TGAの左室は圧負荷に弱く、人工心肺離脱時の左房圧、平均動脈圧、収縮期動脈圧に注意を要する。更に術直後の動脈圧の上昇は容易に急性左心不全を来すことがある。血管拡張薬を用い後負荷を軽減するよう務めることが大切である。
自己心膜パッチで冠動脈ボタン切除後のバルサルバ洞（上行大動脈起始部の内腔）の欠損を補填する。肺動脈の再建を大動脈の前方で行う方法をルコン法（英: Lecompte maneuver）と呼び、肺動脈による冠動脈の圧迫の回避、左肺動脈の過伸展の回避の面から有用であることが多い。両大血管がside by sideの関係にある症例ではルコン法が適応でない場合もある。
完全体外循環開始後、動脈管を切断。続いて大動脈遮断、大動脈基部に心停止液を注入し、STジャンクション（バルサルバ洞・大動脈管接合部）から5-6mmの所で大動脈を切断する。冠動脈の採取は大動脈弁輪に近接して大動脈壁を切離し、出来るだけ大きなボタンとして採取する。そしてそれぞれの冠動脈ボタンを肺動脈（＝新大動脈）に移植する。冠動脈移植部位は交連部との位置関係を考慮しながら冠動脈のねじれ、過伸展を来さない最適な場所を選ぶことが重要である。そして後述するルコン法による肺動脈再建のため、新大動脈再建の前に中心肺動脈を大動脈の前方に置いておく。最後に遠位側上行大動脈を新大動脈基部に吻合し、大動脈の再建が完了する。
胸骨正中切開後に胸腺を切除し、大血管を剥離。 送血管は大動脈の腕頭動脈基部に挿入する。2kg台の低体重児であっても上下大静脈脱血で高流量、中等度低体温の体外循環が可能である。
心内での血液の混合が良好でチアノーゼも軽度であるが、肺血管病変の進行の懸念もあり、新生児期、乳児期早期の一期的根治術（ジャテン手術＋VSD閉鎖）が一般的である。低出生体重児などでは姑息術として肺動脈絞扼術を先行させ、体重増加を待ってから根治術を行うこともある。
TGA I型に対する機能的根治術として、1980年代以前はマスタード手術やセニング手術が行われていたが、術後遠隔期の合併症の問題により1980年代半ばより主流は解剖学的根治術であるジャテン手術へと移っていった。現在では、マスタード手術やセニング手術はジャテン手術の適応にならない症例（Shaher分類 5dなど）に限定されている。ジャテン手術を行うためには左室が体循環を維持するための力を持っていることが必要であり、新生児期の生理的肺高血圧が改善されてくる生後2週間までが良い適応とされる。
グアテマラ国立士官学校、アメリカ陸軍米州学校（現在の西半球安全保障協力研究所）、米州防衛大学を卒業。グアテマラ陸軍では血も涙もないことで名高い特殊部隊（カイビレスとして知られる）に従軍し、軍事情報部長や陸軍総監を務めた。1983年には陸軍将校団のひとりとして、事実上の大統領であったエフライン・リオス・モントを打倒したオスカル・メヒア国防相のクーデターを支えた。軍事情報部門のトップであった1993年、ホルヘ・セラノ大統領を亡命に追い込んだ。当時セラノは議会を解散し、新しく最高裁判所の判事を任命することで自作自演の逆クーデターを起こそうと画策していた(1993年グアテマラ憲政危機を参照)。後任の大統領には憲法の規定に従って、人権擁護官であるラミーロ・デ・レオン・カルピオが就任した。カルピオはペレスを大統領の首席補佐官に任命し、1995年までその職にあたらせた。30年間にわたるグアテマラ内戦の交渉による解決を支持したペレスは、軍を代表してグアテマラ民族革命連合（URNG）などのゲリラ勢力との交渉にあたった。両者は1996年、和平協定を結んだ。1998年から2000年まで米州防衛委員会のグアテマラ代表を務め、2000年1月に活動的な軍務から退役した。2001年2月24日、ペレスは愛国党を立ち上げた。2003年11月9日に行われた議会選で、愛国党は改革運動と国民連帯党の三党で大国民同盟を形成し49議席を獲得した。2007年の大統領選挙で、ペレスは愛国党の候補者として Mano dura, cabeza y corazón（揺るぎない手、頭、そして心）のスローガンの下に増加する犯罪への強硬路線を訴え、選挙戦を展開した。9月9日の第一回投票では得票数で2位につけたが、11月4日の第二回投票で国民希望党のアルバロ・コロンに僅差で敗れた。2011年の大統領選挙では、54%の得票率で当選した。1986年の民政復帰以来、初の軍出身の大統領である。グアテマラの大統領として初めて出席した国連総会でペレスは、麻薬戦争の失敗は明らかであり、犯罪と資源の浪費につながっているとして、薬物の合法化を提案した。2015年4月、複数の政府高官が輸入業者に対して便宜を図る見返りに多額の贈賄を受けていた疑惑が発覚。8月までに副大統領や国税庁長官ら30人余りが逮捕され、財務相をはじめ閣僚の三分の一が辞任する事態に発展した。グアテマラ全土で大統領の即時辞任を求めるデモが広がる中、ペレスは疑惑への関与を否定し辞任を拒否し続けた。 8月22日、ペレスは汚職を主導したとしてグアテマラ検察により刑事告発され、9月1日には議会で大統領不逮捕特権を剥奪された。9月3日、検察はペレスに対する逮捕状を発行し、同日ペレスは大統領の辞任を発表した。