化学を、また化学が何を研究するかを定義しようと試みると同時に主要な哲学的問題が生じた。原子や分子はしばしば化学理論の根本的な構成単位だと考えられたが、分子構造や化学結合の伝統的な記述では、金属や錯体、芳香族化合物といった多くの物質の性質の説明をできなかった。また、化学者は様々な物体の構造や反応を説明するためにしばしば共鳴構造のような存在しないものを使う。こういった説明上の道具は、現実には単純な分子として振る舞わない化学物質や化学反応の振る舞いを記述するために言語やあるいは分子の図示表現を利用する。  化学で研究の根本的構成単位として微細な構造よりもむしろ物体を考えることを好む化学者・化学哲学者もいる。物体を分類するこの二つの方法は必ずしも一対一対応するというわけではない。例えば多くの岩石は複数のイオンからなる塩として存在するが、塩は固定的な混合比率や空間的相関関係を持たない。関連する哲学的問題として化学は物質の研究なのか反応の研究なのかということがある。原子は固体中であっても絶え間なく動いているし、適切な条件下におけば化学物質は自発的に反応して新しく反応の産物を生成する。気温や気圧、ほかの分子との距離や地場の存在といった環境の変数の多さによって物体の特性が決まってくる。ヨアヒム・シュマーが述べたように、「物体の哲学者は確かな物体の変化によって化学反応を定義するが、過程の哲学者はそれぞれ特有の化学的反応によって物体を定義する」のである。化学の哲学者は自然の中に存在する対称性やキラリティーの問題を議論する。有機的（つまり炭素骨格を持つ）分子は最もしばしばキラルなものである。アミノ酸、核酸、糖、これらは全て自然環境下では専ら一種類の光学異性体しか見つからないのであるが、生物の基本的な化学的構成単位である。このホモキラリティーの起源について化学者、生化学者、生物学者は同様に議論をする。哲学者はこの現象の起源について議論をしている。具体的には、生物の非存在下でラセミの環境の真っただ中に偶然に起こったのかどうか、あるいは別の過程を演じたのかどうか。この問題に対する答えは、それがもし見つかればの話であるが、地球外生命体との比較をしなければ見つからないのではないかと推測する者もいる。対称性という自然の前提に対して先入見があって、それによって反対の意見に対する抵抗が生じるのではないかと考える哲学者もいる。最も時事性の高い問題は、物理学、特に量子力学がどこまで化学的現象を説明するかを決定することである。実は多くの人が考えていた以上に化学は物理学に還元できるのか、あるいは説明できないギャップが存在するのか？近年、私たちのミクロの世界に関する知識は増えていっているにもかかわらず物理還元主義の計画にはたくさんの困難が存在すると主張する文筆家もいる。同様のことを予言している最も著名な科学哲学者としてカール・ポパーがいる。
第二十二条（各事業年度の所得の金額の計算）第三項　内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。 一 　当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額 二 　前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額 三 　当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
オーストリアの文化史学者ユリウス・リッペルト はアーリア人を農耕民族とし、セム人は遊牧民族で農業の能力がなく、白人種の「枯れた小枝」とした
フランスの博物学者カトルファージュは普仏戦争(1870-71)でパリが包囲された時、プロイセンによる野蛮はアーリア人に先行する原始住民のものでしかありえない、プロシア人は真のゲルマン人ではなく、フィン人またはスラブ-フィン人であり、高い文明に対するフィン人の暗い恨みによってパリの美術館は砲撃されたとした
カトルファージュの説に対してドイツ、イタリア、イギリスの学者は非難した
ドイツの民族学者アドルフ・バスティアンは、プロイセンにはフィン人もスラブ人もいないし、ゲルマン人はこれらを完全に吸収して解体してしまったとし、東へ進むドイツ人は強者の法則、生存闘争の法則に従って弱い人種を仮借なく放逐したし、ゲルマン人はケルト-ラテンのおしゃべりによって心をくもらされる必要はなかったとした
解剖学者ルドルフ・フィルヒョウは1871年、統一ドイツの全域で兵士の頭蓋測定を試みたが軍が拒否したため、髪、眼、顔色などの特徴の生徒の調査へと変更し、オーストリア、ベルギー、スイスの協力も得られた
調査ではユダヤ人は除かれた
10年間の調査では生徒1500万が対象となり、またフィルヒョウは1885年にフィンランドも調査した
フィンランドが一般の意見と逆に圧倒的な比重で金髪であったため、フランスのカトルファージュの説は無に帰した
フィルヒョウの調査で、西へ向かったゴート人、フランク人、ブルグンド人などのゲルマン人は土着の住民のなかに埋まってしまったが、東へ向かったゲルマン人は「純粋にドイツ的な新しい民族性」を形成し、またスラヴ人の侵入も確認されなかった
なお、フィルヒョウはゲルマン民族主義者ではなく、汎ゲルマン主義や反ユダヤ主義を批判して警告していた
エルンスト・フォン・ブンゼン は1889年、アダムはアーリア人であり、セム人は蛇であるとした
哲学者フイエは1895年、フランス人はアーリア的要素が減少してケルト-スラヴ人またはトゥラン人種になりつつあり、ヨーロッパはゆっくりとロシア化していると警告した
19世紀までのドイツの学者、ペシェ、ペンカ、ヘーン、リンデンシュミットらは原始アーリア人を金髪で青い目をした長頭人種とした
他方、フランスのシャヴェ、ド・モルティユ、ウィヴァルフィらは原始アーリア人をガリア人のような短頭人種であるとした
これらの大陸の理論に対してイギリスの言語学者アイザック・テイラーは1890年に、原始アーリア人はウラル・アルタイの短頭人種であるとした
19世紀末になるとアーリア説について懐疑的な見解が出されるようになり、1892年、考古学者サロモン・ライナハは原始アーリア人についての説は根拠のない仮説で、それが今も存在しているかのように語ることはばかげたことだと述べた
フリードリヒ・フォン・ヘルヴァルトは『文化史』(1896-98) において、ユダヤ教とキリスト教の矛盾はセム人とアーリア人の矛盾に帰着されるとした