一方、一般路線バスの縮小傾向は続いていた。1982年度には15系統、1983年度に16系統、1984年度には25系統が廃止となり、富沢町・南部町・下部町・三珠町・中富町・大泉村・長坂町・鰍沢町では山梨交通の路線がなくなった後に、道路運送法101条に基づいて、自家用バスを使用した廃止代替バス（自治体バス）の運行を開始した。平成に入ると、第3種生活路線の国庫補助期限切れなどにより、さらに路線の廃止が進められる事になった。1989年には芦川村への路線を廃止、1990年には韮崎と小笠原を結ぶ路線が廃止された。1991年からは自治体バスへの移行だけではなく、道路運送法24条の2を適用した貸切免許による代替バス運行（貸切代替バス）も行なわれるようになり、長坂と小淵沢を結ぶ路線や百観音から日野春方面への路線が、自治体からの委託による貸切代替バスでの運行に切り替えられた。その後も不採算路線に対する自治体バスや貸切代替バスへの移行は続き、1995年には鰍沢と身延の間の路線がつながらなくなった。さらに、1995年10月には牧丘町の路線が廃止された際に、地元のタクシー会社に委託することになったため、既に運行されていた塩山地区の貸切代替バスから山梨交通が撤退した。1997年には山梨交通は山梨市から全面撤退した。こうした路線縮小の結果、山梨交通の路線は甲府市を中心に鰍沢・勝沼方面と、韮崎・塩山・身延・富士宮近辺の路線だけが残る状態となり、400台近くあった路線バス車両も150台程度に半減してしまった。
1980年代に入ると、関連事業の再編成も行われた。1980年には甲府駅前に立体駐車場を開業、1981年には中央自動車道の双葉サービスエリア下り線にレストラン山交をオープンさせた。また、1986年には甲府駅前のバスターミナルを新築したほか、山交百貨店も全面的に建て替えが行われて1989年にオープンした。その一方で、八ヶ岳スケートセンターは1981年に営業を休止している。また、1989年には湯村営業所を竜王に移転して、跡地にはダイエーとフランチャイズ契約を結んだ上で湯村ショッピングセンターを1990年に開業したほか、1993年から1995年にかけては貢川営業所と甲府観光営業所を敷島営業所に統合し、跡地には貢川ショッピングセンターを開業した。また、1990年には清里高原富士屋ホテルを開業した。また、系列の貸切バス専業事業者であった山梨観光自動車は、1989年に富士急行の保有していた全株式を山梨交通が譲受し、山梨交通直系の事業者となった。これにあわせて、富士急行は1985年に平和観光自動車（当時）を設立した。
京都府警察などによると、第1スタジオには従業員70人がいたが、そのうち69人が被害を受けた。事件当日に33人の死亡が現場で確認された。また、1階で負傷して病院に搬送された30代男性社員1名が、事件翌日の7月19日夜に死亡した。その後、1階で負傷して正面玄関で救助された20代男性社員1名が7月27日17時53分に大阪府内の病院で死亡した。更に、1階で負傷して正面玄関で救助され、火傷で入院治療中だった20代女性1人が、感染症に起因する敗血症性ショックにより10月4日20時20分に死亡した。なかには「AKIRA」などで原画を務めた木上益治、「らき☆すた」などで監督を務めた武本康弘、「聲の形」などでキャラクターデザイン・総作画監督を手がけた西屋太志、「涼宮ハルヒの憂鬱」などでキャラクターデザイン・総作画監督を手がけた池田晶子らも含まれていた。死因は22人が焼死（1階: 2人/2階: 8人/3階: 12人）、5人が一酸化炭素中毒（3階: 5人）、5人が窒息（2階: 2人/3階: 3人）、全身火傷が2人（1階: 2人）、敗血症性ショックが1人（1階: 1人）、残る1人（2階: 1人）は判明しなかった。死者の性別は女性22人、男性14人で、年齢は20代17人、30代11人、40代7人、60代1人だった。死者の内20人は3階から屋上へ上る十数段の階段で折り重なるように倒れた状態で発見され、1階で4人、2階で11人が見つかった。一方、3階の生存者は3階ベランダまたは内階段から2階ベランダに移って2階の生存者と共に飛び降りるか、近隣住民の助けにより梯子を伝って避難した。負傷者は10月5日時点で、5人の女性が入院中。9月6日時点で（10月4日に死亡した社員を含み）、命の危険がある重篤な状態の人が3人、重体1人、重傷25人、軽傷5人（被疑者を除く）。年齢は21歳から53歳まで、20代男性4人、20代女性11人、30代男性7人、30代女性4人、40代男性2人、40代女性4人、50代男性2人。既に復帰した社員がいる一方で、心的外傷により復帰が困難で、退職を希望する社員もいると報じられている。警察庁によれば「放火事件としては平成期以降最多の死者数」であるという。また、『読売新聞』では更に時期の範囲を広げ、殺人事件として「戦後でも最も死者が多いとみられる」と報じている。なお、この事件による死者数は、戦前の昭和13年（1938年）に発生した津山事件の死者30人をも上回っている。