「地下複合都市『アンバー・クラウン』に侵入して欲しい」たったそれだけの文面の依頼を引き受けた主人公は、女性レイヴン・スミカと共にウェンズデイ機関と呼ばれる組織と戦う。この機関は強化人間技術を発展させた兵器「ファンタズマ」を開発していた。そして主人公達はファンタズマ奪取を図るレイヴン・スティンガーと死闘を繰り広げることとなる。
前作よりもストーリーは短くミッション数も少ない（前作が47に対し、本作は17）が、難易度は全体的に高くなっている。また前作ではAC同士の戦闘を競技として行う『ACバトル』はミッションの一つであり自由に参加できなかったが、今作から『アリーナ』としてミッションから独立し自由に参加が可能となった。前作では組織間の対立が元凶の依頼があったものの、プレイヤーの情報源はミッション前に提示される情報と不定期に送られるメールから推測するしかなく、主人公のキャラクターも没個性的で明確な目標もなかったが、本作以降はシナリオ面が強化されている。特に今作は相棒やライバルの登場、ウェンズデイ機関という明確な敵の存在など、シリーズを通しても明快なシナリオとなっている。今作からDUALSHOCKの振動機能に対応している。PS3部作の価格は本作のみ4800円に設定されていた（他2作は5800円）。なおPS one Booksとゲームアーカイブス版では3作とも同じ価格に設定されている。
通称は『PP』（Project Phantasmaから）。時期的には『AC1』とほぼ同時期だが、エンターブレイン刊行の設定資料『アーマード・コア EXTRA GARAGE Vol.1』によると地球暦158年（『AC1』の2年後）である。ただしこの設定では、後述する156年の時点で崩壊したレイヴンズネストが存続している点と、ウェンズデイ機関が（156年に崩壊した）巨大企業からの出資を受けているという設定と矛盾する。
アンドロメダ座ο星aは、アンドロメダ座ο星Aから0.05秒離れた位置に発見された伴星で、主星の周りをおよそ5.7年周期で公転している。軌道の分析から予想されるアンドロメダ座ο星aの質量は、太陽の2.3倍程度である。アンドロメダ座ο星Aから0.3秒離れた位置で発見された伴星アンドロメダ座ο星Bは、アンドロメダ座ο星A-a系の周りを公転しているとすると、その周期はおよそ117年と推定される。アンドロメダ座ο星B自身は、公転周期が約33日の分光連星であり、系を構成する2つの恒星はいずれも太陽の3-4倍程度の質量を持つ、晩期の（低温の）B型星もしくは早期の（高温の）A型星と考えられる。
主星のアンドロメダ座ο星Aが、この系で最も明るく、古くからアンドロメダ座ο星とされてきた恒星にあたり、Be/ガス殻星でスペクトル型はB6 IIIpeとされる。質量は、太陽の6.5倍程度と推定される。見かけの等級はおよそ3.8だが、カシオペヤ座γ型に分類される変光星でもあり、最大で0.2-0.3等級程度明るさが変動している。変光は、周期が約1.57日の短期的な変光と、周期がおよそ8.5年の長期的な変光とがある。短期的な変光は、1.57日の間に明るさの異なる2つの極小がみられる二重波形の光度曲線を示し、曲線の振幅や輪郭は一定していない。長期的な変光と短期的な変光には関係があり、長期的な変光の極大期には、短期的な変光の振幅が0に近づき、逆に長期的な変光の極小期には、短期的な変光の振幅は極大（~0.1等級）になる。長期的な変光の周期は、分光観測からガス殻が出現したと考えられる間隔と整合し、両者には関係があると考えられる。短期的な変光は、恒星の自転と関係がある現象、或いは脈動によるものではないかと予想される。アンドロメダ座ο星Aの自転はとても速く、およそ240km/sと見積もられる。
川口市の南部に位置する。最寄り駅は京浜東北線川口駅であるが、東に約1kmほど離れている。南側は荒川の堤防が境界となっており、主に住宅地となっている。
知恵の輪（ちえのわ、英: disentanglement puzzle）はパズルの一種。基本的には、簡単に外せない一組（2つ以上）の部品を、繋げたり外したりする遊びである。ただし、外すのではなく、部品同士を特定の形にもってゆくことを目的とするものもある。また、大抵のものは、特定の外し方によって簡単に外せるが、手順が複雑なために外し方を知っていても、外すまでに時間が掛かるものも存在する。外す方法を探すために試行錯誤する過程を楽しむ。また、外した後には元の形に戻すことも楽しみの一つとなる。元の形のみならず、複数のパターンがあって、それらの内で目指す形に戻すのを楽しみとするような作品もある（「キャストパズル」のキャストキーリング等）。部品には金属や紐がよく使用される。金属は容易に変形できないために、外すための障害となる。逆に紐は軟らかいため、変形させて金属部品の隙間を通したり、場合によっては狭い隙間を通すこともある。木製のものや紙製のものもあり、素材によらず知恵の輪となる可能性を秘めている。位相幾何学的には、紐の知恵の輪は、紐に充分な長さがあると仮定するなら、金属部品（固定部品）の部分もまた紐で作られていたと想定したときに外れるのなら、必ず外せる。逆に、金属部品の部分も紐だったとしても外せないなら、当然外せない。（クロノスの知恵の輪シリーズに、不可能知恵の輪として「タオ」という作品が販売されていたことがあった。これは金属部品を利用した、外せるようで絶対に外れない知恵の輪であるが、もしこの金属部品が紐製（可変）だったとしても、同様に外せない）