第2節のFCアウクスブルク戦では1ゴール1アシストを記録し、ドルトムントは3-2で勝利した。2014年9月、足首を負傷した。10月22日、チャンピオンズリーグのガラタサライ戦で復帰し、ゴールを挙げて勝利に貢献した。11月1日、バイエルン・ミュンヘン戦では1-2で敗れたものの、ロイス自身は得点を記録した。11月22日のSCパーダーボルン戦でゴールを挙げたものの、後半に負傷により交代した。2015年1月まで負傷により離脱した。2015年2月10日、ボルシア・ドルトムントと2019年6月30日までの契約延長を発表した。
2013年7月27日、DFLスーパーカップのバイエルン・ミュンヘン戦では、先制点と4点目のゴールを挙げた。試合は4-2で勝利しDFLスーパーカップのタイトルを獲得した。8月18日、第2節のブラウンシュヴァイク戦ではPKでゴールを挙げて2-1での勝利に貢献した。9月28日のSCフライブルク戦では、PKを含む2得点を挙げた。ドルトムントのPKキッカーはロイスであったが、DFBポカールの1860ミュンヘン戦ではキッカーをオーバメヤンに譲った。11月1日、VfBシュトゥットガルト戦で1ゴールを挙げて6-1での勝利に貢献した。2014年2月25日、チャンピオンズリーグ・ラウンド16のゼニト・サンクトペテルブルク戦1stレグでゴールを挙げて勝利に貢献。3月29日、シュトゥットガルト戦でハットトリックを達成した。4月8日、チャンピオンズリーグ準々決勝のレアル・マドリード戦2ndレグでは2得点を記録し2-0で勝利したものの、2戦合計2-3で敗退した 。このシーズン公式戦23得点18アシストを記録した。リーグ戦で16得点を挙げた活躍が認められ、ドイツのプロサッカー選手会の会員より28.6％の支持で2013-14シーズンにおけるドイツ最優秀選手に選ばれた。
2012年1月4日、ユース時代を過ごしたボルシア・ドルトムントと移籍金1710万ユーロで5年契約を結んだ。ドルトムント移籍について「来シーズンから次のステップに踏み出す決心をした。リーグタイトルに挑戦し、チャンピオンズリーグでのプレーを保障されるクラブでプレーがしたい。ドルトムントにはこのチャンスがあると思う。」と語った。7月1日、正式にドルトムントに加入した。8月24日、ヴェルダー・ブレーメン戦でドルトムントでのリーグ戦デビューを果たし、その試合でゴールを挙げた。9月29日、古巣のボルシアMG戦では2ゴールを挙げて勝利に貢献し、この勝利でチームはリーグ首位に立った。10月3日、UEFAチャンピオンズリーグのマンチェスター・シティ戦で自身初のCLでのゴールを挙げた。11月6日、サンティアゴ・ベルナベウでのレアル・マドリード戦では、レヴァンドフスキのアシストからボレーシュートでゴールを挙げた。11月21日、4-1で勝利したアヤックス戦では先制点を挙げ、チームは決勝トーナメント進出が決定した。2013年2月16日、フランクフルト戦ではハットトリックを達成した。5月11日、VfLヴォルフスブルク戦では後半に2得点を挙げて、試合を引き分けに持ち込んだ。4月9日、チャンピオンズリーグ準々決勝のマラガ戦2ndレグでは、試合終了間際に同点ゴールを挙げた。ドルトムントは3-2でマラガを破り、準決勝ではレアル・マドリードを4-3で破って決勝に進出した。
「勧修寺」の寺名とともに、今日では「かじゅうじ」と読むのが一般的だが、中世の日記等では「くわんしゆし」との仮名表記も散見され、「かんじゅじ」とも読まれていたことがうかがわれる。なお、勧修寺流の中に勧修寺家も存在するが、嫡流とされている家は吉田家→甘露寺家の流れである。勧修寺流の祖とされているのは、高藤の子である藤原定方である。定方が山科に勧修寺を建立したことから、この一門の名前となったためである。藤原氏嫡流から分かれたのは藤原良房の異母弟良門からである。勧修寺流には堂上家として、甘露寺（旧名吉田）・清閑寺・万里小路・中御門（なかのみかど。羽林家の中御門家とは別家）・勧修寺・坊城・穂波・葉室・池尻・梅小路・岡崎・芝山・堤などの各家がある。勧修寺流は、山科の勧修寺を一門の結束の精神的な拠所とし、傾向としては他の流派よりも比較的堅く、また家職として朝廷の実務を担当する家が多く、弁官や摂関家家司を多く輩出していることで知られる。後世の実務の参考となるよう、先例を書き留めておく必要があることから、詳細な日記を残すことも求められ、勧修寺流は「日記の家」と称されるようになり、各家当主による日記も豊富に残されている。定方の孫、為輔（朝頼の子）が、甘露寺家の祖とされる。が、甘露寺系と勧修寺系が分かれるのはさらに9代後の資経の時である（為輔の子からは上杉家も出ている）。為輔の玄孫・為房は白河法皇の院近臣、関白藤原師実・師通の家司となり、勧修寺流中興の祖とされる。為房の曾孫である経房が「吉田」の家名を名乗る。経房は源頼朝と関係が密接であり初代関東申次となって朝廷と鎌倉幕府の関係調整にあたった。経房の孫にあたる資経の子・為経が甘露寺系、同じく経俊が勧修寺系、同じく資通が万里小路系として分かれる（さらに経俊の子経継からは中御門家が、曾孫の経顕からは勧修寺家が出る）。堤中納言と称された藤原兼輔の孫である藤原為時の越前守就任時の学才の高さを顕す逸話は今昔物語集などにも伝わっている。為時の娘の紫式部は源氏物語の作者として、紫式部とその夫で同じく勧修寺流の藤原宣孝との間に生まれた娘に歌人の大弐三位がいる。紫式部の兄弟の藤原惟規の子孫である藤原邦綱は兼輔以来の公卿に列した。