2006年5月21日放送分から漢字検定を取り扱ったコーナーが2つ開始されたまず、オープニングに「200万人の漢字検定・班別対抗 漢字能力検定テスト」が行われ、3人1チームで4チームの団体戦で競う。日本漢字能力検定の3級、準2級・2級、準1級・1級の3段階から漢字の読み問題が7問（6月4日から10問）ずつ出題され、早押しで解答する。不正解の場合は、その問題の解答権を失う。合計正解数が多かったチームには「平成教育オリジナルグッズ」が贈呈される。また、全問題正解したチームには、パーフェクト賞として100万円が贈呈される（とユースケは言っていた）。なお、この成績は個人成績にも反映される。全問終了時の平均偏差値を発表するルールは変わらないが、トップになった生徒は海外留学を賭けた漢字検定1級の書き問題「海外留学チャレンジ」に挑戦する。2006年8月27日の夏休みSPでは、磯野貴理子、宮川俊二、宇治原史規が予備校代表として出場した。2006年9月10日の予備校最終回では、宇治原と海江田万里が偏差値システムになってから初の同点トップになったが、「海外留学チャレンジ」は2人とも失敗に終わった。最終回で、2006年10月15日より19時から19時58分放送の約1時間番組となることが発表された。
2005年10月16日放送分からは『平成教育委員会スペシャル』への出場権をかけた予選会となり、正解数（得点）による成績発表から平均偏差値による成績発表へ変更となり、「たけしおとし」システムは廃止となった。具体的には各問題に偏差値（日能研監修）を設定し、全問終了時の平均偏差値を発表する。これを数週間繰り返し、平均偏差値の総合上位の生徒が委員会に出席できる権利が与えられる。これに伴う新しいクイズとして後述のコーナーが行われていたが、後にオープニングクイズの「5問連続勝ち残りテスト」以外は、少しずつ廃止されていき、通常の科目問題となっていった。「5問連続勝ち残りテスト」では唯一、小沢一敬だけが全問正解した。この頃から、1時間特番が開始され、2006年1月にタイトルが「平成教育2006予備校」を機にハイビジョン制作に切り替わった。同時に『平成教育委員会』のスペシャルも同年1月3日からハイビジョン制作に切り替わった。2005年11月3日の『平成教育委員会SP』では、磯野貴理子、酒井敏也、井戸田潤が、2006年1月3日の『平成教育委員会SP』では、磯野貴理子、矢口真里、水道橋博士、ゴルゴ松本が、5月7日の『平成教育委員会SP』では、磯野貴理子、小沢一敬、ホリが予備校生代表として登場した。
2005年4月24日の放送から複数教科の問題で成績を競う方式となった。2005年6月5日放送分から「基礎学力ドリル」に代わり、「オープニング1分テスト」がスタート。ある問題を制限時間1分以内で正解できるか競う。早く正解を出すと、他の生徒にプレッシャーを与えることができる。ただし解答権は1回だけとなっている。9月18日放送分でこのテストは終了した。「たけしおとし」のシステムや携帯電話での視聴者参加クイズは2005年9月18日まで継続されたものの、結局「たけしおとし」を7つ集めた生徒は現れず、海外留学旅行は視聴者プレゼントとして提供された。2005年5月8日の『平成教育委員会SP』では、笹岡隆甫、劇団ひとり、平山あや 、磯野貴理子の4名が、8月28日の『平成教育委員会SP』では、劇団ひとり、平山、矢口真里が予備校生代表として登場した。
1991年7月20日21:00 - 翌日21日20:54総合司会は桂三枝（現・六代桂文枝）、フジテレビアナウンサー（当時）有賀さつき・八木亜希子の3人。フジテレビアナウンサーの総合司会起用は現時点で1991年が最後となっている。日本の総人口に合わせ、タイトルが若干変更された。テーマは「戦い」通し企画は『東京さ行くだ!クイズ』。松本明子・牧原俊幸が札幌から、吉村明宏・木幡美子（途中からデーモン小暮のものまねをした太平シローが参加）が鹿児島からFNS各局の代表として一般人を大型バスに乗せ、各地で勝ち抜け方式のクイズをしながら東京を目指す企画。北ルートはゴールしたが、鹿児島からの南ルートは渋滞に巻き込まれ河田町のフジテレビまでたどり着けず、バス車内（八王子市・中央道石川パーキングエリア）でエンディングを迎えることになった。昼のBIG3企画『BIG3闘いゴルフ対談』はスタジオに小さなゴルフ練習場を作ってゴルフ対決。ここでたけしとタモリがさんまの自慢のクラブを壊そうと暴走。その後のフリートークで「誰が一番車の運転が上手いか」という話になり、さんまのレンジローバーを使って車庫入れをしようということになる。しかしたけしが暴走し、さんまのクラブで車体に傷をつけ、車庫入れではブロック塀でつくられた車庫に激突、さんまのレンジローバーはボロボロになってしまう。そしてこの因縁は翌年以降も続くことになる。ニュースゾーンは夜が山田邦子司会の『FNN NEWSCOMスペシャル』、夕方は武田鉄矢司会の『FNNスーパータイムスペシャル』でどちらとも本番組のスタジオから放送され、露木がアシスタントを務めた。深夜のゲーム大会は、前年に引き続きクイズに答えると女性が一枚ずつ服を脱いでいくというもの。そのスタジオに男性タレントのほか、スタッフまでもやってきて大はしゃぎし、番組のゼネラルプロデューサーの横澤彪も駆けつけた。FNS各局対抗企画は「戦う!ビデオ大賞」。グランプリは岡山放送、準グランプリは山形テレビ、審査員特別賞は新潟総合テレビとなった。この年開局した岩手めんこいテレビがネット開始。提供クレジットを読み上げた新人アナウンサーは近藤サト・小泉陽一・中村江里子の男性1人・女性2人の合計3人。