1983年頃、牝の兎を飼い始める。名前は「ウチャ」。澁澤は幼い頃から喉が弱く、知人の間では特徴的なかすれ声で知られていたが、近所の医師の誤診から下咽頭癌の発見が遅れたため、1986年に声帯を切除し、声を失った。このあと、真珠を呑んで声を失ったという見立てにもとづき、またスペインの伝説上の放蕩児ドン・ファンDon Juanのフランス語発音「ドン・ジュアン」にちなみ、「呑珠庵」と号する。入院生活の最中も『高丘親王航海記』を書き継ぎ脱稿、次作『玉蟲物語』を構想していたが、1987年8月に、病床で読書中に頚動脈瘤の破裂により逝去。享年59。戒名は、文光院彩雲道龍居士。
1970年9月に、初めての欧州旅行に出たのをきっかけに、1970年代から1980年代にかけ、龍子夫人を伴い、何度か海外旅行をした。なお初めての海外への出発の際、三島由紀夫が羽田空港に見送りに来たのが最後の面会となった。また作家嵐山光三郎は、平凡社の編集者時代に澁澤と中近東旅行に同伴している。また国内旅行の記録も『澁澤龍彥の古寺巡礼』（図版の編著、平凡社コロナ・ブックス）など、複数で紹介されている。
1961年、猥褻（わいせつ）文書販売および同所持の容疑で、現代思潮社社長石井恭二と共に在宅起訴され、以後9年間に渡りいわゆる「悪徳の栄え事件」の被告人となった。埴谷雄高・遠藤周作・白井健三郎が特別弁護人、大岡昇平・吉本隆明・大江健三郎・奥野健男・栗田勇・森本和夫などが弁護側証人となった。澁澤はこの裁判について「勝敗は問題にせず、一つのお祭り騒ぎとして、なるべくおもしろくやる」との方針を立てていたため最初から真剣に争う気がなく、「寝坊した」と称して裁判に遅刻したことまであったため、弁護側から怒りを買うことがあった。1962年に東京地裁で無罪判決が出たが検事控訴で、東京高裁から最高裁まで争った末に1969年に澁澤側の有罪が確定し、7万円の罰金刑を受けた。このとき澁澤はマスコミ取材に対し「たった7万円、人を馬鹿にしてますよ。3年くらいは（懲役刑を）食うと思っていたんだ」「7万円くらいだったら、何回だってまた出しますよ」と語った。
その後、東京大学修士課程に進んだが肺結核を病み就職への道が絶たれる。1954年、白水社で最初の訳書『大跨びらき』（ジャン・コクトー）を上梓、初めて筆名「澁澤龍彥」を用いた。訳業自体は、すでに大学入学前、浪人時代に着手していたものである。この頃、父が急死したため経済的に逼迫し、岩波書店で社外校正のアルバイトを始めると共に、のちの妻矢川澄子と知り合った。また1955年には友人の出口裕弘や野澤協、小笠原豊樹たちと同人誌「ジャンル」を結成、『撲滅の賦』『エピクロスの肋骨』などの小説を書いた。公式には、この『撲滅の賦』が小説家としての澁澤の処女作だったとされている。このころ三浦市の市長選に絡んで個人的に日本共産党候補を応援し、対立候補を批判する詩を書いてビラ撒きを手伝ったが、やがて一切の政治的発言を自らに禁ずるようになった。
1950年、2年の浪人生活を経て東京大学文学部に入学。この時のことを、1974年2月の「週刊朝日」の取材には「入学試験なんてインチキなものだと信用していなかったが、やはり三度目に入ったときはうれしかった」と答えている。若干の社会人経験を積んだためもあり、澁澤当人は自筆年譜の中で「周囲の学生が秀才馬鹿に見え、研究室の雰囲気にも馴染めなかった」と語ったが、当時の友人の証言によると、澁澤はこのころ研究室には頻繁に出入りしていたともいう。1953年仏文科を卒業。卒論は『サドの現代性』。サドをテーマにした論文は自分が最初で最後かもしれないと語っている。澁澤の執筆当時はサドは文学者としての評価は芳しくないばかりか俗悪的なポルノ作家との認識が少なくなく、学者もサド研究に好意的ではなかった。そんな状況での澁澤の論考は、当然のようにアカデミズムから疎外される。澁澤は卒論を提出した後に、大学から取り戻したという。このころ、新聞社や出版社の就職試験に失敗している。
第一次イングランド内戦は議会派の勝利に終わり、王党派は敗れ国王チャールズ1世は捕虜となりハンプトン・コート宮殿で軟禁された。しかし議会派は内部分裂を起こし長老派と独立派が対立、内戦終結に活躍したニューモデル軍でも平等派と独立派に分裂、深刻な対立が生じた。その隙にチャールズ1世は1647年11月10日夜に側近の手引きでワイト島へ逃れ、スコットランド国民盟約（盟約派）と交渉して12月27日に盟約派に有利な条件を定めた和解契約を締結、スコットランドの有力貴族であるハミルトン公爵ジェイムズ・ハミルトンがエンゲージャーズを結成し、契約に従いチャールズ1世救出のためイングランドへ南下、ここに第二次イングランド内戦が勃発した。迫る危機を前に、軍の副司令官オリバー・クロムウェルは平等派の改革運動を鎮圧し軍の分裂を防ぎ、チャールズ1世との断交を宣言し王党派の対決へと向かっていった。イングランドでは対立で足元が揺らいでいたが、そこに王党派とスコットランドの策謀で王党派が各地で挙兵、議会派はそれらの鎮圧に兵を分散せざるを得なかった。軍の司令官トーマス・フェアファクスとクロムウェルが出兵しそれぞれ南東部のケント、西部のウェールズへ進軍、1648年5月から8月にかけてそれらの反乱を鎮圧していったが、7月にハミルトン公がイングランドへ侵入、フェアファクスの軍は王党派の討伐に手一杯でスコットランド軍の迎撃まで出来ないため、代わりを託されたクロムウェルが進軍、ジョン・ランバート指揮下の軍も加え約8500人から9000人の兵で北上していった。