便所は電動車椅子対応のもの（洋式）を設置し、おむつ交換台なども設けている。移動制約者対応として、各客室扉引戸鴨居部に扉開閉表示灯、便所向かいに車椅子スペースを設けている。また、客室中央の前位寄りに機器室を配置している。運賃表示器は液晶型とし、運賃のほか次駅案内も行い、英語にも対応する。また、車内にはGV-E400系にはないゴミ箱が設置されている。室内の灯具はすべてLEDである。
車内はワンマン運転や通学・通勤時間帯の混雑を考慮し、車内中央部をクロスシート（2+1列）3区画、その他をロングシートとしたセミクロスシートである。ロングシート部は中間にスタンションポールを設置した。吊り手高さは733系電車を踏襲した1,810 mm・1,630 mm・1,590 mmの3種類とした。
座席は一般席モケットに「北海道の豊かな草原をイメージした」グリーン、優先席部にオレンジを用いた。また、乗降ドア室内側はコーポレートカラーのもえぎ色、ドア横のパーティーションは「海や青空を想起させる」ブルーとしている。
屋根上に集中形空調装置（冷房能力38.4kW、暖房能力16kW）を搭載する。また、空調装置側面寄りには歩み板が設置されている。別途設置の室内電気暖房機は24.85kWの容量を持つ。
電気指令式空気ブレーキ方式を採用しており、常用ブレーキ・非常ブレーキ・直通予備ブレーキ・耐雪ブレーキの4つのブレーキ系統を有する。また、冬季にディスクブレーキとブレーキパッドが凍結することによりブレーキ不緩解となることを防止するため、車両が停止し、ブレーキが「B7」段に投入されている条件で、運転台のスイッチを扱うと、従台車のブレーキ圧力が開放される機能を持つ。また、各軸ごとの滑走再粘着制御を行い、エゾシカなどとの接触回避のため急ブレーキを扱った際の踏面損傷を防止している。
ルイセンコの政治的成功は、大部分は共産党とソビエトイデオロギーへの訴えかけによるものであった。1920年代末の破滅的な集団農場化の試みの後に、ルイセンコの「新しい」手法はソビエト当局者にとって「農業革命」への道を開くものとして見られた。ルイセンコ自身小作人家庭の出身であり、レーニン主義の熱狂的支持者であった。一連の人為的な農業災害を経験した時期、ルイセンコも極めて速く問題に対応したが、真の解決策は持っていなかった。党が新たな作物の植え付けや新たな農地の耕作の計画を発表した時はいつでも、ルイセンコはどのように実行するかについての早急な実践的提案をした。ルイセンコは非常に速く、穀物の低温処理から、綿の木からの葉摘み、樹木の塊状植え付け、独自の混合肥料に致るまで様々な処方箋を作ったため、学術界の生物学者らは新しい技術が導入される前に、ある技術に価値がないか有害であることを実証する時間がなかった。党が支配する新聞はルイセンコの「実践的」取り組みを賞賛し、ルイセンコに批判的な人々の動機に疑いをかけた。ルイセンコの「農業における革命」は、科学に必要な忍耐と観察を要請する学術界に対する強力なプロパガンダ的優位性を持った。ルイセンコはソ連共産党の支配層入りが認められ、農務を任された。ルイセンコは生物学者を「ハエ愛好家の人間嫌い」として糾弾し、ソビエト経済を故意に機能しないようにし失敗させようとした生物学における「破壊分子」として非難するために自身の地位を使った。そのうえ、ルイセンコは理論生物学と応用生物学との区別を否定した。ルイセンコは自身を有名で人気のあったソ連の園芸家イヴァン・ヴラジーミロヴィッチ・ミチューリンの追随者であると述べた。しかし、ミチューリンとは異なり、ルイセンコはラマルキズムの一種を支持しており、非遺伝学的な技術として交配と接ぎ木のみを用いて自説を強く主張した。これには、最も重要なことだが、生物の「獲得」形質—例えば、葉摘みを行った後の葉のない状態—がその生物の子孫によって継承されるという含意も付随していた。これが、春化がより高い生産性を与えるとルイセンコが主張した理由であった。ルイセンコは、春化させた種子がより速く花を咲かせ、より多くのコムギを生産する能力が、次世代のコムギ種子へと受け渡され、したがって春化によってさらにこの過程が増幅される、と信じていた。ヨシフ・スターリンからの支持は、ルイセンコにさらなる動機と人気を与えた。1935年、ルイセンコは生物学における反対派と、ソビエト政府の農業集団化政策にまだ抵抗していた小作人とを比較し、ルイセンコの理論に反対することによって伝統的遺伝学者はマルクス主義に反対する立場にあるのだ、と述べた。スターリンはこの演説が行われた時に出席していた。この出来事はルイセンコをつけあがらせ、まだルイセンコに声高に反対する遺伝学者を中傷する自由を彼と仲間のプリゼントに与えた。ルイセンコのかつての指導者であったニコライ・イヴァノヴィッチ・ヴァヴィロフといったルイセンコ主義の反対者の多くは投獄されるか、ルイセンコおよびプリゼントの告発によって処刑された。1948年8月7日、レーニン全ソ連農業科学アカデミーはそれ以後、ルイセンコ主義を「唯一の正しい理論」として教える、と発表した。ソビエトの科学者らはルイセンコの研究に反論するいかなる研究をも非難することを強いられた。ルイセンコ批判は「ブルジョワ」あるいは「ファシスト」と糾弾され、類似した「非ブルジョワ」理論も当時のソビエトアカデミーの他分野において頭角を現した（ヤフェト理論および社会主義リアリズムを参照のこと）。興味深いことに、おそらくスターリンの存命時に粛清を逃れた唯一のルイセンコの対立者らはソビエトの原子核物理学者の小さなコミュニティーであった。トニー・ジャットが意見を述べたところによると、「スターリンが彼の原子核物理学者らにちょっかいを出さず、『彼らの』計算に後でとやかく言うことをしなかったと推測されるのは意義深い。スターリンは狂っていたかもしれないが、愚劣ではなかった」。