城主たけしとの決戦へたどり着くまでに、8種～9種の難関（ゲーム）が待っている。番組開始から終了まで100以上のゲームが作られた。「○○でポン」と名の付くゲームがいくつかあるのは、桂プロデューサーがかつて手がけた番組「笑ってポン!」に由来する。難関の前には、たけしと家老のやりとりが放送された。各難関は家老が紹介し、たけしがツッコミを入れるのがパターンであった（番組末期ではこのパターンは割愛された。）。各難関は基本的に生き残っている攻撃軍の全員が挑戦するが、撮影時間、挑戦者の人数・体力を考慮して失格者が定数に達した時に、その他の出場者は不戦勝として次に進めることもあった。よって概ね4～5つほどのゲームをクリアすればカート戦行きとなる。2つ～3つの難関を同時に収録する事もあるため、谷隊長が不在となる場合もある。難関によって水浸しになったり泥まみれになる事も多かったが、収録現場にはシャワールームや更衣室、休憩室を兼ねたプレハブなどが設置されていた。戦場レポーターによりこれらの施設が紹介された事もあった。なお基本的に難関は屋外設置だが、「まさかのドミノ」などのように隣接するスタジオ内設置のものもあった。
ビートたけしが城主を務める難攻不落の「たけし城」を落とすため、毎回約100人の一般応募者からなる攻撃軍を谷隼人“隊長”が率い、緑山スタジオに作られた、たけし軍が仕掛けた数々の難関（ゲーム）を攻略する。「子供の頃の原っぱでの冒険ごっこや泥遊びを再現したかった」という趣向で番組の企画にはたけし自ら携わり、セットには総工費1億円がかけられた（番組内では「20世紀最大の工事だった」と喧伝された）。スペシャル版として、谷隊長に城を奪われたたけしやたけし軍団が奪還のため挑戦者となる回や、都道府県選抜・外国人・女子大生・中高生大会や、ペアで挑戦する親子・カップル大会などが行われた。番組冒頭ではたけし城をバックにタイトルロゴが表示され、ナレーターの宮内鎮雄（当時TBSアナウンサー）によるタイトルコールと「天を突きそびえ立つこの城を、人は「たけし城」と呼ぶ。今まさに、この城を巡って、壮絶なる戦いの火蓋が切って落とされようとしていた」というナレーションが流れる。その後は攻撃軍に追われて逃げるたけし軍の映像の後に、画面9分割による出場者紹介があり、全員の顔が映し出された。外国人・コスプレ参加者など特筆すべき挑戦者はゲーム開始前に谷隊長によって紹介された。難関を攻め行くうちに攻撃軍は次々と脱落し、最終的に勝ち残り城主たけしを討ち落とした者が賞金100万円を獲得するルールだが、最後まで勝ち残る者は少数だった。
こうした列車は団体臨時列車と呼ばれ、JRを中心に貸切運転での使用を目的とした車両（ジョイフルトレインが好例）も存在する。旅行会社がツアー開催のために貸し切るほか、学校など教育機関が遠足や修学旅行目的で貸し切ったり、大学などの鉄道サークルが貸し切ることもある。お召し列車も広義の団体臨時列車と言える。近年では、JRや私鉄各社がリバイバルトレインを団体臨時列車扱いで走らせることも多い。テレビ局や映画制作会社が撮影のために列車を走らせることもある（「ロケ列車」と呼ばれる）。この場合は蒸気機関車が使われることが多く、数多くの蒸気機関車や旧型客車を保有している大井川鐵道ではよく見られる。また、鉄道撮影をする鉄道ファンが撮影だけを目的に、地方の中小私鉄で機関車や貨車など非営業用の列車を貸し切って走らせることもある。
『マイティジャック』打ち切り後、放送枠を変え、子供向け30分番組として製作され、大幅な設定変更が行われた。また担当プロデューサーが『忍者部隊月光』を手掛けた新藤善之に交代、キャストも大幅に入れ替わり、『月光』のレギュラーだった山口暁、渚健二が新たに起用されている。スタッフでも『月光』はじめフジテレビの特撮作品に多く携わっている監督の土屋啓之助、アクショングループ「J・F・A」を起用するなど、フジテレビ側の意向が強く働いたものとなった。本来26話予定であった「マイティジャック」は13話で打ち切られた。30分番組枠となった「戦え! マイティジャック」で「残りの13話分を完全に放送したい」と言う観点から、「1時間番組が30分になったのだから、放送回数は13回では無く、2倍の26回にして欲しい」と円谷特技プロがフジテレビと交渉し、放送期間を2クールにしてもらったとスタッフは証言している。第9話から第11話にかけては、提携局の東海テレビの招きで中部地方ロケが行われた。マイティ号や敵組織Qの存在等の基本設定は変わらないものの、マイティジャックの位置付けを企業の私兵から公的な国際機関「アップル」の下部組織に変更し、レギュラー隊員が11人から5人に変更。2クール目からは毎回怪獣が登場するスタイル「なんでもぞくぞくシリーズ」に再度の路線変更が行われた。原則として「敵側にはマイティ号に相当する万能戦艦を配置しない」という文芸上のポリシーが存在する。1クール目では「Q」に続いて「キル」や「ブラッド」など、多彩な謀略組織が登場するが、構成員はすべてQと同じユニフォームを着用している。実際の作品では第1話でアップルに加わった直後のような台詞があったが、その後第21話のエピソードでは天田のアップルでの訓練生時代が描かれたように、整合性が取れていない（あるいは放送中に設定が変わった）部分がある。隊員は各自「ジャッキーカード」というIDカードを所持しており、都内各所の秘密の扉を開けるキーにもなる。「了解!」を示すものとして、「S・M・J!」（“Yes,Sir”と“Mighty Jack”を基にした造語）の合言葉が使われた。また、第6話のオープニングから隊員の役名表示がカタカナ表記に変更されている。未製作に終わったコメディ作品『ウルトラ・セブン』用のぬいぐるみを用いたバッキーを始め怪獣・宇宙人は改造流用も多い。新造形のザウルスやビッグQの造形は、バッキー同様高山良策の手による。最終話でのQの湖底基地は『ウルトラセブン』未使用カットを一部流用した。