22世紀、地球軌道開発計画が実行に移され、ラグランジュポイントにおいてサテライトベース、ランド1（以下L1）、ランド2（以下L2）という巨大コロニーが建造され地球からの移民が入植を始めた。これら3基のコロニーとその周辺の資材調達用小惑星群「ヴェスタ」はイシス星団と呼ばれ、数十年の間繁栄を続けていた。しかし、L2で突如バイオハザードが発生、住民に多数の犠牲者が出るなどL2は壊滅的な状態となり、バイオ研究を指揮していたシュトルテ博士は失踪した。同時期にイシス星団の最高責任者プレシデントファイブの内、オレギ・レデスマ・ウェーバーの3人がクーデターを起こし、同僚のトーゴを追放、タニア議長を幽閉してしまった。3人はバイオノイド3将軍を名乗り、バイオ軍を結成。その背後にはバイオカイザーと呼ばれる存在が付いていて、L1への侵攻を目論んでいた。一人逃れたトーゴは、生き残った人々にバイオ軍への徹底抗戦を呼びかけレジスタンスを結成した。この事態を重く見た地球側は、数度に渡り調査隊をL1へと派遣する。だが、第1次調査隊は到着後その消息を絶つ。その後サイボーグ部隊による第2次調査隊が到着、続いて主人公ジンが所属する第3次調査隊も派遣された。その第3次調査隊の宇宙艇がL1に到着した時、宇宙艇が機械兵軍団に襲撃されてしまう……。
バトル人数は味方側最大4人までで、敵側は最大6体まで。戦闘はターン方式。防具の変更はできないが、武器は可能。敵のHPは6分割の目盛が表示されており、大体のHPが分かるようになっている。ボスや一部の中ボスにはアニメーションが用意されている。
装着箇所は、「頭」、「腕」、「体」、「足」の4箇所。ただし、一部の防具は全身に装備を行う（頭・腕・足の防具を外して体に装備させる必要がある）。ロボットの場合は装着箇所の区別は無く、「ロボテクト」と呼ばれる全身装甲を装着する。
ストーリーが進むと、サテライトベースにあるファクトリーで、武器同士の合体を行って強力な武器を作り出すことができる。武器にはランク・属性・攻撃範囲があり、合体に大きく関わって来る要素となる。2つの武器を合体させて、違う武器を作り出す。費用は作り出す武器を店で購入する値段と同様。つまり、2つの武器は無くなる分、買える武器は合成ではなくて、買ったほうが効率的。とはいえ、中には合成でしか手に入らないような武器も存在して、ランク6の武器は合成でしか作り出せない。なお、高次ランクの武器を作るためには、そのランクより1ランク低い武器を2つ用意しなければならない。例えばランク3の武器を作るためには、ランク2の武器を2つ用意する必要がある。
この作品では、全員が気絶・瀕死・麻痺などの戦闘中の行動が不能な状態に陥ると全滅になる他、ジンのHPが0になっても全滅扱いとなる。この場合、ゲームオーバーにはならず、ジン達は駆けつけたレジスタンス隊員達によって救助され、最後にセーブしたターミナルへと運ばれる。これは、仲間達やレジスタンスがジンに期待を寄せていることのあらわれであるとされている。その際、最後にターミナルを訪れてからストックされた報奨金を全額ジンの治療費に充てるため、新たな資金入手の為には改めて戦闘に勝利しなければならない。また、この治療によって回復するのはジン一人で、他のバトルキャラについては別個治療・回復を行う必要がある。
セーブファイルは2つ用意されている。各街にある「ターミナル」か、各種施設・ダンジョンに設置されている「セーブ端末」にてセーブが可能。ただし、セーブ端末の利用には専用のパスカードが必要なため、こちらはパスカードが手に入る中盤以降しか利用できない。
一般的なRPGのMP（マジックポイント）に相当する。BPの上限は各キャラが持っているBPタンクによって決定される。BPの上限を上げるためには、BPタンクを買い換える必要がある。回復や補助を行う能力キットを使用（一般的なRPGの魔法に相当する）するのに必要なほか、武器もバッテリーを消耗するので通常攻撃でもBPを消費する。なお、BPが不足している場合は素手による攻撃になるため、攻撃力が激減する。
1962年末にKGB大佐のアナトリー・ゴリツィンが亡命してきた。ゴリツィンは英米の徹底的な尋問を受けた。彼は「ケンブリッジ・ファイブ」の存在を暴露し、この情報を元にMI6内部の二重スパイの捜査が再開された。KGB工作員がフィルビーに警告した形跡があったことは疑惑を深めた。さらに、前妻の友人であったロシア系ユダヤ人のフローラ・ソロモンからは、1930年代にフィルビーからスパイになるよう勧誘されたという証言が得られた。ソロモンはフィルビーの妻に対する仕打ちと彼の記事に見られた「反ユダヤ性」に激怒していた。MI6のディック・ホワイト、ニコラス・エリオットもフィルビーの裏切りを認めた。自ら尋問を志願したエリオットはベイルートへと向かい、盗聴された一室においてフィルビーを追及した。フィルビーは言い訳や反論を行ったが、訴追免除を条件に、罪をしぶしぶ認めた。彼は簡単な供述書にサインし、尋問は後日再開されることになった。しかし1月23日にフィルビーは妻との約束を放り出して突然行方不明となった。KGBの助けにより貨物船に乗りこみオデッサと渡りソ連に亡命した。MI6はフィルビーに監視をつけていなかった。スキャンダルを嫌い亡命を黙認していたと見られている。1963年3月にイギリス政府はフィルビーが行方不明になったことを発表し、それと同じくしてソ連の機関紙イズヴェスチヤにフィルビーが亡命したとの記事がプーシキン広場に立つ彼の写真とともに掲載された。フィルビーはモスクワにおいてアパートを与えられた。バージェスは1963年に死んだが再会する機会はなかった。KGBから俸給を与えられロンドンからは家具や服、パイプを取り寄せてもらったが、口頭で約束されていたKGBにおける階級は与えられなかった。エレナをモスクワに呼び寄せしばらく暮らしたが、フィルビーがマクリーンの妻メリンダと不倫したことを知り、二人は1965年5月に離婚した。エレナはソ連を去り3年後に亡くなった。フィルビーはKGBにおいて、イギリス担当顧問として働いた。ジョージ・ブレイクから紹介された20歳年下のルフィーナと結婚。1965年にソ連政府から赤旗勲章を授与される。