2013年の評価は前年から2ポイント下落した。この年の国別報告書でも引き続き東京都青少年の健全な育成に関する条例が問題視されているほか、ジャーナリストの田中稔が『週刊金曜日』で東京電力と白川司郎の癒着構造を報道した後に白川が田中に対して訴訟を起こしたことも問題視されている。さらにこの年も記者クラブの存在が批判されており、これが「日本のニュース・メディアの多様性や独立が欠落していること」につながっていると指摘されている。そして前年の報告書に引き続き、記者クラブによりフリーランスのジャーナリストや外国人記者が公式会見の場から締め出されていることが問題視されている。また、東京電力が年間244億円もの広告費を費やしており、それによりメディアが原発事故処理に関する報道を控えるようになっていることも指摘されている。加えて、ジャーナリストの多くが原子力産業と経済的関係をもっているともされている。
2012年の国別報告書では、東京都青少年の健全な育成に関する条例の改正により表現の自由が制限された点、政府委員会が特定秘密保護法の制定を目指している点、記者クラブの存在により主要メディアが官僚や政治家と癒着関係にある点が問題視されている。また、記者クラブに加盟していないフリーランスの記者や外国人記者らが公式会見の場から締め出されているという問題点も指摘されている。さらに、フリーランスのジャーナリスト上杉隆が東京電力を批判したことを理由にTBSラジオの番組から降板させられた事例も紹介されている。そして、福島第一原発事故に関してメディアがきちんと追求しないことについて、「自主規制が日本の問題として残っている」とされている。
2017年4月26日のランキング発表では、前年と同一である72位と言う結果であった。一方、G7の国の中では52位のイタリアに抜かれ最下位となったと報道された。2018年では67位に順位を上げている。だがグローバルスコアは微減しており、順位向上の理由についてレポートに中に言及されていない。また、"記者クラブがフリーのジャーナリストや外国人記者に対して、差別的な対応をしている"、"ソーシャル・ネットワーキング・サービス上においてネットユーザーが、反政権、脱原発、沖縄本島のアメリカ軍反基地運動活動家に寄添う報道をしているジャーナリストや報道機関を「反日的」とみなしている"、"菅義偉官房長官が「特定秘密保護法」に関するデイヴィッド・ケイの報告に対し、「回答を差し控える」と発言した"と非難している。2019年国連のケイは2017年の勧告を日本政府がほとんど履行していないと批判する新たな報告書をまとめた。「政府はジャーナリストが批判的な記事を書いても非難は控えるべきだ」としている。
日本の順位はさらに61位（2015年）、72位（2016年）と下がった。国境なき記者団は「2012年12月に安倍晋三が再び首相になって以降、日本のメディアの自由が衰退していることを言論の自由・表現の自由に関する国連特別報告者のデイヴィッド・ケイが懸念している」ことをあげ、さらに『クローズアップ現代』（NHK総合）の国谷裕子、『ニュース23』（TBSテレビ）の岸井成格、『報道ステーション』（テレビ朝日）の古舘伊知郎が相次いて降板したことは「政府の圧力の不穏な徴候」であるとしている。さらに国境なき記者団のアジア太平洋担当のトップは、「安倍政権は報道の自由や国民の知る権利をますます軽視しているようだ」と述べている。加えて、高市早苗総務相が電波停止を命じる可能性に言及したことや、政府が籾井勝人をNHK会長に任命することでNHKの「報道をコントロールしようとしている」ことも問題視している。さらに、自民党の憲法草案に「〔国民は〕常に公益及び公の秩序に反してはならない」という条文が含まれていることも「言論の自由と報道の自由を抑圧するメカニズム」であるとして非難している。
第2次安倍政権が発足した後に出た2013年の報告書ではさらに53位まで順位を下げた。「22位から53位まで転落した日本は、アジア諸国で最も急激な下落を記録した」と報告されている。その理由として、「当局が福島第一原子力発電所における事故に直接的または間接的に関連するテーマを独立して報道することを禁止する措置をとっていること」があげられている。さらに、「公の場での議論が抑圧されていることを訴えるフリーランスのジャーナリストは、検閲や警察による威嚇、司法による嫌がらせのもとに置かれている」と報告されている。また、記者クラブが存続し続けていることも問題視されており、記者クラブが存在するために近い将来日本の順位が飛躍的に上昇することはない、と述べられている。
毎年4月下旬（2009年以前は5月中旬。2010年は4月11日）に「エアーメモリアルinかのや」（エアメモ）の名称で航空祭が開催されている。P-3Cによる機動展示飛行を実施しており、これは日本国内のみならず、世界的にも珍しい。1994年の「鹿屋航空隊開設40周年」を機に鹿屋市との共催のかたちで開始された。初回はP-2J退役式典も同時に行われ、T-2ブルーインパルスは新田原基地よりリモートで展示飛行を行った。2004年4月29日には「鹿屋航空隊開設50周年」記念の航空祭が開催され、ブルーインパルスが同基地に初展開し展示飛行を行った。2014年にも鹿屋航空隊・自衛隊創設60周年を記念し10年ぶりとなるブルーインパルスの飛行展示が行われている。2000年は宮崎県で発生した口蹄疫の影響で、2011年は東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）の影響（展示予定であったブルーインパルスも1機が被災）で中止した。2016年（4月23日・24日予定）はMV-22 オスプレイや零式艦上戦闘機（ゼロ戦）などの公開が予定されていたが、4月14日以降に発生した熊本地震の影響により同月16日に中止を決定した。2015年は同年2月に鹿屋航空基地所属のOH-6DAの墜落事故があったものの、予定通り開催された。2016年も同年4月6日に航空自衛隊入間基地所属のU-125が鹿屋航空基地の設備点検中に墜落する事故があったものの、同月12日時点では予定通り開催するとしていた。2017年の当基地航空祭において米海軍P-8Aを初展示、翌年には飛行展示を実施した。