世界各地にいまだ残された人跡未踏の魔境に挑み続けてきた高名な日本人探検家、折竹孫七（おりたけ まごしち）の回想を、小説家の「私」が小説の形にまとめたもの、というのが基本的な設定である（ただし、後述するように、全13作のうち2作には折竹は登場しない）。折竹は日本のスパイという設定でもあり、スパイ小説的な要素もあわせ持っている。都筑道夫は、エドガー・ライス・バローズ、ジュール・ヴェルヌ、ヘンリー・ライダー・ハガード、ウィリアム・H・ホジスンなどの「ファンタスティック・アドベンチャー」を「小栗流に料理したもの」と指摘している。小栗は執筆にあたり、アメリカのナショナルジオグラフィック協会の発行していた雑誌『ナショナルジオグラフィック』を参考文献にしており、作中でもしばしば米国地学協会（ナショナルジオグラフィック協会）が登場する。
1988年の来日時に青島文化教材社が機関車・客車をHOスケールのプラスチック製組み立てキットとして、レストラン・カー、プルマン・カー、ドイツ形蒸気機関車を発売している。また、スポンサーであった日立製作所が家電購入者向けに展示ケース入りのディスプレイモデルを配布している。これは4158号車を模したものだが、車両番号が企画の行われた年を示す"No.1988"になっている。2008年にKATOによりNゲージサイズで日本での運行時の13両編成が、2014年にはパリ～香港間を走破した大陸走破時の15両編成が、同年箱根ラリック美術館展示のプルマン車No.4158DEも単品で相次いでモデル化されている。
フジテレビでは1989年に新年のスローガンが発表されたが、その内容は「しろうとのくろうと 時代を作るフジテレビ」であった。これは、フジテレビの社長が関西テレビ放送の社長とゴルフをした際に「オリエント急行を日本で走らせるという発想は鉄道の専門家からは出てこない」という指摘を受けたことによるものであった。その後、イントラフルークの経営難のため、車両は他社に売却された。日本を走った車両のうち、プルマン車No.4158DEは2004年以降は日本の箱根ラリック美術館にて公開されている。また、D51498は2018年11月～2019年3月までオリエントエクスプレス88年仕様で運転される。
運行終了後、オリエント急行の客車は回送され、12月27日に下松駅に到着した。直ちに復元作業が行われ、翌1989年1月6日には通関手続きも完了し、1月7日から9日にかけて貨物船「プロジクト・アメリカ号」に積み込まれた。同年1月9日午後5時50分、沼田をはじめとして、オリエント急行の日本国内運行に携わった関係者が見送る中、「プロジクト・アメリカ号」は西ドイツのハンブルク港へ向けて出港した。
大阪公演のシーンはエキストラに薬師丸ファン1300人を集めて行われた。東京公演は1500人。舞台演出家の蜷川幸雄、舞台美術に妹尾河童、照明に原田保が集結。澤井監督は舞台の演出を既に5回経験していたので舞台の演出も担当した。蜷川は劇中劇に音楽をつけることと照明デザインを担当し娯楽的な舞台に仕上げた。舞台をトータルに監修することや舞台経験のない薬師丸に舞台上での所作も教えた。終演後の誰もいない客席に向かって「ウッ」と無念の気持ちが込み上げてくる演技で薬師丸が戸惑っていると、澤井監督は杉村春子を例に出し指導した。OKを出したが、春まではいかず杉村冬子と澤井監督は評価した。澤井監督の前作『野菊の墓』を見た三田佳子が、なぜ樹木希林のアップ・ショットは撮るのに私のアップは撮らないのかと質問すると、澤井監督は空気感が伝わらないアップは嫌いで、アップにこだわるのは古いと返答した。『Wの悲劇』の中で人物のアップ・ショットは、薬師丸1回、三田2回、死体役の仲谷1回。三田佳子の演技は女優然としていて素晴らしかったと助監督は記述している。静香をスキャンダルの身代わりにするシーンでの歩き回る演技に関して澤井監督と三田は意見が食い違った。三田演じる羽鳥翔は動転していて動けないと思うと意見する三田に対し、澤井監督はアクシデントから既に30分は経過し、現場を見た研究生に協力させて苦境を切り抜けたいが、その方法が見いだせずイライラしているので部屋を歩き回ると説得した。劇団関係者の前で静香をかばうシーンで、三田は気持ちの上からも動きを付けた演技は無理と意見した。澤井監督は三田の意見も聞き入れ、先に監督提案の動きを付けた演技、次に三田提案の動きのない演技で撮影することにした。羽鳥翔は持論を展開する時に思わず動きが入る、それは女優の業で一世一代の大嘘をついているのに関わらず、〔いつの間にか〕自分が主役の芝居と勘違いして演技する快感に酔っていると澤井監督は演技を説明した。結局、三田も納得し三田案は撮影されなかった。シナリオには存在した警察の取り調べのシーンは撮影もせずにカットされた。三田静香が噓をつき通す試練が記者会見と警察の2回となり、〔シーンの持つ衝撃性が薄れ〕、また、静香に対する質問内容も記者会見と同じになるため。記者会見のシーンでは薬師丸に伏し目にならないように芸能レポーターを直視するように指導した。本物のレポーターを使うことによって、実際の追及の間合いや迫力が得られ〔追及される〕薬師丸も本気になり、ある種のドキュメンタリー要素が生じている。薬師丸は局面、局面で綺麗というよりも目が爛々としている、目に力がある女優と監督は評している。澤井によれば、薬師丸が噓の人生を選択した静香を演じると、健気に見えて非難する気になれず、これは彼女の良さだと述べている。