1570年、ヤーノシュ2世はフェルディナーンド1世の跡を継いでいたハプスブルク家のミクシャ1世とシュパイアー条約を結んだ。ヤーノシュ2世はハンガリー王位を放棄してミクシャ1世を唯一のハンガリー王として承認した。ここに東ハンガリー王国は消滅した。その代償として、ミクシャ1世はヤーノシュ2世を「トランシルヴァニアおよびハンガリー王国の一部（パルティウム）の公」 (princeps Transsylvaniae et partium regni Hungariae dominus; that is, "Prince of Transylvania and Lord of part of the Kingdom of Hungary") として認めた。翌1571年、ヤーノシュ2世は死去した。シュパイアー条約は、ナジヴァーラド条約と同様に統一ハンガリーという存在の裏付けとなった。トランシルヴァニアおよびパルティウムの公ヤーノシュ2世が、ハンガリー王ミクシャ1世の臣下と規定されたからである。パルティウムは以前からサポヤイ家が支配していたが、ハプスブルク家はこれを公式に認めた。この面から見ると、ヤーノシュ2世は称号を捨て領土を獲得したといえる。こうして成立したトランシルヴァニア公国は、結局ヤーノシュ2世の跡を継いだバートリ・イシュトヴァーン以降ハプスブルク家から離れ、再びオスマン帝国に貢納するようになった。オーストリアとオスマン帝国の間の対立に、トランシルヴァニア公国に対する宗主権の争奪という要素が加わることとなった。
1556年、トランシルヴァニアの貴族はヤーノシュ2世をポーランドから呼び戻し、セベシュでトランシルヴァニア公・ハンガリー王に再選出した。1568年、ヤーノシュ2世はトゥルダの勅令を発し、当時としては極めて広範な信教の自由を認めた。
アメリカ海軍所属の原子力潜水艦、USSアレジエンスはボーフォート海を航行中に、海底で信号を発信する物体を発見した。アメリカ太平洋軍の命令を受けたアレジエンスはその物体を破壊しようとした。しかし、その物体は突如高周波を発し、アレジエンスを操舵不能に陥らせた。スカリーは自分の部屋にやって来たモルダーが偽物だと見抜くが、モルダーに変装したバウンティハンターに殴られて気絶してしまう。本物のモルダーがスカリーの部屋に駆け付けるも、一歩遅かった。サマンサによると、バウンティハンターはスカリーと自分の身柄の交換を求めてくるという。また、バウンティハンターを殺すには首の付け根を突き刺すしかなく、もしそこを外してしまうと、エイリアンの有毒な血液が噴出して周囲の人間が死ぬのだという。さらに、サマンサは中絶医として勤務していたクローンたちが、実はエイリアンの遺伝子を受け継いでいることを明らかにした。彼らは人間の胎児の組織を得るために中絶医として勤務していたのである。エイリアンは1940年以降、地球への入植を目指しているのだという。しかし、エイリアンはクローン作製を自らの種の純潔を汚すものとみなしたため、バウンティハンターを送り込んでクローンを抹殺しようとしているのだという。そのとき、スキナー副長官が2人に生存していたクローンたちが行方不明になったことを告げに来た。そこに、スカリーから電話がかかって来る。サマンサの言う通り、バウンティハンターはスカリーとサマンサの身柄の交換を要求してきたのである。モルダーとサマンサはベセスダにある橋へと向かった。その橋の近くには、スキナーとFBIの狙撃手がバウンティハンターを仕留めるために身を隠していた。身柄の交換が終わった後、サマンサはバウンティハンターにつかみかかった。この隙を突いて狙撃手がバウンティハンターを撃ったが、2人とも川に落ちてしまった。呆然自失となったモルダーだが、妹を守れなかったことを両親に謝罪する。父親はモルダーにサマンサからのメモ書きを渡した。そこにはメリーランド州にある病院の住所が書かれていた。モルダーはサマンサが生きていることを願っていたが、スカリーからの電話でサマンサの死体が見つかったことを知る。スカリーが電話を切った後、サマンサの死体は溶けて緑色の液体になっていた。その頃、モルダーはメモ書きにあった病院にいた。そこで、モルダーはサマンサのクローンたちに会った。クローンたちはそこで研究員として働いていたのである。クローンはモルダーに「私たちのうちの1人をサマンサと称してあなたの下に送り込んだの。せめてオリジナルのクローンだけでも守りたかったから。」「私たちはサマンサがどこにいるのか知っているわ」と明かす。自分が騙されていたことを知ったモルダーは、怒りのあまりクローンの頼みを断りその場を去ろうとした。しかし、その途中でバウンティハンターに殴られ気絶してしまった。クローンたちを殺したバウンティハンターは病院に火を放った。駆け付けた消防隊によって、モルダーは救出された。焼け跡を調べても、クローンが殺された証拠はもちろん、クローンが存在した証拠も出てこなかった。ジョン・F・ケネディ・センター。モルダーはミスターXと会い、彼からバウンティハンターの居場所を聞き出そうとした。Xはバウンティハンターが乗っていた宇宙船はボーフォート海で見つかったが、アメリカ海軍によって既に隠滅されたと告げる。モルダーはスカリーに「自分の後を追うな」というメールを残した後、単身北極海へ向かった。そのメールを見たスカリーはスキナーに協力を求めたが、彼に断られた。モルダーのアパートの窓にXの文字を見つけたスカリーはそれを利用してミスターXと接触することに成功する。しかし、Xはスカリーに情報を渡すことを拒んだ。Xが帰ろうとしたとき、スキナーと遭遇してしまった。激しくもみ合った末、スキナーはXからモルダーに関する情報を入手することに成功する。その頃、モルダーは北極海でアレジエンスを発見した。アレジエンスの内部に侵入したモルダーは生存者を発見する。その生存者はバウンティハンターの変装であった。モルダーはバウンティハンターを銃撃したが、急所を外れたために有毒の血液に触れてしまった。モルダーが気を失う直前、バウンティハンターはサマンサが生きていることを明かした。バウンティハンターはモルダーを外に放り出し、アレジエンスで逃走した。救助隊に発見されたモルダーは直ちに野戦病院に運び込まれた。当初、医師たちはモルダーの体温を上昇させようとしていたが、エイリアンのウイルスは低温化で死滅することを知っていたスカリーの主張を容れて、モルダーを氷水を張ったバスタブに入れた。モルダーは無事生還することができた。スカリーはエイリアンのウイルスを科学的に分析したが、そのウイルスがどこから来たのかまでは分からなかった。また、バウンティハンターとアレジエンスの行方もつかむことができなかったという。モルダーは意識を取り戻すと、スカリーに「今回経験したことは自分が探し求めていた答えではなかったが、探し続けることへの信念を取り戻すことができた。」と語った。