2018年（平成30年）3月14日までは井上を含めてオウム真理教事件の死刑囚13人全員が東京拘置所に収監されていた。しかし2018年1月、高橋克也の無期懲役確定によりオウム事件の刑事裁判が終結したことから、同年3月14日には麻原彰晃を除く死刑囚12人のうち7人に関して死刑執行設備を持つほかの5拘置所（宮城刑務所仙台拘置支所・名古屋拘置所・大阪拘置所・広島拘置所・福岡拘置所）への移送が行われた。井上は新実智光とともに2018年3月14日付で大阪拘置所に移送され。移送翌日にあたる2018年3月15日に「死刑回避のためではなく、事実は違うことを明らかにしたい」と東京高裁に再審請求していた。2018年7月6日午前、大阪拘置所にて死刑が執行された。48歳没。最期の言葉は「まずはよし」、遺体は両親に引き取られて2日後に荼毘に付され。最期の言葉の「こんなことになるとは」だけを抜き取って、井上は死刑を想定していなかったなどとするデマも流された。葬儀はかねてから交流のある浄土真宗の岡崎別院で営まれた。
その後、マダラを倒す為にマダラの所に行く決心をし、柱間から全てのチャクラを受け取ってマダラの元へ向かうが、彼の「輪墓・辺獄」により動きを封じられ、奪われた草薙の剣で胸を貫かれて瀕死の重傷を負わされる
その後は自身の精神世界にて六道仙人こと大筒木ハゴロモと出会い、そこで自身が彼の二人の息子の兄の方である大筒木インドラの転生者であることを知る
ハゴロモからの「この戦争の果てに何を望む」という問いに対して「イタチが自身を生かしたことで憎しみを分散させてしまった失敗から学び、本当の一人となり自身が瞳力を駆使して忍界の闇（憎しみ）を全て一人だけで引き受ける火影になる」と答え、マダラを止めるために六道仙人の力を授かって左目に輪廻眼を開眼させた
そして「イザナミ」の無限ループから解放されたカブトの医療忍術と柱間細胞によって見事に生還する
その後、自分と同じ六道の力を得たナルトと共に十尾の人柱力となったマダラや彼を触媒に復活した大筒木カグヤに立ち向かい、最初は苦戦を強いられながらも最終的にはカカシやサクラの協力もあってナルトと共にカグヤを封印することに成功した
だが程無くして、現五影と尾獣を抹殺することで「革命」を図ると言い放ち、「陰」の九喇嘛を除く尾獣を幻術にかけ「地爆天星」で捕縛し、自身の目指す火影として「本当の一人」となるために「自分にとって最も親しい友」のままでいるナルトを抹殺すべく再び「終末の谷」で決闘を行う
その直前にサクラが制止しようとしたが、かつてと同じように彼女の想いを拒絶し、幻術で気絶させた
決闘の最中、互いに無尽蔵に近いチャクラをほぼ全て使い果たすほどの文字通り天地を揺るがす壮絶な一騎討ちの末に、「千鳥」に「炎遁・加具土命」を込めた「建御雷神」とナルトの「陰」の九喇痲の残り全てのチャクラを込めた「九尾螺旋丸」との激突で左手を喪失する重傷を負う
なおも戦意を保っていたが、同様に右手を失いながらも親友として自身を気にかけるナルトの思いを痛感し、心が折れたこともあり自身の敗北を認め、紆余曲折を得て和解した
そこへたどり着いたサクラにはこれまで行った仕打ちに対し謝罪し、自身の憎しみにピリオドを打つ幕切れとなった
終戦後、「無限月読」を解除した功績と第四次忍界大戦終結の功労者となったナルトや六代目火影に就任したカカシの嘆願もあって恩赦が認められた（『疾風伝』では戦争終結後に服役している描写が成された
その後は原作通りに恩赦が認められた）
終戦から1年後には贖罪の旅に出かける様子が描かれており、その時に同伴を志願したサクラに対しては、額を小突くイタチ譲りの愛情表現により、里に留まるよう宥めていた
そしてナルトからかつて自分が残して行った傷を付けられた木ノ葉の額当てを返却され、ナルトが望む本当の勝負をする時まで預かることにし旅に出た
なお、旅立つ前に柱間細胞から造られた義手を装着することを勧められていたが、完成を待たずに旅に出たため、ナルトとは違い隻腕となっている
大筒木トネリによる月落下の際には不在のナルトに代わり里を守るべく密かに舞い戻り、欠片破砕作業をしていたカカシたちを救った
木ノ葉暗部が行っていた薬物売買事件の際には「自分が動かずとも解決するだろう」とナルトたちを信じ直接介入を避けていたが、里から逃げようとしていたキドの部下たちを無力化してそのまま去った（小説『サクラ秘伝』）
ナルトとヒナタの結婚式にも里を出ていたため欠席したが、当日鷹を使って簡潔な祝いの手紙を送った（『疾風伝』最終話）
小説『サスケ真伝・来光編』では主人公を務め、木ノ葉・霧・雲で起こったテロ事件の解決に奔走した
この出来事で「圧倒的な力を持つはずのカグヤが、なぜ大量の白ゼツ軍団を用意しようとしていたのか」という疑問を抱き、贖罪の旅の傍ら独自に調査を始めている
また、事件を通じて自分の「繋がり」の大切さを感じ、それまで帰らなかった木ノ葉隠れに時々戻るようになる
一時期はサクラを伴い旅をしており、その最中に彼女との間に娘・サラダを儲けている
この頃には髪を少し伸ばし前髪で左目を隠している（『暁秘伝』で子供に輪廻写輪眼を見咎められ、不自然にならない程度に隠そうとしたのがきっかけ）他、黒いマントを羽織っている
外伝『七代目火影と緋色の花つ月』では、ナルトを含む五影やサクラにカグヤに関する疑惑を打ち明け、彼らの許可を得て長期に渡り単独で調査を行っていた
そのせいで父への恋しさを募らせたサラダの訪問を受け、親子間のトラブルを抱えながらうちはシンと対峙する事態に発展するものの、「お前がいるから家族は繋がっている」と諭し、共に事件を終息させた
一時帰還し出立する際には寂しがるサラダに対し、かつてサクラにしたように額を小突いていった