今作ではバッテリーバックアップ機能が搭載されており、進行状況をセーブできる。セーブはお化け屋敷・スイッチの宮殿・城・砦をクリアしたときに行うことができる。ただし、マリオの状態や残り人数などは記録されず、再開する場合は必ず残り人数5人、通常のマリオ（ルイージ）、得点・コイン枚数ゼロの状態からスタートする。GBA版ではマップ中またはステージ中にスタートボタンを押すことでいつでもセーブでき、状態、残り人数、スコアも保存されるようになった。
2人プレイ時には過去シリーズと同様に1Pがマリオ、2Pがルイージとなり、交代しながらゲームを進める。今作では、片方のプレイヤーがミスした時やコースクリアした時に加えて、一度クリアしたコースでポーズをして途中で抜け出した時でも交代になる。2人で同じワールドを攻略していくことのほか、今作では新たに二手に分かれて攻略していくことも可能となった。また、コントローラーを本体に1つだけ接続している場合、同じコントローラーでマリオとルイージを交互に操作することができる。操作するキャラクターの残り人数が0になるとゲームオーバーとなる。今作ではマリオとルイージの間で残り人数の受け渡しが可能で、一方のゲームオーバー時にもう一方から受け取ることで復帰できる。
今作のマリオとルイージのジャンプ方法は、普通のジャンプのほか、回転しながらジャンプする「スピンジャンプ」がある。このスピンジャンプにより、通常踏むことのできない敵の上にも乗ることができるほか、通常のマリオ（ルイージ）状態以外のときにスピンジャンプをすると足元の「クルクルブロック」（叩くと回転するブロック）を破壊することができる。ただし、ジャンプの高さは通常のジャンプに劣る。ダッシュ時に1マス分の隙間を駆け抜ける際には1回飛び越えると失速するため、過去作のように2個以上の隙間を連続で駆け抜けることはできなくなっている。前作『スーパーマリオブラザーズ3』同様、甲羅など物を持つことができる。今回は持ったものを上に投げたり、投げずに地面に置いたりすることもできる上、XとYボタンを駆使すれば2つのものを同時に持つことが可能（甲羅とブルブルブロックのように、ぶつかると消える組み合わせは不可）。また今作では水中で物を持つことができるようになった。水中で物を持つと浮力が発生し、ジャンプボタンを押さずに十字キーで泳ぐことができる。アクション画面の上部中央の枠にはパワーアップアイテムを1つだけストックすることができる。通常のマリオ（ルイージ）状態以外の時に新たなパワーアップアイテムを取ると、それまで使っていたアイテムが枠にストックされ、ダメージを受けると枠内のアイテムが自動的に降ってくる仕組みになっている。また、パワーダウンするアイテムを取った場合は、取ったアイテムの方がストックされる。また、ダメージを受けなくても、SELECTボタンを押せばいつでも枠内のアイテムを取り出し、現在のアイテムと入れ替えることができる。ただし取り損ねたり、取る前にミスするとそのまま失うことになる。
マリオとルイージは、バカンスを楽しむためにピーチ姫と一緒にはるか南の島国「恐竜ランド」のヨースター島を訪れた。しかし、島に到着するやいなやピーチ姫が姿を消してしまう。必死に探すマリオとルイージだが、見つかったのは島のはずれにあった卵だけ。中からはヨッシーと名乗る奇妙なドラゴンが現れた。彼の話によると亀の姿をしたバケモノにより仲間のヨッシーがさらわれてしまったという。ヨッシーの頼みを受け、囚われたヨッシーの仲間たちとピーチ姫を取り戻すべく、マリオたちは謎に満ちた恐竜ランドを舞台に新たな冒険を繰り広げるのであった。
アンダースローの左投手。女性初のプロ野球選手として、1975年東京メッツにドラフト1位で指名された。「医学上女性が支配下選手として登録出来ない」という当時の野球協約を乗り越えて入団する。当時、アンダースローの左投手は日本プロ野球界には存在しなかった。球威はない がコントロールに優れ、後に「ドリームボール」という決め球を持つ。ストッパーとして、勝ち試合の9回2アウト2ストライクからの「1球限定」起用が多かった。高校女子野球部に在籍中、東京メッツの岩田鉄五郎にその素質を見出される。プロ野球には全く興味がなく、獣医を目指して大学進学の受験勉強をしていた。入団の説得に日参する岩田を嫌い、ソデにし続けるが、岩田の「1年だけでいいから俺の夢を叶えてくれ」との涙ながらの訴えに心を動かし、入団を決意した。ドリームボールは、2軍の捕手である武藤兵吉が、夢の中で水原が次々に空振りを取るのを見て考案したことからそう名づけられた。武藤が広島カープにトレードで放出された後、岩田がコーチを引き継ぎ、ボウリングを取り入れたトレーニングなどもあって水原はドリームボールを身につける。老練な岩田の策に則り、ドリームボールそのものの存在をも駆け引きに使い（メッツのチームメイトにすら「ドリームボールは存在しない」と思わせたことも）、ワンポイントリリーフとして多くの打者を討ち取る。武藤との対戦も、ドリームボールを待っていた武藤に対しドリームボールを使わずに討ち取るが、打倒ドリームボールの妄執に憑りつかれた武藤との再戦にはキャッチャー岩田鉄五郎の指示に従わずドリームボールを投げるも打たれてしまう。ドリームボール以外ではシュートやカーブといった変化球も投げるが、元々は変化球を投げていたのではなく、水原のキャッチャーを務めた野球部の主将や帯刀守によれば、ストレートがバッターの手元で多彩に変化しているという『野球狂の詩 平成編』において、40歳を超えて投手コーチ兼現役投手として復帰した。復帰後はかつてのチームメイト国立の娘・珠美を入団させた。2000年には少なくとも10セーブ以上を挙げ（10連続セーブの記述から）、13億でポスティングによりメジャー移籍かと騒がれた。2003年には岩田監督の負傷休養の間、やはり女性では初になる監督代行もつとめる。2005年の『野球狂の詩VS.ドカベン』では、『ドカベン』の主人公・山田太郎と日本シリーズで対決する。『ドカベン ドリームトーナメント編』では広島東洋カープの選手として登場、師である武藤と再びチームメイトとなった。