諸藩でも代官が設置されており、家臣の地方知行の蔵米化が進むと、給人自身に代わって代官がまとめて知行地を徴税、管理するようになった。諸藩においての代官は10石未満の徒士クラスが任ぜられている藩や土地の有力者等が世襲しているものもある。その場合も藩内での家格は徒士であることが多い。一方で、柳河藩や長州藩などでは馬廻が代官になっている場合もあり、一律ではないが、少なくとも郡奉行よりは下である点は共通する。また、柳河藩では長崎外聞役（長崎聞役）よりは上である。また飛び地などでは在地の富農を代官に任命することが多く、役人を派遣しない藩もあった。このような場合の報酬は名字帯刀などの身分特権や免租や効用便の利用許可などの租税特権などであった。10万9千石の柳河藩の代官役料は明和・安永頃の分限帳では「白米2石3斗1升、夫銀1枚」とある（柳河藩立花家分限帳）。人員は会津松平家時代の会津藩で15人、戸田家時代の大垣藩で11人、米沢藩で5人である。
ただし、それでも悪代官と呼ぶに相当する人物もいたようであり、文献によると播磨国で8割8分の年貢（正徳の治の時代の天領の年貢の平均が2割7分6厘であったことと比較すると、明らかに法外な取り立てである）を取り立てていた代官がいた事が確認されている。時代劇で悪代官が登場することが多い。こうしたことから、代官と言えば、圧政で百姓を虐げ、商人から賄賂を受け取り、土地の女を好きにするなどのいわゆる悪代官のステレオタイプなイメージが広く浸透した。今日、無理難題を強いる上司や目上を指してお代官様と揶揄するのも、こうしたドラマを通じた悪代官のイメージが強いことに由来する。ジョークで物事を懇願する際に相手をお代官様と呼ぶ場合があるのも、こうした時代劇の影響によるところである。
江戸時代、幕府の代官は郡代と共に勘定奉行の支配下におかれ小禄の旗本の知行地と天領を治めていた。初期の代官職は世襲であることが多く、在地の小豪族・地侍も選ばれ、幕臣に取り込まれていった。代官の中で有名な人物として、韮山代官所の江川太郎左衛門や富士川治水の代官古郡孫大夫三代、松崎代官所の宮川智之助佐衛門、天草代官鈴木重成などがいる。寛永（1624年-1644年）期以降は、吏僚的代官が増え、任期は不定ではあるが数年で交替することが多くなった。概ね代官所の支配地は、他の大名の支配地よりも暮らしやすかったという（なお、駿府町奉行・佐渡奉行等とは役割が違うので注意が必要である）。代官の身分は150俵と旗本としては最下層に属するが、身分の割には支配地域、権限が大きかった。後述の通り代官所に勤務する人員の数は限られていたため、代官の仕事は非常に多忙だった。通常、代官支配地は数万石位を単位に編成される。代官は支配所に陣屋（代官所）を設置し、統治にあたる。代官の配下には10名程度の手付（武士身分）と数名の手代（武家奉公人）が置かれ、代官を補佐した。特に関東近辺の代官は江戸定府で、支配は手付と連絡を取り行い、代官は検地、検見、巡察、重大事件発生時にのみ支配地に赴いた。遠隔地では代官の在地が原則であった。また私利私欲に走るなどで、少しでも評判の悪い代官はすぐに罷免される政治体制になっていた。過酷な年貢の取り立ては農民の逃散につながり、かえって年貢の収量が減少するためである。実際、飢饉の時に餓死者を出した責任で罷免・処罰された代官もいる。しかしながら、その一方では、領民たちを重い税から救うために自らの命を犠牲にして年貢の減免を幕府に訴え続けた鈴木重成や、同じく支配地への甘藷の導入によって領民たちを飢饉から救った井戸正明などを始め、名代官と呼ぶにふさわしい代官も存在した。
1973年のオイルショック期には、ウランの取引価格は高騰のピークを迎えた。ところが、1979年にアメリカで起きたスリーマイル島原子力発電所事故を契機に、ウランの国際的な取引価格は下落し、ピーク時の半分にまで値を下げた。この結果、経済的には、国内でウランを精製するよりも、海外から輸入するほうが安価で安定していることから、人形峠でのウラン鉱の採掘は中止されることになった。政治的な観点からは、稀少なウラン鉱を有事の際の資源として温存するという目的もある。2001年にはウラン濃縮原型プラントも閉鎖。閉山までに採掘された鉱石は約8万6000トンで、濃縮され取り出されたウランは84トンであった。取り出されたウランは核燃料製造の研究に用いられ、製造された核燃料は実験プラントで用いられて原子力の技術開発を支えた。ウラン濃縮プラント閉鎖後は放射性廃棄物の処理技術の研鑽を主業務としており、日本原子力研究開発機構人形峠環境技術センターが開設され、研究が行われている。かつてのウラン坑道は一般公開され見学することもできる。人形峠など各地のウラン探鉱活動で生じた、微量の放射性を帯びた残土は約45万立方メートル、約100万トンに達するとされるが、鳥取県内に長らく堆積されたままになっていることが1988年（昭和63年）に報道された。そのうち、旧東郷町（現湯梨浜町）方面（かたも）地区に残された約3000立方メートルについて地元自治体と動燃が撤去協定を結んだが、人形峠のある岡山県の承諾が得られず、搬送できないままとなっていた。訴訟により、2004年（平成16年）10月に撤去命令が出され、命令を実行できない期間中制裁金を科されることになった。2005年に残土の一部をアメリカへ移送して処理を行ったほか、2006年に人形峠の鳥取県側に残土処理施設を新たに建設してレンガに加工処理を行うことになった。2008年に処理施設が完成し、搬出された残土は4月から日本原子力研究開発機構によってレンガに加工され、2010年12月13日までに約145万個が製造された。一般向けには「人形峠製レンガ」として販売している。このレンガにはごく微量のウランが含まれているが、レンガの放射線量は平均0.22μSv/hで花崗岩と同じ程度のため安全としており、文部科学省の新庁舎のほか、現在までに各地で花壇や歩道の整備などに使われている。また、妖精の森ガラス美術館ではウラン化合物を利用してウランガラスの製作を行っている。