ジョン・ワトソンやパウル・エクマンなどの心理学者は、恐怖を、ほかの基礎的な感情である喜び、怒りとともに、これらをすべての人間に内在する感情だ、と述べた。通常、恐怖は特定の刺激に対する反応である。心理学において、恐怖の対象を覚えさせることが、「恐怖条件付け (en:fear conditioning) 」として研究されている。その最初のものはワトソンが1920年に行ったリトルアルバート実験 (en:Little Albert experiment)で、この研究では、生後11ヶ月の幼児が実験室の白鼠に対し恐怖を感じるように条件付けることに成功した。研究により、特定の対象（例：動物、高さ）が他の対象（例：花、雲）に比べより恐怖を引き起こしやすいことが発見されている。また、被験者にこれらの対象に対し恐怖を植付けることもより容易である。
14世紀から18世紀ごろの西ヨーロッパではペスト（黒死病）にかかることが非常に恐れられた。18世紀末のフランスではロベスピエールらによって一方的に「反対者」と見なされて処刑されることが恐れられた（恐怖政治）。19世紀の英国において最も恐れられた事態は、人々に忘れ去られ、死んだのに誰にも嘆かれず、貧困状態で死に、最後には解剖台に乗せられることであった。20世紀では、多くの人が小児麻痺、身体の一部を不具にし、残りの人生で動かなくなるという病気を患うことを恐れた。2001年9月11日以降のアメリカ（やヨーロッパ）では、テロリズムに対する恐怖が大きく広がった。人は、トラウマが残るような事故によって、特定の対象に対し恐怖するようになることもある。
ブリタニカ国際百科事典によると、恐れとは典型的な情動のひとつで、有害な事態や危険な事態に対して有効に対処することが難しいような場合に生じる、とのことである。河合隼雄は、「人間は自分の人生観、世界観やシステムを持ちながら生きているが、それをどこかで揺り動かすもの」と定義したうえで、恐怖はない方がいいように見え、ずっとそういう状態が続くと安心ではあるが、死んでいるのと同じである。生きる体験の中には必ず恐怖が入ってくる。存在を揺るがされるということは、うまくすれば、新しいことが開かれるが、下手をすれば破局を迎える。つまり、恐怖はその両者のちょうど境目になる。さらに、例えば恐怖の対象に「死」があるが、気分的に死への傾倒が強い人には、それは恐怖たりえず、それにどんどん寄り添っていくと生と死の境界自体がなくなり、恐怖は消える。そうなれば、生も死も何の役にも立たなくなると述べている。現代人は本来的な恐怖というものが非常に少なくなっており、現代人の状態は非常にアンビバレンスであるとしている。事態から逃避しようとする行動の傾向、心拍数の増加、顔面から血の気が引く、震え、発汗などといった身体的反応が伴う。恐れが強い場合は、行動に麻痺が起きる。
その後も3シーズンをセグンダ・ディビシオンで過ごし、ロレンソ・セラ・フェレール監督に率いられた1993-94シーズン終了後にプリメーラ・ディビシオンに復帰した。1994-95シーズンは昇格組ながら3位となり、翌シーズンのUEFAカップの出場権を獲得した。UEFAカップではフェネルバフチェSK（トルコ）に2試合合計4-1、1.FCカイザースラウテルン（ドイツ）に2試合合計4-1で勝利したが、準優勝したFCジロンダン・ボルドー（フランス）に2試合合計2-3で敗れた。コパ・デル・レイ初優勝から20年後の1996-97シーズンには、優勝以来初めて決勝に進出した。決勝は20年前と同じくマドリードで行われたが、今回はビセンテ・カルデロンではなくエスタディオ・サンティアゴ・ベルナベウで行われた。バルセロナとの試合は延長戦にもつれ込んだが、結局2-3で敗れて準優勝に終わった。1997年夏、偶然にもフェレール監督はバルセロナ監督に就任し、後任監督には選手としてベティスでプレーした経験があるルイス・アラゴネスが就任した。アラゴネス監督は結局1997-98シーズンを指揮しただけでチームを去ったが、リーグ戦では8位となり、UEFAカップウィナーズカップではベスト8となった。準々決勝まで勝ち進んだが、チェルシーFC（イングランド）に2試合合計2-5で敗れた。1998年にはハビエル・クレメンテ監督が就任したが、ファンと口論になった際にアンダルシアのことを「異国」とほのめかしたことで論争を呼んだ。1998-99シーズンは順位表を滑り落ちて11位となり、UEFAカップでは3回戦でボローニャFC（イタリア）に敗れた。続く2シーズンは何人もの監督が指揮を執り、いったんはセグンダ・ディビシオンに降格したが1シーズンで再び昇格を果たした。昇格1年目の2001-02シーズンにはフアンデ・ラモス監督の下で落ち着きを取り戻し、6位でシーズンを終えた。ラモス監督は1年でチームを去り、かつてレアル・サラゴサでUEFAカップウィナーズカップを勝ち取ったビクトル・フェルナンデス監督が就任した。フェルナンデス監督が指揮した2シーズンの成績は、2002-03シーズンのリーグ戦では8位、2003-04シーズンのリーグ戦では9位であり、前者のシーズンに出場したUEFAカップでは3回戦でAJオセール（フランス）に2試合合計1-2で敗れた。2004年には再びフェレール監督が就任し、2004-05シーズンはチームを4位に導いた。同シーズンのコパ・デル・レイでは決勝に進出し、ビセンテ・カルデロンで行われたCAオサスナとの決勝は延長にもつれ込んだが、下部組織出身のダニの決勝点で2-1と勝利し、28シーズンぶり2回目の優勝を果たした。2005-06シーズンにはアンダルシア州に本拠地を置くクラブとして初めてUEFAチャンピオンズリーグに出場し、予選でASモナコ（モナコ）を2試合合計3-2で破って本選グループリーグに出場した。グループリーグではホームでチェルシーから勝利を挙げたが、結局グループ3位となってUEFAカップに回った。UEFAカップではラウンド16でFCステアウア・ブカレスト（ルーマニア）に2試合合計0-3で敗れた。