800年頃にカロリング朝ルネサンスの一環として古典古代に関する新たな関心があった。カール大帝は教育に関する改革を行った。イングランドの僧侶アルクィンは7科目のリベラル・アーツ（trivium（文学教育）（文法、修辞学、弁証法）とquadrivium（科学教育）（算術、幾何学、天文学、音楽））を基本にした研究課程を確立することで古典的知識を復活させる目的で学術的発展の事業を考案した。787年から命令が帝国全域で古い学校の復元と新しい学校の創立を奨励しつつ行き渡り始めた。制度上こうした新しい学校は僧院（修道院学校）や大聖堂、宮廷の管理に置かれた。こうした手法の本当の重要性は、その後数世紀間用いられることになるに過ぎなかった。弁証法（今日の論理学を表す学習法）の教授は、理論的な探求に関する関心の再生を担い、ここから関心はキリスト教哲学のスコラ学への移行の増加に続いて起こった。12世紀と13世紀に、カール大帝の保護の下に創立されたこうした学校の多くが、特に大聖堂学校が、中世の大学になることになる。
古代世界ではギリシア語は主に科学の言語であった。優れた科学的調査と教授は、主にローマ帝国のギリシア文明時代にギリシア語で行われた。後期ローマにおけるギリシア語の著作物のラテン語への翻訳は、成功したものもあった。ギリシア語の知識が衰退すると、ラテン語世界の西ヨーロッパは、自らギリシア語起源の哲学や科学の中から切り離すことになった。その際、科学を学びたいラテン語話者は、ニコマコスのギリシア語著作を要約したボエティウス（470年–524年）の二冊の本（『算術入門』『和声概論』）を活用するしかなかった。イシドールスは630年にラテン語の百科事典を作った。私立の図書館が存在することになり、修道院も様々な書物を収蔵することになる。早い時期に我々が知っている指導的な学者の殆どは、自然の探求には関心が僅かしかなかった聖職者であった。自然の探求は、抽象的な探求より実用的な理由で行われた。病気に対する必要性から医療や薬に関する古文書の研究が導かれ、僧侶が祈りの正確な時間を決める必要性から星の動きの研究が導かれ、初歩の数学や太陽や月の動きを研究し教えることが導かれた。現代の読者は、時に同じ作業が自然現象の技術的な詳細や表される重要性の双方を考察することが当惑させるようなものと映るかもしれない。
都市の衰退により教育の範囲は縮減し、6世紀までに聖書の文言を研究する教育の中心とともに教育は修道院や大聖堂の学校に移行した。信者の教育は、イタリアやスペイン、ガリアの南部で細々と生き残り、ローマの影響は、最も遅かった。しかし7世紀には学問がアイルランドやケルトの土地に現れ始めたが、ここではラテン語は外国語であり、ラテン語の文章は、熱心に研究され教えられた。
西ローマ帝国の終焉と都市の衰退とともに文学と学問は、西ヨーロッパで衰退した。教育は修道院や大聖堂の領域となった。古典的な教育の「ルネサンス」は、8世紀にカロリング王朝で現れることになる。東ローマ帝国（ビザンティン帝国）では学問は（文学に関わる公教育の趣旨において）西ヨーロッパより高い水準を維持した。さらに東ではイスラームが東方の総大司教の多くを侵略し占領し、科学や哲学、その他学問の「黄金時代」における知的な努力において優位があった。
北極の野戦病院。瀕死状態のモルダーは冷たい水の中に入れられていた。すぐ近くで、スカリーは「モルダーを助けるためにはこうするしかない」と医師たちに説明していた。そんな中、モルダーは心停止状態に陥る。冒頭のシーンの2週間前、ボーフォート海にUFOらしき物体が墜落した。そのUFOに乗っていたバウンティハンターは生きており、地球での活動を開始した。2日後、バウンティハンターはペンシルベニア州スクラントンの中絶クリニックを訪れ、そこで働いていた医師を殺した。その殺害方法はとても奇妙なもので、首の後ろを謎の針で突き刺すというものであった。殺害後、ハンターはクリニックに火を放った。モルダーは匿名のEメールでその事件の存在を知った。スクラントンの医師のほかにもう2人が同様の手口で殺害されていた。不思議なことに、その3人の顔はまるで3つ子のようにそっくりだった。3人のうちの一人を脅迫していたプロライフ派の牧師からニューヨーク州のシラキュースにも3人と同じ顔をした医師がいるという情報を得る。その医者、アーロン・ベイカー医師を探し出すため、モルダーは新聞広告を出す。モルダーは同僚のバレット・ワイス捜査官にベイカーの保護を依頼した。しかし、2人はバウンティハンターに殺されてしまった。バウンティハンターはワイス捜査官の姿に変身し、ベイカーの自宅にやって来たモルダーとスカリーに「ベイカー医師はここにはいないよ。」と告げた。ワイス捜査官の殉職を知ったスキナー副長官は捜査の打ち切りを決めた。 ところが、2人にCIAのエージェント、アンブローズ・チャペルが接触してきた。チャペルによると、殺された医者たちはソビエト連邦が作り出したクローン人間で、ロシアとアメリカの両政府がその粛清を行っているのだという。チャペルはジェームズ・ディケンズ医師もクローン人間の一人なので、保護すべきだと2人に言った。3人はディケンズ医師の元へ向かった。しかし、ディケンズ医師はチャペルの姿を見た途端に逃げ出してしまった。実は、チャペルはバウンティハンターが変身したものであった。しかし、チャペルの正体を知らないモルダーとスカリーは、チャペルの言ったことを信じてしまうのだった。バウンティハンターはチャペルを殺害することに成功する。ここに至って、スカリーはチャペルに不信感を抱いた。しかし、モルダーはチャペルの話を信用すると言って聞かなかった。スカリーがワイスの死体を解剖したところ、彼の血液は凝固しており、赤血球数も異常なほど増加していることが判明する。また、スカリーはディケンズ医師の家で見つけたメモ書きに記されていた住所へ向かった。そこは研究所であった。チャペルはその研究所の存在を隠滅しようとしていたのである。その頃、モルダーは父親のウィリアムから妹のサマンサが帰って来たと聞き、実家を訪れる。サマンサは9歳ころの記憶がないままに今まで生きていたが、最近受けた催眠治療で自らがサマンサ・モルダーであることを思い出したのだという。サマンサは「バウンティハンターとクローン人間は異星人なの。クローンを殺し次第、ハンターは私を捕まえにやってくるわ。」とモルダーに言う。その頃、スカリーはバウンティハンターから身を隠すためにホテルに向かった。しばらくしてからスカリーが研究所に戻ると、4体のクローン人間がそこにいた。彼らは「自分たちが最後の生き残りだ。」と言う。スカリーは4人の身柄を保護しようとしたが、バウンティハンターはそれに勘付いていた。ハンターはモルダーに変身してスカリーの部屋を訪れた。まもなく、スカリーの携帯電話に本物のモルダーから電話がかかって来た。