アルクメネは、ハイド・パーカー提督のバルト海遠征艦隊の艦の1隻であった。サットンは、ホレーショ・ネルソン少将の戦隊の一員として、この艦をコペンハーゲンの海戦で指揮した。トレクロナ砦のデンマーク軍と交戦したアルクメネは、その後のパーカーの撤退せよとの信号に従ったが、ネルソンはこの命令を無視した。この海戦の後、ネルソンはサットンを38門艦アマゾンの指揮官とした。海戦で戦死したエドワード・リュー艦長の後継だった。サットンはネルソンのフラッグキャプテンとしてバルト海にとどまり、ネルソンがイギリスに戻っても、彼がこの艦の提督でいる間、外敵侵入を防ぐ任務を続けた。1802年、ネルソンはこの艦の提督を退任し、サットンはジョン・ボルラス・ウォーレン少将をサンクトペテルブルクまで送り届けた。
ガイとハニーたちが宇宙船で地球に降り立つと、原始人の姿の男たちに弓矢や槍で攻撃され、ハニーたちが連れ去られてしまう。彼女たちを捕らえた少女はヴァナのフレイヤと名乗り、ガイが道案内をさせた男はアサの者と名乗ったためフレイヤに殺される。フレイヤはガイたちが敵のアサ族でないと知ると、アサ族とヴァナ族が年に1回の祭で殺し合うこと、アサが憎いことを語る。フレイヤがガイをヴァナの長に引き合わせると、長は「神の声」がラグナロックを殺せと命じたと言って槍で攻撃してきたため、ガイは応戦して彼を気絶させる。長の体にマイクロチップが着いており、これが「神の声」を長に聞かせていた。レーザー兵器の攻撃を受けたことで、ガイは地球が原始の惑星というのはみせかけと気づく。ニッドヘグと名乗る神が長の口を借りてガイに語る。2世紀前に彼は"LEAF"を操り、人類の歴史をやり直すべくアサ族とヴァナ族を作った。しかしラグナロックはこの惑星には不要であるから立ち去れ、と。長が失神した直後、複数の機械兵器の攻撃を受け、兵器を破壊すると、ニッドヘグは今度はフレイヤの口を借り、対決は避けられないが人間たちのいる地域では戦いたくないためニブルヘイムへ来いと告げる。フレイヤは長の血縁者だったので、チップに届く神の声を精神感応によって聞くことができ、ニッドヘグは彼女をも操ることができた。ガイは、ニッドヘグが北欧神話に登場する毒竜の名であり、その根の1本が極北の国ニブルヘイムへ伸びている宇宙樹ユグドラシルの根を囓るとされていること、"LEAF"のフルネームが"ユグドラシルの葉(leaf)"であり「ユグ」とはオーディンの別名であること、またユグドラシルが神々の黄昏（ラグナレク）の到来で朽ちるとされており、ノルンとはその日までユグドラシルが枯れないよう手当てする女神であることを説明した。巨大コンピュータ"LEAF"がユグドラシルの葉程度の存在かもしれないと気付きハニーたちは驚く。神の声が眠っている長を通してフレイヤに伝わり、声の指示でガイたちは宇宙船に搭載されていたブレインズ・ガーディアン用の強装甲戦闘艇でまず妖精の国スヴァルトアルフヘイムへ飛び、徒歩で巨人の国ヨツンヘイムを進んだ。ヨツンヘイムで会った巨人は、自分が250年前に地球を守るため配属された「守り人」であること、ニッドヘグは自分の部下だったが彼のために他の守り人が全滅したことを話した。1人の異端者が仲間を滅ぼして神を名乗ったと聞き、自身も仲間を殺し「神々を滅ぼす男」と呼ばれていることから、"大いなる意思"がからんでいれば自分の場合と同じだと気付くガイ。ニッドヘグに導かれて現れたS・Aの攻撃のさなか、ニッドヘグに体を操られるフレイヤがガイを狙撃しようとするが、彼女はS・Aが放った銃弾からガイを庇って命を落とす。ガイはS・Aが乗ってきた宇宙船の制御機能を支配し、彼らに宇宙船のビーム砲を浴びせた。ニッドヘグが空に自分の幻を映し出してガイに語りかける。「フレイヤこそ自分が作り上げた地球の新人種であった」と言うニッドヘグを、ガイは「自分に都合のいい新しい種族を作り、プラチナムでの"LEAF"による文民統制と同じことをする私欲まみれの独裁者が神を名乗るか」と詰り、ニッドヘグは「高次元の力を得ながら使い道を知らない。分別なくその力を使えば250年前に地球を死の星にした行為と同じ過ちを犯す、プラチナムを破壊したように」と言う。ガイの体から意識体が飛び出して宇宙船のエネルギーシールドによって具象化された。ニッドヘグはそのガイを自分の意識の内宇宙＝ニブルヘイムへ引きずり込むと自身の意識をクロードの姿としてガイと対峙する。ハニーたちはガイの肉体を守りつつ、守り人が感じ取ったニッドヘグの居場所へ共に向かうが、そこは対侵入用高出力ビーム砲に守られており、彼らは全身をビームに貫かれてしまう。ニッドヘグに有利なその内宇宙においてガイの力は吸収され、外見も急速に老いていくが、"大いなる意思"の使徒となったかのように内宇宙へ入り込んできた3人のノルンの力を借りて復活し、反撃する。不利とみたニッドヘグは自分の意識を体へ戻すが、地下にあった体はその直後に、満身創痍になりながらもニッドヘグの座る玉座の前に入ってきた守り人が振り下ろした剣によって、真二つに切断された。意識体のノルンたちが1つになり、意識体のガイをユグドラシル＝"大いなる意思"へと導いた。"LEAF"がベガルダー連邦も統治していること、人間が作り出した意識がすでに人間の手を離れたことを理解するガイに、"大いなる意思"は、両連邦のエリートは自然淘汰＝神々の黄昏（ラグナレク）で消えていく運命だった、と語る。プラチナムを破壊したのは実は、戦場で逞しく生きる民間人（シビリアン）に比べ種としてひ弱になったエリートを淘汰しようとした"大いなる意思"であったが、住民はガイによって無事避難できたのだった。ガイは人類の半分以上を滅ぼそうとしたことを詰るが、"大いなる意思"は「存在に危機が迫ったときに種の進化が起こる」と告げる。さらに"大いなる意思"は2つの選択肢を示した。ガイが現在（ヴェルダンディ）を選べば淘汰されるべきエリートを消して自身が残された人類を導く。未来（スクルト）を選べば、淘汰されるべき種にも希望を与え、かつガイの肉体を復活させて彼や彼の子孫が戦争の終結を図る。ガイが選んだのは……。