海水を直接利用する構造の外堀は瀬戸内海の2mを越す干満差により干潮時には完全に干上がってしまうという弱点を持つことにもなった。そのためか築城後に「築切（つっきり）」と呼ばれる土手が外堀手前の入江終端付近に構築され堀の水がせき止められた。築切は全長45m、幅約10m、高さ2-3mの規模であった。満潮時には築切を乗り越えて海水が掘へ流れ込み、干潮時には築切によって水の流れがせき止められ、築切の高さ以下には堀の水面が下がらないようにする仕組みである。これにより堀の水は常時維持されるようになったが舟で外堀に入ることはできなくなった。築切が作られた時期は、1644-1648年に幕府へ提出した「正保城絵図」にも築切の記載があることから、築城二十数年後までには設けられていたと考えられてる。なお、東外堀に面した場所に魚屋の並ぶ上魚屋町があるのは築切が構築される以前に外堀で魚を荷揚げをしたためといわれる。築切は1991年の駅舎建設による内堀埋め立て後も残されていたが、昭和初期に周辺の開発に伴い埋め立てられた。2014年の伏見町の民有地再開発に伴う試掘調査で、地下50cmに築切の石垣が発掘されている。福山市では築城400年を記念して、築切が発掘された周囲一帯の民有地を買い取って公園として整備することを検討している。
入江は外堀と瀬戸内海とを結ぶ運河で外堀の南東端から南東方向に城下を分段するようにほぼ直線で掘られていた。築城当初は外堀に舟で出入りできたといわれ、三の丸には二重櫓を備えた枡型状の船着場（御水門）が設けられていた。城下と三の丸とを繋ぐ橋も北御門を除きすべて木橋が架けられ、舟は橋を潜り外堀の各所を自在に通行できるようになっていた。築城当初の海岸線は城下を出てすぐにあったため当初の入江は全長1.5km程度であったが、城下の干拓が進むにつれ入江も延伸され最終的には全長約4kmになった。福山藩は大規模な船団を保有しており、船の多くは入江の北岸で城下東南端の船入に係留された。入江は福山城の海に対する戦略を担う重要な施設であったが、物流にとっても大きな役割を持ち城下の水上交通の大動脈でもあった。廃城後、入江は明治後期頃に上流から徐々に埋め立てが進み市街地となり2008年現在は福山芸術文化ホール（リーデンローズ）から先が残され福山港となっている。
アンリ2世亡き後に王位に就いたフランソワ2世は病弱で、早くも1560年後半の宮廷では、ノストラダムスの予言を引用しつつ、王が年内に没すると噂されていたという。実際にフランソワ2世はこの年のうちに没し、ノストラダムスの名声は更に高まったようである。このエピソードは、ヴェネツィア大使ミケーレ・スリャーノやトスカナ大使ニッコロ・トルナブオーニらの外交書簡にも記載があるので、史実だったと考えられる。ただし、この噂話についても、かなり尾ひれがついていたという指摘はある。なお、この頃のノストラダムス本人は、王侯貴族などの有力者を相手に占星術師として相談に乗っていたことが、現存する往復書簡からは明らかになっている。事実、1564年に依頼されて作成した、神聖ローマ皇帝マクシミリアン2世の子ルドルフのホロスコープも現存している。こうした予言に対しては、前出のカトリーヌのように心酔していた有力者もいた。彼女の場合、ノストラダムスを世界一の狡猾漢呼ばわりしているスペイン大使ドン・フランセス・デ・アラバの本国宛の書簡にも、その心酔ぶりを揶揄しているくだりを見いだすことができる。しかし他方で、ノストラダムス自身の往復書簡の中では、顧客や出版業者から、予言の曖昧さや冗長さにしばしば苦情も出されていたことが明らかになっている。ときに、フランソワ2世の後を継いだ弟の国王シャルル9世は、フランス各地をまわる大巡幸の一環として、1564年10月17日に母后カトリーヌともどもサロンの街を訪れた。ノストラダムスは国王親子とサロンのランペリ城で会見をした。カトリーヌがモンモランシー公に宛てた書簡で言及しているおかげで、この時の会見内容は例外的に伝わっている。それによればノストラダムスは、モンモランシー公が90歳まで生きること、そしてシャルルも同じだけ長生きすることを予言したという（前者は3年後に公が75歳で没したことで外れ、後者はシャルルが10年後に23歳で没したことで外れた）。他方、ノストラダムスは、国王よりもむしろ随行していた少年に関心を示し、国王親子のいないところで、その少年がいずれフランスの王になると予言し、周囲を当惑させたというエピソードもある。この少年はナヴァル家のアンリで、のちにアンリ4世としてフランス王位に就くことになった。このエピソードが史実かどうかは定かでないが、パリ市民ピエール・ド・レトワルの日記（1589年）にも見出すことができる。さて、大巡幸中のシャルル9世は、その後アルルに逗留した折にノストラダムスを呼び出し、彼に「常任侍医兼顧問」の称号を下賜したようである。なお、これは名誉上のものであり、ノストラダムスが宮廷に出仕したわけではない。また、彼が国王から何らかの称号を賜ったのは、これが唯一である。後にノストラダムスの伝記を書いた秘書のジャン＝エメ・ド・シャヴィニーが「アンリ2世、フランソワ2世、シャルル9世の顧問兼医師」と誇張して紹介していたこともあり、あたかもノストラダムスが一定時期宮廷に出仕していたかの如くに書かれることもあるが、事実に反する。その後のノストラダムスは、痛風もしくはリウマチと思われる症状に苦しめられていたようであり、1565年12月13日付の私信では、リウマチの症状のせいで21日も眠れないと述べている。ただし、後述する『王太后への書簡』が1565年12月22日付なので、少なくともその時点では、手紙を書ける程度に症状が改善していたと推測されている。そして1566年6月には死期を悟ったのか、公証人を呼んで遺言書を作成した。7月1日夜には秘書シャヴィニーに、「夜明けに生きている私を見ることはないだろう」と語ったとされる。ノストラダムスは予兆詩で、自身がベッドと長椅子との間で死ぬことを予言しており、翌朝予言通りにベッドと長椅子の間で倒れているのを発見されたというエピソードが有名である。しかし、ノストラダムスの死と予兆詩を最初に結びつけたシャヴィニーは、彼がベッドと長椅子の間で倒れていたなどとは述べておらず、死んだノストラダムスを最初に確認したとされる長男セザールもそのようなことは語っていない。そもそも、当該の予兆詩は出版当時の文献が残っておらず、同年のイタリア語訳版との対照をもとに、現在知られている詩篇が大幅に改竄されている可能性まで指摘されている。