3年目となる2001年は、リカルド・ゾンタに替え前年マクラーレンのテストドライバーとして高い評価を得ていたオリビエ・パニスを獲得した。また、イギリスF3選手権に参戦中のアンソニー・デビッドソンと佐藤琢磨をテストドライバーに加えた。第5戦スペインGPではヴィルヌーヴがチーム初の表彰台3位を獲得し、第12戦ドイツGPでも3位に入ったものの、全体としてチームの成績は低迷した。年間獲得ポイントは前年を下回る17ポイント、コンストラクターズランキングは6位でシーズンを終えた。他方、ホンダはこの年からエンジン供給先を2チームに拡大し、ジョーダンにもカスタマー契約で同スペックのエンジンを供給した。結果を求めるエンジンメーカーとチームの間にしこりを残し、共同開発に影響を及ぼすことになった。
2年目となる2000年はスーパーテックとのカスタマー契約を解消し、F1第3期活動を開始するホンダからワークスエンジンの供給を受けることになった。ホンダは当初予定していたフルコンストラクターとしての参戦計画を撤回し、車体の共同開発まで関与できるパートナーとしてBARを選んだ。ドライバーラインナップは前年と変わらず、ダレン・マニングがテストドライバーに加わった。開幕戦は2台揃ってポイントを獲得。ヴィルヌーヴは予選でトップ10内に定着し（イタリアGPでは予選4位）、決勝では4位4回を含めて7戦で入賞した。シーズン合計20ポイントを獲得し、コンストラクターズランキングは5位に浮上した（4位のベネトンと同点）。
参戦初年度はレイナードのマルコム・オースラーを中心に設計された001に、ルノーのカスタマー仕様であるスーパーテックV10エンジンを搭載。元F1チャンピオンのヴィルヌーヴと元国際F3000選手権チャンピオンのリカルド・ゾンタがレギュラードライバー、パトリック・ルマリエがテストドライバーという体制で出発した。1999年はチーム力・マシン性能など、あらゆる面でF1の厳しさを学ぶシーズンとなった。レイナードはフォーミュラカー・コンストラクターとして参戦したすべてのカテゴリで緒戦に優勝するという「デビューウィン伝説」を誇っていたが、量販シャシーとF1マシンでは勝手が違った。また、ルノーワークスエンジン最終型をモディファイしたスーパーテックエンジンは、技術革新のスピードが速いF1の世界ではすでに競争力を失っていた。ドライバーはエンジンのパワー不足や振動などの問題を指摘し、運転しにくい上に車体に負担がかかり、さまざまな悪い影響が出ていると語った。エースドライバーのヴィルヌーヴは予選トップ10に7度食い込んでみせたものの、開幕戦から11レース連続リタイアという不名誉な新記録を残してしまった。ゾンタはF1デビュー2戦目のブラジルGPで負傷し、続く3戦を欠場。この間、F1浪人中のミカ・サロが代役出場し、サンマリノGPで記録した7位が、チームの年間最高成績となった。ベルギーGP予選ではゾンタ、ヴィルヌーヴとも超高速コーナー「オー・ルージュ」で相次いで大クラッシュを喫し、マシンを大破させた。シーズンを通じてマシンの信頼性不足に悩まされ続け、2台で合計31回出走したうち、完走扱いは10回しかなかった（2台揃ってチェッカーを受けたのは日本GPのみ）。優勝どころか年間通じて1ポイントも獲得できず、資金難にあえぐミナルディにさえ遅れをとり、コンストラクターズランキング最下位に甘んじた。
服飾デザイナー志望のミシェルはある日婚約者のベンと喧嘩し、家を出て車を走らせる。ルイジアナ州の森と畑が広がる一帯にさしかかると、カーラジオから南部海岸一帯が原因不明の停電に襲われているとのニュースが流れる。すると突然大きな衝撃と共にミシェルの車は追突され、転落する交通事故に見舞われる。目が覚めたミシェルは、自分が右足に大怪我を負い、治療を受けた状態で地下室に繋がれた状態で監禁されていることに驚く。時刻は丸1日たった月曜日の午後6時29分である。間もなく、監禁されている部屋に腰に銃を下げた太った初老の男・ハワードが入って来る。彼によると、ここはレイクチャールズから65km地点にある自分の農場の地下だという。ミシェルはここから出して欲しいと懇願するが、ハワードは「外の世界は何者かに攻撃され、放射能か化学兵器かわからないが、何らかの有毒物質で汚染されているから駄目だ」と拒否する。地下には他に腕に怪我を負った男エメットも暮らしていた。ハワードの案内でこの地下室は、たくさんの食料等の物資を蓄え核戦争に備えたシェルターで、出口はいくつもの鍵が付いており勝手に出ることは困難なことが分かる。シェルターの出口の窓から外を見せられると、人の姿は全く見えず、すぐそばの囲いには彼の飼っていた2頭の豚（フランクとミルドレッド）の死骸があり、その横には追突された白いトラックの姿があった。しかしミシェルはハワードの話を疑う。食事の途中、ミシェルは隙を突いてハワードの鍵を奪って逃げ、出口に近寄る。外では顔がただれた女が中に入れてくれと懇願する。ミシェルは外が汚染されていることを信じて戻る。やがてハワードは自らミシェルの車に衝突して事故を起こしたことを告白する。その後、彼は娘のメーガンについて繰り返し話し、徐々に3人は打ち解けていく。しかし、ある日ハワードの話が嘘であり、実は別の少女が彼に監禁され、逃げ出そうとしたものの殺されていたことが分かる。ミシェルとエメットはハワードに隠れて捨てたシャワー室のカーテンから防護服を作り、ハワードの銃を奪って脅した隙に脱出する計画を立てる。だが彼に銃を奪う計画がばれ、彼女を庇って単独犯を装ったエメットは殺される。計画に加担していないと思われたミシェルは何とか防護服を完成させるが、やがてそれにも気付いたハワードが襲いかかる。彼女は劇薬の入ったドラム缶を倒してハワードに火傷を負わせて逃げるが、薬品で溶けた電源コードからの漏電によりシェルター内で火事が発生する。防護服を身にまとって外に出たミシェルは鳥が空を飛んでいるのに気付き、ハワードの汚染の話が嘘であったことを知る。だがシェルターが爆発したことでエイリアンの奇妙な空飛ぶ機械が現れ、攻撃の話は本当であることが分かった。何とか逃げようとするミシェルの乗るトラックがエイリアンの飛行機械に捕獲されかけるが、咄嗟に酒のビンで火炎瓶を作って口へと投げ込み、それを爆発させて逃げる。ミシェルは車で逃げると、カーラジオから流れる放送でレジスタンスがエイリアンを打倒しつつあり、戦えるものはヒューストンに向かってほしいとの要請を聴く。ミシェルは車の行き先を転換し、ヒューストンに向かう。