以前はMicrosoft Outlookのインデックス作成にも問題があった。電子メールを削除してもそのインデックスが消去されず、新たなメールのインデックスが作成されないという問題である。このためのパッチがいくつか発行された。Googleデスクトップを再インストールすると一時的に症状がなくなるが、短期間で再び同じ状態になっていた。
GoogleDesktopCrawl.exeにはCPUを使い切ってしまうという問題があったが、現在ではインデックス作成が改善されたため、あまり大きな問題ではなくなっている。デフォルト設定では、Googleデスクトップをインストールすると、インデックス作成を一度にまとめて行う。これはコンピュータが30秒以上アイドル状態となったときに開始され、数時間かかる。このインデックス作成が済むと、ユーザーの行動に基づいてインデックスが逐次更新されていく。
Internet ExplorerやFirefoxでは履歴を残さないプライベートブラウジングが導入されている。Googleデスクトップはこれにしばらく対応できず、履歴を残していないはずのウェブページまでインデックス作成してしまっていた。5.9.0909.02235 で対応した。
電子フロンティア財団 (EFF) などのプライバシー/市民運動団体は、人々のコンピュータ上にある個人情報がその個人のハードディスクドライブから容易にコピーできることに懸念を表明している。Googleデスクトップのバージョン3の機能は、そのようなセキュリティやプライバシー上の重大な懸念を提起した。特に、複数のコンピュータ上のデータ検索機能は、ユーザーのプライバシーを侵害する危険性が高いと考えられた。複数のコンピュータ上のデータ検索を許容する設定にすると、インデックス作成したコンピュータ上のファイルはGoogleのサーバにコピーされる。つまりそれによって個人のコンピュータ上の個人の情報に他人がアクセスできる可能性が生じることを真剣に考慮する必要がある。EFFは、この機能を使わないことを推奨している。また、コンピュータ上に秘匿すべきデータを格納しているユーザーは、この機能を使うべきでないという。場合によってはこの機能を有効にすることでプライバシーに関する法律に違反したり、企業の就業規則に違反する可能性がある。例えばアメリカでは、この機能が抵触しそうな法律として、SB 1386、HIPAA、FERPA、GLBA、上場企業会計改革および投資家保護法がある。Googleのライセンス条件についてもさらに重大な懸念が生じている。特に、ローカルなマシンへの侵入のレベルという問題と、Googleが将来ライセンス条件を変更することについても暗黙のうちに合意したことになるという免責事項が設定されている点である。
2007年2月、WatchfireのYair Amitは、Googleデスクトップに一連の脆弱性があることを発見し、それを悪意ある者が利用すると、リモートから重要なデータに継続的にアクセスできるだけでなく、場合によってはシステムの制御を奪うこともできるとした。このためGoogleはGoogleデスクトップのバージョン5でロジックの変更を行った。
ガジェットはインタラクティブな小型アプリケーションで、デスクトップの任意の位置に配置し（あるいはサイドバー上に整列配置し）、新着メール、天気、写真、ニュースなどを表示する。Googleの公式サイトからは既存のガジェットを選択してダウンロードできる。Googleデスクトップのガジェットやプラグインを開発したい開発者向けには、SDKと公式ブログを提供している。公式サイトには「Googleデスクトップの殿堂」があり、ガジェット作成数と人気に基づく開発者ランキングが公開されている。SDKにはサードパーティのアプリケーションがGoogleデスクトップの検索機能を利用するための手段も提供している。例えばファイルマネージャ Directory Opus はこれを利用している。
Googleデスクトップには、Microsoft Outlook、IBM Lotus Notes、Mozilla Thunderbirdの電子メール・データベースに対してインデックスを作成し検索するためのプラグインがある。Lotus Notesの場合、ローカルなデータベースのみがインデックス作成と検索の対象となる。Googleデスクトップの電子メールのインデックス作成機能は、Googleのウェブベースの電子メールサービスGmailとも連携しており、Gmailのアカウントにある電子メールについてもインデックス作成し、検索することができる。
デスクバーはデスクトップ上で検索したい文字列を入力するためのボックスである。ウェブの検索結果はブラウザ上に表示され、選択したコンピュータ上の検索結果は上述のクイック検索ボックスで表示される。デスクバーにはWindowsのタスクバー上の「固定デスクバー」と、任意の位置に移動可能な「フローティング デスクバー」がある。
第12編成以前は座席モケットはローズ色、ドア開閉時には開時と閉時で音程が違うブザー音が鳴る仕様であった。1992年に製造された第3編成以降は各車両に1か所ずつ車椅子スペースが設けられ、1991年（平成3年）までに製造された車両にも1999年に設置された。。現在は堺筋線用の車内自動放送装置を搭載しているが、第1・第2編成には新造当初は未搭載であった。66613F以降は交通バリアフリー法が施行されたことに伴い、LED式客室案内表示器が車内扉上に千鳥配置され、ブザーはドアチャイムに変更され、ドア開閉時にドアチャイムとリンクして点滅する扉開閉予告灯が設置される（2013年頃までに前期車にも設置）など、（堺筋線のLED灯のみドアチャイムが鳴ると同時に音に合わせて点灯し、他の路線はドアチャイムが鳴る前から点灯して点灯回数や点灯パターンが堺筋線のものとは異なる）バリアフリー化が図られたものとなった。客室案内表示器搭載車で案内表示がない箇所にも、ドアの開閉を知らせる（こちら側・反対側）ランプがある。また、乗り入れ先の阪急線内でも、開閉案内が一部の駅（待避可能駅・終着駅）を除いて行われている。また、座席はバケット式に変更され、1人あたりの座席幅が拡大された分、着席人数が減った（10人→9人）。座席モケットは茶系のものになった。座席上部の荷棚も金網からステンレス製のパイプ式のものに変更され、バリアフリー化の一環として、ドア間の座席中央では荷棚から座席下部にかけてスタンションポール（握り棒）が1本ずつ設置された。第12編成以前も張替えによって第13編成以降風の茶系の座席モケットとなった車両がある。全編成に客室案内表示器が取り付けられている。台車直上に、台車点検蓋が設置されている。