偉大な自然や崇拝すべき事象は人間より上位の存在としてそれ自体が神格化される場合があった。例えば偉大なる山々や水流などがそれにあたった。とりわけ水流は重視され神に準ずる権威を持っていた。川の流れには罪を判別する能力があると考えられたことから、神明裁判に川が利用された。有用な力であるとともに脅威でもあった火も同様に神格化された。更に自然の中の重要な出来事、たとえば「小家畜の繁殖（Laḫlu）」「穀物の発芽（Ašnan）」のような事象が神格化されパンテオンに加えられていた。これらの神格化された事象は明らかに第二級の存在であり、頂点を極めた偉大な神々からは大きく隔たった存在であったが、まぎれもなく人々の崇拝の対象であった。また、世にはびこる不幸の理由として言及される危険な「力」も人間を超越した存在として認識されていた。これらは現代の学者によって「悪魔（デモン）」と呼ばれているが、当時これらを総称するような名称は存在せず、個別に言及されていた。これらもまた神格化されていたことを示す限定詞ディンギルが付されている場合があり、人間を凌駕した「神的」存在であったことがわかる。しかしこのような悪魔たちは決して崇拝すべき神々のカタログに掲載されることはなかった。また同じくディンギルはしばしば出現する危険な「幽霊（エツェンム eṭemmu）」に付されることもあった。このような「悪魔」の脅威に対抗するための技術として「呪術」が既にシュメール時代から発達し、人々は呪文や儀式を通じてそれを排除しようとした。「悪魔」による様々な病気や動物の毒の害、また卜占の結果もらたらされた悪い予兆を解消するために祓魔技術が発達し、これを専門技能として行う祓魔師（シュメール語：lú-maš-maš、アッカド語：âšipu）がいた。卜占に通じ、必要に応じて邪悪を祓うことができると考えられた祓魔師たちは、いわば卜占師、心理治療師、医者、カウンセラーのような存在として活動し、また典礼儀官でもあった。聖職としての祓魔師の地位は決して高いものではなかったと推定されているが、祓魔師はマルドゥク神と結び付けられその庇護下に置かれた。更に直接的には神殿の礼拝の運営に関わることのない庶民に神々の偉大さとその恩寵を感じ取る機会を提供するという意味において重要な存在であったかもしれない。
神々の姿は原則的に人間をモデルとして描かれており、動物形態、あるいは動物崇拝は採用されていなかった。一部の動物が神を象徴する存在として宗教的画像に描かれることはあったが、様々な彫像や浮彫、円筒印章などにおいて神は常に人間の姿で描かれた。単なる人間とは異なる卓越した神の図像であることを示すために、男神の場合には角のついた冠が被せられていた。女神の場合には尖帽や像の姿の厳粛さなどによって表現された。神の姿を写した神像は大きな宗教的意義を持っていた。神学的な体系を持っていたわけではないが、神像はそれが表現している神その物、あるいは神の存在を内包しているものであり、神像の移動は神が移動したことを意味していた。これに関連して最も激しい争奪の対象となったのがバビロンの都市神マルドゥクの神像である。戦争の結果として「捕虜」としてマルドゥク神像が連れ去られたこと、そしてそれを奪還したことは、それが真実であるにせよないにせよ、偉大な王の業績として盛んに喧伝された。カッシートの王アグム3世はヒッタイトがバビロン第1王朝を滅ぼした時に奪われたマルドゥク神像を取り戻したとされ、イシン第2王朝の王ネブカドネザル1世もまた、エラムに奪われたマルドゥク神像を奪還したことが記録に残されている。アッシリア王エサルハドンとアッシュールバニパルはバビロン市の復興に際して、鹵獲していたマルドゥク神像を返還することで王の寛容を示そうとした。ジャン・ボテロはバビロニアにおける宗教観において、神像はその神格自体を内包し、神が「実在すること」を保証していたと述べている。そしてこのような「現実感」から、神像は儀式の過程で神その物として他の神々を「訪問」したり、前1千年紀には「聖婚」において二体の神像が「寝室」に並べられて一夜を過ごしたりした。
天正18年（1590年）の小田原征伐で後北条氏が滅亡し、秀吉の命令で家康が関東に移封されると、秀政も家康に従って関東に移り、下総古河藩3万石の藩主となった。松本藩の藩祖は、徳川家康に仕えた「三河の旗頭」の一人・石川数正である。数正は家康が今川義元の人質だった頃から仕えていた最古参の家臣で、永禄5年（1562年）の織田信長と家康との同盟締結に大きな功を挙げた人物である。しかし小牧・長久手の戦い後の天正13年（1585年）11月13日、数正は突如として家康の下から出奔し、当時家康の宿敵であった羽柴秀吉のもとへ降った。この出奔には諸説あり、未だに定説はない。秀吉は数正を家臣として迎え、和泉に8万石を与えた。天正18年（1590年）、家康が関東に加増移封されると、その後を受けて信濃松本10万石に加増移封された。数正が文禄2年（1593年）に死去した後、その遺領は嫡男・石川康長が8万石（石川氏の家督も同時に継いでいる）、次男の石川康勝が1万5000石、3男の石川康次が5000石とそれぞれ分割して継いだ。数正・康長父子は松本城を近世城郭に改め、城下町の建設に務めた。だが数正没後、跡を継いだ康長はその築城のために過酷な賦役を民衆に課したと伝わっている。康長兄弟は慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは東軍に与したため、戦後に家康から所領を安堵された。慶長15年（1610年）に家中で騒動が発生する。筆頭家老の渡辺金内と若手実力者の伴三左衛門との間で、藩政の主導権をめぐって対立したのである。この裏にはかつて数正に煮え湯を飲まされた家康がいたらしい。家康は、あわよくば家中騒動を理由に松本藩を取り潰す気だったのであろう。しかし、康長の縁戚であった大久保長安（長安の長男の妻が康長の娘）がこれを助けた。長安はかつて康長の後見人でもあった宿老・秋山治助をこの内紛に介入させて、三左衛門を石川氏の中枢から駆逐することで、無難に騒動を終結に導いたのである。慶長18年（1613年）4月、大久保長安が亡くなり、長安の死後に起こった大久保長安事件において、康長兄弟は長安と縁戚であるという理由（取り潰しの表向きの理由は領地隠匿罪）から改易されてしまった。他に改易の理由として分限をわきまえずに城普請を行なったことが付け加えられている。他にも家康の意趣返し、福島正則と同じ外様大名外しともされる。