礼拝用の大広間の天井に配置されたウマイヤ・モスクで最大のクッバ（ドーム、穹窿）は、外から見ると鷲の頭に見え、大広間の東西の裾が鷲の広げた羽のように見えるので、「鷲のクッバ」（Qubbat an-Nisr）と呼ばれている。「鷲のクッバ」は元来、木製であったが、1893年の火事で焼け落ちた後は石造になった。21世紀現在のクッバの高さは36メートルあり、八角形の基部の上にドーム構造体が乗る構成である。八角形の基部の各辺にはアーチが形成され、アーチの中に窓が2つ設けられている。基部は大広間から伸びる円柱（リワークの一部）により支えられている。
ダマスクスから見て南にあるメッカへ向けてサラート（礼拝）を行うため、ハラム（礼拝室）は建物の南に配置された。ハラムの南面にはメッカの方角「キブラ」を示す「キブラ壁」があり、それと並行に3列のリワークが走っている。リワークはいずれも上下2層構造で、コリントス型円柱により持ち上げられた下層のアーチ1つあたり、2つのアーチが上層に配置される。このパターンは上述したサフンのリワークと同じである。キブラ壁と並行の3列のリワークは、ハラムの中央からキブラと直交する方向に走る、ハラムで最大の2列のリワークと交差する。当該リワークの間（すなわちキブラ壁の中央）に、モスクの主ミフラーブ（キブラを示す壁龕）やミンバル（ムフティーが説教する説教壇）が配置されている。主ミフラーブを含めミフラーブは4箇所にあるが、副ミフラーブのうち東側にあるものは「サハーバのミフラーブ」と呼ばれる。9世紀の学者、ムーサー・ブン・シャーキルによると、サハーバのミフラーブはウマイヤ・モスクが建設された当初からこの位置にあり、イスラームの歴史の中で3番目に古いミフラーブである。ハラム全体の広さは東西136メートル、南北37メートルである。この東西方向に極めて長い室内空間は、メッカがある南向きに幅広の空間として計画されているにもかかわらず、縦方向（東西方向）の身廊として見えてしまうという錯覚をもたらしている。このため、ウマイヤ・モスクの研究を行った初期の専門家はハラムの内部をリワークによって区切られた東西方向の袖廊と翼廊として語るという誤りを犯している。そして、このような縦長に見える内部空間は初期キリスト教建築のバシリカを強く連想させるものであった。このキリスト教の教会堂のように東西方向に建物の軸線が通っているかに見えてしまう視覚効果のために、ウマイヤ・モスクのハラムは歴史家や考古学者によって、幾度となく「ワリード・ブン・アブドゥルマリク（ワリード1世）によって奪われたビザンティンの教会堂そのものである」と論じられることになった。実際には元々あったキリスト教の聖堂は一度解体されており、こうした主張は正しくないが、リワークに使われている列柱を始め、元のキリスト教の聖堂（洗礼者ヨハネ教会）から大きな影響を受けていることも事実である。アンリ・スチールランはハラム内部（および中庭）のリワークに用いられている円柱は、元来はユピテル神殿に属しており、洗礼者聖ヨハネ教会に転用されていたものを更に再利用したものであることはほぼ確実であるという。そして、モスクへの建て替え時に元々存在したアーケードの部材を有効に再利用しようとしたことが、ウマイヤ・モスクの全体設計とハラムの形状に大きな影響を与えたと推測している。
SoCにはApple A9を採用、iPhone 6 Plusに引き続き64bitアーキテクチャとなっており、パフォーマンスはCPUが70%、GPUが90%向上したとしている。採用されたモーションコプロセッサーのM9はSoCに組み込まれており、バッテリー駆動時間が向上したほか、各種センサーの常時起動性能の向上も計られ、Siriが常時起動状態となりいつでも「Hey Siri」と呼びかけることでSiriを呼び出すことが可能となった。指紋認証システムのTouch IDも第2世代となり、指紋認証が従来よりも高速化している。外見上はiPhone 6 Plusとほぼ同じであるが、ケースにApple WatchSportsでも使用されたアルミニウム7000シリーズが採用され、強度は前世代比較で2倍以上と言われている。その反面、厚さが0.2mm、重量が20g増加している。フロントガラスはイオン強化ガラスを採用。またカラーバリエーションは従来のシルバー、ゴールド、スペースグレイと、新たにローズゴールドが加わった4色となる。ディスプレイは新たに「3D Touch」という新たな操作が追加されている。これはディスプレイの裏面に圧力センサーを内蔵し、押し込む動作を感知できるようになった。またApple Watchでも用いられている「Taptic Engine」を内蔵することで、押し込んだ動作を感知すると振動として押した感触を伝えることができるようになっている。これによりメールでは一覧で軽く押し込む事でプレビュー表示をし、さらに深く押し込むと全体表示ができる、メールなどに書かれているURLを軽く押し込むとそのWebサイトのプレビューができる、同様に住所を軽く押し込むとその場所の地図のプレビューが表示される、写真撮影中にサムネイル画像を軽く押し込むと撮った写真のプレビューを表示する、などの操作ができるようになったほか、ホーム画面でのアイコンを押し込む事で頻繁に使われる操作がクイックメニューとして表示される「クイックアクション」や、画面左端を押し込みながらスライドするとアプリスイッチャーが表示される、メモアプリなどで手書きを行った場合感圧機能によって太さが変えられるなどの機能も使えるようになる。メインカメラのiSightは画素数が12メガピクセル（1,200万画素）に増強され、画素間で光が混入しないような仕組みが施されている。動画撮影時には4K（3,840×2,160ドット）30fpsの動画が撮影可能となった。また写真撮影時に短い動画を同時記録する「Live Photos」を搭載、これによる動画は写真アプリ上で3D Touchの押し込み操作を行うことで表示ができるほか、ロック画面の待ち受け用にも使うことができる。iPhone 6 Plus同様に光学式手ぶれ補正機能を搭載、前機種では写真での手ぶれ補正ができたが、この機種ではさらに動画でも手ぶれ補正が可能となった。フロントカメラのFaceTime HDカメラも画素数が500万画素に増強されたほか、自撮り撮影時にディスプレイを真っ白に明るく光らせる「Retina Flash」機能が追加されている。