ダナシリの父エル・テムルはイェスン・テムル・カーンの没後にトク・テムル（後の文宗ジャヤート・カーン）を推戴して天暦の内乱を起こした張本人であり、内乱の勝利、トク・テムルの兄コシラの毒殺などの功績によりトク・テムルの即位を実現した。これらの功績によりエル・テムルはジャヤート・カーンを事実上の傀儡とし、絶大な権勢を振るった。しかし、ジャヤート・カーンは死の間際において兄コシラを毒殺して即位したことを悔い、コシラの遺児トゴン・テムルを後継者とするよう遺言して亡くなった。エル・テムル自身はジャヤート・カーンの遺児エル・テグスを新たなカーンとするべく準備をしていたが、皇后ブダシリとバヤンは遺言をたてにエル・テグスの即位を認めず、両者の妥協案としてまずはトゴン・テムルの弟で生後間もないリンチェンパル・カーンが即位することになった。ところがリンチェンパル・カーンは即位後わずか1か月余りで崩御し、また後を追うようにエル・テムルも亡くなったため、ブダシリとバヤンの意向に沿ってトゴン・テムルがウカート・カーンとして即位することになった。エル・テムルの死によってエル・テグス推戴が失敗したとはいえ、エル・テムルの後を継いだタンキシュの勢力はいまだ強く、ウカート・カーンの即位から2か月後、タンキシュは自らの姉妹ダナシリを第一皇后とすることで父の権勢を引き継ごうとした。しかし、時を経るにつれてバヤンの地位は盤石なものとなってゆき、エル・テムル家の権勢は相対的に下落した。1335年（元統3年/至元元年）、このような状況に不満を抱いたタンキシュは、モンケ家のコンコ・テムルらと組んでクーデターを計画したが、郯王チェチェクトゥの告発によって事前に露見し、タンキシュの一族はバヤンによって捕らえられ処刑された。タンキシュの弟の一人タラカイのみはダナシリの下に逃れ、ダナシリは自身の衣服でこれを隠そうとしたが、結局は引きずり出されて殺された。また、バヤンは兄弟が反逆を企んでいたのに皇后ダナシリのみが無関係ということはありえない、と主張してダナシリをも捕縛した。バヤンに捕らえられた時、ダナシリはウカート・カーンに「陛下、我をお救い下さい」と懇願したが、ウカート・カーンは「汝の兄弟が大逆をなそうとしたというのに、どうして汝を救うことができようか」と述べるのみであったという。捕らえられたダナシリは皇后の地位を剥奪され、上都開平府の民家に幽閉された。それからわずか2か月後、バヤンの命によってダナシリは毒酒によって開平で殺された。ダナシリの死によってエル・テムルの一族は完全に断絶した。
戦後、毛利一門は大減封されたが、輝元より長門国豊浦郡と厚狭郡に6万石を分知されて櫛崎城に移り長府藩主となり、東の周防国岩国領に封じられた吉川広家と並んで西の守りを任された。当初は輝元の信任と広家の後見を受けた福原広俊が本家の長州藩の政治を任されたが、藩政を仕切った広俊とは不仲で、慶長10年（1605年）に萩城築城中に起こった熊谷元直・天野元信殺害事件（五郎太石事件）に絡んで広家・益田元祥と和睦した。慶長14年（1609年）に正室の大善院が死去したことから、慶長18年（1613年）に継室として徳川家康の養女を娶る。同年に広俊と共に若年の秀就の後見を行い、大坂の陣にも参戦するなど江戸幕府から信頼を得ることにも尽力した。しかし一方で、他の家臣団に内密で輝元や秀就、宍戸元続と共謀して内藤元盛（佐野道可）を大坂城に入城させた疑惑があり、それを知った広俊は広家宛の手紙で秀元を非難している。事件発覚後の慶長19年（1614年）に吉川広家は嫡男の広正に家督を譲って隠居、大坂の陣後の元和2年（1616年）に福原広俊も辞任、代わって秀元が秀就の名代として幕府との折衝を務め、老中・土井利勝と結んで藩政に積極的に関与していった。元和9年（1623年）4月20日に2代将軍・徳川秀忠から仕置を行うよう命じられ、9月23日に輝元が秀就に家督を譲って隠居、10月4日に正式に秀元の仕置も決定、益田元祥・清水景治らと共に長州藩の藩政を総覧している。秀元は藩政を主に益田元祥らに任せ、自身は後見人として幕府との折衝に当たった。また、寛永元年（1625年）から翌2年（1625年）の長州藩検地を実行、長州藩の石高を打ち出して増加を実現させた。それに伴う分家と家臣団の知行地割り当てと大規模移封や家臣団削減を決行、検地で増加した石高を直轄領として組み入れ、寛永8年（1631年）に直轄領の山代地方で取れる紙を徴収する請紙制を制定、荒地の開墾と農民保護、新田開発にも取り組み、寛永9年（1632年）に借財を完済、財政を好転させて藩政の基礎を固めた。しかし、寛永7年（1630年）頃から秀就との間に軋轢が生じるようになる。対立の原因は秀元が宗主権を主張したり、嫡男・光広と秀就の娘の縁談を反故されたことなどが要因であった。不和は深刻化し、寛永8年10月5日に後見役を辞任、姻戚関係にある永井尚政に打診して本家とは別個に朱印状を賜ろうとしたり、寛永11年（1634年）には江戸城普請の手伝いを拒絶するなど秀就に反抗的な振る舞いを見せるようになった。ついには秀就の弟で婿の毛利就隆を誘って長州藩からの独立を画策し、同年閏7月に3代将軍・徳川家光による朱印状交付が行われると、朱印状を受け取り独立しようとして実現せず、幕府からの仲裁を受けている。秀元の宗家を軽んじた行状に激怒した秀就は秀元を処罰することも考えたが、秀元は御伽衆として将軍・家光と親密な関係にあったため、掣肘は容易でなかった。2年後の寛永13年（1636年）5月に幕府の仲裁で秀就と和解、晩年は江戸に住み、家光の御伽衆となる。慶安3年（1650年）閏10月3日、江戸で死去。享年72。光広が長府藩を継いだ。また、次男の元知は後に分与され清末藩を立藩した。法名は智門寺功山玄誉大居士。墓所は東京都港区の泉岳寺、山口県下関市の功山寺、山口県下関市の豊功神社。