東京都庁小包爆弾事件への関与が問われた菊地直子の一審裁判員裁判で、井上は、小池泰男から手伝いの信者について逮捕される覚悟があるかどうか了解を取るよう求められ、井上が女性信者2人の了解を、中川が菊地の了解をそれぞれ得ることとなった旨や、井上が菊地に爆薬を見せねぎらいの言葉をかけた際に彼女が驚かなかった旨を証言した。一方で中川は、自分が菊地に逮捕される覚悟の有無を確認するという話は記憶がなく、自分は井上らに対し、菊地は「何も分かってないからよろしく」と言ったと証言した。2014年6月30日、東京地裁は井上の証言を信用できるとし、それを菊地が事件を起こすことを認識していた根拠の一つとして、菊地に懲役5年を宣告した。その後、二審東京高裁は2015年11月27日に判決の中で、井上の証言について、「多くの人が当時の記憶があいまいになっているなか、証言は不自然に詳細かつ具体的」でその信用性は慎重に判断されるべきであると述べ、二審で事実調べした結果によれば井上らは他に重要な役割を担って本件居室（八王子市のアジト）に出入りしていた女性信者2名に対しても活動の目的を秘匿していたと認められる、菊地はクシティガルバ棟での土谷正実の助手であって井上の部下ではなく教団内におけるステージとしても一般信者の2つ上である師補というステージ立場にあったに過ぎず、この菊地に対し井上が殊更に爆薬を見せてねぎらったというのは不自然と言わざるを得ない、などとして、井上の証言よりも中川の証言を信用できるとし、菊地に対する一審懲役5年を破棄して改めて無罪判決を言い渡し、2017年12月に最高裁も全員一致でこれを支持、無罪が確定した。菊地は無罪釈放後、自身のブログ「闇が深ければ深いほど星はたくさん見えるから」の中で、「井上嘉浩さんの嘘①〜⑤」と題して記事を書いている。
総プレイヤー数1200万人を誇る世界最大のMMORPG『The World』。西暦2017年、黒い錬装士・ハセヲは初めて『The World』にログインする。勝手が分からないハセヲに話しかけたのは、アスタとIyotenと名乗る2人のPCであった。ハセヲは2人からゲームの基本についてレクチャーを受けるが、2人の正体は初心者狩りを専門とするPK（プレイヤーキラー）であり、ハセヲも例外ではなくPKの洗礼を受けることとなる。PKされたハセヲを救ったのはオーヴァンと名乗るPCであった。ハセヲは謎めいた魅力を持つオーヴァンに興味を持ち、彼の運営するギルド「黄昏の旅団」に所属し、志乃やタビーらと行動をともにする。それから数か月が経過する。オーヴァンや志乃の失踪により、ハセヲの雰囲気は一変していた。志乃消滅の原因と目されるPK「三爪痕（トライエッジ）」を追ってPKを繰り返すPKK（PKキラー）として、“死の恐怖”の異名で呼ばれるようになっていた。グリーマ・レーヴ大聖堂で三爪痕と対峙するも、三爪痕のデータドレインを受け、PCデータは初期化されてしまう。ハセヲはここに至って、この方法では志乃を復活させることは叶わないと悟る（ここまでの詳細は『.hack//Roots』も参照）。次の手を考えながらマク・アヌを歩いていたハセヲは、行方不明になっているはずのオーヴァンの姿を見かける。問いただすべく後を追うが見失い、初心者支援ギルド「カナード」のシラバスとガスパーと出会う。レベル1のハセヲを「初心者」と判断した2人に強引に促されて初心者向けエリアに向かうハセヲであったが、最奥で以前PKしたボルドーと偶然出会い窮地に陥る。突如現れたパイと名乗る女性PCの機転で事なきを得るが、パイは去り際にハセヲに「そのPCは危険な力を秘めている」と告げる。意味が分からないままタウンに戻ったハセヲの前に、ギルド月の樹のアトリが現れる。以前から月の樹の理念を疎ましく思っていたハセヲだったが、相容れない価値観を解くハセヲはアトリに苛立つものの、アトリに強引に誘われて一緒にフィールドへ赴く。アトリが聞いたという不思議な音を追って巨大樹と湖のある不思議な場所にたどり着き、青い髪の美しい青年PCを見かける。その後を追おうとするハセヲとアトリを見慣れない謎のモンスターが襲い、クーンと名乗るPCによって救助される。クーンは「憑神（アバター）」と呼ばれる力を使い、その力がハセヲのPCにも秘められていると語る。ハセヲはクーンにつれられてギルド「レイヴン」の@HOMEを訪れ、憑神の使い方を教えることを条件に、マスターの八咫から謎の現象AIDAの調査を依頼を承諾する。クーンやパイの協力を得ても憑神を発現できないハセヲは、訪れたアリーナで青い髪の美しい青年PCを見つけた、アリーナ紅魔宮の宮皇であるその青年の名はエンデュランス。エンデュランスはアリーナでの戦いで、憑神を使って圧勝してみせた。その後エンデュランスと偶然遭遇したハセヲはエンデュランスの「君には力がない」の言葉に宣戦を布告する。エンデュランスと戦うためにアリーナに挑戦することを決意したハセヲは、シラバスとアトリの協力を得てエンデュランスへの挑戦権を賭けたトーナメントへの出場を決めた。トーナメント1回戦の相手がボルドーと知ったハセヲは、勝手にハセヲの師匠を決め付けた大火の助言によりジョブエクステンドを経て2ndフォームへと姿を変える。それでもボルドーに対して苦戦するハセヲは、自らの憑神「スケィス」を発現する。2回戦を勝ち抜き、3回戦はエンデュランスの前の宮皇・揺光であった。ハセヲは憑神を使わずに勝つとエンデュランスに宣言するが、揺光の前に苦戦してつい憑神を使ってしまう。この行為を危惧したクーンは、ハセヲの決勝戦の相手であった。クーンは憑神の怖さを教えるために憑神・メイガスを具現化し、ハセヲのスケィスと真っ向から対抗する。しかしその戦闘の最中スケィスが制御不能に陥り、メイガスを圧倒した上でデータドレインしてしまう。データドレインは即ちデータの改ざん、憑神と繋がりの強い碑文使い自身にも多大な損傷を与えてしまうと絶望するが、クーンはメイガスの能力「増殖」により損害データを補完して無事であった。安堵と同時に憑神の怖さを認識したハセヲは心機一転エンデュランスへ挑戦、エンデュランスの憑神・マハを圧倒して宮皇となる。ハセヲの優勝祝賀会場において、ハセヲはアトリがいないことに気付く。会場の片隅で見つけたアトリは、オーヴァンからハセヲがアトリを気にかけるのはPCモデルが志乃と同じだからだと聞かされていた。ショックを隠せないアトリはハセヲの前から姿を消し、ハセヲに認められるために独自に三爪痕を追う。アトリを追ったハセヲはロストグラウンドで見慣れない三角形の傷跡を発見し、その中に吸い込まれる。アトリを見つけたハセヲは、直後現れた三爪痕と激闘を繰り広げる。死闘の末に退けるが、アトリの背後にAIDAの影が現れる。AIDAは黒い無数の手になりアトリの体に突き刺さる。ハセヲは必死にアトリを抱える。