アルフォンソ・ダラゴーナが死去すると、アレクサンデル6世はルクレツィアの三回目の結婚を画策し、1502年に名門エステ家のフェラーラ公エルコレ1世・デステの嫡子アルフォンソ1世・デステにルクレツィアを嫁入りさせた。アルフォンソ1世との間には多くの子供が生まれ、ルクレツィアはルネサンス期を代表する高雅な公爵夫人として尊敬されるようになっていった。1503年のアレクサンデル6世の死去以降、ボルジア家は没落の一途をたどることになるが、ルクレツィアに寄せられる高い評価は終生変わることがなかった。アルフォンソ1世もルクレツィアも、互いに対して貞節というわけではなかった。ルクレツィアは義兄にあたるマントヴァ侯フランチェスコ2世・ゴンザーガと不倫関係になった。フランチェスコ2世の妃はルクレツィアの夫アルフォンソ1世の姉で、教養と知性を謳われたイザベラ・デステである。ルクレツィアはイザベラと友好関係を築こうとしたが、ルクレツィアと自身の夫フランチェスコ2世との不倫関係を知っていたイザベラからは相手にされなかった。ルクレツィアとフランチェスコ2世の関係が感情的なものではなく官能的、肉体的なものだったことが、両者が交わした書簡によって判明している。この不倫関係はフランチェスコ2世が娼婦から梅毒をうつされるまで続いた。また、ルクレツィアは高名な学者で詩人でもあったピエトロ・ベンボとも関係があったといわれている。1816年にイギリスのロマン派詩人バイロン卿がミラノのアンブロジアーナ図書館を訪れた。バイロンはルクレツィアとベンボの間で交わされた書簡に感銘を受け、ベンボが自宅に飾るためにルクレツィアの髪の房を手に入れようとしていたはずだと主張している。ルクレツィアは1519年に女児を出産したが、産褥の合併症のために6月24日にフェラーラで死去した。ルクレツィアの遺体はコルプス・ドミニ修道院に埋葬された。
ジョヴァンニ・スフォルツァとの婚姻無効が認められたルクレツィアは、ナポリ王アルフォンソ2世の庶子ビシェリエ公アルフォンソ・ダラゴーナ (en:Alfonso of Aragon)と結婚した。アルフォンソはルクレツィアの弟ホフレ・ボルジアと結婚していたサンチャ・ダラゴーナの異母弟でもあった。しかしながらルクレツィアとアルフォンソの結婚生活は短命に終わっている。1498年にアルフォンソと結婚したルクレツィアは1499年にスポレートの総督に任じられ、この直後にアルフォンソはローマを離れた。ルクレツィアの要望でローマに戻ってきたアルフォンソだったが、1500年に何者かによって暗殺されてしまった。アルフォンソの死には、ナポリと対立していたフランスとの同盟関係を強めていたルクレツィアの兄チェーザレが関係しているのではないかといわれている。ルクレツィアとアルフォンソの間には1499年にロドリーゴ・ダラゴーナ (en:Rodrigo of Aragon) が生まれたが、1512年に12歳で夭折している。
長きに渡ったジョヴァンニとの結婚無効騒動の間に、ルクレツィアがアレクサンデル6世の侍従であるペドロ・カルデロンと性的関係を持っていたのではないかといわれている。ボルジア家を敵視していた人々からは、ルクレツィアが未だ結婚の無効が認められていなかったにもかかわらずカルデロンの子供を身篭ったと糾弾された。1497年6月にルクレツィアはサン・シスト修道院に身を隠し、自身の結婚に関する騒動が決着する12月までこの修道院に篭り続けている。1498年2月には、ルクレツィアの情人だといわれていたカルデロンの胴体と侍女パンタシレアの遺体がチベレ川で発見されている。1498年3月にフェラーラ公国の大使がルクレツィアが密かに子供を出産したと主張していたとも言われているが、この説は複数の情報によって否定されている。ただし、ルクレツィアがビシェーリエ公アルフォンソ・ダラゴーナと結婚する前年に、ボルジア家の邸宅で一人の子供が生まれているのは間違いない。この男子はジョヴァンニ・ボルジアと名づけられたが、歴史家たちからはジョヴァンニではなく「ローマの子供 (Infans Romanus)」として知られている。1501年に、ジョヴァンニ・ボルジアに関係する二通の教皇勅書が出されている。一通目の文書には、ルクレツィアの兄チェーザレが結婚前に他の女性に生ませた庶子がジョヴァンニであることが記されていた。二通目の文書にはジョヴァンニがアレクサンデル6世自身の子供であるという、一通目の勅書とはまったく異なる内容が記されていた。ジョヴァンニはルクレツィアが生んだ子供であるという噂が根強く残っているが、どちらの教皇勅書にもルクレツィアの名前は出てきておらず、ルクレツィアの子供説が立証されたことはない。二通目の文書は長い間秘匿されており、ジョヴァンニはチェーザレの子供として育てられた。チェーザレがカメリーノを陥落させた1502年にジョヴァンニはカメリーノ公に任じられており、このことからもジョヴァンニがヴァレンティーノ公チェーザレの最年長の息子だとみなされていたことが分かる。アレクサンデル6世の死後にジョヴァンニはルクレツィアが嫁いだフェラーラを訪れ、二通目の教皇勅書に従って自身とルクレツィアが異母姉弟であるということを受け入れた。
熊本県玉名郡菊水町（現・和水町）出身。和水町立菊水中学校→玉名女子高等学校卒業。家族がバドミントンをやっていたことから、小学校入学前より自身もその影響を受け、地元のジュニアチームでバドミントンを始める。小学校6年次には第15回全国小学生バドミントン選手権大会（2007年1月）に熊本県代表として出場している。2010年、玉名女子高等学校普通科総合コースに進学。高校2年次（2011年）の全国高等学校総合体育大会（青森県弘前市）では熊本県代表として出場、女子シングルスではベスト8に進出するも、後に自身のパートナーとしてダブルスのコンビを組むことになる1学年上の福島由紀（青森山田高等学校）と対戦して敗北を喫している。2013年、高校生として最後の公式大会となった3月の熊本県総合バドミントン選手権女子シングルスでは、実業団のルネサス テクノロジの選手3人を決勝トーナメントで次々と下して優勝を果たす。同年4月にルネサス テクノロジに入社し、地元熊本を本拠とした同社のバドミントン部所属選手となる。2014年、第69回国民体育大会バドミントン競技ではルネサスのチームメートである福島由紀、伊東加奈と共に熊本県代表として出場、大会優勝を果たした。2015年、ルネサス本社の経営合理化の一環として同社のバドミントン部が再春館製薬所に譲渡されたことにより。同年には日本B代表として福島とのコンビでグランプリ大会シリーズのスコットランドオープンに女子ダブルスに出場し、国際大会優勝を飾る。2016年には福島とのコンビでニュージーランドオープン女子ダブルスに出場して優勝し、年末の全日本総合バドミントン選手権大会では権藤公平（トナミ運輸）とのコンビで混合ダブルスに出場、嘉村健士＆米元小春（北都銀行）組を相手に奮戦するも敗れて準優勝となった。2017年、福島とのコンビでバドミントンスーパーシリーズのマレーシア・オープン女子ダブルスに出場し、黄雅瓊＆湯金華組（中華人民共和国）に2-1で勝利し、スーパーシリーズ大会初制覇を飾った。そして同年の世界選手権では福島とのコンビで補欠繰り上がりという形で女子ダブルスに出場し、トーナメントを勝ち上がって日本選手として1977年の第1回世界選手権以来40年ぶりとなる決勝戦へ進出、陈清晨＆贾一凡（中華人民共和国）組を相手に奮闘して1-2で敗れたものの、40年ぶりにこの種目のメダルを獲得した。