声優は坂本千夏と山口眞弓。再び現れたディアボロモンを倒すべく、太一・ヤマトと共に向かうアグモン・ガブモンがオメガモンの一部へとワープ進化後に合体し、誕生する。そしてエンジェモン・エンジェウーモンの協力のもと、ディアボロモンを倒すがそれは罠であり、倒すと同時に無数のクラモンが発動する。現実世界へ出現したクラモンの大群が東京湾にてアーマゲモンへと進化し、これを倒すべくオメガモンも東京湾に向かう。しかしアーマゲモンに敗北、両腕が千切れ落ち、瞳の光が消えてしまう。次いで、アーマゲモンと戦うインペリアルドラモンに千切れ落ちた腕であるアグモンとガブモンの意思がオメガモンのボディをホーリーリングへと変化させ、太一達の希望の詰まったホーリーリングから生まれたオメガブレードを託し、千切れ落ちた腕はアグモン・ガブモンへと戻る。ガルルキャノンの砲撃の色は紫色。
大量増殖したディアボロモンに一斉攻撃され、瀕死のウォーグレイモン・メタルガルルモンのもとに太一・ヤマトが寄り添い、同時に世界中から送られた無数の応援メールが巨大な光のデジタマの様にウォーグレイモン達を包み、腕へと変化したウォーグレイモン・メタルガルルモンの中央に世界中の人々からの願いが集まり、ボディを形成したことでオメガモンが誕生した。圧倒的パワーで無数に分裂したディアボロモンをガルルキャノンで核ミサイルのタイマーを持った1体を残して全て一掃し、最後のその1体をグレイソードで倒した。後述の「ディアボロモンの逆襲」に登場するオメガモンと同一の個体であるが、台詞はない。
遥か昔のデジタルクライシス時、ウィルスバスターズであるウォーグレイモンとメタルガルルモンが、善と平和を望む人々の強い意志と思いと願いによって融合し誕生したロイヤルナイツの一員である究極体の聖騎士型デジモン。『デジモンストーリー サイバースルゥース』などの一部媒体では超究極体であるとされている。左腕にはウォーグレイモンの形をした剣『グレイソード』と肩の盾『ブレイブシールド』が、右腕にはメタルガルルモンの形をした大砲『ガルルキャノン』とミサイルが装備され、その意匠を強く残している。背中のマントは、敵の攻撃を避ける時や飛行の際に自動的に装備される。二体のデジモンの特徴を合わせ持ち、優れたトータルバランスを誇る、如何なる状況でも遺憾なくその力を発揮できるハイレベルのオールラウンダーである。闇との戦いに終止符を打つ“最後”の聖騎士でもある（ギリシャ文字の「Ω」はギリシャ文字において最後の文字であるのが由縁）。
ワンダースワンのゲーム『アノードテイマー&カソードテイマー』でガルルグレイモンという名前で初登場。劇場版アニメ『デジモンアドベンチャー ぼくらのウォーゲーム!』（2000年春の東映アニメフェアにて2000年3月4日公開）のために新規に制作されたデジモンであり、八神太一と石田ヤマトのパートナーデジモンであるウォーグレイモンとメタルガルルモンが合体したデジモン。肩の盾、ブレイブシールドに刻まれた紋章は『デジモンアドベンチャー』の作中で登場した勇気の紋章である。胸には勇気の紋章と友情の紋章を半分ずつ合わせた紋章が付いているが、『デジモンアドベンチャー』などの一部のオメガモン（登場人物として登場する場合は殆ど）には付いていない。グレイソードにはデジ文字の日本語で「オールデリート（All Delete）」と刻まれている。登場して数年は「正義のヒーロー」という一面が強調されていたが、『デジモンアドベンチャーVテイマー01』以降から「ヒール」としての活躍も多くなってきている。人気が非常に高いデジモンであり、アニメ作品では本編・劇場版の両方を含むと『デジモンフロンティア』以外の全作品で皆勤賞である。時として人気ナンバーワンのデジモンとして扱われるが、「デジタルモンスターカードゲーム」公式ページでの人気投票において1位こそ取っているものの、モード形態を含めた得票数の数ではインペリアルドラモンやデュークモンに敗北し、その人気は後続のデジモン達に抜かれ始めている面もある。だが、それでも1位を譲らない点は根強い人気の証と言える。なお、数多くのデジモンのデザインやイラストレーションを手掛けたイラストレーターのAs'まりあはオメガモンとデュークモンを「ロイヤルナイツの両翼」と位置づけている。
植民地政策に熱心だったレオポルド2世は、植民地獲得の気運を高めるため、アジア・アフリカに関する屋外民俗博物館の建設を思いつき、パリ万博の「世界旅行パノラマ」（各地の建物に似せた疑似建築を寄せ集めた民俗村）で見た五重塔の移築を計画する。それらを手掛けたフランス人建築家、アレクサンドル・マルセルから五重塔の設計図を1901年に購入し、1904年に完成、翌年公開した。扉や外壁など一部の装飾を横浜の職人に造らせてはいるが、建物自体はマルセルの設計図に基づき、西洋人の手で建設されているため、独特な和洋折衷の建物になっている。賓客を迎えるためのレストランとして1903年に中国館の建設が計画された。同じくマルセルの設計のもと、パリ万博のパビリオンの解体部材や、上海への発注品などを使って建築が始まったが、屋外博物館計画が頓挫したため、1905年に一旦中止された。内装は高級レストランにふさわしく、ベルエポック調の豪華なものにしつらえられたが、結局レストランとして使われることはなかった。1909年に王が死去すると、2つとも国に寄付され、中国館の建設も再開、1913年に完成した。外務省が管轄する博物施設のひとつとして使われていたが、1947年以降閉館したまま放置されていた。1989年に改装工事がなされ、東洋美術の展示会場として使われた。1903年にレストラン客の車庫として中国館の横に建てられていたマルセル設計の建物を2006年に改装し、鎧兜や浮世絵など日本美術を展示する日本館としてオープン。以降、これら3つの建物と、日本の植物を植えた日本風庭園を極東博物館として一般公開している。2017年6月現在，改修のため閉鎖されている。