デビュー当初は「二十歳までに結婚したい」と語っていたこともあるが、実際には生涯独身を通した。いつの頃からか結婚への願望をふっ切るようになったようである。本田に妹のようにかわいがられていた高杉の娘、河村和奈は「私は歌と結婚したから今生では結婚できないの」とうれしそうに話していたと証言している。アルバム『AVE MARIA』の収録を終えた後、ジャケット制作のためスタッフとの顔合せが行われた。その席で本田は「私はこのアルバムに命を賭けていますので、絶対に失敗できないのでよろしくお願いします」とあいさつした。舞台には歌の神様がいると話し、いつも出番の前には舞台の天井を見上げて祈りを捧げていた。2004年（平成16年）12月22日のクリスマス・コンサートではめずらしく舞台裏の様子を撮影することを許可していた。このため写真家の原田京子は誰もいない開演前の舞台で天井に両手を差し伸べて祈る本田の姿をとらえることに成功している。本田の療養中に発売されたミニアルバム『アメイジング・グレイス』のライナーノートには手書きのメッセージを寄せ、次のように述べていた。私は今まで、歌と一緒に歩んできました。…私の歌が皆さんに、歌の素晴らしさを伝えることができるよう... 1人でも多くの方の心が豊かになれるよう... という願いを込めて これからも、歌い続けたいと思います。—本田美奈子.,ミニアルバム『アメイジング・グレイス』
『ミス・サイゴン』の公演開始（5月5日）から2か月ほど経った1992年（平成4年）7月4日、本番中に舞台装置の滑車に右足を轢かれるという事故が起きた。そのまま一幕最後の「命をあげよう」までを歌い切ったが、楽屋へ運び込まれてから靴を脱がせてみると中が血の海の状態だった。岸田敏志ら共演者にすぐに病院へ行くよう指示されたが本人は最後まで演じ切ると主張して譲らず、「（ダブルキャストの）入絵加奈子と連絡がついて今こちらへ向かっている」と言い聞かされて初めて声を上げて泣き出した。病院で診察を受けると足の指4本を骨折しており、19針を縫う重傷だった。全治3か月と診断されたがリハビリに励み、誕生日の7月31日にケガから1か月足らずで復帰を果たしたが、完治はしておらず特製ギプスを装着しての復帰だった。
「愛が聞こえる」（シングル「勝手にさせて」（1989年5月31日発売）のカップリング）で初の作詞を手がけたのを皮切りに多くの詞を残している。「あなたとI love you」（シングル「Fall in love with you -恋に落ちて-」（1995年11月6日発売）のカップリング）では作詞とともに初の作曲を手がけた。これを含めて生涯に3曲を作曲している。
『ミス・サイゴン』への出演をきっかけに訳詞を担当していた岩谷時子と懇意になった。岩谷は本田の歌手としての力量を高く評価し、かつてマネージャーを務めていた越路吹雪と重ね合わせて見ていたようである。この後本田は前述の「風流風鈴初恋譚」のほか、「つばさ」など、岩谷からの詞の提供を数多く受けるようになる。後にクラシックアルバムを制作するにあたっても日本語詞の多くを岩谷が提供している。また岩谷からくり返し思い出話を聞かされていたことから越路吹雪への強いあこがれを抱くようになった。越路のような表現力を持つ歌手になりたいと語っていた。アルバム『JUNCTION』では越路の代表曲である「愛の讃歌」と「アマリア」をカバーしている。もう一人本田の歌手活動に大きな影響を及ぼした人物としてサラ・ブライトマンの名が挙げられる。インタビューなどでは度々サラへのあこがれを口にしていた。ミュージカルで大成した後クラシックの楽曲に取り組み、クラシカル・クロスオーバーというジャンルの隆盛をもたらしたサラの存在は、クラシックへの志向を強めていた本田の進路決定に際し道しるべのような役割りを果たしたものとされる。
本田は2001年（平成13年）にNHK総合テレビで放送されたテレビドラマ『ハート』にアメリカ帰りのジャズ・シンガーという設定の役で出演した。劇中のライブ・シーンで本田はジャズ・ピアニストの西直樹の率いるバンドと共演し、「(You Make Me Feel Like) A Natural Woman」（キャロル・キングとジェリー・ゴフィンの共作でアレサ・フランクリンの歌唱によって知られる）と「I Feel the Earth Move」（キャロル・キングの作でキャロル自ら歌った）の二曲をジャズ風のアレンジで歌った。おそらくこの時の縁がきっかけで西のアルバム『JAZZ BREEZE-スイート・メモリーズ』の収録曲「SWEET MEMORIES」（松田聖子の曲）にスキャットで参加した。芸能リポーターの井上公造は本田の没後に寄せたコメントの中で、彼女が40代になったらジャズを歌いたいと語っていたことを明かした。
本田はその後女性だけのメンバーでロックバンドを組むことを思い立ち、東京と大阪でオーディションを行い1988年（昭和63年）1月に“MINAKO with WILD CATS”を結成した。彼女がこうした試みを行った背景には自身の脱アイドルへの志向のほかに、海外のロックスターと共演した経験や、当時の国内でのバンドブームの影響があったものと考えられる。ツインドラムという特異な編成や、バンドとしてのデビュー曲「あなたと、熱帯」の作曲を忌野清志郎が手がけたことなどは話題となった。SHOW-YAの提唱で開催されプリンセス・プリンセスなどとともに出演したNAONのYAONはこの時代の女性ロッカーたちの活躍の記念碑でもある。初めて自ら作詞を手がけたのもこの時期だったことは特筆される。
ドゥチュケはフランクフルト学派の批判理論のほか、ローザ・ルクセンブルクや批判的マルクス主義者たちの思想から影響を受け、社会の変革の過程から民主主義を築く実践を通じて、社会改革の理論や実践手法を組み立てていった。ドゥチュケは、西側諸国の社会の改革は、第三世界諸国の解放運動や東側諸国の民主化運動と手を携えて進めてゆくべきだという意見を持っていた。彼の社会主義にはキリスト教の強い影響があり、イエス・キリストをもっとも偉大な革命家と呼んだ。1963年の復活祭には彼はこう書いている。「イエスは復活した。世界史の中の決定的な革命、すべてを征服する愛の革命が起こった。この明かされた愛を人々が、自身の存在の中に、『いま』の現実の中に、完全に受け入れたら、狂気の論理がもう続くことはないだろう。」1967年6月2日、イラン皇帝モハンマド・レザー・パフラヴィーの訪独に反対して西ベルリンで行われていた学生デモに対して警官が発砲し、参加していた学生ベンノ・オーネゾルクが射殺された事件をきっかけに、SDSも座り込みなどの抗議運動を活発化させ、翌1968年には西ドイツ全土で学生運動が燃え上がった。しかし射殺事件以降、学生運動の一部が突出を始め過激化し、ついには「バーダー・マインホフ・グルッペ」（後のドイツ赤軍、RAF）が形成されるにいたった。こうした過激派学生の行動やテロリズムをドゥチュケは学生運動をむしばむものとして拒み、制度を外から打倒する闘争の代わりに、組織内に入って変革を行う「制度内への長征」を支持した。