1990年にはウイグル人住民のデモに対して武装警察が発砲し、15名（数十名とも）が射殺されるバリン郷事件がおきている。1991年にはウイグル人作家トルグン・アルマスの著作『ウイグル人』が、「大ウイグル主義的」「民族分裂主義的」であることを理由に発禁処分となり、著者も軟禁状態に置かれた。バリン郷事件以降、反政府とみられるテロ事件も相次いでいる。1997年にも大規模なデモが発生し、鎮圧に出動した軍隊と衝突して、多くの死傷者を出したグルジャ事件が発生している。1996年、中国人民政治協商会議全国委員を務める実業家のラビア・カーディルが政治協商会議で漢族によるウイグル人抑圧を非難する演説を行うが公安当局の間で問題となりラビアは1997年に全ての公的役職から解任された。ラビアの夫で作家のシディク・ハジ・ロウジが行った書籍(John Graver, Chinese-Soviet Relations 1937-1945)のウイグル語訳が当局より問題視されたといわれるが、シディク・ハジ・ロウジは1996年に米国に亡命した。1999年8月13日、公安当局は、ウルムチ市内に滞在していた米国議会関係者に接触しようとしたラビアを国家機密漏洩罪で逮捕し、米国に亡命した夫に対して「不法に機密情報を漏洩した」として懲役8年の実刑判決を下した。また同1999年1月より漢族の作家王力雄が新疆の民族問題に関する著作執筆のため、新疆ウイグル自治区で資料収集を開始すると、同年1月29日に新疆自治区国家安全庁（上級機関の国家安全部は旧ソ連のKGBに相当する諜報機関）に国家機密窃取の容疑で拘束（法手続きを踏んだ正式な逮捕ではない）され、42日後に解放された。その経緯を『新疆追記』にまとめ、インターネット上で公表した。王力雄はその後、ウイグル問題に関する調査をもとに2007年10月『我的西域、你的東土』（邦題：私の西域、君の東トルキスタン）を台湾で出版した。
ウイグルは石油と天然ガスの埋蔵量が豊富で、1980年代後半から探査が本格的に開始された。1988年11月以降、タリム盆地で未開発の油田としては世界最大級の油田群が発見される。可採埋蔵量は100億バレル以上とされ、確認埋蔵量は原油で60億トン、天然ガスで8兆立方メートルとされているが、油田地帯がばらばらで地質構造も極めて複雑であることから、ブレは大きいものと考えられている。新疆の石油と天然ガスの埋蔵量は、それぞれ中国全体の埋蔵量の28%と33%を占めており、今日では油田開発が新疆の経済発展の中心となっている。西部大開発政策や西気東輸プロジェクトによって開発を促進し、1990年代後半からパイプライン敷設や送電線建設などが活発化している。これには、中国国内最大の油田であった黒竜江省の大慶油田の生産量が近年では減少してきたために、新疆の油田の重要性が相対的に増していることも関連している。
東トルキスタンのほぼ中央に、ウイグル語で天の山を意味するテンリ・タグ（تەڭرىتاغ Tengri tagh）という山脈があり、漢名ではこれに由来して天山山脈という。テンリ・タグ山脈の最高峰であるポベーダ山はキルギスの国境に位置し、標高は7,439mである。テンリ・タグ山脈を背骨とし、北のアルタイ山脈（モンゴル国境）の間にジュンガル盆地、南のクンルン山脈（崑崙山脈とも。チベット自治区との境）の間にタリム盆地が広がる。
森安孝夫は,14世紀以降のモンゴル時代に敦煌などの河西地方にいたウイグル人仏教徒集団は、元は東部天山地方のウイグル王国から移住したとし、また、ウイグル人仏教徒は、東部天山・河西から華北・江南に及ぶネットワーク「ウイグル=コネクション」を展開したとした。
カラハン朝の詩人ユースフ・ハーッス・ハージブの『クタドグ・ビリク』（1069年）が最初のテュルク語文学とされる。以後、11世紀にマフムッド・カッシュガリがおり、13世紀にはアフマット・ユグナキ、14世紀にはユスーフ・サッカキ、15世紀にはルットフィが現れた。17-18世紀のウイグル古典文学の代表に、ヒルキティ、ゼリリ、ノビティがいる。現代ではトルグン・アルマスの著作『ウイグル人』があるが、ウイグル民族主義であり分離主義者であるとして中国政府から発禁処分を受けた。また漢民族の作家王力雄による『私の西域、君の東トルキスタン』(2007)もある。
生年は不明であるが、晋王イェスン・テムルの次男として生まれた。兄に天順帝アリギバ、弟に小薛太子と允丹藏卜太子がいる。至治3年(1323年)、英宗シデバラがテクシらによって暗殺される(南坡の変)と、イェスン・テムルは擁立されて大ハーン位に即いた。大ハーンとなったイェスン・テムルは泰定元年(1324年)20日(丙午)に長子アリギバを皇太子とし、同月23日(己酉)に次子パドマギャルポを晋王に封じた。最初に晋王に封ぜられた祖父カマラ以来、晋王にはケルレン川河畔にあるチンギス・カンの四大オルドを統轄する役目があったが、パドマギャルポは年幼いためすぐには封地であるモンゴリアに赴かなかった。泰定四年(1327年)12月7日(辛丑)には右丞相タシュ・テムルと左丞相ダウラト・シャーに対し、本来はパドマギャルポの役目である晋王府内史と四大オルドの事について統領するよう勅令が出された。致和元年(1328年)、イェスン・テムルが亡くなると皇太子アリギバを擁立しようとしたダウラト・シャーらに対してエル・テムルらがトク・テムルを擁立し、内乱状態に陥った(天暦の内乱)。アリギバらは上都に籠城したものの、最終的にはエル・テムルの軍勢に敗れ、投降した。内乱時のパドマギャルポの動向は伝えられていないが、『元史』には天暦元年(1328年)に陥落した上都で殺された事が記録されている。パドマギャルポを最後に元朝時代には正式に「晋王」に任ぜられる者はいなくなったが、「チンギス・カンの四大オルドを統轄する」晋王という称号への畏敬はその後も長く残った。パドマギャルポからおよそ100年後にタイスン・ハーンの弟アクバルジが「ジノン(＝晋王)」と称され、その孫ボルフ・ジノンの孫サイン・アラク・ジノンの時代より、「ジノン」は四大オルドを統轄するオルドス部首長の称号として知られるようになった。