秀吉死後の慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いの前哨戦である会津征伐に参戦する。上杉景勝に呼応する形で石田三成が挙兵すると、家康は小山評定を開いて諸将とともに西上を決める。このとき家康によって、本隊は家康自らが率いて東海道から、そして別働隊を秀忠が率いて中山道（東山道）を進軍することが決められ、秀康は宇都宮に留まり上杉景勝の抑えを命じられた。関ヶ原の後、秀康は家康より下総結城10万1,000石から越前北庄68万石に加増移封された。結城旧来の家臣の中には越前への移転を拒否するものが少なくなく、それ故この越前移封は最終的な在地離脱の強制として機能したもので、その結果秀康は自らの権力における旧族結城氏よりの継承面をほぼ払拭することができた。慶長9年（1604年）には松平氏に復することも赦されているとする史料も存在する。慶長10年（1605年）、権中納言。慶長11年（1606年）9月21日には伏見城の留守居を命じられる。だが病を得て職務を全うできなくなったため、慶長12年3月1日に越前へ帰国し、そのまま閏4月8日に死去。享年34。死因は『当代記』に「日来唐瘡相煩、其上虚成」とあるから、梅毒ではなかったかとされる。また梅毒が直接の死因ではなく、梅毒による衰弱症が死因とする指摘もある。なお曲直瀬玄朔の『医学天正記』には、「越前宰相殿、瀉利・発熱・咽渇・五令ニ加滑」とあり、他の難病にもとりつかれていたようである。始めは結城家の菩提寺である曹洞宗孝顕寺で火葬され、孝顕寺殿前三品黄門吹毛月珊大居士と追号されたが、徳川家・松平家が帰依していた浄土宗による葬儀でなかったことを家康が嘆いたため、知恩院の満誉上人を招いて新たに運正寺を作り、ここに改葬して戒名も浄光院殿前森巖道慰運正大居士と改められた。越前68万石は、嫡男・忠直が継いだ。
表向きの理由は「ヴィンスがバンド活動よりも趣味であるカーレースに没頭したため」であったが、当時のグランジが音楽業界のメインストリームを席巻し始めていたため、これを意識したバンド側の音楽路線変更にヴィンスが従わなかったことによる、と噂された
ヴィンスは不当解雇の裁判を起こし、両者の中は険悪となった
ヴィンスの後任にはThe Screamのジョン・コラビが決定
ヴィンスはソロ活動を始め、1993年4月に1stアルバム "Exposed" を発表
全米チャート13位を記録した
1994年3月、メンバーチェンジ後初のアルバム（6thアルバム） "Mötley Crüe" を発表
全米チャート7位
それまでの後に80年代サウンドと呼ばれるサウンドとは異なり、発売当時の音楽ムーブメントに近いサウンドであったことから、サウンドガーデンのキム・セイル は「彼らはこれを80年代に作るべきだった
」とコメントしている
2010年が過ぎたころ、トミー・リーは本作が自身のキャリアの中でもかなり満足している作品だと語った
6月から始まったワールド・ツアー（サポートはタイプ・オー・ネガティヴ、キングスX）は不入りが続き途中で中止となった
11月、再びドラッグに手を染め始めたトミーがドラッグの過剰摂取による緊急入院
12月、トミーが付き合っていたモデルのボビー・ブラウンに暴力行為で訴えられ逮捕される
1995年2月、トミーが女優のパメラ・アンダーソンと再婚
(2000年に離婚)8月、ヴィンスが2ndアルバム "Carved In Stone" 発表
が直後にレーベルとの契約を失う
1996年12月、ニッキーがプレイメイトのドナ・デリコと結婚
(2007年離婚)1997年1月、ヴィンスがバンドに復帰
6月に7thアルバム "Generation Swine" 発表
（当初、ジョン・コラビのヴォーカルを前提として作られていたが、作業途中でヴィンスの復帰が決定
ヴィンスのヴォーカル・サポートとメンバー間の不仲を取り持つため、暫くは解雇された後のコラビもレコーディング作業に参加していた
）全米チャート4位
チープ・トリックとの全米ツアー中にヴィンスが一時脱退するがすぐ復帰
1998年よりエレクトラ・レコードを離れ、自らのレーベル「Mötley Records」を設立
5月にトミーが妻である女優パメラ・アンダーソンへの暴行容疑で投獄される
トミー出所後の11月に2枚目のベストアルバム "Greatest Hits" をリリース
全米チャート20位
10月～99年3月までレイドロウ、ノイズ・セラピーをサポートに全米ツアー
ツアー中にトミーが脱退をほのめかす
1999年4月、トミーが正式に脱退
12月にトミーはリンプ・ビズキットのフレッド・ダーストやキッド・ロック、ビースティ・ボーイズのミックス・マスター・マイクをゲストにヒップホップを主体としたソロプロジェクト "Method Of Mayhem" にてソロアルバムをリリース
バンドはトミーの後任に元オジー・オズボーン・バンドでプレイしていたランディ・カスティロを迎え、『マキシマム・ロック・ツアー1999』でスコーピオンズとともに全米ツアー
2000年、5月にニッキーのサイド・プロジェクト58、1stアルバム "Diet For A New Amrica" をリリース
6月、加入したばかりのランディ・カスティロが緊急入院
癌と診断される
7月にはカスティロ加入後初となるアルバム（8thアルバム） "New Tattoo" を発表
しかし全米チャートは41位と振るわなかった
サポート・ドラマーとして元ホールのサマンサ・マロニーを帯同し『マキシマム・ロック・ツアー2000』でメガデス、アンスラックスとともに全米ツアーを行う
2001年バンドの自伝本、"The Dirt" 発売
2002年3月にカスティロが癌により死亡
5月、トミーの2ndソロ・アルバム "Never A Dull Moment" リリース
2003年ニッキーは元L.A.ガンズのトレイシー・ガンズとともにブライズ・オブ・ディストラクション(Brides Of Destruction)を結成
モトリー・クルーの司令塔でもあるニッキーが新バンドを結成したためバンドはほぼ解散状態となってしまう
ブライズは3月に1stアルバム "Here Come The Brides" 発表
がニッキーはツアー終了後の12月に脱退