MTは比較的製造コストが低く、動力の伝達が効率的であるため、かつてはMTが主流でATはオプション設定であることが多かった。またエンジンの小さい小型車については、初期のATはトルクコンバーターの損失が大きく走行性能・燃費性能が悪かったため、エンジンの動力を効率的に使えるMTの方が適していた。さらに、スポーツカーやオフロード車などエンジンの性能を最大限に引き出す必要がある車ではMTが多く採用されていた。しかし近年の車種では無段変速機（CVT）や従来型ATの方が燃費や走行性能面で優位に立っており、性能的アドバンテージを失ったMTは数を減らしつつある。日本では1980年代後半まで、MTは四輪自動車の変速機構の主流であったが、今はモデルチェンジや改良によりMTを廃止しATもしくはCVTのみに縮小されることが多い。また三菱自動車（日本国内における。輸出仕様には現在もMT車が存在する）のように自社生産車からMTを全廃する意向のメーカーも現れた。またモデル別に見ても、多人数乗りミニバンでは1999年の日産・セレナのモデルチェンジ、トヨタ・エスティマエミーナ及びルシーダのモデル廃止を持ってラインナップから姿を消した。また高級スポーツカーでは国内外問わずMTは廃止の一途をたどっており、フェラーリ・ランボルギーニではラインナップからMTが絶滅している。2017年の国内MT比率は2.6％であった。このようにMTは完全に時代遅れのイメージが強いが、2019年現在でもスバル・WRX STIやトヨタ・マークX GRMN（限定生産）のようなMT専用モデルが販売されているほか、スズキ・ジムニー、ホンダ・S660、トヨタ・86/スバル・BRZ、マツダ・ロードスターのような安価かつ趣味性の強い四輪車種ではMTがATより売れているものもある。またマツダは趣味性のそれほど高くない車種にも積極的にMTをラインナップしている。
AT車のカタログに「マニュアルモード付き」などのように記載されていれる場合、通常のモードでは自動で行われる変速を、ドライバーの任意で選択できるスイッチを設けたATを示している。CVTの場合は、自動制御では変速比を無段階で連続的に変化させているが、マニュアルモードではCVTの変速範囲の中で段階的に設定された変速比をスイッチで選択できるように制御する。いずれも変速比を任意で選べるだけであり、MTのようなクラッチ操作は不可能かつ不要である。英語圏では、マニュアルモード付きのトルクコンバータ式ATは「Manumatic」と呼ばれる。現在F1、NASCAR、インディカー、SUPER GT、DTM、WRC、ル・マンなどのプロ向けビッグレースでは軒並みセミATが採用されており、変速の速さで劣るMTは完全に絶滅している。一方86/BRZレースやスーパー耐久（ST-2〜ST-5クラス）のようなアマチュア色の強いレースや、ドリフトのような特殊な操作を必要とする競技は依然としてMTが主流である。小型バイクなどに使われる自動遠心クラッチ等を利用した手動変速機も、セミオートマチックトランスミッションも、マニュアルモード付きATも共に、日本の運転免許制度上では、クラッチ操作ペダル・クラッチ操作レバーがなければオートマチック限定免許で運転が許される。
トランスミッションをニュートラルにしないまま、クラッチを踏まずにエンジンを始動させると車両が走り出して事故に繋がる恐れがあることから、日本国内では、1999年7月以降より新車で販売されているMT車には、クラッチを踏まないとエンジンがかからない、クラッチスタートシステムの採用が義務付けられている。
普通の三塁手よりも1.5メートルほど後ろに守り、特に横（一塁側に向かうライン）の守備範囲が広く、遊撃手や投手の守備範囲の打球も横取りするようにキャッチすることが多かった。長嶋は「あの範囲の打球は三塁手の最大の見せ場」と語っており、守備については打撃よりも「ファンと一体になれる守備のほうが好きだった」と述べている。また、ゴロには15種類あると語り、捕るのが難しいゴロを簡単に捕球するのがプロだと述べている一方、「逆に盛り上げようと思って、何でもないゴロを難しそうに捕ったりしたこともありましたけどね（笑）」と振り返っている。一方でフライについては1種類しかないと感じ、遊撃手の黒江透修に任せていた。長嶋は「だってフライは遊びや芸を入れることができないから、捕っても面白くないんだもの（笑）」と語っている。このように華のある守備で知られ、スローイングの後に右手をヒラヒラさせる独特の動作を行っていたが、これは歌舞伎の動きから取ったものであるという。何でもないゴロをトンネルする珍プレーがテレビで取り上げられるなど、失策の場面がよく放送され、守備の名手として語られるより華やかさや面白さが多く話題に上る。しかし実際は数値上では守備能力が非常に高い選手であり、通算守備率.965は角富士夫の.975に次いで三塁手セ・リーグ歴代2位（1000試合以上対象。角は通算1350試合・3296守備機会）に位置し、1500試合以上対象や4200守備機会以上を対象にする場合は三塁手プロ野球歴代1位となる。デビューから晩年まで試合に出場し続け、7353守備機会をはじめ、試合数・刺殺数・補殺数・併殺数など、失策数を除くあらゆる通算守備記録で他の三塁手を圧倒している（全て三塁手のプロ野球歴代1位）。シーズンにおいても、守備指標のRRF（レンジファクター）でデビュー以来7年連続を含めて三塁手リーグトップを通算8回（1958年 - 1964年、1967年）記録しており、当時の他の三塁手と比べると極めて突出した数値を残した。1968年からプラスの数値が少なくなり、1970年以降は1973年以外の4シーズンでマイナスを記録しており、34歳以降から守備に衰えが見られる。リーグトップを7年連続・通算8回は共に三塁手歴代1位の成績であり、プラスシーズンの合計値も三塁手歴代1位である。数値からは、全盛期は打球をアウトにする能力が非常に高く、守備範囲の広い三塁手であったことが窺える。シーズン214守備機会連続無失策という三塁手のプロ野球記録も保持している（連続シーズンでは2012年に宮本慎也が更新）。立教大学時代、砂押が導入・研究したMLBのステップやグラブ捌きなど当時の最先端技術を取り入れ、練習していた。若手の頃は僅かながら遊撃手や外野手としても出場している。広岡達朗は長嶋の守備について「3年目までは上手かった。守備範囲も広かったし、凄い奴が入ってきたなと思ったが、4年目ぐらいから動けなくなった。」と評価している。