1204年の第四次十字軍がコンスタンティノープルを陥落させ、ギリシャ本土での東ローマ支配が衰えると、クレタ島はボニファチオ・デ・モンフェラートへ与えられた。彼は逆に、100マルク銀貨でヴェネツィア共和国へ島を売ることにした。1252年、ヴェネツィア人はクレタ人をどうにかして打ち負かしたが、1263年に、競争相手のジェノヴァ共和国がクレタ人の支援を受け、マルタ伯エンリコ・ペスカトーレ指揮のもと市を獲得した。この状態は1285年にヴェネツィアが奪還するまで続いた。ハニアは、地域のレクトル（行政監督職の将軍）の所在地に選ばれ、肥沃な農業地帯の突出した貿易中心地として繁栄を極めた。ヴェネツィア支配は相対的に厳しく抑圧的だったが、ゆっくりと双方の関係は改善された。ヴェネツィアとの接触はクレタ文化とヴェネツィア文化との絡み合いを密接にしたが、クレタ人は自分たちのギリシャ正教会の伝統を失うことはなかった。市の名前はイタリア語でラ・カネア（La Canea）となり、要塞設備は強化され、このとき与えられたハニアの形態は現在もまだ残っている。一方で、1453年に東ローマ帝国が滅亡すると、多くの聖職者たちや芸術家らがクレタ島へ逃れてきて、島でのギリシャ人の信仰と文化を一層強めた。東ローマ、ヴェネツィア、古代ギリシャの文化要素が混ざり合った時代の後にハニアは続いた。市にある多くの重要な建物はこの時代に建てられ、知識的な活動（文筆、音楽、教育）も奨励された。
東ローマ帝国の元での原始キリスト教時代（395年 - 824年）と、続くアラブ人による支配時代、定住地がカニア（Chania）と呼ばれていたことの記述が不十分である。東ローマ時代、キリスト教が島中に伝播したが、アラブ支配時代にはキリスト教徒は迫害され、山地へと移った。961年に東ローマは市を奪還した（1204年まで支配）。ギリシャ人らは再びアラブ人が侵攻するのを防ぐために市の防衛を強力に進め、一帯にあった古代ギリシャ時代の建物から資材を用いた。この時から、ハニアは司教座となった。
ハニアは、ギリシャ人がキドニア（シドニアとも。ギリシャ語でマルメロを意味する）と呼んだミノア文明の定住地のあった場所である。このミノア文明都市が現在のハニアの下にあり、一部の有名な考古学的な証拠となる出土品が、旧市街のカステリ地区から見つかっている。この一帯は新石器時代から人が暮らしていた。市はミノア文明が終焉を迎えた後、古代ギリシャの重要な都市国家として再び出現した。市はハニア湾からレフカ・オリ山地の麓へ伸びる領土を持っていた。最初のギリシャ本土からの移住者の到来は、紀元前1100年頃のドーリア人による。キドニアはアプテラ、ファラサルナ、ポリリニアといったクレタ島の他都市国家と定期的に戦争状態となった。キドニアは、ホメロスのオデッセイに記載されるほどキドニア人にとって十分なほど重要だった(iii.330)。紀元前69年、共和政ローマのコンスル、メテルスはクレタ人を退け、キドニアを征服した。彼は市に独立した都市国家としての特権を授けた。キドニアは3世紀まで、自分たちで硬貨を鋳造できる権利を保持し続けた。
ハインズは1864年1月に逃亡したときにアメリカ連合国首都バージニア州リッチモンドまで行った。そこでアメリカ連合国大統領ジェファーソン・デイヴィスを説得し、捕虜を逃がし、北部の大都市で火災を起こして、北部州の大衆に恐慌を来させる案を受け入れさせた。デイヴィスはハインズの案に動かされ、支援を行うことに同意した。デイヴィスは国務長官のジュダ・ベンジャミンと陸軍長官のジェイムズ・セドンにその計画を伝えるよう勧めた。両人も計画に同意しハインズに実行を奨励したが、デイヴィス、ベンジャミンおよびセドンが唯一躊躇ったことはイギリスやフランスがハインズの行動をどう思うかを含め、世論に与える影響力だった。ハインズはカナダから北部に入るのが容易だと考え、冬の間にカナダに移動した。1864年秋にカナダから北西陰謀を指導した。ベンジャミン・アンダーソン大佐が南軍の他の兵士達と共に計画に加わった。ハインズとその部隊はイリノイ州シカゴのキャンプ・ダグラスで捕らわれている南軍の捕虜を解放できることが期待されていた。ハインズは1864年8月25日にオンタリオ州トロントから60名の部隊を率いて出発した。その年は民主党全国大会がシカゴで開催されており、その時にシカゴに到着した。コパーヘッド達は5万人のコパーヘッドがその大会のために集まるのでその時まで待つようハインズに伝えた。しかし、コパーヘッドがハインズ達を援助することを躊躇するのを見て、連邦当局が明らかに計画を知っているとも思われたのでハインズ達は8月30日にシカゴから逃げ出した。ハインズ隊の多くの者はアンダーソンが二重スパイかもしれないと考えており、アンダーソンを集団から去らせた。1864年アメリカ合衆国大統領選挙の間にキャンプ・ダグラスから南軍捕虜を逃がす2度目の試みが起きたが、この計画もうまく行かなかった。同じ年にハインズは、カナダに逃げていたモーガンの襲撃の元隊員を徴募することで南軍捕虜を逃がす試みをした。これにはカナダ生まれでモーガン隊の通信士ジョージ・"ライトニング"・エルスワースが含まれていた。ハインズがシカゴにいた最後の日に北軍兵による隠れ家捜索で発見されることを避けるために、隠れ家の主婦が精神錯乱で寝ているマットレスの中に這い込んで逃れた。兵士達は家の玄関前に門衛を置いた。翌日は雨が降っていたので、病気の主婦を訪れる訪問客があった。兵士達は傘のうちの顔を一度も見なかったので、これを利用してハインズは家を出てシカゴを離れた。