海難審判庁は、両者について海難審判を開始した。1989年（平成元年）7月25日、横浜地方海難審判庁は裁決においてなだしお側に主因があったとし、海上自衛隊に対して指導不十分とし安全航行を徹底するよう勧告を出した。指定海難関係人（＝被告に相当）である海自・元艦長Xらに二審請求権はないが、海難審判理事所理事官側（＝検察側に相当）が裁決を不服として同年8月1日に二審を請求した。翌1990年（平成2年）8月10日、高等海難審判庁は裁決において、なだしおの回避の遅れと第一富士丸の接近してからの左転、双方に同等の過失があったと判示した。この事件が多くの被害を出したのは短時間での沈没であったことと、そのため船内にいた人が脱出の機会を失ったこと、また救命胴衣の着用がなく脱出した者も力つきて溺れたことなどが挙げられている。
1989年（平成元年）11月15日、X元艦長らが航泊日誌を書き改め、衝突時刻を2分遅らせ「午後3時40分」とし、かつ原紙を処分していた（規則違反）ことが発覚し、「改竄」と報じられた。この問題は翌16日の参議院内閣委員会で取り上げられ、日本社会党の山口哲夫らはX元艦長および航泊日誌に関与した乗員2名の証人喚問を要求した。同年12月27日には、弁護士らがX元艦長と航海科員を証拠隠滅罪・虚偽公文書作成罪で横浜地検に告発したが、嫌疑不十分で不起訴となっている。なお事故発生時刻（衝突時刻）の確認の際、艦内のアナログ時計の構造から艦内記録の混乱を避け時刻を統一する必要があり、速力通信受信簿の「15時40分」を採用したもの。実際には、清書前の「15時38分」が正しかった。
7月25日、横浜地方海難審判理事所はこの事故を重大海難事件に指定し調査本部を設置した。8月上旬までに、なだしおの旋回圏（＝設計上：半径160m）が明らかにされ、8月13日に洋上検証が行われ、転回圏・制動距離に関するデータを取った。これは防衛庁から任意提出された数値とほぼ同値であった。また8月27日に川崎重工神戸第4ドックで行われた実地検証によって、なだしお側だけでなく、第一富士丸側の過失の存在も明らかになった。9月29日、横須賀海上保安部がなだしおのX前艦長と第一富士丸のY船長を業務上過失往来妨害と、業務上過失致死傷の疑いで横浜地検に書類送検した。
事故後、なだしおの救助活動、特に「3名しか救助できなかった」という事実に批判が集中し「潜水艦乗員は甲板に立ったまま見殺しにした」などの「証言」が相次いで報じられ、世間の大きな注目を集めた。ただし中には誇張や誤報も存在したことが判明している（後述）。また潜水艦の性質上、すぐに海中に飛び込むとスクリューによる二次被害の可能性がある点もほとんど触れられていなかった。7月26日には久保彰潜水艦隊司令官が横須賀地方総監部に待機する行方不明者家族に謝罪し、翌7月27日には東山海幕長が総監部の遺体安置所にて遺族らに謝罪した。東山海幕長は24日に「潜水艦は無過失」と発言して世論の反発を買っており、27日に釈明した。なだしおの乗組員のうち、X艦長ら幹部15名を除く乗組員59名について8月2日夜に上陸が許可された。X艦長は更迭され、8月17日から事故犠牲者遺族のもとを訪問し謝罪した。1989年（平成元年）7月28日、防衛庁は東山海幕長・X艦長ら海上自衛隊幹部15名への行政処分を発表した。
なだしお事件（なだしおじけん）は、1988年（昭和63年）7月23日に海上自衛隊潜水艦と遊漁船が衝突し、遊漁船が沈没した海難事故である。海難審判での事件名は潜水艦なだしお遊漁船第一富士丸衝突事件。
1.汝が歴史、汝が自由、汝峰の連なり多き北国、汝が沈黙、汝喜びあふれた美、我は汝に挨拶する地上にありて最も崇高なる汝に汝の太陽、汝の青空、汝の草原の緑。2.汝が玉座は昔の記憶にあり、汝が名が世界を飛翔していた時代にあり。我は知っている、汝が今も昔も変わらずそのままでいることを。おお、我北欧に生き、北欧に死すことを欲す！
核熱ロケット (nuclear thermal rocket) は、熱ロケット (thermal rocket) の一種で熱源に核反応を利用するものであり、核分裂炉又は核融合炉の高熱により直接推進剤（通常は水素）を加熱膨張させ、ノズルから噴出して推進する方式。宇宙開発競争の最中、米ソ両国により研究が行われたが、実用化にはいたっていない。アメリカではNERVA計画で、サターンロケットの上段で使用するというコンフィギュレーションが検討された。ソ連では1960年代から1980年代にかけて研究されていたRD-0410の試験がセミパラチンスク核実験場で行われている。RD-0410は「Kurchatov Mars 1994」と呼ばれている火星飛行計画で使用例の検討があった。（詳細は英語版 en:Nuclear thermal rocket を参照）2019年3月6日、ロシアのロスコスモスは、ロスアトムおよびモスクワのケルディシュ応用数学研究所にて、RD-0410核熱ロケットエンジンをベースにしたメガワット級原子炉を搭載したスペースプレーン（高度160kmをマッハ7の極超音速で飛行でき高度500kmの低軌道への到達も可能で50回以上繰り返し再利用可能な設計）の開発計画が2010年から進行・開発中であると公式に発表した。なお日本では、「熱核兵器」といった語があるためか「熱核ロケット」という表現がよく見られるが、熱核兵器は thermonuclear weapon であり、前述のようなその構成からも nuclear thermal rocket という英語に適切に対応している表現は「核熱ロケット」である。なお、「熱核ロケット」としたほうが正確となる thermonuclear rocket という表現（意味的にも nuclear thermal rocket とは少し異なる）もそれなりに用例はあるようなので、「核熱ロケット」と「熱核ロケット」という表現については、対応する英文がある場合にはそちらも確認する等の注意が必要である。