欧米では根を薬用としてハーブ（バードックと呼ばれている）として用いられている。また、ゴボウは生薬・漢方薬に用いられ、利尿、発汗、血液浄化、皮膚疾患（ニキビ、湿疹、乾癬）の薬の材料としても使われている。日本には薬草として中国から伝来。薬草としては発汗利尿作用のある牛旁根（ごぼうこん、英: Burdock Root）のほか、浮腫、咽頭痛、解毒に用いる種子（悪実（あくじつ）、または牛旁子（ごぼうし））を用いる。日本では乳腺炎に種をそのまま食べるか、煎じる使用法も有効として民間に口伝で知られる。繊維質が多く、便秘予防に効果があるとされる。大腸がん・直腸がん予防に効果があるとするむきもあるが、これは正確ではなく、現在のところでは試験管レベルの実験で酸素状態の悪い成長した大腸がんの細胞に対して選択的に倍加した毒性を発揮する性質があるとされている。ゴボウの根の部分を野菜として利用するのは日本と朝鮮半島だけの特徴であり、先述のように葉の部分を野菜として、根や種の部分を漢方薬として使用されることが多い。
日本では根を食用としてきんぴらや天ぷらのかき揚げなどに使われるほか煮物に用い、近年では細切りにした根を湯がいてサラダにもする。旬は初冬で、新ゴボウは初夏となる。柳川鍋には欠かせない食材とされる。根は、日本の他、日本が統治していた朝鮮半島、台湾、中国東北部の一部以外では食材としない。太平洋戦争中に英米人捕虜がゴボウを「木の根」だと思い、木の根を食べることを強要し虐待されたとして、戦後、日本人将兵が戦犯として裁かれたこともあった（下記）。ゴボウにはポリフェノールであるクロロゲン酸が豊富に含まれている。クロロゲン酸は、ゴボウを水にさらしたときに出てくる茶褐色の成分であり、コーヒーにも含まれ、抗酸化作用がある。ゴボウを長く水にさらすとクロロゲン酸が失われてしまうので、「皮はむかない」「水にさらさず、すぐ調理する」「大きめにゴロンと切る」ことがゴボウ調理の三大新常識となっている。ゴボウは、食物繊維、特に水溶性食物繊維が豊富であり、イヌリンが水溶性食物繊維の主体を成している。また長期冷蔵すると、このイヌリンが分解され糖化することで甘味が出るという。なお、アザミの根もヤマゴボウ、キクゴボウ、菊ごぼうという名前で食されることがある。
天保4年（1833年）5月9日、紀州藩家老・三浦為章の四男として生まれる。幼名は正之助。天保12年（1841年）3月、名を為質（ためもと）と改め、父の死去により同年4月7日に家督と知行1万5,000石を相続したが、まだ9歳という若年であったため家老の矢部某が傅役を務めた。弘化3年（1846年）7月26日に和歌山城の天守曲輪が落雷で焼失すると、翌27日まで混乱する城下町の警衛の任に当たった。弘化5年（1848年）5月1日、藩主・徳川斉彊に初めて拝謁し、同年5月27日には斉彊を烏帽子親として和歌山城で元服の儀が行われた。嘉永5年（1852年）9月には江戸に出府し、同年10月15日に江戸城で第12代将軍・徳川家慶と将軍世子・徳川家定に拝謁。同年12月16日に長門守に叙任した後、12月26日に江戸を発ち、翌嘉永6年（1853年）1月22日に和歌山に帰国。同年5月には備中足守藩主・木下利恭の妹（先代藩主・木下利愛の娘）と婚姻。嘉永7年（1854年）に異国船が測量のため和歌山近海に出没すると、雑賀崎など沿岸部の警衛を務めた。文久2年（1862年）12月に江戸に出府し、翌文久3年（1863年）2月16日に江戸城で紀州帰国の命を拝する。同年3月1日に江戸を出発するが、帰国途中に京都で7日間滞在。京都滞在中は中川宮に拝謁したり、近衛家や鷹司家を訪問したりした後、藩主・徳川茂承に従って参内している。同年3月25日に和歌山に帰国。明治元年（1868年）に律令制の廃止とともに長門守などの国司も廃止されたため、以後は権五郎（ごんごろう）を名乗る。明治2年（1869年）10月16日に和歌山藩権大参事に任官したが、翌明治3年（1870年）8月に病を理由に辞任した。明治7年（1874年）10月に権五郎は旧和歌山藩士の中心となって藩祖・徳川頼宣を祀る神社の創建運動を始め、同年11月に南龍神社の創建が許可されると、明治9年（1876年）1月15日には南龍神社の社司となった。明治10年（1877年）には第四十三国立銀行（現在の紀陽銀行）設立の発起人となり、翌明治11年（1878年）に開業。初代頭取は養子の三七が務めた。明治17年（1884年）11月28日、教部省の権中講義に任官。明治30年（1897年）には旧藩士によって設立された徳義社の議長となる。明治33年（1900年）5月9日に特旨を以て華族に列し、男爵に叙される。明治36年（1903年）11月17日、死去。家督は離籍した三七の長男・英太郎が相続した。