エミル・クロニクル・オンラインでは、MMORPGでは最も変化が早いのではないかと思わせるぐらいに毎週のように頻繁にアップデートが行われているが、それ以外にも大規模なアップデートが行われている。これまでに行われた大規模なアップデートは以下の通り。SAGAとは本来、北欧神話の伝説を意味する単語である。
(DEM種族は除く)プレイ開始直後はノービス（無職）として出発することになるが、ある程度の時期になるとアップタウンの職業ギルドで転職することができる。レベルによる転職制限はないが、職業によってはそれに必要な体力や魔力などを求められ、転職試験がある。二次職転職では、JOBレベルの最高値（Lv50）にならなくてもJOB30以上で転職することができるが、転職した時点で覚えていない一次職スキルなどは覚えられなくなるので注意が必要である。また転職以降は一次職のスキルポイントは増えない（スキルポイント入手イベントによる一次スキル入手は可能）。二次職はエキスパートジョブとテクニカルジョブに分かれる。一次職から二次職転職試験を行って直接転職できるのはエキスパートジョブのみである。テクニカルジョブは一定条件を満たした後、エキスパートジョブからのみ転職が可能になる。一度テクニカルジョブに転職した後はテクニカルジョブとエキスパートジョブをいつでも切り替え可能になり、これをジョブスイッチングシステムと呼ぶ。この際、レベルに応じた数のスキルをエキスパートジョブおよびテクニカルジョブからリザーブとして移行することができる。エキスパートジョブのスキルを使うテクニカルジョブ。またはその逆といったことが可能になる。三次職転職はエミルドラゴンを倒したことがあり、BASEレベル100以上かつ、エキスパートまたはテクニカルのJOBレベルが50で可能。ノービスのみBASEレベル100以上、JOBレベル50で転職可能職業ビジュアルイメージデザインは羽々キロ。カバリスト女は「ダークナース」ストライカー女は「ロボットメイド」など。
体が機械で作られた種族。本来はドミニオン世界で命令のままに侵略する種族ではあったが、いかなる理由か、自由意志を持ちドミニオン族側に立つ者が現れるようになった。通常の服装が装備できる「ノーマルフォーム」と戦闘用装備の「マシナフォーム」の切り替えができる。成長の特徴として、EPを消費してのベースレベルアップの他に、チップやパーツで能力を上げていく。また、職業につくことはできない。
悪魔族。欲求のおもむくまま、戦いや勝利を求め人間界へやってくるという背景。背中に生えた黒い羽としっぽが特徴。羽根はあるがタイタニアと違い飛べない。初期STR値が高くファイター系職業にも向いているが、初期VIT値が低くそれをカバーする戦い方が求められる。初期MAG値もタイタニアに次いで高いのでスペルユーザー系職業にも向いている。
天使族。一定の年齢に達すると、課せられた試練のために人間界を訪れるという背景。頭上に輪があり、背中に生えた白い羽によって3種族の中では唯一空中に浮いているのが特徴。初期MAG値が高く、魔法使いなどのスペルユーザー系職業に向いている種族である。
いわゆる人間族。世界各地の遺跡やダンジョンへ富と名声を求めて旅立つという背景。初期VIT値が高く体力のあるファイター系職業に特に向いている。また、3種族の中では唯一、羽を持たないのでリュックを背負うことができ、バックパッカー系職業にも向いている。
4種族が存在する。エミル、タイタニア、ドミニオンは、どの職業でも就くことはできるが、DEMは職業に就くことができない。また種族専用の装備も存在する。2014年7月24日アップデートにて、転職試験がなくなりNPCに話しかけるだけで一次職に転職できるようになった。
『マクロスプラス』では3次元コンピュータグラフィックス（リンクス制作）を積極的に活用しているが、本作のオープニングアニメーションの一部でも使用されている。シティ7内にたたずむバサラから一気にカメラを引いてマクロス7全景が映るまでがワンカットで描かれた冒頭部分は、手描きのアニメーションと3DCGで描かれた背景が合成されている。CGが「1分1億円」といわれていた当時、河森は『プラス』の取材のために訪れたアメリカ合衆国において、CGが「安い」という理由で用いられていたことに衝撃を受けてデジタル時代の到来を予感し、それに先んじるかたちで『プラス』でのCG導入を決め、より認知を広めるべくテレビアニメである『7』のオープニングでも用いることになった。当時は3DCGのみで完結するのが主流で、平面のアニメーションと3DCGの合成という手法はうまくいかないといわれていたが、河森は以前に手掛けたOVA『超時空要塞マクロス Flash Back 2012』で試みた映像表現の研究から、20度ほどの角度変化であれば手描き部分が平面であることが露呈しないという読みがあり、説得のすえに成立させることができたと語っている。リンクスの片塰満則は、「背景美術をそのまま動かすという狙いで創ったんです」と述べており、当該カットは「どの時点で画面を静止させても全体がBGとして見える」ようになっているという。サビの一部でも3DCGが使用されており、ここに登場する主人公機VF-19改のCGモデルは、『プラス』第3話のラストに登場するYF-19のデータが一部流用されたものである。当時の30分テレビアニメが一話あたり2,000枚から3,000枚程度のセル画で制作されていたのに対し、本作第1話での使用枚数はおよそ7,000枚とされている。番組開始前に放映された特別番組『マクロス最速発進!!』では話数を指定せずに「7,000枚以上」と説明されている。最終話（第49話）を間近に控えた時期、藤本はバンク（使い回し）が15カットのみである最終話の作画枚数が「今までで一番多そう」と語り、冒頭ナレーション部分がないぶん、河森がみずから絵コンテを切った第27話「七色の歌エナジー」を越えるかもしれないと述べていた。ただし、全般的にメカの戦闘シーンではバンクが多用されている。