沢柳事件を経て、京大を含む国内の大学は高度な自治を勝ち取った。しかし1930年代、ナショナリズムが高揚し軍国主義が台頭すると、政府は教育や学術研究を統制するため、学問の自由を担保する大学の自治、その総本山と見なされていた京大を攻撃した。1933年5月、鳩山一郎文相は、京大法学部の瀧川幸辰教授の講演や著書の内容が無政府主義的であるとして、小西重直総長に瀧川の罷免を要求した。法学部と小西総長は要求を拒絶したものの、文部省は瀧川の休職処分を強行した。法学部は沢柳事件に倣い、全教官・全学生が辞職届・退学届を提出するなどして激しく抵抗したが、瀧川の休職は解除されず、小西総長は辞職に追い込まれ、辞職届・退学届もたたき返されてしまった。言論弾圧の対象が、（従来の）マルクス主義的・共産主義的思想から自由主義的・反政府的思想へと拡大された瞬間だった。以降、政府は政権運営に都合の悪い言論・思想への弾圧をエスカレートさせていったが、統制下に置かれた大学に政府の暴走を指摘する自由はもはやなく、抑制を欠いた日本は日中戦争・太平洋戦争へとのめり込んでいった。この事件を基にして戦後、映画『わが青春に悔なし』（黒澤明監督）が製作された。
1910年代、日本の大学・高校・専門学校等ではマルクス主義を研究する社会科学研究会がしばしば組織されていた。1924年、全国49校の社研が参加する学連が発足し、マルクス主義の研究や普及、労働争議や労働者教育に関する運動を活発に行った。しかし政府は学生達の活動を危険視し、徹底的な弾圧を開始した。1925年12月、特高警察が、京大や同大の社研会員の自宅や下宿を急襲し、学生33名を検挙した。寄宿舎（吉田寮）で立会人なしの家宅捜索を行ったことが批判され、一度は全員を釈放したものの、翌1926年1月には捜査態勢を立て直し、改めて多数を検挙した。検挙された学生のうち38名が出版法および治安維持法違反、不敬罪で起訴され、37名が有罪になった。社研と繋がりのあった教員も捜査の対象になった。この事件は日本内地で治安維持法が適用された最初の事例になった。政府は当初、治安維持法を利用してマルクス主義や共産主義を取り締まっていた。しかしやがて自由主義や民主主義、社会主義、反戦運動、新宗教、右翼も同様に弾圧するようになり、いつしか国民が政府を批判することは一切許されなくなってしまった。
京都帝国大学では学問の自由、大学の自治の観点から、慣行的に、教授の任免を教授会が行ってきた。しかし1913年、文部省が任命した澤柳政太郎総長は、教授会の同意なく文科大学と理工科大学の7名の教授を免官した。法科大学（後の法学部）は「教授の人事権は教授会にあり」と澤柳に反旗を翻し、翌1914年1月には法科の全ての教授と助教授が抗議の連帯辞職を宣言した。教官を失いそうになった法科学生は、教官の復職と教授会自治の獲得等を目指し、法科支持の運動を繰り広げた。東大法科も京大法科を支援した。結局、奥田義人文相は法科の言い分を認め、後ろ盾を失った澤柳は辞任に追い込まれた。教授会自治を文相が公認したことにより、京大や他大学の自治の発展にも好ましい影響を及ぼした。なお、京大ではこの事件を契機に、総長の学内選出を求める運動が起こり、これも数年後に実現した。
京都大学の教授として多くの哲学者を育成した西田幾多郎と田辺元らは、京都学派と呼ばれる学派を形成し、日本における哲学の理論形成に影響を与えた。京都学派の思想については、今なお世界各国で研究が続いている。
京都にある各大学と連携して、首都圏での情報発信や交流の窓口となる「京都アカデミアフォーラム in 丸の内」を東京・丸の内に開設している。参画しているのは京都外国語大学、京都光華女子大学、京都工芸繊維大学、京都市立芸術大学、京都女子大学、京都精華大学、京都美術工芸大学、同志社女子大学。
産官学連携本部を設置して、出資やインキュベーション施設の運営などにより、京大発ベンチャー企業の育成や産学連携に取り組んでいる。2018年には、産学連携を橋渡しする京大オリジナル株式会社を設立した。
1971年10月10日、メキシコの首都メキシコシティで生まれる。1987年、16歳の時にアンドレイ・タルコフスキーの作品に影響を受ける。その後、アメリカのマウント・セント・メアリー大学に進学した後、メキシコで法学を、ロンドンで武力紛争を学び、国連の機関で働いた。1999年、2本の短編『Prisioneros （囚人たち）』と『マクスユマン』を製作。同年には最初の長編『ハポン』の脚本を執筆し始め、2001年に撮影を終えた。翌2002年に完成した同作は第55回カンヌ国際映画祭でカメラ・ドール特別表彰を受賞。その他にもブラチスラヴァ国際映画祭グランプリ、テッサロニキ国際映画祭監督賞など多数の賞を獲得した。2004年、友人のハイメ・ロマンディアとともにアマト・エスカランテの長編デビュー作『サングレ』のプロデューサーを務める。以後、プロデューサーとしての活動も行うようになる。2005年、エスカランテが助監督を務めた『天国のバトル』が第58回カンヌ国際映画祭のコンペティション部門に出品されるが、写実的な性描写により酷評された。2007年に発表した『静かな光』は第60回カンヌ国際映画祭で審査員賞を受賞し、マーティン・スコセッシに高く評価された。2012年、『闇のあとの光』が第65回カンヌ国際映画祭で監督賞を受賞した。