西トルキスタンには、1881年のロ清イリ条約の締結の際にロシア領に移住したイリ地方を始めとする新疆北西部出身者が多数いた。また、ジュンガル時代に入植された農耕民の末裔であるタランチ集団は清朝への反乱（ヤクブ・ベクの乱など）に加担していたため、イリ地方が清朝へ返還されると、清朝政府の報復処罰を恐れ、多くのタランチはロシア領のセミレチエ州などに移住している。日露戦争において、それまで国際的には小国とみなされていた日本がロシア帝国に勝利すると、それに触発されて1908年には青年トルコ人革命が起きる。青年トルコ人革命以降、汎テュルク主義がトュルク系民族に大々的に流行し、そうしたテュルク主義に影響されを受けていたナザル・ホジャ(Na§ar khv±ja ‘Abd al-TMamad)というタランチ集団の記者が1913年にアルトゥシャフルを「私たちの祖先の祖国であり文明的なウイグルの祖先たちの舞台であり、イスラーム戦士たちが前世紀に強大なテュルクのハーン国を樹立した場所」と表現している。またナザル・ホジャは1914年からは「Uyghur Balasï (ウイグルの子)」という署名をするようになっており、ムスリム知識人の間で「ウイグル」呼称は使用されていた。1913年11月の雑誌『シューラー』での記事では「テュルク文学はウイグル(ユグル、ウグル、漢語でホイフ)方言で始められた。オルホン碑文はより以前に書かれたが、真の意味で言うと、テュルク文学はウイグル語で始められた」とする論評が掲載されている。
イリ返還をうけて清朝は1884年に新疆省を正式に設置し、イリ地方を含めた新疆全体に中国本土並みの行政が布かれた。清が自治権を認める従来のベグ官人制を廃止したため、ウイグル人は自治権を失い直接支配下に入った。その後1940年代半ばまで新疆省省長は当地の軍最高指揮官（督弁）を兼任した。新疆省政府役人は当地を「桃源郷」になぞらえたといわれる。歴史学者の王柯は、その後、新疆省指導者の交代も省政府内部の暗殺やクーデタによるもので、「この種の政権の交代劇においても、ウイグル人は何の役割も果たせなかった」という。他方、入植した漢人人口が当時3000人程度であった新疆南部では、省政府の人事権が及ぶのは県レベルまでであり、県レベル以下の行政運営はウイグル人が当たった。
イリ地方は、1871年以来ロシアの支配下にあったが、ロシアはクリミア戦争のため、清の進出に対抗できなかった。1879年、清は9カ月にわたるロシアとの交渉の末、10月2日、黒海沿岸のリヴァディアにあるリヴァディア宮殿で十八カ条条約（リヴァディア条約）に調印した。しかしこの条約はロシア側の意向に沿ったもので、イリ西部とイリ南部をロシアに割譲し、ハミ、トルファン、ウルムチなど7カ所にロシア領事館を設置し、さらにロシアとの免税貿易を許可するという内容だった。清側では朝野の議論は沸騰し、左宗棠はロシアとの開戦を主張した。結局、外交を担当した崇厚は西太后によって死刑を宣告されるが、イギリスが清側にロシアを怒らせないようと崇厚の死刑恩赦を進言、清は恩赦するにいたる。ロシア側は清との戦争を準備し、軍艦を黄海へ派遣し、他方、左宗棠はイリ攻撃作戦を練ったうえで1880年4月、粛州を出発、ハミにいたり、ロシアと清の関係は緊張する。しかし、左宗棠は召還されロシアとの和平交渉が開始される、1881年2月、イリ条約が締結され、清朝がザイサン湖周辺地方すなわちホルゴス河以西のイリ西部をロシアに割譲し、イリの東側は清に返還されること、また賠償金も減額されロシア側へ900万ルーブルを支払うこと、粛州とトルファンにロシア領事館を設置することで合意された。この条約は不平等条約ではあったが、中央アジア地域の国境が画定され、この時の国境線は現在に至る。
18世紀後半からトルキスタンのフェルガナ盆地を中心にコーカンド・ハン国が台頭する。清とコーカンド・ハン国の間で、コーカンド商人に対するハン国の徴税権などを付与する条約が交わされていたが、清はコーカンド・ハン国の敵対行為（武装蜂起の扇動など）に対して、19世紀初頭に新疆でのコーカンド・ハン国商人の活動の規制をはじめる。
1948年（昭和23年）に、聖パウロ学園の設置申請（男子校）。それから財団法人時代を経て、1951年（昭和26年）に東京都知事から学校法人に認可された。2002年（平成14年）に男女共学になり、通信制課程も始めた。海外の高校で生活する内容が組まれている、SAコースが設けられており、オーストラリアの高校に短期間滞在できるカリキュラムがある。ほかに、週3日の登校コースや隔週1日登校コースなど、高校卒業程度の学歴を取れる通信制コースが充実している。周りが自然に囲まれていることを生かして、PNPと呼ばれる「パウロ　ネイチャープログラム」や乗馬体験授業などが行われている。ここで、自然の中での体験学習を生徒にさせ、自分で考える力などを養う。周りには「パウロの森」があり、ここで1年生が5月ごろに森の中を探索して歩く。また、カトリックミッション校のため、冬にはクリスマスミサが行われている。始業前には希望者が受講できる「0限講座」があったが、2010年度「ヴェリタス」と名を変え、さらに、2011年度は，特別進学コースの設置と、朝のホームルームの変わりとなる「モジュール」が開講。特別進学コースは、総合進学と違い、1日7時間で、週35時間の時間割となっている。モジュールは、主に前週の授業の内容を振り返るテストとなっている。モジュールの成績が悪い場合、放課後補習の「カリタス」を実施している。聖パウロ学園高校は、過去全寮制だったため、宿泊施設がある。この施設を利用した「スクールステイ（勉強合宿）」という行事を2泊3日程度実施している。なお、滋賀県にある光泉中学・高校（学校法人聖パウロ学園）とは法人名が同じではあるが、実際の関係はない。元々聖パウロ修道会による修道生の教育より発展してきた学校ではあるが、一度経営困難に陥ったため、修道会の撤退に伴い、ミッションスクールの特性が薄れ、普通高校としての側面が強くなっていった。現在学校に神父・司祭・修道士は常勤していない。2年生の修学旅行先はイタリアで、ローマ教皇の一般謁見に参加する。アニメ「RDG レッドデータガール」の学校のモデルになっている。