2018年10月13日の新潟6R（3歳以上500万下）において、馬主の北所直人が所有する競走馬で2番人気のペイシャエリートに騎乗した。レースはダート2500mの長丁場で、スタートから先手を取ったが、直線に入ったことでまだ1周以上の距離があるのに短距離のレースと誤認した山田は1周目のスタンド前直線で突如鞭を入れて必死に追う動作を見せる。そのまま後続に差をつけて1周目のゴール板を通過すると、大きく外に誘導して減速し、内を通る後続馬に次々と追い抜かされてしまう。レースがまだ続いていることに気付いた山田は慌てて隊列に戻ったものの、1着から4秒8離された最下位に終わった。レース終了後、JRAより山田がレースの距離を誤認したことが正式に発表された。この前代未聞の出来事により、翌日の10月14日より「裁定委員会の議定があるまで」の騎乗停止処分が課された。距離の誤認による騎乗停止はJRA史上初の珍事であった。11月7日、JRAの裁定委員会は山田が騎手としての注意義務を著しく怠ったものと認め、日本中央競馬会競馬施行規程第147条第19号が定める「競馬の公正確保について業務上の注意義務に違反した者」に該当するとして、レース翌日から2019年1月13日までの3ヶ月間の騎乗停止処分を決定した。週刊朝日の報道によれば、山田は「距離が2500mであることをレース前から認識していたものの、調教師から『絶対、ハナ行け（先行して逃げろ）』と指示をされたことで逃げることに必死になり、1周目の4コーナーを回った時点でまだ周回が残っていることが頭から飛んでしまった」と説明しているという。騎乗停止解除時期が3日間開催の2日目であったため、解除翌日の1月14日の騎乗で復帰。復帰第1号は中山3Rのペイシャラトゥールであり、奇しくも問題となったペイシャエリートと同じ北所の所有馬での復帰となった。これは、注意義務違反の処分を受けた際に、山田は迅速に調教師の小桧山と同伴ながらも北所に直接面会した上でこの件を謝罪し、北所もその反省と謝罪を受け入れ、さらに迅速な対応を評価した返礼として、山田の復帰日に北所がもう一度騎乗のチャンスを与えようとの計らいによるものであった。さらに両者の関係はこれだけに留まらず、同年2月10日の騎乗において東京7Rのペイシャボムで復帰後初勝利となった。その前の勝利も北所所有の競走馬であるペイシャリルキス（2018年9月23日中山1R）であり、またデビュー当初・距離誤認以前より北所の所有馬における主戦騎手を務めているなど、縁が深い関係となっている。
第1陣の竣工以来、主に本来の製造目的である三条 - 浜大津間各駅停車の普通列車運用に充当されていたが、車両運用上の都合で準急あるいは急行（現在は両種別共に廃止）として運用されることもあった（夏の海水浴シーズンには車両運用の都合上で当時設定されていた京津線の臨時特急の運用に入ったこともあった）。ただし、あまりに長年に渡って本形式が各駅停車の普通列車運用に専用されていたため、準急・急行運用への充当時には乗客の誤乗（乗客には車両の色で列車種別を判別する慣習があった）や乗務員による通過停留場停車といったトラブルが後を絶たず、極力両運用に本形式を充当しないよう、またどうしても充当の必要がある場合には乗客への案内や乗務員点呼時の徹底、運転席への種別確認標識の設置といった措置がとられていた。なお、1970年のダイヤ改正以降、京津線の普通列車運用はほぼ終日にわたって三条 - 四宮間の折り返し運転となった。そのため、普通列車運用に専従した本形式は、四宮 - 浜大津間には普通列車が同区間へ延長運転される早朝・深夜時間帯ならびに前述準急・急行運用に充当された場合を除いて原則的に入線しなかった。また、石山坂本線には錦織車庫での検査時に浜大津 - 近江神宮前間で回送・試運転で入線する程度であった。1997年（平成9年）10月12日の京都市営地下鉄東西線開通に伴う京津線三条（京津三条） - 御陵間廃止、ならびに京津線残存区間を含めた大津線全線の架線電圧1,500V昇圧に伴って、用途を失った本形式は同日付で全車廃車となった。冷房装置は600形の冷房装置更新で再利用されている。廃車後の本形式は同時に廃車となった260形・350形とともに旧九条山駅・旧京津三条駅等に分散して留置され、同年11月までに大半の車両が解体処分されたが、81-82編成のみは350形357-356とともに浜大津駅付近の側線に約5年間留置され、その後82は完全な状態で、81はカットボディとしてそれぞれ錦織車庫において静態保存された。毎年11月頃に開催される大津線感謝祭では同2両の公開など有志らによってイベントが開催されていたが、2015年になって82号車は錦織車庫から搬出された。また、現在は、京阪グループの共通ロゴマークである「KEIHAN」ロゴが京阪の現役車両と同様に81カットボディの側面1番扉に上に貼付されている。なお、廃車に際しては福井鉄道や新潟交通、日本国外ではブラジルから旧型車置き換え導入を目指して譲受を検討していたが、橋梁耐荷重超過、特殊な機構を備える電装品の保守困難、廃車時期と補助金申請のタイミングが合致しなかったことなどの諸事情からいずれも実現に至らなかった。