2009年にはベスト・アルバム『人間椅子傑作選 二十周年記念ベスト盤』が1月に発売されたため、（やや変則的だが）同年に2作品のリリースとなった。また、それまで『真夏の夜の夢』が保持していた記録を上回る74分50秒という収録時間、「塔の中の男」（8分54秒）（ただし『黄金の夜明け』の「水没都市」は8分53秒でほぼ同じランニングタイムである）「深淵」（9分23秒）とそれまでの楽曲でも最長の楽曲、全13曲中和嶋による作詞が12曲、バンド名義で作曲された「秋の夜長のミステリー」（ちなみにこの楽曲では『踊る一寸法師』の「三十歳」よろしくメンバー全員がヴォーカルを掛け合っている）と、様々な意味でそれまでの人間椅子の作品の定型を破っている。
1年目の2008年、プレシーズンにカイル・ボーラー、ハイズマン賞を受賞したこともあるトロイ・スミスと先発QBの座を争った。プレシーズン第1週にはボーラーが先発したが、ミネソタ・バイキングスとのプレシーズンゲームでシーズン絶望となる肩の負傷を負い、スミスもレミエール症候群という扁桃腺の感染症にかかっていたことから、シンシナティ・ベンガルズとの開幕戦で先発QBとなった。この試合でパス29回中15回成功、TD、INTはそれぞれなし、最も長いパスは、デリック・メイソンへの15ヤードだったが、38ヤードのTDランをあげ、チームは17-10で勝利した。第2週、敵地ヒューストンのリライアント・スタジアムで予定されたヒューストン・テキサンズとの試合はハリケーン・アイクの影響で順延となった。第3週のクリーブランド・ブラウンズ戦ではパス19回中13回成功、129ヤード、2インターセプトを喫したが、28-10と勝利した。第4週はプロ入り後初のロードゲームでピッツバーグ・スティーラーズとマンデーナイトフットボールで対戦、プロ初TDパスをダニエル・ウィルコックスに通したが、オーバータイムの末、20-23で敗れた。第5週のテネシー・タイタンズ戦ではパス27回中18回成功、153ヤード、2INTで10-13と敗れた。第6週のインディアナポリス・コルツ戦ではパス38回中28回成功、自己ベストの241ヤードを投げたが、3INTを喫し、3-31と敗れた。第7週のマイアミ・ドルフィンズ戦では、パス230ヤード、1TDの成績で、ロードで初勝利をあげた。第8週のオークランド・レイダーズ戦ではパス24回中12回成功、140ヤード、1TD、とランでも1TDあげて、29-10で勝利した。またワイルドキャット隊形から43ヤードのパスをレシーブしている。この活躍で、その週の最優秀新人選手に選ばれた。第8週終了後、ジョン・ハーボーヘッドコーチは、シーズン残り試合でフラッコとスミスを併用した「Suggs package」を行うとアナウンスした。第9週のクリーブランド・ブラウンズ戦では、パス29回中17回成功、248ヤード、2TD、QBレイティング109.6の成績をあげて、37-27と勝利、その週のAFC週間最優秀攻撃選手に選ばれた。第10週のヒューストン・テキサンズ戦ではパス23回中15回成功、185ヤード、2TD、その試合まで111回連続インターセプトなしと堅実なプレーを見せ、チームは4連勝を果たした。第11週のニューヨーク・ジャイアンツ戦ではパス33回中20回成功、164ヤード、1TD、2INT、ラン6回で57ヤードを獲得、10-30で敗れた。第12週のフィラデルフィア・イーグルス戦ではパス26回中12回成功、183ヤード、2TD、36-7で勝利した。第13週のシンシナティ・ベンガルズ戦でパス29回中19回成功、280ヤード、2TDをあげてチームはその週までの7試合中6勝をあげた。この間の7試合で彼は11TDに対してわずか2INT、QBレイティング99.1と素晴らしい成績をあげた。11月の5試合でパス140回中83回成功、9TD、2INT、QBレイティング98.5、この間4勝1敗の成績をあげて、月間最優秀攻撃新人選手に選ばれた。第14週のワシントン・レッドスキンズ戦では7点差に詰め寄られた第4Q、デリック。/メイソンへ28ヤードのTDパスを決めて、24-10で勝利した。第15週のピッツバーグ・スティーラーズ戦では、パス28回中11回成功、115ヤード、2INT、QBレイティング22.2、レッドゾーンに3回攻め込みながら、オフェンスはTDをあげられず9-13で敗れた。第16週のダラス・カウボーイズ戦では、パス25回中17回成功、149ヤード、1TD、QBレイティング96.9の成績をあげて勝利した。この試合はテキサス・スタジアムでの最後の試合であった。テキサス・スタジアムで新人QBが勝利したのは、彼の他にベン・ロスリスバーガーのみであった。最終週のジャクソンビル・ジャガーズ戦でパス23回中17回成功、自己ベストの297ヤード、QBレイティング115.8の活躍を見せて27-7と勝利、チームは11勝5敗でAFC北地区2位でプレーオフ出場を果たした。この年彼は、全16試合に先発出場し、パス428回中257回成功、2,971ヤード、14TD、12INTの成績をあげ、NFL史上8人目となるプレーオフで先発するQBとなった。ロードで行われたマイアミ・ドルフィンズとのプレーオフ初戦ではパス23回中9回、135ヤードの成績に終わったが、1TDラン、ディフェンスが5度のターンオーバーをあげる活躍を見せて、27-9で勝利した。新人QBがプレーオフ初戦で勝利したのは史上3人目、ロードで勝利したのは彼が初めてであった。翌週のテネシー・タイタンズとのディビジョナルプレーオフでは、パス22回中11回成功、161ヤードと平凡な成績ながら、ターンオーバーを与えず、第1Qにデリック・メイソンに48ヤードのTDパス、第3Qにはマーク・クレイトンへ37ヤードのパスを通して、勝ち越しFGに、第4Qにトッド・ヒープへ23ヤードのパスを通して、決勝FGにつなげ、13-10で勝利した。新人QBがポストシーズンに2勝したのは史上初であった。ピッツバーグ・スティーラーズとのAFCチャンピオンシップゲームでは、パス30回中13回成功、3サックを浴び、3インターセプトを喫し、14－23で敗れた。2009年1月29日、ダイエットペプシNFL最優秀新人選手に選ばれた。