フロアに隣接するクリア済みフロアの数により、自機のショットおよび特殊ショットの威力が決定され、これを当ゲームでは自機攻撃力(Attack Power)と呼ぶ。なお、通常のシューティングゲームのようなパワーアップアイテムなどは存在しない。自機攻撃力には最小の0から最大の6まであり、画面の左下に現在の値が表示される。自機攻撃力が最大の場合は、フロアボスすら秒殺できるほどの威力となる。自機攻撃力はフロアのクリア時間に直結するため、残タイム制である当ゲームにとっては非常に重要な要素であり、それゆえフロアの攻略順序が問われることになる。
自機は、3種類のボディ(Body)と3種類のパーツ(Parts)を組み合わせた、全9パターン中から選択できる。ボディで自機のショットタイプと機動性能を、パーツにより特殊ショット(Special Weapon)を決定する。ショットおよび特殊ショットは無制限に使用できるが、特殊ショットを使用する際には時間経過による「タメ」が必要である(自機の脇にあるゲージが100%になり、OKと表示されれば使用できる。自機の移動中、ショット発射中もタメ可能)。
各ステージは全てフロア(Floor)と呼ばれる六角形の枡(ヘックス)の集合で構成されており、また敵との戦闘を行う所もそれに準じた六角形のフィールド内である。プレイヤーは攻略するフロアを選んだ後、その中に存在する敵を全滅させればフロアクリアとなる。フロアには通常のフロアとボスフロアの二種類があり、ステージ中の全てのボスフロアをクリアし、その後出現するステージボスを倒せばステージクリアとなる。ステージクリアのためには、通常のフロアを全てクリアする必要は無く、ボスフロアのみのクリアでよい。攻略できるフロアは、既に攻略したフロアに隣接しているもののみであり、そのためステージ攻略にはフロア攻略の順番が重要となってくる。なお、マップでのフロア選択中も(選択猶予時間の3秒経過後は)残タイムが減るため、素早い意思決定が必要である。通常のフロアにはi・ii・iii…のようにローマ数字で番号が振られており、同ステージで同番号なら、必ず同種類・同数の敵が配置されている。ただし、同じ番号を持つフロアであっても、フロア内の初期敵配置が異なることはある。ボスフロアには、必ず1体の大型の敵(フロアボス)が配置されている。ステージボスとの対戦時の自機攻撃力は、最後のフロアボスとの対戦時のものが引き継がれる。
Inner Ward・Stratum・Outer Ward・Mine・The Coreの全5ステージ(Stage)からなり、全てのステージをクリアすればゲームクリアである(ステージ名はゲーム内で表記に揺れがあるが、当記事では前述のものに統一した)。最初のステージはInner Ward・Stratum・Outer Wardから選択できるが、MineとThe Coreの順番は固定(それぞれ4・5ステージ目)である。
プレイヤーにはゲーム開始時に一定の残タイムが与えられ(画面右下のREMAIN OF TIMEに表示)、これが無くならないうちはいくらミスをしてもプレイを継続できる。残タイムが0になった時点でゲームオーバーである。残タイムは主にプレイ時間が経過することで減少するが(デモ中は例外)、その他には自機が敵弾に被弾することで大きく減少する。残タイムが増加するのはボスフロア(後述)のクリア時とステージクリア時のみである。ゲーム中のボスフロアの数は限られているため、残タイムは有限である。そのため「いかに素早く、かつ被弾することなくフロアを攻略していくか」を追求していく必要があり、これにより上達すればするほどプレイ時間が短くなっていくことになる。残タイムはゲームスタート時の三倍でカウンターストップする。デフォルトの設定（600秒）では1800秒でカウンターストップとなり、例えばコンフィグでスタート時のタイムを300秒にしたときはカウンターストップは900秒となる。
自然回帰主義団体により建造された、生態系・循環系を完備した閉鎖系スペースコロニー「理想郷」。そこは完全自立型の推論型AIを搭載した防壁「ザンクト・シュッツ-St. Schutz-」により、外部からの独立性が維持されていた。スペースコロニー内では農耕・狩猟のみ肯定されていたが、長い時を経てこの「理想郷」から逃れようとする者たちが現れた。彼らは複座式格闘機「双精機-SANVEIN-」と、4タイプの制御ユニット──特殊強化人間「精-Gauage-」──を創造し、ザンクト・シュッツに挑み続けた。ザンクト・シュッツから、そして、自分達の理想郷から逃れるために。
売れっ子ミュージシャンの夏目草介が、日本武道館で行われた全国ツアーの最終日、突然「今度、映画を作りますのでよろしくお願いします!」と宣言した。映画ビジネスはリスクが大きすぎると言って猛反対する事務所の社長・坂本を押し切り、既に書き上げていた脚本の映画化を進める草介。だが、彼は様々な困難にぶち当たることになる。まず、映画の配給元が主演女優を勝手に選んできてしまったのだ。主人公を、今は劇団の裏方をしている元女優の一ノ瀬信子で当て書きしていた草介は、それを拒否。強引に信子を担ぎ出し、撮影に入る。だが、現場は素人監督にあまり協力的ではなかった。何かと撮影監督の田村が間に入ってくれるも、諍い（いさかい）が絶えない現場。それでも撮影は進み、いよいよラストシーンの撮影を迎える。ところが、それまで順調だった信子がNGを連発。実は、草介が書いた脚本「遠い海辺」の中に出てくるミュージシャンと女優は、草介と信子の過去をダブらせたものだったのだ。草介の書いたエンディングに納得のいかない信子は、カメラの前に立つことが出来ない。そうしているうちに撮影日程や予算がきつくなり、スポンサーやタイアップも降り、遂には草介と田村の仲に亀裂が入って、映画は暗礁に乗り上げてしまう。失意の草介であったが、坂本に「本気で映画を撮りたかったんだろ?だったら最後までやってみろ」、助監督の真下からは「監督は（映画を作るという）大きな船に乗り込んできた。自分たちは期待していたけど、初めからそれにこたえる義務なんてなかった。操縦の仕方なんてわからなくてもいい。そんなことは最初から期待していない。それは僕ら（スタッフ）がやればいいこと。大切なのは監督が船を出したということだけど、その船は誰もが出せるわけではない」と叱咤され、映画を作りたいという気持ちをストレートにスタッフに説得。ラストシーンも書き直し、見事に映画を完成させるのであった。