ボンネビル・ダムの設立当初、発電事業はセンシティブな問題を抱えていた。ボンネビル・ダムは連邦政府の基金によって建設されていた。フランクリン・D・ルーズベルト大統領は、発電した電力を公共の物であるべきと考え、エネルギーの独占防止に取り組んでいた。これに対し、電力の民間売買を唱導する人々は、ルーズベルトの取り組みを政府による不当な干渉であると考え、反対運動を起こした。1937年、ボンネビル計画法をルーズベルトが署名、ボンネビル・ダムで作られる電力に公共性が認められ、ボンネビル電力事業団が設立するに至った。その後の28年間、ボンネビル電力事業団により、年間キロワットあたり17.50米ドルという価格が維持された。
しかし慶長16年（1611年）10月10日に嫡男の大久保忠常を病で失うと、その権勢に陰りが見え始める。この際、幕府に無断で小田原まで弔問した者が閉門処分を受けている。嫡男の死に意気消沈した忠隣は、以後政務を欠席することがあり、家康の不興を買った。また、忠常死去後、秀忠が忠隣のために精進落としの宴を開こうとしたが、忠隣はこれを断り、他の老中の不興を買っている。慶長18年（1613年）1月8日には山口重政が幕府の許可無く忠隣の養女を、子の重信に娶らせたとして改易になっている。この件は忠隣の発言として、以前に養女の実祖父・石川家成が婚姻の件を伝え許可を得たため、改めて自身が許可を得る必要は無いとして、秀忠の許可を得ようとしなかったとある。幕府の決定を受けた忠隣は同月15日に甚だしく腹を立てたとあり、翌日に子と共に江戸城へ出仕している。また、同年4月には与力の大久保長安の死後、その不正蓄財が露見したことに関連して、長安の子が切腹させられる事件が発生している（大久保長安事件）。このような状況下で、12月に江戸から駿府へ帰国する家康が、6日に到着した相模国中原に数日逗留後、13日に突如江戸へ引き返している。この理由として、『駿府記』には翌年に東金で鷹狩を行うためとある一方、『当代記』には前日に江戸から土井利勝が秀忠の使者として来たことと、旧穴山衆の浪人・馬場八左衛門が忠隣が謀反を企んでいると訴え出たことを理由としている。使者については、『石川正西聞見集』に秀忠より何度も使者が来たのが江戸引き返しの理由とあり、『駿府記』にも7日に板倉重宗が使者として来たとある。その後、12月19日に忠隣は幕府からキリシタン追放の命を受け京へ赴き、翌慶長19年（1614年）1月18日より伴天連寺の破却、信徒の改宗強制、改宗拒否者の追放を行っている。しかし翌日に突如改易を申し渡された。居城の小田原城は本丸を除き破却され、2月2日には前年に無嗣断絶した大久保忠佐の居城三枚橋城も破却された。その後、忠隣は近江国に配流され、井伊直孝に御預けの身となった。この時、栗太郡中村郷に5,000石の知行地を与えられている。3月1日には忠隣は天海を通じて弁明書を家康に提出し、家康はこれを見るも特に反応は返していない。3月15日には堀利重が連座して改易になっている。その後、出家して渓庵道白と号し、寛永5年（1628年）6月27日に死去した。享年75。将軍家の許しが下ることはついになかった。改易の理由について、『駿府記』には先述の無断婚姻を、『当代記』はこれに加え馬場の訴状を挙げているが、馬場を不肖の者として全くの虚言としている。なお『駿府記』には、2月1日に土井利勝が家康と面会した際に、忠隣と親しい者が多くいることに秀忠が腹を立てていると報告している。これに応じて2月14日に江戸の幕閣が提出を求められた起請文には、忠隣とその子との音信を禁じる項がある。起請文にはこれ以外にも家康・秀忠に従うこと、裁判では依怙贔屓を禁じること、政務では互いに心底を明らかにすること、家康・秀忠の発言は当人の許可が無ければ他者に漏らさないこと等がある。なお、本多正信・正純父子が、政敵である忠隣を追い落とすための策謀を巡らせたとする見解も江戸時代からある。正純は岡本大八事件に部下が関与したことで政治的な地盤が揺らいでおり、忠隣を排斥することで足場を固めておきたかったとする。『徳川実紀』も本多父子による陰謀説を支持している。ただし、当時の史料でこの点に触れたものは無く、ただ細川忠興が書状で忠隣改易により、正信の権勢は以前の10倍になったと評している。正信は配流後の忠隣へ、小田原にいる忠隣の母と夫人の無事を伝える書状送っており、先述の起請文が出される原因となった忠隣と親しい者に該当する。また、大久保忠教も正信が忠隣に恩があることから両者の諍いは作り事と断じている。また、豊臣政権を一掃しようと考えていた家康が、西国大名と親しく、和平論を唱える可能性のあった忠隣を遠ざけたとする説もある。忠隣の累代における武功が大きかったことから、大久保家の家督は嫡孫の忠職が継ぐことが許され、その養子で忠職の従弟・忠朝の時に小田原藩主として復帰を果たした。また、連座で謹慎していた次男の石川忠総は復帰を許され、大坂の陣で戦功を挙げたことから最終的に近江膳所藩主となり、子孫は伊勢亀山藩主となった。