前述のようにバス事業の規制緩和により誕生したツアーバスであるが、一方で厳しい規制を強いられている高速（路線）バス事業者側からは早い段階から批判があった。両備ホールディングス（両備バス）社長の小嶋光信は、ツアーバスについて「路線バス事業まがい」の事業を「法の不備を突かれて」認めてしまったと批判しているほか、2012年発行の著書「日本一のローカル線をつくる」においても「同じ路線事業行為を行って、一方は規制されてコスト高を免れず、他方はフリーハンドで経営できるという、アンフェアな競争状態」と批判している。2005年7月の通達では「旅客数に応じた運賃収受の場合は、乗合運送の無許可営業が考えられる」「事業運営の適正化が望ましいと判断される場合は、乗合許可申請を指導する」として乗合運送の類似行為に一定の歯止めをかける方向性が示されたものの、2006年5月の道路運送法改正では第一条に「道路運送の分野における利用者の需要の多様化及び高度化に的確に対応したサービスの円滑かつ確実な提供を促進する」という文言が書き加えられたこともあってむしろツアーバスを事実上認容するような動きが加速し、2006年6月30日付の通達「ツアーバスに関する取扱いについて」では「運送の発地又は着地のいずれかが営業区域内に存在し、運送契約等が確認できれば経由地における旅客の取扱いは道路運送法上問題がない」との指針が示され、ツアーバスの運用の弾力化が図られることになり、これによってツアーバスのさらなる拡充につながったとの指摘もある。しかしながらその一方で、特に貸切バス事業者へのしわ寄せの面（上述）で問題が顕在化するようになったことから、2006年6月30日付の通達「『ツアーバス』に関する募集型企画旅行の適正化について」（平成18年6月30日国総旅振第101号、総合政策局旅行振興課長から（社）日本旅行業協会・（社）全国旅行業協会等あて通知） にて、旅行業者に対して、道路運送法・労働基準法・道路交通法等の関係法令への違反行為の教唆、幇助となる可能性がある貸切バス事業者への強要行為を行わないよう指導するとともに、乗合バスの手配旅行と誤認させるような広告の禁止・旅行契約の締結の際に旅行条件の説明を行う事・乗車券の代わりとなる契約書書面等の交付（または代替措置）を行う事・旅行代金の収受を貸切バスの乗務員ではなく旅行業者等の外務員資格保有者が行うことなどの指導を行った。しかし、2007年2月28日にあずみ野観光バスのスキーツアーバスが乗員・乗客を死傷させる交通事故が発生。事故原因が運転手の過労運転によるものとされたことから、貸切バス事業者に対して様々な指導が行われることとなった（上述）。
薄物の一重咲きで、大輪・厚物咲きの豪華さを追求する通常の菊作りとは異なり、清雅高爽な美しさを求める。花の大きさは、観賞用の菊の中では中菊だが、肥後菊の中にも大中小があり、花径は大菊で20-22センチメートル、中菊で8-10センチメートル、小菊で5-6センチメートル。花弁数は20-30枚前後で、花弁は重ならず、間が透けている。花弁には平弁と管弁があり、花色は紅、白、黄の純色。花芯は大きく明瞭である。花期は11月中旬から12月上旬。肥後菊は花壇で栽培するが、その並べ方は花色（紅・白・黄）、花弁（平弁・管弁および匙弁）、花の大きさ（大菊・中菊・小菊。草丈の高さとも一致する）によって定められている。大菊を天菊（後菊）、中菊を人菊（中菊）、小菊を地菊（前菊）として三列に植え、前菊と後菊は向かって右から「紅色の平弁、白色の管弁、黄色の平弁、……」の順、中菊は右から「黄色の平弁、紅色の管弁、白色の平弁、……」の順にする（匙弁・半管弁は管弁として扱う）。株の間隔は1尺8寸 (55cm) とし、中菊は前菊・後菊と位置をずらして前から見えるように植える。高さは、後菊が4尺5寸 (136cm)、中菊が3尺 (91cm)、前菊が1尺5寸 (45cm)、そして1本に咲かせる花の数も、後菊が7-9輪、中菊が7輪、前菊が20-30輪程度と、それぞれ細かく決まっている。植える際に平弁と管弁を繰り返すのは、陰花と陽花という区別によるもので、陰花（平弁）は「心の二本立ち」に、陽花は「心の一本立ち」にそれぞれ仕立てる。熊本におけるキク栽培は、宝暦年間に藩主細川重賢が藩士の精神教育として奨励したことで盛んになった。重賢自身も菊を愛し、「蕣・百合・雑」という写生帖の中で196種を描いている。ただし、その頃一般に観賞されていたのは厚弁の八重咲きであったとみられる。現在にまで伝わっている独特の花壇作りは、1819年（文政2年）に秀島七右衛門（英露）が著した『養菊指南車』によるものである。1887年（明治20年）には「愛寿会」が結成された。愛寿会も肥後菊を門外不出としていたが、1929年（昭和4年）に会規を改め一般にも開放された。品種数は90から100品種ほど。熊本市では、観光課内に肥後菊保存会を置き、代々の熊本市長が会長として肥後菊の保存・管理にあたっている。保存団体は肥後菊保存会（熊本市役所観光課内）と、愛寿会（会員約40名）がある。