重要文化財。崇伝の依頼により小堀政一（遠州）の設計で建てた三畳台目の茶室。東側の南に床（とこ）、北に台目畳の点前座を並べる。点前座には中柱を立て、袖壁を付ける。躙口（にじりぐち）は西面の北寄りに設ける。躙口は茶室の隅に設けるのが通例だが、本席では隅から2尺ほど離れた位置に設けるのが特色である。南面は襖2枚を立てて貴人口とし、点前座背後の東面は火灯口を開けて茶道口とする。躙口（にじりぐち）前に縁を設け、躙口を入った正面に床（とこ）と点前座を左右に並べる点、赤松皮付の床柱に黒塗框という取り合わせなど、「遠州好み」の茶室の典型的な作例である。『本光国師日記』によれば、寛永5年（1628年）までには完成していた。八窓席と称するが、窓は西面の躙口上に1つ、北面の壁に3つで、床脇の墨跡窓、袖壁の下地窓を含めても窓は6つである。なお、建物修理の際の調査で、この茶室は遠州が創建したものではなく、既存の前身建物を遠州が改造したものであることが判明した。大徳寺孤篷庵、曼殊院の茶室と共に京都三名席の1つに数えられる。
重要文化財。桁行11間、梁間7間の大規模な建物であるが、平面形式は禅院方丈に典型的な六間取りである。すなわち前列中央が「室中」、その奥が本尊地蔵菩薩像を安置する「仏間」。西側は奥が「富貴の間」（衣鉢の間）、その手前が「次の間」（檀那の間）、東側は手前が「鶴の間」（礼の間）、奥が「菊の間」（書院の間）となる。「富貴の間」は奥に床高を一段高めた上段を設け、床（とこ）、棚、付書院を設け、天井を格天井とする格式の高い部屋である。各室の襖や障子腰板には狩野派による金地の障壁画がある。障壁画の主な画題は「富貴の間」が松、「次の間」が松、梅、牡丹、「室中」が唐人物、「鶴の間」と「菊の間」がそれぞれ鶴と菊などである。この本堂（大方丈）は寺伝では慶長16年（1611年）に、崇伝が伏見城の一部を江戸幕府3代将軍徳川家光から賜り、移築したものといわれるが、建物には移築の痕跡は確認できず、実際は寛永4年（1627年）に崇伝によって建立されたものとみられる。障壁画製作は崇伝から狩野探幽に委嘱した記録が『本光国師日記』にあり、画題の選定は探幽が行ったものであることがわかるが、探幽が自ら作画に携わったか否かについては同日記は伝えていない。武田恒夫、土居次義らの研究者は、探幽の指揮のもと、実際の作画は富貴の間・次の間は狩野尚信が、室中・鶴の間は狩野信政が担当したと推定している。正面に掲げられている「布金道場」の書は山岡鉄舟の筆。明治初期に巻き起こった廃仏毀釈から守るため仏教寺院ではなく道場である旨を表したものである。
謎の巨大宇宙艦の攻撃により、緊急避難のシャトル内で母の胎内から誕生した直後に、宇宙艦隊士官だった父を亡くしたカークは、酒とケンカに溺れる荒れた日々を送っていた。ある時、パイク大佐はバーで騒ぎを起こしたカークに、父は12分だけ船長だったが800名の命を救ったと語り、宇宙艦隊アカデミーへの入学を勧める。在学中のカークは、演習「コバヤシマル・シナリオ」で不正を行い、聴聞会が開かれることになるが、その最中にバルカン星からの緊急救助要請が届き、カークの同期生らは急遽バルカン星に向かう艦隊に召集される。当のカークには謹慎が言い渡されていたが、マッコイの機転によりパイクが指揮するエンタープライズ号に潜り込むことに成功する。そこには同期生のウフーラのほか、スールー、チェコフ、そして聴聞会でカークを尋問したバルカン人のスポックも副長として乗り込んでいた。ところが、艦隊の目の前に現れたのは、かつてカークの父を殉職させた巨大宇宙艦ナラーダ号であった。その圧倒的な戦闘力によって艦隊は壊滅的な被害を受け、パイク船長はナラーダ号の船長である、ロミュラン人のネロによって連れ去られる。また、ネロは人工的に重力の特異点を発生させることができる「赤色物質」をバルカン星に投下し、スポックの母アマンダを含む多くの住民を道連れに、バルカン星を消滅させる。パイク船長を奪われたエンタープライズ号のブリッジでは、今後の方針をめぐってカークと船長代理のスポックが対立し、立場の弱いカークは近くの惑星に放り出される。ところが、この惑星にはカークの知るスポックより、129歳ほど年をとったもう一人のスポックがいた。老スポックはカークに精神融合し、自分の力不足で未来のロミュラン星が消滅に至ったこと、生き延びたネロはバルカン星や地球を含む惑星連邦を故郷の敵とみなし、過去にタイムトラベルしたことに乗じて惑星連邦を滅亡させ、より強大なロミュラン帝国の確立を目論んでいること、カークの父の殉職をもたらした最初の攻撃により、歴史はすでに書き換えられていることなどを明かす。同じ惑星の研究所に左遷させられていた技術者のスコットとともにエンタープライズ号に戻ったカークは、故郷と母を奪われて情緒不安定にあったスポックを故意に激昂させて、指揮官不適格の状況へ追い込み、指揮権を掌握する。そして、故郷と母を奪われた憎しみに気付き理性との間で悩んでいたスポックも、最終的にはカークと協力して戦うことを選ぶ。二人は地球を攻撃していたナラーダ号へと潜入し、その破壊とパイク船長の救出に成功する。地球を救った功績を認められたカークは、正式にパイクの後継のエンタープライズ号船長に就任する。そして、若き日の自分の前に姿を現した老スポックは、カークとの信頼関係が二人の未来に大きな意味を持つことを説く。スポックは副長として、カークの下で働くことを決意するのだった。