1945年5月8日、ナチス・ドイツの無条件降伏によって欧州戦線における終戦が実現し、ケッセルリンク元帥はザールフェルトにてアメリカ軍に投降した。1945年10月6日、ケッセルリンクは15人の米兵の処刑に関する取り調べを受けたが、当時は様々な報告を受けて頻繁にローマの司令部を離れており、15人についてどのような情報を報告されたのか覚えていないと主張した。コマンド指令の違法性に関する質問が行われると、ケッセルリンクはこの指令はあらゆる形での解釈をしうるために自らがこれに縛られることはなかったと証言した。彼は事前に記録の改ざんや事件の隠蔽などを試みており、結局この事件に関する起訴を受けることはなかった。ドストラー将軍は1945年5月8日に米軍によって逮捕され、10月8日よりカゼルタ宮殿にて連合軍総司令官の名の下に設置されたアメリカ軍法会議の中で裁かれた。最初の戦争裁判にて、ドストラーは違法な命令の実行について起訴を受けた。弁護団は彼が一時命令を取り消した後、OSSチームの処刑を合法的報復と判断した上で改めて命令を発したのだと説明した。また、ドストラーはこの際にOSSチームの隊員らが民間人の服を着用していたと嘘をついた。その後、発見された隊員らの遺体が米陸軍の軍服を着用していた事が指摘されると、ドストラーは彼らが戦時国際法に反し所属を示す記章類を身に付けていなかったのだと主張したものの、実際にはOSSチーム全員が階級章を取り付けていた為にこの主張は認められなかった。ドストラーはいわゆる「高位命令」論に基づく抗弁を行ったものの、ドストラーによる処刑は総統命令外の行動と判断された為に認められなかった。また、軍事委員会ではこの抗弁を却下するにあたり、ドストラーによる処刑命令は捕虜に対する報復の禁止を定めた俘虜の待遇に関する条約第2条に対する違反であると宣言した。委員会では、「彼の行った捕虜の一斉銃殺を正当な報復と考えられる指揮官はごく小数だろうし、またそう考えられる兵士は皆無であろう」という声明を発表した。10月12日、委員会は全会一致でドストラー将軍の「高位命令」論に基づく抗弁の却下と有罪を決定した。ドストラーには銃殺による死刑が宣告され、1945年12月1日にナポリの北5kmにあるアヴェルサにて銃殺刑が執行された。ドストラーのケースは、後のニュルンベルク裁判に見られるように、将校による違法な命令の遂行について「高位命令」論による責任の緩和を認めない先例となった。これは後にニュルンベルク原則の原則第IV号に採用され、また世界人権宣言にも類似の内容が取り入れられている。
元治元年（1864年）2月28日に鹿児島に帰った西郷は足が立たなかった。29日、這いずりながら斉彬の墓参をしたという。3月4日、村田新八を伴って鹿児島を出帆し、14日に京都に到着し、19日に軍賦役（軍司令官）に任命された。京都に着いた西郷は薩摩が佐幕・攘夷派双方から非難されており、攘夷派志士だけではなく、世評も極めて悪いのに驚いた。そこで、藩の行動原則を朝旨に遵（したが）った行動と単純化し、攘夷派と悪評への緩和策を採ることで、この難局を乗り越えようとした。この当時、攘夷派および世人から最も悪評を浴びていたのが、薩摩藩と外夷との密貿易であった。文久3年（1863年）半ばに、南北戦争（1861年-1865年）により欧州の綿・茶が不足となり、日本綿・茶の買い付けが盛んに行なわれた結果、両品の日本からの輸出量が極端に増加した。このことから日本中の綿・茶値段は高騰し、薩摩藩の外夷との通商が物価高騰の原因であるとする風評ができたのである。世人は物価の高騰を怒ったのであるが、攘夷派は薩摩藩が攘夷と唱えながら外夷と通商していること自体を怒ったのである。その結果、長州藩による薩摩藩傭船長崎丸撃沈事件、加徳丸事件が起きた。こうして形成された薩摩藩への悪評（世論も大きな影響を持っていた）は薩摩藩の京都・大坂での活動に大きな支障となったので、西郷は6月11日に大坂留守居・木場伝内に上坂中の薩摩商人の取締りを命じ、往来手形を持参していない商人らにも帰国するよう命じ、併せて藩内での取締りも強化し、藩命を以て大商人らを上坂させぬように処置した。4月、西郷は御小納戸頭取・一代小番に任命された。池田屋事件からまもない6月27日、朝議で七卿赦免の請願を名目とする長州兵の入京が許可された。これに対し西郷は、薩摩は中立して皇居守護に専念すべしとし、7月8日の徳川慶喜の出兵命令を小松帯刀と相談の上で断った。しかし、18日、長州勢（長州・因州・備前・浪人志士）が伏見・嵯峨・山崎の三方から京都に押し寄せ、皇居諸門で幕軍と衝突すると、西郷と伊地知正治らは乾御門で長州勢を撃退したばかりでなく、諸所の救援に薩摩兵を派遣して、長州勢を撃退した（禁門の変）。この時、西郷は銃弾を受けて軽傷を負った。この事変で西郷らが採った中立の方針は、長州や幕府が朝廷を独占するのを防ぎ、朝廷をも中立の立場に導いたのであるが、長州勢からは来島又兵衛・久坂玄瑞・真木保臣ら多く犠牲者が出て、長州の薩摩嫌いを助長し、「薩奸会賊」と呼ばれるようになった。