2000年代初頭、ナイジェリア北部の西洋医学に懐疑的な保守的宗教指導者が、支持者に対し子供に経口ポリオワクチンによる予防接種を受けさせないよう助言した。ボイコットはカノ州の知事にも支持され、予防接種は数ヶ月中断することとなった。その後、ナイジェリア近隣のポリオ清浄地域でポリオが再出現し、ウイルスはナイジェリア北部起源のものと同一であることが遺伝学的検査によって判明した。ナイジェリアは近隣国家へのポリオウイルスの輸出国となった。北部諸州の人々は他の予防接種にも慎重であることが報告されており、ナイジェリアでは2005年の1月から3月の間に麻疹が2万件発生し、600人近くが死亡した。ナイジェリア北部では、予防接種は西洋人が北部の人口を減らすために作り出した戦略であると一般的に信じられている。その結果、北部の人々の多数が予防接種を拒否している。2006年には、世界中で新たに発生したポリオの半数以上をナイジェリアが占めることとなった。その後もアウトブレイクは続き、2007年の末のボルノ州での麻疹のアウトブレイクによって少なくとも200人の子供が死亡した。
MMRワクチンに関する論争 (MMRワクチン論争) の結果、1996年以降のイギリスの予防接種率は急激に低下した。1999年末から2000年の夏にかけて、アイルランドのダブリン・ノースサイドで麻疹のアウトブレイクが起こった。当時、国全体の予防接種率は80%を下回っており、ノースサイドの一部では60%程度であった。300以上の症例が発生し、100人以上が入院した。3人の子供が死亡し、さらに数人は重症で、一部の人は回復のために人工呼吸器を必要とした。
オランダの宗教コミュニティと学校において麻疹の大流行が起こり、3人の死亡と68人の入院を含む2,061件の症例が発生した。大流行が発生したいくつかの州の予防接種率は高い水準であったが、例外的に1つの宗派は伝統的に予防接種を拒否していた。麻疹の感染者の95%は、予防接種を受けていなかった。
スウェーデンでは、1979年から96年にかけての百日咳の予防接種の中止による空白期間中は、子供の60%が10歳までに百日咳に感染していた。緊密な医療監視によって、死亡率は年あたり1人程度に抑えられた。
1974年、ある著名な公衆衛生学者が、36の反応が百日咳ワクチンに起因すると報告し、ワクチンはわずかに効果があるにすぎず、その利益がそのリスクを上回るかについて疑問を呈した。テレビや新聞の報道は過熱し、恐怖が引き起こされた。イギリスにおけるワクチンの接種率は81%から31%にまで低下し、引き続いて起こった百日咳の流行によって何人かの子供が死亡した。主流の医学的意見はワクチンの有効性と安全性を支持し続け、国によるワクチンの有効性の再評価の発表後に国民の信頼は回復した。その後ワクチンの接種率は90%以上にまで増加し、疾患の発生は劇的に減少した。
宗教的反対、効力に対する懸念、個人の権利に対する懸念によって動機づけられた反ワクチン運動の結果、スウェーデンの他の地域では90%程度であった予防接種率は、ストックホルムでは40%強にまで低下した。ストックホルムでは1873年に大きな天然痘の流行が起こった。それによってワクチン接種率は上昇し、流行は終息した。
いくつかの国家では、ワクチンの使用の減少後に疾患の罹患率と死亡率の増加が起こった。アメリカ疾病予防管理センターによると、ほとんど根絶された疾患の再発を防ぐには、ワクチン接種率が継続的に高水準で維持される必要がある。百日咳は、集団予防接種が実施されていない発展途上国では未だに主要な健康問題となっている。世界保健機関は、2002年に百日咳によって29万4千人が死亡したと推計している。
荒木の赴任当時、沖の島は島民の1割、300人以上が風土病であるフィラリアとその後遺症に苦しんでいた。荒木の赴任の目的の一つは、このフィラリアの撲滅にあった。荒木によるフィラリア対策は1953年（昭和28年）から始められており、1960年（昭和35年）に高知県により大規模な実態調査が開始されたことでより本格化した。フィラリアはカが媒介する。よって、荒木は婦人会に出席し、カの撲滅と衛生環境の改善を説いた。島には人の踏み込めない樹林地帯があることから、カの撲滅は不可能と主張する島民もいたが、荒木は考えを曲げなかった。墓地の花筒にたまった汚水はカの幼虫であるボウフラの繁殖のもととなるため、その花筒から供花や水を捨てて蓋をするという徹底ぶりで、島民たちの反発にも遭った。さらに、島民たちの採血調査にも奔走した。当時、フィラリア患者を出した家は悪い血筋との烙印を押されて差別される風潮があり、フィラリア宣告を恐れて採血を拒否する者が多かった。またフィラリアを遺伝病と信じ、自分の家系はフィラリアの血統ではないとして採血に応じない者も多かった。しかし荒木は根強く全島検診の参加を呼びかけ、フィラリア撲滅のために声を枯らしつつ、島民たちを採血場へ連れて行った。フィラリアの病原体である寄生虫は、日中は人間の内臓などに潜んでおり、22時から24時までに血液中に出現する。そのため、夜のそのわずか2時間の間に島中の各戸を訪問して採血を終える必要があり、懐中電灯を手に島内を回り、採血を終えて帰宅するのは午前2時過ぎであった。この深夜の採血活動は最終的に1964年まで、12年間にわたって続けられた。こうした努力の甲斐と、1962年（昭和37年）の特効薬スパトニン発見により、フィラリア患者は激減に至った。1966年時点では患者はわずか11人となり、沖の島はもはやフィラリアの島ではないとまでいわれた。