阪神支局、名古屋本社寮襲撃事件後、「爆弾を仕掛けた」「記者がまた殺されるぞ」という脅迫電話が300件かけられた。1999年1月24日、朝日新聞東京本社広報室に、「一二〇周年おめでとうございます。警戒モードに入っていますか。一二年前のことを思い出して下さい」という匿名電子メールが届いた。2007年5月24日、朝日新聞さいたま総局には「社員の1人や2人殺されても仕方がない。第2、第3の阪神支局事件は必ず起きる」と社員の殺害をほのめかす脅迫文が送りつけられた。襲撃事件以後、各地の支局、販売所の窓ガラスが割られ、ゴミ箱に放火される事件が起きた。1988年10月18日未明、水戸支局の窓ガラスが割られ、発炎筒が投げ込まれる事件が発生した。現場では、朝日新聞の昭和天皇に関する記事に抗議するビラがまかれていた。右翼団体の男2人が逮捕されている。2010年3月12日、「朝日新聞に挑戦状」と題した脅迫文が朝日新聞水戸総局にファクシミリで送りつけられる事件が発生した。「20年以上前の阪神支局に赤報隊の散弾銃襲撃事件を忘れたか。即死した記者みたいになりたいか」などと書かれていた。水戸地検は9月17日、脅迫文を送信した医師を脅迫罪で起訴した。起訴状などによると、医師は出身大学に関する朝日新聞の記事に不満を持っていた。2012年5月16日、散弾銃の実包が脅迫状と共に「赤報隊」と書かれた茶封筒で朝日新聞東京本社に送られており、また翌17日、赤報隊を支持する内容の書かれたビラが朝日新聞前橋支局の郵便受けに複数枚投函されていた。
2011年7月1日、菅直人首相の事務所に首相辞任を求める脅迫文と刃物が郵送される事件が起きた。6月27日の消印で大阪府内から投函されていた。脅迫文には「天誅を下す」と記され、「赤報隊一同」を名乗っていた。また、2011年6月30日、小沢一郎元民主党代表事務所に政界引退などを迫る内容の脅迫文が千枚通しと共に送りつけられた。消印は6月28日、大阪府内で投函され、「赤報隊」を名乗っていた。菅首相脅迫事件と筆跡、内容が似ており、同一犯とみられている。
2009年2月「赤報隊」と印字された紙、実弾がNHKに送りつけられる事件が発生した。6月鹿児島県と大分県の右翼団体には「赤報隊をりようしてください」と印字された紙が郵送された。両者は文字の特徴が似ていて、同一人物の可能性が高いとみられている。鈴木邦男は、自称実行犯が金目当ての犯行と語った「週刊新潮」の記事に対する抗議のためNHKを使って警告したと分析している。2009年2月22日午後、NHK福岡放送局の玄関付近で卓上コンロのカセットボンベが何者かの手で爆破される事件が発生した。防犯カメラにはニット帽にサングラス、マスク姿の男が玄関に入り、自動ドア前にバッグを置き、立ち去る姿が映っていた。この後、NHK放送センター（東京都渋谷区）や、長野、福岡、札幌の各放送局に旧日本軍制式銃の三八式歩兵銃の実弾が「赤報隊」の名のワープロ文とともに送付される事件が発生した。また、6月8日にはNHK広島放送局にも、「赤報隊」と記された紙片と旧日本軍使用の三八式歩兵銃の実弾が同封された封筒が届いた。公訴時効成立後の2010年にも、「赤報隊」を称しての不審物送りつけが在日公館などに対して繰り返し行われている。
更に後の時代には、あわや縁切寺法の断絶かという場面が幕府の一喝で救われたということもあった。先にも触れたが 1801年（享和元年）に蔭涼軒主耽源尼が寺の御朱印を円覚寺に預けて隠居し実家へ戻ってしまう。東慶寺を預けられてしまった円覚寺は、当分の間、東慶寺の縁切寺法を中止すると決めてしまった。このとき寺社奉行の松平周防守（浜田藩主）が円覚寺の僧を呼び出して役人に叱責させた記録が円覚寺に残る。そこには「欠入（駆込）寺東慶寺に限り候に、それ（駆込）を断り候はば、円覚寺より日本中へ触差出候様可然」と。この「ならば日本中に駆込中止の触れを出せ」との叱責に慌てた円覚寺は縁切寺法の継続させることにしたという一件である。また、東慶寺の縁切寺法に従わない、寺法離縁状を書かない強情夫を寺社奉行が呼び出して仮牢で脅すというようなバックアップも行っている。東慶寺と満徳寺以外については問い合わせがあればこれを禁じている。しかし記録に残るその問い合わせは1825年（文政8年）、1846年（弘化3年）、もう一件は文化・文政（1804年～1829年）の頃と推測されている。1762年（宝暦12）の寺社奉行所の発言は全国の領主および寺院に周知された訳ではない。尼寺に限らず多くの寺院が駆込があれば受け入れており、その地の領主・役人も話がこじれない限り受容していたということでもある。ところで先に「東慶寺と満徳寺以外については問い合わせがあればこれを禁じている」と書いたがそれはおおよそであり、満徳寺の場合は常に認められていた訳でもない。先に触れたが1801年（享和元年）に寺社奉行所の寺社役は円覚寺に「欠入寺東慶寺に限り候に」と述べているし、1843年（天保14年）に幕府岩鼻代官所は離縁がこじれて双方の掛け合いがうまくいかなければ、奉行所に出訴すべきであり、満徳寺がこれに関与する必要は無いと満徳寺を無視している。先に1731年（享保17年）から江戸町奉行の態度が変わったと記したが、これにも多少のブレはある。1845年（弘化2年）に町奉行所は満徳寺に駆け込んだ妻「さよ」を差し出させようとし、満徳寺は寺社奉行に訴えたが町奉行所に差し出すように言われている。結局「さよ」は町奉行所の威圧に屈して帰縁した。「公事方御定書」以降であっても幕府の態度は常に一貫したものではなく、寺社奉行・町奉行・代官所の間でもバラツキはある。