芦原病院（浪速医療生活協同組合）への不明瞭な補助金や、飛鳥会事件などをきっかけとして、同和行政に大きな問題点があったと指摘された。同和対策事業の一環として設置された工場アパートでは、市経済局の裏金問題に関連して、同じく同和対策事業であるリサイクル施設の運営委託費から捻出し、工場アパートの賃料滞納分を、30年に渡り穴埋めしていた。また、1996年には本来工場用途であるにも関わらず、暴力団関係者が入居していた事実が発覚している。同和地区には人権文化センター（旧解放会館）や青少年会館、地域老人福祉センターなどの公共施設が設置されていた。これらの施設は事実上地区住民しか利用できなかった。また、同和地区の小中学校や保育所には、職員を多めに配置する「同和加配」なども行われており、過大な優遇と批判された。
1990年代から、湾岸地域開発の先行投資等として計画調整局が所管する株式会社湊町開発センター（OCAT）、株式会社大阪シティドーム、経済局が所管するアジア太平洋トレードセンター（ATC）株式会社、建設局が所管するクリスタ長堀株式会社、港湾局の所管する株式会社大阪ワールドトレードセンタービルディング（WTC）、の第三セクター各社が相次いで経営破綻し、交通局の土地信託であるフェスティバルゲートの破綻などいわゆる5K（所管局の名称の頭文字から）問題がある。現在、これらの第三セクターは経営再建に取り組んだ結果、2004年度にOCATが、2005年度にWTC・ATCがそれぞれ黒字を達成している。また、大阪ドームは2006年9月1日付けでオリックス不動産が買収している。また、大阪府内にある第三セクターの2005年度の経常収支は前年度比340億300万円増の387億5,700万円の黒字で全国最高だった。
市長を助役や市職員の中から輩出する伝統が続いていたが、こうした閉鎖的体質には経済界などからの批判も強い。市役所内の所在フロアから地下1階（職員組合）と5階（市長室）が方針を決めて、8階（市会）が追従するとまで言われるほど、強力な発言力を持つ職員組合の影響で、職員の給与水準は政令指定都市の中で川崎市に次いで2番目に高かった。また、政令指定都市中最悪という深刻な財政危機にもかかわらず福利厚生は政令指定都市の中で最高で、市民から強い反発を受けたため、その厚遇見直しについて論議されてきた。2007年11月に行なわれた市長選では元助役だった現職が民間出身の新人に敗れ、長年続いた助役・市職員出身市長が途切れたことになる。
大阪市がいわゆる「公務員天国」の状態となったのは中馬馨が就任して間も無い1960年代前半頃から始まった。労働組合や部落解放同盟との馴れ合いが深まり、その結果、癒着状態となったことに始まった。大阪市の問題が一般市民に知れ渡るようになったのは、21世紀に突入後、毎日放送のニュース番組VOICE内でのコーナー「闇の正体」で取り上げられた「カラ残業問題」が発端となってのことであった。その後も、VOICEが率先してこの大阪市の問題を取り上げ、報道関連の賞を受賞した。その後、大阪市は市政改革に取り組み始め、2005年4月1日に市政改革本部を設置し、2005年、2006年度の2年間で集中的に抜本的な市政運営の改革を進めてきた。しかし、2007年末には市政改革を推進してきた現職關淳一が落選し、新たに戦後初の民間出身市長である平松邦夫が就任した。平松は市政改革推進会議の解散や交通局の維持を主張したが、改革路線は継続された。ところが、翌2008年から裏金問題など職員による不祥事が次々と発覚した。2011年末には大阪都構想を巡って対立を続けていた橋下徹前大阪府知事が就任。大阪市特別区設置住民投票の結果を受け、大阪都構想は一度は頓挫したものの、交通局など現業部門の民営化を含めた大幅な市政改革を掲げていた。市長はその後2015年に吉村洋文に交代している。
クリスティーネ・ヨハンナ・バイスマン（Christine Johanna Buisman、1900年3月22日 - 1936年3月27日）はオランダの植物病理学者である。ニレ立枯病の原因と耐性品種の研究を行った。レーワルデンの進歩的な家の4人兄弟の末娘にうまれた。地元の高校を卒業した後、アムステル大学で生物学を学んだ。バールンの植物病理学実験所“Willie Commelin Scholten”で働いた後、オランダ最初の女性教授ヨハンナ・ヴェシュタディーク（ohanna Westerdijk）がリーダである微生物保存センター（Centraal Bureau voor Schimmelcultures:略称CSB）で助手として働くようになった。1927年にユトレヒト大学で博士号を得た。1926年にニレ立枯病の研究のプロジェクトが組織され、バイスマンもメンバーとなった。実験林で苗木に病症を再現させた。1929年にCSBを退職し、ベルリン＝ダーレム植物園で研究を続け、その年ジュネーブの国際大学婦人連盟（International Federation of University Women）の会議に出席し、アメリカの女子大、ラドクリフ・カレッジの学長、バーニス・クロンクハイト（Bernice Cronkhite)に出会いアメリカ合衆国での研究職を得て、北米でのニレ立枯病の研究を行うが、バイスマンの滞米中にも、オランダでのニレ立枯病は蔓延し、ヨハンナ・ヴェシュタディークはバイスマンに帰国を促し、1930年にオランダに戻り、対策委員会に加わった。この疾病に関して多くの論文を書き、専門家としての地位を築いた。何千という苗からニレ立枯病に耐性を持つ個体を選抜することに成功した。36歳で病死した。没後両親は、オランダの女性生物学研究者の海外での研究の資金を援助する財団を設立した。