基本計画当初より「奈良市附近」が経由地となることが計画されている。計画策定には時の新谷寅三郎運輸大臣の功績が大きいとされ、奈良県を中心に「リニア奈良駅」の設置を要望している。JR東海は駅の設置場所について「奈良、生駒、大和郡山、天理の各市と周辺市町とを含む範囲」を想定している。しかし、奈良県内においては、奈良、生駒、大和郡山、天理の4市が「リニア奈良駅」の誘致をめぐって対立していた。このうち、奈良市は奈良県の最大都市であり県庁所在地であること、生駒市は関西文化学術研究都市の中心部に近く大学や研究機関の集積があること、大和郡山市は奈良盆地の中央にあって交通の便がよい上に奈良県中南部やさらには紀伊半島全体にも波及効果があること、天理市は西名阪自動車道や京奈和自動車道のインターチェンジに近い交通上の利点があることを強調している。さらに奈良市では、新駅の候補地として、JR奈良駅や近鉄奈良駅または近鉄新大宮駅がある奈良市街地中心部と、奈良市街地の北郊で京都府との府県境附近にあたるJR関西本線の平城山駅のふたつを挙げている。2018年4月現在は奈良、生駒、大和郡山の3市に中間駅設置の要望箇所が絞られている。2013年12月26日、奈良県内の33市町村と県議会議員15人が参加して「『奈良県にリニアを！』の会」（世話人代表は橿原市長、世話人は御所市長、高取町長、上牧町長）を結成し、「リニア奈良駅」の誘致先を大和郡山市とするように奈良県知事に要望した。これに先立つ12月18日、天理市は「リニア奈良駅」誘致から撤退する方針を表明し、「『奈良県にリニアを！』の会」に同調した。しかしこの会が要望を出すにあたって、同じく「リニア奈良駅」の誘致を進めている奈良・生駒両市に対する事前打診は行われず、この両市は反発している事からも、県内での足並みは揃っているとは言えない現状である。また2019年4月7日に、荒井正吾が奈良県内に設置予定のリニア奈良駅から、奈良県・大和高田市、御所市、五條市、和歌山県・橋本市に途中駅を設けて関西空港にまで至る単線・常電導リニアの支線を建設することを公約に掲げ奈良県知事に当選し、奈良県は2019年6月13日発表した一般会計6月補正予算案に調査・検討費用を計上した（後述）。
三重県においては、リニア中央エクスプレス建設促進三重県期成同盟会が県内停車駅の設置を要望しているが、中でも亀山市は「リニア中央新幹線・JR複線電化推進亀山市民会議」を中心に亀山駅への誘致運動を行っているほか、リニア中央新幹線亀山駅整備基金の積み立てを行っている。
前述の懲役刑により、1989年10月26日から、受刑者Mは宮城刑務所に服役することになった。Mは当初、刑務所内の印刷工場に配属されたが、1992年2月18日、前述のように小田島が同刑務所に収監されてきた。1992年3月12日、Mと同じ印刷工場の同じ班に小田島が配属された。その後の1995年12月14日、Mは小田島と同房になり、自然に親しくなっていった。小田島は、他の同房者たちに対し、「以前、資産家の家に押し入って人質を取り、3億円を奪い、海外で豪遊して帰ってきた」などと繰り返し自慢したり、出所後について「金持ちの社長の家を襲い、億単位の金を奪う。証拠を残さないよう、家人を皆殺しにし、家に火を点ける」「成功したら他人名義の偽造パスポートを作って海外に行き遊んで暮らす」などと、将来の犯行計画について話したりしていた。多くの者は、小田島の話を非現実的な話と考え、軽く聞き流しており、Mも当初は半信半疑だった。しかし、Mは小田島の話に「すごいですね」など、適当に話を合わせているうちに、小田島から、マブチモーターをはじめ、多数の会社の名称・住所・取締役の名前・資本金・株価・借金状況・大株主の持株比率など、様々な情報を、雑誌などを読んで研究しつつ、それらを詳細にメモしたノートを見せられた。これによりMは、小田島が「大金を動かすことができるワンマンの経営者を狙っていること」「会社の負債や持株比率などから、マブチモーターが有力候補であること」「同社からは10億円くらい取れそうであること」など、具体的な話をされるようになった。そして研究熱心な小田島に感心したMは、小田島に 「一緒に（犯行を）やらないか。奪った金は折半しよう」などと持ち掛けられ、「やります」と答えたが、互いに出所は先の話だったため、この時点ではまだ本気で考えてはいなかった。しかし、Mはその後も、小田島から繰り返し、上記ノートを見せられたり、事件の計画について話をされ、何度も「一緒にやろう」と誘われたことから、「小田島が本気で自分と一緒に犯行を行おうと考えている」と思うようになった。Mは当時、「自分のように殺人事件を起こし、10年以上も刑務所に服役する人間は、世間から冷たく見られる」と思い、出所後の生活に夢も希望も持てずにいたが、小田島から「億単位の大金を手に入れる事件をやろう」と誘われたことで、「小田島と事件を起こして大金を得れば、好きな旅行や女遊びに金を使うことができるようになる」と考えるようになり、この際、小田島を信頼して勝負に出るしかないと考えた。Mはその結果、1996年末頃までには小田島とともに犯行計画を実行する意思を固め、小田島に対しその旨を伝えた。その後もMは小田島と、印刷工場の暗室で作業している時や食事中などに、犯行をどのような方法で実行するかについて、「マブチモーター社長など、東京周辺の資産家を狙い、家に押し入って家人を脅し、銀行などから大金を用意させ強奪する。その後、証拠を隠滅するため、家人を皆殺しにして家に放火する」ことなどを、何度も話し合った。1997年（平成9年）12月頃、小田島と別の房に移ることが分かると、Mは小田島と出所後の連絡先を交換するとともに、小田島から「Mが先に出所したら、犯行に使用するためのアパート・自動車・資金100万円を用意しておいてくれ」と頼まれた。Mは1997年12月12日、小田島とは別の房に移り、翌1998年（平成10年）3月23日以降、働く工場も別になったため、それ以降は出所まで、刑務所内で小田島と会うことはなくなった。