東京に戻った燁子は「出戻り」として柳原家本邸へ入れてもらえず、母・初子の隠居所で監督下に置かれ、門の外に一歩も出ることのない幽閉同然の生活となる。挨拶以外にほとんど誰とも口をきかない生活の中、姉・信子の計らいで古典や小説を差し入れてもらい、ひたすら読書に明け暮れる日々が4年間続いた。その間、再び燁子の意向と関わりなく縁談が進められ、結納の日取りまで決められるが、燁子は家を飛び出し、品川の乳母の家に走った。しかし、乳母の増山くには燁子の幽閉中に死去していた。家出した燁子を信子が庇い、兄・義光夫妻の元に預けられる。1908年（明治41年）、兄嫁・花子の家庭教師が卒業生であった縁から、東洋英和女学校（現・東洋英和女学院高等部）に23歳で編入学し、寄宿舎生活を送ることとなる。この頃、信子の紹介で佐佐木信綱主宰である短歌の竹柏会に入門する。最初の結婚で華族女学校の中退を余儀なくされた燁子には、再び学ぶことができる幸せな学園生活であった。女学校ではずっと年下の生徒たちとも打ち解け、中でも後に翻訳者となる村岡花子とは親交を深め、「腹心の友」となり、信綱を花子に紹介している。また、慈善事業に関心を持つなど見聞を広めた。1910年（明治43年）3月、東洋英和女学校を卒業した。
2002年、画家・戸嶋靖昌と出会い、肖像画制作を依頼する。以後、執行草舟の肖像画は全部で6点、「巌の草舟」、「夜の草舟」、「春の草舟」、「夢の草舟」、「黒の草舟」、「魅せられたる魂―執行草舟の像―」。2004年、バイオテック株式会社 大阪支店を開設。2007年、戸嶋靖昌が亡くなり、800点に及ぶ作品と遺品、稲城市にある居宅兼アトリエを譲り受け保存することになる。戸嶋靖昌記念館を設立、戸嶋靖昌の長男が名誉館長となる。2008年、MIHO MUSEUM で開催された「大和し美し」展（9月2日-12月14日）、千葉市美術館にての同題展（2009年4月4日-5月10日）に執行草舟コレクションの安田靫彦作品を出品。2010年、最初の著作、実践哲学エッセイ『生くる』と詩歌随想集『友よ』が講談社より出版される。この二冊は、1994年から10年に亘り刊行された社内報が講談社の目に留まり、出版の運びとなった。また2010年、ニューオータニ美術館「安田靫彦―花を愛でる心―」展、川崎市市民ミュージアム「安田靫彦―歴史画誕生の軌跡―」展（両展同時開催：3月13日‐4月18日）に、執行草舟コレクションの安田靫彦作品を出品。2011年、バイオテック株式会社 新本社ビルを千代田区麹町に竣工ならびに本社移転。本社ビル内に執行草舟コレクション及び戸嶋靖昌記念館 常設展示場を開設する。月刊オピニオン誌『正論』に、執行草舟の連載インタビュー「根源へ」が掲載される。当時の『正論』編集長 桑原聡によるインタビューが二年間に亘って行なわれた。2013年、『正論』インタビューを元にした哲学・文学エッセイ『根源へ』が講談社より出版される。2015年、書店「読書のすすめ」の店長清水克衛との対談本『魂の燃焼へ』が、イースト・プレスより出版される。府中市美術館「武蔵府中 炎の油画家5人」展（5月16日-7月5日）に戸嶋靖昌の作品を出品。駐日スペイン大使館「孤高のリアリズム―戸嶋靖昌の芸術―」展（11月5日‐11月28日）に戸嶋靖昌の作品を出品、入場者数5,000人を超え、スペイン大使館史上最高の入場者数となる。ワック株式会社の雑誌『歴史通』（隔月誌）に自身の半生を語ったインタビューが、二年に亘り連載される。2016年、『孤高のリアリズム―戸嶋靖昌の芸術―』が講談社エディトリアルより出版される。戸嶋靖昌の生涯とその芸術が一冊になっており、また、國學院大學教授 小池寿子による論文が寄稿されている。執行草舟コレクションの真髄とその作品を紹介した『憂国の芸術』が講談社エディトリアルより、老いることを問うた一冊『耆に学ぶ』（共著：清水克衛、吉田晋彩、西田文郎、寺田一清）がエイチエスより出版される。2017年、バイオテック株式会社ならびに日本生物科学株式会社の社名を変更。株式会社 日本生物科学（旧 バイオテック株式会社）、株式会社 日本菌学研究所（旧 日本生物科学株式会社）となる。㈱日本菌学研究所の本社工場竣工および本社移転。㈱日本菌学研究所は「かわさきマイコンシティ」に設立される。また、雑誌『歴史通』に連載された自身の半生を語ったインタビューが『おゝポポイ！―その日々へ還らむ―』（PHP研究所）に纏められる。また、『「憧れ」の思想』（PHP研究所）が出版され、イエローハット創業者、鍵山秀三郎の目に留まり『すぐに結果を求めない生き方』（鍵山秀三郎著、PHP研究所）のまえがきで紹介される。スペイン国営セルバンテス文化センターにて「戸嶋靖昌の見たスペイン」展（5月12日‐6月10日）を主催する。2018年、日西外交樹立150周年記念、サラマンカ大学創立800周年記念として、『情熱の哲学―ウナムーノと「生」の闘い―』（佐々木孝著）を監修、またミゲール・デ・ウナムーノの長編宗教詩『ベラスケスのキリスト』（安倍三﨑訳）を監訳する。サラマンカ大学付属日西文化センター、皇后美智子さまホールにて「いま、ウナムーノを問う―日本人画家 戸嶋靖昌によるオマージュ―」展（5月17日- 6月15日）、駐日スペイン大使館にて「いま、ウナムーノを問う」展（9月12日-10月9日）を主催。また、臨済宗円覚寺派管長 横田南嶺老師との対談が雑誌『衆知』に掲載され、『対談 風の彼方へ―禅と武士道の生き方―』（PHP研究所刊）へと纏められた。また神戸大学医学部生 佐堀暢也との対談『対談 夏日烈烈―二つの魂の語らい―』が刊行される。