エストニアの沈没は、船舶の安全基準と救命いかだの設計に大きな影響を与えている。1999年には、全ての旅客船乗組員に対して群衆管理、危機管理と人間行動訓練が求められるようになり、当直基準も改正された。遭難信号とイーハブ（E-PIRB、非常用位置指示無線標識装置）の起動が手動であり、起動しなかった。このことから、自動式となり船が沈んだ事実と位置が速やかに明らかとなることとなった。また航海データ記録装置の義務化も行われた。国際海事機関は海上における人命の安全のための国際条約の改正により、救命いかだ・救命艇の新たな規制を設けた。最低一隻は、荒れた海でも運用可能な高速救命艇（fast rescue boat）であることを求めている。130m以上のRo-Ro客船へのヘリコプター甲板の装備が義務化された。Ro-Ro客船以外への義務化も検討されたが、これは実現しなかった。Ro-Ro客船への復元性に対する要求も引き上げられた。この規制は、ストックホルム・アグリーメントとしてバルト海を含む北ヨーロッパでは、さらに要求が厳しくなり、車両甲板への50cmの浸水に耐えることが求められることになっている。バウバイザーを持つ船舶に対して、ラッチとヒンジの状態確認用センサーを分離する改装を推奨されている。
沈船の調査と映像記録の採取は遠隔操作無人探査機と、ノルウェーのロックウォーター社により行われた。公式報告書に寄れば、バウバイザーの固定部・ヒンジ部が、波に抗しきれず脱落し、格納されていたランプウェイが開いたとしている。船橋からは、バウバイザー及びランプウェイが運用時に開放状態であったり、ロック解除状態であることを示す表示灯が備えられていた。また、バウバイザーは船橋からは死角となっており、モニタによりランプウェイ内部を監視していたが、モニタは海図室手前に位置し、操舵を指揮する位置からは確認できなかった。バウバイザーは、沿岸部を航行する本来の運用状況に合わせて設計されており、張出し角度は衝撃を狭い面積に集中させる形状となっていた。最初の金属音は、バウバイザーの下部のロックが破損した音として、続く音はバウバイザーが動いたことで他の部分が破損した音であると推定される。ランプウェイが開いたことで、海水が車両甲板に流入、これによる傾斜が転覆・沈没の主因となった。金属音が聞こえた時点で調査前に減速しなかったこと、海水の流入による船体の傾斜に気を配らなかったことが乗員のミスとして扱われている。加えて。警報の遅れ、避難誘導の欠如も批判されている。この調査結果には批判が向けられ、造船所主導によるものを含む反論がなされた。スウェーデン政府は2006年に外部機関に再調査を依頼しているが、これもまた決定的なものとはならず、反論がなされている。
「テルマ」（埋蔵経）の系統とはニンティク（心髄、真髄とも訳す）と呼ばれるゾクチェンの教えの系統のことである。「カンドゥ・ニンティク」（「空行心髄」と漢訳）、「ビマ・ニンティク」（「卑摩心髄」と漢訳）、「ロンチェン・ニンティク」（「龍清心髄」と漢訳）の3つが代表的なもので、日本でゾクチェンの系統といえば「ロンチェン・ニンティク」が有名である。「カンドゥ・ニンティク」はニンマ派の「テルマ」に基づくゾクチェンの系統である。カンドゥ（ダーキニーのこと、空行母と漢訳）によって秘されていた教えとするところから「カンドゥ・ニンティク」と呼ばれ、六大流派それぞれが独自のニンティクを備えている。「テルマ」というと日本では創作と思われがちであるが、「サテル」（sa gter、地下の埋蔵経）の中には歴史的な資料性の高いものが含まれている。ちなみに、ニンマ派では尊挌としての「イェシェ・ツォギャル仏母」はカンドゥの代表の一尊とされ、そのため歴史上のグル･パドマサンバヴァから直弟子のイェシェ・ツォギャルへと伝えられたとされる教えの多くは、「テルマ」として一応は「カンドゥ・ニンティク」に収められている。その名の通り「カンドゥ・ニンティク」はニンマ派の教えの母体であり、大きく言うと北のテルマ・南のテルマ・中央のテルマ・東のテルマ・西のテルマの五系統がある。このうち北のテルマが有名であり、東のテルマは量が少ないが古い伝承を伝えている。「カンドゥ・ニンティク」の系統は、ドゥジョム・リンポチェ、弟子のニョシュル・ケンポ・リンポチェ、その弟子のイェシェ・サンポ・リンポチェらによって解明され、イェシェ・サンポ・リンポチェの『紅宝珠錬』（ルビー）に詳しい。「ビマ・ニンティク」の系統は、途中グル・パドマサンバヴァを介さずにインドの成就者からヴィマラミトラを経て直接チベットへと伝えられたゾクチェンの系統である。なお、チベット僧の中には「ビマ・ニンティク」も「カンドゥ・ニンティク」の中に含めて考える人もいる。「ロンチェン・ニンティク」の系統はチベットの大学者ロンチェンパ (1308-1364) の教えをジグメ・リンパ (1729-1798) が深い瞑想の中で学んだ「ゴンテル」（御心の埋蔵経）の教えの系統を指している。そして、「ロンチェン・ニンティク」はインドで密教を学んだ中国人の成就者シュリー・シンハから弟子のヴァイローチャナ、ヴィマラミトラ、グル・パドマサンバヴァの三者に別々に伝えられたものを一つにまとめた系統の教えで、ロンチェンパまではニンマ派の伝承に基づくものであり、そしてジグメ・リンパ以降はほぼ史実を伝えていると見てよい。現在、この「ロンチェン・ニンティク」の系統は六大流派の伝統の壁を乗り越えたドゥジョム・リンポチェと弟子のニョシュル・ケンポ・リンポチェによって解明され、ニョシュル・ケンポ・リンポチェの『藍宝石』（ラピスラズリ）に詳しい。