1978年からは編集を担当していたユリアーネ・ローレンツと暮らしていた。しかし、ファスビンダーはジャン・ジュネの『ブレストの乱暴者』を映画化した『ケレル』（1982年）の編集に取り掛かったまま、同年6月10日、ミュンヘンでコカインの過剰摂取により37歳で死去した。自殺だったという説もあるが、確たる証拠はないとされる。ファスビンダーの棺はミュンヘンのボーゲンハウゼンの墓地に埋葬されている。ファスビンダーの死後、『ケレル』は第39回ヴェネツィア国際映画祭に出品され、マルセル・カルネに激賞された。1978年のフロリダ州フォートローダーデールでのファスビンダーとローレンツの結婚はドイツでは法的に有効とは認められないため、遺産はファスビンダーの両親が相続することになった。母リーゼロッテは1986年にライナー・ヴェルナー・ファスビンダー財団 （RWFF） を設立し、遺産を移管した。1992年にはローレンツがRWFFを引き継いだ。財団はファスビンダーの遺産と将来発生する可能性のある全ての権利を保有管理している。
1974年からファスビンダーの愛人だったアルミン・マイアーはオムニバス映画『秋のドイツ』（1978年）のファスビンダーのパートに出演したが、同年に自殺した。ファスビンダーはマイアーの死を受け、同年に『13回の新月のある年に』を製作。シカゴ国際映画祭でブロンズ・ヒューゴ賞を受賞した。その後、ハンナ・シグラを主演に起用した『マリア・ブラウンの結婚』（1979年）はベルリン国際映画祭で絶賛され、今日ではファスビンダーの代表作として知られる。『ベロニカ・フォスのあこがれ』（1982年）は第32回ベルリン国際映画祭で金熊賞を受賞した。これらの作品は『ローラ』（1981年）と合わせて「西ドイツ三部作」として知られる。また、1980年にはアルフレート・デーブリーンの小説を原作にした連続テレビシリーズ『ベルリン・アレキサンダー広場』を製作。各地の映画祭やレトロスペクティブを中心に、マラソン上映で劇場公開もされた15時間半に及ぶ作品である。ファスビンダーは1970年代までのドイツ映画史に特筆すべき女性キャラクターを生み出したことでも知られる。ハンナ・シグラが演じたマリア・ブラウンやリリー・マルレーン、バルバラ・スコヴァが演じたローラは映画史に残るキャラクターとしてだけでなく、女優自身の魅力を引き出し、彼女たちの国際的評価への足がかりとなった。
1972年と1973年にボーフムの劇場で演出を担当。その後、フランクフルトのTAT劇場の総監督に就任。1974年に戯曲『塵（ゴミ）、都会、そして死』の演出を手がけ、演出家としての最高潮を迎えた。しかし、登場人物の一人が不動産で成り上がったユダヤ人であり、明らかに批評家のイグナツ・ブービスを連想させるものだったため、ファスビンダーはブービスら批評家から反ユダヤ的という謗りを受けた。これにより、同作は70年代から80年代にかけて議論を呼ぶことになった。1976年にダニエル・シュミットによって『天使の影』として映画化され、ファスビンダーは俳優として出演した。1980年代にはフランクフルト劇場での初回上演の際、ステレオタイプのユダヤ人像に対する抗議デモが発生。デモ隊によって劇場内の舞台が占拠されたため、上演が中止された。この抗議デモ後、ドイツ国内での再上演計画が白紙に戻された。ただし、イスラエルでは特に抗議もなく上演された。
1972年以降、ファスビンダーは自身の映画言語を発展させ、より長大でプロフェッショナルな作品を製作した。『ペトラ・フォン・カントの苦い涙』（1972年）、ダグラス・サークの『天はすべて許し給う』にオマージュを捧げた『不安と魂』（1974年）、テレビ映画『マルタ』（1974年）、ゲイを題材に取り上げた 『自由の代償』（1975年）などを発表。ベルリン国際映画祭へ出品を重ね、無冠のまま批評家から最高の賛辞を受けた。『不安と魂』は第28回カンヌ国際映画祭で国際映画批評家連盟賞を、『マルタ』は英国映画協会サザーランド杯を受賞した。これらの作品によって、ヴィム・ヴェンダースやヴェルナー・ヘルツォークとともにニュー・ジャーマン・シネマの担い手として、国内外でその名が知られるようになった。1974年から1977年の間、映画作家集団Filmverlag der Autorenに参加していた。
ロキーチは、ハーパーズ・マガジン誌に掲載された2人の女性の記事からこの実験のアイデアを得た。彼女たちはどちらも自分のことを聖母マリアだと信じていた。2人はある精神病院でルームメイトとして同室を割り当てられたが、互いに会話を重ねた結果、そのうち1人が妄想から抜けだし、退院することができたという記事だった。同じやり方を用いて妄想型の信念体系の研究をするために、ロキーチは当時ミシガン州に10人ほどいた、自分がキリストだと主張する精神障害者のうち3人―大学を中退した青年、農業を営む老人、粗暴な作家崩れ―を病院の1室に集めた。ロキーチの狙いは、自分をキリストと思い込む妄想の治療のみならず、複数の人間が自分と同じアイデンティティ（自己同一性）を主張するという「究極の矛盾」との対峙を患者たちの人格に迫ることでもあった。3人のキリストは「2年間にわたって隣り合わせのベッドで眠り、同じテーブルで食事をとり、病院の洗濯室で似たような仕事を」させられた。またロキーチは、集団療法の一環として彼らが直接話し合う時間を持っただけでなく、青年の妻（これは青年の想像上の人物であった）からのメッセージをでっち上げてまで介入を行った。この実験は当時から地元紙に取りあげられていたため、ロキーチは記事を3人に読ませたが、彼らはそれが自分たちのことだとは気づかなかった。3人の患者たちは誰が本当の聖者であるかを巡って口論し、殴り合いにまで至ることもあった。しかし、おおむねすぐに、自分以外の2人は精神を病んで入院している患者であったり、すでに死んでいて機械で操られている人間なのだとロキーチに説明するようになった。また彼らは自分がキリストであるかという話を互いに避けるようにもなった。患者の妄想がいくらかでも軽減することを期待して行われた実験だったのだが、ロキーチが結局それを諦めたため、3人の患者は自分がキリストであるという信念を抱いたまま実験から解放された。