JR東海は2017年（平成29年）6月までに、路線の工事の状況や沿線の事後調査・モニタリングを更新しており、その中では2015年（平成27年）・2016年（平成28年）度の環境調査の結果や岐阜県のウラン鉱床の調査についても公表している。大井川水系の問題に関しても、工事の影響による河川における静岡県静岡市葵区の流量調査を年2回から月1回に変更している。2017年11月1日には山梨県南巨摩郡早川町での第四南巨摩トンネル新設工事における環境保全を一部更新している。2018年1月18日には、工事業者の独占禁止法違反について、工事契約手続きにおいて2017年12月25日分に加えて追加の対応を発表している。2018年2月1日には「第一中京圏トンネル新設（西尾工区）工事」・「中央アルプストンネル（松川）外工事」における環境保全措置を公表すると発表している。2018年2月21日には長野県下伊那郡大鹿村内発生土置き場（旧荒川荘）における環境調査・保全の概要が公表されている。2018年3月20日には「大深度地下の公共的使用に関する特別措置法」に基づく、大深度地下使用の認可申請を行ったことと説明会を実施することを発表している。2018年5月に神奈川県川崎市に行われた説明会資料も公開されている。2018年9月14日には、静岡県・静岡市を始めとした関係自治体に対して作業員宿舎の工事の環境保全措置資料を送付し、静岡県・静岡市には工事着手前の事後調査報告書を提出している。2018年12月には、第一中京圏トンネル新設（大森工区）の工事に当たり、「中央新幹線（東京都・名古屋市間）環境影響評価書【岐阜県】平成26年8月」に基づいた工事中の環境保全・事後調査・モニタリングにおける工事計画を公表している（2019年5月28日更新）。
2019年1月10日には東京都大田区の沿線住民が国土交通省に「JR東海の説明は不十分だ」として、大深度地下の使用許可の認可取り消しを審査請求した。神奈川県でも同月21日の報道では「住宅地の地下で工事が行われることになり、地盤の陥没や有害物質の排出が懸念される」として同様に認可取り消しの請求を行っている。
談合事件で、2018年3月23日に公正取引委員会が独占禁止法違反で大林組・清水建設・大成建設・鹿島建設の4社および大成と鹿島で中央新幹線に係る建設工事の受注等の業務に従事していた2名を告発しているが、否認しているとみられる大成建設・鹿島建設については公判が始まっていないものの、行政罰の課徴金納付命令は違反から5年経過すると出せなくなるため、課徴金の納付命令に向けて審査を本格化させることが同年10月22日に報道されている。
世界初の予言機械「モスクワ1号」がソビエトで開発され、各自由諸国における天気予報から株価予測、各種の経済指数まで正確に的中させていた。日本もそれに対抗するため、中央計算技術研究所の「私」（勝見博士）が予言機械「KEIGI-1」を開発した。「KEIGI-1」は、人の脳波から、記憶や人格をも再現することができるようになっていた。ソビエトでその後開発された「モスクワ2号」は、未来は共産主義の世の中になるとの予言をし、アメリカはそれに対し抗議を表明し、国際友好をおびやかす政治的予言が非難された。日本のプログラム委員会や統計局もそれに影響され、政治問題に結びつきそうなものを制限し、新しいプログラムを研究所に要請した。一個人の人間の未来を予言してみることにした「私」と助手の頼木は、街で見かけた或る中年男に目をつけ尾行した。男は誰かと待ち合わせしていたが、すっぽかされ愛人のアパートに入っていった。部屋の位置を頼木が確かめに行き、「私」と頼木はひとまず引揚げた。翌日、男が部屋で殺されたという記事が新聞に載った。愛人の女が殺しを自供していたが、状況から犯人は女とは思えなかった。男を尾行していたことをタバコ屋に見られていた「私」と頼木は、自分たちに嫌疑が及び、そこからマスコミに研究所の仕事をかぎつけられることを危惧した。先手を打って真犯人を捜し、予言機械を犯罪捜査に利用できる道を考えた「私」と頼木は、統計局の協力で、警察から男の屍体を中央保険病院に運び、大脳皮質の反射を機械にかけ、生前の記憶を解析した。男の神経の痕跡は、愛人が或る病院で妊娠3週間の堕胎手術を受けて7千円をもらい、その後同じ境遇の妊婦を紹介するブローカーの内職で報酬を受けていたことを語った。「私」に脅迫電話がかかって来た。面倒なことに巻添えをくったと「私」は考えたが、頼木の意見もあり、さらに女も連れ出し機械で調べようとするが、途中で女が毒殺され、神経反応も調べられなくなった。そのとき頼木が世界では哺乳動物の母胎外発生の研究がひそかに盛んに行われていると言い出し、水棲哺乳類を見たことがあるという話をした。前回子宮外妊娠をして、堕胎の処置を迷っていた「私」の妻が、何者かにおびき出されて胎児を堕胎させられた。「私」はこれまでの経緯に何か仕組まれた意図を感じ、頼木がこの件の首謀者ではないかと疑い出した。「私」は頼木と一緒に、中央保険病院の山本博士の義兄が所長をしているという母胎外発生研究所へ行ってみた。そこは鎧橋を渡ったところにある研究所で、水棲鼠や水棲豚などが飼育されていた。「私」は妻が堕胎手術を受けた場所が山本研究所ではないかという確信を深め、妻を予言機械にかけようと思った。「私」は奪われた自分の子供（胎児）が水棲人間として成長し、「私」に抱く感情や暗い未来を考え、胎児を殺してしまいたかった。そのとき「私」の行動を阻止する脅迫電話が再びかかってきた。それは「私」自身の声だった。その声は第一次予言で「私」の未来を見た第二次予言値だった。機械を操作しているのは頼木だったが、それを指示しているのは〈私〉だったのだ。「私」は〈私〉が雇った暗殺者の男と一緒に、実は水棲人間養育場の委員会となっていた「私」の研究所へ行った。〈私〉は、未来を知ったときの「私」が何をするのかすでに予言していて、「私」は殺されることになっていた。「私」の第二次予言値である〈私〉は、「ある未来を救うために、べつの未来を犠牲にしなければならないような時代には殺人もやむを得ない」と言った。「私」の開発した予言機械は、地球がやがて地下の火山活動による海水の生成により水没することを予言し、その対処のために研究員たちにより水棲人間養育がすでになされていたのだった。