キャラクターのレベル以外の育成システムに「スキル」システムを採用している。町にあるスキルショップでスキルの情報を購入し、「スキルポイント（SP）」を振り分けることで「スキルレベル（SLV）」を上げることになる。スキルは大きく「通常スキル」、「戦闘スキル」、「流派スキル」、「奥義スキル」の4つに分かれる。スキルショップでは通常スキルと戦闘スキルの情報を購入でき、一度スキルの情報を買うとその後加わるキャラクターを含めてパーティ全員がそのスキルを習得する。『SO2』と異なり最初から各キャラクターが特定のスキルを習得しているということはなく、スキルショップで購入しない限りSPは流派スキルにしか割り振ることはできない。スキルは何種類かまとめたスキルセットの形で売られていて、スキルショップ毎に3つのスキルセットを扱っている。通常スキルはスキルショップでは「知識」、「感覚」、「技術」の3つの系統に分かれ、「戦闘」とあわせて4系統のスキルがさらに3段階に分かれて「知識1」、「戦闘3」のような形で売られている。スキルのうち最も種類が多いのが「通常スキル」で「包丁」や「生物学」など全部で28種類ある。いくつかのスキルにはSLVを上げることでステータス上昇が設定されているものがある。また1つから3つ程度のスキルのレベルを上げることで「特技」を習得し、さらにその特技レベルを上げることができる。例えば「包丁」「レシピ」「目利き」を習得すると「料理」を覚え、「危険感知」のスキルを習得すると「スカウト」が使用可能になる。戦闘スキルは一定確率で攻撃を必ず命中させる「フェイント」や同じく一定確率で敵の防御力を無視してダメージを与える「衝撃波」、必殺技を繋げることのできる「リンクコンボ」など、いずれも戦闘時に特殊な効果を発動するものとなっている。戦士系のキャラクターのみが習得できる7種類と術師系のキャラクターのみが習得できる「早口」の全部で8種類がある。『SO2』のようなON/OFFの機能はなく、覚えたスキルは自動的に発動する。流派スキルはスキルショップで購入するものではなく、ドーンを除く戦士系のキャラクター全員がはじめから1種類ずつ習得している。これは戦闘における各キャラクターの戦い方、「流派」を表しており、SLVを上昇させることで必殺技の使用MPを減少させることができる。また、SLVが高ければ後述する奥義を閃く確率も上昇する。奥義スキルは他のスキルと異なりSPを振り分けてSLVを上げるという必要はない。種類は全部で7種類あり、戦士系のキャラクターはそれぞれ習得可能な奥義スキルが決まっており、アイテムやイベントなどで習得することになる。術師系のキャラクターは習得できない。奥義スキルを習得した状態で戦闘中特定の必殺技を使用すると、一定の確率で強力な超必殺技（奥義）を閃くことがある。この確率は流派スキルのSLVに比例する。SLVを上げる際に用いるSPはレベルアップの際に増加する。この他、一部のイベントやタレントの開花の際にも増加、最終的には余るケースのほうが多くなる。
サンボアンガ上陸翌日の3月11日、ミンダナオ島残部の制圧任務がアメリカ軍第8軍に下令された。その主目標はダバオの攻略にあったが、ダバオの防衛は強力であると予想されたため、ダバオから直線距離で約100km離れたイラナ湾コタバト付近が上陸地点に選ばれた。陸路を侵攻し、ダバオの背後を衝く計画であった。4月17日、第78.2任務部隊の掩護を受けて、アメリカ陸軍第10軍団の第24歩兵師団が上陸した。イラナ湾には日本軍第100師団の独立歩兵第166大隊（第30師団に配属中）しか配置されておらず、正面からの抵抗は不可能だった。イラナ湾岸マラバンには飛行場が整備され、22日には海兵隊機が航空作戦を開始した。第24歩兵師団は道路のほかミンダナオ川を伝って東進し、交通の要衝カバカンを押さえると日本軍の第30師団と第100師団を分断してしまった。アメリカ軍の予想通り、ダバオを守る日本軍は海からの上陸に備えた防衛体制は強固だったが、陸路からの攻撃は想定していなかった。アメリカ軍上陸の報を受けた第100師団長の原田中将は半信半疑だったが、20日にコタバトからの進路上であるダバオ湾南部ディゴスの守備隊に遅滞戦闘を指示した。ついで26日に、ダバオの陸海軍部隊に防衛配備を発令し、民間人には島の中央部への避難を命じた。4月27日、アメリカ軍第24歩兵師団はダバオ湾ディゴスに到着した。ディゴスには独立歩兵第163大隊と陸戦隊1個大隊などが置かれていたが、原田中将の意図したような戦闘は行わずにアポ山中へ篭ってしまった。ダバオ湾岸を北上したアメリカ軍は、4月30日にダバオを防衛する日本軍と交戦開始したが、さしたる抵抗を受けずに5月3日にダバオ市街へと進入した。その後、ダバオ市郊外に展開した日本軍との間で戦闘が行われた。ダバオを防衛する日本軍は陸軍18000人、海軍5400人と兵力は多かったが、本格的な戦闘部隊は第100師団のみであった。徐々に日本軍は北西の山地へ圧迫されていった。5月29日に第100師団司令部はダバオ川上流へと撤退し、6月19日には日本軍は全面退却を開始した。追撃が弱まった7月上旬から自活態勢に入り、そのまま終戦を迎えた。ダバオ地区での日本側の死者は、陸軍が12000人、海軍が3400人、民間人が4600人に及んだ。アメリカ軍第24歩兵師団の損害は、6月に主要戦闘が終わった時点で戦死350人と戦傷1600人だったのに加え、その後の掃討戦で第19歩兵連隊長トーマス・クリフォード大佐が戦死した。その他、ダバオ湾岸に取り残されたいくつかの日本軍小部隊に対しても、航空機と魚雷艇の掩護の下で舟艇機動による掃討戦が行われた。アメリカ軍の記録によると、400人以上の日本兵が戦死し、25人が捕虜となった。アメリカ軍の損害は死傷27人であった。