他のお笑いコンビに比べて、漫才におけるボケとツッコミのような役割がハッキリしないコンビである。『気分は上々』の番組内でインターネット投票により「どちらがボケか?」をファンに決めてもらい、この時は「南原がボケ」という結果になった。しかし、本音は2人ともツッコミになりたい様子だった。自称は、それぞれ内村が「天然」、南原が「ハプニング」。よってボケとツッコミはケースバイケースとされている。逆説的に考察すると、両名とも漫才やフリートークでボケ、ツッコミがこなせる高い技量を持ったオールラウンダーであるとも言える。南原は『ウンナンタイム』で、2人のスタイルを「スイッチ型」であると表現している。立ち位置に独特のこだわりを持っている。フリートークやネタの際には、「内村が上手（かみて、客から見て右側）、南原が下手（しもて、客から見て左側）」。しかし、番組などで司会を担当する際は「南原が上手、内村が下手」となっている。内村曰く「(テロップが)『ウッチャンナンチャン』と出るので、それに合わせた」とのこと。従って、ネタをほとんどやらない現在ではほとんど後者の立ち位置になっており、その印象が強くなっている。
新人時代は7分〜10分間程度の長尺のコントをやっていたが、ラ・ママ新人コント大会などで交流があったジャドーズの影響で、「短めのコントを連発する」スタイルのネタを多く作成した。そのネタ中では、それぞれのネタの冒頭に「（ショート）コント、○○」と言ってからネタに入るスタイルを用いていた。その後、ウッチャンナンチャンはネタと共に人気を獲得することとなり、「ショートコント」というネタのフォーマットは後の芸人にも多大な影響を与えた。「短いネタを連発する」という意味で、ショートコントの源流は上記のジャドーズや、パート2の『4コマ漫才』に見ることができるという評価もあるが、渡辺正行は「ショートコント」というフォーマットを名称と共に一般的に認知させたのはウッチャンナンチャンであると評している。また、デビュー当時にラ・ママ新人コント大会で共演していた爆笑問題の太田光は「ウッチャンナンチャンがショートコントをやって流行らせて、そうしたら他の芸人がみんなウッチャンナンチャンの真似（ショートコント）をやり始めた。」と語っている。「M-1グランプリ2010」において南原が審査員を務めた際には、デビュー当時の映像と共に『「ショートコント」というスタイルを確立し、落語や狂言など芸の真髄を追い求める…』と紹介された。
若手の頃は、当時普及し始めたコンビニエンスストアやレンタルビデオショップ、おたくなど、80年代後半の若者の生活を中心に据えたコントを得意とし、「都会派コント（シティ派コント）」と評された。そのような評価について、当時メンバーは「俺たち田舎出身なのに（内村は熊本県、南原は香川県出身）」と戸惑っていたが、「田舎出身だからこそ、都会の若者の様子を客観的に観察できた」と自己分析している。ネタ作りは内村が自分のギャグだけ書いて南原の台詞を部分を適当（「ああ」、「うん」など）にしておき、稽古のときに南原が台詞の部分を作り面白い部分を拾い上げていき徐々にネタにしていく、という手法だった。また、ウンナンがコントや番組で使用したギャグはほとんどが、劇団で一緒だった入江雅人が考えたギャグをパクって使用していたと発言した事がある。その際、出川哲朗も同席していたが、内村曰く、「テッチャンのギャグは面白くなかったからパクらなかった」と茶化しており、実際テレビでは出川の口癖「ヤバイよ」や「チェン（出川だけが使用している内村のあだ名）」をモノマネしている。なお、漫才については「難しくて出来ない」とのことであり、若手の頃は漫才番組に出演していた際はコントのネタを漫才に置き換えて（現在でいうコント漫才）披露していた。また、南原はM-1グランプリの審査員を担当するなどしている。
アルカディア号や戦士の銃の設計など、天才技術者として描写されるが、その技術を自身や周囲にとって正しいと思える方向にしか使おうとしない。それゆえ、『わが青春のアルカディア 無限軌道SSX』ではハーロックと共にイルミダスから狙われている。一方で、そんな天才という気取った部分はあまり見せず、自分が認めた相手には対等以上に付き合おうとする。敵対したり、横暴な力に対しては、断固とした手段で徹底的に立ち向かおうともする。イルミダスの横暴にも乞食のような真似をしながらも屈辱に耐え、『クイーン・エメラルダス』では、宇宙の星を渡り歩く時に「空腹の時には空想で食べ物を創ってそれを食べたつもりで耐えてきた」と豪語するタフな心を持つ。観察力も鋭く、エメラルダス号の自身へのテストである故障芝居も見抜き、その完成度の高さと創った人物の分析までしている。ハーロックもエメラルダスも「敵に回せば恐ろしく、味方にすれば頼もしい存在。こういう男はそういない」と評している。落ち込んだ相手に酒を勧めたり、『無限軌道SSX』では物野正やレビを元気づけ、『999』劇場版では、自分に代わって機械伯爵を倒そうとする鉄郎に機械化人の弱点を教えたほか、『エメラルダス』では、プロミネンスの炎の河を渡ろうとするゼーダを激励したりという具合に、年少者には優しい面を見せる。『ハーロック』アニメ版では娘のまゆに、『999』劇場版ではタイタンに住む年老いた母親摂子にも気遣いを見せている。素顔は正義感に溢れ、なおかつ愚直なまでに優しい男であり、自分が認めた相手や仲間のために喜んで犠牲になることも厭わなかった。女海賊エメラルダスにとっては、宇宙で探し求める只一人、身も心も許した男であると『999』劇場版で紹介されている。『エメラルダス』ではエメラルダスに連れられてエメラルダス号に乗ったが、その時彼女は「私の旅の中でこれほど心が安らいだことはなかった」と言い、『999』劇場版でトチローを愛していることが示唆されていた。