この間社会民主党は野党としてこれらの政策に反対して、特に西側諸国との連携そして統合についてはドイツの再統一を難しくするものとして批判した。社会民主党のシューマッハー党首も反共主義者であったがドイツ再統一の可能性を執拗に追及していた。そして後任のエーリッヒ・オレンハウアーも再統一を最重要課題に掲げ東西分断の固定化につながるアデナウアーの西側統合路線に抵抗した。しかし西ベルリン市長となったブラントは、このような党内主流の考えには与しなかった。自ら西ベルリンを指揮する立場から見れば、自由な西ベルリンの維持は西側列強の支援なしには不可能であり、それはすなわち西側共同体、あるいは西側軍事同盟としっかり結びつくことが必要であり、自由な世界の防衛に積極的に参加することを意味していた。この1950年代に社会民主党は低迷を余儀なくされた。そして1953年6月17日のベルリン暴動で西ドイツ内では西側諸国との強固な同盟関係を望んでいた人々にとっては自分たちの考えが実証されたと感じ、西ベルリンのSPD内のエルンスト・ロイターのグループも同じであり、ロイターの死後にブラントとその周囲もますます強くそう思うようになった。1953年の第2回連邦議会選挙で得票率28.2％と低迷し党員も1950年の68万人が58万人に減少した。1956年11月にハンガリー動乱が起こり、まだベルリン暴動の記憶が生々しい西ベルリンではシェーネベルクの市庁舎前広場で抗議集会が開かれた際に激高した市民がブランデンブルク門に向かったことで、ブラントは一触即発の事態を回避するために車の上からの呼びかけて、デモ隊をうまく西地区の記念碑に誘導して、ドイツ国歌を抵抗心を込めて歌おうと呼びかけて事態を鎮静化させた。このことでブラントはベルリン市民の心に残った。だがハンガリー動乱で再統一の可能性は薄らぎ、社会民主党は訴える力を失い、1957年の第3回連邦議会選挙で31.8％169議席に上昇したが、キリスト教民主同盟と社会同盟が50.2％270議席で過半数を許した。しかしベルリンでは、エルンスト・ロイターの後継者であったオットー・ズール市長が死去して、臨時の州党大会でベルリンSPDは賛成223、反対26でブラントを市長候補に推し、10月3日にブラントはベルリン市長に当選した。また翌年1月にそれまで2度敗れていた社会民主党の州委員長の選挙で163対124で勝って、ベルリンSPDのトップとなり、党内のライバルであったフランツ・ノイマンとの争いに決着がついた。
ブラントがドイツ社会民主党に戻り、故郷のシュレースヴィヒ＝ホルシュタイン州の連邦議会議員候補になることを断って、ベルリンで活動を始めた頃は、ベルリンSPDではフランツ・ノイマンとエルンスト・ロイターとが党内で対立し、ブラントはロイターの側に立っていた。1949年8月にベルリン市議会でドイツ連邦共和国議会における始めてのベルリン代表議員の一人に選ばれた。同じ年にベルリンのヴィルマースドルフ支部の支部長となり、翌1950年には西ベルリン市議会議員にも当選する。この当時は彼の党内での基盤はまだ弱く、党内でのポスト争いで敗北を続けた、1952年4月の社会民主党の州委員長の選挙では193対63で敗れ、2年後も再度敗れて副委員長に収まっている。ベルリン市議会でのSPDは1950年12月の選挙で20％の票を失い、1954年12月の選挙でも票を伸ばすことは出来なかった。しかしそれでも市議会では最大多数を占め、CDUと連立を組んで、市議会議長のポストを取っていた。そして1955年1月に市議会議長にブラントが決まった。この頃には西ベルリン市長エルンスト・ロイターが死去して、ブラントは政治的に頭角を現し始めていた。
私生活では最初の結婚相手のカルロータと娘ニーニャはオスロに住み、恋人となったルート・ベルガウストもオスロに住んでいて、彼はベルリンで一人暮らしであったが、手紙をこの3人にずっと送り続け、結局この3人の女性たちとは生涯に渡って連絡を取り合った。ブラントにとってノルウェーは第二の故郷であり、カルロータとニーニャ、そしてルートとはノルウェー語で会話していた。1947年の春にルート・ベルガウストがベルリンにやって来て1948年9月4日に彼女と再婚し、数週間後の10月4日に長男ペーターが生まれた。この時はまだルート・フラーム、ペーター・フラームの名であった。1948年7月1日にリューベック市を管轄するシュレースヴィヒ＝ホルシュタイン州から国籍復活の証明書を得て、1949年5月に姓名の変更申請を出した。そして同年8月2日に認可されて、この時にヘルベルト・エルンスト・カール・フラームからヴィリー・ブラントに正式に名前が変わった。
船尾隆直の子として誕生。天文22年（1553年）11月、主君・佐竹義昭の偏諱を受け昭直を名乗った。翌天文23年（1554年）、伊勢神宮参詣のついでに諸国を旅していた佐竹氏家臣の中に昭直と考えられる「船尾九郎三郎」がいたことが、播磨国浄土寺（兵庫県小野市）の壁に残された落書きに記されている。昭直は早い時期から佐竹義昭・義重に仕え、主に南奥の諸将との交渉役となる。高野山へ出奔しようとした石川晴光（道堅）の説得や白河結城氏と佐竹氏・岩城氏の和睦交渉にあたるなどの活躍をみせている。天正3年（1575年）には滑津城を与えられ、赤館城の佐竹義久と共に佐竹氏の南陸奥の先鋒となった。佐竹義重の次男・喝食丸（後の蘆名盛重）が白河結城氏の養子に入ったときは後見を務め、以後佐竹氏・白河結城氏・岩城氏と何らかの主従関係を持つことになった。その後、喝食丸が改めて蘆名氏の養子となった際に、昭直は会津には同行せず、この関係が蘆名氏の滅亡まで継続されることになる。天正13年（1585年）、矢田野顕義に娘を嫁がせる。天正17年(1589年)、蘆名氏を滅ぼして蘆名盛重を追った伊達政宗が須賀川城の二階堂氏を滅ぼすと、結城義親や石川昭光、浅川豊純などの佐竹方だった南陸奥の国人がこぞって伊達方に寝返り、昭直の居城・滑津城は伊達方の武将に取り囲まれる形になってしまう。昭直も伊達方への寝返りを申し入れたものの政宗からは許されず、伊達氏及びその傘下の石川氏・浅川氏によって何度も攻め込まれて辛うじて踏みとどまるが、佐竹義重の命により兵を退く。その直後の豊臣政権における宇都宮仕置によって滑津城は白河結城氏・石川氏らの旧領と共に会津領に編入され、残された他の所領も文禄4年（1595年）に行われた大規模な知行割替によって茨城郡1600石に移封された。移封は子・義綱に対して行われており、この時には昭直は死亡もしくは隠居していたと考えられている。その後の主家の秋田転封の際に義綱は突如出奔、弟・林勝貞だけがそのまま佐竹氏に仕える。その後、大坂冬の陣において叔父・勝貞に従って出陣した義綱の子・隆広が討死し、これを惜しんだ佐竹氏はその弟・勝光を300石で登用して、船尾氏の再興が許される。なお、義綱はその後も秋田に赴くことなく、寛永7年（1630年）に米沢にて没している。