ベトナム戦争時、CH-47はチヌークと発音が近いことから口が悪い地上部隊員に"shithook"（くだらない奴）と呼ばれていたが、CH-47はベトナムの高温多湿な気象環境でも安定した性能を発揮し、火砲や補給物資の輸送に活躍した。兵員輸送にはより小型で扱いやすいUH-1が使われていたため純粋な兵員輸送を行うことはほとんどなかったが、ハート・アンド・マインド作戦の一環として実施した民間人の安全地帯への移送において、ある機体は1回の飛行で147名のベトナム人を運んだことがある。輸送任務以外にも、「パイプスモーク」と呼ばれる被撃墜機の回収任務にも従事し、戦争の全期間中に11,500機の飛行不能機を回収した。CH-47は南ベトナム空軍にも供与されたが、一部の機体は終戦後北ベトナム軍に接収された。この時代には現行のモデルと比べて航続距離が半分程度しかなかった機体が多く、南ベトナム軍の作戦遂行にも影響があったとされる。
1998年3月30日スタート。当初の放送時間帯は27:00 - 28:30（深夜〔翌日未明〕3:00 - 4:30）に放送していた（金・土曜日は当初から29:00（5:00）まで）。これまで、オールナイトニッポンは25:00 - 29:00までを一つの大きな枠とし、その中で2時間ずつ枠を区切り放送されていたが、その中で、いわば半公式的に『第2部』と呼ばれていた後半の2時間が、月曜日から木曜日において30分短縮された際に、事実上番組タイトルを『オールナイトニッポンR』として改称された形で放送を開始した。なお、「オールナイトニッポンR」「ナイトR」「○○のANNR」「○○のR」（○○はパーソナリティ名）と略して表記される場合がある（主に新聞番組表における掲載例で、文字数の都合によるもの）。番組名に付く"R（アール）"はリラックスの頭文字である（ただし、スタッフによっては「リベンジ」や「リターンズ」など、パーソナリティーの意欲を燃やすような言葉を使う場合もあった）。テーマ曲はオールナイトニッポン1部と同じく「BITTERSWEET SAMBA」。この番組の目的として、1998年4月から2003年9月までは、1974年6月から1998年3月末まで続いていた「オールナイトニッポン（第2部）」からの流れから、おおむね若手パーソナリティの育成を目的にしていた。1999年3月29日、『LF+R』編成がスタートしてからはローマ字表記の『allnightnippon-r』へと変更された。しかし、ネット局によっては、直前の『@llnightnippon.com』につられてか『@llnightnippon-r』と誤記された放送局もあった。その後、『LF+R』終了後の2003年3月をもって『オールナイトニッポンR』と番組名が変更されたが、2003年9月には「オールナイトニッポンエバーグリーン」開始に伴い、月曜 - 木曜の放送は一時、終了した。その為、2003年10月から「週替わり」として金曜日と土曜日（土曜日は2004年3月までの前番組は「オールナイトニッポンレコード」）のみが残り、その後も中断期間をはさみながら放送されていたため、いわば、かつての2部の特別番組的な要素を持っている。なお、2006年4月からは金曜日の週替わりはなくなり、7月から土曜日も週替わりではなくなっていたが、2006年10月から土曜日の週替わりが復活するとともに、放送時間が120分に放送枠が拡大した。ただし、ニッポン放送はキー局でありながら、放送時間は従来と同じ90分となっていた。なお、2003年3月31日-2004年3月28日の期間のオールナイトニッポン公式サイトであるwww.allnightnippon.comでは「オールナイトニッポンR スペシャルナイト」と表記されていたが、2004年度以降の公式サイトでは「オールナイトニッポンR」だけの表記になっていた。2009年1月に土曜日に『角田龍平のオールナイトニッポンR』が毎週放送されるようになり、土曜日の週替わり枠はなくなった。そして、2009年4月改編により『くり万太郎のオールナイトニッポンR』が開始に伴い、平日の『オールナイトニッポンR』というタイトルが復活した。その後、2009年10月で『くり万太郎のオールナイトニッポンR』の金曜日の放送が終了したため、金曜日が週替わり枠となって復活した。また、土曜日は2009年いっぱいで角田龍平のオールナイトニッポンRが終了し、2010年1月から3月までオールナイトニッポンのレギュラー（火曜日1部）争奪バトルを開催し（1月2日のパンクブーブーは対象外）、実質的に角田龍平のオールナイトニッポンR開始前のお笑い芸人の月1回担当制と変わりがなくなっていた。2010年4月からはJ-POP歌手の月1回担当に変更され、5週目がある場合のみ週替わりパーソナリティを起用する体制となった。2012年4月から、2003年9月までのこの番組の放送趣旨目的と同じくする「オールナイトニッポン0(ZERO)」の開始により、平日の放送は2012年3月30日をもって終了した。ただし、土曜日は週替わり枠（毎月第3週のみスフィアで固定）として、タイトルも「オールナイトニッポンR」で継続した。2012年4月以降はミュージシャンを中心に、さまざまなジャンルから注目の人やグループが土曜日に週替わりで登場していた。ただし、スフィアも2017年3月をもってレギュラー放送を終了（不定期放送へ移行）となったため、第3週目を含めた全週が週替わりメンバーとなった。そして、2018年4月1日（3月31日深夜）をもって、1998年4月から20年間続いてきた『オールナイトニッポンR』としての放送を終了し（最後のパーソナリティは三波美夕紀。）、4月8日（4月7日深夜）からは『オールナイトニッポン0(ZERO)』に放送枠が吸収され、『オールナイトニッポン0(ZERO)』は週6日の放送に切り替わった。なお、2012年10月14日27:00 - 29:00 JSTに、関東ローカルだが「ROLLYと谷山浩子のオールナイトニッポンR」として日曜日（月曜日未明）の放送が特例として実施された。