1909年に創設された。1982年から1983年のシーズンにかけてリーグ戦で準優勝した。このことでUEFAカップ1983-84に出場しベスト8に入った。1990年代前半、クラブは深刻な財政難に見舞われた。多くの実力選手放出を余儀なくされ、若手中心のチームで再出発を図ることになる。1994年にイビチャ・オシムが監督に就任。オシムは、場当たり的な動きをとる若手選手たちに規律、戦術を遵守することを強いた。厳しい訓練を通じて、これらは徐々に選手に定着していき、大方の予想に反して1995年にオーストリア・ブンデスリーガで準優勝。1996年にオーストリア・カップで初めて優勝した。1997年にカップ戦で連覇、1998年にリーグ戦で優勝した。UEFAチャンピオンズリーグ 1998-99に出場。グループリーグはレアル・マドリード、インテルナツィオナーレ・ミラノ、FCスパルタク・モスクワと同組となり1分5敗の成績でグループリーグ敗退となった。1999年はリーグ戦で2連覇、カップ戦で2年ぶりの優勝を果たした。UEFAチャンピオンズリーグは、マンチェスター・ユナイテッドFC、マルセイユ、クロアチア・ザグレブと同組のグループリーグDに入ったが4チーム中3位でグループリーグ敗退。UEFAチャンピオンズリーグ 2000-01は、グラスゴー・レンジャーズ、ガラタサライ、ASモナコと同組の1次グループDに入り、初戦のグラスゴー戦、第3戦のモナコ戦において (共にアウェイ) 0対5で敗北するが、ホームで勝利を収めて3勝1分2敗の成績で1次グループリーグを首位で通過。2次グループリーグはバレンシアCF、マンU、パナシナイコスと同組のグループBに入ったが2勝4敗の3位となり敗退した。2002年にオシムが監督を退任した。会長のクラブ経営方針をめぐる批判、健康上の問題などが理由とされる。オシム時代 (特に1996-97シーズンから) 、念願のUEFAチャンピオンズリーグ初出場を果たすために大規模なチーム補強が行われ、数々の代表選手を獲得、その為に抱えきれ無いほど膨大な人件費を抱えることになり、2006年10月23日に負債860万ユーロで破産申請をした。その後、2010-11シーズンで約10年ぶりにリーグ優勝を果たした。UEFAチャンピオンズリーグ 2011-12はプレーオフで敗れてグループリーグ進出は成らなかった。
7月31日（旧暦7月21日）の夜、イングランド艦隊は攻撃を実行するために無敵艦隊の風上に針路を変えて、有利な位置を占めた。夜明けとともにイングランド艦隊が無敵艦隊の右翼後方から接近し、砲撃を加えた。その後、イングランド艦隊は左翼後方のビスケー湾船隊へ攻撃を加えた。船隊司令リカルデ提督（es）の乗艦サン・ファン号（San Juan）とエル・グラングリン号（El Gran Grin）の2隻がイングランド艦隊の攻撃の矢面に立たされた。2時間ほどの双方決定的な打撃を与えられない砲撃の応酬ののちに、メディナ＝シドニア公の援軍が駆けつけたためハワードは後退を命じた。（プリマス沖海戦）戦闘後、スペインのガレオン船サン・サルバドル号（San Salvador）が爆発事故を起こして炎上し、続いてアンダルシア船隊司令ペドロ・デ・ヴァルデスの乗艦ヌエストラ・セニヨーラ・デル・ロサリオ号（Nuestra Senora del Rosario）が衝突事故を起こして行動不能に陥り、救出はかなわず、メディナ＝シドニア公はやむなく両船を遺棄した。サン・サルバドル号は主計総監と金庫を載せた会計艦であったため、その放棄はスペイン側の士気を甚だしく低下させた。その日の夜、イングランド艦隊は敵を追尾すべく出港した。ドレークがランタンを灯してイングランド艦隊を導いていたが、正体不明の船影を見た彼が、突然明かりを消して抜け出す事件が起こった。このため、取り残された艦隊は散り散りになり、夜明けまで混乱状態に陥ってしまった。イングランド艦隊が再集結するまでに丸1日を要している。一方、艦隊を抜け出したドレークは漂流していたロサリオ号と遭遇し、ヴァルデス提督を降伏させ、船を拿捕している。ドレークをライバル視するマーティン・フロビッシャー (en) は、艦隊全体を危険に陥らせた明らかな軍紀違反行為を非難したが、多くの船乗りたちはドレークを賞賛した。また、サン・サルバドル号もイングランドに拿捕されている。それから、イングランド船は優勢な速度と機動性を生かし、丸1日かけてスペイン船に追いつくべく帆走した。8月2日（旧暦7月23日）、イングランド艦隊は逆風にもかかわらず果敢に攻撃を敢行した。ハワードの本隊と無敵艦隊が激しい砲撃を交わすなか、北方へ突出したフロビッシャーの船隊と聖ヨハネ騎士団の騎士ウーゴ・デ・モンカーダ率いるガレアス船隊（帆船とガレー船の折衷型の船種）とが交戦し、フロビッシャーは巧みな操船でガレアス船を翻弄して大損害を与え、ガレアス船は帆船に敵わないことを証明した。ハワードは苦戦したが、午後になって風向きが有利に変わるのを待っていたドレークが参戦し、イングランド艦隊は逆襲に転じた。激しい砲撃が交わされたがスペイン船の砲撃は届かず、イングランド船の長射程だが軽量のカルバリン砲は有効な打撃を与えることができなかった。（ポートランド沖海戦）東に移動した無敵艦隊は、ソレント海峡の保護水域のワイト島において一時的な基地を構築する機会を得て、パルマ公の軍隊からの知らせを待った。8月5日（旧暦7月25日）、イングランド艦隊はフロビッシャー、ハワード、ホーキンスそしてドレークの4つの集団に分かれて、全面的な攻撃を仕掛けた。戦いはポートランド沖と類似した経緯をたどり、まずフロビッシャー、ハワードが敵と砲撃を交わし、ホーキンスとドレークは風向きが有利になるのを待ってから側面攻撃を仕掛けている。メディナ＝シドニア公は潮流に流されて砂州へ追いこまれるのを避けるべく、外洋に出るよう命じた。この戦いでもポートランド沖海戦と同様、双方沈んだ船はなく、スペイン側の砲撃は届かず、イングランド側の打撃力が不足していることが明らかになった。ワイト島から退避した無敵艦隊の近くに安全な港はなく、パルマ公の軍隊の準備に関わりなくカレーへ向かうことを強いられた。（ワイト島沖海戦）