浅草田原町（現・東京都台東区雷門一丁目）の家主で版木師、菊地茂兵衛の長男に生まれた。晴雲堂と号する父は、後に三馬の作品の版木を彫った。祖先は八丈島の神官だったと言う。幼少の頃から読書を好いたと、成人後に回想している。天明4年（1784年）8歳から、寛政4年（1792年）16歳まで、本石町（現・中央区日本橋本石町）の地本問屋翫月堂掘野屋仁兵衛方に住み込み、出版界の事情を知った。父が版木師で奉公先が版元……、戯作者へと歩み、寛政6年18歳のとき、黄表紙『天道浮世出星操』などを、親友の春松軒西宮新六から初出版した。平賀源内・芝全交・山東京伝を慕った。寛政9年（1797年）頃、本屋の蘭香堂万屋太治右衛門の婿養子となり、作家と出版屋を兼業した。寛政11年に出した『侠太平記向鉢巻』で火消人足らが騒ぎ、処罰され、翌年は新刊を出せなかったものの、名は広まった。妻が亡くなって文化3年（1806年）万屋を去り、古本屋を開き、戯作に励んだ。故掘野屋仁兵衛の娘を後妻に迎えた。文化6年の『浮世風呂』がヒットした。文化9年、一子虎之助（式亭小三馬）を得た。古本屋をやめ、文化7年（1810年）（34歳）から売薬の販売製造を始めた。著書で薬を宣伝し、薬の客が読者にもなり、暮らしが豊かになった。酒に親しんだ。前からの病弱が募った。そして書き続けた。三馬は戯作の執筆をする傍ら、自ら肉筆浮世絵も描いている。代表作として「三味線を持つ芸妓図」が挙げられる。本図は、立てた三味線を持つ大島田の芸妓が、片膝を立てて振向いている様子を描いており、自画賛を入れている。文政5年（1822年）に没した。歓誉喜楽奏天信士。深川の雲光院寺中の長源寺（現・江東区三好二丁目）に葬ったが、関東大震災後の大正15年（1926年）、墓は碑文谷（現・東京都目黒区碑文谷一丁目）の正泉寺に改葬され、現存する。著作には古典の翻案や既存作品の模倣・剽窃が混ざるにせよ、多作だった。黄表紙から書き始め、洒落本・合巻・滑稽本・読本と、当時の作家がそうだったように、いろいろな形式の地本を書き、主題も郭咄・仇討ち・武勇伝・歌舞伎もの・狂歌と広範囲だったが、中でも江戸庶民の日常を描いた滑稽本類が評価されている。短気ながら親分肌の人柄で、為永春水・楽亭馬笑・古今亭三鳥・益亭三友らを門弟にした。なお、1806年の『雷太郎強悪物語』が合巻の始まりとは、三馬の自己宣伝で、先発があったと言う。
「やまぎり」は、中期業務見積りに基づく昭和59年度計画3,500トン型護衛艦2223号艦として、三井造船玉野事業所で1986年2月5日に起工され、1987年10月8日に進水、1989年1月25日に就役し、第2護衛隊群第42護衛隊に編入され佐世保に配備された。やまぎりは、平成になって初めて就役した海上自衛隊の自衛艦（護衛艦）であった。1990年3月6日、第2護衛隊群隷下に第47護衛隊が新編され「あさぎり」、「さわぎり」とともに編入。1992年及び1996年、環太平洋合同演習 (RIMPAC) に参加。1997年3月24日、隊番号の改正により第47護衛隊が第6護衛隊に改称。1998年7月24日から29日にかけて護衛艦「くらま」、補給艦「はまな」とともにロシアウラジオストックを訪問、7月26日に実施されたロシア太平洋艦隊観艦式に参加した。また、7月29日、30日にかけてウラジオストック東方の日本海において初の日露共同訓練が実施され、これに参加した。1999年3月18日、第2護衛隊群第2護衛隊に編入。2001年、遠洋練習航海に参加。2002年6月24日、沖縄東南東約200㎞を行動中のロシア海軍ヴィシュニヤ型情報収集艦「クリルィ」を発見する。2004年3月18日、練習艦に種別変更され、艦籍番号がTV-3515に変更、練習艦隊第1練習隊に編入され、定係港が呉転籍。2006年、練習艦「かしま」、護衛艦「あまぎり」とともに第56期一般幹部候補生課程卒業生近海練習航海に従事。3月21日、江田島湾出港。4月9日から4月19日、東京寄港後北米での練習航海に従事。9月5日、東京帰投。2010年5月26日に東京港・晴海埠頭から「かしま」、「さわゆき」とともに平成22年度遠洋練習航海に出航、航路はアメリカ合衆国・ハワイ、メキシコ・チアパス、ポルトガル、トルコ・メルスィン・ジブチ、中華人民共和国の順、10月28日に帰国した。2011年3月16日、護衛艦に再度種別変更され、艦籍番号は護衛艦時代のDD-152に戻った。同日付、護衛艦隊直轄第11護衛隊に編入、定係港が横須賀に転籍。2013年6月14日、「パシフィック・パートナーシップ2013」に参加するため横須賀を出港、6月25日、パプアニューギニア バニモに入港、7月6日まで医療活動、文化交流等の活動を行った。2016年2月29日、艦長に防衛大学校女子第1期生の大谷三穂が着任。海上自衛隊初となる女性の護衛艦艦長となった。また24代艦長にも女性が着任している。現在は、護衛艦隊第11護衛隊に所属し、定係港は横須賀である。