1944年2月1日、ハリー・ヒル少将が指揮する攻略部隊が上陸。島には日本軍守備隊はおらず、同日中に無血占領を果たした。環礁はアメリカ海軍の泊地（休養、補給、修理）として整備され、その後の作戦で重要な役割を果たした。
アパママには第三特別根拠地隊アパママ分遣隊（分遣隊長：木村功徳兵曹長）24名が守備についていた。11月21日夜に偵察のため潜水艦から上陸した海兵隊78名は日本軍が少数であることを知り、潜水艦の援護射撃を受けて進撃し占領した。日本兵は全員死亡した。
タラワには第3特別根拠地隊本隊902名、佐世保第7特別陸戦隊1669名を中心とした約4500名が守備についていた。タラワも11月19日から空襲を受け、21日早朝に海兵第2師団が上陸作戦を開始した。しかし、守備隊の抵抗は激しく、上陸初日はほとんどの米兵は海岸までたどり着くことはできなかった。だが、22日午後には形勢が逆転し守備隊は追い詰められていった。そして翌23日夜に残存守備隊は最後の突撃を敢行し、17名を除き全員死亡した。
マキンには第3特別根拠地隊分遣隊243名を中心とした693名が守備についていた。1943年11月19日から連日空襲が行われるようになり、21日早朝に陸軍27師団の1個連隊が上陸した。守備隊は奮戦するも、23日早朝に1名を除き全員玉砕した。アメリカ軍の護衛空母「リスカム・ベイ」はこの作戦中、日本の潜水艦「伊175」の魚雷攻撃により失われ、マキン島の陸上戦の死傷者を大きく上回る損害を出した。一方、日本側もギルバート諸島の戦いの間、この方面で多数の潜水艦を失った。
1943年11月21日、アメリカ軍はギルバート諸島への上陸を開始した。しかし、日本海軍は9月と10月の2度のマーシャル方面への艦隊出撃（いずれも空振り）により艦船用燃料が不足し、艦隊の出撃は困難な状況であった。マキン島とタラワ島では激戦の末に日本軍は全滅した。攻略支援のアメリカ機動部隊とマーシャル諸島の日本軍基地航空部隊との間ではギルバート諸島沖航空戦が11月末まで4次にわたって行われ、その後12月5日にはマーシャル諸島沖航空戦が行われた。日本軍は空母多数撃沈の大本営発表をしたが、実際にアメリカ軍が受けた損害は空母2隻損傷にとどまった。日本軍航空部隊の損害は甚大であった。
引退後も近鉄に残ってスカウト、二軍マネージャー、二軍コーチを務めた。現役時代に小玉明利が入団テストを受けた際、根本は芥田に「ぜひ採用すべきだ」と進言したがところが芥田は朝日新聞運動部長から前年途中に監督になったばかりで「高校中退させるには・・・」と躊躇した。だが根本は「3年まで待つと他球団に取られる。」として強引に口説いた。スカウトとして徳久利明、土井正博を担当した。別当薫監督と共に「18歳の4番打者」土井正博を育て上げた。土井は「別当さんと根本さん、僕はふたりに育ててもらったんですよ。」、「自分がスカウトして入団してきた選手が迷わないように道をつけてくれました。大学や社会人出身の選手は、ある程度、プロとはどういう世界かわかりますけど、高校から入ってきた選手は右も左もわからないでしょ。そこで迷わないようにしてくれたのが根本さん」と述べている。退団後は近鉄の佐伯勇オーナーから今後について尋ねられ、スカウト時代から友人を通じて顧問格になっていた鉄鋼を扱う会社に転職しようと告げていた。しかし、前述の日大野球部での停止処分中に母校日大三中で監督を務めたが、その教え子の中に後にヤクルト球団参与を務める村上宏がいた。村上の父は閣僚経験者でもある村上勇であり、その勇に見込まれた根本は産経新聞社長の水野成夫と親交を結んだ。さらに水野の友人である東洋工業の松田恒次に紹介された。この松田は根本の恩師・藤田の幼馴染であり、藤田の推薦と先述の各財界人の後押しによって1967年、広島カープの長谷川良平が監督を務める同球団コーチに就任。上田利治は当時の同僚コーチ。1968年、チームは「広島東洋カープ」として運営形態が変更されることになり、根本はその新体制で監督に就任。オーナーの松田恒次から「シーズン全敗でもかまわないからチームの基礎作りを」と要望される。根本はコーチに小森光生を招聘、阪神タイガースから山内一弘を獲得し、選手には猛練習を課した。また食事面でも制限を加える措置をとる等で同年、68勝62敗の3位となりカープ球団創設以来初のAクラスに導く。翌1969年には最下位に転落するが、1970年、ヘッドコーチとして関根潤三、内野守備コーチとして広岡達朗を招聘。両者はいずれも指導者キャリアのスタートとなるが、同年と翌1971年は勝率5割以上の4位と健闘し、この間衣笠祥雄、山本浩二、水谷実雄、三村敏之らを育成、後の赤ヘル黄金時代の礎を築いた。しかし、1972年、開幕から不振が続いてシーズン途中で休養、そのまま退団した。退団後もチームづくりで広島の球団オーナーの相談に乗っている。その後は大阪の朝日放送（ABC）で野球解説者を務めた。当時は風貌や闘将ぶりから、若親分と呼ばれていた。素質がありながらも趣味の自動車運転に没頭していた衣笠祥雄に対し「そんなに自動車が好きなら車工場に転職するか？。」と迫り自動車運転を禁止させるなど私生活でも厳しい管理を見せた。