1935年、ジョン・フルトン（John Fulton）とカーライル・ヤコブセン（Carlyle Jacobsen）が、チンパンジーにおいて前頭葉切断を行ったところ、性格が穏やかになったと、ロンドンで行われた国際神経学会で発表したのを受け、同年、ポルトガルの神経科医エガス・モニスが、リスボンのサンタマルタ病院で外科医のペドロ・アルメイダ・リマ（Pedro Almeida Lima）と組んで、初めてヒトにおいて前頭葉切截術（前頭葉を大脳のその他の部分から切り離す手術）を行った。その後1936年9月14日、ワシントンD.C.のジョージ・ワシントン大学でも、ウォルター・フリーマン (Walter Jackson Freeman II) 博士の手によって、アメリカ合衆国で初めてのロボトミー手術が、激越性うつ病患者（63歳の女性）に行われた。当時に於いて、治療が不可能と思われた精神疾病が、外科手術である程度は抑制できるという結果は、注目に値するものであって、世界各地で追試され、成功例も含まれたものの、特にうつ病の患者の6%は手術から生還することはなかった。また生還したとしても、しばしばてんかん発作・人格変化・無気力・抑制の欠如・衝動性など、重大かつ不可逆的な障害が起こっていた。しかし、フリーマンとジェームズ・ワッツ (James W. Watts) により術式が「発展」されたこともあり、難治性の精神疾患患者に対して、熱心に施術された。1949年にはモニスにノーベル生理学・医学賞が与えられた。しかし、その後、抗精神病薬の発明とクロルプロマジンが発見されたことと、ロボトミーの予測不可能な副作用の大きさと人権蹂躙批判が相まって規模は縮小し、精神医学ではエビデンスが無い禁忌と看做され、廃止に追い込まれる。また、モニス自身もロボトミー手術を行った患者に銃撃され重傷を負い、諸々の施術が（当時としては）人体実験に近かった事も含め、医学倫理上の槍玉に挙げられ、外科手術が廃れる事になる。
当時の標準的なロボトミーの術式は、前側頭部の頭蓋骨に小さい孔を開け、ロイコトームと呼ばれたメスを脳に差し込み、円を描くように動かして切開するというものであった。前頭前野と他の部位（辺縁系や前頭前野以外の皮質）との連絡線維を切断していたと考えられる。前頭前野は、意志、学習、言語、類推、計画性、衝動の抑制、社会性などヒトをヒトたらしめている高次機能の主座である。
クロノ達が折れていたグランドリオンを別の時代の力を借りて復活させ、グランドリオンを手にしたカエルとクロノ達は魔王城に乗り込んだ。この時、魔王はラヴォスを呼び起こす儀式中であった。しかしクロノ達と戦い、戦いのさなかでラヴォスが眠りから覚めてしまい、暴走したラヴォスの力によってクロノ達と共にゲートに飲み込まれてしまう。クロノ達とは別に古代に飛ばされた魔王は、海底神殿でラヴォスが出現するはずの瞬間に復讐のチャンスを見出し、その瞬間までの出来事を知っている彼は外套で身を覆った予言者としてジールに近づきそばに仕える身分になる。かつて、賢者ボッシュがジールの計画を邪魔しようとしたことを知る彼は邪魔されぬようボッシュを嘆きの山に監禁させた。クロノが古代に現れるがこれも追い返し、ゲートを封印した。この時、クロノ一行と遭遇した幼少時のジャキはクロノに「黒い風」による死を予言している。その後、海底神殿にてボッシュに代わりクロノが計画を邪魔しようとしたが、ラヴォスが出現。正体を現した魔王はラヴォスに勝負を挑むが、その圧倒的な力の前に敗れ、クロノも皆を庇ってラヴォスによって消滅させられる。そしてジール王国はラヴォスによって滅びることになる。サラの力によって転送された一行は生きながらえ、北の岬に佇んでいた魔王はカエル達と会う。ここで、魔王と戦うのも可能で、魔王が死ぬことになり、時間の経過と共に呪いが解けるため、エンディングでカエルは呪いが解けてグレンの姿に戻る。戦いの如何に関わらず、魔王はクロノを復活させる方法を賢者ハッシュが知っていると語る。戦わなければ、去りかけるカエルたちを呼びとめ、ラヴォスへの復讐の為彼らと手を組むことを決める。本来の歴史と違いジャキは海底神殿には行かずボッシュと共に居たが、黒い歪みに吸い込まれそうになりボッシュが助けようとするも中世に流れ着いている。また女王ジールがラヴォスの暴走に巻きこまれることなく力を手にして、海底神殿が上空に浮かぶ黒の夢になったという違いがあらわれた。中世（A.D.600）では、魔王城はラヴォスの暴走で失われたがクロノ達に敗れて逃げていたビネガーが大魔王を名乗り、現代（A.D.1000）の魔族が暮らすメディーナ村でも魔王の石像ではなく大魔王ビネガーの石像が祀られるように歴史が変わっている。魔王が中世のビネガーの館に行くと、ビネガーは魔王が人間と手を組んでいることを魔族への裏切りと非難して戦いになるが、これが後の歴史に影響して、大魔王ビネガーとして活動が無くなり祀られないだけでなく、魔族を裏切った魔王の石像が祀られることもなくなり広場にはなんの像も建っておらず、しかし魔族たちは人間との共存の道を歩むようになっている。マルチイベントの一つである黒の夢ではパーティ内に魔王がいる状態でジールと戦闘に突入するとイベントが発生し特殊な戦闘になる(戦闘時のＢＧＭも変化。通常は「ボスバトル2」だが「魔王決戦」となる)。ジール打倒後、ラヴォスへの復讐を果たすため、1999年ラヴォスの日に飛び、最後の戦いを迎える。ラヴォスを倒した後、魔王は古代に戻り、消息不明になっている姉サラを捜し始めた。