数名の牙城会員が被害を負ってはいたが、学会側はこの事件を表沙汰にすることはなく、池田大作サリン襲撃未遂事件の犯行の事実は、1995年に林郁夫の自供で明らかにされるまでおよそ1年半公にされることはなかった。しかし、創価学会名誉会長である池田大作の行動予定の外部への漏洩、流出という事態を重く見た学会は事件以降、池田の行動予定の情報管理を厳しくするとともに、創価学会本部職員の中からボディガードを選抜した「第一警備」を発足させて池田の身辺警護に当たらせるとともに、学会員による金城会、牙城会、創価班などに、各会館の警備を強化させている。
オウム真理教の教祖である麻原彰晃は、同じ新宗教である創価学会を敵視していた。麻原によれば、創価学会は『外道』であり、また、「サンデー毎日から始まったオウムバッシングは、聖教新聞を印刷している毎日新聞社グループと創価学会が結託して行っている」などと主張、『池田大作は日本を侵略するフリーメーソンの手先であり「仏法」を曲げているまむしの一族』、『多くの人をだまして来世悪趣に転生させてしまうのでこれを防がなければならない』、『オウムの信徒数を創価学会並みに増やしたいが、それに至らないのは池田大作が小沢一郎を使って国家権力を動かし妨害しているからだ』、『ポアしなければならない』と敵対心を露わにしていった。1993年8月、土谷正実がサリン合成に成功。麻原はサリンの最初のターゲットとして池田をサリンで暗殺することを企図し、「サリンをまいてみろ」と指示。最高幹部の村井秀夫らが行動に移した。当初ラジコンヘリによる航空散布が検討されたが、ラジコンヘリが操縦ミスで大破したため、車両による攻撃に変更した。
池田大作サリン襲撃未遂事件（いけだだいさくサリンしゅうげきみすいじけん）は、1993年11月と12月18日に、オウム真理教信者によって、創価学会名誉会長である池田大作が暗殺未遂された事件のこと。地下鉄サリン事件後にオウムへ集中捜査が入り教団幹部らが逮捕され、裁判では立件はされていないが、松本サリン事件に至る前日談として言及され、麻原彰晃、村井秀夫が首謀して遠藤誠一、新実智光、中川智正、滝澤和義らと犯行を行ったことが認定された。
2008年、日本の第一三共が46億米ドルで買収。第一三共はこれにより、新興国及びジェネリック市場への足掛かりを狙っていた。しかし、以前からランバクシーの工場における衛生管理問題がFDAから指摘されており、買収発表後の9月に対米輸出停止措置がなされた。FDAとは一度和解で同意したものの、2013年に再び禁輸措置を受けている。翌2014年には禁輸対象が拡大されたほか、試験結果の改竄行為が行われていた事がFDAの報告書で明らかになった。2014年4月、第一三共はランバクシーを同業のサンファーマと合併させることを発表した。これにより第一三共は合併後のサンファーマ株約9％を取得する。
この前後から長期連載や人気作が次々と終了し、部数が低迷。1990年代以上に積極的なメディア展開を行うようになり、『金色のガッシュ!!』（雷句誠、2001年）、『うえきの法則』（福地翼、2001年）、『焼きたて!!ジャぱん』（橋口たかし、2002年）、『史上最強の弟子ケンイチ』（松江名俊、2002年）、『美鳥の日々』（井上和郎、2002年）、『ワイルドライフ』（藤崎聖人、2003年）、『MÄR』（安西信行、2003年）、『結界師』（田辺イエロウ、2003年）、『ハヤテのごとく!』（畑健二郎、2004年）、『最強!都立あおい坂高校野球部』（田中モトユキ、2005年） 、『クロスゲーム』（あだち充、2005年） 、『絶対可憐チルドレン』（椎名高志、2005年～） 、『ダレン・シャン』（原作：ダレン・シャン・漫画：新井隆広、2006年）、『魔王 JUVENILE REMIX』（原作：伊坂幸太郎・漫画：大須賀めぐみ、2007年）、『最上の命医』（橋口たかし、2008年）、『月光条例』（藤田和日郎、2008年）、『神のみぞ知るセカイ』（若木民喜、2008年）などがヒットするが、その他の連載は伸び悩み、部数の低迷に歯止めが効かず、また、この時期から多くの漫画家がサンデーを離れていくことになり、さらに、2008年、雷句誠がサンデー編集部での原稿紛失を巡って小学館に対し損害賠償請求の民事訴訟を提起するなど、1980年代後半の混乱と同様に安定しない時期となった。2000年に創刊された『サンデーGX』の合同企画コーナーが設置され、一部の作家の入れ替えや引き入れが同じ小学館で刊行されている『少女コミック』・『ちゃお』と同時になされることが多くなった。2008年3月から2009年3月にかけて『週刊少年マガジン』と「サンデー×マガジン 創刊50周年企画」を行ない、共同雑誌の他、数多くのコラボレーション商品を発売。2009年第14号（3月18日号）では、「創刊表紙トリビュート号」と題して創刊号の表紙デザインを再現（創刊号表紙の長嶋茂雄を松坂大輔に、手塚治虫の『スリル博士』のイラストを橋口たかしの『最上の命医』に置換）した。50周年イベント終了後の2009年3月末からは、週刊少年誌としては初のウェブコミック配信サイト『クラブサンデー』を開設。さらに、月刊少年サンデー『ゲッサン』の創刊、『週刊少年サンデー超』（現在は『週刊少年サンデーS』）の月刊化などをし、今まで連載経験のない新人作家を、積極的に連載させるなど、これまで以上に新人育成に力を入れるようになる。また、それ以降連載作品を『クラブサンデー』や『週刊少年サンデー超』に移動させたり、『週刊少年サンデー超』の連載作品を本誌に移動させたりする事例が増え、連載陣の入れ替えの激しさが増していった。