淀川流域は古来、日本の政治・文化・経済の中心地として極めて重要な位置を占めていた。それ故、仁徳天皇時代茨田堤の建設に始まり河川整備が繰り返されたが、洪水も度々起きた。平安時代末期の白河法皇は、意のままにならぬ「天下三不如意」として比叡山延暦寺の僧兵、双六博打の賽の目と並んで、淀川上流である鴨川の治水を挙げた。戦国時代に全国を統一した豊臣秀吉が晩年、伏見に居を移すに当たり、宇治川（巨椋池）の改修を行った。その主なものは、槇島堤を築くことで京都盆地南部に流れ込む宇治川の流れを巨椋池に直接流れ込む形から、現在のような伏見への流れに変えたことである。このことにより宇治川は桃山丘陵に築かれた伏見城の外濠の役目を担うことになるとともに、水位が上がったことにより伏見城下に港を開くことを可能にした。また淀堤（文禄堤）を伏見・淀間の宇治川右岸に築き、流れを安定させた。これにより、伏見は交通の要衝として栄えることになった。江戸時代、徳川家康の命により方広寺大仏殿造営の為の資材運搬を鴨川を用いて行った角倉了以・与一親子は、恒久的な運河として高瀬川を開削。京都への水運整備を行い、物流を発展させた。大坂においては道頓堀が開削され、大坂夏の陣で荒廃した市中の再建が進められる中で、水運と橋梁の整備も進んだ。大坂は江戸の「八百八町」に対し「八百八橋」と謳われた。更に農業技術の進歩と江戸幕府による新田開発奨励の中で、宇治にある巨椋池の干拓も始まった。経済が活発になると、薪炭の採取や新田開発が進み流域の伐採が進んだ。森林の喪失は、山間部からの土砂流入を招き、氾濫などの原因となる河床の上昇が進んだ。このため幕府は1660年に山城国、大和国、伊賀国で樹木の根株の採掘を禁ずる令を出した。加えて1666年には、全国版というべき諸国山川掟を発している。それでも土砂流入は収まらず、1683年には稲葉正休による現地視察が、稲葉が失脚した翌1684年には河村瑞賢による河川改修工事が行われた。また、1807年（文化4年）5月には大雨により琵琶湖の水が溢れ、京都・大坂に洪水をもたらしたと、大坂の画家・暁鐘成は『雲錦随筆』に記している。
「瀬田川」は瀬田、「宇治川」は宇治、「淀川」は巨椋池の出口にある淀（川が緩んでできた淀みを意味）など、沿岸の地名に由来する。
ルムンバがソ連に支援を要請した結果、政府内は分裂してしまい、西側諸国が彼を権力から取り除くように圧力を強めることにも繋がった。加えて、モイーズ・チョンベとアルベール・カロンジの両方がカサブブがルムンバの中央集権主義に反対する穏健主義者かつ連邦主義者であると考えて、離脱問題を解決するために彼に対話を呼び掛けた。その一方で、モブツは他国からの援助を獲得し、特定の部隊員や将校を昇級させることで彼らからの忠誠を確保して国民軍の支配権を掌握した。アメリカに促される形でカサブブは1960年9月5日に南カサイにおける虐殺を口実として、一方的にルムンバの首相職解任を全国ラジオを通じて発表した。ハマーショルドの側近でアメリカ人のONUC臨時代表アンドリュー・コーディアは自分に与えられた権限を活用し、ニュースに反応したMNC-Lが団結して行動を起こすことを阻止するためにラジオ局の封鎖を指揮した。両議院はルムンバを支持し、カサブブを非難した。議会から信任を得たルムンバは対抗してカサブブを大統領職から解任しようとしたが、憲政上の危機を誘発することになることになるこの行為については反対され、無効となった。9月14日にはジョゼフ＝デジレ・モブツが混迷した政治状況の打開を表向きの理由として無血クーデターを実行した。カサブブがルムンバの後任として任命したイレオの政府とそれに対抗するルムンバの政府、この両政府の無効化を宣言し、その代わりにジャスティン・ボンボコ率いる大学卒業者と現役大学生からなる「委員会内閣」を設立して政治権力も掌握した。ソ連の軍事顧問は国外退去を命じられた。混乱の収拾を最優先に考えるカサブブはモブツと手を組み、官邸内に軟禁されてONUCのガーナ人部隊らによって警護される状態となったルムンバはモブツと委員会内閣を激しく糾弾して敵対した。1961年2月にカサブブはモブツによって大統領に再任命された。クーデターを起こして以降のモブツは影の実力者としてコンゴの政治に多大の影響力を及ぼすことが出来るようになった。カサブブの復職以降、コンゴの各勢力間で和解に向けた動きが進展した。チョンベはコンゴの国家連合を形成してカタンガの分離状態を終結させるための交渉を開始した。歩み寄りの合意に達したものの、カサブブとチョンベがお互いに個人的な敵意を抱いたために交渉が決裂し、この合意が無効になってしまった。1961年7月の和解交渉が失敗した後、ルムンバ支持者や南カサイからも含めて様々な勢力を結集したシリル・アドゥラを首班とする新政府が形成されたが、カタンガ国政府との和解はもたらさなかった。スタンリーヴィルに逃亡したアントワーヌ・ギゼンガ率いるMNC-Lの反乱軍メンバーは1960年11月にレオポルドヴィルの中央政府に対抗して反乱軍政府を形成した。ギゼンガ政府はソ連や中国を含めていくつかの国々にコンゴの公式な政府として承認され、中央政府の7,000人に対しておよそ5,500人の兵士を動員することが出来た。その正当性を国連から拒否されるという難局に直面したギゼンガ政府は1962年1月、代表者のギゼンガが逮捕された後に崩壊した。