第2旅団戦闘団は2015年1月で非活性化し、代わりに第42火力旅団を編成する予定である。第2旅団隷下の全ての大隊は第42火力旅団に引き継がれる予定である。第42火力旅団は2013年10月17日にフォートスチュワートで編成された。
2008年秋に、第3歩兵師団第1旅団は、アメリカの北部の本土を防衛するための部隊として割り当てられた。第1旅団は、ジョージア州フォートスチュワートで「テロ攻撃や他の国家による緊急事態時に国内で展開する訓練」を行った。第1旅団は、大量破壊兵器の攻撃による市民の不安への対応と群衆統制の訓練をしている。
第3歩兵師団の戦闘航空旅団は13か月間アフガニスタンに配備された。旅団は、アフガニスタンに展開した第3歩兵師団の最初の部隊となった。その間に、第3戦闘航空大隊の兵士が800回の空中強襲作戦を行い、2,500人の敵兵を殺害した。しかし、旅団から死者はでなかった。第3大隊は2013年1月に再びアフガニスタンに展開する予定である。そのために2,500人の兵士が9か月間、第3特別任務大隊に配備される。第3特別任務大隊と第3戦闘航空大隊は8月に第82空挺師団の指揮下に入った。また第2旅団戦闘団の第2諸兵科連合大隊がアフガニスタンに配備された。2012年3月に第64機甲連隊第1大隊が配備された。
2009年10月に第3歩兵師団は多国籍軍の北方部隊、現在のアメリカ北方軍の指揮下に入った。この時、師団はイラクの自由作戦を支援した。師団は2010年1月1日から、新しい夜明け作戦を支援した。新しい夜明け作戦後は、戦闘からイラクの治安維持部隊のアドバイスとアシストに任務を映した。2010年9月24日のイラクの自由作戦では436人の兵士が戦死した。
第3歩兵師団は、2006年1月にフォートスチュワートとフォートベニングに再配備された。2006年11月1日から2007年まで再びイラクに展開し、3回目の作戦行動を行った。バグダードの作戦を支援するために、第3歩兵師団第3旅団戦闘団第7騎兵連隊第3大隊は切り離され,第82空挺師団の指揮下に入り、デヴィッド・ペトレイアス将軍の指揮下に入った。2008年に第82空挺師団を再び切り離された第3歩兵師団第3旅団戦闘団第7騎兵連隊第3大隊は、第25歩兵師団、その後、第4歩兵師団に引き渡された。その後はフォートスチュワートに帰隊し、第3歩兵師団に戻った。
2005年1月、第3歩兵師団は、イラクに再び展開した。第1旅団と第3旅団は第42歩兵師団の指揮下に入り、その後第101空挺師団の指揮下に入った。当時、第4旅団はカリフォルニア州兵の第184歩兵連隊第1大隊とハワイ州兵第48旅団戦闘団第299歩兵連隊第2大隊、ジョージア州兵の第1大隊C中隊、プエルトリコ州兵の第295歩兵大隊から編成された。
2003年初頭にクウェートに展開した。これは、サダム・フセイン政権を打倒するためのイラクの自由作戦に参加するためであり、連合軍の先頭に立った。第1旅団は、バグダード国際空港を制圧した。この時、ポール・レイ・スミス一等軍曹に朝鮮戦争以来の名誉勲章が送られた。第2旅団は、2003年の夏の間、イラクのファルージャに配備され、9月にアメリカに帰隊した。2004年以降、3個の旅団は改編されました。師団の3個の旅団戦闘団は改変され、2個歩兵大隊、1個機甲大隊、1個騎兵大隊、1個砲兵大隊による編成となった。また工兵旅団はフォートスチュワートで第4旅団に改編された。
エンデバーは、アメリカ東部夏時間7月15日18時3分（日本時間7月16日7時3分）にケネディ宇宙センターから打ち上げられた。そして7月17日13時47分（日本時間7月18日2時47分）、ISSとのドッキングに成功した。エンデバーの乗組員7人がISSに乗り移った時点で、若田光一飛行士ら長期滞在員と合わせてISSとしては過去最多の13人がステーションに滞在することになった。STS-123、STS-124で取り付けられたきぼう日本実験棟に船外実験プラットフォーム(EF)と船外パレットを取り付け、きぼうを完成させた。また、アメリカ側ペイロードとして曝露機器輸送用キャリア（Integrated Cargo Carrier-Vertical Light Deployable: ICC-VLD）も同時にISSへ運搬され、P6トラスの6基バッテリーORUの交換や予備の曝露機器のISSへの保管などが行われた。約14日間の飛行中、計5回の船外活動が行われた。エンデバーは7月28日13時26分（日本時間7月29日2時26分）、ISSとのドッキングを解除し、耐熱システムや飛行制御システムなどの最終点検にて問題のないことを確認。7月31日10時48分（日本時間23時48分）、フロリダ州のケネディ宇宙センターの15番滑走路に着陸し、無事帰還した。STS-119でISSに飛行し、JAXA飛行士としては初めての約3ヶ月間のISS長期滞在ミッションを終える若田光一が6月中にこの便で帰還する予定だったが、打ち上げ延期により帰還も遅れる事となった。最終的に若田光一宇宙飛行士の宇宙滞在日数は137日15時間05分となり、日本人の宇宙滞在最長記録を更新した。