農林業就業者数は全体の約2.7パーセント（1178人）であり、耕地面積は舞鶴市全体の4.2パーセント（1270ヘクタール）である。2015年のデータによると市内には2041世帯の農業経営者がいるものの、そのうち販売農家は714世帯、そのなかでも専業農家は245世帯のみである。最も多く育てられているのは米（548経営体・316ヘクタール）で、ほかには小豆（78経営体・25ヘクタール）、茶（19経営体・10ヘクタール）、ダイコン（162経営体・11ヘクタール）なども栽培されている。京野菜の万願寺とうがらしは舞鶴発祥であり、「万願寺甘とう」の名称で2017年（平成29年）、京都府内でははじめてGI登録を受けた。畜産業も行われており、市全体で乳牛が190頭、採卵鶏が13万9100羽飼育されている。林業については、市内に2万6957ヘクタールの林野があり、主にスギ・ヒノキ材を生産している。中丹地域（福知山市・綾部市・舞鶴市）の由良川流域で育った木材は品質がいいということから、「丹州材」のブランド名がついている。若狭湾に面する舞鶴市では漁業も営まれており、イワシ・サワラ・ブリなど2493トンが水揚げされている。舞鶴市内に属する漁港には、舞鶴漁港のほか田井漁港・野原漁港・竜宮浜漁港・水ヶ浦漁港・成生漁港・瀬崎漁港・西大浦漁港・神崎漁港などがある。
2010年（平成22年）の国勢調査によれば、第1次産業の従事者4.2パーセント、第2次産業の従事者23.4パーセント、第3次産業の従事者72.4パーセントである。産業別に見ると卸売業ないし小売業に就業しているものが最も多く（14パーセント）、ついで公務（13パーセント）、製造業（12パーセント）、医療・福祉（11パーセント）となっている。男性に限って言えば公務従事者は全体の18パーセントを占め、これには海上自衛隊関連施設の存在が影響している。
舞鶴市は、京都府北部では経済的中心都市として重要であり、船舶の大型化や荷役のコンテナ化に対応する港湾にするべく「舞鶴国際埠頭」が整備され、関西の日本海側の重要港湾である。なお、中心市街地の人口は1985年度の約8,400人から2000年度には約6,300人に減少、実質商品販売額も約170億円から約110億円と35%も減少しており、市と京都府ではその活性化に力を注いでいる。東舞鶴駅前を中心に高層マンションが建設され、駅北口には北近畿最大級の家電量販店ケーズデンキ東舞鶴店が入る、JR東舞鶴駅NKビルが建っている。
舞鶴都市圏は舞鶴市全域を含め福井県大飯郡高浜町の全域とおおい町の一部、綾部市・宮津市の一部を含んでおり、商圏人口は約12万人である。近年では東舞鶴駅前に平和堂系列の「らぽーる」（本社：舞鶴市、1995年開業）が進出し、西舞鶴にも駅東側にさとう系列の「バザールタウン舞鶴」（2000年開業）、駅前に「さとう舞鶴店」が出店しており、また東西両舞鶴市街地を結ぶ白鳥街道（京都府道28号小倉西舞鶴線）沿いや、西舞鶴の国道27号・国道175号沿いには郊外型飲食店や娯楽施設、大規模小売店などが立地するなど、北近畿の商業地域として近隣市町村にその商圏を広げている。それを受けて、前述の駅前商店街は衰退の一途を辿り、空店舗が目立つようになっている。また、ローソン、ファミリーマート、ミニストップ、セブンイレブンと、24時間営業のコンビニも出店している。なお、前述した白鳥街道にはバイパス計画や4車線化計画があるものの、既に市街地が形成されていることなどから事業が進んでおらず、白鳥街道の旧道を拡張しバイパスとする新たな道路計画がある。
舞鶴市は、産業構造の変化や、慢性的な土地不足のため経済は停滞気味である。近年は大型商業施設の立地や、企業誘致による企業進出を見られるものの、大手企業の工場閉鎖もあるなど一進一退となっている。
航空路線の直行便（en:Non-stop flight）の場合には、一般には遠方に行く航路ではあるが、需要が多い区間で航空機の乗り換えをしないで（直通で）運行する場合を指す。また、直通便（en:Direct flight）とは二地点を同一便名で飛行する航空便のこと。直行便（Non-stop flight）と直通便（Direct flight）の定義が異なると混乱の原因になる。例えば、冷戦時代における日本発の場合、羽田（のちに成田） - ロンドン線などのヨーロッパ航路の場合、旧ソビエト連邦がロシア領内を通過させなかった事から、アラスカ州のアンカレッジに寄港して北極海を経由する北回りヨーロッパ線か、東南アジア・中近東を経由する南回りヨーロッパ線という2種類の航路であったため、モスクワ経由の航路をこう呼んだ。また、就航当時は航続距離が短く、途中で燃料の補給が必要といった航空機の技術的な問題もあり、北米路線ではアンカレッジやホノルル経由であったが、機体やエンジンなどの改良で1980年代までには解決したため、ほぼ政治的な要因のみとなった。1990年代以降はロシア領内が通過可能になったため、成田空港発着のヨーロッパ航路や北米航路では無寄港の直行便が一般的となった。なお、近年は旅行の多様化や国際貨物の発達で、旅客や貨物の目的地が、各国の首都や経済中心都市とは限らなくなり、「直行便」よりも乗り継ぎが経済合理性にあう面も見られ、また、ハブ空港を設定し、乗り継ぎによる路線多様化の維持をする例も多い。現在では、直通便は一旦機内から出て待合室で待機することも多く、途中で機材が変わる場合もあるので、直通便とはいうものの、寄港地がある便の場合は、乗り継ぎをする場合と同様の手間がかかることも多い。