1865年2月18日、スミスのテネシー軍分遣隊は、第16軍団に名称変更された。ナッシュビルの戦いの時点と同じく3個師団編成であったが、ムーアに代わってユージン・カー（Eugene Asa Carr）が第3師団長となった。新生第16軍団はエドワード・キャンビー少将のアラバマ州モービルに対する作戦に参加し、スパニッシュ砦の戦い（Battle of Spanish Fort）とブレイクリー砦の戦い（Battle of Fort Blakely）で戦った。ブレイクリー砦は1865年4月9日に降伏したが、これはロバート・E・リーがアポマトックス・コートハウスで降伏したのと同じ日であり、また最後の歩兵戦であった。第16軍団は7月20日に解散した。
第16軍団は1864年11月7日に解散された。しかし、スミスは隷下の2個師団の指揮を引き続き執り、スターリング・プライスのミズーリ襲撃に対応するためにミズーリに送られた。この際にスミスの部隊、すなわち以前の第16軍団右翼は、正式に「テネシー軍分遣隊」と命名された。スミスはその後テネシーに送られジョージ・ヘンリー・トーマス少将のナッシュビルの戦いに参加した。ナッシュビルではスミスは3個師団を率いており、師団長はぞれぞれ第1師団ジョン・マッカーサー（John McArthur）、第2師団ケナー・ギャラード（Kenner Garrard）および第3師団ジョナサン・ムーアであった。マッカーサーの師団は、この2日間の戦いで重要な役割を果たした。
アトランタ方面作戦に参加しなった師団は、ミシシッピ川渓谷の防衛任務に残された。キムボール、ラウマン、スミスの師団は恒久的に他の軍団に異動となり、代わりに第15軍団からジェームズ・タトル（James M. Tuttle）の師団、第13軍団からアンドリュー・スミス（Andrew Jackson Smith）の師団が加わった。軍団長のハールバットがこれら師団からなる右翼を直接指揮し、1864年2月のメリディアン遠征（Meridian Expedition）に参加した。レッド川方面作戦の間、右翼はナサニエル・バンクス少将のメキシコ湾岸軍に付属され、スミスが指揮をとった。タトルの第1師団はジョセフ・マウワー（Joseph A. Mower）が率い、スミスの師団もマウワーの指揮下に入った。第17軍団からの1個師団が右翼に加わった。この師団は「レッド川師団」と呼ばれ、トーマス・スミス（Thomas Kilby Smith）が師団長を務めた。レッド川師団はルイジアナに留まり、スミスが他の右翼部隊を率い、アトランタ方面作戦中のシャーマンの補給線を守るためにミシシッピ州へと向かい、トゥーペロの戦いで南軍に勝利した。このときの構成部隊は、マウワーの第1師団と、デビッド・ムーア（David Hastings Moore）大佐の第2師団に加え、ベンジャミン・グリアソン准将の騎兵師団が一時的に付属されていた。
左翼の司令官にはドッジが就任し、シャーマンのアトランタ方面作戦に加わった。隷下の部隊は、トーマス・スウィーニー（Thomas William Sweeny）准将の第2師団、ジェームズ・ヴィーチ（James C. Veatch）准将の第4師団であった。これらの師団は、1864年7月22日のアトランタの戦いでめざましく戦い、南軍のジョン・ベル・フッド大将の側面攻撃を撃退した。この戦いでは、第4師団はジョン・フラー（John W. Fuller）が率いていた。
1862年12月18日、テネシー軍は4個の軍団に分割され、この際に第16軍団が創設された。軍団長にはスティーブン・ハールバット（Stephen A. Hurlbut）が就任した。4個師団構成で、第1師団長はウィリアム・スミス（William Sooy Smith）、第2師団長グレンビル・ドッジ、第3師団長ネイサン・キムボール（Nathan Kimball）、第4師団長ジェイコブ・ラウマン（Jacob Gartner Lauman）であった。これらの師団は、テネシー州メンフィス、ミシシッピ州ラグランジェ、ミシシッピ州コリンス、それぞれの近郊で守備任務についた。テネシー軍のビックスバーグの包囲戦が始まると、ユリシーズ・グラント少将は、戦力強化のために周辺の部隊を呼び寄せた。1863年6月12日、スミス、キムボールおよびラウマンの師団はビックスバーグに向かうよう命令を受けた。軍団長のハールバットと第2師団長のドッジは、守備任務のためテネシーに留まった。ビックスバーグの陥落後、1863年7月にはウィリアム・シャーマンのジャクソン遠征（Jackson Expedition）が行われたが、この時スミスの師団は第9軍団に、ラウマンの師団は第13軍団に付属して参加した。1864年、軍団はそれぞれ2個師団からなる左翼と右翼に分割された。
南北戦争中の北軍第16軍団（XVI Army Corps）は、テネシー軍傘下の軍団であるが、その師団は各地の戦線に派遣され、軍団としてまとまって戦うことは稀であった。
1919年のパリ講和会議で日本が、国際連盟規約に「人種平等の原則」を入れるという提案（人種的差別撤廃提案）を行った際には、アメリカの黒人は強くこれを支持した。しかし、ウィルソンが全会一致ではないという理由でこれを却下すると、全米各地で暴動が起き、数万人の負傷者を出した。大戦中、多くの日系移民は、米国の市民権を持っていても、強制収容所に入れられた（日系人の強制収容）。黒人運動家のコラムニストは、日系アメリカ人だけが収容され、ドイツ系もイタリア系も収容されなかったことは、あきらかに人種偏見のせいであり、また、アメリカの市民権を持っている日系人さえもが強制収容されるなら、黒人にも同じ事が起こる可能性がある、と指摘したうえで、次のようにロサンゼルス・トリビューン紙上で訴えた。11万5千人もの人々（日系人）が、一度にアメリカ人としての自由を奪われるのを、われわれ黒人は黙って見過ごすというのか。全米黒人地位向上協会はそれを受けて、次のような決議を発表。　われわれは人種や肌の色によって差別され、アメリカ人としての当然の権利を侵害されることには断固として反対していかねばならない。戦後、黒人社会は、収容所から解放されて戻ってきた日系人を歓迎し、温かく迎え、仕事を斡旋したり、教会に招いたりした。