これより前、土佐統一を目指していた長宗我部元親は、信長に砂糖などを献上して所領を安堵された。信長は元親の嫡男弥三郎の烏帽子親になって信の字の偏諱を与えるなど友誼を厚くし、「四国の儀は元親手柄次第に切取候へ」と書かれた朱印状を出していた。信長も当時は阿波・讃岐・河内に勢力を張る三好一党や伊予の河野氏と結ぶ毛利氏と対峙しており、敵の背後を脅かす目的で長宗我部氏の伸長を促したのである。その際に取次役となったのが明智光秀であり、明智家重臣の斎藤利三の兄頼辰は、奉公衆石谷光政（空然）の婿養子で、光政のもう1人の娘が元親の正室（信親生母）であるという関係性にあった。ところが、その後三好勢は凋落し、信長の脅威ではなくなった。天正3年（1575年）、河内高屋城で籠城していた三好康長（笑岩）は、投降するとすぐに松井友閑を介して名器「三日月」を献上して信長に大変喜ばれ、一転して家臣として厚遇されるようになる。同じ頃に土佐を統一した長宗我部氏は、天正8年6月には砂糖三千斤を献じるなど信長に誼を通じる意思を示していた一方で、阿波・讃岐にまで大きく勢力を伸ばして、笑岩の子康俊を降誘し、甥十河存保を攻撃していて、信長の陪臣が攻められる状態ともなっていた。笑岩は羽柴秀吉に接近して、その姉の子三好信吉を養嗣子に貰い受けて連携しており、笑岩は本領である阿波美馬・三好の2郡を奪われると、天正9年、信長に旧領回復を訴えて織田家の方針が撤回されるように働きかけた。信長は三好勢と長宗我部氏の調停と称して、元親に阿波の占領地半分を返還するように通告したが、元親はこれを不服とした。天正10年正月、信長は光秀を介して長宗我部は土佐1国と南阿波2郡以外は返上せよという内容の新たな朱印状を出して従うように命じ、斎藤利三も石谷空然を通して説得を試みていたが、いずれも不調で、ついには信長三男の神戸信孝を総大将とする四国征伐が行われることになった。信長の四国政策の変更は、取次役としての明智光秀の面目を潰した。早くも前年秋の段階で阿波・淡路での軍事活動を開始していた節のある笑岩は、2月9日に信長より四国出陣を命じられ、5月には織田勢の先鋒に任命されて勝瑞城に入った。三好勢が一宮城・夷山城を落すと、岩倉城に拠る康俊は再び寝返って織田側に呼応した。変の直前、三好勢は阿波半国の奪還に成功した状態で目前に迫った信孝の出陣を待っていた。元親は利三との5月21日付けの書状で、一宮城・夷山城・畑山城からの撤退を了承するも土佐国の入口にあたる海部城・大西城については確保したいという意向を示し、阿波・讃岐から全面撤退せよと態度を硬化させた信長との間で瀬戸際外交が続けられていた。
4月16日付でクイーンフィッシュ艦長職から外されたラフリンは、軍法会議のあとロックウッド中将のもとでスタッフに加わった。その後はアナポリスに戻って運動教官を務める一方で募金活動を行い、アナポリスでの運動カリキュラムにサッカー、クロスカントリーおよびレスリングを復活させた。軍務の方では潜水母艦オリオン (USS Orion, AS-18) 副艦長と潜水部隊司令を歴任。給油艦ミシシネワ (USS Mississinewa, AO-144) と重巡洋艦トレド (USS Toledo, CA-133) の艦長を務めたあと再び潜水艦と関わるようになり、第6潜水隊群司令としてポラリス搭載潜水艦の指揮を執った実績に対して、最初のレジオン・オブ・メリットが授与された。レジオン・オブ・メリット合衆国大統領は、海軍少将チャールズ・エリオット・ラフリンが1964年8月24日から1966年9月24日の間に務めた第6潜水隊群司令として卓越した功績に対し、レジオン・オブ・メリットを贈る。ラフリン少将は有能で機知に富むリーダーとして、アメリカ大西洋艦隊潜水部隊の軍事や運用部門に大いに関わった。特に、ポラリス搭載潜水艦に関する組織の形成、オーバーホール前の訓練方法および慣熟訓練の方法について、戦術外の負担についての監督を行った。持ち合わせたリーダーシップと専門知識を駆使し、サウスカロライナ州チャールストンにおける休暇中の乗組員に対する支援活動を機能させた。また、ラフリン少将は海軍におけるもっとも明瞭的かつ印象的なスポークスマンとしても記憶されるところである。これらの職務に加え、NATOでの職務および、東部大西洋方面潜水部隊における職務遂行の際に、ラフリン少将は海軍の伝統の維持と義務への貢献に対して最大限のパフォーマンスをして見せた。その後、ラフリンはワシントンD.C.海軍区の司令官も務め、その職で二度目のレジオン・オブ・メリットを受章した。そして、この職を最後に海軍を退役した。レジオン・オブ・メリット合衆国大統領は、海軍少将チャールズ・エリオット・ラフリンが1966年10月から1968年6月の間に務めたワシントン海軍区司令官としての功績に対し、レジオン・オブ・メリットの代わりに金星章を贈る。ラフリン少将はワシントンでの職務において、卓越したリーダーシップと判断を駆使し、海軍の多種多様な部隊の監督するなど、艦隊支援の任務を全うした。その職務のもと、軍民関係コミュニティの中において海軍が果たすべき重要な役割に関する意識を向上させ、拡充していった。ラフリン少将はまた、基地周囲の民間人との交流を維持し続け、軍人のための住宅地を増加させることに貢献した。さらに彼は、海軍の青少年向け行事や騒じょう対策にも乗り出し、民間との交流を積極的に奨励していった。ラフリン少将は卓越したリーダーシップと先見性、そして鋭い感性をもって、アメリカ海軍のために尽くした。退役後のラフリンについては断片的な情報しかないが、妻とともに日本へ旅行のために来日したことがあり、日本の復興ぶりに目を見張った。1979年12月7日には阿波丸事件に関するNHKの取材を受けている。この取材においてラフリンは、「もう一度やり直しができたとしても、運命のあの4月1日と同じ状況、同じ事情ならば、また、まったく同じように行動するであろう」という発言を行っている。ラフリンは1989年10月31日に79歳で亡くなり、アナポリス敷地内の墓地に埋葬されている。