築土神社や神田神社同様に、古くから江戸の地における霊地として、尊崇と畏怖とが入り混じった崇敬を受け続けてきた。この地に対して不敬な行為に及べば祟りがあるという伝承が出来た。そのことを最も象徴的に表すのが、関東大震災後の跡地に都市再開発として大蔵省の仮庁舎を建てようとした際、工事関係者や省職員、さらには時の大臣・早速整爾の相次ぐ不審死が起こったことで、将門の祟りが省内で噂されることとなり、省内の動揺を抑えるため仮庁舎を取り壊した事件や、第二次世界大戦後にGHQが丸の内周辺の区画整理にとって障害となるこの地を撤去し造成しようとした時、不審な事故が相次いだため、計画を取り止めたという事件である。結果、首塚はバブル景気後も残ることとなり、毎日、香華の絶えない程の崇敬ぶりを示している。近隣の企業が参加した「史蹟将門塚保存会」が設立され、維持管理を行っている。隣接するビルは「塚を見下ろすことのないよう窓は設けていない」「塚に対して管理職などが尻を向けないように特殊な机の配置を行っている」とされることがあるが、そのような事実は特にない。お笑い芸人の爆笑問題・太田光はブレイク前、この首塚にドロップキックをしたことがあり、そのせいでしばらくの間まったく仕事が来なかったという噂がある。
かつては盛土と、内部に石室ないし石廓とみられるものがあったので、古墳であったと考えられている。この地はかつて武蔵国豊嶋郡芝崎村と呼ばれた。住民は長らく将門の怨霊に苦しめられてきたという。諸国を遊行回国中であった遊行二祖他阿真教が徳治2年（1307年）、将門に「蓮阿弥陀仏」の法名を贈って首塚の上に自らが揮毫した板碑を建立し、かたわらの天台宗寺院日輪寺を時宗（じしゅう）芝崎道場に改宗したという。日輪寺は、将門の「体」が訛って「神田」になったという神田明神の別当として将門信仰を伝えてきた。その後江戸時代になって日輪寺は浅草に移転させられるが、今なお神田明神とともに首塚を護持している。時宗における怨霊済度の好例である。首塚そのものは江戸時代まで酒井雅楽頭の上屋敷の中庭だったが、関東大震災によって損壊した。その後周辺跡地に大蔵省仮庁舎が建てられることとなり（後述）、石室など首塚の大規模な発掘調査が行われた。昭和2年（1926年）に将門鎮魂碑が建立され、神田明神の宮司が祭主となって盛大な将門鎮魂祭が執り行われる。この将門鎮魂碑には日輪寺にある他阿真教上人の直筆の石版から「南無阿弥陀仏」が拓本された。数十年にわたり、地元のボランティア団体が浄財を元に、周辺の清掃・整備を行っているが、その資金の預金先として、隣接する三菱UFJ銀行に「平将門」名義で口座が開かれていた。2019年（令和元年）現在、三井物産本社ビルの建て替えと再開発の為、首塚及び首塚の敷地全体に防護柵がとられている。
新暦307年、環境制御塔の暴走による全世界規模の災害で陸地の多くが海に没してから300年以上が経過し、地球の霊長の座を追われた人類は第三種星辰粒子体を取り込み進化した怪物たちの脅威に晒されていた。人類退廃の時代の最中、環境制御塔の中で300年間眠り続けていた日本人の青年・東雲一真が発見され、目醒めた彼は己の家族や友人の消息を探る為、妹の子孫であり軍の最高司令官を務める倭田龍二郎の仲介で、日本諸島のへ向かい東京開拓地へ上陸する。遠征軍に配属された一真は、戦いの中で自分が人類退廃の時代に蘇った理由を探しながら、世界が変わり果ててしまった謎の真相に迫っていく。
2009年の第14回スニーカー大賞で奨励賞を受賞した『EQUATION ―イクヴェイジョン―』を改稿した作品。『問題児が異世界から来るそうですよ?』『ラストエンブリオ』と同じ用語が登場するが、直接的な世界観とキャラクターの繋がりはなく（作者曰く「世界の積量が極めて近い」）、基本的に両作の登場人物が互いを知覚することはない。
イラク上空。イラク空軍の戦闘機がUFOを撃墜した。テネシー州ヘンダーソン郡レキシントン。トラック運転手のランハイムは運転中にUFOらしきものに遭遇し、暗闇に向かって発砲した。翌日、モルダーとスカリーはその調査に赴くが、ランハイムの取り調べが不十分なうちに、地元警察が彼を釈放してしまう。その帰り道、スカリーは精算所で隣にいた女性からペンを貸してくれと頼まれ、それを承諾した。ワシントンD.C.に戻った2人は政府の陰謀を暴くために活動しているローン・ガンメンの3人に会いに行く。3人はモルダーの協力者でもあった。その後、2人はFBIに戻った。しばらくして、スカリーは精算所で貸したペンが盗聴器付きのペンにすり替えられていたことに気が付く。これを受けて、モルダーはディープ・スロートに会いに行った。ディープ・スロートはモルダーにイラク空軍の通信の傍受記録を手渡す。そこには、UFO撃墜時の状況が書かれていた。その頃、スカリーはランハイムの一件の調査を続け、ランハイムのトラックの重量が通常より2000ポンドも重かったことと、ランハイムの本名がフランク・ドルースであることを知った。モルダーはコロラド州へと向かうランハイムのトラックを追跡しようとしたが、アパートにディープ・スロートが訪ねて来てジョージア州で撮影されたUFOの写真を渡される。これを見たモルダーはランハイムのトラックは囮にすぎず、撃墜されたUFOは別の場所にあると思ったが、スカリーの指摘で、UFOの写真が偽造されたものだと気づく。モルダーがディープ・スロートを問い詰めると、彼はモルダーをミスリードしようとしたことを認めた。そして、ランハイムのトラックでUFOの残骸とその搭乗者が移送されていたことを認めた。モルダーとスカリーはトラックを追跡するべく、ラスベガスへ向かった。2人はトラックに追いつき、尾行を開始したが、その最中に謎の現象が起きた。突然止まったトラックの中を調べたが、運転手と「搭乗員」はそこにいなかった。トラックが停止した付近を調べたモルダーは、この現象は自分たちの追跡をやめさせるために仕組まれた工作だと判断する。MUFONとNICAPの協力を受けたモルダーは、「搭乗員」がワシントン州マッタワにある発電所に運び込まれたことを知る。ローン・ガンメンから偽の身分証を手に入れた2人は発電所内に潜入した。「搭乗員」は2人が手に入れた身分証でははいることができないエリアに隔離されていた。そこで、モルダーは強行突破を試みるも失敗に終わり、2人は警備員に捕らえられる。そこに、ディープ・スロートがやって来て、モルダーに「搭乗員」が死んだことを告げ、2人を解放するのだった。