アルジェリアの反体制派の一部は、政府のシークレット・サービスが修道士たちの殺害を画策したと非難している。シークレット・サービスはGIAに潜入しており、ジトゥーミへの協力者もいた。ジトゥーミの協力者が犯人だとしたら、彼はGIAに対する世論を落とすために、修道士たちの誘拐と殺害を行っただろう。1996年に起きたオラン司教ピエール・クラヴェリー殺害事件は、シークレット・サービスが関与したとみなされている。軍によって事件が操作されていたという説は、修道士たちが身柄を拘束されている間、アルジェのアブデラザク・エル・パラという確認された人物がいて、さらにこの説の信憑性が増していた。彼はアルジェリア軍の元軍人で、1990年代初めに軍務を放棄して秘密のイスラム集団に身を投じていた。彼は、実際はアルジェリア軍の安全保障部門のエージェントであったと考えられている。2009年にフランス政府によって機密扱いが解除された文書の中で、1996年当時のフランス外務大臣エルヴェ・ド・シャレットの補佐官だったフィリップ・エティエンヌは、事件がアルジェリア当局によって指図された誘拐の可能性があるとみなしていた。この可能性は、当時のフランス軍少将で、DSTのナンバー2であったフィリップ・ロンドの記録からも透けて見える。2010年9月27日のインタビューにおいて、ロンドはGIAに全面的な責任があるとする説を援護した。
政府の公式見解では、GIAと主要人物の1人ジャメル・ジトゥーミが関与したとしている。修道士たちを誘拐し殺害することで、グループの権威をティビリヌに課すことができると目論んでいたからだ。この説は、修道士たちの首から下の遺体がいまだ発見されておらず、全く検死報告書が作成されなかったことが妨げとなっている。加えて、2度のGIAの公式声明には疑問が残る 。GIAが修道士たちの殺害実行を表明した際、『喉をかき切る』という表現を使っている。これはGIAがよく使う手段であった。事実、修道士たちは頭部を切断されている。頭部の切断がなければ、修道士たちは頭部を切断されて殺害されたのか、殺害された後に頭部を切断されたのか、死因を私たちは判断することができたのである。
数日間、修道士誘拐について公式報道はなかった。4月18日と27日、GIAは第43回の公式声明において修道士たちが生きていることを発表した。彼らは捕虜交換を要求し、『もしお前たちが捕虜を解放するなら、我々も（捕虜を）解放しよう。』と締めくくった。4月30日、アブドゥッラーという名の、誘拐犯の代理人が在アルジェ・フランス大使館に姿を見せた。彼はGIAのリーダー、ジャメル・ジトゥーニからの伝言を持参していた。彼の持参したカセット・テープには7人の修道士たちの声が録音されていた。修道士たちの声が録音されたのは4月20日であった。クリスティアン・ド・シェルジェはこのように読み上げた『木曜日から金曜日の夜、ムジャヒディンたちが私たちにJamaa Islamiyya Moussalahaの公報を読ませた。その中で、彼らはフランス政府に対して、GIA側の捕虜解放と交換に、政府側の捕虜を解放することを要求していた。捕虜交換は絶対的な条件である。』一度現れただけで、この密使は二度と当局と接触しなかった。フランス本国では、対外治安総局（DGSE）と国土監視局（DST）が捜査を指揮していた。この2つの機関は競争状態にあり、交渉に損害を与えていたようである · 。一方、ヴァール県元知事、ジャン・シャルル・マルシアーニも、捕虜の解放を働きかけていた。しかし当時のフランス首相アラン・ジュペによってマルシアーニによる解放交渉は拒否されてしまった。
1996年12月26日から27日にかけての夜間、約20人の武装集団が修道院の入口に現れた。彼らは武力で内部に侵入し、回廊へ向かって行き7人の修道士たちを連れ去った。修道院コミュニティーに属する2人の修道士、ジャン＝ピエール修道士とアメデ修道士は、修道院の自室ではなく他の場所で就寝していたため襲撃から逃れた。現在も、修道士たちを連れ去った人物たちの特定ができていない。
第三軍は第一回総攻撃を歩兵の突撃による強襲法で行ったが、これは砲弾数不足で十分な支援砲撃ができない中で、大本営からの速やかなる早期攻略の要請に応えようとしたためであった。しかし要塞（望台）には歯が立たず兵力に大損害を被った。乃木は攻撃方法を再考し、正攻法へ切り替える考えを固めた。これは占領した盤龍山東西堡塁から要塞前面ぎりぎりまで塹壕を掘り進み進撃路を確保し、歩兵の進撃の際は十分に支援砲撃を行う方式であり、麾下の参謀に調査（地質や地形、敵情など）や作戦立案を指示した。8月30日、軍司令部に各師団の参謀長と工兵大隊長、攻城砲兵司令部の参謀などを招集し、正攻法への変更を図る会議を行った。しかし前線部隊の意見は砲弾不足などを理由に強襲法継続の主張が強かった。この会議は6時間に及んだが、最終的には乃木の決断で正攻法に変更する事になり、9月1日よりロシア軍に近接するための塹壕建設を開始した。ロシア側も盤龍山堡塁を奪われたのは痛手だった。8月30日にロシア軍はコンドラチェンコ少将の独断により盤竜山を奪い返そうと攻撃を行ったが、日本軍の反撃を受け攻撃兵力の3割を失い失敗した。9月15日、第三軍は対壕建設に目途が立ち、兵員・弾薬も補充できた。17日に各部隊に指示し、部分的攻撃を19日に開始するよう命令した。今回は第1師団、第9師団が攻撃を担当し、第11師団は前面の敵の牽制を担った。