シーシー政権初期の治安維持を担当したのはムルシー政権から引き続き内務大臣を務めたイブラヒムである。2015年3月5日の内閣改造で内務大臣はイブラヒムから内務官僚出身のアブドルガファルに交代したシーシーは権力を掌握後、ムスリム同胞団を中心に反体制派を徹底的に取り締まり、集会の自由・言論の自由を制限した。同胞団を徹底的に弾圧して治安の維持を図るとともに、同胞団を警戒するサウジアラビアなどから援助を引き出している。また、令状なしの身柄拘束が常態化していると指摘されている。エジプトではセクシャルハラスメントが非常に多いとされており、シーシー政権下ではセクハラを犯罪とする法律が成立した。シーシーの大統領就任式の日には、カイロのタハリール広場でシーシーの支持者によって女性が暴行される事件が起きた。シーシーは病院に出向いて被害女性を見舞い、治安当局に対策強化を指示した。2013年11月12日、外国人のジャーナリストを自国に送還する命令を発布した。2015年5月16日、刑事裁判所は、2011年の反政府デモに際して支持者らに刑務所を襲撃して囚人を脱獄させた容疑でムルシーおよびムスリム同胞団幹部・支持者ら105人（あわせて106人）が「死刑に値する」と表明した。エジプトでは、死刑判決は大ムフティー（最高イスラム法官）の意見を聞く必要があるため、この段階では判決ではない（ただし、裁判官は大ムフティーの意見に従う必要はない）。正式判決は、6月2日を予定している。
現職のイブラヒーム・メフレブ首相に組閣を要請、閣僚の大部分が留任した。2014年、フィナンシャル・タイムズから習近平、ウラジーミル・プーチン、レジェップ・タイイップ・エルドアン、ナレンドラ・モディ、安倍晋三（およびベンヤミン・ネタニヤフ）ら各国首脳と並び、「地政学的な環境を形成しているタフガイ指導者」、2014年に世界を闊歩した「剛腕政治家」の一人に選ばれた。2015年3月5日、シーシーは内閣改造によって内相・観光相・教育相・文化相など8つのポストを交代させた。特にムルシー時代から内相（警察機構のトップ）を務めるイブラヒムの更迭は、シーシーの権力基盤が固まったことを示すと同時に、治安対策を巡る世論の不満に配慮したことが背景にあるとみられている。2018年3月の大統領選挙で再選。2019年4月には大統領の任期を現在の4年から6年に延長することなどを柱とする憲法改正案が議会、国民投票の両方で承認された。シーシーの大統領の任期は2024年までであり、これが2期目ではあるが、さらにもう1期6年延長し、2030年までの大統領続投も可能とする内容も含まれている。
2014年1月27日、シーシーは元帥に昇格し、軍評議会から大統領選への出馬の承認を得た。2月、外務・防衛閣僚協議（2プラス2）のため、ナビル・ファハミ外相とともにロシアを訪問した。3月26日、テレビ演説で国防大臣の辞職と、同年中に実施予定の大統領選挙への出馬を表明した。これは軍人と警察官は、従事している間は投票や立候補が認められないからである。2014年6月3日、エジプトの選挙委員会は5月26～28日の大統領選においてシーシー前国防相が、得票率96.91％で当選したと正式に発表した。6月8日に正式に就任した。
2013年7月3日、シーシーは自らを抜擢したムルシーを政権から排除すると発表し、暫定大統領として最高憲法裁判所長官アドリー・マンスールを指名するなど、2013年エジプトクーデターにおいて中心的な役割を演じた。7月16日に成立したベブラーウィー内閣では、第一副首相を兼任。このクーデターはエジプト国民の多くに支持され、特にシーシーは多くの熱狂的な支持者を獲得した。
アラブの春・エジプト革命によってムバーラクが大統領の座から引きずり降ろされた。後任には、ムスリム同胞団系自由と公正党出身のムハンマド・ムルシーが大統領に選出された。しかし、ムルシー政権の内政外政におけるさまざまな失政を受けて反政府デモが展開され、国防相・エジプト軍最高評議会議長のムハンマド・フセイン・タンターウィが解任される。2012年8月12日、ムルシーは後任の国防相・エジプト軍最高評議会議長にシーシーを抜擢し、シーシーは少将から大将に昇進した。しかし、民衆の不満はさらに高まり、シーシーはムルシーに対し「もはや、あなたは大統領でない」と諌めたが、ムルシーは「おまえを解任してやる」と反発、軍と政権との対立は深刻化する。
「ナンジョルノ」という愛称で特に親しまれている。名付け親は春夏ひとみ。愛称は他にもいくつかあり、『ラジオ ダ・カーポII 〜初音島日記〜』において、浅沼晋太郎から「お嬢」と呼ばれ、『ラブライブ!』で共演している飯田里穂、楠田亜衣奈、fripSideで共に活動するsat、及びfripSide初代ボーカルのnaoからは、「なんちゃん」と呼ばれており、ファンの中では、呼び名の一つとして、ナンジョルノの略称型である「ジョルノ」と呼ばれている。また親交の深い久保ユリカからはよしのんなどと呼ばれることもある。子ども時代は、「よっちゃん」と呼ばれていた。自身の性格は、「努力してることを知られたくはないし、しれっとした顔でやっておきたい」、「人見知り」「後ろ向き」とする一方で、「応援してくれる人に対して誠実でいたい」とも述べている。また、「負けず嫌い」「こだわりが強い」「物事を億劫がる」性格については、子どものときから変わっていない、としている。人物的な特徴として、satは「自分の世界観を持っていて独自の感性でプラスの方向に作用させる力量がある」、茅野愛衣は「透明感ある歌声を持ち、オシャレ女子である。ゲームの話をするとテンションが上がる」、飯田里穂は「弱い部分とか努力してる部分を絶対に見せないプロ意識。自分がイメージしてることを相手に納得させる力量がある」ことを挙げている。透明感ある声質は南條の大きな特徴の一つとして挙げられることが多く、2009年にsatがfripSideのボーカルとして招聘に動いた理由にもなっている。南條は当時、オファーを何回も断り続けていて、引き受ける決断をなかなかできなかったと述べており、「声優としてもまだ安定していないし、fripSideっていう歴史があるユニットのボーカルっていう、フロントマンとしての役割ができるのか……？ いや、できない！ みたいな」とその理由を述べている。本人曰く、2012年のアルバム『Decade』発表を機に、fripSideのボーカルとして活動する自信を持てるようになったという。自身の好きな言葉として、「今日もいい天気だよ」を挙げている。この言葉は、ブログのタイトル、及び、ソロ歌手活動における2ndフルアルバム『Nのハコ』収録曲のタイトルにもなっている。「雨の日でも雷の日でも、隣に君がいてくれたら、それがいい天気」という気持ちを、ずっと大切にし続けていたいからとのこと。