2000年12月15日にボストン・レッドソックスと年俸325万ドル＋出来高75万ドルの1年契約を結んだ。2001年4月4日のボルチモア・オリオールズ戦では電気系統の故障で試合開始が遅れた中、2度目のノーヒットノーランを記録。レッドソックスの投手としては、1965年9月16日にデーヴ・モアヘッドが対クリーブランド・インディアンス戦（フェンウェイ・パーク）で達成して以来、実に約35年半ぶり13人目（15回目）のノーヒットノーランであった。また、カムデン・ヤーズにおけるノーヒッターは2017年現在野茂が史上唯一の達成者であり、1996年に続き達成難度の高い球場での達成となった。この試合により両リーグにわたってのノーヒッター達成者となり、これはサイ・ヤング、ジム・バニング、ノーラン・ライアンに次ぐ史上4人目の快挙である。同月26日には、レッドソックスのMLB初試合から100周年目の試合となったミネソタ・ツインズ戦にも登板し、7回まで無安打の投球を見せた。5月2日のシアトル・マリナーズ戦ではイチローとメジャー初対決し、第1打席と第2打席を二ゴロ、中飛に抑え、第3打席には死球を与えた。25日のトロント・ブルージェイズ戦では7者連続を含む14奪三振1安打で完封勝利を挙げ、6年ぶりの無四球を記録。6月16日のブレーブス戦では3回にNPB/MLB通算2500奪三振を達成。前半戦を18試合の登板で8勝4敗・防御率3.83・WHIP1.21で折り返し、7月20日のシカゴ・ホワイトソックス戦で2年ぶり5度目の10勝に到達した。7月は負けなしの5勝・防御率3.00・WHIP1.50の成績で、ピッチャー・オブ・ザ・マンスの投票ではマーク・マルダーに次ぐ2位となった。8月からは2勝6敗・防御率6.07・WHIP1.49と調子を落とした。しかしシーズンを通して奪三振率が9.00を切ることなくリーグ1位の奪三振率10.00を記録し、4年ぶりに200奪三振を越えて二度目の最多奪三振を獲得した。
4月29日にミルウォーキー・ブルワーズと1年25万ドルで契約。AA級ハンツビル・スターズに配属された。調整登板で1試合を7イニング無失点に抑えると、5月9日にメジャー昇格。前半戦を13試合の登板で7勝2敗・防御率3.95・WHIP1.37の成績で折り返す。8月2日のメッツ戦ではドジャースとメッツでバッテリーを組んだマイク・ピアッツァと対戦。第3打席で本塁打を打たれるなど、5回9安打6失点で敗戦投手となり、試合後には「ずっとピアッツァを相手に投げたいと思っていた。彼にはもう少し良い球を投げたかった」と語った。9月8日のアリゾナ・ダイヤモンドバックス戦ではロジャー・クレメンス、グッデンに次ぎメジャー史上3番目のスピード記録となる147試合目でのメジャー通算1000奪三振を達成。後半戦は15試合の登板で5勝6敗・防御率5.06・WHIP1.46と調子を落としたものの、最終的にチーム最多の12勝を挙げた。
6月1日に退団の意思を示し、4日にトレードでメッツに移籍。7月に3連勝を記録したものの、1試合のリリーフ登板を含む17試合に登板し4勝5敗・防御率4.82・WHIP1.44の成績で、シーズン通算では6勝12敗・防御率4.92に終った。1999年1月18日に1年292万5000ドルでメッツと再契約。しかし3月24日に40人枠から外れ、3月30日に放出された。
西暦200X年。アメリカは北朝鮮への軍事制裁を決意し、北朝鮮の暴走を誘発するために在韓米軍を朝鮮半島から撤退させ、さらに在日米軍も日本から撤退させてしまう。そうした中、東京の国会議事堂を中心として永田町周辺が小型核爆弾テロの攻撃を受け、日本の国家中枢が消滅してしまう。これを北朝鮮の犯行と判断したアメリカは、その報復として北朝鮮の総書記を空対地ミサイルで暗殺した。しかし、この事件は中国が世界覇権を狙うために引き起こした陰謀であった。中露の後押しを受けた北朝鮮の軍事政権は韓国を武力併合し「統一朝鮮国」を樹立した。勢いに乗る統一朝鮮は中国人民解放軍とともに日本へ侵攻する。統一朝鮮軍は大規模軍事侵攻を九州に行い、中国・統一朝鮮による傀儡国家「九州国」として独立（分断）させられる。同時期、東京都知事の桜坂満太郎は神奈川県知事の川原龍二と共に「知事連合」を結成し、日本国の臨時政府を樹立する。一方、アメリカは日米安全保障条約に基き第7艦隊を派遣するが、中国のミサイル攻撃で軍事衛星を破壊され、北朝鮮の潜水艦隊の襲撃を受け艦隊が全滅したため、日本を見捨て撤退してしまう。程なくして、日本本土も中国軍の弾道弾攻撃により航空自衛隊がほぼ全滅し、東京は占領されてしまった。日本の占領を受けたアメリカ政府は日本を見捨て、中国の日本占領を事実上黙認する。桜坂ら知事連合と残された自衛隊は仙台に撤退して中国への抵抗を続ける。中国から派遣された占領軍司令官の劉金星は日本の親中メディアを利用して桜坂たちを「テロリスト」に指定し、陸路・空路から知事連合を追い詰め仙台を攻略する。桜坂らは函館に撤退して「新生日本政府」を樹立し、中国軍への抵抗を継続する。桜坂の元には各地から義勇軍が加わりゲリラ運動を展開し、桜坂に刺激された台湾が日本と連携し独立を宣言する。中国では台湾との衝突を避けようとする周雲山が、中国の影の支配者・鄧建民に見放され暗殺され、鄧の支配下の軍部が全権を掌握する。中国は台湾進攻を開始するが、台湾空軍と軍事衛星を復旧させたアメリカ空軍の反撃に遭い艦隊が壊滅する。台湾進攻の失敗を受けた鄧は、責任を劉に押し付け南京大軍区の粛清を始める。桜坂は劉と会談し、中国の鄧体制を打倒することで合意し、日本占領軍は撤退し中国は内戦に突入する。桜坂は九州を奪還し日本本土を回復、一方の劉はチベットなどの反北京派を味方に引き入れ「中華連邦共和国」を結成し、日中台による「東アジア安全保障会議」を設立し、新しい東アジア安保体制を確立する。また、ニューヨークでロビー活動をしていた川原の尽力により、国連総会で日本の独立と再加盟が承認される。そして、桜坂の戦略と劉の活躍により鄧体制は崩壊する。日本では独立後の大統領就任式を控えていたが、大統領に内定していた川原が爆弾テロで暗殺されてしまう。人々は都知事に復帰していた桜坂に大統領就任を求めるが、川原の死に衝撃を受けた桜坂は就任を断る。しかし、桜坂は核爆弾テロで死んだ妻子が死ぬ直前に贈った誕生日プレゼントとメッセージカードを受け取り、自分を誇りに思っていた妻子の気持ちに気付き、大統領への就任を決意する。