2009年7月5日に中国の東トルキスタン支配に抗議する大規模なデモがウルムチで行われ、武装警察の鎮圧によりウイグル人1,500人が射殺されたとされている。その後、1万人のウイグル人が行方不明となったと世界ウイグル会議は訴えている。なお、中国政府は、事件翌日からウイグル自治区全域で一軒々々を家宅捜索してウイグル人男性4,000人以上を拘束したことを発表するとともに、犠牲者のほとんどは漢民族であるとしている。
1997年2月5日、グルジャ事件(イニン事件)がグルジャ市(伊寧市)で発生。香港では600名が負傷、不明者150名、逮捕者1500名と報道された。カザフスタンの東トルキスタン統一革命民族戦線は、漢族住民55名、ウイグル人20名が死亡したと発表した。中国側は「共産党政権の転覆を目的として民族分裂主義者の破壊活動」とした。4月24日にはイリ中級法院伊寧市人民法院は公開裁判をひらき、暴動の首謀者ユスプ・トルソンら3名を死刑に処した。1997年2月25日、ウルムチ・バス爆破事件。
第2次東トルキスタン共和国は中国国民政府との新疆省連合政府を経て中華人民共和国に消滅したが、それ以降、主に国外を中心に東トルキスタンの独立を主張するウイグル人活動家たちが活動している。
12月までに中国人民解放軍が新疆全域に展開し、東トルキスタンは完全に中華人民共和国に統合された(新疆侵攻)。ウイグル族とソ連領中央アジア出身者、モンゴル族やシベ族、回族で構成された東トルキスタン共和国軍（イリ民族軍）を野戦第五軍に編入した人民解放軍に対抗して、国民党側についたウイグル族のユルバース・カーンは白系ロシア人と中国人ムスリムの軍(帰化軍)を率いていた。1950年、伊吾で国民党軍と人民解放軍の戦闘が起こり、敗れた国民党は中国大陸を脱出することになった(伊吾の戦い)。ユルバース・カーンはチベットを通過してインドのカルカッタへ逃亡しなければならなかったが、チベットでダライラマ軍に攻撃を受けた。カルカッタからは国民党とともに蒸気船で台湾に避難した。ユルバース・カーンが新疆省亡命政府主席に就任。
1949年、国共内戦を制した中国共産党は、新疆の接収を行うために、鄧力群を派遣し、イリ政府との交渉を行った。毛沢東は、イリ政府に書簡を送り、イリの首脳陣を北京の政治協商会議に招いた。しかし、8月27日、北京に向かった3地域の11人のリーダー達、アフメトジャン・カスィミ(Ehmetjan Qasim)、アブドゥルキリム・アバソフ(Abdulkerim Abbas)、イスハクベグ・モノノフ(Ishaq Beg Munonov)、Luo Zhi、Rakhimjan Sabirhajiev、デレリカン・スグルバヨフ(Dalelkhan Sugirbayev)らイリ首脳陣の乗った飛行機はソ連領内アルマトイで消息を絶った。首脳を失ったイリ政府は混乱に陥ったが、残されたイリ政府幹部のセイプディン・エズィズィが陸路で北京へ赴き、政治協商会議に参加して共産党への服属を表明した。9月26日にはブルハン・シャヒディら新疆省政府幹部も国民政府との関係を断ち共産党政府に服属することを表明した。
1945年9月、東トルキスタン軍が、ウルムチへの進軍を始めたため、新疆省政府はソ連に和平の仲介を要請した。「独立国」東トルキスタン共和国の頭越しにソ連と国民政府の直接交渉が行われ、ソ連はアリハーン・トラ主席を自国に連れ去ってしまった。この結果、東トルキスタン共和国は1946年、ソ連の意思に従って新疆省政府に合流し、東トルキスタン・イリ専署（イリ専区参議会）と改称した。しかし、新疆省政府と東トルキスタン・イリ専署が合同して成立した新疆省連合政府は1947年5月ごろに崩壊し、副主席アフメトジャンをはじめとする旧共和国派はイリ地方に退去して、かつての東トルキスタン共和国の領域を再び支配しはじめた。同年翌月にはソ連の支援を受けたモンゴル人民革命軍と中華民国軍が新疆で武力衝突した北塔山事件が起きた。
総選挙敗北の原因には長い間貴族院議員であったヒュームが庶民院総選挙に不慣れだったことも指摘され、保守党内若手議員から党首選任方法が問題視されるようになった。その結果、1965年に保守党党首は保守党庶民院議員の公選によって選出されることが取り決められた。同年、公選で選ばれたエドワード・ヒースに保守党党首職を譲った。その後、1970年6月から1974年3月にかけてヒース内閣で外務・英連邦大臣を務めた。ヒースとヒュームはソ連に強い不信感を持っており、当時アメリカとソ連の二国間で進んでいたデタントには慎重な姿勢を示した。同じく西ドイツのブラント政権が「東方政策」と称してソ連との関係改善を図ることも憂慮していた。ヒュームは「近い将来の我々の国益は、東ヨーロッパよりも西ヨーロッパとの関係を発展させることにある」と論じ、欧州共同体(EC)への加盟を目指した。そしてフランスと交渉を重ねたすえに1973年に至ってEC加盟を達成した。1974年12月には一代貴族のヘイゼルのヒューム男爵に叙され、再び貴族院議員に列する。なお、これ以降、先代首相で1984年まで叙爵されることなく庶民院の議席を保ち続けたマクラミンを除き、元首相であっても世襲貴族ではなく一代貴族に叙することが慣例となっている。1995年10月9日にスコットランド・バーウィックシャーのコールドストリームで死去した。