生産量ではエノキタケに及ばないが、日本でもっとも生産額が多いキノコである。2010年（平成22年）には生しいたけが77,079トン・721億円、乾しいたけが3,516トン（生換算重量24,614トン）・151億円生産された。乾椎茸は大分県が、生椎茸は徳島県が日本一の産地である。そのほか鳥取県、島根県、岡山県、愛媛県、熊本県、宮崎県、群馬県、栃木県、静岡県、長崎県、岩手県、新潟県などで栽培が盛んである。
一般的にシイタケの原木栽培（ほだ木を利用する栽培）では長さ1m程度に切断した広葉樹を原木として利用する。作業性を考慮し直径10〜20cmの樹を利用する事が多い。原木は秋から初冬に伐採、過度な乾燥を避け保管され、翌早春に種菌が接種される。種菌が接種された原木を、約1年を森林の下に寝かせ菌糸体の蔓延を待つ。種菌の接種から16〜18ヶ月経過後に「ほだ場」と呼ばれる栽培場所に移し、柵に立てかけるように原木を並べて子実体の発生を待つ。子実体が発生するのは、通常種菌を植え付けてから18〜24ヶ月後で、3〜4年間収穫（採集）が可能である。品種改良が進んでおり、シイタケが発生するのに最適な時期はそれぞれの品種によっても異なっている。その地域の気候に最も適した品種を選択し栽培することが大切である。原木栽培に於いて、落雷が発生するとその周囲でシイタケが異常発生することが、生産者の間では経験的に知られている。この発生の理由は高電圧によってほだ木内の窒素が固定(窒素固定)され、亜硝酸塩等の窒素化合物が生成され、菌糸の養分になるからである。伏込んだほだ木に人工的に交流の高電圧パルスを与えた栽培実験では、2〜3倍の収量が得られた事が報告されている。
古来日本では古くから産したものの、栽培は不可能で自生したものを採集するしかなかった。その一方で精進料理において出汁を取るためには無くてはならないものであり、道元が南宋に渡った際に現地の僧から干し椎茸を持っていないかと問われた逸話があるほど高価な食材であった。江戸時代から、原木に傷を付けるなどの半栽培が行われ始めた。シイタケの胞子が原木に付着してシイタケ菌の生育が見られるかどうかは全く不明であり、シイタケ栽培は成功した場合の収益は相当なものであったが、失敗した場合は全財産を失うほどの損害となる一種の博打だった。人工栽培の方法は20世紀に確立されたが、最近では原木栽培または菌床栽培されたものが市場流通品の殆どを占める。2006年10月1日からは、商品に必ず原木栽培品か菌床栽培品かを表示する事が義務付けられている。現在では人工栽培の方法が諸外国にも普及しているものの、日本産干し椎茸は本場ものとして台湾、香港などで人気があり、各地の業者が輸出をしている。
生シイタケを食べた場合、しいたけ皮膚炎と呼ばれるアレルギー反応が発生することがある。体幹部に掻痒が強い紅斑や丘疹が発生し、掻痕に一致した線状の皮疹も呈する。この線状皮疹は Flagellate erythema (Flagellate dermatitis、Scratch dermatitis) と呼ばれる。しいたけ皮膚炎以外では、原因は不明だがシイタケに含まれるレンチナンに対するアレルギー反応だという説があり、この場合は掻痒がない。干しシイタケの戻し汁などでも症状が発生することが確認されている。特にアレルギー体質の児童に対しては注意を要する。
中国医学では香蕈（こうしん）と称して生薬ともした。益気、健脾、健胃、化痰の作用があり、貧血や高血圧に効くとされる。近年は、β-グルカンの免疫強化、抗癌作用の研究も行われている。その他の医療的利用ではシイタケ属から抽出されたAHCCが健康食品として利用されている。代替医療科学研究センターの発行する資料によると、シイタケ菌糸体には免疫抑制細胞を軽減する働きがあり、肝機能保護作用があることも報告されている。
第3次安倍第2次改造内閣の閣僚19人のうち、5人が留任し、1人（加藤勝信）が横滑りした。初入閣は第2次安倍内閣以降の改造では最少の6人である。2012年に発足した第2次安倍内閣及び第2次安倍改造内閣と比較すると、上川陽子法相と小野寺五典防衛相が同じポストで再登板、河野太郎前国家公安委員長兼行革相、林芳正元農水相、茂木敏充元経産相も違うポストでの再入閣となった。環境事務次官経験者の中川雅治を環境大臣に起用、事務次官経験者の入閣は17年ぶり、事務次官を務めた省庁での就任は23年ぶりである。派閥別では、岸田派と無派閥の各4人が最多で、細田派と麻生派が3人ずつ、額賀派が2人、二階派と石破派が1人ずつの順となった。岸田派は改造前の2人からの倍増となったが、派閥会長で第2次安倍内閣以降、長らく外相を務めた岸田文雄は、茂木の後任としての自民党政調会長に転任した。谷垣グループ、石原派及び民間人の入閣はなかった。最高齢は前改造内閣と同じ麻生太郎副総理兼財務相の76歳、最年少は小此木八郎国家公安委員長の52歳（いずれも発足時）。当選回数は、12回の麻生太郎が最多で、3回の齋藤健が最少だった。8月3日の記者会見において、安倍晋三は内閣について「結果本位の仕事人内閣だ」と述べる。政策志向としてボストン勢を4人抱えている（法相がハーバード大学大学院卒。文部科学相と農水相、経済再生担当相兼人づくり革命担当相がハーバード大学ケネディ行政大学院卒。留任の経産相がボストン大学コミュニケーション学部大学院卒）。