五島うどんは長崎県の手延べうどんの生産の中核を占める。材料は小麦粉・塩・椿油のみであり、小麦粉は日本国内産、塩は五島灘から採れる海水塩を使用し、椿油は100%五島産を利用する。長崎県庁によると、2015年（平成27年）時点の五島うどんメーカーは29業者ある。まず小麦粉を塩水とともに練り、これをよりながら細くしていき、「むろ」という木箱の中で熟成させる。この手延べ製法は「掛巻」と呼ばれる。これをさらによりながら細くし、麺棒（伸ばし棒）で数回に分けて伸ばし、これを吊るし干しする。吊るし干しの工程に至るまでに20回以上生地を伸ばす。五島には晩秋から春先にかけて冷たく乾燥した北西風が吹き下ろし、これがうどんの乾燥に適している。乾燥させる際に椿油を塗りながら麺を伸ばす。ツバキ（椿）は五島の山に自生しており、ツバキの実を絞って油を抽出する。椿油はコシを保ち、酸化しにくい麺を作るのに役立っている。通常のうどんは2日かけて製造するが、「本場の本物」認定品は乾燥工程を1日長くするため3日を要する。
五島うどんとは本来、旧上五島町で生産する「船崎うどん」と旧有川町で生産する「有川うどん」の総称である。両町は平成の大合併により新上五島町となっており、同町の旧新魚目町域にも五島うどんの製麺所がある。有川うどんは赤色の帯封が特徴である。五島手延うどんの名称は、製法が普及し流通が広がった1965年（昭和40年）頃から使用されるようになった。「五島うどん」と「五島手延うどん」はどちらも地域団体商標登録されており、五島手延うどん協同組合が商標権を有する。登録上の指定商品又は指定役務は前者が「五島産のうどんのめん」、後者が「五島産の手延べうどんのめん」である。登録番号は前者が第5079155号、後者が第5079156号。
2004年（平成16年）3月、当時の有川町が物販施設と五島うどんの飲食店を併設した「五島うどんの里」を開設し、集客拠点として機能するようになった。この頃には五島出身者がおすそ分けの形で広めることで九州での五島うどんの知名度が向上し、五島うどんメーカー12社が参加する五島手延うどん協同組合は同年3月期に約2億円を売り上げ、イベントでの出張販売のみならずスーパーマーケットなどの通常販路が開けていった。2005年（平成17年）3月には「長崎県五島手延うどん振興協議会」がうどんメーカーらによって結成された。この組織は、これまで各メーカーの企業秘密であった小麦粉と塩の配合比率を教え合って統一ブランドとしての試作を図ったり、東京や大阪での商談会を開催したりするもので、地域の基幹産業であった漁業の衰退と公共事業の減少を背景とした動きであった。更に五島うどんの製法で培った技術を生かしてパスタやちゃんぽん麺の開発も行った。2008年（平成20年）には、出荷額が10億円に達した。長崎県庁では五島手延うどんの認知拡大と売上向上を図っており、電通九州を代理店として統一ブランド商品を展開した。その中で売り場に埋もれないデザインが心掛けられ、「私流、おもてなしうどん。」のキャッチコピーでポスターやPOP広告、レシピ本などを制作した。県庁では五島うどんが日本三大うどんに数えられながらも認知度では讃岐うどんや稲庭うどんに劣ると考えており、2015年（平成27年）にはJapan Expoやミラノ国際博覧会に出品するなどして日本国外との取引促進や日本国内での認知向上を続けていく方針である。2016年（平成28年）には新上五島町の地域おこし協力隊員が島で育てた小麦を使って五島うどんを作ることを目指して「ムギ部」を立ち上げ、耕作放棄地を利用した小麦栽培を開始した。
元々は大内氏の家臣であり、初名の「長相」は大内義長から偏諱を受けて名乗ったものと考えられる。弘治2年（1556年）、毛利元就による防長経略では山代衆の残党と共に居城の成君寺山城に籠り抵抗したが、やがて毛利氏に降伏。元就の長男・毛利隆元より偏諱を賜り「元宣」と改名する。以後は毛利氏家臣として、父と共に忠勤を励み、父が天正13年（1585年）に病死すると家督相続し、杉氏の当主となる。しかし、五奉行の一人である児玉元良の13歳の娘・周姫（清泰院）と結婚したことで、元宣の人生が暗転する。「古老物語」によると、実は妻は幼少の頃から主君である毛利輝元（隆元の子）が目をつけており、輝元は元良の娘目当てで元良宅を度々訪問する始末で、この婚礼自体がそうした輝元の態度に快く思わない元良の意向によるものであった。天正14年（1586年）、九州征伐では小早川隆景の配下に入り、筑前国へ出陣した。このとき、元宣の妻になっても元良の娘を諦めきれない輝元は、家臣の杉山元澄（土佐守）・就澄（清兵衛）父子、佐世元嘉らに命じて、元宣の妻を奪ったのである。天正17年（1589年）3月1日、主君とはいえ輝元の悪行に激怒した元宣は、大坂の豊臣秀吉に輝元の悪行を直訴すべく出立した。しかし、事の重大さに気付いた小早川隆景は御家の大事のため、元宣を不憫に思いながらも村上景親に追跡を命じ、6日に野上庄沖にある大島の船隠で殺害した。これにより、隆相系杉氏は断絶した。その後、毛利家の船が徳山湾の沖を通ると海が荒れるようになり、広島域中では奇怪な事件が相次いだという。元宣の供養塔は、杉元相が建立した菩提寺である興元寺内、元相の墓の隣にあり、周南市の文化財に指定されている。また、興元寺には恨みを含んだ武者の幽霊が白馬に乗って辺りを走り回る、という伝説も伝わっており、興元寺では山門を固く閉ざして「不開の門」とし、別に山門を建て、仏前に回向することを続けた。毛利家では、たびたび興元寺に寺領を寄進して、杉氏の供養を長く続けたという。なお、元宣の元妻は二の丸殿と呼ばれ、輝元との間に萩藩主・毛利秀就と徳山藩主・毛利就隆らを出産した。