マイソール王国は第三次マイソール戦争により莫大な損害を被り、ティプー・スルターンは省庁の統合、軍制の見直しなど改革を行った。また、各地に反英同盟の使節を送り、ヨーロッパで台頭してきたフランスのナポレオンと結ぼうとした。1797年、ティプー・スルターンはそのためにフランス領モーリシャス（当時はルイ・ド・フランスと呼ばれていたフランス領フランス島）に使節団を派遣し、フランス軍へ援軍の要請を行った。だが、これはモーリシャス諸島にフランスの大軍が常駐するという誤情報を信じて踊らされただけであり、その目的は達成されなかった。それだけではなく、イギリスにも開戦の口実を与える結果となってしまった。1799年2月、イギリスはマイソール側がフランスに援助を求めたことを条約違反として、ニザームと連携して王国領に侵攻し、第四次マイソール戦争が勃発した。フランスの援軍が到着する前の先制攻撃であった。マイソール王国は交戦したものの、イギリス軍に敗北し続け、同年4月5日にイギリスとニザームの軍50,000により、首都シュリーランガパッタナを包囲された（シュリーランガパトナ包囲戦）。ティプー・スルターン率いるマイソール王国軍30,000は、1ヵ月にわたり交戦したものの、5月4日の総攻撃でティプー・スルターンは戦死し、シュリーランガパトナは陥落、占領された。その後、シュリーランガパッタナは占領され、5月13日にマイソール軍は降伏し、イギリスはマイソール全土を支配下に置いた。これにより、30年以上にわたるマイソール戦争は終結し、イギリスの南インドにおける覇権が決まり、インドの植民地化がまた一段と進む結果となった。また、マイソール王国が制圧されたことにより、19世紀イギリスは内紛の多かったマラーター同盟に介入し、中断していたマラーター戦争を再開して第二次マラーター戦争と第三次マラーター戦争へとつながっていった。
しかし、1785年以降、ティプー・スルターンはデカンのマラーター王国やニザーム王国と再び争うようになった。かつてのナーナー・ファドナヴィースの裏切りにより、マイソール王国とマラーター王国の対立は終わらなかったのである。1787年2月14日、ティプー・スルターンとナーナー・ファドナヴィースとの間で和睦が成立したものの。それでも、ナーナー・ファドナヴィースはマイソール王国の脅威を恐れ、ニザーム王国ともに警戒に当たり続けた。また、イギリスも南インドの植民地計画を進めるようになり、マイソール王国の領土分割をねらう勢力はイギリスに加担した。1789年12月、ティプー・スルターンがケーララ地方を侵略し、トラヴァンコール王国と交戦状態となったが、それが第三次マイソール戦争の火種となった。1790年5月24日、イギリスはそれを口実に宣戦してマイソール領に侵攻し、6月1日にイギリス、マラーター王国、ニザーム王国の三者同盟が成立した。一方、フランスは前年のフランス革命により兵を出せず、オスマン帝国はロシアとの戦争によりイギリスと結んでおり、マイソール王国は不利を強いられた。さらに、1792年2月6日から2月24日にかけて、マイソール王国はイギリス、マラーター王国、ニザーム王国の軍にシュリーランガパトナを包囲され、マイソール王国軍は2万人の死者を出した（シュリーランガパトナ包囲戦）。そして、3月18日ティプー・スルターンは敗北を認め、シュリーランガパトナ条約を結んだ。彼はトラヴァンコール王国、コーチン王国などを除くケーララ地方全域をはじめとするマイール王国の約半分の領土と、多額の賠償金の支払いを約束し、その保証に二人の息子を人質として差し出さなければならなかった。
この地の最初の邸宅は、1497年にオロモウツ司教となったスタニスラス・トゥルツォによって建てられた。建物は後期ゴシック様式を基本にしつつ、最新のルネサンス様式を一部に取り入れていた。三十年戦争の間の1643年、城はスウェーデン軍によって略奪にあった。権力のあるリヒテンシュタイン家が宮殿をバロック様式に改装するよう建築家フィリベルト・ルッケーゼに依頼してから、1664年までは司教のものではなかった。ルッケーゼの仕事の注目すべき作品は、城正面の娯楽用庭園である。1666年のルッケーゼの死によって、後任のジョヴァンニ・ピエトロ・テンカッラが公式庭園としてルッケーゼの作品を完成させ、テンカッラが属していたトリノ派を偲ばせる手法で宮殿を再建した。 1752年3月の大火で宮殿がすっかり焼けてしまうと、2人のオーストリア皇室お抱え芸術家フランツ・アントン・マウルベルトシュとヨーゼフ・スターンが宮殿ホールの装飾を自分たちの作品でするために到着した。彼らの絵画が加わり、宮殿は芸術コレクションを収蔵し、国でも優れた絵画を収めた場所とされた。ティツィアーノの最後の神話から題材を得た作品、The Flaying of Marsyasが含まれている。収集品の大部分は1673年にケルンで、司教カレルが買い求めた物である。宮殿には顕著な音楽の業績と33,000冊もの蔵書を持つ図書館がある。宮殿内のインテリアは広範囲で、映画『アマデウス』においてウィーンのホーフブルク宮殿のシーンを撮影するのに使われた。この作品はヴォルフガング・モーツァルトの生涯を元としているが、彼自身がクロムニェジーシュを訪れたことはない（ただし、モーツァルトが1781年ごろに作曲した二台のピアノのための「ラルゲットとアレグロ（ケッヘル番号なし、未完）」が1960年に図書館で発見されている）。観客席は、映画『不滅の恋/ベートーヴェン』でのピアノ・コンチェルトのシーンに使用された。また、2014年放送のドラマ『エカテリーナ』（ロシアテレビ）のロケ地としても使用された。1998年に宮殿の建物と庭園は、「花の庭園」(Květná zahrada)と合わせて「クロムニェジーシュの庭園と城」としてユネスコの世界遺産に登録された。