この時代の軍艦の食生活は、かなり劣悪なものであった。食品保存技術も発達しておらず、また、気候が違う南方への航海などでは、食料も水も腐敗した。ビールは気が抜けて、酸っぱくなってしまい、チーズは固くなった。チーズが軟らかい時は蛆がわいていた。また、パンは堅パンでかなり固かったが、この堅パンにも蛆がわくことが多かった。これは商船の航海でも同じであった。他に塩漬けの肉なども積み込まれていたが、新鮮な肉を手に入れるため、船の中のマンガー（manger、船首部の水よけ仕切り）内部で牛や豚を、積み込まれたボートの中などで家禽（ニワトリ、ガチョウ）を飼育していた、ただし卵を食べられるのは士官に限られていた。パンやチーズ、飲料水は船底に積まれた。食品を出してくるのは司厨長の仕事だった。イギリスの海軍の場合、17世紀から19世紀までは、軍艦1人当たりで、1日当たり1ポンド（454グラム）の堅パン、1ガロン（4.54リットル）のビール、1日おきに塩漬け豚肉か牛肉、1週間につき2パイントのエンドウ豆のスープ（1.14リットル）、3パイント（1.71リットル）のオートミール、8オンス（226.8グラム）のバター、1ポンドのチーズが支給された。南方航路では、ビールの代わりに、保存が利くワインかブランデー、またはラム酒が積み込まれた。オートミールやバターの代用として、米やオリーブ・オイルの時もあった。入港中は生肉が支給されたが、新鮮な野菜が支給されるようになったのは、18世紀も終わりになってからだった。また、量としてはほぼ十分なものであった。ただし質の面では、防腐剤は塩に限られていたため、腐敗を止めるのには限度があった。現代の感覚からすれば、食欲が起こらないような薄い粥やシチュー、オートミールまたは豆のスープなどで、砂糖や酢で味付けされたものもあった。1586年、サー・フランシス･ドレークのカディス湾遠征では、食事が原因で遠征が中止された。兵士からこのような抗議の声が出ていた。マーチャウント艦長に要求する。艦長の名に恥じないよう、われわれを人間として扱い、食料不足でひもじい思いをさせるな。その支給があまりに少ないので、もはや生き延びていくことができない。夕食は4人に2分の1ポンドの牛肉一切れが支給されているだけだ。1週間のうち、4日は半身の干し魚があるだけで、そのほかに何もない。そのうえ、ポンプ水よりも悪い水を飲まされている。われわれは女王陛下徴発隊に連れてこられ、陛下のために働いているが、ここではそのように扱われていない。お前は、われわれの長ではなく、人でなしだ食事の質の悪さもさることながら、食料補給に関する不正もあった。1665年 - 1667年の第2次英蘭戦争では、兵士は、支給証明書の片券を、毎週、または5日ごとに食料供給業者の元に持って行って、手に入るものを食べていたが、実は、検査官と業者は、本艦の事務長と示し合わせて、支給分をごまかしていた。また食事そのものが、発育不良の小麦の黒パンと、水のようなビールを少しという有様で、余りのひどさに、乗員の間ではこう言われた。2ペック（9.09リットル）の大麦を刈り取って来て、それをロンドン橋からテムズ河口のグレープズエンドまで船外につるし、洗ったり泳がしたりしてみよう。その後で、それを引き上げてみれば、いままで飲んだこともないようなうまーいビールが飲める
子どもの頃、ジェイコブ・ポートマンは、祖父エイブラハムから、ミス・ペレグリンという女性が運営する「奇妙なこどもたち」向けの施設で暮らしていた話を聞かされていた。成長したジェイコブは祖父の話を疑うようになるが、ある日祖父の元を訪れた彼は、瀕死の怪我を負ったエイブラハムと、自分にしか見えない人の形をした奇妙な生き物を目撃する。エイブラハムはジェイコブに「オールド・マンズ墓地の反対側にある1940年9月のループで鳥を見つけ、そこで彼らに何が起こったか説明しろ」と言い残す。ジェイコブの「見えない怪物」に関する話を信用する人はおらず、彼は正気ではないと思われる。ジェイコブの両親は息子を精神科医のゴランの元へ連れて行くが、ゴランはジェイコブに、祖父の話す孤児院があるウェールズへ向かうよう勧める。ウェールズへ向かったジェイコブは荒れ果てた家を見つけ、この家について、ケインホルム博物館の職員など地元の人々に聞いて回る。孤児院のあった場所をもう1度探しに行ったジェイコブは、謎の少女・エマに出会い、彼女についていく。ふたりは湿地に辿り着くが、ジェイコブはここでインやそこに住む人々がとても変わっていることに気付く。インではジェイコブが呑兵衛の宿泊客に追い回され、エマと透明人間ミラードが彼を助けてミス・ペレグリンの孤児院へ逃げ込む。ジェイコブはここでクレアやブロンウィンなど「奇妙なこどもたち」と出会い、エマとミラードからここが同じ日を繰り返すタイム・ループだと教えられる。孤児院の主ミス・ペレグリンはタイム・ループを作ることができるインブリンという種族で、ジェイコブにホローガストが孤児院の脅威になっていると教える。人の形をし、触手のような口を持つその姿は、エイブラハムを殺した怪物の姿にそっくりだった。彼女は更に、ホローガストはシベリアのツンドラで行われ失敗した不死化実験の産物だと教え、ジェイコブには祖父同様にホローガストを見る能力があることを伝える。ジェイコブは奇妙な子供たちが、仲間を喜ばせるために自分の力を使っていることに気付く。無生物に一時の生命を吹き込むことができるイーノックから、彼は物語の開始以前にホローガストに殺され、寝室に安置されているヴィクターの遺体を見せられる。ホローガストから進化したワイトと呼ばれる種族は、奇妙なこどもたちの能力を貪るように欲しがっていた。ジェイコブ・エマ・ブロンウィン・イーノック・ミラードは、蓋のない氷の棺に死んだマーティンが安置されている氷の家へ向かう。ここで、イーノックが羊の心臓を使ってマーティンを生き返らせ、彼がワイトに殺されたことを聞き出す。すると彼らの背後にワイトが現れ、その正体がジェイコブの精神科医ゴランだったことが分かる。ジェイコブは、自分や仲間のこどもたちをゴランから無事に逃がすため、タイム・ループに留まることを決意する。彼らはエイブラハムを殺したホローであるマルサスの行方を追う。ジェイコブはエマを初めとした奇妙なこどもたちを引き離してから、庭園はさみを使って何とかホローを仕留めるが、彼らが孤児院に戻った時には、ゴランがミス・ペレグリンを誘拐して去っていた。ゴランはこどもたちに、ミス・ペレグリンを助けようとは思うなと警告する。しかしジェイコブやこどもたちは、彼がはったりをかましているだけだと確信し、ゴランを追うことに決める。灯台の近くでこどもたちに見つけられたゴランは、ミラードを撃つが怪我をさせるだけに終わる。こどもたちはまた、鳥の姿でかごに捕らわれているミス・ペレグリンとミス・アヴォセット（別のインブリン）を見つける。ジェイコブとエマに追い詰められたゴランは、鳥かごを海へ投げ落とすが、ジェイコブに撃たれて暗闇へ落ちていく。ふたりは海に落ちた鳥かごを追って、Uボートを見つける。彼らは鳥かごを取り返し、ミス・ペレグリンの救出には成功するが、ミス・アヴォセットはワイトに捕らえられUボートで連れ去られていく。またジェイコブとこどもたちは、ミス・ペレグリンが人間の姿に戻れないことに気付く。こどもたちが帰ってくると、孤児院は無残に壊されており、ワイトの後を追ってミス・ペレグリンを助ける手立てを見出す必要があると分かる。ジェイコブは父親に別れを告げるために1度現代に戻るが、仕事が終わったら必ず戻ってくると約束する。ジェイコブとこどもたちは、怪物たちを追うために船で出港するのだった。