イスラエルに対する偏見から同国を擁護する同国の担当者もまた、国連人権委員会を批判する。2002年に、トロントのヨーク大学、国際法学教授アン・ベイエフスキーは「委員会メンバーは、人権問題で各国を直接批判することを避けようとするが、イスラエルに対しては頻繁に問題にしている。要旨記録を分析すると、過去30年間における会議時間の15パーセントがイスラエル問題に割かれ、国別決議案の三分の一の議題がイスラエル問題であった」と批判した。2002年4月15日、委員会は、「パレスチナの地を解放しパレスチナ人の自己決定権を行使可能にするための、パレスチナ人がイスラエルの占領に抵抗する法的権利」を認める決議案を承認した。承認に際しては「パレスチナの地を解放しパレスチナ人の自己決定権を行使すること」が「国連のゴールと目的の一つであり、パレスチナ人がやらねばならぬこと（mission）」であると宣言された。53ヶ国中、40ヶ国が賛成し、5ヶ国が反対、7ヶ国が棄権した。国連人権委員会決議が「武装闘争を含むあらゆる方法」でのイスラエルへの抵抗を許したと広く報道されたが、そのような文言は決議に含まれていない。元アメリカ合衆国の国連大使であり、国連をモニターする機関 UN Watch の議長であるアルフレッド・モーゼスは、「この決議への賛成票はパレスチナ人によるテロリズムへの賛成票と同じだ」と述べた。ヘブロンの町で発生したパレスチナ人によるイスラエル人への襲撃を受けて国連人権委員会が2002年11月15日付けで発したレターにおいて、国連のパレスチナ恒久監視団のナビール・ラムラーウィーは、襲撃を正当化する決議に対して抗議した。
2004年5月4日には、アメリカ合衆国の代表シチャン・シブが、スーダン西部のダルフールにおける民族浄化の問題について指摘したが、折しもファルージャ包囲戦での米軍の国際法違反による民間人無差別攻撃とアブグレイブ強制収容所における拷問写真スキャンダルの直後であったため、逆にスーダン代表からイラクでのアメリカの虐殺行為を非難された。しかも、この委員会でスーダンは人権委員会の構成国に選出されたため、これに抗議したアメリカ代表は委員会を退席した。同代表は、スーダンの選出について「馬鹿げたことである」とした。スーダンの国連大使であるオマル・バシル・マニスは、イラク占領下のアメリカ軍による捕虜虐待問題を指摘して自国への非難に対する反論を試みた。しかしながら、2004年6月30日、安全保障理事会において、ダルフール紛争に対するスーダンの改善がみられない場合には何らかの制裁措置を発動するとの決議が提出され、13対0の賛成多数（中国とパキスタンは棄権）で議決された。朝鮮民主主義人民共和国を巡る問題、イラクのアブグレイブおよびキューバのグァンタナモ米軍基地におけるアメリカ軍の問題などに関しては、一部の構成国の反対によって合意に達することができない状態にあった。
2001年5月には、委員会創設時からの構成国であるアメリカ合衆国が、国際刑事裁判所を巡る議論に際して委員会を退席する事態が生じた。この議題は2003年に再提出された。
人権委員会の構成国を巡っては、幾度にわたって批判がなされた。自国において深刻な人権侵害が存在すると疑われている国が人権委員会の構成国となる矛盾や議長国の適格性さえ問題視されることが度々あった。人権問題を扱うNGOの多くは、中華人民共和国、キューバ、ジンバブエ、ロシア、サウジアラビア、パキスタンなどには人権委員会の構成国たり得る資格がそもそもないと批判していた。過去には、アルジェリア、シリア、リビア、ベトナムなどにも同様の批判が為された。これらの問題国家に対しては、国内における何らかの深刻な人権問題の存在が指摘されており、人権委員会の決議や報告をも歪める恐れがあると警戒されていた。
人権委員会は、言論の自由、拷問、食糧確保の権利、教育の権利などのような特定の人権のテーマや、特定の国家・地域の状況に関する作業部会を設けている。2017年3月24日現在で、43のテーマ、13ヵ国又は地域に対して作業部会が置かれている。各作業部会は、国又は地域を訪問して調査、監視、助言、報告書の公開といった「特別手続（Special Procedures）」を行う。国連人権委員会委員長は、この特別手続を実行する専門家として、「特別報告者（Special Rapporteur）」任命することができる。特別報告者の任期は、最長で6年である。人権高等弁務官事務所から支援を受けて無給で、いずれの国家又は地域からも独立した専門家として活動するとされる。
こうして調理された御物は土器（かわらけ）、高坏（たかつき）、折敷（おしき）、三方、桶、櫃など様々な器、容器に盛り付けられ、案などの台の上に献供される。現在では土器や白磁が多く用いられるが、古式に則って縦に割った板杉に、縁取りとして葛の蔓をあしらっただけの「ヘギ板」と呼ばれる、折敷の原型とされている器を用いる神社や、藁を30センチほどの長さにそろえ、両端を縛って舟形にした「ツト」とよばれる器で供える神社もある。また、春日祭で奉げられる御棚神饌のように、皮を剥がず、黒木そのままの質感を残した楉案（しもとあん）が神饌の名前になっている例もある。島根県松江市にある美保神社には、持ち運ぶ場合には息や唾液が神饌へかからないように榊の葉をくわえるといった作法が残っている。あるいは、唐櫃を頭上に掲げる頭上運搬という運び方で神饌を運ぶ神社が全国各地にあり、これも同様に息や唾液がかからないようにと頭上に掲げられたのが起源とされる。頭上運搬は古くは7世紀後半の古墳時代の埴輪にその姿を確認できる。『扇面古写経』など多くの文献にその姿が残されていたが、1741年（寛保元年）に記された『夏山雑談』では嘘楽磨西国へ下りし時、長戸国赤間関を一目せしに、此所にて魚を売るものは女なり。平らなる桶に魚を入れ首にいただき、さかなめされよと云ふなり。其体部の柴売の女のごとし。土人云、往昔此所にて平家亡びし時、貴賤となく平家方の女は、此所の魚人などに身をよせて魚をうりたるより、今に至りて此風俗なりと云へり — 小野高尚、夏山雑談「赤間関の魚売る女」上記のように、旅先で珍しいものを見たと記され、頭上運搬は当時既に一般的な行為ではなくなっていたが、神事のように古式を尊ぶ儀式においては変わらず受け継がれてきたとされる。人選にあたっては京都市左京区にある北白川天満宮のように盛相を少女、高盛りを未婚の女性、洗米を既婚女性など、年齢や婚姻状況で役割を分担して女性に委ねる神社もあるが、男性が行う場合もある。献供された神饌は氏子たちによって直会が行われる、あるいは参拝客などに振舞われる場合が多いが、滋賀県大津市にある住吉大社の山王祭のように、そのまま琵琶湖へ投供されるような場合や、かつては鳥へ奉げるために本殿の屋根へ設置される場合もあった。