清教徒の一部の独立派や分離主義者の中には新大陸アメリカ、オランダなどへ亡命する者も多く、イングランドでの宗教的迫害は、信教の自由や政教分離論の主張や、万人祭司主義の徹底化による会衆主義を深めていった。イングランド国教会に反対した清教徒は1620年、新大陸へ植民し、ピルグリム・ファーザーズはプリマス植民地を開拓し、ジョン・ウィンスロップはマサチューセッツ湾植民地を建設した。マサチューセッツ湾植民地へは信仰の自由を求めた2万人のイングランド人が渡航し、ニューイングランドと呼ばれるようになった。こうした亡命清教徒は清教徒革命後にイギリスに帰国し、議会派を助けた。また、ニューイングランドではスペイン植民地やフランス植民地などカトリック勢力の脅威があり、イングランド本国でもスペイン・フランスのカトリック大国や、国王派の拠点と信じられたアイルランドのカトリックへと敵対するなど、イングランド本国とニューイングランドでは反カトリック主義が共通しており、クリストファ・ヒルは水平派などの急進主義者が最も激しく反カトリック的であったとしている。
1662年12月、チャールズ2世はカトリックを保護するための「信仰自由宣言」を出したが、議会が撤回させた。1670年にチャールズ2世はフランスのルイ14世とドーヴァーの密約を交わし、イングランド王がカトリックに改宗することを条件にフランスが軍事支援と年金を贈るとされた。1672年の第二次信仰自由宣言でカトリックは保護された。しかし、これにも議会は反対し、審査法では公職からカトリックが除外され、チャールズ2世の弟で次期国王候補のヨーク公ジェームズ（後のジェームズ2世）も追放された。1678年にはカトリックが王暗殺計画に関与していたという「教皇主義者の陰謀」が明るみにされ（カトリック陰謀事件）、王は騎士議会を解散し、「カトリックによる陰謀を阻止するために」議会と王が争うにようになり、再び清教徒革命以前の反カトリック意識が高まっていった。議会はカトリックであるヨーク公を王位継承者から排除する王位排除法案が提出されると、反対派（嫌悪派）と法案賛成派（請願派）が全国規模で争われた。反対派（嫌悪派）はやがてトーリーと呼ばれ、王への服従と国教会体制の堅持を原則にした。請願派はやがてホイッグと呼ばれ、王権を制限して議会主権や宗教的寛容を主張し、非国教徒から支持された。1679年には教皇の人形を焼くデモがロンドンでなされ、請願派の動きは高揚したが、王は譲歩せずに議会を解散してホイッグ弾圧を始めた。1682年、ホイッグの中心であったシャフツベリ伯爵アントニー・アシュリー＝クーパーはジョン・ロックらとオランダへ亡命した。
1660年5月、チャールズ2世が亡命先から帰国し、王政復古が実現した。腹心のクラレンドン伯爵エドワード・ハイドが起草したブレダ宣言では革命関係者の大赦がなされ、信仰の自由が明記された。しかし、報復は避けられず、「王殺し」のトマス・ハリソン、ヘンリー・ベインら14人が処刑された。1661年に第五王国派が武装蜂起すると、「クラレンドン法典」と総称される清教徒弾圧を立法していった。非国教徒は公務員になれないとする自治体法、国教会以外の宗教集会を禁止する秘密礼拝禁止法、王に忠誠を誓わない非国教派の聖職者を5マイル以遠に追放する5マイル法が制定された。
また、同じく反革命勢力とみなされたスコットランドを第三次イングランド内戦で征服した後併合し、国王の遺児チャールズ2世はフランスへ亡命した
1653年に護国卿に就任したクロムウェルの共和国政権ではイングランド、スコットランド、アイルランド、植民地、ヨーロッパのプロテスタントを保護し、ヨーロッパ大陸のユグノーを援助し、カトリック勢力に打撃を与えることが目標とされた
しかし1658年にクロムウェルが死去すると、息子リチャード・クロムウェルが護国卿に就任するが混乱を収拾できず、翌1659年に職を退いて政権が崩壊し、1660年4月には貴族院が復活した

この項目では、アメリカ合衆国における政教分離原則の成立史について解説する。米国で政教分離制度が成立するにいたった背景として、イングランド（グレートブリテン王国）本国における国教会と非国教会または清教徒（ピューリタン）の対立、そして、イギリス帝国の北アメリカ植民地だった13植民地における政教関係がある。13植民地がアメリカ合衆国として独立した際に、信教の自由と政教分離（国教の禁止）は憲章として重視され、アメリカ合衆国は政教分離を国制とした史上初の世俗国家となった。
ガハイ・エレスンで敗北を喫したダヤン・ハーンは退却して態勢を立て直し、新たにオンリュートに属するアバガ部、ホルチン部を味方に加え、今度はダラン・テリグンの地で右翼3トゥメン軍を迎え撃った。『蒙古源流』によると、ダヤン・ハーン軍からはホルチンのブルハイ・バートル・タイジ、ウリヤンハイのバートル・バヤハイ、ジャルートのサイン・チャキジャ、5オトク・ハルハのバガスン・タブナン、ケシクテンのバートル・オロムの五人が先鋒として先駆け、トゥメト軍にはハルハ軍が、ヨンシエブ軍にはチャハル軍が、オルドス軍にはウリヤンハイ軍が、それぞれ相対したという。戦いの半ば、オルドス軍はバイチュフル・ダルハンらの突撃によってウリヤンハン軍を2分し優勢にあったが、モンゲクという旗手がバルス・ボラトが奮戦するのを見てこれに投降し、これを契機として右翼3トゥメン軍は劣勢となり、最終的に敗走した。モンゴル年代記ではこの時マンドライとイブラヒムは殺されたとするが、実際には両名は残存勢力を率いて西方に逃れ、最終的にココ・ノール(青海)地方に定住した。ダラン・テリグンの戦いの年代に関して、『アルタン・ハーン伝』の「白い午年(1510年)」と『九辺考』『辺政考』といった漢文史料の「正徳四年(1509年)」という2つの記録がある。しかし、『明実録』には正徳四年にイブラヒムがオルドス地方に現れ、その後更に西方に移住していったという記録があり、これがダラン・テリグンに破れて敗走するイブラヒムの足跡であると考えられている。このため、ダラン・テリグンの戦いはイブラヒムがオルドス地方に現れる直前、1509年秋頃のことであると推測されている。