1996年6月の選挙法改正で、128の議席がベイルート地区19、ベッカー地区23、南部地区23、北地区28、山岳レバノン地区35に配分されることになった。1996年8月半ば山岳レバノンでの第1回目の選挙では、ハリーリ支持派が35議席中32を獲得した。8月末北部での2回目選挙では野党が勝利した。9月はじめのベイルートでの3回目の選挙ではハリーリ派は19議席中14を獲得した。9月上旬の南部にでの4回目の選挙ではアマル・ヒズボラ連合とその支持勢力が23議席すべてを獲得した。9月半ばのベッカー地区での5回目の選挙ではアマル・ヒズボラ連合が23議席中22議席を獲得した。以上5回の選挙での投票率は平均で45%に達し、1992年選挙の投票率32%と比べ大きく前進した。
大統領を元首とする共和制国家であり、国会は大統領の選出、政府（内閣）の承認、法案、予算の承認を行う。任期は4年。現行の憲法により、宗派ごとに政治権力を分散する体制が取られており、大統領はキリスト教マロン派、首相はイスラム教スンナ派、国会議長はイスラム教シーア派から選出されるのが慣例となっている。国会議員数も各宗派の人口に応じて定められており、マロン派は34人、スンナ派とシーア派はそれぞれ27人などである。この大統領・首相（行政の長）・国会議長のトロイカ体制は、内戦を終わらせた1990年のターイフ合意で規定されたが、今度は宗派間の3職を巡る抗争を宗派に無関係な、あるいは宗派および地域内での駆引きに発展させることとなった。しかしながら、これら政府要職や公式機関は名目的権力装置に過ぎず、実質的な内政・外交は「ザイーム」と呼ばれる有力者（あるいはその政党やブロック）間の連携・対立、シリア系の組織・機関（特に2005年のシリア軍撤退まで）の影響力が大きいとされる。総選挙は大選挙区完全連記制をとり、有権者は自らが属する宗派以外の立候補者を含む複数の候補者を選出する。選挙の段階は選挙区改変（ゲリマンダリング）、候補者リスト作成の2段階を経る。前者に関しては、候補者（有力政治家・組織）は選挙法の規定を無視する形で選挙のたびに選挙区の改変を試みてきた。自らの地盤地域と選挙区を可能な限り一致させるためである。後者の段階では、同選挙区内の他の宗派に属する候補者と共同のリストを作成し、支持票を共有する。当選を確実にするには同一選挙区内の他の宗派の有権者に対しても投票を促す必要があるからである。
前述の通り、アルグン・アカを首班とするイラン総督府と、バイジュ・ノヤン率いるイラン以西におけるモンゴル帝国の鎮戍軍である「タマ軍（ لشكر تَما lashkar-i Tamā）」の活動によってモンゴル帝国はイランの地の主要な拠点は押さえていたものの、シーア派の一派、イスマーイール派（正確にはニザール派）の勢力が未だモンゴル軍に反抗を続けていた。「暗殺教団」とも呼ばれるニザール派はアラムートの城塞を中心とする難攻不落の山城群をアルボルズ山脈やイラン南東部のクヒスターンなどの山岳地域に築きそれらを根拠地としてセルジューク朝時代から活動を続けていた。一部はシリア地方にも展開しており十字軍にも恐れられたその暗殺技術によって周辺地域に絶大な影響力を誇っていた。チンギス・カンの時代にはニザール派第25代教主ジャラールッディーン・ハサン（ハサン3世）がイラン高原にやって来たチンギス・カンに臣従を誓っていたものの、イラン支配の意図を明かにし始めたモンゴルとは次第に対立し始め、モンゴル軍の部将が暗殺される事件などにより両者の関係はさらに悪化。すでにグユクの時代からモンゴル軍によるニザール派の攻撃は計画されつつあった。1254年、モンゴル皇帝モンケの宮廷を訪れたギヨーム・ド・ルブルクは、カラコルムに滞在中にニザール派の刺客400人がモンケの命を狙って潜入したため、全市に戒厳令が敷かれたことを伝えている。モンケに西アジア方面の経略を任されたフレグは1253年モンゴル高原を出発したものの、全軍は非常にゆっくりと行軍し1255年になってようやくサマルカンドに到着、その後キシュ（シャフリサブズ）でイラン総督アルグンの出迎えを受け、そこでようやくニザール派の攻撃を発表、イラン地方の諸勢力に参戦を求めた。しかし、この頃ニザール派第26代教主アラーウッディーン・ムハンマド（ムハンマド3世）が信徒に殺されてしまい、その後長男ルクヌッディーン・フルシャーが第27代教主を継ぐと状況は一変する。父ムハンマド3世と違いフルシャーはモンゴル帝国と妥協点を見いだし和平を結ぼうと交渉する路線をとり、盛んにフレグに対して外交交渉を行った。しかしフレグはその巧みな外交手腕を発揮してフルシャーと駆け引きしつつ1256年ようやくアムダリヤ川を越えたモンゴル軍を動かしアラムートを中心とする山城群をじわじわと包囲させた。なおフルシャーはフレグと交渉を続けようと試みたが、フレグは遂にイマームおよびニザール派のモンゴルへの完全服従という無条件降伏を求める最後通牒を出し、本格的な攻勢にでた。モンゴル軍との戦闘でニザール派側が勝利する場面もあったが、弩砲（kamān-i gāv）などの強力な攻城兵器が威力を発揮して籠城側の継戦意欲を挫き、ついにフルシャーは停戦を請い出城を約束する旨をフレグ側に伝えた。フルシャーは身の安全を保障する（アマーン）勅令（ジャルリグ）を作成するよう要請して来たため、ジュヴァイニーがこれを起草した。フルシャーの出城をフィダーイー（刺客ともなる教団に献身する要員たち）たちが阻止するなどの動きがあったが、ヒジュラ暦654年ズ＝ル＝カアダ月1日（1256年11月27日）に当時籠城していたマイムーン・ディズにてフルシャーが降伏・出城した。これを機に諸城砦は次々にモンゴル軍に投降しニザール派は事実上その活動を終えた。フルシャーは降服後にフレグに歓待され、勅書や牌子なども授けられてモンケのいるカラコルムに送られたが、モンケはカラコルムに到着した彼の謁見を許さずそのまま送り返し、フルシャーはモンケの命令によってアルタイ山脈の道中で護送の任に当たっていたモンゴル将兵らに絞殺されたという。カラコルムからの勅使によってフルシャー処刑の報告を受けたフレグは、カズヴィーンに留め置いたフルシャーの一門の者も全て殺害させた。