2008年メンズ・ヴォーグの9月号の表紙を飾った。このシーズンはスーパーボウル制覇の活躍がフロックであったかどうか真価が問われた。お互い1敗同士で迎えた10月26日のピッツバーグ・スティーラーズ戦では残り3分07秒にケビン・ボスへのTDを決めて21-14で勝利した。自己最高のQBレイティング86.4を残しチームは地区優勝を果たした。しかしプレーオフのイーグルス戦では敵陣20ヤード以内に5回も攻め込んだが1度もタッチダウンを奪うことが出来ずに敗れた。この年プロボウルに初めて選ばれた。
2007年シーズン、チームは連敗でスタートし、マニングも序盤の出来は散々だった。しかし徐々にチーム成績は向上しマニングも成長を見せた。最終週にそれまでシーズン無敗のニューイングランド・ペイトリオッツに敗れたがチームはNFC第5シードでプレーオフに進出、下馬評を覆しジェフ・ガルシア、トニー・ロモ、ブレット・ファーヴといったプロボウルQBが率いる強豪を全ての試合において相手QBをパッサーレイティングで上回る活躍を見せて次々と敵地で撃破した。第42回スーパーボウルではシーズン無敗で1972年のマイアミ・ドルフィンズ以来となるパーフェクトシーズンを狙うペイトリオッツと再戦した。この試合で10-14と4点リードされた残り2分42秒で最後のドライブに臨んだ。自陣44ヤードまで前進した第3ダウン5ヤード、残り時間1分15秒でのプレーで彼はサックされそうになったがデビッド・タイリーへの32ヤードのパスを通し敵陣24ヤードまでボールを前進させた（ヘルメットキャッチ）。4プレイ後残り時間35秒にプラキシコ・バレスへのTDパスを決めて17-14でジャイアンツが勝利し2タッチダウンをあげた彼がMVPに選ばれた。スーパーボウルの第4Qに2つのTDパスを成功させたのはロジャー・ストーバック（第13回）、ケン・アンダーソン（第16回）、ジョー・モンタナ（第23回）、ジム・ケリー（第26回）、ジェイク・デローム（第38回）に次いで史上6人目のことであった（逆転TDパスを決めたのはモンタナに次いで2人目）。前年の兄ペイトンに続き、兄弟QBが2年連続でスーパーボウル制覇とMVP受賞を達成するのは、NFL史上初である。
2006年シーズン、9月10日の開幕戦でペイトン・マニングのインディアナポリス・コルツと対戦、NFL史上初めて兄弟が先発QBとして対戦した。「マニング・ボウル」と銘されたゲームは最終盤に試合を決定づけるインターセプトを与えてしまいチームは21-26で敗れた。チームはワイルドカードでプレーオフ出場を果たすも、初戦でフィラデルフィア・イーグルスに敗退した。
2005年シーズン、チームは地区優勝しプレーオフに進出した。マニング自身も第4Qに驚異的とも言える粘り強さを何度も見せ、デンバー・ブロンコスとの試合では残り数秒からの逆転劇を演出するなど成長の跡を伺わせたが、シーズン後半に調子を崩し、プレーオフ初戦でカロライナ・パンサーズに敗れ去った。
2004年のNFLドラフト全体1位でサンディエゴ・チャージャーズに指名されたが、当時弱小チームであったチャージャーズでプレイすることを拒否。この結果、1時間後にはフィリップ・リバースとその年のドラフト3巡、翌年のドラフト1巡、5巡指名権という条件でジャイアンツにトレードされた。この一連の騒動におけるマニングの振る舞いは、ドラフト制度やサラリーキャップ制度を設けることでチーム戦力の均衡化を図り、リーグ全体の繁栄を目指すというNFLの秩序を乱すわがままな行為として、メディアから大きな批判を受けた（なお、同様の事例として、1983年のドラフト全体1位指名をボルチモア・コルツから受けたジョン・エルウェイも入団を拒否し、トレードによりデンバー・ブロンコスに入団している。）。同年のシーズン途中からカート・ワーナーに代わり先発QBを務めたが、なかなか勝利を挙げることはできず、最終週にようやく先発初勝利を挙げた。
ルイジアナ州ニューオリンズ出身で、フットボール一家の三男。父親はニューオーリンズ・セインツで活躍したアーチー・マニング。兄のペイトン・マニングはNFL史上最多5度のリーグMVPやレギュラーシーズン通算タッチダウン記録などを保持している元デンバー・ブロンコスの名QB。長兄のクーパー・マニングも大学までワイドレシーバーとして活躍したが、脊髄損傷のためプロを断念した。父と同じミシシッピ大学に進学（兄二人はテネシー大学に進学）し、3年時までは目立った活躍を見せられなかったものの、4年生のシーズンに戦力的に恵まれないチームをボウル・ゲームに勝利するまでに牽引し、翌ドラフトで全体1位の評価を受けた。
藤田は太平洋戦争終戦後公職追放となり農業を営んでいた。その藤田を筑波郡内中心に遺跡を調査していた筑波町（現つくば市）の中村盛吉（なかむら もりきち、1901年-1958年）が1948年（昭和23年）9月に訪れた。両名は直ぐに意気投合し、以後共に学究を行うようになった。当時、稲敷郡木原村（現美浦村）に居住していた清野謙次が主催する「霞ヶ浦文化同好会」に両名は加入しながら共に茨城県内の遺跡調査を行った。清野の茨城県外への転居により「霞ヶ浦化同好会」が解散になった後は他の有志と共に「常総古文化研究所」を結成し、ガリ版刷りの同人誌『古代常総文化』（後『常総古代文化』と改題）を1952年（昭和27年）2月に創刊し、両名はこの機関誌に論文を寄稿した。また、高井が1956年（昭和31年）12月から1958年（昭和33年）4月にかけて行った西茨城郡岩瀬町（現桜川市）の堀ノ内古窯跡群の発掘調査において、藤田率いる常総古文化研究会は発掘作業の中核を担った。1958年4月に中村盛吉が死去。盟友を失った藤田は常総古文化研究会を事実上解散し、以後は収集した資料を地域・時代で区分し、スケッチに書き取るなどの整理作業を行うようになった。1965年（昭和40年）7月28日、72歳で死去。息子の藤田安通志は、「あとは頼む。」が、その2日前に父から託された言葉だったと述べている。