馬匹の改良を命じた明治天皇の馬政勅諚を錦の御旗に、農商務省、陸軍、宮内省は馬券発売を伴う競馬の開催に突き進むが、馬券の賭博性を問題にする司法・内務省はそれに抵抗した。東京競馬会の馬券発売に対して黙許の言質を与える1905年（明治38年）12月の「競馬賭事に関する農商務、陸軍、内務、司法四大臣合議書」に内務、司法両次官が注文を付ける。それは「競馬に関する凡ての賭博行為は、黙許することは得ざるは勿論なれど、単に馬匹の速度力量技能その他に関する知識の優劣を争う為め、其確保手段として多少の金銭等を賭する如きは刑法に所謂賭戯賭奕の行為にあらざるものと信ぜらるるを以て、其趣意を内達すること差支えなし」という付箋として反映された。それはつまり、「馬券は馬匹改良の目的のために馬匹鑑定技術向上の手段として認めるのであって、馬券が節度を越えて賭博行為となったらいつでも馬券を再禁止できる」というレトリックを盛り込んだのである。実際、発売された馬券は甚だしく賭博性を発揮し、わずか2年余りで馬券は再禁止されてしまった。馬券を売りたい勢力と、賭博を何が何でも禁止したい勢力の微妙な折り合いの上に、馬券は公認ではなく黙許されることになった。また、横浜競馬場を馬券黙許の前例とした馬券推進側に対して、司法側は過去の不平等条約・治外法権の好ましくない残滓である横浜競馬場の特別扱いも、他の競馬を同格にすることで特別扱いではなくなるとの思惑も絡んでいたと考えられている。実際に1908年（明治41年）の馬券の再禁止は横浜競馬場も含まれ、横浜競馬場は不平等条約・治外法権以来の既得権益を失った。
自動車が本格的に普及するまでの軍隊では騎兵、大砲曳馬、輜重車曳馬と馬は重要な戦力だったが、日清戦争、義和団の乱、日露戦争と日本軍が大陸に進出するたびに、日本馬の体格の貧弱さと性質の悪さが露呈した。諸外国の軍人からは「日本軍は馬のようなものに乗っている。」「日本軍の馬は家畜ではなく野獣である。」と馬鹿にされ、日本軍自身も日本馬の体格の貧弱さと性質の悪さに頭を抱えた。特に日本にとっての大戦である日露戦争で、日本の馬の劣悪さは国運さえ揺るがしかねないものと認識された。日露戦争中の1904年（明治37年）4月、明治天皇は諸官に馬匹の改良を命じた。すぐさま馬政を統括する馬政局の設置計画が進み、馬政の諸計画がなされ、1906年（明治39年）6月には馬政局は設置され馬政30年計画が推し進められた。その過程で競馬が注目される。良質な洋種馬と繁殖牝馬を輸入し良馬を量産する動機付けには、軍馬の需要だけでは足りなかったのである。良い馬を量産するには馬産農家の意欲が必要、馬産農家に意欲を出させるには良馬の価格を上げ馬産で儲かることが必要、良馬の価格を上げるには高く買う者が必要、良馬を高く買える者を作るのは馬券発売を伴い利益が望める競馬が最適という論理である。実際に当時の馬産地青森・岩手・宮城での馬の平均価格は池上競馬以前の1905年（明治38年）には1頭が35〜42円だったのに対し、馬券黙許時代の最盛期の明治41年には60〜78円に上昇し、馬券再禁止後の補助金競馬時代の1909年（明治42年）には39〜70円になっている。農商務省、陸軍、宮内省を中心に馬券発売許可への意識が醸成されていく。1905年（明治38年）秋には馬券黙許の方針は内定していたと言われている。その背景には横浜競馬場ですでに馬券が「黙許」されていた前例も影響している。
この曲の作曲の際に必ず持ち上がる問題が、ブラームスのかつての恋人アガーテ・フォン・ジーボルト（Agathe von Siebold, 江戸時代に来日したシーボルトの親類）との関係である。ブラームスは、デトモルトの宮廷ピアニストを務めていた1858年にゲッティンゲンにて大学教授の娘だったアガーテと知り合い、恋愛関係に陥る。彼女はきわめて美しい声の持ち主で、ブラームスは彼女が歌うことを想定した歌曲を作曲している。しかし、1859年にアガーテから婚約破棄を伝えられ、この恋愛は終わることとなる。前述のように、弦楽六重奏曲第2番のスケッチは遅くても1855年から始まっている。ブラームスは、この曲のうちにアガーテへの思いを断ち切る決意を秘めた伝えられている。その根拠として挙げられるのが、第1楽章の第2主題終結部に現れるヴァイオリンの音型である。この音型は、イ－ト－イ－ロ－ホという音であるが、ドイツ語音名で読み替えるとA－G－A－H－Eとなる。これは、アガーテの名(Agahte)を音型化したものだ、といわれている。また、ブラームス自身が「この曲で、最後の恋から解放された」と語った、とも伝えられたということも相まって、ブラームスの友人で彼の最初の伝記作家となったマックス・カルベック(Max Kalbeck, 1850-1921)以来、有名な逸話として伝えられている。しかし冷静に考えるならば、この逸話にはいくつかの疑問点が浮かび上がる。その第1に、果たしてこの音型は本当にアガーテを音型化したものなのか、という点である。ブラームス自身はこの音型について何も語ってもいないし、ドキュメントも残していない。ということは、この音型がアガーテを音型化したものであるということに対して、反論する証拠がないと同時にそれを裏付ける証拠もないわけである。また、作曲時期についても、この逸話が第1番の作曲時期（1860年）ならば納得できようが、果たして失恋（1859年）と第2番の作曲時期（1864年～1865年）との間にこれほどの隔たりがあるものか、という点が疑問として残る。さらに言うならば、カルベックの記述に対して、ブラームスの作品をあまりにも詩的に解釈しすぎているのでは、という批判が存在するのも事実である。この逸話については、カルベックの記述がすべての源であるということをあわせるならば、その信憑性についてはもう少し慎重を期すべきである。