1995年、カナダGPでベネトンのミハエル・シューマッハのマシントラブルでトップに立ち、F1参戦92戦目（出走は91戦目）で初優勝を果たした。憧れのジル・ヴィルヌーヴの名前を冠するサーキットで、ジルと同じカーナンバー27のフェラーリでの勝利であった。また、決勝が行なわれた6月11日はアレジ自身の誕生日でもあった。当時としてはティエリー・ブーツェンの96戦に次ぐ2番目に遅い初優勝。F1におけるV12エンジン最後の優勝でもある。「国際F3000（後のGP2にあたる）チャンピオンはF1では優勝できない」という当時のF1界のジンクスを打ち破る勝利でもあった。しかし、初優勝後からチーム監督のジャン・トッドとの関係が拗れ、ポルトガルGPでは「ベルガーを前に出せ」というチームオーダーを無視したアレジに罰金が科せられている。アレジ自身も「チームはいつもベルガーばかり優先する」と怒りをあらわにするなど、関係がこじれた状態でフェラーリを去ることになった。このベルギーGP前にでフェラーリは1996年にミハエル・シューマッハとの契約を発表。同時にベネトンもアレジとの契約を発表し、さらにイタリアGP前にベルガーもベネトンとの契約を発表と実質的なトレードとなった。
1994年、ジョン・バーナード作の412T1を得て復活をかけるが、ブラジルGP後のテストで怪我をしてしまい、パシフィックGPとサンマリノGPを欠場してしまう。モナコGPで復帰し5位入賞。グスタフ・ブルナーがモデファイした412T1Bを得るとドイツGPでは自身最高の予選2位（ポールポジションはチームメイトのベルガー）、イタリアGPで初のポールポジションを獲得（2位はベルガー）。共にリタイアに終わるなど、マシンの信頼性に足を引っ張られた。
1993年、マクラーレンからゲルハルト・ベルガーが復帰。ニューマシンF93Aはアクティブサスペンションやハイテク機器の熟成が進まず成績は低迷。それでもふたりでフェラーリの再建に尽くした。モナコGPでは3位表彰台。イタリアGPでは首位を走っていたプロストのエンジンブローで2位表彰台を獲得。ティフォシを大いに喜ばせたほか、次のポルトガルGPでは予選5位から絶妙のスタートを決めトップに立ち19周にわたってトップを快走するなど魅せる走りを披露した。
1992年のチームメイトはイヴァン・カペリになった。本人の希望でカーナンバーを27に変更。F92Aはシーズン前こそ美しいフォルムと革新的な二重底（ダブルデッキ）で注目されるものの、シーズンが始まるとタイヤに厳しく、ナーバスな操縦性の失敗作と判明。メキシコGPではチーム資金も性能も格下のティレル・イルモアに乗るアンドレア・デ・チェザリスにホームストレートでオーバーテイクされるなど結果は惨憺たるもの。完走もできないレースが続いたが3位を2回記録する。イタリアのメディアやフェラーリファン（ティフォシ）は次代のエースであるアレジに注目。駄馬をねじ伏せるような攻撃的な走りは同じような境遇にあったフェラーリ伝説のドライバー、ジル・ヴィルヌーヴを彷彿とさせ、ティフォシは熱狂する。
1991年、念願のフェラーリ入りし、アラン・プロストのチームメイトとなる。ベルギーGPでは一時トップに立つもののリタイア。それでも3位3回を獲得したが、643の戦闘力不足やチェーザレ・フィオリオなど首脳陣の離脱やチーム批判を繰り返したプロストの解雇など、チームは混乱をきたしていた。
チームメイトに中嶋悟を迎えてティレルからF1フル参戦を果たした。開幕戦アメリカGPではスタートでトップに立ち、34周目までラップリーダーであった。35周目には、後方から迫るマクラーレンのアイルトン・セナに一旦抜かれるも、次のコーナーで鋭く抜き返すというバトルをした。再び抜かれたが、2位入賞。モナコGPでも、マクラーレンのゲルハルト・ベルガーを抑えて再び2位を獲得し、イタリアGPでは赤旗再スタートを含む2回のスタートで、非力のV8エンジンにもかかわらずいずれもオープニングラップでV12エンジンを搭載した2台のフェラーリを抜き、2周目にはファステストラップを叩き出し、マクラーレンのセナやベルガーにも攻めて近づいていた（結果は、スピンによるリタイア）。シーズン中に来年の移籍交渉も始まり、ウィリアムズと仮契約したが、幼少より憧れていたフェラーリからも誘いを受ける。ウィリアムズから契約を買い取る形でフェラーリ入りが決まった。この時フェラーリからウィリアムズへ契約買取代金の一部として1990年のマシン641/2が贈られており（オーナーのフランク・ウィリアムズが所望したと言われている）、ウィリアムズ本拠地の博物館には歴代のウィリアムズF1マシンに混じって真紅の跳ね馬が展示された。
2002年10月23日、42名の武装勢力は、モスクワ中央部ドブロフカ（ドゥブロフカ）にある劇場「ドブロフカ・ミュージアム」で観客922名を人質に取り、第二次チェチェン紛争により進駐してきたロシア連邦軍のチェチェン共和国からの撤退を要求した。これが受け入れられない場合は人質を殺害、自分達も爆弾を使って劇場ごと自爆すると警告。これに対し、ロシア当局は強硬な態度を示し、武装勢力の要求を事実上拒否して武装勢力は追い詰められた。その後武装勢力は、10月26日朝までに自分達の要求が受け入れられなければ人質を殺害するという最後通告を行ったため、緊張が高まった。政府はこれに対し交渉を行うとの声明を出したが、実際は突入への準備が行われていたといわれる。26日の午前6時20分頃にロシア連邦保安庁（FSB）の特殊部隊であるアルファ部隊が突入。その際、特殊部隊は犯人を無力化するためにKOLOKOL-1と呼ばれる非致死性ガスを使用した。劇場内にいた大半はこのガスによって数秒で昏倒し、異変に気付いて対処しようとした武装グループの何人かと特殊部隊との間で銃撃戦が発生したが、短時間で制圧された。武装勢力側は全員射殺されたが、その中には意識不明でその場に倒れていて特殊部隊員によって無抵抗のまま射殺されたものが多い。なお、突入の直前に犯行グループ側が人質を殺害したとの報道も流されたが、発表では銃弾で死亡した人質はいない。ガスの使用とその種類については周囲に一切知らされておらず、解毒薬も特殊部隊の一部にしか与えられていなかったため、人質の救出成功と同時に、呼吸困難や心停止に陥った人質への対処と治療という問題が起きた。このような状況を予期していなかった特殊部隊員たちはパニック状態に陥り、運ばれた病院でも対応は後手に回った。最終的に人質129名が窒息死したが、その多くは特殊部隊員が人質を担ぎ上げた時に吐瀉物が呼吸器に詰まったためであった。仮に医療班を待機させ、解毒剤などを準備していれば救われた命があったはずであり、後にこれは訴訟に発展した。ロシア政府は当初、このガスの成分を一切公表しなかったが、後日ロシア保健相が麻酔薬であるフェンタニルを主成分にしたものであるとの発表を行った。しかし、詳細な成分については今なお不明である。