1981年、マサチューセッツ工科大学の Tim Stowell が『Origins of phrase structure』と題した学位論文によって、もっと一般的な原理に基づくXバー理論を導き出そうとした。András Kornai と Geoffrey Pullum によれば、それは画期的な試みながら失敗に終わったという。1990年代半ば、Xバー理論を簡潔化しようという大きな試みが、2つの異なる立場からなされた。1つは、Richard Kayne が提唱した反対称性理論で、文の構造と線型順序（linear order）の間には密接な関係があるという前提でXバー理論を捉える立場である。もう1つは、チョムスキーによる『Bare Phrase Structure』（素句構造）と題された論文で、X’やXPといったラベルを節点（node）から取り払い、その代わりに個々の語彙要素の素性を示すというアプローチである。表示階層と派生を最小限に抑えるという姿勢から、ミニマリスト理論とも呼ばれる（生成文法#ミニマリスト・プログラムも参照）。素句構造では、例えば、上記#名詞句の構造で限定詞句として示されていた「the cat」（a.）は、D’やDPというラベルではなく、その主要部冠詞の「the」（b.）で示す。 a. 　  DP          b.       the        |                   /   \        D'                 the  cat        | \        D  NP        |    \       the    N'              |              N              |             catXバー理論は、原理とパラメータ（principles and parameters、略してP&P）理論の中核を為していた。P&P理論とは、普遍文法（Universal Grammar、略してUG）という理論の裏づけを取ろうとする試みの1つで、人間の子供が言語を習得しようとする過程で、その言語が例えば主要部先導型かどうかというパラメータのスイッチをオン／オフにすることによって他の要素も割り出し、短期間での言語習得を可能にしているという考え方である。しかし、ミニマリスト理論の登場により、Xバー式型はUGの構成要素として疑問視されるようになった。また、少なくともチョムスキーにとっては、Xバー理論はすでに排除されているという見方もある。
1970年代にXバー式型が生成文法に取り入れられるまでは、外心構造という視点も許容されていた。例えば、文は主語名詞句と動詞句（述部）から成っている（S → NP + VP）が、文には主要部が存在しない、すなわち文は外心構造的であるという考え方である。しかし、Xバー理論は、全ての句（文や節も含む）が主要部を持っている、すなわち内心構造的であると主張した。そういう意味では、外心構造を認めない依存文法に近づいたとも言える。ただし、依存文法が文の構造を極力簡素な形で示そうとするのに対し、Xバー式型ではかなり複雑に示すことができるという点が大きく異なる。Xバー式型では、2本以上の枝（指定部と補部、時には付加部も）を持つ構成素（句）を積み重ねることによって、複雑な（”高い”）構文木を構築でき、さまざまな構成素に対応できる。しかし、構文木が複雑になれば、非連続性が発生する可能性も増加し、統語移動の解析（統率束縛理論など）も煩雑になる。
1・2番線と4・5番線の地平式島式ホーム（※1番線は佐世保・肥前山口方からのみ入線可能な切り込み線）2面4線を持つ橋上駅。2つのホーム及び駅窓口・売店・改札口（1ヶ所）は跨線橋で繋がっている。開業時からの初代駅舎が老朽化したことにより橋上式駅舎に改築され、2014年10月に供用開始された。同時に駅の東西両側を結ぶ自由通路が設置されている。運行上の拠点駅で当駅発着の列車も多いこともあり、切り込み線の1番線が佐世保線専用、2番線を佐世保線上り普通列車が使用しないことを除けば、普通・快速列車はどのホームも区別なく用いられている。特急列車は「みどり」「ハウステンボス」の分割・併合が2番線に固定されているため2番線に発着する列車が多い。また一般に切り込み線は短いことが多いが、当駅の1番線はかつて本州に直通する優等列車が停車していた名残で、現在当駅を経由する列車では最長である8両編成の「みどり」など長編成にも対応したものとなっている（ただし2018年3月17日のダイヤ改正で、1番線を使用する「みどり」は設定がなくなった）。3番線はホームのない渡り線で、機関車牽引列車がスイッチバックを行う際はここで機関車の付け替えを行うが、2000年3月11日に「あかつき」の佐世保駅発着列車が廃止されて以降、当駅に乗り入れる機関車牽引の定期列車はない。そのため車両の留置に使用されることが多く、日中では右写真のように主にハウステンボス用の783系が留置されていることが多い。なお、「ななつ星in九州」（1泊2日コース）が2015年3月15日ダイヤ改正より有田駅で一部の乗客を降ろしてから佐世保駅まで乗り入れるようになったが、当駅では列車は4番線に停車し、機関車の機回しは5番線を用いて行っている。かつては2面のホームを0・1番線、3・4番線（0番線が切り込み線）、渡り線を2番線としていたが、2013年3月16日のダイヤ改正時に各番線に1ずつ加え、現在の呼称となった。直営駅で、みどりの窓口・自動券売機が設置されている。自動改札機は設置されていない。エレベーターについては跨線橋の改築に併せて2012年10月に設置された。開業時から1984年まで早岐機関区・早岐客貨車区が設置されており、機関区で使用された煉瓦造りの給水塔や転車台が残されている。現在は機関区及び客貨車区の跡地を活用した佐世保鉄道事業部（旧早岐運転区）が併設され、広いヤードをもつ。夜から早朝にかけて構内に滞泊する車両が多く、当駅 - 佐世保間には回送列車の設定がある。2007年11月28日より自動放送が導入された。