美濃土岐氏の庶流で、尾張国春日井郡の出身であるという。坂井氏の養子となったといい、後に土肥氏を名乗り、最後に小瀬氏に改めた。はじめ医学と経史を学んで、織田氏家臣の池田恒興に医者として仕えた。恒興の死後は、豊臣秀次に仕えた。秀次の死後は堀尾吉晴に仕えて、松江城築城の際に縄張りも行った。吉晴死後は浪人となったが、播磨にしばらく住み、京都に移った。寛永元年（1624年）には子の小瀬素庵が前田利常に仕えた縁で加賀藩で知行250石を貰い、藩主の世子光高の兵学の師となり、諸書の著述に専念。医書などを刊行した。慶長16年（1611年）頃には太田牛一が著した『信長公記』を元に『信長記』（甫庵信長記とも）、寛永10年代には『太閤記』（甫庵太閤記とも）、他に『童蒙先習』『太閤軍記』『天正軍記』をそれぞれ刊行している。寛永17年（1640年）、死去。
三島は自作の試みについて、〈生まれてはじめての私小説で、もちろん文壇的私小説ではなく、今まで仮想の人物に対して鋭いだ心理分析の刃を自分に向けて、自分で自分の生体解剖をしようといふ試み〉だと、担当編集者であった坂本一亀に送り、また、ノートに次のように記している。この本は私が今までそこに住んでゐた死の領域へ遺さうとする遺書だ。この本を書くことは私にとつて裏返しの自殺だ。飛込自殺を映画にとつてフィルムを逆にまはすと、猛烈な速度で谷底から崖の上へ自殺者が飛び上つて生き返る。この本を書くことによつて私が試みたのは、さういふ生の回復術である。私は無益で精巧な一個の逆説だ。この小説はその生理学的証明である。私は詩人だと自分を考へるが、もしかすると私は詩そのものなのかもしれない。詩そのものは人類の恥部（セックス）に他ならないかもしれないから。 —  三島由紀夫「『仮面の告白』ノート」「仮面」の「告白」の意味については、〈告白の本質は「告白は不可能だ」といふことだ〉と記している。三島は従来の私小説的な告白小説の方法的な矛盾を指摘し、〈もし「書き手」としての「私」が作中に現はれれば、「書き手」を書く「書き手」が予想され、表現の純粋性は保証されず、告白小説の形式は崩壊せざるをえない〉という意識の元で、〈完全な告白のフィクションを創らうと考へた〉としている。「仮面の告白」といふ一見矛盾した題名は、私といふ一人物にとつては仮面は肉つきの面であり、さういふ肉つきの仮面の告白にまして真実な告白はありえないといふ逆説からである。人は決して告白をなしうるものではない。ただ稀に、肉に深く喰ひ入つた仮面だけがそれを成就する。 — 三島由紀夫「作者の言葉（「仮面の告白」）」 また、執筆直前の川端康成への手紙では、〈本当に腰を据えた仕事をしたい〉と述べ、〈ボオドレエルの「死刑囚にして死刑執行人」といふ二重の決心で自己解剖〉するという旨を伝えて、以下のように語っている。自分が信じたと信じ、又読者の目にも私が信じてゐるとみえた美神を絞殺して、なほその上に美神がよみがへるかどうかを試めしたいと存じます。ずいぶん放埓な分析で、この作品を読んだあと、私の小説をもう読まぬといふ読者もあらはれようかと存じ、相当な決心でとりかゝる所存でございますが、この作品を「美しい」と言つてくれる人があつたら、その人こそ私の最も深い理解者であらうと思はれます。 — 三島由紀夫「川端康成宛ての書簡」（昭和23年11月2日付）『仮面の告白』を起筆した日は、1948年（昭和23年）11月25日である。三島は、この3年前の1945年（昭和20年）の11月か12月に、恋人の三谷邦子（三谷信の妹）が銀行員の永井邦夫（永井松三の息子）と婚約したことを知らされ、生まれて初めて泥酔していたという（関連は三島由紀夫#終戦後の苦悶と焦燥を参照）。その翌年の1946年（昭和21年）5月に邦子は結婚するが、主婦となった邦子と9月16日に偶然に道で出くわした三島は、その日のノートに、〈自伝小説〉を書く決意を記した（関連はサーカス (小説)#戦後の本稿（決定稿）を参照）。自身の生い立ちや幼年時代を振り返っていた三島は、心理学者の望月衛を訪ねて同性愛についての話を伺い、望月から借りたドイツの医師マグヌス・ヒルシュフェルトや、イギリスの医師ハヴロック・エリスの著書などを読んだ。また、精神病理学の専門医の式場隆三郎からも著作を貰うなどしていた三島は、『仮面の告白』刊行後に 式場に自著を献呈して意見を仰ぎ、〈肉体的無能力〉（性的不能）に悩んでいたことを告白している「仮面の告白」に書かれましたことは、モデルの修正、二人の人物の一人物への融合、などを除きましては、凡て私自身の体験から出た事実の忠実な縷述でございます。この国にも、また外国にも、 Sexual inversion の赤裸々な告白的記述は類の少ないものであると存じます。わづかにジッドの「一粒の麦」がございますが、これはむしろ精神史的な面が強調されてをります。ジャン・コクトオの Livre blanc といふ稀覯本を見ましたが、これも一短篇にすぎませぬ。私は昨年初夏にエリスの性心理学の Sexual inversion in Man や Love and Pain を読みまして、そこに掲載された事例が悉く知識階級のものである点で、（甚だ滑稽なことですが）、自尊心の満足と告白の勇気を得ました。当時私はむしろ己れの本来の Tendenz についてよりも、正常な方向への肉体的無能力について、より多く悩んでをりましたので、告白は精神分析療法の一方法として最も有効であらうと考へたからでございました。 — 三島由紀夫「式場隆三郎宛ての書簡」（昭和24年7月19日付）