1991年、横河電機副社長（当時）の美川英二の肝煎りでチームの強化が始まり、ブラジル人のマルコス・ボカットが監督に就任し、またブラジル人選手3人と契約した。1992年、都リーグ1部は3位の成績であったが関東社会人大会で準優勝した。4年ぶりに全社に出場したが1回戦で京セラ川内に敗れた。1993年、関東リーグに3度目の昇格（復帰）。リーグ戦は9勝3分6敗の成績で優勝チームと勝ち点9差の3位の成績。2年連続で出場した全社は1回戦でNTT九州（現在のロアッソ熊本の母体）、準決勝で東北電力（現：ベガルタ仙台）などを破り、決勝でYKK（現在のカターレ富山の母体）に勝利して同大会で初めて優勝した。1994年、会社としてジャパンフットボールリーグへの昇格を目指す意向を表明した。関東リーグは10勝6分2敗の成績で2位に勝ち点4差をつけて初優勝。全社は準々決勝で北陸電力（現在のカターレ富山の母体）に敗れた。初めて出場した全国地域サッカーリーグ決勝大会（地決）は1次ラウンドを2戦2勝の首位で通過、決勝ラウンドは1勝2敗で4チーム中3位の成績でジャパンフットボールリーグへの昇格は成らなかった。1995年、関東リーグは9勝4分5敗の成績で優勝したプリマハムFC土浦（現：水戸ホーリーホック）に勝ち点14差の2位。全社は1回戦で日立清水に敗退。地決は1次ラウンドを2戦2勝（1PK勝）の首位で通過、大分FC（現：大分トリニータ）やYKKなどと同組となった決勝ラウンドは1勝2敗（1PK負）で4チーム中3位の成績で2年連続の敗退。1996年、関東リーグは8勝2分8敗の成績で優勝したホンダルミノッソ狭山に勝ち点17差の4位に終わり、3年連続の地決出場は成らなかった。全社は1回戦で同大会で優勝した教育研究社FCに敗れた。1997年、元湘南ベルマーレのエジソン・アパレシード・デ・ソウザが加入。関東リーグは14勝4分（無敗）の成績で2位に勝ち点10差を付けて3年ぶり2度目の優勝。全社は佐川急便SCなどを破って決勝に進出。決勝はホンダルミノッソ狭山に勝ち4年ぶりに優勝した（2度目）。地決は1次ラウンドを2戦2勝の首位で通過、ソニー仙台FCやアルビレックス新潟などと同組となった決勝ラウンドは1勝2敗（1PK負）で4チーム中3位の成績で敗退した。1998年、関東リーグは15勝1分2敗の成績で2位に勝ち点9差を付けて2年連続3度目の優勝。地決は1次ラウンドを2戦2勝の首位で通過、愛媛FCやNTT九州などと同組となった決勝ラウンドは3戦3勝（1PK勝）の成績で優勝した。また、1999年度より創設される日本フットボールリーグ（JFL）参加を2月までに申請し）、10月に日本サッカー協会によってJFLへの参加が承認された (第7回JFLも参照)。1999年、森井申一が監督に就任。第35回全国社会人サッカー選手権大会に出場して栃木SCや水戸ホーリーホックなどを破ってベスト4に入った（準決勝でソニー仙台FCに敗北）。
さらにNHKは政府の求めに応じる形で衛星波の削減を計画。この中でデジタル衛星ハイビジョンを2011年頃に廃止し、「デジタルBS1」と「デジタルBS2」をハイビジョン化する方向で検討を進めてきた。一方政府部内などには、NHKの衛星チャンネル数を1つにするべきだという意見もあった。総務省は2008年（平成20年）2月末、「NHKの衛星放送の保有チャンネル数のあり方に関する研究会」の議論（東洋大学教授松原聡の項目も参照）を受けてNHKの衛星波を2011年（平成23年）以降2チャンネルとする方針を固め同年10月14日に決まった2009年度（平成21年度）から3か年のNHK経営計画でテレビの完全デジタル化に合わせ廃止されることが盛り込まれた。このため2010年度（平成22年度）を「現在のハイビジョン専用チャンネルとしての最終年度」と位置づけ、BS2との連動で文化・芸術・エンターテインメント・人物・自然・紀行といった諸番組で新たな映像技術や演出手法を取り入れた斬新な番組編成を展開しNHK番組たまごなどに代表される実験的な番組編成の強化も図って、前身のアナログハイビジョン試験放送から数えて20年に渡ったハイビジョン専用チャンネルの幕を引くことにしている。またそれまでBS1などと連動して放送したオリンピックの中継もバンクーバーオリンピックでは実施せず、BS1（標準画質）と総合テレビ（ハイビジョン画質）のみで放送されることとなった（2010 FIFAワールドカップは6月15日未明の「日本VSカメルーン」、6月25日の「日本VSデンマーク」、7月12日の決勝戦の3試合の録画中継がBS1と同時放送された）。当初は地上波のアナログ放送廃止と同時の2011年（平成23年）7月24日までにハイビジョン専門チャンネルでの放送を廃止する方針だったが、衛星放送の完全デジタル化を周知徹底させる方針から2011年（平成23年）3月31日24時（4月1日0時）の放送終了をもってハイビジョン専門チャンネルでの放送を廃止。総務省による手続きを経て2010年（平成22年）12月9日にその後の方針が決定。BS2も廃止され、地上波難視聴対策の役目をセーフティネット放送に移した上で教養・文化主体の新しいハイビジョンチャンネル「NHK BSプレミアム」に再編されることとなった。BShiに割り当てられていた103chは2011年（平成23年）4月以降、BSプレミアムへ引き継がれ、BS2の102chはBS1の臨時チャンネル（2011年10月16日までは臨時チャンネル休止中はテレビによって何も映らないか101chに誘導されていた）となった。また、103chを引き継いだBSプレミアムは開局当初から24時間放送を実施するため、2006年3月の24時間放送廃止以来実質5年ぶりの24時間放送「再開」にもなった。なお、EPG（電子番組表）では、2011年（平成23年）3月25日0時から3月31日24時（4月1日0時）までは現状の3チャンネル体制での表示を維持しつつ、4月1日以後のBSプレミアムの番組表の掲載を開始。4月1日午前4時からは新しいBS1（101ch）・BSプレミアム（103ch）の番組表を掲載し、BS2（102ch）の番組表のデータは削除された。