フランス革命が1789年に勃発した際には荒廃した状態で、革命勢力によって強奪・破壊された。1791年に反革命派の虐殺現場となり、遺体は旧宮殿に投げ込まれた。ナポレオン政権下では、兵舎や刑務所として使用された。フランス第三共和政などの軍事占拠で馬小屋等として利用された際には、フレスコ画など多くが破壊された。
教皇のローマ帰還の可能性は全期間を通じて、常に高まりを見せていた。ルネサンスの詩人としてつとに有名なペトラルカ、あるいは「聖女」として知られていたドミニコ会修道女のシエナのカタリナらからの強い請願もあり、1367年から1370年にかけて、アヴィニョン教皇は経済力と軍事力を蓄積した上で一時ローマに復帰した。そして1377年、ようやく正式に教皇のローマ帰還は実現にいたった。しかしその後、枢機卿団は再度分裂し、フランス人教皇グレゴリウス11世がローマの民衆からひどい非難を浴びてアヴィニョンに戻り、クレメンス7世からベネディクトゥス13世にいたる教会大分裂の時代には、再びアヴィニョン教皇庁が利用された。1398年に、ローマ教皇庁派フランス貴族ゲオフレユ・ボウキカウトの率いる軍が下水道から潜入後、戦闘を行い教皇庁を占拠しようとしたが叶わず。3か月の戦闘後、アヴィニョンを占領し対立教皇ベネディクトゥス13世が住むアヴィニヨン教皇庁を5年間包囲した。その後、対立教皇が宮殿を取り戻した（しかし1410年から1411年まで再包囲される）が、1433年にローマ教皇庁の財産となった。
ローマ教会とフランス王国の対立における中立派として教皇に選出されたボルドー司教のクレメンス5世は1309年、フィリップ端麗王の干渉の下でのローマ入城を諦め、気に入った滞在先を求めてフランス中を旅した。そして結局、一度もローマを訪れることなく、プロヴァンス伯領内にあり、現在は南仏ヴォクリューズ県の県庁所在地となっているアヴィニョンのドミニコ会修道院に落ち着き、そこに教皇庁を仮設した。続くヨハネス22世、ベネディクトゥス12世、クレメンス6世の3教皇は、アヴィニョンに城砦風の大宮殿と市街を取り囲む城壁の建造を進め、1348年、プロヴァンス女伯（兼ナポリ女王）ジョヴァンナが8万フローリンにものぼる金貨でアヴィニョン全市を購入、次のインノケンティウス6世の在位期間のうちに、難攻不落をめざした教皇領都市の建設が完遂した。ベネディクトゥス12世はまた、アヴィニョンに図書館を設置する事業に取り組んでいる。3教皇は同時に、教会組織における行政、司法、財政の諸改革を進めてそれぞれの機関も整備拡充され、南仏の金融活動や商工業とも結びついて、百年戦争であえぐフランス王国の窮乏を尻目に、それとはまったく対照的な隆盛と繁栄のときを迎えた。さらに、貧しい学生の支援に力を入れ、各地に大学を創設した教皇ウルバヌス5世や、同様に学芸の保護者として活動したグレゴリウス11世の時代には、クレメンス6世以降導入された優美なパリ風の宮廷文化とヒューマニズムが花ひらき、当時のヨーロッパ文化の一大中心地となり栄えた。なお、宮殿のうち「旧宮殿」はベネディクトゥス12世が旧司教館を取り壊させて同郷のミルポワ出身のピエール・ポアソンに依頼して築いたものであり、それに対しクレメンス6世がイル＝ド＝フランスの建築家ジャン・ド・ルーヴルに命じて築かせたのが「新宮殿」である。
2012年8月2日の入団テストを経て、25日に古巣のオリンピック・リヨンと1年契約を締結した。初出場を飾った9月2日のヴァランシエンヌFC戦 (3-2) では、マキシム・ゴナロンと中盤でコンビを組んで10ヶ月もの無所属を感じさせない程のプレーを見せると、出場2試合目となった16日のACアジャクシオ戦 (2-0) では75分から出場してリサンドロ・ロペスの得点をアシスト、10月4日のUEFAヨーロッパリーグ 2012-13でのハポエル・イロニ・キリヤット・シュモナFC戦 (4-3) で93分にコーナーキックでグエイダ・フォファナの決勝点、21日のスタッド・ブレスト29戦で素晴らしいチップキックによって57分のバフェティンビ・ゴミスの得点をアシストといったように量産し、11月4日のスタッド・ジェルランでのSCバスティア戦 (5-2) では、ジミー・ブリアンへのアシストに加え、その2分後の95分にペナルティーキックで移籍後初得点にして11年ぶりのリヨンでの得点を挙げた。その後も、11日のソショー戦 (1-1) でゴナロンの先制点、次のRCランス戦 (3-0) で90分にリサンドロ・ロペスの得点をアシストしていき、28日のオリンピック・マルセイユ戦 (4-1) でアレクサンドル・ラカゼットのクロスからボレーシュートで移籍後2得点目を挙げ、12月12日のASナンシー戦でミシェル・バストスの同点弾に対してリーグ通算6度目のアシストを記録する活躍が評価されて同月に契約を2014年6月まで延長した。年が明けた2013年最初の試合となった1月12日のトロワAC戦 (2-1) で11分にコーナーキックからゴナロンの先制点をアシストした。2014年3月14日のUEFAヨーロッパリーグ 2013-14でのFCヴィクトリア・プルゼニ戦 (4-1) では、開始早々失点する厳しい展開の中でフォファナ、ラカゼット、アルノール・ムヴェンバの得点をそれぞれアシストした。5月28日に契約を2016年までの2年延長した。2016年夏に、契約満了に伴いクラブを退団した。