2014年8月にJR東海の評価書での梶ヶ谷非常口及び資材搬入口新設工事における発生土の処理について、川崎市に「川崎市環境影響評価に関する条例（平成11年12月24日条例第48号）」に基いて陳情をしており、2014年11月11日のリニア事業中原区説明会でも川崎市リニア担当部は「ＪＲ東海の回答に納得していない」としている。それに対し、JR東海は2017年3月に工事説明会をしていると発表している。発生土の輸送については道路渋滞の回避を考慮して貨物列車を活用することになり、2017年3月30日に梶ヶ谷非常口と資材搬入口の工事が開始され、2017年5月26日には梶ヶ谷貨物ターミナル駅 - 扇町駅 - 三井埠頭間に、武蔵野南線・南武線（尻手短絡線・浜川崎支線）・鶴見線本線・三井埠頭専用線経由で運行する発生土運搬専用貨物列車の出発式がJR東海とJR貨物により行われた。ただし、梶ヶ谷非常口以外の他の箇所ではまだ発生土輸送の目処が立っておらず、大深度地下トンネル工事も含めた調整が必要となってくる。2017年3月10日の川崎市議会まちづくり委員会では、リニア新幹線を考える東京・神奈川連絡会から3件の陳情が審査された。2017年1月・3月のJR東海からの住民説明会でリニア東百合丘非常口については矢上川雨水貯留管からの雨水調整池への影響が指摘された。また、東百合丘の工事ヤードの影響から来る交通渋滞も朝ラッシュにおいては深刻になると市民にメリットがないと指摘している。JR東海は環境保全書に示された環境保全対策が住民との約束事とはしているものの、説明会では住民の意見が取り入れておらず、まちづくり委員会でも同じ内容の指摘が各委員からされている。雨水調整池についてはJR東海も調整中としており、工事車両・時間の調整も周辺住民には工事前に行うべきであるとする一方で、3件の連絡会からの陳情は審議継続するが、JR東海が工事着工を急ぐために川崎市も市議会も住民への問題を先延ばしに出来ないとした。それを受けてのJR東海の対応としては先述の川崎市に関して、2017年2月に東百合丘非常口の工事に関しての調査をした上、2017年3月に工事計画を変更している。2017年6月1日にJR東海は川崎市長に対し「梶ヶ谷非常口から排出される建設発生土を東扇島造成事業に受け入れるよう要請する申し入れ」をしたことが明らかになり、市民団体（リニア新幹線を考える東京・神奈川連絡会）は、千葉県安房郡鋸南町の採石場跡に予定されていた汚染土壌の受け入れ施設の建設において、地元住民51人および漁協が「生活環境が悪化し漁場が汚染される」として申請していた操業差し止めを命じる仮処分を千葉地裁木更津支部が2016年6月20日に住民のうち17人と漁協の訴えを認めた上で決定したことから、川崎市の「東扇島造成事業」に残土を流用しようとすることについて、処分先が未定の環境影響評価は環境影響評価法違反であると指摘した。これに対し川崎市長も発生土受け入れ可否については考え方を整理し、中央新幹線の非常口設置工事については環境影響に最大限配慮した対策を取り住民理解を得ると回答している。2017年8月28日にJR東海と川崎市は東扇島堀込部土地造成事業において、中央新幹線の発生土を有効活用する覚書を締結した。2018年12月13日には、横浜市は新本牧ふ頭 第1期地区におけるロジスティクス用地の護岸に建設発生土の受け入れを表明している。
シロサイは体長370 - 400センチメートル、体重2,300キログラム（最大で3600kgという記録がある）。現生種ではインドサイ・シロサイはオスがメスよりも大型になるが、他種は雌雄であまり大きさは変わらない。皮膚は非常に分厚く硬質で、1.5 - 5.0cmの厚みを持ち、格子構造になったコラーゲンが層をなしている。皮膚はあらゆる動物の中でも最硬といわれ、肉食獣の爪や牙を容易には通さない。インドサイ等は、だぶついた硬い皮膚が特徴的で、体全体が鎧で覆われているように見える。体色は灰色をしている種が多いが、サイは泥浴びを好み、水飲み場などでよくこれを行うので、土壌の色で茶色などを帯びたように見えることもある。スマトラサイを除き体毛がない。しかし耳介の外縁や睫毛、尾の先端に毛を残している。幼獣は成獣より毛深く、成熟するにつれて体毛が薄くなる。スマトラサイは耳介も含めて全身が粗く長い茶褐色の体毛で被われているものの、野生種では泥にまみれるか、抜け落ち、あまり目立たない。非常に大きな頭蓋骨は、前後に長く、後頭骨が立ち上がっている。鼻骨は大きく前か上にせり出し、前上顎骨よりも前に飛び出る。角が接合する部分は、鼻骨の表面がカリフラワー状に荒れている。頭部に1本（インドサイ属）または2本（クロサイ・シロサイ・スマトラサイ）の角がある。ラテン語の呼称および英名のrhinocerosはこの角に由来し、古代ギリシャ語で鼻を指すrhisと角を指すcerasを組み合わせたものとされる。スマトラサイでは後方の角が瘤状にすぎない個体もいたり、ジャワサイのメスには角のない個体もいる。角はケラチンの繊維質の集合体で、骨質の芯はない（中実角）。何らかの要因により角がなくなっても、再び新しい角が伸びる。シロサイやクロサイでは最大1.5mにもなる。サイの角は肉食動物に抵抗するときなどに使われる。オスのほうがメスより角が大きい。目は小さく、視力は非常に弱い。シロサイは30mも離れると動かないものは判別できない。嗅覚は非常に発達する。聴覚も発達し、耳介は様々な方向へ向け動かすことができる。脳は哺乳類の中では比較的小さい（400 - 600g）。後腸をもつ後腸発酵草食動物で、必要とあらば樹皮のような硬い植物繊維質も食料源とすることができる。単胃であるため採食が頻繁で、反芻しない。体は硬い皮膚に覆われているが口先はやわらかく、感覚に優れている。口先の形状は種によって異なり、種によって食性が微妙に違うことを示している。吻端はシロサイを除いて尖る。インドサイやクロサイは上唇の先端がよく動き、木の枝などを引き寄せることができる。シロサイは頭部が長くて唇が幅広く、丈が短い草本を一度に広い範囲で食べることに適している。24本から34本の歯を持ち、小臼歯と大臼歯ですり潰す（歯式は 1-2/0-1, 0/1-1, 3-4/3-4, 3/3）。アジアのサイの下顎切歯を除けば、犬歯および切歯は痕跡的である。これは突進時の衝撃への適応と考えられている。アフリカのサイ2種は前歯を持たず、その代わりに口先（吻）で餌を挟み取る。四肢は短く頑丈で、指趾は3本。乳頭は後肢の基部にあり、乳頭数は2個。精巣は陰嚢内に下降しない。陰茎は後方を向き、雌雄共に後方に向かって尿をする。出産直後の幼獣はやや小型で、体重で比較すると母親の約4 %（インドサイ・シロサイ約65キログラム、クロサイ約40キログラム）しかない。