ジオンの提唱は各サイドの人々に大きな共感を呼び、さらに地球連邦政府の絶対民主制が結果的にジオンに力を貸すことになった。絶対民主制は議会至上主義を生み、議会制の悪い機能が拡大して内包される。例えば無闇な立法が次々と成されて官僚の責任所在は不明瞭になった。小さな施策にしても官僚体制の縄張り争いの中で個人の欲望を満たすことはまずなくなり、不満が内在した。その気配を感じ取る連邦組織が存在しなかったわけではないのだろうが、いつしか連邦の体制は地球に残った人々に厚く働くようになって、その偏見が各サイドの自治権意識を高めていきジオン共和国という独立した存在をいつしか連邦政府に対して拮抗させる勢力として育たせようとする機運が生まれたのも必然といえる。
スペースノイドは経済的にも政治的にも自活が可能であり、連邦政府と対等な自治権を持つことができるという思想である。宇宙世紀0046年にジオン・ダイクンにより提唱された。ジオン・ダイクンは演説で、サイドの自治権、コロニーの主権を持つことは、地球に存在する主権に拮抗させんがためのものではなく、人類が一人残らず宇宙に翔び、地球圏そのものの主権をサイドの連合に置き地球を人類全体の聖地として守るべきだと語った。そのためのコロニーの拡大は容易であり、かつてキリスト者たちがその宗教の発祥の地をめぐって血なまぐさい争いを演じた歴史があるが、自分達はその誤ちを犯してはならないとも主張している。宇宙世紀0052年にはサイド3へと移住したダイクンはコントリズムを実践、宇宙世紀0058年にはデギン・ザビ、ギレン・ザビ親子とジンバ・ラルらの協力でダイクンは革命を行いジオン共和国として独立を宣言した。独立宣言以前から、サイド3は密閉型コロニーへと改修され、他サイドからの移民を奨励していた。ミノフスキー物理学の応用で完成した人工太陽を内部に持った密閉型のコロニー群には他サイドの倍の人数が暮らしていた。彼らが自活可能だという事実は、コントリズムの現実性の証明に他ならなかった。
宇宙世紀0040年台半ばに、地球を聖地として保護し、全人類は宇宙へ住むべきだという思想がスペースノイドの間に生まれた。それがエレズムである。エレズムは以後の宇宙世紀を貫く、思想的潮流へと育っていった。ジオン・ダイクンは演説で、地球に居残る人々が天を見上げて、天にある人の支配を成さんとするのは笑止であると語っている。そして宇宙移民者たちは余剰人口者として宇宙へと追いやられたことが真実であり、星々を身の周囲に置き、寝食を共にした自分達スペースノイドは人として新しく生まれ変わりつつあることを自覚していた。宇宙の民としてこの厳しい環境の中で闘い抜き世代を重ねてきて、かつて人の歴史を築き上げてきた地球を見上げ見下ろして思うことは、あの緑なす青く輝く地球こそは人類の発祥の星として永遠に守り続けなければならない聖地であるということだった。宇宙の民として拡大した認識の力が判断する所には、地球は一部のエリート意識に固まった人々の生活の場として残されたものでもなく、特権階級の象徴の場として汚させてはならないのだと主張している。
提唱者はサイド3における独立運動の指導者ジオン・ズム・ダイクン。ジオニズムは、エレズムとコントリズム(サイド国家主義思想)の二つの思想を統合し、これにニュータイプという宇宙環境に適応した新人類の概念を組み込んだ思想である。
シカゴ市警の捜査官シャッターとジャクションは、ユダヤ教牧師の残忍な殺人事件の尋問のためイスラエルへ飛ぶ。捜査を続けて行くなかでこの奇妙な事件は、超常現象であるということを二人は理解し始める。
戦後16年が経過し、急速な復興を遂げた日本。主人公・田村茂吉は家族の幸せを願いながら、外国人記者の集まるプレスセンターの運転手として日々働いていた。そんな中、田村の長女・冴子は下宿している青年・高野と恋仲になっており、長い航海を終えて帰還した彼との久々の再会を喜ぶ。そんな2人はついに茂吉に対して結婚の決意を語り、驚く彼に反して妻のお由も賛同し、とうとう2人は結ばれることになる。一方、世界は連邦国と同盟国の2大陣営に分かれ、両陣営はお互いに核兵器を持って対峙（たいじ）していた。まもなく、北大西洋で行われた同盟国陣営の軍事演習エリアに連邦国陣営の潜水艦が侵入したことをきっかけに、両者の関係は緊迫する。田村が担当する記者・ワトキンスもその状況を危惧し始めた。日本政府も国民の間に動揺が広がりつつあることを考慮し、両国の関係改善の道を探ろうとする。だが、ワトキンスが緊迫した朝鮮半島・北緯38度線の情勢を取材に向かったその数日後、小型ながらも実戦で核兵器が使われるという事態が発生し、ついに連邦国・同盟国陣営双方で命令により発射装置のボタンが押されれば、弾道ミサイルが発射される状況となっていた。日本では総理が病身を押して公務を行い、両国の緊張をこれ以上高めまいと懸命の努力を行う。現場にいる軍人たちも最悪の事態だけは避けたいという思いを胸に、想定外の事故や発射装置の故障により戦争へ突入する状況を阻止していた。やがて、南北朝鮮間で停戦協定が結ばれたことにより緊張が解け始めるが、北極海上で発生した軍用機同士の戦闘をきっかけに再び悪化し、幾多の人々の努力もすべて水泡と帰してしまう。そして、日本でもミサイルへの警戒が始まり、人々の不安は頂点へ達する。大都市から避難しようとする人々の大混乱の中、田村一家は自宅に残り、最後の晩餐を開く。冴子は数日前に再び長い航海に出た高野へ向け、覚えたてのアマチュア無線で最後のモールス通信を行い、洋上の高野もそれに応える。「サエコ・サエコ・コウフクダッタネ」「タカノサン・アリガトウ」。また、夕陽を前にして茂吉は叫ぶ。「母ちゃんには別荘を建ててやるんだ！ 冴子には凄い婚礼をさせてやるんだ！ 春江はスチュワーデスになるんだ！ 一郎は大学に行かせてやるんだ！ 俺の行けなかった大学に……!!」その夜、東京は核の閃光に包まれ、溶解する。翌朝、洋上の高野たちは自分たちにも残留放射能による死が訪れることを覚悟のうえで、東京へ帰ることを決意するのだった。