レベル4自動運転の実施にあたり遠隔運行管理システム「Dispatcher」を導入している。これはカメラ映像を大型二種免許を所有するスタッフが遠隔操作で常時監視できるようにしたシステムである。スタッフはPCモニタを通じて自動運転バスの現在地、車の情報をリアルタイムに把握できるとされる。現在は自動運転バス車内にもバスを停止するスタッフが常駐して2人体制で監視しており省力効果は期待できないが、「将来的には1セットのDispatcherで複数台のバスを監視するなどの効率化」を目指している。
政府が2020年までに自動運転車の公道利用解禁を目標に掲げたことを受け、先進モビリティの障害物の検知や加速・減速、ハンドル操作などの自動運転技術とソフトバンクの通信基盤やセキュリティ、ビッグデータ分析利用ノウハウとYahoo!JAPANのフローティングカーデータを活用して2018年を目処に走行ルートが事前に決まるバスやトラック向けの自動運転車両の販売や貸与事業の実用化を目指している。運転手の高齢化や過疎化に悩むバス会社や地方自治体の需要を狙う他、ヤフーがスマートフォンを使った送迎バスの予約や決済などの関連サービスも開発し、将来は出資する海外のタクシー配車サービス会社との連携を視野に入れている。実証実験は中古のバスを自動運転車に改造して行われている。現在の自動運転技術はAIベースではないが将来的に自動運転技術にNVIDIAのGPUおよび車載人工知能エンジンDRIVE PX2を利用する計画がある。2016年10月時点で4自治体と協定しているが福岡県北九州市・静岡県浜松市とは地方都市モデル、鳥取県八頭町とは中山間地域モデル、長野県白馬村では観光地モデルを試し、今後は離島モデル、被災地モデルの2つを加えて、5つのモデルでカバーしていく見込み。
第35回（2015年）よりフルマラソンの出場者を記録順にグループ分けし、スタート時間をずらすことで混雑緩和を図る「ウェーブスタート」を導入するなど、マラソンに科学的知見を導入して大会の改善を行っている。2017年（平成29年）には筑波大学の体育系の准教授とカシオ計算機の共同研究で、選手100人にウェアラブルセンサーを装着してもらい、ランニング中のパフォーマンスの分析が行われた。給水所で振る舞われる軽食は栄養学の観点からバランスの良いものを厳選し、配布する際のサイズもランナーの意見を取り入れて改良している。また距離表示や給水所の看板にはランナーの心理を考慮した色彩計画が導入されている。
主催者側からの指摘としてランナーのマナー違反が挙げられ、立ち小便、痰や唾を吐く、ボランティアへの暴言の3つが、悪質なマナー違反ワースト3として大会プログラム裏表紙で言及されている。
2005年のつくばエクスプレス（TX）開通に伴って出場者数が増加し、各地で混雑が発生する。TXのつくば駅は8時頃にラッシュを迎え、同研究学園駅とJRの土浦駅から運行される臨時シャトルバスの混雑や事前予約制の駐車場（有料）の渋滞が発生している。また、会場の更衣室・手荷物預かり・トイレの混雑も甚だしい。
スタート時の並び順に関して、記録が公認される陸連登録者と非登録者との区分けが十分でなく、大学構内を出るまで選手の渋滞が続く。第25回（2005年）大会では、すべての選手がスタートラインを通過するのに約7分もかかったという。このため、号砲からゴールまでの所要時間である「記録」と、選手がスタートラインに達してからゴールまでの所要時間である「ネットタイム」の2つのタイムが完走証に記載される。これらの対策として、第35回（2015年）大会で、出場者を3グループに分け、グループごとに10分おきの時間差でスタートする「ウェーブスタート」が試行された。この対策により各グループの最後尾がスタートラインを通過するのに5 - 6分となった。公称6時間制限でありながら、4時間半を経過すると歩道を走らねばならず、信号で足止めとなることもある。これについて「ツヤ消しだ」、「姑息」などの声がある。区間の途中に片側2車線の道路があるが、ロードコーンを挟んでランナーと自動車が並走する区間があり、レースの安全性に問題があると指摘されている。
チャンピーノ・トンネル  (Galleria di Ciampino) は、チャンピーノとフラスカーティの2つの街を直接繋ぐ際にヴィッラ・センニの丘とアナニーナ街道を越えるため、1856年にローマ教皇領によりローマ＝フラスカーティ線に建設された単線の鉄道トンネルである。当初は非電化区間であったが、20世紀入ってから直流3,000Vで電化されている。全てローマ市内で、チャンピーノ、グロッタフェッラータ、フラスカーティとの市境近くにある。チャンピーノ・トンネルは、直線となっており、長さは290mでローマ＝フラスカーティ線において唯一の人工的な区間である。ここは人々に「イル・カンノンニッシモ」(il cannonissimo)という呼び名が付けられていた。有名なエピソードとしては第二次世界大戦時に、ドイツ軍の巨大な列車砲、クルップ 28cm K5 Eである「ロベルト（独:Robert）」 と「レオポルド（独:Leopold）」の隠し場所となっていて、これらの列車砲はトンネルの外に引き出されると、近くのチャンピーノ駅から口径280mm、重さ約250kgの砲弾を、連合軍が上陸した集結地アンツィオに向けて発射したことである。発砲はゲリラ的に毎回、一度に付き、一射のみで、発砲後に列車砲は発見されることを防ぐため、素早くトンネル内に隠された。この列車砲の被害を受けたアメリカ兵は、これにアンツィオ・アーニーやアンツィオ・エクスプレスと呼んで恐れたが、連合軍の進撃が内陸へ開始されると連合軍の制空権下での活動は鈍り、2門のK5はトンネルから後退し、半ば破壊された状態でピサ＝リヴォルノ＝ローマ線のチヴィタヴェッキア操車場にて放棄されているところを発見されている。