ラザフォードの指導を受けて、ガイガーとマースデンはアルファ粒子のビームを金属の薄い箔に当てて、蛍光板を使って散乱を測定する実験を繰り返した。彼らは金属箔からあらゆる方向に跳ね返るアルファ粒子を点として記録し、その結果、いくつかがアルファ粒子の線源方向に跳ね返ることが分かった。これはトムソンの模型によればありえないはずである。このモデルではアルファ粒子は真っ直ぐに通り抜けるからだ。明らかにこれらの粒子は、トムソンの模型が示すよりもはるかに大きな静電気力に遭遇している。つまり、原子の正電荷は、トムソンが想像したよりもずっと小さい容積に集中していることになる。ガイガーとマースデンが金属箔にアルファ粒子を当てたとき、90°を超える偏向を示したのはほんの一部だけであった。ほとんどは、真っ直ぐに通り抜けた。これは、複数の強い正電荷の小さな球体が、大きなカラッポの空間によって隔てられていることを意味した。テニスボールを詰め込んだ大きなバッグを持って、雑木林の端に立ち、林に向かってテニスボールを目を瞑って投げるとしよう。大部分のボールは何にも当たらず飛んで行くが、いくつかは木の幹にあたりいろいろな方向に散乱される。ラザフォードが見たアルファ粒子の散乱のパターンは、これに似ている。金属箔本体の大部分はカラッポの空間なので、大部分の粒子は真っ直ぐに通り抜ける。しかし、いくつかは小さいがしっかりした障害物、すなわち原子の核に「ぶち当たる」ラザフォードはトムソンの原子模型を棄て去り、その代わりに新たな原子模型を提案した。ラザフォードの模型では、原子は大部分がカラッポの空間であり、その正の電荷は中心の極小容積に集中しており、その回りを電子が取り巻いている。
宇宙世紀0096年1月1日、サイド7のコロニーで一年戦争終戦記念式典がおこなわれる。式典に合わせ、ホワイトベースに似せて建造された多用途輸送艦「アンヴァル」には、地球から招待されたジュニア・スクールの生徒たちも乗っていた。式典に飽きた生徒のサン・プレースたちは会場を抜け出し、一般人立入禁止区画に迷い込む。そこで彼らはガンダムGファーストをはじめとする3機のモビルスーツ（MS）と、パイロットのジョリオン・デイたちに出会う。一方、「袖付き」と呼ばれるネオ・ジオン残党軍に合流しようとするムサイ級軽巡洋艦「メイルメル」に乗るジオン軍残党は、アンヴァルを手土産として拿捕しようと狙う。コロニーを出港したアンヴァルへの襲撃が、メイルメルの艦内で生まれ育ったガンズ・ランの初陣となる。しかしそのタイミングは、ちょうど生徒たちが宇宙遊泳体験をしている最中であった。急いでスペース・ランチで避難するが、サンは命綱が外れてしまい宇宙に取り残されてしまう。戦闘の最中にサンの存在に気づいたガンズは彼を救助する。アンヴァルからはGファーストとキャノンガンが出撃し、メイルメルのMS隊を退けるが、突如金色のMS・ユニコーンガンダム3号機「フェネクス」が襲来、生徒たちの乗るランチを容赦なく撃墜するなど敵味方関係なく暴れまわる。Gファーストと交戦するフェネクスは「アンチェインド」状態に覚醒するが、GFタンクと合体して「流れ星」となったガンダムGファーストDXの前に機能を停止する。フェネクスは突然介入してきた新生「フレスベルク」隊によって回収される。同じ頃、「袖付き」の拠点であるパラオで、「袖付き」との合流を希望するジオン軍残党が少なくないとの報告を受けたフル・フロンタルは、航宙貨物船ガランシェールの2番艦「ブランダムール」を母艦とする調査部隊の編成を命じる。その中には、2年前に連邦軍のレイヴン隊と合流し、初代フレスベルク隊とともに戦ったルガー・ルウも含まれていた。中継によりアンヴァルらの戦闘を観ていたロック・ホーカーは、フェネクス出現の理由がそこにニュータイプの子供たちがいることにあると結論づけ、子供たちを「サンプル」として確保しようと画策する。アンヴァルはサイド7などでの民間人受け入れ要請は認められず、そのまま地球に帰還するよう通告を受ける。途中、ラビアンローズ級ドック艦で補給を受ける予定であったが、傭兵の襲撃を退けた直後に新生フレスベルク隊が再び介入、隊長のゼナイド・ギャルが搭乗するプロトタイプΖΖガンダムのハイ・メガ・キャノンによりラビアンローズ級は真っ二つにされる。ゼナイドはアンヴァルに民間人の保護を理由に同行を要求するが、艦長のダン・コルトンはこれを拒否、MS隊による目眩まし戦法により逃走に成功する。数日後、追われる身となったアンヴァルは所属に関係なく艦船を受け入れるサイド1のコロニー「シャングリラ」に入港する。シャングリラではMSを使った非合法の賭け試合「バトレイヴ」がおこなわれていた。GFタンクの修理費を捻出しようと考えるサンたちは、かつて「ガンダム・チーム」の一員だったビーチャ・オーレグとエル・ビアンノに出会い、結託してGファーストとキャノンガンを盗み出し、バトレイヴに出場する。ジョリオンたちはGFタンクで会場に向かい、出場直前で強引に合体してGファーストDXになりコントロールを奪うが、そのまま試合が開始されてしまう。その対戦相手は、シャングリラのジャンク屋で見つけたザクIII改の購入代金を稼ぐために、その機体でバトレイヴに出場したガンズであった。同じ頃、近傍の宙域ではブランダムール隊と新生フレスベルク隊との遭遇戦が勃発。ルガーはゼナイドと交戦の最中、自分と彼女が同じ遺伝子をもつ「クローン・ニュータイプ」であることを認識し、ゼナイドを説得して共感を得る。ロックはゼナイドを早々に見限り、「もう一人のゼナイド」が搭乗するザナドゥを送り込む。ゼナイドがシャングリラに空けた最小限の穴から宇宙に出たジョリオンたちとガンズも参戦するが、ザナドゥの圧倒的なパワーの前にGファーストとキャノンガンは球形コックピット・ブロックを奪われ、ジョリオンとエルたちは連れ去られる。乱逆者の疑いが晴れたアンヴァルは地球に向かうが、メイルメルとブランダムールはジョリオンたちを奪還するため月の裏側にあるナイトロ研究施設を目指し、ダン、ビーチャに加えサンとゼナイドも同行する。迎撃するナイトロ隊と決戦になるが、ナイトロ隊にはナイトロに精神を侵され、フェネクスに搭乗するジョリオンもいた。強大な力をもつナイトロ隊にガンズたちは苦戦するが、イング・リュードの残留思念体の導きにより初代フレスベルク隊とレイヴン隊も参戦。フェネクスはガンズとルガーにより機能を停止、ザナドゥに搭乗するロックはブレイア・リュードのガンダムデルタカイによって倒され、ナイトロを巡る一連の事件に終止符を打つ。時は流れ、宇宙世紀0105年。地球で一年戦争終戦25周年式典がおこなわれ、成長したサンと同級生たち、そしてガンズも会場に向かう。そこにはかつてアンヴァルに搭載されていた3機のMSと、アンヴァルの乗員が一堂に会していた。