中央高速バス甲府線には2008年3月19日より交通系ICカード「PASMO」を導入していたが、一般路線バスではバスICカードの運用を継続していた。しかし、2015年2月、山梨県からの補助金を活用して路線バスにPASMO・Suicaなどの交通系ICカードを2015年度後半を目処に導入すると一部新聞報道がされ、同年8月5日に山梨交通からPASMO導入に関しての公式な発表が行われた。そして、11月30日を以って山梨交通が直轄する路線ではバスICカードの運用を終了し、12月7日よりPASMOの運用が開始された。この際、PASMOと相互利用可能な交通系ICカードについても使用できるようになった。なお、山交タウンコーチが管轄する路線では引き続きバスICカードを使用していたが、2016年8月20日に山梨交通からPASMO導入に関しての公式な発表が行われ、同年12月5日から山梨県内で、12月12日からは静岡県内でPASMOの運用が開始された。
2012年4月9日から、山梨交通では水素燃料バスの営業運行を開始した。これはディーゼルエンジンを水素燃料エンジンに改造したバス1台を導入し、水素燃料の使用による二酸化炭素削減効果や事業性・採算性、他地域への波及性に対する検証を行うために実証運行に踏み切ったもので、導入に当たっては環境省の委託事業である「チャレンジ25地域づくり事業」を活用している。日本における水素燃料バスの公道走行は東京都市大学の送迎バスに続く2例目であり、路線バスで営業運行するのは日本で初めての事例となる。なお、アメリカの投資ファンドであるサーベラス・キャピタルマネジメント社によって親会社の国際興業が再生を受けていたが、その過程で行われた持ち株売却の流れの中で、国際興業の持ち株を山梨交通の役員が買い取ったため、2014年7月現在、山梨交通は国際興業直系のグループ会社ではなくなっている。
一方、2000年9月30日からは甲府と大阪を結ぶ夜行高速バス「クリスタルライナー」の運行を開始した。大阪方面への夜行高速バス構想自体はそれ以前から存在しており、運行距離が450km未満であったため途中休憩を長く確保することでワンマン運行が可能であったこと、運賃も東京と大阪を結ぶ路線と比較すると高めながら、JR鉄道線を乗り継ぐよりも安く設定したことにより、採算ラインを1便当たり17人に設定することが可能となった。運行を開始した後に停留所の追加なども行った結果、1便平均20人以上の利用者数で定着した。また、2001年からは羽田空港への空港連絡バスを、2002年からは成田空港への空港連絡バスの運行も開始したほか、2003年には甲府と名古屋を結ぶ高速バス路線、2004年からは新宿と身延山を結ぶ路線の運行も開始している。2005年には、山梨県内のバス事業者としては初めて「グリーン経営認証」を取得した。当初は山梨交通本体だけであったが、同年中には山梨交通観光バス・山梨貸切自動車・山交タウンコーチなどのグループ各社も認証を取得している。
1891年（明治24年）に熊本電灯（後の熊本電気）が開業したことで始まった九州の電気事業は、その後熊本県以外にも長崎県・大分県・福岡県・鹿児島県と各地に広がっていき、1903年（明治36年）までに九州では11の事業者が出現していた。そのうち福岡市において1897年（明治30年）に開業した博多電灯（後の九州電灯鉄道）では、牟田万次郎という実業家が役員として参加していた。牟田万次郎は旧鹿島藩出身の士族で、地元佐賀県で鹿島銀行頭取などを務めた後福岡に進出して博多電灯の役員に就任した。牟田は実業家の野口遵の知遇を得たことで水力発電が有利であることを知り、電源を火力発電に依存していた博多電灯の経営陣に対し、佐賀県神埼郡脊振村（現・神埼市）を流れる筑後川水系の城原川にて水力発電を行いその電気を福岡へと高圧送電するという計画を持ちかけた。しかし経営陣や株主からの賛同は得られなかったので、牟田は博多電灯の事業としてではなく個人で城原川の水利権を取得した。1903年6月のことである。発電所からは福岡市のみならず佐賀市・福岡県久留米市にも送電が可能という立地条件に着目した牟田は、この3市に電気を供給する「三市水電会社」の設立を当局に申請した。だが福岡市には先述の通りすでに博多電灯があり、久留米市でも地元有力者により久留米電灯の設立計画があったことから三市水電の設立は1905年（明治38年）7月に却下されてしまう。このため牟田は佐賀県内への供給を行うよう計画を改めて「広滝水力電気」の設立を申請し、1906年（明治39年）9月にその認可を得た。広滝水力電気の発起人には、牟田のほか、佐賀百六銀行頭取の中野致明、栄銀行頭取の伊丹弥太郎、深川造船所を経営する深川文十ら佐賀の代表的な財界人が名を列ねた。1906年11月4日、佐賀市内で創立総会が開かれ広滝水力電気株式会社が発足する。資本金は30万円で、佐賀財界を代表して中野致明が社長に就任、実務担当の専務取締役には牟田万次郎が就いた。他の地域に比べると起業が遅いものの、これが佐賀県で最初の電力会社である。設立された広滝水力電気の大株主の中には、東京の実業家福澤桃介もいた。福澤の持株は総株数6,000株のうち1,500株。元々この株は福岡の太田清蔵（当時博多電灯社長）が引き受けたものだが、太田の依頼で日露戦争後の株式投機で財を成した福澤に持ち込まれ福澤が払込みを行った。福澤はこの頃より電気事業への投資を始めており、以後福岡の福博電気軌道、愛知県の豊橋電気・名古屋電灯、香川県の四国水力電気など地方の電気事業を経営することになる。