かつて荏胡麻油で市場を席捲した大山崎油座の崩壊と連動するかのように、近世に入ると菜種油が主流となり、荏胡麻からの搾油も次第に行われなくなっていった。しかし、大山崎が製油の中心地としての地位を失った後も、離宮八幡宮は油売買の守護神として全国の商人から崇敬され、毎年12月には油商人が山崎に集まり、「判紙の会」という儀式が行われていたという。とはいえ、前述の如く氏子組織もなかったため、離宮八幡宮は衰微に傾く一方であり、江戸時代を通じて次第に日使頭祭は行われなくなっていき、明治維新後には完全に断絶した。このような窮状を見かねた東京油問屋市場の呼びかけにより、昭和61年（1986年）に製油業界有志により「油祖離宮八幡宮崇敬会」が設立され、日清製油（現日清オイリオ）会長坂口幸雄が代表発起人に就任。翌年には日使頭祭を復活させ、以後毎年4月3日に行われるようになった。現在の離宮八幡宮には、本邦製油発祥地碑・油祖像・全国油脂販売店標識など、製油業にまつわるモニュメントが多く設けられ、毎年9月15日に開催される秋の例大祭も「油座まつり」と呼ばれている。
尾張・美濃の戦国大名であった織田信長が上洛を遂げ、室町幕府を崩壊させたことで、幕府の禁令に依存していた大山崎の優位もまた消滅する。また信長による楽市楽座政策は、まさに大山崎油座のような既得権益に安座していた旧商人の地位を崩壊させるのが目的であった。信長時代に大山崎の頽勢は決定的となった。その後信長は天正10年（1582年）本能寺の変で死去。大山崎は信長を殺害した明智光秀と亡君の仇討ちを期する羽柴秀吉が激突した山崎・天王山の戦いにて再び戦場となるが、勝者となった羽柴秀吉は即座に油座を保護した。秀吉は山崎に城を築き、大坂城を新設するまで山崎城を本拠としたこともあり、以前の信長の方針を覆して油座の優位を認めるなどの保護策をとった。しかし、秀吉による方針転換でも衰退の傾向に歯止めがかかることはなく、大山崎油座は天正12年（1584年）11月18日付の前田玄以奉書を最後として文書上では存在が確認できなくなる。結局豊臣政権で中世的な座は解体され、江戸時代にも江戸・大坂をはじめ幕府の主要直轄地で座の結成が禁止されるなど、座の制度は近世に入って完全に崩壊し、それとともに大山崎油座の歴史も終焉した。なおこの間、慶長6年（1601年）徳川家康が下した判物により、大山崎は石清水ではなく離宮八幡宮の神領として正式に認められている。
平治の乱以前の朝長の生涯においては、任官の記録が確認されている。保元4年（1159年）2月、鳥羽天皇皇女姝子内親王（後の高松院）が二条天皇の中宮として立后した際、その中宮少進に任じられている。また、この頃には従五位下の位階を得ていた（『山槐記』）。同じころ異母弟の頼朝は、女院号を得た上西門院の蔵人に任じられている（『山槐記』）。平治元年（1159年）12月、父の義朝は反信西派の中心にあった藤原信頼と結んで京でクーデターを起こして三条殿を襲撃、その後同じく信頼と結んだ源光保によって信西は討ち取られた（平治の乱）。だが、熊野参詣に出ていた平清盛が政権掌握後信頼と険悪になった二条天皇派と手を結び二条天皇を自陣営に迎え、後白河上皇も内裏を出てしまう。12月26日に信頼・義朝討伐の宣旨が下り、平氏の軍勢が内裏に押し寄せた。朝長は兄の義平、弟の頼朝とともに内裏の守りについた。この時、朝長は16歳。やがて戦闘が始まるが『愚管抄』によると信頼方は合戦が始まるとすぐ京の市街地に出て、やがて六波羅へと押し寄せたが、最後は十騎程度の兵力となり敗北。都を脱出する。義朝は少人数となった子や一族郎党とともに京を落ち再挙すべく東国を目指すが、大原（現京都市左京区大原）の竜下越で落人狩りの比叡山の山法師が行く手を遮ったため合戦となり、義朝の大叔父の義隆は首筋に矢を受けて落馬、朝長も左腿に矢を受けてしまい、鐙（あぶみ）を踏みかねた。義朝が「矢を受けたか、常に鐙を踏み、敵に裏に回り込まれるなよ」と励ますと、朝長は「私は大丈夫です。それよりも陸奥六郎（義隆）殿が深手を負われています」と気丈に答えた（『平治物語』）。一行はなんとか山法師を蹴散らして先へ進むが、近江国堅田の浦で義隆の首を埋葬し、その後逃亡を続ける。その間、年若い頼朝は疲れ果てて脱落してしまう。一行は美濃国青墓宿（岐阜県大垣市）に着いた。ここの長者大炊は義朝の妾の一人であった。一行はここでもてなされて休息した。ここで義朝は義平と別れ義平は東山道へ向かった。義朝は朝長を東海道に向かう自分に同行させようとするが、朝長は傷の悪化を理由にそれを拒否。父の義朝に頼んで殺害してもらったという。その後、尾張国で義朝は長田忠致の裏切りにあって殺され、首は京へ送られた。大炊は朝長の亡骸を丁重に埋葬したがやがて平氏の知るところとなり、墓は暴かれ朝長の首を取られて、京の六条河原に義朝とともに晒された。朝長の首は守役だった大谷忠太が奪い返し、遠江国豊田郡友永村（現静岡県袋井市友永(ともなが)）に埋葬した。そのため朝長の胴の墓は岐阜県大垣市に、首の墓は静岡県袋井市に二つある。江戸時代の俳人松尾芭蕉は青墓の朝長の墓所を訪れて「苔埋む蔦のうつつの念仏哉」と詠んでいる。また、修羅能の演目に朝長の死を扱った『朝長』がある。