精神分析では、心の働きの主体としての自我（拉: ego）と、日常的な経験で「自分」として意識される自己（英: self）を区別する。精神分析においては「自己」と言う言葉は殆ど使われていない。フロイトの初期の研究においては、自我は自己と同等の意味合いに近く使われていたが、後の研究では自己という言葉は明確に自我と区別されるようになった。事実フロイト自身は「自己」という概念にあまり注目していなかったようである。フロイトの書物では、自己という言葉を精神分析における明確な概念としては使用した事はなく、全集には僅か15回ほどしか使っていないと言われている。後の対象関係論や自我心理学において、自己は自我と明確に異なる「自己のイメージ・自己表象」として理解されるようになる。メラニー・クラインにおいても自我と自己のその意味の混同は行われており、明確な区別は近年になってからである。正確な自己の定義は上記の通りであるが、自己心理学では自己の定義は異なる（ただし明確な定義は行われていない）。自我との区別は、よく言われる違いは、自我は心的「構造」であり、「機能」である。自己は自我の「内容」または「自分のイメージ」である。自己という概念が本格的に理論の中に組み込んで、その概念を中心にしたのは、精神分析学の本流ではなくて、むしろフロイトから離反したユングや精神分析学とは関係ないロジャースなどである。自我心理学において自己を重要視するようになったのはエリクソンやハインツ・コフートなどの近年の精神分析学においてであるといわれている。
フェダーンは、個々の体験のなかで自己の内と外を識別する境界線を自我境界（英: ego boundary）と呼んだ。自我境界は流動的であり、その体験が自我化されるかいなかによって規定され、たとえば統合失調症の自我障害は、この自我境界の引き方の障害であるとされる。近年では、自我境界はさらに皮膚自我の機能の研究として新たな展開を遂げている。
その個体が心的に耐えられないほどの破壊や侵襲を受け、そのために生じた心的機能の破綻が、長いあいだ修復されることなく、その結果さまざまな悪影響を心身に色濃く残す場合、破壊や侵襲のもととなった出来事を個体にとっての心的外傷（トラウマ:trauma）という。フロイトの初期の治療活動では、心的外傷はおおいに注目されていたが、やがて『夢判断』以降には、「こんなに外傷を受けた患者が多いわけがない。これはクライエントの幻想である」といったふうに、フロイトのなかで外傷概念に対する後退が起こった。ジャネが心的外傷の研究を続けたものの、1930年代は精神医学界を含めて、総じて心的外傷というものを集団否認している時代であった。やがて、第二次世界大戦やインドシナ戦争から帰還した兵士たちが戦争後ストレス症候群（ASD）などの症状を呈するにいたり、ふたたび心的外傷の研究が行なわれるようになっていった。
精神分析的な治療を成り立たせる重要な概念の一つ。ある出来事を経験したとき、まだその経験の意味を味わうだけの心の準備が整っていないために、そのとき同時的にはその経験の意味を理解できないことが多い。しかし後になって、その意味を咀嚼する力が培われてきて、過去の出来事の意味を理解することができる。これを遡行作用（deferred action）と呼ぶが、これを可能にしている、さかのぼって過去の出来事の意味を理解する心の作用を事後性（独:Nachtraglichkeit）という。これなしでは、自由連想法その他で過去の回想をおこなっても、なんら治療的な力にならない。
倫理というよりも、精神分析という行為を成り立たせる要件の一つとして、フロイトは治療関係における治療者の分別（独: arztliche Diskretion）を説いた。治療者の中立性、治療契約の遵守、治療内の秘密の厳守、患者を私的な願望や要求の対象にしないこと、患者も治療者も一定の禁欲を互いに守ること（禁欲規則）、患者の自発性と訴えの真実性を最優先すべく治療者の受け身性（英: Passivity）を維持すること、などがその内容である。これに対しては、「治療者も一人間なのだから難しい」「科学的でない」といった反論が、フロイトの弟子のあいだからも続出した。一方では、たとえば治療技法を用いれば、治療者の解釈を患者が受け容れない場合、「それは治療抵抗だ」「否認だ」だということによって患者の思想や人生をも操作・支配できることになるので、この概念は重要な臨床上の指標として機能するものである。ただし後にフェレンツィ・シャーンドルなど積極技法を行ったりと、それに従わない人も出てくるようになった。
「第四福音書」に位置づけられる『ヨハネによる福音書』は「共観福音書」と呼ばれる他の3つとは内容的に一線を画した内容となっている。この福音書が4つの中で最後に書かれたということに関して研究者たちの意見は一致している。初代教会以来、伝統的にはこの『ヨハネによる福音書』の筆者は、カトリック教会・正教会等で伝承されてきた聖伝においては、文書中にみえる「イエスの愛しておられた弟子」すなわち使徒ヨハネであると伝えられてきた。例えば紀元200年頃の神学者アレクサンドリアのクレメンス, リヨンのエイレナイオスなどがこの文書を使徒ヨハネに帰す。同じく伝統的見解として使徒ヨハネに帰されるヨハネの黙示録の著者に関しては3世紀のアレクサンドリアのディオニシオスや4世紀のエウセビオスによって疑義が提出されたのに対して、古代においては『ヨハネによる福音書』は使徒ヨハネに帰されるのが一般的である。成立年代に関しては3世紀のヒッポリュトスなどがドミティアヌス治世下(81-96年)と証言する。ただし、近代以降の高等批評をとなえる聖書研究家たちはこれらの考え方を支持しない。田川建三はこの書は作者ヨハネが自分のかなり特殊な宗教思想を展開した書物であり、イエスを知るための直接の資料にならないとする。成立時期については、最古の写本断片が120年頃のものとの鑑定から一世紀末という見解が多数である。ただしこの鑑定を疑問視する見解もある(タイセンら)。成立時期の下限はヨハネ神学の強い影響と『ヨハネによる福音書』の引用が見られる神学者ユスティノスの没年(紀元160年頃)である。なお、イグナティオス(-紀元108年頃)の書簡にも共観福音書には見られない『ヨハネによる福音書』独自の内容や表現が用いられている。