丹後在国中は直接支配に当たり寺社の半済及び修復・造営を実施、延徳2年（1490年）8月に歌人正広を招き歌会を通して交流を深めた。同年6月に武田国信が死去したことを機に幕府への復帰を決め、延徳3年（1491年）の10代将軍足利義材（後の義尹、義稙）による2度目の六角攻めには自身で参陣し、義材に代わり首実検を行っている。明応元年（1492年）12月、足利義材の帰洛に従い暫く在京し、翌明応2年（1493年）正月、丹後で伊賀次郎左衛門の叛乱が勃発、鎮圧のため下向しているが、同年4月に起きた明応の政変と、それ以後の動向ははっきりしない。明応6年（1497年）に丹後に在国した記録が妙立寺に残され、明応9年（1500年）5月に義材の家臣伊勢貞仍が書いた歌集『下つかさ集』で、慶誉入道の出家名で貞仍と対面した記事が残るが、それを最後に消息不明となる。家督を継いでいた一色義秀は明応7年（1498年）に反乱鎮圧に失敗して自殺し、同族とされる一色義有が後を継いだ。しかし、国内の戦乱は激しくなり、他の戦国大名の介入も招いていった。
三河を放棄した文明10年に義直は幕府に再出仕し、義春を後見する一方で文化活動を盛んに行い、文明14年（1482年）の幕府の和歌会に度々出席したが、義春は文明16年（1484年）に19歳で没し、丹後守護職は義直に再度与えられた。しかし、文明18年（1486年）8月に禁裏の意向により義直の知行地である小浜が武田国信に与えられると、抗議のため丹後へ下向、翌長享元年（1487年）の9代将軍足利義尚による六角高頼攻め（長享・延徳の乱）にも参陣せず、代理に次男の一色義秀を参陣させた。
宝徳3年（1451年）、33歳で没した教親には家督を継げる嗣子が無く、義直が家督を継ぐ。ここに一色氏当主の座を嫡流に戻すという義貫遺臣の願いは達成された。同時に丹後国・伊勢半国守護となる。その後、三河渥美郡・若狭小浜も知行地として手に入れる。幕政においては御相伴衆となり8代将軍足利義政の信頼を獲得、長禄元年（1457年）と寛正3年（1462年）に発生した土一揆を諸大名と共に鎮圧、寛正年間は毎年2月17日に義直の京屋形に足利義政が訪れるのが慣例となっていた（『蔭凉軒日録』）。また、丹後の領国支配に取り組み長禄2年（1458年）に段銭を課し、翌3年（1459年）に丹後国内の全荘園と所有者を記録した『丹後国諸荘園郷保惣田数帳』を編纂して丹後領内を把握、寛正4年（1463年）には小浜に到着した船の積荷を巡り若狭守護武田信賢と争っている。
潜伏したエスコバルは、コロンビア政府、アメリカの諜報部隊・情報支援隊（当時のコードネーム central spike）、カリ・カルテルに追われる身となったが、独裁的なエスコバルの追い落としを目的とする「Los Pepes（パブロ・エスコバルに虐待された人々）」と称する闇のグループからもつけ狙われた。「Los Pepes」は、エスコバルの家族や手下300人以上を殺害してメデジン・カルテルに大打撃を与えた。犯行現場には必ず「Los Pepes」の署名を残したという。エスコバルは味方には多くの恩恵を与えたが、敵対者を殺害する前に指を切り落とすなどの残虐行為を犯したため、多くの人々の恨みもかっていた。その後、「Los Pepes」は、敵対するカリ・カルテルが組織したグループだと判明し、市民は愕然としたという。しかしながら「Los Pepes」の身元に関しては明確な証拠がなく、カリ・カルテル出自のものであるという確認もなく、軍と警察を支援していたデルタフォースの関与も取りざたされているが真偽の程は明らかではない。確かなのは、争いが激しさを増す状況でエスコバルに身近な人々の殺害を積み重ねて行くだけの組織的な実行力を備えていたということである。これらに関してはナショナルジオグラフィックチャンネルで放映された Situation Critical シリーズの「Hunting Pablo Escobar」でも触れられており、デルタフォースの関与を危惧したアメリカ政府による懸念も伝えられている。その後政府はエスコバルの一部の家族の身柄を確保し、さらに1993年12月2日、コロンビア国家警察直下のコロンビア治安部隊の電波調査斑が、メデジンの中産階級住宅街の隠れ家から息子と携帯電話で通話するエスコバルの居場所を突き止め、治安部隊の特捜チームが突入して屋根の上に逃れたエスコバルに一斉射撃を加えて殺害した。44歳没。エスコバルの脚と背中、さらに耳の後ろに致命傷の銃弾痕が残っていたという。なお、「密かに出動していたデルタフォースの狙撃手がエスコバルを仕留めた」と信じる者や、「自殺した」と信じる者、さらには、「射殺されたのは別人でエスコバルは逃走して優雅な生活を続けている」と信じる者がいる。エスコバルは死によって伝説化され、今でもメデジンの英雄として信望する者が多い。エスコバルの妻子は敵対者の報復を恐れて各地を転々としたが、現在、名前を変えてアルゼンチンに住んでいるという。