こうして、1437年、コジモは、メディチ家贔屓の建築家ミケロッツォに当時最新のルネサンス様式で修道院を再建するよう依頼した。1438年に着工された建設は5年の歳月を経て、1443年の公現祭（1月6日）の夜には教皇エウゲニウス4世、カプア大司教、ニッコロ・ダッチャパッチョ枢機卿隣席のもと修道院は聖別されたことにより、完成となった。こうして、この新しい修道院は、「メディチ家の地域」とも通称されるフィレンツェ市街地北部に位置するパラッツォ・メディチ・リッカルディとサン・ロレンツォ聖堂と並ぶ主要な建築物となった。メディチ家の文芸保護活動は、とりわけバーゼルで開始された宗教会議の開催地を1439年にフィレンツェへ移した機会に頂点に達したのである（フィレンツェ公会議）。コジモは、ヴァザーリが芸術家列伝において証言している通り、4万フィオリーニ以上もの巨額な財産を修道院再建に支出した。建築家ミケロッツォは1439年から1444年にかけて仕事をした。建築様式は簡素でありながら優美で機能性を備えたものであった。壁面は白の漆喰で塗られ、空間は二つの回廊付き中庭（サンタントニーノの回廊とサン・ドメニコの回廊）に分けられた。1階部分には司教座聖堂賛辞会議室、二つの食堂、客人宿泊室が設けられた。2階には修道士たちの独房が造営された。これらの独房は、各々独立した小部屋であるが一つの大きな木組みの天井で結合している。北面に位置する回廊、司教座聖堂賛辞会議室、共同寝室は、1440年-1441年に完成した。他方、南面に位置し広場に面する共同寝室は1442年に完成した。その他の建設工事は1452年まで継続された。修道院のなかで最も卓越した空間は2階の図書室である。穹窿天井をもち、二列に並ぶ列柱により三つの分けられた（三身廊）開放感あふれる空間である。多数の窓から自然光が入り、内部を明るく照らしていることから、修道士たちが行った研究や読書、手稿本の写生を助けたことであろう。この場所で、アーニョロ・ポリツィアーノやピコ・デッラ・ミランドラのような人文主義者たちは、メディチ家が蒐集したギリシャ語やラテン語で書かれた貴重な図書を研究したのである。
修道院の建設は1300年以前に遡り、元来シルヴェストリーニ信徒会のために建設され、修道院としての機能の他に、教区教会の機能を果たしていた。1418年、修道院規則の退廃を非難された修道士たちは、修道院からの撤退を勧告されたものの、教皇エウゲニウス4世の直接的な仲介とバーゼル公会議の取り決めの結果、修道院は1437年に正式にドメニコ会修道士の所有となった。コジモ・デ・メディチの仲介もまた修道院の歴史にとって決定的な意味をもつものであった。コジモは1420年に既にフランチェスコ会のボスコ・アイ・フラーティ修道院を援助したことがあった。1434年、フィレンツェ追放から帰還したコジモはフィレンツェにおけるドメニコ会教団の定着を図る意志を明確にした。シルヴェストリーニ信徒会はサン・ジョルジョ・アッラ・コスタ修道院へと移ると、ドメニコ会は修道院を所有するようになったものの、建物は朽ち果てており、修道士たちは2年間に渡り湿気た独房で暮らすことを余儀なくされた。
人には上下の別があるとする儒教思想に由来する、それまでの日本人の常識を完全に否定する「天は人の上に人を造らず人の下に人を造らずといへり」という冒頭の一節は著名だが、この「云（い）ヘリ」は現代における「云われている」という意味で、この一文のみで完結しているわけではない。しかも、この言葉は福澤諭吉の言葉ではなく、アメリカ合衆国の独立宣言からの翻案であるとするのが最も有力な説である。この引用に対応する下の句とも言える一文は、「されども今廣く此人間世界を見渡すにかしこき人ありおろかなる人あり貧しきもあり冨めるもあり貴人もあり下人もありて其有様雲と坭との相違あるに似たるは何ぞや」である。つまり、「天は人の上に人を造らず人の下に人を造らずと言われている。人は生まれながら貴賎上下の差別ない。けれども今広くこの人間世界を見渡すと、賢い人愚かな人貧乏な人金持ちの人身分の高い人低い人とある。その違いは何だろう？ それは甚だ明らかだ。賢人と愚人との別は学ぶと学ばざるとに由ってできるものなのだ。人は生まれながらにして貴賎上下の別はないけれどただ学問を勤めて物事をよく知るものは貴人となり富人となり、無学なる者は貧人となり下人となるのだ」ということである。以上の言葉は初編からの引用であるが、虚実渦巻く理想と現実の境を学問によって黎明するといった、全体として学問の有無が人生に与える影響を説いている。彼は攘夷の気分が蔓延していた当時に攘夷を否定し、また、「政治は国民の上で成り立っており、愚かな人の上には厳しい政府ができ、優れた人の上には良い政府ができる。法律も国民の行いによって変わるもので、単に学ぶ事を知らず無知であるのに強訴や一揆などを行ったり、自分に都合の良い事ばかりを言う事は恥知らずではないか。法律で守られた生活を送っていながら、それに感謝をせず自分の欲望を満たすために法律を破る事は辻褄の合わない事だ。」（意訳）等と、大政奉還から約4年半後の世相を考えればかなり先進的な内容だったと言える。更に古文や漢文については「よきものではあるがそこまでして勉強するものではない」（意訳）と、意義を否定はしないが、世間で扱われている程の価値があるものではない、と言って儒学者や朱子学者が使うような難しい字句のある漢文や古文を学ぶより、まず日常的に利用価値のある、読み書き、計算、基本的な道徳などの「実学」を身につけるべきだと書いている。本書は数章を除いて、小学校の教科書とするため、もしくは高等教育を受けていない当時の一般国民を読者に想定して書かれている(5編)。そのため当時の基準では平易な文章だといえ、難解な政治思想を説明するため比喩が多く使われている。