入会権の管理は自治体に移行されると共に、御料地入会組合は恩賜県有財産保護組合および保護財産区となり、現在は62の恩賜林組合と82の財産区および15の地方自治体が、12万1500ヘクタールの県有林を管理している。大正・昭和恐慌期には県財政が悪化し、1915年（大正4年）からは県債発行とともに恩賜県有財産特別会計からの繰入金による財政の補填が行われた。戦時下には軍需用材や燃料、復興資材などの諸需要で過伐状態となり、終戦直後にも山林荒廃による水害が相次いだ。戦後山梨県は農業県であることに加え立地や交通未整備の状況から産業の発達は阻害されており、県財政は慢性的な赤字状態となり1956年（昭和31年）には地方財政法の適用を受け財政再建団体となる。こうした状況のなか、山梨県では恩賜林特別会計から一般会計への繰入を行い、財政再建を達成した。一方で、昭和40年代には農山村から都市部への人口流出や外材輸入の影響で林業が衰退し、山梨県知事・田辺国男の県政期には林政の転換をはかり、従来の木材生産を主とする林政から観光利用や自然保護など、多目的な山林利用に転換がなされた。2011年は恩賜林下賜から100周年にあたるため、山梨県立博物館でシンボル展「やまなしの森と人」が開催されるなど各種イベントが開催され、11月には恩賜林御下賜100周年記念大会が催された。大会には当初明仁天皇の臨席と視察が予定されていたが、気管支炎で入院したため、名代として皇太子が13、14日の両日にわたり職務を遂行した。
この御料林の下賜を記念して、1922年（大正11年）には甲府市中央の舞鶴城公園（甲府城跡）に謝恩碑（山梨県恩賜県有財産謝恩碑）が建立された。甲府城は明治初期に内堀・二ノ堀が埋め立てられ官公用地として開発されているが、謝恩碑は現存する遺構である本丸西隅に位置している。謝恩碑は1917年（大正6年）の臨時県議会で建設が議決され、建設地は甲府城本丸跡の西南端に決まった。標高は305メートル。謝恩碑は工学博士・伊東忠太の設計で、完成までに3年、工費99524円を要した。碑高約18m、台座を含めた総高約30mの花崗岩製で、オベリスク型。石材は東山梨郡神金村（甲州市）の恩賜林から切り出され、原石を「修羅」よ呼ばれる木製のソリに載せ、さらにそれを県内で「かぐらさん」と呼称される巻上機で運搬した。
江戸時代において山林は入会権を有する村落により管理されていたが、明治維新を経て1881年（明治14年）には山林を対象とした地租改正が実施され、大半の山林は国有林に区分された（林野官民有区分）。さらに、1889年（明治22年）には自由民権運動をうけた国家予算の国会承認導入を嫌った岩倉具視による国有財産の皇室財産化政策により、山林は皇室財産である御料林（ごりょうりん）となる。林野官民有区分により入会権に基づいた村落の山稼ぎは制限されることとなり、生業において山林における山稼ぎが重要であった山梨県の山間部では、入会権を確固なものにするべく、当時組織されていた御料地入会組合や県議会を通じて入会山の払い下げ交渉を国と行っていた。明治期には入会活動が制限されたことに加え、県令・藤村紫朗の主導する殖産興業政策により山林の荒廃が進行し、明治期には大規模な水害が多発した。特に、1907年（明治40年）に発生した明治40年の大水害は県下一帯に被害を及ぼし、続く明治43年の大水害においても多大な被害が生じた。こうした大水害による復興において、1911年（明治44年）3月11日に県内の御料林約16万4000ヘクタールが無償で山梨県に下賜された。この面積は山梨県全体の約3分の1にも及ぶ。山梨県では翌年の1912年（明治45年）以降、毎年3月11日を恩賜林記念日としている。
下村嗣次は安政5年（1858年）より始まる戊午の密勅返納阻止運動に参加したと見られ、万延元年（1860年）頃、玉造勢に入ったと考えられる。玉造村の文武館（現茨城県行方市玉造）を拠点として横浜で攘夷を決行するため、豪商を周り、資金集めに奔走した。新見錦の前名とする説もある新家粂太郎が仲間にいた。玉造勢は「無二無三日本魂」「進思尽忠」と大書した幟を掲げて調練を行っていた。嗣次は佐原村（現千葉県香取市佐原）で押し借りを行ったことが確認されている（伊能権之丞「水戸浪士佐原一件」）。しかし、常総間の水戸藩領や天領に於いて強引な手法を使って資金の取り立てを行ったことにより、代官の佐々木道太郎から幕府に上申が行われ、徳川慶篤は武田耕雲斎を江戸に呼び寄せて、在府の家臣と議論を行った結果、文久元年（1861年）2月9日、不法の者どもを召し捕らえ、場合によっては切り捨てても構わないという指令が下された。これを受けて、玉造勢の主要メンバーであった大津彦五郎らは玉造を退去して、宝幢院（現東茨城郡城里町）に移り、自訴を行うが、評定所に拘引され、後に細谷に新設された牢屋に移された。同時に下村、新家らにも捕縛令が下った。同年3月28日、遊女いろ八（色橋）と芹沢外記邸にいたところを捕縛され、同日夜、赤沼獄に嗣次は入牢した。6月24日、水戸藩は激派よりの武田らの政務参与を辞めさせ、謹慎を命じ、厳罰派を家老に復帰させたことから、翌文久2年（1862年）9月16日に「引廻之上斬罪之所御大赦に付於牢屋斬罪梟首之事」との処分を受けたことが判明している。口述書を聞き取った一人に吉成勇太郎がいた。11月21日、武田らが執政に復帰し、厳罰派が退けられた後、12月26日には慶篤から戊午の密勅を受納する旨を藩中一等に伝え、政治犯の釈放が行われた。それでも甚だしい所業を省みて、なお水戸藩は下村らの釈放を躊躇していたが、翌文久3年（1863年）1月初旬には新家、同じく玉造勢の兜惣介らとともに嗣次は出獄することを許された。芹沢鴨と同一人物であれば、これ以後に名を改めたものと考えられる。