作中に登場する佐分利貞男（元外交官）の描写に不貞な関係を結んでいたことをほのめかせる記述があったとして、佐分利の甥が城山を相手取り、名誉毀損の損害賠償（謝罪広告の掲載と慰謝料）を求める民事訴訟を東京地方裁判所に提訴した。佐分利貞男本人は1929年に世を去っており、死者に対する名誉毀損が不法行為として民法上の損害賠償の対象となりうるかどうかが注目された。一審の東京地裁は1977年7月19日の判決で「遺族の死者に対する敬愛追慕の情等の人格的利益を社会的に妥当な受忍限度をこえて侵害する場合に、遺族は救済を求めうる」とした。その上で、本件についてはその受忍限度を超えないとして原告敗訴の判決を下した。原告側はこれを不服として東京高等裁判所に控訴、東京高裁は1979年3月14日の判決で、死者の名誉毀損については「刑法230条2項及び著作権法280条はこれを肯定し、法律上保護すべきものとしていることは明らか」「一般私法に関しては直接の規定はないが、これと異なる考え方をすべき理由はない」として、一般論として直接保護されるべきものと認定したが、不法行為に対する請求権の行使者は実定法上の根拠を欠くとした。その上で、本件については原告の精神的苦痛に対する不法行為の主張と解し、本人の死去から長い時間が経過すれば遺族の敬愛追慕の情よりも歴史的事実探求や表現の自由への配慮が優位に立ち、本人の死去から44年を経過した本作の場合は少なくとも内容が虚偽の事実と解されなければ遺族の敬愛追慕の情を受忍し難い程度に害したといえないという判断基準を示した。東京高裁は、内容を虚偽の事実と認めることができないとして控訴を棄却した。民法上の不法行為として死者への名誉毀損に対する損害賠償を求める訴訟としては、川端康成を描いた臼井吉見の小説『事故のてんまつ』をめぐって川端の遺族が起こしたものが先にあったが、最終的に和解に至ったため、司法の判断が下されたのは当訴訟が初めてのものとなった。このため、高裁の判決はその判例としてしばしば引用・言及される。
一方、ιガンダムは究極のガンダムを目指した機体と言われ、θガンダムと同時開発とも再設計機ともいわれている。予め全ての機能を1つの機体に盛り込むのではなく、追加パーツ方式によって機体を仕様変更し、運用方針に特化した形態を得ることでMSの多機能性を模索した。Ζガンダムの一撃離脱の運用コンセプトを継承し、直線機動時の速力ではΖガンダムやθガンダムを上回る。装甲は既存のΖ系MSよりも上級のガンダリウム・コンポジットが使用されているが、運用コンセプト上、増加パーツ装着時にはIフィールド発生装置が装備され対ビーム兵器に対する防御に重きを置いている。武装は長射程のものを中心とし、遠距離レンジからの狙撃能力に秀でる。自律制御コンピューター「ALICE」によるフルオートの火器管制システムやインコムを搭載する。また、それぞれのパーツにはコクピットがあるためコア・ファイターを必要とせず独立した運用も可能になっている。ただし、フレームの構造上、専用のサポートパーツを装着しなければ巡航形態へと変形出来ず、逆にパーツ装着時には分離運用が不可能となるなど、若干柔軟性を欠く点も存在した。コア・ブロックのみ大気圏突入が可能だが、突入後の減速を自力で行うことは不可能で、外部からのサポートを必要とする。設計思想の面ではθガンダムよりも先進性が高いものの、頭頂高21.73m、全高25.18mに達しており、MSとしては大型機の部類に入る。ιガンダムは順調に開発が進み、宇宙世紀0088年初頭には試作機が完成したが、グリプス戦役への投入には間に合わなかった。θガンダムは開発スケジュールの遅れから、ιガンダムより遅い宇宙世紀0088年3月に試作機が完成した。θガンダムは調整が不十分な状態のままロールアウトしたため、完成後も機体のアップデートが長期に渡って継続されている。先行して完成したιガンダムは合計4機が製作された。その内の1機がグリプス戦役の終結時に発生した連邦軍教導団の反乱事件ペズンの反乱の鎮圧部隊であるアーガマ級巡洋艦ペガサスIIIに急遽編入され、Sガンダムの名称で実戦投入された。反乱軍の鎮圧に大きく貢献したものの、機体は戦闘によって喪失している。この他には地上に配備されている機体もあった。θガンダムの完成はそれと前後しており、アクシズの先遣部隊の前に苦境に立たされていたエゥーゴの残存戦力である巡洋艦アーガマへと配備され、同組織の最高位機種としてΖΖガンダムの名称を与えられた。ただし、エゥーゴのエースであったクワトロ・バジーナやカミーユ・ビダンといったパイロット達はこの時点で既に失われていたため、非正規のメンバーであった民間人の少年ジュドー・アーシタが、θガンダムのパイロットを代行。θガンダムは新たに勃発した第一次ネオ・ジオン抗争へと投入され、最終的にエゥーゴを勝利に導いた。θガンダムとιガンダムは当時のMSの恐竜的進化の頂点に位置する超高性能MSであり、総合的な機体スペックでは拮抗していた。しかし、両機は競合機として開発された経緯もあり、ともにΖ計画の末端にありながらも機体コンセプトの相違が明確に顕れており、当時のMS開発の混沌とした状況を象徴する存在でもあった。また、高性能化の反面、機体構造の複雑化や高コスト化といった運用面での問題点が顕在化し、MSの技術的な限界が見え始めていたため、以後のMSはスペックのインフレーションに歯止めが掛けられ、シンプルな機体設計へとコンセプトが絞られていくこととなった。なお、同時期の宇宙世紀0088年中に、アナハイムの中央技術研究室NT部門によって、強化人間専用の可変MSであるガンダムディフォルティータとガンダムアイロティアの開発が行われているが、これらがΖ計画の一部であるかは定かではない。