WTCを手がけた構造エンジニアは、タワーに航空機が衝突する可能性を考慮して構造設計を行った。1945年7月、濃い霧のなかで方向感覚を失ったB-25爆撃機が、エンパイア・ステート・ビルディングの78階から79階にかけて突っこむという事故が起こっており、それから1年後の1946年には、ある航空機が40 ウォール・ストリートビルに衝突していた。1946年には、また別の飛行機がエンパイア・ステート・ビルディングへの衝突をすんでの所で回避する事件も発生していた。レスリー・ロバートソンはWTCの設計にあたり、ボーイング707やそれに類するジェット旅客機が、JFK空港、もしくはニューアーク空港への着陸を目指して比較的低いスピードで飛行中に、濃い霧によって方向感覚を失い、ツインタワーへの衝突に至るというシナリオを個人的に考慮していた。アメリカ国立標準技術研究所（NIST）は、ツインタワーの構造設計に関する3ページのホワイトペーパーを発見したが、この文書はジェット旅客機が速度600マイル毎時 (970 km/h)で衝突したという想定による分析が、設計にあたって実際に行われていたことに言及していた。しかしながら、NISTはこの分析の証拠書類そのものを見つけ出すことはできなかった。
耐火被覆材を吹きつけた鋼製の外周柱・コア柱によるチューブ構造は、エンパイア・ステート・ビルディングのような伝統的な建築物（鋼構造部材の耐火被覆に、厚く重い石材を使用する）と比較してより軽量であるが柔軟性があるため風荷重に対して横揺れしやすい性質をもっていた。WTCの設計には、コロラド州立大学とイギリス国立物理学研究所での風洞実験が用いられた。風洞実験により、ツインタワーがさらされる設計用風荷重の算定、および風荷重に対する構造物の応答の算定が行われた。ビル内部の人間が耐えられる横揺れのレベルも実験により評価された。被験者は「無料の視力検査」という名目で集められたが、実際の目的は再現されたビルの横揺れを与えることで、被験者がどの程度の横揺れまで問題なく耐えることができるかの評価だった。多くの被験者は否定的な反応を示し、めまいなどの体の不調を訴えた。横揺れを低減するため、主任技術者のひとりレスリー・ロバートソンは、アラン・G・ダヴェンポートとともに粘弾性ダンパーを開発した。タワーの外壁全体にわたって、粘弾性ダンパーが床トラス部材と外壁の接続部に設置され、いくつかのほかの構造上の改良とともに、横揺れを許容できるレベルに抑えた。
計画の実現には、港湾公社を管理・監督するニューヨーク州とニュージャージー州からの認可が必要だった。当時のニュージャージー州知事、ロバート・B・メイナーは計画への反対を表明した。メイナーは、ニューヨークがこの3億3500万ドルの巨大プロジェクトを獲得することに対して不快感を抱いていた。当時、ニュージャージー州運営のH&M鉄道は経営不振であり、1927年には1億1300万人を記録した年間利用者数は、その後ハドソン川をわたる自動車用トンネルや橋が開通したこともあり、1958年には2600万人まで急激に減少していた。1961年も終わろうとしていた頃、任期終了を控えたメイナー知事とのWTC計画をめぐる交渉は袋小路に入っていた。1961年12月、トービンは新たに当選した次期ニュージャージー州知事、リチャード・J・ヒューズとの会談を行い、WTCプロジェクトを西方の、当時ハドソン・ターミナル駅が存在した敷地に移転することを提案した。港湾公社がH&M鉄道を買収する場合、老朽化していたハドソン・ターミナル駅の施設とその他のビルも港湾公社が取得することになっていた。1962年1月22日、ニューヨーク州・ニュージャージー州の両州政府間で合意が形成され、港湾公社によるH&M鉄道の買収、およびマンハッタン・ロウアー・ウエスト地区におけるWTCの建設が認可された。港湾公社によるH&M鉄道の買収に加えて、ニュージャージー側からのアクセスに好都合な立地にWTCが移転したことが、ニュージャージー州政府をプロジェクトへの支持に導いた。
尖閣諸島の鎮護と東シナ海を航行するすべての船舶の安全を願い、2000年4月20日に魚釣島（沖縄県石垣市字登野城2392番地）に創建された。尖閣神社創建の事業は日本青年社の主導で行なわれ、木造の祠が建設された。創建に際しての神事は、戦後では初めて魚釣島に神職が上陸して斎行された。毎年、日本青年社が島内の2箇所に建設した灯台の点検整備のため魚釣島を訪れる際、例祭ならびに船舶航行安全祈願祭が行なわれている。2基の灯台のうち、魚釣島灯台は日本青年社が所有権を放棄して政府に寄贈したため、現在では海上保安庁が管理する国有財産として登記され、海図にも記載されている。2008年に祠が破壊され、それ以降は社がない状態であったが、2019年に石垣島北西部の沖縄県石垣市桴海に移設・再建され、2月17日に奉祝祭が執り行われた。新しい神社は、正面から見て本殿の約160km先に魚釣島を望む位置関係にある。また、奥宮には修復された祠が納められている。なお、祠の破壊及びその後については、以下の異説もある。2004年3月、日本の領海を侵犯し魚釣島に不法上陸した中国人により破壊された。この事件を日本青年社は沖縄県警察に訴え、被害届が受理された。日本青年社は、被害届が受理されたことは、尖閣諸島に日本の主権が及んでいる証拠と主張している。後日、尖閣諸島に上陸した日本青年社により祠が再建され、「尖閣神社」と揮毫された石板が設置された。祠と石板は、頑丈な花崗岩で造られている。