荷物の没収に抵抗した船員たちに対し、増田が世界地図に示された欧州、南北アメリカ、フィリピンに跨るスペインの領土について「何故スペインがかくも広大な領土を持つにいたったか」と問うたところ、サン・フェリペ号の水先案内人が「スペイン国王は宣教師を世界中に派遣し、布教とともに征服を事業としている。それはまず、その土地の民を教化し、而して後その信徒を内応せしめ、兵力をもってこれを併呑するにあり」という意味のことを告げたとされているが、この逸話は徳富蘇峰が大正〜戦前の昭和年間に記した近世日本国民史が初出である。 現在に至るまで実際にそのようなやりとりがあったという当時の史料は日本側の記録には見当たらない。
一同で協議の上、船の修繕許可と身柄の保全を求める使者に贈り物を持たせて秀吉の元に差し向け、船長のランデーチョは長浜に待機した。しかし使者は秀吉に会うことを許されず、代わりに奉行の1人増田長盛が浦戸に派遣されることになった。それに先立って使者の1人ファン・ポーブレが一同のもとに戻り、積荷が没収されること、自分たちは勾留され果ては処刑される可能性があることを伝えた。先に秀吉はスペイン人の総督に「日本では遭難者を救助する」と通告していたため、まるで反対の対応に船員一同は驚愕した。増田らは、白人船員と同伴の黒人奴隷との区別なく名簿を作成し、積荷の一覧を作りすべてに太閤の印を押し、船員たちを町内に留め置かせ、所持品をすべて提出するよう命じた。さらに増田らは「スペイン人たちは海賊であり、ペルー、メキシコ（ノビスパニア）、フィリピンを武力制圧したように日本でもそれを行うため、測量に来たに違いない。このことは都にいる3名のポルトガル人ほか数名に聞いた」という秀吉の書状を告げた。このとき、水先案内人（航海長）であったデ・オランディアは憤って長盛に世界地図を示し、スペインは広大な領土をもつ国であり、日本がどれだけ小さい国であるかを語った。そして増田らの一行は積荷と船員の所持品をすべて没収し、航海日誌などの書類をすべて取り上げて破棄した。
1596年7月、フィリピンのマニラを出航したスペインのガレオン船サン＝フェリペ号がメキシコを目指して太平洋横断の途についた。同船の船長はマティアス・デ・ランデーチョであり、船員以外に当時の航海の通例として七名の司祭（フランシスコ会員フェリペ・デ・ヘスースとファン・ポーブレ、四名のアウグスティノ会員、一名のドミニコ会員）が乗り組んでいた。サン=フェリペ号は東シナ海で複数の台風に襲われて甚大な被害を受け、船員たちはメインマストを切り倒し、400個の積荷を海に放棄することでなんとか難局を乗り越えようとした。しかし、船はあまりに損傷がひどく、船員たちも満身創痍であったため、日本に流れ着くことだけが唯一の希望であった。文禄5年8月28日（同年10月19日）、船は四国土佐沖に漂着し、知らせを聞いた長宗我部元親の指示で船は浦戸湾内へ強引に曳航され、湾内の砂州に座礁してしまった。大量の船荷が流出し、船員たちは長浜（現高知市長浜）の町に留め置かれることになった。
天正15年（1587年）に豊臣秀吉が発したバテレン追放令はキリスト教の布教の禁止のみであり、南蛮貿易の実利を重視した秀吉の政策上からもあくまで限定的なものであった。これにより“黙認”という形ではあったが宣教師たちは日本で活動を続けることができた。また、この時に禁止されたのは布教活動であり、キリスト教の信仰は禁止されなかったため、各地のキリシタンも公に迫害されたり、その信仰を制限されたりすることはなかった。サン=フェリペ号事件はそのような状況下で起こった。
本事件について記した日本側資料は多いが、一次資料としては『長宗我部元親記』（1632年）、『土佐物語』、『甫庵太閤記』、『天正事録』などがあげられる。スペイン側の資料については、サン＝フェリペ号船長マティアス・デ・ランデーチョの当初の航海日誌は日本で没収されたため現存しないが、後にランデーチョが『サン=フェリペ号遭難報告書』を記し、現在、セビリアのインディアス古文書館に残されている。ほか、フィリピン総督府記録はじめ、宣教師による記録など、多数存在する。
サン＝フェリペ号事件（サン＝フェリペごうじけん）は、文禄5年（1596年）に起こった日本の土佐国でのスペインのガレオン船、サン＝フェリペ号が漂着、その乗組員の発言が大問題となった事件。豊臣秀吉の唯一のキリスト教徒への直接的迫害である日本二十六聖人殉教のきっかけとなったとされる。
PPDから採用されていたドラム型弾倉は、弾薬装填にゼンマイを使用し、ドラム内に均等に弾薬を並べることが大変だった。また装填中に弾薬が弾け飛び、ゼンマイで指を切断するといった事故もしばしば起きた。これは本銃のドラム型弾倉の構造が、銃弾送り用ゼンマイを巻いてから銃弾を装填していくためである。1942年2月には国家防衛委員会から、PPSh-41の生産拡大には構造が複雑なドラム弾倉は不適であると指摘される。そこで35連発用の箱形弾倉を試作し、配備されたようになった。だが、今度は弾倉がへこむという苦情が前線から出るようになる。調べてみると厚さ0.5mmの鉄板では強度不足であることが判明し、1mm鉄板に変更してみると問題が解決された。ドラム弾倉の問題以前から、照準器の簡略化が言われており、実験的に500mサイトを廃止し、100mと200mのみの近距離専用型にしてみたところ実用に問題がなかったため、この仕様で生産されることになった。同時に照星も溶接による単純固定式となった。のちの改良で、照準器側面にはカバーが付けられたものが生産された。その他の改良としては、弾倉受部が補強され、銃身内はクロムメッキを施し、緩衝材が厚さ18mmのファイバーから革製に代用されていった。こうして生産効率を第一にした改良により単純な構造となって、過酷な気象状況で手入れしなくとも確実に動作するため、信頼性が向上した。