ドーピングに対しては平成19年（2007年）から機構独自の検査を行い、罰則を設けている。日本アンチ・ドーピング機構（JADA）には加盟していない。2017年度シーズンからは血液検査も実施される。
女性によるプロ野球リーグとして、1950 - 1951年にかけて日本女子野球連盟が存在した。2010年より日本女子プロ野球機構によるリーグが開始され、59年ぶりに女子プロ野球リーグが復活した。
関西独立リーグ (初代)は2009年シーズンより開始。大阪エキスポセブンティーズや三重スリーアローズが加入する予定があったが、いずれも独自にリーグを結成する方針に変更した（大阪エキスポセブンティーズはリーグ発足に至らず）。また、初年度参加の大阪ゴールドビリケーンズは2009年のシーズン終了後に脱退し、2010年シーズンから韓国人選手主体のソウル・ヘチ（旧コリア・ヘチ→韓国ヘチ）が加盟した。2011年からは大阪ホークスドリームのほか、2010年限りで休止した神戸9クルーズの選手を引き継いだ兵庫ブルーサンダーズ、チームの権利を引き継いだフォレストホームの設立による神戸サンズが参加した。一方、明石レッドソルジャーズは代表者の死去などに伴い、2011年から活動を休止した。2012年度は06BULLSと大和侍レッズの2球団が加入する一方、大阪ホークスドリームやソウル・ヘチはリーグ戦への参加を休止した。2012年度終了後、大阪ホークスドリームはリーグを脱退してクラブチームに変更、神戸サンズと大和侍レッズは活動を休止した。このため、リーグ発足当時から残っている球団は紀州レンジャーズのみとなっていた。2013年度は紀州・兵庫・06BULLSの3球団であった。シーズン終了後、紀州と他の2球団が運営方針をめぐって対立し、全球団が脱退したためリーグは事実上活動を停止した。兵庫と06BULLSは、新たにBASEBALL FIRST LEAGUE（ベースボール・ファースト・リーグ、現・関西独立リーグ (2代目)）を設立した。
2004年に起こったプロ野球再編問題と四国アイランドリーグ（現・四国アイランドリーグplus）誕生の影響もあって、当時は全国各地に独立リーグ構想が持ち上がった。ベースボール・チャレンジ・リーグのように実現した独立リーグもあるが、資金面などの問題もあって実現までに至っていないものも複数存在する。社会人野球を統括する日本野球連盟は、リーグ所属選手について2005年から2008年までは社会人などアマチュアと同等に扱っていた。しかし、2009年に日本野球連盟は「国内の独立リーグに関する取扱要領」を制定し、NPB同様プロ選手として扱われる（退団者の社会人野球選手登録は1チーム3人以内）ことになった。2010年からは、独立リーグ退団者は退団翌年度に社会人野球選手登録ができない制限も追加された。その後、2014年11月に、すべての独立リーグ退団者に対して登録者数制限が適用外となり、日本独立リーグ野球機構所属リーグ（四国アイランドリーグplusとベースボール・チャレンジ・リーグ）の退団者に対しては登録期間制限も適用外となった。一方、日本野球機構（NPB）は、外国人（日本の学校卒業者を除く）およびNPB在籍経験のある独立リーグ選手に対しては「移籍」の形でNPB球団と契約することを認めているが、それらに該当しない選手についてはプロ野球ドラフト会議での指名を受けなければ契約できない。この点について、独立リーグ（アイランドリーグとBCリーグ）側は、選手の経歴によらず移籍可能にしたいという意向を持っていると報じられている。独立リーグの選手もNPB同様にプロ契約を交わして球団から報酬を受け取っているものの、その額はNPBと比べ極めて少ない。解散時点の関西独立リーグ (初代)は完全無給制で、同リーグを脱退した球団によって設立されたBASEBALL FIRST LEAGUE→関西独立リーグ (2代目)も同様である。そのため、オフシーズンに副業を認めるリーグも存在する。
第二次大戦前には航空会社による養成学校があったが、1916年8月に開校した東京航空輸送社の日本飛行学校は入学金は600円（当時は新築の家が二軒建てられた金額）と非常に高額で工面出来る者は少なく、学校の経営も安定しないため人材供給が不安定であった。このため1938年には逓信省が民間機のパイロットを養成するため実業学校相当の航空機乗員養成所を設立した。ここでは全寮制で生活費・学費は無料だが教官は予備役の軍人が務め、軍隊式の生活で卒業後は陸軍や海軍の航空部隊に入隊して予備下士官として任官するなど、軍学校としての要素が強く、第二次大戦勃発により多くの卒業生がパイロットとして徴兵された。敗戦により民間航空が禁止され航空機乗員養成所も廃止されたため、パイロットの養成は途絶えることになる。1954年に再開された後も民間パイロットの養成は途絶えたままだったため人材は元軍人と外国人に頼っていた。このため国主導で日本人パイロットを養成すべく1954年に運輸省の付属機関として設立された。2001年4月1日に独立行政法人化され、国土交通省所管の独立行政法人となった。当初は宮崎本校のみであったが、志願者の増加と共に、フライト課程を宮崎のみで行うことが困難になったため、仙台分校と帯広分校を設置し、訓練を分散化させた。学費は無料ではないが、民間のパイロットスクールや大学の操縦専攻課程と比較すれば、格段に安価なことに加え、募集人数が72名程度と少ないこと、学力試験や航空身体検査が厳しいこともあり、入学試験の倍率は例年6～8倍で推移している。特に安全面への配慮から、1度身体検査で不合格になった受験者は、生涯の受験資格を失う。また自衛隊はパイロットを独自に養成しているため、航空機乗員養成所のような軍事色は無くなっている。