1368年、明朝が興るとコンギラト部の所領も攻撃を受け、一時的に大ハーンのトゴン・テムルが逃れていた応昌は1370年に明軍の攻撃によって陥落した。元朝時代の「左手の五投下」の中ではジャライル部のナガチュのみが長く明朝に対抗したが、1387年に明朝への降伏を余儀なくされた。この際に、明軍の攻撃を逃れた人々がフルンボイル地方に逃れており、これが後のハルハ・トゥメンに発展したものと見られる。以後100年ほどの空白期間を経て、コンギラトは内ハルハ5部の一つとして再び史料上に記されるようになる。17世紀以降に編纂されたモンゴル語年代記でもハルハ・トゥメン傘下の部族としてコンギラトの活動が記されており、コンギラトのアサリ太保(Asali tayibu,エセレイとも)がボライ太師らとともにエセン・ハーンに殺されそうになったバヤン・モンケを護送したことや、ダヤン・ハーンの右翼征討時にバートル・クリスンが活躍したことなどが記録されている。しかし、ダヤン・ハーンの右翼征討以後はコンギラトの名を記されることは少なくなり、代わって「内ハルハ五部」の中ではジャルート部について多く記されるようになるため、この頃に内ハルハで最も有力な部族がハルハからジャルートに代わられたものと推測されている。
1206年、チンギス・カンがモンゴリアを統一してモンゴル帝国を建国すると、アルチ・ノヤンの家系は有力姻族として重視されるようになった。「姉妹交換婚」によってアルチ・ノヤンの息子チグがチンギス・カンの娘トマルンを娶り、チンギス・カンの長男ジョチがアルチ・ノヤンの娘オキ・フジンを娶った。またチンギス・カンの次子チャガタイもアルチ・ノヤンの従兄弟カタ・ノヤンの娘イェスルンを娶っていたが、オゴデイ・トゥルイは有力姻族たるコンギラトの女性と結婚することができなかった。しかしチンギス・カンの孫の世代になるとオゴデイ家とトゥルイ家が積極的にアルチ・ノヤン家と婚姻を結ぶようになり、オゴデイの息子クチュがアルチ・ノヤンの孫娘カタカシを娶り、アルチ・ノヤンの孫ノカがオゴデイの娘ソルカカンを娶った。トゥルイ家では長子モンケがアルチ・ノヤン家出身ではないもののコンギラト出身の妃を三人娶り、早世した次男ジョリケがアルチ・ノヤンの娘ブルガイを娶り、クビライもアルチ・ノヤンの娘チャブイを娶った。しかし、同時期にオイラト部のクトカ・ベキ家がアルチ・ノヤン家に次ぐ有力姻族として急速に婚姻関係を広めており、ジョチ家とチャガタイ家やアルチ・ノヤン家と姻戚関係を結べなかったトゥルイ家のフレグとアリクブケがクトカ・ベキ家の女性を娶った。加えて新にカーンとなったモンケによってオゴデイ家に弾圧が加えられ、モンケ自身もクトカ・ベキ家との婚姻関係を重視するようになったため、一時的にアルチ・ノヤン家の地位は低下した。
1934年4月、親衛隊全国指導者のハインリヒ・ヒムラーは部隊名にSSを付けるよう命じ、最終的にライプシュタンダーテ SS アドルフ・ヒトラー(LSSAH)となった。6月の終わりにLSSAHは、最初の出動を命じられた。突撃隊の指揮官エルンスト・レームは、自分の配下の突撃隊により大きな力をつけることを要求し始めていた。ヒトラーは突撃隊をその地位に留める事に決定し、ヒムラーとヘアマン・ゲーリングに命令を下した。二人の精鋭部隊、ヒムラーのLSSAHとゲーリングのランデスポリツァイグルッペ ゲネラル ゲーリング(Landespolizeigruppe  General Göring、「州警察集団ゲーリング将軍」の意)が行動に移った。LSSAHはユアゲン・ヴァグナーとオットー・ライヒの指揮下、2個中隊を編成し6月30日にミュンヘンへ移動した。ヒトラーは、全ての突撃隊の指揮官に、ミュンヘン近くのバドヴィッセにあるハンゼルバオアーホテルで行われる会合に出席するように命令した。6月30日、ヒトラーはディートリッヒ及びLSSAHからの部隊と合流し、レームの逮捕と処刑を命じるためバドヴィッセに向かった。LSSAHの実行中隊はゲーリングの警察部隊と共に、死の部隊として数日間裁判なしで多くの処刑を実行した。ナチスはこれをレーム・プッチュ（Putsch：クーデター、別名、長いナイフの夜）と呼び、自分たちの行動の正当性を主張した。1934年7月13日迄に少なくとも177名が処刑された。LSSAHとゲーリングの部隊による行動は、ヒトラー支配への障害である、突撃隊による脅威を効果的に取り除くことに成功した。長いナイフの夜の「成功」に伴い、LSSAHは連隊規模に拡張され11月の終りまでに3個大隊、オートバイ中隊、迫撃砲中隊、装甲車小隊の自動車化部隊となった。そしてSSは突撃隊の統制下から完全に離れた。SSは新しい志願者でいっぱいとなった。LSSAHは、ヒトラーのアーリア民族至上主義を反映しており、志願者は厳格な募集規則により、心身とも強固で熱心なナチス党党員でありアーリア民族である場合のみ認められた。LSSAHはニュルンベルク党大会の儀仗隊を勤め、1935年にザールラント併合、1938年には、オーストリア併合、ボヘミアとシレジアに挟まれたズテーテン地方の進駐と参加した。1939年1月、「ライプシュタンダーテ舞踏会」がベルリン動物園で開催された。ディートリッヒは部下とともに、有名な俳優ハンス・アルバース、ハインリッヒ・ゲオルゲ、ケーテ・フォン・ナギーを用いて、この祭典を企画した。このときの主賓は、ドイツ陸軍総司令官ヴァルター・フォン・ブラウヒッチュだった。ヒトラーが1939年中頃にSS師団の編制を命じた時、ライプシュタンダーテは、親衛隊特務部隊 (SS-VT) のSS連隊ドイッチェラント、SS連隊ゲルマニア、SS連隊デア・フューラーとは異なる独自の編制を指示された。LSSAHは兵力を増強され歩兵連隊(自動車化) ライプシュタンダーテ SS アドルフ・ヒトラー(Infanterie-Regiment (mot.) „Leibstandarte SS Adolf Hitler“)と改称した。しかしポーランド危機はSS師団の編制計画を延期させ、LSSAH はポーランド侵攻を準備する南方軍集団麾下の第XIII軍団に所属した。