職員の多くは、海上保安学校又は海上保安大学校の卒業者であるが、最高位とされる海上保安庁長官は、第43代長官に海上保安庁生え抜きの職員が就任するまで、一貫して上級官庁（現在は運輸省・国土交通省）の局長級キャリア官僚が長官として就任してきた。また、管区本部長や本庁の基幹職員には国土交通省や省庁間交流による他省庁職員などの官僚が海上保安庁の職員となる場合がある。少数であるが、海上保安庁が採用した一種及び三種採用（理学系、技術系）の職員から海上保安官になるものがいる。海上保安庁法施行令第9条には、一等海上保安監を最高位とし、三等海上保安士補まで12階級を規定している。但し、同施行令における階級最高位である一等海上保安監の階級は人事上、その職責によって甲乙に区分されているため階級制度上、一等海上保安監の階級だけで2階級存在している。さらに、部下を指揮する役職としての長官、次長及び海上保安監が存在し、また、海上保安庁職員服制（昭和23年運輸省令第33号）では、先の3職の制服を定めていることから、実質的には長官を最高位として学生まで含めると13階級となっている。なお、現在、海上保安官補（司法巡査）は誰も在職しておらず、また海上保安官補の階級である「一等海上保安士補」から「三等海上保安士補」の任命は現在発令されていない。
アミアンの和約の後、クックは陸上で半給生活をしばらく続け、その後、1803年のナポレオン戦争の勃発と共に艦隊に呼び戻された。クックは、プリマスでウィリアム・ヤング提督から旗艦艦長を打診されたが、クックはうまくそれを断り、その代わりに現役の指揮官を願い出て、1805年4月25日に地中海艦隊の「ベレロフォン」の指揮官に就任した。その年の5月、ピエール・シャルル・ヴィルヌーヴ指揮下の、フランスとスペインの合同作戦による大規模な艦隊がトゥーロンを出た。トラファルガー作戦の開始に向けて、クックはカスバート・コリングウッド中将指揮下の遊撃艦隊に参加した。この遊撃隊は6月9日にカディスを出港し、コリングウッドは「ベレロフォン」ほか3隻の艦を派遣して、リチャード・ビッカートンの指揮のもとカルタヘナを封鎖した。仏西両艦隊が8月20日にカディスに入港した際、コリングウッドはビッカートンの軍を召集して、港の封鎖を開始した。多くの艦がコリングウッドを支援し、その後コリングウッドはホレーショ・ネルソンと役目を交代した。クックはこの時、「ホレーショ・ネルソンに、我が軍の野望を担わせることをすべて約束する」と口にしたと言われる。ネルソンはそれ以前にヴィルヌーヴの艦隊をカディスで捕らえたことがあり、彼らが逃げ帰ってくるであろうことを予期して、港を封鎖し続けた。フランスとスペインの艦隊は、1805年10月18日にカディスに戻ったが、すぐにネルソンに追跡され、10月21日に戦闘状態に突入した。この戦闘で、ネルソンは艦隊を2つに分けた。風下縦列はネルソン指揮下の縦列で北へ向かい、風下縦列は「ロイヤル・ソヴリン」座乗のコリングウッドに指揮されて南へ向かうことになった。クックはコリングウッドの風下縦列の5番目に位置して、仏西合同艦隊との交戦で、最初の砲火を構える艦の1隻だった。クックは、自分が戦死した時のために、一等海尉のウィリアム・プライス・カンビーと彼の教官であるエドワード・オーヴァートンに、ネルソンの命令を伝えると言う異例の方法を取った。「ベレロフォン」は間もなく、フランスとの接近戦に入り、敵の防御線を破って「レーグル」と砲火を交わした。この艦隊には他のフランス艦もいたため、「レーグル」の艤装と檣頭（マストヘッド）とは、マスケット銃を持った兵士と擲弾兵とで埋め尽くされ、「ベレロフォン」を射程内にとらえており、「ベレロフォン」艦上におびただしい水兵の遺体がさらされていた。クックとカンビー、オーヴァートンが立っていた船尾甲板にも多くの砲撃が放たれた。カンビーは、クックがこの期に及んでまだ制服を、それも、肩章で、艦長の地位であることが敵軍の狙撃兵にわかる制服を着ていたことを、驚きを持って書き留めている。クックは肩章を外すのを忘れており、また肩章が身の危険を招くことも認めていた。しかし彼は答えた「時すでに遅しだ。私はこの現状をわきまえている、しかし死ぬときは潔く死ぬつもりだ」戦闘が進むにつれ、「レーグル」のピエール＝パウル・グレージュ艦長は、乗員に、「ベレロフォン」に乗り込んで、この艦を強奪するように命令した。グレージュには、数に勝る自軍の兵が、イギリス軍の乗員を圧倒するという期待もあった。クックはカンビーを下げ甲板にやって、そこの大砲がフランス艦を砲撃し続けているかを確かめさせた、戦闘は上甲板の方で続いていたからだ。そしてクック自身は、「ベレロフォン」の船尾甲板に砲弾を浴びせているフランス軍に突進し、敵の士官を射殺して、その後ろにいた兵たちとの白兵戦に持ち込んだ。何分かののち、カンビーは援軍と共に上甲板へと戻り、段索の上で致命傷を負っているオーヴァートンのところを通り過ぎた。「ベレロフォン」もかなりの損害を受けており、やはりそこにいた操舵員が、混戦状態の中でクックが倒れたと伝えた。カンビーの命令により、「ベレロフォン」のフランス軍は一掃された。そして彼は、船尾甲板にクックの遺体を発見した。2つの銃弾が彼の胸を貫いていた。クックの最後の言葉は「しばらく静かに休ませてくれ、カンビーに降伏しないように伝えろ」だった。満身創痍の「ベレロフォン」の指揮を執ったのはカンビーだった。彼は艦の大砲を「レーグル」に向け、他のイギリス艦が到着した後、このフランス艦を降伏させた。「ベレロフォン」の損害は悲惨なものであった、27人が戦死し、127人が負傷していた 。戦闘の後の激しい嵐で、「レーグル」は行方不明になったが、「ベレロフォン」は、主にカンビーのリーダーシップによって、迷わずに済んだ。彼は後に、この時の功績によってポストキャプテンに昇進した。クックの遺体は翌日、ベルロフォンの、致命傷を負って死んだ他の者達と共に水葬にされた。