2013年9月、海上自衛隊の練習艦「かしま」が、日本とクロアチアの国交樹立20周年を記念して、リエカに次ぐクロアチア第二の港町でありダルマチア地方で最大の港町スプリトに寄港した。これが、海自の艦艇による初のクロアチア訪問である。かしま艦上で開かれたパーティーでは、スティエパン・メシッチ元大統領、辻優駐クロアチア大使、北川文之海将補などが参加し、海自の音楽隊とクロアチア共和国軍オーケストラが協演するなど、両国の親睦を深めた。
1991年、クロアチア共和国はユーゴスラビア連邦からの離脱と独立を宣言。1992年6月25日、日本が主権国家としてのクロアチア共和国を承認。1993年3月5日、日本国とクロアチア共和国は両国の間で正式に国交を築いた。同年中にクロアチア政府が在日本大使館を東京に開設、1998年2月1日には日本政府が在クロアチア大使館をザグレブに開設した（それまでは在オーストリア大使館が兼務していた）。2002年、当時皇籍にあった紀宮清子内親王がクロアチアを訪問した。2009年4月、クロアチアはアルバニアと同時にNATOに加盟。これによりクロアチアは、日米安保体制下にある日本とはアメリカを共通の同盟国とする準同盟関係になった。2011年3月11日に日本の東北・関東地方を襲った大地震を受けて、折からザグレブ市内を行進していた5000人のデモ隊が、日本大使館の前で立ち止まって献花や黙祷を捧げて哀悼の意を表明したり、クロアチア赤十字社より、銀行への送金により集めた21万281クーナ（約327万円）の寄付金、専門ダイヤルによる電話を通じて集めた8万8389クーナ（約138万円）の寄付金、クロアチア共和国政府が拠出した350万クーナ（約5448万円）の寄付金を、日本赤十字社へ東日本大震災の義援金として贈ったりするなど、クロアチア国民は日本に対する根強い連帯感を示した。
1941年6月7日から1945年5月8日まで、大日本帝国はクロアチア独立国を正当な政府として認め、かつ同盟関係を結んでいたため、ユーゴスラビア民主連邦及び同連邦下のクロアチア社会主義共和国を、正当な政府として承認していなかった。
1941年4月10日、クロアチア独立国はユーゴスラビア王国からの独立を宣言。同年6月7日、大日本帝国はクロアチア独立国の独立を承認。同15日、クロアチア独立国は日独伊三国同盟へ参加し、続く26日には日独伊防共協定にも加わり、日本とクロアチアの両国の間に強固な同盟関係が築かれた。しかし、クロアチアは、同じく日本と同盟を結んでいたイタリアとダルマチアの領土問題を抱えていたため、日本はイタリアへの外交配慮を重視し、1943年9月8日にイタリアが連合国に無条件降伏して枢軸国から離脱するまで、クロアチア国内に大使館も在外公館も設置しなかった。1943年12月15日、ベルリンに駐在していた日本の外交官、三浦和一と橋爪三男の両名が、クロアチアの首都ザグレブ市内のホテルを借りて帝国代表部の事務所を開設。簡素ながらも、この事務所は、日本が独立国としてのクロアチアに設置した最初の在外公館である。翌1944年の2月11日付で、日本は在クロアチア帝国公使館を開館し、代表部から公使館に昇格し、三浦和一が同公使館の代理公使に就任した。1945年4月29日にザグレブ市内で昭和天皇の誕生日パーティが開かれるなど、日本とクロアチアの間には友好関係が保たれていたが、その前日28日にはベニート・ムッソリーニが殺害の上、死体を晒し者にされ、天皇誕生日の翌日30日にはアドルフ・ヒトラーが自殺するなど、欧州における枢軸国の劣勢は覆いがたくなっていた。そのため、三浦代理公使らは、翌5月5日までに重要書類を焼却した後、同日、帝国公使館は閉鎖された。同8日、クロアチア独立国はパルチザンら連合国側の攻勢を支えきれず崩壊し、ユーゴスラビアに再併合されるに至る。これにより、日本とクロアチアの同盟関係もまた同時に解消された。
光の干渉を利用する光コヒーレンストモグラフィーと拡散光を利用する拡散光トモグラフィーがある。対象物が少なくとも部分的に光を透過するか透明である必要があり、したがって乳房や脳などの軟組織に対し最も有効な画像化手法である。散乱が大きく光が弱まる場合には、通常は光源を強力にし、場合によってはパルス照射や照度変動を行い、かつ感度のよい光センサを用い、さらに最も生体の透過率が高い波長の赤外線光源を用いる。近赤外線や赤色光は軟組織において散乱は大きいものの吸収は弱いため、これらの波長の光がよく用いられる。光断層撮影の発展形の一種として、散乱光と透過光とを区別するために光学的飛行時間（time-of-flight）サンプリングを用いたものがある。この原理はいくつかの学術用・商用の乳癌画像化や脳計測のシステムに用いられてきた。吸収と散乱とを分離するための鍵となるのは、時間分解または周波数ドメインのいずれかによるデータを用いて、生体組織内で光がどのように進むかを拡散理論に基づき推定したものと一致させることである。飛行時間あるいは周波数ドメイン位相シフトの測定は吸収と散乱とを精度よく分離するために必須である。2000年頃以降の発展としては、生体組織の蛍光断層撮影のためのシステムが開発されてきたことが挙げられる。それらにおいては、組織を透過した蛍光信号が、組織を透過した励起信号によって規格化され、そのため（この分野の研究はまだ発展中とはいえ）蛍光断層撮影システムの大多数では時間分解あるいは周波数ドメインのデータは不要である。人体への蛍光分子の投与は極めて限定されているため、蛍光断層撮影の成果のほとんどは悪性腫瘍の臨床前研究の分野におけるものである。商用・学術研究の両方において腫瘍タンパク質の発現と生成および治療への反応の追跡調査における有効性が示されている。