シナリオの再構成を行い、主人公シオンのストーリーを中心に一本化された。他のキャラのエピソードはサイドストーリーとしてテキストで常時読むことが出来る。EPIの小惑星プロレマとU-TIC戦艦、EPIIの14年前の回想など、PS2版ではシオン以外の視点でプレイしたシーンはサイドストーリーにまとめられた。なお、EPI・1章 - 10章、EPII・11章 - 20章。エピソードIIでは主人公であるシオンではなくJr.の視点となったが、今作はI、II共にシオン視点で一貫している。シナリオを担当した竹田裕一郎と原案の高橋哲哉の間で何度も論議を繰り返し、再構成された。特にエピソードIIに関しては高橋の原案（PS2版の元となったストーリー）を尊重し、大きく再構成されている（「ベタに移植するとIとIIで6 - 7:3になってバランスが悪くなるから」とインタビューでは語られ、高橋本人も「分けたことで生まれたシナリオ面の齟齬があった」としている）そのため、本編では語られなかった部分も多く補完し、PS2版と大きく異なる内容となっている。高橋自身がシナリオを書いていたエピソードIの部分は物語の根幹であるため、IIほど大きくは手を加えられていないが、シオンがキルシュヴァッサーと交流を持つ、ジギーとモモがシオン達よりも先にエルザに乗り込んでいる、ネピリムの歌声と天の車が最初から合体した状態で登場する、などの変更点がある（元々ネピリムの歌声と天の車は一つの装置なのだが、PS2版ではゲーム性と演出を重視して分けていた）。このような理由によりPS2版に比べてEPIのストーリーは短く、EPIIは長くなっている。
1999年11月、当時国家試験委員だった日本歯科大学教授らが、奥羽大学歯学部教授の頼みで試験問題を漏洩した。2000年2月、歯学部教授は漏洩した問題を同大歯学部の卒業試験問題に出題し、翌月に国家試験を控えた学生約100人に問題を解かせたうえ、解説した。同年3月の国家試験直前に在学生からの内部告発があり事件が発覚し、事件に関与した教授らは逮捕・起訴される事態となった。なお、国家試験は当初予定していた問題とは差し替えられて実施された。この事件は私立歯科大学の廃止まで議論される大きな問題となったが、現在は過去の事件を繰り返さないためにいくつかの施策を講じ、歯学教育の信頼回復に努めている。また、2005年3月に国の認めた第三者機関による評価が大学に義務付けられたのを受け、財団法人・大学基準協会が評価結果を公表したが「歯科医師国家試験問題漏洩事件などで、学生の意欲低下を招いた」として、奥羽大学は合否判定保留になった。その後、2007年6月末までに大学側から提出された改善報告書に基づく再評価結果が公表され、「意欲的に改善に取り組んでいることを確認できた」として、大学基準に適合していると認定された。
本作は、1996年にリリースされ、その暴力的メタルサウンドでマリリン・マンソンを特徴付けた前作「ANTICHRIST SUPERSTAR」とはうってかわってその音楽性は豹変した。激しくけばったメタルサウンドはなりを潜め、ロックを基調としてかなり打ち込みも増え、メロディラインもポップなそのサウンドはポップロックそのもので一般受けもよく、全米初登場1位と商業的にも成功すると同時に、マリリン・マンソンの音楽的な幅の広さが伺える。この作品の発表によってマンソンの「同じアルバムは2度作らない」という製作方針がはっきり示され、以降もマリリン・マンソンのアルバムは作品によって音楽性をどんどん変えている。
メカニカル・アニマルズ（Mechanical Animals）は、1998年9月15日にリリースされたマリリン・マンソンのアルバム、およびその中の収録曲。後に前作アンチクライスト・スーパースター(ANTICHRIST SUPERSTAR(1996))、次作HOLY WOOD(IN THE SHADOW OF THE VALLEY OF DEATH)(2000)と続く3部作の第2作目。
基本はこれでよいのだが、現実には『複数の曲面や曲線を同じエリアに描く』あるいは『予め定義しておいた関数に関するグラフを書く』あるいはその両方を行うことが単独のグラフを書くことに比べ多いだろう。そのため、比較的応用範囲が広いプログラムを一つ挙げておこう。以下のプログラムは、『ｇ（x,y）の定義を行ったうえでそれのグラフとg(x,y)=1についての陰関数を、表示色を変えて同時に表示させる』ものである。with(plots): g:=(x,y)->y*exp(-x^2); p1:=plot3d(g(x,y),x=-3..4,y=-2..4,axes=boxed):p2:=implicitplot3d(g(x,y)=1,x=-3..4,y=-2..4,z=-2..4,axes=boxed,grid= [15,15,15],style=patchnogrid):display(p1,p2);表示するグラフを3つ以上に増やすこともできるwith(plots):g:=(x,y)->y*exp(-x^2);p1:=plot3d(g(x,y),x=-3..4,y=-2..4,axes=boxed):p2:=implicitplot3d(g(x,y)=1,x=-3..4,y=-2..4,z=-2..4,axes=boxed,grid=[15,15,15],style=patchnogrid):p3:=plot3d(x*y ,x=-3..4,y=-2..4,axes=boxed):display(p1,p2,p3);　もちろん、1種類の曲面のみを表すことも、可能である。with(plots):　g:=(x,y)->y*exp(-x^2);p1:=plot3d(g(x,y),x=-3..4,y=-2..4,axes=boxed):display(p1);尚、g,p1,p2　等の変数名は好きなように変えてよい。（変更で影響を受ける部分、例えば『display(p1,p2);』等も同時に正しく変更すれば）問題ない。例えばwith(plots): f:=(x,y)->y*exp(-x^2); p:=plot3d(g(x,y),x=-3..4,y=-2..4,axes=boxed):q:=implicitplot3d(f(x,y)=1,x=-3..4,y=-2..4,z=-2..4,axes=boxed,grid= [15,15,15],style=patchnogrid):display(p,q);のようにしても何も問題ない。