2000年（平成12年）、インドネシアで、「味の素」の原料にイスラームで禁忌とされている豚肉が使用されている疑いがあるという噂が流れた。材料として豚の成分を使用してはいなかったが、発酵菌の栄養源を作る過程で触媒として豚の酵素を使用していたために、現地法人の社長が逮捕され、味の素製品は同国の食料品店から姿を消した。同社は2001年（平成13年）2月に商品の回収を終了、触媒を変更したことにより販売許可（Halal）が下り、社長も釈放され、製造販売を再開した。
第二次世界大戦以降に行われたアメリカ・ソ連を代表とした研究助成および高等教育の支援は、研究者数を増加させ、学術論文と学術雑誌を増加させていった。学術論文の増加は、学術雑誌における編集プロセスの増大や出版費用の増加を引き起こした。これに加え、出版業界の合併・買収による市場寡占が原因となり、学術雑誌の価格は高騰していった。1970年ごろから学術雑誌の価格は毎年10%ほど上昇を続け、これは大学図書館の購入予算の伸びよりも大きく、1990年ごろには大きな問題となっていた。購読を中止する図書館もあらわれ、それがさらなる価格上昇へとつながっていった。シリアルズ・クライシスと呼ばれる問題である。日本の国立大学でもこのシリアルズ・クライシスの影響を受け、海外誌の受け入れは1990年から激減している。大学図書館は共同購入体制を確立し、この難局を乗り切ろうとした。この頃、インターネットの発展とともに電子ジャーナルが増え始め、ビッグディール（包括契約方式）という契約が盛んに結ばれた。ビッグディールとは、ある出版社が発行している電子ジャーナルの全てまたは大部分にアクセスできるという契約で、わずかな料金の上乗せで多数の電子ジャーナルを閲覧できるようになる。論文1本あたりの単価は安くなり、また規模の小さな図書館であっても大規模な図書館と同等の資料にアクセスできることなどから、シリアルズ・クライシスの救世主としてもてはやされた。しかし、ビッグディール契約を結ぶことは大きな固定費を抱え込むこととなり、予算の柔軟性を欠く結果となる。大規模機関ともなると、たった一つのビッグディール契約でも数百万ドルかかるという。また、ビッグディールは図書館の資料購入費全体を圧迫し、ジャーナル以外の購入に悪影響を及ぼす。特に、ジャーナルではなく単行書での出版が一般的な人文系の研究には影響が大きい。実際に一橋大学附属図書館は、電子ジャーナル購入費により単行書予算が圧迫されたのを一つの理由として、電子ジャーナルの契約を解除している。その上、高額な契約にも関わらず、予算節約のためにいくつかのタイトルを契約解除するといったことが出来ず、「全か無か」といった形になるのもマイナスポイントである。オープンアクセスに深い関わりを持つジャーナリストのリチャード・ポインダーはビッグディールを「カッコウ」と表現し、「カッコウは、ひとたび巣に居座るや否や、餌を食いつくし、他の雛を追い出してしまう。」とビッグディールの危険性を指摘している。結局、ビッグディールは一時しのぎに過ぎず、シリアルズ・クライシスの救世主とはならなかった。こうした学術雑誌の寡占と価格高騰という研究成果の自由な流通を妨げる状況を打破しようと、1994年、スティーブン・ハーナッドはメーリングリストに「転覆提案」と題した文章を投稿した。出版社が支配する体制を「転覆」させ、研究者がセルフアーカイブを用いて論文を公開するのが、あるべき姿だと説いていた。ハーナッドがセルフアーカイブのお手本として挙げたのが、E-print archive であった。1991年にロスアラモス研究所のポール・ギンスパーグによって始められた E-print archive は、物理学分野のプレプリントサーバであり、投稿された論文は自由に利用できるものであった。研究者にとって論文出版とは、自分の研究を世に知らしめ、研究者としての評価を高めるためにあり、利益を求めるためのものではないという考え方が根底にあり、ハーナッドの提案もこれに則ったものであった。ハーナッドの提案は反響を呼び、本にもまとめられた。ポインダーは、ハーナッドのこの提案をオープンアクセスの原点に挙げている。オープンアクセスの歴史において SPARC (Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition) もまた、重要な源流として知られる。SPARCはアメリカ研究図書館協会 (Association of Research Libraries, ARL) が、価格高騰と市場の寡占に不満を覚え、商業出版社に対抗するため1998年に設立したもので、初期には競合誌の発行が主な活動であった。その狙いは、競争原理により既存の学術誌の価格を下げさせることであった。エルゼビアの Tetrahedron Letters の対抗誌として、アメリカ化学会と組んで創刊した Organic Letters は大きな成功を収めたが、狙いとしていた価格引き下げとまでは至らず、既存の大手出版社を揺るがすほどではなかった。ハロルド・ヴァーマスが中心となって、2000年に PLoS (Public Library of Science) が発足した。PLoS は商業出版社に対し、出版から6ヶ月以内に公開アーカイブへ論文を提供することを求め、これに応じない場合は投稿、購読などについてボイコットを行うという声明を出した。3万人以上の研究者から署名が集まったにも関わらず、これに応じた出版社もボイコットを行った研究者も存在しなかった。2001年12月、オープンアクセスに関する初めての国際会議がブダペストで開催された。この会議に基づいて2002年に公表されたブダペスト・オープンアクセス・イニシアティヴ (BOAI) は、オープンアクセスという用語を広め、オープンアクセスに理論的基盤を与えたと言われる大きな転換点であった。BOAI ではオープンアクセスの実現方法について、BOAI-I（グリーンロード）と BOAI-II（ゴールドロード）を提示している。BOAI-I は自身のWEBサイトや機関リポジトリを用いてセルフアーカイブを行う方法で、ハーナッドが強く提唱している方法である。BOAI-II はオープンアクセスジャーナルの出版によってオープンアクセスを達成する方法である。これと前後する2000年には、最初のオープンアクセス専門の出版社、BioMed Central が設立され、2003年には PLoS もオープンアクセス誌 PLoS Biology を発刊している。最初のオープンアクセスジャーナルがどれなのか、について定説はないが、オープンアクセスを広い意味で捉えれば、世界最初の電子ジャーナル「New Horizons in Adult Education」が最も古いオープンアクセスジャーナルであり、狭義にはフロリダ昆虫学会の「Florida Entomologist」において、著者が費用を負担し読者が無料で読むことができるという、その後のオープンアクセスジャーナルにつながるサービスを1994年に開始したのが原点であると考えられている。その後、オープンアクセス運動はさまざまな批判を受けながらも、着実にシェアを拡大し、大手商業出版社も参入する事態となっている。また、メガジャーナルと呼ばれるタイプのオープンアクセスジャーナルも誕生している。