清須会議後、信雄と信孝の間で対立が起きた。天正10年（1582年）11月、信雄派の秀吉は大徳寺で羽柴秀勝を喪主として織田信長の葬儀を行った。秀吉は柴田勝家が領国の越前に帰国し、雪で動けなくなった時期を狙い、安土城修復後も信孝が三法師を岐阜に止めた事を名分に信孝を攻撃。三法師成人までの間の織田家家督代行を織田信雄に委ねることを認めさせた。さらに賤ヶ岳の戦いで柴田勝家を倒し、秀吉の権力が強化されていった。家督代行となった織田信雄が安土城に入り城下に法令を施行し、前田玄以を京都所司代に任用するなど織田政権を動かし天下人と認識されるまでになった。この織田家家督代行の織田信雄と羽柴秀吉が対立。徳川家康と組んだ信雄は小牧・長久手の戦いで勝利するが、戦闘を継続できずに和睦し、織田政権は実質的に秀吉の傀儡政権となった。その後、秀吉が関白になり織田政権を吸収して豊臣政権を樹立した。豊臣政権では織田信雄、織田秀信が領土・官位等で優遇を受けたが一大名に転落した。
本能寺の変後、北条氏は織田政権から離反し織田領国に侵攻した。徳川家康は織田政権からの許可を得て北条氏の討伐戦を行った。家康はさらに上方へ援軍の派遣を要請したが信雄派と信孝派の対立が起き、援軍の派遣は中止され、その後信雄、信孝双方から和睦の勧告があり、北条氏と徳川氏は停戦した。
その後、織田家の宿老である羽柴秀吉、丹羽長秀、池田恒興、柴田勝家が会談を行い（清洲会議）、織田氏の家督は3歳になる信長の嫡孫・三法師が継ぐことになり、安土城の修復まで織田信孝の元に滞在することとなり、信孝の美濃領有、織田信雄の尾張領有などが決定した。これを羽柴秀吉、柴田勝家、丹羽長秀、池田恒興の4重臣が合議により補佐することで織田政権の運営を行うことが決定した。
しかし、信長が義昭の行動を制限する「殿中御掟」を成立させると、両者の対立が顕在化し始めた。信長は元亀元年（1570年）6月の姉川の戦いなどで、各地の敵対勢力を降していった。一方、元亀3年（1572年）12月、武田信玄の「西上作戦」による三方ヶ原の戦いにおいて、信長の同盟者である徳川家康は敗退する。元亀4年（1573年）4月に武田信玄は病死し、武田軍は甲斐に引き揚げた。これによって信長包囲網はほぼ崩壊した。その後、信長は上洛し、一時的な和睦を経て将軍・足利義昭を河内に追放した。これにより、室町幕府は事実上消滅し、畿内に織田政権が確立したのである。その後、信長は浅井長政、朝倉義景、三好義継ら敵対勢力を滅ぼし、畿内周辺を勢力圏に収めた。
ハリー・トーマス・トンプソン（Harry Thomas Thompson, 1908年 - ?）は、アメリカの海軍事務係下士官(yeoman)。1934年から1935年にかけて大日本帝国のスパイとして活動し、アメリカの軍事情報を秘密裏に収集していた。彼は第一次世界大戦後、初めてスパイとして摘発されたアメリカ人であった。トンプソンはメリーランド州の牧場に生まれ育った。海軍の下士官であったが、1934年夏には退役している。カリフォルニア州サンペドロにてタニー氏(Mr. Tanni)を名乗る人物がトンプソンに接触し、最初に500ドル、そして毎月200ドルを支払うという条件で彼をスパイとして運営した。トンプソンは事務係下士官の制服を着用して海軍艦艇に浸透し、乗組員から情報収集を行った。その他にも様々な手段でサンディエゴに司令部を置く太平洋艦隊に関する情報を収集したトンプソンは、それらを全てタニー氏へと送った。このタニー氏なる人物の正体はスタンフォード大学に駐在していた日本海軍少佐、宮崎俊男であった。その頃、アメリカ海軍情報局(ONI)局長のウィリアム・D・プレストン大尉は留学生を潜在的なスパイ容疑者として調査していた。その折に日本語の通信が傍受・解読された事により、宮崎も重要なスパイ容疑者として扱われるようになる。暗号解読者アグネス・マイヤー・ドリスコルは、傍受された通信に頻繁に現れるトミムラ(To-mi-mu-ra)なる単語をマークした。ドリスコルが日本語学者に調査を依頼したところ、当初その学者はこれが日本語の苗字ではないかと指摘したものの、ドリスコルは同意しなかった。次にその学者はムラ（村）という言葉が町を意味し、またその漢字が「ソン」(son)とも発音される点を指摘した。ドリスコルはTomiとSonを組み合わせたトミソン(Tomison)という言葉が、日本人がThompsonを発音する際の音「トムソン」に非常に近いとして、トミムラはトンプソンを指すコードネームであると推測した。さらにトンプソンのルームメイトだったウィラード・ジェームズ・トレンティンによるONIへの通報が決定的な証拠となった。トレンティンが語ったところによれば、トンプソンは自分が日本軍のスパイとして活動していることをほのめかしていたという。通報後まもなくトンプソンはONIの監視下に置かれ、1936年3月に軟禁された。なお連邦捜査局(FBI)によるトンプソンの逮捕に先立ち、宮崎は国外追放処分を受けて日本へと帰国している。トンプソンの裁判は1936年7月2日から始まり、1917年スパイ法の元で有罪判決を受けた。裁判中、トレンティンは特にトンプソンに対して不利な証言を積極的に行った。最終的にはマクニール島刑務所での懲役15年を言い渡された。作家アラン・ハインドは1943年に宮崎・トンプソン事件を題材にした書籍『Betrayal From the East: The Inside Story of Japanese Spies in America』を執筆している。同書でハインドは「1936年3月5日、トンプソン氏逮捕のニュースが新聞に踊った。これはワシントンD.C.に大きな衝撃を与えた」と記している。海軍情報部員エリス・M・ザカライアスも宮崎・トンプソン事件に関して書籍『Secret Missions: The Story of an Intelligence Officer』の中で触れている。