家司とはいえ、在数は殿上人として天皇に直接仕える身として大学頭・大内記の官職に任じられており、公卿に昇りうる家格を有した堂上家の当主であった。そのため唐橋家と同じく菅原氏の流れを汲む公家（高辻長直など）は猛烈に抗議し、朝廷は公家間での殺人事件に対応を苦慮した。政基、尚経父子は勅勘を受け、朝廷への出仕を止められ九条家は家礼を持つことを禁じられた。父子への処分自体は軽微だったがその影響は少なくなく、赦免後も中御門宣胤のように九条家への不信・嫌悪から交際を断ったり、関係を離れていく公家がおり、九条家は他の摂家に比べて地位を低下させることになる。また、政基の子・義堯が10代将軍・足利義尹の猶子となったが、政基父子が在数の殺害で先帝の勅勘を蒙っていたこともあり、義尹は猶子の件を後柏原天皇に伺った上で決めており、在数殺害の一件が政基の晩年になってもなお尾を引いていた。
応仁の乱中、九条政基は近江国の坂本に避難していたが、公事用途200貫文を家司・在数に立て替えてもらい、その借銭の棒引きの条件として、文明4年（1472年）に残り少ない家領のなかから和泉国日根荘（ひねのしょう）入山田（いりやまだ）村の年貢を息子・尚経の代まで在数に引き渡す約定となった。このように九条家の財政が破綻状態にあったことに加え、延徳元年（1489年）に在数の父・在治が死去すると、自らが直接九条家の家政を執ろうとする政基と、父の地位を継いで九条家家政を握ろうとする在数の対立に発展した。この頃、在数は日根荘からの段銭徴収に失敗した穴埋めのため、日根荘を抵当として根来寺から融資を受けた。だが、その返済が滞ったことから、根来寺は抵当権の実行を図り、九条家は財政上きわめて重要な所領を喪失する危機に直面することになった。この責任を、両者は押し付け合うこととなる。政基からすれば「九条家から在数に委任した荘園を運用している在数が、運用のために自身で勝手に作った借金」であるが、在数からすれば「九条家からの金銭調達要求のために、自身が委任されている“九条家の日根荘”から得ようとした収入が足りなかったため、日根荘を担保に他所から借りた。困窮する九条家の財政を何とかするために必要だった借金」、根来寺にとっては「九条家の家司が九条家運営の資金を調達するために、九条家の日根荘を担保に作った借金であり、返済目処が立たないなら日根荘を渡すべし」となる。明応5年（1496年）正月7日、関係が険悪化し出仕を止められていた九条邸に押しかけた在数は、政基・尚経父子に返済の談判をしたが、これに腹を立てた政基父子により殺害された。
2つの聖歌隊（ウェストミンスター寺院聖歌隊、チャペル・ロイヤル）、1つのオーケストラ（ロンドン室内管弦楽団）、1つのファンファーレアンサンブル（イギリス空軍中央軍楽隊）が式典のための音楽を演奏した。聖歌隊は、ウェストミンスター寺院のオルガニストで聖歌隊長のジェイムズ・オドネルが指揮した。オルガンは、寺院のサブオルガニスト、ロバート・クイニーが演奏した。チャペル・ロイヤルのオルガニスト、聖歌隊長、作曲家はアンドリュー・ガントであった。ロンドン室内管弦楽団は、音楽監督で首席指揮者のクリストファー・ウォーレン＝グリーンが指揮した。ファンファーレは、空軍中佐のダンカン・スタブズが指揮した。二人が通路を進む際には、詩篇第122篇を基にチャールズ・ヒューバート・パリーによって作曲されたアンセム『我は喜べり（I was glad）』が演奏された。この曲は、1902年にウェストミンスター寺院で行われたウィリアムの高祖父の父エドワード7世の戴冠式のために作曲された。式典の間には、3曲の祝福の賛美歌が歌われた。1曲目の『我を導きたまえ、おお偉大なる贖い主よ（"Guide me, O Thou Great Redeemer"）』は、もともと18世紀ウェールズのメソジストであるウィリアム・ウィリアムズが作曲した曲で、ダイアナの葬儀の際にも歌われた。2曲目の『神々しき愛、優れる全ての愛（"Love Divine, All Loves Excelling"）』は、1904年から1905年のウェールズ・リバイバルの際にチャールズ・ウェスレーが作詞し、ウィリアム・ペンフロ・ローランズが作曲した。この曲は、チャールズとカミラの2005年の結婚式の際にも歌われた。3曲目の『エルサレム』は、ウィリアム・ブレイクの詩にパリーが曲を付けたものである。二人が署名をしている間に使用されたコラールの構成はパリーの『祝福されし静寂のふたり（Blest Pair of Sirens）』とモテットとしてポール・ミローの『慈しみと愛のあるところ (Ubi Caritas et Amor)』と、ジョン・ラターが詩篇から選んだ「今日という日は主が作りたる日なり（詩篇118:28）("This is the day which the Lord hath made")」という言葉からなる特別公認賛歌である。新しく夫婦となった二人が結婚証明書に署名した際には、ファンファーレアンサンブルの指揮者で空軍中佐のダンカン・スタブズが自身で作曲した『豪胆にして勇敢』が演奏された。Preux et audacieux （フランス語で「豪胆にして勇敢」）は、ウィリアムが捜索救助パイロットとして従軍するイギリス空軍第22飛行中隊のモットーである。ファンファーレの後には、退場の音楽が演奏された。退場の音楽は、ウィリアム・ウォルトンが作曲した『帝冠（"Crown Imperial"）』で、ジョージ6世の戴冠式のために作られ、チャールズとダイアナの結婚式でも演奏された曲である。式の前には、ピーター・マクスウェル・デイヴィスの2曲の楽器曲（『来たり給え、創造主なる聖霊よ』と『黄色のケーキの音楽（"The Yellow Cake Revue"）』）や、その他、ヨハン・ゼバスティアン・バッハ、ベンジャミン・ブリテン、フレデリック・ディーリアス、エドワード・エルガー、ジェラルド・フィンジ、チャールズ・ヴィリアーズ・スタンフォード、レイフ・ヴォーン・ウィリアムズ、パーシー・ウィットロックの曲が演奏された。新郎新婦と招待客が教会を出る時には、ウェストミンスター寺院の鐘が鳴らされた。デーヴィッド・ヒリングの指揮の下、ウェストミンスター寺院のボランティアによって、10個のベルで、完了するまでに3時間以上がかかる『王家の結ばれし驚き（"Spliced Surprise Royal"）』という曲が鳴らされた。