年間風力発電量は現在デンマークで消費される電力の約39%にあたる（2014年）。デンマークの消費のこの割合には異論がある。なぜならノルウェー（及びある程度はスウェーデン）のかなりの水力資源が低損失のグリッドストレージとして使用されているからである。水力は風力発電が発電しているときには発電を迅速に減らし後に水を節約することができ、また、風力発電の出力が落ちた時にはデンマークに電気を輸出することができる。短期的にはデンマークは昼間にノルウェーから電気を輸入し、夜間には輸出をしている。長期的には夏に電気を輸入し、冬に輸出している。秋冬は風が強く、消費量も多い。生産と消費をタイムシフトするこの事業は石炭と原子力発電所のバランスを取った揚水発電で世界中で見ることができる。ノルウェーとのタイムシフトの取引では、デンマークはDKK 157/MWh で輸出し、DKK 212/MWh.で輸入している。ノルウェーとデンマークの風力発電の相関は低い。市場価格はときどき風が強いときや消費量が低いときには0近くかそれ以下になるときがある。2014年、46時間マイナス価格であり、3770万DKKの費用がかかった。2015年、西デンマークで65時間、東デンマークで36時間マイナス価格が発生した。これは時間の1%未満である。デンマークの価格はドイツの価格がさらにマイナスである場合、主にマイナスとなる。2015年9月2日の24時間は西デンマークで中央発電所が稼働していない最初の時であり、補償国によりグリッドの安定性が維持された。デンマークは、一般的にノルウェー、スウェーデン、ドイツのずっと大きな市場間の電気取引の中継国であり、オランダ (COBRAcable) とイングランド (Viking Link) にもケーブルを追加する計画があり、さらに電気の交差点としての役割を増加させている。輸出されている風力発電の40%までの要求がなされているが、輸出されたのはわずか1%であると主張されている。最初の議論によると、即時的な需要を超える電力は低価格で近隣諸国に輸出される。これによる利益の一部はデンマークの北部の隣国に行く。デンマークが電力を輸出する場合、送電するための輸入市場での価格よりも低くなければならない現物市場価格で売られている。2つ目の議論によると、輸出と風力発電の相関は弱く、地域熱供給のために部分的に稼働している従来の火力発電プラントと同様の相関関係が存在する。一方で原因分析によるとデンマークからの輸出は通常メリットオーダー効果の結果として発生し、大規模な火力発電所が予備容量を有するときには、電気のスポット市場価格が高い。いずれにしても、輸出価格は両地域の価格の中間であるため、輸出TSO (Energinet) は年間5億DKKの関税を払うために利益を用いる。風力発電会社はデンマークが輸入するよりも高い価格で電力を輸出していると主張している。
2000年代に入ると少子化の影響により通学客を中心とした定期利用客の減少が進むとともに、長期の景気低迷により湯治客・観光客の需要も伸び悩む状況となった。2000年には東京急行電鉄からのさらなる設備改修の提言を受け、国土交通省の地方鉄道安全新基準を満たすため上田交通が長野県と上田市に対し財政支援を求めるに至ったことにより再び存廃問題が浮上した。上田市と上田交通は上下分離方式の導入や第三セクター鉄道化も視野に入れつつ協議したものの、最終的には従来通り民営鉄道として存続させる方針が決まり、上田市は2003年6月から設備更新・修繕や基盤整備・安全対策に関する補助等の支援策の検討に入った。また同月住民団体「別所線の将来を考える会」が結成され、以後地元の存続運動が再び活発化した。上田市は翌2004年度から公的支援実施に踏み切り、補助金を拠出することを決定。また国・長野県からも同年度より財政支援が得られることになり、当面存続の見通しとなった。補助金の拠出が決まったことを受け、上田交通は2003年10月に当路線のダイヤを改正し更なる増便を行った。運行本数を24往復から30往復とし、昼間時全線45分から60分毎であった運行間隔を30分から45分毎と短縮。また終電を23時台に繰り下げ、下之郷駅発着の便を増発、各便を新幹線の発着時刻に接続させるなど、利便性の向上に努めた。2004年11月、上田市は当面の安全対策のために補助率を引き上げ、2007年度までに2億6800万円を補助することを公表、同年12月には上田市議会定例会において上田市と上田交通が締結した「別所線の運行に関する協定」が承認された。「別所線の運行に関する協定」は3ヵ年ごとに契約更新され、2012年度までに国が2億5603万円、長野県が1億2118万5千円、上田市が9億8849万2千円を拠出している。住民による支援団体も相次いで結成され、沿線自治会・商工団体・別所温泉観光協会等により結成された「別所線電車存続期成同盟会」、上田交通労働組合ほか労働団体による「別所線の存続を求める市民の会」、芸術関係者と地域住民等による「ガンバレ別所線の会」、上田市役所職員有志による「上田市アイプロジェクト」、観光ガイドによるボランティア団体「別所線ガイドの会」などが活動を開始した。2005年2月にはこれらの支援団体を統括する「別所線再生支援協議会」が組織され、25団体が加盟。同協議会の代表には上田市長が就任し、自治体の支援体制の再構築も行われた。上田交通は新たな公的支援を受けるにあたり別所線の経営体制の見直しを行い、路線の経理・財務を透明化する必要から鉄道部門の分社化を決定。同年7月、新たに子会社「上田電鉄」を設立し、路線を譲渡した。上田市も同8月、別所線分社化後も支援を継続することを発表した。このような経歴から、同年10月3日より上田電鉄の経営となっている。