本願寺8世蓮如の6男蓮淳により、少なくとも明応10年（1492年）までに、香取庄中郷杉江の地に創建された。あるいは、法泉寺（現・桑名市多度町香取）を開いた信慶の次男信祐により、文永元年（1264年）に開山され、願証寺の号は本願寺3世覚如より与えられたともいわれる。なお、当初の願証寺主は法泉寺主が兼帯しており、蓮淳は空誓（法泉寺7世）の娘を室とする願証寺の堯恵から寺を譲られたという伝承がある。また堯恵に子が無かったため、空誓らの請願によって蓮淳を堯恵の養子に迎えたとも伝わり、蓮淳の入寺は明応6年（1497年）ともされる。蓮淳は本願寺9世実如・10世証如に近侍し、長島への常住ができなかったため、永正8年（1511年）9月頃までには、蓮淳の次男実恵が常住するようになったと見られる。そして、天文3年（1534年）までは伊勢国、以降は美濃国・尾張国を加えた東海三ヶ国の本願寺門末を支配するようになった。また、蓮淳が証如の外祖父でもあったことから、本願寺教団中枢においても重きをなした。2世実恵は天文5年5月4日（1536年5月23日）に死去したが、その翌年までに寺は中郷杉江から長島城に近い南郷西外面付近へ移転した。永禄3年（1560年）、3世証恵の代には、前年に本願寺第11世顕如が准門跡に補されたことに伴い、多数の本願寺一門衆に先駆けて、河内顕証寺、播磨本徳寺とともに、院家を勅許された。
同月、石勒は豫州の諸郡を襲撃すると、そのまま長江に達した所で軍を返し、葛陂（汝陰郡鮦陽県にある、現在の河南省駐馬店市新蔡県）に軍を留めた。そして、降伏した将軍や2千石以下の官吏より、軍糧を税として供出させた。 石勒は奴隷として売り飛ばされて以来、母の王氏とは生き別れになっていた。当時、その王氏は石勒の従子である石虎と共に、西晋の并州刺史劉琨の庇護下に遭ったった。劉琨は石勒の懐柔を画策し、配下の張儒に命じて2人を石勒のいる葛陂まで送り届けさせた。併せて書も送り、晋朝に帰順して共に劉聡を討つよう要請した。この書に目を通した石勒は「事業や功徳を行う手段が根本的に我と異なっているな。腐れ儒者どもには理解できんだろう。貴公は本朝（晋）に忠節を尽くしていればいい。我は元より夷（異民族）であり、彼らの為に力は尽くせぬ」と劉琨に返書を送った。だが、母と石虎を送ってくれたことに対しては感謝の意を示し、使者の張儒を厚くもてなして名馬・珍宝を贈って見送った。そしてこれ以後、劉琨との関係を断ち切った。同月、滎陽郡太守李矩を攻めたが、撃退された。312年2月、石勒は建業侵攻を目論み、葛陂に砦を築くと共に、農業と造船に力を注いで軍備を整えた。これを知った司馬睿は諸将に命じ、江南の兵を寿春に集結させた。当時、3カ月に渡って長雨が降り続いていたので、石勒軍では飢餓に加えて疫病が蔓延した。これにより石勒は兵の大半を失い、もはや戦どころではなくなってしまった。檄書が朝夕に次々と届き、晋軍が刻一刻と接近している事を知ると、進退窮まった石勒は諸将を集めて対応策を検討した。右長史刁膺は、司馬睿に降伏して晋将となり、河北を平定する事を申し出て許しを請う様進言すると、石勒は答えず深い溜息をついた。さらに、中堅将軍夔安は高所に移動して雨水を避ける様進言したが、石勒は「将軍は何を怯えているのか！」と怒った。孔萇・支雄を始めとした30将余りは、敵軍が集結しきる前に夜襲を掛け、城を得て兵糧を奪取する事を進言すると、石勒は「これぞ勇将の計略である」と笑い、各々に鎧馬1匹を下賜した。張賓の方を向いて「貴公はどう思うか」と問うと、張賓は「将軍は洛陽を攻略し、天子の生け捕りや王侯の殺害、妃主の略奪に加担しました。将軍の髮を全て引き抜いたとしても罪の数に及ばない程、彼らは将軍のことを憎んでいるでしょう。降伏という選択肢はまず有り得ません。そもそも王弥を誅殺した後、ここに拠点を構えたのは誤りだったのです。天が数百里に渡って長雨を降らせているのは、将軍にここに留まるべきではないと示しているのでしょう。鄴には険固なる三台（銅雀台、金虎台、氷井台の3つの宮殿）があり、西はすぐ漢都平陽に接して四方を山河によって囲まれています。まさしく要害の地勢を有しております故、ここに拠点を移すべきです。背く者を討って降伏する者を慰撫し、その上で河北が平定されれば、将軍の右に出る者はいなくなりましょう。今、晋軍が迫ってきていますが、彼らは寿春を守る為に出兵したにすぎません。我々が軍を返したと聞けば、喜んで兵を退くことでしょう。奇兵で襲撃する暇などありますまい。念のために先に輜重を北道に沿って先発させ、将軍は大軍を率いて南下して寿春に向かう振りをするのです。輜重が十分遠くまで行ってから、大軍をゆっくりと転進させれば、進退を恐れる事などありません」と答えた。石勒は服の裾を払って立ち上がり、髯を震わせると「張賓の計こそ正しい」と、方針を決した。続け様に刁膺を叱責すると「貴公は補佐する立場にあり、功業を成すこと考えるべきであるのに、何故に降伏を進めたのか。本来ならば斬首に値するが、貴公の臆病なまでに慎重な性格は熟知している。故に今回ばかりは不問に付す」と述べ、彼を右長史の任から解き、代わりに張賓を右長史に昇進させて中塁将軍を加えた。これ以後、石勒は張賓を名指しで呼ばず、『右侯』と呼び敬うようになった。 石勒が葛陂を出発すると、石虎に騎兵2千を与えて寿春に向かわせた。この時、江南からの米や布を積んだ輸送船数10艘が到着し、石虎の将兵は我先にとこれらに群がり、守備の備えをしなくなった。そこに晋軍の伏兵が、一斉に姿を現わしたため、石虎軍は巨霊口で破れ、500人を超える水死者を出した。その上、晋軍を指揮していた紀瞻に、100里に渡って追撃された。紀瞻軍が石勒軍に近づくと兵士は動揺し、晋軍本隊が近づいてるのではないかと口々に語った。石勒は陣を布いてその来襲に備えさせた。紀瞻も逆に石勒の伏兵を警戒し、敢えて軍を進める事無く寿春に軍を返した。