ミトコンドリアはヒト細胞の一部で、それ自身のDNAを持っている。ミトコンドリアDNAの多くは16,569塩基対（追加または削除変異で数は多少異なる) を持ち、ヒトゲノムDNAの32億塩基対に比べるとかなり少ない。ミトコンドリアDNAは母から子に伝達されるため、 mtDNAを用いて直接の母系の祖先を追うことができる。伝達の際にゲノムDNAより比較的まれな確率で変異が起こる。他人とmtDNAが完全に一致した場合、1代前から50代前の間の祖先を共有しているといえる。  もっと離れたハプログループやサブクレードの一致は、共通の地理的な故郷と結びつけられる。父からのmtDNA伝達の有無については議論の余地がある。父からのmtDNA伝達によりmtDNA検査は無効だと主張する人もいる。 しかし、その他の研究は父から子孫へのmtDNA伝達は起こらないとしており、 それが系統mtDNA検査を利用することの根拠となるだろう。
いくつかの会社は常染色体のSTR(short tandem repeats)を提供する。これはY-DNAのSTRと同様だ。提供されるSTRの数は限られており、系統研究には有用でない。米国や英国の法執行機関では、犯罪の立証に常染色体STRのデータを使用している。
X染色体SNPの結果が常染色体DNA検査に含まれることもある。男性も女性も母からX染色体を受け継ぐが、女性のみ2つ目のX染色体を父から受け継ぐ。 X染色体は特別な継承パターンを持ち、atDNAよりも祖先候補を大きく絞り込むのに有用である。例えばある男性とX染色体の一致が見られた場合、それは母系の側から来たことがわかる。 常染色体DNAのように、X染色体DNAも各世代でランダムな組み換えが起こる（ただし父から娘へのX染色体は変化せずに引き継がれる）。男性と女性とで可能なX染色体DNAの継承パターンを表した専用のチャートがある。
多くの会社は顧客に、何cMを共有しているか、そしていくつのセグメントにまたがるかを示す。cMとセグメント数からは2人の個人の間の血縁関係が推定できるが、DNA継承のランダムな性質のため、推定結果はおおよその目安に過ぎない。これは遠い関係ほど顕著である。より離れたいとことはマッチすらしない。特定のSNPについての情報は何らかの目的（例えば目の色を推定する）で利用されることもあるが、キーとなる情報は2人の個人が共有するDNAの割合である。これは関係の近さを示すことができる。しかし2人の続柄については教えてくれない。例えば2人が50%を共有していたとすると2人の間には親子の関係があるとわかるが、どちらが親かはわからない。このデータに対しては様々な高度な技術と分析が可能になっている。In-common/Shared Matches、 染色体ブラウザ、Triangulation(三角測量)など。これらの分析は血縁関係を論証・反証するためDNA鑑定を行うときにも必要となることがある。
常染色体DNA検査の主要な機能は他の個人とのマッチングだ。個人の検査されたSNPは過去に検査を受けた人のデータとともに企業のデータベースにあるため、ゲノムの中に共有するセグメントがあるかを推定できる。 一致するセグメントが検査会社の決めるしきい値より長い場合、マッチしていると考える。塩基対の特定とは異なり、新しく検査されたサンプルのデータや、マッチを決定するアルゴリズムは、独占的で各々の会社で独自のものである。DNAセグメントの単位は centimorgan (cM)を用いる。比較のため、ヒトゲノムは約6500cMである。一致する長さが短いほどマッチが誤りである可能性が高くなる。 以降の解釈で重要となるのは共有するDNAの長さ（あるいは共有するゲノムの比率)である。
すべての主要なサービス提供者はIlluminaが提供するチップを用いた装置を使用する。 チップはどのSNP位置を検査するかを決定する。サービス提供者によって異なるバージョンのチップが使用される。また、最新のバージョンのIlluminaチップは別のSNP位置の組を検査する。SNP位置と塩基対の一覧は「生データ」として顧客に提供される。生データはしばしば別のサービス提供者へアップロードされ、さらなる解釈と一致が行われる。さらなる解析のためデータはGEDmatch(サードパーティ製のwebベースのツールで、元のサービスプロバイダからの生データを解析する)にアップロードされることもある。
円谷英二の愛弟子として薫陶を受け、円谷を「オヤジ」と呼んで慕った。意見の違いでぶつかり合うこともあったが、「そこは信頼関係ですから、根に持つこともありませんでしたね」と語っている。師と仰ぐ円谷と同じく、元は飛行機乗り志望であり、『空の大怪獣ラドン』（本多猪四郎監督）を始め、多くの映画で特撮用の空中撮影のために、円谷と2人でセスナの操縦桿を握っている。前年の『白夫人の妖恋』（豊田四郎監督）に次いで、日本初の総天然色フィルムによる特撮怪獣映画となる『空の大怪獣ラドン』では、特撮・本編合わせてスタッフ全員が未経験のカラー撮影にあたり、どの会社のカラーフィルムを使うかが論議となった。結局、イーストマン・カラーが用いられたが、これは特撮班カメラマンである有川の強い推薦によるものだった。この『空の大怪獣ラドン』で、福岡市天神地区で特撮スタッフとロケハンをしていたところ、地元のチンピラたちが因縁をつけてきた。ところが、彼らが東宝の特撮スタッフだと知ると、チンピラたちは「なんね、この九州にゴジラが来るとね!?」と驚いて態度を豹変させ、歓待してくれたという。有川によると、『ゴジラの息子』は、有川がオヤジ（円谷）を継いで、東宝の二代目特技監督に就任したことを祝って、「ゴジラにも息子をやろう」と生まれた企画だったという。川北紘一によれば、現場では非常に厳しい人物であったという。