1409年にシュレースヴィヒ公国の主導権をめぐって、ホルシュタイン公国とデンマーク王国の抗争が始まった。その結果、1411年コルディング条約にてデンマーク女王マルグレーテ1世がシュレースヴィヒ公国の領土の大部分を得た。そして同年マルグレーテ1世によってフレンスブルクのマリエンベルク地区にドゥブルグ城が建てられている。その翌年の1412年10月28日には、マルグレーテ1世が流行中のペストによってフレンスブルクに入港中の船上で没している。ペストや他の伝染病は中世の都市にとって大きな問題であった。天然痘や赤痢、その他の伝染性流行病はフレンスブルクにおいても多くの住民の命を奪ったものであった。また、当時のハンセン病患者は1290年に建立された「聖ユルゲン病院」に隔離され、その病棟はフレンスブルクの街門前に建てられていた。（現在：「聖ユルゲン教会」、独：St.Jürgen Kirche）さらに、1500年ごろには梅毒も流行り、当時の治療活動の中心でもあったキリスト教の「聖霊病院」は、現在「聖霊教会」（独：Heiliggeistkirche）としてフレンスブルクの中心街にある。道路設備がされていない当時のフレンスブルクの人々の生活は厳しいものであった。主要な道路でも整備されておらず、街灯もなかった。道の所々では家畜の厩肥が漏れ溢れるような状態で、それがために、住民にはそのような場所では木製のダムを設けて厩肥などが道路に漏れでないようにして、人々の通行に支障を与えないようにすることが義務付けられた。一般の家庭の暮らし向きは、家屋や中庭で家畜を飼い、牧夫に日夜牛や豚の番をさせたりなどした。その頃の家屋で窓があるのは中世貴族が住む家くらいのもので、ほとんどが窓のない家屋が多かった。1485年、フレンスブルクは大火災に見舞われる。また、この頃は高潮なども絶えず襲ってきた。1602年に建てられた船舶商会館では、今日でも高潮を予想するための水位検針が行われている。1526年からルーテル教会の教えが交易路を伝って入ってくる。当時、フーズムの宗教改革者ヘルマン・タストがフレンスブルクで教えている。また、当時はまだ若い公爵だったクリスチャン公（後のデンマーク王クリスチャン3世）の奨励で、過去にドミニコ会修道士でもあったゲルト・シュレヴェルトが改革を進めた結果、デンマーク領であるにもかかわらず、フレンスブルクは次第にドイツの文化や言語の影響を強く受けていった。16世紀のハンザ同盟衰退後、フレンスブルクは北欧諸国の中でも交易都市として、とりわけ重要な位置を占めた。その交易範囲は地中海からグリーンランド、そしてカリブ海に及ぶ広範なものであった。その頃の主な交易財としてはニシンを始め砂糖、グリーンランド航海の捕鯨で得られる鯨油などが挙げられる。30年戦争の最盛期が終わる1627年から1628年にかけてのヴァレンシュタイン皇帝による侵攻、また、1643～1645年、1657～1660年におけるデンマークとスウェーデンとの戦争でフレンスブルクは大打撃を受けた。
萬田銀次郎は幼い頃に、阿久都商事の社長・阿久都天勝の詐欺行為によって、建設業を営む父の浩一郎が自殺した。そのショックで母の里子は病床に伏せて入院生活を送っている。成績優秀であったが高校に進学しなかった銀次郎は、ミナミで露天商をする、ヤクザをも敵に回すチンピラ然とした少年になった。その裏で銀次郎は「当たり屋」で里子の入院費用を稼いでいる。ある日そのターゲットにした車には、阿久都商事の社長の娘・菜穂子が乗っていた。菜穂子は誠意を尽くそうとするが、銀次郎はそれを金持ちの傲りだと疎ましく思う。銀次郎が自分のために当たり屋をしていると知った里子は病院で手首を切って自ら命を絶ち、両親を失った銀次郎は自暴自棄に陥る。愛釜地区の公園で倒れている銀次郎を救い出したのは、住民から「長老」と呼ばれる男と、彼に仕える教授と館長という男たちであった。父が追い詰められた原因が阿久都だと知った銀次郎は、阿久都への復讐を決意する。かつて総理大臣秘書であったがその総理に命を狙われて愛釜に流れ着き、この場所を守るために生きている長老と、教授、館長のほか、ヤブ医者、バンク、IT、ペラペラという、それぞれの分野で優れた能力を持ちながらも社会からはみ出した男たちが、銀次郎の復讐の手助けをするべく「チーム銀次郎」を組織して、それぞれの特技を銀次郎に叩き込む日々が始まる。菜穂子が阿久都の娘だと知った銀次郎は、復讐という目的を隠して菜穂子に近づく。菜穂子はピアニスト志望であるが、それは父親の夢であって自分の夢ではないという。阿久都は愛釜地区に菜穂子のためのコンサートホールを建設する計画を立てるが、銀次郎たちに連れられてそこの住人たちと触れ合った菜穂子は「自分の夢は自分の力で追いかけたい」とそれを拒み、本気でピアニストを目指すためにヨーロッパへ留学する。5年後。銀次郎はチーム銀次郎の育成の成果と、「サラ金王」と呼ばれる上杉のバックアップにより、若き経営コンサルタント・萬城銀次郎として成功していた。銀次郎は阿久都に接近し、阿久都商事に副社長として迎え入れられる。銀次郎はお披露目パーティーで、ピアニストになって5年ぶりに帰国した菜穂子と再会した。銀次郎の過去を知る菜穂子は本当の目的は何かと尋ねるが、銀次郎は菜穂子にふさわしい男になるために必死に這い上がってきた、と答える。次々と難題をクリアして阿久都の絶対的な信頼を勝ち取った銀次郎は、乱脈経営によって会社を倒産に導く計画を実行に移す。銀次郎のことを快く思っていない阿久都商事の田崎は、銀次郎の当たり屋時代の相棒であった拓馬を見つけ出して、銀次郎の過去を阿久都に話させる。阿久都は激怒するが、菜穂子は田崎が拓馬に金を渡して嘘を話させたと言う。銀次郎の企て通りに阿久都商事は倒産の危機に陥り、阿久都はその責任を問われる。銀次郎の素性と企みを知った阿久都は、かつて手を組んで浩一郎を追い詰めたヤクザ・中沢に銀次郎の命を狙わせ、中沢の銃撃から銀次郎をかばった長老が命を落とした。社長の座を追われた阿久都であったが、かねてからの野望であった大阪万博の事務局長に就任してふたたび表舞台に姿を現す。銀次郎と銀次郎と同様に長老に救われて鍛えられてきた者たちであるチーム銀次郎は、長老の弔い合戦を決意して、中沢と阿久都は逮捕された。菜穂子と会った銀次郎はいままでの本当の目的を打ち明けて、菜穂子に対して何の感情もないと言い放つ。阿久都は菜穂子のためにと、あらゆる手を使って会社を大きくしてきた。しかし菜穂子は貧しくても昔の小さな会社だった頃のほうが幸せだったと思い、父親も銀次郎も自分のせいで苦しんだと思いつめる。嫌な予感を察知した銀次郎が菜穂子の家に行くと、菜穂子は手首を切って倒れていた。ヤブ医者の緊急手術によって一命はとりとめたが、ピアニストとしての生命は絶たれたかもしれないと告げられる。銀次郎は菜穂子と会わずに病院をあとにする。長老を失った銀次郎は上杉の金融会社に入る誘い受けるが、大切な女性を傷つけた自分はもう表の世界にいられないとそれを断り、自分たちと一緒に愛釜に残るよう勧める教授に「気晴らしにミナミに行ってくるわ」と告げて愛釜を出て行った。数年後。大阪の高層ビルの屋上にたたずむ男に、沢田組の組長・沢木が何者かとたずねる。その男は「ミナミの鬼」こと萬田銀次郎である。