2017年3月14日、それまで主演を務めてきた渡瀬恒彦が死去した。渡瀬はS.10終了後の2015年夏に胆嚢癌が見つかり余命1年の宣告を受けていたが、翌2016年のS.11を見事に演じきった。渡瀬はS.12についても撮影への意欲を見せており、2017年2月19日の取材会にも出席していたが、ほどなくして体調が悪化し入院した。入院中もS.12の台本を手放さず、すでに台詞を覚え撮影に向けて準備を進めていた矢先に容態が急変し、帰らぬ人となった。なお、この取材会が渡瀬の公の場での最後の姿となった。このため、S.12は「主人公不在」の形でスタートし、その第1話の冒頭に過去の映像を使用する形で渡瀬が登場した。その後も渡瀬演じる加納は「内閣テロ対策室アドバイザー兼務のため不在」という形でVTRのみの登場となり、代わって井ノ原演じる浅輪が主人公という形でストーリーが進められたが、その間にも番組のエンディングや番組公式サイトでは「加納倫太郎 渡瀬恒彦」と名前がクレジットされている。またS.12終了直後の6月13日、S.11から早乙女静香役でレギュラー出演していた野際陽子も肺腺癌のため死去している。2018年4月11日から、「9係は一度解散し、のちに同じメンバーで特別捜査班を組んだ」という設定のもと、タイトルを『特捜9』と改め、S.12で暫定主役であった井ノ原が正式に主役に昇格して 新シリーズが開始された。これにより、事実上『警視庁捜査一課9係』としてのシリーズはS.12をもって終了となり、約12年間の放送に幕を降ろした。
1990年代に、ハニーカムズは再結成を果たす。しかし、それは元リーダーのマーティン・マレイが主要メンバーのハニーカムズと、デニス・デルとピーター・パイ、ジョンとハニーのラントリー兄妹がメンバーのハニーカムズであり、結果として二つのバンドが出来てしまった。まず前者の方は、イタリアの起業家がマレイにハニーカムズを復活させてほしいとしていた。マレイは他のメンバーと相談したが、結局全員に断られ、新たにメンバーを募集して活動を始める。2010年代に入っても活動を続けている。一方後者の方は、残りのメンバーが集まって、新たにポール・マッカートニー率いるウイングスの「007 死ぬのは奴らだ (曲)」を録音。1994年にはデビュー30周年を記念してコンサートを行っている。
本作は映画『オルゴール』（1989年）が予想外の興行収入を得た事から、東映とユイ音楽工房が長渕の主演映画第2弾、1990年の正月映画として急遽企画したものであった。長渕は映画に対して原案を提示し、それを元に脚本家の丸山昇一が脚本を書き起こした。台本はほぼ完成品と同じストーリー展開であったが、台詞は収録の現場で長渕によって大幅に変更された。長渕はこの作品にかなり注力しており、1989年の夏に自ら撮影現場のロケハンを行い、主要なロケ場所を決定、また自ら映画に対し出資していた。クランクインは同年の9月の予定であったが大幅に遅れ、9月30日にようやくクランクインとなったが、公開は12月下旬を予定しており、困難を極める状況となっていた。撮影は長渕の妻、志穂美悦子の故郷である瀬戸内海の犬島からスタートし、前日に現場入りしていた松坂慶子はスタッフとともに宴会を行っていたが、長渕は不参加であった。結局、長渕は撮影当初からスタッフや出演者と同じ宿には宿泊せず、また食事も共にせずスタッフと打ち解けようとしなかった。しかし、長渕は自身の思いを伝えようとスタッフに対して直筆の手紙を何度か渡していたが、難解かつ意味不明な内容の文面がほとんどで、スタッフは皆ほとんど理解できなかった。僧侶役という事もあり、長渕は撮影初日に坊主頭で現れ、これに感動した撮影監督の仙元誠三はスタッフ全員に坊主頭になる事を指示、照明係を除くほぼ全員が坊主頭で活動する事となった。しかし、撮影の2日目から長渕は独自にリハーサルを行うようになり、また本番においても監督がOKしたにも拘わらず同じシーンの撮り直しを何度も要求、これに対し松坂は何が悪いのかもわからず困惑していたという。さらに長渕は撮影後も松坂に対し打ち合わせや演技指導を独自で行い、松坂がこれを拒絶し始めたため、長渕と松坂の間で確執が生まれ始める。松坂は途中降板を申し出るが、スタッフや関連会社の重役になだめられ、渋々出演を続けていた。スタッフと全く行動を共にせず、独自の撮影プランや台詞の変更案を提示する長渕に対し、撮影監督の仙元も音を上げ、現場スタッフは士気が下がっていった。クライマックスの豪雨の山頂で荒行をするシーンの撮影は、標高1895メートルある奈良の弥山で行われ、交通機関もなく、水道も引かれていない山頂での撮影は困難を極め、機材とスタッフはヘリコプターで12往復する事で移動し、ポンプを使用して現場傍にある給水タンクまで1日かけて水を汲み上げる作業が必要となった。そのような状況の中で撮影されたシーンは完成版では1分程度しか採用されておらず、また雨に打たれる長渕のアップのシーンは後にスタジオセットで撮影されたものであったという。ロケ撮影が終了し、東映東京撮影所にてセット撮影が始まった直後の11月6日、俳優の松田優作の死去が伝えられた。本作のスタッフは松田優作監督映画『ア・ホーマンス』（1986年）に関わっていた者が多く、熱烈な松田のファンばかりであったため、撮影を強行しようとする長渕の意見には誰も耳を貸さず、撮影は休止となりほぼすべてのスタッフが葬儀場へと向かう事となった。これをきっかけに長渕とスタッフとの確執は決定的となり、監督の工藤栄一は以後現場に顔を出す事はなく、残りは助監督と撮影監督が長渕の提示する案に従い撮影が続行され、最終的な編集も長渕自らが行った。結局、映画はクランクアップを迎え奇跡的に公開日に間に合う結果となった。