千葉県立柏の葉公園に隣接する柏IIキャンパスは、検見川総合運動場が縮小されるための代替措置として、旧千葉大学園芸学部農場の一部 (8.3ha) が東京大学に移管され、東京大学の学生、教職員を対象とした運動施設として整備されつつある。現在は、柏キャンパスの教職員・院生等を対象にトレーニングジム等が開放されている。将来的には全天候用陸上競技場（8コース3種公認）、野球場、ホッケー場、テニスコート、体育館、合宿所（セミナーハウス）などを備えた総合的な体育運動施設とすることが計画されている。また、「柏国際キャンパス構想」に基づき、130戸程度のインターナショナルロッジの建設も計画されている。
本郷キャンパスや駒場キャンパスと違ってキャンパスに門や塀はなく、また、学部のないキャンパスであるため学園祭もない。ただし、毎年10月下旬に、宇宙線研究所、物性研究所以下各研究所・センターおよび新領域創成科学研究科各専攻が「柏キャンパス一般公開」を開催している。先端研究施設等のガイドツアーや講演会、サイエンスカフェ等も開かれ、内外の研究者のほか科学好きの子供たちを含めた多くの市民で賑わっている。総合研究棟と国立がん研究センターの間にある遊水池は、駒場の「一二郎池」、本郷の「三四郎池」をもじって「五六郎池」と呼ばれているが、未だ特定のジンクスはない。池ではカルガモ親子が泳ぎ、雑木林の中をキジの親子が駆け回るなど、大自然と超近代的研究棟群が不思議な調和を保っているキャンパスである。
1996年に米軍柏通信所跡地を取得して設置されたキャンパスである。1999年に物性研究所および宇宙線研究所が柏キャンパスに移転した。本郷地区キャンパスの各研究科施設に暫定的に設置された新領域創成科学研究科各専攻の移転も2001年以降順次行われ、2006年4月に移転完了した。2004年には2008年3月31日に廃止された高温プラズマ研究センター、2010年4月1日に改組統合された気候システム研究センターを含む4つの全学センターも柏キャンパスに移転した。2008年12月には男女共同参画の観点から東大柏どんぐり保育園を開園した。理学系研究科、数理科学研究科、宇宙線研究所の三者が協力して構想した世界トップレベル国際研究拠点、数物連携宇宙研究機構棟が2009年竣工した。2010年4月には中野キャンパスの海洋研究所が移転し、気候システム研究センターと統合して大気海洋研究所となった。2017年4月に、千葉キャンパスにある生産技術研究所附属千葉実験所が、柏キャンパスに移転完了。
カブリ数物連携宇宙研究機構宇宙線研究所物性研究所大気海洋研究所生産技術研究所附属千葉実験所人工物工学研究センター空間情報科学研究センター環境安全研究センター（柏支所）保健センター（柏支所）柏図書館柏地区事務部
2007年1月の「柏地区キャンパス開発・利用計画要綱」（平成7年12月12日評議会承認）の改正により、従来の「柏キャンパス」のほかに、柏の葉キャンパス駅と柏キャンパスのほぼ中間地点（柏キャンパスの南方約1km）に位置する「柏IIキャンパス」および、柏の葉キャンパス駅前に計画中の「柏の葉駅前キャンパス」も柏地区に加えられ、柏地区3キャンパス体制が決定した。
手狭になった本郷・駒場地区の再開発と併せて立案された三極構造構想に基づき「柏キャンパス」が設置された。世界トップクラスの研究施設（極限計測・強磁場コラボラトリー・ニュートリノ観測・強磁場MRI等）を整備したキャンパスで、2006年3月には極超音速高エンタルピー風洞も駒場IIキャンパスから移設された。また、2006年4月には柏国際キャンパス構想に基づき、留学生や外国人研究者・教員等に対する生活情報提供や奨学金申請支援等のワンストップサービスを提供するため「柏インターナショナルオフィス推進室」が開設されている。
柏地区キャンパスは、様々な経緯を経て誕生することになった。国立東京大学時代には、東京都内に本郷・駒場・中野以外に、白金・三鷹（現：国立天文台）・六本木（物性研究所・生産技術研究所）・田無（原子核研究所・宇宙線研究所）など、各所に分散した校区を運営してきていた。行政改革の流れの中で、一部附置研究所の改組・統合を経て、三鷹・六本木・田無地区を廃止することにして、柏地区キャンパスの開設に至ることになった。
2014年5月4日午前8時30分頃、石狩市親船町の北警察署石狩駐在所で玄関風除室の窓ガラス1枚にひびが入り、近くに破裂したカセットこんろ用ガスボンベ1本が落ちているのを駐在所長の警察官が見つけた。付近には燃え残った着火剤なども散乱しており、何者かが火を付けてボンベを破裂させたと見られている。現場の状況などから模倣犯の可能性が高いとして、器物損壊容疑で捜査されている。5月6日午前7時30分頃、札幌市北区新川3条18丁目の大型書店コーチャンフォー新川通り店の出入り口付近でカセットこんろ用ガスボンベ1本が破裂した跡を、同店の清掃作業員が見つけた。現場の約10メートル四方に釘数百本が散乱していた他、高さ約3メートルの出入り口の廂にガスボンベの蓋が刺さっていた。5月20日午前10時20分頃、石狩市浜益区柏木の北警察署柏木駐在所で、玄関風除室の脇に破裂したカセットこんろ用ガスボンベ1本と、釘数百本以上が散乱しているのを、駐在所の警察官が見つけた。建物に目立った損傷はなく、ボンベがあったアスファルトが黒く焦げており、同署は何者かが火を付けてボンベを破裂させた可能性が高く、悪質ないたずらと見て調べている。その後の調べで、散乱していた釘は約千本以上であることが判明。ボンベの底にゲル状の着火剤が付着していた。釘は長さ約2センチで、2〜3メートル四方の範囲に散らばっており、近くで白いポリ袋の燃えかすも見つかっている。