細胞環境における一般的なほとんどのタンパク質構造は、一般的に、ネイティブ状態（native state）やネイティブ・コンフォメーション（native conformation、ネイティブ構造とも）と呼ばれる。通常、最も多く分布する状態が、与えられた一次構造が取りうる熱力学的に最も安定な構造であると仮定される。これは第一段階の近似として妥当だが、この主張は反応の速度論的支配を無視している。すなわち、タンパク質が翻訳後にネイティブ・コンフォメーションを獲得するまでに要する時間が小さいと仮定している。細胞内では、様々なタンパク質シャペロンは、新しく合成されるポリペプチド鎖がネイティブ・コンフォメーションを獲得する手助けをしている。一部のこの種のタンパク質はプロテインジスルフィドイソメラーゼ活性を持つなど、高度に機能特異的である。他のタンパク質は非常に大まかで、殆どの球状タンパク質形成に役立つ。原核細胞の GroEL/GroES 系や、相同的な真核細胞の Hsp60/Hsp10 系は後者の枠組みに属する。一部のタンパク質は、フォールディング動力学に従ってタンパク質が比較的高エネルギー・コンフォメーションに速度論的トラップ（kinetic trap）される現象を巧みに利用している。例えば、インフルエンザ血球凝集素は速度論的トラップとして働く単一のポリペプチド鎖として合成される。この「成熟した」活性タンパクは、タンパク質分解活性によって開裂し、高エネルギー・コンフォメーションにトラップされた2本のポリペプチド鎖を形成する。pHが低下すると、エネルギー的に起こりやすいコンフォメーション変化を起こして宿主の細胞膜を貫通する。
球状タンパク質では、三次的相互作用はしばしばタンパク質のコアに含まれる疎水性アミノ酸残基を覆い隠すことによって安定化される。タンパク質のコアでは水が排除され、水に露出したタンパク質の表面には親水性の残基や荷電性の残基が集まる。細胞質で時間を費やさなかった分泌タンパク質においては、システイン残基間のジスルフィド結合がタンパク質の三次構造の保持を助ける。さまざまな共通の安定構造が多くの機能上及び進化上関係の無いタンパク質に見られる。例えば、多くのタンパク質がTIMバレル（トリオースリン酸イソメラーゼに由来する名称）に似た構造を取る。他の共通の特徴に、4本のαヘリックスで構成される高安定の二量体コイルドコイル構造がある。タンパク質は、SCOPやCATHに記載されているフォールディングの様態に従って分類される。全てのポリペプチド鎖が明確な三次構造を持っているわけではない。一部のとりわけ短いタンパク質は、標準生理学的条件において無秩序であったりランダムコイルと呼ばれる構造で存在したりする。また、無秩序領域は明確な構造を持つタンパク質にも見られ、特に末端部や、環境に応じて荷電可能な相対配向を持つドメイン同士を繋ぐループ領域やリンカー領域で起こる。
1820年4月、自由主義的な詩作が皇帝アレクサンドル1世の忌諱に触れたプーシキンは、名目だけ官吏の地位を保ったまま帝国の南部へ追放処分を受けた。最初の任地、ウクライナ中央部のエカチェリノスラフに到着すると発熱で臥せってしまうが、偶然そこに旅行中のN・ラエフキー将軍の一家が通りかかった。プーシキンに同情的であったラエフキーは同行をもちかけ、こうして将軍一家とともにカフカース地方をめぐる4ヵ月間の旅に出ることになった。一行がクリミア半島の旧都バフチサライを訪れたのはその帰り際の9月である。16世紀にバフチサライに建造されたイスラム教徒の宮殿には、涙の泉 （Фонтан слёз） と呼ばれる噴水があった。これは往時のクリミア・ハン国の汗が、思いを寄せていた異教徒の女奴隷の死を悼み、涙を流す噴水として作らせたものである。プーシキンはこのときの見聞をもとに、翌1821年から2年がかりで600行から成る物語詩 『バフチサライの泉』 を書き上げた。冒頭の2節は以下のとおり。Гирей сидел потупя взор;Янтарь в устах его дымился;Безмолвно раболепный дворВкруг хана грозного теснился.Всё было тихо во дворце;Благоговея, все читалиПриметы гнева и печалиНа сумрачном его лице.Но повелитель горделивыйМахнул рукой нетерпеливой:И все, склонившись, идут вон.Один в своих чертогах он;Свободней грудь его вздыхает,Живее строгое челоВолненье сердца выражает.Так бурны тучи отражаетЗалива зыбкое стекло.　　（以下続く）うつろなる目付のギレイは坐しけり琥珀の煙管をくゆらせつつ。恐れ多き汗（カン）の傍らに集う無言の従僕たち。音ひとつなき宮殿にてみな仰ぎてこそ知れ彼の人の陰鬱たる顔に出づるは怒りと悲しみならんと。されども君主は誇り高し 荒々しく手を振るや一同頭を垂れて立ち去りぬ。大広間にただひとりほっと一息つくままになおも険しきその額や騒ぐる心を示すらん。うす暗き嵐の雨雲の入り江の水面に映ゆるごとく。詩は韻を数多く踏んでおり、構成としては当時プーシキンが傾倒していたバイロンの影響を受けているという。なお追放中のプーシキンは収入が10等官の年俸700ルーブリのみで生活に困窮していたが、この詩の出版によって一度に3,000ルーブリの大金を手にすることとなった。