マスエフェクト3のエンディングはそれが期待はずれと感じたファンから厳しい評価を受けた。批評家はエンディングはキャラクターの選択を取るに足らないものにしていることや閉鎖の一般的な欠如、伝承の矛盾、ストーリーの穴、最終のボス戦闘の欠如及びゲームの開発期間中にBioWareのスタッフによる声明と最終的なエンディングの形態との不一致を指摘した。不満を抱いたファン達はゲームのより良いエンディングを要求するインターネット活動「Retake Mass Effect」を立ち上げ、その一部に「Child's Play」へのチャリティ運動が含まれていた。この運動は2週間以内に公式に8万ドルを調達した今までに1人のファンが連邦取引委員会に彼のクレームを申し立てた。彼の主張はBioWareが同社のゲームの約束を果たさなかったというものだった。The Better Business Bureauもまたこの論争に応じ、BioWareがゲームの最終結果を巡るプレイヤーが「完全に」コントロールするという誤った宣伝を行ったというファンの主張を支持した。イギリスの広告標準機関は同意せず、エンディングが「テーマ毎にかなり異なり」エンディングコンテンツに反映される選択肢と準備レーティングは既存法下での消費者を欺く行為を避けるために十分に意味のあるものだったとしてEAとBioWareは虚偽広告では無実だと判断した2012年3月22日、BioWareの共同創業者兼最高経営責任者(CEO)のレイ・ムジカはエンディングを巡る反響を認め、同社が問題に対応する予定であり2012年4月に発表されると述べた。4月5日に同社はエンディングを拡張するが置き換えることはない無料のDLCパックを発表した。「Extended Cut」という名の拡張パックは2012年6月26日に大半のプラットフォーム向けにリリースされた。振り返れば、エンディング論争はコンピュータゲームの有意義な論争として注目を集めていた。例えば、PC Gamerは2012年のゲーム論争TOP5の一つとしてこの騒動を位置づけており、IGNのルーシー・オブライエンは消費者がどのようにコンピュータゲームのデベロッパーに影響を与えるかにおいてのパラダイムシフトに寄与したかについて意見を述べた
マスエフェクト3用の様々なダウンロードコンテンツ(DLC)パックが2012年3月から2013年4月にかけてリリースされている。コンテンツとしてはゲーム内アイテムパックのマイナーなDLCからより重要なストーリー関連のミッションのDLCまである。ゲームのオリジナルのエンディングを拡張するDLC「Extended Cut」は、オリジナルの3つの選択肢に加えて、現行の有機生命のサイクルに対する必然的なリーパーの勝利につながることになるカタリストを拒絶する選択肢が追加される。このDLCはまた各エンディングをエピローグで補完しており、結末の別側面について詳述している。例えばオリジナルのエンディングではノルマンディがクルーシブルの爆発から逃れようとしているシーンがあったが、なぜノルマンディがそもそも戦闘から逃げていたかについて詳細に説明されていなかった。Extended Cut ではハケット提督が退却を命じるシーンが追加された他の主要なDLCとして新たな部隊メンバーのプロセアンJavikが追加される「From Ashes」、リーパーの起源に関するさらなる情報が明らかになる「Leviathan」、 アサリの元統治者のアリア・トロークと共に宇宙ステーションを奪還する「Omega」、ノルマンディSR2の着陸休暇時のクルーをフォローする「Citadel」がリリースされている。インタラクティブコミック「Genesis 2」もまた入手でき、シリーズ過去作を再びプレイしなくてもその場で重要なストーリー上の決定をすぐにカスタマイズすることができる。ゲームのWii U版はGenesis 2、From Ashes、Leviathanを搭載している。全DLCの内、Citadelは最も評価され2013年のSpike Video Game AwardsのベストDLCにノミネートされた
10月13日には『黒子のバスケ』関連のイベントが行われる予定だった東京ビッグサイトや札幌テイセンホールなど、2日後の10月15日には藤巻の母校である東京都立戸山高等学校、10月29日にはラジオ番組を放送していた文化放送、10月31日にはアニメを放送していた毎日放送に脅迫状が送付された。捜査関係者などは、10月末までに届いた脅迫状は、同12日に東京都内、同26日に大阪市内の郵便局2か所から送られていた、としている。大阪で開催予定だった『黒子のバスケ』関連の同人イベントに関して、事件の脅迫状の一部の投函場所が会場近くで、犯人と思われる人物による開催地の下見があった。名古屋・福岡・東京のイベントに関しては会場と会場内外の施設に対して脅迫状が届き、名古屋・東京のイベントに関しては11月中旬に会場近くから脅迫状が投函された。福岡のイベントに関しては、液体入りの小瓶が同封されたものが11月中旬から下旬に届いた。主催するスタジオYOUは「Shadow Trickster」の開催中止を決定した。11月、12月22日・23日に開催されるジャンプフェスタ2013の会場である幕張メッセに脅迫状が届いた。脅迫状は『黒子のバスケ』関連のステージ・イベント・展示・商品販売の中止を要求し、集英社は来場者の安全を最優先するとして中止を決定した。12月29日から31日にかけて東京ビッグサイトで行われる同人誌即売会「コミックマーケット83」において、『黒子のバスケ』に関わる同人誌やグッズの販売の中止を決定した。これは10月29日にコミックマーケットを主催するコミックマーケット準備会に対して「『黒子のバスケ』のサークルをコミックマーケット83に参加させない」ことを要求する脅迫状が届いたこと、他の同人イベントやジャンプフェスタ2013での『黒子のバスケ』関連イベント・グッズ販売中止、会場側から以後の東京ビッグサイト使用が困難になることの示唆を受けてのものである。コミックマーケットには過去にも脅迫などがあったが、サークルの参加が制限されたのは初めてのことである。2013年1月、2ちゃんねるにおいて「喪服の死神」の関係者を名乗る「怪人801面相」によって、イベント会場を狙った脅迫行為を今後行わないとの書き込みがあった。しかし、4月上旬にスタジオYOU主催の『黒子のバスケ』関連の同人イベント「Shadow Trickster」が開催される予定だった石川・兵庫・静岡のイベント会場に脅迫状が送りつけられ、イベントの中止等が決定された。静岡と兵庫の会場では、それぞれ10か所以上の会場周辺施設へも脅迫状が届いていた。これらの4月に郵送された脅迫状において、送り主は「黒報隊」を名乗っていたが、警察関係者は、「喪服の死神」および「怪人801面相」との関係は不明である、としている。4月末には赤ブーブー通信社主催の同人イベント「コミックシティ」が開催される予定のインテックス大阪に中止を求める脅迫状が届いた。脅迫状には『黒子のバスケ』関連の同人誌が販売された場合、「イベントを中止しないと多数の死傷者が出る」と書かれており、これを受けて主催者らは『黒子のバスケ』関連の同人誌を即売するサークルの参加を中止した。