かねてより夢窓疎石に帰依していた光厳院だったが、8月に賀名生で出家し、法名を勝光智と称した（後に光智に改める）。三上皇と直仁は正平9年（1354年）3月に河内金剛寺に移され、塔頭観蔵院を行宮とされた。10月になると後村上天皇も金剛寺塔頭摩尼院を行宮とした。だが、正平10年（1355年）には光明上皇のみ京都に返される。南朝の軟禁下にあること5年、正平12年（1357年）2月になって崇光上皇、直仁親王と共に金剛寺より還京し、深草金剛寿院に入り、ついで嵯峨小倉に隠棲。世俗を断って禅宗に深く帰依し、春屋妙葩らに師事した。正平17年（1362年）9月、法隆寺に参詣した。これに関連して、法皇が大和・紀伊へ行脚に出て、吉野で後村上との再会を果たしたという話が『太平記』・『大乗院日記目録』に見える。かつての敵味方の交歓を描くこの話は、軍記物語『太平記』を締め括る名場面として知られるが、そのまま史実とみることは出来ない。晩年は丹波山国荘の常照皇寺（京都府京都市右京区京北井戸町）で禅僧としての勤めに精進し、正平19年（1364年）7月7日、この地で崩御した。享年54。光厳は歌道にも優れ、後期京極派の重要な一員である。花園院の指導のもと『風雅和歌集』を親撰し、『光厳院御集』も伝存する。
この間ほとんど逼塞状態にあった南朝方だったが、幕府内の対立が観応の擾乱に発展すると息を吹き返す。正平6年（1351年）11月、将軍尊氏は優位に立つべく南朝後村上天皇に帰順し、崇光は天皇を廃され、直仁は皇太子を廃されて北朝は廃止された（正平一統）。後醍醐から偽物と言われた神器も南朝側に接収された。明くる正平7年（1352年）2月、京都を奪回した南軍は、光厳・光明・崇光の三上皇と廃太子直仁親王を拘禁する。その後一統が破れると、撤退する南軍によって三上皇と直仁は山城国男山（京都府八幡市）、さらに南朝本拠地である大和国賀名生（奈良県五條市）に拉致された。
東京市下谷区練塀町（現在の東京都台東区秋葉原）生まれ。祖父木庭榮は医師。1917年、東京市本郷区追分小学校に入学。本郷区誠之小学校に転じて卒業後、1923年に東京高等師範学校附属中学校（現・筑波大学附属中学校・高等学校）に入学。附属中の同級生には、石川馨（東京大学名誉教授）、島田秀夫（日本サッカー協会名誉会長）、小川平四郎（初代駐中国大使）などがいる。1928年第一高等学校文科丙類（仏語クラス）入学。1931年4月東京帝国大学法学部に入学するが、6月退学。翌1932年4月東京帝国大学文学部仏文学科に再入学し、1935年3月に卒業。卒論のテーマはギ・ド・モーパッサン。この時期は、プロレタリア文学にも影響を受け、そうした習作も書いていた。大学時代から『文學界』に評論を発表、1935年文芸時評を連載して新進の文芸評論家として注目される。1936年同誌に連載した「二葉亭四迷論」で第一回池谷信三郎賞受賞。1938年フランス政府に招かれて渡仏し、パリ大学に学ぶが、1939年第二次世界大戦勃発に伴って帰国。同年吉田健一、西村孝次、山本健吉と同人誌『批評』を発行した。1940年外務省嘱託となり、1941年これを辞して筑摩書房顧問となる。戦後は鎌倉アカデミアで教鞭を執る。1949年より明治大学教授。同年丹羽文雄とリアリズムをめぐって論争し、1950年近代日本文学批判である『風俗小説論』を上梓する。また1951年にはカミュ「異邦人」をめぐって広津和郎と論争。翌年読売文学賞受賞。『谷崎潤一郎論』を上梓、1954年『志賀直哉論』を上梓、いずれも大家を否定する内容であった。1956年芥川賞選考委員となる。1957年最初の戯曲「人と狼」を発表し話題となる。1958-60年には、大岡昇平、福田恆存、三島由紀夫、吉田健一、吉川逸治との集い「鉢の木会」で、丸善を発行元に季刊同人誌『聲』を10号発行した。同時期に『二葉亭四迷伝』を上梓、再び読売文学賞受賞。1959年には「ふたたび政治小説を」を『中央公論』に発表して話題となる。1962年日本近代文学館理事。1963年京都大学へ講師に赴任したが、この時の教え子に十川信介がおり、十川のために数年間、毎年京大へ行ったという（十川『落ち葉のはきよせ』）。同年初の小説『「わが性の白書」』を発表、上梓。1965年戯曲『汽笛一声』で三たび読売文学賞、1967年明治期の作家長田秋濤を描いた『贋の偶像』で野間文芸賞受賞。1967年日本芸術院賞受賞、1970年秋に芸術院会員。1981年明大を定年退任。1982年秋に文化功労者。1988年7月12日、肺炎のため神奈川県鎌倉市扇ヶ谷の自宅で死去。戦後間もなく、『風俗小説論』で日本の私小説を厳しく批判し、島崎藤村の『破戒』のような本格小説が出たのに、田山花袋の『蒲団』のようなものが出て日本の小説がダメになったと主張した。1955年から30年間芥川賞選考委員を務めたが、中村が退任した以降は選考委員は作家のみとなった。近代仏文学の分野ではギュスターヴ・フローベールの『ボヴァリー夫人』も翻訳し、蓮實重彦と共同作業を行い、蓮實に影響を与えた。独特の「ですます」文体による評論は、当人は「文章を長くして原稿料を余分に取るため」と韜晦していた。姉しげ子は、作家深田久弥の二度目の妻。弟木庭二郎と木庭三郎は共に理論物理学者。最初の妻との間に二児があったが、中村が43歳時に妻と死別、二度目の妻の木庭久美子は劇作家でもあった。没する直前にカトリックの洗礼を受けた。