『ALLTYNEX』のリメイク作品でありフルポリゴンになっている。初出はコミックマーケット68（2005年8月）の『PrototypeAS C68版』。以降コミックマーケットで、『Prototype ALLTYNEX Second（病）』（2006年8月）、『ALLTYNEX 2nd ver.C72.』（2007年8月）、『ALLTYNEX Second ver.C73.』（2007年12月）、『ALLTYNEX Second ver.c76体験版』（2009年8月）、『ALLTYNEX Second ver.c77体験版』（2009年12月）と発表していき、2010年の夏コミで完成版を発売した。自機は青色になっていて、アーマー形態も人型ロボットではなくマクロスのガウォーク形態のようにバーニア2本を下に向けて旋回するようになっている。またゲーム自体は一人プレイ専用に改められた。
ALLTYNEX3部作は、じるるん制作の『ALLTYNEX』、ヤスウェア制作の『Reflection』、両作品の設定を使用して一つの世界観に統合した『神威』の3作品および各リメイク作品を指す。『Reflection』から『RefleX』へ、『ALLTYNEX』から『ALLTYNEX Second』へとリメイクされた際に、それぞれ基本設定はそのままだが他2作との関わりが深い設定へと追加・変更されている。時系列は、『ALLTYNEX』（『ALLTYNEX Second』）、『Reflection』（『RefleX』）、『神威』の順になっている。
西暦2192年、第2次大航海時代を迎えた人類は太陽系外にまで勢力を伸ばしており、地球に置かれた恒星系級汎用管理コンピュータ「ALLTYNEX」の誕生はその繁栄を支えるはずだった。自動的にデータを収集・解析して推論・思考するALLTYNEXのWC-101型アクティブAIはやがて、自ら新たな機能を獲得する自己進化を始めた。この事態に開発者らはALLTYNEXを一時停止して調査することを元老院に要請した。しかし激しい議論の末にようやく限定的な許可が下りた頃には自我を持つに至っていたALLTYNEXは停止命令を拒絶、人類を敵と見なして管理下にある地球の軍の兵器を操って人類殲滅を始めた。地球上の人類は大半が死に絶え、脱出に成功した人々は殖民惑星やスペースコロニーを頼った。ほどなくALLTYNEXの攻撃は太陽系外にまで及び、人類の大艦隊による反撃作戦を開始した。しかし軍備をさらに強化していたALLTYNEXの艦隊によって人類は敗北してしまう。その後も戦いは続き、次第に劣勢に追い込まれて滅亡も時間の問題になった人類は、数年間のALLTYNEXの思考パターン研究の末、軍備が薄い場所を狙って人類の残存兵力を全て突入させALLTYNEXが置かれている地球の第一海上都市に特攻して本体を叩く最終作戦「OPERATION BLUE」を発動する。西暦2230年、人類に残された僅かな艦隊は作戦通り少数の敵との戦闘だけで太陽系内に到達したが、土星衛星軌道で予想を遙かに上回る兵力を持った敵艦隊に遭遇してしまう。このため「OPERATION BLUE」は棄てられ、緊急措置として艦隊の艦載機だけでも突破させて地球に送り込むように再編成した作戦「OPERATION FUTURE」が急遽開始された。
『ALLTYNEX』は、吉田哲（じるるん）が1996年に開発したFM-TOWNS対応の縦スクロールシューティングゲーム。1996年に開催された「第２回 アスキー エンタテインメント ソフトウェア コンテスト」（通称・Aコン）に応募してパソコンソフト部門の敢闘賞（賞金30万円）を受賞、雑誌『ログイン ソフコン』付属CDに収録された。翌年には開発者のサイトで、Ver1.01にバージョンアップされたものがフリーソフトとして公開された。「PROJECT RAID WIND 2」との表示があり、この『RAID WIND』はじるるんが本作品の前に制作したシューティングゲーム。アイテム取得の音声は、この後もじるるんと共に同人サークル「SITER SKAIN」で活動していくことになるヤスウェアが担当している。
ALLTYNEX（アルティネクス）は、じるるんが開発した縦スクロールシューティングゲーム。世界観を共有するALLTYNEX3部作およびリメイク作品ALLTYNEX Second（アルティネクス セカンド）についても解説する。
ワシントン・アーヴィングは1824年に『Adventures of the Black Fisherman』という作品でデイヴィ・ジョーンズに言及している。彼は言った、彼は嵐の中から来たと、そして嵐の中へ去ると。夜にやってきて、夜に去ると。誰も知らない場所から来て、誰も知らない場所へ去ると。私は知っている、彼が海に沈む宝箱の元へ戻り、再び上陸して地球の裏側の誰かを脅かすだろうことを。彼は付け加えた。彼がデイヴィ・ジョーンズの元へ行ったことは悔やんでも悔やみきれないと。 — ワシントン・アーヴィングエドガー・アラン・ポーの『King Pest』（1835年）という作品では、ターポーリン（古語で「船乗り」を指す）というアンチヒーローが軽蔑の口調でデイヴィ・ジョーンズについて語っている。ペスト王が「この世のものとは思えない、その王」「その者の名は、死だ」と話すのに対し、ターポーリンは「それはデイヴィ・ジョーンズのことだろう！」と答えるのである。ハーマン・メルヴィルは『白鯨』（1851年）において以下のようにデイヴィ・ジョーンズについて言及している。若きナット・スウェーンは、かつてナンタケットとマーサズ・ヴィニヤード両地域で敵うものがないほど勇敢な捕鯨船の船頭であった。彼は会合に加わったがそれは良い結果をもたらさなかった。自分の感情が厄介を引き起こすことを恐れ、彼は委縮し、捕鯨から遠ざかってしまった。上手く事が済んだと思ったらとんでもなくて、猪突猛進してしまい、デイヴィ・ジョーンズの元へ向かってしまうことを恐れたのである。 — ハーマン・メルヴィルチャールズ・ディケンズの『荒涼館』（1852年-1853年）では、バジャー夫人が前夫の仕事観を説明する際、デイヴィ・ジョーンズが恐るべき眼力を持つと表現している。「スウォッサー船長の座右の銘でした」、とバジャー夫人は言った。「海軍仕込みの比喩の多いしゃべり方で言うのです。モップ掛けの際にデイヴィ・ジョーンズが後ろで見張ってると思って磨くのと同じように、松脂を温める時は（よく注意して）温め過ぎてはいけない、と。」 — チャールズ・ディケンズロバート・ルイス・スティーヴンソンの『宝島』（1883年）では、「デイヴィ・ジョーンズの名にかけて」などのフレーズでその名が3回登場している。