当初の計画案では、駅を3階建てとし、2階に京福電気鉄道（現在のえちぜん鉄道）が乗り入れ、3階に新幹線が乗り入れる予定だったが、景観・予算を勘案した結果、2階建てで決着した。その後、先行的に新幹線ホームを竣工させ、そこに京福電気鉄道を乗り入れさせて暫定的に高架化することが考えられたが、北陸新幹線の着工が具体化すると、今度は新幹線とえちぜん鉄道がそれぞれ単線で高架駅に乗り入れる案が浮上した。この案では、三国芦原線は高架化せず、LRT化した上で福井鉄道に乗り入れるとされた。しかし、2011年に北陸新幹線を金沢駅 - 敦賀駅間で着工されることが決まると、途中駅となる当駅を単線とするには難があることから、結局えちぜん鉄道の福井駅は現在線（当初計画の仮線）の位置に独立して設置されることとなった。この計画では、まず北陸新幹線の高架を完成させ、そこにえちぜん鉄道を乗り入れさせる。その上で現在線の位置に高架駅を建設するもので、2015年9月27日に仮線へ移転した。2018年6月24日にえちぜん鉄道高架橋での営業運転を開始。ホームは当初、1番線が勝山永平寺線、2番線が三国芦原線になっていたが、勝山と三国港の位置関係を考えて順序が入れ替わった。その後、新福井駅 - 福井口駅間が単線になると、番線・方面の区別がなくなった。
西口に大きな中央改札口があり、現在の金沢駅と同様に駅構内（東口）と駅ビル内にもそれぞれ改札口が設置されていた。駅ビルは「福井ステーションビル」と称し、駅ビルの改札については駅ビルの営業時間内にのみ利用可能となっていた。ステーションビル内には宿泊施設｢福井ステーションビルホテル｣も所在していた。また、駅舎内の通り抜けは一切できない構造のため、反対側に連絡する際は改札外のある地下道を通る必要があった。また、ホームでは当地の名産品の一つ「ハープ」を使用した接近・発車メロディが採用されていた。JR西日本管内の北陸地方主要駅では1980年代後半から1990年代初頭にかけて富山・金沢・福井の順に、所在地とゆかりのある楽曲などをメロディに採用する取り組みが行われていた。この楽曲を作曲したのは当地出身でハープ奏者の雨田光示で、1990年12月25日から2000年2月8日の北陸線CTC化まで10年間採用されていた。採用当初は2曲が用意されていたが、使用終了時点では1曲のみが使用されていた。
2005年6月に建設が開始され、2009年2月にホーム800m分が完成した。主要駅にも関わらず1面2線のシンプルな構造で、新幹線のホームとしては全国的にも珍しい（他には通過線があるが三島駅など。当初と構造が異なる理由は、えちぜん鉄道の項を参照）。「2面4線にすべき」との声も挙がっているが、用地不足やえちぜん鉄道の高架化の関係で実現できないとされる。そのため、利便性（構造上の問題を解決するための特例等）に関する要望が出されている。新幹線駅デザインは市内産の笏谷石を使用して「和」を演出し、外観に関しては一乗谷朝倉氏遺跡の唐門をモデルである。ホームの天井・床も木調にする。
ウィリアム1世は1069年のクリスマスをヨークで迎えた。翌年にかけての冬における彼の戦略には、現代の歴史家の中にはジェノサイドという評価を与えている者もいる。同時代のイングランドの年代記者たちは、この北部の蹂躙をウィリアム1世の最も冷酷な業績であり「彼の魂の汚点」であると記述している。約50年後に、アングロ・ノルマン人の年代記者オーデリック・ヴィタリスは、以下のように記録している（要約）。王は彼の敵を追い詰めるためには手段を択ばなかった。彼は数多くの人々を斬り殺し、家々や土地を破壊した。他所では、彼はここまでの冷酷さを示すことはなかった。これは大きな転換点だった。恥ずべきことに、ウィリアムは自身の憤怒を抑えようともせず、無辜の人々を犯罪によって罰したのだ。彼は穀物、家畜、農具、食料を焼き、灰とするよう命じた。10万人以上が飢え死にした。私はこの本の中でよくウィリアムを称揚するが、この凶悪な虐殺については何も良いことは言えない。神が彼を罰するだろう。ウィリアム1世はエアー側以北の地域を破壊して回った。彼の軍は食料を焼いて住民を殺し、反乱兵を追いやった。年明けからは、ウィリアム1世は軍勢を小分けにして各地へ送り、徹底的な放火、略奪、破壊作戦に移行した。ウスターのフローレンスによれば、ハンバーからティーズ川に至るまで、すべての村が焼かれ、住民が殺害された。備蓄食料や家畜も徹底的に排除され、辛うじて虐殺を生き延びた者たちも真冬の飢餓に苦しむことになった。食人が横行したことで、生存者はさらに数を減らしていった。イブシャム修道院年代記によれば、遠くウスターシャーにまで難民が流れ着いた。1086年になっても、ヨークシャーやイングランド北部は荒廃したままだった。ドゥームズデイ・ブックには、「荒廃している（wasteas est）」とか「無に帰している（hoc est vast ）」などといった言葉が並んでいる。全体では、調査された土地の実に60パーセントが荒地であり、また66パーセントの村に荒地があることが記録されている。肥沃な地域でも、その価値が1066年と比べて60パーセント下落していた。生存者はかつての人口のわずか25パーセントにとどまり、実に8万頭の牛と15万人の人口が消えていた。また考古学の調査によっても、大規模な破壊や人口減少があったことが証明されている。考古学者リチャード・アーネスト・ミューアによれば、1069年から1071年の間にヨークシャーの住民が硬貨を地下に埋めていることから、この時期に暴力的な社会崩壊が起こっていたことが分かるという。B・K・ロバーツは著書『イングランドの村の起源』（The Making of the English Village）において、ダラムとヨークシャーにおいて数多くの村が類似した構造をとっているのは、ある一時期に人口自然増加に反する大規模な社会再編が起こったためだとしたうえで、そのような事件が平時に起こるとは考え難く、北部の蹂躙に関係しているに違いないと述べている。実際に、ウィリアム1世とともに現れたノルマン人諸侯は、征服地に似たり寄ったりな植民地を築く傾向があったことが知られている。