享保年間の江戸、日本橋に時の将軍・徳川吉宗が紀伊家当主だった時の側女（妾）の女性3人が晒されるという事件が起こった。3人の背中には、かつて多くの側女を囲ったのを隠し、清廉を気取る将軍を皮肉る文言が書かれていた。それは、尾張藩主・徳川宗春から命ぜられた配下の忍者・御土居下組の仕業だった。宗春は、当時改革を推進していた吉宗に反感を抱き、うっぷん晴らしに様々ないたずらを仕掛けていたが、その一環だったのである。残る側女の行方をつきとめ、同様にさらし者にすることを御土居下組忍者に命じる宗春だったが、吉宗は自らの権威が損なわれるの嫌い、阻止（側女の抹殺）のため、配下のお庭番・伊賀忍者を放つ。さらには柳生新陰流内で対立する江戸柳生と尾張柳生の剣士達が忍者同士の争いに加わり、虚々実々の戦いが繰り広げられていく。その行き着く先にあるのは？
SunSet SwishがミュージックレインレーベルからSMEレコーズレーベルに移籍しての第1弾シングルである。2008年現在では本作がメジャーデビュー作品として扱われており、これ以前の「明日、笑えるように」から「マイペース」までの3作品はインディーズシングル扱いとなっている。本作のビデオクリップには、俳優の要潤と小越勇輝が出演した。要の出演は「風のランナー」以来3作連続となる。このビデオクリップは、ファーストアルバム『あなたの街で逢いましょう』の初回版特典のDVDに収録されている。
ある日、コナンたちは東京を一望できるベルツリータワーのオープニングセレモニーに参加した。しかし、展望台からの絶景を楽しんでいる一同の目の前で突如、男性客の1人が謎のスナイパーに狙撃されて死亡する。コナンは狙撃ポイントが彼方のビルであることを突き止め、ターボエンジン付きスケートボードで急行する。現場に居合わせた世良真純に助けられながら必死に犯人を追跡するが、パトカーを手榴弾で爆破するなど逃走するために手段を選ばない犯人に翻弄され、コナンと真純は犯人の標的になってしまう。駆けつけたFBIによって形勢は逆転するが、あと少しのところで犯人を取り逃がす。一方、犯人が狙撃したポイントには、1発の空薬莢とサイコロが置かれていた。後日、FBIと警視庁の合同捜査が開かれ、そこで容疑者として浮上したのはティモシー・ハンターという男性だった。ハンターは元ネイビーシールズの隊員で、狙撃の名手として有名だったが、交戦規程違反の疑惑がかかって除隊していた。そして、ベルツリータワーで狙撃された藤波宏明は、彼に高額の不良物件を売り付けて破産の原因を作っており、真純が探偵として追っていたという。また、アメリカでもハンターを執拗に取材して記事を書き立てた記者が狙撃される事件の後、ハンターは日本に渡っていた。捜査本部はハンターを最重要容疑者として、今後彼に狙われる可能性のある3人の人物を挙げた。その3人のうち1人である森山仁に見覚えのあった真純は、彼の自宅を突き止めてコナンと共に訪れる。しかし、その森山がコナンたちの目の前で狙撃され、第2の犠牲者となってしまう。そして、立て続けに第3の狙撃事件が発生するが、射殺されたのは一連の事件の犯人と思われていたハンターだった。犯人がハンターではなかったことの謎や次は誰が狙われるのかといった情報が錯綜する。また、日本で前例のない連続狙撃事件であるうえ、無差別殺人ではないかとの憶測も飛び交い、東京中がパニックに陥ってしまう。コナンはハンターについての情報を新たに入手すると、そこから日本における狙撃が彼のものではない可能性に気付いて高木刑事に連絡し、標的となっているビル・マーフィーとジャック・ウォルツの情報を聞き出す。そこで、第4の狙撃がマーフィーを標的としていることを突き止めたコナンは、狙撃を阻止しようと第4の狙撃ポイントへ向かう。しかし、すでに犯人が狙撃地点にいることに気付いて何とか狙撃を妨害しようとしたものの、コナンは逆に犯人から狙われたうえに自分をかばった真純が撃たれて負傷し、マーフィーへの狙撃も遂行されてしまう。現場に残されたダイスから、犯人が最後の狙撃を計画していることをコナンは突き止めるが、狙撃ポイントが分からず悩んでいた。しかし、入院中の真純を見舞いに行った際、少年探偵団が持参していたベルツリータワー周辺のジオラマを見て狙撃ポイントを推測したコナンは、そこを訪れたうえで犯人が狙撃ポイントからどの辺りを狙撃するのかも突き止める。一方、ジャック・ウォルツはカルロス・リーを通じてマーク・スペンサーから狙撃用のライフルを受け取っていた。その際、ウォルツはスペンサーがすでにこの事件の真相と動機に気付いているという旨のメッセージをカルロスから受け取り、犯人を射殺する決意を改めて固くする。だが、夜になって一度昼に訪れていた狙撃ポイントを訪れたウォルツは、昼間には無かった犯人からのメッセージが窓に貼られていることに動揺し、犯人はその隙を突いてウォルツに狙いを定める。狙撃ポイントであるベルツリータワーの屋上で犯人であるケビン・ヨシノが狙撃の成功を確信した瞬間、何かの物体がウォルツの居るビルへ向かって飛んで行き、彼への狙撃は失敗する。物体の飛跡をたどったケビンはマーフィーの狙撃時に見たコナンを発見し、銃口を彼に向ける。コナンはビルの屋上でスケボーを使って逃げ回るが負傷してしまい、窮地に陥る。しかし、独自の推理で犯人の最後の狙撃ポイントを突き止めていた沖矢昴がライフルで応戦し、ケビンはスコープ越しに被弾する。それでもケビンはタワーを停電させたうえで展望フロアに下り、貸切でタワーからの夜景を楽しんでいた蘭と園子、そして少年探偵団に銃口を向け、歩美を人質に取る。コナンからの連絡を受けて現場に到着したFBIも加わり、DBバッジのモスキート音を利用した少年探偵団の作戦などで応戦するが、コナンの意図を汲み取れないまま反撃した蘭は、ケビンに人質とされてしまう。窮地の中、コナンはライトスコープを着用中のケビンをボール射出ベルトの花火ボールの閃光で怯ませ、その隙に昴はケビンの手を狙撃して銃を弾き飛ばすと、蘭がケビンを鎮圧してキャメルが身柄を確保する。昴がジェイムズ・ブラックと連絡を取った後、チョーカー型変声機のスイッチを切って赤井秀一の声で「了解」と呟いたところで、物語は終幕を迎える。