1931年（昭和6年）、火災により八角堂を焼失。直後に再建されたものの、1945年（昭和20年）5月17日の名古屋大空襲により再び焼失した。その後、八角堂は長らく基礎のみの状態であったが、2004年（平成16年）に再々建されている。平時は門扉が閉じられており、2016年現在では拝観（一般公開）は毎月第1土曜日のみ。
創建年代の詳細な記録は無いが元々は清須にあった寺で、当初は春日井郡の密蔵院の末寺であった。清洲越しに際して僧侶の豪三によって愛知郡名古屋村六句（現・西区）に移されたのち、貞享2年（1685年）に替地出来町（現・西区那古野）に移された際に福泉寺の管轄下に置かれた。享保元年（1716年）に尊寿院の六世・智鋒によって新尾頭町（現・熱田区）の尊寿院の控屋敷へと移されたが、享保9年（1724年）に現在地に移転。同年に比叡山安楽律院の末寺となり、寛延4年（1751年）に江戸寛永寺末となったがその後再び安楽律院末に戻った享保9年の移転の際、7代藩主・徳川宗春より名古屋城御深井丸にあった八角堂の用材を賜り、翌年にかけてこれを移築して本堂としたと伝わる。この堂は寛永10年（1633年）に尾張藩初代藩主徳川義直が二之丸御殿の庭園に建立した聖堂で、金声玉振閣（きんせいぎょくしんかく）と名づけられていた。元々清洲城にあったものを移したともされ、義直の没後は解体されていたという。そのほか、尾張名所図会には、寺の門前に清水が湧き出して名泉として名高かったとの記述がある。
石山寺は、多くの文学作品に登場することで知られている。『枕草子』二百八段(三巻本「日本古典文学大系」)には「寺は壺坂。笠置。法輪。霊山は、釈迦仏の御すみかなるがあはれなるなり。石山。粉河。志賀」とあり、藤原道綱母の『蜻蛉日記』では天禄元年（970年）7月の記事に登場する。『更級日記』の筆者・菅原孝標女も寛徳2年（1045年）、石山寺に参篭している。紫式部が『源氏物語』の着想を得たのも石山寺とされている。伝承では、寛弘元年（1004年）、紫式部が当寺に参篭した際、八月十五夜の名月の晩に、「須磨」「明石」の巻の発想を得たとされ、石山寺本堂には「紫式部の間」が造られている。『和泉式部日記』（十五段）では、「つれづれもなぐさめむとて、石山に詣でて」とあり、和泉式部が敦道親王との関係が上手くいかず、むなしい気持を慰めるために寺に籠った様子が描かれている。
2008年4月、2ndアルバムからの先行シングル「ラット・イズ・デッド（レイジ）」が公式サイトから無料ダウンロード配信された。7月、2ndアルバム『ドンキー』をリリース。アルバム名の由来はマネージャーに騙され、ロバ（英：Donkey）のように働いていたことから（マネージャーからはお金を持ち逃げされ、借金まで背負わされた）。フジ・ロック・フェスティバル08に出演。フジ・ロックでは、プライマル・スクリームとラヴフォックスの共演が行われた。2008年11月、2度目の単独での日本公演を名古屋、東京、大阪、横浜で行った。2009年8月、再びサマーソニック09に出演。
まず郡上藩藩主の金森頼錦は、郡上一揆及び石徹白騒動の責任を問われ、領地召し上げ、盛岡藩預かりを言い渡された。ここに名門金森家は大名家としては断絶した。評定所の判決では、大規模な百姓一揆であった郡上一揆に関する藩主としての責任は、主に郡上藩領の年貢取立てに関する問題解決を幕府権力の介入で解決しようとしたという筋違いを問われたが、石徹白騒動についての責任は、騒動に当たり反豊前派の訴えに全く耳を貸そうともせず、石徹白豊前側の言い分のみを聞いた結果、豊前の石徹白での専横を許し、大勢の社人の追放という事態を招いた責任を厳しく問うた。郡上藩家老職の渡辺外記、粥川仁兵衛への判決は遠島であった。両名については郡上一揆についての責任も問われたが、石徹白騒動に関しては石徹白豊前から収賄した上に、やはり反豊前派の言い分を全く聞き届けずに騒動を激化させた責任を問われた。寺社奉行の根尾甚左衛門への判決は、郡上藩の寺社行政の責任者でありながら石徹白豊前から収賄した上、豊前に対する告発があったのにもかかわらず全くそれを取り上げようとせず、大勢の社人追放という事態を招いたあげく、追放された社人の資産売却代金を着服したことを厳しく断じ、死罪とされた。また寺社奉行手代の片重半助についても、騒動に関して虚偽の吉田家からの指示を作成し、上役の根尾甚左衛門と同じく追放された社人の資産売却代金を着服した責任を問われ、やはり死罪となった。郡上一揆、石徹白騒動を通じ、死罪を言い渡された役人は根尾甚左衛門と片重半助のみであったが、両名とも実際には牢死しており刑の執行はなかった。大目付の津田平馬は寺社奉行の根尾甚左衛門が病気療養中に寺社奉行の職を代行する中で、石徹白豊前から収賄し、やはり豊前の言い分のみを聞き、大勢の社人追放という事態を招いた責任があるとされ、中追放の判決を受けた。なお津田も牢死したため実際の刑の執行は行われなかった。