公開句会「東京マッハ」のメンバーの一人であり、俳句同人「傍点」の主催。2014年には初の句集『春のお辞儀』を刊行した。また2019年度のNHKの俳句番組『NHK俳句』にて毎月第二週の選者を担当している。2008年までは「長嶋肩甲」という俳号を使っていた。
ブルボン小林名義での漫画評論の活動も活発で、『週刊文春』でコラム「マンガホニャララ」を隔週で連載していた（2019年に連載中止）。2010年から小学館漫画賞、2012年から手塚治虫文化賞の選考委員も務める。2011年には漫画制作ソフト「コミPo!」を使用し、ウェブコミック配信サイト『ぽこぽこ』（太田出版）にて初の漫画作品『フキンシンちゃん』を連載、後に単行本化した。
同人作家としても活動しており、2006年に柴崎友香、名久井直子、福永信、法貫信也とともに同人誌『メルボルン1』を、2008年に第2弾『イルクーツク2』を刊行。また2007年にはブルボン小林名義で『スポンジスター』を刊行している。
2001年に5つの文芸誌に同時に応募、このうち『文學界』に送った『サイドカーに犬』が第92回文學界新人賞を受賞し、小説家デビュー。同作で第125回芥川賞候補となる。2002年、「猛スピードで母は」で第126回芥川賞受賞。2003年、『タンノイのエジンバラ』で第29回川端康成文学賞候補。2004年、『夕子ちゃんの近道』で第30回川端康成文学賞候補。2007年、『夕子ちゃんの近道』で第1回大江健三郎賞受賞。同年『サイドカーに犬』が根岸吉太郎監督により映画化。また2008年に『ジャージの二人』が中村義洋監督により映画化された。2016年、『三の隣は五号室』で第52回谷崎潤一郎賞受賞。2009年から2011年まで群像新人文学賞の選考委員を務めた。2016年、再婚。2017年（第123回）からは文學界新人賞の選考委員を務めている。
埼玉県草加市生まれ。幼少期に両親が別れ、母の故郷である北海道へと移り、登別市や室蘭市で育つ。登別市立幌別西小学校、室蘭市立港南中学校、北海道室蘭清水丘高等学校普通科を経て、東洋大学2部文学部国文学科を卒業。少年時代には漫画やライトノベルを好んで読んでいたが、図書局に所属していた高校時代に高橋源一郎『ジョン・レノン対火星人』を読んで文学の自由さを知る。また色川武大の短編「連笑」（短編集『百』所収）を読んで、「要約できないものを書くのが文学だ」と気付かされる。1990年代半ばからASAHIネットのパソコン通信に出入りし、「パスカル短篇文学新人賞」に応募するなどしていた。1997年にシヤチハタに就職し、結婚（のちに離婚）。ネットで知り合った仲間と俳句の同人に参加するようになり、その中の一人には川上弘美がいた。1998年に「ブルボン小林のインテリ大作戦」というウェブサイトを立ち上げる。投稿作品が予選通過や佳作を取るようになったため1999年に会社を辞め、作品執筆に専念する。2000年にASAHIネット時代からの友人が立ち上げたメールマガジンにコラムを連載し、フリーライターとして活動を開始。
『聖家族』の構成は、レオナルド・ダ・ヴィンチの絵画『聖アンナと聖母子』の下絵の影響を多少なりとも受けている。『聖アンナと聖母子』の初期の下絵同様、ミケランジェロが描いた聖家族は押し込むように小さなスペースにまとめられ、ダ・ヴィンチの肖像画に良く見られる左右対称の三角形の構図が採用されている。ミケランジェロはフィレンツェでダヴィデ像を制作していた1501年に、ダ・ヴィンチが描いた『聖アンナと聖母子』の下絵を目にしていたことがわかっている。また、『聖家族』はシニョレッリの作品で、ウフィツィ美術館所蔵のメディチ家の聖母マリアとの関連性も指摘されている。シニョレッリを賞賛していたミケランジェロはこの作品もおそらく知っており、そのアイディアを自身の作品にも取り入れたいと考えた可能性が高い。シニョレッリの『聖母マリア』は『聖家族』と同じ円形画で、地面に直接マリアが座り、その背景に裸体の男性たちが描かれている作品である。このような類似点は古代の紅縞メノウのカメオや、15世紀のドナテッロの円形彫刻にも見られる。例えば円形だったり、筋肉の表現手法、男性のような身体のマリアなどであり、当時フィレンツェのメディチ・リッカルディ宮殿に所蔵されていたこれらの作品をミケランジェロが目にしていても不思議ではない。『聖家族』に描かれたマリアの右腕はカメオに彫刻されたサテュロスの腕に酷似し、さらにカメオのサテュロスの肩には幼児が乗せられており、これは幼児キリストがマリアの肩にある構図と非常によく似ている。古代彫刻『ラオコーン像』にも影響を受けていると指摘する学者たちもいる。1506年に発掘されたこの彫刻はミケランジェロにとって馴染み深いものだった可能性がある。『聖家族』の背景に描かれた裸体の男性たちのポーズや肉体表現は、『ラオコーン像』の蛇に巻きつかれて身体をよじっている男性像によく似ている。さらに額縁から立体的に突き出している5つの頭部は、ルネサンス初期の彫刻家ギベルティのフィレンツェ、サン・ジョヴァンニ洗礼堂の扉彫刻『天国への門』などにも見られるように、当時よく使われたモチーフだった。そしてこの彫刻をミケランジェロが絶賛していたことはよく知られていた。