アナコンダ作戦は、アフガニスタンのシャハ・エ・コット渓谷に潜伏しているアルカイダを殲滅することを目的として2002年3月に実施された大規模作戦であり、作戦の内容は、見晴らしの良い山頂に特殊部隊と観測員を降下させて空爆を誘導し、第10山岳師団と第101空挺師団で編成されたタスクフォース「ラッカサン」や現地の友好勢力である東部同盟軍により離脱する残敵を掃討するというものであった。しかし、アルカイダ側はすでに観測に良好なタクルガルの山頂に400名の戦士を展開させて掩体を構築し、さらに巧妙にそれを偽装して上空からの赤外線による探知を逃れていたのだった。2002年3月4日未明、特殊部隊シールズの隊員を乗せたMH-47チヌーク2機（コールサイン「レイザー03」および「レイザー04」）は安全地帯であったはずのタクルガルに接近した途端に地上からの激しい対空砲火を受けた。RPGの直撃を受けた「レイザー03」は激しく機体を損傷し、その際にシールズ隊員のニール・C・ロバーツ1等海曹が地上に落下してしまった。チヌークは11㎞先に不時着し、400名のアルカイダ兵の前に1人で取り残されたニール1曹はわずかな武器を使って応戦したもののアルカイダに捕えられ、そこで処刑された。「レイザー04」はニール1曹を救出しようとして再び接近を試みたがその際に空軍のコンバットコントローラー（爆撃誘導員）1名が戦死、シールズ隊員2名が負傷して救出に失敗した。この事態を受けて直ちにアメリカ陸軍第75レンジャー連隊で編成された即応部隊（QRF）が2機のチヌーク（コールサイン「レイザー01」および「レイザー02」）に分乗して出動した。しかし通信障害によって降下地点（LZ）を誤り敵の目前に降下してしまった「レイザー01」は敵の集中砲火を浴びタクルガルに墜落、墜落したチヌークの周囲で負傷者を守りながらの防戦となってしまった。「レイザー02」は離れた地点に降下してレンジャーを展開させたが、現地は積雪と過酷な地形により前進は困難であった。しかしレンジャー隊員らはボディアーマーを脱ぎ捨てて救援に向かった。墜落地点付近で作戦中であったオーストラリア陸軍のSAS(特殊空挺部隊)と、それに同伴していたアメリカ空軍の爆撃誘導員が自らの任務を放棄して現地に駆けつけ空爆を誘導するなどして形成が逆転し、米軍がタクルガルからの撤退に成功したことで戦いは終わったが米軍側は7名の死者と2機のヘリを失い作戦は失敗に終わった。
1943年1月25日、少将に昇進したメリルはウィリアム・ハルゼー大将（アナポリス1904年組）の南太平洋部隊指揮下の第68任務部隊（第32任務部隊第12巡洋艦戦隊）司令官となって、軽巡洋艦モントピリア (USS Montpelier, CL-57) に将旗を翻す。モントピリアの元乗員ジェームズ・J・フェーイーは、着任したメリルの第一印象を「元気いっぱいの人だった。四〇代だろうけれど、なかなかハンサムでもあった。」としている。第68任務部隊司令官としての最初の任務は、インディアナ艦長時代に引き続いて最末期となったガダルカナルの戦いの支援に従事することであった。モントピリアに着任してわずか2日後の1月27日には、ロバート・C・ギッフェン少将（アナポリス1907年組）率いる第18任務部隊を支援するためにエファテ島を出撃。1月30日のレンネル島沖海戦ではギッフェン少将の第18任務部隊が檜貝襄治少佐率いる第七〇一海軍航空隊の攻撃を受けて重巡洋艦シカゴ (USS Chicago, CA-29) が沈没し、支援にあたっていたモントピリアにも魚雷が命中したが、不発に終わった。ところで、ガダルカナル島の戦いも終末期に差し掛かった1942年11月末、アメリカ軍はムンダに日本軍が新たな飛行場を建設中であることを知る。ムンダとガダルカナル島の距離は175マイル（約280 km）で、ガダルカナル島再奪回やアメリカ軍の進撃を妨害するには好適地であった。零戦のガダルカナル島上空での行動時間は大幅に伸び、爆撃機も従来以上の量の爆弾を搭載してガダルカナル島を爆撃する事も可能となる。実際には、日本軍がムンダでの飛行場建設に乗り出したのは12月1日からで、第一期工事は二週間ほどで終了した。また、コロンバンガラ島でも1943年1月上旬から飛行場建設を開始する予定だった。当然、アメリカ軍からしてみればムンダの基地が本格稼動し、コロンバンガラ島の飛行場も使用可能となった暁には相当な脅威となる厄介な存在と判断されていた。ハルゼーは1943年に入り、水上部隊にムンダとコロンバンガラ島への艦砲射撃を繰り返し行わせ、同時に爆撃や航空機による機雷投下も行った。メリルの第68任務部隊は、ウォルデン・L・エインズワース少将（アナポリス1910年組）の第67任務部隊と交替でムンダとコロンバンガラ島への艦砲射撃を夜間に行っていたが、ガダルカナル島をめぐる海戦に登場した臨時編成の任務部隊とは違い、夜戦を得意としていた日本艦隊によりよく対抗できるよう、レーダーに関する知識を学び、常にまとまって訓練と行動を繰り返した結果、均整が取れた部隊となっていた。3月5日深夜から3月6日未明にかけて行われたビラ・スタンモーア夜戦は、メリルの令名を高めた戦いである。「定期便」のためにコロンバンガラ島近海に向かっていたメリルの第68任務部隊は、コロンバンガラ島への輸送任務を終えて帰途についていた駆逐艦｢村雨」と「峯雲」をレーダー射撃による一方的な戦闘により撃沈し、さらにコロンバンガラ島の海岸部にある日本軍の軍事施設と兵舎、滑走路、砲台を目標に16分間に及ぶ艦砲射撃を実施して、目標は徹底的に破壊された。フェーイー曰く、メリルはこの一連の戦闘で「挑戦を楽しんでいるようだった」。メリルは戦闘報告をハルゼーに送ったが、報告は何かの間違いでフランクリン・ルーズベルト大統領や南西太平洋軍司令官ダグラス・マッカーサー陸軍大将にも届けられた。この海戦の意義は、レーダーを活用したアメリカ艦隊が日本艦隊との夜間の水上戦闘において、初めて完勝劇をおさめたことにある。レーダーを使った夜間の水上戦闘としてはこれまでに、1942年10月11日のサボ島沖海戦でノーマン・スコット少将（アナポリス1907年組）がレーダー射撃を行って日本艦隊を追い返し、同年11月30日のルンガ沖夜戦でもカールトン・H・ライト少将（アナポリス1912年組>）がレーダーによって田中頼三少将の第二水雷戦隊を探知して、大局的には戦略的勝利を収めていたが、この2つの海戦では戦法の拙さなどもあってアメリカ海軍側にも少なからぬ損害が出ていた。メリルはビラ・スタンモーア夜戦において初めて、味方に一片の損害を蒙ることなく敵を討ち果たしたのである。ビラ・スタンモーア夜戦後、メリルの第68任務部隊は第39任務部隊に呼称が代わったが、相変わらずムンダ、ショートランド諸島への艦砲射撃を繰り返した。しかし、不思議なことにメリルの第39任務部隊と日本艦隊との戦いは1943年11月まで起きなかった。一方、エインズワースの任務部隊はクラ湾夜戦とコロンバンガラ島沖海戦で日本艦隊の旗艦を撃沈したものの、自らの任務部隊も軽巡洋艦ヘレナ (USS Helena, CL-50) の沈没などで大きな損害を蒙り、戦力としては事実上瓦解した。また、中部太平洋方面での作戦が本格化して主だった艦艇が中部太平洋方面に回ったため、この時点でメリルの第39任務部隊は、ソロモン方面で唯一の有力艦隊となった。