イルハン朝のモンゴル軍が聖地の方面へ進撃を続けたため、都市という都市が次々とモンゴル軍の手に落ちた。典型的なモンゴルの侵略パターンは、各地域に降伏する機会を1度与えることになっていた。対象国が降伏を受け入れるならば、モンゴル軍はその地の民衆と兵士を彼らのモンゴル軍に吸収し、さらなる帝国の拡大のために彼らを利用した。降伏を受け入れない場合には、モンゴル軍は武力で屈服させるか、屈服させた上で誰彼構わず虐殺した。モンゴル軍が近付くと、モンゴルによる支配 (降伏) か、もしくは徹底抗戦かの選択に直面し、いくらかのキリスト教国家も含む多くのコミュニティは前者を選んだ。1220年、キリスト教国ジョージアは繰り返し攻撃され、1243年には、女王ルスダンは正式にモンゴルに降伏し、ジョージアはモンゴル軍征服下で服属しモンゴル属領となった。キリキア・アルメニア王国のヘトゥム1世は1247年にモンゴルに服属して、その後数年の間、他の君主がキリスト教国とモンゴルの提携に参画することを奨励した。彼はカラコルムのモンゴル宮廷に彼の兄にあたるスンバト (アルメニア軍司令官)を派遣した。スンバトの書いたモンゴル人に関する楽観的な書簡は、西欧諸国に大きな影響を与えた。
1943年3月5日に師団創設が始まり、7月までに2万名に達した。制服は通常の親衛隊の物であったが、襟章はSSのルーン文字ではなく、ハンジャールを持つ手のマークが入った。またムスリムが多数いたことを考慮して中東地域伝統の帽子「フェズ」を被ることが認められていた。一方非ムスリム隊員は通常通りの親衛隊の登山帽をかぶった。師団は複数のゲリラ掃討作戦に投入され、特にムスリムの仇敵が相手となると師団の士気が上がり、虐殺もたびたび引き起こした。一方ソ連との戦争では大した活躍はなかった。1944年後半に南ハンガリーへ送られ、ソ連軍を迎えうったが、隊員は次々と敵前逃亡して脱走してしまった。1945年5月7日、オーストリアでイギリス軍に降伏。このうちムスリムの隊員はチトー率いるパルチザンに引き渡され、大半はマエボアで処刑された。
師団名にある Handschar(ハンジャール) とは、元来アラビア語で خنجر (Khanjar/ハンジャル) と記されるムスリムの成人男子が携帯する三日月型の短剣に由来する。 ボスニアやクロアチアでは Handžar と表記され、ムスリムが帯びた湾曲した刀剣を指す。ボスニアの歴史的な表徴として師団章や襟章に用いられた。なお日本の文献ではハントシャールと表記される場合があるが、これは Handschar のつづりが偶然ドイツ語のHand (ハント、手の意味)とSchar (シャール、農具の鋤の意味) に似ていることによる誤解であり、ハンジャールという表記が原音に忠実である。
1943年3月　Kroatische-SS-Freiwilligen-Division:  クロアチアSS義勇師団1943年10月　13.SS-Freiwilligen(bosnisch-herzogowinische)-Gebirgs-Division (Kroatien):  第13 SS義勇 (ボスニア・ヘルツェゴヴィナ) 山岳師団 (クロアチア)1944年6月　13.Waffen-Gebirgs-Division der SS Handschar (kroatische Nr.1):  第13 SS武装山岳師団「ハンジャール」 (クロアチア第1)
先祖は超古代犬種の一つで、紀元前7000年〜6000年ごろにクロマニヨン人によって飼育が行なわれていたのではないかともいわれている。このことに関しては、フランスの新石器時代の地層から本種の先祖の犬骨が発掘されたことにより裏付けられている。しかし、本種そのものがいつごろ犬種として成立したかははっきりとは分かっていない。およそ紀元元年前後ごろに誕生したものであると推定されているが、異説もあり決着はついていない。とはいえ、数ある仮説の中でもっとも新しい年代に誕生したとする説であっても13世紀に誕生したものであると見積もられているため、どちらにせよ本種が古代犬種であることに変わりはない。主に牧羊犬として羊の誘導を行なうのに使われている。同地域原産のグレート・ピレニーズとコンビを組んで仕事を行い、本種が羊の管理・誘導（牧羊）、グレート・ピレニーズが羊の護衛（護畜）を行うような役割分担が設けられていた。本種は専らピレネー山脈の作業犬として使われてきたが、第一次世界大戦が起こった際には小柄な体で賢いところを買われ、軍用犬として徴兵された。軍用犬としての任務は飛行機から地上へパラシュートをつけて降り立ち、特定の人物のもとへメッセージを伝える伝令犬、隠れた敵の軍人を探し出す偵察犬、ケガ人を探して救急箱を届け、本部にケガ人がどこにいるのかを伝える救護犬などとして働くことであった。然し、劣悪な飼育環境や苛酷な任務、主人から引き離されたストレスや敵軍の銃弾などによって多くの犬が命を落とし、第一次世界大戦の終結後は絶滅寸前の危機に追いやられてしまった。このため、第二次世界大戦が勃発した際には軍用犬として徴兵されることがなく、愛好家や羊飼いの手によって保護されて原産国外に疎開されるなどして生き残ることが出来た。戦後はFCIにも公認犬種として登録され、牧羊犬としてだけでなくペットやショードッグとしても飼育が行なわれるようになった。だが、現在でも多くは実用犬として飼育されているものが多く、ペットやショードッグとして飼われているものは稀である。フランス国外では希少な犬種であるが、近年日本にも輸入され、国内でもブリーディングが行なわれるようになった。2009年度の国内登録頭数順位は134位中124位で、日本でもまだかなり珍しい犬種の一つである。