環境の影響という面でも高松塚古墳壁画劣化の例に顕著なように、外部から持ち込まれたもの（黴(カビ)類、細菌類など）が汚染を招くという事態が多くなっている。観光化に伴うこうした例は地域振興と密着しているため根絶を求めるのは難しく、古墳や景観の保護のためできるだけ環境負荷を最小限に留めるのが今後の課題となっている。古墳の破壊も後を絶たない。古墳時代にすでに古墳が破壊されていたことが発掘などにより明らかになっているが、これらは政治的意図と思われる。しかし年月が経過すると、土地使用に供するために古墳を破壊するようになった。古くは、平城宮建設のために市庭古墳（平城天皇陵）の一部などが破壊された。農地のための破壊は歴史を通じて見られた。中世には高台や水濠を備えていたことから城砦への改修に最適地形とされ、特に三好長慶や松永久秀によって多くが破壊された。近代（特に戦後）には、宅地開発のために破壊されてきた。戦後に破壊された最大の古墳は、1949年に破壊された堺市の全長168メートルの百舌鳥大塚山古墳である。しかし、破壊の危機に瀕した同じく堺市のいたすけ古墳の保存運動などをきっかけに、古墳は保存すべき文化財との認識が広まり、近年では大規模な破壊はない。ただ、工事の最中に発見された小さな古墳が公にされないまま破壊されている可能性があるほか、2005年には古江古墳が破壊されるなど小規模の古墳の破壊は後を絶たない。
天皇、皇后、皇太后が埋葬されている御陵と皇族の埋葬されている御墓を合わせた陵墓は宮内庁により管理されており全国には896の陵墓が存在する。宮内庁ではこれらの陵墓の学術調査を制限しており、発掘許可がなかなか下りない事が考古学研究が遅れる要因の一つとなっている。陵墓の埋葬者の比定は江戸時代の儒学者、国学者などの手による文献研究を踏襲し、明治時代に宮内省が決定したもので、その後の考古学研究の進展により緻密な編年作業が進展し、考古学者の比定と齟齬が生じているものも見られるようになった。宮内庁は式年祭等の祭祀を現在も行なっており「陵墓の静安と尊厳の保持」等の理由で補修時の限定的な見学を除いて陵墓の学術調査を規制していたが、2005年に日本考古学協会などの15の学会が調査を認めるよう要請したことを受け、2007年1月より陵墓管理の内規を改め墳丘部への立ち入りや写真撮影を認めるようになった。2008年2月に行われた五社神古墳（神功皇后陵）の調査をかわきりとして、2013年2月までに誉田御廟山古墳（応神天皇陵）、西殿塚古墳（手白香皇女衾田陵）、箸墓古墳（倭迹迹日百襲姫命陵）など9つの陵墓で立ち入り調査が行われている。研究者は陵墓の文化財としての側面を認めるものとして歓迎しており、発掘を含めさらに調査を拡大するように求めている。
未盗掘古墳とは人が埋葬された状態のまま、一度も堀荒らされていない古墳のことをいい、全国で年間数十基が発掘されている。未盗掘古墳の重要性は、遺物と遺構の位置関係（どの遺物が、どの遺構のどの場所に、どのような形で副葬されていたか）を当時のまま伝えてくれるところにあり、その情報が記録されていなければ価値を大きく損ねてしまう。また複数の埋葬施設を有する古墳では、そのいくつかが未盗掘状態でのこされていることがあり、そのような場合は「準未盗掘古墳」などと呼ばれる。古墳が盗掘されることなく残されたパターンは、次の二つがある。一つはそこが古墳だと認知されていなかったというパターンで、中世に山城として利用された滋賀県雪野山古墳がなどが当てはまる。もう一つは、様々な理由で掘ることができなかったというパターンで、墓守によって守られていた（奈良県藤ノ木古墳）、地震などによって石室が崩落していた（群馬県綿貫観音山古墳、奈良県黒塚古墳）、墳頂からかなり深い場所に埋葬施設があった（茨城県三昧塚古墳、岡山県勝負砂古墳）などがある。また最近の調査では、未盗掘またはほぼ未盗掘であることが判明した場合、あえて発掘せず埋め戻すこともある（2010年に調査された兵庫県長尾山古墳など）。
8エリアに6つの基本ステージがあり、それぞれ5段階のランクが設定されている。プレイヤーは兵士または爆弾を蹴飛ばし、任意のタイミングで画面をタップすることでモンスターに攻撃を行う。兵士にはHPがあり、モンスターに倒される可能性がある半面、蹴られた次のターンから自動行動を行う。爆弾はタップした時点で爆発し、近くのモンスターにダメージを与えて消滅するが、HPがないためモンスターにダメージを受けるリスクがない。各ステージでは画面内のモンスターをすべて倒せばクリアとなり、5ターン以内に倒せなければクリア失敗となる。ステージを進めるごとに強いモンスターが現れてステージも複雑になり、ステージのランクを上げると登場するモンスターはそのままに相手のレベルが高くなる。ステージをひとつクリアするごとに次のステージが開放され、低ランクステージをクリアするとそのステージのひとつ上のランクが開放される。いくつかのステージでは巨大なボスキャラクターが登場し、倒せばレアアイテムをドロップすることがある。6つのステージのランク5段階全てをクリアすると、更に難易度の高い特別なステージExAreaが出現する。当初は途中までが無料プレイで、その後は課金を行って新しいエリアを開放するシステムであったが、その後無料開放され、現在は8エリア全てを無料でプレイできるようになっている。キャラクターの属性分類や武器の強化システムなどは企画されたが本作では採用されず、『ケリ姫スイーツ』にて採用された。2016年10月14日、公式サイト上でケリ姫クエストの終了が発表された。同日に有料アイテムの販売が終了し、その後、2017年1月30日にアプリの配信を終了、2017年2月28日にすべてのサポートが終了され公式サイトも閉鎖された。ただし、インストール済みのアプリについては端末から削除しない限り引き続きオフラインプレイが可能。有料アイテムについてもすでに購入済み分は引き続きアプリ内で利用できる。このため、ガンホーは希望者に対しては、配信終了までにアプリを起動し最新版のデータに更新するよう呼び掛けている。