ダイヤ改正が行われる場合、全ての列車が日をまたがずに運行されている路線であれば、ダイヤ改正前の行路とダイヤ改正後の行路をつなぐことができるかを検討した上で、必要に応じて交番の変更、行路の一部修正などを行って対処する。これに対し、夜行列車の運転があり、列車の運行中に新しいダイヤへ移行しなければならない場合、より複雑な対応が必要となる。そのような路線では、ダイヤ改正前日の夕方頃から、列車ダイヤそのものが「移り変わりダイヤ」と呼ばれる特別なものに移行することがあり、改正前にも改正後にも該当しないダイヤでの運行となる。運用計画もこれに対応して移り変わり運用を計画して実行しなければならない。ただし夜行列車の運転がない路線でも翌日の車両運用の関係から移り変わりダイヤを採用する場合がある。大規模なダイヤ改正になると車両の転属が行われることがあり、転属のための回送列車が多数設定される。運用計画ではこの転属回送にも対処する必要がある。ただしJR化以降の日本では、JRグループの白紙改正は1988年3月13日実施の「一本列島」時に実施されたわずか1回のみであり、また白紙改正以外の大規模なダイヤ改正はあまり行われておらず、夜行列車の削減と相俟ってこの問題は小さくなっている。
ダイヤが乱れた際には、運用を随時変更して対処する。到着列車が遅延していて、その列車の運用に充てられていた編成や乗務員を使って運転する予定の出発列車に遅延が波及しそうな時に、代わりの編成や乗務員を準備して運行させることが代表的な対処法である。運用変更に関しては運転整理を参照。一般に、乗務員運用は便乗で必要な乗務員を柔軟に送り込むことができる上に番線の制約がないので、運転整理時の制約はそれほど厳しくない。これに対して車両運用では編成の移動に必ず列車ダイヤと乗務員の裏づけが必要で、強い制約条件となる。
行路の作成においては、泊行路や折り返し駅など、一番制約が厳しくなる箇所から列車の組み合わせを作っていく。制約を満たせない時は、回送列車の設定を検討したり、泊行路を日勤行路に代替できないか検討したりといった方法を取る。どうしても制約を満たした行路計画を作成できない時は列車ダイヤを変更することになる。続いて、そのようにして作った行路の断片をつなぎ合わせて1日の行路を組み立てていく。検査周期、勤務時間といった諸条件を考慮しながら試行錯誤で条件を満たした行路を計画することになる。なお、長大な鉄道路線で車両基地や乗務員所属区所が複数存在している場合や、他路線への乗り入れが存在している場合には、関連している車両基地・乗務員区所の間でどこにどの列車の運用を割り当てるかの考慮が最初に必要となる。割当可能条件により担当区所が限定されることもあるが、複数の区所が受け持ち可能な場合は区所間での運用の受け持ちを変更することで制約条件を満たせるようになることがあり、複雑な計画となる。平日ダイヤと休日ダイヤを分けて設定している路線では、行路計画も平日行路と休日行路のそれぞれで設定する。臨時列車の運行に対しては、計画段階で考慮されている予定臨時列車である場合は、あらかじめ行路計画に含んでおくことがある。一方で、運転期日が少ない臨時列車や突発的な臨時列車の場合は、所定の行路を大幅に変更したり、臨時列車対応専用の新たな行路を設定したりして対応する。行路計画の作成は運行計画の作成担当部署が中心になるが、現場の実情を反映するために各区所との調整・修正が繰り返し行われて最終的な行路計画となる。
各行路間で勤務時間や休憩時間、泊行路の睡眠時間などがばらついていないことが基本的である。これは乗務員間の公平性に関係するが、多少のばらつきは交番を通じて調整される。また、泊行路で夜遅くの列車で到着した乗務員は翌朝早い列車に乗務させることを避けるといった細かい配慮も行われる。
乗継が多い運用は引き継ぎ時間が多く必要になるだけではなく、ダイヤが乱れた時に車両は到着しているが乗り継ぐ乗務員が到着していないなどといった問題を生じやすい。このため車両と乗務員が長く一緒に運用される事業者もある。車両と乗務員が一緒に運用されることを共回し（またはA運用とB運用が共通であることを強調してAB共回し）という。
列車ダイヤを実行するのに必要な乗務員数は少ない方がよい。これは、必要な乗務員数がコストに直結するためである。乗務員数はすなわち行路数を意味する。車両運用と同じく、折り返し時間や休憩時間などをぎりぎりに設定すると遅延が波及しやすいため、ある程度の余裕が必要となる。
アーノルドはコネチカットで海上貿易を生業にしていた。アーノルドは抜け目無く湖岸とバルカー島の間の狭く岩の多い水域で戦えば戦力的に劣る大陸軍でも戦えると踏んだ。イギリス軍はその火力を最大限に活かしにくいし、大陸軍は水上戦に慣れていなくともそれ程影響しないとみたからである。1776年10月11日の正午ごろ、イギリス艦隊は大陸軍艦隊と300ヤード (270 m)離れて戦列を組み、小さな砲艇を前に、その50ないし100ヤード後ろに主力艦5隻を並べた。イギリス艦隊は船腹に並べた大砲の火蓋を切った。これは約5時間も続いた。このために大陸軍のリベンジが多く被弾し、フィラデルフィアも被弾した挙句午後6時半に沈んだ。デイビッド・ホーリー船長が指揮するロイヤル・サベージは座礁したので、イギリス軍に捕獲されないよう乗組員が火を放った。コングレスとワシントンは大破し、ジャージーとニューヨークも損傷が大きかった。イギリス軍の被害も広がり始めた。カールトンは、座礁したロイヤル・サベージに乗り移ろうとしている時に被弾し、火が燃え移って撤退した。デュフェ中尉の指揮する小さな砲艇が大砲弾の直撃を受けて爆発し沈没した。他の砲艇も多くが被弾し後退して大陸軍からの距離を700ヤード (630 m)にした。2隻の砲艇は損傷が激しかったので戦闘後に自沈させた。その日の日没時点では大陸軍の分が悪かった。ほとんどの艦船が被害を受けるか沈んでおり、乗組員も約60名が死傷していた。イギリス軍の死傷者は約40名であった。アーノルドはイギリス軍に勝てないと考え、撤退を決めた。アーノルドは夜陰に紛れてイギリス艦隊をやり過ごし、湖の南端にあるクラウンポイントに集結している陸軍の部隊との合流を試みた。あいにく天候が悪く、目的地まで行き着かない船が多かった。イギリス軍の指揮官カールトンは大陸軍の船を追掛ける途中、誤って小さな岩礁を砲撃してしまった。その岩礁は後にカールトンの褒章と名づけられた。