クレイマー社で勤務を始めてから4年後、イントレピッド・キャピタル・マネージメントおよびUBSウェルス・マネージメントのアナリストとなった。その後2006年、イーリア・キャピタル・マネージメントを創立した。2007年、リーマン・ブラザーズは「売り付け選択権取引」の負担を怠ったとしてイーリアをニューヨーク州裁判所に訴えた。シュクレリは市場の広範な下落を見込んで取引を行ったが、予想に反して株価が上昇したとき、シュクレリは支払いを行わなかった。2007年10月、リーマン社は欠席裁判により230万ドルを勝ち取ったが、回収前にリーマン・ショックが起こった。2009年9月、共同創立者であるシュクレリと幼馴染のメレク・ビーステクのイニシャルから名付けたMSMBキャピタル・マネージメントを創立した。シュクレリとビーステクは複数の生物工学会社を空売りし、株取引チャット・ルームで欠陥を解説した。2011年2月1日、メリルリンチに開いていた口座を通じて、MSMBキャピタル社はオレキシジェン・セラピューティクスの3,200万株を1株2.5ドルで裸売り（株を確保せずに行う空売り）した。アメリカ食品医薬品局 (FDA) が薬品コントレイヴの承認を却下したことで、同社の株価が一株9.09ドルから急落した翌日のことだった。しかし株価は反発した。MSMBはメリルリンチに対してショートポジションを決済することは可能だと伝えていたが、実際には不可能だった。メリルリンチはこの取引で700万ドルを失い、MSMBは事実上破綻した。レトロフィンが2015年に証券取引委員会へ提出した訴状では、シュクレリがMSMBヘルスケアとレトロフィンを創立したのは「MSMBキャピタルが破産した後も取引を続けるため、ならびにMSMBキャピタルへの出資者を安心させられる資産として用いるため」だと強く主張された。2011年、シュクレリはFDAにナヴィディア・ファーマシューティカルズの新たな癌検査薬と、マンカインド・コーポレーションの吸入インスリンを承認しないよう働きかけつつ、公に両社の株の空売りを行った。シュクレリの介入後、両社の株価は下がった。最終的にFDAはこれらの薬品を承認したが、この結果両社はこれらの事業展開が困難となった。2011年、MSMBはAMAGファーマシューティカルズに3億7,800万ドルの現金での買収の提案を行なった。『フォーブス』誌のマシュウ・ハーパーは、この敵対的買収について「社の上層部を解雇し、アロス・セラピューティクスとの合併を阻むというはっきりした目的があった。合併計画が中止されると、シュクレリも手を引いた」と記した。
程なくして。マダム・モリブルによるネガティヴ・キャンペーンにより、エルファバは「ザ・ウィキッド -西の悪い魔女-」という汚名を背負う。グリンダは、モリブルと開いた記者会見で、フィエロとの婚約を電撃発表する ("Thank Goodness")。その頃、難を逃れてマンチキン国の総督官邸に辿りついたエルファバは、今や総督となったネッサローズから、妹の足を治すために力を使わなかった事を咎められていた。エルファバはネッサローズの宝石をちりばめた靴に魔法をかけ、ルビーの靴に姿を変えた。その靴を履いたネッサローズは、たちまち歩くことが出来るようになる。それを見ていたボックは、自分はネッサの使用人として身を捧げてはいるが、心はいまだグリンダに奪われていることを告白する。怒り狂ったネッサローズがエルファバのグリマリーを取り上げて呪文をかけ、ボックの心臓は縮まってゆく。ボックへの執着によってマンチキンの国民に圧政を強いていたと悟り後悔するネッサの姿を見て、エルファバはボックを救おうと魔術を試みる。やがてボックは苦痛から解放される。エルファバがとったのは、彼の心臓を取り去り、ブリキのきこりに生まれ変わらせるという方法だった。ネッサローズは発狂し、すべての罪をエルファバに着せる。エルファバは残りの翼猿を解放しに魔法使の宮廷へ戻る。魔法使はエルファバの関心を取り戻そうと、それに従う ("Wonderful")。だが猿たちの中に、言葉を失い単なる山羊と化したディラモンド教授の姿を見つけたエルファバは、魔法使の誘いをはねつける。そしてエルファバが逃げ込んだのは、フィエロの元であった。ふたりは愛を確かめ合い、ともに逃げることを決意する。これを見ていたグリンダは、親友と婚約者が自分を裏切ったことに打ちひしがれる("I'm Not That Girl (Reprise)")。腹いせにグリンダは、マダム・モリブルと魔法使に対し、エルファバの弱点は妹、妹のためならなんでもすると暴露する。それを聞いたモリブルは、得意の気象魔法を使ってネッサローズを竜巻に巻き込もうと画策する。暗い森に逃げ込んだフィエロとエルファバは、あらためて愛を確かめあう。しかしその時、妹の身があぶないことを察知するエルファバ ("As Long As You're Mine")。急いで助けに向かうが、着いた時には既に手遅れであった。ドロシーとトトがグリンダに見送られてイエロー・ブリック・ロードを歩み去ったまさにその瞬間を目撃したエルファバはグリンダにつかみかかるが、エメラルド・シティの衛兵に捕えられる。助けに来たフィエロは自らおとりになり、エルファバを逃がす。衛兵はフィエロをトウモロコシ畑のそばまで連れて行き、エルファバの居場所を喋らせようと拷問にかけ続けた。自分の城に逃げ延びたエルファバは、フィエロを救うためありとあらゆる呪文を唱えるが、力が及ばない事を感じていた。よかれと思ってした事が仇になる。自分に関わる者は不幸になる。エルファバは「ウィキッド」の運命を呪う("No Good Deed")。そのころ、ボックとオズの市民は魔女狩りの用意をしていた("March of the Witch Hunters")。それを見たグリンダはエルファバの城へ赴きドロシーを解放するよう説得するが、エルファバはそれを拒むと、グリンダに懇願する。オズの中では自分は「ウィキッド=悪い魔女」、その悪名を晴らさずにいてほしい。そして、グリンダにはオズで権力を握ってほしいと。固い約束を交わしたふたりは、真の友情で結ばれる("For Good")。怒れる群集の隊列がエルファバの城に到達した時、隙を狙ってドロシーはバケツの水をエルファバにかけ、遂にエルファバは溶ける。何が起きたのかわからないグリンダ。残されたものは、親友の黒い三角帽子と緑色の薬瓶だけだった。エルファバの死を嘆き、その後、グリンダはエルファバの遺した薬瓶を魔法使につきつける。彼女の母親と密通した見知らぬ男とは誰だったのか？ 魔法使こそが、エルファバの父親であったのだ。呆然とする魔法使を気球に乗せ、オズから追放するグリンダ。マダム・モリブルは牢獄へ。そして場面は冒頭へ、グリンダはオズ国民の前に姿を現す。そのころ、エルファバによって脳みそのないかかしの姿に変えられたフィエロが、秘密の入り口からエルファバの城に潜り込む。そこに居たのはエルファバ、彼女は生きていたのだ。再会を喜び合うふたり。そしてグリンダが「良い魔女のグリンダ」としてオズ政府を再編することを国民に宣言しているころ、エルファバとフィエロはオズを後にする。ふたりは二度とオズに戻ることはなかった ("Finale")。