当駅は2面2線の中間駅でありながら、2面3線で始発・終着駅である西武新宿駅と同本数の列車が発着し（西武鉄道の2線構造の駅の中では最多）、1.7倍の利用客がいる。特に朝ラッシュ時は上り（西武新宿行き）列車の降車客で駅構内が非常に混雑する。前述のように当駅は変則相対式の2面2線という形態で、上り線は2つのホームに挟まれる形態となっていることから、平日の朝ラッシュ時（7:00 - 9:30）に限り、上り列車は5番ホーム側のドアに加えて4番ホーム側のドア扱いを行う。これにより駅構内の混雑緩和のみならず、乗降時分の短縮により後続列車の遅延防止を図っている。2006年に4番ホームは転落防止のため4扉車専用の可動式ホーム柵が設置されたため、柵の可動部とドアの間隔に差異がある3扉車および特急列車は、平日の朝ラッシュ時であっても4番ホーム側のドア扱いを行わない。
2003年3月1日より発車メロディにアニメ『鉄腕アトム』の第一シリーズのテーマ曲を採用した。手塚治虫が社長を務めた手塚プロダクションが高田馬場にあることと、お茶の水博士が長官を務める『科学省』が高田馬場にあったという設定から、高田馬場西商店街振興組合がJR東日本に要望した結果実現したものである。メロディは櫻井音楽工房が制作したもので、同社主宰の櫻井隆仁が編曲を手掛けた。当初は期間限定使用の予定であったが、その後も引き続き使用されている。
駅名は、赤穂浪士四十七士の一人、堀部武庸の伝説となっている高田馬場の決闘（1694年）があったことで知られ、現在では講談などの題材となっている「高田馬場（たかたのばば）」から取られた。地元では、当時の地名からとって「上戸塚駅」「諏訪之森駅」を希望する声もあったが、すでに神奈川県の戸塚駅があったので、戸塚で一番有名な高田馬場の名前を駅名にしたという。読み方を「たかたのばば」ではなく「たかだのばば」としたのは、駅が本来の馬場と離れているので、わざと濁らせたという話が伝わっている。
当駅は岡崎市街の南端に位置し、一級河川である乙川を挟んで市街中心部と向かい合う。駅前には、飲食店、金融機関、事業所等が多数立地し、近隣に岡崎城や六所神社といった観光地があることから、宿泊施設も充実している。また、2019年11月2日には駅の北口に飲食店、物販店、ホテル、駐車場などで構成される複合商業施設「オト リバーサイドテラス」が開業する。
普通列車の運転系統は一部を除いてこの駅で区切られている。名古屋方面からの列車のうち半分（毎時2本）は行き先と列車番号を変更して国府方面へ向かい、逆に国府方面からの列車は全て（毎時2本）が行き先を変更して名古屋方面へ向かうことになっている。よって、残りの名古屋方面からの列車（毎時2本）だけが東岡崎で折り返す。2013年現在のダイヤでは、快速特急豊橋行きと普通伊奈行き、特急豊橋行き・急行（準急）豊川稲荷行きと普通東岡崎止め、急行岐阜行き・快速特急新鵜沼行きと普通犬山（豊明）行き、急行一宮行き・特急岐阜行きと普通岩倉行き（14時台まで）がそれぞれ緩急接続を行う。当駅をはさんで準急のまま運転される列車は基本的になく、平日朝の国府行き1本を除き当駅で急行または普通に種別変更する。1992年から1999年まで午前中の一部の特急（現在の快速特急）は知立駅を通過し、新安城駅にも停車しなかった（別の系統が停車）ため、当駅を出ると神宮前駅までノンストップだった。名古屋本線神宮前駅以東で事故など何らかのトラブルが発生するとこの駅で打ち切りとなることが多い。なお、過去には近鉄からの直通列車や8000系・8500系気動車による間合い特急などもこの駅に姿を見せた。
1923年に愛知電気鉄道が岡崎に進出した際、岡崎市内には乙川の西側に西岡崎駅（現・岡崎公園前駅）、東側に東岡崎駅の2駅が設置された。西岡崎駅が岡崎公園前駅へ改称された後は対となる駅名が無くなり、中心地にもかかわらず東岡崎駅と名乗ることを訝しむ声も聞こえたという。「ひがおか」と略されることがあり、駅周辺地区整備事業の広報媒体にも使用されている。このような経緯によって命名された駅名のため、後に東海道本線に新設された西岡崎駅とは無関係である。
1991年にイギリスの作家マイケル・ベイジェントとリチャード・リーが『死海文書の謎』（英語: The Dead Sea Scrolls Deception）を出版し、死海文書の出版が進まないのはカトリック教会（バチカン）の陰謀であると主張した。同書によれば委員長のド・ヴォーはバチカンから「写本の年代を紀元前2世紀として新約聖書の成立年代から極力離すこと」と「カトリック教会の教義をおびやかす内容がある場合、決して公表させないこと」という2つの指令を受けていたとしている。「カトリック教会の陰謀」というテーマで一般受けした同書ではあるが、学術的にはまったく意味のないものである。オックスフォード大学の死海文書研究者ゲザ・ヴァーメシ (Geza Vermesh) は成立年代に関しては非カトリックの学者たちによっても広く認められていること、委員の中にはカトリック教会と無関係の者も多く、ド・ヴォーのそのような指示があったとしても従う義理のないものが多いこと、最終的にすべての写本の内容が公開されているが、キリスト教もユダヤ教もどちらに関してもその土台をゆるがすような記述は何もないことなどをあげて、まったくのナンセンスと論破している。ノートルダム大学の教授で死海文書の研究家ジェイムス・ヴァンダーカム (James VanderKam) もベイジェントとリーの著作について「死海文書のすべての巻物を利用することのできる今、誰もそこにキリスト教にダメージを与えたりするものや、バチカンが隠蔽しようとしたものを見出すことはできないでいる」と述べ、2人の陰謀説が「根も葉もない」もので、同書は「学問といかがわしさがこれほど奇怪に合体した書物を想像することは難しい」と切り捨てている。ベイジェントとリーは1982年にも『レンヌ＝ル＝シャトーの謎』 (The Holy Blood and the Holy Grail) を出版してカトリック教会の陰謀論を展開した（同書は後に『ダヴィンチ・コード』の原案となった）。