『日本書紀』で三書が明示的に引用されている個所は、『百済記』が5か所、『百済新撰』が3か所、『百済本記』が18か所である。逸文に見る引用には、「天皇」や「日本」など、後世の7世紀からようやく用いられるようになった言葉が現れていたり、日本のことを「貴国」と表現しているなど、およそ三書からの引用とは思えない箇所があることが津田左右吉によって指摘されており、『日本書紀』編者による潤色・改竄が行われていることは確実とされる。しかし、継体天皇の崩年（崩御の年、527年?）については逆に、『百済本記』の記録を採用しているがために『日本書紀』の体裁がおかしくなっており、三書全部が『日本書紀』編者によって都合よく作り出されたものでもない。井上はこういったことを考慮して、三書は「その編成目的に日本関係を主眼とするなどの偏向があったとしても、それぞれ編纂者を異にした百済の史書とすべきであろう」としている。紀年については、三書を引用した『日本書紀』(応神紀)と『三国史記』とが、干支で記述された年月と事績との対比から、記述された実年代とは干支の2周分(2運)、即ち120年ずれて一致することが本居宣長、那珂通世らによって指摘されている。井上はさらにその理由について、日本書紀の編纂者が古事記に崩年注記のない神功皇后を中国史に現れる卑弥呼に比定するためであったとしている。
三書は『日本書紀』内に唯一逸文が伝わるのみなので、成立過程は判然としない。実在したものとすれば、『日本書紀』成立の養老4年（720年）以前に三書も成立していたともいえる。後の『三国史記』の375年の出来事として「百済開国已来、未有以文字記事、至是得博士高興、始有書記」（百済は開国以来文字で記録を残していなかったが、博士高興によってはじめて記録を始めた）との記載は、この頃の中華秩序に倣った歴史書に準ずるなんらかの記録が百済にあったことを伝えている。三品彰英は、『百済記』は推古天皇の時代（6世紀末から7世紀前葉）に成立したとしている。井上光貞は、660年の百済滅亡に、当時交流の盛んだった倭（日本）が大量の亡命者を受け入れたことで百済の記録も日本にもたらされ、これらを元に当時の知識人によって三書が編纂された可能性を指摘した。この説に従うと、三書の成立は663年から720年の間となる。遠藤慶太は、『百済記』・『百済本記』の成立を7世紀前半に推定し、百済滅亡以前の欽明天皇期以降に倭の書記官を務めてきた田辺史などに祖先にあたる百済系渡来人のフミヒト（史）が自らの始祖伝承から倭国に仕えた経緯の記録と倭（日本）との関係を強調するために書いたとし、ひいては当時新羅の侵攻に悩まされてきた母国・百済救済を訴える意図も有していたとする。
『日本書紀』に引用されている逸文からわかる範囲では、近肖古王から威徳王の15代にわたる200年近い歴史の記録が記されている。古い記録を扱っている方から順に『百済記』、『百済新撰』、『百済本記』となる。井上光貞は『百済記』は物語風の叙述が主で、『百済新撰』は編年体風の史書、『百済本記』は純然たる編年体史であったと推定している。人名も多く載っており、その中には『百済記』に見える職麻那加比跪（しくまなかひこ）を千熊長彦に、沙至比跪（さちひこ）を葛城襲津彦にというように、『日本書紀』編者によって日本側の史料に現れる人物に比定される者もいる。
百済三書（くだらさんしょ）は、『百済記（くだらき）』・『百済新撰（くだらしんせん）』・『百済本記（くだらほんき）』の3書の総称（以下「三書」と略記する）。いずれも百済の歴史を記録した歴史書で、現在には伝わっていない逸書であるが、一部（逸文）が『日本書紀』にのみ引用されて残されている。なお、『百済本記』と、『三国史記』に収められた「百済本紀」とは異なる。
標剣は節刀のことを指し、天皇が出征する将軍または遣唐使の大使に持たせた、任命の印としての刀で、蝦夷征討においては天皇から征夷大将軍に賜与された。将軍職や遣唐使大使などに任命された者が、その委任の印として天皇より下賜される刀で、任務が終われば天皇に返還された。『日本紀略』によると、第二次征伐では延暦13年（794年）1月1日に大伴弟麻呂が節刀を賜与されているものの、田村麻呂は征夷副使であり、節刀が賜与されたという記述が見られないことから、田村麻呂が第二次征伐で標剣（節刀）を佩用していたという歴史的事実は確認出来ない。田村麻呂が節刀を賜与された事例としては、第三次征伐で征夷大将軍となった延暦20年（801年）2月14日となるが、同年9月27日の蝦夷討伏の報をもって10月28日に帰京し、田村麻呂から天皇に節刀を返還しているため、田村麻呂が奉納したという鞍馬寺の黒漆剣が節刀であった事実にはならない。征夷大将軍に還任した延暦23年（804年）の事例では、翌年に徳政相論が起こり、桓武天皇によって蝦夷征討が中止されたため田村麻呂が出征しておらず、節刀を賜与された事実もない。このように田村麻呂が生涯に渡って標剣を持ち続けていた事実は確認できない。また牧は標剣をそはやのつるぎともしているが、標剣とそはやのつるぎを結びつける一次史料が挙げられていないため、「標剣（そはやのつるぎ）」としている点にも疑問が残る。