日本海側水系の地域であるが、大都市への志向は総じて太平洋側の名古屋や東京の両都市への傾斜が大きく、中京圏、首都圏との繋がりが見られる。鉄道でも、中央本線を通じて、両地域からの特急列車が乗入れしている。又、東海3県の私立大学も、松本で地方入試を行うものが多い。一方で、しなの鉄道線（旧信越本線）沿線や、日本海側との繋がりはさほど強くない。特に、県庁所在地の長野は日本海側とのつながりが深く、風土も同じ県内にある松本よりも日本海側に近い部分が多いため、後述の通りで事あるたびに対立して来た。
中心市街地は古くは深瀬郷（深志郷）、捧庄（ささげのしょう）または庄内、信濃府中または信府などと呼ばれていた。捧庄、庄内の由来は国衙比定地とされる市東部にあった八条院領の荘園で、現在市内にある本庄、庄内という地名はこの名残であると考えられる。「信府」は国府が置かれたことに由来する「信濃府中」の略称である。 現在、最も知られているのが深志で、太古の松本盆地が湿地帯であったことを示すとされる「深瀬郷」が転訛したものであり、現在でも社名、校名などに使われている。女鳥羽川を挟んで北側が北深志、南側が南深志となる。
現在の市名である松本の由来は諸説あるが、通説では武田氏の侵攻により落ち延びたかつての信濃守護職・小笠原長時の三男小笠原貞慶が1582年に旧領を回復した際に「待つ事久しくして本懐を遂ぐ」と述懐し改名したとされる（小笠原氏は長らく信濃府中奪還という本懐を抱いており、それが叶ったことから、待つ本懐を→松本懐→松本 と略され松本となった）。他に、小笠原宗家（府中）が分家（松尾）とのお家騒動に勝利したことを記念したとする説があるが、内訌は約50年前に片付いており、この説は時代的に合わない。「松本」という氏姓は松本市の「松本」地名よりも遥か昔から存在するが相関はなく、松本市に松本氏が多いということはない。市役所等によって「広報まつもと」のようにひらがなで表記されることもある。また松本市周辺や松本地域は松本平、筑摩（つかま/ちくま）（筑摩野（つかまの/ちくまの）とも）などと呼ばれる。旧県名の筑摩県は、前身の松本町が筑摩郡（1879年以降は東筑摩郡）に属していたことに由来する。
三河国幡豆郡吉良荘の前期東条吉良氏3代当主・吉良経家の子として誕生。奥州管領となった吉良貞家の弟で、兄を助け陸奥国における吉良氏の覇権確立に尽力した。建武2年（1335年）12月の箱根・竹ノ下の戦いの後、兄・貞家は西上する足利尊氏の本軍とは別行動をとり、建武3年（1336年）正月から2月にかけて、尾張国・三河の南朝軍との合戦に従事した。その後、2月に三河矢作で軍の再編を行った後、関東へ向かったが、貞経は兄と行動をともにせず、吉良荘に残り三河の留守部隊の大将を務めることになったらしい。貞家の東国下向の2ヶ月後、4月8日に新田左馬助率いる遠江国の南朝軍が三河に侵攻、同月20日に吉良荘で激戦が繰り広げられた。足利勢は大将「宮内少輔四郎」の下、配下の仁木義高や細川頼種が奮戦して、新田勢を退けた。更に6月8-9日には宝飯郡八幡、6月28日には宝飯郡本野原（いずれも愛知県豊川市）で追撃戦を行い、新田勢を三河から追い出すことに成功したばかりか、更に進んで天竜川畔まで追撃している。このときの大将「宮内少輔四郎」を官途名や仁木氏・細川氏に下知できる身分などから考えて貞経である可能性が高いとされている。観応の擾乱では、西条吉良氏の吉良満義・満貞、東条吉良氏の貞家がいずれも足利直義を支持したのに対して、貞経だけは尊氏・高師直を支持した。西条吉良氏が直義没後もしばらくの間、あくまでも幕府に抵抗を示したのに対して、東条吉良氏では初めこそ貞家が尊氏派の畠山氏を打ち滅ぼすなどの行動に出たが、すぐに尊氏派へと寝返っている。正平7年／文和元年（1352年）3月、東条吉良氏は陸奥に一族を集結し、貞家やその嫡子・満家、貞経らによる総攻撃を開始、多賀城の奪還に成功する。さらに翌年5月、宇都峰城を陥落させ、奥州管領の勢威を高めることに成功する。しかし、正平9年／文和3年（1354年）春以降、兄貞家は没したものか全ての史料より姿を消し、吉良氏の敵対勢力が次々に頭をもちあげてくることとなる。石塔義憲が多賀城の満家を攻撃しこれを占拠、足利直冬から奥州管領に任命される。事態を重く見た尊氏が任命した新管領・斯波家兼が入部し吉良氏と連合して石塔氏を多賀城から排除した。このころ畠山氏の遺児二本松国詮が活動を開始し、吉良・斯波連合軍は二本松氏の排除にも成功する。吉良氏・斯波氏による奥州統治はしばらく安定して機能するが、 正平11年/ 文和5年（1356年）の満家没後、吉良氏内部で室町幕府を後ろ盾とする貞経と鎌倉府を後ろ盾とする満家の弟治家の対立が始まり、正平22年/貞治6年 （1367年）治家は幕府に叛旗を翻し討伐され、貞経・持家の活動もこの年を最後に途絶え、以後消息不明となる。討伐を受けた治家は明徳元年（1390年）、鎌倉公方足利基氏から招かれ上野国碓氷郡飽間郷を与えられ、関東に根を下ろした。