史実の戦いを基づいた七つのシナリオが用意された戦術モードで、あらかじめ編成された軍団を指揮して勝利しなければならない。特に設定されていないが各シナリオによって難易度にも差がある。シナリオの選択時と開始前に詳細な戦いの背景などが紹介される。関連性としてノルマンコンクエストの「ヘイスティングの戦い」がシナリオとして用意されているが、コンクエストではロバート王子の別働隊を指揮するのに対しこちらはノルマンディー公ウィリアム率いる本隊を指揮する事になる。コンクエストでは決められた指示に従って勝利出来るのでアングロサクソン王ハロルドが率いる敵軍は強い印象を受けないがシナリオでは自軍よりも多い兵力と屈強な歩兵を有している強力な軍団でありプレイヤーの采配が問われる仕様になっている。
シングルプレイで中心となるモード。ヨーロッパの覇権を狙って各国と鎬を削る。最初はイングランド・神聖ローマ帝国・フランス・スペイン・ヴェネチアの五カ国から選び、キャンペーン中に滅んだ勢力は、ゲーム途中であっても新規にその勢力を選択してプレイできる。例外はイベントで途中登場するモンゴルなど。また、データをいじることにより、特殊な国家を除いたほとんどの国が最初から選択できる。ゲームでは通常はターン制戦略マップ、戦闘になるとリアルタイム制戦術マップに切り替わる。特にメディーバル2では、戦略マップが大幅に改良されており、様々な要素が加味されている。時代は1ターン2年進行。人物の歳月は2ターンで1歳、季節は夏冬とターンごとに変わる。イベントとして、モンゴルの征西、火薬の発見などが発生し、その都度新ユニットが徴兵可能になったりする。
チュートリアルは、征服王ウィリアムの軌跡を追って展開される。「ヘイスティングスの戦い」、「ノルマンコンクエスト」の二つがある。ノルマンコンクエストはヘイスティングの戦いを終えないと開始できない。「ヘイスティングスの戦い」では、ムービーによる背景説明を挟み、プレイヤーはヘイスティングスの戦いで、ロバート王子率いる別働隊を指揮して操作方法を習う。助言者に従えば、難なくクリアできるが、行動管理が厳しい為、飛ばすと進まなくなる。「ノルマンコンクエスト」では、ヘイスティングス後のブリテン島征服を進めていくもので、戦略マップ、そして戦術マップの両方をこなしていく。基本的に通常キャンペーンと同じなので、これを終える頃には操作方法はほとんどマスターしているはず。
ターン制で軍隊や工作員の移動、拠点への出入り、他の勢力の軍隊への攻撃などを行うMAP。 海や陸地、道や森や砂漠や海岸、雪原や山岳地帯など細かく描写されている。拠点には城系と都市系があり、発展を反映して大きくなる。 勢力ごとにターンが回り、(自勢力)→イングランド→フランス→…→反乱勢力→(自勢力)と回っていく。ターン内にユニットは移動力が尽きたりするまで自由に行動を行う事が出来る。また拠点の建設の予約や税率の変更、兵士や工作員の雇用を予約する事が出来る。 建築や兵士はこの予約を行う事で、次のターン以降に実際に建築や雇用が完了する。複数ターンを跨ぐ建築も多く、資金の効率的な活用が求められる。森などには軍を潜ませ、奇襲攻撃なども出来る。これはこちらも奇襲される恐れがある為、警戒が必要。 海は一部の細くなっている海峡を除き、軍船が無いと渡る事が出来ない。軍船同士の戦いも(オートバトルだが)発生する為戦力の増強が必要。
騎士達が華々しく活躍した11世紀から16世紀までの中世ヨーロッパを舞台に、プレイヤーは各国の内、一つの有力者となってヨーロッパ大陸の覇権を目指す。シリーズの特徴である実戦さながらの戦場。兵士一人一人の細部にまでこだわったグラフィック。中世的雰囲気をもった重厚なサウンドなど、海外ではエイジオブエンパイア等の名作RTSと並ぶ傑作との高い評価を受けている。ゲームはシングルプレイ用の、チュートリアル・グランドキャンペーン・カスタムバトル・クイックバトル・歴史上のバトル。マルチプレイの、LAN対戦・オンラインバトルから構成される。キャンペーンではターン制戦略マップとリアルタイム制戦術マップを組み合わせた形式を採用している。
1987年に発売された『中山美穂のトキメキハイスクール』のサジェッションとして任天堂へ招かれた糸井が、この機に以前から用意していた企画書を宮本茂に見せたことで本作の開発がスタートすることとなる。
現代アメリカを舞台としているが、登場する地域名はすべて架空のものとなっている。町の名前はアメリカの祝日や年中行事の名称から採られているものが多い。大陸横断鉄道「パラダイスライン」により、サンクスギビング、レインディア、ハロウィーン、スノーマンの4つの町が結ばれている。なお、英語表記が2種類あるものはそれぞれ「日本国内版 / 日本国外版」を表す。また、本項および「登場人物」の項に記載された説明文の一部は、本作の公式ガイドブック『マザー百科』（小学館 ISBN 978-4091041142、脚注では『百科』と表記）の記述を基にしており、ゲーム本編では語られない設定が多く含まれている。
クックの死は、ジョージ・ダフやネルソン提督自身の死同様に、イギリス全土で広く追悼された、クックの未亡人であるルイーザと8歳の娘は、多くの賞と贈り物を受け取った、その中には、この戦闘で戦った艦長のために鋳造された黄金のメダルや、ロイズ・パトリオティック・ファンドからの大きな銀の花瓶もあった。遺族が受け取った金額の少なくとも一部が、ウィルトシャー、ドンヒードのセントアンドリュー教会の壁に埋め込む、大型銘板の費用に充てられた。この教会はクック家のすぐ近くにあった 。この銘板はクック、そして妻ルイーザの生涯と死の記念碑でもあった。また、セントポール寺院にも記念碑がたてられた。同僚の士官からの賛辞も届き、その中には後に探検家となったジョン・フランクリンの名前もあった。フランクリンはトラファルガーで「ベレロフォン」に乗務し、クックのことを「とても紳士的で行動的な人物だった。彼の第一印象がとても好きだった」と話していた。クックがトラファルガーの前に兄弟に宛てた何通もの手紙が、今もグリニッジの国立海事博物館 (イギリス)に保管されている。クックがルイーザと結婚したのは、1790年6月15日だった。ルイーザは、かつてのニュージャージー総督で、後にカディスの領事となったジョサイ・ハーディの四女だった。1797年1月26日には、で2人の間に一人娘が生まれた。ルイーザは1853年2月5日、チェルトナムで96歳で没した。