北マルク州は、テルナテ島、ティドレ島、en:Bacan、ハルマヘラ島、モロタイ島、オビ諸島、en:Sula Islands。マルク州は、アンボン島、en:Lease Islands、セラム島、ブル島、バンダ諸島、Gorong Islands、Watubela Islands、カイ諸島、アルー諸島、南に離れてバラトダヤ諸島のen:Babar Islands、ダマル島（Damar Islands）、ロマン島、en:Kisar、en:Leti Islands、タニンバル諸島、ウェタル島。
1950年の、連邦国家に変わる単一国家インドネシア共和国の独立宣言時に、南モルッカ(Republik Maluku selatan,RMS)は、共和国からの離脱を試みた。この動きはChris Soumokilによって導かれ、オランダ特別部隊のメンバーMoluccanによって支援されていた。
1599年にオランダ人が到着し、原住民たちは、ポルトガルが伝統的な貿易を独占しようと試みたことに不満を持っていると報告している。アンボン人がHitu-Larnaに砦を築くオランダ人を手助けした後、ポルトガル人は、アンボン人がオランダ人を招いたことに対して報復を開始した。1605年よりFrederik Houtmanがアンボンにおいて最初のオランダ人支配者となった。オランダ東インド会社は、その手法において以下の3つの障害を有していた。ポルトガル人が原住民を支配していた。原住民はイングランドとの不法取引が、ヨーロッパ人の独占に対する唯一の対抗手段であった。17世紀の他の事件の間、バンダ諸島の住民はイングランドとの独立貿易を試みた。オランダ東インド会社の反応は、バンダ諸島の原住民を虐殺し、その生き残りは他の島へ移住させ、奴隷の労働をさせるというものであった。他の種族もバンダ諸島に居住していたが、モルッカ諸島は他国の支配下にあり、不安定であった。ポルトガルがマカッサルに新しい貿易拠点を築いた後でさえ、1636,1646年と原住民の反乱は起きた。東インド会社の支配により、北部モルッカ諸島は、テルナーテ島に居住するオランダ住民によって、南部はアンボイナ（アンボン）人によって統治された。第二次世界大戦中の日本占領下、モルッカの住民は山地に流れ込んだが、南モルッカ旅団として知られる抵抗運動を起こした。戦後、島の政治指導者達は、独立に関してオランダと協議して、これに成功した。インドネシア人の要求もあり、1949年にRound Table Conference Agreementsによりモルッカ諸島に新しいインドネシアに加わる否かの選択権を与えるとともに、インドネシアに移譲された。この同意により、モルッカ人は最終的な統治権を決定する権利を有すると認められた。
スペイン人はテルナテ島およびティドレ島を支配した。伝道師およびカトリックの聖人であるフランシスコ・ザビエルは、1546年から1547年まで、モルッカ諸島でアンボン人の間で布教を行っていた。
ポルトガル人は16世紀初頭にマラッカを征服し、彼らの影響はモルッカ諸島並びに他のインドネシア東部に最も強く残っているように思われる。1511年8月のポルトガルのマラッカ征服に引き続いて、アフォンソ・デ・アルブケルケは、バンダ諸島や他の香辛料諸島への航路を学び、António de Abreu、Simão Afonso BisigudoおよびFrancisco Serrão指揮下の3隻の船団を遠征させた。その帰路で、1512年Francisco Serrãoは、Hitu島（アンボン島の北）で難破した。そこで彼の戦闘技術に感銘を受けた地域の支配者と協力関係を結んだ。
もともとは米代川の川岸にまで迫る険しい山で、「郭公坂」「馬上坂」「畜生坂」などと呼ばれ、羽州街道でも「徒歩道無し」として水上を正規の道に指定されるなど最大の難所とされていた。この距離は1km程度であるものの、1里（約4km）に匹敵する難儀な道と言われ、下流側の荷上場村と上流側の小繋村の間で行われた船渡しは「一里の渡し」と呼ばれた。渡し賃を払えなかったり増水していたりで船渡しを利用できない場合、橋の無い藤琴川を徒歩で渡り、絶壁をよじ登って越えなければならなかった。あるいは荷上場村から藤琴川を北上し、大沢村を通って大沢川を遡り、二の又村から峠を越え、田子ヶ沢村から綴子川を下り綴子村に到る、かなり遠回りの間道を通らなければいけなかった。弘前藩主の津軽氏が参勤交代で江戸まで移動する際にも、この間道を利用したことがある。また、藩主がこの地を無事に通り過ぎたことを伝えるだけのために弘前まで使者が遣わされたという。現在でもきみまち阪の周辺には断崖絶壁の屏風岩がそびえ立ち、往時の険しさを物語っている。現在のきみまち阪は公園として整備され、絶壁内部の公園部分は多くの樹木に覆われているが、大正時代の写真では、草地に数多くの大きな白い岩が点在する荒々しい様子をうかがうことができる。頂上付近には駐車場ときみまち阪キャンプ場がある。きみまち阪キャンプ場から徒歩で山頂に登ると二ツ井テレビ・FM中継局があり、二ツ井町や藤里町、日本海を遠望でき、すばらしい風景を見ることができる。きみまち阪の山頂部からは高岩神社までの山道が続いている。高岩神社は平安時代に円仁が開いたとされる。神社周辺には奇岩や巨石が鎮座し、古くは一大霊場となっていた。戦国時代には多くの修行僧や僧兵が修行をしていた天台宗の寺であり、檜山安東氏や、大館浅利氏の家臣との抗争から廃れていった。山中には近年、地元の町の町興し企画「恋文コンテスト」と連動して「恋文神社」が建てられた。