1998年5月24日以降、市街線は全線で運行されている。1日に運行される車両は360編成で、電子式の信号扱所のコンピューターがダウンすると、多くの問題が生じ、運行が時間的に圧迫される結果となった。長距離線では、ほとんどが2分から3分の遅延、多くの列車が最大で90分も旅客が乗降できない状態で市街線の駅間に停車するという事態に陥った。ICEとICが当初は2路線、後に3路線の他、レギオナルエクスプレス (RE) が5路線、市街線を走行するようになった。長距離線の運行間隔は3分と、容量の限界に達したことが開通後になって明らかになった。個々の列車の僅かな遅延も、路線網全体に波及する結果となった。RE路線も東駅からヴァンゼー駅、またはシュパンダウ駅間で都市内交通として利用されている。旅客からは当然のようにSバーンと同様に利用され、高頻度で運行されることからも急行列車に相当する。2006年の夏まで市街線は、動物園駅と（1998年に以前の名称に戻された）東駅に停車する長距離列車にとって、主要な運行経路であった。2006年5月28日に中央駅が開業すると（「ピルツ・コンツェプト（キノコ構想）」を参照）、これまで過大な負荷に晒されていたこの区間は、全国規模で重要性を減じる結果となった。残る長距離列車は中央駅と東駅のみに停車している。中央駅建設によって市街線の線路は、やや南側に移設された。現在、1日におよそ600本のSバーン、300本の地域・長距離列車が運行されている。ドイツ鉄道の2007年の資料によると、2007年初めの1日当たりの東駅とシャルロッテンブルク駅間のSバーン利用客数は60万人であった。これは前年比20%の増加である。東西ドイツ統一前後から市街線の地域輸送は急激に増加したため、長距離線は現在、公的にも過負荷な状態にあると見なされている。中期的にはICEは、市街線経由ではなく、中央駅の地下ホーム発着となるよう経路変更が計画されている。
1994年9月には市街線の全区間で広範な改修工事が始まった。530の高架橋アーチ上に幅18 m、厚さ25 cmの鉄筋コンクリートスラブが設置され、4線の荷重を均等に分配することとなった。7.6 kmにわたって直結軌道化された。27か所の橋梁が改修され、25か所が新たに架けられた。この他にも分岐器が78か所、架線柱が410本、架線が800 kmにわたって設置された。長距離列車は動物園駅と東駅の間で運休となった。Sバーンは一時的に長距離線を走行した。費用は総額7億7,900万ユーロであった。1996年、Sバーンは元の路線に戻された。1998年に市街線本線の改修が完了した。2003年2月24日、動物園駅とシャルロッテンブルク駅間の2.4 kmのSバーン区間で改修工事が始まった。広範な建築工事と併せ、信号技術が更新され、こうして運行間隔は2分30秒から1分30秒に短縮された。約1年間続いた工事期間中、長距離線は差し当たり手が付けられなかった。 2004年4月19日には全線通しの運行が再開された。ドイツ鉄道とベルリン市参事会の間で3か月にわたる係争があり、そのために遅延が生じた。
1月31日の川崎記念から始動し、好スタートからハナを奪うとそのまま先頭を譲らず、直線ではリードを保ったままゴールしてJpnI2勝目を飾った。続いて2月18日のフェブラリーステークスに出走。本馬を管理する目野哲也調教師が定年を迎えるため、師の最後のGIとして臨んだが、逃げたニシケンモノノフが最下位、2番人気だった先行勢のテイエムジンソクも12着という速い流れとなり、3番手で競馬を進めたが11着に大敗した。その後、2月末での目野調教師の引退に伴って杉山晴紀厩舎へと転厩した。3月14日のダイオライト記念ではアポロケンタッキーと共に1倍台の人気に推されて先頭でレースを引っ張り、並んできたアポロケンタッキーを振り切って優勝。管理する杉山調教師にとっては初の重賞制覇となった。次走の6月28日帝王賞でも1番人気となり、ハイペースで逃げるテイエムジンソクを先団から追走したが、直線で叩き合いとなったゴールドドリームにクビ差競り負けて2着に惜敗した。次走は初の海外遠征となる9月9日のコリアカップへの出走を予定していたが、招待が来なかったため10月3日の日本テレビ盃に出走。鞍上の福永が2週間前に落馬負傷したため復帰初戦となったが1番人気に推され、2番手追走から直線で先頭に立つと、2着アポロケンタッキーに2馬身差を付けて勝利した。その後は京都競馬場で開催された11月3日のJBCクラシックに出走。中央での勝利は2016年1月の条件戦が最後と戦績が振るわないため、重賞馬サンライズソア、オメガパフュームに次ぐ3番人気に留まった。レースでは中団に待機し、向こう正面から3コーナーにかけて前に進出すると、直線でサンライズソアを交わして先頭に立ち、追い込んできたオメガパフュームも振り切って優勝。JpnI3勝目を飾るとともに中央重賞初制覇を達成した。続く12月3日のチャンピオンズカップではルヴァンスレーヴに次ぐ2番人気に推されたが、中団待機から直線でも伸びず11着に敗退。鞍上の福永は「こんなに負ける馬じゃない」とコメントし、「直線で西日を気にしていた」ことを敗因の一つに挙げた。年内最終戦として12月29日の東京大賞典に2番人気で出走、5番手で競馬を進めて直線で一旦は先頭に立ったものの、外からオメガパフュームとゴールドドリームに差されて3着となった。なお、2018年JRA賞最優秀ダートホースの記者投票では1票を獲得している。