事故調査を主導したオランダ安全委員会 (Dutch Safety Board) は主たる事故原因として下記を指摘した。当該事故フライトでは計器着陸システム（右席側用オートパイロット）を用いてアプローチを行ったが、左の電波高度計が -8 フィートという誤った高度値を左の主ディスプレイに表示した。この数値（-8 フィート）がオートスロットル機構の「リタードフレア」モードを起動させたため、着陸接地寸前を想定して左右両エンジンの推力が最小（アプローチアイドル）になった。管制塔より指示された機首の向きと高度にしたがってアプローチを行ったが、この結果滑走路スレッシュホールドの 5.5 海里 (10.2 km)手前の地点でローカライザ―信号をインターセプトしたため、グライドスロープに上から入ってインターセプトすることになった。この時点で既にリタードフレアモードに入っていたが、グライドスロープをインターセプトするためには推力を最小にする必要があるので、操縦クルーはリタードモード状態であることに気付かなかった。そしてクルーのワークロードが増えた。このように種々の理由により高度が1,000 フィート (300 m)を下回った段階で、「安定したアプローチ (stabilized approach)」状態になっていなかったので、クルーはこの時点でゴーアラウンドを行わなくてはならなかった。右側電波高度計のデータを使用する右側オートパイロットはグライドスロープ信号に従った高度を維持しようとしたが、スロットルがアイドルのままなので対気速度がどんどん下がり、ピッチが上がって（機首上げ）いった。クルーらは、スティックシェーカーが動作するまで対気速度が下がっていることとピッチが上がっていることに気付かなかった。この結果正しい回復機動ができず失速に陥り墜落した。
当該B737-800型機のオートスロットル機構 (A/T) には、A/P システムと協調動作する「リタード フレア モード (Retard Flare Mode)」と呼ばれる機能が備えられている。これは着陸接地寸前にスロットルをアイドルにして、さらに僅かに機首を上げるフレア操作を自動で行うもので、予めこのモードをセットしておくことにより、1) 電波高度計指示値が27 フィート (8.2 m)以下、2) フラップが12.5度以上展開されている、3) オートスロットルがスピードモードとなっており、かつ、4) 目標高度をセットしてそれに向かって降下 / 上昇あるいは高度維持する設定がなされている状態ではない、といった条件が揃うと自動的に起動する。リタード フレア モード状態では、スロットルは自動でアイドル位置に移動する。パイロットはスロットルを手動で強制操作することはできるが、手を放すと再びアイドルに戻るようになっている。またこのモードが起動すると PFD 上に "RETARD" と表示される。ローカライザをキャプチャーした段階で、機体は滑走路延長線上に位置し、機首も滑走路に正対した状態だったが、高度が高すぎてグライドスロープの上側に外れていた。これは、管制によるコース誘導が、公示された標準的コースよりもややショートカット気味の経路であったため、標準より滑走路に近い位置で滑走路延長線上に達したためだった。このことにより本来なら高度2,000 フィート (610 m)のまま飛行しながらグライドスロープを下側からキャプチャーするはずだったものが、グライドスロープの上側に位置することになったため、さらに降下しながらキャプチャーをしなくてはならなかった。副操縦士はバーチカルスピード (V/S) モードで目標高度をセットし直し、最終的には毎分1,400 フィート (430 m)で降下を行った。このとき機長と副操縦士両方の PFD には A/T がリタードフレアモードになったことを示す “RETARD” の表示が現れ、スロットルレバーが自動的にアイドル位置に移動した。
離陸時からこの時点までは、当該機には2系統備えられたオートパイロット (Auto Pilot, A/P) のうち操縦担当パイロットである副操縦士（右側）席のそれのみを使用してきたが、トルコ航空の内規により着陸アプローチ時には左右の両席の A/P 両方を使用することとなっていたため、副操縦士は左席の A/P もエンゲージ（接続して機能させること）させようとしてボタン操作を行った。だがこのボタン操作で機長席（左）側 A/P のエンゲージはできず、逆にこれまでエンゲージしていた右側 A/P まで解除されてしまった。このため、改めて右側席の A/P だけを単独でエンゲージし、この状態でアプローチを続行することにした。10時23分34秒にフラップを5度、速度を170 ノット (310 km/h)に設定したが、その際にも着陸脚の警報がおよそ5秒にわたり鳴った。このときも機長席の電波高度計指示値は「−8 フィート (−2.4 m)」となっていた。直後にギアダウンを行い、次いでフラップ角15度で速度を160 ノット (300 km/h)にセットした。ギアダウンを行ったので、これ以降着陸脚の警報は鳴らなくなった。10時24分9秒にローカライザ信号（滑走路中心線に対して左右の変位情報を与える）をキャプチャーし、これ以降機体はローカライザ信号を自動で追従するようになったが、その直後に機長席の PFD からロールバーとピッチバーの表示が消えた。
チャレンジャー2のプラットホームは、チャレンジャー1から大幅な変更はされていないため、外見はさほど変わらない。しかし、砲塔は再設計されており、問題の有った暗視装置の位置を砲塔の右から砲塔前部中央上面（主砲基部上に同軸配置）に移動し、前・側面装甲の改善を実施している。また、ステルス性の付与という情報もある。主砲をL11A5から新型のL30A1 55口径120mm（4.724インチ）ライフル砲に換装している。これは、エレクトロスラグ再溶解鋼によって製造されているため主砲自体がかなりの強度をもっており、砲身内はクロミウム合金によって裏打ちされている。砲身の先端には砲口照合装置（マズル・レファレンス・システム）の反射鏡が、また、中間には排煙器が取り付けられている。砲身の指向は電動式で、ジャイロによって安定が保たれている。ライフル砲が採用されたのは、イギリス陸軍で粘着榴弾（HESH）の装備が続いていることに起因しているが、APFSDSなどの装弾筒付弾薬と比べて射距離が長いこと、建物や装甲の薄い目標に対して効果があること、劣化ウラン弾およびタングステン弾よりも安価であること、ライフル砲は一般的に滑腔砲より命中精度が高いことなどがあげられる。搭載弾薬は劣化ウランAPFSDS・タングステン合金APFSDS・HESH・煙幕弾のいずれかを選択できる。間もなく劣化ウランAPFSDSのCHARM 1は改良されたCHARM 3で代替され、タングステン合金APFSDSもCHARM 2が導入される。イギリスでは慣例となっている弾薬分離式であるが、射撃速度の低下には至っていない。また、装薬が装甲化された保管庫に入れられているため、生存性の向上に繋がっている。主砲左に同軸でL94A1 EX-34 7.62mm チェーンガンが装備されている。対空用にもL37A2 7.62mm機関銃が装填手ハッチ前部に装備されており、7.62mm弾薬は4,200発が搭載されている。