第1次桂内閣で妥協と反対の両政策を取り、1902年の衆議院総選挙では190議席を獲得して過半数を制する。党内からは総裁専制との批判が起こり、翌年政党政治を嫌う山縣有朋は、伊藤を総裁から退かせるために枢密院議長に就任するよう推挽する（なお、この過程で桂内閣との妥協を推進した田健治郎とこれに反対した尾崎はそれぞれの反対派に追われる形で離党している。この内紛によって所属衆議院議員の1/3が離党・除名された）。また1903年には千葉県選出議員東條良平、同大澤庄之助、岡山県選出の安井丈夫が詐欺罪で有罪となり議員資格を喪失。伊藤が総裁を辞任して枢密院議長となると、同院前議長の西園寺公望が後継総裁となる。1904年日露戦争では桂内閣を支持した。1906年成立の第1次西園寺内閣には2大臣を送り、年来の主張であった鉄道国有化を実現した。つづく第2次桂内閣にも与党、第2次西園寺内閣のもとでは原敬・松田正久を中心に党勢を拡大する。第3次桂内閣に対しては護憲運動を組織して倒閣に追い込み（大正政変）、1913年成立の第1次山本内閣の与党となった。西園寺と桂が交代で政権を担当したこの時代は両名の姓を取って「桂園時代」と呼ばれた。
1900年（明治33年）9月15日、超然主義の破綻と政党政治の必要性を感じた伊藤博文が自らの与党として組織した。伊藤自身が初代総裁となり、伊藤系官僚と憲政党（旧自由党）・帝国党・民党関係者の星亨、松田正久、尾崎行雄、伊東巳代治、西園寺公望、渡辺国武、金子堅太郎、片岡健吉、大岡育造、江原素六、元田肇、渡辺洪基、原敬らが中心となって創立に動き、紅葉館で創立発会が行われ、帝国ホテルに事務所を設置した。党の主要な委員会および人数は総裁選任事項であり、総裁専制色の強い組織だった。政党に不信感を持っていた明治天皇は伊藤の政党結党に対して強く反対したが、伊藤は議会の中に天皇と国益を重んじる政党が必要であることを力説して了承を得る（このとき、伊藤を通じて下賜金2万円が政友会に与えられた）。結党翌月の10月には政友会を中心に第4次伊藤内閣が成立し、この内閣の陸相・海相・外相以外の閣僚が政友会員で構成されていた。だが、依然として超然主義を奉じる貴族院最大会派の研究会は伊藤の入党要請を拒絶する会派決議を行ったばかりでなく、1901年義和団の乱の軍費捻出のための増税案を他の5会派（茶話会・朝日倶楽部・庚子会・木曜会・無所属団）を糾合して否決、伊藤内閣を総辞職に追い込んだ。
1945年（昭和20年）8月、第二次世界大戦の終戦とそれに続くGHQの占領統治により日本の官吏制度は根本的に変化したため、従来の叙勲内則の適用は困難となり、1946年（昭和21年）5月3日の閣議決定により、皇族及び外国人に対する叙勲と文化勲章を除いて生存者叙勲が一旦停止されることとなった。1947年（昭和22年）に施行された日本国憲法では「栄誉、勲章その他の栄典の授与は、いかなる特権も伴はない。」（14条3項）と定められたため、栄典に伴う様々な特権も廃止された。なお、同憲法は内閣の助言と承認により天皇が行う国事行為の一つとして「栄典を授与すること。」（7条7号）を定めたため、以後、故人及び皇族、外国人に対する叙勲、文化勲章、さらに再開後の生存者叙勲は、同条を根拠にして行われている。1948年（昭和23年）には新たな栄典制度の創設が検討され始めたが、その後しばらく、文化勲章と皇族叙勲・外国人叙勲を除き、生存者には叙勲されなかった。しかし、1953年（昭和28年）9月18日の閣議決定により、生存者であって緊急に叙勲することを要するものに対し、叙勲を再開した。再開されたのは、同年に西日本を中心として各地に風水害が発生し、これに対し救難、防災、復旧に尽力した功労者が多数に上り栄典制度活用の必要性が痛感されたことによるものである。また、1955年（昭和30年）には、内閣に臨時栄典制度審議会が設置され、新たな栄典制度の創設について審議が重ねられた。1948年（昭和23年）から1963年（昭和38年）までの間に、栄典制度に関する法案は、3回にわたり内閣から国会に提出されたがいずれも成立しなかった。1963年（昭和38年）7月12日、池田内閣の閣議決定により、生存者叙勲の再開が決められた。これは、叙勲を含む栄典制度に関する法律は定めず、憲法7条7号を直接の根拠として、生存者叙勲を行うこととしたものである。生存者叙勲再開の閣議決定に従い、翌1964年（昭和39年）4月21日には、新しい「叙勲基準」が閣議決定された。これは戦前の叙勲制度が官吏及び軍人中心のものであったのに対し、日本国憲法の下では国民の各界各層を対象とする叙勲制度とするために叙勲の基準を新たに定めたものである。そして同月29日、吉田茂に大勲位菊花大綬章、石橋湛山・片山哲らに勲一等旭日大綬章を授与するなど生存者叙勲が発令された。以後、毎年2回、春と秋に叙勲が発令されている。