幼い頃からパソコンに親しむ。10代の頃はコンピュータのシステムエンジニアを志望し専門学校に通っていた。高校在学中から、自分が漫画界に通用するかを試すための「実験」と称して、『週刊少年ジャンプ』に漫画を投稿する。1990年、『ハメルンの笛吹き』が第39回手塚賞の佳作を受賞したことがきっかけで、「漫画屋」（まんがや：藤崎による漫画家の呼称）を目指す。再び『週刊少年ジャンプ』に応募した『WORLDS』が第40回手塚賞に準入選し、『ジャンプ』増刊号に掲載されデビューした。デビュー後、3本の読切漫画が『週刊少年ジャンプ』本誌、増刊に掲載される。1992年、専門学校卒業。読切漫画をまとめた初の単行本、短編集『WORLDS』を出版する。同年末には『週刊少年ジャンプ』で『PSYCHO+』を初連載するが、短期間で打ち切り終了。その後、3年間は読切漫画を増刊に3本発表するにとどまる。1996年に『週刊少年ジャンプ』で、連載開始した『封神演義』は人気作となり、1999年にはアニメ化された。2000年に完結。2002年に『週刊少年ジャンプ』にて『サクラテツ対話篇』、2004年に『Wāqwāq』を連載するが、共に支持を得られず打ち切りとなる。その後の2005年は増刊『ジャンプ the REVOLUTION!』にて読切作品『天球儀』が掲載された。2006年には初の画集『藤崎竜イラスト集1990-2006 PUTITAKITYU』を発売。同年、バンダイの食玩『共生魔神ぐりりんパンチャー』のメカ・キャラクターデザインを担当し、『Vジャンプ』11月号に販促用の読切漫画を掲載した。2008年から月刊漫画誌『ジャンプスクエア』1月号にて小野不由美原作のホラー小説『屍鬼』を漫画化し、連載を開始。2010年にはアニメ化された。2011年に連載終了。平行して角川ビーンズ文庫のライトノベル『風水天戯』の挿絵も手がける。2012年、ジャンプスクエアとその季刊誌に、自身が原作を担当した読切漫画を3本発表。同年末には、『ミラクルジャンプ』No.12に読切漫画『アメとサルタヒコ』を発表。2013年、『週刊ヤングジャンプ』32号より、『アメとサルタヒコ』の設定をアレンジした『かくりよものがたり』の連載を開始。2014年に第一幕了（事実上の打ち切り）。2015年、『週刊ヤングジャンプ』45号より、田中芳樹原作SFライトノベル『銀河英雄伝説』を漫画化し、連載を開始する。
京都府京都市出身。父は著述家・烏賀陽正弘。1969年、京都市立第二衣笠小学校（1972年より京都市立金閣小学校）入学。景品のラジオで深夜放送を聞きポピュラー音楽に触れる。1975年、同志社中学校入学。文章を書くことが好きになる。本多勝一、立花隆、柳田邦男らの著作を愛読。1978年、同志社高等学校入学。パンクロックに傾倒し、ベースギターを弾き始める。1982年、京都大学経済学部入学。在学中は「世界経済論」を専攻する一方で、活発にバンド活動を行う。1986年、朝日新聞社入社。入社後は、三重県津支局、愛知県岡崎支局、名古屋本社社会部で事件記者を5年経験。記者として初めて書いた記事は交通遺児募金についての警察発表。この時期に記者として基本的な能力である、記事の元となる素材を検証する能力を身につけた。1986年4月、三重県津支局に配属。記者としての基本を学ぶ。1988年、愛知県岡崎支局に転勤。東京本社のリクルート事件の取材に関わる。1989年、名古屋本社社会部に転勤。1991年から2001年まで、週刊誌『AERA』の編集部で記者を務める。『AERA』では音楽・文化を担当。作家になる前の町田康を表紙にし、新人だった鳥肌実を取り上げた。最初に書いた音楽記事はロバート・ジョンソンについてのもの。チェルシー・ホテルについてのルポを書いたとき、記者としてやっていく自信を持てたという。大手メディアが扱わなかったセックス産業のルポ、変装して潜入取材したドラッグ売買のルポは海外メディアから注目された。1992年から1994年まで休職し、無給のままコロンビア大学国際公共政策大学院(SIPA:the School of International and Public Affairs)に自費留学した。その動機は、核戦略について本格的に学ぶためであった。軍事研究・安全保障論を専攻。留学中は、1日に使える予算は5ドル程度で経済的に苦労した。1995年は、ジャーナリストとして重要な取材を行った。デイヴィッド・ハルバースタムとの対話は、大きな影響を与えた。1996年のアメリカ大統領選挙では、半年間全米各地を取材している。1998年から1999年は『AERA』ニューヨーク駐在記者を務める。1997年、当時まだ無名だった村治佳織を『AERA』誌上で取り上げようとデスクに持ちかけたが、却下されたという。その後、1999年になって村治が他誌で取り上げられるようになると、ようやくデスクは村治を『AERA』でも扱うようになった。2001年3月、パソコン入門誌『ぱそ』編集部へ。当時パソコンについてよく知らなかったため、この異動に驚いたという。まついなつきの連載漫画（のちに『まついなつきのパソコンこんなんできまっせ』として単行本化）を担当し、作品内にも担当編集者として登場していた。2001年5月、編集長の三浦賢一が自殺した。自殺後に緘口令が敷かれたが、社内の人間が一切自殺について会話をしなかったことに驚いたという。2001年11月、出版企画室へ異動。体調を崩し1年ほど自宅療養。2003年、40歳で「早期定年退職」制度を使って退社。その後はフリーのジャーナリスト、評論家として活動。AFPBBニュースで「烏賀陽（うがや）弘道の音楽コラム」を連載していたが、2006年6月8日、主に原稿料の額の少なさを理由として3か月の連載契約を更新せず終了する。