近世邦楽としての箏曲は本来「組歌」という歌のみの楽曲形式による曲を最も正式なジャンルとし、またその後も地歌とともに発展したため、歌のついている曲が多い。純粋な器楽曲は江戸時代を通じ、「段もの」と「砧もの」の数曲のみである。しかし江戸時代後期には器楽部分を重要視する地歌の形式である「手事もの」が非常に発展したので、それに合わせて器楽的展開が見られた。一方、山田流箏曲は一中節など浄瑠璃の音楽要素を取り入れて作曲されているため、「段もの」及び「四段砧」を除きほとんど全ての曲が歌付きである。歌のついている曲の場合、演奏家は歌を歌いながら演奏する。箏の奏法は、筑紫箏を通じ雅楽の箏の奏法が取り入れられている。三本の右手指に爪をはめて奏する点も変わっていない。ただ三味線と合奏することになってから、三味線の奏法に対応するため、爪の形に大幅な変革が行われた。中でも三味線には特に「スクイ」という技法が多いので、生田流、山田流の箏の爪ではそれができるようになっている。地歌合流期の初期段階では、地歌の三弦の旋律とほぼ同様の旋律を演奏する曲が多かった。また、器楽部分では掛け合いと呼ばれる類似の旋律を三弦と交互に演奏するような作曲もみられる。その後、一般的に替手（かえで）と呼ばれる、地歌の三弦の旋律を引き立て、装飾するような複雑な旋律の作曲が多くなってゆく。さらに、地歌から独立した作曲が多くなってゆくと、箏独特の奏法を駆使した旋律による曲が作曲されるようになっていった。
明治時代に入り、箏曲の地歌からの独立は進み、寺島花野の「新高砂」や菊武祥庭の「稚児桜」など、「明治新曲」と呼ばれる、箏のみの曲が多く作られていく。ただし楽曲形式的にはほとんど地歌の手事物の踏襲であり、またこの時代でも、三味線と箏のための曲も引き続き作られてはいる。さらに、大正・昭和の時代になって宮城道雄が伝統に根ざし、西洋音楽などの影響も受けた新たな曲を多数発表した。主なものとして尺八との合奏曲である「春の海」がある。また宮城は、チェロ並みの低音域を持つ十七絃（通常の箏は13弦）や八十絃を開発した。このうち十七絃は、邦楽合奏における低音楽器として現在でも広く使われ、独奏曲も生まれている。 ことに大正末から昭和10年代にかけ、新しい作曲運動が大きな盛り上がりを見せ、宮城の他にも久本玄智、中村双葉、町田嘉声、中能島欣一、高森高山らにより、新しい形式、編成、作曲法による新曲がおびただしく作られた。これらを「新日本音楽」と呼ぶ。戦後になると、邦楽系の作曲家に加え、これまで邦楽には疎かったクラシック系の作曲家も創作に参入するようになってきた。現代音楽の観点からは次第にクラシック音楽との違いが希薄になり、箏曲に限らずこうして創作される邦楽系の曲群を「現代邦楽」と呼んでいる。現代でも西洋音楽やポピュラー音楽など、幅広い分野の影響を受けて、新しい曲が作曲されており、それらは三曲、箏曲の世界において「現代曲」と呼ばれている。最近の傾向としては比較的ポピュラーに近いもの、またアジア的要素の強い曲が増えている。
さらに江戸時代後期には、光崎検校、吉沢検校らによって箏曲は一段と発展する。これまでリードを続けてきた地歌は、すでにこれ以上進みようがないほど音楽的に頂点に達し、音楽家たちは新たな展開を箏や胡弓に求めることとなった。こうして、実に久しぶりに、地歌から離れた箏曲が再び作られ始める。光崎検校は古い箏曲を見直し、組歌と段物を組み合わせた「秋風の曲」や、複雑精緻な高低二重奏曲である「五段砧」を作曲した。また吉沢検校は、雅楽の盤渉調からヒントを得て古今調子と呼ばれる調弦法を考案し、この調弦法による「千鳥の曲」、「春の曲」、「夏の曲」、「秋の曲」、「冬の曲」を作曲した。このころから、箏曲は三弦音楽から独立して新たに独自の発展を遂げていくことになる。なお、吉沢検校による革新的な古今調子の考案や、それに基づく作曲は、箏本来の曲を目指したこと、曲の歌詞などに古今集の和歌を多用したことなどから、復古主義と呼ばれることもある。
平治の乱の後、大和国が清盛の知行国になった際に清盛は南都寺院が保持していた旧来の特権を無視して大和全域において検断を行った。これに対して南都寺院側は強く反発した。特に聖武天皇の発願によって建立されて、以後鎮護国家体制の象徴的存在として歴代天皇の崇敬を受けてきた東大寺と藤原氏の氏寺であった興福寺は、それぞれ皇室と摂関家の権威を背景とし、また大衆（だいしゅ）と呼ばれる僧侶集団が元来自衛を目的として結成していた僧兵と呼ばれる武装組織の兵力を恃みとして、これに反抗していた。だが、治承3年（1179年）11月に発生した治承三年の政変で皇室と摂関家の象徴ともいえる治天の君後白河法皇と関白松殿基房が清盛の命令によって揃って処罰を受けると、彼らの間にも危機感が広がり、治承4年（1180年）5月26日の以仁王の挙兵を契機に園城寺や諸国の源氏とも連携して反平氏活動に動き始めたのである。以仁王の挙兵が鎮圧された後の6月、平氏は乱に関わった園城寺に対する朝廷法会への参加の禁止、僧綱の罷免、寺領没収などの処分を行ったが、興福寺はこの時の別当玄縁が平氏に近い立場をとっており、興福寺内部に平氏との和平路線をとる勢力が現れた事により、園城寺ほど厳しい処分はされなかった。平氏と興福寺の緊張関係は平氏の福原行幸後に一定程度緩和されていたが、この年の末に近江攻防で園城寺・興福寺の大衆が近江源氏らの蜂起に加勢し、それによって平氏は12月11日に平重衡が園城寺を攻撃して寺を焼き払うと、いよいよ矛先は興福寺へと向くことになる。