石徹白豊前は宝暦4年（1754年）1月、三名の部下を引き連れ再上京し、吉田家を訪れた。吉田家で豊前は、東本願寺での恵俊の尋問時に豊前を非難した上村治郎兵衛を、石徹白から追放処分にするよう要請したが、吉田家から「神道家は追放などということはすべきではない」とたしなめられた。しかし豊前はこれで諦めることなく要請を繰り返し、宝暦4年（1754年）2月、吉田家から正式な下知状を交付させることに成功した。吉田家から石徹白豊前に対して下された下知状には、「石徹白における神祇道を守るため、もし吉田家の意向に逆らうものがあれば、神職を免ずるべきである。諸事神主（石徹白豊前）の指図を受けるように」。との内容が記されていた。この下知状の中でまず吉田家は石徹白の社人支配の意向を明白に示した点が注目されるが、石徹白豊前が吉田家の権威を背景に石徹白の支配を推し進める根拠となり、中でも最も問題となったのが「吉田家の意向に逆らうものがあれば、神職を免ずるべき」の部分を、石徹白豊前は「吉田家の意向に逆らうものがあれば、追放すべき」と、自らにとって都合が良い拡大解釈を行い、実際、豊前に反対する人々を次から次へと「吉田家の命により」石徹白から追放していき、最終的には大騒動へと発展することになった。
石徹白豊前は吉田家から東本願寺への抗議を行わせることに成功するとともに、郡上藩の寺社奉行宛の下知状と同様の書状を出させることに成功した。豊前は京都からの帰りに郡上八幡に立ち寄り、まず郡上藩の寺社奉行である根尾甚左衛門に面会して吉田家からの書状を手渡した。この際、石徹白豊前は根尾甚左衛門に賄賂を渡した。また後年、幕府の評定所で行われた石徹白騒動についての裁判の判決書から、石徹白豊前の賄賂工作は郡上藩寺社奉行に留まらず、郡上藩の大目付である津田平馬、家老職の渡辺外記、粥川仁兵衛にまで及んだことが明らかになっている。
恵俊が進めた受書捺印を、神主を務めていた石徹白豊前は拒否した。かつて豊前の父である大和は威徳寺の寺地寄付に関しての受書に捺印しており、また豊前自身も元文年間に行われた威徳寺再建の際に用いられた用材の多くを寄付しており、神主と浄土真宗との関係はこれまで特に敵対的であったわけではなかった。石徹白豊前は宝暦3年（1753年）2月上洛し、まず吉田家を訪ね願書を提出した。願書の内容はまず威徳寺の掛所指定は神主たる自らは全くあずかり知らぬ件であり、このような威徳寺の勢力伸張は神事の衰退と神社の荒廃を招くので、吉田家から本願寺にかけあうとともに、郡上藩の寺社奉行にこの一件を吟味するよう指示してもらいたいという内容であった。続いて豊前は東本願寺を尋ね、威徳寺の掛所指定は神主である自分のあずかり知らぬ間に行われたもので、違法であると抗議した。豊前の願書を受けた吉田家も東本願寺に抗議を行った。その結果、東本願寺は恵俊を呼び出し尋問を行ったところ、威徳寺の掛所申請において虚偽の申請を行った事実が明らかになり、宝暦3年12月12日（1754年1月5日）、恵俊は高山に蟄居とする旨の処分が下った。なお、東本願寺による恵俊の尋問時に、恵俊に同行した上村治郎兵衛は、石徹白豊前が東本願寺に対して行った抗議内容には事実と異なる点があるとし、豊前を非難した。このことは後に騒動のきっかけの一つとなった。
水道水を造るために水を塩素化合物で消毒しようとする際、例えば塩素ガスを水に溶かすと、水と反応して次亜塩素酸と塩酸が発生し、更に次亜塩素酸の一部は次亜塩素酸イオンと水素イオンとに解離する。次亜塩素酸と次亜塩素酸イオンは遊離残留塩素（ゆうりざんりゅうえんそ）または有効塩素（ゆうこうえんそ）と呼ばれるが、その強い酸化力で微生物やウイルスなど病原生物の細胞膜や細胞壁を破壊し、内部の蛋白質や核酸を変性させることで殺菌または消毒の効果を発揮する。一方、自然水に含まれるアンモニアやその化合物は、一般的な浄水場の処理だけでは必ずしも取り除くことができない。遊離残留塩素はこれと反応してクロラミンとなるが、クロラミンのうちモノクロラミン、ジクロラミン、トリクロラミンは結合残留塩素（けつごうざんりゅうえんそ）と呼ばれ、遊離残留塩素に比べればおよそ数分の１の効果ではあるが、酸化力に由来する比較的強い殺菌または消毒力を持つ。しかし、結合残留塩素は過剰の遊離残留塩素と反応して消失してしまうため、水中のアンモニアやその化合物が全て結合残留塩素に変化し終わった後更に塩素ガスの注入量を増やしてゆくと、結合残留塩素も遊離残留塩素も共に消失してゆき、ついにはある注入量でゼロに近くなり殺菌や消毒の効果を失ってしまう。このときの注入量を不連続点（ふれんぞくてん）と呼ぶが、不連続点から更に塩素ガスの注入量を増やすと再び遊離残留塩素のみが増加してゆき、殺菌・消毒効果が増してくる。不連続点を越えた遊離残留塩素による塩素消毒を不連続点塩素処理と呼び、過剰の遊離残留塩素を出さないようにして結合残留塩素のみで殺菌または消毒力を発揮させる方法を結合塩素処理と呼ぶ。