現在J3リーグには、ライセンス不交付による「退会」以外にJ3からの“降格”制度はない。このためJリーグでは、J3参入への手引き書において「じっくりと腰を据えてクラブの経営基盤の整備（諸施設の整備や財務強化など）に着手することが可能」とした上で、J3に所属する間に「しっかりとクラブの基礎を固めることが、クラブの持続的発展を考えるうえで重要」としている。Jリーグチェアマンの村井満は2017年1月18日に行われた信濃毎日新聞とのインタビューで、東西分割方式など地域分割によるリーグ拡張を否定した上で、「U-23チームを独自リーグにしてJ3を例えば20クラブとすれば、JFLから毎年最大二つずつ上がるとしてあと3年でマックスになる。4年目で昇降格が始まってくる」と述べ、将来的にJ3にも降格制度を導入する可能性を示唆している。詳細については今後、Jリーグの実行委員会で長期的な議案として議論する方針を示しているといい、2017年6月に行われたJリーグ理事会でもJ3のあり方（全国リーグの維持等）を含めて議論が行われている。
日刊スポーツが2019年7月16日付の記事で、2020年を最後としてU-23チームの参戦を終了させる方向である見込みであると報じられた。
若手選手主体のチームをJ3リーグに参加させる方策としては、日本サッカー協会 (JFA) によるU-20選抜を参戦させる案 などが検討されてきたが、最終的に「J1とJ2のU-22（22歳以下）の選抜チームの参加」として検討を行うことになり、2013年7月12日に東京都内で行われたJリーグ強化担当者会議の場で、日本サッカー協会の原博実強化担当技術委員長から報告され、担当者の間で方向性を確認。同年7月16日の理事会で、J3参加クラブの中に「特別参加枠」（仮称）を1チーム加えることを検討していることが公表され、同年7月17日に行われた「J3進捗説明会」で正式に発表された。その後詳細の検討が進められ、2013年11月19日に、J3参加クラブの中に「特別参加枠」として「JFA/Jリーグ U-22選抜チーム（仮称）」が参加することが決定、のちに正式チーム名を『Jリーグ・アンダー22選抜』(J-22) として参戦が決まった。しかし、各選手を「毎節試合直前に招集、試合後解散」という方式をとったこともあり、活動における継続性や選手のモチベーション維持の面で疑問視されることとなったこともあり、2015年をもって活動を終了した。
J3構想が明らかになった段階から、J3を若手選手の育成の場として活用しようという方策が検討されており、2014年と2015年にはJリーグ・アンダー22選抜が参戦し、2016年以降はJ1・J2のU-23チームが参戦している。
2013年3月6日の発表では、Jリーグ加盟を目指す、Jリーグ準加盟クラブを含めたJFLの12クラブ、地域リーグの5クラブ前後が関心を示していると報告され、発足時点では、この中から「10から12クラブ」に絞るとしていた。2013年7月1日の報道 ならびに2013年7月16日に公開された「J3準備室」特設サイトでの公開情報によれば、初年度のJ3への参加意思があるのは後述の19クラブであり、この19クラブを対象に加入審査を行うと報じられている。内訳としてはJリーグ準加盟クラブが6クラブと、新たに準加盟申請を行う13クラブとなっている。19クラブのうち半数以上の11クラブがJ1、J2のクラブのない地域のチームであり、日刊スポーツは「地域や自治体が一体で将来的に「J1を目指す」という夢を共有できる意味は大きい。（いわゆる）「J空白県」が埋まることは「全国で100クラブ」を目指すJリーグの構想とも合致する。」と論じている。19クラブ以外にはヴィアティン桑名（三重県2部）も2013年6月28日に準加盟申請を行った が、Jリーグ準加盟申請が書類不備で不受理となっており、Jリーグでは初年度J3参入希望の19クラブには含めていない。また、南国高知FC（四国・高知県）、ヴォルカ鹿児島（九州・鹿児島県）、FC KAGOSHIMA（九州・鹿児島県）、FCガンジュ岩手（東北1部・岩手県）も初年度のJ3入りを目指していたが、初年度のJ3入りの条件となる2013年6月までの準加盟申請を断念している。
陰暦10月中旬に豊作を感謝する秋季大祭（例祭）が斎行される。例祭にともない神幸祭と神輿が桂川を渡る「川渡し神事」が行われ、これは永保4年（1084年）に荒行のひとつとして始められたと伝えられるが、神輿の舁き手の姿から「裸祭り」とも呼ばれている。かつては陰暦10月14日から16日にかけて行われていたが、現在は陰暦10月15日に近い金曜日から日曜日にかけて斎行されている。祭りの一週間前に当神社から神幸先の宮町二区のお旅所（下宮）までの要所要所に注連を立て、金曜日午後から神輿が当神社を進発する（お下り）。神輿の舁き手には陸組と川組とがあるが、まず頭に鉢巻を締めた白装束の男子数十人からなる陸組に担がれて豊後高田市の市役所を練った後、夕刻に御玉橋の右岸袂に建つ大鳥居で川組に交代、川組は頭に鉢巻を下半身に褌と腹帯を締めて白衣を着した草鞋履きの男子数十人からなり、神輿を担いで桂川に入り、浮き沈みしながらも掛け声を上げ、数隻のお供船に導かれつつ川を渡る。対岸に着くと再度陸組に代わり、町を練って下宮に入る。その後神輿は下宮に駐輦し、日曜日午後に下宮を進発（お上り）、再び桂川を渡る「川渡し神事」を経て当神社に還幸する。この「川渡し神事」を在地では西大寺（岡山県）の裸行事（会陽）、防府天満宮（山口県）の裸坊祭に並ぶ日本三大裸祭りとしている。また、この行事の間、川の中に灯される長さ約16メートル、重約さ5トンの大松明もよく知られている。