過去に2度、限定版が出版されている。連載10周年記念として2007年8月に発売された27巻限定版（10万部限定）には、特製アートボードが付属。節目となる50巻目を迎えたことを記念して2014年3月に発売された50巻限定版には、64ページのカラーイラスト集が付属した。いずれも値段は通常版よりやや高め。2013年に刊行されたムック本『ポケモン・ザ・コミック』（ISBN 978-4-09-102152-6）に、描き下ろしとして『シロガネ山修行編』が掲載された。主役は単行本累計発行部数1000万部突破記念の人気投票で1位になったレッドとピカ（ピカチュウ）。時系列は第3章から第5章までの間であり、第6章や第9章では当該エピソードの出来事について触れられているが、現時点で単行本未収録。教育出版から発行されている小学5年生向けの国語の教科書（2002年度版以降）の漫画の表現方法について解説している単元に、本作の1巻の一部が掲載されている。東京書籍から発行されている中学2年生向けの英語の教科書の異文化交流を行う設定の単元に、日本の漫画文化の代表例の一つとして本作の1巻の表紙が載っていたが、2009年度版以降の版では別の漫画に差し換わっている。ダ・ヴィンチが2012年に調査した「アニメ化してほしい小説・コミック」では3位にランクインした。
第3章（金・銀・クリスタル編）連載途中の2000年後半、作画担当の真斗が体調を崩し休載が増加。最終的に本人の申し出により降板となり、物語上ではそれまでの主人公であるゴールドとシルバーが「行方不明」という形で一旦退場となった。代理原稿として『小学六年生』2月号では10ページの特集記事が、『小学四年生』・『小学五年生』・『小学六年生』の3月号にはお詫びを知らせる1ページの記事が掲載された。編集部の間では心機一転の意もあって、日下と新しい作画担当者の手で「本作とは別の新しいポケモン漫画」を連載する案もあったが、日下の強い希望により「SPECIALのつづき」を連載することになった。新しい作画担当者は3組の候補から選考の末、2000年末に山本サトシに決定し、2001年度より新キャラクターのクリスタルへ主人公を交代した『クリスタル編』の連載が開始。連載が軌道にのるにつれて、徐々に2000年度までの『金・銀編』の内容や布石に合流させていき、最終的に『金・銀・クリスタル編』という一貫したストーリーになった。この影響もあって、第3章の単行本化は7巻（第2章完結分）発売から1年以上経過した後に8・9・10巻同時発売という形で開始され、山本担当分は10巻からの収録とすることで区切りがつけられた。なお、作画交代の直後はクリスタル以外の当時の図鑑所有者の素顔が見えないように描かれていた。山本担当後も、回想シーンで真斗が担当していた時代のシーンが載ることもある。
かつての神木は「連理の榊」と呼ばれる。2本の雌雄の榊が途中で繋がったものであり、枯れてしまった後は社の中に祀られているが、この御神木の葉で祈ると願いは成就し良縁に恵まれるといわれ、日本三代実録によれば陽成天皇に献上された。連理の榊は日本武尊（ヤマトタケル）を慰めるために植えたという説と、日本武尊が手植えしたとする説がある。
香の物殿は3メートル四方の土壁・茅葺き・玄木造りの建物であり、1992年（平成4年）8月に現在地に移転した。香の物殿の中には直径約80センチの甕が5個並べてあり、この甕に野菜と塩を入れて漬物を漬けている。
萱津神社の森は「阿波手の社」と称され、歌枕の地でもあった。萱津神社の境内には、本殿・幣殿・拝殿・社務所・授与所・参集所・香の物殿がある。
漬物の神事であり、毎年8月21日に開催される。神事で漬けられる野菜はカリモリ、ハクサイ、大根、ナスの4種類に虫除けのためにタデを入れる。漬物は熱田神宮の例祭に年4度特別奉納される。神事は、熱田神宮から派遣された宮掌が祭詞奏上を行った後、参加者が野菜ひとつと塩をひとつかみ持って瓶の中に漬ける。全て漬け終わると、甕に蓋をして、重石を乗せ、終了となる。近年には周辺の畑地が減少したため、漬物業者が市場で購入した野菜を香の物祭に使用している。2009年の神事には、愛知県知多半島産のウリ、岐阜県・徳島県・高知県産のナスなどが用いられている。また、漬物業者が参加するようになったことで、本来ならば夏季には収穫できないダイコンやハクサイも漬けるようになった。漬物業者のほかには製塩業者も香の物祭に参加している。2年間漬けられ、熱田神宮に奉献されるほか、祭りの際には参列者にふるまわれる。
典型的な容量結合プラズマ装置は、高周波電源（通常は13.56MHz）を利用している。2枚の極板の片方は高周波電源に繋がっており、もう片方はアースされている。原則的にこの構成が電気回路におけるコンデンサと同様であるとき、このように形成されたプラズマのことを容量結合プラズマと呼ぶ。極板間で電場が発生したとき、原子はイオン化され、電子が放出される。電子は高周波電源の電場によって加速され、気体粒子との衝突によって二次電子を作り出し、直接的にまたは間接的に粒子をイオン化させる。電場が十分に強いとき、それは電子雪崩として知られている。電子雪崩が終わった後、気体は豊富な自由電子によって電気伝導性を持つようになる。しばしば気体中の励起された原子や分子によって光の放出を伴う。可視光が発生したとき、プラズマの発生は肉眼でさえ観測できる。容量結合プラズマの変化は通常のコンデンサのように、片方の極板の隔離に関係がある。コンデンサは高周波電場による短絡回路のように見えるが、直流電場による開回路のようにも見える。電子はシース中の極板に衝突し、コンデンサがそれを地面に放出させないため、極板はすみやかに負に帯電する（自己バイアス）。そして、この極板がプラズマ中の交流電場に直流電場を作る。電子に比べて質量の大きいイオンは交流電場の早い変化に対応できないが、強くて継続的な直流電場はそれらを自己バイアスのかかった電極に加速させる。このようなエネルギーを持ったイオンは、自己バイアスを持った極板に基板を設置することによって、多くの微細構造プロセス（RIE等）に利用されている。薄膜堆積（スパッタリングやPECVDを参照）やエッチングによる半導体加工産業に広く利用されている。