存続断念に関する正式表明を受けた後、沿線自治体が中部運輸局や名鉄へ代替交通の確保の要請を開始したことから、通常路線廃止の6か月前に事業者の決定が必要となる代替バス運行事業者の一般募集開始時期は2004年11月にずれ込むこととなった。同年12月に名鉄系列の岐阜バスが名乗りを上げ、同社が代替交通を担うことが決定した。バス転換当初は、前記事情により代替バスの手続きが遅れたことからバスや運転士の確保が間に合わず、積み残しの発生やそれを避けた利用者の自家用車利用による道路渋滞により運行遅延が生じるなどトラブルも生じたものの、市内線利用者のバス転換率は56 - 60%に上り、他都市における転換率（約30 - 50%）と比較して高い数値を記録した。なお、岐阜市内線エリアを管轄する岐阜中警察署の統計によると、路線廃止以前と比較して人身交通事故件数・死亡者数とも約20%減少したものの、通勤時間帯の自動車の道路通行量は5%増加した。また、東側方面（美濃町線沿線）については最大渋滞長は延びたものの渋滞解消時間は短縮された一方、西側方面（揖斐線沿線）では渋滞長・渋滞時間とも悪化したことが判明している。2005年8月に、路面電車存続運動を継承する形で、関市でイオンなどが入居するショッピングセンター「MAGO（マーゴ）」を運営するサン・ストラッセが600V電化区間への参入を表明。岡山電気軌道に運営運行業務を委託する形の、新しい鉄道会社の設立を目指していたが、廃線前に検討された上下分離方式を前提とするという、必要な資金の大半を沿線自治体に依拠するものであったため、賛同する自治体は現れなかった。また、名鉄側も軌道敷地など資産の譲渡先は自治体に限るとして交渉には応じなかった。これらの動きを受け、岐阜県は復活計画に具体性が無いこと、雨天時のレールでのスリップや冬季のレールの凍結が交通事故の原因となることなどを理由として、同年9月6日から順次、県管理区間の道路の軌道撤去を開始し、同時期には岐阜市も市道区間の軌道撤去を開始した。一部区間では軌道を撤去せずアスファルト舗装で覆っている。施設の撤去が進む中、サン・ストラッセは2006年10月23日付で軌道事業の申請を取り下げた。また、2011年11月に岩田知也（北海道 総合政策部）、加藤博和（名古屋大学）が発表した研究『鉄軌道廃線の影響分析―岐阜600V線区を対象として―』によると、費用便益分析の観点からは、廃線によって全体の厚生は増加するが、その大半が事業者の赤字解消であり、利用者にとってはバスに転換しても余剰が低下してしまったこと、かつては鉄軌道は岐阜の都市空間構造に影響を及ぼしていたが、廃線時点には影響を与えていなかったことなどが明らかになったとしている。2005年の名古屋大学の加藤博和および学生による土木学会の発表でもラッシュ時のバス転換率は60パーセント前後であった。通学面においても、岐阜市内沿線高校の入試倍率が廃線前年比1倍を割る高校や職業高校が顕著で、廃線が通学需要に影響を与えているとしている。
1644年、大陸ヨーロッパからイングランドに戻ったボイルは、科学的研究に強い関心を持つようになっていた。父はその前年に亡くなり、イングランド、ドーセットのスタルブリッジにある荘園とアイルランド、リムリック州の広大な地所を相続した。後者は父がクロムウェルのアイルランド侵略に乗じて取得した土地である。それ以降ボイルは科学的研究に生涯を捧げるようになり、後の王立協会の母体となった科学者集団 "インビジブル・カレッジ" (英語版) の一員となった。彼らはロンドンのグレシャム・カレッジで頻繁に会合を開き、一部はオックスフォードでも会合を開いた。1647年に初めてアイルランドに所有する土地を訪れ、1652年にアイルランドに移住したが、田舎ではなかなか研究が進まずイライラするようになった。ある手紙でアイルランドについて「野蛮な国で、化学について誤解されているし、化学用の器具もなかなか入手できない。錬金術には不向きな土地だ」と記している。1654年、アイルランドを後にしてオックスフォードに移り住むことにした。1657年、オットー・フォン・ゲーリケの空気ポンプについて目にし、ロバート・フックを助手として自ら空気ポンプの製作を始めた。1659年に "machina Boyleana" と名付けた空気ポンプを完成させ、一連の空気についての実験を始めた。オックスフォード大学ユニバーシティ・カレッジには19世紀初めまでクロス・ホール(Cross Hall) が建っていたことを示す碑文がある。当時ボイルはそのホールの一角を借りていた。空気ポンプを使った研究成果を New Experiments Physico-Mechanicall, Touching the Spring of the Air, and its Effects... と題して1660年に出版。この本に対して批判的な者の中にイエズス会士のフランシス・ライン (英語版) がおり、ラインの批判に反論する形で「気体の体積は圧力と反比例する」というボイルの法則に初めて言及することになった。ただし、この法則（仮説）を最初に定式化したのはヘンリー・パワー(英語版) で1661年のことである。ボイルはパワーの書いた論文も引用しているが、誤ってその作者をリチャード・タウンリー (英語版) だとしていた。ヨーロッパ大陸ではこの法則を定式化したのはエドム・マリオットだとされることがあるが、彼がそれを発表したのは1676年のことで、その時点までにはボイルの業績を知っていたと見られている。1663年、チャールズ2世の許可を得て "インビジブル・カレッジ" から王立協会が発足した。ボイルも設立協議会の一員だった。1680年、ボイルは王立協会会長に選ばれたが、就任の際の誓いの内容にためらいを覚え、会長職を辞退している。ボイルは、「延命法」、「飛行技法」、「永久照明」、「鎧を極めて軽く硬くする技法」、「どんな風でも沈まない帆船」、「経度を確認する確実な方法」、「想像力や記憶などの能力を高める薬や苦痛を和らげる薬や悪夢を見ない安らかな眠りをもたらす薬」といった24の「発明したいものの一覧」を作った。この一覧に挙げられた発明は後にそのほとんどが実現しているという点で注目に値する。ボイルはオックスフォード時代に"騎士"となっていた。騎士はその数年前に王室政令によって制定されたと見られている。ボイルがオックスフォードにいたころは清教徒革命の後半にあたるが、騎士となったボイルがどういう役割を果たしたのかはよくわかっていない。1668年、ボイルはオックスフォードからロンドンに移り、姉のキャサリン (英語版) の家に身を寄せた。