v を [S] に対してプロットした時 シグモイド曲線 となる酵素がある。これは、活性部位への基質結合が協調的であることを示す場合が多い。つまり、1つの基質結合が、続く基質結合に影響するのである。この現象は、複数の活性中心が相互作用しているような多量体酵素でよく見られる。 協調の機構はヘモグロビンの場合と似ており、基質が1つの活性部位に結合すると、他の活性部位の基質への親和性が変化するのである。正の協調は、1つ目の基質結合が他の活性部位の基質親和性を高める場合に起こる。負の協調は、1つ目の基質結合が他の活性部位の親和性を下げる場合に起きる。アロステリック酵素の例としては、負の協調を示す哺乳類のチロシンt-RNA合成酵素、正の協調を示すバクテリアの アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼやホスホフルクトキナーゼが挙げられる。協調現象は驚くほど普遍的であり、基質濃度の変化にあわせて酵素の反応を変えるのに役立っている。正の協調を示す酵素は [S] に敏感に反応し、基質濃度のわずかな変化で大きな活性変化を見せる。負の協調では、逆に、[S] が少し変化したぐらいでは活性があまり変化しない。Hill 方程式 は非ミカエリス-メンテン型の速度論において、協調の程度を定量的に表すのによく使われる。この式から得られる Hill 定数 n は、基質の1つの活性部位への結合が他の活性部位での基質結合にどう影響するかを表す。1未満の値は負の協調を表し、1を越える値は正の協調を示す。
右に示したように、ピンポン機構を示す酵素は、E と修飾型 E* という2つの状態を持つ。修飾型 E* は 反応中間体 と呼ばれる。この機構では、基質 A が結合すると酵素は E* になる。例えば、反応中心に基質の一部が転移し、基質の残りの部分が解離する。1つ目の基質が離れてはじめて2つ目の基質が修飾型酵素 E* に結合し、反応できる。反応した酵素は非修飾型 E に戻る。A の濃度を固定して、B の濃度を変えながら [S] に対する v のグラフをラインウィーバー＝バークプロットで描く。いくつかの A 濃度についてこれを行うと、平行線となる。ピンポン機構を示す酵素としては、チオレドキシンペルオキシダーゼのような酸化還元酵素、アシルノイラミン酸シチジル転移酵素のような転移酵素、トリプシンやキモトリプシン のようなセリンプロテアーゼがある。セリンプロテアーゼは非常に普遍的かつ多様な酵素群であり、消化酵素 (トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ) や血液凝固カスケードの酵素の一部も含まれる。セリンプロテアーゼの場合、E* 中間体はアシル-酵素複合体であり、基質蛋白質のペプチド結合に活性部位のセリン残基が求核付加してできる。
このタイプの酵素では基質が2つとも同時に酵素に結合し、E-A-B という三重の複合体を作る。基質結合の順序は、決まっていない場合 (random-order) と決まっている場合 (ordered) がある。三重複合体機構を持つ酵素について、A の濃度を固定して B の濃度 [S] に対する v のグラフをラインウィーバー＝バークプロットで描く。A の濃度を変えてグラフを何本か描くと、これらの直線は一点で交わる。三重複合体機構を持つ酵素の例としては、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸還元酵素、DNAポリメラーゼが挙げられる。次のリンク先 (英語) は、ジヒドロ葉酸還元酵素やDNAポリメラーゼの反応機構を短いアニメーションで紹介している。
複数基質反応の速度方程式は、基質結合の仕方や順序を記述する複雑なものとなる。このような反応を解析する際、1つ目の基質 A の濃度を一定にして2つ目の基質 B の濃度だけを変えると簡単である。この場合、単一基質酵素と同じ挙動になり、v を [S] に対してプロットすると、基質 B に対する見かけ上の定数  Kₘ と Vₘₐₓ が得られる。いくつかの A の濃度についてこの測定をすれば、反応機構を考察するのに役立つデータが得られる。2つの基質 A と B を生成物 P と Q に変化させる酵素の場合は、反応機構として三重複合体機構とピンポン機構の二つがある。
2011年8月17日に移籍金40万ポンドでスコットランド1部のレンジャーズFCと3年契約を締結し、翌18日のUEFAヨーロッパリーグのNKマリボル戦で初出場を飾った。その数日後、マリボル側は、ボカネグラが同大会に出場するための必要な手続きと書類の提出がなされていなかったとしてUEFAに提訴したが、UEFAは、マリボルが試合後の24時間以内に提訴していなかったことを理由に抗議を退ける決定を下した。この件について、レンジャーズのチーフはマリボル側を「哀れな中傷者」と呼んで批判した。なお、ボカネグラは25日のマリボルとの第2戦で移籍後初得点を挙げており、この得点によってチームは2試合合計3-2で次のラウンドへ進んだ。レンジャーズでは、ドリン・ゴイアンとのコンビで印象的かつ安定したパフォーマンスを披露し、9月24日のダンファームリン・アスレティックFC戦 (4-0) でリーグ初得点、それから3ヶ月後の12月17日のインヴァネス・カレドニアン・シッスルFC戦 (2-1) でリーグ2得点目を記録。2012年1月8日のスコティッシュカップのアーブロースFC戦 (4-0) では初めて主将を務めるなど、充実したシーズンを過ごしていた。しかし、クラブは深刻な財政危機に瀕しており、同シーズン中に勝ち点10減点のペナルティーを受けることとなる。こうしたチームの状況について、ボカネグラは「恐ろしい経験」と不安を吐露しつつも、落胆するファンの士気を高める手助けをしたいと語り、また、ここでの生活に満足しているため、チームに残留したいと主張していた。2012年3月25日のセルティックFCとのオールドファーム (3-2) では、ゲオルギオス・サマラスへのファールによりレッドカードを提示され、ペナルティーキックを献上してしまった。その後、破産したクラブは2012年6月に清算に入り、選手の契約を含めたクラブ資産はチャールズ・グリーン率いるコンソーシアムによって買収された。そのため、多くの選手はクラブを去ったが、ボカネグラもより高いレベルでのプレーを望んでいたため、4部での新シーズン開幕が目前に迫った時点でも、その将来は不確実なままだった。しかし、7月29日のブレンチ・シティFCとのスコティッシュチャレンジカップ1回戦 (2-1) でアリー・マッコイスト (en) 監督から主将に任命されたことで、チームへの残留が決定。試合後、ボカネグラはチームを離れるつもりはないと述べ、その後の6試合に先発出場した。ところが、代表招集によりチームを離脱した後、代表で生き残るためにレンジャーズを去る意思を固めた。