瀞霊廷に侵攻してきた『見えざる帝国』の蒼都（ツァン・トゥ）と対峙、早期決着を狙い卍解するも『大紅蓮氷輪丸』を奪われてしまった。劣勢に陥るが山本元柳斎が放った全力の霊圧を察知し、松本と共に立ち上がる。『見えざる帝国』が撤退した後は、奪われた卍解に未練を残さず、斬術に磨きをかけるべく道場で稽古に励んでいた。『見えざる帝国』の二回目の侵攻ではバズビーと対峙。松本との連携である多重真空氷層を繰り出すが、流刃若火の炎も相殺した火力に窮地に立たされる。その後も奮闘するが、バーナーフィンガー2で重傷を負い、さらに蒼都の乱入で絶体絶命に陥るが、侵影薬により卍解が虚化したことで卍解を取り戻し、『大紅蓮氷輪丸』で蒼都を氷漬けにする。その後、松本を治療しようとするが力尽きて倒れてしまう。直後に、近づいてきたジゼル・ジュエルにゾンビ化され、帝国の軍服へと衣装を変えた姿でジゼルによってマユリの前に召喚される。そのまま戦闘になり、普段の戦闘ではあまり見られない氷結させた体を使った体術を駆使して一角・弓親を戦闘不能にし、襲ってきたクールホーンを一瞬で返り討ちにした。直後にマユリと戦闘になったが、クールホーンの体液に仕込まれていた薬を返り血で浴びていたために薬の効果で戦えなくなり、実験材料にされた。ジゼル戦後は、松本と共にマユリの開発した肉体保護瓶へと入れられ、そのまま霊王宮へと運ばれる。マユリとネムがペルニダ・パルンカジャスとの戦闘を終えた直後にゾンビ化解除が完了し、マユリに礼を言うと戦場へと向かった。この際、ゾンビ化解除の代償として寿命が減ったとマユリの口から語られている。その後、リジェによる狙撃から生き残った護廷十三隊や仮面の軍勢とジェラルドが交戦していた戦地へ一足先に到着し、卍解してジェラルドと交戦するも、瞬く間に押されてしまい、直後に復活した白哉や剣八と共に応戦。暫くの間は剣八とジェラルドの戦闘を見守っていたが、剣八が卍解の反動で戦闘不能になったことで再度参戦し、完成した大紅蓮氷輪丸と白哉の奥義でジェラルドを粉砕したがまたも再生し、暫くの間白哉と共に交戦するもユーハバッハの聖別によってジェラルドが白骨化したため決着はつかなかった。一連の戦いが収束した10年後でも隊長は続けており、隊長となって以降も欠かさず鍛錬場から出勤する射場を労いながら、ルキアの隊長就任式に参加した。
一護に死神の力を取り戻させるため、一護に死神の力を与える刀に他の隊長格らと共に霊圧を与え、ルキアや恋次・剣八・一角・白哉と共に完現術者たちとの決戦に参戦して雪緒と対決する。その戦いでは雪緒を殺したとしても能力が解除されるとも限らないと考え、早い時点で雪緒を凍らせ、雪緒に「能力を解除させたら命は取らない」という交換条件の案を出し、卍解を使うまでもなく勝利した。
破面（アランカル）襲来時に備えて、破面討伐隊の現場指揮官としてルキアらと共に「日番谷先遣隊」として現世へ派遣され、代行組の一護らと合流する。最初は乱菊の誘いを断り自分で泊まる所を探す素振りを見せるが、結局は乱菊と共に井上織姫の自宅に居候する事にした。現世での戦闘では、破面・No.11（アランカル・ウンデシーモ）シャウロン・クーファンや旧第6十刃（セスタ・エスパーダ）ルピと交戦し、勝利を収めている。後に山本総隊長の指示で尸魂界に一時帰還後、現世空座町に侵攻してきた藍染一派を迎え撃つため、現世に赴く。現世での決戦では第3十刃（トレス・エスパーダ）ティア・ハリベルと交戦、仮面の軍勢のリサやひよ里とも共闘するが、スタークやバラガンが倒されたことで十刃に見切りを付けた藍染の介入によりハリベルが始末されたため、戦闘が中断されてしまう。十刃が全滅した後、己の隊長という職務を賭して他の隊長らとともに藍染に立ち向かい、京楽と共に藍染へ真っ先に斬りかかる。だが、鏡花水月の力によって藍染と思い込んだため雛森を刺してしまった上に、感情に左右されたため、藍染に切りかかり、左腕左足を切断される重傷を負う。一連の終結後は回復し、雛森を守るため氷輪丸の力をもっと引き出さんと修行に打ち込んでいる。ひよりとどちらがチビかで言い争う場面もあったが、身長は両方同じである。
天平年間に唐僧・道璿に従って出家し、元開と号す。孝謙朝の天平勝宝3年（751年）30人ほどの諸王に対して真人姓の賜姓降下が行われた際、勅命により還俗して御船王に戻ったのち、淡海真人の氏姓を与えられて臣籍に降下、淡海三船と名を改めた。のち、式部少丞・内豎を歴任するが、天平勝宝8年（756年）朝廷を誹謗したとして、出雲守・大伴古慈斐と共に衛士府に禁固され、間もなく放免されている。淳仁朝では、尾張介・山陰道巡察使を経て、天平宝字5年（761年）従五位下・駿河守に叙任されるなど、地方官を歴任する。天平宝字6年（762年）文部少輔。天平宝字8年（764年）8月に美作守に任ぜられ再び地方官に転じる。同年9月に発生した恵美押勝の乱の際に、藤原仲麻呂が宇治から近江国へ逃れ各地に使者を派遣して兵馬の調達をしていたところ、造池使としてため池を造成するために近江国勢多にいた三船は造池使判官・佐伯三野と共に仲麻呂の使者とその一味を捕縛するなど、孝謙上皇側に加勢して活動する。乱後、三船は功労によって三階昇進して正五位上へ昇叙と勲三等の叙勲を受け、近江介に任ぜられた。また、天平神護2年（766年）になってから、功田20町を与えられている。称徳朝では、兵部大輔・侍従を歴任し、天平神護2年（766年）には東山道巡察使に任じられる。しかし、巡察使として名誉や栄達を気にして地方官に対する検察が厳格に過ぎ、特に下野国の国司らの不正行為（正税の未納・官有物の横領）に関して、下野介・弓削薩摩のみに対して外出を禁じて職務に就かせず、さらに薩摩が恩赦を受けたのちにさらに弁舌を振るって罪に問おうとしたことが問題とされ、翌神護景雲元年（767年）6月に巡察使を解任され、8月には大宰少弐に転じている。光仁朝に入ると、宝亀2年（771年）の刑部大輔と京官に服し、のち大学頭・文章博士などを歴任して、宝亀11年（780年）従四位下に叙せられている。桓武朝の延暦3年（784年）刑部卿に転じるが、翌延暦4年（785年）7月17日卒去。享年64。最終官位は刑部卿従四位下兼因幡守。