南海トラフ巨大地震と推定されている1096年永長地震、1099年康和地震と1361年正平地震との間には260年以上の間隔があり、静岡市の上土遺跡の鎌倉時代の地割れや断層、和歌山県箕島の藤波遺跡の13世紀頃の液状化現象痕、那智勝浦町川関遺跡の12世紀後半頃の砂礫層、および大阪府堺市の石津太神社遺跡の砂脈がこの間に発生した南海トラフ巨大地震を示唆するものであるとされている。この間に京都、鎌倉の記録で「大地震」と記されたものは数多く存在するが、南海トラフ巨大地震の決定的根拠となる記録は見出されていない。一方で『平家物語』にはこの地震の京都付近の被害の惨状に続いて「遠国近国もかくのごとし」とあり、「遠国」とは律令制のもと延喜式で規定されており、石見、隠岐、安芸、伊予、土佐以西、また相模以東、上野以北であり、地震の被害は畿内付近にとどまらず少なくともこれら何れかの遠国にも及ぶ巨大地震であったと推定される。また「山は崩れて河を埋み、海かたぶきて浜をひたし、巌われて谷にころび入り、洪水漲り来れば、をかにあがりてもなどか助からざるべき、」は津波による有様を描写したものであると推定している。また『方丈記』にも「また、同じころかとよ、おびたゝしく大地震ふること侍りき。そのさまよのつねならず。山はくづれて河を埋み、海は傾きて陸をひたせり。土裂けて水湧き出で、巌割れて谷にまろび入る。なぎさ漕ぐ船は波にたゞよひ、道行く馬はあしの立ちどをまどはす。」と類似の記述があり、ここで云う「海」とは『平家物語』で「湖」や「水海」と表現されている琵琶湖ではなく、文治地震が内陸地震にとどまらない津波を伴った南海地震の可能性が指摘されるとしている。
琵琶湖西岸断層帯南部の堅田断層の調査から、炭素14-年代測定により断層の最終活動期が1060年から1260年の間にあることが示され、この間の顕著な被害地震記録として文治地震があることから本地震を琵琶湖西岸断層帯南部の活動による内陸地殻内地震とする説がある。その根拠となった調査は堅田断層付近においてジオスライサーやボーリング掘削により試料を採集し、含まれる木片や植物片中の放射性炭素を測定し年代を同定するものであった。その中である層（31a層と命名）を境に地質構造に大きな変化が認められ、その層を埋める形で別の湖沼生成粘土-シルト層（20層および21層）が堆積しており、これらの年代から1060年から1260年の間に大地震の地殻変動による離水があったと推定される。堅田断層の最終活動による変異は3 - 5 mと推定され、一方で琵琶湖西岸断層帯北部はこの時期に活動した痕跡が認められず、また、地震活動は全長10km程度の堅田断層単独の活動とは考えにくく、少なくとも全長40km程度の琵琶湖西岸断層帯南部が活動したと考えるのが妥当とされる。堅田断層に近接する苗鹿遺跡では古墳時代前期の住居跡が廃絶して埋没した後、地割れで引き裂かれており、その他、琵琶湖周辺の地震痕跡がある蛍谷遺跡や穴太遺跡は平安時代から江戸時代までに相当することから、この地震が堅田断層の活動による可能性があるとされる。琵琶湖岸では塩津港、針江浜、烏丸崎、湯ノ部の各遺跡で噴砂痕が見出されており、これは大地震による液状化によるものでこれらの内、「起請文札」に記された年号から塩津港遺跡が1185年の地震活動で生じたと推定されるとしている。『山槐記』の琵琶湖の水が北流して湖岸が干上がったとする記事は、この付近の地盤変動あるいは津波（セイシュ）の可能性が考えられ、琵琶湖そのものが断層活動による沈降で生じたものであるから、この地震が琵琶湖西岸断層帯南部の活動による可能性が高いとされる。
河角廣はMK = 5としてマグニチュード M = 7.4を与えていたが、これは京都、近江および大和付近など限られた被害記録しか考慮しておらず、また宇佐美(2003)も記録の存在する震害の中心である北緯35.0°、東経135.8°を一応の震央とするとしている。記録が畿内付近のものにほぼ限られており、この地震の全体像が明らかでないため、震源域には琵琶湖西岸断層帯活動説、南海トラフ巨大地震説、その他諸説がある。
2004年秋のパリサロンで発表された第二世代ボクスター。997型911と並行して開発され、部品点数にして50%〜55%を997型と共有しており、シャシーは986型と同じ。ヘッドライトは986型のような涙目型ではなく、911（997型）とカレラGTの中間のようなやや尖った楕円形に変更された。フルモデルチェンジによりボディ剛性や足回り、内外装、全てにおいて先代986型を凌ぐ実力を有している。987型のボクスターは、2005年に発売されたケイマンのベースとなった。側面の空気取り入れ口はデザイン上は拡大されているが実効サイズとしては986型と不変であり、右側は電動ファン経由でエンジンルームの換気に使用され、左側はエンジン本体の吸気用である。フロントサスペンションには新設計のクロスバーが装着され、リアサスペンションは軽量化と横剛性の向上が図られた。トレッドも24mmから35mm拡大（仕様による）された。また50km/hまでなら走行中でも電動ソフトトップの開閉が行えるようになった（ただしロック操作は依然として手動）。PSM（ポルシェ・スタビリティ・マネージメントシステム）と呼ばれる横滑り防止システムが986ではオプション設定であったが、987では標準装備になった。このシステムは手動でオンとオフができ、またスポーツクロノシステムを装備すれば、その作動基準を引き上げることができるようになった。PSMとは、走行中に危険な状況になった場合に車の姿勢を安定させるシステムで、コンピュータが自動車の進行方向、車速、ヨーレート、横Gなどを常に計測し、オーバーステアもしくはアンダーステアが発生すると、PSMは4輪個別にブレーキをかけて本来の走行ラインに戻すように作用する。さらに、PASM（ポルシェ・アクティブ・サスペンション・マネージメント）をオプションで追加が可能。このシステムは、加速度や操舵角、車速やエンジン出力などをパラメーターにコンピューター制御でショックアブソーバーの減衰力を5段階に自動調整するシステム。ノーマルとスポーツの2モードを選べ、それぞれのモードの中で減衰力を無段階に四輪独立で制御する。一般的なアクティブサスペンションというよりは、アクティブダンパーのような動作となり高速走行性のみならず、市街地での乗り心地を大幅に改善した。スポーツクロノパッケージはノーマルとスポーツにより、2種類の専用のスロットル制御マップを変更し、エンジンレスポンスを飛躍的に向上させるとともに、PASMの作動基準を引き上げ、ダンパーを大幅に硬くセッティングするシステム。また、ダッシュボード上に1/100秒までタイム計測が可能なアナログメーターとデジタルメーターが一体になったディスプレイが追加される。2006年11月22日には生産台数が20万台に到達。20万台目の車両は、メテオグレーメタリックのボクスターSで、米国へ輸出された。ボクスターSの米国での価格は547000ドルに設定されていた。