秦郁彦は、証言の裏づけも見つからない状況の中で「関与」というあいまいな言葉にすり替えて軍の強制性を語る人間が増えており、これは慰安婦問題と同じことが繰り返されていると批判している。また、日本軍の手榴弾が自決用に使われた事を指して「軍の関与があった」としている人間がいるが、兵器不足であり、兵士に竹槍まで持たせていた日本軍にとって、手榴弾は貴重な武器だった。それを現地召集の防衛隊員に持たせていたものが、家族の自決に流用されただけなのに「手榴弾は自決命令を現実化したものだ」と語るのは問題だとも批判している。
集団自決は「軍の命令だった」とする意見や、「強制があった」や「関与があった」とする曖昧な指摘を、否定・疑問視する意見が、軍命をしたとされる本人や体験者、研究者、ジャーナリスト等から出ている。渡嘉敷島の陸軍海上挺進戦隊第三戦隊第三中隊長、皆本義博中尉（陸士57期）によれば、「戦後、沖縄の集団自決は軍の命令によるものだという説が出ましたが、そんなことはありえません。むしろ渡嘉敷の方々は、命をかけて父祖の土地を守ろうと会津白虎隊のような精神で殉ぜられたのではないかと考えます。そのような気質の方ばかりでした。また、そもそも軍には村民に命令を下す権限はなく、集団自決を命じたなどという証拠は何もない。軍が手榴弾を渡したということもありません。当時、村では臨時の防衛隊が組織されていて、これは在郷軍人を長として協力者を集めたものでした。いわば義勇兵です。彼らは手榴弾などを持っていました。それが、村民の手に渡るのは容易だったのです。」と回想している。2009年5月1日発売のうらそえ文藝第14号で、沖縄県文化協会長星雅彦と沖縄タイムスや琉球新報上で寄稿記事を執筆していた上原正稔は慶良間諸島の赤松嘉次隊長と梅澤裕隊長が軍命を出した事実は一切なく、沖縄県内のマスコミによってスケープゴートとされているという内容の論文を発表した。2009年6月9日には沖縄県庁で星雅彦、上原正稔は記者会見を開き、「あたかも2人を悪者に仕立てた沖縄タイムスと琉球新報の責任は非常に重い」「真実が明らかになった今、沖縄県民は2人の隊長に謝罪し、人間の尊厳を取り戻すべきだ」「（「鉄の暴風」は）現地調査しないまま軍命による集団自決をでっち上げたという結論に達した」と訴えた。命令者とされてきた赤松元大尉の弟と梅澤元少佐は、後述のような証言・著書等を証拠として、命令をしたと断言してきた大江健三郎の『沖縄ノート』）、家永三郎の『太平洋戦争』に関し、名誉毀損による損害賠償、出版差し止め、謝罪広告の掲載をもとめ、大江健三郎と岩波書店を訴えるに至った（「集団自決」訴訟）が、請求は退けられた。日本会議は、「日本軍の強制性を強める修正を行うことは教科書への国民の信頼を傷つける」として記述の再訂正に反対する決議を採択した。また、議員連盟「日本の前途と歴史教育を考える議員の会」も否定的な見解を示している。
2010年（平成22年）7月20日、大韓航空機爆破事件の実行犯の主要人物の金賢姫を、日本人拉致事件の情報を持っているとして日本に招聘した。中井は金賢姫を国賓を超えるほどに厚遇しながら、重要な情報を一切引き出せなかった。金元工作員の記者会見さえ行われなかったため、拉致被害者家族からは批判の声が上がった。金賢姫の招請費は3000万円を超えるとも言われ、批判が出ているが、中井はその批判に対して「『テロリストを入国させるな』というなら韓国を責めればいいじゃないか」と発言している。22日、金賢姫は軽井沢から都内のホテルに移動する際、調布飛行場でヘリコプターをチャーター。ヘリは方向違いの江の島上空まで行き、横浜を通り江東区のヘリポートに到着した。チャーター代は1時間80万円とされる。また、ヘリコプターは10分で行くことのできる距離を40分かけて移動した。当初、中井はヘリコプターを使用したのは警備のためだと主張していたが、24日には。「可能なら、（日本を）見せてやりたかったですよ。彼女は（今後）一生、外国に出られないかも知れないでしょう！」と、遊覧目的が含まれていたことを認めた。なお、この「遊覧飛行」では、米陸軍横浜ノースドック、米海軍／海上自衛隊厚木基地、米陸軍キャンプ座間、米陸軍相模総合補給廠近辺を飛んでいる。特定失踪者問題調査会の荒木和博代表は、「ヘリコプターの遊覧飛行は話にならない」と憤りを隠さなかった。また、荒木は中井に失踪者の写真などを元工作員に確認してもらいたいと要望したが、中井は断った。荒木は「政府が失踪者の写真も見せず、一緒にのんびり食事をしているのは本当に許されるのか。憤りを感じる」と非難した。なお荒木はかつて、中井が所属した民社党の本部事務局に勤務していた。中井は2010年（平成22年）8月3日の衆院予算委員会で「金元工作員や韓国側から観光旅行を要請された」と答弁した が、韓国の国家情報院は「韓国政府が要請した事実はない」と読売新聞の取材で明らかにした。なお、韓国は「日本訪問中に観光をしたい」という金元工作員本人の希望は日本政府に伝えていた。韓国では、もともと大韓航空機爆破事件の遺族から金元工作員の特別待遇に不満が出されており、この中井の発言は「責任転嫁」だとする批判が高まっている。韓国政府は、外交ルートを通じて、中井の発言の経緯について説明を求めている。産経新聞が1928人に対して行った調査によれば、「金元工作員来日を含め、政府の拉致問題への対応を評価する」は1割にも満たず、「金元工作員の来日のようなことに税金を使うことは妥当」は1割台だった。「みっともないパフォーマンス」との意見もあった。中井自身は、金賢姫の来日について「100点満点で120点ぐらい」と自賛している。