鳥羽・伏見の戦いが始まるや、山内容堂は在京の土佐藩兵に「此度の戦闘は薩摩・長州と会津・桑名の私闘であると解するゆえ、何分の沙汰ある迄は、此度の戦闘に手出しすることを厳禁す」と告ぐが、土佐藩兵は薩土密約に基づき独断で戦闘に参加し、慶応4年（1868年）1月7日、徳川慶喜が「朝敵」として討伐の勅が下るや、翌8日には乾の謹慎が解かれ、9日迅衝隊の大司令に任ぜられる。しかして13日に土佐を出陣し、高松藩、伊予松山藩を帰順させて上洛を果たす。京都に到着した乾の率いる迅衝隊は、先の伏見の戦いでの土佐藩士の参戦者と合流し、隊の編成を組み直し、乾が総督を兼任して、戊辰戦争で東征の途につくことになる。この京都出陣の日が退助の系譜上の先祖・板垣駿河守信方の320年目の命日にあたるため、甲州進軍に備えた美濃大垣で、乾は姓を板垣に復した。
慶応3年（1867年）12月、武力討幕論を主張し、大政奉還論に反対して失脚した乾退助を残して土佐藩兵が上洛。12月28日、土佐藩・山田平左衛門、吉松速之助らが伏見の警固につくと、薩摩藩・西郷隆盛は土佐藩士・谷干城へ薩長芸の三藩へは既に討幕の勅命が下ったことを示し、薩土密約に基づき、乾退助を大将として国元の土佐藩兵を上洛させ参戦することを促した。谷は大仏智積院の土州本陣に戻って、執政・山内隼人（深尾茂延、深尾成質の弟）に報告。慶応4年（1868年）1月1日、谷は下横目・森脇唯一郎を伴って京を出立、（1月3日、鳥羽伏見で戦闘が始まり、1月4日、山田隊、吉松隊、山地元治、北村重頼、二川元助らは藩命を待たず、薩土密約を履行して参戦）、1月6日、谷が土佐に到着。1月9日、乾退助の失脚が解かれ、1月13日、深尾成質を総督、乾退助を大隊司令として迅衝隊を編成し土佐を出陣、戊辰戦争に参戦した。
羽生世代の勢いが増した事もあり、王将失冠後はタイトル戦からは遠ざかったものの、各棋戦で活躍を見せる。1988年度、第38期王将戦の挑戦者決定リーグで3勝3敗、残留決定戦で敗れリーグから陥落。翌1989年度（第39期）にリーグ復帰し、3勝3敗でリーグ残留。1990年度（第40期）は、中原誠、谷川浩司を破るも2勝4敗となりリーグ陥落となった。1991年度、第50期順位戦B級2組では、最終戦に勝てば昇級だったもの、敗れて昇級を逃す。1992年度～1993年度、第11～12回全日本プロ将棋トーナメントで2年連続のベスト4進出。また、1993年度は、第41期王座戦でもベスト4進出を果たしている。1994年度、第53期順位戦B級2組で、9勝1敗の成績で1位となり、12年ぶりの昇級でB級1組に初めて昇格。また、第7回IBM杯戦（非公式棋戦）で優勝を果たす。1995年度、第54期順位戦B級1組では、4勝8敗の成績で自身初の順位戦降級となったが、1996年度、第55期順位戦B級2組で、8勝2敗の成績を修め、一期でB級1組へ復帰した。1998年度、第48期王将戦予選で森内俊之、米長邦雄らを破り、8期ぶりの挑戦者決定リーグ復帰を果たす。しかし、強豪が揃うリーグでは苦戦し、1勝5敗の最下位で陥落となる。2001年度、第14期竜王戦で1組準優勝。本戦トーナメントでもベスト4に進出。2003年度、第62期順位戦B級1組で降級のピンチを迎えるが、最終局で残留争いのライバル・神谷広志との直接対決を制し、3勝9敗ながら残留。しかし、2004年度、第63期順位戦B級1組でも再びピンチを迎え、最終局森下卓に敗れて3勝9敗の成績に終わりB級2組に降級した。2005年度、第64期順位戦B級2組では、4勝6敗でなんとか降級点を免れる。しかし、順位戦で振るわない一方、第53期王座戦で谷川浩司、藤井猛らを破り、ベスト4。竜王戦本戦トーナメントでもベスト4に進出するなど、他の棋戦では活躍を見せた。また、2006年3月10日の順位戦最終戦で中田宏樹に勝ち、史上31人目となる通算600勝（将棋栄誉賞）を達成した。2007年度、第20期竜王戦で、初めて3組に降級。翌2008年度に2組復帰を決めるも、2009年度に再び3組に降級。2009年度、第68期順位戦B級2組で、1局を残した時点で8勝目を挙げて1位が確定し、47歳にして6期ぶりに自己最高タイのB級1組へ復帰した。2010年3月13日放送の「囲碁・将棋ジャーナル」に出演した際、「（B1昇級で）いちばんうれしいのは、NHK杯の予選がシードになること。若手に混じって2局も3局も勝つのは難しっ！」と発言して他の出演者達を笑わせ、サービス精神を見せた。2010年度、第23期竜王戦の3組で連敗し、初めて4組に降級。2011年度、第53期王位戦リーグ入り。第70期順位戦B級1組で、3勝9敗となりB級2組に降級。2013年11月7日の51歳の誕生日に、第26期竜王戦4組昇級者決定戦決勝で増田裕司に勝ち3組復帰を果たすのと共に、通算700勝を達成した。