本作は完成後、数奇な運命をたどることになる。1936年1月から2月にかけてオペラ『ムツェンスク郡のマクベス夫人』とバレエ『明るい小川』が、ソビエト共産党機関紙『プラウダ』で批判された（プラウダ批判）。すると、ショスタコーヴィチは当局の意向に沿わないことを恐れたためか、同年12月11日にシュティードリー指揮、レニングラード・フィルハーモニー管弦楽団で初演を行うことも決まり、最終リハーサルまで行ったにもかかわらず、この曲の初演を撤回した。その後、1961年12月30日に初演が行われるまでの25年間、本作が日の目を見ることはなかった。その直接的な理由は不明であるが、当時ショスタコーヴィチの置かれた状況は決して安泰ではなく、スターリンの粛清下、近親者や友人たちが相次いで投獄され、彼自身トゥハチェフスキー事件に連座して当局の事情聴取を受けるほどであったので、この交響曲第4番の発表によって身に危険が及ぶと判断して撤回したのだと考えられる。本作の初演を見送った後に交響曲第5番を作曲し、その名誉は回復された。しかしショスタコーヴィチは本作を、「失敗作でオーケストラで演奏されなかったが、私自身この曲のいくつかの部分は好きだ」と評しているように放棄せず、チャンスがあれば公演を行うつもりであった。1960年代には、すでに総譜は紛失していたが、モスクワ・フィルハーモニー協会の芸術監督グリンベルクとモスクワ・フィルハーモニー管弦楽団の首席指揮者キリル・コンドラシンらがパート譜をもとに復元し、初演の運びとなった。なお、作曲者自身は初演を親友のムラヴィンスキーに頼んだが謝絶され、結局コンドラシンによって初演の運びとなり、これ以後コンドラシンとショスタコーヴィチの交流が生まれた。以上のような経緯から、本作は長らく正当な評価が下されず、巨匠の隠れた名作とされていたが、近年その真価が再評価され、演奏機会も多くなってきている。なお、完成当時、指揮活動でレニングラードを訪れていたオットー・クレンペラーも、師マーラーの影響の強いこの作品に大いに惹かれ、次に予定していた南米でのコンサートに取り上げることを作曲者に約束していたが、上記の理由で立ち消えとなった。最晩年にショスタコーヴィチは「プラウダ批判の後、政府関係者が懺悔して罪を償えとしつこく説得したが拒絶した。代わりに交響曲第4番を書いた。若さと体力がプレッシャーに勝ったのだ」と証言しており、したたかな彼の一面が窺われる。
この交響曲の作曲中、ショスタコーヴィチはグスタフ・マーラーの作品に熱中し、友人のフィンケルシュテインの証言では、手元にマーラーの交響曲第3番と第7番のスコアを置いていたという。事実、ショスタコーヴィチ自身の手による交響曲第3番のスコアが残されるなど、この作品の制作に際してマーラーを参考にしていたことが分かる。作品にも、第1楽章終結部における「郭公の動機」はマーラーの交響曲第1番からの引用、第2楽章のトリオ部はマーラーが愛好していたレントラー舞曲を採用し、第3楽章冒頭部の葬送行進曲はマーラーの交響曲第1番第4楽章冒頭部のパロディ、コーダ部のチェレスタの使用は『大地の歌』の終結部の引用など、その影響が明確に見て取れる。
ショスタコーヴィチ自身が「我が仕事のクレド（綱領）」と呼んだように、この作品はそれまでの集大成として1935年9月13日から1936年5月20日にかけて作られた。構想から作曲、そして完成に至るまでに8か月も要したことから、この作品が「天才」と呼ばれたショスタコーヴィチにとっても容易ならざる作品であったことが分かる。初めはアダージョとして作曲されたが放棄され、さまざまな試行錯誤の末に完成する。なお、放棄された楽譜は《交響的断章「アダージョ」》の名で残されている。この作品はショスタコーヴィチの全15曲の交響曲の中でも編成が最大であり、技術的に最も演奏至難な曲であることでも知られている。例えば第1楽章のプレストの狂気なフガートは、テンポどおりでは演奏不可能の作品に属する。クラスター的な音響が取り入れられていたり、第3楽章には明らかに当時のポピュラー音楽から影響を受けたと見られる箇所があることも、この曲の特色と言える。
1933年1月30日、ヒトラーがヒンデンブルク大統領よりドイツ国首相に任命された。ヒトラー内閣発足当初のナチ党閣僚はヒトラーの他は内務大臣のフリックと無任所大臣・プロイセン内務大臣のゲーリングだけだった。それ以外のポストは副首相パーペンが選んだ貴族、国家人民党指導者、鉄兜団指導者などによって占められた。ヒトラー、ゲーリング、フリックを操り人形にして自分が実質的支配権を握ろうというパーペンの陰謀だった。この日、首相官邸の前では突撃隊員が松明を持って行進し、ヒトラーは窓からナチ式敬礼でそれに応えた。一方ゲーリングはその後ろで国民に向けて次のように放送した。「私がここにマイクを持って立っている時、首相官邸の外には何万という同志が詰めかけている。彼らはまさに1914年8月にドイツ国民が祖国の名誉と自由の防衛に為に立ちあがったときにも比すべき熱狂に包まれている。1933年1月30日はドイツ国が14年にわたる不安、苦痛、屈辱の後に、かつての栄光を取り戻した日として、その歴史に刻まれることになるだろう。」「若い世代と一体と化したあの偉大な元帥の姿を見てほしい。今や彼は若い、新しい指導者とともに立っている。その指導者こそドイツをより新しく、より優れた未来へと導くだろう。窓の前にいる何万人という人々は、いかなる逆境にあり、失望に見舞われようともそのために我々が闘ってきたものを、未来が我々にもたらしてくれると信じている。今日こそその未来への第一歩であるよう祈ろうではないか。ドイツ国民にはパンと仕事を、そしてドイツ国には自由と名誉を求めるのだ」。パーペンの傀儡首相にされるつもりはないヒトラーは、総選挙大勝で囲い込み突破を狙っていた。そのため2月1日にも国会を解散した。政権を手にした今、ナチ党が総選挙を恐れる必要はなかった。企業献金は引く手数多だし、ラジオや新聞に干渉できるため、有利であった。ゲーリングは1933年2月20日にも国会議長公邸にルールの工業家たちを召集し、政治資金パーティーを催した。このパーティーには元ライヒスバンク総裁ヒャルマル・シャハト博士、グスタフ・クルップ・フォン・ボーレン、合同製鋼のアルベルト・フェーグラー、IGファルベンのゲオルク・フォン・シュニッツラーなどそうそうたる顔ぶれが出席した。ヒトラーも顔を出して短いスピーチを行い、ナチ党は民間の所有権を守り、その破壊を目論む共産主義者とは徹底的に戦うことを約束した。また再軍備も約束した（工業家たちにとって工場でサボタージュを煽る共産主義者は脅威であり、また再軍備はビジネスチャンス）。その後ゲーリングがその見返りの企業献金を求めた。この際にゲーリングは「我々が勝てば選挙は最低でも10年、恐らく100年は無くなるのだから多少の財政的負担は苦になるまい」と述べ、クルップはこれに感謝の意を示した。シャハトが「それでは諸君、金庫へ」というと各社献金を始めた、シャハトによればゲーリングはこのパーティーで300万マルクもの企業献金を集めたという。