初代藩主・小笠原忠真の次男として誕生。母は本多忠政の次女・円照院（亀姫）。正保3年（1646年）、兄・長安が廃嫡されたため嫡子となり、同年叙任する。しかし、家督を継ぐことなく寛文3年（1663年）に33歳で死去した。代わって異母弟の忠雄が嫡子となり、家督を継いだ。
プラモデルBB戦士の組立説明書に掲載されている漫画『コミックワールド』と、『コミックボンボン』での漫画連載（漫画：神田正宏）で展開された。舞台をこれまでの「天宮」から「緋州（ピース）」に移した新たなシリーズ。シリーズ10作目ということで、主要登場人物は過去のSD戦国伝、特に『SD戦国伝 武者七人衆編』の登場人物がモデルとなっている。 シリーズ名が『新SD戦国伝』に戻っているが、これは設定を一新した新たな物語という意味でつけられたものであり、『新SD戦国伝 地上最強編』から『新SD戦国伝 超機動大将軍』までのシリーズと連動した関連性は無いが、ホビージャパン1998年12月号で、新SD戦国伝 地上最強編からムシャ戦記 光の変幻編までのストーリーは2世紀強が経過しているとの発表があり、同作もこの中に組み込まれていることから時系列においての関連性はある。登場人物は主に『新機動戦記ガンダムW デュアルストーリー G-UNIT』などのキャラクターや兵器と過去のSD戦国伝の登場人物がモデルになっている。各キャラクターのデザインはBB戦士での組み立て易さを考慮しシンプルなものとなっている。前作同様、プラモデル化されなかったキャラクターの一部は過去に発売されたBB戦士を複数組み合わせることで（ある程度だが）再現可能である。
どちらも功夫を題材にしたアクションドラマ。主人公カンフー・チェンとサソリ団が聖天拳という拳法の謎をめぐって繰り広げる攻防を描いている。かまきり拳やこうもり拳など、フィクションならではの奇抜な拳法が多数登場した。『魔拳！』ではシリアス色を強調していたが、『激闘！』ではコメディ色を取り入れている。その一方で、突如としてカンフーの恋人が出現し、あっという間に死んでしまうという衝撃的な展開も描かれた。主演は、ジャパン・アクション・クラブの新鋭・高木淳也。助演は、さまざまな特撮ドラマに出演していた元子役の斉藤浩子（本作には斉藤ひろこ名義で出演）、前年からテレビ朝日系列で放送の『大戦隊ゴーグルファイブ』で桃園ミキ（ゴーグルピンク）を演じていた大川めぐみなど。主演の高木が歌う主題歌が作られたが、オープニングテーマではなく挿入歌に使われている。
1953年に関山利一に入門。1956年入段。1961年五段。1973年九段。1976年名人戦リーグ入り、第1期棋聖戦九段戦優勝。1979年本因坊戦リーグ入り、日中囲碁交流日本代表団参加。1981年プロアマオープン戦優勝。1983年王座戦ベスト8。1985年碁聖戦ベスト8。1986年名人戦リーグでは4勝4敗ながら、同率4名のため決定戦で陥落。1988年第1回富士通杯に関西棋院代表として出場してベスト8進出。1991年碁聖戦ベスト4、天元戦ベスト8。1992年碁聖戦ベスト8。1993年関西棋院第一位決定戦優勝。1988年の日中スーパー囲碁で日本代表選手に選ばれたが、日本が7-2で勝ったため出番無しだった。門下に森野節男、山崎吉廣、村岡茂之、矢田直己、藤原克也、李楊、孫英世、佐藤彰、多富佳絵。2017年12月10日午後1時48分、右上葉扁平上皮癌のため、大阪府摂津市の病院で死去した。76歳没。
『葛飾北斎伝』によれば葛飾北斎の門人で江戸の人、文化3年（1806年）に感和亭鬼武と竹塚東子の著作に挿絵を描いている。それ以外の経歴については一切不明である。
1948年（昭和23年）には荒野となった浦上の地に花を咲かせようと、桜の苗木1000本を浦上天主堂をはじめとする各所に寄贈。これらの桜は「永井千本桜」と呼ばれた。3月、浦上の人たちやカトリック教会の協力により、永井が療養を行うための庵が完成する。「己の如く人を愛せよ」の言葉から、庵の名前を「如己堂（にょこどう）」と名付けた。8月、大学を休職し療養に専念。1948年のニュース映画「日本ニュース」の取材に、「ろうそくがもう切れかけてるようなもんですけれどね、最後までやっぱり光になって、ばーっと光ることができると思います。」と語る。10月18日、来日中のヘレン・ケラーが見舞いに訪れる。予告なしの不意な訪問であった。1949年（昭和24年）5月27日、昭和天皇に謁見。5月30日、浦上公民館で日本に運ばれていたフランシスコ・ザビエルの聖腕に接吻し、ローマ教皇特使としてギルロイ枢機卿の見舞を受けた。当初は聖腕と特使が如己堂に来ることになっていたが、永井はそれを辞退して公民館まで出向いた。8月1日 、長崎市長から表彰を受ける。9月30日 長崎医科大学教授を退官。12月3日、長崎市名誉市民の称号を受ける。1950年（昭和25年）5月14日、ローマ教皇特使として大司教のフルステンベルク（Maximilien de Furstenberg）が見舞いに訪れ、ロザリオを下賜される。11月29日、永井がルハンの聖母像を欲しがっているのを知ったアルゼンチン大統領夫人エヴァ・ペロンにより、長崎市に送られたルハンの聖母像が長崎に到着。聖母像は大小2体で、大きいものはペロン夫人から長崎市、小さいものはブラジル在留日本人から永井個人に贈られた。