骨相学の大衆受けする性質は、諸刃の剣であった。爆発的な人気と裏腹に、各地で通俗的悪用がはびこり、やがて熱狂が時間とともに過ぎ去ると、骨相学者たちは山師扱いされた。育ての親であるシュプルツハイム、生みの親であるガルについても同様だった。学問的にも、フーフェラント、フルーラン、フィリップ・ピネルらにより否定され、大脳中枢の解剖学的知見が蓄積され、その「地図」が明確に決定されてゆくにつれて、ガルの器官説自体が否定されていく。しかし一方では、ガルが当初から関心を持っていた犯罪への応用において、犯人の頭蓋骨を計るという初期の骨相学的な犯罪の計測学から、犯罪者の様々なプロフィールを蓄積する実証的犯罪研究へとつながっていく（たとえばチェーザレ・ロンブローゾを祖とする犯罪生物学など）。しかしまた「気質」を判定するという骨相学の志向は、ロンブローゾの生来的犯罪人説のような犯罪の素質論（犯罪を犯すか否かは当人の素質に左右される）から、優生学や人間改良思想へと展開していく。これは断種論（特定の人種を断つことを目指す）の背景にもつながる危険を持っていた。なお人種の骨相学的分類では、日本人を含むモンゴロイドは「倫理的に劣り模倣的で独自性がない」とされた。
骨相学は、19世紀前半の欧米で大いに流行する。大衆的な人気を博した理由は、精神と頭蓋骨の対応という考え方が直感的に理解しやすかったことに加えて、頭蓋骨の形という容易に計測できるものから個人の気質がわかるという主張により、専門家でなくても骨相学的性格判断を行うことができたためである。当時の名士たちはこぞって肖像画の額を広く描かせて、思慮深さをアピールする風潮も生まれたという。1822年、フランス政府はシュプルツハイムの講義を禁止した。1832年、パリに骨相学会が設立された。頭蓋骨の収集と脳の計量が流行し、巷に骨相図が氾濫した。欧米のあちらこちらの町で骨相学会が誕生し、多くの有名な学者が、骨相学という学問研究の発展のために、自分の頭蓋骨を死後に提供した。またスヴェーデンボリ、ハイドンら有名人の頭蓋骨が、熱心な骨相学者によって墓から持ち去られる事件が起こった。
ガルは自分の学説を「脳蓋観察論」（cranioscopie）と呼んでいた。骨相学(phrenology）という名称は、トーマス・フォースターが1815年にガルの学説をイギリスへ紹介する際に名づけたもので、1818年にシュプルツハイムがこの名称を取り入れて定着した。これはギリシア語の φρήν（「心」を意味する）に由来する phrēn と、同じくギリシア語の λόγος（「知識」を意味する）に由来する logos（ロゴス）からなる語である。
ノストランド・アベニュー線となる複線の線路がIRTイースタン・パークウェイ線の緩行線からロジャーズ・アベニュー付近にあるロジャーズ・ジャンクションにおいて分岐し、ノストランド・アベニューへ向けて南へ曲がる。ノストランド・アベニューの下をそのまま走り、南側にあるクラウンハイツ、プロスペクト・ルファーツ・ガーデンズ、フラットブッシュ、イースト・フラットブッシュそしてニューヨーク市立大学ブルックリン校といった地区を通る。路線の終点は、通常とは異なる終点構造になっているフラットブッシュ・アベニュー-ブルックリン・カレッジ駅である。この駅は、ニューヨーク市地下鉄網において物理的に終点となる駅では唯一、島式ホームではなく2面の対向式ホームになっており、シープスヘッド・ベイのヴーリーズ・アベニューへ向けて計画されていながら実現しなかったノストランド・アベニュー線の南への延長計画が可能なように2本の線路が敷かれている。2面のプラットホームは、南側の車止めの先でUの字を形成するようにつながっており、終点構造上の非効率性を幾分緩和している。この構造は非効率であり、後述するロジャーズ・ジャンクションの非効率性と相まって、ノストランド・アベニュー線の線路容量を制約している。このため、ラッシュ時の2系統と5系統の列車の中には、IRTニューロッツ線へ運行されるものがある。IRTノストランド・アベニュー線のトンネルは、フラットブッシュ・アベニューとノストランド・アベニューの地点にある車止めを越えて先につながっている。トンネルはアベニューH方面へ数百フィート伸びている。2006年ころまでは、接着された格子がノストランド・アベニューに続いているのを見ることができた。新しい建設が進むにつれて、この格子は撤去された。駅の南側の出口が建設されるまでは、プラットホームと連絡する一時的な木製の階段が使われており、トンネルを旅客が直接見ることができた。路線の容量を制約しているもう一方の要素が、IRTイースタン・パークウェイ線からIRTノストランド・アベニュー線が分岐する、ロジャーズ・アベニュー・ジャンクションの構造である。分岐点はノストランド・アベニュー線が建設された時に合わせて建設されたが、単にイースタン・パークウェイ線の緩行線にノストランド・アベニュー線を接続したのみであった。フランクリン・アベニュー駅から分岐点まで西から東へ、北行の緩行線が下層へと下っていき南行の緩行線の下に入る。その後、その時点ではまだ上層にある北行の急行線が下層へと下っていき、南行の急行線の直下に入って、複線の二層構造となる。分岐点では、上層にある分岐器で南行の5系統の急行が緩行線に転線でき、また下層にある対応する分岐器で5系統の列車が北行の緩行線から急行線に転線ができる。このすぐ東で、本線の線路がいくぶん北側に寄り、そして本線の緩行線がノストランド・アベニュー線の線路となって、南へ向きを変える。南行プラットホームの南端に、廃止された信号扱所がある。この分岐点は、ラッシュ時には大きなボトルネックとなっており、この構造を変更するにはイースタン・パークウェイ線の線路の配線変更などを含めた大規模な工事が必要となる。1968年にプログラム・フォー・アクションの一環として、混雑緩和の目的でこの分岐点の改築が計画された。しかし、財政問題によりこの計画は採用されなかった。