山体は山形県の飽海郡遊佐町・酒田市と秋田県の由利本荘市・にかほ市の4市町に跨がるが、山頂は飽海郡遊佐町に位置し、山形県の最高峰である。（山頂が飽海郡となった理由は 歴史 を参照のこと）東北地方では燧ヶ岳（標高2,356m）に次いで2番目に標高が高く、中腹には秋田県の最高地点（標高1,775m）がある。山頂からは、北方に白神山地や岩手山、南方に佐渡島、東方に太平洋を臨むことができる。山の南側には夏、「心」の字の形に雪が残る「心字雪渓」がある。山頂付近には夏場も溶けない万年雪（小氷河と表現されることがある）が存在することや、氷河の痕跡として特徴的なカール地形が存在することから、かつて氷河が形成されていたという説がある。このため、山麓の市町村では「氷河」を冠した特産品が見受けられる。鳥海山の固有種としてはチョウカイアザミやチョウカイフスマがある。鳥海山は日本海に裾野を浸した秀麗な山容を持ち、多くの噴火によって畏れられ古くから山岳信仰の対象となった。豊富な湧水は山麓に農耕の恵みをもたらした。中世後期以来、徐々に修験道の修行場となり、鳥海山大権現、本地は薬師如来として崇拝された。南面からは蕨岡より登拝道をたどって山頂を目指した。江戸時代中期には登拝講が山麓に成立し、夏には多くの道者が登拝した。根拠地であった蕨岡は三十三坊を擁し龍頭寺を学頭とした。鳥海修験の山岳信仰の根底には、山を水分（みくまり）とする水への信仰があり、流れ出す川は月光川と日向川と名付けられて神聖視された。鳥海山へは、南は蕨岡と吹浦、北は矢島、滝澤、小瀧、院内などから登拝道が開けていた。江戸時代以降、蕨岡と矢島は当山派の醍醐三宝院末に帰入し、真言系の修験となった。山形県側は、明治以後、修験道の廃止に伴い、神仏分離の激動を経て、大物忌神社は、山麓に二つの口の宮、吹浦（山形県遊佐町）、蕨岡（山形県遊佐町）、山頂に本社を祀る形式をとることになった。大物忌神社は、出羽国一宮として崇められてきた。日本海に浮かぶ酒田市の飛島には、鳥海山の山頂部が吹き飛んできて出来た、あるいは鳥海に住む鬼が神罰を受けた際に飛んだ首によって出来たという伝承があり、それが島の名前の由来になっているという考え方もある。また、飛島に祀られた小物忌神社は鳥海山の大物忌神社と対をなしているという説もある。
ブルース・ウェイン / バットマンは、アーカム・アサイラムにてゴリラ・グロッドが行なおうとする謎の実験を食い止めようとする。しかし装置は起動してしまい、ブルースはアーカム・アサイラムごと消えてしまった。気付くと、ブルースは戦国時代の日本にタイムスリップしていた。面をつけた侍に追われる中、セリーナ・カイル / キャットウーマンと再会する。セリーナ曰く、ゴリラの開発した時空震エンジンの影響により、あのときアーカム・アサイラムにいたヴィランたちとセリーナは、ブルースが到着した時間より2年前の日本にタイムスリップしており、ヴィランたちはそれぞれ既存の戦国大名に成り代わり、諸国を支配していた。そして最大の勢力となりつつあるのが、宿敵・ジョーカーと、それに従うハーレイ・クインの一味だった。しかもジョーカーは、タイムスリップの原因となった時空震エンジンを所有していた。ブルースはすべてのヴィランたちを捕まえ、時空震エンジンを確保、21世紀へ戻ることを決める。ブルースは、セリーナとともにタイムスリップしていた執事のアルフレッド・ペニーワースとも再会する。彼が整備していたバットモービルの無事を確認すると、一路ジョーカーの居城・亜火無城（アーカムじょう）へ向かった。だが、巨大ロボへ変形する城と、ベインの妨害に敗北するブルース。窮地に陥る彼を、無数のコウモリが救った。ブルースを救ったのは、ナイトウィングとレッドロビン、そしてこの時代の飛騨を根城とするニンジャ集団・コウモリ衆だった。彼らは、一族に伝わる「日本を救うコウモリの面をつけたニンジャ」として、ブルースをお頭と仰ぐのだった。コウモリ衆の村へ連れられたブルースは、ロビンとも再会し、セリーナ、アルフレッドとも合流。そこにゴリラからの招待状が届く。山間の温泉で、ゴリラはブルースに共闘を申し出、ブルースはそれを承諾する。飛騨の川で、ゴリラの「バットマンの居所を教える」という申し出に釣られたジョーカーが現れる。そこで身を隠していたバットファミリーとコウモリ衆が強襲、戦いの幕が上がる。戦いの末にブルースはジョーカーを捕えるが、ゴリラが反逆、密約を交わしていたトゥーフェイスの船で、ジョーカーの船は沈没させられる。トゥーフェイスに殺されるくらいなら、と自爆したジョーカーとともに。21世紀に戻りたいセリーナは、ハーレイが持っていた時空震エンジンのパーツ・時空震コンバータを土産に、ゴリラの配下に着く。ジョーカーに代わって亜火無城を乗っ取ったゴリラは、同じように時空震コンバータを所有し、居城をロボ化しているヴィラン大名たちに、富士山麓・地獄が原での決戦を布告する。一方、何とか生き延びたブルースは、改めて未来へ帰るため、ゴリラとの決戦に備えてコウモリ衆の村で準備を始める。その最中、山奥で南蛮人のファーマー（農家）がいると噂に聞き、尋ねる。予想通り、ファーマーはジョーカーとハーレイだった。先に訪れていたレッドフードはジョーカーたちを捕まえるべきだと主張したが、ジョーカーたちは記憶を失っており、ブルースに対する敵意はなかった。「やっと花が咲いた」と喜ぶ二人を置き、ブルースはレッドフードとともに村へ帰った。一か月後、ついにヴィラン大名たちの城が完成し、地獄が原での決戦が始まった。ペンギン、ポイズンアイビー、デスストローク、トゥーフェイス、ゴリラの城が激突する中、バットファミリーとコウモリ衆も参戦する。ヴィランたちの戦いはやがてゴリラの亜火無城が勝利。更にゴリラは他のヴィランを洗脳、すべての城を合体させようとする。そこに記憶を取り戻したジョーカーが現れ、ゴリラとセリーナをしびれ花の花粉で行動不能にし、亜火無城を取り戻す。そしてついに城は合体し、巨大ロボ・超絶天魔王キングジョーカーが完成する。絶対絶命の状況の中、傷ついたゴリラはロビンに、配下の猿たちを操る笛を渡す。それによって無数の猿たちを味方につけたバットファミリーは、猿たちの巨大な組み体操でキングジョーカーの半分ほどの大きさの巨大装甲猿を作り出し、キングジョーカーへの侵入を試みる。一時はキングジョーカーの火炎放射でピンチに陥るものの、コウモリ衆の操るコウモリとも合体、巨大なバットマンを作り出し、キングジョーカーを殴りつけた。行動不能となったキングジョーカーの内部で、バットファミリーとヴィラン大名との戦いが始まる。ファミリーと猿たちの協力で崩壊し、炎上する城の天守閣上で激突するブルースとジョーカー。ブルースは、コウモリ衆から学んだ忍術をも駆使し、ジョーカーを打倒した。すべてのヴィランを捕まえたバットファミリーは、コウモリ衆に礼を言い、時空震エンジンを起動、現代へ帰還。消えたアーカム・アサイラムの代わりに現れた、崩壊したキングジョーカーを前に呆然とするジェームズ・ゴードン刑事らにヴィランを引き渡した。セリーナは、戦国時代から持って帰った年代物の壺を骨とう品店に売り渡した。そしてブルースは、ゴッサム市長との会食のため、アルフレッドが操る和風の馬車に乗り、懐かしきゴッサムシティを駆けるのだった。