クリゾチニブは82名のALK 融合遺伝子陽性の患者の内90%で腫瘍の縮小または増大阻止効果を示した。また、治療した患者の57%で30%以上の縮小効果を示した。そのほとんどが腺癌で、非喫煙者または現禁煙者であった。患者はクリゾチニブ以前に平均3剤を投与されていたが、標準治療が奏効した患者は10%に過ぎなかった。クリゾチニブ250mg×2回/日を6か月間（投与期間中央値）投与したところ、およそ50%の患者で嘔気、嘔吐、下痢等、少なくとも1つの副作用が発現した。副作用は長いもので15か月間継続した。第III相臨床試験（PROFILE 1007）では、ALK陽性非小細胞肺癌患者でクリゾチニブと標準二次化学治療（ペメトレキセドまたはドセタキセル）が比較された。加えて、第II相臨床試験（PROFILE 1005）では、過去に1つ以上の化学療法を受けた事のある患者に対してPROFILE 1007と同様の比較がなされた。2011年8月、米国FDAはクリゾチニブを終末期（局所進行または転移性の）ALK変異陽性非小細胞肺癌に対して使用することを承認した。承認条件として、EML4-ALKの検出テストを事前に実施して結果が陽性であることを確認するよう定められた。2012年3月、日本で「ALK 融合遺伝子陽性の切除不能な進行・再発の非小細胞肺癌」についての承認を取得した。2012年10月、欧州で「成人を対象とした既治療の未分化リンパ腫キナーゼ（ALK）陽性進行NSCLC」について承認を取得した。2016年3月、米国でROS1陽性転移性NSCLCへ適応が拡大された。クリゾチニブは肺癌のほか、進行性播種性の未分化大細胞型リンパ腫や神経芽細胞腫に対しても臨床試験が実施されている。
非小細胞肺癌患者の6.7%で遺伝子が組み換わってEML4とALKが融合し、キナーゼ活性を有する異常タンパク質が生成して発癌性と悪性の表現型を示すと思われることが日本から報告された。この融合遺伝子が陽性の患者は主に、若年者、非喫煙者、かつEGFR遺伝子・K-Ras遺伝子変異陰性である。ALK陽性の非小細胞がん患者は全世界で年間4万5千人程度であると推定される。ALK 変異はまた、神経芽細胞腫の約15%にも発生して悪性化に寄与していると思われるが小児の末梢神経系腫瘍では稀である。クリゾチニブはアミノピリジン骨格を持ち、標的となるEML4–ALK融合キナーゼのATP結合部位に競合的に結合して阻害効果を発揮する。また、様々な悪性腫瘍で発現する癌遺伝子であるc-Met/肝細胞増殖因子受容体（HGFR）チロシンキナーゼを阻害する。クリゾチニブは、現在、腫瘍細胞の増殖、遊走、浸潤の調節を介してその効果を発揮すると考えられている。他にも、クリゾチニブが悪性腫瘍内の血管新生を阻害しているとする研究もある。
3歳初戦となった1月29日のセントポーリア賞（500万下）は1番人気に推されたが、直線で伸び切れず5着。続くすみれステークス (OP)では単勝1倍圏内の支持を集めるも先に抜け出したクリンチャーやタガノアシュラを捉えきれず、毎日杯では直線で上がり3ハロン33.4秒の末脚で先団に追い付くも惜しくも届かずともに3着となり、賞金を加算できず春のクラシック出走を断念し休養に入った。7月15日中京の3歳以上500万下で復帰、後方から追い込んで先行勢を瞬く間に差し切り、2着に2馬身差をつけ2勝目（この時に騎乗していた福永祐一騎手はJRA通算2000勝となった。）を挙げる。続く信濃川特別（1000万下）では後方で脚を溜め、直線で楽に抜け出し連勝、3勝目を挙げた。次走は9月24日の神戸新聞杯（GII）を選択。近2走で見せた精彩な末脚の印象から、本年の東京優駿（日本ダービー、以下「ダービー」と記述）を制したレイデオロに次ぐ2番人気に支持される。レースでは道中は中団で待機し、直線では内側で馬群の隙を見つけるとすぐさま前へと進出し、残り200m付近からはメンバー最速となる上がり3ハロン33.9秒の末脚で先に抜け出したレイデオロに迫るが、差が既に開いており、2馬身届かず2着に敗れた。しかし負けはしたものの、菊花賞への優先出走権を獲得した。迎えた10月22日の第78回菊花賞（GI）では、5年ぶり4度目となる今年のダービー1〜3着馬であるレイデオロ（最大目標をジャパンカップの方に掲げていたため）、スワーヴリチャード（休養による回復が遅れてしまい、間に合わなかったため）、アドミラブル（8月2日に脚部不安を発症したことが判明し、年内を休養に充てたため）が出走しなかったことや、台風21号の影響により史上稀に見る極悪馬場での開催となることもあり、1番人気に支持されたものの単勝オッズは4.5倍という大混戦の様相となった。ちなみに、菊花賞において1番人気の単勝オッズが4倍以上になることはマヤノトップガンが勝った1995年以来、22年ぶりのことであった（この時の1番人気はダンスパートナーで、オッズは4.9倍）。レースでは道中中団のやや後ろを追走し、3〜4コーナーでの坂付近から徐に前進し、直線で溜めていた脚力を遺憾なく発揮し、上がり3ハロン40.0秒という異例の消耗戦の中、逃げ粘るクリンチャーらを残り100m付近で差し切り、追い縋るミッキースワローやポポカテペトルらを振り切って2着に2馬身差をつけ優勝した。これによりルーラーシップ産駒として初めて重賞を制覇し、鞍上のミルコ・デムーロは2003年にネオユニヴァースで、2015年にドゥラメンテで皐月賞とダービーを優勝しているため、この勝利で牡馬クラシック完全制覇を達成した。また、2着には10番人気のクリンチャー、3着には13番人気のポポカテペトルが入り、このレースでの3連単の配当額559,700円は、2008年の記録（523,990円）を9年ぶりに塗り替える菊花賞史上最高配当となった。12月10日に開催される香港ヴァーズ（G1）に出走のため海外遠征を行っていたが､12月4日になって左前肢に皮膚病が認められたこと、検疫厩舎内で他馬と隔離された環境に移動させられたことが発表された｡皮膚病自体は軽いものであり、調教メニューも通常通り行われたが、迎えた香港ヴァーズ本番では向こう正面までいい手応えを保つも、直線で伸びず9着に沈んだ｡