日本は明との公式な貿易が禁じられていたが、中国人が東南アジアに進出するにつれて、16世紀末から日本人と中国人が東南アジアで取り引きを増やすようになる。幕府は朱印状を発行して、海外渡航船の管理を行った。朱印状は日本を拠点とすれば国籍に関係なく発行された。ポルトガル人も朱印状を受け取っており、マカオ商人ヴィセンテ・ロドリゲスに朱印状が発行された記録がある。マカオ商人の朱印状には、イエズス会が協力していた。スペインはポルトガルに遅れてアメリカ大陸を経由して太平洋航路を開拓した。スペイン領であるノビスパンのアカプルコとルソン島のマニラをつなぐマニラ・ガレオンを始める。スペインがマニラから日本を訪れると、徳川家康はスペインとの貿易に積極的になり、京都の商人田中勝介をノビスパンに派遣した。また、ポルトガル商人が生糸の独占的利益を得ていたため、これを削ぐことを目的として京都・堺・長崎の商人に糸割符仲間を結成させた。家康の頃はキリスト教は禁止されてはいたものの貿易は推奨されていた。しかし、その後の江戸幕府は、禁教政策の徹底や、国際紛争の悪影響を防ぐ観点から、海外との貿易の管理・統制を次第に強めていった。ヨーロッパ人との交易は平戸と長崎に限られるようになり、スペイン船の来航が禁止された。のちにはアユタヤで長崎町年寄の高木作右衛門の朱印船とスペイン艦隊の間で紛争が起きて、朱印船が焼き払われるアユタヤ事件が起きる。幕府では朱印状の権威がないがしろにされたとして、朱印船に代わって奉書船へと移行した。
商品貿易とともに日本に入ってきたのがキリスト教であり、ポルトガル商人とイエズス会宣教師は東アジアに進出を始めた当初から協力関係にあった。ザビエルは薩摩国に上陸してから、中国の泉州と日本の堺でのポルトガル商館の建設や、イエズス会が商館の関税を会の財源にすることをマラッカの長官に提案している。ザビエルは、日本で需要がある商品のリストも作った。マカオ当局とイエズス会の間では、毎年50ピコの生糸をイエズス会の取り分とする契約が結ばれた。イエズス会はプロクラドールという貿易や財務担当の役職を任命して、南蛮貿易から財源を調達するようになり、禁教後もこの関係は続いた。イエズス会の提唱でマカオの行政執行部が発足して、ポルトガル領インド政府はマカオを集落からシダーデ（市）に昇格させて行政単位として認めた。こうしてイエズス会はマカオの地域社会の整備に重要な役割を果たした。長崎のプロクラドールは、岬に建設された教会内のカーザに貿易品を貯蔵して取り引きを行ったので、教会がポルトガル商館のように機能した。かつてのザビエルの提案はそのままでは実現しなかったが、プロクラドールの形で実現した。プロクラドールが貿易を行う点は「躓きの石」として批判も受け、禁止された時期もあった。イエズス会はマカオの商人とカピタン・モールの間をとりもつ役割を果たし、簡易裁判所のような機能も果たした。創設された聖パウロ学院には金庫が設置されて、日本との貿易や関税で得た貨幣を保管した。聖パウロ学院は日本布教のために日本人司祭の養成を目的としていた。
マカオ・日本間の定期航路が開設されて、司令官であるカピタン・モールの商船が往来した。島原に最初に来航したカピタン・モールはフェルナンド・メネゼスだった。これ以降は、カピタン・モールの管理貿易による定期船と、私貿易の個人商船が並立した。薩摩国には1570年までに18隻のポルトガル船が来航しており、倭寇のジャンク船を含めればそれ以上の数となった。定期航路によって平戸への来航が増えると、平戸の近隣の領主である大村純忠は、日本初のキリシタン大名となって横瀬浦を開港して貿易で繁栄する。のちに戦火での焼失が原因で横瀬浦から福田浦、そして長崎へと貿易港が移り、純忠は長崎を教会領としてイエズス会に寄進して、貿易を求める日本商人が長崎に集中するようになった。大村氏は長崎を直轄にしようとしたが、長崎は教会領の自治都市として発展し、周辺の領主と合戦を繰り返した。織田信長と豊臣秀吉は、基本的に南蛮貿易を推奨した。信長は安土楽市令において、道路通行の強制や宿場町での積み替えを強制しており、当時のヨーロッパの絶対主義国家による都市振興策と共通点をもつ。このため、信長の政策にはイエズス会士から得た情報が影響したという説もある。秀吉は貿易の利益を望みつつも、キリスト教に対してはバテレン追放令を発布して長崎を直轄領とした。江戸幕府の成立後は、長崎は幕府の直轄領となった。
12世紀末から13世紀初頭にかけてオイラト部族長の地位にあったクドカ・ベキの息子として生まれ、兄弟にはイナルチ、オグルトトミシュらがいた。1208年、モンゴル高原北西部の「ホイン・イルゲン(森林の民)」の中で最も早くチンギス・カンに投降したクドカ・ベキはその功績を評価され、クドカ・ベキの息子トレルチがチンギス・カンの娘チチェゲンを娶り、チンギス・カンの息子トゥルイがクドカ・ベキの娘オグルトトミシュを娶る「交換婚」が計画された。トゥルイとオグルトトミシュの婚姻はトゥルイが早世したため成立せず、代わりにトゥルイの長子モンケがオグルトトミシュを娶ることになったものの、トレルチとチチェゲンの婚姻は当初の予定通り成立し、トレルチ以後、クドカ・ベキ家はチンギス・カン家と密接な婚姻関係を結ぶ姻族として栄えていくことになる。トレルチの子孫について、『集史』「オイラト部族志」は二つの互いに矛盾する伝承を記録している。一つめの伝承は「トレルチとチチェゲンとの間にブカ・テムル、ブルトア、バルス・ブカ、エルチクミシュ、オルガナの三男二女が生まれ、またブカ・テムルからはオルジェイと名称不明(クチュ)の二女が生まれた」とするもので、もう一つの伝承では「［トレルチの息子］ブカ・テムルにはクイク、オルガナ、クチュ、オルジェイという4人の姉妹がいた」とする。両者を比較すると「クチュとオルジェイの姉妹がトレルチの娘か孫娘か」という大きな差異が存在するが、『集史』の編者ラシード自身が「［後者の］伝承が正しい」と述べていることや、『集史』「フレグ・ハン紀」で「オルジェイはトレルチの娘」と明記されていることなどから、後者の伝承が正しいと考えられている。後述するように史料上に残るトレルチの三男五女は殆どがチンギス・カン家の人間と結婚し、トレルチの子供の世代にオイラト王家は姻族として最も栄えることになる。トレルチの子供の世代に一気にチンギス・カン家との婚姻が進んだのは、第三代皇帝グユク死後の政変でそれまで姻族として有力であったコンギラト部アルチ・ノヤン家が一時的に衰退し、第四代皇帝モンケが代わりにオイラト王家を厚遇したためと考えられている。