なぜこのような急峻な山の上に造ったかという質問に対して、ラファイエット単科大学のナイルズ（Dr.Niles of Lafayette College）は、「パチャクチがこの場所を選んだのは……圧倒する景色としか答えようがありません」と言う。イェール大学の近年の研究成果では、高地であり、かつ両側が切り立った崖上になっているため、太陽観測に最も適し、かつ宗教的理念として、太陽に近いところである、という点が場所選定の理由として挙げられている。急斜面に位置したマチュピチュの頂上には、太陽の神殿があり、頂上にはインティワタナ（Intihuatana、太陽をつなぎ止める石）が設置されている。夏至と冬至が正確に分かる窓があるなど、太陽を使った暦を観測、作成したとも言われている。インカの神は日本やエジプトと同じく太陽神であるため、太陽により近い山の頂(いただき)は儀礼場として適当だった。神殿の畑など耕作地で栽培された農作物は神への供物として栽培されていたか、神が人間に下賜されたものとして人々に食べられたか、いずれにしても宗教儀礼的意味が色濃く反映されている。そのようないきさつから、現在、マチュピチュは宗教都市として捉えられている。なおインカの人々にとっての神は、太陽とともに月も挙げられ、多くの遺跡には太陽神殿と月の神殿が対で祭られている。マチュ・ピチュの太陽神殿に対しては、ワイナ・ピチュ（「若い峰」という意味で、マチュ・ピチュの背後にある尖った山）の裏手に、月の神殿が洞窟に作られている。マチュピチュ遺跡内にはインカのシンボルでもあるコンドルの神殿があり、ワイナ・ピチュ側からマチュピチュ遺跡を見下ろすとコンドルの形に見えることからも、この遺跡が宗教儀礼的意味を持って建設されたことがわかる。
この都市は通常の都市ではなく、インカの王族や貴族のための避暑地としての冬の都（離宮）や、田舎の別荘といった種類のものであった。遺跡には大きな宮殿や寺院が王宮の周囲にあり、そこでの生活を支える職員の住居もある。マチュ・ピチュには最大でも一時に約750名の住民しかいなかったと推定され、雨季や王族が不在の時の住民は、ほんの一握りであったと推定されている。この都市はインカの王パチャクティ（Pachacuti）の時代の1440年頃に建設が着手され、1532年にスペイン人により征服されるまでの約80年間、人々の生活が続いていた。ペルーの考古学者アルフレド・バレンシア・セガーラ （Dr. Alfredo Valencia Zegarra）とコロンビアの水利技術者ケネス・ライト（Kenneth Wright）による調査では、この都市の建設に要した努力の60%は急傾斜の城壁の見えない土台などの部分に傾注されており、降雨量の多いこの地で、積み上げられた石積みが500年もの間崩れないのは、農耕のためだけに斜面を整地したのではなかった。渓谷から細かい砂と表土を運び上げ、現在見える石積みの下に、うね状に盛り上げた表層を造ったとしている。
アメリカの探検家ハイラム・ビンガム3世は、1911年7月24日にこの地域の古いインカ時代の道路を探検していた時、山の上に遺跡を発見した。ビンガムは1915年までに3回の発掘を行った。彼はマチュ・ピチュについて一連の書籍や論文を発表し、最も有名な解説「失われたインカの都市」がベスト・セラーになった。この本は『ナショナル・ジオグラフィック』1913年4月号ですべてをマチュ・ピチュ特集にしたことで有名になった。また1930年の著書『マチュ・ピチュ：インカの要塞』は廃墟の写真と地図が記載され説得力のある決定的な論文となった。以後、太陽を崇める神官たちが統治したとか、あるいは太陽に処女たちが生贄にされたといった定説が形成された。マチュ・ピチュとは間違えて付けられたといわれている説がある。遺跡に名前は決まっておらず、ビンガムが地元民に遺跡の名前を尋ねたところ、地元民は今立っている山の名前を聞かれたと思ってマチュ・ピチュと答えたことで遺跡の名前がマチュ・ピチュであると間違って伝わった、という説である。ビンガムはイェール大学の教職を辞してからコネチカット州の副知事、知事を経て上院議員になったが、彼のインカ調査への影響力は死後40年近くも残っていた。それは1つに彼の情熱的な文章のせいであった。ただし最近になり、マチュ・ピチュはすでにペルー人が発見していたという説が浮上した。それによると、クスコの農場主アグスティン・リサラガが、ビンガムより9年早い1902年7月14日にマチュ・ピチュを発見していたという。真偽のほどは今後検証されるであろうが、ビンガムの息子がその事実を述べられているということ、またこの人物について複数の証言があることからも、事実である可能性は高い。
北軍はヨークタウン（1781年にイギリス軍チャールズ・コーンウォリス将軍がジョージ・ワシントン将軍に降伏した場所）に進軍した。そこでは、マグルーダーの13,000名の部隊が町の両側とウォーウィック川に沿って塹壕を造って戦列を布いており、半島をほとんど完全に横切る形になっていた。マクレランはヨークタウンを包囲することに決め、ほぼ1ヶ月を費やして、その任務に必要と感じる重火器や物資を集めた。戦前は素人俳優であったマグルーダーは、少数の部隊を同じ場所で何度もこれ見よがしに行進させ、自軍の勢力を大きく見せるようにしてマクレランを欺くことに成功した。マクレランは半島をリッチモンドに向かって遡ることを中断し、包囲戦用の砦を構築し、包囲戦用の大砲を前面に出すことを命じた。そうしている間にジョンストンはマグルーダーに援兵を送った。4月16日、北軍はリーズミルあるいはダム1号で南軍の弱いところに探りを入れた。しかし、この攻撃の当初の成功を活かすことができず、マクレランはさらに2週間待機し、一方で海軍にはヨークタウンやグロスター・ポイントの南軍大砲を迂回し、ヨーク川を遡ってウエストポイントに至り、ウォーウィック川戦線の側面を衝くという作戦を説得しようとしていた。マクレランは5月5日の夜明けに集中砲火を開始する考えだったが、南軍は5月3日の夜間に町を抜け出し、ウィリアムズバーグまで後退した。マクレラン軍の長々とした遅延の間に、天候や兵站の難しさ、およびマクレランの明らかな度胸のなさの性もあって、ジョンストンはリッチモンドを守るための軍の再配置を行う適度な時間が持てた。ジェイムズ・ロングストリートの翼の一部がマグルーダーの塹壕を占有して、後退の殿軍として務めた。5月4日、両軍の間に小競り合いが発生した。ストーンマンの北軍騎兵隊も、J・E・B・スチュアートの南軍騎兵隊と小競り合いを演じた。