明治4年（1871年）、肥後国には熊本県と八代県が設置された、熊本県はその後白川県と改められ、1873年（明治6年）、白川県と八代県が合併して白川県となった。1876年（明治9年）、再び熊本県に改名され、現在の熊本県が誕生した。太平洋戦争末期までは熊本が九州の中心と見なされ、熊本鎮台・第五高等学校などが設置されたが、戦況が悪化すると連合国軍による本土上陸を恐れた政府が、九州統監府をより本州、帝都東京に近い福岡に設置したため戦後も九州の中心が福岡となった歴史を持つ。第五高等学校教師として夏目漱石・小泉八雲が熊本市に住んでいたことがあり、森鴎外も第12師団軍医部長を務めていた時に、熊本市を訪れたことがあり短編小説『阿部一族』を書いた。これは江戸時代初期に肥後藩で実際に起きた、阿部一族が上意討ちで全滅した事件を題材にしている。
豊臣秀吉の九州征伐により佐々成政が肥後の国主を命じられるが、太閤検地に反対する国人たちによる一揆が起こった。秀吉は成政にその責任を負わせて切腹を命じる一方、一揆に参加した国人たちを徹底的に弾圧し、その勢力は一掃された。その後、秀吉は北半分を加藤清正、南半分を小西行長に分け与え、球磨郡においては相良氏の支配を認めた。小西行長が関ヶ原の戦いで敗れ滅亡すると、加藤清正がその領地を併せ52万石の領主となった。清正は名城熊本城を築き、また河川・水路を改修して耕地を広げ生産力の向上に努めたため治水の名人として崇められた。しかし清正の死後、息子忠広の代に改易され、代わって細川氏が54万石の領主となった。（熊本藩）支藩として宇土藩、熊本新田藩がある。また、家老の松井家は八代城の城代として、3万石を与えられており、事実上の八代支藩の藩主であった。他に肥後国内には、相良氏が治める人吉藩があった。天草は長崎に近く、また、キリシタン大名であった小西行長の領地になったこともあり、キリシタンの数が多かった。関ヶ原の戦い後、唐津藩12万石の領主である寺沢広高の領地となるが、寺沢はキリシタンを弾圧し、また過酷な徴税を行ったことから、寛永14年10月25日（1637年12月11日）に島原の乱が起こると、住民の半分がこれに参加し、全滅した。乱後、天草は天領となり、初代代官の鈴木重成の尽力によって天草は次第に復興していった。
2004年9月15日、同年3月に横山貴男から無償でハルウララを譲渡され実質的な馬主となっていた安西美穂子の手によって、ハルウララは栃木県黒磯市にある那須トレーニングファームへ移送された。移送に至る経緯や移送当日のやり取りについては、宗石と安西との間で主張に食い違いがある。宗石は、引退レースを勝たせるための体力づくりをさせたいと主張する安西サイドと「高知競馬の僕らの手の中で出走させ、ファンの皆さんに姿を見せ、その中でチャンスがあれば勝つ」という方針を抱く自身との間で以前から対立があり話し合いの最中であったが、9月15日午前に馬運車とともに安西が現れ、約2時間の押し問答の末、安西側の人間に「おまえの考えはどうでもいい、馬を出すのはオーナーの勝手だ」、「警察を呼ぶぞ」などと言われ移送に合意せざるを得なかったと主張している。一方安西は、当時撮影中の映画『ハルウララ』への出演と引き換えに9月13日以降に放牧に出すことについて高知県競馬組合管理者の前田英博との間で合意が成立しており、宗石も「投げやりな言い方だったが、『好きにしてください』と言っていた」と述べ、同意は得ており突然の移送ではなかったと主張した。なお、日本経済新聞記者の野元賢一は移送に関し合意があったかについて、「競走馬の移動の際に携行すべき『健康手帳』は、移送後も宗石調教師の手元にあり、後日に黒磯へ郵送された。必要な書類の受け渡しもない移送を、安西は『合意の上』と主張している」と指摘している。安西は移送の理由について、「休養させ、いい状態で勝たせてあげたい」ことにあると述べ、宗石が「いろいろなしがらみがあり、仕事を背負い込んでいて、ゆとりがない状態だった」と主張して移送を正当化した。安西はみずからが運営するホームページにおいても「ハルウララには慢性的な疲労が蓄積しており、中長期的に休ませることが必要」と主張、さらに栃木県で行った血液検査の結果、白血球値が高いことや肝機能の低下が判明したとして、「高知競馬で走らせていれば競走生命が失われていた」、「回復まで中・長期の療養が必要」と述べた。ただし、移送後ハルウララに関するシンポジウムを開催したファンのひとりは、血液検査を行った獣医師から「2回目の検査が終わった後、『馬は元気なので高知に返すべき』と進言した」という証言を得たと主張している。高知新聞の記者石井研は安西の一連の行動について、安西が3月にハルウララの商標登録を出願したこと、8月にハルウララのグッズの権利を巡り高知競馬側に内容証明書を送り付けた事実、さらにハルウララのオーナー会員を募り、「引退までは月会費をニンジン代に使うと金を集めておきながら、財務内容は出資者にも明らかにしていない」事実を示したうえで、以下のように述べている。考えてもみてほしい。貧しい競馬場で弱い馬を走らせ続け、枯れ木に花を咲かせたのは調教師であり、厩務（きゅうむ）員たちだ。「花咲かじいさん」が満開に育てた後で無償でもらい、半年で700万円以上のグッズ権利金を手にし、連れ去った揚げ句に「高知競馬は馬を酷使している」。あんまりじゃない？と思うのは無理からぬこと。馬主側の財務内容こそ明らかにしてもらいたい。  — “【夕刊話題】使途不明?”. ハルウララ関連記事.   高知新聞 (2004年12月28日). 2016年3月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年5月18日閲覧。