駅高架下の施設は南北に延びている。コンコースを挟んで南側にショッピングゾーンの「PRISM 福井」がある。出入口は、県庁や市内バス乗り場側が西口、えちぜん鉄道や高速バス乗り場側が東口で、高架開業後は西口・東口両側からコンコースへ通じ、地平面での東西間通り抜けが可能になっている。なお、プリズム福井内にも平面の自由通路が1箇所設けられている。
みどりの窓口・自動券売機・自動改札機・コンビニ・化粧室が設置されており、みどりの窓口にはe5489優先窓口が設置されている。改札前には西口の入り口から飲食店の「今庄そば」・駅弁販売店・旅行代理店の順にテナントが軒を連ねている。1階の改札内に待合室があり、中2階のコンコースには化粧室と売店（セブン-イレブン キヨスク）が設置されている。エレベーターやエスカレーター（昇りのみ）も設置されていて、1階の改札口と中2階のコンコース～2階のホームを結んでいる。エレベーターは福井県内の駅では小浜線の上中駅に続いて導入され、エスカレーターに至っては福井県内の駅では初めて導入された。
自動改札機は2018年7月24日未明に設置され、運用開始まではカバーがかけられていた。9月8日に磁気券に限定して運用が開始し、9月15日からは交通系ICカード（ICOCAなど）のエリア拡大に伴い交通系ICカードの使用が可能となった。自動改札機は6通路設置されており、有人通路が1通路ある。なお、北陸新幹線金沢開業後のJR西日本管内「2府16県」で自動改札機や交通系ICカードが導入されるのは福井県が最後となる。
駅の2階に設置された2面5線のホームを持つ高架駅になっている。優等列車は1番・5番のりばからの発車となる。2番のりばは、3番のりばの越前花堂方の切り欠き部分にあり、非電化となっている。ホーム屋根には、「越前海岸の岩」「九頭竜川の河岸段丘」をイメージした天窓が付けられている。上りホームには売店と立ち食いそばの「今庄そば」が並んである。下りホームには「今庄そば」の店舗のみがある。発車メロディは音楽家の葉加瀬太郎が作曲したバイオリン曲「悠久の一乗谷」が2017年より発車メロディに採用されている。
当駅にはJR西日本の北陸本線・えちぜん鉄道の勝山永平寺線が乗り入れている。勝山永平寺線は当駅が起点である。JRの駅には隣の越前花堂駅から分岐する越美北線（愛称：九頭竜線）の列車が乗り入れており、事実上2路線3方向の列車が利用可能である。また、えちぜん鉄道の駅には2つ先の福井口駅から分岐する三国芦原線の列車も乗り入れており、こちらも事実上2路線2方向の列車が利用可能である。福井鉄道の福井駅停留場はJR福井駅西口広場に乗り入れており、福武線支線の起点駅となっている。
征夷大将軍坂上田村麻呂の死後、その死を惜しんだ嵯峨天皇により田村麻呂の遺品の佩刀の中から1振りを選び、その刀を御府に納めたとされる。『富家語』では、関白藤原忠実の談話として連続する二条に見られる。前条で忠実は「藤原師実の御車に乗ったとき、乗り方が悪く御剣を敷いて折ってしまったため、もっての外に貧窮がたなと仰せられた。この貧窮刀は今も手元にある」と語っている。続いて「式部卿敦実親王の剣を持っていたが、白河上皇からお召しがあって献上した。今は鳥羽の宝蔵に伝来しているだろう。この剣は醍醐天皇が野行幸のときに腰輿の御剣として持ち出され、石突がなくなったが、岡の上にて「皇室伝来の剣であるのに」と嘆いていると、犬が石突をくわえてきて元に戻ったので喜んだという高名な剣である。雷が鳴るときは自然に抜けるという霊威を示したが、自分が知る限りは未だ無かった。師実は抜くべからずと仰せたが、不審に思ってある者に抜かせたところ、峰には金象嵌で坂上宝剣と書かれていた」と続く。忠実の談話は貧窮刀と坂上宝剣という2つの剣に関わる話題として対照的だが、どちらも失錯にまつわる説話である。また、いずれも師実が伝来に関わっており、忠実のもとに剣が至ることが共通している。『古事談』では、『富家語』の記述を受けながらも微調整や再構成を行って、異なるテーマとして説話を描き出している。「醍醐天皇が野行幸のときに腰輿の御剣として持ち出され、石突きがなくなったが、岡の上にて「皇室伝来の剣であるのに」と嘆いていると、犬が石突きをくわえてきて元に戻ったので殊に興じて歓喜した。敦実親王は自ら肌身離さず持っていた。雷が鳴るときは自然に脱ぐという霊威を示したという。霊剣の評判を聞きつけた白河上皇は藤原師実から召し上げたが、その後に自ら脱ぐことはなかった。藤原忠実が若いころに不審に思ってある者に抜かせてみたところ、峰には金象嵌で坂上宝剣という銘があった」。『古事談』では時系列が整えられて敦実親王を中心人物とし、『富家語』にはない文言を追加することで談話をひとつの物語へと改編している。『古今著聞集』になると「この剣は醍醐天皇が野行幸の時に腰輿の御剣として持ち出され、石突きがなくなったが、岡の上にて「皇室伝来の剣であるのに」と嘆いていると、犬が石突きをくわえてきて元に戻ったので喜んだという高名な剣である。雷が鳴るときは自然に抜けるという霊威を示したが、今の世には知らず。師実は畏れて抜くべからずと仰せたが、不審に思ってある者に抜かせたところ、峰には金象嵌で坂上宝剣と書かれていた。藤原忠実に伝えられたが、白河上皇により召されたという。式部卿敦実親王の剣という」。と『古事談』で追加された文言は削られて『富家語』に近い説話となっている。