四国旅客鉄道（JR四国）はJR四国2000系気動車にラッピングを施し、ばいきんまんをテーマにした車両である「ばいきんまん号」（2000形2005）を「予讃線アンパンマン列車」として運行していた。車内も指定席の区画にはバイキン城をイメージした装飾が施されていた。2000系のアンパンマン列車は大きく予讃線系統と土讃線系統があり、予讃線には11両のアンパンマン列車が配属されていたが、2016年3月26日のダイヤ改正により「予讃線アンパンマン列車」はJR四国8000系電車で運行されることになり、「ばいきんまん号」を初め、大半の車両が予讃線の2000系アンパンマン列車から引退した。「ばいきんまん号」はラッピングを解除され、一般色である四国色に戻された後、松山運転所から高知運転所に転属された。運行開始より何度かデザインが変更され、廃止直前のデザインは四代目であった。
前述のように、悪さをするに際して変装をすることが多い。この変装はどれもよく見ればわかりそうなものなのばかりであるが、いかなる者たちも初めはばいきんまんの変装に気づかない。変装によっては極端に声が高くなったり（主に女装時）する場合があり、その最中につい通常の声で喋ってしまって怪しまれてしまうこともある。変装がばれる場合は、カツラ等が取れる、2本角やしっぽが見えてしまう、ばいきんまんが成り済ましたキャラクターの本人が現れる、めいけんチーズに匂いで変装を見破られる等がほとんどである（前者2つは火傷を負った時、驚いた時、壁にぶつかった時、転んだ時、くしゃみをした時、彼と共に変装したドキンちゃんと食べ物の取り合いになった時にばれることが多い）。アンパンマンやゲストキャラクターを上手く陥れた場合は自ら正体を明かすこともある。アニメ初期のアンパンマンはばいきんまんの声で変装を見抜くことが多かった。変装のバリエーションは下記のように非常に多い。
特技は変装や発明で、これらを駆使してアンパンマンやゲストキャラクターを罠にはめたりやっつけたりする。その他にも、剣の腕もなかなかのもので、アンパンマンやナガネギマンとフェンシングでほぼ互角に戦ったことがある。また、音楽好きの一面もあり、特にチェロはチェロヒキーさんに仕込んでもらったことで、コンサートで聴衆をうっとりさせたほどの腕前である。また催眠術をかけることもでき、ゲストキャラを操って悪事に加担させることもある。日頃からバイキンメカを作っているためか、物作りに関しては器用で、TVスペシャル『アンパンマンとクリスマスの星』では、吊り橋の床板を使って2人乗りのそりを作ってみせアンパンマンを感心させた。
悪魔のような黒い体に2本の角、胸に紫のボタン、矢印のような尻尾を持ち（先端は鋭利で、ロープを切ることができる。また、避雷針のように雷を寄せ付ける）、白目は薄いピンク色、歯はギザギザの形状で、舌は青く長い。手足や鼻、唇は紫色。背中にハエのような小さな羽があり、アニメ初期では主にこの羽を使って飛行していたが、現在は1人乗りのUFO型の乗り物「バイキンUFO」に乗っているため、ほとんど使用しない。本人もたまに羽があること自体を忘れている時があるが、飛び方を忘れてはいない様子で、現在でもバイキンUFOが無い状況などで飛行することがある。身長は角を含めてもアンパンマンより低い。胴の黒い部分は服、胸のボタンはマイクロフォン、手足は手袋と靴ということになっているが、その上から服を着ることも多い。冬の季節になるとコートを着る。コートの色は初期は紫系のコートだったが途中から黄緑に変更されている。例外として、TV第7話B「アンパンマンとかぜこんこん」では、青いコートを着ていた。また、『アンパンマンとらーめんてんし』『アンパンマンとたんこぶまん』等では別の赤い防寒具を身に着けていた。ばいきんまんのモチーフはハエであり、絵本に登場する初期のばいきんまんは頭部と羽が非常に大きく、角には毛が生えており、ギザギザした歯はまだ存在せず、体は痩せており、胸にボタンが2つあった。
一部のキャラクターグッズや一部メディア等で見られるカタカナ表記の「バイキンマン」は間違いであり、正確にはひらがな表記の「ばいきんまん」である（ただし、原作者のやなせたかしは『アンパンマン伝説』等、自著でよくカタカナで『バイキンマン』と表記していた）。かつぶしまんやルビーなど、一部の人々によく名前を言い間違えられる（「ばいまんきん」「ばんざいまん」「まんきんまん」「まんざいまん」「きんばいまん」等）。初めて間違えられたのは、かみなりピカタンに会った時であり、この時は「バッチイマン」と言い間違えられていた。
特別なステータスや潜在能力はないが、お調子者なムードメーカーであり、さやかを演じた喜多村英梨はどこにでもいる一番リアルな女の子だと述べる。活発で正義感が強く、物事を自らの力で能動的に解決していく考え方の持ち主であり、一見行動派にみえるが、実際は思い悩んで行動するタイプだと心理学者の富田たかしは分析している。そして、思い込むと一つのことにこだわり続けてしまう意固地さと不器用さを持っており、行き詰まるとストレスを溜めこみやすいのだという。完全欲が強いがために現実とのギャップから自己嫌悪に陥る面もあり、ライターの上田繭子は自己評価の低さに反して理想が高いところが欠点であると評し、声優の喜多村は思春期の青さを象徴するキャラクターだと述べている。戦闘に置いては接近戦を主体とするキャラクターで、アニメでシリーズディレクターを務めた宮本幸裕によると戦闘技術こそ拙いもののパワーとスピードの両面を備え、また防御力に長けるなど全体的にバランスのとれた資質を持つ。契約時の願いから発現した強力な治癒能力を併せ持っており、劇中ではその回復力を利して自らの痛覚を遮断し、ほとんど防御を無視して戦う戦法も用いる。テレビアニメ版での最終話においては、まどかによって世界が改変された後でも消滅してしまうという最期を迎えている。このことについて脚本を担当した虚淵は「さやかが助からない」のではなく、自分の本望を認めたさやかが覚悟を固めたために「恭介を助けてしまった」結果であるとして、ニュアンスの違いを強調している。