過去のトラジャ族社会において、家族の関係は社会階級にも支配されていた。階級は3つあり、貴族、一般人、奴隷であった。このうち奴隷階級は1909年にオランダ領東インド政府が下した政令によって廃止されている。貴族階級は、上界から降臨した始祖たちの直系子孫だと信じられており、一般人が「バヌア」（banua）と呼ばれる竹製の家に住むのに対し、貴族はトンコナンを住居としている。奴隷は、主人が住むトンコナンの周りに建てられる粗末な小屋に住んだ。トラジャ族において、奴隷は私有であった。個人の負債返済のために階級を落として奴隷となる事例もあったが、戦争の過程で得られたり、また売買を通じて取得されたりもした。奴隷は自らを買い受けて一般人となることが可能だったが、子供の階級までを変えることは出来なかった。奴隷は、金やブロンズの装身具を身につけること、住居を彫刻で装飾すること、主人と同じ皿から食事を取ること、上位階級の女性と性交渉を持つことを禁じられ、これらを破ると死刑に処された。階級は母系のものが引き継がれたため、婚姻の際、下の階級の女性と結婚することは憚られた。逆に上流階級の女性との結婚は、次世代の階級を高めることが出来た。一般人は自由な婚姻が可能であったが、貴族はその階級を維持するために血縁内で結婚する傾向にあり、またブギス族やマカッサル族と婚姻する例も見られる。このような親族関係や階級伝達の構造はあるが、トラジャ族の中でも社会移動(en)は可能で、富や階級を変動させる結婚などは行われた。なお、富は水牛の所有頭数で決まった。このような風習があるため、貴族とされる家系の人々が一般階級に対して尊大な態度になることは今日でも見られる。一般人や奴隷は葬送の儀式を行うことは禁止されていた。
家族は、トラジャ族の社会における準拠集団であり、政治的な単位とも見做すことが出来る。それぞれの村落はひとつの同属組織(en)であり、トンコナンと呼ばれる伝統的な形式の家屋に居住している。それぞれのトンコナンには名称がつけられ、それはそのまま村落の名前になっている。親族の首長は村落を纏める役を担う。親族関係を強めるために、遠縁（4親等以外）間の結婚は日常的に行われる。3親等以内の結婚は忌避されるが、貴族階級では財産の拡散を防ぐためにしばしば見られる。親族関係は相互主義(en)である。彼らは耕作を互いに助け合い、水牛を共有し、負債は皆で負う。トラジャ人は父系・母系両方の家系に属する。この両系所属はインドネシアではトラジャ族だけに見られる風俗である。従って、子供は父母双方の親族に属し、財産も負債も両方から引き継ぐことになる。子供への命名は、通常亡くなった叔父や叔母など親族から受け継がれ、両親や兄弟の名が参照されることも多い。州県制が施行される以前、トラジャ族の村はそれぞれ自治権を有していた。そして、他の村々との対立など単独では処し難い問題が生じた際には、複数の村で連合を組む場合もあった。家族間の関係は、血縁、結婚、先祖伝来の家屋を共有することで確認され合い、水牛や豚の交換で繋がりを強めた。ただし、このような関係は必ずしも政治的または文化的な活動としてだけではなく、支配階層を反映した結果としても行われた。この階層は葬儀において、ヤシ酒(en) を注ぐ役、死体や供物を包む役、席次、使われる皿の種類、供されえる肉片の種類にまで及ぶ。
秀吉没後、実権を掌握した徳川家康は当初キリスト教宣教を黙認していた。たとえば1598年にはスペイン人宣教師ヘロニモ・デ・ヘスースにスペイン船来航の斡旋を依頼し、江戸における教会の建設と布教許可を与えており、東京駅八重洲北口遺跡からはこの頃のキリシタン墓が、帰依したと思われるアジア人の人骨とともに見つかっている。家康はキリスト教そのものには一貫して無関心であった。これは、三河一向一揆で宗教に苦しめられた記憶があったからとの説がある。家康は将軍職を徳川秀忠に譲り、大御所として駿府に引退した後の1607年にもイエズス会員フランシスコ・パジオを引見し、外国人宣教師の滞在と布教の許可を与えている。しかし一方で家康は海外との貿易の実利を求めていた。1600年にオランダ船リーフデ号が漂着し、イングランド人航海士ウィリアム・アダムスやヤン・ヨーステンが家康に仕え始めると、家康は、彼らから最新の欧州事情の情報を得た。かつての強国スペイン・ポルトガルに対して、新興のイングランドやオランダがアルマダの海戦や八十年戦争（オランダ独立戦争）などで勝利して追い上げている当時のヨーロッパ情勢を理解し、両陣営を競わせながら貿易の実利を得ることを狙っていたのである（ウィリアム・アダムスは、実際にアルマダの海戦に参戦していた）。また、プロテスタント国家のオランダは「キリスト教布教を伴わない貿易も可能」と主張していたため、家康にとって宣教師やキリスト教を排除する理由はない代わりに積極的に保護する理由もなかった。事実、オランダは東南アジアの植民地において、（経済的な搾取や文化の弾圧は行っていたものの）現地の宗教や政治形態に対してはあまり干渉しない方針を基本としていた。しかし1612年に岡本大八事件（有馬晴信がからんだ疑獄事件）が起こると、関係者がどちらもキリシタンであったことから、家康はそれまでの態度を一転して諸大名と幕臣へのキリスト教の禁止を通達、原主水などキリシタンであった旗本が改易された。翌年になると側近以心崇伝の手による「排吉支丹文」によってキリスト教信仰の禁止が明文化され、全国で迫害が行われるようになった。1616年に徳川家康が亡くなると、「東照大権現」とされて神として祀られたこともキリスト教禁止に影響を与えたとする見方もある。1619年に京都で52名が殉教し、1622年に長崎で55名が殉教（元和の大殉教）、1623年江戸でも55名が殉教した。以後、禁教令の解除まで約250年の間、キリスト教徒は幕府と幕府の庇護する仏教徒、神道信者などにより迫害されることになる。ただ、禁令の徹底は地方によって異なり、例えば松前藩などは、幕府に対して「領内にはキリシタンはなし」と報告していたものの、実際には取り締まりは緩く、多くのキリシタンが本州から逃れてきていた。松前藩のこの姿勢は、1637年に島原の乱が起きてキリスト教禁止の命令が徹底されるまで続いた。一方、神仏習合・多神教の宗教的秩序の上にあり、天皇・院（太上天皇）自らが神道の祭祀を主宰し、仏教の祈祷を実修し続けてきた朝廷にとって、一神教のキリスト教は早くから警戒され、排除が試みられる対象であった。キリスト教禁止は江戸幕府と朝廷が連携・協同して取り組める方針で朝幕関係にとっても望ましかった。