実際にBOMを使用すべきか、あるいは使用すべきでないかは、Unicodeを利用したより上位の仕様によって定められることがある。"XML Media Types" (RFC 3023) では、XMLをUTF-16で符号化する場合は先頭のBOMを必須とし、またXMLを解釈するソフトウェアでは、先頭にBOMがあった場合はxml宣言における<?xml encoding="..."?>の指定よりも優先してエンコーディングを判別すべきとしている。JSONの場合は、ネットワークで送信する場合はBOMを付けてはならないとしている。UTF-8は文字コードとしてASCIIを前提としたプログラムでもおよそ支障なく動作するように設計されているが、BOMによって正常に処理できなくなる場合がある。Unicodeの規格において、UTF-8においてBOMは容認されるが、必須でも勧められるものでもないとされている。また、データベースやメモリにロードするデータなど、内部的なデータ形式では、プログラムの性能や効率の観点から普通BOMは用いられない。BOMによってUnicodeのテキストデータが他のUnicode符号化形式や、BOMのバイト表現(UTF-7を除く)に符号位置に該当する文字のない日本語の文字コードから正確に区別をすることができる一方で、0xFEに"þ"、0xFFに"ÿ"が割り当てられているISO/IEC 8859-1に対しては、この2文字が先頭にくる文章を誤ってUnicodeと判断してしまう問題がある。
UnicodeがはじまったころはアメリカではASCII、ヨーロッパなどではISO-8859、日本ではShift_JISやEUC-JPが主流であり、使用されている符号化方式がUnicodeであることを明確に区別する必要があった。その方法として、先頭のデータにテキスト以外のデータを入れることが発案された。また、1文字が数バイトに渡るUnicodeでは、エンディアンの違いが認識できないと、例えばPowerPC Macintoshとx86 MS-DOSとの間で正常にデータの交換ができないため、この先頭バイトにより区別できるようにされた。
プログラムがテキストデータを読み込む時、その先頭の数バイトからそのデータがUnicodeで表現されていること、また符号化形式（エンコーディング）としてどれを使用しているかを判別できるようにしたものである。
森に囲まれた丘陵地にある天上学園は生徒総数2000名を越える全寮制の学校。一見するとごく普通の生徒らが生活を送っている学園だが、そこは死後の世界だった。現世で理不尽な人生を体験し、青春時代をまともに送れずに死んだ者はこの世界に送られ、あらかじめ用意されたエキストラの生徒や教師達（NPCと通称される）と共に、学園で楽しい青春時代を過ごす内に未練を無くし、「消滅」（成仏）し、転生する。しかし、転生することを拒む人々がいた。少女・ゆりをリーダーとする“死んだ世界戦線（略称SSS、以降、戦線）”は、理不尽な人生を強いた神への復讐を目的としており、どうにかしてこの世界にいるである神、あるいはそれに類する存在を見つけ出そう、引っ張りだそうと、さまざまな反学園的行動をして学園に留まっていた。そのため学園の秩序を守ろうとする生徒会長と日夜争っていた。生徒会長は、“何もない空間だった手先に突然刃物を出す”“飛んできた銃弾の方向をねじ曲げる”などの非人間的な能力を持っているため、ゆり達からは神の使いか手先のような者と推察されており、“天使”と呼ばれていた。一方の戦線は、長い時間をかけて生産し備蓄した銃などの武器を使い、元々死後の世界であるため“死ぬ”こともなく、歳を取ることもないこの世界で何年も死闘を繰り広げていた。そんな世界に少年・音無は、記憶を失った状態で出現し、ゆりに勧誘されて、戦線のメンバーとなる。そして戦線の活動を続けるうちに“天使”の人間性ある側面を見て、戦線と“天使”との和解を考えるようになる。やがて音無は、「未練を残して死んだ人間が、学園生活を楽しく過ごしてこの世界を『卒業』できるようにする」ことが“天使”ことかなでの目的で、それ以上でも以下でもないことをかなで本人より教えられる。かなでの特殊能力は神から与えられたものではなく、この世界のマテリアルを改変できるソフトウェア“ANGEL PLAYER”を偶然手に入れた彼女がその機能を使い、自分で身につけたものだった。またかなでは非常に無口で不器用なため、彼女の正体や真意も戦線には伝わっていなかったのだ。死ぬ直前の自分の記憶を取り戻した音無は、自分の人生の最後には未練はあったものの希望も残されていたため「神への復讐」というゆりの思惑から外れ、密かにかなでの計画に協力し、戦線メンバーの未練を消して成仏させることを考え、実行を始める。そんな中、“影”と呼ばれる正体不明の怪物が突然現れ、戦線メンバーを襲い始めた。増え続ける影に呑み込まれるとNPCになって記憶や人格をほとんど失ってしまうため、このままでは戦線メンバーを守り切れないとゆりは判断。音無とかなでの行動に密かに気づいていたゆりは、ふたりの考え通り未練を捨ててこの世界を“卒業”することが、“影”から身を守るひとつの方法と考え、音無達の考えを皆に説明させて、“卒業”するかこの世界に残るかの選択を戦線メンバー各員に委ねる。そして、ゆりと共に残ることを選んだ戦線メンバーと音無、かなでは“影”と戦う。やがてゆりは、“影”を発生させている正体不明のNPCに遭遇。そのNPCによると、この世界を作った人物（すなわち神）は不明であること、だがこの世界に“愛”が生まれ、いずれ卒業すべきこの世界が、永遠の愛の楽園に変わってしまうことを防ぐために、大量のパソコンの処理能力をつぎ込んだ“ANGEL PLAYER”によって“影”が発生していることを教えられる。一方で、この能力をゆりが引き継ぎ“ANGEL PLAYER”で世界を改変する力を使えば、彼女自身が神に匹敵する力を得られるとNPCに告げられる。しかし、ゆりはこの提案を拒否して、“影”を発生させている“ANGEL PLAYER”のシステムを破壊、“影”の発生を停止させる。弟妹を助けられずに目の前で殺されたことが“生前の未練”になっていたゆりだが、戦線メンバーが弟妹に匹敵するほど大切な存在になっていたため、誘惑と未練を断ち切ったのだった。そしてゆりや音無たちなど、まだ消えずに残っていた戦線メンバーとかなでは“卒業式”を行い、ひとり、またひとりと、この世界から消えて去って行く。最期に残ったのは音無とかなでだった。音無はかなでに告白し、ふたりでこの世界に残って欲しいことを告げる。だがかなでは、自分の“生前の未練”が、「自分に移植された心臓のドナーにお礼を言う」ことであり、その心臓を提供した人物こそが音無だったことを告げ、音無に感謝を伝えて消えていく。