2014年10月23日には日本航空の子会社に再びなったものの、再子会社化直後はロゴや機材塗装の変更は行われず、JALグループ離脱時のままであった。その後、2016年1月13日に機材塗装もJALグループ共通の鶴丸塗装にする事を発表した。「The Arc of the Sun（太陽のアーク）」塗装の2機、前述のJALグループ離脱時の塗装の1機は整備時に順次塗装変更がなされる。同年4月より順次鶴丸塗装へ変更され、2017年11月には3機全ての機体が鶴丸塗装に統一された。。
新しいロゴマークが公募で決定し、2011年6月1日、丘珠空港における記念式典において披露された。新ロゴを用いた新塗装機は、機首・及び垂直尾翼上部にコーポレートカラーを配したものとなり、この塗装の初号機は2011年11月より鹿児島の日本エアコミューターでの整備を実施したJA01HCである。「The Arc of the Sun（太陽のアーク）」塗装の2機はHACのJALグループ復帰までに塗装変更がなされず、後述のJALグループ共通の鶴丸塗装が施されることが決まったため、この塗装はJA01HCのみに施されることとなる。なお、新塗装機となったJA01HCは、2011年12月1日の561便（丘珠→釧路）でデビューする予定であったが、機材繰りの都合により、11月30日鹿児島からのフェリー到着後、同日の567便（丘珠→釧路）で運用に復帰している。
JALグループの「The Arc of the Sun（太陽のアーク）」塗装であり、「JAL」のロゴ表記を「HAC」（Aに横棒がなくノが入る）（）に置き換え、続いて「HOKKAIDO AIR SYSTEM」と表記される。
垂直尾翼に「レインボー・カラー」を配した日本エアシステム (JAS) の2代目塗装に準じている。相違点は「HOKKAIDO AIR SYSTEM」のタイトルロゴと垂直尾翼の「HAC」表記程度である。このほか、当時誕生したスズランの花と飛行機を合わせたキャラクター「ハックン」を操縦席横に配していた。
人口減少社会で利用者の減少が進み、2017年には国土交通省持続可能な地域航空のあり方に関する研究会（座長竹内健蔵東京女子大学教授）で機体の共同保有や、将来の経営統合などを内容とする報告書が出された。
2013年9月には2014年度中を目処にJALの持株比率を51%程度まで高め再度子会社化する予定で北海道と調整に入っていることが報じられ、その後、JALはHACを再度子会社化むけて調整を進め、2011年に北海道や道内財界各社に売却したHAC株式をJALが再取得することを9月に北海道と同意した。2014年10月22日の取締役会において、北海道および道内財界各社が保有するHAC株式のJALへの譲渡が承認され、翌10月23日にはJALの子会社に復帰した。再子会社化直後はロゴや機材塗装、客室乗務員および地上係員の制服の変更は行われず、JALグループ離脱時のままであった。2015年6月になって、HACもJALグループ各社に準じたロゴ表記（鶴丸デザイン）に変更され、丘珠・利尻・奥尻の空港カウンターを鶴丸デザインへ順次切り替えた。そして、2016年1月13日に機材塗装をJALグループ共通の鶴丸塗装にする事と、客室乗務員および地上係員の制服をJALグループ共通とする事を発表した。同年4月より機体塗装は順次鶴丸塗装へ変更され、客室乗務員および地上係員の制服も切り替わる。2016年4月27日の鹿児島発丘珠行きチャーター便が鶴丸塗装された機材の初便となり、路線投入された。2016年10月30日以降、JAL・ジェイエア・HACとの運送の共同引受に運航形態が変更されることとなり、同社運航便が全て日本航空便名での運航に変更された。
日清戦争や日露戦争で兵士の脚気に悩まされた帝国陸軍は兵食を含む糧食の向上に取り組んでいた。脚気が細菌による感染症などでなく、ビタミンB₁つまりチアミンの欠乏であると明らかにされてから、陸軍糧秣本廠（陸軍省外局）は安価で栄養価に富み、調理も容易な料理レシピの開発を続けていた。その様な状況で編纂され、明治末期の1910年（明治43年）の「明治43年陸普3134号」で制定されたレシピ集が『軍隊料理法』である。本書は近衛師団を筆頭に各師団の隷下部隊（歩兵連隊・騎兵連隊等）・ 各軍学校（陸軍士官学校等）・各陸軍病院・各陸軍衛戍監獄、および外地に駐留する台湾軍・韓国駐箚軍・関東軍・樺太守備隊といった軍隊ないし学校に配賦された。計145ページの『軍隊料理法』の構成は、「第一章 調理ノ心得 第一節 鹽梅」（塩梅）にはじまり、「配合ト盛リ方」・「食ノ習慣」・「炊事用材料ノ取扱方」・「切方」・「串ノ刺方」・「煠方」（茹方）・「材料ノ使方」・「煮汁ノ使用法」の各節が続き、特に「切方」・「串ノ刺方」の節では詳細な絵図が用いられ初心者にも分かりやすく料理のイロハ・心得が詳述されている。「第二章 各種調理法」・「第三章 麭類」・「第四章 菓子類」で各レシピが列挙され、「第五章 戰用糧食品使用法」では野戦糧食について、「第六章 食品撰擇標準」（食品選択標準）では文字通り食材や調味料の目利きおよび燃料（薪・木炭・石炭）についての説明がある。