第24話「狂鬼人間」は1969年2月23日での本放送後、1984年に岡山放送で再放送が行われたのを最後に、2016年現在まで一切再放送が行われていない。ビデオソフトとしても1984年のビデオテープ、1991年のLD、発売と同時に店頭から回収された1995年のLD-BOXに収録されたのみで、以降発売されたソフトには一切収録されていない。現在、「怪奇大作戦」の放映リストを掲載した出版物や映像ソフトなどにおいては「第24話は欠番となっている」旨の注意書きが記載されている。なお、牧史郎役の岸田森も本話に相当入れ込んで制作に臨んでおり、東京都港区瑞聖寺の境内にあった当時の彼の自宅が撮影に使用されている。最初の構想では三沢が主役であったが、勝呂誉のスケジュールの空きが半日しかないことが判明したため、台本は主役を牧に変更して1969年1月16日に印刷された。さらにシナリオでは牧の恋人を轢き殺した男の役は三沢で、絶体絶命の三沢を救うのが野村となっていたのが、勝呂の多忙により完成作品ではそれぞれ野村と制服警官に変更されている。本話の台本は、現在のところ決定稿（タイトルは「狂気人間」）しか確認されていない。
放送順では第2話となっている「人喰い蛾」は本来は第1話を想定して作られたが、初号試写の後、追加シーンの撮影・編集や合成のやり直し・BGMの一部差し替えなどが行われたために完成が遅れ、第2話として放送されることになった。プロデューサーの橋本洋二は自分がリテイクを決めたと語っている。その理由として、「現代社会の歪みの生み出した怪奇を描くドラマなのに、人間が蛾に溶かされる冒頭シーンの特撮がグロテスクな印象を与えないようにと考えたのか控えめで、テーマである怪奇を描き切れていなかった」という趣旨のことを語っている。また金城哲夫の脚本にあった息抜きのシーンも、ドラマのテーマを考えると余計であると考えたともいう。人間が溶けるシーンの特撮は全面的に撮り直しとなり、メンバーが事件の手がかりをもとめて蛾を採集して回るユーモラスなシーンもカットされた。「第1話は金城哲夫が脚本を書き、円谷一が監督する」という『ウルトラマン』『ウルトラセブン』と続くパターンが崩れたことは金城にも大きな影響を与えることとなった。樋口の著作では、このできごとが、直後の金城の円谷プロ退社の要因のひとつにもなったことを示唆している。前述のとおり未放映バージョンは本編の一部シーンやBGMが異なるほか、エンディング映像も全く異なっている。また、1968年当時の出版物等でSRIの装備メカとして紹介されながら放映版では一度も使用されなかった「ケミカルメース」が、このフィルムで唯一登場する。1988年に読売テレビで放送された特番『なんたってウルトラマン』内で円谷作品の歴代主題歌映像が流された際、偶然このフィルムのエンディング映像が使用され、未放映バージョンの存在が公に知られることとなった。その後、LD「妖鬼幻想スペシャル」の特典映像として初ソフト化され、LD-BOX、DVD-BOXにも収録されている。
クロアチア独立国の建国は直ちにカトリック教会の聖職位階制や多くの司祭から歓迎された。ウスタシャの最高指導者アンテ・パヴェリッチはカトリックをクロアチア文化にとって不可欠であると見ており、反セルビアで親カトリックだった。コーンウェルは「1300年前に遡る教皇権への忠誠心」をカトリック教徒のクロアチア人からの正教徒であるセルビア人に対する恨みと共に、「クロアチア独立国の形成を下から支えた」という歴史上の実績の一つとして見ている。バチカンの承認が幅広いクロアチア人の支持を得る為に要であったから、ウスタシャにしてみれば、「バチカンとの関係はドイツとの関係と同じ位に重要であった」。アンテ・パヴェリッチはクロアチアの独裁者になった直後の1941年5月にローマで教皇の個人的謁見を受けた。マイケル・フェイヤー(Michael Phayer)によると、「1941年に教皇の祝福を受けた後に、アンテ・パヴェリッチとウスタシャの軍人達は彼らの新しい国家で語られない虐殺を無遠慮に開始した」という。しかしながら、教皇ピウス12世はウスタシャとの関係を絶つ事を拒否し、1943年に再びパヴェリッチと面会した。ピウス12世はパヴェリッチを受け入れた事を批判され、英国外務省の非公開メモにはピウス12世は「我々の時代で最も偉大な道徳上の臆病者だ」と書かれてあった。この部分では、バチカンはウスタシャがクロアチアで共産主義を打ち負かし、第一次世界大戦より以前に正教会に改宗していた約20万人の多くにカトリックの再洗礼を受けさせることを望んでいた。アロイジエ・ステピナツ大司教は1934年に叙階された時に世界最年少の司教だった。彼は大司教になった直後にバチカンから僅かの案内しか受けず、ウスタシャの台頭に対してどう対処するかについて大きな余裕が与えられた。彼のより低い立場の司教や聖職者達は彼と同じ感覚を共有していなかった。ステピナツは1941年5月にウスタシャから距離を置こうと試み始めた。1941年の夏と秋にウスタシャの殺人が「急激に増加」すると、ステピナツは教会のウスタシャへの協力について「厳しい批判」に晒されたが、「ウスタシャとの関係はまだ途絶えていなかった」。ステピナツはウスタシャの立場を「都合良く解釈」し、「限られた返答で結論を出した」。ステピナツはカトリックのクロアチアへの希望を共有し、ユーゴスラビア国家は「クロアチア民族の監獄」だと見ていた。バチカンはステピナツ程には熱心ではなく、ジュゼッペ・ラミロ・マルコーネを教皇訪問者(Apostolic visitor)として派遣しただけで公式にはウスタシャを承認しなかった。ステピナツは教皇ピウス12世とパヴェリッチとの会談を設定してこの行程に満足し、これを「事実上」の承認として、マルコーネは名目上の教皇大使に過ぎないと見ていた。