1989年晩夏、ニューヨークのリンカーン・センターでカーターの82歳の誕生日が祝われ、エクスタイン・アンダーソンやシルヴィア・シムズが彼の歌を歌った。同週にはシカゴ・ジャズ・フェスティバルで、『Further Definitions』が再演された。1990年2月、リンカーン・センターにおけるエラ・フィッツジェラルドを讃えるセレモニーで、カーターはオールスター・ビッグバンドを指揮した。1997年にカーターは現役を引退。翌年にはリンカーン・センターから表彰され、セレモニーでウィントン・マルサリスやダイアナ・クラール、ボビー・スコットが彼の音楽を演奏した。2003年7月12日、カリフォルニア州ロサンゼルスのCedars-Sinai Hospitalにて気管支炎の合併症で亡くなった。95歳。
1986年（昭和61年）には、PC-8801FH/MHが登場した（型番からmkIIの文字が消えたのはこのモデルから）。CPUがZ80H相当のμPD70008AC-8に変更され、クロック周波数は4MHzと8MHzに切り替え可能となり、処理速度の更なる向上が図られた。本体とキーボードのデザインも一新され、設定用のディップスイッチは消えてメモリスイッチとなり、付属キーボードは設定メニューの表示用にPCキーや日本語入力用の変換キーが追加されるなど大幅に更新された。FHには筐体が黒色のモデルも発売された。旧機種の弱点であった部分を補強し機能と処理速度を向上させていったSR以降のシリーズは、SR発売当初に登場したアクションゲーム「テグザー」をはじめ、FM音源による音声合成を実現した「シルフィード」「ぎゅわんぶらあ自己中心派」、RPGでは「イースシリーズ」や「ハイドライド3」「ソーサリアン」「ドラゴンスレイヤー英雄伝説」など、SLGでは、「スーパー大戦略」や「三國志II」などのシリーズを生んだ。この頃にはPC-8800シリーズが次第に8ビットパソコン市場で一人勝ちの様相を呈するようになり、ゲームソフトが優先的に発売されるほか、PC-8801mkIISR以降用だけで発売されたタイトルも存在するようになった。なお、N-BASICモードが製品仕様から外れたことによりモードスイッチから削除され、この仕様の違いから、N-BASICモードから起動する一部のPC-8801版ゲームソフトで起動しないものがある。N-BASICモードはV1Sモードの4MHz設定でキーボードから「N80」を押してリセットすることで起動するようになった。また、他メーカー機種のAV機能の向上に合わせて、65536色（B：5ビット、R：5ビット、G：6ビット）同時表示が可能となる「ビデオアートボード（型番：PC-8801-17）」もオプションで用意された。「N80」リセットの際、グラフィックスメモリの初期化が行われないことを利用し、市販ソフトの画面を取り込むツールにも利用された。1987年（昭和62年）のPC-88VA（後述）の発表後に発売されたPC-8801FA/MAでは、音源チップをYM2608に変更し、サウンド機能がステレオFM音源6音+リズム6音+SSG3音+ADPCM音源1音へと大幅に強化された。同機能を、VA、FH/MHやそれ以外の旧機種に対応するために「サウンドボード2」と呼ばれる拡張ボードが用意された。標準搭載されたYM2608のアドレスは従来のYM2203が接続されていた場所であったが、PC-8801mkIISR以前で増設した場合のYM2608のアドレスは別のアドレスに割り当てられため、一部のソフトウェアでは増設された音源を正しく認識・演奏されないものがある。FH/MH用及びFE/FE2用のサウンドボード2は、本体側で対応可能になっていることもあり、内蔵音源と置き換わるように設計されている。また、メインメモリのウェイトをOFFに設定出来るようになり、MAでは日本語辞書ROMを512KB持っている。しかし、1987年（昭和62年）にはシャープの新世代ホビー機X68000が登場し、88の王座は揺らぎ始めた。次期主要機として投入したPC-88VAの営業的失敗もあって、PC-8800シリーズは一転斜陽の時代に入ることとなる（MSXとゲーム専用機を除く全ての8ビットパソコンがその役割を終えたともいえる）。ホビーユースにおいてもPC-9800シリーズの本格的なシフトを始める等、NECはPC-8800シリーズを整理しハイエンド志向だったPC-9800シリーズのラインアップを見直して需要に応えなければならなくなっていた。1988年（昭和63年）には、家庭用テレビに接続可能なPC-8801FEが用意された。このFEでは徹底的な製造および開発費用削減を図り、BASICは添付されず、汎用拡張スロットも削除され、音源もYM2203が標準となっている。一方で、これまでの流れを汲むPC-8801MA2も用意された。これらの機種では、モニタメモリの種類を選択するスイッチは起動時にキーボードを押して選択するようになり、V1/V2のモード切替スイッチはメモリスイッチに取り込まれた。このメニューにより画面がクリアされるため、MA2/FEでは、V1SモードからのN80リセットは可能だが、これを利用したV2モード時の画面取り込みは出来ない。なお、FH/MHからFE/MA2/VA2/VA3まで、CMキャラクターに斉藤由貴が起用された。1989年（平成元年）にPC-98DO（後述）を挟んで登場したPC-8801MCでは、縦置きデザインの筐体になると共に、システムの起動も可能なCD-ROMドライブが装備された。このドライブはPCエンジンのCD-ROM²と共用のものであり、標準ではドライブが非搭載のModel10では流用して搭載することが可能であった。旧機種向けにCD-ROMインターフェースも用意されたが、使用のための価格的なハードルや、容量のみで解決する問題が少ないこと、BASIC等からの制御や、CD-ROMを作成する手段が当時の一般ユーザーには無い事もあり、PC-8800シリーズでは、CD-ROM自体が普及しなかった。それらの状況や、既にPC-8800シリーズ自体が末期ということもあり、実際にCD-ROMでPC-88シリーズ用に提供されたCD-ROMの市販ソフトウェアはミラーズなど数えるほどにとどまっていたが、日本ファルコムや光栄のソフトウェアの一部が、BGMにサウンドトラックのCDを使えるように対応している。同時期にPC-8801FE2も発売された。MC/FE2ではメモリアクセスノーウェイト動作の8MHzHモードが追加された。N80リセットがV2モードからも可能になり、画面の初期化が省略されることによって画面の取り込みも再度可能になっている。広告には松下進のキャラクターが起用された。純粋な8800シリーズはこのMCで終了した。88アーキテクチャを持つ機種は1990年（平成2年）に登場したPC-98DO⁺（後述）が最後となる。