1593年5月5日、ロンドンのオランダ人墓地に外国人襲撃を扇動する無記名文書が貼り出された。当局はこれを問題視し、5月11日に不審者の逮捕と拷問が認められた。翌日マーロウの友人トマス・キッドが捕らえられ、その住居から無神論的な言説を記した紙片が発見された。キッドはこれを、一時同居していたマーロウのものであると主張した。そこで5月18日、当局はマーロウに逮捕状を出した。彼はケント州で逮捕されたが、なぜか投獄や拷問はされず、ただ毎日枢密院へ出頭することを命じられただけであった。なお時期は不明であるが、このころリチャード・ペインズという人物が、マーロウの涜神的言動を記した長大なリストを当局に提出している。5月30日夜、マーロウはロンドン近郊のデットフォード村の居酒屋にいた。そこでマーロウと3人の客のあいだで勘定争いの喧嘩が起き、そのひとりイングラム・フライザーがマーロウの眉間をナイフで突き刺して殺害した。当局はこれを単なる事故として処理したが、現在では何者かによる謀殺というのがほぼ定説になっている。まず、マーロウが学生時代に諜報活動に関わっていたという説があるため、何らかの口封じのために殺されたという説がある。マーロウを殺害したイングラム・フライザーが諜報機関の長であるウォルシンガムの使っていた男であり、事件後の審理で簡単に無罪とされたことが有力な根拠としてあげられる。またマーロウがたびたび公言していた無神論的な言説を根拠として、彼がこのころウォルター・ローリーを中心に存在したといわれる進歩思想（当時は無神論とほぼ同義）サークル「夜の学派」に関係があり、そちらの口封じのために殺されたという説もある。
大学卒業後のマーロウは無頼な生活を送っていた。たとえば1589年に友人ウォットスンが起こした殺人事件に巻き込まれて入獄する。無罪が判明してすぐに釈放されるが、獄中で偽金作りと知り合ったらしく、釈放後に「自分は貨幣の作り方を知っており、イングランド女王と同じ程度にそれを作る能力を持っている」と公言してまわったため、当局の不興を買ってブラックリストに記載された。また1592年にロンドンで二人の巡査を脅し、「脅迫行為を再び行った場合は罰金を払う」という誓約を命じられている。さらに当時の通念では非常に反社会的な思想と見なされた無神論を奉じているという噂があった。同様に当時おそるべき悪徳とされていた同性愛者であったという噂もあり、こちらは現在確実な事実とされている。
マーロウは1584年以降、少なくとも二度にわたり大学を無断で長期欠席した。しかもこの長期欠席のあいだ、マーロウがひそかにフランスへ渡り、ランスにあったカトリック教徒の秘密結社に加入し、女王打倒の陰謀に加わったという噂が流れた。これが修士号授与のさいに問題とされ、大学によって事情を査問されたが、マーロウの回答は大学側を納得させるものではなかった。マーロウはとある高官（名は知られていない）のコネを使ったらしく、まもなく枢密院からマーロウが「女王のために多大な働きをした」と記した書簡が送られてきた。これによってマーロウは修士号を得ることができた。マーロウは休学中に女王の諜報機関の活動に関与していたという説があり、一定の支持を得ている。彼がこのとき頼った高官というのも、諜報機関の長であるウォルシンガムに擬せられる。さらに彼は単に諜報に従事しただけでなく、敵方にも情報を流す二重スパイであったという説もとなえられている。
『グランド・セフト・オート・サンアンドレアス』のリリース後、カール・ジョンソンのキャラクターは批評家の賞賛を受け、多くのコンピュータゲームのベストキャラクターのリストに含まれるようになった。彼はIGNのJesse Schedeenの「Grand Theft Auto Favorite Badasses」リストに含まれた。彼らは「全てのGTAゲームの全ての主人公の中でカール・「CJ」・ジョンソンのように説得力のある或いは率直なワルはほとんどいない」と述べ、またキャラクターのカスタマイズ性と利用可能なアセットを称賛した。Crave OnlineのPaul Tamburroも彼らの「最も記憶に残るGTAキャラクタートップ10」(Top 10 Most Memorable GTA Characters)の8位に挙げ、「いつ無慈悲な大量虐殺をしていつしないようにするかを考えていたキャラクターを操作するのは爽快だった」と述べた。Sabotage Timesの マシュー・クーパーは、 彼のGrand Theft Autoシリーズのキャラクタートップ10リストにCJを入れ、彼を他の主人公達から際立たせているものは「良心を持って登場したのが彼が初めてであり、初めて数多の人々を殺すのを楽しんではいないように見えた」との事実だと語った。GameDailyはコンピュータゲームで最高の黒人キャラクターのリストの中にカールを入れ、彼は「本当のギャングというよりむしろスラム街生まれのジェームズ・ボンド」なので、彼はネガティブなステレオタイプを強めるという考えを拒んだ 。同様に、 Complex Gamingのラリー・ヘスターはカールをコンピュータゲームの黒人キャラクターベスト10のリストの2番目に位置づけ、彼を「良心を持つギャングの一員」と名付けた。カールはまた GamesRadarの「コンピュータゲームのベストヒーロー100」(the 100 Best Heroes in Video Games)リストで第77位にランクインし、「(Grand Theft Auto)ヒーローで彼と同じくらいカリスマ性があるヒーローは殆どおらず、将来的にもそうなる事はほとんどないだろう」と述べた。UGO Networksは、カールを彼自身の実写映画に最もふさわしい2人目のキャラクターと位置付けた。2008年、The Ageはカールを史上33番目に優れたXboxキャラクターとしてランク付けし、Grand Theft Autoの「最も謙虚な」アンチヒーローとして、そして「あらゆる主要なコンピュータゲームで最初の強力なアフリカ系アメリカ人の主人公の一人」として彼に言及した。2012年にGamesRadarはゲームの「最も記憶に残り、影響力があり、そしてワルな」(most memorable, influential, and badass)主人公のリストの77番目にカールを載せ、「彼と同じくらいカリスマがあるGTAヒーローは殆どおらず、将来的にもそうなる事はほとんどないだろう」と語った。カールは最終的には入ることはなかったが、Game Informerのスタッフは彼らの「10年を定義する30のキャラクター」(30 characters that defined a decade)コレクションに彼を含めることを検討しており、Matt Helgesonは「彼は容易く別のギャングのステレオタイプになることができたがサンアンドレアスの終わりまでに私達はCJを欠点はあるが最終的には最悪の状況で最善を尽くした善人と見なした」と語っている。