ピースボートは、創立25周年を記念して、2008年に出航した第63回クルーズにおいて、1945年8月に落とされた広島・長崎の原爆投下によって被爆した被爆者を募集し、のべ103名の被爆者が乗船し、「ヒバクシャ地球一周　証言の航海」と題し地球一周クルーズの各寄港地での被爆体験の証言を行った。被爆証言を行った寄港地は下記の通りである。ベトナム、インド、エリトリア、エジプト、トルコ、ギリシア、マルタ、イタリア、スペイン、カナリア諸島、ドミニカ、ベネズエラ、ペルー、イースター島、タヒチ、ニュージーランド、オーストラリア、パプアニューギニア、パラオ2009年に出航した第67回クルーズにおいて、第二回被爆者プロジェクトを実施した。こうした活動を受けて、広島の秋葉忠利市長は、ピースボートのヒバクシャプロジェクトへの支援を表明する手紙を書いている。2009年10月11日には、バチカンを訪問したピースボート乗船者の被爆者が、ローマ法王ベネディクト16世の祈りの集いに出席。法王は、広島と長崎の被爆者らに対して「世界が二度と、このような罪のない人命の大量殺りくを目撃することのないよう祈る」とメッセージを発した。同年10月26日、第一回被爆者プロジェクトの成果として製作した映画が国連本部の会議場で上映された。上映されたのはドキュメンタリー映画「フラッシュ・オブ・ホープ」。コスタリカのエリカ・バニャレロ監督の作品で、被爆者103人が世界各地を巡った船旅を追ったもの。2010年9月21日、被爆者らを乗せた船がキューバを訪れた際に、フィデル・カストロ前国家評議会議長と面会。被爆者の声を聞いたカストロは、「あなたたちのように、人類が冒している危険を認識している人たちと協力していきたい」と述べた。2017年には第10回目のおりづるプロジェクトを実施。おりづるプロジェクトの実施にあたり、被爆証言を伝えるだけではなくその中で平和首長会議への加盟やヒバクシャ国際署名など共に行っている。2017年7月7日に核兵器禁止条約が採択される。その条約採択に向け尽力したICAN（核兵器廃絶国際キャンペーン）がノーベル平和賞を受賞。ピースボートは2007年より、ICANの国際運営団体の１つになっている。2018年5月、ICANがノーベル平和賞を受賞後初の地球一周クルーズを実施。おりづるプロジェクト2018と題して、ノーベルメダルと賞状の公式レプリカと共に、寄港地で被爆証言を行い、核兵器禁止条約への署名・批准を訴えてきた。2019年1月現在、のべ180名の被爆者が乗船した。
ピースボートでは、2008年末からはじまったイスラエル軍によるパレスチナ・ガザ地区への軍事攻撃を受けて、それに抗議するデモなどを行った。また、ガザへ援助物資を届ける人道支援活動も行っている。2009年の3月には、イスラエル軍の攻撃を受けたパレスチナ自治区のガザの避難所で生活している人々に、緊急援助として毛布を送るための募金を街頭で行い、集まった50万円で300枚の毛布を購入し、送っている。2010年9月には、医師の鎌田實がピースボートのメンバーとともに、かつて虐殺事件のあった難民キャンプなどを訪れて、イスラエル、パレスチナ双方の人々と交流。その後第70回地球一周クルーズに乗船した。とくにパレスチナ人の息子をイスラエル軍によって殺されたものの、その臓器をイスラエル人の子どもたちに提供した父親との対話の様子は、NHKの海外ネットワークや、日本テレビのニュースなどで放映されている。
ピースボートは、旅を通じて世界を学び、未来の国際社会をつくる若者を応援する「旅と平和」エッセイ大賞を行って、「旅と平和」をテーマにしたエッセイを募集している。大賞にはピースボートが主催する地球一周クルーズの無料乗船券などが贈られる。審査委員は鎌田慧（ルポライター）、伊藤千尋（朝日新聞記者）ら。
ピースボートは、スポーツを通じた市民の交流を進めるため、野球が盛んだが、子ども達を中心に、野球用品を手に入れることができないキューバやベネズエラに、日本で野球用品を集めて送る活動も行っている。第67回クルーズでは、プロ野球選手やスポーツキャスターの協力を得ながら、キューバにボール240個、バット92本、アンダーシャツ158枚、シューズ22足、グローブ16個など、を贈っている。
ダーウィンが進化論を起草したことで知られるガラパゴス諸島の自然環境保護プロジェクト。観光客や島民の増加により、多くの外来種が持ち込まれ危機に瀕するガラパゴス諸島の自然を守るための植林活動などを行っている。ピースボート・クルーズにゲストとしても乗船経験のある、フォトグラファー・藤原幸一と、彼が代表を務めるNGO「ガラパゴス自然保護基金」そして、ガラパゴス諸島の「チャールズ・ダーウィン研究所」との共同プロジェクト。
日本では、多くの関係者がハル・ノートを事実上の最後通牒、または宣戦布告であると受け取った。12月1日の御前会議において、東條首相は日米交渉に努力してきたが「米国は従来の主張を一歩も譲らざるのみならず、更に米英蘭支聯合の下に、支那より無条件全面撤兵、南京政府の否認、日独伊三国条約の死文化を要求する等、新なる条件を追加し帝国の一方的譲歩を強要して参りました。若し帝国にして之に屈従せんか、帝国の権威を失墜し支那事変の完遂を期し得ざるのみならず、遂には帝国の存立をも危殆に陥らしむる結果と相成る」とした。そして、米英蘭支は経済的、軍事的圧迫を強化しており、特に作戦上、これ以上時日の遷延は許されないとして「帝国は現下の危局を打開し、自存在自衛を全うする為、米英蘭に対し開戦の已むなきに立ち至りましたる次第であります」と説明した。東郷外相もハル・ノートに対して次のような意見を述べた。「通商問題（第二項6、7、8）及支那治外法権撤廃（第二項5）等、我方として容認し得べき項目も若干含まれて居りますが、支那仏印関係事項（第二項2、3）、国民政府否認（第二項4）、三国条約否認（第二項9）、及多辺的不可侵条約（第二項1）等は、何れも帝国として到底同意し得ざるものに属し、本提案は米側従来の諸提案に比し著しき退歩にして、且半歳を超ゆる交渉経緯を全然無視せる不当なるものと認めざるを得ぬ」「提案を基礎として此上交渉を持続するも、我が主張を充分に貫徹することは殆ど不可能というの外なしと申さなければなりませぬ」。会議の結果、対米英蘭開戦が決議される。『杉山メモ』には開戦の聖断を下した昭和天皇の様子が次のように記されている。「本日ノ会議二於イテ、オ上ハ説明ニ対シ一々頷カレ、何等御不安ノ御様子ヲ拝セズ、御気色麗シキヤニ拝シ、恐懼感激ノ至リナリ」同日、杉山参謀総長と永野軍令部総長は列立して作戦実施の関する大命の允裁を仰ぎ、昭和天皇からは「此の様になることは已むを得ぬことだ。どうか陸海軍は協調してやれ」との御言葉があった。翌12月2日、開戦日が12月8日と最終決定されたことを受け、午後5時30分、連合艦隊司令部から、ハル・ノートが提示される以前にハワイオアフ島真珠湾に向けて出航していた機動部隊へ、真珠湾攻撃の命令が発せられた。