AWSでは、従来のターター・システムで用いられていたSM-1MRをもとにプログラマブルなオートパイロットを導入し、指令誘導に対応した改良型であるSM-2MRが採用された。SM-2の場合、発射されるとまずオートパイロットの慣性航法装置（INS）によってコースをとり、目標に動きがあったときはSPY-1レーダーからの指令誘導を受けることになるので、最終のセミ・アクティヴ・レーダー・ホーミング誘導に切り替わるまでの間、AN/SPG-62イルミネーターはほかのミサイルを誘導することができる。これによって、射撃指揮装置の数以上の目標を同時に攻撃できることになり、同時に対処できる目標の数が飛躍的に増加した。その後、ベースライン5では長射程型のSM-2ERブロックIV、ベースライン9ではこれをもとにアクティブ・レーダー・ホーミング（ARH）誘導装置を導入したSM-6にも対応した。またベースライン6では、逆に個艦防空用のESSMの運用にも対応している。
2013年2月5日には女子柔道強化選手への暴力問題の責任を取る形で強化担当理事を辞任する事になった。その際に本人から、｢強化合宿で暴力が振るわれた現場は一度も見た事がなく、もしあったなら何らかの処置を取っていた｣との認識が示された。インタビューでは｢選手たちの意見を聞くのは時代の流れだろうが、指導者と選手の対等な関係を望むなら告発選手は名前を出して訴えるべきではなかったのか｣と語り、暴力的な指導の後も選手から色紙を貰った事などから訴えに納得がいかない心境を語ったが、JOCの聞き取りの結果、それらの行為は選手が自衛のために、完璧な信頼関係を作っているかのように演じていたに過ぎなかったと、報じられた。一方、園田監督も吉村和郎前強化委員長も、信頼関係に微塵も疑いをもっていなかったという。3月13日には日本スポーツ振興センターから全柔連の指導者に支給された助成金の一部が、全柔連強化委員会の指定する口座に振り込むように指示されて、それが内部留保金として飲食費や接待費などの親睦会費に不正に流用されていた疑惑が発覚した。吉村は強化委員長時代に留保金の管理に当たっていたが、私的流用は一切なかったと釈明した。4月26日には助成金の不正受給及び流用疑惑を調査していた第三者委員会が中間報告を行い、日本スポーツ振興センターから指導者に支給されていた助成金の一部を強化留保金として飲食費などに使用していた件に関して、全柔連事務局から受給者に拠出金の請求メールや、支払いが遅れた場合には督促のメールがなされていたこと、事務局の金庫に留保金の預金通帳が保管されていたことなどから全柔連による組織的関与があったと認定した。留保金は「社会通念に照らして不適切」、全柔連は組織として「公金である助成金に対する順法精神を欠いていた」とも指摘した。吉村に留保金の管理権限があった強化委員長時代には出納を一切記録せず、領収書もほとんど整理されていない杜撰な管理状況だったので、強化委員長を退任する際に約2800万円にも達した留保金を受給者に返還しようにもできず、全柔連内の自身の机に保管していた。また残っていた領収書の一部を破棄したが、それに関しては「退任するにあたり、きれいな形にしたかった」と述べた。6月21日には第三者委員会が最終報告書を公表して、2007年から指導者27名が3620万円の助成金の不正受給に関わっていたことを明らかにした。これに目的外使用の留保金3345万円も含めると計6055万円にも上ることになった。報告書によれば、当時の強化委員長だった吉村が助成金の受給者となる強化選手とその選手を担当することになる指導者を一方的に決めており、選手も指導者も事前には何も知らされておらず、それに異論を述べることも出来なかったと指摘して、この問題で「最も重い責任を負う」人物と認定した。さらに、4月に公表された中間報告書に対して全柔連が計3度にわたって提出した要望書という名の反論文書のなかで、吉村は「たった１人の常軌を逸した人物」と描写されていた。7月2日に吉村と全柔連会長である上村春樹は、元衆議院議員の本村賢太郎らによって、強化助成金の不正受給及び強化留保金の不正使用で「日本スポーツ振興センターと国に損害を与えた」として、東京地検に背任罪で告発された。本村は「柔道界のイメージは最悪。根源は上村会長と吉村前強化委員長にある。柔道界だけで処理せず、法の裁きを受けてほしい。」と訴えた。8月21日の臨時理事会において、不正受給及び不正流用した助成金約6055万円のうち、留保金の残金約2400万円をまず返還に充て、辞任することになった理事と監事計26名が約1680万円、残りは吉村和郎を始めとした不適切な受給に関わった27名が約2000万円をそれぞれ負担することに決めた。それでも返還額が満たない場合は理事会が最終的な責任を以って弁済に講じることになった。10月に全柔連は新体制に移行したことに伴い、女子柔道の暴力指導問題で戒告処分を受けていた吉村に対して、新たに1年の会員登録停止の処分を下したことを公表した。この期間に全柔連が主催する大会でコーチなどを務めることが禁じられる。しかし、所属先での指導や試合会場への出入りは認められることになった。2014年6月には講道館の評議員を辞任した。2014年12月3日に東京地検特捜部は、吉村が元全柔連会長の上村春樹とともに詐欺容疑で告発されていた一件に関して、嫌疑不十分のため不起訴にすると発表した。両者は助成金の不正受給やその一部を上納させていた問題により告発されていたが、助成金を詐取する意図があったとまではいえないと特捜部に判断される次第となった。