作家の大石圭とは実家が隣同士の幼馴染。妻が大石圭のファンだったことから、妻を通じて交流が再開、2010年から2014年6月まで手紙のやり取りや面会を行っていた。大石に宛てた手紙には「化学兵器を作ったことを後悔」「麻原よりも先に死刑になりたい」などとつづられ、量子力学の本を写経して日々を過ごしていることを明かしていた。大石との接見は2014年から途絶えていたが、死刑執行後に土谷の妻から「ただ一人の友達で実の兄のように慕っていた」と聞かされたという。
2009年12月、2006年夏から接見していた土谷の入信のことも知る古い付き合いの女性と2009年に獄中結婚した。妻によると、普段は化学書を読んで過ごしており、再審請求もせずに死で償う覚悟をしていた。2018年3月14日のオウム死刑囚7人の分散収容のための移送について知らされると「取り返しのつかないことをしてしまい申し訳ない」と俯きながら話したという。
弁護側は初めて6事件すべてへの加担を認めた。「共犯者として責任は免れないが、信仰心を利用させられただけ。ほう助犯にとどまる」として、無期懲役に減刑するよう求めたが、2011年2月15日に最高裁第3小法廷は被告側の上告を棄却。判決で那須弘平裁判長は、殺人行為に直接関わっておらず犯行の具体的計画を知らなかったとしても、「松本サリン事件で悲惨な結果が発生したことを認識しながらも、サリンやVXの生成を続け、地下鉄サリン事件などを引き起こしたと指摘し「一連の凶悪事件において極めて重要な役割を果たした、被告人の豊富な化学知識や経験を駆使することなくしてこれらの犯行はなし得なかった」と述べた。オウム真理教事件で死刑が確定するのは11人目。「当然の結果。生涯謝罪の気持ちを持ちながら、自分に何ができるか考えたい」と話し、死刑を受け入れていた。一連のオウム事件の全容が分かるような文章を書くことを目指していたが、実現できないまま死刑が執行された。
控訴審には、第一審の化学知識の誤りを指摘する「控訴趣意書」と「控訴審に出廷する義務はない」と記した書面を提出。国選弁護人との接見を拒否し、公判及び判決に一度も出廷しなかったため、わずか4回で結審した。2006年8月18日の控訴審は控訴を棄却して死刑判決を維持した。白木勇裁判長は、「裁判に向き合う姿勢を見せなかった。自ら控訴しておきながら審理を拒否する被告に更生の気持ちをくみとることはできない」と非難し「被告の関与なくして無差別大量殺人は起こらず、単なる工場長だったなどと矮小化はできない」と述べた。
オカムラ鉄工から持ち込んだ事務用品を収蔵してあった物置を改築したもので、1993年8月26日に完成。第7サティアン横にあった。当初は「土谷棟」、のちにクシティガルバ棟と呼ばれた。実験装置の注文から支払までを担当し、化学機器のカタログを見ては金に糸目をつけない買い方で次々に注文。2,300万円の「コントラボ」含む300点・総額6,000万円の機器を揃えた。大手メーカーでも持っていないような機械もあり、業者に用途を尋ねられ「コンピュータの半導体の研究に使う」と回答している。食事も寝泊まりも棟内でして、まるで修行僧のような生活だった。
1993年12月頃、LSDが化学兵器として利用できることを文献で知った村井秀夫・中川智正からLSD製造を指示され、合成方法を調査。1994年2月末、都内ホテルで開催された教団幹部の会議で麻原彰晃から1kgの製造指示を受け、5月1日に遠藤誠一らとともに、標準サンプル数グラムを完成させた。完成したLSDを分析する際に試しに舐め、ゲラゲラ笑いだし竹刀を振り回すなどの幻覚症状を起こした。その後製造した115gのLSDは「キリストのイニシエーション」に使用された。1994年6月頃、LSDの幻覚作用に感激した麻原に「幻覚作用のある薬物をもっと製造しろ」と命じられた村井秀夫から覚醒剤の製造指示を受ける。警察捜査が行われた場合を想定し、覚せい剤製造をしていると分からないような特殊な生成方法を考案した。7月半ば、標準サンプル製造に成功。その後227gを製造し「ルドラチャクリンのイニシエーション」に使用された。
ボディカウルはカーボンファイバー (CFRP) 製。当時はウィングなど部分的にカーボンパーツの導入が進んでいたが、カウル全面に採用したのはコジマが初めてである。ただし、現在主流のドライカーボンではなくウェットカーボン製法だった。フロントはタイヤの空気抵抗を減らすスポーツカーノーズを採用。シャーシ側のインナーノーズの上に分離式のノーズカウルを被せる二重構造になっており、カウルの位置や角度をずらしてダウンフォースを調節することができた。本戦ではノーズ先端にリップスポイラーを追加した。コクピットを囲むセンターカウルの両脇には、フェラーリ・312T2を意識したエンジン吸気用のエアインテークが開口された。ただし、フラット12エンジンのフェラーリと異なり、V8エンジンの場合は吸気ポートが上にあるため、インテークも上側が出っ張った形となり、空力的には好ましくなかった（後継モデルのKE009ではインテークが小さくなった）。テストではロールバーのサイドにインテークを設けたカウルも試してみたが、リアウィングへの気流を乱すため採用されなかった。カウルのエッジが高いため周辺視界が悪くなったが、空力面でドライバーを深く潜り込ませるようなデザインにしたかった、と由良は述べている。ボディカラーは当初日立マクセルがメインスポンサーにつく予定だったため、全体がマクセルのシンボルカラーである漆黒に塗られた。この話は結局実現せず、サプライヤー以外スポンサーロゴのない黒一色の状態でレースに臨んだ。