1988年（昭和63年）2月28日、当時の社長・佐治敬三が述べた「東北は熊襲の産地。文化的程度も極めて低い」との差別発言が問題となり、国会の予算委員会でも取り上げられる事態となった。東北地方で不買運動が起こるなど、この問題は後年まで同地方で尾を引くことになった。
1989年、サフィニア販売で進出。2002年（平成14年）にサントリー本体から事業を分割。子会社のサントリーフラワーズが引き継いでいる。世界初の青いバラ開発などが有名。
外食産業は、居酒屋「響」「膳丸」「鳥どり」・レストラン「パパミラノ」（上場子会社ダイナックによる運営）や、カフェの「プロント」といった各種飲食店を東京や大阪などに展開している。これらの店舗で取り扱われるビールをはじめとする酒類や、ウーロン茶などのソフトドリンク類は、もっぱらサントリーグループ各社の製品である。また海外ブランドの酒類・飲料が扱われる場合も、同社グループが輸入・ライセンス扱いを行っているものが中心である。なおサンドイッチの「サブウェイ」（2016年から2018年にかけて株式を売却）のように、2018年現在は既に経営から撤退しているものもある。中食事業にも参入を示し、2008年1月17日には、トンカツ店の「まい泉（まいせん）」を展開し、惣菜・カツサンドなどを販売する井筒まい泉株式会社 の買収を発表した。
主にセサミン（ゴマ由来の成分）や黒酢を使用したサプリメント商品を提供。また、これに関連したテレビ通販番組をいくつか持っている。DHAを使用したサプリメント商品など種類が増えている（後述）。また2010年より、酒類製造で蓄積した酵母研究をもとに開発された、エイジングケア用基礎化粧品「F.A.G.E.（エファージュ）」シリーズの通信販売も行っている（キャッチコピーは「肌は、まだ、まにあう。」）。これらの事業は「サントリーウエルネス株式会社」が担当している。
大阪府三島郡島本町に山崎蒸溜所、南アルプス・山梨県北杜市に白州蒸溜所を持ち、日本初の本格的なウイスキー「ホワイト」（発売当初の名は「白札」、1929年出荷開始）や、「サントリー角瓶」（発売当初の名は「サントリーウヰスキー十二年」、1937年出荷開始）をはじめ、「トリスウイスキー」（1946年出荷開始、1961年の懸賞キャンペーン「トリスを飲んでHawaiiへ行こう!」が流行語に）、「サントリーローヤル」（1960年出荷開始）、「山崎」、「響」などを製造販売している。ウイスキー製造業者としては日本最大手である（2005年現在）。ウイスキー製造立ち上げ時の山崎工場長は後のニッカ創業者竹鶴政孝である。竹鶴は鳥井信治郎の長男・吉太郎の帝王教育も引き受けている。日本のウイスキーメーカーとしては初めて本格的にロシア市場へ参入し、2006年10月からはロシアの輸入販売代理店「VELD21」を通して、ロシア市場で本格的にウイスキーの販売を開始。
ワインを除く酒類事業については、従来製造・販売の統括会社「サントリー酒類株式会社（初代）」と、その子会社である販売会社「サントリービア&スピリッツ株式会社」が担当していた。2014年5月1日（日本時間）にサントリーホールディングス株式会社が米ビーム社の買収を完了し、ビーム社はビーム サントリーに社名変更してアメリカを含めた全世界におけるスピリッツ事業（ウイスキーなど）を統括することとなり、サントリー酒類株式会社（初代）は日本国内市場を担当することとなった。また、同年10月1日付の組織再編に伴って、サントリー酒類株式会社（初代）はスピリッツ事業とビール事業に分割し、同社はスピリッツ事業の専業会社となるとともにビーム サントリーの傘下に入り経営統合。ビール事業は新設の「サントリービール株式会社」に分社化された。併せて、販売会社のサントリービア&スピリッツ株式会社はワイン事業会社のサントリーワインインターナショナル株式会社から営業部門が移管され、酒類の販売部門が統合された。更に、前述の2014年10月の組織再編に伴う事業内容の変更に伴って、2015年1月1日付で、スピリッツ事業製造・正規輸入会社のサントリー酒類株式会社（初代）は「サントリースピリッツ株式会社」に、ワインを含めた酒類販売会社のサントリービア&スピリッツ株式会社は「サントリー酒類株式会社（2代目）」にそれぞれ社名変更した。
2012年6月1日、2週間前に退任したケニー・ダルグリッシュ監督の後任としてリヴァプールFC監督に就任することが明らかとなった。同日に行われた就任記者会見では、同クラブのジョン・ヘンリーオーナーが「ブレンダン・ロジャーズのリヴァプール監督就任は、ピッチ内外でサポーターが興奮できるようなクラブを築くためのもっとも重要なステップのひとつである」と述べた。かつてロジャーズがアシスタントコーチを務めたジョゼ・モウリーニョも、「アイディアを持ち合わせており、意見の交換や共有に積極的な指導者だった」と語ってロジャーズのリヴァプール監督就任を喜んだ。2013-14シーズンには、終盤のマンチェスター・シティ戦の勝利を含めた怒涛の11連勝により自力優勝の可能性が出たところで、36節にチェルシーとの大一番を迎えた。モウリーニョとの師弟対決となった一戦だったが、前半終了間際にスティーヴン・ジェラードが足を滑らせたところをデンバ・バにかっさらわれ先制を許す。後半途中からは古巣対戦となるダニエル・スタリッジを投入して攻勢に出たものの、前掛かりになりすぎたところをこちらも古巣対戦のフェルナンド・トーレスとウィリアンに突かれ万事休す。再びシティに首位の座を譲ってしまい、コップの念願であるプレミア初制覇を惜しくも達成することができなかった。しかし、2009-2010シーズン以来のUEFAチャンピオンズリーグの出場権を手にした。2015-16シーズンは、8試合を終えた時点で3勝3敗2分の10位と苦戦。10月4日に行われたプレミアリーグ第8節エヴァートンとのマージーサイド・ダービーを引き分けで終えた約3時間後に、リヴァプールから解任された事が発表された。