設備の点検・工事などの夜間作業が行われる場合を除きライトアップの照明は0時に消灯されていたが「東京タワーのライトアップが消える瞬間を一緒に見つめたカップルは永遠の幸せを手に入れる」との噂が広まり、0時前になるとライトダウンの瞬間を見ようとする多くのカップルが集まるようになった。これは漫画『部長島耕作』で恋人の誕生日にケーキに立てるろうそくの数を1本少なく間違えた主人公・島耕作がタワーの灯を巨大なろうそくに見立てて0時の消灯と同時に吹き消して見せるシーンがあり、これが伝説の由来となっている可能性が高い。ライトダウンは施設管理部電気課の職員がスイッチを操作するがアンテナの設備点検や工事があるために0時以降もライトダウンしないと「なぜ今日は消えないのか」と毎回問い合わせがあるため、現在は0時に消灯して再度0時半頃に点灯することになっている。スイッチは回転式で、大展望台の上と下を別々に操作することができる。ランドマークライトからダイアモンドヴェールに切り替わる際にもライトダウンを見ることができる。また2011年3月12日以降、東日本大震災（東北地方太平洋沖地震）のため自主的なライトダウンを同年5月10日まで終日行った。5月11日から13日の3日間は白色のダイヤモンドヴェール（追悼の光）を実施し、その後は自然エネルギーを取り入れるなどさらなる省エネに努めライトアップを再開している。
タワーの下にある5階建ての観光・娯楽施設で、以前は「タワービル」と呼び科学館でもあった。タワーのおもりとして設計されている。過去にはTEPCOタワーランドやフジテレビタワープラザといった東京電力やフジテレビのショールームも入居していた。
「東京タワー」の名称は完成直前に開かれた名称審査会で決定した。事前に名称を公募し、最終的には8万6,269通の応募が寄せられた。一番多かった名称は「昭和塔」（1,832通）で、続いて「日本塔」「平和塔」だった。ほかには当時アメリカとソ連が人工衛星の打ち上げ競争をしていたことから「宇宙塔」、皇太子明仁親王（明仁上皇）の成婚（1959年）が近いということで「プリンス塔」という応募名称もあった。しかし名称審査会に参加した徳川夢声が、「ピタリと表しているのは『東京タワー』を置いて他にありませんな」と推挙し、その結果1958年10月9日に「東京タワー」に決定した。「東京タワー」での応募は223通（全体の0.26パーセント、13位）であり、抽選で神奈川県の小学校5年生女子児童に賞金10万円が贈られた。
タワーの高さは標高18.000メートルを地盤面（G.L・Ground Line）としているため、東京湾中等潮位（T.P・TOKYO Peil）からの値を使用している。タワーは丘陵地に建っており、正面は1階が出入り口で駐車場出入り口は2階に位置している。そのためどの部分を基準としているのかがわかりにくく、タワーを訪れても基準となる目印は特に見当たらない。一方、タワーの立面図を見ると地盤面はフットタウン1階の床と同一に見える。
建設地は安定した電波を供給するために巨大な電波塔の建設が可能な広さと強固な地盤を有していること、魅力ある展望台のために工場などの煙が景観を妨げないことなど厳しい条件が求められた。当初は上野公園付近への建設も検討されたが、海抜18メートルの高台にある港区芝公園地区は基礎を打ち込むための東京礫層地盤もより浅いところにあり、国の中枢機関や各放送事業者との距離が近いなど、報道と観光の両面に恵まれた立地であった。増上寺の境内は25区画に分割された公園に指定されており日本電波塔株式会社は「紅葉山」と呼ばれる、以前紅葉館という高級料亭のあった区画を購入した。土地の買収は増上寺の檀家総代に前田が日本工業新聞の社長時代から親交があった池貝庄太郎がおり、増上寺との間を取り持って用地買収を成功させるよう働きかけた。また芝公園4丁目地区の周辺一帯は建物倒壊危険度、火災危険度、避難危険度を示す地域の危険度特性評価（東京都2002年実施）において「相対的に危険度の低い町」を示すAAAの評価を得ており、防災面でも電波塔の立地に適していることがのちに判明した。タワーより西側の住民は、飛行機の衝突、交通渋滞、ゴミの増加、環境が悪くなり子どもに悪影響があるのではないかとタワー建築に反対の姿勢であった。東側は、当時の国鉄浜松町駅からタワーへ向かう客により潤されることを期待した。
会場は関西圏の球場を転々としており、阪神甲子園球場、大阪球場、グリーンスタジアム神戸（現・ほっともっとフィールド神戸）を経て1997年から大阪ドーム（京セラドーム大阪）に落ち着く。ただし、2010年は第1ステージ（1回戦）に限り大阪ドーム以外の4つの球場で分割開催を行った（経緯後述）2002年までは10月中旬に行われていたが、2003年から実施時期がおよそ1ヶ月遅くなり、社会人野球のシーズンを締めくくる大会となった。一方でプロ野球のドラフト会議の実施後であったり、大会中にドラフト会議等が実施されるなど、開催時期について疑問を呈する声もある。2011年の大会は、3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震の影響で、8月に開催する予定だった第82回都市対抗野球大会が秋に延期となったことを受けて、同年度の単独大会での開催は中止とすることが、3月25日の日本野球連盟の理事会で決定された。これに伴い、2011年の大会は都市対抗を兼務して開催することになり、都市対抗優勝チームが本年度日本選手権者と認定されることも併せて発表された（ただし、日本選手権としての回数にはカウントされなかったため、第38回大会は2012年に改めて開催するという形になった）。2003年から大会日程が11月後半に繰り下げられたことは、シーズンの長期化という形で社会人野球チームに負担をかけることとなり、また、日本選手権開幕前または開催中にドラフト会議が実施されて本大会がプロを目指す選手のアピールの場として十全に機能しているとはいえないとの意見が出たことを受け、日本野球連盟は2012年シーズンから、11月前半に日本選手権を開催する方針を示した。ただし、2008年以降のドラフト会議は10月後半に行われていることから、11月前半でも「ドラフト会議に向けてのアピール」にはならないことになる。これよりも早める場合、京セラドーム大阪を本拠地として使用するオリックス・バファローズがクライマックスシリーズ、日本シリーズに出場した場合の調整が必要となるため、思い切った前倒しができない状況にある。なお、2020年の大会は東京オリンピックが開催されるのに伴い、都市対抗と開催時期を入れ替え、7月にほっともっとフィールド神戸、京セラドーム大阪の2球場で開催予定。