南信日日新聞社が『長野日報』に改題する直前の1991年、競合紙である信濃毎日新聞（信濃毎日新聞株式会社）は、新聞・雑誌の商標として『長野日報』（1991年10月8日出願、商願平3-121426）および『南信日日新聞』（1991年11月22日出願・商願平3-105135）をともに出願した。『長野日報』は1994年4月28日に（第2654496号）、『南信日日新聞』は1994年2月28日に（第2624020号）信濃毎日新聞の商標として登録された。しかし登録公報の発行後も、長野日報社側の登録異議申し立ては現在に至るまでなぜか行われておらず、長野日報社は競合他社が権利を押さえている商標で新聞を発行するという異例の状態が続いている。一方、松本市に本社を置く『市民タイムス』についても信濃毎日新聞は1995年、系列の株式会社信毎販売センターによって印刷物・写真の商標として登録を出願し、1997年8月29日に信毎販売センターの商標として登録（第4051283号）された。しかし市民タイムス側は同年11月の登録公報発行直後、即座に登録異議申し立て（平成10年異議第90089号）を行う対応を取り、特許庁は1999年1月11日、信毎販売センター側の『市民タイムス』商標のうち、印刷物の登録について取り消す決定を下している。信濃毎日新聞は『長野日報』『南信日日新聞』の両商標について2013年に2回目の登録更新を行い、引き続き商標権を保有している一方、長野日報社は長野県飯田市の地域紙『信州日報』休刊（2013年11月30日）直後の同年12月13日、新聞・雑誌の商標として『信州日報』を出願し、2014年9月16日に登録（第5700003号）されている。
2005年8月6日の対横浜戦（横浜スタジアム）で観客席の横浜ファンが出した「Money、Kaese!（金返せ）」のプラカードに奮起し、来日初の1試合3本塁打を放つ。4番打者として、本塁打王こそ逃したがチーム1位の38本塁打を放ち、2年連続の100打点と初の打率3割も記録。しかし、5月5日の対ヤクルト戦で藤井秀悟の頭部付近への投球（死球ではない）に激怒。右頬を殴って退場処分を受け、さらに10試合出場停止という処分を課された（この2人は、後に和解している）。ウッズの不在が出場停止期間に始まった交流戦で大きく響き、中日もこの年セ・リーグ連覇を逃した。2006年、来日当初から指摘され続けていた勝負弱さを克服。開幕当初は不振も、自己最多の47本塁打を放ち、2年ぶりの本塁打王と初の打点王を獲得し、リーグ優勝に大きく貢献（球団としては、本塁打王は1996年の山崎武司、打点王は1994年の大豊泰昭以来で、両タイトルとも本拠地がナゴヤドームに移転後初）。古巣の横浜相手には特に強く、打率.372、本塁打12本を記録。マジック1で迎えた10月10日の対巨人戦では46号先制3ラン、47号満塁本塁打（2試合連続）を放ち7打点を挙げ、西沢道夫の持つシーズン本塁打球団記録（46本）を更新し優勝を決めた。144打点も球団新記録でプロ野球史上歴代6位の記録。北海道日本ハムファイターズと対戦した日本シリーズでも全試合4番を務め、打率は.267（15打数4安打）と悪くはなかったものの本塁打0、打点は0で、日本一にはなれなかった。同年12月19日には優勝旅行先のアメリカ・ラスベガスで契約更改交渉を行い、1年契約・年俸6億円（1億円増）で合意した。2007年、交流戦前まで打率.320など三冠王も狙えるペースだったが、持病の腰痛の影響もあり、打率は徐々に下降。8月16日の対阪神戦で、下柳剛から来日通算200号本塁打を放つなど、本塁打と打点では終盤までタイトルを争ったものの、9月14日の対阪神戦で藤川球児から勝ち越し安打を放って以降は18試合で本塁打1、打点7と精彩を欠き、無冠に終わった。巨人・阪神との三つ巴の優勝争いの時期、ウッズの不振は中日がセ・リーグ連覇を逃した一因にも挙げられた。しかし、この年よりセリーグに導入されたクライマックスシリーズでは、1stステージと2ndステージ合わせて3本塁打を放つなど、勝利に結びつく活躍を何度も見せ、球団史上初の2年連続日本シリーズ進出に大きく貢献した。日本シリーズでは日本一になった第5戦で、この試合の唯一の得点となる平田良介の犠牲フライでホームを踏み、最後の打者となった小谷野栄一の二塁ゴロでウイニングボールを掴んだ。同年オフには残留で基本合意し、2008年1月4日には現状維持の年俸6億円で1年契約を結んだ。2008年、交流戦前から調子が上がり始めたが、交流戦後に再び不振に陥り4番を森野将彦・西武から移籍した和田一浩に譲り、時にはスタメンを外れた。来日以降6年連続35本塁打以上を記録したものの、打点は来日以降最低の数字に終わった。また同年は得点圏打率.227と勝負弱さが際立ち、チャンスで凡退する場面が何度も見られ、高額な年俸に見合った成績とはいえなかった。クライマックスシリーズではチームトップの5本塁打を放ち活躍したが、高額な年俸に加えて下降した成績で既に39歳で高齢という事情から契約交渉は決裂し、2008年11月5日には中日球団が来季の契約を結ばないことを発表した。同年12月2日付で日本野球機構（NPB）より自由契約選手として公示された。当時の中日打線にはシーズン30本以上の本塁打を打てる打者がウッズ以外にいない状態ではあったが、落合博満監督以下首脳陣はフリーエージェント（FA）選手の獲得・大物新外国人の補強はせず、既存戦力もしくはドミニカ共和国を中心とした将来性のある外国人選手などで「大砲不在」の状況を克服する方針を決めていた。そのウッズの穴埋めとして獲得したのがドミニカ共和国生まれで米国下部リーグ出身のトニ・ブランコで、ブランコは来日1年目の2009年シーズンこそ契約金500万円・年俸3,000万円の1年契約だったが、同シーズンに全試合で4番打者を務め39本塁打・110打点で本塁打王・打点王の二冠王を獲得し、ウッズの穴を埋める大活躍を果たしたことで同年オフには2年契約・年俸1億7000万円＋出来高払い（2年総額約4億6000万円）と大幅な年俸アップを勝ち取った。