モルモン書については当初から批判を浴びてきた。以下にスミソニアン協会からの指摘を記す。DNAの研究の結果、ネイティブ・アメリカンの祖先はモンゴロイドであることが明らかとなった。したがって現在のネイティブ・アメリカンの先祖がヘブル人である（若しくはヘブル人と原住民との混血）とするジョセフ・スミスの当時の発言は科学的・人類学的に否定されている。スミソニアン協会は「現存する証拠によると、東方からアメリカ大陸に到達した最初の人々は、紀元1000年頃に北アメリカの北部を短期的に訪れていたスカンジナビア民族である」「古代において、アメリカ大陸の住民と中東の住民との接触がなかったことは確かである」という見解を示している。また、当時のアメリカ大陸になかったと考えられる食用イチジク（アラビア原産）、オリーブ（地中海原産）、真鍮（16世紀に発明された合金）、亜麻布、バターなどが記述されている。これらは当時のアメリカ大陸に存在したと考え難いと言及している。
モルモン書全般にわたって記述されている内容は、大きく分けて歴史的な記録と神の教えである。内容は紀元前600年頃（預言者エレミヤの時代）、エルサレムからアメリカ大陸へ渡ったリーハイとその家族から始まり、その地において、神に従順なニーファイ人の子孫と神に背くレーマン人の子孫が対立、抗争しながら大陸全土に増え、最終的には慢心したニーファイ人がレーマン人に滅ぼされるまでの「歴史」である。またそれに加えて、バベルの塔の時代に同様にアメリカ大陸に移動してきた2つの民族の興亡の記述もある。モルモン書の記述の中には、復活したイエス・キリストが古代アメリカ大陸に訪れたという記述が見られる。
この品種の祖先は、多くの名で呼ばれるが通常ニサエアン種 Nisaean horse (en)  として知られる3,000年前に生息していた動物に遡れる可能性がある  。しかしながら、およそ西暦1,600年以前には現代的な意味での馬の品種は存在せず、地域毎の系統やタイプで特定されていたので、正確な祖先を辿るのは困難である  。いくつかの説によると、アハルテケは彼らの部族民に隠されていた。この品種が最初に出現した地域、トルクメニスタンのカラクム砂漠は、山に囲まれた岩が多く平坦な砂漠である。しかし他の説では、この馬は13、14世紀のモンゴルの侵略者の馬の子孫であると主張している。この品種はかつて近隣のイランで飼育されていた絶滅したトルコマン種 Turkoman Horse (en)  と非常に類似している。一部の歴史家はこの二つが同じ品種の異なる系統であると見なしている。影響力のあるアラブ種がこの品種の原型でもあったのか、あるいはこの品種から発展したのかという「卵と鶏」の問題が論じられている。いわゆる「温血種」、アラブ、トルコマン、アハルテケ、バルブがすべて、一つの「東洋種」の祖先から発展したという可能性もある（馬の家畜化 (en)  参照）。当初トルクメニスタンの部族民は、襲撃のためにこの馬を用いた。彼らは選択的に馬を育成し、口碑を通じて血統の記録を残した。この馬はロシア人に「アルガマク」 "Argamaks" （露： "Аргамак" ）と呼ばれ、遊牧民に大切に育てられた。1881年、トルクメニスタンはロシア帝国の一部となった。部族はツァーと戦い、結局敗れた。ロシアの将軍クロパトキンは、部族民との戦いで見たこの馬へ愛着を抱き、アハル・オアシス近辺で暮らしていたテケ・トルクメン部族との戦争の後に育成牧場を設立し、この馬の名前を「アハルテケ」に変えた。1941年、ロシアで 287 の種牡馬と 468 の繁殖牝馬を収録した最初のスタッドブックが出版された。アハルテケは、おそらく三大始祖の1頭バイアリーターク（アハルテケ、アラブあるいはトルコマンの可能性がある）を通じたサラブレッドなど、数多くの品種に影響を与えた。リスターターク Lister Turk 、ホワイトターク White Turk 、イエローターク Yellow Turk として知られている3頭の他の種牡馬もサラブレッドの基盤に貢献した  。またトラケナーもアハルテケに影響されている。特に種牡馬トルクメンアティ Turkmen-Atti は、ロシアの品種ドン Don 、ブジョーンヌイ Budyonny 、カラバイア Karabair 、カラバフ Karabakh に影響を与えた。地元のトルクメン人は食べることを拒否したが、ソビエト連邦は食肉用の虐殺を要求し、この品種は大きな打撃を受けた  。僅か1,250頭の馬だけが残り、ソビエト連邦からの輸出は禁止された。トルクメニスタン政府は現在、馬の育成プログラムのために数頭を競売にかける他は、外交上の贈り物にこの馬を使っている。中央アジアでは牡馬の去勢は行われていない。20世紀初頭には、速い長距離競走馬の作出を意図してサラブレッドとアハルテケの交配が行われた  。しかしながらアングロアハルテケは先祖のアハルテケほど丈夫ではなく、その多くが中央アジアの厳しい気候のために死んだ。純血種が系種より非常に良い結果となった1935年のアシガバートからモスクワへの2,600マイル耐久レースの後、スタッドブック・マネージメントは1936年以降に生まれた全ての交雑馬を純血種と認めないことを決定した。その日以前に生まれたサラブレッドを祖先とする馬はスタッドブックに残すことが認められた（例： サラブレッドの Burlak の孫 044 Tillyakush 、あるいはサラブレッド Blondelli の孫娘でサラブレッド Junak の曾曾孫娘 831 Makh ）。1973年以降、純血を保護するために、すべての仔馬はスタッドブックへの受付に血液型判定が義務付けられた。スタンダードタイプの馬を産出しない種牡馬は淘汰される。スタッドブックは1975年にクローズド（ w:en:Closed stud book ）とされた。