第二次世界大戦後、改正憲法の気運が高まる中、美濃部は憲法改正に断固反対した。政府、自由党、社会党の憲法草案は、すべて天皇機関説に基づいて構成されたものであった。しかし、天皇を最高機関とせず国民主権原理に基づく日本国憲法が成立するに至り、天皇機関説は解釈学説としての使命を終えた。
憲法学の通説となった天皇機関説は、議会の役割を重視し、政党政治と憲政の常道を支えた。しかし、政党政治の不全が顕著になり、議会の統制を受けない軍部が台頭すると、軍国主義が主張され、天皇を絶対視する思想が広まった。1932年（昭和7年）に起きた五・一五事件で犬養毅首相が暗殺され、憲政の常道が崩壊すると、この傾向も強まっていった。また、同時期のドイツでナチスが政権を掌握すると、1933年には、ドイツでユダヤ人の著作などに対する焚書(ナチス・ドイツの焚書)が行われた。この焚書において、天皇機関説に影響を与えたイェリネックの著作も、イェリネックがユダヤ人であることを理由に焼かれた。昭和戦前の日本における、ナチス・ドイツやナチズムへの関心や親近感の高まりも、天皇機関説への敵視に影響を与えた。1935年（昭和10年）には、政党間の政争を絡めて、貴族院において天皇機関説が公然と排撃され、主唱者であり貴族院の勅選議員となっていた美濃部が弁明に立った。結局、美濃部は不敬罪の疑いにより取り調べを受け（起訴猶予）、貴族院議員を辞職した。美濃部の著書である『憲法撮要』『逐条憲法精義』『日本国憲法ノ基本主義』の3冊は、出版法違反として発禁処分となった。当時の岡田内閣は、同年8月3日には「統治権が天皇に存せずして天皇は之を行使する為の機関なりと為すがごときは、これ全く万邦無比なる我が国体の本義を愆るものなり」（天皇が統治権執行機関だという思想は、国体の間違った捉え方だ）とし、同年10月15日にはより進めて「所謂天皇機関説は、神聖なる我が国体に悖り、その本義を愆るの甚しきものにして厳に之を芟除（さんじょ）せざるべからず。」とする国体明徴声明を発表して、天皇機関説を公式に排除、その教授も禁じられた。
「主権」という語は多義的に解釈できるため注意が必要である。「統治権としての主権を有するのは何か」という問いに対して、国家と答えるのが国家主権説である。一方で、「国家意思の最高決定権としての主権を有するのは何か」という問いに対して、「君主である」と答えるのが君主主権説、「国民である」と答えるのが国民主権説である。したがって、国家主権説は君主主権説とも国民主権説とも両立できる。美濃部達吉の天皇機関説は、統治権の意味では国家主権、国家意思最高決定権の意味では君主主権（天皇主権）を唱えるものである。美濃部は主権概念について統治権の所有者という意味と国家の最高機関の地位としての意味を混同しないようにしなければならないと説いていた（美濃部達吉『憲法講話』）。金森徳次郎によれば美濃部は、天皇の発した勅語であっても主権者たる国民はこれを批判しうるとしていた。
父勝身はもとはキリスト教徒だったが、日蓮宗に改宗し、その後さらに生長の家の信者になった。また、父が熱心に勧めた影響で兄の彬も生長の家の熱心な信者になった。創始者の谷口雅春が芸術雑誌「生命の藝術」(昭和8年創刊)を出すことを彬に話したため、その編集を任せようと竣介を誘った。1930年頃のことである。しかし、当初竣介はこの話には乗り気ではなく、編集を承諾したのはそれから3年後だった。兄とともに編集を始め、1936年まで続けた。この仕事場で、後の妻松本禎子と知り合った。1933年（昭和8年）には、共同アトリエ時代の仲間を介して靉光と知己を得た。1935年、鶴岡政男らが作ったNOVA美術協会の展覧会に出品、すぐに同人に推薦された。同年秋、二科展に初入選した自分の絵(「建物」(1935年 油彩・板に紙 97.8×130.5cm 神奈川県立近代美術館蔵))を禎子に見せるため上野の美術館に行き、そこで初めて野田英夫の作品(「帰路」と「夢」)に触れ、その後しばらく影響を受ける。翌1936年の二科展に出品した「街」(油彩・板、131×163cm、大川美術館蔵)は野田の影響の濃い作品だった。また、1937年1月に野田英夫が急逝した際、限定500部で発行された野田の作品集(入手できたのは200番の作品集だった)を三円五十銭をはたいて買っている。禎子との結婚話は、父の勝身を通して松本家の恒(禎子の母)に持ち込まれた。当初松本家はこの結婚に反対で、その雰囲気を察して勝身は、竣介を松本家の養子に出してもいいと申し出た。1936年2月3日、東京会館で生長の家の方式に則って結婚式が行われた。結婚当初は松本家に住んでいたが、間もなく別の借家に引越し、義母の恒、禎子の妹2人(泰子、栄子)と共に住んだ。借家は島津製作所の社長夫人が建てたもので、130坪の土地にアトリエつき2階建ての瀟洒な洋館だった。「生命の藝術」の編集に携わっていた間、竣介は生長の家の信者だったが、宗教団体へ衣替えした頃から嫌気が差し、教祖の谷口に手紙を書いて訣別した。ほぼ同時期に、父の勝身、兄の彬、妻禎子や松本家の恒も脱会した。