上述の通り、ルターはそもそも公に教会を攻撃することを意図していたわけではなかった。ルターは神学者との討論を呼びかけただけであり、その討論を通じて、教会の枠内での穏やかな改革を意図していた。だから、意図とは違う形で一般庶民を中心に大騒ぎになってしまった直後、ルターはブランデンブルク司教に対して、主張の訂正を行い、全面的な撤回すらほのめかしている。しかしルターの意図とは裏腹に、「贖宥状批判」はドイツ中に知れ渡ったとされる。現代でも一般的には「ルターが贖宥状批判を行った」とされている。しかし、ルターが95ヵ条の提題を通じて論じようとしたのは、純粋な神学上の教理であった。95ヵ条は全体として体系的でもないし、大半はルターの「独り言」のような文言だった。贖宥状販売の問題はその中のほんの一部にすぎなかった。ルターが特に議論を望んだのは、贖宥状の販売そのものではなく、救済と良心の概念についてだった。教理では、告解、悔悛の後に罰が与えられ、その罰が贖宥されるという手順であって、告解や悔悛を省いて贖宥にたどり着くはずはない。だからルターは贖宥状を販売する教会を批判しただけではなく、贖宥状を購入する民衆も批判した。32 贖宥状によって自分たちの救いを得られたと信ずる者たちは、それを説いた説教師とともに、永遠の罪を受けるであろう。 — ルター、95ヵ条の論題の32（『世界の歴史6近代ヨーロッパ文明の成立』p67より）しかし実際には、ルター自身は贖宥状について直接見聞きしたことはなく、すべて贖宥状を買った庶民からの又聞きでしかなかった。贖宥状を売りまわったドミニコ会修道士テッツェルが謳い文句にしていたという「グルデン金貨がチャリンと言えばたちまち魂は天国へポンと飛び上がる」という口上は、実際にテッツェルが言ったものではなく、ルターが「テッツェルはこう言っているらしい」として述べたものだった。そしてルターはこの贖宥状のからくりまでは知らなかった。マインツ大司教アルブレヒトのこともよく知らなかったし、まして教皇レオ10世のことは知らず、彼らがこの贖宥状の販売を企画した張本人であることは知らなかった。ルターは、レオ10世は善良なる聖職者であり、無垢な教皇が悪い部下に騙されているのだと信じきっていた。50 もし教皇が贖宥説教者たちのする取り立てを知っていたなら、彼は聖ペテロ聖堂が自分の羊たちの皮、肉、骨で建てられるよりむしろ、灰と消えることを選ぶということを、キリスト者は教えられねばならない。 — ルター、95ヵ条の論題の50（『宗教改革小史』p80より）実際のところ、マインツ大司教もローマ教皇も、神学者として教理に通じた人物ではなかった。マインツ大司教アルブレヒトはホーエンツォレルン家の王子で金で地位を買っただけであり、メディチ家の人物であるローマ教皇レオ10世は外交に長けていたが神学者ではなかった。だから彼らのところに文書が回ってきても自力で判断することはできず、専門の神学者に回して意見を聞くしかなかった。当時はそもそも「贖宥」については神学の中でしっかりと位置づけられてはいなかった。アウグスティヌス修道院でルターに神学を教えた聖職者たちも贖宥については知識をもっていなかった。
6月5日、池田屋事件が起こる。配下の新選組が京都の大火を未然に防ぎ、容保の暗殺も阻止した。容保は将軍家に人材の登用を勧め、先に賠償金問題で職を引いていた小笠原長行など有能な諸有司の名を挙げ、力を合わせるようにと書面にしたためた。「いずれも長ずるところこれある人物に候間、国家の急を重んじ、銘々の存意を張らず、一致一和にて合力致し候よう、直に仰せ付けられたく存じ奉り候」6月27日、長州兵襲来の気配ありとの知らせが入る。容保は隊を従え参内、守護し奉るようにと詔をたまい、兵を九条河原まで向かわせた。6月29日、孝明天皇より宸翰が守衛、総督に伝わる。「昨年八月十八日の議、且つその後申し出候件々、真実に候。偽勅との風説これあり候えども必々心得違いあるまじきこと。守護職の議、肥後守へ申し付け候、同人忠誠の周旋、決して私情をもって致し候にてはこれなく、その旨心得べきこと。長州人の入京は決して宜しからざること」7月6日、数日の間撤兵を勧告したが長州兵は従わず、容保は「長州人の主のために哀訴しようというのは臣子の情として無理もないことであるが、大勢の兵で禁裏に迫るのは実に不臣も甚だしきもの。再び諭して、もし応じなければすみやかに掃蕩すべきである」としたが、慶喜は「おだやかに事を運ぶに越したことはない。追討のことはやむをえないという時になってからで遅くはない」と意見が割れた。これをみて会津兵と新選組の面々が「慶喜卿が優柔不断で大事を誤る」と憤り、慶喜の屋敷に直談判しようと乱入する事件が起こる。これには会津の首脳や新選組組頭らも鎮撫に方法がなく、容保に急使を馳せて奉じ、容保が外島義直を出して諭し、ようやく事なきを得た。7月18日、長州兵より送戦状が届く。内容には「肥後守はその性剛腹にて庸劣、名分等を相弁えず、神州崩裂の勢を醸し候はまったくもって松平肥後守その職を得ざるよりのこと、国賊を誅除仕り候ほかは御座あるまじく、尋常に天誅を請け候よう」とある。7月18日夜、禁門の変（蛤御門の戦い）が起こる。容保は玉座を守護し奉ろうと常御殿の廊下まで進み、孝明天皇に拝謁、そこで天皇へこの騒動に至った止むをえぬ事情を奉り「数刻で沈めます。どうかご心配なさらぬよう」と述べた。天皇はこれを諒承。容保は小御所の庭に席を設けて宿衛し天皇を守った。もともとこの半年程前から病にて伏せていた容保は、この日も両肩を家臣に抱えられながらの戦となり、庭上での露営は徹宵すること数夜に及び、病は悪化した。7月24日、京の地がようやく静まり、幕府方の宿衛を免じたが、会津の兵は尚も禁門を守り、朝廷から容保と会津兵へ連日の宿衛をねぎらい御饌を賜わる。また、この戦において起きた六角獄舎の悲劇について、容保は後になってこれを聞き、大いに憂い厳しく町奉行らを戒めた。容保はこの時「公武一和の基礎を作ろうとするならば、戦勝の余威に乗じて将軍家自ら進発して征長の任に当り、一挙に長防を破り、傾きかけた幕府の威信を張るに如くはない」として関東の幕閣に建議書を送った。