1945年11月に全国臨時教区長会議を開催、従来の教団組織を改称し、翌12月には天主公教教区連盟を設置した。さらに1947年5月に全国教区長会議および教区連盟理事会が開かれて、今後の事業計画や活動方針を示すと共に、「教区長共同教書」が発表され、大々的に布教活動が行われた。その結果、登録信者数は1946年の108,324人から1950年には143,461人に増加し、さらに1955年には212,318人、1968年には344,343人となって戦前をはるかに凌ぐ比率で増加した。また世界レベルでは、二つの世界大戦を防げなかったことと、戦後も冷戦構造の中で精神的な指導力を発揮できないことへの反省から、1962年以降、カトリック教会で「アジョルナメント」（現代化）を目指した公会議（第2バチカン公会議）が行われた。この会議では、カトリック教会の冷静な現状認識と今後の方向性が確認された。その中でヨーロッパ中心的な思考にとらわれすぎていたカトリック教会の姿勢が正され、もっと世界規模の視野を持って、教会のあり方を考える必要性が痛感された。公会議のこのような精神に沿って、教会生活全体の見直しが行われたが、その一環として典礼の国語化が進められた。日本でもミサをはじめとする典礼の日本語式次第と、典礼の中で用いられる日本語聖歌（典礼聖歌）が作成された。また公会議では他宗教、特にキリスト教他教派への敬意と対話という方針がはっきりと打ち出された（「エキュメニズム」と呼ばれる宗教間対話の動きは、元々プロテスタントの中から起こったもので、1910年のエディンバラ宣教会議を嚆矢とする）。こうしたエキュメニズムの精神にそってプロテスタント諸教派とカトリック教会の聖書学者が結集して聖書の翻訳事業が行われることになった。ここに共同訳聖書（1978年）が完成し、さらに共同訳聖書における問題点を改善して出版されたのが新共同訳聖書（1987年）である。1981年には、史上初めてローマ教皇ヨハネ・パウロ2世が来日。東京、広島、長崎を訪れ、「平和アピール」を発表するなどした。
1945年8月に第二次世界大戦が日本の降伏により終わると、進駐してきたGHQの指示によって国家による神社への保護（国家神道）が廃止されたことにより、キリスト教各派は自由に活動できるようになった。さらに1945年10月、宗教団体法が撤廃され宗教法人令が公布・施行されると、戦時中に統合・監督的束縛を加えられていたキリスト教各派は、一斉に組織の再編に着手すると共に、日本各地で大規模な布教を開始した。1946年、日本国憲法によって完全な信教の自由が認められると、海外のキリスト教諸団体は活発に宣教師を派遣するようになった。さらに、かねてから準備されていた口語訳聖書も出版（新約1954年、旧約1955年）された。
戦時下の中で、正教徒の外交官である杉原千畝は「命のビザ」を発行し、ナチスの虐殺からユダヤ人を生命の危機からを助けた。イスラエルの回復を祈るホーリネス系のキリスト者が逃れてきたユダヤ人たちを受け入れた。旧約の神の民のうち、ある人は日本から渡米し、また再建されたイスラエルに帰還していった。1931年、大主教ニコライの後継者であるセルギイ・チホミーロフは府主教に昇叙された。だが、共産主義政権（ソ連）の下で弾圧されその監視下にあるロシア正教会の意思・決定に忠実なセルギイに対し、亡命ロシア人や日本人信徒から様々な反発が起こった。このような状況下で、セルギイを、その任から解き日本人を主教にするよう日本政府から圧力がかかった。日本正教会は抵抗することもなく、1940年、セルギイは引退を余儀なくされ、代わってニコライ小野帰一が主教に着座した。その後も当局の監視は続き、高齢のセルギイは1945年に特別高等警察に逮捕され拷問を受け、約1ヶ月拘留された。釈放後の同年8月10日、終戦の5日前にセルギイは死去した。拷問による衰弱死といわれている。
オンフレはノルマンディー地方の農家に生まれるも、両親に捨てられ10歳から14歳まで孤児院で過ごした（実の母も若いころ同じ孤児院に入れられた過去がある）。若き日の苦難を乗り越え、オンフレは哲学の博士号をカーン・ノルマンディー大学で取得した。1983年から2002年まで、カーンにある高等専門学校で上級生に哲学を教えた。その後、学費無料の教育機関であるカーン市民大学（Université populaire de Caen）を仲間と創立し、2004年に設立趣意書を発表した（『哲学の共同体（La communauté philosophique）』）。著書『無神学論（Traité d'Athéologie）』は、「2005年に出版されてから数ヶ月間、ノンフィクションの書物としてフランスで売上ナンバーワンを維持した（「無神学」という言葉はジョルジュ・バタイユからの借用である）。この本はイタリアでも同様によく売れ、2005年9月に発売するとたちまちイタリアのベストセラー1位に登りつめた」。2002年のフランス大統領選挙にて、オンフレは革命的共産主義者同盟（フランスのトロツキスト政党）の候補者オリヴィエ・ブザンスノへの支持を表明した。2007年の選挙では初めジョゼ・ボヴェを推していたが、最終的にはオリヴィエ・ブザンスノに投票し、その後大統領に選ばれることになるニコラ・サルコジにインタビューを行った。なお、オンフレにとってサルコジは「イデオロギー上の敵」だと『Philosophie Magazine』で述べている。オンフレがカーン市民大学という哲学共同体を作ったのは、2002年の大統領選の結果が原因だと述べている。著書『偶像の黄昏――フロイトのお伽話（Le crépuscule d'une idole : L'affabulation freudienne）』（英訳：『The Twilight of an Idol: The Freudian Confabulation』）（2010年）で展開されたフロイト批判により、フランスで大きな論争が起きた。オンフレによれば、フロイトは哲学者ではあるが、彼の行った治療には膨大な犠牲者がおり、その効果は疑わしいものだという。オンフレは無神論者であり、『無神論宣言（Atheist Manifesto）』という本を書いている。2015年には『コスモス（Cosmos）』を上梓したが、同書は続けて発表される2冊と合わせて三部作になる予定である。オンフレは、若干皮肉も込めた上で、この本が自らの「初めての本」になるだろうと述べている 。