栽培に従事する労務者が長期間に渡りキノコの胞子や栽培に使用した廃培地に生じるカビ（好熱性放線菌、真菌など）を吸入すると過敏性肺炎を生じる事がある。この疾患はキノコ栽培者肺とも呼ばれる。
一部の種では、電気刺激で子実体の成長が促進されることが報告されている。シイタケ、ナメコ、クリタケ、ハタケシメジの4種類のほだ木に人工的に交流の高電圧パルスを印加した栽培実験では、2倍程度の収量が得られた事が報告されている。
日本では子実体を直接に薬剤処理することは認められていないが、育成室におけるのキノコバエ駆除や害菌の増殖防止を目的として、培地や原木上に薬剤を散布することは認められており、散布基準以下の使用量であれば残留農薬は基準以下となる。中国産では、基準を超えた残留農薬が検出され問題となることがある。
「菌を共生主となる植物の根に植える」「人為的に発生場所の条件を改善維持する」という形での栽培（林地栽培）は、人工栽培が行えないトリュフ (T. melanosporum,あるいはT. magnatum)やマツタケ（Tricholoma matsutake）などを対象に試みられることがある。マツタケでの実際の処置としては、「雑木の間伐」や「落ち葉掻き」・「落ち枝拾い」などによって林床を貧栄養状態にすると共に適切に潅水することで、落葉分解菌や木材腐朽菌の少ない環境を作り出し、目的とする菌の成長を阻害しない環境を作り出そうという物である。しかし、マツタケ生育地の多くは山間部であるため、急峻な斜面に作業を阻まれることも多い。
堆肥栽培は、家畜の排泄物や藁・堆肥（Spent mushroom compost）などを培地として、主にマッシュルーム・ヒメマツタケ・フクロタケで行われる。1903年森本彦三郎により最新技術がもたらされ、マッシュルーム栽培は加工品を輸出可能なまでの産業に成長する。最近では、従来は菌床栽培方式で生産されてきたキノコを、堆肥栽培方式によって生産する試みも進められている。
南稚内駅は、当初は旭川駅から北上してきた宗谷線の終点として、稚内駅という名前で1922年（大正11年）11月1日に開業した。当初の宗谷線は、後に天北線となる浜頓別経由の路線で建設された。この駅は現在の南稚内駅がある場所からは約1 kmほど北に所在しており、現在の稚内港郵便局のあるあたりであった。稚内港郵便局の向かいにある「ホテル滝川」は、この駅開業以前から現在地で営業しており、駅がある頃は「滝川旅館」として駅前旅館の機能を持っていた。駅は頭端式で建設されており、駅構内には機関庫や客車の留置設備なども設けられていた。翌1923年（大正12年）5月1日に、当時日本領であった樺太と結ぶ稚泊連絡船が開設された。こうして稚内駅は樺太と連絡するための重要な拠点となり、当時数少ない北海道内の急行列車は函館から稚内まで直通するようになった。高官の乗車などを考慮して、一等車も連結されていた。ただし稚泊連絡船の発着する場所までは駅から2 kmほど離れており、その間を旅客は徒歩、貨物は荷車で連絡しなければならなかった。埠頭には待合所が建設され、後にこの施設が稚内港駅へと発展することになった。なお、開設された1923年の8月、宮沢賢治が当時樺太にあった王子製紙の工場に教え子の就職を斡旋するためにこの駅を利用している。1924年（大正13年）6月25日に、天塩北線の兜沼 - 稚内間が開業した。さらに延長工事が進められて、1926年(大正15年）9月25日に幌延経由の現在の宗谷本線が開通した。これにより稚内駅は双方からのルートが合流する地点となった。そのまましばらくは浜頓別経由の線が宗谷線であったが、幌延経由の線の方が距離が短く勾配も少ないことから、1930年（昭和5年）4月1日付で線名が変更され、幌延経由が宗谷本線、浜頓別経由が北見線となった。1928年（昭和3年）12月26日には、当駅から稚内港駅まで延伸された。この際には頭端駅であったためにそのまま延伸することができず、駅の手前のところから分岐させる形で稚内港まで延長された。このためにスイッチバック構造となり、稚内駅に到着した列車は一旦本線上まで退行し、進路を変更して前進していくことになった。稚内 - 稚内港間は1.5 マイルと設定されていたが、1930年（昭和5年）4月1日のメートル法移行時に、単純にkmに換算した2.4 kmにするのではなく1.2 kmとした。これは移転などによるものではなく、当初設定のマイルを修正したものであると考えられている。1939年（昭和14年）2月1日に、南稚内駅へ改称し、従来の稚内港駅が稚内駅となった。1928年の線路延長以後、スイッチバック形式での運転が続けられてきたが、その手間を解消するためと、稚内駅との距離が近すぎるということから、稚内市の都市計画との関係もあり、現在地点へ移転することになった。これにより1952年（昭和27年）11月6日付けで現在地に移転し、スイッチバックは解消された。このときに、南稚内駅以南の各駅との間は、南に移転した分として営業キロが1 km短縮されたが、南稚内と稚内間の営業キロはそれよりも長い1.5 km増加して2.7kmとなった。これは実キロ（2.5km）よりも長く、廃止されたスイッチバックの往復分を誤って加算したのではないかとの推測があるが、現時点でも稚内までの営業キロは2.7 kmのままである。移転後の駅舎は当初はバラック建ての建物であったが、翌年に木造モルタル造りの駅舎が完成している。