パーカーは2001年、初期のルーモアとの仕事の英国での再発と、Razor & Tie への3番目のスタジオ・アルバムで、この歌手の人生と目的を包括的に振り返ることを意図するかのような洞察力に富む新曲のコレクション Deepcut to Nowhere とで、非常に活発な期間を開始した。20年ぶりに元ルーモアのドラマー、スティーヴ・グールディングとパーカーはレコーディングし、再会を跡付けもした。2003年に、パーカーはビートルズ The Beatles にレコーディングされなかった、あまり知られていないジョン・レノン John Lennon / ポール・マッカートニー Paul McCartney 作品のアルバムを録音するために、The B-52's のケイト・ピアソン Kate Pierson と、ビル・ヤノビッツ Bill Janovitz と協力した。『ロスト・ソングス・オブ・レノン＆マッカートニー〜フロム・ア・ウィンドウ』 From A Window: Lost Songs of Lennon & McCartney と呼ばれるアルバムは、「ピアソン、パーカー、ヤノビッツ」とクレジットされた。新しいソロの仕事は2004年の Your Country が続き、パーカーがレーベルをシカゴを拠点とするインディーズ Bloodshot Records に変更したことが判明した。カントリー・ミュージックへの関心を示した Your Country は、いつものパーカーよりもわずかにルーツ寄りなサウンドとなっていた。2005年に続いたのは、かつてのバックバンド、フィッグスと短期間でレコーディングされたアップテンポのロックンロール・コレクション Songs Of No Consequence だった。引き続き始まったフィッグスとのツアーからのショーはFMラジオで放送され、2006年のライブ・アルバムとなった。2007年3月、フルレンジの新作『ドント・テル・コロンバス』 Don't Tell Columbus が、パーカーの3年間で4作目のアルバムとしてリリースされた。『ドント・テル・コロンバス』では、パーカーが商業的成功の不足について「望みを見つけた時、誰もが止めろと言った」と表明する自叙伝的な「ディスカヴァード・アメリカ」 I Discovered America を含む、復調と呼ぶのは不適当だが、ここ何年かでベストの曲のグレアム・パーカーが認められる。彼のレコードに加え、1980年パーカーはイラスト入りの SF 短編小説 Great Trouser Mystery を発表した。2000年6月には短編集 Carp Fishing on Valium を出版。3冊目の著作、小説 Other Life of Brian は2003年9月に発表されている。2012年から再びルーモアの全員で活動をしている。
京都府警科学捜査研究所を舞台に、DNA鑑定・画像解析等を駆使し犯罪を解明する法医研究員・榊マリコの活躍を描くドラマ。1999年から2002年まで4シリーズが毎年連続して制作された後、1年のブランクを経て2004年から再開したS.5からのタイトルは『新・科捜研の女』で、2007年は制作されず、2009年のS.9以降は『科捜研の女』に戻った。年を追うごとに平均視聴率を上げ、単発の2時間スペシャルでは15%以上の視聴率を記録、S.17の200回スペシャルまでの全平均視聴率が12.3%を達成しているなど安定した人気を保ち、再放送も全シリーズが不定期にテレビ朝日や各地方局で行われている。2014年現在、S.7のみDVDが発売されている。10年以上の長寿ドラマであるために登場人物の入れ替わりも多く、演出・設定等にも変化が見られる。S.4まではコミカルな要素が随所に盛り込まれていたが、S.5以降はほとんどみられない。またS.5までは榊マリコと同僚が対立する場面が多く描かれていたが、S.6以降はほとんど対立する事なく皆で協力し事件を解決している。また、初期から長期間出演しているキャストでも、内藤剛志（S.2 - S.4はプロファイラーの武藤要、S.5からは刑事の土門薫。なお、土門はS.5とS.6以降とではキャラクター像がかなり異なって描かれている）と、斉藤暁（S.1では物理研究員の榎戸輝男、S.5からは科学捜査研究所員の日野和正）などの様に「（視聴者側から見て）よく似ているが全くの別人役」で出演しているキャストも少なくない。基本は1話完結であるが、事件の複雑化等で1話で完結出来ないストーリーの場合は前後篇として2週連続で放送し、後編の放送の冒頭で「前回のあらすじ」のテロップをそえながら主役のマリコが前編でのあらすじをナレーションで紹介する。S.13の第1話と第2話では、第1話で後編に続くの？と意表をつく作りで、これについてチーフプロデューサーの塚田英明は東映のテレビ番組のサイトで「のっけから続くの？と思った方もいるのだが、第1話からどうなっているの？とか、どうなっちゃうの？言う謎が明らかになるのが後編の見どころなので楽しみにしてほしい」と説明している。特に塚田がプロデュースして以降、かつて同局で放送されていた『特捜最前線』と『はみだし刑事情熱系』を意識したストーリーが増え、前後編のエピソードが多い。前述の通り、1999年から2003年と2007年の2年を除き、2018年現在まで途切れることなく続編の制作が継続しており、2015年10月のS.15開始時点において、日本の連続テレビドラマ史上で最も長期間継続して続編が製作されているドラマとなっており、2017年10月にS.17が開始されたことにより記録をさらに更新し続けている。また同時に、同一人物による主演・同曜日かつ同時間帯での放送という面においても、最長の記録を持っている。2018年3月14日放送回にて200回を達成し記念スペシャルを放送。平均視聴率15.1%を記録しS.17での最高記録かつ、2011年のS.11以来の15%超えを達成している。2019年1月3日の正月スペシャル放送終了後、重大発表として主演の沢口靖子から番組の20周年記念とテレビ朝日開局60周年記念の二つの節目を記念し、2019年4月から新シリーズ（S.19）が1年間放送されることが決定した。テレビ朝日のプライム帯のドラマとしては、1998年11月〜1999年9月に放送された『暴れん坊将軍』以来、実に20年ぶりの通年放送のドラマとなる。またテレビ朝日木曜20時枠のドラマで通年放送となるのは、この枠が時代劇放送枠だった1982年 - 1985年放送の『遠山の金さん』（高橋英樹主演版第1シリーズ）以来実に34年ぶりとなる。