創建の由緒は不詳。『日本書紀』舒明天皇元年（629年）4月1日の条には田部連（たべのむらじ）を掖玖（やく、屋久島）に遣わしたとの記事がある。『日本書紀』天武天皇8年（679年）11月23日の条にある種子島へ使者を遣わした記述と比べ、屋久島への使者が50年も早いことから、屋久島が南海航路の目標として重要だったことを裏付けているのではないかと考えられている。さらに、『続日本紀』天平勝宝6年（754年）2月20日の条では、去る天平7年（735年）に高橋連牛養（たかはしのむらじうしかひ）を南島に遣わし、島名・港・湧水地などを記した牌を建てさせて遣唐使船の漂着に備えさせたと記述されており、当社の別名「スクイ」は、益救（屋久）の救の字の訓を誤ったものとの見方がある一方で、この牌すなわち澪標（みおつくし）の「ツクシ」が訛ったもので、当社の機能的由来をよく表した語だという『式内社調査報告』の説もある。8世紀から9世紀初頭にかけて屋久島と種子島が多禰国であった時代は、当社がその一宮であったと伝えられる。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では大隅国馭謨郡に「益救神社」と記載されたが、これが当社の文献上における初見と言われている。これにより小社に列し、また最も南にある式内社となった。戦国時代、屋久島は種子島氏の所領となったが、種子島氏は法華宗を重視したことから当社は衰微し、所在も不明となった。屋久島の宗教は律宗であったが、文明元年（1469年）頃には法華宗になったという。また、八重岳が振動し、種々の怪異が起こったことから長享2年（1488年）に日増という僧が来島し、御岳（宮之浦岳・永田岳・栗生岳・黒味岳の4山を指す）に登って法礼を納めて鎮めたことがあり、法華宗と御岳信仰に対立があったのだろうと推察されている。江戸時代に入ると屋久島は薩摩藩領となったが、貞享元年（1684年）に宰領として赴任した薩摩藩士・町田孫七忠以は益救神社の荒廃を聞いてそれを嘆き、神社の跡地を探し出して、翌貞享2年（1685年）現在地に社殿を再建した。このとき、古記もすでに失われ、祭神は火火出見尊以外は何であったか不明になっていたので、火出見尊・火須世理尊・恵美須神を主祭神とし、脇殿に現在の配祀神を祀ったとされる。文久3年（1863年）にも薩摩藩直営で社殿を造営し、神料50石を献じたという。明治4年（1871年）に主祭神のうち火須世理尊・恵美須神を他の神社へ分祀し、現在の祭神となった。第二次世界大戦中の昭和20年（1945年）7月15日、アメリカ軍の爆撃により社殿が焼失した。再建の費用捻出のため境内地の一部と境内の杉約2,000本を買却し、昭和29年（1954年）に現在の社殿を建立している。
帳台の形状は四隅に置いた「土居」（つちい）というＬ字型の台の上に高さ6尺7寸の柱3本、合せて12本の柱を立てると全体の高さは7尺1寸になる。その上の方四辺に「鴨居」（かもい）と呼ばれる横木を渡して各々の柱を繋ぎ、その上に桟を漆塗りとした明障子（あかりしょうじ）を乗せ、四幅（よの）の帳（とばり）を四隅に、五幅（いつの）の帳を四方の中ほどにそれぞれに別に垂らした。その外見は帳を垂らした立方体のような形となる。浜床その他の寸法などは、『類聚雑要抄』巻四に図入りで詳しく記されている。帳台の内側には東西と南側の三方に3尺の几帳を立てて目隠しにし、几帳を置いた側の帳は3尺ほど巻き上げ、壁代のように内外の紐で結び止め、北と四隅の帳は垂らしたままにしておく。向かって手前側の柱2本には上から1尺ほどの位置に肘金（Ｌ字フック型の金具）を打ち付け、「御角」（みつの）と呼ばれる水難避けの護符を掛ける。これは桑の木で犀角をかたどってさらに波模様を彫り、それに銀の網を掛けたもので、本来は本物の犀の角であったが、それが手に入らなくなったので木を刻んで代用としたものだという。反対側の柱の左右にも同じようにして、八角花形の魔除けの鏡を掛ける。中央の寝所には、皇后が用いる場合にのみ「浜床」（はまゆか）という9尺四方、高さ1尺の黒塗りの台を置くが、皇后以外は板敷きの上に南北に土敷という繧繝縁の畳2帖を敷く。この上に、まず「表筵」（うわむしろ）を敷き、その上から「竜鬚（りょうびん）の地舗（じしき）」という色とりどりに染めたイグサで織った筵に青い縁を縫った敷物、そして「茵」（しとね）といって畳を芯にした綿入れの四角い座布団のようなものを敷き、沈の枕などの夜具を置く。使用者は南枕に寝る。なお、もし枕辺に太刀を置くならば柄を西に、刃を南に置く定めである。また帳台は就寝の場所としてだけでなく天皇の座所ともされ、内裏においては清涼殿のほかに古くは紫宸殿にも置かれ、その中に倚子（いし : 椅子）を立てたが、この紫宸殿の帳台には几帳を用いなかったという。天皇･皇后所用の場合は帳台の入口の前に、左に重石の獅子（黄色で口を開いている）、右に狛犬（額に角があり、白で口を閉じている）を置いた。いずれも金銅製で、これらについては神代紀の火須勢理命の故事にちなむとか、狛犬とはじつは麒麟で、金麟金獅子を鎮子とする唐の則天武后の例によるともいうが判然としない。藤井高尚著の『松の落葉』によれば、『江家次第』立后の条に「師子（獅子）形二つ」また「師子形〈御帳の南面左右に立つ〉」とあること、『栄花物語』「布引の滝」の巻で獅子舞のことを「しし狛犬」と称していることにより狛犬も獅子であり、獅子と狛犬との2種ではなく、かつ『遊仙窟』の注に「以玉刻為獅子、安牀頭、避鬼魅、竝得鎮押氈席」（玉を以って刻みて獅子と為し、牀頭を安んじ、鬼魅を避く、竝びに氈席を鎮め押ふるを得）とあることによって、この獅子形は重石の用をなすと同時に鬼魅を避けるまじないとなるものであったろうという。神社では帳台内部に御霊代（御神体）を奉安し、衾や錦蓋などで覆う例がみられる。白木や漆塗のものが多くあり、その一例として「檜材銅地本鍍金金具付浜床土井柱八角格天井押木幌四条角野脇天井覆一条厚畳八畳龍髭御茵付」。