だが、せっかく増えていった門徒や末寺であったが、真慧の友人であり本願寺派第8世でもあった蓮如の布教活動により、天台宗の青蓮院末寺となって衰微していた本願寺の威勢が上がり、本願寺派に転属してしまう門徒や末寺が現れだした。翌寛正6年（1465年）になると、天台宗の延暦寺は正月早々に以前から対立していた蓮如を「仏敵」とし、延暦寺西塔の衆徒が一斉に大谷本願寺を襲って破却し、3月に再び本願寺を破却した（寛正の法難）。そんな中、延暦寺は高田派と本願寺派との違いがあまり理解できなかったのか、高田派を本願寺派と同一視して敵視してきた。そのために7月になって真慧は比叡山に登り、専修寺門流（高田派）は無碍光流（本願寺派）とは全く別であることを陳述した。さらに寺伝によると、その理解を得ようと7日間にわたって親鸞の教えである浄土真宗の教義を講義したところ比叡山中の僧侶が感動し、真慧は親鸞聖人の再来ではないのかとの噂まで出だした。こうして、高田派こそ浄土真宗の正統だと認められ、慈覚大師が一刀三礼で彫り上げた阿弥陀如来立像を延暦寺から譲られたとする（証拠如来縁起）。以来、現在もこの「証拠の如来」と呼ばれている阿弥陀如来像が一身田本山専修寺の本尊である。しかしこの後、延暦寺の威勢には勝てず、専修寺も延暦寺東塔の末寺となってしまう。また同年、伊勢国の門徒の懇請によって伊勢一身田に無量寿院を建立し、西国での重要拠点とし、そして本願寺が高田派の末寺と門徒を引き抜いた件で蓮如に抗議し、本願寺派との関係を断った。文明5年（1473年）、加賀で守護の富樫氏が家督争いを起こした際、高田派は富樫幸千代につき、本願寺派は富樫政親について合戦が行われたが、翌文明6年（1474年）、本願寺派の一揆（一向一揆）と結んだ政親が勝利し、幸千代は加賀から追放されて高田派は逼塞を余儀なくされた。さらにこの時期、蓮如が越前に吉崎御坊を建立して本格的に越前・加賀を布教していたために高田派や三門徒の末寺・門徒の多くが本願寺派に宗旨替えを行っていったこともあり、高田派の勢いは衰えていった。だがそれでも、文明10年（1478年）3月に高田専修寺を皇室の祈願所とするとの後土御門天皇の綸旨が下付され、真慧は「上人号」も勅許される。長享元年（1487年）10月には法橋だった真慧に法印が叙された。長享2年（1488年）6月、加賀で本願寺派が一向一揆を起こして守護の富樫政親と合戦を行った（加賀一向一揆）。この時に高田派は今度は政親に味方して再び本願寺門徒と戦うが政親は敗れて高尾城で自害し、本願寺派が加賀を占領した。そのため本願寺派に転宗する者も続出し、やむなく多くの高田門徒は加賀から出て行ってしまった。そしてこの時、政親の妻が我が子を連れて加賀を逃れて真慧の下に身を寄せて、やがて真慧の内室となった。この連れ子こそ後の応真である。永正3年（1506年）7月、加賀の本願寺門徒が越前へ攻め入込んできたため、高田門徒や三門徒は朝倉貞景に味方した。そして九頭竜川の戦いで朝倉軍が勝ち、本願寺派の有力寺院である和田本覚寺と藤島超勝寺は越前から追放されて加賀に逃れた。以降越前では本願寺派は禁教となり、残された本願寺派の門徒は大半が高田派に宗旨替えを行ったので高田派は越前での勢いを取り戻した。
関係研究者間の過去の目標では、2010年春開始のCERNのLHC実験と同時期に、重心系エネルギーで250GeV～500GeVの衝突実験を行うことが期待されたが、現在では2010年代中の計画正式スタートが議論されている。計画の正式実現のためには、なんらかの国際協議を経て、建設決定、最終候補地の選定、担当建設部署と予算拠出にかんする政府間合意が取り交わされる必要がある。それに基づき、加速器本体の設置形態を確定し、トンネルの掘削、加速器本体の製造、加速器付帯施設の建設、実験装置の製造、加速器付帯施設への実験装置の設置等が行われることになる。上記にあるように、2007年2月に建設費用の一次評価が公開されたあと、計画推進の科学者の立場からは、近々に政府間の国際協議に向けた動きが新たな段階に入ることが望ましい、と考える者は少なくなかった。しかしながら、その具体については当然、関係国それぞれにおける周辺科学技術分野と産業界の了解、行政府とくに財政当局、および関連する地方公共団体の理解、そして最終的には立法府の判断に大きく左右される。最新の状況では、前述のハドロン加速器とレプトン型加速器の相補性議論の有効性は認めつつも、計画と予算の巨大さを考慮して、2010年にまず重心系エネルギー7TeVで運転が立ち上がったLHCでの陽子・陽子衝突実験の帰趨をまず見るべき、との意見が支配的となっている。さらに、ILCとは別に、2ビーム加速方式と呼ばれる方法でより高いエネルギーへの到達を目指す、もう一つのリニアコライダー、CLIC計画の開発検討も、欧州を中心とするグループによって別途行われている。これらを総合した世界の将来計画展望の再構築が必要、との見解が強まっている。ともあれ、リニアコライダー計画としての技術的成熟度では、ILCがCLICよりも数年以上先んじていることは、関係者の衆目の一致するところである。また、国際リニアコライダー建設への進展のためには、一カ国あるいは一領域が先行して一元的に予算上、運営上の責任を負うのではなく、成り立ちからして国際的に開かれた（"Global" な）計画発展の形態が取られるべき、というのが、関係する科学者のほぼ総意と言って良い。具体的にはたとえば、ALMA計画で経由したものと類似の段階を踏む可能性が研究者間では議論されている。すなわち、第三者評価が行われ、同時に専門委員会（予算、科学技術諮問委員会、技術開発委員会）が公式の組織として承認され、二次計画へとステップアップした後に政府間合意へと繋がっていく、といったようなものである。また、ITER計画も計画発展の形態を考えるうえでのひな形の一つと目される。ただし、政治決定（まだおこなわれていない）に先だって関連研究者レベルの議論が長く行われている点、現在までのところ、さまざまの国際共同研究をおこなってきた各研究所が開発の主体である点、したがって産業界による工業規模のエンジニアリングはまだその端緒についたところと言うべきなどの点で、国際リニアコライダーはITER計画とはやや趣を異にする。これら諸課題についての関係国からの監督官庁による接触と意見交換は、OECD Global Science Forumの高エネルギー物理学の将来にかんするConsultative Groupを皮切りに2003年ころから始まり、Funding Agencies for Large Collidersと呼ばれる会合において現在も進行中である。しかし、科学技術予算事情の幅広い長期展望を踏まえたうえの国際リニアコライダーに関する政策は、各国ともそれぞれの行政府立法府を通して確立しているわけではなく、正式な国際協議の場の発足は今後の課題である。