2003年、石原は「経済波及効果、スポーツや観光の振興につながる」と述べ、銀座などの目抜き通りを走る構想を発表。石原の提唱により、都と日本陸上競技連盟で大都市マラソンを開催することを目指して協議を開始し、2005年両者は「東京マラソンに関する基本合意」を締結。2007年に第1回が開催され、以降毎年開催されている。
2003年(平成15年10月17日)に『首都東京における不法滞在外国人対策の強化に関する共同宣言』を発表し不法滞在外国人(不法移民)を5年で半減するとした。目標達成と不法移民撲滅のため、「外国人滞在適正化連絡会議」の設置による違法活動の取り締まり及び啓発活動や警察官僚出身の竹花豊の副知事起用や警察官の増員を図って、「歌舞伎町浄化作戦」と言われた歌舞伎町治安対策などの治安対策を強化・実施した。東京都治安対策本部の発表によると共同宣言発表から5年間で全国の不法滞在者はおおむね半減したという。移民については2002年に、「アジアの人々を秩序ある移民政策のもとで正式に受け入れるべきである」という姿勢を示していた。
2001年9月11日に米国で発生したアメリカ同時多発テロ事件発生下の緊急事態における、FEMA(連邦緊急事態管理庁)の機能に感心した石原は、8都県市と協定を結び「首都圏FEMA」を組織、政府にも日本版FEMAの創設を提言した。「首都圏FEMA」により、東京直下型地震発生などの緊急時に都知事の要請で8都県市に控える警察官・消防・自衛官が一体となって対応する体制になった。「首都圏FEMA」構想の骨子は佐々淳行が立案した。合わせて、2003年に、大規模災害発生時など緊急事態の際に陣頭指揮を執る危機管理監ポストを新設し、2012年には、陸上自衛隊第10師団長を務め、東日本大震災発生時に陣頭指揮を執り、部内から定評があった宮崎泰樹を危機管理監に起用した。
都道府県が主催し、警察・消防・自衛隊・防災関係機関などが参加する大規模災害を想定した総合防災訓練であるビッグレスキューが、石原の提唱により2000年9月3日に首都東京で初めて行われた。
米軍横田基地の返還・軍民共同利用を公約とし、また麻布ヘリコプター基地（赤坂プレスセンター、ハーディバラックス）が不法占拠している都立青山公園の該当部分返還を要求している。2005年に横田空域の一部返還で日米両政府が合意の見通しとなり、2006年10月27日に日米両政府は横田空域の一部返還合意し石原の横田基地返還要請は航空交通管制権の一部返還という形で部分的に実現した。
谷中霊園や青山霊園など、使用料の払われていない無縁墓地を整理・除去し、空いたスペースを2003年（平成15年）より新たな貸付スペースとした。
鈴木都政下で開始されたお台場の臨海副都心開発計画を推進した。当選直後の1999年度（平成11年度）には第三セクター3社に対して270億円の財政支援をおこなう計画を追認、さらに都によるビルの借り上げ支援や土地代の減免などさまざまな支援策を継続した。その後も投資は継続され、「首都東京の活力と創造力を生み出す新しい重要な事業」として投資や土地の提供など就任後の7年間で2兆5000億円（2006年（平成18年度）まで）を費やした。
2010年（平成22年）10月に完成して供用が開始された東京国際空港の四本目の滑走路（D滑走路）は、世界が時間的・空間的に狭小なものとなってきた国際化の時代に、空からのアクセスが国力の維持に絶対に必要なこととの考えのもと、当時政調会長であった親友の亀井静香とともに、当時の運輸省と協議して、15分の交渉で調査費をつけさせ着手に持ちこんだものとされる。
朴は朝鮮人の無政府主義団体である黒濤会を結成し，中心となっていたが，大正天皇の写真を壁に張り，ナイフで刺したのを尾行の刑事に見られたことから，関東大震災後の1923年9月3日金子とともに検挙され，上海から爆弾を入手し天皇暗殺を計画したかどで 25年 10月 20日起訴された。予審を担当した東京地方裁判所判事立松懐清は、翌1924年2月15日に両名を爆発物取締罰則違反で起訴したが、司法当局は朝鮮独立運動家や社会主義者らへの威圧を目的として、起訴容疑を大逆罪に切り替えることとし、立松もこれに同意した。一方の朴烈も「（関東大震災がなければ1923年秋に予定されていた）皇太子裕仁親王の御成婚の儀の際に、大正天皇と皇太子を襲撃する予定であった」とする大逆計画を認める素振りをした。これについては、収監中の朴烈と文子が並んで予審法廷に立てられてなおかつ取調中に朴の膝に文子が座って抱き合うという行為に出ても立松らが見てみぬ振りをするなど、「大逆事件を告発した司法官」としての出世を望む立松と「朝鮮民族独立の英雄」としての名声を得て死ぬ事を希望した朴烈の思惑の一致があったとする説もある。朴烈は1925年5月2日に、文子は同年5月4日にそれぞれ大逆罪に問われて起訴された。翌1926年3月25日、両者に死刑判決が下され、続いて4月5日に「天皇の慈悲」と言う名目で恩赦が出され、共に無期懲役に減刑された。ところが朴烈は恩赦を拒否すると言い、文子も特赦状を刑務所長の面前で破り捨てたと言われる。金子は7月獄中で自殺した。