ワニと類似する生態を持つアンブロケトゥスであれば、同じ時代を生きていたワニ類（クロコダイル類）と直接的な生態的競合を強いられていなければおかしい。ワニのような中生代で既にニッチ（生態的地位）を確固たるものにした動物がいるなかで、ワニ様の水生哺乳類が生存し得た理由は一つの謎である。この時代のテティス海周辺において、クロコダイルの生息を制限するような環境条件があったという証拠は、今のところ見つかっていない。アンブロケトゥスは、「なんらかの幸運な条件」に助けられて、クロコダイルとの競合を回避できていたものと考えられる。しかし、その期間は長く続かず、彼等は更に水中生活に特化する進化を遂げた系統以外は短命のうちに絶滅することになる。それ以降、このような「ワニ様の哺乳類」は見られず、そのニッチはワニ類が独占し続けている。アンブロケトゥスがワニ類との競合を避けられた「なんらかの幸運な条件」は、彼等の生存していた地域や時代のみに見られた、極めて特殊なものだったのかもしれない（彼らが出現したのとほぼ同じ時期に、ワニ類とよく似たチャンプソサウルスをはじめとするコリトデスラ類が絶滅しており、そのことと何らかの関係があるのかもしれない。）。
パキケトゥス科はクジラの形質を具えた陸生動物の範疇であったと言えるが、アンブロケトゥスはこの聴覚器官と先述のさまざまな形質的特徴により、海生動物としてのクジラの最初のものである、という位置づけをされる。すなわち、アンブロケトゥスが「真のクジラの始まり」であるとの捉え方で、彼ら以降を「真鯨類」とする大別法があるのは、そのことによっている。
アンブロケトゥスは外耳を持たない。これは水生動物としての適応進化であるが、陸上ではいささか不都合であったように思える。大気中での集音能力を退化させたため、陸で獲物を探し出すのには地面に顎（あご）の骨を当てて振動を拾い読む必要があったかもしれない。それは後世のクジラ類では高度に洗練されることとなる骨伝導による集音の手段であるので、このような推論が成り立つのである。陸上で頭を地面に密着させることにより、岸に沿って歩いている獲物に聞き耳を立てることは、クジラ類であればこそ技術的に可能であったと思われる。内耳は水生への適応を進めていて、祖先以上にクジラ類の独自性を高めている。アンブロケトゥスは、水中では祖先より多くの音を巧みに聴いていた。
歯の化学的分析によって、彼らは海水域と淡水域のいずれにも適応し、自由に行き来できたことが判明している。自然界には安定した¹⁶Oと¹⁸Oという2種類の同位体の酸素原子が存在するが、淡水と海水とではその比率が異なり、海水のほうが¹⁸Oを多く含む。脊椎動物は酸素を骨や歯に摂り込むため、骨や歯の化石を調べることで、その動物が淡水と海水のどちらを飲んでいたのかが明らかとなる。アンブロケトゥスは測定値の変動が大きく、なかには、海水を全く飲んだ形跡の無い化石もあった。彼らが海にいたことは化石の発見された岩石から確認できるが、水を飲むために陸に上がった可能性が考えられる。
尾は長く強いものであり、わずかながら扁平している。この特徴はカワウソ類と同様で、泳ぎへの適応である。おそらく、彼らの泳ぎは全体的な外観で言えばカワウソのようであったと想像される。しかし、カワウソほどの機敏さは無かったであろう。また、背中を上下にうねらせて泳いだであろうことは脊柱の解剖学的分析結果から明らかであり、現生のクジラを髣髴（ほうふつ）とさせるものでもあったはずである。後肢の水かきが推進力の源であることだけが大きな違いである。彼らは、追跡型の捕食者には見えない。ワニのように待ち伏せ型であったと考えるのが自然であろう。その体躯から、大物狙いであったことは想像にかたくない。浅瀬に潜み、油断して近づく獲物を待ち受けていたことが考えられる。
現生クジラ類に比して頸椎は長く、彼らの頚（くび）には確かな柔軟性が認められる。クジラ類に特有の噴気孔はまだ無かったが、頭部の他の形態は十分にクジラのそれであり、明らかな水生への移行性適応を示している。
老朽化した自社の3100形と5700形の置き換え用として、譲受時に京王重機整備による整備（電動車の2両ユニット化、寒冷地用設備の設置、室内の更新など）の上、1993年（平成5年）に登場した。種車は基本的に先頭電動車の京王5100系カルダン駆動車（5113編成以降）から選定されているが、最後の1編成（1208編成）は5000系の制御車を電装している。座席は京王時代のロングシートを存置している車両が1000形、入線時に転換式セミクロスシートに改造された車両が1200形である。1000形・1200形導入前に主力であった5700形は全車ロングシートであったのに対し、1000形・1200形は転換式セミクロスシートを有する1200形の方が多くなっている。1000形が2両編成2本（4両）と1200形が2両編成7本（14両）の計9本18両が在籍し、富士急行線の主力車両として使用されていたが、経年劣化と6000系への置き換えのため、2011年（平成23年）12月に1208編成、2012年（平成24年）3月に1203編成、2013年（平成25年）1月に1002編成、同年2月に1207編成が廃車となった。