諜報活動は1810年を過ぎるとイギリス軍の戦争遂行に大きな役割を果たした。スペインとポルトガルのゲリラは、フランス軍の密使から通信文を奪取するよう依頼された。1811年からこうした文書類は一部または全文が暗号化されていることがよくあった。ウェリントンの参謀ジョージ・スカヴェルは解読する任務を与えられた。初めは使用する暗号はかなり単純で他の参謀の助けをもらった。だが、1812年の始めには、更に難しい暗号が、独創的に外交文書用に改訂され使われるようになると、スカヴェルは解読を進めていくことに夢中になった。解読作業は、フランス軍の動きと配置に関する知識が、上記の交戦で大きな成果を収める結果と共に徐々に進んでいった。フランス軍は暗号が解読されているとは知らず、ビトリアの戦いでその暗号表が奪われるまで使い続けた。
半島戦争は同時代におけるポルトガルの衝撃的な幕開けを表していた。リオデジャネイロへの宮廷の移転は、その後独立することになるブラジルの国家建設の始まりであった。宮廷、政府、陸軍からなる15,000人以上の人々がポルトガル艦船に乗り亡命できたことは、ブラジルにとってはおまけであり、ポルトガルにとっては見せかけの恩恵であった。なぜならば、それは独立へのエネルギーを解放したからである。不在間の王に指名されたポルトガルの知事には、フランスの侵略とイギリスの占領が続くために、僅かに影響していた。戦争大臣のミゲル・ペレイラ・フォルハスの役割は独特なものであった。ウェリントンは大臣を「イベリア半島でただ一人のまともな政治家」と見ていた。ポルトガル軍の参謀と55,000人の常備軍、50,000人以上の国民防衛隊「ミリシアス」と様々な数の郷土防衛隊「オルデナンサス」の（全体で10万を越えると目される兵力）創設を指揮した。1812年にロシアの宮廷大臣であるシュタイン男爵に送った手紙で、フォルハスは「焦土作戦」の採用が、ナポレオンの侵略を打破し領土守る唯一の方法として薦めた。ロシアのツァーリアレクサンドル1世は、ウェリントンのポルトガル軍戦略を模倣しナポレオンの大陸軍を飢えさせるために戦闘を避けるよう命令した。フランス帝国との戦争で試練に晒され、訓練され、実戦経験したポルトガル本土残留の新しい階級層は、新生ポルトガル独立を主張する点で、本戦争における旧来の指導者層に多大な影響を与え、フランス革命に並ぶものでもあった。ベレスフォード元帥は1814年以後もポルトガル陸軍（隷下に160人ほどの英軍将校が中核となる）の司令官（国王がまだブラジルにいるので一種の植民地総督）として残留した。彼の元、ポルトガルの新政策が策定された。これはルソ-ブラジル連合王国のあり方、アフリカの植民地における奴隷供給問題、ブラジルの産業、ポルトガルとの交易など今後の国家計画が定まった。しかし、1820年までにこれら全てが破綻した。ポルトガルの半島戦争に参加した葡軍将校は、イギリス軍人を追放し、8月24日にオポルトで自由主義革命を開始した。ポルトガルにおける自由主義体制の樹立は1832年から34年の内戦終結後に結実されることとなる。
この戦争中イギリスはポルトガル民兵とスペイン民兵を支援してフランスの大軍を釘付けにした。フランス軍との戦闘でイギリスの正規軍が用いる装備より安上がりだったことでイギリスはこれらに対し支援を行った。これは歴史上最も成功した非正規兵戦闘の一つであった。スペイン語でこの戦法をゲリーリャ（guerrilla:小さな戦争）と呼び、これがゲリラの語源になっている。この史上初の「ゲリラ」は、エスポス・イ・ミーナ、エル・エンペシナード、メリーノ司祭、エローレス男爵らが率いて、スペイン全土で対フランス軍活動を活発に行なった。
1816年6月、フランスのフリゲート艦メデューズ号は、ロシュフォールを出港、セネガルのサンルイに向かった。メデューズ号は、他の3隻、すなわち供給物資輸送船のロワール号、ブリッグのアルギュス号、コルベットのエコー号による船団の先頭にいた。ユーグ・デュロワ・ド・ショマレー子爵は20年以上出航から遠ざかっていたにもかかわらず、メデューズ号の艦長に任命されていた。メデューズ号の使命は、パリ条約に従い英国からセネガル返還を受けるためである。乗客には、セネガル知事に任命されたフランス大佐ジュリアン=デジレ・シュマルツとその妻レーヌ・シュマルツもいた。メデューズ号はよく進み、他の船を追い越した。しかしそのスピードのため、100マイル (161 km)も針路がずれていた。メデューズ号は7月2日、西アフリカ海岸の砂洲、今日のモーリタニア付近で座礁した。衝突の原因は、一般にド・ショマレーの能力不足によるとされる。彼は能力も経験も不足した外地帰還者で、政治的な昇進の結果として船長の任務に就いていた。船の離礁に失敗し、7月5日、おびえた乗客や乗組員は護衛艦のボート6艘で、アフリカの海岸に向けて60マイル (97 km)の距離を移動しようと試みた。メデューズ号には160人の乗組員を含め、総勢400人が乗り込んでいたにもかかわらず、ボートには250人しか乗れなかった。残りの人々、少なくとも146人の男性と女性1人が、満員で一部水中に没している急ごしらえの筏に、折り重なるように乗り込んだ。乗組員の内17人は、座礁したままのメデューズ号に残る道を選んだ。船長と乗組員は、ボートに乗り込んで筏を牽引するつもりだった。しかしわずか数マイル移動しただけで、筏はボートから離れた。筏に乗り込んだ人々に残された食料は、乾パン1袋（1日目で食べ尽くした）、水2樽（水中に落ちた）、ワイン数樽のみだった。批評家のジョナサン・マイルズによれば、筏は「生存者を極限体験へと追い詰める。狂気、乾燥、飢餓。人々は反逆者を虐殺し、死んだ者を食べ、弱者を殺害する」という。13日後の7月17日、筏は偶然アルギュス号に救出された。フランスは筏の捜索活動を、とりたてて行わなかったのである。このときまで生き残っていたのは、15人の男性だけであった。他は殺されたり、同僚に海へ放り込まれたり、餓死したり、絶望のあまり海に身を投げたりしたのだった。事件は、ナポレオンの1815年の失脚以降、ようやく力を取り戻したばかりのフランス復古王政にとって、非常に大きな困惑の種となった。