家賃や光熱水費の掛からない議員会館に主たる事務所を置く赤城の資金管理団体「徳友会」が計上した事務所費が、少額の時は19万円程度、多額の時はおよそ1000万円となるなど、大きく変動していることが明らかになった。「備品・消耗品費」がゼロとなっている年があることも明らかになったが、事務所は休眠状態ではなく、政治資金パーティーなども開かれていた。本来は大きく変動するものではないという声もあるが、赤城の事務所は、「年によって活動の濃淡がある」と主張している。
赤城が支部長を務める「自由民主党茨城県第一選挙区支部」と、「赤城徳彦後援会」との間で、経費の付け替えが行われた疑いが発覚している。2003年の収支報告書において、赤城徳彦後援会は政治活動費として毎月「機関紙誌の荷造発送費」を計上し、一年間で約217万円が計上された。しかし、赤城徳彦後援会の元幹部は「（後援会の）機関紙のようなものは見たことがない」と証言し、地元から「機関紙など来たためしがないし、そもそも機関紙を発行しているなど聞いたことがない。周りから『機関紙くらい出せ』とずいぶん言われていたが、結局出していないようだ」と指摘されている。さらに、赤城徳彦後援会は、2003年には機関紙誌を発行するための印刷費を計上しておらず、2004年には機関紙誌の発行事業費自体が計上されなくなっている。神戸学院大学法科大学院教授上脇博之は、「自民党第一支部の代わりに、自民党機関紙である『自由民主』などを発送していたのでは」と指摘している。なお、2007年7月10日、赤城自身は「（事務所費で）架空とか付け替えもありませんし、公私混同するようなそういうこともしておりません」と断言している。
赤城が支部長を務める「自由民主党茨城県第一選挙区支部」と、政治団体「赤城徳彦後援会」とが、2003年の政治資金収支報告書に同一の領収書の写しをそれぞれに添付し、20万円の郵便料金を二重計上していたことが発覚した。朝日新聞社の情報公開請求に対し茨城県が公開した資料で明るみに出た。朝日新聞の追及に対し、赤城の事務所は二重計上の事実を認め、2007年7月26日に後援会側の政治資金収支報告書を訂正した。なお、二重計上が発生した理由については「事務処理上のミスで意図的ではない」と説明している。自由民主党茨城県第一選挙区支部は、「組織活動費（行事費）」の「案内状発送費」として、2003年9月11日に水戸中央郵便局に13万円強、水戸駅前郵便局に6万円強を支払ったと記録した上で、両局発行の領収書の写し2枚を添付している。それに対し、赤城徳彦後援会は、「機関紙誌の発行事業費（機関紙の発行費）」の「荷造発送費」として、同じく9月11日に同額を水戸市役所前郵便局にのみ支出したと記載した上で、領収書の写し2枚を添付している。しかし、この領収書は、発行時刻、郵便物の差出数、釣銭額、領収書の「発行No」等が完全に一致しており、二重計上の疑いが強いとされている。赤城事務所では「03年9月11日付の郵便料金は、支部の経費だった」と説明しており、赤城徳彦後援会の政治資金報告書が誤りであることを認めた。なお、収支報告書に添付された領収書のコピーは、自由民主党茨城県第一選挙区支部側は「発行No」、「担当者No」が含まれるのに対し赤城徳彦後援会側は当該部分が含まれておらず、コピーの倍率も異なるため、「二重計上が露見することを隠すための作為」の可能性が指摘されている。
当項の冒頭にもあるように「プロテスタント」は諸教派の総体であって、プロテスタント全体の代表者や指導者のような存在（カトリック教会における教皇や正教会における総主教）や、プロテスタント全体を統括するような教団連合組織はない。また、各教派の成立自体も初代統一プロテスタントからの分離・離脱から生じ、複数に別れたといったものではなく、最初期のプロテスタントであるアナバプテスト、ルター派、カルヴァン派、ツヴィングリ派などは互いの影響は受けつつも、それぞれ全く別個に成立したもので、最初から統一されたプロテスタントは存在しなかった。それ故、前出の聖公会などをはじめ、「プロテスタントなのか、そうでないのか」が曖昧で線引きの難しい教派・教団が生まれる結果にもなっている。それぞれの成立については本項の系統の節を参照。対して、カトリック教会はそれに属するすべての教会が中央であるローマ教皇庁（バチカン）に結び付いている。正教会は基本的には国や地域ごとに教団は複数に分かれているものの、同じ教義・奉神礼を共有し、相互にフル・コミュニオン関係を維持する連合体として存在しており、イスタンブールのコンスタンディヌーポリ総主教庁を全地総主教庁と呼ぶなど、名誉的にではあるが全正教会の筆頭・総本山的扱いとしている。そういった意味では、カトリックや正教会と同じような意味・用法での「プロテスタント」という名の教派は存在しないのである。「プロテスタント」の語は66巻の聖書を共有するキリスト教について使われており、同じ正典を用いる人々の分派を教派（ディノミネーション）とし、違う正典を用いる分派は宗派（セクト）として区別されることがある。プロテスタントは同じ教派でも宗教法人としての教団は更に分かれていることも多い。例えば、同じルーテル教会としての教派と自己規定していても、「○○ルーテル教団」「△△ルーテル〜教会」「○○ルター派××教団」といった法人が分かれているケースもあり、さらに法人が別なだけでなく交流すらないケースもある。これは移民や宣教によって成立母体が異なる場合や、教義の解釈によって分裂が起こることに起因する。逆のパターンとしては日本基督教団などのように、異なる教派同士が一つの超教派教団に所属している場合もある。また、ルーテル教会には修道院制度が僅かながら存在するが、他のプロテスタント諸派には修道院制度が存在しないなど、プロテスタント諸派の間には小さくない差異がある。