義親追討の「成功」後、白河法皇は源氏に対抗させるように正盛を引き立て昇進させた。山門衆徒の強訴の防禦、強盗の追捕や九州での平直澄の追討などに起用し功を上げさせ、従四位下にまで昇進させた。一方、義親の子の為義は河内源氏の家督は継いだが、祖父が任じられた陸奥守となる願いも許されず、検非違使判官のまま長く留め置かれた。正盛、忠盛父子は海賊の追捕などを経て西国に勢力を扶養し、やがて、清盛の時代に全盛を迎える。
一旦は義家の嫡子となった義親が追討の対象とされたことで、河内源氏一族には動揺が生じ、遂には深刻な内紛が起こった。義家の遺志により河内源氏の家督は四男の義忠とされ、義親の長男の為義がその養子とされた。天元2年（1109年）2月、義忠が殺害される事件が起こる。容疑は義綱にかけられ、憤慨した義綱は一族とともに近江国甲賀に立て籠もり、為義がこの追討にあたり、合戦の末に義綱の子たちは殺され、義綱は降伏して佐渡国へ流され、後に自害している。義綱の容疑は冤罪とされ、真相は不明だが『尊卑分脈』などでは義家の弟の義光を真犯人としている。この同族の内訌によって、河内源氏の力は大きく削がれた。
義家の二男の義親は父譲りの剛勇で知られ、対馬守に任じられて九州に赴任していたが、康和3年（1101年）大宰大弐大江匡房から義親が人民を殺し、略奪を行っているとの訴えが起こされた。朝廷は追討を議し、まずは義家の郎党の豊後権守藤原資道を派遣し、説得して召還を試みることになった。ところが、現地に着いた資道は義親に従い官吏を殺してしまった。このため、翌同4年（1102年）12月、朝廷は義親を隠岐国へ流罪と決める。その後の動静は詳らかではなく、『大日本史』などは義親は配所には行かなかったとしている。義親は出雲国へ渡り、目代を殺害して再び官物を奪う乱暴を働いた。義家の立場は苦しいものとなり、義家自らが子の義親追討に当たらねばならなくなった。嘉承元年（1106年）、常陸国でも三男の義国と弟の義光が合戦に及ぶ騒動を起こし（常陸合戦）、義家が京都への召還を命じている。このような一族が引き起こす騒擾のさなか、同年7月、義家は68歳で死去した。
源義家は後三年の役で清原氏と戦って勝利したが、朝廷は私戦として論功行賞を認めなかった。このため義家は従軍した軍士に私財をなげうって報償し、これによって東国武士、百姓の義家への尊崇は絶大なものになっていた。京都でも義家の威名は高まり「天下第一の武勇の士」と呼ばれた。この頃は摂関政治に代わる院政の時代で、白河法皇が「治天の君」として専制権力を振っていた。白河法皇は義家の武力を身辺警固に大いに活用する一方で、前陸奥守のまま昇進はさせず、あまつさえ寛治5年（1091年）には諸国の百姓に義家への田畑の寄進の禁止を命じる宣旨を出し、その力を抑え込もうとした。一方で、法皇は義家の対抗馬を用意し、弟の義綱を積極的に起用し、同7年（1093年）に出羽国で平師妙・師季が叛乱を起こすと起用して鎮圧させ、義綱は師妙・師季の首を掲げ堂々行列して京都へ凱旋した。義綱は賞により従四位下に叙せられ、美濃守に任じられた。この義綱と義家の仲は極めて険悪だった。それでも、義家の声望は依然として高く、承徳2年（1098年）法皇は義家に院の昇殿を許し、義家は感激したが、武士の身分を低く見る当時の公卿社会はこれすらも納得しない風潮だった。
番組でディナーショーのセットを組み、島田紳助と松本が客となって豪華料理を前に、ただ芸人のネタを鑑賞するという企画が行われていた。この企画のはじめの頃は、個人的には面白いと思うけど表に出てこれない芸人を推薦してディナーショーを開催していたが（このとき笑い飯が推薦されている）、番組の通常回での二人の会話の中で、芸歴が長くて芸人の中では高い地位を確立してはいるのだが一般ウケしないネタをやっている芸人を観ようという話になり、シベリア文太とリットン調査団が推薦されディナーショーが開催された。このディナーショーの後の回で島田紳助が、芸歴が長く芸人の中では高い地位を確立している芸人たちがお笑いを辞めていかないために、そういった地位の高い芸人たちがTVの前座や端折役を占めていて、力のある若手が表に出るチャンスすら与えらていない現状がある。芸人内での地位が高いヤツらがTVの前座や端折役を占めるのは仕方ないけど、それとは別に力のある若手に表に出るチャンスを与えてやりたいと述べていた。それから、すぐに後、番組内で紳助が、スポンサーと番組枠を獲得したのでお笑いコンテストをやるから松本に審査員として参加して欲しいと打診をすることになる。M-1グランプリが数回行われた時に、笑い飯が最終決戦に残り、あと一歩で優勝するのではないかというような状況になった時に、松本が笑い飯に投票しなかったことで彼らは優勝を逃すことになった。その後の番組の放送で紳助が松本に笑い飯に入れなくて、ありがとうと述べている。フットボールアワー、アンタッチャブル、ブラックマヨネーズという優勝者を出していたが、チュートリアルが優勝した翌年頃までは、これら優勝者の売れ方はかなり微妙な状態にあった。この頃、番組内で紳助はM-1を今年で辞めようと松本に提案している。