アメリカのディーゼル機関車技術は、1960年代後半になると世界の先端水準まで追いついてきた。電気式ディーゼル機関車が圧倒的になると、液体式ディーゼル機関車はいかに便利であろうとも、持て余されるようになった。SPをはじめとする鉄道会社は引き続き強大な出力の機関車を欲したが、アメリカの車輌製造会社は1基のエンジンの機関車でそれに答えた（ML-4000は2基である）。1960年代後半には、SPはGM-EMDにSD40やSD45、ゼネラル・エレクトリックにU33Cを発注した。1967年、キャブ・ユニットタイプの初期ML-4000形は同年9月以降、順次使用終了となり、フード・ユニットの二次形もそれに続いた。太平洋機関車連盟（Pacific Locomotive Association、PLA。のちのナイルス・キャニオン鉄道（Niles Canyon Railway）は、キャブ・ユニットのML-4000形が牽引する鉄道ファン向けの鉄道旅行の企画をSPに打診した。しかしながら、キャブ・ユニットはすでに使用されていなかったため、同年春、フード・ユニットの9120号がFP7とともに使用された。これが、ML-4000が旅客列車を牽引した唯一の機会となった。1868年2月13日、SPは液体式ディーゼル機関車の使用をすべて取りやめることを発表した。同年末までに全車両が運用から外された。アルコの3両は少し程度がよかったので、1973年まで使用された。
SPはML-4000を営業に投入したが、 シエラネバダ山脈越えのルートで使用するには適していないことがわかった。そのため、カリフォルニア州の平坦地での運用に限定した。時にはFシリーズやGP9と重連での運転もなされた。機関車の信頼性はかなり高く、故障は一度しか記録されていない。2回目の発注時にSPはアメリカン・ロコモティブに液体式ディーゼル機関車、DH643を3両発注した。
1944年1月8日、ボーフィンは3回目の哨戒でマカッサル海峡方面に向かった。この哨戒では、機雷敷設の任務も与えられていた。ジャワ海、バンダ海、フローレス海を巡り、1月16日には砲撃により帆船を撃沈した。翌日、ボーフィンは北緯00度17分 東経118度25分の地点で貨物船と2隻の護衛艦を発見。最初の攻撃は魚雷がまともに進まず命中しなかった。2度目の攻撃で魚雷を4本発射し、3本は命中しなかったものの1本は松祐丸（松岡汽船、4,408トン）に命中。さらにもう2本の魚雷を発射し、松祐丸に止めを刺した。ボーフィンは他に護衛艦の1隻に魚雷を2本命中させたと判断したが、いずれにせよ沈みはしなかった。ボーフィンは一旦ダーウィンに戻り、クリスティによって魚雷の検分が行われたあと再出撃。ボーフィンは小型貨物船に対して魚雷を3本発射し、グリフィスは「魚雷は命中して目標は沈没した」と主張。しかし、戦後の調査ではこの戦果は認定されなかった。1月28日朝、ボーフィンは南緯03度25分 東経118度15分のマカッサル近海で水上機母艦神威を発見し、夕方ごろに射程距離に入るまで追跡した。ボーフィンは神威に向けて魚雷を6本発射したが、魚雷は全て逸れて命中しなかった。ボーフィンは急旋回し、魚雷を発射。2本が命中し神威は炎上したが沈没する気配はなかった。ボーフィンが止めを刺すべく行動すると、神威は砲や機関銃で反撃してきた。ボーフィンは反撃をかわして20分後に3度目の攻撃を行い、2本が命中。神威からの反撃が激しくなってきたので、ボーフィンは潜航した。浮上すると、神威の姿はそこにはなかった。翌日、ボーフィンはボルネオ島南東部の沿岸に機雷を敷設し、1月30日にはスクーナーの集団を発見。4インチ砲で粉砕した。2月5日、ボーフィンは28日の行動を終えてフリーマントルに帰投した。2月28日、ボーフィンは4回目の哨戒でセレベス海方面に向かった。3月10日、ボーフィンは2、3隻の護衛艦を伴った4隻の輸送船団を発見。魚雷を6本発射したが、そのうちの4本が途中で爆発してしまった。上空の哨戒機が制圧してきたので、ボーフィンは深く潜航することを余儀なくされ、残り2本の魚雷の行方を観測することは出来なかった。護衛艦は爆雷攻撃を行い、ボーフィンを激しく揺さぶったものの、ボーフィン自体に損傷はなかった。爆雷攻撃が止んでから浮上すると、曳航されている貨物船を発見。ボーフィンは輸送船団に再度の攻撃をかけたが、反撃を食らって再び潜航。翌11日に再度、損傷した貨物船を攻撃。護衛艦の反撃で一旦下がったものの、再度接近して魚雷を4本発射。南緯01度18分 東経128度12分の地点で、単船になっていた月川丸（川崎汽船、4,673トン）を撃沈した。ボーフィンは日没後に先の輸送船団を追跡し、魚雷を発射したものの命中しなかった。ボーフィンは3月15日にダーウィンに寄港して補給を受け、3日後に再出撃。3月18日には小輸送船団を発見し、魚雷を6本発射したものの、目標の下を通過したかその他の理由により命中しなかった。無意味な爆雷攻撃のあとに再度の攻撃で魚雷を4本発射したが、結局無駄に終わった。3月24日深夜、ボーフィンは北緯05度38分 東経125度58分のミンダナオ島チチカ岬沖でH22船団を発見し、辨加拉丸（日本郵船、5,399トン）に対して魚雷を発射し、2本が命中した辨加拉丸は2分で沈没していった。ボーフィンは次の獲物として新京丸（朝鮮郵船、2,672トン）も撃沈。さらに戦果拡大を狙ったが、魚雷を使い切ったためこれ以上の攻撃は断念した。4月1日、ボーフィンは33日間の行動を終えてダーウィンに帰投。艦長がジョン・H・コーブス（アナポリス1930年組）に代わった。