1855年3月30日、ミズーリ州からの「ボーダー・ラフィアンズ」が準州の最初の議会議員選挙期間にカンザスに侵入し、奴隷制度擁護派の議員を選ぶように強制した。選挙の日に投票箱をミズーリ州の者が侵したことに関する事実は選挙の翌日にはカンザス準州中に知れ渡った。奴隷制度擁護派の住人はミズーリ州境界の向こうの同盟者と共に、これが公正な勝利と考えた。ミズーリ州の者はカンザスの様々な行政区に多数で押し寄せ、奴隷制度擁護派の議員を選出した。奴隷制度反対派の候補者はマンハッタンの町ができたばかりの後のライリー郡1選挙区のみで勝利した。議会の最初の会期は、リーダー知事の要請で、現在のフォート・ライリーに近いポーニーで開催された。2階建て石造りの議会用建物は現在でもカンザスの最初の議事堂として残されている。議会は1855年7月2日から6日までの5日間だけであり、奴隷制度擁護派議員がミズーリ州に近い東部での開催案を通したために、次の会期はショーニー・メソジスト伝道所で開催された。
組織法の規定の下で地方政府の発足を目指し、最初の準州役職者の任命が1854年6月と7月に行われた。フランクリン・ピアース大統領によって指名された役人は、アメリカ合衆国上院でも確認され、その任務に就いた。最初の知事はアンドリュー・ホレイショ・リーダー（ペンシルベニア州イーストン出身）であり、6月29日に指名された。（その後、7月28日の解任書でリーダー知事は外された。その解任は7月31日に公表され、8月16日にリーダーが議会に告知した。）
カンザス・ネブラスカ法が成立する前の長い議論の間に、北部の者は、カンザス準州を奴隷制度擁護派の手に落ちないようにするために唯一残されている手段は、その領域内に自由の制度を打ち立ててしまうに足る数の自由州の移民で即座に占有し定住することだという意見に落着してきた。カンザス準州を植民地化してしまうという望みは、法案がまだアメリカ合衆国議会で議論されている間に形を取ってきた。この目的のために作られた最大の組織はイーライ・タイアーによって作られたニューイングランド移民援護会社であった。ニューイングランド、アイオワ州、およびオハイオ州など中西部の自由州からの移民は1854年初めに準州内に雪崩れ込んできた。これらの移民は自由州人と呼ばれた。ミズーリ州住人が境界近くの土地を抑えていたので、自由州人はカンザス準州の奥深く、ローレンス、トピカおよびマンハッタンなどの開拓地まで入らざるを得なかった。非住民からの浸食にたいして防衛するために「カンザス準州の実在の開拓者協会」が結成された。この協会は1854年8月12日に集会を開き、東部境界地域の奴隷制度擁護無断入植者によって採択されたものとは異なる法の下に、自由州の開拓者を守るための規則採択を目的とした。
カンザス・ネブラスカ法が成立した数日後、隣接するミズーリ州の何百人もの住人が準州内に入ってきて、土地の区画を選別し、この地域すべてを奴隷制擁護地域とする意図で集会を開いて、志を同じくする仲間の団結を図った。1854年6月10日には、ミズーリ州の住人がフォート・レブンワースの西3マイル (5 km)の交易基地であるソルトクリーク・バレーで集会を開き、「無断入植者のクレーム協会」が結成された。集まった者達はカンザスを奴隷州にすることに賛成し、ミズーリ州住人の半数が必要ならば、マスケット銃を手にして移民してくるとした。これら移民によれば、奴隷制度廃止論者がカンザス準州に入って来ない方がいいだろうが、自由州になると予測されるネブラスカ準州に到着するまでにミズーリ川までを抑えておくとしていた。北部や東部の自由州から最初の移民が到着する前に、ミズーリ川沿いのあらゆるめぼしい場所は、ミズーリ州西部からの住人によって、優先権法を楯に抑えられた。
島式2面のホームは終日使用されるが、降車専用ホームは基本的に阪神甲子園球場でのイベント開催日のみ使用される。阪神甲子園球場でのイベント開催日には、下りは特に混雑時には列車待避がなくても外側線の4番線に入線させ、両側のドアを開けて下り降車専用ホームを使用して極力乗降分離させている。また、甲子園駅にはホームドアが設置されていないため、待避列車や留置列車を早めに2・3番線に入線させてホームドアの代わりとして乗客が線路へ転落しないよう配慮している。その他、何らかのイベント、自社CMの撮影などでも使用することがある。廃止された北側の上り降車専用ホームは東口にのみ繋がっていた。通路は改札口の手前まで乗車用の通路とは別になっていたが、この部分はかつての甲子園線浜甲子園方面行きホームの跡を通路化したものであり、降車専用ホーム廃止後は駅改良工事により大阪方面行きホームへの通路に転用されている。一方、南側の下り降車専用ホームは駅改良工事前から東口・西口ともに通じる通路があったが、西口は臨時出口のみに繋がっていた。駅改良工事で南側に移設された現在の下り降車専用ホームには、臨時出口のほか西改札口に出られるエレベーターと階段が設けられている。下り降車専用ホームを使用しない通常時は臨時出口のシャッターが下ろされ、またホームに立ち入らないよう東口・西口ともに改札口横の1階部分の階段にチェーンを掛けている。阪神甲子園球場でのイベント当日は数人の駅員が下り降車ホームにも立ち、球場へ向かう乗客に対し、臨時出口を利用するよう案内・誘導している。なお、2017年からプロ野球シーズン中のみ臨時出口の自動改札機にタイガースのホーム用ユニフォームを模した白地に縦縞模様のラッピングを施している。駅改良工事中においては、従来のホームを解体・撤去し、阪神甲子園球場での大規模イベントが殆どない11月から3月中旬にかけて集中的に工事した上でその期間は利用停止とし、イベントが集中する3月下旬から10月にかけては仮設の板張りホームを造って対応していた。上り降車専用ホームは2014年11月に東口へ繋がる階段・通路が撤去されたのちホームも撤去され、その跡地に1番線の線路が敷かれた上で、2015年2月21日より1・2番線ホームが北側へ拡張された。また、旧来の下り降車専用ホームも撤去され新たに4番線の線路が敷かれており、翌3月14日より3・4番線ホームも拡張され、合わせて現在の南側に建設中の新たな降車専用ホームが新下り降車専用ホームとして3月21日より運用開始。写真左に写っている大きな木は、下り降車番ホームのすぐ脇に生えているクスノキである。この木の生えている場所は、駅のコンクリート構造物が少し凹んでおり、木を避けるように造られている。