壊滅したかに見えたキリスト教徒たちであったが、九州の一部などでは信徒たちが宣教師たちの教えを口伝えに伝え、水方や帳方といった信徒組織を形成することで、親から子へ、子から孫へと密かに信仰を伝えていった。これが隠れキリシタン（潜伏キリシタン）である。彼らは仏教徒を装いながらも信仰をひたすら守り、キリスト教を自由に信仰できる日が来るのを待ち続けた。それでも発覚する場合があり、一つの地域で大勢のキリシタンが一斉に見つかり、信仰共同体が崩壊する、いわゆる「崩れ」がたびたび起こった。濃尾崩れのように、信者の大量処刑により、キリシタンがほぼ根絶されて幕を閉じた事件もあれば、浦上一番崩れや浦上二番崩れ、天草崩れのように、混乱を恐れ江戸幕府が、信者を赦免した事例もある。ヨーロッパのカトリック教会は、キリスト教徒が完全追放された日本に興味を持ち続けた。日本における教会の発展と受難の物語はヨーロッパで語り継がれ、多くの人々がこの東洋の国への再宣教の日が来ることを待ち続けた。鎖国令以降、江戸期の日本に渡航した数少ない宣教師の一人に、イタリア人教区司祭ジョバンニ・シドッチがいる。シドッチは鎖国下の日本への渡航を願い、教皇庁に許しを求めていた。教皇庁は殉教することが明白な地に司祭を送ることはできないと拒絶したが、シドッチの再三の願い出に教皇クレメンス11世は特別な許可を与えた。1708年、シドッチは苦労の末に屋久島へ上陸したが、すぐに捕らえられ、長崎を経て江戸に送られ、死ぬまで切支丹屋敷にいた。江戸では儒学者新井白石が取り調べにあたったが、シドッチの人格の高潔さと学識に感銘を受け、尋問というよりは対話という形で、多くの新知識を学び取った。その成果が『西洋紀聞』『采覧異言』である。
ザビエルは、ヤジロウやコスメ・デ・トーレス、ジョアン・フェルナンデスらとともに8月15日（この日は「聖母マリアの被昇天の祭日」に当たり、ザビエルは日本を聖母マリアに捧げた。）鹿児島に上陸し、2年3か月にわたって宣教活動を行った。ザビエルは「日本国王」（天皇）の宣教許可を得ようと薩摩藩から平戸、山口を経て京にたどりついたが、当時の京都は戦乱で寂れきっていた。天皇の権威も失墜しており、征夷大将軍も不在であったため、ザビエルは目的を果たせなかった。その後、言語や文化の違いなど多大な困難を乗り越えながら、徐々に日本人協力者を得ることができ、700名ほどに洗礼を授けた。各地を旅する中で、ザビエルは日本文化に中国が大きな影響を与えていると見抜き、中国宣教を志して広東の上川島に上陸したが、中国本土を目前にして病没した。日本人を「もっとも優秀で理性的な国民」であると評価したザビエルは、イエズス会本部にさらなる宣教師の派遣を依頼。それに応えて優秀な人材が積極的に日本に送られた。ザビエル以降、ガスパル・ヴィレラ、ルイス・デ・アルメイダ（豊後府内に日本最初の病院を開設）、ルイス・フロイス（織田信長や豊臣秀吉と会見し、『日本史』を記す）、ガスパール・コエリョなどのイエズス会員が日本に来航し、布教活動にあたった。また、ザビエルは日本の首都に神学部、法学部、ならびに医学部を兼ね備えたカトリック系の総合大学を建学するという夢を抱いていたが、彼の夢は1913年にイエズス会士によって上智大学が東京に建学したことによって叶えられた（ただし、上智大学において医学部は設置されていない）。なお「上智」とは「ソピアー」の訳である。
イエズス会（カトリック教会の修道会）の創設メンバーの一人で、西インドで宣教活動に従事していたバスク人司祭フランシスコ・ザビエルがマラッカで知り合った「ヤジロウ」（アンジロウとも）という日本人によって、日本のことを知り興味を抱いたことが、日本における宣教活動のきっかけとなった。1549年に始まるザビエルによる宣教活動が、日本へのキリスト教の最初の伝来で、これは歴史事実として教科書等に記述されて、一般にも広く知られている。
セルビアにある紀元前5980-5525年頃の遺跡レペンスキ・ヴィールで確認された動物遺存体の約10%はヨーロッパオオナマズであり、当時からナマズは食用にされていたと見られる。また北アメリカ大陸でも、紀元前2000年頃のミシシッピ・デルタに存在したポヴァティ・ポイント文化の貝塚からナマズの骨が出土しており、先住民族がナマズを食べていたと見られている。日本においては縄文時代早期-中期の粟津貝塚からナマズ科の歯骨片が出土しており、この時代にはナマズを食べていたと考えられる。エジプト新王国では当時の書物からナマズが食用とされていた可能性が指摘されているほか、エーベルス・パピルスにはナマズ肉を軟膏としていた記録がある。紀元前4世紀に、『動物誌』においてアリストテレスは「ナマズは雄より雌の方が食用に向く」などと記述している。1世紀には大プリニウスが『博物誌』において「ナマズの生肉または塩漬けを食べると声が良くなる」、ディオスコリデスが『薬物誌』において「ナマズを食べると胃や声が良くなる」とそれぞれ記しており、ナマズ食の効能が信じられていた。また、2世紀頃のローマ帝国の宴会を描いた『食卓の賢人たち』では、シルロス（ナマズ属）を食べる事が文化的な事とされ、ナマズ料理を食べる事が一種のステータスシンボルになっていた。12世紀のドイツではヒルデガルト・フォン・ビンゲンが「ナマズは健康人と病人どちらの食事としても適している」と著書で述べている。また、同時期の日本では『今昔物語集』にナマズ食の記録が見られる。16世紀にはコンラート・ゲスナーが『動物誌』の中で、「若いナマズの肉は美味で、王国の食卓にも登る」と記していた。中国でも、17世紀に李時珍が『本草綱目』において「生食は水腫など、煮ると痔瘻などにそれぞれ効能がある」としている。日本では室町時代には贈答品としても扱われていたが、江戸時代中期には祝儀に使われる事は減り、日常的な食材となっていた。19世紀後半には、ロシアのアストラハンから塩漬けのナマズ約1,670トンが毎年輸出されていた。近年では、全世界の養殖生産量は1999年から2008年にかけて約54万トンから278万トンと5倍以上に増加するなど、環境悪化に強く成長の早いパンガシウス科を中心に世界的に消費が増えている。