ディテールが効いていて憂鬱と不安を感じさせるディッコ独特の画風はどの作品を描いていてもすぐに見分けがつき、読者から強く支持された。特にスパイダーマンというキャラクターは、苦労の多い私生活も併せて、ディッコ自身の志向とうまく噛み合った。スタン・リーも38号にわたってディッコと共作を行う中でそれを認めるようになり、後半の号ではプロット作成のクレジットを彼に譲った。しかし、ディッコは4年にわたってスパイダーマンを描き続けたところでマーベルを離れた。そのころディッコとリーは会話を交わすことがなくなっており、作画や編集に関する要求は第三者を介していた。軋轢が生じた経緯はリーにも明らかではない。リーは2003年に「スティーヴとは結局一度も打ち解けたことがなかった」と述懐している。不和の原因はグリーンゴブリンの正体について意見が対立したためだという通説があるが、ディッコは後にそれを否定し、リーが契約を破ったためだと語った。スタンは何も知らなかったからね。私がスパイダーマンのストーリーと表紙に何を描いているか。[プロダクション・マネージャーの]ソル・ブロツキーが原稿を持っていってようやく知るんだ。[その後でリーがセリフを作る。] … だから意見が合うも合わないも、やり取り自体がなかった。 … グリーンゴブリンだろうが何だろうが問題が起きるはずがない。[そういう制作体制だったのは]第25号より前から、私が辞める号までだ。スパイダーマンの作画を引き継いだジョン・ロミータ・Srは、2010年に証言録取書の中で「[リーとディッコは]共作などできない関係になった。ほとんどどんなことでも意見が合わなかったから。文化、社会、歴史、すべてにおいて。キャラクターの扱いについても…」という記憶を語っている。1966年7月にマーベル社から発行されたコミックブックの "Bullpen Bulletins"（読者欄）ではディッコに友情のこもった別れの言葉が贈られた。一例として『ファンタスティック・フォー』第52号では「スティーヴから個人的な理由で辞めると聞いた。長年一緒にやってきたのに残念だけど、次の取り組みでも成功するよう、才能あるスティーヴのために祈っているよ」と書かれた。
健康を取り戻したディッコは1955年末にニューヨークに戻り、マーベル・コミックスの前身であるアトラス・コミックスで仕事を始めた。『ジャーニー・イントゥ・ミステリー』第33号（1956年4月）に掲載された4ページ作品 "There'll Be Some Changes Made" がアトラスでのデビュー作となった。同作はマーベルの Curse of the Weird 第4号（1994年3月）に再録されている。アトラス/マーベルでは『ストレンジ・テイルズ』をはじめ、新しく創刊された『アメイジング・アドベンチャーズ』、『ストレンジ・ワールズ』、『テイルズ・オブ・サスペンス』、『テイルズ・トゥ・アストニッシュ』で盛んに作品を発表し、多くの名作を残すことになった。これらの雑誌の多くはカービーのモンスター物で始まり、ドン・ヘックやポール・リーンマン、ジョー・シノットらが落ちの効いたスリラーやSFを1・2編描き、ディッコと原作・編集のスタン・リーによるシュールな、ときに内省的な短編が最後を締めくくった。リーとディッコの短編は非常な人気を集めたため、『アメイジング・アドベンチャーズ』誌は第7号（1961年12月）から路線を変更して同種の作品だけを載せるようになり、『アメイジング・アダルト・ファンタジー』と改名した。この名は「洗練された」作風を表そうとしたもので、キャッチフレーズも "The magazine that respects your intelligence"（知的な君たちのための雑誌）とされた。リーが2009年に回想するところでは、「当時よく思いついた、オー・ヘンリー風の結末をつけた奇妙な空想話」をディッコとともに「5ページの短い穴埋めコミック・ストリップ」に仕上げ、「わが社のコミックブックでページが余れば何にでも」載せたという。リーによればそれらの作品は、後に「マーベル・メソッド」と呼ばれるようになる制作体制（ライターがプロットを考え、作画家がそれをもとにコマ割りと作画を行い、最後にライターがセリフやナレーションを付ける）の草分けだった。「スティーヴにプロットを軽く説明すれば、あとは彼が全部やってくれた。私が伝えた大ざっぱな骨格から一流のコミック作品を生み出してくれる。私なんかが考えていたものよりはるかに出来のいいものを」
第1期は5分枠の短編アニメで、2013年1月から3月までTOKYO MX・サンテレビ・AT-Xほかで放送された。短編アニメとしては珍しく物語に連続性を持つのが特徴。物語冒頭OP後に副題と合目数が出るのが基本フォーマットとなっている。第2期は2013年12月に行われたファンイベントにおいて制作決定が発表され、『ヤマノススメ セカンドシーズン』のタイトルで2014年7月から12月まで15分枠で放送された。前作の第1期より放送時間と放送期間が拡大された。第1話のOPは第1期総集編を兼ねた特別編成ゆえ、OPフィルムは専用のものとなっている。第2期前半は主に富士登山編までのルートをアニメ化。本編冒頭コールドオープンの後にちびキャラと「セカンドシーズン」「新一（...十二）合目」と副題が書かれた案内看板がタイトルバックジングルと共に3カットで切り替わり、各合目締めには「つづく」の文字が右端からフレームインしつつ定位置で弾性変形をするアニメーションと共に4人の「つ・づ・く」のセリフで終わり、EDに入る形となった。2017年10月28日よりOVA『ヤマノススメ おもいでプレゼント』のイベント上映およびBlu-ray劇場先行限定版販売が行われ、2018年1月26日にBlu-ray通常版が発売された。2本立ての作品となる。また、これに合わせてYoutubeのスマイラルアニメーションチャンネルでは第1期および第2期の無料公開が順次行われ、さらにTOKYO MXでは10月10日未明（9日深夜）より同日に第1期と第2期の同合目連続放送での再放送という形で再放送されることになった。2018年7月から9月まで第3期『ヤマノススメ サードシーズン』が15分枠で放送された。ロケハンも大変であり、第2期の終盤がきれいな終わり方をしていたことから続編の計画はなかなか立たなかったが、第3期を待望するファンの声により話が進んだとプロデューサーの後藤裕は話している。また、第2期から製作委員会に参加しているYTEの親会社でもある読売テレビでの放送が今期では実現することとなり、同局の公式サイト内に紹介ページが開設されている。2016年6月より、ラトビアにて吹き替え版が放送されていた。2017年6月より、メキシコにて吹き替え版が放送されている。