ダッハウ強制収容所などドイツ国内にあったとされていた大量殺害を行うためのガス室を備えた絶滅収容所の存在も現在では否定されている。「ダッハウでも、ベルゲン・ベルゼンでも、ブッヘンヴァルトでも、ユダヤ人その他の囚人は、ガス処刑されなかった。ダッハウのガス室は『完成しておらず』稼働していなかった」とされる。ニュルンベルク裁判で、大量ガス殺戮の現場証拠として法廷に提出されたのは、アウシュヴィッツ収容所の物的証拠ではなくダッハウ収容所のシャワールームの水栓であった。裁判では、ダッハウ収容所はシャワー室を改造したガス室の存在した絶滅収容所だと断定され、絶滅収容所はドイツ各地に存在したとされた。反対尋問は許されず600万人のユダヤ人虐殺が認定された。しかし現在では、イスラエルの学者でも、ダッハウ収容所で大量ガス処刑が行なわれたという者はいないし、ドイツ国内に絶滅収容所があったという者もいない。ナチの戦犯追及に尽力したユダヤ人活動家、サイモン・ヴィーゼンタールも、ドイツ国内には絶滅収容所はなかったと述べている。現在、絶滅収容所であったとされているのは、ソ連軍が占領して調査した東ヨーロッパの収容所である。これらの収容所は戦後しばらく、ソ連が立ち入りを禁止したために、西側の調査団は調査を許されなかった。そのため、ソ連が解放した収容所の実態についての議論が尽きない状態になっている。歴史修正主義、マルコポーロ事件も参照。
カティンの森事件は、今日ではロシア政府も当時のソ連が虐殺を実行したと認めている事件であるが、ニュルンベルク裁判当時は、ソ連検事は虐殺の責任をドイツに押し付けようとした。1946年7月1日に裁判でカティンの森事件について討議が行われた。しかしこの告発は証拠不十分であるとして、裁判から除外された。
ニュルンベルク裁判の大きな問題点はドイツ側の（戦勝国の憶測によるものも含む）「犯罪」を一方的に断罪したが、戦勝国側の「犯罪」は完全に免責するという基準を持っていたことである。そもそも大戦の原因となったポーランドによるダンツィヒ領の占有問題、1939年9月3日のフランス、イギリスによるドイツへの一方的な宣戦布告は断罪されなかった。また、1939年9月ドイツが西からポーランドへ侵攻した一方で、同じ時期にソ連も東からポーランドに侵攻しており、さらに1939年11月のフィンランドとソ連の冬戦争では、ソ連は侵略の罪状で国際連盟から追放されているにもかかわらず、ニュルンベルク裁判では、ドイツが「平和に対する罪」で告発された一方で、ソ連の「平和に対する罪」は不問に付された。連合軍によるドイツへの無差別爆撃（ドレスデン爆撃などをはじめとして、日本本土への爆弾投下量の10倍にも当たる150万トンもの爆弾がドイツ本土に投下され、少なくとも30万人の非戦闘員が犠牲になった）や、ソ連軍の侵攻によってドイツのソ連占領地区で起きた、ソ連兵による強姦・暴行・殺人事件も裁判では不問とされた。終戦前後のアメリカ軍によるドイツ人捕虜への虐待による大量死問題も闇に葬られた。ジェームズ・バクー (James Bacque) の『消えた百万人』では以下のような指摘がある。戦争終結直前の1945年4月以降、野ざらし、不衛生な環境、病気、飢餓がもとで、膨大な数のあらゆる年齢層の男たちに加えて、女子供までが、ドイツのフランスの収容所で死んだ。その数は、確実に80万を超えたし、90万以上であったこともほぼ確実であり、100万を越えた可能性すら十分にある。捕虜の生命を維持する手段を持ちながら、あえて座視した軍によってこの惨事は引き起こされた。救恤団体の救援の手は米軍によって阻まれた。他に連合軍、ソ連の戦争犯罪には、戦時国際法に違反したレジスタンス（パルチザン）活動の積極的な支援がある。
ニュルンベルク裁判がホロコーストをはじめとする人道的事件に対して、充分な措置を行えなかったという批判も存在している。マイケル・マラスやジェフリー・ロバートスンはホロコーストやポライモス等を正当化したナチズムを断罪した裁判として高く評価しているが、ローレンス・ダグラスやP.ノヴィックはホロコーストに注意を喚起するために、裁判は充分な役割を果たさなかったと批判している。
6月17日、パーチーは2回目の哨戒でハンマーヘッド (USS Hammerhead, SS-364)、スティールヘッド (USS Steelhead, SS-280) とウルフパックを構成しルソン海峡方面に向かった。1週間後に北緯30度14分 東経152度33分の地点で特設監視艇を砲撃により撃沈。7月4日には日本海軍の巡洋艦および駆逐艦を発見したが、艦砲、爆雷による反撃を受けた。7月29日、パーチーはバタン諸島海域で南下するミ11船団を発見し、スティールヘッドとともに追跡。31日を迎えてからルソン島北部沿岸で攻撃を開始した。3時30分、パーチーはタンカー光栄丸（日東汽船、10,238トン）に魚雷を3本命中させて撃沈。別のタンカー第一小倉丸（日本油槽船、7,270トン）にも打撃を与えた。この時、ラメージは浮上を命じて水上戦で船団を引っ掻き回そうとした。浮上したパーチーは船団の1隻に体当たりされそうになったが、それでもスティールヘッドとともに吉野丸（日本郵船、8,990トン）に魚雷を命中させ、吉野丸は7分で沈没した。スティールヘッドはこれとは別に扶桑丸（大阪商船、8,196トン）を撃沈し、だかあ丸（日本郵船、7,169トン）に損傷を与えていた。パーチーは夜明けに新たな目標を発見し、5時14分に万光丸（日本郵船、4,471トン）を撃沈した。パーチーは8月1日にサイパン島に寄港し5日に出航。8月16日、パーチーは59日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。一連の戦闘行為が評価され、パーチーに殊勲部隊章が、ラメージに名誉勲章がそれぞれ授けられた。9月10日、パーチーは3回目の哨戒でルソン海峡方面に向かった。9月22日にサイパン島に寄港し、サンベルナルジノ海峡沖の哨区に到着。ルソン海峡に戻った後、10月25日から27日までサイパン島で整備を行い、セイルフィッシュ (USS Sailfish, SS-192)、ポンフレット (USS Pomfret, SS-391) とウルフパックを構成し哨戒に戻った。しかし、この哨戒では戦果を挙げることはできなかった。12月2日、パーチーは77日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。艦長がウッドロー・W・マクローリー（アナポリス1938年組）に代わった。