今作の魔法は『グランディアII』と同様、個々のキャラクターが魔法を覚えるのではなく、マナエッグという装備に幾つかの魔法が籠められており、それを解き放って魔法を使用する形式となっている。また前作『グランディア』『グランディアII』とは異なり、キャラクターにはマジックポイント（MP）が存在せず、それぞれのマナエッグにMPが存在しており、それを消費して使用するものとなっている。マナエッグに蓄えられたMPは一部の回復アイテムを用いるか、冒険の拠点となるロッカの村まで帰還して休息しなければ回復することができない。マナエッグは遺跡などのフィールドで拾い集めることができ、拠点となるロッカの村で複数のマナエッグを合成することで強化することができる。合成を繰り返すことでMPの最大値も変化し、また新たな魔法が使用可能なマナエッグを入手することができ、方法によっては序盤から強力な魔法を手にすることもできる。魔法の威力はキャラクターの能力値（魔力）によって上下し、前述のように装備できる数もキャラクターによって異なる。個別にMPを蓄えるマナエッグを多く装備できることは、それだけ魔法の使用可能な回数が多いことも意味する。
今作は通常の装備以外に、各キャラクターに6個の特殊装備スロットが用意されており、そこには以下で説明するマナエッグとスキルブックを装備することができる。しかしマナエッグとスキルブックをそれぞれ何個装備できるかはキャラクターごとに決まっており、マナエッグがたくさん装備できるキャラクターはスキルがあまり装備できないなど、キャラクターの特性によって異なる。またこれらは前述のように、冒険の拠点となるロッカの村でしか変更することができない。プレイヤーは限られた装備スロットの中でどう自分なりの戦術を組み立てて行くかという試行錯誤を迫られる。
前作までと同様、各キャラクターは固有の必殺技を使うことができる。今作の必殺技は、戦闘中に使えば使った回数だけ技の経験値が溜まって性能が高まっていき、威力が増し準備時間が短くなっていくという成長方式が用いられている。新しい必殺技は、習得の前提となる必殺技をある程度成長させることにより、戦闘中に思いつくという形で習得される。新しい技を閃いた際の最初の1回のみSPの消費や準備時間を必要としない。更に本作では、複数のメンバーが共同して必殺技を繰り出す「合体技」が導入されている。使用に際しては参加する全員が規定のSPを消費する必要があり、参加する全員がIPゲージ上の行動可能な位置に揃うまでは発動できないという制約はあるが、その効果は大きい。新しい合体技は、前提となる必殺技が習得済みである場合に、戦闘中に思いつくという形で使用可能となり、その習熟度は前提となる必殺技の習熟度に依存する。閃いた際の最初の1回のみSPの消費や準備時間を必要としない。必殺技や合体技を使用するには各キャラクターのスペシャルポイント（SP）を消費する。SPは戦闘中に攻撃を当てたり受けたり、ゲーム内時間が経過したりすることで溜まっていく。今作は前作までとは異なり、SPはダンジョンなどのフィールドを出てロッカの村に戻ると0に戻されてしまい、フィールドに入り直すたびに溜めていくものとなっている。
基本的な戦闘システムの仕様は、前作『グランディア』や『グランディアII』までのものを踏襲している。前作までと同様に、メニューから行動を選択する方式ながらゲーム内時間の経過や位置関係の概念も存在しており、必殺技や魔法の詠唱には発動までの準備時間が設定され、敵の行動を先読みしながら「コンボ」や「キャンセル」といった通常攻撃を使い分けて敵を足止めしたり、競合する行動を失敗させたりする要素が重要となっている。オートバトルも用意され、行動をAIに任せることができるのも前作と同様である。一方で敵味方の行動順序を示す「IPゲージ」が直線状から円環状へとレイアウト変更されていたり、防御コマンドと回避コマンドが統合されたりといった細部の違いはある。また、今作では必殺技に合体技という新たな概念が導入されたり、前作までとは異なる成長システムが導入されたりしている。これについては後述する。
日本テレビが1986年・1987年の12月24日に放送した音楽番組「Merry X'mas Show」のテーマソングとして使用され、番組のラストで出演者全員によって歌われた。作詞：松任谷由実（以下記事内では「ユーミン」と表記）、作曲：桑田佳祐、編曲：KUWATA BANDという組み合わせで製作されており、桑田が作曲したこともあってか随所にクリスマス的お遊びやお正月に向けたメロディーなどの遊びが施され、歌詞は冬の曲が多いユーミンらしい独特なウィンターラブソングに仕上がっている。なお、番組中でユーミンは「詞を書くのに桑田君が作ったデモテープを聞いたところ、英語の歌詞が全部デタラメですごく苦労した」と語っている。元々4分ほどの曲で作っていたものの、番組の制作会社であるフルハウス（現:ハウフルス）の菅原正豊に「4分じゃ短い」と言われ5分に延ばしたものの、「まだ足りない」として7分超まで演奏時間を延ばしたという話がある。放送内では「Merry X'mas Show」の出演者が歌う場面が多々見られており、サザンオールスターズのメンバーとしては桑田のほか彼の妻である原由子、KUWATA BANDのメンバーである松田弘もボーカルの一節を歌ったことがある。番組内で「レコードにはしない!」と宣言されたために、有線およびFM用のプロモレコード（CD）がある以外には長年一般発売されていなかったが、音源化を熱望したスタッフがビクターエンタテインメント（桑田、及びサザンの所属レコード会社）のスタジオでマスターテープを発見したことから、2012年7月18日発売の桑田のベスト・アルバム『I LOVE YOU -now & forever-』に収録されることが決まり、26年の歳月を経て初めて商品として音源化されることとなった。バージョンは「Merry X'mas Show」の番組での音源ではなくリード・ボーカルを桑田が1人で全編を担当しており、ユーミンではなく別の女性ボーカルと桑田が歌った音源である。現在でも、FMラジオで12月のクリスマスシーズンに桑田やユーミンの特集を放送する際には、必ずと言っていいほどOAされる楽曲である。