ホロコーストがなぜ起こったか、ということはホロコースト研究の中でも重要な争点である。この研究はナチ体制の意志決定についての考察を深めることになった。ヒトラー自身の反ユダヤ主義的意志やイデオロギーがホロコーストを最初から目指していたという考えは「意図派」や「プログラム派」と呼ばれる。また、マルティン・ルターやリヒャルト・ワーグナーなどの反ユダヤ主義の系譜がホロコーストにつながったという考えも広義の意図派にふくめられる。また、ダニエル・ゴールドハーゲンはナチスではない一般のドイツ人もユダヤ人絶滅を意図していたと主張し、激しい論争を呼んだ。この説は1970年代中頃までは中心的な学説であった。一方で、ナチスのユダヤ政策は紆余曲折があり、独ソ戦の状況の中で、党や政府の官僚機構がユダヤ人政策を模索する中で、ホロコースト政策に行き着いたという考え方は「構造派」と呼ばれる。この考えは1977年にマルティン・ブロシャートが唱えたものであり、ホロコースト研究の流れを大きく変えた。その後は各組織を大きく評価するブロシャートの説に対して、ヒトラー自身をもっと大きく評価するべきであるという新しい構造派とも呼ばれる説も出ている。
戦後のニュルンベルク裁判でホロコーストの審理が行われ始めたのは1946年2月8日以降であった。国家保安本部長官であったエルンスト・カルテンブルンナーの弁護人は、彼がアウシュヴィッツを訪れておらず、従ってホロコーストを知らなかったということを立証しようとして、アウシュヴィッツ収容所長ルドルフ・フェルディナント・ヘスを証人として法廷に招致した。4月26日、証人台に立ったヘスは、アウシュヴィッツの実態や、ホロコーストの命令がヒムラーの直接命令であり、その命令はヒトラーの命令に基づいていたと証言した。これまでの審理でホロコーストの存在を知らないと証言していたカルテンブルンナーやヘルマン・ゲーリングに対する致命的な反証もあり、両者の有罪につながった。ニュルンベルク継続裁判のポール裁判やIG・ファルベン裁判でもヘスは証言を行い、「ツィクロンB」の製造や使用に関わった人々が有罪となった。また、1961年4月11日からイスラエルで行われ、アドルフ・アイヒマンを裁いた「アイヒマン裁判」は、広く世界の注目を集めた。1963年12月20日から1965年8月10日までフランクフルトで行われたフランクフルト・アウシュビッツ裁判では、ホロコーストに関わった収容所の幹部ロベルト・ムルカ（de:Robert Mulka）らをドイツ人自身によって裁いた。この裁判はニュルンベルク裁判において裁かれなかったナチスの過ちに対する責任が問われたことがきっかけで行われた。
収容所のなかで最大規模であったアウシュヴィッツ収容所を解放したソ連は、しばらくの間、連合諸国によるアウシュヴィッツの調査を許可しなかった。そのために、死亡者数については色々な説がある。ニュルンベルク裁判ではソ連検察が「アウシュヴィッツで400万人が死亡した」と主張し、ニュルンベルク裁判においてソ連・ポーランド調査委員会はアウシュヴィッツで400万が死亡したと告発し、イギリス軍の裁判でも450万人が死亡したと告発されたが、収容所長ヘスの裁判の際には最大でも150万人を超えないと認定された。1990年までアウシュヴィッツ＝ビルケナウ強制収容所跡の記念碑には400万と書かれていた。ソ連崩壊後の1995年には完全にソ連側の主張が否定され、現在のアウシュビッツ収容所記念館および公式ページでは、1999年までの研究により1944年までに強制収容されたユダヤ人は総数で110万人であり、そのうち20万人は労働に供されたと書かれている。またラウル・ヒルバーグは、アウシュヴィッツで死亡した収容者は「125万人」と推計。ユネスコは犠牲者「120万人」としている。
亡命せず、国内に残留したユダヤ人がすべて収容所に送られたわけではなかった。国際的な哲学者カール・ヤスパースの妻ゲルトルートなど、迫害を受けながらも収容所送りを辛うじて免れた者もいる。当時健在であった作曲家リヒャルト・シュトラウスの息子の妻はユダヤ人であったが、妻本人もその子供、リヒャルトの孫も強制収容所に送られることはなかった。それについては伝説的な大作曲家であるリヒャルト・シュトラウスの名声をナチスがはばかったためとも、リヒャルトがナチスに協力した代償とも言われている。また、ヒトラーの料理人を務めていたマレーネ・フォン・エクスナーの家族は、アーリア人認定を受けて収容所送りを免れた。
戦争後期になると交通事情は逼迫しており、ソ連軍が迫った収容所にいたユダヤ人たちは、ドイツ勢力圏内の収容所まで徒歩で移動することを強いられた。彼らは休息や栄養も与えられず、悪路を休み無く歩かされた。
治承4年6月2日（1180年6月26日）、京都から摂津国の福原へ安徳天皇・高倉上皇・後白河法皇の行幸が行なわれ、ここに行宮が置かれた。そして平氏政権は福原に隣接する和田（輪田）の地に「和田京」の造営を計画した。和田は現在の兵庫区南部から長田区にまたがる地域にあたる。当初平安京と同様の条坊制による都市を建設しようとしたが、和田は平地が少なく手狭だったため、すぐにこの計画は行き詰まってしまった。そこで同じ摂津国の昆陽野（兵庫県伊丹市）、更には播磨国印南野（兵庫県加古川市）に新しい京を造営する話が持ち上がったが、どちらの話も立ち消えとなり、7月には福原をしばらく皇居とし、道路を開通させて親平氏派の一部の人々に限り宅地が与えられることになった。しかし当時幼い安徳天皇に代わり院政を行なっていた高倉上皇は平安京（京都）を放棄せず、福原には離宮を建て、内裏や八省院は必要ないとした。これに対して清盛は、内裏は移建せず、11月の新嘗祭までに私的に皇居を造営し、2年後には八省院などの役所もつくるという方針で構えた。そして11月には皇居に似せて造られた清盛の私邸が天皇に提供され、17日（12月5日）から20日（8日）に新嘗祭の五節のみが行なわれると（新嘗祭自体は京都で行なわれた）、23日（11日）には京都への還幸となった。京都への還幸は源氏の挙兵に対応するため清盛が決断したといわれている。