6500万年前、巨大隕石の落下によって、地球は地上世界と地下世界の2つの次元に引き裂かれた。地上世界（人間世界）からは遠い昔に絶滅したと思われていた恐竜は地下世界で進化し、地底に独自の世界を築いていた。そして、現代のニューヨーク・ブルックリン。一人の女性が教会の前で大きな卵と小さな石を置き、その場を去って行く。それを拾った教会のシスターたちの前で、卵から人間の赤ん坊が生まれた。それから20年後。ブルックリンで配管の仕事を請け負うマリオとルイージの兄弟は、地下の下水路で化石発掘を行う調査チームのリーダーであるデイジーと知り合う。ある日、マリオとルイージはデイジー、マリオの恋人ダニエラと外食を楽しむ。食事後、マリオとルイージと別れたダニエラが突然二人の男に誘拐され、続いてデイジーも誘拐されてしまう。マリオとルイージは後を追い地下を訪れる。そこで、デイジーが謎の入り口（次元の歪み）に引きずり込まれ、後を追うべくマリオとルイージもそこに飛び込んだ。その先には恐竜人たちが暮らす国「ダイノハッタン」が存在していた。デイジーを見失ったマリオとルイージは、ダイノハッタンの支配者クッパを非難するトードが警察に捕えられる現場を目撃し、居合わせたマリオとルイージもともに逮捕される。クッパはデイジーが持っていた、地上世界と地下世界に次元を分断した隕石の欠片を探していた。クッパの目的は隕石を完全な形へと戻し、二つに断たれた次元を修復させ、地上世界への入り口を開いて侵攻することにあった。そのためデイジーを探していたが、手下の二人組はデイジーと間違えてダニエラたちを拉致してしまった。クッパの城から逃げ出し、砂漠へと行き着いたマリオとルイージは、2人を追いかけてきたイギーとスパイクを捕まえ、デイジーの居場所を聞き出し、地上世界の征服を目論むクッパの野望を阻止するためクッパの城に向かう。一方、監禁場所から逃げ出したデイジーは、クッパから寝返ったイギーとスパイクに案内され、クッパによってキノコの姿に変えられた国王のもとに連れられ、自分の父親と再会する。デイジーと合流したマリオとルイージは地上世界に向かおうとするが、クッパに見付かってしまう。マリオは自分が欠片を持っているとうそぶき、一人クッパに立ち向かう。一方、欠片を手に入れたクッパの愛人レナは、クッパを出し抜いて自分の手で隕石の修復を果たそうとする。彼女はクッパから興味を無くされ、愛想を尽かし始めていた。それを阻止するべくルイージとデイジーは隕石がある場所に向かうが、レナによって隕石の欠片が悪用されてしまう。しかし、レナでは隕石の力を制御できず、衝撃で壁面に叩きつけられ死亡。世界の融合を阻止した二人は、マリオのもとに戻り、力を合わせてクッパを倒しダイノハッタンをクッパの支配から解放する。歓喜に沸く地下世界の人々を見届け、マリオとルイージはデイジーに別れを告げ、地上世界に戻る。こうして地下世界はクッパの手から救われ、地底の人々はマリオとルイージを「独裁者から救ってくれたスーパーマリオブラザーズ」と褒め称えた。それからしばらくしたある日、朝食を食べていたマリオとルイージ、ダニエラのもとに戦闘服に身を包んだデイジーが現れる。地下世界に再び騒動が起きたことを予感させつつ物語は幕を閉じる。
もともと吉本新喜劇の舞台中継やそれをベースにしたコメディは、毎日放送が先行した企画だった。朝日放送との合弁会社大阪テレビ放送（OTV）の絡みでテレビ単独では在阪最後発となった毎日放送は、当時、大阪・堂島の毎日大阪会館に置かれた本社にスタジオが3つしかなく局内製作に限界があった（千里丘放送センターの建設・運用開始は後の話）。このため、毎日放送は地場で劇場を所有する興行主と業務提携を交わし、その劇場に放送機材を設置して公開放送を行うことにした。吉本興業との提携では当時改装中だったうめだ花月が機材設置場所に選ばれ、吉本もテレビ時代に対応した新コンテンツとして新喜劇の前身「吉本ヴァラエティ」を立ち上げることにした。1959年（昭和34年）3月1日の毎日放送開局と同時にうめだ花月は開場し、毎日放送は当日、吉本ヴァラエティ旗揚げ公演『アチャコの迷月赤城山』を生中継。かくして新喜劇の不定期放送が始まった。これに対し大阪テレビ放送改め朝日放送は既に『びっくり捕物帖』『ダイラケ二等兵』である程度の視聴者を固めていて、1961年（昭和36年）にスタートした『スチャラカ社員』にも中田ダイマル・ラケットを出演させるが、翌1962年（昭和37年）12月、毎日放送は日曜12時枠で吉本新喜劇のレギュラー放送（『サモン日曜お笑い劇場』）を始める。当時、毎日放送のキー局だったNETテレビは『日曜お笑い劇場』を一度はネットするが、関東では受け入れられず、1963年（昭和38年）6月、水曜日昼枠で『テレビ寄席』を立ち上げる。毎日放送も『テレビ寄席』をネット受けするが低迷。関東での好評によって『テレビ寄席』が日曜正午へ移動した同年10月の改編で、毎日放送は『テレビ寄席』を、NETテレビも『日曜お笑い劇場』の放送を互いに打ち切りあった。後に毎日放送社長になる斎藤守慶が中心となっていた同局テレビ営業局は、スポンサーの大正製薬が日曜12時台のNET系全国ネット提供を『テレビ寄席』に一本化する方針だったにもかかわらず、『テレビ寄席』と『日曜お笑い劇場』が同じ放送時間になったという理由で引き続き大正に『お笑い劇場』のスポンサーとして残るように依頼する（事実上の企画ネット番組）。大正の社長だった上原正吉は最終的に毎日放送社長高橋信三の説得の前に折れ、出稿継続を決める。一方、朝日放送は毎日放送とNETテレビの対立を横目に、『スチャラカ』で日曜日12時枠をリードしていくが徐々に『日曜お笑い劇場』との差は縮小し1965年（昭和40年）頃には逆転。時間帯首位を『日曜お笑い劇場』に明け渡した。1971年（昭和46年）、後に桂三枝（現・六代目桂文枝）の代名詞となる『新婚さんいらっしゃい!』をこの時間枠で立ち上げ、『ダイラケ』以来日曜12時台で14年続いたコメディ番組の歴史が一旦途切れる。当時はTBS系全国ネット枠だったこともあって『新婚さん』はTBSや地方局ではそれなりの視聴率を得ていたが、地元関西ではまだ『日曜お笑い劇場』のほうが強く、伸び悩んでいた。