1953年3月4日、ウラルにいたジューコフは突然、ブルガーニンにモスクワへ呼び戻された。ジューコフは党会議に参加し、そこでスターリンが危篤状態にあると知った。スターリンはその日のうちに息をひきとり、ジューコフは党会議で国防次官に任命された。国防相には因縁のあるブルガーニンが就任した。ジューコフはブルガーニンに、「君のせいで私は嫌というほど不愉快な目にあった。スターリンの攻撃に私をさらしたのも君だ。しかしもし心から協力しようと思っているのなら、過去の遺恨は忘れよう。」と声をかけている。スターリンの国葬は3月9日に実施され、ジューコフは「大祖国戦争の後、スターリンは私に酷い仕打ちをした。それでも私は彼の死が心の底から悲しかった。」と述懐している。1953年6月26日の朝、ジューコフはブルガーニンからクレムリンに呼び出された。マレンコフ、フルシチョフ、モロトフらの幹部が集まっており、マレンコフが保安機関を束ねるベリヤに国家転覆の陰謀があると告げた。ジューコフは自らベリヤの逮捕役を請け負い、信頼する部下数人を集めて、党指導部がベリヤと会談している部屋の外で待機した。マレンコフが合図をしたら、踏み込む手筈だった。合図がでると、ジューコフはつかつかとベリヤに歩み寄り、身柄を拘束すると告げ、彼の両腕をつかんだ。ジューコフの働きでベリヤは逮捕され、銃殺された。ジューコフは後に、生涯で最も大変な仕事はベリヤの逮捕だったと語っている。ベリヤの逮捕は軍部と共産党の関係を象徴する出来事となり大きな意味を持った。スターリン体制下では軍部は冷遇され、治安機関が体制維持の要となったが、新体制では軍部が国家の切り札として期待され、政治の領域でも発言権を拡大した。ジューコフは軍と党の好ましい関係を体現した存在となり、軍部はトゥハチェフスキーの粛清以来、はじめて政治の領域で復権をとげた。ジューコフは国防次官として核戦力も統括していた。1953年秋、ソ連軍はウクライナのカルパチア軍管区で、核攻撃を受けた事態を想定し、野外演習を実施した。ジューコフは準備段階から本番まで演習に関与し、実際に核爆弾を爆発させ、部隊行動への影響を見極めた。核におびえて兵士も指揮官も委縮し、戦車の動きも緩慢だった。ジューコフは戦車の指揮官達を集めて、対独戦で戦ったように動けと命じた。演習は全体として大成功に終わり、演習での教訓は核戦力の運用を前提とする新しい戦闘規範にも盛り込まれた。核兵器の管理と製造もジューコフの提言通り、産業省の管轄から国防省に移された。
南太平洋海戦以後のガダルカナル島を巡る海の戦いは熾烈を極めた。11月11日から14日までの第三次ソロモン海戦では、日米双方の艦隊に大きな損害が出た。輸送船での増援が難しくなってきたので、日本海軍は駆逐艦による「鼠輸送」で増援を行うこととなり、アメリカ側はこれを「東京急行」と呼んだ。ハルゼー大将は、新戦法を考案したキンケイドを「東京急行」を阻止する部隊の指揮官に指名したが、間もなくキンケイドはアリューシャン方面の戦いに引き抜かれ、部隊はカールトン・H・ライト少将に委ねられた。ライトは着任後ただちに第67任務部隊を率いて「東京急行」を阻止すべく出撃。ノーザンプトンは部隊の主力の一角を担った。11月30日夜半、第67任務部隊はアイアンボトム・サウンドに進入。これと同時に、西からも田中頼三少将率いる第二水雷戦隊の一隊がサボ島の西南方からアイアンボトム・サウンドに進入した。第二水雷戦隊はガダルカナル島を背景にしていたので、レーダーでは判別しにくかったが、手前にいた駆逐艦高波を発見するや発砲して炎上させた。ルンガ沖夜戦の始まりである。この時、第二水雷戦隊は7分程度沈黙したものの、やがて酸素魚雷を発射し、巡洋艦隊は特に針路も変えず航行し続けたため、巡洋艦隊は酸素魚雷の槍衾の餌食となった。まず先頭のミネアポリス (USS Minneapolis, CA-36) には魚雷が2本命中し艦首を吹き飛ばしたが、ミネアポリスは何とか持ちこたえて戦い続けた。ミネアポリスの後方を包んでいたニューオーリンズ (USS New Orleans, CA-32) も魚雷の射線に飛び込み、艦首に魚雷が命中してミネアポリス同様に鼻先を失った。3番艦ペンサコーラ (USS Pensacola, CA-24) は損傷したミネアポリス、ニューオーリンズ両艦を避けるべく左に舵を切ったが、両艦からの火災によってペンサコーラの艦影が浮かび上がり、日本側による2度目の雷撃の格好の目標となってしまった。ペンサコーラには1本が後部マスト直下の左舷側に命中し、機械室が破壊され砲塔3基が使用不能になった上、大火災が発生した。4番艦軽巡洋艦ホノルル (USS Honolulu, CL-48) は30ノットの速力で相手から離れ無事だった。殿を進んでいたノーザンプトンは最悪の結果となった。ホノルルと同様に一旦は避けたが、最終的には目標とされてしまった。魚雷2本が左舷後部に命中したが、命中穴は大きく同一箇所に命中したようだった。ノーザンプトンは左に大きく倒れ、火災が発生して如何ともし難くなった。乗組員はノーザンプトンを放棄し、駆逐艦フレッチャー (USS Fletcher, DD-445) とドレイトン (USS Drayton, DD-366) に救助されたが、戦死者は58名と少なかった。3時間後、ノーザンプトンは傾斜して燃えながら沈没していった。アメリカ側は輸送作戦を阻止したため戦略的には勝ったものの、高波撃沈の代償としてノーザンプトンを提供し、他の重巡洋艦もひどく損傷して、戦術的には完敗した。ルンガ沖夜戦におけるノーザンプトンの戦死者のうち、唯一の士官であったハイラン・エバート（オハイオ州出身）は、妻と母および2人の息子、デヴィッドとスコットを残して戦死した。エバートの名誉を称えるべく、1944年5月11日にフロリダ州タンパのタンパ造船所で建造中のキャノン級護衛駆逐艦の一艦にエバート (USS Ebert, DE-768) と命名され、エバートの妻により進水式が行われた。ノーザンプトンは第二次世界大戦の戦功で6つの従軍星章を受章した。