島式ホーム2面4線（12両編成対応）と下りに待避線1本を有する地上駅である。ホームの外側線側（新快速・特急列車用）は封鎖されている（快速は内側の線路を通過）。傾斜面上にホームがあるため、駅舎はホームより下層に設けられている。2017年11月現在、エスカレーターやエレベーター(JR京都線管内で唯一の未設置駅)は設置されていない。駅の先すぐに京都寄りは半径500mのカーブとなるので、通過電車は駅構内手前から100km/hに減速する。周辺にサントリーの工場などが所在するためかつては貨物施設があったが、現在は跡地が保線施設となっている。トイレは設置されている。直営駅（長岡京駅の被管理駅）かつICOCA利用可能駅（相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照）。
駅舎は京都府内にあるが、敷地の一部は大阪府三島郡島本町山崎にあり、ホーム上に府境を示す看板がある。このため、島本町民の利用者も多い（島本町は郵便番号・市外局番ともに京都府扱いの番号となっている）。1927年（昭和2年）に竣工した木造平屋建ての駅舎を有する。駅の大阪方の曲線（通称サントリーカーブ、サントリー山崎蒸溜所に隣接していることが由来）は鉄道写真の有名撮影地として知られているが、現在は安全のため高さ約2メートルのフェンスが設置され、撮影はやや困難となっている。2008年3月15日に島本駅が開業するまで、隣接駅であった高槻駅までの駅間距離は7.5kmとJR京都線内では最長であった。函館本線に同じ表記の駅があるため乗車券面類には「（東）山崎」と表記される。
繰り込み群の考え方から、着目するエネルギースケールによって結合定数が変化するという描像を得る事が出来る。 個のフレーバーを持つゲージ群の表現  に属するフェルミオンを含むヤン＝ミルズ理論の1ループベータ関数は、となる。ただし、 は  によって定義される随伴表現における2次のカシミア演算子、 は表現  における生成子の行列表現の規格化定数  である。量子色力学においては、 で、である。これは、フェルミオンのフレーバーが少ない場合のヤン＝ミルズ理論が、高エネルギーでは相互作用が弱くなる(漸近的自由性)、と読むことが出来る。
ヤン＝ミルズ理論では、ラグランジアンにヤン＝ミルズ項（各添え字について和を取る）を持つ。 F はゲージ場の強度（field-strength）である。非自明な交換関係に伴って、構造定数に関係する項が現れるのが特徴である。
ヤン＝ミルズ理論において、ラグランジアンに含まれる場の微分  は共変微分へと置き換えられる。ここで  はゲージ場である。ゲージ場はゲージ変換の下でパラメータの一次でと変換される。従って共変微分はと変換し、場と同じ変換性をもつ。これにより、様々な場からゲージ対称性を満足する項を作る事が出来る。種々の場はゲージ場と共変微分を通してのみ相互作用をする。相互作用の形はゲージ変換の下での変換性で決まり、このような相互作用の形は最小結合（minimal coupling）の理論と呼ばれる。
局所化されたパラメータ  で特徴付けられるゲージ変換の下で、リー群の表現の添え字 i をもつ場  はと変換される。パラメータの一次を考えるととなる。ここで生成子  は、ゲージ変換の下での場  の属する表現での行列表現である。ゲージ変換の下での場の変換性を決める生成子の表現はチャージと呼ばれる。gは理論の結合定数で、ゲージ結合定数と呼ばれる。この理論の大きな特徴として、共変微分やヤン＝ミルズ項に含まれる全ての結合定数が等しい事が挙げられる（結合定数の普遍性）。この普遍性は標準模型においても検証されており、素粒子物理がゲージ理論で記述される事の強い傍証となっている。
ヤン＝ミルズ理論は、非可換リー群をゲージ対称性に持つゲージ理論である。パラメータ  で特徴付けられるリー群を考える。ここで、T はリー群の生成子である。群の非可換性を反映して生成子のリー代数はとなる。f は群の構造定数である。
ある日のこと、プルートが昼寝をしていると自分の弟である白い犬(キッド・ブラザー)が鶏に追いかけられていた。その際にプルートは鶏と衝突してしまい、その鶏が頭に乗っかって奇抜な髪型のような外見となってしまった。そして、プルートは自分の弟を襲った鶏を追っ払った。その後キッド・ブラザーは自分の住処を飛び出し、ゴミ箱の中に入っていた野良ネコと遭遇した。野良ネコはキッド・ブラザーを追いかけまわしたが、結局プルートと衝突して、自分が鬘みたいになってしまう。プルートは野良ネコとにらみ合うも、不意打ちを食らい木箱の中に隠れる。立て続けに野良ネコは、木箱の中に入ったプルートを自毛で摩擦した静電気でプルートをビックリさせてしまう。野良ネコは去って行ったが、いきなりブルドッグのブッチが垣根の中から現れて野良ネコは逃げ出した。キッド・ブラザーはブッチの後を追い、肉屋へ向かった。どうやらキッド・ブラザーを友達扱いしたいと企んでいたのだ。ブッチは小窓からソーセージを取り出したが、なんとそのソーセージにはキッド・ブラザーが持ち帰ろうとして口にくわえてたのであった。ブッチはソーセージを返せとキッド・ブラザーに説教していたが、そこへキッド･ブラザーを捜しにプルートがやってきた。プルートは自分の弟を返してほしいとブッチとにらみ合った末にブッチの鼻息にふっ飛ばされドアに衝突、その拍子に盗難ベルが鳴り出してしまう。ブッチはそのままソーセージをくわえて逃げ出し、プルートとキッド・ブラザーもその場から逃げ出そうとしたが、三匹は野犬収容車に追われる羽目に。一番遅かったプルートとキッド・ブラザーは野犬収容車に捕まりそうになるが、野犬収容車は二匹を通り過ぎ、ソーセージを盗んだブッチを捕まえてしまう。事態は収束し、キッド・ブラザーはブッチが落としたソーセージを持ち帰ろうとしたが、プルートに怒られその場を後にする。その後プルートは、周囲の目を盗んで先ほどのソーセージを持ち帰ろうとするも、反対側から誰かが引っ張ってるかのごとく重たく、その途端プルートの下へ何かが衝突する。それは同じくソーセージを持ち帰ろうとしたキッド・ブラザーだった。お互い同じことをしようとしたことに気づいた二匹はその場で顔を紅潮させるのであった。