ハプログループC1a2（V20）は、チェコから出土した30,000年前の旧石器時代の古人骨から検出されている。 さらに古いベルギーから出土した35,000年前の古人骨のY-DNAは、C1a-CTS11043に属すとされているが、V20等のC1a2を定義づける変異を持っていたかどうかは不明。 ロシア西部ヴラジーミル州スンギール遺跡から出土した約34,000年前の四体の古人骨のY-DNAについては、C1a1-M8に属すある一人の日本人のY-DNAよりも、C1a2-V20に属すある一人のネパール人のY-DNAにやや似ているという解析結果が報告されていることから、これらもC1a2の系統上に位置すると推定できる。2006年にスペイン北西部（レオン県のアストゥリアス州との境目近くにあるラ・ブラーニャ遺跡）で発見された約7000年前の中石器時代の古人骨、並びに同じく約7000年前の新石器時代（線帯文土器文化）のハンガリーから出土した二体の古人骨から検出されたY-DNAもハプログループC1a2に属している。現存するヒトに於いては、少数の現代ヨーロッパ人、カビル人（アルジェリア）、アルメニア人、ネパール人から検出されている。ヨーロッパにおける最古の現生人類の集団（クロマニョン人）であり、4万年前に始まったオーリニャック文化の担い手と考えられる。旧石器時代のヨーロッパにおいては主要な構成員であったと考えられる。
大統領就任前は、竹島問題や慰安婦問題における韓国政府の立場を堅持しながらも、歴史教科書問題では親日あるいは知日派的な保守の政治家とされ、教科書国定化の際は植民地時代に肯定的なニューライト系の学者を重用している。大統領罷免後に収監されたソウル拘置所で日本の山岡荘八の歴史小説を耽読してることが注目された際は韓国世論から「やっぱり親日」「日本で政界復帰すればよい」と非難する声が上がった。父親同士が親密だった安倍晋三とも官房長官時代に神戸ビーフを贈られ、手紙をやりとりするなど交流が深かった。2012年に両者が内閣総理大臣と大統領にそれぞれ就任した際は同年に中国共産党中央委員会総書記に就いた太子党の習近平と並べて「日中韓は世襲政治家の時代を同時に迎えた」と評された。「日本の正しい歴史認識を基にして、両国関係が未来志向的に発展することを望む」とし、日韓FTA締結などに積極的な姿勢を見せていた。日本も韓国に配慮して「竹島の日」政府式典を見送り、日韓議員連盟会長の額賀福志郎を特使として、2013年1月5日に派遣した。しかしこの際、朴は額賀の訪問を歓迎せず、会談でも日本の歴史認識に厳しい姿勢を示した。ただし、同年2月にソウルで開催された討論会で、韓国に対して謝罪を行った元衆議院議長の河野洋平は歓迎され、朴と会談している。2012年5月に李明博大統領と野田佳彦首相による、日韓首脳会談が北京市で行われて以降、一度も会談は開催されていなかった。2013年3月1日の三・一独立運動記念式典では、「（日本と韓国の）加害者と被害者という歴史的立場は、1000年の歴史が流れても変わることはない」と演説した。その後、韓国内では「千年恨」という言葉がブームとなり、韓国・北朝鮮連合軍による対馬「奪還」作戦を描いた小説『千年恨、対馬』がベストセラーとなった。初の外遊となった2013年5月の訪米では、バラク・オバマ大統領との会談において、北朝鮮問題に関して中国やロシアの役割への期待を表明する一方、日本を連携国としては言及せず、「北東アジアの平和のために日本は正しい歴史認識を持たねばならない」と批判した。2013年9月30日には、訪韓したチャック・ヘーゲル米国防長官に対して「歴史や領土問題で後ろ向きの発言ばかりする日本指導部のせいで信頼関係を築けない」と発言した。2013年11月に行った欧州歴訪においても、要人との会談において日本批判を繰り返した。11月2日のフィガロ紙に掲載された記事では「（日本の政治家が歴史問題に関して）不適切な言動を繰り返している」「欧州統合は、ドイツが過去の過ちを改める態度を示したからこそ可能になったと思う。日本も、欧州統合の過程をよく調べる必要がある」と答えた。同年11月4日のBBCとのインタビューでは、北朝鮮に関して、「必要なら、いつでも会うことができるという立場だ」と会談に前向きな姿勢を示す一方で、日韓首脳会談においては「首脳会談をしても得るものはない」、「日本の一部指導者は謝罪する気もなく、元慰安婦を侮辱し続けている」と述べた。同年11月7日に行われたベルギーのエリオ・ディルポ首相との会談では、「北東アジアでの政治、安保の対立が拡大している」と日本を暗に批判した。同年11月8日には欧州連合ヘルマン・ファン・ロンパウ欧州理事会議長との会談後の記者会見で、慰安婦問題に関して「日本には後ろ向きの政治家がいる」、「（安倍首相との会談は）逆効果」、「日本の指導者は考え方を変えるべきだ」と述べた。大統領就任から日韓首脳会談を拒否してきた朴槿恵だが、2014年3月21日、日米韓の三カ国による首脳会談を発表。仲介に乗り出したアメリカ合衆国と日本に押し切られ、事実上の外交敗北との評価もある。日本時間26日未明、オランダ・ハーグで会談。冒頭発言で、安倍首相がほほ笑みながら韓国語で挨拶するも、朴は硬い表情のまま目を合わせることもなかった。カメラマンが3氏による握手を求めても朴が応じないなど、冷え込んだ日韓関係を象徴する異様な首脳会談となった。2014年10月6日に「(世界的に不透明感が強まっているため）株式市場を含む国内の市場ではボラティリティが高まっており、(韓国の)輸出企業の利益が円安のせいで悪化する恐れがある」と日本の為替相場に異例の言及をした。2015年11月2日には、李明博竹島上陸や韓国による天皇謝罪要求などでの中断から3年ぶりに開催される日中韓首脳会談出席のための安倍首相の訪韓に備えて韓国側は朴主催の昼食会などを交換条件に、慰安婦問題での「譲歩」を要求したが、日本側は拒否した。日中韓首脳会談では2018年平昌オリンピック・2020年東京オリンピック・2022年北京オリンピックに向けた3カ国のスポーツ交流強化と日中韓FTAの交渉加速や北朝鮮核問題での連携などを掲げた共同宣言が採択され、主催国の面子を保つために中国の李克強国務院総理と安倍首相の双方と手を携える一方、中国と対照的に日本の安倍首相とは夕食会を行わなかった。2015年12月28日には日本政府と慰安婦問題日韓合意を成立させ、2016年3月には日米韓が対北朝鮮ではあらゆる協力をすることで一致し、同年6月には北朝鮮への対策で日米韓は初のミサイル防衛共同演習を行った。また、職務停止直前の同年11月には再び日米韓で合同訓練を行い、野党の反対を押し切って日韓の初の防衛協力協定である日韓秘密軍事情報保護協定（GSOMIA）も北朝鮮に対抗するために締結した。