マブタシマアジは同属他種と非常に似た扁平な卵形の体型をもつ。背鰭は二つに分離しており、第一背鰭は8本の棘をもち、第二背鰭は1本の棘に続いて24から27本の軟条を持つ。臀鰭（尻ビレ）は前部に離れて存在する2本の小さな棘と、1本の棘に繋がった20から23本の軟条を含む。側線は第二背鰭の始点からその第三軟条の位置より後方では直線上で、前方では大きなカーブを描く。側線のカーブを描く領域は、42から50の鱗と0から2の稜鱗をもち、直線上の領域は0から7の鱗と48から69の稜鱗をもつ。眼の後半部にはよく発達した脂瞼がある。両顎には多数の歯のような小突起が一列ある。32から38の鰓篩と、24の椎骨をもつ。本種はマブタシマアジ属のなかで最大の種であり、最大で全長56cmという個体の記録があるが、ふつうみられるのは30cm以下の個体である。本種の体色は、背部は灰青色であり腹部に至につれて銀色になっていく。鰓蓋の縁には暗い班が散在している。鰭は暗い色をしているが、背鰭の棘からなる部分は青白色を帯びることがある。鰭における黒い色素の量は性的二型を示す。すなわち、オスの第二背鰭と臀鰭の軟条からなる部分のうち突出した部分、第一背鰭、そして尾びれはメスのそれらよりも暗い色をしている。
マブタシマアジはアジ科、マブタシマアジ属(Alepes)の現存5種のうちの1種である。本種はフランスの博物学者ジョルジュ・キュヴィエによって、現在は失われている標本に基づいて1833年にはじめて記載された。彼は本種をギンガメアジ属(Caranx)の種と近縁であると思いCaranx variと命名した。その後1987年に日本の具志堅宗弘によって本種はマブタシマアジ属(Alepes)に移され、後年インドのポンディシェリから得られた標本が新たなタイプ標本（レクトタイプ）として指定された。本種はキュヴィエによる初記載ののち二度再記載、再命名されている。一度目はピーター・ブリーカーによりSelar macrurusとして、そして二度目はヘンリー・W・ファウラーによりAlepes glabraとして記載されたが、そのどちらも国際動物命名規約によって後行シノニムとして無効とされた。和名の由来は、眼に脂瞼とよばれるやや不透明な瞼状の部分があることである。
1993年6月3日、ドラフト13巡目でサンディエゴ・パドレスから指名を受けた。しかし、すぐにプロ入りには至らずに、翌1994年5月25日になってようやく契約を結んだ。同年は、ノースウェスト・リーグ (A - 級) のスポケーン・インディアンズに配属され、52試合に出場した。打撃では打率.209・18打点・3盗塁・OPS0.538という成績に終わり、また、出場試合数を上回る58三振を喫し、ミート面で課題を残した。守備では51試合で外野を守り (ポジションの内訳は不明) 、4失策・守備率.960と不安定だった。また、1試合でセカンドの守りにも就いた。1995年、マイナーリーグでのランクを1つ上げ、ミッドウェスト・リーグ (A級) のクリントン・ランバーキングスで1シーズン、プレーした。ランバーキングスで128試合に出場し、打率.238・2本塁打・40打点という打撃成績を残したほか、盗塁を36回試みて28回成功 (成功率78％) させ、走力をアピールした。守備面では、ライトを81試合・センターを46試合で守ったが、通算9失策・守備率.966という成績に終わった。1996年は、A + 級カリフォルニア・リーグのランチョクカモンガ・クェークスに所属。123試合に出場して打率.271・7本塁打・54打点という打撃成績を残した。また、二塁打21本・三塁打11本と合わせて39本の長打を放ち、バッティング面で大きく成長した。一方で、前年に高い能力を見せた走塁面では、盗塁に15回トライして7回しか成功せず、不安定さが露呈した。ポジションは引き続きライトがメインで、112試合で守備に就いた (センターは10試合) 。だが、トータルで16個もの失策を犯し、守備率が.934まで低下した。1997年、前年に引き続いてクェークスに所属し、69試合に出場。バッティング面で更なる成長ぶりを見せ、打率.302・8本塁打・40打点・出塁率.416・OPS0.893という見事な打撃成績を残した。走塁面でもやや復活し、10盗塁を決めたほか、三塁打も4本放った。守備面では、センターを38試合とライトを30試合で守り、計5失策・守備率.959という成績だった。また、この年は1つランクが上のサウザーン・リーグ (AA級) のモービル・ベイベアーズへの昇格も経験。ベイベアーズでは28試合でプレーしたが、打率.244・2本塁打・12打点という低調な成績に終わった。クェークスとの合計では、97試合の出場で打率.288・10本塁打・52打点・14盗塁という成績を記録した。なお、ベイベアーズでの守備成績は、26試合でライトを守って2失策・守備率.960という成績だった。1998年は、1シーズン通じてベイベアーズに所属。出場試合数は72試合に留まったが、打率.307・7本塁打・51打点・11盗塁という好成績をマークした。また、50三振に対して四球を55個選んで選球眼の良さを発揮し、出塁率は.428という高率だった。走塁面では前述の11盗塁に対し、盗塁死は僅かに1つだけであり、成功率は92％だった。守備では68試合で外野 (ポジションの内訳は不明) を守ってエラーを1つだけに留め、守備率.995という成績を残した。1999年は、マイナーで最上位のAAA級であるパシフィック・コースト・リーグのラスベガス・スターズに昇格。スターズでは121試合に出場し、打率.256・9本塁打・52打点・17盗塁という成績を残した。守備ではセンター専業になり、120試合で守りに就いた。守備成績は、7失策・守備率.976という内容だった。なお、この年はメジャーデビューも飾った。デビュー戦は6月4日の対シアトル・マリナーズ戦で、「7番・ライト」でスタメン出場したが、2打数無安打に終わった。一方で、四球を2つ選び、マイナーで見せていた選球眼の良さの一端をアピールした。メジャーでは23試合に出場し、打率は.222ながら出塁率は.378という高率だった。守備面では外野の全ポジションを守り分け、ライト9試合・レフト6試合・センター2試合で無失策だった。