営業終了日は厚生年金老人ホームとしての営業終了日を記載し、所在地名は施設の営業終了または廃止時点における自治体名を使用した。地方区分は広辞苑第六版を基準として、並び順は全国地方公共団体コードの順である。
1990年代以降、厚生年金老人ホームと同様に年金保険料を投じて建設された、大規模年金保養基地グリーンピアの経営悪化が相次ぐと、保険料を年金の支給以外に用いることに対して世論の批判が高まった。経営状態が厳しかったのは厚生年金老人ホームを含む年金福祉施設も同様であり、社会保険庁が年金福祉施設265施設について、2002年度の収支を試算したところ、減価償却後の黒字となったのは9施設のみで、残りの256施設は赤字であった。2004年3月10日、与党年金制度改革協議会が開かれ、保険料により整備された計265の年金福祉施設について、2005年度に整理機構を設置し、すべての施設を5年以内に売却または廃止すると決定、これを受けて2005年6月16日の衆議院本会議において、内閣提出法律案の「独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構法案」が可決・成立した。2005年10月1日、独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構が設立された。売却予定となっている厚生年金福祉施設は社会保険庁から整理機構へと出資され、施設の売却によって得た収入は厚生保険特別会計年金勘定へ納付される。売却は原則として一般競争入札により行われたが、長期専用施設の入居者には自宅を処分した上で施設に入居した老人もいたことから、一部の施設については譲渡後の一定期間は中心的機能を維持することが譲渡の条件として付された。施設の売却は順次実施され、最後まで残っていた厚生年金ハートピア熱海が2010年8月31日をもって振興団による運営を終了し、9月1日から民営となったことにより、すべての厚生年金老人ホームが売却・廃止された。なお、一部の施設は民間への売却後も「ニューハートピア」のようなハートピアに類似する商号を用いて営業を続けている。
他社線との直通運転の過去の事例で前述したように、名古屋鉄道（名鉄）との間では、かつて名古屋線が狭軌であった時代に、新名古屋駅と近畿日本名古屋駅（いずれも当時の駅名）とを結ぶ地下連絡線を通り、名鉄 - 近鉄間両社直通の臨時観光列車の相互乗り入れをしていたこともあった。その後、相互乗り入れは中止したが、現在も近鉄名古屋駅の地下コンコース内には、名鉄名古屋駅への連絡改札口が設けられている。しかしその一方、名鉄との間では、一時期激しく対立したこともあった。戦前では伊勢電を巡る争いが最も大きなものであったが、戦後の高度経済成長期には石川県における北陸鉄道支援を名鉄が行った際に、近鉄では北陸鉄道に対抗するバス路線の敷設を目論んで北陸日本交通との名義で会社を設立しようとしたり（これは後に同社を合併して近鉄の子会社化した北日本観光自動車のバス路線網拡大へ方針転換するが、当時の運輸省の方針で却下された）、近鉄が大垣から岐阜・羽島への新線敷設を計画した（「養老鉄道養老線」を参照）のに対抗して、名鉄が岐阜から養老・羽島に至るモノレール建設を発表（後に羽島線の建設へ変更）したという事例がある。また、伊勢湾にフェリー航路を新設するに当たっては、営業免許を巡って両社共激しく競合したが（当時の新聞紙上では「伊勢湾海戦」と報道された）、これも当時の運輸省の仲裁により、伊勢湾フェリーが両社折半で設立されることになった（現在は両社の手を離れて第三セクターとして運営）。さらには、1964年に開通した名神高速道路を走る高速バス路線である名神ハイウェイバスにおいて、国鉄バス（現在はJRバスとしてジェイアール東海バス・西日本ジェイアールバスが共同運行）以外に多数の民間会社による運行計画が乱立したため、運輸省の調整により、近鉄を中心とした日本高速自動車（現在の名阪近鉄バス、当時は阪神・南海も出資）と、名鉄を中心とした日本急行バス（当時は京阪・阪急・近江鉄道なども出資、その後名古屋観光日急から名鉄観光バスを経て、現在は名鉄バスへ移管）の2社が設立される事態となった。これらの対立・競合状態が解消して、協力関係に入ったのは安定成長期の中頃に入った1980年代のことだった。近鉄の駅構内や車内広告、および「近鉄時刻表」などにおいて、主に博物館明治村・リトルワールドや、中部国際空港行き空港特急「ミュースカイ」など名鉄グループの広告が、また名鉄の駅構内や車内広告、および「名鉄時刻表」などにおいては、主に志摩スペイン村など伊勢志摩地区の観光広告や、近鉄名阪特急「アーバンライナー」など、近鉄グループの広告が相互に掲載されるようになるなど、名鉄と完全に相互協力関係にある。その後1997年から2006年までの間、南海電気鉄道と共に3社の鉄道路線・およびグループ各社の交通機関も利用可能であった、乗り放題切符「3・3・SUNフリーきっぷ」も発売されていた。2013年3月23日には「交通系ICカード全国相互利用サービス」開始により、近鉄で発行しているICカード乗車券「PiTaPa」「ICOCA」を名鉄線で、名鉄で発行しているICカード乗車券「manaca」を近鉄線で、それぞれ利用することが可能となった。また、2014年9月21日には両社のIC連絡定期券も発行を開始した。2012年6月にはリニア開業に向けての名古屋駅周辺の再整備により、近鉄名古屋駅と名鉄名古屋駅の統合化を検討していることが明らかになった。