淀川水系中流域で最大の生活排水の発生地域、京都市は下水道を着実に整備し2007年には市街化区域の99.1パーセントに達した。しかし初期に作られた下水道は雨水と汚水を一緒に流す合流式（約40％）のため集中豪雨発生時に汚水が未処理のまま川に流される、このため1980年代半ばから貯水幹線を整備。また4つの市営下水処理場に窒素・リンを除去する高度処理設備を導入、さらに京都の伝統産業「友禅染」製造時に発生する色素が残った汚水を処理するために2箇所の下水処理場ではオゾン処理を導入している。この結果、処理水のBODは国の基準水1リットル当たり20ミリグラムに対して京都市では水1リットル当たり3ミリグラム前後に浄化される。京都府も桂川に洛西浄化センターを建設、宇治川・木津川の合流部付近に洛南浄化センターが1986年3月供用開始、学研都市近くに木津川上流浄化センターが1999年11月に供用開始するなど下水道の整備を進めている。下流の大阪府下では上水道の取水口が複数有るため、淀川左岸の「渚水みらいセンター（枚方市）」では処理水を寝屋川へ排水、一部は京阪枚方市駅や周辺の公共施設で再利用されている。淀川右岸の「高槻水みらいセンター（高槻市）」「中央水みらいセンター（茨木市）」では処理水を安威川から神崎川へと流している。
淀川の水源である琵琶湖は1960年代以降周辺の宅地化が進んでいったが、下水道の整備がそれに追いつかず、生活排水はそのまま琵琶湖に流入する状況となっていた。これにより特に大津市や草津市沿岸を中心とした琵琶湖南部（南湖）の水質汚濁が激化、赤潮の発生や悪臭などが起こり漁業への影響が深刻となっていた。滋賀県は下水道整備などで対応していたが、近畿最大の水源地でもある琵琶湖の汚染は関西全体に影響を及ぼしかねず、根本的な対策が求められていた。この中で合成洗剤に含まれる有機リン分が水質汚濁に大きく関わっているのではないかという指摘が多く為されるようになり、合成洗剤に対する規制も叫ばれる様になった。1980年（昭和55年）、滋賀県議会は『滋賀県琵琶湖の富栄養化の防止に関する条例』（通称：琵琶湖条例）を制定。有機リン分を含む合成洗剤の追放などを定め、琵琶湖のこれ以上の富栄養化を避けようとした。合成洗剤メーカーからは激しい反発があったが、湖沼の水質汚濁に悩む他地域からは大きな注目を持たれ、水質汚濁対策の一つの分岐点となった。1984年（昭和59年）、水質汚濁防止法の特例措置として特定の湖沼に対する水質汚濁を防止する為の諸対策が法制化された。これが『湖沼水質保全特別措置法』（略称：湖沼法）である。霞ヶ浦など全国10湖沼が現在指定されているが、琵琶湖は1985年（昭和60年）12月に法の指定を受け、これ以降水質保全に関する厳しい対策が施されるようになり、併せて琵琶湖流域の下水道の整備と下水処理場での窒素リンを除去する高度処理が行われ、これらにより水質は次第に改善されるに至った。
近代以降、京阪間を結ぶ交通・物流の中心は道路や鉄道（東海道本線、阪急京都本線、京阪本線）へ移り、淀川舟運は衰退した。近年、体験型観光の一環として、船上から川面や陸上の景色を楽しめる場として、河川舟運を見直す動きが出ている。京阪ホールディングスは2017年9月、大阪・天満橋の八軒家浜船着場と淀川河川公園（枚方市）を結ぶ定期観光船の運航を開始すると発表した。淀川での定期船は第二次世界大戦後初で、京阪間航路の開設も検討するとしている。
信者の信念は、新約聖書の使徒15章19、20、28、29節にある「血を避けるように」との聖書の教義を解釈したものとされる。エホバの証人は、使徒15章21節で使徒ヤコブがモーセの律法に言及していることから、創世記9章4節、レビ記7章26,27節、17章12節で述べられている「血を食べてはならない」という命令と関係すると考えている。聖書では血は生命の象徴として、神聖なものとして扱われている。新約聖書でもイエスの「血」によって信者の罪を清めると述べられている。エホバの証人は、食料を口から食べる事とチューブ食や点滴が同じであり、血を食べる事も輸血も同じく体内に取り入れる事であると解釈して、輸血を拒否する。近年の医療の進歩により出血の少ない電気メスやウォータージェットメスの利用によって輸血の必要性が少なくなる手術方法が行われるようになった。また、全血輸血に加え血液の分画成分を用いた血液製剤が多く出回り、自己血を回収しながら再使用するセルサルベージなどの手術方法も存在する事から、どれをどの程度使用できるか各自の良心によって決定できるといったことが、ものみの塔聖書冊子協会発行の雑誌「ものみの塔」などで多く論じられている。自己血輸血という手段に関しては、一度体外に出されてしまっている限り、自己血であっても輸血は受け入れないとされている。1985年の事件のように、子供に対する輸血を、信者である親が拒否する場合には、子供の人権が問題となるが、この点エホバの証人は、輸血拒否について、子ども自身も意思表明していると回答している。また、エホバの証人は、保護者による子供の輸血拒否は、親権（特に監護権）の範囲内で認められると主張している。また、エホバの証人は、輸血の危険性や輸血の代替手段について強く訴えている。実際、命が危険にさらされない限りはできるだけ無輸血治療を行い患者の信仰に協力的な医師や病院も存在する。さらに、輸血拒否することによって、感染症やC型肝炎等の病気を避けることが出来るという。ただし、出血を少なくするという意味での無輸血治療はどの患者にも望ましいものであるが、大量の出血が避けられない、あるいは既に大量の出血が起こっている場合、俗にいう、代替血液とは、あくまでも血液と混ぜても特に害がなく、血圧を一定の高さに維持するという役割を果たすだけであり、血液の生理的効果を代替するものではない。よって、出血多量の場合には輸血以外には患者の命を救う手段はない（この事実を明確に信者に伝えていないという批判も存在する）。複雑多岐に渡る治療法について、医療に関しては素人である一般信者が自らの治療法について理解し、かつ専門職である医師に対して自己の立場を主張するのは難しい。このため、ものみの塔協会はこの問題における信者のアドバイザー、医療関係者との架け橋として90年代半ばよりHIS（Hospital Information Service＝ホスピタル・インフォメーション・サービス）やHLC（Hospital Liaison Committee＝医療機関連絡委員会）を設けているが、基本的に患者に輸血以外の手段の存在を知らす行為に終始しており、患者の命を最優先にしているわけではない。