一般的な認識では、狭義の意味で学ラン等を着た男子学生の応援リーダーを応援団もしくは応援団員と捉える場合が多いが、実際の組織構成・運営は学校或いはその応援団組織により様々である。学ランなどを着用した男子のみの集団の団体もあれば、一方では広義の意味で捉え、応援を指揮・指導するのを専門にした活動に携わる集団全体を文字通り応援団（あるいは応援部）とし、近年の華やかな応援には不可欠とされる女子によるチアリーダーと楽器演奏組織（一般的にはブラスバンド部あるいは吹奏部、吹奏楽部）も応援団内に併設して3部構成を採り、恒常的に応援現場での行動は共にしている団体もある。前者の場合、普段の応援では男子リーダーのみの活動が中心で（但し、最近は学ラン姿で活動する女性団員も増えてきた）、大きな大会などの場では、他団体であるチアリーダー部や吹奏楽部に協力を依頼する形で応援体制を整える。要請先の団体の都合次第では帯同を断られる場合も少なくなく、応援体制を常時整える意味ではデメリットとなる。メリットとしては、応援形態や構成人員の関係で男性中心であり、そのため「俗に言う」硬派気質という部風がより強く保たれ易い環境になる。そのため、男子リーダー部にはしばしば暴力的な体質が顕在化することもある。大学応援団の中には「全学組織」という形態を取り、学生自治を任されている応援団組織もある。
応援団が応援の現場で用いる楽器類には、太鼓・呼子・拍子木などが挙げられる。太鼓に関しては近年ではバスドラムも増えているが、特に伝統を重んじる応援団では、和太鼓を愛用するところが多い。また、応援団と一緒に吹奏楽による演奏を行うこともある近年、応援団が活動するスポーツ競技によっては、応援活動やその応援形態に様々な規制をする場合が少なくなく、その規制の一つとして、和太鼓・大太鼓を禁止するものがある。代表的な場所として甲子園球場では和太鼓禁止となっている。そのため甲子園出場とともに応援スタイルを変えざる得なかった出場校もある。また県によっては野球応援において、トランペットだけを使用しての応援を禁止しているところもある。
学生服の襟章・胸ポケットの徽章について、細かい規定があるのも応援団の特徴である。たとえば団員は団員のバッジ、下級生は下級生のバッジ、そして最上級生（「幹部」と呼ばれることが多い）は専用のバッジと厳密に決められることが多い。本来的な意味で言えば、バッジそのものを物理的に重要視しているわけではなく、応援団の組織の人間関係は、厳しい上下関係に基づいた縦割り構造社会を根幹にしたものであることが多いため、その人物の組織内における位置関係を明確に示す階級章としてバッジに重要性が生まれる。
旗に限らず、さまざまな応援用具を神聖視することも応援団に共通して見られる特徴である。高等学校や大学の、伝統的な応援団には特に顕著である。具体的には腕章、看板、太鼓、学生帽など。受け継がれてぼろぼろになっても、ぼろぼろになっているからこそ、御神体のごとく取り扱う。また、入れ物や周辺器材なども同時に神聖視する。
大学や高等学校の応援団において校旗が神聖視といっても過言ではないほど重要視されることは、諸漫画等によってよく知られている。これはこうした学校の応援団にとどまらず、企業の応援団などにも見られるが、こちらは、あくまで体裁を繕うためのみであることも多い。旗を扱う者は旗手と呼ばれ、その団員のなかでもかなり重要な地位にあることが多い。実際規律の厳しい応援団においては、応援中（試合の間ずっと）旗を掲げ続けなければならず、もし下ろすようなことがあれば、大変な恥辱とされることがある。これがさらに進むと、納めている箱から出したが最後、手入れの時以外は地面や床や机などにも着けてはならないとされたり、また、箱からの出し入れ、広げ方畳み方などにまで細かい手順あるいは不文律が存在するような組織もある。応援団によっては校旗や社旗でなく、「団旗」を掲げる場合もある。高校や大学の応援団では、旗を扱う者は学生帽を被ることが多い。カラーガードも参照。
旧制高校で応援団が結成されるようになったのは、1894年の高等学校令により旧制高校が全国的に普及し、学生の運動部活動が学外でも展開するようになったことに始まる。1890年代後半には、声援隊、応援隊などと呼ばれていたが、次第に応援団と通称化されるようになった。当初は常設の組織ではなく、対抗競技の際に校友会活動の一環として組織されるのが一般的で、規律的な応援活動を通じて集団的な連帯感情を育て、各校の「善良なる校風の発揚」に高めることが目的とされた。役員（顧問、団長、副団長、委員)と団員から成り、顧問は職員の中から選ばれて応援団を監督し、団長は校友会の合議により候補者が選ばれ、全校友会員による直接選挙によって民主的に決められた。副団長は団長が指名し、委員は各クラスから選出された。顧問を除く全役員の任期は原則1年が一般的だった。近年では応援団への志願者が減少しており、旧制高校の流れを組む東北大学応援団は一時団長が新入生一人となったり、小樽商科大は一時休部している。
2004年10月20日22時47分、海王丸II世は台風23号を避けようと伏木富山港沖で錨泊していたが、暴風により走錨し、伏木富山港富山地区の防波堤に座礁した。10月21日8時45分に救助が開始。15時20分に167名全員が救助された。内30名が負傷した。地元の船がこのような避難行動を行わず、海上保安庁からも伏木地区は台風回避に適当ではないと勧告されており、このときの船長は後日判断ミスを認めた。11月24日になり、35日間座礁したままになっていた海王丸II世はクレーン船2隻でつり上げられて離礁し、仮修理のため近くの新日本海重工業造船所へ曳航された。船底だけで130箇所も損傷があったため長引いたが、2005年4月5日に仮修理が完了し、本格的修理のためIHI横浜工場へ曳航された。左舷側を中心に約4割の鋼材が取り替えられるなどされ、2006年1月5日、修理が完了した。両地区の間にある新湊地区の海王丸パークには、先述の通り航海練習船を退いた海王丸が係留されており、海王丸II世の寄港によって両船が初めて揃う予定であったが、これが実現したのは座礁事故から約1年9か月を経た2006年7月15日のことであった。