12～13世紀頃から西北インドへのイスラム教徒（ガズナ朝）の侵入が盛んになると、デリー周辺で用いられていたカリーボーリー方言にペルシャ語やアラビア語の語彙を取り入れてできたという。当時はアラビア文字を改良して使われ、「ウルドゥー」ではなく「北インド」を意味する「ヒンディー」とか「ヒンダヴィー」と呼ばれていた。14世紀以降、デカン高原にイスラーム王朝（トゥグルク朝）が建てられると、それらの王朝内でもこの新しい言語が使われ、さらにその地域のマラーティー語やドラヴィダ系の言葉の影響を受けて発達した。その地域は南方にあったので「南部の」という意味を持つ「ダッキニー」と呼ばれ、叙事詩や叙情定型詩のガザルもこのダッキニーで書かれはじめた。16世紀の初めにムガル朝が成立するが、宮廷語のペルシャ語と同時に民間ではヒンディー語が話され、第5代のシャー・ジャハーンの時代には「ザバーネ・ウルドゥーエ・ムアラーエ・シャージャハーナーバード」（シャージャハーナーバードの高貴な陣営の言葉）との呼び名を得るほど発達した。18世紀以降ムガル朝が衰退するにつれて、「陣営」の意味を持つ「ウルドゥー」という短い呼び名となって、宮廷でも使われるようになる。
1628年7月、ロシアの辺境の要塞として建設された時が市の歴史の始まりである。コサックのアンドレイ・ドゥベンスコイに率いられた士族たちは、カチャ川が大河エニセイに合流する地点に至り、エニセイ流域の先住民たちからロシア辺境を守るための砦を築き始めた。彼らは要塞の周りに家々や港を築き、周囲に木の柵を巡らせた。要塞は、この地に住んでいたテュルク系民族による地名であるフズル・チャル（Хызыл Чар、「赤い岸」）をロシア語訳し、クラースヌィ・ヤール（Кра́сный Яр）と名づけられた。現在の地名であるクラスノヤルスクは、この村が市に昇格した際に改名されたものである。1735年から1741年にはモスクワからの郵便道路が近くの町アチンスクやカンスクを通ってクラスヌイ・ヤールに達し、クラスヌイ・ヤールは道路と舟運で大きく発展し始めた。1749年には230キロ南で質量700キロほどの大型の隕石が発見された。シベリアを探検していた学者ペーター・ジーモン・パラスが1772年にこの隕石をクラスヌイ・ヤールへ運び、後に首都サンクトペテルブルクへ持ち帰った。この「クラスノヤルスク隕石」は、初めてパラサイト（pallasite、石鉄隕石）が研究されたこと、初めてエッチングによる記録が行われたことで重要な意味を持つ。19世紀にはクラスヌイ・ヤールはシベリアのコサックたちの中心地であった。1822年には市の地位を得て、新たな県（グベールニヤ）であるエニセイ県の県都となった。クラスノヤルスクは金鉱の発見で大きくなり、1895年にはシベリア鉄道が開通したため発展が加速した。クラスノヤルスクにはいくつかの工場と鉄道修理工場、車庫などができた。ロシア帝国時代のクラスノヤルスクは政治犯らの流刑地でもあった。例えばデカブリストの乱の失敗後、デカブリスト8人がサンクトペテルブルクからクラスノヤルスクへ送られている。ロシア革命とロシア内戦の後、ソビエト連邦時代に入ると、計画経済と重工業への傾斜生産によりクラスノヤルスクにもいくつかの大工場が建設された。造船所、製紙工場、水力発電所（ロシア第2位、世界でも第5位の巨大なもの）のほか、エニセイ川には港湾も作られている。1934年、クラスノヤルスク地方が設立されると、クラスノヤルスクはその政治的中心地になった。一方で、スターリン体制下のクラスノヤルスクは強制収容所（グラグ）運営の中心地でもあった。クラスラグ（クラスノヤルスキーITL）は1938年から1960年頃まで存在した収容所で、カンスクとレショートイに分かれて置かれていた。クラスノヤルスク市内にはエニセイラグ（エニセイスキーITL）が第二次世界大戦中に置かれていた。これらの収容所の囚人は、クラスノヤルスク付近の開発作業に従事させられた。第二次世界大戦では、ドイツ軍の攻撃にさらされたヨーロッパ・ロシアやウクライナから多数の工場がクラスノヤルスクとその周辺へも疎開してきた。これにより重工業は非常に活発になった。戦後、疎開してきた工場に加え、さらにアルミニウム工場、冶金工場、母材工場などの大工場が新設され、クラスノヤルスクはソ連有数の工業都市となった。1970年代末、ソ連はクラスノヤルスク近郊のアヴァラコヴァにフェーズドアレイレーダーを建設した。これをABM条約違反ととらえたアメリカ合衆国は1983年から撤去を求め、1989年になりソ連当局はようやく条約違反を認めた。クラスノヤルスクのレーダーは撤去工事が進みロシア当局は撤去を宣言したが、極東のコムソモリスク＝ナ＝アムーレ付近に移転させたとの疑いもある。ソ連崩壊後、クラスノヤルスクアルミニウム工場など、多くの大工場の民営化が進んだが、民営化に失敗して破産するものもあった中、いくつかは新興財閥（オリガルヒ）などの傘下になった。こうした民営化で富を得た勢力もあったほか、失業した労働者も多く、貧富の差は拡大した。1990年代後半、クラスノヤルスクアルミニウム工場の所有者で、ソ連崩壊後のクラスノヤルスク有数の実力者となった新興財閥主アナトリー・ビコフは、ビジネスパートナーのヴィロル・ストルガノフを殺した疑いで逮捕され工場の所有権を取り上げられた。ビコフは無罪を主張して争っている。21世紀に入ってもなお、多くの大工場が一握りの金融グループやオリガルヒの支配下にある。1996年に市長となったピョートル・ピマシコフのにより、市内の歴史的建造物の修復や歩道の石畳化、広場や噴水建設などが進み、市内はソ連時代の暗い印象をぬぐいつつある。