父親が外交関連の職に就いていたため、スリランカやインドなど様々な土地に住んだことがある。ニューヨーク大学のフィルム・スクール卒業。初執筆となった『リトル・ミス・サンシャイン』の脚本で早くも認められ、アカデミー賞など多くの賞に輝く。この作品は2001年に書き上げたが、映画化の実現は難航し、完成して公開されるまで、5年の年月が費やされた。ちなみにこの作品のように、少年時代に家族でVWバスで長距離に渡る旅をしたことがある。この成功の後、ディズニーとピクサーによる大ヒットCGアニメ『トイ・ストーリー』シリーズの10年ぶりの新作となる『トイ・ストーリー3』の脚本家として抜擢された。その後、『スター・ウォーズ/フォースの覚醒』を担当した。
チカソー系の血を引く。幼少期から子役として活動しており、3歳の時にスティーヴン・キングが自身の原作を脚色した『ペット・セメタリー』で映画デビュー。1998年の『マーキュリー・ライジング』では命を狙われる自閉症の少年を演じ､その演技力が高く評価された。その他、『エルム街の悪夢』の番外編である『エルム街の悪夢 ザ・リアルナイトメア』ではヘザー・ランゲンカンプの息子ディラン、テレビドラマ『フルハウス』では第3シーズンから登場するミシェルの友達の生意気な男の子アーロンを演じている。
サン・ホセはそのまま財宝とともに海に沈み、2015年に発見されたが打ち上げられたことはなかった。サン・ホセに載せられた財宝は逃走に成功したサン・ホアキンと同程度の700万スペイン・ペソと言われ、サン・ホセも「難破船の聖杯」と呼ばれた。「シー・サーチ・アルマダ」（Sea Search Armada (SSA)）という名前で操業していた、グロッカ・モラ・カンパニー（Glocca Mora Co.）というアメリカ会社の投資者は1981年にコロンビア沖でサン・ホセを発見したと主張、コロンビア政府に財宝の65パーセントを譲る代わりにサルベージの操業権を求めたが、コロンビア政府に拒否された。その後、コロンビア議会は財宝が国有であるとし、SSAには発見者として5パーセントを与えるが、そこから45パーセントの税金をかけるとした。SSAは1989年にコロンビアの裁判所でコロンビアを訴え、コロンビア最高裁判所は2007年7月に財宝がコロンビア政府と発見者の間で等分されるとの判決を出した。SSAはアメリカの裁判所でも訴えたが、2011年と2015年の訴えは技術的な問題により却下され、最終的にはアメリカの裁判所がサン・ホセの所有者はコロンビア政府であるとの判決を下した。コロンビア政府はサン・ホセがSSAの主張した位置にあるかを確認していない。2015年12月5日、コロンビア大統領フアン・マヌエル・サントスはコロンビア海軍が11月27日にサン・ホセを発見したと公表した。コロンビア海軍はREMUSという自律型無人潜水機を使用してサン・ホセを発見した。難破船の正体もすぐに判明、コロンビアの海洋考古学者は難破船の写真から船体にある銅製の大砲にイルカが刻まれているのを見つけ、難破船がサン・ホセであると同定した。コロンビアはサン・ホセを海底にある世襲財産であると主張、サン・ホセの位置を国家機密と定めた。
イギリス艦隊はスペイン船3隻を破壊、スペイン艦隊が金と銀をヨーロッパに運んでフランスとスペインに軍資金を与えることを防いだ。チャールズ・ウェージャーは金持ちになったが、もしサン・ホアキンを拿捕できた場合にはさらに大金を手に入れられたため彼は失望した。この失敗によりブリッジスとウィンザー両艦長は軍法会議にかけられた。
こうした学術上の業績によってマビヨンの名声はとみに高まり、またその学識と人格はフランス内外から高く評価された。だが、全ての人々がそれを好意的に見ていた訳ではなかった。1683年、トラピスト会改革運動の中心的存在であったアルマン・ジャン・ル・ブティリエ・ド・ランセ（fr）が、修道士は懺悔を行う者であり学問はその妨げとなっているとして、サン・モール学派とベネディクト会を激しく非難した。マビヨンはこの時も先のハーペンブレックの時と同様に反論を行うことが期待されていた。マビヨンは修道士の無教養は却って誤った信仰に導くものであるとする反論を1691年に著した。だが、マビヨンとランセは知悉の間柄であっただけに問題はこじれ、表立っての争いは避けたいと考えていたマビヨンの思惑とは裏腹に問題は解決できないまま長期化した。続いて、1698年に彼が著した『エウゼビウスのローマ書簡』（Eusebius Romanus）の中でローマのカタコンベの発掘で発見された遺体がきちんと鑑定されないまま、聖人の遺体と判断されて諸外国に送られていることに警鐘を鳴らしたことから、1701年に禁書聖省から異端の嫌疑をかけられ、当該部分の修正を余儀なくされた。更に1687年以後、マビヨンをはじめとするサン・モール学派が進めてきたアウグスティヌス全集編纂に対して、イエズス会はサン・モール学派の恩恵論が異端とされていたジャンセニスムの影響を受けているという言いがかりをつけてきたのである。そのため、1699年の全集編纂完了に際し、マビヨンは釈明となる序文を書かされることとなった。1701年、ローマ教皇クレメンス11世は、アウグスティヌス全集の刊行とマビヨンら関係者の活動に祝福を与えた。このことがマビヨンに対するカトリック教会の高い評価を意味するものとされ、反対派の中傷を鎮静化させる効果をもたらした。こうした思わぬ事態の連続の中で、周囲の人々はベネディクト会の歴史に関するアナル（年代記）を執筆することをマビヨンに勧めた。マビヨンは最初は高齢を理由に辞退したものの、やがて周囲の期待に応えるべく、最後の事業として1693年から『聖ベネディクト修道会年代記』（Annales Ordinis Sancti Benedicti occidentalium monachorum patriarchae）を開始した。1703年に最初の巻を刊行し、彼の生存中には1066年までを扱った第4巻までしか完成させることが出来なかったものの、彼が優れた教会史家であることを示す著作となった。マビヨンの活動は教会人としての立場や時代的な制約を受けていたとは言え、古文書学・歴史学における彼の真実追求の姿勢は近代以後の歴史学に少なからぬ影響を与えたと言われている。