新幹線駅と在来線駅でそれぞれ駅舎を有する。両線のホームは約50メートル離れており、乗り換えの際には一旦改札口を出る必要がある。新幹線駅は高架駅の構造をとった直営駅で、みどりの窓口を有する。ホームは単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線を有しており、各ホームには可動式安全柵が設けられている。在来線駅は地上駅の構造をとり、JR九州鉄道営業への業務委託駅である。また、SUGOCAの利用が可能である。ホームは相対式ホーム2面2線を有し、互いのホームは跨線橋で連絡している。SUGOCA利用者向けの簡易読み取り機が改札口に設置されている。また改札内にはチャージ機の設置もある。
新幹線駅は当初、2面2線構造での計画だったが、JR九州の要望と負担により下り線に待避線追加し2面3線へと変更となり着工した。また、アクセス道路が福岡県と筑後市によって建設され、駅周辺には筑後広域公園が整備されている。2011年（平成23年）3月12日ダイヤ改正では、在来線（鹿児島本線）の全快速列車が停車し、新幹線「つばめ」のうち1往復が当駅を起終点としている。特急「有明」は停車しない。在来線改札口と新幹線改札口は離れており、連絡改札は設けられず、改札外に設けられる広場を通っての乗換えとなる。また、在来線駅舎にはみどりの窓口が設けられていない。このことについて2011年3月号の時刻表の巻頭にある路線図中に、JTB時刻表（JTBパブリッシング）では在来線にはみどりの窓口がないことを示す白色の丸と新幹線にみどりの窓口があることを示す緑色の丸が隣り合わせに併記され、JR時刻表（交通新聞社）では交点に緑色の丸が1つあるのみだった。同年4月号より、両者とも点に緑色の丸が1つあるのみである。
2004年（平成16年）6月、国土交通省は九州新幹線に船小屋駅設置を認可。これについては、古賀誠の「政治駅」的設置だとして一部週刊誌で取り上げられている。
江戸時代頃より、矢部川の一帯に土木用の船を格納する「小屋」がたくさん堤防に設けられた事が「船小屋」の由来である。旧藩時代の1689年（元禄2年）に矢部川の河川工事用の平田舟を格納する小屋が設置され、小屋番の役職の監督下に置かれていたことから土地の住民は「御船小屋」と呼んでいたのが「船小屋」の通称になり地名に転じたと言われている。開業時の地名は八女郡水田村だったが、温泉の採掘などにより「船小屋」の知名度が高かったため、そのまま駅名に採用された。新幹線開業時に、従来の「船小屋」の前に、当駅の所在する市名「筑後」を付加し、「筑後船小屋」とされた。筑後は福岡県南部に存在する令制国であり、これに由来して福岡県南部地域一帯は筑後地方と称される。
広域公園の中にある駅である。九州新幹線（鹿児島ルート）と、在来線の鹿児島本線の2路線が乗り入れている。鹿児島本線には駅番号が設定されており、駅番号はJB21である。新幹線は新大阪駅発着の「さくら」が下り1本・上り2本停車しているが、それ以外は「つばめ」のみが毎時1本ないし2本停車するダイヤとなっている。1日1往復、当駅始発・終着の「つばめ」が設定されている。在来線は普通列車の他に快速列車も全て停車するが、朝に運行される特急「有明」は通過する。当駅はもともと在来線（鹿児島本線）の船小屋駅（筑後市大字津島401番地・地図）として開業したが、2011年（平成23年）3月12日の鹿児島ルート全線開業に合わせて従来の場所から約500メートルほど南に移設されたうえで新幹線併設駅（乗り換え駅）となり、同時に現在の駅名に改称された。なお、船小屋駅時代は普通列車のみが停車していた。
観世流能楽師の家に生まれる。幼少期より馬などの絵を描くのが好きだったが、漫画に関心は特になかった。服飾専門学校に在籍中、装苑賞の資金調達のために偶然目にした小学館主催の新人賞に応募する。そこで佳作を受賞し、『別冊少女コミック』1982年4月号に掲載された『陽だまりの訪問者』でデビュー。代表作は、『ピンクなきみにブルーなぼく』、小学館漫画賞を受賞した『ボーイフレンド』、『MARS』。傑出した描写力、そして長編を描き切る力量を評価されていた。しかし、少女漫画における恋愛中心の描写よりも、もっと色々な角度からの人間を描きたいという要望により（公式サイト内「WORKS INFORMATION」2007年12月26日付）、青年誌である『モーニング』（講談社）へ移籍し、遺伝子や精神世界を描いた近未来SF『ES -Eternal Sabbath-』、イタリアの偉人を描いた『チェーザレ 破壊の創造者』を連載。それらの作品の多くは日本国外でも出版されている。2016年には『チェーザレ 破壊の創造者』の連載を一旦中断し、ルイ16世とマリー・アントワネットの真実を描く『マリー・アントワネット』をヴェルサイユ宮殿の監修の下で執筆、「モーニング」2016年38号より41号まで全4話の構成で連載された。「惣領冬美」と誤記されることが多い（『MARS』7巻あとがき）。デビュー前は「惣領冬彌」のペンネームで作品を投稿していた。なお、これらのペンネームについては、漫画家小椋冬美および、彼女の作品「さよならなんていえない」（りぼん1982年9月号～1983年10月号連載）の主役名「総領麻美」に由来するものといわれることがある。しかしながら、惣領は小椋のその作品の発表以前から「惣領冬彌」のペンネームを使用していた。また、惣領自身もこの風説を否定し、小椋と面識はないと主張している。作画にはつけペンは使わず、時間の節約のためにミリペン（ピグマ0.05 - 0.1mm）を使用している（「WORKS INFORMATION」2007年8月3日付）。