元軍は戦況を優位に進めた後、陸を捨てて船に引き揚げて一夜を明かそうとしたその夜に暴風雨を受けて日本側が勝利したという言説が教科書等に記載されている。通常、上陸作戦を決行した場合、まず橋頭堡を確保しなければならず、戦況を優位に進めながら陸地を放棄して、再び上陸作戦を決行するなどは戦術的に有り得ないとされる。また、元側の史料『高麗史』の記載によると、元軍は日本軍との戦闘で苦戦を強いられたため軍議により撤退を決定し、日本からの撤退途上で暴風雨に遭遇したとなっている。ただ、この撤退途上に元軍が遭遇した暴風雨については、気象学的には11月下旬には台風の渡来はなく、あったとしても単なる強風であったろう。元軍が苦戦し撤退した様子は『高麗史』の記載の他、日本側の史料でも同様の記載が確認できる。文永の役当時の鎮西からもたらされた飛脚の報告が載っている日本側の史料『帝王編年記』によれば「去月（十月）二十日、蒙古と武士が合戦し、賊船一艘を取り、この賊船を留める。志賀島において、この賊船を押し留めて、その他の蒙古軍を追い返した」と報じたとあり、同じく飛脚の報が載っている『五檀法日記』においても「去月（十月）十九日と二十日に合戦があり、二十日に蒙古軍兵船は退散した」とあり、交戦した武士らが中央政権に対して軍事的に元軍を撃退したことを報告している。また、他の史料と日にちに差異はあるが『関東評定衆伝』でも「（文永十一年）十月五日、蒙古異賊が対馬に攻め寄せ来着。少弐資能代官・藤馬允（宗資国）を討つ。同24日、大宰府に攻め寄せ来たり官軍（日本軍）と合戦し、異賊（元軍）は敗北した」と明確に日本軍の勝利と元軍の敗北が確認できる。
文永の役で元軍が被った人的損害は13,500余人にも上った。さらに人的被害だけでなく多くの衣甲・弓箭などの武具も棄てて失った。僅かに収拾できた衣甲・弓箭は府庫に保管されたが、使用に堪られるものではなかった。また、文永の役において戦艦・軍隊・兵糧などを支給した高麗は、国力を極度に悪化させ疲弊した。高麗からクビライの下へ派遣された金方慶、印公秀は、その上表の中で、三別抄の乱を鎮圧するための大軍に多くの兵糧を費やしたこと、加えて民は日本征討（文永の役）による戦艦を修造するために、働きざかりの男たちはことごとく工役に赴き、日本征討に加わった兵士たちは、戦闘による負傷と帰還中の暴風雨により多くの負傷者・溺死者を出すなどしたために、今では耕作する者は僅かに老人と子供のみであること、さらに日照りと長雨が続いて稲は実らず民は木の実や草葉を採って飢えを凌ぐ者があるなど、「民の疲弊はこの時より甚だしい時はなかった」といった高麗の疲弊した様子を伝えている。そして、再び日本征討の軍を挙げるならば、小邦（高麗）は戦艦・兵糧の支給には耐えられないとクビライに訴えている。
8月30日の集合期日となり、他の8名の難民が一行に加わった。難民にはイギリス人家族4名、開戦時にマニラのニコルス飛行場にいて捕虜になったあと収容所を脱走したアメリカ陸軍兵士2名、アメリカ人エンジニア1名、フィンランド人1名が含まれていた。しかしながら計画は連絡地点の近くに停泊した日本の小型商船によって妨げられた。小型商船に発見される恐れがあったため信号灯は使用せず、手動電源付きの無線を使用した。レッドフィンは無線を受信し、近くで浮上した。レッドフィンは生存者を救助したことに対する報酬として、ゲリラに食物、潤滑油、医療用品、携帯兵器、弾薬および予備の靴、衣料を与えた。難民と生存者が乗艦し、モロ人の動力艇が危険から脱した後、レッドフィンは停泊していた小型商船に対して砲撃を行った。しかしながら商船は出航し損害を与えることができなかった。レッドフィンは攻撃をあきらめ、ダーウィンに向けて航行した。ダーウィンに上陸したフライアーの生存者は、飛行機でパースに移動した。クローリー艦長が報告書を作成し、彼は脱出を指揮したことで殊勲章を受章した。リデル、ハウエルおよびルッソは脱出での功績を表彰され、8名は全員がパープルハート章を受章した。クローリー艦長以下が英雄、勇士としてもてはやされる一方、上層部、特に第77.1任務群司令官ラルフ・W・クリスティ少将以下には冷ややかな目が注がれることとなった。要は、「バラバク海峡はこれまでも何度か潜水艦が通行し、何も起こらなかった。しかし、ロバローとフライアーが間を余り置かず職雷沈没した。これは上層部が敷設機雷に関する情報収集を怠って、結果的に潜水艦を続けさまに喪失させたのではないか？」というものであった。当該海域は1941年12月7日に伊123が敷設したもので、1943年3月には機雷原が強化された。1944年3月には第三南遣艦隊の敷設艦津軽が機雷原をさらに強化していた。クローリー艦長の報告書が届くや否や、規定に則って査問委員会が開かれることとなった。委員長の人選が開始されたが適当な人物がおらず、キンケイド中将は合衆国艦隊司令長官兼海軍作戦部長アーネスト・キング大将に人選を依頼し、キング大将は大西洋艦隊潜水艦部隊司令官フリーラント・ドービン少将を査問委員会のトップとして派遣した。ダービン少将は9月12日にフリーマントルに到着し、クローリー艦長や他の何人かの艦長も参加して委員会が開催された。しかし、ドービン少将とクリスティ少将の間には調査に協力する姿勢が全く見られず、またドービン少将はクリスティ少将の「穴」ばかり探すことに専念し、クリスティ少将の普段の仕事ぶりには全く目を向けなかった。キング大将は後日、「クリスティと喧嘩をさせるためにドービンを送り込んだのではない」と、ドービン少将の姿勢に失望していた。しかし、ドービン少将は必要以上のあら捜しはせず、結果的にクリスティ少将以下は「白」と判定された。クリスティ少将は委員会が終わると、「南シナ海に向かう際には、以後、バラバク海峡ではなくカリマタ海峡を通行すること」と指揮下の潜水艦に通告した。フライアーは第二次世界大戦の戦功で1個の従軍星章を受章した。フライアーの総撃沈スコアは白山丸 10,380トンのみだった。