ピースボートが2008年にチャーターした船は、何度かトラブルを起こしたことがある。クリッパー・パシフィック号(1970年建造・22,954トン)は、2008年に行なわれた第62回の世界一周の航海において、ニューヨーク寄港時に整備不良が発覚し、出港を差し止められた。その後、数日遅れて出航した船は、地球一周を経て帰国している。また、2009年からチャーターした客船オセアニック号(1965年建造・38,772トン)も、2012年に実施された第75回世界一周の航海中に停電をおこしたことが原因で、帰航日が一日遅れた。そのことは、2012年5月の週刊新潮でも報じられている。その後、2012年5月からチャーター船はオーシャンドリーム号（1981年建造・35,265トン）に変更された。現在、ピースボートの公式サイトでは、チャーター船の建造年数を記載するようになっている。
ピースボートは、海賊対策での「ソマリア沖の海賊の海上自衛隊派遣反対」を掲げていたにも関わらず、2009年5月、第66回目の地球一周航海の際、ソマリア沖・アデン湾を航行中に、海上自衛隊の護衛艦「さみだれ」、「さざなみ」による護衛を受けていたことが報道された。事務局の担当者は「海上保安庁ではなく海自が派遣されているのは残念だが、主張とは別に参加者の安全が第一。（旅行会社が）護衛を依頼した判断を尊重する」と話しており、海自による護衛は、船旅の企画・実施を行う旅行会社が、護衛任務を調整する「国土交通省海賊対策連絡調整室」と安全対策を協議した結果、海自が護衛する船団に入ることが決まったと述べており、ピースボートが海自に護衛を直接依頼したのではない、と主張している。2016年5月、第91回目の地球一周航海の際にも、ソマリア沖・アデン湾を航行する際に、海上自衛隊の護衛艦「ゆうぎり」に護衛されたが、ピースボート側は「コメントする立場にない」としている。
「アジア未来航海」と名づけられた第29回クルーズや、「コリア・ジャパン未来クルーズ」と名づけられた第50回クルーズなど、ピースボートは数回にわたり朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）へ渡航している。また、過去に万景峰号をチャーターして北朝鮮へのクルーズを行ったこともある。
第38回クルーズに於いて、ピースボートは日本・ロシア間の領土問題となっている国後島へ渡航した。領土が他国に占拠されている状態で日本人が渡航してしまうと、その領土があたかも相手国の領土であるかのごとく入域することになる。そのため、北方領土に対する日本の法的立場を害することになるおそれがある。こうした危惧から日本の外務省はピースボートに対し事前に渡航自粛要請をしていた。しかし、ピースボートは渡航を敢行した。クルーズ後の2002年10月31日に、外務省は欧州局ロシア課長名でピースボートに改めて自粛を要請した（自粛を再要請した事実はピースボートのHPに記述されている(2002.11.1)）。ピースボート側は、外務省側からは事前に国後島への渡航に関して「問題はない」との回答を受けており、日露市民相互の信頼関係を築くための国際交流の一環であり、まったく正当なものだと主張している。またピースボートの訪問は、外務省の見解に沿うようロシア政府の領土であることを認めない、ビザなし、パスポートなしの形で行われたとしている。
2012年、ロシア科学アカデミーの細胞生物物理学研究所の研究チームは、放射性炭素年代測定によると31,800±300年の間凍結されていた果実からの植物組織培養に成功したと報告した。これはまだ第三者によって検証されておらず、これまでも古代種再生の報告は厳密な研究手法に拠っていないことがしばしばだった。もし今回の再生が真正のものならば、2千年前のナツメヤシの種子を再生させた記録を抜き、最も古い植物の再生ということになる。David Gilichensky が率いる研究チームは、約70箇所にのぼるジリスの冬眠用の巣穴から発見された試料を使った。このジリスはジリス亜属に属し、コリマ川下流の川岸に近い Duvanny Yar に生息していたものである。これらの巣穴は、現在の地表から20-40メートル地下で発見された。「化石化した巣穴とその中身は、埋められ同時に凍結されてから、一度も解凍されたことがない」と研究チームは述べている。果実は埋められた殆ど直後に氷結したと考えられ、それは局地的な気候変化による可能性がある。今回の場所には、60万個以上の果実と種子があった。当初研究者たちは、果実から取り出された成熟した種子を発芽させようとしたが失敗し、果実そのものを使うことに切り替え、胎座から成体を育てることができた。研究チームは、その組織から36個の標本を育てた。それらの個体は、開花するまでは現代のものと同じ外観だったが、花は花弁がより長く間隔が開いていた。現代のスガワラビランジから生じる種子の発芽率は90%だが、今回再生された標本のそれは100%だった。これらの違いが生じた理由は不明である。ミレニアム・シード・バンク・プロジェクトのロビン・プロバートによると、今のところ今回の成果は「用いた高等植物の標本が非常に古い点で全く類まれな例」である。この年代の生きている標本を得ることは珍しいことではないが、生育可能な状態まで復することは驚くべきことだ、と彼女は付け加えている。ロシアの科学者チームは、組織細胞がスクロースに富んでいたことが保存に役立ったと推測しており、またダメージを与えるガンマ線が当時は通常より低く、やはり発芽可能な種子が見つかっている1300年前の頃と同程度だったことを指摘している。プロバートは、スガワラビランジの再生で開発された技術がいつの日か絶滅種の再生に応用できるかもしれないと期待している。古生物学者の Grant Zazula は、以前は古代種の再生に否定的な立場を取っていたのだが、「今回の発見は、永久凍土層における古代生物の生育可能性について、我々の理解に大きく再考を迫るものだ」と述べ、自分としては報告の真正性に疑いは無いと付け加えた。