平安時代末期頃までの寺史はあまりはっきりしていないが、現存する奥院（投入堂）の正本尊・蔵王権現像の像内に納められていた文書には仁安3年（1168年）の年記がある。奥院（投入堂）の建物も、建築様式と年輪年代調査の結果から平安時代後期（12世紀初頭）にまでさかのぼるもので、この頃には山岳修験の霊場として寺観が整っていたものと思われる。中世以降、文書、記録等に「美徳山」の名が散見されるが、「三佛寺」の寺号が文献に現われるのは江戸時代中期以降である。史料上では、寿永3年（1184年）に三徳山に「後白河天皇の御子（院の御子）と称する者がいた」とあり、これが三徳山に関する最初の記載である[1]近世に入って、慶長4年（1599年）には近隣の坂本村（三朝町坂本）のうち百石が三仏寺に寄進され、寛永10年（1633年）には鳥取藩主池田光仲から百石を寄進。これらの寺領は幕末まで維持された。天保10年（1839年）には池田斉訓が本堂を再建するなど、近世を通じて鳥取藩主の庇護を受けた。
『伯耆民談記』によれば、慶雲3年（706年）、修験道の開祖である役小角（役行者）が子守権現、勝手権現、蔵王権現の三所権現を祀ったのが始めとされている。開山時期の根拠として飛鳥時代の金銅仏が存在するが現在は流出し寺内には無い。三徳山（近世以前は「美徳山」と書くことが多い）は、同じ鳥取県所在の大山（だいせん）や船上山と同様、山岳信仰の霊地として古くから開けていたことが想像される。なお、子守権現、勝手権現、蔵王権現はいずれも奈良県の吉野山（修験道の霊地）に祀られる神である。前出の『伯耆民談記』によれば、嘉祥2年（849年）慈覚大師円仁が釈迦如来、阿弥陀如来、大日如来の三仏を安置して「浄土院美徳山三佛寺」と号したと伝わる。
本格的な動きが見られたのは第8ステージのアルプス超え区間。テレグラフ峠、ガリビエ峠という、ツールでは定番の難所を含むコースであったが、山岳王・フェデリコ・バーモンテスが両峠を首位通過した他、この区間も制す。レイモン・プリドールが1分32秒差の区間2位、そして史上初の総合4連覇を狙うジャック・アンクティルが1分49秒差の区間8位でフィニッシュ。しかしマイヨジョーヌを奪ったのは区間6位のジョルジュ・グロサール。3分35秒差でバーモンテスが続き、プリドールが4分7秒差の3位、アンクティルが5分22秒差の8位につける。続く第9ステージは標高2802mというボネット峠を通過する難関区間であったが、区間優勝はアンクティル。しかし総合上位3名も同タイムで続いた。アルプスを終えて迎えた第10ステージ後半の個人タイムトライアルもアンクティルが制し、ここで首位グロサールに1分11秒差の総合2位へと浮上。しかし区間3位のプリドールも1分42秒差、同4位のバーモンテスも3分4秒差で続き、やはり今年も「三強」がこのあとのステージにおいても主役となりうる様相を呈してきた。しかしピレネー超えの第14ステージで、アンクティルが大ピンチにたたされる。残りあと40km地点で、総合首位争いを演じている上位陣の集団にいたアンクティルがまさかの脱落。残る距離が距離だけに、このままではアンクティルの4連覇は絶望といえる状況となりかねなかった。サポートがすぐさま駆けつけ、何とかアンクティルはアンヴァリア峠付近で先頭集団との差を縮める。さらに濃霧が発生し、次第に視界不良になる中でアンクティルは奇跡的にトップ集団へと復帰し、最後はトップ集団の20人の中に混じって同タイムゴールを果たす。逆にプリドールはこの区間でトップ集団に2分36秒遅れの57位に終わり、総合6位に後退するが、ひいてはここでの遅れが最後になって致命的となる。しかし第15ステージではプリドールが会心の走りを見せて区間優勝。グロサールのトップ、アンクティルの2位は変わらないが、1分35秒差の3位に上昇してきた。そして第17ステージではバーモンテスが区間優勝。今度はバーモンテスがグロサールとの差を35秒差にまで縮め、1分26秒差の3位にアンクティル、1分35秒差の4位にプリドールが続く展開となって大激闘のピレネーステージを終えた。第17ステージは個人タイムトライアル。さすがにここはやはりアンクティルが制したが、プリドールも37秒差で続く健闘を見せ、マイヨはここでアンクティルに移動するも、プリドールも56秒差で続く展開となる。そしてこの年はさらにもう1つ山岳ステージが残っていた。第20ステージ。中央高地のピュイ・ド・ドームがゴールの237.5km。区間優勝争いはバーモンテスとフリオ・ヒメネスが競り合うが、総合優勝を狙うアンクティルとプリドールも互いに譲らない展開。結局バーモンテスがこの区間を制し、ヒメネスが2位でフィニッシュ。そしてプリドールがアンクティルに対して42秒差をつけて区間3位となり、ついにアンクティルとの総合タイム差は14秒にまで縮まった。また、バーモンテスも1分33秒差で続く展開となる。しかし最終後半ステージは個人タイムトライアル。やはりアンクティルはTTでは敵なしだった。結局アンクティルがこの区間を制し、ついに史上初のツール・ド・フランス総合4連覇達成。さらにこの年はジロ・デ・イタリアも制しており、「ダブルツール」も達成した。