2003年からボーイゾーンの活動開始が噂され始めた。同じく、2005年に1990年代に活躍したテイク・ザットが10年ぶりの再結成をし、多数のツアーを成功させ、10年ぶりのシングル、"Patience" がUKで4週連続1位、アルバム、"Beautiful World" も1位を獲得し、見事な復活を遂げたのを目の当たりにし、2007年2月にボーイゾーンが活動を再開することが報じられた。3月8日には元マネージャーのルイ・ウォルシュが「これから私にとって最も忙しい人生が始まるだろう。それはウエストライフ、シェイン・ワード、そしてボーイゾーンの活動再開である。」と語っていた。2007年11月16日、BBC主催のチャリティ番組、"Children In Need"で約8年ぶりのグループとしてのパフォーマンスを行い、その際ツアー活動をすることを発表した。2008年5月25日から同年8月23日までに29回UK・アイルランドでライブをし、チケットは3時間で20万枚を売り上げた。
ボーイゾーンは同じくアイルランド出身のウエストライフに大きな影響を与え、また彼らのためにも道を開いた。活動休止後、ローナンはソロ活動をスタートさせ、5枚のアルバムをリリースしている。スティーヴンは1枚のソロアルバム発表後に演劇活動をし、マイキーもまた1枚のソロアルバムを発表したのち、音楽プロデューサーとして活躍した。キースはイギリスのドラマ "コロネーション・ストリート" に出演。また、アイルランドで映画を製作していた。シェーンはドキュメンタリー番組、"Celebrity Love Island" に出演した。
レーベルとの契約更新にメンバーは承諾していたが、ローナンだけがさいごまでそれにサインせず、またローナンのソロツアーの楽屋を訪れたキースが追い出される事件が起こり、メンバー間に亀裂が生じた。さらに、当時のボーイゾーンのマネージャーにして、X-Factorで知られるルイ・ウォルシュがローナンのマネージャーになってしまうという事件が起こった。ルイの発言「ボーイゾーンはローナン以外は歌が歌えない。でもウエストライフはボーイゾーンと違ってみんな歌がうまいんだ」という発言が決定的なものになり、自然消滅という形で、ボーイゾーンは7年間の活動に一旦幕をおろした。
1999年にベスト盤、「バイ・リクエスト」をリリース。リリース後のツアーも予定されていた。このころ、メンバーのスティーヴンがゲイであることを公にした。また、ローナンも映画、「ノッティングヒルの恋人」のメインテーマを依頼され、"When You Say Nothing At All"をソロとしてリリースした。このころにグループは活動休止することを決めていた。2000年1月にライブをしたのを最後に活動を休止した。
3枚目の「ホエア・ウィー・ビロング」ではメンバーが積極的に作詞にも参加し、1998年にリリースされた同アルバムはUKチャート1位を獲得。収録されている曲の中から、"All That I Need"、"Baby Can I Hold You"、"No Matter What"がシングルとしてリリースされ、3曲ともUKシングルチャート1位を記録した。
2枚目のアルバム、「ディファレント・ビート」は1996年にリリースされ、同アルバムに収録されているビー・ジーズのカバー、"Words"がUKシングルチャートで初めて全英1位を獲得した。その他にも、"A Different Beat"が全英1位、"Isn't It a Wonder"が全英2位を記録した。このころからメンバーのローナンはグループのリードボーカル的存在になりつつあった。
2003年度に更新された8254×6以降は、車体についてはそれまでと同様の更新内容であったが、制御装置をIGBT-VVVFインバータ制御（IPM使用・ベクトル制御・純電気ブレーキ対応）へ変更し、ブレーキ装置も電気指令式に変更された。機器については3000形3次車と共通の機器が用いられており、1台の制御装置で4基の主電動機を制御する単位を1群とし、デハ8300番台にはこれを2群で1つの機器とした三菱電機製のMAP-198-15V-115A形、デハ8500番台には1群で1つの機器とした三菱電機製のMAP-198-15V-116A形が採用された。主電動機は出力190kWの三菱電機製MB-5102-A形で、デハ8200番台・デハ8300番台・デハ8500番台の車両に4基ずつ搭載した。歯数比は97.16=6.06となった。デハ8400番台は電装解除され、新形式としてサハ8050形（サハ8450番台）が登場した。付随車化された車両は元の車両番号の下2桁に50をプラスし、同号車のパンタグラフを撤去したほか、台車はFS516T形となった。両先頭車・付随車には車輪の滑走を防止する滑走防止装置が設置された。電気指令式ブレーキへの変更に伴い、運転台はデスクタイプとなり、主幹制御器も左手操作式ワンハンドル式に変更され、モニタ装置は前年度車より機能を追加した上で表示器を運転台計器盤に収納したが、TIOSは搭載していない。また、クハ8250番台にはブレーキ読み替え装置が設置された。運転台正面ガラス遮光パネルをカーテンに変更、ワイパーは黒色の電動式に変更した。また、車掌用非常ブレーキスイッチは引き紐式から電気スイッチ式に変更した。客室では優先席部の荷棚高さとつり革高さを低下させ、合わせて一般席部のつり革高さも低下させた。床面の主電動機点検用トラップドアは、主電動機の交流化に伴い床材で塞いだ。2004年度に更新された8257×6からは、クハ8250番台の96芯電気連結器の下に36芯電気連結器を設置したほか、D-ATS-P装置の搭載が開始された。2005年度に更新された8259×6からは戸閉解除スイッチが設置された 。その次に更新された8253×6からは左手操作式ワンハンドルマスコンの形状変更と優先席へのスタンションポールが追加設置された。その次に更新された8252×6からは、種別・行先の表示装置はフルカラーLED化された。2006年度で最後に更新した8266×6からは空気圧縮機の形式が変更された（MBU1100T-1形）。