この事故に対し、遺族らは民事裁判を3つ起こした。まず、NEXCO中日本とその子会社に対し、総額約9億1,000万円の損害賠償を求めて横浜地方裁判所に訴えを起こした。2015年12月22日、横浜地裁は2社に、計4億4,371万円あまりを支払うよう命ずる判決を言い渡した。原告（遺族）側の主張を全面的に認める判決で、適切に点検をしていたら避けられた事故であると、会社側の過失を認めた。原告被告ともに控訴しなかったため、この一審判決で確定した。続いて、5人が死亡したワゴン車に同乗しており、負傷しながらも生還した女性は、NEXCO中日本とその子会社と両社の役員（事故当時）4人に対し、約2,600万円の損害賠償を求めて横浜地方裁判所に訴訟を起こした。2016年2月8日、横浜地裁で和解が成立した。女性の代理人弁護士は、和解金が支払われたかどうかなどの詳細を伏せた。死亡した9人のうち、同じワゴン車に乗っていた5人の遺族は、NEXCO中日本の役員（事故当時）4人に対し、「老朽化したトンネルの点検・補強工事を指示する義務があったのに、それを怠った」という主張のもと、総額2,400万円の損害賠償を求めて横浜地方裁判所に訴えを起こした。横浜地裁は2016年2月16日、遺族の請求を棄却した。裁判長の市村弘は判決で「役員であった4人が事故を予見できたとは認められない」と指摘した。一部の遺族は控訴の意向を示した。NEXCO中日本は、再発防止と安全性向上に取り組むと表明した。同年2月29日、この訴訟の原告12人のうち9人が東京高等裁判所へ控訴した。東京高裁は元社長らの謝罪を条件として和解を勧告したが、元役員側が過失責任を認めず交渉決裂し、8月17日に結審した。同年10月19日に判決があり、東京高裁野裁判長、河野清孝は一審を支持し、役員らに重大な過失はあったとは言えないとして、遺族側の控訴を棄却した。遺族側は9人全員が一致して、最高裁判所へ上告することを決定した。2017年5月30日に最高裁は、「元社長らは天井板の構造や点検結果を認識する立場になかった」として、遺族側の上告を棄却する決定を出し、元社長ら個人の賠償責任を否定した一、二審判決が確定した。
NEXCO中日本は毎年12月2日に事故現場で黙祷と献花を行い、都留市内で追悼慰霊式を開いている。例えば、3年後にあたる2015年には、トンネル内の事故現場で事故のあった時間に黙祷し、次に追悼慰霊式が行われた。式には約100人が出席した。川崎市宮前区にあるNEXCO中日本の研修施設の安全啓発室には、事故車両のうち、5人がその車中で亡くなったワゴン車が展示してある。これは遺族が、再発防止を願うとともに、「車両は故人の棺」という思いから保存を要望していたためである。車の所有権を買い取ったNEXCO中日本は、同社とグループ会社の全社員約6,000人に実際の車両を見せて戒めとし、安全啓発研修をする予定である。これに対し遺族らは一般公開を強く要望しており、NEXCO中日本は事故を早く忘れたいのではないか、という疑念を抱く遺族すらいる。一般公開についてNEXCO中日本は検討していきたいと返答した。@niftyニュース編集部は2019年3月に、「平成の間に国内で起きた事故の中で、印象に残っているのは？」というテーマでアンケートをとった。1位は「JR福知山線脱線事故（平成17年）」で70.5パーセント、2位は「笹子トンネル天井板落下事故」で55.8パーセント、3位は「軽井沢スキーバス転落事故（平成28年）」で46.1パーセントであった。
1260年代には、モンゴルに対するヨーロッパの認識に変化が生じ始め、彼らは敵としてではなく、イスラム教徒との戦いにおいて潜在的な同盟国たりうると見なすようになった。1259年まで、教皇アレクサンデル4世はモンゴルに対抗して新たな十字軍を促していて、アンティオキアとキリキア・アルメニア王国の君主がモンゴルに冊封を受けたことを聞いて非常に失望していた。アレクサンデル4世は来るべき評議会の課題にこの2君主の件を加えようとしていたが、1261年、評議会が招集される直前に、新たな十字軍を起こすことも出来ず、急死した。新任の教皇の選出が行われ、早くからモンゴルの脅威について警告を発していたエルサレム大司教のパンタレオンに決まった。彼は教皇ウルバヌス4世を名乗り、新たな十字軍設立のための資金を集めようとした。1262年4月10日、イルハン朝のハーン、フレグはフランスのルイ9世にハンガリーのジョンを通じて新しい書簡を送り、再び同盟の締結を要請した。書簡は、以前はモンゴルは教皇がキリスト教徒のリーダーであるという印象の下にいたが、真の力はフランス国王にあることを理解した、と説明した。そして、教皇の利益のためにエルサレムを占領するというフレグの意向に言及し、エジプトに対抗して艦隊を派遣することが出来るかルイ9世に尋ねた。フレグはキリスト教徒のためにエルサレムを回復することを約束しつつ、一方でモンゴルの世界征服の探求においてモンゴルの主権は譲らないことも主張した。ルイ9世が書簡を実際にどう扱ったかは明確になっていないが、いくつかの点は教皇ウルバヌス4世に伝えられ、彼は前任者と類似した内容で回答した。彼の教皇勅書Exultavit cor nostrumの中で、ウルバヌス4世はフレグにキリスト教信仰に向けた親善の表現に対して歓迎の言葉を述べ、キリスト教への改宗を推奨した。歴史家は、ウルバヌス4世の行動の正確な意味について異議を唱えている。英国の歴史家ピーター・ジャクソンによって例証される主流派は、ウルバヌス4世はこの時点で未だモンゴルを敵として見なしていたと考えている。この認識は数年後にモンゴルが潜在的な同盟国であると見なされた時、教皇クレメンス4世の治世の間(1265年–1268年)に変わり始めた。しかし、フランスの歴史家ジャン・リシャールは、1263年という早い時期にウルバヌス4世のとった行動がモンゴルと欧州の関係のターニングポイントとなる引き金になり、以後モンゴルが実質的な同盟国と認識されるようになった、と主張している。リシャールはまた、キプチャク・ハン国のモンゴル族がイスラム・マムルーク朝と再び同盟を結んだことに対する反応として、西欧とイルハン朝のモンゴル族とビザンチン帝国の間の連合が形作られたと主張している。しかし、歴史家主流派の共通の見方は、同盟を成立させるための多くの試みがなされたが、試みが不成功に終わったということである。