富士塚の発掘調査は、1.現存状況の記録　2.富士塚として使用されていた当時の構築物等の確認 3.塚内部の施設有無と構築方法の解明の3点を主な目的として行われた。1の現存状況の記録については、航空測量図を作成して写真による記録を行った。2の富士塚として使用されていた当時の構築物等の確認は、草木や腐植土などを除去した上で調査を実施したが、クロボクと呼ばれる溶岩や富士山登拝碑、道標や祠など富士塚に由来すると思われるものは見つかず、参道らしき踏み固められた斜面が2か所確認できたのみであった。3の塚内部の施設有無と構築方法の解明については、調査の最後に富士塚を断ち割って断面の観察を行ったが内部の施設の確認はできなかった。富士塚の調査は3月18日に開始され、4月21日に終了した。調査終了後の4月22日から9月30日までは、宇奈根考古資料室において発掘調査報告書作成に向けた整理作業を実施している。
2004年（平成16年）6月中旬、森巌寺から世田谷区役所北沢総合支所に、墓地整備計画についての事前相談があった。同年7月5日に森巌寺と世田谷教育委員会は富士塚の取り扱いについて最初の協議を行った。世田谷区側は富士塚の保存を要望したが、森巌寺は保存困難と回答した。世田谷区は引き続いて8月にも富士塚の保存要望書を提出したが、森巌寺の回答は変わらなかった。2005年（平成17年）4月、森巌寺は墓石等移動通知のチラシを檀家に配布した。5月9日世田谷区教育委員会と森巌寺は協議を行った。世田谷区側は現状保存が不可能な場合、富士塚が世田谷区遺跡番号202の埋蔵文化財包蔵地であることが判明していることから、森巌寺に記録保存のための調査に協力するように依頼した。富士塚の保存については、一般の都民からも文化庁文化財部記念物課に問い合わせがあったため、世田谷区は東京都教育委員会経由で森巌寺との協議の経緯について資料を提出した。この件について東京都は、保存が不可能な場合は事前発掘調査の協力を得る必要があるとの意見を添付した。5月11日には、地元の住民から富士塚保存の陳情が世田谷区議会事務局に提出されたが、5月30日に継続審議扱いとなった。6月から7月にかけて、森巌寺と世田谷区教育委員会、東京都教育委員会、文化庁文化財部記念物課の間で経緯の報告や協議を繰り返した。その結果、7月25日に文化庁文化財部記念物課から改めて事前発掘調査について協議を行うように指導があった。森巌寺と世田谷区教育委員会は指導に従って協議を行い、墓地整備計画が認可されて墓石の移動が終わった時点で発掘調査を実施することで合意した。墓地整備計画は、2006年（平成18年）3月に認可された。森巌寺は、3月10日に埋蔵文化財発掘届を提出した。森巌寺、世田谷区教育委員会、そして森巌寺富士塚調査会は3月14日に発掘調査協定書、3月17日に調査委託契約書を締結した。
後述の「パン売りのロバさん」のメロディーと共に、人々の記憶に残っているロバのパン屋は、株式会社ビタミンパン連鎖店本部という、京都市に本社を置く蒸しパンの行商を行なっていたチェーン店である。社長の桑原貞吉は、浜松の代理店だった亀屋パンの社長の発想を買い、1953年（昭和28年）に、浜松市と京都市とで移動販売を始めた。これが、四輪の馬車を牽くロバのパンとして日本各地で昭和30年代に見られた馬車である。ただし、馬車を牽いていたのは、ロバではなく馬、それも、大多数は日本の在来種として知られる木曽馬である。木曽馬は小型の馬（ポニー）のため、使用したイメージソングも「ロバ」であり、子どもに受けもよかったために、社長の桑原が、敢えて馬に牽かせた馬車をロバのパンとして宣伝した。馬車に蓄音機を載せて「パン売りのロバさん」を流しながら売るという宣伝と、連鎖店と称した全国チェーンという桑原の時代に先んじた経営方針によって、昭和30年代には、ビタミンパンは全国にチェーン店を150店舗以上も抱えるまでに成長した。また、このチェーンに加わらない同業他社も数多く存在しており、ロバのパン屋は最盛期を迎えた。移動販売車も改良され、馬の代わりに三輪自転車を付けた移動車も登場した。最盛期の1960年（昭和35年）には、関西テレビ制作のテレビドラマ「ともしびの詩」シリーズの第13話、『町に流れる一つの歌』（西村勲監督、永塩良輔脚本）に登場している。社長の桑原貞吉役は藤間林太郎が演じている。昭和30年代後半には、経済成長に伴って、ロバのパンとして馬に牽かせて営業することは困難になり始める。まず、道路事情が自動車の普及によって格段に悪くなった。スピードの遅い馬車は自動車の走行を妨げるとして敬遠された。また臆病な馬にとって、車のクラクションは暴走の元となり危険が増した。さらに、馬の垂れ流す糞尿も苦情の対象とされるようになった。舗装道とマンホールも、馬の蹄鉄には天敵となった。一方で、蒸しパンの一種であるビタミンパンは、食糧事情が多様化すると、余り顧みられなくなってしまう。すでに1961年（昭和36年）には、京都のビタミンパン本部で、ライトバンによる営業を開始している。一部の地方では馬車による販売も継続されたが、連鎖店の多くでは、昭和40年代には、自動車による販売に急速に切り替えられた。ただし、「ロバのパン」という名称だけは残ることとなり、「パン売りのロバさん」のメロディーと共に、使われ続けている。