モビルスーツと装備する武器の相性が良ければ命中率が上昇する。こちらも原作で各機体が装備していた武器（ガンダムなら専用ビームライフル、ハイパーバズーカ等）とは相性が良い。シールドに関しては耐久値が若干上昇する。
搭乗機とパイロットの相性が良ければ命中率、回避率、クリティカル発生率がわずかだが上昇する。アムロならガンダム各種、シャアならシャア専用機等、主に原作で搭乗した機体が相性が良いとされている。しかし中には相性の悪い組み合わせも存在し、相性が悪ければ命中率、回避率、クリティカル発生率が低下する。例えば、セイラは原作でガンダムを上手く操縦できなかったためか、ガンダムとは相性が悪い。また、ニュータイプパイロットは総じてEXAM搭載機と相性が悪い。なお、敵側陣営の搭乗機と相性の良い組み合わせも存在する。「鹵獲兵器」は敵側陣営で使用可能なパイロット以外、ほとんどのパイロットはそのままでは搭乗できないが、相性が良いと実際に搭乗できる。
武器である以上、ほとんどの武器には弾数が設定され、攻撃時に画面の左上に「残り弾数/最大弾数」が表示される。ただし母艦の武器とモビルスーツの格闘兵器には上限が無く、「∞」と表示。残り弾数がゼロになると「弾数ゼロ」と表示され、その武器ではもう攻撃出来ない。母艦の周囲で留まると補給→破壊された武器や盾の修理→HP回復が順に行われ、再度攻撃可能となる。進行状況は画面のグラフィックや秘書の台詞で判別可能。ただし補給中はこちらから攻撃出来ない。
ユニットは筐体上に置いた位置及び方向に応じて、戦艦はトラックボールにより移動する。筐体の上にセットしたユニットに、選択したマップ及びプレイヤーの階級ごとによって、異なる母艦を操作する。なおICカードを初使用する場合、丁寧な説明のついたチュートリアルがプレイ出来る。プレイしなくともよいが、最低一度はプレイしないと、いつまでたってもチュートリアルの選択が出続ける。
出撃を選択すると、秘書の敬礼と「全機、出撃!」の台詞と共に、ゲームが開始される。なおこの時既にCPUとプレイしている他プレイヤーと対戦状態になった場合、他プレイヤーはそれまでの対CPU戦が打ち切られ「敵部隊接近」のメッセージおよび秘書の台詞が出て、戦闘のやり直しとなる。またver.2.0からは同陣営同士の対戦も可能となり、この場合はシミュレーターとして解釈されているため、メッセージと台詞は「シミュレーター発動」になる。
1556年1月27日、フマーユーンは事故が原因でデリーにて死亡し、息子のアクバルが皇帝となった。帝国が真に復興を成し遂げるのは子のアクバルの治世である。アクバルは13歳という若さだったため、インド奪還で功のあったバイラム・ハーンが摂政として統治した。だが、アクバルの治世初期は不安定そのもので、スール朝の3人の王ムハンマド・アーディル・シャー、イブラーヒーム・シャー、シカンダル・シャーは健在であった。だが、スール朝のヒンドゥー武将ヘームーは彼ら3人よりもさらに危険な存在で、フマーユーン死後すぐ、ヘームーは混乱に乗じて挙兵し、デリーとアーグラを占領した。このため、1556年11月5日に第二次パーニーパットの戦いでヘームーを打ち破り、デリーとアーグラを取り戻した。その後、アクバルが自身の地位や統治に責任を持つようになると、バイラム・ハーンとの対立が鮮明になった。彼はまたバイラム・ハーンを「バーバー・ハーン」（父なるハーン）と呼びつつも、皇帝を凌ぐ権力を持つ彼を内心では恐れ、その掣肘を煩わしく思うようになっていた。そして、1560年3月にバイラム・ハーンを追放し、アクバルは自ら親政を始めた。アクバルはその権力基盤を強化するため、多様な社会階層からの人材抜擢とその方針の徹底を図った。そのため、アクバルの政府にはシーア派のペルシア人、アラブ人、現地ヒンドゥスターンで生まれ育ったムスリム、ラージプート、バラモン層、あるいは、マラーターまでが参画していた。また、ラージプートなどヒンドゥーの在地勢力を自らの支配層に取り組むために、彼らが所有する領地からの収入を認めるとともに、ラージプート出身の女性を妻とした。だが、メーワール王国の君主ウダイ・シング2世は服従せず、1572年に彼が死ぬと息子プラタープ・シングが争いを継続し、王国はアクバルの死まで服従しなかった。また、アクバルはイスラーム以外の宗教に対しても寛容であったことが知られ、1564年にムスリム以外に課せられるジズヤの廃止も行った。帝都ファテープル・シークリーには、バラモン、ヨーガの行者、ジャイナ教徒、イエズス会士（彼らはゴアに滞在していたポルトガル人である）、ゾロアスター教徒が集まり、議論をさせることを好んだ。さらに、サンスクリットで著述されていたインドにおける二大叙事詩『マハーバーラタ』、『ラーマーヤナ』をペルシア語に翻訳させている。アクバルは行政改革をも実施した。イスラーム王朝の性格が強いムガル帝国であるが、帝国初期の行政機構は、農業に基盤を置いていた近代のほかのアジアにおける諸帝国との共通点が多い。一つが貴族制を導入したことである。貴族は「マンサブ」と呼ばれる位階が授与された。その位階は10の単位で表示され、貴族にはその数だけの騎兵を皇帝のために準備することが義務化された（マンサブダーリー制）。さらに、文官と武官の区別が明確化され、相互にチェックできる仕組みができあがり、彼らには一定の「ジャーギール」と呼ばれる一定の土地の徴税権が割り当てられたが、定期的にジャーギールは、別の地域が割り当てられるようにすることで、彼らが地方で拠点を確保して帝国に反抗することを阻止した。アクバルの治世、帝国の領土は大きく広がり、東はベンガル、南はデカン高原まで進出して北インドのほとんど全域を平定した。アクバルの他宗教への寛容性と完成された官僚制は、彼の息子や孫の治世に引き継がれた。