2012年4月1日、トゥアレグ人によるアザワド解放民族運動が市域を掌握したと発表した。4月6日にマリ反政府勢力アザワド解放民族運動(MNLA)が一方的に独立宣言したアザワド（国際的に未承認）に含まれていたが、アザワドは同年6月中にイスラム武装勢力同士の対立で事実上崩壊した。マリ北部を制圧したアル＝カーイダ系の武装組織「イスラーム・マグリブ諸国のアル＝カーイダ(AQIM)」が、トンブクトゥの聖墓を破壊したと2012年5月5日、明らかにした。こうした状況を踏まえ、2012年の第36回世界遺産委員会において、世界遺産「トンブクトゥ」はアスキアの墓とともに、危機にさらされている世界遺産（危機遺産）リストに登録された。2012年6月30日に西アフリカ・マリの北部を支配しているイスラーム主義組織「アンサール・アッ＝ディーン」が、世界遺産都市トンブクトゥでイスラーム指導者の聖廟を破壊した（詳細は#イスラム過激派による聖廟の破壊節を参照のこと）。AQIMは、リビアのカダフィ大佐がトンブクトゥに所有していた住居を占拠。マリ北部における活動拠点の一つとしていたが、2013年1月20日、フランス空軍の空爆により破壊されたことから、1月24日までにトンブクトゥから撤退している。1月28日にはフランス軍とマリ軍が市内に進駐。翌日には、イスラム武装勢力を支持していた商店に対し、地域住民による襲撃、略奪が発生した。2月2日には、フランスのフランソワ・オランド大統領が市内を訪問し、市民から歓迎を受けている。
かつては10万人以上の人口を数えたトンブクトゥも、交易形態の変化や衰退により2000年代には5万人あまりに減少。かつての規模から比べれば、少し大きな村といった規模となった。ただし、現在も砂漠地帯の中の物資の集散地点であることは変わらず、岩塩や手工芸品などの取引が行われている。市内は日干し煉瓦で出来た家々が並び、ひどい貧困に見舞われている状況にある。また、周囲の砂漠化が進行し、町が砂漠に埋もれる危険性も指摘されている。近年、周辺が世界遺産に登録されたこと、パリ・ダカール・ラリーの通過地になっていたこと（開催年によってはコースから外れることもあり）から、次第に知名度が高まり、観光客も増えつつあるが、インフラは依然として整っておらず、ホテルのキャパシティも小さい。イスラム系武装組織が街を占拠すると、組織が自家発電により電気と水を供給するようになったが、後述するフランス空軍の空爆により組織が撤退すると電気と水の供給が停止した。
2012年、アンサル・ディーンによって聖廟が破壊された。被害はジンガレイベル・モスクなど霊廟15箇所を含む。ユネスコは数か月のうちに世界遺産の危機を訴え修復活動に着手し、地元職人の手によって聖廟は復元された。
2007年6月6日、コムスンは厚生労働省から業界「退場処分」とも言える、介護サービス事業所の新規及び更新指定不許可処分を受けた。期間は2008年度から2011年12月まで。この間に事業所認可が切れる7割以上の事業所が順次廃止される見込みとなる。同日コムスンの親会社GWGは、従業員の雇用確保と介護サービスの維持を名目として、コムスンのすべての事業を同業の連結子会社「日本シルバーサービス株式会社」（株式会社プレミア・メディカルケアの子会社。直前までコムスンの子会社であった）へ譲渡することを発表した。日本シルバーサービスは、コムスンと同じグッドウィルグループ傘下の企業ではあるものの、形式上コムスンとは法人格を異にし、主要な役員の兼任もないため、コムスンに対して課された上記の新規及び更新指定不許可処分が適用とならない。そのため、この譲渡が仮に実行された場合、各都道府県もしくは市町村は介護保険法の規定上、日本シルバーサービスが運営法人となる事業所に対する指定を行わなくてはならなくなり、厚生労働省の処分は実効力が失われる。厚生労働省はこの連結子会社譲渡表明について「譲渡自体には法的な問題はない」との見解を示したが、同時に「同一グループ内の企業が不正行為で処分を受けた企業を引き継ぐことの妥当性を検討する。法的にではなく社会的倫理的に認容されるかという問題」とも指摘した。さらに塩崎恭久（当時官房長官）も「コムスンの事業譲渡は十分精査が必要」と発言しており、「事業譲渡は行政処分を骨抜きにする脱法行為」との批判を集めた。6月7日に厚生労働省はコムスン社長（当時）の樋口公一を同省に呼び、「事業譲渡は到底国民・利用者の納得は得られない」などとして、その撤回を求める行政指導を行った。その際コムスン側は「その方向で検討する」と回答し、後日撤回した。事業者指定の権限を持つ都道府県にも影響が広がっている。6月7日に和歌山県知事の仁坂吉伸は同日行われた定例記者会見の席上、「日本シルバーサービス」から申請があっても拒否する方針であると発表。仁坂は「法の制裁を逃れようと考える人間が、福祉事業に手を出しているのはおかしい」と批判した。また、宮崎県知事（当時）の東国原英夫や千葉県知事（当時）の堂本暁子も同様の発言を行っている。また利用料金を巡っては利用者が既に支払いを済ませたものが未払い扱いにされて回収代行業者から再度請求されたというトラブルが、都や国民生活センターに対して相次いで寄せられていることも判明した。6月8日、障害者支援費制度の適用となる居宅サービスで虚偽の申請をしていたことも判明。また、樋口は、一連の問題の責任をとり社長を辞任する考えを示した。またコムスンとは別に系列であるグッドウィル・プレミアの子会社プレミア・メディカルケアの介護事業でも不正があったと日本テレビが独自取材で報じている。6月12日、日本共産党は折口雅博（当時会長）を参考人招致するよう国会に求めた。6月13日、業績、成果に対する報奨金制度を設けていたことが判明。一部の報道機関は報奨金制度と介護保険制度の金品等の授受の禁止を同一問題と取り上げコムスンを批判。しかし、介護保険法は、「指定居宅介護支援等の事業の人員及び運営に関する基準」（平成11年厚生省令第28号）第25条において居宅サービス事業者等からの利益収受の禁止等にあるように特定のサービス利用へ誘導した場合に対しての規制であって、複数サービス事業所の中の選択肢として公平性が担保された上でのコムスンの報奨金制度には社会通念上一定の理解が得られるものであった。