山梨県においては、都留市を中心とする郡内地域、笛吹市を中心とする峡東地域、甲府市に近い峡中地域、市川三郷町など峡南地域の4地域が誘致に名乗りを上げた。郡内地域は実験センターに既に設置されているプラットフォームを有効活用できるとしたが、同時に富士五湖方面への支線建設を要求した。峡東地域は、リニア実験線建設に際して出た残土の捨て場があり、用地買収のコストが必要ないとされた。峡中地域は4地域の中で甲府市に最も近く、周辺人口が多いという利点がある。峡南地域は身延線や中部横断自動車道との連絡が良い。このうち、峡南地域は建設ルートが南アルプスルートになった場合にのみ可能性があると見られていた。横内正明知事は甲府盆地の市街地を縦断するAおよびBルートに対し、用地買収の困難さ、振動騒音などの環境問題、並行する中央本線の特急列車の本数が減るなどの問題が生じるとして、直線のCルート支持を表明した。その後JR東海は、4地域を比較検討した結果、峡中地域に約20mの高さで設置するという計画を発表した。2011年9月6日、甲府市、甲斐市、中央市、昭和町の4市町長ら「甲府圏域建設促進協議会」が横内県知事に、中央自動車道のスマートインターチェンジが設置される予定の甲府市大津町周辺、JR身延線小井川駅近くの中央市上三條周辺2か所を候補地として提示。県主導でこの提案を基に詳細な位置を絞り込み、同年内に決定する方針を明らかにした。同年10月にNHKが報道したところによると、山梨県は候補地を（小井川駅付近ではなく）甲府市の大津町周辺とする方針を固めたとされる。2013年にJR東海が明らかにした計画では、山梨県の駅としては甲府市大津町付近とされ、2018年3月30日に甲府市役所がリニア駅を含めたエリア別の「甲府市都市計画マスタープラン」を発表している。但し2019年2月より知事に就任した長崎幸太郎は「（小井川駅付近で）身延線に接続できれば（甲府駅まで）10分で行ける」とし、位置を含めた計画の見直しを示唆している。
合併後の2005年10月11日より、ツーカー電話の使用中の電話番号をそのまま用いauへ移行する契約変更制度が開始され、auへの巻き取り施策が開始された。ただし、KDDIの予想を超えた手続きの申し込みがあり処理が逼迫したため、手続き提供開始から1週間の同年10月18日より一時的に受付を中断した。11月2日より暫定的に受付を再開し、11月9日に正式に再開した。EZwebのEメールアドレスは、EZweb@mailとEZweb@mail2に限り、2006年2月20日より引き継ぐことが出来るようになった。2006年3月30日にKDDIは同年6月30日限りでツーカー電話の新規契約を終了すること、将来的にはサービス自体の廃止も視野に入れていることを発表した。ツーカー携帯電話のauへの巻き取りが加速する。同年6月1日よりツーカープリペイドサービス（プリケー、プリティ）からauの通常契約へ同じ電話番号で契約変更が可能になった。変更時点でプリdeEZまたはプリdeメールを利用している場合は、Eメールアドレスを引き継げた。また、auぷりペイドへの同番移行も同年11月15日より可能となった。しかしツーカープリペイドサービスの解約後、auプリペイドサービスへ新規契約という形になり、プリdeEZ等は使えなくなった（2007年4月10日以前は登録済みの通話料の引継ぎもできなかった）。2006年6月30日でツーカー電話の新規契約受付が終了した。同年12月7日には2008年3月31日限りでの電話サービスの終了が発表され、同年12月31日には機種変更向けのツーカー携帯電話の販売も終了した。その後、auへの契約変更への巻き取り条件は徐々に改善された。当初はツーカーポイントの機種変更時使用不可かつメールアドレス移行不可、契約変更手数料（2835円）の負担が条件だったが、2007年1月以降これらはすべて撤廃された。2007年10月からは解約（MNP転出を含む）の際の定期契約解除料やMNP転出予約手数料の無料化、プリペイドサービスでの登録済み通話料残高の返金（1契約回線につき上限6万円）なども実施された。しかし、指定された無料交換機種の種類や在庫が少ないこと、移行特典が日を追うごとによくなること、その特典も店舗・電話応対者（実際は郵送）・訪問員によってバラツキがあるなどで、スムーズに移行出来ないという混乱も発生した。2008年3月31日24:00（JST）ツーカー携帯電話はサービスそのものを終了した。前日の3月30日時点での残存契約数は約237,800件で、残存契約数のおよそ90%がプリペイド契約（約219,100件）だった。なお、一部のサービス店舗はauショップへ転換している。停波後にはツーカー端末を使った通信や通話は行えなくなり、契約も強制的に解除される。auへの移行やMNPを利用したau以外の他キャリアへの移行などの契約変更は4月以降も継続することとなったが、MNPを利用したau以外の他キャリアへの契約変更は2008年6月30日をもって終了し、auへの番号・ポイントの移行も同年9月30日をもって終了した。ツーカーサービス終了後、KDDIが有する1.5GHzの周波数帯域は3G携帯電話サービスの逼迫緩和用として転用することを総務省が明らかにしている。。その後、一部の基地局設備跡地は2009年以降、UQコミュニケーションズのモバイルWiMAX、もしくはauの4GLTEの基地局設備設置スペースへ転用されている。なお、ツーカーグループ営業エリア外での旧「デジタルツーカー」営業エリアへのローミングはソフトバンクモバイルが継続していたため、停波後も2010年3月31日のソフトバンク2G携帯電話サービス終了までは旧「デジタルツーカー」区域にツーカー携帯電話を持ち込むと、通話は不能ではあるもののアンテナピクトが表示されていた。