一部のプロテスタント教会においては、16世紀から19世紀にかけて、三位一体論は不合理であるとしたり、信仰者の生活への実際的意味が見出せないとしたりする批判が多くなされた。しかし近年では、共同体における生き方のパラダイムとして捉えたり、単純な非三位一体的唯一神論よりも権威主義に通じにくい神の唯一性の再定義を求めるものとして捉えるといったかたちで、三位一体論に対する関心の復興がみられる。
カトリック教会ではルブリョフとともに「老人の姿の父、キリスト、鳩または火の姿で表される聖霊」の図像も広く用いられている。代表的な作例にマザッチオの『聖三位一体』がある。これは十字架上のキリストとともに父および鳩の形をした聖霊を描いたものである。正教会では、アンドレイ・ルブリョフが描いたものが代表的な、アブラハムを訪ねる三人の天使（『創世記』）に拠る『至聖三者』の聖像が、唯一正当な至聖三者の図像表現として公認される。これは西方にも伝わり、聖像を用いる教派で使われている。このほかに、正教会でも近代に西方から入った「老人の姿の父、全能者ハリストス（キリスト）、鳩または火の形をした聖霊」という図像もある。これは公認されていないが、ロシアを中心に伝播している。それより古く西方から入った「老人の姿の父、幼子キリスト、鳩または火の形をした聖霊」の図像は、1667年のモスクワ教会会議により、「見えざる父を描くことはできない。父を顕わす事が出来るのはキリストだけである」との理由にもとづき禁止された。
祈祷においては、カトリック教会の典礼・祈祷、聖公会および一部プロテスタントの祈りにおいて「父と子と聖霊の御名において」、正教会の奉神礼で「父と子と聖神（せいしん）の名に依る（よる）」と唱えられることに反映されている（ギリシア語: Εις το όνομα του Πατρός και του Υιού και του Αγίου Πνεύματος、ラテン語: In nomine Patris et Filii et Spiritus Sancti）。祈祷の例。
三位一体論が難解であることはキリスト教会においても前提となっている。正教会においては、「三つが一つであり、一つが三つというのは理解を超えていること」とし、三位一体についても「理解する」対象ではなく「信じる」対象としての神秘であると強調される。カトリック教会においても、神は自身が三位一体である事を啓示・暗示してきたが、神自身が三位一体であることは理性のみでは知り得ないだけでなく、神の御子の受肉と聖霊の派遣以前には、イスラエルの民の信仰でも知り得なかった神秘であるとされる。
父なる神・子なる神・聖霊は、三つの神ではないとされ、三位格は三神ではないとされる（なお、こうした「異端」が歴史上まとまった形で出現したことはないともされるが、幾つかの事例につき「三重の神性」への傾斜として批判的に指摘されることはある）。
「父だけが神であり、イエスに宿ったのは神の『力』（デュナミス、ギリシア語: δύναμις）に過ぎない」とする考えは、力動的モナルキア主義（英語: dynamic monarchianism）と呼ばれ、正統派から否定される。
「イエスも事実、神であり、聖霊も事実、神である」と主張する一方で、「『父』、『子』、『聖霊』とは、時代によって神が自分を表す様式（mode）を変えていったもの」「一人三役のようなもの」と主張する考えは、様態論的モナルキア主義（英語: modalistic monarchianism）と呼ばれ、正統派から否定される。サベリウス主義が代表的事例として挙げられるが、史料の不足・欠如により、サベリウス（2世紀～3世紀）本人が何を教えたのかを厳密に知る事は不可能である。
三位一体を否定するほどに神の唯一性を主張するモナルキア主義（英語: Monarchianism）も、正統派から否定される。モナルキア主義は大きく二つに分けられる。
地下に、まれに地表に細長い匍匐枝を伸ばし、対生する鱗片状の葉をまばらにつけ、匐枝の先端に越冬芽をつくる。茎には稜がなく円柱形で、高さは10-80cmになり、全面に短毛が生え、上部には腺毛もあり、ときに上部で枝を分ける。葉は上部の葉を除いて対生し、葉柄が無く、葉身は線形から線状披針形で、長さ1.5-9cm、幅3-15mm、先端は鋭頭になり、短毛が生える。花期は6-9月。花は茎上部の葉腋から単生する。花の基部に細長くつく花柄状のものは、のちに果実になる子房で短毛がつく。萼は漏斗状になり、萼片は4個あり、裂片は長さ3-5mmの披針形で先端は鋭形になり、外面に毛と腺毛が密につく。花は白色から淡紅色、花弁は4個あり、倒卵形で長さ5-8mmになり先端が2浅裂する。雄蕊は8個あり、そのうち4個が長い。雌蕊の柱頭は倒卵状棍棒形になる。果実は4稜形の細長い蒴果で長さ3-9cmになり、短い白毛があり、先端から裂開する。果柄は長さ1-5cmになる。種子は長さ1-1.5mmの紡錘形で、細かい乳頭状突起があり、白色から淡黄褐色の冠毛状の長い毛（種髪）がつき、風によって飛ばされる。