経済の専門家のあいだでは、拡大EUにおいて共通農業政策は持続可能性がないと考えられている。実際に2004年5月1日に10か国が新たにEUに加盟したことで、共通農業政策関連支出を制限しなければならなくなった。新規加盟国の中で最も大きいポーランドはおよそ200万件の小規模農家を抱えている。この件数はほかの新規加盟国と比べてもはるかに大きいものであるが、これは同時に加盟国が増えることで共通農業政策における補助金の支給額が急増するということも示している。拡大以前においても共通農業政策はEU予算の極めて大きな部分を費やしており、1980年代後半にはその比率が90%を上回ったということもあった。農業従事者の人口比率は小さく、また農業から発生するGDPも相対的に小さいということを考えると、共通農業政策関連支出は過剰であるという見方が広く浸透している。
共通農業政策に対するおもな批判のなかに、制度の理論面や実務面において保護貿易的であるという論調がある。干渉を受けない自由市場は経済資源をより効率的に分配するものであるという考え方があり、これを掲げる立場からするといかなる形態での政府介入を許容するものではない。「人為的に」形成された価格は必然的に生産においてゆがみをもたらすもので、たいていは過剰生産を起こすことになる。共通農業政策において設定された市場を上回る価格で穀物が農家から直接買い上げられ、その莫大な在庫で「穀物の山」ができあがるということがそのことを顕著に示している。補助金制度があるために、本来制度がなければ存続することができない小規模、前時代的、非効率的な農家の経営が維持できるのである。ゆがみのない経済モデルにおいては、市場における価格水準の決定は市場にまかせ、不経済な農業は排除するべきであるという考え方がある。制度が健全化されれば農業に浪費されてきた経済資源を社会基盤整備や教育、医療保障といったより生産的な分野に振り向けることができる。
一部のEU加盟国にはほかの加盟国に比べて農業の比重が大きい国がある。そのような国にはフランスやスペイン、ポルトガルなどがあるが、これらの国は共通農業政策のもとで補助金をより多く受け取っている。このほかの加盟国はEU予算のほかの分野から恩恵を受けている。全体で見ると一部の加盟国については、EUに対する拠出額がEUから受ける財政支出を大きく上回ることになり、とくにその差（純拠出額）が最大であるのはドイツ、1人あたりでの純拠出額が最大であるのはオランダであるが、イギリスやフランスもそのような状況にある。逆にギリシャやアイルランドは1人あたりの受益額（純受益額）が大きくなっている。フランスの国内総生産 (GDP) はイギリスと比べるとわずかに下回っており、その一方で人口はフランスのほうがイギリスより上回っているため1人あたりの収入はイギリスと比べると若干少なくなる。ドイツはフランスやイギリスと比べるとGDPは約25%高いが、1人あたりの収入額は両国とほぼ同じである。EU予算に定められた拠出金を全額支払っており、そのためフランスは他国から補助金を受け取っているといわれることはないが、比較的新しい加盟国はEUから財政支援をわずかしか受け取っていない一方で、フランスはなおも共通農業政策のもとでの最大の純受益者となっている。
一般的には共通農業政策の下で農業生産量は大幅に上昇されてきたと考えられている。同時に化学肥料や農薬が無分別に使用されるなど、生産高を増やすために非環境的な農業がはびこることになり、深刻な環境問題を惹き起こすことになった。ところが2004年に補助金制度が抜本的に転換され、農業政策において環境保護が重視されることになった。これにより脆弱な地域における窒素肥料の使用量が制限されることになった。補助金支給においても厳格な環境保護策が講じられているかということが要件となり、厳しく監視されることになっている。
各種スポーツ大会や学校行事、交通安全運動などに着ぐるみが参加したほか、巨大バルーンマスコット「ふわふわめじろん」も登場した。大分県のPRのため、同県の初代イメージキャラクターであるカボたんと共演したこともある。2006年の年末には、NHK大分放送局の番組でカボたんと共にクイズのパネラーとして参加したこともある（県の職員を加えて3人で参加）。チャレンジ!おおいた国体の大会公式サイトのドメインがめじろんにちなんでmejiron.jpとされ、同大会の募金活動には「めじろん募金」という通称がつけられたほか、大分県庁の来庁スタンプや大分県庁舎別館のシャッターにも描かれている。また日田市の市報にも「めじろん通信」というコーナーがある。「誰もが楽しく踊れる」をキーワードに作られた「めじろんダンス」があり、そのCDやDVDが小中学校・幼稚園や保育所に配布された。また公式サイトで、楽譜、音楽、動画の閲覧・ダウンロードもできる。作詞・作曲は大分県内の小・中学生を対象に公募され、大分市内の小学生の作品が選ばれた。監修は作曲家の河野敦朗、編曲と歌は福岡県のポップスユニットRiZが担当した。2008年までに、ピンズ、携帯ストラップ、ぬいぐるみ、Tシャツやタオルなどの19種類のオフィシャルグッズが大分県・熊本県のデパート、ホテル、スーパーマーケットや道の駅などで販売されたほか、「めじろん豆腐」や「めじろん牛乳」、「めじろんパン」も店頭に並んだ。民間企業のめじろん商品は460種類に上り、オフィシャルグッズと合わせた売上は10億円近くに達した。2007年のテレビ大分の国体応援キャンペーンCMでは、スポンサーが表示される画面で、テレビ大分のキャラクター「トスキー」と共に翼を広げて立つめじろんが登場した。2007年5月23日発売の『anan』で、「最新ゆるキャラ20体」として紹介された。チャレンジ!おおいた国体に合わせて、2008年9月26日から10月13日までの期間限定で、大分市中心部の商店街大分マートの空き区画を利用して大分の特産品を販売したり、名物料理を提供する「めじろん横丁」のイベントが開催された。