スカラーペディアでは多数の人間が同時に編集に参加できるウィキシステムを採用し、ソフトウェアに MediaWiki を使用している。そのためウィキペディアとほとんど同じインターフェースを持ち、ウィキペディアを利用したことのあるユーザーにとっては親しみやすいシステムとなっている。
スカラーペディアのコンテンツは「クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非営利 - 継承 3.0 非移植（CC BY-NC-SA 3.0）」の元で公開されている。CCライセンスを採用したのは2012年中頃からである。歴史的には、サイト立ち上げ当初は、スカラーペディアのすべての記事はコピーライトの状態で公開されていた。途中から記事のライセンスを、各記事の執筆者が選択できる選択制が採用された。これは記事の執筆者が 1.コピーライト, 2.クリエイティブ・コモンズ BY-NC-ND-3.0（表示-非営利-改変禁止）, 3.GFDLの3つのライセンスの中から選択できるようにした仕組みである（無選択であればコピーライトでの公開）。しかしこの選択制のオプションは、執筆者たちにほぼ利用されていなかった。2012年にサイト内のコンテンツ全体が、クリエイティブ・コモンズ・ライセンス（CC BY-NC-SA）の元で公開されるようになった。
ここから投票結果にしたがい、得票数最多の人物にメールで記事の執筆を依頼する（依頼のための定型文もすでに用意されている（例えば）。ここでもし快い回答がもらえればそれで執筆者の選び出し作業は終了となる。しかしもし色よい返事がもらえなければ、次点の人が繰り上げ当選となり、次点の人物に対してメールで執筆依頼をする（以下同様）。以上で執筆者の選定作業が終了する。もっとも初期の執筆者の選定はイジケヴィッチ直々の判断によるものであり、選定が投票制度へと移行したのは執筆者を含むある程度の登録ユーザーが確保されてからのことである。
ノミネートが出揃うと、登録ユーザーによる匿名投票に移る。投票は結果が出るまで、誰の得票数が多いか（または少ないか）も非公開であり、今まで総計何人が投票したかのみが表示される。投票者数が100人に達するか、または3ヶ月たつかで投票が締め切られ、結果が公開される。
選挙ページを立ち上げたら、次に候補者をノミネートする。ページ「ElectionForum」には緑色の文字で、現在執筆者を選挙中の記事の一覧がリストされており、登録ユーザーはある記事を執筆するのに相応しい人物を知っているならば、候補者として適宜追加していく。この時、その候補者が、どこの誰で、どんな本を書いていて、このテーマに関してどんな業績があるか等の一般的な情報を併記する。候補者は別にユーザーが直接知る人物である必要は全くなく、基本的に世界で最も著名な研究者や、当該分野における研究のパイオニア的人物が名前をあげられる。
まず書いて欲しい記事がある登録ユーザーが、ページの左端の検索窓にその単語（例えば「emotion」）を入力する。ここで「Go」ボタンを押すと、その単語の記事が存在していないならば、緑色の文字で「initiate election of authors for 'emotion'」というリンクが表示される。ここでリンクをクリックし、「emotion」という記事の執筆者を選びだすための選挙ページを立ち上げる。
スカラーペディアの記事の執筆はウィキペディアと違って各記事ごとに担当者がきまっている。執筆者は二つの経路で選出される。ひとつは一般の百科事典などの執筆者選定と同様に、その分野の専門家が、各テーマの執筆に関してふさわしいと考える人を招待する方法である。2008年12月現在、この方法が数の上で最も多いものとなっている。もうひとつの方法は登録ユーザー達による投票である。登録ユーザーたちが自由に執筆者をノミネートして投票し、その後選挙の当選者にメールで勧誘をかけ、承諾をもらって執筆してもらう、という方法である。。以下この特徴ある選挙方式による執筆者選定の流れをおおまかに説明する。
文明3年（1471年）3月、成氏は小山氏・結城氏の軍勢と共に遠征して、伊豆の堀越公方を攻めたが、敗れて古河城に撤退した（『鎌倉大草紙』）。この遠征失敗の影響は大きかった。幕府の帰順命令に、小山氏・小田氏等の有力豪族が応じるようになったため、古河城も安全ではなくなり、5月に上杉勢の長尾景信が古河に向けた総攻撃を開始すると、本佐倉の千葉孝胤の元に退避した（『鎌倉大草紙』）。しかし上杉勢も古河城に入るだけの力がなく、文明4年には千葉孝胤、結城氏広、那須資実や弟の雪下殿尊敒の支援により、成氏は古河城に帰還し、後に小山氏も再び成氏方に戻った。一方、文明8年（1476年）、山内上杉家では家宰の後継争いが原因となり、長尾景春の乱が発生した。文明9年（1477年）正月、長尾景春は武蔵鉢形城を拠点として上杉勢の五十子陣を攻撃し、これを破壊したため、対古河公方攻守網が崩れる。最終的に景春の反乱は扇谷上杉家家宰の太田道灌の活躍によって鎮圧されるが、上杉氏の動揺は大きかった。古河公方勢との戦いだけではなく、上杉家内部の対立や山内・扇谷両上杉氏間の対立が大きな問題となったのである。文明10年（1478年）正月に成氏と上杉氏との和睦が成立（『松陰私語』）すると、長年難航していた幕府との和睦交渉も、越後守護上杉房定が幕府管領細川政元との仲介に立つことで進展し、文明14年11月27日（1483年1月6日）に古河公方と幕府の和睦が成立した。これを「都鄙合体（とひがったい）」）と呼ぶ。この結果、堀越公方足利政知は伊豆1国のみを支配することとなり、政治的には成氏の鎌倉公方の地位があらためて幕府に承認されたと考えられる。