これ以後、ヤンキースは低迷期に入った。1964年シーズン終了後、CBSが、ダン・トッピングとデル・ウェッブから1120万ドルでヤンキースを買収した。しかし、CBSがオーナーとなった1965年以降、ヤンキースは冬の時代を迎えた。ミッキー・マントルもロジャー・マリスも力が落ち、ジャッキー・ロビンソン以降各球団が黒人に門戸を開いていたが、この間もヤンキースは黒人の採用をためらっていたことも災いして1966年にはリーグ最下位にまで転落するなどヤンキースは大きく弱体化し、下位に甘んじることになってしまった。マリスは1967年にカージナルスに移籍し、1969年春のキャンプ地でミッキー・マントルは満身創痍で現役引退を表明し、ヤンキースの凋落は1965年から1975年までの11年間にBクラスが8回になるほどに続いた。
そのステンゲル監督も、1960年のパイレーツとのワールドシリーズで最終戦の最終回にビル・マゼロスキーに本塁打を打たれてサヨナラ負けを喫すると、この場面でエースのホワイティ・フォードを起用しなかったことに批判が集中し、その責任を取り辞任した。この1960年で特筆すべきことはアスレチックスからトレードで獲得したロジャー・マリス外野手である。この年に本塁打39本でリーグMVPに輝いたマリスは、ヤンキースの至宝ともいわれたマントルとともにMM砲と呼ばれ、翌年1961年にはマリスは本塁打61本でベーブ・ルースのシーズン記録を破り、マントルも54本打って、シーズン終盤まで熾烈なホームラン争いをして、かつこの年の投手陣もホワイティ・フォードが25勝を挙げてサイ・ヤング賞を受賞し、ワールドシリーズでも前年からの無失点記録を32イニングに伸ばしてシリーズ記録を達成するなど、リーグ優勝とワールドシリーズ優勝を達成し圧倒的なヤンキースの強さを示した。しかしこのMM砲に代表される黄金時代は長くは続かなかった。翌1962年もリーグ優勝とワールドシリーズ優勝を果たしたが、マリスもマントルも1961年の時の成績を残すことは無かった。1963年にはリーグ優勝したが、ワールドシリーズではロサンゼルス・ドジャーズに4連敗で完敗し、ハルク監督は解任されて、翌1964年に捕手のヨギ・ベラを監督に就任させた。ベラ監督は1964年もリーグ優勝したが、ワールドシリーズではセントルイス・カージナルスと3勝3敗の第7戦に持ち込んだが敗れ、ベラ監督はわずか1年で解任されて、後任にはこの時ワールドシリーズで優勝したライバルのカージナルス監督ジョニー・キーンが就任した。結局この時代はリーグでは4連覇したが、ワールドシリーズでは2回優勝に終わった。トッピングとウェッブは20年間に渡り球団のオーナーを務めたが、ワールドシリーズ出場を逸したのはたった5度であり、同シリーズでは10勝5敗の成績を残している。
ヤンキースは、1947年にマッカーシーの後任にバッキー・ハリスを選び、戦後初のリーグ優勝とワールドシリーズを制覇したが、翌年3位に転落するとわずか2年でハリスを解任して、それまでドジャースとブレーブスで9年間監督を務め一度も勝ち越したシーズンが無いケーシー・ステンゲルを後任に据えた。その最初のシーズンの1949年は主砲ディマジオの右足故障で開幕から長期欠場で大幅戦力ダウンを余儀なくされたが、しかしこのケーシー・ステンゲル監督の下で、マッカーシー時代のチームを凌駕する成績を収めることになった。ステンゲル監督は、就任直後の5年間1949年から1953年にかけて強力打線で空前絶後のワールドシリーズ5連覇を達成し、以降1960年までの通算12年間でリーグ優勝10回、ワールドシリーズ優勝7回の成績であった。主力選手は、捕手のヨギ・ベラ、外野手のミッキー・マントル、投手のホワイティ・フォードであったが、マッカーシー時代の有名選手を取り揃えたチームとは異なって、1950年代のヤンキースの成功はステンゲル監督の十人並みの選手の能力を最大限に引き出す巧みな選手起用法に負うところが大きかった。
1800年前後の寛政の時代に、大村藩領のキリシタンが五島藩の依頼により五島列島へ移住していった中で、平戸藩領だった野崎島の野首地区に移住した２家族７人がおり、この地の信仰のはじまりとなったと言われている。明治時代になっても政府が徳川幕府の禁教令を踏襲したため、野崎島の信者たちは1868年に島根県隠岐島沖の竹島を目指すが失敗する。翌年には平戸に連行され弾圧を受けるが、平戸監獄服役中に信仰の自由が認められて野崎島へ戻っている。それまでにも木造教会を使用していたが、野首地区に住む17世帯の信者たちが費用を工面し、1907年（明治40年）に本格的な教会建築に乗り出し、翌1908年（明治41年）に野首教会が完成する。その年の10月25日に献堂式が行われた。設計・施工にあたったのは、五島をはじめ長崎県やその周辺で多くの教会建築を手がけた鉄川与助で、野首教会は彼が初めて手がけた煉瓦造りの聖堂だった。野崎島の島民は最盛期には約650人であったが、高度経済成長期になると島民が減少し、1971年（昭和46年）に残っていた野首地区のカトリック信徒6世帯31人が島を去り、教会は無人となった。その後、教会は荒れ果てていたが、1989年（平成元年）に長崎県指定有形文化財に指定され、小値賀町によって修復された。なを、野崎島には野首地区のほかにもうひとつキリシタンの集落が、森を挟んで４キロ南の舟森（瀬戸脇）にも存在した。こちらにも瀬戸脇教会があったが、1966年（昭和41年）に、最後まで残っていた住民45人が一斉に移住したため、教会は解体された。野崎島には1990年代まではわずかに住民が残っていたが、2001年以降無人島となっている。なお、教会は野首地区の廃校を利用した特定非営利活動法人おぢかアイランドツーリズム協会の野崎島自然学塾村が管理を委託されており、野崎島への渡島に際しては同協会への事前連絡が必要で、その際に教会参観の申し込みをしておけば当日施錠を解いておいてくれる。