1961年には全ての車両が大型ディーゼルバスとなった。この年、奈良市内に均一地帯制運賃を導入するとともに、市内定期券の設定などで利便性の向上を図った。折りしも奈良ドリームランドの開園により、利用者が急増している。既に奈良交通では1954年に奈良から下市・上市に向けた急行バスを運行しており、1958年には奈良と五条を結ぶ急行バス路線が開設されていたが、同時期には十津川村を経由する国道168号と169号の改修も進んでいたことから、五条と新宮を直通するバスの運行を計画した。このルートへの路線バス開設は5社競願となったが、最終的には奈良交通・国鉄バス・熊野交通という沿線3社に免許が下りた。これを受け、1963年3月1日より奈良大仏前と新宮駅を結ぶ特急バスの運行が開始された。また、戦前に路線が開設されていた通称「北山ルート」についても、1961年に奈良大仏前と熊野市駅を結ぶ急行バスの運行を開始、これを三重交通との協定で1963年2月28日より新宮駅まで延長運転を行なった。ここに、奈良交通は紀伊半島縦断路線を2ルート有することになった。一方、大台ヶ原ドライブウェイの完成に伴い、1961年には上市から大台ヶ原への直通バスの運行を開始した。この路線は1969年には学園前駅からの直通となった。この他にも、1965年には五条と京都を結ぶバスの運行を、1966年には天理から上野市を結ぶ急行バスの運行を開始しているなど、この時期の奈良交通では長距離路線の開設が目立った。
1937年の日中戦争勃発により戦時体制に入ると、ガソリンの供給規制が行われることになったため、1938年に奈良自動車が木炭バス2台を導入、以後バスの代用燃料化が進められる。この過程では、木炭ではなく薪やコーライトなどを使用する代用燃料車両も登場している。そうした中においても、これまで同様の運行を継続する動きもあった。1938年9月に大軌は「春日奥山周遊バス」を奈良自動車に譲渡し、1939年8月には大軌と奈良自動車の共同出資により大和観光自動車を設立し、1940年1月1日より定期観光バス2コースの運行を開始した。しかし、同年10月にはさらに燃料事情が悪化し、これらの定期観光路線バスも運休を余儀なくされた。1938年に陸上交通事業調整法が公布されると、政策的に事業者の統合が進められることになった。県北部の統合主体は奈良自動車が指定され、1939年に月ヶ瀬村の月瀬遊覧自動車をはじめとした3社を合併したのをはじめとして、1942年までに合計8社を合併したほか、ハイヤー・タクシーについても統合を進めていった。一方、県南部では大軌吉野線自動車をはじめとする4社が存在したが、いずれも燃料事情の悪化により経営状況が逼迫していたことから、奈良県の斡旋により交渉が行われ、1940年4月に大軌吉野線自動車と郡司自動車の現物出資による吉野宇陀交通が設立された。吉野宇陀交通は参急自動車と宇陀吉野自動車の株式を譲り受けた上で、1941年に2社を合併させることで東和自動車を設立、さらに1942年に吉野宇陀交通に合併させるという方策を採った。また、吉野郡には大峯自動車・吉野自動車などの4社が存在していたが、1938年に普賢自動車と南和乗合自動車が合併して普賢南和乗合自動車となり、大峯自動車は吉野自動車の全株式を取得し傘下に収めた。1942年11月には、この吉野郡の3社の株式を全て関西急行鉄道（関急）が取得し、関急ではこの3社の経営を吉野宇陀交通に委ねた。この時点では関急大阪線を境に、県北部と県南部に分けて統合し、二元化を図る予定であったが、1942年の陸運統制令に基づく運輸省通牒では、奈良県は全県1社に統合するという方針が示された。1942年11月の時点で、既に奈良県内の全てのバス事業者が関急の傘下にあったことから、実質的にはグループ会社間の事務折衝のみとなり、1943年7月1日に奈良自動車が他の4社を合併した。7月23日には社名変更により奈良交通が発足したのである。
新生・世界耐久選手権（WEC)の1戦として、開催初年度の2012年から日本の富士で6時間レースが開催された。富士での世界選手権は2008年のF1日本GP以来4年ぶり、耐久レースの世界選手権としては1988年のWEC-JAPAN以来24年ぶりの開催となった。日本においてもSWC時代の1992年鈴鹿1000km以来20年ぶりの開催となった。開催初年度は、F1日本GPの1週間後と言う日程、トップカテゴリーのLMP1に参加するワークスがアウディとトヨタのみ、WEC-JAPAN時代のようにメディアグループのバックアップが無いなど不安要素もあったが、両陣営の主力ドライバーが中嶋一貴、アンドレ・ロッテラー、ブノワ・トレルイエなど日本でもおなじみの顔ぶれだったこともあり主催者発表で32,000人の観衆とまずまずの成功を収めた。予選でポールポジションをトヨタ・TS030 HYBRIDの中嶋一貴が獲得。日本人の世界選手権でのポールポジション獲得は、1987年WEC-JAPANの和田孝夫、1988年同じくWEC-JAPANの岡田秀樹に次いで3人目となった。決勝では、2位アウディ・R18 e-tron クアトロに11秒の差を付けて優勝した。耐久レースの世界選手権で日本人が優勝するのは、1992年モンツァの小河等以来の事である。2013年はトヨタも2台体制で挑み、アウディとの対決が大いに期待されたが、決勝日は朝から悪天候でセーフティーカーランでスタート、結局3度の赤旗提示でレースらしいレースが行われないまま16周で成立、優勝は中嶋組のトヨタとなった。中嶋は大会2連覇となった。トヨタはシーズン初勝利となった。2014年第5戦として開催された富士6時間レースでは、ポールポジションのトヨタ8号車が1周目こそポルシェ・アウディ勢とトップを奪い合う激しいレースを展開したものの最終コーナーまでにトップを奪い返すと、その後は安定したレースを展開した。レース中ほぼトップを独走し、ポールツーウインを果たした。2位は中嶋一貴がドライブするトヨタ7号車で、優勝した8号車以外では唯一の同一周回車となった。トヨタ・TS040 HYBRIDは3位以下の全車を周回遅れにし、1-2フィニッシュを飾った。ポルシェ20号車が3位表彰台を獲得した。3位・4位にポルシェ、5位・6位にアウディが入っている。2015年は、予選でポルシェ・919ハイブリッドの18号車が1分22秒763という驚異的なタイムでポールポジションを獲得した。決勝レースは雨中でのレースになった。セーフティカーの先導によりレースが開始され、セーフティカーに従う状態は40分間続いた。1位はポルシェ18号車に順位を譲られたポルシェ17号車が入り、2位は18号車、3位と4位にはアウディ勢、続く5位と6位にトヨタ勢の2台が入っている。