2010年になってもアフガニスタンの政情不安は続き、アフガニスタンは世界最大の難民発生国のままだった。2010年時点の在日アフガニスタン人は1148人であり、居住地のトップ5は千葉県381人・東京都138人・愛知県126人・茨城県71人・埼玉県47人だった。2011年からは「未来への架け橋・中核人材育成プロジェクト」が始まり、2015年の留学生は245人だと言う。一方、犯罪者も居り、2010年の警察白書には日本・ブラジル・スリランカ窃盗団から自動車を買い受けてナイジェリアに転売するアフガニスタン人グループが紹介されている。その後2017年末時点での在日アフガニスタン人は2,978人で、トップ5は千葉県1093人・愛知県249人・茨城県219人・東京都134人・福岡県130人だった。なお千葉県の四街道市内の2017年の外国人登録者数2123人のうち、アフガニスタン人は467人で市内第1位だった。さらに隣接する佐倉市でも2018年の外国人登録者数3037人のうち、アフガニスタン人は403人を数え第3位となっている。両市を合わせると約1000人弱のアフガニスタン人がこの地域に集住している。つまり、およそ在日アフガニスタン人の3人に1人が四街道市、佐倉市周辺に住んでいることになる。これは、四街道市や佐倉市周辺に多い自動車・産業廃棄物の解体業やその輸出業に従事しているアフガニスタン人が多いためであり、特にハザラ人が中心となっている。四街道市のホームページでは全国でも珍しいアフガニスタンの公用語であるペルシャ語版（ダリー語）が提供されている。
2001年9月11日にアメリカ同時多発テロ事件が発生した。アフガン難民は世界各地に保護を求め、2001年の申請者数は5万人を超え、日本に対しても78人が難民申請を行った。日本はアフガニスタンに対して巨額の資金援助は行ったがアフガン難民の受け入れには消極的で、1999年からの3年間で132人のアフガン難民が難民申請を行ったにも関わらず、難民認定したのは9人だけだった。在留特別許可ですら厳しく、1999年からの3年間で17人しか受ける事が出来なかった。アフガン難民の中にはアリ・ジャンやアブドル・バセルのように難民不認定処分の取消しを求めて訴訟を行う者も居たが、なかなか上手く行かなかった。2002年1月から始まった第154回国会では「在日アフガニスタン人の人権擁護等に関する請願」が提出された。同年8月、在留特別許可で日本に滞在していたアフガン難民のユノス・タヒリが妻子の空爆死を知って自殺した。その後も日本はアフガン難民の受け入れには消極的で、人道的配慮により2003年に2人、2004年と2005年に4人ずつ、2006年に1人、2007年と2009人に３人ずつの在留を認めただけだった。しかし日本にはアフガニスタン人が居ない訳ではなく、2006年時点で646人の在日アフガニスタン人が居り、居住地のトップ5は千葉県156人・愛知県103人・東京都78人・北海道34人・茨城県と埼玉県32人だった。
アイユーブ朝の勢力下にあったダマスクスの町は、1260年から、十字軍国家と同盟を結んだキト・ブカ率いるモンゴル勢の支配下に入った。占領を指揮したアンティオキア王ボエモン6世は、ウマイヤ・モスクでカトリック式のミサを執り行うよう命じた。ダマスクスは1260年中に、クトゥズやバイバルス率いるエジプトのマムルーク軍人勢力により奪還された。1270年にはスルターンになったバイバルスがウマイヤ・モスクの大規模修理を命じ、大理石やモザイク、金箔が補填されることになった。イブン・シャッダードのバイバルスの伝記によると、修理には2万ディーナールの費用がかかったという。修復されたモザイクの中でひときわ大きい「バラダー川のパネル」は、34.5×7.3m の大きさがあり、モスク西側の柱列廊を飾る。バイバルスの事業の主要な目的は、モスクを装飾するモザイクの補修にあり、補修されたモザイクにはマムルーク朝建築の影響が色濃く反映された。1285年に当時を代表するウラマーの1人であったイブン・タイミーヤが、ウマイヤ・モスクで聖典『クルアーン』の解釈を講義し始めた。1300年にはイルハン朝のガザン・ハン率いるモンゴル軍がダマスクスを陥れた。イブン・タイミーヤはダマスクス市民に「ジハード」、すなわち、各人が分を尽くして抵抗すべきことを説いた。マムルーク朝のカラーウーンが街を奪還したが、エジプト軍がダマスクスに突入する際、モンゴル軍はウマイヤ・モスクに投石機を配備して応戦しようとした。エジプト軍がダマスクス城の周りに火矢を放って投石機を燃やし、モンゴル軍の試みは失敗した。マムルーク朝のシリア太守、タンキーズは1326年から1328年にかけて、ウマイヤ・モスクの修復を実行した。この修復でミフラーブのモザイクが元通りにされたほか、堂内がすべて大理石のタイルで覆われるようになった。1328年の大改修をタンキーズに命じたのはスルターンのナースィル・ムハンマドである。スルターンは、キブラの方角にあたる南壁が不安定であったので、これを取り除いて立て直すこととしたほか、ズィヤーダ門をもっと東の位置に再配置した。ところが、このときに大改修を受けた建築や造作の多くが、1339年の火事で損傷した。なお、1392年にイーサーのミナレットが火事で焼け落ちた。14, 15世紀のウマイヤ・モスクはイスラーム圏の天文学に関する学術センターでもあった。マムルーク騎士たちの時代に入ると、モスクから街の人々に礼拝（サラート）への参加を呼びかける時刻を天文観測により正確に計るムワッキトという新しい職業が現れた。ウマイヤ・モスクにはイブン・サッラージ、イブン・シャーティル、ハリーリーといった天文学者がムワッキトとして集まり、盛んに太陽や星の位置を観測し、観測器械を改良し、新理論を案出した。彼ら「ダマスクス学派」の著作はその後数百年間トルコ、シリア、エジプトで参照され、その天文知はヨーロッパにまで伝播したであろうことが推定されている。ウマイヤ・モスクの「花嫁のミナレット」にはイブン・シャーティルが1371年に設置した日時計があり、当時の観測技術の水準を推し量ることのできる物的証拠になっている。1400年にティムールがダマスクスを包囲し、3月17日には町に火を放つ命令を下した。ウマイヤ・モスクはこのときの戦火によりひどく損傷した。イブン・ハルドゥーンが伝えるところによると東のミナレットが破壊により瓦礫と化し、中央のクッバが崩落した。バフリー・マムルーク朝ほどウマイヤ・モスクの保守、修理、補修に意を注いだ王朝はほかにない。イスラーム建築の専門家、Finbarr B. Flood は、同王朝がこのモスクに「強迫観念症的関心」を持っていたと表現する。1488年にバフリー・マムルーク朝のスルターン・カーイトベイはウマイヤ・モスクの南西端に新しくミナレットを建てさせた。