各個教会の運営も会議制が採られている。教会総会における選挙によって、現住陪餐会員（後述）の中から役員を選び、役員会を組織する。役員会の呼称は、旧教派・教会の伝統や特色によって、長老会、執事会など、異なることも多い。役員会は教会担任教師の主任者が議長となって、伝道や教会の運営に関する主要な事項を決定・実施する。教会総会と役員会の責任分担や権限の範囲の理解も、旧教派・教会の伝統や特色によって異なることがある。
17の教区があり、教区内の各個教会間の宣教・伝道協力の場となっている。教団と同じく会議制で運営され、教区総会・教区議長がおかれる。各個教会に対する教区の拘束力は、それぞれの旧教派からの伝統や習慣によって少しずつ異なる。以下、全国の教区……北海教区、奥羽教区、東北教区、関東教区、東京教区、西東京教区、神奈川教区、東海教区、中部教区、京都教区、大阪教区、兵庫教区、東中国教区、西中国教区、四国教区、九州教区、沖縄教区（全17教区）
会議制を採る。全国にある17の教区の代表による日本基督教団総会が最高意思決定機関で、その議長である日本基督教団総会議長が代表者である。また、日本基督教団組織の執行責任者として総幹事がおかれる。
阪神・淡路大震災の救援のために、阪神大震災救援活動センターが設けられ、桑原重夫が統括責任者、菅澤邦明が被災者仮設住宅問題実行委員長に就任した。被災者救援の話し合いのため1995年2月1日、桑原と菅澤は関西学院理事会を訪問した。菅澤が理事会の席上でナイフを取り出して突きつけたために、関西学院から教団に抗議文が送られた。菅澤はマタイによる福音書11章15節でイエス・キリストが行った宮清めに基づく活動と主張した。
1977年4月に日本基督教団福音主義教会連合が結成された。福連は1979年に独自の教師検定試験を行い、合格者の按手礼を行ったが、後宮俊夫議長と常議員会はこれを認めず、1983年に信仰職制委員会はこの按手の有効性を否定した。また日本基督教団の主流派は、教団の中に教会を作るものであるとして、教会連合を批判した。そのため教会連合の中には、日本基督教団から離脱した教会もある。
「九・一、二（きゅうてん　いちに）事件」と呼ばれる、1969年9月1日の教文館会議室で行われた会より、教団紛争に突入した。教会派は、飯清教団議長、木村知己書記、高倉徹総幹事、常任常議員、高崎毅、島村亀鶴、大村勇、森里忠生、北森嘉蔵、小川清司、秋山憲兄、長谷川保。社会派は、土肥昭夫、桑原重夫、大塩清之助、吉松繁、徳永五郎、辻建。社会派は、毛沢東の造反有理から造反派、問題提起者とも呼ばれる。
戦後の教団の再形成がひとまず決着し、新たな歩みがはじまった時代は、日本における未曾有のキリスト教ブームの時代で、1950年代には盛んに伝道活動が行なわれた。しかし、戦後の高度経済成長期に入ってキリスト教ブームが一段落すると、戦時体制のもとで成立した教団として抱えてきたさまざまな問題や矛盾と直面することになった。
1945年の敗戦により、宗教団体法が廃止されると、教団も教団統理者制を廃止し、1946年には教憲・教規を定めて会議制に移行するなど、教団も戦時体制の清算と新たな体制への移行につとめた。しかし、1941年の合同そのものをよしとしない教派や合同教会のスタイルと相容れない教派、海外ミッションとの関係がある教派は、教団を離脱することになった。教団に残留することになった各教派・各教会は、戦時体制を脱却した新たな教団の形成に向かうこととなるが、それに際して2つの問題に直面することとなった。
1944年の復活節の日に、日本基督教団は大東亜共栄圏のキリスト教徒に、現代の使徒的書翰「日本基督教団より大東亜共栄圏に在る基督教徒に送る書翰」を送った。
劉裕は宋を成立させる過程に当たって、かつての桓温と同じように東晋時代に大規模な土断を行なって戸籍の把握に務めている。宋時代から南朝では現物交換経済から貨幣経済への転換・発展が急速に進んでいた。このため商人は暴利をむさぼり、官吏は汚職を行ない、国勢の衰退の一因となった。また当時の基軸貨幣である銅銭の材料である銅の絶対的不足で経済の発展が阻害され、窮余の一策として宋は民間での貨幣鋳造を許したが、逆に不法の介入を招いて庶民の生活に甚大な被害を与えた。また宋は徴税においては銅銭での納入、しかも不純物が入っていない銅銭を求めたが、これは過酷な増税であり、庶民は戸籍の書き換えで徴税を逃れたり生活窮乏のために反政府活動をしたりして治安の悪化を招いた。なお、宋は孝武帝の時代に大規模な徴税改革が行なわれた。当時の宋は北魏との戦争で荒廃していたため、中央から台使という使者を地方に派遣して地方官に徴税の督促を行なわせて徴税の強化を行なった。これは中央の財政を安定させるために行なわれたのだが、台使が権勢をかさに着て不当な取立てを行ない、民心を宋から離反させる一因を成した。