仇敵・細川高国の討滅という目標を達成した堺公方派ではあったが、その内部では以後の方針を巡って不協和音が生じだした。現職の足利義晴から将軍職を剥奪し、自分達が擁する足利義維を新将軍に据えさえすれば、細川六郎の堺幕府は公認されるという中で主君の六郎があろうことか松井宗信の勧めによって義晴との和睦を推し進めようとしたのである。堺幕府の放棄にも等しい細川六郎の決断には、河内国の畠山義堯（六郎の義兄弟）と共に反対したが、聞き容れてもらえなかったばかりか、かえって大きな溝をつくってしまう。これまでの功績が災いしたのか、六郎からはその存在を危険視されてゆく。しかも、六郎の配下としての有望な地位を狙う木沢長政や、元長の失脚を願う一門で従叔父の三好政長（宗三）らの動きもあって、その溝は一段と深まった。更に元長自身も失策を犯していた。京都三条城に籠もっていた柳本甚次郎（かつて対立していた賢治の子）を、享禄5年（1532年）1月22日に阿波軍を率いて討滅させてしまうと、細川六郎の怒りを恐れて出家、海雲と号した。阿波守護・細川持隆（六郎の従弟）による、六郎との関係修復の執り成しも成功せず、主従関係を一段と悪化させた。やがて、木沢長政の存在で立場を悪くしていった元長は、同じく木沢長政の下克上を警戒する畠山義堯（長政の主筋）と結託。義堯による上意討ちを支援する形で、同年8月には長政の居城・飯盛山城を攻囲した。細川高国討滅から僅か2ヶ月という堺公方派の内輪揉めであったが、木沢長政を擁護しようとする細川六郎からの撤兵要請もあって、元長は1度は兵を退いた。しかし、長政の野心を危険視する畠山義堯は、享禄6年（1533年）5月、飯盛山城を再攻囲。元長も遅れて支援に加わった。この時も主筋の細川六郎が長政を擁護する姿勢を見せていたが、それにも構わず飯盛山城の包囲し続けた為、木沢長政は不利な状況に陥った。
大永8年（1528年）7月、それまでの功績により山城守護代に任じられたが、翌享禄2年（1529年）には新たに同僚となった柳本賢治・松井宗信らと険悪な状態となったため、阿波国に逼塞する。その間、伊勢国の婿・北畠晴具の他に、ようやく播磨守護代・浦上村宗の加勢を得て、再挙兵した細川高国軍が中央進出のための地固めとして、播磨国内の各地を転戦、勝利を重ねていた。その播磨国へ迎撃に派遣された柳本賢治を享禄3年（1530年）6月の急死（暗殺とも）で失うと、高国と村宗の連合軍には8月に摂津への侵攻を許すなど、元長不在の堺公方派は戦局が悪くなり、ついには薬師寺国盛のような高国軍に降伏する者が現れるなど、窮地に追い込まれつつあった。享禄4年（1531年）2月、細川六郎の懇願によって元長は復帰するも、事態は逼迫していた。播磨国からの転戦で進撃を見せてきた細川高国と浦上村宗の連合軍に苦戦したために、翌3月には堺公方派で河内国からの新参・木沢長政が京の防備を放棄し、撤退した為、高国軍の京都奪還を許してしまう。目障りな堺公方を討滅せんと、意気盛んな高国軍に摂津南部まで迫られた窮地に際し、阿波国からの増派軍8,000を得て、高国軍の先鋒に攻撃をした。しかし増派軍を加えたとはいえ、堺に鎮座する足利義維を守るための戦力を半数以上も割かねばならぬ為、純粋に高国軍と対峙するには少なく、元長の手腕に依存するところが大きかった（中嶋の戦い）。戦局は戦線の膠着化を招いた。そして同年6月、高国軍の増援として現れた赤松政祐の裏切りにより事態は進展し､高国軍を壊滅させた（大物崩れ）。
叩頭を音写した「Kowtow」が英語の語彙に入ってきたのは19世紀のことであり、この拝礼のことを意味するとともに、意味がずれて追従や媚びへつらいを意味するようになった。叩頭は、皇帝が臨席する場でこれを求められ、臣下の礼をとることを強いられた当時の外交官たちにとって、重要な問題であった。イギリスの外交使節団が、ジョージ・マカートニー (初代マカートニー伯爵)（1793年）も、ウィリアム・アマースト (初代アマースト伯爵)（1816年）も失敗に終わった理由の一つは、彼らが、叩頭することでイギリス王が中国皇帝の臣下になることを意味するのではないかと恐れたからであったとも言われている。1794年から1795年にかけて乾隆帝の宮廷に派遣されたオランダの大使イサーク・ティチングは、叩頭を厭わなかった。ティチングの使節団の一行の中には、アンドレアス・エヴェラルドゥス・ファン・ブラーム・ホックゲーストとクレチアン＝ルイ＝ジョゼフ・ド・ギーニュも加わっていたが、彼らは複雑な宮廷儀礼を無難にこなすべく、あらゆる努力を払っていた。他方、中国の外交使節が、他国の君主、とりわけロシア帝国皇帝に叩頭を行ったことは、2回しかない。1731年、清がロシア帝国に送った使節団を率いた T'o-Shih は、雍正帝の助言を踏まえ、ロシアのアンナ女帝の前で叩頭した、翌年、ロシアの新しい都サンクトペテルブルクに送られた使節団を率いた Desin も同様に叩頭した。Hsu によれば、雍正帝の先代に当たる康熙帝は、清朝の外交関係においてロシアに特別な地位を与えることをはっきりと命じ、ロシアを朝貢国として扱わず、清朝と対等な存在と認めていた。叩頭はアジア諸国間の外交関係においてもしばしば行われていた。1636年、侵入してきた満州族に対して、李氏朝鮮の王、仁祖は、降伏を余儀なくされ、清の皇帝ホンタイジに朝貢国として認めてもらうことを乞い、3回叩頭したという。清朝に派遣されていた全てのアジア諸国の外交使節と同様に、朝鮮の外交使節も清朝訪問時に皇帝に対して3回の叩頭を行なっており、それは、1896年に日清戦争の結果、朝鮮が清の朝貢国でなくなるまで続けた。琉球王国の王も、三跪九叩頭の礼をおこなって、中国の王朝への服従を示していた。