2009年オフ、ブルース・ボーウェン、カート・トーマス、ファブリシオ・オベルトとのトレードでサンアントニオ・スパーズに移籍する。移籍後、最初のシーズンはスパーズの豊富な数のプレーコールになかなかうまく対応できず、NBAデビュー以来2番目に悪い平均得点でシーズンを終えた。うまくフィットしなかったこともあり2010年オフに契約を解約しFAとなり、有力なメディアもスパーズとの再契約はないと報じるなど移籍は決定的と思われていたが、4年3900万ドルでスパーズと再契約を結んでいる。2010-2011シーズン序盤では主にシュートセレクションと3ptの正確性が前のシーズンとは見違えるようになり、スパーズの戦術に欠かせないピースの一つとなった。そのことについてジェファーソンは「スパーズに加入した選手は2年目に良くなる、とずっと言われていた。昨シーズンの間ずっと、今シーズンが本当に待ち遠しかった」と話している。しかしながら、ジェファーソンのスタッツは年々落ちていき、2011-12シーズン途中のトレードデッドライン直前に、スティーブン・ジャクソンとの交換で、引退を表明していたT.J.フォードとの契約権、将来のドラフト指名権と共に、ゴールデンステート・ウォリアーズへ放出された。
2008年オフ、ネッツは再建を図るためにジェファーソンのトレードを決意。ジェファーソンはルーキーイヤーから7年間過ごしたネッツを去り、ミルウォーキー・バックスへ移籍した。バックスではエースのマイケル・レッドとのデュオが注目を集めたが、レッドは故障でシーズンの大半を欠場し、ジェファーソンは孤軍奮闘を強いられ、チームはデビジョン最下位に沈んだ。
アリゾナ大学に在学中、2001年のNBAドラフトでヒューストン・ロケッツから1巡目13位指名を受けるも、開幕前にトレードでニュージャージー・ネッツに入団した。以降、2008年までネッツ一筋でプレーしている。ルーキーシーズンは、79試合に出場、9.4得点、3.7リバウンドの記録を残す。2002年には、チームを去ったスモールフォワードのキース・ヴァン・ホーンの後釜としてジェファーソンは先発メンバーとしてその才能を発揮させるようになる。03-04シーズンでは、82試合すべての試合に出場した。同シーズン、スモールフォワードであるにもかかわらず、フィールドゴール成功率でリーグ12位にランクインする活躍を見せた。2004年オフシーズンには、アテネオリンピックアメリカ代表としてもプレーした。04-05シーズン開幕からはチームの大黒柱ジェイソン・キッドの怪我やケニオン・マーティンらの主力放出により孤軍奮闘を強いられたが、キッドの復帰に加え、トロント・ラプターズのエースヴィンス・カーターをトレードで獲得し、NBA屈指のトリオ(ビッグ3)が誕生した。だが、直後にジェファーソンが右手の靭帯断裂の大怪我をしてしまい、シーズン中3人が同時に出場したのは8試合にとどまった。05-06シーズンには3人そろってプレー。ジェファーソンは周囲から「カーターとポジションがかぶり、2人の能力が出せなくなってしまう。」と言う不安をうけていたが、そんなことはほとんどなく、上手くコート上に共存している。カーター加入後は第2オプションとしてプレー。得点は下がったものの、FG成功率はアップした。06-07シーズンは右足首に怪我を抱えたままのプレーが続き、成績は下降。2007年1月には手術を決意し、戦線から離脱した。シーズン中の復帰は絶望と見られていたが、3月には復帰。彼の不在で低迷していたチームもシーズン最終戦には勝率5割に達し、プレイオフに進出した。故障から立ち直ったジェファーソンは07-08シーズンにはカーターに代わってチームの得点源として目覚しい活躍を見せ、「故障に弱い」というイメージを払拭して全82試合に出場し、平均22.6得点の好成績を残したが、ネッツはシーズン序盤から不調に陥り、さらにジェイソン・キッドがチームを去ったため、プレーオフ進出は果たせなかった。
クリン＝リントナー式（the Klien-Lindner locomotive）は、一見して外側台枠式のn動軸（一般的にはn≧4）の機関車に見えるが、第1・第n動軸を中空軸（左右の動輪を連結する）とし、その中に中央部に特殊な球状の歯を切った中実軸を通して中空軸の内側に刻まれた溝と中実軸側の角状突起を噛み合わせることで、中空軸による首振り動作を許容しつつ、n動軸全てについて単純な連結棒（サイドロッド）による動力伝達を可能とするギアードロコの一種である。また、この第1・第n動軸の左右の各動輪それぞれの直近を2頂点とし、中空軸を1辺とする三角形のサブフレームを取り付け、その重心位置で台枠と首振り・スライド可能なピンを用いて結合し、それぞれの残る1頂点同士を関節によって連結することで首振りの範囲を制限する、一種のラジアル機構も備わっていた。 第1・第n動軸の機構は複雑精緻で保守にも一定以上の技術水準を求められるが、それ以外は通常型蒸気機関車と変わらず、アメリカのギアードロコのように弁装置が通常の何倍もの高速回転を強いられることもないため、高速運転でも通常型機関車に遜色がない。但し、両端の動軸に復心機構が備えられないため、曲線通過時のフランジ摩耗などの点では有利であるが、その反面車体のローリング時にこれを抑止する手段が無く、直線区間での直進安定性や曲線区間への進入時の安定性を欠くことになりやすい、という問題があった。 元々はイギリスでアーサー・ヘイウッド（Arthur Heywood）により1877年に考案されたが、同国では実用化に至らず、1890年になってドイツのエヴァルド・クリン（Ewald Klien）とハインリヒ・リントナー（Heinrich Lindner）という2人の技術者によって実用化され、ザクセン州立鉄道向けを皮切りとしてドイツ国内の大手メーカー各社で大量に製造され、主として軌道条件が劣悪であるにもかかわらず、牽引力が要求される産業用機関車や野戦軍用軽便鉄道などに供給された。 日本ではコッペル・ギアシステムの採用による特許料支払いを回避する目的で、日本陸軍向けK1・K2形にのみ採用された。