運転士が乗務する乗務員室（運転室）は、急曲線での前方視認性を確保するため、これまでの鉄道線車両と同様に中央運転台とした。客室からの運転台越しの展望を確保するため、機器は運転台コンソールや天井裏に格納し、客室から見える場所には必要最小限の機器のみ配置することとした。運転台コンソールは、正面に速度計を配置し、右側には圧力計や乗務員との通話用の機器を、左側には各種表示灯と電圧計を配した。運転台は2ハンドル仕様で、左側のハンドルは主幹制御器と電気制動（マスコンハンドル）、右側のハンドルが制動制御器（ブレーキハンドル）で、いずれものハンドルにもデッドマン装置が搭載されており、どちらか片方のハンドルを握っていればデッドマン装置は動作しないようになっている。
景色を楽しむ車両であるため、内装は過度な装飾は控えられ、車内全体に落ち着いたやさしい雰囲気を醸成することをねらった。室内の照明には電球色の発光ダイオード (LED) を採用したほか、天井や窓上部分はホワイトを基調とし、窓下部分の側壁や座席は木目調とした。座席はすべてクロスシート（ボックスシート）とした。「クロスシートゾーン」には6組のボックスシート(シートピッチ1640mm)が設けられ、通路側の肘掛と窓枠下部には強化木材を使用したほか、窓側にはカップホルダーを設けた強化木材製の大型テーブルを設置した。座席のモケットは赤系統の色を基調とした。また、窓を大型化したことに伴い、窓上の荷物棚は設置せず、座席下に床から一段高くした荷物置き場を設けた。客用扉付近と強羅側の「展望ゾーン」の座席については折りたたみの出来る構造とし、最繁忙期には折りたたむ事により立席定員を増加させることによって、混雑緩和を図ることとした。強羅側の「展望ゾーン」には車椅子スペースを設けたほか、箱根湯本側の「展望ゾーン」には優先座席と腰掛つきの手すりを設けた。
本節では、登場当時の仕様を記述する。変更については沿革で後述する。「アレグラ号」は全長15mの制御電動車として製造された車両で、形式はクモハ3000形である。両側に運転台のある車両で、1両の単車運行や2両編成での運行や、2000系2両編成に連結した3両編成での運行が可能である。車両番号については、巻末の編成表を参照。
箱根登山鉄道では鉄道線の輸送力増強のために、1993年7月から3両編成での運行を開始していたが、その後も多客時には電車に乗るのに1時間近く待つことがあるほどの混雑となることがあった。その後、1997年6月17日付で「サン・モリッツ号」の第3編成（クモハ2005+モハ2203+クモハ2006）が増備されたあとには車両の増備はなかったため、全列車での3両編成運用は出来ず、混雑時にも2両編成が運用されることになり、利用者からは不評であった。その後も新車導入の検討は行われたものの、車両に対する大型投資は行われなかった。2004年に「ベルニナ号」の冷房化改造が行われた時には、可能な限り出費を抑えるという観点から、大容量の電源装置を装備する「サン・モリッツ号」の中間車を連結することによって冷房用の電源を確保することにしており、車両数は変わらなかったため、2両編成の列車が残ることになった。その後、2012年5月に箱根登山鉄道・箱根ロープウェイ・箱根観光船・箱根施設開発の4社が発表した大型投資の計画には、「繁忙期には全列車を3両編成とするための新型電車を製造する」ことが盛り込まれた。また、新型電車のデザインは、小田急ロマンスカー50000形VSE車・60000形MSE車のデザインに携わった岡部憲明が担当することとなり、2013年6月にはデザインも決定した。こうして、2両で約8億円を投じ、箱根登山鉄道の鉄道線では25年ぶりとなる新型車両として登場したのが3000形「アレグラ号」である。
2004年1月9日から同年12月24日までテレビ東京系列6局（テレビ北海道、テレビ東京、テレビ愛知、テレビ大阪、テレビせとうち、TVQ九州放送）をはじめとした日本の放送局にて放送された。TXNでの放送時間は金曜日の18:00 - 18:30。アメリカ合衆国では翌2004年1月31日から2005年1月31日まで『TRANSFORMERS ENERGON』というタイトルでカートゥーン ネットワークで放送された。BSジャパンでは2004年1月13日から2005年1月4日まで毎週火曜日午後6時55分台に時差ネットで放送されていた。トランスフォーマーシリーズ20周年の記念作品でもある。いわゆる『マイクロン三部作』（『マイクロン伝説』、『スーパーリンク』、『トランスフォーマー ギャラクシーフォース』）の第2作である。登場するサイバトロンの多くが、大型ロボットの上半身と下半身の両方に変形する能力を備えており、2体のトランスフォーマーで上下合体（スーパーリンク）することでパワーアップできる。対するデストロンは攻撃形態であるハイパーモードに変形する。『トランスフォーマー ザ・ムービー』のオマージュとも言える演出が見られた前作に引継ぎ、今作では『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー2010』や『トランスフォーマー ザ☆ヘッドマスターズ』のオマージュと見える演出が見られ、また『G1』 - ザ・ヘッドマスターズ期のサイバトロン戦士やデストロン兵士をリメイクしたキャラクターが散見できる。シリアスなストーリーの中に前作と打って変わって声優陣のアドリブが多く、過去に『ビーストウォーズ』に出演したキャストが多く今作に参加している。また、アイキャッチでは各キャラクターのコメントが入っている。本作ならびに海外版で続編にあたる『ギャラクシーフォース』では、ロボットのキャラクターが一部のシーン（16話でアイアンハイドが消滅するシーン及び50話で巨大化したオメガコンボイとガルバトロンが激闘するシーンなど）を除きCGで表現されている。シリーズで初めて、日本の地上デジタルテレビ放送で全話視聴できた作品でもある（ただし地デジで視聴できたのはテレビ東京・テレビ大阪・テレビ愛知の3局のみであった）。