10月14日、パイロットフィッシュは3回目の哨戒で小笠原諸島に向かった。10月31日、パイロットフィッシュは4,000トン級貨物船に対して雷撃を行い、損傷を与えたと判断された。11月2日以降は南西諸島海域に向かい、哨戒を継続する。12月10日、パイロットフィッシュは57日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投した。1945年1月20日、パイロットフィッシュは4回目の哨戒でフィンバック (USS Finback, SS-230) 、ラッシャー (USS Rasher, SS-269) とウルフパックを構成し東シナ海に向かった。ウルフパックはサイパン島を経由して哨戒を行ったが、2月9日に発見した病院船高砂丸（大阪商船、9,315トン）と小型艇以外の敵艦に接触することはなかった。3月25日、パイロットフィッシュは64日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。5月21日、パイロットフィッシュは5回目の哨戒で南鳥島近海に向かった。南鳥島沖で15日間の救助任務に当たり、その後一旦、サイパン島のタナパグ湾に引き返した。6月20日に後半の救助任務に向かい、日本本土近海で待機した。7月14日、パイロットフィッシュは51日間の行動を終えてグアムアプラ港に帰投した。8月9日、パイロットフィッシュは6回目の哨戒で日本近海に向かった。本州南東の哨戒海域で2日間を過ごし、8月15日に「戦闘停止」命令を受けたパイロットフィッシュは、紀伊水道沖で救助任務を継続し、中立パトロール任務に従事した。8月31日、パイロットフィッシュは僚艦と共に東京湾に入り、午後に全ての潜水艦は横須賀港で潜水母艦プロテウス (USS Proteus, AS-19) の横に停泊した。9月2日の降伏式典には僚艦とともに参加し、翌9月3日、パイロットフィッシュは帰国の途に就いた。9月12日、パイロットフィッシュは32日間の行動を終えて真珠湾に帰投。その後、サンフランシスコに向かった。
5月16日、パイロットフィッシュは最初の哨戒でピンタド (USS Pintado, SS-387) 、シャーク (USS Shark, SS-314) とウルフパックを構成しマリアナ諸島方面に向かった。途中、船団攻撃で魚雷を使い果たしたシャークに代わり、タニー (USS Tunny, SS-282) がウルフパックに加わった。この後、6月19日のマリアナ沖海戦に敗れ敗走する日本艦隊を迎撃するため台湾南方に移動した。しかしながら戦果は挙げられなかった。パイロットフィッシュは7月4日、49日間の行動を終えてマジュロに帰投した。7月27日、パイロットフィッシュは2回目の哨戒で小笠原諸島方面に向かった。この哨戒では、通常の哨戒に加えて航空部隊の救助任務に当たった。9月1日未明、パイロットフィッシュは北緯30度26分 東経140度53分の鳥島近海で機動部隊の接近を受けて父島から八丈島にUターンする輸送船団から低速ゆえ脱落した伊那丸（日本郵船、854トン）を撃沈した。同じ日の9時ごろには、同じ船団の芝園丸（日本郵船、1,831トン）に対して魚雷を発射したが命中しなかった。9月9日にミッドウェー島に寄港。9月14日、パイロットフィッシュは49日間の行動を終えて真珠湾に帰投、パイロットフィッシュの艦長がアラン・G・シュナーブル（アナポリス1934年組）に代わった。
パイロットフィッシュは1943年5月15日にメイン州キタリーのポーツマス海軍造船所で起工した。8月30日にマーサ・ソルメッカ・シェウツ夫人によって命名、進水し、12月16日に艦長ロバート・H・クローズ少佐（アナポリス1934年組）の指揮下就役する。ポーツマス近海での公試、訓練、整調の後、パイロットフィッシュは1944年3月29日にニューロンドンを出航し、パナマ運河経由で太平洋に向かった。4月10日に太平洋艦隊と合流し、第20潜水戦隊第202潜水艦隊に配属される。
スミスは Operation Interstellar (1950), Lost in Space (1959), Troubled Star (1957) など、主に外宇宙を舞台とした作品を執筆した。長編『ブレーン・マシン』はそれまでの作品とは違い宇宙テーマのものではなく、神童というテーマをSFとして扱った作品である。
マーシーは海事委任契約（船体番号1032）の下1943年2月4日にカリフォルニア州ウィルミントンのコンソリデーテッド・スチール社で起工した。1943年3月25日に海軍に移管され、同日ドリス・M・ヤッター中尉（1941年にグアムで捕虜となっていた）によって命名、進水した。その後カリフォルニア州サンペドロのロサンゼルス・シップビルディング・アンド・ドライドック社で病院船に転換、1944年8月7日に艦長トーマス・A・エスリング大佐の指揮下就役した。8月17日からの整調の後、マーシーは陸軍の第214病院船班スタッフを乗艦させ、第5艦隊および第7艦隊と共に活動するよう命じられた。8月31日に南太平洋に向けてサンペドロを出航し、真珠湾およびエニウェトク環礁を訪問した後10月14日にニューギニア島のホーランジアに到着した。5日後、10月20日のレイテ島上陸に備えてフィリピンに向けて出航し、10月25日の朝にレイテ湾に到着、レイテ沖海戦の支援を行った。マーシーは同日遅くサンペドロ湾へ移動し、約400名の負傷兵を乗艦させ始めた。その多くは上陸用舟艇からの上陸部隊であった。10月26日にアドミラルティ諸島に向けて出航、パラオ、カロリン諸島を経由してマヌス島に到着、負傷兵を基地の病院に入院させた。続く5ヶ月間にわたってマーシーはレイテ島、マヌス島またはホーランジアからの7度の巡航を完了した。マーシーはまた1945年初めにニューギニア島から第3野戦病院をフィリピンのタクロバンへ搬送した。3月19日、マーシーはウルシー環礁で第5艦隊に加わり、4月1日に上陸を始めた沖縄戦の支援に参加した。沖縄には4月19日の朝に僚艦のソレース (USS Solace, AH-5) と共に到着、Hagushi beach に4日間停泊し、空襲および特攻機の攻撃の脅威にもかかわらず負傷兵を手当てした。4月23日にサイパンに向けて出航し、その後沖縄への2度の航海を行い、5月24日にサイパンに帰還した。その後レイテ島およびマニラからビアク島へ負傷兵の搬送を2度行い、6月23日にマニラに帰還、2ヶ月間のステーション任務に従事した。8月19日、韓国占領軍に命じられた第227野戦病院を乗艦させ、3日後韓国に向けて出航、沖縄を経由して9月9日に仁川に到着した。10月19日、マーシーは出航しマニラを経由して11月14日にサンペドロに到着した。1946年2月4日に中央太平洋に向けて出航し、2月12日に真珠湾に到着、4月2日まで任務に従事した後カリフォルニアに帰還した。マーシーは5月17日にサンフランシスコで退役し、同日陸軍省へ送られた。6月20日に陸軍へ移管され、再び病院船として使用された。1946年9月25日にマーシーは除籍された。マーシーは第二次世界大戦の戦功で2個の従軍星章を受章した。