日本海軍第8艦隊司令部は、海軍独力での作戦続行は不可能と判断し、青葉支隊主力の到着する9月中旬の攻勢再開を計画した。そして、それまでの間、橋頭堡を持久するものとした。しかし、連合軍が第18旅団を中心に反撃を強めたため、日本軍は追い詰められ、9月3日には暗号書の処分に至った。士気の低下も著しく、負傷した矢野中佐は、現地の最先任にもかかわらず補給の駆逐艦に収容されて脱出してしまった。4日には、代わって最先任となった呉3特の副官も、隊員224名とともに駆逐艦に便乗して撤退した。こうした状況から、持久は不可能と判断した第8艦隊司令部は、ついに撤退を決断した。9月5日、収容掩護部隊として横5特を乗せた軽巡「天龍」と哨戒艇2隻が赴き、生存者の収容を行った。収容漏れがあると見られたため、翌9月6日夜にも軽巡「龍田」と駆逐艦「嵐」が湾内に突入したが、生存者は発見できなかった。日本艦隊は、オーストラリアの輸送船「アンシュン」（3188総トン）を撃沈し、陸上への艦砲射撃で十数名を死傷させて帰還した。当時、湾内には病院船「マヌンダ」も在泊中であったが、病院船と判明したために攻撃対象とはならなかった。日本軍は生存者の収容が完了したと判断したが、実際には若干の取り残された日本兵があり、連合軍は数週間かけて掃討戦を行った。消息不明になっていた佐5特主力部隊の捜索は難航し、グッドイナフ島にいることが判明したのは部隊からの伝令がカヌーでブナに到着した9月9日であった。翌9月10日に駆逐艦「磯風」と「弥生」が救出に向かったが、途中で「弥生」が連合軍の空爆により沈没し、佐5特部隊の救出作戦は一時中止になった。9月22日に漂流中のカッターが発見され、これを収容したところ「弥生」の生存者が近くの島にいることが判明し、駆逐艦「磯風」と「望月」が現地に向かった。9月26日に梶本艦長以下「弥生」乗組員83名が救出された。この頃になると連合軍の航空機の活動が活発になっており佐5特部隊の水上艦による救出は困難視された。そこで潜水艦による救出を行うことになり、10月3日に潜水艦「伊1」（潜水艦長安久榮太郎）はグッドイナフ島に到着し部隊の傷病者（71名）を収容し、次いで伊1は大発2隻を島に輸送した。部隊は追加の大発の到着を待っていたが、10月23日に島に連合軍が上陸して戦闘になったので、翌24日に大発2隻でグッドイナフ島を離脱して近くのウェレ島に渡り、ここでようやく残りの部隊（261名）は軽巡「天龍」に収容された。消息不明になってから2ヶ月後のことであった。佐5特部隊の消息が判明する前、捜索・連絡のためにラビの近くに20名の連絡員が派遣されたがこれも消息不明になってしまい、帰還できないままとなった。グッドイナフ島から救出された横須賀第5特別陸戦隊主力はブナに駐留するが、11月のブナ・ゴナの戦いにおいて南海支隊ともども全滅することとなる。
2週間が過ぎ、退屈した兵士たちは宴会、博打に敵軍への罵倒で無聊を慰めていた。酔っていようと不注意であろうと、十字軍は歩哨を送らなかった。陣営からの徴発に出たものがオスマンの接近を知らせたにもかかわらず。バヤズィトはこのとき既にアドリアノープルを過ぎ、シプタの街道を経由してティルノヴォに至っていた。彼の同盟者セルビア王ステファン・ラザレヴィチは同行した。ジギスムントは500の騎馬隊をティヴォルノ周辺のティヴォルノ南70マイルに偵察に派遣した。そして彼らはティヴォルノにオスマン軍が来着している情報を持ち帰ってきた。報告はまた住民がニコポリスに押し寄せていることも知らせた。住民らは角笛を吹き気勢を挙げた。ブシコー元帥は彼らのスルタンは決して攻撃しないので、儀式の音は計略であると主張した。すなわち、彼は、十字軍の士気を下げるものとして、オスマン軍接近の噂を議論する者はその耳を切り落とすと恫喝した。状況の偵察により彼自身を憂慮させる数少ないものの一つはクシーであった。彼は500人の騎士と500人の騎馬弓兵を南に置いていた。近くの街道を通りオスマン大軍が接近していることをしり、彼は200人の騎兵をフェイントに使用した。それをもってオスマン軍を追跡を、残りの者らが伏兵として潜む場所へと、誘導し、先鋒を挫こうと考えたのである。宿営地も与えずに、クシーの兵は予想以上の敵兵を殺害し、陣地に戻ってきた。そこでの彼の行動は陣に無気力に衝撃を与え、他の十字軍の賞賛を引き出した。トゥッフマン以下のように論じる。「これがフランスの自惚れとウー伯の嫉妬を再び増大させた。彼はクシーの危険な出撃を向こう見ずであり、ヌヴェール伯ジャンから栄光と権威を盗もうとしていると非難した」と。ジギスムントは軍事会議を24日に召集し、そこで彼はワラキア公ミルチャ年長王が戦闘計画を示唆した。その計画ではオスマンとの戦闘に慣れているワラキアの農民兵を最初のオスマンの前衛との攻撃に出させる。彼らは通常は略奪品で武装している貧弱な兵であるが、彼らはそれ以前に質の高いオスマン軍と戦っているので先陣に使用するのである。ジギスムントは、前衛は騎士が戦うに値しないと主張した。ジギスムントはいったん最初の激突の衝撃をパスしてからフランス軍は突進のために前線を形成する。そのさいにハンガリー軍とその他の同盟者は攻撃の支援に回り、シパーヒーを十字軍の側面から守るということを提案した。ウー伯は、騎士に対する決定として申し出を非難した。騎士が農民兵の後に戦場に続くことを強いられることである。伝えられるところによれば、彼は「先陣を取られることは、われらに恥辱を与えることであり、あらゆる不名誉にわれらを晒すことです」と言い、彼は城主として先鋒を引き受けること主張し、自分の前を行く何者も自分に死に値する恥辱を与えると宣言した。ここにおいて、彼はブシコー元帥の支援を受け、自信で恐れを知らないフランスの若君ヌヴェール伯ジャンは容易に納得させられた。フランスの攻撃の着手とともにジギスムントは自軍のために戦闘計画立案から離れた。見たところ、数時間のうちに彼は陣地に「さだめしバヤズィトは6時間だけで退散するだろう」と書き送っている。十字軍は、大いに飲み、大いに食べ、混乱した反応をし、報告を拒否し、パニックに陥り、慌てて戦闘準備に取り掛かった。この点では、防衛の余力の欠如ゆえに、ロコワで捕えられた捕虜は虐殺された。ヨーロッパの年代記記者でさえのちにこれを「野蛮人の行動」とあだ名をつけた。