平成17年（2005年）11月28日付けで、神社本庁との包括関係を解消し、単立神社となる決定を行い、同時に「財産の管理および処分に関する役員会の決議事項は神社本庁に報告する」と定めた、気多大社神社規則変更を決議した。石川県はこの規則変更決議を認証するも、平成18年（2006年）1月に、神社本庁が県の認証を取り消すよう文部科学省に取り消しを申請し、平成18年（2006年）5月に、文部科学省は石川県の認証を取り消す決断を下す。これにより、神社本庁からの離脱が事実上、無効となった。神社本庁は平成18年（2006年）8月29日附で宮司を懲戒免職とし、翌30日に石川県神社庁長（当時）を兼任宮司に特任した。気多大社側では、これらの処分を不服とし、平成18年（2006年）9月、文部科学省に対する提訴を行った。平成19年（2007年）9月13日、東京地方裁判所は気多大社側の主張を認める判決を出したが、平成20年（2008年）9月、二審の東京高等裁判所では、一審判決を破棄し、文部科学省の判断を支持する判決を出した。気多大社側は最高裁判所へ上告した。平成22年（2010年）4月20日、最高裁第3小法廷は二審判決を破棄し、気多大社による神社規則変更を認め、「宗教法人の規則は、財産処分に関する事項を定めた規定が存在しなくても、それだけで宗教法人法に違反するとは言えない。」と指摘して、文部科学省の裁決を違法だと結論づけ、同裁決の取り消しを命じた東京地裁判決が確定判決となった。
奈良時代には北陸の大社として京にも名が伝わっており、『万葉集』に越中国司として赴任した大伴家持が天平20年（748年）に参詣したときの歌が載っている（文献上初見）。国史では、古くは『続日本紀』神護景雲2年（768年）の記事が見え、同記事では封戸20戸・田2町が支給されている。また神階に関しては、延暦3年（784年）の正三位から、天安3年（859年）に従一位勲一等までの叙位・叙勲の記事が載る。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では能登国羽咋郡に「気多神社 名神大」と記載され、名神大社に列している。中世以降は能登国一宮とされ、中世・近世の間は畠山氏・前田氏など歴代の領主からも手厚い保護を受けた。明治4年（1871年）、近代社格制度において国幣中社に列し、大正4年（1915年）に国幣大社に昇格した。戦後は神社本庁の被包括宗教法人となり別表神社に指定されていたが、後述のように平成22年（2010年）に神社本庁に属さない単立神社となった。
社伝（『気多神社縁起』）によれば、第8代孝元天皇の御代に祭神の大己貴命が出雲から300余神を率いて来降し、化鳥・大蛇を退治して海路を開いたという。また『気多社島廻縁起』では、気多大菩薩は孝元天皇の時に従者を率いて渡来した異国の王子とし、能登半島一体を巡行して鬼神を追放したと記される。『気多社祭儀録』では、祭神は第10代崇神天皇の御代の勧請とし、神代からの鎮座とする説もあると記される。一説として、孝元天皇の御代には七尾市に鎮座（現・気多本宮、位置）し、崇神天皇の御代に当地に遷座したとも伝えられる。
能登半島の付け根、羽咋市北方に日本海に面して鎮座する。祭神の大己貴命は出雲から舟で能登に入り、国土を開拓したのち守護神としてこの地に鎮まったとされる。古くから北陸の大社として知られ、中世・近世には歴代の領主からも手厚い保護を受けた。現在は本殿など5棟の社殿が国の重要文化財に指定されているほか、国の天然記念物の社叢「入らずの森」で知られる。
1962年、再びイタリアに戻り、自身の本のイラストレーターや、彫刻の活動を始める。以後およそ40冊の絵本を発表する。1970年以来想像上の植物の構想を練り始め、1976年に「平行植物」の題で学術書の体裁で出版された。1999年、イタリアのトスカーナ州で死去。
長谷寺の創建は奈良時代、8世紀前半と推定されるが、創建の詳しい時期や事情は不明である。寺伝によれば、天武朝の朱鳥元年（686年）、僧の道明が初瀬山の西の丘（現在、本長谷寺と呼ばれている場所）に三重塔を建立、続いて神亀4年（727年）、僧の徳道が東の丘（現在の本堂の地）に本尊十一面観音像を祀って開山したというが、これらのことについては正史に見えず、伝承の域を出ない。承和14年（847年）12月21日に定額寺に列せられ、天安2年（858年）5月10日に三綱が置かれたことが記され、長谷寺もこの時期に官寺と認定されて別当が設置されたとみられている。なお、貞観12年（870年）に諸寺の別当・三綱は太政官の解由（審査）の対象になることが定められ、長谷寺も他の官寺とともに朝廷（太政官）の統制下に置かれた。それを裏付けるように10世紀以後の長谷寺再建に際しては諸国に対しては国宛を、諸寺に対しては落慶供養参加を命じられるなど、国家的事業として位置づけられている。長谷寺は平安時代中期以降、観音霊場として貴族の信仰を集めた。万寿元年（1024年）には藤原道長が参詣しており、中世以降は武士や庶民にも信仰を広めた。長谷寺は東大寺（華厳宗）の末寺 であったが、平安時代中期には興福寺（法相宗）の末寺となり、16世紀以降は覚鑁（興教大師）によって興され僧正頼瑜により成道した新義真言宗の流れをくむ寺院となっている。天正16年（1588年）、豊臣秀吉により根来山（根来寺）を追われた新義真言宗門徒が入山し、同派の僧正専誉により現在の真言宗豊山派が大成された。近年は、子弟教育・僧侶（教師）の育成に力を入れており、学問寺としての性格を強めている。十一面観音を本尊とし「長谷寺」を名乗る寺院は鎌倉の長谷寺をはじめ日本各地に多く240寺程存在する。他と区別するため「大和国長谷寺」「総本山長谷寺」等と呼称することもある。門前町初瀬の参道脇には、西国三十三所の観音霊場をつくるよう閻魔大王から託宣されたと伝わる僧侶の徳道が天平7年（735年）創立したといわれる番外札所法起院（徳道上人廟）がある。