ちびうさは未来に帰還する準備を進め、うさぎたちは高校に進学し、夢に向かって新たな生活を送ろうとしていた。そんな矢先、日本で今世紀最大の皆既日食が起きる。太陽が欠け始めたその瞬間、その光景を公園で見ていたうさぎ、ちびうさ、衛の前にペガサスが現れ、助けを求めて消えてしまった。そして新月が太陽を完全に覆い隠し、東京が闇に包まれると「デッドムーン・サーカス団」を名乗る飛行船が現れた。サーカス団が来日した街はお祭り騒ぎとなっており、うさぎたちはどうやらサーカス団が怪しいと警戒し始める。同じ頃、なぜか未来に帰れなくなり月野家の居候を続けていたちびうさは、夢の中で再びペガサス（エリオス）に出会い、「地球国の聖石ゴールデン・クリスタルを解放し、聖地エリュシオンを救うことができる乙女」がちびうさであると求められ、小さな1つの鈴を渡されたのだった。
未来での戦いも終わり、セーラー戦士たちは再び平和な日常を取り戻していた。しかし、霊感が強いレイは不穏な予知夢を見て不安になり、街では私立無限学園の生徒が怪物に次々と襲われる事件が起きる。うさぎたちは無限学園に通う天才レーサーの天王はるかと美少女バイオリニストの海王みちると出会い、ちびうさは無限学園のオーナーの娘土萠ほたると親しくなる。同時に異次元宇宙からの新たな敵「デス・バスターズ」が現れ、さらに新たな2人のセーラー戦士・セーラーウラヌスとセーラーネプチューンが現れた。うさぎとちびうさは「伝説の聖杯」の力でスーパー戦士への変身を遂げ、デス・バスターズと戦っていくが、やがてちびうさはほたるに隠された重大な秘密を知ることになる。
子豚のベイブは、ある近代的な養豚場で生まれた平均的な子豚だった。彼は幼い頃に母親から引き離され、とある農村で行われた「子豚の体重当てコンテスト」の景品として、無口で実直な老農場主アーサー・ホゲットに貰われる。農場には、大勢の羊たちや、かつて牧羊犬コンテスト直前に、豪雨の中で取り残された羊を助けようとして体を壊してしまい捻くれてしまった牧羊犬のレックス、そのパートナーで情の深い牧羊犬フライ、アヒルでやかまし屋のフェルディナンド、意地悪で自分本位な猫のダッチェスなど様々な動物が生活していた。当初アーサーは子豚であるベイブを農場で飼い始め、やがては丸々と太らせたらソーセージやベーコンなどにして美味しく食べることを考えていた。一方のベイブはその思惑など知らず、母親から引き離された寂しさを募らせていた。そんなベイブを哀れに思ったフライは「ここに慣れるまで」と、自分の子供と同じようにベイブの面倒をみる。いつしかベイブもフライを「ママ」と呼ぶようになり、フライに付いて回るうちに牧羊犬の仕事に興味を持ち始めフライの真似を始める。ある朝アーサーは、ベイブが鶏を色別に整列させているところを目撃する。最初は子豚の珍妙な行動に呆気にとられたアーサーだったが、家畜泥棒の難を知らせに走ったベイブに一目を置き、ベイブを本気で史上初の「牧羊豚」として教育し始める。牧羊犬としてのプライドが高いレックスはベイブに辛くあたるが、この珍妙な子豚に興味を覚えた老羊のメーはベイブに「羊に対して礼儀正しく接すれば、きっと応えてくれる」とアドバイスする。そのメーが野犬に襲われ亡くなった。異変に気付き野犬を追い払ったベイブだったが、メーの血が付いたベイブを見たアーサーに犯人と間違われ射殺されそうになる。ベイブが犯人と思えないフライは初めて羊たちとまともに会話して事の真相を聞き出し、アーサーに教えようと走る。間一髪ベイブを救ったのはフライの声と「野犬多発注意」を促す電話だった。「最近、夫の様子がおかしい」とアーサーに違和感を覚えるホゲット夫人は、それでもたった3日の留守だからと婦人会のイベントに出掛けてしまう。アーサーはその間に行われる牧羊犬コンテストにベイブを出場させようとしていた。牧羊犬コンテスト前夜、ダチェスから「ご主人は食用としてあなたを飼っている」と聞かされたベイブは家出してしまう。翌朝、ベイブがいないことに気付いたフライは、レックス、アーサーと共にベイブを捜索。発見されたベイブは林の隅で震えていた。熱を出し、食欲もない。それまでベイブを敵視していたレックスが「ご主人のためだ、頑張れ」とこっそり励ます。アーサーも必死に看病し、その甲斐あってか大会に出場できるまでに体力が回復。順番を最後に回してもらい会場に向かう。会場に着いて、コンテストの羊たちと対面したベイブは見慣れない黒い顔の羊に驚く。緊張しつつも懸命に話しかけるが、羊たちは相手にしない。心配になったフライに、レックスは「俺に任せろ」とどこかへ走り出す。出番直前になって、一緒に出場するのが犬ではなく豚だと大会関係者に知れたアーサーは関係者室に呼び出される。関係者らは「牧羊犬ならぬ牧羊豚」を出場させるべきかどうか、そもそも出場申請自体が冗談ではないかという好奇の目でアーサーをみた。それは長年コンテストに携わり信頼を築いてきたアーサーに対する失望の目でもあった。そんな中レックスはアーサーの牧場の羊たちの元へ向かっていた。羊たちは、本来なら羊一族の間でしか伝えられていない秘密の呪文を、メーの友情に免じてベイブに教えようとレックスに託す。大会関係者は「豚の出場を禁止する規定はない」として渋々アーサーの出場を認めるが、観客は豚を連れたアーサーを見て笑い出す。アーサーは観客に構わずベイブに競技を始めるように指示し、ベイブはレックスから教えてもらった呪文を使い羊たちを誘導する。観客は総立ちとなってアーサーとベイブに喝采を送り、審査委員は全員一致で満点を出す。優勝したアーサーはベイブに「よくやった」と言葉をかける。