モルガンはアメリカ自然史博物館の後援者でもあるほか、上述のメトロポリタン美術館、グロトン・スクール（Groton School）、ハーバード大学（とくにハーバード・メディカルスクール）、トリニティ・カレッジ、ニューヨークの産科医院、ニューヨークの職業訓練学校などの後援者でもあった。モルガンはまた、写真家のエドワード・カーティス（Edward S. Curtis）のパトロンでもあった。1906年には7万5,000ドルでネイティブ・アメリカンシリーズを発注している。カーティスは結局20巻におよぶ大作、北アメリカインディアンを刊行した。カーティスは映画も撮影し、1914年にはイン・ザ・ランド・オブ・ザ・ヘッド・ハンターズ（首狩り族の大地）を完成させた。これは1974年に修復され、イン・ザ・ランド・オブ・ザ・ウォー・カヌー（戦闘カヌーの大地）として公開された。また、1911年には自らの写真とヘンリー・F.ギルバートの音楽を組み合わせた幻灯機によるスライドショー、インディアン・ピクチャー・オペラ（The Indian Picture Opera）を完成させた。
20世紀になるころには、モルガンはアメリカでもっとも重要な宝石や原石のコレクターとなっていた。その数は1000を超した。初めてのコレクションはティファニーのもので、ティファニーのチーフ宝石鑑定家にして宝石学の大家、ジョージ・フレデリック・クンツ（George Frederick Kunz）がそれをセットした。このコレクションはパリ万国博覧会 (1889年)にて公開されたもので2つの金賞を受け、一般見学者だけでなく、学者や宝石関係者からも注目されたものであった。クンツは続けて第二の、さらに上質のコレクションをつくりあげ、パリ万国博覧会 (1900年)に出展した。これらはニューヨークのアメリカ自然史博物館に寄贈され、モルガン・ティファニーと呼ばれている。他にもモルガン・ビーメント・コレクションと呼ばれるものも展示されている。1911年、クンツは新たに発見された宝石を、モルガンにちなんでモルガナイトと命名した。
モルガンは書物、絵画、時計などの芸術作品の著名なコレクターであった。その多くはニューヨークのメトロポリタン美術館に寄託、あるいは贈呈されている。モルガンはそのメトロポリタン美術館の設立に深く関わり、館長を務めた時期もあった。また、彼のロンドンの邸宅や、マディソン大通り36番街にある彼のプライベート文庫に保管されているものもある。モルガンの息子、ジャックは父を記念して 1924年にモルガン・ライブラリーを公共化。モルガンの私的な司書であったベラ・ダ・コスタ・グリーン（Belle da Costa Greene）を初代の館長とした。モルガンは多くの画家により肖像画を描かれていた。特筆すべきはペルー人のカルロス・バッカ・フロー（Carlos Baca-Flor）やスイス生まれのアメリカ人、アドルフォ・ミュラー・ウリ（Adolfo Müller-Ury）らも描いていることで、アドルフォはまたモルガンが愛した孫、マーベル・サターリーとの肖像画も描いている。この絵はマーベルの家の前でイーゼルに架けられたまま置いてあったが、あるとき失われてしまった。
1913年3月31日、モルガンは旅行先のローマ グランドホテルで就寝中に死去した。76歳の誕生日の直前であった。50歳代から医者に不摂生をたしなめられ、生命保険の加入を求められないほどであったが、晩年でもなお葉巻を吸い、大食漢であった。モルガンに連なる人々は、プジョー委員会からの攻めによる精神的疲労が死因であると主張したが、現実の健康面はそのような状態であった。モルガンの死にあたり4000を超す弔辞が寄せられ、ウォール街は半旗を掲揚した。モルガンの遺体がウォール街を通過する間、株式市場は2時間閉鎖された。死去時、モルガンの資産は6830万ドルであった。今日の貨幣価値では13億9000万ドルにあたる金額であった。そのうち3000万ドルは株券としてニューヨーク・アンド・フィラデルフィア銀行にあった。また、芸術品のコレクションの価値は5000万ドルに上った。おおよそ庶民の感覚からかけ離れた金額の遺産ではあるが、カーネギーに言わせると「彼が思ったほど金持ちではなかった」という。カーネギーやハリマンらの足下にも及ばない金額であった。モルガンの遺体は、彼の生誕の地であるコネチカット州ハートフォードのセダー・ヒル墓地（Cedar Hill Cemetery (Hartford, Connecticut)）に埋葬された。
FN.333 リヴィエラは元々ミラノのフォルラニーニ空港にあったナルディ社により開発された。リヴィエラの試作初号機はI-KISSで登録された3座の機体であった。この機体は1952年12月4日に初飛行を行い、出力145 hpのコンチネンタル製空冷エンジンを搭載した唯一のFN.333であった。最初からより高出力のエンジンを装備し4座となった試作2号機は、1954年12月8日に初飛行を行った。ナルディ社はリヴィエラの開発を継続する資源を欠いており、そのために出力240 hpのコンチネンタル O-470-Hエンジンを搭載した試作3号機は1956年10月14日まで飛行できなかった。FN.333Sと命名されたこの機体が量産機の原型となる予定であった。それ以上の開発資源に不足をきたしたナルディ社は1959年3月にリヴィエラの製造権を遥かに大規模なSIAI-マルケッティ社へ売却した。この結果を受けて量産型リヴィエラの最初の10機はミラノ近郊ヴァレーゼのセスト・カレンデにあるSIAI-マルケッティ工場で生産された。SIAI-マルケッティ社が生産した最初のリヴィエラは1962年2月に完成し、1963年1月までに4機をアメリカ合衆国の顧客に納入した。SIAI-マルケッティ社製の機体は、推進式プロペラ機用に製作された燃料噴射装置付きの出力を改善された250 hpを発生するコンチネンタル O-470-Pエンジンを装着していた。リヴィエラは1961年に米国内で購入可能となり、当初はニューアーク (ニュージャージー州)のノーススター社（North Star Company）を通じて販売された。デトロイト・サーヴェア社（ServAir Inc. of Detroit）はデトロイトでリヴィエラを販売し、最初の1機を1962年7月13日に受領した。既に組み上がって飛行可能な状態にあったこの機体は、船の船倉に入れられてイタリアから直接ニューアークに到着した。この機体を除いてほとんどのリヴィエラは半完成状態で出荷され、顧客に納品される前にサウスウェスト・エアモーティヴ社（Southwest Airmotive）で完成させられた。SIAI-マルケッティ社が生産した26機のほとんどが米国内の顧客に販売されたが、ノルウェーやスウェーデンに販売された機体もあった。降着装置を持たない完全な飛行艇版がFN.333Wの名称で計画されたが製造されることはなかった。