漁業及び観光を主産業とする。電源開発による大間原子力発電所の立地計画が進んでいる。近年「大間のマグロ」の知名度が高まったことにより、観光地としても脚光を浴びている。
アメリカ軍は、特に戦争後半において、日本に対し通商破壊作戦を行った。その主力となったものは、オーストラリアやハワイを基地とした潜水艦である。潜水艦3隻を一組とし、ウルフパックと名付け太平洋をはじめ、南シナ海、東シナ海、さらには日本海で作戦を行った。また、1944年には空母機動部隊の艦載機も南シナ海で作戦行動を行い、多数の商船を撃沈した。末期には「飢餓作戦」と命名された大規模な機雷投下作戦を、日本本土周辺で行った。ボーイングB-29爆撃機が、日本や朝鮮半島の港湾に機雷を投下し、艦船の運航を妨げた。ピーク時には潜水艦などの戦果を上回り、日本商船の月間喪失原因の過半数を占めた。
対英米戦開戦後の1941年12月から1942年秋にかけて、アメリカ本土西海岸のカリフォルニア州沿岸からカナダ、アラスカ州にかける広い範囲で巡潜乙型潜水艦により通商破壊作戦を行った（アメリカ本土攻撃）。また、通商破壊作戦に従事していた潜水艦の艦載機がオレゴン州を空襲した。南遣艦隊や商船改造の特設巡洋艦、愛国丸・報国丸で構成された第24戦隊が1941年から1942年にかけて、インド洋でイギリスやオーストラリアの艦船に対して通商破壊作戦を行った。
冒頭にてゲンドウと共にユイの墓参をする。ミサトに促されての事だが、断絶状態の父と会話出来たことを素直に喜ぶ。他者との交流に食事・料理・弁当などが用いられ、能動的に他者と関わっていく姿が描かれていく。TV版同様にユーロから転任したアスカとの同居生活が始まる。クラスメイト達と海洋研究施設を訪れたり、特にレイに対しては物語序盤より気にかけるようになり、アスカに強要されたついでとはいえ、自身を含めて4人分の手作り弁当を作り、アスカ、ミサト、レイにふるまうなど明らかな変化が見られる。また加持に誘われて農作業の手伝いをすることになり、ミサトが何故NERVに入ったかを教えられ、彼女を守ってくれと頼み込まれる。シンジの優しさはアスカ、レイに影響を与え、孤高を気取っていたアスカはシンジに心を開いて好意を抱くようになる。恋愛に無自覚なレイもシンジに好意を抱くようになり、シンジとゲンドウを完全に和解させるため「食事会」を計画する。TV版と同じく「父に認めてもらうためにEVAに乗る」という動機は明確に描かれ、アスカにもそのことを打ち明ける。愛用しているS-DATは昔の父の持ち物であり、それを使うことで父が嫌な世界から自分を守ってくれると信じていたというものになった。エヴァパイロットとしても突出して優秀で第8の使徒戦で三体のエヴァが擱座した後もシンジのシンクロ率は60％台と尚も高い数値を維持していた。だが、第9の使徒戦で全てが暗転する。当初はレイが乗る予定だった3号機に「食事会」の日程を気に掛けたアスカが乗ったことで第9の使徒に取り込まれる。プラグ内にアスカがいることで攻撃を躊躇して追い込まれるシンジの初号機に見切りをつけたゲンドウがダミーシステムを使用。シンジの手を離れた初号機は第9の使徒を蹂躙した挙げ句にアスカを乗せたままのエントリープラグを破壊する。この一件への怒りから初号機に篭城するところまでは旧世紀版と同様だが、『破』ではただの恫喝に留まらず実際にNERV本部の破壊行動に及んで外部からのプラグ強制コントロールで断念させられた。またゲンドウに対する拒絶からS-DATを捨てる。エヴァに乗ることを断固として拒否してネルフを退去。第10の使徒が襲来する中、避難指示の出ているシェルターに留まるという自殺行為に及ぶ。偶然にも大破したマリの弐号機がシェルターに突っ込み、脱出を促されたことで外の惨状を目の当たりにする。「碇くんをエヴァに乗せない」ため、完全修復のままならない零号機による特攻を敢行したレイが第10の使徒に取り込まれたことで、「せめて綾波だけは…」という思いから本部に戻り、ゲンドウに「僕はエヴァンゲリオン初号機のパイロット、碇シンジです」と強弁して初号機に搭乗。第10の使徒がネルフ本部への直接攻撃に及び、ミサトをはじめネルフスタッフが死を覚悟する状況に颯爽と登場し、使徒の攻撃から盾となって彼女たちを救う。第10の使徒により片腕を落とされる激痛を堪えて奮闘するもエネルギー切れに陥る。だが、自分や世界がどうなろうともレイだけは助け出すという強靭な意志により初号機を再起動。初号機を擬似シン化第1覚醒形態へと覚醒させ、リツコの「ヒトに戻れなくなる」との言葉を無視し、「綾波シリーズ」の存在を示唆されレイ自身から助けを拒まれても尚、右手や顔面の皮膚が剥がれるのも厭わず、使徒のコアから強引にレイを救出する。この時のプラグ深度は180を超え、目の色は赤く変色している。初めて自分の意志でエヴァに乗り、自分の意志でレイを助けようというシンジをミサトは「行きなさい」と後押しした。初号機と第10の使徒の融合により覚醒状態に陥り、神に近い存在となった初号機によるサードインパクトが始まろうとしたとき、宇宙から飛来した渚カヲルが搭乗するエヴァ6号機(Mark6)がカシウスの槍を初号機に刺し、サードインパクトの発生は一端は阻止される。これは次作の『Q』では「ニアサードインパクト」と呼称される。