本堂の門前の先に青銅の金仏があり、道はそこから若干右方向に曲がるが、その金仏の左正面が茶室・寒雲亭の中門である。その門の手前を右へ行くと菖蒲畑の左側に見えるのが立礼の茶室白蓮舎である。普通にお茶室というと和室に正座で作法が大変というイメージだが、こちらのお茶室は立礼席（りゅうれいせき）と言って敷き瓦を敷いた土間に椅子にテーブルでかなりの広さがある。立礼席は明治5年に裏千家11代玄々斎が外人を意識して考案したものでその後多くの流派に広がった。立礼席は各流派の門人の為のお茶会でない限り、一般には作法をさほど気にしないでも済む略式ととらえられている。普段は法事を行う際にその檀家の為などに用いられるが、年に2回、梅の頃と花菖蒲の時期には茶店として一般に公開される。また様々なイベントのメイン会場、サブ会場としても用いられる。
本堂にほぼ接した左側が水月堂である。元は加賀前田家の持仏堂であったが、1959年（昭和34年）にこちらに移築し、水月観音菩薩半跏像を安置する。水月堂とはその水月観音菩薩像からである。この水月堂が出来るまでは水月観音菩薩像は鶴岡八幡宮境内の鎌倉国宝館に寄託されていた。この持仏堂の仏壇は元々丸窓であったが、水月観音の大きさにちょうどピッタリであった。水月堂の前には作家の田村俊子や湯浅芳子の仲間であった山原鶴（号宗雲）の茶室松寿庵があり、本堂前から扁額が見える。
木造観音菩薩半跏像は鎌倉時代・14世紀の作で、鎌倉市指定文化財（彫刻・2003年〈平成15年〉11月19日指定）である。写実的ながら水月観音像ほどくつろいだ印象はなく、同じ鎌倉時代でも制作年代に開きがあるとされる。髻頂上の飾り、両手首先、左目の上瞼、下に踏み下げる左脚とその周囲の垂れる衣は後世補修されたものである。金沢区富岡の慶珊寺に明治維新後の廃仏毀釈で鎌倉の鶴岡八幡宮十二坊より移された十一面観音があり、胎内の銘文により1332年（正慶元年）の仏師院誉作と判明しているが、これと極めて良く似ている。
葡萄蒔絵螺鈿聖餅箱（ぶどうまきえらでん せいへいばこ、重要文化財〈工芸品〉・1976年〈昭和51年〉6月5日）はいわゆる「南蛮漆芸」の遺品。「聖餅箱」はキリスト教のミサで用いる道具で、キリスト教関連の器物も禁教令の出る1613年（慶長18年）以前にはポルトガルの商人を通じたヨーロッパからの注文で大量に作られていた。ただしこれがなぜ仏教寺院である東慶寺に伝わったかは定かでない。キリスト教のミサの道具と認識されたのは1936年（昭和11年）に漆工研究家の吉野富雄がこれを見つけたときからである。今日本にある「南蛮漆芸」は一度海外に輸出した漆芸品が近年戻ってきたものがほとんどであるが、この聖餅箱は日本からは出ずにずっと東慶寺に残っていたという非常に珍しいケースとされる。かつては宝蔵に常設であったが、文化庁の指導で毎年秋に2ヶ月間開かれる東慶寺伝来蒔絵展のときのみ展示されるようになった。
本堂に安置される本尊（寄木造玉眼入り）。頭部内面に墨書修理銘がふたつあり、古い方の冒頭に「松岡東慶寺永正12年火事出来、本尊計出候、菩薩座光□□（ 2字判別不能）」とあり、これによって1515年（永正12年）に大火事に見舞われたことが判った。現在残る古文書に永正12年以前のものが極めて少ないのはこのとき焼失したためと思われている。聖観音立像はこの時期まだ東慶寺には来ていないので「菩薩座光」は水月観音菩薩かもしれないが不明である。1518年（永正15年）6月にこの本尊に仏師弘円が面部を彩色し、左の玉眼を入れたことが記されている。もうひとつは江戸時代初期で、1671年（寛文11年）に仏師加賀が修補とある。関東大震災で大破したが本尊は昭和初年に修復した。かつては本尊の前立に文殊菩薩、普賢菩薩があったが関東大震災で大破し今はない。
永禄年中（1558〜1570年）に、この村の下屋敷に創建されたが、1626年（寛永3年）に長崎四郎左衛門嘉国が寄進して現在地に移転した。神社は国分寺崖線上の高いところにあることから、長らく御嶽神社（みたけじんじゃ）と呼ばれていた。1874年（明治7年）に村社となる。1906年（明治39年）の勅令によって進められ神社合祀に基づき、1908年（明治41年）に他の、八幡社、熊野社、大神宮（天祖社）、六所宮などを合祀して玉川神社となり、後に瀬田玉川両地区の氏神様として瀬田玉川神社と呼ばれるようになった。1914年（大正3年）に社殿は改築され、1923年（大正12年）の関東大震災の被害で補修された。境内には樹齢7〜800年の東京都指定天然記念物の大きな黒松（高さ約25メートル、目通り3.77メートル）があったが、1966年（昭和41年）9月24日に台風26号の猛襲で地上10メートル付近で主幹が折れて社務所を大破させ、のちに枯死した。これを機に1968年（昭和43年）に社殿及び社務所が再建された。