平安京の遷都が延暦13年（794年）であり、平安京の鴻臚館は3つのうちで最も遅くに設立された客館となる。当初は朱雀大路南端の羅城門の両脇に設けられていた。東寺・西寺の建立のため弘仁年間（810年 - 824年）に朱雀大路を跨いだ七条に東鴻臚館・西鴻臚館として移転。現在の京都府京都市下京区、JR丹波口駅の南東附近に位置した。天長10年（833年）の『令義解』にある鴻臚館は平安京の鴻臚館を指している。平安京の鴻臚館はおもに渤海使を迎賓していた。「北路」にて来訪した渤海使は能登客院（石川県羽咋郡志賀町か）や松原客館（福井県敦賀市）に滞在して都からの使者を迎え、使者に伴われて都に上り、鴻臚館に入った。都の鴻臚館で入朝の儀を行ったのち、内蔵寮と交易し、次に都の者と、その次に都外の者と交易をした。しかし渤海王大仁秀治世に日本との関係に変化が生じて交易が減退。日本側では824年に右大臣藤原緒嗣により「渤海使は国賓ではなく貿易商人である」と判断されて、以降12年に一度とされる（のちに6年に一度に緩和）。東鴻臚館は承和6年（839年）に典薬寮所管の御薬園へと改められた。さらに渤海国が契丹（東丹国、遼）によって滅亡（926年）させられたのちは当然だが渤海使の来朝は無くなり。施設は衰え、鎌倉時代の頃に消失した。一説には延喜20年（920年）の頃に廃止されたともされる。末期の鴻臚館の状態について、以下の史実がある。村上天皇が天徳元年7月27日（957年8月25日）に意見封事を求める綸旨を出し、同年12月27日（958年1月19日）に従五位上右少弁菅原文時(菅原道真の孫)が村上天皇に対し『意見封事三箇条』を提出した。全3条のうち、役人・貴族の堕落を取り締まるべきとする内容の2か条に続き、第3条において「請不廃失鴻臚館懐遠人励文士事」（外交の再建と文芸の振興の観点からの鴻臚館復活）の論を展開している（『本朝文粋』・『群書類従』）。すなわち渤海滅亡から30年後のこの時点で鴻臚館は「復活」させねばならない状態だったことがわかる。『源氏物語』第1帖『桐壺』には、鴻臚館滞在の高麗の人相占いの元を光源氏が訪れる様子が書かれている。また江戸時代には与謝蕪村が「白梅や墨芳しき鴻臚館」と詠っている。今では大正4年（1915年）に建てられた東鴻臚館址の碑が下京区西新屋敷揚屋町に残るのみである。
9世紀末から10世紀初頭にかけての寛平・延喜期になると、抜本的な国政改革が展開した。調庸・封物を富豪層が京進することにより、院宮王臣家（皇族・有力貴族）は富豪層と結びつき、自らの収入たる封物の確保を図った。富豪層も自らの私営田を院宮王臣家へ寄進して荘園とし、国衙への納税回避を図っていった。かかる危機に直面した国衙行政と中央財政を再建させるために、院宮王臣家と富豪層の関係を断ち切るとともに、国司へ大幅な支配権限を委譲する改革が行われたのである。これにより成立した支配体制を王朝国家体制という。王朝国家体制への移行により、富豪層による調庸・封物の京進は廃され、国司（受領）による租税進納が行われるようになった。その結果、調庸・封物京進を狙っていた群盗海賊は沈静化することとなった。また、受領への権限集中が行われ、国衙機構内部は受領直属部署（「所」という）を中心とするよう再編成された。郡司・富豪層は、土地耕作を経営し納税を請け負う田堵負名として国衙支配に組み込まれ、また、各「所」に配属されて在庁官人として国衙行政の一翼を担うようになった。上記の国政改革と並行して、東国では寛平・延喜東国の乱が発生していた。これに対し、朝廷は追捕官符を国衙へ発給し、さらに各国へ国押領使を配置する対策をとった。追捕官符は発兵などの裁量権を受領に与えるものであり、受領は国内の田堵負名層を兵として動員するとともに、国押領使へ指揮権を与えて実際の追捕にあたらせた。このように、寛平・延喜東国の乱の鎮圧過程を通じて新たな国家軍制である国衙軍制が、まず東国において成立した。この軍制は、追捕官符を兵力動員の法的根拠とし、兵力動員権を得た受領から国押領使へ指揮権が委任され、国押領使が国内兵力を軍事編成して追捕活動にあたる、というシステムである。そして、同乱の鎮圧に勲功をあげた「寛平延喜勲功者」こそが最初期の武士であったと考えられている。彼らは、田堵負名として田地経営に経済基盤を置きながら、受領のもとで治安維持活動にも従事するという、それまでにない新たに登場した階層であった。一方、西国では承平年間（930年代）に瀬戸内海で海賊行為が頻発し（「承平南海賊」）、936年（承平6）、追捕南海道使に任命された紀淑人とその配下の藤原純友らによる説得が功を奏し、海賊が投降した。海賊らの実態は富豪層であり、彼らは従前から衛府舎人の地位を得ていた。衛府舎人は大粮米徴収権の既得権を有していたが、朝廷は延喜年間（900年代）に相次いで衛府舎人の既得権を剥奪する政策を打ち出した。この延喜期の既得権剥奪によって経済基盤を失おうとしている瀬戸内沿岸の衛府舎人らは、自らの権益を主張し続けていたが、承平期に至ってついに海賊行為を展開することとなった。そして彼らを説得し、田堵負名として国衙支配に組み込んだ功労者が実は藤原純友であった。海賊鎮圧の過程で、純友を含め、瀬戸内海諸国には海賊対応のための警固使が設置された。この西国の警固使は東国の押領使・追捕使に該当する。追捕官符によって兵力動員権を得た受領のもと、警固使に任じられた者は国内の郡司・富豪層を軍事的に編成し、有事に際しては指揮権を行使した。ここに、西国においても東国と同様の国衙軍制が成立したのである。