ミケランジェロの第4のピエタ、彼が生前最後に手がけたこの大理石彫刻は、1952年にミラノのスフォルツァ城博物館に収蔵されるまでローマのロンダニーニ邸の中庭に置かれていたことから、『ロンダニーニのピエタ』と呼ばれる。『ロンダニーニのピエタ』に最初に取り組み始めたのは、『フィレンツェのピエタ』とほぼ同時期であったらしいが、ミケランジェロは一度作業を中断して晩年（1559年頃）に至ってから再開し、晩年の素描や自分の墓に飾るつもりであった『フィレンツェのピエタ』と同様、みずからの死の予感や宗教的霊感を強く抱きながら制作に取り組んだ。腰が曲って頭を上げることすらままならず、さらには視力を失いながらも手探りで鑿を振るい、病に倒れる前日まで制作を続けたと伝えられている。
聖母の手は力強くイエスの遺骸を支えるために太く表現されており、もはや『サン・ピエトロのピエタ』に見られた古典的な優美さはない。本作とほぼ同時期に構想を抱いた次作『ロンダニーニのピエタ』と同様、典型的なルネサンス様式からの離脱は明らかである。
他のピエタと異なり、なかば浮き彫りのような形で表現されているのが大きな特色である。『フィレンツェのピエタ』において構成を乱していたマグダラのマリアに該当する4番目の人物を取り除き、統一感を取り戻している。ニコデモがいた位置には再び聖母マリアが、聖母マリアがいた位置にはマグダラのマリアが据えられた。
この作品がフィレンツェのアカデミア美術館へ収蔵されるようになったのは1939年のことであり、それまでの数世紀のあいだはパレストリーナのサンタ・ロザリア聖堂内に放置されたままとなっていたため『パレストリーナのピエタ』と呼ばれる。1756年にパレストリーナの歴史学者チェコーニがこの作品を「ブオナローティの未完成作品」と著書に記していることや、この作品のためのデッサン（これらが描かれたのが1550年代半ばであるため、本作の制作時期も同じ頃と推定されている）がブオナローティ資料館に残されていることなどから真作とみなしうるが、長らく存在が知られないまま放置されていたことなどから贋作であることを疑う学者も多い。
右に見える聖母マリアはほとんど粗彫りしかされていない状態でいかにも未完成品だが、左のマグダラのマリアはほぼ仕上がっている。他の3人が切り分けられないままの状態であるがゆえに却って苦痛や恐怖を共有するかのような一体感をもつのに対し、1人だけ分離されたマグダラのマリアが「浮いて」しまっていることや、他の3人よりもサイズが小さすぎることなどから、マグダラのマリアだけ仕上がっているのは腕を修復したカルカーニの手が入っているためではないかとも推測されている。頭巾の下のニコデモの顔はミケランジェロ自身をモデルにしたものだという定説は、やはりヴァザーリの証言による。この人物をニコデモではなく、ニコデモとともにイエスの遺体を引き取りに行ったアリマタヤのヨセフだと解釈する研究者もあるが、頭巾とマントを身につけているのが『ヨハネによる福音書』（3:1 - 21）における「ニコデモが夜ひそかにイエスのもとを訪ねて行った」という記述に対応させたものと考えるのが自然であるため、この見解を支持する研究者は少ない。
沖原 美砂（おきはら みさ）は海と魚を愛する少女であり、自然科学部の唯一の部員である。父親は汐凪市にあるマリンピアしおなぎという水族館の館長であったが、同水族館は物語開始時点では閉鎖してしまっている。涼介と美砂の交流は、涼介が閉鎖したマリンピアしおなぎを訪れたことをきっかけとして始まる。後に涼介は学園で美砂と再会し、美砂が所属する自然科学部を行事運営委員として手助けすることになる。自然科学部は天文部と合同で七夕祭りにて「星空の水族館」を展示することが決まる。涼介達は広い展示場所を求めて旧館の使用を申請するも難色を示される。これは、マリンピアしおなぎの閉鎖により水族館自体が人気がないと思われていたためである。涼介は調査を行い、同水族館に人気があったことや閉鎖した真の理由を示す。涼介の説明により、自然科学部は旧館の使用を許可される。涼介達は企画実現に向けて水槽の準備と魚の採集を始める。涼介と美砂は採集のために訪れた無人島で相思相愛であることを知り、二人は付き合い始める。準備の過程では、停電を原因とした水槽の水温上昇と酸素不足、水槽の濁りといったトラブルが発生するが、涼介と美砂の対処により解決する。また、涼介は併設展示用にマリンピアしおなぎの建築模型を作成する。七夕祭り当日、多数の人が水族館を訪れる。美砂は来訪していた市議会議員にマリンピアしおなぎの再開にかける思いを伝える。議員は市民の要望が大きくなれば同水族館が再開する可能性もあると指摘し、地道な啓蒙活動を続けることを勧める。七夕祭り後、二人で打ち上げ花火を見ながらずっと一緒にいることを誓う場面でスクール編は幕を閉じる。アフター編は涼介と美砂の出会いから8年が経過した時点から始まる。涼介は我妻建築事務所に勤務し、美砂は大学でジュニア・フェローを務めていた。美砂は大学での研究の傍ら、月に一回は子供向けに「海のいきもの教室」を開催していた。美砂のこの教室は人気があり、地方紙に掲載されたり、市議会で取り上げられたりしていた。こうした啓蒙活動が実を結び、マリンピアしおなぎの再開が決まる。同水族館は指定管理者制度により運営されることになる。再開にあたって、我妻建築事務所が改装を担当する。美砂は大学の職を辞し、マリンピアしおなぎの学芸員となる。美砂は新しい企画として涼介と共にクラゲの展示を考え、見事に企画が採用される。開館準備が一段落した頃、涼介は美砂へプロポーズし、美砂はそれを受け入れる。後日、マリンピアしおなぎで二人が結婚式を挙げる場面でアフター編は幕を閉じる。