1995年12月8日に発生したもんじゅのナトリウム漏洩火災事故において、事故現場の様子を撮影したビデオの一部を隠したことが発覚し、マスコミに追及された。ビデオ隠しが判明した時期は1995年12月25日だったにも関わらず、動燃が1996年1月12日に開いた隠蔽公表の会見では会見直前の「1996年1月10日」と虚偽の発言を行った。この会見の翌日の1996年1月13日、ビデオ隠しの特命内部調査員としてマスコミ報道の矢面に立たされていた動燃総務部次長の遺体が発見された。警察発表で自殺とされ、その後、マスコミの追及は尻すぼみとなっていった。遺族は自殺の原因を動燃にうその記者会見を強要されたためであるとして損害賠償請求訴訟を起こしたが、2012年1月31日付けで敗訴が決定した。
もんじゅの原子炉設置許可について、周辺住民32人が国（経済産業大臣）による設置許可の認可を無効とすることを求めた行政訴訟（1985年提訴）が争われ、2003年1月27日には名古屋高等裁判所金沢支部がもんじゅの設置許可処分が無効であることを確認する判決を一度下した。その後の2005年5月30日、最高裁判所は「国の安全審査に見過ごせない過誤や欠落があったとは言えず、設置許可は違法ではない」との判決を下し、国の勝訴が確定した。一方で、もんじゅの建設・運転の差止めを求めた民事訴訟も起こっていたが、2003年に原告が訴訟を取り下げた。
日本で初めて開発された電算写植機が、写研の「SAPTONシステム」である。この時期の電算写植機は、写植機の中で文字盤が歯車で物理的に動作しているというアナログな方式なので、後のデジタルフォントを利用した方式と対比して「アナログ写植機」と言う。世界的には「第2世代電算写植機」に相当する。1920年代に写研の石井茂吉と森澤信夫（のちにモリサワを創業）によって写植が発明されたが、写植は主に端物に用いられ、本文組みには従来通りの活字組版が用いられていた。写研は写植を本文組版へも使用されることをめざし、1960年に全自動写植機「SAPTONシステム」を発表。まず、1965年に全自動写植機サプトンの実用機「SAPTON-N3110」が完成し、1966年に社会党機関紙印刷局に最初に導入された。印字速度は毎分300字と、従来の全自動鋳植機の3倍相当にまで高速化されたが、この時点ではSAPTON-Nを利用するには、漢テレ用の漢字さん孔機で別途に編集した紙テープが必要とされたため、システムとして単体で完結するものではなかった。1966年には編集組版処理機能を組み込んだ紙テープ編集機の「SAPTEDITOR-N」が完成し、ようやく紙テープ編集機「SAPTEDITOR（サプテジタ）」と全自動写植機「SAPTON（サプトン）」を組み合わせた、実用的な電算写植システム「SAPTONシステム」が完成した。新聞社向けの写植システム「SAPTON-N」は、1967年に朝日新聞北海道支社と佐賀新聞社に最初に納入された。また、書籍や雑誌などの本文組版を対象とした一般向けの写植システム「SAPTON-P」も1968年に実用化され、1969年8月にダイヤモンド社に最初に納入された。SAPTONシステムの導入と同時にダイヤモンド社は活字を廃止した。「SAPTON」システムは、全自動写植機「SAPTON」とテープ編集機「SAPTEDITOR」で構成されており、テープ編集機「SAPTEDITOR」で紙テープ（鑽孔テープ）に記録された文字コードを、全自動写植機「SAPTON」で読み取って組版する形であった。「SAPTEDITOR-P」では制御部にリレーを用いた組版処理機能が組み込まれた。「SAPTEDITOR」は後にトランジスタを用いて電子化され、より高度な組版処理機能が組み込まれたが、テープ編集機に対する組版処理機能の拡張要求は増加する一方であり、その全てをハードウェアだけで実現するのは困難だと判断された。そのため、写研はコンピュータを用いた編集組版ソフトウェアの開発に着手する。1969年に発表された「SAPTON-A」システム用に開発された「SAPCOL（サプコル）」が日本初の一般印刷向けの組版ソフトウェアである。編集組版用ミニコンピュータとしてはPDP-8が用いられ（これは1971年に日立製作所のHITAC-10に置き換えられた）、当時のコンピュータはOSに相当するものを持たなかったため、OS相当のプログラムなども写研が自社で開発した。電算機（コンピュータ）上で動く紙テープ編集ソフトウェア「SAPCOL」の登場で、紙テープ編集機「SAPTEDITOR」はその役目を終えた。「SAPTON-A」は1970年に朝日印刷工業（官報などを印刷している群馬県の印刷会社）に納入された。これが日本初の電算写植システムである。新聞社向けのシステムも同時に開発され、同年に神奈川新聞社に納入された。1972年の「SAPTON-Spits」システムでページ組版に対応。1976年には「サプトン時刻表組版システム」により、日本交通公社発行の時刻表が電算写植となった。SAPTONシステムに収録される文字数の増加とともに、それまでのSAPTONシステムで使っていた他社製の既存の機械式漢字さん孔機を流用したキーボードではキーが不足してきたことから、1972年には「SAPTON-A」と「SABEBE-N」用に、写研の独自のキーボード「SABEBE」が開発された。1972年発売の「SAPTON-Spits」に搭載された「SABEBE-S3001」で、左手側のシフトキーに「一寸ノ巾」式見出しを割り当てた「一寸ノ巾式左手見出しキー」が採用され、これは「一寸ノ巾配列」として、写研はおろかモリサワの電算写植機においても後々まで採用されることになる。