原作アニメにおけるヤマトの異常な耐久力の理由付けとして、次元波動理論を応用した防御システム「波動防壁」（次元波動振幅防御壁）が新たに設定されている。20分程度の短時間ではあるが、ビームや実弾などあらゆる攻撃から艦体を防御することが可能になっている。通常は艦体に薄く纏うように展開されるが、一定方向に最大展開すると楕円体状の青いシールドがヤマトを覆うように展開され、明確に目視できるようになる。また、部分的な展開も可能で、発砲時には射線を塞がないようにその部分のみシールドに穴を開けている。なお、ガミラス側は波動防壁を「ゲシュ=タム・フィールド」と呼称している。
科員居住区は、一番主砲塔のやや前から艦橋下にかけての区画に存在する。通路は原作アニメと異なり直線状で、床はオートウォークではない。原作アニメ同様、居住性は高い。艦内は重力・慣性制御によって1Gを保たれており、長期航海における乗組員の負担を減らすために「映像ルーム」「トレーニングルーム」「大浴場」など福利施設が多数存在する。責任者クラスの乗組員には個室が与えられており、下士官クラスでも二段ベッドの2人部屋である。大食堂は原作アニメと違いメニューは豊富であり、バイキングのような形式をとっている。しかし、『2199』第15話で食糧供給システムのオムシス（後述の#生産設備（リメイクアニメ）を参照）が不調になった際には、パン1個にドリンク1本だけのわびしいメニューになっている。
原作アニメでも自動航法装置の設定は存在していたが、『2199』では大きくスポットを当てられている。艦首ドーム部に存在する、イスカンダルへの航路情報を有する施設で、最重要施設であるため、基本的に乗員の立ち入りは禁じられている。物語当初はユリーシャ・イスカンダルから伝えられた航路図のデータがインプットされているとされており、その一方で乗員の間では「開かずの間」と呼ばれ、綺麗な女性の幽霊が出ると噂されていた。『2199』第17話でその実態が語られ、航路図が実は存在せず、事故ないしテロによって意識を失ってしまったユリーシャ本人を自動航法室の中核とし、その記憶をトレースすることで航路図を得ており、幽霊の正体もユリーシャの精神体だった。自動航法室の真実は当初、沖田と真田しか知らなかったが、『2199』第17話において沖田の一存で乗員全員へ発表される。
主機関には、イスカンダルの技術供与により製造された「ロ号艦本イ400式次元波動缶」（次元波動エンジン、通称：波動エンジン）を1基装備している。波動エンジンによって、ワープ（時空跳躍）能力を備えることになり、長距離の恒星間航行が可能になった。なお、次元波動エンジンの最後の部品として「波動コア」が別途イスカンダルから送られており、それを波動エンジン内に装備することによって初めて起動が可能となる。また、副機関として「艦本式コスモタービン改」を8基・2軸装備する。原作とは異なり、主機である波動エンジンの始動には使用されず、波動エンジンの始動には莫大な外部電力を必要としている。なお、『2199』第3話で徳川機関長が読んでいるマニュアルには、主機関起動用の第1補助機関としてヘリウム3燃料ペレットを使用するレーザー核融合炉について記載されており、波動エンジン起動後、通常時は主サービス電力供給用に常時運転状態とされている。
恒星間航行用超弩級宇宙戦艦。識別番号は「BBY-01」。2199年進宙。元は「イズモ計画」用の移民船として建造されていたが、物語開始の1年前にイスカンダルから「次元波動エンジン」の技術供与を受け、地球人類史上初の恒星間航行用宇宙船として建造された。ガミラスによる発見を避けるため、遊星爆弾によって干上がった九州坊ノ岬沖の戦艦大和の残骸に偽装して建造が進められた。後述の波動砲の封印を経て地球へ帰還した後には記念艦として海底ドックに安置されていたが、帝星ガトランティスと交戦する前には地球連邦防衛軍の波動砲艦隊構想にもとづく戦列復帰が決定し、波動砲の再装備を含めた大改装を受けている。
1962年3月30日、大分県東国東郡姫島村の青年団員7人が、警察署に兄弟2人を殺害したと出頭した。殺された兄弟のA（当時27歳）とB（当時23歳）は6年前に帰島し、映画館やパチンコ店などを経営していたが、以前住んでいた別府市にいる暴力団関係者との関係がある上、些細なことから因縁をつけて暴行するなどヤクザまがいの犯罪行為をしていた。被害者は島民100人以上にもおよび、被害届けを警察や役場に出したが、兄弟の親戚に村議会の議長と議員が居たことから握りつぶされていた。そのうえ、告訴しようとした島民を逆にお礼参りしたうえ、自身の背後に暴力団がいる事を誇示し脅迫するなど島民の誰も兄弟にはむかう者はいなかった。そうした状況の中、1962年3月上旬に村の青年団が少女歌劇公演を無料で開催したところ、映画館の客が減少した兄弟が逆恨みし脅迫した。そのため青年団はここにいたら仕返しされると恐れ、公民館に避難し集団宿泊していた。しかし3月29日の朝に兄弟が公民館に殴り込みをし、青年団員9人が負傷した。これに激怒した青年団員30数人は兄弟を懲らしめてやろうと決起し、3月30日午前2時ごろに姫島幼稚園前の公園に呼び出し、棍棒などで集団暴行した。その後兄弟は姫島診療所に運ばれたが死亡した。