従来のアラブの戦いは、野戦での騎士による一騎討ちが伝統とされ攻城戦という概念はなかった。メッカ連合軍は初めて目にする塹壕に為すすべもなく、騎兵による塹壕突破を図ったが成功しなかった。騎士アムルのみが塹壕の幅が狭くなっている箇所を発見し、数名の従者と共に塹壕内に飛び込んだが、アリーとの一騎討ちの果てに敗れて討ち取られた。これ以降メッカ連合軍の士気は振るわず、夜襲をかけてもイスラム側の見張りに発見されて成功ししなかったので、やがて遠巻きに町を囲むのみになる。長引く戦いに焦ったメッカ連合軍はメディナ内部にいるユダヤ教徒と連携してイスラム軍を内外から同時に攻撃しようと試みる。一方メディナ側でも一騎討ちを禁じたムハンマドの作戦に不満を募らせる兵が増えていた。メッカの策略は成功し、一旦はメッカとメディナのユダヤ教徒の間に協定が結ばれるが、ユダヤ教徒がメッカ側に人質を要求したことから話がこじれ、結局ユダヤ教徒がメッカのために動くことはなかった。攻城戦も3週目に入ると厳しい砂漠での滞陣を強いられたメッカ連合軍の士気は目に見えて低下し、戦列を離れる部族が続出する事態となる。メッカ側は結局メディナのイスラム教徒を6名殺しただけでメディナ攻略を諦めねばならなかった。
625年、ウフドの戦いで勝利を収めたメッカはアラビア北西部の遊牧民から勇猛な騎兵を集め、更にムハンマドによって追放されたユダヤ教徒を加えた1万の軍勢でメディナに向かって進撃を開始した。対するムハンマドはウフドの敗戦を教訓とし、ペルシャ人の技術者サルマーン・アル＝ファーリスィーに命じてメディナの周囲に塹壕（ハンダク خندق Ḫandaq/Khandaq）を掘らせ、徹底した防衛線を敷くことでメッカ連合軍の攻撃に備えようとした。
コーヒーの味もケーキの味もごく普通のカフェ「Cafe南風」を舞台に、さまざまな悩みを抱えてやってくる相談者が、このカフェの常連客である3人の専業主婦たちと雑談をしているうちに、いつの間にかその悩みがスッキリ解決してしまうまでを描いたワンシチュエーション・コメディ。
しかし、連合艦隊は付近に敵空母の疑いを感じ、情勢が緊迫してきたと判断しながら、甘い状況判断の放送を東京から全部隊に流したまま、自己判断を麾下に知らせなかった
このことで一航艦は米機動部隊の奇襲を受けて敗北した
宇垣は海戦後の日記に第一航空艦隊に対して「当司令部も至らざる処あり相済まずと思慮しあり」と残している
6月5日、第一航空艦隊はミッドウェー島基地攻撃隊を出撃させ、ミッドウェー海戦が始まる
攻撃を終えた飛行隊長友永丈市大尉は、司令部に対し「第二次攻撃の要あり」と打電した
南雲長官は、ミッドウェー攻略部隊のため制圧を間に合わせなければならず、米艦隊はハワイにいるという連合艦隊の敵情判断に従って行動しており、帰還中の偵察機からも報告がないため、山本五十六大将から米艦隊迎撃のために待機を指示されていた残り半数の攻撃隊を兵装転換して使うことに決定した
草鹿によれば、「山本の望みは南雲も幕僚もよく知っていた
事実状況が許す限りそうした
しかしミッドウェー基地の敵航空兵力がわれわれに攻撃を開始し敵空母も発見されていない状況でいるのかどうかわからない敵に半数を無期限に控置しておくのは前線指揮官にとして耐えられないことだった
後で問題だったとしてもあの当時の状況では南雲の決定は正当だった」と語っている
しかし、偵察機が予期せぬ米軍機動部隊発見の報告があり、第二航空戦隊司令官・山口多聞少将から陸用爆弾のまま即時攻撃の意見具申がされた
しかし、直掩戦闘機の準備ができておらず、第一航空艦隊上空にミッドウェー島攻撃を終えた第一次攻撃隊100機が帰還し着艦収容を待っていた
そのため南雲は帰還部隊の収容を優先させた
草鹿によれば、敵の来襲状況を見ると敵は戦闘機をつけずに来て面白いように撃墜され、全く攻擎効果をあげておらず、これを目前に見ていたので、どうしても艦戦隊を付けずに艦爆隊を出す決心がつかなかったという
第一航空艦隊は、ミッドウェー島基地航空隊の空襲を撃退し、米軍機動部隊から発進したTBD デバステーター雷撃機の攻撃も連続で全て撃退した
しかし、その直後に米軍機動部隊艦載機による急降下爆撃を受けて、主力空母3隻（赤城、加賀、蒼龍）が炎上し、残った「飛龍」も後に炎上し、自軍によって処分され、空母4隻を失い敗北した
草鹿は、被弾する直前、攻撃隊に準備ができたものから発艦するように命じ、攻撃隊の戦闘機が飛び立とうとしたところに爆撃を受け、あと5分あれば攻撃隊は発艦できたと回想している
これは「運命の5分間」と言われたが、実際には攻撃隊の準備はできておらず、5分で発艦するのは不可能だった
この海戦では索敵において敵機動部隊の発見が遅れたが、一段索敵と決めた草鹿は「攻撃兵力増やそうとして偵察を軽視した」と語っている
艦隊司令部の幕僚は南雲以下全員で自決すべきと先任参謀・大石保が代表して上申したが、草鹿はそれを却下し、南雲に対しても説得しなだめた
雀部利三郎（航海参謀）はミッドウェー海戦後司令部一同の自決を却下した草鹿を「本当の意味で胆が座っていて、ああいうとき冷静になれる人」と評している
連合艦隊司令部のある旗艦「大和」への敗戦報告には、南雲の代わりに草鹿が幕僚を連れて向かった
第一声は「何と申してよいか云うべき言葉なし
申し訳なし」であった
草鹿は連合艦隊長官・山本五十六に「大失策を演じおめおめ生きて帰れる身に非ざるも、ただ復讐の一念に駆られて生還せる次第なれば、如何か復讐できるよう取り計らって戴き度」と嘆願し、山本はそれに「承知した」と答えた
連合艦隊参謀長・宇垣纒は敗戦の報告に「大和」を訪れた草鹿に対し「参謀長に対しては当司令部としても至らざる所あり
相済まずと思量しあり」と謝罪した
草鹿によれば、謝る際に宇垣は敵情がわかっていたようなことを言っていたという
攻撃隊を半数待機させることに関し、草鹿は「自分は着任以来充分の偵察をなしこの一撃と全力を集中することを主義として訓練し又成功したり途中これを変更する気持ちになり得ざりしなり」と答えた