小笠原諸島の島々では、外来種としてクマネズミなどのネズミ類が進入し、生態系に悪影響を与えている。例えば北硫黄島で戦前繁殖が確認されていたオーストンウミツバメ、クロウミツバメ、セグロミズナギドリは、クマネズミの影響で北硫黄島では繁殖が行われなくなったものと推定されており、父島列島、母島列島、聟島列島にはほとんどの島にクマネズミが侵入し、植生や鳥類、陸産貝類などに被害を与えていることが明らかになっている。南硫黄島はこれまで人間が生態系に与えた影響が極めて小さかったと考えられているが、船の難破や開墾の試みなど人間との関わりが皆無であったわけではない。また、ネズミ類は短距離ならば海を泳いで分布を広げるとの報告もある。そのため、1982年、2007年の学術調査の際にネズミ類の生息の有無の調査が行われた。1982年の調査時は、島内に設置したワナに全く捕獲されず、また島の南岸にあった難破船の生米が全くネズミ類の食害に遭っていなかったことが確認されたため、ネズミ類は生息していないものと判断された。2007年の調査時もワナの設置や食痕の調査を通じてネズミ類の存在について確認されたが、やはり生息していないものと考えられた。この結果は南硫黄島が人間からの影響がこれまで極めて小さかったことを物語っている。
南硫黄島で生息が確認されている哺乳類は、オガサワラオオコウモリのみである。他に小型の翼手類やネズミ類の存在も想定されたが、1982年、2007年の調査ではオガサワラオオコウモリ以外の哺乳類の生息は確認されなかった。
2007年の調査では、南硫黄島で7種の外来種と考えられる植物が確認された。これは南硫黄島で確認された維管束植物の 5.4% であり、他の小笠原諸島の島々に比べて著しく低い数字になっている。また外来種の分布状況は島内各地に散在していて、これもまた人間による撹乱を受けていないことを示している。しかし1982年には確認されていないシンクリノイガが南硫黄島の各所で生育しているのが確認された。シンクリノイガは小笠原群島では南島などで問題となっている外来種で、南硫黄島には鳥の羽毛に付着するなどして持ち込まれたと考えられている。人間の立ち入りが原則禁止となっている南硫黄島であるが、鳥などによって今後も外来植物が侵入する可能性がある。
南硫黄島には23種の絶滅危惧種、準絶滅危惧種が記録されている。2007年の調査ではうち18種が確認されていて、ナガバコウラボシ、ホソバチケシダ、オオトキイヌビワ、ムニンカラスウリ、ムニンホオズキ、ナンカイシダの6種は南硫黄島の個体数が日本全国の個体数の5割を越えると見られている。特にホソバチケシシダは東ヒマラヤ、フィリピン、台湾に分布しているが、日本国内では屋久島と南硫黄島しか分布しておらず、しかも屋久島ではヤクシカの食害によって絶滅の危機に瀕しており、南硫黄島の群落は極めて貴重である。これら絶滅危惧種、準絶滅危惧種の大半が標高 750 m 以上の山頂近くで確認されている。うち 800 m 以上の地域では1982年、2007年の調査で比較的安定した個体数を保っている種が多かったが、700 m から 800 m にかけては2007年の調査では個体数が減少、消滅した絶滅危惧種、準絶滅危惧種が多いことが判明した。また航空写真の比較や調査に参加した人への聞き取りなどから、1982年に比べて2007年は雲霧林が減少した可能性が指摘されている。雲霧林に多く生育する南硫黄島の絶滅危惧種、準絶滅危惧種は、地球温暖化などによる環境の変化によって発生する気候の変動などによって大きな打撃を蒙る可能性がある。
1997年にドラフト2巡目でフィラデルフィア・フィリーズに指名され、契約金35万6,000ドルでプロ入り。同年A級バタヴィア・マックドッグスで7試合に登板し、4勝0敗、防御率1.58を記録した。  1998年はAA級レディング・フィリーズで開幕を迎え、前年からの連勝を6に伸ばし、5月にAAA級スクラントン・ウィルクスバリ・レッドバロンズへ昇格。しかし、大リーグ経験のある右打者に痛打され、9勝7敗、防御率4.62に終わった。右打者に内角を突く投球に変え、カーブとカット・ファスト・ボールの2つの球種をマスターした。1999年は球団が「今季はじっくりファームで育てる」方針を取り、AAA級で開幕を迎え4勝5敗、防御率3.61を記録した。しかし、カールトン・ローワーの故障に伴い、6月9日にメジャー昇格を果たし、6月11日にメジャーデビューを果たした。 2000年は投球回数は200を上回り、チーム最多の11勝を記録し、この年以後、4年連続で2桁勝利を記録した。4月7日のシーズン最初の登板はエンロン・フィールドの公式戦最初の試合で、勝ち投手となった。2002年9月26日には被安打1でメジャー初完封を記録し、シーズン終了後には日米野球のMLB選抜として来日した。2003年はオールスターに初めて出場し、リーグ5位自己最多の16勝を記録。  2004年から故障がちになった。2005年に左ひじのトミー・ジョン手術をした。2006年6月30日にメジャー復帰を果たした。投球内容は悪かったが、打線の援護に恵まれ、無敗でシーズンを終えた。シーズン終了後の11月1日にFAとなった。