ある漢字がどの部首に分類されるかは字書による。日本の漢和辞典の多くは、『康熙字典』の分類か、その変形である。康煕字典では原則として部首を意符に基づいて分類しており、たとえば読・計・詩・訂・訓・話・誓・變・誾という9つの漢字は、すべて「言部」という部首に属する。なお、日本では部首の名称に「正式」なものはない（字書により異なる）。
中華人民共和国では部首と画数に加えて筆画の形（筆形）を利用することが多い。筆形を「横・竪・撇・点・折」の5種類に大別し、これを五筆と呼ぶ。同一画数の文字は最初の画により、最初の画も同じなら第2画……のように配列する。これによって同一画数の字が検索しやすくなっている。中華人民共和国の字書・漢字辞典では、日本同様に字義を重視して康熙字典に準じた部首を採用するもの、字形を重視して索引の便を図るものの両者が並立している。人部と亻部を別の部首に分離したり、人部と入部、日部と曰部をそれぞれ統合したり、行部を彳部に含めたりするなど、『康熙字典』の214部首とは違う扱いをしているものが多い。代表的な字書である『中華字海』は210部首、『漢語大字典』では200部首としている。『新華字典』の1971年版や『現代漢語詞典』初版の部首索引は189部首だった。また、中華人民共和国では簡体字を正書法としており、例えば言偏は2画の「讠」に書き換えられるが、偏でない単体の「言」や脚にある「誓」などの場合は7画の「言」のままとなっている。「貝」の簡体字「贝」は、どの場所にあっても用いるが、この場合でも部首としての画数は7画のままのことが多い。
漢字の画数を数えるときは一筆で書ける点画を1画と数える。これは、部首においても同様である。部首の中には通常の明朝体活字と違う画数が定められているものがある。たとえば、「瓜部」は通常の明朝体活字の通りに画数を数えると6画になるが、康熙字典では5画の部首とされている。これを是正するために、日本の漢和辞典では中の部分を2画の「厶」に見えるようにした活字を使用することがある。中国と日本では、部首や部分の画数が違う場合もある。例えば、「こざとへん・おおざと（阝）」は康熙字典では3画に数え、日本でもそれを踏まえるが、現在の中国では2画とする。なお、「阝」を初めて3画と数えた『字彙』の凡例には、2画部首の「卩」と区別するために3画と数えたという旨が書かれている。「鬼部」は康熙字典では10画の部首であり、日本では10画に数えるが、現在の中国では9画である。これは、中国では日本で4画目としている縦画と7画目としている左払いを繋げて書く字体が正式な字体とされているためである。また、臣部は康熙字典では左の縦画と下の横画をつなげて6画に数え、現在の中国でも6画に数えているが、現在日本では7画に数えるため、漢和辞典によっては部首の位置を7画のところに移動させたり、部首の位置が6画のままでも常用漢字に限って7画に数えたりしている。
昭和の始めまで、日本の漢和辞典は、意味による部首分類である康熙字典の分類を踏襲するのが普通であったため、部首を引くのは必ずしも容易ではなかった。たとえば、「忄」（りっしんべん）の字を引くには「心」部を見なければならず、「承」の字は「手」部を見る必要があった。これらは、字の成り立ちに由来していることが多い。また、1946年（昭和21年）の当用漢字表、1949年（昭和24年）の当用漢字字体表による新字体への変更により、旧字体との乖離への対応も必要となった。
沖縄本島では、糸満市で採集されたサンプル80人のうち、38人(47.5%)がYAP＋のハプロタイプIIaを有しており、その他には具志頭村(7/19 = 36.8%), 読谷村 (10/32 = 31.3%), 勝連町 (8/29 = 27.6%)といった結果が1999年の論文で発表されている。しかし、八重山諸島の西表島のサンプルではYAP＋のハプロタイプが1/20 (5.0%)の低頻度で、波照間島のサンプルでは検出されなかった(0/7 = 0%)。2006年の論文で発表された研究結果では、沖縄県のサンプルでは45人中25人(55.6%)がD-M55に属しており、その内訳はD-M55(xM116) 2/45 = 4.4%, D-M116(xM125) 14/45 = 31.1%, D-M125(xP42) 7/45 = 15.6%, D-P42 2/45 = 4.4%と、日本全国の平均よりはやや濃い分布を示しているが、その内訳には大差は無い: D-M55(xM116) 10/259 = 3.9%, D-M116(xM125) 43/259 = 16.6%, D-M125(xP42) 31/259 = 12.0%, D-P42 6/259 = 2.3%。