編成から外されていた試作アルミ車の6600は、2011年4月28日付で廃車となった。6000系初の廃車であり、阪急では初めてのアルミ車の廃車である。6671・6681は2017年4月7日付で7000系7025・7125とともに廃車となり、能勢電鉄へ譲渡され7200系となった。先述の通り、伊丹線への転属で余剰となった付随車のうち6750・6751は2018年3月23日付で廃車・解体された。その後も伊丹線への転属で余剰となった付随車(6554・6564・6574・6584・6558・6568)が順次廃車されている。
1995年1月17日、阪神・淡路大震災が発生し、6025Fが2200系2250Fとの併結で今津北線で運用中に宝塚大劇場の大カーブ（宝塚 - 宝塚南口間）で被災、脱線した。列車は武庫川橋梁に差し掛かる寸前であり、列車があと数秒でも早く走行していた場合、河川へ転落等の大惨事の恐れもあったが、間一髪で橋梁上での脱線は免れた。脱線時に床下機器を損傷し自力走行が不可となったため、ジャッキアップによる復旧後、8000系に牽引されて平井車庫へ回送された。
2001年9月に6007F、2002年12月に6015Fがそれぞれ内装を中心にリニューアルされた。いずれの編成も元2200系車両が含まれており、6007Fは6770号(旧2701)が、6015Fは元VVVF試作車の6762号(旧2720)と6772号(旧2721)が組み込まれている。概要は、側扉の窓を拡大し、車内化粧版は従来より濃いものに、床の模様を5010Fと同じものにそれぞれ変更、また、車内案内表示器とドアチャイムを設置、冷房室外機キセ（カバー）を鋼製→ステンレス製に変更などである。6015Fでは、扉上部に開閉予告灯を設置、貫通扉と乗務員室扉の車内化粧板もこげ茶色に、床の模様が茶色系のものになった他、荷棚とCPの交換が行われた。なお、他のリニューアル車で採用された緑色の着色ガラスは採用されていない。冷房装置の交換は、当初はリニューアル（大規模工事）施工時に限って行われていたが、後に未施工編成においても交換が進められている。編成によっては、中間の6600形1両だけ交換されている場合もある。
1998年10月に今津南線と甲陽線でワンマン運転が開始され、6000系が充当されることとなった。編成はMc-T-M'cの3両編成で、予備も含めて3両編成6本にワンマン化改造を施工した。対応編成は6010F・6020F・6021F・6022F・6023Fと予備の6026Fで、予備編成は別の未改造の3両と合わせた6両編成を組成し、通常は今津北線で運用されている。工事としては車掌スイッチと戸閉回路の変更、運転台側開き戸の施錠・解錠の遠隔操作化などが実施されている。戸閉回路の変更により、開閉操作をした運転台以外の運転台からの開閉操作を可能としている。一部は前面貫通扉のワイパーが8000系列と同じ電動式に更新されている。6021F・6022F・6023Fには扉開閉予告灯が、6010F・6021F・6022Fには増粘着材噴射装置が装備されている。先頭車は予備車の6026Fを除いて自動連結器に取り替えられ、また中間付随車にCPを増設した。
社伝によれば、応永9年（1402年）に熊野本宮大社から勧請したのに創まるというが、上述懸仏の裏面の銘は「応永十年癸未卯月廿七日」と創建を翌10年とするので、いずれにせよ応永年間（1394年 - 1428年）の創祀と推定される。当社は、文明5年（1474年）の『王子記』には「高原王子」と記されるが、平安時代から鎌倉時代にかけての記録に当社の存在は確認されず、九十九王子のうちには通常数えられない。『紀伊続風土記』は、当時「熊野権現社」と呼ばれて村の産土神であったこと、周囲116間の境内に本殿と拝殿があったことを伝えている。鎮座地の高原（たかはら）は富田川左岸の尾根上に位置する集落で、史料上では平安時代の『中右記』天仁2年（1109年）10月23日条に初出し、『吉記』承安4年（1174年）9月30日には雨をさけて昼食をとったとあるが、宿所とはされず、『いほぬし』や『中右記』では高原をすぎた山中の水飲仮屋を宿所としていることから見て、集落の形成は南北朝時代と見られる。また、「熊野道之間愚記」（『明月記』所収）建仁元年（1201年）には、高原での情景を詠んだ歌が記録されている。足利義満側室の北野殿一行の『熊野詣日記』応永34年（1427年）には往復とも当地に宿をとったとあるように、室町時代以降、近世までに熊野への参詣道が潮見峠越えに移行してからも高原は街道筋から離れることがなかった。明治元年（1868年）に「熊野神社」を正式社名とし、同6年4月に村社列格、40年（1907年）4月には神饌幣帛料供進社に指定された。なお、当神社とともに高原から富田川河畔に下ったところにある芝集落も街道宿として知られ、大正時代までは旅籠や駕籠屋もあったが、富田川沿いに自動車動が通じるとさびれた。今日では集落の手により熊野古道を探訪する人のための休憩所が設けられている。