1990年に組織改正を行ない、国立医療・病院管理研究所となり、研究内容も政策がメインへと変化した。1992年に戸山庁舎に移転、3研究所及び向かいに隣接する国立国際医療センターは連絡協議会を開くなど、交流を密にしていた。行政改革の影響を受け、1995年1月に厚生省は8つの研究所を6つに再編する案を出した。当研究所は国立保健医療福祉政策研究所（仮称）として国立公衆衛生院と統合する計画が打ち出された。2002年4月に国立保健医療科学院として国立公衆衛生院及び国立感染症研究所口腔衛生部と統合、機能も埼玉県和光市に移転して現在に至る。
1961年、病院管理研究所に改組され、経営管理部・建築整備部・庶務課の2部1課体制が確立する。翌年、医療管理部が設置されて3部1課体制となる。1970年に研究所の一大事業として、日本でそれまで類書のない病院管理の叢書『病院管理大系』（全6巻、1970年-74年、医学書院刊）が出版される。筑波研究学園都市の建設に伴い、病院管理研究所は国土庁の依頼で筑波における医療計画を作成する。同時に研究所自体の筑波移転も問題となったが、実験病院がなく困ること、全国から研修に人が集まるため東京にあった方が便利であるという理由などから計画は消滅した。1975年に目黒区東が丘の国立東京第二病院敷地内の目黒庁舎に研修部を設置。担当は国立病院・療養所の病院長・副院長・事務部長・看護部長等の初任者研修などであった。戸山庁舎への移転計画（国立予防衛生研究所（予研）、国立栄養研究所との「三研合築」、日本版NIH構想）は1984年に発表されたが、地元では予研の移転反対運動が起こり、また建設予定地から人骨が発見されたり（陸軍軍医学校#人骨騒動を参照）、着工した後も建築差止訴訟が起こるなど混乱は続き、移転したのは1992年8月の研究所改組後であった。
1949年、厚生省設置法第23条により、東京都新宿区にあった当時の国立東京第一病院（臨時東京第一陸軍病院から承継した建物）の4階の一室に病院管理研修所が置かれたのが始まりである。予算は措置されたが定員は措置されず、所長は国立東京第一病院院長の坂口康蔵が併任し、所員は厚生省または東京第一病院の技官・事務官が併任した。研修所設置の背景には、GHQのジョンソン大佐が1948年1月10日に出した病院管理設立構想がある。大意は「GHQ関係者は日本の医療に満足しない。日本の病院の実情は欧州における中世紀のそれに等しい。病院改革の方法としては、国立東京第一病院を東洋一の模範病院として、それに病院管理に従事するものの訓練機関（School of Hospital Administration）を付属させる」というものである。背景には病院トップの経営知識の不足、経営管理・患者管理等の不徹底などがあったようである。研修は本科（2カ月研修、のち1カ月）と研修会（現任者研修、1週間研修）に分かれ、本科はマッキカーン（Malcolm T. MacEachern）の "Hospital Organization and Management" (Physicians' Record)をベースに講義が行われ、研修会は国立病院・国立療養所の病院長を対象としたリフレッシュコースであった。庁舎の建設は厚生省が予算要求を続けたが大蔵省が認めず、1955年に日本医療団の清算財産によって現在の新宿区戸山一丁目21番13号の地に整備された。設計は所員の小川健比子（のちに東海大学教授）の手による。
国立医療・病院管理研究所（こくりついりょう・びょういんかんりけんきゅうじょ）は、かつて存在した日本の研究機関。病院の経営管理や医療政策などを研究対象とした厚生労働省の試験研究機関であった。国立保健医療科学院の前身母体の一である。
ギリアムおよび脚本の共同執筆者トニー・グリソーニは、セルバンテスの大作（『ドン・キホーテ』）をアレンジして独自のドン・キホーテ物語を作り上げようとした。たとえば、マーク・トウェインの小説『アーサー王宮廷のコネチカット・ヤンキー』にヒントを得て大きな改変を加えた。映画では、サンチョ・パンサは最初にしか登場せず、21世紀から時間を遡ってやってきたトビー・グリソーニという人物と入れ替わる。その人物のことをドンキホーテがサンチョと勘違いする。ドンキホーテというキャラクターは、ギリアムの作品に共通する多くのテーマ（「個人」対「社会」、「正気」の概念など）を体現している。そのためギリアムは、この映画の製作に非常な情熱を燃やしていた。撮影はすべてスペインおよびヨーロッパ全土で行われる予定であった。ドンキホーテ役にはジャン・ロシュフォールが起用され、ロシュフォールは7か月をかけて英語を学び準備をしていた。トビー役にジョニー・デップ、トビーが思いを寄せる女性にヴァネッサ・パラディが起用されていた。『ロスト・イン・ラマンチャ』には、製作が始まってから明らかになった、この映画のスケジュールと予算面でのあやうさが描かれている。撮影初日、撮影隊は、近くにあるNATOの軍事演習所のせいで、屋外ロケが絶え間ない騒音に悩まされることを知る。ギリアムは、音声を後でダビングすることにして撮影を続行する。撮影2日目、洪水が発生して機材が損害を受ける。そればかりか、撮影が完了していないシーンがあるにもかかわらず、ロケ地の景観が恒久的に変化してしまう。数日後、ロシュフォールが故障を抱えていることがわかる。ロシュフォールは椎間板ヘルニアと診断され、それ以降の出演が無理であることが明らかになる。それによって映画の製作に終止符が打たれ、保険会社が1500万ドルの保険金を支払うこととなった。『ドンキホーテを殺した男』の脚本は保険会社に所有権が渡った。この映画は、かつて『12モンキーズ』のメイキングフィルム“The Hamster Factor and Other Tales of Twelve Monkeys”を撮ったKeith FultonとLouis Pepeがギリアム監督の支援を受けて製作した。