前述のとおり、Suicaとして使用可能なバスはジェイアールバス関東とジェイアールバス東北の一部路線のみである(気仙沼線・大船渡線のバス・ラピッド・トランジット (BRT) 区間はodecaエリアとの相互利用としての利用)。運賃前払い方式の区間では、乗車時に乗車口のカードリーダーにSuicaを軽くタッチするとチャージ金額から運賃が引き去られ、精算が完了する。降車時にはカードリーダーにSuicaをタッチする必要はない。運賃後払い方式の区間では、乗車口のカードリーダーにSuicaを軽くタッチしてする。初乗り運賃相当額がチャージ（入金）されているか、または有効な定期券情報があるかを確認する。この時点でチャージ金額は引き去らない。降車口のタッチ時に乗車した区間の運賃が全額精算される。いずれの場合も支払金額と残額が、その都度運賃精算機のディスプレイに表示される。なお、Suica首都圏エリアとPASMOエリアでは一体的なサービスが行われており、バス・軌道線の乗車時にポイントを付与する「バス利用特典サービス（バス特）」や、都営バスを90分以内に乗り継ぐと偶数乗車目に運賃を割り引く「都バス乗継割引サービス」など、PASMOで実施しているサービスはSuicaでも同様に利用できる。またSuicaには、PASMOエリアのバス定期券機能やバス一日乗車券の情報を搭載することもできる。これらの扱いについての詳細はPASMO#バス・路面電車での利用を参照。
Suicaで入場し、東北/上越/北陸/山形新幹線を新幹線乗換改札経由で利用する場合に、運賃自動精算を行う仕組みが、2008年（平成20年）3月に導入された。具体的には、Suicaで入場し、乗換駅にある新幹線乗換改札機で、新幹線で使用する乗車券を投入、次にSuicaをタッチすると、乗換駅までの運賃が自動精算される。なお、新幹線で使用する乗車券の発駅が特定都区市内（東京都区内・東京山手線内・横浜市内・仙台市内）に該当する場合は、特定都区市内との境界駅までの運賃で自動精算される。また、特定都区市内の駅からSuicaで入場し新幹線に乗り換えた場合は、新幹線乗換駅でSuicaの入場情報が自動的に取り消される(最初から新幹線の乗車券で入場したのと同じ処理がなされる)。
最後に機器などでカードを利用した日から10年間利用がない場合、失効となりカードそのものが無効となる。失効したカードは、Suicaエリア内のJR東日本各駅のみどりの窓口において、新しいカードに交換し残額を移し替えるか、手数料を差し引いて残額とデポジットを払い戻すことができる。ただしどちらの方法でも古いカードは記念カードなどであっても回収されることになる。なお、訪日観光客向けに発売する「Welcome Suica」は、発売から28日間有効で、残額の払いもどしは行えない。
カードの返却・払い戻しの際には、デポジットが無手数料で返金されるほか、定期券部分の払い戻し可能額やSF部分の残額がある場合、それらの金額から払い戻し手数料として220円を差し引いた額がデポジットとあわせて返金される（10円未満は10円単位に切り上げ）。残額が220円以下の場合はデポジットのみの返金となる。残額が払い戻し手数料より少ないときでも（220円未満であっても）デポジットは全額返金される。返却および払い戻しは各発行会社で行う（例：モノレールSuicaをJR東日本の窓口で払い戻すことはできない）。不正乗車などの不正行為があった場合やSuicaを紛失した場合は、デポジットは返却されない。
My SuicaおよびSuica定期券は氏名などの個人情報が登録されているため、取扱駅で本人確認書類を提示した上で紛失したカードのID番号を申告すると、定期券（有効な場合）と入金金額を保証して再発行される。再発行の際には手数料510円と預り金500円の合計1,010円が必要である。紛失したカードが発見された場合は、みどりの窓口に届け出た上で預り金の500円が返却される。一方、Suicaカード（無記名式）には紛失時の残高保証はない。
変異原（へんいげん、mutagen）とは、生物の遺伝情報（DNAあるいは染色体）に変化をひき起こす作用を有する物質または物理的作用（放射線など）をいう。GHSの定義では、「変異原性物質（Mutagen）とは、細胞の集団または生物体に突然変異を発生する頻度を増大させる物質」であり、「突然変異（Mutation）とは、細胞内の遺伝物質の量または構造における恒久的な変化」である。変異原としての性質あるいは作用の強さを変異原性（へんいげんせい、mutagenicity）もしくは遺伝子毒性（いでんしどくせい）と呼ぶ。また遺伝毒性（いでんどくせい、genotoxicity）を持つ物質の一部はその原因として変異原性を有する。つまり変異原性を原因とする遺伝形質の変化（発がん、催奇形性）は毒性として認識されれば遺伝毒性と呼ばれる。また、変異原性を原因とする形質の変化が生殖機能に影響する場合や次世代の形質転換に及ぶ場合は生殖毒性と呼ばれる。特に、発がんにおけるイニシエーター（initiator。発がん性物質で、遺伝情報に異常を起こしてがんの原因を作るもの）のほとんどは変異原性物質でもあることが実験的に知られている。日本においては、医薬品（医薬品医療機器等法）、食品添加物（食品衛生法）、農薬（農薬取締法）、新規化学物質（化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律）および労働環境検査（労働安全衛生法）についてサンプルの変異原性試験が求められている。主要な物質については変異原性試験と併せて遺伝毒性や生殖毒性の評価も行われる。つまり、変異原性を調べることは遺伝毒性、発がん性の可能性がある物質を見つけ出すのにも役立つと考えられ、変異原性試験は発がん性物質のスクリーニング試験（候補の絞り込み）としての意味も持つ。