ベルリンの壁が崩壊すると、市街線は再び繁栄の時代を迎えた。1990年にはケルン行きの最初のインターレギオが運行された。1991年からインターシティ (IC) のカールスルーエ、ケルン、ハンブルク行きが市街線経由で運行された。1992年にはハンブルク線はドレスデンとプラハに延長された。トランジット列車時代からのミュンヘン行き急行は、ICに転換され、市街線経由で運行された。1993年6月16日にはヴァンゼー電子式信号扱所がSバーン向けに、また6月24日には長距離線向けに稼働を開始した。1993年7月から市街線の動物園駅から西側の区間に架線が張られたが、東駅から東側は既に1987年に工事が完成していた。こうしてICEの一時的停車駅ミッヒェンドルフと、一時的終着駅であったベルリン＝リヒテンベルク駅との間のシャトル列車が廃止された。
しかし運営側では区間網を改善し、沼地に位置するヴェストクロイツ駅を多大な労力を投じ改修した。1980年の東ドイツ国営鉄道（「ライヒスバーン」）のストライキの後、西ベルリンでは3路線のみが運行された。西ベルリン内のSバーンが1984年1月9日にBVGによって買収されると、同年秋に東ドイツとの交渉が開始され、西ベルリン内の市街線の改修と動物園駅の大規模な近代化が話し合われた。東ベルリンでも市街線で同様の工事が開始され、東駅は改築され、「ベルリン中央駅」と称することになった。その背景にはベルリン750周年記念祭があった。
1928年6月11日には、郊外区間ポツダム–市街線–エルクナー間が第三軌条方式で直流電化された。新型電車（ドイツ国鉄165型電車-ベルリン市街線用）が計5編成、蒸気機関車の間に交じって運行された。1928年11月までに、カウルスドルフ、シュパンダウ、グリュナウ、環状線からの路線が電化された。シュパンダウ郊外線は都市区間に転換された。蒸気機関車が撤廃されたのは、1929年になってからのことであった。環状線の半分を走行する列車は通勤時間帯のみとなった。1930年にはSバーン (S-Bahn) の呼称と、緑地に白字でSと書かれたロゴが市街線、環状線、郊外線に導入された。
既に1914年からフリードリヒ通り駅が改築された。長距離線ホームが4線に拡張され、これを覆うトレイン・シェッドが建設され、現在もその姿をとどめている。1922年から1932年に鉄道高架橋のアーチは、大規模な改修工事が行われた。レンガ造りのアーチはコンクリート製アーチによって補強され、鉄橋は補強または交換された。目的は建設後50年を経た市街線の近代化と、急行列車用で軸重20トンと重い蒸気機関車BR 01を市街線で使用可能にするためであった。これに関連して、アレクサンダー広場駅とシュレージッシャー駅の北側のトレイン・シェッドが更新された。郊外区間でもホームは高さ96 cmにかさ上げされた。これは大量に配備されることになるET 165の投入の準備としてであった。動物園駅は1934年から1940年に改築され、長距離線ホームが島式で1つ、またトレイン・シェッドが２つ増設されたが、ガラス張りとなったのは1950年代のことである。また有名な正面の張り出し部分が設置されたのもこの時である。
1952年（昭和27年）8月1日、保安庁警備隊が発足、海上保安庁航路啓開本部および各航路啓開部は保安庁に移管。掃海船艇も桑栄丸以下53隻が移管された。同年11月1日、呉航路啓開部に編入された。桑栄丸は戦後、日東商船より用船し、試航船として使用してきたが、昭和28年初頭に日東商船が本船の用船契約を解除しタイに売却する意向を示してきた。しかし、警備隊唯一の大型試航船の桑栄丸を失うと試航任務に重大な支障を来すこととなるため、保安庁警備隊では日東商船と交渉し1953年（昭和28年）3月2日、本船を8000万円で購入した。同年9月16日、警備隊の組織改編により航路啓開隊が廃止となり、呉地方基地隊に編入された。1954年（昭和29年）7月1日、防衛庁が設置され、海上自衛隊が発足し、同日付で艦種類別が改正され掃海艦の類別が設けられたため桑栄丸は掃海艦に分類された。同年10月1日、長官直轄部隊の第1掃海隊群が新編され、桑栄丸は直轄艦として編入され、試航任務のみならず、掃海母艦としての任務にも従事した。同年12月1日、艦名を「桑栄」と改めた。1957年（昭和32年）9月1日の訓令により自衛艦に艦種記号および番号が付与されることとなり、掃海艦にはGP（Guinea Pig の意）が付与された。しかし、番号は掃海艦は桑栄しかいなかったため付与されなかった。同年10月2日に東京湾羽田沖で実施された海上自衛隊初の観艦式には観閲部隊の観閲付属艦として参加した。なお、これが桑栄にとって最初にして最後の観艦式参加であった。1960年（昭和35年）10月1日、海上自衛隊艦船の類別区分が改正され、桑栄にも艦番号441が付与された。1961年（昭和36年）9月1日、第2掃海隊群が新編され桑栄は直轄艦として編入。掃海母艦としての支援任務のほか、輸送任務、潮流観測任務にも従事した。しかし、戦時急造船だったため、建造後18年経過すると船体、機関の老朽化が著しいため、1963年（昭和38年）3月1日、呉地方隊に編入。同31日、自衛艦籍から除籍され、波乱に満ちた18年の生涯を閉じた。海上自衛隊の艦船では珍しく、除籍まで漢字名のままであった。