キサンガニからキンシャサまでの1700kmは流れも太く安定しており、高低差も40mにすぎないため急流もなく、コンゴ民主共和国における物資輸送の大動脈となっている。このため、交通の結節点となったキサンガニはこの地域の物資の集散地として発展し、コンゴ民主共和国北東部地方の中心地となった。コンゴ川はやがて南西へと向きを変え、ムバンダカ周辺でふたたび赤道を南に超える。ムバンダカの下流で中央アフリカ共和国およびコンゴ共和国とコンゴ民主共和国の国境をなしている大支流ウバンギ川と合流する。ウバンギ川との合流点からは西岸のコンゴ共和国東岸のコンゴ民主共和国との国境となる。更にその南でコンゴ南西部からアンゴラ北東部を流域とする大支流カサイ川と合流して、キンシャサ・ブラザビル付近で幅が25kmにも広がりマレボ湖を形成する。マレボ湖は安定した水流の末端に位置するため、河川交通の終着点となっており、この交通網の結節点としてフランスがブラザヴィル、ベルギーがレオポルドヴィル（現キンシャサ）を建設して、それぞれ流域の首都とした。
コンゴ川本流の上流部であるルアラバ川は、コンゴ民主共和国南東部のカタンガ高原南部、ザンビアとの国境近くに端を発する。そこからほぼまっすぐに北進し、アフリカ大地溝帯西側のミトゥンバ山地に源を発する支流を併せながら水量を増していく。もう一つの源流であるチャンベジ川はザンビアの北東部、タンガニーカ湖の南側の山地に端を発し、南西へと流れてバングウェウル湖東端に流入する。バングウェウル湖南端から再び流れ出すが、ここからはルアプラ川と名を変える。ルアプラ川はしばらく南下したのち大きく弧を描いて、今度は逆に北上する。この弧の部分からムウェル湖に注ぎ込むまでの区間はコンゴ民主共和国とザンビアとの国境をなし、東岸がザンビア領、西岸がコンゴ民主共和国領となる。ムウェル湖南端に注ぎ込んだ川は、北端から再び流れ出すが、ここからはルヴア川という名称になり、ほぼ北西へと進む。この両河川はカタンガ北部のアンコロで合流し、ルヴア川がウリンジ川へと注ぎこむ形となる。ウリンジ川はさらに北進し、その北でタンガニーカ湖から流出するルクガ川も合流する。本流はさらに北進を続け、キンドゥからウブンドゥまでの約300kmは急流もなく緩やかな流れとなる。ウブンドゥからキサンガニのすぐ上流にあるボヨマ滝までは再び急流となるが、キサンガニから下流のキンシャサまでは緩やかな流れに戻る。ボヨマ滝では赤道を越え、またここから下流はコンゴ川と名前を変え、弧を描くように流れを西へと向ける。
コンゴ川の源流は、大きくルアラバ川とチャンベジ川の二つからなる。コンゴ川の本流はルアラバ川とみなされることが多いが、ミシシッピ川（支流のミズーリ川の源流からの距離で全長を計算している）のように、川の長さは最長支流からの長さで計算することが慣例であるため、コンゴ川の長さは最長支流であるチャンベジ川の源流からの長さで計算されている。ルアラバ川の源流からの長さだと4370km、チャンベジ川の源流からの長さだと4700kmとなる。
この時代にはビザンツ帝国ももはや影響力を低下させており、イスラーム勢力のセルジューク朝がこの地域に侵入することを阻めなかった。1064年、アニはアルプ・アルスラーンに率いられた巨大なセルジューク朝軍の攻撃を受けた。アニの町は25日間包囲された後に奪われ、住民は虐殺された。セルジューク朝による侵略後には、アニのアルメニア人の一部がルテニア（現・ポーランド南東部）に移住した。1072年、アニはセルジューク朝によってイスラーム系クルド人王朝のシャッダード朝に売却された。シャッダード朝はアニの町に圧倒的に多いアルメニア人とキリスト教徒に対して融和政策を行い、実際にバグラトゥニ貴族の何人かはクルド人と結婚している。シャッダード朝があまりにも不寛容な統治を行うと、アニの住民は常にキリスト教徒のグルジア王国に対して支援を求めた。1124年から1209年までの間に、グルジア人は5回もアニを勢力下に入れているが、最初の3回はシャッダード朝によって奪還された。1199年にはグルジア王国のタマラ女王がアニを支配下に置き、ザカレ・ザカリアン将軍とイヴァネ・ザカリアン将軍に対して街の統治権を与えた。アルメニア＝グルジア軍を率いたザカリアン家は、アルメニア高原の多くの部分を再征服し、階級制度による宮廷を確立した。1199年には地中海沿岸のキリキアにあったキリキア・アルメニア王国がローマ教皇に承認されたことで、ヨーロッパから南コーカサスを経由してアジアに至る交易路が開かれた。アニにはすぐに繁栄が戻り、街の防御は強化され、多くの新しい教会が建設された。1226年にはモンゴル人による包囲を退けたが、1236年にはモンゴル人による侵入を受けて略奪され、住民の多くが虐殺された。アニから退去させられた住民の一部は、ヨーロッパとアジアの交易拠点であったクリミア半島に移住した。約20万人ものアルメニア人農民・商人・職人・兵士・貴族がクリミアを目指し、14世紀までのクリミアには多くのアルメニア教会が建設されている。ザカリアン家はグルジア人ではなくモンゴル人の家臣としてアニの統治を続けた。14世紀までのアニはジャライル朝や黒羊朝などのトルコ人王朝によって支配された。アニは1319年の地震によって荒廃した。1380年代にはイスラーム王朝のティムール帝国の創始者であるティムールがアニを支配下に置いた。ティムールの死後には黒羊朝が再びアニを支配下に置いた。侵略と荒廃が続く混乱の状態にはあったが、アルメニア人商人はアルメニア高原からヴェネツィアやジェノヴァに至る交易路を用いて活発に活動した。商人が蓄えた富の一部は修道院への寄付や教会の建設に充てられ、アニには新しい教会がいくつか建設された。1441年にはアルメニアのカトリコスの座がアニからエレバンに移された。その後はペルシア人のサファヴィー朝がアニを支配したが、オスマン・サファヴィー戦争中の1579年にトルコ人のオスマン帝国の一部となった。少なくとも17世紀中頃までは城壁の内部に小規模な街が残っていたが、1735年までには最後の僧侶が修道院を去り、アニの街は完全に放棄された。