長崎奉行・岡部長常は対馬藩に対し紛争を回避するように慎重な対応を指示する一方で、不法行為を詰問する書をビリリョフ艦長に送り、佐賀、筑前、長州をはじめ隣藩諸侯に実情を調査させ、対策を議したが有効な手は打てなかった。幕府は報告を受けて驚き、箱館奉行・村垣範正に命じて、同地駐在のロシア総領事ヨシフ・ゴシケーヴィチにポサドニック号退去を要求させる。また外国奉行・小栗忠順を咸臨丸で対馬に急派して事態の収拾に当たらせた。 文久元年5月7日、目附溝口八十五郎などを率いて対馬に到着した小栗忠順は、5月10日、艦長ビリリョフと会見した。この第一回の会談でロシア側は贈品謝礼を口実に藩主への謁見を強く求め、小栗は謁見を許可する旨を回答。5月14日、第二回の会談で小栗はロシア兵の無断上陸を条約違反であるとして抗議。5月18日、第三回会談で藩主謁見の実現を求めるビリリョフに対し小栗は（老中安藤信正に謁見は対馬居留を認めることになるので許可できないといわれたので）前言を翻し謁見はできないと回答。話が違うとビリリョフは猛抗議を行ったが、小栗は「私を射殺して構わない」と言い切り交渉を押し切った。5月20日には小栗は対馬を離れ江戸に向かった。江戸に戻った小栗は、老中に、対馬を直轄領とすること、今回の事件の折衝は正式の外交形式で行うこと、国際世論に訴えることなどを提言。しかし老中はこの意見を受け入れず、小栗は7月に外国奉行を辞任することになる。5月26日、交渉に行き詰まった対馬藩では藩主謁見を実現せざるを得なくなり、ビリリョフは軍艦を府中に回航し、部下を従えて藩主宗義和に謁し、短銃、望遠鏡、火薬および家禽数種を献じ、長日滞留の恩を謝した。しかしロシア側は芋崎の永久租借を要求し、見返りとして大砲50門の進献、警備協力などを提案した。対馬藩側では幕府に直接交渉して欲しいと回答して要求をかわした。沿道警備にあたった藩内士民はロシア兵の傲岸な態度に激怒したが、辛うじて事なきを得た。
対馬藩内では対応を巡って、武力での排撃を主張する攘夷派と紛争を避けようとする穏健派で論争が起こり藩内は混乱した。宗義和は事を荒立てず穏便に解決しようと接しながらも、問状使をポサドニック号に派遣し、その不法を何度か詰問した。しかしロシア側は無回答を貫き、優勢な武力をもって日本側を脅かしたり、住民を懐柔したりし、木材・牛馬・食糧・薪炭を強奪または買収して滞留の準備を整えた。またロシア水兵は短艇を操って沿岸を測量し、山野を歩き回って野獣を捕獲したり、中には婦女を追跡して脅かす水兵もいたため、住民は激昂し、しばしば紛争が起こった。ビリリョフ艦長は対馬藩に対し藩主への面会を再三要求し、3月23日には芋崎の租借を求めて来た。ロシア側としては強引に対馬藩に租借を承諾させ、これを既成事実として幕府に認めさせる思惑であった。対馬藩では対応に苦慮し、面会要求を拒否しつつ、長崎と江戸に急使を派遣して幕府の指示を仰いだ。4月12日、ロシア兵が短艇に乗り大船越の水門を通過しようとしたのを対馬藩の警備兵が制止すると、ロシア兵は警備兵・松村安五郎を銃殺、さらに郷士2名を捕虜として拉致し、軍艦に連行した。内1名(吉野数之助)は舌を噛み切って自殺した。ロシア軍の暴挙はこれにとどまらず、番所を襲撃し武器を強奪し、数人の住民を拉致し、7頭の牛を奪って帰船。さらに翌日には水兵100余人を派して大船越の村で略奪を行った。宗義和はポサドニック号に速やかに退去することを要求しながらも米・塩・薪炭を贈り懐柔を図った。紛争を避けるため藩内士民には軽挙を戒める一方で、密かに沿岸に砲台を築造し事態に備えた。また、宗氏の所領の肥前田代では代官平田平八が手兵を率いて対馬に渡り、ロシア兵を討つ気勢を示した。
1886年にブロワに生まれる。若い頃に「グノーシス教会」などの数々のオカルティズムのグループと交流を持っていたが、後にオカルティズムを断罪した。1916年、ソルボンヌで哲学修士号を得た後、教職に就いていたが、職を離れて、1921年に最初の著作『ヒンドゥー教義研究のための一般的序説』を発表した。その後、ブラヴァツキーらの神智学や心霊術について批判的な著作を発表した（『神智主義：ある疑似宗教の歴史』『心霊術の誤り』）。ゲノンはこれらの運動を物質主義的な観点から出てきた擬似的な精神主義であるとみなしていた。1924年に近代西洋文明を正常な伝統的精神からの逸脱として批判する著作『東洋と西洋』を出版した。1925年にはシャンカラ学派の不二一元論を諸伝統教義との一致を示しつつ解説した『ヴェーダーンタによる人間とその生成』、キリスト教的秘教に関する研究『ダンテのエゾテリスム』を出版。また同年からゲノンは、ポール・シャコルナック編集の雑誌『イシスのヴェール』の共同編集者になった。（1935年以後この雑誌は『伝統研究』と改題された。）ゲノンは数多くの論考・書評を『伝統研究』で発表した。1920年代にゲノンはジャック・マリタンなどの数多くのフランス知識人に知られるようになり、1926年にはソルボンヌにおいて講演を行っている。（1939年に『東洋の形而上学』として出版。）1927年には象徴論『世界の王』、物質主義的な近代文明を批判するとともに伝統的文明の骨子を明示した『現代世界の危機』を出版。地球環境の危機を警告し、精神的諸伝統の一致と大同団結を訴えた。1929年の著作『精神的権威と世俗権力』では近代の逸脱の起源を1314年のテンプル騎士団の崩壊に求めた。同年、『聖ベルナール』を出版。1930年、スーフィズムの文書を収集し翻訳を出版する目的でゲノンはカイロを訪れる。この計画は出版社側の事情により頓挫したが、ゲノンはフランスへは戻らなかった。日々窮乏する経済状態にもかかわらず、世界各地の数多くの友人達と熱心に文通し、著作活動も続けた。シャーズィリー教団に参入してスーフィーとして修行し、質素な生活を送った。1931年の著作『十字架の象徴学』『存在者の多様な状態』では諸伝統教義の核である純粋形而上学を解明した。1934年にはシャイフ・ムハンマド・イブラーヒームの娘ファーティマと結婚した。1945年に『現代世界の危機』の続編である『量の支配と時の徴』を発表。同書は、プラトン、アリストテレス、トマス・アクィナス、デカルト、ライプニッツ、カント、ベルクソンに至る西洋哲学、スーフィズム、道教、カバラー、ヘルメス主義に論及する黙示録的著作であり、ゲノンの最高傑作と評価されている。1946年に微積分を利用して純粋形而上学を解説した『微積分学の原理』、主として道教とヘルメス主義を解説した『大いなる三幅対』、『イニシエーションに関する考察』を出版。1951年1月7日、カイロ郊外の自宅で死亡。臨終の言葉は「アッラー」であったと伝えられる。