リビアは当初、容疑者らの引渡しを拒否したため、国際連合安全保障理事会は1992年1月21日に容疑者の引渡しを求める決議731を採択。しかし、リビアの最高指導者であるムアンマル・アル＝カッザーフィー（カダフィ）は「容疑者はリビアの国内で裁判中である」ことを理由に容疑者の引き渡しを拒否し続けたため、国連安全保障理事会は1992年に、リビアに対し制裁を目的とした決議748を採択、翌年1993年にはこれを強化する決議883を採択した。リビアはその後、相次ぐ制裁により態度を軟化させ、容疑者引渡しに合意。1999年4月5日、首都トリポリで国連代表に2人を引き渡した。さらに2003年には、遺族に対する総額27億ドルの補償金支払いも約束。補償金支払いを約束した時点では、リビア政府が事件への直接関与したのではなく、リビアに属する公務員の違法行為による責任をリビア政府が負う、という形で国家責任を認めるというものであった。しかし、後にアメリカの圧力を受けて撤回し、政府の直接責任を認めている。
最初、アメリカ当局は同年7月に起きたアメリカ海軍のイージス巡洋艦によるイラン航空655便撃墜事件に対する、イラン政府による報復行為ではないかと疑っていた。また、103便の事件が発生する数ヶ月前、ドイツでは航空機爆破を計画していたパレスチナ人のテロリストグループが逮捕されており、パレスチナ人によるテロが行なわれた可能性も疑われた。さらに、サウジアラビアの新聞社にはイスラム原理主義を名乗る悪戯の犯行声明が届いた。この他にもIRAが犯人として疑われた。調査が進むうち、残骸から発見されたタイマーの製造元が分かり、その会社が製造したタイマーをすべてリビアへ売ったことが判明した。さらに、爆弾を入れたスーツケースに入っていた服を売っていた店がマルタにあることが判明し、その従業員の証言から買ったのが「リビア訛りの強い男」と特定されるに至る。このことから、リビア人のアブドゥルバーシト・アル・メグラヒとアル＝アミーン・ハリーファ・フヒーマの2人が容疑者として浮上した。彼らはリビアの情報機関に所属しており、アメリカによる1986年4月15日のトリポリをはじめとするリビア爆撃に対する報復としてこの事件を起こしたとされる。皮肉なことにリビアの空爆はリビア当局のテロ行為支援に対する報復という名目であったため、「テロに対する報復」が更なる「テロによる報復」を生じさせていた。事件で使われた爆弾は、パンアメリカン航空のボーイング727がマルタの空港に着陸した際に積み込んだといわれているが、この点は後の裁判でも争点になっており、詳細はわかっていない。一説ではマルタ航空機がフランクフルト国際空港まで運んだ航空貨物であったという説もある。また、2週間前にフィンランドのヘルシンキにあるアメリカ大使館に犯行を予告する電話があったが、航空当局に通報されたにもかかわらず、「航空会社の経営へ悪影響を及ぼす」ということと、「テロリストを利するだけ」という理由から無視されていた。そのため、一般には何の警告もなされていなかった。2011年2月23日のスウェーデンの新聞（電子版）の報道によれば、ムスタファー・アブドゥルジャリール前司法書記（法務大臣に相当。後にリビア国民評議会議長）がカッザーフィが命令したと証明できると証言している。ただし証拠を示していないため、事実かどうかを確認することはできないままにある。
ポルトガル領モザンビーク・東アフリカ（ポルトガル語: Estado da África Oriental、通称ポルトガル語: Província Ultramarina de Moçambique）での独立戦争は最も遅く始まった。独立ゲリラを率いたのはマルクス・レーニン主義のモザンビーク解放戦線（FRELIMO）である。ポルトガルに対しての最初の攻撃は1964年9月24日(または8月21日)、カボ・デルガード州チャイで行われた。戦闘はやがてニアッサ州、中部のテテ州にまで広がる。11月16日、北部のシラマ地方での戦闘においポルトガル軍ははじめて敗北する。その頃には、独立ゲリラの勢力は相当に大きなものになっていた。モザンビークには少数のポルトガル軍部隊しか存在しなかったため、FRELIMOの拡大を許すことになった。ポルトガル軍は南部へと撤退をはじめ、マラウイからの援助を受けられるテテ州のメポンダやマンディンバといった街を目指した。1967年までFRELIMOはテテ州に関心を示さなかった。FRELIMOは北端にあるふたつの州に目を向けていた。ニアッサ州を獲得することで、ザンベジアとの回廊を作ることに狙いがあった。1970年4月まで、FRELIMOの軍事活動は着々と増していった。主な活動領域はカボ・デルガードで、サモラ・マシェルが指揮を執っていた。モザンビークでの戦争は、ローデシアの大々的な介入を受け、ポルトガル軍の援助のみならず、単独でも作戦が行われた。1973年まで、植民地の大部分はポルトガルの支配下にあった。1970年、ポルトガル軍のカウルザ・デ・アリアガ准将による、"ゴルディオスの結び目"作戦（Operação Nó Górdio）が実行される。モザンビーク北部のゲリラ基地を破壊するという内容だった。議論の分かれるところであるが、歴史家や戦術家は、この作戦は失敗であったとみており、さらにポルトガル軍への状況を悪化させたともいわれる。しかし一方で、この作戦にかかわった双方の将校、部隊、立案者、それもFRELIMO側の高官にも、この作戦はポルトガル軍の圧倒的な勝利として述べられてもいる。しかしそれでも、マルセロ・カエターノ首相により、アリアガは更迭された。これはリスボンにおいて革命が起こる直前のことだった。アリアガの失脚は、おそらく政権から反乱を疑われたことが原因だろう。テテ州のカオラ・バッサダムの建設には、多くのポルトガル軍部隊（モザンビーク駐留部隊の半数近く）が駆り出されていたが、このダムの建設計画はFRELIMOの攻撃の対象となり、FRELIMOはたびたび攻撃を仕掛けては失敗した。1974年にはFRELIMOにより、ヴィラ・ペリー（現シモイオ）への迫撃砲攻撃が行われた。ヴィラ・ペリーは大都市であり、これがFRELIMOの最初で最後の都市攻撃だった。