1980年以前の蒐集品約200点はロサンゼルス郡立美術館に寄贈され、それ以降のもののうち約200点は自宅心遠館の所蔵、190点は出光美術館に売却されている。当初心遠館コレクションと称していたが、ロサンゼルスでは本名を出さないことに疚しい点があると受け取る文化があり、エツコ&ジョー・プライス・コレクション (Joe & Etsuko Price Collection) と称するようなった。2017年時点で、プライスは自身の高齢のためコレクションの一部をまとめて日本に戻すことを希望していたが、2019年6月24日に出光美術館がクリスティーズを通じて、コレクションのうち「鳥獣花木図屏風」や円山応挙の「虎図」を含んだ190点を購入したことを発表した。購入額は非公表である。
2000年、京都国立博物館で若冲の企画展「若冲、こんな絵かきが日本にいた」が開催され、プライスの名前が一般にも知られるようになった。蒐集を始めてちょうど半世紀を迎えた2003年、大規模な展覧会を催そうと考えていた。東京国立博物館田沢裕賀が賛同し、行うことになった。葛飾北斎展が割り込んだ影響で2006年にずれ込んだが、日本経済新聞社主催で「若冲と江戸絵画」の東京国立博物館、京都国立近代美術館、九州国立博物館、愛知県美術館の4箇所で開催した。2007年4月、京都嵯峨芸術大学大学院芸術研究科客員教授に就任した。日本への里帰しは2006年で最後と決めていたが、2011年の東日本大震災を受け、東北地方での巡業を決めた。2013年に仙台市博物館、岩手県立美術館、福島県立美術館で東日本大震災復興支援特別展「若冲が来てくれました―プライスコレクション　江戸絵画の美と生命―」を開催した。4月25日には天皇皇后両陛下にお茶に招かれた。2017年2月7日、学校法人城西大学が創設した、第1回水田三喜男国際記念賞を受賞。
かねてより自ら所蔵する作品を世に広めたいと願っていた夫婦は、大学か美術館にコレクションを寄贈し、自らの意向に沿う専用の展示館を建設することを考えた。ハーバード大学、スタンフォード大学、プリンストン大学、サンディエゴ三景園 (en:Japanese Friendship Garden (Balboa Park)) などを当たり、最終的にロサンゼルス・カウンティ美術館 (ロサンゼルス郡立美術館、en:Los Angeles County Museum of Art) から肯定的回答を得た。1988年、自己資金500万ドル、日本企業からの寄付400万ドル、篤志家からの寄付400万ドルの計1300万ドルの建設費をかけて日本館 (en:Pavilion for Japanese Art) を新設させた。設計は、1982年ゴフが死去したため、弟子のバート・プリンス (Bart Prince) が引き継いだ。当初はコレクション約600点を寄託して研究施設も併設する予定だったが、郡立美術館からコレクションを手荒に扱われたり、運営からプライス夫妻を締め出すような動きが見られたり、妻への人種偏見的な噂話をたてられたことから、約400点を自己管理のもとに引き揚げた上で約200点だけを施設維持のために日本館に残し、自宅に研究施設を設置した。
一方ヒムラーがゲシュタポを掌握した頃、エルンスト・レーム率いる突撃隊は貴族やユンカーが牛耳る国軍に取って替わる第二革命を唱え、国軍との緊張を高めていた。国軍との連携を重視するヒトラーにとって厄介な存在となりつつあった。とはいえ長年の同志であるレームが相手であるだけにヒトラーの突撃隊問題に関する立場は曖昧であった。1934年2月28日にはレームと国防相ヴェルナー・フォン・ブロンベルクに国軍がドイツ唯一の国防兵力であり、突撃隊は訓練など国軍の補助にあたることで合意させて和解させようとした。しかし突撃隊には不満が残り、レームは反ヒトラー言動を強めた。ハイドリヒは親衛隊の勢力拡大の蓋になっている突撃隊を粛清するチャンスが来たと見て、レーム一派の抹殺計画を企てた。しかしヒムラーにとってレームはかつて最も尊敬した人物であり、恩人でもあった。また、その計画を実行に移せば突撃隊と親衛隊に修復不可能な溝ができるため、しばらくは悩んでいた。しかし結局ハイドリヒに説き伏せられてヒムラーもついにレームら突撃隊幹部を粛清することを企図するようになった。ヒムラーも一度決意したのちは、ためらったり、手心を加えることはなかった。ヒムラーとハイドリヒは、同じく突撃隊の粛清を企図するゲーリングと連携した。突撃隊問題に曖昧な態度をとるヒトラーに粛清を決意させるため、ヒムラー、ハイドリヒ、ゲーリングらは突撃隊の「武装蜂起計画」をでっち上げることとした。1934年4月下旬から5月末にかけてハイドリヒはレームと突撃隊の「武装蜂起」の証拠の収集・偽造を行った。さらにハイドリヒに暗殺対象者リストの作成にあたらせた。そして1934年6月はじめ頃から偽造された証拠がばら撒かれて突撃隊「武装蜂起」の噂が流された。この噂を重く受け止めた大統領パウル・フォン・ヒンデンブルクと国防相ブロンベルクは、1934年6月21日に首相ヒトラーに対し、もし突撃隊問題が解決できないならヒトラーの権限を陸軍に移して代わりに処置させると通告した。この通告によりヒトラーは粛清を実行するしかなくなった。またこの頃すでにヒンデンブルクの死が近いことは明らかであった。ヒンデンブルクの死後、ヒトラーは軍に忠誠を誓わせねばならず、そのためには軍が望むレーム以下突撃隊幹部の粛清が必要であった。ヒトラーはこの日に突撃隊の粛清を決意したという。こうして1934年6月30日に行われた粛清事件「長いナイフの夜」において親衛隊はレーム以下突撃隊幹部の逮捕と処刑の実行部隊となった。親衛隊はこの「功績」によって、1934年7月20日付けのヒトラーの指令により突撃隊から独立した党内組織として認められた。