1989年、チェコ共産党は政権の座から落ちた。そして、フチークも調査の対象となった。『絞首台からのレポート』からは、2%の部分が削除されていた、また、テキストがグスチナの手によって清書されていた事が明らかになった。フチークがゲシュタポにどれだけの情報を与えたか、また、彼が組織を裏切ったかどうかについて、詮索がなされた。1995年、完全版が出版された。そこでは、彼が拷問に屈したと見せかけた時の方法が記されていた。フチークはゲシュタポにガセネタを掴ませた。その事により、チェコの抵抗運動の中で無数の命を救ったが、彼が救ったのは基本的に共産党員だった。一般市民が嫌疑を受ける分は、捨てて置いたのではないか、という疑いがもたれるようになった。
共産党はフチークを宣伝として利用、党で最もよく見えるシンボルとして活用した。フチークのレポートは学校の必読書となり、チェコスロバキアで育った子供は10歳までに祖国の英雄としてフチークの偉業を教えられた。その肖像はあらゆる政治的な会議で大きく掲示された。未亡人グスチナは共産党女性部の議長として高い地位を与えられ、何十年もその地位に留まった。多くの場所が、フチークの名を取って名付けられた。プラハの大きな遊園地、市民劇場も、ユリウス・フチークの名を冠せられた。軍隊、工場、通りにも、フチークの名が付けられた。
妻のグスチナ・フチーコヴァも強制収容所に拘留されたが生還した。戦後、グスチナはフチークの遺稿を取り戻して研究した。1947年、CPCの援助により『絞首台からのレポート』を出版して成功を収めた。1948年、チェコスロバキアがスターリンの支配下に入ると、幸か不幸か、フチークは政治的意図の下に顕彰され、そのレポートも90か国の言語に翻訳された。
1943年5月、フチークがドイツに護送された。2か月以上バウツェンで、その後はベルリンで拘留された。1943年8月25日、非合法活動の廉で訴えられた。そして、ナチで有名なローラント・フライスラーによって、死刑を宣告される。1943年9月8日、Plotzensee刑務所にて斬首された。
フチークはパンクラーツ刑務所で、獄中記を綴った。秘密警察の活動は公にはされず、被疑者は多く殺害されるので、尋問や拷問を詳細に述べたそれは貴重であり、心を打つ内容になっている。それは巻きタバコの紙の部文に書かれて、コリンスキーとホラという名の同情的なチェコ人看守によって持ち出された。
1938年9月、プラハ政府がCPCに解散命令を発した。以降、CPCは地下活動を行う。1939年3月、ナチスドイツがチェコスロバキアを占領した。フチークはいったん両親の住むChotimに帰り、一般的な新聞で歴史や文学についての記事を書くが、すぐにCPCの地下活動を再開した。1940年、ゲシュタポがChotimにてフチークを捜索したため。彼はプラハへ帰還した。1941年、フチークはCPCの中央委員会に所属した。彼は紙を提供して、定期的に共産党機関紙を発行しようと企画したが、1942年4月24日に偶然の捜査によって6人の仲間とともにゲシュタポによって逮捕される。その時、フチークは銃を持っていた。逮捕されるよりは自殺を選べと、渡された銃である。しかし、そこで自殺すれば、他の仲間が活動家である嫌疑が高まるので、銃は使わなかった。
対ポーランド戦争に際してもポーランド占領をしやすくするためにアインザッツグルッペンが再度組織された。ハイドリヒは1939年9月21日にアインザッツグルッペンの指揮官たちを前に「ポーランドの指導者層・知識人層は絶滅されるべきである」などと訓示している。ポーランドのアインザッツグルッペンは、1隊・2隊・3隊・4隊・5隊・6隊・「フォン・ヴォイルシュ」隊の7隊により構成され、それぞれの隊の下にアインザッツコマンドが複数ずつ置かれた。ポーランド戦の際のアインザッツグルッペンの総員は2700名であった。それぞれ陸軍14軍、陸軍10軍、陸軍8軍、陸軍4軍、陸軍3軍、南方軍集団の進撃を後ろから付いて行って銃殺活動を行った。「フォン・ヴォイルシュ」は軍に付随せず、ドイツとポーランドの国境付近において銃殺活動を行った。ポーランド戦の際にアインザッツグルッペンの銃殺活動の対象にされたのは主に親衛隊情報部（SD）第二局作成の特別捜査リストに記載された教員、聖職者、貴族、叙勲者、退役軍人などのポーランド指導者層、またユダヤ人、ロマなどであった。1939年9月1日から10月25日にかけてドイツ占領下のポーランドでは民間人16,000人以上が殺害されたが、そのうち四割がアインザッツグルッペンによるものとされる。国防軍は新参者の親衛隊が自分たちの占領地域を我が物顔で跋扈しているのを好ましく思わず、親衛隊に圧力をかけるようになった。南方軍集団司令官ゲルト・フォン・ルントシュテット上級大将は「フォン・ヴォイルシュ」の活動をヒトラーに正式に抗議している。また国防軍はハイドリヒが企図していたユダヤ人を都市に集中させる「耕地整理」について民政指導部が設立したら行うべきであると主張していたが、ハイドリヒは取り合わず、ワルシャワ陥落直前の1939年9月21日には農村部のユダヤ人を都市部へ集め、都市部にユダヤ人評議会を創設させてユダヤ人を一括管理させるようアインザッツグルッペの指揮官たちに指示を出している。西ヨーロッパへの侵攻の際にはアインザッツグルッペンは組織されなかった。陸軍が占領地で親衛隊が治安任務にあたる事を拒否したためである。