サケ属の中では小型の種類で全長40-60cm。側線鱗数はサケ・マス類中最も多く、背面や尾びれ、脂びれに黒い斑点があるのが特徴である。繁殖期には、雄のみ背中が突起状に変形（セッパリ）する。そのため「セッパリマス」の名がある。稚魚にはパーマークが無く、4 - 5月に降海し降海後ほとんどが2年で成熟し回帰する。従って、偶数年と奇数年で繁殖集団が分かれており、隔年の変動を示すことが知られている（いわゆる大漁年と不漁年）。繁殖集団の遺伝的な調査結果によれば、同じ年の隣の河よりも、日本とアラスカの方が遺伝子的には近縁であった。これは母川回帰本能が強くないことを示唆している。
1686年（貞享3年）に井原西鶴によって記された『好色五人女』の八百屋お七の物語が、大和高田市本郷のこの地で起こった事件をモデルにしたとの説がある。西鶴の紀行文には本郷ゆかりの文もしばしば見受けられる。また、本郷付近の川には「お七川」が流れ、この水を火傷に良く効くと伝えた。近隣の常光寺 (大和高田市)の過去帳にお七の名が残り、数珠も同寺で保存されてきた（近年焼失）。ただし、大和高田市のHPによれば常光寺のお七の数珠には享保十年（1725年）とあり、これは井原西鶴の好色五人女が書かれた貞享3年(1686年)の39年後である。また、常光寺の享保年間の過去帳には 死刑囚「しち」という名が見えるともされているが、同じく享保年間は井原西鶴よりも後の年代である。。
1996年シーズン途中からボビー・バレンタインが監督に就任。1997年に7年ぶりに勝ち越し。1998年前々年に同一リーグでノーヒット・ノーランを達成し日米野球第2戦で同時先発出場したソウルオリンピック野球日本代表野茂・2006 ワールド・ベースボール・クラシック・イタリア代表にもなるマイク・ピアザのドジャース多国籍バッテリーを獲得した。野茂が退団、吉井が残留した1999年にはシンシナティ・レッズの本拠地リバーフロント・スタジアムでのメジャーリーグベースボールワンゲームプレイオフに5-0で圧勝し、ワイルドカードでポストシーズン進出を果た。ディビジョンシリーズでアリゾナ・ダイヤモンドバックスを破るが、リーグチャンピオンシップシリーズでアトランタ・ブレーブスに敗退、2000年も前年に続きワイルドカードでプレーオフへ進出。順当に勝ち、ワールドシリーズへ進出したが、相手は同じニューヨークの球団・ヤンキースだった。インターリーグにおいてメッツ対ヤンキースの対戦カードをサブウェイ・シリーズと呼ぶが、これがワールドシリーズでは初めてのサブウェイ・シリーズとなった。メッツは全くヤンキースに歯が立たず、敗退した。なお、このシリーズではメッツの主砲ピアザの折れたバットがヤンキースの主戦投手、ロジャー・クレメンスの近くに飛び、クレメンスが拾ったバットをピアザの方に投げたことで両軍騒然となり、以後もこの両者には遺恨が残った。その後2001年には新庄剛志がFAで移籍し、守備力は強化されたが、翌2002年に新庄は放出され（新庄はその翌年の2003年に1年のみ復帰）、逆にモー・ボーン、ロベルト・アロマー、ジェロミー・バーニッツ、ロジャー・セデーニョら大物を続々と補強したが、75勝86敗と6年ぶりに負け越した。大リーグで2番目の年俸総額が揶揄され「1億2,000万ドルの間違い」と酷評された。2004年には前年に10代の若さでメジャーデビューしたホセ・レイエスを二塁へコンバートして松井稼頭央を獲得したが活躍できずに終わり2006年シーズン途中にコロラド・ロッキーズへ放出された。また2004年シーズン途中にスコット・カズミアーをトレードで放出したが、その直後にメジャーデビューを果たしタンパベイ・レイズのエースとなってしまった。一方でデビッド・ライト、ホセ・レイエスの三遊間コンビが頭角を現していった。2005年にGMにオマー・ミナヤが、監督にウィリー・ランドルフがそれぞれ就任し、チームは力をつけていった。FAでペドロ・マルティネス、カルロス・ベルトランを大型契約で獲得、83勝79敗と5年ぶりに勝ち越した。オフにフロリダ・マーリンズからカルロス・デルガドとポール・ロデューカを、フィラデルフィア・フィリーズからビリー・ワグナーを獲得。迎えた2006年は18年ぶりの地区優勝を果たしたが、リーグチャンピオンシップシリーズでセントルイス・カージナルスに敗れ、ワールドシリーズ進出はならなかった。前年の主力の多くが残留し、モイゼス・アルー、ルイス・カスティーヨが加わった2007年は序盤から好調で2年連続の地区優勝が確実視されたが9月の終盤戦で失速、シェイ・スタジアムで行われたレギュラーシーズン最終戦でマーリンズに敗れ、1ゲーム差でフィリーズに地区優勝を奪われた。残り17試合で7ゲーム差を付けながら逆転で優勝を逃したのはMLB史上初の出来事だった。2008年2月にヨハン・サンタナを6年総額1億3750万ドルと球団史上最高金額で獲得し、巻き返しが期待されたが序盤は低迷、6月17日にランドルフ監督が解任され、ジェリー・マニエルが監督代行に就任した。監督交代後は10連勝を飾るなど巻き返しに成功し、一時単独首位に立つが9月にフィリーズにかわされ2位へと転落した。9月28日、この年限りで閉場するシェイ・スタジアムで行われたレギュラーシーズン最終戦でまたもマーリンズに敗れ、1ゲーム差でミルウォーキー・ブルワーズにワイルドカードを奪われた。2008年シーズン終了後に本拠地シェイ・スタジアムは解体、隣に建てられた45000人収容の新球場のシティ・フィールドが新本拠地となった。同じくヤンキースも2008年シーズン終了後に新球場に移転した。このため、シェイ・スタジアムのラストイヤーとなった2008年は、前年度(約385万人)より大幅にチケットの売り上げが伸び、ナ・リーグの球団としては1993年のコロラド・ロッキーズ以来となるシーズン入場者数400万人（約404万人）を達成することとなった。またレギュラーシーズンにおける平均入場者数も5万人を超え、これもナ・リーグの球団としては1994年のロッキーズ以来のこととなった。2013年のサブウェイシリーズでヤンキースに球団史上初のスウィープ（同一カードを全勝すること）を果たした。