2000年11月1日にヒューストン・アストロズとマイナー契約を結んだ。2001年は傘下のAAA級ニューオーリンズ・ゼファーズでプレーし、104試合に出場して打率.265・19本塁打・65打点・1盗塁の成績を残した。2002年はAAA級ニューオーリンズで開幕を迎え、63試合に出場。打率.231・11本塁打・39打点・2盗塁の成績を残した。6月17日にアストロズとメジャー契約を結んだ。プロ13年目・34歳でようやくメジャーの舞台に立ち、翌18日のミルウォーキー・ブルワーズ戦でメジャーデビュー。7回表に代打として出場したが、一塁ゴロに終わった。この年は主に代打として39試合に出場し、打率.136・2本塁打・3打点の成績を残した。オフの10月15日にFAとなったが、12月20日にアストロズとマイナー契約で再契約した。2003年はAAA級ニューオーリンズでプレーし、114試合に出場して打率.254・17本塁打・57打点・1盗塁だった。オフの10月15日にFAとなった。
1999年11月7日に古巣のカブスとマイナー契約を結んだ。2000年はAAA級アイオワでプレーし、90試合に出場して打率.227・14本塁打・35打点の成績を残した。8月23日にトレードで、アリゾナ・ダイヤモンドバックスへ移籍。傘下のAAA級ツーソン・サイドワインダーズでプレーし、11試合に出場して打率.361・1本塁打・5打点の成績を残した。オフの10月15日にFAとなった。
1999年4月28日に西武ライオンズと契約。当時西武は、この年から入団していたグレッグ・ブロッサー、アーキー・シアンフロッコが全く打てないのが災いし、深刻な貧打に陥っていたことからジンターの獲得が決まった。ちなみにAAA級アイオワで同僚だった野茂英雄とバッテリーを組んだ経験もあり、野茂は「日本で活躍できる」と太鼓判を押していた。5月14日のオリックス・ブルーウェーブ戦で日本プロ野球史上6人目の「初試合満塁本塁打」を打つ（他には駒田徳広や井口資仁などが記録）など来日当初はそこそこに打っており一時期は4番も打っていたが、日本の投手に慣れられるには時間はかからなかった。なぜか日本ハムファイターズ戦には強く、7月初めの3連戦では3試合とも本塁打を打っているが、全体としてはジリジリと打率は下がっていき、2割割れが近付いてきた8月中旬に二軍に落ちると、そのまま一軍に上がることなく解雇された。
1997年12月4日にシカゴ・カブスとマイナー契約を結んだ。1998年は傘下のAAA級アイオワ・カブスでプレーし、129試合に出場して打率.287・23本塁打・81打点・3盗塁の成績を残した。オフの10月16日にFAとなったが、11月12日にカブスとマイナー契約で再契約した。1999年はAAA級アイオワでプレーし、14試合に出場して打率.255・3本塁打・8打点の成績を残した。
天保8年（1837年）、異国船打払令に基づいてアメリカ船籍の商船モリソン号が打ち払われるモリソン号事件が起きた。翌天保9年（1838年）にこれを知った際、長英は「無茶なことだ、やめておけ」と述べており、崋山らとともに幕府の対応を批判している。長英はそうした意見をまとめた『戊戌夢物語』を著し、内輪で回覧に供した（ただし、長英の想像を超えてこの本は多くの学者の間で出回っている）。天保10年（1839年）、蛮社の獄が勃発。長英も幕政批判のかどで捕らえられ（奉行所に自ら出頭した説もある）、永牢終身刑の判決が下って伝馬町牢屋敷に収監。牢内では服役者の医療に努め、また劣悪な牢内環境の改善なども訴えた。これらの行動と親分肌の気性から牢名主として祭り上げられるようになった。獄中記に『わすれがたみ』がある。弘化元年（1844年）6月30日、牢屋敷の火災に乗じて脱獄。この火災は、長英が牢で働いていた非人栄蔵をそそのかして放火させたとの説が有力である。脱獄の際、三日以内に戻って来れば罪一等減じるが戻って来なければ死罪に処すとの警告を牢の役人から受けたが、長英はこれを無視し、再び牢に戻って来ることはなかった。脱獄後の経路は詳しくは不明ながらも（江戸では人相書きが出回っていたためと言われている）硝酸で顔を焼いて人相を変えながら逃亡生活を続け、大間木村（現：さいたま市緑区）の高野隆仙のもとに匿われた。その際の高野家離座敷は文化財として公開されている。その後、一時江戸に入って鈴木春山に匿われ、兵学書の翻訳を行うも春山が急死。その後、鳴滝塾時代の同門・二宮敬作の案内で伊予宇和島藩主伊達宗城に庇護され、宗城の下で兵法書など蘭学書の翻訳や、宇和島藩の兵備の洋式化に従事した。主な半翻訳本に砲家必読11冊がある。このとき彼が築いた久良砲台（愛南町久良）は、当時としては最高の技術を結集したものとされる。しかし、この生活も長くは続かず、しばらくして江戸に戻り、「沢三伯」の偽名を使って町医者を開業した。医者になれば人と対面する機会が多くなるため、その中の誰かに見破られることも十分に考えられた。そのため硝酸で顔を焼いて人相を変えていたとされている。嘉永3年（1850年）10月30日、江戸の青山百人町（現在の東京・南青山）に潜伏していたところを何者かに密告され、町奉行所に踏み込まれて捕縛された。何人もの捕方に十手で殴打され、縄をかけられた時には既に半死半生だったため、やむを得ず駕籠で護送する最中に絶命したという。