太平洋艦隊の降伏から程なく、オアフ島へは輸送船団が到着し開戦前に強化拡充されていた海軍陸戦隊7000人が上陸、目標としていた貯油施設を制圧した。更に日本側戦艦群による威嚇艦砲射撃が行われ、翌8日には残存するオアフ島守備隊に対し降伏勧告が発せられた。守備隊側は市民との協議の末、12月9日に降伏、武装解除が行われた。なお、前述の太平洋艦隊の将兵をはじめ、守備隊将兵、更に英米系市民の希望者はそれぞれ別の輸送船でサンフランシスコへ送還されている。
航空戦力を殲滅され、ハルゼーが戦死した事を知ったキンメルは驚愕したが日本側の航空機は連続出撃のため弾薬を使い切っており、潜水艦に対しても本隊輪形陣によって防御できると判断、艦隊決戦で高杉艦隊を殲滅する事を決意しハワイへ引き返した。途中、戦艦群から放った水上偵察機からの報告から日本側が燃料基地の破壊を狙っていると判断し、更に民間機からの情報により迎撃のためカウアイ海峡西側へ急行した。そして13時40分過ぎ、日米艦隊による艦隊決戦が開始された。米戦艦8に対し日本側は当初2隻（『比叡』、『霧島』）の戦艦のみだったが20分後に別働隊として派遣されていた坂元良馬中将率いる戦艦6隻を基幹とする日本主力艦隊（以後坂元艦隊と記す、旗艦『金剛』）が出現、直衛空母からの艦載機による攻撃と併せて艦砲、雷撃により戦艦以外の巡洋艦、駆逐艦、小艦艇を17時30分には全滅させていた。キンメル提督は意地を見せて突撃を命じた直後、戦艦『アリゾナ』、『オクラホマ』が紺碧艦隊の雷撃を受けて轟沈、これに驚愕したキンメル提督は降伏を決意し海戦は終わった。残存した戦艦『メリーランド』、『テネシー』、『カリフォルニア』、『ウェストヴァージニア』、『ペンシルヴェニア』、『ネヴァダ』は日本海軍に鹵獲され、後に米利蘭土型航空爆撃戦艦として改造されることとなった。
IWWの活動に対して政府は苛烈な弾圧で応じた。1914年には組合員だった歌手のジョー・ヒル（en）が殺人容疑で逮捕され、状況証拠のみで物的証拠はなかったにもかかわらず1915年11月19日にユタ州において処刑された。1916年11月5日にはワシントン州エヴェレットにおいていわゆるエヴェレット虐殺が起きた。保安官ドナルドマクローなど経営者側の武装集団が蒸気船ベロナ号に乗船していたウォブリーに襲い掛かり少なくとも5人が殺された。武装集団側にも2名の死者が出た。多くのIWWメンバーが合衆国の第一次世界大戦への参戦に反対した。1916年には組織として戦争に反対する決議が可決した。すべての戦争に反対し、「平時には反軍国主義の宣伝を行って全世界の労働者との階級連帯をすすめ、戦争になったときにはゼネラル・ストライキを行う」というものである。しかし、1917年4月にアメリカが戦争に突入すると、IWWは組合の存続を優先するため戦争反対を正面に持ち出すことを避けた。にもかかわらず、IWWが戦争をサボタージュするためにドイツから資金を得ているとか、農作物を焼き払う陰謀を企んでいるといった根拠のない報道をする新聞があった。1917年8月にはIWWメンバーがモンタナ州ブットにおいてリンチにあった。政府は戦争をIWWを殲滅するための好機と捉え、1917年9月5日に司法省の捜査官がIWWの本部と全国48の支部事務所に対して一斉捜索を行った。戦争計画の妨害と、兵役拒否と、軍務への不服従と、雇用者への詐欺との謀議を容疑として、165人がシカゴの裁判所で起訴された。検察は、9月の家宅捜索で得た様々な文書を証拠として提出したが、いずれの嫌疑についても実行や具体的計画を示すものはなかった。検察側の証人は、容疑者が政府や軍隊、兵士を批判したり嘲ったりするような発言をしたと証言した。一斉捜索で押収され、証拠として提出された文書群は、IWWが開戦前に戦争反対を呼びかけていたこと、開戦後に組織内部で反戦運動の停止について議論が起こっていたこと、そして反戦宣伝を停止した後においても「資本家の戦争」に懐疑的だったことを示していた。ドイツ等の敵国との結びつきを示唆する証拠や証言は皆無であったが、裁判所はスパイ法に反したとして1918年8月に有罪判決を下した。裁判中に釈放され、あるいは執行を猶予された若干名を除き、多くの組合員が10日から20年の刑期を宣告されて投獄された。しかし、裁判中に保釈されていた10人は判決後に姿をくらまし、その一人だったヘイウッドはソビエト連邦に亡命した。西部の諸州でも、9月以降に捜索と逮捕が行われ、カリフォルニア州サクラメントで裁判が開かれた。数か月の収監の後に釈放された者も多かった。起訴されたのは51人であったが、劣悪な環境で何か月も拘留されたために、判決が出る前に5人が獄死した。残る46人が、10年の投獄から、100ドルの罰金までの有罪判決を受けた。中西部のカンザス州とオクラホマ州では、1917年11月17日に一斉捜索が行われた。34人が起訴、27人が有罪とされ、26人が1年から9年投獄されることになった。いずれも証拠の薄弱さはシカゴの場合と同様である。第一次世界大戦が終わったあと、IWWおよび思想的に近い社会主義者たちだけでなく、ライバル関係のアメリカ労働総同盟や、アメリカ自由人権協会のような市民団体が、政治犯の釈放を求めて働きかけを起こした。彼らは上下院の議員を動かしたが、議会からの要請もウィルソン、ハーディング両大統領を動かすことはできなかった。1923年に就任したクーリッジ大統領が、その年の12月15日、戦時中の政治犯に恩赦を下した。