なお、これら騒動の9年後、週刊現代が1999年9月18日号と25日号において、桑田と暴力団幹部のCと写った写真8枚を示して、1990年に桑田が野球賭博を否定したことに触れて実際には桑田が野球賭博に関与しているかのような記事を掲載した。このように、1990年の野球賭博疑惑が再燃することとなったため、桑田は、同誌を発行している講談社と代表取締役らを名誉毀損で提訴した。裁判では、この写真は桑田が1994年オフに、チームメイトからタレントDのいる酒席に招かれ、タレントDからCを不動産会社の会長をやっている人物であると紹介され、暴力団幹部とは知らないままその際に撮影されたものであると認定された。そのため、桑田がCが暴力団の幹部であることを全く知らなかったことは自然なことでありCと酒席を共にしたことについて過失があるということはできない、桑田が野球賭博に関与したことについて真実であることを窺わせる証拠は全くない、として名誉毀損の成立を認め、慰謝料600万円と謝罪広告の掲載が認定されている。
騒動から約半年経過した1990年9月20日、桑田側と中牧側の裁判は、桑田が野球賭博とは無関係であることを確認する条項と、野球賭博に関与したと誤解されたことについて心から遺憾の意を表するという条項など、6項目の和解条項で合意に達して和解した。登板日漏洩に関しては、自然な日常会話や食事中の話の中で知人に登板日を数回教えただけと桑田側が認めている。この和解に関して、巨人側は「桑田選手の潔白が証明された。判決まで何年間かかかることを考えると、早期に解決した方がいい」「判決での勝訴に匹敵する内容」と主張し、中牧側は「もともととばくに関係しているとは主張しておらず、裁判の過程で第三者に登板日を漏らしたことは巨人側も認めた。著書の正しさが証明された」と主張した。
4月9日、競技スポーツ団体の監督官庁である文部省が日本野球機構に、桑田に端を発した金品授受などの問題について事情聴取を行ったほか、保利耕輔文部大臣が記者会見で野球関係者に反省を促すことを求めた。さらに衆議院予算委員会でも桑田問題が採り上げられ、そこで海部俊樹首相が「野球協約180条のとばく行為に該当することがあり」と発言し、あたかも桑田が野球賭博に関与していることを決めつけるような発言をしたため、陳謝する一幕もあった。この件が明るみに出たことで、セリーグは学識経験者らによる綱紀委員会を設置することを決めた。また有本義明は、桑田個人の問題ではなく、巨人がたかりを承知しながら黙認してきたことが最大の誤りと指摘している。この本の内容を受けて『緊急レポート!!言わせてもらおう「桑田問題」 』『くたばれ桑田真澄、くたばれ巨人軍』などの本が出版されるなどした。
ところが同年3月30日、桑田は巨人に対し、金品の授受がなかったと答えたのは虚偽であったと申し出ていたことが分かり、A社長から高級腕時計1点と総額100万円を受け取っていたことが明らかになった。そのため湯浅武代表と桑田が謝罪の記者会見を開き、巨人は桑田に対して開幕から1箇月の謹慎と罰金1000万円の処分を下した（下記参照）。桑田は、嘘をついていた理由について、「いままではいっさい金品を受け取ったことはないといってきましたが、今後、野球を続けられなくなるだろうという不安があったからです。ただ、私は絶対に野球とばくにはかかわっていません」と釈明し、野球賭博への関与は明確に否定した。川島廣守セリーグ会長も「桑田選手に対する処分は適切なものと理解します」と述べた上で、独自の調査が不充分であった点を謝罪し、運動具メーカーと選手らの関係に“たかりの構造”がはびこっていることも認めた。もっとも桑田の謝罪会見について毎日新聞は「用意した謝罪文を読み終わると質問は受け付けず、球団のガードの固さをのぞかせた」と書いたほか、セントラル・リーグの対応に関して、前回の巨人の報告をうのみにした点をわびたにもかかわらず今回の処分内容もあっさりと適切と認めたことについて「前回の経験が全く生かされていない」と批判している。
この書籍の中で、桑田が親しくしている会員制メンバーズクラブのA社長に登板日を教えたらしい旨の記述（著書ではこの人物は「前科がある人」と表現）や会員の勧誘に成功すると現金をもらっていた記述があり、さらにA社長がかつて常習賭博罪で有罪判決を受けたことも明らかになったため、桑田が野球賭博に関与しているのではないかとの憶測を招き、その件も週刊誌やスポーツ紙等で騒がれることとなった。
大日本帝国時代、日本周辺海域における法秩序の維持については、旧海軍が実働部隊となってきた。しかし1945年（昭和20年）の降伏に伴って日本は非軍事化され、海軍も掃海部隊を除いて解体された。これによって洋上治安維持能力は大きく損なわれ、海賊すら出現する状況に至っていた。これに対し、政府は日本側の手による洋上治安維持組織の創設を模索しており、運輸省に水上監察隊を設置する構想、農林省に海上監視隊を設置する案、大蔵省の税関を強化する案、旧内務省の警察組織を強化する案などが検討されていたものの、連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）としては、当初は日本の海運・造船・水産活動を厳しく制限する占領政策を採っており、日本海軍の復活への警戒感が根強かったこともあり、いずれも進展しなかった。しかし1946年（昭和21年）初夏ごろより、朝鮮半島からの輸入感染症としてコレラが九州に上陸し、猛威をふるいはじめた。その流入ルートとして、不法入国や密貿易等が疑われたことから、同年6月12日、GHQは日本政府に対し不法入国取り締まりの権限を付与する旨の覚書を通達した。これを受け、7月1日、運輸省海運総局に不法入国船舶監視本部、その実働機関として九州海運局に不法入国船舶監視部が設置された。しかしこの時点で、保有船舶はタグボート3隻と港務艇13隻のみ、武装は一切なし、要員も運輸省職員で、取締業務の経験者は一人もいなかった。大久保武雄監視本部長は、第二復員局の掃海艇・要員の応援を求めたが、GHQにより却下された。