フォンテンブローの森の中、時節は冬。遠くに宮殿が見える。舞台右手に大きな岩があり避難所のようになっている。木こりたち、妻たち、子供たち　幾人かは伐り倒した樫の木を小さく切っている。彼らは合唱で「冬は長く、生活は厳しい、パンは高い、戦争は何時終わるのだ」と窮状を嘆いている。今日は王室の狩の日、舞台裏からのファンファーレと獲物を追って走り回る狩人達の叫び声と共にフランス王女エリザベートが現れる。狩人達は木こり達に獲物を与えると去っていく。この光景をスペインの皇太子ドン・カルロスが物影から窺っている。ドン・カルロスは身分を隠して、婚約者のエリザベートを一目みたいがために、この森に潜入したのだった。この時エリザベートは戦争で貧困に苦しむ民衆の姿を見る。カルロスはこの時初めて婚約者を見て、アリア「あの人を見て」を歌い愛情を吐露する。エリザベートの後を追っていると、妃の一行は道に迷ってしまう。角笛が夜を告げると、カルロスはエリザベート及び小姓のティボーと対面する。カルロスはスペインの大使の随員である名乗り、助けを申し出る。小姓のティボーが更なる助けを求めて立ち去ると二重唱「一体何をしているのですか」を歌う。エリザベートが自分の婚約者カルロス王子について執拗に質問をして行く内に感情が高ぶっていく。カルロスはついに王妃に王子の肖像を見せるや否や即座に彼こそが、王子そのものと分ったエリザベートは喜び、将来の夫に愛の告白をして、カバレッタ風の二重唱「胸を刺すような激しい想いに」で激しく高揚する。この二人の歌う旋律は二人の愛の象徴として全編において回想される。この喜びもつかの間、突然祝砲が轟き渡り、愛を囁き合っている二人のところへ、小姓のティボーが伝令に来て、フランス王アンリ2世はエリザベートが王子ドン・カルロスの結婚相手ではなく、スペインのフィリップ２世の王妃に決定したと知らせる。これによりスペインとフランスとの戦争が終結し和平が実現することになると伝えたのだった。皇太子妃になるはずが王妃に変更されたので、エリザベートは驚愕し、悲嘆に暮れながらアリア「おお、祭りと歓喜の歌よ」を歌う。一方、舞台裏では歓喜の合唱が対置される。レルマ伯爵が現れ、結婚の承諾を求める。国家の決定には逆らうすべもない。人々の歓喜の祝福の合唱とは裏腹にエリザベートは落胆し、カルロスは自らの呪わしい運命に打ちひしがれるのだった。
1944年（昭和19年）4月5日、連合艦隊参謀長に着任。司令長官・豊田副武大将の指名であった。5月1日、海軍中将昇進。宇垣纏（第一戦隊司令官）は草鹿の作戦指導を「腰が弱い」と評している。5月、ア号作戦備中にビアクに米軍が上陸すると、連合艦隊司令部は作戦命令方針に背き独断で決戦兵力をビアクに投入した。軍令部は現場の意向に従い5月29日、渾作戦が開始する。しかし5月11日にマリアナに米機動部隊が来攻し、5月13日に連合艦隊司令部はア号作戦用意発令を強行し、混乱で戦力を消耗したまま5月19日にマリアナ沖海戦が開始する。海軍は空母3隻と航空戦力の大半を失って敗北する。連合艦隊では米艦隊がマリアナに来攻した場合の水上部隊の対応も決められていなかった。草鹿は「サイパンに来たら同地をしっかり確保している間にゆっくり準備を整えて作戦できると考えていた」という。1944年8月16日、特攻兵器「震洋」による作戦に関する検討会では生還可能性も考えてほしいと意見したが、最終的にそういった措置が取られることはなかった。1944年12月23日、草鹿は第一連合基地航空隊との打ち合わせ会議で特攻兵器「桜花」の専門部隊である神雷部隊とフィリピンの戦闘機による合同レイテ攻撃を討議する。1945年（昭和20年）1月25日～30日に桜花部隊で組まれた第十一航空戦隊総合訓練研究会があり、2月1日に草鹿は第十一航空戦隊を正規作戦に使用することを希望した。連合艦隊参謀・神重徳大佐ももう一度総合訓練の後正規に使いたいと要望したが、その総合訓練はないまま実戦に投入した。1945年4月、坊ノ岬沖海戦において海上特攻隊が実施された。海上特攻隊は以前から連合艦隊司令部で首席参謀神重徳大佐が主張していたものだった。草鹿はそれをなだめていたが、神は「大和を特攻的に使用した度」と具申し軍港に係留されるはずの大和を第二艦隊に編入させた。司令部では構想として海上特攻も検討はされたが、沖縄突入という具体案は草鹿が鹿屋に出かけている間に神が計画した。淵田美津雄によれば草鹿は不同意であったという。神は参謀長を通さずに長官・豊田副武に直接決裁をもらってから草鹿に意見を求めた。草鹿は「決まってからどうですかもないと腹を立てた」という。神は草鹿に大和へ説得に行くように要請し草鹿は「大和」の第二艦隊司令部を訪れ、司令長官・伊藤整一に作戦命令の伝達と説得を行った。なかなか納得しない伊藤に草鹿は「一億総特攻の魁となって頂きたい」と説得すると伊藤は「そうか、それならわかった」と即座に納得した。伊藤は草鹿が兵学校入校時に配属された分隊の伍長補であり、草鹿自身は「何かにつけて下級生をかばう良き先輩であり、訣別の辞を伝えにいかなくてはならぬ破目になったことは皮肉な巡り合わせ」と述べている。4月6日、沖縄方面に向う「大和」以下第二艦隊を機上から見送ったことを「この時ほど苦しい思いを味わったことはない」と戦後回想した。8月15日に特攻した宇垣纏中将の後任として8月17日、第五航空艦隊司令長官となる。終戦に納得しない若手士官たちに｢大命に従うのが私の考えであり、それに納得できないものは私を斬れ｣と説得した。その後、昭和天皇に拝謁し、天皇が「万民の為に我が身を犠牲にしてもよい」、「みなさん、どうか頼みます」と語った際には号泣したという。8月25日より、総理大臣・東久邇宮稔彦王の命により鹿屋連絡委員長となり、米進駐軍との交渉にあたる。約1ヶ月後に任を終える。10月15日、予備役編入。戦後は公職追放を経て、化学肥料の会社の顧問を務めた。