マウナ・ロアの主な火山活動による危険は溶岩流である。たいていの溶岩流は人が歩くペースぐらいで前進し、ほとんど人命に対する危機とはならない。しかしマウナ・ロアの噴火はキラウエアより激しくなることもある。例えば、1984年の噴火では、キラウエアの現在の噴火が3年で排した量と同程度の溶岩を3週間で排出した。こうした高い排出率の場合、溶岩流は比較的速く流れる。マウナ・ロアの2つの噴火により村が破壊されたことがある。1926年、ホオプロア・マカイ村 (Hoʻōpūloa Makai) が溶岩流に飲み込まれた。1950年、マウナ・ロアで観察史上最大量の噴出が発生し、放出された溶岩流が海に突進した。1950年6月2日、ホオケナ・マウカ村 (Hoʻokena Mauka) が前進する溶岩流によって破壊された。ヒロ地区は、その一部が1880年の噴火からの溶岩の上に構築され、さらなる溶岩流の危険にさらされている。短期間ではあったものの激しい1984年の噴火では、溶岩流がヒロ地区に向かって流れたものの、噴火が止まった時点ではどの建物にも溶岩流は到達してなかった。
ハワイ島における火山噴火が死者を出すことは滅多にない。20世紀に起こった火山活動が原因の死者は1924年にキラウエアで発生した一件のみである。このとき、通常見られない爆発的噴火が飛ばした岩石が見物人に当たり、一人が死亡した。マウナ・ロアは防災十年火山の一つであった。これは頻発する噴火と居住地域への近さに鑑みて特別の調査に値すると認定されたことを意味する。この火山の近くにある多くの町と村が過去200年に噴出した溶岩の上に構築されていて、将来の噴火が居住地域に損害を与える可能性は非常に高い。
キラウエアはマウナ・ロアの南麓に位置し、かつてはマウナ・ロアの衛星火口だと考えられていた。しかし、2つの火山が作る溶岩が化学的に異なることは、浅い部分にそれぞれ別のマグマ溜りを持つことを示す。ただし、両火山の活動パターンは相関しているとも解釈できる。2つの火山間の分かりやすい相関として、一方の火山活動が活発な時期と他方の活動がおだやかな時期がそれぞれ重複するということである。たとえば、1934年から1952年の間、キラウエアは休止しマウナ・ロアだけが活発であったが、1952年から1974年の間は、キラウエアが活発でマウナ・ロアが休止していた。1984年のマウナ・ロアの噴火はキラウエアが噴火している間に始まったが、キラウエアの噴火への影響は認識されなかった。しかし火山活動の間どうしに相関があるように火山がもう一方の活動に影響するように見えることもときどきある。最近のマウナ・ロア山頂の膨張はキラウエアのプウ・オオ火口における新しい大規模な溶岩流が停止したのと同じ日に始まった。地質学者たちはマウナ・ロア深部のマグマ供給系に注入されるマグマの「パルス」がキラウエア内部の圧力を増大させて噴火の引き金を引くのかもしれないと示している。
この火山は1984年以来休止している。地震活動は2002年まで低いままだったが、2002年に突然に膨張が始まって、カルデラ壁は年間5 cmの速度で離れはじめている。これは山頂の約5.0 km下にあるマグマ溜まりにマグマが補充されつつあることを示すと考えられている。この膨張は間欠的で、ときどき膨張速度が落ち、時には数週間停止することもある。しかし、これまでのところ膨張は常に再開しており、これは数年以内に噴火が起こる可能性が高いことを示している可能性もある。膨張は地震活動の増大にともなって起こっている。群発する深い地震は2004年7月に始まり、この年の終わりまで続いた。地震は最初の3週間は1日に1回の割合で検知されていたが、その後しだいにその数を増し、年末には1日に15回程度になった。群発地震は2004年12月に終わり、それ以来地震レベルは穏やかに上昇しているのみである。
2001年（平成13年）にウッズホール海洋生物学研究所を退職してからは自宅に研究室を作り研究を続けている。2007年（平成19年）1月に「緑色蛍光タンパク質 (GFP) の発見と生命科学への貢献」により、2006年度朝日賞を受賞。2007年長崎大学名誉校友の称号を受ける。2008年（平成20年）に、「緑色蛍光タンパク質 (GFP) の発見と開発」によって、マーティン・チャルフィー、ロジャー・Y・チエンと共にノーベル化学賞を受賞。2008年（平成20年）ウッズホール海洋生物学研究所特別上席研究員および名古屋大学特別招へい教授就任。2009年（平成21年）名古屋大学特別教授。2009年（平成21年）1月1日付で福知山市名誉市民。3月21日に佐世保市名誉市民、翌22日に長崎県名誉県民顕彰を受ける。また、母校の一つである佐世保南高校に顕彰碑が建立された。2010年（平成22年）4月2日 オワンクラゲで縁がある鶴岡市立加茂水族館（別名クラゲ水族館）で、一日名誉館長を務めた。2010年（平成22年）4月6日には母校の長崎県立諫早高校に銅像建立、同年4月7日には長崎大学にメダルのレプリカを貸与している。2014年（平成26年）には、下村家の親族の墓所がある埼玉県深谷市から深谷市親善大使に委嘱された。2018年10月19日6時15分、老衰のため、長崎市で死去。90歳没。叙従三位。