ヒトが住む"内宇宙"と、それを包む"外宇宙"との戦いは長期に渡って繰り広げられていた。人類は母星を守るために地球を複製し展開、その内の一つ"第4亜地球"が舞台となる。戦いが続くなか、既にヒトがいなくなった「第4亜地球」に外宇宙生命体が降り立ったと情報が入る。内宇宙は侵略尖兵と思われるその生命体抹殺のため、外宇宙の血の引くことでずば抜けた力を持つが、その血のためいつか外宇宙へ裏切るのではないか疑惑を向けられていた少年兵士「イサ・ジョ」を派遣する。イサはヒトの少女へと擬態した外宇宙生命体を発見し接触するが、その少女は「ヒトの調査を行う」という任務以外の記憶がなく、話を聞いてみてもそれが嘘ではない様子であった。「カチ」という名前らしい少女姿の外宇宙生命体はイサに好奇心を抱き、彼女の純粋さにヒトらしさを感じたイサも任務を「監視」だと偽ったうえで、彼女に随行することにした。しばらくカチと行動を共にして彼女にさらなる親近感を抱いていくイサであったが、そんな彼のもとへ第5亜地球のを支配する組織「G5」の一人が現れる。イサの裏切りを想定して派遣されていた彼は、なぜカチの抹殺に移らないかと問うが、化け物扱いされて激昂したイサは武力を以って彼を退ける。イサはカチに自分の持つ外宇宙の血と本当の任務についてを告げ、カチは自分がイサと一緒にいるわけにはいかないと苦悩するも、彼女に「ヒトらしさ」を見てかつ裏切りの身となったイサは2人で逃亡を図ることを提案、地球からの脱出を試みる。
ジャンルは前作と同じくアクションシューティング（サードパーソン・シューティングゲーム）となる。遠距離の敵には射撃、近距離の敵にはソードで攻撃できる。また敵弾（ミサイルなど）の撃ち返しも健在。本作ではさらにチャージショットが追加されている。また、自キャラが空を飛べる設定になっており、重力を無視したステージも多数収録されている。前作はステージごとに使用キャラクターが変化するシステムであったが、本作ではイサとカチの2人の内どちらかを任意選択し使用するようになっている。また、それに伴い下記のように2人に能力差も設けられた。スコアアタックに関しても強化されており、ダメージを受けずに敵を倒していくとスコアの倍率が上がるようになっている。また、Wi-Fiを使っての全国ランキングにも対応。なお、操作方法が5種類（Wiiリモコン＋ヌンチャク、Wiiザッパー、クラシックコントローラ、クラシックコントローラPRO、ゲームキューブコントローラー）と豊富で、全国ランキングではランカーがどのコントローラーを使用したかも分かる仕組みになっている。前作において、開発セッションの衝突とユーザー間の賛否あった難易度に関しては、「イージーは文字通りに簡単になっており、ハードはシューターに是非挑戦して欲しい難易度となっている」とインタビューで答えられている。また、本作の開発時にトレジャースタッフはゲームキューブコントローラーを使用して開発していたため、照準の合わせ易いWiiリモコンでプレイした際の調整が行われておらず、任天堂側から「簡単すぎる」とダメ出しをされたという逸話がある。本編の長さは前作の約2倍になり、またクレジット制限が無くなったため何度でもコンティニューができるようになった。
佐藤によれば、「イスラエル語」は、ヘブライ語、イディッシュ語の他、ロシヤ語やポーランド語などの諸言語から同時的に派生したセム語とヨーロッパ語の雑種であるという。佐藤の提示するこの複数母語交雑モデル（multi-parental hybridisation model）は、現代イスラエル語とは古代ヘブライ語が復活したものであるという伝統的な「復活説」の見方とも、あるいは現代イスラエル語はイディッシュ語の語彙をいくつか古代ヘブライ語の語彙に転換しただけのものであるとする「語彙置換説」（relexification）の立場とも、どちらとも対置される 。佐藤の複数母語交雑モデルには、歴史言語学における「系図」分析（family tree tool）いわば「血統」分析を相対化させる意義がある。佐藤は現代ヘブライ語（Israeli Hebrew）をイスラエル語（Israeli）と呼び、系図学的には印欧語（ゲルマン、スラブ、ロマンス各語）と亜亜（アフリカ・アジア）語（セム語）の両方に源を有すると主張している。この説は、現代ヘブライ語は文語としてのヘブライ語を継承しているだけではなく、ヘブライ語復興者たちが話していたイディッシュ語、ポーランド語、ロシヤ語、ドイツ語、英語、ラディーノ語（イベリア半島のスファラージ・ユダヤ人が話し、ヘブライ文字で記録したユダヤ・スペイン語）、アラビア語その他の言語をも継承しているというものである。佐藤の雑種モデルはまとまりの原則（congruence principle）と創始者原則（founder principle）の二つの原則から成る。まとまりの原則によれば、特定の言語学的特徴がより多くの寄与言語に顕れていればいるほど、それは目標言語にもよりはっきりと存続している。特徴の蓄積の統計にもとづき、一つの語彙が同時に多数の語源を持ちうることを認める「まとまりの原則」は歴史言語学における系図分析（family tree tool）と対置される。まとまりの原則は、語彙置換（relexification）モデル、例えば、現代ヘブライ語は語彙を文語ヘブライ語彙に置き換えたイディッシュ語に過ぎないので、印欧語の一種であるというような、文法をそのままに語彙を他言語語彙にすっかり置き換えたものだという見方に異論を唱えている。創始者原則は、創始者の人口が新興語形成に与えた影響の大きさを重視する。従って、「現代イスラエル語の生成期においてヘブライ語復興者とイスラエルの地の最初の入植者の大多数の母語がイディッシュ語であったので、イディッシュ語は現代ヘブライ語の第一義的な寄与言語であるといえる」。佐藤によれば、ヘブライ語復興者たちはヘブライ語をセム語の文法と発音で話すことを望でいたけれども、ヨーロッパに生まれ育ったアシュケナージ・ユダヤ人の身に染みついた習性を取り除くことはできず、ヨーロッパに起源を持つことを拒否し、流浪の歴史（diasporism）を否定し、雑種性（イディッシュ語に反映されている）を忌避することに失敗した。「もし、ヘブライ語復興者が、例えばモロッコ出身のアラビア語を話すユダヤ人たちだったならば、現代ヘブライ語は、系図学的、分類学的に見て、はるかに今よりセム語的な、全く異なった言語になっていただろう。創始者が現代ヘブライ語に与えた影響はその後の移民の与えた影響とは比較にならないほど大きい」。この創始者原則は、現代ヘブライ語は古代ヘブライ語が復興されたものであるから亜亜（アフリカ・アジア）語（セム語）系であるという伝統的な復興説に異論を唱えている。佐藤は、もはや話されなくなった言語を復興させる場合、それは雑種にならざるを得ないと結論する。