北海道函館市周辺に14店舗を展開する地場コンビニの株式会社ハセガワストア、北海道根室市内に3店舗を展開する地場コンビニの株式会社タイエーは業務提携もしくは傘下の関係にあり、後述のセイコーマートクラブカードを共通利用できるほか、「ホットシェフ」を取り扱う一部の道内店舗では、ハセガワストアやタイエーの「やきとり弁当」と同一商品が併せて販売されている。北海道スパーからブランドが変わったセイコーフレッシュフーズのハマナスクラブではセコマのプライベートブランドの取り扱いがある。
他店と同様の営業形態では収益が見込めない小規模商圏へは、営業時間の短縮による人件費抑制、店舗運営費の自治体一部負担など低コスト運営を条件に、閉店した地元スーパーを改装した「東滝川店」（滝川市東滝川地区）を皮切りに、「上渚滑店」（紋別市上渚滑地区）、買い物難民対策として自治体からの依頼を受けて出店した「小清水道の駅店」（小清水町浜小清水地区）が、ミニ・セコマと称した地域密着型小規模店舗として2017年（平成29年）中に開店した。
北海道内では最多の店舗数で、2010年（平成22年）10月時点で道内のコンビニの39パーセントにあたる。売上高では以前は道内首位はセブン-イレブンであったが、持株会社化に伴い非公表となったため現在は不明。セブン-イレブンやローソン等の大手チェーンが進出していない道内末端の地方にも積極的に店舗を展開している。宗谷総合振興局管内全域・留萌振興局管内の一部・上川総合振興局管内の一部（日本海側は初山別村以北・内陸は音威子府村以北・オホーツク海側は枝幸町以北）はセイコーマートのみが出店している。2014年11月下旬に赤平市、12月上旬に乙部町、同月下旬に初山別村へ出店することが決定し、北海道スパー（当時 現：ハマナスクラブ）を含めたグループとして道内店舗網は175市町村になり、セイコーマート・ハマナスクラブの出店がない市町村は幌加内町、月形町、浦臼町、神恵内村の4自治体のみとなる。
店舗名は、他のチェーン店のように地名によるもののほか、経営者の名字・屋号・入居している施設名、およびそれらを複合させたものもある。基本的に店舗名の末尾に「店」はつけずに「セイコーマート○○」と呼ぶが、便宜上「店」をつけて呼ぶこともある。2019年（平成31年）2月末現在1202店舗となり、国内のコンビニでは第7位の店舗数（北海道1106店、関東地区96店）。
ウィザーズ・オブ・ザ・コースト社は1990年にピーター・アドキソンによってシアトルに設立され、本部はまだその近くのレントンにある。会社の起源はen:Talislanta第3版やen:The Primal Orderといったロールプレイングゲームだけを出版する会社だった。1992年に発売されたThe Primal Orderはどんなゲームにでも使えるサプリメントとしてデザインされ、en:Palladium Booksのゲームシステムの法的な問題を参照の訴えを引き起こした。訴訟は1993年に解決され、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはPalladiumに非公開の金額を支払い、Palladiumの製品に今後言及しないことで同意した。1990年、リチャード・ガーフィールドがウィザーズ・オブ・ザ・コーストにen:RoboRallyという新しいボードゲームのアイデアを提案したが、しかしウィザーズ・オブ・ザ・コーストはゲームのプロデュースが高すぎる金額になると予測して却下された。その代わりに、アドキソンはガーフィールドに携帯できてすぐに遊べるゲームを発明することができないかと提案し、ガーフィールドはそれに同意した。アドキソンはリチャード・ガーフィールドのトレーディングカードゲームコンセプトをディベロップするために新しい会社Garfield Gamesを立ち上げ、できあがったオリジナルの作品はManaclashと呼ばれた。これはPalladiumとの法廷闘争からゲームを保護し保有して、Garfield Gamesは裁判が解決されるまでウィザーズ・オブ・ザ・コーストに製造販売権を供与して、その時点でshell companyがシャットダウンされた。ウィザーズ・オブ・ザ・コーストは1993年7月、ダラスの オリジン・ゲーム・フェアでマジック:ザ・ギャザリングをデビューさせた。1993年8月のGen Conで、このゲームは非常に高い人気を証明し、250万枚のカードの供給を売り切り、これは年末まで予定が続いていた。「マジック」の成功は1993年に生成された収益で、アドキソンの最初の事務所の一握りの従業員だったころから、1995年には本部に250人の従業員とオフィスを構えるまでになった。1994年、「マジック」はMensaの上位5つの心のゲーム賞を受賞し、またオリジン賞のBest Fantasy or Science Fiction Board game of 1993とBest Graphic Presentation of a Board game of 1993を受賞した。1994年、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストは「マジック」ブランドのライセンスのために、ライセンスとコンサルティングの機関en:The Beanstalk Groupを始めた。「マジック」の成功の後、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストは1994年にen:RoboRallyを出版し、まもなく1994年のオリジン賞でBest Fantasy or Science Fiction Board GameとBest Graphic Presentation of a Board Gameを受賞した。1994年、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはまたen:Nightfall Gamesからen:SLA Industriesを買い、さらにen:White Wolf, Inc.からen:Ars Magicaを買い、自社のロールプレイングゲームのラインアップを拡張した。1995年、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはリチャード・ガーフィールドによる別のカードゲームen:The Great Dalmutiを出版し、1995年のmensaBest New Mind Game賞を受賞した。1995年8月、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはen:Everwayを発売した4ヶ月後に自社のロールプレイングゲーム製品ラインを閉鎖した。アドキソンは、会社がサポートの欠如とゲームにひどい仕打ちをしていたことがウィザーズのロールプレイングゲーム製品のすべてにお金を失っていたと説明した。また1995年、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストの年間の売り上げは6500万ドルに達した。