2019年8月、組織委員会がこの年の第28回大会で初のファイナル進出を果たした札幌学院大学・文教台の同優秀賞取り消しと翌年の第29回大会の参加を受け付けない措置を同7日付で発表した。この問題は大会の1ヶ月前である5月、同大学生の友人が「未成年のメンバーが飲酒をさせられている」とその月のうちに大学職員に相談していたのが判明。大学側はこの事実を把握し調査したところ、同13日に所属踊り子の自宅で未成年者を含む十数名が飲酒をしていたことが発覚し、踊り子全員に再発防止の誓約書を書かせたが同祭後に再調査をしたところ、最初の事案より前の5月3日、札幌市の飲食店で未成年者42人が飲酒をしていたことが新たに判明。7月の教授会でこの事実が報告されたという。同大学はすべての踊り子に反省を促すためとして7月26日から10月25日までの3ヶ月間の活動停止を命じていた。組織委員会は第29回大会以降の参加全チームに20歳未満の飲酒禁止を含めたコンプライアンス徹底についての誓約書を求めることとした。
2000年6月10日、大通公園内の臨時ゴミ置き場に捨てられた紙袋に何十本もの釘が仕込まれた爆発物が仕掛けられており、その爆発物の爆破により、ゴミ拾いをしていた実行委員会の学生スタッフ1人が釘が心臓のすぐ近くに刺さる重体となり、9人が軽傷を負った。この影響でファイナルコンテストが中止されたため、この回だけ「YOSAKOIソーラン大賞」が無い。インターネットの掲示板に事件を予告する書き込みがあったが、犯人はまだ逮捕されていない。大通公園で開催される催し物の警備は、この事件をきっかけに強化された。「第17回YOSAKOIソーラン祭り」の会場爆破を予告する葉書がSTVラジオに7通送付されたことが明らかになっている。いずれも、祭りが中止されなければ会場に時限爆弾を仕掛けることを予告していた。
当初より祭りにおいて迫力を出すため他のチームの音量より更に大きい音量にしようと上げる傾向があり、YOSAKOIソーラン祭りの騒音に対して札幌市民から苦情が寄せられている。「札幌市生活環境の確保に関する条例」では、大通公園周辺（商業地域）の音量基準は、拡声機の直下から5ｍ離れた地点において75dB以下、放送可能時間8～22時と定められているが、YOSAKOIソーラン祭り等の地方公共団体が主催するイベントについては適用外となるため、一部において条例で定められた音量以上の騒音が発生していることが原因である。このような状況を受け、YOSAKOIソーラン祭り組織委員会は自主的に条例で定められている基準を順守するルールを設け、事前に参加全チームに対し、ルールの周知徹底を図るとともに、運営側が大音量と判断した場合には、音量を下げるよう指導する等、騒音対策に取り組んでいる。
ムハンマドとアーイシャとの結婚はとりわけ論争を呼んでいるが、それは主として彼女の結婚時の年齢に起因している。D. A.スペルバーグ（Denise A. Spellberg）が述べるところによれば、イブン・サードによる伝承ではアーイシャの結婚時の年齢は6歳から7歳であるという。彼女は両親の家に思春期が始まる9歳になるまでとどまり (イブン・ヒシャームによれば10歳)、そして彼女とムハンマドとの結婚は完成された（初夜のセックスを行った）スペルバーグの述べるところによれば、アーイシャの年齢に関するこれらの記述はアーイシャの地位と、婉曲的であるものの処女性を強調するという。アーイシャの年齢は、ムハンマドがあまりにも幼い少女とセックスを行ったと考えるいくらかの非ムスリムにとっては特に問題である。非ムスリムの研究者の間では少なからず、とりわけ反イスラーム主義者を中心として、ムハンマドの行為は今日の世界では児童性的虐待にあたり、決して容認できないとする意見が存在している。ソマリア出身の反イスラーム主義者のアヤーン・ヒルシ・アリ（Ayaan Hirsi Ali）は、「自分が53歳のときに6歳の女の子と結婚し、9歳のときに結婚を完成させた－初夜の性交を行った－堕落者」と預言者ムハンマドを攻撃した。またアメリカのバプテスト主義の指導者ジェリー・ヴァインズ（Jerry Vines）はムハンマドを「邪悪な小児性愛者」と呼んだ。ユダヤ教徒とプロテスタント主流派の指導者はムスリムとともにジェリーのコメントを糾弾するのに加わった。名誉毀損防止同盟のエイブラハム・フォックスマンはこのコメントを嘆かわしいとし、加えてそれが「他の宗教を中傷して、反合法化してきた実績を持っている」南部バプテスト協会の指導部から出されたことは驚くべきことではないとした。ペルシア語とイスラーム史の専門家コリン・ターナーは、そのような成人男子と幼い少女との結婚は当時のベドウィンの慣習であったし、世界の多くの地域でもなお行われており、よってムハンマドの結婚は少なくとも当時の文脈に照らせば不適切ではないと述べた。コリンは7世紀のアラブ人は現代の欧米人より早く体が成熟する傾向があったとも主張している。ただし彼は医学の専門家ではなく、具体的にどの程度早いかということも明確にはしていない。コリンの肉体的成熟に関する議論には異論が強い。また当時の文脈において仮に「問題ない」としても、現代においてその評価を無批判に再生産する必要があるのかという意見もある。イスラーム法を厳格に施行するイスラーム国家（シーア派12イマーム派のイランやスンナ派ワッハーブ派のサウジアラビアなど）では、現代においてもムハンマドの事跡に基づき9歳の少女との結婚・性行為も合法である場合があり、このことも批判の原因となっている。アーイシャの結婚の年齢が実際に9歳であったかについても議論がある。インドのイスラーム学者マウラナ・ムハンマド・アリーはアーイシャがムハンマドと結婚した年齢は15歳であったと主張するなど、異論が多い。