1978年の中共第11期三中全会において、「二つのすべて」派が退場した後の1979年に、鄧小平は「四つの近代化」を国の最重要課題と位置付けた。その内容は、<1>まず国民総生産（GNP）を1980年の2倍にする、<2>20世紀末までにGNPをさらに2倍にし、国民生活をある程度裕福な水準に高める、<3>21世紀半ばまでにGNPをさらに4倍にし、中進国の水準にする、という3段階で実現を目指すことが決まった。1982年に制定された現行の中華人民共和国憲法おいて前文に記述された「（第7段目）中国の各民族人民はひきつづき中国共産党の指導のもと、マルクス・レーニン主義と毛沢東思想の誘導のもと、人民民主独裁を堅持し、社会主義の道を堅持し、たえず社会主義の諸制度を改善し、社会主義的民主を発展させ、社会主義の法制度を健全にし、自力更生、刻苦奮闘、工業、農業、国防、科学技術の近代化を逐次実現し、わが国を高度の文明と高度の民主主義をそなえた社会主義国家に建設するであろう」とある。最近では、世界最先端のハイテク技術の導入に関心が移っている。
民主党では副代表に就任した。2006年（平成18年）には常任幹事会議長に就任し、2007年（平成19年）まで務める。その間の第43回衆議院議員総選挙、第44回衆議院議員総選挙では、いずれも三重1区で自民党の川崎二郎に敗れ落選し、重複立候補していた比例東海ブロックで復活。第45回衆議院議員総選挙では三重1区で川崎を破り、当選した。この選挙により民主党が与党となり、鳩山由紀夫内閣にて国家公安委員会委員長に就任した。同時に拉致問題担当大臣を兼務し、「北朝鮮による拉致問題の早期解決を図るため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」 も担当することになった。また、前原誠司国土交通大臣の防災担当相職退任にともない、2010年（平成22年）1月12日に内閣府特命担当大臣（防災）に就任した。なお、中井は「北朝鮮に拉致された日本人を早期に救出するために行動する議員連盟」の会長代行を務めていた。しかし、拉致問題担当相に就任以来2010年1月6日まで、一度も所管の拉致問題対策本部事務局に顔を出していないことが判明している。拉致被害者の救出のため連携していた韓国の国会議員との関係を竹島問題を理由に断ち切ったり、拉致被害者の情報を引き出すという名目で金賢姫を来日させるなどの行為を繰り返し、横田夫妻を「パフォーマンスばかりで、真剣に向き合ってくれなかった」と嘆かせた。2010年2月の東アジアサッカー選手権に出場予定だった北朝鮮女子代表チームへのビザ発給に一時反対、北朝鮮チームは参加辞退を表明した。民団の会合で外国人参政権を推進していく立場を明らかにした。2010年4月に実施予定の「高校無償化」をめぐり、朝鮮学校を対象から除外するよう川端達夫文部科学大臣に要請した。4月、来日中の元朝鮮労働党書記・黄長燁と会談した。6月発足の菅内閣では、国家公安委員会委員長と拉致問題担当大臣及び内閣府特命担当大臣（防災）に再任された。7月6日、大相撲野球賭博問題に関連し「テレビに出るのは熱心だが捜査には言を左右にしている」と警察の捜査に協力しない相撲関係者を指弾。暴力団との関係遮断の取り組みについて「名古屋場所が済めばしまい、という一過性のものではない」と述べた。それをさかのぼる6月21日、すなわち野球賭博問題で日本相撲協会が特別調査委員会を設置した日の夜に、日本大学の田中英壽理事長が懇意にしている神楽坂の料亭で、田中理事長、相撲協会の武蔵川理事長の3人で会談していたことが週刊文春で報じられた。これに対し中井は7月15日、報道内容を否定した。7月20日、来日した金賢姫と面会した。9月、菅改造内閣発足により国務大臣を退任。農林水産大臣に起用された鹿野道彦に代わり、衆議院予算委員長に就任した。2011年（平成23年）2月28日に平成23年度予算が衆議院予算委員会で可決された際、中井の議事運営に問題があるとして自民党・公明党・みんなの党・たちあがれ日本から解任決議案が提出されたが、解任決議案は否決された。同年7月に北朝鮮の宋日昊朝日国交正常化交渉担当大使と中国・長春市で極秘に会談したと報じられた が、旧満州出身の中井は「ふるさとを見て泣いて帰ってきただけ」と会談を否定した。この件で中井に同行し無届けで海外渡航した政府の拉致問題対策本部職員が口頭注意処分となった。2012年（平成24年）1月にも宋日昊大使と中国で会談した模様だと報じられた。同年3月17日から3月19日まで台湾総統の馬英九の再選祝いに日華議員懇談会のメンバーとして台湾渡航を衆議院議院運営委員会に申請したが、北朝鮮の宋日昊・朝日国交正常化交渉担当大使がモンゴルに向かったことが確認されていることから、野党の自民党・公明党が「実際はモンゴルに渡って交渉する可能性」から合意を拒否。議長裁定にゆだねられ、横路孝弘衆議院議長から「渡航期間を厳守し、予算案の審査に支障を与えない」との条件付きで海外渡航を許可された。中井は結局モンゴル行きを断念し、申請通り台湾を訪問した。