1913年(大正2年)4月に笹尾鉄三郎が聖書学院の院長を事実上辞任した。笹尾の辞任は翌年の5月14日に「焔の舌」で正式に発表された。その後、笹尾はフリーの巡回伝道者になり関西、九州と伝道旅行をしたが、鹿児島で肋膜炎を患い帰京し、1914年(大正3年)12月30日に東京で病死した。1915年(大正4年)1月4日に中田の司式で聖書学院にて葬儀が行われた。1916年(大正5年) 1月に中田は関西に向かい、姫路市、広島市、香澄村(現・岡山県備前市)を巡回する。途中、妻あやめが病気であるという電報を受けて、急遽帰京した。小原十三司、丹羽平三郎らと病気の癒しを祈るとあやめは回復した。1916年5月には聖書学院で東洋宣教会大会が開かれた。J・B・ソントン宣教師と中田が説教をした。この大会中には神田、浅草、牛込などでも特別集会が開かれた。
1911年(明治44年)10月25日に、中田は機関紙『焔の舌』に東洋宣教会から分離して、新たに日本聖教団を設立することを宣言した。これが聖教団事件である。東洋宣教会の運営の主導権を巡る中田とアメリカ人達との衝突により決別をすることになったのである。事件の経緯としては、中田側とカウマン側に別れたが、多くの者は中立を保った。分離を発表した後も交渉は続けられた。両者はそれぞれ分離独立すること了解したが、中田側は形成不利と考え、1ヶ月で和解し、元のように協力体制になった。笹尾は中立の立場を保ち両者の交渉と取成した。1911年12月の「焔の舌」で中田は明治44年は大試練の年であったと述懐した。
1910年11月頃より妻かつ子が葡萄状妊娠の貧血より衰弱し、腹膜炎を併発して、1911年（明治44年）3月8日に死去した。3月9日に柏木の聖書学院講堂で葬儀が行われた。東洋宣教会東京部長であった清水俊蔵の司式、本多庸一の代理として、中田が説教をした。3月14日にはかつ子の追悼会が行われた。中田は5月には静岡、神戸で巡回伝道をした。この頃から、カウマンとキルボルンらと東洋宣教会の管理の主導権に関して意見の食い違いが生じるようになった。1911年8月に今井あやめ（英語名Iris）と再婚する。結婚直後の8月4日より、福島県白河市、郡山市、会津若松市、福島市、仙台、それから山形県を北上し山形市、楯岡(現、村山市)、新庄、秋田県に入り秋田市、能代、大館、小坂町、最後に、青森県弘前市まで伝道旅行をし、その年9月10日に帰京した。
1910年(明治43年)中田は、大宮市の氷川公園での関東修養会を終えたのち、渡辺善太と一緒に、東北・北海道旅行に行った。仙台、土沢、小樽、旭川、深川、札幌に行った。中田が札幌の森五郎に会いに行くと、独立教会、組合教会、日本基督教会、メソジスト教会、聖公会の牧師たちが、中田をYMCAに呼び寄せて、いわゆる教会裁判を行い、札幌福音伝道館が信徒を盗んでいると詰問した。中田は、「世界はわれわれの教区である」とのジョン・ウェスレーの標語を用いて反論した。
1907年(明治40年)9月18日には中田は東京を出発して、岩手県土沢で伝道していた米田豊のもとを訪れ、また盛岡市にいた野辺地嘉吉（天馬）を訪れた。さらに、青森市に行き親戚の娘に洗礼を施した。その後、弘前、楯岡（現、山形県村山市楯岡）を経て帰京した。10月17日には柏木で純福音信徒大懇親会を開催し、11月6日には、好地由太郎と共に千葉県を巡回し、東金、銚子に行き、都田友次郎の伝道を助けた。11月24日には小出朋治と一緒に新潟に巡回した。12月には伊豆救霊旅行と称して、伊豆、沼津、田子、松崎、青野、石井、二条、下加茂、下田を巡回伝道した。1908年(明治41年)4月10日中田は再来日したカウマン夫妻をキルボルンとともに神戸港に出迎えた。帰京後、中田らは協議した結果東洋宣教会は役員制度を設けることになり5月10日に発表された。中田が総理、笹尾鉄三郎が副総理になった。この時点で、福音伝道館は全国16箇所にあった。
敗退した義貞は伊豆で軍勢を建て直し、さらに西へと逃れる。途中、天竜川にて橋を駆けて渡る。『梅松論』によれば、義貞は三日の内に橋を作るよう命じ、橋が作られるとそれを渡って西へ逃れた。全軍が橋を渡った後、追撃してくる足利軍がこの橋を渡れない様、橋を切り落すべきであると義貞の部下が提案するが、義貞は「橋を切り落すのは確かに軍略の一つだが、敵の追撃に対する焦燥からあわてて橋を切り落して逃げたと思われては末代までの恥である」として、橋を切り落す提案を受け入れなかった。足利勢はこの話を聞き、義貞の態度に感服した。また、世間も義貞の潔さを称賛した。『源威集』にも、ほぼ同様の記述がある。一方で、『太平記』は、橋をかけてその上を渡ったところ、綱が千切れて橋が壊れ、義貞と部下達が川に流されそうになったが、義貞は船田義昌と手を組んで対岸へ飛び移り、他の部下達も同僚に助けられて無事川を渡りきれた、という話を載せている。梅松論は「義貞の名誉と恥」、太平記は「義貞主従の思いやり」を強調し、叙述しているとされる。また、『梅松論』も『太平記』も、双方、義貞は部下達を先に渡らせ、自分は最後に橋を渡ったと記述している。義貞が武士としての恥を強く意識した背景には、朝廷から派遣された軍勢の大将という立場が大きく働いていたと見られる。また、太平記、梅松論の双方が記述した「部下に先を行かせ最後に自分が橋を渡る」という行為は、既存の道義や秩序が崩壊しつつあったこの時代において、あるべき武士の姿を描き強調しようとする書き手の意図があったと考えられている。