投獄された旅順監獄の看守で、安重根の監視の担当となった千葉十七は、当初は伊藤を暗殺した安を憎んでいた。ところが、話を重ねるごとに千葉は安の思想に共感を覚えるようになっていった。安は処刑の直前、千葉に向かって「先日あなたから頼まれた一筆を書きましょう」と告げ、「為国献身軍人本分」と書いて、署名し薬指を切断した左手の墨形を刻印した。そして彼は、「東洋に平和が訪れ、韓日の友好がよみがえったとき、生まれ変わってまたお会いしたいものです」と語ったという。千葉は終生、安の供養を欠かさなかった。旅順監獄の典獄（刑務所長）であった栗原貞吉も、安に感化された1人で、安の願いを聞き入れ、煙草などの差し入れをしたり、法院長や裁判長に掛け合い、助命嘆願をするなど便宜を図っていた。処刑前日には、彼も絹の白装束を安に贈った。また前述のように栗原は安のために厚い松板で拵えた特別な棺を用意していた。死刑執行後、栗原は安の死を惜しんで、しばらく後に退任して故郷の広島に帰った。安を朝鮮の志士と称した主任弁護士で、高知出身の水野吉太郎も手帳に安重根の親筆を得ていた。前述のように彼は処刑の朝の面会に同席したが、この時に腹を割って話して交感したので、安からキリスト教に改宗するように勧められ、「天国で共に語り合おう」と言われている。別の看守の八木氏も安の墨書を記念に書いてもらって持ち帰り、2004年、孫の八木正澄氏が韓国に無償で寄贈した。それより前の1970年代に、日本から韓国大統領府（朴正煕時代）に寄贈された安の遺墨宝物第569－4号は、現在所在不明である。2012年の韓国大統領選挙では、投票日の9日前に、安度眩（詩人）がこの墨書は「（娘である）朴槿恵が盗んだのではないか」と示唆する内容の記述をTwitter上に書き、物議を醸した。その後、彼はこれが中傷であるとして名誉棄損で刑事告訴され、有罪判決を受けた。
安重根らが逮捕されたと知った大東共報は募金公募した。安の弟安定根は、兄の写真で5種類のはがきを作り、ハワイに300枚、サンフランシスコに500枚を送った。集まった金のうち1万円の大金で英国人弁護士ダグラスなる人物を雇い、2,400円を家族の保護のための費用に当てた。韓国人弁護士にも多数志願するものがあったが、これらの選任は真鍋裁判長によって却下されたため、結局、安には2人の日本人の官選弁護人が付くことになった。官選弁護士の1人であった鎌田正治は、まず、清国での犯罪について韓国人に対して裁判権が及ばないこと、韓清通商条約を理由に治外法権があるために清国領土内における韓国人の犯罪には韓国刑法を適用すべきことを指摘して、日本帝国刑法が主管する本法廷の管轄外であると主張したが、これは前述の理由で真鍋裁判長に退けられただけでなく、安本人も人を殺して裁く法がないとは道理が合わぬと不満を述べる始末だった。次に主任官選弁護士水野吉太郎が、安の行動と幕末の志士とを比較して、安は朝鮮の志士であるという弁論を展開して、情状酌量を求め、殺人罪としては最も軽い懲役3年が妥当であると主張した。しかし判決では、結局、裁判長は政治的背景の考慮を認めず検察の言う私怨説に近いものを採用した。
1796年11月、母がガンでなくなった。55歳であった。フンボルトは、家庭との絆から解放されるとともに、遺言によって相当額の遺産を相続した。1797年2月に鉱山の職を辞任し、本格的な探検調査に乗り出した。彼の計画は、兄一家とともにイタリア旅行し、火山を研究し、そしてパリで科学調査の機器を購入し、イングランドで西インド諸島行きの舟を捕まえることであった。6月の初め、まずザクセンの首都ドレスデンに向かった。そこでフォレル男爵（スペイン、マドリード駐在ザクセン大使）の兄弟と知り合うことになった。ナポレオン軍が一進一退を繰り返しおり、イタリアの情勢は不安定であったが、10月にはカンポ・フォルミオ条約が結ばれた。フンボルトはウィーンで探検に役立つ諸科学を学習していた。スペイン首相の後援を受けて、当時のスペイン領アメリカへ向かうことになった。カナリア諸島のテネリフェ島で流星雨の観察を行い、その周期性の研究は今日の天体観測の基礎となった。さらに南米大陸へと渡り、オリノコ川とアマゾン川が支流で結ばれていると断定し、様々な動植物の調査を行った。そしてコロンビアからアンデス山脈伝いにペルーまで困難な探検を行い、チンボラソ火山の山頂まで400mの地点まで到達し、リマに到達した。このとき、ペルー沿岸を流れる海流の調査をしたことにちなんで、フンボルト海流の名がつけられた。これらの体験を活かし、従来は互いに独立していた思われていた、動植物の分布と緯度や経度あるいは気候などの地理的な要因との関係を説き、近代地理学の方法論の先駆的業績ともいえる大著『コスモス』が書かれた。南米からの帰国後、フンボルトはイタリアのベスビオ火山の調査研究を行い、1807年にベルリンで『自然の風景』を出版、それまでの研究成果をまとめるためにパリに居を定めた。この頃になると、彼の名声はヨーロッパ中に轟き、ナポレオンに次いで有名な人物とも言われた。既に1794年までにフンボルトは、全ての生命の形態と自然環境との関係を説く『世界の自然』を考えていたという。彼は熱帯アメリカの山地における調査によって自然地理学と地球物理学の基礎を築いた。フンボルトは地形、気象、地磁気の研究に様々な化学的器具を用い、植物とその環境との関係を調査して6万種に及ぶ膨大な標本を収集したが、その中には数千種に及ぶ新しい種や属が含まれていた。この時、電気ウナギが馬を感電させたという記録も残している。フンボルトの写実的記録が、科学分野に大きな進展をもたらした事は確実で、等温線図の作成（1817年）により、彼は様々な国の気候条件を比較する考えや方法を示し、また初めて海抜高度の増大に伴う気温の減少率を明らかにし、あるいは熱帯性暴風雨の起源を追求して高緯度での大気の擾乱を支配する複雑な法則を発見する手がかりを得た。さらに植物学に関する彼の論文は、有機体の分布が異なる自然条件に影響されるという、当時としては全く新しい考えに基づいたものであった。また、地球の磁力の強さが極から赤道に向かって減少することを発見したのもフンボルトであった。