セバスティアンの死後、枢機卿ドン・エンリケ（エンリケ1世）が王位に就き、モロッコに莫大な身代金を支払って捕虜を取り戻した。ドン・エンリケの即位当時ジョアン3世の子孫は全て没しており、マヌエル1世の孫にあたるブラガンサ公ジョアンの妻カタリーナ、クラトの修道院長ドン・アントニオ、スペイン王フェリペ2世らが後継者候補に挙がっていた。また、カタリーナの姉妹マリアはパルマ公アレッサンドロ・ファルネーゼと結婚し、息子のラヌッチョを産んだ後に没していたが、ラヌッチョは年少であり、アレッサンドロはネーデルラント総督としてフェリペ2世に属していた。後継者を決めかねたエンリケ1世は1579年から1580年の間にコルテスを招集するが、結論は出なかった。1580年1月11日にアルメリンで開催されたコルテスでは、リスボン市民の代表者であるフエボ・モンスが外国人の王の即位の反対と独立の維持を訴え、フェリペ2世の働きかけを受けた党派が議会の多数を占めることはできなかった。エンリケ1世はリスボン大司教と4人の貴族で構成される臨時摂政を任命し、1580年1月に後継者を指名しないまま没する。ポルトガル国民の大部分はドン・アントニオを支持し、彼をスペイン王フェリペ2世に対抗できる唯一の人物と見なしていた。だが、経済的に困窮するポルトガルの貴族と聖職者はフェリペ2世に懐柔され、イベリア半島の統一による財政制度の強化を望む大ブルジョアジーはフェリペ2世を支持し、ブラガンサ公もスペインに屈服する。1580年6月にアルバ公フェルナンドが指揮するスペイン陸軍とスペイン艦隊がポルトガルに進攻し、アントニオはリスボン、サンタレン、セトゥバルなどの都市でポルトガル国王への即位を宣言した。8月25日にアルカンタラの戦いで勝利を収めたフェルナンドはリスボンに入城し、1580年内にアソーレス（アゾレス）諸島を除くポルトガルがフェリペ2世の支配下に入る。1581年4月にトマールで開催されたコルテスでフェリペ2世はポルトガル王への即位承認され、事実上ポルトガルはスペインに併合される。1583年にはアソーレス諸島もスペインの占領下に入り、フランスに亡命していたアントニオはフランスとイングランドにスペイン領となったポルトガルへの攻撃を依頼した。アルマダの海戦でスペイン艦隊に勝利を収めたイングランド艦隊はリスボンを攻撃するが、戦果を挙げることはできず、またフェリペ2世はポルトガルに寛大な統治を敷いていたために民衆の蜂起も起こらず、1595年にアントニオが没するとフェリペ2世はポルトガル国王として公認される。1640年までハプスブルク家出身の人物がポルトガル王とスペイン王を兼位する状態が続き、イベリア半島に同君連合（イベリア連合）が成立した。17世紀前半のポルトガルではスペインからの独立を望む民衆の声が強くなり、モロッコで生き延びていたセバスティアン1世がスペインに戻って王位を回復するセバスティアニズモの気運が高まる。1640年12月にポルトガルの貴族は反乱を起こし、彼らに擁立されたブラガンサ公妃カタリーナの孫ドン・ジョアンが王位に就き、ブラガンサ王朝を創始した。
ベックムは、1134年に初めて文献に記録されており (parrochia Bikeheim)、1224年に「都市」として記述されている。地名は Beckem（Bachheim あるいは Heim an Bächen、すなわち「小川沿いの家」）に由来する。これは市内で3つの小川が合流することにちなんでいる。3つの小川、コレンバッハ川、ジーヒェンバッハ川、リップバッハ川は市の紋章にも描かれている。これらの小川は川辺の草地を造りだし、ベックムの礎となった。中世には、敵対する軍隊や他の街からの奇襲を防ぐため、壁で街が取り囲まれた。市周辺の農業に利用されていた耕作地も2重、3重の壁の内側に取り込まれた。防衛施設には、4つの市門、22の監視塔があり、この市壁の防衛塔のうちの1つと、いわゆるゾースト監視所が現存している。後者は現在、展望塔として使われている。ヘクスベルク山上に位置することから周辺の広い展望が得られる。市内にはいくつかの地下壕があり、見学用に時々公開されている。ベックム地域の最も古いヒトの定住は新石器時代からなされている。市の南部ダルマー地区に残るガレリー墓（巨石墓、地元では「ヒューネン墓」＝「巨人の墓」と呼ばれる）はその頃のものである。中世初期には、ベックム周辺にゲルマン人部族が住んでいた。600年から800年頃の数多くの副葬品やベックムの南にある土塁跡がこれを証明している。1959年の建設工事の際に、ザクセン人貴族の墓が発見された。ここには、馬の骨や贅沢な武具などの豊かな副葬品が見つかった。中世後期には、ベックムはハンザ同盟に加盟した。この貿易関係についての最初の記録は1433年のものである。言い伝えによれば、シルトビュルガーの郷里であるシルダ市はベックム市と同一であるとされている。2つの交易路が交差する戦略的に有利な場所に位置することから、ベックムは中世にはすでに裕福な都市となっていた。多くの商人や職人が市壁の中に定住した。17世紀から1942年までベックムに永続的なユダヤ人社会があったことが証明されている。その後この街は戦争、疫病、大火災（1655年、1657年、1734年）によって大部分が損傷し、衰退していった。19世紀末になって、やっと、経済が次第に上向いた。1872年にベックムで最初のセメント工場が建設され、数多くの会社がこれに続いた。良質な原料（泥灰岩）が産出すること、ルール地方に近いこと、1847年にケルン＝ミンデン鉄道会社の新たな幹線によって結ばれたことにより、ベックムは世界的に最も重要なセメント供給者の1つに数えられるようになった。現在もベックには2つの大きなセメント工場がある（セメックスヴェストセメント GmbH とフェニックス・セメント工場クロークボイムカー GmbH & Co. KG）。19世紀末からはこのほかに、ストロンチウム鉱石の採掘が経済分野に加わった。当時ミュンスターラントは世界唯一のストロンチウム鉱産出地と見なされていた。この鉱物は、製糖業者にとって糖蜜を精糖するための触媒として不可欠なものであった。しかし、ストロンチウム鉱の需要は数年しか続かなかった。安価な天青石がその代わりに用いられるようになり多くの小さな坑は操業を停止した。ベックム市は第二次世界大戦中、爆撃による大規模な破壊を免れた。1945年4月1日、侵攻してきたアメリカ軍に対し、本市の司令官ルドルフ・ドゥンカーは戦うことなく降伏した。1816年から1974年までの間、ベックムは郡庁所在地（ベックム郡）であった。しかしヴァーレンドルフ新設に伴いその地位を失った。