早良郡から上陸した元軍は、早良郡の百道原より約3km東の赤坂を占領し陣を布いた。博多の西部に位置する赤坂は丘陵となっており、古代には大津城が築かれ、近世に至っては福岡城が築かれるなど博多攻防の戦略上の重要拠点であった。一方、日本軍は総大将・少弐景資の下、博多の息の浜に集結して、そこで元軍を迎撃しようと待ち受けていた。日本側が博多で元軍を迎え撃つ作戦を立てた理由は、元軍が陣を布く赤坂は馬の足場が悪く、騎射を基本戦法とする日本の戦法で戦うには不向きであるため、元軍が博多に攻めてくるのを待って、一斉に騎射を加えようという判断からであった。ところが、肥後の御家人・菊池武房の軍勢が、赤坂の松林のなかに陣を布いた元軍を襲撃し、上陸地点の早良郡のうちにある麁原（そはら）へと元軍を敗走させた。なお肥後の御家人・竹崎季長一党は元軍との会敵を求めて西へ移動中に、赤坂での戦闘で勝利した菊池武房勢100余騎と遭遇している。
対馬・壱岐の状況が大宰府に伝わり、大宰府から京都や鎌倉へ向けて急報を発するとともに九州の御家人が大宰府に集結しつつあった。ところが、薩摩や日向、大隅など南九州の御家人たちは博多に向かうに際して、九州一の難所と言われる筑後川の神代浮橋（くましろうきばし）を渡らなければならず、元軍の上陸までに博多に到着することは難しかった。これに対して、筑後の神代良忠（くましろ よしただ）は一計を案じて神代浮橋の通行の便を図り、南九州の諸軍を速やかに博多に動員した。後に神代良忠は、元軍を撃退するのに貢献したとして幕府から感状を与えられている。こうして集結した九州の御家人ら日本側の様子を『八幡愚童訓』では、鎮西奉行の少弐氏や大友氏を始め、紀伊一類、臼杵氏、戸澤氏、松浦党、菊池氏、原田氏、大矢野氏、兒玉氏、竹崎氏已下、神社仏寺の司まで馳せ集まったとしている。
10月14日、対馬に続き、元軍は壱岐島の西側に上陸。壱岐守護代・平景隆は100余騎で応戦したものの圧倒的兵力差の前に敗れ、翌15日、景隆は樋詰城で自害する。『高麗史』金方慶伝には、壱岐島での戦闘の模様が以下のように記されている。元軍が壱岐島に至ると、日本軍は岸上に陣を布いて待ち受けていた。高麗軍の将である朴之亮および金方慶の娘婿の趙卞はこれを蹴散らすと、敗走する日本兵を追った。壱岐島の日本軍は降伏を願い出たが、後になって元軍に攻撃を仕掛けてきた。これに対して蒙古・漢軍の右副都元帥・洪茶丘とともに朴之亮や趙卞ら高麗軍諸将は応戦し、日本兵を1,000余り討ち取ったという。日蓮は、この時の壱岐の惨状を「壱岐対馬九国の兵並びに男女、多く或は殺され、或は擒（と）らわれ、或は海に入り、或は崖より堕（お）ちし者、幾千万と云ふ事なし」と記している。対馬、壱岐を侵した後、元軍は肥前沿岸へと向かった。
本作のディレクターを担当した須田剛一は、本作から技をかけるタイミングが「組み合って腰を落とした時」から「組み合う時」に変更された事に関して、「『ファイプロ』は腰カックンでしょ!って意見も多かった。（中略）ヒューマンの、『ファイプロ』創生期から携わっている人にとっても、踏絵に近いものがあったと思いますよ。でも、『スペシャル』は、それまでに出た『ファイプロ』を、システムから何から何まで含めて、全否定して作るという気持ちがあったんで、あまり気にしなかった」と語っている。 「チャンピオンロード」のストーリーに関しては、「『ファイプロ』は、パーティーゲームとしても人気がありましたし、ある種スタンダードになっていた思うんですよ。だから僕は、シングルプレイの遊び方を強化したいという考えがあって。『スーパーファイヤープロレスリング3』をデバッグしているときに、シングルプレイが面白くなかったんですよ。ひとりでプレイするお客さんのテンションを考えたとき、内容に意味なり意図を見出せないと、正直しんどい、という屁理屈があって。（中略）それから、当時の課長が退職されるときと、『スペシャル』が動く時期が同じだったんですよ。それで、置き土産じゃないですけど、「須田くん、『スペシャル』は好きに作っていいよ」と言っていただいたということもあって」と語っている。その他に、「『ファイプロ』というジャンルのゲームに関しては、プランナーがいないと絶対に作り得ないというのがあったんですよ。プランナーが、プロレスの知識量という部分でイニシアチブを握って、統括するから。だから、プランナーの存在理由という意味も含めて、『ファイプロ』のプロジェクトでは、プランナーの立ち位置があったんですよ。そういうこともあって、『スペシャル』からはディレクターって名乗ろうと思っていたんですよ。このゲームというのは、お客さんに何を見せたいのかというのをハッキリさせたかったんです。単なるプロレスのシミュレータなのか、それともアクションゲームなのかという、どっちつかずのポジションは抜けたいなと思って。だから「プロレスはプロレス」だと。勝ち負け云々、バランス云々という部分を全部無視したゲームにしたかったというのがあったんですね」と語っている。「チャンピオンロード」の主人公である純須杜夫の名前に関しては、「（元ネタはロックバンドのザ・スミスとそのボーカルのモリッシーだと聞かれて）名前を考えるときに、自分がウン十万人のお客さんに作るストーリーの登場人物の名前を考える役割になるなんて、思ってもみなかったんですね。で、なっちゃって、実際に考えるんですけど、自分の中から出てくるワードというのは、「佐藤」とか「鈴木」とかの前に、「バーニー」とか「ジョニー・マー」とか、そういう名前が先に出てきちゃうんで。だから、無意識の内に、何も考えないでつけましたよ」と語っている。ストーリーの結末に関しては、「（ストーリーを）書いて行って最初にできたのが純須の自殺だったんですよ。で、最後の勝ち負けで、ハッピーエンドとバッドエンドに分岐させようと思ったんですけど、「ちょっと待てよ」と。「エンディングに、ハッピーもバッドもクソもないだろう」と。生きた奴の、人生そのものがエンディングであって、ハッピーだバッドだというのは、そいつが決めればいいことだし。人生の選択を、ゲームは都合よくシステムの中に置き換えているじゃないですか。『スペシャル』以降に作っていくアドベンチャーゲームもそうなんですけど、その頃から分岐に関しては疑問を感じていて、「こんないさぎの悪いものをお客さんに見せるなんて失礼だな」と思ってました」と語っている。