社伝によれば、孝安天皇28年に創祀され、継体天皇が越前から上京する際に、当社のそばに行宮を設け、社殿を再建して神域を定めたとされているが、鎮座地は桓武天皇の時代に内裏大膳職の御厨が置かれた地なので、その鎮守として御食津神を祀ったものとも推定されている。なお、御厨は延久2年（1070年）に廃された。仁寿2年（852年）に従五位下の神階を授けられているが、『延喜式神名帳』への記載はない。後鳥羽天皇や源頼朝からも神領が寄進され、寛元3年（1245年）には最高位の正一位の神階が授けられた。江戸時代には彦根藩主井伊氏の崇敬を受けた。明治16年（1883年）郷社に列し、大正4年（1915年）県社に昇格、同年神饌幣帛料供進社の指定を受けた。
卒業生には専門学校から初のJリーガーとなった松田和也をはじめ、元フットサル日本代表の藤井健太など多くの代表選手やFリーガーを輩出。全国専門学校サッカー選手権大会優勝10回、天皇杯全国大会出場2回、全日本フットサル選手権大会全国制覇2回などのタイトルを獲得。
発掘調査などの考古学的調査はほとんど行われていなかったが、南東方向に張り出しがあることから、前方後円墳であろうとされていた。2010年（平成22年）に横浜市埋蔵文化財センターにより墳丘の測量調査が行われ、墳丘平面形の正確なデータが得られた。その結果、南東側の張り出しは通常の前方後円墳の前方部に比べて小さく（帆立貝形古墳の規格とも異なる）、東京都狛江市の狛江亀塚古墳や、横浜市港北区の綱島古墳に類似することから、同センターは、古墳の築造年代を綱島古墳などと同じ5世紀後半代とする見解を示している。
1942年（昭和17年）7月10日、第六水雷戦隊は解隊される。同時に構成兵力（夕張、第29駆逐隊《夕月、追風、朝凪、夕凪》、第30駆逐隊《睦月、弥生、望月、卯月》）は第二海上護衛隊（能代丸、長運丸）へ編入された。だが第30駆逐隊が第二海上護衛隊として護衛作戦に従事する機会は訪れず、わずか4日で第八艦隊（7月14日編制、司令長官三川軍一中将。旗艦鳥海）へ異動した。佐世保で修理・整備に従事していた「朝凪」は、第二海上護衛隊編入直後の7月11日ラバウルに向け出撃。7月18日、ラバウルに到着して夕張以下僚艦と合流する。7月25日、「朝凪」は陸軍参謀辻政信中佐を乗せてラバウルを出撃。辻によれば、「朝凪」の対空火器は応急的に取り付けた機銃四挺だけだったという。ブナ（パプアニューギニア）に向かう途中の7月26日夕刻、連合軍双発爆撃機（B-17とも）の空襲を受け、回避行動中に触礁してスクリューを損傷、最大発揮速力16ノットに低下。至近弾により艦には250か所以上の穴が開き、19人が戦死、重軽傷者65人を出す。負傷者には辻参謀も含まれる。7月28日、ラバウルに帰投。その後「朝凪」は修理のため内地へ帰投しなければならなかった（8月23日、横須賀着）。このため「朝凪」は僚艦「夕凪」が活躍した第一次ソロモン海戦に参加できなかった。8月5日、第二海上護衛隊から特設巡洋艦能代丸が除かれ、特設巡洋艦浮島丸が編入される。8月10日、「朝凪」は輸送船2隻（五洋丸、山福丸）を護衛してトラック泊地を出発、8月23日横須賀に到着した。10月10日、朝凪駆逐艦長は花見弘平少佐から尾辻秀一大尉に交代。花見は10月20日附で駆逐艦曙艦長に補職。続いて駆逐艦天霧艦長等を歴任した。同月末時点での第二海上護衛隊は、軽巡夕張と第29駆逐隊（追風、夕凪、朝凪、夕月）、特設艦船（浮島丸、長運丸）、駆逐艦旗風（横須賀鎮守府部隊より臨時編入）であった。これら艦艇に加え、他部隊応援艦により中部太平洋方面の護衛任務に従事した。1943年（昭和18年）4月1日、第29駆逐隊は解隊された。3隻（朝凪、追風、夕月）は引き続き第二海上護衛隊に所属して海上護衛任務に従事する。一方、2隻（夕張、夕凪）は外南洋部隊（第八艦隊）に編入され、海上護衛隊より除かれた。10月20日、朝凪駆逐艦長は尾辻秀一少佐から大西快治大尉に交代。尾辻少佐は10月25日附で駆逐艦「夕霧」艦長に補職されるが、セント・ジョージ岬沖海戦における夕霧沈没時に戦死した。また新艦長（大西大尉）着任当時の「朝凪」は、老朽化のため速力30ノットを発揮できない状態だった。11月15日、日本海軍は海上護衛総司令部（司令長官及川古志郎大将）を設立。第一海上護衛隊と第二海上護衛隊も、海上護衛総司令部麾下に入る。同月末時点での第二海上護衛隊は、駆逐艦2隻（追風、朝凪）、海防艦複数隻（隠岐、福江、御蔵、平戸、天草、満珠）、鴻型水雷艇2隻（鴻、鵯）、長運丸となっていた。