大戦略で次に問題となるのは政策を実施するための手段である。国家の権力資源は外交交渉、軍事同盟、宣伝活動、国際法、貿易取引、経済制裁、武力行使など様々な局面に反映され、大戦略は直接的にそれら国力を創造し、管理し、運用するよう指導する。しかしジョン・コリンは国力といっても軍事力がいくつかある要素の一つに過ぎないことに注意を促している。彼は軍事戦略が武力行使を通じた勝利の追及である一方で、大戦略において戦争の勝利と同等に平和の維持が重要であることを指摘する。そして大戦略が軍事戦略を管理し、それを一つの要素として扱うものであると述べている。さらにエドワード・ルトワックは大戦略で扱うものは顕在的な能力だけでなく、潜在的な能力をも含み、両者はトレードオフの関係にあることを指摘している。大戦略の手段として動員可能な軍事力や経済力の基盤には人口規模、技術発展、教育水準などがある。大戦略は政治力、経済力、心理力、軍事力の4種類の国力を発展し、また運用するものである。政治力は国民性、国家の安定性、政治的リーダーシップ、そして国民の全般能力などに規定される。次に経済力は国家の利用可能資源、産業、交通網、国際貿易、戦時耐久性などに規定される。心理力は国民の団結、社会的安定、国家機構の性格と活力、また愛国心、国民士気、忍耐力、奉仕精神などで規定される能力であり、また外国政府や外国国民の了承や援助をも含む。最後に軍事力は兵員数や装備数、資源、工業能力、人口、国民士気などに規定される。大戦略では運用されるこれら諸能力をどのように組合せる戦略が最適であるかを問題として、相手国が保持する能力をも考慮しながら最適化を追求する。これら種類の手段はトレードオフの関係にあるために、相手国に対して優位を確保するためには集中的な国力開発が必要でありながらも、政治力と心理力、経済力と軍事力などは相互に依存している能力であるために、均衡のとれた国力開発が求められる。
ブラウン達捕虜は武器庫の事務所に拘束された。10月18日、バージニア州知事ヘンリー・A・ワイズ、州上院議員ジェイムズ・M・メイソンおよびオハイオ州の下院議員クレメント・バランディアムがハーパーズ・フェリーに到着した。メイソンはブラウンを3時間にわたって尋問した。この攻撃は連邦政府の財産の中で起こったが、ワイズはバージニアで裁判にかけることを命じた（おそらくは、連邦政府の圧力を回避するため、あるいは可能性は小さいが大統領の恩赦を避けるためであった）。医者がブラウンを診察して公判に耐えられると宣言し、公判は10月27日に始まった。ブラウンの罪状は4人の白人と1人の黒人の殺害、奴隷に対する反乱の教唆、およびバージニア州に対する反逆罪であった。ジョージ・ホイトを含む弁護団がブラウンに付けられたが、10月31日に最終弁論を行ったのはハイラム・グリスウォルドであった。グリスウォルドは、ブラウンが忠誠心を負わないバージニア州に対する反逆罪では無罪である、ブラウンは自分では誰も殺していない、また襲撃の失敗はブラウンが奴隷を唆した訳ではないことを示していると弁護した。アンドリュー・ハンターが検察側の最終反論を行った。11月2日、1週間の公判と45分間の評議の後で、チャールズタウン裁判所はブラウンは3つの罪状すべてに有罪と判決を下した。ブラウンは12月2日に公衆の面前で絞首刑に処せられることになった。この判決に反応したエマーソンは、「ジョン・ブラウンは絞首台を十字架のように栄光有るものにする」と述べた。フランシス・H・スミス将軍とトマス・J・ジャクソン少佐（2年足らず後に「石壁」と渾名をつけられた）の指揮でバージニア士官学校の士官候補生が、ブラウンの支持者が救出に来た時のために護衛に就くことになった。私が認めるやり方、また公平に正しかったと認めるやり方で私が干渉をしたのならば（というのもこの公判で証言した目撃者の大半が真実に溢れ誠実であったことを賞賛する）、富める者、権力のある者、知性のある者、いわゆる偉人のために、あるいはその友人、父親、母親、兄弟姉妹、妻や子供などのために、私が干渉をし、苦しみ、この干渉したことで得たことを犠牲にするならば、それはすべて結構なことだ。この法廷にいるあらゆる者が罰よりも報奨に値すると思うことだろう。この法廷は、私が想像するところでは、神の法の正当性を認めている。私は聖書、少なくとも新約聖書と思われるこの接吻した本を見ている。これはあの男達が私にすべきことは何でも、私が彼らにそのようにすべきと教えている。さらに、「縛られている者はその者を縛ってもいることを覚えておけ」と教えている。私は敢えてこの教えに従って行動した。私は未だに若すぎて神がえこひいきする人であることを理解できない。私がした干渉と言うことは、神が嫌う貧乏のために私がしたと常に自由に認めることと同じく間違ってはおらず、いや正しかったと信じている。さて、正義の目指すところを増長させるために私の命を奪うことが必要ならば、また私の血と、私の子供の血を混ぜ、さらに邪悪で残酷で不正な法制のもとでその権利が軽視されているこの奴隷の国の何百万という血を混ぜることが必要と考えられるならば、私は従おう。実行していただきましょう！ — 有罪判決後に法廷で行われたジョン・ブラウンの発言の抜粋、ジョン・ブラウンの最後の言葉、1859年11月2日]ブラウンは監獄に入っている間に書簡の往復を許された。ブラウンは、監獄になんとか忍び込んできた、カンザス時代以来の友人シラス・ソウルのブラウンを救出しようという申し出を断った。ブラウンは殉教者として死ぬ用意ができていると言ったので、シラスはそのままにした。さらに重要なことは、ブラウンの多くの手紙が高い調子の精神性と信念を発しており、北部の新聞で取り上げられた時は、北部の支持者の数を増やす一方で南部の多くの者を激高させた。ブラウンは囚人であったかもしれないが、1859年の最後の四半期は疑いもなく国民の話題の的になった。12月1日、ブラウンの妻が最後の食事を共にした。彼女は最後の夜を共に過ごす許可は拒み、試練を前にしてブラウンが取り乱したりしないように配慮した。