捕えられた船員達は先ず盛岡城に連行された。船長のスハープは「…城壁のある町に来たので、この町で、多分大領主或は小さな国王の前に出るため、このような事が起こったのだと気付いた。様々な木のある庭園や、色々な店を連ねた大通りがあるこの美しい町を通って、町はずれにある大きな屋敷の木造の高い門の中の離れに案内された」と、日記に城下町の印象を記している。その後藩主の南部重直に謁見した船員達は丁重なもてなしを受けた。藩主は当初彼らを密航した宣教師ではないかと疑い、通訳の役人に、ポルトガル人、スペイン人、フランス人、イギリス人、デンマーク人、スウェーデン人、クレタ人(ギリシャ人)ではないかと質問させた。また十字架を差し出して祈祷するように言った。彼らはこれらを拒否しオランダ人である、と答え、また、皇帝(徳川家)の許可を得て長崎で交易をしたり毎年江戸で皇帝に拝謁し贈り物もしていると答えた。藩主は更に彼らを試すため踏絵に用いる聖母マリアの描かれた銅板を差し出し、これに接吻するはずだと言った。しかし船員達は反対に銅板に唾を吐き、これを砕いてもよいかと尋ねた。これを聞いた藩主は大笑いし、彼らが宣教師などではないことを確認した。また船員の一人はセイロン島でポルトガル人から受けた傷を見せ、ポルトガル人はこういうことをする我々の仇敵であると答えた。こうしたアピールは藩主に気に入られた。その後二週間程盛岡に滞在した後、江戸へと出立した。スハープの日記によると、滞在中彼らの身辺の世話をしていた役人は涙を流し別れを惜しんだという。
すでに日本では鎖国体制が完成しつつあり、1639年（寛永16年）にはポルトガル人が追放され、1641年（寛永18年）にはオランダ人も出島に移され、そこでのみの交易を許されていた。外国人上陸の話を村民から聞いた藩の役人は、ポルトガル人の可能性があるとして、再度外国人が上陸した場合には捕らえるようにと指示した。7月28日、ブレスケンス号が再度入港してきたが、このとき遊郭から女郎を呼んで乗組員を歓待した。すっかり安心していると、船長スハープ以下10人の乗員は捕縛されてしまった。当時の日本人が外国人との意思疎通に用いていた言語はポルトガル語であった。幸い、スハープはスペイン語が話せたため、何とか自分達がオランダ人であることを説明することができた。このため待遇は良くなったが、さらなる取調べのため江戸に護送されることとなった。
1643年（寛永20年）2月、マルチン・ゲルリッツエン・フリースを隊長とする2回目の探検隊がバタヴィアを出航した。探検隊はカストリクム号とブレスケンス号（指揮官：ヘンドリック・コルネリスゾーン・スハープ）の2隻で構成された。ところが、5月に房総半島沖で暴風雨に遭遇し、ブレスケンス号は一旦千島列島沖まで北上した後に南下し、6月10日に盛岡藩領である陸奥国山田浦（現在の岩手県山田町）に漂着した。突然現れた外国人に村民は驚いたが、上陸してきたオランダ人を歓迎した。ブレスケンス号は水の補給を受けた後、再び探検のため出航した。
古来よりヨーロッパでは、金銀を豊富に産する「金島」・「銀島」の伝説があった。1635年（寛永12年）、平戸のオランダ商館の職員であったウィレム・フルステーヘン（後、商館長）は、オランダ領東インド総督のアントニオ・ヴァン・ディーメンに宛て、「日本の東方北緯37度半、海岸からおよそ380-390マイル」に金銀島があると聞いたと報告している。この金銀島の報告に基づき、後に2回の探検隊が派遣さることとなった。最初の探検は、1639年（寛永16年）にマチス・クアストとアベル・タスマンによってなされたが、金銀島は発見されなかった。
ブレスケンス号事件とは、1643年（寛永20年）にオランダ船ブレスケンス号（Breskens、全長33m、幅7mの武装ヤハト船）の乗組員が盛岡藩領に上陸し、捕縛された事件。乗組員らはしばらく後に釈放されたが、その後のオランダの対応に対して幕府が満足せず、完全に解決を見たのは1650年（慶安3年）になってからであった。
[新編]叛逆の物語では「円環の理」に導かれた後の物語が描かれた。本作でのさやかは、「円環の理」の一部となっており、女神まどかの補佐役として登場する。魔法少女として限界を迎え、本来なら「円環の理」に導かれるべきほむらが、インキュベーターの実験により通常の救済が不可能になっていたため、まどか・なぎさと共に行動を起こす。インキュベーターの目を欺くため、なぎさと共にまどかの記憶を預かり、ほむらのソウルジェムの中に構築された魔女結界＝偽りの見滝原へ潜入。その世界で日常生活を演じる一方で、秘かにほむらを救出する機会を伺っていた。改変前の世界やインキュベーターの実験の影響などの事情を全て認識していたため、毛嫌いしていたほむらに対しても歩み寄りの姿勢をとっている。なぜかさやかの家の居候になっていた杏子とも仲良くしていた。ほむらの結界の中には魔法少女としてではなく、魔女として現れており、ほむらを救済する戦いにおいて、なぎさと共に中心的な役割を果たす。「円環の理」の他の魔女から借り受けた使い魔の大軍を召喚・使役し、くるみ割りの魔女の使い魔の軍隊と交戦したり、また杏子とのコンビネーションとして、自らの半身である「人魚の魔女」の刀を杏子の武器である長槍に変形させ、魔女結界の壁を突き破るなど、奮戦している。ほむらが“導かれ”ようとする際にまどかの力の一部を奪い取り、因果律が再改変された影響で、さやかは「円環の理」に帰れなくなり、再び人間（魔法少女）として生きていくことになる。ほむらに対面した際には、『円環の理』を踏みにじる行為を厳しく糾弾したが、「『悪魔』の自分が神の理に逆らうのは当然」と返される。ほむらの態度に怒りがおさまらないさやかだったが、ほむらの力によって「円環の理」としての記憶が失われつつある中では「だけどこれだけは忘れない。暁美ほむら、あんたが悪魔だってことは!」と告げるに留まった。その一方で、かつての思い人である恭介や恋敵であった仁美に出会った時は、以前のことを覚えているも吹っ切れた様子で「こうやってまた“おはよう”が言えるのは幸せ」と、照れ隠しを交えつつ、両者との再会を喜ぶ。