ボサンスカ・ドゥビツァは930年に成立したが、最初に記録されたのは1197年からである。バボニッチ・ヴォディツキ（Babonići-Vodički）が12世紀まで町を治めていた。ボサンスカ・ドゥビツァがオスマン帝国の支配下にあった時代、地理的に戦略的な場所であることから重要な場所となった。国境地帯として長年にわたり活気と重要性があった。オーストリアとトルコの戦争の後、ドゥビツァ紛争（1788-1791）と呼ばれる戦いがこの地域では起こった。ドゥビツァがオスマンの支配下に入ったのは1538年のことでこの間、多くの支配者が代わり後にオーストリア＝ハンガリー帝国の支配になった。第二次世界大戦時、ボサンスカ・ドゥビツァでは多くの犠牲者が出た。1970年代に入るとボサンスカ・ドゥビツァでは経済発展で多くの恩恵を受け、1980年代も建設ブームやリノベーションが続いたがその後はユーゴスラビアの経済的な停滞や社会的な混乱などによりそれも終わり、その後戦争へと突入して行く。
西暦2035年の地球。太平洋の海底の裂け目から異世界より襲来した異種族「プリカーサー」の操る怪獣と人類の人型巨大兵器「イェーガー」との激戦が終結して10年が経過した。世界は平穏を取り戻したが、怪獣の再来への不安を残すPPDC（環太平洋防衛軍）は新世代のイェーガーを開発し、若いパイロットたちを訓練していた。10年前の怪獣との最後の戦いで戦死した、人類の英雄と称えられるスタッカー・ペントコスト司令官の息子ジェイク・ペントコストは優秀なパイロットだったが、ある理由で軍を除隊して違法転売行為に手を染めていた。そんなある日、戦地から集めたパーツで小型の一人乗りイェーガー、スクラッパーを自作していた孤児の少女アマーラ・ナマーニと出会ったことから、ジェイクの運命は変わる。右余曲折を経て逮捕されたジェイクは、10年前の最後の戦いで英雄的な活躍をした元イェーガーパイロットで現在はPPDCの事務総長である義姉の森マコより、無罪放免と引き換えにパイロット訓練生の教官として指導を命じられ、同じく逮捕されたアマーラもその非凡な才能を見定められ訓練生となる。軍在籍時に同期だったネイト・ランバートとコンビを組んだジェイクは訓練生の教育を行いつつ、第六世代イェーガー、ジプシー・アベンジャーのパイロットの任務に就く。時を同じくして中国企業、シャオ産業は社長であるリーウェン・シャオの主導の下、元PPDCの研究員であったニュートン・ガイズラー博士の協力で、新型の無人巨大兵器ドローン・イェーガーの開発を急ピッチで進めていた。PPDCはシャオ産業のドローンを採用するかどうかの会議をオーストラリア、シドニーで開こうとするが、その会議場に突如、所属不明の漆黒のイェーガー、オブシディアン・フューリーが会場を襲撃する。警備に出動していたジェイク、ネイトの駆るジプシー・アベンジャーが迎撃し、フューリーは撤退するが戦闘に巻き込まれたマコが死亡してしまう。死の間際にマコが残したデータをPPDC所属のハーマン・ゴットリーブ博士の解析により、シベリアにある既に廃棄されたイェーガーの燃料工場になにかの手掛かりがあるということがわかり、ジェイクとネイトはジプシーで向かうとそこで再度フューリーと交戦することになる。戦いの末、フューリーのリアクターを破壊して勝利を収める二人だったが、フューリーのコクピットブロックは怪獣の細胞で埋め尽くされており、オブシディアン・フューリーは怪獣の細胞と機械が組み合わさった機体だったことが判明する。正体不明の敵の出現にPPDCはシャオ産業のドローン・イェーガーを採用することを決め、リーウェン社長はドローンの数十機の48時間以内の配備をニュートンに指示する。そんな中、PPDCの基地に運び込まれたフューリーの残骸に興味を持ったアマーラは訓練生の仲間と共に無断で残骸を調べるがその際に訓練生の一人が負傷したためにアマーラは独断行動をチュアン司令官に咎められ、追放処分が下る。ジェイクと面会したアマーラはフューリーに使われていた機械部品がシャオ産業製であるということを伝え、それを聞いたジェイクらはハーマンにシャオ産業に出向き、ニュートンに会ってドローンについての情報入手を依頼する。完成したシャオ産業のドローンは各拠点に輸送されるが暴走し各所で破壊活動を始める。ジェイクたちの基地に輸送された2機のドローンも攻撃を開始し、チュアン司令が戦死。基地のイェーガーもまともに応戦する暇すら与えられず、次々に大破させられる。一方、シャオ産業にてハーマンは10年前に怪獣の脳とリンクしたことが原因でニュートンがプリカーサーの手下になっていたという衝撃の事実を知る。ニュートンはシャオ産業の開発ラインが殆ど自動化しているのをいいことに怪獣の細胞を培養するなどして組み込み、リーウェンらの知らない間に独自にプリカーサーの地球侵略計画を続けていたのだった。ドローン群はエネルギー波を放って地球各地に裂け目を作り、大量の怪獣を地球に運び込もうとするが、ニュートンの凶行を知ったリーウェンの協力によってドローンはすべて活動を停止。裂け目を閉じることに成功するも、3体の怪獣の地球への侵入を許してしまう。シュライクソーン、ハクジャ、ライジンと名付けられた3体の怪獣は日本の富士山を目指していた。ハーマンの調べで怪獣の血液には特定のレアメタルに対して爆発的な反応を示す特徴を持っており、プリカーサーは怪獣の血液を富士山の火山帯に流し込むことで環太平洋地域の火山帯を爆発させ、地球人類を壊滅に追いやろうとしていることがわかる。先の襲撃で正規パイロットがジェイクとネイトを除き全滅してしまったPPDC基地では追放を取り消されたアマーラたちの尽力でジプシー・アベンジャー、ブレーサー・フェニックス、セイバー・アテナ、ガーディアン・ブラーボの4体のイェーガーが戦闘可能にまで復旧。ジェイク、ネイトの操縦するジプシーとアマーラを含む訓練生が操縦する3体のイェーガーはハーマンの開発したロケットブースターを装着し、日本に向けて飛び立つ。メガ東京に来襲した3体の怪獣の前に4体のイェーガーは着陸を果たし、戦闘を始める。当初は互角の戦いを展開する両陣営だったが、シャオ産業の日本工場よりニュートンがあらかじめ用意していた無数の小型怪獣が出現し、3体の怪獣にとりついて合体させる。凄まじい戦闘力を持つ合体怪獣の前にまず一番槍を務めたガーディアン・ブラーボが撃破され、セイバー・アテナ、ブレイザー・フェニックスも破壊されてしまい、ジプシーも攻撃を受け、パイロットのネイトが重傷を負って戦闘不能に陥る。機体より脱出を果たしていたアマーラはネイトの代わりにジプシーに乗り込み、リーウェン社長の遠隔操作によって作動させたスクラッパーの協力で残ったロケットブースターを用いて成層圏までジプシーを上昇させ、ジプシー自体を巨大な質量弾にする最後の攻撃をジェイクと共に敢行。富士山火口に到達していた合体怪獣を見事に撃破し、人類を救うのだった。