河森は作品タイトルの「フロンティア」という言葉について、肯定的な「新天地」という意味のほかに「新大陸発見から先住民の虐殺に至る、現実の歴史のメタファーでもあったんです」「要するに白人のインディアン侵略と重ねているわけですしね」と説明している。未知の生命体による侵略という点で、フロンティア船団の宇宙移民とバジュラの関係は物語終盤に逆転することになる。バジュラ母星の決戦後も、グレイスらギャラクシー首謀者は船団内のネットワークにおり、「とりあえずはバジュラを利用されるのは阻止できた」（河森）という段階である。ギャラクシー船団の所在について、シリーズ構成担当の吉野弘幸は「無傷ですね。今もどこかの小惑星帯に隠れているか」と述べている。
バジュラの生息宙域から逃れるため、フロンティア船団は800光年先への第七次超長距離フォールドを決行する。ランカ・アタックを囮にしてバジュラを一掃する「シンデレラの角笛」作戦が成功し、ランカは救世主に祭り上げられる。平穏も束の間、開戦時に船体に産み付けられたバジュラが第二形態となって大量発生し、フロンティア内部を蹂躙する。フォールド爆弾「リトルガール」でアイランド3もろとも消滅させるが、この戦闘で船団の環境は回復不可能なレベルに悪化し、航続可能期間は3か月に縮まる。三島は混乱に乗じてハワード・グラス大統領を暗殺し、第5代新大統領に就任する。ランカは幼少期の記憶を取り戻すにつれ人類とバジュラの板挟みに苦しむようになり、ランカとの交流を経て感情が芽生えたブレラとともにフロンティア船団から出奔、バジュラたちの本星へと向かう。また、グラス大統領の実娘キャサリンを通して三島の陰謀を知ったS.M.Sも新統合軍への編入を拒み、母艦マクロス・クォーターを無断発進させ、フロンティアから一時離脱する。
グレイスはガリア4に駐留する第33海兵部隊のテムジンと内通して、シェリルのガリア4慰問公演で反乱を起こさせる。人質作戦がランカの救援により失敗すると、グレイスみずからフォールド爆弾「ディメンション・イーター」を起爆し、SDFN-4グローバルの地下に潜んでいた準女王バジュラを追い立て、フロンティア船団へと向かわせる。新統合軍はナイト級・ビショップ級空母との大規模艦隊戦において、全面戦争を意味する反応兵器の投入に踏み切る。その戦闘中、ランカが準女王バジュラとの交感能力を示したことで、ギャラクシー中枢はプロジェクト・フェアリーを放棄し、ランカを「リトルクイーン」として利用する計画に修正する。グレイスはシェリルを見捨て、ランカのマネージャーに就任する。バジュラが反応兵器への耐性を発現したため、ランカの歌でバジュラを撹乱する「ランカ・アタック」が「ミンメイ・アタック」の再現として期待される。
2059年3月、シェリルのフロンティア公演当日、フォールド波に誘導された大型・小型バジュラの群れがフロンティア船団を急襲し、母船アイランド1内に侵入する。S.M.Sはビルラーの命を受け、新統合軍に協力してバジュラ戦役に参加する。ギャラクシー船団はバジュラの襲撃を受けたと偽の救援要請を発したのち消息を絶ち、小惑星帯に姿を隠す。フロンティア政府はバジュラの存在を市民に公表し、非常事態宣言を発令する。ギャラクシー難民船救出作戦においてナイト級バジュラのフォールド断層突破能力が確認され、船団内ではV型ウイルスに感染した生物の異変など、環境への影響が表れはじめる。グレイスはシェリルのマネージャーとしての立場を借り、船団のネットワークに侵入。プロジェクト・フェアリーのオプションとして、歌手デビューしたランカ（コード「Q1」）を部下のサイバーグラント、ブレラ・スターンの観察下に置く。また、男性諜報員「G」に扮して政府のバジュラ対策責任者レオン・三島に接近し、技術供与と引換えに協力を得る。三島は裏でグレイス、ビルラー双方と立ち回ることで、政治的野心をあらわにする。
2059年、ギャラクシー中枢は人類にバジュラの脅威を知らしめるため、他の移民船団にバジュラを誘導して交戦させる「オペレーション・カニバル（共食い作戦）」を実行に移す。その作戦対象として、バジュラの生息宙域の方向へ航行中のフロンティア船団が選ばれる。フロンティア船団がバイオプラント構造ゆえに環境変化に脆く、インプラント化を禁止していることも選定理由となる。シェリルは「銀河の妖精」と呼ばれる大スターに成長するが、プロジェクト・フェアリーは失敗の可能性が強まる。グレイスはシェリルの能力開発を兼ねて銀河横断ツアーを計画し、最終公演地にフロンティア船団を選ぶ。
長承元年（1132年）、誕生。初名は通基。父の通基より持仏堂の持明院（祖父の基頼が創建）を継承する。久安元年（1145年）11月、叙爵（従五位下）。能登守、美作守、左近衛中将などを歴任した後、承安2年（1172年）正月、従三位に叙された。更に治承三年の政変の後に右京大夫に任じられ、寿永元年（1182年）10月、参議に任ぜられる。平頼盛の娘を室とし、守貞親王の乳母人となってその養育に当たっていたが、寿永2年（1183年）に守貞親王が平家一門に伴われて都落ちした際には供奉せず都に留まる。寿永3年（1184年）、木曾義仲によるクーデターにより解官、義仲上京による政治的混乱を避けるため、舅の頼盛や甥の一条能保の後を追って関東に亡命した。義仲、平家が滅亡した後には再度都に戻り、妻と共に西海から戻った守貞親王に再び仕える。持明院を守貞親王の居所として提供し、また娘の陳子をその妃とした。文治6年（1190年）には正二位まで昇り、建仁元年（1201年）に出家して引退（法名は真智）。建保2年（1214年）2月26日、83歳で死去した。承久3年（1221年）、承久の乱の後に仲恭天皇が廃立されると、陳子の生んだ茂仁王が後堀河天皇として践祚した。基家の子孫は羽林家の持明院家として発展した。