本来、鬼太郎は母岩子の遺伝（または、誕生時に血液銀行の水木行員によって墓石に投げつけられた際に左目を失明）で左目は四谷怪談のお岩のように潰れている、というのが一般的定説である。ところが、実写映画では両目を見せるカットが複数ある。特に髪の毛針を全て撃ち切って丸坊主になるシーンでは両目をはっきりと見せているなど、カメラアングルミスなどでうっかり左目が映り込んでしまったという類のものではないことが分かる（原作では、片目の穴に目玉おやじが入って両目、という設定もあるが）。そのため、共演者の井上真央からバラエティ番組で「鬼太郎には両目があった」と公言されてしまった。2作目公開後に行われた1作目の上映イベント（監督・プロデューサーによる生解説）で両目を映した謎が明かされた。監督曰く、「実写で片目が無いと不気味過ぎると思ったから」。撮影当初は片目が無い設定できちんと隠して撮影していたが、途中から変更したらしい。子なき爺の台詞は、役を演じる寛平の話し方に合わせて関西弁となっている。そば屋店主役の竹中は1985年にフジテレビ系で放送された『月曜ドラマランド ゲゲゲの鬼太郎』でねずみ男を演じており、今作は竹中の強い希望があっての出演で、あえて本作からねずみ男を演じる大泉と絡みのある役どころとなった。脚本はシナリオ雑誌などで公表されているが、公開作とは大枠こそ共通しているものの細部や結末が大きく異なっている。
ゲゲゲの森。そこでは鬼太郎をはじめとする妖怪たちが暮らしていた。茶谷建設が強引に建設を進めるレジャーランド計画によって立ち退きを迫られている近くの団地では、妖怪が出現して転居を拒む住民を脅かしていた。それは茶谷建設に雇われて強引な住民対策を行っていたねずみ男が手引きをしていたのだった。団地に住む少年・三浦健太は鬼太郎に手紙を出して助けを求める。鬼太郎に悪事を悟られたねずみ男は退散するがその帰り道、ねずみ男は廃墟の稲荷社殿の地下で光り輝く謎の石を見つけ、宝石と思い質屋に売ってしまった。だが、その石こそ邪悪な妖怪や人間の怨念が凝縮された「妖怪石」だった。さらには質屋が目を離した隙に、たまたま店を訪れていた健太の父が石の魔力に拐かされて石を盗んでしまった。石を管理していた妖狐一族の空狐は怒り狂い、配下の気狐を従えて石の在処を追う。しかし空狐の本心は、これを機に石の力を使って人間を支配しようという魂胆だった。善と悪、様々な妖怪達を巻き込む鬼太郎の史上最大のピンチの戦いが今、始まろうとしていた。
核戦争で文明も治安も崩壊し、暴力が支配する時代。傷を負った一人の男が叫ぶ。こうなったのは、南斗の将が弱かったからだ、と。それから月日は流れ、南斗五車星のリハクは五車星の面々を前に、これからは守りに徹するのを止め、自ら動く時が来たと、南斗神鳥拳の使い手ガルダに誓うと宣言する。リハクの宣言より時は遡り、南斗の将が南斗慈母星の宿星を持つ南斗最後の将だけとなったころ。最後の将を守る南斗五車星を動かした男、ガルダの物語が始まる。
ババジャニャンは、1906年2月18日（ユリウス暦2月5日）にロシア帝国のエリザヴェトポリ付近にあるチャルダグルの村で、アルメニア人一家のもとに生まれた。なお、後にソ連邦元帥となるアルメニア人のイワン・バグラミャンも、ババジャニャンと同じ村出身である。当初はチャルダグルの4年制公立学校で学んでいたが、1915年にトビリシのアルメニア人中等学校へ転校した。しかしながら、彼の家族は経済的に就学を支えることが難しくなり、ババジャニャンは学校を辞めざるを得なくなった。その後は畑に出て働きながら過ごしていた。1924年にコムソモールへ加わり、彼の村における最初のコムソモール代表を担うようになった。1925年、コムソモールの呼びかけに応じる形で、ババジャニャンはアルメニア・ソビエト社会主義共和国の首都エリヴァニにある赤軍のA・ミャスニコフ記念アルメニア統一指揮学校へ入学した。この学校は1926年にトビリシへ移転し、南カフカース軍歩兵学校と改名している。1928年に全連邦共産党 (ボリシェヴィキ)へ入党。翌年南カフカース軍歩兵学校を卒業し、士官に任官された。同年9月、彼は第7カフカース歩兵連隊（赤旗カフカース軍）の小隊司令官に配属された。1931年10月からは南カフカースの第27独立歩兵大隊で小隊の指揮を執り、1933年4月には代理大隊司令官に就任。この間に反ソビエトデモの鎮圧などを行っており、その最中彼は負傷している。1934年3月、ババジャニャンはバクーに置かれていた第3機関銃連隊へ配属された。1935年11月には機関銃中隊司令官を、1936年1月には機関銃大隊司令官に就いた。1937年10月、彼はザカフカーズ軍管区で対空防衛の指揮を執ることとなった。同年、M・V・フルンゼ軍事大学に入学。1938年8月からは第3機関銃連隊に移動し、10月にはレニングラード軍管区の第2機関銃連隊で副司令官職を拝命した。フィンランドとの間で冬戦争が勃発すると、ババジャニャンは即座に前線へ赴いている。1940年2月18日に負傷したため一時戦線離脱。回復後の同年12月、彼は第493歩兵連隊の副司令官に任命された。1941年1月からは北カフカーズ軍管区に置かれていた第751狙撃連隊の指揮を任されることとなった。4月、第19軍の作戦本部に移り、そこの補佐官を務めた。