1950年代から1980年代にかけ、朝鮮総連は北朝鮮を「地上の楽園」などと宣伝し、在日朝鮮人とその家族の多くを永住帰国・移住させた。1959年（昭和34年）には韓国の工作員によって妨害爆破テロや朝鮮総連幹部へのテロ未遂事件が起きた（日赤爆破未遂事件）。これが原因となり、2000年代に入り脱北者を中心に相次いで朝鮮総連に対し訴訟が行われている。2008年（平成20年）6月には、日本在住の脱北女性が朝鮮総連を相手に大阪地裁に訴訟を起こし、原告女性によると、朝鮮総連の「北朝鮮は地上の楽園」などという嘘の宣伝により北朝鮮へ帰還したが、実際は過酷な労働を強いられ、拷問され、差別され、囚人や奴隷と変わらない生活を強いられ、「（朝鮮総連は）人をだまし、組織的に誘拐した。人権と自由を無差別に奪った悪魔みたいな団体だ」「私1人の問題ではない。今も強制収容所の中で必死で生き延びようとしている人がいる」と訴えた。この訴えに対し、朝鮮総連は「同胞社会と日朝関係に害を与える以外のなにものでもない」と主張した。
北朝鮮本国では度々記念切手に登場している。1965年（昭和40年）4月27日には「総聯結成10周年」の記念切手が発行され、背景に総聯ビルを配し日韓基本条約締結反対運動をする群衆が描かれるなどしている。また北朝鮮郵政当局は1970年、1975年、1985年、2005年にも総聯ビルを描いた切手を発行している。
朝鮮総聯は、北朝鮮の韓国への対南工作に協力しているとされている。1974年（昭和49年）8月15日、日本からの解放記念日である光復節の祝賀行事をソウルの国立劇場で開催中、当時の大韓民国大統領・朴正煕の妻・陸英修が在日韓国人の文世光（ムン・セグァン、문세광）に射殺された（文世光事件）。文の目的は朴大統領の暗殺だったが、韓国の警察による捜査によれば朝鮮総連の関与が明白であるとされた。これは赤化統一を目指した文が朝鮮総連の支援を受けながら、大阪府大阪市中央区の高津派出所から拳銃を窃盗したり、韓国への偽造ビザや偽造パスポートを作成したとされたためである。この韓国側の主張に対して、日本政府が朝鮮総聯の関与を否定したため、韓国内では反日感情が高まり日韓関係は国交正常化後、最悪の状態に陥った。日本がこのような態度に出たのは中華人民共和国との国交正常化から日が浅かったため朝鮮総連を刺激したくなかったのではないかとされているが、実際にはこの時期の中朝関係は文化大革命の影響で冷却化しており、真偽は不明である。なお、朴の娘である朴槿恵が北朝鮮を訪問した際、金正日総書記が北朝鮮の関与を認めて謝罪したため、朝鮮総聯が朴正煕大統領暗殺の工作に関与していた証左とされている。
2010年（平成22年）6月12日、朝鮮総連が朝鮮学校の生徒の父母らに対し、文部科学省に朝鮮学校への高校授業料無償化の適用を要請する電話攻勢をかけるようノルマを課していたこと、また同時に、複数の日本人になりすまして電話回数を稼ぐよう指示していたことが内部文書から判明した。産経新聞は「総連の無償化運動がモラルを著しく逸脱し、北朝鮮同様に統制された組織動員のもとで展開していた実態が明らかになった」と評している。この問題に付随して、土台人による「朝鮮学校問題に係る在日スパイ被疑事件」が発覚し、警察による捜査が行われた。
元THE POGOの小河原良太が中心となり、RYOTA BANDを経て1995年に結成、同年『JIG HEAD』をリリース。1996年、ベースレスのスリーピースバンドとなりその体制での初の音源である『Get a Monster』をカセットテープで発売し即完売。その後も自身のレーベルであるLUNKER KILLER RECORDSから音源を発表し、数年でライブハウスでの人気を不動のものとする。1998年7月14日、thee michelle gun elephantの推薦でリキッドルーム記念イベントに出演。1998年9月にはタイガーホールレーベルから『thee michelle gun elephant vs JIGHEAD』7"EPを発売し、即完売。1999年にはP-VINE RECORDSからアルバムデビュー。1999年10月17日、赤坂ブリッツでボブログ三世・ゆらゆら帝国らと共演、圧巻のステージで洋楽ファンにまでその名を知らしめた。翌2000年、thee michelle gun elephantの強い要望からTRIPPIN' ELEPHANT RECORDS（販売：日本コロムビア/ユニバーサル・ミュージック）に移籍し、同レコード会社からアルバムを3枚発表。2003年07月18日新宿LOFTにてJIGHEADイベント「PSYCHO JUSTICE」が行われ、thee michelle gun elephant、KENZI&THE TRIPSの盟友に加え、初ライブとなった東京事変がシークレットゲストとして出演、2012年には桃井はること共演するなどミュージシャンからの人気も高いことが証明されている。前述以外にもBRAHMANのTOSHI-LOW（友人の結婚披露宴でTHE POGOの「プラネタリウム」を歌ったことも有名）やThe ピーズの大木温之、元BOØWYの高橋まこと、KENZIなど彼らを絶賛するミュージシャン（LOFT発行『Rooftop』参照）は多く、音楽雑誌ライター（行川和彦『CDジャーナル』など）からはミュージシャンズ・ミュージシャンと称されている。2013年新作『JIGHEAD PLUS』を発表。ベーシストをゲストに迎え、彼らにしてみれば特殊な音源に仕上がっている。