翌1777年、バーゴインは、国王ジョージ3世とその政府に、ガイ・カールトン将軍の落ち度を説き付け、その後任としてケベックにいるイギリス軍の指揮官となった。その使命はカナダからアメリカ植民地のシャンプレーン湖とハドソン川流域に侵攻しその支配権を得ることだった。その作戦はほとんどがバーゴインの立案であり、ケベックからシャンプレーン湖を通ってタイコンデロガ砦を占領し、その後にオールバニに侵攻することとしていた。オールバニではニューヨーク市から北上してくるハウ将軍の別働イギリス軍、およびバリー・セントリージャーの指揮でモホーク川渓谷を下ってくる小部隊と落ち合うこととされていた。これが成功すれば、ニューイングランドを南部の植民地と切り離すことができ、反乱を終わらせることが容易になると考えられた。バーゴインは初めから自信過剰だった。率いていくのは圧倒的に優勢な軍隊だと考えており、この作戦はイギリスのために反乱が起きている植民地を救った国民的英雄に自らをなす王道としてみていた。ロンドンを発つ前に1人の友人と、1年以内に勝利の凱旋をすることで10ポンドを賭けてすらいた。イギリス人やアメリカ人の間から、その提案しているルートを使う作戦は1年前の作戦が失敗していたように不可能であるということを示唆する慎重な声が上がっていたが、それを容れることを拒んだ。その作戦の根底にあったのは、バーゴインがケベックから攻撃的に進軍すれば、ハウとクリントン各将軍からのイギリス軍大部隊の動きでその進軍が支援されるという思い込みだった。しかし、本国の担当大臣ジョージ・ジャーメインがロンドンから発した命令ではこの点が不明瞭であり、実際にハウはバーゴインを支援する動きを採らず、クリントンがニューヨークから動いたのはあまりに遅すぎ、またあまりに小部隊だったのでバーゴインを助ける力にはならなかった。この意思疎通を欠いた結果として、バーゴインは単独で作戦を遂行することになった。バーゴインがこの事実に気付いていなかったとしても、まだ成功を確信する根拠があった。ケベックからの軍隊は総勢7,000名を超えており、この軍隊が南に侵攻すれば現地のインディアンやロイヤリストが多数イギリスの旗の下に集まってくるので、その支援に頼ることができるという報告書を信じてもいた。進路の住民が期待したほどイギリス寄りではなかったとしても、シャンプレーン湖とオールバニの間の地域は人口が少なく、そこに大きな敵軍が結集できるなどとは思っても見なかった。緒戦は成功だった。バーゴインは重要な基地であるタイコンデロガ砦を落し（タイコンデロガ砦包囲戦）、この功績で中将に昇進した。その後、エドワード砦を落し、さらにオールバニに向けて前進したが、カナダからの補給が途絶し、最終的にサラトガでホレイショ・ゲイツ指揮する大部隊に取り囲まれた。9月と10月に敵の戦線を突破する試みが行われたが撃退された。1777年10月17日、バーゴインは5,800名の将兵と共に武器を置いて降伏した。これは植民地軍にとってはこれまでに無かった最大の成功となり、アメリカ独立戦争の転換点となった。
陸軍では少将にまで昇進していた。アメリカ独立戦争が始まると、その指揮官を命じられ、レキシントン・コンコードの戦いで戦いの火蓋が切られた数週間後にあたる1775年5月にボストンに到着した。ボストン包囲戦の間は守備隊の一部に参加したが、ウィリアム・ハウとヘンリー・クリントンが指揮したバンカーヒルの戦いには参加しなかった。功名を上げる機会が無いことに憤懣を募らせたバーゴインは、1776年3月にボストンの守備隊が市を明け渡す以前にイングランドに戻った。1776年、バーゴインはセントローレンス川を遡り、大陸軍に包囲されていたケベック市を解放したイギリス援軍の指揮を執った。ガイ・カールトン将軍の下にあった軍隊を率い大陸軍をケベック植民地から追い出すことに成功した。カールトンはその後シャンプレーン湖まで軍隊を進めたが、バーゴインの意見ではカールトンには大胆さが無く、10月にバルカー島の戦いで海戦に勝利した後も、タイコンデロガ砦を占領できなかった。
近代になって自然科学の発展に伴い、社会科学・人文科学の学術系（Academic）の学問が発展するにつれて、学芸諸般を統べるものとして哲学部が他の3学部と比肩されるに至って、近代西欧語でいうところの大学（universitas）は、真理発見の場とされるようになった。以上のような歴史的な経緯を経て初めて哲学部はPh.D.の学位授与の認定権を獲得したのであり、Ph.D.は、現在では、教養部（Faculty arts and sciences）、物理学、天文学などを含む自然科学（natural science）のみならず、社会科学（social science）や人文科学（Humanities）をも含む広範な学位となっている。同様の経緯から、ヨーロッパでは、農学部・工学部など新しい職業分野では長らく学位授与が認められず、日本と違い職業系ではM.Eng（Master of Engineering, 工学修士）のみの場合も多い。これに対し、アメリカではそのような歴史的な区別はなされず、19世紀になってから、ドイツのフンボルト大学を手本に、真理発見に資する学術系の学問であれば広くPh.D.の学位を認めるようになった。現在では、Ph.D.は学術の研究を行う者に与えられており、BA（Bachelor of Arts, 教養学士・文学士〔外国語と哲学を含む〕）、BS（Bachelor of Science, 理学士）、MA（Master of Arts, 文学修士）、M.Sc.（Master of Science, 理学修士）、M.Phil.（Master of Philosophy, 哲学修士）の上位の学位である。そのため、どのような分野の研究にも適応できる学位であるとして「変幻自在な学位」 (the protean Ph.D.) と表現する者もいる。アメリカのニュースクール大学では、2つ目の博士号に対してD.S.Sc.（Doctor of Social Science, 社会科学博士）を授与してきたが、この制度は廃止された。ドクターとマスターの問題は、中世の大学の歴史に由来する。もともと大学はギルドの意味で、徒弟制度の下で親方に個人的に認定される免状をとった者をマスターと呼んでいた。もともとマスター（主にパリ大学での呼び方）とドクター（主にボローニャ大学での呼び方）は同じ意味であったが、やがてマスターはドクター以下のものとなっていき、近代に繋がる、バチェラー／マスター／ドクターの三位階制に発展した。ただし、法務博士 (J.D.) などの職業系の学位は必ずしもこの枠組に当てはまらない。例えばアメリカのM.D. (Doctor of Medicine) や法務博士などの専門職学位はPh.D.とは別の課程であり、学術的には修士相当と見なされている。アメリカの多くのメディカル・スクールでは在籍中に、別に学術系の大学院の課程に在籍して博士号 (Ph.D.) を取得してからM.D.の学位を取得する場合が多い（アメリカの医学教育を参照）。また、イギリスでは外科医（産科、泌尿器科などを含む）に対する正しい敬称はマスターではなくミスターである。これはかつて、外科医は徒弟制度の下で訓練されていたという歴史的経緯の名残である。ドイツではドクターの敬称を付されるのは博士号を保持する医師だけである。