庵野秀明やGAINAX・カラーが直接手がけた事例ではないが、2018年の連続テレビアニメーション『新幹線変形ロボ シンカリオン』（以下『シンカリオン』）において、劇中に登場するロボット「シンカリオン500 TYPE EVA」の運転士という設定で登場。声は原典同様、緒方恵美が担当。現実世界で展開された新幹線と『エヴァンゲリオン』のコラボレーション企画『新幹線：エヴァンゲリオン プロジェクト』から発展する形で登場する事になった経緯を受け、「『シンカリオン』の世界に存在する碇シンジ」という設定になっている。同コラボ回には、 洞木三姉妹（ヒカリ・コダマ・ノゾミ）、惣流・アスカ・ラングレー、綾波レイも登場している。また、音声のみながら葛城ミサトも登場している。
旧世紀版と同じくエヴァンゲリオンの3番目のパイロット（第3の子供または第3の少年）に選ばれる。序盤から中盤にかけてはほぼ同じであるが、第6の使徒の攻撃を受けて瀕死の状態に至り、エヴァンゲリオンへの搭乗を拒絶した際、ミサトによってL-EEE（レベルトリプルE：扉にセントラルドグマとの表記）へと連れて行かれ、第2使徒リリスの存在を知る。そこでミサトから、使徒がリリスと接触すると人類は滅亡すること、NERV本部の面々も死ぬ覚悟で使徒と戦っていることを説かれる。さらに鈴原トウジ、相田ケンスケといった理解者を得たことで、それがEVAに乗る明確な理由となり、再度第6の使徒と交戦した際には、恐怖を感じながらも果敢な姿勢を見せ、使徒を殲滅する。旧世紀版では学校用の鞄は手提げ鞄だったが、新劇場版ではリュックになっている。
主人公。EVA初号機のパイロット（”第3の少年”）。一人称は「僕」。父は碇ゲンドウ、母は碇ユイ（旧姓 綾波）。新劇場版では、シンジはレイをはじめ周囲の人々とより能動的に関わり、守ろうとする姿勢が描かれるようになっていく。これはシンジの性格設定が変更されたわけではなく、鶴巻からも「序のシンジは旧世紀版第壱話〜第六話と同じ」とコメントされている。違いが見られるのは、旧世紀版に比べ、ミサトがシンジと向き合うようになったことをはじめ、周囲の人間の対応が変わったことによりシンジの反応も変化したためである。しかし、3作目である『Q』になってからは、14年前（『破』）にサードインパクトの元凶に意図せずになってしまったことから、人間関係は一気に悪化。一時の友情を育んだカヲルも自身を守るために命を落としてしまったことから、原作の終盤と同じく、深く心が傷付くことになる。
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』（漫画：林ふみの）では、鈍感であるものの、心優しい健全な少年として描かれている。『新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画』（漫画：高橋脩）では、ハーレム系作品の主人公らしく描かれている。『新世紀エヴァンゲリオン 学園堕天録』（漫画：眠民）では漫画版に近い性格である他、「加持とは親交がある」等の設定が追加されている。
ノビチョクは、ロシアのビシネスラウンドテーブルの責任者、イヴァン・キヴェリディと彼の秘書、ザラ・イスマコヴァを毒殺するため1995年に使われたと伝えられる。その後、銀行家の元ビジネスパートナーであったウラジミール・クシシビリは、殺人罪で有罪判決を受けた。ユリ・フェルシチンスキーとウラジミール・プリブロフスキーによると、この殺人事件は「ロシアの治安機関によって行われた組織的な中毒事件の1つ」となった。ロシア内務省は、その物質を分析し、それが「厳密に分類された」リン系の神経剤であると発表した。シハヌィの行政当局責任者であるネステロフは、「今回の一件のような毒物が違法に販売されている」ということは承知しておらず、その毒は「プロのスパイによって使用されている」と指摘した。また、2018年3月12日、英国政府は、3月4日、イギリスの都市ソールズベリーにおいて、ロシア連邦軍参謀本部情報総局幹部だったセルゲイ・スクリパリと娘のユリアの暗殺を狙って、ノビチョクを使って攻撃されたと発表した。イギリスのメイ首相は議会で「ロシア国家による我が国に対する直接的行動か、あるいはロシア政府が潜在的に破局的な損害を与える得る神経剤の管理を喪失し、第三者が入手することを許した」と話した。2018年3月14日、イギリスがロシアに対して3月13日0時までに釈明を求めたことをロシア側が拒否したため、イギリスはロシアの外交官23人を追放した。攻撃後、救急隊員と一般人21人が暴露有無を検査され、3人が入院した。3月12日現在1名の警察官が病院に入院している 。ソールズベリーの一帯の除染を支援するため、500人の一般人が長期的な暴露を防ぐために所有物の洗浄をするよう勧告され、180人の軍隊と18台の車両が配備された。攻撃の正確な場所は特定されていない。安全保障理事会に対して、ロシアの国連大使であるバシリー・ネベンジャは、ロシアは「ノビチョクという名目での科学的な研究や開発は行われていない」と述べ、ロシアが製剤の製造または研究を行っているというイギリスの主張を否定した。アメリカ合衆国国土安全保障省の元高官であるダニエル・ガーシュタインは、英国でのノビチョク剤の使用は以前にもクレムリンの標的に対する暗殺に使用されていたが発覚していなかった可能性があり、「我々は誰かがそれによって死ぬのを見て、それに気づかなかったというのは全く尤もらしい。今回のケースでは公園で意識不明になったために気づいた。より高濃度の暴露であれば、おそらく彼らは死んでしまい、我々は自然死だと思っただろう。」と話した。