その後、企業再生支援機構による支援の下での事業再生が計画されていたものの、2010年1月19日、親会社である日本航空、日本航空インターナショナル、ジャルキャピタルの3社は東京地方裁判所に会社更生法の手続を申請、受理されたことを受け、倒産。株式会社企業再生支援機構をスポンサーに、経営再建を図ることとなった。この様な状況下においても、機内外における各種サービスは高い評価を受け、2008年10月に発表された旅行専門誌「コンデナスト・トラベラー（アメリカ版）」によるサービス格付け「Top 25 Airlines」の国際線部門において、日本を含む北東アジアの航空会社としては最上位の5位にランクされた他、2010年3月にオーストラリアで発表された国際線の満足度調査でも2位にランクされた。2010年11月9日には、ヨーロッパ連合 (EU)の欧州委員会から、航空貨物運賃について国際的カルテルを結んだとして、エールフランス他10社とともに制裁金（11社合計で約7億9900万ユーロ：日本円に換算すると、当時のレートで約896億円）を課せられた。2017年11月16日、旅客サービスシステムをアマデウス社の「アマデウスアルテア」に移行する。2018年7月31日 - 国際線中長距離ローコストキャリアの準備会社として、ティー・ビー・エルを設立。
1941年（昭和16年）8月1日、連合艦隊参謀長（兼第一艦隊参謀長）。長官は山本五十六大将。連合艦隊司令部で宇垣は「参謀連は第二段作戦の研究会を開くも参謀長（宇垣）は敬遠せられて閑暇なり」と自嘲する状態であった。後日、戦艦大和艦長の松田千秋大佐が宇垣に着任の挨拶をした時にも、参謀長としての仕事がないこと、作戦は山本五十六と黒島亀人が決定していることを打ち明けている。山本と宇垣の不和の原因として、宇垣が軍令部で大艦巨砲主義者として大和型戦艦3番艦（信濃）・4番艦（111号艦）の建造を推進したことや、日独伊三国同盟締結問題で変節したことが指摘されることもある。着任以降、宇垣は山本が希望する真珠湾奇襲作戦の実現のために動き出した。9月中旬、海軍大学校で行われた真珠湾攻撃の図上演習が行われた。図上演習では、日本軍は戦果をあげたものの日本の空母3隻も撃沈判定となる結果になったが、宇垣によってその撃沈判定は取り消された。9月24日、特別討議で宇垣は軍令部第一部長・福留繁に対し、「自分は着任後日も浅く確たる自信はないが、山本長官は職を賭してもこの作戦を決行する決意である」と伝える。10月16日、将来何かに必要になるだろうと考え、『戦藻録』を書き始め、その死の当日まで書き続けられる。GHQ戦史室長ゴードン・プランゲらはこれは公刊を予期して書かれてあると指摘している。10月19日、空母4隻（赤城、加賀、蒼龍、飛龍）での奇襲作戦は承認されたが、当時竣工したばかりの翔鶴型航空母艦2隻（翔鶴、瑞鶴）を含む6隻という山本の希望は容認されず、宇垣ら参謀が再び派遣され、この時にも「職を賭しても断行する決意である」と伝えられ、強硬な申し入れが行われた。これにより軍令部総長・永野修身の「山本長官がそれほどまでに自信があるというのならば」という一言で、軍令部側は全面的に譲歩して6隻使用を認めた。10月22日、第一航空艦隊から司令長官南雲忠一中将、同艦隊参謀長草鹿龍之介少将を更迭し、小沢治三郎中将（当時、南遣艦隊司令長官）を第一航空艦隊長官に任命するように山本に進言して同意を得たと宇垣の日記にあるが、実現はしていない。12月8日、太平洋戦争勃発。真珠湾攻撃で使用された甲標的に対し、宇垣は「繊弱なる本兵器は一度放たばその後の収容極めて困難なり。的確なる目標をつかんで基地より進発してこそ、甲斐あれ。連れて来たるに依り何とか使用してやらんの思ひ遣りは宜しきも、人命と兵器を軽んじ死地に投じて何等作戦上寄興せざるの結果に陥らしむるは余の最も残念とする所なり。小乗に堕すべからず」と日記に記している。真珠湾攻撃後、連合艦隊司令部では実行部隊である第一航空艦隊による再攻撃を訴える声があったが、宇垣は今から下令しても時機を失し攻撃は翌朝になるので反対した。第一航空艦隊も再攻撃は行わず予定通り帰投する。宇垣は、ドーリットル空襲の2ヶ月前である1942年（昭和17年）2月2日と3月11日の日記で、米軍機動部隊が帝都を空襲する可能性について記述している。3月1日、連合艦隊司令部にフィリピン・インドネシア方面の報告に来た大西瀧治郎が所見として、軍備の中心は航空である、戦艦はこれまでとは違った役割に使える兵器に転落したと説かれると、宇垣はフィリピンやインドネシアなどの陸続きの作戦から結論を出すのは早すぎると応酬した。宇垣はその日の日記に「広漠たる大洋上基地航空兵力の使用は困難なり。航空を前進せしむる為には航空母艦のみにて足れりや」「敵にして戦艦を有するも、凡有る場合之を無効ならしめる方策だに立たば、何億円と多大の資材を投ずるの要なし」と所見を記した。4月23日には、空母・潜水艦の建造を優先、海軍航空隊に全力を集中すべしと軍令部と協議しているが、大和型戦艦3番艦（後の空母「信濃」）の建造に未練を残す記述があり、陸軍との勢力争いにも言及した。