ある者がジャアファルに神を見せよと頼んだ。イマーム対えて曰く「太陽を見よ」。男は言う。太陽を見ること能わず。輝きの大なればなり、と。ジャアファルは言う。「被造物すら見ることができない、いかにして創造主を見んとするか」と。
イマーム派のなかで十二イマーム派（イスナー・アシュアリー）とイスマーイール派への分裂がおこったのはジャアファルの没後のことであった。イスマーイール派はジャアファルの長子イスマーイールの継承を可とし、一方十二イマーム派はイスマーイールの弟ムーサー・カーズィムの継承をしかるべきとしたのである。結果的にイスマーイール派は袂を分かつことになり、今日に続く。イスマーイール派ニザール派の指導者アーガー・ハーンはイスマーイールの子孫を称している。
ウマイヤ朝にかわる新たな統治者アッバース朝は、ムハンマドの伯父アッバースの子孫としての立場を基礎として権力の座に昇った。したがってムハンマドの子孫であり、多くの人々にカリフ位によりふさわしい権利をもつと見られたジャアファルは、アッバース朝の多大な嫌疑の対象であった。ジャアファルは綿密に監視され、時にはその信徒との紐帯を断ち切るために獄に下されることもあった。しかしどこに身をおこうと、なお迫害に耐え、研究と著述を続けたのである。ジャアファル・アッ＝サーディクが没したのは765年12月4日のことである。毒殺であったという者もあり、シーア派イマームの前任者たち同様、殉教者とされた。マディーナの有名な墓地ジャンナトゥル・バキー墓地にその身が葬られている。
ジャアファル・アッ＝サーディクは激しく転変する時代に生きた。ジャアファルは、先々代イマーム・アリーの信徒らに重んぜられたが、彼らはウマイヤ朝から見れば異端的な反乱軍であり、ジャアファルの縁者の多くはウマイヤ朝によって死に追いやられたのである。叔父ザイド・イブン・アリーはジャアファルの父ムハンマド・アル＝バーキルが没した直後、ウマイヤ朝に対して反乱を起こした。ジャアファルはこれには参加しなかったが、ザイドをはじめ縁者の多くが亡くなり、また罰された。ウマイヤ朝末期の数年間にはこのほかにも多くの反乱があり、750年のアッバース朝成立に至る。このときジャアファルは48歳になっていた。諸々の反乱勢力はジャアファル・アッ＝サーディクの支持を求めたが、ジャアファルは自身の見解をはっきりとさせずに、この類の要請をはぐらかしつづけた。ジャアファルはカリフ位を彼に与えるというような文言を持つ書簡を燃やしてしまい「この者は私に従う者ではなく、そもそも神の領域に属することをなすことは、この者にはできない」と言ったという。ジャアファルはその本意を隠し、慎重に沈黙を続け、シーア派教義タキーヤ（信仰秘匿）の確立の淵源はここにあるとされる。タキーヤはすなわち、自らの本来の信条を明らかにすることで自己や他者が危険な状態に置いてしまうような場合、これを隠すことが認められるという教義である。
ジャアファルは前節の学者としてのあり方から見て取れるように、知と理性（アクル）を非常に重視した。これはシーア派学問や神智学的分野のみに留まるものではなく、法学分野に影響を与え、さらにシーア派の教義そのもの、ひいてはその政治思想にも影響を与えるものであった。判断（特に法的判断）における理性の強調は、とりもなおさず判断する者の「知」を重視することになるからである。この判断を社会全体での判断について当てはめると次のように議論が展開する。ムスリム全体を導くために判断する者、すなわちウンマ（イスラーム共同体）を指導する者にも当然、知あるいは理性が求められる。では、預言者ムハンマド没後どのように「知」「理性」を持つ者が確保されてゆくのか。そこでジャアファルは、イマームこそ、そしてイマームのみが神の言葉たるシャリーア（イスラーム法）を正しく判断できるもの、とする。初代イマーム・アリーは知の完成者として賞賛されるが、ジャアファルは、その知のあり方はアリー家に受け継がれるとしたのである。こうして、ジャアファルにおいて、シーア派イマーム派の根本教義の一つ、アリー家の無謬のイマームが代々指導する共同体を志向するという教義が成立した。
『様々な分野で活躍できる人材を育成する』という理念の下に、2003年度から旧理数コースを廃止、新たに設置された。旧理数コースとは異なり、科学総合コースの場合は文系の選択も可能である。文系の『時事英語』は、3年次より始まるもので、週3単位であるが、英語のリーディングと文法事項を合わせたような内容になっている。また、今なお時間割の根本的な変更がままある。1年時より、他の普通科とはやや異なる方針と時間割で進められている。必須・受験科目に加え、国際問題など現実的な問題に対する考えや姿勢を育てるため、様々なセミナーやフォーラムを組み込んだり授業したりしている。尚、昔は文系でも数学III・Cまで授業を行っていたが、現在は行われていない。一方理系は、旧理数コースと大して変わらないカリキュラムのためか、文系より安定した計画の下、授業が組まれている。その代表的な課目である、『応用数学』は、3年次より始まるもので、週2単位である。高校数学ではそれほど深くまで習わないような内容まで掘り下げて学んでいく科目である。文理共通の科目に、『探究』という教科がある。普通科の『探求』とは“きゅう”の文字が違い、内容も少々異なる。1年次に、論文の書き方、ミニ論文の作成を行い、2年次に本格的に各自で設定した課題の研究に入る。しかしながら、大体は指導教諭が先に設定した課題から選択してグループで研究をするという形式になっている。2年生の3月には、1年生の科学総合コースの生徒、各中学校の教諭、来年次の科学総合コースに合格した生徒のうち希望者、保護者、地域住民を前に研究発表会を実施する。その後3年次の1学期で探究の授業は終了し、その間に研究をまとめて論文を作成、1冊の本にする。