南信毎日新聞は終戦直後の1945年10月5日、『南信日日新聞』として週刊で復刊した。同年12月4日には隔日刊に移行し、翌1946年1月1日から日刊発行（夕刊）を開始した。同年7月30日に株式会社南信日日新聞社に転換し、東京、長野、松本、飯田、伊那、木曽福島に支社局を設置した。1967年5月5日、諏訪市高島3丁目に建設した新本社に移転し、同時に新輪転機を導入した。1983年には現在の本社ビルが完成。同年3月24日に上伊那地方の伊那市、駒ヶ根市を対象とする『伊那日報』『駒ケ根日報』を創刊したのを皮切りに、1985年にかけてそれまでエリア外だった中南信地方の各地に、『塩尻日報』、『宮田日報』、『辰野日報』、『飯島中川日報』、『木曽日報』と、『日報』題号の地域紙を相次いで創刊した。1985年にハマダ印刷機械製の「ニュークラウナ」オフセット輪転機と新発送ラインを導入。1987年9月1日に夕刊から朝刊に移行した。
β世界線に戻った岡部は、過去に戻り紅莉栖を救う好機を得たものの、世界線の収束という巨大な壁を前にして紅莉栖の救済を諦めてしまった。紅莉栖の死から4か月。岡部は平凡な大学生生活を送り、ラボからも足が遠のいていた。ラボでは未来から来た阿万音鈴羽が過酷な未来を変えるため苦悩していた。レスキネン教授の人工知能に関するセミナーに出席した岡部は、比屋定真帆と知り合う。岡部は紅莉栖の記憶をベースにした人工知能「アマデウス紅莉栖」のテスターとなり、端末を通して紅莉栖と交流する。まゆりの発案によりラボメンのクリスマスパーティが開かれ、真帆も打ち解ける。鈴羽はタイムマシンに一緒に乗せていた少女・椎名かがりが1998年の秋葉原で行方不明になっていることを打ち明け、ラボメンたちに協力を求めるが手掛かりは見つからなかった。ダルは調査のプロであるという桐生萌郁に捜索を依頼する。年末、るかが紅莉栖にそっくりな記憶喪失の少女を連れてくるが、彼女が椎名かがりと判明。正月、初詣を終えたラボメンはラボでパーティを開く。真帆は一同にアマデウス紅莉栖を紹介するが、突然表示が切断される。そこへ武装集団が押し入り、かがりを連れ出そうとするが、天王寺の助けで難を逃れる。突然アマデウス紅莉栖から助けを求める着信が入る。岡部にリーディングシュタイナーが発動し、世界線が移動。そこには本物の紅莉栖がいたが、まゆりが病死したα世界線だった。紅莉栖は岡部が別の世界線から来たことを察知し、β世界線に帰還させる。病院のベッドで目覚めた岡部は、真帆の周囲で不審な事件が起こっていることを聞く。真帆はアメリカ帰国が決まり、アマデウス紅莉栖も復旧。真帆は岡部に、紅莉栖の遺品のロック解除できないノートパソコンを持っていると打ち明ける。パソコンに入ったタイムマシン論文の争いが世界を破滅させるパンドラの箱と戦慄する岡部。武装した工作員たちに襲われ絶体絶命となるが、他国の工作員が現れ、銃撃戦でパソコンは破壊される。真帆はアメリカに帰国し、アマデウス紅莉栖のテスターも終わる。かがりはまゆりの口ずさむ歌を聞いて、彼女が自分の「ママ」だったことを思い出す。まゆりに甘えるかがりに鈴羽はいらだち、険悪な雰囲気に。まゆりはかがりを元気づけるパーティを開く。岡部は萌郁の案内で、かがりが捕らえられていたと思しき施設跡を発見する。同じころ、パーティに向かっていたはずのかがりが行方不明になる。かがりの失踪から数か月。夏のある日、鈴羽はラボで黒いライダースーツ姿のかがりに襲撃され、彼女が洗脳されていると確信する。鈴羽とダルはタイムリープマシンを作るため、真帆を来日させる。ダルと真帆は、ひそかに電話レンジ（仮）の修理をするが、これを知った岡部は激怒。過去を変えてはならないと主張する岡部に、真帆はまゆりも紅莉栖も死なず第三次世界大戦も起きない「シュタインズゲート」を探すと説得する。まゆりは自分のために岡部が苦しんでいると知り悩む。鈴羽はタイムマシンの残りの燃料で1年前に戻ると決める。まゆりも岡部のためにタイムマシンに乗り込む。そこへ武装集団が襲撃するが、再びあらわれたかがりが工作員たちと戦う。まゆりを追ってきた岡部にレスキネン教授が真相を明かす。かがりを洗脳したのは2036年のレスキネンで、タイムマシンを奪う遠大な計画だった。鈴羽とまゆりの乗ったタイムマシンは転移の途中でヘリからミサイルで撃墜される。しかし、タイムマシンの残骸は部分的にしか存在せず、二人の遺体も無いという曖昧な状況に陥る。岡部はタイムリープで二人を救うと決意。ダルと真帆が作った電話レンジ2号機で過去に飛ぶ。2036年の未来に目覚めるアクシデントを乗り越え、3000回ものタイムリープを繰り返し、ついに鈴羽とまゆりが旅立つ2011年7月7日に戻る。岡部はラボで高笑いをあげ「鳳凰院凶真」として復活。悲劇の回避のためラボメンたちに指示を出すが、タイムマシンがヘリに爆撃される結末を変えられない。岡部たちは過去のダルに「Dライン」を送り、アマデウス紅莉栖を消去させるという苦渋の決断をする。Dラインによる世界線変動の影響でかがりを取り巻く状況の変化もあり、岡部は鈴羽とまゆりのタイムマシンが過去に飛び立つ瞬間の観測に成功する。1年前のラジ館に戻ったまゆりはその場にいた過去の自分に電話をかけ、世界改変をあきらめている鳳凰院凶真を叱咤激励するよう伝える。バッティングを避けるために再度飛び立ったタイムマシンは燃料がなくなり時空をさ迷った果てに、紀元前18000年にまで流れ着く。帰るあてのない鈴羽とまゆりの前に、もう一台のタイムマシンがあらわれる。そこには2025年からタイムマシンの試作機で二人を迎えに来た不敵な笑みを浮かべる岡部の姿があった。