ラファエロは自身で版画を制作することはなかったが、版画家マルカントニオ・ライモンディ (en:Marcantonio Raimondi) との共同作業で版画を生産している。ラファエロがデザインしたドローイングをもとにライモンディがエングレーヴィング版画を制作したもので、当時のイタリアでもっとも有名となった版画の多くがこの二人から生み出された。ラファエロのように地位も名声も確立した画家が版画に興味を示すのは稀なことで、同時代の画家としては同じく他の版画家と共同で版画を制作したティツィアーノしか例がないが、ティツィアーノによる版画はラファエロほどには成功しなかった。ラファエロとライモンディが制作した版画は15点で、なかにはラファエロの絵画作品を版画に移植したものも存在するが、多くの場合ラファエロが版画専用としてドローイングを描き起こしており、これらのドローイングは習作も含めて多くが現存している。ラファエロとライモンディの版画の中でも有名な作品は『ルクレツィア』、『パリスの審判』、そして二つのほとんど同じヴァージョンが存在する『幼児虐殺』で、ラファエロの絵画作品を版画化した『パルナッスス山』と『ガラテアの勝利』もよく知られている。20世紀まで、イタリア国外ではこのような版画作品を通じてしか、ラファエロの作品に触れる機会は無かった。ヴァザーリが「イル・バヴィエラ」と呼んだバヴィエロ・カロッチは、ラファエロの財産管理補佐を任されていたと考えられており、ラファエロの死後にほとんどの版画原版の銅板を入手することによって版画出版業者として大きな成功を収めた人物である。
1508年の終わりごろにラファエロはローマへと居を移し、結果として残りの生涯をローマですごすこととなった。ラファエロがローマを訪れたのは、ローマ教皇ユリウス2世からの招きによるものであり、おそらくは当時サン・ピエトロ大聖堂の建築を任されていた建築家で、ウルビーノ近郊のラファエロの遠縁ではないかと考えられているドナト・ブラマンテからの推挙によるものだった。ローマ教皇の招致を受けてからも数ヶ月間ローマで逡巡していたミケランジェロとは違って、ラファエロはすぐさまヴァチカンへと向かい、ヴァチカン宮殿のローマ教皇となる専用図書室のフレスコ壁画制作依頼を受けた。このローマ教皇からの絵画制作依頼は、ラファエロにとってそれまでにない程の極めて重要なものだった。専用図書室には複数の部屋があり、すでにほかの画家が弟子たちとともに内部装飾を手がけている部屋もあった。これらの部屋には、枢機卿時代のユリウス2世と激しく対立していた先々代のローマ教皇アレクサンデル6世の出資による壁画や紋章などがすでに描かれていた。ユリウス2世による図書室の装飾は、これらアレクサンデル6世の痕跡をヴァチカン宮殿からすべて消し去ることを目的としていた。
伊豆へ放逐された仁寛は名を蓮念と改め、真言の教えの伝道に努めた。武蔵国立川出身の陰陽師・見蓮（兼蓮とも書く）と出会ったのはこの頃である。この見蓮をはじめ、観蓮、寂乗、観照らの弟子に醍醐三宝院流の奥義を伝授した。永久2年（1114年）3月23日、伊豆葛城山の南東麓の城山（じょうやま）の頂から身を投げ死亡した。彼の教えは見蓮らが発展させ、立川流を確立したとされている。なお、立川流に関わる文献は、そのほとんどが後世の弾圧により失われており、詳細は明らかでない。仁寛もまた例外ではなく、上に述べた生涯についても、疑問点が指摘されている。この点に関しては、「立川流」の項を参照。
正化33年、郁は篤に気持ちを伝えられないまま日々戦闘と訓練に励む。だが、手塚慧の策略により、図書隊の存在意義に疑問を抱き館内書籍を焚書した「未来企画」シンパ隊員に嵌められ共謀を疑われた郁は、査問委員会にかけられ窮地に追い込まれる。慧はここで郁を食事に誘い「未来企画」の意義を説明する。それは戦闘が過激化するほど検閲も厳しくなる現状の矛盾を突き、図書館を良化隊と対等な文科省傘下にするものである。だが反面、検閲に直接対抗できる戦闘職を手放すというもので当面の検閲は受け入れることになり、篤に薫陶された郁は賛成しない。慧は郁に対し図書隊を辞め未来企画に入るよう光を説得すれば査問を中止させるという。しかし郁は断り、彼女を探しその場に踏み込んできた篤に連れられて帰る。査問は中止され郁らは安心するが、慧の暗躍は続く。ある日、茨城県近代美術館で開かれる表現の自由をテーマとした展覧会に、今や自由の象徴となった世界に1冊の希少本『図書館法規要覧』を貸出することになり、会場警備と極秘の輸送をタスクフォースが担う。しかし一時保管場所となった茨城県の図書館は、未来企画に洗脳された館長のもとで検閲を受け入れ戦闘を禁じておりこの要覧所有権を良化隊に譲り渡す。要覧を奪うため良化隊は数百の戦闘員を送りこみ激しい攻撃を仕掛け、郁の怒りと果敢に戦うタスクに心打たれた茨城の戦闘員も救援に加わるものの、次第に追いつめられてゆく。この戦闘は慧が仕掛けたタスク壊滅作戦であり、最終目的達成のために良化委員会と交渉する彼の元に、仁科巌司令が現れ、自らの辞任と引き換えに戦闘中止を持ちかける。検閲が蔓延した原因である報道被害や人を傷つける表現と国民の無関心、図書隊存在意義を無意味と説く慧に対し、それでも世界には守る価値があると仁科は反論する。やがて完全に追い詰められたタスク一同は、最後の作戦として篤と郁の2名に、美術館まで直接要覧を届ける役目を託す。封鎖された市街地を抜け良化隊の攻撃を受けた篤は郁を守って重傷を負う。郁は篤に一人で要覧を届けるよう命じられ、思わず彼の唇を奪い思いを告げる。追われながら美術館玄関に走る郁への発砲を狙う良化隊に、突然光が浴びせられる。それは玄関前で郁を囲むように迎え入れた県知事らと、報道陣による大量のカメラのフラッシュであった。展覧会で要覧は無事展示され、タスクの活躍も紹介される。後日、怪我から回復した篤は、郁を捕まえ、以前に話したカミツレのお茶を出す店に自分を連れていくよう言い、事実上デートの誘いをする。慧は未来企画を解散して久しぶりに光と会い、兄への憎しみを越えて人を信じるという彼と対話する。仁科が図書隊を去る姿と、エンドロール後カミツレティーの並ぶテーブルを映して映画は終了する。