遺跡などのフィールドは3DCGで描かれ、主人公（エヴァン）の後方斜め上からの三人称視点で描かれる。視点は自由に回転することができ、また一時的に一人称視点に切り替えることで、その場で上を見上げたり下を見下ろしたりすることもできる。画面左下にはオートマッピングにより通った場所の地図が表示される。また画面右下には「エクストリームゲージ」と呼ばれるゲージが表示されており、敵の接近やその強さ、アイテムが近くにあることをプレイヤーに知らせる。フィールド上を移動しているモンスターシンボルと接触すると戦闘となる（シンボルエンカウント）。モンスターは物陰や背後などの死角から飛び掛ってきたり、主人公よりも速い移動速度で追いかけてくることがあり、不意打ちを受けると敵に先攻を取られてしまう。しかし「構え」のボタンを押しながら移動することにより、移動速度と引き換えに敵を警戒しながら移動することができ、敵の不意打ちを防いだり、正面から接触することで先制を取ることができるようになる。フィールド上では、点在するイベント発生アイコンに接触し決定ボタンを押すことで、剣を振って目の前の物品を破壊したり、崖をジャンプで飛び越えたり、梯子を上り下りしたりといった動作が自動的に発生する。何もない場所で斬りつけたりジャンプしたりすることはできない。地導師である主人公エヴァンは、遺跡内のフィールドに「ジオゲート」と呼ばれる魔法的な通路を作ることができる。ジオゲートを設置することができる場所は決まっているが、これを用いることで遺跡の深部から一瞬でロッカの村まで戻ることができる。ジオゲートの中には自由に往復が可能なものもあるが、そうしたものは長大な遺跡の中間地点などに限られているため、例えば最深部のボスキャラクターとの戦闘を前にしてロッカの村に戻ってセーブを済ませたり、準備を整えたりといった使い方はできない。
本作の物語は、冒険の拠点となる「ロッカの村」から各地の遺跡へと赴く体裁となっている。ゲームデータのセーブやパーティの編成、各キャラクターのスロットに装着しているマナエッグとスキルの付け替え（詳細は「#装備スロット」を参照）はロッカの村でしか行うことができず、セーブやこれらの変更を行うには遺跡を脱出して戻ってくる必要がある。また、アイテムには持ち運べる個数に制限があり、遺跡の探索中に新たなアイテムや羊皮紙（詳細は「#スキル」を参照）を発見しても、持ち物が一杯なら何かを捨てなければ拾うことができない。回復や攻撃に用いる消耗品のアイテムのみ、10個までをまとめて持ち歩くことができるが、捨てたり売却したりする時もまとめて扱われる。アイテムは任意でロッカの村の道具屋に預けることができる。ゲーム本編をクリアした後、クリアデータを保存してゲームを再起動すると、エンディング後の後日談をプレイすることができる。後日談では100階層に及ぶ自動生成ダンジョンを踏破することが最終目的となるほか、各地の遺跡に赴くことで、本編よりも強化されたボスキャラクターとの再戦を挑むことができる（「#リトライ」も参照）。
本作の作中にはノーチス人、アルカダ人、そしてハズマの民と呼ばれる民族が登場しており、物語の主要登場人物であるパーティメンバーは、このいずれかの人種に属している。作中の時代は人間による新興国家であるノーチスと、異民族であるアルカダとの間で長年繰り広げられてきた紛争が終わったばかりであると設定されており、それぞれの民族が他民族に対して悪感情を抱いている様子が描かれている。作中のグラフィックや解説書のイラストでは、異民族であるアルカダ人や亜人とされるハズマの民は、外見的特徴として先の尖った耳を持った種族として描かれており、また物語本編の台詞では、ノーチス人であるブランドルがアルカダ人を「長耳」、ハズマの民を「獣人」と呼んでいる場面がある。本作は古代の遺跡を主要な舞台としているが、それらの遺跡を建造した古代人は作中の時代より進んだテクノロジーを持つ。物語の世界は、約50年前から精霊暴走と呼ばれる災害に苦しめられているが、この災害は古代の遺跡によって人為的に発生していることが物語開始時点で判明しており、更に物語本編の後半では、それが遺跡の中で行われていたクァン・リーの創造と関連した現象であることが明らかにされている。また遺跡から発掘される大きな輪の形をしたエンシャントギアと呼ばれる古代の遺物は、一度回転させると回り続ける性質を持つことから、ノーチス軍はこれを航空機や車両の動力として転用しているが、このエンシャントギアもクァン・リーの創造に関連した遺物であるとされ、物語本編のクライマックスでは映像を投影するという隠れた機能もあることが描写されている。
2012年12月13日、尖閣諸島上空で領空侵犯した中国国家海洋局所属のY-12を、海上保安庁の巡視船が視認した。航空無線機にて国外退去を要求し、さらに防衛省へ通報した。中国機は「釣魚鳥（尖閣諸島）は中国固有の領土である」と反論し、尖閣諸島を撮影した。これに対し航空自衛隊は別の任務で飛行中だったF-15J（2機）を現場空域に派遣し、那覇基地で待機していたF-15J（6機）及びE-2C（1機）に対しスクランブルを発令したが、中国機を捕捉することができず、当該空域に到達したときには既に中国機は領空を離れた後だった。翌日中国側は報道で「正当なパトロールの一環である」と主張した。 このとき中国機は、日本の防空識別圏を飛行するにも関わらずフライトプランを日本に提出せず、高度60mの超低空を飛行して航空自衛隊のレーダーサイトからの探知を避け、飛行中の航空機に常時使用が義務づけられているATCトランスポンダを使用しておらず、意図的な領空侵犯であった。政治的には中国側は南京大虐殺75周年記念イベントの最中であり、日本側は北朝鮮の大陸間弾道ミサイル（光明星3号2号機）発射の翌日で、自衛隊の警戒態勢が解かれた直後、また12月16日に第46回衆議院議員総選挙というタイミングでの出来事であった。12月14日、アメリカ合衆国国務省のベントレル副報道官代行は、日米安全保障条約に基づき「アメリカは尖閣諸島を防衛する義務がある」と中国側に懸念を伝えた。この事件以前にも、2010年4月21日、太平洋上で中国人民解放軍海軍の艦載ヘリが、監視任務中の海上自衛隊の護衛艦「あさゆき」に対し、水平距離90m、高度差50mにまで異常接近した。国際法上、軍艦から半径500m以内は領空に準じた扱いがなされるため、日本国政府は中国政府に対し抗議したが、中国政府は日本側に非があると反論した。