2種の水銀剤を用いた苗木定植前の薬剤処理による感染・発病予防では同じ水銀系農薬でも効果に大きな差が出ており、発病数0のものもあれば、無処理区と変わらない程度の効果しかないものに二分された。ただし本病における薬剤による感染予防は病原菌の活動期間が長いこと、クリの土地生産性の低さが相まってコスト的な課題が大きいと言われる。たとえば日本で問題となっているマツ材線虫病（松くい虫）の場合、病原体の媒介者であるカミキリムシ成虫が羽化してくる初夏に一回だけ殺虫剤を散布すれば感染予防になるが、春から秋まで随時病原菌の感染が起こる本病の場合はこの方法が採りづらいという。また、クリは近年においてもhaあたりの収量が1t程度と他の果樹に比べ著しく低い（因みに柑橘類やリンゴで同20t弱、モモが12t、梅で5t程度）。このため感染予防として剪定傷に殺菌剤を塗る程度で大規模な農薬散布にはなっていない。発病後の対策としては抵抗性のあるアジア産種では、初期病変部の切除やボルドー液の散布も有効とされる。しかしながら感受性の高い欧米種や、アジア種であっても重症化した場合は打つ手がなかった。1960年代以降、下に挙げるようなウイルスによる病原菌の弱体化という新しい現象が明らかになり、これの応用による治療は欧米種にもよく効くので新しい流れになっている。
クリの木の健康状態が悪い場合や傷口がある場合は感染・発病の誘因になる。土壌では特に水分状態に左右され、乾燥しやすい南向きや西向きの斜面ではこの病気がよく見られるという。また窒素分は多すぎても少なすぎてもよくないと言われている。剪定による傷口は病原菌の門戸になっているが、かといって剪定をせずに枝を伸び放題にしたりするのも良くない。寒冷地では凍害の影響も言われる。幹内の水分が凍ることで膨張し幹に裂傷を付けると暖かくなった時に病原菌の感染を受けてしまう。商業的にクリを栽培する場合、接ぎ木苗を用いることが多いが前述のように接合部が侵される例が多く接合がしっかりしているかを確認することが必要である。凍害による胴枯病はクリだけでなくモモなどでも同様の被害が報告されている。植物の凍結耐性は色々な要因で決まっていると言われている。気温・日長などを感じ取り、体を凍結に適応できる状態に変化させているという説が一般的である。準備が不十分な時期に凍結したり、逆に春先に気温が急に上がりそのあと低下すると細胞は障害を受けやすい。生枝を-3℃で3週間処理すると劇的に耐凍性が高まるという報告がある。北国の多くの樹木では2段階に分けて耐凍性を獲得しているようであり、気温10～20℃の環境下に置かれることで簡単な耐凍性を手に入れ、さらに－5～0℃に晒されることにより強い耐凍性を手に入れる。
クリ類は萌芽力が高く、根さえ残っていれば芽を出して再生する。また、この病気は根の組織を侵さないために、発病し枯死したように見えても個体としての死には至らず萌芽で再生することが可能である。実際にアメリカの森林ではこのようにして若いクリとなって多数が残っていると言われている。このようなクリはある程度大きくなると病原菌の再感染を受け再び枯死する。このような状態を繰り返すだけでは十分な果実や木材が供給されずそれを利用して生きているものには影響があると考えられる。実際にアメリカではクマに対する影響の研究がいくつか報告されている。また、クリの木材は非常に腐りにくいために各分布地では各種の建築や鉄道の枕木に使われる。日本の国鉄の資料ではクリ材を使用した枕木の寿命は防腐加工なしでも10年弱になるという報告もある。特にアメリカグリはクリ属の中でも最大級になる種で、現地では他の広葉樹以上に高値で取引されていた。しかし胴枯病の蔓延によって優良大径木は姿を消し、稚樹は前述のように満足に育たずクリ材の市場は崩壊した。（腐りにくいために現在も再生材などの形で手に入れることは可能なようである。）クリ材が腐りにくいのは材に豊富に含まれるタンニンによるとされる。アメリカでは皮をなめすのにクリ由来のタンニンが使われていたが、胴枯病の蔓延はこの市場も壊すなど意外なところに影響が出ることになった。
※単行本全1巻収録の第5話までのあらすじ。橘高校料理研究部に属するくいな・はるか・京湖・あやめの4人は、ある夏の放課後、家庭科室で合宿を行っていた。料理の得意なはるかと京湖に対し、くいなはパン作りしか得意料理が無かった。その日も彼女がパンを焼いているとオーブンから突然、黒煙が噴き出した。焦がしたと慌てたくいながオーブンを開けると4人は黒煙に飲み込まれ、気がつくと見たことも無い場所に立っていた。やがて地響きのような音を立てる巨大な亀の背から投げ出された彼女たちは、馬車一行の上に落ちてしまう。翌朝目覚めた4人は、自分たちが奇妙な形の耳や動物のような顔を持つ人々の暮らす異世界に迷い込んだことを知った。彼女たちを保護したのは新領主としてロドウェルの町に向かうエルスタインと名乗る男性で、この世界では外の世界からの来訪者もあることを話し、彼女らが帰れるときまで生活を保証すると言う。エルスタインと領主城館に入った4人は彼の招きで着任式に出席するが、宴の席で料理について客から苦情を言われて泣いているメイドと出会う。正規の料理人は上客の相手に忙しく先輩たちから不得手な料理を押し付けられて「料理なんて嫌い」と嘆く彼女に、くいなは「料理は作る人も食べる人も楽しむもの」だと言い、4人は京湖を中心に美味い料理を作ってみせ、客とメイド・ベルセッタを喜ばせた。後日、お礼をしたいと言うベルセッタに、あやめは深夜に厨房へ忍び込む手引きを依頼した。行き届いた領主館の暮らしに気兼ねさえ感じる4人だったが、ただ一つ食事だけは口に合わず、この世界の食材を使って自分たちで研究したいと思ったのだ。エルスタインから異世界の少女たちの世話役を任された秘書官・セキレイは通りかかった第二厨房に彼女らが忍び込んでいるのを見咎めるが、差し出された異世界の料理「クリームシチュー」の味に驚き4人に城の料理方になるよう提案する。しかし後日その提案は、厨房長らの抵抗に遭い頓挫する。圧力をかけると憤るセキレイを諌めたあやめは、その夜エルスタインの許を訪れて彼の配慮に感謝しつつ身の振り方は自分たちで決めたいと申し出るのだった。翌朝、先ごろ干しアンズを調達し天然酵母を作っていたくいなは、今までこの世界で食べていたのとは異なる柔らかいパンを焼いて皆に振る舞った。彼女はまた、日本を恋しがって沈んでいたはるかのために和風の汁物も用意していた。その頃、エルスタインの許には一通の不穏な手紙が届けられたのだった。