遠距離攻撃と術には直線・仰角（大・中・小）・発生の3パターンがある。「直線」は文字通りまっすぐに飛ぶ攻撃で障害物を越えることができない。そればかりか、段差が2段以上あると、高地であっても射程が縮んでいく。逆に、「仰角」タイプは2段以上の高地からの射程距離が伸びていく。加えて「仰角（中）」なら一部の障害物もこえて、「仰角（大）」ならば壁以外の全ての障害物とユニットの頭越しに攻撃できる。「発生」は壁や障害物・ユニットの有無を無視することができるが、段差が2段以上あると射程が縮む。このように2段以上の差があると「仰角」タイプでなければ射程が縮むため、隣接しているかのように見えるユニットも2段以上上もしくは下のユニットに隣接攻撃ができない。周囲攻撃系の術は3段以上の差のあるユニットには効果を及ぼすことはない。
他のゲームにおける魔法に相当し、幻魔使いのみが使える。特に記述が無い場合、味方に使用する術の効果は幻魔使いの術力のみに、敵に使用するものやダメージを与えるものは幻魔使いの術力と相手の術防御力の差に比例する。ストーリーモードでは共通の術はストーリーを進めることで少しずつ使えるようになるが、固有の術は始めから全て使える。
基本的な特徴・相性は『VM』のネイティアルと同じ。幻魔は『地』の属性をもつ地殻幻魔、『水』の属性をもつ水霊幻魔、『火』の属性をもつ火焔幻魔、『天』の属性を持つ天象幻魔の4種類に分類される。『VM』では移動でも属性が反映されていた。例えば、水のネイティアルは水中での移動を得意とする一方、地上では移動力が半減し、火のネイティアルは水にまったく入れず、天のネイティアルは全て空を飛ぶなどの特徴があったが、今作ではそういった面は薄くなり、以下に述べるように戦闘時の相性のみに反映されている。属性には「水は火に強く（順属性）、地に弱い（逆属性）」といった相性が存在し、その相性は 地 > 水 > 火 > 天 > 地 と一巡している。水と天の様に互いに強弱のない属性同士（対等属性）や水同士の様に同じ属性（同属性）の場合に優越はないが、同属性の場合は互いに打ち消し合うためダメージが減少する。幻魔によっては、明るいと能力が上がり暗くなると下がる『昼型』、その逆となる『夜型』の特性を持つものもある。幻魔は召喚・維持に幻魔使いの術数を消費する他、幻魔が術を使う際にも幻魔使いの術数を消費する（幻魔自体は術数をもたない）。以下の記載は各属性毎にシナリオモードで取得できる順であり、記載順の遅いもの程、召喚・維持・術の使用に必要な術数が増える。なお、「周囲1」とある場合の攻撃範囲は指定したマスとその周囲6ヘックス、「周囲2」とある場合は指定位置と周囲18ヘックスである。
以下のキャラクターを幻魔使いとして使用することができる。見出しには職業を、その後の丸括弧にはデフォルト名を書いている。PS2版で声が追加されたキャラについてはその丸括弧のあとに声優を掲載する。なお、「防御力」と書いているものは物理・術防御力両方を指し、どちらかのみの場合はそれぞれ明記している（幻魔の項も同じ）。
和国では長い戦乱が終わり、幕府による統治が始まった。しかし、慶明12年、巨大な隕石が大和の都を直撃し、多数の犠牲者を出した。犠牲者の中には幕府を開いた初代将軍もおり、幕府の権威は大いに失墜する。また、隕石の落下は龍脈を乱れさせ、和国各地に異常気象や砂漠化などの天変地異をも引き起こし、和国は再び混乱の坩堝に投げ込まれた。人々はこの隕石の直撃を「星落とし」と呼び、恐れた。そうした背景の下、八人の幻魔使いがそれぞれの目的から「星落とし」の真相に迫ることになる。
植木職人の父・勇造と暮らしている辰巳勇太・すみれの兄妹は、日の出署にそれぞれ勇太は捜査員として、すみれは交通課員として勤務する警察官であった。すみれは、母・タカの遺言により、実の家族だと思っていた辰巳家と自分はアカの他人だと知る。タカはすみれと出来の悪い兄勇太との結婚を切望していた。また息を引き取る際にすみれの実母が生前に書いた手紙を手渡した。その手紙で、すみれは実母が魔女であり、自分が魔女と人間のハーフであることを知り驚く。養父・勇造には思い当たる節があった。幼い頃、悪ガキだった勇太にいじめられ泣きじゃくるすみれを慰めるが、その犯人である勇太が自力では登ることが不可能な場所に置かれて彼もまた助けを求めて泣いていたのだ。すみれの魔力によるものだった。そんなある日、銀行強盗を目撃したすみれは犯人を追跡し、知らせで駆けつけた勇太の働きを見守っていたがそのひどさにヤキモキし、見ていられずに思わず目をつぶってしまった。すると絶体絶命の勇太が忽然と消えてしまった。初めて自分の超能力を自覚したすみれ。勇太は大手柄だが、魔力を使ったすみれには憧れの高木俊介を前に魔界からペナルティが下される。毎回、以上のようなドタバタ劇を展開しながら、すみれと勇太、そして高木との三角関係も描いていく。魔界側もすみれの魔力を行使せざるを得ない事情を考えるようになるが、掟は掟と条件付きで許すことを告げる。しかし、それでも義兄の危機に魔力を使ってしまう。ところが、日の出署を高木が去るという出来事にショックを受ける。そんな高木からの手紙を受け取り、実は最後に魔法を使ったのは高木だと記されていた。高木もまた魔女の子だったのだ。すみれを愛していることを手紙の中で告げ、再会した時に答えを聞かせて欲しいと書かれていた。養母の義兄との結婚をという願いは応えられないほどに、すみれの心の中には高木に対する想いが育まれていたため、心の中で想いを告げることを決意するすみれだった。