2010年12月22日、CAバンフィエルドを離れてボカ・ジュニアーズの監督に就任した。プレシーズンのトーナメント大会では攻撃的な采配を見せて期待されたが、クラウスーラ2011開幕戦ではホームで大敗し、9節までに5敗を喫した。また、3節のCAオール・ボーイズ戦では、いかなる負傷もしていないにもかかわらず、スター選手のフアン・ロマン・リケルメをチームから外したことで論争を呼び起こした。仲の悪いマルティン・パレルモとリケルメを同等に扱う威厳を見せ、一部のメディアやサポーターから強い批判を受けたが、クラブ首脳陣はファルシオーニを支えた。4-4-2を基盤に様々な選手を試したが、最終的には連携を高めることに成功し、10試合無敗でクラウスーラ2011を終えた。クラウスーラ2011をもってパレルモが現役引退すると、アペルトゥーラ2011ではリケルメをキャプテンに任命した。彼をトップ下に配した4-3-1-2フォーメーションをベースとすると、17節までの失点を4に抑え、2試合を残してアペルトゥーラ2008以来の優勝を決めた。2012年のコパ・リベルタドーレスではフルミネンセFCに次ぐグループ2位で決勝トーナメントに進出し、決勝トーナメント1回戦ではウニオン・エスパニョーラ（チリ）を破り、準々決勝では再び顔を合わせたフルミネンセとの対戦を制して準決勝に進出。準決勝では前年のコパ・スダメリカーナ覇者であるCFウニベルシダ・デ・チレ（チリ）に勝利し、指導者としては初めて決勝に進出した。決勝ではSCコリンチャンス・パウリスタに2試合合計1-3で敗れて準優勝に終わり、ファルシオーニは選手時代の3度と合わせて同大会で4度目の決勝敗退となった。クラウスーラ2012ではアルセナルFCやCAティグレらと優勝争いを繰り広げたが、シーズン終盤戦にはコパ・リベルタドーレスを優先してサブメンバーで臨んだ試合もあり、最終的に4位に終わった。
1997年、下部リーグに属していた古巣CAベレス・サルスフィエルドで指導者としてのキャリアを開始した。同年にはレコパ・スダメリカーナ、翌年にはクラウスーラ1998で優勝し、2000年までベレスの監督を務めた。その後はクラブ・オリンポ、CAバンフィエルド、CAインデペンディエンテ、CAコロン、クラブ・デ・ヒムナシア・イ・エスグリマ・ラ・プラタで指揮を執り、2009年には選手時代の古巣CAバンフィエルド監督に就任した。同年末にはアペルトゥーラ2009を制し、クラブ史上初のリーグ優勝を果たした。
ヒット曲を連発し、第一線で活躍していたMAXであったが、2000年以降はCDの売り上げも下降線を辿りつつあった。その後2001年の12月24日にMinaを除く3人が所属事務所に呼ばれ、事務所スタッフと共にいたMinaから妊娠の事実を伝えられる。この時にMinaは妊娠3ヶ月であった。この事実に対し、ほとんどの曲でリードヴォーカルを取っているMinaが脱退することは今後のMAXの状況では考えられる事態ではなく、「ここが踏ん張り所である」として頑張っていたメンバーの気持ちと、また今まで家族同然に過ごしてきたメンバーが、何より一番先に相談されたのがメンバーでなくスタッフであったことに対する「裏切られた」という怒りで、妊娠を喜ぶどころか、別の人生を選択しようとしているMinaを責めてしまう事態となった。その後一緒に仕事をしていても3対1の状態となり、スタッフもメンバーに近づきにくい状況となってしまった。2002年に入っても今後の活動が白紙のまま、妊娠の事態が2002年1月30日付のスポーツ新聞に妊娠に事実がスクープされてしまい、その日の夜に緊急記者会見を開いた。その場では結婚、妊娠を報告するMinaに対し、残りのメンバー3人は実際は祝う気持ちなど全くなく、「何故私達3人も一緒に記者会見に出席しなければならないのか？」という気持ちを抱えたまま出席し、作り笑顔と社交辞令の言葉でその場を乗り切った。また復帰の時期について聞かれたMinaも「まだ決めていない」と言いつつも、MAXに残る気持ちは全くなかった。その後2002年3月22日のミュージックステーションの生放送を最後にMinaはMAXを去った。3人となったMAXに2002年7月に新メンバーとなるAkiを紹介され加入を快諾、ライブで新メンバーとなるAkiを観客に紹介したが、一部の観客はこれに納得せず、メンバーがステージから退場する際に「美奈子」コールが起こる事態となった。更にライブに参加しなかった多くのファンにも反感を買う事態となってしまった。その後シングルの売り上げも2000枚まで落ち込む事態となり、「MinaがいないMAXを認めない」多くのファンがいる中の活動は非常に厳しいものとなった。その中で「辞めていった美奈子を見返してやりたい」という気持ちだけが唯一の支えとして、そんな厳しい状況でもなんとか活動を続けていた。脱退後、Minaは地元沖縄に戻り専業主婦として生活をしていたが、脱退から5年後の2007年、「もう一度芸能活動を行いたい」という気持ちを手紙にし、メンバー3人の両親に送った。この手紙に対しメンバー3人は「何故自分たちに手紙を送らないのか？」という気持ちであったが、Minaの抱えていた罪悪感はあまりにも大きく、メンバーに自分の意志を伝えられる状況ではなかった。その後2007年1月にダンス講師として、沖縄のローカルテレビ番組に出演した。その手紙を貰った後にMAXの沖縄でのライブが決定し、そのライブで沖縄に行く際に3人はMinaに連絡を取り、4人で会うこととなった。しかし5年の歳月はあまりにも長く、3人のメンバーでもわだかまりが完全に解けたわけではなかった。その1年後、2008年8月にAkiがMAXからソロ活動のため脱退することとなり、そこで3人はMinaにMAXに戻ってきてもらうことを決断、Minaに打診をした。Minaは家族に相談し了承を得、2008年10月にMAXに戻ることとなった。なお、LinaはMinaが戻ってくることは最後まで反対していたが、Mina復帰後最初のテレビ出演となったフジテレビ『情報プレゼンター とくダネ!』内のコーナーである「朝のヒットスタジオ」に出演した際に、「求めていたのは、この空気感だった」とわかり、Minaの復帰を了承した。