史緒たちが学園を卒業して20年が経った。黒犬ダミアンは本人には自覚のないまま老犬となっており、聖ミカエル学園に通う女生徒たちからは恐怖ではなく同情を受けていた。同窓会のために学園に集まって史緒たちとダミアンは再会する。ダミアンがまだ生きていたことに驚く3人と、3人を臭いで判別したものの鋭い犬の嗅覚で加齢臭を嗅ぎ取ったダミアン。ダミアンは地球の歴史上、初めて「時間の概念」を理解した犬となった。
兄妹としてすっかり打ち解けた史緒と一臣。しかし妹最優先で女性と交際する兄に、史緒は不安を隠せない。そんな折、司城家の遠縁から一臣に持ち込まれたお見合いで、理想の兄嫁候補が現れる。これでようやく落ち着いてくれると安心したが……兄嫁候補の薦めで、史緒に第一志望の東京大学（その後、公務員試験を経てキャリア官僚となる人生設計）を蹴ってスイスに留学する話が持ち上がる。外面の良い史緒はこれを無下に断ることもできずにいた。事情を知った、柚子と和音は密かに一臣を訪ね、留学話を打ち明ける。それを受けた一臣は結論を出さずに、これまで通りに嫁候補の観察を続け、これまでと同じく一臣のほうからこの婚約はこれまで通りに破談となった。一臣が嫁候補に求める条件はただ一つ。一臣よりも史緒を優先してくれる女性だったのだ。月日は流れ、ついに史緒・和音・柚子の卒業式。聖ミカエル学園講堂に、卒業生の歌う卒業賛美歌が流れる。見送るロレンス、そして出席した一臣・俊介。卒業証書を手に、希望を胸に駆け寄ってくる3人にカメラのシャッターが切られた。〔完〕
更科柚子が偶然一緒になったロレンス先生と商店会の福引きをし、特賞の日本〜イギリス間往復航空券を当てる。ロレンス先生とイギリスに行くことになった柚子はロレンス先生の邸宅で、旧友のオペラ歌手ラインハルト、そして動くクマのぬいぐるみルドルフと出会うのだった。一方、日本にいる史緒と和音もイギリス行きを思いつき、ロレンス家に到着。2人は来てすぐに皆で仲良くなった。ラインハルトはオペラのタイトルロールを射止め、全てがうまく行っているように思われた。日本に帰ってきた3人とロレンスにも、ラインハルトがオペラ界で高評判を得ていることが聞こえてくる。そんな時、ルドルフが日本へやって来た。また、ラインハルトと遊んで欲しいと。しかし、その時、過労で倒れたラインハルトが息を引き取ったとの連絡が入った。旧友の死に自責の念を感じ、放っておくと食事も採らないでいるロレンスを柚子は頻繁に見舞うのであった。史緒・和音。そしてロレンスは、玩具店に展示してあるクマのぬいぐるみを見て、生前の彼とラインハルトを思い出すのであった。
聖ミカエル学園マラソン大会に出場していた和音を、和音の父が経営する新日本産業グループの取引先グループ社長の御曹司・稲垣敏行が見初め、見合いの話を進めてきた。見合い話を俊介から聞かされた和音は、あっさりOK。お見合い、デートを経てトントン拍子に結納と話は進んだ。この頃から、やがては人妻になる和音に俊介が距離を置き始める。しかし、和音は俊介に自分と一緒に嫁に行かないか? と突拍子も無い提案をする。これを俊介が非常識だと断ると和音は腹痛を訴えて突然倒れてしまった。神経性胃炎で倒れた和音の枕元で、和音の両親は自分達を責め、過去を語り始める。互いの心情を吐露しあい、不和の元が互いの誤解であったこと総一郎と迪子は、遅ればせながらも和解を果たし、愛人たちと手を切った総一郎は、空色のワンピースを着た迪子と手に手を取って、迪子の実家である鳴沢の城に出掛けて行った。
仲の良い双子の姉妹・小早川流風と流水は陸上部の先輩である当麻克之に同時に恋をしたが、克之が選んだのは流風だった。双子といえど、違う人間である二人はいつかは別々の道を歩まなくてはいけない。これが最初の一歩だと二人は感じた。送別会としてキャンプに出かけた女子陸上部の面々は、雨宿りで入った古墳の中で壁が崩れた途端に異臭を感じて倒れる。皆が息絶えていく中で、双子だけが生き残った。古墳の中には現在では考えられないような、感染したものに超能力を与えるウイルスが蔓延していた。他の部員はそのウイルスが原因で死亡したが、双子はウイルスに適応できたために生き残れたのだった。体質は全く同じとはいえ、感染時の双子の心境には天と地の差があり、失恋による激しい悲しみと流風への微かな嫉妬を感じていた流水は、ウイルスにより負の感情を増幅させられて残忍な性格になってしまい、超能力を使って克之を我が物とするため流風を殺害しようとするようになり、更に自身の血によって他人をウイルスに二次感染させることで他者を自由自在に操る力を身につけ、流風に罠を仕掛ける。流風はそれに対する免疫抗体を体内に持つようになったと判明し、流風は克之と共に流水と対抗する決意をする。克之の父からの連絡によってイギリスより来日したジーン・アルバート・ジョンソンは、天才的な頭脳でウイルスを分析、自ら感染、改造し、新たな能力をつくって様々な人間を実験台にした。そして彼は一つの薬をつくる。それは流風の血を混ぜれば流水に操られている者を正気に戻せ、流水の血を混ぜれば既に流風の抗体を受けた者をも感染させられるというものだった。その薬の処方せんは5枚に分けられ、ジーンの創った新たな能力を持つ者たちに受け継がれた。人々の正気を取り戻そうとする流風と克之、克之が服従せざるを得ない権力を手に入れようともくろむ流水は、争いながら、時には協力しながら、新たな能力者たちと出会い、それぞれの愛憎が絡んで行く。