当駅（旧・津軽今別駅）と津軽二股駅は隣接しているが、両者は鉄道会社が異なり、2016年3月26日の奥津軽いまべつ駅開業まで公式には連絡駅として扱われていなかった。部分開業後から利用開始される青春18きっぷ北海道新幹線オプション券では、「新幹線奥津軽いまべつ駅との乗換駅は津軽線津軽二股駅です。」の条項が案内券片に明言された。2016年（平成28年）3月26日の北海道新幹線開業以降は、奥津軽いまべつ駅の正面出入口が津軽二股駅のホーム側の敷地南方に設置されており、そのまま連絡できる。ただし、両駅を乗換駅として1枚の乗車券を発行することはできない。津軽二股駅と奥津軽いまべつ駅との間で連絡する場合、運賃通算はできず、打ち切り計算となる。また、両駅を同一駅としておらず、北海道新幹線と並行する津軽線を幹在同一路線としていないため、営業キロ601km以上で割引となる往復乗車券は、津軽二股駅か奥津軽いまべつ駅のどちらかに発駅または着駅の指定をしないと適用にならない。
北海道新幹線開業後は青函トンネルを通る定期旅客列車は全て新幹線列車かつ全席指定となり、この特例も廃止されたが、代わって『青春18きっぷ』については「青春18きっぷ 北海道新幹線オプション券」（2,300円）を購入する場合のみ、（津軽線津軽二股駅乗り換え⇔）奥津軽いまべつ駅 - （北海道新幹線）木古内駅 - （道南いさりび鉄道線）五稜郭駅（⇔函館本線乗り換え）間を本きっぷ1枚で1回乗車できる特例が新たに設けられた、また、『秋の乗り放題パス』でも同様に「秋の乗り放題パス 北海道新幹線オプション券」（大人2,300円、小人1,150円）が発売される。また、『北海道&東日本パス』については、別途特定特急券を購入すれば、当駅を含む「新青森 - 新函館北斗」相互間で、普通車指定席の空席を利用できる特例が設けられた。
木古内駅#旅客営業における特記事項も参照。2002年（平成14年）12月1日のダイヤ改正で快速「海峡」が廃止されてから北海道新幹線が開通する2016年（平成28年）3月25日（事実上21日）まで、津軽今別駅を含む海峡線の蟹田駅 - 木古内駅間は特急列車のみの運転となり、普通（快速）列車が設定されていなかった。そのため、上記区間に含まれる各駅相互間で特急列車の普通車自由席に乗車する場合には、特急料金が不要となる特例が設けられ、『青春18きっぷ』や『北海道&東日本パス』といった普通列車専用の特別企画乗車券でも適用されていた。
元々は、青函トンネルの本州側の保守基地としての役割を担う「新津軽二股信号場」（しんつがるふたまたしんごうじょう）として開設する計画だったが、地元の請願により旅客駅として開業した。全列車通過扱いとなるまでは、特急「白鳥」2往復のみが停車していたが2015年8月10日以降は新幹線工事のため全列車通過となっていた。また、8名以上のグループで利用する場合、1か月前に申請すると特急を臨時停車させることができた。2002年（平成14年）、「青函トンネルの本州側入口に位置する駅」として、東北の駅百選に選定された。JR北海道の駅で東北の駅百選に選定された駅は津軽今別駅が唯一である。2014年（平成26年）3月15日に竜飛海底駅、吉岡海底駅、知内駅が廃止されて以来、海峡線内の駅としては、唯一廃止されずに存続してきたが、前述の通り2015年（平成27年）8月9日をもって旅客乗降のための設備の使用を終了し（通路を閉鎖し、ホームを撤去）、旅客駅としての営業を終了した。その時点では廃止されずに全列車通過扱いの駅として存続していたが、北海道新幹線開業の前日にあたる2016年（平成28年）3月25日に津軽今別駅（在来線）を廃止とした。翌26日、北海道新幹線の開業に伴い、同地点に奥津軽いまべつ駅が開業した。
2面3線（うち1線は下り通過線）の地上駅（橋上駅）であり、駅本屋棟の外側には海峡線運行列車が通過する狭軌の待避線（上下各2線）が設けられている。新幹線のホームは有効長が263メートルで、可動式ホームドア（日本信号製）が設置されている。駅舎は鉄骨造り3階建て。「本州最北の地から北の大地へ 〜津軽海峡の四季が感じられる駅〜」をデザインコンセプトとしている。高台に設置されている駅本屋棟と高さ約25メートルの昇降棟があり、両者は下り狭軌線及び保線用線路を跨ぐ通路がつないでいる。昇降棟の壁面はガラス張りで、今別町のシンボルである青函トンネルをゲート風にデザインし大きな弧を描いている。
伝承によれば南都正八幡宮を勧進して八幡社（現・阿保田神社）を建て、東・南・西にそれぞれ10基ずつの窯を造営したと言われる。また、大量の粘土を採掘したため、採掘跡は池になったと伝えられている。昭和54年（1979年）に岡山県教育委員会が発掘調査を行った際には、大寺山地区の西側斜面に南北1列に東から西に傾斜する13基の窯跡が確認された。平成14年度から15年度（2002年 - 2004年）にわたり旧瀬戸町教育委員会（現・岡山市教育委員会）が史跡指定地の北側と大寺山丘陵の西にある上の山丘陵を調査した。この調査により、新たな瓦窯跡と建物礎石、竪穴遺構、暗渠排水設備、土鍋や椀など生活雑器製造の土器窯跡が発見された。このため、大寺山地区の瓦窯跡は計14基となり上の山地区にも瓦窯跡があったことが確認された。この結果、上の山地区も含め平成16年（2004年）9月30日に史跡の指定範囲が拡大された。窯の構造は平窯で炎の通りを良くするよう分焔牀（ロストル）が設けられていた。大寺山丘陵では焚き口は西側に開口していた。ここでは軒丸瓦と平瓦が生産され、総生産枚数は30万～40万枚と言われている。軒丸瓦は梵字を中心に「東大寺大仏殿」の銘文が刻まれていた。平瓦には「東大寺」の銘が陽刻されたものも発見されている。ここで生産された瓦は東大寺以外に岡山県内の寺院でも使用されており、これらは重源とゆかりの深い寺院であったと推察されている。