本作ではシリーズの他の作品のような独特の成長システムを持たず、システム的にはオーソドックスな物である。その一方で、シナリオ上はプレイヤーキャラクターの入れ替わりが多い。パーティの人数は最大5人で、それを3人までと2人までの2つのグループに分け（一方のグループに1人もいないという選択も可能）、2つのグループの一方を前列、もう一方を後列とするという独特の隊列システムを持つ。メンバーの入れ替わりに応じて3人の側を前列とすべきか2人の側を前列とすべきかが変わるケースもある。各キャラクターには利き腕が設定されており、武器攻撃中心のキャラクターでは利き腕に武器を、逆腕に盾を持つ。両利きのキャラクターは盾を装備することができず、両手に武器を持つ（これは両利きのキャラクターに対応する盾が存在しないためである）。弓と矢は両手を使用し、利き腕に矢を、逆腕に弓を持たなければ本来の性能を発揮できない。魔法はシリーズ前3作のように店で買うシステムではなく、キャラクターのレベルの上昇と同時に覚えるシステムが採られている（ただし、一部の魔法や召喚魔法はイベントで習得する）。また、「魔法のレベル」の概念が無くなり、各魔法ごとに消費MPが設定されているというシステムになっている。また、HPが0になった時の表現は、前3作では「死亡」であったが、本作以降では「戦闘不能」という表現に変更された。これにより、ストーリー上の「死」と戦闘における従来の「死亡」とが区別されるようになり、戦闘で死んだはずのキャラクターがイベント上で行動や会話をするという矛盾がなくなった。前3作と異なり、本作では主人公を始めとするキャラクターには予め設定されたデフォルトネームが存在し、ゲーム開始時にプレイヤーがプレイヤーキャラクターの名前入力を行う必要がなくなった。また、それぞれのキャラクターの名前はゲーム中の各地に存在する「ネミングウェイ」という人物に話しかけることによって任意に変更が可能となる（DS版では不可）。
2006年は上田佳範、井上一樹、英智らと外野のポジションを争い、オープン戦の活躍により2番・中堅手として開幕スタメンを果たした（チームとして福留以来七年ぶりの新人の開幕スタメン）開幕2戦目でプロ初安打を記録し守備では山崎浩司の左中間に抜けそうな当たりをダイビングキャッチするというファインプレーをみせた。しかし5試合目からはスタメンを外れ、以後は主に守備固め・代走として出場した。日本シリーズでは第四戦の8回裏中堅の守備固めで日本シリーズ初出場。2007年右打席に専念、春季キャンプにおいて、ほぼ毎日3時間かけて1562スイングと荒行を成し遂げるも、落合博満監督は「これから毎日だよ。足りなけりゃ4時間でも5時間でもいい。長くなってくるよ。限界?限界なんてあるか」と発言。藤井の目標は「総合アップさせたい。1日1600スイングで鍛える」であった。前年よりもスタメンの機会も増えて、プロ初打点を記録した。初本塁打は広いナゴヤドームで右打席で逆方向にホームランを放っている。守備固めや代走での出場も含め前年より出場機会が増えた。2008年は4度の二軍落ちを経験するなど出番に恵まれなかった。オフに野手として初めてドミニカ共和国のウィンターリーグに新井良太、前田章宏と共に派遣された。リセイ・タイガースに所属して終盤に登録され、3打数1安打の成績であった。ドミニカ留学を機に両打ちを再開した。2009年5月に2歳年下の女性と結婚。厳しい外野争いを勝ち抜いて、センターのポジションを獲得。シーズンを通してほぼスタメンで出場し活躍。春季キャンプ中の練習試合では左右両打席でヒットを放ち、オープン戦で好成績を残し、好調のまま迎えた公式戦では開幕直後の6試合で4本塁打と前3シーズンにおける自身の通算本塁打数（3本）を更新した。6月30日の対阪神戦では、3点差をひっくり返す、プロ入り初の逆転満塁本塁打を放った。9月6日の対横浜ベイスターズ戦（新潟）で和田一浩と交錯して骨折し戦列離脱。結局、規定打席には8打席届かなかったが2割9分9厘49打点と自己最高の成績を残した。10月17日、東京ヤクルトスワローズとのクライマックスシリーズ第1ステージ初戦にスタメン出場し3安打と戦力として復帰した。しかしチームはクライマックスシリーズ第2ステージで敗退する。2010年は、ディオニス・セサル、大島洋平、野本圭、堂上剛裕らによる厳しいポジション争奪戦になったが、夏以降にはスタメンの機会が増えた。8月21日ヤクルト戦（ナゴヤドーム）では6番ライト、2打数1安打1四球で決勝のホームを踏み、守備では2補殺と6回畠山の打球を全力で走り好補し守備でも大活躍でお立ち台に上がった。しかし、飛躍した前年に比べ、出場機会は減り、大きく成績を落とした。日本シリーズでは最後の打者となった。2011年は開幕を二軍で迎えた。二軍では首位打者を狙えるほどの活躍をして、何度か一軍に上がったが、そのたびに二軍落ちし、一軍定着はできなかった。プロ入りして最低の20試合の出場に留まった。ポストシーズンでは一軍登録され、日本シリーズではライトとして2試合にスタメン出場した。2012年は開幕一軍でシーズンを迎え、7月8日の横浜DeNAベイスターズ戦（ナゴヤドーム）延長10回裏、満塁の場面でライト前に自身初のサヨナラ打を放った。この日のヒーローインタビューで、4月1日に長男が誕生したことを明かした。2013年はオープン戦からホームランを放つなど開幕一軍を果たし、出場機会が少ないながらも5月には補殺数で両リーグトップに立った。8月の中旬からは1番センターに定着し、8月の月間打率.378、ホームラン4本と大活躍、9月1日にケガをして戦列離脱した期間を除いてはフル出場を果たした。最終的に規定打席には不足するも打率.303を記録した。2014年は二軍で開幕を迎える。4月6日に登録されるが、5月3日に抹消。6月15日に再登録されると、同日のオリックス戦で逆転の口火を切る安打を放ちチームの逆転勝利に貢献した。その後も一軍に帯同し、8月5日には、自身初となるサヨナラ本塁打を故郷・豊橋で放ち、8月29日には8回と11回にいずれも左打席でプロ初の1試合2本塁打を放った。2015年、自身の誕生日でもある5月20日の対広島東洋カープ戦にて逆転3ラン本塁打を放ち、前年に引き続いて故郷・豊橋で大活躍した。さらに7月12日の対広島戦（ナゴヤドーム）では延長12回にサヨナラ本塁打を打つなど得点圏打率.405と勝負強さを発揮し、自身最多となる118試合に出場して打率.295、6本塁打、45打点を記録した。この年に初めて国内FA権を取得したが行使せず残留を表明。10月1日に第2子となる次男が誕生した。2016年　87試合に出場し7月11日横浜スタジアムでは、自身2本目となる満塁ホームランを放った。この年シーズン途中に海外FA権を取得した。2017年　自己最多となる128試合に出場し、6回のお立ち台に立つ活躍を魅せた。9月24日の本拠地最終戦での森野将彦の引退試合でもサヨナラ打を記録した。2018年7月29日に通算1000試合出場を達成した。