フェンダー・ジャパンが解散後、代理店であり株主でもあった神田商会が新たなビジネスとして1997年中にフェンダーから商標のコピーライセンスの使用許諾を得て、『フェンダー・ジャパン』を自社のプライベートブランドとして再興させた。開業当初は東海楽器製造や寺田楽器、アトランシアなどの外注で木工などの製造を行い、当時自社ブランドなどの楽器組み立て工場として持っていた子会社のダイナ楽器で組み込みをし販売をするというスタイルであった。その後、2007年にダイナ楽器が設備投資を行い木材加工も可能にし、自社生産のものを『Made in Japan』と刻印するようになった。2008年には完全に自社グループ内で製造するようになった。両者を見分けるポイントはシリアルナンバーであり、フェンダー子会社時代のフジゲン製造のものは「MADE IN JAPAN」、神田商会ブランド以降は木材加工などの製造が外注で組み込みがダイナ楽器のものは「CRAFTED IN JAPAN」、完全にダイナ楽器が製造しているものは「MADE IN JAPAN」表示となっている。アメリカの本家フェンダーには存在しないオリジナルモデルや生産が終了したモデル、マーカス・ミラー、リッチー・コッツェン、イングヴェイ・マルムスティーンなどのアーティストモデル、ムスタング、スティールギター等のマニアックな復刻モデルの発売など、日本独自やニッチな市場にも向けた商品展開が特徴のひとつである。2015年3月20日、同年4月にフェンダーが日本支社のフェンダーミュージック株式会社を立ち上げに伴い、神田商会とのライセンス契約を3月31日をもって終了し、同時に「Fender Japan」ブランドの終了が発表された。
1970年代以降、日本の楽器市場でフェンダーギターの海賊版が出回り始めた。フェンダー社はその主な製造先であった東海楽器製造に対して訴訟を起こし販売停止に追い込むなどの対抗手段が取られたが、価格の面で海賊版を完全に駆逐することができなかった。そのため、最終手段として自身も日本に製造拠点をおいて低価格なギターを販売することにし、1982年に当時の国内代理店であり筆頭株主でもあった神田商会の仲介の元、アイバニーズやグレコなどの下請け製造をしていた富士弦楽器製造（現フジゲン）とフェンダーの共同子会社のフェンダー・ジャパン株式会社を設立した。この時、当時の筆頭株主であった山野楽器と神田商会も共に共同出資を行い、ホテル・グランドパレスにて設立発表も行われた。設立後は、富士弦楽器製造が製造担当となり国内向けの廉価版シリーズをスクワイア（組み立てはダイナ楽器）、ワンランク上の製品をフェンダー・ジャパンとして販売開始された。設立当初のフェンダー社の計画は、日本国内のコピー品の駆逐とスクワイア・ブランドの廉価品のアメリカ国内及び海外販売を目的としたものだった。しかし、1985年にCBSがフェンダー社を売却し、当時社長であったビル・シュルツが経営権を買収したが工場は含まれなかった為製造拠点を失っている。その為、新工場が設立されるまでの間、日本のフジゲンが製造した製品がフェンダー製品として世界中で販売された。海外向けのスクワイア（1983年 -1987年）および、Fender USA Vintage re-issue series（1987年まで）の製造は、フジゲンによるものである。バブル崩壊後、フェンダーメキシコなどの設備投資で大きな負債を抱えていたフジゲンが1997年にフェンダーメキシコ社と共にフェンダー・ジャパン社を売却。完全子会社化したフェンダーはフェンダーメキシコ社のみを残し、フェンダージャパンはスクワイアへと統合され幕を閉じられた。
本社はアメリカ合衆国アリゾナ州スコッツデールにあり、製造拠点としてカリフォルニア州のコロナ工場、メキシコのエンセナーダ工場を持つ。カスタムショップの所在地や上位機種の製造はコロナ工場で行っている。またその他、スクワイアやアーティストシグニチャーといった廉価版楽器の製造下請け会社としてサミックやサンハン、コルト、ダイナ楽器などが請け負っている。旧社名はFender Electric Instrument Manufacturing Company。エレクトリックギター、エレクトリックベース、ギターアンプの製造販売を行う会社としては同じくアメリカ合衆国のギブソン社などと並んで世界でも屈指の企業として認識されている。また、ソリッドボディのエレクトリックギターを世界で初めて量産したことでも知られる。なおフェンダー・アンプに関しては独立して別稿を設けているため、そちらを参照。
ブルー・リッジは、フィラデルフィア海軍造船所で1970年11月14日に就役した。海軍の指揮統制機能を持つ同艦は、200名を超える士官および1,200名以上の兵員が生活でき、小さな町と同等の機能を有する。1971年2月11日、艦長、ケント・J・カーロール大佐の指揮下、ブルー・リッジは処女航海に出航、マゼラン海峡を経由して母港のカリフォルニア州サンディエゴに向かった。1971年-1979年までブルー・リッジはサンディエゴを母港とし、第7艦隊の揚陸部隊旗艦として西太平洋に展開した。ベトナム戦争中の1972年6月28日には、グエン・バン・チュー南ベトナム大統領がアメリカ海軍将官との会議のため乗艦した。7月18日にはタイガー島での活動に対して戦闘行動章が与えられた。また、8月9日にはベトナムでの作戦活動に対して戦闘効率章が与えられた。1973年にも北ベトナム海域での支援活動に対してベトナム戦役メダルが与えられた。1975年4月のサイゴン撤退では多くの功績を挙げ、グエン・カオ・キ元南ベトナム副大統領の脱出にも貢献し、優秀部隊勲功章および海軍部隊勲功章を受章した。1979年10月以来、ブルー・リッジは第7艦隊旗艦として神奈川県の横須賀港を母港としている。ブルー・リッジは毎年、西太平洋およびインド洋での訓練演習に参加している。同艦は湾岸戦争時、砂漠の盾作戦および砂漠の嵐作戦に旗艦として9ヶ月半参加した。ブルー・リッジは、しばしば日本、香港、シンガポール、インドネシア、マレーシア、タイおよびオーストラリアを含む西太平洋およびインド洋の港を訪問している。1989年と2004年には中国の上海を訪れた。また、1996年と2003年・2006年にはロシアのウラジオストクを訪問している。2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震に際しては、寄航中のシンガポールから補給物資を積み込み、日本に向けて急遽輸送任務に就いた。