松本市は松本広域連合の構成員のひとつであり、救急・消防業務、地域開発などの業務を周辺市町村と共同で行っている。現時点では歴代広域連合長をいずれも当時の松本市長が務めている。松本市、山形村で構成する松本西部広域施設組合では松本市島内にあるゴミ処理場や併設された温水プール・ラーラ松本を、また松本市山形村朝日村中学校組合では、朝日村内にある鉢盛中学校を、それぞれ共同で運営している。
1871年12月31日（明治4年旧暦11月20日）から1876年（明治9年）8月20日の間、国策による合併策（町村分合）によって筑摩県が設置され、松本にはその県庁が置かれた。その後内務省により再編が行われ、信州は1県となる事になった。
松本が長野に対してアドバンテージを持っていた時代（政治的には明治維新まで、経済的には大正時代まで）には長野側も対抗意識を持っていたが、政経両面で長野が松本を追い抜いたころから次第に長野側の対抗心は薄れていった。しかしながら、かつて長野市のアンケート調査によれば、県内で移住したい都市の中で松本を挙げる長野市民がもっとも多かったという記録がある（二位は上田市）。松本と長野は、対東京の有様も対照的である。長野からは北陸新幹線（以前は信越本線）で上野駅や東京駅へ、松本からは中央本線で新宿駅へアクセスしているため、東京都区内での宿泊地や居住地でも異なる様相を呈している。このような地域間の対立はサッカーにおいても反映され、松本市を本拠地とする松本山雅FCと長野市を本拠地とするAC長野パルセイロの対戦は信州ダービーとして大きな盛り上がりを見せる。元長野県知事の田中康夫（長野県松本深志高等学校の卒業生）は、「長野県」ではなく「信州」と呼称するが、長野県より信州の方がイメージがよいためとしている。
2015年国勢調査での昼夜間人口比率は106.6%で、周辺自治体から流入超過となっている。松本市の都市圏はさまざまな定義があるが、主だったものとしては松本都市雇用圏（都市雇用圏）、松本市都市圏（国土交通省）、松本地域（松本地域振興局）などがある。圏内には上高地や安曇野など 全国的に有名な観光地があり、果樹栽培などの農業のほか精密機器などの工業も非常に発達している。
その後、八雲は東京の料理学校に通いながらパイが戻ってくるのを待っていたが、パイは新たな友人達と過ごす八雲を気遣い聖地に引き蘢ったままだった。しかしパイを聖地からおびき出したい黄舜麗が、封印されていた怪物太歳（タイソエイ）を東京上空に解き放つ。この危機に聖地から現れたパイは八雲と再会を果たし、太歳を封印する。再び人間になる方法を探し始めた八雲とパイは、鬼眼王が封印されていた「聖魔石」に残留思念の法をかけて「人化の法」を調べることを思い付く。黄舜麗はパイに封魔鐶を与えて密かに「三只眼」を封じ、さらに封魔操妖球で「三只眼」を操ろうとするが、憑魔一族の女戦士・グプターにパイをさらわれる。パイ奪還のため憑魔一族の本拠地へ乗り込んだ八雲だったが、彼らがその能力故に絶滅の危機に瀕し、かつては三只眼一族に従属することによって得られていた不老不死の法を求めていることを知って困惑する。そんな中、憑魔一族の王子・ガルガは自らが不死身となって世界を支配するという野望を現わしたことで、八雲とグプターは和解し、謎の男キンカラの協力も得てガルガに立ち向かう。戦いの中、封魔鐶が砕け散ったことで「三只眼」が力を発揮し、ガルガを打倒する。これ以降、憑魔一族は「三只眼」に下り「ニンゲンの像」と「聖魔石」の発見に尽力することとなった。やがて聖魔石のカケラを発見したとの報が届く。早速「三只眼」は聖魔石のカケラに残留思念の法をかけるが、そこから現れた鬼眼王・シヴァの幻影に魅入られ、原因不明の昏睡に陥ってしまう。八雲は囚われてしまったパイと「三只眼」の精神を解放するため、秘術商人ハズラット・ハーン共々パイの精神世界に入る。精神世界内はパイの幼少時代であるおよそ300年前の聖地を再現していた。八雲はそこで、三只眼吽迦羅が3人いなければ「人化の法」は行なえないことや、「人化の法」の最中の事故により心優しかったシヴァが邪悪な鬼眼王に変貌したことを知る。八雲たちはパイと「三只眼」を覚醒させて帰還するが、人間にはなれないという事実に途方に暮れる。一方、黄舜麗は「三只眼」に自分が「迅鬼」という妖魔であることを明かし、第2の鬼眼王となるようそそのかす。しかし彼女の真の狙いは、「三只眼」の中にある八雲の魂を魔物に食べさせ、自らが无に成り代わることにあった。それに気付いた八雲は迅鬼と交戦し、あと一歩まで追い詰めるが「あんたは俺の家族だ」と止めを刺さずに去った。八雲の魂を食おうとしていた魔物を退けた八雲と「三只眼」の前にキンカラが現れ、八雲の魂を横取りする。キンカラの正体は倒したはずのベナレスで、実は聖地でベナレスと対峙した時点で鬼眼王は聖魔石の中にはおらず、聖魔石のカケラを使ってパイを昏睡状態にしたのも彼だった。八雲はピンチに陥るが、駆けつけた迅鬼の援護により魂を取り戻す。しかしベナレスの攻撃を受け迅鬼は命を落とす。八雲と「三只眼」は黄の死を悲しみつつ、来るべき鬼眼王やベナレスとの戦いへの覚悟を新たにする。