2003年に発生した大邱地下鉄放火事件を受け、2004年時点で対応年数が5年以上残っている車両を対象に、内装を不燃性のものに交換する改造が2004年から2006年にかけて実施された。この改造に合わせて方向幕のLED化が実施された。
1994年、韓国鉄道庁のロゴの変更に伴い、黄色と緑色と白色の塗分けに変更されたが、韓国鉄道庁の公社化に伴い、2006年から2007年にかけて白の車体に先頭車正面とドア部のみ紺と赤のアクセントが入る塗装に順次変更された。
2004年からはSIVを宇進産電製のIGBT-SIV(容量190kVA)に、空気圧縮機を低騒音、低振動のものに換装する工事が実施されている。
1994年製造の第74編成から最終の第80編成は2000系と共通したデザインに再度変更、塗装も白地に黄と緑の帯となり、在来車両の色も順次変更した。10両固定編成のほか、中期形を10両編成化するための中間車もあわせて製造された。このとき登場したグループは「後期抵抗車」、「新抵抗」の愛称をもつ。1996年に76両を製造して増備を終了し、翌年からは5000系に引き継がれた。輸入を含め、10両編成70本、6両編成10本、その他予備車を中心に車両30両の計790両が配備された。また1995年8月には京元線に城北電動車事務所が設置され、一部がこちらに配備された。
1986年製造の第42編成からはデザインを大幅に変更し、新製時より冷房装置および運行記録装置を搭載したほか、補助電源装置も電動発電機(MG)から静止形インバータ(SIV)に変更されている。主抵抗器も日本製から韓国製（宇進産電製）に変更されている。このとき登場したグループは「中期抵抗車」、「中抵抗」の愛称をもつ。初期41編成の補助電源装置も1986年までにSIVに換装され、1988年から1990年にかけて冷房改造（冷房装置は大韓造船公社、現：韓進重工業製）が実施された。1989年には初期の41編成に新製した中間車4両が組み込まれ、10両編成化が実施された。第64編成からは客用ドアの窓が小型化されている。
1974年に日本で製造(日本車輌39両・東急車輛24両・川崎重工業39両・近畿車両24両)した126両がソウル電動車事務所（現：九老車両事業所)に配属され、6両編成で運転を開始した。色は紺の車体に窓部だけクリーム色の帯が引かれ、在来の普通列車（後のピドゥルギ号）と共通させていた（地下鉄車両はクリーム色の車体に窓部赤帯）ソウル地下鉄公社（現：ソウル交通公社）も同じ車両を60両導入して運転していた。このとき登場したグループは「初期抵抗車」、「初抵抗」の愛称をもつ。1976年に大宇重工業で初の韓国製電車が3両製造されたことを始め、編成の増備および1984年頃から新造の付属車(T)を含む既存編成の10両化が始まった。1991年に第23編成を対象として、日立製作所製のGTO素子VVVFインバータ制御化改造を行った。
二人とも目黒笑売塾6期生出身（2007年4月入学、2008年3月卒業）。アビリティモンキー、ダルメシアンのそれぞれのコンビが解散した後、同郷同士の二人によって「ボストンミルク」と言うコンビ名で結成。2010年1月15日の『ホリプロお笑いライブNEO』でボストンミルクとして初出演。2010年8月に、ボストンミルクからホタテーズにコンビ名を改名。現コンビ名の名付け親は、事務所の先輩であるバナナマンの設楽統である。設楽には「ボストンミルクという名前が覚えにくいから、明日からホタテーズにしろ」と言われて改名した。どんな調味料を使っても相性がいいし、身近ながら時に高級食材にもなり、ホタテ嫌いな奴はいないだろうという理由だった。なお「ホタテーズ」という名前は、最初設楽が同じ事務所のオキシジェンに改名案として提示したものだった。ネタは主に漫才で、後藤が「どうせ頑張っても売れないんだから頑張らずに売れない方がマシ」「自分より下の人間を見るのが好き」などの「クズな発言」や尊敬する先輩のクズ人間ぶりの暴露話を繰り出し、それに川口が突っ込む「クズ漫才」が主流である。「おもしろ荘」出演時は「漫才史上最強のクズ!!ついに登場」というキャッチフレーズがついていた。太っている後藤を川口がいじるパターンも多く、ネタの中で、川口は太っている後藤のことを「お相撲さん」とよく言っている。後藤のキレ口調のツッコミも特徴。二人は主従のような関係にあると言われ、後藤は解散願望が強いが、川口は解散したくないと話しており、川口は後藤に「それなら月謝を払え」と言われて毎月5,000円を払っているという。（2018年12月時点でコンビ間での月謝制度は廃止になっている模様。）なお、その「月謝」は解散したら川口に返す「保証金」のようなものとして、後藤は使っていないとのことである。後藤は自分らホタテーズのことを「解散調停コンビ」と表現している。2017年7月11日に新宿バティオスにて初の単独ライブ「scallop butter」を開催。2018年2月7日に新宿バティオスにて2度目の単独ライブ「canned scallops」を開催。2018年4月に、後藤が月謝を25000円に増額したこと、すべてギャンブルに使っていることを告白。前述のようにキング・オブ・クズ芸人となった。