入院中の晋三に対し、昭恵は政治家引退を勧めたが、晋三に「いや、それは違う」と拒否された。内閣総理大臣を辞任した晋三について、昭恵は「楽な道を捨て、茨の道を選んだ」と評しており、晋三が参議院議員選挙惨敗後すぐに辞職しなかったことで「KY」（=空気が読めない）と批判されたことについては「今でも納得できません」と主張している。晋三が政権運営に失敗した理由については、「本人が政権運営の面で突っ走ったこと」を「マスコミに書き立てられたことが、支持離れを起こした理由」だと主張している。2008年の、第169回国会会期中、晋三と昭恵は私的なスキー旅行に出かけたため、メディアから批判された。昭恵は自身のブログでスキー旅行の模様を公開している。2008年4月10日の、北京オリンピック開催に際し、チベットへの中華人民共和国の人権弾圧に対する抗議活動が世界中で繰り広げられる中、ダライ・ラマ14世がインドからアメリカ合衆国へ行く途中に日本国へ立ち寄った。政府はダライ・ラマを敵視している中華人民共和国に配慮し、「政府として接触する予定はない」としていたが、昭恵がダライ・ラマと面会することとなった。日本国全体が人権問題を軽視しているわけではないことを国際社会に示す意図があったとされる。2011年3月、立教大学大学院21世紀社会デザイン研究科修士課程修了、修士号（比較組織ネットワーク学）取得。修士論文は、「ミャンマーの寺子屋教育と社会生活—NGOの寺子屋教育支援—」。
2006年9月、晋三の内閣総理大臣就任によりファーストレディとなった。第1次安倍内閣発足時、昭恵は北海道洞爺湖サミット開催までは晋三が政権を維持できると予想していた。同年10月8日の晋三の大韓民国・中華人民共和国訪問でファーストレディとして実質的な外交デビューを果たし、その後も外国訪問の際には必ずと言っていいほど付き添った。中華人民共和国訪問の際に北京入りした昭恵は、友好の証しとして雍和宮の仏像を参拝。その後、全聚徳で北京ダックの宴会、政府要人と会談をしている。北京市月壇中学と中華人民共和国身体障害者連合会を訪問し、北京市月壇中学では日本国語の授業を聞いていた。彼女の活動については「米国型のファーストレディを意識している」との分析もある。彼女の活動を補助する「内閣総理大臣公邸連絡調整官」なるポストが設けられ、宮家邦彦が就任した。晋三以外の候補者の選挙応援にもかかわるようになり、2007年1月28日に北九州市を訪れ、自由民主党、公明党推薦の市長候補者の柴田高博の応援演説を行った。彼女にとって初めての応援演説であり、選挙戦の最終兵器としての起用であったが、落選した。第21回参議院議員通常選挙では21府県を訪れ遊説を行った。この選挙で自由民主党は大敗し参議院第一党の座を民主党に奪われたが、昭恵は、遊説では「声援ばかりが聞こえてきて、逆風を本当に肌で感じることができなかった」と述べている。晋三の内閣総理大臣辞任の際は、体調不良を3週間前から再三聞かされていたものの、辞任会見を開くことは事前に知らされておらず、友人からの携帯電話の電子メールで初めて知ったという。
前述の通りNTPは階層構造を採用しているため、負荷分散が行えるように工夫されている。しかし、NTPと同じく階層構造を採用するDNSではDHCPやPPPによるDNSサーバアドレス配信の仕組みが普及しているのに対し、NTPではNTPサーバアドレス配信の仕組みが存在しない。よって、エンドユーザーは自ネットワーク内のNTPサーバの存在を知ることができず、エンドユーザーが stratum 1 の公開 NTP サーバを使用する傾向がある。結果的に、一つのNTPサーバにアクセスが集中するためサーバの応答性を下げ、配信される時刻の正確性が失われる。この問題に対する国際的なプロジェクトとして、NTP pool project が存在する。これは、世界全体、あるいは国単位でまとめられたNTPサーバーのリストを用意し、DNSラウンドロビンによってNTPクライアントからのアクセスを振り分けるようにする公開DNSサーバーであり、サーバー名として 0.pool.ntp.org, 1.pool.ntp.org などのように指定すると全世界にあるNTPサーバーからランダムに選ばれたどれかのIPアドレスが返される。大陸別、あるいは国別の地域割りもなされており、たとえば 0.jp.pool.ntp.org や 1.jp.pool.ntp.org を指定すれば、日本国内にあるNTPサーバーのIPアドレスがランダムに返される。0.asia.pool.ntp.org ならアジア地区のNTPサーバーのどれかがランダムに選ばれる。プールされているサーバーのアドレスは、2017年12月現在、全世界で4146、日本国内については50である。なお、このプロジェクトはエンドユーザーからのアクセスを分散することを主目的としているため、プールされているNTPサーバーには、stratum 3や4も含まれている。Windows XPやMac OSの初期設定サーバは混雑しているため、ISP提供のサーバや、上記のNTPプール、あるいは後述の公開NTPサーバ等に変更すると、より正確な時刻取得が可能になる。日本では情報通信研究機構 (NICT) が世界最高性能のNTPサーバ (ntp.nict.jp) を2006年6月より一般公開したので、負荷に起因する問題は解決の方向へ向かうと思われる。NICTによれば、世界中のNTPリクエストを合計しても数万リクエスト/秒程度なので、100万リクエスト/秒を扱える新しいシステムでは負荷の問題ではなく知名度の低さが問題としている。