元和2年（1616年）、家康と正信が相次いで没した後は、江戸に転任して第2代将軍・徳川秀忠の側近となり、年寄（後の老中）にまで列せられた。しかし先代からの宿老である事を恃み権勢を誇り、やがて秀忠や秀忠側近から怨まれるようになる。なお、家康と正信が死去した後、2万石を加増されて5万3,000石の大名となる。元和5年（1619年）10月に福島正則の改易後、亡き家康の遺命であるとして下野国小山藩5万3,000石から宇都宮藩15万5,000石に加増を受けた。これにより、周囲からさらなる怨みを買うようになる。ただし、正純自身は、さしたる武功も立てていない自分にとっては過分な知行であり、また政敵の怨嗟、憤怒も斟酌し、加増を固辞していた。幕僚の世代交代が進んでいたが、正純は代わらず、幕府で枢要な地位にあった。しかし、後ろ盾である家康や父・正信が没し、秀忠が主導権を握った事と、秀忠側近である土井利勝らが台頭してきたことで正純の影響力、政治力は弱まっていった。
慶長6年（1601年）2月、従五位下・上野介に叙任。慶長8年（1603年）、家康が征夷大将軍となって江戸に幕府を開くと、家康に重用されるようになる。慶長10年（1605年）、家康が将軍職を三男の秀忠に譲って大御所となり、家康と秀忠の二元政治が始まると、江戸の秀忠には大久保忠隣が、駿府の家康には正純が、そして正純の父・正信は両者の調停を務める形で、それぞれ補佐として従うようになった。慶長13年（1608年）には下野国小山藩3万3,000石の大名として取り立てられた。慶長17年（1612年）2月、正純の家臣・岡本大八は肥前国日野江藩主・有馬晴信から多額の賄賂をせしめ、肥前杵島郡・藤津郡・彼杵郡の加増を斡旋すると約束したが、これが詐欺であった事が判明し、大八は火刑に処され、晴信は流刑となり後に自害へと追い込まれた（岡本大八事件）。大八がキリシタンであったため、これ以後、徳川幕府の禁教政策が本格化する事になる。慶長17年（1612年）12月22日には築城後間もない駿府城が火災で焼失したが、再建がなるまでの間、家康は正純の屋敷で暮らしている。慶長19年（1614年）からの大坂冬の陣の時、徳川氏と豊臣氏の講和交渉で、大坂城内堀埋め立ての策を家康に進言したのは、正純であったと言われている。
永禄8年（1565年）、本多正信の嫡男として生まれる。当時、正信は三河一向一揆で徳川家康に反逆し、それによって三河国を追放されて大和国の松永久秀を頼っていたとされるが、正純は大久保忠世の元で母親と共に保護されていたようである。父が徳川家康のもとに復帰すると、共に復帰して家康の家臣として仕えた。慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは家康に従って本戦にも参加している。戦後、家康の命令で石田三成の身柄を預かっている。また、父・正信とともに徳川家の後継者候補に結城秀康の名を挙げて、これを推挙している（「大久保家留書」）。
北陸鉄道金沢市内線は、かつて金沢市内に存在した路面電車である。金沢市の金沢電気軌道が、1912年（明治45年）軌道敷設特許取得、1916年（大正5年）会社設立という長い準備期間を経て1919年（大正8年）2月に金沢駅前から兼六園下までの区間を開通させたのが路線の始まり。1919年内に犀川・浅野川に挟まれた中心部の第1期線全線が開業、さらに1922年（大正11年）までに第2期線が開業し、加えて1945年（昭和20年）の延伸で総延長12.5キロメートルの路線網が完成した。この間の第二次世界大戦下で3度の事業再編があり、1943年（昭和18年）より現在の北陸鉄道による運営となった。路線は全線1,067ミリメートル軌間で、直流600ボルト電化を採用。路線網は、金沢城址周辺を一周する路線と、環状線から4方向へ放射線状に伸びる路線（武蔵ヶ辻 - 金沢駅前間、橋場町 - 東金沢駅前間、兼六園下 - 小立野間、香林坊 - 野町駅前間）、さらに香林坊 - 野町駅前間の途中（野町広小路）で分岐して寺町へ至る路線によって構成された。路線網の端には北陸本線金沢駅および東金沢駅が立地し、同じ北陸鉄道が運営する郊外線の浅野川線・石川線・金石線（1971年廃線）とも接続していた。これら北陸鉄道の郊外線3路線は市内線とは別個に運転されていたが、松金線（1955年全廃）については市内線との直通運転が実施され、1945年まで市内線の電車が松金線の終点松任まで乗り入れていた。最盛期の1947年度（昭和22年度）には年間3900万人・1日平均10万6000人の利用があったが、戦後路線網が拡大し続けた路線バスへと徐々に乗客の移行が進む。加えて自動車交通量の増加や1960年代に入ってからの急激な赤字拡大といった問題を抱えた。廃止はまず道路拡張の支障となった路線網北端の鳴和 - 東金沢駅前間0.8キロメートルからで、1966年（昭和41年）2月限りで廃止。同区間の廃止手続中に残存区間も社内最大の赤字線区となったことから全線撤去・バス転換の方針が打ち出され、さしあたり1966年12月25日限りで橋場町 - 鳴和間2.0キロメートルが廃止され、残存区間9.7キロメートルも1967年2月10日の運転を最後に一括廃止された。