チャハール・ダラ郡（Chahar Darah）は西部に位置する郡である。人口は7万1400人であり、州内で第5位の人口を擁している。郡都はチャール・ダラだが十字路があるだけで、100%が郊外に在住している。東部はクンドゥーズ川の左岸であり、州都クンドゥーズ市に隣接するオアシスの中に多くの村がある。西部はKuhe Qara Batur 山脈があり荒野が広がっている。東部はパシュトゥーン人が在住し、西部はウズベク人とタジク人が混在している。灌漑により農業を営んでいるが、クンドゥーズ川の水量が足りないためか他郡と異なり郡内の大半が一毛作である。保守的な地域であり、少女に対する酷い暴力や殺人が行われている。ターリバーンの活動が活発な地域であり、2009年6月にドイツ軍の装甲擲弾兵391大隊や降下猟兵263大隊の兵士3人が殺害された。ドイツ軍は7月にオカブ作戦を実施して地域を掃討したが、作戦が終わると直ぐにターリバーンが勢力を盛り返し、9月には盗んだタンクローリーをチャールダラ郡に運び込もうとしてクンドゥーズ空爆事件が起きた。2010年4月も治安が悪化し、降下猟兵373大隊の兵士3人が殺害され、日本人フリージャーナリストの常岡浩介が監禁された。
イマーム・サーヒブ郡（Hazrati Imam Sahib）は北部に位置する郡である。人口は22万5800人であり、州内で第2位の人口を擁している。郡都はイマーム・サヒーブ市であり、15%が都市に在住している。北部はパンジ川に面しておりオアシスを形成している。中部と南部はKohi Kliwaja Taw 山脈がある。イマーム・サヒーブ市はアラブ人、北部はウズベク人、中部はトルクメン人、南部はパシュトゥーン人が在住している。
2009年4月7日、ドイツのアンゲラ・メルケル首相がクンドゥーズ州などを訪問した。ターリバーンやイスラム聖戦連合（IJU）はドイツの国論が分裂している様子を見て、ドイツ軍に対する攻撃を数ヶ月間続けて撤退に追い込もうとした。ISAFは反撃を行い、8月の第二回大統領選挙に併せてオカブ作戦を実施した。選挙も無事に行われ、クンドゥーズ州ではアブドラ・アブドラ元外相が最多得票（約55%）を得た。しかし直後の9月にISAFがターリバーンに盗まれたタンクローリーを爆撃した際に周辺に居た数十人の市民が死亡する事件が発生し、ドイツ議会の追及によりフランツ・ヨーゼフ・ユング大臣が辞任に追い込まれた（クンドゥーズ空爆事件）。2010年4月、日本人フリージャーナリストの常岡浩介が誘拐され（その後解放）、10月にはムハンマド・オマル知事がタハール州で自爆テロに巻き込まれて死亡した。
2001年9月、アメリカ同時多発テロ事件が起きた。10月にはアメリカ合衆国がアフガニスタンに侵攻し、有志連合や北部同盟と共に戦闘を開始した。ドスタムは北部同盟に加盟し、11月にマザーリシャリーフに攻め込んだ。ターリバーンやアルカーイダはクンドゥーズ州に退却したが、クンドゥーズ包囲戦により結局敗北した。2004年10月、第一回の大統領選挙が実施され、クンドゥーズ州ではハーミド・カルザイ（約47%）が最多得票を得た。
1992年、ムジャーヒディーンがアフガニスタン民主共和国を倒したが、すぐに内輪もめが始まった。1993年頃のクンドゥーズ州はパシュトゥーン人のアブドゥル・ラスル・サイヤフ（イスラム連合）の影響下にあり、アミール司令官が地元の豪族・軍閥を率いていた。地元豪族の生業は農業と国境貿易であり、国境の街シルハンを巡ってラシッド・ドスタムと交戦した。隣国では1992年からタジキスタン内戦が起き、クンドゥーズ州には4万人の難民や反政府ゲリラが流入した。1994年3月、イスラム協会軍がカーブルとタジキスタンの間の輸送路を確保するために、州都クンドゥーズを占領した。1997年6月、ターリバーンはバルフ州のマザーリシャリーフを追われて敵中に孤立していた。ヘクマティヤール派のバグラニー司令官はターリバーンに協力し、クンドゥーズを占領した。9月、ターリバーンはマザーリシャリーフに再度侵攻したが、ドスタムに撃退された。1998年8月、ターリバーンはヘクマティヤール派の内応などによって、マザーリシャリーフを占領した。
この会戦にて、野戦で初めて本格的に機関銃が使われた。それまでの野戦は、小銃射撃と銃剣突撃を駆使した歩兵戦闘に加え、榴散弾による砲撃支援が主流だったのに対し、秋山旅団は己の不利な部分(旅団の規模、装備、練成等)を塹壕の構築、機関銃の集中使用によって補う方法を模索し、結果、黒溝台の塹壕構築と機関銃の大量使用につながった。これは塹壕戦の最たるものと言える。機関銃を装備した塹壕陣地をロシア軍は5:1の兵力差があったにもかかわらず、結果として突破できなかった。これは、旅順要塞攻防戦、奉天会戦における塹壕と機関銃の大活躍と相まって「いかなる大軍と言えども、機関銃を装備した塹壕を突破する事は困難である」という戦訓を残した。欧米諸国は極東の一事例として当初この戦訓を真剣に受け止めなかったが、第一次世界大戦の西部戦線やガリポリの戦いでは双方が互いに塹壕を構築、対峙した上での大量消耗戦へと発展する。この戦術が破られるのは、第一次世界大戦のブルシーロフ攻勢におけるロシア軍の攻撃を嚆矢とし、戦車の登場、リガ攻勢におけるドイツ軍での突撃隊の登場、第二次世界大戦におけるドイツ軍の電撃作戦にて完成を見た浸透戦術の誕生まで待つ事になる。