カルタゴは三段櫂船からなる艦隊を使ってシュラクサイの港を封鎖しており、その兵力はアガトクレスが持つ60隻を大きく上回っていた。このため、アガトクレスはシュラクサイを脱出する機会を待たねばならなかった。ある日、シュラクサイに向かう穀物輸送船が何隻か現れた。カルタゴ艦隊はこれを追跡するために、一時封鎖を解いてシュラクサイを離れた。アガトクレスはこの機会を見逃さず、艦隊を出港させた。当初カルタゴ軍は、アガトクレスは穀物運搬船を救うために出撃したと考え、戦闘隊列を組んでこれに向かった。シュラクサイ艦隊が脱出を試みていることを認識した後にはこれを追跡した。この間に穀物運搬船は無事にシュラクサイに到着し、乏しくなっていた食料の補給に成功した。シュラクサイ艦隊はカルタゴ艦隊に追いつかれそうになったが、日没のために追撃は中断された。翌日に日食が観察されたとされていることから、この脱出劇は紀元前310年8月15日と推定される。
アガトクレスは兄のアンタンデルをシュラクサイ防衛軍の司令官に任命した。リビュア遠征中にシュラクサイで反乱が起こるのを避けるために、市民の家族を二つのグループに分け、片方はリビュアに、もう片方はシュラクサイに残るようにした。シュラクサイに残ったグループがアガトクレスを軽蔑していたとしても、彼らの親戚がアガトクレスと共にリビュアにいる限り、反乱に手を貸す可能性は低かった。この遠征のためには多額に資金が必要であり、アガトクレスは孤児の財産を没収し、商人から借金をし、寺院の寄進、女性の宝石も供出させた。また、富裕層の多くは彼の政治に反対していたため、自発的にシュラクサイを離れるように促した。彼らが離れると傭兵に追わせて殺害し、資産を没収して兵士に適する奴隷は解放した。このような方法で、大量の軍資金を確保することができた。
カロデンの戦いの後、政府軍は数週間かけてジャコバイト軍を捜索し、畜牛を没収したり臣従宣誓を拒否する教派やカトリックの集会所を燃やしたりした。フランスの正規軍は捕虜として扱われ、後に国籍にかかわらず交換されたが、ジャコバイト軍で捕虜になった3,500人は反逆罪で起訴され、うち900人が恩赦され、650人が裁判を待っている途中で死亡、120人が処刑され（主にマンチェスター連隊の隊員や脱走者）、残りは追放された。貴族でジャコバイトであるラヴァト卿、キルマーノック伯爵、バルメリノ卿は1747年4月に斬首されたが、世論の風向きは変わっており、カンバーランド公爵が厳罰を堅持したこともあってジャコバイトに同情的な者の間で「虐殺者」（Butcher）と呼ばれた。1747年恩赦法によりその時点で投獄されたままの者が恩赦された。その中にはフローラ・マクドナルドもおり、彼女には王太子フレデリック・ルイスなど上流階級の支持者が多く、彼らは彼女のために1,500ポンド以上の義捐金を集めた。以降エルチョ卿、マレー卿、ドナルド・キャメロン・オブ・ロキールは帰国できないまま死去（それぞれ1787年、1760年、1748年没）、一方で1745年にロキールに雇われて各地の借地人にジャコバイト軍に入るよう迫ったアーチボルド・キャメロン・オブ・ロキールはスコットランドに戻ったときに同じ氏族の人に裏切られたとされ、彼は1753年6月7日に処刑された。エディンバラより北か、アバディーンなどの港より内陸に進んだら、整備された道路が少なくなり、またハイランド地方の正確な地図がなかったため、カンバーランド公爵の軍勢は進軍が遅れた。そのため、将来の反乱を避ける目的で新しい要塞が建設され、ウェイドが1715年の蜂起以降にはじめた軍道建設がようやく完成、ウィリアム・ロイが初となるハイランド地方の広範囲な測量を行った（1755年、七年戦争勃発により完成せず）。また、1745年以前にも経済情勢の変化により圧力がかけられていた伝統的な氏族制にはさらなる圧制政策が実施された。1746年のスコットランド世襲的司法権廃止法により氏族長の氏族人に対する権力が廃止され、同年の服装法により軍務以外でキルトを着ることが禁止されたが、後者については効果が疑問視され、1782年に廃止された。ジャコバイト運動は1746年に完全に消えたわけではなかったが、諸派の間で目的の矛盾が浮き彫りになったことでジャコバイトが脅威となることはなくなった。多くのスコットランド人はチャールズの指導に幻滅、またイングランドにおけるジャコバイト勢力の衰退も1715年時点でジャコバイトを強く支持したノーサンバーランドやダラムといった地域でも1745年の蜂起でほとんど支援がみられなかったことで示された。アイルランドのジャコバイト結社は続いたが、ステュアート家への支持というよりは既存の体制への反対によるものであり、やがて共和派のユナイテッド・アイリッシュメン協会に吸収された。1747年6月にデギーユ侯爵が帰国すると、彼は海軍大臣モールパ伯爵に報告を提出したが、そこでオサリヴァンとロキールを除くジャコバイト指導者を批判、特にチャールズへの評価が「フランスにとって、ステュアート家の復位よりスコットランド共和国建国のほうが良い」と極めて厳しいものだった。両軍の指導者にとって、1745年の蜂起はその生涯の最高峰となった。カンバーランド公爵は1757年に軍務から退き、1765年に卒中により死去した。チャールズはパリに帰還したときは英雄として歓迎されたが、1748年のアーヘンの和約によりステュアート家は再びフランスを追われた。ヘンリー・ステュアートが1747年6月にカトリックの聖職者になったことは暗黙的にはジャコバイト運動の終結の受け入れとして扱われ、チャールズが彼を許すことはなかった。チャールズは以降も再起をかけて1750年に秘密裏にロンドンを訪れたり、1759年にフランス宰相ショワズール公爵に面会してイギリス侵攻を討議したが、ショワズールは彼を無能な酔いどれとして退けた。1766年にジェームズが死去すると、教皇クレメンス13世はチャールズの求めに応じず彼をチャールズ3世として承認することを拒否した。チャールズは失望して、苦い思いを抱いたまま1788年1月に卒中により死去した。