プロデューサーの岩上敦宏は、魔法少女アニメを企画した動機について、『魔法少女リリカルなのは』（2004年）で一度魔法少女アニメを手がけた新房昭之から「魔法少女か探偵ものをやってみたい」という話を聞いたことと、岩上がロボットや魔法少女が「アニメの魅力を一番発揮できるジャンル」であると考えていたことにあると述べており、岩上の「新房監督の新たな魔法少女作品を観てみたい、それも監督独自の映像的な個性をより出しやすいオリジナル作品で」という発想の元、本作の企画は始まったとされる。そして、キャラクターデザインの原案には蒼樹うめ、脚本には虚淵玄という組み合わせが岩上によって企画を立ち上げる最初期の段階で行われた。蒼樹は本作と同様に岩上と新房が関わったテレビアニメ『ひだまりスケッチ』の原作者であり、蒼樹の手がけた同人誌で描かれていた憂いの表情を別の作品で活かしたいと岩上が考えていたことが本作への起用に繋がった。虚淵は3人との仕事は初めてとなるが、その起用経緯については岩上は、劇場版『空の境界』の試写会の席で奈須きのこを介して虚淵と知り合い、その後虚淵の小説『Fate/Zero』をアニメ化する企画を持ちかける過程で、虚淵を本作にも起用することを思い立ったとされる。岩上はこの2人を組み合わせたことについて、脚本だけでなくキャラクターデザインもシリアスでハードなものにしてしまうと見る人が限定されてしまうため、ハードでシリアスな物語をアイドルが演じる「すごく面白いアイドル映画」に近いイメージで企画したとしている。主要スタッフによる最初の会議は2008年10月頃に行われ、願いを叶えた魔法少女がやがて魔女になってしまうという設定や、魔法少女を戦いに導く動物（キュゥべえ）が、かわいらしい外見ながら世界のための犠牲を平然と肯定するような価値観の持ち主であること、主人公が魔法少女になることを否定的に捉えつつも最後は魔女となって世界を救う結末などが決定された。なお、プロデューサーの岩上から最初に提示された題目は「魔法少女が次々と脱落するバトルロイヤルもの」というものであったという。この段階で想定されていた登場人物は、明るく理想主義の主人公、主人公と友情を築く現実主義の魔法少女、魔女の血を引き才能に恵まれた魔法少女、オタクの魔法少女という4人で、また魔法学園ものになる案も検討されていた。タイトルに「魔法少女」を冠する点にこだわったのは新房で、「まどか☆マギカ」の部分は岩上がつけたものである。最初の仮題は、虚淵がつけた『魔法少女黙示録 まどかマギカ』であったが、その後すぐ「『黙示録』はやめよう」という話になり、『まどかマギカ』だけにしようという案もあったが、新房は「魔法少女」という文字を入れないのなら魔法少女アニメとしてやる意味がないと主張し、このタイトルとなった。なおタイトルをラテン語で訳すと「PUELLA MAGI MADOKA MAGICA」となり、タイトルロゴにこの表記がある。
1797年、イギリス海軍は、テセル沖に停泊中のオランダ海軍主力部隊に対して、部隊を移動させる必要があった。ダンカンの指揮のもと、予備艦も含めた多くの艦がグレート・ヤーマスに集結した。出動の準備中の4月に、スピットヘッドの海峡艦隊で大規模な反乱が起き、このため動きが取れなくなった。暴力に訴えた反乱ではなかったが、船員たちが、賃金の値上げと艦内の住環境改善を求めてひそかに工作を行っていた。リチャード・ハウが船員たちと交渉した末、大部分が解決して、船員たちは仕事に戻った。しかし、このスピットヘッドの反乱に続いて、5月にノア近くの停泊地でも同様の事件が起こった。ことが深刻になったため、ダンカンは、ノアの反乱者に対しての攻撃要請の知らせを受け取った。これがダンカンの艦隊に大きな不満を呼んだ。結果、ヤン・デ・ウィンテル中将率いるオランダ軍の出航が知らされた時、ダンカンのヴェネラブルと共に出航した艦はわずかだった。港を出たヴェネラブルはアダマント、フリゲート艦サースと合流し、信号による作戦でテセル沖で軍事行動を取り、敵軍に、艦隊の大半が視界の外にいるように思わせた。ダンカンは6月半ばまでテセル沖にとどまり、その後グレート・ヤーマスに戻った時、反乱の終結を知った。再びオランダとの海戦の準備が行われた。テセルでは、デ・ウィンテルがブレストへ南下し、フランスと共にアイルランドに侵攻する計画を練っていたが、逆風のため出航できず、この案は8月に破棄された。オランダの計画変更の知らせを受け、10月1日、海軍本部はダンカンに、グレート・ヤーマスに退いて再装備と修理をするように指示を出した。当時フランスの影響下にあったオランダでは、デ・ウィンテルの意見は聞き入れられず、10月の早い時期に艦隊に出航が命じられた。この時、ヘンリー・トロロープ艦長のラッセルがテセルを監視しており、ダンカンはトロロープから、オランダ軍の出航の知らせを受け取り、すぐに錨を上げて、オランダの海岸方向へ順風に乗って進んだ。艦隊がテセルに戻っていないことに気付いたダンカンは、南にかじを切って、10月11日の朝に、岸から7マイル（約11キロ）の所に艦隊がいるのを発見した。艦隊はエフモントとキャンパーダウンの町のほぼ中間地点にいた。岸からの風がじかに吹きつける中、オランダ軍は大胆なされていた。もしすぐさま攻撃がなされない場合は、攻撃の手が伸びない浅瀬へすばやく逃げ込む態勢であることがはっきりしていた。ダンカンはすぐさま、オランダ軍と陸地の間に割込んで、敵の退却を断ち切る必要があると判断し、艦隊をまとまった配置にしようと考えた。イギリスの艦隊はオランダ軍のそれほど整然としてはいなかった。しかしダンカンは、航海時の命令としては異例ながら、二手に分かれるように命令を出した。これはヴェネラブル艦上と、サー・リチャード・オンズロウ艦長のモナーク艦上でのすばやい判断が何よりも大事であり、ダンカンは敵陣を通過して敵の風下に着くように信号を出した。これは非常に掟破りな行為だった。今なお役立つ戦術書"Fighting Instructions"のやり方からは大きく外れていたが、1794年6月1日のリチャード・ハウのフランスとの海戦のように、この方法で勝利した先例はあった。キャンパーダウンの海戦においては、イギリスは完璧な勝利を得た。この戦闘は長時間にわたり、多くの流血があった。ダンカンは高度な戦術には長けておらず、この勝利は、戦艦の一騎討ちという初歩的な理論の上に成り立っていたが、敵陣を通過させることにより、敵軍の全面撤退を阻止した。また、砲撃の兵が訓練を積んでいたということで、イギリスの方に利があったが、オランダも頑なに勇気を奮って、イギリスの艦隊に多大な損失を与えた。