1893年にウマイヤ・モスクで火災が発生し、広い面積のモザイクと大理石が大きく損傷した。火は礼拝用の大広間の内装にも燃え広がり、中央クッバが焼け落ちた。オスマン帝国はモスクの修復を開始したが、修復作業中にも火事が起きた。工事の人足が吸っていた水煙草の火の不始末が原因だった。オスマン帝国はウマイヤ・モスクの元来の構造を最大限生かしながら、最後まで補修工事をやり遂げた。ウマイヤ・モスクの図書室には「クッバ・ハズナ蔵書」が非常に昔からあったが、1899年にその大部分がドイツ皇帝ヴィルヘルム2世に譲渡され、残された少数の蔵書がダマスクスの帝国アーカイヴに移された。ウマイヤ・モスクは、フランス委任統治領シリア時代の1929年から1954年にかけて大規模補修が行われ、シリア共和国の時代の1963年にも一度、大規模補修が行われた。1980年代から1990年代にかけて、ハーフィズ・アサドはモスクの大規模改装を命じたがユネスコから批判を受けた。ウマイヤ・モスクは世界の歴史・文化的観点からはどうであれ、シリアにおいてはさまざまな象徴的意味合いを持つ建物であり、その象徴性を時の政権が利用する方向に補修や改修が行われるのが常である。2001年にはローマ・カトリック教会の法王ヨハネ・パウロ2世がウマイヤ・モスクを訪れた。名目上は洗礼者ヨハネの聖遺物への参拝が目的とされたが「ローマ・カトリック教会の法王が歴史上始めてイスラーム教のモスクを訪れた」ことに象徴的意義を含ませることを意図した訪問であった。2011年3月15日にシリア内戦に関連した大規模な民主化要求デモがウマイヤ・モスクで行われたが、政府軍がすぐさま鎮圧し、金曜礼拝の妨げになるからという理由でデモ隊を排除した。
8世紀中葉、アッバース革命によりイスラーム帝国の支配権はウマイヤ家からアッバース家へと移り、政治・軍事上の中心もダマスクスからバグダードに移った。アッバース朝の歴代カリフは、ウマイヤ・モスクをキリスト教に対するイスラーム教の勝利の象徴と考えて取り壊しこそしなかったが、ダマスクスにある他のウマイヤ家の文化的遺産同様、モスク内部にあったウマイヤ家を讃える碑文や銘のたぐいの文言を差し替えたり取り除いたりした。アッバース朝期（8世紀から10世紀）のウマイヤ・モスクを知るための文献資料としては10世紀の地理学者マクディスィー（ムカッダスィー）の地理書がある。アッバース朝はダマスクスに対して軍事・商業上必要な関心を払う以上のことはしなかった。そのため、アッバース朝期のウマイヤ・モスクは経済的に余裕がなかったとみられ、増改築の規模は大きくない。21世紀現在もモスク中庭の東側に建つクッバ・サーア（al-Qubbat al-Sā'at, （最後の審判の）時のドーム）と、同西側に建つクッバ・ハズナ（al-Qubbat al-Khaznat, 宝のドーム）は、それぞれ780年、789年にアッバース朝のダマスクス太守ファドル・ブン・サーリフ・ブン・アリーにより建てられた。モスク中庭の北、中央に建つマァザナ・アラウス（al-Ma'dhanat al-'Araws, 花嫁のミナレット）は、アッバース朝のカリフ・マアムーン（在位813-833年）が831年に建てさせた。シリアにおけるアッバース家カリフの支配体制は、10世紀始めには崩壊し、シリアはエジプトの軍閥（トゥールーン朝）が実質的に支配した。970年にはシーア派を奉じるエジプトのファーティマ朝がダマスクスを得た。この時代のダマスクスの統治者によるウマイヤ・モスクの改修は、ほとんど記録されてない。その一方で、ウマイヤ・モスクの威信は多くのスンニー派ウラマーをダマスクスに惹き付け、ファーティマ朝の宗教的権威からある程度独立した地位を彼らに与えもしたので、ダマスクスはこの時代のスンニー派ウラマーの知的生産活動の中心になった。ウマイヤ・モスクの北側にはベルベル人を主体としたファーティマ朝軍の駐屯地があったが、1069年にダマスクスの人々が反乱を起こし、駐屯地を襲った。その結果、モスク北側の壁を中心とした広範なブロックが破壊された。
アレロパシーを有しており、根から周囲の植物の成長を抑制する化学物質を出す。これはcis-DME（シス-デヒドロマトリカリエステル、methyl dec-2-en-4,6,8-triynoate）という名称で知られ、アルケン及びアルキンのカルボン酸エステルである。セイタカアワダチソウは、千葉大学教授の沼田眞によって日本初のアレロパシーの実験に使われ、日本の植物で初めてアレロパシーが認められたことで、日本のアレロパシーの代表的植物として名高く、cis-DMEの働きは1977年に沼田によって解明された。沼田眞は、ドイツのハンス・モーリッシュが1937年に提唱したアレロパシーを千葉のセイタカアワダチソウで実証し、1977年の論文「植物群落と他感作用」において「アレロパシー」を「他感作用」の名称で日本に初めて紹介し、その概念を広めた、日本の植生生態学の父である。沼田は、セイタカアワダチソウから発見された「cis-DME」（根の乾物中に約2.5%存在）が、セイタカアワダチソウが生えている千葉の土壌にも5ppm存在し、しかもすぐに土壌微生物に分解されることなく地中に留まり続ける、アレロパシー物質であることを解明。cis-DMEは、濃度が10ppmを超えるとイネ・ブタクサ・ススキの生育を地上部・地下部共に顕著に抑制する。ただし、これらの種子の発芽障害は起こさなかった。一方で、cis-DMEは濃度が10ppmを超えると、セイタカアワダチソウ自身の種子に対する強い発芽障害を起こす。このような背景から、それまでセイタカアワダチソウが存在しなかった（cis-DMEに汚染されていなかった）戦後の日本でセイタカアワダチソウが急激に広がったと沼田は論文中で結論付けた。日本の休耕地に侵入したセイタカアワダチソウがススキによって抑えられる運命にあることは、沼田が一般向けに出版した書籍『図説 日本の植生』でも触れられている（沼田が調査した千葉市の耕作放棄地では、耕作が放棄されてから3-4年で一面を覆ったセイタカアワダチソウが、3年でススキに劣勢となってしまった）。ただし、乾燥した場所ではセイタカアワダチソウがすぐにススキに抑えられるのに対し、湿った場所ではセイタカアワダチソウの優占が長く保たれる。これは浸出したcis-DMEの作用によるものと沼田は考えている。いずれにしても、草原にセイタカアワダチソウやススキなどの多年生草本が優占する状態は長続きせず、遷移においては草原の最終段階であり、撹乱（火入れや草刈りなどの人為的撹乱）が起こらなかった場合は普通10年程度でアカマツやシラカンバなどが侵入して、草原から低木林に遷移する。