ガルニエの死によって、フランスによる最初のトンキン支配の試みは潰え去った。フランス政府はガルニエの行為を公認せず、大南当局と和約を整える事を急ぎ、トンキンに対して掲げていた権利の主張の大部分を取り下げた。ガルニエの遺骸は1875年にサイゴンに移送され、マッシージュ通り（rue Massiges）の墓地に、ドゥダール・ド・ラグレと並んで葬られた。
ガルニエは謎の残る状況で死を迎えた。1873年12月21日、600名ほどの黒旗軍を引き連れた劉永福は、無数の黒旗を翻してハノイの西門に迫った。その後には、多数の大南勢が続いていた。ガルニエは、門上に据えた野砲で黒旗軍に砲撃を加え、敵がひるむと自ら十余名のフランス海兵隊の部隊を率いて城外に展開し、退却する敵を追い払おうとした。しかしこの追撃は失敗し、2名の兵を従えて銃剣での白兵攻撃を黒旗軍に対して加えていたガルニエは、水路に転倒した後、数名の黒旗軍兵士に刺し殺された。若い海軍中尉アドリアン＝ポール・バルニー・ダヴリクールが、同様に少数の兵士とともにガルニエの救出を試みて城外へ出たが、彼も従卒たちの目の前で殺された。他にも3名のフランス兵がこの戦闘で戦死し、指揮官を失った残りの兵士たちは城内へ退却した。フランス領インドシナの歴史を綴ったオーギュスト・トマジ大佐は、ガルニエの最期を次のように描写している。12月21日の真昼、彼は大使たちと会談している最中だったが、通訳が駆けつけ、黒旗軍の連中が西門から攻撃を仕掛けていると告げた。彼は直ちに現場へ向かったが、配下の兵士たちの一部は先に現場へ到着しており、彼らの銃撃は敵方を竹垣の背後まで後退させるのに十分な威力を発揮していた。このとき、40ミリ砲が到着した。ガルニエは、1ダースほどの兵士を率い、うち3名がこの小さな砲を曵いて城外へ出て敵を蹴散らそうとした。しかし、砲は迅速に動く事ができず、砲は砲手たちとともに後方に取り残された。彼はついてきた9名を3班に分けた。2班は左右に分かれた後で、合流させることとし、彼自身は中央を進んだが、これに従う者は2名だけだった。町から1キロ半のところで、彼は水路に突き当たり、そこを渡ろうとして転倒した。水路の陰に隠れていた黒旗軍兵が駆け出し、他の者たちが発砲をはじめた。このとき、ガルニエに従っていた2名は、後方100メートルの位置にいた。このうち1人は銃撃で死に、もう1人は負傷した。ガルニエは「こっちへ来い、諸君、奴らを片づけよう！」 と叫んだ。彼はリボルバーを6回放ち、逃げようとしたが、彼を取り囲んだ敵兵たちは、刀や槍を彼に突き立てた、首を斬り、遺体を切り刻んで、逃走した。銃声を聞いて駆けつけた残りの2班は、血だらけの遺骸を回収して、ハノイ城内に持ち帰ることしかできなかった。
陸軍飛行学校が教導飛行師団と改められるのに合わせ、 1945年（昭和20年）2月、太刀洗飛行学校は第51航空師団と改称。知覧分校は上部組織の第6航空軍に隷属する「第7飛行団」となる。こうして知覧特攻基地（ちらんとっこうきち）が誕生。振武隊（しんぶたい）と名付けられた特攻隊が出撃することになった。1945年3月20日付で、参謀本部から『「と」号部隊』と呼ばれる陸軍特攻隊の編成が発令される。同時に陸軍第6航空軍は連合艦隊の指揮下に入り、振武隊は海軍側の特攻隊として既に動き出していた神風特攻隊と共同歩調を取ることになる。そして沖縄戦始まった4月1日、第二十振武隊を皮切りに知覧からの特攻出撃が始まった。以後は海軍の鹿屋航空基地とともに特攻出撃の最前線となり、戦艦大和の最期となった坊ノ岬沖海戦で一度の戦いでは最大級となる陸海軍合わせて300機もの出撃の一翼を担うことになる。一方で、米軍は特攻機の出鼻を挫くため飛行場をB-29の機動部隊で空襲する戦術を導入。知覧飛行場も攻撃対象となり、多くの特攻機が出撃前に失われた。陸軍第6航空軍は5月28日の菊水八号作戦を最後に連合艦隊隷属を外れたが、その後も沖縄戦線への特攻は行われた。大規模なものは6月22日の菊水十号作戦まで続き、6月25日、沖縄での組織的戦闘が終了（沖縄敗戦）するという大本営発表で知覧もその役目を終えるかに見えた。しかし、米軍の日本本土上陸はもはや間近に迫っており、知覧飛行場は帝国陸軍の本土防衛の最前線となっていた。出撃は8月15日の終戦まで、散発的に続いていった。陸軍関連の総出撃者1,036人のうち、全体の4割ほどにあたる439人が知覧から出撃したと会館では記録している。が、資料によっては変動も見られる。なお知覧から出撃したのは基本的には陸軍の部隊であることに注目する必要がある。実際に、出撃した航空機数や戦死兵の数は海軍の鹿屋基地の方が多く、知覧の2倍前後もの数となっている。ただし、陸軍の兵士であっても鹿屋から出撃したり、逆に海軍の兵士が知覧から出撃するといったイレギュラーケースもあった。また振武隊自体が神風特攻隊と混同されることも多いが、戦史の上では厳密に区別される。知覧から出撃した航空機は九七戦が最も多く、ついで一式戦という順になっている。