校則はアメリカの学校に近く、日本の学校より若干寛容な傾向があった。制服があり、曜日によってドレスコードが異なる。水曜日と式典等がある日はユニフォームデイと呼ばれ、ブレザーまで着用することが義務付けられる。月曜および金曜日は、ブレザーの着用義務がなく若干緩和されたルールが適用される。火曜および木曜日に関しては、基本的に私服で登校してもよい。ただし私服の場合にも服装規則があり、カラー（襟）がついている服のみ着用が認められている。また女子生徒に関しては、スカートの着用が認められていない。また、クロックスやサンダル、ジャージ、ジーンズの着用も禁止されている。（クロックスはバンドをかかとに固定させと、靴とみなされ着用可）体育の授業で体育着として着用するKEIOとプリントされたPEショーツやパーカーを、その後の授業でも着る学生が増えたため、新たに禁止になった。
カリキュラムは日米両国の学習指導要綱に基づいており、授業で用いられる言語は30%が日本語、70%が英語である。また通常の教科とは別に、英語もしくは日本語が苦手な生徒を対象にESL (English as a Second Language) および JSL (Japanese as a Second Language) と呼ばれる語学補習授業が設けられている。なお、12年生で理系コースを取ると日本史だけが日本語という英語漬けの生活になる。
米国の学校同様、9月上旬に新学期が開始し、6月上旬に終了する2学期制である（前期：9月〜翌1月、後期: 2月〜6月）。年末年始に約2週間の冬期休暇、4月中旬に10日間程度の春期休暇がある。新入生が学院独特のカリキュラムや寮生活に慣れるための期間として、入学前の8月に、約10日間の日程でプリエントリーと称するプログラムが組まれている。
男女共学。第9学年は60人、第10学年から第12学年はそれぞれ120人、合計420人の生徒が在学する。クラスは、第9学年がK、E組の2クラス、第10学年から第12学年はK、E、I、O組の4クラスから編成される。生徒の入学前の居住地は、米国をはじめ、カナダ、メキシコ、キューバ、ヴェネズエラ、アルゼンチン、ブラジル、英国、フランス、ドイツ、イタリア、オランダ、ルクセンブルク、オーストラリア、ニュージーランド、パキスタン、中国、インドネシア、マレーシア、タイ、ミャンマー、グァテマラ、フィリピン、南アフリカ、韓国、日本など多岐にわたるが、国籍はほとんどが日本である。
卒業生は、全員が学院長の推薦により慶應義塾大学に入学することができる。進学を希望する学部の選択は自由であるが、学院在学中の成績や出席状況等を考慮の上で決定される。また、理工学部、薬学部、医学部への進学を希望する場合には、あらかじめ第12学年時に理数系のコースを履修する必要がある。卒業が6月のため、9月入学を実施している総合政策学部、環境情報学部、法学部への進学者は、9月に大学へ入学することができる。それ以外の7学部への進学者は、翌年4月の入学までは学部研修生として、日吉キャンパスで特別に開講される授業を履修することができる。多くの卒業生は慶應義塾大学に進学するが、推薦を辞退して米国内の大学に進学する者もいる。過去の進学先には、シカゴ美術研究所、ジュリアード音楽院、イェール大学、ニューヨーク州立大学、ニューヨーク大学、バークリー音楽大学、ハーバード大学、ブラウン大学などがある。
入学試験は、日本語、英語、数学の筆記試験および面接によって選抜される一般入試と、書類、日本語と英語の小論文、数学の筆記試験および面接を基に選抜されるAO入試の2種類がある。論文試験と面接に関しては、日本語と英語の2言語によって行われることになる。
現在では、所定の学年を修了していれば、国籍や居住地に関係なく、出願を認められている。2000年（平成12年）までは、在外日本人の子女、海外留学者、または外国人に限って出願資格を認めていた。しかしながら止まらない志願者減少の傾向を受けて、上記のようになった。
以下のあらすじは連続ドラマ版のもの。出動中に部下を誤射したと疑われ異動命令を受けた警視庁SIT丙部隊長・瀬文焚流は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係（通称：未詳）の一員となり、係長の野々村光太郎の下、天才だが変人の捜査官・当麻紗綾とコンビを組む。未詳とは、一見ひまな左遷先であるが、他部署で手に負えない事件や、超能力など科学的に説明のつかない事象に関わる難事件を捜査する部署である。当麻と瀬文は、予言者や千里眼を得たと称する死刑囚からの挑戦、他人に憑依する犯罪者などSPECを持つ者たちの関係する奇妙な事件に、当麻の天才的推理と肉体派の瀬文のコンビで次々と立ち向かってゆく。ほぼ一話完結方式で進む物語は、中盤から拘置中の予知能力者・冷泉俊明拉致未遂事件などにより、SPECホルダーたちによる秘密組織の存在が判明し、それに対抗し殺人なども含む非合法の治安維持を行う公安零課の暗躍などが描かれる。このような中で、当麻と瀬文は先輩の里中貢の家族や誤射事件で重体になっている部下・志村優作を治療するため、協力してSPEC関連の事件を捜査し、絆を深める。やがて、瀬文は志村を救うため、当麻の宿敵である一十一（ニノマエジュウイチ）の所属組織と取引するが、約束を破られ志村を殺害される。瀬文が巻き込まれた誤射事件も、SPECホルダー組織によるものであることが明らかになり、瀬文は志村の復讐のため未詳を出て公安零課入りするが、ニノマエはその能力により組織を恐怖支配してトップに立ち、零課を壊滅させるなど悪行を重ねる。当麻はニノマエの無敵のSPECを打ち砕く作戦を立て、勝利するが、その場で彼の正体と、影でニノマエを操ってきた、他人の記憶を操る別の敵の存在を知る。当麻と瀬文は敵に消された記憶を取り戻し、対決により傷を負いながらも、その敵を倒す。