サウスジョージア島に行くとすれば、ハリケーン並みの暴風と、悪名高いケープホーン・ローラーズと呼ばれる荒波が予測された。波の高さは60フィート (18 m) にもなると見られた。それ故にシャクルトンは3隻の救命ボートの中で最も重く最強のものである、艇長22.5フィート (6.9 m) のジェイムズ・ケアード号を選んだ。ワースリーの命令に従ってロンドンでホエールボートとして建造され、ノルウェーの造船業者コリン・アーチャーが開発した「船首尾同形」に設計されていた。シャクルトンは遠征隊の大工であるハリー・マクニッシュにこのボートを外洋を行くことができるように改装することを求めた。マクニッシュは間に合わせの道具と材料で即座にボートの改装に取り掛かり、舷側高さを挙げ、木材と帆布で間に合わせの甲板を作り、油性ペンキ、ランプの芯、アザラシの血液で防水加工を施した。船体はダドリー・ドッカーのマストを竜骨の長さにわたって内部に縛りつけて補強した。その後にメインマストとミズンマストを持ち、ラグスル（縦帆）とジブ（三角帆）を張るケッチとして艤装された。ボートの重量は約1トンのバラストを足して重くされ、シャクルトンが遭遇するものと考えていた荒海でも転覆する危険性を減らした。6人の隊員が1か月生存できるように物資が積まれ、そのことについてシャクルトンは後に「もし我々が1か月でサウスジョージア島まで達しなければ、そのときは我々は確実に破滅しているだろう」と記している。南極大陸横断のために用意されていた食料パックを積んだ。ビスケット、ボブリル（牛肉のエキス）、砂糖、乾燥ミルクが入っていた。18ガロン (68 L) の水2樽（そのうち1つは積み込み中に損傷し、海水に浸かった）、プリムス・ストーブ2個、パラフィン、石油、蝋燭、寝袋、および「幾つかのスペアのソックス」が積まれた。シャクルトンが最初に選択した同行者はワースリーとトム・クリーンだった。クリーンは「行くことを懇願した」とシャクルトンは記している。クリーンは1901年から1904年のディスカバリー遠征以来の仲間であり、ロバート・スコット大佐のテラノバ遠征にも従っており、不幸な結果になった南極点行隊には直前までついて行って引き返して来ていた。シャクルトンは、クリーンならば苦しい中でも最後までやり通すと信頼を寄せており、またワースリーのナビゲーション能力には絶対の信頼があった。特に困難な局面で役割を果たす能力が特筆された。ワースリーは後に「南極の冬が始まっていたので、我々はこれまで経験した中でも最大に困難なことを知っており、世界の中でも最悪クラスの海を渡ろうとしていた」と記している。ジェイムズ・ケアード号の残りの席には志願者を募った。多くの者が志願した中から、ジョン・ビンセントとティモシー・マッカーシーという屈強な船員2人を選んだ。最後の席には大工のマクニッシュを選んだ。「彼は50歳を過ぎているが（実際には41歳だった）、ボートの帆走には知識があり、しかも大変素早い」とシャクルトンはマクニッシュについて記している。ビンセントとマクニッシュは氷海からエレファント島までの困難な航海中に互いの価値を確認していた。二人とも幾らか扱いにくい性格であり、シャクルトンはその手元にトラブルメーカーになる可能性のある者を置いておこうと考えていた可能性がある。
革命の1ヶ月後、旧バティスタ派の人々に対する裁判が行われ、およそ600人が処刑された。ゲバラは処刑の責任者を務め、さらに政治犯収容所の建設を指揮した。この時迅速に処刑を決断したのは、「グアテマラ革命の失敗は、軍内部にアルベンスへの裏切りがあったため」と後に語っている。6月には通商大使として独立したばかりのアジア、アフリカ、東欧などを歴訪し、各地で熱狂的に迎えられた。帰国後、農業改革機構工業部長および国立銀行総裁に就任。農地改革と企業の国有化を進めた。1960年8月6日、カストロがアメリカの資本から成る石油関連産業を接収、国有化すると、これに対してアイゼンハワー大統領はキューバへの経済封鎖を行った。翌1961年4月にはケネディ大統領がキューバ侵攻作戦を認可したため、プラヤ・ヒロン侵攻事件が勃発し、アメリカに支援された傭兵軍がPBSUCCESS作戦後軍事独裁政権が続いていたグアテマラからキューバに侵攻したが、ゲバラはカストロと共に侵攻軍を破った。この事件の後、5月1日にカストロはキューバ革命の社会主義革命化を宣言した。ゲバラは各国に外遊を行い、8月にウルグアイのプンタ・デル・エステで開催された米州機構の総会では、ブラジルのジャニオ・クアドロス大統領から南十字星勲章を授与された。帰国後同年10月に、工業相に就任した。経済封鎖による資源不足、さらに社会福祉事業の無料化により経済が徐々に逼迫していく中、「生産効率の低下は人々の献身的労働によって補える」とし、自らも休日はサトウキビの刈り入れや工場でのライン作業の労働、道路を作るための土運び、建物のレンガ積み等、積極的にボランティアに参加した。しかしこうした行動も経済を好転させるには至らず、理想主義的なゲバラは徐々にキューバ首脳陣の中で孤立を深めていった。1964年12月11日、国連総会にキューバ主席として出席。演説の中でこう述べた。我らの人民は声を上げた、“もう十分だ”と。この偉大な人民の行進は、真の独立を勝ち取るまで続く。あまりにも多くの血が流されたからだ。代表の皆さん、これは、アメリカ大陸における新たな姿勢だ。我らの人民が日々上げている、叫び声に凝縮されている。また全世界の民衆に支持を呼びかける叫びだ。特にソ連が率いる社会主義陣営の支持を。その叫びとは、こうだ――“祖国か、死か！” — 1964年12月11日、国連総会にて1965年1月、各国との通商交渉のために外遊を行う。2月27日に独立の過程によりキューバの盟友だったアルジェリアのアルジェで行われた「第二回アジア・アフリカ経済会議」において、ベン・ベラ大統領と共に起草した演説を行い、当時、キューバの最も主要な貿易相手国だったソビエト連邦の外交姿勢を「帝国主義的搾取の共犯者」と非難し、論争を巻き起こした。3月に帰国後、キューバ政府は「ゲバラをキューバ首脳陣から外さなければ物資の援助を削減する」旨の通告をソ連から受ける。これを受けてカストロにキューバの政治の一線から退くことを伝え、カストロ、父母、子供たちの三者に宛てた手紙を残してキューバを離れた。このことはしばらくカストロの側近以外には知らされず、半年後の10月3日のキューバ共産党大会においてカストロが手紙を読み上げたことで、初めて世人に知られることとなった。