アレクサンデル6世の死後、ピウス3世が次の教皇に選出されたが、すぐに死去、ローヴェレが教皇ユリウス2世に選出された。この間、チェーザレは未だ病床にあり、身動きが取れないままユリウス2世に逮捕された。その後ナバラに脱走したが、1507年、スペイン軍と交戦、戦死した。ルクレツィアはフェラーラ公妃として1519年まで生きた。イタリアにおけるボルジア家の勢力は消滅したが、ホアンの同名の子は第3代ガンディア公となり、スペイン貴族になった。その子でアレクサンデル6世の曾孫フランシスコ・ボルジアは第4代ガンディア公となり、スペイン王でもある神聖ローマ皇帝カール5世に仕官したが、やがて聖職者となり、第3代イエズス会総長に就任、死後に列聖された。
チェーザレは1503年7月に中部イタリアの残存勢力討伐の為の軍事行動を準備していたが、突如父子共に熱病に倒れた。時として毒薬に倒れたと書かれる事もあるが、長期床に伏せったことから根拠は薄いと考えられた。むしろ当時ローマで流行する事が多かったマラリアにかかったのであろうと言われている。1503年8月18日、アレクサンデル6世死去。自らも病床にあったチェーザレは、腹心のドン・ミケロットを派遣して、死去の報が公になる以前に教皇の財産を差し押さえようとした。翌日、教皇の遺体は人前で安置されたが、膨れ上がった遺体を目にした人々により毒殺の噂が広まる事となった。教皇の葬儀は、兵士と司祭達の間で乱闘が起こったり、用意された棺桶が教皇の遺体を入れるには小さいものであったり、さらに教皇の遺体は粗末な防水布でまかれていたという状況であった。
しかし、この危機もフランスの支援とチェーザレの謀略によって何とか乗り切る事ができた。1502年12月31日にチェーザレによって敵対した君主達が打倒され、その報を受けた教皇は即座にオルシーニ枢機卿をバチカンに誘い出して獄死させた。直ちにオルシーニの資産は没収され、母親は路頭に迷い、多くの縁者が逮捕された。ホフレ・ボルジアが軍勢を率いてカンパーニャにオルシーニの居城を攻めた。こうして中世を通じてバチカンの支配権を争い、教皇すら脅かした2つの名家オルシーニ家とコロンナ家は没落し、ボルジア家の前に屈した。ローマに戻ったチェーザレは父の指示でオルシーニ家の最後の拠点を攻めていたホフレの応援に向かった。結局オルシーニ家のチェーリが捕らえられ、ジュリオ・オルシーニは降伏して、和議を申し出た。チェーザレはスパイによってローマ市民の口封じを計り、アレクサンデル6世もそれを黙認した為市民の支持は次第に離れていった。死去した枢機卿や、獄死・戦死した政敵の財産を没収する事が度々あったので、財産目当ての暗殺が行われたという噂が立った。またミキエル枢機卿が4月に殺害され、オルシーニ家攻撃の殊勲者サンタクローチェ、ボルジア家お抱えの殺し屋として有名だったトロッキオも殺害された。フェラーリ枢機卿は殺害されたのではなく、熱病で死んだと思われるが、結局財産を教皇に没収された。ナポリ王国を巡るスペインとフランスの争いは長期化していた。教皇は自分に有利な方であれば、どちらにでもつくつもりだった。教皇はチェーザレにシチリアを与える事を条件にフランスに援助を要請し、スペインにもシエナ、ピサ、ボローニャと引き換えの支援を持ちかけた。
長崎県南高来郡堂崎村 (現：南島原市) 出身。父親は生前に太平洋戦争で戦死したため母子家庭 (7人兄弟) で育ち、一家は農業で生計を立てていた。中学（堂崎中学）時代はバレーボール部に所属。長崎県立島原商業高校入学後よりサッカー部に所属し、3年時には主将を務め、九州選抜チームにも選出された。高校卒業後は家庭事情から就職する予定であったが大阪商業大学からのスカウトもあり同大学に進学してサッカー部に所属。関西学生サッカーリーグ3部だったチームを大学3年時に1部へ引き上げる原動力となった。サッカー部を持つ企業へ大卒後の就職が内定していたが、母校の長崎県立島原商業高校時代のコーチから誘いを受けて教員を目指し、長崎県の教員採用試験に合格して地方公務員となった。1968年より長崎県立島原商業高校へ赴任し、商業科教諭およびサッカー部監督に就任。部員13人からサッカーの指導をスタートさせ、当時の九州サッカーは全国大会で1回戦さえ突破するのが難しい時代であったが、1977年インターハイで長崎県勢として初優勝した。1984年、長崎県立国見高校に社会科教諭として赴任し、サッカー部を全国高校サッカー選手権で戦後最多タイの6度の優勝に導く。1996年には、JFA 公認S級コーチ（S級ライセンス）も取得。90年代以後もサッカー部員は丸坊主にする事を義務付けていた事で有名であった。長崎県の公立高校教員には、離島の学校に一度は赴任しなくてはならない規定があるが、教育委員会が小嶺の県外流出を恐れ、特例として離島に赴任させず、その後も教頭（1997-1999年度）・校長（2000-2005年度）を歴任した。なお、校長就任に伴って全国高等学校体育連盟の規定により監督を退いたが、監督はサッカー経験・指導歴のない教諭が就任したため、「総監督」として実質的な指揮をとった。2006年3月に国見高を定年退職（総監督職は、2007年1月9日まで継続）。定年退職後は一般社団法人長崎県サッカー協会の会長（2004年6月10日就任）、長崎県教育委員会参与、特定非営利活動法人「V・ファーレン長崎スポーツコミュニティ」理事長（2006年5月27日付で副理事長から昇格）なども務めている（後の参院選立候補に伴い、一部役職は辞任した）。