1979年半ばまでにはアメリカ合衆国がムジャヒディンへの資金提供を開始。カーター政権下で国家安全保障問題担当大統領補佐官を務めたズビグネフ・ブレジンスキーは、後に計画の目的を「ソビエトの軍事介入を誘発すること」と述べているが、ソビエトの侵攻は合衆国がソビエトの覇権主義を食い止められなかったために発生したことが後年明らかとなった。エリック・アルターマンは『ザ・ネーション』誌の中で、サイラス・ヴァンスの側近であるマーシャル・シュルマンが「当時は極秘計画を知らされていなかったと言っているものの、国務省がソビエトに侵攻を思い留まらせるべく粉骨砕身したのであり、決してそれを誘発するために計画を行ったのではない。ヴァンスは確かにゲイツの詳述を全て代表していたようには思えない」としている。当時ソビエトが中東に足場を築くため、南方へと領土を広げようとしたと考えていた者が一部に存在。ソ連は長らく不凍港の不足に喘いでおり、南進により東部でパキスタンと、西部ではイランと対峙するように思えたためである。アメリカの政治家は共和党も民主党も、ソビエトが中東の石油の掌握を目論んでいることに危機感を表明。ソ連がイラン革命やアフガニスタンのイスラム化が国内の数100万人ものムスリムにも及ぶことを懸念していたとする者もいた。こうした中カーター大統領は侵攻の後、いわゆる「カーター・ドクトリン」を発表。合衆国は他のいかなる外部勢力が、ペルシャ湾を支配下に置くことを許さないというものであった。またソ連懐柔策として、1980年1月には小麦の輸出を決定し、デタントを演出しようとした。穀物の輸出は農業従事者に利益をもたらしたものの、禁輸措置は合衆国の農場主にとっては苦難の始まりを意味することとなる。一方でカーターは同年、合衆国のアスリートがモスクワオリンピックに参加することを禁じ、若年男性への徴兵登録を復活させるに至る。ソ連侵攻の後、合衆国はソ連の撤退に向け外交努力に努め、合衆国によるパキスタンでの難民計画への貢献は、アフガン難民を支援する上で重要な役割を果たした。
1978年春、共産主義政党のアフガニスタン人民民主党がサウール革命により政権を掌握。数ヶ月のうちに反政府派がアフガニスタン東部で反乱を引き起こし、ムジャヒディンによる内戦へと瞬く間に発展してゆく。当時のパキスタン政府は訓練施設を反乱軍へ極秘裏に提供し、ソビエト連邦はPDPA政権に対し数1,000名もの軍事顧問を派遣することとなる。この間PDPA内部でもハルク派とパルチャム派による内ゲバが深まった結果、パルチャム派閣僚が罷免されたり、同派の軍官が逮捕される事態となった。その後ハルク派の大統領であるヌール・ムハンマド・タラキーは1979年9月、同じくハルク派に属していた同僚のハフィーズッラー・アミーンが引き起こしたPDPA内部のクーデターにより暗殺、アミーンが大統領に就く。しかしアミーンはソビエトから不信感を抱かれていたため、12月には同国特殊部隊により暗殺されてしまう。その後、パルチャム派ではあるが両派を纏め上げたバブラク・カールマルが政権を率い、一応は空白期間を埋めた。
サイクロン作戦（Operation Cyclone）とは、アフガニスタン紛争中の1979年から1989年にかけて、ムジャヒディンに武器や資金の提供を行ったアメリカ合衆国中央情報局（CIA）の計画に対するコードネーム。隣国パキスタンの支援を受けたのみならず、ソビエト連邦による侵攻の前から、アフガニスタン民主共和国政権と戦闘行為を行っていたイスラム武装勢力への支援を強力に推進。1980年に数億ドル、1987年には63億ドルもの資金を投入しており、CIAが極秘裏に行った作戦としては最長かつ最も費用のかかったものの1つであった。アフガニスタン内戦中にムハンマド・ナジーブッラー率いるアフガニスタン人民民主党（PDPA）と戦闘行為を行った1989年以後も、ムジャヒディンに対する資金提供自体は続くこととなる。
1962年6月18日、最終総会である中央準備委員会の第7回総会が開かれた。この最終会議の2日前、中央準備委員会は対立関係にある2草案を討論する。一つは、オッタヴィアーニが直接作成した神学委員会の「教会と国家との関係と宗教的寛容」に関する草案である。もう一つはベアのキリスト教一致促進事務局による「信教の自由」草案である。枢機卿たちは2つの陣営に分かれて激論を交わした。オッタヴィアーニ草案の中心にある関心事はカトリック信仰の保護であり、真の宗教における市民全員の一致に基礎をおいた世俗の共通善の保全であった。自由とは、真理と善徳のためであって、誤りや悪のためにあるのではない。ベア草案では、すべての場合とすべての人々に信教の自由が適用されるとした。イタリア系、スペイン系、ラテン・アメリカ系の教父らはオッタヴィアーニの草案に賛成し、アメリカ、イギリス、ドイツ、オランダ、フランスの教父たちはベアの草案を支持して、委員会は真っ2つに分かれた。この準備委員会はほとんどが教皇庁職員によって編成されていたが、彼らの手で73にのぼる公会議文書の草案が完成した。この委員会は多くの草案を変更し、不採用にした草案もあり、教会法改訂委員会に送り返されたり、他の草案と合併したものもあった。件数は圧縮され縮小され 73から 20に減った。7月13日、草案の内、公会議で討議されるべき7つが将来の公会議教父たちに送付された。スキレベークス神父はこの草案を厳しく批判しドイツ語圏の司教たちに広く配布した。これは各国語に訳されて広く読まれた。7月20日、中央準備委員会の職務は終了した。公会議には枢機卿団、司教団や修道会の長上と顧問神学者団以外にも、歴史上初めて、オブザーバーとしてプロテスタント諸教会や東方正教会の代表者たちに参加が要請された。実際にそれらの代表団がバチカンに到着したことで、議題の一つであった教会の一致（エキュメニズム）へ向けた機運も高まっていった。前述の人々を含む会議の参加者は史上空前の規模で、予定参加者は実に2908人に及んだ。実際に第1会期の初日に参加できたのは2540人であり、全日程に参加した人数は2100人から2300人前後になったが、それ以外にも投票権を持つ参加者 (公会議教父) が私的な顧問として招聘した神学者たちや随員を含めると、参加者と関係者の合計は膨大な数に上っていた。