成田空港に降り立つ一人の女性。3年ぶりの帰国を果たした彼女は、強い決意をもってある目的を果たそうとしていた。しかし、乗り込んだタクシーが事故に遭い、一切の記憶を失ってしまう。幸いにも運び込まれた病院の看護士がかつての彼女の親友で、彼女の証言もあり、いとこだと名乗る男性が病院に現れ、彼女の身分を証明した。彼女の名前は竜崎亜里沙、3年前両親と共に車ごと海に転落し、これまで行方知れずだったという。不安なまま退院し、いとこの家に引き取られる亜里沙。自分が何者かもわからず不安な毎日を送るある日の夜、目の前に黒づくめの男が現れる。どうやら知り合いらしいが亜里沙は思い出すことが出来ず、恐怖を感じながらもなぜか惹かれ、男の導きによって正体不明の恐ろしい組織の存在に気づく。やがて命を狙われ始める亜里沙だが、男の影からの支えを感じ、徐々に記憶を取り戻しながら、見えない敵に立ち向かう勇気を持つようになっていく。そして、すべてが暴かれる時が来た。
父邦彦は日本郵船の造船工学技師。父の赴任先の長崎市に生まれる。本籍地は山口県岩国市。河上家は江戸時代は、岩国藩士であった。祖父逸は勝海舟、今北洪川、玉乃世履らに師事した。河上肇は親類にあたる。1908年（明治41年）、神戸市立諏訪山小学校に入学。1914年（大正3年）、旧制兵庫県立第一神戸中学校に入学。1916年（大正5年）、旧制東京府立第一中学校に編入学、同級に富永太郎、1年下に小林秀雄がいた。1919年（大正8年）、旧制第一高等学校文科甲類（文系の英語クラス）に入学するも1920年（大正9年）に休学しピアノを習う。また、この年、満洲、撫順に遊んだ。1923年（大正12年）、東京帝国大学経済学部に入学。1924年（大正13年）、『月刊楽譜』誌に音楽評論「音楽に於ける作品美と演奏美」を発表。1925年（大正14年）12月、富永太郎死去。1926年（大正15年）、東京帝国大学経済学部卒業後、3ヶ月のみ東京帝国大学文学部美学科に在籍。河野與一教授のライプニッツの講義に出席。1927年（昭和2年）10月、諸井三郎らと7名で樂團スルヤを結成。1929年（昭和4年）4月、同人雑誌『白痴群』創刊、編輯人となる。同年6月、『白痴群』2號にヴァレリー「レオナルド・ダ・ヴィンチ方法論序説」を訳出。1930年（昭和5年）5月、同人雑誌『作品』創刊、同人となる。同年6月、『作品』2號に「自然人と純粋人」を発表。同年8月、『作品』に「羽左衞門の死と變貌についての對話」を発表。1931年（昭和6年）、英国から帰った吉田健一が親戚の病気見舞に行き、河上と識る。以後河上に師事する。1933年（昭和8年）、『改造』3月号に「樂壇解消論」を発表。物議をかもす。1934年（昭和9年）、シェストフ『悲劇の哲學』のドストエフスキイを河上が、ニイチェを阿部六郎が分担翻訳し公刊。文壇に「シェストフ的不安」の語を流行させる。1935年（昭和10年）6月、ヴェルレーヌ『叡智』訳出。1936年（昭和11年）、『文學界』1月号より同人に参加。同年3月、牧野信一死去。1937年（昭和12年）8月、軽井澤滞在中に、中原中也から「辞世みたいな手紙」が来る。同年10月、中原死去。同年12月以降は、『文學界』編集の主担当となったが、1938年（昭和13年）1月号が発禁処分に会う。同年12月、『音樂と文化』を刊行。これを契機に山根銀二と論争。1940年（昭和15年）1月、『婦人公論』に「新聖書講義」の連載を開始。同年7月、『道徳と教養』刊行。1942年（昭和17年）5月、国策団体である日本文学報国会評論部門幹事長に就任し、やがて審査部長となる。同年10月、反西洋的なシンポジウム「近代の超克」に司会の立場で参加した。1943年（昭和18年）8月、雑誌『批評』同人に参加。1945年（昭和20年）10月、東京新聞へ「配給された自由」を執筆。革新派陣営より論難される。1947年（昭和22年）11月、旧称都築ヶ岡と呼ばれた多摩丘陵の一角である神奈川県川崎市片平に居を定める。1950年（昭和25年）9月、郷里岩国の錦帯橋の流出を折から帰省中で見ることとなる。1952年（昭和27年）2月、初めて放送（JOKR）で、ピアノの演奏を披露。同月発行の『創元音楽講座 總論篇』に「音楽に於ける独創」を寄稿。1953年（昭和28年）8月から9月にかけて、英国外務省の招きで福原麟太郎、池島信平、吉田健一とともに本人初の渡英。ロンドン、マンチェスター、スコットランドを見学したのち、パリまで回って帰国。1954年（昭和29年）に『私の詩と真実』で、読売文学賞評論部門を、1960年（昭和35年）に『日本のアウトサイダー』で、新潮社文学賞を受ける。1961年（昭和36年）、日本芸術院賞を受ける。1962年（昭和37年）7月「吉田松陰 — 明治維新の再評價」を発表。自らが提唱する硬文學論の実践の皮切りとなる。1963年（昭和38年）に日本芸術院会員。1968年（昭和43年）、『吉田松陰 — 武と儒による人間像』により野間文芸賞を受ける。1971年（昭和46年）、『有愁日記』で日本文学大賞を受ける。1972年（昭和47年）10月、文化功労者、同年12月、岩国市名誉市民に選出される。1977年（昭和52年）2月、『歴史の跫音』刊行。同年3月、『わがドストイエフスキー』刊行。同年8月、吉田健一死去。密葬において友人代表としてラフォルグの詩の一節を誦んで別れを告げた。1980年（昭和55年）、肺癌のため築地の国立がんセンターで没した。東京カテドラル教会にてカトリック葬。葬儀司宰者は井上洋治神父。葬儀委員長は小林が務めた。郷里岩国市でも葬儀が行われた。