NATOの軍人の損害は少なく、戦闘による死者はなしとなっている。しかし5月5日、アメリカ軍の攻撃ヘリコプターAH-64 アパッチがアルバニアとセルビアの国境近くで墜落した。AH-64はティラナから64キロメートル北西の、コソボ国境に近いところで墜落した。CNNによると、墜落はティラナから北西に72キロメートルの地点であった。AH-64の2人のアメリカ人のパイロット、上級准尉デーヴィッド・ギブス（David Gibbs）とケヴィン・L・ライチャート（Kevin L. Reichert）はこの墜落で死亡した。NATOの公式発表によると、この2人のみが、紛争中におけるNATO軍人の死者である。また、紛争後の死者もあり、その多くは地雷によるものであった。紛争が終わった後のNATOの報告によると、最初のアメリカ軍のステルス攻撃機F-117の損失は、敵による撃墜であったことが明らかにされた。さらにもう1機のF-16戦闘機がシャバツ（Šabac）付近でユーゴスラビア空軍によって失われ（NATOはエンジン不良であると報告した）、その残骸はベオグラード空軍博物館（en）に展示されている。また32機の無人航空機も失われた。撃墜された無人偵察機の残骸は紛争中に、セルビアのテレビで放映された。2機目のF-117Aは激しく損害を受けたものの、基地への帰還を果たし、それ以降は飛ぶことはなかった。
ユーゴスラビア陸軍による死者数については複数の推計がたびたび行われている。紛争後ほぼ1年が経過した2000年6月、国際赤十字は、3,368人の市民（2,500人のアルバニア人、400人のセルビア人、100人のロマ）が依然行方不明であるとした。2000年8月、旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷（ICTY）は、2,788体の遺体がコソボで発掘されたが、うちいくつが戦争犯罪の犠牲者であるかは定かではないとした。しかし、KFORの情報筋がAFPに伝えたところによると、2,150体の遺体が1999年7月までに発見され、うち850体は戦争犯罪の犠牲者であると考えられるといわれた。行方不明になった市民の一部は、セルビア本国の集団墓地で再び焼却された。2001年7月、セルビア当局は、1,000体ちかい遺体が投棄された集団墓地が見つかったと発表した。最大の集団墓地は、ベオグラード郊外のバタイニツァ（Batajnica）にて、セルビアの警察訓練の団体によって発見された。人権団体に報告された4,400人の死者数を大きく上回っているが、ICTYの検察局の専門家らは、死者数は合計で10,000人程度であると推定している。ICTYの検察局による死者数の推計は、大切な人の死についてICTYに報告しない人々がいることを考慮に入れたものである。10,000人という死者数の推計は、人道上の犯罪をユーゴスラビア攻撃の最大の理由としているアメリカ国務省によっても使用されている。アトランタのアメリカ疾病予防管理センターによって、2000年に医学ジャーナル誌『Lancet』に報告された研究調査では、住民全体の死者数のうち、12,000人は紛争によるものとみられるとしたこの値は、1197世帯に関しての1998年2月から1999年6月までの調査に基づいており、対象となった世帯でのこの期間の死者数105人のうち67人が紛争に関連する外傷によるものであり、これに基づいてコソボの住民全体の死者数を推計した結果が12,000人となる。紛争による死亡率がもっとも大きかったのが15歳から49歳の男性で死者数5421人、50歳以上の男性では5176人とされる。15歳に満たない人々の死者数は男性160人、女性200人とみられる。15歳から49歳の女性の死者数は510人、50歳以上の女性の死者数は541人であった。論文の著者らは、民間と軍人の犠牲者数を正確に区別することは不可能であるとした。
建物の規模は九間四面、身舎（もや）が南北五間・東西二間で四方に廂があり、東の廂を弘廂（ひろびさし）と呼ぶ。屋根は檜皮葺の入母屋造。正面は東で、清涼殿東にある庭を東庭と称し北に呉竹の台、南に河竹台がある。この東庭で明治以前まで小朝拝などの行事が行なわれた。天皇が主に居住するのは中心の昼御座（ひのおまし:天皇出御の場）・夜御殿（よんのおとど:天皇の寝所の塗籠）で、その北には弘徽殿上御局・藤壺上御局（后妃の伺候する部屋）がある。西側の廂には北から順に御湯殿上（おゆどののうえ:天皇の食事を用意する）、御手水間（おちょうずのま:天皇の調髪を行う）、朝餉間（あさがれいのま:天皇が朝食を取る）、台盤所（だいばんどころ:食事を載せた台を置く）、鬼の間（おにのま:厨子などを置く）が並ぶ。南廂の殿上間は公卿・殿上人らが伺候する場であり、昼御座・鬼の間との間に櫛形の窓が開いていた。殿上間にはその日に当直している公卿らの名を記した日給の簡（ひだまいのふだ）が置かれた。また天皇の玉座である御椅子（ごいし）、その隣に文杖（ぶんじょう）がある、天皇に直接手紙を渡すのは恐れ多かったのである。東廂の東南には床を漆喰で突き固めた石灰の壇（いしばいのだん）があり、そこで伊勢神宮などへの遙拝が毎朝行われた。石灰の壇には塵壺という炉があり、寒中にはそこで火が熾された。鬼の間は建物の南西隅、すなわち裏鬼門の位置にある。平安遷都（延暦13年・794年）時の内裏に大和絵師、飛鳥部常則が康保元年（964年、この間に鬼を退治する白沢王像を描いたとされる。壁に描かれていた王は、一人で剣をあげて鬼を追う勇姿であり、それを白沢王（はかたおう）といい、古代インド波羅奈国（はらなこく）の王であり、鬼を捕らえた剛勇の武将であると、順徳天皇が著した禁秘抄（きんぴしょう）（御抄）（みしょう）を解釈した『禁秘抄講義』3巻上（関根正直著）に記述されている。 現在の建物（鬼の間）に、白澤王の絵は描かれていない。なお、江戸中期の随筆「夏山雑談」には、白沢王は李の将軍、「白澤王」としても記されている。