1765年12月8日、マサチューセッツ州ウェストボロー(en)で、裕福な農場主イーライ・ホイットニー・シニアとその妻エリザベス・フェイの長男として生まれる。父と同じ名前をつけられたので「ジュニア」付きで呼ばれたと思われるが、記録は残っておらず、生涯に亘ってイーライ・ホイットニーとして知られている。1820年に生まれた息子もイーライと名付けられ、こちらはイーライ・ホイットニー・ジュニアとして知られている。母エリザベス・フェイは1777年、彼が11歳のときに亡くなった。独立戦争中の14歳のとき、父の作業場で釘を製造して収益を上げている。継母が大学に行くことを反対したため、農場で働いたり教師を務めたりしてお金を貯めた。イェール大学入学の準備としてレスターアカデミー (Leicester Academy) （現在のベッカー・カレッジ）に入り、その後コネチカット州ダーラムの Elizur Goodrich の後見で1789年にイェール大学に入学し、1792年に卒業。卒業後も法律を学びたかったが資金が足りず、サウスカロライナ州で家庭教師の職を得た。サウスカロライナに赴くはずだったが、気を変えてジョージア州に向かった。18世紀末のジョージアは、立身出世を夢見たニューイングランド人を惹き付けていた（独立戦争当時のジョージア州知事ライマン・ホールはコネチカット出身だった）。サウスカロライナに向かう船上で、独立戦争の英雄ナサニエル・グリーンの未亡人一行に出会う。未亡人はホイットニーをジョージアのプランテーション Mulberry Grove に招待した。プランテーションの経営者でグリーン未亡人の婚約者フィニアス・ミラーもコネチカットからの移住者でイェール大学卒業生（1785年度）であり、後にホイットニーのビジネスパートナーとなった。ホイットニーは、綿繰り機を発明し（1793年）、互換性部品の普及に努めたことで知られている。そしてこの2つがアメリカを2分する南北戦争の遠因となった。南部では綿繰り機が木綿生産に革命をもたらし、綿花の増産のために奴隷制度が蘇った。北部では互換性部品の採用が製造業に革命をもたらし、南北戦争での北軍の勝利に大いに貢献した。
同局では主にスポーツ番組を担当していた。2004年に行われた「JOCオリンピックファミリーゴルフ」に出場したことがあり、10人中8位という成績だった。2006年7月頃、担当番組の一部を新にチーフプロデューサーに昇格した、黒岩直樹に引き継いだ。その後BS日本に出向し、営業編成部長、2008年7月1日付でBS日本編成制作センター長を歴任。2008年12月1日付で日テレに戻り2010年7月1日付でスポーツ局次長兼スポーツ局CPとなる。また、同日付でスポーツ企画推進部は廃止になった。2011年7月1日付でCP兼務を解いた。CP業務は、大山昌作が引き継いだ。2013年6月1日付で昇任。2014年11月7日付でスポーツ局長。今村司がNPBエンタープライズ社長に就任したためスポーツ事業推進部長兼務となった。2015年6月1日付でスポーツ事業推進部長兼務を解かれた。2017年、日テレイベンツ代表取締役会長就任。
ローラシア獣類内の目の系統関係の確立は難しく、2017年現在確立されているのは、真無盲腸目が最も早期に分岐した事と、食肉目と鱗甲目が姉妹群である事だけである。ローラシア獣類内における奇蹄目の位置づけの決定は特に難しい。なお、翼手目、奇蹄目、鱗甲目、食肉目の４つを総称してペガサス野獣類と呼ぶ事がレトロトランスポゾンの解析から提案されたが、その後の分子系統解析の研究で否定されている。
真主齧類はグリレス類（Glires、ネズミ目、ウサギ目）と真主獣類（Euarchonta、霊長目、齧歯目、ヒヨケザル目、ツパイ目）に系統分類できるとされるものの、真主齧類内の目の系統関係は2013年現在曖昧なままである。特にツパイ目の位置づけの決定は2017年現在でも難しい。ツパイ目が霊長目やヒヨケザル目の姉妹群となる研究成果がある一方 、グリレス類の姉妹群とする成果や、真主齧類で最も祖先的だとする成果もあり、後者２つのいずれかが正しいとすれば、真主獣類という系統は否定される事になる。
西南戦争以後の財政難と地租改正に対する農民の抵抗に悩まされた明治政府は、当時の日本の工業で最も生産額が多く、かつほとんどが国内消費に回されていて関税の問題も薄い日本酒に対する増税を度々行った。1881年（明治14年）5月、高知県の酒造業者300名が政府に対して造酒税の引下げ嘆願を提出するとともに、地元出身の自由民権運動の指導者植木枝盛に助力を求めた。植木は偶々自由党に参加した際に全国の酒造業者が同様の悩みを抱えていることを知り、同年11月1日に来年1882年（明治15年）5月1日に大阪で全国規模の酒屋会議を招集して減税と営業の自由を求める檄文を作成した。政府は自由党を刺激するのを避けるために植木の容疑は不問として、檄文に署名した島根県の小原鉄臣ら酒造業者5名のみを不応為罪で禁錮刑とした。植木はその後も会議の準備を続けていたが、4月27日に大阪府知事と大阪府警は会議の禁止を通達、全国各地でも酒造業者による集会の禁止命令や大阪に向かう会議代表団が逮捕される事態が相次いだ。だが、植木は「会議は禁止されても代表に会う事までは禁じられていない」として、5月4日に淀川上の船上で大阪入りできた代表と会合を持ち、5月10日に京都祇園で改めて2府15県代表44名と会議を開催して先に禁錮刑を受けた小原鉄臣を代表者として「酒税軽減嘆願書」を起草して政府に提出した。これを大阪酒屋会議事件（おおさかさかやかいぎじけん）と呼ぶ。これに対して政府は報復目的も兼ねた大増税を実施した。これに酒造業者は激しく反発して自由民権運動に参加するものが相次ぐが、松方財政による米価低迷が日本酒の価格下落を招き、運動は停滞していった。だが、酒造業者の経営不振はやがて税収減少に跳ね返ることとなり、政府はどぶろくなどの自家醸造禁止などの酒造業者保護策を打ち出して酒造業者との妥協策を探る方向に転換することになった。