1959年5月17日、教皇ヨハネ23世は、当時、国務長官であったタルディーニ枢機卿 (en) を委員長として、前準備委員会 (commissio antepraeparatoria) を任命した。1960年6月5日、ヨハネ23世は、自発教令『スペルノ・デイ・ヌートゥ』(Superno Dei Nutu) によって、第2バチカン公会議の10の準備委員会 (commissiones praeconciliares) と3つの事務局を設立した。同時に、これらの委員会の上に120名から成る「公会議中央準備委員会 (Central Preparatory Commission for the Council)」を置き、翌日、日本の土井辰雄枢機卿を含める36人の中央準備委員が任命された。公会議中央準備委員会は、世界の司教たちからの提案をもとに 10の準備委員会によって起草された草案を吟味する責任があった。中央準備委員会と各委員会、顧問 (consultor) の人数は、その後の任命によって更に拡大し、1961年2月までに710人（内訳は委員393人、顧問317人）に達していた。更に同年12月には827人にふくらんだ。1962年6月まで中央委員会は多くの会議を開き、公会議の準備を進めていった。すでにこの中央準備委員会の内部で、対立する枢機卿たちの闘いが繰り広げられていた。つまり、検邪聖省 (en) 長官代理アルフレド・オッタヴィアーニ枢機卿の神学委員会とそれに協調する「ローマ派」と、キリスト者一致促進事務局事務長のアウグスティノ・ベア枢機卿 (en) とその補佐ヤン・ウィレブラン、彼らに協調するリベラル派であった。
会議の準備に2年が費やされた。その間、まず世界中のカトリック教会関係者から公会議の議題に関する意見書が集められ、次に教皇に任命された10の準備委員会がそれらを検討したうえで、公会議の議題の草案を作成した。
1959年1月25日、教皇ヨハネ23世はサン・パオロ・フオーリ・レ・ムーラ大聖堂附属のベネディクト派修道院をふらりと訪れ、17人のローマ枢機卿の前で突然、公会議を召集することを告げた。この教皇自身が下した決断は長い熟考の結果ではなく「予期しないところにふと訪れた春の木々の芽生えのように生まれた」。この突然の公会議開催の発表は大きい混乱を引き起こした。多くの枢機卿らは、司教たちがマスメディアの圧力を受ける危険を指摘して、公会議招集を止めようと促した。その理由は、ヨハネ23世は、以前ブルガリアの教皇使節（在位：1925年-1934年）を務めた当時から「東方帰一教会」が正教徒らにしている帰一宣教活動に反対しており、新しいエキュメニズムを考えていたからである。神学者の間には、カール・ラーナーやイヴ・コンガールなどのように「近代社会で人類が獲得した経験知を伝統的なカトリック信仰と調和させる」ことを目指した一団と、ヨーゼフ・ラッツィンガー（後の教皇ベネディクト16世）やアンリ・ドゥ・リュバックのように「古代教会の信仰にこそ現代教会の活力の源泉が見出されるはずだ」とする一団という2つの大きなグループが生まれていた。また、第1バチカン公会議で本来話し合われるはずであった教会論の議論（これらは普仏戦争の勃発によって中断を余儀なくされた）を行うことで教会のアイデンティティーを再確認することの大切さも十分認識されていた。このような流れの中で、つなぎの老教皇とみなされていたヨハネ23世が公会議の召集を発表したことは、カトリック教会と全世界にとって驚きと同時に大きな期待を持って迎えられた。
1948年、教皇ピオ12世は、ピオ11世の抱いていた公会議のアイデアを検討していた。ルフィニ枢機卿 (en) とオッタヴィアーニ枢機卿は、公会議が新しい近代主義に染まった異端神学を排斥する適切なチャンスだと考えた。そこでピオ12世は65人の司教たちに打診したが、公会議はむしろ危険である、教会を窮地に落とすと判断し、公会議開催の考えを放棄した。
1923年5月23日、教皇ピオ11世は枢機卿会議で、1870年に中断されたバチカン公会議を継続させるために公会議を召集することは適切か否かを枢機卿たちに問うた。このピオ11世の質問に対し、枢機卿たちはほぼ満場一致で公会議に反対した。特にビヨ枢機卿は、司教たちの深い見解の違いがあること、意見がまとまらない危険があること、教会に革命を起こそうとしている近代主義者たちによって公会議が操作される危険があること、伝統的なやり方よりも、民主的な慣行に適応する論争と宣伝活動が導入される危険があることを指摘した。しかし第1次世界大戦後の世界で、もはやカトリック教会だけが古色蒼然とした形をたもっていることは出来なかった。特に司牧の第1線で働く聖職者、宣教者、信徒たちの間で教会の現代化の必要性は痛感されていた。
イギリス軍は燃える干草の煙を視認したときに先ず気付いた。旗艦HMSプレストンに乗っていたグレイブス中将は午後2時頃に煙を認めてヌードル島に上陸している防衛海兵隊に合図を送り、その海兵隊がスタークの散開していた部隊と交戦した。グレイブスはまた甥のトマス・グレイブス海軍大尉が指揮していたスクーナーのダイアナには、チェルシークリークを遡ってその作戦を支援し、植民地軍の退路を遮断するよう命令した。最終的に上陸した海兵は合わせて400名ほどになり、隊列を組んで体系的にスターク部隊を東に追い返す動きを始めた。植民地軍は戦わずに逃亡し、クルックドクリークまで後退した。そこで沼地の溝に入り、強力な防御陣地から追跡してくるイギリス軍に発砲した。それに続いて打ち合いが生じ、「沼地の溝に入った」植民地軍は「イギリス軍が退却するまで果敢に戦い」続けた。海兵隊はその陣地からヌードル島の内部に後退し、スターク隊はクルックドクリークを離れてホグ島にいた主力に合流した。ダイアナなどの艦船はチェルシークリークを北東に進み追跡を続けた。日没までに数百頭の牛、羊および馬がホグ島から本土に移された。日没頃にはまたダイアナもクリークの浅瀬に座礁するのを防ぐ為に方向を転じた。しかし、グレイブス海軍大尉は動けなくなって援助を要求する必要性を認識し、信号旗を揚げた。グレイブス中将は海兵を乗せたバージにクリークに入ってダイアナをスループのブリタニアと共に引き出し、テンダーボートのHMSサマセット（グレイブスのもう一人の甥であるジョン・グレイブス指揮）には火力で援助するよう命令した。各種の艦船を派遣した時間については史料によって違うことに注目すべきである。多くの史料（中でもFrothinghamとA Documentary History of Chelsea）は、ダイアナ、ブリタニアおよびバージが全て同時に出発したと記し、NelsonとKetchumはおそらくより最近の研究に基づいて上記のような記述になっている。