原則として、他線直通の列車は直通先の列車番号に従う。ただし、新快速などはその付番規則に従う。新快速、越美北線からの直通列車と北陸本線内で完結する列車との間で奇数・偶数が逆転している。
原則として、始発駅によって列車番号が決まる。米原駅 - 敦賀駅間を始発駅とする列車は下り電車が121、上り電車が120、敦賀駅 - 福井駅間を始発駅とする列車は下り電車が221、上り電車が220（快速のため3220）、福井駅 - 金沢駅間を始発駅とする列車は下り電車が321、上り電車が320から順番に付番され、末尾にMが付く。ただし、大聖寺駅・小松駅・美川駅・松任駅と金沢駅間を結ぶ系統は下り電車が621、上り電車が620から順番に付番されている。特定の曜日のみ運転する電車の一部は9000番台が使われている。
2018年3月17日現在、朝4時台の福井発敦賀行きで快速運転を行っている。1982年11月14日まで急行「くずりゅう」として運転されていた福井発米原行きの早朝1本が快速に格下げされ、のちに何度か普通列車に格下げされたり快速に格上げされたりしながら、敦賀駅で新快速と連絡する現在の上り快速列車に至っている。福井駅 - 金沢駅間においても、かつては快速列車や途中駅から快速運転を行う列車が設定されていた。普通列車が客車で運転されていた1960年代に、福井駅 - 富山駅間で471系電車6両編成による快速「こしじ」がおおよそ1時間おきに運転されていたことがあった（年代によってはうち1往復は特別快速）が、のち普通列車の電車への置き換えにともない廃止となった。その後は都市間を移動する旅客の特急列車利用への移行もあって快速列車の設定は少なく、国鉄時代とJR時代にそれぞれ快速が設定されては廃止されている。ただし両者の性格は異なるものであり、国鉄時代は前述の快速「こしじ」の流れを汲むもので停車駅は福井駅 - 春江駅 - 丸岡駅（一部停車） - 芦原温泉駅 - 大聖寺駅 - 加賀温泉駅 - 動橋駅 - 粟津駅 - 小松駅 - 寺井駅 - 美川駅 - 松任駅 - 金沢駅と全区間で快速運転されていたのに対し、JR発足後に設定された快速は福井駅 - 小松駅間が各駅停車で小松駅 - 金沢駅間は途中美川駅と松任駅に停車する都市近郊型の区間快速的な性質の列車となり、小松駅 - 金沢駅間運転の普通列車とセットで運転されていた。またラッシュ時には寺井駅や西金沢駅にも一部の快速が停車していた。
日中は敦賀駅 - 小松駅間で1時間に1本程度、小松駅 - 金沢駅間で1時間に2本程度が運行されている。敦賀駅 - 金沢駅を直通する列車は少なく、ほとんどの列車が福井駅で乗り換えとなる。朝夕のラッシュ時には武生駅・芦原温泉駅・大聖寺駅・美川駅・松任駅で折り返す列車も運転されている。2017年3月4日のダイヤ改正より、一部列車でワンマン運転が実施されている。かつては日中にも武生駅・芦原温泉駅折り返し系統があったが、2010年3月13日のダイヤ改正で武生駅 - 福井駅間の1往復を除いて廃止された。また、 越前花堂駅 - 福井駅間では越美北線（九頭竜線）の全列車が乗り入れる。かつては芦原温泉発九頭竜湖行き（九頭竜湖駅開業前は勝原行き）の普通列車も存在した。
ライブ映像作品としては、『Every Little Thing X'mas Concert 2008』より、約1年ぶりとなる。2009年10月から2010年3月にかけて行なわれた全国ツアー。全33公演。これまでのコンサートツアーと異なり、特にオリジナルアルバムを引っ提げたツアーとはなっていない。ツアー期間中にベスト・アルバム『Every Best Single 〜COMPLETE〜』、ツアーファイナルの東京公演前（2010年3月27・28日）に、オリジナル・アルバム『CHANGE』が発売されている。2010年3月27・28日の東京公演には12年ぶりに元メンバーの五十嵐充がサプライズ・ゲストとして登場し、ELTツアー史上初のキーボード3名での演奏が実現。3月28日の最終公演では、登場時に持田のバースデーケーキを持ち込んで登場。（サポートメンバーの林の演奏を合図に登場。）さらに、サプライズはもう一つあり、伊藤の合図で5,000人の観客が人文字で持田のバースデーを祝い、持田は嬉しさのあまり号泣した（持田の誕生日はこの公演の4日前）。五十嵐がケーキを持って登場したとき、持田はサポート・キーボーディストの林真史がこの日誕生日だったので、林のバースデーケーキと思い込んでいた（林のバースデーケーキはその日の本番前リハーサルで渡されていた）。なお、このサプライズ演出は持田以外のメンバー・スタッフおよび会場内の観客全員知っていた（観客は、サプライズについての用紙と紅白ボードを配布され、開演前にマネージャーからサプライズの説明と練習が行われた）。このツアーで、長らくライブで演奏されていなかった「Over and Over」が最終曲として演奏された（通常のツアーではこの曲のインストがエンディングで使われているが、このツアーでは、バックモニターのメッセージの後、ピアノのオリジナルエンディングに合わせてクレジットコールが流れた）。2010年3月7日の沖縄コンベンション劇場公演では、持田が終演後の場内アナウンスコールをサプライズで行い、会場内に残っていた観客を驚かせた。（「裏MEET Vol.3」に収録）