2003年のMLBドラフト30巡目（全体907位）でアトランタ・ブレーブスから指名され、プロ入り。マイナーでは主に先発として起用された。2010年のスプリングトレーニングではジョジョ・レイエスとリリーフ投手の最後の枠の争うことになったが、結局開幕をマイナーで迎えた。マイク・ダンが4月17日にマイナー降格したのに伴ってメジャー昇格を果たし、同日メジャーデビューを果たした。6月17日のミルウォーキー・ブルワーズ戦にて、プリンス・フィルダーに対し、故意死球を投げたとみなされ、ブレーブス監督のボビー・コックスとともに、退場となった。のちに、ベンタースに対し4試合の出場停止の判決が出された。この判決はその後、ベンタースの訴えにより取り消されている。最終的にこのシーズンは、ナ・リーグ6位となる79試合に登板した。また、ナ・リーグの新人王の投票では8位に入った。2011年は、主にクレイグ・キンブレルにつなぐセットアッパーとして起用され、キンブレル、エリック・オフラハティとともにブレーブスのブルペンを支えた。2012年6月22日のニューヨーク・ヤンキース戦でアレックス・ロドリゲスに彼のキャリアで23本目のグランドスラムを被弾するなど、前半戦は苦しんだ。7月5日に左肘の痛みにより故障者リスト入りし、22日のワシントン・ナショナルズ戦で復帰した。2013年シーズン前に左肘の違和感で故障者リスト入りした。トミー・ジョン手術を避けリハビリに励み、5月中の復帰を目指したが、結局キャリア2度目のトミー・ジョン手術を受け、シーズンを全休した。2014年3月23日に前年の手術の影響で、15日間の故障者リスト入りした。3月29日に60日間の故障者リストへ異動した。8月にキャリア3度目のトミー・ジョン手術を受けた。11月21日に自由契約となった。
姿勢がとれれば光学照準器のレンズに内蔵されている十字線（レティクル）を目標に重ねる。この際、目標との距離、重力による弾道の下降、気温、気圧、湿度、風向きと風速などから若干の修正を行う。特に風に関するデータは狙撃に重大な影響を与えるため、考慮に入れる必要がある。風向きをまず調べ、その上で風速を計算する。この計算は、競技射撃（ベンチレストライフル競技等）においては、地面に直角に立てた棒に軽い布の切れ端を結びつけ、その布が風に流される際に布と棒の角度を測る。その角度を定数4で割れば、風速がマイル単位で計算できる。さらに、このデータを元にして修正値を求める。軍や警察の実戦部隊においては、この方法での風速計算ができないため、射撃地点での風向風速を基本に、弾道付近の植物の揺らぎ等を利用して推測した風速を加味して計算する。また、能力に長けた狙撃兵の場合、光学照準器を通して見える大気の揺らぎをも修正データとして利用する場合がある。それに加えてクイックアップと呼ばれる計算法式もあり、標的とのずれを瞬時に判断しなくてはならない。
狙撃で最も基本的な技術は姿勢制御である。安定性や目標から発見されにくい点を考慮して、主に地面に伏せた伏射（プローン）と呼ばれる姿勢が用いられる。この場合ライフルの先台（フォアエンド）は二脚（バイポッド）の装着や地面との間に砂袋を挟むなどして安定させ、トリガーを引く手はストックの所定の部分を握り、人差し指をトリガーにかける。トリガーを引かない手はストックに添えて固定する。手を添える位置は銃器の形状や姿勢によって若干異なる。ストックは肩に当てるが、その間にパッドを挟むなど、呼吸や拍動によるぶれが伝わりにくいようにする。頬をストックに当ててその位置で動かさず、その位置から照準器を覗く。
天文24年（1555年）の毛利元就と陶晴賢の厳島の戦いの際には「1日だけの味方」の言葉に引かれて毛利方に加担して、以降毛利氏との関係を深めたと言われるが、実際に能島水軍が毛利方に加勢したかどうかについては見解が分かれ、確証が得られていない。しかし、以後は毛利氏の周防・長門の平定（防長経略）に協力し瀬戸内海一の水軍勢力となった。塩飽諸島など瀬戸内の他の水軍衆とも手を結んだ他、一族重臣である隆重を備中笠岡城、嶋吉利を備前児島本太城、村上武満を周防上関と瀬戸内の要衝を抑える位置に置き、通行する船から帆別銭（通行料）を取り立て、大いに栄えた。永禄12年（1569年）に毛利の九州攻めが失敗すると、この頃より大友氏や三好氏などと関係を深め始め、大内輝弘の乱の際には大友水軍に伊予灘を素通りさせた。不穏な行動を取り始めた武吉に対して毛利氏は元亀元年（1570年）9月に毛利元就・毛利輝元・小早川隆景の三者が起請文を武吉と交わし、互いが入魂の関係である事を改めて確認した。しかし武吉は元亀2年（1571年）2月には公然と反毛利の姿勢を取り、毛利と敵対する浦上宗景が児島の占拠を窺う中で本太城に兵を入れて、毛利方の児島守備隊の背後を脅かしたため、ついに小早川隆景が本太城討伐の兵をあげ、4月までには陥落した。同年7月に隆景が能島攻めの軍を起こすと来島・因島水軍もこれに従ったため、孤立した能島は三好氏や塩飽水軍に兵糧の補給を要請したが、これも隆景の軍勢に阻止され、翌元亀3年（1572年）まで能島を包囲・海上封鎖されるという苦境に追い込まれた。この後も大友宗麟は来島水軍と武吉との講和を仲介したり、「門司・赤間や伊予へと出兵して毛利を脅かす」と約束したりして、能島水軍の反毛利同盟への繋ぎ止めを図ったが、結局のところ宗麟の約した門司・赤間への出兵は空手形であり、武吉の考えは徐々に毛利との関係修復へと傾いていく。天正3年（1575年）2月には備中兵乱の平定に関して武吉が隆景に祝儀を送っており、この頃までにはかなり毛利氏との関係は改善していたと見られる。毛利が織田信長と戦うと、村上水軍は小早川・児島・乃美水軍などと共に毛利方水軍として活躍した。特に天正4年7月13日の第一次木津川口の戦いでは、自身は参加せずに嫡男の元吉が出陣して主力として戦い大勝を収めている。しかし信長の鉄船6隻と戦った天正6年（1578年）11月の第二次木津川口の戦いでは惨敗を喫した。