合同に反対した正教会のコンスタンディヌーポリ総主教代理ニケフォロスは、合同派によってトルコのスパイとして糾弾されたのち投獄され、餓死した。ウクライナ東方カトリック教会はブレスト合同以降、正教会の全ての教会建物と領地を要求し、多くの正教修道院の獲得に成功した。正教徒が庇護を期待出来たのは、オストロジスキー公などの正教徒大貴族の支配する都市や地域に限られた。1599年には、ウクライナの正教会とプロテスタントとの間で、カトリックに対抗して自らの権利を守る為の協定が締結されるに至った。しかしながらウクライナがロシア正教会を奉じるロシア帝国に組み込まれていく過程で、逆にウクライナ東方カトリック教会の立場が極度に悪化。無神論を掲げたソ連の下でも激しい弾圧を経験する事となった。ブレスト合同以降のウクライナ東方カトリック教会の詳細な経緯についてはウクライナ東方カトリック教会を参照。また、この合同が全東西教会の合同への動きに現代に至るまでもたらしているマイナス影響については、東西教会の分裂の項を参照。
両会議はポーランド国王にそれぞれの決議の承認を要請したが、ジグムント3世は当然に合同派会議の決定を承認し、ウクライナ東方カトリック教会の権利と特権を承認した。
1596年10月5日、合同派と合同反対派正教徒の双方がブレストに集合した。ブレストの大聖堂において教会合同会議が開催されたが、その期間（1596年10月6日から10月9日）、主教イパーチイ・ポティの命令により、ブレスト中の大聖堂以外の全ての聖堂が閉鎖された。合同反対派は大聖堂に招かれず会議への参加を許されなかったばかりか、集会に聖堂を使えないこととなり、やむを得ず大貴族の家を集会所として使わざるを得なかった。この時期の合同派のやり方を若き日に目にして、合同反対派としてブレストに来ていたアレクサンドリア総主教代理キリロス・ルカリス（キリル・ルカリス）は強烈な反感を抱き、死ぬまで反ローマ・カトリックの姿勢を鮮明にし続けた。のち彼はコンスタンディヌーポリ総主教となる。
一方、カトリック教会はウクライナにおいてもプロテスタンティズムが爆発的な伸張をみせる事態を前にして、対抗宗教改革の一環として、イエズス会が中心となってカトリック教会のウクライナ・ロシアに対する浸透を図る諸活動が行われた。この時行われた反正教会・反プロテスタンティズムの宣伝活動と啓発活動・慈善活動は一定の成功を収めた。当初、カトリック教会は最終的に、全ルーシのカトリック化およびカトリックの元に行われる教会合同を目論んでいた。これは、フィレンツェ公会議が当時も有効だと考えていたカトリック教会の認識が基礎となっていた。ただし1582年、正教会との事前の合意無しに教皇グレゴリウス13世が新暦（グレゴリオ暦）を導入したことは、ウクライナの正教会に動揺を引き起こし、同地の正教会は新暦の受け入れを拒否した。暦の変更は教会にとり、祝われる祭日を設定する重要なものであり、日常の奉神礼に直結するものであった。このことは本項で後述するブレスト合同の成立において、広範な教会合同が成立するのを妨げる要因の一つとなった。なおこの時、コンスタンディヌーポリ総主教イェレミアス2世も、グレゴリオ暦を否認している。1923年に、コンスタンディヌーポリ教会は使用する暦をユリウス暦からグレゴリオ暦に月日を合わせた修正ユリウス暦に変更した（他幾つかの教会が後に追随した）が、これも厳密にはグレゴリオ暦ではない。現在でもエルサレム総主教庁、グルジア正教会、ロシア正教会、セルビア正教会、日本正教会などは、修正ユリウス暦もグレゴリオ暦も使用せずにユリウス暦を使用し続けている。さらに、教会合同を推し進める人々の行動や会議の進行が性急に過ぎた事も、ブレスト合同を不完全なものにする一因となった。
TK-80は、8080ファミリーのプログラマプルなパラレルI/OポートμPD8255を1個実装している（シリアルI/Oポートの8251は、TK-80には実装されていない）。8255は8ビットポートを3ポート備え（PA、PB、PC）、各ポートの入出力、動作モードなどをプログラムから設定できる。単純な8ポート×3、2ポート+制御信号、ビット単位の入出力指定（PCポートのみ）などの動作が可能だ。TK-80は8255をキーパッドのスキャン、シリアル入出力、LEDディスプレイの制御に使っている。このチップのアドレスは、I/Oアドレス空間の0F8Hである（ただし、フルデコードされていない）。キーパッドは回路に直結しているRESETを除くと24キーであり、これが3×8のマトリクス接続になっている。8255のPCポートの3ビット（PC4からPC6）とPAポートがこのマトリクスに接続されておりモニタープログラム内のキースキャンルーチンが8255のポートを制御し、キーの押し下げ状態を検出する。スイッチ操作の際にはチャタリング（断続的なスイッチのオン／オフ）が発生するがキースキャンルーチン内でのタイマー処理により、誤動作を防いでいる。TK-80モニタプログラムは、110bpsでのシリアル入出力をサポートしている。これはシリアル入出力LSIを使わずソフトウェアでタイミング処理を行い、8255のパラレルポートのビットを使用して行う。使用しているのはPC0（シリアル出力）とPB0（シリアル入力）である。タイミング生成はソフトウェアのタイマールーチン（空ループにより時間をつぶすという方法）を使っているため、この処理中はDMAによるLEDディスプレイを停止させる必要がある。このための制御は、8255のPC7ポートで行われる。TK-80モニタプログラムはSTORE DATAキー、LOAD DATAキーを使いメモリデータをシリアル出力し、また外部からシリアルデータをロードできる。一般的な用法はシリアル出力ポートのビット出力を数kHzのオーディオ信号でトーンバースト変調し、このデータをカセットテープレコーダに出力するというものである。またこのオーディオ信号を復調し、シリアル入力ポートに与えることで保存したデータをロードすることができる。TK-80そのものにはこのようなオーディオ変調／復調回路は含まれていないが、マニュアルには回路例が記載されており多くのユーザーは基板上のフリースペースにこの回路を組み込んでいた。