宇宙世紀0087年のグリプス戦役ではエゥーゴにメインスポンサーとして出資するとともに、主だったMS・艦船を供給する一方で、対立する勢力ティターンズにもマラサイなどの兵器を供給し戦争を煽って利益を生み出していたといわれている。もっとも、エゥーゴの資金源自体がアナハイムであり、ティターンズに対してはマラサイなどの無償提供が多いことから、同社が目指したのはあくまで、ティターンズにより競合もなく独占的に支配されつつあった地球圏における市場の回復および戦後の安定的な市場獲得と考えられる。特にグリプス戦役以降、MSのコックピットのシェアに関しては、勢力を問わずほぼ全てが同社の製品だったといわれている。ジオン系企業を吸収し本社を月面のフォン・ブラウン市郊外に置くなどした結果、アナハイムにはスペースノイドの権益を代表する企業になってしまったという側面がある。そのためスペースノイドが連邦軍に影響を与えることを問題視するティターンズはアナハイムを連邦軍から排除するために純粋な連邦系技術を用いたガンダムMk-IIなどの主力MS開発計画を推し進めた。連邦軍から排除されることはアナハイムのような企業として死活問題であり、そのようなティターンズの活動を阻止するために、リック・ディアスの供与、エゥーゴの旗機となりうる先進MSの共同開発計画「Ζ計画」などエゥーゴに対して積極的な支援を行った。つまりアナハイムとティターンズは本質的に相容れない存在であり、兵器供与などは戦争を煽ると言うより時間稼ぎのための政治工作に過ぎなかったとする見方もある。アナハイム会長メラニー・ヒュー・カーバインは表立って行動することがほとんどなかったが、アクシズのハマーン・カーンとの直接交渉では唯一陣頭指揮をとった。そんなアナハイムにとって僥倖となったのが、エゥーゴがグリーン・ノアでテスト中だったガンダムMk-II全機の捕獲に成功したことである。うち1機を研究用として入手したことで同機の優れたムーバブルフレーム技術がもたらされ、さらに同時にエゥーゴに身を投じた少年カミーユ・ビダンによる革新的なアイデアを得て、「Ζ計画」は傑作可変MS・Ζガンダムを完成させた。その活躍はティターンズを壊滅に追いやると共に、技術的優位性やエゥーゴとの蜜月関係により、以後同社が長期に渡りMS市場における大きなアドバンテージを得る基礎を築き上げることとなった。なお、後に公開された劇場版『機動戦士Ζガンダム A New Translation -星を継ぐ者-』においては、カミーユが奪取したガンダムMk-IIを発進させる際に、モニターに「AE」アナハイム・エレクトロニクスのロゴともとれるスプラッシュ画面が登場するような描写が追加され、前述のとおりコックピットシステムに同社の製品を使用していることを裏付けるような描写となっている。また、Ζガンダムの開発においても、TV版でみられたカミーユの革新的なアイデアという描写が希薄になっており、そもそもカミーユのガンダムMk-II強奪云々とは別の次元で既にΖ計画が動いていたともとれる描写となっている｡
10月25日深夜、第三艦隊はソロモン諸島へ向け南下中、アメリカ軍哨戒機に爆撃されて瑞鶴前方150m程に至近弾となった。報告を受けた第三艦隊司令部は対応を協議、アメリカ軍に位置を発見されたと判断して一時北方へ反転する。この行動が、日本側にとって僥倖となった。10月26日、日本艦隊は再度米機動部隊（空母エンタープライズ、ホーネット基幹）と交戦する。日本艦隊は、南雲中将直率の機動部隊本隊（第一航空戦隊《翔鶴、瑞鶴、瑞鳳》、重巡《熊野》、第4駆逐隊《嵐、舞風》、第16駆逐隊《雪風、初風、天津風、時津風》、第17駆逐隊《浜風》、第61駆逐隊《照月》）、第十一戦隊司令官阿部弘毅少将（戦艦比叡座乗）指揮下の機動部隊前衛、第二艦隊司令長官近藤信竹中将（重巡愛宕座乗）指揮下の前進艦隊（第二航空戦隊角田覚治少将、空母隼鷹を含む）に分離していた。日本側は空母ホーネット (USS Hornet, CV-8)と駆逐艦ポーター(USS Porter, DD-356)を撃沈、空母エンタープライズを中破、戦艦サウスダコタ (USS South Dakota, BB-57)、防空巡洋艦サンフアン(USS San Juan, CL-54)、駆逐艦スミス（USS Smith，DD–378）に損傷を与えた。一方、アメリカ側は空母翔鶴と重巡筑摩を大破、空母瑞鳳を中破させた。なお、第一次攻撃隊発進時に瑞鶴攻撃隊の発艦が遅れた件について瑞鶴の野元艦長は、「レーダーを持っている翔鶴から矢の催促がきたが、瑞鶴は(レーダーが)ないのでのんびりやることにした」と回想している。瑞鶴は航空隊発進のため風上へ向かい翔鶴と2万メートル近く離れ、このためアメリカ軍攻撃隊は再び翔鶴に集中攻撃を加えた。大破した翔鶴は航空隊発進・収容が不可能となり旗艦としての通信能力も喪失、そこで一時的に野元瑞鶴艦長が航空戦の指揮をとることになった。のちに南雲中将や草鹿少将など第三艦隊司令部は翔鶴から駆逐艦嵐（第4駆逐隊司令有賀幸作大佐）へ移動し、さらに同艦から瑞鶴に移乗して将旗を掲げた。また本艦に損傷はなかったものの、艦載機の消耗は甚大であった。10月30日、トラック泊地帰投。戦死者の葬儀を行うが、輸送船に救助されていた瑞鶴飛行隊長高橋定大尉は葬儀開始1時間前に母艦（瑞鶴）へ帰還している。11月4日、瑞鶴は第五戦隊（妙高）、第16駆逐隊（初風、時津風）と共に内地へ帰投するよう命じられる。9日、瑞鶴隊（瑞鶴、初風）は豊後水道にて佐世保へ向かう妙高隊（妙高、時津風）と分離、呉に到着した。このため11月中旬の第三次ソロモン海戦には参加していない。後日、翔鶴と瑞鶴は三回目の感状を授与された。11月11日、第三艦隊司令長官は南雲中将から小沢治三郎中将に交代した。同艦隊参謀長も23日附で草鹿少将から山田定義少将に交代している。