著名な老木として、神門内にキンモクセイ（金木犀）がある。この樹木はウスギモクセイ（薄黄木犀）の雄木で、樹齢約1,200年、樹高10メートル以上を測る老木・巨木である。「2度咲き」の性質を持つが、特に2度目の9月下旬から10月上旬にかけては淡黄色の花で満開になる。このキンモクセイは国の天然記念物に指定されている（詳細は「三島神社のキンモクセイ」を参照）。また、境内に広がる鎮守の森は「三嶋大社社叢」として三島市指定天然記念物に指定されている。
三嶋大社の神主職は、伊豆国造の後裔を称する矢田部氏（やたべし）が代々世襲する。伊豆国造について『先代旧事本紀』では、神功皇后の時に若建命（わかたけのみこと）が国造に任じられたといい、この若建命は物部連祖・天御桙命（あめのみほこのみこと）の8世孫であるという。矢田部氏に伝わる系図『伊豆国造伊豆宿禰系図』では、初代に天御桙命、第9代に若多祁命（若建命を指す）を記載する。矢田部氏は、元々は日下部直（くさかべのあたえ、日下部氏）であったとされる。『続日本紀』では天平14年（742年）に外従七位下の日下部直益人（ますひと；系図では第19代）が「伊豆国造伊豆直（いずのくにのみやつこ いずのあたえ、伊豆氏）」姓を賜った。また、宝亀2年（771年）に外従五位下の伊豆国造伊豆直乎美奈（おみな；系図では益人の子）が従五位下を賜ったと記載される。系図によると、その後裔の伊豆貫盛（第30代）が三嶋神主となって以降、代々三嶋社の祭祀に携わったという。伊豆久恒（第33代）の時には久恒に子が無かったため、弟の国盛（第34代）が「東神主五郎大夫」を、末弟の貞盛が「西神主四郎大夫」を称して後を継いだ。康和5年（1103年）の国盛の宮司補任を示す文書は現在にも残っている（ただし検討余地のある史料とされる）。その後は東大夫・西大夫が並び立って三嶋社の社務を分担し、西大夫は二宮八幡宮の神主も兼務したという。東大夫と西大夫は代々継承されたが、南北朝期以降は西大夫は没落して東大夫のみとなった。以降の神主職は東大夫の世襲となり、一族は元禄年間（1688年-1704年）に姓を「矢田部」に改めた上で、現在の宮司（第70代）に至っている。社僧としては愛染院（別当）、大徳院・竜宝院・法正院（役僧）の4子院があった。また、神宮寺には「国分寺」の称も見える。
明治維新後、明治4年（1871年）に近代社格制度において官幣大社に列し、「三島神社」と称した。戦後は「三嶋大社」と改称し、神社本庁の別表神社に列している。
1981年（昭和56年）10月、「元号法制化実現国民会議」を改組して発足。元となった「元号法制化実現国民会議」は、元最高裁長官の石田和外の呼びかけで、1978年(昭和53年）7月に発足した。初代議長は石田。「日本を守る会」とともに元号法制化実現を運動していたが、元号法は1979年（昭和54年）6月6日に第1次大平内閣で成立、この直前の同年5月に石田は死去している。「会議」は目的を果たして解散の機運があったが、当時、「会議」の事務総長を「日本を守る会」と兼任していた明治神宮権宮司の副島広之は「解散してしまうのはまことに惜しい」と述べた。会議は新たな目的を模索、全国キャラバンを実施して国民運動を訴えた。1981年3月には各地で日本を守る県民会議結成が相次ぎ、これを土台として改憲・翼賛の組織として「日本を守る国民会議」を造ったとされる。時の神社本庁総長・篠田康雄は、「憲法、防衛、教育。これが国家の基本の三本柱だ」とその運動方針を述べている。新会議には政財界、文化人、旧日本軍関係者で構成される郷友会、神社本庁等が集まり、黛敏郎を運営委員長、副島を事務総長とした。会議は論憲・改憲の立場であった。1982年（昭和57年）6月26日、日本の大手新聞テレビのメディアが教科書検定の批判を一斉に報じ（第一次教科書問題）、会議内でも「教科書問題を考える懇談会」を開催、懇談会を継承した歴史教科書編纂委員会が編じた「新編日本史」を1986年（昭和61年）に発行すると、以降は中国・韓国から批判が相次ぐようになった。元号法を根拠に1989年（昭和64年）1月に新元号「平成」が政令で公布。1991年（平成3年）6月、黛が第2代議長に就任した。1997年（平成5年）、結成10周年の記念式典を挙行、「新憲法の大綱」を発表。1993年（平成5年）8月、細川護煕首相の「侵略戦争」発言でパリ不戦条約に基づく日本の賠償責任問題が噴出、「会議」は細川に発言の撤回を要求している。1997年（平成9年）3月、「日本を守る会」と「日本を守る国民会議」は、両団体の発展的統合をそれぞれの役員会で決議し、5月30日、「日本会議」が発足した。「国民会議」が出していた機関紙『日本の息吹』は、引き続き日本会議で発刊されている。