Aは「俺たちで被害者をぼこぼこにした。小便たれて泡吹いて気絶してる」と自慢して回っていた。それを聞いた被害者の友人が現場の小学校に駆けつけ、意識不明となった被害者を見つけ、被害者の母に電話連絡をする。被害者は大津市民病院に搬送され、集中治療室で治療・開頭手術をするものの、暴行によって頭蓋骨が異常なまでに腫れ上がり、また内出血もひどい状態だったといい、執刀医は「助かる見込みは1%もないだろう。もし助かったとしても、寝たきりの状態で自力で立ち上がることもできず、臭いも味も何もわからない高度な植物人間状態にしかならないが、それもまずありえないだろう」と、事実上の危篤を告げられる。その時、待合室にはAがおり、被害者の母がAに暴力の理由について問うと、Aは「むかついていた」という。4月5日、被害者は集中治療室から個室病棟に移された。これは、集中治療室では肉親でも面会・付き添い時間の制限があるためで、少しでも母と一緒の時間を作ってあげたいとする、病院側の配慮だった。母は被害者に対して必死に謝罪し、被害者は永遠の別れの前に涙を流したという。こうして、事件から約1週間が経過した4月6日、急性硬膜下血腫で息を引き取った。同病院は被害者の出生、そして交通事故からのリハビリなど思い出のある場所であり、そこでの最期となった。被害者が亡くなった2日後の4月8日に告別式が営まれたが、この日は、被害者が生存していれば編入する予定だった全日制高校の入学式の日であった。
2001年3月31日、被害者の全日制高校合格を快く思っていなかった定時制高校に通う2人の少年A（当時15）とB（同17）が「合格のお祝いにカラオケに連れて行ってやる」と被害者を呼び出した。被害者は「友達が初めてのアルバイトの給料で、僕の合格祝いをしてくれる」と母に喜んで伝えるが、この時まだ被害者が事件の犠牲になろうとは誰も予想していなかった。待ち合わせ場所の平野小学校では、2人の少年ならびにそれを取り囲む別の少年3人が待ち伏せていた。彼らは被害者とは別の中学校出身で、共通の友達がいるという程度の関係にあった。少年らは被害者に「何で全日制に行くんだ? 定時制にいろよ」「障害者のくせに生意気だ」と、被害者を同小学校の裏庭にある給食室の搬入口に連れて行き、被害者に対して執拗な暴力を始める。被害者に対し、顔へのビンタ・パンチや足・腹への蹴りを入れるなどして被害者はあごが外れ、顔面も腫れるなどして意識不明になる。さらに、身体障害者で抵抗出来ない被害者を別の場所に移して、プロレスのバックドロップで頭からコンクリートに叩きつけてしまう。そしてさらに「こいつは障害者だからすぐに狸寝入りをする。プールに放り込んで目覚めさせよう」と被害者に対し水もかけた。立ち会った少年らは「このままでは（被害者が）死んでしまう」として救急車を呼ぼうとするが、主犯格の2人は「そんなことしたらパクられる（密告される）だろうが」と怒鳴り、被害者を物陰に隠して、少年らはパチンコ屋に行ったという。また、この小学校の近くに住む老人が自宅の2階から暴行の様子を見ていたが、老人はそのまま買い物に出かけ警察への通報はしていなかった。
被害者が中学校3年生だった1999年8月、オートバイ乗車中に自動車との接触による交通事故に遭い、右脳に障害を負う脳挫傷で重体になる。搬送先の病院で生死の境をさまよいつつも一命を取り留めた。その後左半身不随状態であったが、リハビリテーションで歩行が出来るようになるまで回復するに至った。中学を卒業した被害者は、2000年に引き続きリハビリテーションをしながら、当初は定時制高等学校に通学していたが、定時制高校を退学して改めて全日制高校を受験し、2001年3月27日、全日制高校に合格した。この時、被害者は16歳であった。
『パンドラ』は、2003年に創刊された文芸誌『ファウスト』の成功をもとに、講談社の編集者太田克史が立ち上げたレーベル『講談社BOX』から創刊された。編集長は部長の太田ではなく持ち回りとなっており、創刊から2号（Vol.1 SIDE-A、同SIDE-B）は、太田の指名により同部編集員の北田ゆう子が務めた。続く4号（Vol.2 SIDE-A、同SIDE-B、およびVol.3とVol.4）はN崎（野崎哲也）が務めた。Vol.4巻末の予告では、Vol.5からは太田に代わって講談社BOXの2代目部長となったC（秋元直樹）が編集長を務めることが予告されていたが、実際にはVol.5は刊行されなかった。誌名である『パンドラ』は、講談社BOXのBOX=箱と「パンドラの箱」をかけている。ただし、この雑誌自体は講談社BOXが刊行する本のように箱に収められているわけではない。読者層は10代から20代前半が多く、太田によれば「読者ハガキに地方に住んでいるミドルティーンのハガキが圧倒的に多かった」という。内容は、小説と漫画、講談社BOXが行っているさまざまな企画に関する特集記事を中心に、ほかにも批評やエッセイ、新人賞の講評座談会などがある。雑誌としての出版ではあるが、実際には雑誌コードがないので雑誌でもムックでもなく、Cコード(C0093)を見る限りでは単行本扱いである。判型は一般的な文芸雑誌と同じA5判を採用している。当初は年2回の定期刊行とされていた（実際には分冊により年4回となった）が、Vol.3以降は年4回刊行と謳っている。雑誌全体のテーマは、太田の発案した当初のキャッチコピー「思春期の自意識を生きるシンフォニー・マガジン」から窺えるとおり、講談社BOXの一連の作品群と同じく「思春期の自意識」だったが、大幅にリニューアルしたVol.3以降には「思春期の自意識」という言葉はなくなっており、Vol.3の編集後記で今後の傾向の変更が示唆されている。また、N崎が編集長の4号それぞれにはテーマが設定されている（刊行巻で詳述）。