新屋島水族館は、1969年に四国電力の子会社などが出資し、屋島山上水族館（やしまさんじょうすいぞくかん）として開館した。運営は、高松琴平電気鉄道の関連会社である株式会社屋島水族館（同年に「屋島施設管理株式会社」と名称変更し、2019年5月に特別清算が終結。）が行っていたが2006年9月30日限りでいったん閉館。10月1日付けでせとうち夢虫博物館株式会社に事業売却され、整備改修後、12月23日に「新屋島水族館」として営業再開した。せとうち夢虫博物館は、世界的水槽メーカーの日プラの子会社で、本水族館は日プラの最初の納入先であるいわば同社の事業の原点であることから経営を引き継ぐことを決めた。運営を引き継ぐに際して日プラは回遊プールを新設した。プールは直径10m・地上部分2.2m・地下部分2.2mで、360°継ぎ目のない水槽での観覧が可能である。2008年3月29日には、旧レオマワールド内にあったせとうち夢虫館が隣接地に移転オープンした（当初は2007年9月の予定であったが、当館の開業に伴う道路混雑から見送られていた）。しかし、瀬戸内海国立公園内で建造物に制約があり、当初予定していた外観の変更や展示方法が実現できなかったことも一因となって、移転からわずか1年後の2009年3月31日限りで閉館となった。2014年11月11日、運営元の日プラが、施設の老朽化や国立公園内であることによる施設の抜本的改修の困難性を理由に2015年にも閉鎖することを発表したが、その後の報道で2016年3月までは営業を継続すると表明した。2016年1月18日、日プラは施設をリニューアルしての存続を検討する方針を発表したが、国の規制への対応等で行政のバックアップが前提としている。香川県内では宇多津町・三豊市・小豆島町が水族館の新設を計画しており、新屋島水族館の存廃はそれらに影響を与える可能性があると報じられている。行政からの支援について確定した報道はないが、いったん期限とされた2016年3月末を過ぎても営業は継続している。日プラは「時間はかかっても、今の場所で営業を続けながら改修を進める」方針に転じたと報じられており、高松市は屋島活性化のため国立公園内での規制に対する配慮を国に対して求めている。2018年3月、高松市長の大西秀人は市議会で、自治体が施設整備に出資した上で運営を民間に委託する公設民営方式によりリニューアルする方針を明らかにした。
このフライバイ・アノマリーの原因について様々な可能性が検討され、また除外されてきた。 まず地球の上層大気による抵抗の影響については、探査機を減速する方向に働き、しかも多くの場合接近した高度では十分小さいので除外された。 潮汐によって海や地殻が変形することによってわずかな重力変化が生じるが、これも探査機に与える影響は十分に小さい。 地磁気の影響についても、それが探査機の速度にこれほどまで大きく作用するほど探査機が帯電したり磁気モーメントを持つことは考えられなかった。 その他、地球からの反射光による放射圧や太陽風の影響も小さく、通信電波の光子のスピンと探査機・地球の自転とによりドップラー偏移がわずかに影響を受けるという現象（スピン‐回転カップリング）でもないとされた。 地球の自転が時空を引きずる一般相対論的効果（慣性系の引きずり、frame-dragging) も検討されたが、やはりこの現象を説明できるほどの大きな影響があるとはみなされていない。こうした既存の物理学によって考えうる様々な可能性が再検討されたものの、原因は明らかとならず、同時に未知の現象の可能性も含めた検討もなされてきた。 まず、これまで提案されているいくつかの非標準的な物理理論により説明が可能かどうか検討されたが、このアノマリーを十分に説明できるようなものは見出されていない。 一方このアノマリーを受けて、地球の周辺に濃い暗黒物質の雲がたまっていると仮定した理論や、慣性とウンルー効果 (Unruh effect) を結びつける理論など新たな枠組みによる説明も提案されている。 また、パイオニア探査機で明らかになっているパイオニア・アノマリーとこの現象との関係も疑われた。 一見して両者は大きく異なった現象であるが、パイオニアが木星や土星でスイングバイを行ったものであることにも注目して議論されている。2008年に JPL のジョン・アンダーソン (John D. Anderson) らは様々にデータを検討した末に、探査機が地球に近づくときおよび遠ざかるときの進行方向の赤緯、すなわち赤道面に対してなす角度がこの効果と相関していることを見出した。 アンダーソンらが導いた経験式によれば、効果は接近が南北に対称なときなど、これらの赤緯の大きさが等しいときに 0 となり、食い違っているときほど大きくなる。 この式の背後の物理的機構は不明のままであるが、メッセンジャーのスイングバイにおいてアノマリーが現れなかったのは、その軌道が南北に対称なものであったことが重要であることを式は示唆していた。 また2回目のガリレオのスイングバイやカッシーニのスイングバイにおいてその後見積もられた負の速度変化とも矛盾しない値を与えた。一方で、アンダーソンらの式を受けて、それがよく知られた特殊相対論的なドップラー効果 (横ドップラー効果、transverse Doppler effect) だけで説明できる見かけ上のものだという指摘もなされ、少なくとも一部の軌道解析ソフトウェアのミスである可能性が示唆された。 ただしその場合にはレンジング･データでも食い違いがあると思われることや、JPL とは別の機関の分析でもアノマリーが示されていることの説明として十分ではなく議論が継続した。 その後、2013年10月9日の木星探査機ジュノーによる地球スイングバイでは、アンダーソンにより近地点前後で 7 mm/s 程度の速度変化をもたらすアノマリーが予測されたため注目されたが、結果は否定的なものであり、このことはこれまでのアノマリーについても疑問を投げかけるものとなった。