1965年（昭和40年）には、日本人成人男性の喫煙率は82.3%と他国よりも圧倒的に喫煙者が多かったにもかかわらず、2011年（平成23年）現在では老人と呼ばれる人々が長寿でいる。しかも日本は世界一の長寿国であると、2011年（平成23年）5月13日、世界保健機関 (WHO) の「2011年版世界保健統計」で発表している。これを「ジャパニーズ・パラドックス」と呼ぶ。「喫煙が寿命に関わる唯一の要因である」という命題は、「喫煙率が高い」ことと「寿命が短い」こととの間に、必ずしも相関性があるとはいえないことから「偽」であり、パラドックスが生じている。この命題は、世界各国と日本との比較であり、日本人同士では、喫煙する日本人の寿命は喫煙しない日本人の寿命より短い。
大蔵省専売局は明治43年（1910年）9月、「煙草自動発賣機」を小売店に設置した。東京で開始されたたばこ自動販売機は、大正時代に大阪に設置され、昭和に日本全国に設置された。平成8年（1996年）4月、全国たばこ販売協同組合連合会は未成年者喫煙防止のため、屋外設置のたばこ自動販売機に深夜稼動の自主規制を設け、午後11時から午前5時を稼動停止にした。平成13年（2001年）、日本たばこ協会、全国たばこ販売協同組合連合会、日本自動販売機工業会は、未成年者の喫煙防止対策・たばこ購入防止対策としてたばこ販売用に成人識別自動販売機を開発し平成20年（2008年）を目標に日本全国へ導入することを発表した。その計画により平成20年（2008年）3月から成人識別たばこ自動販売機の日本全国への導入が段階的に開始し、たばこ自動販売機による購入にはICカードのtaspoを使用することになり、この当時およそ43万台設置されていた日本全国のたばこ自動販売機は、7月にtaspoによる「ICカード方式成人識別たばこ自動販売機」として日本全国での稼働が開始した。それにともない8月から深夜稼働の自主規制は解除され、解除は販売店の判断による任意での実施となった。
JTによる日本におけるたばこ販売チャネル（販売の経路）の構成は、平成23年（2011年）9月の同社資料によるとコンビニエンスストアが約60%、一般店が約25%、スーパーマーケット・駅売店・その他が約15%である。
明治時代の文献では、明治13年（1880年）創刊の『養生雑誌』（養健舎）がたばこの害を記述し、外国文献の抄訳形式により掲載した。明治14（1881年）出版の『内科要略』は、「慢性尼古質涅中毒」（ニコチン依存症）と慢性動脈内膜炎の関係に言及し、喫煙を粥状動脈硬化の危険因子と見なしていた。喫煙の有害性が一般に認められていた明治時代において、明治22年（1889年）、東京文理科大学初代学長三宅米吉は喫煙と健康について警告した論文「学校生徒ノ喫煙」を書いた。年少者に及んでいた喫煙の問題により明治27年（1894年）、小学校での喫煙禁止の訓令「小学校ニ於ケル体育及衛生」（文部省訓令第6号）が発せされ、明治33年（1900年）、未成年者を全面的に禁煙とした未成年者喫煙禁止法が健全なる青少年の育成のために施行された。未成年者喫煙禁止法の背景には富国強兵策があり、幼年者が喫煙で肺を悪くして徴兵できなくなることが憂慮されていた。明治からの未成年者喫煙禁止法は令和の日本においても改正を経て継続的に実施されている。日本の成人年齢は明治9年（1876年）以来、満20歳である。年齢に言及せず「未成年者」の文言だけであった同法に、「満二十年ニ至ラサル者」の文言が加えられたのは昭和22年（1947年）の改正であった。
日本軍は、第7飛行師団などの陸海軍航空部隊と潜水艦による反撃を行ったが、大きな成果は得られなかった。連合軍の被害は、護衛駆逐艦「シェルトン」が沈んだ程度であった。ハルマヘラ島からは船舶工兵第18連隊の舟艇により、第32師団の逆上陸部隊が「斬込隊」として送られ、連合軍飛行場への妨害活動を行った。まず9月26日夜に歩兵第211連隊と212連隊からの3個中隊が出発し、うち2個中隊が成功した。10月上旬には歩兵第210連隊の主力550名が、大発動艇10隻に分乗して逆上陸を行ったが、2隻は空襲で撃沈された。11月16日には歩兵第211連隊主力の守田義輝連隊長以下500名が、軍旗とともに無事に上陸した。守田大佐は、後続の第10派遣隊の1個大隊（180名）など1500名を11月末までに掌握して戦闘したが、12月中旬に戦死した。そのため、歩兵第210連隊長の大内競大佐が1945年1月10日にモロタイ島へ進出し、新たな現地指揮官となった。航空機による飛行場への妨害攻撃や小規模な逆上陸は、その後のフィリピン各地の戦いの間も続けられた。レイテ島での義号作戦の一環として空挺部隊の降下も検討されたが、実行はされなかった。ハルマヘラ島からの最後の補給舟艇が到着したのは1945年5月下旬、最後の日本軍による空襲が行われたのは1945年6月23日であった。