1935年に「晋武帝の戸調式に就いて」で古代の土地、賦税制度について述べた後、宋代以降の官僚制に研究を向ける。第二次世界大戦中には東亜研究所の依託により清代の官吏登用制度の研究を行い、科挙についてまとめた。そこで徴用されて半年ほどして終戦となる間に原稿が組版され、『科挙』として出版された。1963年に簡略化して書き直したものを中公新書より再刊したことで注目されるようになり、次いで英語版、イタリア語版なども出版された。
宮崎の研究姿勢は、師の内藤湖南が提唱した唐宋変革論を受け継ぎ、社会経済史の立場に加え、西アジアやヨーロッパとの交流の影響及び比較の上に立って、唐以前を中世・宋以後を近世と設定し、さらにそれを裏付けるために宋代に於ける政治・制度・社会・経済などの研究から始まった。1950年「中国近世における生業資本の賃借において」に始まり幾つかの論考を発表。またその一つが科挙の研究となる。そこから派生して胥吏の研究に入り、胥吏の淵源を探ろうとして著されたのが『九品官人法の研究』である。さらに明清時代の景気変動の考察の延長に、景気変動史観を着想した。その他にも佃戸に関する研究・『水滸伝』に関する論考など文化面・経済面など幅広い分野に、また漢代から清代に至るまでの幅広い時代に、宮崎の研究はこれら全てに及んでおり、その影響は限りなく大きい。
退官後は、吉田山東麓の自宅にて著述活動に専念、『論語の新研究』・『中国史』などを執筆した。1990年代に刊行された全集に付した自跋が好評を博して自跋集として出版されるなど最晩年まで東洋史論文を書く筆力は健在であった（全集の刊行はほぼ2ヶ月に1冊のペースであり、90歳代前半で隔月連載をこなした計算になる）。1995年（平成7年）5月24日に肺炎で死去。
1944年（昭和19年）5月に京都帝国大学文学部教授に昇任する。1947年（昭和22年） - 『アジヤ史概説：続編』を発表する。文学博士（京都大学、学位論文『五代宋初の通貨問題』）1950年（昭和25年）に『東洋的近世』を出版、宋代近世説を展開する。1960年（昭和35年）10月 - パリ大学客員教授としてフランス赴任。帰国後にハーバード大学の客員教授を委嘱されてアメリカへ行き、1962年（昭和37年）7月に帰国する。1965年（昭和40年） に京都大学を定年退官、名誉教授となる。
1932年（昭和7年）、第一次上海事変により応召。3ヶ月で無事帰還するが、馬廠長としての勤務中に蓄えた馬の知識は後々役に立ったという。1934年（昭和9年）発表の「遊侠に於いて」では、中国古代における都市国家の存在を指摘している。1936年（昭和11年）2月 - 文部省在外研究員としてフランスに留学、パリの東洋語学校でアラビア語を学ぶ。アメリカ経由で、1938年（昭和13年）8月に帰国する。
1922年（大正11年）に京都帝国大学文学部史学科に入学、東洋史を専攻し、内藤湖南・桑原隲蔵・羽田亨・狩野直喜らに師事する。卒業論文では、北方民族と中国社会との交渉の一場面としての南宋滅亡期を題目とする。その後、宋代、中国古代史と研究対象を移していく。
1901年（明治34年）、長野県下水内郡秋津村（現在の飯山市）静間で宮崎市蔵・悦の次男として生まれる。父の市蔵は、飯山小学校の教師であった。その後、秋津小学校、県立飯山中学校（長野県飯山北高等学校の前身）を卒業し、1919年（大正9年）に新設されたばかりの松本高校（現信州大学）文科甲類に入学する。同校の後輩には、後の東洋史学者、曽我部静雄と仁井田陞がいる。
元は1928年（昭和3年）3月27日に神戸製鋼播磨造船工場（後の播磨造船所）で竣工した、北樺太石油（英: Northern Karafuto Oil Consession）所有の「おは丸」。総トン数は995トン。2つの一等客室を有する小型貨物船で、タンカーではない。竣工後は北海道と、オハなど北樺太の港町との作業員や物資の往来に使用される。収容可能人数は一等客室利用者に限れば5名だが、それとは別に140名あるいは265名収容という記録が残っている。ソビエト連邦成立、シベリア出兵の後、オハなど北樺太においても共産主義が広がる懸念があり、船員や在オハの日本人労働者の所謂「アカ化」に関する内偵もしばしば行われた。1941年（昭和16年）に太平洋戦争が勃発すると、通常航海の傍らで特殊任務に従事することもあった。昭和16年11月28日から1942年（昭和17年）7月3日までは佐世保鎮守府籍の海軍一般徴傭船として、第三艦隊および第二南遣艦隊に属して行動。1943年（昭和18年）3月31日夜には、北緯33度51分 東経130度15分の玄界島近海で貨物船南進丸（石原産業海運、4,806トン）と衝突し、救難作業の甲斐なく南進丸を沈没させる事故を起こした。