1944年6月6日、ノルマンディー上陸作戦が開始され、フランスに再び連合軍が上陸した。8月11日にはドラグーン作戦が実行され、南フランスも連合軍の手に落ちた。8月25日にはパリの解放が行われ、フランス共和国臨時政府がパリに移転した。ヴィシー政府は崩壊し、閣僚はドイツ本土に拉致された。一方で6月10日にはオラドゥール＝シュル＝グラヌ村が武装親衛隊によって焼き討ちされる惨事が起きている。7月19日にはベルギー国境付近の地域とベルギーに「Reichskommissariat」（国家弁務官支配下のベルギーと北フランス（Reichskommissariat Belgien und Nordfrankreich もしくは Reichskommissariat für die besetzten Gebiete von Belgien und Nordfrankreichce））が設置され、ヨーゼフ・グローエが国家弁務官となったが、この地域もまもなく連合軍に奪回された。1944年中にフランスの大部分は連合軍によって解放され、1945年2月のコルマールの戦いによって、アルザス＝ロレーヌも奪回された。ただしサン＝ナゼールやラ・ロシェル、ロリアンのドイツ軍部隊は降伏を拒否し、連合軍もあえて強攻しなかったため、彼らの降伏は5月のドイツ降伏以降となった（欧州戦線における終戦 (第二次世界大戦)）。戦後、フランス法廷においてドイツ企業がフランス企業と結んだ諸契約は無効となり、IG・ファルベンも解体された。対独協力者、もしくはそう見られたもの達は裁判やリンチにかかり、正規の裁判を経ずに処刑されたものは1万人に達した（エピュラシオン）。
1940年7月にヴィシー政府は3つの国営放送局と民放2局を占領軍の使用にゆだね、フランス国内ではドイツのプロパガンダ放送が繰り広げられることとなった。フィリップ・アンリオはもっとも有名な扇動家の一人であり、反共・反ユダヤ・反連合国を訴えた。また占領地域の映画館では上映に先立ってニュース映画の上映が義務づけられ、反共・反ユダヤ・反連合国、ヴィシー政府の国民革命などが喧伝された。これらの宣伝もあって、降伏前からすでに高まっていたヴィシー政府主席ペタン元帥への個人崇拝は非常に高まった。1944年4月にペタンがパリを非公式訪問した際にも熱狂的な歓迎が起こるほどであった。独ソ戦開始以降は反ボルシェヴィキ・反共のキャンペーンが強化された。
マルク・ブロックが「打ち負かされた国民はすべて裏切り者を探すか、やむをえなければ敗北を幾人かの身代わりの責任に帰する」と述べたように、ヴィシー政府では敗北の責任を問う動きが占領直後から起こっていた。フランス共産党もこの動きに賛同しており、フランソワ・ビューは獄中から検察側証人となることを訴えており、北アフリカで監禁されていた共産党議員も証言に協力する意向を示した。ヴィシー政府はこの裁判で民主主義制度を糾弾するつもりであり、被告側もそれを見抜いていた。1942年2月から始まったリオン裁判では、レオン・ブルム、エドゥアール・ダラディエらの歴代フランス人民戦線首相、モーリス・ガムラン陸軍総司令官が裁かれた。しかし裁判の過程で、人民戦線政府が再軍備の計画を立てていたのに対し、軍側が退嬰的な防御方針に固執していたことが明らかになった。このことは軍部やヴィシー政府首班のフィリップ・ペタン元帥の責任につながることになりかねず、またヒトラーの不興も買ったこともあり、4月には裁判が中止された。
休戦後しばらくは混乱が続いていたが、やがて市民生活は平穏を取り戻した。しかし占領地域においてフランスの国旗の掲揚は禁じられ、市民の胸中には軍や対独協力者に対する恐れと怒りがあった。ジャン＝ポール・サルトルはパリ市民とドイツ軍の間には「屈辱感を伴った名状しがたい一種の」「何等共感を伴わない」「連帯関係」があったと語っている。フランスの輸出入は極度に減少し、残った輸出入の大半はドイツ向けとなった。1940年9月からは配給制が始まり、年齢別・職業別によって食糧が割り当てられるようになった。ドイツの戦況が悪化すると、配給量は減少の一途をたどり、電力不足・交通の悪化がはげしくなった。パリではウサギを飼う人が増え、空き地や公園、道路の斜面などで野菜が作られるようになった。人々は闇市や遠距離からの輸送に頼らざるを得なかった。1942年秋からはイギリス軍による空襲が増加し、多くのフランス人が命を落とした。自転車は鍵をかけておいても盗まれるほど治安は悪化し、ユダヤ人等に対する密告が横行した。一方でアンドレ・ジッドやパブロ・ピカソなどの独創的な作家・芸術家にとって、ドイツ軍占領下のパリはヴィシー政府の統制に比べると自由だと感じられた。ヴィシー政府の検閲はナチスよりも対象が多く、その点では占領地域のほうが比較的ましであった。
核酸（DNA,RNA）は、極性を持つ高分子であり、水に溶解させることができる。エタノールは常温では、水よりも極性が小さく、任意の比率で水と混合できる液体である。エタノール自体は核酸を溶解させない。核酸水溶液にエタノールを加えると、すでに溶けていた核酸はエタノールに溶けないため、次第に析出する。しかしながら、核酸はその構成要素リン酸に由来する負の電荷を持つため、お互いに反発し沈殿ができにくい。そのため、エタノール沈殿を行う場合、塩化ナトリウム溶液・酢酸ナトリウム緩衝液・酢酸アンモニウム緩衝液などを核酸溶液に加え、核酸の電荷を中和した後、エタノールを加えて沈殿させる。上記の沈殿を得やすくするため、低温下で混合液を保管する（-20～-80°C）、グリコーゲンなどの共沈剤を加えるなどの操作が行われることもある。また、エタノールの代わりに、より極性が小さいイソプロパノールを用いると、より沈殿が得やすい。しかし、イソプロパノールはエタノールよりも揮発性が低いため、最後の乾燥の段階で時間がかかるという欠点がある。またイソプロパノールが残ると、その後の実験に影響が大きい（酵素活性が阻害されるなど）ので、沈殿の洗浄・乾燥に留意が必要である。水溶性のポリエーテルであるポリエチレングリコール（PEG）を用いたDNAの沈殿法（PEG沈殿）も用いられる。これには高分子量のDNAを優先的に沈殿させる効果があり、プラスミドなどの精製過程でのRNAの除去などに用いられる。これもPEGを除くために再度エタノール沈殿を行う必要がある。