本作の最大の特徴として、戦闘シーンがリアルタイムになったことが挙げられる。このシステムをアクティブタイムバトル（Active Time Battle、略称ATB）といい、以後のスクウェアの作品においても使用される代表的な戦闘システムとなった。また、特許化されている。敵味方双方の各キャラクターにそれぞれ待機時間が設定されリアルタイムにカウントダウンされていく。本作（GBA版以降は除く）では画面上で待機時間を知ることはできない。待機時間が0になった（ゲージが最大になった）キャラクターはコマンド入力が可能になる。そしてコマンド入力からさらに一定時間が経つとコマンド入力通りの行動を行い、行動後は再び待機時間がリセットされる。コマンドの選択中にもほかのキャラクターの行動が行われるのが特徴だが、ウェイトモードに設定することによってアイテムや魔法の選択中はこのカウントをストップさせることも可能。このATBによって、時間経過を生かした特殊攻撃（「死の宣告」など）や時間経過で形態・戦闘モードが変化する敵などが登場している。また、主人公側から何らかの攻撃を受けるとカウンターという形で待機時間を無視して特定の行動を取るものや、単体や同一グループのみになった場合に戦闘モードが変化する敵なども登場し、さらに威力が強力な技や魔法は選択してから発動まで時間がかかったりと、戦闘のバラエティ性・戦略性が強くなった。本作ではすばやさの数値以外に、隊列の位置によっても行動順に補正がかかる。
第二次世界大戦後、かつて東京府立第五高等女学校（移転して現在の東京都立富士高等学校）のあった歌舞伎町の地区を開発することになり、林以文が1947年（昭和22年）12月、歌舞伎町753番地に新宿地球座を新築・開館した。同地区の開発はなかなか進まず、地球座の開館は同地への進出第1号であり、周囲に施設が揃い始めるのは数年後のことであった。林は翌1948年（昭和23年）5月、惠通企業株式会社を設立、地球座では外国映画（洋画）を上映して『地球座ニュース』を発行し、地球座は軌道に乗った。1951年（昭和26年）には、東京急行電鉄が東京スケートリンク、同年11月には東亜興行が新宿オデヲン座を開業し、さらに2年後の1953年（昭和28年）1月2日には、歌舞伎町879番地に林が新宿劇場を新築・開館したが、まだ新宿コマ劇場の位置は野原であった。1956年（昭和31年）3月、李合珠の経営する中台工業（現在のエイチアイインターナショナル）が地球座の西側、歌舞伎町511番地に「中台工業ビル」を新築・開業、その際に惠通企業は同ビル1階に入居して映画館を開き、新宿名画座として開館した。同館は、基本的に日本映画の旧作を上映する劇場であった。1958年（昭和33年）6月、惠通企業は傘下に株式会社地球会館を設立、同年12月には、新宿地球座の位置に「地球会館」を新築・落成、地下に新宿座が開館、4階に新宿地球座が再開館した。新宿座が日本映画、新宿地球座が外国映画というすみわけであった。開館当時の地球会館は、2つの映画館のほか2階にコンサートホール、7階に「キャバレームーランルージュ」があり、総合娯楽ビルディングであった。1959年（昭和34年）当時の惠通グループのこれら映画館の経営母体は、新宿座・新宿地球座が株式会社地球会館、新宿名画座が惠通企業、新宿劇場が林の個人経営であった。1971年（昭和46年）には、新宿劇場を閉館した跡地に「新宿ジョイパックビル」（現在の「ヒューマックスパビリオン新宿歌舞伎町」）を建設、同年10月に落成、ボウリング場「新宿コパボウル」、ゲームセンター「プレイランドカーニバル」、ディスコ「プレイハウス」などがある総合レジャービルとなったが、当初、映画館は存在しなかった。ジョイパックシネマ（現在のヒューマックスシネマ）が同ビル2階に歌舞伎町シネマ1・2を1984年（昭和59年）に新設、これがのちに「新宿ジョイシネマ3・4」になった。同じころ、同年には新宿座が新宿ジョイシネマと改称、前年の1983年（昭和58年）には新宿地球座が歌舞伎町松竹と改称、1987年（昭和62年）には、新宿名画座が新宿シネパトスと改称し、ピンク映画から一般映画の上映館へとリニューアルした。同年7月、恵通企業株式会社が株式会社ヒューマックスへと社名変更、グループ名をヒューマックスグループと改称した。テレビディレクターの岡田倫太郎は早稲田大学在学中の1991年（平成3年）頃に当館でアルバイトをしていたことがあり、当時上映していた『ダークマン』（サム・ライミ監督）や『ヒルコ 妖怪ハンター』などといった作品の宣伝を当館入口付近で行っていた。1995年（平成7年）7月には、これら新宿ジョイシネマ（地球会館地下、かつての新宿座）、歌舞伎町松竹（地球会館4階、かつての地球座）、歌舞伎町シネマ1・2（新宿ジョイパックビル）、新宿シネパトス（中台工業ビル1階、かつての新宿名画座）をそれぞれ順番に新宿ジョイシネマ1・2・3・4・5へと館名を統一した。1997年（平成9年）11月、新宿ジョイパックビルにあった新宿ジョイシネマ3・4を閉館、中台工業ビルの新宿ジョイシネマ5を同3と改称した。1998年（平成10年）6月13日、『追跡者』（スチュアート・ベアード監督）公開のタイミングで改装を行い、新宿ジョイシネマ2は、従来の4階入口のフラット構造から3階に入口を移動してスタジアム構造に変えた。2003年（平成15年）、ヒューマックスグループでは同劇場に関わる変更が行われた。同年2月に、株式会社ヒューマックステクノロジーを株式会社ヒューマックスシネマに社名変更し、その会社へ、同年3月、株式会社ヒューマックスピクチャーズの全事業部門を営業譲渡した。これにより、同劇場の経営母体は、株式会社ヒューマックスピクチャーズから株式会社ヒューマックスシネマに移った。2009年（平成21年）5月31日、「新宿ジョイシネマ1・2・3」はすべてを閉館、ヒューマックスグループは歌舞伎町における映画興行から完全に撤退した。最終日の上映作はシネマ1が『ラストサムライ』、シネマ2が『GOEMON』、シネマ3が『60歳のラブレター』だった。その後の跡地は、2011年（平成23年）1月に「ヒューマックスパビリオン新宿アネックス」（かつての地球会館）の大改修工事が完成し、「新宿ジョイシネマ1」の跡地はライブハウス「新宿BLAZE」、「新宿ジョイシネマ2」の跡地は「ホテルウィングインターナショナル新宿」の下層階、新宿ジョイパックビルにあった「新宿ジョイシネマ3・4」の跡地は、「ヒューマックスパビリオン新宿歌舞伎町」の2階、「まんが喫茶ゲラゲラ新宿コマ劇前店」、最終的に「新宿ジョイシネマ3」となった「新宿ジョイシネマ5」（かつての新宿シネパトスおよび新宿名画座）は、「東京ミステリーサーカス」である（2019年6月現在）。