1987年に中日に移籍した落合博満と打撃の話で何度も徹夜したという。落合は打撃に関して宇野をかなり信頼しており、監督就任時真っ先に打撃コーチとして声をかけている。宇野自身も「落合さんが来て初めてチームバッティングというものを教わった」と発言するなど、落合を尊敬している。コーチ退任後も互いに笑顔で会話を交わす等、その関係は尚も良好であった。
1982年4月24日の対大洋戦（横浜）ではユニフォームを忘れたため、背番号77をつけていた飯田幸夫コーチから借りて試合に出場した。相手チームの野次の中、宇野はその試合で本塁打を放つ。後に、宇野は2003年オフに打撃コーチとして中日復帰した際に、その背番号77をつけている。1984年5月5日の対大洋戦（横浜）でライトへの浅いフライを打ち、ライト高木由一の落球エラーで出塁したものの、ハーフウェーで打球の行方を追って待機していた一塁走者の大島康徳を見向きもせずに追い抜いてアウトになり、やはり年末の『プロ野球珍プレー・好プレー大賞』に大きく取り上げられることとなった。各局の珍プレー番組では、宇野のエラーやミス、動作や所作を集めた特集が毎回のように組まれるようになり、本人は毎回の如く紹介されるのを嫌がっているが、著書『ヘディング男のハチャメチャ人生』では「（ヘディングは）やって良かった。感謝している」と書いている。現在宇野本人に「ヘディング」の話は禁句である。2000年の「勇者のスタジアム・プロ野球好珍プレー」（日本テレビ）で、20世紀の珍プレーランキング2位に輝いた（1位は達川光男）際、司会の江川卓から「宇野選手にとって、珍プレーとは?」と聞かれ、「他人のは面白いですね」とコメントしている。また、自身のヘディング事件については「忘れてましたね」、「ボクがなぜここに呼ばれているのか、全然分からない」とギャグを飛ばした。ロッテ時代、先発投手の吉田篤史が打球を受けてベンチで手当てを受けている間、遊撃手の守備位置を離れマウンドで投球練習を開始。これを見た日本ハムの小川浩一が打席に入り、宇野の投じた球を打ち返した。打球は両手を広げた右翼手・マックス・ベナブルの頭上を越えて行き、場内が笑いに包まれる中、苦笑を浮かべた宇野は膝をついていた。コーチ時代、2004年の落合監督初優勝の翌日、川崎憲次郎の引退試合で、1回終了後、川崎の胴上げを中日、ヤクルトの両チーム選手がしようとした時、コーチでは宇野のみが飛び出し、しばらくしてから気づいてベンチへ戻っていった。
1993年、中内功から招聘され西武を退団し、福岡ダイエーホークスの代表取締役専務兼監督に就任。チームは南海時代の1978年からずっとBクラスを低迷しており、根本は西武ライオンズに似た方法でチーム再建を進めていった。現場復帰となった1993年は最下位に終わるが、吉永幸一郎の成長や下柳剛、木村恵二らリリーフ陣が台頭した。下柳は根本の事を恩人と述べている。シーズン終了後は秋山幸二・渡辺智男・内山智之と佐々木誠・村田勝喜・橋本武広の交換トレード「世紀のトレード」を敢行。また同年から実施されたフリーエージェント制度（FA）で阪神から松永浩美を、同じく同年から実施された逆指名制度でのドラフト会議で小久保裕紀、渡辺秀一を獲得。4位に終わったものの17年ぶりに勝率5割を超えた。1994年限りで監督を退任して専務に専念。後任監督として王貞治を招聘した。ドラフトでは駒澤大学進学が内定していた城島健司を獲得し、西武のエース投手であった工藤をFAで獲得。西武監督就任が確実視されていた石毛も獲得するなど、「寝業師」ぶりを存分に発揮した。12年ぶりの現場返り咲きとなったダイエー監督時代は往年の若親分と呼ばれた熱血ぶりは影をひそめ、風貌も寝業師の異名にそぐわない雰囲気で、マウンドに行く途中に足がもつれてつまづくシーンが、プロ野球珍プレー・好プレー大賞などで放映されるなどしていたが、それでもときたま激しく抗議し退場処分を受けたこともあった。また西武時代は、広岡や森といった管理野球の信奉者を監督に据えていたにもかかわらず2番にカズ山本を起用したり、藤本博史をセカンドで起用するなど大胆な采配を時として行い、秋山幸二によると、あまり細かいサインは出さなかったという。吉武真太郎・小久保裕紀・渡辺秀一・城島健司・藤井将雄・斉藤和巳・佐久本昌広・井口忠仁・松中信彦・柴原洋・倉野信次・永井智浩・篠原貴行・星野順治などをドラフトで獲得し、福岡移転後の初優勝および現在に至る地元人気の土台を築いた。また、松永浩美・廣田浩章・武田一浩・田村藤夫・長冨浩志・西村龍次・山崎慎太郎など他球団で活躍したベテラン選手を補強している。また、西武時代同様ケビン・ライマー、ケビン・ミッチェルなどの現役大リーガー選手の獲得に尽力した。1999年1月には専務から社長に昇任するが、3か月後の4月30日に急性心筋梗塞のため72歳で死去した。その年、ダイエーは大阪市から福岡市への本拠地移転11年目にしての初優勝を飾った。同年のシーズン中には根本の遺影がベンチに掲げられ、優勝時の胴上げでは選手が代わる代わる遺影を掲げた。根本は日本ハリストス正教会（キリスト教・正教会）信徒であったため、遺骨は同教会本部のある東京・神田ニコライ堂に安置されている。2001年野球殿堂入りした。