レッスルキングダム11にて後藤に敗れ、NEVER王座から陥落した。試合後のコメントで柴田は、「リマッチしない」と昨年から一年に渡り関わってきたNEVER戦線から撤退する意向を示した。その後はドーム大会の翌5日に新日本電撃復帰を果たした鈴木軍と抗争を展開した。3月6日、45周年旗揚げ記念日にてザック・セイバー・ジュニアと対戦するも試合終盤に鈴木軍大将・鈴木みのるの介入に遭い、鈴木軍入りを果たしたザックからピンフォール負けを喫してブリティッシュヘビー級王座から陥落した。さらに遺恨を深める中、NJC一回戦で因縁渦巻く鈴木と対戦。鈴木のダーティーファイトを切り抜け、PKで勝利を収めて二回戦に進出した柴田は勢いそのままに優勝。NJC優勝者に付与される王座選択権を獲得すると、オカダの保持するIWGPヘビー級王座に挑戦表明した。4月9日、SAKURA GENESIS 2017にてオカダと対戦し、38分を超える壮絶な打撃戦の末にレインメーカーに敗れた。試合後、ふらつく足取りでバックステージに退場し、コメントブースに向かう途中で倒れ込んでしまい救急車で都内の病院に搬送された。搬送先の病院での検査の結果、急性硬膜下血腫と診断され、10日未明に処置のための手術を受けた。8月13日のG1 CLIMAX27優勝決定戦の休憩時間にリングに登場。ファンの大歓声に迎えられ若干目に涙を浮かべつつ「生きてます！以上！」とだけアピールした。12月14日、この年実働約3か月ながらも、その3か月間の活躍が認められ東京スポーツ・プロレス大賞敢闘賞を受賞。2018年3月に新日本プロレス・ロサンゼルス道場が新設されたことに伴い、柴田がヘッドコーチに就任。指導を行いながら復帰を目指す。
レッスルキングダム9にてアンダーソン & ギャローズ組から勝利を収め、後藤と共にIWGPタッグ王座に戴冠。自身初となるベルト獲得を果たしたが、THE NEW BEGINNING in OSAKAにてリマッチを申し入れてきたアンダーソン & ギャローズ組に敗戦し、短期間で同王座から陥落した。その後、後藤のシングル戦線移行に伴い、自身もタッグ戦線から離脱を余儀なくされた頃、INVASION ATTACK 2015にて桜庭和志からギブアップ負けを喫したことから、次なる標的として桜庭に狙いを定めた。DOMINION 7.5 in OSAKA-JO HALLにて桜庭と対戦し、PKでピンフォール勝ちを収めた。下半期よりG1公式リーグ戦で対戦した内藤哲也との遺恨が芽生え、DESTRUCTION in KOBEにて内藤と対戦したが、急所攻撃からのデスティーノに敗れた。試合後、悠々と花道から退場する内藤を追いかけて襲撃。バックステージにまで流れ込む大乱闘に発展したが、内藤がIWGP王座挑戦権利証戦線へ移ったため、これ以上の進展はなく抗争が終了した。11月、後藤と共にWTLに出場。結果として予選落ちに終わったが、公式リーグ初戦で対戦した中邑 & 石井組戦でNEVER無差別級王座を保持する石井から勝利を収める。さらにWTL最終戦の8人タッグマッチにおいても石井から直接勝利を収め、試合後にダウンする石井の腰にNEVER王座を置き、同王座挑戦を示唆した。
レッスルキングダム8にて盟友・後藤洋央紀の復帰戦の相手を務め、最後は昇天・改に敗れた。試合後、場外で力なく倒れる後藤の許に駆け寄り共に肩を組みながら退場。試合後に「俺は今、青春をしている」というコメントを残した。2月9日、THE NEW BEGINNING in HIROSHIMAにて後藤と初めてタッグを組み、オカダ・カズチカ & YOSHI-HASHI組と対戦し快勝。翌々11日のTHE NEW BEGINNING in OSAKAにてオカダの保持するIWGPヘビー級王座に挑戦する後藤の後押しをしたが、後藤は敗戦。試合後に勝利を収めたオカダと向き合ったが、オカダから「（IWGP王座に）挑戦したいなら、NEW JAPAN CUP（以下「NJC」）優勝してから来い」と告げられ、3月より開催されたNJCに宣告通り出場したが、二回戦で敗戦した。その後、自身が新日本に回帰したことに対して猛反発の姿勢を見せていた棚橋と抗争を開始。7月から開幕したG1にて棚橋と対戦し勝利、さらに同ブロックにエントリーされた中邑真輔からも勝利を収めた。DESTRUCTION in KOBEにて再び棚橋と対戦しハイフライフローに敗れた。試合後に棚橋の許へ歩み寄り、額と額を合わせると、「新日本を守ってくれてありがとう」と、棚橋に感謝の意を表わし、握手を交わして電撃和解を果たした。またこの時期より巡業にフル参戦するようになっていった。11月8日、POWER STRUGGLEにてIWGPインターコンチネンタル王座を保持する中邑と対戦したがボマイェに敗れた。同月から開幕したWORLD TAG LEAGUE（以下「WTL」）では、後藤とのタッグで出場。開幕から3連敗を喫するも、後半では巻き返しに成功し、公式リーグ戦を勝ち抜いて決勝へ進出。決勝戦でカール・アンダーソン & ドク・ギャローズ組を破り優勝を果たした。
競走馬引退後は国有種牡馬として北海道の日高種馬牧場に繋養された。2年目の産駒から天皇賞に優勝、通算25勝を挙げたカツフジなどの活躍馬を輩出。第二次世界大戦が終了すると、戦後日本競馬に内国産種牡馬の雄として圧倒的な存在感を示し、現在のGI級に相当する競走で産駒17勝（中山大障害含む）を挙げ、外国からの競走馬・種牡馬輸入が解禁された1952年から1957年まで、6年連続のリーディングサイアーを獲得した。特に天皇賞の優勝馬は7頭輩出しており、これは2006年秋にサンデーサイレンスが8頭目の天皇賞優勝馬を輩出するまで史上最多の記録であった。1953年には内国産種牡馬のJRA年間最多勝利記録となる157勝を挙げ、2010年にキングカメハメハによって更新されるまで保持された。しかし、クモハタ自身はその1953年夏に日高地区で流行した馬伝染性貧血に罹患し、同年9月10日、家畜伝染病予防法に基づき殺処分となった。遺骸は日高種畜場の功馬碑下に葬られている。死後もブルードメアサイアーとして数々の名馬に影響を残しており、現代の競走馬でも血統表の中に時折見出す事ができる。また産駒の中には種牡馬として成功した馬も多く、最後の直系子孫であるホクテンパールは1988年まで現役競走馬として走っていた。1951年よりクモハタの功績を記念し、中山競馬場に於いてクモハタ記念が創設され、東京放送が優勝杯を寄贈して歳末の中山開催の名物重賞競走として1980年まで施行された。1984年には顕彰馬制度が発足。競走成績だけならば並の優秀馬の域を出ないものであったが、顕著な種牡馬成績が認められ、第1回選考で顕彰馬に選出された。1990年には産駒のメイヂヒカリも選出され、トウショウボーイ・ミスターシービー父子に続く、史上2組目の父子顕彰馬となっている。