秦檜の死後に金の第4代皇帝海陵王が南宋に侵攻を始めた。金軍は大軍であったが、采石磯の戦い（紹興31年、1161年）で勝利し、撃退した。海陵王は権力確立のため多数の者を粛清していたため、皇族の一人である完顔雍（烏禄、世宗）が海陵王に対して反乱を起こすと、金の有力者達は続々と完顔雍の下に集まった。海陵王は軍中で殺され、代わって完顔雍が皇帝に即位し、宋との和平論に傾いた。同年、高宗は退位して太上皇となり、養子の趙慎（孝宗）が即位した。南宋と金は1164年に和平を結んだ（隆興の和議、または乾道の和議とも言う）。金の世宗、南宋の孝宗は共にその王朝の中で最高の名君とされる人物であり、偶然にも同時に2人の名君が南北に立ったことで平和が訪れた。孝宗は無駄な官吏の削減、当時乱発気味であった会子（紙幣）の引き締め、農村の体力回復、江南経済の活性化など様々な改革に取り組み、南宋は繁栄を謳歌した。
靖康元年（1126年）、北宋最後の皇帝欽宗が金によって開封から北に連れ去られ（靖康の変）、北宋が滅亡した後、欽宗の弟趙構（高宗）は南に移って、翌年の建炎元年（1127年）に南京（現在の商丘市）で即位し、宋を再興した。はじめ岳飛・韓世忠・張俊らの活躍によって金に強固に抵抗するが、秦檜が宰相に就任すると主戦論を抑えて金との和平工作を進めた。和平論が優勢になる中で、高宗の支持を得た秦檜が完全に権力を掌握し、それまで岳飛などの軍閥の手に握られていた軍の指揮権を朝廷の下に取り戻した。紹興10年（1140年）には主戦論者の弾圧が始まり、特にその代表格であった岳飛は謀反の濡れ衣を着せられ処刑された。こうした犠牲を払うことにより、紹興12年（1142年）、宋と金の間で和議（紹興の和議）が成立し、淮河から大散関線が宋と金の国境線となり、政局が安定した。
石川燕は、就職に有利という動機から有名私立大学ばかりを受験して失敗し、国立大学を目指すと親を説得して浪人することを許してもらえた。燕は予備校で『ONE PIECE』に感化され世界中を冒険したいという海斗と知り合う。もともと流されやすい性格のうえ、受験のプレッシャーに追いつめられていた燕は海斗を好きになり、一緒に国立の関東商船大学に入ろうという説得に深く考えることなく応じてしまう。そして燕だけが合格し、海斗は「自分探しの旅に出る」と姿を消してしまった。海にも船にも一切興味なく海洋学部に入った燕は、ひとり後悔の日々を過ごす。2017年7月24日、関東商船大学と神戸海南大学の海洋学部の1年生が合同で参加する、実習船「未来丸」での1か月間の乗船実習が始まった。実習は男が8割という環境の中で、厳しいメニューや訓練を課せられている。燕はここで大学では知り合いではなかった同級生の坂本真鈴と出会う。真鈴は幼い頃に豪華客船に魅せられて海と船が大好きになり、本気で航海士を目指している。明るいが空気の読めない性格の真鈴は、鬼教官と噂される士官の横山に早速目を付けられた。燕と真鈴は同室になり、同じ大学の八木大和と山田翔太郎、神戸海南大学の鳴海新太と木暮健介の6人の「5班」となる。5班の男子たち、特に班長の鳴海は真鈴のことを快く思わない。真鈴は、神戸海南大学のエリート集団「1班」を率いる鵜川杏樹からも一方的に敵視される。問題児の真鈴に振り回され、5班は衝突が絶えない。燕は「真鈴と一緒にいるとろくなことがない」と辟易しながらも、真鈴の正直な性格をうらやましいと思っている。5班で連帯責任を負わされもするが、試練をともに乗り越えて皆は次第に親しくなっていった。しかし燕は実習生活の中で自分は航海士に向いていないと後悔を募らせ、5班が親しくなっていくほど自分が本気で航海士を目指していないことが辛くなっていた。燕は学校を辞めたいと打ち明けるが、皆に励まされて思い留まる。八木は燕が好きなことを他の男子たちに明かした。しかし八木は彼らの後押しを得ても燕に告白できず、燕の方はその気持ちに全く気付いていない。乗船実習が終了する3日前の夜、未来丸は嵐に遭遇した。真鈴の父親はかつて横山も憧れたヨットマンであったが、真鈴が子供の頃、乗船中に落雷を受け、真鈴の目の前で死んでしまった。真鈴はずっとそれを勝手に船に乗ってしまった上に父親を助けられなかった自分のせいだと感じており、雷でそのトラウマが引き起こされて倒れてしまう。翌日、真鈴は燕に「本当は海も船もずっと見たくなかった。でも、航海士になることがお父さんへの償いになるのならと思っていた。でも無理だった。」と、今までずっと隠していた本心を打ち明け、航海士を目指すことを辞めると言う。燕と真鈴は口論になり、そのはずみで燕は階段から落ちて気を失ってしまう。真鈴は必死で燕に蘇生法を施し、燕は無事に意識を取り戻し、真鈴はトラウマを克服する。5班は騒動を起こしたペナルティとして実習が1日延長となるが、皆の顔は晴れやかである。卒業後、鳴海、小暮、山田は念願の航海士になった。八木は在学中に燕に告白できないまま、造船会社に入社した。真鈴は三等航海士、燕は三等機関士として、同じ船に乗ってはじめての航海に出る。