引退後は同世代のルイス・エンリケらと共に指導者の道を選び、2007-08シーズンからFCバルセロナBの監督としてバルセロナに再び戻った。そして就任1年でテルセーラ・ディビシオン（4部）からセグンダ・ディビシオンB（3部）に昇格させた。
1992年にはU-23スペイン代表のキャプテンとしてバルセロナオリンピックに参加し、金メダルを獲得した。1992年10月14日、ウィンザーパークで行われた1994 FIFAワールドカップ予選北アイルランド戦でスペインA代表デビューした。1994年には1994 FIFAワールドカップに出場し、ベスト8に進出したが、準々決勝でイタリアに1-2で敗れた。ハビエル・クレメンテ監督はしばしばグアルディオラを控え選手として扱い、1996年のUEFA欧州選手権1996ではメンバーから外れた。度重なる怪我の影響によってフランスで開催された1998 FIFAワールドカップ、日本と韓国で共催された2002 FIFAワールドカップと2大会連続でFIFAワールドカップを棒に振り、選手生活においてワールドカップの舞台での活躍は縁の無いものとなった。2000年のUEFA欧州選手権2000では準々決勝に進出したが、フランスに1-2で敗れた。2001年11月14日のメキシコとの親善試合が彼の代表ラストマッチとなった。
ストレスのたまるイタリアでの挑戦の後、34歳にして彼が選んだのはカタール・スターズリーグのアル・アハリ・ドーハだった。マンチェスター・ユナイテッドからも誘いがあったが、欧州以外の場所でプレーすることを希望したために中東を選び、レギュラーとしてプレーした。スターズリーグではガブリエル・バティストゥータなどの名選手が何人かプレーしていた。華やかな選手生活に戻る気はなかったため、2005年夏にはマンチェスター・ユナイテッドやマンチェスター・シティFC、チェルシーFCなど欧州のトップクラブからのオファーを断った。2006年、メキシカン・サッカーリーグのドラドス・デ・シナロアの監督をしていたスペイン人のフアン・マヌエル・リージョは、指導者養成学校に通っていたグアルディオラを誘った。中盤での魔法のようなプレーは健在だったが、半年間プレーした後の2006年11月に現役引退を表明した。
2001年11月には試合後のドーピング検査において、禁止薬物であるナンドロロンに対する陽性反応が出たために4か月間の出場停止処分を受けた。さらに、2005年には執行猶予がついたものの7か月の有罪判決を受けた。これに対してグアルディオラ側は「イタリアのドーピング検査はいいかげんだ」と一貫して無実を主張し、科学的根拠のある反証を数多く提出した。そして2007年10月にブレシア高等裁判所は1審を破棄し、無罪の判決を下した。こうして6年間に渡る闘いの末、グアルディオラの潔白がようやく証明された。ところが、無罪判決から2年後の2009年8月、イタリアオリンピック委員会(CONI)がグアルディオラを上訴し、ドーピング問題が再燃した。しかし9月の裁判で裁判所はグアルディオラ側の主張を認める判決を下したため、9月29日にCONIが彼の無罪を発表して問題が決着した。
2001年に31歳でFCバルセロナを離れると、ニューカッスル・ユナイテッドFC、マンチェスター・ユナイテッドFC、ウェストハム・ユナイテッドFC、トッテナム・ホットスパーFC、リヴァプールFC、ACミラン、インテル・ミラノがグアルディオラ獲得に興味を示した。しかし彼はセリエAのブレシア・カルチョとASローマでプレーすることを選んだ。彼はブレシアへの入団会見で「私が移籍を決めたのはロベルト・バッジョがいたからだ。彼とプレーできることはビッグクラブへの移籍よりはるかに魅力的だ」と語っていた。しかしながら彼のイタリアでの挑戦は成功だったとは言えず、2003年までに71試合に出場するのみにとどまった。
東海道新幹線の建設から開業までは時間的にかなり限られていて、車両開発に十分な時間を割けなかったため、モデル車両「1000形」をベースにした車両（現在の0系）を開発し、そこから得られた改良箇所を後継車両（0系増備車）に反映させる計画だった。この車両は全国新幹線網成立の時点で周波数50 Hz/60 Hz 両用車両にする構想だった。この一環として951形・961形といった試験車両が製作された。また後継車両のために100代形式を欠番扱いとし、東北・上越新幹線用営業車両には200系の形式称号が与えられた。しかし、実際には計画どおりにはならなかった。新幹線車両は当初の耐用年数を20年と想定していたが、連日の長距離高速（高負荷）運転による酷使の結果、車体と機器、両面の劣化が予想より早く進行したため（特に車内の気密性の低下が問題となった）、初期製造車は12年目の法定検査切れの車両より廃車が始まった。以上のような理由から、1976年（昭和51年）9月より1、2次車の淘汰が開始されたが、当時の国鉄の財務状況の悪化や、労働紛争の影響で、国鉄内部では車両を含めた技術革新が停滞していた。その一方、0系の基本性能は必要な水準を満たしており、かつ、それが安定していたことからも、当時の動労をはじめとする労働組合は新形車両の導入に否定的であった。さらには0系の増備を過剰に推し進めた結果、ひとつの編成中で車両の経年が不揃いとなっていったことも合わせ、既存の車両と混成・編成替えを行う都合などから、互換性を配慮する必要も生じた。このため0系を新しく製造して古い0系を置き換える状態が続き、約22年間・38次にわたって、細部の改良を重ねながら0系が発注・製造され続けることになった。なお、JR東海会長葛西敬之「国鉄改革の真実」によると、編成価格は約30億円である。