日蓮が12歳で清澄寺に預けられた当時、清澄への女性の入山が禁じられていた為、日蓮は女人堂で母と会ったとされる。日蓮は故郷への思いが修学の妨げになるとして母に来訪しないよう伝え、母は石に座り込み涙を流したと伝わる。当時の女人堂跡地には母の涙の跡が表面に残る涕涙石があったが、道路の拡張により埋められ、現在は記念碑が建てられている。
建治2年（1276年）改宗せずも日蓮に理解を示した師・道善房が没した。日蓮（55歳）は「報恩抄」を著し、弟子を遣わして同書を師の墓前に供え、深い感謝を捧げた。報恩抄の最後は「されば花は根にかへり、真味は土にとどまる。此の功徳は故道善房の聖霊の御身にあつまるべし」と結ばれている。報恩抄は日蓮の著述の中でも五大部の１つされる重要な書物である。道善房没後670余年、昭和24年（1949年）清澄寺は日蓮宗へと改宗した。
建長5年(1253年)4月28日、清澄寺で帰山報告を兼ねた説法会を行った日蓮は、文献を基に浄土宗を批判し法華経が最も優れた経典と語った。この説法は念仏信者の反発を呼び、日蓮を捕える動きがあったが、師・道善房や兄弟子らの助けによって日蓮は安房国を脱した。後世の伝記によればこの日の朝、日蓮は旭が森に登り、朝日に向かって題目「南無妙法蓮華経」を唱えたとされ、日蓮宗では4月28日を記念して立教開宗の日としている。また日蓮はこの後、蓮長から日蓮へと名を改めている。
承久4年（1222年）2月16日、日蓮は安房国長狭郡東条郷（現・千葉県鴨川市小湊）で生まれた。善日麿と名付けられた日蓮は、12歳になると清澄寺に預けられ薬王丸と改名、住僧・道善房に師事して16歳で出家得度し是聖房蓮長の名を授かった。本尊の虚空蔵菩薩に「日本第一の智者となし給へ」と祈願した日蓮は、鎌倉・京都・比叡山・高野山・天王寺などへ遊学、清澄寺に戻った時には32歳となっていた。
清澄山の主峰は標高377mの妙見山で、千葉県で3番目に高い山である。なお、本堂付近の標高は約310メートルである。南房総国定公園に含まれており、北斜面には暖帯性、南斜面には亜熱帯性の植物が自生する植物分布の境界となっている。また、安房・上総の分水界であり、養老川や小櫃川も清澄山を源流とする。地質学的には新第三紀に形成され、泥板岩や砂岩で構成される。山周辺には旭が森があり仏舎利塔も建つ。清澄山は本土で一番早く初日の出が拝める場所でもあり節分には豆まきも行われている。また、山周辺の一帯には東京大学農学部の演習林がある。
寺の縁起によれば、旅の僧（聖僧）が当地を訪れて虚空蔵菩薩を祀る一寺を建立し、山岳信仰の霊場となったという。僧の素性は不明で、「不思議法師」と呼ばれた。山頂近くに古い柏の木があり怪しく千光を発していたことから山号を千光山とし、柏の木の下に水の涸れた池があって、加持すると清泉がたちまちに沸いたことから寺号を清澄寺としたという。
1953年にフォートエリー競馬場のダート5ハロンの競走として創設。1962年には施行距離を芝8ハロンに変更。1985年よりウッドバイン競馬場での開催となる。1999年にG2に格付けされるが、2006年にはG3降格。2012年よりG2に再昇格。2018年よりG1に昇格されることになった。出走条件は2歳馬限定。賞金総額は20万カナダ・ドル。
1796年（寛政8年）、西本願寺の第7代能化職に就任し、前任の功存が著した『願生帰命弁』を元に三業帰命説（三業安心説、新義）を受け継ぎ広める。しかしこの説に不審を抱いた安芸の大瀛、河内の道隠など在野の学僧（古義派、正義派）が、智洞を代表とする学林（新義派、三業安心派）を批判した。これは単なる教義論争に止まらず、各地の門徒を巻き込み、流血の大紛争に発展した（三業惑乱）。門主をはじめとする宗門は事態を収拾できず、江戸幕府の京都所司代や寺社奉行が介入するところとなり、1803年（享和3年）4月、京都所司代の命により、二条城で智洞は大瀛・道隠と討論し、同年5月、京都所司代は智洞ら関係者40人を入牢させた。翌1804年（文化元年）1月には江戸に移送され、寺社奉行の取り調べを受けたが、智洞はこのとき罪人として鶤鶏籠に入れられ江戸へ護送されている。5月、論敵の大瀛が獄死する。智洞は1805年（文化2年）4月26日に回心状を提出するが、同年10月22日、八丈島遠流の刑が決まっていた彼は、行刑前に江戸の獄中にて70歳で死去した。1806年（文化3年）、寺社奉行・脇坂安董は三業帰命説を異安心（異端）と審判し、西本願寺門主の本如もこれを追認して事態は収拾した。西本願寺は教学のトップで門主以上の権力を持っていた能化職を1807年（文化4年）に廃止し、1824年（文政7年）に任期1年の勧学職を置いた。