ダンカンは1998年のバスケットボール世界選手権のアメリカ代表に選ばれたが、この時はロックアウトの影響でNBA選手の代表入りは見送られ、大学生選手やCBAの選手と入れ替わっている。ダンカンが初めて代表チームに参加したのは1999年のオリンピック予選を兼ねたバスケットボールアメリカ選手権であり、彼は大会平均12.7得点9.1リバウンド2.4ブロックの成績でチームを優勝に導いた。しかし本番の2000年シドニーオリンピックは膝の故障で参加できなかった。2003年のアメリカ選手権でも代表入りし、平均15.6得点8.0リバウンドを記録して優勝。満を持してアテネオリンピックに出場するも、アメリカ代表は期待を裏切ってダンカンのチームメートであるマヌ・ジノビリがいるアルゼンチン代表に敗北するなど同大会で3敗を喫し、銅メダルに終わった。アメリカ代表がオリンピックにNBA選手を送り出すようになって以来、金メダルを獲得できなかったのは初めてのことだった。ダンカンはオリンピック終了後、代表から引退することを表明。ダンカンは代表に5回参加し、40の国際試合に出場した。
2016年7月11日、スパーズは記者会見を開き、ダンカンの現役引退を発表。スパーズに5度の栄冠をもたらしたダンカンは、遂に19年にわたる選手生活に終止符を打ったのであった。2016年11月16日、スパーズはダンカンが着用していた背番号「21」を永久欠番にすることを発表。同年12月18日のニューオーリンズ・ペリカンズ戦の試合後に永久欠番セレモニーが盛大に執り行われた。
2008-09シーズンはダンカンの衰えが指摘され始めたシーズンだった。膝に慢性的な故障を抱えるダンカンは、それでも平均19.3得点10.7リバウンドと立派な成績を残し、チームもダンカンの他にマヌ・ジノビリなどの故障を抱えた状況ながら、ディビジョン1位となる54勝28敗をあげた。しかし1999年の優勝以降に襲われた高齢化問題に再び直面するスパーズは、力を着けたレイカーズやボストン・セルティックスなどの優勝候補チームの有力な対抗馬とは見なされず、プレーオフでは1回戦でダラス・マーベリックスの前に敗退。スパーズにとっては2000年以来となる1回戦敗退となった。2009-10シーズンは主力の高齢化がさらに進み。ポポヴィッチはプレーオフに向けたレギュラーシーズンの徹底的なプレータイムの管理を行った。ダンカンもプロ入り以来最も短いプレータイムとなり、平均17.9得点とキャリア最低の平均得点となりプレーオフに突入した。万全の体調で迎えたプレーオフ一回戦で第2シードのマーベリックスを撃破しアップセットを達成。しかし、カンファレンスセミファイナルではサンズに0勝4敗のスィープを喫しシーズンを終了した。2010-11シーズンはダンカン率いるスパーズはウェスタンカン・ファレンスを首位で突破。だがプレイオフ初戦でザック・ランドルフとパウ・ガソルの弟のマーク・ガソル率いる第8シードのメンフィス・グリズリーズと対戦。グリスリーズは徹底的にダンカンにマークしてインサイドを制圧し、4勝2敗でチーム史上初のプレイオフで勝利をあげた。第1シードのチームが第8シードのチームに負けることは珍しくファーストラウンドが7試合制になった以降としては史上2回目の出来事だった。
他人に対しては淡白かつ物静かで笑顔を見せる事は滅多にない。冷静に試合展開を読む戦術眼も優秀だが、その一方、たとえ打ち合うことになっても同じ土俵で勝負しようとする程、気が強く負けず嫌い。釣りの時一匹も釣れず、脇でからかう鷹村についパンチを放ってしまったことがある。非常に人気の高い選手で甘いマスクから多くの女性ファンも獲得しているが本人は意識すらしておらず、そのそっけない態度さえも女性ファンに魅力に映る。幼少の頃に鴨川ジムの門を叩いたため、学生時代に鴨川にスカウトされた鷹村より入門は先であり、新人時代の鷹村が問題を起こさないよう見張り役を務めていたこともある。年齢によりプロライセンス取得が鷹村よりも遅かったため鷹村には後輩扱いされているが「ジムでは自分の方が先輩」と内心ツッコミを入れる事はあっても特に後輩扱いを嫌がってはいない。ジム移籍後もかつての同門・木村達也の間柴との日本タイトル挑戦時には自身の東洋タイトルマッチを間近に控えた立場でありながら間柴対策の指導を引き受けたり、鷹村に眼の疾患の疑いがかかったときも本気で心配していたように、鴨川ジムのメンバーなど1度深い関わりを持った者には情に厚く接する。特に鷹村に対しては「鷹村だけには心を開いている」と父親が評するほどに先輩として兄貴分として強い敬意と親愛を抱いており、普段の厳しい態度と異なる素の表情を見せている。網膜剥離疑惑の件では干渉を控え一歩に後を託しているが、一歩が簡単な確認だけで医師の診察に行かせなかったことを取り乱し責めるほど鷹村を心配していた。宮田の勝利によりタイトルを失ったことで関係者に見放された元王者アーニー・グレゴリーを気遣って控え室を訪ねるなど、表のイメージとは裏腹に他者に対して感傷的な顔を持つ。アジア諸国転戦中に理不尽なジャッジに苦しめられた為、地元選手を優遇しアウェイ選手に不利な判定を下すホームタウンデシジョンには否定的であり、日本を主戦場とするヴォルグの苦境に共感を示していた。間柴から毛嫌いされるなど、華やかな雰囲気を纏った順風満帆のエリートという先入観を抱かれがちだが、生い立ちは過酷であり高校生の頃から父親の元を離れ自活している苦労人である。東洋太平洋タイトルに挑戦した時から「ビジネスを邪魔された」と、金に盲信するプロモーターMr.サカグチと因縁が生まれる。その執念の前に、結果的には一歩との約束の試合を諦めざるを得なくなった。別の意味で宮田親子の宿敵ともいえる。オーストラリア人であるアーニー・グレゴリーと通訳無しで会話出来、日常会話レベルの英会話を身につけているようである。海外遠征でフィリピン、タイ、韓国に滞在しており、ランディー・ボーイ・Jr.の言葉がすぐにタガログ語であると分かったり、メッガン・ダッチボーイの言葉を聞き取るなど複数の外国語を理解している。武者修業時代はタイ語が出来なかったので、その後覚えたようである。