主水の最期について現時点では明確な描写は無く、それとなく匂わせるものに留まっている。劇場版第6作『必殺! 主水死す』では、権の四郎との死闘の末、その場に居合わせたかつての愛人・お千代に刺され、その直後に爆発に巻き込まれた。そのタイトルからして主水の死を思わせるものだが、劇中では爆発後の現場に十手が落ちている描写があるのみで死体は映っていないため、実際には生死不明である。その3年後に連載が始まった漫画『必殺仕置長屋』では「3年前から行方不明」と語られている。しかし、その約10年後に制作、放送した『必殺仕事人2007』には特に説明もなく登場しており、その経緯は説明されていない。その後の藤田まことの急逝を受けての『必殺仕事人2010』では「西方へ赴任した」とされ、主水、せん、りつのその後については言及されていなかったが、その後主水は2018年のテレビスペシャル『必殺仕事人』で江戸木挽町の自身番屋に戻っており、小五郎の窮地を救い、未だ中村主水が健在であることが判明した。これらが描かれる前に、主水の末路について藤田は「どぶ川に顔を突っ込む、みっともない死に方」。山内久司は「平穏無事に晩年を迎え、認知症となり、『俺は仕事人だ』と公言するも周りは誰も相手にしない」と想定していた。なお、制作側の思惑は『水戸黄門』や『遠山の金さん』、『銭形平次』のように「主水が死ぬ状況について、特に描写しない」というものであり、『必殺仕事人』第27話で、殺し屋組織との抗争で、奉行所に裏稼業が発覚し、主水が単身で戦い、命を落とすものもあったという。なお、劇中では、主水は『必殺商売人』第18話の冒頭でも殺されている。1992年に企画された脚本では「主水の裏稼業が発覚し、せんとりつは奉行所に捕らえられる。発覚後、仲間に匿われていた主水は取調べを受ける、せんとりつの救出のために駆け付け、2人を救い出す。しかし、せんは拷問のために命を落とし、主水の裏の顔を知った、りつが彼を刀で刺し、主水は追っ手に囲まれながら、中村家の門前で命を落とす」といった凄惨極まりないものになっていたという。
B滑走路（第2滑走路）は、2002年5月に開かれた日韓ワールドカップに間に合うよう、同年4月18日に、当初計画の長さより短い2,180メートルの暫定平行滑走路として供用開始された。これは滑走路の用地買収が進まず、34R付近にある反対派住民の住居と農地を避けるため、B滑走路の一部を計画時より北16L側に延伸させたためである。延長が短いためB滑走路の離着陸には制約が設けられ、重量の大きなボーイング747以上の大型機と貨物を含む長距離国際線には使用できず、中小型機と国内線・近距離国際線のみに使用された。本来の長さである2,500メートルへの延伸は、東峰地区にある反対派の敷地を避けるため、条件賛成派の土地を買収して空地となった16Lを北西方向へ320メートル延長する案が提示された。2006年8月開催の100回に及ぶ公聴会意見を踏まえて、同年9月11日に当時の国土交通大臣・北側一雄がこの案を認可し、2009年10月22日から2,500メートルでの供用が開始された（方角と大臣姓双方の語句から北側延長と言われている）。そのため、進入灯は東関東自動車道の上を通っている。供用開始時期は、当初2010年3月としていたが、2009年3月23日に発生したフェデックス80便着陸失敗事故の影響を受け、NAAと国土交通省が協議をした結果、前倒しでの実施となった（詳細は歴史の節を参照）。B滑走路では2,500メートル化に伴い、重量が大きく長い離着陸滑走距離が必要になる貨物機や、ボーイング747-8やエアバスA380やAn-225を除いた大型機の着陸が可能となった。また、燃料を満載する長距離国際線ではアメリカ西海岸地域やモスクワへ向かう直行便が離陸できるようになった。しかし、B滑走路に並行する西側誘導路の一部が空港反対派民家とその所有地を避けるため、滑走路側に向かって「への字」に湾曲していた。このため、この部分を走行する航空機は、離着陸機の滑走に合わせて一時待機を余儀なくされていた。これを解消するため、NAAはすでに用地収得済みの「への字」部分について、カーブを緩やかにする改修工事を2010年11月末までに完成させ、2011年3月10日より一時待機は廃止された。これにより滑走路との安全距離が確保され、誘導路上での一時待機がなくなり発着効率が大きく向上した。2009年7月30日にはB滑走路東側に新誘導路が供用開始され、東側誘導路は「離陸（出発）機専用」・西側誘導路は「着陸（到着）機専用」となり、誘導路の使い分けにより離陸までの時間短縮が可能になった。これにより、第2旅客ビル北側において着陸機がある時に行っていたB滑走路へ入るホールド（待機）は廃止され、ホールドスポットも廃止された。また2012年度末に新たにB滑走路西側誘導路と第2旅客ビル地区とを結ぶ誘導路増設工事を進めていたが、2013年3月7日より、約720メートル延長された新誘導路と横堀地区エプロンを供用開始した。西側誘導路の整備により、第2旅客ターミナルビルのサテライトから出発した航空機がB滑走路南端から離陸する場合、従来の東側誘導路を通るよりも走行距離が約1,800メートル短縮され、所要時間も約220秒短縮された。2016年9月には、現在2,500メートルのB滑走路16Lを北側（成田市側）に更に1,000メートル延伸して、3,500メートルにする計画が提示された。