家康「御勝利御開運の御陣跡」となり、一般の入山は禁止された。山と城跡は、江戸時代を通じて尾張徳川家の領地として保護を受け、管理された。元和9年（1623年）には、尾張徳川家が上街道を整備する為、山の南側にあった町を東に移転させた。移転先に作られたのが、小牧宿である。明治維新後も尾張徳川家の所有地であったが、昭和2年（1927年）に、時の当主徳川義親によって国に寄付された。同年、国の史跡に指定される。現在でも山中の各所に石垣、土塁、空堀、井戸跡、曲輪、虎口や若干の石垣などが残り、往時を偲ぶことができる。なお現在、小牧山山頂にある「小牧城（小牧市歴史資料館）」は、昭和42年（1967年）に建設されたものである。また昭和22年（1947年）から平成9年（1997年）までは、山の東側の現在の史跡公園の位置に小牧中学校があったが、現在は別の場所に移転している。平成29年（2017年）4月6日、続日本100名城（149番）に選定された。平成30年（2018年）6月6日、小牧市が大手道周辺の木を伐採したのち文化庁の許可を得ずに桜などを植樹するため掘削し、遺構を破壊していたことが発覚。。2018年時点、小牧市は発掘調査や見学案内に加えて、麓で「史跡センター」(仮称)の建設を進めている。
天正12年（1584年）、羽柴秀吉と徳川家康が戦った小牧・長久手の戦いでは、家康がいち早く小牧山に目を付けて本陣を置き、遅れてきた秀吉を悔しがらせたといわれる。この時、信長の築いた城跡の土塁、空堀などに大規模な改修が施され、「城」とみなせるほど強固な陣地が築かれた。秀吉の大軍も容易に手が出せず、焦った池田恒興や森長可が三河への無謀な長駆攻撃を敢行し、長久手方面へ突出して壊滅する事態となった。急造「小牧山城」は、徳川勝利の一翼を担ったことになる。この一戦は、頼山陽により「家康公の天下を取るは大坂にあらずして関ケ原にあり。関ケ原にあらずして小牧にあり」と称揚された（『日本外史』）。
小牧山築城以前の歴史は明確ではない。しかし、発掘結果等から、寺院などの宗教関係の施設が存在していたと考えられている。また間々観音に残る縁起（寺院の沿革）では、「元は小牧山に寺院（間々観音）があったが、織田信長の命によって、現在の地に移設された」とある。また、間々観音は正式には「飛車山龍音寺」であるが、この「飛車(ひくま)山」は小牧山の古い呼び名のひとつであるとされる。
標高86mの小牧山頂上に本丸を築き、その周囲を三重の石垣で守りを固め、中腹も削平して数多くの曲輪を構築している。東麓の帯曲輪地区では、堀で仕切られた武家屋敷があったと推定される。この東麓の帯曲輪南端の区画は他の武家屋敷よりも敷地が広く、これが信長の屋敷ではないかと推測している。平成17年度（2005年）に行われた第2次試掘調査で現在の大手道の地下に永禄期の大手道があることが発見された。永禄期の大手道は、山側谷側にもそれぞれに石積を設け、道の両端を区画していた。道幅は約5ｍで、道に並行して幅 20cmの排水溝を設置していた。この構造は安土城の正面にある大手道と構造的に似通っており、安土城が初見とされる大規模な大手道は、この小牧山城が最初であったと推測されている。小牧・長久手の戦いの際には、陣城として大掛かりな土木工事が行われ、山の周囲全体を土塁と堀で囲み、要所には防衛用の虎口を設けた。
沖縄県では、琉球王国時代には唐手の流派というものは存在せず、主に唐手が盛んな三地域の地名を冠して、首里手、泊手、那覇手の三大系統に大きく分類される。ただし、「首里手」という用語そのものは、泊手や那覇手とともに、主に戦後になって使用されはじめたと考えられており、大正時代や昭和初期の船越義珍や本部朝基といった大家の文献には、それらの用語そのものを見いだすことはできない。たとえば、船越義珍は唐手の系統を「昭林流」と「昭霊流」の二派に分けて解説しており、昭林流を首里手、昭霊流を那覇手と解釈する向きも今日あるが、しかし船越自身は、たとえば首里手の基本型であるピンアンを昭林流、ナイハンチを昭霊流に分類するなど、地域的な分類にはこだわっていない。本部朝基は、「古来、琉球に伝はれる唐手は首里・那覇・泊の三大系統に大別することが出来る」と、地域的な特徴があったことは認めているが、首里手等の用語はまだ使用していない。また、この分類も流儀のような厳密な意味ではなく、あくまで概略的なものであり、たとえば同じ首里出身の松村宗棍とその弟子・糸洲安恒の間にも武術的な相違があったと述べている。今日一般に、首里手は柔軟性重視、那覇手は筋骨重視が特徴と言われている。泊手は首里手とさほど変わらなかったらしい。本部によれば、古来首里では「六分の力でもって習練し、ひたすら敏活を旨とした」のに対して、那覇では「十分の力を傾注し、専ら、筋骨の発達に意を用ひた」としている。首里手の代表的な型（形）には、ナイファンチ、パッサイ（抜塞：バッサイ）、クーサンクー（公相君）などがある。松村宗棍はナイファンチ、クーサンクー、五十四歩のみを教伝していたと言われている。首里手の代表的な空手家としては、佐久川寛賀、松村宗棍、糸洲安恒、安里安恒、本部朝勇・本部朝基兄弟、屋部憲通、花城長茂、大城朝恕、船越義珍、喜屋武朝徳、知花朝信、城間真繁、摩文仁賢和、遠山寛賢などがいる。首里手の流れを汲む空手の流派としては、松濤館流、錬武会流、和道流、糸東流、本部流、小林流、松林流、少林寺流、少林流などがある。