2004年夏にはファンデ・ラモス監督が就任からわずか1シーズンでセビージャFCに去り、グレゴリオ・マンサーノ監督が就任した。経営難によって主力のホセミやサルバを放出せざるを得ず、新戦力のマルシオ・アモローゾやパウロ・ワンチョペは使い物にならなかった。10節からの9試合で8敗を喫して降格圏に沈んでいたクラブを救ったのはアントニオ・タピア監督だった。マンサーノ監督からチームを引き継ぐとカンテラ（下部組織）からセサル・ナバスを引き上げ、最終ラインに安定感をもたらした。若手のフアン・ロドリゲスや新戦力のフェルナンド・バイアーノらの攻撃陣を積極的に起用し、最終的に10位に食い込んでみせた。2005年夏にはサルバを買い戻し、ウルグアイ代表のリカルド・モラレスを獲得したが、主力の大量放出の穴は埋まらなかった。2005-06シーズンは開幕から黒星を積み重ね、わずか勝ち点24しか挙げられずに最下位でシーズンを終えてセグンダ降格となった。また、セグンダに所属していたBチームも同シーズンは21位に終わり、トップチームの降格とは無関係にセグンダBに降格となった。Bチームは翌シーズンもさらに降格で元のテルセーラに戻ってしまい、その後も度々昇格プレーオフに顔を出しながらいまだ再昇格には至っていない。2006年、かつてレアル・マドリードの会長を務めたロレンソ・サンスがクラブの株式の97%を取得し、かつて選手としてキャプテンを務めたロレンソの息子フェルナンド・サンスが会長に就任した。2006-07シーズンは良いスタートを切ったが、彼らの調子は劇的に落ち込んだ。ラスト6節のうち2節はセグンダB降格圏に沈んだが、この困難な状況を何とか打開し、セグンダ降格初年度を乗り切って残留を果たした。2007-08シーズンも7連勝するなどしてスタートダッシュを決め、昇格への軌道に乗っているように思われたが、やはり調子を崩し、首位の座をCDヌマンシアに奪われた。最終節はホームでのCDテネリフェ戦であり、プリメーラ昇格を決定づけるには勝利が必要であったが、アントニオ・イダルゴの2得点で2-1と勝利して2位の座を守り、3シーズンぶりのプリメーラ復帰を決めた。2008年夏にはタピア監督を復帰させ、プリメーラ昇格に貢献したDFヘスス・ガメスやMFアポーニョを引き留めつつ、以前に所属経験のあるMFセルジオ・ドゥダ、FWアルベルト・ルケなどを獲得。2008-09シーズン開幕から4試合は無得点で1分3敗と苦戦したが、5節のバリャドリード戦で初勝利を挙げると、8節のアウェーでのセビージャ戦まで4連勝し、その後は安定して一桁順位をキープした。A・ルケは途中出場が多いながらも8得点と復活し、ドゥダはチームトップの8アシストを決めるなど、シーズン前に補強した選手が期待に応えた。プリメーラ初挑戦のアポーニョとFWナビル・バハはそれぞれ9得点を挙げ、55得点はリーグ6位の成績だった。最終的に8位でシーズンを終え、昇格組として最高の成績を残した。2009年にアンダルシア州のセビージャ、ウエルバ、ヘレス・デ・ラ・フロンテーラ、マラガを開催地として行われたピース・カップでは、アストン・ヴィラFC（イングランド）に勝利したが、アトランテFC（メキシコ）に敗れ、グループリーグ最下位に終わった。2009-10シーズンのリーグ戦は前シーズンと一転して17位と苦戦した。
父親がケイジャンミュージック界で名の知られたヴァイオリン奏者ということもあり、幼少期からケイジャンミュージックやカントリー、ブルースといった音楽に囲まれた環境で育つ。ギターを始めたのは14歳からであるが、やがて彼はスタジオミュージシャンとなり、エルヴィス・プレスリー、ウィリー・ネルソン、ジョン・メイオール、モンキーズなど幾多のレコーディング、セッション、ツアーをこなすようになる。デラニー&ボニーのデビュー・アルバムに参加していた1968年に、ノーキー・エドワーズが脱退したベンチャーズのオーディションを受けてみないか、との友人の誘いを受け（それ以前にロサンゼルスの「シー・ウィッチ・クラブ」に出演していた際にメル・テイラーの実弟である、後にキャンド・ヒートに加入するラリー・テイラーと共に「バンビーノース」として活動していたため、必然的にベンチャーズとの人脈は出来ていた）、その結果加入することになる。ベンチャーズに加入後は、それまでになかったR&Bやブルースのテイスト、また「京都の恋」や「雨の御堂筋」といった日本の歌謡曲的なメロディをもたらすなど、ベンチャーズに新しいスタイルをもたらした。1972年にベンチャーズを脱退し、スタジオやセッションに再び活動の場を移すが、「ベンチャーズとは違う音楽性に挑戦したい」という意向でベンチャーズを離れたメル・テイラーから声を掛けられ、ビル・リンカーン、ジョン・ダリル、ボブ・スポルディングらと共にメル・テイラー&ザ・ダイナミックスを1973年に結成。来日当時、“二つのベンチャーズが来日”と話題を呼ぶが、大きな評価は得られず、その後ジョー・バリルのベンチャーズ解雇に伴いテイラーはベンチャーズに復帰、メル・テイラー&ザ・ダイナミックスは自然消滅的に解散となり、マギーは再びスタジオやセッションでの活動に戻ることになる。1984年、ボブ・ボーグルが急病でベンチャーズのツアーに参加できなくなったことから、サポートのためベーシストとしてツアーに参加する。この年のステージではノーキー・エドワーズとのアコースティックギターデュオや、曲によってリードギターをエドワーズと交代するシーンが見られた。1985年、エドワーズが再びベンチャーズを離れることになり、マギーはその後任として再加入。以後現在までベンチャーズのリードギタリストとして活動を続けることとなる。ベンチャーズとして活動する他にも、自らが率いる「ジェリー・マギー・ブルースバンド」として、ジャパン・ブルースカーニバルに出演する他、B.B.キングやエリック・クラプトンと共演するなど、ベンチャーズとはまた違った活動も展開している。ジャパン・ブルースカーニバル出演時には、自身の子息であるケイン・マギー（Pedestrianというバンドで活動、後に脱退している）がドラムで参加している。ソロアルバムは現在までに三枚リリースしている。ソロデビューとなった「Friends From A Distance」では、ゲストにリタ・クーリッジやボビー・ウーマックなどを迎えて、ブルースやケイジャンミュージックなどを深く掘り下げ、スライドギターやブルースハープなども披露している。またその後もジャズやカントリーといったルーツミュージックを幅広く取り上げている。2017年の日本公演中、ツアー終盤に体調を崩し緊急入院。急遽ピンチヒッターとして、アメリカ国内でのライヴでサポートメンバーとして参加していたベーシストのルーク・グリフィンを迎えることになるが、高齢による体力の衰えを理由に今後のツアーには参加しない事が発表された。2019年10月、ソロアーティストとして久々の来日を果たすが、ツアー中にステージ上で心臓発作を発症して東京都内の病院へ緊急搬送され、それから4日後の同年10月12日に死去。81歳没。同月17日、日本で家族とごく親しい日本の有志のみによって葬儀・告別式が営まれ、遺体は東京の桐ヶ谷斎場で荼毘に付された。