おおまかなシステムは前作に近く、舞台もサン・ミゲルの街を拠点としてゲームを進めていく。街の設備も前作同様、店、鍛冶屋、図書館や時計塔、銀行、スミレの家といった施設が利用できるが、徒歩では移動せずに家から出たらスクロールするアイコンでマップ上の移動したい場所を選択する形式となっている。ダンジョン間の移動も例外ではなく、町の外に出てから選択する形式である。ダンジョンは前作のような街の近郊ではなく、街とダンジョン間の移動にはバイクを用いるようになり、エキサイトバイクのような横スクロールで途中に障害物や敵、回復アイテム、段差によるジャンプなどを乗り越えて目的地のダンジョンにたどり着くようになった。もちろん辿り着く前にHPがゼロになればやり直しとなる。バイク移動中のステータスはHPとエネルギーの２つがあり、太陽センサによる太陽光の強さに依存してエネルギーが自動的に回復し、このエネルギーで加速や敵・障害物を攻撃することができる。敵もバイクに乗って攻撃してくるなどするほか、敵や障害物に当たるとHPが減っていく。HPがゼロになるまでに目的地にたどり着けば、ダンジョンに挑戦できる。レベルについても前作の要領で、レベルが上がるとカラダ（HPが上がる）、ココロ（太陽銃のエネルギー容量があがる）、チカラ（直接攻撃武器の攻撃力が上がる）の各ポイントを自分の好きなようにステータスに割り振ることができるが、最大レベルにしても全能力MAXにすることはできない。また、周回プレイも可能であるが所持アイテムや各種データなどが持ち越されるだけで、レベルはリセットされる。このためいろいろな育て方による様々なプレイスタイルでプレイすることができる。大きな変更点として注目すべきはトランスである。敵に攻撃する、されるなどしてトランスゲージがたまっていき、これが最大となると変身して一定時間戦うことができる。トランス中はアクションも専用のものとなる。敵がレアアイテムをドロップするようになったため、アイテム収集プレイも楽しめる。また、特定の条件を満たしてランダムで出現する、いわゆる通常の敵の変種であるレア・エネミーも存在し、強さは強力であるが倒せばレアアイテムが入手できることもある。また、一度クリアしたダンジョンは"任務"として再び挑戦することができ、制限時間以内に脱出・探索・敵の全滅のいずれかを開始時に選び、達成するとレアアイテムが入手できる。ほかにも闘技場として中ボスやボスキャラクターと連続で戦う闘技場にもゲーム終盤に挑戦できる。また、何かを極めることによって、称号も入手できる。ある条件を満たすとぬいぐるみが入手でき、自宅（スミレの家）に飾ることができ、それぞれにある特殊効果がある。
1941年（昭和16年）4月、第一航空艦隊所属の空母加賀先任分隊長に着任。搭乗員には作戦が明かされないまま、真珠湾攻撃を想定した訓練が行われる。次の目標を推測する搭乗員の中に訓練内容から真珠湾ではないかと声にするものが現れ、第一航空艦隊参謀源田実中佐は機密保持のため、搭乗員に作戦を知らせる許可を取る。10月末、源田参謀が零戦で飛来して志賀たちに十二月の真珠湾攻撃を明かした。志賀は源田参謀への気安さから、自分たちは堂々と艦隊決戦で戦っても勝てる自信があると発言した。源田参謀は、余計なことを言うな、だいたい最初は片道攻撃の計画だったのだと答えた。志賀は、それほど深く検討されたのかと思う反面、下級士官に一カ月も前にこんな大事を知らせたことを疑問に思い、また以降は作戦への大きな重圧を感じたという。12月8日、太平洋戦争劈頭の真珠湾攻撃に参加。志賀は板谷茂少佐率いる第一次攻撃隊に空母加賀第二制空隊長として出撃。零式艦上戦闘機（零戦）9機を率いてオアフ島飛行場に最初の攻撃を行った。加賀戦闘機隊飛行隊長に着任。加賀は、昭和17年1月20日ラバウル攻撃、21日カビエン攻撃、22日第2次ラバウル攻撃、2月19日、ダーウィン空襲、3月5日、ジャワ海掃討戦などで連戦連勝する。1942年（昭和17年）4月、隼鷹飛行隊長に着任。正規空母の加賀から商用船を改造した隼鷹への転任が不服で、第一航空艦隊参謀源田実中佐に抗議した際に、源田参謀から加賀艦長岡田次作と何かあっただろうと言われ、志賀は部下に加賀の甲板上で体操することを許可して岡田艦長と口論になったことが思い当ったという。また、岡田はもともと上官に対して直言する志賀の態度を快く思っていなかったようだったという。1942年6月、ダッチハーバー攻撃に参加。10月26日、南太平洋海戦に参加。第一次、第三次攻撃隊を指揮して、米空母エンタープライズおよびホーネットを攻撃、大破させた。1942年12月、飛鷹飛行隊長に着任。1943年（昭和18年）1月、海軍航空技術廠のテストパイロットに着任。前任者の周防元成（同期）が志賀はむちゃをやるので戦場にいたら死んでしまうと心配して推薦した。志賀は、海軍航空技術廠のテストパイロットが軍で最も真剣に当たった時期かもしれないと回想している。紫電改の設計者菊原静男は、設計者と協力して紫電改を役に立つ戦闘機に仕上げたのは志賀少佐の力によるところが大きいと語っている。志賀はテストパイロットを務めた経験から、「烈風」は使えない機体だと思ったという。零戦の後継機とされていたが、零戦を大きくしただけの機体であり、被弾面が大きく、防弾を考慮していないこと、またこの時期に必要とされた高高度性能や速度性能より格闘性能にこだわっていたことが理由だという。一方、「紫電改」は何にでも噛みついていける猪のようなおてんば娘と評価し、使える機体だと思ったという。「信濃」飛行長に任ぜられたが、着任前に信濃が沈没して中止。1945年（昭和20年）1月、第三四三海軍航空隊（以下「343空」とする）の飛行長に着任。志賀がテストパイロットを務めた紫電改が集中配備された。志賀は司令の源田実大佐とともに戦闘の指揮に当たる。志賀に谷田部空への転任辞令が来た際、源田司令が中央に掛け合って引き留めている。志賀はまだ出撃するつもりで三人の飛行隊長に指導したが、三人とも馬耳東風といった様子であったため、それに逆らわず、三人に対し司令と直結して意向を聞き、思想を統一するように指示した。志賀によれば、これは非常によかったようだという。志賀自身もかつて先輩の源田実が「赤城」に来る時、源田より技術が下であるにも関わらず、同僚とともにその着艦を評定するといった増長があり、そのくらいの気持ちがなければ戦闘機乗りなどは勤まらないのかも知れないと語っている。こういった理由から志賀は地上で搭乗員の支援に徹することを決心した。第五航空艦隊が343空に特攻を下問した際、志賀は「私が先頭で行きます。兵学校出は全て出しましょう。予備士官は出してはいけません。源田司令は最後に行ってください。ただし条件として、命令してきた上級司令部の参謀が最初に私と来るというなら343空はやります」と上申、源田司令も「全くだ」と同意して、その意思を上に伝えたが、それ以降343空には特攻の話が来なくなった。志賀は、特攻には反対で指揮官として絶対やっちゃいけない、自分が行かずにお前ら死んでこいというのは命令の域じゃない、行くなら長官や司令が自ら行くべきだと考えていたという。8月、大村基地で終戦を迎える。司令が終戦を確かめに中央に向かった際、残っている紫電改18機で最後の総飛行を行なった。