永禄10年（1567年）、越前の朝倉氏は本願寺と和睦した。これによって越前国内で本願寺派の布教が許されるようになると加賀に逃れていた本願寺派の和田本覚寺と藤島超勝寺が越前に復帰し、高田派に転属していた門徒たちもそのほとんどが本願寺派に復帰して高田派は大打撃を受けた。その上、元亀2年（1571年）6月には朝倉義景の娘と本願寺第11世顕如の子教如とが婚約し、朝倉氏と本願寺は対織田信長で提携して益々強固に結びついていったため高田派は二派に分かれて争っている場合などではなかった。天正元年（1573年）8月、朝倉義景は刀根坂の戦いで信長に大敗北を喫して越前国大野郡に逃れてきたが、織田方に呼応した従兄弟の朝倉景鏡によって自害させられて越前は信長の領土となった。翌天正2年（1574年）、1月に富田長繁が土一揆を引き起こしたが、それが2月には本願寺の七里頼周を大将とする一向一揆（越前一向一揆）に進展し、長繁を攻撃し始めたので高田派は中立の立場をとったが三門徒は長繁に味方した。が、長繁は討死して越前は本願寺派が支配することとなったので高田派は逼塞を余儀なくされた。そして越前の支配者として本願寺は坊官の下間頼照を派遣してきたが、ちょうどその頃に一向一揆は三門徒の寺や平泉寺・朝倉景鏡を攻め滅ぼし、永平寺にも焼き討ちを行った。二派に分裂して衰退していた高田派は特に一向一揆に対して逆らわなかったのでなんとか生き延びることができたのであった。しかし、7月には織田方の羽柴秀吉や菅屋長頼から高田派や朝倉景健・堀江景忠に向けて織田軍が攻め込んだ時は味方をするようにとの書状が送られてきており、織田方から反本願寺という立場を期待されてもいたのである。この同じ7月には下間頼照や七里頼周のやり方に反発した一揆衆が頼照に攻め滅ぼされるなどしたため反発は拡大して各所で下間・七里に対する一向一揆が発生し（一揆内一揆）、越前国内の混乱は収拾がつかなくなっていった。天正3年（1575年）8月、織田軍が越前に再び攻め寄せるとすでに弱体化していた一揆軍は各所で崩壊し、信長は越前を平定した。一揆軍の指導者であった七里頼周はなんとか加賀に撤退できたが、下間頼照は逃げ遅れて潜伏する羽目になった。しかし、10月になって海から加賀に脱出しようとして三国湊を目指していたところ、坂井郡下野村の高田派寺院黒目称名寺の門徒に見つけられ、首をはねられた。他にも本願寺派の門徒が3から4万人ほど処刑される中、高田派の苦境はひとまず去った。それでも、本願寺派の門徒でいまだに揉めている最中の高田派へ宗旨替えをする者はごく少数であった。そして11月、一身田専修寺に念願であった准門跡号が勅許された。第13世堯真の代となった天正10年（1582年）5月には前法主堯慧が僧正から大僧正に昇進した。高田派では初めての大僧正への就任である。天正13年（1585年）7月、熊坂専修寺住持の真智が亡くなり跡を子の真空が継いだが、真空も翌天正14年（1586年）5月に亡くなって熊坂専修寺は廃絶した。だが、高田専修寺から来た真能が跡目を継いで隣村に畠中専修寺として再興させた。この間、堯真は真智派の越前四ヶ寺の切り崩し工作なども行ったが上手くいかなかった。本寺争いは依然として、終わっていないのである。
明治初年において樺太は国境画定ができず日露混住の地とされたが、1875年（明治8年）の樺太・千島交換条約により一旦、樺太は全てロシア領となった。その後、日露戦争の講和のため1905年（明治38年）9月5日に締結されたポーツマス条約によって、北緯50度線以南が日本領となるが、それに先駆けて同年7月には日本軍が上陸しており、8月には軍政が島全域に敷かれた。大泊から豊原の間に軍事物資を輸送するための交通機関が必要となったため、軍用の鉄道を敷設することになった。これが樺太における鉄道の創始である。樺太民政署が置かれた後の1906年（明治39年）9月24日に軌間600mmの路線として着工され、僅か55日後の11月17日には竣工、12月1日にはコルサコフ（大泊）－ウラジミロフカ（豊原）間43.3kmで営業が開始された。この時設けられた途中駅は、トレチャパーチ（三ノ沢）・ソロイヨフカ（貝塚）・ミツリヨフカ（中里）・ホムトフカ（清川）の4つであり、軍事輸送の他に民間の旅客・貨物輸送も行った。当時の鉄道の要所には、以下のような制札が建てられた。十二月一日ヨリ便乗ヲ許可ス但生命財産ハ官其責ニ任ゼズ 明治三十九年十一月 　　　　　　　　　　　樺太軍用軽便鐵道斑しかし突貫工事であったため設備が貧弱であり、全線の所要時間は6時間にも達し、表定速度は自転車よりも遅い約7.2km/hという有様であった。車両は、機関車は、ドイツ製双合式の小型蒸気機関車であったが、その他は、無蓋車があった程度であった。そのため、冬は最寒月の豊原市で平均氷点下13.7℃となる中、無蓋車の上にテントを張っただけの車輌に寒さに耐えながら乗車しなくてはならなかった。1907年（明治40年）3月15日には樺太民政署に代わって樺太庁が発足、鉄道も4月4日に軍部から樺太庁の交通課に移され、太平洋戦争終戦までに以下に記したような鉄道路線が整備された。また、1910年（明治43年）には軌間も日本国鉄と同様の1067mmに改められ、更に1923年（大正12年）には北海道稚内市の稚内駅から大泊港駅の間を結ぶ稚泊連絡船が開かれて、その他に存在した小樽 - 大泊・真岡間、稚内 - 本斗間、小樽 - 栄浜間の民間航路などと共に、それを挟んで内地の鉄道との連絡運輸も始められた。1943年（昭和18年）には樺太も内地編入され、鉄道も樺太庁から鉄道省に移管、樺太鉄道局が設けられた。1945年（昭和20年）の米英ソによるヤルタ会談により、ソ連はドイツ降伏の3ヶ月後日ソ中立条約を破棄して対日参戦し、南樺太はソ連が獲得することで合意された。これに基づき、日本の敗戦直前にソ連軍が進撃を開始して、1945年（昭和20年）8月中には樺太全土が占領され、鉄道も接収された。日本による鉄道の運行は停止し、8月24日を最後に鉄道連絡船稚泊航路の運航も途絶えた。翌1946年（昭和21年）2月1日付で樺太鉄道局が廃止され、同時に南樺太における鉄道省の全路線が書類上廃止とされた。