1989年10月の鴨東線開業に伴い運用増で不足する特急車の補充として、18年ぶりの新型特急車8000系の導入が発表され、8000系7両1編成と6両で残っていた本系列5編成を7両化するための中間車5両の計12両が新製投入された。これに合わせて本系列の7両固定化が決まり中間となる運転台を簡易運転台に、車掌台に電話室を設置する工事が実施されることとなった。その内容は、運転台はそのままで、車掌台は機器の撤去と乗務員扉の固定、3500型についてはカード専用公衆電話機を設置。外部は列車無線アンテナをNTT仕様の通信アンテナに交換するとともに先頭下部スカートも撤去された。一方、8000系の人気は予想を上回るもので出町柳駅や淀屋橋駅では本系列を見送ったり、本系列に1両だけ組み込まれた8000系中間車に乗客が集中するといった現象が見られた。このため、特急車を全面的に8000系に置き換える方針に変更され、本系列は主電動機などの機器を8000系に転用の上、廃車することとなった。これは、西日本旅客鉄道（JR西日本）が京阪特急のライバルである新快速用として新造した221系への対抗策としての意味合いも込められていたとされている。この計画変更のため、既に電話室が設置された3500型については、編成の淘汰に際して残存編成の未改造車との組み替えが実施された。最終的には1編成7両と2両の予備車および富山地方鉄道および大井川鐵道へ譲渡された3500型と3000型の各10両を残し、すべて解体された。
上述のとおり、第1次車の段階では1900系との混結の可能性があったため、1700系以来の日本製鋼所製NCB-II小型密着自動連結器が先頭車運転台側に搭載されたが、特急運用への本系列定数充足に際して早朝と深夜の3連運用時の増・解結作業の簡略化を目的として第3次車では電気連結器の付いた回り子式（柴田式）密着連結器が採用された。これに合わせて第1・2次車も連結器の交換が実施された。これに対し、運転中に編成を解かれる可能性のない中間車両と運転台付き車両の連結面側については、終始一貫して半固定式の棒連結器が採用されている。その後三条駅 - 七条駅間の地下化に伴う1987年6月1日のダイヤ改正で早朝と深夜の3連分割運用が廃止されたことから、再度運転台側連結器がNCB-II小型密着自動連結器に再度変更され、これが2013年の退役までそのまま使用された。なお、本系列には2200系以降の新造通勤車と同様にATS車上子の保護の目的で前面床下にスカートが装着されているが、これは上記連結器変更で物理的な干渉が生じたため、その都度形状変更が施されている。
広島県賀茂郡志和町（現・東広島市志和町）の浄土真宗本願寺派・浄蓮寺の三男に生まれ、京都平安中学（現・平安高等学校）に学ぶ。卒業後、本山である西本願寺から派遣され1915年、仏教布教のため19歳で渡米。ハリウッド・ハイスクールとカリフォルニア大学バークレー校（UCB）で数学を4年、さらに同校大学院で経済学（統計経済、景気変動学）を学ぶ。「今でこそ日米は平等に扱われているが、当時は日本人は犬猫のようだった」と奮起、学業と平行して米国人に仏教文化を伝えたいと英文雑誌「ザ・パシフイック・ワールド」を創刊。資金はカリフォルニア州在住の日本人や、知日派の米国人から集め、仏教を説くものでなく、まず日本と東洋文化の紹介を主にした。だが2年後に資金が行きづまり、西本願寺や渋沢栄一らから援助を受けたものの結局4年で発行停止に追い込まれた。「理想だけではうまくいかない。仏教を広めるためには資金が必要だ」と痛感した。1928年、31歳でUCB大学院を修了、欧米を歴訪して1930年、33歳で帰国した。帰国後の祖国は昭和恐慌で荒廃が広がっていた。新設まもない内閣資源局に統計官として処遇された。しかし1936年、39歳の時、高級官僚の地位を捨て起業。当時海軍が国費をかけても開発出来なかったマイクロメータに着目、「人を押しのけるのが嫌で誰にも迷惑がかからない」という理由でこれを選んだ。大田区蒲田に創業した三豊製作所（現・ミツトヨ）で優秀な技術者、海外から優秀な機械を集めてマイクロメータの国産化に成功。より高い精度が求められる測定工具のため、その開発に3年を要し、ようやく完成した1号機100個のうち17個だけを残して床下に埋めたという逸話が語り継がれている。会社は陸軍に採用されたのを機に急成長、精密機械を扱う日本のほぼ全メーカーに採用され戦後、日本の高度成長期とともに大きく飛躍、国内90％以上、世界でも40％以上のシェアを占める総合精密測定機器の大会社に発展した。「メイド・イン・ジャパン」の名を世界に広めた高品質の大量生産システムは「ミツトヨ」の精度に支えられたとも言われた。1965年、仏教伝道協会を創設。私財を投じ仏教の伝道に尽力。仏教聖典を世界中のホテルに頒布し現在、各国語に翻訳された『仏教聖典』が『聖書』と並び世界56ヶ国、10000店以上で置かれ配布総数は700万部にものぼる。また仏教の原典『大蔵経』の英訳を発願、仏教伝道文化賞の設立、ワシントンD.C.など全米各都市に仏教寺院を開設、バークレー仏教翻訳センターの開設やハーバード大学など主要大学に仏教講座を開講、ドイツデュッセルドルフ「恵光」日本文化センターの建設、龍谷大学、武蔵野大学に沼田奨学金を開設するなど国内外の仏教普及・仏教徒交流に多大な業績を残した。1988年には出身校でもあるUCLAの総長より、日米文化交流尽力の功績で特別表彰を受けている。その他、1954年通産大臣表彰、1965年藍綬褒章。1967年勲四等旭日小綬章、1989年ハワイ大学人道学名誉博士号、1991年龍谷大学名誉博士号など多くの賞を受けた。1967年会長、昭和60年1985年取締相談役となり三人の息子に後を譲り1994年没。「ミツトヨ」は1992年、バブル景気の崩壊もあって初めて赤字に転落。その後紆余曲折あったが、2005年現在も国内外で売り上げに関しては1000億円近くとシェアは保っている。