しかしAIDS患者のような免疫不全の患者ではクリプトスポリジウム症は長引くかまったく治らず、しばしば慢性で劇症の水様下痢とそれに伴う腸管からの栄養吸収機能の低下が起こる。これにより脱水・電解質平衡異常・栄養不良・体力消耗と進行し、最終的には死亡する。AIDS患者に感染した場合の死亡率は CD4 マーカー値に依存する。1立方ミリメートルあたり180細胞以上の患者は一般に対症療法や投薬により回復するが、50細胞以下の患者では3か月から6か月ほどで死に至る。ミルウォーキーでの流行（最大の流行）の際には、クリプトスポリジウム感染1年以内に50細胞以下の患者の73%と50〜200細胞の患者の36%が死亡している。現在のところ、免疫不全患者の免疫状態を改善することが最善の策である。プロバイオティックとして Saccharomyces boulardii（アメリカでの商標は Florastor、イギリスでは DiarSafe）が薬局で販売されており、これはクリプトスポリジウムを含む様々な感染症による下痢に対する自然療法として効果があるとされる。
クリプトスポリジウムによる腸炎に対する有効な治療法はないため、対症療法を行う。下痢による脱水に対して水分投与が必要である。経口投与で構わないが、まれに点滴が必要となる場合もある。食事は可能なかぎり無乳糖食とすべきである。抗生物質は通常は役に立たないが、重篤な疾病を有する患者あるいは免疫系が弱っている患者には使用される。再発することがある。パロモマイシン・アトバコン・ニタゾキサニド・アジスロマイシンが使われる場合がある。
入浴後、糞便に接触した後、食事前の注意深い手洗いは予防効果がある。水道水の安全性に懸念がある場合には沸騰させる。長時間（たとえば15分）煮沸する必要はなく、水を一旦沸騰させればクリプトスポリジウムのオーシストは死滅する。注意深く濾過することでも飲水可能となるが、沸騰させるほうが簡便で特別な装置も必要としない。
症状は感染後2-10日で認められ2週間程度続く。水様性下痢のほか、胃痛、腹痛、まれに発熱が認められる。不顕性感染を示す場合もあるがその場合でも他者へ伝染させることができる。症状が治まっても数週間は他個体への感染を引き起こすことがある。重症化すると膵炎などの疾病を引き起こし得る。
土壌や水、未調理もしくは感染者・感染動物の糞便に接触して二次的に汚染された食物などにより感染する。経口感染を引き起こし、仕事や余暇などで体と淡水が常時接触するような人の間で蔓延しやすい。プールなどでの水遊び、汚染された水道水や食物が原因となりうる。クリプトスポリジウムのオーシストは塩素系漂白剤などの消毒剤に高い抵抗性があるため蔓延しやすい。保育施設でのおむつの交換によるアウトブレイクも発生している。2018年にアメリカ疾病対策センターが発表した報告書によれば、2000年から15年の間にプールや温浴施設の水を原因として発生した集団感染493件のうち、58%はクリプトスポリジウムであった。
古事記には、景行天皇の皇子であるヤマトタケルによるクマソタケル（熊襲建、川上梟帥）の征伐譚が記され、日本書紀においては、それに加え、ヤマトタケルに先立つ景行天皇自身の征討伝説が記される。特に前者は、当時小碓命と名乗ったヤマトタケルが、女装しクマソタケル兄弟の寝所に忍び込み、これらを討ち、その際に「タケル」の名を弟タケルより献上されたという神話で有名である。
景行朝の記述として、熊襲は頭を渠師者（イサオ）と呼び、2人おり、その下に多くの小集団の頭たる梟師（タケル）がいたと記している。大和王権は武力では押さえられないので、イサオの娘に多くの贈り物をして手なずけ、その娘に、父に酒を飲ませて酔わせ、弓の弦を切り、殺害した（ヤマトタケルが弟彦（オトヒコ）という武人を美濃国に求めた神話においても、敵を酔わせて殺害する戦法を取っている）。
天明元年（1781年）9月、旗本稲葉正明は安房・上総国内で3000石の加増を受けた。正明は山城淀藩の分家の出身で、徳川家治のもとで小姓組番頭・御側申次と出世を重ねて田沼意次と共に権勢を振るった人物である。正明は旧領の7000石と合わせて1万石の諸侯に列し、館山藩が立藩された。天明5年（1785年）1月、正明はさらに安房・上総国内で3000石を加増されて都合1万3000石となる。しかし、翌年に家治が没して意次が失脚すると、正明もその余波を受けて3000石を没収され、出仕停止処分となった。寛政元年（1789年）7月、正明は隠居して子の稲葉正武が後を継いだ。正武の代の寛政3年（1791年）、城山の南麓に館山陣屋が建設されている。正武は文化9年（1812年）3月に隠居して家督を子の稲葉正盛に譲ったが、正盛は文政2年（1819年）12月、大坂加番中に29歳で死去し、翌年に長男の稲葉正巳が後を継いだ。正巳は有能な藩主であり、幕末期の動乱の中で徳川慶喜の信任を得て若年寄、老中格、海軍総裁、陸軍奉行、大番頭、講武所奉行などを歴任し、幕府海軍の創設や外交問題などに大きな功を挙げた。明治元年（1868年）の戊辰戦争では、正巳は幕府の役職を全て辞して隠退し、家督を稲葉正善に譲った上で新政府に恭順しようとしたが、榎本武揚率いる旧幕府海軍が館山湾から、上総請西藩などの旧幕府方が陸からそれぞれ侵攻してくるなど、館山藩は苦難を極めた。しかし正巳はこれを乗り切り、新政府に恭順した。正善は翌年の版籍奉還で藩知事となった。明治4年（1871年）の廃藩置県で館山藩は廃されて館山県となり、正善が県知事となった。同年11月14日、館山県は木更津県に編入されて廃された。明治17年（1884年）の華族令公布に伴い、正善は子爵に叙せられた。