この暴動騒ぎにより両国国技館の升席のパイプが破損したり、座布団が破られる、椅子席が壊されるなど日本プロレス史上最大級の暴動となった為、1987年12月28日に坂口征二副社長が日本相撲協会に謝罪したが、翌12月29日に日本相撲協会が新日本プロレスに対して「両国国技館の貸し出しを無期限で禁止」する事を決定した。既に無期限使用禁止となっていた全日本プロレスと合わせて国技館でのプロレス興行が一切出来なくなり、新日本プロレスは1年2か月に渡って国技館の使用が出来なかった。その後、新日本プロレスは日本相撲協会から多額の損害賠償を請求され、1988年2月3日に行われる予定だった国技館大会も中止となったため（1988年2月5日に後楽園ホールで振替興行を開催）、大損害を被ることになった。国技館は都内でのビッグイベントの常打ち会場でもあり、集客性が高い国技館での興行が禁止されたことで会場を失った新日本にとっては大打撃であった。暴動後から4日後の大晦日、『ビートたけしの元祖マラソン野球中継』に新日本プロレス正規軍が乱入し野球対決をするが、たけしが3ストライクでバッターボックスを去る木村にボールを投げつけ、逃げるたけしを木村が追いかける様を、猪木、藤波らが笑い転げる姿が放映された。このように新日本プロレスの選手がたけしの番組に出演する形で、TPG後も両者の良好な関係は続いていた。また翌1988年2月に再開された『ビートたけしのスポーツ大将』のなかで、「たけしプロレス軍団」と称し、たけし軍団の若手にマスクを被せてシゴキを行ったり、前述のTPGの練習生が登場して草野球ならぬ「草プロレス」を行うコーナーを作るなど、その後もたけしの番組でプロレスを題材にした企画が組まれていた。
両国国技館大会までの一連の抗争は、当然ながら新日本プロレスも合意済のアングルであり、試合前には新日本プロレスのフロントとの話し合いの中で「えー、海賊男がいましてこれはうちのキャラクターで…」と念入りに打ち合わせがされていた。2012年7月5日放送の『たけしの等々力ベース』（第36回プロレス道）にて、新間寿（元新日本プロレス専務取締役兼営業本部長）より、「新日本プロレスでレオン・ホワイト（ビッグバン・ベイダー）をデビューさせたいが、たけしプロレス軍団からデビューさせて欲しい」とお願いされたと語っている。試合当日には長州がたけしの元に「よろしくお願いします」と頭を下げにきたりサインを求めたりしていたが、試合が始まるとリング上で「なんだお前は!」と怒鳴り、「態度が全然違うじゃないかー」とたけしはラジオで語っていた。ミスター高橋によれば、たけし軍団のガダルカナル・タカも、両国での殺気立ったファンからの罵声やブーイングに対して「大丈夫でしょうか?」と控室では不安気に関係者に尋ねていたが、「セコンドが守りますから安心してください」と高橋が回答していたという。一方、一部の新日所属選手側はTPGに対して良い感情を持っていなかったことも事実で、両国当日に新日側と同じ控室に入っていたTPGに対して山本小鉄が物凄い剣幕で激怒し、同じたけし軍団であったそのまんま東はリングに上がる前から「帰ろ、帰ろ」と言っていたとのことである。ファンからの不穏なムードを察知した高橋ら関係者が軍団をメインが始まる前に国技館を退出させたが、その際にたけしは「やってられないよー、まったくもー」と高橋に語り、TPGのマット上でのアングルについて終了させる趣旨の発言をしている。
来日して京都の父親の知人宅に住み、藤田梧郎門下となる。半年で東京に移り、1953年東京本院院生。一年後に再度、京都に戻り、1954年関西総本部院生となり藤田梧郎門で学ぶ。1955年12歳で入段（関西総本部の入段リーグ戦で二位となる。その当時の関西総本部は、毎年一位のみ入段だったが、特別に三位まで入団が認められた）。1961年3月～4月、林六段と大竹英雄四段とで、朝日新聞により「新鋭三番碁」が企画され、大竹先番で大竹の二勝・一ジゴとなった。このころから「竹林コンビ」と呼ばれるようになる。六段時の同1961年に東京本院に移る。1962年に木谷一門百段突破記念大会で趙治勲（当時6歳、のちに最多タイトルを獲得し、林の最多勝利を更新することとなる）に五子のハンデを与え敗れる。1963年に初の名人リーグ入り。同年囲碁選手権戦準優勝と高松宮賞獲得。1965年に坂田栄男名人本因坊を4-2で破り、23歳の史上最年少（当時）で名人位を獲得。名人戦では高川格、藤沢秀行、石田芳夫らと死闘を繰り広げた。1967年九段。1968年には坂田栄男本因坊を破り、選手権史上2人目の名人本因坊になるなど、早くから才能を発揮して活躍した。1973年には石田芳夫挑戦者との名人戦で、七番勝負初の3連敗後の4連勝を記録。1983年の本因坊戦でも趙治勲本因坊を相手に再度の3連敗4連勝で12年振りの本因坊復位を果たし、驚異の粘り腰を発揮した。1977年には大竹英雄を破り名人に復位。富士通杯では1988年、89年に連続準優勝の後、90年に決勝で聶衛平を破り優勝。1989年より5期連続して天元位を獲得して、名誉天元を名乗る。1994年碁聖位獲得。棋聖位への挑戦は3回。2001年の名人戦で59歳で挑戦者となり、坂田栄男と並ぶ最年長記録となった。2015年8月6日、通算1400勝達成（889敗1持碁2無勝負）。二十五世本因坊治勲に次ぐ史上2人目の記録。2017年11月3日、日本の囲碁界発展、日本における台湾出身棋士の草分け的な存在で張栩九段ら有望な後進を台湾から呼び寄せ育てるなど日本・台湾間の友好 親善に寄与したことから旭日中綬章を受賞。師匠・呉清源と同じ賞を受賞した。2002年、中国囲棋甲級リーグ戦で李昌鎬ら韓国人棋士を加えた他チームに対抗して日本の棋士を加えたいとする貴州衛視チーム主将の聶衛平の強い要望を受け、リーグ初の日本からの参加者として貴州衛視チームで出場した。CSK杯囲碁アジア対抗戦では、2002年から05年まで中華台北チームとして出場。名人リーグに35年連続を含む39期在籍の実績があり、これは囲碁界において今後も破られそうにない記録のひとつとされる。通算成績は2010年に趙治勲に破られるまで通算最多勝記録保持者だった。門下に、台湾から招いて内弟子にした張栩九段、林子淵七段、林漢傑七段、富紅梅初段ら。一男二女の父親でもあり、長女はNHK教育TV囲碁講座や囲碁・将棋ジャーナル等の司会を務めた林芳美、次女は同じくNHK囲碁講座の司会などを務めた林浩美。