日本側の惟政に対する評価の高さとは対照的に、過去の朝鮮における惟政の評価は、それほど高くはなかった。近世の日本社会では「使僧」が政界でも大きな役割を担っていた。一方李氏朝鮮では士大夫階層、すなわち儒教的文官官僚が政治を独占していた。士大夫は国難において僧侶階層が大きな功績をあげたことを認めたがらず、結果として、惟政に対する朝鮮国内の評価は不当に低く据え置かれた。近年、日本および韓国の学界で惟政に対する再評価の機運が高まり、新たな研究が発表されるようになった。
『ダ・ヴィンチ』2009年1月号に掲載された「BOOK OF THE YEAR 2008」では、恋愛小説ランキングに第1位の『別冊 図書館戦争I』をはじめ、5位以内に合わせて4作品が選出された。また同ランキングの総合ランキングに自身の作品が5作品選出された他、ミステリー＆エンターテインメントランキングで『図書館革命』が9位に、好きな女性作家ランキングでは2位に選出されている。2006年には、『図書館戦争』が『本の雑誌』が選ぶ2006年上半期エンターテインメントで第1位を獲得し、2007年度本屋大賞で第5位を獲得した。2008年には、『図書館戦争』シリーズで第39回星雲賞日本長編作品部門を受賞。さらに、本シリーズ5作目の『別冊図書館戦争I』は、雑誌『ダ・ヴィンチ』による「ダ・ヴィンチ BOOK OF THE YEAR 2008」恋愛小説部門で、第1位を獲得した。2010年、『キケン』で第1回山田風太郎賞最終候補に挙がり、『植物図鑑』が本屋大賞第8位、第1回ブクログ大賞小説部門大賞を受賞。2011年、『県庁おもてなし課』で第2回山田風太郎賞最終候補に挙がる。また、「ダ・ヴィンチ BOOK OF THE YEAR 2011」で総合1位と恋愛小説1位を獲得し、第3回ブクログ大賞小説部門を受賞した。『県庁おもてなし課』（角川書店 2011年）の印税をすべて東北地方太平洋沖地震の被災地に寄付することをブログにて公言している。同年、『ストーリー・セラー』が本屋大賞第10位を、『キケン』は本屋大賞第9位、第2回ブクログ大賞小説部門大賞を受賞。2012年、『空飛ぶ広報室』と『三匹のおっさん ふたたび』が、「ダ・ヴィンチ BOOK OF THE YEAR 2012」で小説部門第1位、第2位をそれぞれ獲得している。2013年、『空飛ぶ広報室』が第148回直木賞候補に挙がる。同年、『旅猫リポート』が第4回山田風太郎賞最終候補にノミネートされた。
12月13日、ファン感謝デーで復帰。「ALL JAPAN FUTURE」として河野とタッグを組み、諏訪魔・征矢組とメインで対決、24分の激闘を展開し最後は真田が諏訪魔のラストライドに沈んだ。2010年1月3日、新春シャイニングシリーズでは諏訪魔、河野、征矢、浜亮太と新世代タッグを結成し、武藤、小島、曙、西村、船木誠勝組と3本勝負で対戦、その際師匠の西村から首固めでピンフォールを奪い、新世代軍の勝利に貢献した。さらに翌日、西村とのタッグで諏訪魔、河野組と対戦しなんと諏訪魔からこだわりの回転足折りエビ固めでまさかの大金星を奪って勝利した。自身のインフルエンザで途中欠場して幻となった諏訪魔・河野組との最強タッグリーグを制した。2月7日、後輩の中之上靖文とのシングルに勝利した後、バックステージで一番気になる選手として太陽ケアを挙げ、HOLD OUT TOUR 2010の開幕戦でシングルマッチが決定した。2月28日、グリコパワープロダクションドリームマッチにてベンチプレス大会に出場。近藤修司、中之上靖文、中西学、平澤光秀というメンバーの中で220kgを記録し準優勝となった。3月7日、HOLD OUT TOUR 2010の開幕戦、ケアとの対戦が実現した。入場曲を一新し、黒かった髪を金髪に染め上げてファンにアピールした。試合は元三冠王者相手に大接戦を展開した。7月2日、後楽園で行われた「新世代軍vs.超党派軍vs.ブードゥ・マーダーズ全面対決6大シングルマッチ」で三冠王者の鈴木とシングルで対戦し、試合には敗れはしたもののスピーディーな展開でチャンピオンを翻弄、激しい試合を展開した。7月25日、後楽園大会の「新世代軍vs超党派軍8人タッグマッチ」に勝利する（諏訪魔が鈴木からフォール）。その後海外修行から帰って来た征矢と組んでアジアタッグ王座への挑戦を表明。そして8月29日の両国大会で見事アジアタッグ王座を奪取。自身初となるベルト獲得に成功。その後ファン公募でチーム名は「es」に決定、新世代軍が解散した後もesとしての活動は継続していった。11月6日、台湾で行われたアジアタッグ挑戦者決定トーナメントに勝ち上がって来たKONO・稔組に勝利し海外で初防衛に成功する。年末の最強タッグ決定リーグ戦ではesとして参加、アジアタッグ王者として奮闘するも3勝4敗1分7点で決勝進出はならなかった。その後、最強タッグで敗北を喫した元プロレスリング・ノアの本田多聞、菊地毅組を破り王座防衛と共にリベンジを果たした。大日本プロレスの関本大介、岡林裕二が団体の枠を超えてアジアタッグ挑戦を表明すると、まず査定試合として2試合ノンタイトルマッチを敢行、どちらも引き分けに終わったが若手同士の熱いぶつかり合いで素晴らしい好試合となり大日勢のアジアタッグ挑戦が正式に決定した。3月21日の両国大会で3度目の防衛戦に挑んだが相棒の征矢が関本に破れたため王座から陥落し、アジアタッグの他団体流出を許してしまった。