麝香はかつては雄のジャコウジカを殺してその腹部の香嚢を切り取って乾燥して得ていた。香嚢の内部にはアンモニア様の強い不快臭を持つ赤いゼリー状の麝香が入っており、一つの香嚢からはこれが30グラム程度得られる。これを乾燥するとアンモニア様の臭いが薄れて暗褐色の顆粒状となり、薬としてはこれをそのまま、香水などにはこれをエタノールに溶解させて不溶物を濾過で除いたチンキとして使用していた。ロシア、チベット、ネパール、インド、中国などが主要な産地であるが、特にチベット、ネパール、モンゴル産のものが品質が良いとされていた。これらの最高級品はトンキンから輸出されていたため、トンキン・ムスクがムスクの最上級品を指す語として残っている。麝香の採取のために殺されたジャコウジカはかつては年間1万から5万頭もいたとされている。そのためジャコウジカは絶滅の危機に瀕し、絶滅のおそれのある野生動植物の種の国際取引に関する条約（ワシントン条約）によりジャコウの商業目的の国際取引は原則として禁止された。現在では中国においてジャコウジカの飼育と飼育したジャコウジカを殺すことなく継続的に麝香を採取すること（麻酔で眠らせるなどの方法がある）が行なわれるようになっているが、商業的な需要を満たすには遠く及ばない。六神丸、奇応丸、宇津救命丸などは条約発効前のストックを用いているという。そのため、香料用途としては合成香料である合成ムスクが用いられるのが普通であり、麝香の使用は現在ではほとんどない。
主な用途は香料と薬の原料としてであった。麝香の産地であるインドや中国では有史以前から薫香や香油、薬などに用いられていたと考えられている。アラビアでもクルアーンにすでに記載があることからそれ以前に伝来していたと考えられる。ヨーロッパにも6世紀には情報が伝わっており、12世紀にはアラビアから実物が伝来した記録が残っている。甘く粉っぽい香りを持ち、香水の香りを長く持続させる効果があるため、香水の素材として極めて重要であった。また、興奮作用や強心作用、男性ホルモン様作用といった薬理作用を持つとされ、六神丸、奇応丸、宇津救命丸、救心などの日本の伝統薬・家庭薬にも使用されているが、日本においても中国においても漢方の煎じ薬の原料として用いられることはない。中医学では生薬として、専ら天然の麝香が使用されるが、輸出用、または安価な生薬として合成品が使われることもある。
シャローナは結局、元亭主と再婚することを決意し、モンクのアシスタントを退職し、元亭主そして息子のベンジーともどもサンフランシスコから去ってしまった。途方に暮れるモンクであったが、ある事件で出会ったナタリー・ティーガーと意気投合したことで、ナタリーを正式にシャローナの次のアシスタントに採用した。だが、長年の付き合いでモンクを知り尽くしたシャローナとは異なり、ナタリーとは一から関係を構築することを余儀なくされたため、コンビを組んだ当初のモンクとナタリーは様々な面で対立が目立つようになる。しかし、そうした対立を経て、二人で様々な修羅場を潜り抜けたモンクとナタリーは次第にお互いを信頼をするようになった。こうしてモンクは新たなパートナーのナタリーと共に、改めて犯罪捜査そしてトゥルーディー事件の解決の日々に身を投じるようになる。
サンフランシスコ市警察本部のエイドリアン・モンク刑事は、妻のトゥルーディーを自動車爆弾によって何者かに殺される。その犯人を検挙することができなかったモンクは、強迫性障害がひどくなり、刑事を休職し、自宅に三年間閉じこもる。その後、看護師であるシャローナ・フレミングをアシスタントとして採用し、市警察のコンサルタントとして犯罪、そして様々な恐怖症と戦いながら、復職とトゥルーディー事件の解決を目指す。
戦国時代、清洲城は守護代の織田氏（織田大和守家）の居城であったが、分家出身の織田信長がこれを奪い居城とした。しかし信長が岐阜城、次いで安土城と拠点を移してからは清洲城の存在価値は極度に低下していく。天正10年（1582年）6月、信長が本能寺の変で横死すると、信長の後継者を合議する会議、いわゆる清洲会議が清洲城で開かれ、このとき豊臣秀吉によって信長の後継者は信長の嫡孫・三法師（のちの織田秀信）と決められ、清洲城主には信長の次男・織田信雄が据え置かれた。その信雄は、天正18年（1590年）の小田原征伐後、秀吉の旧徳川領である駿河、甲斐への移封を拒絶したために改易されて下野に追放される。代わって清洲は秀吉の甥・豊臣秀次の所領となるが、秀次は文禄4年（1595年）に謀反の罪を着せられて切腹させられる。このため、尾張清洲の新たな城主として、文禄・慶長の役で武功を挙げた福島正則が伊予11万3000石から24万石と加増移封される形で赴任する。正則は、秀吉のもとで賤ヶ岳の七本槍の一人として武功を挙げた勇将である。しかしこのため、文治派の石田三成とは犬猿の仲にあり、秀吉没後は三成と対立し、慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは東軍に与して戦功を挙げた。この戦功により戦後、正則は徳川家康より安芸広島藩49万8200石に加増移封された。代わって尾張清洲には、関ヶ原の戦いで井伊直政と共に抜け駆けの先鋒を果たし、西軍の島津豊久を討ち取るという武功を挙げた家康の四男・松平忠吉に62万石で与えられ、清洲藩が立藩した。しかし忠吉は慶長12年（1607年）3月5日、江戸の芝浦で労咳のために急死する。忠吉には継嗣が無かったため、忠吉の異母弟・義利（義直）が入るが、義直は新たに名古屋城を築城して藩庁や城下町を移設し、名古屋藩（尾張藩）を立藩する（清洲越し）。清洲城は名古屋城の資材として転用され、廃城となった。この義直より始まる系統が、徳川御三家のひとつ・尾張徳川家となった。