レオポルト1世は、領国の体制宗教であるローマ・カトリックに敵対するプロテスタントがもたらすと予想される脅威を根絶しようと考えた。そこで皇帝は陰謀露見から2年間のあいだ、陰謀に対する報復として、およそ6万人のプロテスタントにカトリックへの改宗を強制した。さらに、800のプロテスタント教会が閉鎖された。1675年までに、41人のプロテスタント牧師が反乱を教唆したとして有罪宣告を受け、公開処刑になった。裁判と処刑が行われた後、陰謀に加担した大貴族の所領は奪われ、その家族たちは他地域に移住させられた。国内で最も勢威ある封建貴族家門とその経済支配の崩壊は、封建時代（ブルジョワ時代以前）では他に例をみないほど劇的な経済変動だったと言われている。ペータル・ズリンスキの妻アナ・カタリナ・ズリンスカと三人の娘は女子修道院で死んだ。ズリンスキ夫妻の一人息子イヴァン・アントゥン・ズリンスキは投獄されて激しい拷問を受け、苦しみのあまり発狂した状態で死んだ。母カタリナも同様の最期を遂げ、ズリンスキ一族の悲劇はクロアチアの運命をまさに象徴するものとなった。処刑されたズリンスキとフランコパンの遺骨は死後248年経った君主制の崩壊時までオーストリア・ハンガリーに留め置かれ、その後ザグレブ聖堂の地下聖堂に安置された。厳しい取り締まりは、多くの元兵士たちや民族ハンガリー人を国家に対するゲリラ戦へと向かわせた。クルツォク（「十字軍戦士」を意味する）と呼ばれるゲリラたちは、ハンガリー領内に駐在するハプスブルク軍を襲撃し始めた。クルツォクたちは取り締まりが続くに従い、ハプスブルク政府を排除するための軍団を組織しようと試みた。1672年の夏までに、1万5000人の軍勢が結集した。クルツォク軍はヴェシェレーニ陰謀よりもずっ大きな成功を収め、ハプスブルク政府と戦いながら1711年まで活動を続けた。彼らは自分たちの能力を諸外国に認めさせたという点でもより成功していた。最初はトランシルヴァニア公国（オスマン帝国の宗主権下にあった）が、次いでオスマン帝国が彼らの活動を支援した。クルツォク戦士たちと諸外国との結びつきは、後にオスマン帝国によるハプスブルク帝国領への大規模な侵略（大トルコ戦争）と、1683年のウィーンの戦いを引き起こすことになる。
ヴェシェレーニ陰謀（ハンガリー語：Wesselényi-összeesküvés [ˈvɛʃɛleːɲiˈøsːsɛˌɛʃkyve̝ːʃ]）、ズリンスキ＝フランコパン陰謀（クロアチア語：Zrinsko-frankopanska urota）またはマグナート陰謀（ドイツ語：Magnatenverschwörung）は、17世紀のハンガリーで起きた陰謀事件。ハンガリーからハプスブルク帝国その他の諸外国の支配を排除しようとして計画された。このクーデター計画の原因となったのは、共にハンガリーの隣接地域を支配する神聖ローマ皇帝レオポルト1世とオスマン帝国との間で1664年に結ばれた、さほど有名でないヴァシュヴァールの和約であった。反乱における組織力の貧弱さのため、ハプスブルク帝国政府は敵対者を容易に弾圧することが出来た。陰謀の名前はハンガリー貴族のヴェシェレーニ・フェレンツ伯爵（hu:Wesselényi Ferenc [ˈvɛʃɛleːɲiˈfɛrɛnt͡s]）に、あるいはクロアチア貴族のニコラ・ズリンスキ伯爵、ペータル・ズリンスキ伯爵およびフラン・クルスト・フランコパン伯爵に因んでいる。
フランスの侵攻から撤退までの騒乱の中で、急速に存在感を高めたのがムハンマド・アリー（メフメト・アリ）であった。ムハンマド・アリーはバルカン半島南部（（現：ギリシャ領マケドニア））にあるオスマン帝国の都市カヴァラで生まれた人物で、フランスの侵攻に対応するためにアルバニア人不正規部隊の分遣隊副隊長としてエジプトに派遣された。当時、オスマン帝国の正規軍であるイェニチェリの戦力は弱体化著しく、帝国は戦力として地方有力者（アーヤーン）たちの傭兵や、ムハンマド・アリーの部隊のような不正規部隊を利用するようになっていた。その後、ムハンマド・アリーはフランス軍との戦闘で頭角を現し、エジプトのアルバニア人不正規部隊の副司令官となった。1801年のフランス軍の撤退の後、エジプトではオスマン帝国の正規軍、アルバニア人不正規部隊、フランスによって排斥されていたマムルークたち、そしてイギリス軍が権力の空白を埋めるべく激しい抗争を繰り広げた。目まぐるしく支配者が変わり、オスマン帝国が任命した総督ヒュスレヴ・パシャもアルバニア人不正規部隊のクーデターで追放されるなどする中で、ムハンマド・アリーは各勢力の間を巧妙に立ち回り、また自軍の兵士に厳格な規律を課すことでカイロ市民の支持を獲得した。1804年、オスマン帝国はフルシッド・パシャをエジプト総督に任命して事態の収拾を図ったが、1805年5月14日にカイロでウラマーのウマル・マクラムらの主導する大規模なデモが発生し、フルシッド・パシャの解任が宣言されるとともに、ムハンマド・アリーが総督に推挙された。オスマン帝国はこの現地による総督の指名を受諾せざるを得ず、彼を正式にエジプト総督として承認した。ムハンマド・アリーは総督位に就くと、自らを推戴したウマル・マクラムを排除し、将来の政治的ライバルとして台頭する可能性を除いた。さらに1811年にアラビア半島のサウード王国への出兵をオスマン帝国から要請されると、後顧の憂いを断つため、息子のアフマド・トゥーソンの司令官任命式の名目でマムルークたちをカイロのシタデルに呼び集め殺戮した（シタデルの虐殺）。シタデルに入ったマムルーク有力者470人が殺害された後、さらにアルバニア人不正規部隊によって各マムルークたちの邸宅も襲撃され、カイロだけで1,000人以上が殺害された。こうしてエジプトにおける支配権を盤石のものとしたムハンマド・アリーは、エジプトを独立勢力とすべくオスマン帝国と相対するようになっていった。また、フランス侵攻以来の一連の戦闘とこの事件によって、オスマン帝国時代にエジプトの政界に強い影響力を持っていた旧勢力が一掃され、マムルークという階層もエジプトから姿を消していった。