全国的に見て、一般的な味噌は米味噌であり、豆味噌（赤）は、中京地域のみで造られている。米味噌の色は、黄色や黄色を帯びた白色、赤色など多様。米味噌は淡色の場合、一般に煮大豆を用いるが、赤みのかなり濃い米味噌は蒸し大豆を用いる。また、米麹が多く使用される味噌ほど熟成期間が短く済む傾向もある。米の白味噌では信州味噌・西京味噌が代表的で、米の赤味噌では津軽味噌、仙台味噌などが代表的である。西京味噌は甘みが強く、仙台味噌は辛みが強い。津軽味噌はコクがあり、信州味噌はあっさりとした口当たりを特徴とするなど様々な特徴がある。米味噌の多く消費される地域は、東日本全域と、北陸地方、近畿地方である。なお、日本の都道府県の中で1世帯あたり味噌消費量の第1位は長野県であり、またその生産量においても長野県が群を抜いており、おやきなど地域での名産品もある。麦味噌は生産量の11%ほどを占め、九州、中国地方西部、四国西部では主に麦の白味噌が造られている。北関東では、大麦を使った赤味噌も造られている。豆の赤味噌は蒸し大豆（或は煮大豆）と豆麹を用い、米の赤味噌よりも熟成期間が長いので、その色は米の赤味噌よりもさらに赤みが強く黒味を帯びた濃い赤茶色である。米味噌や麦味噌に比べて甘味が少なく、渋味がありうまみが強いのが、大きな特徴である。豆味噌を主として消費するのは中京圏の愛知県全域、岐阜県美濃地方の中南部・西部、三重県北東部に限られる。豆味噌では、八丁味噌が代表的である。
東京の四ツ谷に暮らす男子高校生・立花瀧は、ある朝、目を覚ますと岐阜県飛騨地方の山奥にある糸守町に住む女子高生・宮水三葉になっており、逆に三葉は瀧になっていた。2人とも「奇妙な夢」だと思いながら、知らない誰かの一日を過ごす。翌朝、無事に元の身体に戻った2人は入れ替わったことをほとんど忘れていたが、その後も週に2、3回の頻度でたびたび「入れ替わり」が起きたことと周囲の反応から、それがただの夢ではなく実在の誰かと入れ替わっていることに気づく。性別も暮らす環境もまったく異なる瀧と三葉の入れ替わりには困難もあったが、お互い不定期の入れ替わりを楽しみつつ次第に打ち解けていく。しかし、その入れ替わりは突然途絶え、なんの音沙汰も無くなってしまった三葉を心配した瀧は、記憶をもとに描き起こした糸守の風景スケッチだけを頼りに飛騨へ向かう。瀧の様子を不審に思い、心配していた友人・藤井司とバイト先の先輩・奥寺ミキもそれに同行する。しかし、ようやく辿り着いた糸守町は、3年前に隕石（ティアマト彗星の破片）が直撃したことで消滅しており、三葉やその家族、友人も含め住民500人以上が死亡していたことが判明する。瀧は、以前三葉と入れ替わっている時に口噛み酒を奉納した記憶を思い出し、山上にある宮水神社の御神体へと一人で向かう。そしてその御神体が実在していたことで「入れ替わり」が自分の妄想ではなく、2人の入れ替わりには3年の時間のズレがあったことを確信する。瀧はもう一度入れ替わりが起きることを願いながら、3年前に奉納された三葉の口噛み酒を飲む。目覚めると隕石落下の日の朝の三葉の身体に入っていた瀧は、三葉の友人である勅使河原克彦、名取早耶香の2人とともに、住民を避難させるために変電所を爆破し町一帯を停電させ、町内放送を電波ジャックして避難を呼びかけるという作戦を画策する。しかし、その計画の要である三葉の父（町長）・俊樹を説得しようとするが、妄言だと一蹴される。避難計画は順調に進まず、三葉本人なら町長を説得できると思った瀧（身体は三葉）は、三葉（身体は瀧）に会うため御神体がある山を登る。その途中で、瀧は当時中学生だった3年前、見知らぬ女子高生に声を掛けられたことを思い出す。その女子は、瀧に会うためにはるばる東京へやって来た、三葉であった。三葉の自分に対する想いに初めて気づいた瀧は、涙を流しながらも、山を登り続ける。山の頂上に辿り着いた瀧は、三葉の名前を叫びながら、御神体の外縁を走り回る。2人が生きている世界には3年の時間差があったため、時を超えて聞こえる声を頼りに互いの姿を探すも、声だけで姿は見えなかった。しかし黄昏（糸守ではカタワレ時と呼ばれている）が訪れると互いの姿が見え、入れ替わりが元に戻り、初めて2人は時を超えて、直接会話することができた。カタワレ時の終盤、瀧は互いの名前を忘れないようにするため、三葉の手のひらに自分の名前を記す。しかし三葉が瀧の手のひらに文字を書き入れようとした瞬間、カタワレ時は終わってしまい、2人はそれぞれ元いた世界へ引き離されてしまう。三葉は、瀧から住民を助ける計画を引き継ぎ下山する。勅使河原と計画通りに町を停電させ、早耶香が避難指示の放送を流すが、その電波ジャックも町役場にバレて阻止され、避難は進まない。改めて父親を説得するために町役場へ向かう三葉だったが、途中の坂で転倒してしまい、心が折れそうになってしまう。いつの間にか瀧の名前を忘れてしまっていた三葉は、名前を思い出すために、ふと手のひらを見る。だがそこに記されていたのは名前ではなく、瀧からの「想い」だった。その言葉に励まされた三葉は前を向いて、再び町役場へと走り出す。そしてその後、ティアマト彗星の破片が糸守町に落下する。月日は流れ、瀧が「入れ替わり」という不思議な出来事に遭ってから5年後、偶然にも住民が避難訓練をしており、奇跡的に死者が一人も出なかった糸守町への隕石衝突から、8年後へと舞台は移る。瀧は就活の毎日、三葉たちは東京で暮らしていた。たまに町中でお互いの気配を感じることはあったが、もはや入れ替わりのことは忘れており、ただ「漠然と『誰か』を探している」という、切実な思いだけが残っていた。さらに月日が流れたある春の日、たまたま並走する別々の電車の車窓からお互いを見つけた2人は、それぞれ次の駅で降り、お互いの下車駅に向かって走り出す。ようやく住宅地の神社の階段で再会した三葉と瀧は、涙を流しながら互いの名前を尋ねた。