1999年、パジェロイオをベースにしたパジェロ・ピニンが発表され、ピニンファリーナの工場で生産されていた。翌2000年には日本でも、外観の意匠をピニンファリーナが手掛けた「パジェロイオ・ソレント」が発売された（2004年まで販売）。また2005年、欧州仕様のコルトに電動格納式ルーフを採用したコルト・クーペカブリオレを発表、2006年4月からコルトCZCとして同工場で生産が開始された。
1984年、ピニンファリーナがシティ・カブリオレのボディ基本構造、ソフトトップのスタイリング及びレイアウトの設計をしたことから関係が深まり、同年トリノショーでミッドシップのHP-X（Honda Pininfarina X）を発表、ただのモックアップモデルであったが、NSX開発の原動力となっている。1995年、東京モーターショーで電動格納式ルーフのスパイダー、Argento Vivo（アルジェント・ヴィーヴォ）を発表した。ホンダの2451cc直列5気筒エンジンのG25Aを採用、当時ホンダにはなかったフロントエンジン・リアドライブを実現するため、トランスミッションとサスペンションにはNSXのものを流用し、ピニンファリーナ独自に製作したシャシーはフレームにアルミ押し出し材を、ボディパネルもアルミ製とした。前後のフードパネルは鏡のように研磨されていることからイタリア語で「流動する銀」と名がつけられている。同時にホンダはほぼ同じコンセプトのSSMを発表し、1999年にそちらを布石としたS2000が発売された。
ブルーバード2代目 410型（1963年-1967年）、セドリック2代目 130型（1965年-1971年）でピニンファリーナにデザインを委託。フローイングラインと呼ばれるエレガントな曲線を纏ったが、日本国内ではリアの「尻下がり」スタイルが不評であった事が仇となり、ブルーバードは販売台数でライバル車種のトヨタ・コロナの後塵を拝する結果に終わる。セドリック、ブルーバード共に、モデルライフの途中でリヤの「尻下がり」スタイルを矯正する大掛かりな金型の変更を行っている。
フェラーリに代表される自動車のデザインおよびエンジニアリング、中規模の生産工場を持ち委託生産を主とし、特に既存車からカブリオレ、バリオルーフなどのコンバーチブルにリデインすることを得意とする。また、デザイン分野において垣根がなく船舶、電車、トラック、バス、トラクター、モーターサイクル、フォークリフト、オフィスチェア、プロジェクター、スピーカー、エスプレッソマシン、ゴルフクラブ、電話機、サングラス、時計、靴、歯ブラシ、ジャクージ、PC周辺機器などまで幅広く手がける。2006年のトリノ・冬季オリンピックに深く関わっており、聖火台とトーチのデザイン及び12,000本のトーチの製造、カウントダウンクロックのデザインなどを担当している。近年は、ピニンファリーナ創業初期がそうであったように、フェラーリ・P4/5、フェラーリ・612 Kappaなど富裕層向けにプライベートワンオフカーの製作にも力を入れつつある。2015年12月、インドのマヒンドラグループ傘下の自動車製造会社・マヒンドラ&マヒンドラと、同じくマヒンドラグループ傘下のテック・マヒンドラが株式の76パーセントを取得し、子会社とすることを発表した。会社の独立性は維持される。
石川県にある架空の温泉街「湯乃鷺温泉街」が主な舞台となる地域であり、湯涌温泉観光協会を始め、石川県や金沢市、金沢美術工芸大学、地元企業であるのと鉄道や光岡自動車などが取材協力をしている。また、主要舞台である喜翆荘の最寄り駅として登場し、物語上重要な位置を占める「湯乃鷺駅」は、のと鉄道七尾線の西岸駅をモデルとしており、西岸駅には、放送開始後間もない4月29日、「湯乃鷺駅」の駅名標が設置された。重ねて、7月23日からアニメ放送終了直後の時期（10月10日）までの間、主要登場人物5名の担当声優陣による特別車内アナウンス・サービスが七尾 - 穴水間で施行された。また、ヘッドマーク付き列車も運行された。その後、2012年3月24日からNT201号車を使用したラッピング列車が運行を開始し、同時に新規録音のオリジナル車内放送が復活した。これらのオリジナル車内放送を収録したCDなどの限定グッズが、穴水駅構内売店で販売されている。また、2012年10月7日、8日には貸切列車「急行ゆのさぎ」が運行され、専用ヘッドマークを付けて運行された。特に、8日には一般利用客にも開放され、旧バージョンの車内アナウンスや乗車記念品配布も行われた。更に劇場版の石川県先行公開に合わせてNT202号車に新ラッピングが施され、同30日からは新バージョンの車内アナウンスが放送されている。2014年8月1日からはラッピング列車第3弾として同じ北陸地方を舞台にしたピーエーワークスオリジナルアニメ『true tears』および『グラスリップ』とのコラボラッピングを施したNT203号車を2014年8月1日より運行を開始した一方、初代ラッピング車両であるNT201号車は同年10月13日限りで運行終了した。2016年10月8日にはのと鉄道フェスティバル2016に合わせて第3弾「花咲くいろは」ラッピング車両（改）運行開始がNT204号車でなされ、新グッズ販売を穴水駅隣接の穴水町物産館　四季彩々にてを販売開始した。同年10月10日にはNT202・203・204号車の3両連結で唯一の運転がなされた。NT203号車については、ラッピング運行を翌日11日朝に終了している。登場人物の名字には石川県の地域名である「輪島」「押水」「鶴来」「和倉」や、金沢市の地域名である「四十万」や「富樫」が使用されている。