ルキウスと手を組んだアントニウスの妻フルウィラは、イタリア本国在住の兵士と結託、8個軍団を編成してオクタウィアヌスへ攻撃をしかけようとする。しかし、彼らの兵士の給付金は三頭政治の3人の管轄である以上、この武装蜂起自体がリスクの高い賭けであった。ルキウス側はすぐに資金が困難となり、即座にペルシア（現ペルージャ）でオクタウィアヌスに包囲される。結果、ルキウス・アントニウスは紀元前40年初頭に降伏、フルウィラは東方へと亡命した。この敵対行動をオクタウィアヌスは許さず、ルキウスと結託した元老院議員と騎士階級300人を処刑した。この処刑は汚点となり、後の詩人セクストゥス・プロペルティウスに批判されている。同年、オクタウィアヌスはセクストゥス・ポンペイウスの親族スクリボニアと再婚した。しかし後に、スクリボニアの性格に耐えきれず、またセクストゥスとの間が険悪化したため、翌年に唯一の実子であるユリアが誕生すると同時に離婚した。そして紀元前38年、健康で聡明なリウィア・ドルシラと再々婚した。これは恋愛結婚あるいは略奪婚といわれ、オクタウィアヌスは彼女の夫ティベリウス・クラウディウス・ネロに直談判をして離婚させリウィアを娶ったとされる。また、リウィアは連れ子ティベリウスの他に夫の子を妊娠中であったため、紀元前38年1月14日に大ドルススを出産した後に夫と離婚し、1月17日に結婚式を挙げた。対するアントニウスは、エジプト滞在中にクレオパトラと関係を深め、後に2人の間にはアレクサンデル・ヘリオス、クレオパトラ・セレネ、プトレマイオス・ピラデルプスが生まれる。アントニウスはルキウスの反乱に呼応して、紀元前40年にエジプトからイタリアへ遠征、ブルンディシウムを包囲する。しかしこのような内紛はオクタウィアヌス、アントニウス双方の兵士にも耐えがたく、カエサル配下であったケントゥリオたちは相次ぐ戦争への従軍を拒否した。また、先の武装蜂起を起こした1人であったフルウィラは同年死去、妻の死を見取れなかったアントニウスは落胆したこともあり、秋になると2人は再び盟約を結んだ（ペルシアの戦い）。この盟約でそれぞれの支配地域が再確認され、アントニウスは東方の属州、レピドゥスは北アフリカ、そしてオクタウィアヌスはイタリア半島以西となった。先の紛争では困難な状況に陥ったオクタウィアヌスであったが、別の視点から見ればイタリア半島は軍団兵の募集が容易で、東方にいるアントニウスの方が不利であった。さらにオクタウィアヌスは盟約を確固とするために、姉である小オクタウィアと妻を失ったばかりのアントニウスを結婚させた。後にこの2人の間には大アントニアと小アントニアが生まれる。
戦後、再び三頭政治内で三者の支配地域の取り決めが行われ、アントニウスはガリア・キサルピナからエジプトへ移った。ここでカエサルの愛人であったプトレマイオス朝女王クレオパトラ7世とその子カエサリオンと出会う。レピドゥスはアフリカへと赴任する。イタリア本国に留まることになったオクタウィアヌスだったが、迅速に解決すべき問題に迫られる。軍団兵たちの処遇問題で、フィリッピの戦いで味方として戦った兵士だけでなく、敵兵も軍役の義務の対価として土地の要求をしていた。もし譲歩しなければ、これらイタリア在住の兵士は敵方に寝返りかねない。しかし内紛では、兵士に配るだけの新たな土地もあるわけがなく、既存のローマ市民の自治体に強引な割り込みをしなくてはならない。兵士を取るか、市民を取るか、苦渋の選択でオクタウィアヌスは兵士の側に立ち、強引に地方共同体に退役兵の入植を行った。しかしこの戦後処理は十分とは言えず、兵士の中には不満が残った。これを元老院と結託したルキウス・アントニウス（マルクス・アントニウスの弟）に攻撃の隙ととらえられてしまう。
不忍池はかつて古石神井川が武蔵野台地の東端を割って海ぞいの低地へと注ぎ出ていた開口部に位置し、川の東岸にあたる上野台地（いわゆる“上野のお山”）や西岸にあたる本郷台地（東京大学の立地する台地。南は神田山（駿河台）へと連なる）にくらべると、10m以上も標高の低い谷あいとなっている。縄文時代の頃にはこの辺り一帯は東京湾の入り江であった。その後海岸線の後退とともに取り残されて、紀元数世紀頃に池になったと考えられる。1625年、江戸幕府は、西の比叡山延暦寺に対応させ、この地に寛永寺を建立した。開祖である慈眼大師・天海は、不忍池を琵琶湖に見立て、竹生島になぞらえ弁天島（中之島）を築かせ、そこに弁天堂を作った。当初の弁天島は文字通り船で渡る島であった。しかし1672年に弁天島から東に向かって石橋が架けられ徒歩で渡れるようになった。江戸時代ごろまでは、忍川が三橋を通り上野広小路を横切るように東へ流出し、鳥越付近で隅田川へ注いだ。慶応4年(1868年)、彰義隊の戦い（上野戦争）で東叡山寛永寺は根本中堂はじめ幾多の伽藍を焼き払われて落城する。戊辰の役における江戸で唯一の戦争だった。この朝、官軍が放った一発の砲弾が不忍池におちて水しぶきをあげたのが戦端だったという説がある。明治時代の初期までの池の形は現在のものとはかなり異なっていた。特に池の北側は今よりもかなり広く藍染川（谷田川）という川も注いでいた。また、弁財天の中島への両側は家が建ち並び、明治5年(1872年)4月には不忍天竜町という町名さえ起立されていた。上野の山が公園に指定されたのに伴い、1875年に不忍池も公園に編入された。このときの面積は18ヘクタール、1989年当時に対して1.7倍の広さだった。しかし1884年、共同競馬会社による競馬場の建設に伴い埋め立てが行われほぼ現在の形が出来上がった。池を周回する形で作られた競馬場で同年11月には天皇臨席のもと第1回の競走が行われ、以降1892年まで春と秋に競馬が行われた。1907年には東京勧業博覧会のために西に向かって観月橋がかけられ、池の中央を横断できるようになった。1929年に築堤工事により池が4つに分割された。また1931年には、現在まで続く貸しボートの営業が開始された。現在、鵜の池となっている範囲は当時は2つの池に分かれていた。戦後の一時期は水が抜かれて水田（不忍田圃）となり、その跡地には野球場を建設する案なども出されたが、1949年に池のまま保存することで合意がなされて現在に至る。1967年9月には地下鉄千代田線の建設工事に伴う土砂崩れで池の底が抜け、約3万トンの水がトンネルに流れ込む事故が起きている。1990年から1994年にかけては水質浄化のため東京都建設局によって層流多循環システム、曝気噴水ポンプ、生物酸化処理膜の設置などが集中的に行われた。「不忍池の蓮」 不忍池は、上野公園の南西部にある周囲2キロメートルの池。天海僧正（1536 - 1643）は、この池を琵琶湖に見立て、竹生島になぞらえた中島を築造し弁天堂を建てた。江戸時代以来、文人墨客の集う蓮の名所として知られ、その壮観さは訪れる人々を魅了してきた。蓮の花の絵あり。 — 清水晴風著『東京名物百人一首』明治40年8月「不忍池の蓮」より抜粋