基本的にはPS版と同様の仕様であるが、職歴による特技の習得は廃止されている。また、人間の上級職でのみ覚えられる特技・呪文はその職業に就いている時しか使えない仕様になり、他の職業では使えないようになった。このため、上級の呪文・特技は大半が上級職で習得するように変更されている。この制約はモンスター職には及ばないため、職業に関係なく上級の呪文・特技を常時使えるようにするにはモンスター職で習得する必要がある。外見では、オリジナル版ではそのままだった衣装の変化が追加されており、『IX』など他作品からの衣装も参考にされている。また、モンスター職は転職した時点でキャラクターの外見がそのモンスターの姿になるように変更された（フィールド・戦闘中のみ）。習得する特技のうち、一部の強力な特技はMPを消費するようになった。また、効果が変更されているものがある。「ねる」「タカのめ」「うみどりのめ」「しのびあし」などといった特技が削除された。
マップは『VIII』『IX』と同様に、町や村・ダンジョン・それ以外の世界が同じスケールで描かれている。出入口が複数ある町などでは、出入りした場所でマップが切り替わる。また、フィールド上にも宝箱が点在する。PS版で存在したツボやタル、草木や花を持ち上げる動作はDSリメイクシリーズや『IX』同様廃された。また、ツボやタルを便利ボタンで調べた場合はそれを割る動作（叩くか、蹴るなど）が追加された。通常戦闘のエンカウント方式がシンボルエンカウント方式に変更された。『IX』と同様、エンカウント発生時の状況は戦闘には関係せず、モンスターの方から迫ってきたのに先制攻撃となることや、逆にモンスターの背後を取ったのに先制攻撃を受けることもある。戦闘画面のレイアウトは『VIII』から用いられている、キャラクターが画面内を動き回る形式に変更されている。コマンド入力時のレイアウトは3DSの二画面に適応しつつもPS2版『V』に近い体裁となった。装備した武器と盾は戦闘中のキャラクターグラフィックに反映される。戦闘中のモンスターの配置には前列と後列があるが、それによる影響はない。同一グループでも位置が異なることがある。出現形態によっては、画面を見ただけでは前列のモンスターと被って存在を視認しづらい場合がある。
本作からセーブデータ選択ウィンドウとステータスウィンドウに、ゲームスタートからの通算プレイ時間が時・分単位で表示されるようになった。また、アイテムを店に売る時の売値が、買値の75%から同50%に変更された。以降の作品でも、リメイク版『IV』と『VI』、売価が随時調整される『X』以外は同様の仕様となる。本作では、一部のアイテム、モンスター、特技の文字表記が漢字表記になった（「おどる宝石」「どくけし草」など）。
本作では人間職20種（基本職10種、上級職10種）のほか、モンスターの心（「スライムの心」「キメラの心」など）を手に入れることによって転職が可能となるモンスター職が34種登場している。モンスター職の中には人間職では覚えられない特技を習得できる職業もあり、モンスター職をマスターすると、フィールド上でのキャラクターの外見がそのモンスターの姿になる。3DS版では、モンスター職に転職した時点で、フィールド上でのキャラクターの外見がそのモンスターの姿になる。モンスターの心はモンスターを倒して入手するほか、宝箱から入手する、カジノの「ラッキーパネル」で入手するなどの方法がある。モンスターの心を持っているキャラクターのみが該当するモンスター職へ転職することができ、転職後はモンスターの心は消滅する。また、モンスター職でも人間職と同様、複数のモンスター職をマスターすることによって転職が可能となる中級職や上級職が存在する。
本作では職歴という要素が追加され、ステータス画面で職歴を見ることができるようになった。また、前職と現在の職業の両方の長所を生かした呪文や特技を習得できるシステムが新たに搭載された。転職後に現在の職業のレベルが★5つまで上がる（「いたについてきた」と表示される）か、前に一度やめた職業に再転職してかつ再転職後に一定回数戦闘する（「カンがもどってきた」と表示される）かのいずれか条件を満たすことにより、新たな呪文・特技を習得できることがある。いずれのケースも前職・現職両方の職業レベルが★5つ以上であることが条件である。この際の転職の順序は順不同で、覚える呪文・特技は職業の組み合わせごとに定められているが、覚える呪文・特技のない組み合わせもある。3DS版では職歴システムは廃止され、このシステムでのみ覚えられた呪文・特技は職業レベルを上げて覚える技となり、各職業に振り分けられた。また、人間の上級職で覚えた呪文・特技（他の人間の基本職で覚えられるものは除く）は他の職業に持ち越すことはできくなった。なお、モンスター職で習得できる呪文・特技はこの制約の対象にはならない。こうした制約の関係上、習得する呪文・特技も大幅に変更されている。たとえば「海賊」で覚える『おいかぜ』は、転職すると持ち越せないので「まじんブドゥ」か「にじくじゃく」に転職する必要がある。
偉ぶることない落ち着いた穏やかな性格と評され、怒った姿を見た人がいないほどであるとされている。中学時代から親元を離れて鹿児島のラ・サールの寮に住んだ。一橋大学在学中も4年間ラ・サール会の学生寮に住み、舎監のアンドレ・ラベル修道士（フランス系カナダ人、ラ・サール学園倫理教師、後に函館ラ・サール学園理事長）の清貧、質素な生活や「ファミリースピリット」の理念等から影響を受けて一時修道士を志したこともあったという。三菱商事役員時代には小さな投資先の出向社員にも隈なく激励に行き、NHK経営委員時代にもすべての地方放送局を訪問して職員と交流し、その実直さから社内外の人望の厚い人物といわれている。好きな言葉は「誠実」。趣味は登山と旅行で、サバンナやアマゾン熱帯雨林の探索、代々木公園や明治神宮の散歩などもするという。三菱商事山岳部で知り合った妻との間に3人の子供がいる。2013年にNHK職員となってから『連続テレビ小説』を全作視聴している（NHK職員となる以前は丸の内のオフィスに居る生活だったため朝ドラは視聴していなかった）。最も印象に残った朝ドラは入局と同時期に放送された『あまちゃん』であり、「宮藤官九郎さんの脚本といい、小泉今日子さんの歌う『潮騒のメモリー』…。強いて挙げればですが、『あまちゃん』は顔面にパンチを食らったように面白かったです」と語っている。