日本勧業銀行（第一勧銀の前身）が大正時代に全国各地に設立されていた農工銀行からの事業譲渡や、農工銀行の吸収合併に伴う受け皿支店の開設などの理由に加えて、戦後には、旧勧銀の宝くじ業務の取り扱いもされていたため、3大メガバンクで唯一、全ての都道府県庁所在地・政令指定都市に必ず1つ以上の店舗を有している。旧富士銀の業務を引き継いで、東京都・東京23区・大阪市・北九州市の指定金融機関とされている。東京都の島嶼地域においては、都の指定金融機関である関係上、大島町（伊豆大島）には築地支店・大島特別出張所が、八丈町（八丈島）に浜松町支店・八丈島特別出張所がそれぞれ設置されている。かつては、三宅村（三宅島）に東京中央支店・三宅島出張所が設置されていた。前身行に関西系都銀が含まれなかったので、これらが含まれる三菱UFJ銀行・三井住友銀行・りそな銀行と比較すると関西地区の店舗数は少ない。
2005年（平成17年）、新商品開発などによる経費率・収益力の改善、不良債権の最終処理や、公的資金の早期完済などを掲げた「Channel to Discovery」プランを発表した。これ以降は、重複店舗の一段の統廃合・再配置を進めた。また、不良債権処理も加速化し、MHFG設立時に計上した巨額の赤字処理を以ってほぼ終え、公的資金の返済（旧興銀の旧住宅金融専門会社への不良債権処理に関する追徴課税の取り消しによる税還付2800億円を充当）等により、信用力も一時に比べ向上した。2006年（平成18年）7月4日には、三菱UFJフィナンシャル・グループに続いて公的資金は全額完済され、同年11月8日、親会社であるみずほフィナンシャルグループがニューヨーク証券取引所 (NYSE) に上場した。バブル経済崩壊後はじめて邦銀グループがNYSEへの上場を果たした。
2002年（平成14年）、当時みずほホールディングス傘下であった第一勧業銀行・富士銀行・日本興業銀行の分割・合併により、旧みずほ銀行（存続行は旧第一勧業銀行で、みずほ統合準備銀行を吸収合併）とみずほコーポレート銀行（存続行は旧富士銀で、旧興銀を吸収合併）が誕生した。第一勧業銀行・富士銀行・日本興業銀行は、何れも長い歴史を持ち、20世紀の日本における最高峰の銀行であった。行名のみずほ（瑞穂）とは、「みずみずしい稲の穂」の意とされ、「瑞穂国」（葦原千五百秋瑞穂国）は、日本書紀に登場した日本の美称でもある。日本を代表する銀行を目指すとのことで、この商号とされた。
VHSは、2000年9月13日に「ayumi hamasaki concert tour 2000 A 第1幕」（VHS）と同時発売。DVDは、2000年9月27日にアルバム『Duty』、シングル「SURREAL」、DVD「ayumi hamasaki concert tour 2000 A 第1幕」と同時発売された。第1幕ではハードディスク・レコーダーが使用されていたが、本ツアーからバックバンドを導入するシステムになった。
ボート部は、FNS26時間テレビ (2009年)内の企画である、FNS各局対抗三輪車12時間耐久レースに出場した。しかしながら、マシントラブル等が相次ぎ、リタイアはしなかったものの規定周回数に達せず、完走扱いにならなかった。
2014年5月、本館の建替計画を発表した。本館は2015年8月末をもって閉館し休業、同9月より建替工事に入った。新本館は2019年9月12日に開業した。主要用途はホテルだが、高層棟にはオフィスフロアを配置する。オフィス床は、ホテルオークラ、大成建設、新日鉄興和不動産などが出資する特別目的会社が建物完成後に取得する予定。また、隣接する大倉集古館も同時に施設改修工事を行うため、2014年4月より長期休館している。再開は2018年の予定。一方で、本館の芸術的評価から、建て替えに疑問を呈する意見も多く存在し、米ワシントン・ポストが建て替えに疑問を呈している他、イギリスのモノクル誌による建て替え反対の特別ページが開設されたり、イタリアのボッテガ・ヴェネタのデザイナーであるトーマス・マイヤーが発起人となって、同ブランド公式サイトに特設ページが開設されるなど、建て替えに反対する声も根強い。
2007年に大阪の船場吉兆で起きた牛肉の産地偽装事件の際には、「素材の安定的な仕入れが保証できない場合、メニューから産地を限定する表現を緩めるようにしている。」とコメントしていたにも関わらず、2013年11月7日、ホテルオークラの宇多憲治上席執行役員（当時）、成瀬正治取締役（当時）、鈴木隆太郎広報担当部長（当時）らは消費者庁クラブにて、運営する13ホテルと関連会社3社のレストランや宴会場、ルームサービスなどにて提供した「計235品目の使用食材とメニュー表示が異なっていた」、「信頼と期待を裏切ったことをおわびする」と発表した。これまで虚偽の表示で販売された総数は計約38万6千食、販売額は計約8億7千万円にも上り、同社は利用を確認することができれば返金には応じるとしている。
戦術級・ターン制だが、1つのターンで敵・味方の区別なく、基本的に「ユニットの先制値 + 搭乗パイロットの先制値」の合計が最も高いユニットから行動できる。敵の戦艦か、それ以外のユニットを全て撃破すると勝利となる。全10ターンだが、10ターン以内に決着が付かないと、判定により勝敗が決まる。また、上述のようにユニットはユーザーの出したおおまかな作戦指示により自動的に行動し、細かい行動の指示を出すことはできない。戦闘中の指示の変更も不可能である。攻撃時の命中判定は、まず攻撃・守備両者の能力などから命中確率がパーセントで算出・表示され、それに従って行われる。基本的に命中確率は97パーセントから3パーセントである（ニュータイプ補正により100パーセントを超えることがある）。戦闘終了後は部隊の被害程度により「整備値（REPAIR）」が減少、これが最大値に自動回復するまで戦闘には参加できない。この整備値システムは、撃破されたり被害を受けたユニットが修理・整備され、再び戦闘に参加できる状態をシミュレートしている。このため、たとえ撃破されてもユニットやパイロットが失われることは無い。