旧国鉄から大量に引き継いだ103系は2009年10月に最後まで残った仙石線を含めすべての運用を終了し、他の旧国鉄型車両を中心とする老朽車両も首都圏では順次E231系、E233系、E531系などを導入して淘汰を進めている一方で、程度の良い車両は他地域の経年車両の置き換えに充てている（209系、211系など）。これは、国鉄時代には車両置き換えに際して東京・大阪の大都市圏を優先し、経年車両の置き換えに際しては比較的程度がよい車両を地方に転用させていて、JR発足後もこの体制を維持しているためである。電車では、1990年代まで普通列車用車両の用途別の区分は通勤形と近郊形に二分されていたが、2000年に営業運用を始めたE231系で初めて通勤形と近郊形の形式上の区別を廃止し、「一般形」に統一している。詳細は「一般形車両 (鉄道)#一般形電車の登場とその後」を参照。同社の都市圏内輸送用の一般形車両は、従来の車両から設計や製作手法を大幅に見直し、製造コストの低減を図った経済車をベースにしたものである。これは時代の趨勢をサービス提供に即座に反映する目的から、車両置き換えサイクルを短く設定するための手法で、1992年（平成4年）の京浜東北線901系（後の209系）を嚆矢とする。この設計指向は同社のみならず一部の関東地区他社局車両にも取り入れられ、E231系やE233系の基本設計などは他社局の複数の車両に採用例があり、車両の製作コストの削減にも寄与している。通勤圏の拡大に伴い、近郊路線においても混雑緩和のためロングシート車を投入し、1列車あたりの収容力向上を図った。この方針は地方路線にも波及し、収容力向上とあわせ車両所要数の適正化を図っている。一方、非電化線区では輸送量が小さいこともあり、気動車ではキハ40系の一部がロングシート化された他は左沢線用のキハ101形と久留里線用のキハE130系100番台のみにとどまっている。ただ、地方路線にまで投入するという極端なロングシート化はさすがに行き過ぎであったこともあってか、2000年代後半以降、地方路線においてはセミクロスシート車主体に再び回帰しつつある（701系→E721系の流れがその一例。209系の房総地区転用に際しても一部をセミクロスシートに改造している）。
JR東日本発足以降に同社の路線で運行されている、もしくはかつて運行されていた愛称付きの列車を挙げる（2019年3月16日改正時点）。種別が変更された列車は変更後のもので記載し、他社の車両による運行のものはその会社名も記載する（廃止列車は廃止時点）。詳細は各列車の記事を参照。
JR東日本管内全域に及ぶダイヤ改正については、JR発足後から1993年までは他のJR各社に合わせて毎年3月にダイヤ改正を行っていたが、1994年は全国的なダイヤ改正がこの年に限り12月に実施され、1993年と1995年から2005年、2010年は12月にダイヤ改正を独自に実施していた（1997年・2003年・2004年は10月に実施）。2006年以降は一部（特に北海道旅客鉄道〈JR北海道〉、四国旅客鉄道〈JR四国〉）を除くJR各社に合わせる形で毎年3月に実施している（2011年を除く）。
青森県（海峡線を除く）、岩手県、宮城県、秋田県、山形県、福島県、茨城県、千葉県、栃木県、群馬県、埼玉県、東京都、神奈川県（御殿場線を除く）、新潟県（大糸線を除く）、山梨県（身延線を除く）、長野県（飯田線、中央本線塩尻駅以西と大糸線南小谷駅以北を除く）、静岡県（東海道本線熱海駅以東と伊東線のみ）の各都県の旧国鉄の在来線と、東北新幹線・上越新幹線・北陸新幹線の新幹線、および山形新幹線・秋田新幹線の通称を持つ新幹線直行特急が運営基盤である。JR東日本が運営している路線を以下に示す。
ケント州アシュフォードで、5人兄弟の3番目として生まれた。アシュフォードの学校に通っていたが、ペストが流行したことから1625年にテンターデンの学校に転校した。1631年、フェルステッドの学校で数学と出会った。ウォリスは数学が気に入ったが、当時の数学は学問としては不十分であり、機械的な計算に重きを置いていた。医者になることを周囲に望まれ、1632年にケンブリッジ大学エマニュエル・カレッジに入学。そこで当時議論の的でもあった血の循環の学説を学んだ。しかし、彼の興味の中心は数学にあった。1637年に学士号、1640年に修士号を取得し、その後聖職に就いた。1643年から1649年、ウェストミンスター会議で議決権のない筆記者を務めた。1644年、ケンブリッジ大学クイーンズ・カレッジのフェローに選ばれたが、1645年3月14日に結婚した後、辞任しなければならなくなった。このころ、フェルステッドの学校との関わりから議会派と親交があった。ウォリスは議会派が王党派の暗号文書を解読するにあたって、多大な技術的支援をしている。当時の暗号の出来は玉石混交だった。フランソワ・ビエトのように暗号研究で成功を収めた数学者はいたが、暗号設計や暗号解読法の理論的基盤はまだ確立していなかった。現代のように鍵を基盤とした体系的なものとは異なり、多くの暗号は場当たり的に作られ、秘密のアルゴリズムを採用していた。ウォリスは鍵を使った暗号がより安全だと気づき、それらを「解読不能」と評したが、そのようなアルゴリズムを奨励するほどの自信はなかった。また、海外勢力の暗号の使用に懸念を持ち、例えば1697年にゴットフリート・ライプニッツにハノーファーからの留学生に暗号理論を教えるよう要請され、それを断っている。1643年 St Gabriel Fenchurch でチャプレンとなっていたが、ロンドンに戻ると後に王立協会設立の母体となる科学者のグループに参加した。1647年、数週間かけてウィリアム・オートレッドの Clavis Mathematicae をマスターし、ついに数学への関心を満足させた。すぐに独自の論文を書き始めた。それは様々な主題を扱い、生涯書き続けることになった。1663年、王立協会フェローに選出された。ウォリスはチャールズ1世の処刑に反対する穏健な長老派に与し、独立派に長く恨まれることになった。独立派の反対にも関わらず、ウォリスは1649年にオックスフォード大学の Savilian Chair of Geometry（数学の教授職）に選任され、1703年10月28日に亡くなるまでその職にあった。数学以外にも、神学、論理学、英文法、哲学についての著作もあり、聾唖者への教育方法の確立にも関与した。なお聾唖者の教育については、ウィリアム・ホルダーが聾唖者に明朗な話し方を教えるという功績を上げており、ホルダーはウォリスが他人の功績を横取りしたとして非難している。