2003年6月24日、ハリウッドのコダック・シアターで行われた第3回BET（ブラック・エンターテインメント・テレビジョン）アウォードに招かれる。ここではマイケル・ジャクソンが飛び入りで参加したが、この共演は約20年ぶりのことであった。その後、マイケルは「ここにいるこの人物ほど、僕に大きな影響を与えた人はいない」とスピーチし、自らの音楽とダンスの師匠であるブラウンに生涯功労賞を手渡した。同年にはケネディセンター賞も受賞した。2004年12月に、ブラウンは前立腺癌と診断され手術を受ける。2005年5月6日、ブラウンの72度目の誕生日にオーガスタ市は7フィートのブロンズ像を贈呈した。像は本来その1年前に送られる予定であったが、その当時ブラウンが直面していた家庭内暴力事件のため、延期された。2005年7月6日にはLIVE 8のEdinburgh 50,000 - The Final Pushに出演し、イギリスの歌手ウィル・ヤングと「Papa's Got A Brand New Bag」をデュエットした。また、その1週間前にはジョス・ストーンと「Friday Night with Jonathan Ross」に出演し、デュエットを行っている。2006年、ブラウンは世界ツアー「Seven Decades Of Funk World Tour」を行った。ショーは、聴衆から肯定的に受け入れられた。最後のショーは、オキシジェン・フェスティヴァルへの出演であった。8月22日、オーガスタ・リッチモンド郡競技施設局（Augusta/Richmond County Coliseum Authority）は、オーガスタ・リッチモンド郡市民ホール（Augusta-Richmond County Civic Center）をジェイムズ・ブラウン・アリーナと改名することを票決した。11月14日には、イギリス音楽の殿堂入りを果たした。ブラウンは、授賞式で演奏を行った幾人かの受賞者の内の一人であった。
1991年2月27日、6年の判決に対して3年弱の服役で釈放された。この年には 4-CD セットの "Star Time" を発表、この頃よりブラウンは、その功績を称えられ、いくつかの名誉ある音楽関連の賞を受賞している。1992年2月25日、ブラウンは第34回グラミー賞特別功労賞を受賞している。その1年後には第4回リズム&ブルース財団賞特別功労賞を受賞した。また、1993年11月11日にオーガスタ市長のチャールズ・ディヴァニーは、オーガスタ9番街を「ジェイムズ・ブラウン大通り James Brown Boulevard」と改名し記念式典を行った。また、C&Cミュージック・ファクトリーと,ソウルIIソウルのジャジーBがプロデュースを担当した新作アルバム「ユニバーサル・ジェームス」も発表された。1993年1月には「セックス・マシーン」の再録音盤「SEX MACHINE'93」も日本でシングルとして発売、売り上げは好調だった。
1980年、映画『ブルース・ブラザース』に出演。1984年、ラップのアフリカ・バンバータとのデュオ「ユニティ」がスマッシュ・ヒット。久々に音楽シーンの注目を集めた。1986年1月23日にはロックの殿堂入りした他、映画「ロッキー4/炎の友情」に「ソウル界のゴッドファーザー」として出演した。そして86年「リビング・イン・アメリカ」が久々のヒットとなる。さらに1988年には、フルフォースのプロデュースによる傑作「アイム・リアル」を発表した。ラップ・ヒップホップのミュージシャンたちから「我が師、我が父」として尊敬された。この時期、ブラウンの曲はラッパーたちによって非常に多くサンプリングされた。しかし、そんな矢先にトラブルが発生してしまう。1988年には、薬物吸引中に妻とケンカし、銃を乱射し、駆けつけた警察とカーチェイスを行った末、ガス欠となって逮捕され、実刑判決を受けた。
2006年7月7日に株式会社文化放送と株式会社ドワンゴの合弁事業として株式会社ピクチャーマジック（後に子会社化、現在解散して消滅）の協力を受け設立した会社である（文化放送分は、子会社株式会社セントラルミュージックからの出資も含む）。その後、角川グループ株式会社メディアワークス（後の株式会社アスキー・メディアワークス、現株式会社KADOKAWA アスキー・メディアワークスBC）及び有限会社グッドスマイルカンパニーも第三者割当増資で出資していた。携帯・PCサイト『超!アニメロ』をドワンゴと共に運営していた。また、セントラルミュージックより番組制作事業の一部の移管を受け文化放送A&Gゾーンの一部番組を中心とした所謂アニラジ等のラジオ番組制作を行っていた。社長は、設立当初セントラルミュージック出身の大口豊が務めていたが、後に退陣（資本関係の無い新会社を設立して独立）し、二代目社長として、ピクチャーマジックの社長である中西孝が兼任していた。2008年に、ピクチャーマジックを100％子会社化し、ピクチャーマジックが保有していたAG-ONEの株式が中西個人へ移った。2010年4月には、ドワンゴ完全子会社であったドワンゴプランニングアンドディベロップメントを吸収合併し、声優・歌手系の芸能事務所「ドワンゴアーティストプロダクション」及び養成学校「ドワンゴクリエイティブスクール」の運営及びAnimelo Summer Liveの開催企画を継承した。増資・合併により、最終的な資本金は設立当初と比べ5倍近くなり、事業も大幅に拡大した。2010年4月22日に株式会社5pb.に資本参加、傘下に加える。2011年4月21日に同日付官報公告でAG-ONEを存続会社として5pb.を吸収合併すると発表。株主総会での承認を経て同年6月1日付で合併、株式会社MAGES.（メージス）が発足、5pb.社長だった志倉千代丸が代表取締役社長に、当社社長だった中西は代表取締役副社長に就任した。合併後は双方のブランドや事業が維持される。設立からしばらくの間、文化放送本社ビル（文化放送メディアプラス）近隣（浜松町）のビルに本社を構えていたが、2010年7月頃にドワンゴクリエイティブスクール・ドワンゴアーティストプロダクションの事務所と同じビル（三崎町）の別フロアへ移転した（MAGES.設立後も、2ヶ月程度の間、登記上の存続会社として本店所在地となっていた）。なお、プライバシーポリシーは、文化放送グループ内のプライバシーポリシーに準じた内容となっていた。