ガイガーによる1908年の論文 『物体によるアルファ粒子の散乱について』 では、次のような実験を記述している。彼は2メートルに近い長いガラス管を作り、一方の端にはアルファ粒子の線源である多量の“ラジウムエマネーション” (R) を配置した。管の反対の端は蛍光板 (Z) で覆った。管の中央には0.9 mm 幅のスリットを設けた。R からの粒子はスリットを通って、板上にあざやかな斑点を生成した。シンチレーションをカウントし拡がり具合を測定するには、顕微鏡 (M) を使った。ガイガーは管の空気を全部ポンプで抜いてアルファ粒子を妨害しないようにし、スリットの形に対応する鮮やかでクッキリした画像が板上に残るようにした。次に管に少し空気を残し、板上の斑点がもっと拡散するようにした。その後またポンプで空気を抜いて、AA のスリットにいくつかの金箔を置いた。これによって、斑点は再び拡散するようになった。この実験によって、空気によっても固体によってもアルファ粒子は間違いなく散乱することが示された。しかし、この装置では偏向の角度が小さいものしか検出できない。ラザフォードはアルファ粒子が 90° を超えるような、もっと大きな角度で散乱されていないかを知りたがった。
ノルウェーで評価を得られず、行き詰まったムンクは、再びベルリンにアトリエを構えて活動するようになった。この頃、ベルリン分離派のマックス・リーバーマンがムンクを支援してくれるようになり、その勧めにより、1902年の分離派展に作品22展を出品した。後に「生命のフリーズ」と呼ばれる作品群が完全な形をとったのは、この時であった（→生命のフリーズ）。この展示は大成功を収め、ムンクは、日記に「あの悲惨な時代は終わった」と書いている。実業家アルベルト・コルマンの支援も受けるようになった。さらに、コルマンの紹介で、リューベックの眼科医で美術愛好家のマックス・リンデと交友するようになり、リンデの子供部屋に飾るための絵の依頼を受けて制作に取りかかった。ムンクは、同年（1902年）夏、オースゴールストランに戻った。ある日、トゥラ・ラーセンの女友達が、ムンクに、トゥラが自殺を図っていると言ってトゥラと会うことを求め、ムンクはそれに応じた。この時、トゥラとムンクとの間でどのようなやり取りがあったのか詳しいことは明らかでないが、小競り合いのうちに、ピストルが発射され、ムンクは左手中指の第2関節を撃ち砕くけがを負うという事件が起こった。この時、中指に弾丸が刺さった様子を写したレントゲン写真が残っている。この事件で2人の関係は破局し、ムンクは1909年になっても友人のヤッペ・ニルセンに手の痛みを訴えつつ、「彼女の卑劣な行為が僕の人生を滅茶苦茶にしたんだ。」と罵っている。1903年1月、ベルリンで個展を開き、同年4月にはパリのアンデパンダン展に何点かの新作を出品し、好評を得た。ムンクはこの年、イギリスの女流ヴァイオリニスト、エヴァ・ムドッチ (Eva Mudocci) を知り、彼女を愛するようになった。彼女をモデルに『ブローチをつけた婦人』といった優れたリトグラフ作品を残している。他方で、この頃、酒に酔って人とけんか騒ぎをすることが度々あり、ムンク自身も自分の精神状態に不安を覚えるようになっていた。ムンクは、リンデの依頼に応じた制作を再開し、1903年にエッチング集『リンデ博士の家庭から』を完成させ、同じ年に次いで油絵『リンデ博士の4人の息子』を制作した。これらの一連の作品は「リンデ・フリーズ」と呼ばれ、1904年末に全作品が完成した。もっとも、リンデは子供部屋にはふさわしくないと考えたためか、その引取りを拒否したが、2人の交友関係はその後も続いた。1904年にはベルリン分離派の正会員となった。同年9月にはコペンハーゲンのデンマーク分離派展で全作品の回顧展示を行い、成功を収めた。同じ年、ハンブルクのコメーター画廊が油彩画の独占販売契約を結び、ベルリンのブルーノ・カッシーラー画廊が版画の独占販売契約を結んだ。カッシーラーがベルリンで開いた肖像画の個展が成功すると、肖像画の注文が殺到した。ハリー・ケスラー伯爵の招きに応じてヴァイマルに赴き、ケスラーの肖像画を描いたり、銀行家エルネスト・ティールの依頼により故フリードリヒ・ニーチェの肖像画を描いたりした。1905年2月から3月にかけて、プラハのマーネス芸術協会で、油彩画75点、版画50点の個展が開かれ、若い芸術家たちに熱狂的に支持された。ムンクは1900年代以降の個展の成功の中でも、この個展について「まるで王侯のようなもてなしを受けた」と、美しい想い出として何度も回想している。1906年には、ベルリンの演出家マックス・ラインハルトの依頼で、ヘンリック・イプセンの『幽霊』と『ヘッダ・ガーブレル』の舞台装置の下絵を描いた。1907年には、室内劇場の休憩所の装飾を依頼され、「ラインハルト・フリーズ」を完成させていった。ただし、この劇場は実際にはほとんど使われず、ムンクの作品は散逸してしまった。この1907年と翌1908年の夏には避暑先をオースゴールストランからドイツ北部の保養地ヴァーネミュンデに変えつつ、「水浴トリプティーク（三幅対）」と「マラーの死」の油絵シリーズを手がけた。「マラーの死」は、ジャック＝ルイ・ダヴィッドの『マラーの死』と同じ主題であるが、トゥラ・ラーセンを殺人犯シャルロット・コルデーに、ムンク自身をジャン＝ポール・マラーに見立て、銃撃事件を描いた作品となっている。「水浴トリプティーク」は、ヴァーネミュンデのヌーディストビーチにキャンバスを立てて制作した作品であるが、フィンランドの美術館が購入した際には新聞で騒ぎとなった。1902年以降、画業の成功とは裏腹に、ムンクに精神的危機が深まっていった。若い時から生への不安は続いていたが、トゥラとの恋愛事件で受けた打撃などを機に、妄想を伴う不安が高まり続けた。その結果、アルコールにのめり込んでいった。1905年には、画家仲間とのつかみ合いのけんかを起こすなど暴力性も現れた。ベルリンで「街に出られない」という対人恐怖症の発作に度々襲われたりもした。1908年には、その症状が頂点に達した。