これまでと同様、ミッションモードは演出の一種であり、大当たり確率の変更などはない(基板上はリーチ演出の一種となっている)。しかし、これまでと同様、大当時の演出としてミッションモードが抽選される場合がある。この場合、突入時の回転でミッションを達成するか、1分バージョンへ突入して大当たりとなる。また、前作同様、突入時に擬似連続回転が発生する場合があり、この場合も大当たり確定となる。本作では3回や4回連続するパターンも存在する。また、途中でミッションが追加されるパターンや、ミッションを達成せずに大当たりするパターンなども、これまで同様に存在する。なお本作では、突入後2〜3回転までのリーチは、シンクロ経由で大当たり確定(強予告扱い)となり、4連の疑似連続回転が発生した場合、必ずノーマルリーチで確変大当たりするようになっている。また、ミッションモード終了後30回転以内、及び時短中にミッションモードに発展した場合は大当たり確定となる。そのため、モード終了後30回転以内、時短中の警報演出は、使徒予告またはタイトル予告に発展する可能性が高くなっている。
レイ覚醒モードは、基本的には時短中に突然確変に当選した場合に突入するモードであるが、上記の暴走モードのチャンス目などから発展する場合もある。レイ覚醒モード中に大当たりした場合、大当たり時のBGMが「Fly Me to the Moon」になる。こちらも、高確率状態が続く限りモードが継続される。なお、今作では電チューからの入賞がメインとなる為、突入率は、115600分の1と低い。
新生モードは、突然確変のプレミアモードで、前作の、暴走モード碇ユイVer.にあたるモード。新生モード中に大当たりした場合、大当たり時のBGMが「甘き死よ、来たれ」になる。また、暴走モード同様に今作では、高確率状態が続くが限りモード演出が継続するようになった。
前作シリーズ同様の「チャンス目」により突入するパターンとシンクロリーチを経由して突入するパターンとがあり、今作よりノーマルリーチハズレからの発展も搭載された。なお、今作では、高確率状態が続く限りモード演出が継続するようになった。また、前作シリーズ同様、暴走と見せかけて出玉の得られる確変大当たりに突入する暴走モードプレミアムも存在する。こちらは発生確率が約10億分の1と、異常な低確率。
キャラクターに関する詳細は新世紀エヴァンゲリオンの登場人物を、使徒に関しては使徒 (新世紀エヴァンゲリオン)を、エヴァンゲリオンに関してはエヴァンゲリオン (架空の兵器)をそれぞれ参照のこと。
例えば武帝の傾倒した神仙思想や当時流行した巫蠱など。そして神秘思想の中でも高度に理論化され、後世にも強い影響を与えたものとして陰陽五行説・天人相関説・災異説がある。陰陽五行説はこの世の全ての事象は木火土金水の五行に分類され（例えば方角は木→東・火→南・土→中央・金→西・水→北となる。）、それが循環することでこの世が成り立っているという考えである。天人相関説・災異説は万物の総覧者たる天と人間は連関しあっておりもし人間が誤った行いをした場合、例えば時の皇帝が暴政を行うと、天はこれに対して天災を起こすという考えである。五行に基づいて漢はどれに当てはまるかが前漢を通じて何度か話し合われており、紀元前104年に一旦漢は土徳の王朝であるとされた。秦は水徳の王朝であるとされており、その秦を克したので土徳とされたのである。しかし漢は火徳の王朝であるとの主張が哀帝期に劉向・劉歆親子によってなされた。劉歆によれば周は木徳であり、そこから生まれた漢は火徳であるとする。これが王莽によって是認され、以後漢は火徳の王朝とされた。後漢末に起きた黄巾の乱や漢から禅譲を受けた魏の最初の元号が黄初であることは黄色が火徳の次に来る土徳の色だからである。天人相関説・災異説は董仲舒が唱えたものであり、この時代の儒教は多分にこういった神秘思想を含むものであった。董仲舒以降になるとこの神秘性は更に強くなり、未来までもこれにより予言できるとされた。これを讖緯という。讖とは自然現象が何らかのメッセージを残すことであり、例えば昭帝時代に葉っぱの虫食い跡が文字になっており「公孫病已立」と読めたという。これは後に宣帝（病已は宣帝の諱）が皇帝になることを示していたとされた。緯とは経書に対しての緯書のことである。聖人の教えを書き記した経書であるが、経書はその大綱を示したものであり、現実の事柄に付いては緯書に記されているとされた。経はたていと・緯はよこいとのことで、たていととよこいとが揃って初めて布が出来上がるように緯書があってこそ聖人の教えが理解できるとされた。しかしその実態は漢代の人による偽作であると考えられる。なおこの讖緯のことを記した書物全てをひっくるめて緯書と呼ぶ場合もある。前漢末にはこの緯書が大流行し、緯書を学ばないものは学界で相手にされないような状態になった。この状況を最大限に利用したのが王莽である。例えばある者が井戸をさらった所、その中から石が出てきてそこには「安漢公莽に告ぐ、皇帝と為れ。」と書かれていたと王莽に報告され、これを受けて仮皇帝となった。もちろんこの石自体が王莽の仕込んだことであると思われる。前述した漢を火徳の王朝としたことも王莽が自身を舜の子孫であると吹聴していたことに繋がっている。