現地時間午後8時20分（UTC午後6時20分）の少し前、大統領専用機は晴天の中でキガリ国際空港上空を一周してから着陸への最終アプローチに入った。本来はUNAMIRの兵士を乗せて戻ってきていたベルギーの週次便C-130ハーキュリーズが先に着陸する予定だったが、両大統領の搭乗機を優先することとなった。地対空ミサイルがダッソー ファルコン 50の一方の主翼に命中し、続いて2発目が尾部に命中した。機体は空中で火を噴いて大統領宮殿の庭に墜落し、地表激突時に爆発した。旅客機には3人のフランス人乗務員と9人の乗客が乗っていた。この攻撃の様子は多数の人々によって目撃された。空港が位置するカノンベ(Kanombe)地方の家の庭に居合わせたベルギー人士官2人のうちの1人は、まず1発目のミサイルが上空に昇っていく様子、続いて空中の赤い閃光と航空機のエンジンが停止する音、そして2発目のミサイルが昇って行く様子を直に見て聞いた。彼は直ちにルワンダの空挺コマンド大隊に配属されたフランス人部隊(CRAP(en))に所属するド・サン＝クエンタン少佐に通報した。少佐はベルギー人の防衛を組織するよう勧めた。これと同様に、未使用の空港管制塔に居合わせた別のベルギー人士官は、進入してくる飛行機の灯、それを目掛けて地上から上昇する光、ついで飛行機の灯が消える様を目撃した。続いて地上の同じ場所から2つ目の光が上昇し、飛行機は落下する火球と化した。この士官は直ちに彼の中隊長に無線連絡し、中隊長は正規の管制塔と連絡を取って飛行機が大統領機だったことを確認した。滑走路の外れの空港近くにはカノンベ駐屯地があった。同駐屯地に居たあるルワンダ軍人は次のように回想した。あのエンジン音は他の飛行機とは違っていた。そう、大統領機のエンジン音だ … 我々が飛行機が来る方向を見ていたら、発射物が見えて、火か閃光の玉が見えて、そして飛行機が墜落するのが見えた。私も見た。私は隊の指揮官だったので、兵士達に「キナニ（ハビャリマナ大統領のあだ名。ルワンダ語で「有名」「無敵」などの意）が撃墜された、出るぞ」と指示した。彼らは「嘘だろう」と言った。私は「本当だ」と言った。そこで私は衣装戸棚を開けて制服を身に着け、軍隊ラッパが鳴り渡るのを聞いた。空港で「千の丘自由ラジオテレビジョン」局(RTLM(en))の放送を聴いていたあるルワンダ人士官候補生は、アナウンサーが大統領専用機が着陸のため接近中と伝えるのを聞いた。番組はそれから突然中断し、クラシック音楽を流し始めた。
ワンマンライブを5月15日と12月12日の2回に絞り込み楽曲の制作に専念した2008年を経て、2009年1月21日に6thシングル「As」を、2月18日に7thシングル「Hallelujah」を、3月11日に2ndアルバム『mar maroon』をリリース。2009年は2008年に蓄積したものを解放するという思いを込めてスローガン「総攻撃開始」を掲げての3月13日より1年3か月ぶりとなるライブツアー「SPRING TOUR 2009 HEADS UP!!」を開催。このツアーは過去最大の全国15箇所と、ワンマンとしては初じめての会場となるSHIBUYA-AXで「SPRING TOUR 2009 HEADS UP!! FINAL All out attack」と題したファイナル公演が行われる。このファイナル公演では来場者限定DVDの配布やスピードくじ、謎のバンド"凶器所持"がオープニングアクトとして出演するといった特別企画が行われた。この春の全国ツアーに続き、8月6日より「灼熱のXII Days THE BURNING 12DAYS」を開催した。この全国ツアーでは1枚のチケットで2人まで入場可能なペアチケットとなる。また前半を「首都圏SIX DAYS」、後半を「THE GUILTY OF SIX DAYS」と題しており、後半は各メンバーのプロデュースによる公演を行った。10月7日に8thシングル「薄紅と雨」をリリースし、同タイトルを冠した全国ツアーを10月11日より開催。12月12日にはワンマンライブとしては初となる渋谷公会堂でのフリーライブを開催した。このライブで9thシングル『TATTOO』のリリースを発表し、同シングルの発売日の翌日にはリリース記念ライブを開催した。2010年3月31日にライブDVDをリリースし、翌日の4月1日より東名阪ツアーを開催。ツアーファイナルのSHIBUYA-AXの公演で川内の誕生日を祝うサプライズが行われた。また同月に期間限定再結成したバンドΛuciferに、宮脇が「リュシフェル期間限定復活おめでとうございます。ワインのようにシーズニングされたmakoto君の歌も楽しみにしてます。」とのメッセージを送った。4月29日よりイベント「EXTRA-TERRITORIAL」に参加。このイベントは宮脇とkannivalismの圭の発案で、フリーウィルのバンドが勢揃いした初めてのイベントとなった。10thシングル『THE PAIN OF CATASTOROPHE』をリリースし、7月14日にリリースされた3rdアルバム『SEVEN』のレコーディングが5月に終わると、宮脇がFIFAワールドカップ南アフリカ大会の観戦のために現地へと乗り込んだ。また同時に現地の様子や観戦した試合のレポートなどを掲載する宮脇個人のブログが立ちあげられ、このブログは開設から2週間で300万アクセスを記録しアメーバのブログランキングでは最高3位(visual系部門)まで上昇した。宮脇が帰国後、7月24日よりライブツアー「2010 SUMMER TOUR SEVEN-Footsteps to steal up on-」を開催し、9月から11月にかけては数々のイベントに参加した。11月13日には約3年ぶりとなるアメリカでのライブを行っている。一連のイベントと12月のワンマンツアーのスケジュールが発表されていたが、10月8日に須賀がその最終日である12月12日をもって脱退することが公式サイトを通じて明かされる。須賀の脱退理由は音楽性の違いによるもので、また須賀が脱退した後の12012の活動については翌年の2月に4人体制での活動継続すると発表した。2013年7月にはサポートだったギタリストの斎藤紳一郎が正式メンバーとして加入し、5人体制となった。2014年12月12日 活動休止を発表。