原子力災害対策特別措置法20条と、中央防災会議の定める防災基本計画において、原子力安全委員会は原子力災害対策本部長への助言の機能を担っており、通例の防災訓練等においては、原子力安全委員と専門的知識を持つ緊急事態応急対策調査委員が、副知事や市町村長が参集する現地オフサイトセンターに常駐し、総理大臣より権限委譲を受けた現地対策本部長（経済産業副大臣）が緊急事態応急対策の指示を行うに際して各種の技術的助言を行うこととなっていた。東京電力福島第一原子力発電所事故に際しては、現地対策本部長（経済産業副大臣）への権限委譲がなされず、現地オフサイトセンターに各自治体が参集することもなく、交通・通信の途絶から東京において各種の意思決定が行われていたため、原子力安全委員会は3月11日に事務局本部長を現地に派遣し連絡調整に当たらせるとともに、原子力安全委員、緊急事態応急対策調査委員は東京において各種の技術的助言を行っていた。その後、4月19日に小山田安全委員が初めて東京電力福島第一原子力発電所の視察を行った。現場入りまで1ヶ月以上を要したことについて、視察した小山田委員は、「当初は、現場が次から次へと事象が変化するのに対応することで手いっぱいだった」と釈明し、「ずっと助言活動に対応していた」などと語った。（JOCウラン加工工場臨界事故では発生の約半月後に総勢19名の事故調査委員会で現地調査を行っていたが、その後に成立した原子力災害対策特別措置法20条6項により、原子力安全委員会は東京の原子力災害対策本部（もしくは権限移譲がなされた原子力災害現地対策本部）への助言を行う位置付けとなった。）
文部科学省の委託事業として、財団法人原子力安全技術センターが運営していた放射性物質の拡散を予測する「緊急時迅速放射能影響予測ネットワークシステム (SPEEDI)」について、福島第1原発事故後に2千枚以上の拡散試算図が作成されていたが3月23日と4月11日に2枚公表されたのみであり、情報発信の姿勢や防災計画の実効性に問題が露呈した。この試算図については、本来事業を所管する立場であった文部科学省からは公表されなかったが、3月23日に実際の環境放射線モニタリング結果から逆推定を行った試算結果を原子力安全委員会が公表した。SPEEDIの開発・運用について、文部科学省は累計約128億円、2010年度も約7億7千万の予算を計上している。データは自治体と共有することになっており、自治体もシステム整備費などを支出している。この事故においては、関係自治体は最も必要な時期に情報を入手できなかった。2006年の北朝鮮の核実験や2000年の三宅島噴火の際には、積極的に情報を公開していたが、福島原発事故での消極的対応は『原子力村』の身内への配慮では、との勘繰りをも招いた。
班目春樹委員長は福島第一原子力発電所の建屋に溜まった高放射線量の汚染水処理について、「知識を持ち合わせていないので、東電（東京電力）と原子力安全・保安院にしっかりと指導をしていただきたい」と発言し、批判を浴びた。
東日本大震災から一夜明けた2011年3月12日、ヘリコプターで被災地と福島第一原子力発電所の視察に菅直人首相が向かった際に同行した班目春樹委員長は、内閣総理大臣より「格納容器で爆発しないか」と問われ、「格納容器は窒素で満たされているので爆発しません。」と答えたが、実際には当日15時36分に、福島第一原子力発電所の1号機原子炉建屋が水素爆発で吹き飛んだ。この発言は、原子炉格納容器内に窒素充填がなされていることについてのものであったが、その後の検証で、津波による全電源喪失による影響で、ベント配管から水素が建屋内に逆流したことにより、水素爆発が発生したものと推測されており、その後の事故調査・検証委員会の事情聴取において、吉田昌郎所長ら東京電力社員ですらも、当時は建屋の水素爆発について予測できなかったことを証言している。
境内は、慶長年間（1596年-1615年）に豊臣秀頼によって整備が行われた。本殿は慶長8年（1603年）の造営。棟札等から、片桐且元を奉行として播州の大工の手で建てられたとされる。間口三間・奥行三間の入母屋造で、向拝一間を付し、屋根は檜皮葺である。向拝の手挟・蟇股等に桃山時代の特徴を示している。明治の拝殿造営・接続に伴い、向拝の軒先は切り縮められて権現造のような複合社殿様式となり、その際に屋根も杮葺から檜皮葺に改められている。この本殿は国の重要文化財に指定されている。この本殿のほか、境内社4殿も同時期の慶長期の造営になる。拝殿は1879年（明治12年）の造営で、間口三間三尺・奥行二間の四棟造。旧拝殿は寛永元年（1624年）の大溝藩主・分部光信による造営で、現在は絵馬殿として使用されている。また、1932年（昭和7年）の造営になる社務所は書院造で、中世を思わせる造りであるとして、国の登録有形文化財に登録されている。その社務所前には、与謝野鉄幹・与謝野晶子夫妻が当社へ参詣した際に詠んだ歌碑が建てられている。また大鳥居は湖中に立ち、当社のシンボルとなっている。鳥居について古くは弘安3年（1280年）の絵図では陸上に描かれているが、その後の琵琶湖の水位上昇に伴い水中に立つようになったと伝える。その伝説に基づいて1937年（昭和12年）に鳥居の寄進がなされ、1981年（昭和56年）に現在に見る鳥居が再建された。