1544年、慶尚南道密陽郡にて誕生。13歳で仏門に入り、18歳で僧科に合格。その後、妙香山の西山大師休静の直弟子となり、3年の苦行の末、31歳のときに大悟。豊臣秀吉による文禄・慶長の役がおこると、朝鮮国王・宣祖は僧たちにも抗日戦を命じ、休静を八道都総摂に任じたが、すでに老齢であったため、この任務を惟政に託した。惟政は朝鮮の「義僧兵」の総指揮官として日本軍と果敢に戦った。文禄3年（1594年）、惟政は、敵将である加藤清正の陣地に3度にわたって乗り込み、講和交渉を行った。両者は腹を割って互いの主張を述べあった。清正は惟政に向かって「貴国では貴方だけが偽りがなく、他の人は信用できない」と述べた。当時、小西行長と明の游撃将軍・沈惟敬の間でも、独自の講和条件の探りあいが行われていた。小西と沈惟敬は講和を急ぐあまり、それぞれの本国に対して嘘の講和条件を伝えていた。また小西と沈惟敬の講和交渉は、朝鮮の頭越しに行われたものであった。清正－惟政ラインの講和交渉は、それ自体は成功しなかったものの、清正が秀吉に真実の情報を報告したことで、小西－沈惟敬による偽りの早期講和構想を破綻させ、最終的に朝鮮側に有利となる結果をもたらした。戦後、朝鮮側は、被害者である自国の方から先に講和の使節を送るのは朝鮮の体面を貶めるものであると考え、正式の講和使節を朝鮮側から先に日本に送ることを躊躇した。しかし日朝両国とも本音では早期に講和を結び、戦後問題を決着したかったため、朝鮮側は民間の僧であり、日本の武士のあいだでも知名度がある惟政を「探賊使」として日本に派遣した。慶長9年（1604年）、惟政は対馬から京都に入り、翌年3月に伏見城で徳川家康と会見した。この家康－惟政会談は、日本と朝鮮の国交回復に大きな役割を果たした。また惟政は、数千人の朝鮮人捕虜の帰国も実現した。惟政と会談した家康は、彼の人となりに感服したという。惟政は漢詩を作るのも巧みで、日本滞在中、西笑承兌や景轍玄蘇ら日本側の知識人とも漢詩の応酬を行った。家康－惟政会談は、後の12回にわたる朝鮮通信使（1607-1811）を可能にしたものとして評価できる。1610年、死去。
前述のように、「二流の地方の作曲家」であり、「プラハにおいては、彼はいくぶん冷やかに作曲家とみられていたが、それよりもわずかに敬意をこめて民俗学者と考えられていた」ヤナーチェクの知名度は、1916年にオペラ『イェヌーファ』のプラハでの上演を成功させたことにより大きく広がり、1920年代に入るとブルノやプラハでオペラ作品が次々と上演されるようになった。ただし母国以外で作品が上演されたのは主にドイツで、上演される作品はほぼ『イェヌーファ』と『カーチャ・カバノヴァー』に限られていた。英語圏では1919年にロンドンで催されたチェコスロバキア音楽祭で男性合唱曲『マリチカ・マグドーノヴァ』が演奏された後、ローザ・ニューマーチの尽力によって1922年にロンドンのウィグモア・ホールで『消えた男の日記』が、1926年にはウィグモア・ホールで『弦楽四重奏曲第1番』など4曲が、1928年にロンドンのクイーンズ・ホールで『シンフォニエッタ』が、1928年にノリッジで『グラゴル・ミサ』が演奏・上演されたが、ほとんど関心を示されなかった。アメリカでは1924年12月6日にニューヨークのメトロポリタン歌劇場でオペラ『イェヌーファ』（ドイツ語訳）が上演された時、イギリスの批評家アーネスト・ニューマンはこの上演を「明らかに素人に毛が生えた程度の男の作品としか思えない音楽」と酷評し、他にも「多くの批評家がヤナーチェクのなじみのない様式に当惑」した。音楽評論家の相澤啓三はオペラ史におけるヤナーチェクの位置づけについて、以下のように評している。一見カオス状の<20世紀のオペラ>の中には何々主義でもなく何の立場を表明するものでもないオペラ作曲家たちがいます。その作曲行為には自発性と多様性があり、その作品は劇場性と個人様式をそなえ、そしてある意味では孤立した作曲家たちですが、ある意味ではオペラの辺境から現れてその母国語の声調とその風土の音楽語法とに拠って新鮮な悦びをもたらしてくれた作曲家たちです。その最高がチェコスロヴァキアのヤナーチェクとイギリスのブリテンの2人です。 — 相澤1992、450頁。相澤は1992年発行の著書『オペラの快楽』において、ヤナーチェクのオペラが広く世に知られるようになったのは1970年代以降であるが、チェコ語で書かれた9曲中「少なくとも5曲か6曲はこれから世界中のオペラハウスのレパートリーとして歓迎されるようになるでしょう」と述べている。ヤナーチェクの死後の1951年、オーストラリアの指揮者チャールズ・マッケラスの尽力によりオペラ『カーチャ・カバノヴァー』が初めてサドラーズウェルズ劇場で上演されたのを皮切りに、「ヤナーチェクに対する最も熱狂的な支持」がイギリスで巻き起こった。イギリスでは「主要なオペラがすべて上演され」たほか、オペラ以外の作品に対する関心も高まりつつある。音楽評論家の相澤啓三は、ヤナーチェクのオペラが中部ヨーロッパから外に出るようになったのはマッケラスの功績であると評している。