本丸には築城当初に城主の居館があった。本丸御殿は多くの御殿建築と同様に公的な「表向」と私的な「奥向」から構成されていた。表向は筋鉄御門から入ると左正面に式台（玄関）があり、その左手に内玄関があった。式台の正面は広間（虎の間）でこの東側に渡り廊下で繋がれて大書院（皇帝の間）が建てられていた。大書院の南には御風呂屋（現在の御湯殿）があり往時は渡り廊下で繋がれていた。大書院の北側は表居間（伏見御殿）でこちらも大書院と渡り廊下で繋げられていた。この他に小書院（鶉の間）、表台所、料理間などがあり、これらの礎石は部分的に残されている。奥向は表向の北側（天守の南側）に位置し奥居間、奥台所、長局、などで構成されていた。本丸御殿に居住したのは、初代藩主水野勝成、二代勝俊のみで、三代藩主勝貞は三の丸東側に新たな御殿（三の丸御屋形）を造営して移り住んだ。以後、廃城まで三の丸が藩主の居館となったが、その後も式典などに本丸御殿が用いられることもあったため、居住施設である奥向部分は江戸後期に取り壊されたものの表向の建物は多くが明治時代まで残された。解説などには本丸の居館全体を「伏見御殿」と呼ぶものも多くあるが、本来の伏見御殿とは殿舎のうち特定の建物「表居間（御殿）」を指す呼称であり、居館全体の呼称は「本丸御殿」または「本丸御屋形」である。表居間（伏見御殿）はその名の通り伏見城から移築されたとされる。なお、これを秀吉の伏見城からの移築とする説明も多く見られるが、豊臣時代の伏見城は関ヶ原の戦いの前哨戦において大部分が焼失しており、さらに江戸時代の地誌では箱棟に葵の紋（徳川家家紋）が付いていたと書かれるなど、江戸時代の建築であった可能性が高いと考えられる。
ACミラン、チェルシー、マンチェスター・ユナイテッド、アーセナル、FCバルセロナといった金銭的により恵まれたオファーを断り、2003-04シーズンを前にリヴァプールFCへ移籍した。キューウェルは、シュミツェルからリヴァプールの有名な背番号7を引き継いだ。この番号はかつてのクラブの象徴的な選手であったイアン・キャラハン、ケビン・キーガン、ケニー・ダルグリッシュらが付けていた番号である。200万ポンドから500万ポンドと言われる金額がキューウェルの未登録の代理人であるバーニー・マンディッチに流れたとの主張がなされたことにより、キューウェルの移籍は議論を呼んだ。この件に関連して、2005年にキューウェルはゲーリー・リネカーを名誉棄損で訴えたが陪審員は一致した決を出せず、裁判外で解決を図る道しか残されなかった。2005年5月25日、リヴァプールはミランを下し、キューウェルはオーストラリア出身の選手として初めてチャンピオンズリーグのタイトルを獲得した選手となった（クレイグ・ジョンソンは南アフリカ生まれ）。チームは試合開始から攻撃的に行くことを意図して、キューウェルはスターティングメンバーとして試合に出場したが、この試みは失敗に終わり、キューウェルは良いプレーが出来ないまま、前半途中怪我により交代を余儀なくされてしまった。怪我をした素振りを見せた時には0-1でチームはリードされており、リヴァプールのファンはキューウェルが怪我をしたふりをしていると考え、ブーイングを送った 。また、2005年の夏には「グロインペイン症候群」の名で知られているスポーツヘルニアを患っていることが明らかになった。決勝で負った怪我から回復した2005年11月にはクラブの公式サイトで、信頼して決勝で起用してくれたラファエル・ベニテス監督の恩に報いるためにも活躍をしたいと話した。また、支えてくれた妻と友人にも感謝をしていると述べた。2005-06シーズンは3ゴール3アシストを記録し、彼がリヴァプールであまり良いパフォーマンスを発揮してこなかったのは気持ちの問題ではなく、怪我の影響であったという考えを広めるに至った。2006年1月に行われ、1-0で勝利したトッテナム戦でアンフィールドでのリーグ戦初得点を記録した。マンチェスター・シティ戦でもその試合唯一となる得点を記録し、3-1で勝利したエヴァートン戦ではチームの3ゴール目となる得点を挙げ、シーズンで最高の活躍を見せた。2-1で勝利したFAカップ準決勝のチェルシー戦でもリヴァプールで最も良い働きをした選手の一人であった。2005-06シーズンのFAカップ決勝のウェストハム戦ではスターティングメンバーとして出場したが、腹痛のために48分間の出場に止まった（チャンピオンズリーグ決勝と異なり、サポーターの反応は同情的なものであった）。その後の検査でリヴァプールは鼠径部の負傷をしていることを確認したが、ワールドカップには間に合うと判断した。2006-07シーズンは多くの試合を欠場したが、2007年4月にリザーブのエヴァートン戦に55分から交代で出場し、チームに復帰した。2007年5月5日にクレイヴン・コテージで行われたフラム戦の後半に交代で出場し、FAカップ決勝以来となる出場を果たし、シーズン最終戦のチャールトン戦においても後半に交代で出場した。チャンピオンズリーグ決勝のメンバーに選ばれるかどうかが議論の的となっていたが、チャールトン戦でディルク・カイトへゴールの起点となるパスを送り、90分にはPKからゴールを挙げる活躍をしたことにより、決勝戦に臨むメンバーに選ばれた。決勝ではボウデヴィン・ゼンデンと交代で59分から出場した。2007-08シーズンを前に負傷によりチームを離脱し、また別の怪我も負いシーズン序盤の数ヶ月間を欠場したことにより、リヴァプールでの将来が不安視されるようになってしまった。10月31日に行われたカーリングカップのカーディフ・シティ戦に71分から交代で出場し、チームに復帰した。その後のプレミアリーグのブラックバーン戦とチャンピオンズリーグのベシクタシュ戦にも交代で出場した。彼の復帰後にラファエル・ベニテス監督はクラブの公式サイトで何人かのメンバーについてコメントし、キューウェルの契約については延長される場合もあると話し、多くの人たちは怪我なくシーズンを終えることが出来ればクラブに留まる機会を提供されるだろうと考えていたが、FAカップのバーンズリー戦で敗れた後にチームでの居場所を失ってしまった。オーストラリア代表のメンバーとしてシンガポールに向かったが、鼠径部を負傷してイングランドに戻ってきたことにより、新たな契約を提示される可能性は小さくなった。2008年5月、キューウェルはリヴァプールとの契約延長の話を断ったことが明らかになった。