上記のような交通事故など、開発に伴う原生林の伐採、湿地の開発といった人間の手による自然環境の改変と並んで、飼い猫や野良猫との競合や伝染病の伝播、交雑による遺伝子汚染や、イヌによる捕食などが懸念されている。特に懸念される要因は飼い猫が野生化・半野生化した野良猫の存在であり、食物を奪い合う競合関係による圧迫、野良猫との接触による猫免疫不全ウイルス感染症（いわゆるネコエイズ）をはじめとする感染症、これまでのモニタリングでは検出されていないが交雑による純血個体の減少が懸念されている。1999年6月に野生生物保護センターなどによる飼い猫や野良猫50匹とイリオモテヤマネコ23匹を対象とした調査で、イリオモテヤマネコからは猫免疫不全ウイルス感染症の原因となる猫免疫不全ウイルス（FIV）は検出されなかったが、飼い猫や野良猫3匹からFIVが検出された。イリオモテヤマネコへの感染が懸念されたため、翌2001年に竹富町では飼い猫の登録を義務づける「ネコ飼養条例」が制定され、さらに2008年6月には飼い猫のウイルス検査や予防接種、避妊・去勢手術、マイクロチップの埋め込みの義務化や飼育頭数の制限など厳しい内容に改正されている。さらに耳腺などから強い毒液を分泌するオオヒキガエルが島に入り込んでいることが判明し、西表島へのさらなる侵入や定着を防ぐために、2008年から石垣島で市民参加の駆除活動が行われている。
国際自然保護連合(IUCN)による保全状態の評価では、種ベンガルヤマネコ(P. bengalensis)は、Least concern（軽度懸念）に分類されている。一方で亜種イリオモテヤマネコ(P. b. iriomotensis)は当初はEndangered（絶滅危惧IB類）に分類されていたが、2008年の査定では西表島でしか確認されていないことや個体数が減少を続けていることなどから、Critically endangered（絶滅危惧IA類）に分類されている。CRITICALLY ENDANGERED (IUCN Red List Ver. 3.1 (2001))琉球政府（当時）指定の天然記念物に指定されていた。沖縄の本土復帰に伴い、1972年5月15日に国指定の天然記念物に指定され、1977年3月15日に特別天然記念物、1994年に種の保存法により国内希少野生動植物種に指定された（1月28日政令公布、3月1日施行）。環境省のレッドリストでは当初は絶滅危惧IB類に分類していたが、2007年のレッドデータの見直しにより、絶滅危惧IA類に再評価された。絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）
開発による生息地の破壊、イヌによる捕食、交通事故、イノシシ用の罠やカニ罠による混獲などにより生息数は減少している。第2次調査（1982-84年）における生息数は83-108匹で、第3次調査（1992-93年）では99-110匹、第4次調査（2005-07年）では100-109匹と推定されている。第3次調査時における推定個体数は、第4次調査と同じ推定方法を用いると108-118匹と推定され、個体数は減少していると考えられている。
イリオモテヤマネコの発見は1965年の戸川幸夫、記載は1967年に当時の国立科学博物館動物部長であった今泉吉典による。西表島に野生ネコがいることは以前から現地では知られており、「ヤママヤー」（山にいるネコ）、「ヤマピカリャー」（山で光るもの）、「メーピスカリャー」（目がぴかっと光るもの）などと呼称して、「ピンギマヤー」と呼ぶ野良猫や、単に「マヤー」やあるいは「マヤグヮー」と呼ぶ飼い猫とは区別していた。一方で、飼い猫が野生化した野猫ではないかとも考えられていた。沖縄がアメリカの占領下にあった頃に、アメリカの大学による総合調査が行われたが、その時もイリオモテヤマネコの発見には至らなかった。
1996年に東洋英和女学院高等部、2000年に青山学院大学卒業後、2001年に新潟テレビ21（以降UX）に入社、2006年3月にテレビ神奈川（以降tvk）に移籍。tvk移籍2か月目から昼の看板番組『1230アッと!!ハマランチョ』の司会を担当。その後、ニュース930、あっぱれ!KANAGAWA大行進、ありがとッ!など、tvkの主要番組を任された。「ハマランチョ」では2006年7月の同番組のリニューアル直後より、体験ルポ「三浦綾子のイイ仕事しまっせ！」を担当。VTRエンドの部分にあった「お仕事日記」のイラストや文字のデザインをてがけたのも彼女であった。ニックネームはUX時代を通じて「部長」。丸顔から「がんも」とも。本人曰く昔から「ミュウミュウ」「あやや」というニックネームもある。趣味は釣り、友達との旅行。都内の一人散策（一人で江戸東京博物館、両国国技館に探索に出かけたりなど）。特技はフラメンコ。また「ハマランチョ」放送時には番組コーナー中でフラダンスを習っていたこともある。交友関係は中学・高校（中高一貫の女子校出身）、大学、業界と幅広い。見知らぬ人同士13人で旅行に出かけたこともあるほどである。小型船舶操縦士（旧4級、現2級）、潜水士資格を持っている。左利きであり、状況に応じて両手を使い分られる。料理が得意。長兄が保険代理店の代表取締役をしている。次兄がカナダのバンクーバーで、飲食店を経営している。大手芸能プロに勤務している夫とは2007年9月に入籍、16日に結婚式を挙行。結婚式のトータルプロデュースをしたのは「ハマランチョ」で知り合った赤井勝。夫は大学の同窓時に交際していたイケメン。。2009年度から地上デジタル放送推進大使を務めている。2015年3月31日でtvkを退社。フリーランスとなるが「ありがとッ!」を2016年3月31日まで引き続き担当した。