SFC版を基に、新要素・新機能を追加したリメイク作品。SFC版の発売から11年半後の2004年3月に発売された。機種がPS2に移ったことでグラフィックが向上した。『ドラゴンクエストVII』から採用された俯瞰方式の3Dマップを引き継ぎ、さらに従来は2Dのドット絵で表現されていたキャラクターが、ナンバリングタイトルで初めて3Dポリゴンで表現された。また、アナログスティックにより柔軟にキャラクターの移動が行えるようになった。アイテムを入れる大きなふくろ、仲間との会話機能（移動中のみ）など、『VII』から多くのシステムが継承された。井戸の中に入る、壷や樽などを持ち上げて投げるなどのアクションも可能になった。BGMのほとんどはオーケストラ版が使用された。多くの曲は1992年までに録音されたNHK交響楽団の演奏による曲だが、「哀愁物語」は神奈川フィルハーモニー管弦楽団、「ローリング・ダイス」はセントラル愛知交響楽団のライブ音源を使用。当時オーケストラ版の存在しなかった数曲はシンセサイザーによるサウンドである。システムフォントはニィスのJTCウインR4をアルテピアッツァがライセンスを受けて使用している。
前作『ドラゴンクエストIV 導かれし者たち』の数百年後の世界が舞台。作中でも前作の主人公である「伝説の勇者」の物語が語られており、本作の物語とも密接に関係している。DS版『ドラゴンクエストVI 幻の大地』の裏ダンジョンにおいて、『VI』を基準に、『IV』が近い未来・『V』が遠い未来であると語られており、発売順では『VI』が天空シリーズ最終章だが、物語上は『V』が最終章である（『VI』に後の天空城が登場）。主人公たちの世界（以降人間界と呼ぶ）は、「天空への塔」や「セントベレス山」のある大陸が世界地図の中央にあり、その大陸を囲むように各大陸が位置する。「天空への塔」は世界地図上の座標で見ると前作とほぼ同位置だが、前作の世界がどのように、またどの程度の年月をかけ本作の世界となったかは作品内では語られていない。フィールドマップは人間界のほか、幼年時代で往来する妖精の世界と、終盤で登場する暗黒の世界がある。
2004年4月26日、イラク暫定統治評議会はフセイン政権崩壊後におけるイラクの新国旗を発表した。暫定政府が主張するには、この新国旗は著名なイラクの建築家兼芸術家であるリファアト・ジャディーリーによってデザイン（作画）されたものであり、これが、他の30の競合する出品から選ばれたものであるという。その旗は、白い背景で、底の4分の1には、青色・黄色・青色と平行な帯が横に並んでいる。すなわち、3本の線については、青の帯はチグリス川とユーフラテス川を表しており、黄色の帯については、何を象徴としているものかは不明確だが、クルディスタンの旗が「緑・白・赤の横三色旗に黄色い星」であることから、少数派のクルド人を表しているとされる。中間部にある白い領域には、イスラム教を象徴する大きな三日月がある。しかしこれは青色の影として描かれている（イスラム教の象徴である三日月は、五芒星と組み合わせて描くのが基本である。色はアルジェリアの国旗とチュニジアの国旗では赤、トルコの国旗とパキスタンの国旗では白で、全て陰ではなく明確に描かれている）。このデザインは、過去のイラク国旗や他のアラブ諸国の国旗で使用されている汎アラブ色（緑・黒・白・赤）とは著しくかけ離れていた。アラブ諸国の国旗色には長い伝統があり、緑色と黒色は、イスラム教を表すのに使用される。中でも緑色は、預言者ムハンマドお気に入りの色だとずっと言われてきた（パキスタンの国旗やサウジアラビアの国旗は緑地に白色で意匠が描かれており、リビアの国旗は2011年まで緑一色で構成されていた）。赤色は、アラブ人の愛国心や汎アラブ主義を表すのに使われる。また黒色は暗黒の過去、白色は純潔や平和を表すことが多い。イスラム諸国の国旗や紋章における三日月は、通常、緑色または赤色で描かれる。2004年提案の国旗は白地にかなりの部分が青色であり、この旗の様相がイスラエルの国旗に似ているとして、即時にイラク国内で論争になった（実際、イスラエルの旗を制定する時の原案には、かなりの割合で黄色が含まれていた）。その他に批評家は、汎アラブ主義をあらわす伝統色が欠落していることを非難し、また「アッラーフ・アクバル」という句が欠落していることについても、この文言がフセインによって追加されたという事実とは無関係に嘆いた。更に、作画者ジャディーリーについても疑問が提起された。彼が、暫定統治評議会メンバーであるナスィール・アル＝ジャディーリーの弟であることは明らかである。結果として、身内びいきという訴えによって、デザイン競技会で得た彼の勝利は汚れたものとなってしまった。兄のリファットは彼を弁護する中、次のように述べた。「弟は、私から電話をうけて、旗をデザインするようにと招待されるまでは、新しい旗の計画については何も知らなかった」と。また「そのデザインが競技会に関係している、というようなことは、聞かされていなかった」とも述べた。更に「彼は、1980年代初めから、イギリスのロンドンに住んでいるので、現在のイラクの国民感情を捉えることに失敗したからといって、このことを批判するのは、まだ早い」とも付け加えた。2004年4月27日、新しい旗がファルージャで反政府運動家によって燃やされたという報告があった。その日は、国旗としての公式採用が予定されていた前日であった。4月28日、マスウード・バルザーニ統治評議会議長は「旗の修正版では、4月26日に報道で発表された非常に明るい青い影が、暗い色調に変更された」との公式見解を示した。しかし、その変更がなされた理由が、元のデザインに対して抗議されたことによるのか、または、評議会に要求されたことによるのか、それとも、初期のニュース報道における印刷誤差が修正されたことによるのかは、明らかにされなかった。彼はまた、この旗は、最終的な旗が採用されるまでの一時的なデザインであり、数か月間使用されるということも説明した。結局、この旗は2004年6月28日のイラク暫定政権への主権移譲式典の会場に揚がることはなかった。多くの反発にさらされた白と青の国旗案は放棄され、式典会場には1991年制定の国旗を若干変更した暫定的な国旗が掲揚された。