2011年6月7日、JR東海は東京・名古屋間のルートおよび駅位置のその時点での計画を発表した。調査の結果、東京都は品川駅、神奈川県は相模原市緑区、山梨県は峡中地域、岐阜県は中津川市西部、愛知県は名古屋駅に駅が設置される予定だと発表された。別途選定するとされていた長野県は、2011年8月5日、高森町・飯田市北部に駅を設置する予定であることが発表された。2013年9月にJR東海が公表した「中央新幹線（東京都・名古屋市間）環境影響評価準備書」によると、東京都港区と名古屋市にターミナル駅を置き、神奈川県相模原市、山梨県甲府市、長野県飯田市、岐阜県中津川市に中間駅を置くという計画になっている。
鉄軌道方式で建設される可能性も存在した。JR東海は鉄軌道での高速試験車両として955形新幹線高速試験電車（通称300X）を開発し、1995年から7年間にわたり走行試験を実施した。リニアには及ばないものの、東日本旅客鉄道（JR東日本）の新幹線E5系電車は2013年3月から最高速度320km/hで営業運転を実施している。また、鉄軌道方式であれば山陽新幹線への直通、および東海道新幹線との共通運用も可能になる。このような理由から鉄軌道方式を推す意見も一部にあったものの、事業主体であるJR東海は自己負担による超電導リニア方式（超電導磁気浮上方式）での建設を発表し、国土交通省はJR東海に対し超電導磁気浮上方式による建設を指示した。なお、2009年に発表されたJR東海の試算には、超電導リニア方式との比較のため、在来型新幹線方式の試算も併記されている。
2003年は、2本のフェスティバル出演、1本の単独ライブを除き、バンドの表立った活動はなかった。バンド活動が休止状態だった理由の1つに、バージェスのソロ活動が挙げられる。バージェスは、9月8日にソロデビューアルバム『アイ・ビリーヴ』（全英38位）を発表。同アルバムの前後には2枚のシングルをリリースし、アルバムの発売に合わせて英国ツアーも行った。2004年5月10日、23rdシングル「アップ・アット・ザ・レイク」（全英23位）をリリースし、バンド活動を本格的に再開。5月17日に、8thアルバム『アップ・アット・ザ・レイク』（全英13位）を発表。同アルバムは、6thアルバム『アス・アンド・アス・オンリー』以降バンドのレコーディングにかかわっているジェイムズ・スペンサーとバンドの共同プロデュースによるもの。このアルバムでは、ロジャースが初めてメインボーカルを担当した曲「ラヴィング・ユー・イズ・イージー」が収録されている。バンドでバージェス以外がメインボーカルをとったのは、この曲が初めてである。7月26日に、シングルカット曲の「トライ・アゲイン・トゥデイ」（全英24位）をリリース。その数日後、8度目の来日を果たし、フジロック・フェスティバルに出演した。12月20日にはダウンロード販売のみのラジオシングル「ラヴィング・ユー・イズ・イージー」をリリースしている。2005年は、初の全編ライブビデオ『ライブ・アット・ラスト』（DVD）を4月11日にリリース。このライブ映像は、2004年12月16日にロンドンのブリクストン・アカデミーで撮影された。DVDリリース後は、数本のライブを除き、2006年前半まで表立ったバンド活動はなかった。2006年4月3日、ニューアルバムからの先行シングル「ブラッケンド・ブルー・アイズ」（全英28位）をリリース。このシングルよりレコードレーベルが変わり、バンドはユニバーサルからサンクチュアリ・レコードへと移籍した。4月17日、9thアルバム『シンパーティコ』（全英10位）を発表。同アルバムは、ステレオフォニックスの作品のプロデューサーとして知られるジム・ロウとバンドの共同プロデュースによるもの。アルバムのリリースに合わせて英国、米国でツアーを行い、7月3日にはシングルカット曲の「N.Y.C.（セアズ・ノー・ニード・トゥー・ストップ）」（全英53位）をリリース。8月に来日し、サマーソニック06に東京、大阪の両会場で出演した。また「シンパーティコ」の発表後、デビュー前から16年間続いたバンドのマネジメント（所属事務所）が変更になった。バンドのマネジメント権はスティーブ・ハリソンの「Steve Harrison Management」からアラン・マッギーとスティーブ・キングの「Creation Management」へと移籍された。2006年のリリースはさらに続き、バンドは11月6日に通算2枚目のベストアルバム『Forever: The Singles』（全英38位）をリリース（日本盤未発売）。曲目はユニバーサルからリリースされたシングル曲が中心となっている。また収録曲は全曲リマスターされている。初回限定盤は2枚組となっており、1枚目は通常盤、2枚目には1990年〜2001年のラジオ出演で演奏・録音されたセッション音源とアルバム『アップ・アット・ザ・レイク』用に録られた未発表デモが収録されている。ちなみに、初回限定盤のプレス数は希少だったようで、現在店頭で入手することは困難である。また同ベストアルバムに関連して、11月13日にシングル1枚とDVD1作もリリースされている。シングルはリミックスバージョンの「ユア・ソー・プリティ - ウィア・ソー・プリティ」（全英56位）で、同ベストアルバムに収録されている。同シングルは、収録曲4曲中1曲を除き、2002年に発売中止となった同名シングルの内容とは異なる。ベストアルバムと同名のDVDビデオは、ベストアルバムに収録されている全シングルのプロモーションビデオ（インディアンロープはライブ映像）とTVライブを含む未発表ライブ映像で構成されている。バンドは2006年11月に、サンクチュアリ・レコードとの契約を終了させた。レーベル側から契約延長のオファーがあったが、バンドはこれを拒否した。その後、しばらくの間どこのレーベルにも属さずにバンド活動を続けることになる。