本作は1992年から『少女コミック』（小学館）で連載された「ふしぎ遊戯」（以下「前作」）や「ふしぎ遊戯 白虎仙記」（以下「次作」）と世界観を同じくした作品である。登場人物は一新され、前作でその存在が少しだけ触れられていた玄武の巫女及び玄武七星士を主とした物話となる。本作は次作同様に前作の続編と位置付けられているが、前後二作より過去の世界を舞台とする始りを描く作品。その為、既に大まかな顛末は前作で明かされており、前後二作読者向けに後世に続く細かな伏線も多数用意されている。作者によれば本作は独立した別の物語であり、この点から前作とは別物である事を示すよう『ふしぎ遊戯』のタイトルは取ってしまうか、小さくサブタイトルにすれば良かったとコメントしている。また、前作で触れられていた玄武の巫女の悲惨な最期を受けてか、前作よりも大幅にギャグ要素が減ったシリアスな作品となっている。尚、前作では明記されていなかった本作の舞台を盛岡市としたのは、アニメ版ふしぎ遊戯のオリジナル設定を取り入れたものである。
継室の時子が二条天皇の乳母だったことから、清盛は天皇の乳父として後見役となり検非違使別当・中納言になる一方、後白河上皇の院庁の別当にもなり、天皇・上皇の双方に仕えることで磐石の体制を築いていった。応保元年（1161年）9月、後白河上皇と平滋子（建春門院）の間に第七皇子（憲仁親王、後の高倉天皇）が生まれると、平時忠・平教盛が立太子を画策した。二条天皇はこの動きに激怒し、時忠・教盛・藤原成親・坊門信隆を解官して後白河院政を停止した。清盛は天皇の御所に武士を宿直させて警護することで、二条天皇支持の姿勢を明確にした。翌年3月には平治の乱で配流されていた二条親政派の大炊御門経宗が帰京を許され、6月には平時忠・源資賢が二条天皇を賀茂社で呪詛した罪で配流された。清盛は二条天皇の厚い信任を受け、親政を軌道に乗せた。さらに関白・近衛基実に娘・盛子を嫁がせて、摂関家とも緊密な関係を結んだ。院政を停止させられた後白河上皇への配慮も怠りなく、長寛2年（1164年）に蓮華王院を後白河上皇のために造営している。蓮華王院には荘園・所領が寄進され、後白河上皇の経済基盤も強化された。二条天皇は後白河上皇の動きに警戒心を抱き、長寛3年（1165年）に重盛を参議に任じて平家への依存を深めるが、7月28日崩御した。後継者の六条天皇は幼少であり近衛基実が摂政として政治を主導して、清盛は大納言に昇進して基実を補佐した。9月、平時忠が帰京を許され、12月25日に憲仁親王が親王宣下を受けると、清盛は勅別当になった。後白河院政派は次第に勢力を盛り返していたが、清盛は後白河上皇の行動・性格に不安を覚え、院政復活を望まなかったという。永万2年（1166年）7月26日、摂政・藤氏長者の近衛基実が急死して後白河院政が復活すると、基実の子・基通が幼少であることから弟・松殿基房が摂政となる。基実の領していた摂関家領が基房に移動すれば、平氏にとって大打撃となる。清盛は藤原邦綱の助言により、殿下渡領・勧学院領・御堂流寺院領を除いた私的家領を後家の盛子に相続させることで、摂関家領の管轄に成功した。10月10日に憲仁親王が立太子すると清盛は春宮大夫となり、11月には内大臣となった。翌仁安2年（1167年）2月に太政大臣になるが、太政大臣は白河天皇の治世に藤原師実と摂関を争って敗れた藤原信長が就任してからは実権のない名誉職に過ぎず、わずか3ヶ月で辞任する。清盛は政界から表向きは引退し、嫡子・重盛は同年5月、宣旨により東海・東山・山陽・南海道の治安警察権を委任され、後継者の地位についたことを内外に明らかにした。仁安3年（1168年）清盛は病に倒れ、出家する。原因は「寸白（すびゃく）」だったとされる。清盛の病状が政情不安をもたらすことを危惧した後白河上皇は、当初の予定を早めて六条天皇から憲仁親王に譲位させることで体制の安定を図った。病から回復した清盛は福原に別荘・雪見御所を造営して、かねてからの念願だった厳島神社の整備・日宋貿易の拡大に没頭する。嘉応元年（1169年）、後白河上皇は出家して法皇となるが、清盛は後白河法皇とともに東大寺で受戒して協調につとめた。これは、鳥羽法皇と藤原忠実が同日に受戒した例に倣ったものであった。この頃は、後白河法皇が福原を訪れ宋人に面会、清盛の娘・徳子が高倉天皇に入内、福原で後白河法皇と清盛が千僧供養を行うなど両者の関係は友好的に推移していた。この間、平氏一門は隆盛を極め、全国に500余りの荘園を保有し、日宋貿易によって莫大な財貨を手にし、平時忠をして「平氏にあらずんば人にあらず」といわしめた。