調査船団壊滅の際にマクロス・ギャラクシー船団に救助されたグレイスは瀕死の重傷を負った肉体を捨ててサイボーグ化し、船団中枢の意識集合体に迎えられる。意識集合体は銀河規模のインプラント・ネットワークを構築し、全人類の思考を最上位から支配しようとする「銀河並列思考ネットワーク計画」を企てており、その実現の鍵としてグレイスの知識を求めた。バジュラを手駒として人類を隷属させ、総インプラント化を実現するためには、群の頂点であるバジュラクイーンと大量のフォールドクォーツが存在する母星を探す必要がある。ギャラクシーの高度な科学力でもバジュラの通信・思考プロトコルは解析できないため、インプラント化していない生身の人間をV型ウイルスに感染させ、バジュラネットワークへの介入者に育てる「プロジェクト・フェアリー」が試行される。まもなく、グレイスはマオの孫娘シェリル・ノームがインプラント反対活動家の両親を謀殺され、ストリートチルドレンとなっていることを知る。ノーム家の歌巫女の血統に興味を持ったグレイスは、シェリルをプロジェクト・フェアリーの被験体の1人（コード「フェアリー9」）として保護・観察しながら、辣腕芸能マネージャーに扮して歌手として育成する。一方、マクロス・フロンティア船団でも、星間運輸企業を率いるリチャード・ビルラーが、フォールドクォーツの力で銀河系の交通・通信網の支配を狙っていた。ビルラーは船団行政府の陰のスポンサーとして航路選択に影響を及ぼし、ビルラー傘下の民間軍事企業S.M.Sには、バジュラ（コード「ビクター」）との交戦に備えて最新鋭可変戦闘機VF-25 メサイアが先行配備される。
2040年、人類はバジュラの存在を初めて確認する（一般には公表されず）。第117次大規模調査船団はフォールドクォーツを介してサラの歌声を追跡するうち、銀河系中心方面の辺境惑星ガリア4に到着する。マオは助手のグレイス・オコナーやランシェ・メイとともに、船団旗艦SDFN-4 グローバルでバジュラの生態を研究する。グレイスは、人体器官の機械換装技術（インプラント）とフォールドクォーツのリアルタイム通信を組み合わせた「インプラント・ネットワーク理論」を発表する。ランシェは研究中にV型感染症に罹患するも、2043年にランカ・リーを出産する。V型ウイルス（フォールド細菌）に母胎感染したランカは、バジュラと潜在意識でコミュニケーションを取る力を秘め持つことになる。2048年、ランカは母から教わったバジュラの求愛歌「アイモ」を歌い、バジュラの大群をガリア4に呼び寄せることになる。バジュラの攻撃により壊滅した調査船団から救出されたランカはショックにより記憶を失い、彼女の保護者となることを申し出た同船団の生き残りオズマ・リーの妹としてマクロス・フロンティア船団に移住する。この惨劇は情報操作され、一般には「フォールド航行の事故」と発表される。
太古の宇宙種族プロトカルチャーはバジュラの死骸を手に入れたことからフォールド航行などの技術を得て、銀河系内に高度な星間科学文明を築き上げた。プロトカルチャーはバジュラを恐れつつ憧れ、ついには神格化した。50万年前、地球に立ち寄ったプロトカルチャーは遺伝子操作で人類の祖先を生み出し、進化の監視装置としてバジュラクイーンの姿を真似た「鳥の人」を残した。その後、プロトカルチャーは滅亡に向かい、バジュラに関する情報は途絶えた。2008年、マヤン島近海で眠りについていた鳥の人が統合戦争の余波により覚醒し、歌巫女サラ・ノームを乗せて宇宙の彼方へ飛び去る（鳥の人事件）。後年、プロトカルチャー研究の第一人者となったサラの妹マオ・ノームは第117次大規模調査船団を編成し、これを率いて宇宙へ旅立つ。
バジュラは数億年に一度、別の銀河にすむほかの群れと交配を行う。卵生であり、成長過程では昆虫のように幼生から成体へと変態する。基本的に女王タイプが産卵した卵から、一定期間を経て幼生（第一形態）が孵化する。成長した幼生は蛹（さなぎ）を経て第二形態に羽化する。なお、周囲の環境によっても形態が変化するとされており、テレビシリーズと劇場版で「あい君（アイ君）」の成長後に違いが見られるのはランカや周囲の人間との関わりの違いと説明されている。第二形態以降は特殊なホルモンを与えられた個体が、空母タイプなどの特殊個体に成長すると推定される。
カホオラウェ島はマウイ島の沖合13km程にある。面積は約116km²であり、ハワイ諸島の主要8島では最も小さい。900年ほど前からハワイ人が住んだ島であるが、乾燥がひどく、農作物が生育しにくかったといわれる。統一ハワイ王朝が成立する頃には度重なる戦争の影響で島の土地が荒廃し、殆ど無人の島となった。カメハメハ3世はこの島を流刑地として使用した。20世紀に入るとハワイ自治政府はカホオラウェ島を森林保護区として、自然を回復させようとした。しかしすぐにこの島はアメリカ人の資本家に貸与され、牧場に転用される。ところがこの島には干魃が定期的にやって来るので、結局は牧場も撤退してしまった。やがて太平洋戦争が勃発。カホオラウェ島は米軍の演習地として接収された。米軍はこの島を上陸作戦の演習場として使用。朝鮮戦争・ベトナム戦争時には戦闘爆撃機による対地攻撃の演習場となった。1965年にはTNT500tによる模擬核実験セーラーハット作戦（Operation Sailor Hat）が行われた。1976年、先住ハワイ人たちの間でカホオラウェ島を取り戻そうという動きが始まる。その結果、1991年に米軍の演習が終了。1993年に島はハワイ州政府に返還された。この時、島全体が「先住ハワイ人の文化的・宗教的活動にのみ使用される」ことも決まり、この島での営利活動は一切禁じられた。現在もカホオラウェ島では演習の残骸除去と植生の回復活動が行われているが、軍隊の演習に使われたためまだ多数の不発弾などが残っている。しかし既に先住ハワイ人の活動家の中にはこの島に居を構えている者も存在している。