当駅は函館市街地にある函館駅から遠く、函館駅へのリレー列車（後のはこだてライナー）の運行が必要であることから、JR北海道は所要時間を短縮するため五稜郭駅 - 当駅間の交流電化を決定、、2013年（平成25年）3月に同区間の電化工事を開始した。当駅でも設計段階から、乗り継ぎ時間を短く抑えるホームの配置が課題となっていた。九州新幹線の新八代駅で行われていた対面乗り換えが理想とされたが、札幌方面への乗り継ぎも考慮する必要があり、単純ではなかった。2012年（平成24年）2月にホーム配置の案が公表された。在来線側が島式ホーム1面2線および単式ホーム1面1線、さらに島式ホームの反対側に函館駅方面へのリレー列車専用となる切欠きホーム1線を設け、計2面4線となる。新幹線と平面乗り換えができるように、連絡通路・改札で相互のホームを接続するため、在来線ホームも1面は単式である必要があったが、函館・札幌双方の列車と新幹線を接続させるため、函館リレー列車専用のホームを設けた。新幹線側は相対式ホーム2面2線となり、一方が前述の連絡改札で在来線側と接続する。在来線ホームと平面で接続されている新幹線ホームが1つであるため、新幹線下りのほとんどの便で平面乗り換えができない構造となった。2013年（平成25年）3月に公開されたホーム配置の図では、前年の案に加え、札幌駅延伸までに新幹線ホームの最も外側に1線を整備する予定とし、最終的に2面3線になるとした一方、乗り継ぎ方法や在来線ホームの計画は変更されなかった。新設の「はこだてライナー」専用線は1番線とされ、従来の1番線は2番線に改番された。乗換改札は新幹線11番線ホームと在来線1・2番線ホームの間と、駅舎上の2箇所とした。また、「はこだてライナー」は通常3両編成だが、混雑時には6両編成に増結するため、有効長は6両分となった。
終日社員配置駅。みどりの窓口・指定席券売機・在来線近距離券売機、自動改札機（在来線・新幹線とも）が設置されている。駅舎は壁面が高さ15メートルのガラスで覆われており、2階からガラス越しに函館山を望むことができる。支柱は北斗市三ツ石（渡島当別）にある灯台の聖母トラピスト大修道院前のポプラ並木をイメージした。天井や壁面には地元産の道南スギ材を張り、内装には北斗市茂辺地が道内発祥の地とされる煉瓦も使用されている。南口と北口を結ぶ自由通路の壁面もガラス張りで、2階からは新幹線ホームを見下ろせる。 駅舎の南側は北斗市観光協会が運営する「北斗市観光交流センター」となっており、1階にアンテナショップと交流スペース、2階に観光案内所と飲食店を構える。
2016年に北海道新幹線開業により渡島大野駅（おしまおおのえき）から新函館北斗駅に改称され、函館駅方面へのアクセス駅となり、特急「スーパー北斗」・快速「はこだてライナー」を含めた全ての旅客列車が停車して新幹線と接続する。現在日本最北端の新幹線駅だが、2030年度末に札幌駅まで延伸後は新小樽駅（仮称）が日本最北端の新幹線の駅となる。駅自体は北斗市に属しているが、周囲を七飯町に挟まれており、北斗市街地・函館市街地よりも七飯町の中心部の方が近い。隣接する北海道新幹線車両基地の函館新幹線総合車両所は七飯町に所在する。藤城支線を経由する下り普通列車は当駅を経由しない。新幹線と函館市街との所要時間を短縮するため、五稜郭駅 - 当駅間の交流電化が行われており、シャトル列車の「はこだてライナー」は733系電車で運転されている。
体型は卵型か楕円形で、一般に♂の方が♀よりかなり大型である。背面は緑色を帯びた黒色で、♂個体の場合は通常滑らかで光沢があるが♀は点刻があり光沢を欠く。頭頂部には黄褐色 - 赤褐色の斑紋（前頭部のV字模様）があり頭楯・上唇は黄褐色で、前胸背板は周縁または外縁に沿い幅広い黄紋の縁取りがある。上翅は外縁に沿い幅広い黄色の縁取りがあり、♂では3条の点刻列・♀は通常10条前後の深い縦溝がある。♂の前跗節第1 - 3節は円形で後肢は細長く、末端に2個の多少湾曲した爪がある。大型種を含むグループで旧北区・新北区に広く分布し、Roughleyによると28種に整理されており、最大種en:Dytiscus latissimus(Linnaeus,Wehncke, 1758)はヨーロッパに分布し体長44㎜に達する。交尾の際には♂が分泌物により♀の尾端に白色の交尾栓を形成するが、交尾栓は♀が自ら後肢で外すため♀は複数回の交尾が可能となる。日本には亜寒帯（冷帯）のシベリア方面から進出してきた北方種群の種で、日本列島には東南アジアなど亜熱帯・熱帯地方由来の南方種群であるゲンゴロウなどゲンゴロウ属も生息しているため、北方・南方の両種群が混在する地域となっている。北海道などではゲンゴロウモドキ属の種（ゲンゴロウモドキ・エゾゲンゴロウモドキ）とゲンゴロウが同じ池に生息していることもある。ゲンゴロウ属と比較すると本属は肢が長く泳ぎはやや鈍い一方、長い脚を器用に利用して小型魚類・両生類の幼生（オタマジャクシ）・水中の小動物などを捕食し、時には自分の体より大きなカエル・イモリをも捕食する。都築裕一らは「エゾゲンゴロウモドキの生息地を調査したところサンショウウオの幼生・ヨコエビ・等脚類のミズムシが多くみられた一方でそれら以外の生き物はいなかったため、エゾゲンゴロウモドキはそれらの小動物を主な餌にしているようだ」と推測している。本属は北方系の種群であるため、冬季は活動こそ鈍るものの0℃近い水温でも交尾・摂食行動を取る場合があり、明らかな冬眠状態になることはない。