「DOSエクステンダの動作」の項で解説したように、DOSエクステンダはリアルモードとプロテクトモードを交互に切り換えながら動作する。ところが80286は、プロテクトモードからリアルモードに切り換える方法がCPUリセットしかないため、プロテクトモードからリアルモードへの切り換えが必要なプログラムのためにPC/AT互換機やPC-9800シリーズは、CPUのみをリセットする回路を装備していた。このCPUのみをリセットする回路は機種毎に異なっていたので、80286対応のDOSエクステンダ（当然16ビットDOSエクステンダとなる）のようなプロテクトモードからリアルモードへの切り換えが必要なプログラムは必然的に機種依存することとなった。また80286をリセットすると、アドレス 0FFFFF0hにジャンプするが、リアルモードに遷移後、処理をDOSエクステンダに戻すためには、この領域にあるプログラム（プロテクトモードBIOSの一種）の助けを必要とするが、BIOSの仕様も機種によって異なるということに注意が必要である。つまり32ビットよりも16ビットDOSエクステンダの方がPC/AT互換機対応版から他機種への移植の手間が多かったのである。なお、PC/AT互換機対応の16ビットDOSエクステンダをPC-9800シリーズ等に移植する場合に、移植作業の手間を少しでも減らすために、サポートするCPUを386以上に限定することにより、CPUリセット回路の制御とCPUリセットBIOSに関する移植を回避しているケースもあった。
32ビットDOSエクステンダは、標準またはオプションでIA-32のページング機能を利用した仮想記憶をサポートして、物理メモリより大きなメモリを利用可能にしている場合が多い。仮想記憶により物理メモリより大きいメモリを利用出来るようにするためには、ページ不在が検出されて該当ページをディスクからロードする必要が起こった場合に、ディスクにスワップアウトするページを決定する必要があるが、スワップアウトするページとなる利用頻度の低いページを探すために、ページの利用状況の統計を取っておかねばならない。この処理のためには、インターバルタイマーの割り込みハンドラを組み込む必要があるが、割り込みハンドラとその組込みプログラムは、機種毎にI/Oアドレスの異なる割り込みコントローラを制御する必要があるので、機種依存プログラムとなる。そのため仮想記憶をサポートするDOSエクステンダは機種依存する。
x86系のCPUは、最初の8086がリリースされた時に、割り込みベクトル 0～ 0x1F をCPU例外用に予約されていたにもかかわらず、IBM PC や PC-9800シリーズは、この予約領域の一部を BIOS やハードウェア割り込みの処理のために割り当ててしまった。そのため、80286が開発されて例外が追加されると、CPU例外とBIOSやハードウェア割り込みの割り込みベクトルが衝突するようになった。80286以降のCPUで追加された例外は、その殆どがプロテクトモードに関連したものであった。そのため、リアルモードで処理をしている場合には、この衝突は殆ど問題にならなかったのだが、プロテクトモードでは割り込みベクトルの衝突が問題になった。そのため、プロテクトモードを利用するために、割り込みコントローラの設定を変更して、効率的にハードウェア割り込みのハンドリングを行うためにハードウェア割り込みの割り込みベクトルを変更する実装があった。この割り込みベクトルの変更処理を割り込み再配置という（BIOSもプロテクトモードで利用するためには、割り込みベクトルの再配置が必要だが、プロテクトモードからはBIOSを呼び出さないことにして衝突を回避する方法もある）。割り込みコントローラは、PC/AT互換機もPC-9800シリーズもFMRシリーズも8259を使用していたが、その接続しているI/Oアドレスが異なるために、割り込みベクトル再配置処理は機種依存する。よって、プロテクトモードを使用するために割り込み再配置処理が必要なので、DOSエクステンダは機種依存することになる。なおFMR/FM TOWNS シリーズは、予め割り込みベクトルが衝突しないように割り込みコントローラやBIOSの割り込みベクトルが割り当てられているので、割り込み再配置は必要ない。割り込みの再配置は必須ではなく、あくまでも効率的にハードウェア割り込みを処理するための手段の一つである。実際には割り込みを管理する8259に対して割り込み要因の確認（ポール・ワードの読み出し）を行うことで、ハードウェア割り込みを再配置しなくとも、割り込みハンドラはハードウェア割り込みなのかソフトウェア割り込み（フォルトおよびトラップ）なのかを認識することが可能である。
1973年に左翼雑誌『Folket i Bild/Kulturfront』は、ギィユーとペーター・ブラットが書く「インフォメーションズビューレン」（Informationsbyrån：情報局または略して IB）と呼ばれるスウェーデンの秘密情報機関を暴く連載記事を掲載した。この記事は、当初は元IB職員であったホーカン・イサクソン（Håkan Isacson）からもたらされた情報を基に、IBのことをスウェーデンの共産主義者や「保安上危険」と考えられるその他の者の情報を収集する秘密組織として記述していた。この組織は国防や通常の諜報の枠組みの範囲外で活動しており、国家予算の割り当ても不明であった。『Folket i Bild/Kulturfront』誌のこの記事は、IB職員が殺人、侵入、スウェーデン国内の外国大使館に対する盗聴や海外でのスパイ活動に関与していると告発した。この雑誌でのIBの暴露には「スパイ達」と見出しを付けられた幾人かの職員の顔写真が名前と社会保障番号と共に掲載されており、「IB 事件」（IB-affären）として知られる国内で大きな政治的スキャンダルに発展した。これらの活動は全面的にこの秘密組織の責任であるとされ、スウェーデン社会民主労働党との関係はオロフ・パルメ首相、スヴェン・アンデション（Sven Andersson）国防大臣と（Stig Synnergren）最高司令官により否定された。しかし、後の様々なジャーナリストと第3者委員会の調査や個人の自伝によってギィユーとブラットが書いた記事に掲載された活動の幾つかが確認された。2002年に第3者委員会はIB 事件の調査に関する3,000頁にも及ぶ報告書を発表した。ギィユー、ペーター・ブラットとホーカン・イサクソンは3人とも逮捕され、非公開の裁判においてスパイ罪で有罪を宣告された。ブラットによると3人の中で誰も外国勢力と結託した行為を行ったという事由で起訴されたわけではなかったので、判決は法廷内で確立された既存の司法慣習を拡大解釈する必要があった。1回の上告の後でギィユーは禁固1年から10カ月に減じられ、最初にストックホルム中心部にあるラングスホルメン刑務所（Långholmen Prison）に、後に首都の北にあるエステルローケル刑務所（Österåker Prison）に収監された。ギィユーとブラットは禁固刑の一部を独房で過ごした。