伯典と小里の間には男の子が生まれ、公太郎（きみたろう）と名付けられた。公太郎には子供の時から「影法師」と呼ばれる謎の人物がつきまとっており、公太郎が何かを習っていよいよ免許皆伝という時になると、ことごとく影法師に邪魔されて、公太郎は何事にも名を成すことができない。公太郎は、猿回しの助一と一緒に旅し、軍学者頼母木介堂に入門しようとするが、ここでも影法師の邪魔が入り、入門は不成功に終わる。助一は、昔伯典と菊太郎が実地で争った時の牛追い競争に出た牛曳きの息子だったが、その助一から公太郎は伯典の昔の悪について聞くがそれを信じることができない。公太郎は江戸の伯典の家に戻るが、鼠小僧次郎吉に盗みに入られ大金を奪われる。伯典は幕府が今度は日光で新しい城を築くことを聞きつけ、公太郎に築城学を仕込んで今度こそ名を成させようとする。
熊木伯典と佐藤菊太郎の双方が江戸に戻ってきた。お染は熊木伯典の側に住んで、偽の書き付けに伯典が翻弄される様子を眺めていた。一方、富士の裾野村の庄屋の娘で、伯典に人柱にされかかったのをお染に救われたお雪は、菊太郎を慕って江戸に出てきて美貌の芸者となり小里と名乗っていた。お染が伯典の出生に関わる文書をすり替えたことは伯典にばれ、お染は窮地に陥るが、小里がお染の身代わりとなり、伯典の妻となった。
江戸幕府第11代将軍徳川家斉の時代に、幕府は富士の愛鷹山の麓に武士の訓練のための調練城を建てることを計画していた。その案について、水野出羽守は築城家の赤針流熊木伯典と賛四流佐藤菊太郎を呼び寄せ、二人に築城の計画について討論させる。両者の言葉による討論は互角で、実地検証で決着を付けることになった。実地検証では佐藤菊太郎が優勢であったが、熊木伯典は計略を用いて佐藤菊太郎に大怪我を負わせ、結局討論は熊木伯典が勝利し、調練城の建築を命じられる。一方、佐藤菊太郎を慕う喜運川兵部の娘お染は、あるきっかけで伯典の元に捕らえられ、腕に刺青を入れられてしまう。お染は伯典の出生の秘密を書いた書き付けをふとしたことで手に入れるが、それを別の内容に書き換えたものとすり替えた。
セルフカバーアルバム『花菜〜My Favorite Things〜』から1年4ヶ月ぶりとなるアルバム。オリジナル・アルバムとしては『わたしのかけらたち』から1年10ヶ月ぶり、ミニアルバムを除くと『愛と太陽』から4年3ヶ月ぶりのリリースとなる。プロデューサーには椎名林檎や東京事変のプロデュースを手がける亀田誠治が起用された。初回限定盤にはPVやライブ映像を収録したDVDが付属する。
主人公の叢雲総司（ムラクモ ソウジ）あるいは如月千歳（キサラギ チトセ）の暮らす地球はガミラス帝国の遊星爆弾による瀕死の状態にあり、海の干上がった真っ赤な星と化していた。ガミラスとの「冥王星海戦」における数少ない生存者にして英雄視される沖田十三は、イスカンダルの使者からの技術供与で完成した宇宙戦艦ヤマトで、イスカンダルを目指して出航し、総司と千歳はガミラス軍の攻撃に際して開発中の新型機ヴァングレイで迎撃に出たことがきっかけで、ヤマトに乗艦することになる。その後、ヤマトは木星戦役の英雄トビア・アロナクスやキンケドゥ・ナゥと合流したうえ、別宇宙から来た謎の男流竜馬や、記憶喪失と称する剣鉄也を仲間に加える。さらには、また別宇宙から「対話」のために訪れた刹那・F・セイエイとティエリア・アーデに加勢される。ヤマトはワープ航法や波動砲の実戦運用に成功してイスカンダルを目指すが、ワープ中の事故により位相空間内でガミラス艦と想定外の共闘を経た後、ガミラスの大軍と謎の勢力に挟撃される窮地に陥る。だが、突如時空転移が発生し、ヤマトからはぐれてしまった総司と千歳はいまだ青い海を持つ別の地球に飛ばされる。そこでも戦いに巻き込まれた2人は、美少女艦長ホシノ・ルリが操艦する宇宙戦艦ナデシコBや旋風寺コンツェルンの若き総裁旋風寺舞人率いる勇者特急隊に助けられる。ナデシコは火星の後継者と呼ばれる敵性勢力と、舞人たちは犯罪で世間を騒がせるホイ・コー・ロウたち悪党と交戦状態にあった。そんな中、総司と千歳はヴァングレイの人工知能が実体化した謎の美少女ナインと出会う。ルリの提案により私設武装組織ソレスタルビーイングと合流した総司と千歳は、刹那とティエリアに加えてトビアとも再会する。そんなとき、大国ミスルギ皇国の第一皇女アンジュリーゼ・斑鳩・ミスルギがノーマだと発覚する一大スキャンダルが発生する。連邦軍の無人機部隊に襲撃されたナデシコ隊は、空間を割って突如出現したドラゴンたちを相良宗介ら特殊部隊ミスリルと最新鋭MSΞガンダムのテストパイロットハサウェイ・ノアの加勢もあり、どうにか退ける。ドラゴン出現の真相を知る基地司令ジルの要請でアルゼナルに迎え入れられたナデシコ隊は、そこでノーマのアンジュとして煩悶するアンジュリーゼを目の当たりにしたうえ、戦いを拒絶する彼女の暴走でゾーラ隊長以下基地に戦死者が出る。一方、ドラゴンの大軍に苦戦するナデシコ隊と新隊長サリア率いるメイルライダー隊には、ジュドー・アーシタ率いるガンダムチームが加勢する。ジルに促されて戦列に復帰したアンジュは自決するつもりでヴィルキスを駆るが、彼女の意志にΖΖガンダムのバイオセンサーが反応する。「生きたい」というアンジュの意志に呼応したヴィルキスは真価を発揮し、マフティー・ナビーユ・エリンとしての葛藤を断ち切ったハサウェイのΞガンダムも真価を発揮する。歴史の異なるパラレルワールドである3つの地球。そして重大な謎を知る鉄也の離反。3つの地球に育ったパイロットたちを仲間に加えながら、ヤマトと主人公の旅は続く。