ウォシタ郡は1890年5月2日から1907年11月16日まで存在したオクラホマ準州に含まれていた州西部に位置している。1907年にオクラホマ準州とインディアン準州が合わされ、オクラホマは州に昇格した。
小学校時代の恩師にあこがれて教員を志した三輪元は、何度も教員採用試験を受けては落ち、ようやく念願だった教員に採用され山口県の小学校に赴任する。そこでは複雑な家庭環境で心を閉ざした少女、星比加里と出会い、ふとしたことでクラスでホタルを飼育することになる。ホタルを飼育することによって比加里も心を開いていくようになるが、ホタルを放流する川で護岸工事が行われることとなり、危うくなる。1997年当時、防府市立華浦小学校の教諭だった瀧口稔がクラスの児童たちと一緒にホタルを蘇らせた実話を元にしている。
本系列は廃車後その大半が解体処分されたが、5070系5183編成の両先頭車（クハ5183, クハ5683）のみは解体を免れて民間に譲渡され、高崎市内の店舗として再利用されている。
前述冷房改造後は一旦本線系統へ配属された後、間もなく森林公園検修区に転属し東上線小川町 - 寄居間および越生線運用に転用され、1990年（平成2年）には野田線系統を担当する七光台検修区（現・南栗橋車両管区七光台支所）へ転属した。さらに野田線への8000系転入に伴い、5101編成を除く全編成が館林検修区（現・南栗橋車両管理区館林出張所）に転属し、群馬地区のローカル運用へ転用された。しかし、走行機器の老朽化から5501・5502編成が1997年（平成9年）3月以降休車となり、館林駅構内に留置された。1999年（平成11年）3月限りで野田線における運用より離脱した5101編成も館林駅に回送された後休車となり稼動編成は5102編成のみとなったが、同編成も2001年（平成13年）3月限りで休車となって本系列は全編成が運用を離脱した。廃車は2001年（平成13年）5月の5101編成から開始され、2003年（平成15年）10月の5102編成を最後に全車廃車となり形式消滅した。なお、5501・5502編成については地方私鉄への譲渡が予定されていたものの、実現せずに終わった。
登場時は伊勢崎線浅草口や東上線池袋口に入線する本線運用にも数多く充当され、東上線では本系列の10両編成運用も存在した。しかし、8000系を始めとした他のカルダン駆動車両と比較すると、本系列は起動加速度や高速走行性能など走行性能面で見劣りしたことから、年々高速化するダイヤ編成上のネックとなった。その後は10000系列の増備に伴って本系列は本線系における運用から離脱し、1991年（平成3年）1月以降全車が野田線へ集中配置された。
5050系5151 - 5156編成および5551 - 5560編成は当初側面行先・種別表示幕を設置していなかったが、後年全編成に整備されている。また、5000系は客用扉窓がHゴム固定方式であったが、8000系車体修繕車（と一部の未修繕車）と同様にアルミ枠固定支持方式に変更された。扉そのものは交換されていないため、5050系以降の扉窓とは形態が異なり、5000系を特徴付ける部分となっていた。また、5050系と5070系の一部には、8000系同様に妻面貫通扉の増設が行われた。
後年の栃木地区への転属に伴い、寒冷な日光線・鬼怒川線における冬期運用を考慮し、モハ5556 - 5560の5両を対象に霜取り用パンタグラフを増設する改造が施工された。既存のものと同一のPT-4801を運転台寄りに増設したもので、同様に霜取り用パンタグラフを搭載する3070系と同じく、集電可能な仕様であった。また、同線区には勾配区間も存在することから、抑圧ブレーキおよび砂撒き装置も併せて新設されている。
ふじ構想はあくまでもNASDA内部の一構想に過ぎないというのが、当時のNASDAの公式見解であった。JAXA統合後の計画では、2025年以後の有人宇宙船開発が掲げられたものの、ふじ構想そのものは採用されなかった。一方で、日本以外の主要宇宙開発国では、カプセル型宇宙船の開発が相次いでいる。アメリカ航空宇宙局 (NASA) は、スペースシャトルに代わる有人宇宙船オリオンの開発に着手した。オリオンはアポロ宇宙船を拡大し、太陽電池パドルを備えたような形状だが、結果的にふじ構想と瓜二つの外見になっていた。ロシア連邦宇宙局 (RFSA) はカプセル型のソユーズ宇宙船を使用している。後継機には有翼型も検討されたが、結局カプセル型に戻っている。ソユーズの技術を応用した中国の神舟も、ほぼ同一形状のカプセル型である。欧州宇宙機関 (ESA) も、欧州補給機 (ATV) を有人化したCTVを構想しており、やはりオリオンやふじと同様のカプセル型宇宙船である。JAXAでもHTVを基礎として有人宇宙船技術を蓄積することが掲げられたが、当初はHOPEに似た有翼型の予想図を公表していた。しかし、後にHTVを段階的に拡張して有人宇宙船を開発する構想が発表されると、これも他の宇宙船と同様、カプセル型になっていた。HTV補給部曝露区を有人カプセルに置き換える案は、ふじのスタンダードシステムに酷似している。JAXA部内における、これらHTV発展案とふじ構想の関連は不明だが、各国の動向も含め、ふじ構想の先見性を示したエピソードと言える。