国土交通省中央新幹線小委員会委員として、中央新幹線計画の策定にあたった東京女子大学の竹内健蔵教授（交通経済学）は、東海道新幹線は老朽化しており、災害で停止する危険性があるため、2本目の路線を整備する必要性があるとする。一方で同教授は、衆議院国土交通委員会に参考人として出席した際に、「単にリニアの駅ができれば客が集まるわけではなく、下車したくなる魅力ある街づくりが必要だ」と、地域活性化に対する効果については限定的であるとの見方を示した。
基本計画当初より大阪市が終点となることが計画されており、山陽・九州方面への乗り継ぎの利便性などから新大阪駅に乗り入れの意向がJR東海によって示されている。一方、橋下徹大阪市長が代表の地域政党「大阪維新の会」は、マニフェストで「リニアの駅を梅田北ヤードに誘致する」ことを挙げていたが、2012年4月20日の大阪府知事、大阪市長、関西経済3団体トップの意見交換会において、「東京・大阪間の早期着工を求めるには新大阪駅乗り入れの方が説得力がある」という方針で一致した。2013年12月には在阪経済4団体と関西広域連合が大阪までの同時開業を求める決起大会を行った。
現在検討されているルートは滋賀県を経由していない。しかしながら、中間駅が京都府内に設置された場合、同県に中間駅の期待もある。2012年3月25日の関西広域連合委員会にて、当時の嘉田由紀子滋賀県知事は京都駅経由のルートを支持し、会合後に「中間駅の期待もある」と発言した。一方、2014年7月13日に投開票が行われ当選した三日月大造滋賀県知事は、同年10月20日の定例会見において「何でもかんでも京都でなくてもいいのではないか」と述べ、奈良市付近とされているルートが望ましいとの考えを示した。
1917年のロシア革命前の、明治の終わりころから昭和初めまでおよそ600人の日本人居留民が滞在するなど日本とは交流は非常に盛んであった。日本人居留者は商業、運輸などのサービス業に従事していた。その代表的な人物は竹内一次であった。竹内は1896年にハバロフスクに渡り、写真屋を開業した。さらに、1910年には外国人で初めてハバロフスク・ウスペンスキー教会保有土地にロシア聖教の許可の元、大日本帝国極東貿易を設立した。大日本帝国極東貿易はホテルレストラン 百貨店の機能を持つ複合ビルで貴金属商ローゼンベルグ商会（スイス人）と衣服、靴、雑貨などの販売をしていた。1918年から1920年には日本軍がハバロフスクを占領した。一方、第二次世界大戦後のシベリア抑留では多くの日本軍将兵がこの近辺でも強制労働に従事させられ、その中の多くがこの地で没した。現在でも日本人墓地が維持され、近親者などによる墓参が行われている。また、一部の日本人向け観光コースにもここへの墓参が含まれている。1956年に日ソ国交回復が実現すると、1961年に横浜からナホトカへの定期航路が開設された。ナホトカ港でソ連に入国した外国人旅行者は連絡列車でハバロフスクに向かうように指定された。モスクワや、ヨーロッパ方面など、ハバロフスク以遠を目指す場合でも、ここからは別の列車や航空機に乗り換える必要があった。そのため、ハバロフスクは極東経由でソ連を訪れる旅行者は必ず訪れる町となった。また、1962年には新潟市長がハバロフスクを訪問し、1965年に両市の姉妹都市提携が調印された。同年にはモスクワと共に出羽海親方を団長とした大相撲のソビエト公演が行われた。1973年には新潟と結ぶ航空路がアエロフロートにより開設された（後に日本航空も運航）。この路線はその後長きにわたり、日本のみならず西側からソビエト極東地方へ向かう唯一の直行航空路線となっていた。同時に、新潟空港にとっても初の国際定期路線であり、同空港が北東アジアの各都市へ路線網を拡大するきっかけともなった。ソビエト崩壊後もハバロフスクと日本との関係は深く、1993年には日本の総領事館が設置されている。また、1995年にはハバロフスク地方と友好提携関係を結んだ青森県の青森空港からの定期航空路が開設され、夏季に運航されていた。なお、新潟線・青森線共に、ハバロフスクが本社のダリアビア航空が運航していたが、2008年の同航空の破綻に伴いウラジオストク航空によって新潟線が継承された。東京とは2010年よりウラジオストク航空によって成田国際空港線が定期チャーター便として運航している。このように、現在では日本との交流が盛んで、各大学では日本語教育が行われ、日本語学習者も多いことで知られている。日本へ留学する人も少なくない。しかしながら、ここ数年の日露間の外交関係の悪化などを契機に、近年ではその活発な交流に陰りも見せ始めており、航空路線も青森や新潟からは撤退もしくは運休したままである。2009年に就航した新千歳空港を結ぶ路線も短期間で撤退した。その後、唯一成田空港との路線が継続して運航中であったが、2011年冬ダイヤでは運休し、ハバロフスクと日本を結ぶ直行便が1973年以来初めて消滅した。しかし、2012年にはS7航空の成田空港への直行便が就航した。2003年1月には、当時の小泉純一郎首相が、ロシア公式訪問の一環として日本の総理大臣としては初めてハバロフスクを訪問した。2004年には、ハバロフスクが本拠地のロシアアイスホッケートップリーグチーム、「アムール」のリザーブチームがゴールデンアムールとしてアイスホッケー・アジアリーグに参加し、日本・韓国・中国の各チームとホームアンドアウェー方式で試合を行っていたが、2005年にはチームが解散した。