明治2年6月17日に版籍奉還は勅許された。同日、太政官達「公卿諸侯ノ稱ヲ廢シ改テ華族ト稱ス」が公布され、公卿と諸侯は華族となった。版籍奉還により、藩主が非世襲の知藩事に任命されたが、例外として、御三卿で維新立藩したばかりの田安藩と一橋藩は版籍奉還するも、旧藩主は知藩事に任命されず廃藩を命じられた。一方で知藩事と陪臣であった藩士が、同じ朝廷（明治政府）の家臣（「王臣」）とされる事で朱子学に基づいた武士道（近代以後の「武士道」とは違う）によって位置づけられてきた主君（藩主）と家臣（藩士）の主従関係を否定することになるものであり、諸藩の抵抗も予想された。そこで版籍奉還の実施に際してはその意義については曖昧な表現を用いてぼかし、公議所などの諸藩代表からなる公議人に同意を求めた。もっとも、公議所では賛否の両論が伯仲したため、半数弱の公議人の署名による両論折衷の答申を出し、政権から失望されている。これに前後して戊辰戦争の恩賞である賞典禄について定めることで倒幕に賛同した藩主や藩士を宥めて不満を逸らした。このため藩の中には「将軍の代替わりに伴う知行安堵を朝廷が代わりに行ったもの」と誤解する者もあり、大きな抵抗も無く終わった。そして版籍奉還によって各藩の中で続いていた地方知行がなくなり、蔵米知行に一元化された。また、版籍奉還と同時に旧藩主の諸侯285家は公卿142家と同時に華族に列せられ華族制度が創設され、旧藩主の諸侯は武家華族と呼ばれる。版籍奉還の直後、知藩事の家禄は各藩の全体収入の10分の1と定められた。
明治2年5月21日、政府は五等官以上の官員や親王、公卿などを東京城大広間に集め、上局会議を開催した。この会議では、皇道興隆、蝦夷地開拓とともに、知藩事被任の件が諮詢され、版籍奉還の意見交換が行われた。各藩の公議人を議員とした公議所では森有礼の提案により、将来の選ぶべき方向を封建と郡県のどちらにするのかが議論された。諸藩の反応は、郡県制が103藩、封建制が102藩であった。郡県制を主張するのは、藩体制の維持が困難となっていた中小藩が多かった。
明治2年1月14日、薩摩藩の大久保利通、長州藩の広沢真臣、土佐藩の板垣退助が京都円山端寮で、薩摩藩の吉井友実が持参した草稿を元に版籍奉還についての会合を行った。3藩は合意し、肥前藩を加えた薩長土肥4藩の藩主、薩摩藩の島津忠義、長州藩の毛利敬親、土佐藩の山内豊範、肥前藩の鍋島直大が連名で新政府に対して明治2年1月20日に版籍奉還の上表を提出した。上表は、国立公文書館で公開されている。版籍奉還の上表では、王土王民思想を大義名分に掲げて諸侯が土地や人民を「安ゾ私ニ有スベケンヤ」（私有すべきではない）とする一方で、「朝廷其宜ニ処シ、其与フベキハ之ヲ与ヘ其奪フ可キハコレヲ奪ヒ」とし、土地や人民の所有の結末についてはあいまいに表現した。その後、諸藩からの奉還上表の提出が相次いだ。1月28日までに鳥取藩、佐土原藩、越前藩、熊本藩、大垣藩などが提出し、5月3日までにはわずかの藩を除く262藩主が提出した。当時新政府にいた大隈重信は、諸藩はいったん返上した土地や人民は政府から再交付されると期待あるいは誤解していたという見解を回想録に記している新政府は薩長土肥の上表を「忠誠の志、深叡感被思食候」とし、天皇の東京再幸後に改めて会議を開き公論を集めて決定するとした。東京再幸は明治2年3月末に行われた。
教会の上層部が不祥事の発覚を恐れ、事件を起こした人物を異動させるなどで問題を隠蔽してきたことが判明すると、カトリック教会の対応が厳しく批判された。これにより、2006年に教皇ベネディクト16世は、今後同様の問題が起きた場合は厳正に処断すると宣言。このような罪を犯すことはもちろん宗教的・社会的にも許されない上に、隠すことも大きな罪になるとはっきり述べた。しかし、その後の教皇・カトリック教会による対応に批判は止まなかった。2010年3月、ニューヨーク・タイムズが、ベネディクト16世自身が枢機卿在任時代に司祭の虐待事件をもみ消していたという疑惑を報じたことにつき教皇側が強く反発したことから、同年3月28日にはロンドンで教皇の退位を要求する抗議デモが行われ、3月30日には、アメリカ合衆国の弁護士が、教皇が司祭による性的虐待を知りながら事件を隠匿したとして、教皇を証人として出廷させるよう裁判所に要請した。2010年4月18日、教皇ベネディクト16世は、訪問先のマルタにおいて、虐待被害者たちと会談。涙をながして「遺憾と悲しみ」の意を表明し、祈りをささげるとともに、教会が全力で疑惑の調査を行っている事を説明し、虐待の責任者を処罰するまで調査を続け未来の若者達を守る方策を実施すると約束した。同年5月11日、教皇ベネディクト16世は当該問題につき「教会内で生まれた罪により教会が脅威にさらされている」とし、教会の責任に初めて言及した。しかし、これはポルトガル訪問の際の機中で記者団に語った発言であり、屋外ミサにおける説教では特に言及はされなかった。ベネディクト16世に代わり、2013年3月13日に新たに教皇となったフランシスコは、2013年4月5日にこの問題に関して「断固とした対応をとる」という声明を発表した。性的虐待が原因で2011〜2012両年に教会から解任処分などを受けた聖職者は384人に達した。