運河の拡張と各トンネルの建設には、600億エジプト・ポンド（84億米ドル）ほどの費用が掛かると見積もられている。このうち半分は新運河の掘削で、残りは6本のトンネルである。アッ＝シーシー大統領は外国の投資家の出資を認めず、代わりにエジプト人がこのプロジェクトに出資するように促した。当初は、プロジェクトの一部を民間所有にすることを認めて、株式市場で株式公開することでプロジェクトの資金調達を図ることになっていた。しかしエジプト政府は資金調達方針をすぐに変更し、出資者に対していかなる所有権も認めない、利子つきの投資証券によることにした。エジプト国民は10エジプト・ポンド、100エジプト・ポンドあるいは1,000エジプト・ポンドの証券を買うように求められた。最小金額の証券は、学生にもプロジェクトに出資できるようにするためのものであった。アッ＝シーシー大統領が9月1日に署名した法律によれば、ミスル銀行、エジプト国民銀行、カイロ銀行、スエズ運河銀行が、スエズ運河庁の発行する5年譲渡不可証券を、エジプトの銀行が発行する類似証券に比べて1.5ポイントほど高い12パーセントの利率で販売する。販売収入の大半を占める1,000エジプト・ポンド証券に対する利子は、四半期ごとに支払われる。より少額の証券に対する利子は5年後に支払われる。出資者は、証券を買うのに必要な金額の90パーセントまで銀行から借り入れをすることが許され、これは全体の6パーセントほどにあたる40億エジプト・ポンドにまで達した。全証券の82パーセントが個人に販売された。証券からの利子は非課税とされた。ヒシャム・ラメズエジプト中央銀行総裁が驚いたことに、投資証券はわずか8営業日で売り切れ、中央銀行はそれ以降の新証券の発行を停止した。財務省が証券を保証しており、中央銀行に四半期ごとに支払う利子のための19億エジプト・ポンドの資金を特別口座に別に管理したため、政府の歳入を他に使う余地が少なくなった。アッ＝シーシー大統領がこのプロジェクトを発表した後、エジプトの株式市場は一時的に過去6年で最高値に上昇したが、9月になると急激に下落した。
スエズ運河庁の長官で海軍中将のモハブ・マミシュは、スエズ運河の通航料収入は年間50億ドルから125億ドルに跳ね上がるだろうと述べている。しかし、エジプトの通商専門家であるオマル・エルシェネティによれば、運河開通の最初の年に通航量が倍になるという公式の推計はいくらか誇張されたものであるとしている。高い通航量見積もりには、世界的な貿易の不振や通航料の値上げによって影響されうる。学術誌「バイオロジカル・インベージョンズ」に2014年に投稿した18人の科学者は、地中海の生物多様性と生態系サービスへ影響を与えるこのプロジェクトに懸念を表明している。科学者たちはエジプト政府に対して、運河の拡張が引き起こしうる環境への影響を評価するように求めており、生物の多様性に関する条約の事務局長もこれに賛同した。従来のスエズ運河が19世紀半ばに開通して以来、1,000種を超える侵略的外来生物が地中海に侵入しており、欧州委員会の合同調査センターによれば、人間の活動が地中海の生物多様性の減少の主たる原因となっている、としている。
元禄3年（1690年）、叔父で先代の光圀が隠居した跡を継ぎ、35歳で藩主となる。光圀は水戸藩領の西山荘に暮らし、元禄13年（1700年）12月死去した。この頃、水戸藩の財政は深刻な事態となっていた。水戸藩の石高は元々28万石であったが、光圀の代に2人の弟（綱條には叔父）頼元・頼隆にそれぞれ2万石ずつ分与していた（額田藩・保内藩）。綱條の代になった元禄13年（1700年）に将軍・徳川綱吉が小石川邸に来臨した際、頼元の子・頼貞と頼隆には改めて幕府より2万石ずつが与えられ（守山藩・常陸府中藩）、元の領地は本家に返納されている。翌年の元禄14年（1701年）5月、新田開発の分を含めるとして、表高を28万石から35万石にすることを幕府から許可される。しかし実際には加増されていないため、表高を基準とした格式を維持するために財政はさらに悪化した。財政難は徐々に表面化し、元禄13年に初めて領内で御用金が集められたが、次第に藩士の俸禄の遅延・不払いが起こった。加えて物価の上昇で農村は疲弊、田畑は荒廃し、領民の貧富の差が拡大した。借金は宝永6年（1709年）で8万両に及んだという。綱條はそのため、元禄16年（1703年）から本格的に改革を始めた。宝永3年（1706年）、清水仁衛門の推薦で松波勘十郎を登用する。勘十郎は美濃国出身の浪人であるが、経済の才能に優れていたため、大和郡山藩や備後三次藩から招かれて、改革を成功させていた人物である。綱條もそれを見込んで招いたのではと考えられる。招かれた勘十郎は、財政再建のために倹約令や経費節減、人員削減、不必要な組織の改廃などを行なった。特に人員削減では武士の中でも低い身分の郷士を取り立てて、それまでの代官手代などを半分に削減、さらに百姓などまでも取り立てて、代官などに取り立てられた者もいる。これは、それまで不正を行なっていた者の処罰的意味と、領民から支持を得るために行なったことである。また商業においては、それまで城下の商業を行なうことは水戸藩出身の商人だけしか許されていなかったが、勘十郎はこれを規制緩和して、他藩の商人も招き入れた。確かにこれにより商業も潤ったが、これは商品経済化の促進を招くことにもなった。さらに大規模な改革として、大貫海岸（大洗町）と涸沼、涸沼と北浦（巴川）間に運河を掘削する計画を立てた。勘十郎はこの運河による江戸との交易により、財政を潤わせようとしていた。2本の運河は「大貫運河」と「紅葉運河」と呼ばれた。工事は宝永4年（1707年）夏から実行され、半年余りで完成した。しかし、紅葉運河では北浦側の方の水位が高く、水門で水位を調節しながら船を通すことを強いられ、かえって費用高となった。水深も浅くすぐに土砂に埋まってしまい、何度も掘り直さなければならず、実質的にあまり役に立たなかった。しかも、農繁期にもかかわらず難工事に動員された農民たちへの賃金の支払いが不十分で、ほかの場当たり的な改革への不満も募らせる結果となった。加えて、厳しい年貢増徴政策も行なわれ、領民は大いに苦しんだという。これら一連の改革を「宝永の新法」という。