任天堂とスクウェア（現スクウェア・エニックス）が共同で開発したスーパーファミコンソフト『スーパーマリオRPG』にて、隠しボス戦のBGMとして本作のボス戦闘曲である「バトル2」、その戦闘の勝利BGMとしてFFシリーズ共通の「勝利のファンファーレ」が、それぞれアレンジされて使用されている。なお、この戦闘で登場するボスキャラクターはFFシリーズを意識したデザインとなっているが、BGM以外は本作とは全く関係がない。
スペイン王フェリペ2世は、妻のイングランド女王メアリー1世が1558年に死去するまでイングランドの共同王であった。敬虔なカトリックである彼は、プロテスタントである義妹エリザベス1世を異端者であり、違法なイングランド統治者であるとみなしていた。フェリペはエリザベスを打倒して、カトリックであり、かつイングランド王位継承権者である前スコットランド女王メアリー・スチュアートを王位につけようとする陰謀を支持していたが、メアリーを幽閉していたエリザベスが1587年に彼女を処刑したために阻止されてしまった。また、スペインが植民地から自国に物資を移送する途中で、幾度となくイングランドの私掠船に襲われたため、フェリペ2世はイングランド女王エリザベス1世に海賊行為を取り締まるよう申し入れたが、エリザベス1世は聞き入れるどころか海賊行為に加担していたことも、英西関係を悪化させていた。加えて、プロテスタント信仰の拡大を策するエリザベスがスペインに敵対するオランダ人の反乱を支援して軍事介入し、1585年以降、両国は実質的な戦争状態になっていた。これらの報復のために、フェリペ2世はプロテスタント体制を打倒すべくイングランド侵攻を計画した。そしてこれによって、イングランドによるネーデルラント連邦共和国（低地諸国の一部でスペインの統治から離脱しようとしていた）への支援を終わらせ、新世界のスペイン交易路と入植地への攻撃を断つことができる。フェリペ2世は教皇シクストゥス5世からの支持を受けており、教皇は侵攻を十字軍として扱い、スペイン軍が上陸した際の特別補助金を約束している。 1583年、サンタ・クルス侯アルバロ・デ・バサン（レパントの海戦の英雄）が艦隊計画を発案した。史料が残っている1586年の計画では船舶796隻を動員し、予算総額は15億2,642万5,898マラベディーにおよび、レパント海戦の予算の実に約7倍となった。あまりの高額であり、代案として艦隊規模を縮小し、上陸部隊はスペイン領ネーデルラント総督パルマ公アレッサンドロ・ファルネーゼの陸軍を活用することになった。1587年4月29日から30日（旧暦4月19日 - 20日）、フランシス・ドレーク率いるイングランド艦隊が準備妨害のためカディス港に来襲し、スペイン船37 - 24隻が破壊または捕獲された。その後、ドレークはポルトガル沿岸部を襲撃して100隻以上を破壊または拿捕し、この際に捕獲した大量の樽材を焼却している。樽材の新規確保が難しかったためスペインは生乾きの粗悪な板を使用することになり、このあとの遠征で飲料水・食料品へ甚大な被害を与えることになる。これにより、艦隊計画を大幅に変更する。（「スペイン王の髭焦がし」事件 (Singeing the King of Spain's Beard) ）スペイン艦隊は波の穏やかな地中海での戦闘が主で、特にレパントの海戦ではガレー船により華々しい戦果を収めており、帆船への移行がなかなか進まなかった。ドレークのカディス港襲撃の際に新型帆船に対するガレー船の無力さが露呈したこともあり、当初計画のガレー船40隻を4隻へと大幅に減らし、また機動性と攻撃性を重視し、漕ぎ手の上層部に大砲を配置した帆船とガレー船の混合型ガレアス船を導入するが、波の荒い英仏海峡ではかえって安定性を得ることができず、実戦では成功しなかった。さらにスペイン軍の大砲の数を2倍とし、数発で敵船の動きを止めて従来の接舷斬り込み戦法に持ち込むための、重量の大きい砲弾を放つ、威力は強いが短射程のカノン砲や全カルバリン砲が多用されていた。また、接舷切り込み直前の接近戦で人員殺傷を狙うため、ペリエール砲以下の軽砲が搭載砲約2,500門の3分の2を占めていた。この多数の軽砲を搭載するため、主力戦闘艦であるガレオン船には大規模な船首楼・船尾楼が設置されていたが、トップヘビーで船体を不安定にし、航洋性と備砲の命中率の低下の原因となった。対して、イングランド軍の大砲の95パーセントが、軽量弾を放つ長射程の半カルバリン砲であった。短射程軽砲を積まないのに合わせて大きな船首尾楼は廃止され、航洋性や運動性の優れた低重心設計の船体となっていた。半カルバリン砲が長射程といっても長距離では命中率が低く、命中しても軽量弾では船体に致命傷にはならないため、当初から接近戦を志向したスペイン艦隊の戦術理論の方が先進的との評価もある。スペイン側もこのような両軍の装備の違いを把握しており、フェリペ2世は、イングランド艦隊が長距離砲戦を試みるだろうから、スペイン艦隊は接近して敵艦を鉤綱で拘束して攻撃するよう艦隊出撃前に指示していた。ただ、イングランド側の方が砲甲板の設計や砲員の技量に優れたこともあり、イングランド側が砲戦で終始主導権を握る展開へとつながった。当初1588年1月出撃の予定だったが、フェリペ2世の病気のため出撃は延期になった。さらに2月9日、艦隊司令官だったサンタ・クルス侯アルバロ・デ・バサンが急逝する。代わりにフェリペ2世はメディナ＝シドニア公アロンソ・ペレス・デ・グスマンを総司令官に任命した。メディナ＝シドニア公は温厚な人物で優れた行政官でもあったが、海戦の経験は皆無だった。当初、彼は就任を固辞して別人を推薦したが、総司令官には高位の名門出身者がふさわしいと考えたフェリペ2世はこれを認めなかった。代わりにフェリペ2世は、有能な海軍軍人であるディエゴ・フローレス・デ・ヴァルデス（es）を補佐役として任命した。