治承・寿永の乱の軍功により分家にも領地が与えられ、加賀美遠光を祖とする、南部氏や小笠原氏などの庶流がやがて大名化していった。甲斐源氏嫡流は逸見氏と武田氏が争い、逸見氏が嫡流であった時期もあるが、当初から武田の勢力は強く、鎌倉、室町と甲斐守護を保持することによって、武田氏が嫡流としての地位を確立する。武田氏から、板垣氏、甘利氏はじめ多数の庶家を出した。その他、甲斐源氏としては安田氏、二宮氏、曽根氏、浅利氏、八代氏、奈古氏、加賀美氏流の秋山氏などがあり、庶流となる加賀美氏流小笠原氏からは、伴野氏、三好氏、三村氏、大井氏、長坂氏、長船氏などが出ている。南部氏の後胤には河西氏や奥氏、仙洞田氏などがある。同族である平賀氏の傍流からは、公家となった竹内家が出る。源盛義（平賀盛義）6代の孫信治を祖とし、その子孫秀治は久我家の諸大夫であったが、足利将軍家と同じ清和源氏であったため、室町幕府の執奏で堂上に列せられた。
モスクワの勝利に気をよくしたスターリンは全戦線での総反攻を強行した。ジューコフは将兵の消耗と資材の不足を理由に反対したが聞き入れられなかった。参謀総長シャポシニコフ元帥はジューコフが退室する際、「議論したのは時間の無駄だったよ。最高司令官は、前もってこの問題は決心していたのだ。方面軍に対する命令は、ほとんど発令済みだ。攻勢はここ数日中に、始まることになっている。」と述べた。レニングラード戦線と北西戦線はレニングラード正面の解放を目指し、西部戦線はルジェフ・ヴャジマの陣地帯に後退した中央軍集団を殲滅、南西戦線と南部戦線は南方軍集団を撃破してドンバス地区を解放する。スタフカはルジェフ・ヴャジマの攻撃に西部戦線とカリーニン戦線を動員、両戦線統率のため西部戦域軍を設置、ジューコフを司令官とし作戦の全てを委ねた。作戦は1月8日に始まったが、三か月たっても成果を上げられず、4月には中止された。第33軍を指揮するエフレイモフ中将がヴャジマ攻略を担当したが、彼はドイツ軍に包囲された。ジューコフは第33軍の救出に全力を注いだが、一部の騎兵部隊を除き第33軍は全滅した。ロシアではジューコフが支援を怠り包囲されたとの説もあるが、当時の資料によるとジューコフが支援に全力を尽くしていたことが分かっている。7月末にはルジェフ・ヴャジマへ再攻勢が実施され、ジューコフが再び指揮したが失敗に終わっている。その際ドイツ軍に包囲された3個師団を救えず、スターリンに叱責されている。ジューコフは1942年春にルジェフ・ヴャジマへの再攻勢を求めたが、ハリコフへの攻勢が優先され、攻勢は夏に延期となった。ジューコフは回顧録で夏の攻勢は攻勢の好機を失っていたと述べている。ルジェフ・ヴャジマでの敗北は、彼自身が作戦に反対だったこともあり、回顧録ではあまり触れられていない。この総攻勢はジューコフの予期通り全ての戦線で失敗に終わり戦線は春まで膠着することになる。春になると南西戦線司令官チモシェンコがハリコフへの攻勢を、スタフカに要求した。ジューコフが求めたルジェフ・ヴャジマへの攻勢は延期となり、ウクライナでの攻勢が開始された。この攻勢は惨憺たる結果に終わり、3個軍が包囲殲滅され、28万の将兵が失われた。ウクライナの政治委員だったフルシチョフはこの敗戦の責任をスターリンに押し付け、フルシチョフの見解は党の編纂した大祖国戦争史でも採用された。ジューコフは後にフルシチョフの主張を厳しく批判し、回顧録では敗戦の責任は南西戦線司令部にあったと断言している。この時期のスタフカの方針は守勢にあったとジューコフとヴァシレフスキーは回顧録で主張している。しかし当時のスタフカは戦略的攻勢に転じる明確な方針を打ち出しており、各方面軍司令部もスタフカの意向に応じて攻勢計画を提出していた。1942年内の解放を目指すという点で軍とスターリンに考えは一致していた。ドイツ軍は1942年6月28日南方軍集団にルーマニア軍、ハンガリー軍、イタリア軍を加えた200万の枢軸軍がブラウ作戦を開始した。ハリコフで消耗したチモシェンコには耐えられず、南西戦線はドン河へと後退した。スターリンは予備軍を送ってスターリングラード戦線を設立したが、枢軸軍の快進撃を止められず、8月にはスターリングラードは包囲され、カフカースが脅かされた。このような状況下でスターリンは再びジューコフを頼った。1942年8月26日ジューコフは最高司令官代理に任命された。新たな危機に必要なのは断固かつ非情で不動の信念をもつ男だった。以後のジューコフは野戦司令官ではなく最高司令官代理として各戦線・各作戦を調整する任務に没頭することになる。複数の戦線を束ねて大作戦を成功させることがジューコフの役目であり、戦争後半の赤軍の諸攻勢におけるジューコフの役割は非常に大きかった。歴史家ジョン・エリクソンは「炎上した戦線の火消し役から、ソ連の戦争マシンを操る総監督へと、一気に転身をとげたのである。」と記している。27日には国防人民委員代理に就任、以後ソ連の戦争遂行に関わる重要決定はスターリンとジューコフの名で下されることになる。1942年9月ジューコフはスターリングラード戦線司令部を訪れた。スターリングラード戦線と南東戦線の戦線を統括し調整するのが彼の仕事だった。ジューコフはスターリングラード正面で戦う南東戦線の戦いぶりに不満を持ち、司令官のエリョーメンコを叱責している。