199X年、東京・吉祥寺。ある日、主人公は不思議な夢を見る。磔にされる少年、虐げられる少年、磔にされ生贄に捧げられようとしている少女…。何かを暗示するかのような不思議な夢から目を覚ますと井の頭公園で女子高生の殺人事件が起こったと言う。休日の街中を探索する主人公はあちこちに非常線が張られ、犯人の捜索が続いているのを目にする。街には神話や伝説の中でのみ登場する筈の悪魔が出没し始める。そしてパソコン通信によってSTEVENと名乗る人物から「悪魔召喚プログラム」が送られてくる。悪魔と会話し、仲魔にすることができ、そして召喚できるというプログラムをハンドヘルドコンピュータにインストールした主人公は、サバイバルショップで身を守る道具を購入し、悪魔との戦いに身を投じて行く。やがて非常線を張っていた警官隊は姿を消し、自衛隊による戒厳令が発令される。クーデターを起こしたゴトウ一等陸佐は日本を侵略し始めた海外の悪魔から日本を守るため、日本古来の神々と契約したという。一方、事態を重く見たアメリカ政府は東京を占領したクーデター部隊を鎮圧すべく動き出す。主人公たちは悪魔の出没するようになった東京で、この街の行く末を左右する重大な決断を迫られるようになる。
パテの語源はパイ生地（pâte パート。イタリア語の pasta パスタと同語源）で、本来具材を小麦粉を使用した生地で包んだ料理の名称であったが、これが転じて生地の中に入れる具材を指すようになった。やがて、「練り物」一般をパテと呼称するようになり、現在では従来通りの生地で包んで食す他、スプレッドとしてパンやクラッカーなどに塗布して食したり、挽肉などを練り上げ、焼き上げてハンバーグとして食すなど、広く用いられる。
1950年7月21日、イギリス・コーンウォールで5匹の子猫が生まれたが、そのうちの1匹は突然変異で全身がきつめの巻き毛で覆われていた。カリバンカー (Kallibunker, Kalli)と名付けられたこの猫は、飼主が獣医に相談し遺伝学者のA.C.ジュード (A C Jude)の助言を得て、母猫と交配されることとなり、このペアから直毛のメスが1匹と巻き毛のオス2匹が生まれた。オスのうち1匹は生後7カ月で死亡したが、残ったオス猫のポルドュー(Poldhu)はカリバンカーと共にその後もシャムやロシアンブルー、アメリカンショートヘアなどとの交配を繰り返し、種の礎を築いた。
A.C.196年。地球圏統一国家が樹立し、兵器の開発禁止と廃棄を決意したが、完全撤廃は難しく、未だ恒久平和の実現には至っていなかった。外務次官のリリーナは、兵器完全撤廃へ向け、かつて兵器を開発していた工場への査察を行っていた。担当者が開発は行っていないと説明する最中、地下で爆発が起こる。そこには兵器生産ラインを破壊するヒイロと、開発データの破棄を行うデュオの姿があった。2人は戦いが終わった後も平和へ向け、リリーナが行えない強行的な活動を代わりに行っていたのだった。そんな彼らの間で、OZの無人プラント「ウルカヌス」が未だに宇宙を漂っているという不穏な噂が立っていた。同じく宇宙で活動していたトロワは、最近動き出した強硬に兵器廃絶を訴える「パーフェクト・ピース・ピープル（P³）」について調査を始めており、カトルもウルカヌスの存在を確認するため、資源衛星の調査を行っていた。一方、五飛は彼らと異なり、ウルカヌスを探しているというOZの残党とコンタクトを取っていた。衛星探索を行っていたカトルは所属不明のビルゴの襲撃を受ける。連絡が途絶えたことに気づいたトロワは、万が一に備え月にガンダムを取りに行ったが、そこにも謎のビルゴが近づいていた。デュオも駆けつけ、行方不明となっていたカトルも戦闘に加わるが、彼はすでに謎の集団の手によって洗脳されており、トロワ達に攻撃を始める。戦闘を終えカトルを救出し治療を始めたその頃、P³がある映像を放送し始めた。そこにはビルゴと戦闘を行うガンダムの姿が映し出されていた。P³を率いるビクター・ゲインツはこの映像をネタに「ガンダムとそれを所持する者達は脅威である」と声高に語り始める。その時カトルが目覚め、自分を襲った犯人がP³であることを明かす。戦闘映像を流しているのも彼らによる自作自演だったのだ。五飛とOZの残党を率いるブローデン達も同じくビルゴの襲撃を受けたが、五飛の圧倒的な戦闘力によって撃破。戦闘を終えた後、隊長のブローデンは、ウルカヌスを手に入れる目的を語りはじめた。ウルカヌスを火星か木星あたりに脅威として存在させ、それを破壊するための惑星間遠征を人類に強いらせれば人類は進歩すると考えていた。最初は彼らを利用するだけだった五飛も、地球圏の平和を脅かさずに人類の進歩を促そうという彼の理念を正義ととらえ共感するようになっていった。ウルカヌスに関する情報を求めドロシーの下へ行ったヒイロは、そこでリリーナと束の間の再会を果たす。リリーナから新しく発足する平和監視に加わってほしいとの誘いを断ったが、必要になった時には戻ってくると語り、戦闘に備えてウイングゼロを取りに宇宙に上がっていった。五飛とブローデン達はついにウルカヌスへ到達。そしてMDビルゴと共に番犬「スコーピオ」が出現。五飛が引き付ける中、ブローデンとその部下のクレメンツがウルカヌスを掌握するため衛星内へと侵入していった。駆け付けたデュオ達も参戦するが、同時にP³も登場。そしてビクターは事前に得ていたパスワードによってスコーピオの指令系統を奪うと同時に、ガンダムパイロット達に「地球圏の平和は我々が守る、降伏しろ」との宣言を始める。ブローデンは中枢へとたどり着くも、P³のスパイだったクレメンツの銃撃によって死亡、ついにP³はウルカヌスを手に入れてしまう。314体ものMDビルゴが起動し始めていたが、デュオとカトルによって辛うじて阻止された。転じて劣勢に立たされたビクターだったが、未だに「ガンダムを持つお前たちと何が違う」と自分の正当性を主張する。ヒイロは「お前のやっていることはただの支配だ、そして人々が望むなら俺達はこの力を捨てられる！　それがお前との違いだ！」と語り、同時にツインバスターライフルを発射。ビクターはカーンズに選ばれたゼクスへの嫉妬心を露わにしながらスコーピオと同時に消滅した。戦闘を終えた後、カトルはガンダムをウルカヌスと共に太陽へと廃棄しようと提案。P³の考えは力による支配でしかなかった、しかしそれは根底に武器を持つ者を信じられなかったことがあるのだと、ならば自分たちは人を信じ、そして信じるからこそガンダムを捨てるのだと。そしてこの夏、4人はガンダムを廃棄することを決意した。一方、五飛は志半ばに倒れたブローデンの思いを汲み、「俺が脅威になる」と呟きながら一人どこかへ行ってしまう…。