学校では環境教育の観点から学校ビオトープが整備される例もある。子供たちに対しては、そこに住む生き物も含めて魅力が大きくまた、それを手に取り、どろんこになる体験教育としての効果も期待されていて、水田を想定した浅い池を田んぼビオトープなどと称する。しかし、田んぼにメダカとホテイアオイを入れただけのものであったりと、「ビオトープ」と称するには無理のあるものもいくつか見受けられる。また、学校教育の文脈では、児童、生徒への環境教育の一環で取り入られてきた人為的に再生された自然生態系の観察モデルのことを指す。小中学校の構内に教師と生徒たちによって作られたり、また市民のための公園の一角に作られたりもしている。自然の水草や水生植物とプランクトン、小さな魚に昆虫の幼虫、昆虫などが、一つながりの生態系、また食物連鎖を維持していること、そこから自然環境の成り立ちとそのシステムを学ばせるため、全国各地に増えつつある。特に2001年から導入された総合的な学習の時間の取り組みとしても注目され、拡大に拍車をかけた。またこうした学習が、川にホタルを呼び戻す運動になったり、川に空き缶をポイ捨てしない呼びかけになったり、と環境との取り組み方を考えるきっかけにもなっている。
ビオトープ事業の推進にあたっては、自然生態系に関する広範な知識と実践的経験に加えて従来の環境保全・再生に関する計画及び設計・施工の知識、技術が必要である。NPO法人日本ビオトープ協会では、基礎講座として広範な知識の履修に加え、実践講座ではグループワークで図面を作成する実技や現地視察会など3日間の研修カリキュラムの「ビオトープアドバイザー認定試験研修会」を全国で開催している。これらの研修を受け試験に合格、知識・技術を持った者を「ビオトープアドバイザー」として認定している。認定資格は「ビオトープアドバイザー」と「主席ビオトープアドバイザー」の2つがあり、更に広く自然環境保全・再生に関連した実務経験を積んだビオトープアドバイザーの指導者として「主席ビオトープアドバイザー」を位置づけ、双方全国で活躍している。
日本生態系協会では、ビオトープ管理士という資格認定を行っている。現在この資格は、環境省の入札参加資格審査申請における有資格者に指定されている他、国土交通省などの各地の行政機関での入札要件になっていたりと重要な資格となりつつある。ビオトープ管理士には1級と2級があり、またそれぞれに「計画管理士」と「施工管理士」の2種が存在する。1級は実務経験などが必要であるが2級に受験資格は特にない。毎年、6月から8月にかけて「ビオトープ管理士セミナー」が開催され、特にビオトープ管理士試験を受ける予定のない者でもビオトープについて深く学べる場となっている。
日本でビオトープが注目されるようになったのには、都市の整備の際に既存の自然環境が失われる開発方法に対する反省がある。特に都市化の過程で最も破壊が進んだのが水辺環境であり、河岸は護岸工事で固められ、川の水は水質汚濁が進んだ。水田は圃場整備事業によって広いが単純で生態系に乏しいものとなり、水路からは切り離され、水路は単なる側溝となりさらに農薬散布がこれに被さり、昔は身近に見られた多くの生き物が姿を消した。また、里山では雑木林が減少して生物の減少が問題となった。日本では1990年代から環境共生の理念のもとで、環境改善の意味合いでビオトープの名を冠した事業が行われるようになってきた。ある生物を保護するとしてもその生物単体の採取を規制するだけでは駄目で、その餌となる生物や繁殖地、さらに餌となる生物が食する植物など関連する自然生態系全体を維持する必要が次第に認識されてきたのである。ただしドイツで生まれた概念であるビオトープをいつだれが日本にもたらしたのかはよくわかっていない。また、日本でビオトープの概念が導入された当初は、身近な自然環境の保全という観点が希薄で、多くは自然環境復元事業だけの意味でビオトープが用いられていた。平成元年度からの旧建設省の多自然型川づくりの推進や河川法の改正で、河川を自然環境媒体の視点からみる考え方が普及した。
はっきりとした出自は不明ながら、飛鳥井雅俊からの書状が現存していることから飛鳥井家出身の人物とも考えられている。出家したのち紀伊国に住み、後に伊勢国に移った。当時、伊勢では朝廷や室町幕府の弱体化によって伊勢神宮の正遷宮が行われない状態が長く続いており、文明年間（1469年 - 1486年）ごろから勧進聖による宇治橋架け替えなどが行われるようになっていた。守悦も諸国に勧進を行なって延徳3年（1491年）に宇治橋の架け替えを実現したが、この橋は明応4年（1495年）8月に洪水で流出している。明応7年（1498年）、内宮に参籠中の守悦に瑞相が現れたことから内宮禰宜の庁宣によって再び勧進を行ない、永正2年（1505年）に改めて宇治橋の架け替えを行なった。これらの功績により上人号と紫衣が許されたことで、守悦上人と呼ばれる。入寂した日付については『慶光院旧記』や慶光院墓地の位牌堂に祀られている位牌（「開山心鏡周悦」名）に文明元年（1469年）7月18日の記述があるが、これについては宇治橋架け替えの事蹟と整合しないことから浜口良光は「守悦の師僧が周悦でこれがまぎれ込んだ」という仮説を立てている。その他に『内宮物忌年代記』の「永正4年（1507年）5月15日」、『慶光院旧記』の系譜においても「文明元年」「文明6年（1475年）」「永正6年（1509年）」など複数の記載があってはっきりしない。