以下、人類学的観点から、日本人の系統または起源に関する諸説について記述する。形質人類学的観点から日本人は、過去の縄文人・弥生人や現在の日本国内に古くから住む住民がモンゴロイドに属する。むろん「モンゴロイド」という分類概念では漢民族などの東ユーラシア人全体が包括され、イヌイットやアメリカ先住民も含まれる。だが遺伝子の研究が進むにつれ、便宜的に使用される分類名称としての各人種も、推定される起源地（原初の居住地）の地理的名称を基準とすることが多い。モンゴロイド集団の分布は日本人形成過程の分析にとって今日もなお重要な手がかりである。なお、日本人の元となった集団を仮定する際、その集団（もしくはその集団と遺伝的に近い集団）が「どこで発生したか」、「どこを通って日本にやってきたか」、そして「現在の集団においてどの集団と近縁か」は分けて考える必要がある。例えば、仮に「日本人の祖先集団は樺太を通じてやってきた」という記述がなされた場合、その記述だけで樺太で日本人の祖先、すなわち日本人と遺伝的に近い集団が発生したかは判断できず、また現在の樺太住民が日本人と近縁かも判断はできない。以下の説明を読む際は、その都度時系列的な違いも考慮する必要がある。
近代に入り、日本がネーションステート（国民 / 民族国家）として朝鮮半島や台湾島を領有していた時代には、日本人という語は、公式には、朝鮮人、台湾人など日本国籍を付与された併合地の先住民族を含む国籍的概念であった。これらの地域には日本本土と同じ法令（現行の刑法など）が施行された事実上の併合であった。朝鮮人からは数百名の貴族が叙爵（侯爵・伯爵・子爵・男爵）され東京の帝国議会貴族院に議席を有した。また、朝鮮高等法院などの裁判所の裁判例は、東京や大阪の下級審を拘束した（現在の東京地方裁判所も、朝鮮高等法院の裁判例に違反した場合、控訴理由になる）。以上から、日本本土は内地それ以外の地域は外地と呼ばれていたのは地理的概念である。事実上の内地であった南樺太では、ロシア人、ポーランド人、ウクライナ人、ドイツ人、朝鮮人、ウィルタやニヴフの中には日本国籍を持っていた者もいた。そのため、第二次世界大戦後、ソ連によって日本人として北海道に強制送還、ないしは自ら進んで移住した朝鮮人、ウィルタ、ニヴフがいた。また、反ソ分子として抑留された者もいた。ポーランド系日本国民の多くはポーランド国籍を取得しポーランドに移住した。
古墳時代、朝廷権力の拡大とともに「日本」という枠組みの原型が作られ、その後、文化的・政治的意味での日本民族が徐々に形作られていくとされる。「日本人」「日本民族」という認識（ナショナルアイデンティティ）が形成され浸透していく経緯については諸説あり、ヤマト王権の支配が広い地域に及ぶ以前の弥生時代から倭人として一定の民族的統合があったとする説、また律令制を導入し国家祭祀体制を確立させた7世紀後期の天武・持統期（飛鳥時代後期）にその起源を置く説、13世紀の元寇（鎌倉時代中期）が国内各層に「日本」、「日本人」意識を浸透させていく契機となったとする見解などがある。大和盆地の大王を中心とした連合政権であるヤマト王権（大和朝廷）が成立すると、本州、四国、九州の住民の大半は大和民族として統合された。東北の蝦夷や南九州の熊襲と呼ばれた諸部族は大和朝廷に服属せず、抵抗した。その後、それらの諸部族は隼人の反乱の失敗や坂上田村麻呂の蝦夷征伐などにより、大和朝廷の下に統合されていった。白村江の戦い以後、倭国は長年支配した朝鮮半島から手を引いたが、代わりに東北日本へ進出し、現在の青森県にあたる本州最北部までを統一する。朝廷の支配が揺らいだ平安時代の東日本では、平将門の将門政権や奥州藤原氏の平泉政権など半独立政権が築かれたものの、東日本と西日本の民族的統合は保たれ、後に関東地方を基盤とした武家政権が全国を支配することとなった。
日本政府の命を受け、日本基督教会大会議長としてアジア外交に尽くし、日本政府から評価を受ける。また日本基督教連盟の議長として、日本の教会の合同のため働き、合同教会である日本基督教団の設立（1941年）に貢献。その統理者の地位にあった。1942年11月には日本基督教団の部制を解消させて完全合同を実現し、これは「信仰を一つにするため」だと述べた。富田は自ら率先して伊勢神宮に参拝し、天照大神に日本基督教団創立を報告し、発展を希願した。ホーリネス派の牧師が治安維持法違反で検挙されるホーリネス弾圧事件が起こると、教団を守るために該当牧師に辞職を勧告した。「天皇陛下の臣民」として、日本基督教団の総力を挙げて、大日本帝国に軍用機「日本基督教団号」を献納した。また1944年の復活節の日、日本基督教団教団統理者として、大東亜共栄圏のキリスト教徒のために、現代の使徒書翰と称される日本基督教団より大東亜共栄圏に在る基督教徒に送る書翰を贈った。富田は教団統理者として皇室に招かれ「畏くも宮中に参内、賜謁の恩典に浴するという破格」の栄誉を受けたという。大東亜戦争（太平洋戦争）終結後も天皇への忠誠心は変わることなく、1945年8月15日の日本基督教団の総会で「天皇陛下の御意志に従って国体護持に励むように」決議し、8月28日に指令を出した 1946年6月の臨時総会で統理を辞任したが、その後、常議員や総合伝道委員長として教団を支え、戦後も引き続き日本基督教団のエキュメニカル運動を指導し、日本キリスト教協議会の創立に携わった。教育にも関わり1946年、金城女子専門学校理事長に就任。