主な練習場は八重瀬町の東風平運動公園サッカー場、中城村の吉の浦公園ごさまる陸上競技場南城市の南城市陸上競技場 の3カ所。2019年6月17日、八重瀬町は同町役場で会見を開き、J1ライセンス取得に必要となる施設を備えた練習拠点を、具志頭運動公園陸上競技場に置くと発表した。県の事業により、2023年に那覇市の奥武山運動公園にJ1規格のスタジアムが開業する予定で、クラブ側はスタジアムと同じ沖縄本島南部に位置する八重瀬町と協力し、クラブハウスや専用練習場を整備することを決めた。同町スポーツ振興課によると、両者は今後も協議を重ね、具体的な整備について検討していく。三上社長は「ライセンス取得は選手のモチベーションアップにつながる。沖縄を熱狂させたい」「地域社会に貢献していきたい。熱狂をつくり、沖縄のアイデンティティーを高めるクラブを目指す」と述べ、新垣安弘町長は「町は少年サッカーが盛んで、県のスタジアム計画がある那覇とも近い。地元のクラブがJ1を目指していけば、県全体が盛り上がる。町も一緒になって夢を追いながら機運を盛り上げたい」と語った。
ホームスタジアムは沖縄市のタピック県総ひやごんスタジアム（沖縄県総合運動公園陸上競技場）である。2014年までは同じ沖縄市の沖縄市陸上競技場を主たるホームスタジアムとして、複数のスタジアムを使用していた。過去のホームゲーム開催スタジアムはFC琉球の年度別成績一覧#年度別入場者数を参照のこと。
2003年2月、沖縄初のJリーグ参入を目指すサッカークラブとして創設。同じく沖縄から初のJリーグ参入を目指して活動していた沖縄かりゆしFCをクラブとの不和から前年12月に一斉退団した選手たちの受け皿となった。初代監督に宜野湾市出身の新里裕之が選手兼任で就任。沖縄県社会人サッカーリーグ3部に優勝。同年6月の沖縄県社会人サッカー選手権優勝がクラブにとって初タイトルとなった。2004年、沖縄県サッカー協会社会人連盟の推薦により県リーグ1部へ飛び級での参入が認められた。監督に元日本代表の与那城ジョージが就任、県リーグ1部で優勝を果たす。九州各県リーグ決勝大会は決勝で有明SC（現：V・ファーレン長崎）を破って優勝した。さらに天皇杯に初めて出場し、初勝利も挙げた。2005年、九州サッカーリーグは2位。全国社会人サッカー選手権大会は2回戦で敗れたが、第29回全国地域リーグ決勝大会で優勝。その後、日本フットボールリーグ（JFL）入会が承認され、沖縄県のサッカークラブとして初の全国リーグ参戦となった。
2003年に創設。2013年にJリーグ準加盟クラブとして承認され、2014年にJリーグに入会した。運営法人は琉球フットボールクラブ株式会社である。クラブ名は沖縄本島を中心に存在した琉球王国に由来している。エンブレムは、阿吽（「あ」（右）、「うん」（左））の呼吸を表す「対のシーサー」と琉球王国の「王冠」などをモチーフとしている。マスコットはジンベーニョである。なお、2009年から2013年までは石垣市出身の元ボクシング世界王者の具志堅用高をモデルとした「ぐしけんくん（仮）」を用いていた。チアリーディングチームは「琉球BOMBERZ」。試合前やハーフタイムでのパフォーマンスを通じて、ゲームや試合会場の盛り上げに貢献している。ホームスタジアムは沖縄市のタピック県総ひやごんスタジアム、クラブ事務所は沖縄市安慶田の本社の他に那覇市奥武山町に「那覇事務所」を置く。主な練習場は八重瀬町の東風平運動公園サッカー場、中城村の吉の浦公園ごさまる陸上競技場南城市の南城市陸上競技場 の3カ所である（詳細は#スタジアム・練習場他を参照）。
上杉氏の臣下としても、古くから越後国蒲原郡を領する源氏の名門として仕える。戦国時代には、金津義旧・新津勝資らの活躍が見え、子孫には米沢藩に仕えた者が多い。
寛元三年（1245年）、金津蔵人資成（すけなり）が上野国新田荘内米沢村名主職の領有を求めて鎌倉幕府へ懸物状を提出。弘安4年（1281年）六月十五日付『長楽寺住持院豪文書注進』では「金津殿寄進状」が存在し、金津氏が新田荘周辺の所領を長楽寺へ寄進を行なった。荘園本来の所職である名主職の獲得は、新田義重と源盛義との親交関係や平賀氏一族との猶子関係から発展して、蔵人系金津氏が新田氏一族との姻戚関係を通じて新田荘内に所領を得て、新田氏一党に内包されていったと考えられる。
2011年5月に映画評論家の花本マサミが死去すると、花本の遺族から遺品が八丁座に寄贈された。花本の遺品である10,000冊を超える書籍や、序破急社長の蔵本順子が父の代から収集していた10,000枚以上のポスターを中心にして、2013年9月19日には福屋10階に八丁座映画図書館を開館させた。映画に特化した図書館は全国でも珍しく、西日本では初だという。名作映画の台本、映画関連書籍、パンフレット、ポスターなど、計10,000点以上を揃えていた。図書館の床面積は約120m²。書籍約3,000冊、パンフレット約4,000冊、雑誌など約2,000冊は常時閲覧可能な状態で配架されており、1,000枚以上あるポスターも常に十数枚を掲示していた。資料の貸出は行っていない。広島県安芸郡坂町の中央精機で1950年代に生産されていた映写機2台（1951年型・1953年型）も寄贈されている。八丁座の蔵本順子館長は俳優の高倉健の大ファンである。2014年11月10日に高倉健が死去すると、遺作『あなたへ』のポスター、鉛筆で書き込みがある『鉄道員』の台本、高倉健に関する映画雑誌やパンフレットなど約30点を展示した。2015年8月には映画図書館内で「マリリン・モンロー展」を開催し、オークションでは展示された40点のうち約30点が落札された。12月には『スター・ウォーズ/フォースの覚醒』の公開に合わせて、スター・ウォーズを核とするSF関連作品のポスター・人形など約40点が展示された。福屋による10階フロアの改装にともなって、2016年2月21日をもって映画図書館が閉館。跡地は「商業藝術」によるレストラン「アンダー ザ スカイ」となった。映画図書館には2013年の開館からのべ7,500人が来館した。