1965年秋、毎日新聞は西側のメディアとして初めて、ベトナム戦争下の当時の北ベトナムの取材をおこなった。その中で10月3日朝刊に当時の外信部長だった大森実が自ら取材・執筆した「米軍が北ベトナム・クインラップにあるハンセン病病院を爆撃したことは、北ベトナムの記録映画から見て事実である」という報道に対し、記者会見で「全く事実に反している」と大森を名指しする形で批判した。大森はこの報道が遠因となって毎日新聞を退社した。しかし、当時ライシャワーの特別補佐官だったジョー ジ・パッカードによると、ライシャワーはハノイの情勢を十分把握した上でこの発言をおこなったわけではなく、後年「私の外交官人生で最悪の間違いだった」と語って大森に謝罪したいと生涯考えていたという。
1990年（平成2年）の夏には、上記の襲撃事件とその後の輸血以降に持病となった肝炎が悪化し、延命治療を拒否し9月1日に79年の生涯に自らの意思で幕を下ろした。遺灰は「日本とアメリカの架け橋になりたい」との遺言により、太平洋に散骨された。
1964年（昭和39年）には上記の襲撃事件により肝炎に罹患、大使退任後も度々の発症に悩まされていた上に、大使退任後の1975年（昭和50年）2月には脳卒中に見舞われたほか、1983年（昭和58年）には脳内出血にも見舞われた。しかしその後回復を見せ、いくつかの名誉職を退いたものの、1980年（昭和55年）10月に定年で退職するまでハーバード大学日本研究所などで研究活動を続けるなど活躍したほか、その後も多数の著書を出し続けた。なお、ハーバード大学日本研究所は、ライシャワー退職後の1985年（昭和60年）にライシャワーの業績をたたえて「ハーバード大学ライシャワー日本研究所 (RIJS)」と改称された。1987年（昭和62年）冬に、公式訪米中の皇太子明仁親王と美智子がライシャワー邸に滞在した。
大使を辞任して帰国後、ハーバード大学教授に帰任、南ベトナムへの干渉や中華人民共和国の承認、沖縄返還、対韓国政策の再考などに関し精力的に発言 し、さらに日本を始めとする極東問題の専門家として歴代政権やヘンリー・キッシンジャー、教え子のズビグネフ・ブレジンスキーなどのアメリカの外交関係者、さらに中曽根康弘首相や韓国の野党指導者の金大中（その後大統領）に対しても様々な助言を行った。また、佐藤栄作のノーベル平和賞受賞（1974年）に際しては、佐藤の受賞の推薦文を記述した。なお、1973年（昭和48年）にハーバード大学日本研究所所長に就任した他、同大学の東アジア研究評議会理事、OECD理事やアジア基金理事など数多くの役職を務め、日本及びアジア研究者として日米間を緊密に往復しつつ活躍した。
しかし、ベトナム戦争が拡大し日本人の対米感情が悪化しつつあった上に、ベトナム情勢に対する本国の政策に違和感を覚え、1966年（昭和41年）7月にワシントンD.C.に帰国した際にジョンソン大統領に辞任の意向を伝えた。ジョンソン大統領からは極東問題担当の国務次官への就任を依頼されたが拒否し、同年7月25日に辞任を発表、8月19日に東京国際空港から帰国した。
1964年（昭和39年）3月にアメリカ大使館門前で当時19歳の統合失調症患者にナイフで大腿を刺され重傷を負った。この時に輸血を受け「これで私の体の中に日本人の血が流れることになりました」と発言し多くの日本人から賞賛を浴びたが、この輸血が元で肝炎に罹る。その後、これがきっかけになり売血問題がクローズアップされ、その後日本において輸血用血液は献血により調達されることになる。この事件は「ライシャワー事件」と呼ばれ、精神衛生法（当時の名称）改正や輸血用血液の売血廃止など、日本の医療制度に大きな影響を与えた。その後3ヶ月の入院を経て回復し退院し（その後ハワイ州ホノルルの海軍の病院に検査のために再入院した）一時は辞任を考えたものの、「今退任し帰国すれば日本人は事件の責任を感じてしまうだろう」と考え留任することを決め、その後も駐日大使として活躍した。
神割崎は石巻市と南三陸町の境界に位置する。海洋による侵蝕で二つに割れた奇岩の間に、波が入り込んでしぶきを上げる景勝地である。日本の白砂青松100選の一つに選ばれている。2月中旬および10月下旬頃の早朝には、ちょうど二つの岩の間を太陽が昇る。神割崎には以下のような伝説がある。昔、村境を争っていた海岸に巨大な鯨が打ち上げられ、二つの村が所有権を争った夜、地響きと共に岬は二つに割れ、神様が下した裁きだろうと考え、村境の争いが解決した。 —  宮城県のウェブサイトより引用『安永風土記』と通称される江戸時代の史料にも神割崎とそれにまつわる話が紹介されている。本吉郡長清水浜の御用書出に「神割崎」が登場し、本吉郡十三浜の御用書出には「神割石」が記されている。神割石は神割崎のさらに先にある岩を指していると考えられている。どちらも、神割崎または神割石が互いの浜との境界にあるものとして述べ、村境の論争のさなかに神の力によって大岩が一夜にして割れたという話を紹介している。これには伝説上のクジラは登場しない。また、『北上町史』によれば江戸時代にこれらの浜の間で境界を巡る争いはなかったという。明治時代になると土地の所有権や漁業権の発生から、それまで曖昧だった村の境界を決める必要が生じた。しかし、何度か話し合いの場が持たれたものの境界は決まらず、神割崎周辺は地元の二つの契約講の共同管理地となっていた。ここの境界が画定したのは1989年（平成元年）であり、おおむね江戸時代の風土記に書かれている境界に近いものになったという。