事後処理として日本政府は大久保利通を北京に派遣し、交渉は9月10日に開始された。北京に派遣された大久保利通は、日本の意見を強力に主張した。これに対し、清国政府代表（清国軍機大臣恭親王、大学士文禅）は激しく抗議した。清国の主張は、台湾生蕃の地は清国の属地である、「台湾府誌」に載せているのは属領の証拠である、清国の内地にも蕃地がある、化外の民といったのは文書でなく、口頭の言明にすぎない、万国公法は西洋諸国が編成したもので、清国は納得しないなどである。交渉は平行線のままに進み決裂寸前であった。中国側とは会議7回、また清国駐在イギリス大使トーマス・ウェードとの間に8回の会見もあった。大久保は最後に帰国の意思をほのめかしたが、中国の対応は極めて悠長であった。土壇場にきた大久保は台湾蕃地は中国の領土でないという主張を引込め、ひたすら償金を引き出すように論点を移した。台湾蕃地が中国の属国でなければ、償金を取り立てる根拠がなくなるのである。大久保はウェードの調停により互換条約の調印にたどり着いた。償金50万両を支払い今回の日本の台湾出兵は義挙（正義）の行動であると清国が認めることになったもっとも日本の戦費はこの10倍に上った。清国はこの事件を不是となさざること。（「日本の台湾出兵を保民の義挙」と認める）清国は遺族に対し弔意金を出す。日本軍が作った道路、宿舎は有料で譲りうける。両国は本件に関する往復文書を一切解消する。清国は台湾の生蕃を検束して、後永く害を航客に加えないこと。日本軍は1874年12月20日まで撤退する。この条約によって、両国は、琉球は日本国の領土であり、台湾は清国の領土であることを認めた。また、琉球民のことを「日本国属民」と表現することによって、条約上、琉球が日本の版図であることを日清両国が承認する形となり、琉球処分を進める上で、日本に有利な結果となった。琉球国は廃藩置県の前に早くも日本の領土として取り扱われ、あくまで一国の形態を維持している琉球国（藩）に業を煮やした日本政府は1879年（明治12年）4月4日に琉球処分を行い、日本の一県として廃藩置県を断行した。その結果、沖縄は従来外務省の扱いであったのが(1872年9月28日)、内務省扱いに変更(1874年7月12日)になった。しかし、最終的に琉球の国籍が確定するのは、日清戦争で日本が勝利して後のことであった。
琉球を管轄していた鹿児島県参事の大山綱良は日本政府に対し、責任追及のための出兵を建議した。政府は、この琉球漂流民殺害事件に対して、清朝に厳重に抗議したが、琉球漂流民保護の責任問題はもつれた。さらに、1873年（明治6年）には、台湾に漂着した備中国（岡山県）柏島村の船の乗組員4名が略奪を受ける事件が発生し、政府内外に台湾征討論が高まった。同年特命全権大使として清国に渡った外務卿副島種臣は、随員の柳原前光にこの件を問いたださせたが、清朝の交渉窓口である吏部尚書毛昶熙による「原住民は『化外の民』（国家統治の及ばない者）である」という責任回避の返答があるのみであった。軍人や士族の強硬論におされたこともあり、日本政府は1874年（明治7年）、台湾出兵を行った。この軍事行動は、牡丹社事件（ぼたんしゃじけん）、征台の役（せいたいのえき）とも呼ばれる。
当初は時間と金を作っておく→電気屋等で資材を沢山買い込む→基板など電子部品を作る→空の筐体を置いて部品をあちこち付ける→売る→売り切ったら売れた金でまた資材を買うと言う、全くの自転車操業だった。これでは毎日数台、どんなに頑張っても10台しか作れなかった。だが『ポン』は500ドルで作り、1,200ドル即現金払いが飛ぶように売れた。この頃アメリカで最も人気のあったピンボールは、一日約100ドルを稼いでいたが、『ポン』は200ドル以上稼いだ為、つまり3日で製造コスト、1週間で販売コストが回収できた。当時のアーケード業界は日米共にまだ胡散臭いものと思われ、銀行から融資してもらえるゲーム会社は大手だけだったが、アタリはこのような右肩上がりで、軍資金をどんどん貯めていった。アタリは隣の部屋も借りる→潰れたローラースケート場を借りて工場に改造→当時アメリカで最新設備の工場と、9ヶ月間に3回も移転、生産ラインの従業員は職安で片っ端から声をかけ、最終的には200人で毎日100台の生産能力を確保した。それでも人手不足だったため、アタリに入って来た者なら誰でも節操なくスカウトした程だった。後にスプライト機能等を生み出す技術者スティーブ・ブリストーは、ハンダ付けや現金回収時のボディガードを、妻に手伝ってもらっていた。従業員は低賃金で一日12時間、忙しい時は20時間働き、疲れた時は作っているゲームで遊んだが、何故か家に帰らない者が多かった。彼らの多数はヒッピーだったため、工場は常にマリファナの臭いとロックの大音響で満たされた上、金に困ったヒッピーが、テレビや部品を勝手に質屋に売り払うこともあった。だがゲームが売れる度に全員にボーナスが頻繁に出るなど、羽振りは大変良かった。資本金500ドルで始まったアタリは翌年、いとも簡単に320万ドル以上の売り上げを記録し、この頃の売り上げと資本金の急成長ぶりは、アメリカの企業として未だ破られていない記録である。『ポン』以外のゲームでは、1973年に『ポンダブルス』、ボールとラケットタイプ以外のゲームでは、『スペースレース』を発売している。ただ、前述のダブニーはこの急成長に付いて行けないと言い出したので、退職条件としてこれまでの直営ロケ（会社が直接機械を設置する事）の権利をダブニーが、株券をブッシュネルが全て持つ事にした。こうして創立後約1年で、アタリは名実共にブッシュネルの会社となった。1973年には、効率良い販売のため、子会社のキーゲームズ（Kee Games）を立ち上げたが、約1年半で早々と吸収合併、キーゲームズ社長のキーナンをアタリの社長に据え、ブッシュネルは会長になった。以後、キーナンはアルコーンと共に、ブッシュネルの腹心の片腕として活躍することになる。この他に日本支社としてアタリジャパン（初代）を作ったが、これについては左記リンクを参照。1974年初頭には、40人目の社員として、スティーブ・ジョブズが技術者として入社している。同じく1974年には、初の家庭用ゲーム機として、『ポン』の家庭用版『ホーム・ポン』、1976年には『ポン』に続く大ヒット作として、ジョブズがスティーブ・ウォズニアックを関わらせたことでも知られる、『ブレイクアウト』（いわゆるブロックくずし）を発表した。