α-カルボキシ基の保護はC末端のアミノ酸で必要となる。この保護は直鎖のペプチドでは最後に側鎖の保護基と同時に脱保護しても構わないが、環状ペプチドの合成やペプチド鎖同士の結合を行ないたい場合（セグメント縮合）には側鎖の保護基を残したまま脱保護する必要がある。メチルエステルあるいはエチルエステルは歴史的にカルボキシ基の保護に用いられていた保護基である。塩酸のアルコール溶液で処理するか、アルコールと塩化チオニルの反応物 (ClS(=O)OR) で処理することで合成できる。しかし脱保護が水酸化ナトリウム水溶液での処理となり、この条件ではエピ化やペプチド結合の加水分解が競合する。そのため、通常は他のエステルが使用される。ベンジルエステル（BzlまたはBn）はベンジルアルコール中で酸触媒あるいは縮合剤を用いてエステル化することで導入できる。またはカルボキシ基をセシウム塩として臭化ベンジルと反応させても導入できる。水素化反応で除去できる。tert-ブチルエステル (t-Bu) はイソブテンと硫酸触媒で反応させることで合成できる。酸に弱い保護基がすでにある場合には、Boc₂OとN,N-ジメチル-4-アミノピリジン (DMAP) 触媒で反応させて合成できる。トリフルオロ酢酸で処理することで除去できる。またアスパラギン酸の側鎖のカルボキシ基は容易にα-アミノ基と縮合してイミドを形成しやすい。この副反応を防ぐためにシクロヘキシルエステルとすることが多い。またC末端のカルボキシ基を選択的に脱保護したい場合には、フェナシルエステル (Pac) やアリルエステル (All) などを用いる。フェナシルエステルは亜鉛/酢酸還元条件で、アリルエステルはテトラキストリフェニルホスフィンパラジウムにより選択的に脱保護できる。
α-アミノ基の保護基はカルボキシ基との縮合の時に他の保護基を残したまま、選択的に脱保護できなくてはならない。前述のようにアミノ酸のラセミ化を防ぐ機能を持つカルバメート型のアミノ基の保護基が種々開発されてきた。現在、主に用いられる保護基はベンジルオキシカルボニル基（CbzあるいはZ）、tert-ブトキシカルボニル基（Boc）、フルオレニルメトキシカルボニル基（Fmoc）の3種である。Z基はクロロギ酸ベンジル（ZCl）とのショッテン・バウマン反応で導入できる。脱保護はフッ化水素酸などの処理の他、水素化によっても行うことができる。Boc基は二炭酸ジ-tert-ブチル（Boc₂O）とのショッテン・バウマン反応で導入できる。脱保護はトリフルオロ酢酸による処理で行うことができる。Fmoc基はN-(フルオレニルメトキシカルボニルオキシ)コハク酸イミド（FmocOSu）とアミンを反応させることで導入できる。脱保護はピペリジンによる処理で行うことができる。Fmoc基は固相合成に専ら用いられる。また特別に区別して脱保護することが必要な場合には、アリルオキシカルボニル基（Alloc）、(1-(4,4-Dimethyl-2,6-dioxocyclohex-1-ylidene)-3-eth-yl) 基(Dde) や 1-(4,4-Dimethyl-2,6-dioxocyclohex-1-ylidene)-3-methylbutyl基(ivDde)が用いられる。Alloc基はテトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(0)で処理するとπ-アリル錯体を形成して脱保護される。Dde基、ivDde基はヒドラジンで処理することで脱保護される。
ペプチド合成に用いるアミノ酸は上述した理由から、ほとんどの官能基を保護しておく必要がある。C末端のアミノ酸ではα-アミノ基以外の官能基を、それ以外のアミノ酸ではα-カルボキシ基以外のすべての官能基を保護する必要がある。すなわち側鎖にアミノ基を持つリジンや、カルボキシ基を持つアスパラギン酸、グルタミン酸では選択的な保護が必要となる。保護基の種類によってはα-置換基を一旦保護した後、側鎖の置換基を保護し、α-置換基を脱保護するといったプロセスを経る必要がある。最終的にはすべての保護基を除去する必要があるが、ペプチドは多くの官能基を持つため過激な反応条件で脱保護を行うと副反応が多発してしまう。そのため、比較的温和な脱保護条件を持つ保護基が用いられている。
徳川吉宗の側衆であった父・意行の次男として生まれる。吉宗が幕政を主導するために引き入れた紀州系幕臣としては第2世代に当たる。1732年（享保17年）に徳川宗尹の小姓となる。1736年（元文元年）に200俵取りとなり、後の御三卿の一つとなる一橋家に以後死去まで仕えることとなる。1746年（延享3年）、一橋家附切となる。1759年（宝暦9年）に知行500石となり、2月9日には一橋家の家老に昇進、従五位下・能登守に叙任した。1770年（明和7年）に300石を加増され、800石の旗本となった。意誠が長く勤めた一橋家家老職には、1779年（安永7年）7月28日に子の意致が目付から就任している。田沼時代に権勢を誇った田沼意次の弟であり、意誠と子の意致はともに一橋家家老を歴任した。薩摩藩は1762年（宝暦12年）2月に焼失した江戸上屋敷再建のために、幕府より拝借金を得ようとしたが、この時には意誠を通じて一橋家へ工作を行った。仙台藩の伊達重村が中将への昇進工作をした時に1765年（明和2年）6月30日に重村の側役古田良智が田沼意次の用人・井上寛司に面会したときにも意誠が仲介を依頼されていた。1770年（明和7年）に福井藩に対して大坂の大名貸し商人15軒から貸付が行われた件（目標の3万両は達成できず）は大坂町奉行所の強い斡旋があり、これは福井藩が一橋家へ運動を行った結果であり、意次に通じる弟意誠のパイプが利用されていたと考えられる。