水質に対する関心は、1986年にオキーチョビー湖湖面の5分の1に水の華が広がったことで、南フロリダに集中された。この水の華は、エバーグレーズ農業地域から流出した農薬によるものであることが発見された。1979年の法律では、エバーグレーズ農業地域で使用される化学品が湖水に滞留しないようにうたっていたが、運河に流れ込んだものがエバーグレーズ水質保全地域に流れ、最終的にポンプで湖に汲み上げられた。リンは植物の成長を支援するが、エバーグレーズにおける泥灰土を形成する要素の1つである付着藻類を破壊することを、微生物学者が見つけた。泥灰土は、泥炭とともに2種類あるエバーグレーズの土壌の1つである。それは、エバーグレーズの一部が短期間洪水となり、付着藻類の層が乾燥するところで見られる。リン成分の大半も、泥炭から溶融酸素を取り除き、藻類の成長を促進し、固有種の無脊椎動物を死なせ、ソーグラスは外来種のガマで置き換えられる。ガマは背が高く群生するので、鳥類やアリゲーターが巣を作れなくなる。サトウキビ畑近くで採取された水のリン濃度は500 ppb（ppbは10億分の1）を示していた。1987年、州議会は1992年までにリンを40%減らすことを義務付けた。エバーグレーズでリン濃度の水準を矯正する動きは抵抗された。サトウキビ産業はU.S.シュガーとフロー・サンの2社が支配的であり、エバーグレーズ農業地域での生産量の半分以上を栽培していた。これらの企業は熱心にその利益を保護するロビイストによって、州政府でも連邦政府でも影響力を持っていた。全米オーデュボン協会に拠れば、砂糖産業は「ビッグシュガー」という綽名もあり、政党や候補者にゼネラルモーターズよりも多くの寄付を行っていた。砂糖産業は汚染した水に対する政府予算による研究を止めようとしており、マイアミの連邦検察官がエバーグレーズ国立公園を保護するために法的手続きで砂糖産業を告発しようとしたときは、ビッグシュガーがその訴訟を引き下げ、検察官をクビにさせようとした。金の掛かる法廷闘争は1988年から1992年までフロリダ州、アメリカ合衆国政府と砂糖産業との間に続き、誰が水質基準を守り、エバーグレーズ国立公園とアーサー・R・マーシャル・ロクサハッチー国定野生生物保護区を維持する責任があるかを決めようとした。1980年代に魚の中に水銀が発見された時に、新たな水質に関する心配が持ち上がった。水銀は人体に有害なので、漁師には南フロリダに捕まえた魚を食べることに警告が発せられ、またシャーク川沼地近くで死んでいたフロリダパンサーの死体から、人体にとっては致死レベルの水銀が発見されたときに、科学者達が警報を受けた。水銀を体内に摂取すると、中枢神経系に悪影響を与え、脳に障害を与えたり、出生異常を起こすことがある。水銀のレベルに関する研究では、食物連鎖を通じて生物蓄積されることが分かった。この連鎖の中で下位にある動物は数を減らしたが、大型動物がそれらを餌にしたときに、水銀量が増していくことになる。死んだパンサーの餌は、アライグマなど小動物や若いアリゲーターなどだった。水源の出どころは、廃棄物焼却炉や化石燃料発電所であり、大気中に成分を放出し、それが雨滴に凝結されるか、乾季には埃に含まれることになる。エバーグレーズ国立公園の中で自然にあり、硫黄分を下げる機能のあるバクテリアが、水銀成分をメチル水銀に変成させる。この過程は洪水がそれほど起こらないエバーグレーズではより劇的に起こる。発電所や焼却炉の排出物を減らす排出基準が執行されて、大型動物で発見される水銀の水準も減少している。魚では約60%減り、鳥類で70%減ったが、人体への影響が懸念される水準ではある。
制度改革に伴うものとはいえ、独立当初は民主主義改革が定着するのを要求する制度改革が受け入れられずに抵抗の方が多かった。独立当初ウズベキスタンで現れた民主化の初期の動きは全てソ連時代からのソ連型の強力な中央集権体制の名残が勝っているように見えた。ソ連時代、ウズベキスタンは全共和国に向けて指令する体制に従って政府と共産党を組織していた。ソビエト連邦共産党は統治する国の中心部分を占めた。共産党は政府を構成する指導と人事の両方を規定した。この制度は厳密に言えば官僚主義的なものであった。政府のあらゆる段階と政府組織は、共産党を真似たものであった。官僚主義を支配する共産党員は、ノメンクラトゥーラで、共産党の同意なくしては埋められない政府や重要な機関の役職であった。1991年8月のモスクワでのミハイル・ゴルバチョフに対するクーデター失敗で、ウズベキスタン最高会議は、共和国の独立を宣言し、それからはウズベキスタン共和国として知られることになった。同時にウズベキスタン共産党はソ連共産党との関係を断ち切ることを議決し、3ヶ月後、ウズベキスタン人民民主党に改名したが、大統領イスラム・カリモフの下での党の指導は、依然残った。独立は様々な制度改革を齎したが、ウズベキスタンの統治の本質は、大して変わらなかった。1991年12月21日、ソ連の10人の指導者と共にカリモフはソ連を解体し独立国家共同体を形成することに合意し、ウズベキスタンはアルマ・アタ宣言によると設立国になった。それからすぐにカリモフは新国家最初の物議を醸した選挙で独立ウズベキスタンの大統領に選出された。カリモフは野党候補ムハマッド・サリフに対して86％の得票率であった。大野党ビルリクは選挙で公党として登録するのを拒否された。1992年、ウズベキスタン人民民主党はウズベキスタン共産党が掌握していた政府の行政部門と立法部門を引き継いだ。あらゆる真の野党は抑圧され、物理的に活動できなくした。1989年に知識人が結成した野党ビルリクは、伝えられるところでは破壊活動で禁止され、カリモフ時代に増大した独裁主義を合理化した。イスラム原理主義は世俗国家を打倒しイランのような国家にする脅威となった。憲法は1992年12月にウズベキスタンが世俗国家であることを再確認した。憲法は新しい規定を設けたが、ウズベキスタン人民民主党が優勢な最高会議は、1994年12月と1995年1月に行われた最初の議会選挙まで2年近く残った。1993年、カリモフはイスラム原理主義の拡大を憂慮し、ウズベキスタンはタジキスタン近郊の内戦を鎮めるために送られるCIS多国籍軍に（3年後戦闘が続くためにその場に残る軍）参加することになった。変わって1993年と1994年、カリモフ政権が続ける抑圧は、国際的な人権組織から強い批判を浴びた。1995年3月、カリモフは予定された1997年から2000年の任期を延長すべきか国民投票にかけ99％の支持を得た。1995年前半、カリモフは野党や野党連合に対する新たな寛容政策を発表したが、明らかに国際的なビジネスの必要に駆られてのことであった。新党が1995年に数党登録されたが、野党としての度合いは疑わしく、野党の党員が何人か今も収監されている。新憲法が保障する18歳以上全てが参加する初めての普通選挙である議会選挙は、全政党が自由に参加できるという事前の約束があったとはいえ、ウズベキスタン人民民主党と一部の政党しか参加できなかった。アリー・マジュリス（最高会議）と呼ばれる250議席の新しい議会は、ウズベキスタン人民民主党は69議席しかなかったが、120以上の議席は、厳密に解釈すると地方議会代議員になるために指名されたウズベキスタン人民民主党員であった。結果はカリモフ派が絶対多数を占めることに変わりは無かった。