2013年6月、ブンデスリーガ・バイエルン・ミュンヘンの監督に就任。契約は2016年まで。移籍市場では古巣のバルセロナから教え子のティアゴ・アルカンタラを獲得。バイエルンでの公式戦初采配となったボルシア・ドルトムントとのDFBスーパーカップは落としたものの、チェルシーFCとのUEFAスーパーカップを制し、バイエルンでの初タイトルを獲得。同年12月にはFIFAクラブワールドカップ2013を制した。前シーズン、クラブ初の三冠を達成したチームの勢いを落とすことなく、リーグ戦では開幕から首位を独走し、7試合を残してのブンデスリーガ最速優勝を達成した。UEFAチャンピオンズリーグではベスト4進出を果たすも、準決勝でのレアル・マドリード戦で2戦合計スコア0-5の大差を付けられ敗退した。それでも、ドルトムントとのDFBポカール決勝を制しリーグとの2冠を達成した。
2010年7月14日、クラブとの契約を2011年6月まで延長した。2010年夏には、1年前に加入したばかりの二人の選手がクラブを去った。シャフタール・ドネツクに復帰したチグリンスキーとACミランに移籍したイブラヒモビッチである。さらに、ラファエル・マルケスとティエリ・アンリがニューヨーク・レッドブルズに移籍し、トゥーレ・ヤヤはマンチェスター・シティに移籍した。セビージャからアドリアーノ・コレイア、バレンシアCFからダビド・ビジャ、リヴァプールからハビエル・マスチェラーノを獲得した。8月21日、スーペルコパ・デ・エスパーニャでセビージャを5-3で破り、2年連続2度目の優勝を果たした。11月29日にはレアル・マドリードとのエル・クラシコで5-0の大勝を飾り、就任から同一カード5連勝となった。2011年2月8日にはクラブが提示した新契約を受け入れ、2012年6月まで契約延長した。5月11日、レバンテUD戦(1-1)に引き分け、3シーズン連続21回目のリーグ優勝を決めた。2008年夏の就任以来、UEFAチャンピオンズリーグ決勝トーナメントのアウェー戦では7戦連続未勝利であったが、準々決勝のシャフタール・ドネツク戦セカンドレグに1-0で勝利し、初のアウェー戦勝利を掴んだ。同大会準決勝はレアル・マドリードと対戦することになった。時同じくしてコパ・デル・レイ決勝でも対戦することになった上、リーグ戦でも対戦が予定されていたため、3週間で4度のクラシコが行われることとなり、クアトロ・クラシコ（Cuatro Clasico、4度のクラシコの意）と呼ばれて白熱した。UEFAチャンピオンズリーグも獲得した。
2008年5月8日、フランク・ライカールトに代わって2008-09シーズンからFCバルセロナのトップチームの監督に就任することが発表された。前日のエル・クラシコで1-4と屈辱的な敗戦を喫してからすぐの就任発表だった。契約期間は2年で、年俸は欧州のトップクラブの指揮官としてはかなりの低額の150万ユーロと言われている。就任会見でそれまでの中核であったロナウジーニョ、デコ、サミュエル・エトオの構想外を宣言し（エトオは後に残留）、遅刻1分につき500ユーロ（約6万5000円）の罰金を徴収するなど、2006-07シーズンから2シーズン連続で無冠と不振のクラブに改革を施した。クラブの下部組織出身の選手を重用し、レアル・マドリードとのエル・クラシコで2連勝するなど、リーグの最多勝ち点記録を上回るペースで勝ち点を積み重ね、36節終了後に優勝を決めた。決勝でアスレティック・ビルバオを倒したコパ・デル・レイ、マンチェスター・ユナイテッドを倒したUEFAチャンピオンズリーグと合わせ、就任1年目にしてスペインサッカー史上初となる3冠達成を果たした。3冠達成後には「このチームがクラブ史上最強だとは思わないが、最高の成績は残せた」と語った。
山室恭子は『黄門さまと犬公方』（1998年）において、24年間、生類憐れみの令で処罰された記録を調査し、確認できた69件の事例をあげている。うち極刑となったものは13件で、前期に集中している。処罰の事例は『鸚鵡籠中記』や『三王外記』などの当時の記録に存在しており、後に徳川実紀にも引用されているが、根拠が疑わしいものも多く存在する。『御当代記』には「2つある噂のひとつとして」、蚊を殺したために小姓の伊東淡路守が閉門となったという記述があるが、歴史書の中にはこれを事実として扱っているものもある。地方においても生類政策の影響は及んだ。馬の保護に関する法令については老中が各藩に対して通達を行い、これをうけた薩摩藩は当時支配下においていた琉球王国にも通達している。ただし運用はそれほど厳重ではなかった地域もある。『鸚鵡籠中記』を書いた尾張藩士の朝日重章は魚釣りや投網打を好み、綱吉の死とともに禁令が消滅するまでの間だけでも、禁を犯して76回も漁場へ通いつめ「殺生」を重ねていた。また長崎では、もともと豚や鶏などを料理に使うことが多く、生類憐みの令はなかなか徹底しなかったとみられている。長崎町年寄は、元禄5年（1692年）および元禄7年（1694年）に、長崎では殺生禁止が徹底していないので今後は下々の者に至るまで遵守せよ、という内容の通達を出しているが、その通達の中でも、長崎にいる唐人とオランダ人については例外として豚や鶏などを食すことを認めていた。江戸城では貞享2年から鳥・貝・エビを料理に使うことを禁じているが、公卿に対する料理としては使うことを認めている。これは生類政策よりも儀礼を重視したためとみられている。特に犬を保護したとされることが多く、綱吉が「犬公方」と呼ばれる一因となった。徳川綱吉が丙戌年生まれのためともされる。