ロンメルのアフリカ装甲軍は満身創痍状態のまま再び攻勢に出ることにした。これ以上時間をかけると補給能力の差で英軍ばかりがどんどん強化されるからである。この時点で独伊軍の戦車総数は430両ほどに回復していたが、ガソリンが確保できていなかった（ロンメルは攻勢のために3万トンのガソリンを求めていたが、8000トンしか確保できていなかった）。このためエル・アラメイン南の狭い地域から敵陣を突破してカイロまで一気に進軍するつもりだった当初の攻勢計画を、エル・アラメインの南から敵陣を突破した後に北上してエル・アラメイン東を取り、モントゴメリー率いる英第8軍の背後に浸透する計画に変更することとなった。8月30日から8月31日にかけての真夜中に攻勢は開始された。しかし地雷が予想より多く、なかなか進軍できなかった。また砲兵隊の激しい砲火を浴びて打撃を受け、第21装甲師団長ビスマルク少将が戦死した。さらに朝になると英王立空軍の激しい空襲を受け、もっと激しい打撃をこうむり、アフリカ軍団長ネーリングも重傷を負い、戦線を離脱した。ロンメルはアフリカ装甲軍の要であるこの二人の脱落に動揺し、各師団に進軍停止命令を下そうとした。普段のロンメルなら構わず「マールシュ！（前進）」と命じていたはずの局面であった。参謀長バイエルラインが「今作戦を中止すれば地雷原突破のため犠牲になった兵士の死がすべて無駄になります」と進言したことで思いとどまったものの、大胆な作戦を遂行できるだけの精神力がロンメルから無くなり始めたことを如実に示す一幕であった。攻勢は続行することになったものの、ロンメルは攻勢にあたって再び判断ミスを犯した。当初の計画ではアラム・ハルファ高地を大きく迂回してエル・アラメイン東に浸透する計画だったのだが、残りのガソリンの量を心配していたロンメルは最短距離で進軍しようとしてアラム・ハルファ高地の通過を命じた。しかしここはモントゴメリーが独軍通過ルートの本命と予想していた場所だった。待ち伏せていた英軍砲兵隊の激しい砲火を浴びた。しかもロンメルが進軍ルートに選んだアラム・ハルファ高地南方は地面が柔らかい砂漠で戦車の進軍に全く向いていなかった。地形に足を取られながら、3方向から砲撃を受けるはめとなった。9月1日にはロンメルも勝機を失ったと判断して全軍に攻勢中止と発起点への退却を命じた。この戦いにおいても失われた戦車の数は英軍の方が多かったが、「砂漠の狐」の攻勢を撃退したという事実は低下する一方だった英軍の士気を回復させるに十分な効果があった。
8月4日、英国首相チャーチルがエジプト首都カイロを訪問し、オーキンレックに対してただちに攻勢に出るよう命じたが、オーキンレックは9月中旬以前に攻勢に出ることは不可能だとして拒否したため、彼を中東方面軍司令官から解任し、ハロルド・アレグザンダーを後任に任じた。そして第8軍司令官にバーナード・モントゴメリーが着任した。一方ロンメルは8月初めころから体調を崩し、8月21日にベルリンに離任許可を求めたが、却下され、指揮を執り続けることになった。この頃英軍と独伊軍で補給状態の差が広がりはじめた。英空軍・海軍による独伊軍の補給輸送船の撃沈が再び急増していた。1942年9月には独伊軍の物資の20パーセント、10月には44％が沈められている。またこのとき独軍はトブルクやメルサ・マトルーを占領していたが、伊軍がこの二つの港に補給物資を届けるのは不可能であった（ほぼ確実に英海軍・空軍に沈められる）。結局そのはるか西のトリポリ港やベンガジ港に補給物資を輸送し、そこからトラックで運ぶしかなかったのだが、トリポリ港からエル・アラメインの前線は1800キロも離れていた。一方英軍はアレクサンドリア港から補給が可能であり、アレクサンドリアからエル・アラメインの前線までは100キロしか離れていなかった。また情報収集能力にも差が広がっていた。独軍が暗号を解読することが可能だったカイロ駐在米国大使館付き武官が6月末に米国本土へ呼び戻されてしまったこと、またロンメルのアフリカ装甲軍の主力の情報部隊である第621無線傍受中隊が7月中旬の戦闘で事実上壊滅してしまったことで独軍の情報能力が大きく低下していた。またこれまでロンメルはベルリンやローマの命令を無視して行動することが多かったため、英軍は独軍の通信を傍受できてもロンメルの行動が読めない場合が多かったのだが、エル・アラメインで進撃が停止したいま、ロンメルの通信は彼の部隊の困窮をそのまま伝える物ばかりであり、その内情が筒抜けになっていた。ロンメルが病気であることも英国側は把握していた。
トンネル建設以前は、ブリストルと南ウェールズの間を鉄道で移動するにはニューパッセージとポーツクウェットの間でフェリーを利用するか、グロスターまで迂回する必要があった。トンネルを建設すれば所要時間を大幅に短縮することができた。1873年3月に工事が始まり、1870年代を通じて徐々に進められていった。建設に携わった技術者であるトーマス・ウォーカーの著書によると、グレート・ウェスタン鉄道はこの工事の最重要部分は深い海峡の下を掘ることであると考えていた。しかし、実際に困難であったのはモンマスシャー側から掘ったトンネルの先端がグロスターシャー側から掘ったトンネルの先端までわずか130ヤード (119 m) に達した時点であり、1879年10月に工事現場で異常出水が発生した。流れ込んだ水はトンネル上部のセヴァーン川河口の汽水域からの塩水ではなく、ウェールズ側からの淡水であった。この水源は「偉大な泉」(The Great Spring) として知られるようになった。1879年の出水事故の後、トーマス・ウォーカーはグレート・ウェスタン鉄道の技師長ジョン・ホークショーによりトンネルを復旧・完成を任せる契約を行った。「偉大な泉」を食い止めるためにはポンプ設備の大幅増強とともに、ダイバーを立坑からトンネル内に潜らせて作業現場の防水扉を閉じ、出水を抑制する必要があった。この困難な作業は最終的に1880年11月に、ヘンリー・フルースの新しく発明した自給式呼吸器を使ってアレクサンダー・ランバート (Alexander Lambert) によって成し遂げられた。しかし、「偉大な泉」付近での作業開始は1881年1月に一時的に水を止めることに成功してからであった。建設工事は1883年に再度「偉大な泉」からの出水で中断し、今度もランバートが何とかこれを食い止めた。作業を妨げるさらなる事故として、大きな津波や、イングランド側のサーモン・プール (Salmon Pool) と呼ばれる部分の底が貫通してしまったことがある。この中断期間に、シャープネスとリドニーの間のセヴァーン鉄道橋が開通した。トンネルは1885年中に完成し、1886年1月9日に貨物列車が通過したが、定期運行はポンプ設備の完成まで待つことになった。貨物列車の定期運行開始は9月で、旅客列車の運行開始は着工からほぼ14年経った1886年12月となった。設置されたコーンウォールエンジンが「偉大な泉」やその他の水を1960年代まで排出していたが、その頃電動ポンプに交換された。1930年代には、「偉大な泉」から淡水を調達できる可能性から、近くにカイルウエント海軍装薬工場が進出することになった。この水はまた、サドブルックの製紙工場（現存せず）にも供給されていた。