1929年の大会（General Assembly）はリベラルの影響下にプリンストン神学校の再編成を決定し、リベラルのオーバーン宣言（Auburn Affirmation）の署名者を役員に任じた。Auburn Affirmationは、リベラル牧師のハリー・エマーソン・フォスディックが1922年5月に行った説教「キリスト教根本主義は勝利を収めるか？」から起こった論争への回答を批判した、長老教会のリベラル派による回答であった。メイチェンと幾人かの同僚は改革派の正統な神学を継承するためウェストミンスター神学校を設立した。
1924年-1925年にプリンストンの学部における彼の立場が難しくなった。長老教会が学部が二つの派に分かれていることについて質問したからである。メイチェンは答えて教理の重要な違いにあると述べた。彼はチャールズ・アードマンが教理的な誤りを容認した事実を指摘した。アードマンはドワイト・ライマン・ムーディーを持ち出し「論争家はキリストに従う者でないとムーディは知っていた」と密かに書いた。
ヨーロッパから帰国した後, メイチェンは新約聖書の学者として働きを続けた。彼は増大する疾病に喩えられる近代主義神学（モダニズム、リベラル）と、議論できる本物の学者であると評価された。『パウロ宗教の起源』、The Origin of Paul's Religion (1921年)は、メイチェンの最も有名な学術書である。 この本では、「使徒パウロの宗教がギリシア哲学に基づいたものであり、イエス・キリストの宗教と別のものだ」という、リベラル神学の主張に反駁した。『キリスト教とは何か-リベラリズムとの対決』（キリスト教と自由主義神学）、Christianity and Liberalism (1923年)は、近代神学を批評したメイチェンの本で、キリスト教と自由主義神学の相違点を比較している。彼はこの本で「自由主義神学はキリスト教とは別の宗教」、「現代におけるキリスト教の主要な敵は、自由主義神学である。」、「キリスト教は聖書の上に立てられているが、自由主義神学は罪人の感情の上に立てられる。」と結論付けた。これらの本はメイチェンを長老教会の中である神学的陣営に立たしめた。1920年代の彼の働きは、プリンストンと福音的な長老教会での働きにさかれた。メイチェンは保守的な神学的立場にあったが、大衆的なキリスト教根本主義の運動を完全には受容できなかった。彼はキリスト教根本主義の運動で多くの人が信じた前千年王国説等を認めなかったが、それは改革派神学こそが聖書的なキリスト教信仰であるという立場によった。-この神学が当時のキリスト教根本主義運動に欠けていたと彼は考えた。さらにメイチェンの学者としての働きと近代神学に対する力は、根本主義運動の一部に見られた反知性的な態度と相容れなかった。
1906年からプリンストン神学校の講師となる。当時のプリンストンには、フランシス・パットン（異端見分けの専門家）やウォーフィールドがいた。ウォーフィールドは、正統教理こそクリスチャンが周りに影響を与えてきた手段だと主張した。また聖書観は聖書信仰であり、聖書の超自然性を擁護した。自由主義神学に動揺させられていたメイチェンの信仰の危機は、彼らによって解決した。1914年、牧師按手を受けた。その次の年、新約聖書学の助教授となる。
1905年から一年間ドイツ神学の研究を行った。彼は父に手紙を送り、ハーマン教授の自由主義神学によって信仰が動揺させられたと書いた。メイチェンは教授を尊敬していたが、ドイツの近代主義神学者との出会いは、かえってメイチェンに正統的な改革派神学を受け入れさせた。
1898年、17歳でジョンズ・ホプキンス大学に入学し、奨学金を受けた。大学では古典文学を専攻した。1901年に卒業したメイチェンは優秀な学者として、Phi Beta Kappa Societyに認められた。将来についてはまだ決まらず、プリンストン神学校で神学を、プリンストン大学の文学修士課程で、哲学を学んだ。
三田尻茶屋の敷地面積は約9530平方メートル、主な建築物は木造平屋2階建ての本館が延べ937平方メートル、木造平屋建ての離れの茶室が延べ139平方メートルである。本館を構成する主な棟は、江戸時代に建てられた大観楼棟、明治時代に建てられた奥座敷棟、大正時代に建てられた玄関棟と台所棟に区分される。三田尻茶屋に現存する建造物では最古のものである大観楼棟は、かつては2階から海が見える眺望だったことから付けられた名前である。1996年からの保存修理工事では、全体としては明治から大正時代の状態としているが、建物の各部分を前述の各建築時期にあわせて復元している。玄関や廊下、奥座敷棟にあるシャンデリアなどの内装などは防府市多々良の毛利邸に現存しているものを参考にし、襖模様はそれまでの模様替えで何度も貼り重ねられていた襖紙の調査から復元し、その他も文献や絵図を参考に往年の姿を復元している。茶室の花月楼は、江戸千家の祖である川上不白（かわかみふはく）の弟子であった重就が、不白が献上した茶室の差図（図面）を元に1776年（安永5年）に建築していたが、重就の没後に、重就の茶道指南役であった竹田休和が9代藩主斉房から貰い受けて萩に移築したとされる。そのため、現在の三田尻茶屋にある花月楼は、周防国分寺に建てられていた茶室を、明治時代に移築したものである。また、修復工事中には、佐野焼のかめを使った水琴窟が敷地内から発見されており、手を洗う時の水の滴で響きを楽しんだと思われる（その他の遺構が見つかっていないため、設置時期などの詳細は不明）。