イエスの十字架のそばには、その母と母の姉妹、クロパの妻マリアとマグラダのマリアとが立っていた。 — 新共同訳ヨハネによる福音書19:25さて、イエスの十字架のそばには、イエスの母と、母の姉妹と、クロパの妻マリヤと、マグダラのマリヤとが、たたずんでいた。 — 口語訳ヨハネによる福音書19:25さてイエスの十字架の傍らには、その母と母の姉妹と、クロパの妻マリヤとマグダラのマリヤと立てり。 — 文語訳ヨハネによる福音書19:25さて耶穌の母はゝと母はゝの妹いもと及およびキロパの妻つまなるマリアとマグダレネのマリアとその十字架じうじかのかたはらにたてり — ヘボン訳ヨハネによる福音書19:25「クロパの妻マリア」は「イエスの母マリアの姉妹」であるとする説もあるが、福音書の版により「クロパの妻マリア」と「イエスの母マリアの姉妹」とを別人と読むこともできる。
クロパの妻マリアは新約聖書の内、『ヨハネによる福音書』<19章25節>でイエスの磔刑を見守る場面に登場する女性たちの一人。『マルコによる福音書』<15章40節>に登場する小ヤコブとヨセの母マリアと同一人物であるとする説もある。
街路や水路、武家建築、町家建築、寺社建築、御船倉や藩校などの建築物が多く遺存しており、各年代の多様な建築物が重層的に残っていることから、2006年に「萩―日本の近世社会を切り拓いた城下町の顕著な都市遺産」として世界遺産暫定リストへの記載が提案されたが、「世界史的・国際的な観点から、近世日本の城下町の様相が遺存する都市遺産の代表例」という提案理由に対して「典型例として、本資産が顕著な普遍的価値を持つことの証明が不十分」とされ、暫定リストへの記載は見送られたが、「他の同種資産と組み合わせることにより、顕著な普遍的価値を証明し得る可能性について検討すべきものとして評価できる」とされた。2007年に「九州・山口の近代化産業遺産群―非西洋世界における近代化の先駆け」の構成資産として、文化庁へ再度提案が行われ、2009年に暫定リスト入り、萩市内の資産として萩反射炉、恵美須ヶ鼻造船所跡、松下村塾が記載された。2009年に開催された専門家によるシンポジウムの結果を受けて「萩城下町」が新たに記載された。2014年に世界遺産への推薦が決定、2015年の第39回世界遺産委員会において「明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業として世界遺産に登録が決定した。
1863年（文久9年）3月27日、敬親は藩士に対し、「采地帰住令」を発し、4月16日には「日帰りの湯治」と称して、山口後河原の屋敷に移り、そのまま山口に永住することを発表、藩庁を山口に移した。激動化する幕末情勢の中、攘夷の決行に際して、艦砲攻撃に弱いと考えられた萩よりも山口の方が指揮に相応しいと考えたためである（山口移鎮）。これにより、輝元入城以来259年にも渡り、人口4万人の中国地方有数の城下町に発展した萩は城下町としての歴史に幕を下ろした。明治維新後、堀内地区を中心とした上級武家地は旧士族授産のための夏みかん畑に転用され、 中下級武家地の多くが、宅地内に夏みかん畑を持つ住宅街となった。町人地においては、町家の近代化が進められた。寺院や神社は統廃合はあったものの、ほぼそのままの位置に存続した。城下町の基本構造は現在まで受け継がれている。
13代藩主に就任した毛利敬親は、1843年（天保14年）に藩校明倫館の改革に着手、文武奨励に取り組んだ。これ以降、医学教育や種痘の普及、博習堂の設置等洋学の推進を進め、恵美須ヶ鼻造船所での丙辰丸の建造や兵制改革等強兵策も断行した。この試みは明治維新に先駆けた産業革命と評価されており、遺跡は、産業化等についての政策形成や当時の改革時の伝統的経済の姿を今に伝えている。幕末、公武合体論や尊王攘夷を拠り所にして京都で政局を主導、藩士吉田松陰の私塾松下村塾は幕末・維新期で活躍する多くの人材を輩出した。
全国のプロレタリア兄弟諸君、革命的大学生、高校生、農民諸君！　解放戦線運動は、プロレタリア階級形成の闘争であり、プロレタリア戦士として自己を否定・創造してゆく闘争であり、プロレタリア世界革命・不断革命＝世界人民戦争を日本的・プロレタリア的に現実化する闘争である。 そしてそれは、政治的には帝国主義を打倒し、資本家階級を殲滅する戦闘と、その人民戦闘組織の創造であり、二重権力闘争であり、自己権力闘争である。 解放区を日本社会にだけでなく、我々の魂の中に創造する闘いである。 同時に、日本階級闘争の組織問題においては、プロレタリアートと被抑圧人民の組織(とされている)を革命し、真に戦闘の武器に改造する闘争であり、「自治会」「労働組合」にまつわる一切の既成理念概念を革命する組織戦闘である。人民に依拠し、人民を信頼し、人民と共に進む、真の革命的統一戦線である。即ち、解放戦線運動こそ、そしてそれのみが現代世界における現在的な共産主義運動の現実体である。あらゆる単位、地域に解放戦線を建設せよ！ 一握りの「理論指導者」や「政治指導部」ではなく、正に身体を張って闘う人民大衆自身が革命とその戦闘の理論、理想、組織を創造する真の革命時代を創造する真の革命時代を押し開く。自分自身をプロレタリア階級形成してゆく、解放戦線を建設せよ！(決起せよ！ML同盟の下、解放戦線運動へ！/1969)