1951年頃、吉水と林はともに横浜市の愚連隊の首領で兄弟分であった。両者とも外国人相手に『パンパンハウス』（売春宿）を経営しながら市内の同業者からカスリを取っていたが、そのカスリをめぐって次第に対立するようになっていった。同年12月初旬、横浜市長者町の映画館「オリンピア」前で、吉水の舎弟にあたる三輪謙とその舎弟分の土村清之が、林の子分・井藤茂を刺傷。この一件を林の子分・和沢譲次から聞いた林は、和沢と同じく林の子分だった米内光介に、吉水の子分を拉致してくるように指示した。その後、和沢と米内は、横浜市の喫茶店を中心に訊いてまわった挙句、井藤を刺したのが三輪と土村であることを突き止め、その1時間後に二人を拘束し林の元に連行しようとした。だが、二人は隙を突いて逃亡、三輪は和沢と米内に一旦は追いつかれたものの逆に米内を刺殺した。米内が三輪に刺殺されたことを知るや、林は子分40人超を動員。更に出口も子分20人ほどを連れて、林の応援に駆けつけた。一方、小田原からは井上が子分10数人を連れて吉水の応援に駆けつけ、一挙に緊迫する事態に発展。横浜の警察署も、夜半に主な道路を封鎖した。この様な最中、加藤伝太郎（神奈川県片瀬の堀井一家総長）と和田永吉が事態の収拾に乗り出す。深夜に和田は、大船の五代目山崎家一家・横山新次郎総長を訪ね、一連の事態について相談。横山は、和田に出口と井上を抑えて横浜ホテルに連れてくる様に求め、横山も横浜ホテルに赴く。1時間ほど経過して和田が、出口と井上を横浜ホテルの横山新次郎の元に連れてきた。横山は両者を叱責の上、出口には林を井上には吉水をそれぞれ抑えて横山の元に連れてくるように命じた。だが、この時林は寿警察署で事情聴取を受け、吉水も同様に寿警察署で三輪の起こした米内刺殺事件の事情聴取を受けている最中だった。出口と井上から状況の報告を受けた横山は、和田・出口・井上を連れて寿警察署に赴き、寿警察署長に「吉水金吾と林喜一郎との仲裁を自分に任せて欲しい」と申し出た。署長の了承の上、横山は寿警察署の道場で吉水と林を和解させ、翌日朝に吉水と林を警察署から出して横浜ホテルの横山の許に向かわせた。横山立会いの下で出口と井上は、吉水と林に稲川角二の若衆になるように説得。二人はこれを了承し、吉水と林の配下100人余も稲川組傘下となった。
生母である伊与局の出身身分が低く、当初は将来は出家させるつもりで父である後花園天皇の実家である伏見宮家にて育てられていたが、後花園天皇に他の男子が生まれなかったために、生母を公卿である大炊御門家の養女ということにして、皇位継承者として定められた。長禄元年（1457年）12月19日に親王宣下、寛正5年（1464年）7月19日に後花園天皇の譲位を受けて践祚（即位日は、寛正6年（1465年）12月27日）。文明2年（1470年）まで後花園上皇による院政が行われた。践祚後ほどなく応仁の乱が起き、寺社や公卿の館は焼け、朝廷の財源は枯渇して朝廷は衰微した。乱を避けるため、足利義政の室町第に10年の間避難生活を強いられた。避難生活中には、義政正室の日野富子に仕える上臈の花山院兼子と密通して皇女を出産している（『親長卿記』文明5年10月22日条）。屋敷内での密通は本来であれば室町第の主人である義政や兼子の主人である富子によって厳罰に処せられる行為であったが、その当事者の身分ゆえに天皇・兼子ともに不問にされている。また、その富子との密通も噂されていた。更に応仁の乱の最中にも関わらず義政が度々室町第で酒宴を開いていたとされているが、その酒宴には常に天皇が同席して一緒に飲酒している有様であった（『親長卿記』文明3年11月25日・同4年4月2・3日条、『実隆公記』文明4年4月2日条など）。乱の終結後、朝廷の古来の儀式の復活に熱意を注ぐが、思うように行かなかった。それでも、元日・白馬・踏歌の三節会は再興され、現在は国立歴史民俗博物館に所蔵されている「節会諸役人控」は当時（後土御門天皇期）の節会に参列した公家たちの交名（名簿）である。明応の政変に憤慨して一時は譲位を決意するが、老臣である権大納言甘露寺親長の諫奏によって取りやめる（『親長卿記』明応2年4月23日条）。その背景には、朝廷に譲位の儀式のため費用がなく、政変を起こした細川政元にその費用を借りるという自己矛盾に陥る事態を危惧したとも言われている。後土御門天皇は5回も譲位しようとしたが、政権の正統性を付与するよう望んでいた足利将軍家に拒否された。明応9年9月28日、御所の黒戸にて崩御。享年59。葬儀の費用も無く、40日も御所に遺体が置かれたままだった。このことは近衛政家による『後法興院記』の明応9年11月11日条に「今夜旧主御葬送と云々。亥の刻許（ばか）り禁裏より泉湧寺に遷幸す。（中略）今日に至り崩御以降四十三日なり。かくの如き遅々、さらに先規あるべからず歟（か）。」と記されている。一方で、平安時代に後一条天皇の崩御を隠して後朱雀天皇への譲位を行って以来、在位中の天皇の崩御は禁忌となったため、10月に後柏原天皇への「譲位」による践祚を行った後に「旧主（上皇）」としての葬儀を行ったとする解釈もある。また、江戸時代に書かれた『続本朝通鑑』には「霊柩在黒戸四十日余、玉体腐損、而蟲湧出、古来未曾有焉（霊柩黒戸にあること四十余日、玉体腐損し、虫湧出し、古来未曾有）」と記されているが、同書以外にそのことを記した記録はない。奥野高広は論文「戦国時代の皇室御経済」（1944年）の中に出征中に急死した足利義尚の遺体が水銀による防腐措置が採られていた例を挙げて否定的な評価をした。これに対して久水俊和は防腐措置があっても43日間は余りにも長く、鎌倉時代の四条天皇の棺が葬儀の遅延に伴う長期の放置によって「御骨許相残」の状態（『平戸記』仁治3年2月2日条）になったのと近い状態だったのではないかと推定している。なお、後土御門天皇の葬儀に関しては東坊城和長が詳細な記録（『明応凶事記』）を残しているが、天皇の遺体の状態については記されていない。