20世紀に入るまで、周辺諸国と国境紛争が頻発した。1855年、ニカラグアでアメリカ合衆国南部人の海賊ウィリアム・ウォーカーが大統領になる事件があり、中米諸国は団結してウォーカーを排除することに決めた。この国民戦争でウォーカーは敗北したが、その後ウォーカーは再び中米の主人となるためにこの国に上陸し、イギリス海軍に捕らえられ、トルヒージョで処刑された。1870年代からコスタリカを筆頭に中米各国でコーヒー・プランテーションが発達するが、ニカラグアとホンジュラスでは人口が少なく、労働力が足りなかったためにコーヒーは根付かなかった。独立後のラテンアメリカ諸国はどこも自由党と保守党の争いが続いたが、マルコ・アウレリオ・ソト大統領は1880年に自由主義憲法を制定し、直接選挙の実施が保証された。また、ポリカルボ・ポニージャ大統領が1894年に制定した憲法では中米諸国との連合の可能性が条文内に規定された。
1823年には中央アメリカ連邦共和国に加盟した。ホンジュラス出身のフランシスコ・モラサン将軍は自由主義のエルサルバドル派として、連邦維持を目的に、ラファエル・カレーラ将軍の率いる保守主義のグアテマラ派との戦いを続けたが、1838年に中央アメリカ連邦共和国が瓦解すると「ホンジュラス共和国」として独立した。現在もモラサン将軍はホンジュラスで紙幣に描かれるなど、英雄視されている。
19世紀前半にはインディアス植民地各地のクリオージョ達の間で独立の気運が高まった。1789年のフランス革命以来のヨーロッパの政治的混乱の中、ナポレオン戦争により1808年からスペイン本国で、フランス皇帝ナポレオン・ボナパルトがブルボン朝のフェルナンド7世を退位させ、兄のジョゼフをスペイン王ホセ1世に据えると、それに反発する暴動が起き、スペイン独立戦争が勃発した。インディアス植民地は偽王への忠誠を拒否した。1811年から独立闘争が本格化し、1820年のスペイン本国で自由主義者によるリエゴ革命が起きた翌1821年9月15日にグアテマラ総督領が独立すると、同年独立したアグスティン・デ・イトゥルビデ皇帝の第一次メキシコ帝国と合併した。
1502年にはヨーロッパ人としてはじめてコロンブスが4度目の航海で到来した。1519年にスペイン人エルナン・コルテスがアメリカ大陸に上陸。1521年のアステカ帝国征服の余勢を駆ってこの地も征服した。スペイン人がインディヘナを武力で服従させると、グアテマラ総督領として支配を行った。この地から豊富な金や銀などが産出するとスペイン人の植民が進んだ。インディヘナの中で最も大きな反スペイン運動となったのは、レンピーラというカシーケ（酋長）が1537年に起こしたものだったが、この反乱が鎮圧されると以降植民地化が進み、ホンジュラスもグアテマラ総督領の一部に組み入れられた。1570年代にテグシガルパ周辺で銀山が発見されたが、このブームはすぐに終焉した。
正式名称はスペイン語でRepública de Honduras。通称、Honduras [onˈduɾas]。1862年に正式に国名として決められた。公式の英語表記はRepublic of Honduras。通称、Honduras [hɒnˈdjʊərəs]。日本語の表記はホンジュラス共和国。通称、ホンジュラス。「ホンジュラス」は英語読みであり、スペイン語では「オンドゥラス」と発音する。この名の由来は、クリストーバル・コロンが1502年にこの地に上陸しようとして船の碇を降ろしたが、海底まで届かなかったため、この地を「オンドゥラ（hondura、スペイン語で「深さ」、「深み」を意味する名詞）」と名付けたことによるという説が最も有名で一般的であるが、その他にも北西部の海岸に多くのヒカロの木が沈んでいたためなどの説がある。
燃料電池車に使われる水素の保存媒体として提案されている。熱すると水素が発生し容易に(NH₂BH₂)ₙまたは(NHBH)ₙに重合する。アンモニアボランは液化水素よりも高濃度の水素を含んでおり、常温常圧でも安定である。空気中で不安定なジボランの代替の誘導体として有機合成の場でも使用される。
従来の催事販売はしばしば好評を博していたが、1985年3月に有限会社ライフの創業者・松林明が愛知県春日井市に日本初の固定店舗による100円均一店をオープンし「100円ショップ」と命名して販売を開始した。その後現在の100円ショップチェーン最大手の大創産業（「ダイソー」）創業者の矢野博丈は商品の品質アップに力を入れる（一部には採算割れの商品も含む）ことで、催事販売を依頼するスーパーや百貨店の信用を勝ち取り、1991年に最初の常設店舗を開設した。これ以後は「キャンドゥ」「セリア」「ワッツ」といった、後に株式公開する同業の他社も参入して店舗網を広げた結果、新たな販売チャンネルとしてメーカーから認知されるようになり、バブル崩壊後の日本の経済状況（物価の上昇のないデフレーションの状態等）ともあいまって急速に店舗数が増加し、「不況時代の成長業界」とも称されるようになった。また、2000年代からは100円ショップ型の生鮮コンビニという業態も登場し、その先駆けとして1996年に九九プラスが「SHOP99」（現在はローソンストア100に吸収）が出店を開始した。その結果、2010年までには、いわゆる「バッタ屋」時代に主流だった、金融品や処分品を安く仕入れて販売することは少なくなり、大量の店舗による販売力を生かして国内外のメーカーへ自社専用商品（プライベートブランド）の形で大量に生産を委託することで、仕入れ価格のダウンと品質の確保を両立させることが多く行われるまでになった。たとえばダイソーでは、数百万個という単位での「一括製造」を行いコストを下げている。しかし、製造コストは下がるものの、在庫コストは莫大なものとなる。