第二共和政の間は、バスク民族主義党(PNV)がビスカヤ県の政権を担った。1936年にはスペイン内戦が勃発し、ビスカヤ県はファシストのフランシスコ・フランコ反乱軍に敵対する人民戦線（共和国派）側を支持した。この直後、人民戦線軍はバスク地方の自治を定めた法律を認めたが、大部分の地域は反乱軍の統制下にあり、短命に終わったバスク自治政府はビスカヤ県と近隣の少数の村々を支配する力を有するにとどまった。反乱軍がナバーラ県から西に進軍すると、ビルバオを中心として「鉄のベルト」と呼ばれる防御壁が計画・実行された。しかし、防御壁の構築を担当した技師のホセ・ゴイコエチェアはファシスト側に寝返り、未完成に終わった防御壁はほとんど効果がなかった。1937年4月、フランコの制御下にあるドイツ空軍がゲルニカ爆撃を行い、歴史あるゲルニカの町を破壊した。そのわずか数週間前にはドゥランゴにも爆撃が行われており、6月には県都ビルバオが反乱軍の手に落ちた。バスク軍はビスカヤの県境を越えてサントニャに撤退し、そこでイタリア軍に自らの権利を引き渡した（サントニャ協定）が、そのイタリア軍はフランコ軍に降伏した。他の共和国軍はバスク人による降伏を裏切りとみなした。ビスカヤ県とギプスコア県はフランコに対する抵抗意識を示したため、フランコ独裁下の両県は「裏切り者の県」とののしられ、いかなる自治の権利も剥奪された。1975年にフランコが没すると、スペインは議会制民主主義と立憲君主制国家への転換が図られ、スペイン1978年憲法（現行憲法）ではフエロ（ビスカヤ法）の復活が受け入れられた。1979年10月25日に行われた国民投票でバスク自治憲章（ゲルニカ憲章）が承認されると、現在のビスカヤ県が発足し、アラバ県、ギプスコア県を含めた3県でバスク自治州を構成することとなった。バスク自治州は独自の議会を有しており、1979年以降のすべてのビスカヤ県議会議員選挙でバスク民族主義党が勝利を収めている。また近年にはバスクの特権法(foral law)が改正され、ウルドゥイナなど一般的なスペインの法律を使用していた自治体にも特権法が拡大された。
近代のビスカヤでは商業が大きな重要性を持ち、特に1511年にはビルバオ港がスペイン帝国の貿易港としての特権を与えられた。ビルバオはカスティーリャ地方にとっての積み出し港であり、フランドル地方（現オランダ・ベルギー）に向けて羊毛が輸出され、他の商品などが輸入された。1628年、別々の地域だったドゥランゴがビスカヤに組み込まれた。同じ17世紀には西ビスカヤの公認自治体もビスカヤに組み込まれ、エンカルタシオネスという地域区分がなされた。大西洋沿岸の町はかなりの規模の自前の艦隊を持ち、主に漁業と貿易業に専念した。ギプスコアやラブールの町同様に捕鯨を行い、ビスケー湾のタイセイヨウセミクジラの部分的な絶滅の主要因となった。19世紀初頭のナポレオン戦争後、ブルボン家のフェルナンド7世は旧態依然とした支配体制を続けたため、1820年には絶対君主制に対する自由主義運動であるスペイン立憲革命が起こった。1833年にフェルナンド7世が死去すると、後継者を巡って自由主義側と体制復古側の間でカルリスタ戦争と呼ばれる内戦が勃発した。ビスカヤ政府や他のバスク地方は、絶対君主制の維持や社会制度の復古を唱えるカルロス5世を支持したが、最終的には自由主義を標榜するマドリード政府側が勝利し、カルロス5世を支持したビスカヤやバスク地方の他地域は自治権を縮小された。1850年代、大規模で高品質な鉄鉱石の鉱床がビスカヤで発見された。これにより海外、おもにイギリスやフランスからの投資がもたらされ、ビスカヤはスペインでもっとも豊かで工業化された地域となった。産業革命とともにイバラ家、チャバリ家、レサマ＝レギサモン家などのブルジョア層が現れ、また、大きな産業グループ（イベルドローラやビスカヤ高炉）、金融グループ（BBVAの前身となる銀行）が設立されたのもこの時期である。
当時イングランド王太子だったチャールズ2世と愛妾ルーシー・ウォルターの子として、オランダのロッテルダムで生まれた。生まれた時は養育した貴族の姓にちなみジェイムズ・クロフツという名前がつけられた。当時チャールズ2世は亡命中の身で、ルーシーからジェイムズを引き取ることができなかった。この時期にチャールズ2世がルーシーと正式に結婚していたと主張する一派から、後年ジェイムズは後継者に祭り上げられることになる。母と死に別れ、1663年に14歳のジェイムズはイングランドへ渡り父の元に名乗り出た。美男で聡明だったというジェイムズにチャールズ2世は早速モンマス公爵・ドンカスター伯爵・タインデイルのスコット男爵というイングランド貴族の爵位を与え、自分の子として認知する（一旦認知すると、食いはぐれずに済むよう称号と領地を与えるのがチャールズ2世の常だった）。なおかつ、資産家として有名なバクルー伯爵家の女子相続人第4代バクルー伯爵アン・スコットとジェイムズを結婚させ、二人をスコットランド貴族のバクルー公爵・ダルキース伯爵・ホイットチェスターとエスクデイルのスコット卿とした。1665年、叔父のヨーク公爵ジェイムズ（後のジェイムズ2世および7世）指揮下で第二次英蘭戦争を戦ってから功績を重ね、オランダ侵略戦争にも参戦、1674年にはアルベマール公爵ジョージ・マンク亡き後の大将軍になるなど軍人として昇進を重ねていった。また、モンマス公爵はプロテスタントであったためカトリックのヨーク公爵をしのぐ人気があり、次の王位を望む声が多かったが、チャールズ2世は頑としてモンマス公爵を嫡子とすることを拒否した。数多くの愛妾を持ったが、キャサリン・オブ・ブラガンザを終生王妃として扱ったように、嫡子と庶子を明確に分けたのである。加えて、オランダ時代のルーシーは奔放な女性で、チャールズ2世以外の男性とも関係があった。モンマス公爵が本当にチャールズ2世との子かどうか疑う声もあったのである。オランダ侵略戦争終結後はシャフツベリ伯爵アントニー・アシュリー＝クーパーら急進派のホイッグ党と組んでヨーク公爵の王位継承権を剥奪する王位排除法案の成立を図ったり、人気取りのため1679年のスコットランド反乱鎮圧やイングランド巡幸を度々行ったりしている。しかし、こうした行動は父の不興を買い1679年に一時オランダへ退去、同年末に帰国したが1683年のライハウス陰謀事件で名前が出たため再びオランダへ亡命した。オランダでは従弟に当たるオランダ総督ウィレム3世（後のウィリアム3世）・メアリー（後のメアリー2世）夫妻からの歓待を受けて生活していた。1685年に父が没してヨーク公爵がジェイムズ2世として即位すると、スコットランド貴族の第9代アーガイル伯爵アーチボルド・キャンベルと共に反乱を起こしジェイムズ2世の即位阻止に動くが、アーガイル伯爵は6月に捕らえられ処刑、モンマス公爵も7月6日のセッジムーアの戦いで完敗。自ら出頭したモンマス公爵は7月15日にタワー・ヒルで断頭刑にされジャック・ケッチにより処刑された。モンマス公爵の刑死により、モンマス公爵位と彼のバクルー公爵位は没収された。しかし、夫人アン・スコットが自らの権利として保持していたバクルー公爵位とバクルー伯爵家が元来持っていた称号の継続が認められたため、アンの死後に孫のフランシス・スコットがバクルー公爵位を継ぎ、現在もこの家系は継続している。ジェイムズ2世は甥を刑死させるのに忍びず、彼を死ぬまで監禁させたという説がある。顔が知られないよう鉄の仮面を被せ、フランスへ連れて行かれたというものである（鉄仮面）。