IRAが武力闘争路線の不毛さを悟って武器を「隠す」と、デ・ヴァレラも武闘路線を放棄して政治闘争へと戻った。1924年、デ・ヴァレラはニューリーにおいて北アイルランドへの不法侵入の容疑で逮捕され、1か月間ベルファストの刑務所に投獄された。「臣従の誓い」（忠誠条項）の廃止を含めた自由国憲法の受け入れを問う投票権を失ったことを受けて、デ・ヴァレラは党首を辞任、1926年3月に新党フィアナ・フォイル（共和党、「運命の兵士たち」の意味）を結成した。フィアナ・フォイルはこの後、20世紀のアイルランド政治史に大きな影響を及ぼすことになる。フィアナ・フォイルは急速に民衆の支持を集めたが、臣従の誓いを拒否した。この誓いは形式的には英国王への誓いであったため、フィアナ・フォイルの支持者たちから批判されたが、実質的には「英愛条約を認めた英国王の権威への忠誠」という形をとったアイルランド自由国への誓いであった。この誓いの文面はほとんどがマイケル・コリンズによって書かれたものであり、マイケル・コリンズはこの文章を書くにあたって英連邦加盟国による臣従の誓い、アイルランド共和同盟の誓い、デ・ヴァレラ自身が起草した条約文の草稿の3つを元にしている。フィアナ・フォイルは臣従の誓いを法的に廃止しようとしたが、国民会議の副議長ケヴィン・オ・ヒギンスが暗殺されたこともあって、W・T・コスグレイヴ率いる国民会議のメンバーはドイルの議員および議員候補者たちすべてに英国王への臣従の誓いを義務づけた。臣従の誓いを立てなければ立候補もできず、政界から追い出されてしまう危険性が高まったため、1927年にデ・ヴァレラはあくまで「形だけのもの」であるとしてついに臣従の誓いを行った。1931年、メイヨー州で「カトリックの国にはカトリックの司書長を」と唱えた住民たちの手によってプロテスタントの司書長が解雇されると、デ・ヴァレラは同地へ赴いて大歓迎を受けた。
アイルランド独立戦争の最中の1919年1月、デ・ヴァレラの帰国を待って行われたドイルの第1回議会において、デ・ヴァレラはIRAに対し、英国政府からテロリズムと呼ばれるような行動、待ち伏せなどのゲリラ戦術をやめ、正々堂々と戦うよう求めた。しかし、装備・規模ともにまさる英国軍にアイルランド兵が正攻法で立ち向かえるはずはなかったため、この発言は現実離れしたものと徹底的に批判され、デ・ヴァレラはあわててIRAに対する支持を再表明しなければならなかった。デ・ヴァレラは図らずも、独立戦争の厳しい現実に対する認識の甘さを露呈することになった。次にデ・ヴァレラはカハル・ブルハ、オースティン・スタックと組んでマイケル・コリンズをアメリカでの交渉に送り込もうと画策した。この3人はコリンズの人気が自分たちのそれをしのいでいることを危険視し、体よく追い払いたいと考えていた。しかしコリンズはこの申し出を拒否して、アイルランドにとどまった。1921年8月、デ・ヴァレラはドイル・エアランに1919年のドイル憲法の改正を指示し、自らの職を議長から共和国大統領へと昇格させた。これによってデ・ヴァレラは自分がアイルランドの元首としてジョージ5世英国王と同等の立場に立っており、和平交渉（1921年10月 - 12月）に国王が出席しない以上、自分も出席する必要はないと表明した。この交渉では英国側が大きく譲歩し、アイルランドは北部6州（現在の北アイルランド）を除く諸州の独立を勝ち取った。こうして成立したのがアイルランド自由国である。プロテスタントの多い北部6州は連合王国のもとに残ることになった（厳密には北部6州には、アイルランド自由国と連合王国のどちらかに所属するかの選択の自由が与えられており、連合王国への帰属を選択した）。この結果を受けて国境策定委員会が設置され、話し合いによって北部6州とアイルランド自由国の間の国境を画定することになった。このようなやり方には多くの者が不満を持ったが、コリンズら条約賛成派は国境委員会での交渉の持っていきようによっては北部6州を経済的に立ち行かないようにさせることができ、最終的に全土をアイルランド自由国に組み込むことができるであろうと考えていた。
世継ぎに決めていたすみと王仁三郎が結婚したことでなおの役割は軽減し、基本的に筆先と神事にすべてを捧げる生活が始まった。当初、教団は国常立尊（男神）が懸かったなおを「変性男子」、豊雲野尊（国常立尊の妻神）が懸かった王仁三郎を「変性女子」と定めており、現実での養母・養子婿関係は宗教的には夫婦関係という微妙な状態だった。なおに天照大神が、王仁三郎にスサノオが懸かって「火水の戦い」という大喧嘩をしたことがある。独断で教団の法人組織化・公認化を進めようとした王仁三郎を反省させるべく、なおは綾部近くの弥仙山の中の宮に「岩戸ごもり」として篭ったこともある。さらに警察の干渉と教団の複雑な人間関係が王仁三郎を苦しめた。「お筆先」を表面的な文字通りに解釈する原理主義に陥る者も多く、彼らは開明的な王仁三郎を激しく攻撃した。すみと結婚して教団の後継者を望む者もおり、権力争いという一面や、金光教由来信者の反発もあった。一方で王仁三郎の方も、当時の信者を痛烈に批判している。母と夫に挟まれたすみは対応に苦慮した。なおと王仁三郎の対立は旧道と新道の対立という「型」という側面があり、すみによれば大喧嘩のあとに談笑する光景がしばしば見られた。また反対派が王仁三郎の排除を訴えなおが神に相談すると、神は娘婿を庇い続けたという。二人の対立には宗教的な意味合いが存在したのである。1904年（明治37年）に日露戦争が勃発すると、信者達は現世の根本的な改革が行われると説いた。教団は宗教的ナショナリズムも重なって終末論的な盛り上がりをみせたが、王仁三郎は冷めた目で彼らを批判している。王仁三郎の筆先にも「今度の戦争は門口である」と信者達の先走りを警告する文面が出ている。その後、日露戦争が日本の勝利で終わると立替熱が冷め、また警察の干渉も厳しくなって失望した信者が次々に教団を去った。半面、火水の戦いといわれたなおと王仁三郎の対立は終息した。1906年（明治39年）9月、王仁三郎は妻子を残して綾部を出、京都に設置されたばかりの神職養成機関（皇典講究所）に入学、教団合法化を目指して活動を開始する。王仁三郎が去った教団は出口家しか残らないほど衰退した。筆先に用いる紙すら用意するのに苦労し、家財道具を売らねばならなかったという。「（王仁三郎が）この大本を出たらあとは火の消えたように、1人も立ち寄る人民はなくなるぞよ。」と啓示されていた通りになった。1908年（明治41年）3月、王仁三郎が教団に戻ると再び信者が集まりだした。彼に懸かる「坤（ひつじさる）の金神」を公式に祭ったことで幹部信者の態度も変わり、教団経営の一切は王仁三郎にまかされた。大本はメディア活動を展開し、新たな信者層を開拓。財政状況は劇的に改善したが、直は質素な生活を続ける。贅沢を好まず、農村の生活そのものを送り、神事や啓示の執筆に専念した。