1944年（昭和19年）8月、支那派遣軍に戻り、総参謀副長兼中国大使館付駐在武官（陸軍少将）となる。終戦1ヶ月前に軍服を中国服に変えて、敵地の河南省に飛び、何柱国上将（大将）と最後の和平工作を行った。大本営も狂喜したというが、時すでに遅く敗戦となり、岡村寧次大将らと南京で日中戦争終焉の場（受降式）に立ち会った。
1942年（昭和17年）11月から、新設された大東亜省参事官として、同郷長野の青木一男初代大東亜相のもと、1年9ヶ月間、南京の汪兆銘国民政府の自主性を尊重、かつ、日本軍官の政治干渉を控えさせるなどの対中国政策の推進をはかるなどした。
折からの日独伊三国同盟締結の影響などもあり「桐工作」は失敗。第14軍（本間雅晴軍司令官）隷下でマニラ占領後の警備集団として編成された第65旅団隷下の福山編成歩兵第141連隊連隊長として今井は赴任。太平洋戦争開始とともに、フィリピンに出征。第141連隊は貧弱な装備ながらも、バターン半島で待ち構えていた米比軍と戦い、かなりの損害を出したが、サマット山の支山で戦略要地のリマイ山を占領して、本間雅晴軍司令官からバターン攻略戦で第65旅団唯一の賞詞を受ける。この間に参謀辻政信が発したといわれる千余名の米・比人捕虜の処刑命令に抗して、今井は捕虜を武装解除させたのち、逃している。この後、今井はマニラの防衛司令官として数ヶ月、中部ルソン島の戡定（かんてい）作戦 に従事した。
今井は中国の要人と親しく、1936年に孔祥煕別邸で喜多誠一、雨宮巽、蔣介石、高宗武、銭大鈞とともに並んでいる写真もある。今井は冀察政務委員会の宋哲元、秦徳純、張自忠などの中国側の要人と盧溝橋事件で現地解決を勤めた。日中が全面戦争状態になると、国民党の汪兆銘との和平工作を、影佐禎昭中将（谷垣禎一衆議院議員の外祖父）らとともに担当。汪兆銘本人が期待したほど、中国国内から和平支持勢力が得られなかった。今井は南京に成立した汪兆銘政権の和平作業の補完として、1939年（昭和14年）9月、志願して南京の支那派遣軍参謀（一時期、報道部長兼務）として、重慶の抗日蔣介石政権との直接交渉「桐工作」などの和平工作に当る。
成人向け漫画については、2011年6月30日に1冊目『ちゅーLip!』（三和出版、ISBN 9784883564507）、2012年4月28日に2冊目『発情ベイビー』（ワニマガジン社、ISBN 9784862691996）、2014年12月25日に3冊目『たべごろバンビーナ』（ワニマガジン社、ISBN 9784862693488）、同年12月26日に4冊目『テイクアウトハニー』（三和出版、ISBN 9784776990369）がそれぞれ発売されたほか、2018年7月1日には単行本未収録作品を収録して表紙を描き下ろした『快楽プライバシー』（ワニマガジン社、電子書籍のみ）が発売された。一般向け漫画については、2013年から2014年にかけて『スタプラ! NG♪』（学研マーケティング、全3巻〈原作は長谷見沙貴が担当〉）、2014年3月20日に『僕は先輩に女装を強いられています。』（一迅社、ISBN 9784758013611）がそれぞれ発売された。2016年9月2日には、『終末のハーレム』第1巻（集英社、ISBN 9784088808192）が発売された。
1859年にはチャールズ・ダーウィンが『種の起源』を出版した。ハクスリーは以前にそれを支持する十分な証拠がないとしてジャン＝バティスト・ラマルクの進化理論を拒絶していた。しかしながら彼は、証拠がまだ欠けているが、ダーウィンが少なくとも実用的な基礎として十分に良い仮説を与えたと信じ、そして本の出版の後に続いた討論でダーウィンの主な支持者の1人になった。彼は1860年2月に王立科学研究所における講義でこれを支持し、そして6月にオックスフォード大学博物館で行われた王立科学研究所のミーティングにおける討論において自然淘汰のダーウィンの理論に賛成した。彼の友人フッカーはこの時賛成に付いたが、オックスフォードの司教、サミュエル・ウィルバーフォースとHMSビーグル号の船長ロバート・フィッツロイが反対した。これ以降ハクスリーは、人間が猿と関係があったと主張して、人間の起源の主題に集中した。このために彼は、人間が脳の解剖学的構造によってすべての他の動物から明らかに異なっていると主張するリチャード・オーウェンから反対された。これは実際には周知の事実と一致していなかったので、種々の論文や講義で効果的にハクスリーによって反論され、1863年に「自然界における人間の位置についての証拠」("Evidence as to Man's Place in Nature")でまとめられた。この論文の口絵で初めて、ハクスリーは猿の骨格と人間の骨格を比較する有名な絵を印刷した。ダーウィンは人前で議論することを好まなかったので、その後も好戦的なハクスリーが論争の前線に立つことになった。ハクスリーはダーウィンに宛てた手紙でこう述べている。「あなたはやり過ぎだと仰るでしょうが、私と同調者たちはあなたに対して行われる批判に反撃するために、常に爪と牙を磨いて待っています」