最も一般的に(温帯気候においては)、内因子によるビタミンB12の結合障害の原因は、タンパク質である内因子が自己免疫の攻撃を受けてビタミンB12と結合できなくなるのと同様に壁細胞も自己免疫によって攻撃されて結果的に消滅していく自己免疫性萎縮性胃炎によるものである。それほど多くはないが壁細胞の喪失は、ヘリコバクター・ピロリへの感染も含めた長期間にわたる慢性胃炎を患っている高年齢者に良く見受けられるような自己免疫以外のものに起因して大きく広がった萎縮性胃炎の結果の一部でもありうる。悪性貧血以外のビタミンB12欠乏症の診断は、巨赤芽球性貧血の診断の有無によって判定されることになる。巨赤芽球性貧血は、ビタミンB12の吸収に必要な内因子が低下するためにDNAの合成が障害され、正常な赤芽球が産生されず異常な巨赤芽球が産生されるために起こる悪性貧血である。。例えば、巨赤芽球生貧血を引き起こし悪性貧血と誤診されるビタミンB12欠乏症は、ビタミンB12を宿主と競争して吸収する寄生虫であるサナダムシの寄生のような例しか考えられない。同様のビタミンB12の吸収障害は、胃全摘手術かルーY系腸縫合のような胃バイパス手術の特殊な外科手術の場合に起こりうる。このような場合には、胃が極めて少量の食事しか保持できないか、残された胃が機能しないかのいずれかの結果となる。それゆえ胃粘膜がもはや機能しなくなり内因子が生成できなくなる。 ビタミンB12を吸収を促進する胃内因子が分泌されないため、悪性貧血が結果として引き起こされるのである。胃バイパス手術や胃切除の患者は、悪性貧血の予防の観点からビタミンB12の注射や鉄剤の経口投与が行われる。
回腸末端には内因子受容体が存在し、ビタミンB₁₂は内因子と複合体を形成することで吸収されやすくなる。そのため、内因子が欠乏するとビタミンB₁₂の吸収が低下し、DNAの合成が障害されて無効造血となる。無効造血となるのは赤血球のみならず白血球なども同様であるため、汎血球減少をきたすこともある。
胃粘膜が萎縮することでビタミンB₁₂の吸収に必要な内因子が低下するためにDNAの合成が障害されるために起こる。内因子の欠乏は他にも胃全摘後などにも起こるが、悪性貧血と呼ばれるのは萎縮性胃炎によるものだけである。「悪性」と呼ばれるのはビタミンB₁₂が発見されるまでは治療法がなく致死的な経過をたどったため。
悪性貧血 （あくせいひんけつ）とは、胃粘膜の萎縮による内因子の低下によりビタミンB₁₂が欠乏することで生じる貧血。巨赤芽球性貧血の一種。
同年6月、千住製絨所に傭として就職した。千住製絨所は官営の毛織物工場で、明治31年（1898年）に陸軍の管轄となる。製絨所は井上省三の尽力で発展しつつあったが、明治16年（1883年）に工場が全焼したうえに、外国人技師との雇用問題などを抱え危機に陥った。明治18年（1885年）、製絨所を管轄していた農商務省は大竹のイギリス派遣を決定する。大竹に課せられた使命は、機械類の買付け、毛織物技術の習得である。大竹はヨークシャー大学（リーズ大学）で染色技術やデザインを学び、首席で卒業した。大竹は染色技術を学問的（体系的）に学んだ最初の日本人と推測される。またロンドン市および同議会の技術試験に合格し、製絨術、毛織物染物術で名誉一級となっている。なお、この時期に英国留学していた者に真野文二や末松謙澄がいた。後に大竹の長男虎雄（1893-?）は末松の養女澤子（伊藤博文庶子）を娶る。虎雄は東京専売局長を務めた大蔵官僚で、著書に『経済学概論』などがある。次男は早世、三男の千里は音楽家となったがパリで客死した（27歳）。虎雄と澤子の間に生まれた大竹俊樹は東北大学工学博士である。大竹と虎雄は会津会会員であった。当時の日本の染色技術は天然染料を主流としていた。このため色落ちの問題を抱え、生糸生産国の立場に留まり、付加価値を有する製品を輸出する段階に至っていなかった。大竹は学問的知識に欠ける者でも利用可能な染料の分類方法を紹介し、日本への合成染料導入に寄与する。明治23年（1890年）に技師へ昇格し、千住製絨所の技術革新に努めつつ、東京帝大や東京高等工業で講師を務めた。明治34年（1901年）には博士会の推薦によって工学博士となる。この年、大竹は自動織機について講演を行い、『自働織機』を刊行した。自動織機は大竹の独創的なアイディアではないが、この書は自動織機開発を志す者に有益なもので、後の開発に影響を与えている。大竹は明治35年（1902年）4月から所長として製絨所の指揮を執り、 日露戦争前には小池正直が主導した検疫部設置準備委員会委員に就任している。千住製絨所は羅紗製軍服の製造を担い、戦中は非常態勢がとられた。職員職工は昼夜12時間交代で働き、生産量は前年度の2倍以上に増加している。明治37年度の職工延人数は前年度の男女計34万人台から71万人台へ、羊毛購入費は110万円代から300万円台への増加がみられた。こうして千住製絨所は中国東北部などの寒地で戦った日本兵の健康を守ったのである。製絨所幹部は戦後に叙勲を受け、大竹は勲三等に叙される。大竹にとって日清戦争後に続く2度目の叙勲であった。しかし、明治41年（1908年）4月の官制変更によって、大竹は工務長へ降格となった。