補体系は宿主細胞にきわめて強力な傷害作用を与える可能性がある。このことは活性化が強力に制御されていることを意味する。補体系は補体制御タンパク質によって制御されている。これらは血液の血漿に補体タンパク質以上に高濃度で含まれており、補体阻害タンパク質の中には、細胞が補体のターゲットとならないよう、その表面膜上に存在するものもある。CD59がその例である。これはMAC形成時にC9の重合を阻害する。
レクチン経路 (マンノース結合レクチン (Mannose-Binding Lectin、MBL) 経路、MBL-MASP、英: Lectin pathway) は古典経路に相同であって、C1qの代わりにオプソニン、マンノース結合レクチン、フィコリンを使う。この経路はマンノース結合レクチンが病原体表面のマンノース残基に結合することによって活性化される。これはMBL関連セリンタンパク質分解酵素であるMASP-1とMASP-2（それぞれC1rとC1sに似ている）を活性化しC4を分解してC4aとC4bに分け、C2を分解してC2aとC2bに分ける。C4bとC2aは古典経路と同じく、結合してC3転換酵素を形成する。これにより古典経路と同様、C5転換酵素であるC4b2a3bが形成され、以降古典経路と同様に進行する。フィコリンはMBLに相同でMASPを介して同様な機能を果たす。無脊椎動物では適応免疫系はないのでフィコリンが幅を利かせており、病原体識別分子がないということを埋め合わせするように広範囲の結合特性をもっている。
副経路 (英: Alternative pathway) は病原体表面で直接C3の加水分解が行われることで開始する。他の経路のように病原体に結合したタンパク質は必要ではない。C3は肝臓で作られ血液中の酵素でC3aとC3bに分解される。もし病原体が血液中にいないならC3aもC3bいずれのタンパク質断片も不活性化される。しかし、近くに病原体がいたらC3bの中には病原体の細胞膜に結合するものがある。そうすると次にB因子に結合する。この複合体は次にD因子によって分解されてBaおよび副経路でのC3転換酵素Bbとなる（副経路のC3転換酵素はC3bBbであるとする考えもある）。C3bBb複合体は病原体の表面に吸着しており、加水分解によってC3をC3aとC3bに切断する。その結果病原体に吸着するC3bBbの数が増幅される。C3の加水分解が終わるとC3b複合体はC3bBbC3bとなり、これはC5を分解してC5aとC5bに分ける。これにより古典経路と同様、MACが形成されることになる。
古典経路 (英: Classical pathway) の開始はC1複合体（C1q、C1r、C1s）の活性化がトリガーであり、抗原と複合体を形成したIgMやIgGにC1qが結合したときに起こる（IgMは1つで経路を開始するが、IgGの場合は複数必要である）。あるいはC1qが病原体表面に直接結合した場合にも活性化する。このような結合はC1q分子に高次構造の変化をもたらし2つのC1r（セリンタンパク質分解酵素）分子を活性化する。次にこれらがC1s（こちらもセリンタンパク質分解酵素である）分子を分解する。C1複合体はC4続いてC2に結合してこれらを分解しC2aとC4bを生ずる。C1rとC1sの阻害はC1阻害分子が行う。C4bとC2aは結合して古典経路でのC3転換酵素を形成する（C4b2a複合体）。これはC3をC3aとC3bに分解するのを促し、後者はC2aとC4b（つまりC3転換酵素）と会合してC5転換酵素となる。C5aとC3aはマスト細胞の脱顆粒を開始させる。C5b、C6、C7、C8、C9からなる複合体（C5b6789）はMACといわれる膜侵襲複合体を作る。これは細胞膜の中に埋め込まれ、パンチのように穴を開け、細胞溶解を始める。C3転換酵素は崩壊促進因子（DAF）で阻害される。この因子はGPIアンカーを用いて赤血球の細胞膜に結合する。
このスプートニク1号の打ち上げ成功はアメリカの自尊心とこの分野における自信が大きく揺らぐことになった。そしてアメリカの核技術の優位は揺らがないものの、ミサイル技術の遅れが命取りになるという論争が生まれた。これは当時のアイゼンハワー大統領が米ソの緊張緩和(デタント)で、ミサイルの研究開発費として若干の予算増を了承した以外は大規模な軍拡競争が始まることを拒否して軍事費の削減を行ったためであった。この論争は、1958年頃から論じられて当時野党であった民主党上院議員ジョン・F・ケネディもその急先鋒であり、1960年の大統領選挙でケネディが民主党大統領候補になってから対抗馬の共和党ニクソン候補への攻撃材料として使われた。アメリカはソ連に続く人工衛星「エクスプローラー1号」の打ち上げを成功させ、大陸間弾道ミサイルを中心としたミサイル戦略を進めていたが、ソ連のミサイル配備がどれほど進んでいるのか分からない状況の中で、不安が募るばかりであった。そして不安は疑心暗鬼を呼び、「ソ連の核に対する予防戦争としての先制核攻撃の是非」さえもが公然と論じられるようになった。アメリカにおける大陸間弾道弾ミサイルの開発はソ連に遅れたが、初のICBM「アトラス」を1959年から実戦配備していた。さらに当時多数保有していた「PGM-17 ソー（1958年実戦配備）」や「PGM-19 ジュピター」などの中距離弾道ミサイルをソビエト近海の北極海から発射し、ソビエト国内の目標へ攻撃を行う「ポラリス計画」をスタートさせ、潜水艦発射弾道ミサイルと呼ばれることになるこのポラリスは、1960年に初めて潜水艦から発射テストが行われ、配備が進められた。