2012年2月20日、将棋女流棋士の室田伊緒（井山と同年同月同日生）と5月に結婚することを発表し、予定通り両者の誕生日の5月24日に入籍を済ませ、12月23日に挙式した（その後、2015年に離婚）。3月24日、第7回大和証券杯ネット囲碁オープンで二十五世本因坊治勲を降し2連覇。4月18日、第50期十段戦で張棋聖を3-1で下し、十段位初防衛。4月、67期本因坊戦リーグで6勝1敗の成績で挑戦権獲得。7月19日、67期本因坊戦で山下道吾本因坊を4-3で降し、初の本因坊獲得。史上最年少での三冠に輝いた（23歳1か月）。7月23日、37期碁聖戦で羽根直樹碁聖を3-0で下し、初の碁聖位獲得。史上最年少四冠となる（23歳2か月）。37期名人戦リーグで7-1の成績を挙げてプレーオフ進出も、羽根直樹に敗れて挑戦権を逸する。8月9日、第37期棋聖戦Bリーグ優勝。8月30日（放送は9月28日）、21期竜星戦決勝で林漢傑を下し、竜星戦2連覇。11月8日、棋聖戦挑戦者決定戦で高尾紳路を下し、棋聖戦挑戦者に。11月22日、60期王座戦で張栩王座を3-0で下し、初の王座獲得。史上二人目の五冠となる。11月29日、38期天元戦で河野臨を3-0で降し、天元位防衛。2012年は51勝12敗（勝率8割1分）の成績を残した。2012年の賞金総額は1億620万円で、初の賞金1億超えとなった。
2011年 3月、35期棋聖戦で張栩棋聖に挑戦するも2-4で敗れる。4月29日、十段戦第5局で張栩十段を下し、初の十段位獲得（21歳11か月での戴冠は十段戦での当時最年少記録・伊田篤史が更新）、自身初の二冠(史上最年少）となった。5月、博賽杯金仏山国際囲碁超覇戦（非公式戦）で李世乭、古力を破り優勝。日本の棋士が、国際棋戦で優勝するのは、6年ぶり。6月、第16回LG杯において2回戦に進出するも、李昌鎬九段に敗れた。8月、24回世界囲碁選手権富士通杯で古力、崔哲瀚、坂井秀至を破り準決勝に進出するも、朴廷桓に敗れ3位決定戦に回る、決定戦で江維傑を破り、休止前の富士通杯最後の日本人棋士の入賞者となった。同月、第2回世界囲碁名人争覇戦では、朴永訓名人（韓国）、江維傑名人（中国）に敗れた。9月、第36期棋聖戦Aリーグ優勝。9月30日、第20期竜星戦で結城聡を降し、2回目の優勝。10月1日、第18期阿含・桐山杯で山下敬吾桐山杯を降し、2回目の優勝。阿含・桐山杯日中決戦では敗退。10月28日、第36期名人戦で山下敬吾本因坊に2-4で敗北し、3連覇ならず。11月17日、第37期天元戦で結城聡天元を3-0で降し初の天元位獲得（22歳6か月での戴冠は天元戦での最年少記録）。48勝19敗で、日本棋院における最多勝利、最多対局。賞金総額は9151万円で、初の賞金ランキング1位となる。
3歳になったラキシスは、2月のすみれステークス（オープン）、4月のフローラステークス（G2）と格上挑戦を続けたが、いずれも着外に敗れた。この時期には食欲が悪く、体重が減るために十分な調教ができなかった。ラキシスは夏場は出走せず、9月に自己条件（1勝クラス）の甲武特別（500万条件・芝2000m）に出走した。ラキシスにとっては初めての古馬との対戦だったが、中団からスムーズに抜け出すと、後続を2馬身半離して勝った。最後の直線では内にもたれて真っ直ぐ走らない面も見せたが、ゴール前では川田騎手が手綱を抑える余裕があった。次走は3歳牝馬三冠戦の最終戦である秋華賞と同日の鳴滝特別（1000万条件・芝2200m）になった。鳴滝特別は秋華賞の2つ前のレースで、ラキシスは1.8倍の本命になった。スローペースになって向こう正面では落ち着かない素振りもみせたが、直線へ向くと一番外から余裕をもって抜け出し、ゴール前は余裕を残しての勝利だった。秋2戦は、春に懸念されていた食欲と馬体減の問題が解消し、十分な調教を行っても体重が増えていることが、成果につながったとの評価がなされている。ラキシスは2連勝で11月のエリザベス女王杯に出走した。春にフローラステークスで大敗した相手であるデニムアンドルビーがオークス3着、秋華賞4着の実績だったのに対し、ラキシスはG1初挑戦だったが、「鳴滝特別の勝ち方を見ると秋華賞に出ても勝っていたのではないか」と評するむきもあり、6番人気になった。父ディープインパクトと母の父ストームキャットという配合の組み合わせは、同世代の日本ダービー馬キズナや桜花賞馬アユサンと同じということも、人気を後押しした。スタートすると、ラキシスは外枠から先行し、人気馬は中団から後方へ控える展開になった。なかでも本命のヴィルシーナと2番人気のメイショウマンボは中団にいた。3コーナーから最終コーナーでメイショウマンボが外から追い上げ、ラキシスは2番手で直線に入った。メイショウマンボはゴールまで残り200メートルになったあたりから抜け出し、2着争いは接戦になったが、後方から追い込んだアロマティコを抑えてラキシスが2着に粘りきった。優勝馬メイショウマンボとの着差は1馬身¹/₄（0.2秒差）で、ラキシスはメイショウマンボより3ポイント低い110ポイントのレートを得た。