第1編成は2005年（平成17年）7月19日に近畿車輛で落成し、その後第2編成以降も同社で順次製造されたが、同年12月1日までは全ての編成が長期的に試運転が行われたり、普段は乗り入れがない福知山電車区や、後に乗り入れを開始する奈良電車区へと回送されて乗務員訓練を行ったため、営業運転には使用されなかった。当初、同年中に7両編成16本、翌2006年（平成18年）に同20本の計7両編成36本252両が製造される予定であったが、実際には2005年（平成17年）に7両編成20本、2006年（平成18年）に同19本の計7両編成39本273両が製造された。これは、脱線事故で廃車になった207系の補充に入っていた103系の早期の撤退および、「ゆとりダイヤ」の実施や207系の帯色変更に伴う運用離脱で必要編成数が増加したためである。当初は置き換え対象の201系・205系と共通運用されていたが、2007年（平成19年）1月に全編成の落成・営業投入がなされ、同年3月18日をもって普通の207系・321系統一が達成されている。ただし、一旦営業運転を開始した編成が、回生ブレーキ改善工事のため、一部の編成が再び近畿車輛に入場していた。この時は置き換えられた201系の一部を一時的に呼び戻すことで対応した。前述のパンタグラフ増設によりJR東西線への乗り入れが可能となり、2008年（平成20年）3月15日よりJR東西線・片町線（学研都市線）への乗り入れが開始された。2010年（平成22年）3月13日からは木津駅 - 同志社前駅間各駅のホームを7両編成に対応できるよう延伸したことによって、快速の運用にも充当されるようになった。その後2012年よりおおさか東線・大和路線に直通する直通快速にも充当されるようになった。
不正取引とは、SNAP手当を転売売買して金銭に換えることであるが、米国内で社会問題となっている。フードスタンプの売買は法律で禁じられているが、求人などの情報交換を行うコミュニティーサイト、クレイグスリストには、フードスタンプを販売する広告が掲載されている。広告によると、131ドル分のフードスタンプ・カードが61ドルで、70ドル分のカードが50ドルで、200ドル分のカードが150ドルで販売されている。当局は、買い手が得する値段に売り値を設定することで、売り手側は犯罪の発覚を防いでいると見ている。USDAによれば、フードスタンプを売って得た現金で、フードスタンプでは購入できないアルコールやたばこ、麻薬などを買うケースが報告されているという。こうした犯罪行為を行う人の多くが、現金を得る目的で申請時に嘘の個人情報を提出し、申し込みを行っったり、フードスタンプを転売し、「なくした」と嘘をついて再支給してもらう手口が横行している。但し法律上では、USDAが州の事務所に対し、世帯がカードの紛失について説明をしなければ、カードの交換の要請を拒絶できるという権限を与えている。ebayでもフードスタンプが大量に出品されているが、ebayは削除対応をしていない。この行為は、低所得者が栄養的な食事を摂取するという目的を逸脱するものである。不正取引を減少させるため、FNS は、承認小売店舗での覆面捜査も行っているし、EBTカードを利用して不正取引者を特定し、罰することも行っている。罰則には、罰金と収監がある。現行法では、SNAPの不正取引に関与した小売店舗は、民事上の違約金及びSNAPの停止という行政処分が認められている。1993年に初めて不正取引の推計を行った以降、SNAPの不正取引率は相当程度減少した。2006年から2008年についての分析では、手当1ドル当たり、1セントの不正取引が見られる。これは、年間330百万ドルに相当する。2002年から2005年の不正取引額は、年間平均240百万ドルであったが、2006年度から2008年度にかけ、37％増加している。その理由は、2005年からSNAP受給者が相当程度増加したことによると考えられる。この間の受給額は、251億ドルから321億ドルと28％の増加になっている。スーパーマーケット、スーパーストア等の大きな店舗では不正取引率は非常に低い。これに対し、小さな小売店舗やコンビニエンスストアでは、SNAP手当使用での購入全体に占める割合は6％だが、不正取引率は、13％から16％と高い値となっている。また、SNAP手当により得られる食事が、毎日の食事が安くて、調理の簡単なファースト・フードやジャンク・フードが中心になり、栄養バランスの偏りと肥満が問題になっている。平均して、米国の低所得者は、ビタミンとミネラルに関しては、確立された栄養標準を満たしているか、それを超えて摂取している。しかしながら、いくつかの重要な栄養素については、かなりの人数が推奨される基準を満たしていない。例えば、ある研究では、93％のSNAP受給者は、適切な鉄分を摂取しているが、亜鉛は80％、ビタミンCに至っては 61％しか、適切な量を摂取していないとされている。ほとんどの米国人の食事は、「米国人のための食事ガイドライン」の水準に達していない。健康摂取指数（HEI2005）という指標では、1999年から2004年までの間に、最高を100 として、58であった。SNAP関係で、収入を得ている有資格者でSNAPに参加していない者の指数は56であったのに対し、SNAP受給者は52であった。米国人全般について、全粒穀物、黄緑色野菜、豆類の摂取は極めて少なく、また、飽和脂肪、固体脂肪、アルコール飲料、添加された砂糖からかなりの量のカロリーを得ている。SNAP受給者が食品に費やすことのできる金額を増やせば、食生活が改善するが、改善の程度は極めて小さい。