オリマーたちホコタテ星人は、身長が3cmほどの小さな種族である。彼らにとってピクミンの星の大気中に含まれる酸素は猛毒である（純酸素は我々人間にとっても有毒である）。今作では生命維持装置の準備が万端のため期限を気にせず冒険できる。前作でオリマーが乗っていた愛船ドルフィン号は今作の冒頭で借金のカタに売り飛ばされてしまったが、代わって社長の愛船ドルフィン初号機が登場しオリマーとルーイが乗って冒険する。初号機は2人のナビゲーターとしても活躍するが、やかましい一面もある。お宝を10000ポコ集めた後にはルーイが行方不明になってしまい、ルーイの代役は社長が務める。
前作に無い要素として地下洞窟がある。地上と地下洞窟の間は強力な磁場の影響でゆがんでおり、入るたびに地形が変わる。二人とピクミン達が「ドルフィン初号機」から分離した探査ポッドとともに洞窟へ進入し、お宝を探査ポッドに詰め込んで地上へ脱出する。また、『ピクミン』では壊せなかった間欠炎（一定時間ごとに炎を噴き出すもの）が壊せるようになった。間欠泉の用途も大きく変わり、『ピクミン』ではオリマーが高いところに上がったり近道をしたりするための用途だったが『ピクミン2』では地下洞窟から抜けるためのものとして使われる。ちなみに、ピクミンがフロア内に埋まったままで下の階層に進もうとする・地上へ脱出しようとすると選択肢が表示される際に警告音が鳴り、「ピクミンの芽がおきざりになります!」と表示されコマンドの「やめておく」が「助けにいく」に変わる。新たなトラップとして、一定時間ごとに両極の間で放電する電極、電流が流れている電気ゲート、常に毒ガスを放出しているガス管、ガス管+土の壁のガスゲートが追加された（すべて破壊可能）。その代わりに壁の耐久力が低くなった。(地上の黒い砂壁は、耐久力が微量に上がった)バクダン岩の使用法も大きく変わっている。前作では黄ピクミンの武器であったが、今作ではより大きくなった上でトラップに変わっており、黄ピクミンは扱えなくなったが、オリマーパンチやピクミンの攻撃のあと一定時間で爆発する。これにより、黄ピクミンを使わずともバクダン岩で原生生物にダメージを与えられるようになったうえ、前作にあった岩の壁（バクダン岩でのみ壊せる）はなくなっている。(『ピクミン3』では復活し、今度は黄ピクミンのみではなく全ピクミンが持てるようになった。)中には、完全なトラップとして上から落ちてきて一定時間の後に爆発するものもある。(地下洞窟のみ)ゲキニガスプレーで石化する事も出来、この状態で攻撃を行った場合、爆発する事なく消滅する。なお、vsモードではオリマーとルーイがバクダン岩を持ち、投げることができる。今作では、新たにピキノツユクサから取れる実から、特殊な効果をもたらすスプレーか導入されており、赤い実はピクミンの攻撃力と移動速度を一定時間上昇させるゲキカラスプレー、紫の実は原生生物を一定時間石化させて活動を停止させるゲキニガスプレーがある。ゲキニガスプレーで石化させた原生生物は倒すと死骸が残らない代わりに大地のエキスを落として消滅する。後発の『ピクミン3』ではゲキカラスプレーのみが登場、継承されている。
1908年（明治41年）3月21日、会計検査院第四課長・平塚定二郎の次女で22歳の平塚明子の捜索願が出され、翌日友人宅に届いたハガキから宇都宮・日光方面の列車に乗ったことがわかり、栃木県警が捜索にあたったところ、23日に塩原温泉の山奥にある尾花峠（同地にその地名はなく尾頭峠が正しいとされる）で文学士の森田米松（白揚、のち草平と名乗る、当時27歳）とともに死に場所を探し彷徨っているところを警官に発見された。当時森田は、成美女学校（東京麹町区飯田町）で英語教師をしていた生田長江らが女流文学者を育てる目的で校内で始めた閨秀文学会で与謝野晶子らとともに講師を務めており、同会には明子のほか山川菊栄ら15、6人の女性が聴講していた。明子は出奔前に友人に「恋のため人のために死するものにあらず。自己を貫かんがためなり。自己のシステムを全うせんがためなり」という遺書を残していた。のちの明子の回想によると、雪山で彷徨ううち森田が「（意気地がなくて）人を殺すことはできない」と言って心中に使うつもりだった明子の懐刀を谷に投げ捨ててしまい、「金のあるうちだけ生きて野垂れ死にするのだ」などと言いだしてうずくまってしまったため、明子は腹立たしさと挫折感を味わいながらも、なんとか森田を励まして峠まで強行しようと雪の道を先に立って歩き出し、森田が動けなくなると、灌木の根元に座を作り、そこで森田を守って夜を明かす決心をし、すぐうとうとしてしまう森田が凍死しないか気遣いながら、明子自身は月夜に映し出された氷の山々の大パノラマに感激し、有頂天な幸福感と満足感に浸ったという。『煤烟』ではこの描写は僅かに二行たらずで、「名文には違いありますまいが、私のあの夜の感銘からすればあまりに物足らない死文字に思われます」と述べている。警察に保護されたのち、森田は夏目漱石宅に身を隠し、明子は友人の手配で信州・松本郊外の農家で静養した。この事件により閨秀文学会は頓挫し、事件の後始末を任された夏目漱石と馬場胡蝶は解決策として平塚家に結婚を申し出、結婚など考えていなかった明子に呆れられた。事件の翌年、森田は『煤煙』の連載により有名作家となり、明子は1911年に『青鞜』を創刊して女性運動家平塚らいてうとなった。1915年には『時事新報』に乞われて、心中未遂事件をらいてう側の視点で描いた『峠』を連載したが、つわりにより中断し未完に終わった。