原題にある「H.M.S.」とはHis Majesty's Ship あるいはHer Majesty's Ship の略であり、直訳すれば「国王陛下の船」あるいは「女王陛下の船」となる。これはイギリス海軍所属の船舶であることを意味する艦船接頭辞で、語頭の代名詞は在世の君主の性に従う。イギリスは第二次世界大戦の全期間、国王ジョージ6世の治世であり、正確には『国王陛下のユリシーズ号』と題されるべきであった。しかし翻訳自体の評価は高く、改題の機会もないまま、現行の題名がすっかり定着している。
過去20ヶ月の厳しい任務で疲弊しきったユリシーズに、再び輸送船団の護衛任務が命じられた。乗組員の不満はピークに達し、反乱の兆しすら見える中、病身にむち打つヴァレリー艦長以下、乗組員たちは再び北極海へと艦を進める。しかしその北極海では、最悪の海象の中、ドイツ軍の潜水艦と爆撃機が船団を虎視眈々と待ち受けていた。
露出する梁には意匠的な工夫がなされ、ときに細かい装飾が施される。寺社建築では、虹梁(こうりょう)と呼ばれる装飾的な梁が用いられる。「虹」の名は、緩やかに湾曲した形状に由来する。虹梁には彫刻や彩色などの凝った装飾がなされることが多い。S字型に湾曲した海老虹梁（えびこうりょう）は禅宗様の特徴のひとつでもある。ギリシア建築のオーダーの一要素であるエンタブラチュア （石造の梁） には、しばしば帯状の彫刻が施された。ログハウスなどでは、木材の質感を強調したデザインの一環として、あえて樹皮を剥いだだけの丸太を梁として用いることが多い。
梁の材料として広く用いられるのは、木材、鉄筋コンクリート、鉄骨などである。特に鋼材は梁として用いられることを前提とした型鋼が製造されている。古くは石造建築にも梁が用いられていたが、石材は曲げに弱く、長スパンがとりにくいという欠点があった。石造の柱は、あらかじめ分割して採取・加工・運搬し、積み上げれば鉛直方向の圧縮力で構造が成立する。しかし、直線状の横架梁ではスパンの中間に継ぎ目を入れることは困難となるため、寸法上の制約が発生するのである。圧縮のみで成立し、小さな部材でも長スパンを飛ばすことのできるアーチ構造が普及すると、石造梁はインドなど一部の地域を除いてしだいに廃れていった。長い間、木材からはその原木を上回るサイズの材がとれない、繊維の方向のばらつきがあるといった制約上、大きな梁が造られなかった。しかし近年、様々な種類の集成材が開発され、強度のばらつきが少なく、なおかつ大きな梁が造られるようになっている。
鉄筋コンクリート製の梁は、主に長方形の断面形状を持つが、最も効率（ここでいう「効率」とは、同じ断面積でどれだけ大きな荷重に耐え、たわみが生じにくい梁が得られるかを意味する）のよい断面形状はよくある鉄骨のような I 字型である。中立軸から離れた位置、すなわちフランジ部分に多くの断面積を割り当てることにより、同じ断面積でより大きな断面二次モーメントを稼ぐことができるからである。I字型断面の梁は、フランジが上下を向いている場合、鉛直方向の曲げ応力に対してのみ有利であり、水平方向の荷重には弱い。鉛直・水平の両方向の荷重に対して有利な断面形状は、ちょうど “口”の字型の箱状の構造である。この形状では、できるだけ中立軸から離れた位置に断面を集中させつつ、縦横両方に同等の断面二次モーメントを持たせることができるからである。この断面を持つ鋼材として、角形鋼管が広く用いられている。他にも、L型（アングル）、C型（チャネル）などの断面形状を持った型鋼が適材適所で用いられている。
かつて世界の危機を救ってきたゼロゼロナンバーサイボーグたち9人は、故郷へと帰りそれぞれの人生を送っていた。しかし、2013年の各国で超高層ビルへの爆破テロ事件が連鎖的に発生し、アイザック・ギルモア博士から招集がかかる。その頃、009こと島村ジョーはその記憶をリセットされ、東京で高校生として暮らしていた。テロの実行犯たちは、「人類は一度やり直さなくてはならない」という謎の「声」を聞いていた。ジョーもその声を聴き、六本木ヒルズに爆破テロを仕掛けようとしていたところ、003ことフランソワーズ・アルヌールと005ことジェロニモ・ジュニアによって記憶を呼び覚まされたため、実行には至らなかった。考古学者となった008ことピュンマは人類の起原を探っていたところ、天使の化石を発掘するが、その後に行方不明となる。ギルモア財団に合流したジョーとフランソワーズ、ジェロニモは、001ことイワン・ウイスキーとギルモアから現在の状況を説明される。サムエル・キャピタル社（SC社）を頂点とする巨大軍需複合体が、死体を使ったサイボーグ兵士の開発など様々な非合法活動を行っているという。不安定な政情によって生まれる武器輸出による巨額の利益や覇権のため、SC社を後押しするアメリカの陰謀ではないかとギルモアは考えていた。しかし、ジョーは自爆テロの真相は「彼の声」を聞いたからではないかと反論する。ギルモア財団と袂を分かち、アメリカ国家安全保障局 (NSA) に身を置いていた002ことジェット・リンクも自爆テロ事件の真相を追うが、まもなくアメリカ軍の中からも「彼の声」を聞いたとされる兵士が現れ、爆撃機を操りドバイへ核攻撃を行う。ジョーとジェットは核攻撃を阻止しようとするが失敗。ジェットはアメリカに戻ると、SC社へ詰めかけ、SC社が「彼の声」に従って人類をやり直すべく爆破テロを後押ししてきたことを知るのだった。アメリカ政府はドバイへの核攻撃を行った犯人として、ギルモア財団とゼロゼロナンバーサイボーグたち9人を抹殺しようと動く。大量のサイボーグ兵士ラザロの襲撃に、004ことアルベルト・ハインリヒ、006こと張々湖、ジェロニモはギルモア財団を守るべく戦うが、数の暴力に押し切られようとしていた。アメリカ海軍の原子力潜水艦も、「彼の声に従って世界をやり直す」という通信を最後に消息を絶つ。ゼロゼロナンバーサイボーグたち9人は、世界への核攻撃を防ぐべく再集結し、「人類はやり直すべき」という神の声に抗って戦う。