2006年3月30日の物理と社会シンポジウムでは、「『ニセ科学』とどう向き合っていくか？」の題で発表が行われ、大阪大学サイバーメディアセンターの菊池誠が本書を取り上げた。2006年9月23日、奈良女子大学で開催された日本物理学会秋季大会において、九州大学大学院工学研究科化学工学部門助手（当時）の高尾征治が「言葉が水の氷結状態と水中元素濃度に及ぼす影響」と題して本書の内容に酷似した発表を行った。この発表は江本も共同発表者として名を連ね、引用文献として本書が挙げられていた。質疑にて「これは科学と言えるのでしょうか」という疑問が発せられたという。引用している江本の説の追試も行っていなかった。なお高尾が在籍する九州大学工学研究院のウェブサイトでは、2007年4月から一時期「似非科学問題について」と題した文が掲載され、教員には発表内容に注意を払うように求め、また査読付き学術誌に論文が掲載されるまで是認されない旨が再確認されていた。
科学ライターの松永和紀は、2005年に小学五年生の娘の道徳の授業で本書の米の実験の話が使われた事を記している。娘の話では、疑問を口にした男児を「頭が固い」教師は無視した上、見学していた別の教師が、関係ない話をするなと叱責したという。教師の話は娘を含め、他の児童も信じていなかったという。この他にも同書が小学校などの道徳教材に使われる事例が多数報告され、問題となった。TOSSが運営する教員向けウェブサイト「TOSSランド」にて、同書を基にした道徳授業の実践例が掲載された事が全国に広まる要因になったと見られている。この事態に教育関係者や科学者からは本書とTOSSへの強い批判が起きた。学校でオカルトを教えることへの批判のみならず、善し悪しの判断を水に委ねる事自体が思考停止であるとの指摘もされた。また「画一的美的感覚の押しつけ」であるとの指摘も行われた。江本は、日本ではオウム真理教の影響で「波動」がカルトと見なされたお陰で、『水からの伝言』が児童向けの教育として受け入れられていないと述べている。また、本書の絵本版を2006年から2015年にかけて約500億円の予算で6億5000万部を印刷し世界中の子供たちに配布すると公言していたが、実際には、2016年時点で絵本版の印刷・配布部数は全世界累計で約50万部しか配布されていない。
それぞれの結晶の写真は江本の主観によって選ばれたものであり、また江本も証明に協力しないため、ワープロで書かれた文字の内容で結晶が変わるといった主張に対し、科学界での議論は行われていない。一方で江本平和賞（Emoto Peace Prize）受賞者であるワシントン大学生物工学科教授のジェラルド・ポラック（Gerald Pollack）は、2016年にIHM（江本の会社）に招かれて講演した際に、ポラックが唱える「第四の水の相」で水が情報を記憶する事によって結晶の形が変わる可能性に言及している。ポラックの説はIHMの根本泰行によって『国際生命情報科学会誌』でも紹介された。
写真にあるものは雪花状の氷であり、雪や霜と同様に「気相成長」によって生じた、つまり種となる氷に周辺の水蒸気がくっついてできたものである。あるいは「小さな霜」といえる。結晶の形は中谷宇吉郎が研究した雪の結晶形の成長条件に従って、雪花状に成長するかどうかは温度と水蒸気量で決まる。形こそ雪花状であるが、雪や霜がそうであるように、分子構造は普通の氷と同じである。また、藤倉珊は『トンデモ本の世界T』において、同じく中谷宇吉郎の研究を取り上げチンダル像による負結晶（逆結晶）別名「ウォーター・フラワー (Water Flower)」とする異説を唱えている。水の結晶と称される写真に、チンダル像ができる際、水蒸気によってできる穴と同じようなものが見える。「シャーレに水を分け、氷点下で凍結し、顕微鏡で視る」という撮影過程の中で、顕微鏡の落射照明により氷が融解するなどと指摘し、結晶の写真の美しさは、氷の融解する過程においてタイミング良く負結晶ができる瞬間の写真が撮影できるかどうか、つまりシャッターチャンスの妙味だとしている。ただし、藤倉珊と同じと学会の会員で物理学者の菊池誠は、写真に写っているのは気相成長でできた普通の結晶であり、チンダル像だとする藤倉の説は誤りであると指摘している。
イングランド・レスター州のラフバラー大学で自動車工学を専攻し、1976年に卒業。卒業後、モータースポーツ以外の仕事をしばらくした後、1977年にウィリアムズチームに加入した。ウィリアムズにおいて、多くの若手エンジニアの内の1人として、パトリック・ヘッドやフランク・ダーニーらと働き、後にクレイ・レガッツォーニ、カルロス・ロイテマン、ジャック・ラフィット、タイトルを獲得したアラン・ジョーンズ、ケケ・ロズベルグのレースエンジニアとなった。1984年にカール・ハース（en:Carl Haas）によるチーム・ハースのF1参戦計画に共同チーフデザイナーとして関わったが、結果としてこの仕事は報われることはなく、チームは1986年をもってF1から撤退した。1987年からマクラーレンに加入し、ジョン・バーナードのデザイン事務所で短期間働いたが、ほどなく、バーナードにかわってゴードン・マレーがデザイン部門のチーフとなったため、オートレイはマレーの下で補佐をするようになった。マクラーレンが1988年に使用したMP4/4は、シーズン全16戦中15勝という成果をあげた。マレーがマクラーレンのロードカー部門に移ったため、オートレイはF1部門のチーフデザイナーに就任し、自身が設計したMP4/5とMP4/6で1989年から1991年までタイトルを獲得したが、徐々にシャシーの戦闘力はウイリアムズなどのライバルに対して相対的に劣るようになり、マクラーレンは長い低迷期に入った。その後、1997年にエイドリアン・ニューウェイが加入するなど、マクラーレンの技術部門のトップは変更されてきたが、オートレイは2002年にマイク・コフランにその座を譲るまで一貫してチーフデザイナーの要職を務めた。ニューウェイやコフランがチームを離れてからも、オートレイは開発部門の要職で働いている。2011年にパディ・ロウがテクニカルディレクターに昇格し、オートレイはデザイン・開発プログラムのディレクター (Director of Design and Development Programmes) に就任した。