この寺の所在地付近は、平安京の火葬地であった鳥部野（鳥辺野）の入口にあたり、現世と他界の境にあたると考えられ、「六道の辻」と呼ばれた。「六道の辻」は五条通（現在の松原通）沿いの六道珍皇寺門前やその西方の西福寺付近とされている。創建は延暦年間（782年〜805年）とされ、開基は、奈良の大安寺の住持で弘法大師の師にあたる慶俊とされる。異説として空海（「叡山記録」ほか）や小野篁（『伊呂波字類抄』『今昔物語集』）などとする説のほか、かつてこの地に住した豪族鳥部氏の氏寺（鳥部寺、宝皇寺）がその前身であるともいう。さらに東寺百合文書の「山城国珍皇寺領坪付案」という文書（長保4年・1002年）には、珍皇寺は承和3年（836年）に山代淡海が創建したとある。藤原道長の日記『御堂関白記』長保6年3月12日（1004年4月4日）条にある「珎光寺」は珍皇寺を指すとみなされる。近世の地誌類には「珍篁寺」と書かれることもあり、寺号は本来「ちんのうじ」ではなく「ちんこうじ」と読まれていたと考えられている。珍皇寺には念仏寺、愛宕寺（おたぎでら）などの別称もあり、『伊呂波字類抄』『山城名跡巡行志』は、珍皇寺の別名を愛宕寺とするが、愛宕寺が珍皇寺と念仏寺に分かれたともいう。東山区松原通大和大路東入る弓矢町（珍皇寺の西方）には念仏寺という寺があったが、大正年間に右京区嵯峨鳥居本に移転した（愛宕念仏寺の項を参照）。鎌倉時代までは東寺の末寺として多くの寺領と伽藍を有したが、南北朝時代以降、寺領の多くが建仁寺の所有に転じたことと戦乱により衰退し、中世後期の寺史はあきらかではない。貞治3年（1364年）、建仁寺から聞溪良聰が入寺して再興、この際に臨済宗に改められた。明治に入り一時建仁寺に併合された時期もあったが、明治43年（1910年）に独立した。
さいたま市西区西部の沖積平野に位置する。地区の中央を2本の自然堤防が南北に見られる。荒川の堤防沿いに位置し、西約半分が堤外の河川敷となっている。一部は荒川右岸側にあり、これは荒川がかつて現在よりも西を流れていた名残である。指扇周辺は西遊馬団地など住宅地となっているが、南部は専ら農地となっている。新川が流れ、水田の余水を排水していた。北部は滝沼川が流れる。荒川堤防では堤防の嵩上げ工事としてさいたま築堤事業が進行している。地内に防災ステーションも建設する予定となっている。
4代準男爵エドワード・シーモア(8代サマセット公を継承する6代準男爵の祖父)が後妻レティシア・ポパムとの間に儲けた次男フランシス・シーモア(1679–1732)は、1699年に母の叔母の嫁ぎ先であるコンウェイ子爵(コンウェイ伯爵)コンウェイ家の家名を加えて「シーモア＝コンウェイ（Seymour-Conway）」と改名した。そして庶民院議員を務めた後の1703年3月17日にラグリーのコンウェイ男爵(イングランド貴族)、1712年10月16日にコンウェイ＝キルルター男爵位(アイルランド貴族)に叙せられた。その息子である第2代コンウェイ男爵フランシス・シーモア＝コンウェイ(1718–1794)は、駐フランス大使やアイルランド総督などを務め、1750年8月3日にハートフォード伯爵位とビーチャム子爵位、1793年7月5日にハートフォード侯爵位とヤーマス伯爵位に叙せられた(すべてグレートブリテン貴族)。これによりハートフォード侯爵家が生まれ、以降彼の男系男子によって継承されていく。初代侯の息子である2代侯フランシス・シーモア＝コンウェイ(1743–1822)は、1807年に勅許を得て後妻の家名を加えて「イングラム＝シーモア＝コンウェイ（Ingram-Seymour-Conway）」に改姓している。しかしその息子である3代侯フランシス・シーモア＝コンウェイ(1777–1842)は改姓していない。3代候の息子である4代侯リチャード・シーモア＝コンウェイ(1800–1870)には子供が非嫡出子リチャード・ウォレスしかなく、爵位を継承させられなかった(リチャード・ウォレスは新規で準男爵に叙せられている)。しかし4代侯は集めた美術品の多くをこの非嫡出子に遺しており、これらはウォレス・コレクションと呼ばれた。一方ハートフォード侯爵の爵位は初代侯にさかのぼっての分流であり、コンウェイを家名にしていないフランシス・シーモア(5代侯)(1812–1884)に継承された。その孫である7代ハートフォード侯ジョージ・シーモア(1871–1940)はエドワード・シーモア(1860-1931)が1923年に第16代サマセット公爵位を継承した際に、エドワードの曽祖父とその妻は正規の結婚関係ではなく、したがってエドワードは庶子の子孫にあたるのでサマセット公爵位の継承権がなく、公爵位を継ぐべきは自分であると主張した。この論争と調査は長く続き、貴族院にも持ち込まれたが、2年後にハートフォード侯の主張は退けられ、エドワードの16代サマセット公爵位継承が確定している。2016年現在の当主はその孫である9代ハートフォード侯ヘンリー・シーモア(1958-)である。本邸はウォリックシャー・オルスターのラグリー・ホール。家訓は「信頼と愛によって(Fide et Amore)」