1876年、エミール・シューラーらとともに書評誌「神学書評（Theologische Literaturzeitung）」を創刊（現在も継続）。1882年にゲプハルトと共同で「古代キリスト教文献の歴史：本文と校注（Texte und Untersuchungen zur Geschichte der altchristlichen Literatur）」シリーズの刊行を開始（2019年現在で187冊を超える）。1886/7年に神学評論誌「キリスト教世界（Die Christliche Welt）」を創刊（1941年廃刊）。1890年にプロイセン学術アカデミー会員として「初期300年間までのギリシャ教父」プロジェクトに参加し、教会教父委員会の委員長を務める。同プロジェクトによって50冊あまりが刊行された。また1900年には『プロイセン学術アカデミー史』刊行の責任者を務め、後に同アカデミー総裁職に就く。1890年、ドイツ福音主義社会協議会（Evangelisch-Sozialer Kongress）の創設に参画、後に議長（1902-1912）を務めた。またディルタイ、デルブリュックらとともに女子教育の進展を後押しし、ドイツの大学への女子の入学および博士号取得に貢献した。1925年に女性で初めてベルリン大学において神学博士号を取得した三浦アンナ（Anna Stange, 後に京都帝国大学教授の三浦耀と結婚して来日し、立教大学教授となる）はハルナックの教え子である。
晩年にカール・バルトからの激しい批判にさらされたこともあり、20世紀後半期には顧慮されることの少なかったハルナックであるが、後代への影響は小さくない。次世代の神学者であるバルト、ブルトマン、シュヴァイツァーなどはベルリン大学在学中にハルナックから直接学んだ経験を持つ。第二次世界大戦中に反ナチスのキリスト者によって組織された告白教会で活動したオットー・ディベリウス、ボンヘッファーらはハルナックのゼミ生であった。ティリヒは『キリスト教思想史』の中でハルナックを「リッチュル学派における最大の人物」「世紀を代表する最高の学者の一人」であると評し、福音のギリシャ化、グノーシス主義の影響と拒絶、二重福音説の指摘をハルナックの業績の中で特に評価している。福音のギリシャ化を提示したことは、ヘレニズムとヘブライズムを分離する試みを促し、グノーシス主義への関心をさらに高め、イエスの福音をパウロの使信と分離してマタイ、マルコ、ルカの三福音書を中心に見出そうとすることに貢献したとする。これらの神学的方法論は次世代の神学者たちにさまざまな形で影響を与えた。
」預言者：「ああ、ガブリエル、どのようにして口を閉ざしていることに耐え得よう？どのようにして我に従う愛する者たちの、このような状態を静観し得よう？我が衣を引き裂こうとも、恥ではあるまい
ああガブリエル、採るべき最善の道を我に示したまえ
」ガブリエル：「我が言葉に耳を傾けよ、理解力を授けられたすべての民の目標で、望みなる者よ
この窮状の打開を志すのであれば、カルバラーからフサインを呼び寄せるのだ
破滅の泥沼から罪人の足を抜き出し得るのは、ただフサインのみであるから
もしやあのノアが来て、この船の水先案内をすれば、船は必ず岸なき大洋を安全に航行するであろう
」フサインが容赦し難い様子で登場する
彼は自分の家族が受けた苦しみへの復讐を要求し、各人が味わうことを余儀なくされた苦痛を詳述する
預言者：「フサインよ！数々の苦しい経験をしたに違いない！誰がそのような辛い物語に耳を傾け得よう！殉教は、まぎれもなくそなたの王冠
試練はそなたを神のおそばへ導き、神とそなたの間に、強力な連携を打ち建てることであろう
これまでの艱難を嘆いてはならない
とりなしの樹に実を結ばせるのだ
そして今や、我が民の中の罪人たちのために、心を砕くのだ
」フサイン：「ああ、この世の創造主、造り人よ、聞き入れたまえ
敵に馬から突き落とされたときにかけて、ゼイナブがシムルに慈悲を乞うたときにかけて
もっともシムルは、ゼイナブが我が目を閉じることを許さず、彼女が我がために泣くことも許可しなかったが、あの者どもの邪悪な行為を、慈悲をもって許し給え
彼らの非道を、喜びを持って許し給え
」ガブリエルが主の裁定を発表する
「ほとんどの艱難を経験し、ほとんどの苦痛に耐え、困苦の中にあっても最も忍耐を示した者、その者に、仲介者としての特権を勝ち取らせる
」ガブリエルが預言者に告げる
「このとりなしの鍵を我が手より、最大の試練の数々を経験した者に与えよ
」預言者たちの中で、悲しみと苦しみをフサインと競えるのは、たたヤコブのみである
ガブリエルが再登場し、預言者の手から裁定を受け取り、次のようなメッセージを手渡す
「かつて誰もフサインほどの痛みと災いに苦しんだものはいない
誰も彼ほど、主に従順に仕えた者はいない
これまでに行ったすべての事柄において、誠実でない歩みをしたことのない者
汝は、その者の手に、天国の鍵を委ねよ
とりなしの業の特権は、ひとえに彼のもの
我が特別の恩寵により、フサインはすべての民の仲介者である
「預言者：「（鍵を手渡しながら）さあ、行け、炎のなかから救出せよ
生涯にそなたのために、ほんの一滴であれ、涙を流した人のすべてを
そなたをどのような方法であれ、助けた人すべてを
そなたの廟を参詣した人、そなたに弔意を表した人のすべて、そしてそなたのために、悲劇的な詩句を綴った人のすべてを
それぞれの人を、そしてすべての人を天国へ連れて行け
」フサイン：「ああ友よ、悲しみから救出されよ
そして祝福された者の館について来るのだ
悲しみは去った
今や歓喜と休息のとき
苦難は過ぎ去り、安楽と安堵のとき
」罪人たち：「（天国に入りながら）神は讃むべきかな！フサインの恩寵によって幸福になり、彼の恵みによって破滅から救出された
フサインの愛情深い優しさによって、我々の道は薔薇と花々で飾られた
かつて茨や薊であった我々が、フサインの慈悲深いとりなしによって杉になれた
」