鎖国によって閉ざされた日本にとって、出島は唯一欧米に開かれた窓であった。オランダ商館に医師として赴任したケンペル（1690年–1692年滞日、主著『日本誌』）、ツンベルク（1775年–1776年滞日、主著『日本植物誌』）、およびシーボルト（1823年–1828年および1859年–1862年滞日、主著『日本』『日本植物誌』）らは、西洋諸科学を日本に紹介するいっぽう日本の文化や動植物を研究しヨーロッパに紹介した。上記3人は、「出島の三学者」と称されている。享保年間、8代将軍徳川吉宗が実学を奨励してキリスト教関係以外の洋書を解禁した結果、出島からもたらされる書物は、医学、天文暦学などの研究を促進させた。蘭学を通して生じた合理的思考と自由・平等の思想は幕末の日本にも大きな影響を与えた。
長崎市のホームページによれば、中央、東部分の計15棟を復元したのち、周囲に堀を巡らし、扇形の輪郭を復元する予定である。現在、筆者部屋他6棟の復元のため、発掘調査中である。市出島史跡整備審議会は2050年を目標に、かつて水に囲まれた扇形の島を完全復元するよう長崎市長に提言している。2010年2月18日、スウェーデンにおいて出島が「体系的な生物学の起源」をテーマとする世界遺産暫定リストに掲載されたことが西日本新聞により報道された。江戸時代中期に当地に滞在し研究活動を行った同国の植物学者ツンベルクの事跡に関連する遺産としての掲載であるとされている。2017年には、出島と対岸を結んでいた橋が130年ぶりに同じ位置に架け直された。橋の名称は「出島表門橋」で、国の史跡である出島側に負担をかけることがない工法がとられている。橋は2017年2月27日に架設され、同年11月24日にオランダ王室紀や秋篠宮夫妻ら出席のもと完成記念の式典が執り行われ、翌日より供用を開始した。
2001年（平成13年）度からは第2期整備事業として、島を取り囲んでいた石垣のうち南側、131ｍの詳細な調査・修復・復元工事に着手するとともに、外周に歩道を整備し、扇形の輪郭を確認できるようになった。建造物の復元も引き続き進められ、5棟（オランダ船から人や物が搬出入された「水門」、商館長宅「カピタン部屋」、日本側の貿易事務・管理の拠点だった「乙名部屋」（おとなべや）、輸入した砂糖や酒を納めた「三番蔵」、「拝礼筆者蘭人部屋」）が復元を終えている。
1996年（平成8年）からは第1期整備事業として本格的な復元事業に着手。発掘調査と石垣の修復と、敷地西側の建造物5棟（商館長次席が住んだ「ヘトル部屋」、商館員の食事を作った「料理部屋」、オランダ船の船長が使用した「一番船船頭部屋」、輸入品の砂糖や蘇木を収納した「一番蔵」・「二番蔵」）の復元が実施され、後者は2000年（平成12年）4月に完成した。
1968年の夏、例年通りの大学入試や雇用はついに行われず、多くの青少年が都市において無職のまま紅衛兵運動に没頭した。北京の清華大学では、1967年以降、学生の派閥の分裂や争いが起こり、相互の論戦から100日続く武力闘争へと発展、1968年7月28日には事態収束のため毛沢東が人民大会堂で学生リーダーたちを説得しなければならない状態になった。こうしたことから紅衛兵運動は停止された。1968年12月22日には『人民日報』が「若者たちは貧しい農民から再教育を受ける必要がある」として、都市に住む中学生・高校生などは農村に行って働かなければならないという毛の指示を報じた。この上山下郷運動による下放は、その後、1968年からおよそ10年間に渡り行われた。都市と農村の格差撤廃という共産主義のスローガンの影響と、都市部の就職難を改善させる目的から、半強制的な性格かつ永住を強制する措置として行われ、10年間に1600万人を超える青年が下放させられた。その行き先は雲南省、貴州省、湖南省、内モンゴル自治区、黒竜江省など、中国の中でも辺境に位置し、経済格差が都市部と開いた地方であった。ただし、一部の党幹部の子女の中には、軍に入ったり、都市郊外の農村に移住したりするなど比較的恵まれた時期を過ごせた者もあった。多くの青少年は「毛主席に奉仕するため」として熱狂的に下放に応じた。「広闊な天地にはなすべきことがたくさんある」などのスローガンのもと、辺境の農村に住み込んだり生産建設兵団で開墾作業に従事したりした若者たちは、やがて、地方と都市とのいちじるしい落差や農作業の厳しさに苦しむようになった。農業の専門家でもないのに農法や政治思想について農民たちにあれこれ指示しようとした学生たちは、識字率も低く古くからの意識や因習を残す農村の人々の反発を受け、現地になじむことはできなかった。農村には都市のような娯楽も高等教育もなく、家族や都市を懐かしむにも帰ることはできなかった。中ソ対立の激化により、同じ1968年末には、毛は「全民皆兵」を叫んで全国民に対し戦争や飢饉に備えるよう命令した。各都市では防空壕が建設され、多くの軍需工場や研究機関が沿海部から内陸部へと西遷した。また、生産建設師団や農墾師団が内陸を中心とした各地方に配備され、ソ連との戦争に備えながら開拓などを行った。1950年代に設置された「新疆生産建設兵団」と1969年から設置された「黒竜江生産建設兵団」に加え、さらに、10個の生産建設兵団（内モンゴル、蘭州、広州、江蘇、安徽、福建、雲南、浙江、山東、湖北）と3つの農墾師団（チベット、江西、広西）が設置され、多くの青年が地方に送られた。