2019年8月5日、J2のFC琉球に完全移籍することが発表された。8月10日の対浦和戦まで札幌の選手として在籍し、翌11日に琉球への入団会見を行った。背番号は「7」。
2014年1月16日、J2のコンサドーレ札幌と仮契約、6月から加入予定であることが発表された。同年6月8日に北海道入りした際には、新千歳空港で200人のファンと40人の報道陣に迎えられ、翌9日にさっぽろテレビ塔下で加入会見を行った。2014年シーズンは、怪我の影響もあり7試合のみの出場でとどまった。2015年シーズンも怪我で出遅れたが、10月5日に行われた東京ヴェルディ戦で札幌移籍後初ゴールを挙げた。2017年4月2日、第5節のヴァンフォーレ甲府戦では途中出場からJ1に1709日ぶりに出場した。
2012年9月28日、オーストラリア・Aリーグのウェスタン・シドニー・ワンダラーズFCに移籍。アレッサンドロ・デル・ピエロ、エミール・ヘスキーらと共にAリーグにおいて高い注目を集められた。1年目は26試合で8ゴールを挙げ、チームリーグ参入初年度でのレギュラーシーズン優勝に貢献した。また、ファイナルシリーズ準決勝のブリスベン・ロアー戦で決めたループシュートは相手チームの監督やフェイエノールトで共にプレーしたピエール・ファン・ホーイドンクがツイッターで小野のゴールを絶賛している。また、シドニーFCとのシドニーダービーで合計2得点を挙げている。ユニフォームの選手ロゴは「SHINJI」。1年目の活躍で、Aリーグベストイレブンと日本総領事館の在外公館長表彰を受彰。2年目はJリーグ王者のサンフレッチェ広島を破り、ACLベスト8進出に貢献。チームからシーズンMVP、パラマタ市から名誉市民賞を受賞した。
高校時代から獲得の意思が強かった清水エスパルスからのオファーを受けて2010年1月に移籍を決めた。背番号は当時自身の年齢であった30番を選択した。ベテランとしてチームをまとめ、インサイドハーフのポジションを確保したが、W杯のメンバーには選ばれず、連続出場記録は3で止まった。優勝は逃したが、リーグを首位で折り返し、天皇杯も決勝に勝ち進む活躍を見せた。2010年J1第30節の湘南戦の得点は、ゴール破損による中断のため、前半のアディショナルタイムが10分以上あり、ゴール時間が45+13分という珍記録となる。2011年から主将に就任。
2008年1月に浦和からドイツブンデスリーガのVfLボーフムに移籍した。2007-08シーズンのデビュー戦となったヴェルダー・ブレーメン戦では途中出場ながら2アシストを決め勝利に貢献した。怪我の影響もあり先発機会は少なく、途中出場が多くなった。2008-09シーズンはキリンチャレンジカップのウルグアイ戦に2年2ヶ月ぶりとなる代表復帰を果たした。ペナルティーエリア内に走り込む中村憲剛に、得意のダイレクトスルーパスを通し先制点の起点になるが試合は敗戦した。この試合後監督の岡田は一部の選手に見切りが付いたという趣旨の発言を残し、これ以降小野は代表に招集されなかった。ボーフムでは、9月に監督が交代後からスタメンでの出場が増え、ボランチやトップ下でプレーし、ハンブルガーSVに勝利するなど低迷するチームの浮上に貢献した。好調を維持していたが、シーズン中に移籍することになる。なお、その後ボーフムは2部に降格している。
2006年1月13日に浦和への復帰が決定し、1月26日に正式契約を結んだ。背番号は18を与えられた。6月に3大会連続となるドイツW杯日本代表メンバーに選出され、初戦のオーストラリア戦で交代出場を果たしたが、交代直後に3失点し逆転負けを喫した。この大会での出場はこの試合のみに終わった。12月に天皇杯準々決勝のジュビロ磐田戦で途中出場し、一時は逆転となる2得点を決め、続く準決勝の鹿島アントラーズ戦では先発出場し先制得点を挙げ、ロブソン・ポンテとのワンツーから決勝点もアシストする活躍で天皇杯優勝に貢献した。リーグ戦では怪我の影響、守備を重視するギド・ブッフバルト監督の戦術により、レギュラーとして出場できない試合もあった。2007年は三都主アレサンドロがオーストリアのレッドブル・ザルツブルクに移籍したため背番号を8に変更した。6月30日の磐田戦における直接フリーキックとループシュートによる2得点など天才的なプレーを見せることも多かったが、ブッフバルトに引き続き守備的戦術を採用したホルガー・オジェック監督の方針のため途中出場することもあった。
古くは佐賀藩主鍋島直正が天保5年（1834年）に創設した医学館を源流とし、安政5年（1858年）水ケ江に移転。この時直正から「好生館」と命名される。この時はまだ今の「医科大学」に相当するような医学校だった。明治の近代化で1888年（明治21年）に学校部の組織が消え「公立佐賀病院」となり、1896年（明治29年）に「佐賀県立病院好生館」と改称。この経緯から病院の管理者は代々「館長」と呼ばれる。古川康が知事となって以降経営改革が進められ、2010年（平成22年）に運営者が県本体から新たに作られた同名の地方独立行政法人に移された。更に、水ケ江の病院は敷地が狭く、医療技術の変化に対応できなくなってきたことから移転が計画され、2013年（平成25年）5月、市の西部嘉瀬地区に新築した病院に移転。その際、名称を「県立病院」から「県医療センター」に改め、県の中核医療機関となることを明確にした。佐賀大学医学部附属病院を基地病院とする佐賀ドクターヘリの協力病院である。