修道院には修道院長や高位の聖職者を除いて、100人の修道士が所属していた。60人は宗教改革時にカトリックを放棄したといわれる。1542年の記録によれば、施しの分を含めた修道院の収入と蓄えには多額の現金の他、大麦、小麦などの穀物類、家禽類、バター、酒類などが含まれていた。これらは宗教改革期の1561年に放棄され、王家または貴族の手に渡った。その大部分はバクルー公に接収された。スコットランド王ジェームズ5世の私生児でメルローズの最後の修道院長ジェームズ・スチュアートは1559年にこの世を去り、また最後の修道士は1590年に亡くなった。1610年には修道院の一部が近隣教区の教会に改造され、建物の十字型中心部にあった元の波模様のアーチは簡素なアーチで覆われた。その後、イングランド内戦時にオリバー・クロムウェルの軍勢が撃ち込んだ大砲の砲弾が、修道院の受けた最後の攻撃となった。この砲弾による傷跡は、今も修道院の壁に刻まれたままである。改造された教会は、1810年に別の教会が町に新築されるまで使用された。
7世紀、現在のメルローズ修道院より東へおよそ3キロメートル離れた古代メルローズの町に聖エイデン (Saint Aidan) を祀る修道院が建てられていた。839年、スコットランド王ケネス1世によってこの修道院は破壊されたが、蛇行するツイード川の曲線にはさまれる形で残された墓地がそこに修道院があったことを示している。この修道院には、後にノーサンブリアのリンディスファーン島で司教となる聖カスバート (Saint Cuthbert) もいた。デイヴィッド1世が同じ場所に修道院を再建することを望んだのに対し、シトー会の修道士らは元の土地は農作に向かないとして、現在の場所に新たな修道院を建築するよう主張した。10年の歳月をかけて建設された教会は、1146年7月28日の東側部分の完成をもって、他のシトー会の修道院と同様聖母マリアに捧げられ、スコットランド修道会の母教会に据えられた。修道院の他の部分はその後、50年間にわたって増築された。メルローズ修道院は創建時より広範な特権と財産を有していた。発願者であるデイヴィッド1世からは修道院に対し、メルローズと周辺地域の土地やツイード川の漁業権などが与えられ、以降もその財を拡大し続けた。メルローズ修道院の周りには、徐々に町が形成されていった。修道院は、イングランドとの度重なる戦火に巻き込まれた。イングランド王エドワード1世の2度にわたる攻撃（1300年、1307年）に続き、1322年には同エドワード2世軍によってほぼ全壊させられた後、スコットランド王ロバート1世の支援によって再興された。1385年にはイングランド王リチャード2世軍が放った火により、修道院はまたも激しく損壊した。この戦いでスコットランド王ロバート2世はエディンバラまで後退を余儀なくされている。一方、リチャード2世は自らの軍が与えた損傷に対する補償を1389年に提供している。このときの修復工事は100年にも及び、ジェームズ4世が1504年に修道院を訪ねた際も未だ続行中であった。1544年、イングランド軍がまだ幼いスコットランド女王メアリーをイングランド王ヘンリー8世の皇太子（後のエドワード6世）に嫁がせようとスコットランドに侵攻し、修道院は決定的な損傷を受けた。これ以後、メルローズ修道院は完全に修復されることなく、次第に機能を失っていった。
ルイ13世はリシュリュー枢機卿を1624年に首席国務卿（宰相）に登用した。以降、彼がルイ13世の治世で大きな役割を果たし、その後18年間にわたりフランスのかじ取りを行っていくことになる。リシュリューの業績によってルイ13世は絶対君主の最初の一人となる。ただし、王妃の不貞などのストレスから若はげとなり、22歳でかつらを着用し、ヨーロッパにかつらを普及させたことでも有名である。ルイ13世とリシュリューは懸案だったユグノー討伐に乗り出した。1628年、14ヵ月の包囲戦の末にユグノーの本拠ラ・ロシェルを陥落させ（ラ・ロシェル包囲戦）、ラ・ロシェル和議によりアンリ4世によって与えられたユグノーに対する政治的、軍事的特権を撤廃させた（信仰の自由は許容されている）。1630年にリシュリューに不満を持った国璽尚書ミシェル・ド・マリヤックら一部貴族が母后マリーと結んでリシュリュー排斥のクーデターを企てた。ルイ13世も一旦はリシュリュー罷免に同意したものの、翌日には態度を翻してしまう（「欺かれし者の日」）。クーデターはリシュリューが勝利してマリヤックは罷免、母后マリーは再び追放され、ブリュッセルへ亡命した。1635年、フランスは三十年戦争にプロテスタント側で介入し、国王自ら軍を率いてスペイン軍と戦火を交える。だが、戦争によって重税が課されて民は困窮し、民衆蜂起が各地で起こっている。1638年に王妃アンヌ・ドートリッシュが24年の結婚生活の末に王位継承者である待望の男子（後のルイ14世）を生んだ。ルイ13世とリシュリューの下、アンタンダン（地方監察官）の設置により貴族の規律を保って国王集権化を強化し、加えてル・アーヴル港を近代化させ、強力な海軍を構築した。不運なことに、国王とリシュリューには切実に必要とされる行政（特にフランスの税制）を改革する時間的、そして情勢的余裕は残されていなかった。国外では、ルイ13世は北アメリカ大陸のヌーベルフランスの開発と行政を組織し、植民地をケベックからモントリオールへと、セントローレンス川の西方にまで拡大させている。また1640年にフランス領と宣言された島（レユニオン）を1642年に「ブルボン島」と命名した。文化面ではルイ13世は、フランスの有望な芸術家が国を離れてイタリアで学び、仕事をする風潮を変えさせるよう努力をしている。そのため、彼は画家のニコラ・プッサンとフィリップ・ド・シャンパーニュにルーヴル宮を装飾させる任に就かせている。また、『アマリリス』を作曲したとされている。1642年12月にリシュリューが死去する。その5ヶ月後の1643年5月14日にルイ13世もルーヴル宮において41歳で崩御した。その後をわずか4歳のルイ14世が継ぐことになる。