不健全図書に指定された書籍は、大手や一部の書店で販売されていない。Amazon.co.jpにおいては、東京都によって不健全図書指定された書籍の取り扱いを規約で禁止しており、該当する書籍はAmazonのサイトから削除される。その一方、上述のとおり不健全図書指定自体は販売を全面的に禁じるものではなく、あくまでも青少年への販売を規制するものに過ぎないため、Amazon以外の通信販売サイトでは成人向け商品として販売が継続されているケースが多い。また小さな書店の場合では区分陳列のスペース確保と、年齢認証などの煩雑さなどから取り扱わない場合がある。出版業界の主要4団体が1963年（昭和38年）に設立した出版倫理協議会では、1965年（昭和40年）に自主規制ルールとして「東京都の不健全図書（有害図書）として連続3回、もしくは1年間に5回以上指定された出版物（雑誌）は、特別な注文等がない限り取次業者では扱わない」というルールを定めており、そのためこのルールに該当した出版物は事実上一般書店での販売が困難となる。その場合出版社は成人向けに限定した形でアダルトグッズショップや直接販売などの通販・チャンネルで販売を継続するか、もしくは廃刊・絶版するかの選択を余儀なくされることがある。
通称「自主規制会議」は18条の2第2項に定められている。構成員は、日本書籍出版協会、日本雑誌協会、日本出版取次協会、東京都書店商業組合、出版倫理懇話会、首都圏新聞即売懇談会、東京都古書籍商業協同組合、東京都貸本組合連合会、日本フランチャイズチェーン協会の各担当者計18名（平成22年4月1日時点）である。
18歳未満を青少年と定義し、青少年の環境の整備を助長するとともに、青少年の福祉を阻害するおそれのある行為を防止し、青少年の健全な育成を図ることを目的としている。優良図書類等の推奨および表彰（第5条、第6条）、有害図書（この条例が言う「不健全図書」）類の指定（第8条）および規制（第9条から第12条など）、有害玩具類の規制（第7条の2、第13条など）、刃物類の規制（第7条の3、第13条の2など）や、深夜外出の制限（第15条の4、第16条）、青少年とのみだらな性交や性交類似行為の禁止（いわゆる淫行条例に該当する箇所）（第18条の6）、青少年の保護に関する都や保護者の責務などが定められている。なお、東京都の『不健全図書』指定は、日本雑誌協会・日本書籍出版協会など出版4団体で構成される出版倫理協議会が定めた自主規制により、実質的に全国的な販売規制の基準となっている。特に大手オンラインストアのAmazon.co.jpにおいては、東京都が指定した不健全図書の取り扱いを規約で禁止しているため影響が大きい（後述）。2015年現在では、毎月1〜3冊程度の漫画・雑誌等が不健全図書に指定されており、指定対象となった書籍のタイトルなどは東京都青少年・治安対策本部のウェブサイト上の不健全指定図書類一覧で確認できる。条例が制定された1964年以降、不健全図書に指定された書籍の数は累計で四千冊を超える。
年が明けると、4月に春緒戦のラグランジュ賞（2000m）で、ホロコーストはミー（Mie）という穴馬に不覚を取って2着に敗れてしまった。しかしその後は危なげなく、ビエンナル賞、ラロシェト賞を連勝し、リュパン賞では2着のヴェラスケス（Velasquez）に6馬身も差をつけて楽勝した。対するパースは、オカール賞（2500m）、ダリュー賞（2100m）、プール・デッセ・デ・プーラン（1600m）と連勝し、ともに3連勝で両者はフランスダービーで対決することになった。前年チャンピオンのホロコーストは1.5倍の大本命で、挑戦者パースは4.5倍の2番人気だった。ホロコーストは、なぜかスタートで少し不自然に立ち遅れた。エデュアール騎手は、序盤の遅れを挽回しようとして無理に馬群に突っ込んでいった挙句、取り囲まれて行き場を無くしてしまった。その間にパースが抜け出し、ホロコーストがやっと馬群から抜けだした頃には既に大きな差が開いてしまっていた。結局、フランスダービーはパースが勝ち、半馬身差の2着にヴェラスケスが入った。ホロコーストはそこからさらに6馬身離れた3着に終わった。リュパン賞でホロコーストがヴェラスケスに6馬身差で勝ったことを思えば、まともに走りさえすればホロコーストがパースに何馬身も差をつけて勝っていたはずだと考えられ、ホロコーストのエデュアール騎手はたいへんな批難を受けた。陣営はホロコーストの名誉を取り戻すため、3日後のイギリスダービーへの出走を決めた。エプソム競馬場のダービーで必勝を期すため、当時の世界的な名騎手トッド・スローンに騎乗を依頼した。イギリスダービーでライバルになりそうなのが、ウエストミンスター公爵のフライングフォックスだった。フライングフォックスは3歳になって本格化し、2000ギニーを勝ってきた。地元のフライングフォックスは3.5倍の本命だったが、フランスからやって来たホロコーストも単勝6倍の対抗馬に支持された。ダービーの前夜、ホロコーストの脚に腫れがあることがわかったが、治療を行なって出走した。レースはスタートの失敗で何度もやり直しになり、レースが成立するのは1時間ほども遅れた。このスタートの時点で既にホロコーストが明らかに跛行していたと伝える報道もある。レース序盤から、この年三冠馬となるフライングフォックスと競り合って2頭の一騎討ちになった。勝負どころで、ホロコーストのスローン騎手は、ホロコーストはまだ本気で走っておらず、フライングフォックスに勝てると確信していた。しかし、ホロコーストは突然転倒し、フライングフォックスはそのままキャンターでゴールへ向かい優勝した。ホロコーストは前脚の繋を骨折しており、予後不良となった。解剖によって、ホロコーストはフランスダービーのスタートで出遅れた時に既に骨に亀裂が入っていたのだろうと結論づけられた。しかし、ダービー直前の調教では、そのような様子もみせずに6ハロンの調教をこなしていた、とする報道もある。また、トッド・スローン騎手の「モンキー乗り」と呼ばれる騎乗スタイルが、ホロコーストの前脚に余計な負担をかけて骨折に至ったのだとして、スローン騎手の騎乗スタイルを批判する者もあった。ダービー当日の朝、ホロコーストの馬主のブルモンは、ホロコーストを1万ギニー（約11,000ポンド）で売って欲しいという話を断っていた。ダービーの賞金はその約半額の6000ソブリン（＝6000ポンド）である。ダービーのあと、ホロコーストの遺骸は解体され、肉（犬や猫の餌として）、骨、皮が売却され、ブルモンはその合計額2ポンド17シリングを受け取った。