イロウスを退治しながらも平穏に生活している星守。みき、昴、遥香の3人は慌てた様子で理事長室に入る樹と風蘭を発見。そこで「時代の流れ」「神樹ヶ峰女学園の役割の終わり」などの会話内容から「神樹ヶ峰女学園が廃校になる」と思う。理事長が出張を繰り返していたこと、星守として戦う機会が減ったことなど、星守たちに心当たりがあった。署名活動などして廃校を止めようと言うみきたちに対し、明日葉は「星守が必要なくなったほど平和になったことは喜ばしい」と説き伏せる。みきも「さみしいけど、きっといいこと」と受け入れる体勢をとる。そして「できること」を考え、お世話になった先生たちに恩返しとして、願いを叶えることを決める。一通り先生の願いを叶えた後、理事長からの呼び出しを受ける。正式に廃校が決定したと思い、「最後は笑顔で」と覚悟を決める。しかし今までの出来事を振り返り、「やっぱりイヤだ」と理事長に考えを改めてもらえないかと申し出る。そこで勘違いしていると理事長から言われ、「制服が変わる」だけで「廃校なんて絶対にない」と理事長に言われ、再び神樹ヶ峰女学園に通えることを喜んだ。
イリスとの最終決戦も終わりイロウスも消え、星守たちも星衣を纏う力も消え失せた。明日葉たちの卒業も近づく中、理事長は先生に対し最後の任務を下す・・・。
並行世界からやってきた神樹の闇を祓い、再び平和を取り戻した星守たち。しかしながら、闇に染まった神樹を呼び寄せた敵が並行世界を渡り歩くほどの存在であると考えられることから、まだまだ油断できない状況であった。そんな中、かつてイロウスを操る力で星守たちを苦しめたエヴィーナが神樹ヶ峰女学園に現れる。突然の登場に困惑する星守たちであったが、機械の耳がなくなっていて記憶喪失状態であることや、かつて彼女に付き従っていたサドネの意向もあり、彼女を一時的に学園内で保護することにした。記憶喪失の彼女に事情を聞く中で、自身の名前はエヴィーナではなく雨谷エリカであること、理由は分からないが神樹ヶ峰女学園に強い思い入れがあってやってきたこと、そして記憶をなくす前に誰かに仕えていたという情報を得た星守たちは、エリカが付き従っていた人物が七嶋葵なのではないかと推測する。
2017年7月から放送されたアニメと連動するストーリー。星守クラスに突如転入してきた謎の転入生ミサキ。今までに対峙したことのないイロウスを単独で倒すほどの戦闘力を持つものの、冷徹な態度で接し自分勝手な行動ばかり取るミサキに星守たちは反感を抱いていた。しかしながら、南の島での特訓、f*f（フォルテシモ）のライブツアー最終公演、ひとりでは倒せない敵との激闘などを経て、ミサキの厳しさが仲間を守るためであることを他の星守たちは理解し始める。ミサキが星守クラスに打ち解け始めた時期に行われた神樹祭の最中、黒フードを纏った謎の人物が星守たちを襲う。その場は事なきを得たものの、後日再び星守たちが黒フードの襲撃を受けた際に、黒フード集団がミサキと浅からぬ因縁があることが判明する。そしてミサキは自分がここではない別の世界のみきの妹であり、闇神樹によって滅ぼされた並行世界からやってきた星守であることを打ち明ける。
進路調査表に記載しているみき、昴、遥香の3人の元にやってきた樹と風蘭。将来に悩む昴が2人に何故教員になったのか尋ねる。2人は5年前まで教員の道に進むとは自分達でも思っていなかったことを打ち明ける。「イロイロあった」「オトナの事情」と語る2人に対し、みきはどんな事情かと問う。そして八雲樹と御剣風蘭、酒出茉梨の3人そろって「最強の星守」と呼ばれ浮かれていたことを話し始める。
ときに西暦2045年。突如として出現した謎の生命体「イロウス」は地球をまたたく間に制圧。審判の日と呼ばれる大災害が起き、結果として地球は「瘴気」と呼ばれる有害な気体に包まれ、人類は宇宙空間への移住を余儀なくされる。人類は月やスペースコロニーなどに生存圏を移し、地球を奪還する機会を窺っていた。神樹ヶ峰女学園（しんじゅがみねじょがくえん）の新任教師として赴任した主人公は、星月みきという女子生徒と出会う。みきは神樹の力を使ってイロウスを倒すことができる「星守」と呼ばれる存在だった。主人公は結社「星の箱舟」に所属することとなり、星守たちとともにイロウスと戦うこととなる。主人公は戦いを通して次第に女子生徒たちと親しくなっていき、星守たちと協力して渋谷や新宿など多くの地区を解放する。だが、彼女たちの前に、大勢の敵を従えたサドネという少女が現れる。イロウスを操る力をもつ彼女の前に苦戦を強いられる星守たち。なんとか彼女とイロウスたちを撃破するが、サドネを扇動していた黒幕エヴィーナはサドネの力を奪い、究極のイロウスを使って人類を滅ぼそうとする。サドネを救出して仲間に加えた星守たちは、究極のイロウスを倒す。そして地球は解放され、復興が始まる。
大阪市内の24行政区にそれぞれ1館ずつあり、西区に本館の大阪市立中央図書館が、他の23区に地域図書館が設置されている。地域図書館は、中央区にあるものを除き、すべて館名と区名が一致する。自動車文庫（移動図書館）も2台ある。資料（CD・ビデオも含む）は、ひとり15点、15日間借りられる。また、貸出した館以外での返却も可能である。館内にはオムリス（OMLIS）の専用端末があり、全館の資料の検索が出来る。電話による音声応答サービスでの貸出予約が可能。インターネット（携帯電話を含む）で資料検索や貸出予約も可能。予約はひとり15点まで可能だが、インターネットでの予約は8点までに限定されている。資料を借りるのには、「図書館カード」をつくる必要がある。図書館カードは24館それぞれで発行しており、色が違う（参照→）発行した館以外でも使用は可能であるが、インターネット貸出予約は発行した館に限られる。図書館カードなどに描かれているイメージキャラクターは、オムリン。頭がO(Osaka)、本がM(Municipal)、からだがL(Library)と、大阪市立図書館(Osaka Municipal Library)の頭文字をデザインしている。各館にある多機能オムリスでは、新聞・雑誌記事や法律・判例情報などの商用データベースを無料で利用することができる。ただし、検索結果のプリントアウトは1枚50円である。学術書・専門書を中心とした電子書籍サービスを提供している。