レーニンはもはやグルジアにおける対立の苦々しさを見過ごすことができず、オルジョニキーゼに対する批判を爆発させた。1922年11月後半、レーニンはヴェーチェーカー長官ジェルジンスキーをトビリシに派遣し、問題を調査させた。ジェルジンスキーはスターリンとオルジョニキーゼに共鳴し、結果として、レポートにおいて、二人の活動がかなり穏やかであるというイメージをレーニンに与えようと試みた。しかし、レーニンはグルジア問題をめぐるスターリンたちの振る舞いに疑念を抱いた。レーニンはまた、外国や他の諸ソヴィエト共和国で起こりうる抗議（negative outcry）を恐れてもいた。1922年後半、レーニンは、オルジョニキーゼとスターリンが非ロシア諸国に対して大ロシア主義を押しつけた点で罪があることを認めた。彼は今やスターリンとその強制的な中央集権政策がいよいよ危険であると考え、お気に入りであったスターリンと一挙に決別することを決断したのである。それでも、レーニンのグルジア問題に対する疑念は根本的なものではなかった。そしてレーニンの病が悪化するにつれ、グルジア指導者たちは強く団結できないまま取り残されていき、グルジアがザカフカース連邦へと押しやられていくのを眺めていた。ザカフカース連邦はロシア共和国、ウクライナ共和国、白ロシア共和国とともに協定に署名し、1922年12月30日にすべてを新たなソビエト連邦に統合するものであった。ムディヴァニとその支持者たちを解任するという政治局の1923年1月25日の決定は、オルジョニキーゼとその支持者たちの最終的な勝利を表す出来事となった。
グルジアにおけるソビエトの統治は、1921年2月から3月にかけての赤軍の軍事行動によって確立した。この軍事行動は主に、ソヴィエト・ロシア内で強い影響力を持ったグルジア出身の二人の党員、ヨシフ・スターリン（当時はロシア共和国の民族問題人民委員）とセルゴ・オルジョニキーゼ（ロシア共産党のザカフカース地方委員会（Zaikkraikom）書記）によって主導された。グルジアの命運に関するボリシェヴィキ内部の意見不一致は、赤軍の侵攻よりも前から存在した。スターリンとオルジョニキーゼはメンシェヴィキ中心の政府が主導するかたちで独立グルジアを早急にソヴィエト化するよう主張したのに対し、トロツキーは「蜂起を醸成し、後に彼らを助けるため、グルジア内で作業を行ういくらかの事前準備期間」を置くことに賛同した。レーニンはグルジア侵攻の帰結について曖昧な態度であった。国際的な成り行きとトルコのケマル政権による危機の可能性を恐れていたのである。1921年2月14日、レーニンは最終的にグルジアへの介入を承認したが、後に、カフカースからの明確で一貫性のある情報が不足していたことに繰り返し不平を言った。新たに確立されたソヴィエト支配に対する反発の広がりを十分に意識していたレーニンは、軍が強制した体制に反発心を持つグルジアのインテリゲンツィアや農民が和解できるような政策を好んだ。しかしながら、多くの共産党員はロシア内戦中に彼らの反対者に対して宣伝した手法を捨て、より柔軟な政策へ転換することに抵抗があった。フィリップ・マハラゼのような穏健派にとっては、レーニンのアプローチはソビエトの力のため幅広い支持基盤を確保する合理的な方法であった。穏健派は、メンシェヴィキの反対に対する寛容、党内におけるより大きな民主性、漸進的な国土改造、また何よりも、敏感な民族的感情とグルジアのモスクワからの独立への配慮を擁護したのである。対するオルジョニキーゼやスターリンのような共産党員はより強硬な路線を主張し続けた。彼らは反対勢力を完全に一掃し、新たにソヴィエト化された諸共和国の党の支配を中央集権化することを追求したのである。
第8次イゼルローン攻防戦においては衝撃で一度デスクから落ちても再び指揮デスクに上って座り直しており、そのスタンスは徹底されている
これは味方の将兵を安心させるために意図的に行うこともあった
テロリズムについて「歴史を変えることはできない」とかなり嫌悪感を込めた否定的発言を行っているが、一方で「停滞させることはできる」として脅威として捉えていた
自身が地球教団のテロによって倒れたことは作中の「後世の歴史家」によって歴史の皮肉として語られている
ヤンの死によって歴史が変わったかどうか、もしヤンが死なずにラインハルトとの会見が実現した場合、和平が成立したのか、あるいは決裂して最終決戦に至ったのかについては後世の歴史家の間でも意見が分かれている
ただし、当然のことながらヤンの意志としては和平成立が望みであり、後にユリアンがそれを実現させている
一方でヤンを暗殺した地球教団の意図としては和平阻止が目的であり、これによって「歴史が変わった」のであれば教団にとって皮肉な結果だったことになる
ラインハルトはヤン死亡の報に接して、これを伝えたヒルダが目の前にいるにもかかわらず取り乱し感情を激発させている
バーミリオン会戦後の対面時に勧誘したこととヤンの死を知った時の様子から、ラインハルトがヤンに対して単なる敵将にとどまらない思い入れを感じていることがうかがえる
同様に他の帝国軍幕僚も「自分達を油断させるための罠では無いか」と疑いを持ち、ヤンの死を容易に受け容れることが出来なかった
これは同時に復讐する機会を永遠に失ったことに対する怒りに近かった
なお、人格面におけるヤンとラインハルトの共通点としては私生活が質素であること、バグダッシュやフェルナーなど図々しく悪びれない人間に対する寛容などが挙げられる
ジョークについてのセンスを欠く点も共通している
一度ヤンがラッツェル大佐に披露した自作のジョークは、技巧の度が過ぎてウイットにもなっておらず、笑えないものであった
ただし、ラインハルトはユーモアのセンスそのものが貧弱であるのに対し、ヤンは表現力に問題があるだけという違いはある
また、ラインハルトほど極端ではないが、凡人の心理を理解出来ない一面があった
死後もヤン・ウェンリーの名は共和主義者の英雄として祭り上げられ、そのカリスマは彼の遺志を継いだユリアンらによって生前のヤン、そしてユリアンにとっても不本意ながらイゼルローン共和政府の権威の拠り所として活用されてゆくことになる
『銀河英雄伝説』が歴史小説の体裁を採っているため、一方の主人公であるラインハルトと同じく「後世の歴史家」の彼に対する評価が多々存在する
功績の偉大さのため、ハロー効果により人格までも神格化され「休んでいる時にもその脳裏では策略を練っていた」など明らかに過大評価されることがある一方、一部の歴史家からは「彼の無用な抵抗によりラインハルトの統一が遅れ、歴史に不必要の混乱と出血を招いた」として厳しい評価も下されている
また、本人が民主主義に対して多大な期待を寄せている一方、自分自身がトップに立って民主主義を擁護しようとはせず、あくまで「第二人者」以下の立場に固執しようとする姿勢を「覚悟が不十分であった」と批判されることも多い
ただし、ヤン本人はその種の批判に対し、「半数が味方になってくれれば大したものさ」と意に介した様子はなかった
また、選挙の投票日に酔い潰れて投票し損なうといった一個人・市民としての政治的義務さえ放棄してしまうような、本人は大いに恥じていたものの不真面目な面も見せている