以前は春季の公式戦開幕前にのみ開催されていたが、1990年代からは秋季（10月）にも開催されるようになった。1990年の公式戦終了後、房総半島を中心に、首都圏の各地でイースタン・リーグに加盟する6チーム（当時）による第1回秋季教育リーグが行われ、次の1991年から高知県各地を舞台にして、ウエスタン・リーグに加盟する6チームを加えた全12チーム集結型の「黒潮リーグ」という大会がスタートし、その後1996年からは沖縄県で春季キャンプを行う球団を中心にして構成される「ハイサイ・沖縄リーグ」が開始。黒潮リーグは高知県でキャンプを張るチームを中心に展開されてきたが、何れも2000年度を最後に一旦廃止された（この当時はアメリカ合衆国で行われた教育リーグに派遣されたために、一部の球団が参加しなかった年もある）。2001年からは関東近県のスタジアムを舞台にして最大12球団集結の「コスモスリーグ」がスタート。この大会は2003年からイースタン・リーグ加盟チームによる大会となり、ウエスタン・リーグ加盟チームは2003年に復活した高知県での教育リーグ「よさこい・高知リーグ」へ参加するようになった。そして2004年からイースタン加盟球団による教育リーグの舞台が宮崎県に変更され「みやざきフェニックス・リーグ」へと一新した。2005年からウエスタンを含む全12チームが宮崎に集結して行うこととなった。2006年は韓国プロ野球から斗山ベアーズ、LGツインズの2チームも参加した。2007年と2008年は四国・九州アイランドリーグの選抜チーム、06年と同じく斗山ベアーズが参加した。2009年はプロ野球の若手選抜チーム・フューチャーズ、四国・九州ILの選抜チーム、韓国から斗山ベアーズ、ハンファ・イーグルスが参加し、16球団に規模が拡大された。 2010年も16球団での開催であった。2011年は韓国から斗山ベアーズ、ハンファ・イーグルス、LGツインズの3チームが参加し、四国アイランドリーグplus選抜を加え、16チームでの開催となった。2012年、2013年、2014年も同様の16チームでの開催となった。近年は社会人野球とのプロ・アマ交流戦が開催されるようになった。また一軍選手がクライマックスシリーズや日本シリーズといったポストシーズンゲームに向けた調整の場として出場することもある。
MHC分子は細胞表面に存在する細胞膜貫通型の糖タンパク分子であり、細胞内のさまざまなタンパク質の断片（ペプチド）を細胞表面に提示する働きをもつ。ペプチドについて、（病原体などの）細胞に感染したウイルスや癌抗原、あるいは樹状細胞などの抗原提示細胞に貪食処理された結果に生成するペプチドのことを「抗原ペプチド」と一般にいう。抗原ペプチドがMHC分子に結合して細胞表面に提示されると、それがリンパ球のうちT細胞に抗原として認識され、引き続き免疫反応が惹起されてウイルスや癌などを攻撃排除する方向に働く。いっぽう、抗原の無い状態でのMHC自身の生成時にもMHCに自己由来のペプチド（いわゆる「自己ペプチド」）が結合して安定化していると考えられており、抗原の侵入・発生時には抗原由来のペプチドに置き換わる仕組みであると、考えられている。また、用語として、MHC分子に上述のペプチドがついた状態であることを明記したい場合、そのような（MHC分子に上述のペプチドがついた状態の）MHC分子のことを「MHC分子-ペプチド複合体」または「ペプチド-MHC複合体」などと呼ぶことがある。生物個体それぞれは、似たような構造のMHC分子の遺伝子情報を何種類も持ち、こうして数種類のMHCを同時に発現させている。さらに数種類のMHC全てを、父親由来のMHC1組と母親由来MHC1組の計2組ずつもっている。またMHCは個体によって非常に多様性に富み（多型性 polymorphic ）、このため2組のMHCはほとんどの場合異なった種類の組み合わせとなる（ヘテロ接合体）。このようにしてそれぞれの個体は、何種類ものMHC分子の遺伝子情報をもっており（多遺伝子性 polygenic ）、このためMHCはさまざまな抗原に対応できる。また多型性のため、MHC分子はT細胞が自己と他者の区別をする目印にもなる。つまり、T細胞は自己のMHC分子を発現する細胞から抗原提示を受けるが、自己と異なるMHC分子を異物と見なし、攻撃排除しようとする。しかし、個体によって持つMHCが異なるということは、MHCによって結合できる抗原が異なるため、MHCの違いにより病気のなりやすさが異なることがある。例えばMHCの違いによってAIDSの進行が違ってくる。逆にいうとこの多様性によって、病原体に対して種の絶滅を防ぐことができるようになっている。MHC分子には大きく分けてクラスIとクラスIIの2つの種類がある。MHCクラスI分子は細胞内の内因性抗原を結合し、MHCクラスII分子はエンドサイトーシスで細胞内に取り込まれて処理された外来性抗原を結合して提示する。つまり、ウイルスのように感染した細胞内で増殖する病原体に対して、あるいはがん細胞内で産生されるがん抗原に対しては、MHCクラスIを介した抗原提示により免疫反応をおこし、いっぽう、細菌など細胞外で増殖する病原体や毒素に対して、あるいは結核菌のようにマクロファージ等の抗原提示細胞に感染する病原体に対しては、抗原提示細胞のMHCクラスIIを介した抗原提示により免疫反応をおこす。ただしこの2つ経路は絶対的なものではなく、外来抗原もMHCクラスIによる抗原提示経路にも入りうる（クロスプライミング cross-priming またはクロスプレゼンテーション cross-presentation ）。MHCクラスIに結合するペプチドの長さと、MHCクラスIIに結合するペプチドの長さは違っていることが分かっており、MHCクラスIIに結合するペプチドのほうが長い。MHCクラスIに結合するペプチドのアミノ酸の長さは、およそ8〜10塩基である。いっぽう、MHCクラスIIに結合するペプチドのアミノ酸の長さはおよそ10〜30塩基である。