今川氏の人質として幼少時代を駿府で過ごした徳川家康が、1585年に駿府を本拠地に定め、城下を整備し、元の繁栄をとり戻した。家康は1590年に関東移封となり、豊臣秀吉配下の中村一氏が駿府に入るが、家康は江戸幕府を開いたのち隠居するとして再び駿府城に居住、大御所政治が展開された。大御所家康公が駿府に君臨していた時代は、「駿府九十六箇町」と呼ばれる街区が整備され、人口10万人とも12万人ともいわれ、上方（京・大阪）、江戸（15万人）に並ぶ大都市となった。この時期、名目上の駿府城主（駿府藩主）は家康の十男・頼宣（よりのぶ）であった。家康死去（元和2年、1616年）の3年後、頼信は紀州に移封となり、秀忠三男の忠長（ただなが／駿河大納言）が駿府城主になる。忠長の改易以後は、大名は置かず城代が配属され、幕府の直轄都市として駿府城代・駿府町奉行が置かれた。東海道が整備されると、駿府城下には、江戸から数えて十九番の宿場、府中宿が置かれた。府中宿は東海道五十三次中、最大の都市であった。
室町時代から戦国時代にかけて、今川氏の城下町として栄えた。今川氏は京の都を模して駿府の街造りを行い、現在でも地名や町名等に京都と同じ地名や町名が残る。また、荒廃した京の都を逃れた多数の公家や文化人が駿府に居を移し、「東国の京」或いは「東国の都」と呼ばれ、戦国三大文化の一つ、今川文化が栄えた。しかし、1560年、桶狭間の戦いで今川義元が討死すると、今川氏は衰退し、武田信玄の駿河攻めによって、駿府は焼討ちに遭い一時荒廃した。
律令時代に駿河国の国府が置かれ、駿河国の中心地となる。国府は見つかっていないが、駿府城北側に位置する葵区長谷町付近が有力である。※横田の駅、曲金の古代史跡、安倍の市など
駿府（すんぷ）は、駿河国（するがのくに）の国府が置かれた都市である。駿河国府中の略であるが、律令時代以後も近世まで長く駿府又は府中と言われ、江戸期、単に府中と言えば駿府を指した。明治になり徳川宗家ゆかりの地であるがゆえに新政府に恭順の意を示すため、市内の賤機山（しずはたやま）にちなみ静岡に改称。現在の静岡市葵区のほぼ中心市街地を形成している地域に当たる。
兄の第9世法主実如の命により近江大津近松の顕証寺（後の光応寺）に入り、伊勢国長島（現在の三重県桑名市長島町）に願証寺を創建する。後に弟の実賢（蓮如9男）や実順（蓮如11男）・実真親子らの早世によって空座となった称徳寺（堅田御坊）や河内顕証寺の住持も兼任した。北陸地方に拠点があった他の兄弟と違って畿内を拠点にしていた事、実如の同母弟であった事から自然と実如の相談役となり、その後継者として予定されていた円如を婿とした。円如は若くして没したものの、娘・慶寿院は第10世法主証如を生んでいる。主に近江・伊勢・河内の教団発展に努力し、実如の死の際には共通の孫にあたる証如を託され、多くの有力寺院の住持を兼任する蓮淳は幼少の法主の後見人として本願寺内部で大きな発言権を持ち、指導的な役割を果たした。各地の戦国大名に対抗して教団の統率力を高めた事は評価されるものの、後に驕りから顕証寺と布教地域が重複していた教団内の有力寺院である堅田本福寺に3度（1518年・1527年・1532年）も無実の罪を着せて破門するなどの専横を見せるようになった（破門は本来法主にしか許されていなかったが、蓮淳は証如の後見人としての職務代行を利用して破門を行った）。この横暴ぶりに対して一族や地方の門徒が激しく反発するようになり、また永正の一揆（九頭竜川の戦い等）で越前から加賀へ逐われて来た藤島超勝寺・和田本覚寺（大一揆）と、加賀の国主権限も認められていた賀州三ヶ寺（若松本泉寺・波佐谷松岡寺・山田光教寺。小一揆）間の加賀国内での諍いでは、蓮淳の娘婿である超勝寺の実顕方へ介入し下間頼秀・下間頼盛兄弟を派兵するなど大小一揆のきっかけを作ったのみならず、この内紛で対立した実の兄弟（蓮如の諸子息）やその家族の処刑・追放を行った。また、この乱に関連して細川晴元によって山科本願寺を焼き討ちにされた際に証如を置き去りにして、次男実恵がいる願証寺に戻った事も非難の的になった。晩年は河内顕証寺の住持を長男実淳に譲り、隠居号として光応寺を名乗ったが、天文11年（1542年）6月に実淳が52歳で先立った為にやむなく8月には河内顕証寺に再び戻り、同寺の住持にも復帰することとなった。天文19年8月18日（1550年9月28日）没。享年87。河内顕証寺住持の職は次男実恵の四男である証淳が継いだ。死に際して蓮淳はかつて大小一揆で罰した実悟（蓮如10男）や顕誓（蓮如4男蓮誓の長男）を赦し、破門を解くように遺言している。証如の祖父・蓮淳に対する信頼は絶対的であり、蓮淳も証如が没する4年前まで長寿を保った事から、証如の法主時代の本願寺は事実上蓮淳によって統治されていたとまで言われている。