リーグ戦第1週の試合前に開幕式を、早慶最終戦終了後に閉幕式を行う（優勝決定戦が行われるときには決定戦の終了後）。開幕式では連盟理事長の挨拶、前シーズン優勝チームからの天皇杯返納と選手宣誓（前シーズン優勝チームの主将が行う）が行われる。閉幕式では各杯の授与と連盟理事長の挨拶が行われる。なお個人表彰・ベストナイン表彰は閉幕式中には行われず、終了後に表彰と写真撮影が行われる。いずれも、東京六大学応援団連盟が協力している。入場行進曲は各校の第一応援曲のメドレーがリーグ戦の順位の順番で吹奏され、曲が代わるのに合わせて一塁側ファウルグラウンドに控えている各校の第一応援旗が掲揚される。2010年の結成85周年記念として、優勝校には優勝旗（天皇杯トロフィー共々持ち回り）が贈呈される
個人タイトルは首位打者（毎日新聞社制定）と最優秀防御率（読売新聞社制定）の2つ。それぞれにトロフィーが与えられる。規定打席・投球回数は時期により差異があったが、現在は打席はプロ野球同様試合数×3.1を規定打席数とし、投球回数は試合数×2を規定回数としている。アマチュア野球担当記者たちの投票によりベストナインを選出している（1954年秋季から）。ベストナイン選外の選手でめざましい活躍をした選手には特別賞が与えられる。過去には本塁打記録を大幅更新した法政田淵幸一、史上2人目の完全試合を達成した立教上重聡の2名。2003年春季リーグ戦より、連盟ホームページにおいてファン投票によるMVPを選出している。斎藤佑樹が入学して以降は成績にかかわらず斎藤が大量得票でMVPに選出されようになり、2010年秋季には投票ページに良識ある投票を呼びかける注意書きが設けられた。
各校に共通して、背番号は監督が30、助監督・学生コーチが40・50・51、主将が10と決められている。プロ野球にある「0」「00」番は存在しない。各校とも、背番号に一定の原則を有している。例えば早稲田なら、投手は10番台、内野手は一桁、正捕手は6番、外野手は20番台、第二捕手は26番（詳細は早稲田大学野球部を参照）、明治ならレギュラーは守備位置に応じて背番号が振り分けられる（捕手なら2番、遊撃手なら6番）、立教なら31番以上の番号を選手は付けない、などである。新人やシーズン途中からベンチ入りした選手などはその時点の空き番号や30番台をつけることが多い（年度により使用しない大学もある）。背番号はカードごとに変更可能であり、開幕当初とシーズン後半で背番号が違う選手も見られる。早稲田のみ、9番を欠番としている。これは1972年の第1回日米大学野球選手権の試合中に頭部に送球を受けて死去した東門明が、大学では9番を使用していたためである。ユニフォームは早慶以外の4校は先攻用・後攻用（グレーを基調とする）の2種類を一時期使用していた（長嶋茂雄の立教時代の写真で二種類のユニフォーム姿を確認できるのはそのため）が、現在は1種類のみ。特に早・慶・明は帽子やユニフォームのカラー・ロゴなどを戦前からほとんど変えていない。早・明は襟付きのユニフォームを使用しているが、これは日本野球の草創期の名残（その当時はもっと大きな襟であったが）をとどめているものである。
審判員・公式記録員とも、各校が各々選任したOBが務める。審判員は各校から3名ずつ選出され、球審及び塁審3名の4名（照明点灯時は線審2名が加わる）で審判を行う。また、試合判定に関わる規則委員も各校から1名ずつ、選任されたOBが務める。各試合の審判員・記録員とも、対戦当該校以外の者が務める（例：早慶戦では明・法・立・東の4校のOBが審判員及び記録員を務める）。また、球場スタンド内のボール係は、各校のベンチ入り以外の部員が務めている。
大政奉還の後、新政府により箱館府が設置されると、五稜郭は、1868年（慶応4年）閏4月に箱館奉行・杉浦誠から箱館府知事・清水谷公考に引き渡され、箱館府が引き続き政庁として使用した。同年10月21日に榎本武揚率いる旧幕府軍が鷲ノ木（現在の森町）に上陸。箱館府は迎撃したものの、各地で敗北。10月25日に清水谷知事が箱館から青森へ逃走し、10月26日に松岡四郎次郎隊が無人となった五稜郭を占領した。当時の五稜郭は大鳥圭介によれば「胸壁上には二十四斤砲備えたれども、射的の用には供し難し」「築造未だ全備せず、有事の時は防御の用に供し難き」という状態だったが、旧幕府軍は冬の間に、堤を修復し大砲を設置、濠外の堤や門外の胸壁を構築するなどの工事を行い、翌1869年（明治2年）3月に完成させた。同年5月11日の新政府軍による箱館総攻撃の際には、五稜郭に備え付けた大砲で七重浜および箱館港方面に砲撃を行っている。しかし新政府軍に箱館市街を制圧され、翌12日以降、甲鉄が箱館港内から五稜郭に向けて艦砲射撃を行うと、奉行所に命中した砲弾により古屋佐久左衛門らが死傷。また、新政府軍は各所に陣地を築き大砲を並べ五稜郭を砲撃した。このため、旧幕府軍は夜も屋内で寝られず、石垣や堤を盾にして畳を敷き、屏風を立てて凌ぐ有様だった。その後、5月15日に弁天台場が降伏、16日には千代ヶ岱陣屋が陥落し、新政府軍から五稜郭へ総攻撃開始が通知され、衆議により5月18日に榎本らが降伏して五稜郭は新政府軍に引き渡された。