ホヤは日本、韓国、フランスやチリなどで食材として用いられている。海産物らしい香りが強く、ミネラル分が豊富である。日本では主にマボヤ科のマボヤ（Halocynthia roretzi）とアカボヤ（H. aurantium）が食用にされている。古くからホヤの食用が広く行われ多く流通するのは主に東北地方北部沿岸の三陸地方。水揚げ量の多い石巻漁港がある宮城県では酒の肴として一般的である。また北海道でも一般的に食用の流通がある。多いのはマボヤであり、アカボヤの食用流通は北海道などであるが少ない。東京圏で食用が広まり多く流通するようになったのは近年である。中部地方以西・西日本各地では、2016年時点においてもなお極少ない。食用に供される種であるマボヤは、日本では太平洋側は牡鹿半島、日本海側は男鹿半島以北の近海産が知られる。天然物と養殖により供給されている。特にワタと呼ばれる肝臓や腸には独特の匂いがあり、これを好む者はワタごと調理し、苦手な者はワタを除去すると独特の匂いがかなり抑えられる。ホヤの中の水（ホヤ水）にもホヤ特有の香りがあり、刺身を作る際はホヤ水を使って身を洗ったり、独特の香りを好むものは、醤油の代わりにホヤ水にワタを溶いたものをつけて食べる。新鮮なホヤはあまり臭わないが、鮮度落ちが早く、時間が経つにつれて金属臭もしくはガソリン臭と形容されるような独特の臭いを強く発するようになる。冷たい海水に浸しておくと鮮度が落ちにくい。首都圏で出回るものは鮮度が悪く全体に独特の匂いが強まっており、好き嫌いが分かれる要因のひとつとなっている。ホヤを好む人は、五つの味（甘味、塩味、苦味、酸味、うま味）を兼ね備えると形容し、形から「海のパイナップル」に譬えられることもある。独特の風味が酒の肴として好まれ、刺身、酢の物、焼き物、フライとして調理され、塩辛、干物に加工される。また、このわたと共に塩辛にしたものを莫久来（ばくらい）という。
Kott（1992）ら別の分類体系を主張するものもあるが、ここではN.Satoh著"Developmental Biology of Ascidians"（1994）に紹介されているものを用いる。和名は日本海洋データベースに基づく。
ホヤの属する脊索動物門には、ヒトを含む脊椎動物亜門が含まれており、遺伝子を操作したホヤを使えば、脊椎動物が進化する過程の再現実験にも利用できる。カタユウレイボヤ（Ciona intestinalis）は組織の構造が単純で成長が早く、養殖が可能で安価に入手できるなど実験動物としての利点が多数あるため、生物学において発生学の発生のモデル生物として用いられる。東京大学大学院理学系研究科附属臨海実験所ではナショナルバイオリソースプロジェクト事業に基づいてカタユウレイボヤの野生型個体を供給している。2002年にはドラフトゲノム配列が決定された（Dehal et. al.,）。動物としては7番目となる。さらに近縁種のユウレイボヤ（C. savignyi）でもゲノムプロジェクトが行われている。
ホヤの卵は「モザイク卵」として知られている。つまり、初期発生中の割球を解離したり破壊すると、決まった運命の組織にしか分化しない（Conklin;1905など）。加えて受精後すぐの卵に明確な境界がみられ、それぞれの領域が将来の各組織に受け継がれることから、母性細胞分化決定因子の存在が示唆されてきた。筋肉細胞分化決定因子について、細胞質移植実験などにより、特にその存在が研究され(Deno and Satoh; 1984, Marikawa et. al., 1995)、2001年にNishida and Sawadaによりマボヤからmacho-1が同定された。ただし、筋肉や表皮などは、自立分化能を持つが、脊索は誘導を必要とすることが示されている（Nishida;2005など）。発生中の各割球が将来どの組織に分化するかを示した「細胞系譜」は、マボヤではNishidaらによって詳細に示されている（Nishida;1987など）。
また、川合貞吉は「或る革命家の回想」の中で尾崎秀実の通州事件に対する見解を記している
それによれば尾崎は、「あれは君、支那民族の怒りの姿だよ、眠れる獅子が目を醒まして咆哮した姿だ
冀東地域へ入りこんでいる日本人に碌な奴はいない
 淫売、破落戸（ごろつき）、事件屋　―　そんな連中が兵隊の威力をかりて威張り散らし、 悪辣極まることをして土着民を絞り虐待しているんだ
そういう政策を押し進めている日本の民度の低さに罪があるんだ
」と述べた
中国の文学者・巴金は、「通州事変の起こりも、このようなところから、一つの解釈をくだすことができます
『皇軍』の威圧とあなたの国の官民の辱しめのもとで二年近い屈辱の日々をすごした保安隊が、反抗の旗じるしをかかげ、もはやこれ以上とてもがまんしきれないというところまで来て、ついに悲憤の炎を燃えあがらせたのです
人数も少なく、ろくな武器もない軍人たちが、置かれた状況の劣悪さを顧みるいとまもなく、血と肉とをもってみずからの自由と生存とをかち取るために立ち上がったのです
混戦のさなかには、一人一人の生命が傷つき失われることはすべて一瞬の出来事です
細かいことにまで気を遣ってはいられなくなって、復仇の思いがかれらの心を捉えてしまったのでしょう
血がかれらの眼をふさいでしまうこともありうることです
抑圧されていた民衆が立ち上がって征服者に抵抗する時には、少数の罪もない者たちが巻き添えをくって災難に遇うということも、また避けがたいことです
まして、このたびの死者は、ふだんからその土地で権柄ずくにふるまっていた人たちでしたし、しかもその大半は、ヘロインを売ったり、モルヒネを打ったり、特務工作をしたりしていた人たちなのです
ある外国通信社の電報によると、通州事件の起こった前の日には、四百人の保安隊の兵士たちが、不穏の建議をもってあなたの国の『皇軍』によって銃殺された、ということも、わたしたちは聞き知っています
そうなれば、それに対する報復の行為であったと解釈することもできないことではありません」「通州事件を生み出した直接の原因は、それこそ、あなたの国の軍閥の暴行なのであって、抗日運動もまた、あなたの国の政府が長年のあいだつづけて来た中国の土地に対する侵略行為によってうながされたものなのです
あなたがたの『皇軍』こそが、みずから抗日教育を普及し、抗日意識を植えつけ、抗日感情を扇動したのです
あなたがたこそが、飛行機を使い、大砲を使い、火を使い、刀を使って、中国の民衆を教育し、かれらに『抗日』が生存を求めるためのまず第一の手順であることをはっきりさせたのであって、決して中国人が生まれながらにして抗日の感情を持っているわけではありません」と述べた