国防長官ジェームズ・ヘラーの特別補佐官として雇用され、国防総省に勤務。同時期、長官の娘であり、長官の秘書を務めるオードリー・レインズと深い関係を持つ事となるが、長官親子の誘拐事件に端を発した複合テロによりオードリーとの間に溝ができ、また当時別居していた彼女の夫ポールを死なせることになり関係は破綻した。また、テロ容疑者確保のため中国の駐ロサンゼルス総領事館を襲撃した際、相手の誤射ではあるが総領事を巻き添え死させてしまった事により、中国政府に身柄の引渡しを求められ、また中国への情報流出を恐れたローガン政権に命を狙われる事になり、その事を知りジャックの身を案じたパーマー元大統領からの警告を受け、死を偽装して姿を消す。
心臓の治療後、CTUに正式に復職し、工作部門のチーフとなる。シーズン3の数ヶ月前、長期の潜入捜査で麻薬カルテルへ潜り込んだ際、メキシコの麻薬王ラモン・サラザールを逮捕するもその代償にヘロイン中毒となる。その為、かなり情緒不安定気味でパソコン操作にもたついたり周囲にイラついている。ウクライナの科学者が売りに出したウィルスを押収するため、逮捕したサラザールを脱獄させウィルスを買わせようとするも、売り手の裏切りで失敗。その直後に起きたウィルス散布で、コソボでヴィクター・ドレーゼン暗殺作戦で一緒だったスティーブン・サンダースが首謀者であることを知り衝撃を受ける。仲間であるガエルをはじめとした捜査官、700人を超える一般市民の犠牲を被りながらもサンダースを拘束し、ようやくウィルスをすべて確保する。全てが終わった後、ウイルス確保の為とはいえ、仲間であるシャペルを殺し、サンダースの娘ジェーンを脅迫の材料に使い、仕方なかったとはいえチェイスの手首を切断してしまった事や、今までに様々な犠牲を出した事を振り返り、ひとり車の中で涙した。それから3ヵ月後、新支局長のエリン・ドリスコルによってヘロイン中毒となっていることを咎められ、一方的にCTUを解雇されてしまう。
1年半後、妻が殺害されたショックから未だ立ち直れずにおり、ベビーシッターをしているキムを見守っている。ロサンゼルスで核爆弾を爆発させようと目論むセカンド・ウェーブ（第二の波）と呼ばれるテロリストグループを阻止するため、新たに大統領となったデイビッド・パーマーに懇願されてCTUに復帰。終盤に拷問され、心臓に深いダメージを受けるも無事事態を収拾する。
アメリカ合衆国大統領候補デイビッド・パーマー上院議員の暗殺未遂事件時の、CTUロサンゼルス支局チーフ。その時、妻のテリー及び娘のキンバリー（キム）が、彼が2年前(当時)のコソボでナイトフォール作戦と呼ばれた極秘任務遂行中に殺害したはずのビクター・ドレーゼンの息子達によって誘拐された。実はアメリカ政府の狂言であり、別動隊によってドレーゼンは捕獲されており、替え玉が自宅に向かわされていた。そこをジャックが爆破したが、偶然からドレーゼンの自宅には関係のない妻と娘がおり、知らないとはいえジャックが殺してしまっていた。このことによりジャックと作戦を許可したパーマー議員は恨まれる。激しい攻防の末に妻子を救出する。しかし最終話で協力者だと思っていたニーナの裏切りを知り、さらにはニーナにテリーを殺されてしまう。シーズン後、テリーを失った悲しみから立ち直る事が出来ず、CTUの厳しい職務の遂行に限界を感じて、事件から半年後休職する事となる。
1966年2月18日にカリフォルニア州サンタモニカで生まれた。UCLAより英文学の学士号、またUCバークレー校より犯罪学及び法学の修士号を獲得。大学卒業後、彼はロサンゼルス市警察やSWATチームの一員、およびアメリカ陸軍の第一特殊作戦部隊デルタ分遣隊、通称デルタフォースに所属し、後述するナイトフォール作戦などの任務を行った。CTUに転属する前には、CIAで現地作業も行っていた。その後、クリストファー・ヘンダーソンによって引き抜かれて、CTUに所属することになる。後に、ジャックはヘンダーソンを、機密情報を防衛関係企業に売った容疑で告発し、CTUから解雇する結果となった(合計3人の同僚の不正を暴き、一部の同僚からは反発されている)。
あまりにルールを無視した独断捜査のために、上級スタッフからは反発されたり煙たがられることが少なくないが、己を捨てるほどの愛国精神と任務の達成能力から、クロエなどの同僚のスタッフからの信頼は厚い。当初ジャックを煙たがっていた上級スタッフも、彼の実力を知り認めていくことになるが、途中で任務をはずされたり、殺害されたり、死亡するエピソードが多い。シャペルCTUロス地域本部長などは、テロリストの脅迫により、バウアー自身によって射殺された。
ジャックが愛用するバッグ。シーズン5で登場。ROTHCO（ロスコ）製のメッセンジャーバッグ（縛着のためのクロスストラップがないので実は唯のショルダーバッグ。襷掛けにしているだけ）を使用しており、実際に販売されている。捜査に必要な情報機器や、USPコンパクトなどの拳銃や、ナイフ・スモークグレネードなどの武器・弾薬のほか、防弾チョッキ・応急処置用品・携帯食・小型ライト・覆面などが入れられている。任務によっては、時限式爆薬なども携帯している。
文化14年（1817年）12月28日妻を娶り、以降高岡に身を落ち着けて医業を行った。文政元年（1818年）父蓬洲と師幸庵が飲酒時の発言を元に仲を違え、文政2年（1819年）心労から心下痞硬を患った。文政4年（1821年）6月24日川原町からの大火で自宅を焼失し、三層の清風明月楼を新築した。文政5年（1822年）1月5日、東林師と金沢に詩仏を訪ね、14日帰宅した。江戸留学以後、玄沢とは頻繁に文通を続けており、文政3年（1820年）5月の玄白三回忌、文政9年（1826年）9月の玄沢古希及び『重訂解体新書』上梓祝い、文政10年（1827年）1月の玄沢葬儀のため江戸を訪れている。天保5年（1834年）小石元瑞に入門した。嘉永6年（1853年）9月21日大火により自宅を焼失した。元治元年（1864年）9月14日死去し、瑞龍寺に葬られた。戒名は釈香潔。