「平和に対する罪（侵略戦争）」、「人道に対する罪」は国際条約などで完全に成立したわけではなく、法の不遡及、罪刑法定主義の立場をとる欧州大陸法的な立場からは「法廷による法の創造」が行われた「事後法」による裁判との批判が当時から現在まで根強くある。裁判の弁護人を務めたヤールライスは、裁判について、道徳や人類の進歩の名に於いて要求されているべき法の問題ではなく、現行法の問題と扱うべきであるとして批判し、さらに、ニュルンベルク裁判規約についても、原則的に新しいものを設定することとなり、革命的であるとの見解を表明した。。この批判は戦時中から存在したが、刑法学者シェルドン・グリュックは「侵略戦争の遂行は不法である」「国家の名において犯された犯罪行為で政府構成員の個人の罪を認めることは何等遡及的ではない」と反論している。しかしグリュックも侵略戦争の罪に疑義が呈されることは認識しており、より疑義の少ない「通常の戦争犯罪」だけでなく、侵略戦争の罪を加えて複雑化したのはなぜかという疑問を呈している。裁判直後、バイエルン州首相でもあった法律家ハンス・エーハルトは、1939年の段階で侵略戦争の罪で裁くことは不法であるとしながらも、これらの観点が導入されたのは政治的な配慮によるものであるとし、将来の戦争抑止という意味で一般的な正義の感覚を代弁しているとしたうえで、「これほどまでのおぞましい犯罪者集団を罰するのに、既存の法概念では明らかに不充分と思われたからだ」としている。首席検察官ロバート・ジャクソンはこのエーハルトの意見について同意できない点があるとしながらも、「これまでに出たおなじみの批判にくらべると、ずっと有益な議論を示していると思う」としている。
首席検察官となったロバート・ジャクソンは、検察官の任務を二つの段階にわけた。第一段階は「ナチス（国家社会主義ドイツ労働者党）、ゲシュタポ、その他の組織が一味となった全般的共同謀議を立証すること」であるとし、第二段階を共同謀議の一員である被告を特定することであるとした。この認識に基づいたロンドン憲章により、以下の6つの「犯罪組織（犯罪集団）」が訴追対象となった。すなわち、ナチ党指導部、内閣、親衛隊(SS)、突撃隊（SA)、「ゲシュタポおよびSD（親衛隊保安部）」、さらには「参謀本部および国防軍最高司令部（軍指導部）」であった。裁判にはアーネスト・ヘミングウェイ、エーリカ・マンと言った内外の著名人がレポーターとして傍聴に訪れ、国際的な関心も極めて高かった。1946年9月30日の判決では、帝国内閣と軍指導部、そして突撃隊は有罪とされなかった。この認定は1945年12月10日に連合国管理理事会によって発令されていた管理理事会法律第10号によって、「犯罪組織」の構成員を対象に、各占領軍政府が訴追を行える根拠となった。ただしこの判決では、その組織が犯罪的組織であると認識していなかった者、国家による強制によって構成員となった者については戦犯から除外する規定があった。死刑は1946年10月16日に絞首刑によって執行され、禁固者は1947年、ベルリン郊外のシュパンダウ刑務所へ移送された。ニュルンベルク裁判の後、この裁判の被告に次ぐ立場にある戦争犯罪人、そして「犯罪組織」の構成員に対する二種類の国際裁判が計画されていた。フランスとソ連はこの裁判開催を望んでいたが、アメリカは消極的であり、裁判の終結まで開催決定は先送りされ、結局開催されなかった。ロバート・ジャクソンは4カ国語の通訳は手間がかかり、経費がかさむと理由を挙げているが、実際には連合国間による摩擦を嫌ったアメリカが、単独での裁判を望んだためと見られている。その後、ドイツ国内の各国占領地域でそれぞれ個別の非ナチ化裁判が行われ、ニュルンベルク裁判で無罪となった3人もそれぞれ別の有罪判決を受けた。またニュルンベルクを占領していたアメリカ軍が、ニュルンベルクにおいて行った裁判群は特に「ニュルンベルク継続裁判」と呼ばれる。
この新制は単なる過差禁止令のように行事や祭祀の際の一時的な規定とは異なり、期限の定めのない法規として機能していた。その一方で、実際に取締りにあたる役人（検非違使・弾正台など）の間でも必ずしも徹底されていたわけではなかった。『権記』には長保元年令公布の翌長保2年5月8日条の出来事として検非違使別当である藤原公任が藤原行成（『権記』筆者）に対して、前日に新制による取締が緩んでいることに対して一条天皇から菅原孝標（蔵人）を通じて検非違使の職務怠慢であると注意を受けたことについて語っており、これを受けて検非違使庁は特に問題視された5・7・9の3ヶ条について一部修正を加えた上で新たな法文として公任から一条天皇に提出し、これを元に再度公布を行った（『権記』同年5月14日条）。更に長保3年11月18日の再度の内裏火災を受けて、25日に7・9の部分を更に厳格に規定した新制5ヶ条を決定して閏12月8日に公布された。更に長保4年10月9日には2・4に関連して神社及び国分寺・国分尼寺・定額寺の修理に関する太政官符が出されている。かくして長保元年令は同2年・3年・4年と3年間に3度にわたる規定の強化と再施行を経て長期にわたって効力を有し、長元3年（1030年）にも長保年間の一連の新制を再確認する過差を禁じる禁制が出されている。それまでの新制は、従来から行われてきた法令の性格を残した「新しい禁制」としての新制に留まっていたのに対し、長保元年令は中世における新制公布の最大の動機である天人相関説に由来する攘災と政治再建のための「徳政」の推進という理念に基づいて定められた最初のものであった。治承・建久の2度の新制の制定に大臣・摂関として関わった九条兼実（道長の6代目の子孫）は｢長保以後代々制符｣が制符（新制）策定の基本であるべきであると度々主張（『玉葉』治承2年4月23日・6月5日条）しており、長保から200年経た後世においても長保元年令が新制の出発点になるとする考え方が公家社会に広く存在し、中世公家法に対して強い影響を与えたことが分かる。