宗教法人「イエス之御霊教会教団」に属している教会と、教理を同じくしながらも種々の理由から（特に教会政治的理由から）教団側と対立し、教団を離脱した単立の教会もあるがそのほとんどが離脱後も名称を変更する事なく「イエス之御霊教会」を名乗っているので両者を見分ける為には牧師への確認が必要である。教団を離脱し単立の教会となった者の中には山陽イエス之御霊教会、上尾イエス之御霊教会、伊豆イエス之御霊教会、西日本イエス之御霊教会、若松イエス之御霊教会などがある。
カトリック教会の監督制に類似する監督政治を教団全体として保っている一方で、教団を構成している各教会は牧師一任主義として牧師が全権を所有しており、教団監督であっても各教会の牧会には干渉出来ないとする。このため牧会に関するある一教会の方針が教団の方針とは必ずしも関係が無く、むしろ各牧師の違いによる教会ごとの個性が多様化しやすい傾向にあり教団の全体像が一般人には情報として把握しづらくなっている。つまりそこで行われている事が単なる一教会だけの方針に過ぎない場合が多くそれによって教団全体が誤解を受け易い面があり、各教会が牧会上独立しているこのシステムの特徴とも言える。またそれが理由で教団を離脱した教会もある。財政面では教団からの給与は一切無く、また各教会は他に財政的援助を乞ない原則の下でそれぞれが自立して独立運営されている。
キリスト教福音派の牧師尾形守による著書『異端見分けハンドブック』では異端とキリスト教の根本的な違いは「霊の違い」であるとし、異端は聖霊ではなく、悪霊による惑わしの教えであるとする。その聖句として、第一ヨハネ4:1-3、黙示録16:13、第一テモテ4:1をあげている。p. 12でイエス之御霊教会を「異端」と明記し、p. 154-160では教理的問題点として「三位一体を否定する」「信仰のみの救いの否定」「死者のための身代わり洗礼を行う」を挙げている。
カトリックの教えの中には偶像教（古代バビロニアの宗教）から取り入れたものもありその部分に対しては淫婦的行為で呪われるべきだと譴責し、プロテスタントは聖書を広く普及した功績があるとしながらも精神性を重んじるあまり肝心な霊性を失い生温くなり吐き出される教会にあると警告しているが、同時に同じくキリストを信じる彼らの為に祈る様教えている。キリスト教の他の教派や他宗教に対し排他的だとの評価もあるが、牧師と信徒では大分異なり信徒レベルではむしろ寛容とも思える程抵抗なく他教派や他宗教の人々と交流をしている。牧師は先の神観を一様に固く守ってはいるが他教派との交流を閉ざしている訳ではなく、対応は個人によってまちまちである。
また、ユダヤ教と同じく週の7番目の日として土曜日を安息日とし、この日に正式な礼拝を行う。土曜日は参加できない信者も多いため、日曜日も「聖会」と称しほぼ同様の形式での礼拝が行われている。ユダヤ教の土曜安息日との大きな違いは、ユダヤ教の場合戒律として厳格に礼拝を守っているのに対し、この教会は神の恩寵として神の恵みに与るべく礼拝を行っている。つまりユダヤ教では礼拝を欠けば罪を犯すことになるが、この教会ではそうではなくただ神の恵みを受けたいが為に礼拝を行うと説く。よって礼拝への参加は信徒各自の自由意志による。
アラバマ大学評議員会対ガーレット事件（2001年）およびキメル対フロリダ評議員会事件（2000年）に対する最高裁判決は、州が高齢者や障害者に対する差別について合理的根拠の照査を行うことを認めた。このような種類の差別は合法の州の利益に合理的に関連しており、細かい正確さは必要ないという判断であった。アメリカ合衆国対モリソン事件（2000年)に対する最高裁判決は、強姦被害者が襲撃者を連邦裁判所に告訴する可能性を制限した。最高裁首席判事ウィリアム・レンキストは、法の強制という面で「州は歴史的に主権者であった」と説明した。裁判所意見では商業条項や憲法修正第14条の狭い解釈を要求した。上記キメル、ガーレットおよびモリソンの事件は、合衆国議会の州に対する権力に関する力と限界という立場に立った裁判所の以前の判断が、一度ならず気まぐれであったことを示した。以前の判断とはアメリカ合衆国対ロペス事件（1995年）、セミノール族対フロリダ州事件（1996年）およびボーン市対フローレス事件（1997年）である。議会は過去に1964年の公民権法を含む公民権法案を通す時に商業条項や平等権保護条項に頼っていた。ロペスの事件では、商業条項は州間商業交易に直接影響する事項に限定した。これは銃砲管理法や差別犯罪、および商業には影響するが直接商業には関係しない犯罪を除外した。セミノール事件は、「州の主権者免責」原理を補強し、公民権侵犯を含む多くの事項で州を告訴することが難しくなった。フローレス事件では、「合同と比例」の要求で、議会が州に平等権保護条項を守らせる時に行き過ぎないようにし、カッツェンバッハ対モーガン事件（1966年）の歯止め理論に置き換わるものであった。歯止め理論とは議会が裁判所で御貯められた公民権を徐々に上げていくことはできるが、法的に認められた権利を徐々に減らすことはできないというものであった。モリソン事件の重要な判例はアメリカ合衆国対ハリス事件（1883年）であり、監獄内リンチには平等権保護条項が適用されないとした。その理由は州の行動原則は州の行動にのみ平等権保護条項を適用し、個人の犯罪には適用されないということであった。歯止め理論がフローレス事件で「合同と比例」に置き換えられたので、議会が裁判所判断を越えて行き過ぎないようにするために過去の判例を持ち出すことが容易になった。最高裁判事のスティーブンスのような批判者は裁判所の司法積極主義（法を望ましい結論に至るように解釈すること）を非難している。レンキスト法廷における連邦政府権力に対抗する傾向はゴンザレス対ライチ事件では止まった。司法判断は、たとえ州が許可していたとしても連邦政府が大麻の医療利用を禁止する権力を支持した。レンキスト自身はライチ事件に反対する者であった。