このような矛盾を解決する直接的な動きは聖書の文献批判によってまずおこなわれた。とくにモーセ自身が書いたものと思われていた「モーセ五書」に対する批判的検討が進み、ホッブズ・ラ・ペレール・スピノザによってモーセ五書が後世の時代にモーセにさかのぼって記述されたものであることが明らかにされた。さらに1711年にはドイツの牧師ヴィッターによって、1753年にはジャン・アストリュックによって、聖書の記述主体として2つの人間集団が想定されることが明らかにされた。具体的には聖書内において神の呼称は「ヤーヴェ」と「エロヒム」として現れるが、これをそれぞれの使用例ごとに分割すると、それぞれ一貫した文書となることが判明した。これにより聖書内の記述の重複、いわゆる「ダブレット」の問題も合理的に説明可能となり、聖書批判は大きく前進した。
キリスト教の世界観は天地創造から終末の神の救済へと至るものであった。普遍史とはキリスト教の世界観に基づき、当時知られた世界の歴史をキリスト教的に解釈するものであった。具体的には天地創造から大洪水、アッシリア・ペルシャ・ギリシャ・ローマの四世界帝国の繁栄が続き、ローマ帝国の滅亡とともに神の国実現がなされるというものである。宗教改革がおこると、普遍史を巡ってプロテスタントとカトリックの間で論争がおこなわれるようになった。従来聖書の底本としては七十人訳聖書がキリスト教徒の間で支配的であった。プロテスタントはこの七十人訳聖書を批判して、より原典に近いと思われるヘブライ語の聖書に依拠することを主張し、すぐれた翻訳をおこなった。問題はこのヘブライ語聖書によって得られた事件の年代が七十人訳聖書で得られる年代と相違し、イエス生誕の時点で1000年ほどの誤差が生じたことである。さらに聖書の記載する天地創造からイエス生誕までの歴史は4000年ないし最長で5500年ほどであったが、エジプト文明がそれ以前にさかのぼりうること、および地理的発見により聖書に記載されていないアメリカ大陸の住民が知られるようになったことがこの問題を一層深刻にした。そのため両派はこの事実を解明するためにより厳密な聖書批判と記載された事実の歴史研究へ向かうこととなった。
啓蒙思想は自然科学的な方法を重視し、従来は神学的に解釈されていた事柄についても合理的な説明をおこなった。たとえばローマ帝国の盛衰について、モンテスキューはローマ帝国の制度が絶え間ない戦争によって形成されたと指摘し、軍隊の影響力が増し、共和政から帝政に移行していったのは当然の帰結であったとする。ローマの滅亡も軍事的な衰退に求められており、道徳的退廃などは全く重視されていない。これは従来の神学的歴史研究、いわゆる普遍史においてはローマ帝国がキリスト教帝国であるゆえに発展し、その崩壊とともに終末が訪れるという救済史から解釈されているのと異なり、ローマ帝国それ自体の分析・把握からその歴史的性格を明らかにしているものである。このような科学的精神は後述する従来の歴史研究、普遍史・伝統的聖書解釈・聖書的年代学の批判にも通じ、また同時代の生物学・地質学などの自然研究においても同様の方法論的転回が見られた。（詳細は啓蒙思想を参照）
1883年10月13日、磐田郡見附宿（現・磐田市）附近の劇場で「国民の義務」という論題で演説中、警察官から中止命令を受ける。これをきっかけとして、10月19日、静岡県令大迫貞清から県内での1年間の演説禁止処分を受ける。さらに10月26日、集会条例に基づく内務卿山田顕義の指令により、大迫県令から全国での1年間の演説禁止処分を受けたことで、政府転覆を決意する。1883年末あるいは1884年（明治17年）初頭、湊省太郎、真野真恷、鈴木辰三、西村藤三郎らと政府転覆の盟約を結び、その後に浜松の中野二郎三郎を同志とする。1884年3月、中野二郎三郎とともに、東京で開かれた自由党大会に参加し、のちに加波山事件に参加する富松正安・仙波兵庫らや、群馬事件に参加する深井卓爾・伊賀我何人らと連絡を取り合う。1884年7月13日、湊省太郎、宮本鏡太郎、広瀬重雄、村上佐一郎らと協議し、挙兵のための軍資金集めと同志の脱落および秘密の漏洩を防ぐために強盗の実行を決定、ただちに実行に移す。しかし、思うように資金が集まらず、しかも10月には加波山事件・秩父事件が相次いで発生し、さらに12月には飯田事件・名古屋事件の関係者が相次いで検挙されたため、12月末には強盗を中止した。1885年（明治18年）10月頃から湊省太郎らは挙兵計画を要人暗殺に切り替えることを主張、鈴木音高はこれに反対し、急速に指導力を失っていく。なお、事件の首謀者は鈴木音高とされることが多いが、原口清は、挙兵計画と暗殺計画はもともと別個に進められたもので、事件の首謀者は音高ではなく湊省太郎だった、と主張している。1886年（明治19年）6月11日、警視庁が東京府京橋区で湊省太郎を逮捕したのを皮切りに、翌12日から東京府下で事件関係者の一斉検挙が行われた。音高も12日に逮捕されている（静岡事件）。この事件は自由民権運動最後の激化事件となったが、政府は内乱罪の適用を意図的に回避し、関係者は国事犯ではなく強盗犯として裁かれた。音高は1887年（明治20年）7月13日東京重罪裁判所で有期徒刑14年の判決を受ける。石川島監獄署、東京仮留監を経て、1888年（明治21年）10月13日、他の事件関係者とともに北海道空知監獄署に押送された。入獄中の1893年（明治26年）2月14日、山岡家に復籍した。1897年（明治30年）1月31日、英照皇太后の死去にともなう大赦のため刑期4分の1を減刑される。この時点でも、静岡事件関係者のうち山岡音高・宮本鏡太郎・鈴木辰三・中野二郎三郎の4人はまだ刑期を残していたが、司法大臣清浦奎吾の特赦申請により、7月12日に特赦放免され、公民権を回復した。