約2年の長期休養後の復帰緒戦として浦和記念に臨むが、デビュー戦と同じくスタートで躓いてしまい、これにより骨折を発症。4コーナーまで走ったものの、そこで騎手が下馬し競走中止。隣枠のホクトベガが地方交流戦8連勝を華々しく決めたその同じ舞台の影で、予後不良の診断が下されて安楽死となった。
前年の活躍からフェブラリーステークスに招待されるも大事を取って回避する。天皇賞（春）を目標としてその前哨戦となる阪神大賞典への出走を表明するが、調教中に脚部不安を発症して長期休養に入り、結局この年は1戦も出走できずに終わった。
4歳初戦の特別競走を勝利した後、準重賞のクラウンカップにも勝利して、4連勝で南関東三冠の初戦である羽田盃に臨む。しかしクラウンカップ前からの脚部不安が悪化するなど調子を落としてしまい、羽田盃を14着、続く東京ダービーを10着と惨敗の後に休養に入った。休養開けの秋は、初戦の特別競走を3着と好走すると、続く戸塚記念を勝利して調子を整え、東京王冠賞を2着に2馬身差の完勝で4歳クラシックの最終戦を制覇。年末の東京大賞典ではクラウンカップ以来の単勝1番人気に推され、期待に応えて逃げ切り勝ちし、4歳シーズンを終えた。
11月18日、川崎競馬場の3歳新馬戦で単勝1番人気に推されてデビューするが、スタート時の躓きもあって5着に敗れる。しかし、2戦目を2着に20馬身の大差をつける圧勝で初勝利を飾ると、続くレースも楽勝で連勝して3歳シーズンを終えた。
非常に気性が荒いことで知られ、3歳の4月に美浦の阿部新生厩舎に入厩するも、厩務員にケガを負わせるなどしたために登録を抹消され牧場に戻されて去勢されそうになるが、多摩米軍キャンプ内の乗馬クラブで調教の後、小向厩舎に入厩した。
NORTHERN MUSIC移籍後最初で最後のシングル。TUBEの春畑道哉が作曲を担当したゆったりとした曲になっている。初のDVD付き2枚組。3枚目のアルバム「サンキュー!!」の先行シングル。「ルリハコベ」とは植物のことで、開花時間は午前7時から午後2時までで、花言葉は「約束」であると述べている。 作詞はスパークリング☆ポイント名義だかメインの作詞は梓である。 ちなみに、作詞やレコーディングでは、試行錯誤を繰り返した事もあった。
20世紀最高クラスの指揮者で、スメタナやドヴォルザークなど故郷チェコの音楽のほか、ドイツ・オーストリア系音楽を得意とする。特に、元祖ドイツ国民歌劇といわれているが実は現在のチェコが舞台となっている「魔弾の射手」、ドイツでの作品発表が多いユダヤ系オーストリア人だが生地はチェコであるマーラーなど、旧神聖ローマ帝国の多民族性に根ざした分野に強い。また、ベートーヴェン、モーツァルトなどドイツ音楽本流部分でも、同世代指揮者の中でも高い評価を得ている。クーベリックは、20世紀後半の指揮者としては珍しく、オーケストラの第2ヴァイオリンを指揮台の右側に配置し、第1と第2のヴァイオリンを左右に分けて配置させていた（「対向配置」「両翼配置」）。1990年に、父ヤンの業績をまとめるため、姉のアニタとともにヤン・クーベリック協会を設立。同協会は、ラファエル没後も、SP時代のチェコ人演奏家の貴重な音源を復刻するなどの活動を続けている。
1973年にはスイス国籍を取得。1986年に持病の関節炎、痛風の悪化、また作曲に専念するために指揮者を引退した。しかし、1989年にチェコで民主化革命が起きたのを契機に、ハヴェル大統領の強い要請で亡命先のイギリスから帰国し翌1990年の「プラハの春」音楽祭でチェコ・フィルを指揮し、スメタナの『我が祖国』の歴史的演奏を行い復活。チェコ・フィルより終身名誉指揮者の称号を受けた。さらに、1991年秋にもチェコ・フィルに再登場し、ドヴォルザークの交響曲第9番『新世界より』を指揮。その直後に来日、大阪、東京でスメタナの「わが祖国」を演奏した。1996年8月11日に、スイスのルツェルンでこの世を去った。82歳没。父と共にヴィシェフラット民族墓地の記念的霊廟「スラヴィーン」に埋葬されている。なお、同じ墓碑には父とアルフォンス・ミュシャの3人の名が刻まれている）。
天に届く嵩山の麓、そこに「洞天福」という国があり、そこには洞仙と呼ばれる仙人がいた。彼らは地下に仙窟と呼ばれるダンジョンを作り、風水と仙術を使いながら仙獣たちを使役し、大地の龍脈を活性化させて荒廃した大地に緑を取り戻していた。だが、町の人たちは洞仙に対して誤解があり、洞仙のことを地下で妖怪と共に怪しいこと（地震を起こす・大地を荒廃させるなど）をしている悪人だと思っていた。そんなある日、三界老師の修行を終え一人前の洞仙になった主人公は、初めて作った仙窟の奥に封印されて開かない扉を見つける。その後、仙術で扉の封印を解いた主人公は、主人公に対して憎しみを持っているらしい者の声に誘われ扉の奥へと進んで行き、石になっている龍を見つける。声の正体はその龍であり、龍は主人公を知っている様子であるが主人公に相手の覚えはない。主人公は石化を解いて襲いかかってきた龍の圧倒的な力の前に倒され、助けに来た老師も目の前で石にされてしまう。そして、主人公は龍が唱えた呪文「天封呪」によって存在を分割されて平行世界に封じ込められてしまう。それぞれ少しずつ異なる幾多の平行世界の中で、主人公は元の世界に戻る手がかりを探す。