作り手不在のまま過去発表済みの原稿を寄せ集めた『危ない1号』第4巻「特集／青山正明全仕事」（副題：少女買春から常温核融合まで）をもって同誌は1999年に完結、廃刊となった。第4巻の内容は青山正明が1982年から1996年まで「何を書いても構わない」という方針でエロ本各誌に長期連載していたコラム「Flesh Paper」（肉新聞）から自選した記事（約200ページ）を年代順に並べたものが中心で、これが青山の実質的な2冊目の単行本となっている。また、これに精神世界や大脳生理学関係のブックガイド、処女単行本『危ない薬』（1992年刊）以降の最新ドラッグ事情、ロック／ポップ／プログレッシブ・ロック／エスノ／トラッド／ワールドミュージック／テクノ／アンビエントまで青山のマニアックな音楽遍歴を総ざらいした推薦音源360タイトル「音キチのあなたに捧ぐ…音源360選」といった書き下ろし記事が約30ページほど収録されており、この一冊において大体の仕事や文章の特徴が分かる。青山は本書のあとがきで「この本を過去の自分に捧げるとともに、無へと葬り去り（“危ない”ことはもう飽きちゃったんで、『危ない28号』にお任せてことネ）、今後は、小説、思想書、ワークショップ他、全身全霊を投じて精神世界の開拓・普及に邁進することを誓って、終わりの言葉としたいと思います」と宣言し、過去の仕事との訣別と、新たなステップへと進む決意を述べていたが、結果的にこの本が青山の集大成にして遺作となってしまった。
順風満帆に見えた『危ない1号』であったが、1997年頃から青山は鬱と薬物乱用が原因で実家に引きこもるようになり、第3巻「特集／快感」の企画段階で降板。東京公司もデータハウスに吸収される形で消滅する。その後、副編集長の吉永嘉明が代わりに第3巻の編集長を務めたが、精神的疲弊などを理由に吉永も第3巻を最後に降板する。吉永は『危ない1号』の編集を降りた理由の一つとして「作り手より読者のほうが過激になっていった」と述べており、本物の薬物依存者や精神疾患を抱えた読者を獲得したことに困惑していたという。青山も「あれはシャレなのにマジに鬼畜と言われてしまう」と葛藤を抱えていたとされ、吉永は愛読者の中に神戸連続児童殺傷事件を起こした酒鬼薔薇聖斗が居たことを著書『自殺されちゃった僕』の中で明かしている。
1996年4月、第2巻「特集／キ印良品」が刊行される（当初予定されていたタイトルは『危ない2号』だった）。この号では「鬼畜系カルチャー入門講座」と称して、殺人／死体から変態・ボディアート・フリークス・コミックス・読書・デジタルネットワーク・盗聴、奴隷男飼育法、東京殺人現場巡礼マップ、山野一インタビュー、強姦チームリポート、村崎百郎の勝手にゴミュニケーション、痴呆性老人看護日記まで多様なジャンルの危ないコンテンツを横断的網羅的に紹介しており、初心者向けの鬼畜系ガイドブックといえる内容に仕上がっている。これについて青山正明は雑誌『SPA!』のインタビューで「『危ない1号』って最初は“全国のゲス野郎に捧ぐ”みたいな触れ込みで創刊したんだけど、2巻目を作る際、“鬼畜カルチャー入門”みたいなキャッチをつけたらどうかって、村崎に言われたんだよね。だから、そういう刺激的なフレーズがひとり歩きし出したという感じかなぁ。そういう鬼畜の言い出しっぺは村崎だから」と語っており、村崎百郎の最終目標である「この世の腐敗に加速をかけるべく／すかしきった日本の文化を下品のどん底に叩き堕とす」ことを標榜したようなゲスい誌面となった。同年には岡田斗司夫が東京大学教養学部で行っていた講義「おたく文化論」に青山正明と村崎百郎がゲスト出演。青山はドラッグをテーマにした講義を担当し、村崎はゴミ漁りに関する講義を行った（村崎いわく「極めて特殊な分野の専門的な話」をしたとのこと）。岡田による一連の講義は後に『東大オタク学講座』（講談社）として1997年に書籍化されているが、青山は薬物使用による執行猶予中だったこともあり、トラブル回避のためか青山の回は収録されず、代わりに村崎の講義「第九講 ゴミ漁り想像力補完計画」が掲載されている。
1996年1月10日、新宿ロフトプラスワンで『危ない1号』関係者総決起集会「鬼畜ナイト」兼「東京公司新年会」兼「青山正明を励ます会」が村崎百郎の主催で開催され、保釈されたばかりの青山が一日店長を務めた。イベントには青山を中心に村崎百郎、吉永嘉明、柳下毅一郎、根本敬、佐川一政、夏原武、釣崎清隆、宇川直宏、石丸元章、クーロン黒沢といった鬼畜系文化人が多数参加した伝説的なトークセッションとなった。このイベントの模様は同年8月に『鬼畜ナイト 新宿でいちばんイヤ～な夜』の題でデータハウスより書籍化され、7万部を売り上げるヒットを記録した。
企画の発案から、当初の構想を経て実際の開発へ至るまでに、構想段階で立ち消えてしまった要素も少なくない。当初は野球をテーマにする予定であり、プロムが見せ場になる予定だったという。また、惨劇については当初から構想されていたものの、人物については世界や言葉はヒロインですらなかった。主人公は眼鏡を掛けた知性的な男子生徒、世界は眼鏡を掛けた教育実習生で主人公のクラスを研修に訪れるプロポーション抜群の女性、言葉はヒロイン・黒田未来と対を成すもう1人のヒロイン・桂真白の妹で貧乳を気にする活発な少女とそれぞれ設定されていた。その後、2003年に発表された誌面記事では、世界も言葉もヒロインと設定されて製品版へ近付いていたものの、声優については世界を桜田えり、言葉を上野みつきがそれぞれ演じる上、主題歌「鏡の中のLiar」も彼女達によるユニット・unity（ユニティ）が担当すると報じられており、発表されたデモムービーでも実際に彼女達が演じていたが、2004年にunityが活動を休止したため、製品版の仕様へ改められた。また、当時は小渕みなみ役の声優の栗林みな実をちよれんが支援していたこともあって、ごく少数ながらみなみのテレホンカードが制作・発売された。2004年冬のコミックマーケット67のアージュ企業ブースでは、このテレホンカードを購入者の先着50人へ栗林みな実から手渡す配布イベントも行われている。発売延期を経て発売の目処が付いた2005年には、日本全国で体験版の配布イベントが行われたが、その際には加藤乙女役の声優を神村ひなから松永雪希へ変更することも発表された。これは、神村ひなが体験版の音声収録後に交通事故に遭って入院し、一時休業に入ったことによるもの。なお、本作の『School Days』（学生時代）というシンプルな題名は、「わかりやすくオーソドックスな三角関係の物語にしたい」という意向に従ったものである。背景美術には獏プロダクションが参加しており、一部の素材は同社の公式サイトで公開されている。