ドラムを趣味としており、自宅にドラムの練習室を作るほど。前出の野球殿堂選出時にはダイヤモンドバックス対レッズ戦中に祝賀セレモニーが行われ、金メッキが施されたニール・パートのシグネチャーモデルのドラムセットが贈呈されている。日本のTV番組で紹介された際には加藤茶とのドラムバトルを披露した。レッド・ツェッペリンのファンであり、来日の際には西新宿でブートレグCDを買い漁る。またジミーペイジ道を追求するギタリストジミー桜井とも親交があり、「世界で一番ジミー・ペイジになろうとした男」 では序文を書いている他、表紙写真も提供しており二人の交流の様子も描かれている。
引退後はフォトグラファーに転身。ロック・フェスティバル『オズフェスト』にてカメラマンとしてフォトグラファーピットで幾つものカメラを首にぶら下げている姿を『BURRN!』誌の写真家ジョン・ハーレルに目撃されている。2011年にはインディカー・シリーズ第3戦（ロングビーチ市街地コース）に報道カメラマンとして取材に訪れた様子が日本のスポーツ紙にも掲載された。2010年4月20日に、東京ドームで東北楽天ゴールデンイーグルス主催ゲーム（対千葉ロッテマリーンズ）が初めて行われた際、始球式を行うために来日した。2014年5月18日、ダイヤモンドバックスの本拠地チェイス・フィールドで行われたドジャース戦の試合前の始球式を務めた。ちょうど10年前のこの日に完全試合を達成したことを記念にしたもので、当時のユニフォームを着ての投球だった。2015年1月、ダイヤモンドバックスのフロント入りが発表され、同球団の「球団代表付特別補佐」に就任した。同年、アメリカ野球殿堂入り得票の有資格者となり97.3％という圧倒的な支持を集めて殿堂入りを果たした（同年に共に表彰されたのはペドロ・マルティネス（91.1%）、ジョン・スモルツ（82.9%）、クレイグ・ビジオ（82.7%））。また、殿堂入りを記念し、ダイヤモンドバックスはジョンソン在籍時の背番号『51』を永久欠番に指定、同年8月8日に欠番表彰式を行った。
6月4日のワシントン・ナショナルズ戦で6回を1失点に抑え、史上24人目の300勝を達成。300勝初挑戦で到達したのは、1985年のトム・シーバー以来、45歳での達成はフィル・ニークロの46歳に次ぐ2番目の高齢記録となった。しかし打撃の際に左肩を痛め、故障者リスト入り。終盤に復帰したが全てリリーフでの登板だった。2010年1月5日に現役引退を表明。
ファンやメディアに辟易して自らトレードを志願し、2007年1月9日にルイス・ビスカイーノ他3選手との交換トレードで古巣ダイヤモンドバックスに復帰した。6月5日のジャイアンツ戦で8三振を奪って通算4605奪三振となり、クレメンスを抜いて歴代単独2位に浮上。6月9日にクレメンスがヤンキースで復帰し7三振を奪ったため抜かれたが、6月10日のレッドソックス戦で9三振を奪って再び2位となった。しかし椎間板ヘルニアが再発して手術を受けることとなり、6月28日のドジャース戦を最後に戦線離脱し、4616奪三振でシーズンを終えた。2008年は開幕には間に合わなかったが、4月14日に復帰。6月3日のブルワーズ戦でクレメンスを抜いて再び歴代単独2位となった。その試合から6連敗を喫するが、7月に5連勝と巻き返す。大きな故障もなくシーズンを投げ抜き、11勝10敗・防御率3.91を記録した。オフにフリーエージェントとなり、12月26日にジャイアンツと1年800万ドルで契約。ティム・リンスカム、バリー・ジトと共にサイ・ヤング賞投手が同一チームに3人在籍することとなり、これは2002年のブレーブス（マダックス、トム・グラビン、ジョン・スモルツ）以来だった。
1998年7月31日にフレディ・ガルシア、カルロス・ギーエン、後日発表選手のジョン・ハラマとのトレードで、ヒューストン・アストロズへ移籍した。移籍後は11試合に先発し、内7試合で2桁奪三振を記録するなど、10勝1敗・防御率1.28・116奪三振、グレッグ・マダックスの5完封に次ぐ4完封と復調し、チームの地区優勝の原動力となる。サンディエゴ・パドレスとのディビジョンシリーズでは第1戦と第4戦に先発し、好投したが共に敗戦投手となり、チームは1勝3敗で敗退した。サイ・ヤング賞の投票では7位。329奪三振で自己最多を更新し、20試合で2桁奪三振を記録した。オフにFAとなった。
ブースト計の歴史は、過給機の登場とともに始まった。自然吸気エンジンにおいても、すでに負圧計が取り付けられていたものが存在していたが、ブースト計は過給機付きエンジンの吸気システムにおいて過給圧が正常に掛かり、ウェイストゲートバルブが正常に作動するかを把握するバロメーターという意味で、自然吸気エンジンにおける負圧計よりも重要な計器でもあった。自動車においては1970年代の第一次オイルショックや米国のマスキー法の施行により、市場からの排ガス浄化性能に対する要望が高まり、燃料装置に電子制御式燃料噴射装置が採用され始めたことで、過給機付きエンジンを量産車に搭載するための道筋が開けていった。市販車両での過給機付きエンジンは1970年代の終わり頃に登場し、ブースト計は本来の「過給機付きエンジンの動作が正常か否かを判定する機能」以外に、「過給圧の変化が視覚的にドライバーにアピールできる」といった販売上の側面からも純正採用が急速に進んでいった。また、チューニングの過程においてターボチャージャーの交換や、ウェイストゲートバルブの強化、ブーストコントローラーによる過給圧の変更などに伴い、最大過給圧を正しく調整する意味でも必須の計器となっていった。しかし、ブースト計は車両に関わる法規でも必須とはされておらず、ブースト計を排除したり、故障により動作しなくても整備不良とはならず、車検にも影響はない。