動台車を車体後位、付随台車を車体前位に配置する。いずれも軸梁式ボルスタレス台車で、軸距離は2100mmである。車軸軸受は円錐ころ軸受を採用した。基礎ブレーキは踏面片押し式のユニットブレーキとし、付随台車はこれにディスクブレーキが加わる。制輪子にはJR北海道車両の特徴である合金鋳鉄制輪子を用いている。また、空転防止のためのミュージェット噴射装置を装備している。形式は電動台車がN-DT100形、付随台車がN-TR100形である。
PWMコンバータ・VVVFインバータ・補助電源装置が一体で構成された主変換装置を搭載している。主回路は半導体にダイオード側素子にSiCを採用した、三相2レベル方式電圧形PWM方式を採用している。補助電源装置部は変換した直流を三相または単相一定電圧一定周波数に変換して車両の補助回路機器に電力を供給する。
機関は燃料直接噴射式の4サイクル直列6気筒横形（定格出力331kW≒450PS/2000rpm、総排気量15.24リットル）で、噴射装置はコモンレールを採用している。主発電機は開放形強制通風方式の定格出力305kWのものを搭載し、機関とは直結駆動され、車両に必要な電力を供給している。機関始動には主発電機を用いるため、スターターは省略されている。
本形式は前述するようにディーゼル・エレクトリック方式の電気式気動車であり、動力はディーゼルエンジンで主発電機を駆動して得られた三相交流電源をPWM（パルス幅変調方式）コンバータで一旦直流に変換し、それをVVVFインバータで三相可変電圧可変周波数交流に変換して主電動機の三相誘導電動機を駆動させている。主電動機の制御は1C2M方式を採用した。
基本的にGV-E400系と同一であるため、主要な点、相違点を中心に述べる。最大で4両編成を組成可能であるが、JR北海道の既存車両とは連結不可能である。
『真サムライスピリッツ』（以下『真サム』と表記）の最終ボスにして、『サムライスピリッツ』シリーズ初の女性ボスキャラクターである（他の女性ボスは3D『侍魂』シリーズの壊帝ユガ（女性形態）や『蒼紅の刃』の命）。現在の肉体は女性であるが、それは取り込んだ舞妓「美州姫」（後述）のものであり、最初の「みづき」（後述）の性別は不明である。『真サム』の時代から1000年ほど前（平安時代）、赤子だった頃に口減らしとして海に流される。捨てられたことに憎悪を抱き、死を目前に恐怖を感じた赤子の怨念は暗黒神アンブロジァを呼び出し、朽ちていく己の肉体を生贄として仮契約し不死化する。その後、下北半島・陸奥の村に漂着。村人に「みづき」と名付けられ、恐山の霊力を吸収して成長する。13年後、その村を生贄にしてアンブロジァと正式に契約。以後羅将神ミヅキを名乗り、数百年にわたって世界中に災厄をもたらした。アンブロジァとの契約により不死化しているが、力を増幅するために他人の肉体を取り込み魂を吸収する必要がある。『真サム』の時代から300年ほど前（戦国時代初期）、当時の肉体に限界が来たために休眠。それから100年ほど経った頃（戦国時代後期）、休眠中の自分を調伏に来た神通力を持つ舞妓・美州姫（びずき）を逆に取り込む。以後、美州姫の体を借りて現世に顕現している。『真サム』の時代から百数十年ほど前（江戸時代初期）、闇の力が減衰期を迎えたことで恐山に封印された（実際には自分で眠りに就いた）。この封印には機巧おちゃ麻呂たち機巧兵も多数参加したらしいことが『サムライスピリッツ 天下一剣客伝』（以下『剣客伝』と表記）で語られている。眠っていたミヅキを倒そうとした花諷院和狆と黒子（どんなに強い魔物もこの2人にかかれば簡単に封じられていた）を霊体のみで一蹴している（封印されているが、霊体は自在に活動できた）。1788年に天草四郎時貞ら魔性の者によって暗黒神の力が活性化したことが原因で、ミヅキも覚醒する（ここから『真サム』の物語の幕が開けた）。現世に破滅や憎悪、恐怖や絶望に満ち溢れた暗黒の時代を到来させるべく、アンブロジァの兇神化を目論み、アンブロジァの糧となり得る強い魂を欲している。とくに古の勇者の魂である「紅珠魂」・「白珠魂」・「蒼珠魂」・「玄珠魂」を狙っており、紅珠魂を宿す覇王丸、白珠魂を宿す千両狂死郎、蒼珠魂を宿す柳生十兵衛、玄珠魂を宿すナインハルト・ズィーガーの4人を標的として狙う。また、『剣客伝』では前述の4人の魂に加えて、強い力と意志を宿す魂の持ち主としてナコルルに目を付け、彼女を「邪神の巫女」としてアンブロジァ完全復活のための生贄にしようと企む。ミ・ゴウの玉串は神が創った神器ともいわれ、そのうえアンブロジァの加護といういわば二重の結界に守られているため、武器破壊技が命中しても決して壊れないという設定だったが、使用キャラクターになってからはゲームバランス上そういうことはない。『真サム』でCPUミヅキとの対決前に彼女が発する梵字の言葉は、6ヶ月前に人の死を知り、その者の心臓を喰らうとされる鬼女ダーキニーに対して守護を願う「荼枳尼天真言」で、「オン・ダキニ・サハハラキャテイ・ソワカ（食人神とその眷属よ、畏れ敬いもうす）」と発音する。『サムライスピリッツ 天草降臨』のエンディングに、“ラキ、ラキ、ラキキ……”の一言だけ登場。千両狂死郎（輪郭だけ）と天草四郎時貞（魂を封印）のエンディングでは、明らかにそれと分かる出方をしている（天草の封印は後に消え去る）。『KOF MAXIMUM IMPACT2』では参戦していないが、隠しステージの背景に登場する。