画面上部に自分（対戦モードでは1P）の、画面下部に相手（対戦モードでは2P）の使用キャラクターの名前、残りHP、ゲージ、たまったエネルギーの量が表示されている。戦いが始まるとまずは、Cユニットボタンのどれかを連打してゲージを満タンにする（連打しなくてもゲージはたまっていくが、ボタン連打をしたときよりも速度が遅い）。満タンになる速さはすばやさのステータスが高いほど早くなる。ゲージがたまると、「こうげき」「わざ」「アイテム」「にげる」の四つの行動を取ることができる。どの行動をとった後も、行動終了後にゲージが1上昇する。「こうげき」は単に敵を何かしらの技で攻撃することができる。「わざ」は「こうげき」より強力な技で相手を攻撃することができ、光線技などもここから選択する。技によってはある程度エネルギーをためておかないと使用できないものもある。「アイテム」はその名のとおりアイテムを使用することができる。使用した後はゲージのため直しになる。「にげる」は戦闘から逃げることができるが、自キャラの「運」のステータスが低いと逃げるのに失敗してしまうこともある。敵のHPを0にすれば自分の勝ちとなる。なお、通常モードでの戦闘で敵を倒した場合、倒した敵キャラクターに応じた経験値が手に入るが、コロシアム、スタジアムでの戦闘および侵略者との戦闘で勝利しても経験値を得ることが出来ない。
1P対2Pで対戦をする。プレイヤー対コンピュータはできない。通常モードで育成してコントローラーパックに保存してあるキャラクターを持ち寄せて戦わせることができるが、コントローラーパック無しでもあらかじめ設定されているキャラクターを使用して対戦することもできる。しかし、自分のペースで戦闘できないのとキャラクターの技がランダムに決定されてしまうので、使いたい技が無いばかりか敵に大ダメージを与える技（初代ウルトラマンでいうスペシウム光線やウルトラスラッシュ）をもっていなかったりすることもあるので、あまりお勧めはできない。
惑星バーン（当ゲームオリジナルの惑星）にある四方を海に囲まれた島で、ウルトラマンや怪獣を育成していき、スタジアムで開催されるウルトラ大武闘会で優勝させるモード。「U」（ウラーの意だと言われている）という通貨が使用されている。新しくキャラクターを増やすにはガシャポンタワーで通常ガシャをするか、GBパックと任意のGBソフトを使用する。ガシャは3種類あり、種類によって得られるキャラは決まっている。GBパック使用の場合は、ソフトによってキャラクターが決まる。どの場合でもUを消費するが、ゲーム開始時は初代ウルトラマンが無償で入手できる。フィールドには4体までしか出せない。入手した時点で各キャラクターには「タイプ」「属性」「最大HP」「残HP」「攻撃力」「防御力」「素早さ」「運」「SP（スキルポイント）」「バトルクラス」が決められている。「タイプ」とは血液型のようなもので、パワー、スピード、ビーム、エスパーの4つがあり、それによってレベルが上がったときに覚える技などが変わってくる。ちなみに「血液型のようなもの」と表現したが、この「タイプ」は特定の地点で変更ができる。「属性」は「ひかり」や「火」、「水」などがある。これはタイプと違い、変更はできない。また、キャラが覚える技にも属性があるものがあり、その技の属性に弱い属性のキャラクターに使うとダメージが大きくなる。「SP」は経験値の事。「バトルクラス」は後述。また、全キャラクター共通に「たいりょく」（HPとは別物）「なかよし」というステータスがあり最大値は255である。両方が0になると、そのキャラクターは逃げ出してしまうが、イベントなどで0になった場合は例外である。時折、島に侵略者のUFOが飛来し基地を造るが、撃退すると次の侵略者が現れる。また、特定の施設を乗っ取って本拠地とする侵略者もいる。ストーリー上の最後の侵略者を倒した後も、4体の侵略者達が繰り返し襲来してくる。スタッフロールはストーリー上の最後の侵略者を撃退したら見ることができ、大武闘会で優勝することではない。
1998 SF₃₆がMUSES-Cの第3の目標天体として浮上する中で難題が持ち上がった。既にMUSES-Cの製作はかなり進行しており、推進剤タンクの製作も終了していた。MUSES-Cの目標天体であった1989 MLは1998 SF₃₆と比べて到達に必要なエネルギー量が低く、1989 ML用に完成していたMUSES-Cの推進剤タンクの能力では1998 SF₃₆に到達することが不可能であった。MUSES-Cが1998 SF₃₆に到達することが可能な手法について検討を進めていく中で、EDVEGA（Electric Delta-V Earth Gravity Assist）と命名されることになる、イオンエンジンと地球スイングバイを組み合わせた新たな軌道技法が編み出された。スイングバイは探査機を天体に会合させ、その天体の引力を用いて探査機の進行方向の変換を行うとともに、天体の公転運動を利用して探査機の加速、減速を行う技法であるが、EDVEGAでは比推力が大きく、長時間をかけた加速に優れた能力を発揮するイオンエンジンを、探査機の軌道離心率を大きくするように噴射して軌道変更を行い、地球との軌道離心率の差という形でエネルギーを蓄え、地球との再会合時の経路角差によって生じる地球との相対速度からエネルギーを取り出す軌道技法である。MUSES-CはEDVEGAを用いることにより、探査機重量に換算して25-30キログラムの軽量化がなされた形となり、1998 SF₃₆へ向かうことが可能となった。またEDVEGAを用いた軌道計画には他にも優れた点があった。まず太陽電池を用いて電力供給を行うMUSES-Cにとって、地球軌道近辺でイオンエンジンを駆動させながら軌道変更を行うことは、安定した電力供給を受けながらイオンエンジンを駆動せることが可能であるため都合が良かった。そしてMUSES-Cの打ち上げは2002年11月から12月以外に2003年5月にもチャンスがあり、打ち上げ機会の複数化というメリットがあった。また打ち上げた地球へいったん戻ってくる特異軌道と呼ばれる軌道を取るため、地球脱出の速度が多少ずれても地球スイングバイの実施が可能である利点もあった。こうして2000年7月の宇宙開発委員会で、MUSES-Cは第三の候補である1998 SF₃₆を目指すことが決定された。