シービークロスの種牡馬入りに際しては一株30万円×50口のシンジケートが組まれた。一部では、種牡馬として大成功しているカロを出したフォルティノの日本での代表産駒ということもあって大物を出す可能性があるとも言われていたが、しかし50株がさばけることはなく、公示10万円の種付け料も名目のみで実際は「酒二升でもいいから」と種付けを依頼するような状況だったともされる。それでも初年度には49頭への種付けを行ったが、当初は「産駒ができたら儲けもの」という程度の感覚で、受胎率の悪い牝馬に付けられることが多かった。しかし産駒がデビューして活躍馬が続出するとシービークロスの評価は急速に高まり、2年目の産駒シノクロスや初年度産駒のタマモクロスが相次いで重賞を制した直後の1988年初頭には、種付け株が内国産種牡馬で3番目の305万円で取引された。同年にはタマモクロスが天皇賞（春）、宝塚記念、天皇賞（秋）のGI3勝を挙げ、年度代表馬に選出されている。以後も重賞3勝のホワイトストーンなどを輩出し、種牡馬として確固とした評価を得た。1991年4月17日、シービークロスは馬房で鼻血を出し、首を折って死んでいるところを発見された。同年は60頭との交配が予定されており、前日にも種付けをこなしていた。解剖の結果、脳および内臓全体が黒色腫に冒されており、脳の腫瘍が血管を破裂させて死亡したものと推測されている。黒色腫は普通、外部から判別可能な病気だったが、シービークロスは例外的に内臓のみに症状が広がり、発見することができなかった。繋養されていた新冠農協畜産センターで24日に葬儀が営まれ、同場に墓が建立された。新冠農協畜産センターは2003年をもって閉鎖され、墓は同町内の優駿メモリアルパークに移されている。
翌年2月から調教を再開。4月に中山開催のオープン競走で復帰（3着）したのち西下し、天皇賞（春）に出走。当年は例年開催の京都競馬場が改修工事中のため、直線が短い阪神競馬場での開催となったが、シービークロスは1番人気の支持を受けた。最後方追走から、吉永は周回2周目の第3コーナーより進出を図ったがシービークロスは反応しなかった。最終第4コーナーでようやく反応すると直線では一気の追い込みを見せたが、2～5着が横並びとなった一団に混じってのゴールとなり、勝ったニチドウタローから1馬身半、アタマ、クビ差の4着に終わった。競走後には「京都競馬場なら勝っていた」という声があった一方、後方待機一辺倒の吉永の騎乗について批判的な声も上がった。競走後、繋靱帯炎の再発のため休養に入り、秋に復帰。オープン競走4着を経て天皇賞（秋）に臨んだが、11頭立ての最下位に沈み、さらに繋靱帯炎の再々発で長期休養に入った。1年5カ月を経て8歳となったシービークロスはオープン競走に出走。6番人気の評価であったが、当年秋に福島記念を勝つネオキーストン以下を差し切り、復帰戦を勝利で飾った。その後は日経賞への出走を予定していたが、競走当日に三度の繋靱帯炎再発に見舞われて出走を取り消し、これを最後として競走生活から退いた。翌1983年1月16日、東京競馬場において松山厩舎の僚馬モンテプリンスと合同での引退式が行われた。
フェイエノールトでは背番号14を与えられた(小野が以前日本ユース代表で14番を付けていたことがあるのがこの番号を選んだ理由)。2001-02シーズンに加入するとすぐにスターティングメンバーに定着し、5月にはUEFAカップ準決勝でインテル相手にアウェイで1‐0と先勝、ホームでも2‐2と勝ち上がり、決勝ではACミランを大差で破り勝ち上がってきたボルシア・ドルトムントを破り優勝、プロ入り後初となる所属クラブでのビッグタイトル獲得となった。6月には日韓ワールドカップでの日本代表に選出され、虫垂炎を患いながらも全4試合に出場し、日本代表として史上初のベスト16に貢献した。フェイエノールト移籍後はベルト・ファン・マルワイク監督により中盤でゲームを組み立てる役割を与えられ、主に守備的MFでプレーした。2002-03シーズンの8月に行われた2002-03UEFAチャンピオンズリーグ予備予選で、トルコのフェネルバフチェと対戦し、ホームとアウェイそれぞれで決勝ゴールを奪い、チームを本選へ導いた。新たに日本代表監督に就任したジーコにも招集され初戦でもゴールを決めた。これらの活躍が評価され、2003年にはアジアサッカー連盟（AFC）から2002年度の年間最優秀選手賞を贈られている。2003-04シーズンは左足首骨挫傷など負傷欠場が多く、クラブもタイトルを獲得できなかった。日本代表でもコンフェデレーションズカップや親善試合を怪我で辞退している。2004年も前年からの怪我の影響もあったが復帰後すぐに日本代表に招集されW杯3次予選突破に貢献した。欧州遠征にも参加し、イングランド戦ではボランチとして出場し、アウェイにおけるベストメンバーのイングランドを相手にゴールを決めるなど活躍した。アテネオリンピックにはオーバーエイジとして出場し、1次リーグ3試合でPKによる2得点をあげたが、決勝トーナメント進出はならなかった。2004-05シーズンはルート・フリットの下でフェイエノールト在籍4年目を迎えた。日本代表やアテネでの過密日程の影響もあり、負傷が多いシーズンになった。このシーズンはフェイエノールト在籍期間中で最も多い7ゴールを挙げた。2005-06シーズンは2005年W杯最終予選バーレーン戦前の練習中に疲労骨折し、更に以前の怪我の再手術もありシーズンを棒に振った。コンフェデレーションズカップも欠場した。フェイエノールト在籍5年で欧州サッカー連盟主催の国際大会に7回出場。これは2015年現在日本人最多である。