シュタインズゲートに到達してから1年後。まゆりも紅莉栖も生存している世界で、岡部は別の世界線では敵だった天王寺や萌郁とも良好な関係を築き、平穏ながらも幸せな日々を満喫していた。そんな中、アメリカの研究所にいた紅莉栖が、仕事を理由として1年ぶりに秋葉原へ帰って来る。久しぶりの再会に喜び合う中、岡部は激しい頭痛に襲われ、次々に脳裏に浮かぶ別の世界線での記憶によって頭をかき乱される。岡部は、幾多の過去改変とリーディングシュタイナー発動の代償として、R世界線に跳ばされることになる。時間跳躍のもたらす苦悩を知り抜いていた岡部は、過去改変を厳しく禁じていた。しかし、橋田やまゆりですら岡部の存在を忘れ、さらに紅莉栖自身も彼の記憶が薄れてしまった世界線で、紅莉栖は「何かこの世界に足りないもの」を取り戻すため、タイムリープに挑む。
時期は世界線を巡る戦いから、しばらく経った頃。フェイリスが「雷ネット」の世界大会に招待選手として出場することになり、岡部・ダル・まゆり・るかたちは応援としてアメリカに駆り出される。ロサンゼルスで紅莉栖とフェイリスに合流したラボメンらは機関の追跡を避けるため、遠く離れた荒野のモーテルに宿泊することになる。深夜のモーテルで、岡部は「別の世界線での記憶」が断片的に残っていることについて紅莉栖に問われる。翌日、雷ネットの世界大会の会場で鈴羽に似た少女を見た岡部は、タクシーで追跡する。少女の正体は雷ネットの出場選手にして、将来ダルと出会って鈴羽の母になるであろう、阿万音由季であった。占いで「7年後に結婚して子供が生まれる」と言われたらしい由季は、岡部と荒野のバーで和やかに会話した末に7年後の再会を約束して別れるが、おっとり刀で飛び出した岡部には手持ちが無く、携帯電話も電池切れということに気づく。2時間後、荒野のハイウェイを歩き続けた岡部の下に、紅莉栖が駆けつける。夕闇に染まる中、「別の世界線での岡部との記憶」に戸惑う紅莉栖に「どの世界線でも好きだった」と想いを告白する岡部に対し、紅莉栖は「目を閉じろ」と告げ幕は閉じる。
義満は若年の頃から明への憧憬を深く抱いていた。その例としては、1394年（明徳5年）に行われた改元の議の際の出来事があげられる。義満は明の太祖・洪武帝の治世にあやかって日本の元号にも「洪」の字を使うよう工作した。しかし、洪の字は洪水につながり、また不吉であるとして公家達が反発したため実現せず、応永の元号が用いられることとなった。機嫌を損ねた義満は、自分の生きている間には元号を変えさせなかった。ただし、これについては異説もあり、1408年（応永15年:義満死去に伴う）と1413年（応永20年:称光天皇即位に伴う）に出された改元の議を阻止し、自分が生きている間には元号を変えさえなかったのは息子の義持であるとする指摘もある。また、義満の改元への影響力は強かったものの、その立場自体は同時代の太政官に列する公卿の範疇でしかなく（「洪徳」不採用もその反映とする）、その発言力も戦国期の将軍（義稙・義晴）よりは低かったとする指摘もある。いずれにしても、その結果として応永年号は35年と、明治以前では最も長い元号となった。義満は明との正式な通交を望んでいた。しかし1374年（応安7年）の遣使では、明側は南朝の懐良親王を「日本国王良懐」として日本における唯一の正規な通交相手として認めていた事と、天皇の臣下との通交は認めない方針のため、幕府の交渉は実らなかった。1380年（康暦2年）にも「日本国征夷将軍源義満」名義で交渉を始めようと試みるが、これも天皇の家臣との交渉は受けないとの理由と、宛先を丞相にしたという理由で入貢を拒まれている。そこで義満は応永元年12月（1394年）に太政大臣を辞し、出家した。これにより義満は天皇の臣下ではない自由な立場となった。1401年（応永8年）、「日本国准三后源道義」の名義で博多の商人肥富（こいとみ、こいつみ・こいずみとも）と僧祖阿を使節として明に派遣する。懐良親王の勢力はすでに没落しており、建文帝は義満を日本国王に冊封した。同時に明の大統暦が日本国王に授与され、両国の国交が正式に樹立された。日本国王が皇帝に朝貢する形式をとった勘合貿易は1404年（応永11年）から始まり、また明に要請されて倭寇を鎮圧している（なお、返礼の使者を送るまでに靖難の変が起き、建文帝から永楽帝に皇帝が変わっていた）。遣唐使の廃止以来、独自の政策を採っていた公家社会では、明皇帝の臣下となる朝貢貿易に対して不満や批判が多くあったが、義満の権勢の前では公の発言ができず日記などに記すのみであった。1397年（応永4年）には西園寺家から京都北山の「北山弟」（ほくさんてい）を譲り受け、舎利殿（金閣）を中心とする山荘（「北山第」（きたやまてい）または「北山殿」（きたやまどの）、後の鹿苑寺）を造営した。1399年（応永6年）春以降、義満は本格的にこの山荘に移り住み、活動の拠点としていく。この時代の文化を、武家様・公家様・唐様（禅宗様）が融合した北山文化と呼ぶことも多い。また北山文化の芸能である猿楽では、義満は観阿弥・世阿弥父子を庇護した。また、足利義満が建設を進めた特筆すべき建築物として、1399年に京都相国寺に完成した八角七重塔がある。塔の高さは、360尺（約109m）に及ぶ高層建築物であり、以後500年以上、日本最高記録となっていた。相国寺の七重塔は、4年後に落雷により焼失したが、翌年の1404年には同等規模の北山大塔を金閣寺付近に建設したという。