西方教会諸派が戦後に日本で教勢を回復する一方で、日本正教会は戦後を迎えてもなお安定することはなかった。第二次世界大戦も他教派と同様に正教会にとり苦悩の原因であったが、それ以上の長期に亘る苦悩の原因としてソビエト連邦の存在があったためである。共産主義諸国で弾圧を受けており、経済的・人的援助はロシア正教会から行われなかったにも拘わらず、正教会は「アカ」のレッテルを貼られて各地で教勢を衰退させた。また、日本正教会内部も、ソビエト連邦による弾圧・監視下にあるモスクワ総主教庁の意思の真正性に対する疑問から、母教会たるロシア正教会との関係をどのような形にするのかについてロシア革命直後から戦後しばらくまで様々な立場に割れた状態が続いており、これも教勢衰退の原因となった。1970年になってモスクワ総主教庁とアメリカ正教会と日本正教会の合意が成立し、日本正教会はロシア正教会を母教会とする自治教会の祝福を得ることで、ようやく教会組織の安定を得た。2000年5月には史上初めてモスクワ総主教アレクシイ2世が日本を訪問した（逆に言えば日本正教会はロシア正教会の子教会であるにも拘わらず、モスクワ総主教が訪日したことが歴史上実に一度も無かったことを意味する）。来日時、アレクシイ2世は日本正教会の首座主教の着座式を執り行うとともに、天皇とも会見している。また、着座式にはアメリカ正教会からも首座主教の出席があった。混乱の時代を経ながらも、日本正教会は明治時代の日本語訳による奉神礼を守り続けて今日に至っている。
1956年2月にビリー・グラハムが来日し、日本における最初のビリー・グラハム伝道大会が開かれた。1959年は、プロテスタント宣教百周年記念行事が、エキュメニカル派と福音派で別々に開かれた。エキュメニカル派では日本キリスト教協議会、日本基督教団を中心として開催された。その後1970年の大阪万博では、カトリック教会とエキュメニカル派のプロテスタントとの共同によるキリスト教館の出展があった。この頃から日本基督教団では、教会派と社会派が対立し、教団紛争と呼ばれる紛争状態に入った。一方、福音派（聖書信仰派）は、イムマヌエル綜合伝道団の蔦田二雄、ホーリネスの車田秋次、日本キリスト改革派教会のマキルエン、常葉隆興、岡田稔、聖書キリスト教会の尾山令仁らを指導者として、1959年に日本宣教百年記念聖書信仰運動を展開し、翌年日本プロテスタント聖書信仰同盟の発足を見た。この働きが新改訳聖書（新約1965年、旧約1970年）の出版と日本福音同盟の成立（1968年）につながった。エキュメニカル派は世界教会協議会 (WCC) と交わりを持ち、福音派は世界福音同盟、ローザンヌ運動と交わりを持っている。1974年に日本で最初の日本伝道会議が開催され、イギリスのジョン・ストットが招かれた。70年代は福音派の協力関係が結ばれ、聖書信仰の教会が教勢を伸ばした時代であり、「はばたく日本の福音派」と呼ばれている。1999年10月末に、京都市の国立京都国際会館で「世界宣教会議」が開催され、奥山実牧師が委員長を務めた。この「世界宣教会議」は、『キリスト教年鑑』2001年版によって「日本キリスト教史上最大規模の『世界宣教会議』」と呼ばれている。
嘉吉元年、将軍家の戦勝ちの祝いのための宴が屋敷で続けている途中、振る舞いをしている男らの中で日野資親（大湖せしる）を見つけた三条実雅（水純花音）は蜷川新右衛門（飛鳥裕）に命じて宴をとめる。「屋敷に二度と足を踏んではならない」と命じられた資親を責める実雅に資親は「帝からの許可を受けた」とするが、義教は資親にさっさと去ることを命じる。将軍に向かう資親の顔に浮かんでる怒りを気づいた浜松中納言（朝海ひかる）は、「今宵の宴は神仏に捧げる物」と言いながらその状況をどうか落ち着かせる。その中納言が気に入った義教は、資親の代わりに誰が振る舞いを続けるかを問う。義でも弟である中納言の姿を見た式部卿宮（貴城けい）は自ら資親の代わりで振る舞いをつづくことにする。その宮に義教は「そなたにも弟をかばう慈しみがあったな」とあざ笑う。宴の後、日野と赤松は将軍家向けの寝た刃を合わす。一方、初めて宴に現れた中納言を見た義教は彼の美貌と聡明さに感嘆し兄の式部卿宮に「掌中の珠を隠していたな」と言う。翌日、嵐山に遊びに来た中納言と衛門督、そして姫達と宰相の君。大君は幼かったころ中納言と交わした約束を覚えながら中納言がよく語ってくれた嵐山の景色に感嘆する。中納言の母を訪ねた後、みなの前に現れた式部卿宮と小次郎信光（麻愛めぐる）は将軍家の命で今赤松の別邸に行くつもりと言う。なんか不思議さを感じた中納言は宮に戻るまで待つというが宮は｢すべては将軍家の好きなまま」と言いながら嵐山を去る。残された中納言と姫達は嵐山にある｢野山にさく菊の花」を見に行く。赤松家に到着した宮はそこで日野重子と見合す。宮は重子の態度からなんか不思議さを感じて何を望んでるか聞く。そこに日野家の宗子と資親、そして赤松家の若である赤松教康とその下手人の石見が現れる。日野家と赤松家は宮にご寵愛を受けている式部卿宮の言葉なら将軍家は全部聴くから、将軍家を倒すための計画を言いながら手を結ぼうとする。宮はその計画に加担することとする。