人身の自由は、まず18条で、奴隷的拘束からの自由が定められる。31条では適正手続の保障が規定される。刑事手続に関する詳細な規定は、日本国憲法の特徴とされる。これには、不当な身柄拘束からの自由（34条）、住居等への不可侵（35条）など被疑者の権利と、公務員による拷問及び残虐な刑罰の禁止（36条）、公平な裁判所の迅速な公開裁判を受ける権利、証人審問権・喚問権、弁護人依頼権（37条）、自己負罪拒否特権（38条、黙秘権）、刑罰不遡及（39条）、二重の危険の禁止（一事不再理、39条）など被告人の権利がある。大日本帝国憲法体制からの経験則として、英米法の経験則が導入された経緯がある。大日本帝国憲法では、法律によらなければ、逮捕・監禁・審問・処罰を受けないと定めていたが、実際には警察による拷問などが行われ、人身の自由の保障は不十分だった。なお、人身の自由に関する憲法直接付属法は人身保護法（昭和23年法律第199号）である。この人身保護法に関する細則は、最高裁判所規則である、* 人身保護規則 (昭和23年最高裁判所規則第22号）に定められる。同法及び同規則によれば、人身保護事件の審理は、原則として民事訴訟の手続で扱われる（規則33条、46条）。人身保護法は、人身の自由を拘束（人身の自由を奪ったり制限すること) をする者を、公務員・公的機関だけに限定していない。
経済的自由としては、まず22条1項では、職業選択の自由を保障している。ここからは営業の自由が導き出される。また2項と共に、居住移転の自由、外国移住の自由、海外渡航の自由、国籍離脱の自由も保障されている。29条では、財産権が保障されている。
精神的自由のうち、内面の自由としては、思想・良心の自由（19条）、信教の自由（20条）、学問の自由（23条）がある。20条1項（後段）及び3項は89条と共に、政教分離原則を定める。学問の自由からは、大学の自治および学校の自治が導き出される。表現の自由は21条に定められる。同条では、明文にある集会の自由・結社の自由・出版の自由や言論の自由のほか、知る権利、報道の自由・取材の自由、選挙運動の自由など、重要な人権が保障されている。また、同条2項では、検閲の禁止と通信の秘密が保障されている。
まず包括的な人権規定、包括的自由権である生命・自由・幸福追求権（13条）がある。プライバシーの権利、自己決定権などの新しい人権は、同条により保障される。また、14条では法の下の平等が定められる。同条2項は貴族制度の禁止と栄典に伴う特権付与の禁止を定める。同条のほか、24条では両性の平等が、44条では選挙人資格などの平等が定められている。
人権規定は、主に第3章にまとめられている。人権は、包括的自由権、法の下の平等、精神的自由、経済的自由、人身の自由、受益権、社会権、参政権などに大別される。
2199年、地球は謎の異星人国家・ガミラス帝国の侵略を受けていた。冥王星に前線基地を建設したガミラスは、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加え続け、海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類滅亡まであと1年と迫っていた。そんな中、外宇宙から飛来した1隻の宇宙船が火星に不時着し、通信カプセルが回収される。その中には、地球から14万8000光年離れた大マゼラン星雲にあるイスカンダル星から地球に宛てた、「放射能除去装置 コスモクリーナーDを受け取りに来るように」とのメッセージと、外宇宙航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。地球は、宇宙船へと改造されつつあった、九州・坊ノ岬沖で250年も前の世界大戦中に沈んだ戦艦「大和」に、この波動エンジンを搭載し、コスモクリーナーの受領のための宇宙戦艦「ヤマト」として完成させる。沖田十三を艦長とし、古代進、島大介、森雪などの乗組員を乗せ、イスカンダル星に向け、1年という限られた猶予の中、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて往復29万6千光年の旅に発つ。ガミラス冥王星前線基地を撃破して太陽系を離脱したヤマトは、宇宙機雷やガス生命体などのガミラスの罠や、原始星団などの自然現象を突破して銀河系外へと踏み出す。一方、ヤマトの存在を目障りに思い始めたガミラス総統デスラーは、将軍ドメルにヤマト討伐の任を与える。次元断層で一戦交えてヤマトを強敵と判断したドメルは、ヤマトの航路の中間地点バラン星までヤマトを誘い込み、バラン基地ごと撃破する作戦を立案・実行するが、作戦内容に反発した部下の密告により失敗し、基地のみを失ってしまう。そのため、ドメルは死刑宣告を受けるが、デスラーはこの処刑執行を握りつぶす。デスラーの温情により最後のチャンスを与えられたドメルは、ヤマトと七色星団での決戦に臨む。ヤマトは瞬間物質移送器での航空機のワープによる奇襲攻撃に苦戦し、ドリルミサイルで切り札の波動砲を封じられて内部から爆破される窮地に立たされるが、ドリルミサイルの排出と爆発で逆に敵艦隊を撃滅する。生き残ったドメルはヤマトへ接舷し、沖田と言葉を交わした後、ヤマトを巻き込み自爆する。辛うじて生き延びたヤマトだったが、その犠牲は大きく、戦死した乗組員の宇宙葬を行い、再びイスカンダルへ進み始める。ヤマトはついに大マゼラン星雲まで辿り着くが、そこにはイスカンダル星だけでなく、二重惑星であるガミラス星もあった。罠に嵌ってガミラス星へと引きずり込まれたヤマトは絶体絶命となるが、波動砲で海底火山脈を撃ちぬき、地上に大火山活動を誘発させ勝機を見出す。激戦の末、生けるもののいない廃墟と化したガミラス星を見た古代は、自分たちが犯した過ちを痛感する。そして、自分たちに今できることはイスカンダルへ向かうことであると思い至り、再びヤマトを発進させる。イスカンダルへ辿り着き、コスモクリーナーDを受け取ったヤマトは、一路地球への帰路を急ぐが、地球を間近にしてガミラス本星での戦闘を生き延びたデスラーに襲撃され、その戦いの中で森雪が命を落としてしまう。恋人である古代は悲しみに暮れ、地球を目前として、雪の遺体を第一艦橋へと連れて行き、ともに地球の姿を眺める。地球を目前にした沖田は、その姿を目に焼き付け静かに息を引き取る。その後、第一艦橋に連れてこられていた雪が蘇生し、古代を始め艦橋にいた全員に喜びが広がった。そして、西暦2200年、ヤマトは地球へと帰還。地球は蘇り、元の青さを取り戻した。