東京地方裁判所は、「認定事実のとおり、張在亨が自らを再臨主であるとの異端的教義を伝道している疑惑が広まったが、張在亨の再臨疑惑については，韓国キリスト教総連合会の異端対策委員会（CCK）が、証拠がなく事実でなく異端性が全くないとの判断を示し，世界福音同盟においても同趣旨の通知が公表されたことにも照らせば、原告会社において張在亨が再臨主であるとの異端的教義が信奉され教え込まれていると認めることは出来ない」「認定事実のとおり、張在亨は統一教会が関係する学校ないし大学に勤務し神学を教授していた経歴が認められるもの、CCKが2002年から統一教会疑惑についての調査を行い、1997年以降の嫌疑を立証できざず張在亨の疑惑についての問題は終結したことを公表したことが認められるので、張在享が統一教会の幹部信者であったとの表現は、真実性を認めることが出来ない」として、山谷の主張が客観的な資料に基づき慎重な分析されたとは言い難いと判断。また、「キリスト教に関する情報提供を目的とする団体にとって、カルト団体である旨の評価がされることは、その活動の信憑性を著しく損なうおそれがある」と指摘し、山谷の行為は「意見ないし論評としての域を逸脱したものとして違法性が認められる」として、95万円の損害賠償の支払いと名誉棄損表現の削除を命じた。山谷は、クリスチャントゥデイに賠償金を支払った上で控訴を断念したため、敗訴が確定した。なお、クリスチャントゥデイは、山谷が支払った賠償金等全額を救世軍の社会鍋に寄付している。
クリスチャントゥデイ創業者、前代表の高柳泉氏は論争に応える形で2008年に信仰告白を公表した。『張ダビデ牧師は再臨のキリストではありません。』とし、張牧師が在日大韓イエス教長老会・合同福音教団宣教部が韓国の教団本部を通して聞いていた質疑に対し、『イエスご自身を私の唯一の救い主として受け入れ、罪を赦された後、一度たりもイエス・キリストへの信仰を捨てたことがありません。』『イエス・キリスト以外の福音を伝えたことも無く、ましてや自分自身をキリストと称したことなど一度もありません。』と返答（信仰告白）していることを紹介している。
この論争は、日本のキリスト教系新聞で取り上げられた。この論争により、新聞創刊時に祝辞を書くなど、クリスチャントゥデイを応援していた山北宣久（当時・日本基督教団総会議長）は、疑惑解消まで関係を持たないとする声明を出した。一方、クリスチャントゥデイは、これらの論争は競合関係にあるクリスチャン新聞の根田祥一編集長（当時）によって主導された異端捏造だと反論しているが、これまでクリスチャン新聞や根田氏はクリスチャントゥデイ以外のキリスト教メディアに攻撃的な態度をとったことはなく、キリスト新聞と合同でシンポジウムを行うなど、むしろキリスト教界の土壌を広げる取り組みを行っている。クリスチャン新聞は紙面上で、クリスチャントゥデイとその他の複数の団体が、韓国人牧師・張在亨の影響下にある団体であるなどと報道。また、張在亨はかつて世界基督教統一神霊協会（統一協会）の幹部であり、自らを「再臨のキリスト」と信じさせていたなどと報じた。韓国やオーストラリア、香港、アメリカなどで報じられた報道や、「脱会者」とされる人物らの証言、韓国の教団の発表などを伝えた。
救世軍の山谷真少佐（牧師）が、クリスチャントゥデイが、統一教会の学舎長であり鮮文大学の設立に関与した張在亨牧師と関係があるカルトであるという主張をブログ上で行ったことから、論争に発展した。クリスチャントゥデイは、2007年4月、東京簡易裁判所に、山谷に対して1000万円の損害賠償請求、調停申立を行った。調停が不調に終わったため、2008年4月、名誉棄損などで210万円の損害賠償を求める民事訴訟を東京地方裁判所に起こした。
原作者である藤子Fの死後も毎年3月の新作映画公開は続けられた。これに伴い、漫画も藤子・F・不二雄プロによって生前と同様に映画公開に先行する形で『月刊コロコロコミック』に発表が続けられ、単行本も『大長編ドラえもん』の続巻として発行された。ただし、藤子プロ名義の単行本には「まんが版▷映画シリーズ」というシリーズ名が追加され、藤子F本人が執筆したものとは区別されている。この形での連載・単行本化は、映画第25作目で第1期最後の映画となった『ドラえもん のび太のワンニャン時空伝』公開の2004年（平成16年）まで続けられた。声優を交替して『ドラえもん のび太の恐竜2006』（2006年公開）から始まった第2期映画の漫画版は、『大長編ドラえもん』の続巻ではなく「映画ストーリー」シリーズとして個別に発行されており、VOL.24「のび太のワンニャン時空伝」が『大長編ドラえもん』の最終巻となった。「のび太と奇跡の島」以降は『月刊コロコロコミック』での連載を「大長編ドラえもん」として扱っているが、単行本は「映画ストーリー」シリーズになっている。『大長編ドラえもん まんが版▷映画シリーズ』では単行本表紙に記載される著者は藤子・F・不二雄プロのみであったが、「映画ストーリー」シリーズでは原作：藤子・F・不二雄プロ、作画：岡田康則として実際の執筆者の名前も記載されるようになった。同シリーズとしては「のび太の新魔界大冒険 〜7人の魔法使い〜」、「のび太と緑の巨人伝」、「のび太の人魚大海戦」「のび太と奇跡の島」「のび太のひみつ道具博物館」「のび太の宇宙英雄記」が発売されており、「のび太と奇跡の島」からは作画がむぎわらしんたろうに交代している。なお、『ドラえもん のび太の恐竜2006』の漫画版は新規執筆されておらず、ゲーム版『ドラえもん のび太の恐竜2006 DS』を題材にした『ドラえもん のび太の恐竜2006DS オリジナルコミック』という漫画140ページ＋攻略情報50ページの単行本が発売されており、本編の漫画としては大長編第1作『のび太の恐竜』のカバーをやや変更した新装版を発売する形となっている。また、『ドラえもん 新・のび太の宇宙開拓史』以降のリメイク作品は『月刊コロコロコミック』にて本編のアナザーストーリーが掲載されたがいずれも単行本化はされていない。