現在のドイツを含む西ヨーロッパ地域に人類が居住を始めたのは、石器などが発見された地層から約70万年前と考えられている。60万年から55万年前の地層ではハイデルベルク原人の化石が、4万年前の地層ではネアンデルタール人の化石が確認されている。新人は約35000年前から現れ、紀元前4000年頃の巨石文明を経て紀元前1800年頃までに青銅器文明に移行している。紀元前1000年頃にはケルト系民族によってドナウ川流域にハルシュタット文明と呼ばれる鉄器文明が栄えた。紀元前58年から51年までのガイウス・ユリウス・カエサルのガリア遠征などを経て、ゲルマン人は傭兵や農民としてローマ帝国に溶け込んでいった。しかし紀元後9年にトイトブルク森の戦いが起こり、ゲルマン人が勝利してライン右岸を守った。この流域南部において83年にドミティアヌス帝がリメス・ゲルマニクスの建設を打ち出し、マイン川からドナウ川へとつながる長城が建設された。これによってライン中・上流域ではリメスが前進した。これは二千年にわたるドイツ史の将来を規定する伏線となった。すなわち、ローマ帝国内にあるドイツ南部と、外にあるドイツ北部である。以後三百年をかけてローマ帝国の解体が進む。コロナートゥス化とテトラルキアを経て、375年には西ゴート族が黒海沿岸から地中海に沿って、コロナートゥス化の進んだ西部へ移動した。476年、西ローマ帝国が滅亡した。代わって西ヨーロッパを支配したフランク王国では各地に分王国が興り、その一つアウストラシア（英語版の地図が正確）が北方でライン両岸を占めた。843年ヴェルダン条約によってフランク王国が三分割された。そのうちの1つである東フランク王国が、後のドイツの原型となった。東フランク王国の国王オットー1世（ザクセン朝）は962年アウグストゥス（古代ローマ帝国皇帝の称号）を得て、いわゆる神聖ローマ帝国と呼ばれる連合体を形成した。
地球連合本部での戦闘から19ヵ月後。依然として、火星と地球の戦争状態は未だ継続していた。ザーツバルムの揚陸城で消息不明となったアセイラムだったが、火星側の月面基地に戻り、火星騎士を煽動する演説を行っていた。そして、その傍らには火星騎士となったスレインと、彼によって命を救われたザーツバルムの姿もあった。だが、それはアセイラムの異母妹であるレムリナ・ヴァース・エンヴァースを利用した火星側のプロパガンダであり、そして本物のアセイラムはスレインによって保護され、生命維持装置に繋がれていつ覚めるともない眠りについていた。一方で地球側では、宇宙での作戦のためにデューカリオンの発進準備が進められていた。そんな中、火星騎士の一人、ヤーコイムから攻撃を受け、彼のカタフラクトの能力に地球のカタフラクト隊が苦戦を強いられるが、揚陸城での決戦で瀕死の重傷を負っていた伊奈帆が復帰し、彼の的確な戦術によってヤーコイムは撃破される。その2日後、デューカリオンは伊奈帆たちを乗せて出航。地球連合軍の宇宙基地であるトライデント基地に入港する。そして、宇宙においても両軍は激突することとなる。その最中、ザーツバルムは自身の後継者としてスレインを養子に迎えることを発表する。だが、スレインはザーツバルムへの復讐心を持ち続けており、彼の信頼を得ることは計算のうちであり、スレインはマリネロス基地をめぐる戦闘の混乱に乗じてザーツバルムを謀殺。彼の後継者として伯爵の地位を得る。宇宙における戦闘が一段落し、スレインは、火星騎士は派閥争いを避けて意思統一を果たすべきだと全軍に向けて呼びかけ、それに反対するマリルシャン伯爵を決闘にて撃破する。決闘後、アセイラムになりすましたレムリナは、スレインとの結婚と、ヴァース帝国とは別の新たなる王国を築くことを宣言し、アセイラムの眠る部屋を訪れて生命維持装置を切ろうとするが、直前で思いとどまり部屋を後にする。その直後にアセイラムはついに意識を取り戻し、スレインとエデルリッゾの手によって密かに匿われた。それと同時期にスレインは、レムリナの建国宣言に賛同する火星騎士の協力を取りつけ、地球圏に駐屯するヴァース帝国軍の実質的な長となり、ゼブリン、ラフィア、オルガ伯爵らによる火星騎士同士の連携攻撃を行う。伊奈帆は巧みな作戦によりこれを阻止するが、左目に埋め込んだアナリティカルエンジンの酷使により、脳に過大な負荷がかかっていた。一方でアセイラムは、穏健派の一人であるマズゥールカ伯爵の訪問を受け、スレインがヴァースの全権を握り、地球を支配しようとしていることを知り、レムリナを説得して彼の野望を阻止するために動くことを決意する。だが、それも全てスレインに読まれており、2人は彼の部下の手で軟禁されてしまう。そして遂に地球連合軍は、戦争に終止符を打つためにヴァース帝国の月面基地へ総攻撃をかけることを決断し、伊奈帆らの乗った戦艦デューカリオンが月へと旅立つ。その裏ではアセイラム暗殺を目的とするアサルト部隊が月に潜入していた。伊奈帆はアサルト部隊に先んじてアセイラムを保護するために月面基地へ潜入するが、アナリティカルエンジンの酷使により気を失い、目的は果たせなかった。しかし、火星からやってきていたクルーテオの息子・クランカインが自身の宇宙船にアセイラムを保護する。この事態に際してスレインは、残った軌道騎士による地球への全面攻撃の命を下すが、その通信にアセイラムが割り込み、クランカインを夫とし、祖父の後を継いでヴァース帝国の女王となること、地球と和平を結ぶことを宣言する。この宣言によって勝ち目を失ったスレインは、伊奈帆との決着をつけるべく、月面基地から部下を全員退避させて単独出撃。両者ともに未来予測の力を使えない状況下での戦いの末、スレインは伊奈帆に敗北し、惑星間戦争の発端を作った戦犯として捕縛された。戦後、アルドノアの力は地球にも開放され、地球と火星の友好の証、そして新しいエネルギー資源として「アルドノア炉」が建造された。アセイラムはクランカインと共に地球を訪れ、炉の完成記念式典に出席する。一方、伊奈帆は投獄されているスレインと面会していた。彼は表向きは死んだことにされていたが、アセイラムの「憎しみの連鎖から解放され、生きていて欲しい」という願いにより、死刑を免れ生かされていたのだった。伊奈帆からそれを聞いたスレインは涙する。そして、物語はアセイラムがクランカインに空の青さの理由を教えたところで幕を下ろす。