懸念されたタイヤメーカーの変更も問題なく、開幕前のテストから好調な出足を見せた。第4戦サンマリノグランプリでジェンソン・バトンがチーム初めてとなるポールポジションを獲得した。チーム初優勝は果たせなかったが、バトンは表彰台10回を獲得してドライバーズランキング3位となった。佐藤も第7戦ヨーロッパGPで日本人歴代最高となる予選2位を獲得。第9戦アメリカグランプリで自身初となる表彰台を獲得し、好調を示した。マクラーレンやウィリアムズの不調に助けられた部分もあるが、フェラーリが圧勝したシーズンにおいて、「その他」の最上位となるコンストラクターズ2位を獲得し、チーム創設以来最高の成績を収めた。しかし完全新設計のエンジンにトラブルが見られ、特に佐藤は年間7回ものエンジントラブルに悩まされた。この年のチームの躍進に他チームからの警戒も強くなった。例としてはリヤウイングのセパレーター、フレキシブルリヤウイング、スタートシステムなどである。ただし、「シーズン未勝利でのコンストラクターズ2位」獲得はF1史上初の珍事であり、この躍進が一過性のものなのか、それともトップチームへのステップボードだったのかの判断は翌シーズン以降へと持ちこされることとなった（2位争いの直接的なライバルであったルノー、不振のウィリアムズ、マクラーレンは各1勝記録している）。
2003年シーズンにおいて005には、エンジン、ハイドロリック系統など様々な所で信頼性に関する問題が発生した。006ではこれらの解消を図りながら、更なる速さを求めてタイヤを参戦以来のブリヂストンからミシュランに変更した。ギヤボックスは、構成部品をXトラックからホンダ製に切り替えた。これは2002年から開発されていたものである。エンジンであるRA004Eは、冷却水の流す方向を見直すことでボアピッチの縮小（105mm → 103mm）が可能となった。また、ピストンの材質をアルミニウム合金からメタル・マトリックス・コンポジット (MMC) と呼ばれる複合材料に変更することで、ピストン1個あたり40g弱の軽量化がなされた。第12戦ドイツグランプリではフロントタイヤの空転を防ぐFCP（フロント・クラッチ・パッケージ）を投入。これは回転差をハイドロリックでコントロールするというものであった。このシステムは1999年にベネトンがB199でFTTS（フロント・トルク・トランスファー・システム）として初導入したが、このときは重量増でお蔵入りになった。チームは事前にFIAのチャーリー・ホワイティングから使用許可を得ていたが、電子制御が介在するという点でレーススチュワードからクレームが来たため、フリー走行後に取り外すことになった。チームはこの部分を単純化し、ブレーキの油圧を利用した機械式とすることで第15戦イタリアグランプリから再投入。このパーツによって、サーキットによるが1周当たり0.2 - 0.3秒の短縮につながると言われた。
シリーズを通して地球（プレイヤー側）の敵対存在となる勢力。極めて強い排他的攻撃衝動に支配された超束積高エネルギー生命体の総称であり、人類と同様の2重螺旋構造の塩基配列を持つ自己増殖機能を備えた粒子で構成されている。『TACTICS』では銀河系・ペルセウス腕中心部で初めて確認された。物質でありながら波動としての性質も備えており、バイドそのものに対しては等質の波動を持ったものでないと干渉できない性質を持つため、有効な対抗手段は波動兵器（波動砲）や後述のフォースに限られている。また、本体は物理的・相対論的に攻撃する事が困難な異層次元空間に存在しているため、『R-TYPE III』では電界25次元、『R-TYPE FINAL』では26次元へとR戦闘機が侵攻し、バイドの中枢部を破壊するという作戦が実施されている。特筆すべき点として、有機物・無機物を問わずあらゆる物質を融合捕食する能力を有している事が挙げられる。様々な物質を取り込んで融合しているため、戦力には機械的なものから生物的なものまで様々なものが存在する。この浸食作用はR戦闘機や宇宙戦艦、そしてその中に乗り込む人間の肉体および精神も例外ではなく、『R-TYPE Δ』『R-TYPE FINAL』および『R-TYPE TACTICS』シリーズにおいては自機や自軍がバイドと化して人類側と交戦するというシナリオも存在する。彼等はある程度ながら人間としての自我と記憶を保っているようで、『FINAL』ではボイスレコーダーに地球に帰っても自分が人類に受け入れられない悲しみが記録され、『TACTICS』ではバイドに同化された艦のクルー達がバイド化してもなお自分達は人間であると錯覚したまま地球へ向かう事になる。元々は26世紀の人類が敵対する外宇宙生命体に対抗すべく、生体物理学や遺伝子工学、果てには魔道力学までも応用して作り出した星系内生態系破壊用兵器であり、月と同規模のフレームに収められた上で、バイパスパイルを通じて敵母星へと向けて空間跳躍させるという運用が想定されていた。しかし、敵の星系で発動するはずだったそれは些細なトラブルによって太陽系で発動してしまい、暴走。制御不能に陥ったそれは次元消去タイプの兵器によって異次元へと吹き飛ばされた。しかし、それは破壊されてはおらず、増殖と進化を続けながら異次元を彷徨い続けた末に22世紀の太陽系へと襲来し、22世紀の人類によって「バイド（Bydo）」と名付けられた。22世紀の人間が、バイドの発見とも言える「バイドの切れ端」を回収から、それらの解析研究で得られたものが、R-9を始めとしたR戦闘機の装備、波動砲の戦闘実用化、フォースの制御に至る。しかし、パイロットの機体融合あるいは部品化とも言える行為の果てに、敵から得られた生体素材をそのまま機体の素材として利用するという禁断の領域に脚を踏み入れるようになっていく。また、バイドとしての破壊能力や破壊衝動を示す定数因子として「バイド係数」が定められている。単位は「Bydo」であり、バイドそのものだけではなくバイドを用いたフォースなどの兵器もバイド係数が示されている。直接何Bydoかを数値化する他にも、攻撃力の指標として、E〜Sまでの6つのクラスからなる「バイドクラス」を用いて分類される事もある。なお、STG作品でボスとして登場するバイドは、基本的にAクラスかSクラスに分類されている。なお、これらの設定はアイレム会報誌や続編での説明書、『R-TYPES』などで設定されたものであり、『R-TYPE』の時点では単なるエイリアンとしか設定されていなかった。これは「バイド帝国」や本拠地である「バイド帝星」などの単語に現れている他、『R-TYPE COMPLATE CD』では、バイドが言葉を喋り、人間に警告を与えるシーンがある。