1982年6月9日、自治州としてラ・リオハ州が設置され、ログローニョはその州都となった。1833年の地方行政区分ではカスティーリャ・ラ・ビエハ地方の一部とされたが、カスティーリャ・イ・レオン州には加わらずに単独で自治州を形成したのである。1978年にはタバコ工場が閉鎖され、1984年にラ・リオハ州政府が元の修道院に改装する計画を開始したことで、現在の建物は公共図書館として使用されている。1992年にはラ・リオハ州初の公立大学であるラ・リオハ大学が設立された。2012年には「スペイン美食首都」に選定された。
中世の間、ログローニョの位置の重要性は、カスティーリャ、ナバーラ、アラゴンの3王国の国境が交わる地であったのと同様に、サンティアゴ・デ・コンポステーラの巡礼路が通っていたという事実にも起因した。人口が増加し戦略的要所となって、レオン王アルフォンソ6世は1095年、ログローニョへフエロ（特権）を授けた。この特権は本質的にアルフォンソ6世以前から行使されており、ログローニョ周辺地域の大部分で行われた。現在のサンタ・マリア・デ・ラ・レドンダ準司教座聖堂への初めての言及は、1196年に遡る。ローマ時代に起源を持つ、円形の建物としてだけ名前が残っている。ルネサンス様式の現在の建物はカトリック両王時代のもので、15世紀から18世紀にかけ建設された。1454年当時の人口は、711人であった。
ローマ時代に築かれたウァレイア（Vareia、現在は市の一地区）がログローニョの起源とされる。当時の住民は、カンタブリアからやってきたケルティベリア人であった。大プリニウスは、ウァレイアの存在と、航行可能な川としてエブロ川について記述を残している。ウァレイアはアウグストゥス帝の軍から物流支援を受けており、ウェスパシアヌス帝時代にムニキピウムとされた。中世から11世紀頃まで、カンタブリア山脈とエブロ川とをつなぐ場所に橋が架かっており、ローマ属州ヒスパニア他都市との貿易用に利用された。ローマ時代に築かれたのは、マンティブレ橋であった（現在のアラバ県との県境近く）。現在ログローニョ近郊には、カエサルアウグスタ（現在サラゴサの一部）からカラグリス（現在のカラオラ）とをつなぎ、ヒスパニア・タラコネンシスへ向かっていたローマ街道が残っている。
ログローニョはラ・リオハ州北部にある。エブロ川が形成する平野に位置しており、中心市街地はエブロ川の右岸にある。市街地の標高は384mであり、周囲には標高580mのカンドラス山などがある。サンティアゴ・デ・コンポステーラの巡礼路が市街地を通過している。周辺の大都市からの距離は、バスク州ビルバオから152km、アラゴン州サラゴサから172km、マドリード州マドリードから336km、カタルーニャ州バルセロナから468kmである。道路や鉄道で東側のサラゴサや西側のカスティーリャ・イ・レオン州ブルゴスへ行くのは容易であるが、北側にカンタブリア山脈、南側にイベリコ山系があるために、南北へ向けてのアクセスは制限される。
ログローニョの市旗は、聖アンデレ十字を描いている。これは、ボルゴーニャ家のシンボルであった名残である。この十字が授けられたのは1237年、バエサ攻略（1227年11月30日、聖アンデレの聖名祝日）のログローニョ住民の功を讃え、カスティーリャ王フェルナンド3世が授けた。フアン2世は、1431年2月7日、パレンシアを都市に昇格させた。同月20日にはバリャドリッドが都市とされた。フアン2世は1444年7月20日、ログローニョに対して「非常に高貴な」（muy noble）と「非常に王に忠実な」（muy leal）という称号をコルテスにおいて授け、これは今も市旗に残されている。この言葉を授けられたのには理由があった。ナバラ王フアン2世軍の攻撃にさらされたログローニョ住民が「数多くの戦禍、死と掠奪、大火、損害と抑圧」に遭遇しても、カスティーリャ王への忠心を示し続けたからである。1523年7月5日、カルロス1世は、1521年にフランス軍の侵攻にログローニョが抵抗したことを讃え、その紋章に3本のユリの花を描くことを許した。1854年12月、コレラ流行の際の住民の振る舞いを讃え、イサベル2世はログローニョにエクセレンシア勲章を授けた。
1997年8月7日、マイアミ国際空港を離陸直後のファイン・エア101A便（ダグラスDC-8-61F、N27UA）が操縦不能に陥り墜落した。乗員3人と搭乗していた警備員、地上の1人を含む計5人が死亡した。調査により、直前に機材変更を行っており、それを考慮せずに貨物の積込を行った結果、重心が後方に寄ったためだった。重心が後方だったため、機体はピッチ角を制御できなくなり失速、墜落した。101便は滑走路の北側にあるマイアミ・シティ・レールヤードの南にある建物の上空を通過していた。また、混雑したNW 25番道路も通過していた。101便の飛行経路には2つの工場と商業施設、マイアミ・スプリングスなどの人口密集地があったが、いずれにも被害はなかった。事故から45分ほどは、墜落した飛行機は民間機であると思われていたが後にファイン・エアの貨物便であると確認された。FAAの責任者がファイン・エアの事務所から101便についての飛行記録を回収したが、一部がゴミ箱から発見され隠蔽の疑いが生じた。最終的に、隠蔽工作の罪で有罪判決を受け、約500万ドルの罰金が課せられた。ファイン・エアは墜落の翌日にIPOを取り消し、全額を投資家たちに返金した。9月5日には、自ら運航を停止し、1997年10月に運航再開の承認を受けた。