江戸城は開城したものの旧幕府方残党勢力は徳川家の聖地である日光廟に篭って兵を募り、そこで新政府軍・約700人と戦うつもりで大挙して江戸を脱走、下野国日光山を目指していた。一方、時を同じくして当時下野国で起きていた世直し一揆を鎮圧するために東山道総督府が下野国宇都宮に派遣していた下野鎮撫・香川敬三（総督府大軍監）は、手勢を引き連れ日光道中を北上中、武蔵国粕壁で下総国流山に新撰組が潜んでいる噂を聞き有馬藤太を派遣して近藤勇を捕縛した。近藤は板橋に送られたが、香川はそのまま行軍を続け宇都宮に駐屯した。世直しが沈静した直後の4月12日、大鳥圭介は伝習隊、幕府歩兵第七連隊、回天隊、新撰組など総勢2,000人の軍隊を引き連れて下総国市川を日光に向けて出発、途中松戸小金宿から2手に分かれ、香川の駐屯する宇都宮城の挟撃に出立した。これを聞いた宇都宮の香川敬三は、一部部隊を引き連れてこれを小山で迎え撃った。兵数と装備で勝る旧幕府軍はこれに勝利、4月19日には宇都宮で旧幕府軍と新政府軍勢力が激突した。翌日には旧幕府軍が宇都宮城を占領するも、宇都宮から一時退却し東山道総督府軍の援軍と合流、大山巌や伊地知正治が統率する新政府軍に奪い返され、もともと目指していた聖地日光での決戦に備えるべく退却した。
その後、新政府軍は旧幕府軍を追撃して、閏4月6日（5月27日）から翌日のかけての五井戦争でも勝利を収めた。一方、鳥羽・伏見の戦いで旧幕府軍の総督であった大多喜藩主の松平正質は徳川慶喜から江戸城登城を禁止された後、本国に帰国して謹慎状態にあったが、閏4月11日に大多喜城を無血開城した。大多喜城は佐倉藩（後に三河吉田藩）に接収され、藩主松平正質も佐倉に幽閉されたが、藩主や家臣がが新政府軍に抵抗せずに城を明け渡したことが考慮され、正質は8月19日に所領を回復、10月23日には官位も元に戻され、事実上処分を免ぜられて藩の存続が認められた。ところが、同じ頃、木更津に逃れていた旧幕府軍の遊撃隊の誘いを受けた請西藩主・林忠崇が閏4月3日に自ら脱藩して遊撃隊に合流してしまうことになる。
慶応4年（1868年）4月11日に行われた江戸城無血開城に従わぬ旧幕臣の一部・約2000人が千葉方面に逃亡、船橋大神宮に陣をはり、閏4月3日（5月24日）に市川・鎌ヶ谷・船橋周辺で新政府軍・約800人と衝突した。この戦いは最初は数に勝る旧幕府軍が有利だったが、戦況は新装備を有する新政府軍へと傾き、新政府側の勝利で幕を閉じた。この戦いは、江戸城無血開城後の南関東地方における最初の本格的な戦闘（上野戦争は同年5月15日）であり、新政府側にとっては旧幕府軍の江戸奪還の挫折と関東諸藩を新政府への恭順に動かした点での意義は大きい。
正月14日、長崎奉行・河津祐邦は秘かに脱走し、佐賀藩・大村藩・薩摩藩・福岡藩などの諸藩により長崎会議所が構成され、治安を担当した。新政府からは澤宣嘉が派遣され、九州鎮撫総督兼外国事務総督に任ぜられて長崎に入った。日田代官所にあった西国郡代の窪田鎮勝は17日に脱走。周辺諸藩が接収し、閏4月には日田県が設置された。老中・小笠原長行を世子とする唐津藩は討伐の対象となったが、松方正義がこれを抑え、藩主・小笠原長国が長行との養子関係を義絶するとともに降伏を願い出た。天草の幕府領も程なく薩摩・肥後藩によって接収されている。また、これとは別に薩摩藩は勤王と新政府への支持を表明する誓書の提出を対馬藩以外の九州全藩に求め、2月末までに唐津藩や鳥羽・伏見の戦いで敵対したとされた延岡藩、他の佐幕派である高鍋藩・府内藩も含めた全藩がこれに応じており、この時点で九州諸藩は全て勤王に転じたと言える。残された延岡藩の朝敵認定の解除問題も4月に藩主・内藤政挙が上京して短期の謹慎の後に赦免されたことで解決されることになった。
長州藩兵は上京の途中の正月9日に備後福山藩領に侵入し福山城に砲撃を加え、籠城する福山藩兵と銃撃戦を開始するが、家老・三浦義建及び御用係・関藤藤陰は長州に恭順の意を示したことから、勤王の誓詞を提出させた。また新政府の征討令を受けた備前藩が15日に備中松山藩に派兵するが、執政・山田方谷は城を無血開城した。姫路藩は藩主・酒井忠惇（老中）が慶喜とともに江戸へ脱走して留守で、在藩家臣が降伏している。
2349年、サウスカロライナ生まれ。東洋系。宇宙艦隊士官学校を卒業後、U.S.S.ヴォイジャーに赴任、初任務がバッドランドのマキ及びそこに潜入中のトゥヴォックの行方を捜索することであった。ヴォイジャーのブルッジ士官でOPS（オペレーション管理）を受け持っている。管理者（ケアテイカー）により、銀河系の反対側であるデルタ宇宙域に飛ばされてから、元マキで『問題児』と言われたトム・パリスと親友になった。性格は真面目で大人しく正直。世間知らずなお坊ちゃん的でもあるが、友情にあつく「刑務所コロニー」に入獄された際、負傷したパリス中尉を最後までかばう実直さを見せている。命令を受けたことは常に期待以上の成果を上げるなど才能はあるものの、まだまだ新米で頼りない部分も多く描かれていた。艦長からは未来の艦長候補と目をかけられており、とりわけ厳しく教育されている。後に自分から発言することも多くなる。後年、ヴォイジャーの天体測定ラボを開発、ホログラムの知識も豊富でパリスから「ホロドクターの予備を開発」することを依頼された事もあった。 恋愛に関しては、ホロキャラクターの女性や、恋愛禁止の異星人女性、ボーグから切り離されたセブン・オブ・ナインなど個性的な女性に惚れる事をパリスにからかわれている。趣味はクラリネットの演奏、後期ではサキソフォーンにも取り組んでいるようである。地球と連絡がとれた際に母親が『昇進出来るようにママが艦長にお願いしてあげるから』と、マザコン気味な部分も露呈している。可能性の未来では、U.S.S.ロードアイランドの艦長に昇進していた。