F-84機事件の11カ月後に、領空侵犯を行った如何なる航空機をも撃墜するというソ連の警告が現実となった。クヌート・アントン・ヴィンクラー（Knut Anton Winkler）大尉が操縦する西ドイツ海軍のホーカー シーホーク機が、アイゼナハ近郊で偶発的に東ドイツ領空を侵犯してMiG-21戦闘機に銃撃された。大西洋上の空母サラトガでの演習訓練からの帰還途中だったヴィンクラーは、ブレーメンの南45 kmのアールホルンに緊急着陸せざるを得なくなり、その後この機体は除籍された。ヴィンクラー自身はこの事件から4年も経たない1966年5月10日にロッキード F-104 スターファイター機による事故で死亡した。
テーゲルに着陸後、当該の2機は直ぐにハンガーに隠され、報道陣は機体の撮影を禁じられた。数年経つとこの2機はアメリカ空軍機の塗装に塗り替えられて、アメリカ空軍のパイロットの操縦で西ドイツへ帰還した、あるいは分解のうえ部品として西側に輸送されたという話が信じられるようになった。フランクフルト・アム・マインからテーゲルに飛来した2機の巨大なダグラス C-124輸送機が、この2機のF-84を引き取りに来たという憶測に油を注いだ。この話のもう一つ別の展開は、この2機がフランス当局によりテーゲルで隠され、後に飛行場内に埋められたが1970年代に不用意に掘り出してしまったというものであった。2006年にベルリン＝ガートウ飛行場軍事史博物館で開催された展示会にて、テーゲルで埋められて後に掘り出された2機のサンダーストリーク機の写真が公開されたことで、この2機の行方に関する疑問がついに解明された。この2機のパイロットだったプフェッファーコルンとエーバールは飛行任務から外され、レヒフェルト基地の地上勤務に回された。1958年7月22日からJaBoG 32での運用を開始されたF-84F サンダーストリーク機は、合計8万時間以上の飛行時間を重ねて1966年7月13日にロッキード F-104G スターファイターに更新され同部隊から退役した。
この2機が着陸して直ぐ、テーゲル空港のフランス当局は東ベルリンのソ連当局に対し、技術的な困難さによりこの2機の緊急着陸は紛れもなく必要な措置であったと説明した。当時の西ドイツの国防大臣だったフランツ・ヨーゼフ・シュトラウスは、国防次官のフォルクマー・ホップフをボンのソビエト大使館へ派遣してこの件に関して遺憾の意を表明した。数日の間、ソ連政府はこの事件に関して沈黙を守っていたが、その後公式に西ドイツによる「領空侵犯」に対して抗議し、このような事件が再発するならばいかなる航空機であろうとも撃墜すると警告した。東ドイツ内のソ連空軍司令部は「制裁を受けずに」領空内を飛行した2機の敵戦闘機にさしたるショックを覚えず、この不手際の要因を西ドイツ軍機捕捉に向けてソ連軍戦闘機を誘導した地上管制の失態の責任にするよりも悪天候のせいにすることを選んだ。
当時、東西ドイツ間の領空侵犯は日常茶飯事であった。平均して1か月に2機の割合で北大西洋条約機構（NATO）に所属する航空機が東側の領空に侵入し、それよりも遥かに多数のソ連機が西ドイツ領空に侵入してきていた。1961年の8月から9月にかけての4週間に発生したソ連機による西ドイツ領空の侵犯は38回に上った。侵犯の中には相手側の反応をうかがうための意図的なものもあったが、それ以外は空中での境界線を見極めることが困難で、これに起因する過失によるものであった。第二次世界大戦終結後からドイツ再統一までの期間に、西ドイツの航空機は民間機であれ軍用機であれ西ベルリンへの飛行は禁じられていた。西ベルリンへと通じる3本の空中回廊は西側の元連合国であるイギリス、アメリカ、フランスの3か国の航空機にのみ開放されていた。
ベートーヴェン・ハウスの使命のひとつに学術使用のためにコレクションを整理、評価することがある。ベートーヴェン作品に関して異版や解釈上の疑問が増加していることを受け、新たなコンプリート・エディションの必要性が増加している。1863年-1865年/1888年以降、ライプツィヒのブライトコプフ・ウント・ヘルテルのコンプリート・エディションが入手可能であるが、これには当時知られていたベートーヴェン作品の印刷譜しか収められていない。その後に発見された作品や未出版の作品（作品番号の付いていない作品）は旧エディションには収録されていない。また、歴史的エディションたる条件も変わってきている。第二次世界大戦による遅れがありながらも、1959年に開始された新ベートーヴェン・エディションの第1巻が楽譜出版者のヘンレから1961年に出版されている。今日に至るまで、これがアーカイヴの最も重要な学術的プロジェクトとなっている。作品の分類と楽器編成によって分けられた56の巻が計画されている。エディションではベートーヴェン・アーカイヴの学術員と国際的に著名な音楽学者が校正を行い、楽譜上のベートーヴェンの意図を特定しようと努めている。しかし、そうした情報は権威ある文献の比較検討、確定報告による証明、現代のメディアを通じた公表によっても常に明快な形で得られるとは限らない。コンプリート・エディションの仕事を行う傍ら、ベートーヴェン・アーカイヴの職員はゲオルク・キンスキーとハンス・ハルムが1955年に出版した作品目録の検証も行っている。自筆譜を選別してファクシミリとして出版することはベートーヴェン・ハウスの創設者の意向に適う活動である。資料の原本を収集、維持し、学術的側面から整理し、研究者や一般の人々が利用できるようにするのである。他の業務との兼ね合いで検証作業は当初中断されたが、1953年にはヨーゼフ・シュミット＝ゲルクの指揮下で新たに開始されて以来、後任者らによって続けられてきている。ベートーヴェン・ハウスの出版部ではピアノソナタ第21番（Op.53、ヴァルトシュタイン）、ヨハン・ヴォルフガング・フォン・ゲーテの詩による歌曲、6つのバガテル（Op.126）といった作品の手稿譜や初版だけでなく、書簡のような文書、1812年から1818年にかけてのベートーヴェンの日記帳、1792年にウィーンへと旅立つ作曲者を送り出した友人たちの署名などを出版している。