個人向け融資機能の弱かった金融機関が住宅資金需要に応えて設立した住宅金融専門会社（住専）であるが、バブル期前後には、金融機関自身が住宅ローン市場に参入し、住専は本来のターゲットである住宅ローン以外の不動産事業に傾斜した。優良な債権を銀行等が占有したため、住専はリスクの大きい物件に傾斜せざるを得なかったとの指摘もある。バブル崩壊後は融資先が破綻するケースに加え、担保としていた土地も値下がりして融資の回収が見込めない不良債権が増加し、住専7社のうち6社は破綻した。破綻に際しては、住専に多額の資金を融資していた農林系金融機関や銀行を保護するために公的資金が注入された（詳細は住宅金融専門会社を参照）。一方、案件として小粒であり従来は銀行から重視されていなかった個人相手の住宅ローンが、バブル崩壊後の不況期の中ではリスクが低いことから注目を浴び、それに注力する銀行も現れた。
上記のように銀行が破綻した場合、当該銀行をメインバンクとしていた企業も倒産の危機に瀕する。貸出枠が縮小して行く中で、他の銀行から改めて融資を受けるのは困難であり、景気全般も悪く好業績も望めない中ではなおさら新たな融資を引き出すことは困難となった。結局融資を得られず倒産に至る企業も多かった。日本長期信用銀行を再生する過程で、同銀行を買収した投資組合は、取引のあった企業を破綻に追い込んで積極的に瑕疵担保条項を活用して利益を確保する行為に出た。その結果、ライフ、そごう、第一ホテル等が破綻し、暴挙との批判を浴びた。
バブル崩壊後、損失補填、利益供与、巨額損失の隠蔽など金融機関の不祥事が相次いで発覚した。政府は当初、大手金融機関は破綻させない、という方針を取っていたが、1995年頃より「市場から退場すべき企業は退場させる」という方針に転じ、不良債権の査定を厳しくして経営状態の悪い金融機関も破綻・再生する処理にかかった。この流れで1995年8月に兵庫銀行が銀行としては戦後初の経営破綻となり、以降、金融機関の破綻が相次いだ。とりわけ、アジア通貨危機とも重なった1997年から1998年にかけ、北海道拓殖銀行（拓銀）、日本長期信用銀行（長銀）、日本債券信用銀行（日債銀）、山一證券、三洋証券など大手金融機関が、不良債権の増加や株価低迷のあおりを受けて倒産し、事態は金融危機の様相を呈した。拓銀は地価上昇を見越して土地評価額に対して過大な融資を行い、また、バブル期の融資に出遅れて、劣後順位での担保設定を行わざるをえなかったことから回収が思うに任せず、不良債権が膨らみ、1997年11月、営業継続を断念した。長銀はバブル期に不動産・リース等、新興企業に積極的な融資を行ったが、バブル崩壊後はイ・アイ・イ・インターナショナルへの多額の融資の焦げ付きを中心とする不良債権を抱え経営不振に陥り、1998年10月に制定された金融再生法の下で破綻認定され、国有化された。日債銀はバブル崩壊で膨らんだ不良債権を飛ばしで処理していたが、1998年12月の金融調査で債務超過と認定され、国有化された。山一證券は1989年末をピークに株価が下落するのに伴い一任勘定で発生した損失を顧客に引き取らせずに、簿外損失として引き受けて、いずれ株価の上昇で損失が解消するのを待ったが、銀行からの支援を失って1997年11月に自主廃業を選択した（実際には破産宣告を受けて解散）。証券会社にバブル採用された社員たちは、入社数年で会社が倒産し再就職もままならない状態に陥ったものが多かった。
冷戦終結の以前から、陸上と海上の最新兵器は航空兵器のようなハイテク技術を多く取り入れるようになり、2000年以降はこの傾向が明確になった。この傾向が生まれる以前は、たとえば陸上兵器代表の戦車でも、海上兵器の代表の巡洋艦や駆逐艦でも、それぞれの専業兵器メーカーが政府からの契約に基づいて設計と製造を行なっていた。しかし、2007年の現在では、それぞれの兵器の中枢部分に高機能電子機器によるネットワーク機能が組み込まれており、単体の兵器としての運用だけでなく、有機的に結ばれたネットワークの一部としての兵器運用が求められるようになっている。この変化によって、米ボーイング社や米ロッキード・マーティン社のように、単体の兵器に含まれる機能のみならず、ネットワーク全体の機能を理解したうえで、システムインテグレーターとしての役割を担える軍事企業のみが、政府からの主契約を受ける会社（Primary contractor）となれるようになった。このシステムインテグレーターの役割の中には、将来の拡張や敵味方の兵器技術の方向性を理解・展望し、兵器の全体像を概略設計し、必要な要素技術を開発し、政府の要求に合わせた試作機を完成させ、個別機器や部品をそれを設計・製造するのが得意な企業に振り分けて発注し、最終的な量産までの組み立て・統合作業を監督する、投資・経費・価格を管理する、などのさまざまな能力が含まれる。このため、2007年の現在では、例えばアメリカ海軍の沿海戦闘艦LCS計画では、艦艇の製造契約までがロッキード社やジェネラル・ダイナミクス社という20世紀には航空機を製作していた企業によって執られるようになっている。この流れはアメリカだけでなく、イギリス海軍の次期空母CVF計画は英BAEシステムズ社と仏タレス社によって共同で主契約が政府と結ばれた。こういったシステムインテグレーターも実際の製造作業のほとんどは従来の造船メーカーに委託することで互いの専門能力を最大限に発揮するようになる。また、こういった動きの一環として、ノースロップ・グラマン社が2000年にインガルス造船所とアボンデール造船所、2001年にはノースロップ・グラマン・ニューポート・ニューズを合併したようなケースや、ジェネラル・ダイナミクス社が2003年にゼネラルモーターズ社からM1エイブラムス戦車などを作っていたGMディフェンス社を合併したケースのように、積極的に自社内に取り込んでいくという戦略を執るシステムインテグレーターもある。なお、ジェネラル・ダイナミクス社は1899年の設立時には潜水艦を建造していた後、1953年のコンベア社との合併以後に航空機も作るようになった会社である。