1985年に『人間観の転換―マルクス物神性論批判』で経済哲学の面で、人間を身体やそこに宿る人格だけに限定せず社会的諸事物や環境的自然まで包括し、人間を存在のあり方を示す言葉として捉える新しい人間観に到達し、2006年にはそれを『ネオヒューマニズム宣言』で普遍的な人間観、世界観として広めようとした。しかしサルカール派の人間愛を動植物や無機物にまで及ぼすネオヒューマニズムという用語がアメリカでは定着しているので、2018年から「包括的ヒューマニズム」という言葉に置き換えた。1999年刊『キリスト教とカニバリズム』三一書房、2000年刊『イエスは食べられて復活した』社会評論社によると、キリスト教の福音書を精神分析することによって、「イエスの復活」を最後の晩餐での指示に従って、贖罪の十字架の後に弟子たちがイエスの肉と血を聖餐したことによって、全能幻想が肥大化して、イエス復活の共同幻想を見たことに由来することを突き止め、「聖餐による復活」仮説を唱えている。21世紀に入り、梅原猛研究をきっかけにして日本古代史研究にのめり込み、上古の歴史は現存する同時代の文字史料がほとんどないので、「歴史知」という「歴史を見るメガネ」を使って解明すべきだとした。つまり記紀などの矛盾点を精査し、他の文献や考古学的史料と突き合わせながら、できるだけ皆が納得できる歴史像を作り上げるという方法である。それは科学知とまでは言えないけれど、皇国史観などの歪んだ歴史理解を訂正し、建国史の概観を得ることができる。2015年刊『千四百年の封印　聖徳太子の謎に迫る』社会評論社および2019年『天照の建てた国☆日本建国12の謎を解くー万世一系の真相』によると、その方法で、七世紀初めに、主神を天之御中主神から天照大神に、大王家の祖先神を月讀命から天照大神に差し替え、はじめからそうだったように説話を改変したことを突き止めたのである。その際に神を差し替えるという瀆神の罪を厩戸王は摂政として一身に引き受け、しかもその改革したことを封印したとした。この封印を解くことで、三貴神による三倭国建国という建国史の端緒が解明される。つまり天照大神が河内・大和倭国(原「日本国」)を、月讀命が筑紫倭国を、須佐之男命が出雲倭国を建国し、その興亡が上古史を彩ることになる。原「日本国」は饒速日一世の時に大国主命の出雲帝国に滅ぼされるも、宇摩志麻遅命(饒速日二世)によって再建されたが、その一世紀後に筑紫倭国の一豪族磐余彦大王によって滅ぼされ、大和政権が成立した。この政権は主神天之御中主神、祖先神月讀命だったので日本国ではない。七世紀初頭聖徳太子の摂政期に太陽神の国になったことで日本国が再建されたのである。これまで三貴神を人間である現人神として捉えることがなかったので、建国史の端緒は語れなかったのだという。これは神話史観ではないかという懸念もあるが、大八洲の初期国家は神政政治として成立せざるを得なかったとしたら、一つの仮説として成立する可能性を指摘している。
「日本にいつキリスト教が到来したか？」という日本の歴史上の問いに関しては、ネストリウス派キリスト教（中国で景教と呼ばれたもの）が5世紀頃、秦河勝などによって日本に伝えられたとする説・研究がある。ただし、歴史的証拠や文書による記録が少なく、はっきりしない点も多い。歴史的・学問的に見て証拠が多く、日本史の文部科学省検定済教科書で、キリスト教の日本への最初の伝来となっているのは、「1549年にカトリック教会の修道会であるイエズス会のフランシスコ・ザビエルによる布教」である。戦国時代のさなかであり、当初は、ザビエルたちイエズス会の宣教師のみで、キリスト教の日本布教が開始された。宣教師たちは、日本人と衝突を起こしながらも布教を続け、時の権力者織田信長の庇護を受けることにも成功し、順調に信者を増やした。しかし豊臣秀吉の安土桃山時代には、勢力を拡大したキリスト教徒が、神道や仏教を迫害する事例が増え[要脚注]、これを憂慮した秀吉は、バテレン追放令を発布し、宣教を禁止した。しかし、この時は南蛮貿易の利益が優先され、また下手に弾圧すると、九州征伐で平定したばかりの九州での反乱が考えられたため（当時の日本では、特に宣教開始の地である九州地方でキリシタン大名や信者（キリシタン）が多かった）、本格的な追放は行われず、宣教活動は半ば黙認されていた。だが、サン＝フェリペ号事件が起きたころ、秀吉はキリスト教の本格的な弾圧を開始した。やがて時代が移り、関ヶ原の戦いで勝利を収めて豊臣政権に代わって、天下統一を成し遂げた徳川家康の江戸時代には、一時的に布教は認められた。しかし、その後は江戸幕府が禁教令を出し、キリスト教を禁教として鎖国政策を採ったため、宣教師はもちろん、外国人も許可無しでは日本に入国できなくなった。一方で檀家制度を整備して、キリスト教徒をあぶり出すため、庶民に踏み絵を踏ませた。その間、江戸時代の末まで、一部の信者たちが密かにキリスト教の信仰を伝えていくこととなった。この信者たちのことは隠れキリシタンと呼ばれている。やがて明治維新が起き、江戸時代は終わった。明治には欧米列強と不平等条約を結ばされ、諸外国と対等になろうと必死であった明治政府は日本の近代化を図り、政治・法律・経済・軍事など、西洋式に倣ってあらゆる分野の改革を断行した。その中には、キリスト教の布教許可も含まれており、完全ではなかったものの信教の自由が法的にも保障された。以後、キリスト教は再度日本での布教を開始していった。戦国時代ではカトリックが主であったが、明治以降はプロテスタントや正教会など、各派が布教を行った。この時、クリスマスなどのいくつかの行事が日本に持ち込まれ、日本の文化の一つとして定着していった。第二次世界大戦が始まると、「敵国の宗教」ともみなされたキリスト教も神道や仏教など他の宗教と同じく、大本営から戦争協力を命じられ、それを拒絶した宗教団体は、特別高等警察から徹底的に弾圧されることとなった。第二次世界大戦が終わると、日本ではほぼ完全な形での信教の自由が日本国憲法で（第20条）保障され、不自由のないキリスト教の布教が開始された。現在、キリスト教の文化は日本の文化に様々な影響を与えている。しかし、日本は公的機関が宗教の割合を詳しく調査していないので不明な点もあるが、キリスト教の信者そのものは、カトリック・プロテスタント・正教会の全てを合わせても、日本人全体の1%前後程度といわれている。文化庁の宗教年鑑では、信者数で1%となっている。また、CIAの調査によると、日本のキリスト教徒の割合は2%ほどと推定されている。東京基督教大学の日本宣教リサーチによれば、2014年の日本のキリスト教人口は約104万人で、日本の全人口のうち、0.82%となっている。2018年も信者数の概数は105万人で、対人口比で0.83%で、概数は変わっていない。各国の宗教団体には普遍的に見られることだが、日本のキリスト教団体も、教義や伝道方法への考え方の相違、行動方針や政治的主張を巡っての対立があり、多くの諸団体に分かれている。それぞれの団体は、協力、もしくは対立関係にある。