前・盧武鉉政権の公約であった中央政府機関を忠清道地域に移転する世宗市計画を巡り、李明博政権は当初の計画案を変更し行政機関移転を白紙化し、企業や研究機関を新たに誘致する修正案を推進していた。これに対し、前政権与党の流れを汲む民主党や忠清南道に強い支持を有する先進党のみならず、与党であるハンナラ党内でも朴槿恵を支持する親朴派を中心に当初の計画案を推進すべきであるとの声が強く、激しく対立していた。こうした中6月16日、国会の国土海洋委員会において世宗市修正案は反対多数で否決、続く6月29日には国会本会議でも賛成105票、反対164票、棄権6で否決された。本会議の採決では野党のみならず、与党であるハンナラ党内の親朴派議員も反対票を投じたことで、党内における親李系と親朴系の亀裂が明らかとなった。
2009年4月の国会議員再選挙では、民心の動向を計れる意味において重要な地域である首都圏の仁川広域市富平区乙選挙区で民主党候補に、ハンナラ党の強固な地盤である慶尚道の蔚山広域市北区と慶州市でも進歩新党候補と親朴系無所属候補に破れ、全敗した。9月7日、朴熺太代表が10月に行われる国会議員再選挙に出馬するために党代表の座を退き、後任代表に代表選挙で次点だった鄭夢準最高委員が党憲・党規に基づいて就任した。その鄭代表が就任後の10月に行われた国会議員選挙では、慶尚南道梁山市で朴熺太が当選するなど、2箇所での勝利に留まり、民主党に惜敗した。11月20日には、党結成12周年の記念式が行われ、趙允旋（チョ・ユンソン）報道官が「ハンナラ党は中道保守の代弁者としての場所を守り続けて来た。中産層を堅固にし庶民と交わる、頼もしい政党」になると述べたが、党内における親李系と親朴系の対立や、世宗市の建設問題などで党内葛藤が続いている中での式となったため、簡素に行われた。
李明博大統領の就任直後に行われた総選挙では、李明博と大統領候補の座を巡って争った朴槿恵元代表に近い親朴派の議員の多くが党公薦を得られず、反発した議員が新党・親朴連帯や無所属で出馬する事態となった。そのため党の強固な地盤である慶尚道で伸び悩み、当初予想されていた180議席近くの大勝には至らなかったが、ソウル市を含む首都圏で支持を伸ばし、過半数（150議席）を上回る153議席（地域区131議席＋比例区22議席）を獲得した。しかし6月に行なわれた広域自治体議員及び基礎自治団体長と議員を選出するための補欠選挙では、米国産牛肉の輸入再開を強行したことに対する李明博大統領への批判が高まった影響で、敗北した。7月3日に行なわれたハンナラ党代表選挙で鄭夢準（チョン・モンジュン）を破って代表に当選した朴熺太（パク・ヒテ）代表は、4月総選挙で公認を外され、親朴連帯や無所属で選挙を戦って当選した親朴派議員の無条件復党を認めることを正式決定し、同月16日に親朴連帯や無所属の議員19人がハンナラ党に入党した。これにより、国会における議席数は171人に増え、安定多数を確保した。
総選挙後、盧武鉉政権の経済政策などに対する批判を背景に、翌2005年4月30日と10月26日の補欠選挙で全勝、2006年の統一地方選挙では広域団体長選挙16市道中12市道で勝利、広域議会選挙は首都圏地域区で全勝するなど圧勝し、着実に党勢を回復させつつ次期大統領選へ向け地歩を固めた。そして、2007年12月19日に行われた大統領選挙で、与党・ウリ党から改編した新党である大統合民主新党の鄭東泳（チョン・ドンヨン）候補らに圧倒的大差をつけて李明博が当選。翌年の2008年2月25日に正式に大統領に就任し、10年ぶりに与党に復帰した。
2004年3月12日に盧武鉉大統領のウリ党支持発言や不正資金問題などを理由に大統領弾劾訴追案を国会に提出し可決させた。しかし、国民からの強い反発を受けて党支持率を大幅に減らし崔秉烈（チェビョンヨル）代表（当時）は退任することになった。起死回生を狙うべく3月23日に臨時党大会を開き、保守層に人気のある朴正煕元大統領の娘である朴槿恵（パク・クンヘ）を新しい代表に選出した。その結果、2004年4月の第17代総選挙では、党の地盤である慶尚道で健闘したこともあり121議席を獲得、第一党の座はウリ党に譲り渡したものの議席減を最小限に抑えることができた。
民主党政権のもと、「子ども・子育てビジョン」が行われた。子どもを大切にする社会をつくりたいと思います。それはわたしたち人間すべてが子どもである時代を経て、大人へと成長する存在だからです。子どもは社会の希望であり、未来の力です。子どもの笑顔があふれる社会は個人の希望や夢を大切にする社会です。だからこそ社会全体で子どもと子育てを応援していきたいと思います。子どもにとって安全で安心な社会は、すべての人にとっても安全で安心な社会でもあります。キッズデザインの普及や、質の高い子どもの居場所づくりは、日本経済の活力にもなりえるのです。わたしたちは子どもが社会の主体的な一員であると位置づけ、その子どもと子育てを国、地方、企業（職域）、地域、ＮＰＯ、家庭、個人など社会全体で応援する姿勢を明確に打ち出すことで、豊かな日本社会をつくり続けていきたいと考えています。また近年、家庭や家族の形態、親の就業の有無や状況、個人のライフスタイルは実に多様化しています。離婚や死別によるひとり親家庭、虐待を受けた子どもたち、障害のある子どもたち、定住外国人の子どもたち、など特別な支援が必要な子どもが増えています。「教育の格差」「子どもの貧困」の問題が懸念されている時代だからこそ、格差や貧困をなくし、その連鎖を防止していくことがわたしたちに求められています。わたしたちは、子どもの権利条約も踏まえ、すべての子どもたちが尊重され、その育ちが等しく確実に保障されるよう取り組まなくてはなりません。