南極海洋生物資源保存条約（南極の海洋生物資源の保存に関する条約 ）は、南極地域の海洋生物資源を保存するために締結された南極条約を補完する条約である。この条約に基づき設立された南極海洋生物資源保存委員会（CCAMLR)は、2009年に世界初となる公海上の海洋保護区をサウス・オークニー諸島南の海域に「サウス・オークニー海洋保護区」（South Orkney MPA)として設定した。また、2016年には南極海のロス海（Ross Sea）の公海上の区域にも「ロス海海洋保護区」（Ross sea MPA)として海洋保護区を設置している。ロス海海洋保護区はその一部の区域で漁業を禁止している。
特別敏感海域（Particularly Sensitive Sea Areas:PSSA)とは、国際海事機関（IMO)が海洋環境保護の目的で一定の海域に設定する海洋保護区であり「認められた生態学的、社会経済的または科学的な特性の重要性により、国際海運活動から受ける損害に脆弱な、IMOによる行動を通じて特別な保護を必要とする海域」と定義されている。PSSA自体はIMO総会が1991年に採択した「特別海域の指定及び特別敏感海域の特定のための指針」（91年ガイドライン）により創設されたIMO独自の制度であり法的拘束力はないが、IMOは海洋法条約における「権限のある国際機関」であり、その正当性は強い。PSSAが実際に公海上に設定された例はないが、2005年に改訂された「特別敏感海域の特定及び指定のための改訂ガイドライン」（2005年ガイドライン）には「領海の範囲内あるいは外のPSSAは」（PSSAs within and beyond the limits of the territorial sea）と記述されており、このことから、理論上は公海上にもPSSAを設定することは可能であると解釈されている。
BBNJの保全のためには区域に基づき規制を行う必要があり、そのような規制方法は「区域型管理ツール」（Area-Based Management Tools:ABMT)と総称されている。区域型管理ツールの中でも特に有用なのが「海洋保護区」（Marine Protected Area：MPA)である。海洋保護区は一切の活動を禁止する漁業禁止区域や航行禁止区域のみを指すのではなく、法的手法などにより周辺海域に比べより保護されている海域を指す。一般的な定義はないが、国際自然保護連合（IUCN)は「生態系サービス及び文化的価値を含む自然の長期的な保全を達成するため、法律又は他の効果的な手段を通じて認識され、供用され及び管理される明確に定められた地理的空間」と定義している。海洋保護区のほとんどは領海や排他的経済水域において沿岸国がその主権・主権的権利・管轄権に基づき、設定しているものである。公海は「公海自由の原則」があるため、他国による公海の使用を強制的に制限することはできないが、公海自由の原則は海洋法条約第87条に「公海の自由は、この条約及び国際法の他の規則に定める条件に従って行使される」とある通り「国際法の規則」によって制限することはできるため、公海の自由に対する制限に自主的に同意する国が、それらの国どうしで条約を締結したり国際機関を設立し、海洋保護区を設定することは可能である。ただし、当然のことながら、その海洋保護区は非締約国に対しては効力が及ばない。海洋保護区やそれに類似するものを公海上に設定していたり設定しうる主要な例を以下に紹介する。
遺伝資源についての定義は生物多様性条約に定められているが、海洋遺伝資源の定義は国際法上存在しない。海洋遺伝資源の定義には、海洋遺伝資源から得られた派生物、電子情報化された海洋遺伝資源、魚を含めるべきか否かが議論されている。また、魚については「遺伝的性質のために使用される魚」と「商業的目的で使用される魚」を区別すべきか否かも議論が分かれている。
公海における国際法上の規律の欠如を利用したり、沿岸国（特に途上国）の海洋の管理能力の欠如あるいは管理する意思の欠如を利用したりして、国際法・国内法に違反したり規制を逃れたりして行う漁業をIUU漁業（違法・無報告・無規制漁業；illegal, unreported and unregulated fishing）という。このIUU漁業による乱獲などが生態系に大きなダメージを与えていると言われている。
2005年（平成17年）3月27日、100人以上の傍聴者が詰めかける中協議会が開催された。1箇月前の協議会で陸別町長が提案した民間会社による低コスト運営については、検証に時間をかけるべきとの声もあったが、実現性が乏しく再建は難しいとしてこれ以上の先送りはしないと表明した。この協議会で存廃結論を出す予定であったが、十勝管内の自治体がバスの運行形態や自治体負担などの議論が不十分のまま廃止を決めるのは住民に説明できないと反発したが、北海道は今後検討するとの答えに終始。訓子府町と置戸町の発言があまりないなど意見の一致がないままで協議会を終了し、結論を取締役会へ持ち越した。引き続き取締役会が開かれ、採決をもってふるさと銀河線を廃止しバス転換する方針を決め、4月17日に開催された臨時株主総会の議決を経て鉄道事業を廃止することが正式決定した。廃止理由が「北海道と沿線自治体の財政難」となっており、撤回しろとの強硬意見もあったが、廃止という経営判断を議論したいと取り合わなかった。このような神田孝次の議事進行に失望する声もあり、感情的なしこりを残したままでの決定であった。なお、廃止届は同年4月21日に国土交通省に提出された。ふるさと銀河線は2006年（平成18年）4月20日、さよなら列車や超満員の最終列車の運行をもって営業を終了。1989年（平成元年）のふるさと銀河線への転換から17年、1911年（明治44年）の網走線全線開通から95年で、鉄路の営業に幕を下ろした。