2015年（平成27年）3月14日ダイヤ改正で千葉、房総地区の特急列車が削減されたことに伴い、5両編成9本（45両）の余剰車が発生している。余剰車のうち2本はホームライナーに、3本は富士急行線直通列車にそれぞれ使用されることに伴い、後者は幕張車両センター所属のまま豊田車両センター常駐となった。しかし2019年3月16日のダイヤ改正でホームライナー千葉が廃止されたため、同列車に使われていた2本が再度余剰となった。残り6本の今後の活用は未定とされている。一方、豊田車両センターに常駐している富士急行線直通列車用の3本は、2019年3月ダイヤ改正を前にエクステリアデザインが変更された。
0番台は「あずさ」「かいじ」「中央ライナー」「青梅ライナー」のほか、篠ノ井線松本 - 信越本線長野間を結ぶ快速列車にも1日1往復充当されていたが、2019年3月のダイヤ改正をもってE353系に置き換えられ定期運用をすべて終了した。過去には、ダイヤの乱れや車両故障などの理由によりE351系の代走として「スーパーあずさ」の運用に入ったほか、東海道本線の「湘南ライナー」「おはようライナー新宿」「ホームライナー小田原」に充当されていた。また修学旅行等の団体専用列車として運用されることもあり、日光線や信越本線黒姫駅まで入線した実績があった。500番台は房総地区の特急列車のほか、2009年（平成21年）3月14日のダイヤ改正からは「ホームライナー千葉」にも充当されていた。以前は間合い運用で早朝の鹿島線の一部普通列車や横須賀線の「おはようライナー逗子」「ホームライナー逗子」にも使用されていた。「さざなみ」の減便や「あやめ」の廃止により房総特急の運用が少なくなったことに伴い、関東地方を中心とした多くの臨時列車で使用されるようになり、2018年（平成30年）3月17日のダイヤ改正以降は、全廃された豊田車両センターの波動用特急車に代わり、5両編成のまま「あずさ」「かいじ」の臨時列車や、富士急行線に直通する「ホリデー快速富士山」などにも運用されるようになった。
室内においてもデザインコンセプトに基づき、普通席・グリーン席共に座席の柄に武田菱を模したひし形のパターンが用いられていた。普通車は明るく軽快なイメージで、「カジュアルで楽しい雰囲気」を指向していた。荷棚上の小天井部は奇数号車がピンク、偶数号車がエメラルドグリーンとされた。グリーン車は木目調の内装材や、カーペットを用いることで、落ち着いた雰囲気が指向されていた。モハE257形100番台（9号車）の新宿方車端部には喫煙用フリースペースを設けていたが、JR東日本の特急列車完全禁煙化により、2007年3月18日からは禁煙のフリースペースとして開放されていた。
編成は基本編成がMT比5M4Tの9両編成、増結用の付属編成がMT比1M1Tの2両編成であった。松本駅における増・解結作業の関係上付属編成が新宿・東京方に連結されており、号車番号は付属編成が1・2号車、基本編成が3 - 11号車となっていた。基本編成のみの9両編成で運転する場合でも号車番号の表示は変更されず、3 - 11号車の9両による運転として案内・表示された。これは編成両数にかかわらず自由席車両とグリーン車の号車番号を統一するための措置であった。グリーン車は基本編成の8号車に連結され、普通車との半室構造となっていた。
中央本線で使われていた183・189系の老朽化による置き換えを目的として、日立製作所・近畿車輛・東急車輛製造の3社で製造された。2001年（平成13年）12月1日のダイヤ改正より中央本線の特急「あずさ」3往復で運用を開始し、翌2002年（平成14年）3月23日には新たに特急「かいじ」5往復を、7月1日には残る4往復を、そして12月1日のダイヤ改正で残った特急「あずさ」をそれぞれ置き換え、1年間で183系・189系を置き換えた。また、同年7月1日より「中央ライナー」「青梅ライナー」にも充当されるようになった。あずさ、かいじでの定期運用があった時代には、松本車両センターに9両編成16本（144両）と2両編成5本（10両）の計154両が在籍していた。指定保全以上の検査は、長野総合車両センターが担当していた。E353系の増備に伴い徐々に運用を減らしていき、2019年3月15日をもって中央本線の定期特急列車運用を終了した。
インフゾリゲンの発生も蠕虫型幼生の発生と同様に軸芽細胞から起こる。腎囊内の個体群密度が高まると、それまで蠕虫型幼生を作っていた軸芽細胞の1個が不等分裂を行い、小さい方の細胞は細胞質を失って軸細胞内に留まるが、大きい方の細胞がインフゾリゲンを形成する。ヤマトニハイチュウ Dicyema japonicumを用いた実験では、インフゾリゲンとなる細胞はさらに不等分裂によって大小の細胞に分かれ、大きい方の細胞は均等分裂を行ってインフゾリゲンの軸細胞と卵原細胞を生じ、小さい方の細胞は精原細胞となる。これ以降、インフゾリゲンの軸細胞は分裂を行わず肥大し、細胞質内に精原細胞を取り込む。卵原細胞はインフゾリゲンの軸細胞の表面に留まって均等分裂を繰り返し、卵系列（それ以降の卵原細胞と第1卵母細胞を生じる細胞系列）の始祖となる。第1卵母細胞は減数分裂を行うが、第1分裂前期に入ると精子の侵入を待ち分裂を一時停止する。一方、インフゾリゲンの軸細胞内の精原細胞は均等分裂を繰り返し、以後の精原細胞と第1精母細胞を生じる細胞系列の始祖となる。第1精母細胞は減数分裂を行い精細胞となって、直ちに変形し直径約2 µmの精子となる。完成した精子は鞭毛をもたずアメーバ運動により移動し、インフゾリゲンの軸細胞から出てその表面に位置する直径約12 µmの第1卵母細胞内に侵入して受精卵を生じる。