戦前の日本の就学率は文部省年報によって公表されているが、その数値が正確ではないとの指摘がある。当時は義務教育年限（標準修業年限は3年 - 6年）と学齢期間（8年）に差があったため、「学齢児童」の定義に起因する問題などがあり、また時期によっては学齢簿に学齢超過者が含まれていたのが原因だとされる。これについては安川寿之輔、天野郁夫、佐藤秀夫による、「就学率は実態より高く偽られていた」との説が一時期主流となっていたが、土方苑子の研究により、必ずしも意図的に高く偽ろうとしたわけではないことが判明している。また、学齢男子と比べて学齢女子が統計上少なくなった時期があり、女子に「行方不明」が多かったことも判明している。
エジプトのアレクサンドリアにあるアレクサンドリア修道院には、7世紀にアレクサンドリア修道院院長であったベンヤミンが作成したとされる、 “人類の偉大な宝” のありかが記された古文書が修道院の奥深くに隠されているが、その古文書を実際に見た者はこれまでに1人もいない、という話が伝わっていた。2007年のある日、ラシドはJJから、「あなたを《守護者》として迎えることを決定した」といわれ、促されるままに誓いの文句を唱える。《守護者》とは、ベンヤミンが書き残した文書を守るという使命を帯びた者のことだという。ザヘルによると、 “人類の偉大な宝” についての古文書とは、アレクサンドリアに存在したとされる古代アレクサンドリア図書館についての記録なのだという。ベンヤミンは、聖マルコの指示に従って、古代アレクサンドリア図書館の蔵書を隠し、隠し場所を示す文書を作成し、「コプトの最も信仰篤き者」3名を《守護者》として選び、この文書を代々守らせ、3つの《徴》がすべてそろったときに、文書の封印を解くように命じたのだという。そしてザヘルは、その文書が修道院の書庫の床下の隠しスペースに保管されていると話す。1つ目の《徴》の前半の「白き指導者」は、ハドリアヌス7世を指しており、後半の「異形の獅子」は、ソテル2世を指しているのではないか、とJJやラシドは考える。ソテル2世は、《マレオティス・プロジェクト》のメンバーとして、スタッフォード、ラシド、バブルス、ユーセフ、エヴァンズ、アジールの6名を集める。過去の《守護者》は、これまでに2度、《徴》を読み誤り、その度に大きな災害が起きる、とラシドらは考えている。ラシドによると、ベンヤミンの記録は3部構成になっており、それぞれの文書は暗号文になっていて、順に暗号を解くことによって、隠し場所が明らかになるという。しかし、第1の文書は20世紀の初めに開封され、第1の文書は残っているが、暗号を解く鍵となるものが行方不明になっているという。そのため、第2、第3の文書の解読を進めながら、第1の文書で明らかにされた鍵を探さなければならず、これが《マレオティス・プロジェクト》であるという。さらに、ザヘルが襲われたことなど、このプロジェクトの進行を阻止しようとしている者がいる可能性は排除できない、とラシドらは考える。モースはパスワードに関する情報をもっているようで、そのことを探れるのはアルベルティーニしかいないと、トレリは考える。ユーセフは、カナダにいるモースをヴァチカンに連れてくることになる。第2の《徴》の「円筒」は、現代アレクサンドリア図書館を指しており、第3の《徴》の「漆黒の宝」は、ジェットといわれる流木の化石を指しているのではないか、とソテル2世らは考える。2009年3月1日、ゼノビアはエリーから、ナディアがモースをヴァチカンに連れていくという話をきかされる。ゼノビアは、ナディアらとの待ち合わせのバンクーバー国際空港に行く直前、車に追突され、モーゲンソーの車に乗り込む。その日の夜、ユーセフとナディアが空港で会う。ユーセフやナディア、ゼノビアは、バンクーバー市内のセント・ポール病院で入院しているモースをヴァチカンに送り届けることになっていることを確認し合う。ユーセフとナディアがモースに面会すると、すぐにナディアとモースは、ヴァチカンへ向かう。ナディアは、モースの右手が赤くなっているのを確認する。ナディアは、古代アレクサンドリア図書館の蔵書がどこかに隠されているらしいことを把握する。しかし、変装までして枢機卿をバンクーバーからヴァチカンまで移さなければならないことに疑問を感じる。そのことについてユーセフは、貴重な書物を奪おうとする人がいるからなのではないか、と考える。その一方で、その蔵書が発見されては困る人がいるのではないか、とも考える。ユーセフの話をきくうちに、ナディアは、キリスト教の教義が作られる際にコプト教会が異端としてしりぞけた文書が、もしあったとして、その文書に書かれた教えが今の教会の教えと矛盾するようなものだったとしたら、現在の教会の指導者の中で困る人が出てくるのではないか、と考える。3月2日の深夜から3日の早朝にかけて、ソテル2世への悪質な個人攻撃や高位聖職者への攻撃がインターネット上で行われる。そんな中、JJはモースのもつ情報の読み取りに成功する。文書の解読も進められていた。バブルスらは、サブラタという地名が解読されると、そこへ趣いて碑文を探し出す。そこにはヒエログリフという絵文字で暗号文が書かれていた。JJらは、その暗号をスキュタレーという暗号道具を使って解こうとする。第1の文書は、スキュタレーのありかを示したものだった。ユーセフは、母からもらったリュックの中にスキュタレーが入っているのではないかと考え、ヘルメルに行って確認する。やがて第3の文書が解読され、ジェイタ洞窟が示される。そこでバブルスらは、整然と積まれた夥しい木箱を見つける。木箱の中からは古代の書物が発見される。