開局当時、番組編成は全放送時間の約30%を自社制作番組で編成されており、それ以外の番組供給をミュージックバードに依存していた。自社制作番組はウィークデーの朝・昼・夜にそれぞれ生放送番組を放送。中には宮崎弁をタイトルにした「てげ・のんびりーの」（“てげ”は“すごい”の意味）という番組や、「歌謡曲散歩道」といった中高年には好評の番組もあった。2007年4月にタイムテーブル（番組表）を一新し、自社制作番組を大幅改編。土曜日の「宮崎ハートフルトーク」と日曜日の「週刊市役所マガジン」「健康・福祉アラカルト」「ミッキーのフォークビレッジ」を残して、残りはほとんど新番組に移行した。開局以来ずっと続いてきた「フレッシュフルーツ761」と「てげ・のんびりーの」を終了させ、新たに約2時間の生番組「若草ほっとステーション」と約3時間の生番組「Sunshine Dream」を開始。これにて平日に開局時より続いた番組は全て終了した。同年10月にはさらに自社制作番組を大幅に改編し、平日の帯番組として「モーニング・サンシャイン」（午前）と「～若草サンセットレディオ～ YOU@NAVI」（夕方）（現在は終了）を開始した。これに対し開局以来の番組であった土曜日の「宮崎ハートフルトーク」、日曜日の「健康・福祉アラカルト」が終了した。また、日曜日放送されていた「週刊市役所マガジン」は番組改編に伴い、2013年3月をもって終了した。2015年から山本圭壱の冠番組「極楽とんぼ山本圭壱のいよいよですよ。」がスタート。2016年にはフジテレビのめちゃ×2イケてるッ!で収録の様子が放送された。2017年から地元のサッカーチームテゲバジャーロ宮崎の番組「テゲバRADIO〜Jへの挑戦〜」がスタート。
放送スタジオ（演奏所）は、宮崎市のアーケード街「若草通」の一角である「クロノビル」に設けられており、一般リスナーの立ち入りが朝8時から夕方20時ごろまで可能で番組見学ができる。2006年3月24日には宮崎市、宮崎ケーブルテレビと防災協定を締結。宮崎市または県内において非常事態が発生、および発生する恐れがある場合、宮崎市が宮崎サンシャインエフエムの管理する放送設備を使用し、他の放送に優先して緊急災害情報の放送を行うことを取り決めた。実際の運用として、宮崎市が防災ラジオを導入して高齢者世帯等に配布し、割り込み放送・防災ラジオの強制起動を用いて放送する。Jアラート、および「防災 宮崎市役所」からの放送を、宮崎市内で運用している防災行政無線と同一内容で放送する。これ以前にも宮崎サンシャインエフエムは、過去に台風等の災害が起きた時は､繰り返し被害等の情報を放送し、防災放送の役割を果たしていた（対照的に同じ宮崎市に存在した宮崎シティエフエムは、ほとんど災害情報を流していなかった）｡
トクヨは開塾当初、日本人女性は男性よりも背が低く、体が細く、握力が弱く、肺活量も乏しいことから無闇にスポーツ大会に出場させるべきではないと主張していた。そもそも開塾目的の1つに激しさを増す女子体育の風潮を諫めたいという思いがあり、選手育成のために「醜体」を理想とするような教育にトクヨは我慢ならなくなっていた。トクヨは「選手製造体育」を「甚だ危険なもの」だと警鐘を鳴らした。より単純な説明としては、トクヨが「選手の精神」が気に入らなかったため、アスリートに好感を持っていなかったという。このため、人見絹枝も入塾当初は良くも悪くもトクヨに目を付けられ、寸暇を見て自主練習に励むほかなかった。人見は夏休みに帰郷して陸上競技の講習会に参加し、学校へ戻ってすぐ高熱を出すと「だから云わないことはないでしょう」と講習会に出たことをトクヨに叱られてしまった。（言葉とは裏腹に、トクヨはこの時付きっ切りで人見を看病した。）しかし、人見が岡山県から県大会出場を要請されたことを知ってトクヨは急展開し、アスリート養成が女子体育発展につながると認識するようになった。されど1925年（大正14年）の時点では、競技（スポーツ）は運動から生まれたものであり、本来の目的は体育であるとし、少数の選手を出すために多くの生徒を犠牲にするのは考えねばならぬことという持論を展開しており、まだアスリート養成には向かっていない。トクヨが「選手育成の試みをする考へ」を示したのは1927年（昭和2年）になってからである。1933年（昭和8年）には女子スポーツは無害であると熱く語るようになっており、「人見さんが生きてるといいんですがねえ」とこぼした。また18 - 19歳頃の男性がメソメソしているのは男女交際を知らないからであり、朗らかな交際にはスポーツが最適だと、すっかりスポーツ礼賛の姿勢に転換している。スポーツ団体では日本学生陸上競技連合のファンであり、日本陸上競技連盟（陸連）との合併には最後の1人になるまで反対すると述べた。特に陸連が1936年ベルリンオリンピックの選手候補に広橋百合子を選んでおきながら、最終選考で落選させたことに対して選考が不公平だと激怒し、今後一切、陸上競技大会に体専の生徒を補助員として協力させないと宣言した。人見は著書『女子スポーツを語る』（1931年）の中で、偉大な選手を育成するためにプロのコーチを育成する必要があると説いた。トクヨは1927年（昭和2年）の体専の紹介記事で、卒業生の進路の1つとして「希望に依り選手若しくは『コーチャー』たらしむ」と記載した。コーチ育成のための科目である「女子競技選手指導法」は、他の体操科資格が取得できる学校にはない独自の科目であった。1936年（昭和11年）には、「人見嬢に続かしめ」る選手を育成するために、体専で特別優遇を行うことを発表した。しかし時代が戦争へと傾斜していく中で、1939年（昭和14年）に優遇策を廃止し、選手育成も中止した。この時、選手の試合出場禁止も言い渡されたが、トクヨの死後である1943年（昭和18年）3月21日に日本学徒体育振興会主催の大学高等専門学校行軍関東大会に体専チームが出場し、優勝したという記録がある。