李嗣の長男として生まれる。李凝之（李韶の子の李瑾の子）の末裔にあたる。その祖は唐の宗室につながるというが、このころは没落し、父の李嗣は県令や監察史、節度使・州刺史の幕僚を務める地方官僚だった。その父は李商隠が10歳のころ病没している。他に2人の弟と6人の姉妹がいた。当時、唐宮廷の官僚は、牛僧孺・李宗閔らを領袖とする科挙及第者の派閥と、李徳裕に率いられる門閥貴族出身者の派閥に分かれ、政争に明け暮れていた。いわゆる牛李の党争である。若き李商隠は、牛僧孺派の重鎮であった興元尹・山南西道節度使 令狐楚の庇護を受け、837年、26歳にして進士科に及第する。しかしながら同年に令狐楚が没し、翌年には上級試験にも落第すると、今度は李徳裕の派に属する太原公王茂元の招きに応じてその庇護下に入り、娘を娶った。翌839年、王茂元の働きかけにより文人官僚のスタートとして最も理想的といわれる秘書省の校書郎に任官されるも、牛僧孺派からは忘恩の徒として激しい謗りを受けることになった。以後も李商隠は、処世のために牛李両党間を渡り歩いたので変節奸と見なされ、厳しい批判を受けて官僚としては一生不遇で終わることとなる。任官同年、早くも中央にいたたまれず、弘農県（現在の河南省三門峡市霊宝市の南）の尉となって地方に出る。以後の経歴は、忠武軍節度使となった王茂元の掌書記、秘書省の正字、桂管防禦観察掌書記、観察判官検校水部員外郎、京兆尹留後参軍事奏署掾曹、武寧軍節度判官（もしくは掌書記）、太学博士、東川節度書記、検校工部郎中、塩鉄推官など、ほとんどが地方官の連続であり、中央にあるときも実職はなかった。端的に言えば干されたのである。また、さらにそれすらまっとうできずにたびたび辞職したり、免職の憂き目に遭っている。なおこの間、842年に母を亡くし、851年には妻王氏も喪っている。そして858年、またも失職して郷里へ帰る途中、または帰り着いてまもなく病没した。享年47。
上記の磔は江戸町奉行所の行うもので、他の奉行所や藩では細部が異なっていた。また江戸時代前期以前の磔刑の方法はさまざまで、藩や大名によりかなりの差があった。「串刺刑」などの名称で記録に残っているものも、実際には磔であった場合もある。また鎌倉期には地面に置いた戸板に手足を釘づけにする形も行われた。小説などでは肛門を槍で刺す方法が描かれることがあるが。現実には技術的に相当執行困難であったと思われる。海岸において、満潮時には頭が海中に没するように頭を下にして磔けることを「水磔」と言ったが、これは「逆さ吊」の一種で「磔」とは別物である。
日本の江戸時代中期以降における磔は、磔刑と鋸挽きの場合に行われた。磔刑は関所破りや贋金作り、主人及び親を傷つけた場合等に適用され、鋸挽きは主人及び親殺しに適用された。受刑者は小伝馬町の牢屋敷から引き出され、付加刑として市中引き回しにされた。磔刑の場合は引き回し後ただちに刑場へ向かい、鋸挽きの場合は、2日間地面から頭部だけ出した形で埋められて晒されてから磔にされた。
特有の香りがあり、春につんだ新芽を茹で、おひたしや汁物の具、また草餅（蓬餅）にして食べる。また、天ぷらにして食べることもできる。香りの主成分はシネオール、ツヨン、β-カリオフィレン、ボルネオール、カンファー、脂肪油のパルミチン酸、オレイン酸、リノール酸、ビタミンA、ビタミンB1、ビタミンB2などである。灸に使うもぐさ（艾）は、葉を乾燥させ、裏側の綿毛を採取したものである。葉は、艾葉（がいよう）という生薬で止血作用がある（なお、艾、艾葉には、ヨモギの他にヤマヨモギ（学名A. montana）も使われる）。若い芽や、育ち始めた若い株は、干しておいたのちに煎じて飲むと、健胃、腹痛、下痢、貧血、冷え性などに効果がある。また、もう少し育ったものは、これも干しておき、風呂に入れると良い。腰痛を始め、痔に効果がある。また、アイヌの人々は風邪や肺炎の際に、ヨモギを煮る際の蒸気を吸引させて治した。南西諸島にはニシヨモギ A. indica Willd. var. orientalis (Pamp.) Haraが自生し、沖縄方言では「フーチバー」と呼ばれる。これは沖縄料理の沖縄そばの具やヤギ肉の臭み消しとして用いられる。この語は長崎弁や博多弁など九州方言に見られる「フツ」、「フツッパ（フツの葉の意）」と同根であると考えられる。雑炊に入れた「ふーちばーじゅーしー」も著名な調理法である。道路工事にヨモギを使用する例としては、山や斜面を切り崩して道路を作った際に、雨水などで法面（のりめん）の表土が流出しないように成長の早い低木のアカシア（一般に見られるアカシアおよび、ハチミツのアカシアはニセアカシアのこと）や、草の種などを混ぜた土を吹きつける。ヨモギは成長が早く、多年草であるため、地上部が枯れても残った株が生きており、土壌の固定に適している。ただ、ヨモギの花粉はブタクサと同様に秋の花粉症のアレルゲンでもあり、人工的に多用するには問題点もある。中国地方の口伝では本願寺門徒の間で蓬（ヨモギ）の根に尿をかけたものを一定の温度で保存することにより、ヨモギ特有の根球細菌のはたらきで硝酸が生成されることを発見したという。馬の尿とヨモギでそれは量産（当時にしては）された。これらは当時の軍事機密であったので厳重に守秘されて一般に広まることはなかったが、本願寺派に供給された火薬の主体であったようである。信長が驚いた本願寺の鉄砲の数は、実は弾薬の量に支配されるものであり、安価な硝酸がそれを支えたのである。