土壌有機物の集積は、有機物の供給（落枝、落葉、遺骸など）と土壌有機物の無機化・腐植化が同時並行で繰り返された結果である。土壌有機物の供給と消費の同時並行、およびそれによる土壌有機物の差し引き蓄積量を “turnover of soil organic matter" または “a flux of organic matter” という。土壌環境と土壌管理が一定ならば土壌有機物の含量は一定の値に近づき、平衡に達すると考えられている。土壌有機物の集積は日本の農耕土壌と自然土壌で数式化されている。土壌有機物の構成は非常に多様であると考えられていた。近年、微生物の作用により一部の土壌有機物は微生物由来のものに徐々に置き換わりながら、一部のアミノ酸組成や構成成分が似た物質へと収斂していく可能性が示唆されている。
有機物が土壌に供給されたとき、その有機物の各構成有機物には二種類の運命がある。一つはより小さな分子量の有機物に分解されてゆき、最終的に無機物に変換される経路である。この経路を無機化（mineralization）と呼ぶ。この無機物の大部分は栄養素となり、植物か微生物に利用される。もう一つの運命は、土壌有機物が無機化されずに、より高分子量の有機物である腐植質に変換される腐植化である。
土壌有機物の最大の供給源は植物である。植物の根は様々な高分子や低分子の有機物を分泌している。また、植物の小片（根毛や根の脱落細胞など）はそのままで土壌有機物に数えられる。植物の小片や死骸は種々の生物により別の有機物や無機物へと分解・変換され、土壌へと放出される。植物の死骸が炭となった木炭も土壌有機物である。土壌中の微生物や小動物もまたそれ自体が土壌有機物であり、かつ、土壌有機物の主要な生産者である。これら生物は互いを捕食したり、死骸を食したりして食物連鎖の系を形成する。この食物連鎖系が土壌有機物の安定的で恒常的な供給網となる。大型の生きた動物はそれ自体で土壌有機物に数えられないが、供給源となる。生きた動物の代謝産物と死んだ動物の分解産物は土壌へと放出され、土壌有機物となる。また、動物の移動は土壌有機物の拡散を可能にする。例えば、ミミズ、アリ、ムカデなどは土壌有機物の水平および垂直方向の移動に寄与する。
フルボ酸やフミン酸は多数のカルボキシル基を持つ。これらカルボキシル基は、植物や微生物にとって必須な無機栄養素と安定な錯体を形成する。土壌中ではこの基の大部分がアルミニウムイオンや鉄イオンなどと結合しており、それ以外が無機栄養素を保持する。土壌のpHによってはカルシウムイオン、マグネシウムイオン、カリウムイオンなどを保持する。また、カルボキシル基は銅イオン、亜鉛イオンなどの微量必須栄養素とも安定な錯体を形成する。造岩鉱物から無機栄養素は溶出され、その大部分は腐植物質によって保持されていると考えられている。フルボ酸の一部は土の間隙水に溶存する。溶存フルボ酸の金属錯体は土壌から植物への必須栄養素の運搬に関わっていると考えられている。この錯体はたいてい、負電荷を負う。このため、同じく負電荷の土壌鉱物やケイ酸塩と反発し、保持した金属は吸着されない。やがて土壌を浸透して河川や海へと流れ出す。フルボ酸の鉄錯体は生態系、特に近海の生態系にとって重要な鉄の運搬者であると考えられている。
腐植物質とは、通常の有機化学分析では同定できない土壌有機物の総称である。腐植物質には、土壌中の暗色ないし黒色な有機物の総称という意味もあるが、これは前述の定義の物質と必ずしも一致しない。腐植物質の形成過程を以下に示す。植物残渣が分解されると、難分解性の物質が形成される。まず、改質リグニン、油、脂質、ワックスが現れる。次にポリサッカライド（多糖類）やポリウロニドなどが合成される。これらの産物と、タンパク質といった窒素化合物が化学反応し、植物残渣中の窒素やその他の植物栄養素は取り込まれて無機化を回避する。以上の物質群が混合し、化合して腐植物質が現れる。
土壌有機物は一般的に、ほとんどの畑土壌で土壌重量の1-6%（w/w）である。最上部の土層において有機物含量が1%未満の土壌はほぼ砂漠地帯に限られるが、低湿潤地域の土壌の有機物含量は90%にも上ることがある。12-18%の有機物を含む土壌は、一般的に有機土壌に分類される。
マディーナでムハンマドはユダヤ教徒による神の教えの曲解を正すために神がアラビア語でムハンマドに啓示したと宣言した。また、メッカとの戦争中、ムハンマドはユダヤ教徒のカイヌカーウ族（カイヌカー族）やナディール族を追放し、メッカ側についたユダヤ教徒のクライザ族の男は全て殺害され、女子は奴隷として売却された（クライザ族虐殺事件）。628年にハイバルのナディール族が降伏すると、他のオアシスのユダヤ教徒も降伏した。以降、ユダヤ教徒はジンマの民（ズィンミー）とされ、反イスラム的行動をとらず、ジズヤ税（人頭税）を支払い、イスラムの公権力に従うことや戦費負担を条件に信仰や財産は認められた。クルアーンではユダヤ教徒とキリスト教徒を「啓典の民」と呼び、多神教徒や異教徒たちから区別して認めたが、多くの箇所でユダヤ教徒が啓示を改ざんしたと批判される。また、「禁じられている利息をとり、人々の財産をむなしいことに濫費した」ユダヤ教徒は不信心者であり、「われらは痛烈な懲罰を用意しておいた」と非難される。一方で、イスラム教では宗教の強制的放棄や改宗は強要できないともされる。833年にはサイダにシドン・シナゴーグが建立された。イスラム王朝のファーティマ朝では、第6代カリフアル・ハーキム（在位996年 - 1021年）がキリスト教とユダヤ教を弾圧し、1009年には聖墳墓教会を破壊した。1066年、イスラム支配下のアンダルスでベルベル・ユダヤ人が殺害される グラナダ虐殺が起こった。北アフリカのイスラム王朝ムワッヒド朝（1130年 - 1269年）でもキリスト教徒とユダヤ教徒が迫害された。