2012年11月26日、平山泰朗が離党届を提出した。第46回衆議院議員総選挙にむけた国民新党の公認候補はわずかに3名(前回は18名)であり、新人候補は鹿児島3区の野間健のみ。比例ブロックでは九州ブロックのみの擁立となり、党関係者の地盤以外での候補者擁立はならず、組織の弱体化、党の衰退を印象付けた。12月16日、与党として初の総選挙である第46回衆議院議員総選挙が投開票された。国民新党の当選者は野間健のみで、現職の下地幹郎郵政・防災担当相と環境大臣政務官の中島正純は落選し、解散前の勢力2議席が1議席に減った。連立を組む民主党も57議席しか獲得できず与党は大敗し3年3か月ぶりに野党に転落した。国民新党は所属国会議員が5人を下回ったため、公職選挙法で定められた政党要件を失った。12月17日、参議院での民主党との統一会派「民主党・新緑風会・国民新党」からの離脱を表明。同日に新会派「国民新党」を結成した。一方、衆議院においては議席数が1であり、会派成立要件を満たさなくなったため「国民新党」という会派はなくなった。
2011年12月8日、亀井代表・下地幹事長が国民新党を解党し新党結成を目指す考えを表明したが、12月14日の議員総会で新党構想を森田副幹事長が批判（ただし亀井亜紀子が新党構想ではなく郵政法案の扱いによる批判であったとブログで説明している）。2012年1月25日、亀井代表が石原慎太郎東京都知事、たちあがれ日本の平沼赳夫代表らと共に3月中にも新党を結成するとの報道が流れた。この新党構想は石原知事を党首とするもので、国民新党とたちあがれ日本の参加を前提としていた。2月7日、亀井代表は党所属国会議員や綿貫最高顧問らに新党構想を説明し、党としての参加への理解を求めた。しかし、後述の党内分裂により、新党構想は頓挫することとなる。
2011年3月11日の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）発生時には統一会派を組む新党日本と共同で「東北地方太平洋沖地震対策本部」を設置して震災対策にあたった。物資面の被災地支援も新党日本と共同でおこなった。第17回統一地方選挙では選挙戦直前の4月1日深夜に、民主党が郵政改革法案を審議する衆院特別委員会の設置を拒否したことへの「報復措置」として、民主党の統一地方選挙候補者683人のうち385人の推薦を取り消したことが話題となった。この措置に民主党は猛反発し連立与党内に深刻な亀裂が走った。一方で国民新党は5名を公認したが、結果は文京区の1名（プロレスラーの西村修）のみの当選に止まった。与党が統一地方選挙で敗北しさらに勢いを増した菅直人首相への退陣要求には否定的で菅首相の下で復興基本法案や補正予算を成立させるべきと主張していた。6月2日に菅内閣不信任決議案が採決された際にも全議員が反対票を投じた。6月27日、亀井代表が第2次菅内閣の内閣総理大臣補佐官（内閣の重要政策全般担当）に就任した。事前に菅首相からは副総理への就任を打診されていたが、閣内には入らず、補佐官として閣外から支えることとなった。しかし、菅首相の退陣に伴い、約2ヵ月で退任した。9月2日に発足した野田内閣についても連立は維持していたが、菅前政権から引き継いで野田佳彦総理が推し進めるTPPについては強固に反対していた。また、東日本大震災を受けた復興増税についても反対していた。10月19日には2010年9月に民主党を離党した中島正純が入党した。
カッザーフィーは、ナーセルの汎アラブ主義の後継者として1972年にはエジプトのアンワル・アッ＝サーダート、シリアのハーフィズ・アル＝アサドと組んで汎アラブ主義三か国によるアラブ共和国連邦を構想したが、本格的な統合を見ないまま5年後に解消している。1970年代はカッザーフィーの汎アラブ思想に振り回されたエジプトのサーダート大統領からは「頭のてっぺんから足の爪の先まで狂っている男」と評されており、中華人民共和国にアブデルサラム・ジャルード首相を派遣して核兵器の購入を申し出て中国政府を驚愕させたこともあった。後にリビアがIAEAの査察を受け入れた際に中国製の核爆弾設計図が報告されるもこれはパキスタンから流入したものとされる。カッザーフィーはパレスチナ解放機構 (PLO) の有力かつ公然の支持者であった。そのため1979年にサーダート大統領がイスラエルと和平したエジプトとの関係を決定的に悪化させた。また、資金援助などを通じて西アフリカを中心に影響力を維持していたほか、地域機関であるサヘル・サハラ諸国共同体 (CEN-SAD) を創設し、アフリカにおける影響力拡大の足場としていた。当時のカッザーフィーの欧米諸国との関係は常に対立的で、アラブ最強硬派と目されていた。1984年の駐英リビア大使館員による反リビアデモ警備をしていた英国警官射殺事件、1985年のローマ空港・ウィーン空港同時テロ事件1986年の西ベルリンディスコで爆破事件などテロ支援の問題から欧米との関係は悪化の一途をたどり、1970年代と1980年代の欧米やイスラエルに対する過激派のテロを支援した疑惑がもたれていた。それに対し、アメリカはカッザーフィーの居宅を狙って空爆する強硬手段（リビア爆撃）を取り、カッザーフィーを暗殺しようとした。カッザーフィーは外出しており危うく難を逃れた。1988年の死者270人を出したパンナム機爆破事件はリビアの諜報機関員が仕掛けたテロであるとされるが、カッザーフィーは容疑者の引渡しを拒否し、国連制裁を受ける。そのためリビアは当時のアメリカのロナルド・レーガン政権から「テロリスト」「狂犬」として名指しの批判を受け、以後アメリカとの対立は続いた。この経験から、以降は住む場所を頻繁に変えていたという。また、この空爆の直前、作戦に反対だったイタリア政府（当時政権の座にあったベッティーノ・クラクシ首相、ジュリオ・アンドレオッティ外相の決断による）から極秘に空爆を通告されていたことが後日判明した。汎アラブ主義に対する評価はさまざまであるが栗本慎一郎等一部保守派の中にも死後に「カダフィーの内政やテロ支援での独裁政治はともかく石油の関税自主権を国際石油資本から取り戻し国民にも一定の繁栄をもたらした。」と評価する声もある。