島の中心集落内、中央部、東岸部などに自動車通行可能な道路がある。島内に信号機はない。駐在所が公民館前にあり、常時警察官が駐在している。小売店は全て島の南部に集中しており、渡船場に1軒あるほか、漁協の近くに酒屋が2店舗構えている。島内では西鉄バスが運行されており、愛宕浜自動車営業所が担当する。島の中心集落の西端部にある龍の宮とアイランドパークを結び、途中、渡船場を経由するが、渡船場発着の便もある。概ね1時間に1本の運行があり、多客期などは渡船場 - アイランドパーク間に臨時便が運行される場合がある。1988年7月25日に運行開始。
江戸時代には廻船業で繁栄した能古島も、明治維新以降は農業と沿岸漁業で生計を立てる漁港と棚田の島へと変貌した。1941年（昭和16年）10月15日には早良郡能古村が福岡市に編入され今に至る。人口は1950年代の約1,500人を頂点に徐々に減少しつつある。作家の檀一雄が晩年を過ごした島でもあり、娘の檀ふみの著書『父の縁側、私の書斎』に島での一雄の生活が述べられている。檀が詠んだ最後の句である「モガリ笛いく夜もがらせ花ニ逢はん」の文学碑がある。毎年5月の第3日曜日には彼を偲んで「花逢忌」が営まれる。
近世初頭には、残島浦として筑前五ヶ浦廻船の根拠地の一つとして繁栄した。島南部の白鬚神社も、海神である住吉大神を祀っていることから、廻船乗組員の寄進を受けており、1689年（元禄2年）建立の鳥居には寄進した廻船業者の名が残る。江戸時代には福岡藩の鹿狩りの場とされていた。しかし、鹿が農産物を荒らすため、対策として1836年（天保7年）に島の南北を海の中まで分断するような石垣を完成させて島南側の耕地への鹿の侵入を防いだ。これは鹿垣（しかがき）と呼ばれ、幅3 m の溝を掘り、溝の南側に高さ2 m に土を盛って土塁とし、土塁の北面に30 - 50 cm 大の石を積んだ構造であった。幕末の1853年（嘉永6年）にはこの狩場でスターリング英国東洋艦隊提督が鹿狩りに興じた。ただし島の鹿は1945年（昭和20年）ごろに全滅した。島南部には1基の登窯が残る。これは、能古焼という伊万里焼系の染付磁器と高取焼系陶器を焼いた窯であり、『筑前国続風土記』によると、1764年（明和元年）から1781年（天明元年）までの約20年間のみ操業したという。現在、唯一の製品と思われる花瓶が隣接する能古博物館に展示されており、登窯は福岡市指定史跡となっている。1861年（文久元年）には福岡藩によって異国船対策の台場が設置された。
後世の正史晋書に複数の子孫が立伝されている他、新撰姓氏録や杜甫の杜工部集など、複数の文献に曹操の子孫が登場する。例えば杜甫は友人・曹覇に送った詩「丹青引・贈曹將軍霸」で、「將軍魏武之子孫、於今為庶為清門、英雄割據雖已矣、文彩風流猶尚存」（あなたは曹操の子孫で、今は庶民だが昔は名門だった、三国の群雄割拠の時代は昔のことだが、曹操の文芸や風流の伝統はあなたにも伝わっている）と述べている。日本にわたってきた渡来人の中にも曹操の子孫がおり、新撰姓氏録には「大崗忌寸、出自魏文帝之後安貴公也、大泊瀬幼武天皇[謚雄略。]御世。率四部衆帰化。（中略）亦高野天皇神護景雲三年。依居地。改賜大崗忌寸姓」とあり、曹丕（魏文帝）の子孫安貴公が雄略天皇の時に一族とともに帰化し、神護景雲三年に「大崗忌寸」の姓を賜ったとしている。この一族からは高向玄理が出ている。2009年に曹操の陵墓が発見されたが、その真偽を確かめるために、復旦大学では、被葬者の男性のDNAと全国の曹姓の男性のDNAを照合することになった。漢民族では姓は男系で継承されるため曹姓の男性は曹操のY染色体を継承していると考えられるためである。復旦大学は中国全国の「曹」姓の家系258系統を調査。「曹操の子孫」の可能性がある8族についてさらに系統DNA検査を実施した。その結果6系統を「曹操の子孫」と断定した。曹髦の66代目の子孫、曹操から数えて70代目の直系子孫にあたると伝えられている曹祖義が遼寧省東港市に住んでいる。最近発見された曹操の墓の真偽の判定を下すため、その他の曹姓の男性と共に復旦大学でDNA鑑定を受けた。検査の結果曹祖義は子孫とされる中で最も曹操の直系に近いとされた。また、これまで曹操の血縁上の繋がりがあるとされてきた夏侯氏の子孫のDNA鑑定を行ったところ、曹氏と夏侯氏の血縁関係は認められず、今後の研究の進展次第では曹氏と夏侯氏の血縁関係の定説が覆される可能性が出てきた。一方、曹操の墓の発見を受けて曹操の子孫を名乗る人々も現れている。なかには司馬氏の迫害を逃れるために「操」姓に改姓したという「操氏」の人々もいる。