「副モード（マイナーモード、minor-mode）」でGNU Emacsの振る舞いをさらにカスタム化することもできる。バッファを編集するGNU Emacsは1つの主モードしか使えないが、副モードは複数同時に操作できる。C言語用の主モードへ人気のある字下げスタイル毎に個別の副モードを定義するなどのような方法により、副モードをドキュメント上で直接操作したり、副モードで編集環境を変更することができる。後者の例としてはウィンドウ構成の変更をアンドゥする能力を追加するモードや、オンザフライなシンタックスチェックを実行するモードなどが挙げられる。複数のプログラミング言語が埋め込まれたドキュメントを編集する際に便利なため、複数の主モードを単一のファイルで使えるようにする副モードもある。
Emacsは状態を表したり情報を要求するために「ミニバッファ」を利用する。通常、ミニバッファは一番下の行に存在する。ミニバッファが果たす機能は、ほとんどのGUIでは一般的にダイアログボックスが果たす機能である。ミニバッファは、検索対象となるテキストや、読み込みや保存を行うファイル名などの情報を保持している。該当する場合、タブキーやスペースキーでコマンドライン補完ができる。
GNU Emacsは、通常の編集モードにおいては他のテキストエディタと同じように振る舞うため、ユーザーは対応するキーで文字を挿入でき、さらに矢印キーで編集場所を移動できる。エスケープキーシーケンスを入力するか、またはコントロールキー、メタキー、Altキー、スーパーキーのうち1つ以上のキーを通常キーと同時に押すことにより、修飾キーストロークを発生させてEmacs Lisp環境から関数を呼び出す。save-bufferやsave-buffers-kill-emacsなどのコマンドでは、複数の修飾キーストロークを組み合わせる。GNU Emacsのコマンドの中には、スペルチェック用のIspellやプログラムコンパイル用のgccなどのように外部プログラムを呼び出して処理を行うものも存在する。GNU Emacsはこれら外部プログラムの出力をパースして、GNU Emacsに結果を出力する。Emacsは「下位プロセス」もサポートする。下位プロセスとは、Emacsバッファと相互に影響しあう長寿命なプロセスであり、shell-modeの実装に使われる。このモードでは各種プログラミング言語用のREPLモードやUnixシェルを、下位プロセスで起動する。GNU Emacsは外部プロセスをサポートしているため、InterlispやSmallTalkの行に沿った対話型プログラミング用環境としてGNU Emacsは魅力的なものである。IBM Common User Accessスタイルのキーを好むユーザーはcua-modeを使うことができる。このモードは元々サードパーティーのアドオンであったが、バージョン22以降のGNU Emacsに含まれるようになったパッケージである。
Из-за острова на стрежень,На простор речной волны,Выплывают расписные,Острогрудые чёлны.На переднем Стенька Разин,Обнявшись, сидит с княжной,Свадьбу новую справляет,Сам веселый и хмельной.Позади их слышен ропот:Нас на бабу променял! Только ночь с ней провозилсяСам наутро бабой стал . . . .Этот ропот и насмешкиСлышит грозный атаман,И могучею рукоюОбнял персиянки стан.Брови чёрные сошлися,Надвигается гроза.Буйной кровью налилисяАтамановы глаза."Ничего не пожалею,Буйну голову отдам!" —Раздаётся голос властныйПо окрестным берегам."Волга, Волга, мать родная,Волга, русская река,Не хотела ты подаркаОт донского казака!Чтобы не было раздораМежду вольными людьми,Волга, Волга, мать родная,На, красавицу возьми!"Мощным взмахом поднимаетОн красавицу княжнуИ за борт её бросаетВ набежавшую волну."Что ж вы, братцы, приуныли?Эй, ты, Филька, черт, пляши!Грянем песню удалуюНа помин её души!.."Из-за острова на стрежень,На простор речной волны,Выплывают расписныеОстрогрудые чёлны.