バブル景気がピークに達した1990年には、先に発注した最新鋭機のボーイング747-400型機を導入すると同時に、新塗装と新型ビジネスクラスを導入した。しかしその後、湾岸戦争による海外渡航者の減少と燃料の高騰、同年のバブル景気の崩壊、1980年代以降の日航開発による海外のホテルなどへの無理な投資や、燃料の先物取引の失敗などの経営判断のミス、過激な労働組合活動に後押しされた人件費の高騰などの様々な悪条件が重なり、1992年度決算では538億円という巨額の経常損失を計上し経営不振に陥った。しかし、国内外のホテルなどの余剰資産の売却や共同運航便やコードシェア便の増加、契約制客室乗務員制度の導入などによる人件費の削減、半官半民時代に国策で運航させられていた中東路線や南回りヨーロッパ線などの不採算路線の廃止、JALウェイズやJALエクスプレスなどの低コスト運航を行う子会社を設立し収益性の低い路線の運航を移管するなどの事業再構築を行った上、1994年にはホノルルや沖縄、オーストラリアなどのリゾート路線向けに「リゾッチャ」などのキャンペーンを導入し個人旅行客の取り込みや、円高による海外渡航者の回復などで1990年代半ばには経営状況が回復する。業績が順調に推移していく反面、1998年8月には、暴力団系総会屋関連企業に「観葉植物のリース料」名目で数千万円の利益供与を行っていたとして元役員らが起訴されるなど裏社会との関係が明らかになり、急遽企業行動点検委員会が設置された。しかし同年にも、自社の株主優待券を金券ショップで換金し、総会屋対策の裏金を捻出していたことが東京国税局の税務調査で発覚するなど構造的な腐敗体質が明らかになり、以降は企業コンプライアンスの改善に進めていくことになる。また、国内外における競争激化に対応して、1995年6月には日本の航空会社として初のウェブサイトを開設し、オンライン予約サービスを開始した他、マクドネル・ダグラスMD-11型機やボーイング777型機などの最新鋭機の導入を行った。また、新型ビジネスクラス「SEASONS」の導入やエコノミークラスへのパーソナルテレビの導入。1980年代より導入していたマイレージプログラムの本格展開や国際線の正規割引運賃の導入など、順調な業績と競争の激化を受けて新規サービスを導入してゆく。
1917年に二月革命が発生すると、ゲオルギー・ポベドノーセツは臨時政府の管轄下に入った。その後は、黒海艦隊における臨時政府派とソヴィエト（評議会）派の闘争の繰り返しであった。1917年3月22日には、セヴァストーポリ評議会（ソヴィエト）は全ロシア・ソヴィエト会議へ送る代表団にゲオルギー・ポベドノーセツからボリシェヴィキの書記ほか3名を選出した。これに対し、臨時政府は反政府活動を取り締まる目的で戦列艦トリー・スヴャチーチェリャを差し向けた。3月27日、トリー・スヴャチーチェリャはセヴァストーポリの海軍工場にて、セヴァストーポリ評議会の支援を受けるゲオルギー・ポベドノーセツとのあいだで戦闘状態に入った。水兵や兵士、海軍工場労働者が加勢したソヴィエト派は大きな勢力となったが、エベルガールト提督の差し向けた政府軍によって粉砕された。これにより海軍工場では安全に艦船の修理が行えるようになり、エベルガールトはその功績により多大なる褒賞を授かった。4月26日には、ゲオルギー・ポベドノーセツの乗員とそこに置かれていた黒海艦隊司令部は、「祖国は危機に瀕している」というスローガンの下、秩序の回復を説き、レーニンのような臨時政府に敵対する扇動家を批判しつつ、全力を挙げて連合国に協力して不倶戴天の敵であるドイツと戦うべきだと訴えた。黒海艦隊のウクライナ化と分離主義を留めるため、5月17日にはウクライナ各地を回っていた臨時政府陸海軍大臣A・F・ケレンスキーが、オデッサからセヴァストーポリに到着した。夕刻、司令部艦ゲオルギー・ポベドノーセツにて艦隊司令官コルチャーク海軍中将とセヴァストーポリ要塞司令官M・M・オストロフラードシクィイ海軍大佐がケレンスキーを出迎えた。ケレンスキーは、水兵の隊列を前にして戦争の続行とロシアの単一性を説く演説を行った。しかし、この演説は黒海艦隊のウクライナ化の中心人物であったオストロフラードシクィイにも、その感化を受けた大半の水兵にも何らの印象も齎さなかった。黒海艦隊ではボリシェヴィキによる煽動が盛んに行われ、6月には全士官を武装解除するという決議がセヴァストーポリ評議会によってなされた。コルチャーク艦隊司令官も例外ではなく、彼がポルト＝アルトゥール攻囲戦で授かったポルト＝アルトゥール軍刀も取り上げられることになった。とりわけ、彼がトリー・スヴャチーチェリャ、シノープ両艦の乗員を解散させようとしたことに対しボリシェヴィキらは反発し、艦隊臨時代表集会と駐屯部隊は、士官から武器を取り上げて艦隊司令官と彼の参謀長を解任すべしとする議決をした。コルチャーク提督はこれに強く反発した。彼はこのような状況下にあっては艦隊指揮など務まらないと考え、ゲオルギー・ポベドノーセツの全乗員を集めて、艦隊の状況や士官との関係について自らの考えを述べた。「この瞬間から、自分はこれ以上艦隊指揮を行いたくない、今、このことを電報で政府に伝えた。」そして、彼は自分の軍刀を海へ投げ捨てた。コルチャークは6月7日付けで退任し、新しい艦隊司令官にはV・K・ルキーン海軍少将が任官した。7月17日には、ゲオルギー・ポベドノーセツの代表は戦列艦スヴォボードナヤ・ロシアで開かれた会議に参加し、そこでエフスターフィイ、イオアン・ズラトウースト、ボレーツ・ザ・スヴォボードゥ、オチャーコフ、プルート、アヴィアートル、コローリ・カーロリ、エリブルースと連名で、臨時政府を批判し、出撃拒否をするという決定を採択した。この決定は、名前を挙げた艦船すべてで支持された。7月18日にはルキーン艦隊司令官が退任し、A・V・ニョーミツ海軍少将が後任としてゲオルギー・ポベドノーセツに司令部を開いた。8月4日には、ソヴィエト執行委員会の会議にて、ゲオルギー・ポベドノーセツにおけるふたつの委員会の存在についての検討が行われた。この頃、ゲオルギー・ポベドノーセツには船上委員会のほかに、同艦上に置かれていた司令部に由来する独立司令部委員会が存在していた。執行委員会は、司令部委員会を不法に創設されたものとして放逐する決定を下した。9月1日に成立したロシア共和国は、10月に改めて黒海艦隊の所有を宣言した。しかし、10月12日には黒海艦隊の全艦船と施設において、一日だけウクライナ国旗が翻るという事件が発生した。そして、ゲオルギー・ポベドノーセツのラジオステーションからは「自由ウクライナ万歳」という信号が発信された。