本作は原作の連載終了の目途も立っていない時期に制作されており、毎週放送では原作に追いついてしまうため、原作者である荒川弘の意向によって、ほとんどのストーリーや世界観、登場人物の設定などが異なるアニメ独自の完全オリジナルストーリーとなっている。そのため原作の名残は少年期であるエルリック兄弟の人体錬成のシーンのみにとどまっており、それゆえに原作第7巻以降の登場人物（シンの国係者やブリッグズ軍など）は登場せず、いわゆる物語の“黒幕”となる存在やその目的、主人公達が迎える物語の結末も原作とは完全に異なる。タイトルに「FULLMETAL ALCHEMIST」とあるが、2009年に再アニメ化された『鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST』との差別を図るため、本作では用いられない。2005年には本作の最終話の後日談を描く完結編として、『劇場版 鋼の錬金術師 シャンバラを征く者』が松竹の配給で上映された。原作漫画に準拠した内容での進行は、2009年の『FA』からで、製作や放送ネットこそ本作と同じくボンズかつTBS系列であるが、一部スタッフやキャストが変更になっている（プロデューサーの丸山博雄や南雅彦、主人公のエルリック兄弟の声優などは続投）。また、2011年に上映された劇場版『鋼の錬金術師 嘆きの丘の聖なる星』の配給も2005年の劇場版と同じく松竹が担当しているが、こちらも本作との物語上の関わりはない。
人口の過密化という観点からのみ都市問題を理解しようとする都市論では、資本主義経済システムにおいて都市が抱えるさまざまな矛盾の本質を隠蔽してしまうことになる。そこで、この矛盾の解剖を目指し、新都市社会学と呼ばれる都市社会学の一派が70年代に生まれた。
18世紀の著作家であるルイ＝セバスチャン・メルシエは『パリの情景』のなかで、未舗装の泥道と下水設備がなく汚物にまみれたパリと、そこに住む無神経なパリ市民を描写した。その後も19世紀前半に至るまで劣悪な都市環境への告発が続いた。その頃には統計によってパリの人口増加率や犯罪発生率、都市環境と死亡率の相関などが見えはじめ、人々はパリの絶望的な状況に気が付き始めた。1832年のコレラの大流行と、7月王政、第二帝政と続いた政体の変化を契機に、パリの再開発は始まった。19世紀の産業革命の進展とともにイギリス各都市で工業の発展・拡大が続くなかで、初めて為政者たちにとって都市問題が大きな問題となって取り上げられるようになった。都市に集中する労働者たちは劣悪な生活環境のなかで健康を害する者が多く、とくに頻発する伝染病による被害は大きかったために、救貧費が財政負担増の大きな原因となった。そこで、生活環境の根本的解決を目指す都市行政が進められることになり、さまざまな都市問題が認識されるようになったのである。また日本で、都市問題なる語を最初に理論的、組織的に取り上げたのは片山潜である。ただし、片山は、当時の時代的背景によって、都市問題から、それを根本的に解決するための社会体制の変革のほうに自身の関心を移すことになった。
都市問題は通常、都市へ集中した人口や経済活動をめぐって起こる困難・混乱の現象として扱われ、具体的には住宅や交通、医療や福祉、教育、環境の問題が挙げられるほか、都会特有の犯罪（都市型犯罪）や麻薬・アルコール中毒、精神疾患なども含まれる。
南の島症候群（みなみのしましょうこうぐん）とは、自分が仕事などで成功し、一定の財産を築き上げた場合にはどこか南の島に移住しようという願望を胸に抱きながら、日々の仕事に勤しむことを言う、俗語である。具体的に、沖縄やハワイ、タヒチ、グアムやフィジー、モルディブなどを想定し移住したいと思いながら仕事に勤しむことも含まれるとされている。
一部の拉致被害者は、金委員長の別荘でもあり、外国人賓客の宿泊するホテルとしても使われる「招待所」において、特殊工作機関の常時監視のもと、上述の特殊技能を活かした任務や日本語文献の翻訳などに従事させられていたとの指摘がある。脱北者によれば、日本人を含む拉致被害者は、別世界のエリートとして扱われており、彼らとすれ違う際は目を伏せ顔を見ないようにするよう厳しく言われていたという。餓死する子供が多発している北朝鮮の一般庶民の現状に比べると拉致被害者たちは優遇された生活を送っていたと言われており、招待所ではすしや酢豚などの料理を食べ、外国映画を見る機会もあり、一般住民よりはるかに厚く遇された生活だが、自由な外出は許されなかったという。2002年に帰国した拉致被害者、蓮池薫の「招待所にいた時は賄い付きだった」「招待所にいる間は、名所観光をしたり娯楽映画などを見たりした」、曽我ひとみ「一般の朝鮮人との接触はない」等の証言がある北朝鮮一般市民との接触は、継続的に特殊工作機関による厳重な監視下に置かれ、この時期に限らず常に遮断された状態であった。北朝鮮側は、2004年（平成16年）11月の日朝実務者協議で「死亡」とされた8人の死亡診断書等の資料が捏造であったことを認めた。また、横田めぐみのものとして提供された「遺骨」を鑑定した結果、日本政府は別人のものと判断し、未帰還の多くの拉致被害者は生存していると見ている。拉致被害者はこの他にも多数おり、特定失踪者問題調査会では数百人に及ぶ日本人が拉致されていることを示唆している。その一方で、生存情報の多くを頼っていた安明進・元北朝鮮工作員が韓国で麻薬密輸・使用で有罪判決を受け、その後姿を見せていないことから、推測や憶測が混じったこれまでの情報の再検証が真相解明の為に不可欠となっている。