引退後も2015年まで、コーチとして中日に残留。2008年には、シーズン終了直後のフェニックスリーグで一塁ベースコーチを務めると、10月28日に二軍外野守備走塁コーチへ就任することが球団から正式に発表された。2010年には、二軍打撃コーチを兼任するとともに、三塁ベースコーチを務めていた。2011年には、シーズン序盤から途中まで一軍を担当。一塁ベースコーチを務めていたが、8月16日に、石嶺和彦打撃コーチと入れ替わる格好で二軍担当に回った。2012年のシーズン序盤は、二軍で外野守備走塁コーチを務めていた。5月19日に、役職を平野謙と入れ替える格好で一軍へ復帰。復帰直後は平野から一塁ベースコーチを引き継いでいたが、同月27日の福岡ソフトバンクホークスとの試合中に、三塁ベースコーチの渡邉博幸と交代。後に平野が一軍へ復帰してからも、そのまま三塁ベースコーチを務めた。2013年からは、一軍外野守備走塁コーチとして、三塁ベースコーチを正式に担当。2014年から2年契約を結んでいたが、契約期間の満了を機に、2015年10月13日付で中日を退団した。2015年10月22日に、横浜DeNAベイスターズが、コーチとして上田と契約したことを発表した。同球団では、2016年度から一軍外野守備走塁コーチを務める。
中日移籍後は、2006年の序盤こそ先発出場が多かったものの、以降は一軍と二軍を行ったり来たりとなり、2007年、2008年は二軍暮らしが主となった。2006年10月10日、対読売ジャイアンツ戦（東京ドーム）で通算1000試合出場、同月12日の対阪神タイガース戦（阪神甲子園球場）に開催された日本ハム時代の同期入団で同僚・片岡篤史の引退試合で先発出場を果たし、試合後の胴上げに参加した。2007年のアジアシリーズ決勝戦では、9回に左翼手として守備に就きウイニングボールを掴んだが、同年シーズンは終盤まで一軍昇格できず、昇格後の出番も怪我で離脱した英智の代役としての守備固めが多かった。2008年は二軍暮らしが続き、二軍でも代打での出場が多かった。9月26日に引退を表明、翌9月27日に一軍に昇格し、引退試合となったその日の対横浜ベイスターズ戦に6番・右翼手で先発出場。1回裏に回ってきた最終打席はマイク・ウッドの投じた初球を叩き投手ゴロに終わったが、スタンドからは上田コールが起こった。11月28日に任意引退公示。
地元・長野の二軍戦にて初勝利を挙げるが一軍登板はなく、肩の故障をきっかけに1993年より外野手へ転向。1995年に初めて一軍に昇格し、106試合に出場、49安打を記録した。投手出身ゆえの強肩と好守が持ち味で、1997年には移籍してきた落合博満の指導を受けた甲斐もあり、規定打席にも到達し打率3割をマークしたが、その後は不振とケガで伸び悩んだ。2005年シーズンオフに日本ハムから戦力外通告を受け、12球団合同トライアウトに参加した。その後、かつて日本ハムで共にプレーした落合博満が監督を務める中日ドラゴンズの秋季キャンプでテストを受け、同年11月11日に合格した。
松商学園高校時代はエース投手として甲子園に2度（1991年の第63回選抜大会と第73回全国選手権大会）出場。前者は準優勝、同学年である愛工大名電高校の鈴木一朗を無安打に抑えた。天理高校、大阪桐蔭高校、国士舘高校と2回戦〜準決勝まで3連続完封勝利を挙げ、35イニング連続無失点と抜群の安定感を見せる。後者はベスト8まで進んだが、対四日市工業高校戦において延長16回に死球を受け、サヨナラゲームで勝利を掴んでいる（相手投手は井手元健一朗）。国民体育大会で優勝経験がある。打撃力もありハワイ選抜では4番に座った。その後、1991年のプロ野球ドラフト会議で日本ハムファイターズから1位指名を受けた。
明応の政変に加え、永正の錯乱まで勃発すると、足利氏の将軍職争いに細川氏の管領職争いまで絡んだため、畿内の戦乱は複雑化し、長引いた。足利義視の子である足利義稙と、足利政知の子である足利義澄の争いは、畿内の有力守護大名を巻き込み混迷を深めた。やがて将軍職が12代・足利義晴（義澄の子）で一本化されようとも、細川氏では細川高国と細川晴元が、なおも管領職をかけて争い続けていた。その際、義晴将軍を名目上であろうと担ぎだした場合には、現職の管領（高国側）が官軍となり、他方（晴元側）が賊軍となってしまう。元将軍の義稙は大永3年（1523年）に阿波で死去していた。そこで、義澄の実子でありながら義稙の養子となっている足利義維が必要とされた。義維が義稙の子（養子）であるというその事実こそが、義晴将軍に対して厳然たる対立軸として有効に機能する権威であり、晴元側としては見逃せない大きな魅力であった。他方、その義維としても、晴元に荷担することが、あわよくば将軍への道が拓けよう、養父義稙の無念を晴らせるであろうという利害の一致があった。その後、大永7年（1527年）の桂川原の戦いで敗退した高国が、掌中の玉・義晴将軍を伴って近江国坂本へ逃亡したため、立場を逆転させた義維・晴元体制は、和泉国で新政権樹立の足掛かりを築くまでになる（堺公方）。