南極に生じた「超空間通路」と呼ばれる霧の柱で地球と繋げられた惑星「フェアリィ」から侵攻してきた正体不明の存在。謎の飛行物体を目撃した者の「えらく混乱（ジャム）しちまって」という言葉から、「ジャム」という呼び名が定着した。ジャムと人間とは知覚手段や概念が全くと言っていいほど異なり、人間はジャムを、ジャムは人間を、互いにどのような存在なのか感知することが非常に難しいとされている。ジャムから零や戦闘知性体に対して会話を試みるシーンは、ジャムの作ったコピー人間を含め何度か描写されるが、ジャム自身と直接対峙してさえ、その形や性質はおろか、生物か無生物かすら判明していない。しかし、ジャムからは人間の性質は幾分理解されているようで、無線中継で人語による会話を試みる・人間によく似た「ジャミーズ」を作成して情報収集端末とするなど、人間のレベルに合わせた行動が見られる。また、特定状況下にある人間や極々一部の人間にはジャムの想念を一瞬だけ感じ取れることがあり、作中では零やロンバートが自身の頭の中にだけ聞こえる「声」を感じ取っている。「グッドラック」で零に対してジャムが会話を試みたシーンでは、零から発せられた「おまえはだれだ」という問いに対し即答できず、若干の間をおいて、人間の概念でジャムと呼ぶものの総体である、と答えている。この時ジャムは、いくつかの可能性を例示された上で何者かと問われたが、それらの概念で自らを説明することはできないとした上で「われは、われである」と答えている。ジャムの実態として、現時点で第三作まで刊行されている小説中では「ある種の言語コードそのもの」と表現されており、OVAでは惑星フェアリィそのものがジャムであるという可能性が示されている。
南極に出現した超空間通路から侵攻してきた謎の異星体ジャム。人類はその先鋒を撃退し、逆に超空間通路の向こう側に攻め込み、そこに存在した惑星フェアリィに橋頭堡となる基地を築いてジャムの侵攻を食い止めていた。設立初期には選び抜かれた精鋭によって構成されていたフェアリィ空軍 (FAF) だったが、長引く消耗戦にエリートの損失を嫌った各国は、やがて犯罪者や精神疾患者といった社会的不適合者の中から才能を持つものに訓練を施し、FAFに送り込むようになる。そのFAFの主要基地の一つ「フェアリィ」に属する戦術戦闘航空団特殊戦第五飛行戦隊、通称ブーメラン戦隊は、社会不適合者のなかでも他者に関心を持たないという心理傾向がある人間ばかりを集め、高性能な戦術戦闘電子偵察機「スーパーシルフ」を擁する対ジャム戦における戦術電子偵察部隊であり、たとえ目前の味方を見捨ててでも敵の情報を持ち帰る事だけを要求される特殊部隊だった。極めて高度な中枢制御体を搭載し、完全自律制御による高度な戦術判断や戦闘機動を可能とするスーパーシルフ。その3番機 (B-503)、パーソナルネーム「雪風」のパイロット、深井零は、雪風を自らの半身と偏愛し、雪風以外のあらゆるものを「関係ない」と切り捨てるまでに雪風が全てと信じていた。一方、特殊戦の前線指揮官で零の唯一の友人でもあるジェイムズ・ブッカーは、ジャムの戦術やそれに対する雪風の振る舞いを疑問視し、「この戦いに、人間は必要なのか？」との疑念を抱く。激化していくジャムとの戦いの中、零は雪風だけを信じフェアリィの空を舞い続ける。しかし、戦いは人類には不可知の存在であるジャムと、人類が生み出した戦闘機械集団との戦争の呈を見せていく。そんな中で零と雪風は、単なるパイロットと愛機という関係を超越した「複合生命体」と呼ぶべき存在へと変化していく。そしていよいよ、FAF基地へのジャムの総攻撃が始まった。一方、地球の著名なジャーナリストで、零やブッカーとも親交のあるリン・ジャクスンは、ある人物からの手紙を受け取る。その内容は「ジャムの代理人として、人類に宣戦布告する」という衝撃的なものだった。
なにも食べず、彼らは数日間ずっとこのままでいます
そして、彼らの失われた家々の光景が、この「新しいキリスト教徒」たちに強く影響を及ぼします
帰郷許可に乗じて、このなかの何人かは逃げ出すでしょう
兵士の脅しもそれを止められませんでした
セラの下から逃げ出したインディアンたちが捕えられると、彼らは重い丸太と鉄の手枷に縛り付けられ、100回の鞭打ちを受けた
子供であっても容赦はされなかった
普段でも、ちょっとした「罪」で宣教師たちはインディアンに鞭打ちを15回加えた
ある旅行者はこう書き記している
彼らは全員、生革のロープで縛られました
何人かは傷から出血していました
そして、何人かの子供たちは、彼らの母と一緒に縛り付けられていました
逃亡した男の何人か棒に結びつけられて繋がれ、革の鞭で打たれた
1人の酋長は野原へ連れ出され、ちょうど死んだばかりのまだ温かい子牛の腹を裂いた中に縫い込まれました
彼は一日中杭に縛りつけておかれました
彼はすぐに死にましたが、彼らは彼の死体をそのまま放っておきました
1773年、軍指揮官ペドロ・ファージェスとの問題があって、セラは副王アントニオ・マリア・デ・ブカレリ・イ・ウルスアとヌエバ・カリフォルニア総督からファージェスを外す交渉を行うために、メキシコシティに行くことを強いられた
メキシコの首都ではブカレリ副王の命によって、セラは32項からなる「レプレゼンタシオン」を書き上げた
ブカレリはファージェスを告発した32項目のうち30項目を取り上げ、1774年にファージェスを解任し、セラはカリフォルニアに戻って、再びインディアンに対する残虐行為に従事した
1778年、セラはカリフォルニアにおける忠誠について堅信礼の秘跡を管理する特免を与えられた
その特権を1年間行使した後、フェリペ・デ・ネヴェ総督がローマ教皇の声明を提示できるまでは秘跡の管理を停止するよう指示した
セラは2年間近くその特権を止められていたが、マホルガ副王がセラ神父にはその権利があるとする指示を出した
セラの人生で残りの3年間、サンディエゴからサンフランシスコまでの伝道所を訪れて歩いた距離は600マイル (960km) を超え、洗礼を受けたものの堅信礼を行っていった
セラは不自由な脚と胸の病にひどく苦しんだが、治療をしようとはしなかった
セラは5,309人の堅信礼を行ったが、その者達は少数の例外を除いて1770年から14年間に強制改宗させられたインディアンだった
インディアンたちがセラの堅信礼に逆らえば、即座にスペイン軍によって殺された
1784年8月28日、フニペロ・セラ神父はサンカルロス・ボロメオ伝道所で70年の人生を閉じた
セラはその祭壇の下に埋葬されている
カリフォルニア州は1931年、アメリカ合衆国議会議事堂の国立彫像ホール・コレクションにセラの銅像を寄贈した