後日談を、荒井郁之助が書き残している。ダンチヒ造船所で学んだ技師、ネーリング・ボーゲルは、オランダ領事の紹介により、幕府に招かれて来日していたが、奇しくも、かつて自分の手で検査したダンジック号が、イーグル号と名を変えて長崎に入港するのを見た。その船はさらに回天丸と名を変えて日本で活躍したのだが、明治16年（1883年）、当時三菱に雇われていたボーゲルが、函館港の浚渫を監督していたところ、ドイツの木材が多量に出てきた。回天丸の残骸だったのだ。ボーゲルは、数奇な運命をたどったダンジック号をしのび、記念にその木材で椅子を作って愛用した。旧知のボーゲルからそれを告げられた荒井は、その木材の一部をもらい受けて煙草盆を作り、後にそれは甲賀家に贈られた。
回天丸は旗艦として箱館湾海戦に臨むこととなったが、度重なる海戦の結果、僚艦千代田形丸の捕獲、蟠竜丸の故障により、5月7日には孤軍奮闘を強いられた。甲鉄艦の砲撃によりついに機関を損傷、船としての機能を果たせなくなりながら、陸地近くへ寄せてなおも奮戦。動けないでいた蟠竜丸や台場からの砲撃にも助けられ、その日は新政府軍側艦船を退かせた。4月24日の海戦当初から、回天丸が被った弾丸は80発を超え、修理することもできないので、浅瀬に乗り上げ、片舷に砲を集めて、浮砲台として利用される事となった。5月11日の箱館総攻撃において、故障が直り一艦のみで奮戦する蟠竜丸を弁天台場と共に援護していたが、箱館市中に新政府軍が進入。背後からの砲撃も受けて、荒井郁之助を筆頭とする乗組員は、回天丸を脱出して一本木へ上陸、五稜郭へ撤収した。その日、回天丸は新政府軍の手で焼かれた。放火され、煙突、外輪、後部の船体が残った状態の回天丸の写真が残っている。当時の箱館では、「千代田分捕られ蟠龍居ぢやる、鬼の回天骨ばかり」という唄が流行ったと伝えられている。
もっとも知られている回天丸の活躍は、宮古湾海戦（甲鉄艦奪取作戦）である。結果的に、たった一艦で敢行することとなったこの戦いで、甲賀源吾が戦死し、総司令官として乗船していた荒井郁之助が自ら舵を握って新政府軍艦隊を振り切った。明治2年(1869年)3月26日に回天丸は蟠竜丸と共に箱館に帰還。その翌日には新たな艦長を定め、新政府軍の襲来に備えた。4月、新政府軍は乙部に上陸を開始し、回天は木古内沖で新政府軍艦隊と接触したり、当別（現・北斗市）沖で春日丸と砲火をまじえたりしたが、本格的な海戦には至らなかった。
戊辰戦争の初期には、開陽丸を旗艦として大阪、兵庫の間にあり、薩摩藩の蒸気船春日丸を追跡したりした。慶応4年（1868年）4月11日江戸城無血開城と共に、幕府海軍が所有していた軍艦は、新政府軍に譲渡される予定であったが、海軍副総裁榎本武揚がこれを拒否。交渉の結果、甲賀源吾が艦長を務めることとなった回天丸を含め、開陽丸、蟠竜丸、千代田形丸の軍艦4隻が、徳川家に残されることになった。この4隻の軍艦を中心とする榎本艦隊は、徳川家の駿府入りを見届けた後、開陽丸を旗艦として、彰義隊残党や遊撃隊など、旧幕府陸軍を輸送船に乗せ、同年8月19日に品川沖を発して仙台をめざした。艦隊は台風による暴風に襲われ、大きな被害を受ける。回天丸は前部と中央のマストを折り、後部マストのみになった。無事仙台松島湾に入港の後も、本格的な修理をする暇がなく、前部に短いマストを立てたのみで、帆を用いることはしなくなったため、一見、鋼鉄のモニター艦のように見えたという。甲賀艦長のもと、気仙港では旧幕府の帆船千秋丸を捕獲。蝦夷地へ渡ったのちも、箱館港占領、陸戦の支援など、箱館戦争では主力となって活躍し、開陽丸座礁の後は旗艦となった。
艦橋は右舷前部にあり、右舷中部に下方排出式の煙突を2つ持つ。格納庫は２層式で、エレベーターは3基。後部エレベーター脇には揚収用クレーンを備え、加賀や龍驤に見られた格納庫後端の扉は廃止されている。15万馬力の機関を搭載した蒼龍の最大速力は34.9ktを記録し、日本海軍では最も高速の航空母艦であった。また、排水量制限のために搭載機数は大型空母（赤城、加賀）より少ない。少しでも格納庫スペースを確保するために、ボイラーへの給気や機関室の排気などは船体中央付近の舷側に外付けされた箱型の通風筒で行われており、蒼龍、飛龍の外見上の特徴となっていた。従来艦上機からの個艦識別用として飛行甲板後端に「サ」の文字が書かれていたという説がある。一方で無記入だったとする説もある。ミッドウェー作戦時の空撮写真にそれらしいものがまったく写っておらず、ほぼ同条件で撮影された飛龍はかろうじて「ヒ」の文字が判読できる。竣工から喪失までの間に大きな改装はなかったが幾度か小改装を施されている。右舷に設置されたマストは、竣工時には艦橋直後の信号マスト1本と、無線マスト25mm機銃の間に無線マスト1本の計2本であったが、1939年の時点では5番高角砲の後部に無線マスト1本が増設されている。他に竣工時にあった2本の滑走静止索のうち、後方のものは撤去され、残った1本の前後に新たに装備され、計3本になった。右舷に設置された艦橋は駆逐艦の艦橋とほぼ同規模の大きさである。1941年に防空指揮所を拡大したという資料が残るというが、確認できる写真が残されていない。1942年には羅針艦橋前面に水面見張所を増設、防空指揮所を更に拡大した改正図が残されているが、こちらも実際に工事を行ったかを確認する写真は残されていない。