2016年1月21日、第54期十段戦挑戦者決定戦で余正麒を下し、伊田篤史への挑戦権を獲得する。2013年以来、3年ぶり2度目となる7大タイトル戦フル出場を果たす。2016年4月20日、伊田から十段を奪取し、囲碁界初・将棋界も合わせると羽生善治に次ぐ七冠となった。さらにタイトル獲得数36となり林海峰名誉天元・依田紀基九段を上回り歴代7位となった。さらに史上初の七大タイトル全て3期以上獲得を達成。6月30日、第71期本因坊戦挑戦手合七番勝負第5局で高尾紳路九段に黒番177手中押し勝ちし、シリーズ対戦成績4勝1敗で本因坊防衛を果たした。井山はこれで本因坊5連覇で、永世本因坊資格を獲得した（二十六世本因坊）。七大タイトルでの名誉称号資格獲得は1993年の林海峯名誉天元以来、23年ぶりとなる。7月28日、第41期碁聖戦で村川大介に3連勝し碁聖5連覇。史上3人目の名誉碁聖となる。9月9日の本因坊就位式で本因坊の号を「文裕（もんゆう）」とすると発表した。本因坊ゆかりの京都・寂光寺の大川定信（じょうしん）住職が、知恵を象徴する文殊菩薩（ぼさつ）と、井山の名前から1字ずつ借りて命名した。しかしながら2016年11月3日の囲碁名人戦第7局において、挑戦者である高尾紳路九段に3連敗3連勝ののち敗れ、七冠全独占は197日で終了した。第64期王座戦では3-0で余正麒七段を、第42期天元戦では3-1で一力遼七段をそれぞれ下し、6冠を保持した。またタイトル獲得数40となり張栩九段を上回り歴代6位になった。
2015年3月20日、第39期棋聖戦で山下敬吾の挑戦を受け、三連勝三連敗後、最終局で一勝を返し3連覇。6月30日、第70期本因坊戦で挑戦者の山下敬吾を4-1で下し4連覇。8月7日、第40期碁聖戦で山下敬吾の今年三度目の挑戦を受け、3-1で下し4連覇。10月6日、第40期名人戦で高尾紳路天元を名人戦では5年ぶりとなる4-0のストレートで下し3連覇。11月19日、第63期王座戦で村川大介を3-0のストレートで下し王座位を奪還。七大タイトル獲得数24となり張栩を抜いて歴代4位となる。11月25日、第41期天元戦で高尾紳路を3-0のストレートで下し天元位を奪還。黄雲嵩を下し阿含・桐山杯日中決戦初優勝。下半期に林海峰と並ぶ歴代2位となる公式戦24連勝を記録する。賞金総額は過去最高の1億7212万円で2013年の総額記録を更新したが、この年の年末に妻の室田と離婚した。
1月4日、レッスルキングダム13では第0試合に行われたNEVER無差別6人タッグ王座・ナンバーワンコンテンダーガントレットマッチにバレッタ、チャッキーTとタッグを組み、参戦するも敗戦。2月、ROH世界TV王座を保持するジェフ・コブに挑戦。2度目のシングルマッチはコブのツアー・オブ・ジ・アイランドに敗れ、王座獲得ならず。3月、NEW JAPAN CUP2019にエントリー。2017、2018はNEVER王者だった為、出場はならなかったが、3年ぶり11回目の出場となった。また6日に行われた旗揚げ記念日スペシャル6人タッグマッチで棚橋弘至、オカダ・カズチカとタッグを組み、内藤哲也＆EVIL＆SANADA組と対戦。1回戦で対戦するSANADAから後藤式でフォールを取る。その後、高松大会でSANADAに敗れ、1回戦敗退。3月21日、NEW JAPAN CUP決勝戦で組まれたタッグマッチでジェイ・ホワイトからピンフォールを取られてしまう。これを機に、4月29日熊本大会でシングルマッチを行うも、敗れてしまう。5月、盟友である柴田勝頼がコーチを務める新日本プロレスLA道場へ向かい、修行を開始。6月のKIZUNA ROAD最終戦、仙台サンプラザホール大会で、LA道場Tシャツを着用してジェイ・ホワイトの前に現れ、G1優勝とジェイからの初勝利をアピール。7月、G1 CLIMAX29にBブロックエントリー。初戦でジェイ・ホワイトに初勝利をするが、ジュース・ロビンソン、内藤哲也、タイチに敗北。しかし、後藤も意地を爆発させ、そこから矢野通、石井智宏、ジェフ・コブに勝利。さらに8.8横浜文化体育館大会では、元WWEスーパースターのジョン・モクスリーから劇的勝利をし、5勝3敗までに戦績を伸ばした。8月11日、最終戦で鷹木信悟と対戦。血気溢れるファイトで会場を沸かせた。結果はラスト・オブ・ザ・ドラゴンを喰らい、敗北。5勝4敗勝ち点10でリーグ戦を終了した(ちなみに、鷹木に勝利していれば、その後の試合で内藤哲也に勝利したジェイ・ホワイトと勝ち点12で並び、直接対決に勝利している為、優勝決定戦進出が確定だった)。9月、鷹木へのリベンジマッチを要求。鷹木本人も「売られた喧嘩は買うぜ」と要求を承諾。22日の神戸大会セミファイナルでスペシャルシングルマッチが組まれた。試合は20分を越え、最後はGTRで勝利しリベンジに成功する。その後、IWGPインターコンチネンタル王者となったジェイ・ホワイトの前に現れ、挑戦をアピールする。