インダストリアルデザインを学んだ後、映画『サイレント・ランニング』の模型製作をダグラス・トランブルとともに行った。映画『スター・ウォーズ』製作に向けて特撮スタッフを探していたジョージ・ルーカスは、ダグラス・トランブルを誘ったが、トランブルはダイクストラをルーカスに紹介した。ダイクストラはILMにおいてDykstraflex（コンピュータによるモーション・コントロールカメラのシステム）の開発の中心的な役割を果たした。これは数々の映画においてSFXの助けとなった。このシステムは、比較的低コストによって実現された。というのも、中古のビスタビジョンのカメラと、既製品のマイクロプロセッサーによって可能だったからである。しかしながら、ジョージ・ルーカスは後に「このカメラ・システムの開発に多くの費用が費やされすぎた」「SFXチームは自分が望んだ全ショットを完成させなかった」と不満を言い、ルーカスとダイクストラの間には緊張が走った。しかし『スター・ウォーズ』が公開され、ダイクストラはアカデミー賞視覚効果賞及びアカデミー特別業績賞（視覚効果）を受賞し、地位を確立した。ダイクストラはその後プロダクションを持ち、テレビドラマシリーズ『宇宙空母ギャラクチカ』（1978年 - 1979年）の特撮を担当した。同作品を製作したユニバーサル映画とジョージ・ルーカスが法的紛争に突入したため、ダイクストラは20世紀フォックス映画『スター・ウォーズ/帝国の逆襲』の製作に誘われなかった。代わりに、ダイクストラは映画版『スタートレック』の特撮をトランブルと共同で担当することとなり、82年には『ファイヤーフォックス』にも参加している。しかし80年代中盤の『スペースバンパイア』、『スペースボール』、『花嫁はエイリアン』などの映画に携わるものの大規模な視覚効果製作には恵まれず、90年代にはアポジー社も解散してしまう。『バットマン フォーエヴァー』、『バットマン & ロビン Mr.フリーズの逆襲』の視覚効果監修の後『スチュアート・リトル』がきっかけでソニー・ピクチャーズ・イメージワークスに入り、アカデミー視覚効果賞ノミネートという業績をあげた。ソニーでの次作『スパイダーマン』、『スパイダーマン2』の両作品でVFXデザイナーを務め、『スパイダーマン2』において彼の功績が認められ、再びアカデミー賞でアカデミー特別業績賞（視覚効果）を受賞した。
『エミール』はオランダとパリで印刷され、出版される運びとなった。『社会契約論』は自由と平等を重んじ、特権政治を否定する立場が表明された。それ以上に問題になるのは、『エミール』第4巻にある「サヴォア人司祭の信仰告白」が持つ理神論的で自然宗教的な内容が、物議を醸すことであった。カトリック教会を否定する思想は当時の世では危険思想であった。印刷の段階で中断が相次ぎ、容易に出版には入れなかったこともあり、ルソーは状況を心配せねばならなくなる。懸念していた通り、「サヴォア人司祭の信仰告白」はパリ大学神学部から厳しく断罪された。『エミール』はパリ高等法院から焚書とされ、1762年6月9日ルソー自身に対しても逮捕状が出た。前日の深夜、このころ支援者となっていたリュクサンブール元帥の忠告に従い、ルソーはモンモランシーを離れて一路スイスはジュネーブに亡命しようと計る。しかし、支援者のロガン氏がいたが、ジュネーヴでも一時の滞在地に選んだイヴェントンでもルソーへの迫害がはじまり、ルソーの居場所はどこにもなくなりつつあった。スイスのヌーシャテル地方のモチエ村にロガン氏の縁者が所有する家があり、ルソーはそこに落ち着き先を得る。モチエ村はプロイセン領であり、当時プロイセン王国は啓蒙専制君主フリードリヒ大王の治世であった。ルソーは「以前から王についての悪い事を言ってきており今後も言うかもしれない」としながらも、寛大で知られる王との「庇護ではない契約」を求める手紙を王に送った。ルソーはキース卿に手紙を書き、受け入れてほしいと願う。ルソーの願いは聞き入れられ、隠遁が許される。ルソーにとって望まぬ迫害より辛いのは、この年育ての親であり恩人であったヴァランス夫人が亡くなったことである。1754年にジュネーヴに訪問する際に会った折、ルソーは既に零落していた夫人を引き取って旧恩に報いることを考えおり、夫人に提案していたが夫人がこれを固辞し、以来二人は会っていなかった。ルソーは母親代わりの女性に孝行できなかったのである。悲しみに暮れるルソーを世間は放置しなかった。モチエにもルソーへの非難と迫害がはじまり、ルソーは居場所を失う。ルソーはカトリック教会の教義に反発し、人間の権威には従わないと語ったが、これはカトリックだけでなくプロテスタント側からも反感を買った。当てにしていたジュネーヴの冷淡さに失望したルソーは1764年『山からの手紙』を書いてジュネーヴ批判と自分の弁明を始めていく。だが、ルソーの弁明に対してさらなる攻撃がおこなわれる。ジュネーヴ市民という匿名を持ってヴォルテールからもプライベートな家族の問題、とりわけ子どもを孤児院に送り捨てた過去をやり玉に挙げられ非難された。ルソーへの糾弾は思想対立ではなく、誹謗中傷を伴なう人格攻撃へと変わっていたのである。ルソーは命の危険を感じてモチエ村を離れビール湖のサン・ピエール島に避難する。ルソーはこの島の自然を気に入るようになり、植物収集をして楽しみ、傷心を慰めている。だが、サン・ピエール島でもいられなくなって1765年ベルリンを目指して途中ストラスブールに立ち寄る。ストラスブールでは大歓迎を受けたため、ルソーはこの地で落ち着くことを考えるが、ヴェルドラン夫人がフランスの通行許可証を用意してイギリスへの渡航を提案した。ロンドンにはルソーと同様高名な哲学者デイヴィッド・ヒュームがおり、二人を引き合わせようと手筈を整えていた。自由で寛容なイギリスでならルソーも暮らしていけるだろうと考えたのである。ヒュームからも招待したいという手紙が届き、ルソーはロンドンに行くことを決意する。1765年12月ルソーはパリに向かい、コンティ公から保護を受けてホテル・サンシマンに投宿する。しばらくは人目を忍んでいたが、すぐ人々の知るところとなり、人々が続々とルソーを訪問した。実質的にパリへの凱旋となった。そこで、ヒュームとも出会っている。ヒュームはルソーにすぐさま好感を感じ、すっかり心酔してしまったようである。しかし、ルソーはヒュームの友人ホーレス・ウォルポールの皮肉に嫌悪感を抱いていた。