1998年（平成10年）から2002年（平成14年）にかけ、検査の際に車体を再塗装するにあたり、6300系や8000系と同様に車体上部をアイボリー塗色に塗装された。これは7000系・7300系・5000系リニューアル車についても同様である。塗装変更最終期には、新塗装の6025-6125が旧塗装の6686を挟むという編成も見られた（同一ユニット内での新旧塗装の混在は、これが唯一）。6001Fのみ、初回の塗装変更時（1998年）は試験的に前面のマルーンを多く残した塗り分け（新造時の8200系に準じた塗り分け）としたが、2002年に前面にもアイボリーが追加されるようになった。
1997年の能勢電鉄直通の特急「日生エクスプレス」の運転開始に際し、8000系4編成に加えて6000系6011Fが直通対応車として整備された。能勢電鉄用の列車無線アンテナが増設され、2本のアンテナが併設された。2001年の同列車増発の際には6000系の対応編成が増加し、合計5編成が直通対応となった。
1990年より、外板と内装の更新工事、スイープファン搭載工事が施工された。1996年以降は補助送風機はローリーファンに変更されている。6002Fは側扉が8000系と同等のものに変更され、側面の化粧板がツートーンとなった。1993年以降の施工編成は、車椅子スペースの設置も行われた。スイープファン施工車は、併せて車端部にベンチレーターが設置された（6000形、6600形、6760形は対象外）。1993年から、乗務員室後部の窓なし部分に小窓が設置された。当初は車体更新とは別メニューとして工事が進められたが、1995年頃に中断。それ以降は、車体更新等の工事実施時に限り施工された。中断時点で宝塚線に所属していた編成は全て施工されたが、当時神戸線に所属していた車両のうち、6012・6112(現6162)・6013・6113・6025・6125・6050(現7090)・6150(現7190)が2017年現在も小窓未設置の状態で残っている。6005Fと6006Fは、前面の表示幕を大型化している。これは、同時期に行われた京都線用5300系の前面改造についても同様である。
2200系や6300系と同様に、当初は白地に赤文字で「　急行　」の表示（「　特急　」の反転）であったが、1982年に黒地にオレンジ文字の表示「　急行　」に変更された。しかし、黒地に白文字の「　普通　」表示と区別しにくいとの苦情を受け、「急行」表示は1992年に現行の快速急行と同じオレンジ地に黒文字「　急行　」に変更された。
主電動機出力は140kWで、5100系と同一である。起動加速度は2.8km/h/sである。2200系と同様にブレーキシステムは電気指令式で、運転台にワンハンドルマスコンを採用する。7000系・8000系・8200系・9000系と連結運転が可能である。神戸線用は分割併合で中間に入る先頭車に電気連結器を装備している。
2017年1月、フィンランドのモータスポーツ協会（AKKモータスポーツ）は、当時16歳のロバンペラにフィンランド国内におけるラリー競技ならびにフィンランド・ラリー選手権への参加を特別に許可した。2017年2月、ロバンペラはミッケリで行われたラリーに参戦し、フィンランド・ラリー選手権にデビューした。このラリーでロバンペラはタイヤのパンクに見舞われたものの、最終的に2位のテーム・アスンマーに10.7秒差をつけて優勝した。ロバンペラは6月のコウヴォラでのラリーにおいてフィンランド選手権2勝目を挙げた。2017年、ロバンペラはラトビア・イタリア・フィンランドの3カ国の国内ラリー選手権に参戦した。ラトビアとフィンランドの選手権ではトニ・ガルデマイスターのチームでシュコダ・ファビアR5をドライブし、イタリア選手権ではプジョー・208T16をドライブした。ラトビア選手権の最初の2戦でロバンペラは優勝し、第3戦でも2位に入ったが、イタリア選手権では目立った活躍ができなかった。2017年6月、フィンランド交通安全局（TRAFI）はロバンペラに17歳の時点で運転免許を取得できるよう特別許可を与えた。（通常フィンランドでは運転免許が取得できる年齢は18歳と定められている）17歳の誕生日の翌日である10月2日、ロバンペラは義務づけられている運転技能試験に合格し、運転免許を取得した。（学科教習は事前に終えていた）運転免許の取得により、ロバンペラは世界ラリー選手権（WRC）に参戦できるようになった。ロバンペラは10月上旬にラトビアで行われたラリー・リエパーヤで2位となったが、このラリーはラトビア国内選手権の1戦であるのと同時に、2017年ヨーロッパラリー選手権のシーズン最終戦でもあり、ロバンペラにとってヨーロッパ選手権のデビュー戦となった。ロバンペラは2017年のラトビア・ラリー選手権オープンクラスで総合優勝し、2年連続でタイトルを獲得した。ロバンペラは2017年10月のウェールズ・ラリーGBでWRCイベントへの初参戦を果たした。このラリーGBと11月のラリー・オーストラリアで、ロバンペラはWRC-2クラスに参戦し、Mスポーツのフォード・フィエスタR5をドライブした。ラリー・オーストラリアのWRC-2クラスはロバンペラ1台のみの参戦となったため、ラリーを完走したロバンペラはクラス優勝を果たすこととなったほか、最終的な総合成績でも10位に入り、1ポイントを獲得した。