蓬萊学園の設定自体はリアルタイムに現実と同じ時間で進行していくという形式がとられたため、学園の設定は年度によって異なる部分も多い。学園がどう変化していくかは、ユーザーのプレイレポートを参考にして決められていた。これは「テーブルネット構想」と呼ばれ、ユーザーが動的に公式の世界設定を作ることができたプレイバイメール版『蓬萊学園の冒険!!』の楽しさをTRPGでも再現することを狙ったものであるが、プレイバイメールの時ほどの盛り上がりはみせなかったようである。
蓬萊学園が存在する宇津帆島は広大な地下空間「月光洞（げっこうどう）」への入り口が存在する。月光洞はいわゆる地球空洞世界であり、地上とは全く異なる生態系と文明が存在している。月光洞は異世界ファンタジー冒険もののシナリオを行うための舞台として用意された空間で、サプリメント『蓬萊学園の探検!!』で詳細に扱われている。
広大な敷地に様々な建築物が存在する蓬萊学園だが、その中でもひときわ特徴的なものが旧図書館である。戦前より世界中の貴重な書物を集めた図書館であり、地下へ向けての度重なる改築のためその全貌を誰も知らない魔窟と化している。また、蔵書の中に大量にある魔導書の影響なのか、図書館の中では通常は起こりえないような不思議なことが起こる一種の異次元空間となっている。さらにはどういうわけか未知の怪物まで巣くっている。この図書館はあまりに危険なためにすでに一般生徒は利用しないようになっているが、ここに埋もれた貴重な書物を発掘するために探検隊が幾度となく組織されている。この図書館探索は非常に危険なもので毎回人死にを出す過酷なものでもある。この旧図書館は蓬萊学園でダンジョンアドベンチャーを行うための舞台として用意された建物で、ここを探索するシナリオも何本か出版されている。
非常に進んだ自治がなされており、授業以外の衣食住、立法・行政・司法、果ては軍事にいたるまでのすべてを生徒が課外活動もしくは生徒会活動として自主的にまかない、10万人の生徒が思い思いに生活・行動をしている。中にはテロや犯罪に近い活動を行うクラブもあり、それらに対抗するために学園の治安を守るいくつかの委員会も武装化している。武闘派のクラブや委員会は銃器や刀剣など殺傷力のある武器を所持しているのはあたりまえで、潜水艦、戦闘機、大量破壊兵器などを保有しているものまである。そのため、クラブや委員会同士の抗争によって人死にが出ることもある。大規模な抗争が起こった場合は学園そのものの存亡に発展することさえある
正式名称は「私立蓬萊学園高等学校」。東経140度31分、北緯20度50分、東京の南約1800kmの洋上に浮かぶ、東京都台東区に属する南方の島・宇津帆島（うつほじま）に建てられた全寮制の巨大高校。生徒数は推定10万人。校風は「自由」。地理的な理由も存在し、日本からはほぼ政治的に独立した閉鎖地域になっており、実質的には一個の国家として国際的に半ば認知されている。
蓬萊学園がある宇津帆島には「応石（おうせき）」と呼ばれる古代文明のオーパーツが点在している。応石は漢字が一文字だけ書かれている宝玉で、これを所持するものはその漢字が象徴する力を引き出すことができる。これを使って行為判定を有利にすることができる。具体的には応石が使われた場合、行為判定の簡単値に漢字の画数と同じだけのボーナスが与えられる。例えば「風」の応石ならば+9のボーナスがつく。それぞれの応石がどのような行為判定に使用できるかはルールでは決まっておらず、プレイヤーからゲームマスターに提案する。例えば「"風"の応石をつかって高速で空を飛ぶので移動の判定にボーナスをください」などと提案するである。
行為判定は下方判定に属する。六面体サイコロを三つ振り、出目の合計が「能力値またはクラブのレベル+簡単値」以下ならば成功とする。簡単値とはゲームマスターが設定する目安で、数字が大きいほどその行為が容易であることを示す値である。クラブは100を超える数が存在し、クラブごとに何ができるかはルールでは決まっていない。行為判定ごとのクラブ技能の使用の可否についてはプレイヤーからゲームマスターに提案する。このとき、ルールブックに付属している「学園案内」やその他の蓬萊学園の設定資料を根拠にしなくてはならず、例えば「このクラブはこういう歴史があるため、部員はこういうことが得意だろう。だからこの行為判定にこのクラブ技能は使用できるのではないか」というように提案する。学園の設定の読み込みがそのままキャラクターの強さにつながるわけである。
セクストゥス・アップレイウス（Sextus Appuleius）はプレブス（平民）出身の共和政ローマの政治家・軍人。紀元前29年にオクタウィアヌスと共に執政官（コンスル）を務めた。
チボリシステムズ社はTME10 (Tivoli Management Environment 10)シリーズを中心としたシステム管理ソフトウェアの開発販売企業であった。TME10製品の特徴として、オブジェクト指向のTivoli Management Framework (TMF)の上で稼働する事で、マルチプラットフォーム環境でも、各プラットフォームへの依存が少ないシステム管理環境を構築できるとされた。IBMは1996年3月にチボリシステムズ社を買収して、IBMソフトウェア事業部に統合した。チボリシステムズ社の製品は、IBMの従来からのシステム管理製品であるNetView、SystemView、ADSMなどと統合され、「Tivoli Software」ブランドとなった。IBMは更に、2004年4月には監視ソフトウェアのOMEGAMONシリーズを持つCandle Corporation社、2005年12月には大規模監視ソフトウェアのNetCoolシリーズを持つMicromuse社、2006年10月には資産管理ソフトウェアのMaximoシリーズを持つMRO Software社を買収し、それぞれTivoliブランドに追加・統合した。