日本ではアライグマによる問題が深刻になるにつれ、早急な対策を求める声が強くなってきた。そのなか、日本哺乳類学会では、アライグマ・ノヤギ・ジャワマングースの3種の外来種の駆除を求める緊急の大会決議を1998年に採択した。加えて日本生態学会は日本の侵略的外来種ワースト100のひとつに本種を選定した。そして、2005年に 外来生物法が施行されると同時に、特定外来生物に一次指定され、防除に向けた活動が本格化した。国内の現状ではアライグマは外来種であり、よって根絶が最終的な目標となるため、駆除が解決手法として選択されることが多い。一方で、日本ではアライグマは1994年度に狩猟獣に指定されたものの、夜行性であるなどの条件から狩猟されることが少ない。そのため、外来生物法に基づいた箱わなによる有害駆除の捕獲が主となっている。近年は、錯誤捕獲を防ぐためにエッグトラップという新しい罠も開発されている。捕獲された個体は、動物福祉に配慮して薬殺や二酸化炭素吸入によって殺処分しなければならないことになっている。外来生物法による防除や有害駆除を含めたアライグマの捕獲数は2008年には14000頭を超えた（捕獲数が特に多いのは北海道と兵庫県で合わせて6000頭）。やみくもな駆除を行わないためにも、科学的なモニタリングと効果の検証が求められている。私有地でアライグマを目撃した、または被害に悩んでいるといった場合は、各個人の判断でむやみに行動せず、自治体の担当者や専門機関に相談することが望ましい。原産地のアメリカでもアライグマの引き起こす問題に対して、さまざまな対策手法が実行されており、電気柵によって農作物や野生生物をアライグマから保護したり、同時に個体数を削減するための駆除も進められている。
アライグマが人間を好んで襲うことはないが、突発的な遭遇による咬傷被害は報告されている。アメリカでは、ペットのイヌやネコが襲われる事例が報告されており、なかには狩猟犬がアライグマに殺されるという話もある。アライグマへの餌付けは、こうした感染症や物理的傷害を誘発させる危険な行為となりうる。日本でも2011年7-8月に兵庫県尼崎市で犬を散歩させていた住人が次々とアライグマに噛まれる事件が発生し、大きく報道された。大型の個体はとくに気性が荒いため、不用意に近づいてはならない。
アライグマはアライグマ回虫、狂犬病、レプトスピラ症などの人畜共通感染症のキャリア動物である。アライグマ回虫は、人体に感染すれば死亡リスクがあり、アメリカでは人間（幼児）の死亡例がある。今のところ日本では感染例がなく、アライグマ回虫が寄生した野生アライグマは確認されていないが、日本国内の動物園で飼育されている個体の約40%に寄生していたという調査結果がでている。狂犬病に関して北米ではアライグマが最も高い割合を占めている。病原性レプトスピラは、日本では北海道や神奈川県などの野生のアライグマから報告されている。他にもアライグマの消化管内部には多数の線虫や吸虫、鉤頭虫が寄生しているが、これら寄生生物はアライグマと同様に外来種であるとは必ずしも限らない。また東京都環境局によるとエキノコックス症も今後発生を注意すべき疾病として挙げている。(→東京都環境局　アライグマ・ハクビシンに関する主な人獣共通感染症（360 KB）|)こうした感染症の予防のためには、アライグマを扱う際は手袋を着用して肌をできる限り露出せず、病原体が含まれている可能性のある排泄物や血、もしくはそれらで汚染された土などを素手で触らないようにし、使用した衣類や道具は消毒することが重要である。
さまざまな動植物を幅広く捕食する雑食性のうえに繁殖力が強いため、在来生態系に影響を与えている可能性が指摘されている。北海道の野幌森林公園では、アライグマが原因でアオサギのコロニーが営巣を放棄する事態が発生している。また、フクロウ類やオオタカの巣の略奪も起きている。こうした鳥類の繁殖への悪影響は、ヨーロッパでも問題視されている。また、アライグマよりも小型なキツネやタヌキなどの在来哺乳類との競争も問題である。両性爬虫類への影響も報告されており、捕食の記録がある生物は、エゾアカガエル、アズマヒキガエル、エゾサンショウウオ、トウキョウサンショウウオ、アベサンショウウオと多種にわたる。千葉県では2008年にアライグマが原因と見られる食害で、減少が危惧されているニホンイシガメを含む、100匹以上に及ぶ在来カメ類の死体が発見された。アメリカの海岸では、砂浜に産卵されたウミガメの卵の16-87%が捕食され、ウミガメの生存が脅かされている。
アライグマによって農作物（トウモロコシ、メロン、イチゴ、スイカなど）や錦鯉が食べられたり、乳牛の乳首が噛み切られたりする被害が発生している。スイカでは前脚が入る程度の穴を開けて中身だけがくりぬかれたり、トウモロコシでは綺麗に皮が剥かされるなどアライグマの食害の痕は特徴的なものが多い。2009年度の農業被害は全国で約2億8千万円となり、数年で倍増している。市街地周辺に生息するアライグマは、家庭菜園にも被害を与える。さらに、家屋や寺社の屋根裏への侵入、ねぐらとして利用することによる汚損が報告されており、歴史的建造物が被害を受ける例もある。アメリカでもアライグマによる農作物への被害は、シカに次いで深刻な問題になっている。
2000年1月頃、ハーモニープロモーション社長の和田薫によって、1999年にレッスン生としてスカウトしたSONIM・YUKI・KENの3人で結成。ユニット名はつんく♂によって考案されたもので「いいじゃん」をアルファベットで表現したものである。デビュー当時はメディアによって「E E JUMP」「EE JUMP」「EEJUMP」など表記にバラつきがあった。和田薫のラジオ番組（この中のワンコーナーが後に「EE JUMPのラジオでいいじゃん」として独立）やCXのバラエティ番組「笑う犬の冒険-SILLY GO LUCKY!-」にレギュラーコーナーを持っていた。特に「笑う犬」シリーズでは1st・2ndシングルが番組テーマ曲に使用されるなど関わりが強く、レギュラーから外れた後にもたびたびゲスト出演していた。しかし、CDデビュー前にKENが「サッカーがやりたい」という理由で脱退し芸能界から引退、ソニンとユウキの2人でのCDデビューとなった。和田の育成方針により、歌手デビュー前より表参道駅と神宮球場間の往復ランニングや、禅寺での修行、登山など体力づくりのための無茶な「特訓」をしていた。ニューヨーク市のマンハッタン島やニューヨーク市地下鉄の車両基地で50名のエキストラを動員して撮影をした1stシングル「LOVE IS ENERGY!」のPV制作費に3億円を投じたり、冠番組「EE JUMPのラジオでいいじゃん」を作るといった破格の処遇を行うなど、和田が当時なんとしてでも売り出そうと相当な力を入れていた。しかし「おっととっと夏だぜ!」のヒットまでは全く満足してもらえず、メンバーは叱責を繰り返される日々だったという。つんく♂プロデュースであること、ユウキがモーニング娘。のメンバーだった後藤真希の弟であるなどの理由でハロー!プロジェクト（略称ハロプロ）のメンバーと勘違いされることがあるが、EE JUMPおよびEE JUMP解散後のソニンはハロプロに属さない。しかし、ハロプロと同じアップフロントグループ所属でありつんくファミリーには含まれる。