漢字が渡来するまでの文字は現在まで見つかっていないため、日本書紀や古事記が成立する以前の日本列島に居住していた人間に関すると思われる歴史の調査は、大陸の文献を参考にしたり、各地に残る神話や伝承の採取、発掘調査を行う他ない。大和民族について書かれた最も古い文書は、紀元前5世紀以降に書かれたと思われる『山海経』である。これによれば、当時の大和民族（倭）は、燕に属していたとある。ただし、山海経は大陸各地の伝説を集めた書物であり、歴史書としては信憑性に欠ける面がある。正規の歴史書に書かれたものとしては、論衡が最古であり、倭は周の時代（弥生時代）、大陸に交易していたとある。他、有名なものとしては『三国志』中の「魏書」（全30巻）に書かれている東夷伝（東方異民族の列伝）にある倭人の記述、俗に言う魏志倭人伝である。ここで邪馬台国の記述が初めて登場し、倭人の風俗についても、これまでの文献からは比べ物にならないくらい詳細に書かれている。邪馬台国では米や雑穀、魚貝を食べ、犯罪や訴訟が少なく、長命で、上下の身分をわきまえ、集会では父子男女の区別がなく酒を好む、など現代の日本人の風俗に近い記述がある。ただし、これらは当時の中華民族による視点から書かれたものであり、倭人自身による歴史の記述は、さらに後のこととなる。いずれにせよ、これらは断片的な記録であり、大和民族の連合政権とされるヤマト王権の成立過程は、現段階でも明らかになっていない。
日本列島では、まだユーラシア大陸と陸続きの時代に石製加工具類が発掘されている。10万年前に最古の遺跡が見つかっているが、この時代の人類はデニソワ人などの旧人と考えられる。現生人類（ホモ・サピエンス）が最初に日本列島に到達したのは約3.6万年前と考えられる。ただし、火山を多く持つ日本列島は火山灰に覆われており、土壌が酸性であるため化石が残りにくくなっている。旧石器時代から人類がいた事を示す遺跡は、日本列島の各地に存在するが、人類の化石そのものは未だに発見されていない。1万数千年より前の旧石器時代人骨の発掘例は10例ほどだが、2010年（平成22年）2月4日、石垣島から初めて2万年前のものと見られる人骨が発見され、日本人の起源論の重要な手掛かりと見られている。この骨が発見された洞窟からは、2011年11月にさらに2万4000年前の人骨も見つかっている。今日では、縄文時代の人骨のミトコンドリアDNA（母系）の調査結果では、ハプログループF、B、M7aなどの型があったことが知られており、これらに加え、ハプログループA (mtDNA)やハプログループG (mtDNA)などに代表されるシベリア北部の先住民に近い縄文人も確認されている。ただし、大和民族の定義が大和王権の施政下の住民に限定されるのであれば、大和王権成立以前の人々を「大和民族」というのは適当ではない。現代において縄文人と称される縄文時代の日本列島の住民は形質的には現代日本人以上に均質であるが、列島全域において日本祖語に連なる言語が話されていたかは詳らかでなく、統一的な民族意識は存在しなかったと思われる。
青年・良太は、南洋でマグロ漁船ごと行方不明になった兄の漁師、彌太が生きているとの恐山のイタコの託宣を信じ、マスコミを頼ってひとり上京してきた。ヨットの賞品が懸かった「耐久ラリーダンス大会」を知り、会場を訪れた良太は、途中ギブアップした出場者の大学生・仁田、市野と知り合う。その晩、葉山海岸に向かった一同は、港にあった太平洋横断用のヨット「ヤーレン号」に無断で泊まり込むが、そこに訳あり風の男、吉村がオーナー顔でいた。翌朝目が覚めた一同は、良太の手でヤーレン号が港を離れはるか海上にあることを知り、さらに吉村の金庫破りを報じるラジオニュースを聞いて驚く。こうして良太の兄探しに同行する羽目となった吉村らだが、突如ヨットを襲った暴風雨の中で巨大なハサミに襲われて遭難、南海の孤島レッチ島に流れ着く。島に上陸した一同だが、この島は秘密結社「赤イ竹」の工場となっており、核兵器の製造が行われていた。良太らの見守る中、黄色い液体を海にまきながら、島の波止場に赤イ竹の輸送定期船が入港してくる。そのとき、小舟を奪った脱走奴隷が海へ出たが、たちまち現れた巨大なエビの怪獣「エビラ」の餌食になってしまう。ヤーレン号を転覆させたのは、エビラの巨大なハサミだったのだ。定期連絡船の撒いていた黄色い液は木の実の汁で、エビラの苦手とするものだった。赤イ竹は巨大蛾モスラの住むインファント島の住民を強制連行して労働を強い、この黄色い汁の製造に従事させていたのである。島からの脱出案を練る吉村らは、脱走して来たインファント島の娘・ダヨと出会う。ダヨは彌太がインファント島で無事にいることを良太に教え、行動を共にするようになる。彼らは偶然島の谷底に眠っていたゴジラを発見。避雷針を急ごしらえし、落雷による電気ショックを与えて復活させる。覚醒したゴジラは本能的にエビラと戦うが、決着はつかなかった。ゴジラは島で暴れ始め、大コンドルや赤イ竹の戦闘機隊と一戦を交えながら、赤イ竹の重水工場へ向かって来る。吉村は得意の錠前破りで基地に潜入、一方赤イ竹に捕まり、インファント島民と同じ洞窟へ監禁された仁田は彼らに呼び掛けて、偽の黄色い汁を作らせる。やがて防衛線を突破したゴジラは施設を破壊、赤イ竹は基地放棄を決め、島の自爆装置を作動させる。しかし、エビラ除けの黄色い汁が偽物にすり替えられていたため、脱出した赤イ竹はエビラにより全滅する。ゴジラとエビラが再び壮絶な激闘を繰り広げる中、目覚めたモスラが島民たちを救出するべくレッチ島に向かっていた。