一方の日本国内の家電メーカーは、レコード会社を併設している所が多く、著作権的に問題があるとしてMP3プレーヤーには消極的だった。また当時はPCやインターネットの普及率の低さもあって、音楽の複製はアナログカセットやMDに行うスタイルが主流でありまたそれらを外へ持ち出すためのプレーヤーも安価となっている最中だったため家電販売店側もMP3プレーヤーの販売には消極的だった。その結果、製品の多くがPCに関連したメーカーかPC部品の輸入代理店からの発売となり、一般の家電販売店よりはむしろPC関連機器の販売店でMP3プレーヤーが売られている事が多かった。このためにMP3プレーヤーは、家電量販店ではマイナーな電気製品として、売場の隅で一部有名メーカーの製品のみがひっそりと売られる状態が続くこととなった。ケンウッドは、後述のDCP-MP727の失敗により、この市場から遠ざかることとなる。後の再参入でも、他の日本メーカーよりも出遅れることとなる。
1999年以降、パソコンの入出力デバイスとしてUSBが普及、また、CD-Rドライブが普及し、USB接続タイプのメモリープレーヤー、MP3対応のポータブルCDプレーヤーが多数発売されていった。それらのほとんどは韓国に開発拠点を置き、中国で生産されたものだった。そのころにはMP3デコーダーを搭載した汎用電子チップが安価で出回るようになり、メモリータイプは構造が単純で開発しやすいなどの理由で、ポータブルCDプレーヤーは既に構造が成熟しており構成部品が入手しやすかったなどの理由で、規模の小さなメーカーが規模の小さな市場にひしめき合う状況となった。それらのメーカーの製品は、音質や（とくに日本語環境での）使い勝手に難があるものが少なくなかった。また、製品のサポート体制も不透明だった。市場が発展途上かつ前述の胡散臭いイメージが残っている状況で、メーカーが淘汰されてはまた現れる状況がしばらく続いた。そんな中、米国のRio、シンガポールのCreative、韓国のMpio、iRiver、iAUDIOといったメーカー・ブランドが日本でもある程度認知され、ブランドイメージを確立するにいたった。これらのメーカーは、MP3以外のフォーマット（WMA、Vorbisなど）の対応にも積極的で、製品サポート体制も自社、代理店およびWeb上で積極的に行なった。
後者のタイプのプレーヤーでは、DRMが掛かっていないMP3やWMAなどの音声ファイルを、USBストレージに直接データファイルとして保存する。前述の専用タイプとは異なり、FAT/FAT32ファイルシステムを扱えるのであれば、パソコンさえも必要としない。またプレーヤー自身を、USBホスト機能を持つアンプ、ミニコンポ、ラジカセ、メディアプレーヤー、ポータブルDVDプレーヤーなどの機器に接続して、ストレージ内の音楽ファイルを再生（機種によっては録音）可能である。DRMの掛かった音楽ファイルは、通常の汎用プレーヤーでは再生できないが、一部にはDRMの掛かった物を再生可能な汎用プレーヤーも存在する。DRMの掛かったファイルのみWMPなどのソフトを使用してプレーヤーに転送する。国内メーカーの製品ではシャープ、Victor（現・JVCケンウッド）、ケンウッド（現・JVCケンウッド）、SANYO、ウォークマン、Giganeatなどのプレーヤーの一部の機種がこれに当たる。プレーヤーとしてではなく、単なるUSBメモリとしての利用も可能ではある。DRMが掛かっていないため、複数のプレーヤーや、プレーヤー間での機器乗り換え作業は比較的容易である。
iPod、ウォークマン、SD-Audio、Gigabeatなどは前者に属し（Gigabeat Uや近年のウォークマンは後者の仕組みも併せ持つ）、著作権保護(DRM)のため転送したファイルには暗号化などの保護処理が行われる。このタイプのプレーヤーは、特定のパソコン用アプリケーション（たとえばiTunesなど）専用の周辺機器に相当する。よって、使用には必ずパソコンと専用ソフトの使用が必須である。また、DRMの関係上、通常はプレーヤーから音声ファイルを取り出せないためパソコン側の音楽ファイルはバックアップとして保管が求められる。暗号化するため転送に時間がかかりやすく、転送ソフトの負荷が大きい。専用プレーヤーの内にも、後述の汎用プレーヤーのようにUSBストレージとして使用できる物もあるが、DRM処理されてない一般の音楽ファイルを汎用プレーヤーのように転送しても、プレーヤーが認識せず再生できない場合がある。それゆえ、複数の種別の専用プレーヤーを利用する場合は、それぞれのプレーヤー種別毎に音楽ファイルを多重管理する必要がある。また、専用プレーヤー間で機器を乗り換えする場合、DRMの掛かったファイルを乗換え先に持ち出せない可能性が高い。
大学図書館が利用者の学習・研究活動に資するためには、利用者自らが図書館の利用方法に通じている必要があり、そのために利用者教育が必要とされる。日本では医学・薬学系図書館が利用者教育に早期から熱心であったが、これは研究活動においてMEDLINEなどのデータベースの利用が不可欠であり、基礎的な素養として文献の検索能力が求められてきたためである。大学図書館でも公共図書館と同様にレファレンス・サービスを行うが、大学図書館においては質問に対する回答そのものを提供する「直接情報提供サービス」のほかに、情報の見つけ方を教える「利用者教育」もその一環となる。日本ではかつて利用者に対する十分なリテラシー教育を伴わないままに、「利用者教育」の名目を盾に、ただ目録を見るよう指示するだけのレファレンス・サービスが横行してきたが、各種オリエンテーションやガイダンスを通じて利用者に図書館の利用方法について指導することで、大学図書館が利用者のリテラシー教育に参画するようになってきた。1996年の『大学図書館における電子図書館機能の充実・強化について （建議）』では、「大学図書館は，これら電子的教材作成，情報リテラシー教育及び学生の自主学習等に対する支援において，その一翼を担うことが求められている」と、大学図書館が果たすべきリテラシー教育の役割について言及しており、大学図書館の協力のもと、利用者教育を行う体制の整備の必要性を指摘している。2001年日本図書館協会によって出された『図書館利用教育ガイドライン 合冊版』では、総合的なリテラシー教育の必要性を唱え、印象付けから情報表現法に至るまでの5つの段階で、大学図書館が行う利用者教育の目標を明文化すべきであるとした。