やぐらの最盛期には将軍や執権・連署クラスなどの墳墓は鎌倉の市街地ではなく、山を越えた外に営まれる。庶民には墳墓の供養という意識はない。するとその中間の階層がやぐらに関係してくる。執権・連署級以外の有力御家人の埋葬は『吾妻鏡』に1215年（健保3年）の佐藤朝光のことが記されている。前日の地震のときに死んだ伊賀前司佐藤朝光を二階堂行政の後山に葬ると。二階堂行政の二階堂とは永福寺から来ており現在も二階堂という地名が残る。その後山がどちら側の山かは不明ながら、覚園寺方向であれば天園ハイキングコース側の尾根に有名な百八やぐら群がある。しかし百八やぐら群がその当時からあったとは云えず、『吾妻鏡』から読み取れるのは山に葬られたということだけである。ほかに鎌倉時代初期の葬送の例では頼朝の娘乙姫のことが『吾妻鏡』にある。乙姫は乳母夫であった中原親能は乙姫の死んだことで出家し、その夜に屋敷内の持仏堂（亀谷堂）の傍らに埋葬している。葬式のようなことは行われていない。『吾妻鏡』には「親能亀谷堂」「故親能入道亀谷堂」と書かれているが、同様の墓堂は京の葬地であった鳥辺野にも見える。1112年（天永3年）の鳥辺野の入口に位置する寺の記録では「左衛門入道堂」「伴入道堂」など人名を付けた堂が境内に48も記録されている。鎌倉時代には陸奥や九州でも武士が墓堂を建てている。鎌倉は市街地での埋葬が禁止されたので墓は山中のやぐらになったと良く云われるが、鎌倉時代中期以降でも上流階級はかならずやぐらを墳墓としたとは云えない。1980年に海蔵寺の墓地裏山が土砂崩れをおこし、その崩落ちた土の中から16点の火葬骨の蔵骨器が発見された。崩落ちたのは土だけでありやぐらにあったのではない。瀬戸の四耳壺、水注、常滑壺などで13～14世紀のものである。火葬されるのは上流階級であって庶民ではない。当時の鎌倉は人口が膨れあがり、薪も鎌倉外から購入している。衣張山の釈迦堂側から骨が入った青磁の鉢3口が出土したがこれもやぐらからではない。これらの青磁鉢は作調からみて中国浙江省龍泉窯製の輸入磁器であり、庶民のものではありえず、上流階級でもかなり上の方ということになる。つまり上流階級の納骨はやぐらだけとは限らなかった。
その次ぎの代、北条泰時は『吾妻鏡』に「故前の武州禅室（泰時）周関の御仏事、山内粟船御堂に於いてこれを修せらる」とあり、鎌倉の外、当時山内の常楽寺である。その次ぎの執権北条経時の墓所は当初佐々目谷にあった浄土宗の光明寺であり、正嘉2年（1258年）に弟時頼が佐々目谷の塔婆を供養したとある。その北条時頼は祖父の泰時同様に鎌倉の外、山内の最明寺（現明月院）。その子北条時宗から三代は円覚寺である。得宗家以外の執権・連署クラスも鎌倉の外の金沢（当時の読みは「かねさわ」）、極楽寺、常磐に別業（私邸）を持ち、多くはその屋敷地内の持仏堂を寺として葬られている。また各寺院の長老の墓もやぐらではなく五輪塔とか開山堂などである。
この奏状の影響もあって、承元の法難（建永の法難）と称される法然師弟に対する弾圧がなされた。奏状の出された元久2年（1205年）の12月19日、頃年（このごろ）法然上人あまねく念仏をすすむ、道俗多く教化におもむく、而るに今彼の門弟の中に咎執の輩、名を専修にかるを以て咎を破戒にかへりみず、是偏に門弟の浅智により起こりて、かへりて源空が本懐に背く、偏執を禁遏の制に守るといふとも刑罰を誘論の輩に加ふるなかれ。という宣旨が下された。悪いのは「門弟の浅智」であるとして、法然（源空）ら専修念仏を誘論した人びとを擁護する内容であった。これに対し、興福寺の衆徒らはいっそう激怒し、建永元年（1206年）、法本房行空と安楽房遵西の流罪を訴えた。同年2月、院宣が出されてこの両者の配流が決まったが、衆徒らはこの処分を不服とし、彼らの意を受けた興福寺の五師三綱らが摂政九条良経らと対して法然らの処罰を要請した（興福寺奏状の副状は本来はこの時の奏状であったとする）。承元の法難の直接のきっかけは、同じ年に起こった後鳥羽上皇の熊野詣の留守中に院の女房たちが法然門下で唱導を能くする遵西・住蓮のひらいた東山鹿ヶ谷草庵（京都市左京区）での念仏法会に参加し、さらに出家して尼僧となったという事件であった。この事件に関連して、女房たちは遵西・住蓮と密通したという噂が流れ、それが上皇の大きな怒りを買ったのである。年明けて建永2年（1207年）に入るや、法然門下の僧侶は次々に逮捕され、峻厳な取り調べがなされて、拷問もおこなわれた。風紀をみだす専修念仏の徒とみなされた遵西は京六条河原で斬首され、住蓮も近江国で死罪に処された。他に法然門下2名（西意善綽房・性願房）が極刑に処された。法然の教団が民衆のあいだから起こって上下なく広がり、さらに全国的な展開を見せはじめたことについて、既成教団も為政者たる治天の君後鳥羽上皇も危惧の念をいだいたのである。法然自身も責任を問われ、念仏は禁断され、法然および親鸞ら中心的な門弟7人は僧籍剥奪のうえ流罪に処された。法然は土佐国（のち讃岐国）に、親鸞は越後国に配流され、2人はふたたび現世で相まみえることはなかった。法然はのちに帰洛をゆるされ吉水にもどり、その翌年の建暦2年（1212年）に東山大谷（京都市東山区）で入寂した。同年、華厳宗の高僧として著名であった高山寺の明恵上人高弁は、法然批判であり『選択本願念仏集』批判の書である『摧邪輪』（正しくは『於一向専修宗選択集中摧邪輪』）を著している。