ラフ集合（ラフしゅうごう、Rough sets）とは上近似集合と下近似集合からなる集合で、非数値の対象を粗く（ラフに）記述することができるものである。これを用いることによって、他のデータマイニング手法からは得られにくい、非数値であったり矛盾のあるようなデータからの知識獲得が可能である。Rough sets theory（ラフ集合理論）の頭文字をとって RST や、Rough sets approach（ラフ集合アプローチ）の頭文字をとって RSA とも呼ばれる。応用として、対象集合をファジィ集合に拡張したファジィ-ラフ集合理論 (Fuzzy-Rough sets theory) というものがある。
のどかな富士山麓の村祭りの夜、地中から炎が噴出するという奇怪な山火事騒ぎが起こる。騒ぎの中、天体物理学者の白石亮一が失踪した。白石の同僚で親しい友人であった渥美譲治は残された白石の論文「ミステロイドの研究」を安達賢治郎博士に届けるが、その内容は途中で終わっていた。その後、白石が住んでいた村に山崩れが起こる。報告を受け、調査に向かった渥美の前に巨大な怪ロボット・モゲラが出現した。火炎放射器や機関銃、ロケット砲の攻撃すらものともせず村落を次々に破壊するモゲラを、出動した防衛隊は鉄橋ごと爆破するという手段で、ようやくその進行を止めるのだった。ここに至り、怪ロボットが白石報告書にある異星文明の仕業と推測した安達博士は白石報告書を公表し、富士五湖で円盤状の飛行物体が頻繁に目撃されていたことから富士山麓に調査団が派遣されるが、そこへ突如として巨大なドーム状の物体が出現した。巨大ドームの主は、自らをミステリアンと名乗り、調査団の代表5名をドーム内に招き入れた。ミステリアンは調査団に対し、ドームを中心に半径3キロメートルの土地の割譲と地球人女性との結婚の自由を要求してきた。5千年前に母星のミステロイドを核戦争で失ったミステリアンは、宇宙を放浪の末、地球にやってきたのだった。すでに数人の女性を拉致し、地球側の出方次第では攻撃も辞さないというミステリアンの要求に疑惑を感じ、これを拒否した防衛隊は通常兵器を中核とした戦力、野戦砲・戦車隊・ジェット戦闘機で、雨あられのごとき攻撃を浴びせるが、いまや要塞と化したミステリアンドームはまったく痛手を受けた様子を見せず、逆にドームから発せられた熱光線の反撃で防衛軍は壊滅的な打撃を受け、撃退される。通常兵器の攻撃では歯が立たないミステリアンに対し、防衛隊本部は頭を痛めていた。そこへ科学戦闘班から、新兵器・電子砲の設計図が持ち込まれる。一方、緒戦の勝利を境にミステリアンの活動は日に日に目立ち、東京上空に円盤を飛ばし「我々は戦いを好まない」と市民に呼びかける。その頃、渥美の見ていたテレビ画面に行方不明になっていた白石亮一が突如現れる。ミステリアンに寝返っていた白石は、対話を試みてきたリチャードソン博士、インメルマン博士に対して「勝つのは、地球人でもミステリアンでもなく科学だ」と言い放ち、それを受けてリチャードソン博士は「それでも我々は戦わなければならない」と言い返す。諸外国の政治家および軍人は、東京でミステリアン対策会議を開催し、侵略者との決戦を富士山麓にて行うことを決意する。通常兵器ではまったく歯が立たないミステリアンに対し、諸外国からの援助で、空中戦艦α号、β号、そして長距離からのオネストジョンによる攻撃が決定される。後方のα号の指揮下、前線に出て攻撃を行うβ号はナパーム弾による高熱攻撃をミステリアンドームに試みるが、やはりドームからの熱光線攻撃でβ号は木っ端微塵にされてしまった。これを期に、ミステリアンは土地の要求を半径120キロメートルに拡大し、さらに女性達を次々と誘拐し始め、白石の妹・江津子と恋人の広子もミステリアンの手に落ちてしまう。彼等の目的はやはり地球侵略だったのだ。焦燥に満ちた危機の中、地球側にもようやく対抗手段が登場した。ミステリアンの熱光線に耐えるマーカライトと、それを応用した超巨大パラボラ戦車・マーカライトファープとマーカライト塗装を施したα号で、決戦に挑もうというのだ。機動力に欠けるマーカライトファープの欠点を補うため、専用輸送ロケットマーカライトジャイロが投入配備され、決戦の準備が着々と整えられる。しかし、マーカライトの効力は75分までと限界があるうえ、ミステリアンドームへ決定的な打撃を与えられる性能を持つ電子砲は未完成であった。地球軍の3度目の総攻撃が始まった。ジャイロから投下された新兵器マーカライトファープは期待通りの性能を発揮し、ミステリアンドームの光線に耐えながら距離を詰め、ドームにダメージを与えていく。ミステリアン統領は攻撃を中止せよと警告するが防衛軍側は条件として地球からの撤退を要求、激怒したミステリアンは報復手段として湖から濁流を発生させてマーカライトの一部や付近の町を飲み込むという反撃に出た。だがその直後、ドームは一部機能が停止してしまう。実は渥美が江津子と広子を救うべく単独でドームに潜入し、ミステリアンから銃を奪ってドームの装置を破壊していたのだ。渥美はすぐさまミステリアンに捕らえられ、その中の1人に連行される。だがその先は脱出路であり、そこには江津子や広子らミステリアンに連行された女性達が待っていた。連行したミステリアンは仮面を外す。その正体は白石だった。「俺は奴等に騙されていた。地球はミステリアンの悲劇を繰り返すな！」白石は渥美に安達博士宛の報告書の続きを渡し、再びドーム内へ消えて行った。マーカライトの効力切れの間近、ついに完成した電子砲を搭載した第二β号が発進する。ミステリアンは反撃のために地中からモゲラを出動させるが、倒れてきたマーカライトに押し潰されて撃破された。戦場に到着した第二β号の電子砲攻撃が始まり、ついにドームは大爆発を起こす。その寸前に脱出した渥美たちの上空で、第二β号の砲撃はまだ続いていた。電子砲の熱線が、逃げるミステリアンの円盤を次々に撃墜していく。それを見た安達博士は、「彼らは、永遠に宇宙の放浪者です。我々は決して彼らの轍を踏んではならない……」と呟くのだった。