1968年6月20日には、評議会が筑波移転のための調査費約2700万円の計上（69年度予算への予算要求）を決定した。当然、文学部評議員は抗議の退席をしたので、文学部不在の決定であった。6月25日文学部学生大会はE館（文学部・教育学部棟）の封鎖を決定。6月29日、文学部学生大会は本館（事務棟）の封鎖を決定し、学生はこれを即時実施した。学生の「6.20評議会決定反対」運動は、理・教・農学部にも広がりを見せた。理・農学部では7月初めから、教育学部では10月からストライキに入った。学生は9月13日に、全学闘争委員会（略称＝全学闘）を結成した。これは、文学部闘争委員会などの各学部の闘争委員会の全学統合組織という意味であった。いわゆる全共闘は「全学共闘会議」の略であり、全学の闘う個人の共闘組織との意味である。両者にはこのような意味の違いがある。68-69年の学生運動を「全共闘運動」と言うことが多い。しかし、教育大闘争には「全共闘」はなかった。バリケード闘争をになったのは「全学闘」であり、反民青系セクトは、革マル派を含めてすべてこれに参加していた。全学闘は、9月23日に大塚キャンパスをバリケード封鎖した。こうした学生の動きに、譲歩で解決を図る方向として、農学部教授会は9月25日に、調査費計上の白紙撤回を決定した。しかし、このような譲歩を認めない移転推進派は、10月17日に開催された評議会で、この決定を否認した。10月3日、文学部教授の移転賛成派（大島清代表）が、「67年6月10日評議会決定」の支持を表明。11月20日、理学部長に移転慎重派の小寺明教授が選出されて、12月11日に就任した。しかし、15日に不信任されて辞任する。11月28日、評議会は、事態打開のための全学集会開催を決定したが、実施されなかった。12月7日、筑波推進派教官による「本学の正常化と発展を期する会」が第1回会合を持った。
1967年6月10日、評議会は、筑波に土地確保を希望することを文部省に表明することを決定したが、文学部評議員はこれに反対して退席した。大学としての意思決定をめぐっての、学長＝移転推進派と、文学部教授会＝移転慎重派の、決定的な亀裂になった。従来は、評議会での決定は全会一致で行われていたが、この決定は文学部教授会選出評議員の反対を押し切っての異例の多数決決定になった。学生は、6月14日に約400人が「6.10評議会決定白紙撤回」を要求して本館前集会を開き、15日まで授業放棄を続けた。さらに、6月19日には文学部学生大会が「6.10評議会決定白紙撤回」を要求して20日から3日間のストライキを決定し、ピケットストライキに突入し、以後4波まで26日間のストライキを続行した。他の学部でも、7月4日に理学部学生大会が「6.10評議会決定白紙撤回」を要求してストライキに突入、7月5日に教育学部学生大会が「6.10評議会決定白紙撤回」を要求してストライキに突入、7月11日に農学部学生大会が「6.10評議会決定白紙撤回」を要求してストライキに突入と、体育学部を除く全学に抗議ストライキが波及した。これらのストライキの背景には、「移転反対」よりは、移転推進派が従来の全会一致原則を破っての強行採決をしたことへの抗議も含まれていたと考えられる。しかし、学生らの抗議活動は夏休み中に雲散霧消し、夏休み以降に継続することはなかった。夏休み後に開かれた学生大会は定足数に満たなかったので、ストライキなどを決めることができなかった。
1966年10月28日、評議会の席で三輪学長が、和歌森太郎文学部長に対して「学部をまとめられないのか！」と罵倒した。これに対して、和歌森太郎文学部長と2人の評議員は11月5日に抗議の辞任をし、文学部教授会は学長・評議会に抗議して12月初めまで評議会出席を拒否した。学長と文学部教授会との溝が広がった。学長＝移転推進派の焦りが表面化したものと受け止められた。
理化学研究所のチームが、ロシアのドゥブナ合同原子核研究所およびアメリカのローレンス・リバモア国立研究所、オークリッジ国立研究所による合同研究チームと命名権を争うこととなり、その行方が注目されていた。理化学研究所のチームは2004年（平成16年）7月23日と2005年（平成17年）4月2日の2回の合成をもって2006年（平成18年）と2007年（平成19年）に合同作業部会に申請したが、認定は見送られている。同チームはその後2008年（平成20年）から2009年（平成21年）にかけての実験で、崩壊過程で生じる²⁶⁶Bhの存在をより確実にすることで証拠を補強した。しかし2011年（平成23年）1月に発表された、国際純正・応用化学連合 (IUPAC) と国際純粋・応用物理学連合 (IUPAP) の113から116および118番元素についての合同作業部会の報告書でも、113番元素の認定は見送られている。その一方で米露のグループは114番元素と116番元素の発見を認定されている。これは理化学研究所のような確実な証拠が無くとも充分な状況証拠があれば命名権が得られる前例となり、理化学研究所にとっては逆風となった。理化学研究所のチームは2012年（平成24年）の合同作業部会にも申請しており、その審議中の8月12日に3個目の生成に成功している。レントゲニウムは重イオン研究所が3個目の生成後に命名権を得ているため、命名権を獲得できる可能性が高まった。この年の申請は5月に締め切られており、追加の証拠という形で受理はされたものの、直ちに認定とはならなかった。さらに何回か生成と崩壊系列を確認すれば命名権がより確実になるものの、必要な設備は動かすのに数百万円から数十億円かかり、容易ではなかった。一方で翌年の2013年（平成25年）には米露のグループも状況証拠のみで命名権を満たす程度の充分なデータを揃えており、もし前年に理化学研究所が3例目の証拠を提出していなければこの時点で米露のグループが命名権を得ていた可能性が高かったと関係者は見ている。2015年（平成27年）8月のIUPAC評議会では認定および命名権の付与が検討されたものの決定が延期となっており、同年12月30日（日本時間31日早朝）にようやく認定に至った。