ボードゲームではターン終了時にミニゲームが発生する。発生するミニゲームのジャンルは各プレイヤーが止まったマスの色によって決定され（緑色のマスの場合は、赤色か青色にランダムで色が変化する）、ミニゲームで勝利したプレイヤーは10コイン得られる。ただし、「ボーナスミニゲーム」の場合は勝ち負けは無く、ミニゲーム中に集めたコインをそのまま得られる。今作はコインをかけて戦う2人用の「けっとうミニゲーム」や、全員からコインを集めて、ミニゲームの勝敗結果に応じて集められたコインが分配される4人用の「バトルミニゲーム」が追加された。また、今作の1人用のミニゲームはアイテムマスに止まった際の「アイテムミニゲーム」と一部のミニゲームのみとなった。ミニゲームは新作の他、前作で好評だった一部の物も改良を施して収録されている。今作から、ミニゲームの説明画面で大まかなミニゲームの感覚を掴む目的でそのミニゲームの練習ができる「れんしゅう」モードが追加された。このような初心者に対しての考慮が施されるなど、一部のシステムが改善されている。さらに今作からは「4人用」「1vs3」「2vs2」のミニゲームで勝利したプレイヤー・チームには10コインが与えられるというルールに変更され、前作のようにミニゲームで負けるとコインを失う・奪われるルールは廃止された。ミニゲームは次の6ジャンルに分けられ、全部で65種類ある。カッコ内は「ミニゲームコースター」のコース番号を示す。以下では、「ミニゲームランド」の「ミニゲームパーク」で表示されるリストの順に記述する。なお、一部のミニゲームにおいては最高記録が保存されるものがあり、それについては任天堂公式記録を記述する。
インフォメーションセンターでプレイしたい「テーマランド」を選ぶと、1 - 4人でボードゲームをプレイすることができる。はじめにプレイするテーマランド（ボードマップ）を選び、ワープドカン内で「参加人数」「使用キャラ」「COMプレイヤーの強さ」「ターン数（20・35・50のいずれか）」「ボーナスのあり・なし」を設定し、最後にターンの順番を決めるとゲームが始まる。設定したターン数が終了した時点で最も多くのスターを持っていたプレイヤーが「スーパースター」となる。
基本的には前作とほぼ同様のシステムだが、数々の新要素が追加され、ボードゲームではルールも一部変更された。ボードゲームでは、テーマランド（ボードマップ）ごとに、キャラクターが専用の衣装に着替えて、プレイをする。また、今作からは新しく「アイテム」を使用するシステムが追加された（詳しくは「アイテム」の節を参照）。前作ではボードゲームを1周することでガイドのノコノコから周回ボーナスとして10コイン得ることができたが、今作以降のノコノコのシステムは撤廃され、「ノコノコバンク」としてノコノコバンクマスを通過すると5コインを貯金として減らされるものになった。ミニゲームでは、新たに「バトルミニゲーム」「けっとうミニゲーム」「アイテムミニゲーム」が追加された。今作のボードゲームなどで集めたコインは、「キノキオ」が販売するミニゲームを購入する際に使用する。また、ボードゲーム内で集めたスターは、ゲーム終了後にスター1枚につきコイン50枚と交換される様になった。前作と違い、COMプレイヤーが集めたコインも手に入る。「ミニゲームランド」では、前作に収録されていた1人用のミニゲームアイランドをリニューアルした「ミニゲームコースター」が用意された。前作のミニゲームアイランドと同様に、ミニゲームを1つずつクリアしていくルールだが、今回は後戻りが出来なくなった。また、はじめに「かんたんコース」「ふつうコース」「むずかしいコース」から、難易度を選べるようになった。
そして五卿も、本日（15日）より十日の猶予をもって九州へ移動することを約束した書状を月形へ渡した
また五卿は、十日の猶予の間に一人二人が萩に赴き、藩主父子に別れの挨拶をすることを月形に伝えた
これまで親身に付き従ってくれた諸隊に報いるため、最後に藩主と面会し正義派の復権を求める為であったとされる
同日、福岡藩士喜多岡勇平は萩の天樹院を訪れ、野山獄に繋がれた正義派高官の前田楢崎の罪を赦し、重役へ登用するよう再び請願した
また同日、総督府巡見使の先発・尾張藩士長谷川敬が萩に到着した
12月16日、高杉らは馬関新地へ到着し会所を襲撃した
高杉らは会所襲撃は食料金銭を取れれば良く、人を殺すのは悪いと考え空砲を撃った
馬関総奉行の根来親祐（根来上総）らもすぐに降伏し、会所は遊撃隊が占拠した
遊撃隊隊士は根来に、俗論派と見做す役人を引き渡すよう強く求めた
根来が引き渡した際の処置を尋ねると、斬首して晒首にすると息巻く
根来は、海を隔てて征長軍と対峙している時に、内輪揉めをする場合ではないと遊撃隊隊員を叱責して下がらせ、役人には萩へ帰還するよう言った
役人は萩への道中に暗殺されるかもしれず、会所に留まりたいと言った
根来は先ほどの遊撃隊隊士を呼び寄せ、役人は駕篭で萩まで送るが暗殺しないよう言い聞かせ、隊士は決して暗殺はしないと約束し、その通りになった
流血は避けられたものの、会所襲撃を察知した長府藩が事前に密告をした後であり、会所側は既に金穀を移動させていた
楷書に金を宛てにしていて軍資金がない高杉らに同情した根来親祐は、幾ばくかの金銭を与えたが80人以上の人員の経費を賄うことは出来なかった
そのため伊藤俊輔が、高杉と親しい馬関の豪商入江和作らの元を走り回り二千両の大金を借りだした
他にも馬関周辺の住民は決起した高杉らに好意的で、120人ほどの志願兵が馬関会所に来たという
そしてその後も志願兵は増える一方であったという
会所を掌握した後、高杉は18名（20名説もあり）からなる決死隊を組織し、三田尻の海軍局に向かい「丙辰丸」など軍艦3隻を奪取しようとした
決死隊は3班各6人に別れ、3隻の軍監に乗り付けた
高杉は決起を告げ、俗論派政府打倒のため立ち上がることを迫った
この後の経緯は不明な部分があるが、12月26日前後には説得が功を奏し、長州海軍の3隻はすべて正義派の隷下となった
（丙辰丸と庚申丸の奪取には至らなかったものの癸亥丸艦長福原清介の説得には成功したという異説もある）
このように高杉は功山寺で決起し、馬関の会所ならびに海軍局を襲撃したが、どちらもほぼ無抵抗で占領を許し死亡者を出さなかった
現場では正義・俗論の両派とも武力衝突による流血を回避した