1999年には従来の2.8LVR6型エンジンは1気筒辺り吸気2・排気2の4バルブとし、可変長式インテークマニホールドを採用した24バルブエンジンに進化。最大出力は201馬力、最大トルクは265Nmにまで向上した。このエンジンは同年モデルのパサート（縦置きエンジンレイアウト）から導入され、欧州市場向けにはゴルフとジェッタにも搭載された。この年にはフォルクスワーゲンの4WDシステムである"4motion"と共にVR6型エンジンの正式な商標登録も行われ、名実共に狭角V型エンジンの代名詞となっていった。現在では"4motion"4WD車には全車VR6型エンジンが搭載されている。2001年にはVR5型エンジンにもこのマルチバルブ技術が導入され、最大出力は170馬力の20バルブVR5型エンジンに進化した。この年には商用車であるen:Volkswagen Transporter (T4)にも24バルブVR6型エンジンが搭載されるようになり、旧来のV型6気筒エンジンからの完全移行が達成された。
1997年、フォルクスワーゲンはVR6型エンジンの6気筒から1気筒を減じて5気筒としたVR型5気筒エンジン（VR5）を発表。奇数シリンダーのV型エンジンはホンダが1980年代のロードレース世界選手権に投入した2ストロークV型3気筒エンジン以来のものであった。排気量は2.3Lで最大出力は150馬力、最大トルクは210Nmであり、1997年モデルのパサートから市販が開始された。ゴルフとボーラ(北米名ジェッタ)には1999年より搭載され現在に至っている。
遺跡地はもともと代継神社（四木社）があった場所で、現在の公園内には市指定天然記念物「代継宮跡大クスノキ」と神社碑がある。山崎の地は、慶長10年（1605年）頃作成された「慶長国絵図」には、大きく蛇行した白川の左岸にあった。その直後、加藤清正は白川の直線化や坪井川の流路変更による濠への利用など、大規模な河川改修工事を行い、山崎や高田原に侍屋敷が造成されて白川を外堀とする惣構えの一部に取り込まれることになった。慶長15年（1610年）7月22日と推定される加藤清正書状に「花畑作事、留守中番等油断無く」といった文言があることから、この年の夏には造成工事が終了して作事（建築工事）に取り掛かっていたことがわかる。『続撰清正記』には「山崎という所に花畑と名付け、色々の花を樹え、泉水を掘り、山を築き、様々な風流を尽し、数寄屋を建てられる」とある。清正は平山城である熊本城の本丸が遊興を楽しむには狭小で大きな池泉も作れないため、坪井川南岸に大規模な本格的庭園を作庭して遊興空間とした。『肥後国誌』には元和年中の一国一城の令で矢部の愛藤寺城の材木を用いて「華畑ノ亭」の広間を造るという里俗の説を載せるが、愛藤寺城（矢部城）の廃止は清正逝去の翌年の慶長17年（1612年）のことである。寛永9年（1632年）6月、加藤家二代藩主の忠広が改易となり、12月に小倉藩主の細川忠利が新しい熊本藩主として熊本城に入城した。翌年2月、本丸御殿の修復のため、忠利は一時的に花畑屋敷に転居しているので、藩主が居住できる十分な施設がすでに完備していた。その翌年の寛永11年（1634年）には修復された本丸御殿に戻るものの、寛永13年（1636年）6月1日、「万事に不便」という理由で花畑屋敷を国元での屋敷に定めたとされ、本丸御殿は代替わりの入国時の儀式が行われる程度で、通常の公務や応接などは花畑屋敷で行うことになった。寛永15年（1638年）4月、細川氏によって作事・作庭が開始された（「御奉行所日帳」）。大工の横山作兵衛が新しい作事を担当し、茶道役初代小堀長左衛門が御庭つくりを担当した。「御奉行所日帳」に「御花畑水道の水を明日から下す…」　とあり、白川左岸の用水から筧（掛井）で右岸の花畑屋敷に導水する水道が完成していて、この頃には庭園も完成していたとみられる。なお、この前年に本丸内の平左衛門屋敷が解体されているので、その材木が花畑屋敷の作事に転用されたと推測されている。寛永20年（1643年）3月には「御花畑の馬場側が無用心のため番所をおく」とある。馬場とは屋敷の東側に射場とともに設けてあった馬の調練場である。寛文7年（1667年）には外回り作事の工事があり、屋敷の西側にあった表御門から南の塀や長屋塀の改築があった。元禄8年（1695年）には、大工小嶋重三郎によって鹿ノ間・御敷舞台の新築工事が行われていて、対面所となる御書院の前に舞台が建った。舞台が初めての建築か再建か、不明である。永青文庫には複数の絵図があるが、御広間・御書院・御座の間・御居間といった主要殿舎の配置は、どの絵図にも共通する。加藤時代から踏襲されてきた建築群かどうかの判断はできないが、御殿の伝統的な配置である雁行型とはならずに東西に並列的なのは特徴的で、文久2年（1862年）に御裏・御次・近習方などの作事があるものの、元禄以降には大規模な増改築に関する史料がないので、寛永期の建物が基本的な配置を変更せずに幕末まで存続していた可能性が高いとされている。庭園は屋敷地の南に大規模かつ複雑に池泉を配した回遊式庭園であったが、池泉に面して「御風呂屋」「御地震屋」を置き、「御居間」の階上に「御物見」を設けるなど庭園鑑賞を楽しむ遊興の要素が強い内容となっていた。また、庭園奥に「萱書院」や板葺の「三階書院」などの離れがあり、仏堂、秋葉社など礼拝の施設も配されていた。現在公園として残る部分は、同絵図では屋敷の西南角にあたり、絵図では樹形から松や楠とみられる樹木が鬱蒼と生い茂る場所であった。絵図のこの場所には石灯籠が一つ置かれている。