2003年3月15日、ボジゼの勢力はパタセ大統領が国外にいる間を狙って首都バンギに入り、権力を掌握することに成功する。この時パタセ大統領はニジェールの会議から戻っている最中だったが、ボジゼの勢力が空港を支配下に入れていたため着陸することができなかった。このため、パタセ大統領はカメルーンに避難し、後にトーゴに移っている。ボジゼはすぐにアベル・グンバを首相に指名し、12月にはグンバを副大統領にして新たにセレスタン・ガオムバレを首相とした。さらに、1995年に制定された憲法を凍結し、それ以前の旧憲法と同様のものを新たな憲法として国民投票にかけ、2004年12月5日に承認された。ボジゼは当初、後に行われる大統領選挙には立候補しないと表明していたが、憲法改正の国民投票が成功裏に終わった後の12月11日、立候補の意思を表明した。12月30日、翌年前半に予定された大統領選挙に立候補する5人の候補者のうちの1人となった。2005年3月13日に行われた第1回投票で、ボジゼは43％弱の票を得た。過半数の票を獲得する者がいなかったため、次点であったパタセ政権での元首相マルタン・ジゲレと第2回投票を行うこととなった。5月8日に行われた決選投票の結果は、5月24日に公式発表され、ボジゼが得票率64.6％で勝利した。これを受けて。6月11日に就任の宣誓を行っている。
2001年5月28日、パタセ大統領に対するクーデターが発生したが、リビア軍やコンゴ民主共和国の反政府勢力であるコンゴ解放運動（MLC）の協力もあり、未遂に終わった。しかし、このクーデター未遂事件の後、ボジゼの大統領に対する忠誠心が疑われ、同年10月下旬に軍参謀長の職を解かれてしまう。ボジゼとパタセの間における争いの発端は、同年11月3日に政府がボジゼを逮捕しようとした時である。5日後、政府軍はリビア軍の支援を得てボジゼの拠点を攻撃し、ボジゼは北のチャドに逃れた。2002年も政府軍とボジゼの勢力との争いが続いた。ボジゼの勢力は10月25日から10月31日にかけて首都バンギを攻めたが、失敗に終わった。この間、パタセ政権とチャドとの間で緊張が高まった。パタセ政権を支える与党は、ボジゼを人的面でも設備的面でもサポートし中央アフリカを混乱させたとして、チャドのイドリス・デビ大統領を非難している。
ボジゼは数年来にわたってパタセ大統領の支持者と考えられていた。事実、1996年と1997年に軍隊による騒擾事件の際には、これを制圧することを助けている。またボジゼも軍の幕僚長に昇進している。ボジゼはパタセに対して反抗的な姿勢を見せず、むしろ大統領に反対する動きをしばしば潰していた。
設立年の1907年、日本で最初の国産エンジンである「6馬力 吸入ガス発動機」を発明。その当初は工場等の定置動力用として用いられるガス燃料の内燃機関（ガス発動機）や鉄道車両用機器の製造を手掛けていた。1919年に純国産エンジンで軍用自動車を試作し、1930年には自社製小型4サイクル空冷単気筒サイドバルブ（SV）のガソリンエンジンを搭載した試作型オート三輪「ダイハツ號（号）HA型」の開発で本格的に自動車業界に参入。創立50周年となる1957年にミゼットで国内や東南アジアで大ヒットを記録し、1972年まで東洋工業（現マツダ）とともにオート三輪業界の覇権を争った。1951年に「大阪発動機」から現在の「ダイハツ工業」へと社名を変更した。四輪市場には1963年のコンパーノから参入。しかし当時四輪車への新規参入には通産省（現在の経済産業省）が難色を示していたため、スムーズな参入が出来なかった。また堅実な社風であったため、派手にアピールする手法も取らず、地味な印象となり、すでに評価を得ている先行メーカーに割って入って新規顧客を獲得するのは容易ではなかった。同じころ自動車業界は再編の波が吹き荒れており、ダイハツにも三和銀行によってトヨタ自販・トヨタ自工との提携話が持ち出され、1967年11月に両社は業務提携に至った。この時の提携は同時期にトヨタ傘下入りした日野に比べると対等な関係で、それぞれの経営に自主性を持って運営していくと声明文が出された。またこの翌年ダイハツ自動車販売株式会社が設立されている。1966年までは鉄道車輌用の原動機、変速機および駆動装置も製造していた。トヨタとの提携後はパブリカをベースとしたコンソルテ、トヨタ・カローラをベースとしたシャルマンを生産し、四輪生産のノウハウとブランド力を蓄積していった。1977年には満を持してダイハツ独自開発のコンパクトカーであるシャレードを投入。それまで振動の問題などから国内外のメーカーから敬遠されていた4ストローク直列3気筒ガソリンエンジンを採用し、軽自動車程度の価格に見合わぬ高い燃費・動力性能でカーオブザイヤーを受賞、ダイハツの四輪車は名実ともに大躍進を遂げた。1980年になると、現在まで続く軽自動車のミラシリーズが登場。ここにアルト擁するスズキとの軽自動車戦争が勃発した。1981年にダイハツ自動車販売はダイハツ工業と合併。1995年には同じトヨタ傘下の日野自動車と商品相互供給に関する基本契約の締結を発表、以降現在まで部品の取引を行っている。1998年にはトヨタの子会社となった。1995年登場のムーヴシリーズ、2003年登場のタントシリーズなどが大ヒットを記録したことで、2006年度（2006年4月から2007年3月までの一年間）には軽自動車総販売台数で30年以上連続1位であったスズキの牙城を崩し、ついにダイハツがトップに立った。その後2017年まで11年間連続で首位の座を守り続けている。また軽トラック市場もハイゼットなどを主力に、スズキとシェアトップを奪い合っている。2009年からは軽自動車生産から撤退したスバルにも軽自動車・軽福祉車のOEM供給を開始。2016年度の国内販売台数は57万台だが、これに加えてトヨタ・スバルへのOEM供給・受託生産が25.5万台あり、軽自動車メーカーとしてのみならずトヨタグループの重要な生産拠点としての役割も大きい。2016年にトヨタがダイハツの株式を100%取得し、完全子会社となった。これ以降ダイハツはTNGAのダイハツ版であるDNGA（「GA-Aプラットフォーム」のみこれに該当する）の開発を行っており、2019年7月にはDNGA第一弾の4代目タントが投入された。