陸上植物のミトコンドリアDNAは数多くの反復配列を含んでおり、相同組換えによって様々な構造のDNA分子が生じている。しかし制限酵素を用いた解析によって再構築した「マスターサークル」分子を元来のミトコンドリアDNAと考えることができる。マスターサークルの大きさは最小でも200 kb前後と大きく、最大のものでは2400 kbにもなっている。高等動物のミトコンドリアDNAに含まれている遺伝子以外に、リボソームのタンパク質サブユニットをコードする遺伝子が10以上含まれており、合計の遺伝子数は100弱にもなる。また遺伝子中にグループ2イントロンが多く見出されることが特徴的である。
ヒトを含む高等動物のミトコンドリアDNAはいずれも比較的似通っており、大きさ16 kb前後の単一の環状DNAで構成されている。遺伝子は37あり、その内訳は、呼吸鎖複合体のサブユニットが13、tRNAが22、rRNAが2となっている。遺伝子の配置は多種多様であるが、脊椎動物では魚類から哺乳類まで基本的には同じ配置になっている。線形動物、二枚貝などは遺伝子の種類がわずかに異なり、刺胞動物はゲノムが線状であるなど例外的である。シラミ類のミトコンドリアゲノムは全く異なる構成をしており、それぞれが1ないし3の遺伝子を持つ3-4kbという小さな環状DNAが18種も存在している。
ミトコンドリアDNAは一般的にGC含量が低く(20-40%)、基本単位が数十kb程度であり、電子伝達系に関わるタンパク質、リボソームRNAやtRNAなど数十種類の遺伝子を持っている。しかしDNA分子の大きさや形状、コードされている遺伝子の数や種類などは、生物によって大きく異なる。遺伝子地図などではミトコンドリアDNAが環状に表現されることが多い。しかし物理的に環状のミトコンドリアDNAを持つ生物は、高等動物やキネトプラスト類などごく一部に限られる。多くの生物ではDNA分子が、環状の基本構造からトイレットペーパーを引き出すかのように連続的に複製され、その結果ミトコンドリアDNAの全ての部位が二重螺旋構造であり、大部分が基本単位が何度も繰り返す線状反復構造になっている。また少数派ではあるが、常に線状のミトコンドリアDNAを持つ生物も存在している。
ミトコンドリアDNA は、ミトコンドリアの持つたんぱく質などに関する情報が主に含まれており、ミトコンドリアが分裂する際に複製が行われる。ミトコンドリアに必要な情報の一部は核DNAに含まれており、ミトコンドリアは細胞の外で単体では存在できない。また逆に細胞が必要とするエネルギーを、酸素を利用して取り出せるのはミトコンドリアの働きによっており、細胞それ自体もミトコンドリアなしには生存できない。これらのことはミトコンドリアが細胞内共生由来であるという仮説の傍証となっている。一般にミトコンドリア病と呼ばれるミトコンドリアの異常によって起こる疾病も、ミトコンドリアDNAの異常に起因するものと、核DNAの異常に起因するものとがある。ミトコンドリアDNAの遺伝子多型は、肥満しやすさの個体差に関係していると考えられている。さらに、近年ではミトコンドリアDNAにおける変異が、がんの転移能に影響を与えているという報告もある。(Hayashi et al, 2008)
ミトコンドリアDNA（みとこんどりあディーエヌエー、mtDNA,mDNA）とは、細胞小器官であるミトコンドリア内にあるDNAのこと。ミトコンドリアが細胞内共生由来であるとする立場から、ミトコンドリアゲノムと呼ぶ場合もある。
「ヒロインエディットシステム」と呼ばれるヒロインの髪型や体型、性格、コスチュームなどを細かく選択できる育成システムが特徴である。1998年に株式会社ジェイアンドエイチ（J&H）のブランドとして始動。1999年にデビュー作である『カスタム隷奴』及び『カスタム隷奴+』を発売後、当時の公式サイトは閉鎖され、ジェイアンドエイチは解散した。その後、2003年にワークマンにブランドが譲渡され、『カスタム隷奴II』を発売した。『カスタム隷奴II』以降は暗い作品が続いていたが、2007年11月22日に発売された『××な彼女のつくりかた』以降は明るい作品を多く作るようになった。また、2015年7月24日に発売された『カスタムメイド3D2』はVRを正式に導入したことでメディアから先進的なアダルトゲームとして取り上げられたほか、カスタマイズしたメイド（嫁イド）がSNSに投稿されたことにより美少女ゲームユーザー以外にも知られるようになり、最終的には萌えゲーアワード2015の審査員特別賞とDMM賞を受賞した。
一方、タンフォラン仮収容所、トパーズ収容所で描いた絵約2,000枚を整理し、このうち約200点に一人称の語りを加えた。ほとんどの絵にオオクボ自身の姿が描かれている。解説入り画集『市民13660号』（邦題『市民13660号 ― 日系女性画家による戦時強制収容所の記録』）は1946年9月にコロンビア大学出版局から刊行された。日系人収容所に関する最初の刊行物であり、以後、収容所に関する史料としてたびたび引用されることになった。1983年にはワシントン大学出版局から第2版が刊行され、2014年には同出版局の「アジア系アメリカ文学の古典」シリーズとして第3版が刊行された。『市民13660号』は、マーガレット・アンダーソンほか、『屈辱の季節 ― 根こそぎにされた日系人』(1971年) で知られる戦時転住局長ディロン・S・マイヤー、ノーベル文学賞受賞作家パール・バック、文芸批評家のハリー・ハンセン、『アメリカの人種的偏見 ― 日系米人の悲劇』(1944年) を著したケアリー・マックウィリアムスらから、歴史の証言であり、教育的価値のある本として称賛された。『ニューヨーク・タイムズ』紙は、「劇的で詳細な描写と簡潔な文章により、驚くほど客観的かつ鮮明に、しかもユーモアすら込めて（収容所生活を）描いている」、これらの絵から、「次第に生きる力を失っていく様子」と、にもかかわらず必死に生きようとする彼らの強さが感じられると評している。オオクボは1983年に、日系人強制収容所の実態を調査するために1980年に設立された「戦時における民間人の転住・抑留に関する委員会 (CWRIC)」で証言し、証拠として『市民13660号』を提出した。1988年にロナルド・レーガン大統領が署名した「市民の自由法」（日系アメリカ人補償法）により、1人当たり2万ドルの損害賠償金が支払われたとき、オオクボはこれを債務の支払いに充てた。