2017年4月19日には、長野県の沿線行政の首長との意見交換会が県飯田合同庁舎でおこなわれ、残土処分地安全性確保・現地要因の増員・残土運搬計画確認書を早期に提示するように求めた。一方でJR東海の宇野護中央新幹線推進本部長は、三六災害の経験を伊那谷全体の特殊な事情と位置付け、自社による残土処分地の長期管理を「一つの方策」として豊丘村本山の計画地に限らないとする考えを示した。JR東海側のマンパワー不足についても「協議や調整を進める上で課題」と複数の首長が指摘しているが、宇野本部長は「人数はそれほど多く望めないが、仕事内容の方で努力する」とも述べている。1961年（昭和36年）の三六災害からの残土処分地の長期管理における住民不安が「伊那谷全体の事情」ともしている。また、残土問題以外でも観光・地域振興への協力も合わせて求めている。2018年6月6日-7日には風越山トンネル工事に関する説明会が長野県飯田市の座光寺地区および上郷飯沼北条地区で実施された。苦手とされている巨石や高い地下水位が確認されているものの「軟らかくなっている可能性が高いこと、地下水位が特に高い区間は短い」として、シールド工法が適用可能と説明されたが、未調査箇所があることも説明されている。また、住民移転の代替地の説明では長野県駅周辺整備の説明から開始したため、住民軽視との抗議で駅周辺整備の説明を途中で中止せざるを得なくなったことや、住民相談に応じるために飯田市が設けた現地事務所の対応に不満が出ていることから、同年6月26日に飯田市議会リニア推進特別委員会は飯田市に地権者との信頼関係を重視した協議の場を設けることなどを要求する要望書を提出した。同年8月1日には移転可能な代替地情報の閲覧が飯田市で開始された。2019年3月19日に長野県環境審議会は「中央アルプス県立公園」の中央新幹線の促進のために県指定解除を要求している。
2017年11月20日には、山梨県南巨摩郡早川町における発生土から環境基準値を越えたフッ素が検出されたとの同年6月30日の報道を受けて、市民団体「リニア・市民ネット山梨」は山梨県知事への今後の対応も含めた質問書を提出している。富士川水系早川支流雨畑川等の調査を経た上で、JR東海側の報告も含めてモニタリングに問題がないと回答している。（上記のJR東海のプレスリリース「中央新幹線第四南巨摩トンネル新設（西工区）工事における環境保全について」も参照）2018年3月14日に甲府市議会議員の山田厚が山梨リニア実験線に試乗した際の報告では85デシベルの騒音や高電磁波の人体への影響を指摘している。
2019年6月25日には、JR東海が東京都環境影響評価条例に基づいた2017年（平成29年）度および2018年（平成30年）度の「事後調査報告書（工事の施行中その２）中央新幹線品川・名古屋間」を東京都知事に提出している。
2019年5月8日、南アルプス市の沿線住民ら8人がJR東海に対し、騒音や振動で住環境が悪化するなどとして、同市内の一部区間（約5km）の工事差し止めおよび1人あたり100万円の慰謝料の支払いを求め、甲府地方裁判所に提訴した。原告側によると、用地の端から30mまでの範囲について、騒音や振動、日照の阻害などに対する補償を求めて民事調停を申し立てていたが、不調に終わったという。
豊島開発が摘発された後も、住民側と香川県側は事後処理や責任問題についての争いが以後7年間続いた。香川県の姿勢に不信感を強めた住民側は1993年11月11日に、産廃の撤去と住民一人当たり50万円の慰謝料を香川県と排出業者と豊島開発に求めて国の公害調停申し立てを行う。これに対して香川県は「産廃の量は膨大で撤去は困難である。また香川県には責任はない」という態度で臨んだ。また排出業者は、処分を依頼した業者がどう産廃を処分するかは責任外とし、当の豊島開発は撤去に応じる姿勢を示さなかった。香川県の対応に憤慨した住民は、香川県庁前で、「立ちんぼ」による抗議活動を1992年12月20日から1994年5月31日まで続けた。1994年、公害等調整委員会は2億3600万円をかけて本格的な実地調査をおこなった。その結果、豊島に投棄された廃棄物は約56万トンと推定され、7つの処理案が提示された。それによると、処理案によって違うが費用は61億円から191億円が必要とされ、年月も2年から10年かかるとされた。巨額の費用と提示されて調停は足踏み状態が続くようになる。1996年6月、公害等調整委員会は「香川県の誤った監督指導体制が、事態をここまで悪化させた要因である」と指摘し、香川県の責任を認めるとともに自治体として踏み込んだ対応をするように求めた。香川県の姿勢が変わったのは1997年1月になってからである。その背景には、処理費用に対して当時の内閣総理大臣橋本龍太郎がその半額を国から援助するという判断があったからだとされる。これにより費用負担を拒否してきた香川県は、よくやく残り半分の処理費用を負担する判断を下す。1997年4月には「住民が長期にわたり、不安と苦痛を受けた」という文章を盛り込んだ中間合意案が公害等調整委員会によって作成されたが、香川県は「不安と苦痛」という部分に難色を示し削除を求めたために1か月後に公開された文章では該当部分が削除された。それを知った豊島の住民は改めて香川県の対応に落胆することになる。この中間合意案では、県が責任を認めてくれやすいように、住民側は県に対する賠償を放棄した背景があった。香川県はこの合意案を受諾する方針を表明したが、住民側は「県の責任が明確にされていない」などとして、合意案の変更を公害等調整委員会に迫ったが委員会は応じることは無かった。期限切れで中間合意をまとめることが不可能になることを恐れ、住民側はやむなくこの合意案を不本意ながら受け入れ、香川県の責任については別の運動で追及していく方針とした。中間合意後も香川県は住民への謝罪を拒み、謝罪を求める住民との間で調停は再び硬着状態となった。1998年9月、前川忠夫に続いて知事に就任していた平井城一が退き、真鍋武紀が知事に就任した。真鍋は当選前から県の謝罪表明には「検討の上で対応する」と慎重な姿勢をとっていた。当選後の1998年10月の代表質問でも「中間合意で香川県は既に遺憾の意を表明している」と述べて、既に謝罪済みで解決しているという見解を表明した。1999年12月12日、総理府で行われた1年半ぶりの調停では、真鍋知事は改めて住民らの謝罪要求には応じないと回答し、産廃処理に必要な工事の着手には、公害等調整委員会の最終的な合意が不可欠であり、最終合意なしに工事には着手しない考えを表明した（技術委員会は、現場での海洋汚染の可能性もあり、一刻も早い工事着手を県に求めていた）。2000年、香川県の担当職員の処分が行わる。また、真鍋知事が豊島を訪れ住民に謝罪した。開催された調停の回数は2000年までに37回を数えた。