創建は明らかではなく、諸説が論じられている。『神名帳考証』では、『新撰姓氏録』にある「調連（つきのむらじ）」条にある顕宗天皇に絁絹を献じた「阿久太」との関係を論じている。また調連が努理使主の後裔と記すことに関して、努理使主は『古事記』に仁徳天皇皇后に蚕を献じたと見える「奴理能美」と同じとし、養蚕の技術を持つ渡来系の阿久太が当地に住み氏神として祀ったと推測している。また『新撰姓氏録』には、摂津国に神饒速日命後裔の「阿刀連（あとのむらじ）」条の記載があり、社名はそれによるという説もある。なお、境内北方を流れる「芥川（あくたがわ）」の名は当社の社名に因むといわれ、「阿久刀川（あくとがわ）」の転訛により「芥川」となったとされる。
タクナ - アリカ間を結ぶ、タクナ-アリカ鉄道の古い鉄道駅に設立され、博物館の一部がそのまま鉄道駅としても使われている。なお、現在タクナ-アリカ鉄道は運休されており、再開は未定である。博物館には、19世紀後半に使用されていた当時の駅施設および鉄道車両など、当時のオリジナル品の90％がそのまま残されており、歴史的、建築学的に価値が高い。館内には現在でも利用できる機関車や車両整備に使われる機材などが触れる場所に置かれている。建物内の展示室は、ペルーについての部屋、タクナとアリカについての部屋、鉄道切手の部屋、鉄道力学の部屋などに分かれている。博物館の入り口から、そのまま道路に線路が伸びており、タクナ中心部から博物館へ線路をたどっていけばたどり着ける。入り口は常時施錠されており、扉横にある呼び鈴を鳴らして係員を呼ぶシステムになっている。
退任発表を機に、複数の高校や大学が指導者としての受け入れを打診。一時はアマチュア野球指導者への復帰を考えたが、「野球における心境と行動のつながりを学び直したい」という理由で打診を固辞した。2016年からは、将来の野球指導者復帰を視野に、2つの大学院（筑波大学など）で心理学や行動科学を研究。また、関東地方の会社からの依頼で、社員の意識改革に向けた教育に携わる。その一方で、2016年以降のプロ野球シーズン中には、北海道新聞の「ファイターズ　アイ」（日本ハムの戦い振りを元プロ野球選手の視点で分析する連載コラム）を若松勉（ヤクルト時代のチームメイト）・岩本勉・大宮龍男と交互に担当する。2017年からは、北海道テレビの野球解説者を務める。2018年9月からは、イートファクトリー（大阪市を拠点に居酒屋などの飲食店を運営する会社）が翌2019年4月1日に硬式野球クラブのイートファクトリーベースボールクラブ（チーム名は「満マルビリケンズ」）を結成することを前提に、同クラブのシニアアドバイザー務める。さらに、2019年1月1日付で、札幌国際大学スポーツ人間学部スポーツ指導学科の教授へ就任した。
南紀・熊野地方の山仕事や農作業で食べる弁当としてはじまったと伝えられ、現在でも一般家庭でつくられている。本来は酢飯ではない麦飯でソフトボール大に握ったと伝えられるおにぎりを高菜で包みこんで作る。ひとつで一食分となる大きな握り飯を、崩れないように高菜でくるんだのが始まりと考えられる。目張り寿司という名称は、大きく口を開けて食べるため、それに伴い自然と目も見開く表情に由来するという説や、目を見張るほど大きくておいしいからという説、あるいは、おにぎりに目張りするよう完全に包み込むことに由来するという説もある。過去には丸新が調製販売する新宮駅の駅弁「めはり寿し」がとりわけ有名で、これにはゴマなどを加えた白米の酢飯（寿司飯）を使用し、大きさも小さめの俵型になるなど、列車内での食べやすさが考慮されていたが同社の撤退により2017年現在、和歌山県内で駅弁として入手出来るものは紀伊勝浦駅の駅弁販売業者川柳調製のもの(ただしめはりずし単品設定はなく、さんま寿司との詰め合わせの「紀の国」のみ)と県最北端に位置する和歌山駅の和歌山水了軒によるもののみ販売されている。東紀州地域にはメニューとして提供する店舗が17あり、東紀州地域振興公社では店舗マップを2014年に作成したほか、その一つである熊野市駅前の食堂・喜楽では持ち帰り販売もおこなっている。酢飯のほか、醤油味を付けることもあり、またおにぎりに入れる具も、きざんだ高菜漬けの軸や、胡麻、じゃこ、鰹節などを入れたりするなどレシピは多様化を遂げている。弁当としてはガリや梅干、沢庵漬け、などを添えた単体のものから、副菜各種と組み合わせたものまでさまざまである。高菜の葉でおにぎりを包み込むだけという簡便さにもかかわらず、野趣に富む味わいが、和歌山で根強い人気を持つ。新宮市で専門店を営む「総本家めはりや」は1962年に創業、初めて「めはりずし」を商品化した店として新たなレシピを考案することにより、地元の固定客を中心に熊野古道などを訪れる観光客や、里帰りの人からも人気を集めている。また、大阪市心斎橋には、めはりずしを看板にした料理店もある。また、空港で「ご当地空弁」として売られることも増え、関西国際空港で「紀州めはりずし」として売られたり、県外の有名百貨店の催しもので「ご当地弁当」として扱われることもある。具材がおにぎり同様、素朴で作りやすいためか、最近ではコンビニエンスストアのおにぎりのコーナーでも見受けられる。高菜の産地としては阿蘇や福岡などの九州地方が有名であるが、紀州の高菜は外側から葉を一枚ずつ採っていき、高菜自体は植えっぱなしにして半年くらい収穫を続けるという特殊な収穫方法であり、この方法で採取された高菜の葉を使うめはりずしがめはり寿司の保守本流といえる。