国分によって既得権益を奪われた在地勢力の不満は国人一揆の形で現れた。早くも天正15年8月、検地を強行した佐々成政が、これに従わない隈部親永を攻撃したのに対し、親永に与力した国人・百姓が一揆を結び、成政の本拠隈本城（熊本県熊本市）を襲撃している（肥後国人一揆）。肥前国、豊前国においても同様の一揆が起こった。秀吉の九州制圧を祝って10月1日に京都で10日間にわたって開く予定であった北野大茶湯も、1日開催したのみで中止となったが、これは秀吉が肥後国人一揆の報を耳にしたからだと言われている。また佐々成政は肥後での失政をとがめられて肥後一国を取り上げられ、摂津国尼崎で切腹を命じられた。こののち肥後の北半部は加藤清正、南半部は小西行長に与えられた。秋月種実の櫛間入部に際しては、在地の伊集院久治が不満を抱き、約半年にわたって櫛間城から退去せず、飫肥城の城代であった上原尚近（島津氏家臣）も伊東祐兵への城明け渡しを約1年にわたって拒むなどの事件も起こった。秀吉は、抵抗する領主に対しては徹底的に成敗するよう配下に命じており、これは九州地方における戦国時代の終焉と近世的な新しい秩序の幕開けを意味していた。また、北部九州を中心に新たに豊臣系大名領が設けられ、大規模な蔵入地（直轄地）が九州各地に設けられたことは、この地方を「唐入り」の前進基地として位置づけることを念頭に置いており、単なる領土裁定の枠を超えるものであった。その一方、秀吉の天下統一事業において九州国分は西日本一帯の平定完了を意味しており、こののち東国の平定が豊臣政権の大きな課題として残された。
天正14年（1586年）6月、島津氏は、島津氏に示された上記の国分案を拒否し、筑後・筑前にまで侵攻した。九州攻めのはじまりである。秀吉は「九州停戦令」に違反したとして、諸大名に島津氏の「征伐」を命令して中国地方・四国地方の大名を派遣したが、島津はこれらとも戦い、かえって豊後国をも占領した。天正15年3月1日（西暦1587年4月8日）、秀吉が大坂城を出発、「やせ城どもの事は風に木の葉の散るごとくなすべく候」（黒田孝高あて朱印状）として自らも九州に出陣した。秀吉の大軍に対し、島津氏は日向国高城（宮崎県木城町）を前線として抗戦したが、根白坂で一戦したのみで5月8日には島津義久が剃髪して降伏した。一方豊後の大友義鎮は、4月の島津勢の撤退ののち疲労を訴えるようになり、日向一国を隠居料にという秀吉の提案を辞退し、そののち隠居地の豊後国津久見（大分県津久見市）で5月6日に死去した（同じころ、肥前の大村純忠も死去している）。義久の弟島津歳久、同じく日向飯野城の城主島津義弘、家臣の新納忠元らは義久降伏後も抵抗を続けたが、豊臣方の石田三成と島津側の伊集院忠棟の間で調停が進み、義久の働きかけもあって講和が成立した。5月25日（新暦6月30日）、秀吉は臣従した義久を「一命を捨てて走り入ってきたので赦免する」として、義久には薩摩国を、義弘に対しては大隅国を安堵し、義弘の子島津久保に対しては日向国諸県郡のうち真幸院をあたえた。また、5月30日には佐々成政に肥後国一国を与えた。肥後の国人衆は、旧領安堵された上で成政の家臣団に編入することとした。
しかし、当時の公家の日記などには義満の行為が皇位簒奪計画の一環であるとした記録はなく、直接の証拠はない。また、皇位簒奪計画の最大の障害になる筈である儲君躬仁親王が何らかの圧迫を受けていたとする記録も無い。その後の研究では義満以降の日本国王号が日本国内向けに使用された形跡がないことから、国王号が朝廷に代わる権威としてではなく朝貢貿易上の肩書きに過ぎなかったと評価されている。石原比位呂は今谷説の批判を通じて、これまでの足利義満期の公武関係に関する研究の問題点を指摘し、義満は将軍の任命権者である（北朝）天皇の権威の回復のために朝儀の復興を原理原則に忠実かつ威儀厳重に催行されるべきという考えであったと指摘した上で、義満によって処罰された公家の多くはこの方針に反した者たちであったが義満の方針にもっとも反発したのは治天の君である後円融天皇（後に上皇）であったとする。このため、義満は自らの朝廷政策の実現のために後円融天皇を退位させてその権限を剥奪して新帝・後小松天皇の父代わりを演じる必要があったと推測し、今谷説は足利義満と後円融天皇の個人的対立を公武関係全体にまで広げた過大な解釈であると批判し、義満の「上皇化」も自己の朝廷政策を実現させるために対立した後円融天皇を排除して義満自身が後小松天皇の後見を行う必要性があったからだとしている。榎原雅治によれば、現在では、義満の公家化は、朝廷側にも義満を利用しようという思惑があったとの考えが定説となりつつあるという。当時財政的に窮乏していた朝廷は、政治的安定によって経済的支援などを得ようとした。権威の復興を図る朝廷と、武家の中で足利家の権威をより高めようとする義満の意図が一致し、義満が公家化したとされる。義満のとった措置は子の義持によって改められた。義満への太上天皇贈位は辞退され、義持に対し、公家達が義満と同様の礼を取ろうとした際も、義持は辞退している。ただし、その義持も義満の朝廷政策の全てを否定していた訳ではなく、義持の花押は公家様の花押しか伝えられておらず、公家の家門安堵に関与して後継者に偏諱を授与したり、称光天皇（躬仁親王）の御名を改めさせる（天皇の御名変更は義満ですらなし得なかった）など朝廷への影響力行使を続けており、天皇との直接的な距離は置きつつも朝廷に対する関与路線は継続されている。仮に簒奪計画があったとしても、それは義満一人の計画であり、義持や管領斯波義将を始めとする守護大名達は参画していなかった。近年では、王権簒奪説に対する批判が相次ぎ、もはやそのままでは成立しない学説となっている。