帰国後の木村は井上清直と共に軍艦奉行の職務に復帰。幕府海軍の創設を目指して様々な活動を行っている。文久元年（1861年）5月21日に軍制掛となり、事実上の幕府海軍長官となる。文久元年（1861年）6月2日、軍艦組を創設。翌文久2年（1862年）には御船手組を統合し小普請組からも人数を補充することで海軍の組織としての体裁を整えた。文久2年5月2日、初の国産蒸気式軍艦「千代田形」の建造を開始（完成は5年後の慶応3年（1867年）までかかった）。併せてアメリカとオランダに軍艦計3隻（富士山丸、東艦、開陽丸）を発注する。同年6月18日、9名の留学生をオランダに派遣。この時派遣されたメンバーには榎本武揚・赤松則良をはじめ、西周・林紀など、海軍だけでなく後に明治の政治・教育・医学分野の発展に貢献する人物も含まれていた。木村は、日本周辺海域を6つに分割し、それぞれの海域防備を担当する艦隊を江戸・函館など6箇所に配置する構想をもっていたが、幕府首脳には必要な艦船の調達と人員の育成に時間がかかるとの理由で却下される。また海軍に優秀な人材を集めるため、身分によらない人材登用と西洋の軍隊を模した階級・俸給制度の導入を建議したが、これも身分制度の崩壊を懸念する幕府首脳には受け入れられなかった。こうして文久3年（1863年）9月26日、失意の内に軍艦奉行の職を去ることになる。元治元年（1864年）、木村は開成所の頭取に就任、次いで目付に再任され幕政に復帰する。外国御用立合及び海陸備向掛となるが、翌慶応元年（1865年）、長州征討のため上洛して、兵庫開港問題を巡って老中・小笠原長行と対立し、罷免された。慶応2年（1866年）、再び軍艦奉行並となり小栗忠順・勝海舟らと共に海軍の組織整備を進め、翌慶応3年には幕府海軍に西洋式の階級・俸給制度が導入され、近代海軍の基礎が創られた。慶応4年（1868年）には勘定奉行に進み、戊辰戦争では江戸城開城の事務処理を務めた。徳川慶喜が水戸へ退去するにあたって幕閣を辞任し、明治維新と共に新銭座の住居を畳んで身辺整理を行い、江戸を出てしばらく山奥の神官の下に身を寄せた。
万延元年（1860年）、前年6月に締結された日米修好通商条約の批准のためアメリカに使節を派遣することになった。この時、軍艦奉行・水野忠徳の建議で、米艦ポーハタン号を使用する正使新見正興一行とは別に咸臨丸を派遣することになった。9月10日、軍艦奉行並に任じられていた木村は咸臨丸の司令官として遣米副使を命じられ、軍艦奉行に任じられる。咸臨丸の司令官に就任するにあたっての航海手当は小栗忠順と同格以上であった。木村は乗組士官を選考し、まず佐々倉桐太郎、鈴藤勇次郎、浜口興右衛門を運用方として任命し、測量方として小野友五郎、伴鉄太郎、松岡磐吉を任命し、蒸気方に肥田浜五郎、山本金次郎ら軍艦操練所・海軍伝習所の関係者を選定した。従者としては福澤諭吉を連れて行くことになった。その他、通訳にはアメリカの事情に通じた中浜万次郎を、その他才覚を表し始めていた勝海舟を同乗させるなど、勘定所から巨費を受けて出帆準備を進めた。また、航海の道案内と米国側との連絡のため、海軍大尉ジョン・ブルックを始めとする米国の軍人の乗艦を幕府に要請し、反対する日本人乗組員を説得して認めさせた。万延元年1月19日、浦賀を発った咸臨丸は2月26日にサンフランシスコに到着し、木村ら一行は遅れて到着した正使一行と共に市民の熱烈な歓迎を受けた。また、公式の歓迎行事の他に咸臨丸が修理を受ける間、現地の人々との交流も行っている。ワシントンへ向う正使一行と別れ、閏3月19日にサンフランシスコを発った咸臨丸はホノルルを経て5月5日に浦賀へと帰還した。
隆子は吉本を退くにあたり、挨拶回りした際に説かれた河村節子からの話を、金言として心に留めていた。永ちゃん…、芸人の女房になるってことはな、ぜんぶヨメのアンタが背負うことや。手に包丁、腰にトンカチ持って…オトコに所帯の用事、させたらアカンちゅうことや。舞台に立つ人間に、棚付けさせたり、屋根に上らせたりしたらアカンで。芸だけに集中させるんやで。体が資本やから、旨いもん、滋養のあるもん、食わせてな…。病気させたら、女房の恥じゃ。1967年4月に結婚。隆子は近所付き合いを含めた家事雑事に奔走し、芸界や噺家のしきたりにはまるで不案内だったにもかかわらず、自宅での人の出入りや取材の時間調整など、仁鶴の仕事に関わることまで担うようになった。「仕事に集中するためには金銭含めて家の中はすべて、お任せしたいのですが」との仁鶴からの要望を聞き入れ、家計管理も担った。毎月の収入として預かる4万円のうち、3万円を仁鶴に持たせて、残りの1万円で家計をやりくりする隆子を、仁鶴は「たかちゃん」に加えて「たかこ姫」とも呼ぶようになる。仁鶴は寡黙に仕事に没頭し、隆子はそんな夫の支えに勤しむ毎日、収入は結婚後3か月で1ケタ増えたという。レギュラー番組を一日に6、7本も抱えていた仁鶴は、その他劇場公演や映画撮影、ドラマの収録が建てこみ、結婚3年目には午前3時に帰宅し、午前6時には出発する毎日になった。ある日、過度の睡眠不足から嘔吐が続き、黄疸が出て起きられなくなったため、午前5時前に隆子が仁鶴のマネージャーに、夫を休ませて病院へ連れて行く旨を連絡した。すぐに吉本興業のトップ二人が抱えの医師を連れて自宅を訪ね、診察の上で注射を打ってほどなく仁鶴の状態が持ち直してきたことを確認し、仁鶴を車に乗せて仕事場まで連れて行ったという。仁鶴の過密スケジュールに「半未亡人も同様」と嘆息していた隆子に、仁鶴が仕事復帰を提案し、ほどなく朝日放送からラジオパーソナリティとしての出演依頼がかかるようになった。これを端に、タレントとして毎日放送（MBSテレビ）の『仁鶴・たか子の夫婦往来』などに出演し、週に6本のレギュラーを抱えるようになる。本人にも増して人気者の夫が口癖として繰り返す「たかこ姫」の愛称は有名になり、NHK大河ドラマ『風と雲と虹と』に準レギュラー貴子姫役で出演する吉永小百合が、「少しやりにくい」と冗談交じりにコメントしたこともあった。やがて、一番弟子となる笑福亭仁智以下複数の弟子が入門し、通い弟子として各々3年間にわたり家内の雑事を担うようになる。隆子はそんな彼らへの教育指導も熱心に行った。2013年3月には、仁鶴が司会を務める大阪ほんわかテレビの特番『ほんわか祝笑福亭仁鶴50周SP』や、『徹子の部屋』に、それぞれ夫婦で出演した。2017年6月2日19時30分、大阪府内の病院で死去した。72歳没。その翌々日に近親者で葬儀告別式が密葬で営まれた。