生息地では人間に身近な存在で、人家内外の害虫を捕食することから家を守るとされ、漢字では「守宮」（あるいは「家守」）と書かれよく似た名のイモリ（井守）とともに古くから親しまれていたことが窺える。人間に対しては臆病で攻撃性が低く、能動的な咬害や食害を与えることもないため、有益な動物である。縁起物として大切にする風習もあるが、逆に民家に侵入する不快生物として扱う人々も存在する。捕まえる際は傷つきやすいため布をかぶせた棒などで追いこみ、捕虫網等へ落とす。手で掴むと噛みつくことがあるが、小型種の上に骨格が頑丈とはいえず、人間に噛みつくと逆に顎の骨を折る可能性がある。ペットとして飼育されることもあり、ペットショップで販売されることもある。また爬虫類食の動物に対し餌として用いられることもある。テラリウムで飼育される。枝や樹皮を立てかけて隠れ家にする。水分は壁面に霧吹きをして与えるが、体温を奪う可能性があるため水は冷えたものを使わず生体に直接かけるのは避けた方が良い。水容器からは基本的に水を飲まないが、脱皮前には水容器に漬かることもある。基本的に生きた虫類だけを食べるため、本種の飼育にあたっては生餌を常に用意する必要がある。
主に民家やその周辺に生息する。都市部では個体数が多く郊外では少なくなり、少なくとも日本では原生林には生息しない。食性は動物食で、昆虫やクモ、ワラジムシなどの陸生の節足動物を食べている。天敵は猫等の哺乳類の他、鳥類、ヘビをはじめとする爬虫類である。夜行性で、昼間は壁の隙間等で休む。獲物目当てに灯火の周りに現れることが多く、驚くと壁の隙間等の狭い場所へ逃げ込む。トカゲやカナヘビ同様、驚いたり敵に捕まりそうになると尾を自切することがある。切れた尾は分離後10分程度くねくねと動いたり跳ねたりする等非常に複雑な動きをする。尾は再生されるものの完全に元の状態に戻るわけではなく、元の尾と再生尾とでは視認できる程度の違いがある。冬になると壁の隙間や縁の下等で冬眠する。繁殖形態は卵生で、5月から9月にかけて1-3回に分けて1度に2個ずつの粘着質に覆われた卵を木や壁面に産みつける。卵は1か月半から2か月程度で孵化する。
以前は日本に分布するヤモリ属の構成種は本種のみとされていた。四国と瀬戸内海沿岸部からタワヤモリ・屋久島からヤクヤモリが新種記載された。中華人民共和国では本種とされていたヤモリ類のなかにミナミヤモリが含まれていることが判明し、後に日本国内でも九州南部以南に分布しているのはミナミヤモリ（複数の隠蔽種を含み、2種が後に新種記載）であることが判明した。
全長10-14センチメートル。体色は灰色や褐色で、不鮮明な暗色の斑紋が入る。環境に応じて体色の濃淡を変化させることができる。全身が細かい鱗に覆われるが背面にはやや大型の鱗が散在する。尾は基部に2-4対の大型のイボ状の鱗があり、自切と再生を行うことができる。体は扁平で壁の隙間等の狭い場所にも潜りこむことができる。四肢には指ごとに1対の趾下薄板が発達し、垂直なガラス面等にも張りついて活動することができる。
中華人民共和国東部、日本（秋田県以南の本州、四国、九州、対馬）、朝鮮半島に分布する。江戸時代に来日したシーボルトが新種として報告したため、種小名のjaponicus（「日本の」の意）が付けられているが、ユーラシア大陸からの外来種と考えられており、日本固有種ではない。日本に定着した時期については不明だが、平安時代以降と考えられている。日本の複数の都道府県でレッドリスト（準絶滅危惧、情報不足など）の指定を受けている。
初出：角川書店の漫画雑誌『ASUKA』1987年9月号、11月号金髪碧眼のトビー・ウィルソンは6歳にしてミュージカル映画の子役スターの地位を確立し、全米で大人気となる。1歳下の妹・マーシャは赤毛である上にさえない顔立ちで、家族からもメイドからも友達からも愛されず、時々兄がテレビに出るのを楽しみに、テレビにかじりつく毎日を過ごしていた。トビーは成長するにつれその体格が「エンジェル」と呼ばれるような童顔と釣り合わなくなり、さらに変声によってだみ声となる。トビーの栄光と彼がもたらす収入を失いたくない両親はトビーにピアノを習わせ、歌を歌わせることとし、スタッフを連れて全米を巡業するが、彼の人気は回復しない。スタッフの1人・チャックがトビーのゴースト・ライターとなって作った歌を、トビーがうまく歌えないのを見かねて思わずマーシャが歌ったところ、思いがけなく彼女に歌の才能があることがわかる。トビーは、自分が作った（ことになっている）歌をピアノで弾き、妹マーシャが歌うという兄妹愛が世間に受けると提案した。5分間のテレビ番組出演では、トビーが弾き語りをした後でマーシャも歌ったものの、番組の出来はさんざんなものだった。ところが、その歌がふとしたきっかけでラジオで流され、小さなレコード会社から売り出された。やがて大手レコード会社から契約の話が持ち込まれた。チャックが曲を作りトビーがピアノを弾きマーシャが歌う「トビー&マーシャ」の新曲は大ヒットとなった。トビー&マーシャの人気は高まるが、内気なマーシャは常にトビーの陰に隠れていた。しかしマーシャの外見が良くないにもかかわらず曲が売れることが彼女の歌の実力の証明となった。トビーはマーシャの代わりに歌わせようと次々に美しい女性歌手を連れてきたが、チャックやレコード会社のプロデューサーらが強硬に反対した。しかしある時トビーが連れてきたのは女優の卵で、トビーが彼女との結婚を考えていることが、子供のころから兄に憧れて慕い続けていたマーシャにとっては非常に辛いことだった。マーシャは、以前から話をしやすかった、スタッフのジョージと付き合うようになる。しかしトビーからジョージに婚約者がいると知らされ、ジョージもそのことを認めてスタッフを辞めてしまう。このことがきっかけとなり食欲を失ったマーシャは次第に痩せていくが、彼女は痩せることで自分を美しく見せられることに気付く。トビーの結婚を機に長期休暇をとったトビー&マーシャとスタッフ達。1人で過ごす間マーシャはお茶以外何も口にせず、活動を再開する矢先に倒れる。拒食症と診断され寝込んだマーシャに、チャックが、トビーがジョージに金を渡して追い払ったが連れ戻すと告げる。彼と入れ違いにマーシャに近付いてきたトビーは、「5、6歳の時から家族のために働かされ辛い思いをしていたのに、妹のほうは学校も行かずテレビばかり見ていた」と語り始める。兄弟のシンガーソングライター、拒食症で死亡という設定からカーペンターズを思わせるストーリー。