Part3序盤でDIOがジョセフのハーミットパープル（隠者の紫）と似たスタンドを使っている。作中での言及は特に無かったが、画集『JOJO A-GO!GO!』では「ジョナサンのスタンドである」と説明されている。水晶玉への念写を行うほか、ジョセフと異なりカメラを壊さず軽く叩くだけで念写ができているなど若干の差異が描写されている。小説版『OVER HEAVEN』はディオ側の視点から語られ、このスタンドがエンヤ婆により「ハーミット・パープル」と説明される。さらに「同じ、または同じでなくとも似たようなスタンドをジョナサンの孫（ジョセフ）も持っている」とされている。※ジョースター側から「ジョセフのスタンドがハーミット・パープルである」こととは逆視点の説明となっている。
主人公ジョージ（Jorge）の父である。リサリサは、幼少時に海難事故に遭遇した際に、彼の影響を受けて波紋呼吸法の基礎を体得した。カナリア諸島の海底に水葬されている。未亡人となったエリナとジョージはカナリア諸島に在住していた後、1905年ジョージ16歳の年にイギリスに移住した。
ジョナサンとしては未登場であり、DIOの肉体の影響として言及される。Part4『ダイヤモンドは砕けない』の主人公の東方仗助は、ジョセフの非嫡出子であり、Part3・4歳のときにDIOからの信号でスタンド高熱に苦しめられていた。Parte5『黄金の風』の主人公のジョルノ・ジョバァーナは、DIOの遺児であり、ジョースターの血、星のアザ、スタンド能力を受け継いでいる。Part6『ストーンオーシャン』に敵として登場するウンガロ、リキエル、ドナテロ・ヴェルサスの3人もまた、同様にDIOの遺児である。DIOの骨＝残骸から「緑色の赤ちゃん」が生まれ、プッチと融合したことで星のアザが血縁者のウェザー・リポートにも連鎖する。
ジョナサン自身はすでに死亡しているが、首から下の肉体をDIO（ディオ）に乗っ取られている。肉体は自らの子孫である承太郎たちに信号のようなものを送っており、それは彼らにスタンドが発現するきっかけになった一方、時にはそれが呪縛となって彼らを苦しめる結果にもなっている。ディオの首とジョナサンの胴体はなじみつつあり、エジプトでのDIOvs承太郎に際して、ジョセフから吸血したことで完全になじむ。頭部を砕かれて死に、吸血鬼として細胞単位で生きていた胴体部もまた日光を浴びて灰と化して消滅した。後に、DIOが子供を作っていたことや、プッチによって骨が回収されていたことが明らかとなる（後述）。Part3のOVA版では、承太郎が花京院に植え付けられていたDIOの肉の芽を通じ、Part1でのジョナサンとディオの対決を傍観するシーンが追加されている。
1868年4月4日イギリス生まれ、血液型はA型。由緒ある英国貴族、ジョージ・ジョースター卿の一人息子。第二部『戦闘潮流』の主人公ジョセフ・ジョースターの祖父であり、第三部以降にも彼の子孫は登場する。立派な「紳士」になることを目指して、日々努力を続ける少年。正義感が強く、生真面目で心優しい性格。また、どのような困難にも真正面から立ち向かうことのできる勇気を持っている。作者の荒木は「ジョジョの歴代主人公同士が戦ったら誰が一番強い？」という問いに対して「実はジョナサンじゃない？」と答えている。姓と名前から、愛称は「ジョジョ」。名前は、連載当時に荒木が打ち合わせなどに利用していたファミリーレストランジョナサンに由来しているという説が一般的であったが、これは名前を覚えてもらうための方便であり、実際にはデニーズで打ち合わせを行っていた。順序が逆で、まずはデニーズで、連載中にジョナサンで打ち合わせするように変わり、ジョナサンの方の話が広まったという。
最低賃金制度の運用監視は、連邦財務省所管の税関（ZOLL）内にある闇労働税務監督局（Finanzkontrolle Schwarzarbeit, FKS）が担当している。FKSは、従来から闇労働（Schwarzarbeit）を取締まっていた税務局と、不法就労対策を担当していた労働局の業務が統合され、2004年に誕生した。また、後者の職員はそのままFKS全員異動している。2017年時点の税関職員総数は 3万9,000人で、そのうち6,700人が闇労働税務監督局（FKS）で勤務している。2015年の法定最低賃金導入により全産業・職場に監視対象が拡大されることを見越して、導入前から増員している。2019年までに1,600人増やして、8,300人体制で、最低賃金を含む闇労働全体の取締り強化を計画している。全職員のうち、女性職員は25 - 30％程度で、年々女性の割合は増加している。最低賃金を取締まる職員は、闇労働税務監督局（FKS）が単独で採用を行い、中級職員は2年、上級職員は3年半の職業訓練を受ける。訓練内容は、税務管理に関する知識教育、捜査に必要な護身術、射撃訓練等である。FKSの職員は、希望すれば他部署で税関職員として働くことも可能だが、全て公募制である。また、職員は、闇労働防止法（SchwarzArbG18） に基づいて任命され、司法警察権を有し、立入調査権や逮捕権などを有する。専門的な知識を習得するために、任命後も継続教育訓練（在職訓練）を節目ごとに受講する。2015年の法定最低賃金導入時には、それまでの業種別最低賃金と法定最低賃金の差違に重点を置いた研修を全員が順に受講した。闇労働税務監督局（FKS）の事務所は、ドイツ全土に設置されており、41の税関に設置されている。