ムスリムたちの共同体をイスラム共同体（ウンマ）と言うが、ウンマの指導者は血統上の理由により預言者ムハンマドの従弟で娘婿であるアリーとその子孫のみが相応しいと考える人々がシーア派である。シーア派は、アリーの子孫のみがウンマの長たるに相応しい理由として、ウンマを政治的・宗教的に指導する者は神（アッラーフ）の言葉であるクルアーンを正確に解釈できる者でなければならず、クルアーンを正確に解釈できる者は地上に使わされた最後の預言者であったムハンマド以降では、ムハンマドの家族であるアリーとその子孫だけであると考えている。このような、アリーとその子孫だけが持つことができるクルアーンを正確に解釈しウンマの正統な長となるべき人物のことを、シーア派ではイマームと呼ぶ。シーア派の諸派のうち最大多数派である十二イマーム派などは、イマームは無謬であり、クルアーンの解釈からイスラム法（シャリーア）の制定に至るまで様々な宗教上の理解事項は無謬であるイマームの教えによらなければならないと考え、預言者と歴代のイマームたちの言行に関わる伝承に従う。アリーの一家が最初の3人のカリフ（預言者の代理としてのウンマの指導者）、アブー＝バクル、ウマル、ウスマーンよりもイマームとして相応しいと考えた原初のシーア派は、そもそもアリーがイマームに相応しいとした理由が預言者の家族であったことにあるために、アリーの死後はアリーの息子たちのうち、ムハンマドの娘であるファーティマを母として生まれたハサンとフサインの2人がイマームとして相応しいと考え、アリーを初代イマームとして、ハサンを第2代イマーム、フサインを第3代イマームに推戴した。フサインの死後はその子孫がイマームとしてシーア派の指導者に立てられてゆくが、やがてどのアリーの子孫がイマームとして相応しいかをめぐってシーア派は分派を繰り返すことになる。まず早い時期に分派したカイサーン派はファーティマの血筋を重要視せずハサン、フサインの異母弟ムハンマド・イブン・ハナフィーヤとその子孫を立て、740年にウマイヤ朝に対して武力蜂起を行ったフサインの孫ザイド・イブン＝アリーを穏健な異母兄ムハンマド・バーキルよりもイマームに相応しいと推戴した人々がザイド派を形成、ムハンマド・バーキルとその後継者ジャアファル・サーディクをイマームとするイマーム派から分かれた。さらに765年、ジャアファル・サーディクが死ぬと、ジャアファルに生前後継者指名を取り消されていた長男イスマーイールを推す人々が分派してイスマーイール派となり、その弟ムーサー・カーズィムを承認したイマーム派の主流派がやがて十二イマーム派を形成する。シーア派の多くの派では、イマームの位は先代の生前の指名に従い子のうちの一人へと伝えられていくため、イマームの家系の断絶によってイマームが不在となる危機にしばしば直面した。そのためにカイサーン派は早くにイマームを失ってイマーム派に吸収されてしまい、信徒の指導者としての能力に優れていれば、アリーの子孫が望ましいとはいえども誰でもイマームになれるとしたザイド派は思想的には限りなくスンナ派に近づきながらも存続した。これに対し、9世紀イスマーイール派は一般の信徒たちには触れることのできない幽冥の世界にお隠れになり、最後の審判のときマフディー（メシア）として再臨するまで死ぬことなくイマームの位を保ちつづけていると考える理論を生み出した。これをガイバ（幽隠）という。イスマーイール派の一部にはファーティマ朝やニザール派として世襲のイマームが再び現れるが、彼らの登場と王朝の建設にはガイバにあったイマームが再臨することによって終末が目前に来ていると信じる宗教的情熱が密接に関わっている。874年に第11代イマームが死んだのと同時に、その後継者ムハンマドが行方不明となり、地上からイマームを見失った十二イマーム派もガイバの理論を受け入れた。十二イマーム派は、第12代イマームはガイバに入ったのであり、終末のとき再臨するのだと考え、第12代イマームを「待望される者ムハンマド」（ムハンマド・アル＝ムンタザル）と呼ぶ。十二イマーム派では、信徒が誤りなく信仰と行為を成し遂げるためには、学識に富み、無謬であるイマームの意思を推し量ってその意思を体現することのできるイスラム法学者たちをイマームの代理として尊敬し、その意見に従わなくてはならないとする。
1925年7月、軍内部の青年将校はクーデターを起こしてグアヤキルの自由主義者を政権から排除し、この七月革命によって新たに労働者と中間層を基盤とした軍政が敷かれることになった。革命に拠って成立したイシドロ・アヨラ政権は自由貿易から国家主導の工業化を目指し、並行して労働者保護も行っている。しかし、1929年の世界恐慌によりエクアドルも大きな打撃を受けると、社会不安と混乱が続き、1931年にアヨラ政権がクーデターで崩壊すると、以降エクアドルの政局は大混乱に陥った。混乱が続いた後、1933年の大統領選挙では、労働者からの圧倒的な支持を受けて80%を越える得票率でホセ・マリア・ベラスコ・イバラが圧勝し、エクアドル史にはじめて姿を現した。ベラスコ・イバラは雄弁術が巧みで民衆動員に長け、寡頭支配層に敵対するポプリスモ政治家としての能力はあったが、しかし現実的な経済問題を解決することも、社会改革を行うだけの力量もなく、政権に就いても行えることは独裁を強めるだけであった。ベラスコ・イバラはこの後五度（1933年-1935年、1944年-1947年、1952年-1956年、1960年-1961年、1968年-1971年）大統領に就任するが、四年の任期を全う出来たのは三度目のみだった。しかし、以降40年間に渡り、エクアドルの現代史にはこのポプリスタが政界に君臨することになる。ベラスコ・イバラは独裁的な姿勢を採ったため、1935年に軍事クーデターで失脚した。その後政治的な混乱が続いた後、1940年に不正選挙でベラスコ・イバラを破り、グアヤキルの寡頭支配層を代表したカルロス・アロヨ・デル・リオが大統領に就任するが、アロヨ政権は第二次世界大戦においてドイツ資本の追放など、親米政策を採ったことと、任期中のインフレの進行などが、エクアドル人の民族主義を逆撫でした。さらにアロヨ政権は間もなく大きな国難にぶつかることになる。1941年に隣国のペルーと国境を接するアマゾン地域の領土問題が紛糾し、同年、両国の緊張は遂にエクアドル・ペルー戦争へと発展した。ペルーは領内におけるエクアドル軍の存在を侵略であると主張し、一方エクアドルはペルーこそが侵略者だと主張した。最終的に、1941年7月23日にペルーはエクアドルへの侵攻を開始した。ペルー軍は大挙してサルミーヤ川を渡河し、エクアドルのオロ県に進むと、係争地域の全てにおいてエクアドル軍を破り、エクアドルのオロ県とロハ県の一部分(国土全体のおよそ6%)を占領した。ペルーはエクアドルに係争地域の領有権の主張を撤回することを要求し、ペルー海軍はグアヤキル港を封鎖し、エクアドル軍の補給を絶った。こうして数週間の戦闘の後、アメリカ合衆国とラテンアメリカ諸国による圧力により戦争は終わった。エクアドルとペルーは1942年1月29日に第二次世界大戦における、枢軸国との戦いを約束するリオデジャネイロ議定書で一致した。エクアドルはこの議定書でアマゾン地域の領有権を放棄し、ペルーはこの議定書により係争地域の25万km²を獲得した。この敗北により、アロヨ政権は孤立し、また後のエクアドル・ペルー間の関係も大きく悪化した。その後二度の戦争があり、両国間の緊張は続いたが、最終的に1998年にエクアドルは遂にこのアマゾンの失陥を正式に認めることになった。