日本への帰国後は東京帝国大学文学部の初の外国人特別研究生となり、同年7月にはパリ大学の学生だったアドリエン (Adrienne Darnton) と東京で結婚した。その後京都帝国大学文学部国史学科の特別研究生となり、円仁の日記の翻訳などを手がけた。1938年（昭和13年）には京城に3ヶ月滞在し、ジョージ・M・マッキューンとともに朝鮮語ローマ字の表記として有名になる「マッキューン＝ライシャワー式」を考案した。その後日中戦争最中の1937年（昭和12年）11月に北京へ向かい、燕京大学で研究活動を行う傍ら中国文化院で中国語を学んだ。これに先立つ8月には、研修のため日本と中国を訪れた、実兄でプリンストン大学教授のロバート・カール・ライシャワー博士 (Dr. Robert Karl Reischauer, 1907年-1937年) が、訪問先の上海で中華民国国軍機の誤爆を受け死亡した（国民党軍機による上海空爆）。1938年（昭和13年）にはハーバード大学に戻り、日本語と中国語の講師となり、1939年（昭和14年）には『入唐求法巡礼行記』の研究で博士号を授与された。
1933年（昭和8年）には、ハーバード燕京研究所所長で当時数少ない日本文学者であったセルゲイ・エリセーエフより、フランスと日本・中国で研修を行った後、エリセーエフが設立を計画している極東言語学部において日本語の講師として教鞭を取ることを依頼される。同年パリにある国立現代東洋語学校へ向かい、日本語と中国語を学んだ。ヨーロッパ留学中に、オランダやオーストリア、ドイツ、チェコスロヴァキア等を旅し、ドイツでは、レーム事件の現場に居合わせている。このヨーロッパ旅行中、オーストリアのザルツブルクを訪れた際に、丘の上の古城から見たザルツブルクの風景が、日本の城下町に似ている事に気付き、日本とヨーロッパの歴史の類似性、及び、日本の近代化における封建時代の重要性に気がついたと、後年、回想している。（NHK『日本への自叙伝』）1935年（昭和10年）には日本へと移る。
1927年（昭和2年）に家族とともにアメリカに転居しオバーリン大学に入学、「1860年以前の日米関係」という論文を残す。オバーリンを卒業後は、ハーバード大学文理学部の大学院に進学する。1981年（昭和56年）4月22日のハーバード大学での最終講義では「私がここに初めて来たとき、東アジア研究に興味を持っていた大学院生は2人しかいなかった。私と兄だ」と往時を回顧している。
多くの在京アメリカ人子弟と同様、小学校と中学校をアメリカ人向けナショナルスクールである築地のアメリカンスクール・イン・ジャパン (ASIJ) で学び、兄弟ともに日本生まれから「ボーン・イン・ジャパン (BIJ)」と呼ばれ、後に自らを「たまたま日本に生まれたアメリカ人」と語る。アメリカンスクール・イン・ジャパン在学時には、現在まで残る校内新聞「ランタン」の創刊にも関わったほか、スポーツにも熱心に打ち込んだ。父親の知人、使用人、軽井沢別荘滞在者などの日本人子弟と交流し、1923年（大正12年）の関東大震災時には軽井沢を訪れていたため被害を免れ、軽井沢に疎開で訪れる被災者を家族や知人らと軽井沢駅で支援している。スパイで知られるカナダ人外交官エドガートン・ハーバート・ノーマンは、当時軽井沢でテニスを交えた知人である。
1910年（明治43年）10月15日にキリスト教長老派教会宣教師で東京女子大学創立に関わったオーガスト・カール・ライシャワーの次男として、東京府東京市芝区白金台町の明治学院内宣教師住宅で生まれる。ライシャワー家はオーストリア系移民で、祖父は南北戦争で北軍に従軍し父は宣教師として日本に派遣 されている。生家は東京都東村山市の明治学院東村山高等学校敷地内へ移築されている。
ApHC は2007年に薬剤の規制を改定し、フロセミド (furosemide＝商品名 Lasix) と アセタゾラミド (acetazolamide ＝アセト) の使用を認めている。フロセミドは鼻血を出しやすい馬が競技のストレスで鼻血を出さない効能があり、競馬で広く使われている。アセタゾラミドは遺伝性の高カリウム性周期性四肢麻痺 (hyperkalemic periodic paralysis=HYPP) 治療に用い、麻痺を防ぐ。アセトの投薬は検査で HYPP が陽性であること、血統登録書に HYPP 発症が記されたことが証明された場合に認められる。協会では特定のクォーターホースの血統をひくアパルーサに HYPP 検査を行うこと、また血統登録書に HYPP の検査結果を載せるかどうかオーナーに任せるとしている。AQHA 登録をした種牡馬と牝馬で2007年1月1日以降の生まれについては HYPP を発症した場合、 HYPP 検査を受けること、血統登録書に明記することが義務化された。どちらの薬剤も利尿作用があり、馬の体内に他の薬物があるかどうか検出を妨げることが問題視されている。いっぽうで、さまざまな品種の競技会を主催するアメリカ馬術連盟 (the United States Equestrian Federation =USEF) 、また国際競技大会やオリンピックの馬術競技を統括する国際馬術連盟 (International Federation for Equestrian Sports = FEI) はいずれもフロセミドの投与を禁止している。それに対し、アメリカ・クォーターホース協会、American Paint Horse Associationさらに月毛ブリーダー協会 (the Palomino Horse Breeders of America)など大手の純正馬登録団体も独自の競技会を組織しており、アセタゾラミドもフロセミドも使用を許可、場合によっては出場前の24時間以内の投与を承認している。