フルシチョフがスターリン批判を開始すると、ヴャチェスラフ・モロトフらのいわゆる「反党グループ」との権力闘争が勃発した。ジューコフはフルシチョフを支持して、中央委員会幹部会員候補に選ばれた。党大会が始まると、ジューコフはソビエトの新たな軍事戦略について演説を行った。航空機やミサイルが大量破壊兵器の運搬手段となり、新たな形態の戦争に備えて、空軍力と防空体制の強化に力を注ぐべきだと語った。一方で陸海空の通常戦力も、戦争の最終局面で勝利を決する手段として重要性を失っていないと語った。またフルシチョフのスターリン批判に歩調をあわせ、戦前の赤軍大粛清や大祖国戦争序盤の惨状について、スターリンの責任を追及する演説草案を作った。西部戦線司令官ドミトリー・パヴロフ上級大将の処刑は不当だったと主張し、スターリンの元捕虜に対する扱いを批判、不当に処刑された将兵の名誉を回復すべきだと締めくくった。1957年までに粛清された多くの将兵が名誉を回復した。1956年6月、外相を解任されたモロトフは11月に政府省令を点検する国家統制省に就任、その地位を利用して派閥を形成しフルシチョフに権力闘争を挑んだ。スターリンの寵臣だったラーザリ・カガノーヴィチ、マレンコフ、ブルガーニンがモロトフを支持し、マレンコフはジューコフに協力を求めたが、ジューコフは断固としてフルシチョフを支持した。1957年5月、フルシチョフがレニングラードで、5年以内に肉、バター、ミルクの生産でアメリカを抜くと演説すると、モロトフ派は幹部会越しに行われた演説は幹部会の権威を損なうと批判した。集団指導体制から抜けだそうとするフルシチョフの姿勢は、議決権を持つ幹部会の多数派を敵にまわした。6月18日、緊急幹部会を開いたモロトフ派はフルシチョフを呼び出し、即時解任を要求した。ジューコフはアナスタス・ミコヤンと共にフルシチョフを最も強く擁護し、即時解任要求はなんとかはねつけられた。危機を救われたフルシチョフは、「ゲオルギー、君は危ない所を助けてくれた。君でなければ出来ない芸当だった。このことは決して忘れない。」とジューコフに感謝した。フルシチョフは国防相であるジューコフの助けを借りて、巻き返しを図り、軍用機で中央委員をモスクワに集め、中央委員会総会の開催を要求した。中央委員の圧倒的多数がフルシチョフを支持していたので、幹部会では多数派だったモロトフ派も中央委員会総会では少数派だった。総会ではフルシチョフ派によりモロトフ派がスターリン時代に犯した罪が徹底的に追及された。ジューコフも追及の急先鋒にたち、モロトフ、カガノーヴィチはスターリン時代に3万8679人もの政治犯の処刑を裁可し、彼らの権力乱用について説明を求める必要があると演説した。ジューコフは演説が終わるとさかんにヤジを飛ばし、自分の失脚に関わったブルガーニンが演説を始めると、「そんなふうに物事を捻じ曲げるから、正直者になれないんだ。」と声を張り上げた。総会はフルシチョフの完全勝利に終わり、モロトフ派は政府の職責と中央委員会、幹部会から追われ左遷された。フルシチョフ体制の確立に大きく貢献したジューコフは正式の幹部会員に昇格した。
1964年、京都市東山区五条坂に生まれる。曾祖父は陶芸家6代目木村清山（木村仙之助）、祖父は同7代目木村清山であり歌人の木村二瓶子、伯父は剪紙作家木村祥刀（漫画家木村光久）。その後東京都および千葉県へ転居し、千葉県立東葛飾高等学校、早稲田大学第一文学部を卒業。1981年の高校在学中に習作の短編小説を学内で発表するとともに、8ミリ映画製作、映画上映会・鑑賞会、のちの「Picture Yourself Sound School」での活動に通じる数々のイヴェントを仕掛け、また同年、音楽批評、映画批評を書き始め、『よい子の歌謡曲』誌等に発表。大学に入学した1983年から梅本洋一に師事し、書籍編集をサポートする。大学時代の語学クラスの同級生に栗原美和子、戸田山雅司らがいる。1991年、石井輝男監督の『ザ・ヒットマン 血はバラの匂い』に助監督としてつく。1993年、梅本洋一責任編集『季刊カイエ・デュ・シネマ・ジャポン』誌の初期に参加する。1995年 - 1996年、アートブック『グローバル・ロコ』を主筆として編集発行・DTPデザインをこなし、同誌上で脚本家の奥寺佐渡子にマンガを執筆連載させた。 テレビドラマにくわしいことでも知られ、1997年には『ユリイカ - 詩と批評 -』誌上に北川悦吏子論を発表したのを初めとして、同誌上にテレビドラマ時評を連載、1998年からは「TVぴあドラマ大賞」審査員を北川昌弘、小泉すみれらとともに2000年の同賞の休止までつとめ、2008年からは「Invitation Awards」（『Invitation』誌主催）テレビドラマ部門の審査員を北川昌弘らとともにつとめている。小説家坂口安吾に関わり、1990年代初頭から安吾の妻三千代の執筆した自伝的エッセイ『クラクラ日記』の映画化を目論み、三千代や長男綱男、当時安吾の小説『白痴』映画化を企画中の手塚眞らと交流、のち2000年から安吾を偲ぶ「安吾忌」の事務局を七北数人らとつとめる。2005年、新潟市の安吾情報サイト「坂口安吾デジタルミュージアム」に企画として参加。手塚の主宰した「坂口安吾映画祭」（2006年）に協力、東京・渋谷の「シアター・イメージフォーラム」での手塚とのトークライヴに出演した。『クラクラ日記』は現在も映画化にいたっていない。2004年、福岡で行なわれた「第49回アジア太平洋映画祭」事務局に参与として参加、2005年12月、「2005函館港イルミナシオン映画祭 第9回シナリオ大賞」審査員を崔洋一、飯田譲治、荒俣宏らとともにつとめる。「城戸賞」選考委員（2003年 - 2007年）として、和田竜、尾崎知紀、田中幸子らを発掘した。現代美術やコンピュータテクノロジにも造詣があり、2001年 - 2002年には『サイゾー』誌に『木村立哉のアート紀行 - 現代なのか、美術なのか。』を連載、2006年には『ユリイカ - 詩と批評 -』誌上に横井軍平論を発表するほか、2006年2月、世界で初めてのナム・ジュン・パイク追悼イヴェントとなった、東京都現代美術館での「ナム・ジュン・パイク追悼・東京ミーティング」実行委員を赤瀬川原平、坂本龍一、石黒敦彦らとともにつとめた。