精神転送技術は意識の複写を前提としているものと移動を前提としているものがあるが、コンピュータによる何らかの脳のシミュレーションを行うものである以上、それはコンピュータ上のファイルのようにコピー可能である。ただし例外として量子脳理論が正しい場合にはクローン不可能定理があるため移動のみが可能でありコピーは不可能となる。そのシミュレーションを作成するために本来の脳を破壊しない方法がとられた場合、そのシミュレーションされた意識は存命中の人間の複写である。ただし、連続切片化のように脳を破壊する手法も考えられている。いずれにしても、同じ脳からとられた2つのバージョンがあったとき、複写時点までの記憶が同じであっても、その後の経験が違えば、両者の違いは徐々に大きくなっていくだろう。同じオリジナルを出自とする複写が複数存在する場合、それぞれの利害が必ずしも一致するとは考えられず、複雑な問題が生じることは容易に想像がつく。これは例えば転送装置の故障で複数のコピーが生じてしまったときの問題と似ている。コンピュータ上では複写を作ることは（リソースさえあれば）無限に可能であり、それらがそれぞれ活動する場合を想像することもできる。ジョン・ロックは1689年の "An Essay Concerning Human Understanding" の中で自我の同一性について次のような判断基準を提案している。すなわち、もしあなたが過去に何かを考えていたことを記憶しているなら、その考えていた人物とあなたは同一である、というものである。その後、哲学者らは同一性問題に関する様々なバリエーションを提案してきた。そのほとんどはブール論理を適用することで生じたものである。ファジィ論理によれば、ロックの提案は、自我の同一性を離散的な値ではなく連続的なものとして扱うことで妥当となることが示された。精神転送では、複写が作られた時点では、両者（複写元と複写先）はほとんど同一の人物の2つの実体（インスタンス）と言う事ができる。しかし、時と共に両者の別人としての差異が大きくなっていくと考えられる。脳の破壊を伴うような技法（連続切片化など）では、これを精神の複写と見るのか移動と見るのかは難しい問題である。これは、心身問題の哲学について各人がどのような考え方を持っているかに依存する、正しい1つの答の無い問題である。このような哲学的な問題に関連して、徐々に脳を置き換えていく手法（上述のナノマシンによるものなど）の方が好ましいと考える者もいる。その間意識を失うことがないならば、これは通常の新陳代謝で脳を構成する分子が常に入れ替わっているのと何ら変わらない。
アルゼンチンは1970年代から80年代にかけて軍事政権の支配下にあり、汚い戦争と呼ばれる大規模な白色テロで多くの犠牲者が発生した。軍事政権により拉致、拷問された2人の司祭に関して、当時イエズス会のアルゼンチン管区長であったベルゴリオ枢機卿の責任を問う声がアルゼンチン国内に存在する。イエズス会の司祭で解放の神学に賛同していたオルランド・ジョリオとヤーリチ・フェレンツは、1976年5月、ブエノスアイレスのスラムから当時収容所として利用されていた海軍施設に連行された。この施設では政治犯5,000人が殺害されている。2人はこの施設で5か月間拷問などを受け、10月にブエノスアイレス郊外で半裸かつ薬で朦朧とした状態で解放された。「汚い戦争」に関する著作で知られているジャーナリストのオラシオ・ベルビツキは、著書『沈黙』において、ベルゴリオが先の2人の貧困者支援活動を後援する一方で、政治的左派に影響を受けていた彼らの社会運動に関する懸念を軍事政権に伝えており、2人が身の危険を感じベルゴリオの庇護を求めた際もそれに応じなかったと主張している。しかし、イエズス会ドイツ管区は、その声明において、2人が当時ベルゴリオによりイエズス会を追放されたというベルビツキの記述に由来する報道を否定している。このベルビツキの主張に関しては、多くの異論も存在する。ブエノスアイレス・ヘラルド紙の記者だったイギリス人のロバート・コックスは、ベルビツキの主張は誤りではないが、当時の危険な状況におけるベルゴリオの立場も考慮するべきだと指摘している。コックスは、ベルゴリオは2人を軍事政権に引き渡すことなどはしていないが、同時に保護したり声を上げることもなかったと述べている。1980年にノーベル平和賞を受賞したアドルフォ・ペレス・エスキベルもまた、コックスの見方に同意し、ベルゴリオには充分な勇気がなかったと言えるかもしれないが、軍事政権と協力したことはないとの見解を披瀝している。軍事政権下の国家犯罪を追及している弁護士のミリアム・ブレグマンは、ベルゴリオが2人に関する裁判に消極的だと批判しており、オルランド・ジョリオの家族や汚い戦争の犠牲者の家族団体の創設者は、ベルゴリオ枢機卿の教皇選出に不満の色を見せている。一方でベルゴリオの行動を肯定ないし称賛する者も存在する。ベルゴリオの伝記『ジェズイット』の共著者であるフランチェスカ・アンブロジェッティは、ベルゴリオが軍事政権の指導者ホルヘ・ラファエル・ビデラや収容所の責任者であった海軍長官のエミリオ・エドゥアルド・マセラに面会して善処を求めるなど、ベルゴリオは、当時置かれた状況でできうる限りのことをやった「英雄」であると述べている。2005年に行われたインタビューにおいてベルゴリオは、2人の誘拐の一報を聞いて直ちに行動にうつり、ビデラとマセラに2人の釈放を求めたと答えている。ローマ教皇庁の広報局長は、ベルゴリオは「独裁政権下で人々を救うために尽力し」ており、先の告発は信頼できず、彼がアルゼンチンの司法当局から罪を問われたこともないとコメントしている。またこのような批判は、カトリック教会の信用失墜を狙った中傷であると主張している。2013年には、ヤーリチ・フェレンツ自身が、「オルランド・ジョリオと私は、ベルゴリオ神父によって告発されたことはない」として、ベルゴリオの責任および関与を明確に否定した。ベルゴリオに助けられた人々の証言記録集『ベルゴリオズ・リスト(Bergoglio's List)』が出版されている。