原作14～19巻14番目の関係者（奏者の資格を持つ）ということでルベリエの手により、リンクを監視につけられクロスとの接触を禁じられる。また、退魔の剣の形状が伯爵の武器と似ていたこと、裏切り者のスーマンを助けたことなどから教団の内部の者にもスパイではないかと疑われることになる。その最中生成工場奪還のために方舟を使ってルル=ベルが教団内に侵入し、方舟のゲートで研究室の入り口が塞がれたため、自身の方舟を使って生成工場の所へ侵入した。あまりの数のAKUMAの前に苦戦するが、元帥達の援護もあり生成工場の破壊とミランダの救出に成功する。Lv4に進化したAKUMAにデコピン一つで戦闘不能にされてしまうが、イノセンスの力で体を強制的に動かし、リナリーやクロスと協力してLv4を破壊した。その後本部移転の際、クロスから自身が「14番目のメモリーを移植された存在」である事を聞かされ、その日以前から、リナリーには時々「別の人に見えた」と思われたり、孤児院内の死闘においては、レベル4と共に退魔の剣に刺さりレベル4の破壊を試みるが、自分もダメージを受け、その際にレベル4には「のあ・・」と言われるなど徐々に進行が進んでいる事が伺える。
原作10～14巻倒したLv3の忠告により方舟を使って江戸に向かい、伯爵に襲われていたリナリーを救出し仲間たちと合流するが、崩壊してゆく古い方舟に閉じこめられる。その中でティキと交戦した際、ティキが作り出した真空の球体に閉じ込められるも、このときシンクロ値が100を越え（臨界点突破）、左腕が、刀身に大きく十字のマークが入っている板状の剣「退魔の剣」に変化。その後、ノアメモリーが暴走したティキに圧倒され絶体絶命になるが、先だって潜入していたクロスに救出される。だが、ティキとの戦いでイノセンスが壊れたラビ（及び、鉄槌に掴まっていたチャオジー）が崩壊する方舟に落ちていき、怒りで千年伯爵と交戦状態になるがクロスに止められる。その後、伯爵がアクマの生成工場を新しい方舟へダウンロード（転送）するのを阻止するため、ティムキャンピーと共に伯爵も知らない「奏者の部屋」に入った。その奏者の部屋でピアノを弾いたことにより、完全に崩壊したはずの古い方舟を復活させ、消えゆく空間に飲み込まれていた神田、ラビ、クロウリー、チャオジーらの命を救った。そして方舟を操り黒の教団本部に帰っていった。
原作6～9巻クロスと合流するためにリナリー・ラビ・ブックマン・クロウリー達と中国に向かうが、スーマンの「咎落ち」と遭遇、助け出そうとして自身のイノセンスが壊れかけつつも、なんとかスーマンとイノセンスの切除に成功するが、スーマンは既にティーズに喰われていた。その後呆然としていたところをティキの手でイノセンスを破壊され、自身もティキのティーズに心臓の一部を喰われてしまう。瀕死の状態に陥るが、たまたま彼を見つけたフォーによりアジア支部に運び込まれ、イノセンスの力で一命を取り留めた（この経緯から、リナリー同様ハートの可能性が示唆されている）。その後、イノセンス復活のための訓練をフォーと行うが、その最中ティキの命令でLv3のAKUMAが方舟を使ってアレンを殺しに現れる。自分を守るため戦うフォーを救うべく自らAKUMAの前に身を投げ出し、逆に攻撃を受け追いつめられるが、自分にはAKUMAの他にも仲間達という大切なものがあることに気づき、今までの信念である「AKUMAを救済する為に自身は存在する」から「AKUMAと人間（ひと）を愛し、右手で人を、左手でAKUMAを救う」という信念に変えたことで精神面では飛躍的に成長を遂げ、イノセンスが「神ノ道化（クラウン・クラウン）」という名を冠した真の姿を見せ、見事Lv3を破壊した。
原作1～5巻クロスが残した情報を元に黒の教団を訪れ門を叩く（その際、左眼の呪いを門番に見られたことから「千年伯爵の手先」と勘違いされ、迎撃に出た神田に斬りつけられた）。黒の教団エクソシストとしての初任務では、南イタリアにある古代都市「マテール」で発見されたイノセンスを回収するため、神田やファインダーのトマと出動することとなった。その後も、ドイツの街にある「巻き戻しの街」現象の発生により、リナリーと共に任務へ向かったり、ルーマニアで吸血鬼退治を村人達に依頼されラビと共に向かうなど、エクソシストとしての苦戦が広げられていく。
右田伊佐雄によれば、昭和に流行した鉄砲光三郎による鉄砲節は、交野節→歌亀節→初音節→鉄砲節と変遷したとされており、右田は交野節を「鉄砲節のヒイジイサン」と表現している。また、右田は交野節が河内地方に伝わる各地域の伝承音頭を「食いつぶした」と表現しており、土地ごとの節の存在が薄れてしまうほど、交野節が村から村へと伝わったことを示唆している。また、村井市郎によれば、交野節の発祥地である、交野市・枚方市において、尊延寺や星田といった集落単位での節と踊りの多様性があったことが明らかにされており、その中でも、枚方市尊延寺地区に伝わる交野節が、その素朴さ故に最古の節であることが示されている。一方で、尊延寺地区の節として紹介されている交野節の譜面は、星田地区の譜面であるという、錯誤が生じていた。村井とも親交があり、尊延寺地区で活動していた美谷川菊若は2002年に交野節の保存が評価され、 「第8回 なにわ伝統芸能等功労知事表彰」を受けた。美谷川菊若の死後、2017年1月に同地域において、生前の美谷川菊若と親交の深かった有志により、交野ヶ原 交野節・おどり保存会が発足する。その後、交野ヶ原 交野節・おどり保存会が、村井が最古と示していた尊延寺地区の譜面を同会の冊子に記載したことにより、村井が残した錯誤が整理される形となった。2018年には、全日本民踊指導者連盟課題曲として、テイチクレコードより、「交野節ー石川五右衛門」が収録・販売された。この楽曲のネタと節は尊延寺地区のものであるが、踊りは星田地区に伝わるものを合わせる。また、通常の交野節は、太鼓とお囃子のみであるが、今回のアレンジではオーケストラをバックに歌われている。