6月13日、経済産業省は特定商取引法に基づき、1年を超えるコースおよび70時間を超えるコースの新規の長期契約について受付の停止を命じた。期間は6か月。経産省が行った今年2月の立ち入り検査で、統括本部がクーリングオフ拒否、返還金の過少算出といった違法な対応を指示したマニュアルを全国の拠点で複数発見。上層部も実態を把握していたことを認めているといい、会社ぐるみの違反行為と判断した。また、東京都も条例に基づいて改善勧告を行った。猿橋社長は、同日、大阪・難波にある、NOVAの統括本部の部署が入居している新近鉄難波ビル17階で記者会見を開き「利用者の皆さまに深くおわびします」と謝罪した。だが虚偽説明と指摘された予約制度については「表現の問題だ」と不満気な表情も見せ、「辞任は考えないのか」と経営責任を問われたものの「現時点では考えていない」と否定した。これに関連して、NOVAの猿橋社長と自民党の中山泰秀衆議院議員が関淳一・大阪市長（当時。後に落選）を訪ね、解約時の精算方法の正当性を訴えていたことが判明。実質上の口利きではないかという声が上がっている。訪問は、大阪市消費者センターが市民とのトラブルをあっせんで解決するため、NOVAに対し、市条例にもとづく「出頭通知」を出した後だった。結局、センターはあっせんを打ち切ったが、関市長は中山議員との面会の事実を認めていない。6月16日、猿橋社長とのインタビューの中で、処分発表後の2007年6月14日から受講料を平均2割引き下げると報じられた。生徒離れの防止が狙いで、猿橋社長は「在校生のための対策」と強調するものの、今年4月に受講料を引き上げたばかり。また宣伝広告費や経費節減などで、前年比1割以上のコスト削減を目指すと説明した。問題とされた返金算出方法については、「経産省が今、なぜこれを違反と判断するのか」と不満ももらした。
2月16日、経済産業省と東京都が、特定商取引法違反と東京都消費生活条例違反の疑いで、2月14日立ち入り検査を行ったと報じられる。解約ルールの説明や中途解約時の清算金をめぐって、同社の受講生からトラブルの苦情・相談が相次いだことから立ち入り検査が実施されたと見られている。もし同法違反などの事実が裏付けられれば、業務停止命令や改善指示といった行政処分の可能性がある。甘利明経済産業相は同日の閣議後会見で「トラブルの相談、苦情件数が2005年度だけで1000件を超えるなど突出し、問題があると思う」と述べた。特定商取引法違反の疑いで2月に経済産業省がNOVAに立ち入り検査をした直後、自由民主党の中山泰秀衆議院議員（大阪4区、猿橋望社長が後援している）が甘利明経済産業大臣を訪ね、NOVA側の正当性を訴えていたことを甘利経済産業大臣が2007年6月22日の閣議後の記者会見で明らかにした。甘利経済産業大臣は「（契約時に一括購入するポイントの量が多いほどレッスン単価が安くなる）NOVAのボリュームディスカウント制度の正当性について議論した。NOVAに対して何かしてほしいということではなく、訪問を受けて私から指示を出したことはない」と述べた。
9月26日、東京地裁（原敏雄裁判長）は、受講契約を中途解約した東京都の男性が未受講分の受講料約61万円の返還を求めた訴訟に対し、請求全額の支払いを命じる判決を言い渡している。
現在本社ビルが建っている小牧駅前の土地は同社が2013年4月に市から購入。しかしこの土地購入を巡って複数の問題が指摘されている。2015年1月15日同社への市有地売却が「不当に廉価だったため、市に損害を与えた」「随意契約で地元の金融機関に売却したのは、違法・不当だ」「近隣地の売却事例の半額以下売却した」として小牧市内に住む男性が山下史守朗小牧市長に対し一般競争入札で売却した場合との差額約1億5千万円を市に返還するよう求める住民監査請求を行った。これに対し山下市長は「価格も手続きも適正で問題ない」と主張。2015年2月6日監査委員が「売買契約から1年以上経過しており監査請求の対象にならない」（地方自治法では住民監査請求ができる期限は1年と定められている）として訴えを棄却した。この結果を受けて男性は同年3月住民訴訟を起こしたが、これも時効を理由に訴えが却下された。なおこの問題では市有地売却当時山下市長が役員を務める会社が借金の担保として1億5千万円の不動産担保を同社に差し入れており、そのことと市有地売却が関係しているのではと強く批判されている。またこの市有地売却の10ヶ月前の2012年6月山下市長は市民にも議会にも知らせぬまま市有地の随意契約に関する要綱（「小牧市普通財産土地の売払いに関する要綱」第4条）を改正。市有地売却は地方自治法で原則自由競争入札となっており、それまで市の要綱でも市長が勝手に市有地を随意契約で売却しないように随意契約での市有地売却には6つの条件付けがされており、その6つの条件に準じた場合で市長が認めた場合のみ随意契約で売却できるとなっていたが、山下市長はこれを「6つの条件のほか、市長が認めた場合」と変更。市長が自由に随意契約で市有地を売却できるとした。そのためこの要綱改正自体が地方自治法に違反するのではと議会から強く批判されたほか、同社にこの市有地を売却するため要綱改正を行ったのではとも批判されている。なお同社はこの土地を購入後本社ビルを建設。2014年11月に完成した同ビルへと本社機能を移転している。