ガスプロムはウクライナ側のガス滞納料金は罰金を含めて約21億ドルに上り、全額返済しなければ1月1日からガスを止めると警告。ウクライナは2008年12月30日、罰金を除く滞納分に相当する約15億ドルを返済したと主張したが、罰金の6億ドルの返済時期を含めて合意には達せず、1月1日にガス供給を停止された。1月18日、ロシアのプーチン首相とウクライナのティモシェンコ首相は、2009年度のガス供給価格に関しては20%の割引を行うが、2010年度以降はヨーロッパ諸国と同じ価格を支払うことで合意した。
2008年2月、ガスプロムは、ウクライナがガス購入代金として約15億ドル滞納していると主張し、供給の停止を警告した。これは安価な中央アジア産ガスの輸出量が減少した際に、ロシア産ガスを充当した差額とされる。両国の首脳間の交渉により、ウクライナ側が料金の支払いに応じたことから対立は解消するかに見えたが、ガスプロム側はさらに2008年1月及び2月分の6億ドルの追加支払いを要求。これに対して、ウクライナ側が子会社を通じた供給体制の見直しを要求して、交渉は暗礁に乗り上げた。2008年3月3日、ガスプロムはガス供給を25%削減する対抗措置を、さらに当日の夜に10%の追加削減を実施した。当日はウクライナ側が備蓄を取り崩して対応したことから、2006年のような欧州全体への影響は回避されている。
ガスプロム側は2006年までの紛争を受けて、対ウクライナ向けのガス輸出を、子会社であるロスウクレエネルゴ社を通じて供給するシステムを採った。これは料金を低減させるために、ロシア産のガスに割安な中央アジア産のガスを混合させるシステムで、混合比率によっては料金が乱高下する複雑なものであった。
2005年3月、ガスプロム社とベラルーシ政府が、ガス供給に関する契約更改を実施。料金は1,000立方メートルあたり46.5ドルの格安な価格が設定された（ただし、価格を低価格のまま据え置く代償として、ロシア側はベラルーシ南部を通るパイプラインの権益を要求し、ベラルーシはこの要求を受け入れた）。2005年4月、ガスプロム社とウクライナ政府が、ガス供給に関する契約更改交渉を実施。1,000立方メートルあたり現行50.0ドルから改訂後160.0ドル（後に交渉過程で230.0ドルに上昇）へ大幅な上昇を伴う料金改定が提示されたことから、交渉は紛糾状態となる。2005年12月、ガスプロム社がウクライナ政府に対して、契約がまとまらなかった場合には2006年1月1日からガス供給を停止すると改めて表明(供給停止の可能性については4月の段階で触れられていた)。ウクライナ政府は、1994年にロシア、アメリカ合衆国、イギリスが経済的圧力に対する安全保障を約束したブダペスト覚書に反するとし、ロシア政府に抗議するとともに、アメリカ合衆国、イギリス政府に対して介入を求めた。2006年、ガスプロム社がウクライナ向けのガス供給を停止。ただし、ウクライナ向けのガス供給は、対欧州連合諸国向けと同じパイプラインで行われていたため、EU諸国向けの供給量からウクライナ向けの供給量の30%を削減する形で行われた。ウクライナ側は、これを無視する形でガスの取得を続行。たちまちパイプライン末端にある欧州連合諸国へ提供されるガス圧は低下し、各国は大混乱となった。1月4日、中間業者を介在させることを条件に、95ドルの価格設定で供給を再開する妥協をみた。
2004年にウクライナで、オレンジ革命が発生。新政権が、親欧米の立場を鮮明にした。ロシアはウクライナの野党勢力（与党と拮抗状態）を後押ししていることもあり、影響力の低下を危惧したロシア側がウクライナ現政権に対する制裁として行った措置である、との見解が当初報道された。しかし、ロシア側は、国際的なエネルギー価格高騰に対応した市場原理に基づく経済的行動であるとして政治的意味合いを否定している。実際に、今回の改訂ではウクライナの他に、ロシアと良好な関係を維持し続けるアルメニア等に対しても同様にガス料金改定を行っている。また、ガス料金自体は低価格のまま据え置かれているベラルーシに対しても、ガス料金を低価格のまま据え置く代償として保有する天然ガスパイプラインの権益の一部をロシアに譲渡することが決められている。
1897年（明治30年）、九州鉄道が長崎市内への路線を開通させた際に、「長崎駅」として開設されたのは隣の現浦上駅であった。その後、より市街地に近い大黒町への新駅設置と路線延伸が検討され、1905年（明治38年）に路線が市中心部側へ延伸されて現長崎駅が開業し、それまでの長崎駅は浦上駅へと改称された。大正時代に2代目の駅舎としてドイツ風建築の木造駅舎が建てられた。1915年（大正14年）には長崎電気軌道の開業に伴い、長崎駅前停留場が開設される。1945年（昭和20年）8月の原爆投下により駅舎は焼失し、1949年（昭和24年）にステンドグラスを備えた三角屋根が特徴の3代目駅舎が建てられた。1988年（昭和63年）には大規模な改装工事が行われたが、老朽化と新駅舎建設のため1999年（平成11年）に取り壊された。現在の4代目駅舎は2000年（平成12年）に建てられたもので、旧駅舎の三角屋根に代わりドーム状の屋根と多目的広場「かもめ広場」が設けられ、それに併設する形で複合ビル「アミュプラザ長崎」、「JR九州ホテル長崎」が開業した。2012年（平成24年）には、当駅を含む長崎県内のJR九州区間の一部で、「SUGOCA」が利用可能となった。現在、旅客ホームの線路はすべて車止めが設けられ行き止まりとなっているが、1930年（昭和5年）から1982年（昭和57年）までは、当駅から南へ約1.1kmの地点に長崎港駅（ながさきみなとえき）が存在した（通称臨港線）。戦前・戦時中は長崎港へ寄港する日華連絡船へ接続する旅客列車（ボート・トレイン）が乗り入れ、戦後の航路廃止後は貨物列車のみが運行されていたが、1982年（昭和57年）に廃止された。