番組開始当初から6年間にわたりキャスターを務めていた安藤が視聴率改善のため『FNNスーパーニュース』へ異動することになったため勇退し、2000年（平成12年）4月から新キャスターを田代尚子アナウンサー（当時）が担当、リポーター兼田代の代理キャスターを小泉陽一が担当、コメンテーターは、『FNNスーパーニュース』へ異動した木村と入れ替わる形で、大林宏が担当することになった。同時に放送時間を変更し、特集が縮小（2001年に廃止）となり、ニュースのみで随時特集企画を組み込む構成になった。その後、田代は週末（土・日）の深夜最終版FNNニュースへ移動し、後任として2002年（平成14年）9月30日から安倍宏行と滝川クリステルがキャスターに就任した。2001年4月からC型肝炎問題を追及・検証し、現在も定期的に特集している。ウイルスが血液製剤「フィブリノゲン」に混入していたこと（フィブリノゲン問題）をスクープし、日本民間放送連盟賞テレビ報道部門最優秀賞を受賞するなど、社会的に高い評価を得ている。また、このシリーズは、日本の報道界では最高の栄誉である新聞協会賞に続いて、放送界のピューリッツァー賞とも言われる米ピーボディ賞を、日本のテレビ番組としては初めて単独で受賞した。
『FNN NEWSCOM』に替わり、1994年（平成6年）4月1日放送開始。当初はスポーツニュース（『プロ野球ニュース』、2001年4月から『すぽると!』）をインサートして後半に特集を放送する3部構成だったが、2003年（平成15年）3月に前半が『ニュースJAPAN』、後半が『すぽると!』という構成となり、事実上、両パートが分離し、コンプレックス枠を形成している。このようなコンプレックス形式（新聞番組表・EPGの上で）は、1988年度・1989年度に放送された『ニュース最終版（『プロ野球ニュース』&『DATE LINE』）』の時代からの名残である（1990年度 - 1993年度はコンプレックスは解消され『NEWSCOM』と『プロ野球ニュース』は別枠となっていた）。当時、平日の『FNNスーパータイム』を担当していた安藤優子をキャスターとして起用。前番組『NEWSCOM』キャスターの木村太郎はコメンテーターとなり、安藤・木村太郎コンビは『FNNスーパーニュース』にも引き継がれる（安藤と共に初代キャスターを務めた宮川俊二は降板後、『FNNスーパーニュース』の初代メインキャスターに就いた）。開始当初のキャッチフレーズは 「日本の夜を変えます」 。木村太郎、のちにフジテレビ解説委員がコメントして視点のひとつを提供するスタイルを採る。放送第1回は金曜日だったが『料理の鉄人』が日曜22:30 - 23:00枠から金曜23:00 - 23:45枠に枠移動・拡大する1週間前だったこともあり、23:00 - 翌0:40の枠で拡大して放送された。『ニュースJAPAN WEEKEND』が1997年（平成9年）4月に放送を始める前にも、1994年度に放送されていた『スポーツWAVE』では、ニュースコーナーを「ニュースJAPAN」と称していた。1998年（平成10年）10月、『バラパラ』放送開始に伴い、月曜から木曜の放送時間が20分繰り下げとなり、全曜日で10分短縮した。視聴率は、開始当初こそは『NNNきょうの出来事』（日本テレビ）と『筑紫哲也 NEWS23』（TBS）という先発の2つの裏番組に苦戦していたが、日によっては『きょう出来』を上回る視聴率を記録することが多くなっていった。1996年秋以降は視聴率が上昇、1997年以降も安定した視聴率となった。しかし1990年代当時はフジテレビにおいてもプロ野球中継で30分遅れてのスタートになることがあったため、繰り下がった放送日では、ほぼ横ばいで推移していた。
小説版の描写によれば、船体構造は、ガス嚢を木造骨格と外皮とで被覆した硬式飛行船であり、ガス嚢と主翼先端のメインローターで浮力を制御している。ガス嚢は船体内部に7個あり、3個までなら損傷しても飛行可能である。メインローターと主翼はティルト式になっており、角度を調整することで垂直上昇やホバリング、高速飛行等を自在に行える。動力源は小説版では焼玉エンジンとされ、広い機関室内には駆動系の歯車が剥き出しになっている。高速飛行する際には、機関室のレバーでクラッチを操作することで船体後部にある四重反転プロペラを駆動させる。船体後部には大型の垂直尾翼があり、海賊のシンボルマークである髑髏（ジョリー・ロジャー）が描かれている。船体の大部分は木と布で出来ており固定武装や装甲等は無く、専ら空賊団の移動及び寝食と、フラップター輸送用の空中母船であり、劇中で飛行戦艦ゴリアテに遭遇した際にもただ逃げるしかなかった。なお速力については、小説版によると軍の最新鋭艦には劣るものの、未だそれに次ぐとされている。ブリッジは船体から渡り廊下兼用のフレームを介して前方に張り出した位置にあり、横長の筒状。中央には進行方向に向かって円錐状に伸びたノーズコーンがあり、全体的に鳥の顔に似ている。ノーズコーンの左右には円形のガラス窓が嵌め込まれ、操縦士は右を、船長は左の窓をそれぞれ覗く形となる。ブリッジ中央には無線装置が設置され、通信の傍受もここで行われる。メインゴンドラは居住区画となっており、デッキで後部の機関室と繋がっている。またメインゴンドラの下部はフラップターの格納庫となっている。各区画間での通信手段は主に伝声管を使用している（内線電話はない）。小型の船体ながら部屋の数はかなり多く、劇中ではドーラの私室（＝船長室）、厨房、ハンモックを吊った食堂兼船室、機関室等が描かれている。船体上部とブリッジの上部に見張り台があり、夜間は交代で見張りに就く。船体上部の見張り台へは船体の外側に取り付けられた足場でしか移動出来ない。またこれは分離式となっており、見張り台内部のハンドルを操作して凧の翼を展開した後、ブリッジからの遠隔操作で母船から分離、上昇し、母船よりも高々度からの偵察が出来る様になる。分離すると伝声管が使用出来なくなるため、ブリッジとの通信は船内電話に切り替えられる。分離中は、母船側のウインチから鋼鉄製のワイヤーが伸びて船と繋がれているが、一度分離すると悪天候時の収容や再結合は不可能。また見張り台には独立した操縦装置があり、万一ワイヤーが断裂しても、独立したグライダーとして飛行出来る。