2008年2月、テレビ番組で無所属による立候補を表明した。2000年、2004年に続き民主・共和両党とは別の第3候補として挑戦する意向を表明した。緑の党の指名は得られず、党はシンシア・マッキニーを擁立した。ネーダーが当選する可能性はゼロと見られるが、消費者保護や環境対策を前面に出したネーダーの支持層は民主党の支持基盤と重なるため、同党候補の票を浸食する可能性が指摘された。得票は736,804票、得票率約0.56%であった。民主党のオバマが大勝したため、結果的にネーダーの影響力は僅かなものに留まった。
この選挙戦においては、2003年12月に予めネーダーは緑の党の候補としては立候補しないと表明していた。2000年の結果も受けて、民主党はネーダーの立候補を阻止しようと動き、ジョン・ケリー候補自身も個人的に会談を行ったがネーダーは拒否した。そして、ネーダーは2004年6月に副大統領候補をペーター・ミゲル・カメーヨとすると表明した。彼のスタンスは、緑の党の支持は受けても良いけれども公認を求めるつもりは無いというものだったが、緑の党は党大会で彼への支持を拒否し、ディビッド・コブを擁立した。一方、共和党はネーダーの立候補で有利になると見て、密かに立候補を支援した。前回に比べて大きく得票を減らし、456,356票、約0.4%の得票率にとどまった。
1996年に続いてネーダーはウィノナ・ラデューク副大統領候補と共に選挙戦を戦った。人々の中には、ネーダーのような独立系候補や第三の政党が、民主・共和両党による大統領候補討論会から除外されているために彼らは疎外されて選挙戦の支援を受け難くなっていると考える者も居り、このことから市民討論会が開催された。その一方で、共和党のジョージ・W・ブッシュと民主党のアル・ゴアが大接戦を繰り広げていた為、民主党支持者の中には勝利の目が無いのにも拘らず立候補していたネーダーを非難する者も存在した。ネーダーは、選挙費用の公費援助が受けられる得票率5%を目標にした。結果、ゴアへの支持者の流出もあり、実際のネーダーの全国得票率は2.7%に留まった。しかし、投票方式問題が発生したフロリダ州やニューハンプシャー州では両候補の得票差を彼の得票が上回るという事態が発生した。専門家はこの事態がブッシュの勝利に対して大きな影響を及ぼしたと見ている。こういった状況を避ける為、予め民主党は、接戦の州では「“ネーダーへの投票”＝“ブッシュへの投票”である」というキャンペーンを張り、また、有権者の間では、ブッシュの勝利が磐石な州のゴア支持者がネーダーに投票する見返りに接戦の州のネーダー支持者がゴアへ投票するという行動も見られた。このように、選挙戦のキャスティング・ボートを握っていたネーダー陣営は、民主党からの批判に対し、「地元テネシー州で勝てば自力でゴアは勝利できたのにゴア陣営は敗戦の責任をこちらになすり付けている」と反論し、さらに、上記の「戦略投票」に対しては良心に従って投票するよう求めていた。
ともあれアメリカ政府はネーダーの本を受ける形で自動車と交通の安全に関する法律や部署を設置し、ネーダーの告発は勝利に終わった。彼はその後も自動車の安全を監視する組織を運営している。さらにネーダーの運動に刺激された幾百の若い消費者運動家たち（ネーダーズ・レイダーズ、「ネーダー突撃隊」）とともにさまざまな方面の消費者保護運動に携わり、政府や産業界の環境、福祉、健康、政治腐敗などの問題点を次々に告発した。1971年にはこれらを傘下におさめる上部組織であるNGO「パブリック・シチズン」を設立、現在では15万人の会員を擁し政府や議会、産業界などを調査・監視しているほか、国民の健康を守ったり消費者の権利を保障したりするためのさまざまな法案を通したり政府機関の設立に寄与した。
ファルージャは、イラク戦争によりアメリカ軍の占領を受け、同盟軍による占領統治ではアメリカ海兵隊が治安維持を担当していた。2003年4月28日から、学校に米軍が駐留していることへの抗議デモが起こったが、これに対し米軍が発砲。多数の死傷者が出た。これを米軍側は武装したイラク人からの自衛だとしているが、市民側は投石をしていただけだと主張。2004年3月31日、ファルージャで活動中の民間警備会社の社員であるアメリカ合衆国の民間人4人が現地武装勢力に殺害され、遺体が市民によって損傷される事件が起こると、その残虐な映像が世界中に配信された（殺された彼等は、実際は民間人とはいえ、民間軍事会社ブラックウォーター社の社員であり、彼らのような人間は皆イラク市民の視点からはアメリカ兵と同一視されている）。犠牲者の家族達は、危険な地域に行かせるのに装備が不十分だったと、ブラックウォーター社を告訴している。4月、アメリカ軍はその報復としてファルージャの包囲掃討作戦を実行し、武装勢力が潜んでいたとしてモスクを空爆するなどの大規模な攻撃と、都市の封鎖により多くのファルージャ市民が巻き添えになったとみられる。市内の惨状がマスメディアによって報じられると、世界で反米の機運が高まり、三日で作戦中止に追い込まれた。11日から13日の一時停戦までに住民・武装勢力の死者は600人を超え、アメリカ軍にも大きな被害が出た（ファルージャの戦闘）。ザルカーウィー率いるアルカーイダ系の武装勢力が、市内を根拠地として動きを活発にしたため、9月からは連日の空爆を加えてきたが、11月には7日にアメリカ海兵隊とイラク治安部隊の合同軍がファルージャを包囲封鎖、8日から航空機、戦車、歩兵による大規模な攻撃が行われた。1週間以上の戦闘で武装勢力1000名以上を殺害し、米軍・イラク軍双方に死者が出たが、ザルカーウィーは逃亡し、武装勢力はテロを全国で引き起こした。10日には北部モスルを武装勢力が支配下に置き、米軍は一個歩兵大隊を転戦させ、戦闘が飛び火した。