以上のように、封印理由としては「FとⒶの間で起きた権利問題」と、「その周囲の人々で起きている問題」で出版が見送られていたとの説が最も有力である。2007年、安藤の『封印作品の謎2』が『封印作品の闇』と改題の上文庫化された際、小学館の元幹部への追加取材がなされた。それによると、Ⓐの側は再版の許諾を早くから出していたが、F夫人が「FとⒶが共同で著作権を持つ作品を出したくない」との意向を持っていたためそれを拒否していた、と安藤は結論づけている。2009年7月、『藤子・F・不二雄大全集』においてFとⒶの共著扱い（コンビとしての『藤子不二雄』統一名義ではなく、FとⒶ、両者の名前が記載されている）という形で、再び出版がなされた。2015年7月からは、藤子・F・不二雄大全集における原稿スキャン版を元に、てんとう虫コミックスでも「オバケのQ太郎」新装版の刊行が行われ（藤子・F・不二雄、藤子不二雄Ⓐ名義）、2016年4月28日発売の12巻を以て刊行が終了した。なお12巻の限定版には、「別冊少年サンデー」1967年1月号の付録「サンデーゲーム盤」を49年振りに復刻。同ゲーム盤には「ラッキーレース」と、赤塚不二夫作成の「おそ松くん買い物ゲーム」、そしてオバQ・ドロンパ・P子が世界一周する双六「Qちゃんすごろく」が掲載されている。さらに2018年4月から7月にかけて、てんとう虫コミックス「新オバケのQ太郎」新装版全4巻も刊行された。
1980年代半ばより始まった差別表現への抗議やそれに対しての自主規制が原因だとする説。黒人差別が原因だとする説と差別用語が原因とする説、またはその両方が原因だという説もある。1980年代に「黒人差別をなくす会」という団体が黒人の描写について差別的だと多くの出版社に抗議をした際、本作もその対象となり、てんとう虫コミックスと藤子不二雄ランドのうち「国際オバケ連合」の話を含む巻が回収された。これは、該当話に登場する「バケ食いオバケ」が人食い人種を思わせると抗議を受けたためである。そしてこれ以降、『オバケのQ太郎』の増刷は全面的に停止した。同様にして一時絶版になった藤子作品に『ジャングル黒べえ』がある。きっかけとしてはこの「黒人差別をなくす会」による抗議が原因と言われているが、『封印作品の謎2』によると、この時回収されたのは「国際オバケ連合」が収録された巻のみで、作品全てを封印する理由には繋がらないとしている。なお、後に「国際オバケ連合」は藤子・F・不二雄大全集第4巻およびてんとう虫コミックス（新装版）第9巻に収録されているが、「人食い人種」というセリフについては別の表現に差し替えられている。また、本作の初出時の版では「きちがい」「こじき」など、現在では放送禁止用語とされる語が多く使われている。これらについて出版社の圧力は避けたいということなかれ主義で出版を止めているという説もある。だが、同様の表現がされている作品としては『パーマン』や初期の『ドラえもん』などもあるものの、それらについては単行本の重版から該当する話を削除したり、セリフや表現を修正している（これは藤子・F・不二雄大全集においても例外ではない）ため、作品の全面封印の理由としては根拠が薄い。
藤子Fの遺族（藤本夫人は藤子プロの現会長でもある）は、当時と現在の価値観の違い（差別描写説参照）から、故人の作品が表に出ることを警戒している（漫画コラムニストの夏目房之介も同様の見解をしている）。藤子F本人が他界してから『藤子・F・不二雄大全集』が出版されるまでの間は、短編集や一部の児童向け作品が出版されたのみであった。また、全集『藤子不二雄ランド』も、Fの没後はⒶの作品だけを集めた『藤子不二雄Ⓐランド』として復刊され、Fの作品は復刊が見送られた。また他にも、藤子両人はコンビ解消後も仲が良かったものの、Fの遺族とⒶの家族が実は不仲であり、権利の取り分で揉めていたという説もある。安藤も『封印作品の謎2』において「藤子両人の周囲で起きている感情の問題が、封印の理由の1つではないか」と指摘している。
1985年から『ドラえもん』以来の藤子アニメブームに乗り、シンエイ動画により3度目のアニメ化がなされる。この際に新作連載の依頼が作者の下に来たが、「もうオバQのようなタイプのギャグ漫画を描くのは難しい」と、この申し出を断っている。結局、作者が示した新設定のキャラクターイラストの描き下ろしと、単行本（てんとう虫コミックスの傑作選全6巻と『新オバケのQ太郎』全4巻）のカバーをリニューアルし、『コロコロコミック』（当時『コロコロ』での再掲載は終了していたが、再び復活する形で）や学習雑誌に過去の作品を再掲載する形が採られた。
1940年、すでに第二次世界大戦は始まっておりドイツはフランスを下し、バトル・オブ・ブリテンや独ソ戦の準備のために背後を固める必要があった。また、オーストリア併合からポーランド併合にかけての一連の領土拡張政策によって、もはやドイツは東欧において支配的な影響力を持つに至った。また、ハンガリー王国は南部スロバキア、カルパティア・ルテニアを獲得して国力を増大しつつあったが、一方ルーマニアはソビエト連邦のベッサラビア要求に屈してベッサラビアと北ブコビナを割譲しており、国力を減退させつつあった。ルーマニアとハンガリーの交渉は8月16日にルーマニア・ハンガリー国境に近い街トゥルヌ・セヴェリンで始まった。ハンガリーはできるだけ多くトランシルヴァニアを獲得することを望んだが、ルーマニアはできるだけ小さい領域を割譲してすますことを望んだ。この後ルーマニアの政府はドイツとイタリアに仲裁を依頼した。ウィーンで協議を行ったドイツのリッベントロップ外相とイタリアのチャーノ外相は8月30日にベルヴェデーレ宮殿で裁定の結果を発表した。同日条約が結ばれ、両国の国境が確定した。これによりトリアノン条約でルーマニアに割譲されたトランシルバニアのうち北部が、再びハンガリーに帰属されることになった。また、イタリアはこの間に南ドブロジャを要求するブルガリアの要請を受け、ルーマニアに割譲を迫った。このため9月7日にトランシルヴァニア南部の都市クラヨーヴァでクラヨーヴァ条約が結ばれ、南ドブロジャはブルガリア領に編入された。ルーマニアに対する見返りとしては、軍事使節と銘打たれたドイツ軍がルーマニアに駐在することになり、同国の安全保障の一助となったが、ルーマニア国王カロル2世は多くの領土を明け渡したとして国民から大きな非難を浴び、9月6日に首相イオン・アントネスク将軍のクーデターにより退位を余儀なくされた。ルーマニア軍は北トランシルヴァニアから14日以内に撤退することが求められ、代わりにハンガリー軍が進駐したが、この際に住民との衝突が起き、200人以上の住民が虐殺されたと言われる。また、会議に参加を求められなかったソビエト連邦は、独ソ不可侵条約における秘密協定のルーマニアの項に違反するとドイツを激しく非難した。