ポルシェ対プリンスだけではなく、プリンスのチームメイト同士にも感情のやり取りがあった。生沢は式場に抜き返された後ペースを落とし、3位の砂子の前を塞ぐ格好となった。砂子は「お前がポルシェを追いかけられないなら、俺が行くからどけ」と何度も手で合図し、最後には後方からマシンをぶつけて道を譲らせた。生沢は自伝の中で、ピットから「スティディ」の指示が出たのでマイペースを守っていたら抜かれてしまった（その際軽くぶつけられ、スピンしそうになった）と述べている。レース後「サインが出ているのに追い越すのは約束違反だ。ましてぶつけて抜いていくなんて」とチームに抗議し、午後のT-Vクラスでは「↓（ペースダウン）」の指示を無視して、チームメイト6台をごぼう抜きにして優勝した（終盤にはピットサインが「↓↓↓」になっていた）。この件でプリンス内部から「生意気な若造」「思い上がり」などと批難され、ワークスの一員としてやっていくのは色々と煩わしいと感じさせられたという。一方、砂子は「俺たちはプリンスを勝たせるためにレースをやっていたけど、生沢は自分が勝つことを優先していたってわけだろうな」と振り返っている。なお、2年後の第3回日本GPでは、生沢が滝進太郎のポルシェ・906をブロックするチームプレーに徹し、砂子の優勝に貢献している。
スタートで1列目イン側から式場が一気にトップに立ち、逃げるポルシェを生沢のスカイラインGTが激しいドリフト走行で追うという展開になった。7周目、式場はS字区間で塚本育子のトラアンフ・TR4を周回遅れにしようとしたが、予測できないライン取りに戸惑い抜きあぐねた。生沢はその間隙を突き、ヘアピン手前の110Rで2台をまとめて抜いてトップに躍り出た。スカイラインGTがポルシェを従えてホームストレートに戻ると、グランドスタンドの観客は総立ちとなり、大歓声が湧き上がった。式場は翌周のスプーンカーブで生沢を抜き返すと独走態勢に持ち込み、後続に10秒差をつけて圧勝した。生沢は砂子にも抜かれて3位でゴールし、以下6位までをスカイラインGT勢が占めた。表彰台の3人がオープンカーでパレードラップに向かうと、観客は生沢の健闘を称え、優勝者には「式場、来年は日本車に乗れ!」と野次が飛んだという。
予選初日の結果は生沢徹、砂子義一のスカイラインGTが1、2位で、式場のポルシェは3位。雨天の予選2日目、ポルシェは1コーナーでスピンし、ガードレールにぶつかってノーズ部分を大破した。ペダル類の位置を調節するピアノ線が切れ、ブレーキが利かなくなったことが原因だった。ポルシェは名古屋の藤井ガレージに運ばれ、2日間の徹夜作業で応急修理された。FRPカウルの割れた箇所は旅館の浴衣を裂き、エポキシ樹脂を染み込ませて成型した。決勝日朝、鈴鹿へ自走して戻る途中名四国道の渋滞にはまったが、運良く通りかかった白バイに先導してもらいサーキットに到着した。この間、レース予定時刻を過ぎたとプリンス陣営が抗議すると、大会本部から「ポルシェは観客の目当てだから、到着するまで待ってやってくれ」と頼まれたという。スタート4分前、傷跡も痛々しいポルシェがグリッドに滑り込むと、スタンドから嵐のような拍手が起こった。
GT-IIクラスの優勝候補は、前回大会で惨敗したプリンスが雪辱を期して投入したプリンス・スカイラインGTだった。ボディを延長してグロリア用6気筒エンジンを搭載したスペシャルモデルであり、ホモロゲーション取得のため急遽100台が製造された。練習走行では日本車として初めて2分50秒の壁を破り、本番での上位独占は間違いないと見られた。しかし、トヨタのワークスドライバー式場壮吉がポルシェ・カレラGTS（ポルシェ・904）を購入して個人参戦するという知らせがプリンス陣営に衝撃を与えた。同じGTカーでもポルシェ・904はレース用に設計されたミッドシップ・クーペ、スカイラインGTはファミリーセダンの改造車であり、性能差は明らかだった。スカイラインGTの開発責任者だった櫻井眞一郎は、公式練習日に現われたポルシェを見たときの衝撃を「ポルシェ904をエイにたとえれば、スカイラインGTはさしずめダックスフントだった。最初から勝つ見込みがなくなった」「今でいえば怪物ですね。とにかく自動車に見えなかったですよ」と回想している。
Gen Conは2003年にインディアナ州インディアナポリスに移転した。ピーター・アドキソンはこの移転の理由として、ミルウォーキーのコンベンションセンター周辺の宿泊施設の不足、施設レイアウトの不満、施設のエスカレーターが度々故障することなどを挙げた。インディアナポリスに移転してからはGen Con Indyと呼ばれるようになり、インディアナ・コンベンションセンターを会場にして毎年20,000から30,000人の来場者を集め続けた。ウィザーズ・オブ・ザ・コースト社はGen Con Indy 2004において『ダンジョンズ&ドラゴンズ』ゲームの30周年を祝う援助を行った。2005年にはGen Con Indyは、参加者の直接消費額がインディアナポリスで行われる他のあらゆる年次大会のそれよりも高額となった。アドキソンはカリフォルニアでのコンベンションを再開し、Gen Con SoCalと名付けた。中西部での大会よりは小規模であり、2005年には6,300人の来場者を記録し、北米における3番目に大きなホビーゲーム・コンベンションとなった。これはアナハイム・コンベンションセンターを会場としていた。アドキソンが2003年に、Gen Conを「小さなE3」にすることは望まない、と述べたにもかかわらず、2006年半ばにE3が規模縮小を行うと、Gen Con LLCはビデオゲーム業界により多くの展示スペースを提供すると発表した。Gen Conはその意図を、「E3が放棄したところを拾い上げるため」と説明した。同じく2006年はフランチャイズの当たり年であり、Gen Con LLCは「スター・ウォーズ・セレブレイション」と呼ばれる公式スター・ウォーズ・コンベンションを運営した。インディアナ・コンベンションセンターは、主にGen Conの増大し続ける来場者数に対応する目的で2億7,500万ドル以上をかけて、2011年に大拡張工事を完了させた。