永禄4年（1561年）、細川晴元が三好長慶に幽閉されると承禎は激怒し畠山高政と共に京都に進軍し長慶の嫡男・三好義興と家老の松永久秀と対戦。一時的ではあるが三好氏を京都より追い出すことに成功している（将軍地蔵山の戦い）。翌永禄5年（1562年）3月5日に高政は河内国に於いて長慶の弟である三好実休に大勝し、実休を敗死に追い込んでいる（久米田の戦い）。そして翌6日に承禎は洛中に進軍し、8日に徳政令を敷き山城国を掌握した。しかし、承禎は何故か山城を占拠した後は動かず、4月25日には高政に督促されたが依然として停滞し、続く5月19日から20日にかけて教興寺の戦いで畠山軍が壊滅すると山城から撤退、三好長慶と和睦した。永禄6年（1563年）10月、義治が最有力の重臣で人望もあった後藤賢豊を観音寺城内で惨殺するという事件が起こった（観音寺騒動）。賢豊が承禎の信任が厚かったことから、義治が賢豊を殺害したのは承禎の影響力を排除する目的であったとする説もある。これにより、家臣の多くが六角氏に対して不信感を爆発させ、承禎も義治と共に観音寺城から追われるまでに至ったが、重臣の蒲生定秀・賢秀父子の仲介で承禎父子は観音寺城に戻ることができた。永禄8年（1565年）5月、将軍・足利義輝が三好三人衆らに殺害される（永禄の変）と、義輝の弟・覚慶（後の足利義昭）が近江の和田惟政の下に逃れる。当初、承禎は覚慶の上洛に協力する姿勢を見せて野洲郡矢島に迎え入れたり、織田信長・浅井長政の同盟（お市の方と長政の婚姻）の斡旋をしているものの、三好三人衆の説得に応じて義昭（覚慶）を攻める方針に転じたため、義昭は朝倉義景の下に逃れた。これを受けて、永禄9年（1566年）には浅井長政が六角領に対して侵攻を開始するが、それを食い止めるだけで精一杯だった。
父の死後も13代将軍・足利義輝や細川晴元を助けて三好長慶と戦うが、優勢であった三好氏との勢力差が逆転し、敗戦し続けた。しかし永禄元年（1558年）、北白川の戦いの後に義輝と長慶の和睦を仲介することで義輝を京都に戻し、面目を保っている。これを契機に、対立していた北近江の浅井久政が六角領に対して侵攻を開始するが撃退し浅井氏を従属下に置いた。従属関係を強調するため、久政の嫡男に偏諱を与えて賢政と名乗らせたり（後に長政と改名）、家臣の平井定武の娘を娶わせたりした（後に離婚）。永禄3年（1560年）、浅井長政が六角氏に対して反抗を開始、義賢はこれを討伐するために大軍を自ら率いたが、長政率いる浅井軍の前に大敗を喫した（野良田の戦い）。この敗戦により、それまで敵視していたと言われる斎藤義龍とも同盟関係を結び、対浅井氏の戦を繰り広げていくが、戦況は芳しくはなかった。斎藤義龍との同盟は、家督を譲られた嫡男・義治が主導したものと思われる。承禎は姉妹が美濃国守護・土岐頼芸に嫁いでいるため、美濃を簒奪した出自の怪しい美濃斎藤氏との同盟に反対する旨の書状が見つかっている。承禎は室町時代以来の伝統的な同盟相手である土岐氏の美濃復帰を志向する保守的な性格を示すと共に、斎藤氏が織田氏・朝倉氏と敵対関係にあったことから、その対立に六角氏が巻き込まれることを危惧する現実的判断があったと考えられる。
東京法学院の卒業後は1903年（明治36年）ら1906年（明治29年）まで陸羯南の経営する日本新聞社で活動した。1906年、陸羯南が隠退し、新社長となった伊藤欽亮が三宅雪嶺および古島一雄の退社を命じ、如是閑ら十数人もこれに抗議して日本新聞社を退社した。こののち、鳥居素川の勧めで1908年（明治41年）には村山龍平の大阪朝日新聞社に入社した。最初は小説を書いていたが、1910年（明治43年）4月から8月にかけてロンドンでひらかれた日英博覧会の取材特派員となって連載記事も手がけるようになった。1912年（大正元年）頃からコラム「天声人語」を担当するようになった。筆名の「如是閑」は朝日新聞記者時代のもので、非常に多忙であった彼に対し、ある支配人が「せめてペンネームくらいは閑そうな名前を」ということで名付けてくれたものである。1915年（大正4年）には、「夏の甲子園」の前身である全国中等学校優勝野球大会を社会部長として企画創設した。この時期、如是閑は米価高騰の裏に横行していて米穀商の米の買い占めをスクープしており、これが引き金のひとつになって1918年（大正7年）の米騒動にまで発展した。1918年、白虹事件を期に朝日新聞社を退社し、政治学者大山郁夫らと雑誌『我等』を創刊した。これは、日本における本格的なフリージャーナリストのはじまりであった。東京帝大助教授であった森戸辰男が無政府主義者クロポトキンの研究によって起訴された1920年（大正9年）の森戸事件においては、学問の自由・研究の自由・大学の自治を主張して、同誌上で擁護の論陣を張った。吉野作造、大山郁夫とともに、大正デモクラシーを代表するジャーナリストとして、大正から昭和初期にかけて、進歩的、反権力的な論陣を張った。この時期のこの手の著作として、『現代国家批判』『日本ファシズム批判』がある。なかでも、ファシズム初期の段階で、他者に先駆けてファシズム批判をおこなったことは注目される。1929年（昭和4年）『我等』を『批判』と改題し、『日本ファシズム批判』を著すかたわら日ソ文化協会の会長となっている。1936年（昭和11年）の二・二六事件に際しては『老子』を著し、また『本居宣長集』を編集している。さらに翌年の日独伊防共協定のおりには岩波書店より『日本的性格』を刊行した。このとき如是閑は還暦をすぎていた。やがて神奈川県の鎌倉に移り、1939年4月には国民学術協会の発起人に中央公論社の嶋中雄作らと名を連ねた。これは民間アカデミーの試みとして注目される。