本条約は締結されたとは言え、これ以前に締約された日韓併合条約や協定に対する「もはや無効であることが確認される」という条文に対して日韓両国の解釈が異なるなど、歴史認識論議が絶えない。韓国側は、本条約の締結により「過去の条約や協定は、（当時から）既に無効であることが確認される」という解釈をしているのに対し、日本側は本条約の締結により「過去の条約や協定は、（現時点から）無効になると確認される」という解釈をしている。これは、特に韓国併合に対して、韓国側は「そもそも日韓併合条約は無効であった」という立場であるのに対し、日本側は「併合自体は合法的な手続きによって行われ、併合に関する条約は有効であった（よって、本条約を持って無効化された）」という立場をとるという意味である。これは、韓国側が主張した "null and void" （無効）に already を加えて "already null and void" （もはや無効）とし、双方の歴史認識からの解釈を可能にしたもので、事実上問題の先送りであった。藤井賢二はこうした旧条約無効の主張は、感情的で歴史的事実とは乖離したものであり、韓国が自らを連合国（戦勝国）として位置づけようとしたことと密接な関係があると述べている。韓国側公開文書「1950年10月　対日講和条約に関する基本態度とその法的根拠　対日講和調査委員会」に添付された駐日韓国代表部政務部による1951年10月25日付の説明文には、「韓国が対日平和条約に署名できなかったのは、韓国が対日戦争に参加しなかったという事実に起因すると言えるが、韓日合併条約無効論の立論が不十分であったためでもあると記されており、旧条約無効の主張は韓国が自らを連合国として位置づけるためにも妥協は許されなかったと藤井は指摘している。
国家再建最高会議議長朴正煕が1961年11月11日に訪日し池田勇人と会談し、朴議長は請求権問題は賠償的性格でなく法的根拠を持つものに限ると述べ、池田首相も、法的根拠が確実なものに対しては請求権として支払い、それ以外は無償援助、長期低利の借款援助を示唆し、経済協力方式による解決が提示された。しかしこれが報道されると、韓国内で朴政権が妥協したと批判されたため、朴政権は請求権問題と「経済協力」は別々の問題であると説明した。この日韓首脳会談が契機となり、歴史認識問題や竹島（独島）の帰属問題は「解決せざるをもって、解決したとみなす」で知られる丁・河野密約により棚上げとなり、条約の締結に至った。1963年には韓国国内政治の混乱があったが、朴正煕が大統領に当選すると、李承晩ライン撤廃に向けての漁業協定に問題が集約していった。しかし1964年6月3日には日韓条約反対デモが警察を占領する6.3事態が発生し、戒厳令が韓国で宣布され、交渉も凍結された。のちに大統領となる李明博もこの時逮捕され、懲役刑を受けた。これ以降、進展しない日韓交渉に苛立ったアメリカはベトナム戦争の激化もあり、露骨に介入するようになっていった。
第5次会談（1960年10月25日-1961年5月15日)では専門家会議がはじめて実施され、韓国の不法に持ち去られたという主張と日本の反論が繰り返された。日本側が正当な手段で入手したと主張すると、韓国側は「正当な取引であるとしても、その取引自体が植民地内でなさえた威圧的な取引であった」と答えた。1961年5月16日、韓国で朴正煕らが5・16軍事クーデターを起こし、日韓会談は中断した。韓国のクーデター直後、池田ケネディ日米首脳会談では民政移管を条件として韓国軍事政権の支持が合意された。
日本と中国の交流の歴史は長く、それゆえ日本において中国の先進文明・文化（特に漢字・漢文文化や律令などの国家制度）を学びこれを摂取しようとする動きは日中の文化交流が本格化した飛鳥時代の頃（あるいはそれ以前）から始まった。そして儒教（儒学）・仏教を中心とする中国の学問は、古代の貴族政治の時代・中世・近世の武家政治の時代を問わず、政治的・社会的エリートにとって必須の教養であり続けた。このように中国文化を研究・修得しようとする伝統知識人の営為は江戸時代に至って「漢学」として一応の体系化をみた。したがってこの漢学こそが、日本における近代的中国学の直接の源流と見なすことができる。この時代の漢学は、日本古来の文化・思想を学ぶ国学、科学技術を中心とするヨーロッパの学問を学ぶ蘭学（洋学）とともに当時の学問の三大分野を構成していた。漢学の内容はまず第一に、当時の封建社会を支える道徳思想であった儒学を、とりわけ正統派教学たる朱子学に基づき解釈研究するものであった。しかし時代が下るにつれ、同時代の中国で盛んであった「清朝考証学」の強い影響を受け、荻生徂徠・伊藤仁斎らの古学に見られるように、儒学思想の歴史的背景である古代中国の社会・文化の実情を、漢文による古典テクストの分析を通じて解明する方向に進んでいった。また、当時唯一中国との貿易が許されていた長崎において、通訳官であった唐通事を中心に、「唐話」と呼ばれた当代の中国語（文言＝伝統的文章語である漢文とは異なる白話＝口語的文章語としての中国語）の研究も行われていた（しかしこの動きは、徂徠など一部を除けば、訓読法により漢文テキストを読解していた当時の儒学者からは正当に評価されなかった）。このなかで文語文学（漢文学）だけでなく白話文学の『水滸伝』・『今古奇観』などが翻訳紹介され、当時の文芸に多大な影響を与えた。