盤面には、前作のEVA3機から第1、2作同様に初号機のみとなった。雑誌等では、大きな顎が液晶上を被っているが通常時は格納されている。初号機の役モノは、初号機リーチや、暴走モード突入時に稼動する演出がある。また、盤面右下に7セグタイマーがあり、それを握るように初号機の手があり、暴走モード中は前後に稼動する。また、暴走モード中には、初号機の頭の部分が上下に稼動するが、顎は格納されている。また、盤面上部にもパトランプが2つあり、大当時などに光る。
アニメ『新世紀エヴァンゲリオン』をテーマにしたタイアップ機の4作目。シリーズ恒例となっている「暴走モード」に加え、「レイ覚醒モード」と「新生モード」が新たに搭載されている。本作は、前作からの演出・盤面が一新され、SANKYO汎用枠ではなく、初号機をイメージしたEVA専用枠となった。上皿は初号機の胸のイメージで、ハンドルには「EVA 1」がデザインされている。また、チャンスボタンの周りに新たにジョグダイヤルが追加されている。また「保留玉8個タイプ」になっており、抽選結果がヘソ入賞(最大4個)と、電チュー入賞(最大4個)で別々に保留され、電チューの保留から優先して消化される。総合的な確変割合は共通であるものの、電チュー入賞時は2R確変に当選する割合が3%に減少し、その分15R確変に当選する割合が増加していて、高確率（暴走モード等含む）中に再度暴走モードに当選する確率が減っているため1セット(初当り〜時間終了)の消化時間が短くなった。なお、電チュー入賞に当選した2R確変はレイ覚醒モードか新生モードとなる。また前作までは、2R確変によるモードはその大当間の一回だけで終了したが、本作は一度2R確変に突入した後に確変大当たりするとモードが継続されるようになった。本作では、新たに大当中の曲の間奏中（ROUND6〜10付近）に、原作アニメのストーリーダイジェストが流れるようになった。1回の15ROUND大当中に原作アニメ第壱話から順に紹介される。
『CR新世紀エヴァンゲリオン 〜使徒、再び〜』（シーアールしんせいきエヴァンゲリオン しと、ふたたび）とは、フィールズおよびビスティより2008年1月に発売・稼動のパチンコ機。『CR新世紀エヴァンゲリオン 〜奇跡の価値は〜』の後継機にあたる機種である。デジパチタイプ。この項目では、2010年1月発売・稼動の甘デジ仕様『CR新世紀エヴァンゲリオン 〜使徒、再び〜Light（保通協における型式名は『CR新世紀エヴァンゲリオン 〜使徒、再び〜YF）』についても説明する。
シュルツはニューヨークを追われた事を恨み、デューイの暗殺をシンジケートの会議に諮った。アルバート・アナスタシアやジェイコブ・シャピロ（Jacob Shapiro）は賛成したが、暗殺による取締強化を恐れる声（ジョゼフ・ボナンノは「正気じゃない」と語ったという）も出て、意見が割れた。とりあえず暗殺が可能かどうかを「実地検証」することになり、アナスタシアがこの役目を引き受け、尾行を重ねて暗殺は可能と報告した。しかしルチアーノらは当局のキーマンを暗殺することがマフィア弾圧の強化につながるとして、結局暗殺を却下した。業を煮やしたシュルツは自分の配下を使って暗殺することに決め、準備を始めた。この動きを察知したルチアーノは「シュルツ消し」をマーダー・インクに指示した。1935年10月23日夜、シュルツは部下3人（知恵袋のオットー・バーマン、用心棒のエイブ・ランダウ、ルル・ローゼンクランツ）と共に、ニューアークの"パレス・チョップハウス"というレストランに現れた。ニューヨークを追われたシュルツが密談に利用していた場所で、奥の方の個室に陣取った。夜10時を過ぎた頃、2人の刺客（チャールズ・ワークマン、エマニュエル・"メンディー"・ワイス）が突如現れ、一斉に発砲した。計10発以上の銃弾を浴び、最初にバーマンが床に崩れ落ちた。用心棒の2人が被弾しながら銃を取り出して反撃に転じると、ワイスは走り去り、ワークマンはトイレで用を足していたシュルツを見つけて 2発の銃弾を放った。逃げ遅れたワークマンは弾を込めているランダウらのスキをついて店の外に逃げた。シュルツは自力で席まで戻るとテーブルに突っ伏した。敵を追いかけて外に出たランダウは近くのゴミ箱の上にあぐらをかいた状態でうずくまり、ローゼンクランツはレストラン内の電話ボックスで倒れていた（救急車を呼んだ後意識不明）。レストランに他の客はおらず、店のバーテンダーは床に突っ伏して無事だった。ランダウは3発、ローゼンクランツは7発の銃弾を受けていた。ワイスは待機させていた車で先に逃げてしまったため、逃げ遅れたワークマンはレストラン裏に抜け出して電車の線路沿いに歩いて帰った。部下3人と共にニューアーク市立病院に担ぎ込まれたシュルツは警察の質問に一切答えず、終始うわごとを口走った。最も深手を負ったバーマンが最初に死亡、ランダウは襲撃から8時間後に、ローゼンクランツは29時間後に死亡した。シュルツは22時間後の24日夜8時に腹膜炎により死亡した。事件翌日のニューヨークのタブロイド紙に 「シュルツ銃撃さる」の見出しが踊った。ハーレムの女王で過去シュルツにポリシーゲームを乗っ取られたステファニー・セント・クレアは死の床にあるシュルツに"As ye sow, so shall ye reap."　自分で蒔いた種は自分で刈り取らねばならない　という短い電報を送った。最後に言った言葉は「俺のことはほっといてくれ」。彼はユダヤ教徒だったが、銃撃直後にカトリックに改宗したため、ニューヨークのゲート・オヴ・ヘヴン墓地に埋葬された。シュルツ襲撃から2時間後にマンハッタンのブロードウェイの理髪屋にいたシュルツの側近マーティ・クロンパイアとサミー・ゴールドが襲撃された。同じマーダー・インクの仕業とみられ、シュルツ勢力の一気せん滅を狙ったものとみられた。