過去の調査・研究との関わりから軍部との関係も深まり、明治37年の日露戦争開戦期からは愛橘と陸海軍との共同調査・研究がより緊密となった。日露戦争期の愛橘は海軍水路部が担当した地磁気測量で、初頭からその指導の中心的な役割を果たした。また陸軍からは、旅順攻囲戦時に敵情視察の為の繋留気球の制作を依頼される。これが愛橘と航空研究の出会いとなった。愛橘は中野の陸軍電信隊内に新たに設置された気球班で気球研究を始め、陸軍砲工学校教官を兼務していた藤沢利喜太郎を経て制作および運用法を指導した。気球の制作は難航するが試行錯誤の末に完成させ、その気球は旅順戦で使用された。この功績により従軍記章、勲章と賞金が下賜された。明治39年（1906年）9月に帝国学士院会員となる。明治40年（1907年）8月にパリで開かれた国際度量衡総会に出席する。この場でフランスはラ・パトリーと名付けた飛行船を会場の上に飛行させ、それを見た愛橘は衝撃を受けた。また、英国の研究者から航空力学の本が愛橘に寄贈された。これらにより愛橘は航空研究を一層深めることとなった。会議後の愛橘は国際会議に参加するたびに欧州各国の航空研究事情を調べて回り、航空条約会議に出席するなどして情報の収集に努めた。翌明治41年（1908年）、帰国した愛橘は日本で初となる風洞を大学の研究室に作成した。この風洞には長持が用いられた。愛橘は長持の2か所に穴を開け一方の穴から他方の穴へ向けて風を送り、中に模型を吊るして長持の側面に設けたガラス窓からその様子を観測した。明治42年（1909年）7月、航空研究に関心を持つ陸海軍が田中舘の研究室を訪問したことが契機となり、陸海軍の共同で臨時軍用気球研究会が創設される。研究会に招請を受けた愛橘は委員となって関与し、飛行機の買い付けの為欧州を巡った。この頃、陸軍から助成費を受けてプロペラによる気流攪乱の研究を行っている。同年12月、駐日フランス大使館附武官のル・プリウール、相原四郎海軍大尉によるグライダー製作に協力、同機は上野の不忍池畔で有人飛行に成功し、動力がないとはいえ日本で最初の近代的航空機となった。臨時軍用気球研究会は研究施設として飛行場用地の獲得を求めた。愛橘はこの為の調査を行い複数の候補地の中から埼玉県の所沢町を選出して薦めた。これにより明治43年（1910年）4月に臨時軍用気球研究会所沢試験場が開設された。これが日本で最初の飛行場である。同月には航空事業を視察するため欧州への出張を命ぜられている。大正4年（1915年）、貴族院の有志に対して航空機の発達及び研究状況を講演し、11月には『航空機講話』を発行して世間の人々に対しても知見の流布に努めた。
芸藩通志、賀茂郡の条に「礒部氏、寺家村、先祖礒部左近秀実、佐々木盛綱七世の孫にして建武年中上野国磯部より此に来りて里社の奉祀となる。」「また、この氏人ならむと思はるる礒部氏がこと、太平記巻の二十七に見ゆ。いはく。かかりし後はいよいよ師直権威重く成て、三条殿方の人々は面を低れ眉をひそむ。中にも右兵衛佐直冬は、中国の探題にて備後の鞆におはしけるを、師直近国の地頭・御家人に相触て討ち奉れと申し遣はしたりければ、同九月十三日、杉原又四郎二百余騎にて押寄たり。にわかの事なれば防ぐべき兵も少なくて、直冬朝臣すでに誅せられ給ひぬべかりしを、礒部左近将監が若党散々に防ぎけるが、いづれも屈強の手だれにて志ざす矢坪を違へず射ける矢に、十六騎に手負て、十三騎馬よりさかさまに射て落としたり。」とある。この芸藩通誌にある礒部家は現在も続いており、「いそべ」の字を「礒部」としているので、ここではそれに従った。また、この礒部家では、分家を出すと必ずその分家は滅ぶと言い伝えており、継嗣以外の兄弟は他家へ養子へ出されてきた経緯が有り、安芸国近郊には分家は存在しない。ただし、例外として、下記の江戸幕臣磯部家のように、遠方への同家支流は存在するようである。系図　　　　　　┃　　　　佐々木盛綱　　　　　　┃　　　　 加地信実（佐々木信実）　　┏━━━╋━━━━━━━┳━━━━━┳━━━━━┓ 　実秀　　礒部秀忠　　　　時秀　　　　信重　　　倉田義綱(加地氏へ) ┃ 　　　　（新発田氏へ）（竹俣氏へ）　　　　　　　 秀綱　　　　　　┃　　　　　 景秀　　　　　　┃　 　　　　景光  　　　　　　┃　 　　　　秀実(神官となる、安芸国にあり) 　　　　　　┃ 　　　　　(数代略) 　　　　　　┃　　　　　 秀純(毛利元就が鏡山合戦の砌七日七夜祈祷した)　　　　　　┣━━━━┳━━━━┓ 　 　 　　重興　　　景純　　　重徳　　　　　　┃　　　(毛利家臣)(毛利家臣)