出生や家族といった側面だけでなく、ライシャワーは上記の論文で主張した日本の多くの層との対話を実行に移し、全国に妻とともに積極的に出向き、市民との対話を演出したほか、昭和天皇などの皇族や、池田勇人や佐藤栄作などの現職の首相や、吉田茂や岸信介などの元首相などの与党リーダー層のみならず、社会党などの左派野党議員や石坂泰三などの経済人、池田大作などの宗教関係者や左派を含む労働組合関係者とも積極的に会談を行うなど、アメリカ本国のケネディ政権と協調して日米政府間の対等をアピールすることで、「日米パートナーシップ」、「ケネディ＝ライシャワー路線」と称される日米蜜月時代を演出しようとした。また、冷戦下においてこれまで大使館とは微妙な関係を保っていた在日アメリカ軍との関係改善にも臨み、在日アメリカ軍司令官や太平洋軍司令官、そして沖縄の琉球列島高等弁務官などとも緊密な関係を取り続けた。さらに、日本を訪問したアヴェレル・ハリマンやリチャード・ニクソン、ロバート・ケネディなどの政界関係者と日本の政財界人との間をつなぐだけでなく、彼らに対して同盟国の日本との関係の重要性を理解させるように努めた。なお、ライシャワーは駐日大使在任中にほぼすべての都道府県を訪問した他、妻のハルも女性団体やその他各種団体などとの会合に積極的に出席するなど、市民との接触も積極的に行い、その活動は数多くのマスコミで大きく報道された。しかし、1963年（昭和38年）11月のケネディの暗殺後にリンドン・B・ジョンソン政権に代わった頃以降には、皮肉にも自らを抜擢したケネディ政権が始めたアメリカのベトナム戦争政策を起因とする、日本人の反米感情の高まりへの対処に苦慮することとなる。
日米間に大きな亀裂を残した安保闘争直後の1960年（昭和35年）夏に、ハーバード燕京研究所所長として日本を訪れたライシャワーは、「損なわれた対話 (Broken Dialogue)」と題した論文を外交専門雑誌『フォーリン・アフェアーズ』1960年10月号に発表し、「アメリカをはじめとする西側諸国は、日本の政府（閣僚や与党議員）や財界の指導者層だけでなく、野党や右翼、左翼活動家、知識人とも異端視することなく対話を重ね、日本の主流から外れた人々の実態や抱える不満を把握するべきである」と主張した。この論文が当時就任して間もないジョン・F・ケネディ政権の国務次官であるチェスター・ボールズの補佐官のジェームス・C・トムソン・ジュニアの目にとまり、駐日特命全権大使への就任要請につながったと言われる。ジョン・F・ケネディ大統領からの大使就任要請を受諾したライシャワーは、1961年（昭和36年）4月には駐日アメリカ特命全権大使として東京に赴任し、「日本生まれのアメリカ大使」として日本人の妻とともに日本国民から人気を博す。
1955年（昭和30年）にアドリエンが3人の子供を残し急逝し、1956年（昭和31年）には、明治時代の元勲の松方正義と、生糸貿易の先駆者で元横浜生糸会社会長の新井領一郎の孫、さらにアメリカンスクール・イン・ジャパンの後輩である松方ハル（1915年8月6日 - 1998年9月23日）と日本において再婚する。披露のパーティーは父母が創設に尽力し、そのキャンパスに住んだ東京女子大学で行われた。この年にハーバード燕京研究所所長となった（1963年まで）。1958年にはノーベル文学賞候補として谷崎潤一郎を推薦していたことが、2009年にノーベル財団への資料公開請求をおこなった朝日新聞の報道により明らかにされている。
1946年（昭和21年）にはハーバード大学に戻り、極東学会の副会長、会長を歴任する。なお、ハーバード大学時代の教え子にはジミー・カーター政権の国家安全保障問題担当大統領補佐官を務めたズビグネフ・ブレジンスキーらがいた。また、1948年（昭和23年）には人文科学顧問団の一員として再び連合国の占領下の日本へと戻り、ダグラス・マッカーサーと会談した。なお、1950年代前半にアメリカを襲った「赤狩り」旋風では、ハーバード大学の同僚である上記のノーマンや都留重人らがターゲットとなったが、この2人のようにイデオロギー的に偏りがない上に、中国史研究者であったものの、国務省では日本や朝鮮の政策にのみかかわっていたこともあり難を逃れた。
1941年（昭和16年）には国務省の依頼を受けて極東課で数か月間働き、その後再びハーバード大学に戻るものの、同年12月の第二次世界大戦へのアメリカの参戦、日本との開戦後の1942年（昭和17年）にはアメリカ陸軍通信隊の依頼で日本語の翻訳と暗号解読のための学校の設立を行うことになる。さらに翌1943年（昭和18年）には、アメリカ陸軍の参謀部情報からの要請を受けて少佐として入隊し、ワシントンD.C.において日本軍の暗号解読や分析、心理戦などの対日情報戦に従事する。第二次世界大戦終結後の1945年（昭和20年）11月には中佐として陸軍を除隊して、国務省の外交諮問委員会の極東小委員会の委員となり、天皇制の将来に対する政策や、日本の支配から離れることになった朝鮮半島に対する政策立案などを担当する。
アメリカとカナダでは、1883年11月18日に両国の鉄道会社によって標準時刻帯による鉄道時間が導入された。当時の新聞はこの日を「2つの正午をもつ日」と書いた。このとき、政府は時刻についての立法措置や決定を特に行わなかった。鉄道会社は5つの時刻帯を単純に採用し、市民もこれに従うものと考えた。鉄道経営者の組織であるアメリカ鉄道協会 (American Railway Association, ARA) は、時刻を標準化することに対して一般の科学的関心が高まりつつあることに気づいていた。そこでARAは、当時存在していたそれぞれの鉄道路線の境界に合わせて不規則な境界線をもつ独自の時刻帯を考案した。これは一部には、政府によって鉄道経営に不便な時刻帯が採用されてしまうのを前もって避けるためであったと考えられる。多くの人々はこの新しい時刻「鉄道時間」を単純に受け入れたが、これには法的裏付けがまったくないとして拒否する市や郡も少なくなかった。法律に規定がないと、例えば契約書の満了期限として深夜 (midnight) と書かれていた場合、この深夜はいつを意味するのかといったことが問題になる。アイオワ州の最高裁判所で審理されたある裁判では、閉店時間の違反に問われたある酒場の経営者が自分は「鉄道時間」ではなく地方（太陽）時に基づいて営業していると主張して無罪となった例があった。その後も標準時は地域の問題となっていたが、1918年にサマータイムの導入の一部として標準時が法律で制定された。1868年11月2日にはニュージーランドが全国で使われる標準時を公式に採用した。名称はニュージーランド平均時 (New Zealand Mean Time)。おそらくこれが国内で単一の標準時を採用した最初の国であったと考えられる。ニュージーランドの標準時は東経172度30分の経度に基づくもので、グリニッジ平均時より11時間30分進んだ時刻となっている。