1946年3月に委員と臨時委員の任命が終わったことにより、調査会の実質的な活動が始まった。調査会内では総会、部会長会議、部会などの場で議論が行われ、調査の目的、方針、実施方法などについて討議がなされた。陸軍軍人の飯村穣臨時委員や宮崎周一臨時委員からは、敗因の解明には公正な判断による事実の認定を要するので、当事者の元軍人の会議への参加且つ、結果論に堕することのない厳正な審議を求めた。調査会に参加した他の元軍人からも、同様の危惧を持たれている。この懸念は払拭されることは無く、第二部会は廃止まで1度も部会を開催しなかった。また、渡辺幾治郎委員は開戦の責任者追及に反対し、この戦争が不可避なものであったことを調査する必要性を強く論じた。一方、渡辺銕蔵委員からは、GHQの指定する戦争責任者は必ずしも正当では無く、真の戦争責任者が追及から逃れている状況を正すべく調査を行うべきであり、戦争責任及び不利な状況下での戦争持続責任（国家困窮責任）も追及すべきであると論じた。また、松村義一委員からは帝国議会の時と同様に、日本内での戦争責任者の追及の必要性が論じられた。他方では、馬場恒吾委員や中村孝也委員は、回避可能な戦争であったとする結論が出るという予見があり、馬場からは戦争放棄が加わった憲法草案を裏付けるためには、日本が開戦したこと、すなわち戦争全体が不正であるとする調査は有効であると論じられた。調査の目的を再び「失敗」を繰り返させないためとした幣原総裁は、敗戦では無く開戦自体を「失敗」と考えており、敗戦の原因、実相を調査する目的は、次期戦争の勝利では無く、再び戦争を起こさせないために有益であると説明した。また、青木事務局長官は、戦争遂行中の言論圧迫を例に挙げ、平和国家建設の障害を調査して発表するのが良いと説明した。
調査会が設置されてからのおよそ4か月の間は、事務局のみが存在し委員の選定及び就任の交渉や、調査項目案の検討がなされた。1945年11月28日、事務局長官に庶民金庫理事長の青木得三が任命された。牧野伸顕と若槻禮次郎に対して総裁就任の打診をしたが、いずれからも辞退されたため、1946年2月26日に首相兼務というかたちで幣原が自ら総裁に就任し、首相退陣後も調査会が廃止されるまで務めた。3月16日、学識経験者20人からなる委員と、各省の次官級14人、元軍人4人からなる臨時委員が任命された。 6月1日、事務局内に庶務課と資料課を設置し、また、5つの調査室が置かれた。6月14日、「私は幣原男爵が苦手」と固辞していた芦田均が折れ、副総裁に就任した。7月下旬に専門事項を調査する専門委員3人（経済1人、波動兵器2人）、調査を包括的に検分し、指揮する任務が想定された参与8人が任命されて人員が整った。選定された委員は調査会に置かれた政治外交、軍事、財政経済、思想文化、科学技術の5つの部会に配属された。
2011年12月31日、DREAM&IGFの合同興行「FIGHT FOR JAPAN ～元気ですか!!大晦日2011!!」に桜庭和志と共に参戦し、IGFの鈴川真一&澤田敦士組とのタッグマッチに挑んだ。柴田としては5年ぶりのプロレスルールでの試合であった。試合は桜庭が澤田からTKOを奪い勝利したが、柴田は試合中にドロップキックを放ち着地の際に左腕から不自然な体勢で落下し、左手首を骨折した。2012年8月12日、新日本プロレスが主催するG1 CLIMAX最終戦、両国国技館大会にスーツ姿で登場。お面を被った桜庭と共に新日本に対して「ケンカ、売りにきました。」と宣戦布告とも言えるマイクアピールを行った。9月23日、DESTRUCTIONにて、桜庭とのタッグで6年ぶりに新日本のマットに上がり、出場。ケンカを買った井上亘&高橋広夢組と対戦し、3分3秒という短時間で試合を制する。その後、KING OF PRO-WRESTLING、POWER STRUGGLEといった新日本のビッグマッチにスポット参戦し、いずれも真壁刀義&井上亘組を相手に勝利を収める。2013年1月4日、レッスルキングダム7にて、真壁とシングルマッチで激突するも、キングコングニードロップでピンフォール負けを喫した。2月10日、THE NEW BEGINNINGにて、桜庭とのタッグで、後藤洋央紀&井上亘組と対戦。高校時代の同級生である後藤とプロレスのリングで初めて対峙した。試合は桜庭が井上からピンフォール勝ちを収め、試合後、後藤と会話を交わし再戦を希望した。5月3日、レスリングどんたく 2013にて、後藤とシングルマッチで対戦。張り手が相討ちとなり、ダブルノックダウン状態となってしまい、そのまま二人とも起き上がることなく両者KOの裁定が下された。その後、DOMINION6.22で柴田が勝利、KIZUNA ROAD 2013最終戦で再び両者KOとなった。8月、G1 CLIMAXに9年ぶりに出場。リーグ戦で後藤と同じブロックにエントリーされていたものの、後藤が7日の仙台大会で右下顎骨骨折を負い欠場。不戦勝扱いとなり、柴田は「早く治せ。復帰戦は俺がやってやるから」とコメントした。後藤戦の不戦勝を加えた柴田は5勝3敗という戦績で公式リーグ最終戦を迎え、11日の両国大会にて、棚橋弘至と対戦。勝てば決勝進出となる試合となったが、最後はスモールパッケージホールドでピンフォール負けを喫し、予選落ちとなった。9月8日、WRESTLE-1の旗揚げ戦に参戦。船木誠勝&河野真幸組の対戦相手Xとして、桜庭と共に登場し、試合は桜庭が河野からチキンウィングフェイスロックでギブアップ勝ちを収めた。12月7日、7年ぶりにプロレスリング・ノアに参戦。マイバッハ谷口とシングルマッチで対戦したが、マイバッハが刺又攻撃で暴走し反則勝ちとなった。この裁定に納得のいかない柴田はその場で再戦を申し入れると、バックステージに戻ったマイバッハを盟友であるKENTAの手によってリングへ引き戻され、要求通り再試合が行われた。再試合ではマイバッハの覆面を剥がす暴走っぷりを発揮し、最後はスリーパーホールドでレフェリーストップ勝ちを収めた。