ニューヨーク港の管理責任は市から連邦政府まであらゆるレベルの政府に分け持たれている。港湾施設は2州の港湾公社によって管理されているが、水路の水深管理はアメリカ陸軍工兵司令部の管轄であり、1826年頃に連邦議会が包括的河川港湾法を成立させて以降関わっている。ニューヨーク港の自然の水深は約17フィート (5 m)であるが、1880年に水深を管理するようになって、長い間に約24フィート (7 m)まで掘り下げられた。1891年までに主要船舶航路は水深最低30フィート (9 m)とされた。1914年、アンブローズ水路が港に入る主入り口となり、ここは水深40フィート (12 m)、幅2,000フィート (600 m)とされた。第二次世界大戦のとき、パナマックス級までの大型船に対応させるために、主要水路の水深は45フィート (13.5 m)とされた。現在工兵司令部は、スエズ運河を航行可能なポストパナマックス級コンテナ船に対応するため、水深を50フィート (15 m)にする契約をしている。このことはニューアーク港のコンテナ施設と大西洋を繋ぐ水路での環境に関する関心を高めてきた。PCB（ポリ塩化ビフェニル）などの汚染物が海底土壌の下に堆積されていた。多くの場所では砂の多い海底が浚渫されて岩層にまで達し、現在では爆破を必要としている。浚渫機械は岩を取り出してそれを廃棄処理している。2005年のある時点では、港内で70の浚渫設備が水路を深くするために動いており、世界でも最大の浚渫船隊となっている。この作業は時として騒音や振動を生み、スタテンアイランドの住人に感じられることがある。浚渫業者は爆破が行われるときには住人に警告している。
ニューヨーク・ニュージャージー港湾公社の港湾施設として、合衆国では最大の石油輸入量と2番目のコンテナ取扱量を誇っている。ニューヨーク港という言葉はニューヨーク市の港としての商業活動を示唆しているが、ニューヨーク市5区とニュージャージー州近郷都市の岸辺を含んでおり、1972年になって2州に跨る港湾公社の下に体系化された。1950年以降、ニューヨークとブルックリンの商業港は、近くのニューアーク湾にあるニューアーク・エリザベス港海上ターミナルのコンテナ船施設にほとんど完全にお株を奪われ、後者は東海岸で最大のコンテナ取り扱い港となっている。ニューヨーク港は旅客輸送でも重要性を失ってきたが、港湾公社はニューヨーク市（ラガーディア空港とジョン・F・ケネディ国際空港）とニュージャージー州（ニューアーク・リバティー国際空港）にある主要3空港を運営している。ニューヨーク市にはまだ幾つかの定期航路、通勤用フェリーおよび観光客用周遊船がある。ブルックリンのレッドフックに新しい旅客施設が最近開館した。フェリーは大半が私企業によって運営されているが、スタテンアイランド・フェリーはニューヨーク市運輸局が運航している。
船舶の運航のために港には約240マイル (380 km)の水路（水先案内人が必要）と、アッパー・ニューヨーク湾を中心に投錨地および港湾施設がある。大きな船は水路を鋭角に回る時にタグボートの助力を必要とし、その例がニューアーク港に入るキルバンクルである。南東にある大西洋から港に入る主要な入り口は、ロッカウェイ・ポイントとサンディフックの間である。もう一つの入り口は北東のロングアイランド湾からイースト川河口にある。港は南西のラリタン川河口から北西のニューアーク港とさらに北のジョージ・ワシントン・ブリッジまで広がっている。他の乗り物を使った港を横切る経路として、PATH（ハドソン川港湾公社）の水底トンネルと下流のヴェラザノ・ナローズ・ブリッジなどがある。
ニヨン周辺はケルト系のウォコンシイ族（fr）が暮らす地として知られた。ガロ＝ローマ時代にはVaisonの町に近接していた。小さな町、ノウィオマグス（Noviomagus、新しい市場を意味する）がおそらくこの地にあった。972年、ニオム（Niom）という町が、サン・ヴァンサン・エ・サン・フェレオル教会からアルルのサン・セザール修道院への寄進証書に記載された。長期間この修道院とアルル大司教の所有となった後、ニヨンは世俗人領主の支配下に入った。13世紀初頭にはモントーバン領主に領有された。荘園の所有をめぐる1世紀間の対立ののち、1315年ドーフィネの一部として併合された。ドーファンが常にローマ教皇に対して敬意を払わねばならなかったため、ニヨン、ヴァンソブル、ミラベルは残留したのである。1349年、ドーフィネがフランス王国へ売却されると、ニヨンはフランス革命までフランス王太子たるドーファン領となった。ニヨンは、13世紀終わりから15世紀始めまで、例外的な繁栄の時代をすごした。この経済成長は、アヴィニョンの教皇庁とイタリア商人、大きなユダヤ人共同体との関係によるものだった。16世紀初めは膨張の時代でもあった。しかし1550年代終わりにこの地方でも始まったユグノー戦争は、ニヨンを激しく動揺させた。1585年、エーグ川左岸に要塞が建設され、都市と橋を支配した。一方で14世紀初頭につくられたドーファンの城は解体された。1598年のナントの勅令後、ニヨンはプロテスタントの安全な土地となった。1622年のラ・ロシェル勅令後もその地位は失われなかった。プロテスタント反乱の1年後、ルイ13世はプロテスタントが立てこもりやすいこの地方の要塞地帯を削減することを決めた。1627年7月の勅令で、境界線にない要塞全ての廃止が命じられた。こうしてニヨンは外へ開放された。1633年、シタデルの取り壊し作業が始まった。ニヨン住民は城壁の保全のみ得られた。