上記とは別に、遺族は「最低賃金に満たない給料で働かされていたのは不当である」として、同医大に未払い賃金の支払いを求めた訴訟を2000年に大阪地裁に起こした。大学はすでに審査中の逸失利益・慰謝料の裁判と同様に「研修医は労働者ではない」と主張し、研修医の勤務が労務の提供となるのかが焦点となった。1審と2審では原告の訴えを認め大学側に支払いを命じたが、大学は最高裁判所に上告した。2005年6月3日、最高裁第2小法廷での上告審判決は、「研修医は病院のために患者への医療行為に従事することが避けられず、労働者に当たる」として、最低賃金との差額42万1245円を支払うよう命じた大阪高裁判決を支持、同病院側の上告を裁判官全員一致で棄却し遺族側勝訴が確定した。
遺族（研修医の父母）は、1991年5月11日大阪地方裁判所に逸失利益・慰謝料等1億7000万円の賠償を求めて提訴した。2002年2月26日大阪地方裁判所は、研修医が従事した時間を月801時間と認定し、約1億3500万円の支払いを同医大に命じた。長時間労働による研修医の過労死が認められた初の判決となった。この判決を不服として大学側は大阪高裁に控訴した。
父親は1998年10月、大阪北労働基準監督署に過労死の労災認定を申請した。大学は労災認定の協力をしなかった。北大阪労働基準監督署は父親の申請に対して、1999年10月に研修医を労働者と認め、（１）労使協定の届け出なく時間外労働をさせた（２）割増賃金や最低賃金を払っていない、などとして関西医大病院に研修医の労働環境の是正勧告を出した。これに対して病院側は2000年に「奨学金」を「研修医手当」と名称を改め、大阪府の最低賃金に見合う12万2000円に改定し、私学共済にも加入できるよう制度改正した。しかし研修医の位置づけに法律上の明文規定はなく、病院の自主決定にゆだねられているとして、研修医を労働者とは認めない立場を崩さなかった。2002年、北大阪労働基準監督署は過労死として労災認定した。
本件の調査中に、さらに循環器の内科研修医が突然死する事件がおきた。このことより父親は関西医科大学全体で常習的に研修医の過重労働が行われている可能性を疑った。
研修医の父親は社会保険労務士であった。息子には特に持病もなく研修の過酷さも研修医より聞いていたので、大学側が著しく過重な研修に従事させたことによる過労死ではと疑った。死後すぐに元患者より過労死ではないかと連絡があった（元患者から父親に電話があったが苗字しか名乗らなかった為に、父親はアルバイトを雇って大阪府下の同姓約2000人に葉書を郵送して、患者を探し当てた）。また自ら同僚の研修医ら数人を訪ねて聞き取り調査を行ったところ、関西医大で研修していた同級生40人の平均勤務時間が週約81時間と判明した。1998年8月下旬、病院側に勤務実態を問い合わせたところ、「研修時間は研修医に自主管理させており病院に責任はない。支払っているのは給与ではなく奨学金なので、雇用関係でもない」と説明された。当初、調査に協力的だった大学側も法的な問題点が示唆されるようになると一転非協力的となり、元指導医とも面会できなくなった。
1696年、イギリス国王ウィリアム3世からの特命を受け、キッド船長率いる武装船「アドヴェンチャー・ギャレー」は海賊討伐の航海へと旅立った。イギリス東インド会社に勤めていたジェームズ・モアは、海賊との内通を疑われて解雇され、さらに妻を亡くして失意の底にあったが、旧知の仲である船員・大樽の紹介でアドヴェンチャー・ギャレーに乗り込んでいた。国命の元に出帆したものの、イギリス出国前には海軍に水夫を徴兵され、海へ出てからは嵐に遭い、先へ進めば熱病が流行りだす。さらにイギリスを出てから10ヶ月以上もの間、海賊船を1隻も発見することができなかった。海賊船からの没収が見込まれていた収穫がなければ、船員は給与を得られない。アドヴェンチャー・ギャレーの船内には、次第に剣呑な雰囲気が立ち込め始めた。キッド船長はとうとう「海賊船以外の船も標的とする」ことを決定し、そのとき航海士に抜擢されていたモアは、イギリスにはもはや自分を待つ者など一人もいないという諦念から、船長の決定に賛同する。こうして“海賊討伐船”アドヴェンチャー・ギャレーは、“海賊船”アドヴェンチャー・ギャレーとなった。海賊船以外の獲物にはこと欠かないはずだったが、キッド船長は、イギリス本国に直接敵対しなければそのうち帰国しても許されると考え、「イギリスおよびその同盟国の船は襲わない」という線引きを行う。帰国すれば絞首台が待つだけだと考える乗組員たちは、線引きに従ってイギリス同盟国の商船を見逃す船長への不満を募らせ、船長は反抗的な態度をとった部下の一人を衝動的に撲殺する。荒れ果てていくアドヴェンチャー・ギャレーだったが、航海に出て2年、ようやく収穫を果たし、莫大な額の財貨を手に入れることになった。しかし、それが分裂のきっかけとなった。乗組員たちの大半は、もはやキッド船長に付いていく理由がなかったのだ。免罪を信じて帰国の道を選んだキッド船長から、モアはアドヴェンチャー・ギャレーを譲り受け、海賊として独立した。「海賊モア一味」の誕生である。新たな乗組員を仲間に迎え、新米船長ながらも機知に富んだモアの元、アドヴェンチャー・ギャレーは経験を積んでいく。あるときモアは仲間の一人から、自分の兄がブラッドレー一味の海賊船「タイタン」に身を寄せていたものの、ブラッドレーからの拷問を受け、ついには死んでしまったことを知らされた。政府の密偵と疑われたとのことだが、疑いのかかった理由はよくわからないという。モアはその真相を知るためにブラッドレー一味を追いたいという欲求を抱くが、船長であるからこそ個人的な都合で船を動かすことは許されず、苦悩する。だが、モア率いるアドヴェンチャー・ギャレーと、ブラッドレー率いるタイタンは、いくつもの縁で結びつき、やがて敵として巡り合うことになる。