中国では、敵対する国家間では相手を打倒するためにあらゆる手段がとられ、戦争のほかに謀略やプロパガンダも用いられ、またプロパガンダは国民を結集する方法でもあるとし、南京事件以前の中国の歴史でも多数のプロパガンダがあると田中秀雄は主張している。田中によれば、中国にとっては敵側の残虐性を宣伝し攻撃する「宣伝が武器よりも優先」し、「プロパガンダが世界に認められたとき、初めて抗日戦争は彼らにとって勝利となる」という思想があり、南京事件もプロパガンダによる誇張があったという。
当時から現在にかけて、中国や連合国側が、報道・著作・映画などの反日的な戦時プロパガンダを用いて、南京事件の実際の被害（史実）を誇張し、日本を貶めているという主張がある。中国がプロパガンダに走った背景には、欧米の大口貿易相手国である日本への具体的な行動を起こすまでには欧米世論が至っていなかった当時の国際情勢の中で、国際連盟での中国側の激しい日本非難さえも欧米を動かしていない現実があった。その中で、国際連盟の中国側の演説での「田中上奏文」の様な、日本の行動の誇張や捏造がプロパガンダとして見られることとなる。同時に、事件の事実の誇張や捏造とともに、日中戦争の長期化を狙ったコミンテルンの策謀（宗教的な平和運動への浸透工作）が存在したとの主張もある。
また、日本の前途と歴史教育を考える議員の会によれば、「南京事件の発生後の約2ヶ月の新聞記事を調査、その間は12月の場合は市民が大虐殺されたとか1月以降も強姦や殺人事件があったという記事はない」と主張し、同時にアメリカの船パネイ号事件の日本軍による沈没事件や、1938年1月26日に発生した在南京アメリカ領事ジョン・ムーア・アリソンを日本軍人が殴打した事件（アリソン殴打事件）が主であり、（アリソンへの）殴打事件よりも記事の重要度が低いなら、それ以上のこと、例えば強姦や殺人は南京には当然なかったと主張した
以上の事実から、同会の西川京子衆議院議員（2008年当時）は、ニューヨーク・タイムズもロンドンタイムズも虐殺など全く報道していないと、2013年4月の衆議院予算委員会で述べた
しかし、前述の通り実際には、欧米の新聞は記事の不正確さや頻度は別としてこの時期に確かに南京での日本軍の違法殺人を報道しており、またパネイ号事件やアリソン殴打事件が当時のアメリカで南京事件よりも報道された経緯も前述したとおりの事情であったため、当時の欧米の新聞記事の情報の正確さへの疑問はあるものの、欧米の新聞は南京事件を確かに報道しており、決して南京事件が全くなかったとまでは、そして日本による中国軍民の違法殺人が全くなかったとまでは言い切れないとの説がある

東京裁判では「日本軍の南京占領（1937年12月13日）から6週間」という判決を出しており南京大虐殺紀念館や日中両国の研究者もこれを事件の期間とするのが通例である。笠原十九司は、南京市のみならず、周辺部の農村部である南京行政区への日本軍進入後の事件も被害の対象にしているので、異説としても少し早い時期も含めた「1937年12月4日 - 1938年3月28日の4ヶ月」説を唱える。
しかし、一方で、南京占領後、便衣兵摘発に日本軍は手こずり、疑わしい一般人を処刑したとされる記録がある
南京事件の日本側記録では、中国側敗残兵追及の際の兵民分離は必ずしも一律に厳正でなく、ときに荒っぽく行われており、水谷上等兵の証言では「目につく殆どの若者は狩り出される」「市民と認められる者はすぐ帰」すが、他は銃殺、「哀れな犠牲者が多少含まれているとしても、致し方のないこと」とある
また、便衣兵の審判なしの処刑に関しては、日本軍は、前述の様に、中支那方面軍軍律・軍罰令・軍律審判規則を定め、便衣兵の様な軍律違反の場合、正規な手続きを経た処罰、つまり「軍律会議を経て審判により処罰（審判第1条）」そして「長官の許可を得たうえで死刑（審判第8条）は可能」を定めていた
そのため、北村稔も「手続きなき処刑の正当性」には疑問を示している
一方で、国際法学者佐藤和男は、南京占領時の潜伏敗残兵の摘発・処刑は、兵民分離が厳正に行われており、しかも、(捕獲した中国兵が）多人数であったために軍律審判の実施が不可能（軍律審判なしの処刑も可能）と述べる

1581年（天正9年）、森可政の長男として生まれる。羽柴秀吉傘下の黄母衣衆に所属していた父と同様に秀吉に従っていたが、可政は秀吉配下の頃から既に徳川家康にも接近しており、秀吉が亡くなると程なくして可政に従い家康配下へと転じる。1612年（慶長17年）に可政が森忠政の招きで美作国津山藩へと赴く際に、正式に家督を譲られ、可政の所領2360石のうち1860石を相続した。石高が3000石に満たないものの、特別に守名乗りを許されていたり、老中から直々に伝令を受けることもあるなど、幕府からの信任も厚かった。寛永10年5月7日（1633年6月13日）死去。享年53。遺体は美濃国瑞應山南泉寺に葬られた。可政-重政-重継と連なる旗本森家の宗家は次郎家と呼ばれ1860石、後に重継の次男森正剰が300石を分地して才兵衛家を興し、以後は1560石の旗本として幕末まで存続する。次男、半左衛門の興した半十郎家は当初は森家宗家に仕えるが後に浪人、次郎家に身を寄せる。その後、半十郎（5代）が館林藩主時代の徳川綱吉の元に仕官し、綱吉の将軍就任に伴って幕臣へと取り立てを受けるが、跡を継いだ一学が乱心したため、6代で断絶した。