人々がダークストーカーと呼び恐れる闇の魔物たちがうごめく世界。夢魔の少女リリスは魔界の冥王ジェダの城を抜け出し、人間界へと降り立つ。彼女は魔界貴族モリガン＝アーンスランドから切り離された魔力の一部に、ジェダが肉体を与えたことによって生まれたダークストーカーだった。人間界で心優しい少年ジョーンと出会ったリリスは彼と共に暮らすようになる。一方、ジェダは荒廃しつつある魔界を救済すべく『魂の救済』と称する計画を実行に移すために異空間『魔次元』を作り出し、世界各地に潜むダークストーカーたちを次々と呼び寄せていた。自分を吸収し完全体となろうともくろむサキュバス・モリガンの襲撃を受けたリリスは、彼女と自分の関係を知り、自分という人格と存在を作り出した主ともいえるジェダにその真意を問うべく、ジョーンに別れを告げ、自らも魔次元に向かうのだった。ジェダの目的は『魂の救済』の実現のために必要な魂の器『神体』を作り上げるため、価値ある魂の持ち主であるダークストーカーたちを殺し合わせ、その魂を抜き取って自らと同化させること。ジェダの思惑の元にサバイバルバトルを強いられた一行は自らの思惑や目的のために必死に戦い続け、そして一人、また一人と脱落していく。紆余曲折を経てモリガンと対峙するリリス。未熟ながらも少しずつ秘められた力の片鱗を発揮してきた彼女も、圧倒的な実力差の前に力尽きてついに敗北を喫し、魂ごとモリガンに吸収されて彼女の一部に還ってしまう。それすらもジェダの目論見の内にすぎず、ジェダはリリスを吸収し完全体となったモリガンを吸収しようとする。しかし融合を果たした直後で朦朧とした意識のままのモリガンの抵抗にあい、彼女の体の主導権を握っているのがリリスであることに気づく。リリスはモリガンからジェダを倒すよう諭され、肉体の主導権を明け渡されていたのである。元の自分の肉体に戻りジェダの行動に疑問を投げかけるリリスだが、ジェダは自分こそが荒廃した魔界の救世主であると主張してはばからない。そんな彼に反発したリリスは魔力のすべてを込めて金色の弓矢を作り出し、ジェダに放つ。なぜか避けることなくその一撃を自分の意志で受けたジェダは、無意識のうちにリリスに希望を見出していた自分自身に気づき、魔界の未来をリリスに託して魔次元と共に消滅していった。こうして、ジェダの目論見は潰え、魂を奪われた者たちも無事蘇り、それぞれの夢や目標に向かって新たに歩み始めた。人間界に帰還し、ジョーンと共に夜道を歩くリリスの目に、月明りの元、モリガンに似た誰かが飛び去って行く光景が映るのだった。
1996年バレンタインの後任にはコーチとして入閣していた江尻亮が昇格したものの広岡の大学の後輩ということで「広岡の傀儡政権」と陰口を叩かれる。またチームも投手は伊良部が最優秀防御率・ヒルマンが防御率2位・成本が最優秀救援投手を獲得、河本も前年同様の働きをしたがそれ以外が計算出来なかった。野手は外国人が活躍出来ずに、初芝もマークが厳しくなり勝負強さが発揮できず、堀が孤軍奮闘するが焼け石に水で結局5位に沈み、広岡は契約を一年残して解任され、江尻もこの年限りで辞任。伊良部が球団と衝突し半ば強引な形で大リーグ・ニューヨーク・ヤンキースに移籍(伊良部メジャーリーグ移籍騒動)。ヒルマンも巨人へ移籍。1997年近藤昭仁が新監督に就任。これはロッテのフロントが元巨人監督の藤田元司に「立て直し役に最適な人はいないか」と相談し、89年から3年間巨人・藤田監督の下でヘッドコーチを務めていた近藤を藤田がロッテ側に推薦し、監督就任に至ったものだった。横浜DeNAベイスターズ時代のスクイズの多用に代表される采配のまずさによる成績不振、佐々木主浩らと確執を生むなどチーム内に不和をもたらした事実は不問にされている。投手陣は伊良部・ヒルマンの抜けた穴は大きかったが、前年不振だった小宮山が奮闘し最優秀防御率を獲得、黒木知宏が初の二桁勝利、薮田安彦が初の規定投球回数をクリアするなど奮闘。しかしストッパー成本が大怪我でシーズンを途中リタイア。野手では新人の小坂誠が新人王に輝き、投手から打者に転向した福浦和也が台頭したが、外国人は長打不足、初芝・堀も不振。また、前年まで多くのマスクを被っていた定詰雅彦・田村藤夫が相次いで移籍し、ドラフトで大学ナンバーワンと評価された清水将海が開幕戦でスタメンマスクに抜擢されたがプロの壁は厚く苦戦を強いられた。結局投打に渡り駒不足で最下位に終わる。1998年近藤監督での2年目を迎え、フリオ・フランコが3年ぶりにチームに復帰するも「投手陣の踏ん張りがなければ上位食い込みは難しい」と言われた。ストッパーの河本が離脱しリリーフ陣が崩壊。日本プロ野球ワースト新記録となる18連敗（途中1引き分けを挟む）を喫した（詳細は後述）。ロッテはこの18連敗の間、シーズン通算23勝43敗1分、勝率.358まで戦績を落として最下位へ転落し、借金は一気に20まで膨れ上がった。全18敗のうち逆転敗戦は9、サヨナラ敗戦は4であった。連敗脱出後はリリーフとして新外国人のブライアン・ウォーレンが加入、河本も戦線復帰でブルペンが強化されチームは復調し、シーズン最終成績は61勝71敗3分、勝率.462。借金10まで盛り返したものの最下位からは脱することができず、結果的にこの18連敗が大きな痛手となった。また、総得失点差でプラス（チーム打率もリーグトップ.271。チーム防御率リーグ2位3.70）でありながら最下位となった。近藤は、シーズン終了後の監督退任会見で「今度監督をやる機会があれば、もっと強いチームでやりたい」と発言しロッテを去った。1999年山本功児が二軍監督から一軍監督へ昇格し、投手陣の充実、新人獲得の地元出身者偏重の解消などチームの構造改革に取り組むも、球団の資金難や貧打線、黒木知宏頼みの投手陣（2001年まで）を克服できず定位置のBクラスからは抜け出せなかった（その黒木が故障離脱した2002年は開幕11連敗とまたしても大型連敗を経験した）。この年のオフにそれまでチームを支えていた小宮山がFA権を行使する意向を球団に伝えた結果、自由契約となった。しかし、この時期にドラフトで獲得した清水直行、渡辺俊介、今江敏晃、西岡剛らは二軍生活を経て後のAクラス入り、日本一に大きく貢献している。2002年、2003年2002年オフには2000年限りで横浜ベイスターズを退団したロバート・ローズを獲得するが、翌年の春季キャンプ中に、野球に対する情熱が無くなっているのに気づいたとして早々に退団している。特に秋に好成績を収めており、8月末まで5位に低迷していたのが9月から一気に調子を上げ、日本ハムをかわし4位に浮上している。2003年オフ、韓国・三星ライオンズから李承燁を獲得。山本は5年間監督を務めたがすべてBクラスに終わり、2003年に解任された。