2005年12月1日までに、被告人Mは「小田島被告人と共謀し、東京都・千葉県で計2人を殺害した」と、目黒区・我孫子市の2事件について供述した上でその上申書を提出した。そのうち我孫子市の事件では箪笥が開けられ、衣類が散乱するなど、執拗に物色した形跡があった。室内で採取された犯人のものとみられる掌紋は不鮮明だったが、被告人Mの供述を受けて千葉県警が詳細に調べたところ、被告人Mの掌紋と一致した。小田島被告人も関係者に対し、2件への関与をほのめかしていたことから、千葉県警は翌週にも2被告人を強盗殺人容疑で再逮捕する方針を固めた。2005年12月2日までの千葉県警の取り調べに対し、被告人Mは目黒区の事件について、「被害者Cと揉みあいになったため、小田島がナイフでCを刺し、自分が電気コードで手足を縛った」と供述した。Cの血液型はA型だったが、現場からはA型とは別に、小田島被告人の血液型と同じB型の血液も採取されていたため、千葉県警は被告人Mの供述を裏付ける物証とみて、警視庁にも情報を伝えた。マブチ事件・我孫子市の事件では被害者3人をいずれも絞殺したのに対し、目黒区の事件のみ被害者を刺殺した理由について、被告人Mは「ナイフは本来、脅迫用に持っていた物で刺すつもりはなかったが、激しく抵抗されたため、小田島がナイフでCを刺し、自分と2人がかりで殺害した」と供述した。その上で被告人Mは、目黒区・我孫子市の両事件について「マブチ事件でもっと多くの金が得られていれば、こんなことにならなかった」とも供述した一方、小田島被告人は関係者に対し、各事件への関与を認めたものの、この時点では捜査当局の取り調べに対しては、3事件いずれも依然として応じず、供述調書の作成なども拒否していた。
千葉地方検察庁は、事件発生から3年3カ月となった2005年11月11日、強盗殺人・現住建造物等放火・住居侵入の3つの罪で、小田島・M両被疑者を千葉地方裁判所に起訴した。この時点で小田島被告人は、一貫して犯行を否認し続けていたが、犯行の経緯を被告人Mが詳細に供述した上で「別事件で服役中だった小田島から、犯行に誘われ、指示に従った」と供述したことから、捜査本部などは「小田島被告人が主犯」との見方を強めた。このことから千葉地検は、こうした供述を裏付ける、様々な状況証拠を積み重ね、公判での犯罪立証は可能として、起訴に踏み切った。また、それまでの取り調べで「被告人2人は当初から、居合わせた家人を殺害し、金や貴金属などを奪う計画だった」ことが判明していた。
2005年6月27日、小田島被告人に対する論告求刑公判が開かれ、検察側は懲役6年を求刑した。検察側は論告で、「小田島被告人は、2004年9月から2005年1月にかけ、前橋市・高崎市などで計4件の民家に侵入し、現金約3万9000円などを盗んだ」と指弾した。2005年6月30日、前橋簡裁（中野哲美裁判官）は、窃盗ほう助の罪に問われた被告人Mに対し、懲役2年8か月の実刑判決を言い渡した。この判決によれば、Mは2004年9月頃から2005年1月にかけ、小田島が前橋市など群馬県内4件の住宅で盗みをした際、小田島を乗せた車の運転手役を務めた。これを踏まえて前橋簡裁は「極めて計画性の高い悪質な犯行」と指弾した。被告人Mはその後、東京高等裁判所に控訴しなかったため、この実刑判決が確定した。小田島の判決公判は2005年7月13日、前橋地裁（久我泰博裁判官）で開かれ、同地裁は「犯行は常習性の表れ」などとして、小田島被告人に懲役4年（求刑・懲役6年）の判決を言い渡した。小田島被告人はその後、この判決を不服として、東京高裁に控訴した。
主人公・石田国松は、屋台のラーメン屋を営む石田家の長男。かつて一家は静岡でラーメン屋を営んでいたが、国松が札付きの乱暴者で、これまで多くの学校を退学になり、一家も住んでいられなくなったために東京に引っ越してきた。上京した国松は、ある日名門ハリス学園に勤める教員・岩波剛三とトラブルになり、なんと岩波をノックアウトしてしまう。この様子を見ていた学園長はその運動神経に着目し、良さを伸ばしながら矯正しようと入学を勧める。これに国松は最初は逆らうものの、不思議な力を持った園長の言うがままに入学し、岩波の担任するクラスに編入する。なお、岩波とのトラブルは最初から園長の想定内であった。転校後、国松は早くも同級生の剣道部員・横地伊三郎や不良の伊野久弥と喧嘩になる。その暴れっぷりに着目した運動部がこぞって勧誘に来るが、国松が出した入部の条件は「弁当を差し出すこと」だった。また、隣の席の朝井葉子とは喧嘩友達になる。しかし、その横地が剣道部員から制裁を受けたことで義憤を感じ、単身乗り込んで敵を討つ。その後は持ち前の運動神経を活かして野球部、剣道部、ボクシング部、そしてサッカー部で活躍し、どの部も大会で優勝させてしまう。どの部でも最初はトラブルを起こすが、何故かどの部の幹部も国松に惹かれていく。サッカー部在籍時、ハリス学園の理事長であるカスタード・プリンとふとした事でトラブルになり、サッカー部は解散命令、国松は退学処分を受ける。しかし、全校生徒の嘆願や国松の身を挺しての直談判などでサッカー部の解散は取り消しとなり、国松もその後暫くして許される。サッカーの全国大会に出場したハリス学園は、決勝戦で宿敵・三和田学院を下して優勝。プリン理事長に見込まれた国松は、アメリカの本校への留学が決まる。全校生徒の盛大な見送りを受け、羽田から渡米する。