永禄2年（1559年）、再び椎名氏への圧迫をはじめ、長尾景虎（のちの上杉謙信。以下「謙信」とする）により仲裁を受けるが、その後も攻撃を止めなかった。そのため永禄3年（1560年）、謙信の越中出兵を招いて敗北し、富山城を放棄して増山城へ逃げ込み、畠山氏の仲介を受けて上杉謙信と和睦した。ところがその後も甲斐の武田信玄と通謀して椎名氏への圧迫を続け、永禄5年（1562年）の7月に謙信の再侵攻を受けて敗北。上杉軍が帰国するとすぐに再起し、勝興寺・瑞泉寺の越中一向一揆の二大寺院を味方につけ、9月5日には神通川の合戦で上杉方・椎名勢を撃破し、上杉方についていた同族の神保民部大夫、椎名家重臣の神前孫五郎、土肥二郎九郎などを討ち取る大勝利をおさめた。その勢いを駆って新庄城、堀江城を落とし、さらに松倉城下まで椎名氏を追い詰めたが、翌10月になると再び謙信が後詰に来援したため、椎名氏打倒は目前で阻止、逆に居城の増山城を包囲されてしまい、またも能登畠山氏の仲介で降伏を余儀なくされた。
永正17年（1520年）、越中守護・尚長（尚順の改名後）と越後守護代・長尾為景の連合軍に敗れて自刃した神保慶宗の子とされる。仮名は孫三郎か。神保氏嫡流が称する官途である宗右衛門尉を継承していることから、その後継者を自認していたことは確かである。慶宗には小法師という嫡子がいたことから、これが後の長職である可能性がある。慶宗が畠山尚慶（尚順（尚長）の初名）より偏諱を賜ったのに倣い、長職も同じく畠山尚長より「長」の一字を受けたものとみられる（しかし慶宗はやがて尚順から独立する動きをとって敗死しており、家督継承時には畠山氏とは疎遠になっていたものと思われる）。江戸時代の史書『越登賀三州史』において富山城を築城した水越勝重が「後に神保越中守長職と称す」とあり同一人物と考えられていたが、これは誤伝で勝重は長職の家臣であることがわかっている。また、長職が越中守を称した事実はない（越中守を称したのは子の神保長住）。『富山之記』では、長職に相当する人物が受領名越前守を称しているが、一次史料からは確認出来ていない。長職は没落していた神保家の再興に努め、享禄4年（1531年）加賀国における享禄の錯乱に守護方連合軍の一員として出兵するまでに勢力を回復させた。もっともこの時、神保勢は一揆勢に大敗を喫している。さらに長職は天文12年（1543年）頃、神通川を越えて新川郡に東進して富山城を築き、椎名長常と国人衆を巻き込み越中を二分した越中大乱と呼ばれる大戦を引き起こした。長職は更に南進して城生城主斎藤氏を一年余に渡って包囲するなど猛威を奮い、天文13年（1544年）、能登畠山氏の仲裁により大乱は集結したものの、常願寺川以西を併呑し、神保家を越中最大の勢力に築き上げた。
1942年に入ると、アメリカ海軍は無傷だった空母群を最大限活用して日本側に手痛い反撃を与えようと活発に動き始めた。この攻撃が成功すると、日本の南方作戦のスピードが幾分か弱まり、アメリカの士気がいくらか上がると予想された。1月下旬、第8任務部隊は空母ヨークタウン (USS Yorktown, CV-5) を基幹とする第17任務部隊（フランク・J・フレッチャー中将）と合同でサモアへの輸送船団の護衛を行った後、マーシャル・ギルバート諸島機動空襲作戦を開始した。第8任務部隊は強力な敵が待ち構えていると考えられたクェゼリン環礁、マロエラップ環礁に向かい、第17任務部隊はブタリタリ、ジャルート環礁、ミリ環礁への攻撃に向かった。第8任務部隊は目標手前で3つに分かれ、ノーザンプトンはソルトレイクシティ (USS Salt Lake City, CA-25) と駆逐艦ダンラップ (USS Dunlap, DD-384) とともにレイモンド・スプルーアンス少将に率いられウォッジェ環礁に向かった。2月1日朝、ノーザンプトンとソルトレイクシティ、ダンラップはウォッジェ環礁に接近。環礁内に商船を発見して砲撃を加え、大した敵もいないと思われたため砲撃は最初のうちは順調に行われた。しかし、ノーザンプトンが潜望鏡のようなものを発見したことにより隊列は乱れ始めた。しかも、スプルーアンス以外の幕僚は「我々は潜水艦に包囲されている」と錯覚する始末であった。砲撃も次第に滅茶苦茶となり反撃も予想されたため、スプルーアンスは2時間弱で砲撃を切り上げハルゼーの本隊に合流し、即座に引揚げた。スプルーアンスは、一連の攻撃の成果は芳しくなかったと評価した。それでも太平洋艦隊司令長官チェスター・ニミッツ大将は戦いぶりを評価し、スプルーアンスに海軍功労章を授与した。空母群による奇襲作戦は2月下旬にも実施された。2月14日、エンタープライズを基幹とする新編成の第16任務部隊はウェーク島に打撃を与えるため、ハルゼーに率いられ真珠湾を出撃した。ノーザンプトンもこれに加わった。2月24日、エンタープライズの艦載機がウェーク島を空襲してから、ノーザンプトンとソルトレイクシティ、駆逐艦2隻はウェーク島に接近して艦砲射撃を行った。砲撃の最中、日本の水上機が反撃し、ノーザンプトンを爆撃したが、爆弾は逸れて命中しなかった。第16任務部隊はさらに南鳥島に向かい、3月4日に攻撃が行われた。3月10日、第16任務部隊は真珠湾に帰投した。2月と3月の攻撃は、南方作戦そのものには大した動揺を与えなかったが、連合艦隊司令長官山本五十六大将を神経質にさせるには十分であった。4月8日、ノーザンプトン、エンタープライズの第16任務部隊は再び出撃し、4月13日に空母ホーネット (USS Hornet, CV-8) の部隊と合流し、4月18日にホーネットを発進したB-25爆撃機が東京を爆撃した。第16任務部隊は4月25日に真珠湾に帰投し、補給後4月30日に第16任務部隊は日本軍のソロモン諸島方面の進撃を封じるべく南西太平洋へ向かったが、到着したのはちょうど珊瑚海海戦が終わったあとであり、第16任務部隊は成果なく真珠湾に戻った。5月28日、第16任務部隊はミッドウェー島に来襲が予想される日本艦隊を迎え撃つため出撃。ノーザンプトンの姿もそこにあったが、ハルゼーは皮膚病で入院したため、部隊の指揮はハルゼーの指名によりスプルーアンスに委ねられ、その点だけが従前とは異なっていた。ミッドウェー海戦ではノーザンプトンは特に損害も受けず、6月13日に真珠湾に帰投した。