本ゲームでは第1部隊を総大将が率いているが、双方の第1部隊が隣接すると「一騎打ち」の可能性がある。どちらかの第1部隊が一騎打ちを申し込み、相手方が受諾すれば総大将同士の一騎打ちが成立し、双方の総大将の「武力」・「体力」・「判断力」で勝敗が自動判定で争われる（ただし申し込んだ側には判定にある程度のハンデが課される）。一騎打ちを申し込まれた側は総大将の「説得力」が敵将を大きく上回っていれば一騎打ちを断ることができるが、「武力」と「統率力」が半減してしまう上、兵士の20%が敵側に寝返ってしまう。。決着はいずれかの総大将が捕縛される場合と打ち負かされるだけの場合があり、総大将が捕縛された側はそれまでの戦況に関係なくその時点で戦争そのものの敗北となる。打ち負かされた場合は即敗北とはならないものの兵士の20%が敵側に寝返ってしまう。このため一騎打ちは非常にハイリスク・ハイリターンな作戦である。一騎打ちの申し込みは双方ともに1度の戦争中に1回しかできず、プレイヤー側から申し込む場合、相対的にプレイヤー側総大将が強すぎると一騎打ちを断られたり、「弱すぎて相手になりません」とメッセージが表示されて一騎打ちが申し込めないようになっている。
『ジンギスカン』の戦闘シーンは横16 * 縦10マスからなる、ヘックスで構成された戦場マップで戦われる。部隊は機動力は高い騎馬、遠距離攻撃の可能な弓矢、伏兵の可能な歩兵の3種類。ヘックスは城、町、平地のほか山、森、砂漠、海と言った地形が存在し、城・町・山・森についてはそのヘックスにいるユニットに平地と比較してプラスの防御効果がもたらされ戦闘が有利になるが、砂漠と海については逆にマイナスの防御効果がもたらされ、不利となる。さらに騎馬は森と山も苦手としており、防御効果はマイナスとなっている。また山、森、砂漠、海についてはこれに進入したとき、部隊の兵士が脱落し、損害を被る。ただし守備側は全体的に脱落の度合いが少なく、森に関しては兵士が脱落する心配はなくなっている。また、部隊編成は基本的に平時において事前に行っておくべきものであるが、同種の兵については戦闘中に任意に分散・合流も可能となっている。
上述の通り、本作では各国で「特産品」を生産することができる。これは「毛皮」、「貴金属」、「絹」など10種類あり、各国で産出するものが異なっており、基礎的な価格も異なっている。これらを売買する相手である商人はウイグル商人、イスラム商人、中国商人の3種類。それぞれ基本相場が違うため、中国商人から買った絹は倍額程度で売却が可能、など、うまく使えば大もうけが可能であるが、商人は常駐している訳ではなくその滞在確率は各国によって異なり、イギリスで中国商人と取引できる機会は限られ、日本でイスラム商人と出会えることも、やはり比較的希である。ハンドブックに曰く「絹の道」(シルクロード)である。
1979年にロスアラモスをやめ、ゼネラル・アトミックスの社長及び最高経営責任者に就任、1985年までその地位にいた。カリフォルニア大学学長のデヴィッド・S・サクソンにあてた辞表で、自身の決断の理由となったのは、「大学の運営方針への不満と、LASL [ロスアラモス科学研究所] プログラム総体への支持が欠如していること」および「エネルギー省による防衛プログラム資金が、私の見るところ、LASLとLLL [ローレンス・リバモア・ラボラトリー] との間で公平に分配されてこなかったことへの失望感」だと書いている。1974年から1978年に武器庁と軍縮局の総諮問委員会委員長を務め、1982年から1989年にかけてホワイトハウス科学評議員を務めた。1968年から1974年、および1978年から1987年にかけてNASA航空宇宙安全諮問委員会のメンバーでもあった。1988年にカリフォルニア大学サンディエゴ校の非常勤教授に就任した。1966年にE・O・ローレンス賞を受賞し、1978年にはエネルギー省のエンリコ・フェルミ賞を受賞した。ハンス・ベーテとともに、ロスアラモス国立研究所メダルを初めて受賞した。米国科学アカデミーと全米技術アカデミーのメンバーでもあった。戦術核兵器の唱道者であったアグニューは、1970年に、ベトナムのタインホア橋を破壊するのに従来の兵器で何百もの出撃を要したものを核兵器を用いたならたった1回で済んだことを指摘した。1977年、『原子力科学者会報』(Bulletin of the Atomic Scientists) に書いた論文で、中性子爆弾の核融合反応には、従来の核分裂兵器に比べて「戦術的」な利点があり、特に「東側諸国が有する重機甲戦力」に対抗するのに有効だと主張した。アグニューはランドコーポレーションが達成した結論を引用し、融合爆撃によって生成された中性子は戦車の装甲に影響を与えずに内部に貫通し、「数十分から数時間の間に乗組員を殺したり完全に無効にする」と主張した。中性子爆弾は巻き添え被害を軽減するため、核分裂兵器よりはるかに選択的な方法で使用することができ、それゆえ「軍の防御側だけでなく近くの非戦闘員にとっての利点」も明確である。アグニューはアメリカの新しい核兵器設計は核実験無しでは認定されず、そのような試験なしでは核兵器備蓄信頼性管理が困難になるかもしれないと主張した。1999年、アグニューはウォールストリートジャーナルに投書を送り、核開発機関のコンピュータコードが中国のスパイの手に渡ったという主張について、その重要性を疑問視するコメントを発した。「核能力を実証し爆弾や弾頭を運搬する手段を持っている国がある以上、弾頭の数にわずかに差があるとか、弾頭が赤、白、青ではない色で塗られているといったことは大した問題ではない」「国家資源防衛会議がこれまで公開してきた情報も、違法な手段で入手したコンピュータコードと同じぐらい、他の国々にとって有用であったのではないか」ビバリーは2011年10月11日に亡くなった。アグニューは慢性リンパ性白血病と診断されており、2013年9月29日、ソラナビーチにある自宅でフットボールの試合をテレビで見ている最中に亡くなった。娘のナンシーと息子のジョンが残された。彼は火葬され、ロスアラモスのグアヘ・パインズ墓地でビバリーと一緒に埋葬された。2005年のBBCのインタビューで「アメリカの核兵器の約4分の3はロスアラモスで私の指揮の下設計された。私の遺産です。」と語っている。