1962年には奈良市内循環線で初めてワンマン化を導入、以後均一運賃区間の路線への展開を進めた。多区間運賃路線については、奈良と五条を結ぶ特急バスにおいて、あらかじめ乗車券を購入する方式によるワンマン化を行なったほか、1966年には整理券方式によるワンマン化を試験的に導入、翌1967年より本格導入を開始した。1971年には後方監視カメラ付バスを日本で初めて導入し、山間部の路線においてもワンマン化を進めた。近鉄奈良線の通勤事情が1964年の新生駒トンネル開通や難波乗り入れで向上したことから、1965年以降には学園前地区を中心に大規模なベッドタウン開発が行なわれた。これを受けて学園前地区の路線網は急速に拡大された。この過程で、3扉車を使用し、学園前駅発は後払い、学園前駅行きは先払いとすることで学園前駅での乗降をスムーズにするという、ワンマン方式が導入された。これ以外の地区でも、ベッドタウン輸送が増強され、これに対応するために営業所の新設も行なわれた。特に北大和営業所については、生駒営業所に隣接して別の営業所を新設するという、日本では例が少ない同一のバス事業者による2営業所隣接体制として特筆される。これらのベッドタウン輸送は、その後の奈良交通にとって路線バス収入の要となった。この時期の特徴的な施策としては、マイクロバスの積極的な導入が挙げられる。奈良交通では狭隘路線や不採算路線などに積極的にマイクロバスを導入し、利便性の向上を図った。その過程で1986年から導入が開始された立席を前提とした2扉マイクロバスは、日本では奈良交通が初めて導入したものである。これにより、道路整備が不完全なまま団地が造成された際に、道路整備を待たずにマイクロバスで団地路線を開設することで、団地住民のマイカーへの逸走を抑えることが可能になった。この施策をさらに効率的に進めるべく、1988年3月にはマイクロ路線バス専門の子会社としてエヌシーバスを設立した。
しかし、1960年代以降、日本全国のバスを取り巻く環境に変化が生じるようになる。それはベッドタウンの外延化にともなう輸送力増強と、モータリゼーションの進展に伴う自家用車の増加、それに伴う道路渋滞と過疎地のバス利用者減少である。特に奈良交通の営業エリアにおいては、輸送力増強を要する都市型バス路線と過疎地のバス路線、さらには観光輸送のバス路線などが並存しており、これらの改善を並行して進める必要が生じたのである。
統合により、奈良交通は路線キロ合計が1000kmを超える一大事業者となっていたが、戦時中には満足な営業が出来る状況にはなく、終戦の1945年時点で営業していた路線キロ数は506.8kmでしかなかった。また、稼動可能な車両も119台中72台しかなく、状態も劣悪であった。こうした状況から、戦後はまず車両の復旧に尽力し、1946年6月の笠置線の再開を機に、順次休止路線の復活を進めた。この時、早期復旧が困難な路線においては、公益性の低い路線は廃止されている。その一方で、1948年には三重交通との相互乗り入れにより小口と紀伊木本を結ぶ路線の運行を開始した他、1949年には近畿日本鉄道との相互乗り入れによる大阪阿部野橋駅行き急行バスを運行するなど、他社との相互乗り入れにより路線網を拡大した。1950年には奈良市内循環バスの運行も再開され、流線型キャブオーバーバスが投入されている。復興が軌道に乗った1947年10月には「春日奥山周遊バス」の運行を再開し、定期観光バス事業も順次復活させていった。「春日奥山周遊バス」は当初は代用燃料車を使用し、運行も休日のみであったが、1948年には天井が開閉する構造のロマンスシート車両を投入し、平日にも運行されるようになった。また、1950年には「奈良市内名所めぐり」定期観光バスを新設した。一方、1949年には貸切バス事業も開始した。当初は外国人観光客や連合軍関係者のみが対象であったが、1951年には営業範囲の制限が解除され、学校の修学旅行や一般団体も対象となった。既にこの時期に、オフシーズン対策として初詣、海水浴やスキーなどの会員制ツアーバス企画を打ち出していることは特筆される。1953年には事業区域は奈良県内全体に拡大され、1960年には大阪営業所を設置し大阪府内にも貸切事業を拡大、1961年には京都府にも営業所を設置した。
更新前の1968年（昭和43年）6月以降までは京急へは先頭T台車の3200形6M車や3300形・3500形を含め都営線直通対応車はクロスシート・WC付だった3291～3298以外で規制なく乗り入れを行っていた。ただし当時の京急線乗り入れはシーズン期間の臨時列車のみで、その後は、1978年（昭和53年）1月をもって京成車の京急乗り入れを一旦中止していた。京急側では吊掛駆動車の500形を淘汰した1986年（昭和61年）8月より、基本先頭車がM台車でないと乗り入れ車も乗り入れできなくなった。1991年（平成3年）3月19日のダイヤ改正以降、京成車の京急乗り入れは復活し、基本ダイヤでは初めて京急線に乗り入れることとなり、同時に北総開発鉄道（現・北総鉄道）も乗り入れ開始した。特例のあった北総7000形も当時は先頭車がTc車だったが、翌1992年（平成4年）以降に先頭車M化の振り替え工事を行うことを約束したうえで特例を得たうえ乗り入れていた。3200形6M車は更新後も先頭車の台車がすべて付随台車で、6両・8両編成の3500形や3600形と共に京急線乗り入れ非対象車だった。それに対応するため、後に更新された3300形と同様に1992年（平成4年）8月から1995年（平成7年）2月にかけて、先頭台車が電動台車になるように振り替えが行われた。この際、電動台車となった先頭部の床面に主電動機点検蓋を設置し、付随台車となった妻部の主電動機点検蓋は、初期に工事を行った3256・3257・3273・3276以外は開閉不可とし、枠のみ残し取っ手を撤去した。このうち3232・3241・3248・3249・3265・3268・3277・3280の8両は後述の塗装変更と同時期に施工された。なお、4両編成の3298編成にはこの工事は施工されていない。また、1991年（平成3年）3月19日から1995年（平成7年）3月31日までは京成車両による京急久里浜線三崎口駅までの乗り入れが存在し、乗り入れ初日には本形式の8M車が充当され、以降は3100形や3150形など先頭が電動台車の形式が運用されたが、脚力の問題から3700形や3400形の増備が進むにつれそれらがほぼ原則的に充当されていた（最終日は3150形で運転、翌4月1日以降は都所属車両に振り替えられた）。