各車両の出入台には17インチ液晶ディスプレイを1台ずつ設置したほか、普通車の出入台には折りたたみ式座席（ジャンプシート）を2つずつ設置した。客室との仕切り扉は幅1,100mmの透明な両開きの自動扉を採用した。客用扉には開閉時に「ドアが閉まり（開き）ます」とアナウンスが流れるほか、鴨居部に赤色の開閉表示灯を設置している。トイレは1号車に洋式トイレと男性用小便所と洗面所を、6号車には電動車椅子にも対応する洗面所兼用の洋式トイレと男性用小便所を1つずつ設けた。洋式トイレにはベビーチェアや収納式おむつ交換台も設置しているほか、6号車の便所ではスイッチ式の自動開閉扉を採用した。洋式トイレの汚物処理方式は清水空圧式である。6号車には多目的室と車内販売準備室を設置した。多目的室は車椅子に乗ったままで入室が可能なように、出入口の寸法を1,230mmと広くとった。また、室内の折りたたみ椅子は、倒すとベッドとして使用することも可能である。なお、出入台の仕切り扉左側と便所のドア内部には車内の案内のために触地図を設けたが、これはJR東日本の特急車両では初採用となった。
客室端部の出入台側には、253系と同様に大型の荷物置き場を設置した。荷物置き場と客室の間には仕切りを設けているが、仕切り扉は設けていないため、客室内から荷物置き場を直接目視することが可能である。荷物置き場は3段になっており、下段にはスーツケースを縦置きに、中段にはスーツケースを横置きに収納することが可能な寸法を確保した。また、乗客自身が操作するダイヤル式ワイヤ錠を、グリーン車の荷物置き場には24個、普通車では荷物置き場1箇所につき16個（1両で32個）設置し、荷物室天井には防犯監視カメラを設置することで、さらなるセキュリティの向上を図った。
座席については、黒い表地に赤いシートカバー（ヘッドレスト）という外観については253系から継承したが、普通車・グリーン車とも両側2人がけの回転式リクライニングシートとした。253系では座席をカンチレバー式として回転機構を設けないことで座席下の収納スペースを確保していたが、本系列では回転式の座席を使用したため、座席下に暖房機器の設置を行なわないことによって、座席下の収納スペースの高さを250mm確保した。代わりに、側壁下部に薄型の暖房ヒーターを車内全長にわたって配している。また、各座席とも可動式のヘッドレストを装備したほか、肘掛先端にはノートパソコンや携帯電話の充電などに利用することを考慮した電源コンセントを設けた。座席裏側には折りたたみ式テーブルと網製のシートバックポケットを設けた。普通車は座席間隔（シートピッチ）を1,020mmで設定したが、これは253系と同一のピッチである。表地は市松模様の織物とした。5号車には車椅子が固定可能な1人がけリクライニングシートを6号車側の出入台脇に配置した。通常の座席は窓側に回転する構造であるが、この座席のみ通路側に回転する構造としている。グリーン車では座席間隔を1,160mmに設定し、T字型の跳ね上げ式フットレストを設けたほか、座席表地を本革製とすることで差別化を図っている。本革は、座面と背ずり部分についてはパンチング加工を施して通気性の向上を図っている。
前述の通り、カラースキムについては概ね253系から継承しており、ベースカラーは白（ポーラホワイト）、窓周りは窓の下辺から屋根の肩部分までを黒（コスミックブラック）とし、屋根全体を赤（ホリゾンタルカーマイン）とした。ただし、253系で窓のない部分に使用されていた灰色（ストラトスフィアグレー）は目立つようには使用されていないほか、正面は貫通扉を黒としたほかはベースカラーの白としたため、正面に関しては赤が目立つ253系と比較して大きく印象が変わることになった。「N'EX」のロゴマークについても253系から引き続き継承しており、先頭車の連結面側と正面貫通扉にデザインされた。正面は、253系ではワンポイント程度に記してあったマークを、貫通扉カバー部分に大きく「N'EX」と大書した。
京都一条に地下（じげ）官人・石井元好の五男として生まれる。姉は彦根藩主井伊直孝の側室・春光院である。9歳の時に建仁寺・大統院に入り、九厳和尚の薫陶を受ける。後に近江・彦根に移り、13歳から城主の井伊直孝に仕える。幼少から山水を愛し、たびたび京都に赴いていたところ、泉涌寺・雲龍院の如周が法華経を講ずるのを聴いて感ずるところあり、病弱なこともあって1649年（慶安2年）に職を辞し、出家して日蓮宗・妙顕寺の日豊について僧となる。中正院の日護・本性寺の日徳と交流し日蓮宗の秘奥を究めた。1655年（明暦元年）33歳で伏見深草に称心庵（後の瑞光寺）を営み、竹葉庵と号し仏道の修行に励んだ。翌年、79歳になる母の妙種を伴い身延山に参詣し、帰り道に江戸の井伊邸に母を託し、自身は日本橋に宿を取ったところ、甥にあたる井伊直澄はたびたびその屋敷に招待したが日政はそれを固辞し母を連れて京に帰った。その年に庵のそばに仏殿などを開き、深草山瑞光寺を開山し、法華経修行の道場とし、門下の宜翁を上座としてともに修行した。修行の合間に詩歌を楽しみ、熊沢蕃山・北村季吟など多数の著名人と交友関係があった。1667年（寛文7年）に母の妙種の喪を営み、摂津の高槻にいたり一月あまり留まるがその翌年正月に病を得て、自ら死期を悟って深草に帰る。日燈に後事を託して寂す。享年46。遺体は称心庵のそばに葬られ、竹三竿を植えて墓標に代えたという。辞世として「鷲の山　常にすむてふ　峰の月　かりにあらはれ　かりにかくれて」という歌がある。