軍管は、1873年（明治6年）の鎮台条例改正で設けられた。この改正では、全国に6鎮台を置き、鎮台の管轄地を軍管とした。軍管の名は、その管下の兵員でおおよそ一軍を作ることができることを表す（第2条）。6つの軍管は2ないし3の師管に分割された。師管にはその本営のほかに、2ないし4の分営があり、あわせて全国54の営所が配置された（第3条、第4条）。おおよそ、関東地方が第1軍管、東北地方が第2軍管、中部地方が第3軍管、近畿地方が第4軍管、中国・四国地方が第5軍管、九州地方が第6軍管、北海道地方が第7軍管と分けられた。第7軍管は区分しただけで、鎮台の管轄ではなく、師管もなかった。この区割りでは、師管の大きさをほぼ同じくらいにそろえたが、東京の第1軍管と大阪の第4軍管だけが3つの師管を持つ、といった不均衡は残っていた。軍管は、国内反乱に対応する地域分担であり、鎮台はその軍管で発生した反乱に対し、政府の指令を待つことなく鎮圧に出動する権限を持った（第30条）。外国軍に対しては、政府の命があるまで戦闘を極力避け、やむを得ず応戦する場合でも守勢に徹することが求められた（第29条）。
もう一人の主人公。遊戯が千年パズルを完成させたことで、パズルに眠っていた人格が所持者の遊戯に宿る形で現世に復活を果たす。あらゆるゲームのプロフェッショナルで、圧倒的なプレイングと強運を誇る。闇の番人として「心の領域を踏み越えた者」、すなわち悪人に闇のゲームを持ちかけ、敗北した者に恐ろしい罰ゲームを与え裁いていく。一人称は「オレ」だが、ごく初期の頃は「ボク」も使用している。表遊戯と共にペガサスを破ってからは、彼のことを「相棒」と呼ぶ。表遊戯のときと比べて目つき、顔つきなどが鋭くなり、身長も高い。髪型は表遊戯のものに加えて針のような金色の髪が三本立つ。表遊戯と違い、ヒールのような靴を履いている。学ランをマントのように肩にかけることもある。初期の頃は顔つきや口調、性格などは傲慢不遜なかなり邪悪なものだった。文庫版では一部、顔つきなどが後期の闇遊戯に近いものに修正されている（文庫版遊戯王第1巻より）。性格は基本的に真面目、強気、大胆不敵で、仲間を傷つけたり不正をする者には容赦ないが、その一方で真崎杏子とのデート中にカードショップでうれしそうな顔を見せたり、表遊戯に腕にシルバーを巻くように勧めるなど若干軽いところや不良っぽい面もある。真崎杏子からは好意を持たれるが、その想いに本人が気付くことは最後までなかった。世界最強クラスのデュエリストであり、ほぼ全てのデュエルに勝利しているが、ペガサス・J・クロフォードとの1戦目、決闘の王国編での海馬瀬人、アニメオリジナル「ドーマ編」における初回のラフェール戦、前述の通り戦いの儀での表遊戯ではそれぞれ敗北の描写が描かれている。挫折したり壁にぶつかると極度に落ち込んだり冷静さを失ってしまうなど気持ちのアップダウンが激しく、表遊戯や仲間たちの言葉を受けて立ち直る描写が多々あった。使用デッキは遊戯とともに構築した、「ブラック・マジシャン」を中心とした上級モンスターが多めの重量デッキ。仲間達からは表遊戯と変わらぬ友情と信頼を寄せられており、本人も同様の友情と信頼を抱いている。ライバルに対しても基本的には友好的に接するが、何らかの危害を加えてきた相手は徹底的に打ちのめす。当初より周りからは勿論自分でも遊戯のもう一つの人格だと考えていたが、その正体は古代エジプト第18王朝を治めていた王の魂。その名と記憶は失われていたが、千年アイテムや三幻神のカードに関わっていくうちに己の正体を見出していく。真の名は“アテム”で、これはエジプト神話の太陽神アテンに由来する。アテムとしての正体を現したときは、通常より肌の色が黒くなり、古代エジプトらしい格好になる。先代ファラオであり父親でもあるアクナムカノン王の跡を継ぎ、若くして王座に即位。しかし、盗賊王バクラの襲撃と大邪神ゾーク・ネクロファデスの力で闇の大神官となったアクナディンの謀反により窮地に追い込まれる。そして闇の大神官との戦いの末、自らの魂と記憶を引き換えに闇の大神官を道連れに千年錐（千年パズル）に自身を封印した。アニメでは闇の大神官ではなくゾーク自身を道連れに千年錐に封印している。古代編ではファラオの名を以って三幻神を束ね「光の創世神ホルアクティ」を召喚し、大邪神ゾークを滅した。王としての記憶と真の名前を取り戻した後、冥界へ還る為の儀式「戦いの儀」で遊戯と最後の決闘を行う。三幻神を召喚し遊戯を圧倒するが、彼のデッキの必殺コンボにより破られ、更には最強のしもべである「ブラックマジシャン」も倒される。最終的には「死者蘇生」でオシリスを蘇生し勝負をつけようとしたが、遊戯の「封印の黄金櫃」により蘇生は無効。自身の切り札を読んだ遊戯を、自身を超えたんだと認め敗北。涙する遊戯を励まし、最後は仲間に見送られて冥界へと旅立った。冥界へと旅立った後も伝説的な形でその存在は語り継がれており、数年後の住人である遊城十代はもちろん数十年後の住人である不動遊星も「武藤遊戯に宿った名もなきファラオの魂」としてアテム（闇遊戯）の存在を知っていた。遊星の仲間であるジャック・アトラスは「一度戦ってみたいものだ。まあ、タイムスリップでもしない限り不可能だがな」と言っている。原作、アニメにおいて「闇遊戯」の名称は一切使われておらずアニメのEDクレジットも一貫して「武藤遊戯」のままである。この名称が初めて使われたのはゲーム版である。海外版では実年齢が5000歳となっており、遊戯からは「闇くん」と呼ばれている。