メインイベントの世界ウェルター級タイトルマッチでは王者マット・ヒューズが挑戦者BJ・ペンからTKO勝ちを収め、リベンジを果たし2度目の王座防衛に成功した。IFC世界ライト級王者ロジャー・ウエルタ、元WEC世界ライト級王者ゲイブ・ルーディジャー、キャリア7戦全勝のタイソン・グリフィン、6戦全勝のエディ・サンチェスがUFCデビュー。
明治10年（1877年）1月、熊本の士池辺吉十郎・佐々友房と会った。このとき、村田は西郷を首相たらしめんとの抱負を開陳した。2月6日、弾薬庫襲撃事件と中原尚雄の西郷刺殺計画への対処についての私学校本部での大評定が開かれ、出兵が決定されたが、村田は黙然としていて積極的に発言しなかった。2月7日、私学校本部に薩軍の本営が設置され、2月13日、大隊の編制がおこなわれた。このとき、桐野利秋が四番大隊指揮長兼総司令となり、村田は二番大隊指揮長になった。2月20日、先発した別府晋介の部隊が川尻に着し、熊本鎮台偵察隊と衝突し、西南戦争（西南の役）の実戦が開始された。21日、相次いで到着した薩軍の大隊は熊本鎮台を包囲攻撃した。村田は篠原国幹・別府晋介とともに背面軍を指揮したが、熊本城は堅城ですぐには陥ちなかった。本営軍議で桐野・篠原らが主張する全軍攻城論と池上四郎・野村忍介・西郷小兵衛らが主張する分進論が対立し、軍議が長引いている間に、政府軍の第一旅団（野津鎮雄）・第二旅団（三好重臣）の南下が始まった。これに対処するために、熊本城攻囲を池上にまかせ、永山弥一郎に海岸線を抑えさせ、桐野利秋（三箇小隊）は山鹿へ、篠原国幹（六箇小隊）は田原へ進出し、村田は別府晋介とともに五箇小隊を率いて木留に出張本営を設け、政府軍を挟撃し、高瀬を占領しようとした。以後1か月余り、互いに勝敗があって戦線が膠着したが、徐々に政府軍に押されて後退した。3月20日、田原坂の戦いに敗れ、次いで4月8日の安政橋口の戦いで敗れて政府南下軍と背面軍・熊本鎮台軍に挟撃される形になった薩軍（党薩各派を含む）は4月14日、熊本城の囲みを解いて木山に退却した。次いで4月21日、矢部浜町に退却し、中隊に編制替えしたとき、村田は池上とともに本営詰となった。4月27日、西郷・村田・池上らは人吉まで退却した。翌日、江代に退却した桐野の主催で開かれた軍議で諸方面の部署を定め、中隊を各地に派遣した。政府軍の攻勢で人吉本営が危うくなると、村田は池上に西郷護衛隊を率いて宮崎の軍務所へ赴かせ、6月1日、自ら指揮して政府軍と戦ったが大敗した。この人吉の攻防戦は田原の戦いに次ぐ西南戦争の節目といわれる。6月17日、村田新八は小林に拠り、振武隊、破竹隊、行進隊、佐土原隊の約1,000名を原田・上江・今西・池島などに配備し、これより1か月近く山田顕義率いる別働第二旅団と川内川を挟んで対峙し、小戦を繰り返した。7月10日、別働第二旅団と第二旅団（三好重臣）が加久藤・飯野に全面攻撃を加えてきたので、配下の諸隊は高原麓、野尻に退却した。11日、小林が陥落した。7月17日と21日、掘与八郎が都城、高城および庄内の薩軍（1,000余名）を率いて高原麓奪還のために政府軍と激戦をしたが、勝てず、庄内、谷頭へ退却した。 7月24日、村田が指揮していた都城方面の部隊が政府軍六箇旅団と戦って大敗し、都城が陥落したので、村田は宮崎へ退いた。7月31日、村田は宮崎の戦いで諸軍を指揮したが敗れたので、さらに北上した。8月3日、桐野は平岩、村田は富高新町、池上は延岡にあって諸軍を指揮したが、美々津の戦で敗れた。8月13日、14日、桐野・村田・池上らは長井村から来て延岡進撃を部署し、本道で指揮したが、延岡の戦いで別働第二旅団・第三旅団・第四旅団・新撰旅団・第一旅団に敗れ、延岡から総退却して和田峠に依った。8月15日、和田峠を中心に布陣し、政府軍と西南の役最後の大戦を試みた。早朝、西郷隆盛自ら桐野・村田・池上・別府らを随えて和田峠頂上で指揮したが、大敗して延岡の回復はならず、長井村へ退いた。これを追って政府軍は長井包囲網をつくった。8月17日夜12時頃、西郷に従い、可愛岳（えのたけ）を突囲した。突囲軍は精鋭300～500名で、前軍は河野主一郎・辺見十郎太、中軍は桐野・村田、後軍は中島健彦・貴島清が率い、池上と別府が約60名を率いて西郷を警護した。この後、宮崎・鹿児島の山岳部を踏破すること10余日、三田井を経て鹿児島へ帰った。9月1日、突囲した薩軍が鹿児島に入り、城山を占拠した。一時、薩軍は鹿児島城下の大半を制したが、上陸展開した政府軍が9月3日に城下の大半を制し、9月6日には城山包囲態勢を完成させた。9月19日に山野田一輔・河野主一郎が西郷救命の軍使となって参軍川村純義のもとに出向く前、村田と池上はその相談に与った。 9月24日、政府軍が城山を総攻撃したとき、西郷隆盛・桐野利秋・桂久武・村田新八・池上四郎・別府晋介・辺見十郎太ら40余名は洞前に整列し、岩崎口に進撃した。途中で西郷が被弾し、島津応吉久能邸門前にて別府の介錯で自決すると、跪いて西郷の自決を見届けた村田らはさらに進撃し、岩崎口の一塁に籠もって交戦した。このとき村田は自決した。享年42。