1998年後半、光学的に深い塵の殻が桜井天体を隠して恒星の光度が急激に低下し、1999年まで可視光波長での観測ができなくなった。赤外線観測では、恒星の周りの塵の雲は主にアモルファス形の炭素であることが明らかとなった。2009年、塵の殻はかなり非対称で、円盤の主軸は134°の方向を向いており、傾斜角は約75°であることが発見された。この円盤は、発生源の温度が急速に低下しているため、より不透明になると考えられている。
桜井天体は、漸近巨星分枝後の恒星に分類され、白色矮星が冷却される短い期間の後、ヘリウム殻フラッシュ（後期熱パルスとしても知られる）の段階にある。質量は、約0.6太陽質量であると考えられている。
1996年2月23日に送付された国際天文学連合の会報は、アマチュア天文学者の櫻井幸夫が11.4等級の「進みの遅い新星の可能性がある天体」（“possible ’slow’ nova”）を発見したことを報じた。日本人天文学者の中野主一がこの発見を報告し、この天体が1993年の画像でも1931年から1950年のハーバード・スミソニアン天体物理学センターの記録でも見られないにも関わらず、前年よりわずかだけ明るくなっていることが関心を集めた。中野は「共生新星の爆発で増光の翌年に輝線が消失するのは非常に珍しい」と書いた。最初の報告の後、ヒルマー・デュルベックらは、桜井が観測した「最後のヘリウムフラッシュの可能性がある天体」（‘possible final helium flash’）についての論文を発表した。その中で彼らは、桜井天体の位置は1976年に発見された21等級の暗い天体の位置に相当するとし、1994年から1996年に再び観測された時に11から15等級まで明るくなったとした。測定された流束、角直径、星雲の質量等の解析によって、5.5キロパーセクという距離や38太陽光度という光度が決定された。専門家は、この値は見かけやモデル予測とも合致するが、この領域の爆発の明るさは3,100太陽光度で、予測より3倍も低いことを指摘した。最初の赤外線観測については、1998年に近赤外と遠赤外の両方の分光画像が公開された。集められたデータは、桜井天体の増光がモデルの予測どおりであることを示し、~680Kの温度の星周塵が存在することが発見された。さらに2000年に公開されたイギリス赤外線望遠鏡による赤外線のデータから、吸収線の変化の発見について議論された。
直截な関連性は恐らくないが、『Another Century's Episode:R』で、アルファートに搭載されている「Vドライブ」の正式名称が「バルドナ・ドライブ」であり、空間、および次元転移する能力を持っている。ACEコアは対象を別次元へ強制的に飛ばす「バルドナ・ペネトレイター」を搭載している。なお、『ACE:R』での事件が起きたのは、こちらでのVドライブの原理は十一次元レベルでエネルギーの封じられた結晶体を励起させ、空間、または次元転移のできる異世界の存在にアクセスし、その力で転移をする、というものだった。しかしアルファートが転移を試みた際、アクエリオンの世界では堕天翅族が「異世界の強力なプラーナを持つ戦士」を召喚しそのプラーナを使って生命の樹の成長をより早めさせようと画策していた。しかしその中に多数の次元の特異点たる桂木桂とオルソンがいたために時空のねじれが黒い球体として発生することとなり、アルファートは惑星エリアの別の地点に転移するに留まり、各作品の登場人物たちはアクエリオンの世界ではなく惑星エリアに飛ばされる結果になった。
1995年6月、「むつ」は青森県むつ市の関根浜港で陸揚げされて原子炉区画を撤去し、原子力船としての任を解かれた後、認可法人海洋科学技術センター（現・海洋研究開発機構）に譲渡された。船体はバージに載せ海上輸送され、前部船体は「むつ」の建造造船所である石川島播磨重工業東京第一工場で、後部船体は三菱重工業下関造船所で約200億円の費用を掛けて改造され1996年7月に東京第一工場まで海上輸送され、前部船体と結合されて8月21日に27年ぶりの進水式が行われ、「みらい」と命名された。技術者の苦労は大変なもので、それぞれの会社の社外秘までも互いに公開し合って造り上げた。翌1997年4月より6次にわたる海上試運転が行われた後、9月29日に完成し、JAMSTECに引き渡された。2003年から2004年には、JAMSTEC創立30周年記念事業として「BEAGLE2003」（Blue Earth Global Expedition 2003）が行われた。これは、南半球中緯度域で、大気圏・水圏・地圏の全領域にわたる多角的な海洋観測を行いつつ、約200日で太平洋・大西洋・インド洋を一気に横断するという、海洋観測史に残る大規模観測であり、世界の研究者を驚嘆させた。2011年3月末、福島第一原子力発電所事故による海洋汚染を調べるため福島県沖に派遣され、海水を採取した。2015年にJAMSTECが国立極地研究所、北海道大学などと始めた北極域研究推進プロジェクト（ArCS）に参加し、2016年以降、海氷が大幅に減る夏場に北極海へ調査航海を実施している。北極海入りは2018年までに16回を数え、その他の海域を含めて年間250～300日程度は航海を行っている。文部科学省は本船の後継船として砕氷機能を有する北極観測船を建造する方針を表明、2018年度の概算要求に関連経費3億円が盛り込まれた。2018年度から5年間をかけて設計・建造が行われる予定で、後継船の就役後、本船は引退する方針で検討されている。