キャラクターの作成はオリジナルの「ザナドゥ」のディスクを用いて、トレーニンググラウンドで行なわれる。。これにより、事前にザナドゥを持っていないとシナリオIIはプレイできないという事になる。ゲーム開始直後にダメージを受ける地形がある、ケイブをくぐっても従来通り+1 / -1のレベルに移動するとは限らない、さらにマップや謎解きも複雑であるなど難易度は向上している。モンスターの多くが入れ替えられ、アイテムも一部入れ替えが行なわれている。そのほか、塔内のマップ構造が、レベルごとに前作の16×4部屋から8×8部屋に変更されている、HPを低下させる代わりにカルマを下げる効果のある「ブラックポーション」にカルマを下げないものが混ざっているなど、仕様についても細かい変更がみられる。当時のゲーム雑誌では「カルマを下げるブラックポーションの見分け方」が定番として取り上げられていた。なお、カルマの下がるブラックポーションは白い表面ハイライトが5ドットで描かれているのに対し、カルマの下がらないものは4ドットで描かれている。店によって品揃えや価格が異なり、転売でGoldを稼ぐ「行商」が可能になっている。これによってアイテム数の制限が緩和され、リソース管理に関しては難易度が若干低下している。但し、上に乗るとアイテムや装備品の数量に応じてダメージを受ける「逆さつらら」の登場により、管理要素は更に多元化している。ザナドゥ・シナリオIIの音楽は阿部隆人、古代祐三らが担当。古代祐三のデビュー作でもある。BGMの評価は高いものの、オリジナルFM音源は今に至るまでごく一部の曲を除きCD化されていない。シナリオIIを扱った攻略本は電波新聞社などに限られ、公式のデータブックVol.2はダンジョンのマップが掲載されていなかった。各雑誌では88版を基に攻略記事が作られた。88版と他機種では、オープニングの曲やボスキャラの配置に違いがある。ザナドゥ30周年記念版「ザナドゥ コンプリートコレクション」には、PC-8801mkII SR版が収録されている。
MSX用の外付けFDDが5万円を下回ったのに合わせて、当時まだ少なかったFDソフトとして発売された。PC-98・X1版を元にグラフィックを含め他機種版に忠実な移植であるが、ハードウェア性能差により横の解像度が半減され、タイリングによる中間色表示がアナログパレットに置き換えられた。一画面に表示できる情報量が減ったことから画面レイアウトも変更され、武器・防具・アイテムの名称がほぼ全て簡略化されているなどの相違点がある。Ctrlキーを押しながら起動すると1ドライブモードになるが、セーブポイント毎にユーザーディスクの挿入が必要となる。ディスクアクセスの遅さや、音楽が負荷に応じて遅くなる等の技術的な問題も存在した。MSX・FAN 1994年12月号のスーパー付録ディスクに付録として収録された。創刊当時に作られた詳細なダンジョンのマップも縮小されて同誌に掲載されていたが、小さすぎるので拡大コピーして使うと良い。
ゲーム内のウェイトを変えることができるコマンド(CTRL+W。他機種でも存在)があったが、CPUクロックに応じたウェイト調節が無くCPU速度が速いほど動作や音楽のテンポが速くなり、プログラム技術的に未熟な作りだった。FM音源にも未対応で、BGMはBEEP音で演奏される。シナリオIIではFM音源に対応しクロック周波数に応じてウェイトもかかるようになった。ただし戦闘時はウェイトが外れてしまうので、普段は問題無くとも事実上のCPUモードLow専用になる。シナリオ１の2DD版のみソフトベンダーTAKERUで最後まで販売されていたが、末期の値下げから外されていたので割高だった。
BGMはFM音源ボードに対応しているが、PSGはマシン内蔵の方のみを使用している。カリスマがある値以上だと隠しショップの売買で儲けることが可能で、ゲーム内で貴重なアイテムを序盤から揃えることが出来た。またハードウェア上の制約から、移動キーを押すと離してもその方向に進み続けるが、他の機種では難易度の高い2段ジャンプが容易に出来るという利点もあった。
PC-8801mkII SR版をベースに作成されている。ハード的な違いはほとんど無い為、短期間で作成された（雑誌のインタビューで、1週間程度で完成したと木屋が言っている）。終了認定証も88版と同じ扱いで番号が発行された。
日本車におけるクーペモデルは1937年に登場したダットサン16型が最初といわれる。戦後はマツダで発売されたR360がクーペを名乗っていたが、これらは後年のようなスタイリングや性能に特徴を持たせたものではなかった。日本車でスタイリングを重視した本格的なクーペが登場したのは1965年の日産・シルビアが最初で、その後いすゞ・117クーペやマツダ・ルーチェロータリークーペといった高級モデルが続々と登場した。1970年に発売されたトヨタ・セリカは、その価格の安さと「フルチョイスシステム」によって好みの内装が選択できる先進性で大ヒットを記録し、他社からも同種のスペシャルティカーを発売させる大ブームへとつながった。1980年代後半から1990年代初頭のバブル景気と相まって、若者たちのデートカーとしてクーペモデルが好まれるようになった。こうした中で、日産・シルビア、トヨタ・セリカ、ホンダ・プレリュード、ホンダ・インテグラなどの2ドアクーペがヒットを記録、折からのハイソカーブームもあり、各社から4ドアハードトップも多数ラインナップされた。しかし、1990年代後半のバブル崩壊以降は、実用性を重視したミニバンやトールワゴンなどがヒットし、スタイリング重視で実用性に劣るクーペ系車種は急速に敬遠されるようになった。さらに2000年代以降には、原油価格の高騰を受けて経済的な軽自動車やコンパクトカーの売上が高まっていった。ごく一部では根強い人気を保つ車種もあるものの、全体としては軽自動車やコンパクトカーも含めてクーペ系車種は順次廃止され、各メーカーの現行ラインナップでは1、2車種程度しかない状態が続いている。日本国外向けに用意されるクーペも、国内向けには導入されない場合が増えた。富士重工業（現・SUBARU）は、1996年のアルシオーネSVX生産終了をもってクーペ専用車種を廃止し、その後2000年のインプレッサのモデルチェンジをもってクーペ市場から撤退。三菱は2000年のGTO・FTO・ミラージュアスティ、ホンダは2006年のインテグラ、トヨタは2010年のSCの生産終了をもって、それぞれクーペがラインナップから姿を消した。その一方、日産自動車のように一貫してクーペ車種をラインナップさせるメーカーも存在する。その後トヨタは、富士重工業との資本提携の一環としてクーペスタイルのスポーツモデルを共同開発することになり、2012年にトヨタ・86/スバル・BRZとして発売され、両ブランドでクーペが復活することとなり、レクサスブランドでも2014年からRCが復活している。ホンダも2010年にハイブリッドカー専用車種のCR-Zで再参入し、その後NSXを復活させた。またマツダは2012年のRX-8の生産終了を最後にクーペ専用車種から撤退しているが、同社の主力車種であるロードスターにはクーペモデルが用意され続けている。