第5条で、両国貨幣の金銀等価交換が認められている。当時の日本の銀貨である一分銀は貴金属としての価値を基にしたものではなく、幕府の信用による表記貨幣であった。このため、日本の金銀比価は金1に対し銀4.65であり諸外国の相場（金1対銀15.3）に比べて銀の価値が高かった。幕府は下田協約の交渉過程で金貨基準の貨幣の交換を主張したが、ハリスは当時のアジア貿易で一般的であった銀貨基準（洋銀）の交換を主張して押し切っていた。但し、草案には日本通貨の輸出禁止が含まれていた。しかしながら、幕府は洋銀と一分銀の交換を嫌い、交渉の過程で外国通貨の国内流通を提案した。ハリスもこれには同意したものの、日本商人が外国通貨に慣れるまでの1年間は日本通貨との交換を認めるように要求した。幕府はこれに合意し、かつ日本通貨の輸出を認めた。結果として金の流出やインフレーションによる経済の混乱を引き起こすこととなった（幕末の通貨問題）。幕府は貿易専用通貨である安政二朱銀の発行により金の流出を回避する予定であったが、条約違反と非難され安政二朱銀の通用は僅か22日間で停止されている。この問題は万延小判が発行され、国内の金銀比価が国際水準となるまで約1年間続いた。
関税率は本文ではなく附則である貿易章程で決められている。当時日本側に関税自主権という概念がなかったため、関税率の設定だけが問題となった。幕府側は輸出税・輸入税を12.5%とすることを提案し、ハリスは輸出税は無し、輸入税は20%（一部商品は例外として、0%、10%、35%）を提案した。最終的に、輸出税を5%とし、一部輸入税を10%から5%とすることで合意した。但し、ハリスは輸出税を認める代わりに草案にあった双務的な最恵国待遇を撤回した。
草案では、アメリカ人は日本人と雑居できることとなっていた。しかし幕府側は外国人の居留を一箇所にまとめることを主張し、ハリスは「出島のようにならないこと」を条件に居留地の設定を了承した。草案では1年以上日本に滞在したアメリカ人は、領事の許可があれば商取引のために日本国内を自由に旅行できるとなっていたが、幕府はこれを拒否した。第7条で「遊歩規定」が設けられ、一般人が日本国内を自由に旅行することや居留地外で商取引をすることが禁じられた。
1994年にアフリカ民族会議が政権を取って以降のアパルトヘイト後の南アフリカに対して虹の国というメタファーを作り出したのはツツだと一般に信じられている。この表現はこれ以来、南アフリカの民族多様性を表す言葉としてメインストリームの意識の中に加わった。彼はこのメタファーを、多人種の抗議者たちを指す「神の虹の民（rainbow people of God）」という表現の中で1989年に初めて使用した。ツツは解放派神学者（liberation theologians）が「批判的連帯」（critical solidarity）と呼ぶ立場を唱道した。すなわち、民主化勢力諸派に支援を行うと同時に、彼らへの批判をためらわなかった。彼は、派手な色（brightly coloured）のマディバ・シャツ（ツツはこれを不適切な服装と見做した）の着用のようないくつかの点でマンデラを批判し、マンデラは冗談半分に、ドレスを着る男からそんなことを言われるとは皮肉なことだと返した。より深刻なツツの批判は、マンデラが南アフリカのアパルトヘイト時代の軍事産業との関係を維持していたことと、新たに選出された国会議員への多額の報酬についてのものであった。マンデラはツツを「ポピュリスト」と呼んでやり返し、ツツはこうした批判を公然とするのではなく個人的に提起すべきだと主張した。アパルトヘイト後の政権が直面した重大な難問は、過去数十年にわたって国家と反アパルトヘイト活動家の双方によってなされた多数の人権侵害にどのように対応するかというものであった。国民党は全般的な恩赦を望んだが、ANCは以前の政府要人の審理を望んだ。アレックス・ボレーヌはマンデラ政府が真実和解委員会（TRC）の設立についての法律を作成するのを助けた。この法案は1995年7月に議会を通過した。ナトールはツツが真実和解委員会の17人の委員の1人となる案を提示し、9月の主教会議で公式にかれをノミネートした。ツツは真実和解委員会が3つのアプローチを採用することを提案した。第一は告白であり、過去の人権侵害に責任を負う者はその行動を全て明らかにすること。第二は赦しであり、訴追されることから法的に恩赦されるという形をとる。第三は賠償であり、加害者が被害者に償うというものであった。マンデラは真実和解委員会の委員長にツツを、ボレーヌを副委員長（his deputy）に任命した。真実和解委員会は重要な事業であり、300人以上のスタッフを雇用し、3つの小委員会（committees）に分かれ、同時に四つまでの聴聞会を開催した。真実和解委員会の中で、ツツは「修復的司法（restorative justice）」を提唱した。彼はこれを伝統的なアフリカの法学の特性である「ウブントゥ（ubuntu）の精神の中で」捉えていた。委員会の長として、ツツは、反アパルトヘイト活動家であった委員とアパルトヘイト制度を支持していた人々の間の多数の疑惑とともに、数々の個人間の問題に対処せねばならなかった。ツツは「我々はオペラの主演女優の集団（bunch of prima donnas）のように自意識過剰で、多くの場合過敏であり、侮辱を受けると、それが実際の侮辱であれ、ただそう受け取っただけであれ、簡単に立腹した」ことを認めた。ツツは祈りと共に会議を開き、真実和解委員会の業務について議論する際にはしばしばキリストの教えに言及したため、明確に世俗的な組織の中にあまりにも多くの宗教的要素を入れることに批判的な人々を苛立たせた。最初の聴聞会は1996年4月に開かれた。この聴聞会は公に放送され、南アフリカの社会に重大な衝撃をもたらした。ツツは恩赦を与える小委員会をほとんど制御しておらず、代わりに反アパルトヘイト派とアパルトヘイト体制の要人によって犯された人権侵害の記録の聞き取りを行う小委員会で議長を務めた。被害者の証言を聞きながら、ツツは時折感情に圧倒され、聴聞会の間に泣いた。彼は加害者を赦すことを表明した被害者を選び出し、彼らを中心テーマとして用いたとして使用した。ANCのイメージはその活動家の一部が拷問、民間人への攻撃、その他の人権侵害を行っていたことが暴露されたことで汚された。ツツは1998年10月にプレトリアで行われた公式式典で、5巻からなる真実和解委員会の報告書をマンデラに提出した。最終的に、ツツは真実和解委員会の成果に満足し、（その欠点は認識していたが）これが長期的な和解の一助となると考えていた。