FAOはWFP（国際連合世界食糧計画）やUNEP（国際連合環境計画）そしてユネスコなどと、農業遺産を中心に農業・環境・食について連携を深めており、民間運動との相互補完も視野に入れている。一例として、公的なものとしては創造都市ネットワークの食部門、民間ではスローシティ運動や世界で最も美しい村運動、身土不二運動などが上げられる。また、農林水産省は独自に日本農業遺産制度を創設。中国では重要農業文化遺産（中国重要农业文化遗产）、韓国でも国家農漁業遺産（농가유산・어업유산）を国内政策として推進している。
農業遺産は効率向上のため工業化を認め、農家の生活向上を目指し副産物の製作も奨励しており、日本の6次産業化を注視しているが、中国においては加工工場への就労からルイスの転換点を向える本末転倒な事態も発生している。農業＝エコというイメージ・風潮があるが、生物多様性の観点からすると、人為的に単一作物を栽培することは連作障害などを招き環境負荷・環境破壊ともいえる。循環型とされる焼畑農業もインドネシア・スマトラ島の野焼きがシンガポールに深刻な煙害(ﾍｲｽﾞ)を与えている。また、アフリカなど途上国の農業においては、プランテーション化による搾取や児童労働の問題も潜んでいる。たばこのアメリカンスピリットの宣伝文句に「タバコは農業」とあり、キューバのビニャーレス渓谷でのタバコ栽培地が世界遺産になっているが、社会悪となった煙草の栽培に対する批判は免れない（たばこ規制枠組条約では栽培は否定していない）。
農業遺産は生産地の観光地化が目的ではないものの、登録地の宣伝効果と農業遺産の知名度の向上に伴い、観光客が増える傾向にある。その影響により、耕作地への立ち入りやプライバシー侵害が浮上しつつある（観光公害）。農業遺産ブランドが浸透することで、海外で海賊版のような無断商標使用、或いは日本地名産地偽装品の流通に拍車がかかった。これまで日本には地理的表示保証制度がなかったため、「農林物資の規格化および品質表示の適正化に関する法律」の改正と「特定農林水産物等の名称の保護に関する法律」制定により、2015年（平成27年）6月1日より『GIマーク』の導入を始めたが、国外での取り締まりは困難である。
世界遺産は不動産有形財構築物を対象とし厳正保護が目的であるのに対し、農業遺産は伝統的な農業手法の伝承（無形財産）とそれを行う農地や周辺環境（文化的環境・環境財）の保護も目的とし、農業遺産認定ブランドとして産物を売り出す遺産の商品化も認めている。一例を上げると、世界遺産のフィリピン・コルディリェーラの棚田群は登録範囲がバナウェを中心とした約200平方kmの遺存状態が良好な限られた箇所に絞られているのに対し、農業遺産のイフガオの棚田はイフガオ族が暮らしパヨと呼ばれる棚田があるイフガオ州11市175村に跨る約680平方kmと、世界遺産の三倍以上の広さになる。特に世界遺産では文化的景観という概念が適用されていることから、農作業における機械化や農薬の使用なども制限され維持管理が難しいが、農業遺産では農民の生活向上も図るため各戸への電力供給なども推奨しており（娯楽用ではなく気象情報入手のためのテレビやインターネットの普及目的）、景観を阻害する恐れがある。また世界遺産では棚田の景観を重視するが、農業遺産では棚田周辺で行われる焼畑農地なども含んでいる。
農業遺産は単一の伝統農業の保護から、地域全体における一次産業の相互補完による文化形成圏へと推移しつつある。例えば、能登の里山里海では棚田農業だけではなく、天日で稲穂を乾かすはざ干し、炭焼きや漆器の輪島塗を支える漆栽培と漆掻きなどの林業、揚げ浜式製塩法、海女漁、鯔待ち櫓漁など、能登半島全域における山と海の恵みを活かした一次産業を対象としている。なお、能登の里山里海は2011年（平成23年）に認定されたが、二年後に宝達志水町が追加認定されており、制度的に認定範囲の拡張が可能であることが確認された。
高規格堤防を参照。通常の堤防は越水が起こると土砂が削られ、破堤につながり甚大な被害を招く。万一の越水でも急速な崩壊を招かぬよう、裏法面を3%以内の緩やかな勾配としたものを高規格堤防またはスーパー堤防と呼ぶ。高規格堤防においては水が堤防高を越えても堤内に緩やかに流れ落ちるため被害が小さくなるとされる。1987年に建設省（現在は国土交通省）が事業として利根川から工事を始め、ほかに江戸川、荒川、多摩川、淀川、大和川の5水系6河川区間約873kmの整備を対象とした。高規格堤防の裏法面上は高規格堤防特別区域とされ、大規模な地面の掘削等に許可が必要となるものの、通常の土地とほぼ同様に建築や耕作に利用することができ、堤防上に街並が作られる。たとえば堤防高10mの高規格堤防では裏法面の幅は30倍の約300mを必要とする規格であるが、この部分の用地買収は行わず、一時移転や再建築の費用を国が負担した上で所有者に土地が返還されることとなる。この際に街区整理も併せて行われることがある。高規格堤防計画の延長が縮小される前は、100年から200年に一度の大洪水を防ぐための総延長すべての建設に約400年の膨大な時間と12兆数千億円の費用が必要とされ、また堤防全体を高規格化するまではその治水効果を十分には発揮できないことから批判があった。スーパー堤防事業は民主党による事業仕分けで無駄と脚光を浴びたが、2011年東北地方太平洋沖地震を契機に災害への意識が高まり、規模は大幅に修正されたものの、現在も建設が行われている。