1755年、清の乾隆帝は康熙帝のジュンガル討伐政策を踏襲し、モンゴル軍と満州軍を動員して侵攻を開始する。1757年2月、乾隆帝はオイラート人の掃滅(絶滅)命令を発し、非戦闘員も全て捕獲、男性は殺害、婦女子はハルハ部に与えられた。1759年、ジュンガルを平定しジュンガル旧領の天山山脈北部を接収した。清朝政府は、1762年、天山山脈北部にイリ将軍府を設置し、旗人による軍政を敷いた。ウイグル族の住むこの地域は清朝の支配では、イリ将軍統治下の回部として、藩部の一部を構成することとなり、その土地は「ムスリムの土地」を意味するホイセ・ジェチェン（Hoise jecen、回疆）、もしくは「新しい土地」を意味するイチェ・ジェチェン（Ice jecen、新疆）と呼ばれた。その一方、ムスリム社会の末端行政には、在地の有力者に官職を与え、自治を行わせる「ベグ官人制」が敷かれ、在地の社会構造がそのまま温存された。このベグ官人制は1884年の新疆省まで存続した。こうしたペグ制度の復活については、「柔構造的支配」の現れとして、清朝が満洲人による政府であり、漢化しながらも漢民族ではない「異民族」として自らを意識したうえで、チベット・モンゴル・ウイグル（新疆)との間に「多重文明圏」を形成し、華夷秩序に基づく支配構造ではなく、むしろ対等な文明共存関係であり、「柔構造」を有していたもされる。なお、イリ将軍府は辛亥革命後に廃止されている。ジュンガルを継承した清朝も1760年以降イリ地方などへ強制移住(入植)を数度にわたって行っている。1764年には満洲のシベ族兵士が新疆辺境守備を命じられ移住した。
1688年、ジュンガルは東モンゴリア(外モンゴル)のハルハ部に侵攻する。敗れたハルハ部のトシェート・ハーンは清の康熙帝に保護を求めた。1690年にはガルダンの甥のツェワンラブタンが反乱を起こし、イリ地方とタリム盆地を制圧して清と結ぶ。ガルダンは南へ進軍中の1690年9月、ウランプトゥン(ウラン・ブトン、遼寧省赤峰市)で清軍と衝突する(ウラン・ブトンの戦い)。ジュンガル軍はロシア製の大砲を装備していたが決着がつかず、ガルダンは漠北へ退いた。1693年にはハミのダルハン=ベク、アブド=アッラーらはジュンガルの搾取を嫌い、清に接近した。1696年、康熙帝はジュンガル親征を開始し、ガルダンをチャオモード(昭莫多)で破った（ジョーン・モドの戦い）。敗走したガルダンは1697年4月4日にアルタイ山脈北のコプトで病死した。ガンダルの息子タンチラはハミに亡命したがアブド=アッラーによって捕らえられ、清に渡され、翌年ハミ地区は清の版図となった。ジュンガルはツェワンラブタン統治下、ロシア経由で工業化も進めた。北方戦争でロシアの捕虜となったスウェーデン人砲兵士官ヨハン・グスタフ=レナットはイリで1732年まで軍事技術供与に携わっている。1715年、ツェワンラブタンはハミを襲撃するが、失敗する。追撃する清軍は翌1716年、敦煌、ハミ、バリクルに屯田を開く。
13世紀にモンゴル高原でチンギス・ハーンが勃興すると、1211年にウイグル王（イディクト）バルチュク・アルト・テギンは帰順した。チンギスは彼の帰順を歓迎して息女の一人アル・アルトン（『集史』ではイル・アルタイ Īl-Altaī）を娶らせ駙馬（キュレゲン）とした。またバルチュク国王はジョチなどチンギスの4人世嗣に準ずる「第5位の世嗣」と称されるほど尊重された。以後のモンゴル帝国でウイグル王家は「ウイグル駙馬王家」としてコンギラト駙馬家と並ぶ、駙馬王家筆頭と賞されモンゴル王族に準じる地位を得る。モンゴル帝国および元朝では、ウイグル人官僚はモンゴル宮廷で重用され、帝国の経済を担当する大臣も輩出した。この時代、ウイグル王国地域を指して「ウイグリスタン（Ūyghristān）」と呼ばれた。
12世紀に入って、東から滅亡した遼の遺民である耶律大石が来るとウイグルは兵を提供して服属を誓い、西遼（カラ・キタイ）の建国を援けた。
安西に割拠した集団が天山ウイグル汗国を建国すると、定住化して「ウイグル(Uyghur)」とか「トゥグズグズ(Tughuzghuz)」などと呼ばれた。彼らは遊牧していた時代からソグド人の影響を受けマニ教を尊崇していた。天山ウイグル王国では、仏教、ネストリウス派キリスト教なども信仰され、高昌漢文化などを形成した。タリム盆地に先住していた住民はこうしてウイグル化・トルコ化された。10世紀以降は、西からイスラーム教が普及してきたが、タリム盆地周辺東部では仏教が根強く、イスラム教国であるカラ・キタイ(西遼)やモンゴル帝国に服属している間や地域のイスラム化が進行した14-16世紀のチャガタイ・ハン国の時代にも一般に仏教徒がいた。
大失敗に終わった1578年の航海の後、出資者らから突き上げを食らったフロビッシャーは、1580年にイングランド海軍のキャプテンとなり、アイルランドを支援するスペイン船と戦った。フロビッシャーは1581年以後、喜望峰を回ってアジアに向かい、さらに北西航路を反対側の太平洋側から回ってヨーロッパに帰るという4度目の航海計画を立てたが、結局計画だけで終わってしまった。しかし彼は当時のイングランドでは北極探検の権威とみなされ、その探検記録はスペイン語にも翻訳されたほどだった。1585年、イングランドとスペインは実質的な戦争状態（英西戦争）に突入した。フロビッシャーはサー・フランシス・ドレークの西インド諸島遠征に副官として加わった。25隻の私掠船からなる船団は西インド諸島のスペイン植民地を荒らしまわり、要塞などに打撃を与え、1586年夏に大量の財宝と共に帰国した。1588年にはスペインの大艦隊とのアルマダの海戦に司令官の一人として参戦した。彼はイングランド最大のガレオン船・トライアンフ号に乗ってスペインのガレオン船4隻を撃沈し、この活躍でナイトの爵位を得た。1591年には故郷に戻り、第1代ウェントワース男爵トーマス・ウェントワースの娘、ドロシー・ウェントワースと2度目の結婚をしヨークシャーおよびノッティンガムシャーの大地主となった。しかし田舎暮らしに喜びを見いだせないフロビッシャーは翌年には再び英西戦争に身を投じた。サー・ウォルター・ローリーによるスペイン海岸遠征の船団に参加し、財宝と共に帰国した。この戦いで彼は片目を事故で失っている。1594年11月、フランスのブルターニュ半島にあるブレストをスペイン軍が襲い、イングランドはフランスを支援するため軍を送った。フロビッシャーもブレスト攻略に参加したが、近くのクロゾン半島にあるスペイン軍のクロゾン要塞に対する攻城戦（Siege of Fort Crozon）で銃傷を受けた。彼はプリマスに後送されたが、傷の手当てが悪く、1594年11月15日に死亡した。遺体のうち傷みやすい部分はプリマスのセント・アンドリューズ教会に11月22日に埋葬され、そのほかはロンドンに運ばれ、セント・ジャイルズ＝ウィズアウト＝クリップルゲートに埋葬された。