子供への性的虐待の犯人は医学的診断にかかわらず一般社会から小児性愛症者であるとみなされ、そしてそういうものとして言及される。近年の精神医学診断は疾病の原因には言及しない傾向にある。しかし社会一般では逆に、犯罪の動機・原因に強い関心を持って語られることが多い。社会一般では、犯罪の動機が「子供に限定された強い性的興味」にあると信じられている場合が多い。しかしながら、ストレス、結婚の問題、成人パートナーと接触不能など他の動機がある可能性がある。犯人の大部分は、実際には子供に主に興味があるわけではないとの説もある。子供への性的虐待は必ずしも（粗暴なという意味での）暴力を伴うものではなくむしろ少数とも言われる。しかしながら、（粗暴な）暴力を伴う性的虐待の例では重篤な被害をもたらす場合が多く、それまで（粗暴な）暴力的手段を用いなかった小児性犯罪者が今後も（粗暴な）暴力的手段を用いない保証はない。女性から男児への性的虐待も存在し、虐待者は実母、代母、母親の友人などである。少年への性的虐待で女性が加害者である率はおよそ20％という調査結果がある。被害者の男女比は同程度である。また、女性の虐待加害者の66％以上は自らも性的虐待被害者であるという調査結果がある。男性の共犯者に従うこともある。
ペドフィリア（pedophilia）は、精神医学的疾患分類とは別に、日常語として強く未成年へ惹きつけられる性的嗜好を表す言葉として用いられることがあり、特に欧米諸国では日常語としての使用頻度が比較的高い。日本の場合、ロリータコンプレックス（ロリコン）とペドフィリアが混同され、日常語としての「ペドフィリア」は、ロリコンに比べて病的・犯罪的ニュアンスを伴って使用される場合が多い。また、いわゆるオタク的社会風俗場面においては、「少女」の中でも特に幼い「幼女」（未就学児を含む、おおむね1歳から9歳の女児）に対する性的嗜好を「ペドフィリア」として呼び分けることがあるが、この場合「ペドフィリア」「ロリコン」共に通俗的な使用であり、恣意的な使い分けである場合が多い。なお日本国内において、13歳未満（12歳以下）の児童に対するわいせつ行為は、刑法176条により強制わいせつ罪と定められている。また、13歳未満（12歳以下）の児童は性的同意年齢に達しておらず、性的合意能力が認定されていないことから、13歳未満（12歳以下）の児童との性行為には、刑法177条により強制性交等罪が適用されるなど、法的には13歳未満（12歳以下）の子供との性行為が禁止されている。また後述のペドフィリア認知の経緯などもあって、「ペドフィリア」には性犯罪者に対する蔑称のニュアンスを含む場合が多い。
古典ギリシア文明における paidophilia（パイドピリア＝少年愛）が、キリスト教的近代において否定的意味を与えられ、精神医学の用語とされた。成人による、児童・小児への持続する性的関心をもって特徴とする。精神医学上の概念としては、精神病理に対し深い識見を備えていたウィーン大学教授リヒャルト・フォン・クラフト＝エビングが、著書Psychopathia Sexualis（性的精神病理，1886年）において最初に提唱したとされる。ラテン語より派生した形として、paedophilia とも表記する。その後、異常心理学では、「性の異常心理」として「性対象異常」の下位範疇において児童・小児を性愛の対象とする性倒錯として位置付けられた。20世紀半ばまで、精神医学においても性倒錯として把握されたが、今日の精神医学においては、性嗜好障害とされる。
ジョアン4世の治世はスペインとの戦争に備えた軍事力の増強、軍費の捻出に費やされた。ジョアン4世は王権の行使に慎重な立場をとり、政務の大部分を貴族と高級官僚に委ね、自身は彼らの監督役となった。当初国王の権力は顧問会議によって制限を受けていたが、やがて顧問会議の力は弱まり、国王から信任を受けた少数の秘書官や寵臣が国政を掌握するようになった。ブラガンサ王朝成立の前後にポルトガルはインド洋世界の植民地の大部分を喪失し、1641年にマラッカ、1644年・1656年にセイロン、1658年にキロン、1660年にネガパタンが陥落した。アラビア半島の沿岸部ではソハールなどの拠点がオマーンで勃興したヤアーリバ朝の攻撃を受け、1650年のマスカットの陥落によってオマーンからポルトガル勢力は駆逐された。東アフリカの拠点であるモンバサでは1631年にポルトガルの支配に反発した住民が蜂起を起こし、反乱は他のスワヒリ都市に飛び火するが、長らくの間決着はつかなかった。オマーンの艦隊がスワヒリ都市の要請を受けて出撃し、戦争に敗れたポルトガルは1698年にスワヒリ海岸から撤退し、植民地支配の拠点をモザンビークに移した。ポルトガルは再独立を宣言したものの、大部分の貴族と高位聖職者、異端審問所はスペインを支持していた。ジョアン4世はスペインと敵対する勢力に援助を仰ごうと試みるが、イギリス、オランダはポルトガルと対立し、フランスからは支援を得られなかった。教皇庁とポルトガルの関係は良好とは言い難く、教皇庁はスペインからの分離独立の嘆願を拒み続けていた。ポルトガルからの空白になっていた司教区の司教確認の要請は退けられ、再独立が達成された時点で本国と植民地に存在する28の司教区のうち20が司教不在の状況に置かれていた。ジョアン4世はブラジルとアンゴラの支配権の回復には成功したが、スペインの同意を得ない独立宣言をヨーロッパ諸国に承認させることができないまま没した。ジョアン4世の死後、摂政となった王妃ルイサはイギリスに支援を求める。1661年にポルトガルとイギリスは友好条約を締結し、王女カタリーナとイングランド王太子チャールズの結婚が取り決められたが、その代償としてポルトガルは2,000,000クルザードを支払い、タンジール（タンジェ）とボンベイ（ムンバイ）をイギリスに割譲しなければならなかった。イギリスの援助はポルトガルの再独立を支える原動力の一つとなるが、イギリスは援助の見返りとしてポルトガル本国と植民地での商業上の特権を獲得し、ポルトガルはイギリスに対して従属的な立場をとるようになる。1662年にイギリスに接近する政策に反発する一派のクーデターによってルイサは失脚し、国王アフォンソ6世に代わってカステロ・メリョール伯ルイスが国政を動かした。1665年のモンテス・クラロスの戦いでポルトガルはスペインに決定的な勝利を収めるが、カステロ・メリョール伯は王弟ペドロを擁するカダヴァル公爵の一派に敗れて失脚する。1668年にスペインはブラガンサ王朝の正統性を認めてポルトガルは再独立を達成し、セウタを除く植民地が復帰する。1683年にアゾレス諸島に流されたアフォンソ6世が没すると、摂政を務めていたペドロが王位を継承した。