この暗殺事件はフツの過激派からはツチと講和による戦争終結を求めるフツ穏健派に対する大量殺戮計画を実行に移すためのシグナルとして捉えられた。ここから勃発したルワンダ虐殺による犠牲者数は一般に80万人と推計されている。これに対しRPFは侵攻を開始し、1994年8月までにルワンダ全土を掌握し新政権を樹立した。周辺諸国に逃れた難民はUNHCRの推計で210万人に達したが、これは一部にはRPFの報復を恐れたためであると共に、ジェラール・プルニエなどは「難民キャンプをルワンダ奪還に向けた軍事拠点にしようとする旧フツ政権指導部による計画的な疎開であり、その意味では戦争の継続だった」としている。この結果、大湖沼地域難民危機 (en) は著しく政治性と軍事性を高め、1996年にRPFによる隣国ザイール（当時。現コンゴ民主共和国）との国境地帯の難民キャンプに対する越境攻撃が始まるに至った。この尖兵となったコンゴ国内の反体制派コンゴ・ザイール解放民主勢力連合（仏略: AFDL, 英略: ADFL）はモブツ政権の転覆を謀り（第一次コンゴ戦争）、1997年5月にザイールのモブツ・セセ・セコ政権は打倒され、国名はコンゴ民主共和国に改められた。1998年、コンゴの大統領となったローラン・カビラはより従順な政権を求める諸外国から支持を失い、新たな内戦状況に陥った。これから生じた第二次コンゴ戦争 (1998-2003) には8ヵ国が介入し、犠牲者数において第二次世界大戦以来最悪の武力紛争となった。その後も内戦の完全な沈静化には至らず、犠牲者数は540万人とも言われる。一方で、ンタリャミラ大統領の死去は前年から内戦が再発していたブルンジの状況をも悪化させたが、これはルワンダ、コンゴの状況悪化と相互に関連して、互いに煽り煽られる様相となった。2005年に挙国一致政権が樹立されるまでに30万人以上が犠牲となった。4月6日の暗殺に続く何れかの時点で、ハビャリマナ大統領の遺体はザイールのモブツ・セセ・セコ大統領の下に移送され、ザイール（現コンゴ民主共和国）のバドリテに位置する非公開の安置所で保管された。モブツ大統領は遺族に対し最終的には遺体をルワンダに正式に埋葬すると約束した。1997年5月12日、ローラン・カビラ率いる反体制派コンゴ・ザイール解放民主勢力連合 (ADFL) がバドリテに迫ったことから、モブツ大統領は防腐処理の施された遺体を輸送機でキンシャサに移し、キンシャサ国際空港のエプロンに駐機した輸送機内で三日間待機させた。モブツ大統領は反体制派による冒涜を危惧して遺体を火葬することとしたが、中部アフリカには火葬の習慣がないため、国内に定住していたインド人のヒンドゥー教司祭に祭儀を委ねた。モブツ大統領がザイールから逃亡する前日の5月15日に火葬が執行された。
郡庁所在地であるヒルズボロは、グレート・インディアン交易路がイーノ川を越える場所に、1754年に設立され、最初はグランビル伯爵ジョン・カートレットの測量士ウィリアム・チャートンが所有、測量、地図化を行った。当初はオレンジと名付けられるはずだったが、総督委員会の委員であり、グランビル伯爵の土地に関する代理人の1人だったフランシス・コービンに因み、コービンタウンと名付けられた。1759年、トマス・チャイルドに因み、チャイルズバラと改名された。チャイルズは1751年から1760年までノースカロライナ植民地検事総長を務め、グランビル伯爵のもう一人の土地代理人だった。1766年に再度改名され、ヒルズボロ伯爵ウィルズ・ヒルに因みヒルズボロとなった。ヒルズボロ伯爵はイギリスの植民地担当大臣であり、ノースカロライナ植民地総督のウィリアム・トライアンとは親戚だった。ヒルズボロは庁舎が置かれたピードモント台地では初期の植民地町であり、独立戦争前に幾つかの緊張関係を生む舞台になった。1760年代後半、ピードモントの農夫達と郡役人の間に生じた緊張関係が世直し運動、あるいは世直しの戦争と呼ばれるものになり、その中心にヒルズボロがあった。植民地西部の主にオレンジ郡、アンソン郡、グランビル郡の住民が、裕福な植民地役人に強い不満を抱き、彼等は残酷で、勝手で、専制的で、腐敗していると見なした。内陸部農夫の多くは税金を払えないと分かり、その結果資産を差し押さえられたことに怒った。地方の保安官は税金を自分の利益のためにとっておき、時には同じ税金を2度徴収することもあった。保安官は市民に課税するために意図的に徴税記録を隠すことがあった。その影響を最も強く受けた地域がローワン郡、アンソン郡、オレンジ郡、グランビル郡、カンバーランド郡だったと言われている。ノースカロライナの人口の大半を占める低層階級市民の闘争であり、人口の約5%しか占めていない富裕な支配階級が政府全体を支配していた。当時オレンジ郡の人口は8,000人と推計され、その6,000ないし7,000人が世直し運動家を支持した。ウィリアム・トライアン総督がニューバーンに新しく知事公舎を建て、人目に付く散財を行ったことで、この運動の不満に火を付けた。植民地の西部は人口比で少ない代表しか議会に送り出せない状況であり、農民達が議会で対抗手段を取るのは難しかった。最終的に不満を抱いた農夫達が武器を取り、ヒルズボロの庁舎を閉鎖し、腐敗していると見なした役人を通りに引きずり出し、教会の鐘を激しく鳴らした。トライアンは配下の民兵隊から部隊をこの地域に派遣し、1771年5月、アラマンスの戦いで世直し運動家を破った。戦後幾つかの裁判が行われ、1771年6月19日にヒルズボロで6人が処刑された。アメリカ独立戦争の時は、ヒルズボロがノースカロライナ議会の本拠に使われた。1781年2月下旬には、イギリス軍チャールズ・コーンウォリス将軍の軍事基地にもなった。1787年に起草されたアメリカ合衆国憲法は、ノースカロライナ州では大きな議論になった。1788年7月に招集されたヒルズボロの集会で、代議員達は反連邦主義者だという理由で批准拒否を票決した。ジェイムズ・アイアデルやウィリアム・デイビーの大変な努力と、権利の章典ができる見込みがあったこともあり、代議員はその考えを変えるよう説得された。合衆国憲法は後にファイエットビルで開催された会議で批准された。アメリカ独立宣言の署名者ウィリアム・フーパーは1790年10月に長老派教会墓地に埋葬された。しかし、その遺骸はギルフォード郡庁舎軍事戦場跡に移葬された。最初の墓石は町の墓地に残っている。