30歳（2001年）。物語序盤での康一の回想シーンと、電話での会話に登場。広瀬康一に、DIOの遺児・汐華初流乃（ジョルノ・ジョバァーナ）の調査を依頼し、イタリアへ送り出す。これは康一のスタンドが密かな調査に適しているという考えあってのことだったが、康一からの報告によりジョルノがスタンド使いであることを確認すると、康一を危険な目に遭わせてしまったことを詫び、調査を打ち切り、それ以降は登場しない。物語上では本作以降から、一人称に「わたし」も用いるようになっている。終盤では1990年代初めからポルナレフと共同で「弓と矢」の調査をしていたことが明かされている。Part4によると弓矢の存在を知ったのが1999年杜王町でのことであるため、過去の描写とは食い違いがある。
28歳（1999年）。海洋学者となっており、海洋生物研究の第一人者として学会に知られている。老齢となったジョセフの死去に備えて遺産を整理していたが、彼に隠し子・東方仗助がいることが判明したため、M県S市杜王町の仗助のもとを訪れる。さらに第二の理由として、ジョセフの念写で町には殺人鬼・アンジェロが潜伏していることを知った事情も抱える。仗助と協力してアンジェロを倒した際には、スタンド使いを生む「弓と矢」があることが判明し、調査のために数か月間滞在を継続する。根本の激情的な性格は変わらないが、広瀬康一から「ワイルドな風貌ながら知性的で物静かな態度」と評され、不良だったPart3当時に比べると言動は落ち着いて敬語も使っているほか、一般教養を身につけており、歳相応の社会人として更生している。仗助たちには豊富な知識や実戦経験などから一目置かれているほか、敵の音石明や吉良吉影からも最大級に警戒されている。また、スタープラチナの強すぎる能力が知れ渡っていることから、対策によって重傷を負ったり危機に陥ったりするようになり、敗北シーンもある（仗助のスタンドで負傷は治されている）。最終話には、「杜王町滞在中に執筆したヒトデに関する論文で博士号を取った」という記述がある。Part6での描写によると、この時点でアメリカ人女性と結婚済みであり、徐倫も生まれていたようである。
中期防衛力整備計画に基づく平成3年度計画7200トン型護衛艦2315号艦として、三菱重工業長崎造船所で1993年4月8日に起工され、1994年10月5日に進水、1996年3月14日に就役し、第3護衛隊群第63護衛隊に編入され、舞鶴に配備された。就役後、リンク16のアンテナを追加装備している。1996年4月17日、横須賀で首脳会談のために来日した「ビル・クリントン」アメリカ合衆国大統領が米海軍空母「インディペンデンス」艦上から本艦を観閲した。アメリカ合衆国大統領が観閲した最初の自衛艦となった。1996年10月25日から翌年2月21日の間、イージスシステムの装備認定試験（SQT）のためハワイに派遣。1998年8月31日、北朝鮮より発射された大陸間弾道弾「テポドン1号」の軌跡をフェイズド・アレイレーダーにて探知し、米軍に重要な判断情報を提供した。同年10月13日、韓国釜山で実施された韓国建国50周年記念国際観艦式に護衛艦「はるな」、「せとぎり」とともに参加した。1999年3月22日から24日にかけて発生した能登半島沖不審船事件に「はるな」、「あぶくま」とともに出動した。この事件では、初の「海上における警備行動」が発令された。当時の航海長伊藤祐靖を指揮官とする臨検部署を発動し、不審船を追跡した。同年5月11日から8月12日の間、護衛艦「ひえい」、「あまぎり」とともに米国派遣訓練に参加。2003年9月25日から7日間、若狭湾北方で実施された不審船対処を目的とした射爆撃訓練でミサイル艇「はやぶさ」等の自衛艦10隻、航空機2機と共に旧曳船45号を標的として撃沈した。2004年1月23日、テロ対策特別措置法に基づきインド洋に派遣。同年5月まで任務に従事し6月29日に帰国した。2005年5月18日から8月20日の間、護衛艦「まきなみ」、「あけぼの」とともに米国派遣訓練に参加。2008年3月26日、護衛隊改編により第3護衛隊群第7護衛隊に編入された。2009年8月24日から11月18日の間、BMD機能付加に伴う装備認定試験のためハワイに派遣され、10月27日、RIM-161スタンダード・ミサイル3 （SM-3）ブロックIAの発射試験（JFTM-3）をハワイ・カウアイ島沖で行い、予め時刻を知らされない条件下で太平洋ミサイル試射場から発射された模擬弾道ミサイルの迎撃に成功した。2012年には護衛艦「しらね」、掃海母艦「ぶんご」と共にリムパックに参加。同年12月6日、朝鮮民主主義人民共和国が「人工衛星」と自称する弾道ミサイルの発射に備え、護衛艦「こんごう」、「ちょうかい」と共に佐世保から出航し、アメリカ合衆国海軍と連携して迎撃態勢を整える。同月12日、ミサイルは発射されるも領土内に落着する恐れがなくなったため、破壊措置命令の解除を受けて順次撤収した。2015年7月11日から13日までの間、妙高市10周年記念事業として近くの直江津港（新潟県上越市）で一般公開が行われ、約1万2000人が訪れた。2016年10月11日、第3護衛隊群第3護衛隊に編入。2019年8月13日から8月24日までの間、バシー海峡周辺から関東南方に至る海空域において米海軍空母「ロナルド・レーガン」ほか艦艇数隻と日米共同訓練を実施した。現在も第3護衛隊群第3護衛隊に所属し、定係港は舞鶴である。