生前公表されることはなかったが、エプスタインは同性愛者であった。ジョン・レノンに惹かれていたものの、個人的な感情に基づいて行動した形跡はほとんどない。1963年4月、2人は4日間のスペイン旅行を共にする。この際、2人が性的な接触をもったという噂が流れた。率直な発言で知られるジョンは、常にこの噂を否定していた。1980年には、プレイボーイ誌のインタビューに「決して頂点に達することはなかったけど、かなり強烈な関係だった」と答えている。ポール・マッカートニーも、ジョンとエプスタインの関係はプラトニックだったと述べている。映画 『僕たちの時間』 The Hours and Times (1991) は、このスペイン旅行の事実に基づいたフィクションである。ジョンの長年の親友ピート・ショットンは、著書 The Beatles, Lennon and Me のなかで、エプスタインに誘われたジョンが、ある程度要求を受け入れたと主張している。「手コキさせてやった。それでおしまい」。伝記作家のハンター・デイヴィスも、ジョンが「どんなものか試してみようと」一度の行為に同意した、と回想している。作家のアルバート・ゴールドマンは著書「The Lives of John Lennon」でこれらの主張について詳述し、2人の関係は長期間続いたと主張している。だが、彼らを知る者はほぼ全員、この主張を否定している。また、ブライアンの長年の秘書であったアリステアは著書の中で「レノンとの関係はなかった、4人とはすべて対等の立場であるように相当な配慮をしていた」と記述した。いずれにせよ、エプスタインはビートルズのマネージメントに関しては一貫して公平であり、えこひいきをしてメンバーの間に緊張を生まぬよう注意していた。ジョンはその手の噂などには敏感で、1963年6月18日、ポールの誕生日を祝う席で、当時リヴァプールでDJをしていたボブ・ウーラーにエプスタインとスペインへ出かけたことへの「ちょっとした関係」「ジョンの性的嗜好」を創作話で触れられた途端、暴力行為に及び、彼の顔面を何度も殴打した。翌日にはエプスタインが詫びを入れ、これをボブが受け入れたことで収まった。ケンカのニュースが北部版の全国紙に届いた時にはジョンは「酔っ払いのケンカだよ、本気じゃないさ」とコメントした。ジョンはボブに電報を送り、「とにかく悪かった、以上それだけ」と形式的に詫びを入れた。1969年のインタビューでもわざわざエプスタインとの関係を否定するコメントを語り、以後この件はインタビュアーには暗黙の了解として後々までタブー視されていた。
エプスタインは、新入社員のロバート・スティッグウッドに命じて、ビージーズをイギリスへ帰国させ、1967年5月にポリドール・レコード本社よりワールド・デビューさせる事に成功するも、同年8月27日にアスピリンの過剰摂取で死去。満32歳没。死因は自殺だったのではないかと、しばしば推測された（同年9月30日にビートルズとNEMSとの契約が期限切れになること、ビートルズがコンサートを中止したためにエプスタインの仕事が減り、自分の必要性がそれまでよりなくなってしまい悩んでいたとも言われている）が、公式の検死は偶然の事故死とされた。エプスタインは、ビートルズの経歴全ての面を管理していた。彼が死んだ後、メンバーの対立が表面化し、ビートルズは解散に向かうこととなったため、解散の重要な要因となったとも言われている。葬儀はロンドン市内にある墓地で行われ、ビートルズのメンバーは混乱を理由に誰も出席しなかった。しかし、1967年のブライアンの死を掲載した日本の音楽誌「ミュージックライフ」によると、ジョージ・ハリスンからひまわりの花を手向けられたそうである。
エプスタインがビートルズと出会った当時、彼らはジーンズと革ジャケットを着用し、騒がしい演奏を行っていた。不良のイメージを払拭させるべく、エプスタインは彼らにスーツとネクタイを着用させ、ステージ上で小綺麗にするようにさせた。また、ステージ上での喫煙をやめさせ、演奏の終わりには一礼を行うようにさせた。その外観は（モップ・ヘアを除いて）バンドが一般に受け入れられるのに役立った。これらのスタイルは長くは続かなかったが、ビートルズのイメージとして、現代に至るまで永く印象付けられる事になった。
サードアルバムのレコーディングを終えたバンドは、1994年1月24日に8thシングル「キャント・ゲット・アウト・オブ・ベッド」をリリース（全英24位）。3月7日には、9thシングル「イージー・ライフ（原題：I Never Want an Easy Life If Me and He Were Ever to Get There）」（全英32位）を1週間の期間限定でリリースし、3月21日にサードアルバム『アップ・トゥ・アワ・ヒップス』を発表。全英チャートで8位にランクインし、アルバムチャートで再びトップテンに返り咲いた。アルバムのプロデューサーは、ゴング、システム7のスティーヴ・ヒレッジ。ベース音が幅を利かせた、全体的にヘヴィな音に仕上がっている。また前述の通り、ロブのレコーディングに制限があったため、数曲を除きオルガンその他のキーボード音は控えめである。このアルバムについて特筆すべきことは、雰囲気・サウンドを重視するそれまでの曲作りから「キャント・ゲット・アウト・オブ・ベッド」のような「歌」そのものを意識した曲作りに傾倒していった点だ。これは、その後のバンドの音楽的方向性を決める大きなターニングポイントとなる。そして同年6月20日に、B面の収録曲が異なる2バージョンの「ジーザス・ヘアドゥ」（全英46位）をリリースし、12月28日には収録曲全曲が新曲の「クラッシン・イン」（全英31位）を発表した。1995年前半は4thアルバムのレコーディングに専念。当初はサードアルバムと同じスティーヴ・ヒレッジのプロデュースでレコーディングが進められていた。しかしヒレッジは、シャーラタンズのアルバムだけでなく、他のアーティストのレコーディングプロジェクトにも関与しており、シャーラタンズのレコーディングへの参加を一時中断しなければならない状況があった。メンバーはそのことに気を良くしておらず、また4thアルバムの最終ミックスバージョン（8バージョンあった）をどれも気に入らなかったため、アルバム完成前にヒレッジを解雇した。その後、メンバー自身とエンジニアのデイヴ・チャールズの共同プロデュースで4thアルバムのレコーディングを続ける。同年5月8日、両A面シングル「ジャスト・ルッキン / ブレット・カムズ」（全英32位）をリリースし、グラストンベリー・フェスティバル、フェニックス・フェスティバルなどへのライブ出演を経て、8月7日に13thシングル「ジャスト・ホウェン・ユーアー・シンキン・シングス・オーヴァー」（全英12位）をリリース。追って8月28日にリリースされた4thアルバム『ザ・シャーラタンズ』は全英チャートで堂々の第1位を獲得した。メンバー本人たちは、このアルバムにかなりの自信を持っていたようで、このことはアルバム名がセルフタイトルであることからもよく分かる。その後、秋の全米、全英ツアーを経て、11月下旬から12月上旬に3度目の来日公演を行った。