NHKの歴史番組である「その時歴史は動いた」において「ゼロ戦・設計者が見た悲劇 〜マリアナ沖海戦への道〜」（2006年3月8日放映）として、ほぼ同じスタッフ・同じ構成で番組が作成された。この際、マリアナ沖海戦の空戦を捉えた米軍撮影のガンカメラの映像を放映した際、増槽タンクを装備したF6Fヘルキャット戦闘機を爆装した零戦と取り違えて放送してしまい、制作者側に基礎的な知識すらないというということを再度露呈することとなった。2013年にNHKが零戦のドキュメンタリーを再度作成した際には零戦の会所属のパイロットが出演しており、その中にNHKの対応に激怒していた大原亮治の姿も見られることから一定の関係改善が見られる。このときの大原の証言はNHKアーカイブズで閲覧可能であり、零戦三二型が一番好きであると証言が今度はきちんと掲載されている。また神立尚紀は2018年に本番組と制作者のこと以下のように回顧している。「零戦ニ欠陥アリ」という欠陥番組でしたね。当事者への取材依頼の手紙に記された番組意図と、実際の番組意図がまったく違う酷いものでした。まず結論ありきなのにそれを隠して当事者を騙して。思い出すと胸糞が悪くなります。NHKには優秀な人材も多いのに、この番組の制作者は最低の嘘つきでした。
放映翌日、零戦の会でHPを管理していた副会長の神立尚紀が零戦の会の掲示板において、NHKと出演したパイロットや研究家との間でトラブルが発生している旨の説明を行った。
2003年、三菱重工の元設計副主任であり、零戦も担当した曽根嘉年が他界した。遺品の中に、海軍の焼却処分の命に反し、曽根が所持し続けていた零戦の不具合や改良に関する膨大なメモや、海軍との交渉議事録など、計17冊の設計ノートが含まれていることが明らかになった。曽根メモには、海軍航空本部の過大な要求に対応するため、極端な軽量化と複雑化へ邁進した結果、剛性と強度の不足、それに起因する計画を下回る性能、大量生産に不向きな構造、防弾の不備など、零戦のさまざまな欠陥(ただしそれは当時の日本の技術的限界でもある)が詳細に記述されており、さらに、海軍上層部がこのような事実を認知していながらも黙殺、隠蔽し、進んで改良を了承しなかった経緯も書き残されている。番組では、それらの資料に基づき、航空力学の専門家、鈴木真二東大教授と、作家の柳田邦男が考察し、現在の技術視点での証明と、技術者と軍上層部の理念の相違、前線での実情と軍令部の作戦や航空本部の運用計画との乖離を、再現シーンを交えた構成でまとめている。試験中の墜落事故の原因となった、昇降舵のフラッターに対する曽根の直筆メモや、飛行士が高速時に撮影した、機体の外板が桁の変形で波打つ様子があらわな写真も紹介されている。ある事柄の方向性が正しくないことが明らかであっても、それをたやすく修正できないメカニズムを、名機といわれながらも大戦後期には急速に活躍の場を失っていった零戦を通して見つめるテーマとなっている。
だが、1454年のクリスマスにヘンリー6世が正気を取り戻すと事態は再びヨーク派不利に傾いた。ヘンリー6世がサマセット公を釈放させるとヨーク派に対する反動が巻き起こり、翌1455年1月にヨーク公の護国卿解任を始めヨーク派が官職を追われ、復帰したサマセット公が権力を振りかざしヨーク派の政策が否定される従来の路線に逆戻りした。3月にヨーク公・ソールズベリー伯らは自領へ引き上げたが、ヘンリー6世はヨーク派を反逆罪に問うことを決意、危機感を抱いたヨーク派は軍勢を集め、ヘンリー6世・サマセット公らランカスター派も対抗して軍を増強、もはや内乱は避けられなかった。ヘンリー6世の治世下で実力を増していた不平貴族達（最重要人物はネヴィル父子であった）は、ヘンリー6世と対立するヨーク公の要求（始めは摂政位、後に王位自体に対する要求）を支持することで積極的に事態に関与した。これら諸侯の思惑が交錯する中で5月に薔薇戦争は勃発した。初戦の5月22日の第一次セント・オールバンズの戦いでランカスター派は大敗、ヘンリー6世は捕らえられ、サマセット公とノーサンバランド伯ヘンリー・パーシーは戦死した。ヨーク公はまだヘンリー6世支持を表明していたため、戦後ヘンリー6世はヨーク派にロンドンへ連れ戻され、11月にヨーク公が護国卿に再任されヨーク派政権が再度成立したが、王妃マーガレットがサマセット公に代わり宮廷を支配してヨーク公と対立、次の内乱に向けて両者は戦支度を整えていった。1455年から1459年の4年間は戦争がなかったが、それは両者の妥協による不安定な政権運営で成り立っていたからだった。ヨーク公は1456年2月に護国卿を辞任したが、ヘンリー6世はヨーク派の官職を留任させ評議会出席も許すなど宥和に当たった。マーガレットはそうした中で宮廷をコヴェントリーへ移動、密かに支持貴族や軍勢をかき集め、ヨーク公も地方へ出向き紛争調停で勢力拡大を図る中、ヘンリー6世は次第に無気力となり信仰に捧げるようになっていった。1459年、王妃がコヴェントリーへ軍を召集し、身の危険を感じたヨーク派が離脱したことで戦端が開かれた（ブロア・ヒースの戦い）。しばらく一進一退の戦況だったが、1460年7月10日のノーサンプトンの戦いでヘンリー6世はヨーク派に捕らえられロンドンへ送られたが、マーガレットは息子エドワードと共に抵抗を続け、12月30日のウェイクフィールドの戦いでヨーク公・ソールズベリー伯を討ち取った。しかし2人の息子マーチ伯エドワード（後のエドワード4世）とウォリック伯は生き残りランカスター派との戦いを継続した。この内乱の中でヘンリー6世はしばしばヨーク派に捕らえられた。捕らわれの身の間にまたも彼の精神状態は悪化し、ヨーク派に捕らわれていた間の1461年2月の第二次セント・オールバンズの戦いでは戦闘の最中に笑い出したり歌ったりの錯乱の発作に襲われていた。この戦いに勝利したマーガレットによりヘンリー6世は救出されたが、先立つモーティマーズ・クロスの戦いでランカスター派を破ったマーチ伯がロンドンへ入城、首都確保に失敗したランカスター派は北へ撤退した。結局マーチ伯が3月4日にエドワード4世としてイングランド王に即位し、ヘンリー6世は実質的に退位させられた。エドワード4世は続くタウトンの戦いでスコットランドに逃げた前国王夫妻を取り逃がしたものの、王位を得ることはできた。エドワード4世治世の当初のランカスター派は、マーガレットといまだ彼女に忠誠を誓う貴族たちによる指導体制でイングランド北部とウェールズで抵抗運動を続けていたが、1464年のヘクサムの戦いでランカスター派は抵抗を潰され、翌1465年にヘンリー6世はランカシャーのクリザーローで捕えられ、ロンドン塔へ送られて監禁されてしまった。