ムハンマドがマディーナに帰還した後、マッカで拘禁されていた信徒アブー・バスィールがマディーナに逃亡する事件が起きる。ムハンマドは協定に従ってアブー・バスィールを送り返したが、アブー・バスィールは自分を引き取りに来た使者を殺害した。この時、ムハンマドはアブー・バスィールを責めてこやつの母は呪われよ。ほかに何人か仲間がいれば、戦いに火をつけてしまう — （イブン・イスハーク『預言者ムハンマド伝』3（イブン・ヒシャーム編註, 後藤明、医王秀行、高田康一、高野太輔訳, イスラーム原典叢書, 岩波書店, 2011年7月）、143頁より）と言った。マッカで束縛を受けていたムスリムは先のムハンマドの言葉を聞き、クライシュ族の隊商の通り道に住処を定めたアブー・バスィールの元に集まった。アブー・バスィールたちは近辺を通りかかるクライシュ族を殺害し、隊商の積荷を略奪した。アブー・バスィールたちを扱いかねたマッカは、ムハンマドに彼らの引き取りを要請し、彼らはマディーナに移住した。休戦協定締結直後、ムハンマドはハンダクの戦いで敵対したナディール族の拠点であるハイバルを攻撃した。ハイバル征服の後、ハイバルを初めとするオアシスの多くのユダヤ教徒がムハンマドに降伏する。クライシュ族との同盟が不利だと考えた遊牧民はムハンマドを新たな同盟相手に選び、多くの遊牧民がイスラームに改宗した。また、和議の期間中にはハーリド・イブン・アル＝ワリード、アムル・イブン・アル＝アースらマッカの有力者もイスラームに改宗した。翌629年、ムハンマドは長剣のみを携えた2,000人の男を率いてカアバ神殿を参拝し、町を出た市民は近郊の丘陵で巡礼の様子を見守っていた。マッカの市民の中から、この光景に心を打たれてイスラームに改宗した者も少なからず現れたと言われる。ムハンマドの教友（サハーバ）の中にはこの機会に乗じたマッカの占領を進言する者もいたが、ムハンマドは和約に従って行動するように説いた。ムハンマドが示威行動、戦闘を行わずに巡礼を果たしたことは、イスラーム勢力の伸張を表していた。巡礼後にムハンマドはハーシム家との和解を図って叔父のアッバースの妻の妹と結婚し、マッカの有力者であるアブー・スフヤーンの娘とも結婚して、婚姻関係を構築した。630年、ムハンマドと同盟する遊牧民のフザーア族がマッカと同盟する遊牧民バクル族から攻撃を受ける事件が起き、ムハンマドとマッカの関係は悪化する。アブー・スフヤーンは和議の再締結に奔走したが、合意には至らなかった。フダイビーヤで結ばれた休戦協定は破棄され、ムハンマドはマッカに進軍する。
美術大学を舞台に、いわゆる「青春群像劇」を、ハイテンションなエピソードや静かな感動シーンを通じてとらえていく。恋愛に不器用な大学生達の報われない恋模様や、自分の才能や生き方について迷う若者達の姿を描いている。Chapter.1から14までは『CUTiE Comic』（宝島社）2000年6月号から2001年7月号に掲載され、単行本も1巻が発売されたが、同誌の休刊に伴って連載が一時中断。作者が本作品を『ヤングユー』（集英社）へ持ち込んだことで、2001年11月号より連載が再開されることとなり、Chapter.15以降（Chapter.56まで）は同誌に掲載された。前誌がファッション系で専門学校生、大学生向けの「おしゃれな学園コメディ」という路線から、大人の女性向けへ恋愛要素を多めの方向に変更された。その後、『ヤングユー』も2005年11月号をもって休刊したため、Chapter.57からは掲載誌が『コーラス』（集英社）に変わったが、2006年7月28日発売号に掲載のChapter.64をもって最終回を迎えた。コミックスは全10巻（集英社）、ファンブック1巻。宝島社版の1巻刊行版から修正が加えられている。スピンオフ作品を発表する事が掲示され、『コーラス』2007年1月号と2008年3月号に読み切りが掲載されている。本作は、過去に友達のいなかった作者の「こうだったらよかった」という妄想から生まれたという。最終回については様々な意見と反響があったが、この後の萩尾望都『ゴールデンライラック』のような展開を意識したと発言している。また、それぞれの片思いの恋愛を描く一方で、美術というモンスターに取りつかれたはぐみをめぐる物語がもう一つの軸としてある、とも指摘されている。スピンオフとして、次作の『3月のライオン』コミック14巻で『ハチミツとクローバー』の「藤原デザイン事務所」の面々が登場し、『ハチミツとクローバー』のその後に触れ、主人公の零が部長を務める駒橋高校将棋部（部員は校長、教頭ら教師陣）と職域団体対抗将棋大会で対局する。2003年に、第27回講談社漫画賞少女部門を受賞。宝島社の「このマンガがすごい!」オンナ編の2006年版と2007年版において、2年連続1位を獲得した。公称発行部数は最終巻時点で800万部。テレビアニメが2005年4月から9月までフジテレビ系列の「ノイタミナ」枠で、2006年6月からは第2期として『ハチミツとクローバーII』が同枠で放送された。実写映画『ハチミツとクローバー』が2006年7月22日より劇場公開、2008年1月8日からはフジテレビ系列で連続テレビドラマ化されたが、視聴率は低迷した。2008年には台湾でも『蜂蜜幸運草』のタイトルでテレビドラマ化され、主に日本の香川県でのロケが行なわれた。タイトルの「ハチミツ」はスピッツの同名アルバム『ハチミツ』から、「クローバー」はスガシカオの同名アルバム『Clover(クローバー)』から採った物で、作者がタイトルを決める際に『ハチミツ』と『クローバー』と言う2枚のアルバムが並べてあったのを見たと言うのが所以である。その為アニメの挿入歌にはスピッツとスガシカオの楽曲が多く採用された。2008年版ドラマではこの2組の楽曲は全く使用されておらず、主題歌もそれまで作品に関わっていない平井堅が担当した。舞台となっている浜田山美術大学のモデルは武蔵野美術大学で、建物の描写がリアルに再現されている。アニメ版でも同様に、スタッフロールには協力として同大学の名が記載されている。浜田山美術大学の住所は、原作者のオフィス所在地である杉並区とされており、漫画内の地名や描写などからも推定ができる。