1986年7月、第38回衆議院議員総選挙に自由民主党公認で旧兵庫3区から出馬し、初当選。羽田派に所属し、1993年の宮澤改造内閣不信任決議では賛成票を投じる。内閣不信任決議案を可決された宮澤喜一首相は衆議院を解散し、自民党を離党した羽田孜・小沢一郎らが新生党を結党。井上も新生党結党に参画した。細川内閣、羽田内閣を経て、非自民連立政権はわずか10ヶ月で幕を閉じ、新生党は公明党や民社党、日本新党を糾合し新進党が結党される。1996年、小選挙区比例代表並立制導入後初めて実施された第41回衆議院議員総選挙では兵庫4区から出馬し、4選。新進党解党後、井上は小沢一郎党首が率いる自由党に参加した。1999年、自由党は与党に加わり自自連立政権の小渕改造内閣を樹立するが、2000年4月、自由党は連立政権からの離脱を決定。これに反発した井上や海部俊樹元首相、二階俊博、野田毅、小池百合子らは袂を分かち、保守党を結党。井上は同党政務調査会長に就任する。2002年、民主党を離党した熊谷弘元内閣官房長官や山谷えり子が保守党に加わり、新たに保守新党を結成する。井上は保守新党政務調査会長に就任。2003年9月、第1次小泉再改造内閣で内閣府特命担当大臣（防災担当）に就任し、初入閣した。防災担当相のほか、有事法制の成立に向け、「事態対処法制の整備を円滑に推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」もあわせて担当した。2003年11月の第43回衆議院議員総選挙で、保守新党は11人の候補を擁立するも、当選者は井上を含む4人に留まる大敗を喫し、党首の熊谷弘も落選。選挙後、保守新党は解党して自民党に合流し、井上は10年ぶりに自民党に復党した。復党後、保守新党幹事長だった二階俊博が会長を務める二階派に所属。第45回衆議院議員総選挙に兵庫4区から出馬するも、民主党新人の高橋昭一に敗れ、比例復活もできず、落選した。2010年11月、旭日大綬章を受章。翌月16日、肺炎のため加西市内の病院で死去した。
農林水産省では大臣官房審議官、統計情報部長、構造改善局長を歴任。また一時期、農水省の外局にあたる水産庁で海洋漁業部長を務め、対米・対ソ漁業交渉に臨んだ。
豊田郡大崎上島町木江以北で狭隘箇所を残している広島県道65号大崎上島循環線の迂回路として利用されている。本土（竹原・安芸津）から大崎上島に入った場合、旧木江町中心部に行く最短経路でもある。旧東野・木江町境付近の大崎隧道は狭いため1982年（昭和57年）に新トンネルに付け替えられた。旧トンネルは現トンネルの西側に残されているが、封鎖されていて通れない。路線名称は「広島県道358号大田木江線」と記載している資料もある（木ノ江という地名は1943年（昭和18年）まで町名として使われていた）。
がんという病気を理解しようとする人たちは古代からおり、悪戦苦闘が繰り広げられてきた。（上述のごとく）Cancerという言葉の歴史は古いもので、古代ギリシア語のKarkinos カルキノス（＝カニ）に由来している。あちこちに爪を伸ばし食い込んでゆく様子を、その言葉で表現したのである。がん研究、腫瘍学を指す「Oncology」という言葉も、古代ギリシア語のOncos オンコス（＝塊 かたまり）を語源としている。紀元前1500年頃に書かれたエーベルス・パピルスにも癌に関する記述がある。古代ローマのガレノス（2〜3世紀ごろ）は、がんは四体液のひとつの黒胆汁が過剰になると生じる、と考えた。（ガレノスというのは1500年ころまでは、医学の領域で「権威」とされた人物である）。ガレノスの後継者のなかには、情欲にふけることや、禁欲や、憂鬱が原因だとする者もいた。また同後継者には、ある種のがんが特定の家系に集中することに着目して、がんというのは遺伝的な病苦だ、と説明する者もいた。18世紀後半をすぎるころになると、がんの一因として環境中の毒（タバコ、煙突掃除夫の皮膚につく煙突の煤、鉱坑の粉じん、アニリン染料が含有する化学物質 等）もあるのでは、とする説が、多くの人によって提唱された。19世紀なかごろに、フィラデルフィアの名外科医のサミュエル・グロスは「（がんについて）確実にわかっていることは、我々はがんについて何も知らない、ということだけである」と書いた。そして、そのような「何も知らない」という状況は、19世紀末の時点でも、ほとんど変わっていなかった。その後1世紀ほどを経た現在、がんについてある程度のことは分かったと言える状態になった。だが、その理解は一気になされたわけではなく、理解が進むたびに研究者の間で新たな疑問が登場し、科学的な知識が徐々に増えてきた、という状態なのである。がん研究は研究者たちにとって、多くの困難と挫折に満ちたものであった。20世紀初頭には、「感染症は特定の微生物によって引き起こされる」という説を支持する例が実験によって多数確認されため、他の病気も容易に解明されるだろうと考えたり、がんも解明されるだろうと予想する人は多かった。だが、そのような予想は安易すぎたのである。1955年、オットー・ワールブルクは、体細胞が長期間低酸素状態に晒されると呼吸障害を引き起こし、通常酸素濃度環境下に戻しても大半の細胞が変性や壊死を起こし、ごく一部の細胞が酸素呼吸に代わるエネルギー生成経路を昂進させて生存する細胞が癌細胞となる説を発表した。酸素呼吸よりも発酵によるエネルギー産生に依存するものは下等動物や胎生期の未熟な細胞が一般的であり、体細胞が酸素呼吸によらず発酵に依存することで細胞が退化し癌細胞が発生するとしている。