当時の海上自衛隊は、イージス艦情報漏出事件や「しらね」の火災事故などが続いており、これらの責任を取って3月24日に海上幕僚長の吉川榮治を退任させ、石破茂防衛大臣が2か月分の給与返納、増田好平防衛事務次官を減給2か月など、計88人を処分した。内閣改造を控えた2008年8月1日、石破は「（イージス艦と漁船の）衝突事故以来、けじめをつけたいと思っていた」と語り、この事件をきっかけに職を辞する考えを固めていたことを明らかにした。さらに、内閣官房の「防衛省改革会議」で改革案が策定されたことに触れ、石破は「改革会議報告書がけじめになるという気持ちを間接的に首相に伝えていた」と述べた。内閣総理大臣の福田康夫も石破からの申し出を受け入れ、福田改造内閣では石破を留任させず、後任に林芳正を任命した。
第三管区海上保安本部（横浜市）は、業務上過失往来妨害の疑いがあると見て強制家宅捜索に踏み切るとともに艦長らから詳しい事情を聴取。海上幕僚監部では、幕僚副長を長とする海上自衛隊艦船事故調査委員会を設置し、事故調査を行った。あたごの艦首右側に、事故による傷跡が確認された。一方、清徳丸の沈没により、同船が搭載していたGPSによる航跡は特定不可能であった。あたごは、事故後横須賀港に1か月以上係留され、乗組員の外出も禁じられていたものの、3月24日に事故当時の当直であった海士長が自殺未遂を起こしたため、翌日には乗組員の外出が許可されることとなった。2008年（平成20年）6月24日、第三管区海上保安本部は当直士官2人を業務上過失致死と業務上過失往来危険で書類送検した。
2011年6月7日、パリにて死去、享年87歳。葬儀は密葬で宗教的儀式は行わず、故人の遺志により「遺体はスペイン共和国の国旗で覆い」、セーヌ＝エ＝マルヌ県ガラントルヴィルの墓地の妻コレット（2007年死去）の傍らに埋葬された。
センプルンの作品のうち、『大いなる旅』、『失神』、『なんと美しい日曜日』、『必然的な死』、『ブーヘンヴァルトの日曜日』、『20年と1日』は、ブーヘンヴァルト強制収容所での体験を中心とした自伝的な小説であり、『フェデリーコ・サンチェス回想録』、『ラモン・メルカデルの第二の死』、およびセンプルンが脚本を手がけたアラン・レネ監督の『戦争は終った』はフランコ体制下のスペインにおける共産党秘密工作員としての活動を描いている。また、政治評論として欧州問題を中心に『欧州人』、『左派はどこへ行ったのか』、『雲間の墓標』などを著している。没後出版の『人間という仕事 ― フッサール、ブロック、オーウェルの抵抗のモラル』は、2002年にフランス国立図書館で行われた3回の講演の記録であり、哲学者フッサール、歴史学者マルク・ブロック、作家ジョージ・オーウェルの分析を通して、人間は危機にあたっていかに生きるべきかを語っている。センプルンはこうした作品により、スペインのフォルメントール賞、プラネータ賞、芸術功労勲章、フランスのレジスタンス文学賞、フェミナ賞、ドイツ出版協会平和賞、イタリア国際ノニーノ賞、米国のエドガー・アラン・ポー賞映画部門など世界各国の賞を数多く受賞し、レンヌ第二大学、パリ東大学マルヌ・ラ・ヴァレ校などから名誉博士号を受けている。
1945年4月末にパリに戻ったセンプルンは、「生き延びるために故意に忘れること」にし、実際、最初の自伝的小説『大いなる旅』を発表したのは1963年のことである。戦後数年間、ユネスコで翻訳の仕事をした後、スペインに戻り、フェデリーコ・サンチェスの偽名でスペイン共産党秘密工作員となり、フランコ政権への抵抗を続けたが、1964年に党の方針から逸脱するとして、サンティアゴ・カリーリョ書記長に除名された。こうしてセンプルンは再び亡命を余儀なくされた。フランス亡命後は、政治活動から身を引き、文学に転じ、しかもフランス語で著作活動に専念することにした。ただし、1988年から1991年には社会労働党 (PSOE) のフェリペ・ゴンサレス政権で文化相を務めたが、党内の対立により辞任した。この間の経緯は1993年出版の『フェデリーコ・サンチェスより敬意を表して』に詳しい。
厳密には、本庄氏の系図と見られる姓未詳の系図によれば、以下の流れとなる加応→元慶(官途名：加賀守)→元朝(左衛門尉)→道祏→元翁(左衛門督)→信明信明以前の5代を記している。ただ、この系図には謎が多い（解明されていない）部分もある為、公式の場（本庄市関連の書物）では正式採用されていない現状がある。一例として、「元」を通し字としているなど不可解な点が見られる。別の場所への移住や兄弟や従兄を養子に入れたとも考えられるが、研究が進んでいない現状では、断定はできず、研究者による解明が待たれる。似た様な流れを記述したものとして、『四方田系図略図』がある。こちらの方の記述では、加応の前代を四方田七郎村重としており、元朝も左衛門尉ではなく、左衛門督と記している。信明には、朝茂（官途名：肥後守）と元淸（官途名：丹後守）の2人の弟がいたと記述されている。また、この系図では、本庄行重は、信明の曾孫である本庄実明の弟恭業の子息としている。姓未詳の系図や四方田系図などから、戦国時代に没落した本庄氏は、姓を隠す（偽る）必要があったのではないかとも考えられる。