中国における薬用植物や生薬の書は、「本草書」と呼ばれるが、最古の本草書とされる『神農本草経』は、後漢時代（22年 - 250年）頃に著されたと考えられている。この書は、数百種類の薬を、上・中・下の3品に分類し、上薬（長期間用いてもよい薬）や下薬（毒性が強いため連用してはいけない薬）などに分けている。『神農本草経』は薬用に関する総論的なことがらについても12条記載しているが、その中でも、特筆に価することは、薬物の相互作用の重要性を指摘していることだという。明時代には李時珍（1518年 - 1593年）が『本草綱目』52巻を著し、先行する本草書の情報に自身の知見を加え、実に1871種類もの薬について草・穀・菜・果・木などの部分に分けて記述した大作であり、李時珍は中国の薬の歴史の代表人物とも見なされている。
中世のヨーロッパ世界は、キリスト教の世界であった。当時、高度な知的活動のかなりの部分は修道院で行われており、修道院によっては非常に学問的研究が盛んなところもあり、また修道院は一般に労働を尊び共同生活に必要なさまざまなことを修道士らが自力で行うことになっていることが多く、病気の治療法の研究（修道院治療学）も行われ、修道院の庭では薬用植物が育てられ研究も行われていた。薬草から治療薬を精製したり、薬草を酒に溶かし込んだ薬草酒（リキュール）を製造する修道院もあった。
古代ギリシャ文明の成果を継承し、栄えたのはイスラーム世界である。ディオスコリデスの『古希: Περί ὕλης ἰατρικής 薬物誌』は、シリアを経てペルシアに入り、7世紀以降には、アラブ人の手に引き継がれた。前述のごとく、ディオスコリデスの薬物誌はアラビア語にも翻訳されたわけであるが、この書は「アラビア医学の全盛期を作る原動力となった」とも言われている（イスラーム世界では、古代ギリシア語の文献がアラビア語へと盛んに翻訳されていたのである）。ギリシャからイスラームに伝わり、発展した医学は「ユナニ医学」（en:Unani　この「ユナニ」は「イオニア」の語が変化したもの）あるいは「グレコ・アラブ医学」とも呼ばれている。イスラーム世界も優秀な医師を多数輩出した。9世紀には、アル・ラーズィー、10世紀にはイブン・スィーナー（ラテン名「アウィケンナ」）らが活躍した。このユナニ医学は、現在でも用いられ、人々に恩恵をもたらしている、現役の医学である。イスラーム文明の成果（イスラーム哲学、イスラーム科学）は、中世ヨーロッパ世界へと継承されることになった。
古代ローマというのは、自然哲学（哲学、自然科学）の面では、古代ギリシャに比べると、進歩が少なかったと言われている。あるいは（進歩が少なかったというより）古代ギリシャより程度が低かった、などとされることもある。ただし、古代ローマにおいても、ギリシャ出身のガレノス（紀元前129年 - 200年）は、非常に多種類の薬を用いて治療を行ったと言われており、「Galenical preparations ガレヌス製剤」という有名な複合剤を作り出した。
古代エジプト（紀元前3000年 - 紀元前1000年頃）のパピルスに、数百種類の薬の名が記録され残っている。例えば、アロエ、アヘン、安息香、オリーブ油、アラビアゴム、ケイヒ、サフラン、ザクロ、乳香等々等々などである。
メソポタミア文明が栄えたメソポタミア（現在のイラクあたり）では、北部のアッシリアにおいて、粘土板に200種類を超える植物性薬品の名が記録され、残っている。ケシ、ヒヨス、ベラドンナなどが用いられていたことが知られている。
人間が病気になったとき、それを治すのに昔から活用してきた方法には様々なものがあったが、その中に、ごく身近にあった植物を摂取するという方法があった。療法として植物を用いるということが、人類の歴史のかなり古い段階から、ごく自然に行われてきたであろうことは、野生動物が体調を崩した時に特定の植物を探して食べたりすることや、家庭で飼っている犬や猫が体を壊した時に（通常のペットフードなどではなく）庭の草を噛んで治そうとすることからも推察できる。薬草に関する伝説として「百草を舐めて薬草を見分け、医薬の道を開いた」という神農伝説が現代まで伝わっているが、これは単なる伝説にとどまらず、実際にもそのように、古くから世界各地で人類は様々な植物を舐めたり摂取してみることで、薬になるもの、そうでないものを見分けて活用してきたのであろうと、学者によっても考えられている。そのようにして無数の人々の膨大な経験の蓄積を基に、薬草は用いられてきたのである。次に、メソポタミア、地中海世界（古代エジプト、古代ギリシャ、ヨーロッパ）、そしてアジアでの薬用植物の歴史を辿ることにする。
天保2年（1831年）7月10日、福井藩の下級武士（切米15石3人扶持）である佐藤幸右衛門（後に恒右衛門と改名）の子として生まれる。幼少期より学を好み、福井藩の儒学者高野真齊から漢学を習う。橘曙覧、井上文雄から漢詩、和歌を習う。安政4年（1857年）11月9日、26歳の時、藩校明道館幹事局手伝いに任命される。1858年（安政5年）7月29日、刻量の研究を命ぜられ、篆刻研究に入る。元治元年（1864年）6月、僧籍から還俗した山階宮晃親王の付け人取り次ぎ方を命ぜられ京都に派遣され、慶応2年（1866年）11月まで務める。慶応3年（1867年）8月、福井に帰郷。10月17日松平春嶽の祐筆を命ぜられる。大政奉還後の1868年（慶応4年）1月、山階宮の付き人に再び命ぜられる。宮の計らいで内記に改名する。京都滞在中、羽倉可亭に篆刻を学ぶ。同年8月福井に帰郷。10月27日東京赴任を命じられる。