今谷明は、日本の勝因として、その理由を強固な組織としての封建制とそれに基づく挙国一致体制の完備によるという見解を出している。今谷明は、蒙古軍が制圧できなかったエジプトのマムルーク朝や神聖ローマ帝国と日本の3つの地域に共通するものとして、強固な組織としての封建制があることを指摘している。今谷はマムルーク朝についてイクター制研究で著名な佐藤次高の説明を引用し、マムルークが主君であるスルターンから与えられる地租（ハラージュ）等の租税徴収権とその当該地であるイクターを「地頭職と読み換えれば、日本の御家人制にそっくりの構造が浮かび上がる」と述べ、加えてスルターンとの強い忠誠心やマムルーク相互の間での強い仲間意識など日本の御家人制との共通点を指摘している。また、マムルーク軍団の源流としてアラブ征服時代のアラブと征服地域の非アラブとの間に行われたパトロン（保護者） - クライアント（被保護者）の関係、「ワラー関係」についての清水和裕の研究にも触れ、清水の「主人と従属者の間に結ばれる、法的に保証された個人的紐帯であった」という説明から、これらも「日本の武士団の勃興とその封建制的関係に極めて似通った軍団の性格がみられるということになろう」と評している。
近年の海底調査では、長崎県鷹島南部の海底から元軍の刀剣や碇石などが発見されている。海から引き揚げられた物の中には、元軍中隊長クラスの管軍総把の証である「管軍総把印」と刻まれている青銅印が発見されている。管軍総把印の印字は、元朝の国字パスパ文字で刻まれており、印面の裏の左側は漢字で「中書礼部 至元十四年（1277年）九月　日　造」の字がみえる。2011年10月24日、琉球大学教授・池田栄史の研究チームが、伊万里湾の鷹島沖海底に沈んでいる沈没船を元寇時の元軍船と判定したと発表した。2011年11月16日に参議院に提出された｢長崎県松浦市鷹島沖で発見された元寇船の文化財指定及び保存の在り方に関する質問主意書」に対して、政府は同1月25日の答弁書において文化庁において文化財指定に向けた準備を進める見解を示し、その後元軍船が発見された鷹島東部沖合は「鷹島神崎（こうざき）遺跡」として国の史跡に指定され、日本初の水中遺跡となった。2014年10月2日には、さらに2隻目となる元軍船を1隻目の発見地点より東に約1.7kmの地点で発見したことを池田栄史が発表。左右両側の外壁板や船体内の隔壁板の構造が分かる良好な状態で残っていることを明らかにした。なお、船体は長さ約12m、最大幅約3mで、周辺から中世の中国製とみられる茶碗、壺といった陶磁器が約20点見つかり、船体は外板が3枚打ち付けられ、船内が9枚の隔壁で仕切られている等、中世の中国船の特徴が確認できることから、江南軍の船体であったと思われる。
2003年、第43回衆議院議員総選挙に民主党公認で長野1区から出馬。長野1区では自由民主党公認の小坂憲次に僅差で敗れたが、重複立候補していた比例北陸信越ブロックで復活し、初当選した。当選後、衆議院予算委員会に所属し、BSE問題について首相の小泉純一郎や農林水産大臣の武部勤に対して質疑を行った。2005年の第44回衆議院議員総選挙では、長野1区で再び小坂に敗れたが、比例北陸信越ブロックで復活し、再選。2006年9月より、民主党次の内閣でネクスト農林水産大臣を務め、農家への戸別所得補償制度の立案に携わる。2009年の第45回衆議院議員総選挙では、長野1区で小坂を破り、初めて選挙区で当選した。2010年、菅内閣で農林水産副大臣に任命され、菅第2次改造内閣まで務める。2011年9月の民主党代表選挙では、現職の農林水産大臣であった鹿野道彦を支持し、代表選出馬に際して鹿野が旗揚げした素交会の結成に参加（鹿野は野田佳彦らに敗れ、1回目の投票で4位に終わった）。野田内閣発足に伴い農林水産副大臣を退任し、民主党副幹事長に就任。2012年の消費増税をめぐる政局では、6月26日の衆議院本会議で行われた消費増税法案の採決で、党の賛成方針に反して棄権した。民主党は7月3日の常任幹事会で厳重注意処分とする方針を決定し、7月9日の常任幹事会で正式決定した。同年12月の第46回衆議院議員総選挙には民主党公認、国民新党推薦で出馬。与党に猛烈な逆風が吹き荒れる中、長野1区で自民党新人の小松裕、日本維新の会新人の宮沢隆仁を下し、4選。2014年の第47回衆議院議員総選挙では、長野1区で自民党前職の小松裕、次世代の党前職の宮沢隆仁らを破り、5選。2015年の民主党代表選挙では、当初は立候補に意欲を示していたが、リベラル系の候補を一本化するため自身の出馬は見送り、自身も所属する素交会も推す長妻昭元厚生労働大臣を支持。長妻の推薦人に名を連ねたが、長妻は1回目の投票で最下位に終わった（当選者は岡田克也）。2016年の民進党代表選挙では、前原誠司を支持。代表選の選挙戦中、二重国籍問題が発覚した蓮舫代表代行（当時）に対し、自身のブログで代表選からの撤退を求め、9月15日の常任幹事会で党執行部に代表選のやり直しを要求したが、枝野幸男幹事長は応じず、蓮舫は前原、玉木雄一郎を破り、民進党代表に選出された。2017年10月の第48回衆議院議員総選挙で希望の党の公認を受けたが辞退して、また立憲民主党からも公認を受けない無所属で出馬し、6選。その後、同26日に岡田克也が代表を務める無所属の会の結成メンバーとなった。2018年5月7日、民進党と希望の党が合流して新党・国民民主党が結成され、無所属の会を退会しこれに参加した。