1809年10月2日、英国艦隊がザキントス沖でフランス艦隊を破った。イギリスは同年のうちにケファロニア島・キティラ島・ザキントス島を、翌1810年にはレフカダ島を占領した。フランスは1814年にケルキラ島を放棄し、1815年の第二次パリ条約によってイオニア諸島合衆国（United States of the Ionian Islands, Ηνωμένον Κράτος των Ιονίων Νήσων）がイギリスの保護国として樹立された。イオニア諸島合衆国では憲法の制定が認められ、住民からなる定数40の議会が設けられるとともに、英国の高等弁務官に助言をおこなうことが認められた。この時期にイギリス式の教育、司法制度が整えられ、住民は英国式に午後の紅茶を楽しみクリケットに興じるようになった。1850年、イギリス施政下のレフカダ島で小泉八雲（ラフカディオ・ハーン）が生まれている。彼の父はイギリス軍医、母はキティラ島出身のギリシャ人だった。ラフカディオというミドルネームは同島にちなんでつけられた。ギリシャ独立戦争により1830年にギリシャ王国が建国されると、イオニア諸島でもギリシャ王国への統合（ΕΝΟΣΙΣ）が叫ばれるようになった。イオニア諸島を訪れたウィリアム・グラッドストンは諸島のギリシャへの返還を提案したが英国政府はこれを拒否した。政府はギリシャ国王に選ばれたドイツ生まれのオソン1世を警戒しており、またヴェネツィアと同じように島々が艦隊基地として有用だと考えていた。
1797年、ナポレオン1世はヴェネツィアを占領し、カンポ・フォルミオの和約によってイオニア諸島はフランス領イオニア諸島となった。1799年にはロシアのフョードル・ウシャコフ提督が諸島を占領した。1800年3月21日、ロシアとオスマン帝国による共同の保護国として七島連合共和国（イオニア七島連邦国、Επτάνησος Πολιτεία）が建国された。これは、コンスタンティノープルの陥落以来はじめてギリシャ人の自治が限定付きながら認められたものであった。しかしながら1807年、アイラウの戦いでフランスがロシアを破ると、ティルジット条約によりイオニア諸島はフランス帝国の支配下に戻されることになった。
ヴェネツィア共和国は1204年のケルキラ島取得以来しだいに影響力を増し、イオニア諸島全域がヴェネツィアの支配下に入るようになった (Venetian Ionian Islands) 。15世紀になると、オスマン帝国がギリシャのほぼすべての領域を支配下に置いたが、イオニア諸島はヴェネツィアのためにキリスト教側の領域にとどまった。ザキントス島は1482年に、ケファロニア島およびイタキ島は1483年に、レフカダ島は1502年に、ヴェネツィア領となった。なお、キティラ島は1393年からヴェネツィア領である。イオニア諸島は、ギリシャ語が話される世界で唯一オスマン帝国の支配を免れた地域となり、ギリシャ史において重要な地位を占めることとなった。ケルキラ島はギリシャ世界においてオスマン帝国による征服を一度も受けたことのない唯一の地域である。ヴェネツィアの支配が始まる頃には、諸島の上流階級はイタリア語（あるいはヴェネツィア語）も話すようになり、ローマ・カトリックに改宗していたが、下流階層の人々はギリシャ語を話し、ギリシャ正教を信仰していた。18世紀、ギリシャ独立運動が盛んになると、オスマン帝国の支配下になかったイオニア諸島にはギリシャの亡命知識人や革命家、外国人支援者が集まるようになり、おのずとその拠点となっていった。ロマン主義的なナショナリズムが横溢していた19世紀、イオニア諸島は過剰なほどに「ギリシャ」という意識を持つようになっていった。
紀元前4世紀までには、ギリシャ本土と同様にイオニア諸島もマケドニア王国の支配下に入った。マケドニアによる支配は、紀元前146年にギリシャがローマ帝国により占領されるまで続いた。ローマ帝国による支配は400年におよび、東ローマ帝国領として受け継がれた。8世紀半ば、イオニア諸島は東ローマ帝国の下でケファレニア軍管区（テマ） (Cephallenia (theme)) として編成された。イオニア諸島はしばしばイスラム帝国の攻撃対象となり、11世紀末からはノルマン人やイタリア人もイオニア諸島を狙うようになった。1185年にはシチリア王国のグリエルモ2世がイオニア諸島の大半を占領し、東ローマ帝国のもとに残るのはケルキラ島とレフカダ島などのみとなった。シチリア王国領となった地域にはケファロニア・ザキントス宮中伯領 (County palatine of Cephalonia and Zakynthos) が設定された。1357年、ケファロニア・ザキントス宮中伯領はレフカダ島・イタキ島とあわされてレウカディア公国（Duchy of Leucadia）となり、フランス人やイタリア人が公爵となった。1204年、第四回十字軍によりコンスタンティノープルが陥落し、東ローマ帝国がいったん滅亡した。ケルキラ島・パクシ島とキティラ島はヴェネツィア共和国が取得し、レヴァントとの間の海上交易の中継基地として利用された。
ローは新しい軍事用気球イーグル号を持ってジョージ・マクレラン将軍の指揮するポトマック軍に復帰したが、そのガス発生器は間に合わなかった。ローがヨークタウンで上昇を行った後で、南軍はリッチモンドに向けて撤退した。ローは、石炭用艀から転用されたジェネラル・ワシントン・パーク・カスティスの利用を許可され、それに気球2基と新しい水素ガス発生器2台を載せて、川の上空で初めての観測を実行した。このことでジェネラル・ワシントン・パーク・カスティスは史上初の航空母艦となった。ローの報告書は次のように記されていた。私はこれまでにない水路による最初の気球遠征の完全な成功を報告することを満足に思う。私は海軍基地を日曜日朝早くに出発し、...有能な気球操縦助手がおり、新しいガス発生器は初めて使ってみたが立派に作動した。ローは1862年の半島方面作戦に従軍し、メカニクスビルの上空およびその後のフェアオークスにおけるセブンパインズの戦いを観察した。右の写真は、セブンパインズの戦いを観察するためにインターピッド号で上昇するロー教授であり、このとき前進する南軍の動きを観察して報告することで、孤立していたハインツェルマン将軍の部隊をタイミング良く救った。ローは水素ガス発生器を使っていた（各気球には2台の発生器が割り当てられていた）が、ガス充填のためにはまだ1時間を要する状態だった。ローは直ぐにキャンプ用薬罐の底に穴を明けて気球のバルブを繋ぎ、コンスティチューション号のガスをインターピッド号に移し替えさせた。これでガス充填は15分で完了し、この時間の節約は後に「1分100万ドル」と評価された。フェアオークスやチカホミニー川の泥の多い湿地は腸チフスやマラリアのような異邦の多くの病気を呼んだ。ローはマラリアに罹患し、1ヶ月以上任務に就けなかった。作戦が失敗したポトマック軍はワシントンへの撤退を命じられ、ローの荷馬車やロバはこの撤退の時に徴用され、最終的に補給係将校のところに戻った。ローがワシントンに戻ると、任務に戻るよう厳しい圧力を受けた。最終的にシャープスバーグやフレデリックスバーグに呼び出され、その機能が使われた。