生まれつき女性の卵巣の皮質はおおよそ700万の卵胞を含んでいる。それらの原始卵胞は、卵母細胞の周囲に基底膜から分離した扁平で鱗状の顆粒層細胞（支持細胞）を持つ。それらは休止状態であり、生体活動はないかほんの僅かである。原始卵胞は月経周期を除いてその生涯の殆ど全てを休眠しているのである。卵胞の蓄えは出生後200万に減り、思春期には30万に減る。卵胞形成は実に“非効率”で（後述）、たった400の卵胞だけが排卵前段階へ到達することになる。原始卵胞の覚醒過程はrecruitmentと呼ばれる。研究によれば、recruitmentの活性化は様々な刺激及び抑制ホルモンの均衡により媒介される。これらの抑制ホルモンの影響により、多数の原始卵胞がrecruitされ発達する。原始卵胞の直径は約0.03mmである。
豪華客船の爆発で死亡したと思われていたが、沈没する直前にジョナサンの遺体の首から下を奪い、棺桶型シェルターで眠りに就いていた。その約100年後、トレジャーハンターによりシェルターが引き上げられたことで眠りから目覚め、エジプト（アスワン、カイロ）のとある館を拠点として活動を再開。途中で知り合ったエンヤ婆の手によりスタンド「ザ・ワールド（世界）」が覚醒し、再び世界を征服しようと配下を増やしていった。とにかく屍生人を増やすことに手を尽くしていたPart1の頃とは違い、ほとんどの配下は人間のスタンド使いで、自身の細胞から作った「肉の芽」を植え付けることで忠誠を誓わせた者、肉の芽を使用せずともその絶大なカリスマ性に惹かれて（あるいは屈服して）配下となった者、金銭で雇った賞金稼ぎなどを従えている。復活後、4年に渡って潜伏していたが、DIOがスタンドに覚醒した影響により、ジョナサンの血統者であるジョセフとその娘・空条ホリィ、孫・空条承太郎にもスタンドが覚醒。DIOもジョナサンの子孫が生き残っていることを知る。ホリィが自らのスタンドの力に耐え切れず重体となったことで、ジョセフと承太郎が自分を倒しにエジプトへ向かってきたため、因縁の清算も込めて配下のスタンド使い数十名を刺客として差し向ける。序盤に自ら出向こうとした際は、エンヤ婆に「帝王が自ら行ってはいけない」と説得されていた。ジョセフが波紋入りハーミット・パープルを胴体に巻いていることを見破って攻撃を避けたり、ナイフ攻撃で動かなくなった承太郎の首を念入りに切断しようとするなど、用心深くなっている。最終決戦ではザ・ワールドの時間停止能力を利用して花京院を殺害し、ジョセフを瀕死に、ジャン＝ピエール・ポルナレフを戦闘不能にそれぞれ追い込んだ。しかし、ザ・ワールドと同じタイプのスタンド「スタープラチナ」の持ち主である承太郎がジョセフからザ・ワールドの能力の正体を知らされ、「時間停止の間に起こったことを認識できる」「時間停止の間も一瞬だけ動ける」状態に目覚めたため、苦戦を強いられる。それでもナイフを大量に投擲する戦法で承太郎に重傷を負わせるが、スタープラチナで一時的に心臓を停止させて死んだふりをしていた彼に不意を突かれ、頭部左側に大ダメージを受ける。土壇場に追い詰められながらも、承太郎の攻撃をも利用してジョセフの下にたどり着き、その血を吸ったことでジョナサンの肉体と完全に適合、パワーアップを果たす。時間停止の限界時間も9秒まで伸びて一時優勢となり、ロードローラーで承太郎を圧殺しようとしたが、激昂してザ・ワールドと同格の時間停止能力に目覚めた承太郎から自分の時間停止の終了時点で時を止められ、形勢を逆転される。最期は自らの血で承太郎に目潰しをした上でザ・ワールドの渾身の蹴りを放ったが、スタープラチナの拳に迎撃される。スタンドを砕かれたことで同時に肉体も砕け、頭部＝脳を完全に破壊されて絶命。右半身と左手と左足の一部だけが原型をとどめていた死体はSPW財団医療スタッフに回収され、ジョセフを蘇生させるために血を抜かれた。吸血鬼ゆえに細胞はまだ生きていたが、夜明けの日光を浴びて灰と化し、ようやく消滅。ジョースター家とDIOとの長きに渡る因縁は一応の決着を見た。しかし、その影響力は死後も依然消えることはなく、Part4以降様々な形で物語に影響を及ぼしていくこととなる。DIOの活動期間の説明には、微妙に誤差がある。1つは、「大西洋に沈んでから94年後の1983年に復活して、1987年11月28日にホリィが倒れ、1988年1月16日に承太郎に倒され翌朝の日光で消滅した」という説。もう1つは、「1年ずれて、1984年に復活して1989年に死んだ」という説。前者は画集『JoJo6251［荒木飛呂彦の世界］』の年表および集英社による公式サイト、テレビアニメで言及される。後者は単行本冒頭の一貫した説明、Part4・5・6の作中、『オールスターバトル』のストーリーモードなどで言及される。身元を隠した上で膨大な財力を有していたため、カイロの屋敷には大量の財宝や美術品が無造作に転がっている。また、ジョースターを標的指名した殺し屋たちには、前金に加えて破格の成功報酬を約束していた。一例を挙げると、承太郎を殺せば1億ドル。テレビアニメ版では原作での動向がほぼ完全に再現されている。OVA版も大まかには同一だが、細部に違いがある。原作・テレビアニメ版では、最後のボディガードであるヴァニラ・アイスが倒された後に動き出すが、OVAではヴァニラを従えたまま自ら出陣する。戦闘描写にも改変があり、ロードローラーの代わりにタンクローリーをぶつけてくる他、巻き込まれたカイロ市民を原作以上に殺傷して被害を出している。