2008年は、71試合に出場し打率.286、本塁打12、打点39の成績を残し、本塁打王に輝いた。シーズン終了後の11月に開催された12球団合同トライアウトに参加したものの、獲得球団がなかったことから新潟残留を決意した。2009年は残留決定と共に、退団した外野手兼任コーチの根鈴雄次に代わって野手コーチ兼任となり、シーズンでは全72試合に出場して打率.344、本塁打16、打点51の好成績を挙げ、本塁打と打点の二冠に輝いた。2012年からコーチ専任契約となったが、2013年から再び選手兼任コーチとなった。同年10月31日にコーチの辞任が発表され、2014年より選手専任の契約となる。2014年8月12日、現役引退を発表。9月14日の信濃戦（ハードオフ新潟）で引退セレモニーが行われた。
自分の手でアンパンマンを倒すことを夢に見ているが、アンパンマンに助けられたり顔を食べさせてもらったときは協力する（アンパンマンに助けられた＝負けたことを認めたくないと言うのも理由の1つである）など、潔い一面もある。しかし、ばいきんまんはアンパンマンのことを永遠に敵だと思っているため、一度借りを返せばまた元の関係に戻る。TV第4話B「アンパンマンとおむすびまん」では、悪さをした罰としておむすびまんに岩を投げられてしまうが、「こっちも助けてください」と素直に頼んだため、アンパンマンに助けられる。また、初めてアンパンマンに協力したのは、TV11話A「アンパンマンとイタイノトンデケダケ」である。ばいきんまんは、奪ったイタイノトンデケダケを持ってアンパンマンから逃げる際に洞窟の川に落ちてしまう。アンパンマンは、最初は川に流されているばいきんまんを無視して、ばいきんまんと共に川に流されているイタイノトンデケダケのみを拾おうとしたが、アンパンマンに何度も助けを求めるばいきんまんを結局は放っておくことが出来ず、ばいきんまんを助ける。ばいきんまんはアンパンマンに無事に助けられるが、イタイノトンデケダケは滝に流されてしまう。疲れて気絶したアンパンマンを最初は嘲笑したが、自分を助けてくれたアンパンマンを放っておけなかったのか、洞窟の中で別のイタイノトンデケダケを見つけ、それをアンパンマンの元に置いて隠れる。その後、目を覚ましてそれに気づいたアンパンマンは、ばいきんまんへのお礼を口にしながら帰って行き、それを隠れて聞いていたばいきんまんは「礼を言われたくてやったんじゃないやい、バーロー」と頬を染めながらつぶやいていた。TV第48話B「アンパンマンととぶ木馬」では、自分が作った飛ぶ木馬にドキンちゃんが乗って遊ぼうとしたが、その木馬をドキンちゃんが壊してピンチになり、アンパンマンの協力を拒否して一人で助けようとするが、UFOが岩場にぶつかって壊れて助ける方法がなくなり、アンパンマンもドキンちゃんを助ける途中で滝の水をかぶって顔を濡らしてしまう。このことで、ばいきんまんは悔しがっていたがドキンちゃんを助けられるのはアンパンマンしかいないと判断し、自らジャムおじさんたちのいるアンパンマン号の元に向かい、アンパンマンの新しい顔を受け取り、アンパンマンを助けるという一面を見せた。このおかげでドキンちゃんはアンパンマンに無事救出される。アンパンマンは自分を助けてくれたばいきんまんに感謝し、ジャムおじさんたちも彼にお礼を言い、ドキンちゃんも自分を助けてくれたアンパンマンにお礼を言った。ばいきんまんは、「これぐらいのことで、アンパンマンと仲良くなると思うなよ」と呟き、ドキンちゃんと共にUFOに乗って去って行ったが、その去り際にはまんざらでもないような笑顔を見せていた。 自分がピンチに陥って、その場にアンパンマンがいるとつい助けを求めてしまうこともある。映画『キラキラ星の涙』では、さかさまんの糸で縛られた際、アンパンマンに「アンパンマーン!助けてー!」と助けを求め、偶然通りかかったアンパンマンの隣を飛んでいたひのたまこぞうのお陰で助かった。カバオくんたちがばいきんまんが新しく作ったもぐりんに興味を持ち、もぐりんを乗っ取られた時は、自らアンパンマンたちと手を組んでもぐりんを取り返そうとすることもあった。TV第899話A「ばいきんまんとハテナのとう」では、夢の中とはいえアンパンマンに勝利したが、「自分はアンパンマンと戦うのが一番の楽しみだった」と気づき、虚しくなっていた。その後、倒したはずのアンパンマンが駆けつけた時はうれしそうな反応をしていた。「アンパンマンに一度も勝ったことがない」とばいきん仙人やドキンちゃんたちに言われているが、初めてアンパンマンと会った時など、全身を泥だらけにしてダメージを与えたことがある。ただし話の最後でアンパンマンにアンパンチをされる、他のキャラクターに悪事の邪魔をされたり戦意喪失の状態にされたりする、災害の発生や他の強敵によって戦いが不成立になったりと、ばいきんまんが優勢のまま物語が終わるのは極めてまれである。CDブック『手のひらを太陽に 50周年記念CD』に収録されているばいきんまんとカビルンルンコーラスが歌った『手のひらを太陽に』には、「オレさまがいなきゃアンパンマンは活躍できない」「影が無ければ光もない」といった台詞があり、ばいきんまんとアンパンマンの両者の存在が互いに敵対しながらも、持ちつ持たれつの関係で共存していることを肯定している。本来明るい歌を嫌うばいきんまんが『手のひらを太陽に』を歌った理由として、自身が前述のような存在であることで世の中の役に立つ黴菌として“生きている”から、と台詞の中で説明している。また、映画の予告編などで普通に会話していたり、知育ビデオや番外編などで敵対せず一緒に行動していたりするなどと本編以外では仲良くしていることが多く、周囲からは素直じゃないのを指摘されたことがある。アニメのエンディングでもアンパンマンたちと仲良く体操を踊っている。アンパンマンもアニメ本編では敵対していることが多いが心の奥底から憎んでいるわけでもなく、クラスメイトみたいな存在だと語っている。