4月10日、秀吉は高野山に使者を派遣して降伏を勧め、これまでに拡大した領地の大半を返上すること、武装の禁止、謀反人を山内に匿うことの禁止などの条件を呑まねば全山焼き討ちすると威嚇した。高野山の僧侶たちは評定の結果条件を全面的に受け入れることに決し、16日に客僧の木食応其を使者に立てた。応其は高野重宝の嵯峨天皇の宸翰と空海手印の文書を携え、宮郷に在陣中の秀吉と面会した。応其の弁明を秀吉は受け入れ、高野山の存続が保証された。その後、10月23日までには高野山の武装解除が完了した。この結果高野山は滅亡を免れ、太閤検地終了後の天正19年（1591年）に1万石の所領を安堵された。また木食応其個人に1,000石が与えられた。同20年（1592年）、大政所追善に当たって剃髪寺（のち青巌寺、現在の金剛峯寺）を建立した際に秀吉から1万石寄進されたため計2万1000石となり、江戸時代もこれが寺領として確定する。
根来・雑賀の鉄砲衆は、その質量両面において戦国時代随一の鉄砲隊だったと言ってよい。だが、彼らが守りを固めていた和泉の前衛城砦群は、上方勢の攻撃開始から3日間で崩壊した。これは紀州側にとって完全に見込み違いの結果だった。戦うたびに大きな犠牲を払うような不経済なことは極力避けたいというのが戦国大名の心理であった。ゆえに戦闘において前衛が大損害を被れば、それ以上無理押しをしないのが彼らの一般的な対応だった。そのため、根来・雑賀衆は、相手がどれほどの大軍であっても、先陣を切って攻めてくる敵の精鋭さえ撃ち倒してしまえばそれで敵を退けることができると考えていたと思われる。だが、この時点で既に他大名を圧倒する国力と兵力を有していた秀吉は、兵力の損耗をさほど重んじなかったため、根来・雑賀衆側の思惑が外れた、との見方がある。。
『高野春秋編年輯録』によると、10月2日に堀秀政が根来に着陣したのを皮切りに、総大将・神戸信孝以下、岡田重孝、松山庄五郎らが紀ノ川筋に布陣、大和口には筒井順慶・定次父子を配し、高野七口を塞いで総勢137,220余人に達したとされる。これに対し、高野山側は領内の僧兵や地侍に諸国の浪人を加え、合計36,000余の軍勢を集めたとする。しかしながら、当時なお多方面に敵を抱えていた織田氏がそれだけの兵力を高野山に投入することができたのかという疑問、また大軍に比してそれを指揮する武将の格が低すぎること、名を挙げられている人物には明らかに当時他方面で働いている者が含まれていることから、『高野春秋』の記す合戦規模については疑問符をつけざるを得ない。とはいえ、高野攻め自体については各種史料に残る断片的な情報から、虚構とも言いきれない。高野山側の記録よりもかなり小規模な形で戦いがあったとも考えられる。この項目では、基本的に戦いが実在したものとして扱う。
天正8年（1580年）に本願寺が織田信長と和睦してから、雑賀では次第に鈴木孫一と土橋若大夫が対立するようになった。天正10年（1582年）1月23日、鈴木孫一は土橋若大夫を暗殺した。孫一は事前に信長に連絡して内諾を受けており、織田信張とその配下の和泉衆・根来衆の応援を得て土橋氏の粟村（現和歌山市）の居館を攻めた。土橋派は若大夫の遺児5人を立てて抗戦したが、2月8日には土橋平次・平尉（平丞）兄弟は逃亡、根来寺泉識坊は討ち取られるなど雑賀の内紛は孫一の勝利で決着した。信長の後ろ盾を得た孫一主導の下、雑賀衆は織田信孝の四国攻めに船百艘を提供するなど、織田氏との関係を強めていく。
同年7月、雑賀荘・十ヶ郷の諸士を中心とする雑賀衆が兵を動かし、先に信長に与した三組の衆への報復を始めた。8月16日、井ノ松原（現海南市）において鈴木孫一らの雑賀衆は日高郡の国人・地侍の応援を得て南郷の土豪稲井秀次・岡本弥助らと戦い、これを撃破した。同時期に信長は佐久間信盛父子を大将に70,000 - 80,000人の軍勢を動員して再び雑賀を攻めたが、この時も制圧に失敗した。翌天正6年（1578年）5月、雑賀荘・十ヶ郷に中郷・南郷の兵も加わって宮郷の太田城を1か月にわたり包囲攻撃（第一次太田城の戦い）したが、落城には至らなかった。宮郷はその後、本願寺に謝罪して赦免を受けている。
毎年12月31日（下り）および1月1日（上り）には初詣臨時列車として深夜時間帯に京成上野駅 - 京成成田駅間にて臨時「シティライナー」（成田スカイアクセス開業前は「スカイライナー」）が運転されている。「シティライナー」では定期列車時代はAE100形が使用されているが、この深夜の臨時「シティライナー」では新AE形で運転されている。成田山新勝寺と縁が深い歌舞伎の市川家（成田屋）が成田山で襲名披露を実施する場合は、京成上野駅 - 京成成田駅間をスカイライナーに乗車して移動することが通例となっており、その際は「團十郎号」「海老蔵号」「成田屋号」として運転され記念ヘッドマークの掲出などが行われているが、スカイライナー運転開始前は一般車両で運転していたこともあった。その他、過去にはスカイライナー1億人記念や京成電鉄100周年記念でのヘッドマーク掲出、エティハド航空のラッピング広告などが行われたことがある。また、2005年3月9日にパク・ヨンハファンクラブの企画として団体列車『ヨンハライナー』が、2006年5月27日に成田空港第一ターミナルビルのグランドオープン記念として「まるごと体験教室」参加者輸送の団体列車『クウタン号』が運行された。