一方、アゲシラオス軍はテッサリア人の攻撃を退けてボイオティアに至ると、テバイ、アルゴスなど反スパルタ同盟軍と遭遇し、テバイ領のコロネイアで戦った（コロネイアの戦い）。この戦いにアゲシラオスは勝利し、コリントス湾を渡ってスパルタに帰国した。
一方海では、両陣営がそれぞれ艦隊を編成し、アゲシラオスは配下のエーゲ海の諸国の艦船を集結させて120隻の艦隊を編成し、これを艦隊の指揮権を持ったことのない義理の兄弟のペイサンドロスに指揮権を持たせた。他方ペルシア・アテナイ連合艦隊はファルナバゾスと経験豊富なアテナイ人のコノンに指揮権を持たせた。そして両艦隊は紀元前394年のクニドス近海で衝突し（クニドスの海戦）、スパルタは奮戦したものの結果はスパルタ艦隊の大敗に終わった。この敗北によってスパルタは海上から締め出された。この勝利の後、コノンとファルナバゾスはイオニア沿岸に沿って諸都市からスパルタ人の支配者と駐留軍を追放したが、アビュドスとセストスでは失敗した。
テバイの勝利によるテバイとフォキスとの停戦の後、対スパルタ同盟諸国はコリントスに24000人の大軍を終結させ、それに対し、スパルタも18000人の軍を派遣した。両軍はコリントス領のネメアで会戦し（ネメアの戦い）、スパルタの勝利に終わった。
テバイはスパルタに直接挑戦することに気が進まなかったために、彼らの同盟国のロクリスにロクリスとフォキスの両方の領地から税をとることを勧めることによって戦争に漕ぎつけようとした。この結果フォキスはロクリスに侵攻し、ロクリスはテバイに援軍を要請してテバイはフォキス領に侵攻した。そしてフォキスに助けを求められたスパルタはテバイ人への懲戒という名目で動員を行った。また、テバイは使節をアテナイに派遣し、テバイを助けることを決定したアテナイはテバイを含むボイオティア連合との同盟を締結した。スパルタはペロポネソス戦争で提督として活躍したリュサンドロスとパウサニアス王の二軍でそれぞれボイオティアのハリアルトスへ向かった。パウサニアスより先に着いたリュサンドロスはオルコメノスにボイオティア連合に反旗を翻すよう説得するのに成功し、オルコメノス軍と共にハリアルトスへと向かったが、ハリアルトスの戦いで敗死した。その数日後に着いたパウサニアスは協定を結んで戦死者の遺体を引き取った後、スパルタに引き返した。着くのが遅くなってリュサンドロスを死なせてしまったパウサニアスは裁判にかけられたが、有罪判決が下される前にテゲアに亡命した。紀元前395年末にコリントスとアテナイが対スパルタ参戦し、さらに彼らは他の数多くの小国に使節を送って支持を取り付けた。この動きに対してスパルタは小アジアのアゲシラオスに帰国を命じ、アゲシラオスはヘレスポントスを渡り、トラキアを通って陸路で帰国しようとした。
紀元前404年にアテナイの無条件降伏を以って終わったペロポネソス戦争の後、スパルタは他のギリシア諸国とペルシアの協力を得つつエーゲ海の島々を支配下に収めた。しかし、スパルタは敗戦国やアテナイの旧属国から貢納を要求し、さらに戦時中にスパルタに敵対行為を行ったエーリスを紀元前402年に攻撃したため、コリントスとテバイが対エリス戦でスパルタへの援軍を拒否するなど同盟諸国の間でのスパルタの支持率は下がった。スパルタ王アゲシラオス2世の下でスパルタは紀元前399年に小アジア遠征を行い、ペロポネソス戦争時の協力者であったペルシアと袂を別った。この遠征においてテバイ、コリントス、アテナイは参加を拒否したが、アゲシラオスは小アジアの太守たちを相手に優勢に戦い、撤退の直前にはペルシア王の元への進軍すら計画した。アゲシラオスと戦っていたフリュギア太守ファルナバゾスはギリシア本土で戦争を引き起こすことによってアゲシラオスを撤退させようとし、ロドス人のティモクラテスに資金を持たせてギリシアに派遣した。アテナイ、テバイ、コリントス、アルゴスを訪れたティモクラテスはそれらの国々に対スパルタ戦争を起こすことを説得し、スパルタに対して反感を抱いていたそれらの国々はそれに応じ、ティモクラテスの工作は成功した。
ゲームスタート時に主人公の名前を決定する。この主人公は説明書などのテキストにおいて「あなた」という呼び方が何度も使用されている。また、このとき決めた名前により初期ステータスとレベルアップ時のステータス上昇パターンが変化する。このシステムは『ドラゴンクエストシリーズ』では本作にのみ見られる。主人公にはHP・MP・力・素早さ・経験値・ゴールド・攻撃力・守備力のパラメータが存在する。経験値が一定値に達するとレベルが上がり、ステータスが上昇したり呪文を覚えたりする。最高レベルは30。ゴールドはこの世界の通貨で、さまざまな店で使用する。主人公の装備品は攻撃力を上げる「武器」と守備力を上げる「鎧」「盾」の3種類で、入手した武器や防具は自動的に装備され、それまで装備していたものがその場で売却または破棄されるシステムになっている。本作で主人公がMPを消費して使用できる魔法の呪文は全10種類で、最初は一つも覚えていないが、レベルが一定値まで上がるたびに1種類ずつ順に覚えていく。道具の代用になるもの（その効果は道具と若干異なる）や、回復呪文、敵の行動を封じる補助呪文、攻撃呪文などが存在する。これらは敵モンスターが使用してくる場合もある。主人公はアイテム（道具）を持つことができ、道具にはHPを回復する「やくそう」、暗い洞窟内を照らす「たいまつ」、敵モンスターとのエンカウントを回避する「せいすい」、守備力を上昇させる「りゅうのうろこ」、ラダトーム城へ帰還する「キメラのつばさ」、扉を開く「かぎ」などがある。アイテムは基本的に使い捨てで、このうち、「やくそう」「かぎ」は道具とは別個で、それぞれ6つまで所持できる。