永禄年間には三国を巡る外交情勢にも変化が生じ、今川氏は尾張国内を統一し台頭していた織田信長と対立し、永禄3年（1560年）には桶狭間の戦いにおいて義元が討死し氏真が当主となるが、今川領国は三河において松平氏（徳川家康）の自立を招くなど動揺を招いた。一方、武田氏は永禄4年9月の第四次川中島の戦いを契機に川中島四郡の支配を安定させ、上杉氏との抗争は続くものの北信を巡る戦いは収束していた。武田氏は永禄初年頃より織田氏との外交関係をもっており、信長は永禄8年（1565年）9月に将軍足利義昭を擁立し上洛を行っている。信長は今川の当敵であったものの同年に信玄庶子の美濃国衆を通じて高遠領主諏訪勝頼（武田勝頼）との婚姻が成立している。同年10月には、武田家において氏真妹を室とする信玄嫡男の義信が謀反を企てたとして幽閉され、永禄10年（1567年）に自害する事件が発生する（義信事件）。義信事件の背景には武田家中における外交方針の対立があったと考えられている。氏真は同年6月に甲斐への塩止めを敢行しており、11月には氏真の要請によって義信の妻が今川家に帰され、さらに武田氏の当敵にあたる越後上杉氏との同盟関係を模索している。武田氏は徳川氏などに今川領国の分割を持ちかけており、甲駿同盟は手切に至り崩壊していると見なされている。翌永禄11年（1568年）、武田氏は徳川氏と共同で駿河今川領国への侵攻を開始する（駿河侵攻）。武田氏は北条氏にも今川領国の割譲を持ちかけているが、伊勢宗瑞（北条早雲）の代から今川氏との友好関係（前述のように今川氏の支援がなければ早雲の出世も不可能であり、両家は言わば義兄弟に近い関係であったという）があったうえ、氏真の正室であった氏康の娘・早川殿が氏真とともに遠江国掛川城へ徒歩で逃げる羽目になったことに氏康は激怒し、駿相同盟を重んじて娘婿・氏真を保護すべく駿河に援軍を出した。これにより武田・北条間の甲相同盟も崩壊する。氏康は嫡孫北条氏直が氏真の後の今川の家督を継ぐ形式を整え、駿河支配の名目を整えた。北条氏は武田氏を攻囲するため越後上杉氏との同盟をもちかけ（越相同盟）、翌永禄12年（1569年）に武田氏は牽制のため北条領国への侵攻を行ったほか（小田原城包囲、三増峠の戦い）、信長・将軍義昭を通じて上杉氏との和睦を図るなど（甲越和与）、三国同盟の崩壊後は将軍義昭・信長政権など中央情勢と連動して展開していくことになる。
オーストリア＝ハンガリー二重帝国の教育者の家庭に生まれる。生家は1697年に貴族の称号と紋章を与えられた家系であった。父親は地元ポジョニ（当時はドイツ語名でプレスブルク）のギムナジウムの数学教師で、チェロ演奏の心得もあった。この父親より音楽の手ほどきを受け、その後ブダペスト音楽アカデミーに進んで、地元の教会オルガニスト、カール・フォルストナーにピアノと作曲を学ぶ。1894年にピアノ科でイシュトヴァン・トマーンの講座と、作曲科でハンス・ケスラーの講座を履修した。ハンス・ケスラーはレーガーの従兄にあたる作曲家で、ブラームスに傾倒してその作曲技法を門下に熱心に指導した。最初の出版作品≪ピアノ五重奏曲 第1番 ハ短調≫作品1は、ブラームスその人により称賛され、その尽力でウィーンでも演奏される運びとなった。1897年、オイゲン・ダルベールより数回のレッスンを受けた後、ベルリンでピアニストとしてデビューを果たし、すぐさま芸術家として傑出した能力を評価された。その後のウィーン・デビューでも同様の成功を収めてから、ヨーロッパ各地で楽旅を続け、成功を収めた。ロンドン・デビューでは、ハンス・リヒターの指揮でベートーヴェンのピアノ協奏曲第4番を演奏している。その後の公演活動では、訪米して名声をうち立てた。同時代のピアニストが、ソロ・リサイタルや協奏曲の演奏に活動を限っていたのに対して、ドホナーニは室内楽ピアニストとしても活躍している。ヨーゼフ・ヨアヒムに招かれて、1905年から1915年までベルリン高等音楽学校で教鞭を執る。その後ブダペストに戻り、毎年100回以上の演奏会を催した。1919年にブダペスト音楽アカデミー院長に任命されるが、政治的圧力によって同年のうちに解任された。その後はブダペスト・フィルハーモニー管弦楽団の音楽監督に就任し、バルトークやコダーイなどのハンガリー人作曲家の作品を普及するのに尽力したが、自作はさほど上演しなかった。1920年にはピアニストとして、ベートーヴェンのピアノ曲の全曲演奏を実現した。1934年から再度ブダペスト音楽アカデミー院長に就任し、在任中にモーツァルトのピアノ協奏曲全27曲の演奏を達成するが、政治情勢から1941年に院長職を維持することがままならなくなり、ブダペスト・フィルハーモニー管弦楽団も解散せざるを得なくなる。第二次世界大戦勃発後、2人の息子がナチス・ドイツと戦っていたが、ドホナーニ自身はホルティ独裁下のハンガリー王国に留まり続け、非政治的姿勢を貫き通しながらも、その半面で自らの発言力を駆使して、ユダヤ系の音楽家を庇い続けた。ソ連軍がブダペストを包囲した1944年に武装親衛隊に護衛される形でドホナーニは妻と共に出国し、オーストリア、アルゼンチン、メキシコを経てアメリカ合衆国へ亡命した。1955年には市民権を取得している。アメリカでコンサート・ピアニストとしての経歴を取り戻すことはかなわなかったが、作曲活動は続け、その間、フロリダ州タラハシーのフロリダ州立大学音楽科で10年に渡って教鞭を執った。同大学では、2002年にエルンスト・フォン・ドホナーニ記念祭が催された。ドホナーニは1960年にニューヨーク市で肺炎のため亡くなり、タラハシーのローズローン墓地に埋葬された。