海を深さによって鉛直方向に区分した場合、表層・中深層・漸深層・深海層・超深海層に分けられる。この区分は、漂泳区分帯と呼ばれることもある。一般に、中深層以深に主たる生息水深を持つ魚類が深海魚として扱われる。
海洋は大陸棚の縁を境として、陸に近い沿岸域と、陸から遠く離れた外洋に水平区分される。深海には光合成を行う植物のような基礎生産者が存在せず、深海生物のエネルギー源となる有機物は主に浅海と陸地から供給される。このため、一般的に深海魚（および他の深海生物）は陸に近い海域ほど多く、外洋に出るほど少なくなる。また、熱帯域の外洋では対流が起きないため表層の生物が少なく、利用可能な堆積物に乏しい荒涼とした海底が広がることもある。海底地形の特徴はそれぞれの地域によって異なり、底生性深海魚の分布に大きな影響を与える。一方で、深海中層の環境は比較的安定し均質であるため、遊泳性深海魚は広範囲な分布域を持つ種類が多い。三大洋（太平洋・インド洋・大西洋）すべてに分布する深海魚も少なくなく、汎存種（汎世界種）と呼ばれる。遊泳性深海魚の生物群系は主に気候や大陸・島嶼地形の影響を受けながらおよそ20に分類され、これは他の生物群と比較して著しく少ない区分数である。ハダカイワシやムネエソ類など、大陸棚に沿った分布域を示す遊泳性深海魚を、「pseudoceanic（偽外洋性）」と特に区別して呼ぶこともある。
深海の生物学的環境は表層における海流や季節性変化、陸地からの物質供給に大きく依存しており、深海魚の生態を海洋環境と結び付けて理解するためには広範囲かつ経時的な調査が求められる。また、底引き網による乱獲がタラ類など大陸棚周辺に生息する一部の食用種を激減させていることが報告されており、漁業上重要な深海魚の資源調査の必要性が指摘されている。しかし、特殊な探査艇・採集機器を使用する深海魚の調査は多大なコストを要し、大規模で長期間にわたる生態調査のデータは非常に乏しいのが現状である。個々の種類を詳細に調べる手段の進歩とは対照的に、全体的な生態調査という面では依然立ち遅れている。トロール網のわずかな改良がまったく異なる漁獲結果を導くこともあり、統一的なサンプリング手段の確立が望まれている。
深海魚が獲得した低水温・高圧力環境への適応能力を解析するためには、できるだけサンプルを生きたまま捕獲し、地上の研究施設で長期間飼育できることが望ましい。捕食や産卵のために浅海に移動する種類は、通常のアクアリウム設備でもある程度の飼育が可能であるが、実際の生育環境における振る舞いが再現される保証はない。しかし、深海魚を生体のまま捕獲することには実際上の多くの困難がある。最も重要な問題は浮上に伴う急激な減圧と海水温の上昇であり、多くの場合深海魚に対して致死的なダメージを与えることになる。また、強すぎる環境光や捕獲そのものによるストレスが、視覚や生理調節機能に影響を及ぼす可能性もある。深海探査技術の発展とともに捕獲機器の開発・改良も進み、1970年代には低水温維持機能が備えられるようになった。1979年に報告された高圧維持水槽は1980年代にかけて改良が重ねられ、ソコダラなど浮き袋が発達した底生性深海魚の生体捕獲を可能としたが、長期的な飼育維持は依然として困難な状況が続いていた。2000年代初頭に日本の海洋研究開発機構 (JAMSTEC) によって開発された「ディープアクアリウム」は、深海魚の捕獲と高圧下での飼育を単独で行うための装置である。中心部分となる水槽は高圧に耐えるため球形をしており、200気圧の水槽内圧を維持できる。深海探査艇に搭載したディープアクアリウムで深海魚を捕獲した後は、水槽内部の高圧環境を維持したまま地上に運搬、飼育を行うことが可能である。水交換や給餌も減圧を起こすことなく可能で、深海生物研究の新たな手段として期待されている。
旧・熊本県庁跡地の払い下げを受けて開設された九州産交ランドマークが運営する日本最大級のバスターミナルである熊本交通センターの主要施設の一つであった。地階フロアと隣接する熊本交通センタープラザや辛島公園地下連絡通路に直結しており、周辺施設や繁華街（サンロード新市街）へのアクセスが便利であった。また2階には熊本交通センターへの連絡通路も設けられていた。ガラス張りになっている休憩スペース（2階 - 9階）や展望エレベーターからは、熊本市内中心部や熊本城を眺めることができた。くまもと阪神時代の略称は「くまはん」であった。2008年（平成20年）から「疲れないデパート。」をキャッチコピーに、「おくまはん」というクマのキャラクターを登場させ、熊本城が見える休憩スペースなどを紹介した広告・CMを展開していた。クレジットカードの「おくまはんカード」（日専連ファイナンスと提携）は、店名が県民百貨店に改称後もカード名の変更はなく、そのまま発行が続けられていた。キャッチコピーは、2010年（平成22年）から「一生青春百貨店」に変更された。営業時間は、基本的に10時から19時。ただし、1階と地階は19時30分までで、8階食堂街は11時から21時までとなっていた（年末などは、営業時間が変更（例：全館19時30分まで延長）されることもあった）。1階フロアには、アクセサリーやハンドバッグなどの服飾雑貨や化粧品の売り場の他、和洋菓子やパンの専門店が立ち並び、京都や大阪・神戸など関西圏にある専門店のスイーツを取り扱っていた。6階フロアには書店チェーンのリブロがあった。また、現在も阪神百貨店と提携していた時代から続く7階には九州唯一の阪神タイガースショップがあった。