後のツァンヤン・ギャツォが生まれたのは1683年3月1日、ブータンとの国境に近いチベット南部ムン地方のユルスム、今日のインドのアルナーチャル・プラデーシュ州にあるタワングである。父はニンマ派のテルトンであるペマ・リンパの子孫ラマ・タシ・テンジン、母はメンパ族でBekhar村貴族出身のツェワン・ラモであった。誕生に関してはいくつもの伝説がある。例えば、ツァンヤン・ギャツォが生まれる前、妊娠中の母ツェワンが石臼で脱穀をしていると、臼から水が湧き出てきた。またある時は、ツェワンが水を飲もうとしたら、その水が乳に変わった、などである。ツァンヤン・ギャツォがダライ・ラマ5世の後継者としてチベット中央に連れてこられたのは1688年、5歳の頃であった。ただしチベット政府があるラサではなく、その付近のナンカルツェである。先に述べた1690年の康熙帝調査団についてはダライ・ラマ5世存命中ということでやりすごしたが、康熙帝が1691年にモンゴルの大半を従え、さらに1696年にジュンガル部のガルダン・ハーンを破ると、翌1697年にチベットはようやくダライ・ラマ5世の死を知らせる使いを清に派遣し、ツァンヤン・ギャツォをダライ・ラマ6世として即位させた。ダライ・ラマ6世ツァンヤン・ギャツォはパンチェン・ラマ2世（5世）ロサン・イェシェーより受戒して見習い僧となり、「リンチェン・ツァンヤン・ギャムツォ」の法名を得ていたが、ゲルク派の僧としての生活になじめなかった。1702年に沙弥戒を返上して還俗すること宣言し、名を「リグジン・ツァンヤン・ギャムツォ」と改め、長髪に着飾った姿で夜の町を時々彷徨い、酒や行きずりの恋、即興の歌を作って楽しんだ。ただしチベットの民衆は必ずしもダライ・ラマ6世を非難せず、気取らない彼を愛し、彼の作った歌は庶民の間に広まった。1705年、ダライ・ラマ6世の放蕩を口実にしてオイラトのホシュート部がチベットに侵入、2年前に摂政を辞めたサンギェ・ギャツォを殺し、翌1706年にダライ・ラマ6世ツァンヤン・ギャツォを廃位した。廃位されたツァンヤン・ギャツォはその年の内に清に護送され、途中のココノール地方のクンガノール（クンガ湖）付近で亡くなった。
その頃、畿内の情勢も風雲急を告げ、尾張国の戦国大名織田信長が勢力を拡大してきた。その織田信長を封じ込めるべく、越前国の朝倉氏、北近江国浅井氏、南近江国の六角氏、阿波国の三好氏、本願寺らが結んだ（第一次織田信長包囲網）。これに対して織田信長は各個撃破作戦を展開、元亀元年（1570年）の姉川の戦いで、朝倉・浅井連合軍を撃破した。それに対して、織田信長は石山本願寺の明け渡しを求める等、本願寺にとって受け容れがたい難問を突き付けていた。そのため本願寺の門徒宗も行動を起こし、まずは伊勢長島一向一揆衆が信長に叛旗を翻し、信長の実弟・織田信興を討ち取った。そして顕如は各国の門徒に向け、檄文を発し、織田信長との徹底的な抗戦を訴えた。これが後に石山合戦と呼ばれる10年に及ぶ、織田信長と本願寺との争いの始まりである。信長は室町将軍足利義昭や朝廷を通じて六角氏や朝倉氏・浅井氏と和睦に持ち込み、第一次織田信長包囲網は頓挫するが、信長と朝倉氏・浅井氏の戦いはまたすぐに再開し、さらに信長との対立が先鋭化した義昭らの画策によって甲斐国の武田氏らが包囲網に加わる（第二次織田信長包囲網）。しかし、元亀4年（1573年）には朝倉氏と浅井氏が滅亡、そして武田信玄が病死。織田信長は足利義昭を追放し、室町幕府を実質的に滅亡に追い込んだ。第二次織田信長包囲網も壊滅したが、本願寺側は蓮如の時代の石山坊舎を証如が広大な寺域を整備して石山本願寺として完成させ、その寺域は門前町等を含めて、事実上の城域でもあった。その石山本願寺に籠もる本願寺には、各地の門徒衆が石山に支援のために集結し、雑賀孫一率いる雑賀衆の鉄砲隊らも入り、意気軒昂であった。要害堅固で士気の高い門徒衆が立て籠もった石山本願寺は織田氏の攻撃を支えきっていた。そのため信長は包囲による兵糧攻めを計画し、実行に移した。物資の補給を断たれた本願寺は毛利輝元に支援を依頼。この支援要請を輝元は承諾し、村上水軍、小早川水軍を主力とする毛利水軍を派遣して、兵糧や物資の搬入を行うことに決定した。この毛利水軍には安芸国内から集まった門徒衆も加わっており、石山合戦の間に毛利家臣団の門徒化、門徒の組織化と毛利家臣化が進んだ。天正2年（1575年）の第一次木津川口の戦いで、毛利水軍は織田水軍を撃破し、石山本願寺への物資搬入を成功させた。これに対して織田信長も大砲を装備し、鉄の装甲を施した巨大な鉄甲船6隻を中心とする織田水軍を大阪湾に布陣。第二次木津川口の戦いの火蓋が切られた。この第二次木津川口の戦いで毛利水軍は敗北を喫し、以後、本願寺への組織立った支援は不可能となった。それから2年、本願寺は戦闘を継続したが、天正7年（1580年）3月、ついに織田信長に降伏。顕如は石山本願寺を子の教如に譲ると、紀伊国の鷺森（鷺森本願寺）に移った。この時、教如は周囲の薦めもあって、しばらくの間、織田信長に石山本願寺を明け渡さず、同年8月になってようやく石山本願寺を織田軍に明け渡した。この直後、石山本願寺は火災に遭って堂宇等を含む全域を焼失するに至った。この石山合戦の間に、毛利氏と安芸門徒の一体化が進み、戦乱を逃れてきた門徒や本願寺支援のために集った門徒が、そのまま安芸国に留まることになった。