原作の前作最終回で提訴試合に発展した判定は「完全試合達成」という結果になり（アニメでは最初から完全試合達成だった）、左手の指を動かせなくなったはずの星飛雄馬は、復帰のため「左肩を壊した」という平凡な設定に変わっている。飛雄馬が花形の車の中で過去を語る最後の一球の直後の回想シーンでも、飛雄馬が左肩を抑えている場面に変わっている。ただし、第1話後半の回想シーンは前作最終回のシーンがそのまま使われている。また、飛雄馬はアニメでは一徹に負ぶさって球場を後にしたはずが、この続編では「マウンドから担架で、球場出口から救急車で運ばれた」ことになっている。そして同じく回想シーンでは、各球団は当時のユニフォームではなく現行（番組制作時）のユニフォームとなっている。姉・明子の回想シーンでは本来の赤いワンピースから青（紺？）に変更されている。
昭和50年秋、行方不明だった飛雄馬は人里離れた山奥に住み、有料で弱小草野球チームの助っ人打者を引き受ける日々を送っていた。そんな折、探偵を雇うことで飛雄馬の姿を捉えた花形は飛雄馬と再会。花形邸で姉の明子とも再会する。「野球地獄とは縁を切って第二の人生（花形コンツェルンの会社で）を歩むよう」花形より諭されるが、どん底に喘ぐ長嶋監督を救うため、既に引退し伴自動車工業の常務に納まっていた伴と彼がコーチとしてアメリカより呼び寄せたビッグ・ビル・サンダーの協力の下、昭和51年春の宮崎キャンプのテスト生を経て巨人へ再び入団する。すっかり白髪になり老け込んだ一徹は飛雄馬の球界復帰に「大どんでん返し」の秘密があると語る。その秘密とは元々右利きだった飛雄馬を左投げのほうが投手として有利であるという理由から敢えて左利きへと矯正させたこと、さらに大リーグボール養成ギプスは右手にも有効であり、飛雄馬は右投手として不死鳥の如く復活するというものだった。大リーグボール3号の投球が原因で左肩を損傷したために復帰当初は代打専門の打者としてビッグ・ビル・サンダーより授かった殺人スクリュー・スピン・スライディングを武器に阪神の掛布と死闘を繰り広げる。飛雄馬に右投げ投手として巨人のエースへ返り咲くことを願う伴はビッグ・ビル・サンダーを阪神のコーチに就任させることで掛布にスクリュー・スピン・スライディングを破らせ飛雄馬を開眼させる。凄まじい剛速球だがノーコンに悩む飛雄馬を見かねた父・一徹が生み出した大リーグボール養成ギプス右投手用による特訓の成果でノーコンを克服する。昭和52年春、敢えて同じテスト生を経て、しかも阪神ではなくヤクルトで飛雄馬と同じ背番号3番を背負い復帰した花形、そしてビッグ・ビル・サンダーの門下生でブラジルからやって来たロメオ南条ともに飛雄馬は見事勝利する。
このアニメ版の最終回では当初、飛雄馬は完全試合を達成し、最後の一球を投げたあとマウンド上で死亡する予定であり、一徹が飛雄馬の墓前で土をかけて泣く、というものだった。そのシナリオも完成し、絵コンテの制作作業も開始されていた。しかし読売テレビ東京支社の営業の最高責任者だった中野達雄はその悲劇的な結末を知って激怒し、「主人公の飛雄馬が死んでもうて、なんで『巨人の星』なんや!?」と猛反対した。プロデューサー以下の制作スタッフがどんなに説得しても、中野は飛雄馬を殺すことを頑として承知しなかった。結局、最終回のシナリオを一から書き直すことになり、飛雄馬は死なないことになった。また、スポンサーの大塚製薬からの強硬な反対もあった。飛雄馬役の古谷徹も、後の取材で最終回が変更されたことを初めて知った。このほか、最後の大リーグボール3号を投げた後の判定が、原作では一塁にボールが来るのと伴がベースにタッチするのがほぼ同時で判定が曖昧になっているのに対して、アニメではボールが一塁に来た後に伴がベースにタッチしており完全にワンテンポ伴のベースタッチが遅いため明確にアウトの判定になっている。
特にメインストーリーである『巨人の星』は人気が高く、何度も再放送された。なお、上記にあるように現在では差別用語や放送禁止用語に当たる言葉の部分については、再放送時には無音処理されている。札幌テレビによる北海道での再放送では決まってスポンサーがよつ葉乳業であり、飛雄馬役の古谷徹や製作元に依頼して「牧場をバックに飛雄馬が牛乳を一杯飲む」などの内容の独自のCMを展開していた。
エンバシー劇場は、2,471席の芸術劇場であり、当初は1928年に映画館として建設された。コンサート・ツアーから、ブロードウェイ・ミュージカル、ダンス、地域行事、講演会までを催し、年間20万人の利用者がある。フォートウェイン交響楽団はその1944年の設立以来この劇場を使うことが多い。インディアナ大学・パデュー大学フォートウェイン校の視覚芸能学部には、広さ85,000平方フィート (7,900 m²)、1,600席のジョン・アンド・ルス・ラインハルト音楽センター（2007年オープン）と297席のアーネスト・E・ウィリアムズ劇場（1992年オープン）がある。セントフランシス大学芸能センターはその中心街キャンパスにあり、2,086席のホールがある。中心街の文化地区はその2010年の設立以来、芸術ユナイテッドセンター、アウアー芸術文化センター、フォートウェイン美術館、ホール・コミュニティアーツ・センターがある。芸術ユナイテッドセンターには、フォートウェイン市民劇団、フォートウェイン・ダンス・コレクティブ、フォートウェイン青年劇団が入っており、660席である。2011年にオープンしたアウアー芸術文化センターには多くの文化組織の中でもフォートウェインバレー団が入っている。2013年10月時点で観客席数200のブラックボックス劇場が建設中である。ホール・コミュニティアーツ・センターがこの地区の東端にあり、映画館が入っている。グランド・ウェイン会議場は主に展示会や会議に利用されるが、ダンスやコーラスの催しがあり、例えば毎年開催される教育における芸術と音楽の基金ノースイースト祭が開催されている。毎年約17,000人の地元芸術家や音楽家が参加する。1987年以来、インディアナ州北部40郡で多文化芸術プログラムで320万人を集めてきた。フランク公園の動物園近くにある屋外のフォーリンガー劇場は、観客席が約2,500あり、温かい季節に劇やコンサートを公演している。中心街の西にあるアリーナ・ディナーシアターは非営利コミュニティアートの団体であり、劇の公演に注力し、毎年7回のノーカット劇公演を行っている。