第3飛行隊は、1956年（昭和31年）10月1日に、航空自衛隊3番目のF-86F飛行隊、そして航空自衛隊初の実働戦闘機部隊として浜松基地第2航空団隷下にて新編された。浜松基地での練成訓練後、1957年（昭和32年）9月2日に第2航空団及び第4飛行隊とともに千歳基地へ移動、1958年（昭和33年）2月17日から航空自衛隊戦闘機部隊として初の対領空侵犯措置任務を開始した。第3飛行隊は6年に渡って千歳基地での要撃任務を行っていたが、千歳基地にF-104J/DJが配備されることになったため、1963年（昭和38年）3月6日に松島基地へ移動し、第4航空団隷下へと編入された。1964年（昭和39年）2月1日に八戸基地へ移動して第81航空隊隷下となり、同基地でのアラート任務を開始した。1971年（昭和46年）12月1日に第81航空隊と第3飛行隊は三沢基地へ移動した。1977年（昭和52年）9月から初の国産支援戦闘機であるF-1の配備が開始され、1978年（昭和53年）3月31日に機種更新が完了した。F-86FからF-1への機種更新と同時に第3飛行隊は、要撃戦闘飛行隊から支援戦闘飛行隊へと任務転換したが、要撃任務を中止したわけではなく、F-1による対領空侵犯措置任務も担当した。2000年（平成12年）10月2日に第3航空団隷下で「臨時F-2飛行隊」が発足し、翌10月3日にF-2A量産初号機を受領して部隊運用訓練を開始した。2001年（平成13年）3月27日にF-2への機種更新が完了、2004年（平成16年）3月19日から対領空侵犯措置任務を開始した。第3飛行隊はF-2が最初に配備された飛行隊（マザースコードロン）として、最新装備の運用のための研究やファイターウェポンコース（戦技課程）の実施などの役割を担っている。部隊マークは兜武者をモチーフにしたもので、1983年（昭和58年）から使われている。以前の部隊マークは3の文字と青森県の地図を図案化したものだった。F-1時代はフルカラーで描かれていたが、F-2に機種更新後は機体色に合わせてモノトーン化されている。2019年度には航空自衛隊百里基地に配属されている第7航空団第302飛行隊の三沢基地移駐に伴い、第3飛行隊は航空自衛隊百里基地に移駐。
メキシコはその地理的位置関係から麻薬の積み替え地としての足場に使われており、メキシコや南米、その他の地域から不法入国した移民と密輸品がメキシコ経由でアメリカへと運ばれた。1980年代から1990年初頭にかけて、コロンビアのパブロ・エスコバルは大規模なコカインの輸出を行っており、世界中で構築された犯罪者ネットワークを用いて麻薬取引を行った。1982年にレーガン米大統領が断行した麻薬掃討作戦以後、南部フロリダおよびカリブ海地域での取り締まりが強化されると、コロンビアからフロリダへの密輸は、極めて難しい状況となった。コロンビアの組織は、メキシコの密売人たちと協力関係を結び、メキシコ経由でアメリカにコカインを輸送することを試み、成功した。米墨国境は、全長3,141kmにも及び、国境上にはリオグランデ川、アリゾナの砂漠、国境都市などが存在する。そのうえ、年間数億人が横断するこの国境では、麻薬の密輸を完全に防ぐことは困難を極める。こうした条件が、コロンビアからメキシコを経由してアメリカへと密輸されるルートの確立を可能にした。現在では、カリブ海ルートよりも、この米墨国境ルートを用いた麻薬密輸が大半を占め、アメリカで流通するコカインの9割はメキシコを経由していると言われている。メキシコが長くヘロインと大麻の主要生産地であったこともありこの協力は簡単に成功し、メキシコの麻薬密売人たちよってコロンビアの商人が利用するための活動基盤が既に整っていた。1980年代中頃までにメキシコの密売組織は、コロンビアからのコカインの輸送者として安定した信頼を得ていた。始めはメキシコのギャング達は密輸サービスの対価として現金を受け取っていたが、1980年代後期になるとメキシコの輸送組織とコロンビアの麻薬密売人は支払協定に同意し、メキシコの輸送組織にはコカインの出荷量の35から50 %が与えられるようになった。この取り決めは、メキシコの組織がコカインの輸送のみならず販売にまでも関わるようになったことを意味しており、自らの権利のための強力な商人となったことを意味している。現在では、シナロア・カルテルとガルフ・カルテルは世界的な密売コカインの市場までをもコロンビアから買収するまでに至っている。時間と共にメキシコの様々な麻薬カルテル間の力の均衡は変化しており、新興勢力の台頭と古い勢力の衰退が起こっている。カルテルのリーダーの死亡や逮捕等による組織の混乱が起こると、それによって生じる力の空白を利用しようとライバル組織が動いて流血が引き起こされる。指導者の空白状態は特定のカルテルに対する法の執行によって作り出される。このため、カルテルはメキシコの司法当局を買収してライバルのカルテルに対する訴訟を起こさせたり、メキシコ政府やアメリカの麻薬取締局 (DEA)にライバルのカルテルの情報を漏洩するなどして、互いに法の執行を利用しようとしている。多くの要因が暴力の拡大に貢献しているが、メキシコの都市のセキュリティーアナリストは、制度的革命党によって管理された、メキシコ政府と麻薬密売組織との間に存在した長年の暗黙の了解が、1980年代後期に制度的革命党の政権を握る力が失われたことによって解消されたことが不幸の増加の原因であると見ている。敵対する麻薬カルテル間の闘争は、1989年にメキシコでコカイン会社を経営していたミゲル・アンヘル・フェリクス・ガジャルドの逮捕後に本格的に始まった。1990年代の後期の間は抗争が小康状態にあったが、2000年以降、暴力は着実に深刻化している。