単式ホーム1面1線と島式ホーム2面4線の計3面5線のホームを持つ地上駅である（1番線は2両編成、2 - 5番線は13両編成対応）。駅舎とホームは跨線橋で連絡している。1番線の大湊線ホームと青い森鉄道線のホームを行き来する場合、円形改札の横にある狭い通路を利用して跨線橋へ至るという特殊な構造をしている。また、かつては改札が必要であったが、駅舎ホーム側窓口で改札を行うよう変更され、乗り換えに伴う改札は不要になった。円形改札には常夜灯の模型が設置されている。青い森鉄道の直営駅で管理駅として乙供駅 - 清水川駅間の各駅を管理している。青い森鉄道への移管前は、JR東日本の直営駅（駅長・助役配置）であり、管理駅として東北本線の乙供駅 - 小湊駅間の各駅と大湊線の北野辺地駅・有戸駅を管理していた。駅舎は線路の上り方を向いて左側（北東側）にある。反対側への出口はない。
青い森鉄道の青い森鉄道線とJR東日本の大湊線が乗り入れ、接続駅となっている。大湊線は当駅が起点である。青い森鉄道線は、元々はJR東日本（1987年（昭和62年）までは日本国有鉄道）の東北本線の一部であり、上野発着の夜行列車や昼行特急「つがる」「白鳥」・「スーパー白鳥」などの優等列車が停車していた。しかし、2010年（平成22年）12月4日に東北新幹線が新青森駅まで延伸されたことに伴う並行在来線の経営分離により、駅施設は青森県に譲渡された。また、この時から大湊線はほかのJR東日本の路線と接続せず孤立した路線となっている（JRにおける当駅の所属線は、東北本線から大湊線に変更されている）。かつては、上記路線に加えて南部縦貫鉄道線も乗り入れていたが、1997年に休止されたのち、2002年に廃止された。しばらくは通路が閉鎖され、線路も外されただけでそのまま手付かずで残っていたが、跨線橋が2003年秋に撤去され、残されていた駅舎とホームも2005年に全て解体撤去された。1893年（明治26年）5月に造林した日本で最初の鉄道防雪林があり、第14号鉄道記念物に指定されている。
2005年（2年目）、9月10日の対読売ジャイアンツ戦で代打として一軍初出場したが、3球三振に倒れた。二軍では主に一塁手としてチーム2位の78試合に出場し、打率.293を記録した。2006年、二軍でも打率.250と不調で、一軍出場なしに終わった。秋にハワイ・ウィンターリーグに派遣され、二軍で出場したことのない外野手として出場した。その際に肩の強さを買われ、コーチらの指示もあって翌年から本格的に外野手に転向した。2007年、二軍で打率.404で記録し、6月19日の対オリックス・バファローズ戦で6番・一塁手で初の一軍スタメン出場。7月27日の対東京ヤクルトスワローズ戦でプロ初安打・初打点を記録、7月29日の同カードではプロ初の決勝打となるプロ初本塁打を記録した。更に8月11日の対巨人戦で姜建銘から代打サヨナラ本塁打も放った。10月27日、北海道日本ハムファイターズとの日本シリーズの第1戦で、8回表に代打として日本シリーズ初出場を果たす。2008年、二軍生活が続き、終盤で一軍出場を果たすが、すぐに降格。前年に比べて大きく下回る結果となった。このシーズンで5年間入っていた昇竜館を父と一緒に退寮した。2009年、3月1日の日本ハムとのオープン戦で兄弟同一イニングでのアベック弾を放った。2010年、6月22日からこのシーズン2度目の一軍登録され、引退した立浪和義に代わり左の代打として起用されることが多かった。また7月21日の対横浜ベイスターズ戦で6番・右翼手でスタメン出場。弟の直倫と共に兄弟でスタメン出場を果たし、8月6日の対阪神タイガース戦には、弟の直倫と共に適時打を放ち、ナゴヤドームで兄弟初めてのお立ち台に上がった。9月22日の阪神戦では、9回裏1死満塁の場面で代打として出場。藤川球児から一塁ゴロを放ったが、クレイグ・ブラゼルの本塁悪送球を誘いサヨナラ勝利となり、試合後にお立ち台に上がった。チームとしても優勝争いを演じていたライバルを下す、大きな意味を持つ勝利だった。なお、この打席に立つ前に、落合博満監督から、「ボール(球)は振るな、内角は当たれ(死球)。」というアドバイスを貰っていた。最終的に自己最多となる58試合に出場した。2011年、開幕から絶好調で6月までは打率4割を超えていたが、ジョエル・グスマンと佐伯貴弘の加入もあってスタメンを奪うには至らず、代打での起用が主だった。しかし、7月1日の対巨人戦（東京ドーム）では9回表2死満塁の場面で代打で登場し、久保裕也から走者一掃の逆転適時三塁打を放った。また、10月9日には再び巨人戦（ナゴヤドーム）で延長10回裏1死一塁二塁の場面で代打で登場し、前々日に抑えられていた久保裕也からサヨナラ適時打を放つなど、前年に続いて代打で結果を残し、自己最高の結果を残した前年を試合数・打率・安打数で上回った。12月に結婚した。2012年、誕生日である5月27日の対福岡ソフトバンクホークス戦（ナゴヤドーム）で第1号2ラン本塁打を放つ。巨人とのクライマックスシリーズ第3戦のでは代打で出場して勝ち越しとなる決勝適時打を放った。右翼のレギュラー候補だった平田良介の不調もあってライトでのスタメン出場が増え、自己最高の85試合に出場し、4本塁打を放ち打率も.282(44安打)を記録した。2013年、前年と比較して出場試合数がほぼ半減、代打での出場がほとんどだったが最終的に打率、得点圏打率共に1割台に落ち込んだ。2014年、6試合の出場にとどまり、10月1日に球団から戦力外通告を受けた。