4:13（番組開始当初は4:58→2004-2005年度は4:28→2006-2007年度は4:18）頃から放送日の切り替えのためのジャンクションとして「インターミッション」（環境映像・日章旗掲揚、各局ID）を放送。各曜日の最終定時番組終了後は基点時間まで単発アンコール、及びフィラーの映像散歩（事実上コンプレックス扱い　2008年度は土・日曜日のみ）を放送。また日曜（特に第1・3週）、及び9月・10月と2月・3月のうちの2週間程度の集中メンテナンス実施日の深夜の定時放送終了後からは、地域によって放送設備メンテナンスのため放送休止・減力放送実施。また大相撲本場所の開催期間中は、『大相撲・幕内の全取組』を編成させるほか、ゴルフ中継（世界ゴルフ選手権、日本オープンゴルフ選手権競技、日本女子オープンゴルフ選手権競技、日本シニアオープンゴルフ選手権競技他）、アメリカ大リーグ中継などを放送する場合もある。☆は初回放送、それ以外は再放送
生放送の情報番組を再強化する観点から、15・16時台の再放送枠が廃止されたため、新たに午前3時台（基本3:40-4:10）にも定時番組の再放送が組まれた。
「クローズアップ現代」が22時台に「クローズアップ現代+（クロ現+）」と改題・移設する関係で左記番組の再放送が廃止されることになり、その分単発枠などの時間が拡大されたほか、14時台に「スタジオパークからこんにちは」第2部が編成され、同時間帯の再放送枠が廃止になったため、一部のゴールデン・プライム枠の再放送（主に連続ドラマなど）が0-1時台に放送されている。
これまで0時台前半に行っていた「クローズアップ現代」の再放送を1時台にスライドさせ、0時台はゴールデン枠の再放送を中心に編成。水曜深夜には新番組として、「NEXT 未来のために」と「英国一家、日本を食べる」（アニメ）を新設。土曜 1:35以後は「ウィークエンド特選」として、過去に放送された連続ドラマやバラエティー、単発枠のアンコールとして放送する。なお一部番組の再放送については、14時台の生放送が、17時台に新設される新報道番組「ニュース シブ5時」への統合により廃止されるため、14時台に一部移設する。
2013年度は23:20からの「Sportsプラス」・「NEWS WEB」・「時論・公論」からの流れで、番組表上当日（日付上は前日）の19:30から放送される「クローズアップ現代」を再放送することになったほか、新番組として月曜24時台に「地方発 ドキュメンタリー」を新設。また一部の番組も再放送の日時を変更するなどしている。2014年度は新たに「MUSIC JAPAN」を日曜24時台に移設し、「土曜ドラマ（または土曜21時台放送分のNHKスペシャル）」や「ヨルアニ」など一部の放送時間が変更された以外は、ほとんど前年と同じである。
『EYES』が廃止されるのと23時台の番組編成の見直しなどで、水曜・木曜深夜（実際の日付では翌曜日未明。以下同じ）0時台と1時台の一部に新番組を組む以外は月曜 - 木曜 0:15 - 2:50（日によって2:45）までに直近のゴールデンタイム・プライムタイム番組の再放送を再強化することとなった。
その後、視聴者から深夜放送をしてほしいという要望が殺到したこと、また1995年1月17日の阪神・淡路大震災（兵庫県南部地震）を教訓とした深夜早朝の突発的な事故・事件に即座に対応できる編成を構築する目的でNHK総合テレビでは同年から段階を追って24時間放送に移行する計画を立てその一環としてまず初めは同年4月 - 1996年3月に早朝5:00の開始から深夜1:00までの時間拡大を試みた。この時は0時台に『ナイトセレクション』としてこれまでに放送してきたテレビ番組（地上波、衛星波問わず）のアンコール放送をした。これを1996年4月からは2時まで拡大し平日0時台は地上波、1時台は衛星放送のそれぞれセレクションタイムとした。また毎週金・土曜深夜（時間上は土・日曜未明）は終夜放送として1 - 2時台を『週末特選』（しゅうまつとくせん）と題して金曜日はスポーツ、土曜日はドキュメントを中心にしたアンコールアワーとした。
そもそもNHKは深夜放送（24時 - 翌朝6時）は特殊な事例（台風や地震と言った大きな災害や交通ストライキ、国際情勢、オリンピックやワールドカップサッカー大会などの国際的な大型スポーツ大会など）を除けば原則として行わなかった。またオイルショックの影響を受けて、1974年1月 - 1984年3月は23時まで（後に平日のみ23:15まで、週末=金・土曜は夜の指定席放送のため24:00まで）で放送休止となった。しかし1988年9月の昭和天皇重体に関連するニュース速報の体制を強化することから暫定的に総合テレビ、ラジオ第1放送、FM放送を24時間放送にして毎正時に昭和天皇の病状を伝えるニュースを放送し、それ以外の時間帯はフィラーとして静かな音楽を流すと共にテレビでは皇居二重橋や都内各所のお天気カメラからの映像を放送した。これが昭和天皇の崩御した1989年1月7日まで続いた。
午前3時ころに、琉球警察は第三号召集（全警察官1200人の最大動員）を発令、アメリカMPも完全武装の兵員配備を要請したが、暴動発生現場の制圧は不可能と判断しいったん周辺へ退いた。最終的に警察官は約500人、MP・沖縄人ガード（警備員）約300人、米軍武装兵約400人が動員された。米民政府は午前3時30分、コザ市全域に24時間の「コンディション・グリーン・ワン」を発令した。琉球政府では、屋良朝苗行政主席が東京出張で不在のため、知念朝功副主席が午前5時55分に現地に到着して事態の収拾を指揮した。警察は宣伝カーを繰り出して群集に帰宅を呼びかけ、午前7時30分までに暴動は自然収束した。結果、車両75台以上アメリカ軍人40人、沖縄人ガード5人、アメリカ軍属16人、地元住民14人、容疑者7人、警察官6人が負傷したが、暴動につきものの民家・商店からの略奪行為は発生していない。事件上特徴的なのは、政治党派の組織的な指導指揮がなく自然発生的であったことである。