反乱の後、アルタプレネスはイオニア諸都市の代表者をサルディスに集め、紛争は司法手段によって解決するという相互協定を強制的に締結させた。徴税の体制も見直されたが、これは以前のものと大差なかったとされる。その一方、反乱は鎮圧されたとはいえ、ペルシアは僭主を擁立して露骨に内政に干渉するという手段を撤回せざるを得なかった。経済の発展によって台頭した新しい社会階層を、僭主制によって抑圧することの危険性をペルシアが理解したためであると考えられる。反乱の後、イオニアでは、ペルシアの支配下にありながら民主制が敷かれた。アテナイでは、イオニア反乱軍がエフェソスで大敗を喫した後、一時的にペルシアとの宥和派が発言力を持つようになった。しかし、反乱に加担したエーゲ海島嶼のポリスが苛烈な弾圧を受けたことと、ギリシア本土が直接ペルシアの脅威に曝されるようになったことから、アテナイ民会はペルシアとの宥和政策を放棄した。これにはペルシアの討伐を逃れて来たイオニアの亡命者たちの訴えも影響していると考えられる。彼らは、ギリシア諸国にペルシアへの過剰な恐怖心を植え付けることになった。ペルシアは、イオニアの抵抗勢力を一掃したことによって、ギリシア本土侵攻の障害が取り除かれた。紀元前492年には、イオニアの反乱に加担したアテナイとエレトリアへの報復を口実にマルドニオスの率いる遠征軍が派遣された。
紀元前493年、ペルシア軍は、島嶼部に対して曳き網式と呼ばれる掃討作戦を行った。アナトリア半島エーゲ海沿岸部の諸都市は攻略され、各都市の神域はサルディスのキュベレイ神殿を焼打ちした報復として全て破壊された。美貌の少年は去勢され、美女は王宮に送られた。ミレトスの陥落はギリシアにとっても衝撃的な事件だった。ヘロドトスは、主要な聖域は焼き打ちに遭い、男は全て殺され、女子供は奴隷としてスーサに送られ、ミレトスからミレトス人は消えた、と記している。
カリアなどでは局地的な勝利があったものの、反乱軍はペルシア軍に圧倒された。首謀者のアリスタゴラスは反乱の失敗を予見し、トラキアを占拠してミュルキノスに逃亡しようとしたが、その途上、トラキア人によって殺されてしまった。紀元前494年、ダレイオス1世は、ミレトス討伐のため、本格的に陸海軍を派遣した。反乱軍はイオニアで会議を開き、艦隊のみを編成してミレトス沖のラデ島の海域で決戦を行うことを決めた（ラデ沖の戦い）。ペルシア海軍は、フェニキア船団を中核として、キプロス島、エジプトなどから集めた船で艦隊を編成してラデ島沖に侵入、ポカイア部隊の司令官ディオニュシオス率いるイオニア反乱軍と対峙した。デュオニュシオスは、三段櫂船による船間突破戦法の訓練を行ったが、ミレトス人は訓練が厳しすぎると言って放棄した。サモス島の援軍はこれを見て、同盟を破棄することを決意した。彼らは戦闘が始まると早々に戦線を離脱した。レスボス島の部隊もこれに倣った。ヒオス島の船団のみがペルシア艦隊と果敢に戦ったが敗退、島嶼諸国の優秀な海軍を失ったミレトスの中核部隊は、ペルシア艦隊によって粉砕された。ラデ沖の戦いによって反乱軍は崩壊した。戦闘を離脱したサモス島を除いて、敗北したイオニアと島嶼の諸都市は、徹底的に略奪された。
1872年、ムソルグスキーの友人で評論家のウラディーミル・スターソフは『ボリス・ゴドゥノフ』の次の歴史劇の題材として古儀式派について取り上げることを提案した。ムソルグスキーは大いに乗り気になり、スターソフの助言をもとにムソルグスキー自身が台本を製作した。しかしロマノフ朝の皇帝を舞台の登場人物とすることは禁じられていたため、中心人物であるピョートル1世を登場させることができず、勢い筋はわかりにくいものになった。作曲は断片的に始められたが、1875年には集中して第1幕と第2幕を完成した。しかし第3幕を半分ほど作曲した1876年5月にスターソフは第2幕と第3幕の内容が劇の本筋と無関係であると批判し、改訂を勧める長文の手紙を送ってきた。ムソルグスキーはスターソフの改訂案には従わなかったが、その後は自信を失い、作曲は遅々として進まなくなった。さらに別なオペラ『ソローチンツィの市』の作曲を平行して始めたことも完成を妨げた。作曲者が1881年に他界した時は最終第5幕の古儀式派の最後の合唱の手前まで書かれていた。第2幕の終わりに置かれる予定だった五重唱も書かれずに終わり、また曲の大部分はオーケストレーションが行われていなかった。作曲者の没後、作曲者の旧友リムスキー＝コルサコフによる実用版が作成されて、ようやく1886年2月21日にサンクトペテルブルクで初演された。しかしリムスキー＝コルサコフ版は多くの削除や改作、ワーグナー風の重厚壮麗なオーケストレーションなどによって、オリジナルをほとんど書き換えている。このため後に、ムソルグスキーを敬愛したショスタコーヴィチにより、オリジナルのピアノ譜と、作曲者自身の3管編成管弦楽法の手法をもとに、改めて原曲に忠実な実用譜が作り直されたが、オーケストラの規模は当時のムソルグスキーの2管編成の様式ではない。しかしこんにちでは『ホヴァーンシチナ』の上演に用いられる実用譜はたいていショスタコーヴィチ版であり、リムスキー＝コルサコフ版は有名な前奏曲「モスクワ河の夜明け」が演奏・録音される程度である。西欧的な近代化をはかったピョートル大帝に対する、イヴァン・アンドレーヴィチ・ホヴァーンスキー公とその従者たちの謀反が扱われている。結局ピョートルが帝位に就いて謀反は挫折し、ホヴァーンスキー公側の古儀式派教徒の集団自決で幕切れとなる。『ボリス・ゴドゥノフ』ほど有名ではないが、本作はある意味において、『ボリス・ゴドゥノフ』より親しみ易い。舞台進行は緩やかで、声楽の旋律線は、『ボリス・ゴドゥノフ』のレチタティーヴォ的な構成手法に比べて、より伝統的である。「ペルシャ人奴隷の踊り」などの情熱的な労作もある。旧ソ連以外ではなかなか上演されないが、録音は何度か行われており、日本語訳つきのDVDも出回っている。2007年にはウェールズ・ナショナル・オペラによって、ウェールズとイングランドで上演される運びである。2008年にはヴァレリー・ゲルギエフの来日公演において、下記のゲルギエフ版の上演が行われた。