白陵大付属柊学園に通う鳴海孝之は、3年生になっても進路を決められずにいた。目標に向かって頑張る親友の平慎二と速瀬水月を見て焦りを感じつつはあるが、周囲に流されダラダラと日々を過ごしていた。ある日、本屋に立ち寄った孝之は同級生の内気な女の子と出会う。その数日後、夏祭りに誘われた孝之と慎二の前に現れたのは、本屋で出会った女の子、水月の親友である涼宮遙であった。それ以降、水月は必死に遙を3人の輪の中に加えようとするが、自分を避けようとする遙の仕草に孝之は苛立ちを募らせていく。そんなある日、水月に呼び出され学園裏の丘に向かった孝之だが、待っていたのは水月ではなく遙だった。そこで孝之は突然、遙に好きだと告白される。ただ彼女を傷つけることを恐れた孝之は、その告白を受けてしまう。流されるままに交際を始め、それゆえに危機を迎えつつも、それを乗り越えて遙との絆を深めた孝之はその関係に落ち着きかける。しかし、その平穏は長く続かなかった。遙は孝之とのデートの約束をしていたある日、交通事故に巻き込まれ、それきり意識が戻らない状態になってしまう。事故から3年後。回復を絶望視されていた遙が奇跡的に昏睡から目が覚めたとき、既に孝之の周囲の人間関係は3年前とは一変していた。孝之は遙を失った失意から辛うじて立ち直り、その悲しみを共有できる相手でもあった水月を人生のパートナーと定めて、新たな人生を歩み始めていた矢先だったのである。理不尽な事故によって修復不可能になってしまった人間関係と、事故の後遺症により眠っていた3年間の時間経過を認識できない遙との板挟みの中で、運命を狂わされてしまった人々の苦悩が描かれていく。
CD版発売から3週間後の2001年8月20日、アージュは表現に不適当な箇所があったとして、製品の販売を一時停止し自主回収を行った。その後、アージュはメディア倫理協会（通称：メディ倫、現コンテンツ・ソフト協同組合）に加盟し、2003年以降のタイトルはメディ倫の審査を受け販売している。そのため、CD版と2003年に発売されたDVD版では審査機構が異なっている。ユーザーの間では長らく、この回収騒動をきっかけにアージュはコンピュータソフトウェア倫理機構（通称：ソフ倫）に不信感を持ち、後の審査機構変更に繋がったという説がまことしやかに語られていたが、これについてはアージュ代表の吉田博彦によって明確に否定されている。
従来の恋愛アドベンチャーゲームでは禁じ手とされていたドロドロの三角関係を描いている。物語の運びが巧妙で、プレイヤーはどのヒロインや選択肢を選ぶのか真剣に悩まされるなど、非常に気持ちの重くなるストーリーとなり、泣きゲーとの評価が高いが選択肢によっては非常に憂鬱なエンディングとなることから鬱ゲーとも呼ばれる｡本作発売以前のアージュは『化石の歌』などに代表される難解な作風が売りのメーカーであったが、方向転換が図られ、ドラマ仕立ての恋愛ゲームとなる本作が生まれる事となった。また事前の告知にも力を尽くしており、第一章を丸々体験版として配布（ただし一部背景カット）するという当時としては非常に積極的な告知を行う一方で、物語の中核となる第二章の情報は徹底的に伏せるという広報戦略を採った。この作品をきっかけにして栗林みな実がアニメソング歌手として活動を開始し、谷山紀章とこの作品で多数作曲を手掛け鳴海孝之のキャラクターソングで作曲を務めた飯塚昌明とが後に音楽ユニット『GRANRODEO』を結成する事になる。
モードは1102年に生まれた。最初に名付けられた名前はアデレードだったが、1114年、12歳で神聖ローマ皇帝ハインリヒ5世と結婚して皇后になったとき、母の名前を取ってモード（マティルダ）と改名した。1125年に夫が死ぬとイングランドに帰され、1128年に今度はフランスに送られて10歳年少のアンジュー伯ジョフロワ4世と再婚した。1133年には長男アンリ（のちのイングランド王ヘンリー2世）を生む。1135年に父ヘンリー1世が死ぬと、モードは夫ジョフロワと共にイングランドの王位継承者に指名されたが、彼女の従兄であるブロワ伯家のエティエンヌがロンドンに入ってイングランドを掌握し、イングランド王スティーヴンとなった。スティーヴンはヘンリー1世の生前に王位を要求しないことを重ねて誓約していたため、モードは誓約違反をローマ教皇に訴え出たが、スティーヴンはローマ教会と友好関係にあったため却下された。しかし、王位簒奪の過程で教会や諸侯に数多くの譲歩をしたスティーヴンの王権は次第に弱体化してゆく。諸侯の統制を失ったと見たマティルダは、1139年にイングランドに上陸、スティーヴンとの間で王位を争って戦いを始めた。この結果、スティーヴンの治世は内乱に明け暮れることとなり、史上「無政府時代」と呼ばれる時代が到来する。マティルダを支持する異母兄（ヘンリー1世の庶子）グロスター伯ロバート率いるアンジュー伯派は、1141年にスティーヴンを破りこれを捕獲するという大勝利を挙げた。マティルダはイングランド人の女君主（The Lady of The English）を名乗ってロンドンに至り、ロンドン入城とともに戴冠して女王となる予定を立てていたが、これに先立ってロンドン市から寄せられた減税の陳情をにべもなく却下したことから、ロンドン市民はマティルダに愛想をつかして城門を堅く閉ざし、その入城を拒むに至った。そうこうするうちにスティーヴンは解放され、するとまもなく内戦が再開し、これでマティルダ戴冠の機会は永遠に失われた。スティーヴンを戴く国王派はすでにイングランド全土でその権威を失っていたが、マティルダを戴くアンジュー伯派もまた他方を制圧するだけの力がなく、以後の内戦は泥沼化したまま年月を費やした。1147年にグロスター伯が死ぬと、強力な支持者を失ったマティルダはフランスに帰ることを余儀なくされる。1151年には夫のアンジュー伯ジョフロワも死去し、これでアンジュー伯派の力は著しく衰えてしまう。しかしマティルダの長男アンリが成長するとともに、再びアンジュー伯派は力を得はじめた。アンリは父が征服したノルマンディー公位を得たのを皮切りに、父の死後にはアンジュー伯位とブルターニュ公位を襲爵、また婚姻によって妻が有する広大なアキテーヌ公領・ガスコーニュ公領・ポワチエ伯領なども得て、フランス国土の半分にも及ぶ一大勢力を築くと、1153年に大軍を率いてイングランドに上陸した。そして双方で妥協して、生涯にわたってスティーヴンの王位を認めるかわりに、自らがイングランド王位継承者となることを認めさせた。スティーヴンはその翌年に死去し、約束通りアンリがヘンリー2世としてイングランド王に即位、ここにプランタジネット朝（アンジュー朝）が始まる。マティルダはフランスに留まったままそのすべてを見届け、1167年にひっそりとこの世を去った。