スラヴ人トマスの大反乱の終焉を記念するミカエル2世の凱旋式が824年5月にコンスタンティノープルで執り行われた。ミカエル2世はトマスの義勇兵たち、アッバース朝から来ていた者たちと、恐らくは個人的に相当数が参加していたスラヴ人たちを処刑する一方で、キリスト教徒の生命に対する寛容と情け深さを示す必要性と、領内の平穏を回復する必要から、敗残のトマスの信奉者たちに寛大な取り扱いをせざるを得なかった。大部分はヒッポドローム（競馬場）での祭典でパレードをさせられた後に解放され、危険人物とされたものだけが帝国の遠隔地へと追放された。トマスの評判を貶めるため、ミカエル2世は「公式」かつ酷く歪められたトマスの人生と反乱についての記録を公認した。この記録はディアコヌス・イグナティオスによって書かれ、824年に『Against Thomas』として公表された。これはすぐにこの反乱についての記録として一般に受け入れられた。トマスには能力があり広範な支持を獲得した。そしてそれによって帝国の大部分を支配下に置いたにもかかわらず、最後には敗北した。ルメルルは彼の敗北にはいくつかの要因があったとしている。それは彼が征服し残したアジアのテマがミカエル2世に援軍を供給したこと。トマスの艦隊が失態を演じたこと。そしてブルガリア人の攻撃がコンスタンティノープルへの攻撃に集中することを不可能とし、彼の軍を消耗させたことなどである。しかし最大の要因はコンスタンティノープルの難攻不落の城壁であり、これがコンスタンティノープルを支配する皇帝を内部における簒奪以外では倒れないものとしていた。トマスの反乱はミカエル2世治世中の「中心的な国内の事件」であったが、重要な点において深刻な被害はもたらさなかった。長期に渡り反乱軍が駐留し、そこで戦闘が行われたトラケスを除き、帝国の大部分は戦争の惨禍を免れた。ビザンツ海軍は多大な損害を被り、特に各テマの海軍は著しく損耗していたが、陸軍の損害は比較的軽微であった。伝統的に、この内乱の結果としての軍事的弱体化と国内の混乱は、ムスリムによって素早く付け込まれたと考えられている。トマスの反乱から数年後、アンダルシアを追放されたアラブ人たちはクレタ島を占領し、チュニジアのアグラブ朝はシチリアの征服を開始した。同時に東方では、ビザンツ帝国はアッバース朝に対して防御的な姿勢を取らざるを得なかった。近年の学界では、この内戦が当時のビザンツ帝国の軍事的失敗にどの程度影響を与えたかが議論されており、ビザンツ帝国の領土失陥の原因について異なる説明がされている。ウォーレン・トレッドゴールドは、帝国の軍事力は相当素早く回復したのであり、無能な軍事的統率と「シチリア島が遠隔に過ぎたこと、クレタ島の常備軍の不在、この二つの島に対する攻撃がほぼ同時期であったこと、ビザンツ帝国政府の長期にわたるシーパワーに対する無関心」が合わさったことが、この反乱よりも二つの島の喪失の原因として重要であると述べる。
保元の乱が終結してしばらくの間は、崇徳院は罪人として扱われた。それは後白河天皇方の勝利を高らかに宣言した宣命（『平安遺文』2848）にも表れている。崇徳院が讃岐国で崩御した際も、「太上皇無服仮乃儀（太上皇（崇徳上皇）、服仮（服喪）の儀なし）」（『百錬抄』）と後白河院はその死を無視し、「付国司行彼葬礼、自公家無其沙汰（国司を付けてかの（崇徳上皇）の葬礼を行い、公家よりその沙汰なし）」（『皇代記』）とあるように国司によって葬礼が行われただけで、朝廷による措置はなかった。崇徳院を罪人とする朝廷の認識は、配流された藤原教長らが帰京を許され、藤原頼長の子の師長が後白河院の側近になっても変わることはなかった。当然、崇徳院の怨霊についても意識されることはなかった。ところが安元3年（1177年）になると状況は一変する。この年は延暦寺の強訴、安元の大火、鹿ケ谷の陰謀が立て続けに起こり、社会の安定が崩れ長く続く動乱の始まりとなった。『愚昧記』安元3年5月9日条には「讃岐院ならびに宇治左府の事、沙汰あるべしと云々。これ近日天下の悪事彼の人等所為の由疑いあり」とあり、以降、崇徳院の怨霊に関する記事が貴族の日記に頻出するようになる。『愚昧記』5月13日条によると、すでに前年には崇徳院と藤原頼長の怨霊が問題になっていたという。安元2年（1176年）は建春門院・高松院・六条院・九条院が相次いで死去している。後白河や忠通に近い人々が相次いで死去したことで、崇徳や頼長の怨霊が意識され始め、翌年の大事件続発がそれに拍車をかけたと思われる。崇徳の怨霊については、『吉記』寿永3年（1184年）4月15日条に藤原教長が崇徳院と頼長の悪霊を神霊として祀るべきと主張していたことが記されており、かつての側近である教長がその形成に深く関わっていたと見られる。精神的に追い詰められた後白河院は怨霊鎮魂のため保元の宣命を破却し、8月3日には「讃岐院」の院号が「崇徳院」に改められ、頼長には正一位太政大臣が追贈された（『百錬抄』）。寿永3年（1184年）4月15日には保元の乱の古戦場である春日河原に「崇徳院廟」（のちの粟田宮）が設置された。この廟は応仁の乱後に衰微して天文年間に平野社に統合された。また崩御の直後に地元の人達によって御陵の近くに建てられた頓証寺（現在の白峯寺）に対しても官の保護が与えられたとされている。怨霊としての崇徳院のイメージは定着し、近世の文学作品である『雨月物語』（「白峯」）、『椿説弓張月』などにおいても怨霊として描かれ、現代においても様々な作品において怨霊のモチーフとして使われることも多い。その一方で後世には、四国全体の守り神であるという伝説も現われるようになる。承久の乱で土佐国に流された土御門上皇（後白河院の曾孫）が途中で崇徳天皇の御陵の近くを通った際にその霊を慰めるために琵琶を弾いたところ、夢に崇徳天皇が現われて上皇と都に残してきた家族の守護を約束した。その後、上皇の遺児であった後嵯峨天皇が鎌倉幕府の推挙により皇位に就いたとされている。また、室町幕府の管領であった細川頼之が四国の守護となった際に崇徳天皇の菩提を弔ってから四国平定に乗り出して成功して以後、細川氏代々の守護神として崇敬されたと言われている（ともに『金毘羅参詣名所図会』・『白峰寺縁起』）。明治天皇は慶応4年（1868年）8月18日に自らの即位の礼を執り行うに際して勅使を讃岐に遣わし、崇徳天皇の御霊を京都へ帰還させて白峯神宮を創建した。昭和天皇は崇徳天皇八百年祭に当たる昭和39年（1964年）に、香川県坂出市の崇徳天皇陵に勅使を遣わして式年祭を執り行わせている。