三石昇八（みついししょうはち）の系統の四天流組討を伝える三石会（さんせきかい）が熊本県で活動している。伝統技術の研鑽練磨、会員相互の親睦を図るとともに、熊本県古武道会に加盟し、同会が開催する演武会の他、公的行事や県内柔道大会等における模範演技として形演武を行い、四天流の保存と普及に努めている。三石会では肥後流躰術も継承している。また、戦後に星野家の星野宣敏が大阪府に移住し、伯耆流居合と四天流を教えていたことから、この系統が関西に現存している。日本古武道協会の記録映像である『日本の古武道 伯耆流居合』で星野宣敏の門人の加納武彦が四天流組討を演武している。
明治39年（1906年）、柔術10流・師範20名で構成される日本武徳会柔術形制定委員会による武徳会柔術形（後に「武徳会柔道形」と改称）に際しては、同流星野九門師範が委員（委員長講道館嘉納治五郎師範）として原案作成に加わった。武徳会柔道形は講道館柔道形の一部として残るが、講道館柔道形において、四天流組討形や肥後流躰術之形と理合の共通する技を見ることが出来る。
四天流組討は、甲冑を身に付けた蹲踞の姿勢から、間合いを取り敵の攻撃に対して素早く反応し、その力を利用し逆らう事無く、己の身を交し、霞（幻惑）を掛け、当身を軸に体を捌き、立技から捨身を敢行し、連続的に関節技、突き、蹴り、固め技等急所を制する、極意の技が中心。現在は、かつての格闘技柔術の影は薄れ、相手の攻撃に逆らわずその力を利用する、当身を軸に体を捌き立技から捨て身を敢行する、関節の逆を取り急所を制するといった技が中心になっている。
高千穂は日向三代の宮である高千穂宮が置かれた地と伝えられるが、天孫降臨伝承と在地固有の信仰が融合し、更に熊野修験も加わるなど複雑な信仰を包含する。また、槵触神社は古来より当神社の春祭りに対して秋祭りを行うなど、当神社と密接な関係を持つものでもあった。社伝によれば、三毛入野命が神籬を建てて祖神の日向三代とその配偶神を祀ったのに創まり、三毛入野命の子孫が長らく奉仕して、後に三毛入野命他の十社大明神を配祀、垂仁天皇の時代に初めて社殿を創建したと伝える。当神社が国史に見える「高智保神（高智保皇神）」であるとすれば朝廷からの神階授与があったことになるが、『延喜式神名帳』の記載はない。また、天慶年間（938-47年）に豊後国から大神惟基の長子政次（高知尾太郎政次）が当地に入り高知尾（高千穂）氏を興したが、社伝によると同氏は当神社を高千穂18郷にわたる88社（高千穂八十八社）の総社と位置づけて崇めたといい、以後も当神社に深く関わるようになったと見られている。中世になると土持氏の勢力が入り、建久8年（1197年）の『建久図田帳』では妻万（つま）宮（現西都市の都萬神社）の社領中に「高知尾社八町」、地頭土持宣綱とあって、当神社は妻万宮の管轄下にあったようであるが、同じ頃高千穂氏によって紀州の熊野信仰がもたらされたようで、その後高知尾庄と呼ばれるようになった当神社の社領は、建長6年（1254年）4月26日の関東下知状案を見ると熊野山領とされており、地頭職には高知尾政重が就き、鎌倉時代中期までは熊野山領に組み込まれたようである。また社伝によれば、源頼朝が天下泰平祈願のために畠山重忠を代参に派遣して多くの神宝を奉納、この時重忠によって現存する重要文化財の鉄製鋳造狛犬1対が献納され、境内にある「秩父杉」（高千穂町指定天然記念物）も重忠自らが植えたものといい、文永・弘安の役には敵国降伏祈願のために勅使が差遣されたという。鎌倉時代中頃からは高知尾庄に北条氏被官の安東氏の勢力が進出して来る一方で、熊野別当の後胤を称す浦上氏も預所職を務めるなど当神社を含めた一帯の支配を強めるようになった。また、鎌倉時代末から高知尾氏に代わり島津氏が地頭となる一方、高知尾氏も三田井氏を称して三田井郷の地頭職を所持するなど、この頃から社領や神事を巡る相論が頻出しだし、南北朝時代にはこれに加えて南朝方に与する阿蘇氏の勢力も進出、社伝によれば征西将軍懐良親王による祈願のための神宝が奉納されたというが、以後阿蘇氏支配の下、「高千穂郷総鎮守」として崇められた。近世には寛永年間（1624-44年）に延岡藩主有馬氏から200石の寄進を受け、元禄10年（1697年）に同藩主三浦明敬による親拝、内藤氏も例祭に代参を差遣し神事料を寄進するなど、歴代延岡藩主から崇敬を受けた。明治4年7月に延岡県の県社、11月に美々津県の県社とされたが、宮崎県に改組されると同6年（1873年）に村社とされた。戦後は神社本庁に参加し、昭和46年（1971年）に別表神社となった。