2005年（平成17年）6月11日、日本遺族会会長で自由民主党の古賀誠ら幹部が、「首相の靖国神社参拝は有り難いが、近隣諸国への配慮、気配りが必要」との見解をまとめる。しかし、6月17日に遺族会会員から「方針転換し、参拝中止を求めるものではないか」と懸念の声が相次いだのを受け、「今後も総理大臣の靖国神社参拝継続を求め、靖国神社に代わる新たな追悼施設は認めない。A級戦犯の分祀は靖国神社自身の問題だ」とし、「総理は中韓両国首脳の理解を得るよう努力するべきだ。」という従来通りの方針を確認した。
1945年10月13日、石橋湛山は『東洋経済新報社論』で「靖国神社廃止の議」を発表した。石橋は、靖国神社を「我が国に取っては大切な神社であった」としながらも、「我が国の国際的立場」、今後の祭祀祭典の実現可能性、国民の感情、「少なくとも満州事変以来軍官民の指導的責任の位地に居った者」の責任などを列挙し、靖国神社の廃止を主張した。
徳川康久宮司が、合祀は「無理」としながらも「向こう（明治政府軍）が錦の御旗を掲げたことで、こちら（幕府軍）が賊軍になった」と発言したことを受けて、明治維新や西南戦争で賊軍とされた旧幕府軍や奥羽列藩同盟、西郷隆盛らの戦死者も立場は違えど国の為を思い命を落としたのだから靖国神社に合祀すべきであると亀井静香や石原慎太郎らが運動している。
宇宙開発が始まった年をアフターコロニー（A.C.）歴1年と定め、人類は宇宙コロニーの開発を始めた。しかし地上・宇宙での紛争や様々な疾病、技術的な問題もあり、L1にてコロニーが初めて完成するまで1世紀を要した。地上の紛争が原因で、宇宙への移民は増大し人口の流出に伴い地上の各国家は衰退の兆しを見せ始めていた。そこで各国家は地球圏統一連合を設立し、コロニーの影響力に対抗しようとした。A.C.165年、連合とコロニーとの対立問題を調停するための機関が発足。代表としてヒイロ・ユイが選出された。彼は非暴力・非武装の完全平和主義を掲げ、宇宙の心宣言を提唱し、コロニーや地上に賛同者が現れるもA.C.175年に暗殺される。彼の死によりコロニー側は混乱し、連合はスペシャルズ（後のOZ）のMS部隊を派遣。地上でも、ヒイロ・ユイの思想に賛同したサンクキングダムを始めとする国々が連合の武力によって蹂躙されてしまう。以後、連合軍は圧倒的な軍事力で各コロニーを制圧し、宇宙機雷によりコロニー間の連絡が寸断される時期が長く続いた。A.C.195年、地球圏統一連合の支配に反目する一部のコロニー居住者による地下組織が「オペレーション・メテオ」を発動させる。それは流星に偽装した5機のモビルスーツ(MS）「ガンダム」をパイロットと共に地球に降下させ、破壊活動を行わせるというものである。しかしこの作戦は事前に「M作戦」の名で連合及びOZに察知されていた。このため工作員の一人ヒイロ・ユイの乗機は地球への降下中に、OZの攻撃輸送機との遭遇戦で海に落下、その後リリーナ・ドーリアンと出会うこととなる。そして互いを知らぬまま地球に降下した他の工作員たち、デュオ・マックスウェル、トロワ・バートン、カトル・ラバーバ・ウィナー、張五飛も、ガンダムパイロット同士や様々な人間と出会い、時代を動かしていくこととなる。5機のガンダムとそのパイロットは地上に降り立つと、連合の中にその存在を隠すOZが傘下に置く施設を集中的に破壊し、ガンダムの威力を連合やOZの間に轟かせた。しかしガンダム単機の行動はやがて限界に達する。情報戦に長けたOZは彼らを逆に泳がせ、偽情報を流し連合内の軍縮論者達を一掃させ、更にそれに乗じて「オペレーション・デイブレイク」を発動。全世界で同時に連合に対するOZの反乱を成功させてしまう。OZはガンダムのパイロット達に対し、コロニーを人質にした上で降伏を迫り、ヒイロはガンダムを敵に渡すことはできないとし、ウイングガンダムを自爆する選択肢を選ぶ。その後、OZはコロニー側に対し、武力による恫喝ではなく協調性を前面に押し出す懐柔策によってコロニーを次々と味方につけていき、コロニーにとって最後の希望となるはずだった5機のガンダムとパイロット達は、掌を返される形で「人類の敵」として糾弾される側に陥ってしまうが、それでも彼等は自分達の存在意義を賭けて、それぞれの形で戦おうとする。しかし、宇宙に残った連合の残党が、新たにOZで開発された無人兵器モビルドールの前に駆逐されていく中で、OZとそれを支援するロームフェラ財団は、有人のモビルスーツに代わるモビルドールで、地球圏の支配という野望を達成させようとしていた。しかし、OZの総帥トレーズ・クシュリナーダは、戦争は生身の人間が戦うべきであるという独特の美学を主張し、財団の方針と対立。総帥を解任されてしまい幽閉に追い込まれた事で財団内部ではトレーズを支持する一派が内紛を起こし、戦火は各地に飛び火していく。やがて宇宙で、コロニーの武装勢力がホワイトファングを名乗り蜂起し、かつてゼクス・マーキスを名乗っていたミリアルド・ピースクラフトを指導者に祭り上げ、真のオペレーション・メテオを実行しようとする。それは、大型のコロニー（x-18999）を地球に落下させ、これによって混乱した地球を5機のガンダムで制圧するというものである。しかし、ガンダムを設計した5人の科学者はそれに反対して指令内容を変更し、大量虐殺の実行者となる事を拒否した。一度は歴史の表舞台から退いていたトレーズが世界国家元首に着任して地球上の軍事力を統一し、ホワイトファングとの戦いに挑む。5人のガンダムパイロット達はそれぞれが己の信じる道を信じて戦い、また5人の科学者も自身の命と引き換えに、地球に落下する巨大戦艦リーブラの軌道を変える。最後のリーブラの破片を射つヒイロの一撃が、戦争の歴史に一旦の幕を引いた。