新小平駅は南北を長いトンネル（東村山トンネルと小平トンネル、ともに延長4km程度）に挟まれたU型RC構造の半地下式の駅で、関東ローム層下の武蔵野礫層上半分に食い込んでいる。武蔵野礫層には西から東へ伏流水が流れていて、その地下水位は降水の影響で大きく上下することが分かっている。事故当日の地下水位は地表下3m以上まで上昇し、これは75年程度の再現確率と見られている。この南北方向の路線がダムのように作用して伏流水を堰き止め、上昇した地下水位の浮力によって土被りが無く浮き上がりに最も弱かった駅北側が大音響とともに破壊に至った。深夜のため列車や乗客に被害は出ず、大惨事には至らなかった。
この年は8月から記録的な長雨が続いており、近接する所沢アメダスの積算降水量は8月が394mm（観測史上8月として6位）、9月が447mm（観測史上4位、9月として2位）であり、10月も台風21号の接近に伴い活発化した前線により事故前日で既に200mmを超えていた。このため、9月半ばにはホーム北（新秋津側）の壁面から地下水が噴出し始め、10月11日朝から接近した台風21号による大雨（所沢の24時間積算雨量95mm）により23時45分頃ホーム北側と線路を含むU字形構造全体が120mにわたって最大1.3m隆起し、擁壁継目には最大70cmの開口部が生じ、土砂混じりの地下水が大量（復旧時の計測で8t/分）に流入、駅全体が冠水しただけでなく周辺で陥没が発生し、近隣住民が避難するに至った。その後、多数の水中ポンプにより排水を試みるが流入量に全く追いつかず、地下水位を下げるため被災部周辺に深井戸8本を掘り、8t/分を下水道放流したがこれでも不十分だった。このため深井戸を19本（15t/分）に増強し、放流先も2km離れた空堀川へ変更された。11月半ばに地下水位が下がると工事は本格化し、12月11日に全面復旧された。当初6ヶ月を要すると見積もられたが、武蔵野線が鉄道貨物輸送の大動脈である点から24時間体制の急ピッチで進められ、約1ヶ月で完工した。この事故によるJR東日本の被害額は約35億円に達した。
2つのトンネル（小平トンネル、東村山トンネル）の間に挟まれた掘割の中に相対式ホーム2面2線を有する。駅舎は小平トンネルの上の地上にある（半地下構造）。駅本屋の施工は鹿島建設による。JR東日本ステーションサービスが業務を受託する業務委託駅（西国分寺駅の被管理駅）。なお、みどりの窓口は2012年6月30日をもって営業終了した。自動改札機、指定券券売機設置駅。2015年9月30日より、この両トンネル内で携帯電話が使えるように整備された。駅カラーは緑色。
三墳を三皇の書とした場合、三皇は黄帝より前の人物であるので、「黄帝の時代に蒼頡が文字を作った」というもうひとつの伝説と矛盾する。孔穎達によると、三皇の時代に字がなかったというのは緯書にもとづく説にすぎず、蒼頡が黄帝の史官であったとするのも一説にすぎないとして、伏犧以前に文字があったとする。
柴田（当時茗渓会副理事）と学友であった三輪知雄（初代筑波大学学長）が東京教育大学（後の筑波大学）学長に就任していた関係で、三輪より「もう、あの狭い小石川の校舎では教育出来ない」との相談を受ける。母校ということもあり、柴田曰く「学部が方々に蛸の足のように散らばっている環境はいただけない」と同意した。「たまたま河野一郎氏が筑波の土地を選んで筑波研究学園都市をつくるからそれに行かないか、との勧奨を文部省からうけた。じゃあいこうということになったが...」「八年もの戦いだったね、三輪君は。彼は本当の教育家だよ。しかし、長い間ゴタゴタしてねえ。学長を救いだすとか、会合ができないからどうするとか、警察と役所と政府との連絡などの援護射撃が骨が折れたね。でもあれは僕の今までにやってきたことで、一番いいことの一つだと自負している。文部省があそこをモデル大学にしてさまざまの大学改革をおこなう橋頭堡なんだから、日本の大学のあり方が変わるよ。七十万坪もある広大さで、これは本郷の東大キャンパスから水道橋まであるというほどで、イギリスでいえば、エセックスとかサセックスとかいうところと比肩するほどのものになる。敷地の広さだけじゃなく、学術会議も国際会議もできる。ああいうところで国家有為の人材が育つ。いまはまだ不便だが、交通機関がそのうちできるからスーッといけるようになる。交通の便がよくなりゃ、いい先生たちも集まるようになる。学校という所は先生できまるな」と対談上で述懐している。江田昌佑（元筑波大学副学長・元鹿屋体育大学学長）は『柴田周吉先生　筑波大学創設の大恩人』と題し「私が筑波大学創設にわずかながらも関わることができ、その後の草創期も全力を投入することができたのは、先生のご薫陶を得たおかげであり、わたし自身ひそかに誇としているところです。先生が筑波にご来駕の折、時に私を呼んで下さり種々お話し下さいました。大学は自由でなくてはならないこと、筑波大学はあくまで総合大学として発展すること、法科関係を充実させることなど、今でも私には生きた言葉として脳裏にあります。」と、その想い出を平成13年の寄稿文に記している。柴田曰く「筑波大学完成後、付属校を東京に残す為に筑波に中学と高校を国費で作ることはできないか、ということで同窓会の茗渓会で作ったのが茗渓学園である。新しいタイプの国際的な学校である。将来が楽しみである。」と述べている。