世界遺産である首里城跡へ徒歩3分の高台に立地する。海邦養秀（海に囲まれた国から優秀な人材を輩出する）の名の下に、約40,000人の卒業生を送り出し、前身となる国学の頃から数えると200年以上の歴史がある。敗戦による学制改革まで、つまり旧制中学校時代は「第一中学校」「一中」（いっちゅう）の名で親しまれた。生徒総数約1,300人。学科は普通科10クラス（2005年度までは11クラス、2006年度から10クラス）、染織デザイン科1クラス。テレビドラマ等では同校をモチーフとした沖縄有数の進学校、「那覇北高校」として登場することがあった。1958年（昭和33年）、戦後初めて全国高等学校野球選手権大会の沖縄代表として出場した。これは第40回の記念大会として特別に当時の日本の46都道府県とともにアメリカ統治下にあった沖縄県の予選大会が開かれ、そこで優勝した当高校が甲子園への出場権を獲得したものである。1回戦で福井県・敦賀高等学校に0-3で敗れたが、試合終了後に拾った甲子園の土が、当時は日本国とは別国家であった琉球政府（事実上は米軍の軍政）の検疫の問題で持ち帰れず那覇港で処分されたことが大きく報じられ、それを知った日本航空のスチュワーデスが甲子園球場周辺の海岸の石を拾い集めて寄贈した。現在この石は首里高校の敷地内にある「友愛の碑」というモニュメントに埋め込まれており、戦後沖縄からの初出場の記念として飾られている（当該項参照）。2008年（平成20年）、沖縄県勢初の甲子園出場を50年目記念して小学館発行の漫画雑誌「ビッグコミックオリジナル」（4月20日号）で「ハイサイ!甲子園 〜島人が燃えた1958年〜」が連載される。（全9話:8月20日号で完結）
キャラクター個々にスキルを与え、戦闘を有利に運ぶためのシステム。『幻想水滸伝III』で初めて採用されたシステムで、「攻撃回数を増やすもの」や「防御力を上げるもの」などが存在する。『幻想水滸伝III』では固有スキルや、キャラクターごとに各スキルの上限が設けられていたことで個性を強調するのに役立っていたが、『Rhapsodia』や『幻想水滸伝V』では固有スキルが廃止され、上限が撤廃されたことでその役割は薄れている。
非戦闘員を、戦闘を補助するメンバーとして同行させることができる。『幻想水滸伝III』で初めて採用されたシステムで、戦闘終了後や毎ターン体力を回復するものや、取得資金や経験値を増加させるものなどがある。サポートメンバーは専用のサポートスキルを持つが、一部戦闘メンバーでもサポートスキルを持つキャラクターも存在する。『Rhapsodia』では非戦闘要員でも通常のユニットと同様に出撃させることができ、戦闘には参加させることはできないが、サポートスキルで支援することができる。『幻想水滸伝V』では戦闘メンバーもサポート枠に配置することが可能。
特定のキャラクターを同パーティに配置することで使用することができる。仲間になる前から一緒に行動している人物間で使用できるものが多いが、共通した特徴を持つキャラクター同士でも協力攻撃が存在することもある。ほとんどの作品ではパーティに入れることで使用が可能となるが、『幻想水滸伝IV』と『Rhapsodia』に関してはキャラクター間の友好度を上げる必要がある。新章作品のうち『幻想水滸伝 紡がれし百年の時』では協力攻撃は採用されておらず、近いシステムとしては「連携」が存在する。
シリーズで共通して主人公は軍を率い、108星は「天魁星」が管理する本拠地に集まり生活している。作品によっては人数とストーリーの進行具合によって本拠地が変化していき、仲間になったキャラクターの一部は本拠地の店舗などを担当して発展していく。
『幻想水滸伝シリーズ』独特のシステムで、魔法を使えるようになるものや、特有の特技を使用できるものや、ステータスを変化させる防具のような役割を持つものが存在する。宿していないときは「封印球」の状態となっている。新章作品では紋章は採用されておらず、「星の印」「技」といった代替といえるシステムが存在している。
以下の記述は、本編作品のシステムを主体として説明している。新章作品は異なるシステムも多く、説明文でも異なる点については必要に応じて記載するが、詳細は個別作品記事を参照。
本編作品ではそれぞれ主人公を含めた108人の仲間が登場する。世界観を共有する本編作品では、作品同士の時代設定が近い場合は共通して登場する場合も多く、時代が離れていても子孫や先祖が登場している場合もある。登場する種族は主に人間だが、コボルトやリザード、ダック、ネコボルト、ビーバーなどの亜人や、ユニコーンやグリフォンといった空想上の生物も登場する。新章作品は世界観も異なり、他の作品と共通して登場するキャラクターは存在しない。登場人物は個別の作品記事を参照。
小学部では、年に6回の学力判定テストという全校舎一斉独自テストが行われ、自分の弱点などが診断された結果が郵送される。熊大附中模試と呼ばれる、熊本大学教育学部附属中学校の入試の判定を行う模試もある。中学部では、四高のほかにも熊本県立熊本北高等学校・熊本県立東稜高等学校・熊本高等専門学校熊本キャンパス（旧熊本電波工業高等専門学校）を視野に入れる人たちが入塾し、人数によって（各校舎によって異なる / 偏差値で分けられる場合もある）SS（帯山校・京町校のみで実施）・S・A・B・Cクラス(Cクラスのない校舎もある。)に分かれる。中学部でも全校舎一斉で1・2年生では年に6回の学力判定テスト、3年生は年に7回の四高模試が行われる。中学部では小学部と違い、高校合格判定結果（1・2年では四高に加えて1校、3年生はあらかじめ志望した2高校）が郵送される。ちなみに四高模試のみは塾生以外でも参加できる。また、熊高・済々前期模試という熊本公立高校前期入試の判定を行う模試もある。また、小・中学部では授業と別に「eトレ」という個別学習システムが導入されている。中学3年生には無料で数学専用コマが配布され、そのほかのコマについては1か月3,150円で追加することもできる。実施時間は各校舎によって異なる。内容は問題演習で「ラーニング」といわれる学習をし、「ステップ」で実際に問題を解いていく。各単元ごとに「チェック」という小テストも実施され、教室の「チューター」と呼ばれる先生に採点をしてもらう。なお、eトレは塾生限定である。高校部では、国立大学を中心とする進学を目指すためのコースが「S」「A」「B」の3つに分かれている。概ね「S」は東京大学・京都大学、「A」は九州大学などの国大、「B」は熊本大学などを目指すコースである。