現市庁舎は関内の中心地にあり、横浜公園（横浜スタジアム）と隣接している。また、前述の通り開港100周年を記念して1959年に建設されたものである。横浜市の本庁機能については市庁舎のみならず、関内周辺を中心に所在する16のビルに分散されている。今後の計画として超高層ビル（地上32階、最後部高さ約155m）となる新市庁舎が北仲通南地区（中区本町6丁目）に2020年の春（1月頃）に完成予定で、同年6月には市役所がここに移転するほか前述の本庁機能なども集約される予定である（「北仲通地区#北仲通南地区」も参照）。市役所機能が新庁舎に移転した後は、三井不動産を代表者とし、鹿島建設、京浜急行電鉄、第一生命保険、竹中工務店、DeNA、東急と、星野リゾートの全額出資子会社である関内ホテルマネジメントによる再開発が行われる。現庁舎のうち行政棟3～8階は星野リゾートのレガシーホテルとして活用される。行政棟1・2階と横浜公園側に増築された「みなとテラス」は商業施設となり、有隣堂のライブ書店などが入る。市会棟は解体したのち、尾上町通り側に高さ160m・地上30階の超高層ビルが建設される。15～30階はオフィス、低層階には新産業創造拠点が入るほか、大学も誘致される予定である。根岸線関内駅の駅前広場側にはDeNAの運営によるライブビューイングアリーナが開設される。敷地内の交通結節拠点からは京急・東急・WILLER EXPRESSにより羽田空港・鎌倉・箱根への高速バスが運行されるほか、既存のオープントップバスの乗り入れや低速度の電動乗合自動車であるグリーンスローモビリティーの導入も計画されている。全体の完成は2024年度末を予定している。なお、市役所の建物に対する呼称として横浜市公式ウェブサイトや市営地下鉄の案内放送などでは、「横浜市庁舎」の呼び名が用いられている。また、市役所前のバス停や交差点も横浜市電が運行されていた頃から「市庁前」と呼ばれている。市内の各区役所も、保健所や図書館などを併設して○○区総合庁舎と呼ばれることが多い。
新しい才能を啓発するのが目的で、譜面審査により選ばれた作品を秋吉台国際20世紀音楽セミナー&フェスティバルにて演奏し、秋吉台国際作曲賞受賞者（原則1名）を決定する方式で行われていた。受賞者には翌年の秋吉台のための新作委嘱（委嘱料20万円）と、ダルムシュタット夏季現代音楽講習会への招待の特典があった。1995年から第2位に該当する者に山口県知事賞を授与し、翌年の秋吉台のための新作委嘱（委嘱料10万円）の機会が与えられた。審査は例年、同フェルティバルの音楽監督だった細川俊夫、それに田中照通と野平一郎（以上3人が予選の譜面審査も担当）、その年の海外からの招待作曲家2、3名の5、6名が担当していた。
1999年10月8日、7時25分、和歌山港から徳島港へ向かっていた本船は、和歌山港を出港する際、入港してきた貨物船栄徳丸と港内で衝突した。フェリー桟橋を離桟した本船の右舷船首部に、中ふ頭第1岸壁に着岸するため右転した栄徳丸の船首部が前方から50度の角度で衝突し、本船は右舷船首部の外板に破口を伴う損傷を生じ、栄徳丸は、船首部が圧壊した。事故原因は、栄徳丸が、動静監視不十分で、右転して本船の前路に進出したことで発生したが、本船が港内の状況に合わせた操船をしなかったことも一因とされた。
2008年（平成20年）6月14日に有楽町線新線を延伸して開業した副都心線では、自動列車運転装置（ATO）を使用したワンマン運転を行うとともに、小竹向原 - 渋谷間の各駅にホームドアを採用し、引き続き有楽町線と一体的に運行されることになった。副都心線開業前から本系列とともに運用されている7000系は同線各駅のホームドアに対応するが、本系列は7000系や10000系とはドア位置が異なるため、小竹向原駅のホームドアに対応できないことから副都心線渋谷方面への運用が不可能となった。そのため、2006年（平成18年）9月1日から有楽町線に10000系を投入して2次車の4本を順次東西線へ転籍させ、残存していた5000系を置き換えた。これらの車両の転籍改造工事は座席モケット以外は深川工場の車体更新修繕場で実施された。本系列を有楽町線から東西線へ転用するにあたっては、両線は線路がつながっていないため、日本貨物鉄道（JR貨物）の甲種車両輸送により、同線へ輸送された。最初に綾瀬検車区に回送、綾瀬駅からJR常磐線 - 武蔵野線 - 中央線を経由して中野駅へ輸送された。そして、深川検車区へと回送された。同年11月8日から第03編成が東西線で営業運転を開始し、有楽町線からは2007年（平成19年）3月までに対象編成のすべてが東西線に転籍し、同年6月までに全編成が運用を開始した。一方、1次車2本は引き続き有楽町線での運用が行われたが、2007（平成19）年9月、小竹向原駅の全ホームにホームドアを設置することから、同年10月より運用から外され、転用先が決まらず和光検車区にて事実上の休車扱いとされていた。その後、2009年（平成21年）3月に東西線において快速列車を通勤快速へ格下げする輸送改善を目的としたダイヤ改正を行うことが決定され、その際の運用補填用として1次車2本も同線に転用された。なお、千代田線においてJR列車無線のデジタル化と改正技術基準の対応工事施工のため、同線で一時的に予備車を確保するために第01編成を2008年（平成20年）9月 - 12月の間千代田線に転籍させ、その後東西線へと転籍させた （東京地下鉄の車両では自社の3路線で営業運転をしたことがある初の車両）。2008年6月14日に公式ホームページの有楽町線車両図鑑から07系の記載が削除され、一時的に本系列は営業列車で唯一掲載されていなかったが、2009年7月から東西線の車両図鑑に掲載されている。