5時間後に月が昇った。月明かりで小島を十分に見渡せるようなるまでに、さらに6名の乗組員が死亡し、海は波立ち始めた。クローリー艦長は生存者を共に行動させることができず、リデル、ジェイコブソン、ハウエル、トリマイン、ルッソ、バウルガートおよびミラーの7名に各々海岸まで自力でたどり着くよう命じた。爆発から18時間が経過した8月13日の16時頃、クローリー艦長以下7名の生存者はマンタングラ島で集合したが、ミラーは行方不明となった。彼らはその晩は砂に穴を掘って眠り、翌朝避難所を作り始めた。マンタングラ島には真水がないことが判明し、彼らは水を求めて他の島へ移動しなければならなかった。士官は海路図に精通していたことから、西側のバラバク島か東側のバグスク島に移動するのが最良の可能性であると判断した。彼らはバグスク島への移動を決め、筏を造り始めた。材料を探している間に彼らはミラーと再会する。ミラーは島の東端に流れ着き、一晩を過ごしていた。こうして島での二日目の夜を迎える。8月16日午後、生存者一行は干潮時にバイアン島へ出発した。二人が筏に乗って櫂で操縦し、他の者は泳いだ。彼らはようやくバイアン島にたどり着きた。8月17日、彼らはバイアン島とガブン島を隔てる水路を横断し、その日の晩をここで過ごす。翌8月18日になって、彼らは最悪の事態に遭遇する。彼らは日焼けによって水ぶくれを生じ、足は珊瑚で傷つけられていた。また、虫さされに悩まされることになる。それでも海の底は浅く、珊瑚に足を傷つけられるデメリットはあったが、歩いて横断することができた。彼らはようやくバグスク島に到着し、小さなココナッツ園で飢えをしのぐことができた。また、バグスク島は過去に人が住んでいたため、彼らはいくつかの空き家と真水でいっぱいの水槽を見つけることができた。その晩彼らは一軒の空き家で眠った。
8月2日、フライアーは2回目の哨戒でマスケランジ (USS Muskallunge, SS-262) とともに南シナ海およびインドシナ半島沿岸に向かった。ルートはロンボク海峡からマカッサル海峡、セレベス海、スールー海を通過し、バラバク海峡から哨戒海域に向かうもので、フリーマントルからアメリカ潜水艦が南シナ海に向かう最短のルートであった。8月12日22時頃、バラバク海峡を浮上して航行していたフライアーは機雷に接触する。18ノットの速度で航行していたフライアーは一分にも満たない時間、20秒から30秒ほどで沈没した。クローリー艦長を含む乗組員の数名は艦橋で見張りを行っていたが、触雷の衝撃でフライアーから海中に放り出された。放り出された者らは、燃料油の臭いが立ち込める暗闇の海で立ち泳ぎをしながら大声で名前を叫びながら集合した。クローリー艦長以下14名が生き残り、その他72名の士官と兵員は艦と運命を共にした。彼らは、この地点が陸地からわずか3マイルの位置にあることを知っていたが、曇った夜に順応することができなかった。クローリー艦長は生存者に対して、方向を決定することができるまで立ち泳ぎをするよう命令した。この時点での生存者は、クローリー艦長の外は以下のとおり。ジェームス・W・リデル中尉、アルヴィン・E・ジェイコブソン少尉、ウィリアム・L・レイノルズ、ジョン・E・キャセイ、パウル・ナップ、フィリップ・S・メイヤー、ウェスリー・B・ミラー、アーサー・G・ハウエル、ドナルド・P・トリマイン、ジェームス・D・ルッソ、アール・R・バウルガート、エドガー・W・ハドソン、チャールズ・D・ポープ、ジェラード・F・マテオ。
記憶媒体としては、さん孔紙テープが使われた。ソートや並べ替えが簡単なパンチカードとは異なり、紙テープは編集することが困難である。そのため、Expensive Typewriter や TECO といったテキスト編集プログラムが開発されることとなった。装備していたプリンタはIBMの電気タイプライター機構を使用しており、80年代風に言えば "letter-quality printing"（ビジネスレターを打つタイプライター並みの印字品質）を実現していた。そのため、世界初のワードプロセッサと呼ばれるTJ-2が発想されることに繋がったのである。コンソールタイプライタは Soroban Engineering という会社の製品である。IBM のモデルBタイプライターの機構に改造を加え、キーを押したことを検知するスイッチとタイプバー（文字を打つ部品）を駆動するソレノイドを加えたものであった。大文字と小文字の区別はタイプバスケット（タイプバーの並んだ部分）全体を上げ下げして印字を上げ下げすることで実現していた。インクリボンは赤と黒の二色のものが装備されていて、どちらの色で印字するかを選択できるようになっていた。一般にユーザーの入力とコンピュータの応答を区別するのに色を使用するようプログラムが組まれていた。Soroban の機構は信頼性に乏しく、大文字/小文字の切り替えや色の切り替え時に故障に陥り易かった。オフラインのプリンタは Friden Flexowriter 社製で、PDP-1で使われていたF10-DEC文字コードを扱えるように専用に開発されたものである。コンソールタイプライターのように、同じIBMの電気タイプライターの機構をベースにしている。 しかし、Flexowriter は非常に信頼性が高く、長時間誰も見ていない状態で印字させておいても大丈夫であった。Flexowriter には電気機械式の紙テープさん孔装置と読み取り装置が付属していて、タイプライター部と同時に使用することができた。印字速度は1秒間に約10文字である。PDP-1を使った典型的な処理手順は、テキスト出力をPDP-1の「高速（毎秒60文字）」さん孔装置で紙テープに出力し、それをFlexowriterに持っていってオフラインで印字するというものであった。後年、DECtape装置が一部のPDP-1システムに追加され、データやプログラムのバックアップが容易になり、初期のタイムシェアリングも可能となった。タイムシェアリングは、プログラムやデータをコアメモリから二次記憶装置に自動的に退避させ、コアメモリに再び自動的にロードする必要があった（スワッピング）。その用途では紙テープより磁気テープが信頼性の面でも耐久性の面でも性能面でも格段に優れていた。初期のハードディスクドライブは高価で信頼性が低かった。そのため装備したとしても、恒久的なファイルストレージとしてよりもスワッピングの高速化に使われることが多かった。