宰相リシュリューは改革派の拠点ラ・ロシェルを包囲し、ロアン公アンリ率いる改革派をうち破ったが、このときリシュリューは外交方針を変更して三十年戦争でプロテスタント側を援助することも考慮していたため、1626年には講和してモンペリエ条約を再確認した（パリ条約）。だが1627年にリシュリューは再びラ・ロシェルを包囲し、改革派はイングランドの援助を受けたが、イングランド艦隊は有効な支援ができず、1628年10月ラ・ロシェルは陥落した。
アンリ4世の死後摂政となった妃のマリー・ド・メディシスは改革派に配慮を示していたが、成人したルイ13世は改革派に威圧的な態度を取った。1620年ルイ13世が、改革派が多数を占めるベアルヌ地方でカトリックを支持する裁定を下すと、改革派は反発し、その年の12月に開かれた全国会議で「強硬派」が優勢となって武装蜂起を決定した。ユグノー側の軍事的指導者となったのはロアン公アンリである。1621年から1622年にわたっておこなわれた戦いは、ほぼ王側の優勢のうちに決着したが、和平においてはルイ13世が譲歩する形でナントの勅令が再確認された（モンプリエ条約）。しかしルイ13世はモンプリエ条約の遵守に熱心でなく、改革派は不満を隠せず1625年に再び戦闘が開始された。
アンリ4世の改宗に改革派は危機を覚え、改革派政治会議を全国組織にし、会議は1595年から1597年の間、王権と並ぶ統治機関として機能した。この会議はオランダの改革派との合同も模索したが、これに対しアンリ4世は改革派に宗教上の保証を与えるナントの勅令を1598年に発布した。改革派はこれに満足し、王権への忠誠を誓った。しかし、改革派にとって最大の後ろ盾であったアンリ4世の暗殺後には、改革派内部に明確な亀裂が生じ、北部のパリやノルマンディーの改革派は王権への服従とカトリックとの妥協を目指す「穏健派」を形成し、南部のギュイエンヌやラングドックの改革派は「強硬派」を形成した。「穏健派」は徐々に王権神授説に傾いた。
カトリック貴族もギーズ公アンリを中心に「カトリック同盟(ラ・リーグ、"la Ligue"）」を結成し、独自の軍事組織を持った。ユグノーの背後にはオランダとイングランドが、カトリック同盟の背後にはスペインと教皇庁が存在し、ユグノー戦争は国際的な宗派対立と密接に連動していた。一方でこの時期フランス王権は対ハプスブルク外交としてオスマン帝国に接近した。グレゴリウス13世はサン・バルテルミの虐殺においてカトリック同盟を支持し、またグレゴリウス14世は軍を派遣した。ハプスブルク家のフェリペ2世が1580年ころからカトリック同盟を露骨に援助するようになると、国王アンリ3世はユグノーに接近し、国王は刺客を放って1588年ギーズ公アンリを暗殺した。しかし翌年には国王も同盟側によって暗殺され、ナヴァル王アンリが王位継承者（アンリ4世）となるが、カトリック勢力は根強く反抗した。1593年にナヴァル王アンリはカトリックに改宗して翌年パリに入城することができた。
ブルボン家のナヴァル王アンリと王妹マルグリットの結婚式に参列するため、パリに集まった改革派貴族を、1572年のサン・バルテルミの祝日（8月24日）にカトリック派が襲った。影響は全フランスに広がり、各地で改革派に対する襲撃が相次いだ改革派は1574年に第1回改革派政治会議を開き、改革派の優勢な地域での徴税とそれを財源とした常備軍設立を決定し、オランダの改革派と結びついて、ほとんど独立した状態となった。1581年にブルボン家のアンリ・ド・ナヴァルを保護者 ("Protecteur")として推戴した。アンリは改革派の軍事指揮権と改革派支配地での司法官や財務官の任命権を得たが、一方でユグノーの顧問会議によってその権力は制限されており、ユグノーの共和政的政治思想の影響もある。
当初、啓蒙専制君主は啓蒙思想を掲げる絶対君主として理解されていた。プロイセンのフリードリヒ2世がヴォルテールを自国へ招いた際には両者は数日で不和を招き、啓蒙専制君主は絶対君主よりも酷い物であるとヴォルテールは述懐している。こういった逸話は啓蒙専制君主の体制を、実質的には絶対君主制と何ら変らないとする理解をもたらした。こうして、啓蒙専制君主を絶対君主の概念から類推して説明する場合、この概念は「啓蒙絶対君主」とも訳出された。しかしながら、近年はこうした見解に批判が強い。その根拠として、絶対王政の時代を「社団国家」という枠組みで理解することが主流になったことが挙げられる。フランスのルイ14世にみられるような、いわゆる「絶対君主」においても、その権力の及ぶ範囲は一人一人の人民にまで及ぶものではなく、身分団体や経済的特権団体などの「社団」にまでしか及ばなかった。「絶対王政」という体制は、この王権と特権的諸団体の連携のもとに成立するものである。こうして「絶対王政」を捉えた場合、決して啓蒙専制君主は「絶対君主」と類推できるものではなく、むしろその逆であるといえる。例えばオーストリアのヨーゼフ2世が貴族の特権をおさえようとしたり、宗教寛容令を出してカトリック教会の特権的地位を弱めようとしたことは、「絶対君主」が「社団」を利用して君主権を強化したことに対して、その反対に「社団」の弱体化や特権剥奪によって君主権強化を図ったものである。すなわち、啓蒙専制君主は「上からの改革」を通じて身分制社会の構造を切り崩し、均質な国民を創出することに寄与したと理解できる。上記の観点に立つのであれば、フランス革命直前のルイ16世は、テュルゴーやネッケルの助言のもとで、貴族や聖職者の免税特権剥奪を図るなど、国家財政の危機的状況を脱するために「社団」の枠組みを超えた国内改革を行おうとしていた。この点で彼は「絶対君主」ルイ14世とは異なるため、むしろ「啓蒙専制君主」の概念から類推して理解するほうが妥当ともいえるのである。