コミックと小説の『Aliens: Earth Hive』と『Aliens: Nightmare Asylum』からの続編であり、時系列的には『エイリアン2』と『エイリアン3』の間に位置する。2195年、リプリーは惑星LV-426でのニュートとの思い出を振り返りつつハイパースリープから目覚め（ニュートは眠ったまま）、宇宙船は植民地海兵隊のスラコ号に到着する。ハンケルソンはノストロモ号の船員が見つけた宇宙船と化石化した宇宙人（スペース・ジョッキー）の調査のため、リプリーに海兵隊たちと一緒に再びLV-426へ行くよう任命する。LV-426での調査中にエイリアンに襲われながらも任務を終えたリプリーたちはエイリアンから地球を取り戻すため、海兵たちと共に地球へ向かう。地球の軌道上に待機していたリプリーは、エイリアンの大群に支配された地球から脱出したヒックス似のウィルクス伍長と、コロニーの唯一の生存者であるビリーという女性と出会う。また、リプリーはニュート似のビリーに死んだ娘アマンダの面影を重ね、彼女の写真を見て思い出に耽る。リプリーはウィルクスやビリー、他の海兵隊たちと共にドロップシップに乗り、エイリアンに壊滅されて荒廃した地球へ降下する。ビリーと協力し、エイリアンにさらわれた生き残りの少女のエイミーを救出すると、大量の核爆弾の貯蔵場所へエイリアン・クイーンを誘い込んでエイリアンの大群を集め、核爆弾を爆発させて地球を脱出した。こうして赤茶色にまで荒廃した地球の未来は、将来の人類によるテラフォーミングに託された。リプリーは、宇宙船内でビリーに「コールドスリープで再び地球へ帰る」と告げる。なお、コミック『Aliens: Earth Angel』では1950年代に主人公のダニエル・リプリー博士が地球でエイリアン・クイーンと戦うが、彼はエレンの祖先という設定になっている。
2270年、地球を目指していたはずのスラコ号は、流刑惑星フィオリーナ161（通称「フューリー」）へ不時着してしまう。ニュートやヒックスは不時着の衝撃によって死亡していたうえ、2人と同様の理由によって機能を停止したビショップはゴミ捨て場へ廃棄されていた。また、不時着の原因はスラコ号の脱出ポッド内にエイリアン・クイーンが生み落としていた卵から生まれたフェイスハガーによるものだったうえ、エイリアンによって囚人たちが次々と虐殺されていく惨劇の中、自らはそれに寄生されていたことや次代のエイリアン・クイーンを産む母体として殺されずに生かされていることが、物語中盤で判明する。生き残りの囚人たちと協力してエイリアンたちとの戦いを繰り広げるが、最後は自らの体内のクイーンをウェイランド・ユタニ社に生物兵器として悪用されないよう、鉛の溶鉱炉へ飛び込んでクイーンもろとも自殺した。
辛くも脱出を果たしたリプリーであったが、彼女が乗り込んだナルキッソスは漂流中に一度地球の近くを通り過ぎてしまったことが原因で発見が遅れてしまい、救助されるまでに57年もの月日が流れてしまっていた。体調が回復した後、ウェイランド・ユタニ社の査問会でノストロモ号爆破の職務責任を問われた際、エイリアンの襲撃が原因であったという必死の説明をするも、聞き入れられず精神異常者として扱われ、航海士としての免許を剥奪される。その後はパワーローダーの2級免許を取得し、貨物船の物資搬入業務で生計を立てていたが、ノストロモ号での惨劇の悪夢に苦しむ。そんな中、LV-426に移民している民間人が音信不通との連絡が入る。自らの悪夢と向き合うため、植民地海兵隊とともに軍艦スラコ号へ隊長顧問兼アドバイザーとして乗り込むと、悪夢の始まりの地であるLV-426へ旅立った。一行の予想に反し、状況は悪化していた。無数に増殖していたエイリアンとの戦闘によって海兵隊の大半が死亡したため、救援のめども立たないまま施設に立てこもると、生存者である民間人の少女ニュート、海兵隊伍長のヒックス、アンドロイドのビショップとともにLV-426を脱出する。スラコ号に入り込んだエイリアン・クイーンをパワーローダーで撃退した後、地球へ帰還するために再びコールドスリープに入った。本作では、エイリアンに囲まれた海兵隊の面々が戦意を喪失しかけている中でも自らが率先して作戦を立て、ヒックスから「戦略家になれる」と評されるほどの頭のキレの良さを見せたほか、ビショップにも「人間にしてはやる」と評されている。また、劇中でチェストバスターに貫かれる悪夢を何度も観ているが、これは次作で正夢となる。
2122年、ウェイランド・ユタニ社に雇われ、宇宙貨物船ノストロモ号の二等航海士となった。その航海の途中に惑星LV-426から発信された電波を拾い、そこの調査を行う。LV-426では仲間の船員がフェイスハガーによってエイリアンに寄生されたが、ノストロモ号はそれに気づかず飛び去った。その後、船員の身体を破って飛び出してきた1匹のエイリアンによって、リプリー以外の船員は皆殺しにされた。また、船員の中にはひそかに会社の密命を帯びて派遣されたアンドロイドが混じっており、これが被害の拡大を助長させていた。エイリアンを撃退するためにノストロモ号を自爆させた後、脱出艇ナルキッソスに忍び込んでいたエイリアンをなんとか宇宙空間へ放逐することに成功し、船から連れてきた猫のジョーンズと共にハイパースリープに入った。本作では、最後の生き残りとなって船から脱出する終盤までは主人公らしい描写は少なく、出番も含めてやや控えめに描かれている。
『太閤記』などでは、蜂須賀正勝が野盗の出であると書いており、民衆にも長らく信じられていたが、現在では正勝と秀吉が出会ったときの記述が史実と異なっている点があることから、野盗という出自は創作であるとされる。新井白石が作成した『藩翰譜』（または『寛政重修諸家譜』・『古代氏族系譜集成』所収系図）の中から作成された系譜の『蜂須賀氏系図』によると、下野源氏（足利氏）の足利泰氏、もしくは斯波氏の裔を自称する。しかし、多くの史家がこれを疑問を抱いており、蜂須賀氏の出自に関しての確証は未だにない。小和田哲男の説によると、楠木氏の一族とされる。『蜂須賀家記』考異によると、正勝はもともと藤原姓を称しており、松平氏が藤原姓から源姓に改めたのに従って、忠英の代になって源姓に改めたとしている。また伝承として、上野源氏（新田氏）一門の里見氏流鳥山氏の支族の肥後蜂須賀氏の当主の正家（能祐の孫）の娘（斯波氏に嫁いだ）の子の正秋の後裔で、尾張国中村に移住したとも伝わる。蜂須賀氏の系図で信憑性があるのは、『寛政重修諸家譜』・『系図纂要』に記されている正利あたりからで、正利・正勝・家政と3代続いて、小六（小六郎）または彦右衛門を通称としている。それ以前については異説が多数あり、極めて不確かである。南北朝時代に蜂須賀氏の遠祖とされる景成（二郎兵衛尉）なる人物が南朝方の武将として活躍し、その子孫の正昭（正秋）が、尾張国蜂須賀郷を領し、蜂須賀氏を称するようになり、正勝の曾祖父・正永（広秋、正氏、広昭）を始祖とする説があり、下系図にはそれを記した。別説では、織田大和守家・織田敏定の重臣俊家を広俊（正成）の父として、家祖と推定する。