1979年アウォロウォは行動党の後継としてナイジェリア統一党 (UPN) を結成した。アウォロウォは大統領選挙に立候補し40万票差でシェフ・シャガリに敗れた。1983年再度立候補し今度は400万票以上差をつけられアウォロウォは不正を訴えた。アウォロウォはクワメ・エンクルメや一部の西側の政治家から敬意を受けた。行動党の政策や「人生をより豊かに」という標語も広く支持された。また、彼は独立運動や政治構造論、ナイジェリアの将来の見通しなどに関して『Path to Nigerian Freedom（ナイジェリアの自由への道、1947年）』『Thoughts on the Nigerian Constitution（ナイジェリア憲法に関する考え、1966年）』などいくつかの著書がある。イレ＝イフェのイフェ大学は1987年5月アウォロウォが亡くなると彼に因んでオバフェミ・アウォロウォ大学へと改名された。また百ナイラ紙幣に彼の肖像が使われている。
1966年1月15日チュクマ・カドゥナ・ンゼオグゥ少佐ら率いるクーデタによりバレワ、アキントラ、北部州首相のアフマド・ベロらが殺害された。翌日までに事態を収拾したジョンソン・アグイイ・イロンシ少将が最高軍事評議会を設置して憲法を停止し中央集権化を図ったが、反イボ暴動と共に7月29日参謀総長ヤクブ・ゴウォン中佐、ムルタラ・ムハンマド中佐らに倒された。ゴウォンはアウォロウォらを釈放し、連邦制を復活させ、更なる州の細分化を図った。虐殺を逃れたイボや東部州軍政官となったオジュク中佐はこれに反発し1967年5月30日ビアフラ共和国の独立を宣言し、ビアフラ戦争が勃発した。アウォロウォはビアフラ側と和平交渉にあたり、不調に終わると、軍事政権の財務相としてイボ人の預金を凍結した。アウォロウォは戦争が終わると辞職し選挙に備えた。
独立前にアウォロウォは行動党の主要なメンバーから連邦議会で活動するように説得され、西部州首相をサミュエル・アキントラに任せた。アウォロウォとアキントラには西部州に関する政策を巡って深刻な対立があり、1961年にはアウォロウォはアキントラを西部州首相から解任しようとした。憲法改正論議も絡んで西部州に非常事態が発令され、アキントラのグループは新たにナイジェリア国民民主党 (NNDP) を結成した。アキントラは連邦政府首相タファワ・バレワのNPCと手を結んだ。アウォロウォがアキントラとその新たな政党が敗北したと主張した選挙は結果が公然と操作された。アグベコヤと呼ばれるアキントラ支持者に対する暴動と共に反乱が起った。これはナイジェリアの政治用語では「ウェティ」と呼ばれるようになった。1963年6月アウォロウォらは「クワメ・エンクルマのガーナ当局と結んで連邦政府を転覆しようとした」とされ反乱未遂罪で投獄された。1964年末、行動党の残されたメンバーはイボ人が多数派であるNCNCと組んで選挙に参加したが、不正選挙との非難の中で、NPC-NNDP連合の勝利が宣言された。
アウォロウォは国家が教育と社会基盤整備に資源を振向けるべきであると信じた指導者であった。これを浪費と看做す議論もあるものの、彼は西部州において初等教育を無料化し、アフリカ初のテレビ局を整備し、西アフリカ初の競技場を建設し、ココア輸出産業からの利潤を使って電化計画を推進した。ヨルバ族の多いナイジェリア西部では絶大な支持を受けた彼の左派的な政策は全国的には不人気であった。北部のムスリムの北部人民会議 (NPC) は彼がイギリス政府に操られていると信じていた。
1945年8月に、駐イスタンブールのソ連副領事でNKVDのトルコ駐在副部長であるコンスタンティン・ヴォルコフがイギリスへの亡命を申し出た。ヴォルコフはイギリス外務省、情報機関におけるソ連のスパイの情報を持っていること、その中でも情報機関幹部に大物スパイがいることを伝えた。この情報を受け取ったメンジースは、対ソ部局長であるフィルビーに連絡した。パニックに陥ったフィルビーは、NKVDの担当官と連絡したうえで作戦を立てた。フィルビーは自身がヴォルコフを直接尋問・脱出させることにしてメンジースの承認を受け、できるだけ時間をかけたうえでトルコに向かった。到着したのはヴォルコフの告白からすでに22日が経過していた。その数時間前にヴォルコフとその妻は鎮静剤を打たれ包帯で全身をぐるぐる巻きにされた状態で担架でモスクワ行きの航空機に乗せられていた。ヴォルコフ夫妻は拷問の末に処刑された。フィルビーはのちにこの事件について、「卑劣な奴が当然の報い」を受けたと語っている。MI6内部において、この失敗はヴォルコフが勘付かれたためだと結論付けられた。フィルビーは1945年にソ連政府から赤旗勲章を授与された。翌1946年にはイギリス政府からOBEに叙任された。1947年には一等書記官を偽装身分としてトルコ駐在部長に任命された。フィルビーはソ連カフカスへの協力者の浸透工作を実施したが、もちろんその情報は全てソ連へと渡していた。トルコのアメリカ空軍のインシルリク基地の情報もソ連に引き渡している。この時期フィルビーは秘書と不倫しており、妻のアイリーンの神経症が悪化した。2年後にフィルビーはアメリカのワシントンD.C.駐在部長として米国の情報機関との連絡役に任じられた。戦後エンヴェル・ホッジャによって共産主義政権が成立していたアルバニアに対して、MI6は亡命アルバニア人を協力者に用いた転覆工作であるヴァリアブル作戦が実行された。英米の共同作戦であるためフィルビーがイギリス側の立案担当者に任命され、フィルビーはソ連に亡命アルバニア人がアルバニアの海岸に上陸する日時を逐一連絡した。ほとんどの亡命アルバニア人が直ちに捉えられ処刑された。彼らの家族も同様に殺された。犠牲者の数は亡命アルバニア人が100から200名、その家族は数千人にのぼるとみられる。