明治初期から中期にかけては、国を挙げて欧化政策が進められたため、西欧精神の中枢であるキリスト教に関心を持つ者が増えた。福澤諭吉がキリスト教国教会論を主張し、上流階級がキリスト教に殺到した時代である。なお、1895年のカトリック教会は、信徒数50,302人、司教4人、司祭はパリ外国宣教会士88人、マリア会士27人、邦人司祭20人であった。プロテスタントは1888年末に249教会、信徒15,514人、宣教師451人、日本人教役者142人、神学校14校、神学生287人、年間の受洗者は約7,000人を数えた。正教徒の信徒数は17,000人であった。しかし明治中期以降、日本が富国強兵政策をとって近代国家への歩みを模索し、国粋主義的思想が強まるようになるとキリスト教への見方にも変化が起こる。1889年に発布された「大日本帝国憲法」では日本が立憲君主制国家たることを宣言しているが、この中で信教の自由は限定的なものとされた。さらに天皇に対する忠誠を説く「教育勅語」（1890年）で明治日本における天皇の位置づけが明確に示された。国家の核としての天皇と国家神道の位置づけが明確にされたことで、キリスト教に対する風当たりが強まっていく。このような風潮を象徴するできごとが内村鑑三の不敬事件（1891年）であった。また、政府は大逆事件(1911年)で幸徳秋水を処刑したが、キリスト教に批判的な立場から、彼の遺作である『基督抹殺論』の刊行を認めた。このような情勢の中でも、この時期、様々なキリスト教的社会福祉事業や社会運動が起こっている。キリスト教精神がようやく日本社会に浸透し、社会への働きかけという形で実を結び始めたことの証ともいえる。
アメリカの宣教師を中心に、日本での明治初期のミッションスクール創設にあたっては、カトリックより早く、日本における女子教育の嚆矢ともいえる。1869年（明治2年）、アメリカの宣教師らが東京を視察し、ミッションスクール「カロザース塾」を開校、現在の女子学院中学校・高等学校の源流となる。1870年（明治3年）、米国改革派教会が婦人伝道師メアリー・エディー・キダーを派遣しフェリス女学院を創設する。1871年（明治4年）には、1861年から横浜に滞在していたジェームズ・H・バラの要請に応え、米国婦人一致外国伝道協会 (WUMS) のメアリー・P・プラインらにより〈ドリーマス・スクール〉が設立される（現：横浜共立学園中学校・高等学校）。1873年（明治6年）、米国伝道会から派遣された女性宣教師イライザ・タルカットとジュリア・ダッドレーが神戸の宣教師団の支援の元に私塾を開校（現：神戸女学院中学部・高等学部）。
1846年に設立されパリ外国宣教会に委託された日本使徒座代理区は、1876年に日本北緯使徒座代理区、日本南緯使徒座代理区の2区に分割された。日本北緯使徒座代理区は横浜に司教座を置いて北海道、東北、関東および中部の各地方を管轄区域とし、日本南緯使徒座代理区は長崎に司教座を置いて近畿、中国、四国、九州の各地方を管轄した。日本北緯使徒座代理区は、1877年に司教座を東京築地教会に移し、1891年には北海道と東北地方を分離（函館使徒座代理区）して東京大司教区となった。日本南緯使徒座代理区は、1888年に日本中部使徒座代理区が新設されたことにより近畿、中国、四国の3地方を委譲し、管轄は九州地方のみに縮小。同年、司教区に昇格して長崎司教区となった。
2014年12月31日、大阪府立体育会館でフランシスコ・ロドリゲス・ジュニアの王座返上に伴い空位になったIBF・WBO世界ミニマム級王座決定戦をIBF世界ミニマム級6位でWBO世界ミニマム級2位の大平剛（花形）と対戦、7回2分24秒TKO勝ちを収めIBF王座返り咲き、WBO王座獲得に成功し日本人初の主要4団体での世界戴冠に成功した。2015年1月6日、後楽園飯店で行われた2014年の年間表彰選手選考会に於いて、高山は上述の大平戦に勝利し日本人初の主要4団体での世界戴冠に成功したことが評価され、殊勲賞を受賞した。2015年1月10日、WBOは高山はWBO世界ミニマム級王者としてランクインした。2015年3月2日、WBO世界ミニマム級王座を返上した。2015年4月22日、大阪府立体育会館でIBF世界ミニマム級9位のファーラン・サックリン・ジュニアと対戦し、偶然のバッティングにより高山が両目蓋をカットし試合続行不可能となり、9回2分19秒3-0（86-85、90-81、87-84）の負傷判定勝ちを収め初防衛に成功した。2015年9月27日、大阪府立体育会館でIBF世界ミニマム級10位の原隆二（大橋）と対戦し、8回1分20秒TKO勝ちを収め2度目の防衛に成功した。2015年12月31日、大阪府立体育会館でIBF世界ミニマム級8位ホセ・アルグメドと対戦したが8回終了時1-2(86-85、2者が84-87)の負傷判定負けで3度目の防衛に失敗し王座から陥落した。2016年5月10日、WBOは最新ランキングを発表し、高山をWBO世界ミニマム級2位にランクインした。2016年8月20日、兵庫県・三田市駒ヶ谷公園体育館でWBO世界ミニマム級1位の加納陸（大成）とWBO世界ミニマム級王座決定戦を行い、3回に偶然のバッティングにより高山が左目蓋をカットし、6回にドクターチェックで試合を止められ負傷判定となり、3-0(59-56、59-55、58-56)の判定勝ちを収め、再びWBO王座に返り咲いた。2017年4月3日、同日付けでJBCに引退を申し入れ受諾された。引退後は2020年に行われる東京オリンピック出場を目指すとのこと。