ニューソートの影響から、「悪」は心の幻影であると考え、そのため悪は実在せず、「病」も「貧困」も根絶できるとしている。人間の脳には無限ともいえる可能性があり、脳は究極的な宇宙エネルギーと関係があり、人間は自分自身を癒すことができるとされている。個々の病気に対応する対症療法的な現代医療に対し、人間全体を見ると主張し「治療」より「癒し」を重視する代替医療が人気を博し、ホリスティック医療と呼ばれる。身体の癒しにおける心の重要性を説き、心身相関に関して免疫システムとインド由来のチャクラの理論が用いられる。病気は自然に逆らうことが原因であるとされ、自然と「波長」が合えば、健康になり、経済的にも成功が期待できるとされる。死は避けられないものではないというセラピストもいる。健康増進のために、中国医学の鍼、太極拳、ヨーガ、禅、合気道、超越瞑想などの瞑想、生体エネルギー論（エネルギー療法）、ネオ・シャーマニズム、バイオフィードバック、カイロプラクティック、キネシオロジー（運動療法）、虹彩学（イリドロジー。虹彩で健康状態を判断しようという民間療法の一種）、ホメオパシー、マッサージ、ロルフィング・リフレクソロジー・セラピューティック・タッチ・レイキ・フェルデンクライスメソッド・指圧などのボディワーク、エスリン研究所で発展したゲシュタルト療法・エンカウンターグループ、交流分析などの心理理論、大規模自己啓発セミナー（LGAT）の一種であるエアハード式セミナー・トレーニング（略称：エスト。後継団体にランドマーク・ワールドワイドがある）、ヴィジュアリゼーション、栄養療法、サイキック・ヒーリング（超能力治療）、ハーブ療法、クリスタル・メタル・音楽・カラーなどによるヒーリング、前世療法、12ステップ・プログラム、様々な自助グループなどが行われた。ニューエイジの思想が様々な人間性回復療法に反映され、実践されている。宗教学者のマイケル・ヨークは、これらの技術は「霊的に目覚めた人が否定的なものを想像の産物と捉え、それを取り除けるよう手助けすることを目指している」と述べている。シャーリー・マクレーンの著作では、「大いなる自己」を自覚し信頼することでネガティブなものからの解放が目指され、瞑想やヨーガはその準備段階として利用されている。
2003年、第1次小泉第2次改造内閣で環境大臣として初入閣。同年の第43回衆議院議員総選挙では、保守党時代のコスタリカ方式の約束により自民党から比例単独で立候補。比例近畿ブロックの自民党候補名簿で重複組のひとつ上の3位に記載され、比例近畿で自民党が9議席獲得したため4選。第2次小泉改造内閣より内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策）を兼任。環境大臣は第3次小泉改造内閣まで務め、2005年夏の軽装化キャンペーン「クール・ビズ」の旗振り役を務める。2005年の第44回衆議院議員総選挙では、郵政国会で郵政民営化法案に反対票を投じた小林興起の当選を阻止するため、東京10区に刺客として国替えする意向を表明。この総選挙では、小泉純一郎の意向で女性候補が比例区の名簿で上位に優遇される措置が取られ、小池もその対象であった。しかし、小池は対立候補から事実上当選が確実な状態であることを指摘され、選挙区での戦いが不利になることを懸念。優遇の措置を辞退して選挙に臨んでいる。選挙の結果、民主党の鮫島宗明や小林を大差で破り、5選。2006年に発足した第1次安倍内閣では、内閣総理大臣補佐官（国家安全保障問題担当）に任命される。その後、2007年7月3日、防衛大臣久間章生の辞任後の後任の防衛大臣に起用された。女性初の防衛大臣である。在任中、テロ対策特別措置法の延長問題に関して、民主党が求めている自衛隊派遣に関する国会の事前承認について「国会がチェック機能を果たす観点から1年ごとの（法改正による）延長という仕切りがある。今の制度でも十分役割を果たしている」と否定的な見方を示した。2007年8月、米下院慰安婦決議可決を受けての日米関係の動揺を防ぐため、第167回国会を欠席して米国を訪問し、国防長官ロバート・ゲーツや副大統領ディック・チェイニーと会談する。野党がテロ対策特別措置法の延長に反対している状況を説明した上で、「これからも引き続き、役割を果たしていきたい」と、インド洋での自衛隊の給油活動を継続する方針を伝えた。国務長官コンドリーザ・ライスとの会談では「私は『日本のライス』と呼ばれているようですが、日本でライスは米（こめ）になります。よって、マダム・スシと呼んでみてはいかがでしょうか」などと英語でジョークを飛ばした。なお、訪米のための国会欠席について8月9日に行われた自民党国防部会などの合同会議で、山崎拓から「いささか当を得ない行動ではないか。今、党はテロ対策特別措置法を抱えている」と批判されている。イージス艦機密情報漏洩事件について、「防衛省内で誰も責任を取っていない。私は責任を取りたい」として、内閣改造で自身の再任を固辞、離任した。2008年9月、福田康夫の辞任に伴って実施された自由民主党総裁選挙に立候補した。自民党結党以来、女性の自民党総裁選出馬は史上初であった。結果は、麻生太郎、与謝野馨に次ぐ3位。党員票は麻生に次ぐ2位であったが、地方票は多くの都道府県が1位総取り方式を採用したため、0票であった。2009年の第45回衆議院議員総選挙では自民党への逆風を受けて小選挙区では民主党新人の江端貴子に敗れ、比例東京ブロックで復活当選した。9月3日、「派閥単位でなく、党全体で結束すべき」として町村派を退会し、無派閥となった。麻生退陣に伴う2009年自由民主党総裁選挙で推薦人に名を連ねた谷垣禎一が当選、谷垣総裁の下で党広報本部長を務める。2010年6月9日の自民党ネットサポーターズクラブ（J-NSC）設立総会で、相談役に就任した。2010年9月の党役員人事で、自由民主党総務会長に就任した。党三役に女性が就任するのは結党以来初めてであった。2011年9月退任。2012年の第46回衆議院議員総選挙では、東京10区で前回敗れた江端を大差で破り7選。選挙後、自由民主党広報本部長に就任する。2014年の第47回衆議院議員総選挙で8選。