1791年権利章典（合衆国憲法修正第1条)では国教が禁止され、宗教の自由が明記された。Congress shall make no law respecting an establishment of religion, or prohibiting the free exercise thereof; or abridging the freedom of speech, or of the press; or the right of the people peaceably to assemble, and to petition the Government for a redress of grievances.合衆国議会は、国教を創設したり、宗教の自由の行使を禁止する法律を制定しない。言論や報道の自由を減じたり、市民が平穏に集会しまた不公平の是正のために政府に請願する権利を制限する法律を制定しない。 — アメリカ権利章典修正第1条(First Amendment to the United States Constitution)こうしてアメリカ合衆国は、政教分離を国制とした史上初の世俗国家となった。政教分離が選ばれたのは、啓蒙主義思想によるだけでなく、新国家がイギリスにおいて宗教的に迫害された人々による「合衆国」であり、異なった宗教的背景を持った人びとによって構成されていたためであった。一方、国教の禁止は、州同士の宗教対立を避けるための現実的妥協策であったというマーク・ノールの指摘もあり、宗教の公定制度をそれぞれの州に任せておくことで、州の団結と連邦としての共存が可能になった玉虫色の解決策だったと大西直樹は指摘する。州の独立性は強く、ロードアイランド、ペンシルバニア、ニュージャージー、デラウェア、ヴァージニア州は公定教会制度を持たず、ニューヨーク州、メリーランド州、ノースカロライナ州、サウスカロライナ州、ジョージア州は監督派教会を、マサチューセッツ州、コネチカット州、ニューハンプシャー州は会衆派教会を公定教会とした。その後、修正第1条の精神が徐々に浸透し、各州における公定教会制度は廃止されていき、最も頑強にピューリタンの伝統が保持されたマサチューセッツ州においても1833年に公定教会は廃止された。
18世紀前半には、ジョナサン・エドワーズらが大覚醒運動を広めて福音主義を復興させ、既存教会、とくに公定教会制度を批判した。支持者はニューライトと呼ばれ、新しい国家を参集することが神の召命とされた。1775年にアメリカ独立戦争が勃発し、戦争の進展とともに、アメリカで公定教会とされ、エスタブリッシュメントであったイギリス国教会への批判が高まっていった。翌1776年1月にフィラデルフィアで発行した『コモン・センス』でトマス・ペインは、独立後の大陸憲章または植民地連合憲章では「何よりも、良心が命じるところの自由な宗教活動」が定められるべきであるとし、信教の自由を主張した。As to religion, I hold it to be the indispensible duty of all government, to protect all conscientious professors すべての良心的な信仰告白者の保護は、すべての政府の必要不可欠な義務である。it is the will of the Almighty, that there should be diversity of religious opinions among us: It affords a larger field for our Christian kindness. 全能者である神は、宗教的見解の多様性を意志している。そしてそれは、キリスト教的な優しさのための広大な範囲を我々に与えるのだ。 — Thomas Paine,Common Sense.1776独立運動においてはトマス・ホッブズやジョン・ロック、ジェームズ・ハリントン、ロバート・フィルマー、「神は自ら助くる者を助く(God helps those who help themselves)」の言葉 で知られるアルジャーノン・シドニーが深い影響を与えたが、とりわけジョン・トレンチャード、トマス・ゴードン、フランシス・ハッチンソン、ジョゼフ・プリーストリー（非国教徒)、リチャード・プライスなどのホイッグ急進派がイギリス本国にはほとんど影響を与えなかったのに対してアメリカでは影響が強かった。
1660年に始まったイングランド王政復古後、イングランド国教会は公定教会として再び復活し、ピューリタン革命の反動で、長老派や独立派、バプティスト、クエーカーへの弾圧が実施された。しかしこれらの弾圧によって根絶やしにすることは不可能であった。ニューイングランド植民地でも国教会の立場が強化され、マサチューセッツのピューリタンに寛容が求められた。チャールズ2世は本国ではクラレンドン法で清教徒を弾圧し、植民地では他宗派への寛容を求めたが、ニューイングランドのバプテストは自分たちへの寛容を求めたため、王はロードアイランドやペンシルヴェニアの寛容政策を認可した。また、王権の基盤として植民地の王領化が進められ13植民地の中のバージニアとニューヨークが王領植民地となった。なお、領主植民地はペンシルバニア、メリーランド、自治植民地はマサチューセッツ、ロードアイランド、コネティカットであった。
他方、クエーカーや第五王国派は千年王国論や選民思想を結びつけていた。第五王国派は「神の祝福すら見受けられない罪にまみれた世俗の人間が、どのような権利から、支配したり統治したりできるというのか」などと、「選ばれた人間」だけが「キリストの王国」を建設すべきであると主張していた。岩井淳はクエーカーや第五王国派は平和共存的な宗派の共生を主張したわけではないと指摘している。ただし、クエーカーのウィリアム・ペンは1681年に建設したペンシルベニア植民地を宗教的な自由のための神聖な実験として、すべての人の良心の自由を保障した。そのため、ドイツ敬虔派に属するアーミッシュや長老派のスコットランド系アイルランド人が到来した。
1806年、プロイセンはイギリスやロシアなどと第四次対仏大同盟を結成してフランスへ宣戦布告するが、10月14日のイエナ・アウエルシュタットの戦いで壊滅した。ロシア軍がプロイセンの救援に赴くが、1807年2月7日-8日のアイラウの戦いでフランス軍と引き分けた後、6月14日のフリートラントの戦いでやはり決定的打撃を受けた。6月21日に3か国の間で休戦協定が締結され、6月25日にはフランス皇帝ナポレオン1世とロシア皇帝アレクサンドル1世が、講和に向けて、プロイセン・ロシア国境のネマン川に浮かぶいかだの上で会談した。7月に合意された講和条約により、プロイセンはエルベ川以西の領土とポーランドを失い、ザクセン王国とロシアにも領土を割譲させられた。これによりプロイセンの人口は900万人から400万人に縮小した。陸軍は4万人に制限され、さらに1億2,000万フランの賠償金を課せられ、賠償金の支払いが終わるまでのフランス軍の駐留を認めさせられた。エルベ川以西のプロイセンの旧領にはヴェストファーレン王国が置かれ、国王にはナポレオンの弟ジェローム・ボナパルトが即位した。ポーランド分割によって独立を喪失していたポーランドはワルシャワ公国として復活し、君主にはザクセン国王のフリードリヒ・アウグスト1世が就いた。ロシアは第四次対仏大同盟から離脱し、対イギリスの経済封鎖である大陸封鎖令に参加した。また、ロシアがイギリスへ宣戦することが確認された（英露戦争）。スウェーデンに対しては、大陸封鎖令に参加させるためにロシアが圧力をかけることとされ、引き換えにその後のロシアによるフィンランドの獲得（1809年）が容認された（第二次ロシア・スウェーデン戦争）。地中海では、カンポ・フォルミオの和約によってフランス領となったもののロシア海軍が占領していたイオニア諸島がフランスへ返還された。