浄土真宗には親鸞の旧跡などを参拝する「巡拝帳」と呼ばれるものがあり、納経印とは違い朱印に功徳はなく、「参拝記念」の証という意味付けになっている。しかし、昭和60年代以降、浄土真宗本願寺派や真宗大谷派の多くの寺院では参拝者に朱印を押印しなくなった。これについては真宗大谷派では「1回行って朱印を手に入れたら2度と行かないとも取れる朱印は不要」という意味のことがHPにかかれている。浄土真宗本願寺派の現在のHPには「本願寺では御朱印は行っておりません。参拝記念スタンプを龍虎殿にご用意しております。」と簡単に触れられているが、以前のHPには「朱印は元々納経という自力の行を行った証のものであるので、他力本願を旨とする本願寺では行わない」という意味の記載があった。一方、興正派、佛光寺派、高田派、東本願寺派、単立寺院をはじめ、他派の寺院では朱印を継続している場合もある。
神仏分離の影響で、御朱印帳に寺院と神社の朱印が混在している場合、押印を断る寺社も存在する。法華宗、日蓮宗の不受不施義の考えが色濃い寺院では一般的に御首題が押印される。御首題帳へ他宗派や神社の朱印が混在している場合は断られる場合が多い。他宗派の朱印が書かれた朱印帳にはお題目の「南無妙法蓮華経」を略されて、「妙法」などとしか書かなかったり、拒否する寺院もある。もちろん、神仏などの御朱印を行っているところもある。教派神道の神社でも御朱印を行っていることは多い。現代では教派神道ではないとされる新宗教でも行われていた場合もある。キリスト教においては基本的に御朱印は存在しない。2018年に全国で初めて、熊本県天草市の崎津教会で世界遺産登録を記念し神道・仏教・キリスト教の三宗教合同の御朱印が行われた。寺社以外の宗教施設では、孔子廟や慰霊施設でも御朱印が存在する場合がある。厳密には御朱印ではないが、天皇陵（御陵）において御陵印（ごりょういん）が存在する。これは各天皇陵に置かれているのではなく、全国5ヶ所に点在する宮内庁陵墓監区事務所に、それぞれ複数の印が一括で保管されている。従って、御陵印を求める場合は陵墓監区事務所を直接訪問する必要があり、また自らが押印するという点も御朱印とは異なる。日本以外では、寺院においては記念スタンプがある国もあるが、朱印は存在しない。観光会社の企画として韓国の寺院で朱印が行われたことはある。そもそも海外に神社は少ないが、神社においては朱印が行われている場合もある。
確認できるうちでは、遅くとも室町時代末期から江戸時代初期頃には存在しており、当時は神仏習合であるため寺社のどちらで生まれたかは定かではない。起源には諸説あるが、元々は寺社に写経を納めた際の受付印であったとする説が有力である。朱印の右上に現在は「奉拝」と書くことが多いが、昔は「奉納大乗経典」となどと書かれていた。現在でも納経（写経の奉納または読経）をしないと朱印がもらえない寺院が存在するが、遅くとも江戸時代中期には、多くの寺社では少額の金銭（御布施・初穂料）を納めることで朱印がもらえるようになっていた。なお、朱印状の朱印とは歴史的に関係はなく、これは御朱印においてどちらかというと寺務所・社務所や住職・宮司の印に該当するものである。
日本においては主に大正時代以降、駅スタンプやスタンプラリーなど、主に観光目的の「記念スタンプ」が行われているが、朱印はそれらとは違う宗教行為である。そのため「記念スタンプ」とは違い、寺社の職員や僧侶、神職、氏子などの手によって押印し、参拝者側が自由に押印できないのが一般的である。ただし、無人あるいは無人となることが多い寺院や神社の場合は参拝者が押せるように用意されている場合もある。
9月4日早朝、グレイの艦隊はイギリス海軍ロバート・ファンショー艦長のフリゲート艦HMSキャリーズフォートが先導し、バザーズ湾に向かった。その途中でハウ提督の艦隊と出遭った。ハウは襲撃が完了するまでブロック島近くに留まることに合意した。その日の午後にバザーズ湾に到着し、キャリーズフォートは2度岩礁に当たる不運に見舞われたが、大したことはなく、艦隊はニューベッドフォードとフェアヘイブンに向かうべくアクシネット川を遡った。その夜、グレイは川の西岸クラークスポイントで部隊を上陸させた。その夜と翌朝は「アクシネット川の全体で」船舶、倉庫、桟橋を破壊することで時間が使われた。破壊された船舶の多くは、この2つの町から出撃した私掠行為によって捕獲した戦利品だった。イギリス軍が火を付けたことで生じた大火が家屋や礼拝所にも回り、20マイル (32 km) ほど離れたニューポートでも見られるほど明るくなった。9月5日夜、フェアヘイブン側に築かれた小さな砦から38名の砲兵がイギリス艦船に砲撃があった。この部隊はその後、砦の大砲を固定して使えなくしてから放棄し、戦旗は翻したままにしていた。イギリス軍は短時間反撃し、その後砦の大砲を破壊した。グレイ隊はアクシネット川の上流を回って東岸に移り、宿営した。翌朝部隊は再度乗船したが、グレイ将軍はフェアヘイブンにも襲撃を行うと決断した。そうしている間に地元民兵がフェアヘイブン防衛のために到着し初め、イズラエル・フェアリング少佐が、上級の大佐から指揮を引き継いだ。その大佐は積極的に防衛を行うことを躊躇していた。9月6日朝にイギリス軍がフェアヘイブンに接近すると、フェアリングは村と上陸点の間に約150名の民兵を配置した。イギリス軍は近くの建物数軒に火を付けた後、村に向かって前進した。この時点でフェアリング隊の兵士がマスケット銃の一斉射撃を行ったので、イギリス軍は急ぎ艦船の方に撤退することになった。