明治維新に入り修験道信仰は多大な打撃をこうむった。1868年（明治元年）に発布された神仏分離令によって、長年全国各地で行われてきた神仏習合の信仰は廃止され、寺院は廃寺になるか、神社に変更し生き延びるほかなかった（吉野山でも僧坊の一つだった吉水院は吉水神社になっている）。1872年（明治5年）には追い討ちをかけた形で修験道廃止令が発布され、1874年（明治7年）には金峯山寺自体も廃寺に追い込まれた。その後余りに過激化した太政官政府の宗教政策が沈静化したことや、僧侶・修験道者らの嘆願により、1886年（明治19年）には「天台宗修験派」として修験道の再興が図られ、金峯山寺は寺院として復興存続が果たせた。ただし、山上の蔵王堂は「大峯山寺」として、金峯山寺とは分離され現在に至っている。太平洋戦争後の1948年（昭和23年）に、天台宗から分派独立して大峯修験宗が成立し、1952年（昭和27年）には金峯山修験本宗と改称、金峯山寺が同宗総本山となっている。
修験道は中世末期以降、「本山派」と「当山派」の2つに大きく分かれた。本山派は天台宗系で、園城寺（三井寺）の円珍を開祖とする。この派は主に熊野で活動し、総本山は天台宗寺門派（園城寺傘下）の聖護院（京都市左京区）である。一方の当山派は真言宗系で、聖宝を開祖とする。吉野を主な活動地とし、総本山は醍醐寺三宝院（京都市伏見区）であった。金峯山寺は中興の祖である聖宝との関係で、当山派との繋がりが強かった。中世の金峯山寺は山上・山下に多くの子院をもち、多くの僧兵（吉野大衆と呼ばれた）を抱え、その勢力は南都北嶺（興福寺と延暦寺の僧兵を指す）にも劣らないといわれた。南北朝時代、後醍醐天皇が吉野に移り、南朝を興したのにも、こうした軍事的背景があった。近世に入って慶長19年（1614年）、徳川家康の命により、天台宗の僧である天海（江戸・寛永寺などの開山）が金峯山寺の学頭になり、金峯山は天台宗（日光輪王寺）の傘下に置かれることとなった。
金峯山寺の中興の祖とされるのは、平安時代前期の真言宗の僧で、京都の醍醐寺を開いたことでも知られる聖宝である。『聖宝僧正伝』によれば、聖宝は寛平6年（894年）、荒廃していた金峯山を再興し、参詣路を整備し、堂を建立して如意輪観音、多聞天、金剛蔵王菩薩を安置したという。「金剛蔵王菩薩」は両部曼荼羅のうちの胎蔵生曼荼羅に見える密教尊である。この頃から金峯山は山岳信仰に密教、末法思想、浄土信仰などが融合して信仰を集め、皇族、貴族などの参詣が相次いだ。金峯山に参詣した著名人には、宇多法皇（昌泰3年 900年）、藤原道長（寛弘4年 1007年）、藤原師通（寛治2年 1088年）白河上皇（寛治6年 1092年）などがいる。このうち、藤原道長は山上の金峯山寺蔵王堂付近に金峯山経塚を造営しており、日本最古の経塚として知られている。埋納された経筒は江戸時代に発掘され現存している（奈良県吉野町金峯神社蔵、国宝）。金峯山は未来仏である弥勒仏の浄土と見なされ、金峯山（山上ヶ岳）の頂上付近には多くの経塚が造営された。
プラスティック・オノ・バンドの3枚目のシングル曲のレコーディングに際し、ジョージ・ハリスンはプロデューサーとしてジョン・レノンにアメリカ人プロデューサーのフィル・スペクターを推挙、ジョージの推挙に応じたジョンはスペクターのプロデュースのもとで1月27日に新曲「インスタント・カーマ」をレコーディングする（その際、ジョージもギター奏者として参加）。スペクターの仕事に満足したジョンとジョージは1970年3月23日、頓挫した「ゲット・バック・セッション」のテープをスペクターに託すことにした。フィル・スペクターは、音源にオーケストラやコーラスなどのオーヴァー・ダビングを施し、本来のコンセプトとはまったく違った形でアルバムを完成させた。前述の通り1970年4月1日に行われたオーケストラおよびコーラスのレコーディング・セッションにリンゴがドラムスで参加しているが、再プロデュースに際してのフィル・スペクターの仕事ぶりは非常に独善的であり「スペクターは考えもなしに『こういう音にしろ!』『ああいう音にしろ!』『こうでなくちゃダメだ!』って駄々っ子みたいにわめくばかりさ。リンゴが見かねて彼を脇へ連れていき、『そんなの無理だよ。みんな精一杯やってるんだ。少しは冷静になってくれ』と言ってた」というエピソードが残っている。ビートルズがオーケストラを起用する際にはプロデューサーのジョージ・マーティンがオーケストレイションを行うことを常としていたが、フィル・スペクターによる再プロデュースに際してはリチャード・ヒューソンをアレンジャーに起用した。ただし、「レット・イット・ビー」にオーヴァー・ダビングされたブラス・アンサンブルはフィル・スペクターによる再プロデュース前の1970年1月4日にレコーディングされたもので、ジョージ・マーティンによるアレンジである。ジョン・レノンとジョージ・ハリスンは、頓挫した「ゲット・バック・セッション」の音源を短期間のうちにアルバムとしてまとめあげたフィル・スペクターの仕事を高く評価し、それぞれのソロ作品で彼をプロデューサーとして起用している。しかしポール・マッカートニーは「ザ・ロング・アンド・ワインディング・ロード」に加えられたオーケストラ・アレンジ に強い不満を持つなど、スペクターの仕事を評価しなかった。ポールはアルバム発売の中止を求めて訴訟を検討したが、アルバムリリース契約が1枚残っていたため、不本意ながらも発売を認めざるを得なかった。ジョージ・マーティンはフィル・スペクターの再制作したアルバム『レット・イット・ビー』を聴いてショックを受け驚きあきれたという。またジョージ・マーティンは「『レット・イット・ビー』はいい曲も入っているが、失敗作だった。我々がやろうとしていたこととは全く違う形でアルバムにされてしまった不幸な作品だ」と語った。なお2003年11月にフィル・スペクターの施したオーヴァー・ダビングを取り除き、本来の演奏にデジタル・テクノロジーによる修正を施したものが『レット・イット・ビー...ネイキッド』として発売された。