その後も永きに渡って連邦軍との癒着ともとれる寡占体制を維持するが、宇宙世紀0100年頃には大きな戦乱がなくなったことにより兵器類の調達数・予算額は減少していた。0100年代以降はMS生産自体が鈍化していくことになる。新機種の開発も活発には行われず、既存機種の受注生産を10年近く続けていた。平時が長く続いたこともあり、宇宙世紀0100年代末には連邦軍からMSの小型化要求を受けてRGM-109 ヘビーガンを開発するものの、既存技術の焼き直しであったため軍の要求性能を満たしておらず、15m級小型MSの開発においてサナリィに遅れを取ってしまう。その結果、宇宙世紀0111年には次期主力機選定競争に敗れるという事態が発生し、失地回復を狙い宇宙世紀0112年にシルエットフォーミュラプロジェクト（『機動戦士ガンダム シルエットフォーミュラ91』）を発動する。プロジェクトの成果によりクローン版F91とも呼べるシルエットガンダムとその発展型でブッホ・コンツェルンの技術を加えたネオガンダムの開発に成功したことで、AEはブッホ製やサナリィ製MSに劣らぬ技術水準を獲得し、新たに開発したRGM-119 ジェムズガン・RGM-122 ジャベリンが連邦軍の次期主力MSとして正式採用され、これまで通り不動の受注体制を維持することに成功した。これらの機体は連邦軍の主力機として、従来のRGM系MS同様に大量に生産・配備され、数十年間に渡り連邦軍の各部隊にて運用され続けることになる。在来機に代わるジェムズガン・ジャベリンの機種配備は宇宙世紀0120年代初め頃から行われ、宇宙世紀0150年代には地球圏のほぼ全部隊に配備されている。サナリィの技術盗用は宇宙世紀0130年代でも行われ、『機動戦士クロスボーン・ガンダム 鋼鉄の7人』によると、木星戦役のさなか自爆したマザー・バンガードの部品を回収、帆のミノフスキードライブを流用したスピードキングを改造し、大気圏突入の運用実験を行っていた。
宇宙世紀0105年に起きた「マフティー動乱」において、地球連邦軍にアナハイム製の最新鋭MSペーネロペーを投入している。実は秘密裏に反地球連邦組織マフティー・ナビーユ・エリンからの発注依頼を受けΞガンダムを製造、引き渡していた。アデレートの戦闘後回収されたΞガンダムの機体には製造元を示す手がかりは全く残されておらず、この件でアナハイムが公的な追及を受けることはなかったと思われる。しかし、この時代に連邦軍最新鋭MSと互角の機体を新規開発できる組織はアナハイム以外には存在しないため、アナハイム製の機体である事をブライト・ノア大佐は看破していた。
「シャアの反乱」の終結後、宇宙世紀0100年を契機にサイド3が完全に自治権を放棄することが決定される。同時に、同じく宇宙世紀0100年を契機として連邦軍内で大規模な軍の再編計画、通称「UC計画」が策定され、0090年代の後半からアナハイムはその計画に基づいたMSの開発に着手し始め、0096年にそのフラッグシップ機、ユニコーンガンダムをロールアウトする。
宇宙世紀0093年頃に起こった「シャアの反乱」(第二次ネオ・ジオン抗争)では、地球連邦軍と新生ネオ・ジオンの両陣営へMSを供与している。劇中に登場するνガンダムやジェガンなどロンド・ベル隊のMSの生産はフォン・ブラウン工場が、サザビーやギラ・ドーガなどのネオ・ジオン側MSの製造はグラナダ工場が担当している。月の表と裏に位置するフォン・ブラウン工場とグラナダ工場は、同じアナハイム傘下の工場でありながらまったくの別会社だった為、工場に勤務している社員でも敵方のMS製造工場については知らなかったのである。劇中でチェーン・アギがアムロ・レイに「ネオ・ジオンのモビルスーツも建造している」と主張し、それを聞いたアムロはアナハイム フォン・ブラウン工場勤務のオクトバー・サランに本当かどうかを聞いたが「自分たち技術部門は違う」と否定されている。また小説版ではアムロがνガンダムの建造をアナハイムが担当すると聞いて「あの巨大会社は死の商人であり、ネオ・ジオンの装備を製造している嫌疑もある」と語っていた。
1996年にPlayStationで発売されて以来シリーズ化され、携帯アプリも含めて様々なハードで商品展開されている人気タイトル。移植作品を含めた、2019年6月30日時点のタイトル数は132作品にも及び、全世界でシリーズ累計9,200万本以上を売り上げている。この実績は、本作と並ぶ同社の代表作である『ストリートファイター』シリーズ、『モンスターハンター』シリーズ、『ロックマン』シリーズ、『デビルメイクライ』シリーズを上回る。本作以前にも「ホラーゲーム」と呼ばれる作品は発売されていたが、本作のヒットにより一ジャンルとして確立され、一般へ広く浸透した。同社では本作のヒットをきっかけに、基本システムを流用した他のシリーズ作品として『ディノクライシス』シリーズ、『鬼武者』シリーズ、『デビルメイクライ』シリーズなどの作品群も発売している。映画のワンシーンのような固定式カメラでの第三者視点からキャラクターを操作する、いわゆるラジコン操作であったため、初期はユーザーから戸惑いの声も多かったが、シリーズ作品や同システムの他作品の定着につれ、薄れていった。ただ、シリーズが進むに連れて操作方法が変化しており、『1』-『3』、『CV』、『0』までは上記の操作方法に加え、ホラー要素とアドベンチャー要素が強かったが、フルモデルチェンジが敢行された『バイオハザード4』以降から、操作キャラクターを後方視点から追う、ビハインドカメラ方式と操作入力がエイミング操作のTPSシステムとなっており、ラジコン操作では、方向転換の入力をしなければ上下にしか移動できなかったが、こちらの操作法では倒した方向に瞬時に移動できるようになっており、さらに表示されたアクションボタンの操作により、置かれているオブジェクトを調べたりやアイテムの取得、扉などの開閉の動作が可能になったり、銃を構えた際、頭部や脚など、細かな部位に直接的に狙いを付けられるようになったり、体術が使えるようになったりするなど、アクション要素が強い様式に変わっており、新たなシステムやアクション、細やかな演出が取り入れられながら『6』、『RV2』まで継承されており、『7』では、一人称視点(FPS)でのカメラ方式となっている。なお、『2』のリメイクである『RE:2』では、再び『4』や『5』のようなTPS方式が取り入れられており、作品によっては操作方式が変更されることもある。数あるアクションゲームの中でも肉体損壊および流血描写の過激さや登場するモンスターたちのグロテスクさは群を抜いており、ソフトのパッケージには「このゲームには暴力シーンやグロテスクな表現が含まれています」といった主旨の注意書きが印字されている。商品展開としてドラマCD化・小説化・漫画化などが行なわれており、登場人物や世界観をゲームと同一としたフルCGアニメ映画も製作されている。また、ゲーム上の設定を一部取り入れた実写映画が公開されており、こちらもシリーズ化されている。ジャンルとしては『1』から『0』までのシリーズは探索を重視したホラーであるが、『4』以降はホラーに加えてアクション要素が強くなっている。なお、表記については基本的に大文字表記で『BIOHAZARD』（『1』〜『3』、『5』〜『7』など）だが、作品によっては『biohazard』（『0』、『4』など）、『Biohazard』（『アンブレラクロニクルズ』）などと表記が異なるものもある。