『ヤマト』のリメイク作品である『2199』を初作とする本シリーズでは、原作アニメにおける矛盾点（#本艦のサイズデータについておよび#こぼれ話を参照）を解消するため、ヤマトの設定も再構築されている。具体的には艦体サイズが大きくなり、乗員も大幅に増加している。設定制作では、第一艦橋が旧作に近い形で見せられるサイズから逆算して全長を決め、実寸に合うよう内部構造などを決めていった。また、建造工程も戦艦大和の残骸からの直接改造から、戦艦大和の残骸を模した偽装を施したうえでの新造に変更されている。メカニカルデザインは玉盛順一朗が担当。艦内のデザインは高倉武史や山根公利などが主に担当している。
艦内の基本的な組織として、艦長以下、班とその配下の科により構成される。乗組員の隊員服は班ごとに6パターンの色分けがある。『ヤマト』から『完結編』までのユニフォームは、襟の色で階級が分かるようになっており、班長クラスは襟が矢印マークと同色で、以下は襟が白である（例外として、『ヤマト』テレビシリーズ初期のユニフォームに班長、隊員に関係なく襟が矢印と同色であったことと、『ヤマトIII』では旧来の乗組員は矢印と襟が同色、新乗組員はその襟に斜めの白線が入っている）。『復活篇』のユニフォームは両袖に階級が解るマークが付いており、大村、徳川は長方形マークが2本に逆三角形が1個、2人以外の第一艦橋スタッフ及び佐々木、天馬兄弟は長方形マークが1本に逆三角形1個、一般隊員は逆三角形1個である。艦長が指揮不能、もしくは不在の場合は艦長代理が艦の指揮を執っている。その後、『ヤマトIII』副長職が新設され、真田志郎・島大介がそれぞれの職務と兼務、『復活篇』では副艦長職が定められて、大村耕作が就任している。
自前の艦内工場を備え、艦体維持管理部品や艦載機を含めたミサイルなどの消耗系の兵器弾薬の生産能力を持つ。食糧に関しても緑黄野菜を自給するヤマト農園で、ある程度は自給自足可能で、農園で生産する野菜や果物の他にも人造タンパク質から肉類も合成され、糖分などの栄養素も植物からとっている。閉鎖的な人工環境を作っていると言えるが、完全ではなく劇中ではビーメラ星で生鮮食料品になる植物の採取を行う描写もある。
もともと地球脱出用に設計されていたため、航海が長距離・長期間に及ぶことを想定し、居住性は高い水準にある。艦内には人工重力が働き地上と同じく行動できる。この人工環境に乗員100余名が居住している。艦長は艦橋頂上部の専用個室、各班の班長クラスの乗組員には専用個室が与えられている。一般の乗組員は寝棚形式の共同の相部屋である。直掩艦載機隊（ブラックタイガー隊）の戦闘員専用の居住ブロックは格納庫に隣接しており、緊急事態にも迅速に対応できるようになっている。乗員福利施設として、士官食堂や自動配膳の一般食堂（ヤマト亭）、ジムを備えた体育館、レクリエーション施設と精神医療施設を兼ねるイメージ投影ルームや冷凍睡眠装置、さらにスナック（スナックヤマト）まである。大工場直上の居住ブロックに2階ぶち抜きの映画鑑賞室や男女別の大浴場も設定されていたが本編で描かれることはなかった。艦内通路はゆるいカーブを描いており、床はオートウォークとなっている。
艦尾艦底部にエレベーターを使用し立体的に格納することのできる格納庫がある。艦尾の射出カタパルト（戦艦大和の水上機用カタパルトと同位置）からコスモゼロ、艦底ハッチよりブラックタイガー・コスモタイガーII・コスモパルサーなどを発進させることができる。艦載機の総数は『復活篇』にて初めて明らかにされたが、それ以前にも『復活篇』での総数に近い数の、50機以上を搭載していると思われる大編隊が護衛している場面がある。他に惑星探査用の中型機コスモハウンド、内火艇を兼ねた救命艇、上陸用舟艇、中型雷撃艇、修理艇、大気圏内外両用運搬船、各種探索艇、円盤型救命機（イスカンダルでのダイヤモンド大陸水没時に出動）など多数の機体を搭載する。さらにはバルーンダミーのような特殊な装備品をも常備している。
オープニングタイトルは1920年代のディズニー作品然としたモノクロ画面で始まる（スクリーンに対して非常に小さい上映画面だが、次第にそれが「作品中の映画館のスクリーンに写された映像」であることがわかる）。音楽隊を乗せたホーレス・ホースカラーが牽く荷馬車にミッキーマウス、ミニーマウス、クララベル・カウらが乗って楽しくやっていると、後ろから、自動車に乗ったピートがやってくる。ミニーマウスをひと目見て気に入ったピートは、我が物とするためにホーレス・ホースカラーとミッキーマウスをスクリーンに押しつけ、スクリーンが破れた穴から外側（映画館）に放り出す。映画館のスクリーンの前に放り出されたミッキーたちはカラーの3Dキャラクターになり、スクリーンの中にいるミニーを救出しようと、飛行機に変身したり、スマートフォンで電話をかけたり、ピートたちが池に落ちたところでスクリーンに穴を開けて水を抜いてミニーを助ける。そのやりとりのさ中、ミッキーは画面左右の「幕」を引き、上映サイズは横に拡大、ミッキーはスクリーンの外に出てきた仲間たちと一緒に、ピートをスクリーンの中に追いやり、画面の上下を反対にして彼を空から落下させたり、左右に回転させて同じことを繰り返したり、先に進める（「巻き戻し」「早送り」をスクリーンを回転させて表現している）などして反撃する。最後はスクリーンの外に放り出されたピートを置いてミッキーと仲間たちはモノクロの画面の中に帰り、追いかけようとするもスクリーンに上半身だけ突っ込んだ形になって取り残されたピートの尻にエンドマークが出て終わる。