児童・学生を惹きつけるような魅力的なカリキュラム、学習環境を提供しようとすれば、マグネット・スクールの予算、資源、人材は一般校より上回ることになる。そのため一般校の犠牲の上にマグネット・スクールが成り立っているのではないかと懸念する者も多い。特に学力審査などの選考基準を設けたり、抽選対象の地区を限定している場合は、学区全体の予算をマグネット・スクールに通う一部の恵まれた生徒につぎ込んでいるという批判が出るのも当然である。アメリカ合衆国連邦政府のマグネット・スクール援助プログラム (MASP Magnet School Assistance program) は、1校あたり年間平均30万ドルもの補助金を交付している。補助金を受けるには、様々な人種、宗教、社会経済的背景を持つ子供がバランスよく在籍していることが条件であるため、マグネット・スクールは入学する生徒をどのような基準や手段で選ぶかという点について非常に神経を使う。またカリキュラムの内容も財政難で廃止や統合されることもある。
マグネット・スクールは「頭の良い子が行く学校」ではなく、「校区に左右されず広い範囲から入学者を受け入れる学校」であったが、近年は日本のスーパーサイエンス・ハイスクールと同様、エリート養成校になっている、公教育の差別化につながっている、多額の予算を使いすぎる、といった批判を受ける学校も出てきている。しかし現実問題として、広範囲に住む多種多様の人間を惹きつける実用的なマグネット・プログラムとなると、学力向上が上位に挙がるのは当然である。人種・宗教・所得にかかわらず多くの親が願うのは、子供が良い教育を受けて安定した職に就き、精神的にも物質的にも豊かな生活を送ることである。そのため学術とくに自然科学やテクノロジーなど理数系の特化教育を掲げる学校が多い。人文、芸術系やオルタナティブ教育に比べ、理数系は標準テストの点数で成果が量りやすいのも成果主義社会のアメリカに好まれる理由である。マグネット・スクールには入学希望者の中から抽選で選ぶ学校もあるが、学力試験、知能検査、面接、実技、書類審査などに合格しないと通えない学校も数多くある。学力試験のみで合否判定すると人種の偏りが生まれる可能性があり、人種統合目的のマグネット・スクールを設立した意味がなくなってしまう。学力と人種の偏りの一例としてカリフォルニア州サンフランシスコにある全米でもトップクラスのローウェル高校が挙げられる。ローウェルの入学試験は難易度が高く、合格者の大多数が中国系アメリカ人であった。1985年度の入学審査で69点満点のうち中国系は65点、他のアジア系や白人は61点、アフリカ系やヒスパニック系はそれ以下の合格点を設置して、学内の人種バランスを保とうとした。中国系アメリカ人はこれをアファーマティブ・アクションに反するとして1994年には裁判にまで発展している。多様性を高めるために、くじ引きで合否を決める学校もある。また入学者の半分を学力考査、残りの半分をくじ引きで選ぶ学校もある。学校全体がマグネットではなく、マグネット・プログラムを持つ一般校の場合は、ネイバーフッド・スクールとして通う地元の子供と、マグネット・プログラムに通う子供が混在する。抽選の場合は学力面での差別はないが、マグネット校の抽選を受けられる指定地域内は不動産が高騰し、結局は比較的裕福な家庭の子供が集まるという所得格差が存在する。
中宮西園寺鏱子（永福門院）の養子となり、その手元で育てられた。正応2年（1289年）、数え2歳で立太子。永仁6年（1298年）、父・伏見天皇からの譲位により、11歳で即位。伏見上皇が院政を執り行った。2代続けて持明院統が天皇となったため、勢力を巻き返した大覚寺統や幕府の圧力を受け、正安3年（1301年）、大覚寺統の後宇多上皇の第一皇子・後二条天皇に譲位した。この際、新たに上皇となった後伏見はまだ14歳で皇子がなく、次の皇太子には異母弟の富仁親王（後の花園天皇）がなった。徳治3年（1308年）、後二条天皇が急死し、弟の花園天皇が即位。しばらく後、伏見上皇が出家して院政を停止したので、これを引き継いで正和2年（1313年）から文保2年（1318年）の間、院政を敷いた。花園天皇の在位の間、幕府と折衝し持明院統と大覚寺統から交互に天皇を出すと言う取り決めを行おうとした（文保の御和談）が失敗に終わった（両統迭立を参照）。文保2年（1318年）、在位10年で花園天皇は大覚寺統の後醍醐天皇に譲位した。その皇太子には大覚寺統の邦良親王（後二条天皇皇子）がなり、後伏見上皇の皇子・量仁親王（光厳天皇）はその次の皇太子となることが決められた。嘉暦元年（1326年）に邦良親王が病死し、幕府の裁定で量仁親王がようやく皇太子に立った。しかし、後醍醐天皇は譲位に応じず、元弘元年（1331年）幕府に反旗を翻し、捕らえられた。幕府により皇太子量仁が即位して光厳天皇となり、後伏見上皇はしばらく院政を行った。元弘3年（1333年）、足利尊氏が後醍醐天皇に呼応して京都の六波羅探題を襲撃すると、北条仲時らに擁され、光厳天皇・花園上皇とともに東国に逃れようとした。しかし道中で仲時らは討ち死にし、両上皇と天皇は捕らえられて京都に連れ戻された。光厳天皇は廃位され、後伏見上皇は出家剃髪した。建武3年/延元元年（1336年）、崩御。享年49。