1998年2月6日にA.J.バーネット他2選手との交換トレードで、1選手と共にニューヨーク・メッツへ移籍。同年は17勝6敗・防御率2.47を記録し、サイ・ヤング賞の投票で6位。1999年は開幕から不調で5月まで2勝5敗・防御率6.39だったが、6月に5連勝を記録するなど徐々に復調し、8月1日のシカゴ・カブス戦ではキャリアハイの15奪三振を記録。チームはワイルドカード争いでシンシナティ・レッズと同率で並び、10月4日のワイルドカード決定戦で先発し被安打2の完封勝利を挙げた。アトランタ・ブレーブスとのリーグチャンピオンシップシリーズでは第3戦に先発し、7回1失点（自責点0）の好投を見せるが、味方の援護がなく敗戦投手。第6戦では初回に5失点で1死も取れずに降板。チームは延長の末サヨナラ負けを喫し、2勝4敗で敗退した。2000年は4年ぶりにオールスターゲームに選出されたが敗戦投手となった。16勝8敗・防御率3.20・200奪三振を記録し、2年連続のワイルドカード獲得に貢献。ディビジョンシリーズ、リーグチャンピオンシップシリーズでも勝利こそ付かなかったが好投し、14年ぶりのリーグ優勝を果たす。古巣ヤンキースとのワールドシリーズでは第1戦と第5戦に先発し好投したが、1勝4敗で敗退し世界一はならなかった。2002年4月30日のアリゾナ・ダイヤモンドバックス戦で勝利投手となり、メジャー全30球団から勝ち星を挙げた最初の投手となった。その後2004年まで毎年二桁勝利を挙げるものの、チームは低迷。オフにフリーエージェントとなり、12月8日に古巣マーリンズと契約。
1996年5月11日のコロラド・ロッキーズ戦で、球団史上初のノーヒッターを達成。オールスターゲームにも初めて選出された。2年連続リーグワーストとなる119四球を与えたが、16勝12敗・防御率2.93・200奪三振の好成績をマークし、サイ・ヤング賞の投票で9位に入った。1997年は開幕から調子が上がらず、11勝9敗・防御率4.34に留まるが、チームはワイルドカードを獲得する。ディビジョンシリーズ、リーグチャンピオンシップシリーズを勝ち上がって史上初めてワイルドカードからリーグ優勝を果たす。クリービランド・インディアンズとのワールドシリーズでは2試合に先発して勝ちは付かなかったが、チームは4勝3敗で当時史上最速となる球団創設5年目での世界一に輝いた。
出家者（サンニャーシン）は遊行の旅に出るという伝統にしたがい、1890年7月に托鉢生活を始めた。コルコタを出てベナレス、アヨーディヤー、ラクノウ、アグラ、ビリンダーバン、ヒマラヤと放浪した。ラーマクリシュナの信奉者の教団の組織化を図ったが失敗に終わった。藩王諸侯の援助を得るようになり、1892年ラージャスターンのケートリ藩王アジット・シンの助言でスワミー・ヴィヴェーカーナンダを名乗るようになった。最初の弟子サラット・チャンドラ・グプタに出会い、彼は名をサダーナンダと改めて、ヴィヴェーカーナンダに従った。この期間に、ヴィヴェーカーナンダは貧民の小屋から藩王の宮殿まで様々な場所に滞在した。彼はインド、当時のイギリス領インド帝国の様々な人々に親密に接し、異なる宗教の文化と交流し、インド人の強さと弱さを観察し、インドの荒廃を目にした。支配者であるイギリス人はインドの富を吸い上げその一部を本国、インド外で消費し、インドに還元せず、何の見返りももたらさないという点で、それまでインドを支配したどのような征服者とも異なっていた。インドは豊かな自然に恵まれていたが、イギリスの支配下で搾取と後進的な農業、産業経済構造によって大部分のインド人が貧困と飢餓に苦しみ、幾度も大飢饉に襲われていた。ヴィヴェーカーナンダは、インド民衆の状況を次のように表現した。荒れ狂う疫病とコレラによる荒廃、国の生命にくいいるマラリア、第二の天性となった飢餓と半飢餓、死のような飢餓がしばしば悲劇の舞踏を踊る……三億の人間の集塊、外見が人間に近似するに過ぎない―同国人と外国諸国に踏みつけにされて命を打ち砕かれ……なんの希望もなく、過去もなく、将来もなく―…同胞の富が我慢ならない奴隷にふさわしい邪悪な性格―……強者の足の埃をなめる一方で弱者には手ひどい仕打ちをし―弱きものを自然に捕らえる醜悪で悪魔的な迷信に満ち、将来の希望もなく、―道義心の基準もなく―こうした三億の民がインドにあふれかえっている、同数の蛆が腐って臭気を発する死骸に群がるように―これがわれわれの姿であり、イギリス人官吏の目にも当然映る姿なのだ。このような絶望的な状況下で、ヴィヴェーカーナンダは観念的な教えばかりを説くインド人が多いと感じ、心の教えだけを説くのは無益であると思うようになり、師ラーマクリシュナが無駄な行いだと揶揄した社会的実践の必要性を感じるようになった。社会の平等を西洋に学び、西洋は精神的な教えをインドに学ぶべきだという信念が生まれた。1892年にインド亜大陸の最南端のカンニヤークマリに辿り着き、そこで瞑想にふけった。その岩はカンニヤークマリのヴィヴェーカーナンダ記念の岩として観光地になっている。当時、アメリカのシカゴ万国博覧会で万国宗教会議が開催されることが決まっており、ブラフモ・サマージなどから幾人か代表が選ばれていたが、正統派ヒンドゥー教は無関心を貫いており、出席しようという人はなかなか出なかった。ヴィヴェーカーナンダは、ラムナードやマイソールの藩王、それにケートリ藩王アジット・シンなどの資金援助を得て、南インドのヒンドゥー教として出席することになり、これが人生の大きな転機となる。出席の理由としては、兄弟子に次のように語っている。いいですか、先輩！この国中に広がっている極貧の状況下にあって、人々に宗教を伝道することにどんな意味がありますか。もしも私がこの国の貧困と苦悩を取り除くことに成功したならば、その時にこそ私は宗教について話そうと思います。インドの貧困者を救済する方法を見出そうとし、またラーマクリシュナの思想の伝道を目指しての参加だったと考えられている。