大学卒業後は、大蔵省の大臣官房臨時建築課雇として採用された。その後は国家公務員たる技師として、多数の官公庁の設計に携わることになる。内閣書記官長官舎（のちの内閣官房長官官舎）、警視庁庁舎、内務省庁舎（のちの人事院ビル）、大蔵省庁舎（のちの財務省庁舎）、横浜税関庁舎、門司税関庁舎、長崎税関庁舎などのプロジェクトに携わった。大蔵省の営繕管財局工務部工務課第二製図係の係長だった際には、総理大臣官邸の設計主任を務めた。しかし、敷地内に2メートル近い段差があったことから、建物内の空間の配置に苦心することになる、また、建築資材の選定も下元が担当しており、喫煙室の内装材料以外は全て国産の資材を指定した。また、大蔵省庁舎の設計にも携わっている。しかし、当時は物資が不足し始めていたことから、1936年にいったん工事が中断され、その後小規模な工事が進められ、最終的に外壁のタイル貼りを行わないまま1943年に完成扱いとした。
（詳細は野球部HPを参照）1910年に大学に認められ、これを創部年としている。当時教授であった内海弘蔵が部長を、慶應OB佐竹官二がコーチを務めた。佐竹の縁で慶應野球部がたびたびコーチに訪れた。翌1911年には早慶と試合を行い、1912年に早稲田に初勝利、1914年から早慶明の3校で始まるリーグ戦の足がかりとなった。1913年には第一回極東オリンピックに出場して優勝、これが初の海外遠征となった。当時の明治に期待されていた役割のひとつが、1906年以降中断されて久しい早慶戦の復活であった。三大学リーグは入場料の徴収など明治が主唱して実現されたものであり、早慶に割って入る実力があるのは明治と目されていたからである。徴収した入場料は外国チーム招聘の費用・各野球部の海外遠征補助・グラウンド整備費・各野球部に必要な費用に充てるなど使途を明確に定めたものだった。海外遠征などを通じて力をつけた明治は1923年に五大学リーグ（すでに法政、立教が加盟）で悲願の初優勝を遂げた。その頃には剣道やラグビー、陸上競技などでも早慶戦が始まっており、機が熟したと判断した明治は、内海部長が中心となり早慶戦復活の斡旋に入ることとなる。ところが早慶野球部ともに復活に異存はないものの慶應OBが強硬に反対しており、これに対して内海らは「早慶戦復活に反対する学校を排してリーグ戦を行う」という実質的な最後通牒をつきつけて早稲田、継いで慶應の説得に成功、ようやく早慶戦復活が決し、東大を加えて東京六大学野球連盟が発足した（1925年）。明治は期待通り早慶戦復活の大任を果たしたのである。六大学リーグ当初は湯浅禎夫・リーグ初の30勝投手中村峰雄ら強力投手陣を擁して秋春連覇するなど黄金時代を迎えた。この時期日本の野球チームとして初めて「世界一周」（アメリカ・ヨーロッパ・香港・中国などへ遠征。1929年）を行った。1931年には読売新聞社の招聘により来日した、ルー・ゲーリッグらを擁するメジャーリーグ選抜チームと、全明治大チームとして対戦。そして1937年からは史上初めて4シーズン連続で優勝を果たし第二の黄金時代が到来した。しかし戦局の悪化と野球統制の強化に伴い1943年11月を最後に一時解散を余儀なくされた。この戦争で嶋清一・加藤三郎など多くの有望な選手たちを失った。1945年終戦、9月30日に練習を再開した。しかし部員たちはまだ復員しておらず、テスト生のみによる再出発だった。11月4日には戦後初試合となる現役学生とOB（駿台倶楽部）との試合を行った。しかし早慶がいち早く隆盛を迎える一方でリーグ優勝から遠ざかる日々が続いた。また一方で有望な選手らが途中退部してプロ野球に引き抜かれるといった事態も起きた。こうしたことから大学当局が野球部の刷新に乗り出し1952年、武田孟部長・島岡吉郎監督という人事を発表する。特に野球は素人同然だった島岡の就任に4年生の主力たちが猛然と反発、集団退部し「黒雲なびく駿河台」と校歌を捩った見出しが新聞を賑わす大騒動に発展した。しかし島岡の情熱的な指導と秋山登・土井淳ら有力選手たちの大量入部で息を吹き返し、1953年秋に戦後初優勝を遂げると1955年までに2度の大学日本一を果たし黄金時代を再来させた。島岡の指導は途中総監督に退任した時期を含め37年に及び、その独特の指導は「人間力野球」といわれた。その間リーグ優勝15回、全国大会優勝8回（大学選手権5回、神宮大会3回）を達成した。島岡の死去後は戦後野球部再建に奔走した別府隆彦が監督を継ぎ、数年の沈黙の後1992年から毎年のように優勝を重ねた。1995年には大学野球史上初の女性選手ジョディ・ハーラーが東大戦に先発登板、2001年にも小林千紘が登板するなど、進取に富んだ行動で話題を集めた。他方、1997年10月14日の立教4回戦9回表1死で、明治・安田聖寛（育英・4年）の一ゴロを立教・長島大輔（宇都宮・4年）が、安田の顔付近にタッチしたところ、安田が仰向けにひっくり返り、長島につかみかかってしまい、これを見て両チームの殺到し、乱闘となり、立教・樋渡勇哉（市川・3年）が右わき腹を傷める事態が発生した。この試合は、6回表にも明治の選手が本塁に突入した際、捕手と接触して口論となり、両チームがもみ合いとなっていた。翌15日に、東京六大学連盟に、山口孝部長と別府隆彦総監督の辞任、荒井信久監督と選手5人（4年3人、2年2人）のリーグ戦終了までの謹慎を申し入れ了承されている。21世紀に入ってから優勝は2004年春季の1回のみとやや低迷していたが、2008年春季リーグ戦で4年8季ぶりに優勝を果たし、2006年秋に移転した新本拠地（次項にて詳述）に初めて天皇杯をもたらした。