ヤンキースとの契約期間は2年残っていたものの、チームはトレードによる放出を検討。ロサンゼルス・エンゼルスのボビー・アブレイユとのトレードは東海岸への居住を望む家族の意向でバーネットが拒否したが、2012年2月19日、残りの契約2年3300万ドルのうち2000万ドルをヤンキース側が負担する条件のもと、マイナー2選手とのトレードで、パイレーツに移籍した。2012年3月1日、打撃練習中にバントの自打球を頬に当てて骨折。開幕を故障者リストで迎え、4月21日に復帰した。5月2日のセントルイス・カージナルス戦では2回2/3を12失点と大炎上してしまったものの、それ以外はエース格としてフル回転し、2008年に次いで2番目に多い16勝を挙げた。2013年4月17日のカージナルス戦で史上68人目、現役では4人目となる通算2000奪三振を達成。7月に故障者リスト入りしたものの30試合に先発し、防御率は自己最高の3.30、奪三振率（K/9）はリーグ1位の9.85を記録。チームの21年ぶりの勝ち越し・ポストシーズン進出に貢献した。10月31日にFAとなった。
FAとなったバーネットを巡っては、アトランタ・ブレーブスが4年総額6000万から6500万ドル（5年目のオプションを含めると8000万ドル）の金額を提示したが、ヤンキースがそれを上回る金額を提示。そして、バーネットは12月18日に5年8250万ドルでヤンキースと合意。ヤンキース1年目は、一度も先発を飛ばすことなく33試合に先発し、207イニングを投げて13勝、防御率4.04を記録。6月20日のマーリンズ戦の3回に、メジャー史上39人目となる「1イニング9球で3奪三振」（immaculate inning）を達成。正捕手ホルヘ・ポサダと相性が悪く、バッテリーを組むことを拒否した。ポストシーズンでは5試合に登板、好不調の波が大きかったが、フィリーズとのワールドシリーズ第2戦で好投するなど、9年ぶりの優勝に貢献した。2010年は10勝15敗、防御率5.26とフルに稼働したシーズンでは自己最悪の成績となった。9月には右目の周りに大きな痣を作って球場に現れ、様々な憶測を呼んだ。シーズンの不調から地区シリーズでは先発を外れたが、テキサス・レンジャーズとのリーグ優勝決定戦の第4戦に登板、しかし6回5失点で負け投手となった。2011年も先発ローテーションを守ったが、11勝11敗・防御率5.15と成績を伸ばすことはできなかった。地区シリーズの第4戦のデトロイト・タイガース戦では他の先発陣が軒並み乱調の中、6回途中1失点と勝利に貢献したが、結局チームは2勝3敗でシリーズを敗退した。ヤンキースでの3年間は99試合に登板（うち98試合に先発）して34勝35敗、防御率4.79。3年間先発としてフル回転した点で、前後してヤンキースに所属しながら登板することすらままならなかったカール・パバーノや井川慶とは異なるが、後述のように結局年俸負担付きで放出に至ったこともあり、高額な契約には見合わないとの見方が強く、彼らと同様、近年のヤンキースが締結したFA契約の中では代表的な失敗例として挙げられることも多い。
かつて14時台には、自社制作の情報番組を放送してきた。『2時ワクッ!』終了後、金曜日のみ14時台で『F-CUBE・週刊!芸能キング』を放送してきたが、月曜日 - 木曜日は『2時ワクッ!』、金曜日は『F-CUBE・週刊!芸能キング』終了後、同時間の情報番組を撤退。その後は、ドラマの再放送枠となっていた。2009年4月の改編により、月曜 - 木曜は3年4か月ぶりに、金曜日は3年ぶりに、平日14時台の自社制作の情報番組枠を復活。『アップ&UP!』として放送を開始した。ちなみに、西日本のFNS系列局の一部でもブロックネット形式で放送された『2時ワクッ!』『F-CUBE』と異なり、当番組は関西ローカルの放送である。また、当番組の後半（14:40頃）には、テレビショッピングコーナーとして「アップ&SHOP!」も放送。2009年3月27日に終了した『昼ショップ 買物検討使』（平日午前11時台前半）の流れを引き継ぐ。2009年10月13日の放送からは、番組タイトルを『あっぷ&UP!』と改称。これを機に、『アップ&UP!』時代のレギュラー出演者と、コーナー企画の大半を入れ替えた。なお、移行直前の1週間（同月5日 - 9日）は、当番組の放送を休止。当番組の放送枠を『特選!買い物感謝祭 秋編』『VS嵐』に充てている。当番組は、随所にVTRコーナーを交えながらも、基本として生放送で進行。『アップ&UP!』時代には、放送内容によって、スタジオパートも事前に収録していたことがあった。『あっぷ&UP!』にリニューアル後は、月曜の生放送終了後に火曜と水曜の放送分を収録し、木曜の生放送終了後に金曜の放送分を収録する形式となっている。在阪民放テレビ5局制作で松竹芸能所属のタレントを出演者の中軸に据え、吉本興業所属のタレントが出演しない平日の帯番組としては、1988年10月-1990年9月に読売テレビで放送された『ざまぁKANKAN!』以来、18年半ぶりとなる。但し、松竹芸能は当番組の制作には参加していない。初回視聴率は2.5%（ビデオリサーチ調べ）。『アップ&UP!』時代は1%台を記録する日が続いていたが、3 - 4%台を記録したこともあった。『あっぷ&UP!』にリニューアルしてからは、若干視聴率が上がっていて、2010年1月11日放送では歴代最高視聴率となる6.8%を記録（ビデオリサーチ調べ）。