2000年、ビジムング大統領の辞任に伴いツチのポール・カガメが第5代大統領に就任した。内戦によりルワンダの産業・経済は深刻な打撃を受けたが、1999年には内戦前の水準へと回復を果たした。内戦時代に海外へ脱出（ディアスポラ）したツチのうちの200万人近くが戦後帰国し、海外で習得した様々なスキルで国の復興に尽力している。21世紀に入り顕著に近代化が進み、「アフリカのシンガポール」「アフリカの奇跡」と呼ばれている。毎年の経済成長率が7％前後と急成長を遂げ、首都のキガリは中国企業などによってルワンダで最も高いランドマークのキガリ・シティ・タワーをはじめとする近代的な建物や道路が建設されて、市内の街並みは新しくなり、カガメは2018年度のアフリカ連合議長を務めてアフリカ大陸自由貿易協定の設立に主導的な役割を果たした。2000年頃からはICT立国を目指し、ICTの普及・整備に力を注いでいる。一方で、激しい反体制派への弾圧などで自らの権力基盤を強化するその手法は独裁的であるとの批判もある。実際に2015年には憲法第172条が改正され、2034年まで大統領職にとどまることが可能となった。カガメ大統領は日本の新聞社による取材に対して「完璧な指導者などいない」、「ルワンダにふさわしい統治をしている」と語り、強権的との批判は「気にしない」と述べている。
大湖地域の難民危機は、特に隣国ザイール（現コンゴ民主共和国）でモブツ政権の崩壊へと波及した第一次コンゴ戦争（1996年 - 1997年）のほか、周辺8か国が介入する事態となった第二次コンゴ戦争（1998年 - 2003年）の遠因となった。
ルワンダ虐殺により、約210万人とも言われる大量の難民が周辺国に流出した。ジャーナリストのフィリップ・ゴーレイヴィッチによれば、難民の中身はRPFによる報復を恐れたフツの一般人と、旧フツ政権指導層および軍や民兵の組織的な大量疎開だった様に描写している。このうちの後者について、ジェラール・プルニエなどは「難民キャンプをルワンダ奪還に向けた軍事拠点にしようとする旧フツ政権指導部による計画的な疎開であり、その意味では戦争の継続だった」としている。以後、ルワンダ情勢は安定に向かったが難民の本国帰還は進まず、寧ろ周辺諸国の政治・軍事情勢を不安定化させて国際問題となり、大湖地域の難民危機と呼ばれた。（ルワンダ周辺は、キブ湖やビクトリア湖など大きな湖が点在することから「大湖地域」と称される。）ツチ主導のルワンダ新政府の要請を受けて、1994年に国連安全保障理事会は、ルワンダ領域内及び隣接諸国においてジェノサイドや非人道行為を行った者を訴追・処罰するためのルワンダ国際戦犯法廷を設置、現在も審理が続いている。
急進的なフツ至上主義の台頭による政情悪化が収まらず、1994年4月にジュベナール・ハビャリマナが暗殺された事件（ハビャリマナとンタリャミラ両大統領暗殺事件）を発端に、政府と暴徒化したフツによる、ツチと穏健派フツに対するジェノサイドが勃発した（ルワンダ虐殺）。この結果、約100日間のうちに、当時のルワンダの総人口約730万人中、およそ80万人から100万人が殺害されたと見られている。虐殺は、その勃発を受けて侵攻を再開したRPFがルワンダ全土を掌握したことで終息し、フツのパストゥール・ビジムングを大統領、RPFのポール・カガメを副大統領とする新政権が樹立された。
1987年、隣国のウガンダに逃れていたツチ系の難民が主体となり、ルワンダ愛国戦線 (RPF) が結成された。1990年以降、ルワンダ帰還を目指したRPFとルワンダ政府の間で内戦に陥った（ルワンダ紛争）。タンザニアやザイールはRPFの攻撃をウガンダによる武力侵攻であるとして、派兵を行っている。経済低迷や政治的混乱の中、さらにRPFの侵攻に晒されたハビャリマナは、これまでの和解政策を改め、反ツチのイデオロギーを掲げるようになる。1993年8月4日、戦況の膠着からルワンダ政府とRPFの間でアルーシャ協定が調印され、同協定の遵守を支援するため国連平和維持部隊が展開した。
アムステルダム出身で同地の音楽学校に学ぶ。1954年から1955年までフェルディナント・ライトナーに指揮を師事するまでは、地元のオーケストラでヴァイオリンを弾いていた。1955年にオランダ放送フィルハーモニー管弦楽団の次席指揮者（1957年より首席指揮者）に就任。1961年から1988年までアムステルダム・コンセルトヘボウ管弦楽団の、1967年から1979年までロンドン・フィルハーモニー管弦楽団のそれぞれ首席指揮者に就任。1978年から1988年までグラインドボーン音楽祭の、1987年から2002年までロイヤル・オペラ・ハウスの音楽監督を務める。1991年にエラスムス賞を受賞。1995年からボストン交響楽団の首席客演指揮者となり、2004年に名誉指揮者となっている。2002年にドレスデン国立管弦楽団の首席指揮者に就任したが、これは音楽監督就任を要請されたものを辞退した結果であり、同時に次期音楽監督の選任への協力を託された。しかし2004年、楽団とザクセン州は、彼に相談なしにファビオ・ルイージを2007年からの次期音楽監督（ドレスデン国立歌劇場の同ポストと兼務）に指名。ハイティンクはこの事に対し、「オペラはともかく、オーケストラレパートリーの経験が少な過ぎる」として反対したが、聞き容れられなかったため、同年5月に辞任を発表、11月のロンドンでの演奏会を最後に辞任した。以後は同楽団には客演していない。2004年5月には、同楽団と最初でそして恐らく最後の来日をした。2006年からシカゴ交響楽団の首席指揮者に就任。2009年2月にはシカゴ交響楽団とともに再来日を果たしている。日本には、1962年のコンセルトヘボウ(オイゲン・ヨッフムが同行)との来日を皮切りに、1968年に再度コンセルトヘボウ(ヨッフムも同行)、1969年はロンドンフィル(ジョン・プリッチャードが同行)、1974年はコンセルトヘボウと初の単独来日、1977年はコンセルトヘボウと首席指揮者在任中最後の来日、1992年はロイヤルオペラ(テイトが同行)と初のオペラ公演、1997年はウィーン・フィルハーモニー管弦楽団、2003年はＰＭＦとスーパーワールドオーケストラ(チョン・キョンファと共演)、2004年はドレスデン国立管弦楽団、2009年はシカゴ交響楽団、2013年はロンドン交響楽団（共演はマリア・ジョアン・ピレシュ）、2015年にもロンドン交響楽団（共演はマレイ・ペライア）と来日。2019年6月12日、2019年9月6日のルツェルン音楽祭でのウィーン・フィルとの共演を最後に引退すると発表した。