起源は定かではないが、穴川では古くからウナギ漁が行われており、漁業慣行によれば鰻筒による漁業は慶応元年（1865年）から、鰻筌（うなぎうけ、モンドリとも）は明治3年（1870年）から始まったとされる。獲ったウナギは伊勢河崎の魚市場に出荷されることもしばしばあり、2軒の鰻問屋が商いをしていた。ウナギ漁は戦後まで残ったが、現在では行われていない。一方、ウナギ養殖は1918年（大正7年）に静岡県浜名郡出身の加茂藤吉が兵七新田を区画整理して池を造って創始した。兵七新田は明治初期に新田開発が始まったが、完成を見なかった地である。1929年（昭和4年）に志摩電気鉄道（現在の近鉄志摩線）が開通し、穴川駅が置かれると稚魚・飼料の入荷や成魚の出荷が容易となり、最盛期の1935年（昭和10年）頃には「日本最大の養鰻場」とも言われた。1938年（昭和13年）の『磯部村勢要覧』によれば、年間生産高4万貫、出荷高12万円で磯部村の水産出荷高のほとんどを独占するまでになった。しかし、第二次世界大戦中は飼料入手が難しくなって閉鎖状態となり、戦後は1953年（昭和28年）の台風第13号や1959年（昭和34年）の伊勢湾台風で打撃を受け、一時廃業に追い込まれた。現在は穴川殖産株式会社により営まれている。
現存史料での初出は、世古辰麻呂所蔵の建武2年（1335年）の文書にある「穴川御神田進各牛日記」である。室町時代の書物『氏経神事記』の永享11年12月25日（ユリウス暦1440年1月29日）の条では「穴河」と書かれていた。同書によると穴河から伊雑宮の「里直会」で饗膳役が出て、1膳勤仕したという。穴河には検校屋敷が7軒あったとされ、伊雑神戸（いざわのかんべ、現在の志摩市磯部町）の事務を司った。戦国時代には「磯部七郷」の一つに数えられていた。江戸時代には穴川村として、鳥羽藩磯部組（志摩国答志郡）に属した。村高は延享3年（1746年）時点で589石だった。中村新田や三角州の低湿地帯を干拓した兵七新田などの新田開発が行われ、現在に至るまで農業が穴川の主産業となっている。また、この時開発された大庄屋新田（おじやしんでん）からは弥生時代の遺跡が見つかった。小規模な漁業も行われていたようで、ハゼ・ツエ・スバシリ（ボラの幼魚）・フナなどを網でとらえたという記録がある。明治時代に入ると磯部村の1大字となり、2度の合併を経て志摩市の1地区となる。ウナギの養殖は1918年（大正7年）から始まった。1958年（昭和33年）には穴川から的矢、三ヶ所を経由して渡鹿野島に至る渡鹿野航路の運航が近鉄志摩観光汽船によって開始された。この航路は1985年（昭和60年）7月1日に廃止された。
やがて尊氏が建武政権から離反するとこれに従って以後武家方の有力武将として各地を転戦する。延元元年/建武3年（1336年）の新田義貞、楠木正成との間で行われた湊川の戦いにも山手軍の大将として参陣。楠木勢の退路を塞ぐなど勝利に貢献する。合戦後、尊氏が京都に武家政権を成立させ、後醍醐天皇が吉野に南朝を成立させて南北朝時代となると、北朝の越前守護として主に北陸方面で南朝方と攻防を繰り広げた。湊川の戦い後、新田義貞が尊良親王、恒良親王の両親王を奉じて越前へ入国すると越前での戦況は激化。延元2年/建武4年（1337年）に、越前で高師泰と共に南朝方の金ケ崎城（福井県敦賀市）を攻め、両親王を擁した義貞、義顕親子を破る。事実上の総大将であった義貞こそ取り逃がしたものの、尊良親王と義顕を自害させ、恒良親王を捕らえるなどの軍功をあげる。その後義貞の巻き返しによって府中や金ヶ崎城を奪われたが、高経は平泉寺の宗徒を自陣営に抱き込んで義貞の攻勢を防いだ。そして延元3年/建武5年（1338年）閏7月、越前藤島の灯明寺畷においてついに義貞自身を討ち取る大功をあげた（藤島の戦い）。延元4年/暦応2年（1339年）からは義貞の弟脇屋義助が宮方の大将として立ち塞がり、一時は越前から加賀へ落ちるなど苦戦を味わったが、興国元年/暦応3年（1340年）に反攻をしかけ義助を美濃へ追い、興国2年/暦応4年（1341年）残る宮方勢力を討ち破り越前を平定した。この間、嫡男の家長は奥州の北畠顕家への抑えと鎌倉に残った尊氏の嫡男義詮の補佐のため奥州総大将と関東執事に任命されたが、顕家の進撃を止められず延元2年/建武4年12月25日（1338年1月16日）に戦死している（家長の子孫は高水寺斯波氏として紫波郡に土着）。また弟の家兼は奥州の統治を任され、正平9年/文和3年（1354年）に奥州管領に就任。子孫は奥羽一帯に土着して大崎氏（奥州探題）・最上氏（羽州探題）となった。