創業当初より、大阪市に本社オフィス（大阪府大阪市北区堂島浜2丁目1-40）を構えていたが、創業90周年を目前に控えた1988年（昭和63年）に、当時の社長であった佐治敬三の意向により、支社機能を東京都港区赤坂の東京支社へと移す。東京支社は中央区日本橋から、東京メトロ・赤坂見附駅の近くにあった元赤坂で国道246号沿いの通称サントリービル（東京都港区元赤坂一丁目2番3号）へと移り変わった。東京ミッドタウンへ移転する前のサントリー美術館も、ここに所在していた。現在、サントリー東京社屋は2005年（平成17年）1月に竣工 した、ゆりかもめ・お台場海浜公園駅そばにある「サントリーワールドヘッドクォーターズ」に移転し、実質的に本社業務が執られている。
関係会社の中では、外食事業の子会社ダイナックが東京証券取引所第2部に上場している。そして、清涼飲料事業の子会社サントリー食品インターナショナルが、2013年（平成25年）5月29日に東京証券取引所第1部に上場承認され、同年7月3日に正式に上場し、現在に至る。
東京証券取引所や世界の証券取引所に上場しない非上場企業であり、発行済株式数の約9割を、創業家の資産管理会社である寿不動産が所有している。非上場大企業の代表として、上場持株会社のサントリー食品インターナショナルを除き上場していない。非上場の理由として「酒の醸造には時間が掛かり、短期的な利益を要求される株式公開に馴染まない」「株主に商品の味を左右されたくないから」または「直接的な利益に結びつかないメセナ事業のリストラを要求されるため」と言われている。佐治信忠は結果として「ビール事業が軌道に乗ったのも、株券非公開だったから」と述べている。一方で、2012年（平成24年）2月8日に行われた、2011年12月期の決算発表の際には、佐治信忠自らが記者会見で、自身の勇退に加えて、会社の資金調達の手段として「上場を次の社長にやってもらう」と発言するなど、今後の会社運営のあり方に含みを残している（ただし、創業家から次期社長である新浪剛史になった後も、非上場のままで現在に至る）。
メインバンクは三和銀行→UFJ銀行→三菱UFJ銀行であり、三和グループ系の三水会及びみどり会にも加盟している一方、三井グループの広報を務める団体・三井広報委員会にも加盟していたため三井系の企業とみなされることもあるが、同じ関西系企業の住友グループとの繋がりも非常に強い。事実、多くの住友系企業のビル内部にはアサヒ飲料とサントリーの2社の自動販売機が設置されている。また、住友系と目されているダイキン工業との繋がりも非常に強固であり、特にサントリー及びダイキン工業の先代経営者だった、佐治敬三と山田稔とは個人的にも非常に親しい関係であった。山田の子息がサントリーに入社している事からもその事が伺える。
1963年（昭和38年）3月に、ビール発売を期して新天地に向かう思いを込めて、商品名であったサントリーを社名にも用いて、サントリー株式会社に商号変更した。
1929年（昭和4年）4月、初めて発売したウイスキーに鳥井信治郎が「サントリー」と名付けた。これは当時発売していた赤玉ポートワインの「赤玉」を太陽に見立ててサン（英語のsun）とし、これに鳥井の姓をつけて "sun" + "鳥井"（とりい）= "サントリー" とした。創業の基となった赤玉ポートワインに感謝し、太陽を忘れるなと言う思いを込めたものである。「鳥井さん」（とりい・さん）を逆さにしてサントリーとした、鳥井に三人の男子がいたから「三鳥井」にした、という説も広まっているが、これは誤りである。創業者の「佐治」さんと「鳥井」さんを合わせて、「サントリー」という説もある。
1899年（明治32年）2月に、鳥井信治郎が、葡萄酒の製造販売を目的とした鳥井商店（とりいしょうてん）を大阪市西区靱中通2丁目（現・靱本町1丁目）に創業。これを母体として、1921年（大正10年）12月1日に、大阪市東区住吉町（現・中央区松屋町住吉）に株式会社壽屋（ことぶきや）を設立。
マニングは、1816年にフランスのノルマンディーで生まれた。その年はちょうどワーテルローの戦いの翌年で、父親はその戦いに参加していた。1826年にはアイルランドのウォーターフォードに引っ越し、そこで会計士として働いた。1846年には大規模な飢餓が発生していたが、マニングはアイルランド財務省公共事業事務所(en:Office of Public Works)の幹線排水路部に就職し、そこで製図工として働いた。その後しばらく働いた後、同年にサミュエル・ロバート(en:Samuel Roberts)のアシスタント・エンジニアとなり、1848年には地区エンジニアとなった。地区エンジニアになって水理学に大きな関心を寄せるようになり、そこでJean-François D'AUBUISSON DE VOISINS著の『Traité d'hydraulique à l'usage des ingénieurs』（エンジニアのための水理学）を読んだ。1855年から1869年まで、マニングはマーケス・オブ・ダウンシェア(en:Marquess of Downshire)に雇われて、ダンドラム湾の港湾建設工事の監督と、ベルファストの水供給システムの設計を行なった。マーケスが1869年に死去すると、マニングは公共事業事務所に戻り、チーフエンジニアのアシスタントとして働いた。そして、1874年にはチーフエンジニアとなり、1891年に退職するまでその役職で働いた。1891年にアイルランド土木研究所の紀要で論文『On the flow of water in open channels and pipes』を書き、この中でマニング公式を初めて公表した（ただしこのときの公式は、後述するように現在良く知られている形とは異なったものであった）。1897年、81歳で死去した。