景気が後退し、地価・株価が下落すると共に、従前金融機関が多額の融資をしていた企業の業績も悪化し、返済が順調に行えない企業も現れた。返済に支障が予想される場合にはリスケジューリングを行ったり、実際に返済が滞った場合には不良債権に区分し直し、引当金を積み増す必要があるが、これは金融機関の会計を圧迫して経営上の自由を奪うと同時に対外的にも信用を損ねるものとして嫌われ、査定に手心を加えて正常債権と見なしたり、追い貸しをして形の上だけでも本来の債務の返済を正常に行わせるなどして、引当金の積み増しを免れると共に自身の経営を健全に見せる弥縫策がしばしば採られた。すぐに景気は回復して損失も回復できると期待し、直ちに債権を処分して損失を処理・確定することを躊躇わせたが、この間も混迷の度合いは深まり、不良債権はその数と額を増して重篤化した。一方で、外部、殊に日本国外からは金融機関が不良債権を隠していると映り、日本の金融システムに対する不信感が抱かれた。殊に、日本の会計基準が簿価会計であることが、高値掴みした資産の劣化を隠す手段となり、不良債権隠蔽の温床になっていると指摘し、直ちに時価会計に移行して不良債権を詳らかにし、金融機関の経営状況を公開するように迫った。銀行への資本注入のための公的資金枠は、1999年12月には70兆円にまで積み増すことが決定された。2002年度の、全国銀行の不良債権の処分による損失の累計額は、81兆円5000億円に達した。不良債権処理にともなった銀行の損失累計額は、1992-2002年度末で94兆円となった。全銀行の不良債権の純損失の総額は100兆円という規模となった。日本のバブル崩壊で発生した不良債権は、約200兆円と言われている。2001年の日本興業銀行調査部によると、バブルの後始末としての不良債権処理は、1997年には終了していたとされている。田中秀臣は「バブル期の銀行の貸し出しの総額よりも、現在（2003年）の不良債権処理額の方が上回っている。現在の不良債権は、バブルと無関係であり、その後のデフレーションによって発生した」と指摘している。
1980年代末期の日本での不動産バブルは、価格上昇の原資は主に国内のマネーだけであった。大蔵省が行った総量規制で銀行の不動産向け融資が沈静化し、地価が大幅に下がり始めバブルが崩壊した。それまで土地神話のもと、決して下落することがない、と言われた地価が下落に転じ、以後、2005年に至るまで、公示価格は下がり続けた。2005年以降は、一部の優良な場所の公示価格が上昇に転じている。1998年末の時点で日本の不動産の価値は2797兆円に及び、住宅・宅地の価値は1714兆円と不動産全体の約6割を占めていた。1998年末の土地資産総額はピーク比で794兆円、株式資産総額は同じくピーク比で574兆円減少している。1980年末のバブル崩壊以降、日本の不動産の時価は600兆円以上暴落した。日本全体の土地資産額は、1990-2002年で1000兆円減少した。バブル崩壊で日本の失われた資産は、土地・株だけで約1400兆円とされている。内閣府の国民経済計算によると日本の土地資産は、バブル末期の1990年末の約2456兆円をピークに、2006年末には約1228兆円となりおよそ16年間で約1228兆円の資産価値が失われたと推定されている。また、バブル崩壊直前に高値で住宅を購入し、以後の価格下落で憂き目を見る例も少なくない。資産価格が下落したにもかかわらず固定資産税が高止まりしたままだったり、バブル崩壊後の低金利へローンを借り替えようとしても担保割れで果たせないなどである。高値で買った同じマンションの別室がバブル崩壊後に破格値で売り出され、資産価値下落の補償を求める訴訟も起こされたが、大半は自己責任として補償を得られずに終わっている。経済学者の竹中平蔵は「バブル崩壊によって日本の地価が下がったが、これもグローバリゼーションの一環であると考えることができる。日本の地価が下がってきたことは、グローバリゼーションによって起きた制度の競争、『要素価格均等化の命題』の流れに沿っているという見方もできる」と指摘している。
1720年4月12日、バーラージー死亡し、息子のバージー・ラーオが宰相位を継いだ。その世襲はマラーター王シャーフーに認められたものであり、宰相位は以後この家系が独占することとなった。1724年、ムガル帝国の宰相ミール・カマルッディーン・ハーンがデカンで独立し、ニザーム王国を樹立すると、マラーター王国との対立が始まった。というのも、ニザーム王国もデカン6州に対する権利を帝国から与えられていたからであるた。1727年、バージー・ラーオは南インドのカルナータカ地方に遠征を行い、3月にマイソール王国の首都シュリーランガパトナを包囲した。そのさなか、ニザーム王国がバージー・ラーオと敵対するマラーター諸将とともにマラーター王国攻め入り、バージー・ラーオはすぐさま引き返した。1728年2月、マラーター王国はニザーム王国の軍にプネー及びその周辺の地域を占領され、シャーフーはプランダル城へ避難を余儀なくされたが、遠征から戻ってきたバージー・ラーオはそれを破った（パールケードの戦い）。同年3月6日、マラーターはニザームにデカンにおけるチャウタとサルデーシュムキーを認めさせた。ニザーム王国との戦いののち、バージー・ラーオはムガル帝国の領土に対して長期の遠征を行い、その軍勢はマールワー、グジャラート、ブンデールカンドを席巻した。そして、1737年3月にはデリーでムガル帝国軍を打ち破り（デリーの戦い）、同年12月にはボーパールでその援軍たる諸国の軍勢を破った（ボーパールの戦い）。こうして、バージー・ラーオの宰相在任期間、マラーター王国は広大な版図を領するようになりその一方で随行した武将であるマラーター諸侯（サルダール）に征服地を領有させ、諸侯が王国宰相に忠誠と貢納を誓い、宰相がその領土の権益を認める形をとった。これにより、北インドにはシンディア家、マールワーにはホールカル家、グジャラートにはガーイクワード家がそれぞれ統治を許された。のちにこの統治形態を見たイギリス人は、これをマラーター同盟と呼び、その呼び名が定着した。とはいえ、バージー・ラーオは治世20年のあいだに、マラーター王権（ボーンスレー家）を名目化し、王国宰相が事実上の「王」となり、王国宰相が同盟の盟主を兼ねる「マラーター同盟」を確立させることに成功している。また、1731年から1732年にかけて、バージー・ラーオはプネーに巨大な宰相の宮殿であるシャニワール・ワーダーを建設し、プネーに独自の勢力基盤を持った。