当初、愛国者法で最も物議を醸したのは、非常に厳しく制限されてはいたが、連邦政府の捜査官に図書館の帯出記録と書店での購入履歴にアクセスする権限を持たせた第215条であった。第215条により、FBIのエージェントは外国諜報活動監視裁判所から、国際的なテロリズムまたは諜報活動に関与している疑いのあるすべての個人の図書館の帯出記録または書店の購入履歴を調査するための令状を極秘で獲得することができるようになった。条文の文面には「図書館」とは書かれておらず、企業活動記録またはその他の一般的で具体的な品目と書かれている。自由主義的な市民と図書館の職員は特に、この条項は利用者の人権を侵害しており、もはや「図書館帯出記録条項」と呼ぶべきであると主張している。司法省は、第215条は外国諜報活動監視裁判所の判断による命令を必要とし、それによって図書館はより強力に保護されていると語り、擁護した。2001年8月26日、ニューヨーク・タイムズは、アメリカ自由人権協会によると、連邦捜査局が諜報活動の審理の一環として、コネチカット州の研究所の図書館帯出記録を要求していると報じた。これは連邦捜査局による図書館帯出記録の捜索が確認された初めての事例であると連邦政府職員とアメリカ自由人権協会は語った。興味深いことに、政府は第215条に基づく捜査は行わなかったが、その代わりに外国諜報活動監視法の大陪審による召喚令状であり、裁判所の命令を必要とせず、第215条が利用される前から存在していた「国家安全保障書簡」を使用した。
第10章は、米国愛国者法の他の節に実際に適合させることができなかった様々な法律を制定あるいは改正した。危険物の取り扱いは、背景調査を通過し、彼らが危険物を取り扱うことができることを実践によって示した者に限り、許可された。司法省の監察総監室(United States Department of Justice Office of the Inspector General)は、司法省に対するすべての公民権の侵害の申し立てを観察、調査し、議会に報告する職員を任命するよう命じられた。それは持ち主が傍受を許可したか、あるいは捜査において法律に従って関与していた保護されたコンピュータを通じたまたはそれによる通信の傍受を除外するよう「電子機器を使用した監視」の定義を改正した。資金洗浄の事例では、資金洗浄が行われたかあるいは資金洗浄の振込が開始されたところに至るまで、現在厳しい規制が課せられている。また、資金洗浄に関与した外国人がアメリカに入国することは禁止された。テロリズム発生時の支援およびテロリズム予防のため、ファースト・レスポンダーには支援が提供される。麻薬取締局（Drug Enforcement Administration、DEA）には、南および東アジアの警察の訓練のため、500万ドルの予算の権限が与えられた。司法長官は、アメリカに入国しようとする人の身元を確認し、犯罪者である疑いのある人物を記すため、FBIのデータベースと照合するための生体認証技術を利用した装置の実現可能性について研究するよう命じられた。また、テロリストの疑いのある人物が航空機に搭乗する前に航空会社に彼らの名前を提供する技術の実現可能性の研究も命じられた。国防総省には、安全保障上の理由で随意契約を結ぶため、彼らの財源を利用する一時的な権限が与えられた。最終章はまた、慈善団体の代理として電話勧誘販売を行う業者に対して団体の目的や代表の名前、メールアドレスなどその他の情報の開示を要求する電話勧誘販売による消費者詐欺・悪用予防法（Telemarketing and Consumer Fraud and Abuse Prevention Act）を改正する情け深いアメリカ人に対する犯罪防止法（Crimes Against Charitable Americans Act）と呼ばれる新たな法律を生み出した。それはまた、赤十字社の職員を装ってそのような不法行為に関与した者に対する刑罰を1年の懲役から5年の懲役へと強化した。
第7章には1つの節がある。この章の目的は、国境付近におけるテロリストの活動に対するアメリカの法執行機関の能力の向上である。それは1968年の包括的犯罪取締及び街頭安全法（Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968）を改正することによってなされた。
神奈川県生まれ。鎌倉市及び藤沢市で育つ。父親は農林省職員。父親の仕事の関係で、中学時代は2年間クアラルンプールに滞在。神奈川県立湘南高等学校を経て、1968年に一橋大学経済学部を卒業し、外務省入省。鈴木典比古（国際基督教大学学長・国際教養大学学長）とはゼミの同期。三幣利夫（中東住友商事社長・敬愛大学学長）も大学の同級生である。外務省同期に東郷和彦、馬渕睦夫ら。在アメリカ合衆国日本国大使館参事官、北米局安全保障課長、同北米第一課長など日米外交の有力ポストを歴任し、将来を嘱望される存在だったが、1991年に辞職した。管理職となって現場に関われなくなることに不満があったという。外務省退官後はコンサルタント会社を経営しながら、親米派の外交評論家として活動。一方で、第1次橋本内閣、第2次橋本内閣で内閣総理大臣補佐官、小渕内閣で科学技術庁参与、第1次小泉内閣で内閣官房参与、第2次小泉内閣で内閣総理大臣補佐官、第3次小泉内閣で内閣総理大臣外交顧問、福田康夫内閣で外交政策勉強会メンバーを務める等、政府要職を数多く歴任している。特に橋本内閣においては、沖縄問題担当として60回以上に渡り沖縄入りして現地との信頼関係を築きながら、普天間基地の返還・代替地移設問題や沖縄振興策策定の最前線で活動したとされる。2009年12月には、鳩山由紀夫内閣の普天間基地移設問題への対応で日米関係が悪化する中、鳩山由紀夫首相と総理大臣官邸で面会。知米派の岡本が個人的な立場から外交面で協力するとの合意をしたと報じられた。実業家としては、2000年に梅田望夫及びインド人、アメリカ人と4人でシリコンバレーのパロアルトにベンチャーキャピタル「パシフィカファンド」を設立し、ITベンチャーを支援。このほかアサヒビール取締役、三菱自動車監査役、三菱マテリアル取締役、日本郵船取締役、NTTデータ取締役等も歴任する。2002年9月からは立命館大学客員教授として後進の指導にもあたっている。2005年からは立命館大学で「国際社会で活躍する人材養成特別プログラム」を立ち上げ、宮家邦彦立命館大学客員教授とともにスーパーバイザーを務め、外交官や国家公務員、多国籍企業など難関進路を志望する成績優秀な学生を全学から選抜し、講義、ゼミナール指導、岡本行夫奨学金による海外研修などを実施している。2012年、NPO法人新現役ネット理事長などの職を退任し、渡米、マサチューセッツ工科大学国際研究センターシニアフェローに就任。2018年青山学院大学特別招聘教授の称号を受けた。