2009年7月3日、製作ドキュメンタリーDVD・Blu-ray Discの「ポニョはこうして生まれた。〜宮崎駿の思考過程」と、「崖の上のポニョ 特別保存版」が音楽に関する許諾を取っていなかったことが発覚したため、12月に発売延期となった。なお、通常版のDVDは発売延期されていない。少数ながらVHSでも発売されている。2010年2月5日、日本テレビ『金曜特別ロードショー』にてテレビ初放送。視聴率は29.8％（関東地区、ビデオリサーチ調べ）。2012年8月24日『金曜ロードSHOW!』枠にて2年ぶり2回目の放送がなされた。2015年2月13日には同枠で3年ぶり3回目の放送が行われた。2011年11月16日 新装パッケージ版のBlu-ray販売。
一般公開前にスタジオ内にある映写室で、スタッフや知人の子供を集めて試写を行うも、子供達の反応は鈍く、宮崎は不安を抱えたまま公開日を迎える。本作の公開に合わせ、「公開カウントダウン「崖の上のポニョ」に秘められた謎」がPR番組として日本テレビ系列で2008年7月15日から18日まで放送された（後述）。宮崎と親交の深い押井守監督の『スカイ・クロラ The Sky Crawlers』と時を同じくして公開されるのは鈴木敏夫が同時に公開しようと提案したため。鈴木は「かたや空、かたや海、時を同じくして似たようなのが出てくる。歩みは違ってもなんだかんだでずっと接点がある押井守との友情です」と語る。東京の日比谷スカラ座での初日舞台挨拶の際、偶然にも震度3（宮城県で震度4）の地震が発生。津波注意報が出たことから宮崎は「ポニョがいる」とつぶやいた。キャラクターのモデルは、スタジオ内のスタッフやその子供たちで、その子育てを見ながら制作したので、新しく生まれてくる子供たちに向けた作品にしたという。通常、舞台挨拶などのイベントはメイン劇場とされる劇場での公開初日の初回上映および2便上映のみだが、主題歌が大ヒットしたため、公開初日の初回上映で舞台挨拶を行った日比谷スカラ座で9月15日に「大ヒット御礼主題歌祭り」を行った。
宮崎が劇場公開以前に描いた初期ボードのポニョの姿は本作と異なっており、カエルのような姿をした魚という設定になっていた。人間姿のポニョの髪や衣装も全く異なっている。ポニョが1人で宗介の家までたどり着き、宗介とリサの前に玄関で迎えられるという設定になっているが、本作の場面には描かれていない。その他にもポニョが宗介が描いたポニョの似顔絵を見つけて驚いたり、ポニョが宗介にぶたれて泣いたり（『となりのトトロ』のメイが泣いたシーンとよく似ている）、ポニョが宗介と一緒に海の中を泳いだり、ポニョが人間のままグランマンマーレの「魔法が使えなくなりますよ」という話を聞いて快く頷いている場面が設定されていたが、すべて没となった。
オーストラリア国内で約1800人、ニュージーランド国内で約1400人の従業員を有する企業。ビール、RTD、スピリッツ、ワイン、ウイスキー（ライセンス商品含む）の製造販売を行っている。1840年にニュージーランドで設立されたビール醸造所を母体として発展している。その後1860年よりライオンブランドでのビール製造を開始し、醸造規模を拡大。ニュージーランド国内にあった10の醸造所を統合してニュージーランドビール社を設立した。その後、1988年にニュージーランド最大の食品小売業者であるネイサン社と合併し、現在の社名であるライオンネイサンに社名を変更した。1990年代前半には、隣国オーストラリアのビール醸造所を買収しながらオーストラリア市場への進出を行った。そのため現在ではオーストラリアのビール市場でシェア42％の2位の座を獲得している（2006年3月時点）。また、1991年には本社機能をニュージーランドからオーストラリアのシドニーに移転させている。1998年、不振が続いていた中国でのビール事業建て直しと、醸造所間での品質を統一する技術獲得のため日本のキリンビール（現・キリンホールディングス）の出資を受け入れた。ライオンネイサンはそれまでオーストラリアの醸造所を数多く買収してきたため醸造所間の製品品質のばらつきが大きく、工場間で品質を一定に保ち続ける技術をキリンビールから導入する必要があった。また、当時ライオンネイサンの会長を務めていたマイヤーズ（創業者一族の三代目）が60歳という年齢にも関わらず子供がまだ15歳であり、後継者問題に苦慮していたことも出資受入の要因となった。2008年11月、豪州飲料最大手のコカ・コーラ・アマティル社に対して76億豪ドル（約4880億円）を提示し買収提案を行うが、アマティル社が買収価格に不満を示すなど交渉は難航、2009年2月に提案を撤回した。2009年4月、キリンホールディングスによる全株式取得・完全子会社化で基本合意。5月に株式取得契約を結び、臨時株主総会や裁判所の承認を経て10月21日に株式取得を完了、オーストラリア・ニュージーランド証券取引所への上場は廃止された。そして10月23日、キリングループのオセアニア事業を統括する中間持株会社「ライオンネイサン ナショナルフーズ（Lion Nathan National Foods Pty Ltd）」（旧・キリンホールディングスオーストラリア）傘下の事業会社として再出発した。2011年には直接の親会社であるライオンネイサン ナショナルフーズが「ライオン（LION PTY LTD）」に改称。当社の商号は変更されていないが、商標は「LION」のみが前面に出ている。なお2008年以降、捕鯨問題をめぐる日豪間の衝突により、日本企業（キリンホールディングス）傘下にある当社製品のボイコットが発生している。また同社のライバルビール会社もテレビCMを通じてボイコットを促すメッセージを流しており、キリングループのオセアニア戦略に悪影響を与える可能性がある。