2011年（平成23年）の九州新幹線整備に伴い、新幹線駅舎が先行し整備された。また、在来線駅舎は2018年3月の在来線高架化完了により取り壊され、2019年（平成31年）3月16日に建築家安藤忠雄氏デザインの駅舎に建て替わった。駅舎デザインは、日本三名城の1つ熊本城や雄大な自然をイメージしたもので、出入口の門柱は城門、防風壁は長塀を模すなど熊本城の持つ「和」の心をイメージしつつ、ガラス張りの壁を採り入れる事で、ホームから熊本の街並みを眺望できるよう配慮されている。2019年度には、駅前広場が現在の1.6倍に拡大し整備される。
森ビル都市企画を代表者とする企業グループによる再開発。熊本駅正面からペデストリアンデッキで結ばれ、情報交流施設、図書館、熊本の食をテーマにした食料品店、ファッションブランドなどが入居する「くまもと森都心プラザ」（地上6階、地下1階）、地権者が入る権利者棟「春日ヒルズ」（地上2階）、超高層タワーマンションの「ザ･熊本タワー」（地上35階、地下1階）で構成される。その他にも、交流広場や坪井川を利用した親水公園等を含んだ施設がある。2012年3月までにすべて完成した。。
駅南側の春日2丁目（月星化成工場跡）では、国土交通省九州地方整備局により、国の合同庁舎が熊本城敷地から移転改築された。A棟は2010年3月完成、鉄骨造・地上12階地下1階建て、延べ床面積26,000m²で、九州財務局、九州農政局、九州総合通信局、熊本労働局、九州地方整備局営繕事務所、熊本地方気象台が入居し職員数は約1600人程度となる。B棟はPFI方式により建設され、熊本行政評価事務所、熊本国税局、熊本国税不服審判所、熊本西税務署、熊本統計・情報センター、自衛隊熊本地方協力本部、長崎税関八代税関支署熊本出張所、九州地方環境事務所が入居している。両棟合わせた延べ床面積は約52,000m²となり、福岡の合同庁舎を上回り九州最大規模となる。
2011年に九州新幹線が開業、2019年に在来線の高架化事業の完成と共に、駅やその周辺ではさまざまな再開発事業が計画された。
周辺は熊本駅周辺整備事業が進行中である。熊本市の代表駅となるターミナル駅であるが、市街地である下通などとは直線距離にて2kmほど離れており、熊本市交通局やバスでの移動となる。そのことや、花岡山と坪井川に挟まれた土地という、地理的制約もあり、元来、駅周辺は東口側に小さな土産物屋などか僅かにあるのみで、都市規模に対して、発展しているとは言えなかった。また、西口（新幹線口）は、車両基地のあった場所で、開発は全くされず、無秩序に家が立ち並ぶ状況であった。2011年に九州新幹線（鹿児島ルート）が開業することになり、それにあわせて新幹線の駅舎、ホームが建設、また西口が新設されることになると、駅周辺では開発が一気に進んだ。東口（白川口）側では、高層ビル・高層マンション（例として、2007年開業の東横イン熊本駅前、2012年竣工のザ・熊本タワー）の建設が進み、集積が進んでいる。また、月星化成工場の跡地には九州最大級となる、合同庁舎が建設された。また、駅ビルの建設の計画がある。一方、西口（新幹線口）側は戸建ての住宅地として開発された。すぐに山があるため、駅裏という印象が強い。こちらもマンション建設などがすすみ、集積が進みつつあるが、商業施設などはほとんどない。また、在来線高架化とともに、都市計画道路が新設されている。（詳しくは後述。）
2014年3月改正時点では、高速貨物列車のみ1日6往復停車する。そのうち1往復が当駅終着、1往復が当駅始発となっている。上り列車の行き先は東京貨物ターミナル駅や名古屋貨物ターミナル駅、大阪貨物ターミナル駅など。
カルタゴ軍は東側の丘に分遣隊を派遣して、他のギリシア都市からの援軍が来た場合に備えた。初日の攻撃はおそらくは北側から行われ、カンパニア傭兵の支援の下、6台の攻城塔と破城槌が使用された。破城槌には火での攻撃に耐えられるように、鉄の覆いがついていた。セリヌスは長年にわたり攻城戦を経験しておらず、対処する知識も十分でなかった。攻城塔は城壁よりも高く、内部には多くの投石兵と投擲兵器を担当する兵が乗っていた。これらの兵士は城壁上のセリヌス兵を攻撃し、追い払った。続いて破城槌が前進し、城壁を破壊した。しかしながら、続いて行われたカンパニア歩兵の攻撃は、終日の戦闘の後に撃退された。理由の一部は、城壁の瓦礫が十分に除去できず、カルタゴ軍の動きを阻害したためであった。セリヌスの男性がカルタゴ軍と戦っている間、女性と老人は城壁まで補給物資を運び、また破壊された城壁を修復した。夜になってカルタゴ軍は攻撃を中止し、野営地に引き上げた。セリヌスはこの機会を利用して、再びアクラガス、ゲラおよびシュラクサイに救援を要請し、城壁を補修した。救援要請は馬で運ばれ、2日の内にシュラクサイに到着した。シュラクサイからの援軍は5日間で到着可能なはずであった。アクラガスとゲラはシュラクサイの反応を待つこととした。シュラクサイはレオンティノイとナクソスと交戦中であったが、これを中止して救援軍を送ることとした。しかし、その準備は、セリヌスが長期にわたってカルタゴの攻撃に耐えられるとの前提で行われた。実際にはカルタゴ軍は攻城戦に長けていたため、この想定は誤っていた。ある学者は、紀元前5世紀のギリシア都市の中では、アテナイが攻城戦において最も強力との評判があったが、オリエント国家やカルタゴの能力と比較した場合、その評判は盲目の人間と片目の人間を比較するようなもの、と述べている。