U.S. ラジウム会社は、ラジウムの取扱いをふくむさまざまな仕事をするために約70人の女性を雇い、一方でラジウムの効果をよく知る所有者と科学者は被曝を避けていた。科学者は工場では、鉛のスクリーン、マスク、そしてトングを使用した。U.S. ラジウムは、医療界に、ラジウムの「有害効果」("injurious effects")を記述している文献を配布していた。この知識にもかかわらず同様な死亡が1925年までに起こっており、なかには会社の主化学者ドクター エドウィン E. レマン(Dr Edwin E. Leman)と女性労働者を含んでいた。死亡者の同様な状況によって、ニュージャージー州ニューアーク(Newark)の郡内科医ドクター・ハリソン・マートランド(Dr. Harrison Martland)は調査を始めた。推定4000人の労働者が、時計の文字盤を塗るためにアメリカやカナダの複数の会社によって雇用された。USRCで、各塗装者は塗料を小さなるつぼで混ぜ、ラクダの毛のブラシで、白熱光を放つ塗料を文字盤に塗った。1日に250枚の文字盤に塗料を塗った。当時の報酬は1枚の文字盤ごとに1ペニー半であった(2018年時点の$0.293と同等)。ブラシは数回揮うと、形が崩れるので、U.S. ラジウムの管理者は労働者にブラシを唇や舌でとがらせるように奨励した。ラジウムの本当の性質は知らされておらず、ラジウム・ガールズは工場で生産された塗料をたわむれにに爪や歯や顔に塗った。  放射線物質を含む塗料をぬったために多くの労働者が病気になった。そのうちの何人が放射線被曝によって死亡したかはわかっていない。
1917年から1926年まで、U.S. ラジウム会社は、もともとラジウム・ルミナス・マテリアル会社(Radium Luminous Material Corporation)と呼ばれていたが、発光塗料を生産するためにラジウムの抽出と精製に従事し、その塗料は「アンダーク」("Undark")というブランド名の下に市場で売られた。鉱石は、コロラドのパラドックス・ヴァレー(Paradox Valley)と、ユタのほかの「アンダーク鉱山」("Undark mines")で採掘された。防衛請負業者として、U.S. ラジウムは、放射線ルミネセンス・ウォッチの、軍への主なる供給者であった。ニュージャージー州オレンジの工場は、ラジウムで照らされたウォッチの文字盤と器具を塗装するために、主に女性の、100人超の労働者を雇用し、そしてそれは安全であると彼らを誤り導いた。
車両甲板には第一青函丸と同じ方式で、軌道が4線敷設（船尾部のみ3線）され、各線の有効長も第一青函丸とほぼ同一で、ワム型貨車換算43両積載できた。第一青函丸では、荒天時の波浪で積載貨車を損傷するという問題があったため、第二青函丸では凌波性向上のため、船体を1.2m延長して全長112.78mとし、船首楼の高さも、第一青函丸の倍、甲板室2層分相当の5.2mとし、長さも17mと大型化して、積載貨車の先頭車両のみ覆う構造とした。車両甲板舷側のブルワークの高さも、第一青函丸の1.8mから、第二青函丸では船首楼と船橋楼間では3.3mに、船橋楼と船尾楼間では2.1mに嵩上げした。しかし、車両甲板を覆っているのは、この船首楼以外では、第一青函丸同様、船体中央部の船橋楼と後部操舵室のある船尾楼だけで、依然、車両甲板の大部分に天井はなかった。このため、降雪時の貨車積卸し作業に支障をきたす等、第一青函丸の問題点を根本的に解決できてはいなかった。船首楼が高くなった分、前方視野確保のため、操舵室が第一青函丸に比べ1層分上がり、翔鳳丸型と同じ高さに戻った。このため、操舵室直下の端艇甲板上には甲板室が新設され、ここに船長と一等・二等・三等の各航海士居室が設けられた。この甲板室は幅7m程度で両側の端艇甲板は露天のままであったが、第一青函丸とは異なり、端艇甲板を舷側まで拡げ、各舷1本ずつの煙突はこの端艇甲板から立ち上げ、この煙突の後方に救命艇が各舷1隻ずつ懸架された。このため、第一青函丸では煙突が立ち上がり、救命艇が設置されていた遊歩甲板室両舷の露天部分は、第二青函丸では側面が開放された屋根付き遊歩廊となり、その一部舷側は煙路に占拠されていたが、前後方向の通行の妨げにはなっていなかった。遊歩甲板室には、甲板部以外の高級船員居室、無線室、高級船員食堂とその厨房等が配置され、右舷には伝馬船が救命艇と干渉しない後方寄りの屋根のない場所に1隻懸架されていた。また、高くなった船首楼の2階部分は低船首楼甲板と称し、ここを甲板部員居室にあて、船首楼1階は第一青函丸同様、普通船員用の厨房と調理人居室、洗面所・トイレに、その下、車両甲板下の第1船艙第二甲板には機関部員居室と3等客室と称した馬匹付添人室が設けられた。船底は二重底となり、第一青函丸では省略されていた船首舵が復活し、翔鳳丸型同様操舵室ならびに後部操舵室から操舵できたが、あまり使われることはなかった。船体縦強度補強のトラス構造は第一青函丸同様設置され、ヒーリングタンクも第2船艙両舷に置かれた。第一青函丸では輸入品の蒸気タービンを採用したにもかかわらず、故障が多発したため、本船では、川崎造船所設計製造の、堅牢で取り扱い容易な川崎式衝動タービンを2台、ボイラーには小型の舶用スコッチ缶　4缶を採用した。なお本船への川崎式衝動タービン搭載は、巡洋艦衣笠に続く第2船目で、商船用としては初めての搭載であった。このタービンは第一青函丸同様、単筒タービンで、2段減速歯車を介して主軸を駆動した。