『新スタートレック』の美術設定を担当したマイケル・オクダは本作の大ファンであり、フェイザー銃に関する設定に際して「『fushigi-no-umi』なる超伝導結晶体から発せられるナディオン放射を応用したビーム」と定義づけた。つまり、不思議の海という超伝導結晶体とはブルーウォーターのことで、ナディオン放射はナディアをさす。
2004年4月7日よりNHK教育で再放送された際、同年10月23日に発生した新潟県中越地震の直後に放送された第30話では、地震によって地割れが発生する場面がカットされた。翌週は特番によって休止となり、その後は第31話を飛ばして第32話から放送が再開された。第32話冒頭の「これまでのあらすじ」は、第31話から地震に無関係な場面のみを編集し、井上による新録ナレーションを付けたものへ差し替えられた。なお、この再放送に際して開設された公式ホームページ（2012年にリニューアル）では、第31話のあらすじを掲載している。
もともと、放送休止で放送期間がかなり押していたとはいえ、当初の予定では1991年3月29日に最終話が放映されるはずだった。だが、突然2週に渡りNHKスペシャルの放送が割り込んでしまい（放送休止日に放送された番組としてはNHKスペシャルが7回と最も多い）、最終話の放映は4月12日に延びてしまう。最終話に向けて『ナディア』の特集を組むことが予定されていた各アニメ雑誌は、この影響を大きく受けた。当時の月刊主要アニメ誌である『アニメージュ』『アニメディア』『月刊ニュータイプ』はいずれも首都圏では10日に書店に並ぶ。「3月29日最終回放映」を前提に、4月10日発売の誌面には揃って『ナディア』最終話特集を組んでいた。しかし雑誌発売後に最終回が放送されることになり、表紙が「最終回特集」から「最終回直前特集」に切り替えられることになった。特に『アニメージュ』に至っては毎年5月号で発表されていた「アニメグランプリ」で当時4冠を達成していたことで特集が組まれていたため、未放映の内容に関する記述が多数見られた。
1990年の本放送では中盤以降放送休止が相次ぎ、3クールの放送に、ほぼ1年を要した。中でも第20話と第21話の間は4週間連続で放送が延期となった。NHK側から休止が入ると聞かされていたがあれほど放送休止が相次ぐとは思わなかったとガイナックス社長だった岡田は後に語っており、放送休止のために1年間52話の予定が39話に短縮されたと言われることもあったがこれは誤りである。一方で、そのために制作スケジュールに余裕が生じた。
岡田斗司夫のブログによると、あまりにも自由な製作方針に、依頼したNHKのプロデューサーも「何やってもいいよとは言ったけど、ここまでやれと言ったつもりはない!」と、怒りのあまり本当に口から泡を出して入院したという。ただし岡田は、そこまでしても路線変更せずに、最後までやらせてくれたNHKサイドを賞賛している。庵野によるとプロデューサーの下に交渉に行く際、周囲への根回しをした上で描き直しが間に合わない段階で絵コンテを持っていき「これでダメなら続けられません」と言って認めさせたという。岡田同様に庵野もプロデューサーを最終的には「好きにやらせればおもしろくなりそうだ」と任せてくれた度量の広い人だったと語っている。
ガイナックスに下りて来た制作予算は1話につき約1000万円程度で『トップをねらえ!』とほぼ同じであると当時ガイナックス社長だった岡田斗司夫が後に語っている。「制作費の多くを最初の数話で使ってしまい、その後は資金で非常に苦労した」と後に報道番組で作者らが語っている。また、各話の制作時間がシリーズで一定しておらず、ナディアの作品の質に、著しいばらつきがあるのはこのためである。
エンディングのアニメはセピア調の世界名作劇場風な絵柄だが、そのテーマは「飛行機をジャン達が追いかけて、もう少しで届きそうなのに、ついに飛行機は飛んでいってしまい、カメラフレームからも外れてしまう。それによって夢というのは、そんなに簡単に実現できるものではない」という辛辣なものであることを庵野は語っている。
1983年3月24日、大阪府枚方市に創業。初名は蔦屋であり1号店の店名は「蔦屋書店 枚方駅前店」。ちなみに、TSUTAYAの名前の由来はTSUTAYAの創業者である増田宗昭（現カルチュア・コンビニエンス・クラブ（株）代表取締役社長兼CEO）の祖父が営んでいた事業（置屋）の屋号が「蔦屋」であったことによる。「江戸時代の地本問屋「蔦屋」の主人で、写楽を世に送り出したとも言われている蔦屋重三郎にあやかり名付けた」という説もあるが、1999年までに社内教育用に使用された書籍には増田宗明の祖父の置屋の屋号に由来すると書かれているのみである。蔦屋重三郎由来説は、後に増田宗昭の知人から置屋由来よりイメージがよいので使用されてはいかがでしょうかというアドバイスによる後付けである。レンタル事業を軸とした「TSUTAYA」（蔦屋）のほかに、レンタルビデオ店の「ビデオ100」、ライフスタイル書店の「蔦屋書店」（TSUTAYA BOOK）、新たな読書スタイルを提供する書店の「TSUTAYA BOOKSTORE」、ショッピングセンターと融合したBOOK（新本・中古本）&CAFE（スターバックス）の「草叢BOOKS」、アメリカ西海岸をイメージした中古本を核とした複合施設の「TSUTAYA BOOK GARAGE」、24時間くつろげる本屋の「TSUTAYA BOOK APARTMENT」などの店舗ブランドがある。