このゲームには「全体マップ」と「ワールド内のマップ」の2種類のマップ画面がある。全40以上あるコースは、おおむね5-6コースをひとまとめにした「ワールド」で区切られており、ワールドの最後にはボスとの対決をするコースがあり、倒すことで次のワールドに進める。クリア済みのコースやワールドを訪問することも自由にできるが、「全体マップからワールド内マップに入る」ことは自由にできる反面、「ワールド内マップから全体マップに出る（=ワールド間を移動する）」ことには制約があり、その方法は「ファンキーフライトIIを利用する」「ボスを倒す」のどちらか。それぞれのワールド内にはコングファミリーの施設も個別に設置されており、ワールド内の攻略具合に応じて利用できるようになる。マップ上のワールドやコースには顔のアイコンが表示されており、クレムリン（ワニ）の顔が描かれているならばまだクリアされておらず(ボスの場合はドクロ)、コングの顔が描かれているならばクリアしたことになる（ディディー・ディクシーのどちらの顔になるかは、最初にクリアした方のコングとなる）。コングファミリーの施設には、そのコングの顔のアイコンが常時表示されている。ボスステージの場合、前作と違いクリアしていなければ専用の顔が表示される。
前作の主人公であるドンキーコングはある夜、1人でビーチへ散歩に出かけた。しかしドンキーは翌朝になっても戻って来ず、相棒のディディーコングがビーチへ行ってみるとそこには壊されたビーチチェアと無数の足跡が残されていた。その荒らされた跡には「ドジで間抜けなドンキーコングは捕まえた。返して欲しけりゃバナナをよこせ。ワッハッハッ　キャプテンクルールより」と書かれた置き手紙もあった。ドンキーはクレムリン軍団にさらわれたのだ。ドンキーの一大事を知ったコング達は話し合いをした結果、ディディーとガールフレンドのディクシーコングがドンキーを助けに行く事に決定。ディディーとディクシーはさらわれたドンキーコングを助けにクレムリン島に乗り込む。
1972年（昭和47年）8月28日午後8時12分頃、青森県青森市三内稲元の市道で、近くに住むA男（首謀者）が、実娘の長女B子（当時小学4年生）と二女C子の手を引いて道路左側を歩いていたところ、後ろから来た乗用車にB子がはねられ即死した。しかし青森署が捜査したところ、現場にブレーキをかけた気配が全く認められなかったのと、A男の家庭事情を調べた結果、事故より少し前の8月10日にA男がB子に400万円の簡易保険をかけていたほか、それ以前の5月22日には他社に1700万円の生命損害保険を契約していたことが判明、ひき逃げ事故に見せかけた委託殺人の疑いが出てきた。同署は刑事一課を総動員してA男の身辺捜査とともにA男の友人関係を内偵した結果、D男（実行犯）とE男の2人が浮かんだ。さらにD男が酒に酔って知人に「子供をひき殺した」と口をすべらせたことを聞き込んだ。このため同署は9月3日午前10時過ぎにA男とD男を呼んで調べたところ犯行を自供し事件が明るみに出た。供述によると、A男は100万円以上の借金をかかえ倒産。事業立て直しを図るため、B子に多額の生命保険をかけて殺そうと計画、失業して労働者として働いてたときにD男とE男と知り合い、殺人を依頼した。3人で計画を立てた8月23日に、D男が同市長島3丁目の路上に駐車してあった乗用車を盗み、同市三内の第二中央自動車学校裏に隠しておいた。そして28日にD男が犯行を実行し、現場から約4km離れた市営ゴミ焼却場裏の農道草むらに車を乗り捨て、近くに待機してたE男のバイクに相乗りし自宅に帰った。
第48回（1998年度）NHK杯テレビ将棋トーナメントで、桐山清澄、森内俊之、中川大輔、屋敷伸之らに勝ち、ベスト4進出。準決勝で堀口一史座に敗れる。2001年、第20回朝日オープン将棋選手権で、米長邦雄、森内俊之、中原誠らを破り、決勝進出。決勝五番勝負で堀口一史座に1勝3敗で敗れ、準優勝。竜王戦では、第16期（2003年度）に3組優勝、第17期（2004年度）には2組準優勝となり、2年連続昇級で1組へ上り詰めた。2008年度のB級1組順位戦において、高橋道雄、井上慶太と並ぶトップタイの成績（8勝4敗）を挙げたが、順位が下位であったため頭ハネでA級昇級を逃した（タイトル挑戦・棋戦優勝・将棋大賞受賞歴が全くない杉本がA級に昇級していれば、田丸昇以来の珍記録であった）。第74期（2015年度）第74期順位戦B級2組では3勝7敗の成績に終わり、降級点2となりC級1組へ降級した。2018年3月8日、第68期王将戦1次予選2回戦で弟子の藤井聡太と初対局、千日手指し直しの末敗れ、「恩返し」を許した。2019年2月22日、テレビ棋戦での勝利で勝数規定を満たし、八段に昇段した。八段まで全て勝数規定で昇段したのは阿部隆、中田宏樹、中川大輔、日浦市郎、泉正樹、神崎健二、中田功に続き史上8人目である。第77期順位戦では近藤誠也、船江恒平、そして弟子の藤井聡太と8勝1敗で並んで迎えた3月5日の最終局で勝利。他の3人も勝利したが、順位の差で来期B級2組へ昇級。藤井との師弟同時昇級はならなかったが、50歳でのB級2組昇級は史上4位の年長記録となった。