しかし、グリフィス・パーク・バンドとチック・コリアと共演した「Echoes of an Era」をきっかけに、ヘンダーソンは1980年代を代表するリーダー演奏者となった。熟練した多作の編曲者である彼は、スタンダードと彼自身の初期の曲の再解釈に集中するようになった。1986年、ブルーノートは彼にジャズシーン復活の最前線の役割りを与え、ニューヨークのヴィレッジ・ヴァンガードで「State of the Tenor」の2巻のアルバムの録音を行った。ロン・カーター、アル・フォスターを擁したこのアルバムは、1957年にソニー・ロリンズが同じレーベルで録音したヴィレッジ・ヴァンガードでのライブアルバムで採用した、テナー・トリオの形式を再現したものであった。ヘンダーソンはセロニアス・モンクの「Ask Me Now」をバラードに仕立てて、その7、8年間の彼の基本的なレパートリーにした。イタリアの独立レーベルのRed Recordsでチャーリー・ヘイデンとアル・フォスターとライブ・トリオを組み、『An Evening with Joe Henderson』をリリースした後、ヘンダーソンは大きな転機を迎えた。ヴァーヴが彼に注目し、1990年代の初めに彼と契約を行ったのだ。ヴァーヴはヘンダーソンのレコーディングにソングブック・アプローチを適用し、大々的に広告キャンペーンを打った。そして、ヘンダーソンをコンテンポラリー・ジャズ・シーンの第一人者に据えることに成功した。1992年の彼の復帰作である『ラッシュ・ライフ』は商業的に大きく成功し、マイルス・デイビス、アントニオ・カルロス・ジョビンのトリビュート・アルバム、ジョージ・ガーシュウィンのオペラ曲を取り上げた『ポーギ＆ベス』を続けてリリースした。2001年6月30日、ジョー・ヘンダーソンは肺気腫の闘病の末、心不全で亡くなった。享年、64歳。
1967年、ヘンダーソンは、オーリン・キープニュースが新しく作ったばかりのレーベル、マイルストーン・レコードと契約し、彼の経歴は新しいフェーズに入った。ヘンダーソンは1967年から1968年の間に、フレディ・ハバードとともにジャズ・コミュニケーションズを率いた。さらにハービー・ハンコックの『Fat Albert Rotunda』（1969年）に客演した。この時期にヘンダーソンはジャズ・ファンク・フージョンやスタジオ多重録音、電子音響といった新しいものを経験した。また、「Power To the People」、「In Pursuit of Blackness」、「Black Narcissus」といった楽曲およびアルバムタイトルは、彼の政治・社会への関心の高まりを反映している。この時期の最後のアルバム『ブラック・ナルシサス』も1947年のPowell and Pressburgerの映画から名付けられている。1971年、ブラッド・スウェット・アンド・ティアーズに参加した後、ヘンダーソンはサンフランシスコに移動して講義を行うようになった。彼はレコーディングおよび演奏を続けていたが、次第にジャズの聴衆からは評価されなくなった。
1963年から1968年にかけて、ジョー・ヘンダーソンは5つの自分名義のアルバムを含む、30近いアルバムをブルーノート・レコードに残している。その録音は、彼の初リーダー作であり比較的に保守的なハードバップのセッションの『Page One』（1963年）から、『Inner Urge』や『Mode fo Joe』（1966年）のようなより前衛的なセッションに及んだ。さらにブルーノートで他の演奏者がリーダーを務める歴史的なアルバム作、例えば、[ホレス・シルバー]の『Song for My Father』、ハービー・ハンコックの『The Prisoner』、リー・モーガンのヒット作『The Sidewinder』、ピアニストのアンドリュー・ヒルの『Black Fire』（1963年）、『Point of Departure』（1964年）、ドラマーのピート・ラロカの『Basra』（1965年）などで、卓越した役割りを演じた。1967年には、短期間ではあったがハービー・ハンコック、ウェイン・ショーター、ロン・カーター、トニー・ウィリアムスを擁するマイルス・デイビス・クインテットに参加した。しかし、このバンドでの録音は行われなかった。その後、ヘンダーソンの順応性と折衷主義がより強く現れるようになる。
開港時の便数は、日本航空 (JAL)と全日本空輸 (ANA)がそれぞれ1日10便、スカイマーク (SKY)が1日7便。いずれの航空会社も東京/羽田便が中心になり、SKYの全7便と、JALとANAがそれぞれ2往復で、東京/羽田線は3社計11往復。その他の就航先は札幌/新千歳（3便）、仙台（2便）、新潟（2便）、熊本（1便）、鹿児島（4便）、沖縄/那覇（4便）であり、合計27便で開港した（カッコ内は開港時の設定便数）。しかし、開港前の2005年11月14日に開催された「関西3空港懇談会」で、当時集客・利用促進が課題となっていた関西国際空港に配慮した運用規制が設けられ、発着回数は1日あたり60便（30往復）まで、国際定期便・チャーター便（オウンユースを除く）の運航禁止、運用時間15時間（7時から22時まで）と規制され、海上空港としての機能を活かしきれない状態での出発となった。2006年9月28日より『国際ビジネスジェット』が就航したため、税関や入国管理・検疫などを扱う出入国審査室が旅客ターミナルビル1階に設けられた。当初はビジネスジェット到着時に関係職員が臨時的に対応しており、利用申請の締切が2週間前（入国時）までと早く、時間も平日の9時 - 17時のみの対応と限られるなど不便な要素が多かった。当初は植物検疫ができなかったため、機内の生ゴミが捨てられなかったが、2012年4月の植物防疫法施行規則の改正によって、徳島飛行場（徳島空港）とともに「携帯する植物については」輸入可能な海港・空港に指定されたことにより、その状況については問題が解消している。関西3空港のひとつである神戸空港は関西政界に大きく影響を与えており、各方面で様々な議論が行われている。かつては大阪の政財界には神戸空港不要論があり、南海電気鉄道会長である山中諄関西経済同友会代表幹事は、2009年10月22日の記者会見で「関空の機能強化を目指すなら、神戸を廃止し、伊丹の（主要）機能を関空に移転するのがベターではないか」と述べた。また「神戸空港廃止後は、政府の危機管理向けやヘリポートなどの代替機能を担うべきだ」との見解を示した。また、井戸敏三兵庫県知事、矢田立郎神戸市長（当時）の二人が神戸空港、関西国際空港、大阪国際空港の共存を主張するのに対し、かつては橋下徹大阪府知事（当時）が大阪国際空港の廃港を持論としており、2010年1月27日には神戸空港について「結果から見れば失策」と述べ、伊丹を廃止すればその分、関西、神戸両空港に路線が集まると主張していた。