頭中将（葵の上の兄）の娘。母は早くに離縁し按察大納言の北の方となっており、祖母に当たる大宮の三条殿で、同じく大宮を祖母に持つ光源氏の子、夕霧とともに養育され、やがて愛し合うようになる。娘時代はおっとりとして恥ずかしがり屋であった。冷泉帝の御世、次女の弘徽殿女御が斎宮女御（後の秋好中宮）との立后争いに敗れたことから、内大臣（頭中将）は三女雲居の雁に希望を託して東宮妃にと望むが、夕霧との恋愛関係を知り激怒。雲居の雁を自邸に引き取って二人の仲を引き裂く（「少女」）。大宮からは琴の手ほどきを受けていたが、この別離がきっかけで十分な稽古ができなくなってしまう（「若菜 下」）。夕霧とはその後も文を交し合い続ける相思相愛（御もろ恋）の関係が続く。6年あまりを経て、内大臣は雲居の雁と夕霧の結婚を許し、晴れて夫婦となった二人は、三条殿で幸福な新婚生活を送る（「藤裏葉」）。夕霧の北の方となり、多くの子（写本により異なり、阿部秋生は7人を、藤村潔は8人が原型であろうとしている。詳細は藤原惟光#家系の項を参照）をもうけた雲居の雁は、藤典侍の他は殆ど愛人も作らない真面目な夫に、安心しきった生活を送っていた。しかしその世帯じみた風情も何もない生活から、夕霧は次第に柏木の未亡人：落葉の宮へ心を寄せるようになる。それを知った雲居の雁は、寝た振りをしたり（「横笛」）、手紙を奪い取って隠したりと、嫉妬した様子をみせる。なお、夕霧は怒った雲居の雁の様子に、より一層の愛らしさを感じている。しかし、夕霧がついに落葉の宮と夫婦関係に至ったと知ると、幼い子供達とともに、実父の内大臣邸に別居してしまう（「夕霧」）。また、この際、あまり好意を抱いていなかった藤典侍から同情の手紙を受け取り、返事を出している。結局、夕霧は落葉の宮を正式に妻に迎え、その後は三条殿に住む雲居の雁と、六条院に移居した落葉の宮を一日おきに交互に通うようになった（「匂宮」）。また、雲居の雁の娘である長女は東宮妃に、次女は二の宮の妃となっている。その後の消息はあまり伝わらず、「竹河」で夫の夕霧と共に息子の蔵人少将の恋を成就させようと世話を焼く様子が描かれているのが最後である。
1987年12月11日にジェイ・ハウエル、アルフレド・グリフィンらとのトレードで、マット・ヤングと共にオークランド・アスレチックスに移籍。1988年は6月までに7連勝を含む10勝。17勝9敗・防御率3.64を記録し、チームの地区優勝に貢献。ボストン・レッドソックスとのリーグチャンピオンシップシリーズでは第3戦に先発し2回途中5失点で降板するが、チームは逆転勝利。古巣ドジャースとのワールドシリーズでは第3戦に先発し、5回1失点と好投するが勝敗付かず。圧倒的有利を予想されたチームは1勝4敗で敗退した。1989年は21勝のデーブ・スチュワート、共に19勝のマイク・ムーア、ストーム・デービスと強力な先発カルテットを形成。前年に続いて17勝を記録し、チームは地区連覇を果たす。トロント・ブルージェイズとのリーグチャンピオンシップシリーズでは第4戦に先発し、6回途中2失点で勝利投手となり、チームはリーグ連覇。「ベイエリア・シリーズ」となったジャイアンツとのワールドシリーズでは本拠地で連勝後の第3戦に先発予定だったが、試合開始前にベイエリア一帯を襲ったマグニチュード7.1のロマ・プリータ地震が発生したため中止となる。10日間の中断を経て再開された第3戦では、第1戦で完封勝利のステュワートが先発し勝利。第4戦も第2戦で先発のムーアが先発して勝利し、4連勝でワールドチャンピオンとなったため登板機会はなかった。1990年は5月11日から10連勝。前半戦で13勝を挙げて10年ぶりにオールスターに選出され、先発投手を務めた。後半戦でも14勝を挙げ、27勝6敗・防御率2.95という驚異的な成績で最多勝利のタイトルを獲得し、地区3連覇の原動力となる。25勝以上は1980年のスティーブ・ストーンが25勝を記録して以来10年ぶりで、27勝となると1972年のスティーブ・カールトンまで遡る。これ以後2015年終了時点で25勝以上を記録した投手はいない。レッドソックスとのリーグチャンピオンシップシリーズでは第2戦に先発して8回途中1失点で勝利投手となり、チームはリーグ3連覇を果たす。シンシナティ・レッズとのワールドシリーズでは第2戦に先発するが、8回にピンチを招き途中降板。後続が打たれて同点に追い付かれ、チームはサヨナラ負け。結局4連敗で敗退した。オフに自身初のサイ・ヤング賞を受賞。1991年は4月は好調だったものの、5月5日のクリーブランド・インディアンス戦で自身ワーストの11失点。その後も2度9失点を喫するなど不振に陥り、12勝13敗・防御率4.58と前年から大きく成績を落とした。同年は一時アルコール使用障害を患い、その模様を記した「ファイブ・オクロック・カムズ・アーリー」という本をニューヨーク・タイムズのスポーツ・コラムニストであるGeorge Vecseyとの共著で出版した。1992年は開幕に間に合わず、復帰後も故障がちで20試合の登板に留まるが11勝を挙げ、チームの地区優勝に貢献。ブルージェイズとのリーグチャンピオンシップシリーズでは第4戦に先発し8回途中2失点と好投するが、クローザーのデニス・エカーズリーが打たれて同点に追い付かれ、延長の末敗れる。チームは2勝4敗で敗退した。1993年は自身初の開幕投手を務めるが不調で、9勝11敗・防御率5.29に留まる。1994年は開幕から5連敗を喫して5月途中にリリーフ降格。1994年から1995年のMLBストライキでシーズンが打ち切られて3勝に終わり、同年限りで現役引退。