1日1回請けられるクエストで、キャラクターの現在レベル(Lv30以上のミッションは自レベル+3)からレベル-5までの範囲で受諾可能。特定の敵を一定数倒すことでクリアとなる。ダンジョンでもダンジョンクエストと呼ばれるミッションが存在し、高レベルのダンジョンでは2回攻略しないとクリアに必要な数を満たせないのが特徴。なお、ミッションの日付更新のタイミングは午前6時であるため、この時間に近づくにつれ、パーティー募集が減っていく傾向にある。
ストーリー展開に応じてさまざまな任務や依頼をこなしていくクエストで、一部の例外を除いて請けられるのは1回のみ。種族と性別によってメインストーリーは違っていて、他職では発生しないクエストも存在する。要所ではムービーが入る。
クエストには、ストーリーを追っていく形式のストーリークエスト、アニマの感情、生産技能などの習得やガイガス取得が可能になるアニマクエスト、特定の拠点で1日1回請けられるミッション、広範囲の敵を狩るかわりに多大な経験値が得られるユニオンがある。いずれのクエストも同時に受諾可能なのは20までで、クエスト失敗時は放棄すると再び請けられる。
各都市や地域へ瞬時に移動できる、いわゆるワープ装置。利用は無料で、テラシルゲートを通じてアトリウムへの出入も可能。初期村以外の地域への移動は一定のレベルに達していないと利用できない。
セレロステーションと呼ばれる特定の地点間をつなぐ高速移動手段。セレロ搭乗中は敵に感知されず、攻撃も受けないが、途中で降りることもできない（有料アイテムで途中下車可能）。また、セレロステーションには選択可能な移動先が個々に決まっていて、それ以外の行き先は指定できない。利用のためにはあらかじめ現在地と行き先のセレロステーションを現地でクリックし、活性化させておく必要がある。利用の際にはリーフが必要となり、高レベルのフィールドほど高くなる。セレロ利用料無料化、活性化なしで利用可能になる有料サービスもある。
劇中に登場するTCG「マジック&ウィザーズ（デュエルモンスターズ）」を生み出した天才ゲームデザイナーにして、ゲーム企業「インダストリアル・イリュージョン」の名誉会長。企業家であると同時に、一流の決闘者であり、決闘界の頂点に君臨する無敗の王者。千年アイテムの一つ「千年眼（ミレニアム･アイ）」の所持者であり、相手の思考を読み取る力、相手の魂をカードに封印する力などを持ち、この力を用いて反則的な決闘を行っていた。とはいえ千年眼に頼らなくとも十分の実力を持っており、アニメ版では千年眼を失った後も、決闘者としての高い実力を発揮している。後述の闇遊戯との初戦では、サブリミナル効果（アニメ版では千年眼の魔力）も使用した。一人称は「私」だが、アニメでは「ミー」も使用。また少年期は「ボク」。「デース」や「マース」「ネー」といったカタコト口調、ギャグめいた言動など、掴み所のない印象だが、敗北した相手の魂をカードに封印したり、不正行為を働いたキース・ハワードを、顔色一つ変えずに処刑するなど冷徹な一面を覗かせる。初期の単行本15巻の決闘131で闇遊戯が「クリボー」を召喚した際、「アンビリーボォー」と驚いている。海馬瀬人を倒した遊戯に、決闘者の王国の主催者として遊戯のイベント参加を目的に、ビデオテープを通して、闇の決闘を申し込む。闇遊戯を倒した後、双六の魂をビデオテープ（アニメ版では、ペガサス城にあるカード）に封じ込める。一方、海馬不在で経営が悪化した海馬コーポレーションの企業買収を計画しコーポレーションの重役グループ「ビッグ5」と結託。海馬コーポレーションを譲り渡す条件として、経営悪化の原因を作った遊戯を倒すことを提示され、条件を満たした場合は、海馬の永久除名と会社を譲り渡す約束が交わされる。約束を果たすために決闘者の王国を開き、遊戯を招待した。遊戯を倒せば決闘者の王国は実質終了を意味する。用意した莫大な賞金も参加者を呼び込むためのもので、渡すつもりは最初からなかった。この件に関して、闇のプレイヤーキラーいわく「ああ見えてかなりケチな男」とのこと。アニメでは渡すつもりはないというセリフはなく、プレイヤーキラーもペガサスは関与していなかった。海馬との決闘では、千年眼の力と「トゥーン・ワールド」で翻弄して完勝し、海馬の魂を奪うことに成功する。最終決戦でも闇遊戯を圧倒するが、遊戯と闇遊戯の心を入れ替えるマインド･シャッフルによって千年眼の力を攻略され、さらにはトゥーン戦術も弱点を見抜かれ、総崩れとなった。本気を出したペガサスは切り札の「サクリファイス」と、その最終形態である「サウザンド・アイズ・サクリファイス」で闇遊戯を翻弄。主人格の遊戯は闇のゲームに耐え切れず意識を失い、再び千年眼の力をも振るおうとするが、遊戯と仲間たちの心の繋がりによって阻まれ、最後は「マジシャン・オブ・ブラックカオス」の一撃を受けて敗れた。遊戯との決闘後、海馬コーポレーションを手に入れようした理由や過去を遊戯一行に語り始める。生涯を誓い合っていたシンディアが夭折し、数ヶ月に渡って無気力な生活を送っていたが、古代エジプトにおける魂の言い伝えを聞き、シンディアと出会う術があるかも知れないとの一念から、エジプトのクル・エルナ村を訪れ、村の地下神殿で千年アイテムの儀式を見たために拘束され、シャーディーから千年アイテムに選ばれるか否かの闇の試練を受けて、千年眼を得て、一瞬ではあるが、シンディアとの再会を果たす。海馬コーポレーションを手に入れようとしたのもKCのソリッドビジョンシステムでシンディアのカードを立体化させるためであった。闇の試練に関しては、原作ではシャーディーの部下に左目をくり抜かれて千年眼をはめることにもなったが、アニメではシャーディーに千年眼を押し込まれている。また、アニメ版では、遊戯との決闘に敗北した直後、ペガサスは行方をくらまし、その代わり、英語で書かれているペガサスの日記を杏子が翻訳することで、遊戯一行はペガサスの過去を知る展開となった。遊戯らが決闘者の王国を立ち去る頃、闇獏良に暗殺された。文庫版の後書きによればペガサスは死後、正気を取り戻して罪を償い、天国でシンディアと再会したとされる。