平成31年4月1日の定員は1,650人。国家公務員削減の流れに反し、平成16年度定員から188人増員されている。職員のうち、公安調査官（公安職）が調査業務に従事している。なお、幹部以外の職員氏名は公表されない。東京・霞が関の法務省庁舎内にある本庁以下、東京、大阪など8か所にブロックを管轄する公安調査局、横浜、京都など14か所に府県を管轄する公安調査事務所、その他必要に応じて駐在官事務所が置かれている。以前は、公安調査局の置かれる都道府県以外の全ての府県に地方組織（地方公安調査局、後に縮小され公安調査事務所）が置かれていたが、2001年（平成13年）1月の中央省庁再編に伴い、一部の事務所が閉鎖統合され、現体制となった。本庁と地方組織の役割分担としては、地方組織が収集した情報を本庁が一元的に分析・評価し、関係省庁に提供する仕組みとなっている。本庁は、人事・管理を担当する総務部、国内情報を担当する調査第一部、国外情報を担当する調査第二部で構成されており、公安調査局・公安調査事務所もこれに準じた組織となっている。北朝鮮情報やイスラーム過激派によるテロ情報などを扱うのは調査第二部である。法務省の外局であり、長官、次長、総務部長などの幹部職員はすべて検事が占めている。このほか、国内情報の責任者である調査第一部長は警察キャリアの指定席となっている。国外情報の責任者である調査第二部長には、公調キャリアが充てられている。他方、他省庁への出向ポストは多く、代表的なものとしては、内閣情報調査室を中心として内閣官房に二十数人、外務省（本省、在外公館）に数十人、同じ法務省の外局である出入国在留管理庁に数人を出向させている。出向者は定員にカウントされないため、実際には1,700人強の職員を抱えている。
日本国外に関しては、同庁が毎年公表している「内外情勢の回顧と展望」の書き振りから、朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）、中華人民共和国（中国）、ロシアなど、日本と敵対もしくは緊張関係にある国家等に関する情報収集を行っているとみられる。また、同庁が公表している「国際テロリズム要覧」には、国外のテロ組織・過激組織の動向やテロ関連情勢が詳述されていることや、平成26年版「内外情勢の回顧と展望」にも中東・北アフリカの情勢や国際テロリズムに関する情勢が独立した項目で取り上げられていることから、グローバルに展開する昨今のテロリズムのトレンドに応じた情報収集を行っているとみられる。
内閣官房内閣情報調査室、警察庁警備局、外務省国際情報統括官組織、防衛省情報本部とともに、内閣情報会議・合同情報会議を構成する日本の情報機関のひとつ。破壊活動防止法や団体規制法の規制対象に該当する団体であるかどうかの調査（情報収集）と処分請求を行う機関であり、調査活動の過程で入手した情報を分析・評価し、政府上層部に提供している。同庁公式サイトでは、業務内容を大別して「団体規制」と「情報貢献」として紹介している。公安調査庁が処分請求を行った後に、その処分を審査・決定する機関として公安審査委員会が設置されている。調査対象組織（国家）内部に「協力者」（エージェント、対象とされる組織（国家）から見るとスパイということになる）を獲得し、これを通じて情報を入手することを目指して「工作」活動（ヒューミント）を行っている。公安調査庁は、内務省調査局の流れを汲んでおり、特高警察関係者が創設に関与した。公安調査庁の活動は、対象の行動確認、公開資料の収集・分析・整理、協力者の確保など、純粋な諜報・インテリジェンス活動が主であるが、団体規制法第三十九条、第四十条、第四十一条などにより、一定の強制力を行使できる。ただし、職員は特別司法警察職員ではないため、逮捕状、捜索差押許可状等を裁判所に請求したり、発付された令状を執行する権限は有しない。この点は、英国の情報機関である内務省保安局（MI5）やドイツの憲法擁護庁と同様である。秘密警察と指摘されることもある。
秋田市立秋田商業高等学校では当初捕手だったが、試合中に突然登板を命じられ以来投手になる。1957年夏の甲子園県予選で優勝。奥羽大会に進出するが、1回戦で八戸高に惜敗し甲子園には出場できなかった。卒業後は日本石油に進む。1961年の都市対抗では杉本和喜代（日本鋼管から補強）と投の二本柱を組み優勝に貢献。翌1962年の都市対抗では43イニング無失点（大会記録）、全5試合完封勝利を果たし連続優勝、橋戸賞を受賞する。1962年に大洋ホエールズに入団。同年は9月から先発としても起用されたが4連敗に終わる。1964年には5勝を挙げ、7月5日の阪神との対戦では村山実に投げ勝ち初の完封勝利を飾る。1965年は不調で勝星がなかったが、翌1966年には復活。先発陣の一角として自己最多の8勝を記録し、後述のように完全試合も成し遂げた。その後は主に中継ぎとして起用されるが、1969年には登板機会が減り、同年限りで引退。社会人野球の実力者として期待されたが、無理な練習のため肘に持病を持っており、プロでは前評判のような活躍はできなかった。主に中継ぎやローテーションの谷間での先発で起用され、比較的防御率が良く当時の三原脩監督に重用された。1964年9月23日の巨人戦で、王貞治から1シーズン本塁打日本記録の第55号を打たれている。1966年5月1日には、シーズン開幕以来の初先発である広島戦で、1960年の島田源太郎に次ぐ球団史上2人目の完全試合を達成している。実は本当の先発予定は左腕の小野正一であり、佐々木は広島の右打者を交代させる為の「偵察オーダー」で1回終了時点で交代の予定だった。しかし当時の別所毅彦投手コーチから「ヒットを1本も打たれていないから打たれるまで投げてこい」と言われ、最後まで1本のヒットも打たれることなく完投し完全試合を達成した。引退後は、社会人野球TDKのコーチ・監督を歴任。野球界から引退した後は東京都中央区で割烹料理の店を営んでいたという。2008年12月21日、敗血症のため東京都内の病院で亡くなった。68歳没。秋田県大仙市にある「かみおか嶽雄館」の「野球ミュージアム」では、完全試合達成時の写真が展示されている。