週刊新潮2007年3月1日号にて山中湖に別荘を持っているかのように書かれたことに対し、事実無根であるとして訴えた裁判に勝訴した。2008年8月5日には、北國新聞社が金沢市の本社隣接地に建設した「北國新聞赤羽ホール」の開館記念式典に出席した。
麻生内閣下、2009年に行われた第171回国会での党首討論について、1回目は上々だが、2回目は鳩山ペースになったと評している（なお、自身もかつて鳩山由紀夫と党首討論をしたことがあった）。ソマリア沖の海賊、北朝鮮問題、集団的自衛権について、民主党の矛盾点を追及することに軸足を置くべきであるとのこと。他には教育基本法の問題などを挙げた。麻生下ろしについては批判的であり、若手や中堅の議員を批判した。その流れに乗ろうとした山崎拓については小泉政権時代の「森の清談」同様、評価していない。ただし政局に関して、麻生については後述するニコニコ動画内の番組でマスコミが漢字の読み間違い程度のことで難詰している旨のコメントをした松嶋初音の発言に同意している。また同番組では、第171国会にて廃案となった貨物検査法案について、民主党が超党派で一致して可決した後に（国会開会期間を消費することになった）首相の問責決議案を提出していれば、一流の政党として認められたであろうといった感想を残した。なお、記者クラブに拠らないITメディアからのぶら下がりを受け付けたことを毎コミジャーナルは注目している。
元々2000年代後半の外務省は外交力強化に向けた人員・公館等の増勢を目標とし、2006年8月21日付け毎日新聞などでも報じられていた。この流れを強化するため森は自民党の「外交力強化に関する特命委員会」委員長として有識者から意見聴取を行った後緊急提言をまとめた。その後もバックアップを行っている こうした要求の結果、福田、麻生政権下においては一定の要求が認められている。
小泉の退任が確実視されると後継総裁選びへの布石が水面下で進められるようになってきた。この時有力視されていたのは安倍晋三と福田康夫であったが両者は同じ森派であった。結局何も変わらず派閥の分裂等も起こらないまま安倍が総裁（総理）に就任した。なお、2006年10月18日、会長職を町村信孝へ譲って派閥の名前も“町村派”と変わった。退任会見で「小泉政権が終わり、私が派閥会長である役割も終わった」と語った。10月26日の町村派の総会で、同派名誉会長に就任した。名誉会長就任後初の新規入会者は同じ北陸（福井1区）で自身と同じ早大卒で、前年に初当選した稲田朋美（元防衛大臣）。2006年10月31日、産経新聞のインタビューにて「知事は必ず自治労と日教組と妥協するんです。それで次の選挙で応援させる。（中略）だから日教組、自治労を壊滅できるかどうかということが次の参院選の争点だろうね」と発言した。2007年10月4日、清和政策研究会最高顧問に就任（清和政策研究会も参照）。同年、自民党と民主党の大連立を裏で仲介していたと報道された。
2002年7月、首相就任直前に、前立腺がんの疑いがあると診断されていたことを明らかにし、手術した。当時、首相として手術はできず、発表もできない状況下、放射線治療で抑えていたという。2003年9月、第3回アフリカ開発会議議長を務めた。2004年3月12日、硫黄島の戦いの戦没者を慰霊するため同島で行われた日米合同慰霊式に出席し「玉砕した方々の祖国愛を思う時、あらためて深い悲しみ、畏敬（いけい）、感謝の念を禁じ得ない。日米両国がインド洋やイラクで世界の平和のために努力し合う姿と今日の日米再会の情景を重ね合わせると感慨深い」と挨拶した。森は遺骨収集の迅速化に取り組む議員連盟「硫黄島問題懇話会」の会長も務めており、慰霊施設の改修作業の視察も行っている。2004年10月から、自民党新憲法起草委員会の委員長を務めている。2005年6月15日、サンクトペテルブルク郊外でのトヨタロシア工場の起工式に出席した。式典には大統領であったプーチンも出席している。森は日ロ賢人会議の日本側代表としての参加のようである。
1945年にハウが戦争に使うと見込まれる予算（13億6,500万ドル）に関する議論をしているときに、ハウは、以下にこの額を減らすことができるかという野党の質問に対して、「私の栄誉ある友人がその額から100万ドルを減らすことができるかもしれないが、戦費法案からの100万ドルが大変重要な事項にはならない」と答えた。サスカチェワンのトーリー党議員ジョン・ディーフェンベーカーが翌日、ハウは「我々は100万ドルを節減できるかもしれないが、それがどうしたというのだ」と言ったと語った。ハウはその引用に怒って否定し、ディーフェンベーカーのことを「歪曲の達人」と非難したが、その言葉は議会で不適切だと取り消しを強いられた。ディーフェンベーカーはその後この話をさらに鋭いものに変えていき、最後はハウが「100万がどうした?」と言ったことになった。ハウがそのような発言をしていないことを知っていた自由党員ですら、ハウが言った可能性がある言葉だと合意するようになった。その後の時代に「100万がどうした?」という言葉は自由党を攻撃する場で使われ、特にハウに向けられることが多かった。1942年、カナダはアメリカやイギリスと共に、合同生産資源委員会への加入を要請され、その委員となった。ハウはカナダの首席実行委員となった。