弘化元年（1844年）頃からは、「菁々其一」と号を改めた菁々落款に変わる。「菁々」も『詩経』小雅にあり、「盛んなさま」「茂盛なさま」を指し、転じて人材を育成することを意味する。明らかに光琳の号「青々」も踏まえており、この改号には、師抱一を飛び越えて光琳を射程としつつ、次なる段階に進み、自ら後進を育てようと目論む其一の意欲が窺える。その作風は再び琳派の伝統に回帰する一方で、其一の個性的造形性が更に純化する傾向が混在したまま完成度を高め、ある種の幻想的な画趣を帯びるようになった。ただし、晩年には工房作とおぼしき其一らしからぬ凡庸な作品が少なからず残り、師・抱一と同様、其一も弟子に代作させたと見られる。また、酒井忠学に嫁いだ徳川家斉の娘喜代姫の厚遇により、酒井家の医師格、つまり御用絵師となり別に30人扶持を賜ったとする説があるが、信頼できる一次資料にはない。安政5年、64歳で没する。死因は当時流行したコレラともいわれる。法名は菁々院元譽其一居士。浄土宗の浅草松葉町正法寺に葬られたが、同寺は関東大震災で中野区沼袋に移転し、其一の墓もそこに現存している。
其一は抱一の四十九日を過ぎてすぐ、文政12（1829年）2月に願い出て、それまでの家禄を返上する代わりに一代画師となった。普通なら姫路藩士として通常の勤務に戻るのが通例であるが、一代画師を選択したのに其一の特異性をみる意見もある。5人扶持・絵具料5両を受け、同時に剃髪し、天保3年（1832年）11月には絵具料を改定されて、9人扶持となる。翌年京都土佐家への絵画修業を名目に50日の休暇を申し出て、2月13日から11月にかけて西遊する。この時の日記『癸巳酉遊日記』が、京都大学附属図書館谷村文庫に残されている。其一は、古い社寺を訪ね回り古書画の学習に励むなかで師の影響を脱し、独自の先鋭で近代的な画風へ転換していく。落款も「噲々其一筆」などと記す、いわゆる噲々落款に改め、この後10年程用いた。「噲々」とは『詩経』小雅が出典で、「寛く明らかなさま」「快いさま」を意味する。天保12年（1841年）から弘化3年（1846年）にかけて、抱一が出版した『光琳百図』の版木が焼けてしまったため、其一が複製して再出版している。その制作過程における、宗達や光琳作品の図様や構成法の再学習は、この後の画風に影響を与えたと見られる。天保13年（1842年）の『広益諸家人名録』には其一ではなく、息子守一の名が記されていて、その頃既に家督を譲っていたのではないかと推定されているが、当時の人名録には当主だけではなく隠居、兄弟、子女も掲載される例は多数あり、別の事情により其一は選外になったとみる向きもある。
年記がある其一の作品は少ないが、落款の変遷から画風展開を追うのが普通である。抱一在世中は、抱一から譲られた号である「庭拍子」、または「其一筆」とだけ記す草書落款が多い。この時期は、抱一の住居「雨華庵」の筋向いに住み、身の回りの世話をしながら彼に学び、個性を顕わにしていく画風準備期とされる。ミシガン大学所蔵の「抱一書状巻」によると、其一はしばしば師の代筆を担当したらしく、抱一作品の中には其一筆と酷似した物も見られる。抱一からは、茶道や俳諧も学び、「鴬巣」の俳号をもち、亀田鵬斎や大田南畝らと交わり、彼らの讃をもつ初期作品も少なくない。文政8年（1825年）西村貌庵が著し、抱一が序を寄せた『花街漫録』の挿絵を描いており、他にも10点ほどの版本挿絵が知られる。
安政4年（1857年）、熊本藩士・儒学者の横井小楠の長男として肥後国に生まれる。熊本洋学校に学び、明治9年（1876年）には熊本バンドの結成に参加、同年に上京し開成学校に入学するが翌年に同志社に転入。明治12年（1879年）に同志社を卒業ののち伝道者として愛媛県今治市に赴任、新島襄により按手礼を受けた。明治16年(1883年)には上京して、宮川経輝や海老名弾正ら熊本バンドのメンバーと共に、第三回全国基督教信徒大親睦会の幹部として活動する。明治19年（1886年）、今治教会牧師を辞任。同志社の教師を経たのちに、明治20年（1887年）、再上京し、帰郷した義弟・海老名弾正に代わり、本郷教会の牧師をつとめる傍ら、『基督教新聞』、『六合雑誌』の編集にも携わったほか、内村鑑三を支援した。また、この頃から自由主義神学思想に傾倒していき、明治27年（1894年）にはその思想を鮮明に打ち出した『我邦の基督教問題』を著した。明治30年（1897年）、丁酉懇話会の設立に加わり、同年に同志社の第3代社長に就任。しかし、「同志社綱領」改訂問題に起因する学内混乱の責任を負い、わずか1年半で社長を辞職した。その後官界に転身し、逓信省官房長をつとめた。明治36年（1903年）、岡山選挙区より立憲政友会公認で衆議院議員選挙に立候補し、当選を果たした。明治42年（1909年）、日本製糖汚職事件で拘禁され、同年5月6日に衆議院議員を辞職。同年8月10日に東京控訴院第一部で、重禁固5ヶ月、追徴金2,500円の有罪判決が言い渡された。雑誌『時代思潮』を発行したほか『東京日日新聞』の主幹もつとめた。大正8年（1919年）、パリ講和会議に出席。昭和2年（1927年）、大分県別府市にて死去。