2008年は左の中継ぎとして43試合に登板した。セ・パ交流戦初戦の5月20日、対阪神戦（京セラドーム大阪）で3点ビハインドの7回表からリリーフ登板すると、打者4人を完璧に抑えた。すると、その裏に一輝のプロ初打点となる決勝打など打線が一挙4得点を奪って逆転し、古巣から移籍後初勝利を挙げ、これが5年ぶりの白星となる通算2勝目ともなった。7月29日の埼玉西武ライオンズ戦では、1球敗戦投手となっている。2009年5月10日の対北海道日本ハムファイターズ戦（札幌ドーム）で、岸田護の戦線離脱に伴い、2001年5月29日の対広島東洋カープ戦以来8年ぶりに先発を務めたが、1回1/3を6失点（自責点3）で敗戦投手となった。この年はわずか12試合の登板にとどまり、防御率7.50に終わった。2010年は4月24日の西武戦で1回自責点1、その後4月28日、4月29日の日本ハム戦では2試合連続ワンポイントリリーフで四球を出すという失態を犯し登録抹消。5月29日のヤクルト戦に再び登板するも0回1/3で自責点4点と打ち込まれ、二度目の登録抹消。その後は一軍昇格することなく前年度を下回る4試合登板に終わった。2011年は、6月29日に一時登録抹消されたのを除いては、リリーフとして1年を通じて一軍で登板した。開幕当初は敗戦処理だったが対左打者でのワンポイントリリーフなどをこなし、移籍後最多となる自身8年ぶりとなる50試合に登板して自己最多の12ホールド、防御率は1.19を記録した。また、50試合登板した中継ぎとしては与四球はわずか3つで与四球率0.89と、制球力が改善された。2012年も開幕一軍で左の中継ぎとして登板し、5月1日の対ロッテ戦ではアーロム・バルディリスの逆転サヨナラ2ランにより4年ぶりの勝利投手となる。翌2日も同点の場面で登板して無失点に抑えると、味方打線の援護で2日連続で勝利投手となり、この2日間で過去12年であげたのと同数の白星をあげた。また、試合後にプロ13年目にして初のお立ち台にも上がっている。前半戦は左の中継ぎとして登板してきたが、連投過多からか調子を落としていき、7月16日に登録抹消。9月15日に一軍復帰してからは7試合を無失点に抑えた。この年は40試合に登板したが、防御率は3.05と前年より悪化した。2013年は開幕戦で救援に失敗すると、3月30日にこの年チームで初めて登録を抹消、その後は公式戦での登板の機会がなかった。
立憲主義の擁護を標榜し、解釈改憲（憲法改正を伴わない）による集団的自衛権の行使容認などに反対している「立憲デモクラシーの会」に、樋口陽一、長谷部恭男、小林節ら著名な憲法学者とともに、呼びかけ人の一人として参加している。集団的自衛権の行使容認を含む安全保障関連法案（第3次安倍内閣による平和安全法制整備法案）については、2015年7月13日、衆議院の中央公聴会において公述人（野党・維新の党による推薦）として発言し、日本に対する「武力攻撃の着手」がない段階での武力行使は憲法違反であること、日本国憲法第9条の例外たる「必要最小限度の武力行使」の根拠となる明文の規定とされてきた日本国憲法第13条は政府に「国内の安全を確保する義務」を課しているのみであり、政府に「外国を防衛する義務」を課す規定は存在しないため、他国防衛を日本国憲法第9条の例外として認めることはできないこと、「防衛行政」として「行政権」に含みうる個別的自衛権の行使または「外交協力」として「外交権」に含みうるPKO等への協力とは異なり、集団的自衛権による他国防衛は行政権・外交権にとどまらない明らかな軍事権の行使であって、政府に軍事権を与えていない（行政権と外交権しか与えていない）日本国憲法においては政府による「越権行為」であり憲法違反であること、政府提出法案は日本国憲法第9条違反である以前にそもそも曖昧不明確ゆえに憲法違反であること、現行憲法の下で認められる自衛権の行使は個別的自衛権の範囲にとどまり、個別的自衛権を超える集団的自衛権の行使には国民投票による憲法改正が必須であること、政府は憲法を通じて国民から負託された権限しか行使ができないこと、等々を述べ、政府提出法案に反対の意を表明している。また、木村が報道機関などで解説しているとおり、従来の個別的自衛権の枠組みにおいても、日本に対する武力攻撃の「発生」を待たず、日本に対する武力攻撃の「着手」の段階で、武力行使（反撃）は可能であり、外国軍隊への武力攻撃が発生した場合であっても、それが同時に日本に対する武力攻撃の着手である場合には、武力行使（反撃）は可能である。上述の安全保障関連法案については、法的には憲法違反であり、また国民の不支持によって政策的にも不要である、と木村は結論付けている。また憲法改正そのものについても、改正が成立しないということであれば、国民がそれを望んでいないということである、としている。この木村の主張について、井上達夫は「戦力という最も危険な国家暴力に対する9条2項の明示的な禁止を、それについて何ら言及していない人権規定に勝手に読み込んで解除するなんて、法解釈の枠を越えた暴論であり、立憲主義の公然たる破壊行為」「憲法学者による『無血限定クーデタ』の試み」「13条の人権規定で9条が禁止する戦力が解禁されるというなら、専守枠内どころか安倍政権の集団的自衛権行使だって容認されてしまう」と強く批判しており、木村の主張するような「13条代用論」は、護憲派にとって自爆的であると論じている。