サハラ砂漠以南のアフリカ、インド、東南アジアなどで発生している。アフリカではサルを自然宿主とする森林サイクルが存在しているが、東南アジアでの感染サイクルは主にヒト-蚊-ヒトである。人間から人間への感染は認められない。雨期が終わり媒介蚊が増えるとともに流行が始まる。流行は普通は数年の間隔をあけて繰り返し、沈静期にはサル、ネズミ、その他の野生動物が保有宿主になっていると考えられている。しかし流行期にはヒトが保有宿主となっている。チクングニア熱はネッタイシマカに刺されることで伝播していくが、レユニオンの集団感染で分離されたウイルス株はヒトスジシマカによって媒介される能力を獲得したことが考えられている 。これはウイルスのエンベロープ遺伝子(E1)に生じた点変異によりヒトスジシマカへの感染力が増強された結果であることが示されている。ヒトスジシマカによって伝播されうるようになったことから、日本を含めヒトスジシマカが生息する地域でチクングニア熱の爆発的な流行が起きる可能性が高くなったと考えられる。2009年5月にはタイのトラン県で流行があり、母子感染を防ごうと帝王切開で出産した乳児がすでに感染していたという事例があった。このことは経胎盤感染が可能であることを想定させるが、実験的な検証はなされていない。
病気からの回復は年齢によって異なる。若い患者が5-15日で回復するのに対し、中年では1-2.5月を要し、年を取るほど時間がかかる。また病気の程度も若いほうが軽い。妊娠中の感染は重症化の原因にはならないが、母子感染の確率は50％程度とされるので注意が必要である。眼の炎症として虹彩毛様体炎や網膜損傷がある。多くの患者で足に浮腫が認められるが、循環器や腎臓肝臓に異常はなく原因は不明である。
致死率は0.1%と極めて低いが特異療法は存在しないため、発熱に対する通常の対症療法を行う。鎮痛剤はアセトアミノフェンを第一選択とし、効かない場合に他の鎮痛剤を試みる。ステロイドやアスピリンは副作用の恐れがあり勧められない。回復期の患者に対しては、軽い運動や理学療法を勧める。こうした治療は確定診断を待つことなく行うことができる。クロロキンはチクングニア熱の症状、特に関節炎を緩和する可能性がある。アスピリンやNSAIDで緩和しない関節炎に対し、1日あたり250 mgのクロロキン燐酸塩が効果を示したとする研究がある。しかし、培養細胞や猿を用いた研究ではクロロキンはチクングニア熱に対して効果がないとされる。
ワクチンは2000年に治験が行われたが、資金提供が打ち切られたために実用化されなかった。弱毒化生ワクチンの第II相治験によれば、接種後4週で98%の被験者が抵抗性を獲得し85%は1年後にも継続して抵抗性を示した。チクングニア熱から回復した患者から得た抗体はマウスを感染から守ることができる。ウイルス様粒子を用いて猿に対して感染防御を成立させ、かつその猿からの受動免疫で免疫不全マウスを致死量のウイルスから守ることができたことから、液性免疫が働いていることが示された。DNAワクチンも検討されている。チクングニアウイルスのカプシドとエンベロープの遺伝子配列をもとに設計したDNAワクチンによって、マウスに液性および細胞性の免疫応答を誘導することができた。
最も効果的な予防法は媒介蚊との接触を避け、蚊の繁殖を防止することである。DEET、icaridin、PMD、IR3535のような昆虫忌避剤、長袖や長ズボンの着用も効果がある。衣服をピレスロイド処理することもできる。窓や扉に網戸を設ければ蚊の家屋への侵入を防ぐことになるが、ネッタイシマカやヒトスジシマカは昼行性であり通常屋外で接触することから効果は限定的である。
研究は乏しい。上皮や内皮の細胞、線維芽細胞や単球由来マクロファージが感受性であるのに対し、リンパ球、単球、単球由来樹状細胞は非感受性である。ウイルスはpH依存的エンドサイトーシスによって侵入し、感染によりアポトーシスが誘導され細胞変性が起きる。I型・II型のインターフェロンによって感染は阻害される。
8月4日から10月3日までの最初の哨戒は、バーブ (USS Barb, SS-220) 、タニー (USS Tunny, SS-282) とウルフパック「エドのインク消し Ed's Eradicators」を組んでルソン海峡と南シナ海方面で行動した。この哨戒では8月31日にミ15船団を攻撃してタンカー千代田丸（日本郵船、4,701トン）を、9月9日にタマ25船団を攻撃して2隻の輸送船、豊岡丸（鏑木汽船、7,097トン）と満州丸（日本海汽船、3,054トン）を撃沈した。しかし、この哨戒のハイライトは9月18日に、9月12日に別のウルフパックの攻撃で海中に投げ出された、ヒ72船団加入の楽洋丸（南洋海運、9,418トン）に乗船していたイギリス軍およびオーストラリア軍捕虜を18名救助したことであった。ラフリンは、この救助活動を含む最初の哨戒行動が評価されて最初の海軍十字章を受章した。海軍十字章合衆国大統領は、海軍少佐チャールズ・エリオット・ラフリンが1944年8月4日から10月3日までの間の、ルソン海峡およびフィリピン近海の日本勢力圏下にある海域におけるクイーンフィッシュの最初の哨戒での突発的に起こった英雄的行為に対して、海軍十字章を贈る。ラフリン少佐は、敵の強力な水上と空からの制圧があったにもかかわらず、攻撃的かつ非常に粘り強い戦術を駆使して日本の海上輸送に対して効果的な攻撃を行い、1,300トンの敵駆逐艦、2隻の大型タンカー、2隻の大型貨物船の総計48,000トンにおよぶ艦船を撃沈した。また、撃沈された日本船から放り出されたイギリスとオーストラリアの捕虜の救助作業に参加して18名を救助し、重傷者には特に手厚い治療を行って、母港に輸送した。彼のスキルと勇気、義務への献身ぶりは、アメリカ海軍における崇高な伝統と合致している。