一審の判決を不服とした弁護側は控訴を申し立てたが、大阪高裁（中谷雄二郎裁判長）は2013年7月31日、「犯行時やその前後を通じて特に異常な言動はなく、周囲の状況を正しく認識しながら合理的な行動を取っていた」「妄想はあったが、物事の是非善悪を判断し行動する能力は著しく減退していなかった」と被告の刑事責任能力を認め、求刑通り死刑とした一審・大阪地裁判決を支持し、弁護側の控訴を棄却した。弁護側は上告した。
本事件で起訴されたTは起訴前に検察が行った精神鑑定の結果、統合失調症と診断されたが、責任能力があるとして検察が起訴。2011年9月2日に裁判員が選任されて6日に初公判が開かれた。10月17日に裁判員制度での裁判では12例目となる死刑求刑が行われた。弁護側は責任能力がなかったと主張すると共に、死刑方法について絞首刑は公務員による残虐な刑罰を禁じているものに違反するとして、死刑は違憲だと主張した。60日間の審理を経て、大阪地裁（和田真裁判長）は、10月31日に裁判員裁判としては10例目の死刑判決を言い渡した。判決では、完全責任能力を認定した上で死刑について合憲と判断した一方で「絞首刑が最善の執行方法といえるかは議論がある」と指摘した。
2009年7月5日、大阪市此花区四貫島1丁目の阪神なんば線千鳥橋駅南側繁華街の一角・商店街の入り口付近にある雑居ビル「児島建設ビル」の1階に入居していたパチンコ店が放火される事件が発生。通報を受けた消防隊が駆けつけて消火作業を行なったが店内はほぼ全焼。焼け跡から、客の女性2人と男性1人、従業員の女性の計4人が焼死体で発見された。他にも19人が重軽傷を負う事態となった（1か月後の8月7日に重症の患者が死亡して死者は5人になった）。店員らの証言によるとガソリンをまいて火を点けて逃げた不審な男がいたということで大阪府警は現住建造物等放火・殺人・殺人未遂容疑で捜査を開始。事件の翌6日に山口県警岩国警察署に男Tが出頭して犯行を自供したため逮捕された。Tは消費者金融などからの借入れが約200万円前後あり、その返済をすることができずに嫌気がさして事件を起こしたと動機を語った。
2007年10月14日に放送されたTBSのバラエティ番組『アッコにおまかせ!』にて『初音ミク』が取り上げられたが、その放送内容に対して「ミクがきちんと紹介されていない」「ソフトとは無関係な「おたく」を面白おかしく取り上げたテレビの印象操作」などといった苦情や批判が相次ぎ、クリプトン・フューチャー・メディアのホームページにあるブログへの書き込みが殺到した。クリプトン・フューチャー・メディア代表取締役の伊藤博之は、番組制作サイドに問題があったとしつつ、ユーザを不快にさせたことへの謝罪コメントを発表している。なお、TBS側はこの件に関して後にCNETの取材に対し「謝罪のコメントを出す予定はない。具体的にどの辺が問題なのか指摘してもらいたい」とコメントしている。この騒動は、「初音TBSミク事件」と呼ばれるようになった。10月17日、『アッコにおまかせ!』による騒動とほぼ時を同じくしてGoogleやYahoo! JAPANなどの検索エンジンで「初音ミク」を画像検索すると、見つからないか初音ミクに関連する画像が存在するにもかかわらず無関係な画像が表示されるという現象が指摘される。クリプトンはこの問題に対し、自社の側から検索結果に対し何も依頼していないことをコメント、GoogleとYahoo! JAPANはともに原因は調査中とした。一方で同時期でも中国版Yahoo!の画像検索、gooの画像検索、Live Search（MSN）の画像検索、livedoorの画像検索などでは普通に初音ミクの画像がヒットしていた。GoogleとYahoo! JAPANで検索できなかったのは画像検索時のみでWeb検索には問題が発生しなかったことから、画像検索のインデックスの更新の遅れが原因との推測もあるが、一方でITmediaのインタビューに答えた技術者（匿名、Google及びYahoo! JAPANの関係者ではない）はインデックス更新の遅れという可能性は低いとコメントしている。Google、Yahoo! JAPANはどちらも意図的な削除については否定、Yahooは同年10月21日頃、googleについては23日には初音ミクの画像が回復したとされる。Yahoo! JAPANは10月26日「画像データの収集が不十分だった。意図的に削除したということは絶対にない」と、画像データの収集が十分でなく遅れがあったことを認めるコメントを発表している。この騒動では画像の検閲説まで生まれ、「初音ミク画像検閲事件」などと呼ばれるようになった。この二つの件は連続して起こったことから一つに結び付けられて大きな話題となり、一部の電子掲示板サイトでは広告代理店、テレビ局、芸能プロダクションなどによるものだとする説まで登場する祭り騒ぎに発展した。中にはそのような企業から下請けを行っていた会社の存在も指摘されていた。また、同じ時期に行われたウィキペディア日本語版における初音ミクの記事（本記事）の全文削除についてもこれらとの関連性を疑われている。電子掲示板サイトではこれらの問題に関するスレッドが乱立し、大きな騒ぎとなった。これらの騒動は、初音ミクが消えた様子から、翌年に発表された曲作品である初音ミクの消失と同名の「初音ミクの消失」と表現されたり、「初音ミク失踪事件」と呼ばれるようになった。なお、こうしたスレッドの書き込みに影響を受け、前述した下請け会社の存在と関連させ、陰謀の首謀者に雇われ騒ぎを沈静化させるための印象操作を行っているキャラクター、という設定の元に創作されたキャラクターイラストが11月1日に公開され、初音ミクの派生キャラクターの一人である亞北ネルが誕生している。亜北ネルの語源は、騒動の最中に、陰謀論を唱えるスレッドでの騒ぎを鎮静化しようと「飽きた」「寝る」等といった発言が各地で続発したことによる。