敷地の総面積は27.2ヘクタールある。入換作業なしでコンテナ列車を荷役できる着発線荷役方式で26両編成に対応している。施設は、コンテナホーム2面（北側13,300平方メートル、南側22,300平方メートル）、中継コンテナホーム1面24,400平方メートル、駅本屋（鉄筋コンクリート造り4階建て、延べ床面積1,600平方メートル）、倉庫（鉄筋コンクリート造り3階建て、8,000平方メートル）、着発線8線、荷役線5線、留置線16線（うち編成留置線4線）などを備えている。地元との協定により、貨物取扱量は年間100万トン以内、中継貨物は年間45万トン以内、始発・終着列車は1日12本以内、車両編成はコンテナ貨車26両以内とし、出入りする貨物関連自動車は1日往復1,000台以内に限定する。フォークリフトは低騒音型のものを用意し、貨物専用道路（3.1キロ）も設置する。
吹田操車場の機能廃止に伴い、跡地は大半が広大な空き地となったほかは、吹田信号場として機能することになった。JR貨物により運行される貨物列車の多くは乗務員交代などのために運転停車する。当信号場以西と日本海縦貫線を直通する列車の多くは交流・直流両用電気機関車と直流電気機関車の交換を行い、また配線上直通できない東海道本線と大阪貨物ターミナル駅を結ぶ列車、山陽本線方面と梅田貨物線を結ぶ列車はここで機回しを行う。使用エリアは大きく3つに別れ、千里丘駅に近い吹田第二信号場では大阪貨物ターミナル駅へと分岐し、岸辺駅に近い吹田第六信号場では上り列車の運転停車・機回し、また吹田駅に近い吹田第七信号場では下り列車の運転停車・機回しを行う。東海道・日本海縦貫線から梅田駅・安治川口駅へ向かう下り貨物列車には停車しないものも多かった。吹田第七信号場は特急「はるか」・特急「くろしお」など東海道本線から阪和線へのルートとして旅客列車も利用しており、また吹田第六信号場は新大阪駅始発・終着の「くろしお」の折り返しにも使われている。また、大阪発着の特急・急行列車で吹田総合車両所京都支所（旧・京都総合運転所）へ出入りする回送列車は北方貨物線と東海道本線の渡りとして信号場内を通っている。京都支所から吹田総合車両所本所に検査入場する際は吹田第二信号場から入換信号機で入場する。一時期運行されていた臨時快速列車「ウエスト関空」の姫路行き列車は、吹田第六信号場で折り返し北方貨物線経由で姫路に向かう設定であった。再開発のため廃止される予定の梅田貨物駅の機能移転先として2007年1月、吹田貨物ターミナル駅（当時は仮称）が起工され、2013年3月16日に開業し運用を開始した。同時に吹田信号場も大阪貨物ターミナル駅への貨物支線の起点としての機能も含め、吹田貨物ターミナル駅構内の扱いとなった。
科学者トーマス・ハーバーは、“死後の世界”の存在を証明したと世間に公表するが、それは皮肉にも世界の自殺予備軍の背中を後押しする形となる。大量の自殺者を出した一連の騒動の半年後、トーマスはテレビ・クルーを自宅に呼びインタビューに応じていた。“死後世界の証明”は厳密には「死後に肉体から離れる脳の波長を補足した」までのものであり、「脳波がどこに行き着くか」までは解明出来ていないものだった。にもかかわらず死後世界発見を発表し100万人もの自殺者を出したトーマスに対しインタビュアーは責任を問う。トーマスが「自分に責任はない」と答える中、番組スタッフの一人がその場で拳銃自殺を行い、その映像が生放送で世に発信されてしまう。事件から1年半後、トーマスは行方をくらましており、世界は衝撃の自殺映像により400万人にまで自殺者数を増やしていた。そんなある日、トーマスの息子ウィルは移動中のフェリーで、アイラという女性と出会う。アイラは自殺集団の考えは支持していないものの、死後世界はあると考えていたが、ウィルは死後世界の証明が決定的ではないとの立場をとっていて、人々が疑いもせず安易に自殺していくことに苛立ちをおぼえていた。ウィルはアイラに、幼少期の臨死体験の記憶についても語った。ウィルは砂浜に座る男の子を死後世界で見たのだという。港に迎えに来ていた兄、トビーの車に乗ったウィルはトーマスの邸宅へと向かった。トーマスは人里離れた場所に邸宅を建て、そこを研究拠点にしようとしていたのであった。その邸宅で働く人々は皆、自殺未遂を起こした人間たちだった。トーマスとトビーが部屋に入るとそこではレイシーとクーパーがトーマスの蘇生を試みていた。トーマスを殺したのはレイシーとクーパーだったのだ。ウィルは蘇ったトーマスに死亡率上昇の責任を取るよう糾弾した。ウィルが浜辺を歩いていると、重い荷物を背負ったアイラが海に入っていくのが見えた。必死の思いでアイラの入水自殺を止めたウィルは、彼女を邸宅へと連れて行くことにした。邸宅で暮らす人々の話し合いの中で、トーマスは「死者が死後世界で見たものを記録できる装置の開発に成功したが、被験者がいない」と言った。そこで、人々は近くの墓地からフィリップスという男の死体を盗み出した。ウィルは子供の頃に母親が自殺してしまったことをアイラに明かした。翌日、トーマスたちは死後世界の記録を取ろうとしたが、何も記録できなかった。実はウィルが装置に仕掛けを施して、映像データが別の場所に転送されるようになっていたのである。転送されたデータを再生すると、そこには病院に向かった男性が誰かを見舞い、女性と口論する様子が記録されていた。データからその病院を割り出したウィルは、現地へと向かったが、データに記録されていた出来事が起きたのが少なくとも10年以上前であることを知っただけに終わった。実験の失敗の原因を検討するミーティングで、トーマスは機材の不調を邸宅に暮らす人々に言いふらしたレイシーを論難し、ここから出ていくように命じた。ウィルはアイラを先の病院へと連れて行き、そこで録画された映像を見せた。ウィルは「ここに映っているのは死後世界の映像ではないと思う」とアイラに言うのだった。病院内を捜索した2人は、フィリップスの父親のものと思われるカルテを発見した。トーマスの実験とウィルとアイラの調査の末に、死後世界とされていた世界の真の姿が明らかになってしまう。