ジョンソンは1954年にボクシング栄誉の殿堂入りし、国際ボクシング殿堂と世界ボクシング殿堂の両方にリストされた。また2005年には、国立フィルム保存委員会 (National Film Preservation Board) が1910年のジョンソン - ジェフリーズ戦のフィルムを「歴史的に重要なもの」としてアメリカ国立フィルム登録簿に登録した。ジョンソンの話を元として戯曲が書かれ、それを原作とした映画『ボクサー』が1970年に制作された。ジェームズ・アール・ジョーンズがジョンソン（映画の中ではジャック・ジェファーソンの名で登場する）に扮し、彼が思いを寄せる女性の役はジェーン・アレクサンダーが演じた。2005年には、映画作家のケン・バーンズがジョンソンの生涯を題材とした2部からなるドキュメンタリー "Unforgivable Blackness: The Rise and Fall of Jack Johnson" を制作した。この映画はジェフリー・C・ワードが2004年に発表した同題のノンフィクションを原作としたものである。ファイターとしてのジョンソンの技巧と、それによって彼にもたらされた金は、彼を白人支配階級にとって無視できない存在にした。アフリカ系アメリカ人が市民権というものをほとんど享受することができず、超法規的な社会的強制力の手段としてのリンチが合衆国の多くの地域で認められていたこの時代において、彼の成功や挑発的な振る舞いは、人種差別主義的な当時の社会状況にとって深刻な脅威と受け取られた。ボクシング界がジョンソンの功績に反発した時期もしばらく続いた。後年、ジョー・ルイスは彼が「白人のように振る舞う」ことができると証明するまでヘビー級タイトルに挑戦することを許されず、打ち倒した対戦者を見て満足げな表情を見せたり、白人女性と一緒に写真に納まったりしないよう警告を受けた。しかしジョンソンが多くの点においてその先例となったといえるのは、おそらく、モハメド・アリであろう。実際にアリは自分がいかにジョンソンから大きな影響を受けたかについてしばしば語っている。アリはベトナム戦争に反対したため、同じように白人社会から爪弾きにされたことで、ジョンソンと同じ気持ちを味わうことになった。またアリは自伝において、往年の最も偉大なボクサーはジョンソンとジョー・ルイスであるという点で、自分とジョー・フレージャーの見解は一致しているとも述べている。
ジョンソンは試合を続けたが、年による衰えは隠すことができなくなっていった。1928年に2度の敗北を喫してからは、エキシビション・マッチにしか出場しなくなった。ジョンソンは1946年にノースカロライナ州ローリー近くで自動車事故によって命を落とした。68歳。おりしもジャッキー・ロビンソンがメジャーリーグの「人種の壁」を打ち破る1年前のことであった。彼はシカゴのグレースランド墓地のエッタ・デュリエイの隣に埋葬された。ジョンソンの墓石には銘が刻まれていないが、「ジョンソン」とだけ書かれた石が、彼と2人の妻の埋葬された区画の上に立てられている。2018年5月24日、ドナルド・トランプ大統領により1913年にマン法に抵触し有罪になっていたことに対して死後恩赦が与えられた。
1920年、ジョンソンはハーレム地区にナイトクラブを建てた。3年後に彼はこの店を白人ギャングのオウニー・マドゥンに売却し、マドゥンはコットン・クラブと店名を変えた。メキシコでいくつかの試合を終えた1920年7月20日にジョンソンはアメリカへ帰国したが、マン法違反の嫌疑をかけられたため連邦捜査官に自首した。マン法とは「不道徳な目的のために女性を州境の外まで連れ出すこと」を禁じたものだが、ジョンソンが白人のガールフレンド、ベル・シュライバーにピッツバーグ-シカゴ間の鉄道乗車券を送ったことがこの法に抵触したのである。この起訴は法の意図的な不正使用であると考えられている。というのも、ジョンソンはガールフレンドを招いただけであるのに対し、マン法は複数の州をまたいだ売春婦の取引網を規制することを目的としたものだからである。ジョンソンは1年の刑期を科せられてレブンワース連邦刑務所へ収監され、1921年7月9日に出獄した。ジョンソンの死後には大統領による恩赦を与えるべきだという提案も繰り返しなされていた。入獄中にジョンソンは、緩めた留め具を締め直すための道具の必要性に思い至り、そのためにレンチを改良した。彼はこの発明に対する特許を申請し、1922年4月18日に合衆国特許1,413,121号を取得した。キャメロンは彼の不貞を理由として1924年に離婚した。ジョンソンはその後1925年に古くからの友人であったアイリーン・ピノーと再婚した。彼女はジョンソンより長生きした。ジョンソンには子供が生まれなかった。
明治22年（1889年）7月、オスマン帝国は大日本帝国への親善使節団を派遣することになり、ムスタファ機関大尉ら600名の軍人がエルトゥールル号に乗り込み出航した。老朽化の進むエルトゥールル号での外洋航海には不安の声もあったが、エルトゥールル号は明治23年（1890年）6月、無事に日本に到着し、使節団は明治天皇への謁見を果たした。しかし、艦内でコレラに感染した乗組員が出たため帰国の延期を余儀なくされる。艦内では士気の低下を防ぐため、甲板でレスリングを催し、そこでムスタファは機関室のベキール兵曹と友情を結ぶ。明治23年（1890年）9月15日、エルトゥールル号は横浜港を出航し帰国することになった。しかし、折りしも日本には台風が到来しており、翌16日夜、エルトゥールル号は紀伊大島沖で座礁してしまう。座礁の影響で機関室に海水が流れ込み水蒸気爆発の危険が高まり、ベキールはムスタファに乗組員に退艦を促すように伝える。ムスタファは機関室を後にし甲板に向かうが、間もなく機関室はベキールたちを巻き込み爆発を起こし、エルトゥールル号は沈没する。同じ頃、爆発音を聞いた紀伊大島・樫野の村民たちが岸壁に向かうと、そこにはエルトゥールル号の乗組員の遺体が打ち上げられていた。村民たちは台風の中を総出で救助に当たり、医師の田村元貞は助手のハルと共に負傷者の手当てに奔走する。翌日、目を覚ましたムスタファは、ベキールや提督のオスマン・パシャ以下500名以上の死者が出たことを知り、生き残ってしまった罪悪感に苛まれ、生存した乗組員たちに怒りをぶつけてしまう。そんなムスタファを見た田村は、ハルにムスタファの世話を任せる。十数日後、日本の要請を受けたドイツ軍艦が樫野に到着し、生存者を神戸に搬送する。村民たちは回復した乗組員との別れを惜しみ、乗組員たちは敬礼を以て村民たちの誠意に応えた。ムスタファは遺留品回収のため樫野に残ることになったが、保管場所から遺留品がなくなっていることに気付く。ムスタファは村民が金目当てに盗んだと思い、村長の佐藤に抗議するが、田村に案内された場所に向かうと、そこでは村民たちが血塗れになった遺留品を洗って血を落としていた。田村は「血塗れのまま遺族に手渡したら遺族がどう思うか」と問い掛け、さらに、村民たちが自分たちの生活を投げ打って乗組員たちの救助や遺留品の回収をしていることを告げる。村民たちの気持ちを知ったムスタファは、村民たちへの感謝の念を抱くようになる。数年後、遺留品の回収を終えたムスタファは帰国することになった。田村はムスタファに「真心を忘れないで欲しい」と告げ、別れの挨拶を交わす。