裁判ではオウム事件を反省する態度を見せたが、自分が重用されていなかったと主張し責任を矮小化・転嫁する傾向があり、証言の信憑性に疑問が持たれた。世間からは裏切り者扱いをされ、オウムからだけでなく評論家やジャーナリストからもバッシングに遭ったが、態度は変わらなかった。第一審では死刑が求刑されたが、目黒公証役場事務長事件では逮捕監禁罪を認めたが逮捕監禁致死罪を認めず、地下鉄サリン事件では連絡役に留まるとして2000年6月6日に東京地裁で無期懲役判決を受けた。オウム真理教事件において死刑求刑に対して無期懲役判決が言い渡されたのは初めてであった。だが検察は控訴。さらに新実智光も「今の井上君は『蜘蛛の糸』のカンダタと同じだ」として、地下鉄サリン事件で井上がかなり重要なポジションにあったこと、島田裕巳宅爆弾事件の直後に井上が「やったやった、この事件は新聞に載るくらいの事件だ」と喜んでいたことなどを証言し始めた。これ以前にも井上の部下で運転手だった井田喜広が、井上が坂本堤を「バカなやつ」「悪業だから一家全員をポアした」、薬剤師リンチ殺人事件の被害者を「すごく汚かった」「断末魔がすごい」と面白がっていたと証言したり、遠藤誠一が「井上はよく嘘をつく」「麻原からアーナンダは死に神をも騙すと言われていた」と証言するなど、麻原追及の急先鋒を演じる井上の立場は揺らいでいた。控訴審（東京高裁、2004年5月28日）では目黒公証役場事務長事件の逮捕監禁致死罪を認め、地下鉄サリン事件の現場指揮者ではないが総合調整役として無差別大量殺人に重要な役割を担ったことが認定され、一審判決が破棄されて死刑判決を言い渡された。2009年12月10日に上告棄却、2010年1月12日に上告審判決に対する訂正申し立てが棄却され、死刑が確定した。オウム真理教事件で死刑が確定したのは9人目。井上は手紙で「死は生き物にとって平等なんだと、改めて痛感します」「今こそ、生死の理を見る生を生きる時と覚悟しつつあります」と記し、法句経から「たとい百歳の寿齢を完うしても、生死の理をみることを得なかったならば、よく生死の理を見たる者の、一日生けるにも及ばぬであろう」との言葉を引用している。
覆甲板の1層下が正甲板で、ここの最前部、錨鎖庫直上を含む大部屋は2段寝台12名の甲板部員室、その後ろ船体中心線上の廊下をはさむ左舷側には2段寝台個室の操舵手室、2段寝台個室の郵便職員室、広い郵便室と続き、廊下右舷側にも2段寝台の個室が4室設けられ、甲板長、船庫手、船匠、事務員、2等航海士、3等航海士らに割り当てられた。この廊下から後ろ方向に覆甲板の船首係船作業場に上る階段が設置され、その階段の下には、1層下の下甲板へ前方に向けて降りる階段が設置されていた。この区画の後方は広間になっており、左舷に部員トイレが、右舷には部員シャワー室が設けられ、広間中央部は1層上の覆甲板の前部貨物ハッチ直下で、正甲板にも前部貨物ハッチが設けられ、この両舷側には荷役用の舷門も設けられていた。この広間から後ろは、前後に走る廊下は2本となり、左舷廊下外側には前から機関長室（田村丸では事務長室）、1等機関士室、1等浴室、1等トイレ、高級船員浴室、食器洗い場と続き、その後ろはボイラー室側面の石炭庫直上となり、石炭庫への石炭投入口が3ヵ所設けられ、これに対応する舷側の載炭門3ヵ所も設けられていた。その後ろ、2等トイレ、2等浴室と続き、左右をつなぐ廊下に達し、この廊下より後方が2段雑居の3等船室であった。右舷廊下外側は前から郵便職員室、予備機関士室、2等機関士室、2等機関士室、事務長室（田村丸では機関長室）、その後ろに3段寝台12名の給仕室があり、その後ろには左舷と同構造の石炭投入口と載炭門が、その後ろには3等トイレ、3等浴室と続き、3等船室前の左右をつなぐ廊下に達した。前部貨物ハッチのある広間から後方へ延びる2本の廊下の間には、前方からまず高級船員食堂があり、2本の廊下の何れからも出入でき、前壁と後壁を背にした長椅子ソファーを備え、中央部にテーブルとその周囲に椅子9脚が設置されていた。高級船員食堂の後方には左右の廊下をつなぐ廊下があり、この廊下から船体中心線上を後方へ向け上る階段があり、階段の先は、覆甲板前部1等出入口広間の婦人用1等開放寝台室と紳士用1等開放寝台室の間に達した。覆甲板の1等寝台室利用者のうち男性はこの階段を降りて、正甲板左舷の1等トイレを使う必要があった。なお、内側で窓の無い高級船員食堂の通風採光のため、最上船橋上に設けた天窓から、船長室と1等航海士室の間、1等婦人用寝台室と1等紳士用寝台室の間の縦空間を通して通風採光し、階段と廊下は端艇甲板天窓から採光していた。階段の後方には両廊下にはさまれた厨房があり、何れの廊下からも出入りでき、ここへは2層上の特別1等室屋上の天窓から同室後壁、覆甲板両側の1等個室寝台室後壁の空間を経由して通風採光されていた。この後ろはボイラー室で、前側ボイラー部分は囲壁とせず、両廊下間にボイラー直上を跨ぐ防熱を施したアーチ型の鉄板を渡した構造であった。その後ろの両廊下の間は、煙突部分から後方は連続したボイラー室囲壁、機関室（タービン室）囲壁で占められていた。ボイラー室囲壁には両側の廊下に出入口があり、機関室囲壁には左舷廊下に出入口があった（田村丸は両側にあった）。この機関室入口を入ると、広いエンジンプラットホームがあり、前方壁面には全ての計器類が整然と取り付けられ、その前にはタービン操縦ハンドルが並び、これらの監視や操作のために機側まで降りる必要はなく、更にこの機関室の天井の一部は覆甲板の2等寝台室の間を吹き抜け、端艇甲板の天窓に達し、明るく通風も良好で、機関長の作業環境は良好であった。機関室囲壁の後ろ側は、既述の3等船室前の左右をつなぐ廊下であったが、この廊下の中央部から船体中心線上を後方に向けて覆甲板へ上る階段があり、その先は2等寝台室出入り口スペースに通じ、2等旅客はトイレ使用時にはこの階段を使う必要があった。船尾側にはいわゆる“蚕棚式”の2段雑居の3等船室があり、その中央部、1層上の覆甲板の後部貨物ハッチ直下に、下の後部貨物艙のハッチがあり、その両舷には3等旅客の乗下船と荷役を行う舷門が設置され、3等旅客はこの舷門から貨物共々ハシケに乗り移った。3等船室船尾寄り部位からは後方に向け、覆甲板へ上る階段が設置されていた。最後尾は舵取機室で、汽力ならびに手動で回転する歯車装置を持ったウィリアム・デニー・アンド・ブラザーズ社方式の舵取機が設置されていた。通常この舵取機は最上船橋の舵輪から正甲板前部の高級船員食堂へ至る通風採光空間を通り、更に正甲板左舷通路、3等船室を経由するチェーンとロッドを介した機械装置で遠隔操縦された。