前作『ジオンの系譜』においては、自軍の本拠地が陥落するか、あるいは自軍の総大将（ギレンやレビル）が乗るユニットが戦場で破壊されて戦死するか、という二つの条件で敗北判定が行われた。今作では、後者の判定が無くなったため、ともに高いステータスと階級を誇るギレンやレビルを遠慮なく戦線に投入することが可能となった。この仕様は『アクシズの脅威』にも継承されている。ただし本作の場合、前述の政策コマンドの関係もあり、本作独自のゲームオーバー条件として「議会内の和平派勢力が停戦協定を結ぶ」というものが存在する。停戦協定の発生については計算式が設定されており、常に交戦派勢力を100%にしていても、二百数十ターン程度で必ず発生してしまう。前作第二部のように延々とゲームを続けられるわけではない。
各士官に忠誠が設定され、搭乗機が破壊される、軍団の指揮を直接指示する、昇格させる、搭乗機の改造提案を承認する、休暇を取らせる、などで上下する。この数値によって現れる現象としては 連邦・ジオン編において終盤になった際、忠誠の低い高官クラスの人材が独立して第三勢力になったり、政策などで積極的に提案するようになる（低いコストでより効果的なコマンドが出てくる）、オリジナルモードでは軍から脱走する、時期を問わず高官クラスが反乱軍を立ち上げるなどがある。また、オリジナルモードにおける忠誠度は総大将との相性に影響される。たとえばアムロを総大将に選んでWB隊を配下にするとWB隊のメンバーの忠誠値が高くなり、ゴップを総大将に選ぶと誰を配下にしても忠誠値が軒並み低いといった具合である。
本作から、戦場マップで索敵しただけでは不確定名（例えばプロトタイプガンダムなら「ツノツキ」、シャア専用ザクIIなら「アカイヤツ」）がわかるだけであり、このままの状態では命中率に若干のペナルティがかけられる。また、武装や能力、現在の耐久力や物資の残量も表示されない。確定名にするには、情報コマンドで敵兵器を調査する必要がある。敵兵器名が確定すれば、次回から索敵が成功すると機体名がすぐに表示され、命中率のペナルティも減少する。
ニュータイプ兵器のオールレンジ攻撃が通常兵器扱いからMAP兵器扱いになったため、ニュータイプ兵器（エルメス、ブラウ・ブロ、ジオング、パーフェクト・ジオング）が弱体化した。MAP兵器で攻撃（砲撃）した場合、攻撃対象ユニットが完全防御（反撃しない状態）と見なされて回避率が上昇するのと、通常兵器とニュータイプ兵器の同時攻撃だったのが片方のみの攻撃になったためである。
前作『ジオンの系譜』において連邦軍モードの序盤における難易度が高かったため、本作では序盤に使用する兵器（61式戦車、デプロッグなど）の能力が強化されている。それと対照的に、序盤におけるガンダムの圧倒的な強さがなくなっており、奇しくもガンダム1機が戦争を左右するわけではないことを体現している。
開発した兵器は改良することにより、より強力な兵器とすることができる。この改良には2通りの方法がある。1つは、開発メニューで兵器毎に火力、運動性能、装甲、物資量を上下させることができる。改良を行った場合、その時点から該当兵器の生産の際に必ずこの補正が係る。改良は9段階行える。火力を上げると物資消費量が増える(継戦能力が下がる)、運動性能を上げると装甲が下がる、装甲を上げると運動性能が下がる、物資量を上げると生産資源が増大する。もう1つはパイロットが搭乗している機体に限り、パイロットの提案によってその機体のみを改良することができるものである。改良には各パイロットの好みがあり、例えばシャアは運動性能の向上を主に具申してくる傾向にある。
前作まで登場しなかった『GUNDAM THE RIDE』『戦略戦術大図鑑』の登場人物が追加された反面、ゲーム作品（『機動戦士ガンダム外伝 THE BLUE DESTINY』『機動戦士ガンダム外伝 コロニーの落ちた地で…』）の登場人物やモビルスーツは全面的にカットされている。さらに本作にはゼロ・ムラサメらオリジナルキャラクターも登場しない。また、オリジナルモビルスーツとしてギャンM（ゲルググMに対応）、ギャンクリーガー（ゲルググイェーガーに対応）が追加され、両軍の最終機として新たに高機動型ガンダムと高機動型ジオングが登場する。
当駅は、ヤンゴンからピイまでのビルマ（現・ミャンマー）初の鉄道路線を支援するイギリス人によって、1877年に最初の駅が建設された。 当駅は、商業地区区域のPhayre・ストリート（現・Pansodan・ストリート）の上部区画にある、鉄道構内の南側に位置していた。 駅舎は、イギリスのヴィクトリア朝スタイルで設計されており、駅へのアクセス道路は草で覆われた芝生で囲まれていた。 資産の美しさは、地元住民に妖精駅としての新しい建造物を賞賛させた。第二次世界大戦中に、当駅は日本軍の爆撃機の格好の標的となっていた。 1943年に、インドへ退却していたイギリス軍によって、当駅が破壊されてしまった。当駅は、技術者であるHla Thwinによる、伝統的なビルマ建築様式に基づいた設計図に従い、戦後に再建されることとなった。 新しい建造物は、5,110m² (55,000ft²)の規模であった。 北側には、草の芝生、庭および広いアクセス通路があった。 新たな設計は、1946年5月7日に鉄道局の承認が得られた。 建設は、技術者であるSithu U Tinによって1947年1月に開始され、475万チャット (Kt) の総費用を掛けて、1954年5月に完成した。 新しくなったヤンゴン・セントラル駅の開業式が、1954年6月5日に開催された。なお、当駅の建造物が、ヤンゴン市の遺産一覧に記載されている。