2000年にウラジーミル・プーチンがロシア大統領となると、周辺国との連携を強化しようと試みるが、2001年のアメリカ同時多発テロが発生したため、国内のテロ対策も踏まえ、対テロ戦争に同意してアフガニスタン戦争のため、ウズベキスタン・タジキスタンへのアメリカ軍駐留を黙認したが、中央アジアでのアメリカの覇権が強まると考えられた。プーチンは2003年のイラク戦争には反対して米国と対立する。イラクのサッダーム・フセイン政権打倒を果たし、西欧のNGOなどと共にCIS域内の民主化勢力の支援を行った。この結果、ジョージア（バラ革命）、ウクライナ（オレンジ革命）、キルギス（チューリップ革命）で独裁政権が倒れて民主化が達成された。しかし、米軍が駐留していたウズベキスタンでは、市民運動が革命に繋がらずに失敗、その結果アメリカはウズベキスタンのイスラム・カリモフ大統領の怒りを買い、（アフガン作戦が一段落したこともあるが）同国から米軍を撤収させることとなった。ウクライナやジョージアは北大西洋条約機構 (NATO) 加盟の意思を表明しているが、実現していない。以前よりCISへの嫌悪を隠さなかったジョージアは、2008年8月の南オセチア問題をきっかけとしてCISからの脱退を表明した。このときロシアは南オセチアに爆撃を開始したジョージアに対して住んでいるロシア人を守るためと称して爆撃・侵攻したが、CISはこれに対して声明を発せず、また各国も沈黙（賛成も反対もしない）を通している。2014年にはクリミア危機によってウクライナとロシアの間の関係が極度に悪化し、ウクライナはCISからの脱退を表明した（後述）。
設立からしばらくは、ボリス・エリツィンのロシアが安定しなかったこともあり、共同体としての連携は目立たず、その間に、新設国は概ね強大な権力を持った大統領が治める独裁国家となった。1994年になると、それまで分離傾向が目立っていた加盟各国に統合の動きが現れはじめた。1996年にはベラルーシ、カザフスタン、ロシア、キルギスの4か国が統合強化条約を結んだ。ジョージア、ウズベキスタン、ウクライナ、アゼルバイジャン、モルドバはロシアから距離を置く政策を採り、ウズベキスタンを除く4か国は、ロシアに対抗して1997年にこれら諸国の頭文字を採ったGUAMを結成した。この組織には1999年にウズベキスタンも参加し、GUUAMと呼ばれるようになったが、2005年にウズベキスタンは脱退し、残った4か国は2006年にこの組織を「GUAM 民主主義と経済発展のための機構」へと改称した。これらの国は、2006年7月のCIS首脳会談に欠席している。これに対し、ベラルーシ、カザフスタン、タジキスタン、キルギス、アルメニアはロシアとの緊密な関係を保ち、アルメニアを除く5か国で2000年10月ユーラシア経済共同体 (EurAsEC) を結成した。こうしてCIS内に、ロシアを中心とする統合派と、ウクライナやジョージアなどからなる反統合派の2つのグループが成立することとなった。
5月31日0200、石垣は小樽へ回航される空船の輸送船4隻からなるヘ船団を単独で護衛し、松輪島を出港。石垣は船団を先導する形で松輪島付近を航行していた。ところが、同日午前、松輪島西方沖で、濃霧の中を航行していた船団はアメリカ潜水艦ヘリング(USS Herring, SS-233)によりレーダー探知される。ヘリングは行動を共にしていたバーブ(USS Barb, SS-220)と船団攻撃の手順を打ち合わせた後別れた。ヘリングの方が先に船団を確認したらしく、バーブが船団を確認して攻撃態勢を整えようとした午前11時、遠くで爆雷が炸裂する音が聴取された。これはへリングが石垣に魚雷を命中させたことによるものだった。魚雷が命中した石垣は艦首を亡失するも、そのまま爆雷攻撃を実施していたが、11時30分に沈没した。当時、駆逐艦波風と輸送船2隻（日振丸、紅海丸）は石垣および船団との合流を予定していたが、濃霧のため石垣を発見できず松輪島に到着した。爆雷の炸裂音を聴取したバーブは直後に「大型輸送船」を発見して魚雷を3本発射し、うち2本が陸軍輸送船まどらす丸（南洋海運、3,802トン）の右舷3番船倉と船首に命中。同船は約4分で沈没した。さらにへリングの雷撃で北洋丸（栗林商船、1,590トン）が撃沈された。12時30分、バーブは北緯47度52分 東経151度02分の新知島阿崙岬北北西55キロ地点付近で特設運送船興東丸（三光汽船、1,053トン）に対して魚雷を3本発射。1本が興東丸の右舷前部に命中し、同船は約5分で沈没。船団で唯一残った岩木丸（大阪商船、3,124トン）は松輪島の大和湾へ引き返した。一連の攻撃を終えてバーブが確認のために浮上すると1人の日本人が漂流しており、救助の上尋問すると石垣の唯一の生存者であることが分かり、このことからヘリングが石垣を撃沈したことが分かった。6月1日朝7時43分ごろ、ヘリングは大和湾に侵入。停泊していた岩木丸に向け魚雷を6本発射。岩木丸は右舷に魚雷が2本命中し、1時間後に沈没した。続けて同じく停泊していた陸軍船日振丸（山下汽船、4,366トン）、にも魚雷2本を発射。魚雷は日振丸の左舷5番船倉と船橋直下に命中。衝撃で積まれていたドラム缶詰めのガソリンに引火し、炎上の末沈没した。ヘリングは更なる敵を求めて湾内に深く侵入してきたが、7時56分頃に島の南東端である多岩岬あるいは鵜崎に触礁し、浮上して後進を開始する。これを見た陸上砲台はこの好機を逃さず距離1,200メートルで銃砲撃を開始し、湾内に攻撃目標とならず残っていた陸軍船紅海丸（大阪商船、1,273トン）も応戦を開始。陸上砲台は12.7センチ高角砲8発、12センチ砲51発、8センチ高角砲63発、各種機銃弾2,986発を発射の上、司令塔に二発命中させた。ヘリングの姿は8時5分頃に、天蓋山の130度3,500メートルの地点で濃霧により見えなくなり、行方不明となった。記録には「水泡が5メートル幅の範囲を覆い、重油がおよそ15マイルを覆った」とあるが、「潜航不能トナラシメタルコト確実ト認ムルモ撃沈スルニ至ラズ」とも記された。その後へリングは沈没認定され、総員戦死と判断された。石垣乗組員167名中、バーブに救助された1名を除き、海防艦長の瀬戸末吉少佐以下166名が戦死。沈没地点は北緯46度26分 東経151度36分の松輪島西方70浬地点付近。7月10日附で石垣は占守型海防艦、帝国海防艦籍から除籍された。また、へリングへ向け応戦した紅海丸は1945年（昭和20年）6月19日、北緯43度11分 東経140度18分の積丹半島沖でアメリカ潜水艦シードッグ(USS Sea Dog, SS-401)の雷撃により撃沈された。