細胞周期チェックポイントは、そのチェックポイントが細胞周期のどの段階（ステージ）に存在するかによって分類され、これまでに (1) G1/Sチェックポイント、(2) S期チェックポイント、(3) G2/Mチェックポイント、(4) M期チェックポイントの4つが比較的よく解析されている。これらはそれぞれ複数の、異なるチェックポイント制御関連分子によって制御されており、その制御機構は極めて複雑である。
細胞周期チェックポイント（さいぼうしゅうきチェックポイント）とは、細胞が正しく細胞周期を進行させているかどうかを監視（チェック）し、異常や不具合がある場合には細胞周期進行を停止（もしくは減速）させる制御機構のことである。細胞自体がこの制御機構を備えている。一回の細胞分裂の周期の中に、複数のチェックポイントが存在することが知られており、これまでにG1/Sチェックポイント、S期チェックポイント、G2/Mチェックポイント、M期チェックポイントの4つが比較的よく解析されている。この機構は正確な遺伝情報を娘細胞、ひいては子孫に伝達するための、生命にとって根源的な役割を果たしていると考えられており、この機構の異常はヒトなどのがん発生の主要な原因のひとつといわれる。その基本概念は、1988年、リーランド・ハートウェルらにより提出された。
第31回は就職活動中の合間を縫っての出場。初出場時と同じゼッケン91番をつけての挑戦となり、スタート前には「初心に戻って挑みたい」と語った。1stでは、パワー系エリアであるタックルの登場により小柄な森本は不安視されていたが、難なくクリア。2ndでは、前回苦汁を飲まされたステージ後半を重点的に対策しており、その練習の成果もあり、2ndを初の最速タイムで突破。迎えた3rdでは「祖父に対して完全制覇を見せたい」という思いを告白。今大会も最難関クレイジークリフハンガーをあっさりと突破。バーティカルリミット改で苦しそうな表情を見せる局面こそあったものの、前々回にリタイアしたパイプスライダーを克服して3rdステージをクリアし、自身初のファイナルステージ進出を果たす。前回ファイナルに進出した又地諒のアドバイスをもとに最初のスパイダークライムを驚異的な速さで上り、そのスピードのまま綱登りを上り切り、2.59秒残しで完全制覇を成し遂げる。ゴール後のインタビューでは「おじいちゃんに完全制覇したところを見せられてよかったです。」と語った。彼はすぐさま家族のところへ行き「これ(完全制覇)だけはやっておきたかったから、もう何も…」と感無量の面持ちで話した。番組中では最後まで笑顔のままだった森本だが、制覇後に又地諒を見た途端に涙を流したという。史上6人目となる2度目の最優秀成績者となる（ゼッケン91）。
第21回では1年ぶりに出場。前回出場時に攻略した1stジャンピングスパイダーでリタイア（ゼッケン52、全カット）。第22回はリタイア経験のあるジャンピングスパイダー・ハーフパイプアタックをクリアするも、1stそり立つ壁でタイムアップ（ゼッケン27、全カット）。第23回から第26回までは応募は続けていたものの、出場資格が得られなかったという。第27回ではうんてい日本記録保持者の肩書を引っさげて2年半ぶりに出場。自身初となる1stステージクリアを達成するも、2ndステージのメタルスピンでリタイア（ゼッケン84、ダイジェスト）。
当時中学3年生（同大会最年少）。ゼッケン争奪マラソンで91番を取るが、1stステージの新エリア・ジャンピングスパイダーでジャンプの高さが足りずに落下し、リタイア（ゼッケン91）。同大会に森本が着ていたTシャツに書かれていた文字「修行中」は以降、1stを初めてクリアする第27回大会までの森本のキャッチコピーのようなものになった。またこの時は、「森本祐介」と誤表記で紹介されていた。第19回では高校1年生となり「まだ修行中」と書かれたTシャツを着て挑戦。前回リタイアした1stジャンピングスパイダーのトレーニングに励んで挑んだ今大会は、ポールメイズで50秒ほど時間をロスしたものの、直後の前回より難易度の高いジャンピングスパイダーを攻略。しかし、直後のハーフパイプアタックで2歩目の足が滑り、ロープを掴めず落下。またしても新エリアでリタイアとなった。終了後のインタビューでは、「前回よりは、先へ進んだんですけど。まだまだ先輩方についていくには、練習が足りないと思います」と話した（ゼッケン71）。第20回は足の骨折のため欠場。
仏教勢力に対しては、木食応其を仲介役として高野山を降伏させたり、三井寺を闕所にしたり、根来寺を焼き討ちするなど、信長時代に引き続き武力によって統制した。一方で寺社造営を得意とする木食応其に命じて、京都に大仏を建立したり本願寺を再建したりもしている。ルイス・フロイスは伴天連追放令後の状況にあって「（秀吉は）偶像を以前にも増して悪しざまに扱い、仏僧たちを我ら以上に虐待している」と書いている。キリシタンに対しては、当初は好意的であった。しかし宣教師による信仰の強制、キリシタンによる寺社の破壊、宣教師たちの牛馬の肉食、日本人を奴隷商品として国外へ売却していたことなどを理由に、天正15年（1587年）に伴天連追放令（バテレン追放令）を出した。ただしこの時の布告は強制的な禁教を伴うものではなく、宣教師たちも依然として日本国内で布教活動を継続することが可能であった。秀吉が決定的に態度を硬化させるのは、慶長元年（1596年）に起きたサン＝フェリペ号事件からのことである。幕末以降の歴史書・研究史においては、秀吉は宣教師の行いを通じてスペインやポルトガルの日本征服の意図を察知していたということが強調されている。イエズス会宣教師による日本征服計画があったのは確実であるが、スペインやポルトガル本国が宣教師たちの提案に賛同したかどうかは不明である。