立川反戦ビラ配布事件や葛飾政党ビラ配布事件など、政治団体や政党の活動の一環としてビラやチラシの配布を行うために、住民の了解なく、もしくは住民から立入らないよう求められている部外者が住居（共用部分）に立ち入る行為が住居侵入罪となるかどうかが争われる事例が生じている。そこでは、まず、物理的には常時誰でも立ち入ることができる場所に立ち入ったに過ぎず、住居侵入罪の客体である「住居」等への侵入に該当しないのではないか、という議論がなされている。弁護士の伊藤真は、防衛省官舎へのビラ配布は20年以上にわたって行なわれてきたものの、立川反戦ビラ配布事件以前に問題とされたことは一度もないことや、営利目的のビラを無断で郵便受けに入れることが問題にされることはまずないことから、「立川反戦ビラ配布事件での逮捕、起訴は、配布した人物とビラの内容を理由に行われたものである」と指摘し、「刑法よりも表現の自由を保障する憲法の方が上位にあるため、刑法が憲法上の価値とぶつかるときには、一定限度で犯罪にすることを差し控えなければならない」と主張している。裁判例でも有罪とするものと無罪とするものとが混在しており、それぞれの理由も異なっている。なお、2008年4月11日、最高裁判所第2小法廷は立川反戦ビラ配布事件について住居侵入罪の成立を認めるとともに、管理権者の意思に反する行為であり、住民の私生活の平穏を害する行為であるとして日本国憲法第21条第1項に反しないとした。
例えば窃盗目的で人の家に忍び込んだ場合には、窃盗罪と住居侵入罪の2罪が成立し、両罪は手段と目的の関係にあるといえるため牽連犯（刑法54条1項後段）となり、科刑上一罪として最も重い罪の法定刑の範囲で処罰される。窃盗罪のほかにも、強盗罪、放火罪、強姦罪、殺人罪などが牽連犯の関係にあるとされる。
たとえ立入り行為が「侵入」ではないなどとして住居侵入罪の成立が否定されたとしても、管理者等から退去するよう要求されてこれに応じない場合には不退去罪が成立する。住居侵入罪と不退去罪とどちらの犯罪成立要件とも満たす場合には、住居侵入罪のみを成立させるのが判例の立場である。
住居侵入罪は未遂も処罰される（刑法132条）。例えば、他人の家の塀を乗り越えようとした時点で住居侵入罪の未遂である。ただし、塀に上った時点で未遂ではなく既遂である。
人が外出や旅行等で一時的または長期的に住居を離れている場合も当然本罪の客体となる。また別荘や二次的住宅（占有者の都合により不定期、一時的に起臥寝食に利用するもの）等については、たとえ人が住んでいない時季や期間等であっても、看守されている邸宅であるから本罪の客体となる。廃屋同然の遺棄、放棄された住居（「邸宅」）や建造物に侵入し、かつそこに居座ったような場合は、軽犯罪法第1条第1号の適用が検討される。ただし、災害等の理由により当該住居から避難している場合は、住居が居住可能な状態でありさえすればたとえ放棄状態であったとしても、住居を遺棄、放棄している訳ではなく単に住居が占有者の占有離脱の状態にあるに留まるから、本罪の成立を妨げない。その他の建造物、艦船についても、本罪は人が看守している事を要件としているから、（長期的に）人が看守していないこれらのものの「内側」に居座った場合には、軽犯罪法第1条第1号が適用される。なお、同法の条項は「艦船」ではなく「船舶」としているから、住居侵入罪が想定する「艦船」よりも小さな舟艇の内側に潜んでいた場合も同法の適用がある。軽犯罪法第1条第1号は「内」側としている事から、人が住んでおらず看守されていない建造物等の囲繞地には適用がないものと考えられるが、同法同条第32号の適用の余地はある。
刑法130条にいう「艦船」とは、人が居住し得る程度の大きさのある艦艇（軍艦）および国や民間が所有する船舶のことを言う。公園の池などにあるボートやカヌーは「艦船」ではないといえる。
1853年（嘉永6年）、ペリー率いる黒船の来航は、人々に大きな衝撃を与えた。200余年に及ぶ幕府の鎖国体制を崩壊させる外圧の始まりである。「日本全体が主戦状態にある」という現状認識から、幕府はもとより、各藩において海防政策が最重要課題となった。健堂のいた加賀藩も財政難に苦しみながら、海防強化に乗り出してゆく。1854年（安政元年）、上柿木畠の火術方役所所管地（現在の知事公舎横）に「壮猶館」が整備される。施設は、加賀藩の軍制改革の中核的な存在として明治初年まで存続する。「壮猶館」では、砲術、馬術、洋学、医学、洋算、航海、測量学などが研究され、訓練や武器の製造を行った。さらに加賀藩では、西洋流砲術の本格的な導入と軍制改革を図るため、洋式兵学者の招聘を検討する。村田蔵六、佐野鼎、斎藤弥九郎の3人が候補に上がり、1857年（安政4年）、西洋流砲術として名高い佐野鼎が出仕する。佐野は、西洋砲術師範棟取役に就任した。「壮猶館」では、佐野を中心に海防が議論され、軍事研究の深化が図られた。「壮猶館」は単なる研究機関ではなく、敷地内には、砲術のための棚場や調練場が設けられるとともに、弾薬所や焔硝製造所、軍艦所が付設されるなど、一大軍事拠点を形成していた。「壮猶館」の資料として『歩兵稽古法』『稽古方留』『砲術稽古書』が残されている。これらは、橋健堂の曾孫・三島由紀夫が陸上自衛隊富士学校で学んだテキストの先駆をなすものである。