本殿は、1591年（天正19年）に造営された賀茂別雷神社（上賀茂神社）の摂社・片岡社旧本殿を、1628年（寛永5年）から1636年（寛永13年）の間に移築したものである。一間社流造（いっけんしゃながれづくり）で、賀茂社最古の建物とされている。同じく片岡神社の刻銘のある鉄燈籠（とうろう）とともに、1985年（昭和60年）に京都市指定有形文化財に指定されている。また、境内に鎮座する建築物と、それを取り囲む樹木とが一体となって、鎮守の森としての境内景観を留めており、京都市によって当社境内全域も「大将軍神社文化財環境保全地区」に決定されている。2018年（平成30年）9月の台風21号の影響等で、境内の樹木が折れ、神輿庫の屋根が破損。※メディアで紹介された「大将軍神社の拝殿倒壊」は、三條大将軍神社にて、当社ではありません。
神社案内板の由緒書きによると、創建は609年（推古17年）とされる。桓武天皇の平安京造営に際し、王城鎮護のため京都の四方に「大将軍神社」を祀り、当社を北方の守護神としたと伝えられる。古くは「須美社」「角社」（すみやしろ）とも呼ばれ、方違え（かたたがえ、かたちがえ）、疫除けの神として信仰を集めている。ただし、「角社」は大将軍神社とは別の神社であったという説や伝承もある。また、創建当初からこの地域には瓦窯が設けられ、平安時代には官衙（かんが、古代の役所）の瓦を焼いていたとされる。近くにある神光院が慶円に創建される前には、京都御所に奉納する瓦職人の宿に用いられており、「瓦屋寺」と呼ばれていた。当社はその鎮守の社でもあった。また「瓦屋寺」は江戸時代初めまで西賀茂大将軍神社の南側にあった正受寺をさすという説もある。正受寺は正伝寺と密接な関係を持つ寺で、正伝寺の古文書（弘化年間の寺の日記）によれば、江戸時代には正受寺というよりも正伝寺が大将軍神社と関わりを持っていた。それと同時に上賀茂神社とも関係があることは言うまでもない。
彼の主張はヘッケル派の主流に対して完全に対立するものとして扱われ、一定の支持を得た。彼の主張は、特にヘッケル派がいわゆる反復説をあまりに固定化していることに対する批判という面を含んでおり、これについては議論も多かった。しかし、それらはヘッケル派の主張の細部における修正に吸い込まれた感がある。なお、彼の系統論のうち、特に扁形動物以上の部分については、枝の引っ張り方や伸ばし方の違いという面があり、実際にはそれほど掛け離れた類縁関係を主張している訳ではない。しかし、近年の原生生物の研究の進歩の結果、繊毛虫類が実は動物とはかなり系統的に掛け離れたものであることが判明した。これは彼の主張の基礎を危うくするものである。もちろん、それは繊毛虫様の別の生物が祖先であったとすれば解決しなくはない。他方で動物の系統にごく近いものとして襟鞭毛虫類が取り上げられるようになり、これはヘッケルの想定に近いものとなっている。そういった面ではヘッケル説の方が認められた格好になってはいる。扁形動物に関しては、特に渦虫綱は多系統との見方が出ており、その系統関係は定説がない。また、後生動物の系統については先口動物の大きな区分けがなされるなど、むしろそのどちらとも異なる展開を見せている。
第一次世界大戦後、イタリアでは戦勝国となった一方で経済政策や領土問題への不満から、むしろ左右の過激派や大衆の不満を煽る人民主義が台頭する不安定な時代を迎えていた。1920年、カヴール政権時代からの伝統を持つイタリア自由党の党首で、大戦前に首相を4期務めていたジョヴァンニ・ジョリッティが第5次ジョリッティ政権を樹立、事態の収拾に向けて様々な政策を実施した。ジョリッティは急速に拡大したイタリア社会党やイタリア人民党など人民主義かつ反王党派的な姿勢を持つ主要政党、過激な極右・極左政党にそれぞれ取り込みや切り崩しを行い、政界の安定化を推進した。1921年、再編の仕上げとしてジョリッティは急進左派からイタリア社会民主党、急進右派からイタリア・ナショナリスト協会、そして左右の超越を主張するファシズム運動団体のイタリア戦闘者ファッシにそれぞれ政党連合の結成を働きかけ、イタリア自由党を中心とする「国民ブロック」（Blocchi Nazionali）が結成された。1921年イタリア総選挙で国民ブロックは535議席中105議席を獲得してイタリア社会党（123議席）・イタリア人民党（108議席）に次ぐ第3党となった。加盟政党は選挙連合とは別に単独擁立も行っており、支持拡大が頭打ちになったイタリア人民党との連立交渉にも成功して社会党・共産党を議会内で孤立させた。選挙勝利をもってジョリッティは政権を退いたが、国民ブロックに取り込んだベニート・ムッソリーニのイタリア戦闘者ファッシが極右のイタリア・ナショナリスト協会を影響下に置いた事は計算外であった。ムッソリーニは国民ブロック内の主導権を握って急進派による政界への揺さぶりを継続し、ジョリッティの後継者となったイヴァノエ・ボノーミ政権は退陣に追い込まれた。1921年11月9日、ムッソリーニのはイタリア戦闘者ファッシを国家ファシスト党（PNF）として政党化した。1922年、新たに成立したルイージ・ファクタ政権が非国民ブロック政党による連立政権を組むと、ムッソリーニは反政府クーデターを決行した（ローマ進軍）。自由党は「挙国一致」を掲げるファシズム運動を中心とした再編に方針を転じ、国民ブロック・人民党とムッソリーニ連立政権を樹立した。1924年、国家ファシスト党がイタリア・ナショナリスト協会など国民ブロック所属議員を統合した上で、新たに選挙連合「国民リスト」を結成すると、ジョリッティはイタリア人民党と共にイタリア自由党を参加させた。国家ファシスト党と国民リストは同年の総選挙で圧勝し、議席の7割を獲得した。以後、ファシズム運動による新体制の構築が本格化する事となる。