2002年の売上金差し押さえ後、同社は、未払い退職金に対し、当時計画されていた4社乗り合いバス会社統合の際の新会社への資産、営業権売却により受け取る配分金にて支払うと約束した。しかし、この統合計画は前述の2003年に沖縄バスの反対で白紙化、これにより未払い退職金の支払いが困難になり、それに伴い、退職者により預金債権が差し押さえられ、現職員への給料支払いまでもが困難となった。資金不足により、収入のための路線バスの運行もままならない状態になり、完全に身動きの取れなくなった同社は、同年6月に負債40億円以上を抱え民事再生法の適用を申請し、事実上倒産した。なお、一時は破産の可能性も示唆され、他3社による那覇市内線代替運行計画も話し合われた。また、同2003年には沖縄都市モノレールの開通が予定されており、それに伴うバス路線再編が計画されていた。当初、同社は路線の大幅な再編を予定しており、沖縄県や那覇市から19億円もの資金を借りていた。しかし、それらの資金も退職金支払いなどに大半が回され、また、路線再編により収入路線が廃止されることになっていたが、経営危機の中で収入路線を廃止には出来ないとして、一方的に再編計画を大幅に縮小、実際には2路線を廃止するに留まった。この事態に、県と市は貸し付けた資金の返還を要求したが、同社に返還できる資金は残っていなかった。2004年からは、経営改善のため沖縄市にあった営業所を閉鎖、これにより経営悪化の原因となっていた市外線1路線を廃止、さらに1路線の区間を短縮した。しかし大幅な改善には至らず、すでに自主再建は事実上困難となっており、同社は営業譲渡を視野に入れ始めた。その後、譲渡受け入れ先として第一交通産業が名乗りを上げたが、この譲渡に関して第一交通側は、時給制の導入、労働組合の解散などを提示した。これに対し、労働条件悪化を理由に従業員側は反対したが、これ以上経営を続けていくことは不可能だった同社は、従業員の反対を押し切り、第一交通側からの譲渡条件を受け入れ、6月には譲渡が決定した。これで、53年の那覇交通としての歴史を閉じた。
県内バス4社の統合問題は、本土復帰後の1974年ごろから行われ続けているが、統合のメリットが無いとして全て白紙となっている。しかし、1990年以後に各社の経営が悪化したことなどにより本格的な統合へ向けての協議が開始された。1997年に一度、4社が統合計画に合意したが、この計画は170億円の公的資金注入が前提だったため、実現性が低かった。これを実現性あるものとするため、新会社が出資金や借入金で128億円を調達し、4社の資産や営業権を購入するとした内容にて始まった統合計画が2002年より行われた。この計画内容は若干の変更が行われ、最終的には比較的経営状態の良い観光部門は各々の会社によって引き続き営業を続け、乗合部門のみを統合した新会社を設立する計画となった。この計画により、既存の会社へは新会社への資産、営業権売却により配分金を受け取ることになったが、当初の予定金額であった104億円（詳しい検証の結果、128億円から104億円へと変更となっていた）のうち、予定していた86億円の借入金が16億円にとどまり、資本金20億円と合わせ36億円しか用意できないことが判明した。この計画に対し、当初は組合などの反対もあり、合意が得られなかったが、事実上法管理下にあり、経営悪化に苦しんでいた同社と琉球バス（現琉球バス交通）、東陽バスの3社は後に同意した。しかし、比較的経営状態のよかった沖縄バスは、残る観光部門のために支払われる資金の少なさに反対を表明。4社の合意による統合を掲げていた統合準備室はこの反対により閉鎖され、統合計画は事実上白紙となった。その後、沖縄バスを除く3社での統合計画案もあったが、資金面などの問題のため実現はしなかった。前述の退職金問題などにて資金不足となっていた同社は、この統合計画で新会社より入る収入にて、不足していた資金をまかなう予定で、今回の統合計画に会社の生き残りをかけていた。しかし、この計画の白紙化により収入の道を絶たれた同社は、同2003年に事実上倒産することになる。
ローマクラブの構成員の中心は、約100名の正会員（Full Member）である。この中か会員には、フルメンバーの他、20数名の準会員(Associate Member)、数名の関連組織代表メンバー(Ex-Officio Members)、40数名の名誉会員(Honorary Member)が在籍する。正会員の中から、執行委員会（Executive Committee）の委員12名が総会(General Assembly)で選出され、会長選出を含む一切の組織運営が委任されている。会員、執行委員、あるいは会長の推薦は、推薦委員会（Nominations Committee）が、候補者の適否を調査して、総会あるいは執行委員会に提出する。また、時に応じて、戦略・財務などの委員会が組織される。本部は、当初はローマに置かれたが、　84年にパリ、98年にドイツのハンブルク、そして2008年にスイスのヴィンタートゥールへ移転した。また、各国支部があり、2019年3月に日本支部も正式に設立認定された（事務局：愛知県春日井市 中部大学持続発展・スマートシティ研究センター）。会長は、初代のアウレリオ・ペッチェイ、第２代アレキサンダー・キング（1984-1990）、第３代リッカード・ディエ・ライトナー（1990-1998）、第４代プリンス・エル・ハッサン・ビン・タラール（2000-2007）、第５代アショーク・コシュラー&エーバーハルト・フォン・ケーバー（2007-2012）と受け継がれた。2012年10月には、スエーデンの元欧州議会議員であったアンダース・ワイクマン博士(Dr. Anders Wijkman)と、横断学理を考究するカッセル大学の創設学長を経て、地球環境を対象とする世界初の研究機関であるヴッパータール研究所を設立し、元ドイツ連邦下院環境委員長を務めたエルンスト・ウルリッヒ・フォン・ヴァイツゼッカー教授(Prof. Ernst Ulrich von Weizsaecker)の二人が共同会長に選出された。2018年10月にローマで開催された創設50周年総会では、南アフリカの黒人女性で故ネルソン・マンデラと共に黒人人権獲得闘争を担ってきたランペレ・マンペラ博士（Dr. Mamphela Ramphele）と、EUを中心として気候変動、エネルギー問題などを含む低炭素経済とグリーンビジネス推進の著名なファシリテータであるサンドリン・ディクソン・デクレーヴ（Sandrine Dixson Declève ）が選出された。ローマクラブ史上初の女性二人による共同会長の誕生で、男性中心、欧州中心であったクラブにとっても、新しい時代の幕開けと言っていい画期的な出来事であり、次の動きが注目される。