「錦の御旗」という言葉は、その意味合いから転用され、現在では「自身の主張に権威づけをするもの」を指す意味でも用いられる。同様の用法で「水戸黄門の印籠」という表現も存在する。
大川周明は、共産主義革命に対抗して天皇を頂点とする「錦旗革命（きんきかくめい）」を起こして、日本を正しい方向に導くべきだと唱えた。このため、大川自身も計画に参加した陸軍将校によるクーデター計画・十月事件を「錦旗革命事件」とも称する。
神戸事件の影響を受けて、1868年（慶応4年）1月14日に土佐藩士の本山茂任が土佐藩へ運ぶ途中の「錦の御旗」をフランス兵に奪われるという「錦旗紛失事件」が起きたが、のち返還されている。
1868年（慶応4年）正月、鳥羽・伏見の戦いにおいて、薩摩藩の本営であった東寺に錦旗が掲げられた。この錦旗は、慶応3年10月6日に薩摩藩の大久保利通と長州藩の品川弥二郎が、愛宕郡岩倉村にある中御門経之の別邸で岩倉具視に委嘱された物であった。岩倉の腹心玉松操のデザインを元に、大久保が京都市中で大和錦と紅白の緞子を調達し、半分を京都薩摩藩邸で製造した。もう半分は品川が材料を長州に持ち帰って錦旗に仕立てあげた。その後、鳥羽・伏見の戦いが始まると、朝廷は征討大将軍・仁和寺宮嘉彰親王に錦旗と節刀を与えた。新政府（官軍）の証である錦旗の存在は士気を大いに鼓舞すると共に、賊軍の立場とされてしまった旧幕府側に非常に大きな打撃を与えた。当時土佐藩士として戦いに参加し、のちに宮内大臣や内閣書記官長などを歴任した田中光顕は、錦の御旗を知らしめただけで前線の旧幕府兵達が「このままでは朝敵になってしまう」と青ざめて退却する場面を目撃している。戊辰戦争に使用された錦旗及び軍旗類は、明治維新後は陸軍省の遊就館や宮内省図書寮に保存された。1888年（明治21年）日本政府の依頼で、長州藩出身の絵師、浮田可成（うきたかせい）により、17種34枚の絵図にされ、『戊辰所用錦旗及軍旗真図』（ぼしんしょようきんきおよびぐんきしんず）4巻にまとめられた。
官軍の大将を示す旗に関しては初めから定まった形があったわけではない。源頼朝の奥州合戦では「伊勢大神宮」「八幡大菩薩」の神号と鳩の意匠が入ったもの（『吾妻鏡』）が用いられ、後醍醐天皇が笠置山に立て籠もった際には日輪と月輪の意匠が入ったもの（『太平記』）が、室町幕府初期には「伊勢大神宮」「八幡大菩薩」の神号と日輪の意匠が入ったもの（『梅松論』）が用いられたと伝えられている。後に室町幕府では日輪と「天照皇太神」と入った錦の御旗と足利氏の家紋である二両引と「八幡大菩薩」と入った武家御旗（幕府の旗）の2種類が用いられた。錦の御旗を用いるには天皇の治罰綸旨が下されることが必要とされていたが、実際の御旗は綸旨を受けた側（この場合には室町幕府）が自分で用意する必要があった。このため、錦の御旗の大きさや旗竿の長さなどは武家御旗のそれとともに武家の故実に属していた。また、錦の御旗を掲げる事が出来る大将は足利氏を名乗れる将軍の一族、武家御旗を掲げる事が出来る大将は足利氏の一門に限定されていた。
文書型宣言の一般的な文法は以下のようになる。<!DOCTYPE ルート要素 PUBLIC "公開識別子" ["URI"] [ <!-- サブセットの宣言 -->]>or<!DOCTYPE ルート要素 SYSTEM "URI" [ <!-- サブセットの宣言 -->]>ルート要素とは文書全体の最上位となる要素である。XMLでは、ドキュメントのルート要素はいちばん初めに現れた要素である。例えば、XHTMLでは、ルート要素はDOCTYPE宣言の直後に開始し、文書の終わりで閉じられるhtml要素である。SYSTEMやPUBLICというキーワードは、DTDがシステム内部のものなのか、公開されているものなのかを指定するためのキーワードである。PUBLICを指定した場合、その後には限られた公開識別子（公式公開識別子; FPI）を二重引用符で括って指定する必要があり、その後には必要であれば、同じく二重引用符で括った「システム識別子」を指定することができる。たとえば、XHTML 1.1の公開識別子は"-//W3C//DTD XHTML 1.1//EN"であり、その後にはシステム識別子である"http://www.w3.org/TR/xhtml11/DTD/xhtml11.dtd"を続けることができる。一方、SYSTEMを指定した場合、その後にはシステム識別子を続ける必要がある。これらのシステム識別子としては、URIの形式でDTDの所在を指定する。最後に、角括弧（[]）で囲んで、宣言への追加・変更などを行える「内部サブセット」を続けることができる。なお、内部サブセットは省略可能であり、完全なSGML実装になっていないパーサー（とりわけ、HTML専用のもの）では解析不能となるため付けてはならないこともある。公開識別子とシステム識別子は独立の概念であるが、HTMLのようにSGMLを元にしたドキュメントでは、公開識別子とシステム識別子が関連付けられる場合がある。この場合、公開識別子を記述すればシステム識別子が省略可能であり、この関連付けは、例えばその関係性を記録したテーブルによって行われる。XMLではシステム識別子を省略できない。