横穴式の納骨窟は奈良時代の鎌倉にも存在した。鎌倉だけでなく、駿河国、伊豆国、相模国、武蔵国、安房国、上総国、下総国と広範囲にみられる。ただしそれは奈良時代に終わっており、鎌倉時代のやぐらの習俗との繋がりはない。ただし奈良時代の横穴式の納骨窟に納骨穴を掘り、火葬骨を納めて五輪塔で供養している例が見つかっており、鎌倉時代初期には奈良時代の横穴式の納骨窟を利用したやぐらはあったと思われている。なお、巌窟の宗教施設なら全国にみられる。鎌倉・逗子においては巌堂や岩殿寺などがそれにあたり、ふたつとも平安時代からのものである。
納骨用の造作としては、玄室中央に大きな穴を掘り（画像11）、そこに火葬した骨を次々に入れる場合。火葬せずに遺体を納める場合。床面に小さな穴を次々に掘り、そこに火葬した骨を納める場合（画像23）。また壁に四角や丸い穴（龕）を開けてそこに火葬した骨を納める場合や、三面壁の天井下に長押（なげし）状の納骨用彫り込みをもつやぐらなどがある（画像13）。ほとんどは火葬した骨である。それらの穴（龕）には蓋をされていた形跡が残るものもある。長押（なげし）は柱同士の上部などを水平方向につなぎ、柱の外側から打ち付けられるもので、現在の住宅にもあるが、古代中世の寺院建築においては構造的な意味合いが強く、部材も厚かった。古代・中世の古建築の解体修理などをすると、この長押上に納骨されているのが見つかることがある。ただし納骨用の造作をもたず、仏華瓶や香炉などに遺骨を納めて石塔の脇におく例や、五輪塔や宝篋印塔の中に納骨されている場合もある。つまり人一人分の骨としてはえらく少ない。ほぼ分骨ぐらいの量である。後世にそれが持ち去られてしまえば納骨の痕跡はそこに残らない。当時の火葬では遺骨は炭や灰に混じり全てが回収できるわけではない。火葬場の発掘では焼土や炭に混じって骨の破片がある。中にはかなりの部分を残していたり、稀には焼いたままその場で焼き穴を埋めてしまったものも見つかっている。つまり全ての骨の回収はそもそも無理なので、拾えるだけの骨を拾い、布などに包んでやぐら中央の大きな穴に納めるということもあれば、供養のためのお骨だけを拾い、香炉などに入れてやぐらに納め、そこで十王信仰や十三仏信仰に基づく追善供養を営むというようなことが考えられる。つまりやぐらは現在の墓の感覚、納骨場所とは異なり、供養（法事）をする場所、供養する対象として納骨する場所という性格が強いということになる。
父は明治を代表する文部官僚で男爵の九鬼隆一。祖先は九鬼水軍を率いた戦国武将の九鬼嘉隆。母の九鬼波津子は周造を妊娠中に岡倉覚三（天心）と恋におち（隆一は岡倉の上司であった）、隆一と別居（のち離縁）するという事態となった。生みの父・隆一、精神上の父・岡倉、そして喪われた母という、この3人のはざまで幼少期・青年期の周造は成長していくこととなり、それは後の精神形成にも大きな影響を与えることとなったと考えられる。九鬼は子供の頃、訪ねてくる岡倉を父親と考えたこともあったと記している。1904年に東京高等師範学校附属中学校（現・筑波大学附属中学校・高等学校）卒業。第一高等学校独法科に進むも文科に転じる。東京帝国大学文科大学哲学科ではラファエル・フォン・ケーベルに師事した。東京大学哲学科卒業後、ヨーロッパ諸国へ足かけ8年間留学する。はじめドイツに渡り、新カント派のハインリヒ・リッケルトに師事するが、それでは満たされず、のちフランスに渡り、アンリ・ベルクソンと面識を得るなどし、その哲学から強い影響を受ける。と同時に遊興にも走った。その後ふたたびドイツに留学すると、今度はマルティン・ハイデッガーに師事し、現象学を学んだ。九鬼は三木清や和辻哲郎などとともに日本でハイデッガーの哲学を受容した最初の世代にあたり、「実存」といった哲学用語の訳語の定着をはじめとして、日本におけるハイデッガー受容において果たした役割は少なからぬものがあるといえる。また、ハイデッガーの方も九鬼を高く評価している。1929年に帰国してから1941年に没するまで、京都帝国大学文学部哲学科で、デカルト、ベルクソンをはじめとするフランス哲学や近世哲学史、現象学を中心とした当時の現代哲学などを教えた。1929年に京都帝国大学講師に就任、1932年に博士論文「偶然性」を提出し京都帝国大学文学博士の学位を取得、そして1933年助教授となり、1935年から西洋近世哲学史講座の教授となった。ヨーロッパの長期滞在の中でかえって日本の美と文化に惹かれていく自分に気づいていった九鬼は帰国後、その洞察を活かして「いきとは、垢抜けして、張のある、色っぽさ」の言葉のある『「いき」の構造』（1930年）を発表する。これは、日本の江戸時代の遊廓における美意識である「いき」（粋）を、現象学という西洋の哲学の手法で把握しようと試みた論文で、これを考察の対象にしたということだけで当時は驚きをもって迎えられた。九鬼は1941年に腹膜炎で死去し、京都の法然院で、谷崎潤一郎や内藤湖南らとともに眠っている。墓石の揮毫は同僚の西田幾多郎によるもので、側面には西田が翻訳も行ったゲーテの「さすらい人の夜の歌]（Wandrers Nachtlied）の一節が刻まれている。九鬼の遺稿と蔵書は親友の天野貞祐（当時、旧制甲南高等学校校長）に託され、現在は甲南大学図書館に九鬼周造文庫として保存されている。