琉球新報は2016年10月29日、機動隊員による「土人」発言を批判する社説において、「差別発言を契機に、『自治権確立』、さらに『琉球独立』の声すら高まりつつあるように思われる。独立論の高まりは『日本』対『沖縄』の対立をさらに深めることになるだろう。日米両政府は沖縄への差別政策をやめるべきだ。沖縄に基地を集中する『構造的差別』が続く限り、県民の分断、『日本』対『沖縄』の亀裂は埋まらない」などとする社説を掲載した。これについて八重山日報編集長の仲新城誠は、「尖閣を狙う中国の国益と一致」しており、「奇妙」であると批判している。仲新城によると、「人民日報」系列紙の中国共産党機関紙「環球時報」は11月16日に「琉球は日本固有の領土とは言えない」、「琉球は独立国で、中国が長く宗主国だったが、日本に占領された」、「日本が琉球諸島を自国の領土にする目的で世界遺産登録を利用するなら、戦後の国際秩序への挑戦だ」という内容の論文を掲載している。
杉田水脈は、左翼団体であり森友学園と関連がある関西生コン支部が、沖縄の基地反対活動を行い、また、のりこえねっとの辛淑玉と懇意にしていることから、「沖縄の基地反対運動と森友問題に絡んだ左翼勢力が一本の線でつながります」と述べている。また、日本には激しいマイノリティ差別は存在しないにもかかわらず、「アイヌ民族、同和部落、在日韓国人・朝鮮人、そして琉球民族だ」などと、人種差別を創作し「被害者ビジネス」を行う団体も同じくつながっており、「沖縄の基地反対運動」も「社民党、共産党が、マスコミを利用して世論を扇動したのが今回の森友問題」も、在日団体や部落解放同盟も、「マイノリティ差別を利用した被害者ビジネスを国内で実施している人たちも、慰安婦問題などの反日プロパガンダを世界で広げる人たちもすべてつながっているという事がお分かりいただけたと思います。」と述べている。我那覇真子は、沖縄平和運動センター議長の山城博治について被害者のふりをした加害者であると主張し、また「人権と表現の自由を脅かしている張本人」であると指摘し、山城の「日本政府が表現の自由を侵害している」とする主張について「刑事被告人である彼が渡航を許可され、国際組織で話すことが許されていること自体が、日本で人権と表現の自由が尊重されていることを証明している」と反論している。
2013年11月にタブロイド紙である夕刊フジの中で大高未貴が、沖縄現地で得た証言として『那覇在住で定職を持たず、自由な生活をしているA氏は「基地反対集会や座り込み運動のバイトはいい金になる。日当2万円プラス弁当がつく日もある。掛け持ちで2つの集会に出なければならない時は、別の人間にいかせて1万円をピンハネするから、私の日当は3万円になるときもある」と明かした』と報じたことや、『沖縄タイムス』（2017年1月16日）による「市民団体では少数の固定メンバーが実費の一部を受け取っていると報じた内容が存在する。
2016年8月頃から、しばき隊の関連団体である男組組長高橋直輝こと添田充啓が高江のヘリパッド工事現場で妨害行動を起こすようになり、福島瑞穂と接点をもち現地で行動をともにしていた。同年9月24日、添田充啓が、工事現場で防衛省沖縄防衛局職員に全治2週間の怪我を負わせ、傷害罪の疑いで現行犯逮捕され、抗議事件では初の起訴となった。
沖縄県警本部長の池田克史は2016年9月の沖縄県議会定例会一般質問において、「一般的に過激派といわれる極左暴力集団の参加も確認している」、「何割とは分からないが、県外からも各種団体・個人が相当数参加している」と述べている。沖縄平和市民連絡会によれば、沖縄県公安委員会の文書では反対派住民を「犯罪勢力」と表現していた。2017年3月9日には、警察庁警備局長の松本光弘は、参院内閣委員会で「反対運動を行っている者の一部には極左暴力集団も確認されていると承知している」と、国レベルで初めて、基地反対運動に過激派が関与している実態を認めた。同日、参議院で上記質問をした和田政宗は、Twitterで「極左暴力集団とはテロや殺人を行ってきた過激派を指す。こうした集団が基地反対運動に入り込んでいる事は極めて恐ろしい」と発言している。同じく同日、防衛省幹部は「県外から沖縄に入った過激派が、反基地運動を先鋭化させている側面もある」と指摘している。ケント・ギルバートは、反対派による運動は、デモではなく「日本の安全保障を脅かす悪質な暴動」であると批判している。
1990年代後半より、マラッカ海峡等において、海賊被害が増加するようになり、関係各国が対策を講じ始めた。日本が主導し、海賊情報の共有や海上取締に関する地域間協力及び取締能力向上に関する支援を目的に、多国間協定の構築が2001年より開始された。アジア地域の16ヶ国（フィリピン、マレーシア、インドネシア、シンガポール、タイ、ブルネイ、ベトナム、ラオス、ミャンマー、カンボジア、インド、スリランカ、バングラデシュ、中華人民共和国、大韓民国、日本）の多国間交渉が行われ、マレーシアとインドネシアを除く14ヶ国により、2004年11月11日にアジア海賊対策地域協力協定の締結がなされ、2006年9月4日に発効した。海賊の取り締まり自体は、各国の主権問題より他国の干渉を厭われることから、沿岸各国がそれぞれ実施する。協定の機能の中核となる情報共有センター(ISC, Information Sharing Center)は、2006年11月29日にシンガポールに設置されている。各国は、情報共有センターを通じ、海賊事案の情報共有を図る。情報共有センターの事務局長は、発足会議で初代事務局長に選出された伊藤嘉章以降、2018年時点に至るも、外務省出身の日本人が務めている。2011年時点における各国の拠出金は、シンガポールが6割にあたる約159万シンガポールドルを拠出し、日本が2割にあたる約64万シンガポールドルとなっている。締約国は、2009年にノルウェー、2010年にオランダ、デンマーク、2013年にオーストラリア、2014年にアメリカ合衆国が加わり、20ヶ国となっている。ReCAAPは、その取り組みが評価され、ソマリア沖の海賊対策にも同様の協定が構築できないか検討がなされている。