ホルモンの分泌形式を内分泌系（endocrine system、または液体調整系）と呼ぶ。これは、ホルモンの分泌は体内（体液中）であることから、汗など体外（消化管等の管腔を含む）に分泌される外分泌（exocrine secretion）と対比する呼び方である。ホルモンを分泌する器官を内分泌器官（endocrine organs）と呼ぶ。ホルモンが生成される部位は数多い。脊髄動物の場合、神経の情報を受けて視床下部・下垂体・副腎髄質などで、細胞の状態から情報を受けて性腺・副腎皮質・甲状腺濾胞細胞・心臓などで、栄養情報から消化管・膵臓・甲状腺濾胞傍細胞・副甲状腺などで作られる。これらのホルモンの貯蔵方式も様々である。ペプチドホルモンやアミンホルモンは分泌顆粒の中に蓄えられ、甲状腺が分泌するホルモンはタンパク質の形で維持される。これらに対しステロイドホルモンでは貯蔵例が発見されていない。分泌されたホルモンは体液を通じて運ばれるが、甲状腺ホルモンはある種のタンパク質と結合した状態で輸送される。ホルモンが作用を発揮する器官をホルモンの標的器官（target organ）、実際に作用を起こす細胞をホルモン標的細胞（target cell）と呼ぶ。ここには、ホルモン分子に特異的に結合する蛋白質であるホルモン受容体（ホルモン・レセプター）が存在する。受容体がホルモンと結合することが、その器官でホルモンの作用が発揮される第一のステップとなる。標的器官が非常に低濃度のホルモンに鋭敏に反応するのは、このホルモン受容体蛋白質が、ホルモン分子とだけ強く結合する性質が基本となっている。アミンやペプチドホルモンといった水溶性ホルモンは細胞膜上の受容体（レセプター）で受容され、細胞膜の構造や機能を変化させたり、生成させた第二メッセンジャーを細胞内部に浸透させて働きを起こす。甲状腺ホルモンやステロイドホルモンといった脂溶性ホルモンはそのまま細胞膜を通過することができ、細胞内（核内）に存在する受容体と結合することにより複合体となって遺伝子情報に制御を加える働きを持ち、特定遺伝子の活動を活発にしたり、伝令RNAの生成を促したりする。甲状腺ホルモンは細胞膜やミトコンドリア上にも結合する部位が見つかっているが、その機能は明らかになっていない。ホルモンによって行われる、ある器官の機能の調節のことを、体液循環を介した調節であることから液性調節と呼ぶ。液性調節は、神経伝達物質を介した神経性調節に比べて、時空間的には厳密なコントロールができない一方、遠く離れた器官に大きな影響を与えることができる、コストのかからない調節であるといえる。また、アドレナリンなど液性調節と神経性調節の両方でシグナル伝達に介在する物質もある。ただしホルモンは神経伝達物質などと物質が共通しているものが多く、また神経伝達物質も必ずしもシナプス内だけで働くものではない。そのため、神経伝達物質や細胞増殖因子とホルモンを特に区別しない場合もある。実際に、ホルモンは他の情報系や標的細胞の様々な要因と密接に関連しながら作用を及ぼす。
長禄4年（寛正元年、1460年）1月1日には鎌倉に派遣されていた駿河守護今川範忠が帰国、4月に政知の陣所である堀越国清寺が成氏方に焼き討ちされる事態にまでなり、政知は堀越御所に場所を移した。成氏討伐どころか自らの命さえ危うい状況であり、政知は使者を京都へ向かわせ幕府と対応を協議、8月に斯波氏の家臣である朝倉孝景・甲斐敏光が派遣され軍事力の目処は立った。しかし、政知が斯波軍の兵力を背景に鎌倉へ移ろうとすると8月22日に義政に制止された。これは幕府が関東の幕府方勢力である上杉氏と堀越府が結びつき、堀越府の自立することを恐れて幕府の統制下で繋ぎ止めようとしたからであり、軍事指揮権も政知ではなく幕府が掌握、政知の頭越しに関東諸侯に命令していたため政知に実権は全く無かった。寛正2年（1461年）8月2日に義政の命令で斯波氏の家督交代が行われ、義敏の子松王丸が出家、代わりに渋川義鏡の子義廉が斯波氏当主となり、10月16日に朝倉孝景・甲斐敏光と共に義政と対面、正式に当主となった。この義政の行動は幕府統制を継続させる代わりに堀越府の軍事力を強化するためであり、政知の執事義鏡が斯波氏当主の父という関係を築き、斯波軍を堀越府の直轄に置こうとする処置からであった。だが、寛正2年から政知の家臣が勝手に鎌倉や相模国人の所領に入部しようとしたり、扇谷上杉家家宰の太田道真が隠居、政知のもう1人の補佐役・上杉教朝が原因不明の自殺を遂げるなど関東幕府方が不穏な動きを見せ始める。翌寛正3年（1462年）に政知が義鏡の讒言を信じ、扇谷上杉家当主の上杉持朝の反逆を義政に通報したため上杉氏内部で政知擁立に異論が出され、政知は持朝の相模守護職を停止させ相模を接収したが、義政が政知に持朝の保護を命令、持朝の重臣三浦時高・千葉実胤らが隠居する騒ぎに発展した。ここに至り義政は自ら調停に乗り出し、持朝ら扇谷上杉家の地位を保障する一方、政争を引き起こした義鏡を堀越府から追放して事態を収拾させた。政知は結果的に自ら鎌倉入りの可能性を閉ざし、義鏡が失脚したため斯波軍の編成も失敗に終わった。以後は上杉政憲（教朝の子）が新たな関東執事として活動、政憲と共に上杉氏など関東諸侯との関係修復に努め、寛正6年（1465年）に成氏が再び攻撃して来た時は政憲を前線の五十子陣へ派遣している。また、義鏡の失脚で斯波氏の合力が期待できなくなったため、代わりに東駿河の国人衆との結びつきを強め、文明3年（1471年）に堀越御所を襲撃した成氏を上杉軍の加勢で撃破、成氏の本拠地古河城を攻め落としたが、翌4年（1472年）に成氏が復帰したため振り出しに戻った。文明8年（1476年）、駿河守護今川義忠が戦死してお家騒動が起こると政憲を駿河へ派遣して扇谷上杉家の家宰太田道灌と共に介入、調停の結果、義忠の従兄弟で政憲の外孫・小鹿範満が義忠の子龍王丸の代理として置かれることになった。この最中に山内上杉家の重臣長尾景春が反乱を起こし（長尾景春の乱）、駿河から帰還した太田道灌が反乱を鎮めている最中に成氏が景春方に味方して参戦、危機に陥った両上杉家は和睦を考えるようになり成氏と幕府との和睦の仲介を約束して成氏と和睦、景春の反乱鎮圧後の文明14年11月27日（1483年1月6日）、成氏と幕府の和睦が成立して享徳の乱は終結した。和睦に至るまで政知は成氏ら古河公方勢力と20余年に渡る抗争を繰り広げたが、幕府は応仁の乱の最中であったため満足な軍事力を付与してもらうことができず、関東一円を制することは叶わなかった。最終的に堀越公方は和睦で伊豆1国のみの支配者となり、政知は和睦を進めた政憲とそれに同調した伊豆国人衆に不満を抱くようになった。