1872年にはプティジャン司教の招きによってフランスからサン・モール会（現：幼きイエス会）が招かれている。最初の5人の修道女たちは横浜に修道院と孤児院を建てた。1888年には彼らの手で築地教会の近くに高等仏和女学校が開かれた。これが後の雙葉学園の前身である。プティジャン司教は同じくフランスの女子修道会であるショファイユの幼きイエズス修道会にも修道女の派遣を依頼、これに応えて1877年に来日した4名は神戸で孤児院と学校（後の大阪信愛女学院）を開いた。1878年にはシャルトル聖パウロ修道女会が来日、函館に仏蘭西女学校を開設し、1882年には神田教会の敷地内に孤児院や小学校を建てた。同学校は白百合学園へと発展していく。1887年には、パリ外国宣教会の招致に応えて5人のマリア会員が来日し、翌年東京都に暁星学園が創立された。さらにマリア会によって1891年には長崎市に海星学園が、1898年には大阪市に大阪明星学園が、1901年には横浜市にセント・ジョセフ学院が創立された。なお、キリシタン時代の日本において活躍したイエズス会は、「日本にカトリック高等教育機関を」という教皇庁の求めによって明治期の終わりになって来日し、1913年に上智大学を開いている。
1846年から、日本での宣教を委託されていたパリ外国宣教会は、復興当初から宣教のみならず教育事業と社会福祉事業に力を注いでいた。なお、1884年には、信者数は30,230名、司祭数54名、伝道士252名、教会数は84であった。
アメリカ合衆国からの要求をきっかけに、日本は西洋諸国に門戸を開くようになった。1858年には日米修好通商条約や日仏修好通商条約などが結ばれたことで、外交使節や貿易商と共に多くの宣教師たちが来日した。1846年4月30日にバーナード・ジャン・ベッテルハイム医療宣教師が琉球王国に到着し、8年間迫害の中で宣教活動を行い、琉球語に聖書を翻訳した。
江戸時代、北海道（当時の蝦夷地）には大和民族、すなわち和人の他にアイヌが住んでおり、アイヌたちは神道にも似た、数多くのカムイを崇拝する独自の宗教観を有していた。すでに蝦夷地において、和人の影響力は強くなっていたが、和人はまだ全土に領有権を確立しているわけではない状態であった。また、江戸時代の初期、蝦夷地の一部を治めていた松前藩は、アイヌが「日本風俗に化し染まぬ様」にすることを掟としており、アイヌが日本語を使用したり、和人風の服装をしたりした場合は罰則があったため、アイヌは独自の宗教観を保っていた。このように、まだ日本の支配が及ばない場所もあった当時の蝦夷地では、キリスト教禁令後にもキリスト教の神父がやってきて、アイヌへの布教の可能性を探っている記録がある。また、蝦夷地には時にロシア人が上陸することがあった。彼らの主な目的は、鎖国中の日本に対して交易を持ちかけることであったが、一方でアイヌとも交易を行ったり、正教を布教したりしていた。色丹島などのロシア文化圏に近い場所に住んでいたアイヌの集落には、教会が建てられ、キリスト教を信仰していたとする記録が残っている。樺太のアイヌなどにもロシア正教会が布教を行った記録がある。ただし、樺太では改宗者はほとんどおらず、少数の改宗者のみ報告されている。また、キリスト教への改宗者は、他のアイヌからアイヌ語で「ヌツァ・アイヌ（ロシアアイヌ）」と嘲笑された。やがて1779年に、蝦夷地の厚岸にもロシア人イワン・アンチーピンが上陸するできごとがあった。幕府は、すでに千島列島や択捉島に住むアイヌに、キリスト教が布教されている情報を得ていたため、国泰寺を建立するなどして、現地にキリスト教が広まらないようにした。
品川宿の地主を中心に凶作の年や災害が発生したときに互助を行うため、1845年 (弘化2年) に品川宿を管轄していた関東代官の許可を得て「宿相続」という互助を目的とした積み立てを開始した。積み立て開始後は大きな災害などもなく、積立金が多額となったため、1855年（安政2年）に佐土原藩の抱屋敷 (現在の六行会総合ビルのある場所) を購入した。購入した土地は「荏川町主法地」と呼ばれ、この土地で貸家を建て積立金の運用を行う目論見であったが、抱屋敷跡に貸家を建築する許可が幕府から降りるのは1861年 (万延2年) 年まで待つこととなった。これ以降は購入した土地で貸家の運用を行った。1865年頃からは日掛による積立は行わなくなっていった。明治時代に入り、宿場制度が廃止となると宿相続によって蓄積された積立金を元手に教育助成や荏川町倶楽部という集会所の運営を1923年に開始した。荏川町倶楽部には荏川町文庫という書籍の貸し出しを行う部門があり、これは都内で最も古い図書館である。同年には宿相続から正式な組織名称として六行会を定めた。六行会の六は、かつての南品川宿の六字と『周礼』で人の勤むべき六行に由来する。1921年に東京府会によって決定された「目黒川改修事業」により六行会の貸家と土地の大部分が失われることとなった。のちの1944年には強制疎開（建物疎開）により六行会の所有していた貸家は全て失われている。1927年に当時の文部省から財団法人の認可を受け、1928年に荏川町文庫を荏川町倶楽部から独立した新しい図書館として設置した。1932年に品川地区が東京市に編入されると荏川町文庫を東京市へ寄付した。荏川町文庫は、東京市立品川図書館となり、1950年の品川区への移管後は品川区立図書館と組織を変え、2017年現在も存続している。1994年に設立150年を記念して、設立母体となった品川区立図書館を内包する形で六行会総合ビルを建設した。地下に248人収容の六行会ホールを備え、演劇、コンサート、寄席などに使用される。