江戸時代、経文が少なく高価であったため、黄檗山2代目住職木庵の弟子である鉄眼道光が喜捨を募り、隠元禅師が持ってきた一切経を彫刻師に彫り写させた版木4万8千枚余が重要文化財として保存されている。この版木の字体である明朝体は、現在の活字の見本となっている。また、版木は原稿用紙のルーツともいわれている。
境内に隣接して一般向け研修施設の青少年文化研修道場を有しており、一般人の座禅などの修行体験を受け付けている（公式サイト参照）。競輪では、競走中に違反行為を重ねた競輪選手のペナルティ（「特別指導訓練」と称する）やデビュー前の新人選手に対する研修の会場として使われている。特別指導訓練では5泊6日の期間で行われ、期間中は連日座禅などの過酷な修行が行われ、食事は精進料理のため質素、かつ自転車の練習はもとより外部との接触も禁じられるため、選手からは「お寺行き」として恐れられている。
伽藍は西を正面とし、左右相称に整然と配置されている。総門をくぐると右手に放生池、その先に三門があり、三門の正面には天王殿、その奥に大雄宝殿、さらに奥に法堂が西から東へ一直線に並ぶ。これら諸堂の間は回廊で結ばれている。天王殿と大雄宝殿の間をロの字状に結ぶ回廊に沿って右側（南側）には鐘楼、伽藍堂、斎堂があり、左側（北側）には対称的な位置に鼓楼、祖師堂、禅堂が建つ。これらの建物は日本の一般的な寺院建築とは異なり、中国の明時代末期頃の様式で造られ、材料も南方産のチーク材が使われている。「卍字くずし」のデザインによる高欄、「黄檗天井」と呼ばれるアーチ形の天井、円形の窓、扉に彫られた「桃符」と呼ばれる桃の実形の飾りなど、日本の他の寺院ではあまり見かけないデザインや技法が多用されている。これらのほか、三門 - 天王殿間の参道を左（北）に折れたところに開山の塔所である松隠堂と呼ばれる一画があり、開山堂、舎利殿などが建つ。
黄檗宗大本山である萬福寺の建築、仏像などは中国様式（明時代末期頃の様式）でつくられ、境内は日本の多くの寺院とは異なった空間を形成している。寺内で使われる言葉、儀式の作法なども明朝風に行われるため、現在でも中国色が色濃く残っている。本寺の精進料理は普茶料理と呼ばれる中国風のもので、植物油を多く使い、大皿に盛って取り分けて食べるのが特色である。萬福寺は煎茶道の祖・売茶翁ゆかりの寺としても知られる。隠元と弟子の木庵性瑫、即非如一はいずれも書道の達人で、これら3名を「黄檗の三筆」と称する。このように、隠元の来日と萬福寺の開創によって、新しい禅がもたらされただけでなく、さまざまな中国文化が日本にもたらされた。隠元の名に由来するインゲンマメのほか、孟宗竹、スイカ、レンコンなどをもたらしたのも隠元だといわれている。
神聖ローマ帝国の封土であったカンブレー司教領はフランス王国との辺境近くに位置していた。カンブレーは1543年以降スペインにより統治されていたが、フランス王国はカンブレーを度々包囲した。1477年にルイ11世が、1581年から1595年までアンリ3世とアンリ4世がカンブレーを包囲した。シュリー公爵、次いでリシュリュー枢機卿はフランスの栄光を取り戻し、版図をガリア人の地に広げるという政策を推進、アルトワ伯領やエノー伯領、そしてネーデルラント連邦共和国の州を併合しようとした。ルイ14世の時代、カンブレーは1649年と1657年にフランスに包囲された。1667年、ルイ14世は王妃マリー・テレーズ・ドートリッシュの継承権を主張してネーデルラント継承戦争を始めた。彼はスペインの摂政マリアナ・デ・アウストリアに継承権の要求を告知すると、返事も待たずに5月に進軍を開始した。フランス軍は1667年夏にシャルルロワ包囲戦、トゥルネー包囲戦、ドゥーエー包囲戦、リール包囲戦と連勝、1668年2月にはフランシュ＝コンテも占領した。1668年のアーヘンの和約により、スペインはシャルルロワ、バンシュ、アト、ドゥーエー、トゥルネー、アウデナールデ、リール、アルマンティエール、コルトレイク、ベルグ、フールネを割譲した。これらの町を征服したのはよかったが、守備できる前線にはならなかった。スペインの要塞がまだサントメールとイーペルの間、およびヴァランシエンヌとカンブレーの間と2箇所も残っていた。カンブレーはブシャンとヴァランシエンヌを除いてスペイン領ネーデルラントとつながっておらず、ネーデルラントの地図では半島のように見え、1659年のピレネー条約でフランス領になった西のアラスと東のル・ケスノワとランドルシーの間に位置した。1673年、セバスティアン・ル・プレストル・ド・ヴォーバンはルーヴォワ侯爵に手紙を書き、守備上ではより正方形に近い辺境のほうが望ましいと説いた。1672年、仏蘭戦争が勃発した。27万9千人以上のよく編成された軍勢と強力な砲兵を持つフランス軍は当時ヨーロッパ最強であり、一方スペイン領ネーデルラントの要塞の駐留軍はたかが数千人であり、しかも多くが給料をまともに支払われていない傭兵やブルジョワ部隊だった。1676年初、フランス軍はブシャンとコンデを占領した。ヴァランシエンヌも包囲戦の末1677年3月17日に強襲され落城した。ルイ14世は「国境を永遠に確保」すべく、カンブレーを落とすことを決め、自らカンブレーに向かったほか、王弟のオルレアン公はサントメールを包囲した。