シーズン5で死んだと思われたが、ヘンダーソンは急所を外していたために、政府に恨みを持つ元政府職員を必要としていたテロリストのデイヴィッド・エマーソンにより蘇生され、別人の遺体と替えられて回収される。ローガンにミシェルを殺された喪失感から優しく接してくれたエマーソンの申し出を受け、彼の元で3年の間、様々な悪事に手を染めていた。シーズン5までとはうって変わって、短髪に髭面となり、容貌のイメージがそれまでと一変している。悪事の中で、多くの国民の生命が脅かされる事態を察知し、CTU時代の上司であったビルと連絡を取り、正義を守る活動へ戻った。序盤では、CIPデバイスを悪用した航空機ニアミス事件を引き起こすなどテロ活動に加担していたが、ビル、クロエ・オブライエンと共に行っていた潜入捜査であった。発覚後はジャックを仲間に引き入れて4人だけの協力態勢を整えた。生物兵器テロを実行するためスタークウッドの社員と手を組み銃撃戦で負傷したFBIラリーを殺害した。最終話で一連の行動はすべて当時ローガンの陰謀によって殺されたミシェルと彼女のお腹にいた子供の復讐であり、その黒幕であったアラン・ウィルソンに近づいて殺す事が目的だった。しかし、その為に全てを捨ててしまった事でラリー・モスを殺し、あまつさえ彼を信頼していたビルやクロエ、共に戦ってきたジャックたちを裏切った。ついにアランを追い詰めたが、寸前の所でジャックとFBIに阻止され逮捕された。逮捕の際はテリーを殺したニーナに復讐したジャックを非難し暴れながら連行されていった。
シーズン4の後、ミシェルとCTUの職を離れてコンサルタント企業を経営する平穏な生活を送っていたが、シーズン5の冒頭、テロの犠牲となりミシェルは死亡。自身も重傷を負い、治療中に意識が戻るものの、首謀者がCTU設立当時の上司クリストファー・ヘンダーソンと知るやいなや、昏睡状態に陥ったヘンダーソンを尋問していた捜査官バークの首を絞め、彼から奪った自白剤入りの注射を投与して殺そうとした瞬間、昏睡状態から目覚めていたヘンダーソンに、逆に薬物を注射され殺されてしまう。
刑期を終了して既に出所している。だが、出所後は収監された事で自暴自棄になり、やる気をなくしてしまう。定職には就けず、アルコール中毒となったこともあり、ミシェルともすぐに離婚。その直後にバー勤めの女を掴まえたようで彼女の元で酒に溺れるヒモ暮らしをしている。CTU内にテロ内通者の存在を察知したジャックの連絡により救援に駆けつける。面倒はごめんだと1度は協力を断るが、ジャックの話を横で聞くうちに再度協力するようになる。さらにその後、LA支部長だったエリン・ドリスコルが、娘の自殺で心神喪失となってしまい、その経験を買われて暫定的にCTUを指揮するが、ドリスコルの正式な後任としてミシェルが派遣されきて二人は再会。作戦の提案をするが信用されなかった為に更にギクシャクするが、ビル・ブキャナンの助言などもありようやく関係を修復。最後にジャックの偽装死に協力して彼を見送った。シーズン終了後、二人は無事に復縁し、CTUを退職した。
異動の話があり、ミシェル・デスラーと一緒に働きたいからと一緒に異動願いを出している。テロ事件発生の最中に麻薬の運び屋カイル・シンガーを確保しようとショッピングセンターに向かったところ、首を撃たれ重傷を負う。その後無事に復帰して仕事をこなすが、キムのミスで誤解が生じて病状を疑われてしまう。後にキムのミスが発覚して誤解とわかるものの、ミシェルに疑われてしまった事で夫妻の間に溝が生まれてしまう。終盤で囚われの身となった妻のミシェルの命を救うため、結果的にテロリストの活動を幇助する。これにより国家反逆罪に問われ刑務所へと送られた。本来なら最適な判決は死刑であり、20年の懲役刑になれば御の字とトニーの後任のブラッド・ハモンドが語っているが、ジャックとパーマー大統領らの尽力により刑は見直された。しかし、捜査を妨害した事で国を危機にさらしてしまった事までは見過ごす事が出来なかったため政府によりわずか(約半年ほど)ながら投獄されてしまう。
CTU内で現場を指揮する立場となり、自信が持てない新人のポーラのフォローをしたり、任務の依頼を拒否するジャックを説得するなど人間的に成長している。ストーリー中、原爆症の症状進行により職務続行が困難となったジョージ・メイソンに代わりロス支部の責任者となり、その後、メイソンが核爆弾を運び出して犠牲になった事でCTUロス支局支部長の席が空白となり、トニーはリーダーとなり支局の実質上のトップとなる。
シーズン1の劇中においてトニーは、ジャック・バウアー及びニーナ・マイヤーズに続くCTUロサンゼルス支局の第3番目の責任者。以前、ジャックと不倫関係だったニーナと現在付き合っており、二人だけで事を進めて自分だけ蚊帳の外なのが気に入らず、無断で単独行動を続けるジャックを監視。遂には解任要求をメイスンに要求してCTUを封鎖措置に追い込み、ジャックの居場所がわかった事で封鎖は解かれるが、ニーナからは反感を買ってしまい冷たくされてしまった。その後はジェイミーの発言から裏切りに気付き、ニーナと共に彼女を拘束。頑なに雇い主を話す事を拒否する彼女にジャックの指示で息子を連れてくると再度脅して協力させる。後半からはニーナと共にジャックのサポートに徹しており、ジャックの妻であるテリーがいないかジャックの自宅に向かったところ殺されそうになっていたテリーを救いだす。再びジャックのサポートを続けるが、ニーナの正体を知りショックを受ける。
2012年12月、第46回衆議院議員総選挙で11回目の当選。選挙後に発足した第2次安倍内閣で、新総理の安倍より、法務大臣、厚生労働大臣、復興大臣を打診され、法務大臣を選択し入閣。法相就任後、2013年は2月21日・4月26日・9月12日・12月12日の4度8人の死刑囚の死刑を執行した。2013年9月4日に最高裁判所が婚外子を差別する民法の規定が、日本国憲法に対して違憲であるとの違憲判決を下したことを受けて、兵庫県明石市が10月1日、出生届の記載事項である「嫡出子」「嫡出でない子」の記載を削除した届出用紙を独自に作成したことや、婚姻歴のないひとり親家庭に対する寡婦（夫）控除のみなし適用を実施することを明らかにしたことに対し、「法令で定められたところに背く扱いを行おうとすることは極めて遺憾」と述べた。2013年10月8日、宇都宮市で開いた自身のグループ研修会で講演し、消費税率を10%に引き上げることについて「10%に引き上げる時に最大の問題は原発を動かせるかどうかだ。できるかどうかで日本の景気動向は大きく変わる」と述べた。2014年6月26日、死刑囚1人に対して死刑の執行をした。この執行は年が変わってから初めてとなる。そして同年8月29日には2度目となる死刑囚2名の死刑執行を行った。法務大臣就任中に合計6度11人の死刑囚の死刑を執行した。これは歴代法相の中で上川陽子、鳩山邦夫に次ぐ執行回数である。