マーフィーはインビクタのFCデビューを果たしたインヴィクタFC 5：ウォーターソン対ペンネ 2013年4月5日に判定勝ち2013年7月13日に、インヴィクタFC 6：サイボーグ対クーネン にて判定勝ち2013年12月7日ミリアム中本とインヴィクタFC7においてインヴィクタFCバンタム級チャンピオンシップをかけて戦い中本膝の負傷により王座獲得に成功した。
沈没事故の処理が一段落すると、犠牲者の関係者は遺体を回収して埋葬することを求めるようになった。同時に船体を浮揚し、事故の詳細を明らかとすることも求められた。技術的な困難さと、海底から腐敗した遺体を回収することの倫理的問題点が指摘され、加えてサルベージ作業による財政的な負担も懸念された。スウェーデン政府は、沈没地点をコンクリートで覆い埋葬する案を提案した。その準備段階として、数千トンの礫が現場海域に沈められた。スウェーデン、フィンランド、エストニア、ラトビア、ポーランド、デンマーク、ロシア、イギリスによってなされた1995年のエストニア合意（Estonia Agreement 1995）は、事故地点を聖域化し、各国民が沈船に接近することを禁ずるものであった。これは合意に参加しなかった国を拘束できるものでは無かったが、スウェーデン海軍は少なくとも2回の不法な潜水調査を明らかにしている。現場海域は、フィンランド海軍によってレーダーを用いて監視されている。2006年5月8日には、エストニアとスウェーデンの犠牲者の関係者が、合意に参加した各国へ潜水禁止の停止を請願した。これは、新たな証拠を求めて調査する目的であるとするものであり、同時に独立した専門家による透明性のある調査も求めていた。
エストニアの沈没については、陰謀論が存在している。イギリスの左派系週刊誌ニュー・ステーツマンによれば、ドイツのジャーナリストユッタ・ラーベが主張するところでは、違法に入手したエストニアの船首部分の破片を研究所で検査したところ、爆発の痕跡があったとしており、バルト海沿岸諸国とイギリスによるエストニアの沈船調査を拒否する合意は、諜報活動としてロシアの軍事物資を民間のフェリーを使用して密輸した事を隠蔽するものであると、疑惑を向けている。JAICの一員はこれを否定しており、破片に残された損傷はバウバイザーの脱落によるものであるとした。JAICは、ドイツ連邦材料試験研究所の調査結果を引用し、ユッタ・ラーベの試料は、爆発を証明するものではないとした。この陰謀論の背景には、2004年11月のスウェーデン・テレビの報道から始まった調査が存在している。スウェーデンの元税関職員が、エストニアは1994年9月に軍需物資の輸送に用いられていたと主張した。スウェーデンとエストニアの両政府はこれを受けて調査を開始し、1994年9月14日から20日にかけて爆発物ではないものの軍需物資が積載されたことを確認した。スウェーデンの国防省によれば、沈没当日には積み込まれておらず、スウェーデン税関による事前検査でも、当日に異常な活動は報告されていなかった。
車両規格は、東山線・名城線・名港線車両が標準軌（1435mm軌間）・第三軌条集電式（直流600V）の15.5m級3扉車となっているのに対し、鶴舞線・桜通線・上飯田線が狭軌（1067mm軌間）・架線集電式（直流1500V）の20m級4扉車と大きな差がある。非冷房車については車齢25年を目安に冷房車へと置き換え、2000年に100%冷房化を達成した。それ以降に予定された初期冷房車の置き換えについてはこれよりも緩やかに進める模様であったが、東山線の5000形については同様に、最終増備から25年後に当たる2015年に営業運転を終了するよう計画が前倒しされ、同年8月30日をもって営業運転を終了した。車両横に貼ってあるラインカラー標示は従来、ラインカラーの横線を縦に5本、長方形に並べたもので、その下に英語表記付きで路線名が入っていた。名城線・名港線用の車両は名城線のみ書かれていた。7000形以降の増備車からはラインカラーに塗られた地下鉄のシンボルマーク（右側に英語表記付きの路線名が入る）に変更されている。在来車は名城線・名港線用車両以外変更はなかったが、2015年夏頃から順次貼り替えが進んでいる。編成は上飯田線用の7000形が4両、桜通線用の6000形と6050形が5両、その他の4路線が6両であり、座席は7000形のみセミクロスシート、その他はオールロングシートとなっている。製造会社は日本車輌製造と日立製作所の2社であるが、2007年度から2015年度にかけて導入された東山線N1000形や2012年度以降に導入された鶴舞線N3000形N3102編成以降、2009年度から2010年度にかけて導入された桜通線6050形はいわゆる「日車式ブロック工法」を採用するなど、ここ数年は日本車輌での製造が主流になりつつあった。一方で、日立製作所はアルミニウム合金車体の車両「A-train」工法に特化して、ステンレス車体の車両の製作を行わなくなってきているものの、2011年10月に落成したN3000形N3101編成は日立製作所にて「A-train」工法で製造された。台車は基本的に東山線・名城（名港）線の車両は日本車両製のを、鶴舞線・桜通線・上飯田線の車両は、住友金属（現・日本製鉄）製のを採用している。都営地下鉄などと同様、車両の形式は「系」ではなく「形」と表記し、読みも「がた」である。また、車両内に鏡を設置しているのも特徴である。2007年に導入されたN1000形から、既存車両の老朽置き換え用車両の型式には「N」が付くようになった。NはNewやNagoyaの頭文字から取られている。