前年オフにエース・金田正一が、B級10年選手の特権を行使して巨人へ移籍したことで、国鉄スワローズの身売りは時間の問題となったが、譲渡先が判明しないままシーズンを迎えた。この年は緊縮政策により金田は元より、宮本敏雄ら一部の選手を整理したことで戦力は大幅低下、大方の予想は最下位は元より「30勝も危ない」と思われ、スタート当初はどん底状態だった。そんな中4月23日、国鉄が球団の経営権をサンケイ新聞・フジテレビに譲渡することを発表、ここに「国鉄スワローズ」の幕が降ろされることになり、その後4月26日に球団譲渡をきっかけにチーム一新を図ろうと林義一監督が辞任、砂押邦信コーチが3年振りに監督に復帰、そして5月10日からチームは「サンケイスワローズ」に変更された。なお既にサンケイ新聞社は神宮球場移転を前提として、1962年の段階で球団に資本参加している。金田が抜けたことで懸念された投手陣はなんとか踏ん張ったが、打線があまりにも貧弱となり、結局サンケイ初年は最下位でスタート。それでも勝利数は44勝と、チームとしては頑張った方であった。シーズンオフ、この年南海監督を勇退した鶴岡一人を新監督として、東京と争ったが、後任・蔭山和夫が就任4日で急逝、鶴岡は南海監督に復帰となって破談、結局新監督は飯田徳治ヘッドコーチとなった。
シドニー五輪100kg超級決勝で、フランスのドゥイエと対戦した際にドゥイエが内股を仕掛けてきたのに対して篠原は内股すかしで返した。これに対して、主審はドゥイエの有効と判定した。副審の一人は篠原の一本と判定したものの、もう一人の副審が主審の判定を支持したためドゥイエに有効が与えられた。山下泰裕選手団監督は審判委員から審判団の再協議を申し出られたにもかかわらず、フランス語の分からない山下選手団監督はそれに気づかず試合の継続を許してしまった。その後、ドゥイエが注意を受けたことにより、篠原に有効が与えられ両者のポイントが並んだが、さらにその後、ドゥイエが再び技で有効を奪いそのまま試合は終了、有効一つの差でドゥイエの優勢勝ちとなった。試合後、山下選手団監督及び日本選手一同が猛抗議したが、試合場から審判が離れた後は判定は覆らないという国際柔道連盟試合審判規定第19条によりドゥイエの優勝が確定した。 この結果に対して、日本では柔道関係者、マスコミともに誤審と断定して審判を批判した。中には主審を務めたクレイグ・モナガンやニュージーランド柔道連盟（主審の出身国）に脅迫まがいの電子メールを送りつける者までいた。それでも篠原は、「審判もドゥイエも悪くない。誤審？全て自分が弱いから負けたんです」とそれ以上言明せず、潔く引き下がった。   篠原はこの試合の敗因は問題となった判定そのものではなく、その後に気持ちを切り替えて残りの時間で逆転することができなかった自身の弱さであると主張している。この事件以後、国際柔道連盟では誤審防止や判定の難しいケースに備えてビデオ判定を導入し、ルールの徹底と試合判定の明確化に力を入れるようになった。また、現在のジュリー制度のきっかけとなった試合でもある。なお、この二人の誤審問題はこれが初めてではなかった。この事件の3年前にドゥイエの地元・フランスで開催された世界柔道選手権大会の決勝でも二人は対戦しているが、明らかに不可解な判定でドゥイエが勝利している。この件に関しても日本側は抗議したが大きく問題視されることはなかった。
本作の公開年である1966年（昭和41年）5月、東宝は『キングコング対ゴジラ』（1962年、本多猪四郎監督）製作の際にアメリカのRKO社から取得した「キングコング」の5年間分のキャラクター使用権を活用してもう1本「キングコング映画」を製作しようと、南海の孤島を舞台にキングコング、エビラ、モスラの3大怪獣の登場する特撮映画『ロビンソン・クルーソー作戦 キングコング対エビラ』を企画する。監督には福田純を予定し、関沢新一によって脚本化されたが、アメリカ側が内容に難色を示したため、この企画は仕切り直されることとなり、より合作色の強い『キングコングの逆襲』（1967年、本多猪四郎監督）として翌年に制作されることとなった。一方、不採用となった『キングコング対エビラ』の脚本は、主役のキングコングをゴジラに置き代え、「ゴジラシリーズ」の一編として再利用されることとなり、本作が製作された。本作におけるゴジラが『キングコング対ゴジラ』のキングコングに近く陽気な性格（美女に好意を持つ、「若大将シリーズ」における加山雄三を真似て得意気に鼻をこするなど）になっていたり、落雷を浴びて復活する描写が見受けられるのは、この経緯による。島の娘ダヨには、内藤洋子や酒井和歌子に続く1966年のホープ・高橋紀子が起用され、撮影も開始されたが、彼女は急性虫垂炎で入院してしまう。そこで、「ゴジラ映画なら……」と急遽水野久美が代役を務めることになり、当時29歳の水野が19歳の高橋を想定して書かれたシナリオのままに演じている。また、『モスラ』（1961年）以来ザ・ピーナッツが演じてきた小美人は、本作では彼女たちと同様に双子タレントであるペア・バンビに交代している。本編監督や音楽担当も、それまでの「ゴジラシリーズ」の主軸を務めた本多猪四郎から福田純へ、伊福部昭から佐藤勝へ変わり、作風もそれまでの重厚なものから軽快なものへ変わっている。キャスティングも「眼帯をつけた平田昭彦」「田崎潤の司令官」など、それまでの作品とは善悪が逆転したパロディ的な要素が見受けられる。特に平田は、それまで「怪獣や宇宙人と心中する」ことはあっても決して「怪獣に殺される」ことは無かったが、本作では「エビラのハサミによって船もろとも海に沈められる」という、ファンの意表を突く死に様を演じて見せた。ラストのレッチ島崩壊シーンは『大冒険』（1965年、古澤憲吾監督）の流用である。当初、東宝の国際部では本作に『EBIRAH 〜HORROR OF THE DEEP〜（エビラ・深海の恐怖）』という英語タイトルを付けて世界各国へ売り込んだが、アメリカでは『Godzilla vs. the Sea Monster（ゴジラ対海の怪物）』の題名で公開された。タイトルクレジットが全て英語に変更され、台詞もすべて英語にアフレコし直されている。英語版の演出は、ピーター・フェルナンデスが担当した。