物語や戯曲での土蜘蛛は、ひろく知られたため、各地に関連した伝説が残される地が存在する。奈良県の葛城山にある葛城一言主神社には土蜘蛛塚という小さな塚があるが、これは神武天皇が土蜘蛛を捕え、彼らの怨念が復活しないように頭、胴、足と別々に埋めた跡であるといわれる（神武天皇も参照）。京都市北区の上品蓮台寺には頼光を祀った源頼光朝臣塚があるが、これが土蜘蛛が巣くっていた塚だといい、かつて塚のそばの木を伐採しようとしたところ、その者が謎の病気を患って命を落としたという話がある。また、上京区一条通にも土蜘蛛が巣くっていたといわれる塚があり、ここからは灯籠が発掘されて蜘蛛灯籠といわれたが、これを貰い受けた人はたちまち家運が傾き、土蜘蛛の祟りかと恐れ、現在は上京区観音寺門前町の東向観音寺に蜘蛛灯籠が奉納されている。一説では、頼光の父・源満仲は前述の土豪の鬼・土蜘蛛たちの一族と結託して藤原氏に反逆を企んだが、安和の変の際に一族を裏切って保身を図ったため、彼の息子である頼光と四天王が鬼、土蜘蛛といった妖怪たちから呪われるようになったともいう。
古代の史料に見られる大和国（奈良県）の土蜘蛛の外見で特徴的なのは、他国の記述と違い、有尾人として描かれている点である。『日本書紀』では、吉野首（よしののおふと）らの始祖を「光りて尾あり」と記し、吉野の国樔（くず）らの始祖を「尾ありて磐石（いわ）をおしわけてきたれり」と述べ、大和の先住民を、人にして人に非ずとする表現を用いている。『古事記』においても、忍坂（おさか・現桜井市）の人々を「尾の生えた土雲」と記している点で共通している。
日本では 、『日本書紀』皇極天皇元年（642年）に牛馬を生贄にしたと言う記録があり、6世紀末 - 7世紀頃の遺跡からは考古学的資料として牛の頭骨が出土する事がある（道教呪術儀礼の影響による）。これは雨乞い儀式の一環であり、農耕にとって重要かつ貴重な労働力（存在）たる牛馬を殺し、それを神に奉げる事によって雨を降らそうとしたものである（河伯信仰ともかかわってくる）。日本神話では、ヤマタノオロチの生贄として女神であるクシナダヒメが奉げられようとしたが、スサノオがオロチを退治して生贄を阻止した話が有名。一説に、生贄行事を廃止させたことを物語に（神話化）したともされる。女性が荒ぶる神を鎮めるために身を奉げた神話としては、ヤマトタケルの妻であるオトタチバナヒメの話もある（これも水神に関わる）。律令時代では、生贄の馬だけでなく、木製・土製の馬形細工も祭祀に用いられ、現在でも見られる絵馬と共に出土する。福島県いわき市の荒田目条理（あっためじょうり）遺跡からは、木製・土製の馬形細工と共に、馬の下顎の骨、そして「赤毛牝（めす）馬」と書かれた木簡と絵馬が出土しており、馬骨の一部しか出土していないが、生贄にされた馬の毛色や性別などの詳細な情報も分かっている。『続日本紀』延暦6年（787年）11月5日条には、生贄の獣肉を焼き、天帝を祭る「燔祀（はんし）」の儀礼を行ったことが記述されている。一方で、延暦10年（791年）9月16日条では、「伊勢、尾張、近江、美濃、若狭、越前、紀伊などの国々の人民が、牛を殺して漢（あや）神に奉げ祀ることを禁止した」とあり、国家的祭祀としての生贄（中国式儀礼の燔祀）を行う一方で、民間の労力たる牛を殺める生贄は禁じている。水神以外にも馬は生贄として奉げられた。古代、交易のために渡来した人達が疫神をもたらすと捉えられたため、中央に迎える前に、疫神を鎮め清める焚火と馬などを生贄にする儀礼が行われた。そのため、古代の貿易拠点からは馬骨が出土する。石川県羽咋市の寺家祭祀遺跡は、9世紀頃に交流が盛んだった渤海人を迎えるために、ここで疫神に馬を奉げたと考えられており、焚火跡（焼土跡）と馬骨が出土している。具体的な伝承例として、宇都宮の二荒山神社に源義家が前九年の役（1062年）後に生贄と兵器を奉献したとされる（11世紀中頃、中世期の生贄の一例で、戦勝参り）。兵庫県赤穂市の堂山遺跡の塩田跡からは、鎌倉時代の馬一頭分の骨が出土しており、近くから漆器椀なども出土していることから、生贄の馬を奉げた祭りの痕跡と考えられている。南方熊楠の「山神オコゼ魚を好むと云うこと」であるように、神に贄として魚を捧げることがあった。神が二つ目あるものより一つ目のものを好むことから、また神に捧げる魚と通常の魚を区別するために魚の片方の目を傷つけ、「片目の魚」として神に捧げることがある。『吾妻鑑』建暦2年（1212年）8月19日条には、守護・地頭に対して、鷹狩禁断令が出されたが、「信濃国諏訪大明神の御贄（ごにえ）の鷹においては免ぜられる」と記してあり、武家法で鷹狩が禁止されても、神に奉げる贄においては特例として使用を認めている。旧三月酉の日、合計75頭の鹿の頭部を諏訪神社の信仰圏の村々が献じる。また、この地方では好猟を期待して、鹿の頭を氏神に捧げ、願いが叶うと鹿頭の角に注連縄を張るという。菟足神社の風祭では神前で猪を殺す神事があった。しかし、その猪はいつの頃か雀に変わった。これに対し加藤玄智は、佛教史学第一編第10号 60頁-63頁（高木敏雄「日本神話伝説の研究」岡書院　大正14年（1925年）5月20日496頁にて引用）で、「柳田君（柳田國男）も擧げられ居るのでありますが、三河の莵足神社の風祭に昔は女子を犠牲にして居ったのでありますが、後之を猪及び鹿若しくは雀の犠牲を以って之に代えたと伝えて居る如きは明らかに人身供犠に代えるに動物を以てした一例であると思う」と記している。この点、高木敏雄は加藤玄智とは考えを異にしており、人身御供は動物や金銭では代替できないとしている。