安川は、平山の『福沢諭吉の真実』と、その理論的な根拠となる井田進也大妻女子大学教授（当時、現・名誉教授）の『歴史とテクスト――西鶴から諭吉まで』（光芒社、2001年）とを批判した『福沢諭吉の戦争論と天皇制論――新たな福沢美化論を批判する』（高文研、2006年）を出版した。安川は同書の「まえがき」において、本書は、語彙や文体から起草者を推定する「井田メソッド」による『福沢諭吉全集』無署名論説の筆者の再認定作業を行い、アジアへの侵略・蔑視や天皇尊厳を説く社説は「民族差別主義者・天皇賛美者」の石河幹明らが起草した論説であるという誤った認定にもとづいて、新たな福沢諭吉の美化・偶像化をはかった平山洋『福沢諭吉の真実』、井田進也『歴史とテクスト』の二著を、全面的な誤謬の書として批判したものである。 — 安川寿之輔、安川 2006、まえがきと宣言し、同書の執筆目的を明らかにした。
その後、平山は慶應義塾福澤研究センターで文献の調査をおこない、2002年5月から『福沢諭吉の真実』の執筆を始めた。同書が完成したのは2003年4月で、2004年8月20日に文藝春秋から発行された。同書の「はじめに」で、平山は「現行版『全集』のうち第七巻までの著作と、第八巻から第一六巻の「時事新報論集」とは、そこに収められた経緯が全く異なっている」ことを重大視して、すなわち第七巻までは署名入りで公刊された著作であるのに対して、「時事新報論集」はその大部分が無署名であり、大正版『福沢全集』（一九二五〜二六）と昭和版『続福沢全集』（一九三三〜三四）の編纂者であった弟子の石河幹明が『時事新報』の紙面から選んだものを、そのまま引き継いで収録しているに過ぎない。現行版『全集』（一九五八〜六四）の第一六巻には福沢の没後数ヵ月してから掲載された論説が六編収められているのであるが、これらを本人が書けたはずがないのは言うまでもないであろう。 — 平山洋、平山 2004、10頁と指摘した。
2001年は福澤諭吉の没後100周年に当たるため、福澤の再評価やイベント・関連出版などがおこなわれた。『朝日新聞』は2001年1月11日に「オピニオン」欄で「新しい世紀を福沢諭吉の思想・精神で迎えよう」（船橋洋一）という記事を掲載した。この記事に対して、安川は批判の手紙を送ったが、返答はなかった。そのため、安川が編集局長宛に「朝日新聞の社員教育は一体どうなっているのか」という抗議文を送ったことが契機となり、同年4月21日の同紙「私の視点ウイークエンド」欄に論説「福沢諭吉 アジア蔑視広めた思想家」が掲載されることになった。論説「福沢諭吉 アジア蔑視広めた思想家」の内容は、安川の『福沢諭吉のアジア認識――日本近代史像をとらえ返す』（高文研、2000年）の要約であった。
福島第一原子力発電所事故を受け、2011年3月19日に福島県知事佐藤雄平の要請により、福島県放射線健康リスク管理アドバイザーに山下俊一教授とともに就任し、3月20日いわき市、21日に福島市、22日に川俣町、23日に会津若松市、24日に大玉村、25日に飯舘村、26日に郡山市、30日に白河市、31日に田村市で巡回講演を行い、『福島における放射線による健康被害はない』ことを強調した。3月21日の福島テルサで山下俊一と共に講演し、「ある一定の線量は、人間のためには害にならない、むしろベネフィット」と語った。飯舘村のモニタリングポストで30km圏外ではもっとも高い環境放射能が観測されていた時(3月15日に44μSv/hr、3月26日9μSv /hr）の3月25日には、同村の講演で「現時点の放射線レベ ルなら40歳以上の方々については健康リスクはないこと、子供と若い母親を守らなければいけない」と語った。同年7月8日、反原発活動家で作家の広瀬隆とルポライターの明石昇二郎は、高村を山下俊一、神谷研二、高木義明・文部科学相らと「福島県内の児童の被曝安全説を触れ回ってきたことに関して、それを重大なる人道的犯罪と断定し、業務上過失致傷罪にあたる」として刑東京電力会長・社長等と併せて「業務上過失致傷罪」で刑事告発した。同年12月から地元紙の福島民報で『放射線　放射性物質Q＆A』の解答者を勤めている。2012年6月11日、「福島原発告訴団」は、放射線の専門家を国、東電幹部ら計33人に対して、業務上過失致傷などの容疑で福島地検に告訴状を提出したが、高村や山下俊一、神谷研二らに対して、「アドバイザーの立場で、県内の汚染実態を把握していないにもかかわらず『子どもが外で遊んでも大丈夫』などと住民に説明し、被ばく被害を拡大した」と主張している。告訴団の代理人を務める保田行雄弁護士は、「放射能汚染は大したことはないなどと安全宣言した。ヨウ素剤を投与させずに住民の避難を遅らせ、被ばくを避ける機会を奪った人に県民健 康調査をする資格はない」と指摘した。2013年6月25日、台湾（中華民国）で「福島原発事故後の日本の現況フォーラム」に出席した高村は石川迪夫や中村政雄らとともに馬英九総統に面会した。これについて台湾の環境団体緑色公民行動連盟は記者会見を開いて「假中立、真擁核」（偽りの中立、実際は原発擁護）だと批判し、高村が放射能が人体に対して傷害を起こすことはなく、甚だしくは有益だと絶えず吹聴し、福島原発告訴団に業務過失傷害で告訴されていると指摘した。