2010年（平成22年）からは天守閣の本格的な復元を検討することになり、同年5月に松前城整備審議会が発足して論議を本格化させた。2011年（平成23年）の耐震診断で鉄筋コンクリート造の復興天守閣が「国の耐震基準を下回っていて震度6で倒壊の恐れがある」とされたため、補強か復元かの判断を迫られることになった。そして2018年（平成30年）に、2035年完成をめざした木造による復元計画が立ち上げられた。
1991年（平成3年）、「松前藩史」にある、売却して士の窮乏を救ったとされていた銅瓦の破片と推測される金属片が福山城跡の東角付近から出土し、その記述の裏付けになると注目された。1992年（平成4年）の発掘では外堀の発掘が行われ、三の丸の下部に約180年前の石垣がそのまま残っていることが確認された。1994年（平成6年）の発掘では松前城搦手御門跡の発掘が行われて約120年前の石垣の根石が確認され、本丸しのぐ幅27メートルの大規模のものであったと考えられるようになった。1995年（平成7年）の発掘では福山城太鼓櫓跡の発掘が行われると共に、福山城の5番台場と6番台場の位置や規模を確認する発掘調査が行われた。1996年（平成8年）の発掘では番所跡の発掘が行われ、その位置や規模を確認が行われた。2000年（平成12年）に外堀に架かる木橋と石橋のほか、搦手口には高麗門形式の「搦手二ノ門」が木造復元によって再建。2002年（平成14年）には、「天神坂門」が復元された。2001年（平成13年）、北海道遺産（「福山城と寺町」）に選定。2005年（平成17年）に松前町神明の山中で松前城石切り場跡が発見され、2007年（平成19年）に15カ所の作業跡や「矢穴」が確認された。2006年（平成18年）4月6日、日本100名城（3番）に選定され、2007年（平成19年）6月から全国規模の日本100名城スタンプラリーが開始された。
1957年（昭和32年）、松本隆・元町長の提唱により「松前城再建期成会」（総裁・町村金五北海道知事）を結成し、募金活動を行う。5,792万円の寄付金に町費を加えた7,000万円の工事費で復元工事を実施。なお、この復元工事に際し、国指定史跡地内の現状変更申請は行われていなかった。1959年（昭和34年）7月から天守焼け跡の敷地の整理が行われて同年8月から本格的に再建工事開始。翌1960年（昭和35年）9月に外観工事が完成。その後、第2期工事などが行われて1961年（昭和36年）5月16日に落成した。基本構造は鉄筋コンクリート構造によって、外観は焼失前の姿をできる限り忠実に再現。内部は松前城資料館として利用されることとなった。この復元工事の完成に伴う式典には松前家子孫も来町し、松前の旧城下町で大名行列が行われた。松前町は史跡内民有地の建物建築を規制しておらず、1970年（昭和45年）に石垣崩落の修理を行うため文化庁が調査を行った際、現状変更申請の無いままに違法建築物が文化財指定時から約30棟増えていることが問題となる。これを受けて町は「史跡福山城保存管理計画」を策定し、1976年（昭和51年）度から、建造物の撤去、城跡遺構の調査・修復を開始した。
1930年代末から1975年まで続いたフランコ政権末期、スペインの首都マドリードがあるマドリード県にある公立大学はマドリード中央大学（現・マドリード・コンプルテンセ大学）の1校のみ、スペイン第2の都市バルセロナがあるバルセロナ県にある公立大学はバルセロナ大学の1校のみだった。大学の大衆化や構造改革の必要性から、1968年6月6日に布告された法律でマドリードとバルセロナに第2の公立大学を、バスク地方のビルバオに初の公立大学を設置することが決定された。こうして1968年にはマドリード自治大学とバルセロナ自治大学が、1980年にはバスク大学が設立された。マドリード州の公立大学はその後も増え続け、今日ではコンプルテンセ大学（1499年創立）、マドリード自治大学（1968年）、マドリード工科大学（1971年）、アルカラ大学（1977年）、カルロス3世大学（1989年）、フアン・カルロス王大学（1996年）の6校となっている。1971年以降、メインキャンパスはマドリード北部郊外のカントブランコに所在する。カントブランコはマドリード市に含まれるが、マドリード中心部よりもアルコベンダスやトレス・カントスなどの町に近い。1996年には法学部教授のフランシスコ・トマス・イ・バリエンテがバスク祖国と自由(ETA)の活動家に殺害される事件が起こった。バリエンテの名はキャンパス内の通りに冠されている。2014-15年版のQS世界大学ランキングではバルセロナ大学とバルセロナ自治大学に次ぐスペイン第3位、2014年のエル・ムンド紙大学ランキング(Las 50 Carreras)ではマドリード・コンプルテンセ大学とバルセロナ自治大学に次ぐ3位、2014年の世界大学学術ランキングでは国内2-4位（世界201-300位）、2014-15年のタイムズ世界大学ランキングでは国内4-5位（世界301-350位）だった。世界大学学術ランキングでは、数学分野で世界51-75位（ヨーロッパ上位12位以内）と高評価された。スペインの大学でもっとも権威のある法学部を有する。2011年のトムソン・ロイター被引用論文数ランキングによると、スペインでもっとも所属研究者による被引用論文数の多い大学だった。