今までのコックピット視点による対戦方法と大きく異なり、インパクトを直接操作し、フィールドを動き回りながら戦う。インパクトの体力が尽きるとゲームオーバーだが、再開はインパクト戦の最初からで、さらにコンティニューする度にインパクトの初期体力が少し増加する。基本攻撃は従来どおり、近接攻撃のパンチと遠距離攻撃のショットである（攻撃方法は全インパクト共通）。また、パンチゲージ（パンチボタンを押しつづけると蓄積）をためると百列パンチ、ショットゲージ（時間で蓄積）を一定量ためると、ゲージの蓄積量ごとに、敵を追尾するホーミングショット、敵の動きを少しの間止めるビリビリショット、大ダメージを与える大技・んが砲を使用できる。なお、通常のショットは無制限で撃つことができる。
ゴエモンとエビス丸は最初から使用可能で、ストーリーを進めるとサスケとヤエが加入する。操作キャラクターはゲーム中自由に変更することはできず、町に置かれた交代ポイントで行う（一部、キャラクター固定の場面もある）。プレイヤーの体力はゲージ制となっており、敵の攻撃を受けたり、穴や水に落下すると減る。体力がすべてなくなるとゲームオーバー（残機数の概念はない）。コンティニューは何度でも可能だが、再開はステージの最初からか、イベントやボス戦が起こったポイントからとなる。体力は道中に置かれた「銀の招き猫」4つか「金の招き猫」を入手することで、最大値を増やすことが出来る。なお今作は道中の敵にも体力が設定されている（一部例外あり）。攻撃方法も過去のシリーズと大きく異なっており、各キャラクターごとのメイン武器による攻撃と、全員共通の蹴り攻撃の2つを駆使して攻撃していく。小判（所持金）を消費した飛び道具（遠距離攻撃）は使用できない。敵を攻撃する際、タイミングよく攻撃ボタンを押すことで連続で攻撃でき、敵をダウンさせたり、打ち上げたり、遠くに吹っ飛ばしたりすることも可能。また道中に置かれた“巻物”を入手することで、各キャラクターごとに“必殺技”を会得できる。（必殺技は特定のコマンド入力で発動）
本作は『がんばれゴエモン〜ネオ桃山幕府のおどり〜』と同様の俯瞰視点の3Dアクションとなっており、1人プレイ専用である。インパクト戦ではゴエモン以外の3人専用のゴエモンインパクトが用意されている。シリーズでは珍しく台詞がフルボイスとなっている。
逃げから追い込みまで満遍なくこなし、時に追い込み馬で逃げ切り勝利を収め、また逃げ馬で後方からの差し切り勝ちを収めるということもたびたびであった。入着さえおぼつかないと見られていた馬をしばしば勝利に導くなど、どのような着想からその戦法を採ったのか、なぜ福永が乗ると勝てるのか、本人以外には理解できない騎手であったという証言が数々寄せられている。兄弟子の安田伊佐夫は「理由は分からないが、ほかの人間が乗っても全く良いところがなかったような馬でも、洋一が乗ると不思議に走った。こんな馬でも、と思ったのが勝ってしまうんだから」、伊藤雄二は「洋一を乗せると、能力的に足りないと諦めていた馬でも走ってしまった。しかもレースの内容が他の騎手を乗せていたときとは全然違う。それまでは追走に四苦八苦していた馬をスイスイと逃げに導いてしまったり、逆に先行して一息だった馬を思い切った後方待機策から、直線一気を決めてみたり。（中略）指示とは違う競馬をして、しかも結果を出してしまうものだから文句は言えない。どう乗ってくるのか、ゲートが開くまで調教師でさえ想像がつかないんだ」、武邦彦は「言葉では言いにくい何かを持っていた。ともかく、よう勝ったなぁ、ということが思い出されますな……」、的場均は「その騎乗ぶりの素晴らしさは、言葉や理屈で説明できるようなものではなかった。馬に当たりの柔らかい騎乗スタイルだとか、仕掛けの巧さだとか、そういったことはあくまで彼を語るための前提でしかなく、そこから先にこそ、福永さんの凄さがあった」「武君も天才と言われますけど、福永さんとは違いますね。他の人はどう思うか知りませんけど、僕は福永さんの天才には及んでいないと思います。武君は確かに上手いけど、福永さんと比べてはかわいそうかなと思いますね」、田原成貴は「騎乗理論を説明した上で、優れた騎手というのはこうだ、岡部（幸雄）さんや（武）豊はこれがこうできるから優れているんだっていうことは言えるんです。福永さんのことも説明できますよ。でも、説明できないレベルのものを一つ持っていた。説明しろと言われても、説明できないものを……。それがあの人の、凄いところなんです」、「俺は天才なんかじゃない。空を飛べるような人がいたら、そういうのを天才っていうんだよ。でも、福永さんの騎乗には空を飛んでいる瞬間があった。あれほどの人の後釜として見られるのは、やっぱり嬉しかったね」「もし福永さんが今乗っていたら豊にかなわないっていう人がいるかも知れないけど、それは絶対に違う。ひょっとしたら、技術的には豊の方が上かも知れないけど、こと"勝負"ということに関して言えば、ぼくが一緒にレースをした人の中で一番です。いまだかつて福永洋一以上の騎手はいません」と語っている。伊藤は武豊の凄さを、『ペースを体感する能力は世界でも超トップ。精密なスピードメーターを搭載したジョッキーだから、ポジショニングにミスがない。何十年に一人の名手です』と評価しながらも、「日本競馬界最高の騎手は福永洋一」と断言した。的場は洋一以外の日本人騎手に天才は見当たらないとしているが、外国人騎手については考慮の余地を残しており、「天才」を感じた騎手としてランフランコ・デットーリとオリビエ・ペリエを挙げている。伊藤正徳はその騎乗を評して「プロの目から見ても、いったいどう乗るんだろうとわくわくさせるものがありました。ゾクッと来るものがあった。セオリーを無視して乗ったように見えたとしても、彼が乗ればそれがセオリーになるとでもいいますかね。あんな乗り役は二度と現れないでしょうよ」と語っている。