横浜市に拠点を置き、慈善事業を展開していた2つのNPO法人は、ソフトバンクモバイルの携帯電話端末約2,000台を法人名義（会員向け）で契約していたが、そのうちの一部が法人以外の組織に流失していた。また、うち約100台の端末は、薬物の密売や振り込め詐欺などの犯罪に悪用されていた。NPO法人はこれらの端末を使う目的がなく、利用料金は代理店が負担していた。
ソフトバンクモバイルから発売されたかんたん携帯 821Tに関して、NTTドコモと富士通はソフトバンクモバイルおよび東芝に対して、不正競争防止法の模倣品販売の条項に基づき同端末の製造・販売などの差し止めを求め、東京地方裁判所に仮処分申請を申し立てた。ドコモおよび富士通は、NTTドコモから販売されている富士通製端末FOMAらくらくホンIIIのボタンレイアウト、ユーザインタフェースなど複数の項目でデザインなどが酷似していると主張。NTTドコモおよび富士通は、ソフトバンクモバイルおよび東芝に対し警告してきたが、満足のいく回答が得られなかったために仮処分申請に踏み切ったと記者会見で述べた。本件は2009年4月に和解が成立した。なお、和解金等の条件は非公表。
2008年1月から6月に振り込め詐欺・オレオレ詐欺で使用された携帯電話約2,300台のうち約7割がソフトバンク携帯だったとの報道が12月にあった。警察庁では、同社を含む携帯電話各社に本人確認の徹底を再度要請した。その後同社は、2008年度下期決算報告において、iPhone割賦販売開始当初は信用情報調査を十分に行わなかったため、割賦代金を支払わない契約が続出し、累積で500億円の負債焦げ付きも発生していたが、その後購入時の審査を強化し、このような事態は概ね防ぐことができているとした。
2006年11月22日、ソフトバンクショップを運営する株式会社エムデジが携帯電話不正利用防止法に基づく譲渡時本人確認を行っておらず、同法第5条第1項の違反で総務省が是正を命じた。またソフトバンクに対しては再発防止措置の徹底を要請した。しかし2007年4月12日、ソフトバンクショップを運営している代理店2店舗（有限会社ウエスタン・有限会社アイシーエス）が、携帯電話購入時に個人確認を怠ったとして、総務省が代理店2店舗と監督元であるソフトバンクモバイルに対し再発防止措置の徹底を行なうよう行政指導を行なった。ソフトバンクモバイルはこの代理店2店舗に対し、販売促進支援およびショップ支援を3カ月間停止を決定し、ソフトバンクショップ全代理店に対し、携帯電話を販売する際の個人確認を徹底するように指導した。さらに2007年6月12日には、ソフトバンクモバイルの携帯電話販売代理店を運営するケアアンドコミュニケーションが、契約者の本人確認を怠ったとして、総務省は同社に是正命令を出した。ソフトバンクモバイルにも代理店に対する監督を徹底するよう再度行政指導を行った。
iPhoneの3G通信機能をONにしている場合、アプリケーションを追加しない初期状態で利用者がアプリケーションやメールを利用していなくても、利用者が認識しない自動通信によりパケット定額の下限額（1029円）を上回る通信料が発生することが確認された。そのため2011年5月、総務省はソフトバンクモバイルの広告表示が不適正であったと同社に対し、下限額を越える通信料が発生した原因と不適正な広告表示となった原因を究明するとともに広告表示の適正化などの改善措置を行い、それらの報告を求める行政指導を行った。
2006年12月に放送されたゴールドプラン紹介のテレビCMでは、ラクロスの女子学生同士の会話を、他携帯ユーザーに対するいじめを助長するものだと受け取った視聴者からの苦情が、JAROに対して1日約250件寄せられた。広報部は「ゴールドプランの便利さを紹介したいがために制作したものであり、いじめを助長するために作ったものではない」とコメントしている。なお、当該CMの放送は同年12月24日に終了している（ソフトバンクは「予定通りの終了」としている）。「通話料、メール代0円」と大きく書かれたゴールドプラン（予想外割）の新聞広告が掲載されたが、「ソフトバンク以外の通話、メールは有料」といった注意文言の文字が小さくわかりにくかった。こうした広告は景品表示法違反（有利誤認）にあたるおそれがあるとして、公正取引委員会はソフトバンクモバイルに対して警告した。また同時にドコモ、KDDIも広告が同規定に違反するおそれがあるとして注意を受けている。
大会の招致条件として開幕戦と決勝戦を開催するスタジアムには8万人収容可能な観客席の設置が求められていたが、現在の日本ではこれを満たすスタジアムがない。日本サッカー協会では2016年夏季オリンピックを東京都で行うための招致活動（2016年東京オリンピック構想）で東京都中央区晴海に新設が計画されていた東京オリンピックスタジアムの利用を想定し、東京オリンピック（五輪）の招致活動に協力したが、同年10月2日の国際オリンピック委員会 (IOC) 総会で東京は開催都市に選ばれず、東京オリンピックスタジアムの建設計画も白紙に戻った。2016年五輪の東京招致失敗後、FIFAのゼップ・ブラッター会長は10月4日に「横浜で何の問題もない」と語り、W杯招致には新スタジアムの建設は必須ではないという見解を示したが、10月8日の招致委員会の設立記者会見において犬飼委員長はあくまで8万人収容の新競技場建設を目指す考えを述べた。そんな中、JR大阪駅北側の「梅田北ヤード開発」計画の中で8万人規模の「大阪エコ・スタジアム」建設計画が浮上した。資金源など様々な課題を抱えるものの、実現すれば決勝戦も可能なスタジアムとなるため、大会招致委員会では同スタジアムの実現を招致運動の中核として想定していた。2010年7月に行われたFIFAの現地調査でも、視察団は平松邦夫・大阪市長の案内を受けて空中から予定地を視察している。なお、大会構想では本大会の開幕に先立って行われるFIFA総会も大阪市内の大阪府立国際会議場（グランキューブ大阪）で開催する計画であった。