いわゆる騎乗用のペットで、通常より速く移動できる。初期のペロはクエストによって入手でき、各種ダンジョンに存在するレイドモンスターを慰労することでより高性能のペロを入手できる。敵のダメージを一定以上受けると騎乗状態が解除される。ペロには速度、体力、召喚の3種類の能力が設定されていて、数値が高いほどより速く、より敵の攻撃に耐え、より早く召喚可能になる。これらの数値はペロに料理を与えることで成長させることができ(高性能の料理ほど成長しやすい)、ペロによって限界値も決まっている。そのため、序盤で入手できるペロでも成長限界が高い晩成型が存在している。また、ペロには幸福度のパラメータがあり、騎乗中の時間経過で減衰し、この数値が一定以下になると速度が低下する。幸福度の回復にも料理が必要である。ペロには有料で購入、または有料のクジの景品で獲得する課金ペロ、ギルド戦でチャンピオンギルドになるとメンバーに支給される専用ペロ、公認ネットカフェでプレイする際に使用できるもの、特定のキャンペーンでの当選者やコンテスト入賞者にのみ配布されたものなどが存在する。これらは通常のペロより高性能であり、なおかつ幸福度が存在せず料理の必要もない。
アニマが召喚できる巨人で、クエストを進行することで召喚が可能になる。強力な範囲攻撃や高性能の強化スキルなどを持ち、アニマのレベルに応じてガイガスも成長していく。全種族共通のジェロムと各種族専用の種族ガイガスなど、複数種類が存在する。召喚にはガイガスゲージを最大値にする必要があり、敵を倒すことでゲージが蓄積していく。また、ガイガスには共鳴度というパラメータがあり、召喚後にこの数値が減衰し、0になると召喚が解除される。マップによってガイガス共鳴の状態が設定されていて、不可能(召喚不可)、低い(共鳴度の減衰が早い)、普通(共鳴度の減衰が遅い)などがある。
敵を説得して消滅させることができる。消滅時に栽培に利用できる種を入手できる。敵レベルが高いほど要求される慰労等級も高くなる。また、レイドモンスターと呼ばれる一部の敵は慰労することでペロ(騎乗ペット)として使役するためのアイテムを入手できる。
ある日、高校1年生の少女・源内あおの家に宅配便で小包が届く。父親からの高校入学祝いだと思って開けてみると、中にはFAガール「轟雷」が入っていた。あおがただの玩具だと思って触っていると轟雷は突然起動し、意思を持って話し始める。あおは直後にファクトリーアドバンス社（以下、タイトル表記を除きFA社と略す）から送られてきた轟雷と同じFAガールのスティレットとバーゼラルドから、轟雷たちがFA社から送られた最新型のFAガールであること、手違いであおの家に届けられた轟雷が世界で唯一起動した素体であること、あおがFA社の商品モニターに選ばれ、轟雷とともに生活して感情を学習させたり、バトルをさせたりしてそのデータをFA社にフィードバックすることでアルバイト代が入ることを告げられる。その後、バトルデータ収集のために送られてきたマテリア姉妹、迅雷、アーキテクトも合流して賑やかに暮らしていたあおの家に、突如として轟雷たちとは別規格の最新鋭FAガール「フレズヴェルク」が来襲する。最強を自負する彼女は轟雷に初めての敗北を味合わせて悠々と立ち去り、轟雷は初めて「悔しい」という感情を理解し、パワーアップを望む。あおも彼女の期待に応えるために、これまで全く知らなかったFAガールとプラモデルの知識を身につけようと決意し、その思いをFA社に伝える。その直後に届けられた轟雷用の改造パーツをあおは独力で組み立て、轟雷は「轟雷改」へとパワーアップし、フレズヴェルクとの再戦に備える。一方で、FAガールたちとあおの日々の思い出も深まっていき、彼女らが同じ夢を見るほどになる。そして冬のある日、フレズヴェルクが再度あおの家を訪れ、あおを人質にとって轟雷に再戦を要求する。それによって轟雷は初めて「怒り」に目覚め、フレズヴェルクと互角の戦いを繰り広げる。激戦の末にブレーカーが落ちたことによるバトルシステムの緊急停止で勝負は引き分け（無効試合）に終わったが、フレズヴェルクは「次に轟雷が負ければあおの家でのデータ収集は中止、FAガール全員がFA社に回収される」と言い残して去っていく。その言葉を聞いた轟雷はあおを大切に思うあまりに不安に囚われ、あおのことを過剰に心配するようになる。あおは傍若無人なフレズヴェルクの物言いの真意を問うためにFA社に出向いてフレズヴェルクから直接話を聞き、フレズヴェルクがバトルが大好きで、バトルに対してはとても真摯で真剣なことを知り、孤独を自称しているが実は仲間を欲しているのではないかと考える。そして轟雷も、あおの気持ちを聞き、自分の気持ちを素直に表現することで不安を乗り越える。数日後、轟雷はあおたちの思いとともに、あおの家に現れたフレズヴェルクの強化版・フレズヴェルク＝アーテルとのバトルセッションに臨む。フレズヴェルクは圧倒的なパワーを発揮するが、バトルを観戦するあおはフレズヴェルクにバトルを楽しんでいる雰囲気がないと感じる。あおが感じていたとおり、フレズヴェルクのASは強化プログラムによって支配されており、やがてプログラムの負荷に耐え切れなくなって暴走状態に陥る。轟雷は他のFAガールのパーツと力を借りることでフレズヴェルクに勝利し、彼女を正気に戻す事に成功するが、バトル終了直後にFA社に回収されてしまう。しかし、これは数々のバトルで若干の不具合が生じた轟雷の素体のメンテナンスのためであり、轟雷はすぐにあおの家へと帰還する。FA社はあおに対してフレズヴェルクの一件を謝罪し、今後はバトル機能を優先するよりもFAガールそれぞれのASを尊重するように方針を転換することを約束。あおの家にはバトルに対応した大容量のブレーカーがFA社によって設置され、あおは引き続き轟雷のマスターとFAガールのモニターを担当することとなる。クリスマス・イヴの日、新たに居候となったフレズヴェルクの歓迎会も兼ねたパーティーを楽しんだ後、轟雷はあおからクリスマスプレゼントとして「源内」の名字を貰い、「源内 轟雷」を名乗る。その姿に人間とFAガールの理想の関係を見出した他のFAガールは、轟雷にとってのあおのような自分だけの特別な存在を探すために旅に出ることを決意。FAガール全員で別れのライブを開いた後、あおと轟雷に見送られて旅立つ。その頃、FA社では新たなFAガールが誕生しようとしていた。