シリーズ第1作『必殺仕掛人』の放送後、プロデューサーの山内久司は次作『必殺仕置人』に同心を登場させるため、中村主水の基本設定を決めたという。山内は主水にサラリーマンの様な平凡さを求め、配役には「男前でもなければ、不細工でもない。体格も極めて平均的な日本人である、藤田まことしかないと思った」と述べている。配役については、藤田は『てなもんや三度笠』のイメージが強すぎるため、朝日放送では反対する声が多かったが、監督の深作欣二の推挙もあり、藤田に決まった。一方で、藤田は「スタッフは他の有名俳優にも主水役を打診したが、家庭で嫁姑にいびられる情けない役どころを引き受ける人間が誰もおらず、最終的に自分のところに回ってきた。依頼から撮影までたった一週間だったのが合点がいった」と語っている。『仕置人』の主水は準主役級であったが、人気を博し、次作『助け人走る』にゲスト出演、『暗闇仕留人』ではレギュラー出演を果たし、『三度笠』以降、不遇だった藤田をスターの座に返り咲かせることとなった。撮影を担当した石原興は「当初は藤田の演技は未熟だったが、『仕置人』が終わるころには物になっており、主水は藤田以外にはいないと思った」と述懐している。後年、「中村主水というキャラクターが自分の中に確立できたのはいつ頃か?」という質問に対し、藤田は「『必殺商売人』の頃だ」と答えている。中村主水の名前の由来に関しては諸説ある。平凡な名前にしようと会議で決めていた時、山内は冗談で「ジェームス・ボンドにしましょうか?」と発言したところ、深作が「“モンド”という名前は平凡やね、目立たん名前やね」と返し、決まったという。他方で、それは制作陣による後付けのリップサービスで、実際は日本では一般的な中村という苗字に、八木節に登場する怠け者の鈴木主水の名前を取って付けたという説もある。トレードマークのマフラーは、『必殺仕業人』の撮影時、寒さを凌ぐために小道具係から借り、撮影に用いたものが定着したものである。後に藤田の死後に製作された『必殺仕事人2010』からはそのマフラーを仕立て屋の匳が受け継ぎ、それ以降は渡辺小五郎が受け継ぎ、仕事を行う際に襟に巻いている。
1894年（明治27年）2月20日、埼玉県入間郡小手指村北野に小学校校長の次男として生まれる。三ヶ島家は代々、埼玉県入間郡三ヶ島村の氷川神社の神官だったが、祖父が分家して一家をなした。1901年（明治34年）に北野小学校に入学する。1902年（明治35年）、父の転勤のため東京市麻布区の南山小学校に転校。まもなく東京府南葛飾郡船堀村（現在の江戸川区船堀）に移った。1905年（明治38年）、船堀小学校を卒業。京橋のばら歯磨本舗「東光園」へ小僧奉公に出るが、1907年（明治40年）に船堀に戻り高等小学校3年に編入した。1909年（明治42年）、高等科を卒業後、牛乳配達や新聞配達、土工など様々な仕事に就く。この間、苦学して立教中学校（現・立教池袋中学校）に短期間通ったが中退した。1914年（大正3年）、「帝劇歌劇部」に第3期生として入り、オペラ歌手として歌唱法やダンスを学んだ。当時は舞踏家を目指していたが、帝劇洋劇部が解散したことにより断念。小さな劇団を転々とした。1920年（大正9年）、関西に移り「新声劇」に入る。1926年（大正15年）、「松旭斎天華一座」に入り、三ヶ島天晴（みかじま てんせい）の芸名で活躍。満州、中国まで巡業に出た。1935年（昭和10年）、東京へ戻り、経営者の佐々木千里に誘われて新宿の「ムーランルージュ新宿座」に入る。以来、左卜全の芸名で老け役の喜劇俳優として活躍しているところを松竹に引き抜かれて「移動演劇隊」に入った。しかし、この頃から左脚に激痛を伴う突発性脱疽を発症してしまう。医者からは脚の切断を勧められたが、俳優以外に天職が無いと考えていた卜全はあえて激痛を伴う脱疽と共に生きる決意をし、以後は生涯にわたり撮影時以外は移動に松葉杖を使うようになっていった。1945年（昭和20年）、敗戦後に水の江滝子の「劇団たんぽぽ」に加わった。1946年（昭和21年）、52歳にして当時37歳だった遠い親戚の女性（小暮糸）と結婚。同じ頃、小崎政房を座長とする「劇団空気座」の結成にも参加。1949年（昭和24年）、「空気座」が解散すると卜全は小崎の紹介で「太泉映画大泉スタジオ」（のちに合併して東映）に入った。同年、今井正監督の『女の顔』にて55歳で銀幕デビュー。山本嘉次郎監督の『脱獄』での飄々とした演技が目に留まり、黒澤明監督の『醜聞』にワンシーンながら出演し、存在を印象づけた。以後、フリーとなってからはとぼけた老人役で手腕を発揮し、笠智衆と並ぶ老け役の名手として活躍した。黒澤に重用され、『生きる』『七人の侍』など、計7本に出演した。自他共に認めていた代表作は『どん底』でのお遍路役であった。1970年（昭和45年）、日本グラモフォン（現・ユニバーサル ミュージック合同会社）より『老人と子供のポルカ』で歌手デビューを果たした。1971年（昭和46年）、癌のため5月26日に77歳で没した。死の床の際、最期を看取った妻の糸が「一郎さん」と呼びかけたのに「は〜い」と小さな声で応えたのが卜全の最後の言葉だった。