本作では、「不思議のダンジョン」などのローグライクゲームで一般的に採用されているターン制システムと、FFシリーズのリアルタイムで時間が経過するATB（アクティブタイムバトルシステム）という、一見相反する2つのシステムを組み合わせた独自のTATB（ターンアクティブタイムバトル）を採用している。ATBを組み込む事になった経緯は、当時のスクウェアの坂口博信より「絶対にATBを入れよう」という命令が来たため。これは、移動時は1歩につき1ターンが経過するターン制だが、敵が近付くとお互いにATBバーが出現し、戦闘時のみリアルタイムでゲージを溜めて戦うシステムになっている。バーの伸びるスピードは常に一定だが、素早い攻撃はバーの長さが短く、強力な攻撃は長めに設定されている。また、魔法「スロウ」「疲労」などの効果を受けるとバーが長く、逆に「ヘイスト」時などは短くなる。ATBバーをリセットする効果を持った技を使う敵も存在する。物理攻撃の場合は赤色、魔法や特殊攻撃の場合は青色のバーが出現し、基本的に青色のバーの方が長く時間が掛かる。ほとんどの敵はATBバーが満タンになるまで攻撃を行わず、チョコボが敵から離れて部屋を出ると、敵のATBバーが消えて蓄積がリセットされる。チョコボ自身のATBバーは、溜まっている途中でもボタンを押すことで攻撃が可能だが、バーが少ない状態で攻撃した場合は威力が低下し、空振りやすくなる。このTATBシステムのため、敵に攻撃する→素早く距離を離してバーをリセット→また接近して攻撃、という本作独自の戦法を取ることが可能で、戦闘の難易度は低い。ただし、中には一度出現したバーのリセットが一切行われない強敵や部屋の外まで追いかけてくる敵もいる。
ある村に、旅を続ける主人公チョコボとモーグリのアトラが訪れた。ちょうどその時、畑を耕していた村の農夫のチョコボ（カミラパパ）が、欲望を吸収して成長する謎の紫水晶を偶然掘り起こし、魂を取り込まれてしまう。それと同時に村に出現した不思議なダンジョンに潜り、彼を助け出すというストーリー。ストーリーは3段階に分かれており、後にはアトラも紫水晶に取り込まれてしまう（＝第2のダンジョン）。第1、第2のダンジョンクリア後にはそれぞれエンディングが流れ、次のダンジョンへ移行する。
1999年3月4日、ワンダースワン（モノクロ）本体と同時発売で『チョコボの不思議なダンジョン for ワンダースワン』として、スクウェアの協力の下バンダイが販売。通常版発売の約1年後の2000年3月23日に、黄色いチョコボカラーのワンダースワン本体同梱限定版も発売された。PS版『チョコボの不思議なダンジョン』のアレンジ版で、構成は特に変更されていないが、モノクロである機種の性能上、一部モンスターやイベントなどが変更されている。モノクロ機ではあるものの、グラフィックの完成度は高く、サウンドもワンダースワンのステレオ出力を生かしたものとなっている。ただし、WS本体と同時発売に間に合わせたためか、アイテムが消える、逆にアイテムが消えず手元に残り続ける、画面が止まる（フリーズ）、突然リセットが掛かるなど、不具合が多い。
ファイナルファンタジーシリーズ（以下、FFシリーズ）に登場するマスコット的キャラクターであるチョコボを操作してダンジョンを冒険していくローグライクゲームである。当時のスクウェアの青木和彦（本作のディレクター）とチュンソフトの中村光一との間で、「スクウェアが『不思議のダンジョン』を製作する」という計画がスタートした。ただし、本作の開発にはチュンソフトは関わっておらず、スクウェアとバンプレストが共同で開発し、製作上のアドバイスなどで中村光一の監修を受けている。なお、本シリーズでは語感の関係上からタイトルが「不思議のダンジョン」ではなくなり、中村の了承を取って「不思議なダンジョン」に変わっている。FFシリーズの世界観を踏襲しており、登場モンスターも同シリーズでおなじみのものが登場する。ただし、FFシリーズ本編とは異なり、人間ではなく主に動物やモンスターのキャラクター達が暮らす独自の世界観を築いている。バンプレストのスタッフによりデフォルメされたキャラクターデザインが特徴である。キャラクターデザインを担当した板鼻利幸は、本作の後にバンプレストからスクウェアへ移籍した。ローグライクゲームの基本的な要素に加えて、FFシリーズでおなじみのATBシステムや、召喚魔法などが採用されている。「不思議のダンジョン」シリーズの感覚が根強く、物語を進めるよりアイテムの収集、装備品を合成して強化、モンスター図鑑の完成などのコレクション要素もある。
死海トランスフォームと東アナトリア断層が此処ガズィアンテプとアダナでぶつかっている。これらは東部で北向きに動くアラビアプレートとアフリカ、ユーラシアプレートの境界面であることを表している
7月7日、ナーワルは3回目の哨戒で日本近海に向かった。7月24日夕刻、ナーワルは択捉島近海に浮上出現。留別湾近海で根室と択捉島を結ぶ定期船日照丸（不詳）を砲撃で撃沈。ナーワルは内保湾と宇多須都湾の方に航行してさらなる敵を求め、北緯45度17分 東経147度27分の地点で特設監視艇第八十三新庄丸（不詳）と小富士丸（不詳）およびサンパン2隻を撃沈し、さらに陸上の施設にも砲撃を加えて、さしたる反撃もなくナーワルは引き揚げた。7月26日朝にも単冠湾沖で天龍丸（不詳）を砲撃により破壊。8月1日には尻屋崎近海で明和丸（明治海運、2,721トン）を撃沈。航空攻撃と爆雷攻撃を受けながらも逃げることが出来た。7日後の8月8日にも北緯41度14分 東経141度32分の青森県白浜沖で美福丸（日本海洋漁業、2,559トン）を撃沈し、タンカー光安丸（出光興産、895トン）を撃破した。8月14日の朝、ナーワルは潜望鏡で3隻の敵駆逐艦が後方を通過するのを発見する。ナーワルは爆雷を投下する駆逐艦が通り過ぎるのを待ち、僅かな損傷を受けた。翌日、ナーワルは哨戒海域を離脱した。8月26日、ナーワルは49日間の行動を終えて真珠湾に帰投。9月8日に真珠湾を出航して9月15日にメア・アイランド海軍造船所に到着し、オーバーホールに入った。このオーバーホールで、攻撃力アップを企図して外装魚雷発射管が前後に2基ずつ取り付けられ、艦橋構造も改修された。また、艦長がフランク・D・ラタ少佐（アナポリス1932年組）に代わった。1943年4月4日、オーバーホールを終えたナーワルはカリフォルニア州サンディエゴに回航された。