WWFのように巨大な組織と資金力をもつ団体は、硬直化した官僚的なヒエラルキーや、それによる無能さ・非効率さをしばしば批判されている。たとえば、WWFは貴重な生物多様性をもつボルネオ島の中心的なエリア（ハート・オブ・ボルネオ）での生態系保全プログラムを実施しており、WWFの責任者はそのプログラムの成果を喧伝している。しかし現地の専門家はこれについて「現場での成果を何一つあげていないと思う」と述べており、森林の消失や野生サイの減少を止めることには役立っていない、という。シュピーゲル紙によれば、WWFは巨額の資金援助を受け、1970年代から継続してインドのトラの保護を続けている。しかしトラの減少は止まらず、当初の4,000頭から1,700頭まで激減した。それにもかかわらずWWFはインドでのトラ保護プログラムを「成功」と見なし、「WWFの努力がなければ今頃は絶滅していた可能性が高い」と述べている。またスマトラ島では、WWFは熱帯雨林保護の成果を強調しているものの、実際には「熱帯雨林保護区」が広がっただけで、その中の森林は減少している。野生生物の保護に成功していない一方で、保護区域内の住民は住居を奪われ、「自然保護難民」と化しているという。シュピーゲル紙によればアフリカだけで過去1,400万人の自然保護難民が発生したとされ、同紙は「新植民地主義」として批判している。
WWFジャパンは「パンダショップ」と称する物品販売事業によって収益をあげている。扱う商品はファッション、雑貨、食品、キッズ・ベビー用品などさまざまである。WWFのHP上には、パンダショップの収益は「すべて環境保全活動に役立てられている」との説明がある。ただしここでいう収益とは、一般的な用法とは異なり、物品販売部門の純利益分、すなわち売上高から、物品の仕入れや保管にかかる経費のほかに、通販サイト運営の費用、カタログや商品の配送にかかる費用、パンダショップのスタッフの人件費などをすべて引いた残額のことである。ウェブサイトによれば2010年以前の数年間の平均値は、年間の売上高が1.5〜2億円ほどであり、そのうち純利益分は10〜15%であったというが、その後の状況については記載がない。実際には、2011年から2014年まで物品販売事業の収支は赤字であったため、この期間にはパンダショップの売り上げは「環境保全活動に役立てられて」いなかった。その後、販売分析を基にした商品企画によって高額オリジナル商品が次々とヒットしたため、2015年には5年ぶりの黒字決算となり、2016年には目標の115%に相当する収入を実現した。ただし消費者の払う金額の何パーセントが「収益」（＝物品販売事業による純利益）として「環境保全活動に役立てられ」たのかについては記載がない。また、パンダショップが実際に「収益」をあげた年であっても、その使途が具体的に何であり、他の利益とどう異なるのかについては、公式の事業報告書やHPには説明がない。
WWFアメリカのトマス・ラブジョイは、1984年に自然保護債務スワップと呼ばれる金融取引を考案した。初めて行われたコスタリカとの取引で、WWFは三倍の投資効果を実績として収めている。一方、巨大ダムの建設などの開発計画に借款を与えることにもなるため、本来の目的である債務と自然保護の交換ではなく、結局、環境負荷の大きい大規模開発計画を促進しているだけではないかとの指摘もある。WWFは、2000年に、金融商品を開発するためウォール街から金融コンサルタントを雇い入れ、次世代の自然保護・金融モデルの開発を任務とした自然保護金融センター（The Center for Conservation Finance）を立ち上げた。WWFは債務スワップと信託基金を通してレバレッジを行ない、市場変化のイニシアチブを介した自然保護金融を推奨している。
関東地区における初回の視聴率は2.1%（第1部）・1.9%（第2部）だった。開始1週目から一部パートまたは両パートで1%台を複数日記録する、前番組『知りたがり!』より数字が下がるなど、大きく低迷しているが、フジテレビの2013年4月度定例会見において、フジテレビ社長（当時）の豊田皓は「新しいので定着するのに少し時間がかかる」と分析している。また、低視聴率により局内外から本番組を対外的に「サゲるテレビ」と揶揄されたりしていた。フジテレビの2013年5月度定例会見において、豊田はその現状を認め、「重点的にテコ入れをしていきたい」と明かし、同年6月10日から軽部投入などの大幅リニューアルが敢行された。そのリニューアル前の2013年5月の月間平均視聴率は2.1%、同年6月も最高視聴率は2%台、リニューアル後の2013年6月10日から7月4日までの平均視聴率は2.3%となっているなど、テコ入れ効果は出ていない。フジテレビの2013年7月度定例会見において、フジテレビ社長（当時）の亀山千広は相変わらず苦戦している現状を認め、「一進一退。一生懸命、鉱脈を探しているところ」と語っている。その会見時に読売テレビ制作・日本テレビ系列『情報ライブ ミヤネ屋』との違いから「フジテレビはもうワイドショーをやらないのか?」の質問も飛んだが、亀山は「情報番組としての体を採っているのは好感を持っている」とし、会見に同席したフジテレビ常務取締役編成制作局長の大多亮も「（『ミヤネ屋』と）差別化したい。全然違った視点から山を登りたい。」と補足している。しかしながら、低迷する視聴率が上向かないことから、フジテレビは情報番組としては異例の僅か半年で打ち切りを決定した。（以前に放送されていた『わかってちょーだい!』と同様となった。）なお、同年9月30日以降、前座番組『東海テレビ制作昼の帯ドラマ』枠は終了時刻が14:00に復され、フジテレビにおける14:00 - 16:50枠は2時間ドラマや連続ドラマの再放送枠『ドラマチックα』となるが、他の系列局では同時間帯に自主編成を行うことから、14:00 - 14:58はネットワークセールス枠からローカルセールス枠に変更された（末記のそれぞれの時間枠における「次番組」の項目を参照）。