引退後は、日本中央競馬会に種牡馬として買い上げられ、北海道浦河町の荻伏種馬場に繋養された。良血と優れたスピード能力が評価され、2年目まで50頭前後の交配相手を集め、当時輸入種牡馬に圧されていた内国産馬としては一定の人気を集めた。しかしその中からはオープン特別の中京4歳ステークスを制したスノードーターの他に数頭の地方競馬の重賞勝ち馬を出した程度と産駒の成績が振るわず交配頭数は激減。三石種馬場に移されてアラブ馬専用の種牡馬として供用された後、1977年からは青森県の浜中牧場に移動した。なおアラブの種牡馬としてはタマツバキ記念の勝ち馬ブイセブンを送り出している。その後種牡馬としての活動はなく、翌1978年8月5日、持病であった神経痛の悪化により、馬房内で死亡した。18歳（現表記19歳）。父として中央競馬の重賞を勝ったサラブレッド競走馬は出せなかったが、ブルードメアサイアー（母の父）として重賞3勝を挙げたハシコトブキ（父シンザン、母コウセキ）を出している。その死後、曾姪孫（全姉の曾孫）に当たる千明牧場生産馬・ミスターシービーが1983年にクラシック三冠を達成。千明牧場はメイズイから20年越しでの雪辱を果たしている。
菊花賞の後、メイズイは保田を背に態勢立て直しを期したクモハタ記念を快勝。年末にはファン投票1位で有馬記念（グランプリ）の出走馬に選出され、当日は1番人気に支持された。しかし前走天皇賞（秋）をレコードタイムで制していたリュウフォーレルの2着に終わった。秋は精彩を欠く結果となったが、春のクラシック二冠が評価され、翌1月には当年の年度代表馬にリュウフォーレルと同時選出された。5歳となった翌1964年は、春の天皇賞を目標にアメリカジョッキークラブカップから始動するも、5着と敗れる。しかしその後のオープン戦、前哨戦スワンステークスを連勝して天皇賞に臨み、1番人気に推された。しかし最後の直線を先頭で逃げ粘るも、前走で4着に退けていた関西馬ヒカルポーラにゴール寸前で差し切られ、3/4馬身差の2着に終わった。休養の後、秋の天皇賞を目標に10月の復帰戦から3連勝。しかし本番の天皇賞はヤマトキョウダイの8着と大敗。年末の有馬記念には、当年にクラシック三冠を達成したシンザンを押さえて1位で選出されたが、ヤマトキョウダイの3着に終わった。この競走を最後に引退の予定だったが、負けたままでは格好が付かないとして年明け1月5日のオープン戦に出走し、ここを勝利して引退。同月24日、千明牧場出身の天皇賞優勝馬コレヒサと共に、東京競馬場で引退式が行われた。
前述のストライキの影響により、2週間後には東京優駿（日本ダービー）を迎える。メイズイとグレートヨルカの実力が他馬を圧倒しているとの見方から、戦前から「MGダービー」と喧伝され、両馬の枠番連勝式オッズは1.7倍という低さで「銀行ダービー」とも言われた。単勝オッズではメイズイが1.8倍を付け、2.1倍のグレートヨルカを抑えて初めて1番人気の支持を受けた。スタートが切られると、メイズイが4番枠から先頭に立って逃げを打ち、グレートヨルカは第2コーナーを抜けた時点で8番手に付けた。レースは1000メートル通過が1分1秒という当時としてはかなり速いペースで推移したが、森安メイズイは第4コーナー手前からスパートを掛けると、そのまま直線を独走態勢で逃げ切って優勝。クラシック二冠を達成した。直線手前で馬群に包まれた2着グレートヨルカとは7馬身の差が付いており、優勝タイム2分28秒7はコマツヒカリが保持した2400mの日本レコードを0.1秒更新する新記録。ダービーとしては従来のレースレコードを一挙に1.5秒縮める、初めての2分20秒台の記録となった。このタイムは1972年にロングエースに破られるまでの9年間、ダービーレコードとして保持された。また、生産者の千明康は1938年度の優勝馬スゲヌマを生産した父・賢治に続き、これも日本競馬史上初となる父子二代でのダービー優勝を果たしている。
2010年、この鉱山の生産に必要な費用が46億米ドルであると算出された。これはモンゴル国史上最大額であった。しかしながら2013年にその費用は更に100億米ドルにまで膨らんだ。経済的にも完成時にはこの鉱山一つで同国の国内総生産の30%以上になるとされていた。2010年の初めにはリオ・ティントはこの鉱山の22.4%を所有したアイヴァンホー・マイン（現ターコイズ・ヒル・リソーシズ）を傘下に収め、この事業に関する経済的、技術的な支援をした。この時に同社は46.6%まで自社の所有比率を上げる契約をつけ、2010年3月31日にはモンゴル国政府はこのプロジェクトの34%を買う事で決着がついた。2010年10月、アイヴァンホーはこの鉱山を発展させる為のファンドから新たに10億米ドルの申し出があった事を発表した。同年12月にはリオ・ティントがアイヴァンホーの所有を加速させ、この鉱山の計画に直截参与する目的を、他の目的を達成していないにも関わらず達成し、鉱山の所有権を獲得した。2011年に同国は17.3%の経済成長を達成したが、マットによるとその大部分はこの鉱山で説明出来ると云う。モンゴル国政府とリオ・ティントの不調和は2013年に明るみに出た。政府がリオ・ティントに3億4000万米ドルの未払いの税金及び、当初の51億米ドルから71億米ドルに第一段階で費用が膨れ上がった分の費用の支払いを要求した事が発端である。これによって地下掘りは一時中断となった。同年7月、この鉱山を所有する公営企業の執行役員であるTserenbat Sedvanchigとリオ・ティントの論諍の後、ターコイズ・ヒル・リソーシズのこの鉱山のシェアは当初の66%から20%下落した。8月に彼は執行役員を解雇され、議会の一員であるDavaadorj Ganboldが後任となった。その間に、リオ・ティントは1700人のモンゴル人労働者を解雇した。