下山事件から1ヶ月が経った昭和24年8月頃、事件の3日前に大韓民国代表部に李中漢（井川比佐志）という韓国人の情報屋が現れて、事件の予告を垂れ込んだ。李は米軍のCIC（米陸軍情報部隊）にも垂れ込んだが、虚偽の情報で扇動したとして、米軍が接収していた長崎県の針尾収容所に収容されていた。昭和25年初夏、韓国代表部の書記官から知らされた矢代は収容所の李に面会して、事件の謎を聞き出そうとした。李が「嗄(しゃがれ)声の男」から得たという情報によれば、下山総裁は7月5日に数人の男により誘拐されて、脇の下の血を抜かれて殺害され、死体は午後11時頃に列車に轢かれたという。米軍憲兵（MP）の監視が厳しいために李の話せることには縛りがあり、また捜査で判ったこととは細部に食い違いがあったが、興味深い内容であり、検察も興味を示した。遠山部長の情報によれば、李はその後に米軍のヘリコプターで本国に送還されたらしい。遠山は、李は真相を知りすぎたために海へ落とされて消されたのだと推測し、矢代に消される前に事件から手を引くべきだと説得を試みる。昭和25年（1950年）6月、朝鮮戦争が勃発、昭和28年（1953年）まで続いた。日本は米軍の兵器廠となって、特需景気に沸き、戦後復興が進む。
矢代は、下山邸に未亡人（岩崎加根子）を訪問する。未亡人によれば、事件の翌日に糸賀と名乗る自称・政治家（小沢栄太郎）が来訪し、「遺書があるでしょう、なかったら遺書を書きなさい」と自殺説を裏付ける遺書を書いて発表するように勧めた。このとき、彼女は下山が殺害されたと悟ったという。矢代が糸賀を訪ねて事情を訊くと、国の将来のためにそういう行動を取ったのだ、「あのままに放置しておいたら今頃は間違いなく革命が起きていただろう」と話す。糸賀は殺しのプロではないように見えるが、背後の勢力に操られているのだろうと、矢代は推測する。
忘年会の席で、警視庁捜査二課の吉川課長の異動が告げられた。警視総監の意向だという。下山事件の捜査には痛手だ、警視庁はやる気があるのかと、伊庭や矢代は憤る。翌昭和25年3月、「下山事件特別捜査本部」は解散され、担当していた捜査官たちは都内の警察署に異動となった。その後も、捜査二課の5名で細々と捜査が続けられたが、まもなく打ち切られた。
下山総裁が着ていた衣服や靴には、ヌカ油や色素などが付着していた。東大衛生裁判化学教室の秋田教授（近藤洋介）から裁判化学的に研究したいと申し出があり、警視庁捜査二課の若い大島刑事（山本圭）が担当することになった。その間にも逮捕者が出るが、そのほとんどが共産党員であった。矢代は、大島刑事とともに聞き込み捜査を続けた。ヌカ油を扱う工場は都内に多数あった。あるとき立ち寄った国原鋼材という会社は、ピアノ線を製作していたが、そこの主任（信欣三）によると、これは米軍が山の中の戦闘で使用するものだという。このとき、謎の男が窓の外から矢代たちを覗いて監視していることに、矢代は気づいた。ふとあることで、大島と矢代は、ヌカ油と色素は同じ工場で付着したのではないかと思い至り、その工場の数は限られていることを突き止める。いよいよ総動員態勢を決めた地検の伊庭次席検事らは、捜査の見通しが出てきたので喜び、前祝いを兼ねて忘年会をしようという。
下山事件から6週間後、三鷹事件から約1ヶ月後の8月17日、福島を走る東北本線松川駅北方のレールが故意にはずされて列車が転覆するという「松川事件」が発生し、下山事件・三鷹事件と並ぶ国鉄三大ミステリー事件となった。記者会見で内閣官房長官は、下山・三鷹の各種事件などと思想的底流においては同じものであると断定。捜査当局は、事件は労働組合や共産党ら左翼の犯行と決め付け、それらの多くの関係者が逮捕・起訴された。
1994年にモンツァでプロデビュー。1996年からはレギュラーに定着し、1998年7月1日に当時ACミランを率いていたアルベルト・ザッケローニ監督に引き抜かれ、移籍した。1999年1月17日のペルージャ戦にて、当時ミランで10年以上レギュラーを守り続けていたセバスティアーノ・ロッシの退場処分（中田英寿にPKを決められた後、急いでボールを取りに行ったクリスチャン・ブッキへの暴行）により急遽出場することになり、セリエAデビューを果たす。当時21歳であったが、そのままロッシからレギュラーを奪取しスクデット獲得に貢献した。2000年のU-21欧州選手権では優勝メンバーの一員となった。この頃からチームでも次第に守護神として定着していった。しかし、2002-03シーズンからは頭角を現し始めたジーダにレギュラーを奪われ、控えに降格。チームはそのシーズンにチャンピオンズリーグとコッパ・イタリアの二冠を達成する。なおジーダはチャンピオンズリーグ決勝のPK戦でPKを3度セーブするなど大活躍をした。その後もジーダからレギュラーを奪えずにいたが、2005年8月17日に正GKジャンルイジ・ブッフォンが負傷離脱したユヴェントスへレンタル移籍。シーズン序盤こそ硬さが見られたが、中盤以降はブッフォンに見劣りしないセービングを連発。また、代表でもブッフォンの代わりを務めた。2006年7月18日、5季ぶりにセリエAに復帰したユヴェントスのライバルであるトリノへレンタル移籍。トリノでは不動の守護神として36試合に出場し、残留に貢献した。2007年6月26日、今度はスペインのアトレティコ・マドリードへとレンタル移籍した。アルゼンチン代表のレオ・フランコとポジションを争い21試合に出場したが、定位置確保には至らなかった。シーズン終了後にミランに復帰した。4季ぶりにミラン復帰を果たした2008-09シーズンは、安定したプレーと鋭い反応によるビッグセーブを武器にジーダからレギュラーを奪取。さらにマルコ・ストラーリの負傷もあってその地位を確かなものとしていたが、2009年3月15日のシエナ戦で十字靭帯を痛め、そのままシーズンを終えた。2009-10シーズンは怪我の影響もあって、再度ジーダにレギュラーを奪われてリーグ戦わずか9試合の出場に終わり、大半を控えとして過ごした。ジーダが退団した2010-11シーズンは、新加入のマルコ・アメリアがレギュラーを取ると思われていたが、大方の予想を覆し、シーズンを通じて安定したセービングと驚異的な反射神経を披露してレギュラーの座を死守。7年ぶりのスクデット獲得に貢献した。2015-16シーズンをもって現役引退。なおシーズン最終戦となるホームのローマ戦で数分間の出場が見込まれていたが、終始劣勢という試合展開の影響で出場機会は無かった。2017年6月14日、ACミランがクラブマネージャーとしてフロント入りすることを発表した。