1937年(昭和12年)になり、きよめ教会の終身監督になった中田は新しき天新しき地という題の文章を機関紙新年号に載せた。新年の指針を「堅信抗魔」であるとして、その題を5回使用して語った。そして、監督令を発し、純監督政治を方針として、自らきよめ教会の終身監督になることを1月7日号の機関紙で宣言した。きよめ教会の全国きよめ大会が、1937年4月1日より4日まで、聖書学院で開催された。この場で終身監督が確認され、倍増計画が徹底が要求された。4月11日午後、満州人基督教各派牧師13名が、聖書学院を訪れて、開会中の聖別会に列席した。中田は彼らと語り、日本と満州が提携してリバイバルのために乗り出さなければと力説した。6月25日に聖書学院の納屋より放火により出火して、監督局の3分の1が焼失した。
1936年(昭和11年)12月25日のクリスマスに、きよめ教会と日本聖教会が正式に発足した。この日がきよめ教会の創立記念日である。きよめ教会は四か条の会則を設けることになる。その結果総会はなくなり、監督は終身職になる。後継者も監督が任命すると規定された。
中田が起こした臨時総会の決議を無効とする民事訴訟の告訴に対し、1934年(昭和9年)4月24日東京地方裁判所で、臨時総会の構成について取り調べが行われた。この事態を憂慮した阿部義宗らメソジスト教会の指導者や松山常次郎らクリスチャン政治家らの仲介により、翌年1935年(昭和10年)3月5日に東京地方裁判所において、赤木判事を中心として、和解談が始まった。結論として、双方より三名の委員(和協委員)を選び、和解案を出す事になった。1936年(昭和11年)11月28日正午、東京駅の鉄道ホテルで和協午餐会を開き、日本ホーリネス教団の和協分離が決定された。これにより、両者は法的に和解し、中田派は『きよめ教会』と名乗り、5教授派は車田秋次を指導者として『日本聖教会』と名乗ることになった。1936年12月21日青山学院神学部講堂で和協委員の主催の元に和協報告感謝会が開かれた。
最初中田は決定に従い、信仰上の理由で分かれることになった。中田の主張に賛成する者も半数ほどいたので、ここで中田側と委員会側に、日本ホーリネス教会は分裂することになった。しかし、後に中田は臨時総会の合法性を否定し、監督解職の方法は間違いであると主張し、メソジストの監督審判法で自分の立場を弁明した。11月2日号の機関紙で、臨時総会の非合法性を訴えたが、訴訟のための法的手続きは採らず、中田側はこの件に関して沈黙する声明を発した。しかし、後に中田はこの総会を法的に無効とするための民事訴訟を起こした。こうして、両者の対立は収集困難になり、神田教会の所属をめぐる両者の争いは新聞にも取り上げられる。
中田は1933年9月22日、聖書学院の五教授（車田秋次、米田豊、小原十三司、一宮政吉、土屋顕一）に日本ホーリネス教会の運営方針を伝道中心ではなく、キリストの再臨とユダヤ民族の回復のための祈りに専念すべきという、自分の方針に従って聖書学院で教えるように要求する書簡を送った。中田の要求に対して、聖書学院の教授は、従来のホーリススの伝統的教理を否定するものとして拒否した。さらに、教授たちは事の是非を問うために、臨時総会を招集した。中田は招集を最初は認めたが、後にこれを取り消し、臨時総会を非合法と見なし、10月19日付けで、車田、小原、一宮、土屋を解任した。25日に淀橋教会で開催された臨時総会が開かれ、10月26日に中田の監督解職案が上程された。採決の結果、ほとんど全会一致で決議された。監督解職に伴い、それに代わる運営体制として、監督の代行としての委員会制度を設け、選挙により委員会として、車田秋次、米田豊、小原十三司、一宮政吉、菅野鋭が選出された。
ピックフォードは彼女の遺体をアメリカ合衆国に戻した。1部の記述ではピックフォードが途中で自殺しようとしたが、それを思いとどまったとしている。メアリー・ピックフォードの自叙伝によれば、「ジャックはオリーの体と共に海を渡りました。彼が帰りの航海中のある夜、パジャマの上にズボンとジャケットを着てデッキに上がり、手すりを乗り越えようとした時、彼の内面から何かが『おまえは母親と姉妹に顔向けできるのか。それは卑劣な行為だ。おまえは生きなければならず、未来に立ち向かわなければならない。』と告げたと母に告白したのは、それほど後の事ではありませんでした。」1920年9月29日、トーマスのために米国聖公会による告別式がニューヨークのセントトマス教会で行なわれた。ニューヨーク・タイムズによると、教会は完全に立錐の余地も無くなり、警察の護衛が必要であった。数人の女性が式中に気絶し、数人の男性は棺を見るために突進して帽子が押しつぶされた。トーマスはブロンクス区のウッドローン墓地に埋葬された。1920年11月20日に彼女の個人資産は遺産管理のために売却された。いくつかの品を買い取ったメーベル・ノーマンドとルイス・セルズニックにより26,931ドルの純益が上がった。トーマスの亡霊がニューヨーク市のニュー・アムステルダム劇場に出没すると言われている。2004年、サラ・J・ベイカー (Sarah J. Baker) はタイムライン・フィルムズ社からの資金援助と、ヒュー・ヘフナーの助けを借りて、トーマスの短い人生を描いたドキュメンタリー映画『Olive Thomas: The Most Beautiful Girl in the World (別名、Olive Thomas: Everybody's Sweetheart)』を公開した。2007年、マクファーランド・パブリッシング社はミシェル・ヴォーゲル (Michelle Vogel) による伝記『Olive Thomas: The Life and Death of a Silent Film Beauty (ISBN 978-0786429080)』を発売した。