事故から1か月経った1996年1月8日未明、前夜から行われていた漏洩箇所のX線撮影により、ナトリウム漏洩の明確な原因が明らかになった。それまで最も有力だったのは、ナトリウムの温度を測定する熱電対温度計の収めてある「さや（ウェル）」と配管の接合部の破損であった。「さや」は、ナトリウムの流れる配管の中に棒状に突出しており、直径3.2mmの温度計を保護する役割を果たしていた。この「さや」は頑丈に作られており、ナトリウムの流速程度の機械的負荷で折損するとは考えにくかったため、破損箇所があるとするなら接合箇所だろうと考えられていた。しかし、X線写真によれば「さや」の先端は途中のくびれ部分から完全に折損しており、中の温度計は45度ほど折れ曲がった状態で管内にむき出しになっていた。日本原子力研究所が調べたところ、ナトリウムの継続的な流れにより「さや」に振動が発生、徐々に機械的強度が衰え、折損に至ったことがわかった。さらに、火災報知器が広範囲で発報した理由として、ファン付きの換気ダクトによって白煙の拡大を招いていたからであったことが明らかになった。直径60cmのナトリウム管路の下方に、直径90cmの換気ダクトがある。事故当時、換気ダクトのファンは作動したままになっていた。原子炉停止後ナトリウムの抜き取り作業が進み、ナトリウムの液位が下がった事でようやく自動停止した。また、管路周辺にスプレー状にナトリウムが飛散していた事も予測できない事態であった。高速増殖炉では金属ナトリウムは加圧されていないため、スプレー状に飛散するほどには勢いよく噴出しない。しかも、問題の配管は全て保温材で覆われており、仮に管内が多少加圧されていても、スプレー状の飛散には至らないはずである。調査の結果、換気ダクトのファンに付着したナトリウムが遠心力で周囲に飛散していたことがわかった。事故発生直後、運転員はゆるやかな出力降下による原子炉停止を行っていたが、これは運転マニュアルに違反した対応だった。運転マニュアルには、火災警報が発報した場合は直ちに原子炉を「緊急停止」するように記載されていた。
建設地はヴィチェンツァ郊外の丘の上とされた。パッラーディオ主義の他のヴィラのいくつかとは異なり、この建物は最初から農場用ではない。この洗練された建物は今で言う「郊外住宅 (suburban house)」として設計された。パッラーディオ自身はこれをヴィラではなくパラッツォ（宮殿）に分類している。 四方にファサードがある正方形の完全な対称形の建物であり、それぞれのファサードにポルチコがある。建物の四隅と各ポルチコの中心を通るように円を描くと、建物のほぼ全てがその中に納まるようになっている（左の平面図参照）。ラ・ロトンダという名称は中央の円形のホールとその上のドームに由来する。このヴィラ全体を表現するなら、ロタンダ（rotunda = rotonda）は技術的には不正確である。何故ならこの建物は円形ではなく、正方形と十字を組み合わせた形だからである。ポルチコの前には階段があり、そこから中に入ると小さな部屋または廊下を通って中央にあるドームつきの円形ホールに出る。全ての部屋の寸法はパッラーディオが『建築四書』 (I Quattro Libri dell'Architettura) に記した建築法則にしたがって精密に計算されている。その設計はルネサンス建築のヒューマニズム的価値観を反映している。各部屋に陽射しが少しでも入るよう、建物の4つの面は東西南北から45度の角度を向いている。4つのポルチコの上にはペディメントがあり、その上に古代の神々の像が配置されている。ペディメントは6本のイオニア式円柱で支えられ、そのポルチコの両側に1つずつ窓がある。主要な部屋は全て2階または主階（ピアノ・ノビーレ）にある。1567年に着工したが、設計者パッラーディオは1580年に亡くなった。施主であるパオロ・アルメリコも1589年に亡くなり、建築はパッラーディオの後を受け継いだヴィンチェンツォ・スカモッツィが新たな施主の下で完成させた。元々の設計に対してスカモッツィが加えた主な修正は、中央ホールの2階部分である。スカモッツィが仕事を引き継いだことにより、当初パッラーディオが計画していたものと、現存しているヴィラ・アルメリコ・カプラの間には幾つかの異なる点が存在する。その中でも最も重要なものは、「建築四書」所載のパッラーディオが制作した図面と、スカモッツィによる現存しているヴィラ・アルメリコ・カプラのドームが大きく違っていることである。パッラーディオの計画は、ブラマンテによる聖ペテロの殉教記念堂「テンピエット」の影響を受けており、方形屋根の中央から半球形のドームがのった構成となっている。また、パンテオンとの類似性においても特筆すべき点がいくつかある。ドームの構成に象徴されるように、正方形に円形が組み合わされている点に、ヴィラ・アルメリコ・カプラの抽象度の高さと概念的に重要な意味があるとされる。住宅建築に、神殿や教会で採用されるドームという建築構成が取り入れられている点にパッラーディオの個性が伺える。スカモッツィによる現存している建物のドームは、五段の階段型のピラミッド状の屋根になっている。当初のパッラーディオの計画したドームの特徴とは異なるデザインになっているが、推力などの構造上の観点からすれば、パッラーディオの制作した図面では幾つかの疑問点があるのに対し、スカモッツィの解決は合理的なものになっている。逸話として、当初依頼主であるアルメーリコはパンテオンのような天窓の付いたドームを希望したというものがある。現存の建物のドームの頂上はオルクスとなっており、テンピエット型のものが採用されている。パッラーディオの計画したドームは方形の四隅の処理で不具合な点があるように図面から見受けられ、建設不可能ではないものの、実際にスカッツィに引き継ぐ前に建設していたとしたら、推力の関係で雨漏りしていた可能性が高い。そのため、スカモッツィによって現存ドームに修復されたのではないかという説もある。このようにドームに関して、建設過程における謎が多く、どの段階でどのような変遷を経て、現在のドームに至ったかは諸説あるものの事実はわかっていない。ドームが改造されたことは、内部装飾にも影響を与えている。1581年までに、ルビーニによって制作された中央円形広間内部のストゥッコ装飾が、アレッサンドロ・マガーンツァがフレスコ画に取り替えられたことを意味している。現存するフレスコ画は、ロドヴィーコ・ドリニイ（Lodovico Dorigny, or Louis Dorigny, 1654-1742）によって制作されたものである。