北陸新幹線の金沢 - 当駅間は2023年に開業予定である。ホームの位置は国道8号のバイパスを跨ぐ関係上、高さは24m（8階建てのビルに相当）、現駅舎のホームまでの距離は約200mで計画されており、利便性に関して指摘されている。構造は2面4線で計画されている。新幹線駅デザインは「港町」をテーマとし、コンコースは天井部分に北前船の帆のモチーフでスケール感が出るように設営する。また、敦賀湾の波のきらめきな外観に、ホームは船の甲板木調タイルにする。当駅 - 新大阪駅間の計画があり、小浜・京都・松井山手（京田辺）を経由するルートで検討している。
切欠きホーム1線と島式ホーム3面6線のホームを有する地上駅で、ホーム間はエレベーターを有する跨線橋で連絡している。駅構内にはコンコースにみどりの窓口のほか、自動改札機・タッチパネル式自動券売機、オルパーク内に売店（セブンイレブンハートイン）・化粧室・屋内待合室などが設置されている。このほかにホーム上では駅弁販売店が営業している。コンコース設置の自動改札機は2018年9月8日に磁気券に限定して運用が開始され、9月15日からはICOCAのエリア拡大に伴い交通系ICカードの使用が可能となった。
北陸本線を所属線としており、当駅が起点となる小浜線を含め2路線が乗り入れている。この2路線に加えて、2つ隣の近江塩津駅から分岐する湖西線の列車も多数乗り入れ運行系統上の終着駅となっている。そのため駅ナンバリングにおいては北陸本線と湖西線の2線の駅ナンバーを持ち、北陸本線がJR-A01、湖西線がJR-B08である。このほか、当駅からは敦賀港駅へ通じる北陸本線貨物支線（通称「敦賀港線」）が分岐していた。この支線はJR貨物の第一種鉄道事業路線であったが、2009年3月いっぱいで貨物列車の設定がなくなり踏切の線路が埋められて、事実上休線となっていた。その後、2019年4月に正式に廃線となった。（JR貨物は北陸本線の第二種鉄道事業免許を有している）
JR西日本金沢支社の敦賀地域鉄道部が管理する直営駅で、日本海側の港町として栄えた嶺南地方にある敦賀市の主要駅。事務管コードは▲541413を使用している。駅前には都奴賀阿羅斯等（つぬがあらしと）の銅像、駅前通りには港町に因み宇宙戦艦ヤマト（ヤマトよ永遠に）および、鉄道の町に因み銀河鉄道999の銅像がそれぞれ設置されている。隣の南今庄駅とは、北陸トンネルを挟んで16.6km離れており、JR西日本の在来線で最も駅間距離が長い区間である。
穀物以外の食材では海産物や野菜が多く、鳥を奉げる神社は少なくないが、獣肉を奉げる神社は限られる。『延喜式』第七巻祗七に記載された大嘗祭の品目によると、神酒の他に鰒、烏賊、いりこ、魚腊（いおのきたい）、胎貝、堅魚（かつお）、興理（より）、刀魚（といお）、鮭などの海産物、海菜（もは）、昆布（ひろめ）、海松（みる）、紫菜（のり）などの海藻類、梨子、橘子、柿、柚、栗などの果実、未豆子（ふきまめ）、大豆、小豆などの豆類、搗き餅、捻り餅、勾り餅などの餅類、おこし米などが奉げられたと記録されている。第五巻祗五の斎宮の品目には、米、栗、白酒、黒酒、油などに加え鰒、堅魚、烏賊、螺（さざえ）、年魚（あゆ）、鮒などの記録があり、この内、堅魚、年魚、鮒については、煮た堅魚、塩煮の年魚、醤煮の鮒など、調理方法の記録もある。禁葷食を求められる神饌がある一方、賀茂別雷神社ではニンニクが奉げられ、獣肉を奉げる例としては、銀鏡神社で行われている「オニエ」と呼ばれる、その年に狩猟された猪の頭部を奉納する儀式で奉げられる神饌がある。あるいは、護国神社などの実在した人物を祀る神社では、ビールや煙草といった既製品が奉げられる場合もあり、これらもまた神饌である。その土地の特産品や古事にあやかった神饌が奉げられることも多く、それらは現代に受け継がれ、その土地独特の神事として形を残している場合がある。例として奈良県の牛蒡喰神事、島根県の茄子神事、滋賀県の胡瓜祭り、京都府の山葵祭り、イタドリ祭り、福島県の生姜祭り、秋田県の牛尾菜祭り、長野県のウド祭り、東京都のスモモ祭りなどがある。豊かな実りを表す食材の他にも、福井県三方郡美浜町にある彌美神社、青森県三戸郡南部町にある諏訪神社、島根県松江市にある美保神社などでは野老（ところ）とよばれる、日常的には食べない食物が奉げられている。彌美神社では飢饉が起きた際にこれを食べて飢えを凌げたことを感謝し奉げられているとされるが、それに対して美保神社では、江戸の元禄期に書かれた『本朝食鑑』に「白髭が多く、多寿の祝いとして正月の蓬菜飾りに用いていた」という記述があるため、縁起物として神饌に納められたのではないか、と考え、諏訪神社では薬として用いられる風習があったため神饌として奉げられていたのではないか、と同じ食材に対して三者三様の解釈がなされている。