EdyスマイルクーポンやEdyハッピー優待、キャンペーン、ポイントサイトなどの特典として受け取れるものに、Edyギフトがある。Edyギフトが届いている場合、PaSoRiやおサイフケータイで操作することにより、受け取りと同時に直接チャージすることができる。なお、日本全国のファミリーマートに設置されているファミポート、同社のサークルKおよびサンクス設置のKステーションとDAMステーションの設置されているカラオケ店、空港内などに設置されているANAの端末（ANA web KIOSKかANA SKY KIOSK）でもEdyギフトが受け取れる。一部の高速道路（主として中日本高速道路）のサービスエリアでも、インフォメーションセンターにEdyギフト受け取り用端末の設置例がある。あらかじめ送付元にEdy番号を申告しておく必要があるが、Edy番号が間違っている場合や、受け取り期限（最長60日）を過ぎてしまうと受け取りができない。
店頭で支払う際は、店員にEdyで支払う旨を伝えると、POSレジまたは決済端末に金額が表示されるので、これを確認の上、端末にEdyを触れさせれば決済完了となる。その際「シャリーン」という決済音が鳴る機器が多い。端末機器によってはほかの電子マネーによる誤決済防止のため、利用する電子マネーのボタンを利用者自身が選択しないと決済が進まないものがある。残高不足の場合は、差額を現金で支払うほか、複数のEdy（合計5つまで）を用いて残金を充当することも可能である。ただし、加盟店によってはEdyと現金の併用や複数枚のEdyでの支払いを認めていない場合もあるため、利用前に確認が必要である（一部店舗は残高不足の場合は、iDも含むクレジットカードと併用して差額を支払うことが可能）。自動販売機の場合も、同様にリーダ・ライタ部に金額が表示され、Edyを触れさせれば決済完了となるが、残高不足の場合、現金や複数個のEdy併用ができない機器もある。
NTTドコモ・au・ソフトバンク（SoftBankブランド、Y!mobileブランド）各社のおサイフケータイでは、『電子マネー「Edy」アプリ』をダウンロードしてから初期設定すればEdyを利用できる。おサイフケータイの機種によっては、あらかじめ『電子マネー「Edy」アプリ』がプリインストールされているものもある。その場合は初期設定を行うだけでEdyを使うことができる。2016年12月13日からは、Android端末にAndroid Pay（現Google Pay）アプリをインストールし、アプリ内から楽天Edyを登録して連携することによって、アプリ内からチャージ、および対応店舗にて楽天Edyでの支払いを行う事が可能となった。iPhoneの場合は、NTTドコモは、おサイフケータイ ジャケット01（パナソニック モバイルコミュニケーションズ製）を利用することで対応させており、ソフトバンクのSoftBankブランドでは、iPhone 4とiPhone 4Sにおいて、ソフトバンクBB（現在、当該事業はソフトバンクコマース&サービスに移管され、現在の同社の法人格上は、ソフトバンク）が「SoftBank SELECTION（ソフトバンクセレクション）」ブランドで発売されていた「Edy用電子マネーシール for iPhone 4」を装着することで対応できる。wena wristというソニー製の腕時計型リーダーを使用すればスタンドアロンで使用可能である（但し電子マネー機能を使う際、leatherを除き初期設定にiOS端末が必要）。2018年7月現在、初期型のwristの他にactive,wrist pro,leatherと複数タイプあり、ソニーの直営店・ソニーストア等で販売されている。この腕時計型FeliCaリーダーは、ドコモのおサイフケータイジャケットと同じ部品が腕時計のバンドの中に入っているだけなので、iPhone用アプリはおサイフケータイジャケットと全く同じであり、対応サービスもおサイフケータイジャケットと全く同じである。
2000年代に入ると尾道を舞台にした映画は無くなり、代わって、大分や長野、新潟、北海道芦別など、その町の伝統や歴史を題材にした映画を製作している。大林はこれを「ふるさと映画」と称している。近年は各地に講演で招かれたり、コメンテーターとしてのテレビ出演、雑誌やネットインタビューなども多い。2004年（平成16年）春の褒章に於いて紫綬褒章を受章。2009年（平成21年）秋の叙勲で旭日小綬章を受章した。受章理由は「長年にわたる実験的で独自の映画作りに」と伝えられたという。2013年に手掛けたAKB48の長尺のミュージック・ビデオ「So long !」は物議を醸した。2013年12月27日 朝日新聞デジタルに 「特定秘密保護法が成立した6日、僕は怖くて一日中震えていました。いまの空気は戦争が始まる時に近いのです」とのコメントを寄せる。2016年、第18回極東映画祭（イタリア）にて、マルベリー賞（生涯功労賞）を受賞。（2017年12月公開の映画『花筐/HANAGATAMI』のクランクインを控えた）2016年8月に肺癌が判明、ステージ4まで進行しており医師より当初「余命6か月」、後に「余命3か月」の宣告を受ける。同年8月から10月にかけて佐賀県唐津市で行われた撮影と続く編集作業に並行して抗がん剤治療を継続。2017年4月のスタッフ向け試写会において病状を公表。抗がん剤治療が奏効したことで病状が改善し、同年5月時点で「余命は未定」となったとしている。2018年夏に、『あの、夏の日 とんでろ じいちゃん』以来約20年ぶりに尾道市をメインのロケ地として、戦争と広島の原爆をテーマとした映画『海辺の映画館-キネマの玉手箱-』を撮影、2019年10月28日に開幕する第32回東京国際映画祭「JapanNow部門」で組まれる大林監督特集で初上映される予定。本作で2018年度毎日芸術賞特別賞を受賞。2019年3月24日、第33回高崎映画祭の授賞式（会場：高崎市の群馬音楽センター）に出席。監督を務めた『花筐／HANAGATAMI」』が特別大賞を受賞し登壇。2019年7月27日、広島県広島市で開催された国際平和シンポジウム「核兵器廃絶への道〜大国の暴走を許さない」（朝日新聞社、広島市、広島平和文化センター主催）に登壇し東ちづると対談した。2019年9月30日、広島国際映画祭2019「ヒロシマ平和映画賞」に『海辺の映画館―キネマの玉手箱』が受賞したことが発表された。