2017年1月に、皆川亮二の漫画『海王ダンテ』とのコラボ企画が行われた。主人公ダンテ・ホレーショ・ネルソンが登場するイベントが開催され、航海士カードとしても登場した。なお、ダンテのカードはSRカードの他、本作で初のURカードが登場した。同年5月には、同社の「アトリエシリーズ」20周年を記念してのコラボ企画が行われ、第1作『マリーのアトリエ』からマリー(UR)が、『ロロナのアトリエ 』などアーランド王国シリーズからロロナ、トトリ、メルル、ステルクが航海士として登場した。その後もアトリエシリーズとのコラボは毎年行われている。
同じコーエーテクモゲームスが運営している各種ブラウザゲーム（『100万人の信長の野望』、『のぶニャがの野望』、『信長の野望 201X』など）とは互いに連動しており、該当するゲーム内で課題を達成することにより、本ゲームでチケットなどの各種アイテムを獲得することができる。これは連動先のゲームでも同様で、本ゲーム内の課題を達成することによって連動先のゲームで特典を獲得できる。課題を達成した際の報酬はメニュー項目の連動にて、各連動作品のページからそれぞれ、受け取ることができる。連動先のゲームでチュートリアルを受けると、『大航海時代II』の登場キャラクター、ジョアン・フェレロ、オットー・スピノーラ、そして『大航海時代IV PORTO ESTADO』のリル・アーゴットが獲得できる。2017年8月には、『100万人の信長の野望』の関ヶ原イベントに連動して、石田三成が登場した。
本作は、大航海時代を舞台にしているが、ゲーム内では年月の概念はなく、明確な時代設定はなされていない。登場する史実キャラクターも実在した年代に200年以上の開きのある人物たちが共存していることから、パラレルワールド的な側面が強い。また、ロッコ・アレムケルをはじめとするシリーズキャラクターの登場や、メインクエストにて過去のシリーズの出来事が反映された内容になっていることからも「大航海時代シリーズ」の設定を引き継いでいるが、シリーズにおける本作の時系列はこれもまた明確にはなされていない。なお、一部の過去のシリーズの主人公は、キャンペーン報酬などで航海士カードとして配布されている。
2016年12月のアップデートにより実装され、翌年1月から始まった新しい形式のイベントである。プレイヤーはイベントごとに設定された複数の陣営のうち1つに所属し、期間内に酒場での依頼や交易などをすることによって貯まる争覇ポイントの総量を競う団体戦である。所属陣営はギルドなどの縛りはないが、一度所属した陣営から抜けると一定時間(48時間)再所属ができなくなる。イベント終了時に所属していた陣営の争覇ポイントが最も高い陣営が勝利となり、その陣営に所属していたプレイヤーは、一定期間舞台となった海域での航海が有利になるエリアリワードを受けることができる。また、個人でも陣営に関係なく、獲得したポイントに応じたランキングによって賞品を得ることができる。賞品の中には争覇チケットと呼ばれるスカウトチケットもあり、専用のスカウトが行える。
2019年4月に導入された新イベント。食品のみが交易品として陳列されたイベント海域を巡り、指定された食材を買い集めて課題の料理を作成することで功績値を獲得する。料理には3種類の調味料を組み合わせることで、出来栄えを示すランクが付けられる。課題の料理は毎日変化しており、いかに高いランクの料理を数多く作成するかで個別にイベント報酬を獲得する。したがって、このイベントのみAsPtはない。料理に用いる調味料は、イベント海域に点在する遺跡から発掘して獲得する。遺跡には調味料の他に航海道具や贈り物、スキルトレーナーなども発掘できる。また、アイテム秘伝調味料を用いることで料理の出来栄えが大幅に増加する。料理に用いる交易品は通常海域と同じように在庫があるので、在庫量を回復させるスキルを持つ航海士がいることが望ましい。ここでもアイテム在庫回復券を使用することである程度回復する。
探索イベントはイベント海域（このイベントだけは1種類）にある拠点を探索し、6色6種類、計36個の宝物を掘り当て、あらかじめ定められた個数を確保するゲームである。1回の発掘回数は20回で、お題はクリアするたびに複雑になる。また、他のプレイヤーに対戦をしかけ、所持している宝物を奪い取ることもできる。拠点で発掘できる宝物の色や種類は偏りがあり、発掘だけではどうしても揃えられないこともままあるので対戦は必至である。このイベント用アイテムの機雷は宝物の1カ所に設置することによって、その宝物目がけて対戦をしようとした他のプレイヤーを自動的に撃退することができる。逆に、相手がすでに機雷を仕掛けた宝物目がけて攻撃をしたら自動的に敗北する。
投資イベントはイベント海域に点在する都市に投資をして都市レベルを上げるイベントである。イベント都市にも交易品があり、イベント海域内なら自由に交易することができる。ただし前述の通り通常海域に交易品の持ち出しはできない。投資する財貨は通常の所持金を使うので、多額の出費と収入が得られるイベントである。アイテムの砂時計を使用することでチャンスの持続時間を1分間延長できる。
オーストラリアの初戦は、6月30日のカラ競馬場の7ハロン（約1408メートル）メイドン戦（0勝馬による競走）だった。オーストラリアは本命だったが、スタートで後手を踏み、ゴール前ですごーーく（stroongly）追い上げたが、ジム・ボルジャー厩舎のルネサンスアート（Renaissance Art）にクビ差及ばず2着に終わった。次戦も同じコース（カラ競馬場7ハロン）のメイドン戦で11頭中1.3倍の大本命で勝った。オーストラリアは次に、9月7日のレパーズタウン競馬場のブリーダーズカップジュヴェナイルターフトライアルステークス（G3、1マイル＝約1609メートル）に出走した。4頭立ての競走で、オーストラリアは2番人気だった。1番人気はダーモット・ウェルド厩舎のフリーイーグル（Free Eagle）で、フリーイーグルはデビュー戦を5馬身半差で勝ってきた馬である。オーストラリアは、キングフィッシャー（Kingfisher）とフリーイーグルについで3番手ですすみ、残り1ハロン（約201メートル）あたりで先頭に立った。ゴール前で加速すると後続に6馬身の差をつけ、「素晴らしい」勝利をおさめた。