池田丸は標高365m、面積は約2700m²で、最南端に位置し、本丸にある御屋形へ通じる城戸口になっている。またこの曲輪は南曲輪と北曲輪に分けられ、周囲は土塀をめぐらし、南面には庭園をもつ主殿や溜枡等が発掘されている。
平井丸は、標高375mで面積は約1700m²、平井氏の居館があったのではないかと思われている。観音寺城の中でも石垣、石塁の規模が最大の曲輪跡である。その中で特徴的なのが、高さ3.8m、長さ32mにも及ぶ虎口跡があり、2m以上の石も使用されている。また南側には幅0.8m、高さ1.3mの潜り門もある。また北東には張り出しを持つ建物とそれに付随する庭園跡が発見された。
標高は395m、面積は約2000m²、主な遺構としては、礎石、暗渠排水、溜枡（ためます、貯水槽）、幅4mの大手石階段などがある。またここには「二階御殿」と言われた施設があったのではないかと思われている。
戦国時代には大幅な城の改築が行われるが、六角義賢・義治父子の頃には浅井長政に野良田の戦いで敗れ、お家騒動（観音寺騒動）に伴う家臣団の分裂などで衰退することになる。永禄11年（1568年）、尾張の織田信長が足利義昭を擁して上洛の大軍を興すと六角氏は敵対し、9月13日に信長に支城の箕作城と和田山城を落とされると、六角義賢・義治父子は観音寺城から逃げ無血開城した。 その後、六角義賢父子は観音寺城に戻ることが出来ずそのまま廃城になったと思われている。一方で、構造的に元亀年間（1570年頃）に改修された可能性がある石垣の跡が見られるため、観音寺城の戦い後もしばらくは織田氏の城として機能していた可能性がある。
室町時代の応仁の乱では、六角高頼が西軍に属したため同族の京極持清に攻められている。六角氏は同族で東西に分かれ戦っていたのである。応仁の乱では3度、観音寺城の攻城戦が展開される。
正確な築城年代は定かではないが、古典『太平記』には、南北朝時代の建武2年（1335年）に、南朝側の北畠顕家軍に備えて北朝の六角氏頼が篭もったという記述があり、そのころには築かれていたと考えられている。ただ、この時はまだ観音正寺を臨戦用の砦として活用していたのではないかと考えられている。観応の擾乱の最中の観応2年（1352年）9月には近江国にて足利直義の兵が南朝と連合して、足利尊氏方にあった佐々木道誉（京極高氏）や六角氏頼・直綱兄弟らを打ち破り、敗れた道誉らが当時「佐々木城」と呼ばれた観音寺城に逃げ込んで籠城している。
近江源氏の佐々木氏、後に近江守護六角氏の居城で、小脇館、金剛寺城を経て六角氏の本拠となる。標高432.9m、南北に伸びる繖（きぬがさ）山の山上に築かれる。南腹の斜面に曲輪を展開、家臣や国人領主の屋敷を配した。総石垣で、安土城以前の中世城郭においては特異な点とされる。天文年間には城下町・石寺も置かれ、楽市が行われていた。周辺は琵琶湖や大中の湖、美濃から京都へ至る東山道、長光寺集落から伊勢へ抜ける八風街道があり、それらを管制できる要衝に位置する。
ワイミーズハウス時代、常に学業成績トップだったニアに対してメロは常に第二位であり、メロからは嫉妬や憎悪混じりにライバル視されている。Lの解決できなかったキラ事件は、第二部においてはメロとニアによるLの後継争いのゲームともなっている。メロは自身の行動に挑発の意図や自分の暗躍を示すサインを潜ませ、ニアも表面上は冷淡な態度を取りつつも敏感に反応し、常にその存在を意識しあっている。ニアの部下のほとんどを皆殺しにするなど手段を択ばないメロとは対照的に、ニアはメロが（Lの後継問題の際の激情のままハウスを飛び出したために）残した写真を後生大事に隠し持ち、ほかのハウスの者からもメロの顔と名前が出ないよう手を打ってあるなど、一種のスポーツマンシップのようなものをもって対決に臨んでいる。メロにしてみればそうした態度は余裕や嘲りに感じられて激高されることも多かったが、キラ事件における競争についての宣誓を同時に上げたり、利用しあう形とはいえ見事な連携で月に揺さぶりをかけるなど、ときにSPKの面々を戸惑わせるほどの不思議なつながりを見せる。ニア自身には当初からメロのことは慕っていると思わしき描写が散見される。L死亡時にロジャーの「二人でLを継いだらどうか」という提案を素直に受け入れる描写に始まり、キラ事件解決のためとはいえ犯罪者に成り下がったメロを野放しにしているほか、自身が指揮するSPKのメンバーの大半を殺されたにもかかわらず「やり方はともかくキラへ迫ったことには敬意を払うべき」と発言し、メロが告げた「ノートに触った人間には死神が見える」という周囲から見れば戯言としか思えぬ情報さえも鵜呑みにしている。さらに、月に対して「（偽のノートの存在に気づけたのは）メロのおかげ」「メロと二人ならLに並び、超せる」と言い切ったりするなど、メロにもキラ捕縛に通ずる功績があることを主張していた。作画を担当した小畑健も、「ニアはメロが好きだったのではないか」と13巻でコメントし、自作指人形の造形でもそのイメージで「ニアはメロが好きだから頑張って作った」としている。一方で、原作者の大場は同調はせず、むしろ驚いている。