吹田総合車両所京都支所（旧：京都総合運転所）には、683系0番台6両編成6本（W31 - W36編成）、683系0番台3両編成6本（V31 - V36編成）、289系6両編成5本（J01 - J05編成）、289系3両編成3本（I01 - 03編成）の93両が配置されている。W編成とV編成は、同所所属の681系と共通運用で、特急「サンダーバード」7往復（大阪駅 - 金沢駅・和倉温泉駅間）と、「ダイナスター」2往復（福井駅 - 金沢駅間）、「能登かがり火」2往復（金沢駅 - 和倉温泉駅間）で運転されている。「サンダーバード」は9両編成（基本6両+付属3両）で運転されており、大阪駅 - 和倉温泉駅間の1往復に関しては、金沢駅で増解結を行い、金沢以北には6両編成のみが入線する。「能登かがり火」は6両編成、「ダイナスター」は6両編成または3両編成で運転されている。金沢所属時代の2003年3月15日には小浜線電化開業記念列車として小浜線にも乗り入れたこともある。289系のJ編成は金沢総合車両所から転属した5両編成S02・04・05・07・12に、別の5両編成から外したサハ683を組み込んで6両編成とした編成である。I編成は、金沢総合車両所から転属したS27 - 29の3本が289系に改造された編成である。なおこの組み換えにおいてサハ683-2509・サハ289-2510が余剰となり、2016年7月11日付で廃車された。J編成とI編成は2015年10月31日から特急「くろしお」6往復（新大阪駅 - 紀伊田辺駅・白浜駅間）で運転を開始し、2018年3月17日からは2往復が新宮駅まで運用を拡大し、新大阪駅 - 和歌山駅・白浜駅・新宮駅間の運用となっている。基本はJ編成の6両編成とし、付属のI編成は多客期を中心にJ編成と併結されて9両編成で運転されている。2019年3月より通勤特急「らくラクはりま」にも使用される他、こうのとりなどの増結に使用される事もある。
1945年（昭和20年）1月1日、マタ38A船団を編成していた海防艦干珠と生名が合流し、マタ40船団部隊（護衛隊〈三宅、干珠、能美、生名、第39号、第112号〉、陸軍特殊船〈神州丸、吉備津山丸、日向丸〉）は台湾高雄にむけサンフェルナンドを出発した。高雄到着後まもなく、台湾は米軍機動部隊（第38任務部隊）艦上機に襲撃される。一連の攻撃で神州丸が沈没、吉備津山丸が大破、日向丸も小破、三宅も小破した。1945年（昭和20年）1月8日深夜～9日早朝、台湾高雄市にヒ87船団部隊（部隊指揮官は第七護衛船団司令官駒沢克己少将・旗艦神威、駆逐艦時雨、磯風、旗風、海防艦御蔵や倉橋など、給油艦ほか8隻）が到着した。だがすぐに米軍機動部隊（第38任務部隊）艦上機に襲撃される。神威等が損傷。洋上では海邦丸が撃沈され、海防艦屋代が損傷した。三宅は、損傷艦や内地帰投艦を分離したヒ87船団部隊（旗艦は神威から干珠に変更）として、1月10日に高雄を出発、13日深夜（14日朝）に香港へ到着した。ヒ87船団部隊は、香港でも米軍機動部隊艦上機の空襲を受けた。神威（1月16日空襲）他が大破もしくは沈没し、海防艦も能美や倉橋など複数隻が損傷、船団は大打撃をうけた。1月17日夜、ヒ87A船団（干珠〈船団旗艦〉、三宅、時雨、第13号海防艦、タンカーさらわく丸）は香港を出発し、シンガポールを目指した。1月24日、ヒ87A船団部隊をアメリカ軍潜水艦ベスゴとブラックフィンが襲撃する。僚艦時雨は午前7時頃にブラックフィンと交戦し、撃沈された。午前8時20分頃、干珠護衛下のサラワク丸（三菱汽船、5,135トン）は別の潜水艦（ベスゴ）から雷撃されるが、沈まなかった。三宅と第13号海防艦は対潜掃蕩を実施する。三宅は時雨生存者を収容した。日没後、13号と三宅は先行艦（干珠、さらわく丸）を追及する 。26日、ヒ87A船団はシンガポールに到着した。1月31日、ヒ88C船団 の護衛としてシンガポール発。途中爆撃により戦死者を出すが、2月21日に舟山列島着。同地で船団は二分され、上海経由で3月2日博多湾着。3月19日、呉軍港空襲があり対空戦闘を実施した。4月中旬、第一海防隊司令池田映大佐が指揮する海防艦4隻（能美、第31号海防艦、三宅、第213号海防艦〈途中で第39号海防艦 に交代〉）でモシ02船団（貨物船寿山丸、大連汽船3,943トン）を護衛する。4月11日午前6時に門司を出発したモシ02船団は、4月13日午後2時に済州島北西部の飛揚島に入泊した。14日未明、泊地停泊中のモシ02船団を、アメリカ軍潜水艦ティランテ(USS Tirante, SS-420)が襲撃する。寿山丸、御蔵型海防艦能美（第一海防隊司令戦死）、第31号海防艦は撃沈された。4月18日、三宅は門司に帰投した。4月22日、「吉林丸」を護衛して門司出港。しかし「吉林丸」は触雷航行不能となり、「三宅」は済州島・対馬間の哨戒任務に従事。5月8日、青島へ向かう。5月17日に石島へ移動し、19日に「大星丸」船団の護衛として石島発。21日大東湾着。5月22日、大東湾発。「興洋丸」を護衛して24日に石島着。同日、陸上での戦闘を砲撃で援護。5月25日、石島発。「辰宮丸」、「興津丸」を護衛して26日大東湾着。6月、佐世保港に入港。8月1日に佐世保を出港し、呼子漁港へ移動。8月7日朝鮮元山港着。10日元山出港、迎日湾へ移動。同地で終戦。8月21日、北九州門司付近で触雷し、損傷した。戦後、特別輸送艦として引き上げ輸送に従事した。1948年（昭和23年）5月から7月にかけて、佐世保重工で解体された。