頭部顔面、人間で言うと眼に当たる部分のバイザー状の表示部に、稼働状況に応じたサインが現れ、イデの状態や意図らしきものを表現する。通常は走査線状の一定のパターンだが、稀に図形が現れたり、中心部が強く輝いたりすることもある。『発動篇』におけるイデ発動状態下では、不規則なパターンが激しく明滅していた。
イデオンは物語中盤以降、パワーアップや新たな能力の発現に際して「ウオオオーン」という雄叫びをあげるようになった。第14話の雄叫びはコスモ役の塩屋翼の声、それ以降の雄叫びは効果担当の松田昭彦の声が元になっている。
イデオンを守る強力なバリアーで、加粒子ビームのバリアーとは異なり、ミサイルをも弾き飛ばす圧倒的なエネルギーを放出している。バッフ・クランのあらゆる猛攻に耐え抜くことができたのはバリアーのおかげである。合体時等に展開される、敵の攻撃を防ぐオレンジのバリアーの他に、透明なバリアーも存在する。これは完全ではないものの潜在的に生命体を保護、加速や慣性・衝撃を軽減する働きをしており、ゲル結界もこれによって威力が弱められていた。イデの力が高まっている時のバリアーは敵のあらゆる攻撃を防ぐ。イデオンの通常エンジンのパワーは、バリアーによって高出力、高効率化していた。第23話ではイデオンの肩で起きた小型核爆弾の爆発にも耐え、イデオンの左肩はほぼ吹き飛んだが、それ以外の機体およびパイロットは無事だった。『発動篇』ではガンドロワのビームすら防いだ。しかし、イデの力が弱まった時にはバリアーの威力も低下し、重機動メカの肉薄攻撃によって大きな被害を受けたこともあった。またギジェ・ザラルがソロ星のイデオン・ソロシップ発掘跡で発見した謎の粒子「ドノ・バン」によりバリヤーが破られた事もある。
劇場版『接触篇』ではコスモによると、イデオンにはコスモ達の父によって「インテンション・オートマチック」なるコントロール・システムが付けられた事が明言されており、初搭乗したイムホフ・カーシャ達が何もしていないのにイデオンがオートマチックで立ち上がるなど、パイロットの思考が機体制動に反映しているとされている。小説版では、コスモの反射神経がイデオンを操作させたと解説されており、外からイデオンの動きを観察すると人そのもののしなやかさを持って稼働している。人の操縦だとか、マシーンそのものが生み出す動きとは異なり、人そのものに見えた。小説版ではこの操縦システムについて詳しく解説されており、ミムラ・ジムナウによれば、第六文明人の機械的なシステムをコスモ達地球人の体型に合わせてコピーし、イデオンの機械的な部分に接続させただけのものだった。こうすることで、第六文明人のマシーンに対しての考え方や癖をコピーしながら推論してゆくためのもので、動力源が何なのかも解明されていない段階であり、ジムナウ達はこのシステムで、イデオンを動かせるとは思っていなかった。
機体内部に設置されたゲージは、イデオンの装甲材と同じくイデオナイトで出来ており、パワーの上昇と共に輝きを増していく。イデオンにとってのメインコントロール回線であるこのゲージに、地球人たちは地球製のメカ（コクピット）を割り込ませ、サブ・コントロールシステムにしたのである。テレビシリーズでは、ユウキ・コスモ達は成り行き上パイロットを務め、そのまま戦闘を繰り返すうちに経験を積んでいったことで操縦技術が向上し、他の大人達を抑えて実質的に専属パイロットとなった。劇場版では、本編開始前にコスモ達がテスト起動で一度各メカの起動に成功しており、その際に「子供が乗らないと動かせない」事が明らかになった、小説版ではマシーンに乗る人間の年齢が低いほどイデのゲージが輝くという事が判明しており、少年少女がパイロットを務めている要因が付加されている。
各メカは、基本形態で発掘・復元された。戦闘形態および合体形態に変形可能。以下のAメカ/Bメカ/Cメカの呼称は書籍および玩具媒体で使用されたもので、アニメ劇中では「ソル・○○○」や「イデオ・○○○」の名称が用いられる。AFエンジンは原子核融合エンジン、CRエンジンは化学反応エンジンである。
過去と現在のシーンが交互に描かれる。ジョージアは3年前のアフリカでの航空機事故で夫ウィルを亡くした未亡人で元軍人である。ある日ニュース映像で夫の姿らしきものを見かけて再び希望を取り戻し、友人のマーティンの助けを得てコンゴに飛び、現地では夫の勤務先のNGOのジュディスやエマニュエルらの助けを得て夫を探す。夫と同じ写真に写った男ピーターを追うが、エマニュエルは殺され、自らも危険にさらされる。盲目の男アリエルは治療に訪れたイギリスで同じく盲目のベアトリクスと知り合う。航空機事故に遭遇したのち、他の生存者が殺されたために身分を偽ってきたと打ち明ける。マーティンはアリエルがウィルと同じ航空機に乗っていたことを突き止め、乗客の将軍を暗殺するために飛行機が爆破されたことを聞き出す。二人はコンゴに来る。ジョージアはピーターを見つけ、彼とジュディスが鉱物の密輸で共謀していたことを知った後に殺してしまう。ピーターの配下にいた民兵の少女アディジャを連れ出す。ジュディスとアリエルはアジキウェ将軍の部下に殺される。ジョージアはウィルに再会し、ジュディスがアジキウェと組んで密輸に手を染めていたこと、それを知ったウィルがジュディスを恐喝していたこと、アジキウェとジュディスが対立する将軍とウィルをまとめて始末しようとし、ウィルはそれ以来ピーターの助けでジュディスから隠れていたことを告白される。ジョージアはウィルの現地の妻グロリアを目にして去る。ジョージアはマーティンと共に帰国する直前に思いとどまり、正義を為すためにアジキウェ将軍の犯行を航空機事故の遺族たちに公開し、これが騒動となって将軍は自殺する。ウィルは密輸事件を当局に自白し、死を偽装していたジュディスは逮捕される。帰国したジョージアの前に、マーティンがアディジャを連れてくる。