日本軍部の現場での捕虜殺害命令についての議論とは別に、アイリス・チャンは著書『ザ・レイプ・オブ・南京』で、デビッド・バーガミニの著書『天皇の陰謀』(1971)に基づいて、昭和天皇が朝香宮鳩彦中将に日本軍指揮を命じ、その後朝香宮中将またはその参謀が「捕虜はすべて殺害せよ」との命令を発したと主張した。しかし、アメリカン大学名誉教授のリチャード・フィンはアメリカの歴史家はバーガミニが使った情報源に懐疑的で、天皇や朝香宮中将による命令について信頼に足る証拠はないと批判した。歴史家のバーバラ・タックマンはバーガミニの『天皇の陰謀』は「ほぼ完全に、著者の推論と悪意ある解釈を好む性向の産物」と非難した。ただし、実は日本陸軍は、捕虜殺害命令というより、戦時国際法(ハーグ陸戦条約)を蔑ろにしてもよいととれる命令を日中戦争開始後に出したため、捕虜の殺害が正当化されたという説がある（詳しくは#投降兵・捕虜の扱いと戦時国際法を参照）が、この命令はあくまで陸軍省独自の判断による通達であり、たとえ軍の統帥権を持つとしても（戦時国際法を重んじた）天皇陛下の命令では全くない。なお、日本陸軍による捕虜殺害についての、中島今朝吾日記を捕虜殺害命令とする説と論争については#陣中日誌を参照。
『ザ・バトル・オブ・チャイナ』(米国、1944年）監督フランク・キャプラ、およびこの映画を編集した『中国之怒吼』(中華民国(台湾)、1945年）についても、その一部について、アメリカや中国のプロパガンダ映画であるとの批判や問題点の指摘がある。アメリカ陸軍省が監修したプロパガンダ映画『ザ・バトル・オブ・チャイナ』中の「南京大虐殺」シーンは、女性を連行する軍人の肩章や勲章が日本軍のものではない、腰に弾帯を巻いているが日本軍の拳銃は回転式ではないので必要がない、南京事件は12月なのに半袖姿がある、生き埋めにされる婦人の上に「三民主義」と書かれた紙片が載せられるなど、日本軍が南京で行った連行殺害の映像ではなく、中国軍が別の時期に行ったものではないかと大原康男と竹本忠雄は主張している。
中国共産党に取材した『中国の赤い星』で高評を得ていたエドガー・スノーは、南京戦当時には上海にいたが1941年の著作『アジアの戦争』で南京虐殺の血なまぐさい物語は、今ではかなり世界に聞こえている。南京国際救済委員会の委員が私に示した算定によると、日本軍は南京だけで少なくとも４万２千人を虐殺した。しかもこの大部分は婦人子供だったのである。また、上海・南京間の進撃中に、３０万人の人民が日本軍に殺されたと見積られているが、これは中国軍の受けた死傷者とほぼ同数であった。いやしくも女である限り、１０歳から７０歳までの者はすべて強姦された。難民は泥酔した兵士にしばしば銃剣で刺し殺された。母親は赤ん坊の頚が切られるのを見た上で強姦を受けねばならぬことがしばしばであった。 — エドガー・スノー『アジアの戦争』(1941)と書いた。田辺敏雄によれば、国際救済委員会の前身は南京安全区国際委員会で、スノーはベイツやティンパーリの著作を参考にしていたが、「非戦闘員1万2千人殺害」でなく、「女、子供4万2千人虐殺」 にすり替わっており、「聞き伝えというのは当てにならないという好例で、そこに個人的感情、政治的立場が入りこめば、悪意を込めた方向に際限もなく変形していく」、30万人虐殺説はスノーの「上海・南京間の30万人虐殺」説の影響を受けている可能性があると主張している。
池田悠は『正論』（2018年12月号）への寄稿で、南京に残留していた複数の米国人宣教師が事件を創作し、それを中国政府が利用したと主張している。
江崎道朗は、「南京大虐殺」キャンペーンの背後にソ連およびコミンテルンの影響があった可能性を述べている。事件当時、南京にあったドイツ大使館は本国政府に「日本軍は殺人マシーンとなって市民を殺害している」という報告書を提出しているが、江崎は、ソ連のスパイだったリヒャルト・ゾルゲがこの報告書に関与していた疑いがあると述べている。また、ゾルゲはドイツの新聞記者として南京を訪れ、事件を目撃していたといわれる。A.スメドレーもコミンテルンから資金援助を受けて反日プロパガンダ工作を上海で行い、「南京市民20万人虐殺」説を唱えていた。上海でゾルゲやスメドレーを支援していたルドルフ・ハンブルガーもソ連赤軍諜報部責任者で、その妻ルート・ウェルナーはゾルゲの助手であり、またジョン・ラーベの友人であった。
1914年12月22日のスィノプ沖での海戦でオスマン帝国海軍の防護巡洋艦「ハミディイェ」（艦長 K・V・ムヒッディン海軍大尉）を取り逃したロシア帝国艦隊は、通商破壊を試みながら航海を続けていた。ロシア艦隊は、黒海艦隊旗艦「エフスターフィイ」（艦長 V・I・ガラーニン 1 等佐官）以下 5 隻の戦列艦（準・前弩級戦艦）に、艦隊司令官 A・A・エベルガールト海軍中将直属の巡洋艦戦隊（長官 A・G・ポクローフスキイ海軍少将）の旗艦「パーミャチ・メルクーリヤ」（艦長 M・M・オストログラーツキイ 1 等佐官）ならびに同隊所属の防護巡洋艦「カグール」（艦長 S・S・ポグリャーエフ 1 等佐官）、そして 7 隻の艦隊水雷艇からなっていた。12月24日、スィノプ沖から逃れた「ハミディイェ」が、カフカース沿岸沖を軽巡洋艦「ミディッリ」を伴って航行しているという情報がロシア艦隊へ齎された。哨戒に当たっていた巡洋艦「カグール」は通常の 3 時間の航海ののち、旗艦である「パーミャチ・メルクーリヤ」へ艦隊の前方へ繰り出して斥候任務に就くよう信号を送った。その日の朝方、トゥアプセ沖では「ハミディイェ」が「ミディッリ」（艦長 P・ケットナー海軍中佐）と合流していた。両艦は漫然と海上を漂った挙句、母港イスタンブールを目指して帰路に就いた。