「宮座」という語が出現するのは近世以後なおかつ西日本を中心とした地域である（東日本では特定の「総本家」が主宰する事例が多い）が、その組織の由来は古代末期にまで遡る。このため、「宮座」の語の有無を問わず、神職を持たずに村の住人のみを構成員として祭祀を行う組織を歴史学・民俗学・宗教学などの学術研究の分野においては「宮座」と呼称している。宮座は大きく株座と村座の2つに分けることができる。株座は名主・草分け・勧請主・社家・社人やその一族など特定の家々が世代を超えて資格を保持しておりその家系の者だけが参加できる特権的祭祀組織である。これに対して村座は基本的には一定の年齢もしくは元服などの特定の儀式を済ませた村人であれば誰でも資格を獲得し、定員がある場合でも空席が出来た場合には年齢順・儀式授与順に繰り上がって座入（加入）が許される祭祀組織である。通説では株座が先に成立してそれが開放されて村座となったとされているが、反対に村座が階層分化によって閉鎖されて株座になったとする見方もある。また、畿内には株座と村座が並存する重層構造となっている例もあった。宮座は基本的には臈次制が採用され、年齢や経験などによって若衆・中老・乙名（大人・年寄）などの区分が見られ、更に乙名の中でも総責任者である一臈（一和尚）以下二臈（二和尚）・三臈（三和尚）などの序列があった。祭事の執行にあたる神主には一臈が就任する場合と乙名の中で年番で交代する場合（一年神主・年番神主）があり、祭祀の準備の責任者となる頭屋（当屋・頭人）を年齢や家順・座入順・籤引などで決定する（神主が兼務する例もある）。頭屋は通常一軒が務めるが、同族や近所の家が助ける場合もありその場合には前者を本頭、後者を脇頭・助頭と言った。宮座の運営及び祭祀の神饌などにあてるために宮田・座田と呼ばれる特殊な田地が設定され、頭屋が清浄を重んじて下肥を用いずに耕作するなどの特殊な配慮が行われていた。また、宮座が山林を保有してその収益を運営にあてる場合もあった。戦後には宮座に関する学術的研究が急速に進展した。代表的な研究家としては肥後和男・豊田武・原田敏明・松平斉光・高橋統一・萩原龍夫・安藤精一・薗部寿樹などが挙げられる。
1882年8月に発生した李氏朝鮮の壬午事変では、日本公使館焼き討ち事件や公使一行襲撃事件が発生し、当時の日本の周辺地域は、外国公使館への暴動が発生するなど混迷を極めていた。事後条約となる済物浦条約の公式謝罪並びに賠償金の借款のために訪日した李氏朝鮮側の関係者に対して、外務卿の井上馨や福澤が関係者を世話したことが井上が渡鮮する契機となった。同年12月、福澤の指示によって朝鮮政府顧問として派遣された牛場卓蔵、高橋正信に井上も同行。朝鮮の一般庶民の意識改革の為、識字率を上げる必要を感じていた福澤は、井上らに「朝鮮の独立と朝鮮人の啓蒙の為には、朝鮮語による新聞の発行が不可欠」と訓示した。牛場と高橋は厳しい情勢に見切りをつけて帰国したが、井上だけは朝鮮に留まり1883年、外衙門顧問（外交顧問）に任命された。井上は、しばらくの間政府の組織・運営などについてじっくり観察していたが、改革するには王自ら乗り出さなければならないという結論に達した。そこで改革し易いような雰囲気を作るべく思い立ち、官報に近い新聞の発行を進言した。これが受け入れられ登竜門に教育・文化を扱う博文局が設立され、穏健派の金允植がその責任者となり同年10月1日、同局から「漢城旬報」を創刊した（10日に一回発行）。井上は翻訳、編集指導として関わった。「漢城旬報」は朝鮮における最初の近代的新聞であった。ところが同国の保守派の人々は危険分子を助長させるとして反対した。また清国人は清国の従属国朝鮮が官報に独立論を掲載したのは許しがたい行為であるとし、その背後に日本があると断じ非難した。「漢城旬報」の文章は、当初は純漢文であったが、福澤は井上から送られて来た「漢城旬報」の第一号・第二号を見て「朝鮮には諺文（ハングル）があるはずだ。諺文を使えば多くの人が読めるようになるだろう」と指摘。井上は早速ハングルの使用について検討を始めた。当時ハングルの使用については、保守派があれこれ難癖をつけ使用の目途はつかなかった。1884年12月に朝鮮で起こった急進改革派の金玉均・朴泳孝らによる甲申政変は、韓国併合の契機となったといわれるが、井上はこの事件の巻き添えをくい、駐朝公使・竹添進一郎や在留邦人とともに命からがら首都漢城を脱出・日本に逃れた。1885年早々、井上が朝鮮へ戻ろうとしたとき福澤は「行く必要はあるまい」と止めたが、井上は「先生がお教え下さったハングルの普及のため是非とも行かなければなりません」と言って漢城へ戻った。しかし博文局は焼け、その復旧に手間取り、ハングルを使うという空気ではなかった。そこで事あるごとにハングル使用の必要性を説き、ようやく実現の運びとなったが、ハングルの活字を作る職人がいなかった。このため井上は日本に帰り、活字職人二人を連れて漢城に戻った。井上は急ぎ準備を進め、井上の編集指導のもとに1886年1月「漢城旬報」の後継誌「漢城周報」が創刊された（週に一回発行）。この「漢城周報」は、政府公認の公文書（官報）としては初めてハングルによる朝鮮文（吏読文など、漢字表記の朝鮮語が政府の実務文書に使われることや、民間への教化や布告がハングルで出されることはあった）が使用された。ここでは、国漢文という日本の漢文訓読体をモデルにした新しい文体（ハングル創製以来使用されていた、単なる漢字交じり文とは別）が採用されたが、これは日本の漢文訓読体に通じていた日本知識人である井上のアイディア・示唆があったとされる。実際に文体を作成したのは老儒学者の姜瑋とされる。「漢城周報」の発行部数は約3000部。読者は主に役人でこの新聞自体は庶民には浸透せず、新しい文体である国漢文も植民地統治期に官報などで限定的に使用されるのみにとどまったが、新聞にハングル表記の朝鮮語が使われたという点で朝鮮におけるハングル使用のエポックとされる。同紙は井上の指導のもとに軌道に乗ったが、はじめ協力的だった関係者の気持ちが次第に遠のいていった。背後に閔妃ら反日的な保守派が勢力をもたげたからだと言われている。朝鮮の開化を願って朝鮮へ渡り、朝鮮人と共に行動したにもかかわらず結局受け入れられず。不満を胸に同年末、井上は帰国するが、井上の帰国した後も新聞の発行は続いた。1887年6月には、福澤にアメリカ移住を勧められ、30数名の広島県人者を連れて渡米。この頃アメリカ本土への移民は、まだ学生が主で労働目的の移民は多くなかった。井上はカリフォルニア州で農業を営み「時事新報」に体験を寄稿。これを読み移民を志した者も少なくないと言われる。