1950年、フィリピンでの戦没者の遺骨4822柱が、アメリカ軍より送還されることになった。また、1952年より、厚生省は遺骨収集事業を本格化させることになった。厚生省の庁舎内に仮安置される遺骨は、増加の一途を辿った。それにともない、身元不明などの理由で遺族に返還できない遺骨の取り扱いが課題となり、それらを納める墓地が求められるようになった。かつて、日本における国家としての戦没者追悼施設としては、戦死した軍人、軍属を英霊として祀る靖國神社があった。靖國神社は内務省や陸軍省および海軍省の統括を受けていたが、既に1946年に国の管理を離れ、宗教法人に移行していた。そのため、1950年代は、国家的な戦没者追悼施設自体が存在しないという状況であった。幣原内閣当時から既に「各国の“無名戦没者の墓”に類するものを造ったらどうか」との構想が持ち上がっていたが、第3次吉田第2次改造内閣が日本国との平和条約に調印し、連合国軍総司令部の占領も終わりを迎えたことから、この構想も本格化することになった。
堀の名称としての「千鳥ヶ淵」は小書きの「ヶ」で表記されることが多いが、墓苑の名称としての「千鳥ケ淵戦没者墓苑」は大きい「ケ」で表記されることが多い。環境省設置法など法令においては、いずれも大きい「ケ」を用いて「千鳥ケ淵戦没者墓苑」と表記されている。環境省の下部機関として墓苑を維持管理する「千鳥ケ淵戦没者墓苑管理事務所」についても、同様に大きい「ケ」を用いて表記される。環境省組織規則など法令においては、いずれも大きい「ケ」を用いて「千鳥ケ淵戦没者墓苑管理事務所」と表記されている。そのため、環境省の公式サイトなどでは、「千鳥ケ淵戦没者墓苑」と表記することが多い。しかし、墓苑の維持奉賛を担う千鳥ケ淵戦没者墓苑奉仕会の公式ウェブサイトでは小書きの「ヶ」と大きい「ケ」が混在するなど、小書きの「ヶ」を用いて「千鳥ヶ淵戦没者墓苑」と表記されることもしばしば見受けられる。銘板や標識などにおいても、小書きの「ヶ」が用いられることがある。また、かつては「淵」ではなく「渕」を用いて「千鳥ヶ渕戦没者墓苑」と表記されることもあった。岸信介の筆による標石にも「千鳥ヶ渕戦没者墓苑」と記されている。なお、「渕」は「淵」の俗字である。
拝礼式や秋季慰霊祭以外にも、一年を通じて各種団体の慰霊行事が行われる。旧陸軍と陸上自衛隊ならびに航空自衛隊の関係者にて構成される偕行社は、千鳥ケ淵戦没者墓苑にて月例参拝を続けている。同様に、旧海軍および海上自衛隊の関係者にて構成される水交会も、千鳥ケ淵戦没者墓苑での月例参拝を続けている。また、防衛大学校では、神奈川県横須賀市にあるキャンパスから夜通し歩いて千鳥ケ淵戦没者墓苑などを参拝する「東京行進」と呼ばれる行事があり、学生有志により運営される伝統行事となっている。なお、施設自体は特定宗派の宗教性を帯びないため、仏教・神道・キリスト教等の各種宗教団体も行事を行う。苑内で行事を行う際には、環境大臣の許可を要する。
例年秋になると、千鳥ケ淵戦没者墓苑奉仕会が主催する「秋季慰霊祭」が執り行われる。慰霊祭には、皇族や国務大臣などが参列することが慣例となっている。そのほかにも、関係国から日本に派遣された特命全権大使や、遺族の代表者など、およそ1000名が参列し、献花などを行う。また、陸上自衛隊、海上自衛隊、航空自衛隊からも、それぞれを代表する部隊が参列し、部隊参拝を行う。そのほか、献茶の儀や、昭和天皇や今上天皇の御製の奉誦などが行われる。なお、陸上自衛隊中央音楽隊などが国歌などの演奏を担当する。
例年5月になると、厚生労働省が主催する「拝礼式」が執り行われる。直近一年間で戦没者遺骨帰還団などが新たに収容した遺骨のうち、身元不明や引き取り手のない遺骨が、厚生労働大臣によって納骨される。拝礼式には、皇族や内閣総理大臣などが参列することが慣例となっている。そのほかにも、外務大臣、環境大臣、防衛大臣など関係する国務大臣や、関係国から日本に派遣された特命全権大使、衆議院厚生労働委員長、参議院厚生労働委員長、各政党の代表者、都道府県知事の代表者、日本遺族会会長、遺族の代表者、千鳥ケ淵戦没者墓苑奉仕会会長などが参列し、献花などを行う。六角堂の祭壇には天皇、皇后から下賜された大きな花籠が飾られ、皇宮警察本部音楽隊などが国歌などの演奏を担当する。
室町時代の守護には鎌倉時代に比べてより大きな権限が付与されており、任地における使節遵行もその1つであった。この使節遵行は裁許後の執行手続きで、相論の当事者が守護被官であった場合に発動される場合が多く、本相論の当事者である和佐庄内の給人もその多くは守護畠山氏の被官であったと推定されている。本件のように所領を廻る相論においては、まず訴人が属す郡の郡代が守護所の守護代へ吹挙し、そこで守護代を始め国人などが口入、それでも解決を見なければ京都の守護へ（実際は守護家の奉行人へ）吹挙して幕府の裁判に懸けるといった手続きが執られ、本件の場合も結局は守護代から守護へと吹挙がなされ、守護家の奉行人である木沢善堯と遊佐国盛とによって守護満家に伝達され、満家を通じて幕府へも伝達されたと見られており、この際には吹挙先に何らかの工作を依頼するとともに、被官には依頼先への内通の便宜を供したものと推定されている。対する日前宮も吹挙を求めたと想像されるが、日前宮にとってはたとえ手続き上の一端を担うに過ぎないとはいえ、被官の庇護者でもある守護が裁判に介在する点に矛盾を感じ、幕府まで提訴することによって有利に事を運ぼうとしたことが読み取れる。