情報機関には「コリント」と呼ばれる手法があり、自らの弱い部分では互いに情報交換を行うことで情報を集める。公安調査庁は30以上の機関とコリントを行っており、主に北朝鮮、中国情報と引き換えに海外情勢やテロ組織の情報を得ているという。人員交流も行われており、CIAに職員を派遣し、情報分析研修を行っているとされる。また、台湾情報機関から研修生を受け入れているほか、ドイツ、イスラエルに留学生を派遣して現地機関と交流を行っているという。
守備範囲の重なる公安警察との違いは、前述のとおり、公安調査庁の調査活動には逮捕、家宅捜索等の司法警察権が与えられていない点である。ただし、団体規制法第七条に基づく公安調査官による対象団体への立入や検査について拒み、妨げ、又は忌避した者に対して、1年以下の懲役刑又は50万円以下の罰金刑が同法第39条に規定されており、公安調査庁の団体規制権能には一定の強制力も付与されている。また、公安調査庁では創設時に公職追放権や緊急逮捕権を行使する事が想定されていたほか、1979年頃の政治的暴力行為防止法案に緊急拘束権が盛り込まれたり、2004年頃から警察庁、防衛庁（当時）、法務省などの担当者によるプロジェクトチームで研究が行われているテロ対策基本法案（反テロ法案）では、治安当局がテロ組織やテロリストと認定した場合に一定期間の拘束や、国外への強制退去、家宅捜索・通信傍受などの強制捜査権の付与が検討されている。テロ対策基本法案は日本国憲法第33条に抵触する可能性から未だに研究段階であるが、政府は準備を進めておくとしている。
破壊活動防止法第四条には、有線通信または無線通信による破壊活動も規定されている。今は行われていないとされるが、公安調査庁もかつてはシギントを行っていたとされる。1952年（昭和27年）に東京都練馬区に「寺田技術研究所」という長官直属の機関を作り、主にソ連の無線を傍受していた。職員は主に陸軍の暗号関係者で、暗号解読も行っていたとされる。1959年（昭和34年）には「極東通信社」と改称し、中国と北朝鮮も対象にした。その後、予算の関係で1976年（昭和51年）に解散された。業務は自衛隊に引継がれたという。この活動で公安調査庁は380万件以上の通信を傍受し、その結果31種類の暗号が解読され370件の情報が得られたという。
情報収集の手法として、監視・尾行のほか、対象団体の関係者を協力者（エージェント）として勧誘し、内部の情報を探るという手法（ヒューミント）をとり、シギント（コミント（通信傍受・暗号解読）、エリント）などの技術的手段は情報収集の直接の手法とはしていないとされる。職員は、その特殊性から、所属・職名（場合によっては氏名）を偽って活動することが多い。（「公安調査官」を参照）1999年（平成11年）12月、元日本経済新聞記者杉嶋岑が北朝鮮当局に2年2か月間にわたり拘束される事件が発生。杉嶋は帰国後、以前から公安調査庁に依頼されて北朝鮮の情報を提供していたこと、その件が北朝鮮側に漏洩していたためにスパイ容疑で取り調べを受けたことなどを明らかにしている。（「日経新聞記者北朝鮮拘束事件」を参照）
369年7月、東晋の大司馬桓温が前燕討伐（第三次北伐）に乗り出して枋頭まで進出すると、前燕皇帝慕容暐は散騎侍郎楽嵩を使者として前秦へ派遣し、虎牢以西の地を割譲する事を条件に援軍を要請した。苻堅は群臣を集めてこの件に協議すると、百官はみな「かつて桓温が我らを伐って灞上に至った時（354年に桓温は北伐を敢行し、前秦へ侵攻した）、燕は救援には来ませんでした。今、桓温は燕を討っておりますが、これに救援を出す義理はありますまい。燕は我らに称藩しているわけでもないのに、どうして助ける必要がありましょうか！」と反対したが、王猛は密かに苻堅へ「燕は強大といえども、慕容評では桓温の敵にはなりえません。もし、桓温が山東を押さえて洛邑まで進軍してしまえば、幽州・冀州の軍を併呑し、并州・豫州の粟を収奪し、崤澠の地まで兵を送り込むことでしょう。そうなってしまえば、陛下の大事も去ってしまいますぞ。今はひとまず燕と共に桓温を撃つのです。桓温が退けば、燕はまた腐敗するでしょう。その時を見計らい、我等は燕を征伐すべきです」と勧めると、苻堅はこれに同意した。8月、苻堅は散騎侍郎姜撫を前燕へ派遣して要請に応じる旨を伝え、将軍苟池・洛州刺史鄧羌に歩騎2万を与えて洛陽から潁川へ進ませた。また、王猛を尚書令に任じた。9月、桓温は兵糧が不足しているのに加え、前秦から援軍が到来しているとの報を受けたので、輜重や武具を放棄して陸路で退却を始めた。苟池は焦に進んで桓温軍を攻撃すると、1万の兵を討ち取った。その後、軍を帰還させた。これ以降、前燕と前秦は修好を結ぶようになり、たびたび使者が往来するようになった。10月、前燕の散騎侍郎郝晷・給事黄門侍郎梁琛が相次いで前秦へ使者として到来し、前秦もまた黄門郎石越を使者として前燕へ派遣した。郝晷は前燕の朝政が乱れており反対に前秦が良く治まっていたので、寝返りを目論んで前燕の国家機密を多く漏らしたという。