スタートがスムーズにできるよう、ナンバーカードの順番は原則として自己申告の記録順である。海外の多くの大会とは違い、タイムは自己申告になっているので、速いタイムを申請すれば、その分速いブロックでのスタートになる。ナンバーカードにより「A〜K」のスタートブロックが設けてあり、各自の指定ブロックは、ナンバーカードに印字してある。10kmはすべてEブロックになっている。AブロックはRUN as ONE - Tokyo Marathonの準エリートに割り当てられている。
東京都庁舎前→【この間2017年以降のコースと同じ】→専大前交差点→（専大通り・雉子橋通り・内堀通り）→飯田橋交差点→（内堀通り）→日比谷交差点→（日比谷通り）→芝五丁目交差点→（第一京浜）→品川駅手前（折り返し）→（第一京浜）→芝五丁目交差点→（日比谷通り）→ 日比谷交差点→（晴海通り）→銀座四丁目交差点→（中央通り）→日本橋交差点→【この間2017年以降のコースと同じ】→駒形橋西詰→浅草寺雷門前→吾妻橋西詰→駒形橋西詰→（同じルートを戻る）→銀座四丁目交差点→（晴海通り）→築地→（佃大橋・朝潮大橋・春海橋）→豊洲→東雲一丁目→（都橋通り）→東京ビッグサイト（江東区有明）フィニッシュ (42.195km)
太字は変更されたコース。東京都庁舎前→（都庁通り）→都庁北交差点→（北通り・都道新宿副都心8号）→新都心歩道橋下交差点→（青梅街道・靖国通り・外堀通り）→飯田橋交差点→（目白通り）→飯田橋一丁目交差点→（専大通り）→西神田交差点→（専大通り）→専大前交差点→（靖国通り）→須田町交差点→（中央通り）→日本橋交差点→（永代通り）→茅場町一丁目交差点→（新大橋通り）→浜町中ノ橋交差点→（清洲橋通り）→東日本橋交差点→（清杉通り）→浅草橋南交差点→（江戸通り）→蔵前一丁目交差点→駒形橋西詰→浅草寺雷門前→吾妻橋西詰→駒形橋西詰→蔵前一丁目交差点→（蔵前橋通り）→石原一丁目交差点→（清澄通り）→門前仲町交差点→（永代通り）→富岡八幡宮前（折り返し）→（同じルートを戻る）→蔵前一丁目交差点→（江戸通り・清杉通り・清洲橋通り・新大橋通り・永代通り）→日本橋交差点→（中央通り）→銀座四丁目交差点→（晴海通り）→日比谷交差点→（日比谷通り）→芝五丁目交差点→（第一京浜）→品川駅手前（折り返し）→芝五丁目交差点→（日比谷通り）→ 日比谷交差点→（日比谷通り）→和田倉門→東京駅前・行幸通りフィニッシュ (42.195km)
「東京マラソン」との連動企画として、イベント「東京大マラソン祭り」が実施されている。地元応援イベント・拠点イベント・公募・学生等イベントなどに区分され、コース沿道の各所でランナーの通過に合わせた時間帯に屋台村や応援ウォーク、和太鼓や吹奏楽の演奏やドリーム夜さ来い祭りなど都内20か所以上で応援イベントが挙行される。
「東京マラソン」の運営に際して、毎回約1万人の無償ボランティアが参加しており、約3万人の市民ランナーを約1万人の市民ボランティア達が支える大会となった。ボランティアは給水所などの市民ランナーへのサポート業務、沿道の見物客の案内・誘導を中心に携わっている。また、学生ボランティアと救急救命士によるAED隊が配備されている。「東京マラソン2009」にて浅草消防署は、怪我人の救護や火災発生時の即対応を目的に消防団及び東京浅草ロータリークラブなどのボランティア機関と連携して、消防特別警戒を実施した。またボランティアの育成に当たっては、大会設立のきっかけにもなった日本財団や、スポーツ・ボランティアの育成に力を入れている笹川スポーツ財団の支援を受けている。2016年大会までは先着順だったが、2017年大会からは完全抽選制となる。
日蘭関係の歴史は、17世紀初頭まで遡ることができる。江戸時代初期から幕末に至るまで、「祖法」として固守された鎖国政策の中にあっても、ヨーロッパ諸国では唯一、オランダとは長崎貿易を通じて外交貿易関係を維持し続けた。この間、日本に到来したオランダ船は、1621年（元和7年）から1847年（弘化4年）までの227年間に、延べ700隻以上にのぼる。江戸幕府は、オランダから毎年もたらされるオランダ風説書の情報によって国際情勢を知り、対外政策を決定した。また、ヨーロッパから伝来した学問・技術に関する研究は、そのほとんどがオランダおよびオランダ語を通じて摂取されたため蘭学と呼ばれ、幕末から明治維新以降にはじまる急激な知的開国の下地を形成した。明治時代以降もおおむね良好な外交関係を維持したものの、昭和時代に入ると関係は悪化する。太平洋戦争の開戦後、イギリスに亡命していたオランダ政府は、日本へ宣戦布告した。両国は戦争状態に入り、日本軍はオランダ領東インドなどに侵攻した。数年間の敵対関係を経て、戦後、日本国との平和条約（サンフランシスコ講和条約）の発効により、両国の親交は復活した。文化交流、経済交流は活発で、要人の往来も頻繁に行われる。特に、日本の皇室とオランダ王室の関係は親密で、2006年（平成18年）8月には、日本の皇太子徳仁親王と同妃雅子および愛子内親王が、オランダに異例の長期旅行・滞在を行った。2000年（平成12年）に日蘭交流400周年、2008年（平成20年）に日蘭外交関係開設150周年、2009年（平成21年）には通商400周年を迎え、両国において様々な周年事業を実施した。日本の外務省は、「400年に及ぶ歴史的伝統的友好関係を維持。両国の皇室・王室関係は極めて親密。一部の戦争犠牲者による賠償請求問題を除き特に懸案はなし。」と、両国の政治関係を総括している。