大陸の北半分を統治する北政府と、南半分を統治する南大陸自由圏が長年に渡って戦争を続けている荒んだ世界・・・国際郵便船・ザンバニ号は航路上で北政府の偽装船団と遭遇。急遽、進路を中立地帯・尖端島に変更する。ザンバニ号の斥候係でビートカヤックを駆る赤い髪の少女・ナキアミは異変を感じ尖端島に急行する。尖端島に住む高校生・竹原アキユキは同級生で幼馴染みの西村ハル、寺岡フルイチと青春を謳歌し、平穏な日々を送っていた。いつもとなにも変わらない朝、アキユキは通学バスを待つ生徒の列の中に見慣れない白髪の少女・ナズナを見つける。難民と思い、アキユキは一計を案じてバスに乗せる手助けをする。だが、ナズナはルイコン教の教祖・サンノオバから密命を託されており、自爆テロを敢行する。大破したバスに駆け戻ったアキユキはナズナから「あなたならきっと大丈夫、亡念のザムド」と声をかけられ、その直後に白い体躯の異形の巨人「ザムド」へと姿を変える。バスの爆破テロと呼応するかのように北政府の大規模な空襲が始まり島は戦場と化す。投下されたヒトガタと南大陸駐留軍との戦いに巻き込まれたアキユキザムドは島を襲うヒトガタと交戦する。ザムドの本能でヒトガタを撃退したアキユキだが、人としての意識は右腕に入り込んだヒルコにより思考停止に陥りかけていた。自我を喪失し、石になりかかっていたアキユキを救ったのは駆け付けたナキアミだった。ナキアミに「生きたいのならばそう願え!」と声を掛けられたアキユキは「生きたい」と答え、ザンバニ号に収容され治療を受ける。心ならずも故郷を旅立ったアキユキは自らが背負ったザムドという宿命を通じ、ナキアミやハルと共に世界に起きる出来事の真実に迫っていく。
1907年（明治40年）から1908年（明治41年）にかけて、内山は幸徳秋水らが主張する直接行動論に傾倒する。当時の日本社会党は、運動理論をめぐって、議会政策派と直接行動派とに分裂していた。1907年10月、上京した内山は、両派の集会にそれぞれ参加し、当時は議会政策論を唱えていた片山潜に対して批判的な感想を抱いている。1908年8月12日から同14日にかけて、赤旗事件の裁判傍聴のため郷里の土佐より上京してきた幸徳が、その途上、林泉寺を訪れている。このとき内山は、幸徳が翻訳したクロポトキンの『麺麭の略取』の原稿を一読している。同年9月30日、内山は上京し幸徳のもとを訪れ、幸徳に革命の方法を尋ねている。このとき幸徳は、洋書を繙きながら、革命の際に交通機関を破壊することなどの説明をしたとされる。同年10月、内山は天皇の神聖を否定する内容を含むパンフレット『無政府共産』を秘密裏に印刷した。同月末、内山は平民社を訪れ、森近運平より提供された『大阪平民新聞』の読者名簿を頼りに、『無政府共産』を各地の同志に変名で発送した。しかし、『無政府共産』の送付を受けた者の多くは危険を感じて処分し、さらにこれを配布した者5人が不敬罪に問われている。また、同年11月には、『帝国軍人座右之銘』、『道徳否認論』といった秘密出版物も作成している。1909年（明治42年）1月14日、平民社を訪ねた内山は、幸徳、森近らとの雑談の中で、「一場ノ談話」として、革命のために皇太子に危害を加えることを主張したとされる。翌15日には管野スガを訪ね、爆裂弾製造の研究用としてダイナマイトの提供を申し出ている。さらに翌16日には、横浜の社会主義団体である曙会を訪れ、革命実行の決意を糾したり、革命の方法として暴動や暗殺、“倅”（皇太子）を「遣つ付ける」ことなどを述べたとされる。ただし内山自身は、曙会で“倅”云々の話をしたことを否定している。同年4月15日、内山は永平寺の夏安居に参加するため、林泉寺を発った。同17日、永平寺への途上、名古屋の社会主義者、石巻良夫のもとを訪れ、革命の決意を糾したり、“倅”の話をしたとされる。内山は翌18日に永平寺に入ったが、同年5月18日、健康を害したため永平寺を出た。このときより、警察の尾行がつくようになった。同21日、大阪において、『大阪平民新聞』の協力者である三浦安太郎、武田九平に会い、爆裂弾の研究や、皇太子暗殺について話したという。さらに翌22日には、神戸において、『平民新聞』の読書会である神戸平民倶楽部の会員、岡林寅松、小松丑治に会い、皇室を斃して革命を実行することを主張したとされる。しかし、平出修が指摘したように、警察の尾行がつく中でそのような重大な話が行われたとは疑わしく、皇太子暗殺の話などについては、検察側の捏造ないし拡大解釈であった可能性がある。同年5月24日、内山は林泉寺へ帰る途上で逮捕され、同29日、出版法および爆発物取締罰則違反で起訴された。同年7月6日、林泉寺の住職を諭旨退職。1910年（明治43年）4月5日、出版法違反で禁錮2年、爆発物取締罰則で懲役5年の判決が下され、東京監獄で服役することとなった。同年6月21日、曹洞宗は内山を宗門擯斥（僧籍剥奪）に処している。