1980年代後半から、鳥海山の南麓にある吉出山で業者による採石が始まっていたが、近年、大規模な掘削が行われるようになり、山の景観が大きく損なわれ、水資源の汚染も懸念されたため、遊佐町の町民等が事業の中止を求める事態となった。現在、採石を行っているのは川越工業（秋田県にかほ市）一社のみであり、同社が所有する臂曲（ひじまがり）地区で行われている採石が問題視されている。同社の採石事業についての山形県認可の期限が2013年9月12日までだったため、同年5月中旬から、JA庄内みどり遊佐地区農政対策推進協議会や町環境保全会議により、採石に反対する署名活動が行われ、同年7月3日と25日に、山形県に対し、事業の不認可の要請とともに、56426筆（うち遊佐町民10427筆）の署名が提出された。こうした採石反対運動に対し、山形県は、採石法による申請については、同法の第33条の4に定める基準（公共の福祉に反するとき）に該当すると認められるときは認可してはならないこととされている旨を述べたうえで、2013年4月に山形県水資源保全条例が制定されたことにも触れ、事業の認可申請書には地元との協定書を添付するよう指導しており、問題となっている事業についても厳正に審査するとの見解を示した。川越工業は2013年7月に採石事業認可の再申請を行い、8月に町民説明会を実施。同社は臀曲地区の約9haの土地で採石を続ける意向を示し、標高320m以上で安山岩約33万トンを採石したいとした。同じ8月、同社は、遊佐町女鹿地区（鳥海国定公園に含まれる）での採石事業において、自然公園法の規定にある制限（地下2m）に反し、地下8mまで掘削を行っていたことが、山形県の調査で明らかとなった。なお、同社は2012年にも違法行為で行政指導を受けていた。遊佐町は、2013年10月31日、町議会全員協議会で、川越工業が採石を行っている地区の約50haの土地を町が購入する案を示した。町長（時田博機）は、「採石を止めるためには他に方法がない」とした。議員からは、採石のたびに土地を購入することになりかねないという声もあった。地元の住民からも、掘削で荒れた後の土地を町が購入することに反対する声が出た。町が購入の意志を示せばすぐに採石が止まるわけではなく、実際に購入されるまで採石が続くという点にも、反発があった。なお、川越工業は土地の売却に前向きな姿勢を示していた。2013年11月29日、遊佐町と川越工業は、採石場の土地を町が買い取ることを前提とした協定を締結した。2013年12月3日、山形県は、川越工業の採石事業について、計画どおり、2016年12月2日までの継続を認可した。2018年8月21日、山形県遊佐町の臂曲（ひじまがり）地区で計画されている採石事業をめぐり、採取区域の拡大などの申請について山形県が書類不備を理由に拒否したのは違法だとして、秋田県にかほ市の採石業「川越工業」が県を相手取り処分の取り消しを求めた行政訴訟の判決で、山形地裁の貝原信之裁判長は県の拒否処分を取り消した。9月7日、山形県は、山形地裁判決について、控訴を断念した。
ガロ＝ローマ時代には Ratiatum と呼ばれた町が、当時はロワール川の河岸に位置していた丘陵の上、現在のルゼからレクエにかけて広がっていたと推測される。古代の遺物が若干数、レクエ付近のかつての医療にまつわる聖所と考えられる場所で見つかっている。840年のルイ敬虔王の死につづく危機の時代、その息子で当時のアキテーヌ王シャルルは、親族のベゴン（Bego/Bégon）にブルトン人のナント地方への拡大を防ぐよう任じた。ベゴンはこの町のおそらくバス=モットと呼ばれる辺りに要塞を築いた。843年もしくは844年にベゴンはシャルルに反旗を翻したナント伯ランベールとの戦い、あるいはエルボージュ伯ゴンティエとの戦いに没し、要塞はノルマン人の手にわたった。ノミノエそしてエリスポエが率いたブルトン人たちはナント攻略後、851年にそのときまでポワティエ伯領とみなされていたペ・ド・レを獲得し、最終的にはベゴンの遠征は失敗に終わった。10世紀から、ブゴン（Bougon）領主は、ブルターニュ公の家臣であるChasteignerとして認識された。15世紀、荘園はジャン・ド・マシュクールとの結婚を通じてヴィエイユヴィーニュ領主ランド家に引き継がれた。12世紀、ベネディクト会派の女子修道院がレクエ地区に創設された。そこはブゴンの森とトゥフーの中間にある、遠隔地にあった。当時、修道院の周りには人々が固まって暮らし、礼拝堂は時に公共の祈りの場となった。15世紀、修道院の規律があまりに緩んだように見えたため、ブルターニュ公フランソワ2世は、1468年にカルメル会の修道女となっていた義理の伯母であり元ブルターニュ公妃の、フランソワーズ・ダンボワーズに訴えた。1477年、フランソワーズ・ダンボワーズはカルメル会の修道女たちとともにレクエに移住した。ギルメット・ル・ガックによりベネディクト会の戒律で指導されていたため、彼女が追放された後、運営は容易ではなかった。カルメル会修道院は18世紀終わりまで維持された。この3世紀の間、レクエ女子修道院は社会的に高い地位を得ていた。1790年から1792年にかけ、レクエ女子修道院は聖職者民事基本法に反対した。1791年、ナントの宣誓司教を司教として受け入れなかったために、修道女たちは身柄を拘束されてナントで城に閉じ込められた。市長の要請で投獄から解放されて修道院へ戻ったが、1792年9月、修道院建物は国家資産として売却されたうえ、破壊された。19世紀、女子修道院のあった場所にはナントの小さな神学校の建物が建っていた。20世紀になって、建物は専門リセの校舎として使われている。17世紀、サン・ピエール・ド・ブゲネ教区は2人の領主に分断されていた。フランス革命初期、コミューンをつくるにあたり、ブゲネ教区とレクエ教区の土地がまとめられてブゲネとなった。県の中で最も農村の特性が強いコミューンがそうであったように、住民たちは1790年から始まった聖職者民事基本法に反対していた。3人の宣誓司祭が行きつ戻りつする一方で、非宣誓司祭たちは秘密裏に信仰を維持していたのである。1793年、30万人徴兵令が施行され、コミューンは兵士を12人出すよう求められた。住民の大半が共和国に反対して反乱を起こし、その後フランソワ・ド・シャレット率いるレ軍に統合された。共和国側はナントに避難した。不思議なことに、元領主であるロビノー・ド・ブゴンは、国民衛兵として大きな貢献をしていた。ブゲネはアンドレ海軍工廠を監視する特殊な位置にあった。そこはヴァンデ軍への攻撃を行う開始場所でもあった。ここは1794年3月に悲劇の場所となった。アンドレ海軍工廠の共和国軍によって209人の住民たちが逮捕され、4月2日から3日にかけて銃殺刑にされた。ブゲネは、ヴァンデ反乱軍側抑圧の、最も影響を受けたコミューンの1つとなった。