ニューハンプシャー植民地は1641年から1679年までと1688年から1691年までの2度、マサチューセッツ湾植民地の一部だった。1643年、マサチューセッツ湾植民地は、プリマス植民地、コネチカット植民地およびニューヘイブン植民地と合併しニューイングランド連邦を形成したが、1650年代まで休眠状態だった。連邦は、フィリップ王戦争を起こした1670年代に一時的に復活した。1686年から、マサチューセッツ湾植民地は、イングランド王ジェームズ2世によって他のニューイングランド植民地と統合され、ニューイングランド自治領の管轄下に入った。1688年、ニューヨーク、ウエスト・ジャージー、およびイースト・ジャージーの各植民地が追加された。1689年、名誉革命によって国王がその座から遂われ、自治領は解消された1691年から1692年、マサチューセッツ湾植民地は、プリマス植民地、マーサズ・ヴィニヤード、ナンタケット、メイン植民地および現在のノバスコシアを併せて、マサチューセッツ湾直轄植民地となった。
1675年、イギリス人侵略者たちに対して、地元のインディアン部族であるワンパノアグ族は、ニアンティック族、ペナクック族、ノーセット族らワンパノアグ族と同盟を結んでいた部族と共に決起して、プリマス入植地を攻撃した。入植地側は、ワンパノアグ族と敵対するマヒカン族やモホーク族などの部族を味方に付け、領土と生活圏を巡っての全面戦争となった。白人たちはワンパノアグ族のメタコメット酋長を、ワンパノアグ連合の「王」、「指導者」だと勘違いしていたので、合議による蜂起をメタコメットが主導したものとみて、メタコメットにつけた「フィリップ王」というあだ名を取ってこの植民地戦争を「フィリップ王戦争」と呼んだ。ワンパノアグ連合には、同じく白人入植者によって虐殺され生活の場を奪われたニプマック族やナラガンセット族も参戦し、マサチューセッツ湾植民地とコネチカット植民地にまたがるニューイングランド一帯の一大戦争に発展した。激しい戦闘が繰り広げられ、双方大規模な打撃を受ける。1676年8月12日、調停者であるメタコメット酋長が戦死し、侵略者側が勝利する形で戦争は終結する。この戦いで4000人以上のインディアンが犠牲となり死んだ。戦死したメタコメット酋長の遺体は白人達により八つ裂きにされ、首は槍の先に突き刺され、白人達の村に24年間飾られた。そして捕虜となったメタコメット酋長の家族を始めとするインディアン達は奴隷として西インド諸島などに売り飛ばされて行った。インディアンの酋長は「調停者」であって、インディアンの社会に「司令官」はいないという、彼らの文化は白人には理解できなかった。侵略者はただメタコメットを「戦争を始めた首謀者」と一方的に見なし、理不尽な辱めをこれに与えて勝利を祝ったのである。インディアンの合議制民主主義社会は、イギリスの君主制封建主義社会に敗れたのである。
植民が拡大するとともにインディアンとの抗争も拡大した。植民政府は軍を派遣し、周辺のインディアン部族を徹底虐殺した。彼らの侵略に対し、ことに激しく抵抗してみせたのはモホーク族をはじめとするイロコイ族だった。軍の司令官だったジョージ・ワシントンは、イロコイ族絶滅作戦を指揮し、「彼らを徹底的に根絶やしにするように」と指令した。ワシントンは兵たちに、殺したインディアンの皮を剥ぎとらせ、軍装の飾りにさせた。イロコイ族やワンパノアグ族、ポウハタン族など、ニューイングランドのインディアン連合部族は、集落一つ一つを徹底的に破壊し虐殺するワシントンの焦土作戦のためにその数を急速に減らしていった。彼らインディアンは白人たちから見れば狼と同種のけだものだった。ワシントンは彼らについて、「インディアンも狼も生贄となるべきけだものだ」と述べている。白人たちはバッファローの周りをうろつく狼たちを「怠け者の狼ども（loafer wolves）」と呼んだが、植民地の砦の周りをうろつくインディアンのことも「怠け者のインディアン（loafer Indians）」と呼んでいた。植民地開設から約10年後、マサチューセッツ議会は狩猟に関する植民地法を公布したが、それはこのような文言だった。特に用もない場合、またはインディアンか狼を相手にする場合以外は、いかなる狩りの場であっても銃を撃つことを禁止する
クエーカー教徒に対する弾圧も厳しく行われた。クエーカーは、「内なる光」を通じて神と交信し導きを受けるという信仰であったが、全能の神にひたむきに従おうとするピューリタンの教義とは相容れなかった。クエーカー教徒は1650年代にボストンに上陸しようとしたが、ただちに植民地外に追放され、1658年から1661年までの3年間には4人のクエーカー教徒が絞首刑に処せられた。
樋渡が武雄市長に就任した当時の武雄市民病院は、市内随一の救急医療機関（救急指定病院とは異なる）ながら累積赤字額が6億円を超え、新臨床研修制度の実施に伴う医師不足も深刻だったと樋渡は主張していた。そのため、樋渡は「病院改革」を名目に一般社団法人巨樹の会への市民病院の移譲を強力に推進した。樋渡の方針に反発する市民病院勤務医たちの相次ぐ離職、そして武雄市議会のみならず市民までもが市民病院民間移譲の賛成派と反対派に分裂、さらに市長リコール運動という、樋渡いわく「想定外」の事態に発展したため、2008年11月に樋渡は自ら市長を辞職し、市民病院民間移譲の是非を問う市長選すなわち出直し選挙戦が始まった。結果として、樋渡は再選された。再選を契機として樋渡は市民病院の民間移譲をより積極的に進め、ついに2010年2月1日、武雄市民病院は「一般社団法人巨樹の会 新武雄病院」と名を改め、再スタートを切った。また、翌年6月には国道沿いの交通至便地への移転新築が行われた。なお、樋渡は新武雄病院に改組してから救命救急センターになったと主張していたが、それを示す資料等は一切存在しない。樋渡は、市民病院の民間移譲の賛成派と反対派が激しく争っていた頃の撮影動画を自身の講演等で引き合いに出し、反対派を指して「もう顔つき悪いでしょう。足を引っ張る奴は人相悪い奴なんですよ。」などと揶揄したことがあった。また、佐賀県知事選立候補のための再度の市長辞職と知事選落選を経た後に、一般社団法人巨樹の会の理事に就任している。（天下り問題の項も参照のこと。）2018年2月1日に投稿したInstagramでは、病院民間移譲論争当時を振り返り「バカなリコールや住民訴訟など跳ね飛ばして良かったとつくづく思う」と回顧した。