学問を文系と理系に分けることの起源がおそらく日本にあるということは、多くの論者が指摘しているところである。太田次郎は、文系と理系の区別について、「おそらくその起源は、旧制高校の制度にあると思われる」と述べた。山梨大学講師（当時）で理学博士の藤井康男によれば、「おそらくわが国だけの分け方ではないかと思う」とのことである。また藤井は、「外国の事情をよく調べたことはないのだが、」とことわったうえで、「外人と話してみてわかることは、彼らは文科とか理科とかをあまり口にしないということである」とも述べている。どうも外国では、この文科、理科というものの区別が日本ほどはっきりしていないような気がする。少なくともそういった名前の分け方はないようである。 — 藤井康男、『文科的理科の時代　新・学問のすすめ』（福武書店、1982）12頁日本においては、第2次・高等学校令（大正7年勅令第389号）の第8条に「高等学校高等科を分ちて文科及理科とす」（原文は平仮名部分がカタカナ）という規定があった。明治中期から第二次世界大戦降伏前は、旧制高等学校は、旧制大学で教育を受けるための準備教育を行う場としての位置づけが大きかった。高等学校の高等科においては、学修する外国語（英語およびドイツ語が大半）によって、「文科甲類」「文科乙類」「理科甲類」「理科乙類」などに分け、「文科」「理科」のどちらで学んだのか、学んだ外国語は何であったかによって、旧制大学で学ぶ専攻分野を大きく左右した。東京工業大学教授で社会学が専門の橋爪大三郎によれば、学問を文系と理系とに区別することの本来の動機は、予算がかかる学問の学生数を制限することだという。そもそもこんな区別があるのは、発展途上国の特徴である。黒板とノートがあればすむ文系にくらべ、理系は実験設備に金がかかるので、明治時代の日本は、学生数をしぼらざるをえなかった。そこで数学の試験をし、文系／理系をふり分けることにした。入試問題が別々なので、その前の段階で文系／理系を選択しなければならない。 — 橋爪大三郎、『橋爪大三郎の社会学講義2』（夏目書房、1997）63頁近代の日本において、大学教育に対する準備教育の課程を「文科」と「理科」に区分したことは、現代における文系と理系の区分に事実上引き継がれている。現代において文系を文科系と、理系を理科系と呼ぶのは、旧制高等学校の区分けの名残である。「系」の語が付与されているのは、「文科」「理科」という学科組織に基づく分類によっていないからである（なお、現代においても「高等学校」および「中等教育学校の後期課程」に「理数科」という学科があり、この場合、「理数科」を卒業した場合は、「理数科卒業」となる。ただし、大学進学に際し文系の学部・学科・課程への入学制限は、一切ない）。
この寺院は、結城秀康の位牌所として1608年（慶長13年）に建立された。1607年（慶長12年）、死期の迫った秀康はかねてより帰依していた越前国一乗寺の万世和尚に黄金を贈り、江戸に寺を建立するように遺言した。万世和尚は年老いていてその任を果たせそうになかったため、弟子の孫公和尚（明暦元年7月11日寂）に秀康の遺言を託した。孫公和尚は各地を巡って北沢村に適地を見つけ寺院を建立し、秀康の法名「浄光院殿森巌道慰運正大居士」にちなんで「浄光院森巌寺」と名づけた。森巌寺は浄土宗に属し、京都知恩院の末寺である。明治時代の神仏分離の時期まで、寺の東隣にある北澤八幡神社の別当寺を務めたことから山号を「八幡山」といい、正式の名称は「八幡山 浄光院 森巌寺」という。本尊は阿弥陀如来で、脇侍の観音菩薩、勢至菩薩とともに祀られている。森巌寺の本堂は、江戸時代に2回の火災に遭って焼失したことが『新編武蔵風土記稿』巻之五十二、荏原郡之十四、下北沢村の条や、村尾正靖が文化4年（1807年）から天保12年（1841年）の紀行文をまとめた『江戸近郊道しるべ』などに記述されている。秀康の位牌は、本尊阿弥陀如来の元にある厨子内に安置されている。徳川家の位牌所であるため、建造物などに徳川家ゆかりの三つ葉葵の紋所を見ることができる。昭和の初期まで、秀康と関係の深い松平家の子孫が年1度森巌寺を訪問した際に、三つ葉葵の紋が入った漆器でもてなすことが恒例になっていたという。江戸時代の森巌寺は、灸と針供養、そして富士講で名高い寺として知られ、多くの参詣者で賑わったという。灸は「淡島明神の灸」として知られ、『江戸名所図会』は次のような由来を伝えている。森巌寺の開山孫公和尚は紀州名草郡加太の人で、常日頃腰痛に苦しんでいた。和尚は淡島明神に熱心に祈願を続けたところ、ある夜の夢に淡島明神が現れて灸の秘法を伝授した。和尚は淡島明神の夢告に従って灸を試し、積年の腰痛はたちどころに完治した。和尚はこの霊験に深く感謝し、加太から淡島明神をこの地に勧請して淡島堂を建立した。和尚はさらに森巌寺の僧侶たちにも灸の秘法を伝授し、その効能の確かさは世間の評判を呼んで毎月3・8の灸治の日には遠くから訪れる人も多かった。その名残で森巌寺の山門には、「粟嶋の灸」という看板が今でも掲げられている。針供養は、毎年2月8日に淡島堂で執り行われる。その始まりは定かではないというが、江戸時代末期には狂歌の題材になっていることから、当時は既に近郊で名高い行事だったことが推定されている。針供養の当日は淡島堂内で法要が行われ、人々は用意された豆腐に古針を刺して供養する。この行事は、1999年（平成11年）11月24日に世田谷区指定無形民俗文化財（風俗慣習）に指定された。なお淡島堂の前には、針塚が現存している。森巌寺境内には、かつて富士塚が存在していた。この富士塚は江戸時代に盛んだった富士講のために1821年（文政4年）に造成されたもので、標高はおよそ40メートルあった。この富士塚は、森巌寺の墓地整備計画によって2006年（平成16年）に切り崩された。切り崩される直前の富士塚については、山本暉久（昭和女子大学大学院教授）を会長とする森巌寺富士塚調査会と世田谷区教育委員会が詳細な調査を行っている（後述）。