二木島町では、過去に何度も津波の被害を受けており、東南海地震が発生した場合、震災発生後13分後に19.16mの津波が襲来するという三重県の予測がある。想定通りの高さの津波が押し寄せた場合、避難所に指定されている荒坂中学校でも危険だと朝日新聞は報じている。2011年（平成23年）12月の夜間に行われた避難訓練では高台を通る国道までの避難に30分かかり、高齢の住民からは「もう無理」との声も聞かれた。また災害発生時の孤立が懸念されており、実際に1998年（平成10年）と2001年（平成13年）には国道311号が土砂崩れで寸断され、住民が孤立してしまった。こうした中、二木島町にある1980年（昭和55年）開設の「熊野市立荒坂診療所」では災害医療に備えてさまざまな準備を行っている。勤務する唯一の医師は、災害に備えて小型船を所有し、自前で担架を購入、無線の資格を取得して孤立対策をとっている。
1990年（平成2年）3月10日に京葉電車区へ改称。施設増設により、開設当初の計画通りの全面完成に至る。車両面では205系120両の新規投入、103系は習志野電車区から京葉線運用車両100両及び、浦和電車区から30両の転入（編成の詳細は後述）。同時に、快速・通勤快速の運転（線内のみ）と、内房線（君津まで）、外房線（上総一ノ宮まで）、東金線（全線）への乗り入れを開始、快速・通勤快速は終日10両編成（205系）、各駅停車は朝夕10両編成、日中・深夜6両編成（103系）で運用だが、外房線・東金線直通電車（平日：通勤快速、休日：快速）は、外房線誉田で分割・併合をする為、103系10両分併編成の限定運用となった。1993年（平成5年）12月1日から各駅停車終日10両化に伴い、新習志野駅での朝夕ラッシュ時前後の分割・併合が無くなり、翌1994年（平成6年）から10両分併編成を、分割・併合をしない固定編成（以下：10両非分併編成）へ変えていく動きが始まり、各区からの車両の転入・転出と編成の組替により、1995年（平成5年）4月1日時点での103系は、10両分併編成×8本、10両非分併編成×5本、同年10月1日時点での103系は、10両分併編成×7本、10両非分併編成×6本となった。同年12月1日に外房線設備改良に伴い、最高速度向上（110km/h化）の為、この日までに205系全編成に110km/対応改造施工した。1996年（平成8年）1月〜2月にかけて、浦和電車区から103系10両が転入、3月30日に中間に先頭車の無い103系10両編成（以下：10両貫通編成）に組成して、輸送力の増強に当てた。1999年（平成11年）12月4日に外房線・東金線直通運用の内、外房線直通編成の運転区間を東京－勝浦間に延長し、103系の運用範囲が勝浦まで拡大。その後も、車体更新を中心とした、浦和電車区からの転入などにより、2000年（平成12年）4月1日時点での103系の編成は、10両分併編成×7本、10両貫通編成×5本、10両非分併編成×2本となった（編成の詳細は後述）。同年8月1日に、三鷹電車区（現・三鷹車両センター）から、中央・総武緩行線用E231系0番台の投入に伴って捻出された201系が転入、それから11月までに計40両が転入（編成の詳細は後述）、この際、車両は黄色5号から青22号へ外部塗装の変更と、中間先頭車に自動解結装置取付などを行った。103系10両非分併編成置き換えの為に、2001年（平成13年）6・8・9月に201系30両が三鷹電車区から転入、この転入車は、分割・併合をしない編成（非分併編成）で、そのうち2本は、試作車900番台を含む転入だった（編成の詳細は後述）。2002年（平成14年）3月16日に三鷹電車区から205系10両が転入、さらに、山手電車区（現・東京総合車両センター）から、山手線へのE231系500番台の投入に伴って捻出された205系が、同年7月31日と8月22日に計20両転入、これらの転入車は、205系オリジナルタイプの先頭車の編成である。なお、110km/対応改造は施工されていない。この転入により、103系10両分併編成の運用が終了した。同年3月26日に、本線で車両不具合などの対応を行う西船橋派出を設置。2003年（平成15年）12月10日に103系10両非分併編成が廃車され、同編成の運用が終了した。この編成は2002年（平成14年）6月26日に大宮工場（現・大宮総合車両センター）で、DDM（ダイレクトドライブモーター）駆動に改造施工のモハ103-502を連結した編成であった。2004年（平成16年）3月13日ダイヤ改正に合わせて豊田電車区（現・豊田車両センター）から武蔵野線運用車両320両が転入した。