『山形県史 通史編第1巻 原始・古代・中世編』では、蕨岡が鳥海修験の一拠点となった時期は吹浦に神宮寺が置かれた頃と推測し、『鳥海山史』では、吹浦・蕨岡よりも矢島方面の修験道が相当古い由緒を持っていると推測しているが、峰々の曼荼羅化や入峰方式がどの様に確立されて行ったのか、各登山口にいつから修験者が住み着いたか等については、史料が欠けており正確には分かっていない
各登山口の修験者は、連綿とした事由からお互いに反目・対立するようになっていき、江戸時代には修験者同士の争いが矢島藩と庄内藩を巻き込んだ嶺境争いに発展、江戸幕府の裁定によって山頂が飽海郡とされている
（詳しくは 蕨岡、矢島の嶺境の論争 を参照のこと
）近世に入り、再び鳥海山の噴火が史上に現れる
『山形郷土研究叢書第7巻 名勝鳥海山』によれば、『由利郡仁賀保旧記』に万治2年（1659年）噴火の記事が見えるという
しかし、庄内側に記録がないので、北面の噴火だったのかもしれないと推測している
『出羽風土略記』には元文5年（1740年）5月上旬の噴火によって山上の瑠璃の壺、不動石、硫黄谷と言われる辺りが焼けたとの記述がある
寛政12年（1800年）の冬から文政4年（1821年）に至る期間にも鳥海山は噴火しており、特に享和元年（1801年）の噴火は激烈を極め、新山（享和岳）を生成し、『文化大地震附鳥海山噴火由来』によれば火山弾によって8人の死者を出したのだと言う
現代においても、昭和49年（1974年）3月に噴煙をあげたことから全山入山禁止となり、『山形縣神社誌』によれば山頂の大物忌神社が中腹に造営した「中の宮」へ遷座している

鳥海山から流れ出した新山溶岩流の末端崖には、湧水地が点在している。特に山麓の獅子ヶ原湿原は、標高500mながら、多様な高山性のコケ類が見られ、2001年に天然記念物に指定された。
天文22年（1553年）に吉田兼右の次男として産まれる。吉田家の次男は氏寺である神龍院（吉田神道の創設者である吉田兼倶が吉田山に創建した仏教寺院）に入ることが習わしであったため、梵舜も神流院の住職となる。従二位神祇大副となった兄の吉田兼見に比べ、身分はかなり低く、才智も平凡だったとされるが、その分、交際範囲も広く、行動の自由度も大きかったと見られる。慶長3年（1598年）に豊臣秀吉が逝去すると、梵舜は兄である吉田兼見と共に豊国廟の創立に尽力、その社僧となる。梵舜は豊国神社の別当として、秀吉の七回忌にあたる慶長9年（1604年）には臨時祭の開催に奔走。また慶長15年（1610年）には甥の萩原兼従と共に駿府や江戸へ赴き徳川家康に謁見、豊国神社の社領安堵を受けた。慶長18年（1613年）には大坂城鎮守豊国社の創建遷宮を行った。しかし、慶長20年（1615年）の大坂の陣で豊臣家が滅びると状況が一変、家康によって方広寺の鎮守とするために豊国神社の破却を命じられる。梵舜は金地院崇伝や板倉勝重ら幕閣に掛け合うなど豊国神社維持の為に東奔西走するが、破却の決定は覆らなかった。ただし梵舜の役宅である神宮寺の寺領は安堵されたため、社殿は崩れ次第とされながらも秀吉を弔うための祭祀は継続することが出来たという。豊国神社の維持には失敗したものの、梵舜の神道家としての権威は依然として衰えなかった。梵舜は神道に造詣が深く、豊臣秀吉のような権力者に信任され、更に後水尾天皇や公卿たちにも神道を進講するほどであった。慶長19年（1614年）には後陽成上皇に章節を付けた『中臣祓詞』を献上した。秀吉死後は徳川家康とも関係が深く、慶長10年（1605年）には家康に命じられて徳川氏を新田源氏に繋げる系図捏造にも携わったといわれている。家康も駿府や大坂の陣の陣中で梵舜から講義を受けた一人である。元和2年（1616年）4月に徳川家康が逝去すると、梵舜はその葬儀を任され家康を久能山に埋葬した。一方で梵舜は日記によると、豊国神社の破却決定から家康の発病まで各所の神社に多くの祈願をしており、津田三郎は家康を呪詛する意図があったと推測している。梵舜の神道家としての立場が揺らぐのは、家康の一周忌において、家康の遺体を久能山から日光山に改葬する際のことである。当初梵舜は金地院崇伝や本多正純たちと共に吉田神道の形式に則って家康を明神（大明神）として祀ろうとするが、山王一実神道形式での祭儀を推す天海と対立。最終的に天海に論争で敗れ、家康は権現（東照大権現）として祀られることになる。以降は山王一実神道が権勢を増し、反対に吉田神道の影響力はその分、後退することになった。この頃から梵舜は、妙法院の僧侶たちから豊国神社へと至る参道を封鎖される、神宮寺の境内の草を無断で刈られるといった嫌がらせを受けていた。梵舜は妙法院の非道を幕府に訴えるが相手にされず、逆に神宮寺を妙法院に引き渡すよう勧告を受ける。梵舜は元和5年（1619年）9月に神宮寺を妙法院に引渡し、自身が住職を務める神龍院へと退去した。神龍院でも梵舜は密かに秀吉を鎮守大明神として祀り、豊国神社再興を祈願し続けたといわれる。梵舜は寛永9年（1632年）に死去した。享年80。梵舜は天正11年（1583年）から最晩年の寛永9年（1632年）までの詳細な日記を残している。全三十三巻に及ぶ彼の日記『梵舜日記』（別名『舜旧記』）は豊国神社の栄枯盛衰、豊臣から徳川への権力変遷を伝える貴重な史料である。梵舜が豊臣秀吉の妻である高台院と関係が深かったことから、近年晩年の高台院の動向を伝える史料としても注目を集めている。