2015年4月29日から運行されている観光列車で、専用のNT300形気動車を使用し、水曜日を除く平日に「カジュアルコース」、土日祝日に「ゆったりコース」が運行される。平日・土日祝日ともに、朝に下り1本、正午前後に1往復、午後に1往復が運行される。祝日を除く水曜日は専用車は使用されず、運休もしくは普通列車となる。「カジュアルコース」は午後の1往復が普通列車との併結で、朝の下り1本と正午前後の1往復が専用車両の単独運行である。各駅停車で、専用車両に乗車する場合は運賃のほかに乗車整理券（300円）が必要である。祝日を除く水曜日は、朝の下り1本はNT200形の普通列車に差し替えられ、正午前後の1往復は運休、午後の1往復は専用車両の連結されない普通列車となる。「ゆったりコース」は全席要予約の座席指定制で、スイーツ、寿司御膳、地酒を提供する飲食付きプランが設定されている。飲食付きプランの内容と料金は列車によって異なる。飲食なしで利用する場合、乗車区間の運賃と指定席料金（大人1500円、子供1000円）が必要。「ゆったりコース」の運行日は、「ゆったりコース」と同時刻の普通列車が運休となる。七尾駅・和倉温泉駅・穴水駅の発着時刻は「カジュアルコース」と同時刻であるが、途中、和倉温泉駅以外では乗降できない。「カジュアルコース」「ゆったりコース」ともに、能登中島駅では午後の上りを除き10分前後一時停車し、駅構内に保存されているオユ10形郵便車を見学できるほか、能登中島駅 - 穴水駅間の七尾湾沿いの3か所で停車・徐行する。このため普通列車よりも全線の所要時間は長くなる。運行開始当初ゆったりコースが下り3本・上り2本、カジュアルコースが3往復設定されていたが、2016年3月26日のダイヤ改正でダイヤが共通化され両コースとも下り3本・上り2本となっている。
普通列車は全列車各駅停車で、夜間に区間列車が七尾駅 - 能登中島駅間に1往復運転されるほかは、すべて七尾駅 - 穴水駅間の運行となっている。おおむね1時間に1本程度の運行で、NT200単行（1両編成）が基本であるが、朝夕には2両編成も運転されている。以前は朝夕に3両編成や4両編成の運転もあった。2016年3月26日現在、穴水駅の始発は6時15分、七尾駅の最終は22時である。七尾駅 - 和倉温泉駅間にはJRの普通列車は運行されず、同区間の普通列車はすべてのと鉄道が運行する。「のと里山里海号」の運転日には、同列車の専用車両を併結したり、運休したりする普通列車がある。折り返し朝の下り「のと里山里海号」となる送り込み列車の穴水発七尾行き126Dは「のと里山里海号」専用車両で運行されるが、運賃のみ・別料金なしで利用できる。
普通列車のほかに、別料金を要する観光列車「のと里山里海号」が運行されている。また、下記のほか、JR西日本との共用区間である七尾駅 - 和倉温泉駅間には「能登かがり火」・「サンダーバード」「花嫁のれん」などのJR西日本の特急列車が運行されている。のと鉄道の列車は電化区間である七尾駅 - 和倉温泉駅間も含め、全列車とも気動車による運行である。
当路線は、1991年の七尾線津幡駅 - 和倉温泉駅間の電化に際して、西日本旅客鉄道（JR西日本）が石川県に和倉温泉以北の路線を引き受けることを要求したために、能登線の運営を行っていたのと鉄道がその営業を引き継いだものである。転換にあたり、この路線が転換時に交付金等の支援が受けられる特定地方交通線ではなかったため、JR西日本から路線を買い上げるよりも借用が妥当と判断された。そのため、線路等の施設はJR西日本がそのまま所有し、七尾駅 - 和倉温泉駅間 (5.1km) はJR西日本との共用区間となっている。当初、七尾駅 - 輪島駅間が移管されたが、2001年に乗客減少の著しい穴水駅 - 輪島駅間が廃止された。さらに2005年には能登線が廃止されたことにより、当路線はのと鉄道唯一の営業路線となった。なお、七尾線は能登線と一体的に運行されていたにもかかわらず存続となったが、これは七尾線の輸送密度が能登線を上回っていたことのほかに、全線を廃止にした場合職員の雇用先の確保が難しいこと、北陸新幹線の開業による並行在来線の第三セクター転換に備えて県関連組織に鉄道運営のノウハウを確保することなどもその理由として挙げられている。
訴訟は最高裁判所で柳側敗訴の判決が言い渡され確定した。判決の骨子は「『新潮』に掲載された作品は、出版、出版物への掲載、放送、上演、戯曲、映画化等の一切の方法による公表をしてはならない。謝罪広告の掲載、改訂版の出版差し止め請求ほかの請求は棄却」柳美里によるプライバシー権及び名誉権侵害行為によって、被害者が重大な損害を受けるおそれがあり、かつその回復を事後に図ることが困難になる。被害者は大学院生にすぎず公共的立場にあるものではなく、雑誌掲載小説が単行本として出版されれば被害者の精神的苦痛が倍増され、平穏な日常生活を送ることが困難になる。文学的表現においても他者に害悪をもたらすような表現は慎むべきである旨を、最高裁は判決理由で指摘した。判決確定から約1ヶ月後に、モデル女性の周辺情報や腫瘍のある顔について直接的に描写した箇所を60箇所以上修正した『石に泳ぐ魚』改訂版を出版。。この一連の騒動は、仮処分の段階から柳に対する非難や擁護や「文学における表現の自由」をめぐっての論議が起き、マスコミ・論壇・文学界から大きな注目を集めた。高井有一、島田雅彦、竹田青嗣、福田和也、清水良典が柳側の陳述書を提出し、車谷長吉、高橋治、加藤典洋らが判決を批判した。文学的評価としては、「『私』の心の荒廃の背後にあるものは、見通しよく描かれているし、日本生まれで、韓国の陶芸界に革命をと夢見る三世の女友だちへの共感にも、汲みとりにくいところはない。『私』の彷徨の道筋ということだけならば、渋滞や混濁は見当たらないと言ってよい。それなのに、『私』をたえず苛らだたせる不安の正体は、読者の前にはっきり現れてこない。」（菅野昭正、東京新聞夕刊「文芸時評」1994年年8月24日）、「このジャンルに初めて挑戦する若い劇作家が、これほどの素朴さで小説への武装解除を受け入れてしまうことにはいささか驚かざるをえない。『自分の顔の中には一匹の魚が棲んでいる』という女陶芸家のさからいがたい誘惑からどう逃れるかが最後に問われているこの比喩的な長編は、小説のイメージに対してあまりに無防備すぎはしまいか。」（蓮實重彦、朝日新聞夕刊「文芸時評」1994年8月29日）といった否定的意見も散見される。一方原告側は、坂本義和、五十嵐武士、下斗米伸夫ら国際政治学者のグループが支援した。憲法学においては、この最高裁判決は名誉・プライバシー権と表現の自由をめぐる重要判例の一つとされている。