仙台藩が仙台城下に軟禁した奥羽鎮撫総督府の九条総督らは、列藩同盟にとって重要な「錦の御旗」だった。ところが、九条総督らが新政府側の佐賀藩・小倉藩によって騙し取られてしまうという事件が起こる。そこで6月、仙台藩と会津藩は、上野戦争かられ逃れてきた孝明天皇の義弟・輪王寺宮公現法親王（後の北白川宮能久親王）を仙台城下に迎え入れ、輪王寺宮を「新たな錦の御旗」として、列藩同盟の盟主に据えた。当初は軍事的要素も含む同盟の総裁への就任を要請したが、6月16日に盟主のみの就任で決着した。仙台藩と会津藩には、輪王寺宮を「東武皇帝」として即位させる構想があった。ただし、史料が限られており、輪王寺宮の即位の有無には議論がある。この新朝廷においては、仙台藩主・伊達慶邦は征夷大将軍に、会津藩主・松平容保は征夷副将軍に就任する予定だったとされる。詳しくは北白川宮能久親王#「東武天皇」即位説の項を参照。
文久の改革後、京都守護職および京都所司代として京都の治安を担当していた会津藩藩主・松平容保および桑名藩藩主・松平定敬の兄弟は、京都見廻組および新撰組を用いて尊王攘夷派の弾圧を行い、尊王攘夷派・のちの新政府（薩摩藩・長州藩）から恨みを買っていた。また鳥羽・伏見の戦いにおいて会津藩と桑名藩は旧幕府軍の主力となり、この敗北によって朝敵と認定されていた。また江戸薩摩藩邸の焼討事件での討伐を担当した庄内藩藩主・酒井忠篤は、新政府によって会津藩への報復と同様の報復がなされることを予期し、以後両藩は連携し新政府に対抗することとなった（会庄同盟）。
東海道の小田原以西の諸藩は新政府に対して恭順したため、東征軍の通過当初は戦闘が起きなかった。しかし、林忠崇率いる請西藩兵及び遊撃隊を中核とする旧幕府側武装勢力が房総半島から江戸湾を横断して、閏4月15日に真鶴半島へ上陸した。諸藩の脱走者等も加わってその兵力は約300人に達し、小田原藩や韮山代官に協力を働きかけた。新政府軍は林や遊撃隊が彰義隊に呼応して行動することを警戒し、上野戦争直後の旧暦5月18日（1868年7月7日）に小田原藩に対して鎮圧準備を命じた。事態を知った遊撃隊側が箱根関の小田原藩兵・中津藩兵を攻撃すると、小田原藩は一時的に佐幕派に方針転換して遊撃隊を小田原城下に招き入れた。その後、旧暦5月24日に至って小田原藩は新政府側に藩論が戻り、林や遊撃隊らは小田原藩兵の追撃を受けつつ館山などへ海路撤退した。
徳川慶喜が謹慎していた上野・寛永寺には、江戸無血開城によって江戸の治安を統括する組織として認定されていた旧幕府勢力・彰義隊があった。この存在は幕府主戦派から“裏切り者”呼ばわりをされていた勝海舟にとって、一定の成果ではあった。しかし実際の彼らは新政府への対抗姿勢を示し、新政府軍兵士への集団暴行殺害を繰り返した。勝との江戸城会談で当事者となった西郷隆盛は、彰義隊をどうにか懐柔しようとしていた幕府恭順派である勝との関係の手前、対応が手ぬるいとの批判を受けた。大総督府は西郷を司令官から解任し、長州藩士・大村益次郎を新司令官に任命。大村は海江田信義ら慎重派を制して、武力による殲滅を主張した。新政府側は、1868年5月1日に彰義隊の江戸市中取締の任を解くことを通告、新政府自身が彰義隊の武装解除に当たる旨を布告した。これにより彰義隊との衝突事件が上野近辺で頻発した。東北地方・北海道および新潟で仙台藩藩主・伊達慶邦らにより奥羽越列藩同盟が結成された2週間後の5月15日（同7月4日）、新政府軍・約10000人は彰義隊・約4000人を攻撃し、上野戦争が始まった。新政府軍は佐賀藩が装備した新兵器・アームストロング砲を活用し、彰義隊を狙い撃ちにした。彰義隊はなす術もなく崩壊し、上野戦争はたった1日で新政府軍の圧勝となった。
敵国イギリスと対照的に、フランス海軍は混乱の最中にあった。艦隊を構成する船の品質は高かったものの、5年前の革命の開始以来、他の組織と違わず指揮系統はずたずたにされていた。恐怖政治によって多くの熟練した水兵や士官が死に追いやられるか追放され、代わりに政治的な理由で任命された士官や徴集兵が大西洋艦隊に充足されたが、徴集兵の多くは海に出たことすらなかった。従って、艦と兵器の質の高さは、それを使用する乗組員の質と全く釣り合っておらず、兵員はほとんどが訓練不足で未熟だった。フランス全土を覆っていた食糧問題は、兵の質の問題をより一層悪化させた。当時、兵には何か月も艦隊の給与が払われず、食事も満足に行きわたっていなかった。これらの問題は1793年8月にブレストで頂点に達した。食糧不足に不満をつのらせた正規の水兵が反乱を起こし、指揮官の命令に従わずに食糧を求めて艦を入港させたためにフランスの沿岸は無防備となった。これに対し国民公会は上級士官と下士官の一部を直ちに処刑して応酬し、さらに数百人もの士官と兵が収監若しくは海軍からの追放・解雇を受けた。こうした粛清行為が艦隊にもたらした影響は壊滅的で、革命下でも海軍に残っていた有用な将兵の多くが一挙に排除されたために、艦隊の戦闘能力は著しく低下した。その後釜には、国民公会への忠誠度を基準に下士官、商船の船長、さらには一般の市民すらも取り立てられたが、艦隊を指揮する能力を持ったものはほとんどその中にいなかった。