後述するオメガ写本群には、第8巻の1行目から9行目までを「第15巻」として収録している写本がある。しかし、重複分として削除されるのが普通で、『シビュラの託宣』全体が「15巻本」と言われることもまれである。
第9巻と第10巻は後述する3つの写本群のうち、1つの写本群（オメガ写本群）にしか収録されていない上、どちらも他の巻の寄せ集めに過ぎない。第9巻は第6巻全体に第7巻1行目と第8巻の218行目から428行目を繋ぎ合わせたものである。これを「ごちゃ混ぜの極致」(a masterpiece of confusion) と呼ぶ者さえいる。第10巻に至っては第4巻と全く同じでしかない。こうした事情のため、14巻までの校訂版や翻訳書などでも、この2巻分は省略されるのが普通である。概説の類では第9巻、第10巻に全く触れず、12巻分のみが伝存しているとする例もしばしば見られる。
後述するように『シビュラの託宣』の3つの写本群のうち、1つの写本群にのみ「序文」が付けられており、それが1545年の最初の印刷版でも踏襲され、現在に至っている。序文を執筆し追加したのは、第1巻から第8巻を最初にまとめたビザンティンの人物と推測されている。そこに示された年代記がアダムから東ローマ皇帝ゼノン（在位474年 - 491年）までであることから、執筆は西暦500年前後のこととされている。その内容は『シビュラの書』の伝説的来歴を『シビュラの託宣』の来歴とすりかえるもので、上述の10人のシビュラを列挙するとともに、そのうちクマエのシビュラによって託宣がローマに持ち込まれた経緯を説明し、それはモーセ五書などが描く天地創造や、イエス・キリストによる救済を予言する内容だったと主張している。
慶長10年（1603年）8月、輝元は防長減封後、初めての帰国を許された。その際、家康が輝元の帰国許可を出すにあたって、領内の任意の場所に居城を築くことを勧めた。同年10月4日、輝元は帰国し、周防国山口の覚王寺を仮の居所と定めた。輝元は領内の諸城の構築強化に努め、国境の築城も進んだため、居城の選定に着手した。減封後は暫定的に山口の高嶺城を居城としていたが、高嶺城は海辺に面していない点が近世城郭としては欠点であったため、別の候補地も探し、11月には防府の桑山を候補に選定したが、桑山は砂山で石垣を積み上げることが困難であり、節所もないことから決定には至らなかった。その後、築城の有力候補として、阿武川の河口に位置し日本海にも面している長門国の萩に白羽の矢が立ったが、山陽道への往来が困難であり、位置が領内の北端に位置している点が欠点と考えられた。ここに至って、輝元は築城地の選定に幕府の意見を求めることとした。慶長9年（1604年）1月、輝元は福原広俊を江戸に派遣し、広俊は既に江戸にいた国司元蔵と共にまず毛利氏の取次を務める本多正純のもとに赴き、防長両国の絵図を示し、候補である周防国山口の高嶺、防府の桑山、長門国萩の指月山のいずれを居城とすべきか意見を求めた。正純は国の地勢や方角についてを詳しく広俊に質問した上で比較し、暫定的居城の高嶺城では駄目なのかと問うと、広俊はその通りだと答えたため、桑山には節所がないこともあり、正純は所柄の良い指月山を勧めた。その上で、本多正信の意見も聞くように勧め、もし城地の選定について妨害する者がいたとしても我等父子がいるため安心するようにと述べた。その後、広俊と元蔵は本多正信、村越直吉に意見を聞き、最後に堅田元慶も連れて城昌茂に意見を聞いた結果、萩の指月山に居城を築くことに決まった。そして、輝元は萩城の縄張りを再三固辞する吉川広家に強く依頼して、2月18日に縄張初を行い、築城がある程度進んだ11月10日に輝元は山口から萩城に移り住み居城とした。だが、萩城の普請は輝元の入場後も続けられ、翌年の慶長10年（1605年）には城の東門の取入、舟入の南喰違の石垣、北の浜辺の石垣等が完成する。幕府は築城の規模を極めて小さくするように指示していたが、最終的に萩城は広島城に匹敵するほどの大規模な城郭となった。慶長10年（1605年）7月2日、輝元は家中統制の必要もあり、熊谷元直と天野元信らを萩城の建築中の3月に発生した五郎太石事件に絡んで粛清した。この事件は熊谷元直・天野元信ら両名と益田元祥との萩城の建設における争いが発端であるが、これにより城の建設が遅れたたほか、2代将軍となった徳川秀忠を祝うための輝元の上洛まで遅れることとなった。輝元は4月に上洛したものの、築城作業の遅延が幕府の不興を買うことを恐れ、6月に萩城に戻ると、7月には両名を追討するに至った。慶長15年（1610年）、領内検地の後、幕閣とも協議し公称高（表高）36万9,411石に高直しを行ない、この表高は支藩を立藩した時も変わることはなかった。