明治32年（1899年）3月、京都に大日本武徳会の本部武徳殿が竣工。武徳会は教授陣の強化をはかり、奥村左近太、三橋鑑一郎、内藤高治、佐々木正宜、小関教政の5名を指名した。内藤は武徳会常議員楠正位からの「ミチノタメキタレ」という電報に魂をゆさぶられ、同年9月、東京に築いた地盤一切をなげうって大日本武徳会本部に奉職した。武術教員養成所（のち武道専門学校に改称）の剣道主任教授を務め、後の剣道十段・持田盛二、斎村五郎などを育てた。明治34年（1901年）5月、第6回武徳祭大演武会で高野佐三郎と対戦し、1対1で引き分けた。審判を務めた三橋鑑一郎は、「あとにも先にも、あれ以上の試合は見たことがない」と、名勝負を後々まで述懐した。明治44年（1911年）、大日本帝国剣道形制定の主査委員に任じられる。剣道の競技化を嫌い、切り返しや掛かり稽古等基本を徹底して指導した。このため昭和天覧試合の開催に強く反対したが、宮内省官僚の西園寺八郎から勅命であると言われ、やむなく従った。「これで日本剣道は滅びた」と嘆じ、開催直前の昭和4年（1929年）4月9日に脳出血で急死した。
明治16年（1883年）4月に上京し、下谷車坂の榊原鍵吉道場を中心に1年間修行する。翌年から日本各地への回国修行を開始し、山籠もりするなど苦行を積んだ。東京へ戻ると警視庁撃剣世話掛の川崎善三郎、高野佐三郎らに試合を挑み、連勝した。明治21年（1888年）5月9日、自身も警視庁に一等巡査として任官し、下江秀太郎の斡旋で東武館の同門である門奈正と同じ警察署に配属された。この頃、内藤を頼って上京してきた甥の市毛谷に大相撲力士になることを勧め、反対する親族を説得して入門させた。谷は常陸山谷右エ門の四股名で横綱まで昇進する。明治27年（1894年）、日清戦争が勃発。警視庁は居留民保護のため撃剣世話掛に朝鮮出張を命じ、内藤、門奈も朝鮮に赴いた。内藤は神戸を出帆する際「かねてより思ひ込めにし武士（もののふ）の弓矢心を今日や晴らさん」と詠んだが、現地で急性肋膜炎を発症して帰国した。明治30年（1897年）、大日本武徳会から精錬証を授与される。警視庁勤務の傍ら牛込原町に道場「養真館」を開き、東京専門学校（現早稲田大学）の撃剣部師範を務めた。
水戸藩藩士・市毛家の六男として水戸に生まれる。父は水戸藩弓術師範・市毛高矩、母は北辰一刀流剣術師範・渡辺清左衛門の娘という武芸の家柄であった。幕末の水戸藩は天狗党の乱などの内乱が起こり、高治は混乱の中で幼少期を過ごした。明治2年（1869年）から漢籍、水練、剣術を学ぶ。12歳で北辰一刀流剣術師範小澤寅吉の東武館道場に入門し、門奈正と親交を持った。20歳とのとき、親戚の内藤家の養子となった。
1995年1月1日、ヴィッセル神戸としてスタートした が、練習初日であった1月17日に阪神・淡路大震災が発生し、選手らは岡山県倉敷市のグラウンドで初練習を行った（2月6日）。なお、神戸市内の練習場「いぶきの森球技場（旧）」は1995年7月に完成した。また6月に後にクラブの象徴的存在となり、「ミスター神戸」と称されたFW永島昭浩が加入した。運営会社の筆頭株主だったダイエー（資本金10億円のうち、50%を出資）が震災の影響から3月に撤退した。当時強化部長だった安達貞至がスポンサー獲得に奔走、5月31日に運営会社の商号を株式会社ヴィッセル神戸に変更。ユニフォームにも白と黒のストライプにオレンジのラインが襟と袖に入っていたがダイエー撤退に伴い、オレンジからエメラルドグリーン（ヴィッセルブルー）に変更した。1996年、元デンマーク代表のミカエル・ラウドルップが加入。ジャパンフットボールリーグ（JFL）で準優勝し、1997年シーズンからJリーグへ加盟した。1997年、Jリーグ史上初のフェアプレー賞（高円宮杯）を受賞した。1998年は韓国代表FW金度勲を獲得し、永島との強力2トップを要したものの、シーズン途中には16連敗を喫するなど低迷。J1参入決定戦で札幌を下して何とかJ1残留を決めた。1999年は監督に川勝良一が就任。2ndステージは7位となり、2016年に更新されるまで長年クラブの最高順位記録だった。2000年、DF海本慶治がクラブ初の代表選手に選ばれた。2ndステージは連敗が続くなど苦しい戦いながらJ1に残留を果たした。この年限りで永島が現役を引退した。2001年、京都を退団したFW三浦知良、MF望月重良、DFシジクレイ、清水からMFサントスらが加入。神戸ウイングスタジアムのこけら落としとなった試合ではクラブ史上最多の3万813人を動員した。2002年は横浜から城彰二、G大阪から播戸竜二らを獲得するも、1stステージでは5連敗を喫するなど低迷し、川勝が辞任し後任にコーチを務めていた松田浩が昇格する形で就任した。2ndステージ開幕前にFWオゼアス、MFアリソンを獲得。最終節で清水を下しギリギリで残留を果たした。2003年、新たに副島博志を新監督に迎え、公式戦3連勝スタートを切ったが、1stステージ第14節大分戦ではワースト記録となる8失点で敗れるなど、年間通して多くの失点を喫する（リーグワースト63失点）。それでも終盤にカズ、播戸らの活躍で最終節を待たずして残留を決めた。ダイエー撤退後、メインとなるスポンサーは現れずに苦しい経営が続き、毎年赤字を計上。Jリーグ昇格1年目の1997年末時点での累積赤字は約25億円。1998年シーズン終了後には伊藤ハムがユニフォーム胸スポンサーから撤退。この補填のため神戸市から9億円の無利子融資を受けたが、条件としてチームのリストラを要求される他、運営会社も減資を行い年間予算も13億円まで大幅に切り詰めた。母体企業を持たない神戸の年間予算は他クラブと比較しても少なく、年間入場者数も伸び悩んだ為、不足分を地元自治体である神戸市からの単年度貸付に拠らざるを得ない経営が続き、年度ごとに額を増やしながら借入を繰り返した。2003年12月15日、運営会社の株式会社ヴィッセル神戸は東京地方裁判所に民事再生法の適用を申請した。累計赤字約42億円で神戸市からの無担保融資は約15億円にのぼった。