バングラデシュ軍中枢を含む政府首脳がこの事件の対応に追われている隙間を縫って、10月2日の早朝に軍事クーデターが発生した。クーデター部隊は、政府の要人の多くがこの事件に対応するため空港の管制塔に集まっていたことを利用しており、このクーデター軍は身代金600万ドルの強奪も企てていた。その後戒厳令が発令され、市内および郊外における戦闘の末に最終的に2時間ほどで反乱軍は鎮圧されたものの、空港近辺でも戦闘があり、管制塔内も日本の政府関係者や報道各社の人員の目の前で銃撃戦が行われ、政府軍の士官11名が死亡したほか、事件解決の陣頭指揮を執っていた政府軍の司令官が負傷するなど現地は緊迫したが、当時は報道規制により詳細は分からなかった。この時、銃声などの異変に気づいた犯人側からの「何が起きた？」という通信に対し、バングラデシュ側は「ちょっとした緊急事態だ。兵士が近づいたら撃っていい。自分の身は自分で守れ」と返答している。石井政務次官もクーデター軍に撃たれそうになったが、「日本人だ」と言うと相手は謝って引いたという。
1977年9月28日に、フランスのパリ、パリ＝シャルル・ド・ゴール空港発ギリシャのアテネ国際空港、エジプトのカイロ国際空港、パキスタンのジンナー国際空港、インドのムンバイ国際空港、タイのドンムアン国際空港、香港の啓徳国際空港経由東京国際空港行きの日本航空472便（ダグラス DC-8-62、機体番号：JA8033、高橋重男機長以下乗員14名、乗客142名うち犯人グループ5名）が、経由地のムンバイ空港を離陸直後、拳銃、手榴弾などで武装した日本赤軍グループ5名によりハイジャックされた。同機はカルカッタ方面に一旦向かった後、進路を変更してバングラデシュの首都ダッカのジア国際空港に強行着陸、犯人グループは人質の身代金として600万ドル（当時の為替レート〈1USD≒約266円〉で約16億円）と、日本で服役および勾留中の9名（奥平純三、城崎勉、大道寺あや子、浴田由紀子、泉水博、仁平映、植垣康博、知念功、大村寿雄）の釈放と日本赤軍への参加を要求し、これが拒否された場合、または回答が無い場合は人質を順次殺害すると警告した。この時、犯人グループから「アメリカ人の人質を先に殺害する」という条件が付けられ、この影響を受けて、その後の日本政府の対応にアメリカへの外交的配慮があったとする見方もある。また、この便には当時のアメリカ合衆国大統領ジミー・カーターの友人であるアメリカ人銀行家が乗っており、犯人たちはそのことを事前に知っていた。その後、ハイジャック機はジェット燃料の消費を抑えるため、エンジンを停止させたことで機内の気温が45度以上に上昇し、熱中症で倒れる者が続出した。しかし、たまたま乗り合わせた日本航空の嘱託医師の穂刈正臣が手当てを行ったほか、機長が空港関係者にエアコンを作動させるための補助動力車と水を要求し、これが受け入れられたためにことなきを得た。犯人達は人質からパスポートと時計、金銭や貴金属類を没収し、手荷物をひとつ残らず降乗口に積み上げバリケードとした。窓のシールドは降ろさせられ、機内での要求は全て女性客にやらせた。
少年時代から絵を描くのが得意で、手塚治虫や小松崎茂に大きな影響を受けた。やがて工業デザイナーを志望し、理数系の岐阜県立岐山高等学校に入学する。1961年に同校を卒業後、父親の反対や経済的な理由から美大への進学を断念し、バンダイに入社。当時のバンダイには企画やデザインといったセクションが存在せず、営業部に配属された村上は工場や返品係などで玩具作りのすべての仕事をこなしつつ、就労後にデザイン画を描きアイデアを練っていた。その後は仕入部研究室に入り、商品やパッケージのデザインを行なっていたが、約1年後「商品開発の役に立つ」との社長命令で、2年間大阪へ営業の修行に出た。このときの経験は後の開発などの仕事に役立ったという。バンダイが子会社のポピーを設立する直前の1971年にポピーのロゴをデザインした直後、自動車デザイナーを目指すため一時退社し、フリーの工業デザイナーとして独立する。この時期には変身サイボーグ関連商品などの玩具デザインも行っていた。1973年、ポピーの専務・杉浦幸昌の誘いでポピーに入社し、大ヒット商品となった超合金、ポピニカ、マシンロボ、タマゴラス、TOKIMAといった、玩具史に残る名商品の数々を企画、デザインして世に送り出す。村上は超合金シリーズの第1号である『超合金マジンガーZ』の発案者であるため、「超合金の生みの親」として書籍などで紹介されることが多い。『超電磁ロボ コン・バトラーV』以降、自らキャラクターデザインも直接行うことが多くなり、大河原邦男らとともに「メカデザイナー」としてもアニメファンから知られるようになる。玩具デザイン集団の必要性を提唱し、1981年にバンダイの子会社プレックスの前身のポピー企画室を発足、マシンロボシリーズや平成ウルトラシリーズ、スーパー戦隊シリーズのデザイナーであるプレックスの大石一雄もこのポピー企画室に創立時より参加した村上の最初の弟子である。1983年にポピーがバンダイと合併し、ボーイズトイ事業部へ変更された後も、長きにわたってバンダイの男児向け玩具の開発に腕を振るってきた。1984年にバンダイの専務取締役に就任。1984年以降の監修的な立場になった後でも、合体ロボットの場合は頭部のみデザインしたものもいくつか存在する（『恐竜戦隊ジュウレンジャー』の大獣神など）。メタルヒーローシリーズは『テツワン探偵ロボタック』まで主役のキャラクターのみ、ラフデザインは自身で担当している。スーパー戦隊シリーズでは、『救急戦隊ゴーゴーファイブ』まで、主役のヒーローのデザインにタッチしている。その後も村上は1990年代までプレックスのデザインの監修を担当している。そのプレックスやメガハウスなどバンダイグループ数社の社長を務めた後、2002年にグループから離れ、同年ライブ・ワークスの代表に就任した。また2007年には『獣装機攻ダンクーガノヴァ』のコンセプトデザインを担当している。2011年9月1日、マッグガーデンの取締役に就任し、遅くとも2015年8月までに退任。2016年10月、自身の名前をクレジットした商品「村上克司原画リトグラフ」(合同会社いと・まほろば)を発表。宇宙刑事ギャバン、宇宙刑事シャリバン、宇宙刑事シャイダー、仮面ライダーBLACK、シャドームーン、仮面ライダーZOをリリース。東映ヒーローネットで限定販売。2017年、デザインワーク集「オールアバウト村上克司」(パイインターナショナル)を出版。