楽天からドラフト会議で指名された時点では、JR北海道の職員として白石駅に勤務していたため、指名直後の記者会見には駅員の制服姿で臨んだ。この時点では同社硬式野球部出身の星野八千穂投手が2006年から北海道日本ハムファイターズに在籍していたが、星野は2013年限りで現役を引退。JR北海道も2016年限りで硬式野球部を廃部（クラブチームへ移行）させたため、武藤は同部OBで最後のNPB選手になった。楽天2年目の2013年1月1日に、8歳年上の女性と結婚した。
アーム式投法から最速147km/hのストレートに、真上から投げ下ろす変化球が武器。変化球は、スライダー・カットボール・フォークを投げる。しかし、楽天への入団直後に一軍監督だった投手出身の星野仙一に肘や腕の振り方を指摘されたことから、入団2年目までは投球フォームの改造を繰り返した。3年目にアマチュア時代のフォームに戻したところ、自身初の開幕一軍入りを皮切りに、一軍公式戦で自己最高の成績を残した。楽天に入団してから2年間チームメイトであった田中将大を、投手としての目標に掲げている。高校2年時には、当時田中が在籍していた駒大苫小牧高校との対戦も経験している。田中はこの試合に捕手として出場していたため、武藤曰く「当時は（田中の存在を）特に意識していなかった」とのこと。しかし、兵庫県出身の田中が道内の高校から入団した楽天で成長する姿を見るうちに、意識が変わったという。
2017年から活動しているJR北海道硬式野球クラブに、2018年1月1日付で加入。チームの母体が2011年まで所属していたJR北海道の硬式野球部にある（詳細後述）ことから、事実上7年振りに古巣への復帰を果たした。
2012年には、春季キャンプのスタートを二軍で迎える予定だったが、直前に一軍キャンプへの参加が決まった。一軍公式戦では、9試合の登板で防御率5.14をマーク。しかし、シーズンを通じて投球フォームが安定しなかったため、秋季キャンプではフォーム改造に取り組んだ。2013年には、イースタン・リーグ公式戦12試合に登板。しかし、0勝1敗、防御率8.87と振るわず、一軍公式戦への登板機会はなかった。2014年には、一軍公式戦14試合に登板したが、防御率が6.75にまで達した。2015年には、自身初の開幕一軍入りを果たした。開幕後にいったん二軍に降格したが、4月16日に再び昇格してからは一軍に定着した。5月には、9日の対福岡ソフトバンクホークス戦（福岡ヤフオク!ドーム）で一軍公式戦初セーブ、12日のオリックス・バファローズ戦（京セラドーム大阪）で一軍公式戦初勝利をマーク。7月までは、主にビハインドの局面で登板しながら、防御率が2点台の中盤で安定していた。8月に月間防御率5.54、9月に15.26を記録するなど調子を落としたが、チームのレギュラーシーズン最終戦であった10月6日の対千葉ロッテマリーンズ戦（楽天Koboスタジアム宮城）でシーズン60試合登板を達成した。4勝4敗1セーブ8ホールドと自己最高の記録を残す一方で、右肘の痛みに悩まされたことから、シーズン終了後には右肘のクリーニング手術を受けた。2016年には、二軍春季キャンプでの調整を経て、3月中旬のオープン戦から一軍へ合流する予定だった。しかし、合流直前の3月上旬に右肘痛が再発した影響で、一軍公式戦の登板は2試合にとどまった。2017年には、一軍公式戦への登板がなく、10月1日に球団から戦力外通告を受けた。
コモドール社はアメリカの会社であり、Amigaはアメリカ、ヨーロッパ、南米といったアルファベットを使用する国で普及した。しかしながら漢字やアラビア文字などが使えなかったため、それら非アルファベットの国ではあまり普及しなかった。コモドールジャパンからも販売されていたが日本語が使用できなかったため、あまり普及しなかった(後に日本語入力システムが開発されたが流れを変えるまでには至らなかった)。日本で1980年代前半にVIC-1001やマックスマシーンをヒットさせたコモドールジャパンはコモドール64やAmigaの販売に失敗し、1990年前後に活動を停止したため、それ以降にAmigaを入手するには秋葉原や御徒町などに数店舗存在したAmiga専門店で購入するか、欧米から個人輸入するしかなく、いずれにしてもハードルが高いものであった。Amigaは画像や映像の加工処理に優れていたため一部のデザイナーやゲームクリエイターには絶大な人気があり、日本にAmigaを知らしめたテレビ番組である「ウゴウゴルーガ」に参加した個人クリエーター達は軒並みAmigaを用いていたほどだったが、一方で欧州でデモシーンを牽引したような一般のPCマニアなユーザーの支持は得られなかった。日本では1987年に発売されAmigaと同じくCPUにMC68000を採用しマルチメディアに強みを持ったシャープ・X68000が和製Amigaと呼ばれ、パソコンオタクユーザーの支持を得て欧米のデモシーンと比べても遜色ないハイクオリティな同人シーンを形成したが、シャープはパソコンが本業ではなく積極的な展開を行わなかったことと、40万円近い高価な価格設定もあって大きなシェアを得ることはできなかった。Amigaが欧米でゲームハードとして支持された1980年代後期から1990年代初頭にかけて、日本ではPC/AT互換機よりさらに低いグラフィック性能しか持たないPC-8800シリーズやPC-9800シリーズがホビーパソコン市場で寡占的なシェアを得ていたため、パソコン向けゲームはコンシューマー機向けに比べて圧倒的に不利となり、コンシューマ機ではリリース不可能な成人向けゲームを除いて衰退してしまった。PC/AT互換機の性能がAmigaを追い抜いた1990年代中頃には、欧米のパソコンゲーム会社はプラットホームをPC/AT互換機に移し、同時期に日本でブームとなったPC/AT互換機やWindows95とともに日本に流入して「洋ゲー」として日本で耳目を引いた。