共和国軍は新鋭ゾイドを集結させ、総力を挙げて大攻勢を開始。一方、暗黒軍は暗黒軍団をもって迎え撃ち、共和国軍のゾイドを次々と撃破していき激しい抵抗を見せたが、ヘリックは一歩も引かぬ覚悟を固めた。激戦は続いたが、共和国軍は最終決戦用に開発したゾイド、キングゴジュラスをロールアウトさせた。ギル・ベイダーをも超える戦闘力を持つキングゴジュラスの投入により、形勢は一気に共和国軍に傾いた。キングゴジュラスは暗黒軍団さえものともせず帝都まで圧し進むが、そこに接近していた巨大彗星がZiの衛星の一つと激突した事による大災害が発生。戦闘継続は不可能と判断したヘリックはキングゴジュラスを自爆させ、部下と共に暗黒大陸から脱出した。大異変の最中、かつての皇帝ゼネバスはひっそりと息を引き取っている。
ZAC2055年、共和国軍はサラマンダーF2によって暗黒軍との制空戦闘に勝利し、暗黒大陸内部への進行を開始する。ゴッドクライやデビルメイズまで歩を進めた共和国軍であったが、待ち構えていたシュテルマー中尉の駆るギルベイダーによって大反撃を受け、窮地に立たされる。こうして共和国軍は退却を決定。ガイロス皇帝は暗黒軍にその追撃を命令した。ZAC2056年、共和国は囚われのゼネバスを救出するため、オルディオス飛行中隊とトランスファイターゾイド（通称TFゾイド）部隊を編成し、進撃を開始する。これに対し、暗黒軍はガン・ギャラド、デス・キャット、アイス・ブレーザーを中心とする「暗黒軍団」を投入したため、その救出作戦は失敗した。
ZAC2053年10月、共和国前線基地の旗艦タートルシップに直撃した隕石の中から暗黒軍の最終兵器「ギル・ベイダー」が出現し、その圧倒的な戦闘力で共和国軍の前線基地を壊滅させた。ギル・ベイダーは共和国首都ヘリックシティの爆撃を敢行し、8万人の市民と防空任務に当たっていたグラハム空軍大尉の命を奪った。劣勢に陥った共和国は、補給中のギル・ベイダーを基地内で爆破する作戦を敢行したが失敗し、サラマンダーF2など強力なゾイドを失った。ZAC2054年5月、制空権をギル・ベイダーに奪われエントランス湾まで追い詰められた共和国軍は、劣勢を挽回するため、中央大陸に残った全てのマッドサンダーを改造して暗黒大陸へ向かわせるという作戦をとった。5月10日のヘリック共和国海軍記念日に改造マッドサンダー「サンダーパイレーツ」を旗艦とする35隻のマッド艦隊が暗黒大陸に向かい出港した。トライアングルダラスにて一機のギル･ベイダーと接触した艦隊はこれを撃墜したが、着水したギル・ベイダーは水中から艦隊を攻撃、対潜用の兵器を持たない艦隊は反撃できぬまま、ギル・ベイダーの第二次攻撃部隊により全滅させられた。ZAC2054年6月2日、共和国軍は新型空戦ゾイド、オルディオスを完成させた。ロイ・ジー・クルーガ中尉はオルディオスでギル・ベイダーを超高空へと誘い出し撃墜に成功する。ガイロス皇帝はギル･ベイダー撃墜の報とオルディオス500機配備の虚報を受け、中央大陸に向かわせたギル･ベイダー大隊を撤収させた。
改造マッドサンダーを主力とした海空同時の第一次暗黒大陸上陸作戦は失敗に終わるが、別地点より新型ゾイドを投入した第二次上陸作戦は成功し、上陸地点は「エントランス湾」と命名され共和国軍の橋頭堡となる。共和国軍は最終兵器を探し出すべく偵察隊を編成し、発見した工場をマッドサンダーを囮とした奇策により襲撃したが、最終兵器そのものは発見できなかった。
『ニュー・ワールズ』が1960年代のSFに与えた最も大きい影響「ニュー・ウェーブ」は、ムアコックの論説によって始まった。1965年に彼は、良いSFの作家は「先人から学ぶことはできるが、それを真似するべきではない」と主張し、同誌でも他の雑誌でもそれ以前とは全く違った手法とスタイルの作品を掲載した。ムアコックの目標は、この雑誌にジャンルにおける「新しい前衛的な役割」を持たせることにあった。『ニュー・ワールズ』は「来たりくる文学を活性化させるための、ニュー・ウェーブ運動のイデオロギー・センター」になった。「ニュー・ウェーブ」という語は1964-66年頃に使われ始め、『ニュー・ワールズ』は運動の最前線となっていた。1962年と63年の二つの論説、バラードの「インナー・スペース（内宇宙）への道はどちらか?」、ムアコックの「感覚の遊び」が、SF雑誌におけるニュー・ウェーブの概念の最初の宣言だった。批評家やSFファンのニューウェーブへの反応は変化した。クリストファー・プリーストは『ニュー・ワールズ」を「ニューウェーブのプロジン（商業化されたファンジン）」と呼ぶが、作家たちの才能と実験的な作品は賛美している（ただしバラードの「結晶世界」だけは「退屈でうんざり」と述べている）。マイク・アシュリーは、『ニュー・ワールズ』は他では書けなかったであろう作家を世に出したことでは有意義だったと述べている。特にバラードは、支持と、それ以上の批判の両方を受けたが、ムアコックがかばった。1966年になると、アメリカのファンジンで『ニュー・ワールズ』とそれへの批判への反応が現れ、その論争は商業誌にまで広がった。ジュディス・メリルは、『ファンタジー&サイエンス・フィクション』誌上でディッシュとバラードの功績を称賛したが、アルジス・バドリスは『ギャラクシー』誌上で反論した。フレデリック・ポールは『ニュー・ワールズ』を「ひどくつまらない」と言って、冒険物語への回帰を主張した。アメリカのSF作家たちは、賛成・反対の両方で『ニュー・ワールズ』とニューウェーブに関するコラムや手紙が増大してきたため、「ニュー・ウェーブ論争の拡大から逃れるのがますます難しくなっている」ことに気づき始めた。1960年代末には、『ニュー・ワールズ』、ニュー・ウェーブの、SFとの関係及び影響は希薄になってきた。1969年8月号でチャールズ・プラットは『ニュー・ワールズ』はSF雑誌ではないと断言し、SF界も『ニュー・ワールズ』への関心を失っていく。しかしブライアン・ステイブルフォードが「『ニュー・ワールズ』の作家達の敷いた道は現在では一般的に使われるようになった」と言うように、長期的には影響力を残した。