1996年、ハークスは海外でプレーするほかのアメリカ代表選手とともにアメリカに戻り、メジャーリーグサッカー創設に参加した。MLSは数多くの有名アメリカ人選手と契約し、最終的に戦力均衡のために彼らをそれぞれのチームに分配した。MLSはハークスをD.C.ユナイテッドに配し、彼をチームの最初の選手とした。その最初のシーズンは、チームをMLSカップの勝利とUSオープンカップタイトルへ導いた。D.C.ユナイテッドは翌年もMLSカップのタイトルを制し、ハークスは決勝戦の決勝ゴールをアシストした。1998年ワールドカップのメンバー選考から落選するも、それでもシカゴ・ファイアーにMLSカップ決勝で負ける直前に、リーグではサポーターズ・シールドを獲得することができた。彼はまた、D.C.ユナイテッドをMLSのクラブで初めてCONCACAFチャンピオンズカップで優勝するのに貢献し、その上、コパ・インテルアメリカーナでブラジルのバスコ・ダ・ガマを破るというサプライズを起こした。1998年シーズンの終わりに、彼はイングランドに渡り、ノッティンガム・フォレストの2週間のテストを受けた。1999年1月28日、正式に2ヶ月のローン移籍でフォレストの一員となり、3試合に出場した。その中には悪名高き、マンチェスター・ユナイテッドとの1-8の大惨敗も入っている。彼がイングランドにいる間に、D.C.ユナイテッドは彼をニューイングランド・レボリューションにドラフトでトレードさせた。これはサラリーキャップ制度での上限に合わせた移籍だった。ハークスは2001年シーズン半ばにコロンバス・クルーにトレードになるまでの3シーズンをニューイングランドでプレーした。2002年は怪我に悩まされ、翌年、2003年に現役を退いた。
ハークスは1990年にイングランドのフットボールリーグ、シェフィールド・ウェンズデイに移籍した。そのシーズンのダービー・カウンティとの試合で、彼は32メートルの電光石火のゴールを、元イングランド代表でワールドカップ出場歴のあるピーター・シルトンから決め、このゴールはイングランドの年間ベストゴールとなった。また、ウェンブリー・スタジアムでプレーした2番目のアメリカ人選手となり、チームは1991年のリーグカップ決勝まで進んだ。その試合で1部リーグのマンチェスター・ユナイテッドに対して1-0の番狂わせを演じ、また、1部リーグへの昇格も決めた、重要な1年になった。1993年、リーグカップの決勝で1-2とアーセナルに対して敗れはしたものの、ハークスはアメリカ人選手で初めて決勝でのゴールを挙げただけでなく、FAトロフィーでのマイク・マスターズ(コルチェスター・ユナイテッド所属)以来のウェンブリー・スタジアムでゴールを決めた、つまり2番目のゴール記録者となった。残念な結果に終わったリーグカップの1ヶ月後、FAカップで再びアーセナルと対峙し、またも敗れてしまった。これは1-1の引き分けに対して再試合の1-2での敗戦だった。ハークスはその夏、ダービー・カウンティへ移籍し、2シーズンをプレーした。1995年、秋開幕のメジャーリーグサッカー(MLS)の創設準備が始まると、注目を浴びるような選手との契約を進めていき、ハークスもその目玉のひとりとしてMLSと契約した。しかし、リーグ開幕は翌秋に変更され、ハークス自身も1年間のローン移籍によって、ウェストハム・ユナイテッドでプレーすることとなった。
1985年からの3年間、ハークスはバージニア大学に通い、後にD.C.ユナイテッドの監督となるブルース・アリーナのもとでサッカーを続けた。大学4年次の1988年には、アメリカ代表のために全てを費やすことを決めた。その年は1988年ソウルオリンピックに参加し、1990年のワールドカップの予選が始まった年だった。
曜日別に異なるパーソナリティを迎えての生放送の音楽リクエスト番組。また、茨城放送における夜の生放送リクエスト番組は1999年度のナイターオフ期に放送された「IBSレディオヘヴン」以来、11年半ぶりとなる。テーマ曲は、本番組のタイトルにもなっているヴァン・ヘイレンの『ジャンプ』。
2000年6月25日のオリックス・ブルーウェーブ戦でプロ初登板を果たし2回1/3を無失点に抑えた。10月13日の同戦で初先発し7回2失点の好投を見せたが敗戦投手となった。この年は前述の2試合の登板に留まった。2001年7月27日の日本ハムファイターズ戦で10回表2死に6番手で登板し、1/3を1球で無失点に抑えてその裏にチームがサヨナラ勝ちし、プロ初勝利を挙げた。初勝利が1球勝利となるのは、同年5月29日にロッテの山崎貴弘が達成して以来プロ野球史上2例目だった。9月4日の大阪近鉄バファローズ戦では先発で初勝利を飾った。最終的に同年は中継ぎを中心に起用され先発でも6試合に登板した。最終的に35試合で3勝2敗・防御率2.49の成績を残し、投球回数を上回る奪三振数（奪三振率10.52）を記録した。2002年8月27日の千葉ロッテマリーンズではプロ入り初完投を初完封で飾った。最終的に先発ローテーション入りし17試合に登板し7勝2敗・防御率3.38の成績をマークし、チームのリーグ優勝に貢献した。読売ジャイアンツとの日本シリーズでは第1戦に中継ぎで登板し2回無失点に抑えたがこの1試合のみの登板に留まった。また、チームはストレートの4連敗で日本一を逃した。2003年にはプロ入り初の規定投球回に到達し、こちらも初となる2ケタ10勝を挙げた。2004年は故障の影響で6試合の登板に留まり防御率も6点近くと不調で3勝2敗の成績に終わった。チームはリーグ2位でこの年からパ・リーグに導入されたプレーオフを制して2年ぶりにリーグ優勝し、中日ドラゴンズとの日本シリーズも制して12年ぶりの日本一に輝いたが後藤はいずれもポストシーズンでの登板はなかった。2005年開幕直後に河原純一との交換トレードで読売ジャイアンツに移籍した。