白百合学園高等学校を経て、昭和音楽芸術学院ミュージカル科卒業。大学在学中から『美少女戦士セーラームーン』に出演するなど舞台女優として活動。19歳より舞台に立っていたが、21歳の時には父親が急逝し、パン屋やホテルスタッフ、レストラン、コーヒーショップ、知育研究所など朝から晩まで様々なアルバイトを3つ掛け持ちして家計を支えた。20代後半は働き過ぎで睡眠時間が1 - 2時間しかなかったという。2005年6月に広告代理店電通の社員と結婚し、2007年8月に妊娠を発表。体調などを考え『大奥』を降板し、主演ドラマ『上海タイフーン』は制作途中で無期延期となる。2008年2月23日に第1子（長女）を出産。出産後初の公の場となった主演映画『ぐるりのこと。』のプレミア試写会や、『上海タイフーン』の製作発表会見時に自らの妊娠による製作延期に触れ、謝罪した。初主演映画『ぐるりのこと。』で日本アカデミー賞最優秀主演女優賞、ブルーリボン賞主演女優賞、高崎映画祭で最優秀主演女優賞を受賞する。2010年の日本アカデミー賞の司会を関根勤と共に務めた。2010年、CNNの「まだ世界的に名前は売れていないが、演技力のある日本の俳優7人」の一人に選ばれた。2017年10月5日放送開始の『ブラックリベンジ』は民放の連続ドラマでの初主演。
『元祖ウルトラB』（原題：ウルトラB そのとき三発!）という、1965年に『少年マガジン』に発表された短編（F・A合作）が存在する。これは後の『ウルトラB』のプロットになったとされるが、内容は大きく異なる。『ウルトラB』第4巻（中央公論社）に収録されている。
『ウルトラB』（ウルトラビー）は、藤子不二雄Ⓐによる日本の漫画作品、及びそれを原作としたテレビ・劇場アニメ作品、また劇中に登場する主人公の赤ん坊の名称。
クラークや村田真などの人々は、XML Schemaに対して批判的な立場をとった。XML Schemaは、W3Cが開発を進めていたXMLのための新しいスキーマ言語である。従来使われてきたスキーマ言語であるDTDを代替するものである。XML Schemaは、多くの機能をつめこんだため、仕様が複雑で巨大になっていた。クラークや村田真などXML Schemaに批判的な人々は、XML Schemaの仕様を完全に実装した処理系の開発が困難であること、XMLを活用する技術者にとってXML Schemaのスキーマの読み書きは難しいこと、などを指摘した。クラークはスキーマ言語TREX (Tree Regular Expressions for XML) を開発した。TREXでは、XML Schemaと異なり、仕様が簡潔になっている。なおほぼ同じ時期に、村田真などの人々も、XML Schemaとは別の新しいスキーマ言語RELAX (Regular Language description for XML) を開発していた。クラークと村田真は、TREXとRELAX Coreをもとにしてスキーマ言語RELAX NGを設計した。RELAX NGの構文はTREXを発展させたものである。RELAX NGは、2001年12月に OASIS（構造化情報標準促進協会）によって標準化された。ISO においては、2003年に文書スキーマ定義言語 (DSDL、Document Schema Definition Languages) ISO/IEC 19757のPart2として規格化されている。JIS においても規格化される予定である。クラークは、XML文書がRELAX NGのスキーマに準拠していることを検証するソフトウェアJingを開発した。
クラークは、1991年に ISO において SGMLのスタイルシート言語である DSSSLの標準を策定する作業に参加し、その仕様の大部分を作成した。DSSSLは、1996年にISO/IEC 10179:1996として規格が定められた。クラークは、SGML文書の処理を支援するいくつかのオープンソースのソフトウェアを開発した (後述)。またクラークは、SGMLを次の項で述べるXMLと互換性をもたせるために、SGMLの仕様を改訂する作業を行った一人である。
エッソスの東の奴隷商人湾において、デナーリス・ターガリエンはミーリーン内外の敵と疫病に苦しむ。三頭のドラゴンたちは成熟しかけて危険になり、デナーリスは渋々ドラゴンを閉じ込めるよう命じるが、ドロゴンは逃れて飛び去る。傭兵隊長ダーリオ・ナハーリスと関係を持つが、暗殺を止めさせ、ユンカイとヴォランティスからの攻撃を避けるために、ミーリーンの高貴なる一族であるヒズダール・ゾ・ロラクと結婚する。避難民の間に疫病が蔓延する中、ヒズダールの強い求めによって、闘技場が再開される。闘技場の貴賓席でデナーリスは毒殺されようとする。ドロゴンが血の匂いに魅かれて闘技場を襲い、デナーリスを乗せて飛び去る。ドロゴンは200人以上を殺した後、デナーリスを乗せてドスラクの海の寝ぐらへ向かう。デナーリスの不在中、バリスタン・セルミーは、デナーリスに忠実な〈穢れなき軍団〉(〈無垢軍団〉)とミーリーン人の助けを得て、デナーリスを毒殺しようとしたヒズダールを権力の座から引きずり下ろす。ドーンのプリンスであるクェンティン・マーテルは世界を横断してデナーリスに求婚しに来たが断られ、絶望のあまりドラゴンを盗み出そうとする。だがクェンティンは火傷を負って死に、残る二頭のドラゴンも逃げだす。デナーリスとドロゴンは、カール・ドロゴを裏切った血縁騎手カール・ジャークォの率いるドスラク人の一団と出会う。一方、ヴィクタリオン・グレイジョイに率いられた鉄人の艦隊は奴隷商人湾の外の島々の間を通り抜け、ミーリーンに向かっている。嵐で船の半ばを失うが、〈杉の島〉で艦列を整える。ヴィクタリオンは、ミーリーンを包囲中の艦隊を攻撃してデナーリスを救おうと計画する。そしてデナーリスと結婚し、ドラゴンを使って兄のユーロン王を玉座から追い、ウェスタロス本土への無謀な攻撃を止めさせるつもりである。