シュタイナー独自の心身観・病気観に基づくシュタイナー医学では、ワクチン接種を推奨しない。保護者・関係者にシュタイナー信望者の多いシュタイナー学校では、生徒のワクチン接種率が低い。そのため欧米では、シュタイナー学校が感染症・麻疹（はしか）流行のアウトブレイクの端緒になった例が見られ、麻疹のアウトブレイクの頻度は増加している。
ヨーロッパでは、ナチスのホロコーストの記憶の風化を防ごうと、様々な取り組みがなされた。その中でシュタイナーの思想やシュタイナー教育も検討の対象になり、シュタイナーの思想には今日的に見て人種主義の教義があるという批判が起こり、ドイツやスイス、イギリスでヴァルドルフ学校も批判の対象となった。
日本で学校法人として認定されているシュタイナー学校はわずかであり、その他の全日制のシュタイナー学校（フリースクール）に義務教育期間中に通う場合、公的な学校と認められていないため、もともと通っていた学校に籍をおいたままシュタイナー学校に通う二重籍の状態になる。これはシュタイナー学校特有の問題ではなく、日本のフリースクール全般の問題である。
シュタイナー学校が世界中で増加するにつれて、一部の国では公教育体制そのものの理念と軋轢を起こす事態も起こっている。アメリカでは近年、従来の私立学校だけでなく、公的資金を獲得したチャーター・スクール型のシュタイナースクール（ウォルドルフ・チャーター・スクール）が相次いで設立されており、特に南西部に多い（2006年時点でカリフォルニアに10校、アリゾナに3校ある）。チャーター・スクールはアウトプットによって契約（チャーター）更新が判断されるが、池内耕作はウォルドルフ・チャーター・スクールは年次報告書を見る限り、更新に十分な学力的成果が上がっており、人間形成という意味では検証はこれからだが、学校ゆかりの著名な有識者たちがその成果を公けに認めていると述べている。1998年に反シュタイナー学校団体 PLANS（People for Legal and Non − sectarian Schools）、カリフォルニア州・サクラメント市統合学区およびツイン・リッジス小学校区によって、カリフォルニア東部地裁に一連のウォルドルフ・チャーター・スクールを相手取る訴状が提出された。その主張は池内耕作によると次のとおりである。「一連のウォルドルフ・チャーター・スクールがよってたつところの原理は、創立者シュタイナーの思想体系である人智学（アントロポゾフィー）であり、この人智学とはつまるところオカルト思想に他ならず、故にこの学校は宗派立学校（Religious Schools）である。したがってウォルドルフ・チャーター・スクールに公費を拠出し、その運営に資する被告の行為は、カリフォルニア州憲法第9条および16条、並びに合衆国憲法修正第1条及び14条に、違反する。」この裁判では、特定の世界観を有する学校に対して、チャーター・スクール政策という営為を通じて公費を出すことの正当性、そしてアメリカの公教育原理の中核である「中立性」の原則の運用の在り方そのものが問われた。2005年に行なわれた審理の結果、裁判所はこの案件を棄却した 。2010年に不服申立てのあと、再審に差し戻され、以下のように結論された。「人智学（アントロポゾフィー）は宗教あるいは哲学的信条に関わりなく誰もが用いることができる学習方法であることを、証拠は示唆している。換言すると、人智学は宗教教義あるいは一連の信条というより、方法論あるいはアプローチの類である。」
ピノチェトは、大統領を辞任した後も、陸軍総司令官として隠然たる影響力を保持していた。1998年に陸軍を退役した後には、大統領経験者がその職に就くことができる終身上院議員に就任した。しかし、1998年に病気療養のために渡ったイギリスで、スペインの司法当局バルタサール・ガルソン判事の要請（チリ在住のスペイン人に対する弾圧の罪で）を受ける形でジャック・ストロー内相（当時）が拘束を指揮、逮捕した。拘束をめぐっては、国家元首を他国が裁くことの是非、チリとの外交関係悪化をめぐって論議が起こったが、イギリス政府は2000年3月2日、最終的に病気で裁判に出るのは無理だと診断されたためチリ帰国を認めた。2000年には、チリの市民団体がピノチェトを告発し、事件を担当するサンティアゴ高裁のフアン・グスマン判事は、2000年12月1日にピノチェトを殺人及び誘拐罪で起訴。しかし、12月11日にチリの高裁が、12月20日には最高裁が、ピノチェトに対する精神鑑定が行われていないことを理由に、起訴を一旦無効とした。翌2001年1月29日に、グスマン判事はピノチェトに対する精神鑑定と事情聴取を行った上で、再起訴に踏み切った。しかし、2001年7月1日、サンティアゴ高裁は「ピノチェトは痴呆で裁判を受けられない」としてこれを却下し、翌月には最高裁もこの判断を支持した。しかし、アメリカ合衆国のテレビ局のインタビューなどに答えていたことなどから、痴呆というのは偽ではないかという声が高まり、2004年8月には最高裁に免責特権を剥奪された。2004年12月、サンティアゴ控訴裁は、左派の活動家に対する誘拐・殺人の罪でピノチェトを告発したが、2005年9月には、チリ最高裁は、最終的にピノチェトの健康状態から裁判に耐えられないとして罪状を棄却した。しかし、ピノチェトには在任中の2700万ドルと言われる不正蓄財の容疑でも捜査が進められ、妻と息子が逮捕され（妻は高齢のためその後保釈）、2005年10月にはピノチェトと家族の全ての資産が差し押さえられた。又、2006年10月25日には、中国香港特別行政区の銀行に9tもの金塊を所有している事が明らかになった。しかしながら、2007年10月26日、サンティアゴ高裁は、嫌疑不十分でピノチェトの妻子とその側近らの立件を断念するとともに、身柄の拘束も解く事になった。