江戸時代には堺奉行が置かれ、糸割符など保護を受けるが、鎖国の成立とともに経済の中心は再び大坂へ移り、管轄も大坂町奉行が兼任する。1704年には大和川の付け替え工事が行われ、陸続きであった堺と住吉が分断された。しかも、この開削により河口付近に多量の土砂がたまったため、堺港に大きな船が停泊できなくなった。これにより、港湾機能も縮小せざるを得なくなった。しかし、中世の自由都市堺と、江戸初期の堺の財力は莫大なものがあり、それが後世の日本に与えた影響は莫大である。中世の日本において一貫して大都市といえるのは京都だけであり、当時陸運の便利がよい京都に商人の大半が集中していた。一方で堺は積極的に海運のため、全国の主に海岸の中小都市に莫大な投資を行った。その当時既に繁栄していた博多、鹿児島、大分などはともかく、それ以外の全国の多くの都市について、その発展の基礎部分に中世の堺商人の投資が大きな影響を与えているともいえ、それは大阪、名古屋、東京も例外ではない。
安土桃山時代には貿易港としての地位を揺るぎないものとし、戦乱から町を守るため周囲に堀を巡らせた環濠都市を形成。会合衆（えごうしゅう、かいごうしゅう）と呼ばれる商人たちが自治的な都市運営を行い、中世の自治都市となるが、その価値に注目した織田信長、豊臣秀吉らの前に屈服。自治機能が解体され、彼らの支配下（直轄地）に置かれる。それまでは住吉津や渡辺津などの港湾都市であった大坂の石山本願寺跡地に大坂城が築かれ、城下町 (船場周辺) が整備されるに伴い朱印船貿易で活躍した末吉孫左衛門などの氏族が発祥した大坂の平野商人(摂津国平野郷)、京都の伏見商人(現在の中央区平野町や中央区伏見町にその名を残している)が移動し、堺商人の多くも大坂へ移住した。同様に全国各地の城下町にも堺商人などが移り住むようになる。産業面では戦国期より鉄砲生産が盛んに行われ、また文化面では今井宗久や千利休、津田宗及に代表される茶の湯などが特記される。特に信長から武装解除された橿原市の今井町との交流は深く、竹内街道を通じ江戸時代まで毎日行き来した。「海の堺」に対し「陸の今井」と呼ばれ、堺同様に自治都市として栄えた。
応仁・文明の乱以後、それまでの兵庫湊に代わり堺は日明貿易の中継地として更なる賑わいを始め、琉球貿易・南蛮貿易の拠点として国内外より多くの商人が集まる難波津や住吉津などと同様、国際貿易都市としての性格を帯びる。布教のため来日していたイエズス会の宣教師ガスパル・ヴィレラは、その著書『耶蘇会士日本通信』のなかで、「堺の町は甚だ広大にして大なる商人多数あり。この町はベニス市の如く執政官によりて治めらる」と書いた。この文章によって、堺の様子は当時の世界地図に掲載されるほどヨーロッパ世界に認識されることとなる。ヴィレラの後継宣教師であるルイス・フロイスもまた、マラッカの司令官宛に「堺は日本の最も富める湊にして国内の金銀の大部分が集まるところなり」と報告、その著書『日本史』のなかで堺を「東洋のベニス」と記している。なお、フロイスは永禄の変の後4年ほど堺に滞在している。
南北朝時代には、南朝方の住吉大社宮司の津守氏に関係して南朝の外港的役割を担うようになり、廻船が発着する港へと発展した。地下請の特権を得て、室町時代には足利将軍家や管領細川氏などが行った日明貿易（勘合貿易）の拠点となる。戦国時代には明やルソン・カンボジアなど東南アジア方面での貿易で栄えた。
全ての取引について発行が強制されている訳ではないが、日本の民法第486条は「弁済をした者は、弁済を受領した者に対して受取証書の交付を請求することができる。」と規定し、また、債権者が受取証書を発行しないときは、債務者は同時履行の抗弁権を行使して弁済を拒むことができるものと解されている。しかし、民法第486条の受取証書の交付義務（請求）というルールは任意規定であり、特約が優先されるので、当初の取引（契約）の時点で、当事者間で「領収証の発行義務はない」と決めておけば発行義務なし、ということになる。弁済を受領した者は、ひとたび受取証書を発行すれば再度の発行義務を免れるが、任意で再発行することは妨げられない。ただし、再発行する場合は、その旨を明記した領収書（受取証書）を発行すべきである。債務不履行（弁済しなかったか、しても期日に間に合わせなかったか）として債権者に訴えられた場合に債務者が「期日通り弁済して債務は消滅した」と抗弁するとき、債務者は弁済の事実を主張、証明しなければならない。このとき債務者は債権者に発行された領収書を証拠として申し出ればよい。領収書の発行を受けたが領収書に弁済の日にちが書かれていなかった場合、証拠として申し出ても債権者から「期日に遅れて弁済したのだ」と主張されてしまう可能性がある。もしこれが債権者による証明妨害と裁判所に判断されると、債務者が期日通りの弁済を証明できなかったといって、ただちには裁判所が期日通りの弁済を認定しないわけではない（期日通りの弁済がなかったことを債権者が証明しなければならないとした下級審判決がある）。また、一部の量販店のように各階、あるいは売り場ごとの精算になっている場合、とりあえずレシートを受け取り、複数のレシートを最終的に1枚の領収書にまとめる場合もある。保証人が債務を弁済したとき、保証人は債権者に領収書を交付してもらう。このままでは主たる債務者にとって弁済があったことを知らないまま（主たる債務者は領収書をもらっていない）なので、保証人は主たる債務者にそのことを通知する義務を負う。通知した保証人は主たる債務者に求償することができるが、訴訟になったときはその領収書を証拠として提出すればよい。