ショッピングモールに買い物に訪れていた少女ヘザーは、休日のざわめきの中ハンバーガーショップでうたた寝をする。奇妙な悪夢から目を覚ました彼女は父への電話中、見知らぬ中年の探偵ダグラスに声をかけられる。相手にせずその場を立ち去るが、一人になったヘザーが元の場所に戻るとそこに人気はなく異様な雰囲気に包まれていた。探偵から逃れるうちにヘザーはとあるブティックへと入り込み、そこで恐ろしい怪物と遭遇する。必死で落ちていた銃の引き金を引き撃退するが、変貌した世界でヘザーはつぶやく。「私に何を思い出せというの？」何が起こっているのか想像もし得ないヘザーに、クローディアと名乗る謎の女の陰謀に巻き込まれていく。
1999年2月に公式ホームページ「moonlighting」を開設する。3月に公式ファンクラブ「Crescent」を閉じ、4月に新たに「moonlighting」を発足させる。10月にマキシシングル「Love is... beautiful」をリリース。全曲の制作、演奏を自身が行った。また、SONIC DOVE名義での音楽制作活動を開始する。テレビドラマ『天然少女萬NEXT-横浜百夜篇』出演女優企画ユニット天然少女EXの同タイトルアルバム制作では、音楽プロデューサーを務め、K@TANA（のちのテクノユニットcapsuleの中田ヤスタカ）の提供楽曲を協同編曲している。2008年までに天然少女EX、京田未歩、Kazami、K.、酒井法子、近江知永などの楽曲制作に携わる。2000年楽曲提供、ライヴ活動を展開する。7月、以前よりファンから強く要望されていたオルゴールアルバム『KENJIRO SAKIYA HAND MADE MUSIC BOX "BRIDAL EDITION"』を発表し、10月、東京・ON AIR EAST公演で収録したライヴアルバム『KENJIRO SAKIYA 2000.10.21,22 KARUIZAWA "LIMITED EDITION"』をファンクラブ限定で発売する。11月、ピアノ・インストゥルメンタルアルバム『SAKIYA PLAYS HIS SONGS / piano instrumental "PIANISM"』をリリースする。また、5周年を記念してリリースされたオムニバスアルバム『富良野チャペルコンサート』に参加した。2001年11月、7年ぶりのアルバムとなる『SOUL ARCHEOLOGY』をリリースした。12月には東京・大阪・名古屋にてライヴツアー「SOUL ARCHEOLOGY」を開催し、23・24日に「富良野チャペルコンサート」を行った。2002年春、オリジナルアルバム制作を計画するものの、秋に一時中止を発表する。「Silent Night」などを含んだクリスマスソングアルバムをファンクラブ限定発売する。前年に初演した斉藤由貴と七瀬なつみの舞台『メーリングドラマ フレンズ Mail@Drama.』に出演する。なお2004年にも再演された。2003年3月に古巣ポニーキャニオンからベストアルバム『KENJIRO SAKIYA COMPLETE BEST Love Ballads』をリリース。16曲を崎谷自身とファン投票により選んでいるが、「もう一度夜を止めて」はオリジナルアレンジが、「Tomorrow」は映画『東京原発』の主題歌として初めて収録された。7月には東京・大阪・名古屋にてライヴツアー「LOVE BALLADS」を開催した。12月にはライヴツアー「COVER SONGS/ANTHOLOGY」を開催した。また、「O Christmas Tree」などをカバーしたクリスマスソングアルバムをファンクラブ限定発売する。2004年 - 2005年1月、喉頭疾患の治療に専念するため、一切のライブ活動を休止。映画音楽制作、楽曲提供を中心に活動する。6月に酒井法子に提供したシングル「天下無敵の愛」は、TBS系ドラマ『愛の劇場』オープニングテーマとして、斉藤由貴作詞による13年ぶりの作品となった。また、人気を博していたテレビ朝日系のテレビ娯楽番組『いきなり!黄金伝説。』での「1ヶ月1万円節約生活」調理時の挿入曲に、1997年発表の「Rag Time On The Rag」が起用された。2006年2月、公式ホームページ「moonlighting」を閉鎖し、新たに「KenjiroSakiya.com」を開設した。3月に公式ファンクラブ「moonlighting」を閉じ、4月に公式メールマガジン「K-PRESS」を創刊した。これは、ライヴ活動休止の長期化に伴う情報発信の措置であった。また、11月28日に日本テレビ系のオーディション番組『歌スタ!!』に「ウタイビトハンター」（作家審査員）として初登場した。12月に「ウタイビト」（歌手志願者）2人をキープし、デビューに向けてプロデュース活動する。その後もほぼレギュラー出演となり、2010年3月の番組終了まで続くこととなった。2007年1月に東京・南青山マンダラでの「Expression」ライヴにて歌手活動を再開した。なお、券発売に際しては予約が殺到したことから、前年12月に東京タワーClub333にて「Club333 Thursday's concert」を無料開催した。全国から往年のファンが詰めかけた。7月、オーディション番組『歌スタ!!』でキープした「ウタイビト」に楽曲を提供してプレゼンを行う。11月、東京で「Expression vol.2〜Encore〜」と題してライヴを追加開催した。2008年6月に東京・大阪・福岡にて、ライヴツアー「Expression vol.3〜June Breeze〜」を行った。未発売の新曲「Perfect Day」「宙の鈴〜ソラノスズ〜」を初披露した。7月、クリスタル・ケイに提供した東宝映画『劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド&パール ギラティナと氷空の花束 シェイミ』主題歌「ONE」がオリコン週間チャート25位を記録した。オーディション番組『歌スタ!!』において、ファッション雑誌『ピチレモン』との連動企画からデビューした少女4人組（裏ピチモ）ユニット・フルーツに共同プロデュースした「恋のセゾン」を発表。オリコン週間チャート29位を記録している。2009年1月、オーディション番組『歌スタ!!』でキープした成田圭の3月デビューとプロデュースが決まる。3月、成田のデビュー・シングル「Blind bird」がオリコンデイリーチャート34位で初登場。ネームサインをアルファベットから漢字に改める。7月、ポニーキャニオンが運営するダウンロードサイト「CD-COCKEE」において、3rd.アルバム『KISS OF LIFE』が月間1位、ベストアルバム『SAKIYA REMIXED WORKS vol.1 夏』が同3位を獲得した。11月にポニーキャニオンからベストアルバム『崎谷健次郎 BEST COLLECTION』をリリース。アルバム未収録シングル4曲、コラボレート・シングル「My Best Friends」、インストゥルメンタル曲の「Rag Time On the Rag」を含めた16曲を初収録している。