2009年12月、研究者らによって従前、和名で「オニイトマキエイ」と呼ばれていた種には2種が存在することを認める研究論文が発表され、それぞれの種に「Manta birostris」、「Manta alfredi」の学名が与えられた。これを受け、沖縄美ら海水族館、海遊館、エプソン品川アクアスタジアム（現アクアパーク品川）がそれぞれの飼育個体について調査した結果、飼育している種は「オニイトマキエイ」ではなく「Manta alfredi」と判明し、この種の和名に「ナンヨウマンタ」を用いることとした。この種の和名としては「ナンヨウマンタ」のほかに「リーフオニイトマキエイ」が提唱されたが、日本魚類学会によって「ナンヨウマンタ」が標準和名とされた。さらにナンヨウマンタはオニイトマキエイ属（Manta）ではなくイトマキエイ属（Mobula）に属すことが判明し、学名が「Mobula alfredi」に変更された。ナンヨウマンタは、沖縄美ら海水族館、アクアパーク品川で飼育されている。また、海遊館でもかつて飼育されていたが2013年に死亡している。2007年6月17日、沖縄美ら海水族館で飼育されているマンタが、メスの赤ちゃんを出産した。飼育環境下での出産は世界初といわれ、生態の研究が進むものと期待されていたが、6月21日の朝に死んでいるのが確認された。死因は父親エイに追いかけられ、水槽の壁にぶつかり、その時に生じた打撲や傷が原因とみられる。なお、同水族館では2008年6月17日にも出産に成功している。
ダイバーの間では非常に高い人気を誇る。性格はおとなしく、好奇心が旺盛で人なつこい。場所によっては生息密度も高く、あまりダイビングの経験がなくとも、大きなオニイトマキエイとの海中遊泳を比較的手軽に楽しむことができる。オニイトマキエイやナンヨウマンタのような大型魚類を飼うにはかなりの広いスペースが必要だが、水族館の大型水槽展示が普及するにつれ、飼育・展示することも可能になってきている。オニイトマキエイとナンヨウマンタとが区別されるようになった結果、従来水族館で飼育されていたものの多くはナンヨウマンタであったことが判明しているが、2018年11月に沖縄美ら海水族館が世界で初めてオニイトマキエイの飼育・展示に成功したと発表。また、2018年5月に施設を拡張したフランスのブローニュ＝シュル＝メールにあるナウシカ国立海洋センターでも、オニイトマキエイが展示されている。古代ペルーのモチェ文化の遺跡からは、本種をかたどった鐙型注口土器が出土している。大きな体格、ゆったりした遊泳速度、海面近くを泳ぐ性質のため、本種は漁師の格好の標的となりやすい。フィリピン、メキシコ、モザンビーク、マダガスカル、インド、スリランカ、ブラジル、タンザニア、インドネシアでは漁獲されている。地元では、主にヒレ、皮、肝臓、肉、鰓弁が消費されているが、近年東洋医学の薬剤として乾燥したオニイトマキエイの鰓弁の需要が高まっており、東南アジアと東アフリカにおける漁の性質が自給から商業ベースに変化してきている。マグロなど他の魚を対象とした網にかかったり、サメ除けのネットにからまって命を落とすこともある。本種の漁獲が行われている南シナ海、フィリピン海、スールー海、メキシコの西海岸、スリランカ、インド、インドネシアでは、個体数の減少が報告されている。繁殖、出産、幼魚の成長に欠かせない沿岸域での漁業、水質汚染、沿岸の開発、エコツーリズムが個体群に与える影響はよくわかっていない。一回の産仔数が少なく、繁殖力が弱いことから、一度、個体群数が下落すると、回復には時間がかかると推測される。ハワイ諸島やヤップ島付近に生息する個体群は生息域から遠くに移動しないことがわかっており、局地的に絶滅の危機に陥った場合、別の個体群からの個体の移入によって個体群が自然に復活することは難しいと考えられる。
2012年1月20日、UFC初参戦となったUFC on FX 1でカマル・シャロルスと対戦し、リアネイキドチョークで一本勝ちを収めた。2012年7月7日、UFC 148でグレイゾン・チバウと対戦し、13回トライしたテイクダウンを全て防がれ、逆に朽木倒しでテイクダウンを奪われるなどして苦戦するものの3-0の判定勝ちを収めた。2013年5月25日、UFC 160でアベル・トルヒーヨと対戦し、3-0の判定勝ち。この試合はヌルマゴメドフの体重超過で158.5ポンド契約で行われたものの、UFC新記録となる21回のテイクダウンを成功させた。2013年9月21日、UFC 165でライト級ランキング10位のパット・ヒーリーと対戦し、3-0の判定勝ちを収めた。2014年2月22日、UFC 170でギルバート・メレンデスと対戦予定だったがキャンセルされた。2014年4月19日、UFC on FOX 11でライト級ランキング5位のハファエル・ドス・アンジョスと対戦し、3-0の判定勝ち。2014年9月27日のUFC 178でドナルド・セラーニと対戦予定だったが、膝を負傷して欠場した。2015年5月23日のUFC 187でドナルド・セラーニと対戦予定だったが、膝を負傷して欠場した。2015年12月11日のThe Ultimate Fighter 22 Finaleでトニー・ファーガソンと対戦予定だったが、肋骨を負傷して欠場した。2016年4月16日、約2年ぶりの復帰戦となったUFC on FOX 19でトニー・ファーガソンと対戦予定だったがファーガソンが肺に血がたまり欠場したため、代役のダレル・ホーチャーと対戦し、パウンドでTKO勝ち。2016年11月12日、UFC 205でライト級ランキング6位のマイケル・ジョンソンと対戦。グラウンドでジョンソンを圧倒し、キムラロックで一本勝ち。 試合後インタビューでは「アイルランド人は600万人しかいない。ロシア人は1億6000万いる。俺はマクレガーと戦いたい。なぜなら、ライト級で一番楽な試合になるからだ」と発言し、マクレガーを挑発した。2017年3月4日、UFC 209でトニー・ファーガソンと対戦予定だったが、減量に失敗して体調を崩し欠場した。2017年12月30日、約1年ぶりの復帰戦となったUFC 219でライト級ランキング4位のエジソン・バルボーザと対戦。スタンドでプレッシャーを掛け続け、グラウンドで圧倒し、大差の判定勝ち。パフォーマンス・オブ・ザ・ナイトを受賞した。