2004年3月の総統選挙で再選（ただし同日実施された中国にミサイル撤去を求める住民投票は不成立）した陳水扁は、当初対中融和路線をとり、10月に1992年香港会談に言及して中国に対話を呼び掛けた。しかし中国側はこれを拒否し、2005年3月14日、第10期全国人民代表大会第3回大会で、台湾独立に対して「非平和的手段」を取ることを定めた反国家分裂法を採択、直ちに施行した。。中国は民進党政権との対話を拒否する一方で、国民党など野党との対話路線を推し進めた。まず、反国家分裂法制定からまもない2005年4月、北京で胡錦濤共産党総書記と連戦国民党主席の60年ぶりの国共トップ会談を行い、平和協定締結の促進などに合意、台湾へのパンダ贈呈も約束した。胡錦濤は宋楚瑜親民党主席とも会談した。さらに、2006年4月から国共両首脳陣が経済政策を定期的に協議する両岸経済貿易文化フォーラムを発足。政治的緊張とは裏腹に、台湾企業の中国大陸進出は飛躍的に増加し、2005年春節には中台直行チャーター便が史上初めて就航。10月には台湾での人民元両替が認可された。中国に無視された陳水扁は2006年2月27日、国家統一綱領の適用終了、国家統一委員会の活動停止を宣言するとともに、台湾正名運動を再発動し、中正国際空港、中華郵政、中国石油、中国造船の相次ぐ改名を断行した。しかし、陳水扁らの金銭スキャンダルが相次ぎ、民進党の支持は急低下。間もなく下野を余儀なくされた。
中国は、2000年3月の台湾総統選挙を控え、台湾側が統一交渉を無期限に拒否した場合には武力行使をするとの「台湾白書」で牽制したが、台湾独立綱領をもつ民進党の陳水扁が当選、史上初の政権交代が起きた。ただ陳水扁総統は同年5月の就任演説で、在任中に台湾独立宣言しないなどの穏健的現実路線を表明（五つのノー）。2001年、2002年の新年談話でも将来的な「政治統合」にも言及し、中国当局に対話を呼び掛けた。しかし、中国最高指導者の江沢民は“陳水扁政権相手にせず”の方針を堅持、陳水扁の党主席兼任が決まった民進党大会の日にあわせてナウルと国交を結び、台湾との国交を断絶させた。それから間もなく、陳水扁は中台関係を一辺一国と位置づける見解を発表、台湾独立を問う住民投票実施の検討に言及した。さらに、SARS流行に際して中国が台湾の世界保健機関 (WHO) 加盟に反対の態度を変えなかったことに対する台湾人の反発が強まり、「脱中国化」を目指す台湾正名運動が公然化。2003年9月には「TAIWAN」を付記した中華民国パスポートの発行に踏み切った。
李登輝再選後、中国は露骨な軍事的威嚇をひとまずやめ、台湾の後ろ盾である米国との関係改善に意を注いだ。1997年10月に江沢民の公式訪米が実現、1998年6月にはクリントン大統領から台湾独立、一中一台、台湾の国連等加盟に対する不支持（三つのノー）を引き出すことに成功した（ただし口頭の発言であり、公式文書化されてはいない）。さらに江八点に基づく統一交渉を再び呼び掛け、1998年10月に第二次辜汪会談が開かれたものの実質的な関係進展はみられなかった。中国の攻勢に危機感を強めた李登輝は、後に民進党主席となる蔡英文らとともに中台関係の法的位置づけの見直しに着手し、1999年7月、ドイツの放送局ドイチェ・ヴェレのインタビューで「台湾と中国は特殊な国と国の関係」と表明した（二国論）。中国はこれを徹底批判し、汪道涵・海協会会長の訪台キャンセルや軍事威嚇（戦闘機の台湾接近）で対抗した。中台間の緊迫は台湾大地震の発生でひとまずやみ、李登輝政権も中台緊張を危惧する国際世論に配慮して二国論に基づく憲法改正に踏み込まなかった。
1995年5月、李登輝が初訪米し、母校コーネル大学で「台湾に存在する中華民国（中華民国在台湾）」をアピールしたことに対し、中国が猛烈な李登輝非難キャンペーンを展開した。中国は同年7月から8月にかけて台湾近海を標的とするミサイル演習を繰り返し、同年末の台湾立法委員選挙前にも大規模な三軍上陸演習を実施。1996年3月に予定されていた中華民国総統の初の直接選挙の直前にも大規模な軍事演習計画を発表し、中台間の緊張が極度に高まった。しかしアメリカが空母2隻を中心とする機動部隊を台湾海峡に派遣したため、中国軍は演習規模の大幅な縮小を余儀なくされ、李登輝が対中感情の悪化した台湾世論の圧倒的支持で当選した。
紀伊半島の東部、熊野川河口部左岸に位置する港湾で、熊野灘に面している。熊野川の右岸は和歌山県新宮市となるため、三重県最南端の港湾である。かつては、熊野川に面した河口港であったが、水害により繰り返し被災したため、1970年代の改修で港口部が海側に変更された。古くは熊野水軍の本拠地として栄え、江戸時代の文化年間には約1.2kmの石堤が築造された。1874年に河口と港の修築工事が行われたが、1889年8月の十津川大水害で全施設が流出した。その後、水面貯木場（59,400m2）の整備が行われ、同1889年に第1期工事、1903年に第2期工事に着手、熊野川流域で産出される木材の積出港として整備された。1903年に運河の開削、1942年から1953年にかけて導流堤（L=820m）が整備されたが、同年9月の昭和28年台風第13号により土砂が流入、1959年9月の伊勢湾台風まで相次いで被災し、港湾の機能は大幅に低下した。1971年以降、北側に屈曲していた熊野川河口部の流路を直線化、港口部を海側に変更する大規模な改修事業を行い、1977年11月には改修によって生じた造成地（110,000m2）を紀州製紙に譲受、紀州製紙紀州工場（現在の北越コーポレーション紀州工場）の用地となった。1980年2月に荷役設備が完成、以降は製紙工場の原料となる木材チップ、重油、化学薬品の移入、製品となる紙・パルプの移出が貨物取扱の中心品目となっている。2015年度の発着数は1,294隻（270,489総トン）、うち外国商船12隻（5,988総トン）である。