博学の藩主として知られ、高鍋藩主秋月種樹（古香）、唐津藩主小笠原長行（明山）とともに「天下の三公子」と称された。著書に『清史逸話』がある。
新領地の藩庁は、藩士で兵学者の恩田仰岳の選定により、白浜に近い安房国長尾村滝口（現・千葉県南房総市白浜町滝口）に陣屋を建設して置くこととなった。移転先の準備が整うまで正訥や藩士の多くは旧領内藤枝宿の寺院に止宿した。明治2年（1869年）2月、藩校日知館を安房に移転。明治2年（1869年）6月20日、正訥は版籍奉還を行なって知藩事となる。この年の夏、台風によって建設中の長尾陣屋が倒壊。もともと長尾での陣屋建設は藩内に反対論が多く、恩田仰岳は譴責処分となり、翌明治3年（1870年）1月以降、館山に近い北条村鶴ヶ谷に新たな藩庁（北条陣屋）や藩士居住地の建設が進められた。知藩事正訥は明治3年（1870年）5月に北条陣屋に着任した。明治3年（1870年）12月14日、隠居して養子正憲に家督を譲った。明治18年（1885年）11月1日、59歳で死去した。
田中藩第5代藩主本多正意の七男（六男とも）として生まれる。安政3年（1856年）12月22日、兄正寛の養子となる。安政4年（1857年）11月15日、将軍徳川家定に拝謁する。同年12月16日、従五位下伯耆守に叙任する（後に紀伊守に改める）。万延元年（1860年）閏3月16日、正寛の死去を受けて家督を継ぎ、田中藩第7代藩主となる。文久2年（1862年）11月4日、新設された学問所奉行の一人に就任する（相役は秋月種樹）。文久3年（1863年）、下総国に所在した田中藩飛び地領の管轄のため、流山郊外の加村に屋敷（加村陣屋）を建設し、江戸深川にあった下屋敷の人員を移転した。元治元年（1864年）7月21日、駿府城代に就任。戊辰戦争中の慶応4年（1868年）2月12日、尾張藩が派遣した勤皇誘引使都筑九郎右衛門に勤皇証書を渡して、駿府城引渡しに同意した。徳川宗家当主徳川家達が駿河国・遠江国に移されると（静岡藩）、6月13日に家達に駿府城を引き渡す。また徳川家の静岡入封にともない、田中藩4万石には新政府から安房国・上総国に4万石の代替地を与えられ、同年7月13日移転を命じられた（長尾藩）。
いわゆる「元首政」の欠点は、元首を選出するための明確な基準が存在しない事である。そのため、地方の有力者の不服従が目立つようになり行政が弛緩し始めると相対的に軍隊が強権を持ったため、反乱が増加し皇帝の進退をも左右した。約50年間に26人が皇帝位に就いたこの時代は軍人皇帝時代と称される。パクス・ロマーナ（ローマの平和）により、戦争奴隷の供給が減少して労働力が不足し始め、代わりにコロヌス（土地の移動の自由のない農民。家族を持つことができる。貢納義務を負う）が急激に増加した。この労働力を使った小作制のコロナートゥスが発展し始めると、人々の移動が減り、商業が衰退し、地方の離心が促進された。284年に最後の軍人皇帝となったディオクレティアヌス（在位：284年-305年）は混乱を収拾すべく、帝権を強化した。元首政と呼ばれる、言わば終身大統領のような存在の皇帝を据えたキメの粗い緩やかな支配から、オリエントのような官僚制を主とする緻密な統治を行い専制君主たる皇帝を据える体制にしたのである。これ以降の帝政を、それまでのプリンキパトゥス（元首政）に対して「ドミナートゥス（専制君主制）」と呼ぶ。またテトラルキア（四分割統治）を導入した。四分割統治は、二人の正帝（アウグストゥス）と副帝（カエサル）によって行われ、ディオクレティアヌス自身は東の正帝に就いた。強大な複数の外敵に面した結果、皇帝以外の将軍の指揮する大きな軍団が必要とされたが、軍団はしばしば中央政府に反乱を起こした。テトラルキアは皇帝の数を増やすことでこの問題を解決し、帝国は一時安定を取り戻した。ディオクレティアヌスは税収の安定と離農や逃亡を阻止すべく、大幅に法を改訂、市民の身分を固定し職業選択の自由は廃止され、彼の下でローマは古代から中世に向けて、外面でも内面でも大きな変化を開始する。ディオクレティアヌスが305年に引退した後、テトラルキアは急速に崩壊していった。混乱が続く中、西方副帝だったコンスタンティヌス1世が有力となり、324年には唯一の皇帝となった。コンスタンティヌス1世は専制君主制の確立につとめる一方、東のサーサーン朝ペルシアの攻撃に備えるため、330年に交易ルートの要衝ビュザンティオン（ビザンティウム。現在のトルコ領イスタンブール）に遷都して国の立て直しを図った。この街はコンスタンティヌス帝の死後にコンスタンティノポリス(コンスタンティヌスの街)と改名した。コンスタンティヌスの死後、北方のゲルマン人の侵入は激化、特に375年以降のゲルマン民族の大移動が帝国を揺さ振ることとなった。378年には皇帝ウァレンスがハドリアノポリスの戦い（ゴート戦争）でゴート族に敗死した。