1695年に死んだ叔父のアフメト2世の後を継いで即位した。大トルコ戦争でオスマン帝国へのオーストリアの進出を阻止しようとして1697年にハンガリーの再征服に乗り出した。しかし、プリンツ・オイゲンにゼンタの戦いで大敗北を喫し、和平の道へと進むことになった。1699年のカルロヴィッツ条約によりオーストリアにハンガリーとトランシルヴァニアを、ヴェネツィアにモレアを、ポーランドにポドリアを割譲した。また、1700年にロシアともコンスタンティノープル条約を締結、1696年にピョートル1世が奪った黒海沿岸のアゾフを譲っている。1697年から大宰相に就任してカルロヴィッツ条約に調印したキョプリュリュ家出身のキョプリュリュ・ヒュセイン・パシャが戦後構造改革に乗り出したが、ムスタファ2世の側近でイスラム教長老（シェイヒュルイスラーム）のフェイズッラー・エフェンディとウラマーら保守派の反発に遭い1702年に辞任、1703年に首都イスタンブールからエディルネに移り住むとフェイズッラー中心の側近政治に反感を抱いたイェニチェリと商工業者らの反乱が起こり、フェイズッラーは殺害されムスタファ2世は退位、弟のアフメト3世に帝位を譲り幽閉され、間もなく死去。
推古天皇3年（595年）4月に淡路島に香木が漂着したのが沈香に関する最古の記録であり、沈香の日本伝来といわれる。漂着木片を火の中にくべたところ、よい香りがしたので、その木を朝廷に献上したところ重宝されたという伝説が『日本書紀』にある。奈良の正倉院には長さ156cm、最大径43cm、重さ11.6kgという巨大な香木・黄熟香（おうじゅくこう）（蘭奢待とも）が納められている。これは、鎌倉時代以前に日本に入ってきたと見られており、以後、権力者たちがこれを切り取り、足利義政・織田信長・明治天皇の3人は付箋によって切り取り跡が明示されている。特に信長は、東大寺の記録によれば1寸四方2個を切り取ったとされている。 徳川家康が慶長11年頃から行った東南アジアへの朱印船貿易の主目的は伽羅（奇楠香）の入手で、特に極上とされた伽羅の買い付けに絞っていた（『異国近年御書草案』）。香気による気分の緩和を得るために、薫物（香道）の用材として必要としていたからである。現在では、1992年（平成4年）4月に、全国薫物線香組合協議会が、上記の『日本書紀』の記述に基づいて沈水香木が伝来した4月と、「香」の字を分解した「一十八日」をあわせて4月18日を「お香の日」として制定している。
「沈香」には上記のような現象により、自然に樹脂化発生した、天然沈香と、植樹された沈香樹に故意にドリルなどで穴をあけたり、化学薬品を投入することで人工的に樹脂化させたものを採集した、栽培沈香が存在する。当然ながら、品質は前者が格段に優れている。稀に上記の製造過程から来たと思われる薬品臭の付いてしまっているものや、低品質な天然沈香に匹敵する栽培沈香も存在する。しかし、伽羅は現在のところ栽培に成功していない。また栽培沈香は人工的に作ったものとして人工沈香ともよばれる。栽培沈香は天然沈香資源の乱獲により、原産国でも一般的になりつつあり、国内でも安価な香の原材料として相当数が流通している、なお、香木のにおい成分を含んだオイルに木のかけらを漬け込んだものや、沈香樹の沈香になっていない部分を着色した工芸品は、そもそも沈香とは呼べず、香木でもない。したがって栽培沈香でもない。
2006年10月19日（木曜日）に、レース後の理化学検査で「ディープインパクトの体内から禁止薬物イプラトロピウムが検出された」とフランスの競馬統括機関であるフランスギャロが発表した。この発表を受けて、日本中央競馬会（JRA）の高橋政行理事長は「栄誉ある凱旋門賞に汚点を残す結果となり、誠に残念でなりません」という趣旨の内容の発言をした。この発言はJRAのサイト内にある2006年10月19日のJRAニュースに、平成18年10月19日付けの発表として掲載されている。ディープインパクトは前年の2005年に1984年のシンボリルドルフ以来となる無敗での牡馬クラシック三冠制覇を達成し、当年も天皇賞・春、宝塚記念を優勝。JRAとしては人気と実力を兼ね備えたスターホース候補が久々に出現したということで同馬のPR活動にはかなり力を入れており、日本ダービー当日にはレース前にもかかわらず同馬の銅像を展示したり、凱旋門賞の前にはJRAが主催するレースでないにもかかわらず、「凱旋門に衝撃が走る」「世界のディープを見逃すな」というキャッチコピーを使った同馬のCMも頻繁に流していたという経緯もあったのだが、そのディープインパクト自身から禁止薬物が検出されて、日本中が注目したレースで失格になると言う皮肉な結末となってしまった。事件が発覚した際、同馬の調教師である池江泰郎がフランスギャロに提出した弁明書は「ディープインパクトは9月13日からせき込むようになり、21～25日にフランス人獣医師の処方によりイプラトロピウムによる吸入治療を行った。その間2度、吸入中にディープインパクトが暴れ、外れたマスクから薬剤が飛散し馬房内の敷料（寝ワラなど）、干し草に付着。それをレース前日から当日の間に同馬が摂取し、レース後まで残留した可能性が高い」という内容だった。その後、フランスギャロは11月16日に同馬に失格の裁定を下した。なお、凱旋門賞で禁止薬物による失格馬はディープインパクトが初めてであった。同馬を管理する池江には15,000ユーロ（日本円換算約230万円）の制裁金を科した。また同年11月29日にJRAは同馬に同行した日本人開業獣医師に対し、JRA診療施設の貸し付けを同年12月4日から翌2007年6月3日まで6カ月間停止する処分を行った。