ニンテンドーDSでの「天空シリーズ」三部作のリメイク第二弾として、SFC版の発売から約16年、PS2版の発売から約4年半後の2008年7月に発売された。PS2版をベースにした移植であるが、画面仕様やキャラクター操作、コマンド仕様はDS版『IV』をベースにしており、キャラクターやモンスターは2Dで表現されている。BGMは内蔵音源だが、タイトル画面の「序曲のマーチ」のみ東京都交響楽団演奏のオーケストラ音源になっている（グランバニア即位式などでは「序曲のマーチ」も内蔵音源）。DS版のソフトには、不正コピー防止のためのコピーガードが施された。不正コピー品でプレイすると、物語の最初に主人公が乗っている船が港に着かず、その先にシナリオを進められないようになっている。
SFC版では青年時代編まで登場しないフローラが幼年時代編にも登場する。青年時代前半では天空の剣を取得しないとストーリーが進まなくなり、関連イベントがグランバニアで発生。石化より復活直後の男の子のセリフを必ず見ることになる。ストーリー上重要な位置づけであるゲマ関連のイベントが追加・変更された。エンディング後の冒険の書で、パパスとマーサの過去に触れるシナリオが追加された（後述の名産品とも関連している）。
戦闘参加人数が変更され、SFC版の3人から4人に増加。よってSFC版ではエンディングでのみ見られた主人公家族4人のパーティー（並び替え不可）が大神殿攻略後から編成できる。また、一度に出現する敵モンスターの数がSFC版より増えるなどのゲームバランス調整が行われた。モンスターも3Dポリゴンとなり、攻撃や混乱、睡眠などのアクションが追加され、待機中も常にアニメーションするようになった。武器攻撃・呪文のアニメーションも一新された。戦闘画面のレイアウトも変更され、従来の作品ではHP・MPウィンドウが画面上部に表示されていたが、PS2版ではそれらが画面下部に表示される。レベル上昇時のステータス上昇値がSFC版では固定方式だったが、PS2版ではランダム方式となった。AIの思考パターン優先順位が変更され、時に無駄と取れる行動が増えた。作戦は1人ずつ選択できるようになり、「おれにまかせろ」の追加と「じゅもんせつやく」の廃止、「みんながんばれ」が「バッチリがんばれ」に名称変更された。
当初、阪急ブレーブスの高井保弘が代打で多くの本塁打をマークし、1974年に毎日新聞にアメリカの記者の「あれだけの選手というのはもったいない、日本もアメリカに倣い指名打者制度を導入すべき」という趣旨のコラムが掲載されたことがきっかけで議論され、人気低迷にあえいでいたパシフィック・リーグがア・リーグの成功を参考に1975年から採用した。日本で最初にDHとして打席に立ったのは日本ハムファイターズの阪本敏三であった。採用初年度はリーグの平均打率（.247→.254）と投手の完投数（197→302）がそれぞれ向上し、平均試合時間の5分短縮にも成功したが、肝心の人気向上には繋がらなかった。日本選手権シリーズでは1985年に初めて採用され、阪神タイガースの弘田澄男が初めてDHとして打席に立ったセ・リーグ選手となった。このときは、隔年で全試合採用の年と全試合不採用の年とに分けるという方式がとられ、そのルールに従い、翌1986年は採用せずに実施された。その後、パ・リーグ本拠地球場での採用を毎年続けることに規定が改められ、1987年よりパ・リーグ代表チームの本拠地の試合で採用されている。オールスターゲームでは1983年に初採用されたが、セントラル・リーグが投手を打席に立たせて最後まで抗議の意思を示したため1年で中断。その後セ・リーグが態度を軟化させて1990年からパ・リーグ所属チームの本拠地球場でのみ両リーグが採用するようになり、1993年から全試合に採用されている。2005年に始まったセ・パ交流戦では日本シリーズの例に倣い、当初からパ・リーグ所属チームの主催試合でのみこの制度が採用されている。なお2014年についてはセ・リーグ球団が主催する試合では指名打者を使い、パ・リーグ球団の主催では指名打者を適用しない9人制と通常とは異なる方式を採用して行われた（詳細後述）。オープン戦は導入初年度の1975年は、パ・リーグ所属チーム同士の対戦でしか指名打者制は使えなかった（パ・リーグ所属チームの主催試合でも相手がセ・リーグ所属チームの時は使えなかった）が、2年目の1976年からは、パ・リーグ所属チームの主催試合であれば相手に関係なく使えるようになり、さらに1979年からはセ・リーグ所属チームの主催試合でも試合前に両監督の合意があれば、相手に関係なく（セ・リーグ所属チーム同士の対戦であっても）指名打者制が使えるようになった。ファーム（二軍）の公式戦では、イースタン・リーグでは2008年までは一軍がパ・リーグに所属するチームのホームゲームのみで採用されていたが、2009年からは全チーム全試合で採用されるようになった。また、ウエスタン・リーグでも2013年より一軍がパ・リーグに所属するチームのホームゲームに加えて、阪神タイガースのホームゲームでも採用されるようになった。この結果、2013年以降は中日ドラゴンズと広島東洋カープのホームゲームを除いては全試合で指名打者制が採用されている。二軍の教育リーグではオープン戦と同様にセ・リーグ同士のチームが対戦する場合も含めて採用されている。日本の野球では、スコアボードに出場選手を表示する際、それぞれの選手に守備番号が付されるが、指名打者を起用する試合においては、投手は本来の「1」ではなく「P」と表示されることがある。また特にパネル式のスコアボードを採用している球場（2004年以前の宮城球場他）では、選手メンバー表の人数が9人しか掲示できないため、攻撃の時はその指名打者の選手、守備の時はその箇所に投手の氏名と表示を入れ替える場合がある他、過去の後楽園球場や平和台野球場のように、チーム名を表示する箇所に投手名を掲示するパターンもあった。金田正一はDH制が採用された1975年にロッテオリオンズの監督を務めていたが「1975年にDH制が採用された時は嫌だったな。投手交代こそ采配の妙味だ。投手に打順が回った時の代打の使い方もな。自分はそれがうまかったんだが、DH制度では持ち味が消されてしまうんだ」と述べている。