日本での歴史として、2003年、厚生労働省が『線維筋痛症研究班』を発足させた。2008年から独立研究班として継続中。2009年より年労働省研究班線維筋痛症医療情報センターから業務を引継ぎ日本線維筋痛症学会 JCFIが調査を行っている。
線維筋痛症が直接的な死因となることはない。日常生活動作(ADL)の低下を伴いながら経過する。約半数が1年経過でADLはなんとか自立できているが、残り半数に何らかのADLの低下が認められ、27.2%が大きく低下した。34.0%が休職・休学している。生活の質(QOL)についても、線維筋痛症は悪いとされ、関節リウマチ(RA)より低いが、全身性エリテマトーデス(SLE)と同程度のQOLと述べられている。
慢性疾患として、線維筋痛症は長期にわたって持続し、回復が困難である。発症から1〜2年は安定した状態で経過し、回復・軽快するとされている。その後は必ずしもよくない。1年経過で治癒わずか1.5%、51.9%が改善がみられ、37.2%は病状に変化なく経過し、2.6%が悪化であった。症例の多くで発症時から変化が少ない。小児例では回復もみられるとされる。入院の頻度は1年間で13.5%と述べられている。
日本の状況においては、プレガバリンが、2012年に筋繊維痛症に伴う疼痛の治療薬として日本でははじめて承認された。ついで2015年デュロキセチンが保険適用となった。
これまで、患者が痛みを訴えてもそれを具体的に伝えることは困難だったが、2007年に株式会社オサチおよび株式会社ニプロが「ペインビジョン(PainVision)」という電流知覚閾値検査装置を発売した。これは、痛みに似た感覚を作り出すことができる電気刺激を患者に与えることによって、患者の痛みを数値化し、グラフとして提供する装置である。これによって、これまで医師に伝えることが難しかった痛みの度合いが数値化・視覚化されることにより、患者が感じる痛みの量を患者と医師が共有したり、それによって患者の心理的負担が軽くなることなどが期待される。しかし、この装置を置いている病院はまだ少なく、その他の病院ではフェイススケール等に頼っている。2015年時点で研究段階の手法であるが、T細胞を指標とする方法が北海道大学の研究グルーブから発表された。
リウマチ性疾患をはじめとした疾患を原病として随伴することが多い。線維筋痛症単独で発症するものを一次性、別の疾患に随伴するものを二次性と分類されたこともあったが、現在では区別しない。線維筋痛症単独と、随伴する症例の比は3:1である。原病としては関節リウマチが最も多い。クラスター分析が提案されて、筋緊張亢進型、うつ型、筋付着部炎型、混合型の4つに分類され、このうち筋緊張亢進型が35%を占めて最多である。#議論も参照のこと。筋緊張亢進型の一部の症例にVGKC自己抗体が確認されている。
欧米の報告では女：男＝8〜9：1である。日本では、女：男＝4.8：1である。平均年齢は51.5歳である。年齢分布は広く、4.8%が小児科年齢であった。推定の発症年齢は平均43.8歳とされる。家族内発生について、家族歴は4.1%であった。確定診断がなされるまでに、発症から平均4.3年かかっているが、半数は1年以内に診断されていた。確定診断まで平均3.9件の診療科を受診しており、いわゆるドクターショッピングの現状が存在する。中には診断なく、医療から見放されている例も少なからずあるとされる。
厚生労働省の研究班による全国疫学調査では、2003年に線維筋痛症の診断で受診した患者数は2600名、日本リウマチ財団登録医への受診患者数3900名であり、欧米と比較して診断されている患者が著しく少ない。更に住民調査が行われ、その結果人口あたりの有病率は大都市部2.2%、地方部1.2%、全体として1.7%であった。欧米の約2%の有病率に近い。詳しく調査すると有病率が上がる理由は、認知度が低いために未診断や誤診が非常に多いものと推測される。2009年に再度日本リウマチ財団登録医への受診患者数調査が行われ、11000人であったことから、診断率は少し向上している。リウマチ医が線維筋痛症の診療を避けているとも述べられる。
日本研究を志す米国の大学生が毎年およそ40 - 50名来日し、日本の同志社大学（扶桑館）で講義を受ける。講義の内容は日本古典と芸能、関西の芸術、戦後の社会、京都の食文化と言語、職人文化、日本の現代史など多岐に及ぶ。このプログラムに参加する学生は最低で2年以上の日本語学習経験を持つものである。KCJSの講義は、基本的には日本語の授業を行う午前の部と午後からの専門科目（日本の文学、歴史、政治、国際関係、経済、宗教、美術等）の部とに分かれている。授業は英語で行われ、KCJS所長、客員教授、関西在住のアメリカ人および日本人の教授が講義をしている。授業に加え学生たちはCIP（Community Involvement Project）に参加する。これは日本の地元コミュニティに溶け込み日本語の習得を促進するプログラムであり、学生は各学年に応じてボランティア、サークル・クラブ活動、あるいは日本の伝統文化を学ぶなど、様々な活動に取り組む。