単式ホーム2面2線と島式ホーム1面2線を有する地上駅。北側から駅舎、単式ホーム、島式ホーム、単式ホームの順に並んでいる。島式ホームの2・3番線が本線、単式ホームの1・4番線が副本線となっており、一部の普通列車が1・4番線で特急列車や貨物列車、ホームライナーを待避する。3つのホームは跨線橋で連絡している。東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、富士川駅が当駅を管理している。駅舎内にはJR全線きっぷうりばや自動改札機などが設置されている。早朝・夜間は無人となる。毎年5月3日に当駅至近の由比漁港で開催される由比桜えびまつりに合わせて、臨時列車が設定されている。当駅では折り返しが行えないため、当駅始発の列車は折り返しが行える富士駅や東田子の浦駅から当駅までは回送で運転されている。ただし、2014年の台風18号による復旧工事中は、富士 - 由比間での折り返し運転が行われ、由比行きが一時的に設定されていた。（この時は東京寄りにある渡り線を使用しての折り返し）
もともと由比は東海道五十三次16番目の宿場町であり、現在の東海道本線にあたる官設鉄道線の開業時から駅設置の請願が出されていた。しかし実現の見込みがなかったため、折衷案として隣の蒲原町で蒲原駅設置の運動がちょうど起こっており、同駅を蒲原宿と由比宿のあった間である旧堰沢村の位置へ、国府津 - 静岡間の開業翌年である1890年に設置することにした。しかしそれでも由比町では、同地で産出される海産物や果物を運び出すには鉄道が不可欠と考え、1913年に再び駅設置の請願書を国有鉄道を当時管理していた鉄道院に提出、2年半後にようやくそれが認められて駅が設置される事になった。
小説『三国志演義』では、孟達が劉封を攻撃した際、弟と共に劉封から離反し、追放することに加担している。さらに蜀の北伐時には、蜀側が優勢であると見て魏を裏切ろうとした孟達を反対に裏切って、司馬懿と共に攻め殺したことになっている。
漢中の豪族の一人で、民政にはなかなか有能な人物だったことから、張魯や曹操に認められてその家臣となっていた。219年、劉備が漢中に侵攻し曹操が撤退すると、周辺地域に劉備の勢力が及ぶようになり、上庸もその標的となったため、申耽は劉封と孟達の軍勢に降った。このとき、征北将軍に任じられている。220年、孟達が寝返った際には弟と異なり劉封に味方したが、劉封が上庸から敗走すると、再び曹操に降伏した。その後、上庸の地から遠ざけられ、懐集将軍に任じられて南陽郡の守備を任された。227年の孟達反乱時の動向は伝わっていない。
建国者ケン・アンロクは、『パララトン』の伝記によると、農夫の娘から、シヴァ神の息子ないし、化身として生まれ、誕生時には、その体からは光が放たれていたという。ケン・アンロクは、若い頃は、放浪、略奪、盗賊行為を繰り返す国家のお尋ね者であったが、神々の庇護を受けているかのようにつかまったためしがなかった。やがて、彼は、僧侶ダンヒヤン・ローガウェの養子となり、その助力によって、カウイ山の東部クターラジャ（トゥマペル）の領主トゥングル・アメトゥンに仕えることになったが、ここで領主に取って代ろうと密かな野心をいだくようになる。そして刀工ムブ・ガントリンにクリス（インドネシア式の剣）を造るように命じた。しかし、ムブ・ガントリンは、納品日までにクリスを完成できなかった。ケン・アンロクは、自分の野心を邪魔されたと考え、この刀工を未完成のクリスで刺殺した。ムブ・ガントリンは、死の間際に呪いをかけ、このクリスによって、ケン・アンロクとその子孫7代にわたって刺し殺されることになると言い残して死んだ。さて、ケン・アンロクの友人クボ・イジョは、件のクリスが気に入ってしまい、ケン・アンロクからクリスを借りることに快諾を得ると大喜びでいつもそのクリスを身に着けていた。そのため、だれもがクリスの持ち主をクボ・イジョであると思い込むようになった。その間、ケン・アンロクは、トゥングル・アメトゥン暗殺の機会を狙っていたのである。ある日、ケン・アンロクは、熟睡しているクボ・イジョからクリスを密かに奪うと直ちにトゥングル・アメトゥンの寝室に入ってこれを殺害し、そのそばに故意にクリスを置いて立ち去った。翌朝、トゥングル・アメトゥンの一族は大騒ぎになり、トゥングル・アメトゥン殺害の犯人としてクボ・イジョは死刑になった。ケン・アンロクは、トゥマペルの領主になり、トゥングル・アメトゥンの未亡人ケン・テデスと結婚した。今度は、ケン・アンロクは、クディリ王国を倒す機会をじっと待つようになった。1222年、クディリ王国では、王と僧侶たちが対立するようになった。クルタジャヤ王の指導力や行動に不満をいだいた多くの僧侶たちは、トゥマペルに身を寄せるようになっていった。ケン・アンロクが僧侶たちを受け入れているのを知ったクディリ王クルタジャヤは、討伐軍を率いてトゥマペルに攻め入ろうと試みた。クディリ軍とトゥマペル軍は、ガンテル村で激突した。鍛え上げられ、満を持して機会をうかがっていたトゥマペル軍は、クディリ軍を打ち破ってこれを滅ぼし、クディリ領を併合してシンガサリ王国が成立した。シンガサリ王となったケン・アンロクは、尊称をシュリー・ランガ・ラージャサ・サン・アムルワブミとし、以後ラージャサ王（位1222年 - 1227年）の名で呼ばれる。ラージャサ王は、ダプルと呼ばれる地方行政単位を整備した。彼の治世は、平穏であったと歴史書に記されている。ところで、ラージャサには、ケン・テデスから生まれたアヌサパティ（『パララトン』での名前。『デーシャワルナナ』では、アヌーシャナータ）、マヒサ・ウォンガ・テレン（テレク）と愛人ケン・ウマンから生まれたトージャヤという3人の息子がいた。