菌類に寄生する菌類を菌寄生菌と言うが、その中には特にキノコを攻撃する例もある。特に有名なのはヤグラタケで、ベニタケ類のキノコに生じる。ヤグラタケ自身も標準的なキノコの形なので、大きなかさの上に小さなかさが並ぶという、特徴的な外見を呈する。また、タケリタケは未成熟のキノコについて、太い茎と展開しないかさとを持つ特異な形態に変形させる。タンポタケやタマノリイグチなどは、地中性の子実体に寄生するので、発生状況を一見しただけでは菌寄生菌であると判断しにくく、宿主を切り離さないように掘り起こす必要がある。カビの類でもキノコを攻撃するものがいくつかある。接合菌類に属するタケハリカビやフタマタケカビが有名で、前者ではキノコの上にまち針が並んだような、後者ではきのこ全体が綿をかぶったような姿になる。また、アワタケヤドリはタケリタケの一種の無性世代であるが、特にイグチ科の大型きのこの上に発生し、多量の無性胞子を形成して宿主を黄色い粉塊状におおう状態が野外でしばしば観察される。以上はキノコの子実体そのものに寄生するものであるが、ボタンタケ（Hypocrea spp.）およびその無性型であるトリコデルマ（Trichoderma spp.）は、主として木材上に見出され、材の内部に生息する他のきのこの菌糸の内容物を吸収している。ときに、シイタケ栽培上で大きな害を生じることがある。また、真の菌類の一員ではないが、また、変形菌にもキノコを餌とする例がある。特に、ブドウフウセンホコリは有名で、別名をキノコナカセホコリという。
ナメクジやカタツムリ・キセルガイも、しばしばキノコを餌として利用している。特にナメクジは、食用キノコの露地栽培や林地栽培を行う生産者にとって、厄介な存在になっている。
昆虫にもキノコを食べるものは数多い。森林土壌中の微小な節足動物の8割は菌類の菌糸体を食べる菌食者（Mychophagous, Fungivores）である。科の名や属の名に「キノコ」の語を冠しているものに、コウチュウ目に属するオオキノコムシ科・デオキノコムシ科・コキノコムシ科があり、それらに所属するものの多くがキノコを餌として、そこに生活している。他にゴミムシダマシ科にもキノコを食べる種類が多数知られている。ハエ目にはキノコバエ科・チャボキノコバエ科・ツノキノコバエ科・ホソキノコバエ科・クロキノコバエ科などがある。熱帯域に分布するいわゆる高等シロアリ類や、南北アメリカ大陸に生息するハキリアリ(英語で「リーフカッティング・アンツ」)の仲間は、キノコを育て菌胞を餌として利用する物がある。ヤスデ類もさまざまなキノコの子実体上で見出され、子実体そのものを食べるほか、枯れ葉などの上に繁殖したキノコの菌糸を葉ごと摂食する。
動物福祉団体の動物園調査によって指摘された改善点に応える形で、動物福祉（アニマルウェルフェア）の考えの一環として、「飼育動物の環境エンリッチメント (environmental enrichment)」という概念が1980年代にアメリカで体系化され、1990年代から普及した。環境エンリッチメントという概念は飼育管理技法の一つで、動物になぜストレスが発生するのか、動物の心は満たされているのかという福祉的な観点『思い遣り』を考え改善するもので、アメリカ動物園水族館協会 (AZA) の定義では、『動物の種にふさわしい行動と能力を引き出し、動物福祉を向上させるような方法で動物の環境を構築し、改造すること』をいい、動物園の飼育動物の生活の質を向上させるように生活環境をより善くより豊かにする発想である。この発想及び、1990年代から重視される「顧客満足度」の向上という発想から、動物園の改修又は飼育の改革が行われる。中にはベテラン飼育員が飼育舎の設計に深く関与して改修を行い、評判となる展示もある。動物園にとって環境エンリッチメントと顧客満足度の2つの観点は車の両輪の様に同じ道を歩むものであり、ここでは両者を分けずに紹介する。これらは動物種に応じた様々な試みが行われる。例えば、野生下の動物は餌を探すのに長時間かかるが飼育下では時間がかからないことに着目し、暇な時間が動物にストレスとならないように餌を隠して探させ、その生き生きとした様子を展示することや、キリンの餌場を高所に配置すれば、キリンが食べにくそうに頭を下げる不都合から解消される上に、キリンが舌を器用に使って高所の餌を捕らえる様子が観察できるようになることである。改修の工夫例として、ケージサイズ・飼養場の拡張、見学場所を目立たなくする工夫、地下（水底）から地上（水中）を観察する工夫、樹木・岩・小川・池などの造園、アスレチックの造成、動物の隠れ場所の工夫、動物の脚にやさしい床面、猛獣が観客を眺める工夫（見学者を遊び相手にする発想）、空調設備・霧・シャワー・日陰を設置、水深・水流・波の工夫、水槽の水のリサイクル、などがある。飼育の工夫例として、給餌方法の向上（遊びのために餌を隠して配置、採食に時間がかかるように餌をばら撒く工夫など）、給餌メニューの工夫（粗食を与える工夫。季節に応じドングリ給餌及びどんぐりの募集など）、給餌回数を増やす、好奇心・満足感を満たす仕掛けの配置（餌が入っている箱や朽木などの配置。遊び道具の配置、大型類人猿に道具を使わせる工夫など）、トレーナーや来園者が遊び相手をする（トラとプールで遊ぶなど）、木道・渡り廊下を設置（レッサーパンダ・アライグマなど）、複数種の混合飼育、群れでの飼育（ゾウなど）逆に単体での飼育（クマ類など）の工夫、動物がバックヤードに戻れる工夫などがある。これらは動物園の動物に「できるだけ善い環境」を提供することで、展示の見栄えの向上や顧客満足度や動物福祉の向上を狙うだけに留まらず、飼育動物の健康増進が導かれ、平均寿命の増加や、繁殖のし易さなどを導き出し、「ズーストック計画」などの動物園の機能（期待される役割）を補強するものでもある。そして、2002年からNPO「市民ZOOネットワーク」などが、善い施設の改善を行った日本の動物園を「エンリッチメント大賞」として選出するようになった。