寛正4年（1463年）、当時五島を領有していた宇久次郎三郎と家臣の大久保家次に、「（有川沖の）陸ノ瀬の萬福篭瀬に陰陽二神天降りしも久しく祀る者なし」との神託があり、文明5年（1473年）8月15日、陰神伊邪那美大神を萬福篭瀬に奉斎。同年11月1日には、陽神伊邪那岐大神を同所に奉斎した（後の浦桑郷・祖父君神社となる）。その後、神託により有川沖の亀地瀬島に奉遷。さらに慶長元年（1596年）、陸地にほど近い陸ノ瀬を新たな鎮座地として奉祀し、有川十二ヶ村の宗廟とした。しかし陸ノ瀬も不自由な地であったため、慶長3年（1599年）9月13日、祖母君山へと奉遷し昭和62年の3社合併の時まで鎮座した。明治初年の神仏分離令の際には、当社の御神体としていた十一面観音像を中筋地区・蛭子神社を経て、船津地区・観音堂に移している。明治7年（1874年）5月5日、村社に列せられ、同39年（1906年）の神社合祀の勅令の際には、中筋地区の蛭子神社（事代主神）、高崎地区の大山神社（大山祇神）、船津地区の蛭子神社（事代主神）と海童神社（海童神）が合祀され、昭和8年（1933年）6月6日郷社に昇格した。
伊邪那美大神、素戔嗚尊、奇稲田姫の3柱を主祭神に、事代主神を2柱、大山祇神、海童神の計4柱を配祀していた。『祖母君神社縁起書』によれば「祖母君宮と号す時、祭神は祖母君大明神・姫大明神の二座である」と記されており、祖母君大明神については、「栲幡豊秋津姫命（栲幡千千姫命か）にして、有川浦の祖神なり」と記されている。
有川郷中筋地区に鎮座していた神社で、浦桑郷・祖父君神社と創建の由緒を同じくする。祖父君神社が「浦の宮」と呼ばれるのに対し、当社は「下の宮」と呼ばれる。
有川郷には、中筋地区に旧郷社の祖母君神社、上有川地区に旧郷社天満神社、浜地区に旧村社八幡神社の3社が地域の氏神として崇敬されていたが、地域の人口の減少・高齢化などにより3社の将来的な存続に関して不安を残していた。このことを受けて、昭和60年（1985年）9月5日、三神社合同責任役員会議において3社を合併し有川地区の産土神として有川神社を設立することが決定された。新社殿は天満神社跡地に建立。3社それぞれの祭神を奉祀し、計12柱を祀る大所帯の神社として昭和62年4月24日に創祀された。
伊邪那美大神、菅原道真公、誉田別神の3柱を主祭神に、素戔嗚尊、奇稲田姫、事代主神（2柱）、大山祇神、海童（わたつみ）神、天穂日命、田霧姫神、水波能売命の9柱を配祀する。伊邪那美大神と配祀神中の素戔嗚尊以下海童神までは旧祖母君神社の、菅原道真公と配祀神中の天穂日命は旧天満神社の、誉田別神と配祀神中の田霧姫神と水波能売命は旧八幡神社の祭神である。
1942年に行われたサン＝ナゼールとディエップへの強襲を受けて、ヒトラーは予想される連合軍の侵攻に対する防御のため、スペインからノルウェーまでの大西洋沿岸に要塞の建設を命令した。15,000か所の陣地に兵士30万人を配置することを計画したが、特にコンクリートと人員の不足から、防衛拠点の大部分が建設されなかった。連合軍の予想侵攻地点として、パ＝ド＝カレーは強固に防御された。ノルマンディー地域における最強の要塞はシェルブールとサン・マロの港湾施設に集中していた。1943年10月の、フランス国内の脆弱な防御態勢に関する、ルントシュテットからヒトラーへの報告を受けて、ロンメルがオランダからシェルブールまで延長された予想上陸海岸沿いの要塞建設の監督に任命された。そしてロンメルは、第7軍、第15軍、オランダの守備部隊が属する、新たに再編されたB軍集団司令官に任命された。ナチス・ドイツの混乱した指揮系統はロンメルが任務を達成するのを困難にした。ロンメルはアルベルト・シュペーア軍需大臣が指揮するトート機関に命令することは許されておらず、いくつかの場所では兵士を建設作業に投入した。ロンメルはノルマンディー海岸が侵攻の上陸地点として可能性が高いと信じており、沿岸に広範囲の防御施設の建設を命じた。海岸沿いの戦略地点にコンクリート造の火砲陣地のほか、上陸用舟艇の接近を送られ戦車の行動を妨害するため、海岸に木の杭、金属製の三脚、地雷、大型の対戦車障害物の配置を命令した。そして、歩兵が海岸で露出する時間を少なくするため連合軍は高潮時に上陸することが予想されたため、これらの障害物の多くを高潮点に配置することを命じた。有刺鉄線やブービートラップ、地面に生える植物の除去は、歩兵の接近を危険なものとした。ロンメルの命令により、海岸の地雷数は3倍にされた。制空権は連合軍が支配している（連合軍はノルマンディー作戦に4,029機を、加えて爆撃と防衛に5,514機を投入したのに対し、ドイツ空軍がフランスおよび低地諸国に配備した飛行機は570機であった。）ため、「ロンメルのアスパラガス（Rommelspargel）」と呼ばれたブービートラップ付きの杭が、空挺降下を阻止するため牧草地や野原に設置された。