綱吉・スティーブンソンは飛び級で名門大学を卒業した天才少年。綱吉は祖父の教えに従い、日本で教師として赴任することになったが、年上ばかりの生徒たちを相手に授業をうまく進められず、落ち込んでしまう。そんなときに相談に乗ってくれたのが、委員長として皆に頼りにされている大畑千種とその友人の樺山はるこ、関根佳苗だった。はるこは「男として自信をつけるべき」との名目で、綱吉にさまざまな提案をしてくる。
「SF」に関しては『CR新世紀エヴァンゲリオン・セカンドインパクト』と全く同じスペックであるが、それ以外の機種は微妙にスペックが変更されている。また、全機種に突然確変である「暴走モード」、「ユイ暴走モード」、「アスカ覚醒モード」が搭載されている。
通常図柄揃い後、青い炎と共に鼓動音が発生すると再抽選演出である「初号機チャンス」が発生する。本作の初号機チャンスは、前々作と同様の全回転方式へ戻された。青い炎が発生せずに画面がホワイトアウトした場合は変動画面に戻ってしまうが、前作同様、図柄が上下に揺れていれば青い炎が発生する「フェイク演出」となる。図柄が揺れていない場合は、そのまま通常図柄揃いによる大当たりが確定する。また初号機チャンス中にチャンスボタンを5回押すと背景にシンジが表示されることがあり、これが発生した場合と初号機が羽根を広げた場合、初号機役物が咆哮した場合、流れてくる絵柄が確変絵柄のみの場合は確変昇格が確定する。
再抽選演出は、大当たり直後に発生する「初号機チャンス」と、大当たりラウンド中に発生する「ラウンド中昇格」、15R終了時に警報演出が発生する「警報昇格」とがある。いずれも必ず発生する訳ではない。また、「初号機チャンス」・「ラウンド中昇格」はそれぞれが発生しても、必ず確変に昇格する訳ではないので注意。「警報昇格」は、発生すれば昇格が確定する。
全回転リーチは、発生した時点で確変大当たりが確定するプレミアムである。発生時には黒背景に白文字で「2000年南極大陸」と表示され、セカンドインパクト発生の演出が流れる。その後、歓喜の歌と共に図柄が変動し、第3〜第16までの使徒が次々と表示されていく。最後に第17使徒が表示され、「歌はいいねぇ」の台詞の後、画面が暗転して図柄が停止。大当たり画面に移行する。本作には、これまで同様スーパーリーチ発展演出後に発生するパターンのほか、エヴァンゲリオン系リーチ中に画面がホワイトアウトして発展する場合も存在する。
VSゼルエル系のリーチは、一枚ずつ図柄を破壊していく演出になっている。そのため2-3や4-5のような通常図柄が手前のダブルリーチからVSゼルエル系のリーチへ発展した場合、-1コマ目の図柄を破壊した時点で通常図柄が揃って大当たりとなるのだが、揃った通常図柄を破壊し、確変図柄が揃う演出が発生する場合がある。例として、2-3のリーチ場合、1の図柄を破壊した時点で2が揃って大当たりとなるのだが、揃った2を破壊して3が揃う演出が発生する場合がある。例外として、9-1のリーチの場合、確変図柄である9を破壊する二枚破りもあり得る。ただし、この二枚破り演出はあまり発生頻度が高くなく、一旦通常図柄揃い後に初号機チャンス経由で確変に昇格するパターンの方が多い。
左右の図柄が同時に停止した場合はスーパーリーチ確定となる。リラックス系ロングバージョンが発生した場合は必ずこの演出が発生する。また、確変中にこの演出が発生した場合、当たれば確変確定となる。
デジタル変動中に盤面右のエヴァ役モノが作動した場合、チャンス目が停止して対応する突然確変モードへ突入する。ただし確変中のみ、稀にチャンス目停止せずにリーチが掛かる場合があり、その場合は確変大当たり確定となる。
清は、日本とロシアの朝鮮進出を抑えるために、李朝に欧米との条約締結をすすめる。清の駐日公使館の黄遵憲は、修信使として来日していた金弘集に『朝鮮策略』という書物を渡して外交の助言を与えた。しかし清と李朝が宗属関係を強化すると、同等の待遇を求める他国が李朝との不平等条約を強化する結果をもたらした。兵士への俸給遅滞が原因で壬午軍乱が起きると清軍が朝鮮半島への駐屯を始めて、李朝では開化政策をめぐる対立が激化した。清への藩属を守ろうとする事大党と、清からの独立を目指す独立党が対立して、清仏戦争の影響で清軍が減少すると金玉均らの独立党はクーデターを計画する。竹添進一郎日本公使は独立党に協力をして、公使館の日本軍もクーデターに参加する。しかし、独立党と日本軍の攻撃を受けると事大党は清軍と協力して反撃し、日本軍は撤退して独立党は敗北した（甲申政変）。日本はクーデター失敗後に公使館の損害賠償を李朝に求めて漢城条約を結び、清とは天津条約を結んだ。甲申政変後の朝鮮半島では、財政が悪化して収奪をする李朝政府や、不平等条約のもとで進出を強める日本と清に対する反発が高まる。それまでの政府内の運動ではなく、生活を脅かされた民衆の反乱が頻発して、農民軍による甲午農民戦争が起きる。日本軍と清軍は農民軍を鎮圧するために出兵したが、鎮圧後の撤退をめぐって日本と清が対立する。日本軍はクーデターによって閔氏政権を倒し、李朝政府を従属下におき、日清戦争が勃発した。日本軍が清軍に勝利すると農民軍は再蜂起したが鎮圧された。日本と清は下関条約を結び、李朝は清との冊封体制から離脱した。日清戦争中に成立した金弘集政権は、近代化政策として甲午改革を進めるが、日本の干渉で実現した政権であるため日本への従属が進む内容となった。井上馨公使の着任後に日本の内政干渉が強まり、大院君や王妃の国政関与の禁止、日本人顧問の大量採用、円借款などが行われた。