日本の環境省レッドリストには記載されていない。島根県と鹿児島県は種としてのNeocaridina denticulataを準絶滅危惧種に指定している。愛媛県は「Caridina denticulate」という存在しない種を準絶滅危惧種に指定している（Caridinaはヒメヌマエビ属を示す）。滋賀県は亜種としての「Neocaridona denticulata denticulata」を絶滅危惧種に指定しているが、先述の通り定義はなされていない。
水槽の苔掃除役としてヤマトヌマエビ同様重宝されるが、本種は小型種なので稚エビなど小型の個体はヤマトヌマエビに捕食されることもあり、繁殖を期する場合はヤマトヌマエビと混泳させない方が良い。体が小さいため苔取りの能力はヤマトヌマエビの1/3程度とされる。但し、ヤマトヌマエビは水槽内では繁殖しないのに対しミナミヌマエビは繁殖するため世代を超えて水槽内での苔取りが期待できる。
水槽内の藻類や水垢などを食べて水槽の掃除役をこなすタンクメイトとして知られている。固形飼料を与えると群がってくるしぐさも愛嬌があり、特に餌をやらなくても水槽内に十分に藻類が繁殖していればそれを食べて生き残ることができる。水温への適応も1-30℃程度と幅広い。水面が凍るほどの寒さでも生き延び、夏でも風通しの良い日陰なら大抵耐えられる。ただし自分より大きな魚がいると物陰に隠れてしまうし、小型なので捕食されやすい。同じ水槽で飼うならメダカなどの小魚か、ドジョウ類などのおとなしい魚がよい。オヤニラミなどの肉食魚と混泳させないのはもちろんだが、ドジョウ類でもホトケドジョウはミナミヌマエビが好物なので要注意である。また水温変化に強いとはいえ、大多数の生物と同じく急激な水温変化には弱い。飼育寿命は一年ほどであるが、ヤマトヌマエビと異なり淡水で繁殖できるため、複数個体をうまく飼育すると水槽内でどんどん繁殖する。場合によっては繁殖のし過ぎに注意が必要なほどである。ヒーターをつけない水槽では春から秋まで繁殖するが、ヒーターで加温した水槽は1年を通して産卵し、体長16mmくらいの抱卵個体も見られる。小魚と飼っている場合は孵化直後の稚エビが捕食され易いので、水草や石などで隠れ家を多く作るとよい。また、気付くことはなくともフィルターなどの濾過器に吸い込まれることがあるため、吸引力の強い濾過器では稚魚吸い込み防止のスポンジや、スポンジフィルターの使用が必要になる。
この地震は地震に伴い隆起する特徴を持っていることから、海岸線に残された痕跡から発生間隔の解析が試みられている。松田(1985, 93)は、相模トラフ付近で発生する地震を元禄型関東地震、大正型関東地震、大磯型地震に分類し、元禄型は相模トラフ沿いの相模湾から外房を震源域とし再来間隔は1000-1500年、大正型は相模湾内を震源域とし再来間隔は800±400年、大磯型は国府津-松田断層の地震とし再来間隔は170±60年した。松田(1974)らは、元禄地震と大正地震は断層破壊部分が互いに相補的な関係にあるとし、房総半島南端における段丘に見られる地震時隆起量、沼面高度および平時の平均沈降速度から、元禄+大正型の巨大地震の再来間隔を700-1200年程度と見積もった。宍倉(2003)は、房総半島南岸の離水海岸地形から、波食棚の幅の広い元禄型の巨大地震は約2300年程度、大正型の地震は400年程度の再来間隔と見積もった。一方、石橋(1977)は、元禄地震は大正地震の断層破壊部分を含み相補的ではなく、また地震の間隔が海食作用が十分に行われない程度に短い場合は明瞭な平坦面が形成されない場合があるとして、200-300年程度の可能性もあり得るとした。瀬野(1976)はプレートの相対運動と地震時断層滑り量から大正型地震の再来間隔を220年前後と見積もり、瀬野(1977)は房総南部の段丘の隆起量と地震時隆起量、地震直後の回復的変動量、地震間の沈降量を加味して大正型地震の再来間隔を180 - 400年程度、元禄型地震は950 - 2500年程度と見積もった。藤原(2012)は相模トラフ沿いの巨大地震が、878年相模・武蔵地震（元慶地震、M 7.4）、1293年鎌倉大地震（永仁地震、M 7.0程度）、1703年元禄地震 (M 8.1)、1923年大正地震 (M 7.9) であるならば最短220年、最長415年とし、瀬野徹三は元禄と大正の関東地震はほぼ最短の間隔で発生したと考えている。ただし、上述の通り元禄関東地震以前の記録はほとんど残っていないため、正確な周期については不明である。大正関東地震の震源域の南端は神奈川県西部から野島崎付近までである。一方、元禄関東地震の震源域には房総半島南東沖も含まれ、このような地震は約2000年周期で発生すると推定されている。この房総半島南東沖の震源域について約2000年より短い周期で繰り返し地震が発生してきた可能性があることが、産業技術総合研究所の海溝型地震履歴研究チームの調査により、2011年9月に日本地質学会で発表されている。房総半島南部沿岸の地質調査により従来の約2300年の周期と一致しない隆起痕が複数発見されたことによるもので、詳細な発生周期の解明には陸上だけでなく海底調査なども必要としている。地震の規模についてはM8級クラスの可能性がある。また、元禄関東地震については「大正型」の震源域に加えて、房総半島南東沖の「外房型」の震源域による連動型地震の可能性も指摘している。