初演当初からこの作品に出てくる人物たちについて、誰をモデルにしているのかという様々な憶測をたてられた。特に近年にいたるまでタイトルのエレーヌのモデルではないかと噂された女性に、ナポレオン3世の皇后ウジェニーがいる。第二帝政を代表する美女としてその名をはせた皇后は、スペイン出身ということもあって、マリー・アントワネットが「オーストリア女」とフランスの国民から憎まれたように、オッフェンバックがこの作品を作曲した頃には「スペイン女」と呼ばれて、国民の人気が無かった。そのため、ありとあらゆる悪意のある噂を流されていた。その中の1つが不倫をしているという噂であった。この噂は皇后の敵達によって散々吹聴されたものであったが、実際のところはまったくの事実無根であることが、現在では証明されている。夫ナポレオン3世は無類の女好きとしてヨーロッパ中で有名であったが、皇后のほうは信心深く、夫婦間の貞操を固く信じる女性であった。このことからも、近年の研究ではエレーヌのモデルは特定の個人ではなく、結婚はしたものの、政略結婚や家同士の釣り合いを考えたものであるが故に愛情はほとんどなく、夫婦それぞれ勝手気ままに愛人を作っていた、当時の上流社会の人々であるという説が一般的である。
アンリ・メイヤックとリュドヴィク・アレヴィはオッフェンバック作品のリブレットを数多く担当したコンビで、後に『パリの生活』（1866年）や『青ひげ』（1866年）、『ジェロルスタン女大公殿下』（1867年）、『ラ・ペリコール』（1868年）でも台本を担当し、オッフェンバックと彼ら2人は名トリオとして一世を風靡した。また、彼らはビゼーのオペラ『カルメン』（1875年）の台本やヨハン・シュトラウス2世のオペレッタ『こうもり』の原作となった戯曲『夜食』（1872年）も書いていることでも知られる。『オペレッタ名曲百科』の著者、永竹由幸は「人妻の浮気と言うリアリスティックな問題を決して下品にせず、つい笑い出してしまうように持っていく台本作家の腕は憎いほど見事」と評している。『最新名曲解説全集』によれば、本作には「フランスの第二帝政時代の社会と、そこで活躍する為政者に対する攻撃的な風刺が織り込まれている。しかも、この作品ではこれまでのどの作品におけるよりも明らかに、上層社会について映し出されており、『地獄のオルフェ』ではまだあまり見られなかった荒廃状態の中に置かれている社会の没落的気分がさらに明確に示唆されている。エレーヌが再三再四口にする《運命》という言葉の裏には、いずれ訪れる国家の破局が推測され、また、最後にヴェニュスの高僧となって現れたパリスが民衆に向かって享楽的に暮らそうと呼びかける言葉の裏には、永遠には続くことのない現状の世界であるからこそ、今のうちに楽しんで暮らさなければならないといった思想が暗示されている」と説明している。森佳子は本作の主役の性格設定について「タイトル・ロールのエレーヌはそれまでのオッフェンバックの作品にはないタイプだといえる。例えば、『地獄のオルフェ』のソプラノ役は自分自身の欲望に率直な普通の女性である。しかし、『美しきエレーヌ』では、このような典型的なソプラノを主役に据えることはしなかった。すなわちこの場合、メゾ・ソプラノに近い声質の歌手を主役にすることで、より複雑で矛盾した女性のキャラクターを描くことが可能になったのだ。エレーヌは神々が決めた運命の犠牲者であると同時に、《旧体質》と戦い続ける自己主張が強い女性である」と解説している。
核は真核生物の細胞を定義づける主要な特徴であるので、核の進化的起源は多くの思索の対象となってきた。核の存在を説明するために4つの主要な仮説が提唱されているが、どれもいまだ広範な支持を得るには至っていない。最初のモデルは「栄養共生モデル」(syntrophic model) として知られるもので、古細菌と細菌の共生関係が核を持つ真核生物細胞を作り出したと提唱する。古細菌ドメイン・細菌ドメインの生物は核を持たない。現代のメタン菌に似た古代の古細菌が、現代の粘液細菌に似た細菌に侵入して生息したことに起源を持ち、最終的に初期の核が形成されたという仮説が立てられている。この理論は、真核生物のミトコンドリアと葉緑体の起源について広く受け入れられている理論 (細胞内共生説) と類似したもので、その理論ではミトコンドリアと葉緑体は原始的な真核生物と好気性細菌との内部共生関係から発展したと考えられている。核が古細菌起源であることは、古細菌と真核生物がヒストンを含む、ある種のタンパク質について似た遺伝子を持つことから支持される。粘液細菌が運動性であり、多細胞の複合体を形成することができ、真核生物と似たキナーゼとGタンパク質を持つことから、真核細胞が細菌起源であることが支持される。2番目のモデルでは、原始的な真核生物は細菌から、内部共生段階を経ることなく進化したと提唱される。このモデルは現代のプランクトミケス門の細菌の存在に基づいており、それらには原始的な孔を持つ核構造と他の区画化された膜構造が存在する。同様のモデルでは、chronocyte と呼ばれる真核生物に似た細胞が最初に進化し、古細菌と細菌を食作用で取り込んで核と真核細胞が生み出されたという主張がなされている。最も議論の的となっているモデルは「細胞核ウイルス起源説」として知られ、膜結合性の核や他の真核生物の特徴は原核生物へのウイルスの感染によって生じたと仮定する。これは、直鎖状のDNA、mRNAのキャッピングといった、真核生物とウイルスの間の類似性に基づいている。このモデルの1つのバージョンでは、核は食作用と共に進化し、初期の細胞の「捕食者」が形成されたと示唆されている。他のバージョンでは、真核生物は初期の古細菌へのポックスウイルスの感染によって生じたと提唱しており、これは現代のポックスウイルスと真核生物とのDNAポリメラーゼの類似性に基づいている。また、有性生殖の進化という未解決の問題もこの仮説と関連している可能性があると示唆されている。より近年に提唱された exomembrane hypothesis では、核は単一の祖先細胞に起源を持つとされ、祖先細胞は2つ目の細胞外膜を進化させ、内側の膜が元の細胞を包み込んで核膜となり、リボソームサブユニットのような内部で合成される細胞の構成要素の通り道として複雑な孔構造が進化したと示唆されている。