ドンブラクリームは、「ドンブラクリーム」（カラーコミックス4巻、藤子不二雄ランド11巻、カラー作品集6巻に収録）に登場する。このクリームを体に塗ると、後述の「ドンブラ粉」と同様、体の触れている床、地面、壁などが水のようになり、床や地面で海のように泳ぐことができる。粉をつけている者以外にとっては普通の地面や床でしかない点も、「ドンブラ粉」と同様である。故に後述の「ドンブラ粉」初登場時と同じく、のび太はこの道具でも全く同じミスで溺れてしまい、地面を掘り返して救助される羽目になった。
どんぶらガスは、「どんぶらガス」（てんとう虫コミックス26巻収録）に登場する。このガスを体に吹き付けると、体の触れている地面が水のようになり、海のように泳いだり、地面を突き抜けることができる。効果は「ドンブラ粉」や「ドンブラクリーム」と殆ど同じだが、この道具では、地中にもぐりながら地面を透かして地上の景色を見ることができるという特徴がある。
どんなきずでもすぐなおすくすりは、「とう明人間目ぐすり」（てんとう虫コミックス8巻収録）に登場する。のび太がジャイアンに殴られることを予想し、ドラミが用意した医薬品。内容は塗り薬らしきチューブや包帯だが、実際には使用されていないために詳細は不明。
ドロン巻き物（ドロンまきもの）は、「ドロン巻き物」（てんとう虫コミックス『ドラえもんプラス』2巻収録）に登場する。この巻物から吹き出すガスを人が浴びると、忍者の忍術の如く姿が見えなくなり、透明人間として動き回ることができる。時間が経つと効果は消える。
全ての力場は数値的近似に基づいており、種々の実験データから得られる。したがって、これらは「経験的」であると言われる。一部の力場は、原子の部分電荷の静電的相互作用を顕著に減少させる環境の電子的分極を考慮してない。この問題は「分極力場」を開発することによって、あるいは巨視的誘電率を用いることによって解決することができる。しかしながら、単一の誘電率の値の適用は、タンパク質や生体膜の高度に不均一の環境では疑問の余地があり、誘電体の性質は用いられるモデルに依存する。ファンデルワールス力の全ての種類も、これらの力が誘起双極子と「瞬間的」双極子の相互作用に由来しているため、環境に強く依存している。これらの力に関する最初のフリッツ・ロンドンの理論は真空中においてのみ適用可能である。凝集媒質中でのファンデルワールス力のより一般的な理論は1963年にA. D. McLachlanによって開発された（この理論は元のロンドンのアプローチを特殊な場合として含む）。McLachlan理論は媒質中でのファンデルワールス力が真空中よりも弱く、異なる種類の原子は同じ種類の原子よりも弱く相互作用すことを意味する「like dissolves like」則に従うことを予測する。これは古典力場の開発に応用された連結則（スレイター＝カークウッド方程式）と対照的である。「連結則」は、2つの異なる原子（例えばC…N）の相互作用エネルギーは、対応する同一原子の対（すなわちC…CおよびN…N）の相互作用エネルギーの平均である、と述べる。McLachlanの理論によれば、媒質中での粒子の相互作用は、液体ヘリウムについて観察されるように、完全に反発的にもなりうる。McLachlanの理論の結論は、異なる材料間の引力（ハーマーカー定数）の直接的測定によって支持される。Jacob Israelachviliの著書「Intermolecular and surface forces」では、「水中での炭化水素間の相互作用は真空中での相互作用の約10%である」と結論付けられている。こういった効果は標準的な分子力学では考慮されていない。もう一つの批判は、タンパク質構造の精緻化といった実際的応用から来ている。CASP（Critical Assessment of protein Structure Prediction）の参加者らは、「分子力学の主要な問題、すなわちエネルギー最小化あるいは分子動力学が一般的に実験構造とは似ていないモデルを導くこと」を避けるために彼らのモデルを精緻化を試みていなかったことは有名であった。実際のところ、力場は種々のX線結晶構造解析およびNMR分光法において、特にXPLORプログラムを用いたタンパク質構造の精緻化にうまく適用されてきた。しかしながら、このような精緻化は一連の実験的制約によって主に決定され、力場は単に原子間障害を取り除くために使われるに過ぎない。計算の結果はDYANAプログラムに実装されている剛球ポテンシャル（NMRデータからの計算）あるいはエネルギー関数を用いない結晶構造精緻化のためのプログラムによるものと実質的に同じである。力場の欠陥はタンパク質のホモロジーモデリングにおける主要な障害であり続けている。このような状況から、リガンドドッキングやタンパク質折り畳み、ホモロジーモデルの精緻化、計算によるタンパク質設計、膜中のタンパク質のモデリング専用の経験的スコアリング関数が開発されることとなった。分子力学法はタンパク質折り畳みあるいはリガンド結合に対して的外れなエネルギーを用いて動いているという意見も存在する。典型的な力場のパラメータは昇華のエンタルピー、すなわち分子結晶の蒸発のエネルギーを再現する。しかしながら、タンパク質折り畳みおよびリガンド結合は結晶化あるいは液体-固体転移と熱力学的に非常に似ていることが認識されていた。これは、これらの全ての過程が凝集媒質中での運動性の分子の「凍結」を表わすためである。したがって、タンパク質折り畳みあるいはリガンド結合の間の自由エネルギー変化は融解熱（分子結晶の融解の間に吸収されるエネルギー）、配座エントロピーの寄与、溶媒和自由エネルギーに似たエネルギーの組み合わせに相当するはずである。融解熱は昇華エンタルピーよりも著しく小さい。ゆえに、タンパク質折り畳みあるいはリガンド結合を記述するポテンシャルは分子力学法におけるポテンシャルよりも弱くなければならない。実際に、タンパク質中の水素結合のエネルギーは、タンパク質工学あるいはαヘリックスからコイルへの遷移データから見積った時は ~ -1.5 kcal/molであるが、分子結晶の昇華エンタルピーから見積った同じエネルギーは-4 ～ -6 kcal/molであった。また、タンパク質工学データに由来する改良レナード＝ジョーンズ・ポテンシャルの深さは典型的な力場のものよりも小さく、McLachlanの理論によって予測されるように「like dissolves like（似たもの同士はよく溶ける）」則に従った。