バージニア植民地の多くの開拓地と同様に、フォールズチャーチはイングランド国教会を起点とする大型プランテーションの1地区として始まった。1800年までに大土地所有から小さな農園に分割が進み、その多くは奴隷労働者に頼っていた。土壌がタバコ栽培で疲弊したので、小麦、トウモロコシ、ジャガイモ、果物など土地の市場に出す新しい作物が栽培された。これと同じ時期にアメリカ合衆国の首都がフィラデルフィアからワシントンD.C.に移され、フォールズチャーチの近くにも次第に労働者が入ってくるようになった。連邦政府機関に行き来する旅人のために酒場も開かれた。南北戦争開戦の時までに、土地とよりましな気候を求めて北部人が流入するようになっていた。バージニア州が連邦からの脱退を問うた住民投票では、賛成が75%、反対が25%だった。戦争初期には度々町を支配する軍が変わった。南軍の将軍ジェイムズ・ロングストリートが第一次ブルランの戦いの後でホームヒル（現在はロートン通り沿いロートン邸）を作戦本部に使った。北軍気球司令部のタデウス・ローが、セブンコーナーズのテイラーズタバーンから熱気球を揚げ、最初の空中偵察を行った。南軍がフォールズチャーチの町を占領すると、ローがアーリントンハイツから気球を揚げて空中偵察を行い、電信でチェインブリッジ近くの砲兵隊に指示を出すというやり方で空中誘導の砲撃を行った。この経過は特にマイナーズヒルとアプトンズヒルの軍事施設で、広範に文書化されている。レコンストラクション時代の後、フォールズチャーチは農業社会に留まっていた。1875年にタウンシップとなった。初代町長はジョン・ジョセフ・モラン博士であり、エドガー・アラン・ポーの死を看取った医者として知られた。1887年、フォールズチャーチは当時「有色人入植地」と呼ばれていた、現在のリー・ハイウェイの南にあった地区をフェアファックス郡に返還した。
市名の由来となったフォールズ教会は、当初ウィリアム・ガネルの教会と呼ばれ、1733年にトルロ教区のために木造で建設された、この教区はその2年前にクアンティコを中心とするさらに大きな教区から分かれて形成されていた。1757年までにフォールズ教会と呼ばれるようになった。ポトマック川のリトルフォールズから続くうねりのあるタバコ道路沿いにあったからだった。ジョージ・メイソンが1748年に教区委員となり、ジョージ・ワシントンも1763年に務めた。ジェイムズ・レンが設計した煉瓦造りの教会が1769年に建設されて木造のものに置き換わった。この時点で新設されたフェアファックス教区の庁舎所在地となった。アメリカ独立戦争後の1784年、バージニア州はイングランド国教会を分離し、もはや国教会ではなくなった。それから間もない1789年、フォールズ教会は廃止され、再度使われたのは1836年になって米国聖公会教会ができたときだった。レンが設計した建物は現在も残っており、ワシントン通り南、ブロード通り東、フェアファックス通り東に囲まれている。
16世紀後半と17世紀前半、フォールズチャーチ市となった地域はアルゴンキン語族インディアンが支配する世界であり、南には協力はポウハタン連邦があった。現在のワシントンD.C.に近いアナコスチャ川下流を中心にアナコスタン族が支配していた。探検家のジョン・スミスは1608年にここを訪れた。アナコスタン族はピスカタウェイ大酋長の下に組織され、1630年には13人の支配者が継承してきたと主張していた。トーセネント/ドーグス族が1660年代にピスカタウェイ族の領土に流れてきた。この部族はポウハタン連邦からイロコイ連邦に政治的な結びつきを強めていた。現在の市域で最初期の集落として知られているものは、現在ワシントン通り北がコロンビア通りと交差する地点の南にあった。ただしアナコスタン族かドーグス族かは不明である。フォールズチャーチのすぐ東、ウィルソン・ブールバード沿いにポウハタン・スプリングスがあり、ポウハタンが秋の集会を招集した所とされている。今日のブロード通りとグレートフォールズ通りは、昔からの交易と通信のルートに沿っている。17世紀後半、特に1676年のベイコンの反乱の後、バージニアの海岸地域からイングランド人開拓者がこの地域に移ってきた。地元の伝承に拠れば、「ビッグ・チムニーズ」の邸宅と酒場の煙突には「1699」と書かれており、ここからこの地域で最初のヨーロッパ系開拓地ができた年とされている。この家屋があった場所は現在、アナンデール道路西とメイプル道路北の角、ビッグチムニー公園にある。
フォールズチャーチ市は1948年に法人化され、その領域は昔からフォールズチャーチと呼ばれていた地域の中心部のみとなった。外れた地域は現在もフォールズチャーチと呼ばれており、以下ではその全体について触れる。
2010年2月9日、ローソンエンターメディア専務取締役と経理担当取締役が、2008年10月から2010年1月の間に、総額150億円もの資金を不正に流用していたことを、親会社のローソンが公表した。ローソンエンターメディアでは、株式会社プレジールという会社を通して、コンサート企画会社に運営費を支払うという形式を取っていたが、プレジールが資金難に陥り、コンサート企画会社への支払いが滞ることになり、プレジールが他に資金を流用していることを認識しながら、両役員は社内での公式決裁を行わずに、総額で150億円を肩代わりしていたという。親会社のローソンは、同日に臨時取締役会を開き、ローソンエンターメディアに対し85億円の融資枠設定を決めた。同問題に関与していた2名、前代表取締役社長でローソン顧問の野林定行が辞任し、翌10日に代表取締役社長の日比靖浩が辞任し、取締役の野林徳行が代表取締役に就任した。2010年5月24日に行われた株主総会にて、元代表取締役専務を含む5人に対し、約144億円の損害賠償を求める訴訟を東京地裁に提起したことを、明らかにした。また、刑事事件としては、2010年6月1日に、東京地検特捜部が元代表取締役専務らを特別背任の疑いで逮捕。2010年6月21日には、東京地方裁判所に起訴した。2011年3月25日に、東京地方裁判所は元専務に対して、懲役8年の実刑判決を言い渡した。プレジール元社長にも、懲役4年6月の実刑判決がなされている。ローソンでは、2010年3月1日に、株式交換による株式会社九九プラスの完全子会社化を行う予定であったが、この不正流用問題により、株式交換比率に影響が出るとして、株式交換契約を合意解除して、完全子会社化を一旦中止した。これにより2010年7月1日に、ローソンエンターメディアも九九プラスとともに、ローソンの完全子会社化されることになった（その後、九九プラスはローソンストア100に店舗・法人を統合しており、法人上は存在しない）。