ファンタシースターシリーズは『ファンタシースターオンライン』以降オンラインゲームとして発展した一方、オンラインゲームを苦手とするファンもいたため、「オンラインゲームではない新しいファンタシースターシリーズを創り出す」という目的で本作は開発され、一人遊び用のストーリーモードに重きが置かれた。また、近くにいる友人たちと声を掛け合って遊ぶことができるようにするため、アドホックプレイにも対応した。酒井智史をはじめとするファンタシースターシリーズのスタッフたちは『ファンタシースターオンライン2』の開発・運営で手いっぱいだったため、『エンド オブ エタニティ』の開発実績を持つトライエースが本作の開発を担った。プロデューサーの都築靖之は、シリーズのファンが違和感を持つ可能性を考えつつも、過去作と同じような作風にすると『PSO2』の追加ディスクと変わりないと考え、あえてトライエースの作風を強く出させることにした。本作のディレクターである山下浩平は、4Gamer.netとのインタビューの中で、「トライエースの担当者が『PSO2』を熱心にプレイしていたので、シリーズの共通認識を持っていたと思う。」と述べ、トライエースの提案を『ファンタシースター』らしくないという理由で却下したことがないと述べている。本作は『ファンタシースターオンライン2』と同じ世界観だが、『ファンタシースターオンライン2』の舞台から遠く離れた場所での出来事を描いており、基本的な設定や世界観は、都築と酒井と『ファンタシースターオンライン2』のディレクターである木村裕也の3人の話し合いを通じて構築された。これは、世界観を再構成することに多大な労力が要ることと、『ファンタシースターオンライン2』のストーリーに近い物語を展開すると今後の『ファンタシースターオンライン2』の展開に影響が出る恐れがあることに由来する。シリーズ過去作との区別化の一環として、敵キャラクターであるギガンテスに火薬砲やチェーンソーといった旧式武器を装備させた。
種族はヒューマン、ニューマン、キャストの3種から、性別は男女の2種から、クラスはハンター、レンジャー、フォースの3種から選択可能。『PSO2』と同様に、種族や性別によるクラス制限はなく、所定の条件を満たすことでゲーム開始後にもクラス変更が可能となっている。また、ある程度ストーリーを進める事で、独自クラス「バスター」が解禁される。原則として種族のデューマン、クラスの派生クラス3種やEP2以降に追加されたクラスは実装されていない。ただし『PSO2』ではファイター（ハンターの派生クラス）用武器が『ノヴァ』ではハンター用武器として実装されている、と言った違いもある。
基本となるシステムは同じ世界観を持つ『PSO2』と同一だが、『ノヴァ』ならではの追加要素や独自要素も多く見られる。ここでは『ノヴァ』独自のシステムを中心に解説する。
アークス特殊惑星探査隊オルター所属の宇宙艦「デルタ・ヴァリアント」は、新たに発見された惑星「マキア」への現地調査任務についていた。しかし惑星マキアへの接近中、謎の攻撃を受けたデルタ・ヴァリアントは荒野へ墜落する。大破は免れたものの、デルタ・ヴァリアントは限られた資源の中で活動せざるを得なくなり、多くの乗員をコールドスリープさせ、最低限の人員で最低限の機能を維持しその場をしのぐこととなる。そんなとき、謎の巨大生物兵器“ギガンテス”が出現。アークスの戦闘能力の源たるエネルギー“フォトン”が惑星マキアでは使えず、周辺の地域を調査していた先遣隊は全滅してしまう。知らせを受けた主人公たちは先遣隊の救出に向かう途中、謎の少女“ユノ”によって惑星マキア独自のエネルギー“グラン”を授けられ、これをフォトンの代用として“ギガンテス”と戦うことになる。こうして主人公たちは、敵の正体をつかみ、帰還すべく、惑星マキアでのサバイバル生活を始めることになった。
2006年8月、ストリートファッションのブランドであるchain Monsoonで、ソフィー・ダールに変わり新しいミューズになることが発表された。2007年のクリスマスに、エリス・ベクスターはRobbie the ReindeerのイベントClose Encounters of the Herd Kindに現れた。エリス・ベクスターは外国人の女性を演じ、終わりには自身のアルバム「Trip The Light Fantastic」に収録されている「Supersonic」を歌った。2008年11月、イギリスの学校にgreen makeoverを寄付することにより、衣服を作るためのエネルギーを無料で作り出し、効率よく二酸化炭素排出量を減らすこと、そして子供たちにエコ活動を教育することを目的とするnpower Greener Schools計画に彼女も参加した。 また、首都のラジオ番組「Capital 95.8」の、ロンドン市民が1時間明りのスイッチを切ることで750MWhの電力を節約し、世界に気候変動の重要性を訴えかける「Lights Out London」キャンペーンにも参加した。2008年5月、化粧品ブランドRimmelのミューズになることが分かった。Rimmelの社長により極秘に行われた選考で、エリス・ベクスターが一番魅力的であったためであると言われている。 ところが早い段階での報道にもかかわらず、エリス・ベクスターではなく化粧品界のミューズであるケイト・モスのままで、代替わりはしないことが明らかになった。エリス・ベクスターの新曲はRimmelのロンドン店の1つであるSexy Curves店で聞くことができる。2008年、エリス・ベクスターは写真家ベン・チャールズ・エドワーズの短い音楽映画「The Town that Boars Me」で主役を務めた。映画には、ジョディ・ハーシュ、ケリー・オズボーンとサンドラ・ローズなども主演している。 映画は夏の終わりに開催されたポートベロー映画祭で初公開され、Glass Loves and Shoot to Kill Productionsによって生産されている。動物達の権利を主張するために、彼女は毛皮の服を反対するPETAの広告に登場した。 また彼女は、何億もの子供の頃の思い出深い記憶をウェブ上に寄付するThe Children's Societyキャンペーンにも参加しており、現在も行われている2002年、彼女がジェームズ・ボンド映画「Die Another Day」でボンドガールを演じることが噂された。 これはただの噂にすぎなかったのだが、エリス・ベクスターは映画には登場しなかったものの、オーディションは受けていたことを明らかにした。彼女は2001年に公開された映画「Moulin Rouge!」のSatine役のオーディションも受けたが、Satine役にはニコール・キッドマンが選ばれた。2008年8月、エリス・ベクスターはBBC World Newsのクラシック音楽の番組「Visionaries」で、ヴェルディの支持者として登場した。2008年8月23日、エリス・ベクスターはモスクワから戻ってすぐにマンチェスターのGay Prideに向かい、生演奏した。2008年8月24日、エリス・ベクスターは、Visa London 2012 Handover Party in the Mallの一部として、カーリー・サイモンの「Nobody Does It Better」のカバーをバッキンガム宮殿の前で演奏した。エリス・ベクスターとその夫リチャード・ジョーンズは、ロンドンのDJクラブで行われる予定の「Modern Love」と呼ばれるプロジェクトを計画している。2008年10月4日、エリス・ベクスターはトラファルガー広場で行われたEnd Child Poverty Coalitionのイベント「Keep the Promise」でライブを行った。