パズルバトルは基本的にパズル&ドラゴンズと同じく、6×5マスのフィールドにあるドロップをタッチペンで動かし、縦・横に3つ以上、同じ属性のドロップを消すと、同じ属性を持つ味方が敵を攻撃する。ドロップは1ターンにつき1個しか動かせないが、7秒ほどの制限時間内であれば、自由に動かす事ができる。例えば、火ドロップを消すと火属性の味方が敵を攻撃する。ドロップを消していくと連鎖が生じる。これをコンボ(combo)という。コンボをたくさん繋げれば繋げるほど、敵に大ダメージを与える事ができる。パズル＆ドラゴンズと同じく、敵に与えられるダメージの数値は上画面の味方のパネルに表示される。各敵には残りターンがあり、残りターンが0になると味方を攻撃してくる。基本的に残りターンを多くさせる事は出来ないが、残りターンを増やすスキルを持った味方をチームに入れて、スキルを発動すると残りターンを増やす事ができる。今作にはスーパードロップと呼ばれるドロップがある。このドロップを消すと通常の3倍のダメージを与える事ができる。スーパードロップはランダムに出てくる。また、パズル＆ドラゴンズと同じく同じ属性のドロップを5つ以上消すと「全体攻撃」ができるようになる。全体攻撃は敵1体ではなく、敵全体にダメージを与える事ができる。さらにダメージは敵の数に等分されず、そのままのダメージで敵に攻撃ができる。
おもてワールドのクッパ軍団を倒すと、うらワールドに行けるようになる。うらワールドはワールド、ステージの基本構成や出現する敵の属性や種類は概ねおもてワールドと同じだが、おもてワールドと比べて格段に敵の攻撃力が上がっており、ワールド1から1回の攻撃で3000前後のダメージを受ける。うらワールドのステージ名は「⋆W〇-〇」と表記される。うらワールドへはマップ画面でYボタンを押すと開くワールドせんたくから選ぶ事が出来る。ワールド1からワールド8までのマップの背景（特に上部）がやや暗くなっている。
ここでは指定のスキルアイテムを決められた数、獲得すると仲間のスキルレベルを上げる事ができる。スキルレベルを上げると発動までのターンが短くなる。上げる事ができるスキルレベルはキャラクターによって異なる。
ここでは限界まで成長した仲間に新たなスキル、かくせいスキルを与えて、レベルアップする事ができる。かくせいスキルを与えるにはほしのいしと呼ばれるレアアイテムを決められた数、手に入れる必要がある。さらに普通のスキルと同じく、ほしのいしを使ってレベルアップする事もできる。レベルが上がるに連れてレベルアップに必要となるほしのいしの数は増える。なおここには、今作に登場する唯一のパズル＆ドラゴンズのキャラクター、たまドラがいる。
アイテムが出てくるくじであり、100コインで1回くじを引ける。ハテナブロックが3つありその内のどれか1つを選ぶ。何が出るかは引いてみるまで分からない。おもてワールドのクッパ軍団を倒すとハテナくじがリニューアルされ、後述する「ほしのいし」や「グランド〇〇」といった珍しいアイテムも出てくるようになる。
ここでは指定の変身アイテムを決められた数、獲得すると仲間をさらに強力な仲間に変身する事ができる。パズル＆ドラゴンズの「進化」と同じ。変身した仲間のスキルレベルはLv.1になってしまうが、より強力なスキルを発動できるようになる。変身する仲間を選ぶ際、パネルが発光している仲間が変身可能である。
指定した1体の仲間に不要となった仲間が経験値などのパワーを送る事ができる。パワーを送る仲間は一度に5体まで選べる。パワーを受け取った仲間は経験値だけでなく、体力、攻撃力、防御力が上がる事もあり、稀にステータスにボーナスが付く事もある。パワーを送る仲間の中には1度にパワーを受け取る仲間のレベルを3～5ほどあげるものもある。
クッパ城が存在する最後のワールド。これまでの多くのマリオシリーズではクッパ城のあるワールドには溶岩や火山があったが、今作には岩山や黒い雲、薄暗い谷などがある。ステージ数はワールド7と同程度。ハナチャン・ケロンパ等、新キャラクターも登場する。ボスはクッパJr.とクッパだが、最終ステージではクッパを倒してもその後にクッパに加え、コクッパ7人衆とクッパJr.も参戦する最終決戦がある。
溶岩に満たされた火山地帯のワールドである。前半は火属性、後半は光属性の敵が多い。過去のマリオシリーズでは、このワールドにクッパ城が設置される事が多かったが、今作ではクッパ城はワールド8に設置されている。これまでのワールドと比べるとステージの数が格段に増えている。ボスはルドウィッグ。
「湯ノ島」という名称は、島のすぐ前の海中から温泉が湧出していることからつけられたものだという。江戸時代の史料では、貞享4年（1687年）の検地帳に「湯野島」とあり、湯ノ島は「嶮岨」なため検地の必要なしとなっている。島には間口3間（約5.4メートル）、奥行き1間半（約2.7メートル）の弁天堂があった。菅江真澄（1754年 - 1859年）の『率土が濱傅ひ（外が浜伝ひ）』（1788年・天明8年）や官撰地誌書『新撰陸奥国誌』（1876年・明治9年）にもこの弁天堂が記されており、島の別称として「弁天島」と呼ばれていることが記録されている。いまでも島には弁財天を祀る祠があり、浅虫温泉からも鳥居を望むことができる。毎春、浅虫温泉で「湯ノ島カタクリ祭り」が開催される。近年はネイチャーガイドによるカタクリ鑑賞会などが組まれ、温泉から島への渡し船が運航されて上陸することができる。船着き場から弁天堂をへて、島の中央にある最高地点（標高132メートル）まで行くことができる。夏季を中心に、浅虫温泉からは湯ノ島や裸島など、夏泊半島西海岸の景勝地をめぐる遊覧船も運航される。