さくらの回想で『I』の学生時代や、『II』の終盤のさくらを送り出した頃が描写された。さらにアニメ版では、清隆達と別れたさくらが、服装は老人時そのままに学生時代もしくは青年時代の容姿の純一がさくらと再会するという描写が存在するものの、そのさくらそのものが明確にどのような存在だったのか語られてはいない（「もう一人のボク」と謎の女性が発言してはいるが）ため、単なるイメージなのか、それとも実際にそのさくらと、桜と同化した純一が再会したのかは不明である。学生時代の顔は、「D.C.」や「D.C.S.S.」のどちらとも異なっている。
終盤に登場し、原作と同じく桜の暴走を止めるために同化して行方不明となっている。なお、この際眼鏡を紛失しているのだが、最終話の桜と同化したさくらに手を振るシーンでは眼鏡を掛けている。
D.C.S.S.の冒頭と同じような状況だが、本校2年生で音夢が死んでいるような描写がある。音夢のことを断ち切ってことりに告白しようとするが、ことりに拒絶されてしまう。
桜が枯れてから2年、純一は見違える程に明るく活発な青年に成長していた。風見学園付属卒業後は本校へ入学し、後輩の天枷美春に叩き起こされ、親友の水越眞子に弁当を作ってもらう毎日を送っていた。面倒くさがりな性格は彼女らサポート部隊の努力の甲斐あり克服し、「かったるい」という口癖もなくなった。髪の色は前作の茶髪から一変して原作通りの黒髪になっていた。顔自体も前作とは幼年時を含めて異なっている。当初は音夢と両想いで終わったD.C.との繋がりは見えずことりとアイシアとの関係が深まるパラレルワールドのオリジナルストーリーであったが、途中から音夢が登場し唐突に結婚を迎える。
原作では黒髪のはずが、本作ではなぜか茶髪になっている。14話までは他のヒロインたちからも慕われ、その度に音夢から焼きもちを焼かれていた。音夢からは義理の兄妹でありながらも思いを寄せられており、さくらとの間で三角関係となっている。
『D.C. 〜クリスマスミライコイユメ〜』では本校1年に進学しているが、誰とも付き合っていない。音夢シナリオでは自宅で、ことりシナリオでは学校にて53年後の未来に飛ばされる。『D.C.II 〜Day Dream Believer〜』では登場しないが、音夢を通じて義之たちにアドバイスを送っている。
前作のメインヒロインである音夢とのエンディングから53年後の世界において、純一の妻は朝倉音夢で、朝倉音姫と朝倉由夢という二人の孫娘がいる。孫娘の父親が純一の息子であると語られている。妻の音夢は名前のみの登場で、本作の主人公である「桜内義之」曰く、純一と音夢は仲睦ましい暮らしぶりから「理想的な夫婦」であると形容している。「かったるい」を連発する性格や和菓子を出す能力は変わっておらず、義之へは和菓子を出す魔法を教えた（彼がそのままその魔法を使えたのは彼の正体に起因する）。彼もまた、さくらと同様に、作中で重要な人物である。さくらと違って、直接的ではない関わりが多い。登場機会そのものは少なく、直接登場するのは音姫シナリオの個別シナリオの後半と、「D.C.」シナリオのみである。さくらが制御に失敗した魔法の桜の暴走を止める為、幼馴染の尻拭いと称して一人で桜と融合するも失敗。同じく融合をこころみて飲み込まれてしまったさくらは、「D.C.III」にて過去に送られた後に元の時代に戻ってきているが、純一がどうなったかについては、ゲーム媒体としては直接的には描写されていない。ただし、「D.C.III」劇中において、過去の世界に送ってくれたのが純一だと示唆するかのようなさくらのセリフが存在している。また、『D.C.II.D.M』でさくらが戻ってきた後も結局純一は戻ってこず、どうなったかは一切不明のまま。音夢は「その内帰ってくるんじゃない？」と言っている。
ミスコンで白河ことりが純一に告白しようとしたまさにその時、音夢が倒れてしまい、純一はことりに告白されない。その後音夢に病床で想いを伝えられる。ことりに魅かれつつも刻々と体調を崩す音夢の看病で看病疲れになるほどに追い詰められるが、その甲斐もなく枯れない桜の樹の魔法の影響から音夢を失い、そのショックで1年近く引き篭り状態に陥る。生活が持ち直した後も音夢の最後の言葉に捕われ続けることになる。
船体には静粛性の極めて高い推進器、音波吸収材や反射材の最適装備法等、振動・衝撃を緩和可能な浮き床構造により、低雑音化・耐衝撃特性向上を図る「被探知防止・耐衝撃潜水艦構造の研究」(2007年（平成19年）から2011年（平成23年）度に試作、2010年（平成22年）度から2014年（平成26年）度に試験)の成果が反映される。なお外観に大きな変化がなく、また排水量も100トン増加で済んだのは、潜水艦初期設計等のコンピュータシミュレーション化による最適化を行う「次世代潜水艦システムの研究」（2005年（平成17年）度から2008年（平成20年）年度まで研究試作、2007年度から2009年（平成21年）度まで所内試験）や、潜水艦耐圧殻の構造様式の最適化を図る「潜水艦用構造様式の研究」（2013年（平成25年）度から2015年（平成27年）度まで研究試作、2014年（平成26年）度から2015年度まで所内試験）による研究開発の成果である。建造開始後も本型に関する研究開発は行われており、各種駆動装置から発生する雑音を低減する新型の駆動装置を開発する「潜水艦用静粛型駆動システムの研究」」（2018年（平成30年）度から2021年（令和3年）度まで研究試作、2021年度から2022年（令和4年）度まで試験）が行われている。