ケミストリー解体後、チームは大きく改革を行った。その年のFA市場が解禁されると、大きく空いたサラリーキャップを武器に、すぐさまベン・ゴードンとチャーリー・ビラヌエバを獲得した。さらに、一時は引退を考えていたベン・ウォーレスがハミルトンやプリンスの説得によりチームに復帰した。積極的な補強でチーム復活が期待されたが、2009-10シーズン、ハミルトンやプリンスなどの選手の怪我が相次ぎ、過去10年で最低の勝率となりディビジョン最下位に終わった。翌2010-11シーズンは、元得点王のトレイシー・マグレディを獲得したものの、シーズン中にハミルトンやプリンスら主力選手とヘッドコーチのジョン・キュースターが対立。特に確執があったされるハミルトンは1ヶ月ほど試合に不出場だった。さらに2011年2月25日の76ersとの試合前のチームの練習に複数の選手が遅刻及び欠場。練習に参加した6選手だけ試合に出場させる異常事態に発展した。結局、2シーズン連続でプレーオフを逃す結果となり、キュースターはシーズン後にHC職を解雇された。
2008-09シーズンが開幕して6日後、ビラップス、アントニオ・マクダイス(後にピストンズに復帰)、チェイック・サムをデンバー・ナゲッツを放出し、ナゲッツからアレン・アイバーソンを獲得するビッグトレードが発表されて大きな話題となった。サラリーキャップ対策や長年同じメンバーで戦ってきたことによるマンネリを打破するためのトレードだったが、司令塔のビラップスを失ったことでオフェンスが空回りし、ハミルトンを6thマンとして起用するなどで打開しようとしたが不振に陥った。さらに持ち前の得点力を期待されて移籍してきたアイバーソンも上手く機能せず、シーズン後半には自身の起用法に不満を口にし、チームはシーズンを通して迷走が続いた。結局、チームは2000-01シーズン以来となる勝率5割を割る成績に低迷し、辛うじてプレーオフには進出したが、プレーオフで第1シードのクリーブランド・キャバリアーズにスィープされた。シーズン後、主力選手のラシード・ウォーレスやマクダイスがチームを去って、長年続いたチームケミストリーは解体された。
2000年にジョー・デュマースがゼネラル・マネージャー(GM)として復帰し、チームは再び強豪チームの1つになった。デュマースは次々と改革を行い、2000年にはトレードでベン・ウォーレスがチームに加入した。2001年にはリック・カーライルをヘッドコーチに招聘し、2002年にはチャンシー・ビラップスやリチャード・ハミルトン、テイショーン・プリンスを獲得した。これらの改革により、チームは再び優勝を争うようになる。2003-04シーズン、カーライルに代わり、殿堂入りを果たしている名コーチ、ラリー・ブラウンを招聘。ブラウンが掲げた「チーム・バスケット」とNBAトップクラスのディフェンス力を武器に快進撃を続けた。シーズン途中にはラシード・ウォーレスが加入したことでチーム層がさらに厚みが増し、NBAファイナルに進出。ファイナルにおいて、ロサンゼルス・レイカーズを4勝1敗で破り、3度目の優勝を果たした。その後もイースタン・カンファレンスの強豪であり続け、2004-05シーズンには2年連続NBAファイナル進出。この年はウェストの強豪サンアントニオ・スパーズに3勝を挙げる接戦の末、惜しくも連覇は逃したものの、2005-06シーズンからヘッドコーチがブラウンからフリップ・ソーンダーズに交代後も2007-08シーズンまで6年連続カンファレンスファイナル進出を成し遂げたが、ファイナルに進出することはできなかった。
バッドボーイズの主力メンバーが次々とチームを離れる中、デュマースは1999年に引退するまで先発を務め続けた。その後、グラント・ヒル、リンジー・ハンター、ジェリー・スタックハウスなどの中心選手を擁したが、フリーエージェントやトレードなどでチームを離れ、プレーオフ1回戦を突破できない年が続いた。
イデオンは3機のメカが変形して合体する設定だったが、そのギミックにはかなり無理があった。一例を挙げると、ソルアンバーはイデオンの腕・肩を構成しているという設定で、イデオンの前腕になる機体上部が後方に展開するが、ピボットらしきものの描写が一切ない。また機首部分が機体後方へ向かって若干隆起しているが、イデオンおよびイデオデルタに変形すると、その隆起は消滅している。その他にも数々の矛盾があるため、玩具やプラモデルでの完全な変形・合体の再現はほとんど不可能だったが、この変形や合体の再現を試みた玩具もいくつか存在する。本放送当時、トミーが発売した『奇跡合体』という商品は、各メカがボタン押下でスプリングの力により基本形態から戦闘形態へと一発変形するものだった。ギミック優先のため、Bメカの前半部分やCメカ機首の変形が完全にオミットされているなど、かなりの独自解釈が加えられている。アオシマから発売されたミニ合体シリーズのイデオンは、同シリーズの仕様に合わせて、頭・腕・胴体・脚の4機が合体する形式だった。頭部メカは地球軍の戦闘機・カービアンクロッサスにイデオンの頭が載っている物だった。他のメカは余剰パーツを加えることでA・B・C各メカの基本形態に、それなりに近い形状にしている。同じくアオシマから発売された1/600スケールのイデオンは、組み換え変形ながら、基本・戦闘・合体直前・合体状態（イデオン）の各形態を、アニメにかなり近い形で再現できる物になっている。2007年には、各メカ形態に若干のアレンジが加えられたものの、完全に変形・分離・合体するギミックのついた全高30センチのイデオンが『超合金魂』シリーズで発売された。また、2016年10月には、食玩『スーパーミニプラ』シリーズとしてAメカ、Bメカ、Cメカ（Cメカはその大きさゆえ二分割されている）の計4種が製品化された。差し替えと合体でソル・アンバー、ソル・バニアー、ソル・コンバーとイデオンを再現できる。この商品に加え、Aメカ、Bメカ、Cメカの戦闘形態のパーツと波導ガンを同封した発動セットも発売され、通常版の4形態に加え、イデオ・デルタ、イデオ・ノバ、イデオ・バスタを、波導ガンを構えたイデオンを再現できる。この玩具で初めて、Bメカのソル・バニアー→イデオ・ノバ変形時に全長が縮む設定が、組み換え変形ながら再現された。