1988年（昭和63年）8月、財団法人少年の船協会へ2億8千万円で売却され、和歌山県の三井造船由良工場で旅客用浴室、旅客用食堂設置など船内を改造、エンジンも重油使用に改造の上、1989年（平成元年）3月に青少年研修船「21世紀号」として再就航した（初便は東京晴海－釜山）が、その後予想以上に運航経費がかさみ1992年（平成4年）係船された。1999年（平成11年）4月に韓国企業が6千万円で購入し、釜山-馬山間でフェリーとして運航する予定だったが、2000年（平成12年）には、シンガポールのPrima Bridge Island Pte.の保有船となりカーフェリー「RISING STAR III」となった。更にインドネシアのフェリー運航会社PT Prima Vistaに売却され、「Mandiri Nusantara」に改称されたが2009年（平成21年）5月31日、スラバヤのタンジュン・ペラ港から東カリマンタンのバリクパパンへの航海の途中、カラミアン島沖で車両甲板にあった車両から出火し、炎上ののち船体は全焼した。この事故では、350人の乗客・船員は救助されたものの、15人が行方不明となった。
1988年（昭和63年）8月に小松耀に売却され、神奈川県の産業廃棄物業者・三友プラントサービスが川崎―苫小牧間のコンテナ輸送や、海上での廃棄物処理をする等の計画も取りざたされた。しかしその後、1990年（平成2年）8月にギリシャの船会社「POSEIDON LINES Shipping」に売却され、客室を装備しカーフェリーに改造され、「SEA SERENADE」と改称した。黒海航路で使用された後地中海航路などで使用され、その後2004年（平成16年）に韓国の船会社に売却された。2006年（平成18年）にギリシャの船会社に売却され、「MARINOS D」に改称。2004年（平成16年）よりスロベニア・イゾラ港に長く係船されていたが、2011年（平成23年）末にトルコの会社に売却され、2012年（平成24年）1月初旬にイスタンブール近郊のドックに移動し、その後、2012年（平成24年）7月に解体された。
1984年（昭和59年）2月1日のダイヤ改正後は、空知丸は唯一の車両渡船として、危険品積載貨車航送を行い、また乗用車航送繁忙期には岸壁長125mと最も岸壁長の短い函館第1岸壁にも発着するようになった。国鉄最後となる1986年（昭和61年）11月1日のダイヤ改正では、さらに1往復の貨物便削減があり、最大19往復となったが、減船はなく、3隻とも1988年（昭和63年）3月13日の青函航路最終日まで運航された。空知丸は2時10分函館第2岸壁着の53便にて終航となり、その後函館第4岸壁に係船された。石狩丸は下り最終の八甲田丸7便の25分前を行く臨時8011便として20時30分函館第2岸壁着で終航し、その後函館第2岸壁に係船された。檜山丸は上り最終の羊蹄丸22便の25分前を行く臨時8010便として20時30分青森第1岸壁着で終航後、21時25分発5003便で函館へ回航され、その後函館第3岸壁に係船された。これら3隻はその後売却された。
ペンシルベニア州のサムデイファームで生まれ、馬名は共同馬主パトリシア・チャップマンの母であるミリー・"スマーティ・ジョーンズ"・マクネアから名付けられた。当初はボビー・カマック調教師の厩舎に預ける予定であったがカマックが殺害されてしまったため、2003年にジョン・シャーヴィス調教師が管理することとなった。シャーヴィスは無名の存在であった。2歳となった2003年7月にスターティングゲートの練習をしていたところ、スマーティージョーンズはゲートに頭部を打ち意識不明となり、頭蓋骨骨折でニュージャージー州の家畜病院で3週間入院、牧場で1ヶ月以上休養したところ無事回復し、競走に使えることとなった。その後はトレーニングを重ね、11月9日にペンシルベニア州のフィラデルフィア競馬場でデビュー戦に出走することとなった。騎手はカナダ生まれのスチュワート・エリオットで、以後全ての競走で手綱を取ることになった。デビュー戦では7 3/4馬身差で圧勝すると、2戦目も15馬身差で圧勝。年が明けて3歳となった2004年1月に上級ステークス競走であるアケダクト競馬場のカウントフリートステークスに出走するとまたもや5馬身差の圧勝で、ケンタッキーダービーを目指すことになり、以後3戦（3勝）を挟んでケンタッキーダービーに駒を進めた。アメリカ合衆国最大の競走である5月1日のケンタッキーダービーも単勝1番人気に応え2 3/4馬身差で優勝。騎手、調教師ともに同競走は初出走での勝利であり、25年振りの快挙であった。また1977年のシアトルスルー以来となる無敗での勝利でもあった。賞金85万4800ドルに加え、レベルステークス、アーカンソーダービー、ケンタッキーダービーの3競走を優勝したため、オークローンパーク競馬場から500万ドルのボーナスが支給された。ケンタッキーダービーはアメリカ三冠競走の緒戦でもあったため、スマーティージョーンズは残るアメリカ三冠競走に出走し三冠を目指すこととなった。5月15日号のスポーツイラストレイテッド誌の表紙を飾った同日に行われた三冠競走第2戦のプリークネスステークスは11 1/2馬身差の圧勝で、三冠に王手をかけた。プリークネスステークスの圧勝劇でスマーティージョーンズの人気は沸騰し、馬主には4000万 - 5000万ドルという売買のオファーがあったという。1978年のアファームド以来となる三冠を目指したスマーティージョーンズであったが、6月5日に行われた三冠最終戦のベルモントステークスでは120,319人というベルモントパーク競馬場のレコードとなる観客動員数を記録したが、単勝37倍の伏兵バードストーンの2着に敗れた。その後も調教を受けていたが同年8月2日、距骨の慢性挫傷により引退した。同年はエクリプス賞最優秀3歳牡馬を受賞した。