田舎の小さな村に暮らす主人公の少年セトは、師匠である女魔法使いアルマの下で見習いとして修業をしながら、いつか一人前の魔法使いとなることを夢見ていた。しかし実際は行く先々でトラブルを起こして回り、村人たちからは厄介者扱いされていた。ある日、ネメシスの卵が空から落ちてきたのを見たセトは、自分の手柄を立てるために自ら卵を割り、ネメシスを目覚めさせてしまう。初めて対峙するネメシスに一度は打ち負かされるが、彼は渾身の力を振り絞り、何とかネメシスを倒すことに成功。初めて村人たちから信頼を得られるようになった。しかしこの戦いで、ただネメシスが現れるたびに戦うだけでは人々を救えないと知った彼は、ネメシスの巣があるとされる伝説の地ラディアンを探し当て、ネメシスの巣を破壊することを決意する。かくしてアルマの下を離れたセトは、ネメシスの死骸の回収に来た魔法使いの研究者ドクに同行し、ラディアン探しの旅に出る。その道中、通りかかった異端審問官に捕らえられていた魔法使いの少女メリを助けたセトは、ドクと共に魔法使いが身を寄せ合って暮らすアルテミス魔法学院に向かい、アルマの知り合いである老魔法使いヤガの下で修業に取り組むのだった。
本作の舞台はファレノスと呼ばれる、空中にいくつもの大陸や島がある世界である。大陸や島の多くは雲海に囲まれており、島々の行き来には飛行船が用いられているが、多くの人々は大抵一つの島に留まって生活している。この世界にはネメシスという怪物が存在しており、どこからともなく現れては村や町を襲っている。このネメシスに唯一対抗できるのは魔法使いであり、彼らは魔法を駆使してそれらを駆除する役目を負っているが、同時に人々からはネメシス同様に恐れられ、忌み嫌われている。また、ファレノスでは異端審問所が治安維持の役割を果たしており、魔法に関する事件の処理や土地の警備、島によっては政府の代わりとして権力を発揮しており、魔法使いに対しては弾圧を行うこともある。
作者のヴァレントは元々日本風の漫画を描くことを目標としていたが、それだけでは飽き足らなくなり、少年漫画のフォーマットを用いて深いテーマを描いてみたいと思ったのが、本作を誕生させるきっかけとなった。本作のテーマの一つである「排斥」は、ヴァレントが過去に単独で発表した作品『アナ・アトリ』(Hana Attori)から引き継いだものであり、ヴァレントはストーリーの開発にあたり、中世に行われた魔女狩り関連の資料や小説、RPGなどから着想を得ている他、キャラクターの一部は歴史上の人物をモデルにしている。また、描き始めた当初ヴァレントは原稿を見た友人から『FAIRY TAIL』(真島ヒロの漫画)に似ていると言われたことがあり、同作を読んで似ていると思った要素をストーリーから省いたことを明かしている。
県庁の焼き討ちは予定よりも20分早く、各隊の足並みは乱れた。新聞社・変電所への襲撃は計画通り実行に移されたものの、知事・検事正の暗殺と電話試験室の爆破、火薬店襲撃は失敗に終わった。計画は半ば達成されないまま、各隊は松江放送局へ向かった。詳細は以下の通り。県庁襲撃隊は、午前2時には県庁の構内に忍び込んだ。予定では2時40分に一斉蜂起の予定であったが、ひとりが警ら中の警官に見つかった。防空壕へ逃げおおせたものの、署に通報されれば全て水泡に帰すとの判断で、予定より20分早く庁内に侵入、2カ所に放火した。県庁舎は木造であったため、瞬く間に黒煙が昇った。放火後、集合場所である放送局に向かう途中で火災にあわてて駆けつけた茶店の主人曽田完（当時36歳）と出会い、抵抗者と勘違いした襲撃隊隊長の森脇が日本刀で切りつけた。日本刀は曽田完の右掌をかすめ、そこに隊員の北村武が銃剣で腹を突き、曽田を殺害した。この事件唯一の死者である。新聞社襲撃隊は、火事の野次馬にまぎれて社内に侵入した。短刀と着剣銃で宿直を脅し、輪転機のベルトを切断、活字版もひっくり返した。無電機を探したが発見できなかった。このため、山陰新聞は31日までタブロイド判での出版となった。変電所襲撃隊は、変電所が松江護國神社から4キロ以上はなれていたこともあり、到着が3時少し前であった。日本刀で宿直を脅し、皇国義勇軍であることを名乗った。配電線を解かせ、隣接する中配南変電所で65000ボルトのケーブルを切断した。このため、市内は3時間半にわたり停電となった。知事襲撃隊は予定通り知事官舎裏口に到着したが、暗殺には失敗した。知事は一足早く火事の知らせを受けており、2時35分には玄関を飛び出し現場に向かっていたためである。検事正襲撃隊も同様の理由で暗殺に失敗した。郵便局襲撃隊は、電話試験室裏側の垣根にダイナマイトを仕掛けることには成功したものの、導火線を燃やしただけで不発に終わった。火薬店襲撃隊は隊員全員が市内出身ではなく地理に不案内であったため、火薬店自体を発見できず火薬奪取を断念した。このあと火薬店襲撃隊の行方については、資料により見解がわかれている。前田治美『昭和叛乱史』では、そのまま放送局のある床几山に集ったとしている。一方猪瀬直樹「恩赦のいたずら」では、火薬店襲撃隊はその後一時は放送局を目指したものの、集結に間に合わないと判断し、現場で解散したとしている。そして火薬店襲撃隊長の波多野は、自決を進言する若い隊員を説得して家に帰し、自身は連日の準備で疲労がたまっていたため雑木林で横になっていたところ、そのまま眠って夕方を迎えたという。