ヘボン式は英語の発音への準拠を重視したローマ字表記法である。用途に応じて様々なバリエーションがあり、それぞれで細かい表記ルールが異なるが、旧ヘボン式、修正ヘボン式の二種類に大別される。旧ヘボン式（Traditional Hepburn）は米国人ジェームス・カーティス・ヘボンの『和英語林集成』第三版（1886年）で定義された表記法。日本国内で単にヘボン式という場合、この方式を指す場合が多い。修正ヘボン式（Modified HepburnまたはRevised Hepburn）は、研究社の『新和英大辞典』第三版（1954年）で考案され、後にアメリカ図書館協会およびアメリカ議会図書館のローマ字表記法などでも採択された。日本国外で単に「Hepburn romanization」「Hepburn system」などという場合はこのModified Hepburnを指す場合が多い。両者の大きな違いは、旧ヘボン式では撥ねる音「ん」が「b」「m」「p」の前に来た場合は「m」、それ以外の場合は「n」で表記するのに対し、修正ヘボン式では全て「n」で表記する点である。また、撥ねる音「ん」が母音字または「y」の前に来た場合、旧ヘボン式では「n」の後ろに「-」を入れるのに対し、修正ヘボン式では「'」を入れる点も異なる。2019年（令和元年）現在、日本国内では旧ヘボン式、修正ヘボン式ともに広く使われており、分野や団体によって採用されている方式が異なる。そのため、例えば同じ地名のローマ字表記が駅名標と道路標識では一致しないといった問題も起こっている（後述）。なお、現在国内外で「修正ヘボン式」（Modified Hepburn）と呼称される表記法が定着する以前にも、ヘボン式を修正した新たな表記法を定める試みは複数存在したため、文献によっては今日とは異なる意味で修正ヘボン式という語を使用する場合があり、注意が必要である。現在では旧ヘボン式とされる『和英語林集成』第三版に掲載された表記法も、第二版の表記法を日本人の案に従って修正したものであり、当初はこれを指して「修正ヘボン式」と呼んだ。1908年、ローマ字ひろめ会が、第三版の表記法に僅かに修正を加えて「標準式」と称したが、この修正を指して「修正ヘボン式」と呼ぶ場合もある。「標準式」は第三版の表記法を含めた広義のヘボン式の名称としても使われた。
助詞の「は」「へ」「を」は、表音式仮名遣いを採用する訓令式、ヘボン式ではそれぞれ「わ (wa)」「え (e)」「お (o)」と書くが、現代仮名遣いまたは歴史的仮名遣いに基づく厳密翻字では表記通りに「は (ha)」「へ (he)」「を (wo)」と書く。
原則として、撥音「ん」は「n」で表す。例外として旧ヘボン式では「b」「p」「m」の前に限り「m」を使う。撥音の後に母音やヤ行音が来てナ行音と区別できなくなった場合は、旧ヘボン式では間に「-」（ハイフン）、修正ヘボン式および訓令式では「'」（アポストロフィ）を挿入する。（例）shin'ai（親愛、shinaiだと竹刀と誤読の恐れ）　shin'yō（信用、shinyōだと「屎尿」と誤読の恐れ）原則として、促音は直後の子音字を繰り返す。例外として、旧ヘボン式および修正ヘボン式では直後が「ch」の時は「tch」とする。語末の促音（感嘆詞「あっ (a')」「それっ (sore')」などに現れる）表記については、どの方式でも公式には定められていない。
日露戦争終結後のとある冬、元陸軍兵の杉元佐一は、幼馴染の梅子の眼病の治療費を得るため北海道で砂金を採っていたところ、アイヌが秘蔵していた金塊のことを知る。直後に杉元は冬眠明けのヒグマに襲われ、窮地をアイヌの少女・アシㇼパに救われる。作中より5年前、アシㇼパの父・ウイルクを含むアイヌを殺害し金塊を奪った男・のっぺら坊は、網走監獄の獄中から仲間に金塊の在処を伝えるべく、同房の囚人たちの体に金塊の隠し場所を示す入れ墨を彫り、脱獄させた。その「刺青人皮」は獣の皮のように剥がし、全てを集めて暗号を解く必要がある。杉元は治療費分を得ること、残りの金塊をアイヌの手に戻しウイルクの仇を討つことを条件に、アシㇼパと行動を共にすることになる。同じく金塊を狙う陸軍第七師団歩兵第27聯隊に所属する情報将校・鶴見篤四郎中尉は、日露戦争で活躍しながら報われなかった師団員のため北海道征服を目論んでおり、その軍資金を必要としていた。しかしその理想にはついていけない造反組がおり、その中で生き残った尾形百之助は第七師団を離脱、二階堂浩平は鶴見との取引に応じ原隊復帰する。脱獄囚の中には戊辰戦争で死んだはずの土方歳三がおり、彼もまた、かつての盟友・永倉新八と合流し、入れ墨の囚人のうち何人かを仲間に加え、尾形を用心棒とし、蝦夷共和国を再興するために金塊を追い求めていた。杉元とアシㇼパは捕らえた入れ墨の囚人で脱獄王と呼ばれる白石由竹を仲間に加え、各地に散らばった囚人を追いながら鶴見ら第七師団や土方一味と交戦したりアイヌと交流を行ううちに、互いの絆は深まってゆく。さらに杉元一味は、ウイルクの友人で「一緒に日本に来た」というアイヌ・キロランケを同行者に加える。彼は「のっぺら坊こそがウイルクである」と語り、一味は真偽と金塊の在処を確かめるべく、網走監獄へ向かうこととなる。その頃、土方はのっぺら坊とその仲間は極東ロシアのパルチザンと見当を付けていた。第七師団の兵士で元マタギの谷垣源次郎は、杉元一味との交戦のあと、アシㇼパのコタン（アイヌの村）で治療を受けていた。そこに、女占い師・インカㇻマッが現れ、「アシㇼパの連れ3人のうちの1人が裏切る」と予言する。その心労でアシㇼパの祖母が寝込んでしまったことから、谷垣はアシㇼパを無事連れ帰るべく、インカㇻマッ、コタンの孤児チカパシとともに杉元一味の後を追う。