外交的成功を求めていたナポレオン3世はルクセンブルク獲得を狙うようになった。当時のルクセンブルクはオランダと同君連合下にあったが、旧ドイツ連邦加盟国という沿革によりプロイセン軍が駐屯していた。ナポレオン3世はこのルクセンブルク駐留プロイセン軍の撤退を要求するとともにオランダ王ウィレム3世からルクセンブルクを購入しようとしていた。オランダ王ウィレム3世は売却に乗り気だったが、ドイツ人の多くはルクセンブルクをドイツの一員と看做しており、この売買計画はドイツ・ナショナリズムの強い反発を買った。ビスマルクは普墺戦争の講和交渉中に普仏間で作成した秘密協定の草案でフランスのルクセンブルク併合を認めていたが、ドイツ・ナショナリズムに配慮する必要があり、この問題に曖昧な態度をとった。そして1867年4月には北ドイツ連邦帝国議会で国民自由党のルドルフ・フォン・ベニヒゼンにフランス批判、ルクセンブルク放棄反対演説を行わせてドイツ・ナショナリズムを煽った。これに慌てたウィレム3世は、売却を中止するとナポレオン3世に通達した。ナポレオン3世はビスマルクに騙されたと感じて激怒し、一度はプロイセンとの開戦さえ決意したが、フランス軍はメキシコ出兵の失敗で疲労していたため、最終的には断念した。一方ビスマルクも北ドイツ連邦憲法制定前の現状においてフランスと戦争をする意思はなかった。結局ルクセンブルク問題はイギリスが介入し、1867年5月のロンドン条約の結果ルクセンブルクは永世中立国とされてプロイセン軍は同地から撤退することとなった。しかしこの問題により普仏関係は決定的に悪化した。
当時マダガスカル島はメリナ王国が統治していた。1861年にメリナ王に即位したラダマ2世は英仏との関係悪化を恐れ、鎖国体制を破棄して、英仏と自由貿易を開始させた。また信教・布教の自由も認め、ヨーロッパ人宣教師団を呼び戻した。この頃のフランスは東アジア植民地化に忙しかったため、マダガスカルに対してはそれほど軍事的野心を露わにしていなかったが、それでもナポレオン3世はジョゼフ・ランベールを通じてラダマ2世をうまく誘導して不平等条約締結とマダガスカル島の資源開発のため国土を自由使用する権利の獲得にこぎつけた。この権利に基づきランベールは「マダガスカル会社」の創設の準備を開始した。しかし1863年5月にラダマ2世が暗殺され、ライニライアリブニが宰相として実権を握るようになると、メリナ王国は国土自由使用権撤回の外交交渉に乗り出した。マダガスカル島におけるフランスの膨張を恐れたイギリスもメリナ王国を支持した結果、ナポレオン3世も譲歩を余儀なくされ、賠償金120万フラン支払いを条件にマダガスカル会社創設中止を認めた。フランスを出し抜こうとするイギリスとメリナ王国が接近する中、マダガスカルにおけるイギリスの覇権は強化され、宣教においてもプロテスタント（イギリス）はカトリック（フランス）よりはるかに優勢となった。結局第二帝政はマダガスカル問題でイギリスに優位に立つことなく終焉した。しかしこの後イギリスがマダガスカルに興味を無くしていく中で第三共和政はジャン・ラボルド遺産事件やトアレ号事件でマダガスカル領有への野望を本格化させた。メリナ王国が最後の希望と頼んだイギリスはイギリスのザンジバル支配権を認めることを条件としてフランスのマダガスカル支配権を認める条約をフランスとの間に締結した。イギリスのお墨付きを得たフランス軍はマダガスカル島へ軍事侵攻を開始し、1895年9月にメリナ王国を滅亡させて同島をフランス保護領としたのであった。
サハラ砂漠以南アフリカ（いわゆる「黒アフリカ」）ではナポレオン3世が1854年にセネガル総督に任じたルイ・フェデルブの指揮の下、フランス軍が現地の小王国を次々と征服していき、後のフランス領西アフリカの基礎を固めていた。サハラ砂漠以南のアフリカ植民地に対しては第二帝政期にも融和政策は取られなかった。そこではフェデルブ総督の主導により、この後フランスが長きにわたってアフリカで行う植民地統治の手法が確立された。それはアフリカ先住民の民族分布を無視して恣意的な行政区分を作り、総督に絶対的権限を与えて中央集権的に支配し、アフリカ先住民を「従属民」に分類して法律の保護対象外とし、「先住民局」が先住民を恣意的に強制労働徴用・投獄するというものであった。フランス政府がこの「先住民局」制度を廃止するのはやっと1946年になってのことであった。
ニューファンドランドおよびアカディアの喪失により、フランスの大西洋における拠点はケープ・ブレトン島に限定されるようになった。ニューファンドランド島からのフランス人移民はケープ・ブレトン島に移住してイル・ロワイヤル植民地を作り、1719年にはルイブール要塞を建設した。この存在は、ユトレヒト条約によってイギリスが得たニューファンドランド沿岸における漁業権と関係して、フランスとイギリスの漁業関係者間の長期に渡る摩擦を引き起こす結果となり、この問題は18世紀末まで完全には解決されなかった。ニューファンドランドにおける戦争による経済的な損失は厳しく、ニューファンドランド島の海域を通る漁船団が著しく減少したが、和平が確定した直後にイギリスの漁船団の数は回復し始めた。イギリスはニューファンドランド島の海域において以前スペインにされたようにスペインの漁船団の操業を妨害しようとしたが、スペインの船はイギリスの妨害を避けるために船のオーナーをイギリス人であるように偽装し（ストロー・オーナー）、単純に船の国籍を変えることで対応した。イギリスによるアカディアの占領はアカディア人とミクマク族のその地での生活において長期的な影響を与えた。イギリスによるノバスコシアの支配ははじめ、フランス人とミクマク族の抵抗活動のリーダーを利用した状態であり、直接的な統治は希薄であった。戦後、イギリスとミクマク族の関係はノバスコシアのみに収まらないイギリスの拡大政策の状況下で発展し、ニューイングランドの人々はさらにユトレヒト条約に反する形でメイン州の沿岸に位置するアベナキ族の領地へと移住しはじめた。アベナキ族もミクマク族もユトレヒト条約において承認されず、それ以降彼らはこれらイギリス人による自分たちの土地への侵略に抵抗した。この対立はフランスの宣教師であるセバスティアン・ラルのような陰謀者によって扇動され、ラル神父戦争（1722年-1727年）へと発展した。イギリス人および彼らに征服されたアカディア人との関係もまた困難であった。イギリスは幾度となくアカディア人にイギリス王室に対して忠誠を誓うよう要請したが抵抗を受け、結局アカディア人たちはフランスの領域であったイル・ロワイヤル植民地（ケープ・ブレトン島）およびサン・ジャン島（現在のプリンスエドワード島）へと脱出した。1740年代、ジャン＝ルイ・ル・ルートルのようなフランス人指導者たちは、フランスと同盟を結んでいたミクマク族とともにゲリラを組織し、ノバスコシア半島においてプロテスタントの植民地拡大を企図していたイギリスに対して戦争をしかけた（ル・ルートル神父戦争）。アカディアの国境線上におけるフランスとイギリスとの間の摩擦もまた継続した。ユトレヒト条約における国境線の記述はあいまいであり、フランスでさえ正式な記述は決して行わなかった。フランスはアカディアの半島部分（ケープ・ブレトン島を除く現在のノバスコシア州の範囲）だけが条約に含まれていると主張し、フランスは現在のニューブランズウィック州にあたる地域の権利を保持していた。アカディアに関する議論は1740年代に起こったジョージ王戦争の対立によって再燃し、七年戦争においてイギリスがフランスの持つ北アメリカの領地の全てを征服するまで解決しなかった。