オープニングは『おはスタ』版よりも長い1分30秒のものを、エンディングもより長い2分30秒のものを使用。オープニング・エンディングは山崎邦正が歌うものに統一された。オープニング映像は前述の「ハイパーソング」で放送されたものに、エンディング映像は同じ映像を長めにしたり、登場キャラクター・アイテムの数を増やしたものにビデオ編集によるエフェクトやコマの間引きなどの編集を加えたりして放送した。オープニング・エンディング映像は、『おはスタ』版とは違い全話にわたって同じものが使われた。なお火曜19時の枠での放送では、映像に新作カットとさらなるビデオ編集が加えられている。『ポケットモンスター』の差し替え枠として放送している期間中は、番組冒頭においてポケモンショックへのお詫びと『ポケットモンスター』は放送休止中であることを周知するブルーバックのテロップが毎回表示され、告知画面の後にオープニングが流れるという放送形態を取っていた。主題歌「ヤマザキ一番！」を歌った山崎邦正（現・月亭方正）は、当時ヤマザキのコスプレで歌番組に出演。これが気に入ったらしく、その後も自身の結婚会見など様々な場面でこの格好で登場した。また、『ダウンタウンのガキの使いやあらへんで!!』などでは山崎自身のテーマソングとしてこの歌が使われることも多い。落語家に転身してからも同曲を出囃子にしている。2001年5月19日放送分の『めちゃ²イケてるッ!』でEE JUMPの楽曲（「おっととっと夏だぜ!」）がこれに似ているとして自ら抗議をしたこともあるが、EE JUMP側は何も反論しなかった。なお、EE JUMPの楽曲はつんく♂作曲であるが、2002年の未発表曲で渡部チェルが編曲で参加している。Jリーグのレノファ山口FCでは試合勝利後、イレブンが勝利のラインダンスの時にサポーターが歌う「ヤマグチ一番！」の元ネタとなっている。
オープニング主題歌「ヤマザキ一番」とエンディング主題歌「パイあるかぎり」は、第21話までは作曲家の渡部チェルが歌っており、映像も簡易な物を使用している。エンディングは、キャラクターやアイテムの数・動きが毎回変わっている。『おはスタ』と吉本興業とのコラボレーション企画の一環で、第22話以降はオープニング・エンディング共にお笑いタレントである山崎邦正（現・月亭方正）が歌うこととなった。これに伴い、オープニング映像に新作カットが加えられた。オープニングは、月曜日放送の物はやや長めの1コーラスの物を、火曜日から木曜日放送の物は短縮された物を、金曜日は未使用。なお、『おはスタ』の音楽コーナー「ハイパーソング」で、山崎邦正が歌唱・出演し、イントロ・アウトロを省略しない長めの1コーラスバージョンが放送されたこともある。エンディングは、月曜日から木曜日放送のものは短縮された物を、金曜日放送の物はやや長い1コーラスを使用。金曜日は、エンディングの最後に脱力感を誘う格言が表示される。
オープニング　「ヤマザキ一番！」（1話 - 21話）※〈1997年10月27日 - 1998年3月27日〉　　　作詞 - 樫本学ヴ / 作曲 - コンドリア 水戸 / 編曲・歌 - 渡部チェル　「ヤマザキ一番！」（22話 - 54話 ）※〈1998年4月6日 - 1998年11月27日〉　　　作詞 - 樫本学ヴ / 作曲 - コンドリア 水戸 / 編曲 - 渡部チェル / 歌 - 山崎邦正エンディング　「パイあるかぎり」（1話 -  21話）※〈1997年10月27日 - 1998年3月27日〉　　　作詞 - 樫本学ヴ / 作曲・編曲・渡部チェル　「パイあるかぎり」（22話 - 54話 ）※〈1998年4月6日 - 1998年11月27日〉　　　作詞 - 樫本学ヴ / 作曲・編曲 - 渡部チェル / 歌 - 山崎邦正
数名の犯罪学者や捜査官は連続殺人者ピーター・トービン (英: Peter Tobin) がバイブル・ジョンの正体であると考えている。トービンは2006年にポーランド人学生を殺害した罪で2007年5月に有罪を宣告された。その学生は強姦された後、殴打され、刺殺された。1969年、トービンはバローランド・ボールルームで出会った最初の妻と結婚した後、グラスゴーのシャッテルストンからイングランドへ転居した。同年にバイブル・ジョンの殺人も終わった。その後、トービンは1969年から20年間ブライトンに住んでおり、1980年後半からスコットランドとイングランド南部に交互に住んでいた。20代のときのピーター・トービンと1969年のバイブル・ジョンの似顔絵の間には外見上顕著な類似性が存在する。また、トービンの3人の元妻は、トービンから拘禁される、窒息させられる、殴打される、強姦されるというような仕打ちを度々受けたと報告している。トービンは月経周期に応じてひどい暴力に駆られたとも述べている（月経は捜査官が犯人の凶行の誘因として考えてきた要因である。バイブル・ジョンが1969年にジーン・ラングフォードとヘレン・パトックに用いた偽名は、トービンがよく使用していた偽名の一つである「ジョン・センプル」 (英: John Semple) と似ている。デヴィッド・ウィルソン (英: David Wilson) 教授は3年間トービンの事件について熱心に調査を行った。ウィルソンは得られた証拠はピーター・トービンがバイブル・ジョンの正体であるという説を支持するものと考えている。ウィルソンがトービンはバイブル・ジョンの正体と考えるようになったのは、1991年に18歳の少女（トービンがマーゲイトにある自宅の庭に遺体を埋めた事件の被害者の1人）を殺害した件の裁判でのことだという。ウィルソンはこの説が正しいことを示す状況証拠として、少女が誘拐された日に少女と一緒にいた知人による裁判の証言と、ジーン・ラングフォードがヘレンが殺害された夜にバイブル・ジョンと交わしたと主張する会話の内容に類似性が見られたと語っている。