海岸線に近づくにつれて樹木はまばらになり、浜と森の間に植生のグラデーションが見られる。海にもっとも近い場所には白い砂丘が広がり、これらは植生の被覆が少なく流動的である。移動する砂丘はほとんどの植物種にとっては有害であるが、一方で海への近さによって、藻類の分解などを通じて養分ももたらされる。ビーチグラスが特徴的な種であり、この環境に完全に適応している。砂に覆われると生長が促進されるため、常に砂丘よりも高い位置にいることができるのである。ビーチグラスの地表下の部分は、このため、数メートルの長さに達することもある。こうしたビーチグラスの多くは20世紀に海岸の砂丘を安定化させるために入植されたものであるが、元々島には生息していた種であった。白い砂丘におけるビーチグラス以外の特徴的な植物としては、ライムグラス、ハマエンドウ、カレックス・アレナリア（スゲの一種）、国内の他地域では20世紀に劇的に減少したエリンギウム・マルティマム（ヒゴタイサイコ属の一種）などがある。海のもっとも近くに生息する種は、ハマハコベやノハラヒジキ、カキレ・マリティマ、ホソバハマアカザなどの塩分に耐性のあるものである。海から離れるにつれて、砂丘は植物の被覆のために白色から灰色を呈するようになる。こうした砂丘は養分が少ないが、草木に固定されているため比較的安定している。そこかしこにビーチグラスやカレックス・アレナリアが生えており、またコリネフォラス・カネッセンス（イネ科）や苔、地衣類（ハナゴケ）も見ることができる。砂丘の窪地には局地的に湿気が溜まりやすく、比較的豊かな植生を育くんでいる。例えばセイヨウユキワリソウ、Dactylorhiza fuchsii（ハクサンチドリ属）、Epipactis atrorubens（カキラン属）、Epipactis palustris（カキラン属）などである。ブリェドサンドスッデ（Bredsandsudde）の南西部のドゥンシェーレト（Dynkärret）は砂丘の中でも草花に富む湿地の1つである。西部と北東部には、灰色の砂丘と森に挟まれてブルイェンという地域があり、地表が小石に覆われている。植生は極めて貧相でほとんど地衣類しか見られないが、クマコケモモやオウシュウマンネングサ、ヨウシュイブキジャコウソウ、エゾノチチコグサなども見られる。過去10年間に、沿岸部のほうまで松林が広がり始めたが、これは砂丘の固定化によって、松の生育を妨げる堆砂が減少したためであると考えられる。ゴツカ・サンド島を代表する動物の1つはハイイロアザラシで、特にセールッデン（Säludden; 文字通り「アザラシの浜」の意）でよく見られる。バルト海のハイイロアザラシは大西洋の生息地からは孤立しており、20世紀初頭には10万頭いたものが、乱獲と汚染のために1975年には3,600頭にまで激減した。こうした理由で島のアザラシは禁猟化されている。スウェーデンの沿岸部では再び生息数が増加しつつあるが、かつての水準には遠く及ばない。島で観察することはできるが、生息数は比較的少なく繁殖数は限られている。アザラシに加えて沿岸部には海鳥も多くみられ、ニシセグロカモメやカモメ、ミヤコドリ、ハジロコチドリ、タゲリ、そしてやや稀少だがホンケワタガモなどの繁殖地となっている。ブリェドサンドスッデはとりわけ鳥類が多い。さらに、樹林と同様に沿岸部の昆虫も多様かつ独特である。この区域に特徴的な種には、砂に地下穴を掘って幼虫を育てるサトジガバチや種々の有剣類（ハナバチやミツバチ）、彼らを閉じ込める蟻塚、砂で日中を過ごし夜に獲物をとる甲虫類などがある。
2月20日、別府晋介の大隊が川尻に到着。熊本鎮台偵察隊と衝突し、これを追って熊本へ進出した。21日、相次いで到着した薩軍の大隊は順次、熊本鎮台を包囲して戦った。22日、早朝から熊本城を総攻撃した。昼過ぎ、西郷が世継宮に到着した。政府軍一部の植木進出を聞き、午後3時に村田三介・伊東直二の小隊が植木に派遣され、夕刻、伊東隊の岩切正九郎が乃木希典率いる第14連隊の軍旗を分捕った。一方、総攻撃した熊本城は堅城で、この日の状況から簡単には陥ちないと見なされた。夜、本荘に本営を移し、ここでの軍議でもめているうちに、政府軍の正規旅団は本格的に南下し始めた。この軍議では一旦は篠原らの全軍攻城策に決したが、のちの再軍議で熊本城を長囲し、一部は小倉を電撃すべしと決し、翌23日に池上四郎が数箇小隊を率いて出発したが、南下してきた政府軍と田原・高瀬・植木などで衝突し、電撃作戦は失敗した。これより、南下政府軍、また上陸してくると予想される政府軍、熊本鎮台に対処するために、熊本城攻囲を池上にまかせ、永山弥一郎に海岸線を抑えさせ、篠原国幹（六箇小隊）は田原に、村田新八・別府晋介（五箇小隊）は木留に、桐野利秋（三箇小隊）は山鹿に分かれ、政府軍を挟撃して高瀬を占領することにした。しかし、いずれも勝敗があり、戦線が膠着した。3月1日から始まった田原をめぐる戦い（田原坂・吉次など）は、この戦争の分水嶺になった激戦で、篠原国幹ら勇猛の士が次々と戦死した。このような犠牲を払ってまで守っていた田原坂であったが、20日に、兵の交替の隙を衝かれ、政府軍に奪われた。この戦いに敗れた原因は多々あるが、主なものでは、砲・小銃が旧式で、しかも不足、火薬・弾丸・砲弾の圧倒的な不足、食料などの輜重の不足があげられる。これらは西南戦争を通じて薩軍が持っていた弱点でもある。こうして田原方面から引き上げ、その後部線を保守している間に、上陸した政府背面軍に敗れた永山弥一郎が御船で自焚・自刃し、4月8日には池上四郎が安政橋口の戦いで敗れて、政府背面軍と鎮台の連絡を許すと、薩軍は腹背に敵を受ける形になった。そこで、この窮地を脱するために、14日、熊本城の包囲を解いて木山に退却した。この間、本営は本荘から3月16日に二本木、4月13日に木山、4月21日に矢部浜町と移され、西郷もほぼそれとともに移動したが、戦闘を直接に指揮しているわけでもないので、薩摩・大隅・日向の三州に蜷踞することを決めた4月15日の軍議に出席していたこと以外、目立った動向の記録はない。薩軍は浜町で大隊を中隊に編制し直し、隊名を一新したのち、椎葉越えして、新たな根拠地と定めた人吉へ移動した。4月27日、一日遅れで桐野利秋が江代に着くと、翌28日に軍議が開かれ、各隊の部署を定め、日を追って順次、各地に配備した。これ以来、人吉に本営を設け、ここを中心に政府軍と対峙していたが、衆寡敵せず、徐々に政府軍に押され、人吉も危なくなった。そこで本営を宮崎に移すことにした。西郷は池上四郎に護衛され、5月31日、桐野利秋が新たな根拠地としていた軍務所（もと宮崎支庁舎）に着いた。ここが新たな本営となった。この軍務所では、桐野の指示で、薩軍の財政を立て直すための大量の軍票（西郷札）がつくられた。