2002年6月8日の第49話放送後、主演の杉浦が本作放映開始前の2000年に起こった傷害・恐喝事件の容疑者として逮捕された。そのため、結末を放送しないまま番組がいったん打ち切られ、最終回に至るエピソード群のダイジェストが「特別総集編 前・後編（「コスモス最大の危機」と「コスモス最後の戦い」）」の形で2002年6月22日と6月29日に放送された。その後、傷害については被害者が「事件の一部を虚偽と認める陳述書」を提出したため不起訴処分に、恐喝についても起訴猶予処分となり、事態は法的に決着した。これを受けて、同年7月20日より放送は再開された。ただし、放送期間があらかじめ定められていたため、撮影自体は終了していた5回分（第50・52・54・56・58話）を間引いての放送だった。放送休止期間中には、アニメ映画『ウルトラマンM78劇場 Love & Peace』、上記の特別総集編、オリジナルビデオ作品『ウルトラマンネオス』が放送された。毎日放送プロデューサーの丸谷嘉彦は、特別総集編1を放送した段階で放送再開の可能性が出てきたため、特別総集編2の時点ではテレビ欄の「終」マークを意図的につけなかったと証言している。未放映となった5本は2003年3月28日にビデオとDVDとしてリリースされた『ウルトラマンコスモス スペシャルセレクション』（全2巻）に前述の「特別総集編 前・後編」とともに収録され、1巻には3本と「特別総集編 前編」、2巻には2本と「特別総集編 後編」と新編集「ムサシの青春」が収録された。また、TBSチャンネルによるCS放送では、未放映話を含む全話を話数順に放映した。第50話は2015年に『新ウルトラマン列伝』第84話で、関東地区では初めて地上波で放送された。
日本国内を外敵から守る防衛組織。略称はJADF。人類に害をなすものは全て排除しようとするため、TEAM EYESとはたびたび対立しているが、互いに協力する時もある。都内某所に広大な駐屯地を有する。
EYESはElite Young Expert Squadronの略で、トレジャーベースにのみ配属されているSRCの特捜チーム。基本的には怪獣の保護や異星人との友好的なコンタクトを目的とするが、やむを得ない場合は武器の使用も認められている。出撃態勢は「コンディションレベル・イエロー」（怪獣保護などの態勢）「オレンジ」（保護と攻撃の両面を考えた中間態勢）「レッド」（攻撃態勢）の3つに分けられる。怪獣目撃情報や隊員日記などが掲載されている、TEAM-EYES Networkという公式ホームページもインターネット上に存在する。
SRC は Scientific Research Circle （科学調査サークル）の略で、国家間の壁を越え、怪獣や異星人の調査・研究および救援・保護を行う機関である。『ウルトラマンコスモス THE FIRST CONTACT』の時は私設ボランティア団体にすぎなかったが、呑龍出現事件とバルタン星人襲撃事件の後に国連の承認を受け、MITIのスポンサードによって国際的組織として組織の拡大・再編成が行われた。北アメリカ、アラスカ、南アメリカ、ヨーロッパ、アフリカ、北アジア、南アジア、オーストラリア、南太平洋に各支部を置き、宇宙開発センターや、鏑矢諸島の怪獣保護管理センター等の様々な施設が各地域に設けられている。
カオスダークネスとの最終決戦で力が残り少なくなりピンチになったコスモスに、「カオスヘッダーを救いたい」と想うムサシが一体化して変身した、奇跡の輝くルナモード。その光が消えた時、コスモスは力を取り戻した。最終話のみ登場。
更に二つの種類の分節遺伝子がギャップ遺伝子生成物の後に発現する。ペアルール遺伝子（pair-rule genes）は7つの帯が前後軸と垂直の縞状に発現する。（even-skippedの例を見よ）。発現のこれらのパターンがシンシチウム胚盤葉内で確立された後、細胞膜が核の周辺に形成され、シンチウム胚盤葉は細胞性胚盤葉へ変わる。最後の種類の分節遺伝子、セグメントポラリティー遺伝子（segment polarity genes）の発現パターンは隣接した擬体節の細胞との間の相互作用により緻密に調節されている（右のengrailedの例を見よ）。Engrailedタンパク質はそれぞれの擬体節の端の細胞列に発現する転写因子（右図の黄色）である。この発現パターンはシンシチウム胚盤葉でのengrailed遺伝子の転写を調節する転写因子をコードする（even-skippedの様な）ペアルール遺伝子に惹起される。Engrailedを作る細胞は細胞から細胞へのシグナルタンパク質Hedgehog（右図の緑色）も作りうる。Hedgehogは遠くまで行くことはなく、Engrailedを発現する細胞に隣接した細胞を薄い縞状に活性化させる。Engrailedを発現する細胞の一方の側だけがHedgehogに反応することができる。なぜならその受容体タンパク質であるPatched（右図の青色）を発現しているからである。活性化したPatch受容体を持つ細胞はWinglessタンパク質（図の赤色）を作る。Winglessタンパク質は細胞外モルフォゲンとして作用し、細胞表面の受容体、Frizzledを濃度に応じて活性化し隣接した列の細胞のパターンを決める。Winglessはまた、細胞性胚盤葉が作られた後のEngrailed発現を安定化させるためEngrailed発現細胞でも作用、HedgehogとWingless相互のシグナリングが各体節の境界を安定にする。Winglessタンパク質には変態における羽の形成の協調の機能もあり、winglessの変異体の一部の表現型には「羽がない」ためにその名がつけられた。分節遺伝子にコードされた転写因子はまだ他の発生コントロール遺伝子ファミリー、ホメオティック選択遺伝子（homeotic selector genes）を調節する。これらの遺伝子はショウジョウバエの第3染色体の2つの順番になったグループに存在している。その遺伝子の染色体での順番はそれらが胚の前後軸に沿った発現をする順番を反映している。ホメオティック選択遺伝子のAntennapediaグループにはlabial、antennapedia、sex combs reduced、deformed、proboscipediaが含まれる。LabialとDeformedタンパク質は頭部体節で発現して頭部の特徴を決定する遺伝子を活性化する。Sex-combs-reducedとAntennapediaは胸部体節を特徴付ける。ホメオティック選択遺伝子のbithoraxグループは胸部第3体節と腹部の体節を特徴付ける。1995年に、ノーベル生理学・医学賞はクリスチャーネ・ニュスライン=フォルハルト（Christiane Nüsslein-Volhard）、エドワード・B・ルイス（Edward B. Lewis）、エリック・ヴィーシャウス（Eric Wieschaus）へ初期胚発生の遺伝子コントロールに関する研究で与えられた。胚パターン変異体への遺伝子スクリーニングでの彼らの調査は、bicoidの様なHox遺伝子による初期胚発生での役割を明らかにした。ホメオティック変異の例にいわゆるアンテナペディア変異（antennapedia mutation）がある。ショウジョウバエにおいて触角と肢は同じ基本「プログラム」により作られ、単独の転写因子が異なるだけである。もしこの転写因子が損傷すると、そのハエは触角の代わりに肢が生えてきてしまう。