食物連鎖の頂点にある生物には様々な物質が生物濃縮により蓄積する事は以前から知られており、海洋生物のトップであるクジラやマグロも例外ではない。マグロは小型の魚より汚染物質の濃度が高い事も同様に知られている。問題視される事がある汚染物質は、有機水銀（メチル水銀）、ダイオキシン類、放射性物質などであるが、通常の食事においてはDHAなどの不飽和脂肪酸など利が多く忌避する理由はない。
2002年に近畿大学水産研究所が30年余かけて、商業化に向けて研究を続け世界で初めてクロマグロの完全養殖に成功、2004年には市場へと出荷が開始された(近大マグロ)。近畿大学は和歌山県串本町の大島実験場と奄美大島の奄美実験場を拠点に技術開発を進め、稚魚の生産が増えたことと稚魚の輸送技術が確立された事などから、2007年12月から自身の完全養殖稚魚（人工孵化の第三世代）を他の蓄養業者に出荷する事業を開始。2009年には約4万匹の稚魚を育成、内約3万匹を養殖業者へ出荷している（4万は日本の海で漁獲されている幼魚の10分の1の量）。今後は、2010年現在3から5パーセントの稚魚の生存率を10から20パーセント程度に向上させるのが目標となっている。また、マルハニチロは2015年に約1万匹出荷を目指して完全養殖に取り組んでいる。2020年までには東南アジアへ2000匹を輸出を目標としている。東京海洋大学では、移植によってサバにマグロの精子を作らせることより、マグロを量産する方法の研究を進めている。
マグロ価格高騰と天然物の漁獲量低下の追い風もあり、蓄養による養殖の出荷量は増加している。低コスト化・安全性向上の他、トロの割合を多くし価値を高める研究も行われている。クロマグロの蓄養は、幼魚が黒潮に乗って回遊してくる西日本各地で行われている。蓄養マグロの出荷量は、1位の鹿児島県が2位の長崎県以下を大きく引き離している。完全養殖による生産は始まったばかりであり、現在流通している養殖のマグロはほぼ蓄養によるものである。これに対し（前述の乱獲問題にも連なるが）、稚魚の乱獲になるという批判もある。
マグロは長距離を遊泳すること、成熟に時間が掛かること、小さな傷が死につながるほど皮膚が弱いことなどがあり、捕獲したマグロの稚魚や若魚を養殖する「蓄養」が中心で、卵から成魚まで育てる「完全養殖」の技術確立が急がれている。
前述のように相対的な個体数が少ない上に需要増加・価格高騰が拍車をかける形で世界中でマグロが乱獲され、国際的な資源保護が叫ばれている。絶滅が危惧される生物を記載したIUCNレッドリストには、マグロ8種のうち5種が記載されている。過激な保護運動を行う環境団体には、クジラ並みにマグロ漁禁止を求める強硬派もいる。こういった国際的な動きに対して、日本は2001年から02年にかけて、水産業界を中心に不利な規制が多数決で押し通される恐れがあると「中西部太平洋マグロ類条約」の準備会合をボイコットしたが、結局2004年に日本抜きで発効され、日本はその翌年に加盟することとなった。食糧農業機関（FAO）水産局長の林司宣（早大教授）は日本は世界中の海でマグロを取りまくっていながら、規制強化には後ろ向きだ、という悪いイメージを与えたとしている。その後、2010年3月、ドーハでのワシントン条約締結国会議において21世紀初頭の個体数が1970年代と比較して90%減少したタイセイヨウクロマグロの附属書Iへの掲載の是非について審議が行われたが、18日の採決では大差で否決された。
刺身、寿司種、焼き魚、ステーキ、缶詰など幅広い。背中側と腹側では脂肪の含有量が異なり、部位によって「赤身」「中トロ」「大トロ」と呼ばれる。目玉や頭肉、カマ(えらの周り)、尾の身、内臓なども食味が良く、産地を中心に食べられている。
全世界の熱帯・温帯海域に広く分布するが、種類によって分布域や生息水深が異なる。海中では口と鰓蓋を開けて遊泳し、ここを通り抜ける海水で呼吸する。泳ぎを止めると窒息するため、たとえ睡眠時でも止まらない。食性は肉食で、表層・中層性の魚類、甲殻類、頭足類などを捕食する。海洋の食物連鎖においてはクジラ、アザラシ、カジキ、サメなどと並ぶ高次の消費者である。それ故に相対的に個体数が少なく、また、生物濃縮によって汚染物質を蓄積しやすいため、様々な問題も起きている（後述）。
ドゥニャベイティアは1937年、ビルバオのサスピカレアク地区の商人一家に生まれた。父親のアルベルト・ドゥニャベイティア・モタは、RCDエスパニョールやアスレティック・ビルバオに所属したプロサッカー選手だった。父親の影響で、少年時代はバスク・ペロタやサッカーなど球技に熱中した。1977年にはバスク民族主義党(PNV)の支持を得て、アスレティック・ビルバオ会長選挙に立候補して当選した。1982年まで同クラブの会長職を務めた。2019年時点では、ソシオ会員代表候補として当選した最後の会長である。ドゥニャベイティアの会長任期中、彼の指示で公的な場での掲示が永らく禁止されていたイクリニャ旗のエスタディオ・サン・マメスでの掲揚が、クラブ公式儀礼として復活した。また、会長退任後はスペインサッカー連盟の役員にも任命されている。1983年にはバスク民族主義党の候補としてビルバオ市議会議員に当選。ホセ・ルイス・ロブレス市長によって社会福祉分野の責任者に任命され、ほどなくしてビルバオ水道共同事業体の理事にもなった。1987年にはビルバオ市議会議員に再当選した。1990年にホセ・マリア・ゴロルド市長が辞任すると、バスク民族主義党・バスク社会党陣営のビルバオ市長候補となり、ビルバオ市長に選出された。1991年スペイン地方自治体選挙には出馬しなかった。2013年11月26日、長い闘病生活を経て84歳で亡くなった。