明治6年（1873年）に征韓論を巡って政府部内が紛糾した明治六年政変では、勅旨を出して西郷隆盛の朝鮮派遣を中止させてこれを収め、明治7年（1874年）から同8年（1875年）にかけて続いた自由民権運動では、立憲政体の詔（漸次立憲政体樹立の詔）を発して政体改革を進めるなど、天皇は政府内部の政治的対立を調停する役割を果たした。しかし士族反乱が激化する折、下野した西郷らが西南戦争を起こし逆賊となり新政府軍はこれを鎮定した。またこれが日本最後の内戦となっている。自由民権運動への対応として、明治14年（1881年）には国会開設の勅諭を発して議会創設の時期を明示し運動の沈静化を図った。
践祚から間もなく、薩摩藩や一部の公卿を中心に討幕論が形成され、幕府と討幕派はそれぞれ朝廷への工作を強めていた。薩長両藩に討幕の密勅が下されそうになっているのを察知した征夷大将軍・徳川慶喜は討幕の大義名分を消滅させるために慶応3年10月14日（1867年11月9日）に大政奉還を奏上し、翌15日（11月10日）に明治天皇は奏上を勅許した。討幕の大義名分が消滅したため、討幕派は12月9日（1868年1月3日）に王政復古の大号令を発し、新政府樹立を宣言した。新政府軍は、12月11日（1月5日）に下坂した旧幕府勢力と慶応4年（1868年）正月に京都南郊で衝突し、鳥羽・伏見の戦いが発生した。この戦いに勝利した新政府軍は慶喜のことを「朝敵」とし、翌明治2年（1869年）にかけての内戦（戊辰戦争）において旧幕府勢力を鎮圧した。
ザグレブ植物園は、クロアチア鉄道のザグレブ中央駅の西、数百メートルに位置する。なお、植物園の敷地面積は、約0.047 km²であり、敷地の南側は、ザグレブ中央駅から西に延びる線路に接している。また、ザグレブ市内には路面電車が走っており、路面電車ならば植物園の入口近くにまで直接行くことが可能である。
既述の通り、ザグレブ植物園にはクロアチアに自生する植物も集められており、その一部はザグレブ市内から集められた植物もあった。一方で、ザグレブ市内の公園などには、ザグレブ植物園内で栽培されていた植物を移植した例も見られる。
ところで、クロアチアは1991年にユーゴスラビア連邦からの分離独立の際にも戦争状態となり、攻撃を受けた。また、クロアチアの一部でセルビア人勢力が分離独立を目指すなど、1995年までクロアチアでは内戦が発生した。ザグレブ植物園は資金不足に陥り、一時的に閉園した。しかし、ザグレブ市とザグレブ大学による支援によって、この危機も乗り切り、再開園にこぎつけた。さらに2009年には、地中海地域でも、特に日照時間の長い地域の植物相を再現するための整備も行われた。2018年現在、ザグレブ植物園は無料で入園できるものの、将来的には入場料を徴収することも検討されている。
戦争による被害箇所を修復し、元通りの水準にまで状態を回復させるべく、ザグレブ植物園では1948年に植物園のディレクターの役職を創設した。クロアチアの国土には山岳地帯が広がっているが、ディレクターが置かれた翌年の1949年には山岳地帯の植物相を再現するための整備が行われた。続いて、1954年と1965年には地中海地域の植物相を再現するための整備が行われた。こうした中、1971年にはユーゴスラビア連邦を構成する共和国の1つであったクロアチア共和国から歴史的に重要な施設として、ザグレブ植物園は保護されることが決定された。その後も園内の整備は続き、1983年にはヨーロッパ西部の植物相を再現するための整備が行われた。また、創設から100周年に当たる1989年には、これまで温室の暖房に用いてきた石炭火力によるボイラーに代わって、ガスによるボイラーが完成して稼動を始めた。
当時未電化区間の旅客車は蒸気機関車が牽引していたが、乗客からは不快な煤煙に対する苦情が強くなってきた。特に勾配区間の長大トンネル内では、状況によっては機関士が窒息死することもあった。そこで国鉄では、1975年までに蒸気機関車を廃止して他の動力に切り替える方針（動力近代化計画）を立て、これを「無煙化」と呼んだ。当時主要幹線は順次電化される予定であったが、亜幹線以下の路線の電化はコスト的に見合わないことから、無煙化の手段としてディーゼルカーとディーゼル機関車の導入が検討された。ローカル線用の気動車は戦前に少数の単機運転用ガソリンカーが製造されたが、戦争中の石油事情の悪化により使われなくなっていた。戦後再度使われ始めたが、減速機は歯車を運転士が手動で切り替える方式であった。この方式は2両以上を連結して運転する場合、各車に運転士を配置し汽笛等で合図しながら歯車を切り替える必要があり不便であった。複数の動力車をひとりの運転士で運転できる（総括制御）方式として、ディーゼルエンジンで発電機を回してモーター動力によって走行する電気式と、トルクコンバーター（液体変速機）で減速する液体式が比較検討され、コストや整備性の面で優れた液体式ディーゼルカーを採用することになった。実用化の第1号は1953年から製造されたローカル線用のキハ45000形（後のキハ17形）で、引き続き1956年に日光線の準急用としてキハ55系が作られた。液体式はその後日本のディーゼルカーの駆動方式として定着した。ディーゼル機関車は戦前にドイツ製の小型機関車を輸入してテストした程度で実用化されていなかった。亜幹線の無煙化対策として試作的要素の強いDD50形（1953年）の後、DF50形が1957年から生産され始めた。両形式ともディーゼルエンジンで発電機を回し、その電力でモーターを駆動する電気式を採用。エンジンは国内で鉄道用大馬力エンジンの経験が無いため、ドイツの技術協力を得て日本のメーカーで生産したものを搭載した。これらの機関車は蒸気機関車と比べてパワーアップしたわけではなく、やや非力な存在であった。1962年から国産エンジン2基を搭載し液体変速機を採用した（強力な）DD51形が量産され、無煙化が進んだ。