイの政治的指導者であったクレイステネスはペルシアと同盟を結ぼうとしたが、独立を唱えるアテナイ民会はペルシアへの服従を拒否した。さらに、アルタプレネスによって、アテナイが僭主制を打倒した際に追放したヒッピアスの僭主復帰が発令されたことから、アテナイ民会はアリスタゴラスの要求に応じて、ミレトスの支援を決定した。
登場シリーズは上記のとおり、第9部から第17部と、9シリーズ連続である。このうち、第9,10,12,14部では一行の供をする。ただし、第12部では高松での騒動解決後に水戸に返され、第14部では目的地盛岡にて一行に追いつく形となる。第9部冒頭で、久保田藩主席家老・小野塚兵衛（演：水島道太郎）の娘同伴の内紛に際して、水戸光圀に救いを求めてくる。次第に助三郎と恋仲になり、久保田での騒動が解決した際に、一度は一行と別れて藩に残るが、助三郎への想いを断ち切れず、父から情けの勘当を言い渡されて後を追い、一行に合流し、以後、水戸まで道中をともにする。第10部冒頭では、水戸家家老・山野辺兵庫（演：大友柳太朗）の養女となり、助三郎との祝言を待ちわびるが、水戸老公一行の旅立ちに伴い、祝言は最終回に延期となる。第11部では初回と最終回のみ登場。冒頭では助三郎と夫婦喧嘩になり、そのままの旅立ちとなり、助三郎が戻ってきた際にも喧嘩になる。第12部では高松藩の騒動解決後、最終回にも登場する。初回で初めて霞のお新と共演。第13部では初回と最終回のみ登場。第14部では初回の登場後、一行の目的地の盛岡で水戸綱條（同シリーズでは人物は登場せず）の使者として一行に追いつく。その後、久しぶりに故郷久保田を訪れるが、そのときにはすでに父・兵衛も亡くなっている。この回のメインゲストとして従兄弟の新九郎（演：和田浩治）が登場するほか、登場人物が志乃や兵衛のことを知っている描写も多く見られる。第15部冒頭では一行とともに高松にいたが、一行が福岡藩の騒動解決に向かうことになり、綱條への使者として水戸に先に帰る。以後、最終回にも登場する。第16部では初回と最終回に登場する。最終回ではかげろうお銀と初めて顔を合わせ、誤解して喧嘩になるが、最後には仲直りする。このシリーズでも、一行が久保田に立ち寄り、メインゲストとして従兄弟の八郎（演：森次晃嗣）が登場する。ほかにも第14部ほどではないが、悪の黒幕が志乃や兵衛のことを知っている描写がある。第17部では第1回のみに登場し、お銀とすっかり仲良くなり、お銀をお新に紹介する。この際には水戸老公一行のお供を長く務めた女性キャラクター3人が顔合わせしたことになる。なお、志乃の登場はこの回が最後となる。このシリーズの最終回にはお新や志乃も登場せず、次の第18部から助三郎役の交代に伴って助三郎が独身に戻され、存在がなかったことにされている。初期は一行の供に加わる際には若侍の姿に扮する場合が多い。なお、若侍の姿は見かけ倒しではなく、乱闘の際は刀を用いて実際に奮戦することがある。