生体または死体から摘出した膵臓よりランゲルハンス島を分離し、糖尿病患者に移植することができるようになった。これを膵島移植という。カナダのグループによりエドモントンプロトコールと呼ばれるステロイドを用いない新しい免疫抑制法が導入されてから、ランゲルハンス島の成着率は飛躍的に改善したが、それでも、一人の患者の治療に何回かの膵島移植が必要となることが多い。現在のところ、長期に渡ってインスリン治療から離脱できる患者は少数であり、膵臓移植のほうが成績は良い。門脈内へランゲルハンス島を注入するだけであり、膵臓移植と比較して移植を受ける者の体への負担が軽いうえ、合併症のおそれも少ない。日本では2004年に始まったが、2007年にBSE問題で中断された。当時は移植過程で、牛の脳の成分を一部利用した薬が使用されていたためである。その後、牛の脳を使わない手法も開発され、2010年からは高度医療評価制度が適用されることになった。課題としては、臓器等の提供者が少ない日本で、十分なランゲルハンス島を得ることが難しいこと（提供された膵臓からランゲルハンス島の分離に成功する確率は50%程度）や、高額な費用などが挙げられる。近年においてはiPS細胞(人工多能性幹細胞）で膵島を作り，糖尿病患者など膵島が機能をしていない患者に移植しようとする計画がある。iPS細胞は患者自身から正常細胞を採取し生成するため自己免疫機能による移植時の移植した細胞の死を防ぐことができる。ただし、費用面の問題もあり実用化は極めて困難である。
蒸留によって得られた無色透明の蒸留液（ニューポット、ニュースピリッツ、ブリティッシュ・ファインスピリッツ）は、フィリングステーションと呼ばれる施設で樽詰めされた上で、保税貯蔵庫（ウエアハウス）に貯蔵される。貯蔵中には時間の経過とともに、熟成（マチュレーション）と呼ばれる性質の変化が起こる。スコットランドでは3年以上の熟成期間が法定されている。ただし実際は10年ないし12年にわたって品質の向上は続き、法定期間よりも長く熟成されるのが一般的である。モルトウイスキーの場合、18年間ないし20年間の熟成させたものが最も味わい深いとされる。まず、蒸留の工程で得たニューポットに加水し、エタノール濃度を63.5%程に下げる。約60%のエタノール濃度は、ウイスキーにとって重要な意味をもつ。なぜならば蒸留後に行われる熟成の過程においてエタノールは樽の木材に含まれる、ウイスキーの品質を基礎づける高分子成分を分解する（エタノリシス）が、このエタノリシスはエタノール濃度が約60%であるときにもっとも盛んになるからである。ウイスキーの貯蔵に適しているのは、「あまり気温が高くなく、湿度の高い、清澄な環境」で、「めりはりの利いた四季の変化、適度な温度変化や湿度変化があることが望ましい」とされる。樽の中のウイスキーは湿度や温度の影響を受ける。例えば気温が上昇すると樽の中のウイスキーの容量が増加し樽内の気圧が上昇、その影響で揮発成分が樽の外へ蒸散する。逆に気温が低下すると樽の中のウイスキーの容量は減少し樽内の気圧が下降、樽の中へ外の空気が入り込む。前者の現象は初夏から秋口にかけて、後者の現象は晩秋から初春にかけて起こる。このような気体の出入りは「ウイスキー樽は呼吸をしている」と表現される。樽に隙間が生じていたり木材の乾燥が足りないと、呼吸に過不足が生じることになる。ウイスキー樽の「呼吸」により樽の外へ蒸散する揮発成分の量は、1年目は年2%ないし4%、2年目以降は年1%ないし3%にのぼる。この蒸散量を「天使の分けまえ（エンジェルズ・シェア）」という。蒸散する気体の中にはエタノールだけでなく、硫黄化合物などウイスキーの味を損なう成分も含まれており、古賀邦正によると「天使に『分けまえ』を差し上げる代わりに、暴れ馬のニューポットを品格あるウイスキーに育ててもらっている」。一方、樽の外から中へ入ってくる空気（正確には空気中の酸素）はウイスキー中に溶け、そこに含まれる成分を酸化させる。この酸化をきっかけとして、ウイスキーの熟成が始まる。酸素はウイスキーの色の変化にも関与しており、酸素が足りない環境で熟成されたウイスキーはどす黒く変色してしまう。水分も樽を出入りしており、出入りする水分と蒸散するエタノールの量のバランスによって熟成後のエタノール濃度は変動する。一般にスコッチ・ウイスキーが貯蔵・熟成される場所は湿度が高く、水分の蒸散が進みにくいため、貯蔵を続けるに従ってエタノール濃度が低下する傾向にある。なお、熟成を70年ないし80年続けると500リットルの樽の中身はすべて蒸発するとされる。マッカランの蒸留所で1926年に醸造を開始した500リットルの樽入りのウイスキーを1986年に瓶詰めしたところ、25リットル余りに減少していた。樽を静置する方法には、静置した樽の上に敷いた板の上にさらに静置していくダンネージ方式と、貯蔵庫を予め複数段の床で仕切ってから静置するラック式とがあり、ダンネージ方式では3段ないし4段、ラック式では10段以上にわたって静置される。いずれの方式をとる場合でも、樽は横向きに倒して静置するのが基本である。縦向きに静置した場合樽の側板に負担がかかり、中身が漏れる状態が生み出されやすい。ウイスキーが入れられたパンチョンやシェリーバットの重さは600kgほどになるが、横向きにして転がすことで容易に移動・方向転換ができる。なお、貯蔵庫の中は低い位置は温度変化が少なく高湿度、高い位置は温度変化が激しく低湿度な傾向にあり、もとは同質のニューポットであっても樽を静置する高さによって仕上がりに差が生じるが、この仕上がりの違いは、段数が多く高低差の大きいラック式の貯蔵庫でとくに顕著にみられる。ちなみに伝統的な方法では、熟成開始後に樽を静置する場所が変えられることはない。樽の中に入れられた無色透明のニューポットは貯蔵開始から半年ほどで淡い黄色に、2、3年で黄褐色になり、さらに「明るく輝くような琥珀色」となった後、赤味を帯びる。この色の変化は、樽に由来する（樽から溶け出した）成分の作用による。熟成が進むにつれ、ニューポットが持っていたエタノールの刺激的な臭いは次第に消え、熟成香と呼ばれる臭いが出てくる。多くの場合、熟成による品質の向上は10年ないし12年ほど続き、それ以上向上が見込めないと判断されたウイスキーは熟成の工程を終える。「○年貯蔵」という表現は単にその期間貯蔵されたということを意味するのではなく、熟成による品質の向上がそれだけの間続いたということを意味する。