穴囲砦は囲ヶ岳砦とも因尾砦ともいう。砦といってもただの洞穴だが、その洞穴を島津軍は落とすことができなかった。家久は大野郡の要衝である松尾城を落とした後、番匠川沿いに北上して栂牟礼城を目指した。ところが、在地の百姓が島津軍の到来を知ってこの砦に立て籠もって抗戦。島津方は砦を落とせず撤退に追い込まれた。
日向路から豊後に攻め入った家久軍の最前線である朝日岳城を守るのは大友氏の重臣である柴田紹安であったが、この紹安は戦わずして降伏した。このため、佐伯惟定（惟直の子）の栂牟礼城が最前線となり、その惟定は11月4日に八幡山で家久軍と野戦で戦い、兵力で不利ながらも勝利した（堅田合戦）。大友氏では戦わずして降伏した柴田紹安に対して佐伯惟定を差し向け、また家久も紹安の翻意を疑って重用せず、紹安が居城の星河城に援軍を差し向ける要請をしても応じなかった。もともと、島津氏への降伏自体が紹安の単独行動だったようであり、12月4日に佐伯惟定に内応した武将によって星河城は落城して柴田一族は殺戮された。紹安は援軍を送らなかった家久を恨み、島津氏に叛旗を翻したが、すぐに鎮圧されて殺された。
義弘本隊の主力を指揮する新納忠元は南山城を落として直入郡に入り、山野城の朽網鑑康を攻めた。鑑康はすでに85歳の高齢だったが、島津軍に果敢に立ち向かった。支城の三船城が島津に落とされてもひるまなかったが、高齢で采配したのが災いして12月23日に鑑康は死去した。山野城は12月24日に鑑康の遺児・鎮則が降伏して開城した。
岡城には押さえの兵を残し、義弘はその支城の攻略を行なった。だが、騎牟礼城攻略には失敗し駄原城では朝倉一玄の奇略（どんな装置なのか史料がないので不明だが、留守の火縄という城が突然燃え上がるような装置を作り出したとされる。）で島津軍の逆瀬豊前守が戦死した。笹原目城では阿南惟秀の謀略にかかって白坂石見守が戦死するなどした。
義弘の3万は肥後路から豊後に攻め入った。この島津氏の侵攻で大友氏重臣の入田義実と志賀親度が寝返り、義弘の先導役を務めた。10月22日に志賀親次の家臣である佐田常任が守る高城を水の手を断ち切ることで陥落させたのを手始めに、鳥岳城（堀相模守は戦死）・津賀牟礼城（戸次統貞は降伏）・高尾城（堀中務は降伏）など大野郡における諸城を攻略した。他にも片ヶ瀬城・田中城・小牧城などが陥落するが、親度の嫡男である太郎親次の守る岡城のみは島津の大軍の攻撃を受けても陥落しなかった。岡城が大野川と稲葉川と玉来川という天然の堀に守られた標高80メートルの山城であるという利点と親次の奮戦に、島津軍も手を焼いたのである。
金融庁の電子開示システムEDINETは、提出された書類をそのまま開示するため、たとえ明らかな虚偽の報告書であっても、金融庁側が勝手に不開示としたり削除することはできない。今回の事件の場合、現実味に欠ける内容であったことと開示が取引時間終了後だったことが幸いし、市場が大混乱することはなかったが、取引時間中に開示されていれば市場が混乱する虞があったため、そのような開示を止められない法制度上の不備だという批判もある。しかし、EDINETには日々数百件（総会集中日後には1000件単位）の情報が提出されるため、すべてを事前にチェックするのは現実味に欠ける。また、「内容が明らかにおかしい書類だけを止めればいい」という議論もあったが、何をもって「明らか」とするかは不明確であって行政の自由裁量とならざるを得ず、そうでなくとも数百件の情報からそういった書類を探し出すシステムを構築するとしても（EDINETには上場企業等の極めて広範囲の情報が開示されることもあり）必要な条件をすべて網羅するには多大なコストがかかる。なお、金融庁は、この事件の反省を踏まえて、事後的に非開示とする手続等の改善策を検討している。
2001年（平成13年）3月のココストアによる買収を受けてカスミグループを離脱してココストア傘下に入ったため、同年5月17日に社長と専務取締役が交代し、同年7月1日にはホットスパーコンビニエンスネットワークスへ社名も変更し、10月に新しいフランチャイズパッケージを確立したが、当社が中核となっていた全日本スパーグループの他のスパー本部との関係強化を目指していたため2007年（平成19年）まで全日本スパー本部に加盟し続けることになった。その一方で、再建策として既存店のスクラップ&ビルドや直営店のフランチャイズ店化、茨城・埼玉・静岡・沖縄を重点とする新しい契約形態での店舗開発の推進、2002年（平成14年）には宮城地区スパー本部株式会社から事業譲渡、24時間営業化など店舗網の再編を進められた。また、パン・菓子・ファーストフードを中心とした独自の商品やサービスの投入などココストアグループのスケールメリットを生かした商品開発や販売促進策の統一化、発注精度向上など店舗オペレーションの改善も進めて業績の改善を目指した。しかし、改装や新店舗の出店など店舗網の再編が予定より遅れたため2003年（平成15年）2月期の黒字転換は実現しなかったが、2003年（平成15年）5月27日にココストアの役員が当社の社長に就任してココストアとの経営の一体化を一層進めて本部事務所をココストアの東京オフィスと統合し、ココストアが導入していた店内調理システム導入なども行い、2005年（平成17年）5月期の最終利益の黒字転換した。