従来の生化学は生体分子を分子構造で捉えるというよりも、他の生体分子との関連性によって捉えていたが、生物有機化学においては分子そのものの分子構造を有機化学的に捉えることにより、よりミクロな現象を明らかにするところを主題目とする。核酸、タンパク質、脂肪いずれにおいても、ある生体物質の変換を生化学的アプローチと有機化学的アプローチを比べてみるとその特性が全く異なることに気づかされる。例えば、脂肪からグリセリンと脂肪酸（特に脂肪酸ナトリウム塩が石鹸であることに注意してもらいたい）とに加水分解する反応を取り上げてみても、石鹸工場、すなわち有機化学プロセスでは、水酸化ナトリウムなど強アルカリ存在下煮沸させて反応を進行させる。一方、生体内での生化学的プロセスでは30～40℃の環境下で、しかも脂肪以外の生体物質が混在する中で、酵素リパーゼは脂肪だけを選択的に加水分解する。一方、有機化学プロセスはその反応論的過程は大抵のものが明確になっているが、酵素の反応論的過程は、近年では計算化学によるシミュレーションや放射光X線解析、タンパク質NMR解析などの進歩により酵素反応の遷移状態解明が進んできたとはいえ、それらがいまだに不明の酵素も数多く存在する。これらの生化学と一般有機化学の鬩ぎ合いの中で、新しい有機化学の方法論を見出してゆくのが生物有機化学の大きなテーマである。近年では、この学問領域のことを、ケミカルバイオロジーと呼ばれることもある。
新生代の第四紀には上田盆地は湖の底であった。この湖成層は形成された時代により、古期上小湖成層と新期上小湖成層に区分される。古期上小湖成層は上田盆地の周辺部のやや高い部分に分布し、新期上小湖成層は盆地中央部の低地や塩田平の川沿いなどで露出している。新期上小湖成層は、2万8000年前という値が得られ、塩田平の地層からナウマンゾウの化石が出土した。
河川敷と両側にある岩体（山）の標高差は、約 100mで、左岸側の崖の上は別所層に貫入してきた石英角閃石ひん岩で構成されている。頂上部は平坦でかつての千曲川によって堆積した河床礫を見ることが出来る。右岸側は内村累層の緑色凝灰岩で構成されている。右岸と左岸は全く異なる地質で、千曲川断層と呼ばれる断層の存在が示唆されている。坂城町にかけての左岸側は千曲川に沿って急峻な斜面が直線状に続いている。
盆地の東部を南東から北西方向に千曲川が貫流する。南東では、東の烏帽子火山群の裾野と、南の北八ヶ岳から流下した火山噴出物や泥流によって形成された台地である御牧ヶ原や八重原とに挟まれた狭隘部で上流側の佐久盆地と区分され、北西では坂城から千曲市（旧戸倉）にかけての狭隘部（地名：岩鼻）を経て下流の長野盆地に続く。千曲川右岸では扇状地起源の段丘地形が発達し、上田城を中心とする上田市の中心市街地もこうした段丘上に位置する。千曲川左岸からは浦野川（うらのがわ）と産川（うぶがわ、さんがわ）が北流して上田市下塩尻付近で千曲川に合流するが、産川と千曲川の間には低位段丘とそれに続く山地があって、千曲川沿いの盆地東部と浦野川・産川によって形成された盆地西部とを分ける。「塩田平」と呼ばれるのは、この西側の盆地、特に産川沿いの平坦地である（上田盆地全体を「塩田平」と呼ぶわけではない）。塩田平は、かつて湖であったものが産川や浦野川によって埋め立てられたものと考えられている。
上田盆地（うえだぼんち）は、長野県東部（東信地方）、千曲川中流域に位置する盆地。現在は、ほぼ全域が上田市に属する。上田平（うえだだいら）と呼ばれることもあり、盆地の西半部は特に塩田平（しおだだいら）と呼ばれる。上田盆地は、長野県歌として知られる「信濃の国」に挙げられる「四つの平」には含まれていないが、佐久平（佐久盆地）とともに東信地方の中核をなす平坦地（平）の1つである。
エンデュアランス号は12月5日にウェッデル海へ向けてサウスジョージアを出発し、ヴァーゼル湾へ進路を向けた。船が南へ進むと流氷に遭遇し進みが遅れた。ウェッデル湾の奥に入ると状況は徐々に悪化し、1915年1月19日にエンデュアランス号は流氷に囲まれた。2月24日には、翌春になるまで閉じ込められたままとなることを認め、シャクルトンは船の日常業務を中止して越冬基地とすることを命じた。船は続く数ヶ月、氷とともにゆっくりと北へ流された。9月に春が到来すると、割れた氷が動き船体に強い圧力をかけた。このときまで、シャクルトンは船が氷から解放され、ヴァーゼル海へ戻ることが可能になることを期待していた。しかし10月24日、海水が浸み込み始めた。数日後、南緯69°5'、西経51°30'の地点で船を放棄する命令を下した。そして隊員と食糧、装備を氷の上のキャンプへ移した。1915年11月21日、船の残骸が完全に氷の下へ沈んだ。ほぼ2か月間、シャクルトンと隊員は大きな浮氷の上でキャンプし、貯蔵品があることが判っている約250マイル (402 km)離れたポーレット島へ流されることを願っていた。氷を越えてこの島へ向かう試みに失敗した後、シャクルトンは別の浮氷の上により恒久的なキャンプ（ペイシャンス・キャンプ（Patience Camp））を設置し、氷が彼らを安全な陸地へ運ぶことに期待することにした。4月9日、浮氷が二つに割れたことから、シャクルトンは隊員に救命艇へ移り、一番近い陸地へ向かうことを命じた。海上で5日間苦闘した後、疲弊した彼らはエンデュアランス号が沈没した地点から346マイル (557 km)離れたエレファント島に上陸した。シャクルトンは隊員のことを気にかけており、救命艇の航海中に手袋を無くした写真家のフランク・ハーレーに自分の手袋を与えた。その結果、シャクルトンの指が凍傷になった。