1945年（昭和20年）8月15日、玉音放送が行われ終戦を迎えたが、都立図書館は日比谷図書館の全焼をはじめほとんどの建物が罹災し、無傷に近かったのは京橋、駿河台、月島の3館のみであった。蔵書全体の6割に及ぶ図書が焼失し再開は困難を極め、月島も占領軍によって接収されたものの、終戦後休むことなく活動を続けていた京橋に続いて10月には駿河台が閲覧を再開、翌1946年（昭和21年）には4館が閲覧を再開、また多摩地域では小学校併設という形で立川と青梅に2館が開設された（開館は翌1947年（昭和22年））。都立図書館では海軍大学校の蔵書の受領などで蔵書の再建を進め、またGHQの意向もあって東京に大規模な中央図書館建設の構想が描かれたり、上野の旧帝国図書館の都への移管も提起されたりしたもののいずれも中途で挫折をみた。日比谷図書館の再開は遅れ1947年（昭和22年）にようやく木造の仮設館舎を着工、1949年（昭和24年）11月に再開したが、木造で耐火書庫を持たなかったため蔵書の多くは京橋図書館で保管されたままでの開館となった。1947年（昭和22年）には東京都の35区が再編され、23の特別区が設置された。これにともない日比谷図書館以外の東京都区部の図書館をそれぞれの所在する区へ移管することが検討され、1950年（昭和25年）には日比谷図書館を除く区部の都立図書館はそれぞれの区へ移譲され、都立図書館は日比谷、立川、青梅の3館体制となった。日比谷図書館では駿河台、深川、京橋の主要3館に残された蔵書を日比谷に集中させ、蔵書体系を維持することを計画したが、達せられなかった。都の財産であるが暫定的に駿河台図書館に保管されていた内田嘉吉文庫も、そのまま千代田区立となった駿河台図書館に引き継がれている。1950年（昭和25年）には図書館法が制定され、制度としての中央図書館も廃止された。
戦時中の1943年（昭和18年）7月1日、東京府と東京市を廃止し、新たに東京都制が施行された。これを受けて東京都下の公立図書館は東京都立図書館に移行し、多摩地域の公共図書館を含めた都下の図書館は中央図書館に指定された日比谷図書館の指揮監督の下に置かれることとなった。しかし時局は既に市民の読書どころではなく、1944年（昭和19年）4月には国民学校附設の図書館13館が閉館し、東京空襲が激化した1945年（昭和20年）以降はそれが加速した。1月27日の空襲では深川図書館が焼夷弾の投下を受け、3月10日の東京大空襲（下町空襲）でも4館が大きな被害を受け、5月25日の山の手空襲では日比谷図書館の全焼を含め7館が全焼、一連の空襲で焼失した蔵書数は日比谷図書館の20万冊超をはじめ、都立図書館全体での被害は40万冊を超えた。またこの間貴重資料の疎開や、民間からの重要図書の買い上げと疎開も進めており、買い上げた書物は西多摩郡多西村（現・あきる野市）や埼玉県北足立郡志木町（現・志木市）に用意した倉庫に運び込まれた。その内焼亡したものも数万冊に及ぶものの、8月末までに購入した書物は20万冊を超え、買収にあてた費用は230万円に達した。
1933年（昭和8年）、図書館令の全面改定が行われ、いわゆる改正図書館令が施行されることとなった。この改正の意図としては公共図書館を通じて国民思想の善導にあたらせるという文部省の意図があったとされ、また中央図書館制度が創設されて帝国図書館－中央図書館－市町村及び私立図書館、学校図書館という、社会教育の実施機関としての図書館の階層制度が規定された。東京では府立図書館がなかったため市立日比谷図書館が中央図書館となるべきところ中央図書館指定の受け入れ態勢ができず、日比谷図書館が中央図書館となったのは東京都制施行後の1943年（昭和18年）10月であり、その頃には図書館の最大の課題は空襲に備えての重要な蔵書や資料の疎開となっていた。1940年（昭和15年）頃からは出版統制、出版物の検閲が強化され、左翼思想に類する書籍は閲覧を禁じた上で厳重に保管するものとされた。
1849年末、リオノウンズはインドのプネーにある実家に戻り、継父と母の反対を押し切って幼馴染で文官事務職のトーマス・リオン・オウエンズと結婚した。のちにトーマスは「リオン」と「オウエンズ」を合わせて姓を「リオノウンズ」と名乗るようになった。1852年、2人は叔父のW・V・グラスコットと共にバークのアリビ号でシンガポールを通りオーストラリアへ航海した。シンガポールからの航海は長く、その間リオノウンズは息子を出産して夫と同じ「トーマス」と名付けた。1853年3月8日、西オーストラリア州の海岸近くでアリビ号はあやうく暗礁に乗り上げるところであった。10日後、リオノウンズ、夫トーマス、息子トーマス、グラスコットはパースに到着した。グラスコットと夫トーマスはすぐに植民地統治の事務職に就いた。1853年終盤、グラスコットはリントン法務局のある狭く遠いリントンで公立食糧倉庫番の職を得た。グラスコットは行政長官ウィリアム・バージェスとしばしば衝突するようになった。3年しないうちにグラスコットはインドに戻って教職に就いたが、1856年に急死した。リオノウンズはミドルネームの「ハリエット」を使用し、女子校を創立しようとした。1854年3月、息子トーマスが13か月で亡くなり、同年後期娘アヴィス・アニーが生まれた。1855年、夫トーマスはリントンでグラスコットがいた地位に就き、一家はリントンに転居した。リントンでリオノウンズは息子ルイスを出産した。1856年後期、夫トーマスはウィリアム・バージェスのもとで短期間働いた。グラスコット同様、トーマスはバージェスと衝突したが、1857年に施設が閉鎖されるまでなんとか持ちこたえ、パースの食糧倉庫に配置換えとなり、より上の地位に就いた。1857年4月、リオノウンズ一家は突然オーストラリアを離れ、シンガポールに航海し、その後マレーシアのペナン州に移転し、トーマスはホテル経営者の職を見つけた。1859年5月第1週頃、トーマスは脳卒中で亡くなり、5月7日、ジョージタウンにあるプロテスタント墓地に埋葬された。トーマス没後、リオノウンズは未亡人となり困窮した。4人の子のうち2人は幼少期に亡くなっていたが、残った娘アヴィスと息子ルイスを養うためにリオノウンズは教職に就き、シンガポール在住のイギリス人の子息のための学校を創立した。事業が軌道に乗るまでの間、教育者としての評判を上げていった。