庄内藩は、江戸市中警備を行っていた新徴組を引き上げるのに当たって、その褒賞として最上川西岸の天領を旧幕府より与えられていた。しかし、住民はこれを不服として仙台の奥羽鎮撫府に申し出たため、4月10日この申し出を口実に庄内征伐を決め、久保田藩、弘前藩の両藩に討ち入りを命じた。14日には副総督澤為量ら討庄軍が仙台を出発して庄内藩の討伐に向かい、奥羽諸藩の兵とともに新庄城を拠点に庄内藩へ侵攻した。24日に清川口で最初の戦闘が発生したが、庄内軍が薩長軍を撃退する。この段階では各藩とも戦闘に消極的であった。
戦闘は大まかに庄内・秋田戦線、北越戦線、白河戦線、平潟戦線に分けることができる。このうち、秋田戦線については久保田藩の新政府への恭順により加わったものである。なお、同様に新政府側となった弘前藩との間では野辺地で盛岡・八戸両藩と戦闘となっている（野辺地戦争）。
副総督の澤為量が率いる新政府軍は庄内討伐のため秋田に滞在しており、世良が暗殺された後は、九条は仙台藩において軟禁状態になっていた。5月1日、松島に新政府軍の佐賀藩、小倉藩の兵が上陸し、九条の護衛のため仙台城下に入った。九条は、奥羽諸藩の実情を報告するために副総督の澤と合流して上京する旨を仙台藩側に伝えた。翌15日、列藩会議が開かれてこの問題が討議され、九条の解放に反対する意見も出たが、結局九条の転陣が内定し、18日、仙台を発って盛岡に向かった。
翌4日には、新政府軍との会談に決裂した越後長岡藩が加盟、6日には新発田藩等の北越同盟加盟5藩が加入し、計31藩による奥羽越列藩同盟が成立した。
会津赦免の嘆願の拒絶と世良の暗殺によって、奥羽諸藩は朝廷へ直接建白を行う方針に変更することとなった。そのためには奥羽諸藩の結束を強める必要があることから、閏4月23日新たに11藩を加えて白石盟約書が調印された。その後、仙台において白石盟約書における大国強権の項の修正や同盟諸藩の相互協力関係を規定して、5月3日に25藩による盟約書が調印され、同時に会津・庄内両藩への寛典を要望した太政官建白書も作成された。奥羽列藩同盟成立の月日については諸説あるが、仙台にて白河盟約書を加筆修正し、太政官建白書の合意がなった5月3日とするのが主流のようである。同盟のイデオローグ・理論的指導者として仙台藩の大槻磐渓の存在が挙げられる。そして、同じく仙台藩の玉虫左太夫は、仙台藩主の伊達慶邦の命を受けて東北諸藩を回り同盟を成立させた立役者の一人として知られる。
奥羽鎮撫総督府下参謀の世良修蔵は4月12日に仙台を出発して白河方面に赴き、各地で会津藩への進攻を督促していたが、閏4月19日に福島に入り旅宿金沢屋に投宿していた。ここで、同じく下参謀であった薩摩藩大山格之助に密書を書いた。内容は、鎮撫使の兵力が不足しており奥羽鎮撫の実効が上がらないため、奥羽の実情を総督府や京都に報告して増援を願うものであったが、この密書が仙台藩士・瀬上主膳や姉歯武之進らの手に渡った。姉歯らは以前から世良修蔵の動向を警戒していたが、密書の中にある「奥羽皆敵」の文面を見て激昂した彼らは、翌日金沢屋において世良修蔵を襲撃した。世良はピストルで応戦するが不発、あえなく捕らえられ、阿武隈川の河原にて斬首された。
幼年時代はモスクで学問に励んだ。後に武官であった父の馬海宴（『清史稿』によると、馬海彦）に従い軍に入隊する。1906年（光緒32年）頃からは、いったん商業に転じた。1911年（宣統3年）に軍に復帰し、西寧鎮標左路統領に任じられる。さらに寧海巡防馬歩全率いる寧海軍で幇統兼左路統領、歩兵第2営管帯に異動した。1919年（民国8年）、寧海軍玉樹防務支隊司令に任じられる。民国10年（1921年）、甘辺寧海鎮守使署参謀長に異動した。1925年（民国14年）、寧海軍は馮玉祥率いる国民軍に編入、改組され、国民軍新編第26師副師長に任じられた。1926年（民国15年）、甘辺寧海護軍使署参謀長となる。1929年（民国18年）2月、青海省政府委員兼建設庁長に任じられた。翌年、甘粛全省保安司令に任じられる。騎兵第1師師長を兼任して、蘭州に駐屯した。1931年（民国20年）8月、兄の馬麒が死去したため、青海省に戻り、代理青海省政府主席となった。1933年（民国22年）3月、正式に省政府主席に任じられた（7月、省政府民政庁長も兼任）。また、西安行営第2防区司令も兼任している。1935年（民国24年）11月には、中国国民党第5期候補中央監察委員となった。しかし1936年（民国25年）5月、馬麒は甥で馬麒の子である馬歩芳と対立し、青海省政府主席の地位を事実上奪い取られてしまう（馬歩芳の正式な省政府主席継承は、1938年（民国27年）3月）。失意の馬麒は、同年11月、メッカへ巡礼に赴いた。帰国後は故郷に居住する。1937年（民国26年）10月、国民革命軍第17集団軍副司令として復帰した。翌年3月には、国民政府委員にも任じられた。1945年（民国34年）1月26日、病没。享年70。