2008年12月17日に発売された。表紙は2009年映画で登場する「ギザみみピチュー」。付録として「ポケモンバトリオS スペシャルパック リオル」、「ポケモンバトリオS デオキシス強襲編パックケース」、「ポケモンバトリオSポケモンファンとくべつへん（ミニ冊子）、「2009ポケモンハッピーシール」、「ポケットモンスターわくわくスタンプ」、「りったいポケモンギラティナオリジンフォルム」、「ポケモンぼうけんすごろく」、「ポケモンドールポスター」が付いてきた。巻頭特集は2009映画『超克の時空へ』。「世界一早い特報」と題して、予告カットの掲載と「ギザみみピチュー」を紹介している。ふろくのポスターで扱われているのは「ポケモンセンターオリジナルのポケモンドール（現行商品）」で、この商品が雑誌媒体で大きく取り上げられるのは珍しい。記事内においても、ポケモンセンターオリジナルグッズをはじめ、バンダイ・タカラトミー・ユージン・エンスカイ等々、メジャーからマイナーまでのポケモン新商品が、玩具アパレル文具問わず、幅広く扱われているのもこの雑誌の特徴。その他の連載企画、「ポケモンクッキング」では「レジギガスライス」「シェイミのグリーンサラダ」「ポテトばたけのディグダ」「ピカチュウのコーンプティング」を紹介。絵物語「なかよし3びきポケモンたびにっき」が連載開始。ピカチュウ、ポッチャマ、チェリンボの3匹が旅に出る絵本。漫画「ポケモン4コマ大百科」ではロトムをフィーチャー。読者投稿コーナー「ポケモンファンファンクラブ」がスタート。
2008年9月13日に発売されたvol.5（第5号）は、『ポケットモンスター プラチナ』の攻略情報を掲載した。また、『ポケットモンスタープラチナ』と同日発売となった。しかしながら、ポケモンワンダーランドvol.10との同日発売は諸事象により実現することはなかった。ちなみに、特別付録として「ポケモンストラップ シェイミ（スカイフォルム）パールバージョン」、「ポケモンマルチバックパック」、「ポケットモンスタープラチナ まるわかりガイドブック」、巻頭付録として「ポケットモンスタープラチナ キラキラシール」、「ポケットモンスターDP 新・冒険カレンダー」、「ポケモンいっぱいグライダー」が付いてきた。
2008年7月15日に発売されたvol.4（第4号）では、『ポケットモンスター プラチナ』や『劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド&パール ギラティナと氷空の花束 シェイミ』の情報を掲載していた。また、特別付録として「シェイミ（スカイフォルム）フライングディスク」、「限定版ポケモンキッズ シェイミ（ランドフォルム）クリアバージョン」が、巻頭付録として「ポケモンファン特製 最強シール烈伝 シェイミ（ランドフォルム・スカイフォルム）2枚セット」、「限定版ポケモンカードゲームDP パチリス」、「ポケモンカードゲームDP たんけんセットカード＋プレイマット」、「ポケモンカードゲームDP 破空の激闘 にんきポケモンだいしゅうごう！」、「祝492 ポケモンキッズ大集合ポスター」、「劇場版ポケモンDP ギラティナと氷空の花束シェイミ 映画ストーリーすごろく」が付いてきた。付録は今までにない多さだったため知名度が上昇した。
2008年3月15日に発売されたvol.3（第3号）では、『劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド&パール ギラティナと氷空の花束 シェイミ』、『ポケモンレンジャーバトナージ』、『ポケットモンスター プラチナ』の情報を掲載していた。また、特別付録として「劇場版ポケットモンスターDP ギラティナと氷空の花束 シェイミ マルチケース」が、巻頭付録として「ギラティナと氷空の花束 シェイミ カウントダウンポスター」、「劇場版ポケットモンスターDP マルチケースドレスアップシール」、「ポケモンミニじてん」、「シェイミをさがそう! モンコレ大集合ポスター」が付いてきた。
本作は『コロコロコミック』掲載時に「大長編シリーズ15作記念作品」と冠されていた。藤子・F・不二雄自身、創世記をライフ・ワークだとも公言しており、「創世日記」などの自身のSF短編やドラえもんの短編数本など、同様のテーマの作品の集大成にすべく、多くの資料を使って練り上げられたという。生命の起源と進化、文明の発展、そして宗教の妄信で過ちを繰り返す歴史など、大長編ドラえもんでも珍しい難解な題材を扱う内容となったため、次回作『のび太と銀河超特急』は子供も楽しめるようなビジュアル主体の賑やかな物語となった。また、本作の中では実際の弥生時代などを舞台にしていたり、羅生門や浦島太郎（すずめのおやど）などの物語を踏襲された世界観となっている。基本的にのび太たちはひみつ道具「創世セット」によって生み出されたもう一つの地球「新地球」の観察に終始しており、第三者的な役割を担っている。そのため、のび太たちが力を合わせて困難に立ち向かうパターンが多いシリーズの中では異色の存在である。さらに本作では初めて悪役を登場させない試みもなされた。ただし、ストーリー構想そのものは、例によってほぼ描き進めながら動かしていたらしく、この作品からチーフとなったむぎわらしんたろうが「進退化放射線源」を使うシーンで小さな虫が飛んでいることに対して「これが伏線になるのか?」と直接尋ねたところ、「つながればいいし、なければないで終わりだし」と答えていたという。原作、映画ともにジャイアンが新曲を歌っているが、「新曲」と謳いつつ、映画劇中で流れる曲はいつもの『おれはジャイアンさまだ!』である。なお、のび太が昆虫を人間並みに進化させてしまうという設定は、同年に発表された『ドラえもん ガラパ星から来た男』でも使用されている。なお、本作の連載第一回の掲載号では、別冊付録に『ガラパ星から来た男』が収録された44.5巻という冊子が付属していた。映画としては16作目となり、同時上映作品もドラえもん映画であったためパンフレットでは『Wドラマチック!!ドラえもんフェスティバル!!』と題された。また、新地球の近代世界において地底で進化を遂げた昆虫人が地上人への攻撃手段として地上に大地震（＝関東大震災）を起こそうとするというエピソードも考えられており撮影もされたが、その頃に発生した阪神・淡路大震災の影響を考慮してカットされた。この作品からタイムマシンで移動する時の超空間バックがポリゴンCGを用いた仕様のものに変更され、旧来の超空間は併映作の『2112年ドラえもん誕生』で使用されたのが最後となった。シリーズ中初めて海援隊が主題歌を担当しており、本作も例年通り武田鉄矢が作詞を担当している。