JR貨物の駅は、旅客駅の南方約1.3kmの熊本市西区蓮台寺四丁目1番13号に位置する。電報略号はマソである。旧・熊本操車場にあり、現在もJR貨物時刻表には熊本（操）と記述される。旅客駅とは別に着発線を備えており、豊肥本線から進入することはできない。コンテナホーム付近は西側から、上り本線、熊本車両センター、下り本線、着発線4本、コンテナホームの順に並んでいる。コンテナホームは3面（うち1面は上屋付きホーム）、荷役線は5本あり、最も東側の着発線1本のみ着発線荷役方式（E&S方式）を採用する着発荷役線となっている。また、駅構内には営業窓口のJR貨物熊本営業支店も置かれている。
JR九州の駅には、九州新幹線と、在来線の鹿児島本線と豊肥本線の計3路線が乗り入れている。一部、豊肥本線と鹿児島本線は直通運転を行っている。九州新幹線は全列車が停車する。在来線の優等列車は、大分・別府と当駅を結ぶ九州横断特急や、臨時列車として週末や連休、夏休み期間中などに、あそぼーい!や、三角駅までA列車で行こう、人吉駅までSL人吉とかわせみ やませみ、吉松駅までいさぶろう・しんぺいなどといった観光列車・特急列車が運転される。過去には肥薩おれんじ鉄道に直通する快速列車もあったが、2019年3月のダイヤ改正で運転が取りやめになった。豊肥本線は当駅が終点であるが、列車運行上は当駅を発車する列車が下り、当駅に到着する列車が上りとして扱われる。在来線での当駅の所属線は鹿児島本線である。また、鹿児島本線宇土駅を起点とする三角線の列車が全て当駅を始発・終着として運行されており、2011年9月1日より当駅 - 三角駅間に「あまくさみすみ線」の愛称が使用されている。なお、当駅と川尻駅の間に新駅が建設され、西熊本駅として2016年3月26日に開業した。熊本市交通局の熊本駅前電停には幹線と田崎線の2路線が乗り入れている。両路線はA系統として一体運転されている。
熊本県の県庁所在地である熊本市の代表駅で、熊本における、鉄道の拠点である。九州新幹線の山陽新幹線新大阪駅まで直通する、みずほ、さくらの各列車、九州内を走るつばめや、阿蘇・人吉方面の在来線の特急列車（熊本地震の影響で運休中）や観光列車など全旅客列車が停車するターミナル駅である。また、駅前の熊本市電の電停からは路面電車が熊本市街地や東部郊外の住宅地とを結び、バスターミナルからは九州各地を結ぶ高速バスや、熊本空港方面のバスも発着する、熊本県の一大アクセス拠点である。事務管コードは▲930121を使用している。2011年（平成23年）3月12日、九州新幹線鹿児島ルートの全線開通にともない、車両基地が南に移転した。元々の駅舎である在来線側を「白川口」、新設された西口を「新幹線口」とした。2018年3月17日、在来線の高架化が完了し、翌年3月16日には現在の駅舎が完成した。これと前後して、周辺で再開発事業が多数進行しており、その目玉として高架化に伴い生まれた空間に新たに地上12階建ての駅ビルを建設することになっている。
駅は1918年7月17日に開業した。当初はハーレム川を越えてIRTジェローム・アベニュー線167丁目駅まで緩行線を走行するシャトル列車のみの運行だったが、1918年8月1日より急行列車の運行も開始された。この駅が開業したことにより駅周辺、イーストハーレム地区は発展していった。1981年にMTAは地下鉄内で最も老朽化した69駅の中に当駅をあげている。駅は2005年に改装工事を行った。
オーストラリア・メルボルンの郊外メドウ・ハイツに育ち、ヒューム・シティFCでキャリアを開始したギュリュムは、ヒューム・シティ以外にも学校のクラブチームでプレーしており、選抜メンバーとしてイングランド遠征に参加していた際にスュペル・リグ（トルコ1部）のマニサスポルを率いるエルスン・ヤナル監督に見出され、2006年7月10日にマニサスポルと契約した。マニサスポルでは、大半をリザーブチームで過ごし、トップチームでの出場機会は僅かだったが、2007-08シーズン後半に移籍金1万5000ユーロでTFF1.リグ（トルコ2部）のエラズースポルと契約すると、左サイドバックとして名を上げ、半年後に移籍金18万ユーロで同2部のアダナスポルと契約した。加入1季目の2008-09シーズンは主力として30試合に出場し、センターバックとしてベストイレブンに選出される成功を収めたことで、その活躍に1部の強豪ガラタサライSKとベシクタシュJKから関心を寄せられ、2010年7月17日にベシクタシュへの期限付き移籍（買い戻しオプション付き）で合意した。ベシクタシュでは、トマーシュ・シヴォクとマッテオ・フェラーリの負傷からイブラヒム・トラマンとコンビを組んで一時的に定位置を確保しており、十字靭帯損傷によって後半戦の殆どを逃したことで10試合の出場にとどまったが、クラブ側の評価は高く、2011年6月4日に移籍金400万ユーロで完全移籍を果たした。2011-12シーズン前の合宿中において、再び十字靭帯を損傷し、大半の欠場を余儀なくされる困難な時期にあったが、2012-13及び2013-14シーズンにおいては、度々の軽傷によって万全とはいかないながらも20試合、19試合と一定の出場機会を得てシヴォクやジュリアン・エスキュデ、ペドロ・フランコ等と連携して守備を担った。