日昌は大阪にあった船問屋・尼崎屋吉右衛門の二男で、出家の後偶然妙見菩薩のお告げを受け、満仲ゆかりの同地を精舎建立の地に決めたという。この時建立に尽力したのが近松門左衛門であった。日蓮宗の信者であった近松は、日昌の生家「尼崎屋」の支援者だったこともあり、建立本願人として貢献している。近松作品の出版元であった大阪の正本屋九右衛門や歌舞伎役者・三代目嵐三右衛門ほか役者や商人がこぞって寄進し、妙見宮本殿や本堂などが建立された。近松は自ら寄進したこの寺をこよなく愛し、寺では本堂裏に彼の仕事部屋を造った。のちに近松屋敷と呼ばれたこの部屋に晩年の約10年、10里の道程を厭わず訪れ、『大経師昔暦』『女殺油地獄』などの名作を次々に生み出した。
創建には諸説あるが、『小田村勢』では『摂津名所図会』を引用して、957年（天徳元年）に多田満仲が勧請し禅宗の寺院として創建された後、1714年（正徳4年）に日昌が再興し日蓮宗に改宗したと記されている。再興には、尼崎城主・松平家の協力を得て、満仲勧請の妙見宮を祀った。
『系胤譜考』や『参考諸家系図』は初代の行連から戦国末期の政実まで11代の系譜を載せる。一方、『奥南落穂集』は九戸信実を12代孫、九戸信仲を13代、政実を14代に作る。歴代の事蹟はほとんど詳細等は不明。当初は大館村にあったが、のち九戸の地に移り九戸城を築城し移ったのが『系胤譜考』では、九戸光政のとき。『奥南落穂集』では、信実の代という。また他説では、政実が岩手郡、紫波郡に出陣し、安東氏との鹿角合戦にも武功をたてたことにより宗家三戸南部氏の南部晴政から二戸（旧・福岡）領を加増され、その時に九戸城に移ったとされる。信実、信仲のとき浄法寺氏、新田氏、七戸氏、久慈氏、野田氏などと姻戚関係を結んでいる。政実のときには三戸南部氏、八戸氏（根城南部氏）と並ぶ糠部郡の雄となっていた。三戸南部氏の晴政、晴継が急死（晴政公の通夜の帰りに乗った籠が刺客に襲われて暗殺されたとも、その刺客が田子信直自身とも言われている）し、その後継者が以前に南部晴政の長女の婿となり養嗣子でもあった田子（南部）信直と、九戸政実の弟で晴政の二女が正室である九戸実親が候補に挙げられた。しかし北信愛が八戸政栄を調略、さらに信愛が南氏の兵と軍事クーデターを起こし信直が南部惣領家の後継者に決定する。これに政実は不満を持ち、南部信直による津軽為信の討伐の要請にも動かず、さらに三戸南部との対立を深めていった。ちなみに、元服前の大浦（津軽）為信を久慈氏に推挙したのは、政実である。しかし工藤利悦によると、対立は後継者争いに端を発するものではなく、南部晴政・九戸氏の連衡と南部信直を盟主とする南長義・北信愛の連合の対立がはじめにあり、また九戸氏と三戸南部氏はほぼ対等な立場（いわゆる盟主関係）にあったとされる。これが事実なら、南長義・北信愛の「南部家内での地位と権限の誇示」を目論み、田子信直を補佐するふりをし。　信直が三戸南部の後を継ぐのに邪魔な九戸政実を滅ぼし、尚且つ、南端の花巻城を得る為に画策したとも推測出来なくも無い。なお、九戸氏が八戸（八戸南部）氏などともに三戸南部氏の「家臣」と見なされるのは奥州仕置以後である。これらは豊臣秀吉が天正15年（1587年12月）に関東・奥州に対して発令した私戦を禁止する「惣無事令」以降のことであったため、同族同士もしくは主君と家臣の争いとしなければ戦後処理により、九戸氏の領地を没収されるからである。天正19年（1591年）政実は三戸城での南部氏の正月参賀を拒絶し、同年3月に5千人の兵力をもって挙兵した。これには九戸一族のほか、二戸郡の領主の大半が参加している。南部に属する中でも、精鋭・精強な九戸軍と南部家中の日和見により九戸側が当初は優位にあったが、南部信直の豊臣氏への働きかけにより、九戸側を奥州仕置に反する行動とみなした豊臣秀吉による鎮圧軍が派遣され、九戸氏は敗北（戦が長引き、厳しい冬と兵糧不足に危機感を感じた仕置軍の和睦と見せかけた騙し討ちとの説在り）。蒲生氏の計らいで、政実を秀吉に謁見させようとするが、秀吉による関東の後北条氏の小田原城攻めの際に、後北条側の支城の一つである成田氏の本拠である武蔵国の『忍城』を大軍を持ってしても落とせなかった屈辱と、九戸氏を存続させたくない三戸南部側の策略も在り、政実は降伏謝罪をしたが許されず。宮城県栗原郡内〔三迫〕で配下の諸将数名と共に斬首処刑されて九戸氏は滅んだ。現在の宮城県栗駒町九戸壇には、政実と共に処刑された武将の櫛引河内守清長・久慈備前守直治・七戸彦三郎家国・一戸彦次郎実富・円子右馬助光種・大湯四郎左衛門昌次・大里修理大夫親基と共に埋葬され墓印に植えたと伝える椿が残る。政実の一子・九戸亀千代は母とともに捕らえられ、村松の蒲生氏郷の陣で死に、首は長光寺に送られて手厚く葬られた。と『奥羽永慶軍記』では伝わるが、追手の名や殺害場所に諸説ある。また、生き延びて堀野三右衛門政信と称し、徳川秀忠に仕え3000石を得たとするものもある。ただし『寛政重修諸家譜』にはその名はない。開城させられた九戸城は仕置軍が雪崩込み、立て篭もっていた民も巻き込み惨劇の場と化す。いつの頃か、三の丸辺りから女性の遺骨が発見され、その骨には刀で撫で斬りされた様な傷が在ったそうである。