戦闘はフロントビュー視点で前後列の概念がある。刀剣類など後列攻撃に向かない武器では命中率とダメージが減少する。行動順はステータスと隊列によって決まり、コマンド選択中は時間が止まる擬似リアルタイムで進行する。行動順が来たキャラは一定の待機時間後に選んだ行動を取る。敵も間に割り込んで行動する為、行動順に気をつけないと敵の連続攻撃で一気に押されてしまうこともある。戦闘時ステータスには耐久力であるHPと、BP（バッテリーポイント）がある。攻撃や非消費アイテム使用にはBPを消費する。強力な装備はBP消費も多く、BPが不足すると通常攻撃すら出来なくなる。HP・BPの上限はキャラのレベルアップ、ドラゴンのレベルアップで上昇する。HP・BPはメーター式であり、回復時は擬似リアルタイム進行に合わせて数値が回復していく為、先を読んで早めに回復しないと受けるダメージや消費に追いつかなくなる。各キャラは個々の戦闘ステータスの他、所持・装備できるアイテム数の違い、得意武器があり、それらを吟味しながら育成を行っていく。得意武器は説明書に記載されているが、どの武器がどのカテゴリに分類されるかなどはゲーム内で分からない為、いまひとつ効果を確認しづらい。戦闘中の状態異常は、行動が一回休みになる「ファンブル（戦闘不能）」、行動選択不能になる「恐慌／暴走」（人間／ドラゴン）、行動不能になる「麻痺／ショート」、HPが減少し続ける「毒／酸」がある。毒は非常に強力であり、戦闘直後に敵全体に毒をかけ放置するだけで戦闘が終わってしまうほどである。他、能力アップ・ダウンなどの「エフェクト（特殊効果）」が存在する。スーパーモノロイドに搭乗するメカ戦闘パートにおいても、基本的には徒歩戦闘と同じである。各登場人物は5種類の機体の間に「マッチポイント」という相性を数値化した値があり、相性の良いモノロイドに搭乗すると攻撃力や命中率が高く発揮される。各人物の得意武器設定も影響を与える。また、ドラゴン各機にもそれぞれ得意武器がある。武器のカテゴリや武器相性などは説明書にも記述が乏しい上、具体的な上昇効果値等が見えないため、登場人物の特性はよく観察した上で装備させる必要がある。戦闘終了後は経験値とエネルギーの他、アイテムの入ったコンテナを入手することがある。コンテナには罠が仕掛けられており、一定のタイミングで開封しないと爆弾が作動しアイテムは失われる。ボスが落とすコンテナにはそこでしか手に入らない強力な武器やアイテムが入っている。
ミッション中には人助けやアイテム発掘などのイベントが用意されており、それらをクリアすると「ポイント」を得る。このポイントはミッション間に使用メニューがあり、能力が低く戦闘に参加させづらいキャラをレベルアップさせたり、HP・BPを個別に育成したり、強力なアイテムと交換することができる。ポイントはイベント以外にも、戦闘後に入手するコンテナから得ることが出来る。
本作の大きな特徴として、アイテムや武器防具は戦闘後に得られる報酬である「エネルギー」を消費して、キムの「開発」コマンドで作成する点が挙げられる。一部の人間回復アイテムはジャニスの「治療」コマンドで作成する。購入するお店等は存在しない。不要アイテムは分解し作成時の半分程度のエネルギーを回収することができる。作成キャラのレベルを上げることで新しい強力な装備を作ることが出来るようになる。作成キャラを戦闘メンバーに加えておけば、マップ探索中にも作成することができ、戦闘しエネルギーを集めつつ回復アイテムを作って補給する等、その場の状況に応じた対応が可能になる。武器の攻撃範囲は単体攻撃・隊列攻撃・全体攻撃の3種がある。雑魚戦では多少弱くとも隊列・全体攻撃の連発で一掃するほうが効率が良く、ボス戦では属性のある強力な武器が向く。一部の武器には属性（高熱・冷気・電撃）があり、属性がある武器で攻撃すると各種追加エフェクトが生じ属性のない武器より高いダメージを与える。ボスキャラは属性別の守備力に顕著な差がある。攻略本によると防具にも属性別の防御力があるようだが、実際には全て同じ数値に揃えられており機能していない。ファンブル、毒などの強力な追加効果を与える武器も存在する。アイテム欄では作成に必要なエネルギーと消費BPしか確認出来ない為、その効果は実際に戦闘で試してみなければわからない。基本的には消費BPが多い武器の方が高い攻撃力を持つが、属性の関係で実際のダメージでは逆転することもある。
シナリオは15の章（ミッション）に分かれている。各ミッションでマップを探索し、ボスを倒す、爆弾を解体する、などのクリア条件を満たすとミッション終了となり、次のミッションへ進むことになる。各章ごとに強制出撃が行われるパイロットや、シナリオの進行につれて戦死や裏切りによって強制離脱する登場人物もあり、プレイヤーは成長が偏らないような平均的な育成の上に、優先的に育成すべき人物の選定を迫られることになる。なお、離脱した人物の能力や装備の引継ぎは行われない。
1135年、セルジューク朝のスルターン・アフマド・サンジャルがマザーリシャリーフでハズラト・アリーの遺体を発見し、墓を作ったと言う。1173年、ゴール朝がバルフを奪回したが、1215年にホラズム・シャー朝に滅ぼされた。1218年からのモンゴル帝国のホラズム・シャー朝攻撃に際してバルフはモンゴルに降伏するが、バルフの動向を警戒したチンギス・カンの命令によって市民は虐殺され、城壁が破壊される。チンギス・カンに仕えた耶律楚材は「大河に臨んで斑城なる町あり、すこぶる富盛なり」と記している。13世紀後半、中国に向かう途中のマルコ・ポーロがバルクを訪れた。その頃のバルクは巴里黒と呼ばれており、ヨーロッパではアレクサンダー大王とダレイオス王の娘ロクサーナが結婚した町として知られていた。タタール（モンゴル）の攻撃によって壮麗な宮殿や大理石造りの美しい邸宅が破壊され廃墟になっていたが、それでも立派な都市であり、モンゴルと他の勢力を分ける国境地帯の街として栄えていたと言う。1318年から26年頃、チャガタイ・ハン国のケベクによってバルフは再興された。1333年にバルフを訪れたイブン・バットゥータは荒廃してはいるものの、堅固で壮大な市街地やモスク、マドラサの遺跡から往時の繁栄の跡が偲ばれると書き残している。1340年頃からチャガタイ・ハン国は分裂し、アフガニスタン北部のうちバルフ川流域はスルドゥス部族によって支配された。1368年に西チャガタイ・ハン国の有力アミール（貴族）であるフサインはバルフを本拠地に定めて防備を固めた。1369年、フサインと対立するアミール・ティムールはバルフに進軍し、包囲の末に街を陥落させる（バルフ包囲戦）。1370年4月9日にティムールはバルフで。臣従の誓い（バイア）を受け、新たな政権を樹立する。。15世紀初頭、明の永楽帝の命を受けた陳誠が「八剌黒」（バルフ）を訪れた。1447年には再びバルフ包囲戦があったという。1480年頃、スルターン・フサイン・バイカラがマザーリシャリーフのハズラト・アリー廟を修復した。1507年に草原地帯から南下を続けるウズベク国家のシャイバーニー朝（ブハラ・ハン国）がアフガニスタンに到達し、サファヴィー朝と衝突した。1510年のマルウ近郊の戦いでシャイバーニー朝は敗北し、一旦は押し戻されたものの、1568年にシャイバーニー朝のアブドゥッラー・ブン・イスカンダルはバルフを占領する。