2006年（平成18年）8月28日から、キャッシュカード取引のセキュリティ向上のために指静脈を利用した生体認証機能付のICキャッシュカードの発行を開始。ただし、同年10月1日までは、生体認証機能付ICキャッシュカードへの生体認証情報の書き込みを行っていないので、実際の利用開始は、同年10月2日からになる。なお、これ以降に発行されたICキャッシュカードは原則生体認証に対応したものとなる。
みずほマイレージクラブカードを利用した際に貯まるポイントは、マイレージポイントである。基本的に1000円につき1ポイント貯まるが、《セゾン》アメリカン・エキスプレス・カードを海外で利用した場合は2倍貯まる。また、パートナーズサービスがあり、日本のパートナー企業で利用した場合は2 - 5倍、海外のパートナー企業で利用した場合は2倍それぞれ貯まるが、《セゾン》アメリカン・エキスプレス・カードを海外のパートナー企業で利用した場合は3倍貯まる。ただし、iDとQUICPayを利用した場合はパートナーズサービスの対象外である。一方、みずほSuicaカードを利用した際に貯まるポイントは、JR東日本のビューサンクスポイントであり、基本的に1000円につき2ポイント貯まるが、JR東日本のVIEWプラスの対象商品の場合は1000円につき6ポイント貯まる。なお、ビューサンクスポイントは、マイレージポイントに交換する事が出来、ビューサンクスポイント2000ポイントをマイレージポイント1000ポイントに交換する事ができる。
2004年（平成16年）8月16日より、「みずほバリュープログラム」の後継商品として、取引によっては優遇のある「みずほマイレージクラブ」を開始した。ポイントカード制を大手銀行では初めて本格的に展開、非金利収入面での顧客獲得機会を拡大するサービスとして、2004年（平成16年）の日経優秀製品・サービス賞（日経金融新聞賞）を受賞した。開始から2年半を経た2006年（平成18年）12月時点で会員数は250万人を突破しており、半年に50万人のペースで増加している。
同行はコンビニATMのイーネット・ローソンATM・セブン銀行と個別提携しており、同行独自のATMサービスを提供する。イーネット及びローソンATMでは、入出金、残高照会、振込、暗証番号変更のサービスが利用できる。2006年（平成18年）7月23日よりセブン銀行と提携し、同社ATMにおける独自サービスを開始した。現在みずほ銀行の口座はセブン銀行では入出金、残高照会の3サービスを利用でき、みずほマイレージクラブによる利用手数料優遇の特典も対象となる。
イオン銀行との接続開始時には、同行ATM利用時は手数料が徴収され、みずほマイレージクラブの優遇対象外となっていたが、2013年12月8日の「戦略的提携」の開始に伴い、同行とみずほ銀行の共同設置扱いとなり、みずほ銀行のキャッシュカード利用時は、自行ATMと同様となる。ただし、優遇対象となる振込手数料（ATM統括支店経由であるため、みずほ銀行のいずれの支店宛も本支店扱いとなる）は、いったん引き落とされるものの、後日キャッシュバックされる。
振込に関しては、みずほコーポレート銀行宛の振込手数料は窓口、みずほATMコーナーの他、ネットバンキングサービスであるみずほダイレクト等も含めて、みずほ銀行全てのチャネルからの振込で当行扱となっていた。
ATMコーナーに設置されている「両替機」は、みずほ銀行に口座を開設している人向けの専用機（みずほ銀行のキャッシュカード、あるいは大量の両替を行う利用者に発行される両替機専用カードが必要）である。口座を開設していない人（みずほ銀行のキャッシュカード無し）は、窓口での対応となる（これは、他の都銀でも同様のケースが見られるが、他行では、両替手数料用の硬貨投入口が別に取り付けられているケースもある）。
旧興銀の業務を引き継ぎ、旧興銀店舗またはその承継店舗では、金融債の「割引みずほ銀行債券（ワリコー）」「割引みずほ銀行債券保護預り専用（ワリコーアルファ）」「利付みずほ銀行債券（リッキー）」「利付みずほ銀行債券利子一括払（リッキーワイド）」を発売していたが、2007年（平成19年）3月後半債（3月27日）で発行を終了した。2007年（平成19年）3月後半債（3月27日）で先の4種の金融債は発行終了、財形貯蓄型金融債も特例期限から1年前倒しして、2011年（平成23年）3月後半債の発行にて終了した。また、金融債の保護預かりに利用する「金融債総合口座」も、2013年2月24日で廃止され、翌日より、一般の総合口座や普通預金・定期預金へ、規定上変更された。
単式ホーム2面2線を持つ地上駅。ホーム間は跨線橋で連絡している。以前は島式ホーム1面の両側を使う形をとっていたが、駅舎前に敷かれていた浜厚岸駅への貨物支線が撤去されたこともあり、跨線橋を使う不便を解消するために駅改札に直結する形で単式ホームを1面増設している。よって1番線は線路の両側にホームが設けられているが、かつて使用されていた島式ホームの1番線側には柵が設置され、乗降できないようになっている。現在は上下列車とも、もっぱら増設されたホームを使う1番線に発着する。なお、跨線橋を有する駅では日本最東端である。駅舎は鉄筋コンクリート造りで3324m²の平屋建てである。現在の駅舎は二代目で、2005年に外壁を水色に塗り替えている。有人駅（営業時間は6時20分から15時10分まで）で、みどりの窓口も設置されている。花咲線の運行管理は当駅で行う。管理駅として、上尾幌駅 - 浜中駅間の各駅を管理下に置いている。