1960年代からナフプリオでも観光が次第に活発化するが、周辺の地域と同様に賑わうまでにはいかなかった。 それでも、とくにドイツやスカンジナヴィア諸国から多くの観光客が訪れた。ナフプリオはギリシャの中でも晴天に恵まれ、気候も温暖であるので、アテネ住民の冬季の日帰り・週末自動車旅行の目的地ともなった。
1821年、オスマン帝国支配下のギリシャで独立戦争が始まった。ナフプリオはオスマン帝国軍の拠点であり、テオドロス・コロコトロニスらの率いるギリシャ軍と、二つの要塞に立て籠もるオスマン帝国軍が衝突した。1年以上にわたる包囲戦が繰り広げられたすえ、オスマン帝国軍は食糧が尽きたために降伏した。ナフプリオがギリシャ軍の手に帰すると、その強固な要塞ゆえに臨時政府の所在地となった。ギリシャ共和国（ギリシャ第一共和政）の初代大統領に推戴されたイオアニス・カポディストリアスは、1828年1月7日ナフプリオに上陸し、はじめてギリシャ本土に足を踏み入れた。1829年、ナフプリオは正式にギリシャの首都と定められている（それ以前はエギナ島が独立派の中心的な拠点であった）。1831年10月9日、カポディストリアス大統領が暗殺されたのもこの町での出来事であった。カポディストリアスは、マヴロミハリス家 (Mavromichalis) の人々によって聖スピリドン教会で暗殺されたのである。カポディストリアス死後の無政府状態は、バイエルン王国の王子オットーがギリシャ王国の国王オソン1世として1833年2月6日にナフプリオに上陸するまで続く。ナフプリオはそのままギリシャ王国の首都となったが、1834年にオソンは首都をアテネに移転した。
中世、この都市は東ローマ帝国、フランク人（十字軍国家）、ヴェネツィア共和国、そしてオスマン帝国によって要塞化された。1212年、第4回十字軍に際してこの町はフランス人たちによって占領され、アカイア公国に組み込まれた。1388年にヴェネツィアに売却され、続く150年間、丘の下の市街地は拡張と要塞化を受け、アクロナウプリオにも新たな防備が加えられた。15世紀後半には港の沖の小島にブルジイ砦 (Bourtzi (Nafplio)) が建設された。1540年、この町はオスマン帝国の軍門に下って名もモラ・イェニシェヒルに改められ、この地域を管轄するサンジャクの首府となった。1685年、ヴェネツィア人たちがこの町を奪回し、旧市街の南にそびえる標高約200mの丘の北麓にパラミディ要塞 (Palamidi) を築いて都市の防衛強化を行った。パラミディ要塞は、「ヴェネツィア海上帝国」が海外に築いた最も大きな建築物である。しかし、パラミディ要塞を守るために常駐したのはわずか80人の兵士であり、この町は1715年オスマン帝国によってたやすく奪い返された。
「百人斬り」についても言及しており、当時の大宅壮一ノンフィクション賞の選考委員全員が「百人斬り競争」は真実でなかったことを認め、作品を絶賛した。平野謙は1973年3月、「私はその克明な追跡ぶりに感嘆し、たとえば、南京虐殺事件の責任者の一人として処刑された向井少尉の無実などについては、一読者として肯定せざるを得なかったまでである」と評価するコメントをしたが、洞富雄が『南京大虐殺 ― 「まぼろし」化工作批判』で同書を批判すると、同年7月、「今度洞富雄の綿密な論文を読むに及んで（中略）一方的に鈴木明の筆力に感心したのは、いささか軽率だったかな」とのコメントもしている。また小田実は、「本多勝一さんが書いた“南京大虐殺”についての記事には、“百人斬り”をした将校のことがでていた。しかし、その百人斬りというような事件は、真実には、それ自体はたしかになかったものにちがいない。鈴木は、それが捏造された記事だということをあかして行くのですが、そこまではいい。ただ、その本を見ていて感じるのは、部分部分のデータを集積して、全体をひとつの方向にもって行くということだな。それがもっともはっきりと出ているのは本の題名で、『「南京大虐殺」のまぼろし』－これはむちゃくちゃな題だと思う。“百人斬りの幻”ということはいってもよい。それをいつのまにかすりかえて、『「南京大虐殺」のまぼろし』としているわけ。これは非常に巧妙なやり方だという気がする。百人斬りがなかったことを、南京虐殺がなかったことにすりかえようとする。そういう意図が感じられるね」とコメントしている。南京大虐殺はなかった、捏造であったとする否定派の主張は、同書に論拠している人が多いともいわれているが、鈴木自身は『「南京大虐殺」のまぼろし』について論じただたもので、「南京大虐殺はまぼろしだった」と主張はしていないとし、「南京大虐殺」の真実については不明と述べている。「虐殺肯定派」の笠原十九司は2002年刊行の『南京事件と日本人』で鈴木を「否定派の中心メンバーである」として批判をおこなっていたが、2007年刊行の『南京事件論争史』では「加害問題としての南京事件を日本軍人（「百人斬り」裁判）の被害の話にすり替え」「日中国交樹立に前後して、日本の侵略・加害の歴史を明らかにするようになった動向に反感を抱かせようとした」ことが「同書の真の狙い」と主張した。一方、南京事件の記述については、同書を引き「南京事件の事実を全面否定するものではなかった」と従前の見解を改め、その上で「のちに「まぼろし説」として南京大虐殺の事実を否定する本として持て囃されるようになる」と解説した。