2010年7月31日にオクタビオ・ドーテルとのトレードで、ジェームズ・マクドナルドと共にピッツバーグ・パイレーツへ移籍した。2012年は手首の故障でほとんどの試合を欠場した。2013年AA級アルトゥーナ・カーブでプレーし、4月8日の試合ではサイクル安打を達成した。 8月12日にメジャー初昇格し、翌13日のセントルイス・カージナルス戦でメジャーデビューした。2015年も開幕から25人枠に入ったが、5月6日に左足底筋膜炎で15日間の故障者リスト入り、6月26日には60日間の故障者リストに移行しそのままシーズンを終え、20試合の出場に留まった。
2007年のMLBドラフト4巡目（全体146位）でロサンゼルス・ドジャースから指名され、プロ入り。2009年にはAA級チャタヌーガ・ルックアウツでプレーし、サザンリーグのオールスターゲームに出場した。2010年5月1日に禁止薬物違反として50試合の出場停止処分を受けた。
東武鉄道から寄贈された10号機が、1968年（昭和43年）から復元（歯車関係は未復元）の上、準鉄道記念物として大宮総合車両センターに静態保存されていたが、2007年（平成19年）10月14日、さいたま市大宮区に開館した鉄道博物館に移設の上で展示されている。展示に際して重整備が行われ、アプト式機構が復元された。展示に際しては、車体の下に設けられた通路からピニオンギアとラックレールが噛み合う仕組みを観察できるようになっている。2018年（平成30年）3月9日に国の重要文化財に指定することを文化審議会が答申し、重要文化財指定が内定した。同年10月31日の官報で文部科学省告示（官報号外第239号：文部科学省告示 第二百八号）により、重要文化財の正式な指定がなされた。
国鉄から私鉄へは、2両（6, 10）が1947年（昭和22年）に東武鉄道へ、3両（9, 11, 14）が駿豆鉄道（現在の伊豆箱根鉄道駿豆線）へ、2両（3, 4）が南海電気鉄道へ譲渡されている。その際、ラック式用の機器（ピニオン（歯車）用の電動機、歯車等の駆動装置）は取り外されている。また、南海電気鉄道へ譲渡された2両のうちED404は後年秋田中央交通へ再譲渡された。
基本的に一貫して横川機関庫（1936年9月1日付で横川機関区に改称）に配置され、信越本線の横川 - 軽井沢間で使用されたが、ED42形の増備と老朽化により、1943年（昭和18年）7月から廃車が開始され、1952年（昭和27年）3月に廃車された13号機をもって、全車が除籍された。国有鉄道時代に横軽間以外の線区で使用された記録としては、1951年（昭和26年）7月にED40 13がラック関係機器を下ろして富山港線で使用されていたという記録がある。
スイスの自然愛好家ルイス・アガシズによって1843年に初めてmantelli種が同定された。最も完全な骨格は1890年にチャールズ・Ｈ・スターンバーグが発見し、1907年に発表された。この標本はほぼ完全に連続した脊柱と250本の歯が含まれていたが、サメの骨格は軟骨で構成されているため化石化しにくく、このように保存されることは非常に希である。カンザス州ゴーヴ郡ハックベリークリークから発掘されたこの標本は全長6.1メートルのサメと推定され、チャールズはOxyrhina属mantelli種と命名した。後に他の標本が発見された。1891年にジョージ・スタンバーグが発見した標本はミュンヘンの博物館に保管され、全長6.1メートルと報告された。この標本は第2次世界大戦においてミュンヘンへの爆撃で破壊された。
クレトキシリナは当時最大のサメであり、海洋捕食者の上位に位置していた。ティロサウルス（モササウルス類）、エラスモサウルス（プレシオサウルス類）、シファクテヌス（硬骨魚類）、アーケロン（プロトステガ科のカメ）など様々な海洋生物を捕食していたことが化石記録から判明している。
クレトキシリナは先述のように理解が進んでいる古代ザメの1つであり、保存状態の良い標本から詳細な形態が判明している。最大7センチメートルに達する湾曲した歯が発見されており、滑らかな縁を持ち厚いエナメル層に覆われていた。クレトキシリナのアゴには7列の歯列が存在し、上アゴには1列ごとに34本、下アゴには1列ごとに36本の歯が並んでいた。mentelli種は最大7メートルに達し、これは一般的なホオジロザメの全長を超えている。
学名は「白亜紀の鋭い鼻」を意味するが、クレトキシリナの鼻は実際にはそこまで鋭くはないとされている。mantelli種はイグアノドンを発見したことで知られるイギリスの古生物学者ギデオン・マンテルにちなんだ種小名を与えられている。denticulata種は「小さな歯を持つ」という意味の種小名を与えられており、これは同種の歯の大半に咬頭と呼ばれる突起が見られたことに由来する。Vraconensisは地名ヴラコンにちなんでいる。
南海に譲渡された2両は、5161形5161・5162に改められた。本形式の性能上、低速でしか運転できないため、主に入換え用として使用された。5161は、1952年まで使用されたが、5162（旧ED404）は、1949年（昭和24年）に秋田中央交通に再譲渡され、こちらはED40形401に改番された。転出時に帝國車輛工業で凸形車体に改造されていたが、1953年（昭和28年）に東京急行電鉄からデワ3001（←東急デワ3002←東急デト3013）が転入すると、入れ替わりに東横車輌碑文谷工場に送られ、翌年8月に解体となった。東急側に機関車としての使用意図はなく、主電動機の捲線に用いられる銅の売却利益が目当てであったといわれる。車体解体後も台枠のみ車輪付きの作業台として残存していたが、その後これも解体されている。