『ゼルダの伝説 4つの剣+』の開発が終わった直後の2004年5月頃に開発がスタートし、当初はまだ試作機であったDSの、2画面という特徴を使って『4つの剣+』のようなコネクティビティシステムを利用したゲームを作る計画であった。（『4つの剣DS』が発売されるという情報が発表されたこともあった。）が、青沼の提案もあってDSの特徴を生かした「新しいゼルダ」を作る事になったという。『ゼルダの伝説 トワイライトプリンセス』と開発時期が重なっていたこともあり、最初の1年は5人ほどの小規模なチームで開発が進められた。開発初期には片方の手でタッチペンを使いながら、もう片方の手でボタン操作をする仕様であった事もあるが、この持ち方では操作が難しいとの理由でタッチペンのみの操作に切り替えられることとなった。また、開発者は、タッチペン操作によってブーメランを「操作も快適な、全く新しいアイテム」に生まれ変わらせたことにより自信を得たという。また、当初は製品版よりももっと多くのアイテムを組み込んでいたが、「プレイヤーに新しい体験を確実に提供できるアイテム」に限定して絞り込むことにした。また、青沼が宮本にほぼ完成した本作を見せたところ「これ、おもろいわ。売れると思う」と電話で言われ、『トワイライトプリンセス』など過去のゼルダ作品では恒例であった「ちゃぶ台返し」は無かったという。
前述のタッチペンを使い、地図や海図に自由に文字や図形を書いたり消したりすることができる。書いたメモは地図および海図に表示され、プレイヤーはメモを元にゲームを進めることができる。なお、ボス面など一部の地図には書き込むことができない。従来の『ゼルダの伝説』シリーズでは、謎解きに際し何かを覚えておく必要のあるものは作れなかったが、メモ機能の導入により、ゲーム内の随所に謎解きのヒントをちりばめ、全世界を謎解きのフィールドとすることが可能となった。
先に述べたとおり、本作ではタッチペンを主要な操作方法とする。主人公のリンクを移動させるには、タッチスクリーン上で移動したい方向を押さえ続ければよいし、敵に剣で斬りかかるには単純にその敵をタッチすればよい。各種のアイテムを使用する場合も、ブーメランであればその軌跡を画面にタッチペンで描くことでその通りに飛ばすことができるなどの、直感的で自由な操作が可能になっている。開発過程では、従来の十字ボタンによる移動の方が快適であればタッチペンの導入を断念することも考慮されていた。しかしながら、開発が進むにつれ、タッチペンの操作に問題がないことが分かったばかりか、タッチペンを利用した新たなアイデアが次々に生まれたという。タッチペン操作の導入は、従来シリーズで複雑化してきた操作をシンプルにし、かつ面白さを失わないという矛盾の解決を生み出したと、任天堂情報開発本部の青沼英二プロデューサーは語っている。
民主化の概念は民主主義の理念化、参政権の獲得、市民社会の成立、立憲主義の確立や三権分立の整備など、さまざまな事態が同時に進行する複雑な過程を含んでいる。このような複雑な過程はある意味で別々の事態の単なる集合にも見えるが、19世紀のアレクシス・ド・トクヴィルはこのような過程が民主化と呼ぶことが可能な、ある特定の原則を持った現象として捉えられると考えた。当時トクヴィルはアメリカの民主主義に関する研究として出版した初版の自著の序文の中で巨大な民主化の革命が生じていることを指摘した。そして後に再版された序文では民主主義の一般的な拡大が世界全体に普及したことを認めている。このトクヴィルの研究成果をジョン・スチュアート・ミルは自らの研究の出発点としており、すでに民主化が進行していると確認している。民主化という政治的な過程が実際に認めて、それを実証的に研究しようとしたロバート・ダールは民主化を三段階の移行に分類して考察している。第一の移行では古代ギリシアのアテナイにおいて都市国家の民主主義の創設され、第二の移行では近代における国民国家において民主主義がもたらされた。前者の民主化は本質的に人々が自分自身を統治するという新しい政体の導入であり、後者の画期性は本格的な代議制の導入にあった。そしてダールは今日の民主化が政治制度や社会組織の脱国家的、地域的、世界的な民主化として特徴付けられると考える。このような普遍的な民主化がもたらす結果としてイマヌエル・カントなどは民主的平和が実現する可能性を示唆している。カント、またドイルも国際機関や各国家が民主化を果たすことができれば、それが国際秩序を安定化させることに繋がると主張している。
城南大学に通い、新聞部でカメラマンをしている亜紀子（鈴木）は、陸上部員の徹（山本）に想いを寄せていた。ある日亜紀子は、学内で久里子（相田）という女子学生とすれ違いざまにぶつかったがそのまま立ち去られしまう。その後、亜紀子が陸上部の部室に立ち寄り、部員たちと話をしていると、久里子が「自分を陸上部のマネージャーにして欲しい」と訪ねてくる。
ロシアは17世紀を通じて領域拡大を続けた。南西部では、それまでポーランド・リトアニア共和国の支配下にあったウクライナを獲得した。ザポロージャ・コサックの戦士たちは軍団を組織し、ポーランド、クリミア・タタール、ロシアが国境を接するフロンティア地域に暮らしていた。登録コサック軍としてポーランド軍に従軍していたにもかかわらず、ザポロージャ・シーチのコサック達は強く独立を望み、ポーランドに対する反乱を繰り返していた。1648年、フメリニツキーの反乱が起きると、ポーランド支配下で社会的・宗教的圧迫に苦しんでいたウクライナの農民たちもこれに加わったため、反乱はかつてない大規模なものとなった（大洪水時代）。またウクライナ人たちはクリミア・タタールと同盟し、ポーランド支配からの脱却を目指した。その後、クリミア・タタールがポーランドに寝返ると、独立を保てなくなったウクライナ人は他国に軍事援助を求める必要に迫られた。1654年、ウクライナの指導者ボフダン・フメリニツキーは、ロシアのツァーリ・アレクセイに対し、ウクライナ地方に対する保護を求めた。アレクセイの承認は1654年のペレヤスラフ条約で発効し、ポーランドとロシアの長期にわたる戦争を引き起こした（ロシア・ポーランド戦争）。休戦条約である1667年のアンドルソヴォ条約は、ウクライナをドニエプル川流域に沿って二分割し、西部地域（右岸ウクライナ）をポーランド領に戻し、東部地域（左岸ウクライナ）をヘーチマン国家として分離した上で、同地域をツァーリの宗主権下にある自治領とした。1670年6月24日、スチェパン・ラージンが反乱を起こし、アストラハンでコサック共和国を宣言。1671年にラージンは捕らえられ、モスクワの赤の広場で処刑された。