新政府側でも徳川家（特に前将軍慶喜）に対して厳しい処分を断行すべきとする強硬論と、長引く内紛や過酷な処分は国益に反するとして穏当な処分で済ませようとする寛典論の両論が存在した。薩摩藩の西郷隆盛などは強硬論であり、大久保利通宛ての書状などで慶喜の切腹を断固求める旨を訴えていた。大久保も同様に慶喜が謹慎したくらいで赦すのはもってのほかであると考えていた節が見られる。このように、東征軍の目的は単に江戸城の奪取のみに留まらず、徳川慶喜（およびそれに加担した松平容保・松平定敬）への処罰、および徳川家の存廃と常にセットとして語られるべき問題であった。一方、長州藩の木戸孝允・広沢真臣らは徳川慶喜個人に対しては寛典論を想定していた。また公議政体派の山内容堂・松平春嶽・伊達宗城（前宇和島藩主）ら諸侯も、心情的にまだ慶喜への親近感もあり、慶喜の死罪および徳川家改易などの厳罰には反対していた。新政府はすでに東海道・東山道・北陸道の三道から江戸を攻撃すべく、正月5日には橋本実梁を東海道鎮撫総督に、同9日には岩倉具定を東山道鎮撫総督に、高倉永祜を北陸道鎮撫総督に任命して出撃させていたが、2月6日天皇親征の方針が決まると、それまでの東海道・東山道・北陸道鎮撫総督は先鋒総督兼鎮撫使に改称された。2月9日には新政府総裁の熾仁親王が東征大総督に任命（総裁と兼任）される。先の鎮撫使はすべて大総督の指揮下に組み入れられた上、大総督には江戸城・徳川家の件のみならず東日本に関わる裁量のほぼ全権が与えられた。大総督府参謀には正親町公董・西四辻公業（公家）が、下参謀には広沢真臣（長州）が任じられたが、寛典論の広沢は12日に辞退し、代わって14日強硬派の西郷隆盛（薩摩）と林通顕（宇和島）が補任された。2月15日、熾仁親王以下東征軍は京都を進発して東下を開始し、3月5日に駿府に到着。翌6日には大総督府の軍議において江戸城進撃の日付が3月15日と決定されたが、同時に、慶喜の恭順の意思が確認できれば一定の条件でこれを容れる用意があることも「別秘事」として示されているこの頃にはすでに西郷や大久保利通らの間にも、慶喜の恭順が完全であれば厳罰には及ばないとの合意ができつつあったと思われる。実際、これらの条件も前月に大久保利通が新政府に提出した意見書にほぼ添うものであった。
元亀2年（1571年）6月14日に毛利元就が死去した翌年の元亀3年（1572年）、毛利輝元から忠誠心を疑われたのか、隆通は熊谷信直を仲介として、輝元へ変わらず忠誠を尽くすことを誓い、その証として輝元に太刀一腰と金覆輪の鎧、輝元の側近である児玉元良に銭200疋を贈っている。これを受けて輝元は、同年7月25日に山内隆通・元通父子に対して、今後は何人が告げ口をしようとも山内父子の忠誠心を疑う事は無いと起請文で誓っている。そして、同年7月28日、隆通と元通は吉川元春・元長父子に対して、山内氏が輝元に対して異心を抱いていないことは輝元が納得したので、少しでも疑うことがあれば直接お尋ね頂き、今後とも吉川氏の指南・扶助を得たい旨を起請文で伝え、内容に偽りのないことを誓約した。同年8月1日に吉川元春・元長父子は起請文で、今後は如何なる事があっても山内氏を疑う事はなく、山内元通と吉川元長が兄弟の契約を結ぶ上は今後とも両家が懇意にすることを誓約した。天正4年（1576年）、織田信長に京を追われた将軍・足利義昭が毛利輝元の勢力下であった備後国の鞆に移ると、輝元は隆通に対して義昭への援助を命じた。隆通は滑良通泰を鞆に派遣し、足利義昭とその家臣に数々の贈物をし、これに対して安国寺恵瓊は「面目の至り、大慶これに過ぐべからず候」と書き送っている。天正7年（1579年）7月15日、隆通の嫡男・元通が父に先立ち33歳で死去した。元通には庶子の千法師（後の佐々部元宗）がいたが、隆通は次男の千代丸（後の山内広通）を元通の養子として後継に据え、熊谷信直と宍戸隆家を通じて吉川元春に働きかけ、広通への家督相続の許可を輝元に求めた。輝元は同年8月17日に宍戸隆家宛ての書状において広通の家督相続の許可を出した。隆通父子はその御礼として、輝元に太刀一腰と馬一疋、宍戸隆家に太刀一腰と馬代を送り、天正8年（1580年）9月5日には宍戸隆家に対して疎意無きことを誓約した。これに対して宍戸隆家・元孝父子も同年9月6日に山内父子に起請文を提出した。隆家の祖父元源や父元家を通じて宍戸氏と山内氏は因縁浅からず、また隆家が幼少の頃数年に渡って隆通の祖父・直通に養育された恩は忘れ難いとして、宍戸氏も山内氏に対して疎略無き事を誓約した。同年10月には祝儀として、隆通が宍戸隆家に太刀一腰と青銅1000疋を贈っている。