湖沼法指定や琵琶湖条例などの施策で琵琶湖は次第に水質が改善された。漁業資源の豊富な琵琶湖は古くから「鮒寿司」を始め魚介類にまつわる特産品も多く、漁業も重要な産業の一つであった。ところが近年のバスフィッシングの広がりで、琵琶湖においても外来魚による漁業被害が深刻になっていった。特にブラックバスやブルーギルといった獰猛な魚類は、食用として不適なだけでなく在来生物への影響が大きく、琵琶湖在来の魚介類への生態系が破壊されるという漁業関係者の指摘が次第に大きくなった。「キャッチアンドリリース」という釣りのルールが、ブラックバスでは逆に問題を拡大するという指摘もあって、漁業協同組合による駆除が行われていたがいたちごっこであった。こうした漁業資源の影響を危惧した滋賀県は、ブラックバスの放流禁止と罰則を明記した「琵琶湖のレジャー利用適正化条例」を2003年（平成15年）に制定。ブラックバス釣りに対して厳しい規制を掛けた。漁業関係者は大歓迎したがバスフィッシング愛好家は猛反発、清水国明等の愛好家タレントもマスコミなどを通じて条例反対を訴えた。現在琵琶湖においてブラックバスの放流は禁止され、持ち帰る事が義務化されている。一方1993年（平成5年）にラムサール条約の登録湿地に指定された琵琶湖は鳥類も多く生息するが、近年カワウの異常繁殖が新たな問題となっている。大群が夕刻河川や湖沼の魚類を捕獲する事から漁業収穫高が減少したり、フンによる森林や建築物への被害が竹生島を中心に琵琶湖北部地域で深刻化。具体的な対策が取れていない状態である。淀川下流域ではアシなどが繁茂している事から、絶滅危惧種であるイタセンパラやアユモドキなどが生息する重要な地域となっていた。だが生活排水による淀川の水質汚濁によって個体数は激減。これに加え1984年に淀川大堰が完成し、湛水によるアシ群生地の水没などによりイタセンパラの個体数は絶滅が危惧されるほど激減した。自然保護団体の指摘を受けた国土交通省近畿地方建設局は、淀川大堰上流部に人工のワンドを設けてイタセンパラの生息域を確保し、個体数の回復を図る対策を施した。一時期は効果があったものの、現状としては個体数の回復は絶望的との見方もある。アユモドキも鴨川・桂川の南丹市八木町付近では絶滅、亀岡市付近の生息域には京都府が京都スタジアムの建設を計画する、など危機的状況である。ただ近年・淀川の水質改善により新淀川で天然ウナギが取れブランド化を図ろうとされたり、天然アユが淀川から桂川・鴨川へと遡上するのが確認される。など水質改善の効果の出ている部分も有る。
2007年12月5日に2対6の大型トレードが成立し（マーリンズ側はエース左腕ドントレル・ウィリスと主砲ミゲル・カブレラ。タイガース側は右腕投手のバーク・ベイデンホップ、エウロ・デラクルーズ、ダラス・トラハーン、アンドリュー・ミラー、マイク・ラベロ、メイビン）、フロリダ・マーリンズへ移籍した。2008年は、スプリングトレーニングで打率.190（42打数で15三振、2四球）と低迷し、開幕はAA級カロライナ・マドキャッツで迎える運びとなったが、球団社長のラリー・ベインフェストは「我々は彼を高く評価している、現時点では更なる学習と鍛錬が必要だが将来的にはウチの正中堅手を長く務める存在になるだろう、本人にもそう伝えた」と期待を寄せている。4-5月はバットが湿りがちで3年連続のフューチャーズ・ゲーム出場はならなかったものの、6月に入るとプレーヤー・オブ・ザ・ウィークを受賞するなど調子を上げ、9月14日にはメジャー再昇格を果たす。17日、ゲームの途中から中堅守備に入り、2打数1安打1四球。翌18日は先発出場して4打数4安打1四球、19日は4打数4安打。17日の第3打席から19日の第4打席にかけて8打数連続安打、10打席連続出塁をマーク。第5打席はファーストフライに倒れ記録は途絶えたが、ベンチに下がる際にスタンドからオベーションが湧き起こった。メイビンは「ファンのサポートを得られてハッピーだ、それにしても珍しいことだよね、驚いたよ」とコメントしている。なお、この8安打は全て単打、うち4本は内野安打である。出場数は8試合に留まったが、マルチヒット4回、4盗塁をマークするなど高いパフォーマンスを発揮。GMのマイケル・ヒルは来期の戦力構想について沈黙を守っているものの、地元紙マイアミ・ヘラルドでは「ハンリー・ラミレスを三番に据えて、メイビンを一番に抜擢するのではないか」と予想するなど、リードオフマン待望論が浮上して来た。メイビン本人は「マイナーの経験が活きている、自分が進歩・成長したと言う実感がある」とシーズンを総括しつつ、「具体的には選球眼と打席内のしぶとさ、ボールの見極めが向上したと思う、特に変化球に上手く対応出来るようになった」と自己評価を下し、「来期は春から万全のコンディションで望みたい、そしてメジャーに定着したい」と前を向いた。2009年はスプリングトレーニングで72打数23安打、打率.319と結果を出し、4月6日の開幕戦に八番・中堅で先発出場を果たした。球団関係者からは「フアン・ピエールのスピードとハンリー・ラミレスのパワーを併せ持つ才器」として嘱望されている。しかし開幕から結果を残せず、打率.202に留まり5月7日にマイナー降格。9月に再昇格を果たしてからは打率.293と復調した。シーズントータルでは54試合の出場で打率.250を記録。走塁面僅か1盗塁(3盗塁死)に留まった。2010年も開幕をメジャーで迎えたが、打率.225と数字が上がらず6月にマイナー降格。8月末に再昇格した。自己最多の82試合に出場したが、打率.234に終わり飛躍とはならなかった。