本殿は三間社流造銅板葺で、棟に千木・鰹木を置く。平成2年（1990年）に高千穂町の有形文化財に指定された。
例祭は10月16日。上述のように高千穂神社の春の祭りに対する秋の感謝祭で、年占の意味を込めた神事相撲が奉納される。かつては九州一円から力士が集まり、高千穂方と来訪方に別れて技を競ったという。
国史見在社であれば、承和10年（843年）9月甲辰（19日）に都濃皇神とともに無位から従五位下を授けられ（『続日本紀』）、天安2年（858年）10月22日に同じく都農神とともに従五位上から従四位上に昇った（『日本三代実録』）。
創祀の事情は不詳であるが、槵触山の中腹に鎮座し同山を神体山とするため、長く本殿を持たなかったという。槵触山は日本神話の天孫降臨の行われた聖蹟と伝え、『日本書紀』神代巻下の天孫降臨段第1の一書に見える「高千穂の槵触之峯（くじふるのたけ）」や、第2の一書の「槵日高千穂之峯（くしひのたかちほのたけ）」、『古事記』の「筑紫の日向の高千穂之久士布流多気（くじふるたけ）」、『日向国風土記』逸文（『釈日本紀』所引）の「高千穂の二上の峯」に比定され、古来霧島山とともに天孫降臨の有力な比定地とされ、霧島神社と並び称された。また、当神社が国史に見える「高智保神（高智保皇神）」であるとすれば神階の授与が行われたことになるが、『延喜式神名帳』への記載は見ないままとなったことになる。古来より高千穂神社の春祭りに対して秋祭りを行うなど、同社と密接な関係を持つとともに、社殿を持たぬながらも高千穂郷八十八社の1つに数えられて旧三田井村々民から崇められて来たが、社伝によれば、三田井の領主であった三田井氏（豊後大神氏の後裔）の滅亡とともに荒廃したと伝える。元禄7年（1694年）に社殿建立を熱望した高千穂神社宮司が延岡藩主三浦明敬の援助を仰ぎ、高千穂18郷の郷民の協力の下、初めて社殿が建立された。また、藩主内藤氏も祭礼に代参を派遣して神事料を奉納するなどしている。国史見在社に比定されたため、明治4年に県社に列せられ、戦後は神社本庁に属している。
主として家庭用の防虫剤（モスノー・モスビーズ・モスボックス等）、洗剤（バスタニック・キッチンタニック・サニボン・F、ビニボン等）、寝具(マジックシーツ)を中心に扱っていた。また戦前には「バガテル」というパチンコの原点ともいわれる盤ゲームを日本に紹介。その際「小林」の「林」を「りん」と読み替えて、「コリンゲーム」として発売し、それが後に「コリントゲーム」という名称で知られるようにまでなった。第二次世界大戦前には園芸用の殺虫剤（バーミタックス）を日本の生活化学用品メーカーとして初めて発売し、戦前～1984年にかけては樟脳を主成分とした衛生用液体消臭芳香剤を発売していた（煙だし片脳油→煙だしネオ片脳油→小林片脳油）。一方では、TBSの関東地方の天気予報のスポンサー（正午前のニュース時）やMBSラジオや東海ラジオ、RKBラジオの時報前のCMなどで有名だった。また、関西テレビ発フジテレビ系でかつて放送されていた西郷輝彦主演の連続ドラマ『どてらい男』の最末期のスポンサーでもあった。このほかにもテレビ朝日系の『みごろ!たべごろ!笑いごろ!』や『必殺シリーズ』（ABC制作）等、提供していた番組は多数存在した。経営不振から自主再建を断念、1984年に経営破綻。翌年1985年に大阪市にある大手医薬品メーカーの小林製薬に営業権を譲渡し、小林脳行の全商品は小林製薬から発売されるようになった。なお「小林」の名称が共通のため両者間で資本・人材関係があったかのように誤解されやすいが、実際には両者との関係は全くなかった。かつて小林製薬の東京支社があった建物は、小林脳行の本社社屋を一度解体、耐震性を強化し再構築した建物であるが、その後業績拡大などにともない小林製薬の東京オフィスを中央区八丁堀に移転するため建物だけを残して東京の営業拠点を八丁堀へ移転した。さらにその後東京オフィス･営業拠点を江東区冬木10-6に再移転したため旧・小林脳行の本社社屋跡地は再解体された。さらにその後東京オフィスは江東区永代2-31-1いちご永代ビル7階へ移転した。しかし、江東区冬木の事業所は関連子会社のオフィスが残っている。旧・小林脳行の本社社屋跡地にはローソンを中心とした江戸ビルが建てられている。小林脳行から引き継いだ商品そのものは生産が打ち切られているが、現在は「サニボン・F」の後継商品である「サニボン泡パワー」が唯一残る。当時の商品でビニボンというビニール素材の部分を拭取るための洗剤が存在したが、1980年前後に巷で「ビニール本」と呼ばれるわいせつな書籍が登場し、それが略して「ビニ本（ビニボン）」の名称で通るようになってからは、まるでそのとばっちりを食うかのように商品自体がなくなった。同社の製品であったバスタニックのCMには当時読売ジャイアンツの選手だった西本聖や高田繁らが出演。最後に「キッチンタニックもよろしく」と言う。その他河内桃子らも出演したことがあり、CMナレーションには押阪忍を起用していた。またテレビ番組におけるスポンサードの際の読み上げは「衛生薬品の総合メーカー、小林脳行」だった。