1996年のハサヴユルト協定署名は、チェチェンでの戦争終結を意味しなかった。1997年末までに、バーブ教徒が北カフカーズに独立イスラム国家建国を試みており、ダゲスタンがその第1の標的になっていることが明らかになった。このことと関連して、1998年初め、第22独立特殊任務旅団の編成下から、カスピースク市に第8独立特殊任務支隊が分派された。数ヵ月後、第3独立特殊任務支隊がそれと交替した。これら支隊は、1999年8月まで相互に交替した。支隊は、チェチェンの隣接地区で現地偵察を行い、行政境界の警備及び通報システムを構築した。また、チェチェンから大量に流入する「闇」石油製品の移動及び販売ルートが追跡された。内務省及びFSBと共同で、武器取引ルートが摘発された。戦闘行動の開始と共に、スペツナズは、敵の防御施設及び陣地を解明しつつ、偵察により一般部隊を保障した。この任務は、第8独立特殊任務支隊、並びに第3独立特殊任務支隊が遂行した。事後、スペツナズは、事実上、全軍管区からの支隊により増強された。ダゲスタンの抵抗拠点の撃破終結後、部隊は、チェチェン共和国内に投入された。事後、スペツナズは、捜索・待伏行動及び発見された敵基地に対する襲撃の実行に移行した。また、スペツナズはロシア軍中で最も規律のある部隊であったため、友軍の掠奪兵士対策にも、検察機関と共同で参加することとなった。
スペツナズは、1994から1996年までの第1次チェチェン戦争に当初から参加した。モスクワ、シベリア、北カフカーズ、ウラル、ザバイカル及び極東軍管区の旅団から支隊が派遣され、1994年12月と1995年1月には、空挺軍第45独立連隊も参加した。1995年春までに、スペツナズは、北カフカーズ軍管区の独立特殊任務支隊を除き、チェチェンから撤収した。同支隊は、戦闘行動終結まで戦闘し、1996年秋に原隊に復帰した。戦争初期、一般部隊の練度が低かったため、スペツナズは、通常の偵察・強襲部隊として使用され、多大な損害を出した。特に1995年1月初め、上層部の誤算により、A.イワノフ少佐指揮下の特殊任務支隊がチェチェン側に降伏する事態まで発生した。1995年5月、北カフカーズ軍管区の旅団のスペツナズ支隊は、ブデノフスクの人質解放作戦に参加した。彼らは、病院に突入したが、市郊外を支配できず、事後、戦闘員及び人質を乗せた縦隊に随伴した。1996年1月、北カフカーズ軍管区の旅団の支隊の1つは、ペルヴォマイスキーの人質解放作戦に参加した。作戦初期において、47人から成る支隊は、チェチェン兵の主力を引き付けるために、牽制行動を実行した。最終段階において、支隊は、数倍もの敵の数的優勢にも拘らず、浸透したS.ラドゥーエフ集団に大損害を与えた。この戦闘に対して、5人のスペツナズ将校には、ロシア連邦英雄の称号が授与された。
「スペツナズ」の語句そのものは、「SAS」（イギリス陸軍）、「USASFG(A)」（アメリカ陸軍特殊部隊群、通称「グリーンベレー」）などとは異なり、特定の部隊を指す語ではないので注意を要する。例えば、ロシア連邦保安庁やロシア内務省、ロシア対外情報庁などにもそれぞれの特殊任務部隊「スペツナズ」が存在する（#“スペツナズ”と呼称される部隊の一覧を参照）。そういった意味では、SWAT（アメリカ警察の各管轄に存在する特殊部隊の総称）に近い意味の用語である。それらの中で最も有名なものとして、本稿で記述する、ソ連軍、現ロシア連邦軍参謀本部情報総局（ГРУ, GRU）に所属する特殊部隊がある。戦時の敵後方での偵察、破壊工作や要人の暗殺を任務としているが、平時にも私服で破壊対象の偵察活動（スパイ活動）を展開している。
警察に協力して合法ドラッグ撲滅のために働いていたピエトロらは、警察に裏切られ、弁護士のヴィットリオ以外の9人全員が逮捕・収監されてしまう。ピエトロは謎の敵がドラッグで稼いだ金を使って神経ガスによるテロを起こそうとしていることに気づいたが、誰も聞く耳を持ってくれない。ところが、ピエトロらが逮捕される原因を作ったフリージャーナリストの女性から、謎の敵がドラッグの製造に使っていた場所がかつては研究所で、爆発事故によって閉鎖されたこと、その事故で大怪我をしたクラウディオ・フェリーチという元教授が何かを知っているはずであることを知らされる。そして、そのフェリーチとはピエトロらの因縁の敵ムレーナだった。ムレーナことフェリーチが収監されている刑務所に移ったピエトロはフェリーチにテロについて伝える。するとフェリーチはピエトロが追っている謎の敵がかつての同僚で友人のヴァルテル・メルクリオであり、恋人の女性研究者が事故で亡くなったことに対する復讐を計画しているのだと言う。ピエトロは、妻ジュリアが出席する予定の名誉学位授与式に大臣や学長、学部長らが列席することから、この授与式がヴァルテルのターゲットであることに気づくと、テロ計画を止めるためにかつての仲間を集めることにする。まずピエトロが全ての罪を認めると証言することで、バラバラに収監されていたメンバーを審問のためにピエトロが収監されている刑務所に集める。そして、所長が演出する囚人らによるオペラに乗じてメンバー全員とフェリーチが脱獄すると、フェリーチ以外のメンバーはヴァルテルが狙う会場に向かう。会場内は外部から密閉された状態になっていたことから、ガスが液体の状態で既に会場内にあることに気づいたメンバーはガスを中和する薬品を大学内にあるものを使って作る。一方、ピエトロは会場内で見かけたヴァルテルを追い、彼を説得しようとするが、ヴァルテルが勤めていた研究所で起きた事故の間接的な原因を作ったのがピエトロであることを知らされ、愕然とする。そこにフェリーチが現れ、ヴァルテルを説得しようとする。その間に、液状のガスが会場内に設置されたウォーターサーバーの水であることに気づいたアルベルトが薬品を注入して無害化する。ところが、壇上のウォーターサーバーが1つだけ残っていた。これをヴァルテルがガス化するスイッチを入れるのを妨害するためにピエトロは電源をショートさせて会場の全てを停電させる。そこにコレッティ警部が現れてヴァルテルを逮捕し、アルベルトは最後の1つにも中和剤を注入する。こうしてピエトロらはテロを未然に防ぐことができた。24時間以内に戻れば法律上は脱獄扱いにならないことから、メンバーらは誇らしげに刑務所に帰っていく。