紀元前466年に鳥海山が噴火し、発生した大規模な山体崩壊による流れ山が日本海に流れ込み、浅い海と多くの小さな島々ができあがった。やがて堆積作用の結果、浅海は砂丘によって仕切られて潟湖ができた。そして小さな島々には松が生い茂り、風光明媚な象潟の地形ができあがった。東西の長さは20町（約2200m）、南北の長さは30町（約3300m）をそれぞれ超える程度であった。古の時代より九十九島・八十八潟が景勝地、歌枕の地として知られ、古今和歌集や新古今和歌集などにも当地を詠んだ歌がある。江戸時代には「東の松島 西の象潟」と呼ばれ、松尾芭蕉の『奥の細道』（1689年）でも松島は笑ふが如く、象潟は憾（うら）むが如しと評され、象潟や雨に西施がねぶの花 と詠まれた。また、芭蕉は西行を偲んでこのおくのほそ道を紀行しており、そして、その芭蕉を偲んで与謝蕪村、小林一茶もこの象潟を訪れた記録があるなど、俳人らの巡礼地となっていた。しかし文化元年（1804年）の象潟地震で海底が隆起し、陸地化した。その後、本荘藩の干拓事業による水田開発に飲まれ、歴史的な景勝地は消されようとしていたが、当時の蚶満寺の住職・二十四世全栄覚林の機転や命懸けの呼びかけによって、後に保存運動が高まり、今日に見られる景勝地の姿となった。なお、正岡子規は、この隆起後の景観を訪れているという。現代も102の小島が水田地帯に点々と残されており、当時のまま九十九島という名称が付けられている。蚶満寺境内からつながる一部地域には往復5～7キロに及ぶ遊歩道（一部は農道と兼用）が設けられており、島を巡ることができる。とりわけ田植えの季節で、一帯の田圃に水が張られると、往年の多島海を髣髴とさせる風景が浮かび上がり、当時の光景を偲ぶことができる。道の駅象潟ねむの丘の展望台から、この九十九島を望むこともできる。象潟郷土資料館では、地震前の象潟の再現模型が展示されている。にかほ市文化財保護課では「象潟さんぽみち」と題した、島々の位置・形状・名称を記した大変便利な地図を作成しており、象潟郷土資料館のホームページから入手できる。長崎県佐世保市の九十九島は当地を語源として平戸松浦氏が付けた名称と言われている。
高松・宇野航路については、2010年2月12日、同航路を運航する四国フェリーと国道フェリーの両社がそろって、高速道路の大幅割引のため経営が成り立たない事を理由に、同年3月26日最終便をもって航路の運航を終了することを発表した。この決定に先立ち、両社での事業統合も模索したが交渉が決裂していた。同航路に従事する従業員は船員65人を含めた97名で、同社によると、航路撤退による人員削減は避けられずグループ内で雇用できるのは一部にとどまるとした。しかし、同年3月4日、国道フェリーが国土交通省四国運輸局に申請していた航路廃止届を取り下げたのに引き続き、その後を追うようにして、四国フェリーもまた廃止届を取り下げたことから、宇高航路は2社体制のままで当面の間運航されることとなった。その後、2012年8月24日に国道フェリーが同年10月18日から休止することを四国運輸局に届け出をおこない（既に同社は同年6月から終夜運航を廃止し減便していた）、届け出通りに運行を休止した。これにより宇高航路については当面現状のまま運航を継続することを表明している四国フェリー1社のみとなった。なお、これに先立ち10月1日から運賃を改定した。一般旅客は390円から670円と71%の値上げ、自転車・二輪車・軽自動車・乗用車も数百円の値上げとなる。2014年6月19日、同年4月から実施された高速道路料金の改定でトラックの利用が大幅に減ったことなどを理由に、同年7月16日から深夜・早朝便を廃止して22往復から14往復に減便すると発表し、国土交通省四国運輸局に運輸計画の変更を申請した。新ダイヤでは高松・宇野発ともに7:00始発、最終便が20:00となり、これにより、高松・宇野航路で行われていた24時間運航は約50年で取りやめとなった。2015年1月29日:この日開催された第9回「宇野高松間地域交通連絡協議会」で、四国フェリーは、高速道路料金改定の影響が「想定以上」で前年7月の減便後も月2千万円程度の経常赤字が続いているとした。協議会終了後、四国フェリー社長は、このままではさらなる減便も検討せざるを得なくなるとの見解を示すとともに、2月1日から普通車と軽自動車限定で船内の駐車スペースを事前予約可能とするサービスを開始すると表明した。2015年3月1日からは14往復から10往復に減便し、2016年12月には、2017年4月1日から5往復に減便することが明らかとなった。これを受けて香川県・岡山県・高松市・玉野市は2015年から実施している航路への財政支援を2017年度以降年3000万円から1500万円に減額することを決めた。2019年5月の報道では、1隻体制への減便後も2017年度は年間5000万円の赤字を計上し、燃料費が高騰した2018年度は約1億円程度の赤字が見込まれるとしている。また、「宇野高松間地域交通連絡協議会」は2016年12月以降開催されていないとも報じられた。