川口大紀、吉田吏玖、細見諒、田中豪紀、内野裕太の大卒選手5人が加入した。1stステージは4位、2ndステージは5位で年間順位も5位で終わったものの天皇杯2回戦では鹿島アントラーズに2-2でPK戦の末勝利し、前年の雪辱を果たした。そして内野が新人ながら12得点で得点ランキング3位に食い込み新人王を獲得。シーズン終了後、2003年から12年間在籍した桐田英樹を初めとして、元木数馬、宮尾勇輝、李澤忍治、布施有太の5人がチームを離れた。
SAGAWA SHIGA FCより中村元を、新卒で松岡祐介、荻原健太、不老祐介をそれぞれ獲得した。またGK金子進が長期離脱の怪我を負ってしまったため3月にベガルタ仙台から石川慧を急遽レンタル移籍で獲得した。8月にリーグ戦で12得点した大久保がモンテディオ山形へ完全移籍した。大久保が抜けてからは決定力不足に陥ったものの、最終的には9位でシーズンを終えた。シーズン終了後に谷池洋平と東北リーグ時代から唯一ソニー仙台に所属していた千葉雅人が現役引退し、千葉はJFL特別賞を受賞した。また山藤健太がツエーゲン金沢へ移籍。石川慧はベガルタ仙台に戻った。
コーチだった石川雅人が監督に昇格。現役を引退しばかりの本多がコーチ就任した。またベガルタ仙台から大久保が2年ぶりに復帰したのをはじめ、ジェフリザーブズから瀧本雄太、アルテ高崎から山藤健太と布施有太を獲得したが、新卒で加入した選手がJFL加盟後初めて1人もいなかった。開幕2連敗したもののその後はリーグ2位タイの失点数もあり、守り勝ちする試合で勝ち点を積み重ねた。しかしリーグワーストの27得点を示すように年間通じて決定力不足に悩まされ、特にリーグ後半は決定力不足が顕著になり、8月以降複数得点する試合が1試合もなく、最後は10試合連続未勝利・4試合連続完封負けでリーグ戦を終えた。シーズン終了後に橋本尚樹、斎藤雅也、門馬匡史、山内達夫の4選手が社業専念で現役引退となった（山内は後にサウルコス福井へ移籍した）。
ブラウブリッツ秋田から菅原太郎、V・ファーレン長崎から宮尾勇輝が移籍。新人3人がソニー仙台に加入した。しかし東日本大震災で多賀城市にあるソニー仙台テクノロジーセンターやその周辺が津波で壊滅的な被害に遭ったことにより、リーグ戦参加の目処がたたなくなったため、前期7節から17節までのリーグ戦参加をとりやめ、後期第1節よりリーグ戦に参加することとなった。チームは2ヶ月間練習できず、全体練習が始まったのが震災から2ヶ月たった5月の中旬だった。そして7月3日の後期第1節のアルテ高崎戦よりリーグ戦に復帰した。しかし2ヶ月のブランクは予想以上に大きく、後期開幕後しばらく勝利をあげられず、初勝利が9月23日の町田ゼルビア戦だった。その後も雷雨や台風の影響で順延になった試合が10月に組み込まれ、10月から11月に週2回の試合が連続したこともあり、選手の疲労が濃くなってしまい、なかなか勝利をあげられず結局後期だけ参加のリーグ戦は最下位の18位（災害復興支援試合を含めると17位）となった。本来なら地域リーグに自動降格になるが、町田ゼルビア、松本山雅FCのJ2加盟とジェフリザーブズのチーム解散があって、辛うじてJFL残留となった。シーズン終了後、監督の田端とフィジカルコーチの片桐幹雄が退任、長年ソニー仙台でプレーした本多進司が現役引退。菅原太郎もHOYO AC ELAN大分へ移籍をはじめ、麻生耕平と花渕修平が退団。 遠藤大志はGKコーチ専任となった。
ゆめ半島千葉国体のサッカー競技・成年男子に宮城県代表として参加し、優勝した。リーグ戦は序盤こそ開幕ダッシュに成功したが、前期5節以降に怪我人が続出し、昨年のレギュラーだった町田や比嘉が離脱してチームは4月以降2ヶ月間未勝利となってしまい、その後も谷池や花渕修平など怪我人が相次き、結局前期は12位で折り返した。後期は天皇杯でJ1のベガルタ仙台に勝利し上記の国体優勝はしたもののリーグ戦では好不調が波が激しく、決定力不足になったこともあり年間順位は14位と精彩を欠いたリーグ戦となってしまった。シーズン終了後にソニー仙台一筋に活躍した高野和隆、木村孝次が引退。町田も現役引退。大久保のベガルタ仙台復帰をはじめ8人が退団した。
物語は、前作『スターフォース』の舞台となった時空暦2010年から始まる。過去の世界で条件を満たすと未来のマップが変わり、新しい時空に行ける。最終ステージを含めた8つのステージそれぞれに年代が設定されており、一旦到達した時代は最終ステージを除いて相互に行き来可能。タイムトラベルと、過去の時代での行動による歴史の書き換えを繰り返しながら、スターフォースの世界とその歴史「時空暦」の謎に迫る。時空暦元年（0001年）にたどり着き、最終ステージへの扉を開いた時、物語は急展開する。ゲームオーバーになっても、タイトル画面でスタートボタンを押すだけで、タイム以外の全ての所持アイテムとゲーム進行度を引き継いで2010年から再スタートできる。使用回数は無制限である。セーブ機能やパスワードは搭載されていないため、クリアのためには長時間のプレイを要する。「太陽のランプ」を、時空暦0820年で水脈を枯らした後（時空暦1003年の地上マップ出現）以降に使うと地上マップを出現させた効果音と共になくなってしまうバグがあり、他の時代である敵を倒そうとしてもこのバグのため倒せなくなる。対処方法としては「時空暦0001年を時空暦0820年より先に攻略する」ほか、時空暦0820年エルドレラの遺跡内で、紋章を2つ取得してからさらに奥の迷宮へ入る出入口を行き来することで回避できる。ただしこの後で水脈を枯らす場所に行くとバグが復活する。本作ではマルチエンディングが採用されており、冒険の中であるアイテムを入手し、ある場所を訪れることで真のエンディングを見ることができる。バッドエンディングの方が真のエンディングよりもテキストが長いという力の入りようであり、こうして両方のエンディングに見る価値を持たせていると言える。