2006年、5年総額5500万ドルという契約でトロント・ブルージェイズに移籍。開幕を故障者リスト入りで迎え、4月15日に故障者リストから復帰を果たし、同日のシカゴ・ホワイトソックス戦で先発した。シーズン2試合目の登板となった4月21日のボストン・レッドソックス戦で右肩痛により長期離脱を余儀なくされる（ただし、MRIや医師の診断によると、肩の異常は認められていない）。2006年後半から復帰し10勝を挙げた。2007年はDL入りを2回としたものの10勝し、マーリンズ時代から数えて3年連続2桁勝利。奪三振数は投球回数を初めて上回る176を記録した。7年連続で故障者リスト入りをしていたが、2008年はリスト入りすることなくリーグ最多の34試合に先発。防御率は前年より悪化したが、自己最多の18勝を挙げ、231奪三振で最多奪三振を獲得。バーネットの5年契約には3年目終了時に契約を破棄してFAとなる権利があるため、シーズン途中にシカゴ・カブスやフィラデルフィア・フィリーズへ移籍の噂もあったが、J・P・リッチアーディGMが移籍を否定。結局、移籍せずシーズンを終えた。11月4日、契約に含まれていた破棄条項を行使し、フリーエージェントになることが決まった。
1998年2月にアル・ライターとトレードで、フロリダ・マーリンズへ移籍。1999年8月17日にロサンゼルス・ドジャース戦でメジャーデビューを果たし、初勝利を記録した。2001年5月12日のサンディエゴ・パドレス戦でノーヒットノーランを達成。球団タイ記録となる9四死球を出しながらのノーヒッターとなった。この時、バーネットは129球を投じたが、ストライクは半分の65球しかなかった。この年初めて規定投球回を上回り、2桁勝利を達成した。2002年は8月19日から9月13日までの間故障者リスト入りとなったが、12勝9敗・203奪三振（リーグ6位）・5完封（リーグ1位）の成績を残し、ホーム戦では全5完封を記録し、被安打率.190（リーグ3位）の好成績を残した。2003年に4月29日の登板の後、トミー・ジョン手術を受け、その後全休。チームは球団史上6年ぶり2回目のワールドチャンピオンとなったが、バーネットはその一員になれなかった。2004年6月3日の登板でメジャー復帰を果たし、7勝6敗・防御率3.68の成績を残した。2005年は、12勝12敗、防御率3.44という成績で終えた。5月31日のピッツバーグで行なわれたピッツバーグ・パイレーツ戦で先発した際、PNCパークのスピードガンが時速104マイル（約167km/h）を記録。これまで世界最速であった、サンフランシスコ・ジャイアンツの元守護神ロブ・ネンやニューヨーク・ヤンキースのランディ・ジョンソンの持つ時速102マイル（約164km/h）を更新したのか、と騒がれた。しかし、球場関係者がスピードガンを調整したところ、時速99マイル（約159km/h）程度に落ち着いたことや、バーネットが前回の先発予定試合を右ヒジの炎症で回避したことから、疑問の声が多く、世界最速新記録には認定されていない。一方で対戦打者のフレディ・サンチェスは「ホントにあのボールの速さはこれまで体験したことのないすごいものだった。みんなは彼のスピードに懐疑的だったけど、僕はあの時、本当に104マイル出ていたと信じているよ」と語っている。
ケリー・マクナマラ（ドリー・リード）、ケイシー・アンダーソン（シンシア・マイヤーズ）、ペトロネラ「ペット」ダンフォース（マーシア・マクブルーム）は「ケリー・アフェアー」と呼ばれるトリオの女性ロックバンド。ハリス・オールスワース（デビッド・ガリアン）は、彼らのマネージャーでケリーのボーイフレンド。ケリーは長らく会っていなかった、巨額の財産を持つ、若く美しい叔母のスーザン・レイク（フィリス・デイビス）を訪ねるため、4人でカリフォルニアを目指した。スーザンはケリーと友人達を歓迎し、財産の3分の1をケリーに渡す約束さえしたが、スーザンの薄っぺらで強欲な財務顧問、ポーター・ホール（ダンカン・マクラウド）は女の子達を見下し、彼らを「ヒッピー」と看做した。彼は後にケリーに財産に関して裏取引を持ちかける。一方、スーザンはケリー・アフェアーをロニー「Zマン（ジーマン）」バーゼル（ジョン・ラザー）という派手で業界に有力なコネを持つロック・プロデューサーに紹介する。Zマンは彼女達を気に入り、バンド名を「キャリー・ネイションズ」に変えて、自分の傘下に収めようとする。またケリーは彼女の財産目当てのランス・ロック（マイケル・ブロジェット）というジゴロと親密な関係になった。自分の居場所が無くなったように感じ、深く傷付いたハリスは、ポルノスター、アシュレー・セント・アイヴス（エディ・ウィリアムズ）の誘惑に乗ってしまう。男性に不信感を抱くケイシーは、レズビアンのファッションデザイナー、ロクサーヌ（エリカ・ギャビン）に交際を迫られる。一方、ペトロネラは法科の学生、エマーソン・ソーン（ハリソン・ペイジ）と、非常に微笑ましい恋愛中だった。キャリー・ネイションズはロックスターとして歩み始めたが、彼らの私生活には暗い影が落ちていく。ハリスとランスの対立、そしてハリスの一方的な敗北。ケリーとランスの決裂。一夜の過ちでハリスの子を身ごもってしまうケイシー。ヘビー級チャンピオン、ランディ・ブラック（ジェームズ・イングルハート）によるペトロネラとエマーソンの危機。絶望するハリスの自殺未遂と下半身の麻痺。様々な過程を経て、ケリーは深く後悔し、ハリスに付き添いながら共に歩む決意をし、ペトロネラとエマーソンは元の鞘に治まり、より絆を深めた。ケイシーはロクサーヌの説得で妊娠中絶し、ついにロクサーヌの恋人になり、表面上の幸せを見つけることが出来た。叔母のスーザンは昔の恋人バクスター・ウルフ（チャールズ・ネイピア）と恋が再燃し、婚約した。ポーターは裏切り行為が発覚し、解雇された。そんなある夜、Zマンは彼のビーチハウスでランス、ケイシー、ロクサーヌを個人的なパーティーに招待し、彼は全員にスーパーヒーローコスチュームを与えた。そして、彼らは大量の薬を飲み、残忍で悲劇的なクライマックスの夜を迎える…。