現地人の鄧天保、林阿九が生存者を匿い、また土地の有力者の楊友旺も協力、保護にあたった。彼らはその他に現地人を宥めるために多大の出費も行った。現地には50余体の首のない死体がころがっており、相当時間放置された。楊は自宅に40日間、生存者12名に食事を与え、手厚く保護し、長男の楊河財、甥の楊河和を伴わせて生存者を台湾府城(現台南市）に送った。経路は陸路、統補（地名）を経て、車城(地名）から海路であった。事件は台湾を管轄する福建の地方官から清国の中央政府に報告され、清朝政府は生存者を途中で保護し、福建を経由し琉球へ送り返すべく、琉球からの入貢船を待った。この間、生存者は台南にある台湾府城で、八重山船の遭難者に会い、一緒の船で中国の福建省福州府に輸送され、半年琉球館(琉球王国の出先機関)の保護をうけた。そして、1872年（明治5年）6月7日、那覇に帰着した。救助をした楊らは犠牲者の供養をし、現場に墓を建て、頭蓋骨以外はそこで埋葬した。後に統捕に墳墓を建て直した。台湾出兵時、統捕に建て直した墓地に日本軍により記念碑が作られたが、石に適当なものがなく中国本土からとりよせた。軍隊が台湾を離れる直前に完成した。頭蓋骨は、日本軍が探したが発見できず、後に述べる様に、輸送中の44個の頭蓋骨を確保し、日本に持ち帰った。
政府関係者が聞きとったとは別の情報もある。照屋宏は老齢になった生存者、島袋亀から1925年12月、那覇で直接話を聞いた。殺害の直前、蕃産物交換業者の凌老生宅に逃れてきた遭難者たちがいた。集落から追ってきた蕃人たちは酒2樽を要求したが、凌老生宅にはたまたま酒樽がなかった。亀とその親は、凌老生が意味ありげに目配したのに気付き、床下に隠れた。知らない間に何人かがすでに門外に連れ出されていた。掴まれた細帯を振り切って逃げた幸運なものもいたが、頭髪を掴まれ引きづられて殺害されたものもいた。一行のうち、捉えられた浦崎金は牛と交換され、同じく平良は反物5反と交換され難を逃れた。現場は双渓口の原っぱで、犯行は大勢の蕃社の人により行われた。
当時の収容所では、当局や日系アメリカ人市民同盟（JACL）に対して表だって反抗するのは、一世や帰米二世など、日本にゆかりのある人物ばかりだったが、クリハラは日本語を殆ど解さず、日本へ渡った経験も無かったにも関わらず、政府は、我々のアメリカ市民としての人権を踏みにじり、私のようにアメリカ軍人として既に忠誠を証した市民まで敵性外国人扱いした。我々日系二世は、生まれ育った国への恩義を強く感じ、民主主義を守る為に武器をとって戦う意思があった。だがアメリカ政府は、我々を日本人の血が流れていることだけで、迫害や差別の対象とした。建国以来最大の間違い を自国民に対して犯したのだ。と主張し続け、その精力的な言動から収容者の間ではカリスマ的存在となった。1942年12月5日に、マンザナー収容所でJACLの幹部の一人であるフレッド・タヤマが、クリハラがカール・ヨネダ率いる「マンザナー市民連合」を非難していたことを密告したと目された事により、襲撃される事件が起きた際は、反乱の首謀者として逮捕されたハリー・ウエノの釈放を要求する為の委員会の一員として、当局側と交渉にあたった。ウエノは全面的に無実を主張していたにも関わらず、裁判も行われないまま、刑務所に投獄されることとなったため、12月7日にマンザナー収容所で大規模な暴動が起こることとなり、抗議した日系人の群集と管理局の軍警察が前面衝突。武装した軍警察の発砲等により17歳と21歳の日系人2名が死亡した。その後、クリハラは当局から暴動の首謀者の一人とされ、当局によってトラブルメーカーと見做された人物が送られる、ユタ州モアブやアリゾナ州ループの市民隔離収容所などを転々とすることとなった。その間も、自分の心境を切々と訴える手記を書き続けた。一部は大手雑誌社にも送ったが、掲載されることはなかった。酷く失望したクリハラは、アメリカ政府の日系人への扱いを、おお神よ! これがアメリカなのか。これが民主主義の偉大なアメリカなのか。ジェファーソンの唱えた民主主義はどこにある。リンカーンの説いた人種平等はどこにある。立派な市民である我々は、快適な住まいから引きはがされ、牛の群れのようにキャンプに追いこまれた。と評して、1943年の初頭に行われた忠誠登録の核となった質問27・28には「No-No」と答えたことで、アメリカへの絶縁を宣言した。1943年12月に、日本への移住を申し出た後に、トゥーリーレイク戦争移住センターへ送致された。1944年7月1日に、希望した収容者にアメリカ国籍の放棄の権利を与える「Public Law 405」がフランクリン・D・ルーズベルト大統領の署名により成立すると、クリハラは正式にアメリカ国籍の放棄を申請した。その際、認めた文章には、これほどの屈辱にはもう耐えられない。人間としての誇りを保つ限り、もうこんな弾圧や侮辱は堪えきれない。ジャップであることを恥じる必要はない。偉大な歴史を持つ偉大な民族の血に、誇りを持とう。私はここにアメリカ政府への忠誠を断ち切ることを宣言する。これからは100%のジャップとして正々堂々と胸を張るのだ。と記したうえで、文末を「BANZAI」の言葉で結んだ。