えちごトキめき鉄道では座席指定料金・グリーン料金を設定していない。このため「しらゆき」やJR線に乗り入れる臨時列車の一部（「越乃Shu*kura」等）に設定された指定席に乗車する場合、えちごトキめき鉄道線区間に対する追加料金は不要（JR線区間部分のみ必要）である。但し、えちごトキめき鉄道線内各駅とJR線内各駅の相互間を発着駅とする指定席券（例：上越妙高駅 - 直江津駅）は発行されない。また、2017年（平成29年）3月4日まで運転された、日本海ひすいラインと信越本線の直通快速列車に連結されたグリーン自由席に乗車する場合、グリーン料金はJR線内乗車の場合のみ必要とされた。
観光列車「えちごトキめきリゾート雪月花」（通常運行分）については、同社主催の旅行商品（団体臨時列車）としての運行であり、料金も別体系である。詳細はえちごトキめきリゾート雪月花#運行を参照。
えちごトキめき鉄道は自社の検測車を保有していない。えちごトキめき鉄道は、前述の通り、JR東日本とJR西日本の2社から路線を引き継いだため、検測車はこの2社のものが入線する。妙高はねうまラインはJR東日本のE491系電車が単独で担当するが、日本海ひすいラインは2社の車両が入線しており、JR東日本キヤE193系気動車、JR西日本キヤ141系気動車、JR西日本443系電車の3種類が入線する。自社の検測車を保有していない、国鉄・JRから経営を移管された第三セクター鉄道では、通常は検測車は運営路線を以前管轄していたJRの車両を借用するのが他社では基本になっているが、えちごトキめき鉄道はJR2社から路線を引き継いだため、同じ路線に2社の検測車が入線するという珍しい事例となっている。
直江津運転センターには全般検査、重要部検査以上の検査をできる設備を備えていないため、全般検査、重要部検査はJR東日本長野総合車両センターに委託している。ET127系電車はJR東日本所属当時に引き続き、長野総合車両センターが担当している。ET122形気動車は前述の通り、JR西日本キハ122形をベースにした車両であるが、検査についてはJR西日本の工場ではなく、ET127系と同様に長野総合車両センターが担当している。
えちごトキめき鉄道のトータルデザインは、川西康之が率いる株式会社イチバンセンが手掛けている。車両のエクステリアや駅名標などのカラーリングは、妙高はねうまラインでは妙高山のフレッシュグリーンと山並みをイメージしたもの、日本海ひすいラインでは日本海のブルーと荒波をイメージしたものが、それぞれ施される。
「水ヶ江」は「水が家」の意味で、「龍は水を以って家となす」の古事から、龍造寺氏の龍と水を結びつけてつくられた地名で、水ヶ江五丁目と中の館町にわたる範囲に水ヶ江城があった。現在の水ヶ江は江戸時代は佐賀城下の武家屋敷地で、共に縦小路と横小路からなる水ヶ江小路の大部分と片田江小路の中南部に当たり、本来は水ヶ江とは南十間端より南の水ヶ江小路付近を指す地名である。水ヶ江小路は虎次小路とも言い、現在の龍谷高校東交差点から南に走り横小路交差点から東横小路と西横小路などがあった。さらに南には「葉隠」記述者である田代陣基の屋敷があったことが城下絵図の解析により判明している。『弘化二巳総着到』（鍋島報效会所蔵の佐賀藩士名簿）によると居住する武士数は諸小路中最大の54名。築地反射炉の建設などに参画し、藩の火術師範となった本島籐太夫の屋敷はこの地にあった。片田江小路は龍谷高校北交差点から北に走り裏十間川に至る小路。北から馬責馬場、通小路、椎小路（現在の国道264号線でこれより北は松原となる）、花房小路、中ノ橋小路、枳小路、会所小路の横小路があり、まとめて片田江七小路と呼ばれている。それぞれ縦小路から東に走り裏十間端小路に達する。会所小路のさらに南にある十間端小路も含め現在もそのまま市道などとして使われている。同じく『弘化二巳総着到』によると、それぞれの小路毎に居住する武士数は片田江小路が30人、馬責馬場が10人、通小路が17人、椎小路が16人、花房小路が15人、中ノ橋小路が12人、枳小路が10人、会所小路が18人、十間端小路が17人。いずれも中級武士が多い。この裏十間端小路に沿って流れる裏十間川は武家屋敷地である水ヶ江・片田江と町人町である材木町との境界で、材木町から橋を渡って武家屋敷地の小路に入る場合は必ず鍵型に曲がるようになっており、防衛上の措置であるとみられている。また、裏十間川にかかる橋の一つに「横目橋（じろりばし）」がある。お互いに敬遠・対立する武士と町人が橋ですれ違うときにじろりと横目で睨みながら渡っていた、という意味で呼ばれたもので佐賀城下の珍名橋として知られている。なおこの文書には大隈重信の父、大隈与一左衛門信保の名が会所小路にある。天保6年（1835年）、鍋島直正の病後の保養地として水ヶ江御茶屋が現在の6丁目に造営されている。この水ヶ江御茶屋では天保11年（1840年）に鍋島茂義が武雄藩で導入を進めていた西洋式砲術調練の一環としてリフトコーゲル（照明弾）の試発が行われた。直正はこの調練を検分したのをきっかけに佐賀本藩への西洋砲術導入を決定している。1881年（明治14年）に水ヶ江町となり、1889年（明治22年）に近代市町村制の施行により佐賀市が発足するとその一部となる。住居表示により水ヶ江町に赤松町、本庄町袋、北川副町木原の一部を加えて水ヶ江1～6丁目となった。