カール・サンダースの元のMorriahと言うバンドから、1993年に、カール・サンダース (Vo、G)、チーフ・スパイアーズ (B、Vo)、ピート・ハモウラ (Ds、Vo)の3名で結成。1994年に1stデモ『Nile / Worship the Animal』をリリース。1995年にはEP『Festivals of Atonement』、1996年に2ndデモ『Ramses Bringer of War』をリリース。同デモは翌年にシングルとして再リリースされている。この2枚の音源をリリースした時期に、ギタリストのジョン・エーラースが在籍していた。2ndデモをきっかけにリラプス・レコードと契約。1998年に1stアルバム『Amongst the Catacombs of Nephren-Ka』をリリースしデビューする。1stアルバムのレコーディング後、ダラス・トーラー＝ウェイド (G, Vo)が加入。モービッド・エンジェルやクリプトプシーとツアーを敢行し、知名度を上げていく。2000年に2ndアルバム『Black Seeds of Vengeance』をリリース。レコーディング後にチーフとピートが脱退。トニー・ラウリーノ (Dr, Vo)が加入。ベーシストの補充はされず、活動を継続する。ベーシスト不在のまま、3rdアルバムのレコーディングを開始。ベースはダラスが兼任した。2002年に3rdアルバム『In Their Darkened Shrines』をリリース。リリース後、ジョン・ヴェサノ (B, Vo)が加入。ジョンは、3rdアルバムにセッションボーカルとして参加していた。2004年にトニーが脱退。ナイトフォールのジョージ・コリアス (Ds)が加入。ジョージ加入には、一時期ナイルに参加していたドラマー、デレク・ロッディの推薦があったからだという。2005年に4thアルバム『Annihilation of the Wicked』をリリース。リリース後、ジョンが脱退し、ジョー・ペイン (B, Vo)がセッションメンバーとして加入。レーベルをドイツの大手レーベル、ニュークリア・ブラストに移して、2007年に5thアルバム『Ithyphallic』をリリース。正式ベーシストが不在だったため、再びダラスがベースを兼任した。リリース後、クリス・ロリス (B, Vo)が加入。2009年に6thアルバム『Those Whom the Gods Detest』をリリース。2012年にクリスが脱退し、トッド・エリス (B, Vo)が加入した。同年に7thアルバム『At the Gate of Sethu』をリリース。2015年2月、トッドが脱退。8月『What Should Not Be Unearthed』をリリース。2017年2月、ダラスが脱退し、ブライアン・キングスランドが加入。
ナイルの楽曲の多くはボーカル、ギターのカール・サンダースが書いており、楽曲の多くは、テクニカルデスメタルとワールドミュージックや民族音楽に分類されるような中近東の音楽を融合するという物である。そのため、古代エジプトのワードを歌に取り入れる事も有った。また、カール以外にもボーカルを執る場合が多く、トリプルボーカルである時期が長い。一時期は、メンバー4人全員がボーカルを執っていた時期もある。歌詞の内容の多くは、エジプト学と他の古代の中東の文化（例えばメソポタミア）に対するカール・サンダースの関心に基づく。この世界観は、前述の中近東の文化に加えて、ハワード・フィリップス・ラヴクラフトの作品から強い影響を受けている。内容が専門的であることもあり、各アルバムには、個別の楽曲にカールによる詳細な解説が掲載されている。
宮澤喜一首相の訪韓を前にした1992年1月11日、朝日新聞が一面で「慰安所、軍関与示す資料」「部隊に設置指示　募集含め統制・監督」「政府見解揺らぐ」と報じる。この資料は陸支密大日記の中から吉見義明が「発見」した。これについて「陸支密大日記の中に慰安婦関係の書類が含まれている事は研究者の間では周知の事実であった」と秦郁彦は書いている。同日朝日新聞夕刊では「韓国メディアが朝日新聞の報道を引用して報道」とのソウル支局電を掲載した。この資料の中で朝日新聞は従軍慰安婦について「1930年代、中国で日本軍兵士による強姦事件が多発したため、反日感情を抑えるのと性病を防ぐために慰安所を設けた。元軍人や軍医などの証言によると、開設当初から約8割が朝鮮人女性だったといわれる。太平洋戦争に入ると、主として朝鮮人女性を挺身（ていしん）隊の名で強制連行した。その人数は8万とも20万ともいわれる。」と解説をしている。翌1月12日の朝日新聞社説では「歴史から目をそむけまい」として宮澤首相には「前向きの姿勢を望みたい」と主張した。またジャパン・タイムズは1月11日夜のテレビ番組で渡辺美智雄外相が「なんらかの関与があったということは認めざるをえない」との発言を、「日本の政府責任者が戦時中に日本軍がhundreds of thousands（何十万人）ものアジア人慰安婦への強制売春 (forced prostitution) を初めて認めた」との記事を掲載した。1月13日、加藤紘一官房長官が「お詫びと反省」の談話を発表、1月14日には韓国で、女子挺身隊を誤解歪曲し「国民学校の生徒まで慰安婦にさせた日帝の蛮行」と報道、同1月14日、宮沢首相は「軍の関与を認め、おわびしたい」と述べ、1月16日には天皇の人形が焼かれるなど反日デモが高まる韓国に渡り、首脳会談で8回謝罪し、「真相究明」を約束した。毎日新聞ソウル支局の下川正晴特派員は「こんな国際的に非礼な記者発表は見たことがない」と述べている。一連の朝日新聞による慰安婦の強制連行報道については吉田による自らの証言が創作であったとの告白や植村の記事におけるミスの指摘などがなされた後もながらく訂正されることはなかったが、2014年8月にようやく訂正記事を掲載するに至った。しかし、謝罪はなく、社会問題化する中で同年9月、社長出席の記者会見で改めて訂正、謝罪を行った。朝日新聞が長期間にわたり訂正を行わず、記事を放置した結果、国際社会における「慰安婦強制連行」を既定事実化したと譴責する声もあり、その責任を問う提訴もなされている。朝日新聞は1997年3月31日に吉田の「著述を裏付ける証言は出ておらず、真偽は確認できない」との記事を掲載したが、訂正記事は出さなかった。