PS2でのリメイクが最初に発表されたのは、『ドラゴンクエストVIII 空と海と大地と呪われし姫君』も開発中であった2003年10月末のことであった。翌11月から画面写真が発表され、2004年1月には第19回次世代ワールドホビーフェアに出展された。同月22日には発売日が同年3月25日と発表、さらに数日後には『ドラゴンクエストVIII』の開発中のデモ映像を見ることができるプレミアム映像ディスク（PS2用CD-ROM）が同梱されることが発表された。そして発売延期は無く、3月25日に発売に至った。キャッチコピーは「強き心は、時を越えて」が使われた。出荷本数は2日間で130万本を突破し、発売15日後の4月8日には、それまでのシリーズのリメイク作品の中では最多の150万本を達成した。
SFC版の前情報では呪文アニメーションが取り上げられ、ヒャドの連続写真がゲーム雑誌などに掲載された。だが実際のゲームで味方側にヒャドを使えるキャラクターが（人間・モンスター含めて）一人もおらず、このアニメは見られなかった。こうした部分はリメイク版で修正された。
SFC版の開発当時、主人公たちのほか、町人のグラフィックが鳥山明により数点描き下ろされていたが、これらは没案となりゲーム中には登場せず。逆に、SFC版のサンチョやフローラ、ヘンリー、男の子、女の子は、鳥山によるデザイン画が描き起こされず、ゲーム中ではオリジナルのグラフィックが使われていた。後に発売された公式ガイドブックでは、アニメーターの中鶴勝祥が代わりにイラストを起こしている。彼の起こしたイラストは、ゲーム中のドットグラフィックとかなり異なる（例、女の子（娘）はゲーム中ではワンレンだが、イラストではおかっぱである）。PS2版では、中鶴によるイラストが公式デザイン化し、ゲーム内のグラフィックもSFC版公式ガイドブックのイラストとほぼ同じ姿となっている。また、リメイク時には中鶴のデザインを元に鳥山によりサンチョ、フローラ、男の子、女の子のイラストも描き起こされ、DS版のキャラクターグラフィックにも流用された。またPS2版及びDS版の公式ガイドブックのイラストを描いたのは、漫画家の村上ゆみ子である。
フローラの姉としてデボラが登場。主人公の3人目の花嫁候補となる。それに伴い、彼女専用の武器・防具が追加された。オープニング直後のビスタ港において幼少期のフローラとともに登場する。
ファイストスの最初の発掘調査は、イタリアの考古学者 Federico Halbherr と Luigi Pernier が行った。次に1950年から1971年に Doro Levi が発掘を行い、宮殿の大部分を発見した。古い宮殿は前宮殿時代に建てられ、地震で2度崩壊して再建されている。古い宮殿が地震で完全に崩壊した後、その上に新しい宮殿を建設した。この遺跡から線文字Aが刻まれた遺物がいくつか出土している。線文字Aの文書の部分的解読によりその地名の記述が見つかっており、ミケーネの線文字Bで書かれた 'PA-I-TO' と酷似している。ファイストスからはクールーラー (kouloura) と呼ばれる地面に掘った穴がいくつか見つかっている。ファイストスで見つかったミノア文明中期から後期の土器が復元されており、多彩色のものや金属器の打ち出しを模倣した浮き彫りのあるものなどがある。青銅器時代の出土品としては、bridge spouted bowls、卵形の杯、背の高い瓶、大きなピトスなどがある。この遺跡をファイストスと特定した基礎には、ストラボンの記述がある。それによれば、ファイストスはゴルティン、マタラ（港町）という町や海に囲まれていたとされている。1884年、イタリアの考古学者 Albert がこの地域を訪れ、ファイストスの北で前宮殿時代の墓を発見し、ファイストスとは反対側のイディ山の斜面にあるカマレスの洞窟も発見した。このことにより、考古学界がこの地域に注目するようになった。最初の宮殿が建設されたのは紀元前2000年ごろである。現存する部分は西の中庭よりも低いレベルにあり、ファサードと丸石の敷かれた中庭と高いレベルへと向かう階段のある岩棚などがある。古い宮殿は約3世紀の間に3回破壊されている。うち2回目までは修復が行われているため、現存する部分にも3回建設された跡が見られる。紀元前1400年ごろ、アカイア人の侵略でファイストスとクノッソスが破壊された。その後宮殿は使われなくなり、ミケーネ文明時代の出土品は全く見つかっていない。1900年以降、在アテネ・イタリア考古学研究所が発掘調査を継続して実施し、ファイストスの有名な遺跡を白日の下にさらした。その地域にある3つの丘からは、新石器時代中期の遺物が見つかっており、前宮殿時代に建設された宮殿の一部も見つかっている。他の2つの宮殿は中期と後期に建設されたと見られている。古い宮殿はクノッソスのものと似ているが、規模は小さい。その廃墟の上に（おそらく紀元前1600年ごろ地震で崩壊したと見られている）後に新たな宮殿が建設され、こちらの方が大きく壮大なものとなっている。この建築物は柱で区切られた複数の部屋に分かれていた。劇場エリアと呼ばれる部分の階層から2つの雄大な階段を登ると、高い扉のあるプロピュライアのメインホールへと至る。2つの門から幅広い通路を通ると中央の中庭に通じている。部屋の壁や床には砂岩と白い石膏が使われている。西の区画の上層には大きな儀式用の部屋があるが、それらの正確な復元はできていない。中央の中庭からの見事な入口から宮殿の北の区画の部屋に向かうことができ、そこからイディ山の山頂が見える。それらの部屋ではアラバスターも建材に使っている。1908年、Pernierは宮殿の北の区画の最下部からファイストスの円盤を発見した。この人工物は粘土製の円盤で、紀元前1950年から紀元前1400年ごろのものとされている。独特の洗練されたクレタ聖刻文字が刻まれている。ファイストスの支配者の墓は宮殿の遺跡から20分ほど離れた墓地で見つかった。新たに暗黒時代後期（幾何学様式時代）から再び人々が定住を始め、紀元前3世紀にゴルティンに破壊されるまでそれが続いた。エウローペーが牡牛にまたがった図像を描いたファイストス製の硬貨が見つかっている。他に翼のあるタロースを描いた硬貨、王冠を被った髭のないヘーラクレースを描いた硬貨、木の上に座る幼いゼウスを描いた硬貨などがある。これらの硬貨には ΦΑΙΣ または ΦΑΙΣΤΙ という文字が刻まれている。