テレビアニメ版の第3期で全13話。第2期とは対照的に、第3期はアニメ版オリジナルの要素が少なく、大半が原作に沿った話となっている、しかしながらアニメオリジナルストーリーが原作のストーリーに挟まれており、その点ではオリジナルの要素のうちストーリーは決して少なくはない。なお、OP前やED後に比較的長い話を挟むなど、テレビアニメとしては珍しい手法を使っている。制作は第2期と同じくアスリードだが、一部のスタッフや、キャラクターデザイン・舞台美術・背景といった作画などが異なっている。第2期と同じく正月の話から始まっているものの、必ずしも放送時期に季節を合わせず、第1期と同様に季節が進んでいく。なお、この第3期では季節が1周以上経過したが、登場人物全員が第1期や第2期と同じ学年のままである。
テレビアニメ版の第2期で全13話。上記の第1期『みなみけ』が終わってすぐに放送されたのだが、第1期とはアニメ製作会社が異なり、音楽関係以外の主要スタッフが異なっている上に、キャラクターデザイン・舞台美術・背景といった作画なども異なっているため、『みなみけ』が第1期で、この『みなみけ〜おかわり〜』が第2期と区別されている。第1期では3姉妹の住むマンションが煉瓦壁で高級マンション風の外観だったのに対し、この第2期では公団住宅式の簡素な外観に変わり、団地のような別棟が存在するようになった。第1期では別々だったカナとチアキの部屋も、第2期ではパーティションで仕切っただけの大きな1つの部屋に変更されている。学校施設関連なども第1期とは異なっている。時系列は第1期の最終話の大晦日の直後、正月から春ごろまでの話となっているため、冬の話がメインとして描かれている。フユキなどアニメオリジナルのキャラクターやエピソードが追加され、原作に存在するエピソードにも変更が加えられているものがあるため、オリジナル要素が非常に強い。また、主要キャラクター以外の人物の大部分がシルエットとなっている。
テレビアニメ第1期『みなみけ』が2007年10月から12月まで、テレビアニメ第2期『みなみけ〜おかわり〜』が2008年1月から3月まで、テレビアニメ第3期『みなみけ おかえり』が2009年1月から3月まで、テレビアニメ第4期『みなみけ ただいま』が2013年1月から3月まで、それぞれ放送された。第1期から第3期まではテレビ東京系列で放送され、第4期はTOKYO MXなどの独立局ほかにて放送された。第1期から第4期ではそれぞれ、制作スタッフの一部や、キャラクターデザイン・舞台美術・背景といった作画などが異なっている。また、コミック各巻の限定版にはオリジナルアニメーションDVD (OAD) が同梱されている。これまでには、2009年6月にはコミック第6巻限定版として『みなみけ べつばら』、2012年10月にはコミック第10巻限定版として『みなみけ おまたせ』、2013年8月にはコミック第11巻限定版として『みなみけ 夏やすみ』がそれぞれ発売されている。なお、関連番組としてアニメイトTVにて配信されたインターネットラジオ番組『みなみけのみなきけ』がある。
古くから引手力命神社が祀られてはいたものの大瀬崎一帯は長らく無住地で、周辺住民も漁業や温州みかんの栽培、薪炭生産などで生計を立てていた。伝承では、鎌倉時代末期頃、北条高時に味方して護良親王と戦った鈴木繁伴が鎌倉幕府が倒れた際にこの地に潜伏したとされ、以降この地一帯を支配する江梨鈴木氏として続いた。戦前には海軍音響研究部大瀬崎実験所が設置されていた。1950年頃になると海水浴客が増加し、1953年に県道が大瀬崎まで延長され路線バスも運行されるようになったために、地元民により海の家や民宿が経営されるようになった。観光事業が本格化したのは東海道新幹線三島駅の開業や東名高速道路、西伊豆スカイラインの開通が相次いだ1970年頃からで、1980年頃にはダイバーが訪れるようになった。前述の養浜事業により遠浅となり海水の透明度が増したため、1982年頃からは急速にダイバー数が増加した。1983年には大瀬崎で最初のダイビングサービスが開業したが、増加するダイバーと地元漁協の衝突も多くなった。このため一般ダイバーやダイビングサービス関係者、潜水団体関係者からなる「大瀬崎潜水利用社会（現在の大瀬崎潜水協会）」が設立され、地元漁協との協議と調整の結果、1985年に正式に大瀬崎にダイビングスポットが開設された。。その後はスクーバダイビングの人気と共に日本を代表するダイビングスポットとなったが、1993年に漁協がダイバーに対して徴収している「潜水料」の是非を巡って一部のダイバーが漁協に対し訴訟を起こす「大瀬崎ダイビングスポット裁判」が起こった。現行漁業法における共同漁業権に、元来的な入会権の側面が認められるかという争点を孕んだこの裁判は注目を浴び、1995年の静岡地裁の一審で原告側が棄却、東京高裁での二審で「潜水料徴収に法的根拠なし」として原告側が勝訴、さらに2000年4月に最高裁判所により「審議不尽」であるとして高裁差し戻しとなるなど判決も二転三転したが、2000年11月の東京高裁の判決で原告の訴えが棄却された。この判決により全国のダイビングスポットにおける潜水料の徴収に正当性が与えられることとなったが、その根拠は潜水券の購入に際する一定の合意の有無であり、争点とされた入会権に関しては結論が出されることはなかった。なお、1969年には、友人らとバイクで海水浴に来た東京都江戸川区の高校2年生が、夜中にトイレに行くと言って、バンガローから外へ出たまま戻らない失踪事件が起きており、特定失踪者問題調査会や警察は北朝鮮に拉致された疑いを否定できない失踪者（特定失踪者）として情報を求めている。