一部有力選手をプロテクトから外す代わりに兼任コーチに据えるか自由契約をした上で再契約するなどの行為が、人的補償で選手をとられることを避けるため策を講じたのではないかと指摘されることもある。2017年、日本ハムから中日へFA移籍した大野奨太の人的補償として岩瀬仁紀を指名するが、彼は選手兼任コーチであり、そういった選手を指名しないのは暗黙の了解であることや本人も移籍を受け入れず進退についても言及したため金銭補償となったとの一部報道があった。2018年、上原浩治が巨人から自由契約になった後、巨人へFA移籍した炭谷銀仁朗、丸佳浩の人的補償のため選手名簿を西武と広島に渡すが、その後に上原と再契約したことで彼を人的補償でとられないためのプロテクト外しだったのではないかと指摘され、上原本人は球団の考えは分からないが裏はないと否定、巨人側もそれが念頭にあったため会見も検討するほどだったと否定した。自由契約直後には巨人が人的補償が必要なFA選手を獲得すると戦力としては計算しづらい功労者について悩まなくてよくなったとの指摘もあった。この他にも育成契約にしてから再度支配下登録することでもプロテクト外しが可能である。
FA権を行使して他球団へ移籍したFA選手が補償対象選手（後述）の場合、移籍先球団は前球団に対して選手の旧年俸による'''金銭補償'''、および移籍先球団が保有する支配下選手のうち下記の選手を除いた中から、前球団が指名した選手1名を与える'''人的補償'''をしなければならない。人的補償に指名された選手がこれを拒否した場合、その選手は資格停止選手となる。この場合と前球団が人的補償を求めない場合は追加の金銭補償をする。
FA宣言した選手は年俸とは別に契約金を得ることが出来る。前球団に残留する場合は上限無し、移籍した場合は翌シーズンの年俸の半額が契約金の上限となる。契約内容によっては契約金無しの場合もある。
FA宣言した選手の翌シーズンの年俸は現状維持が上限となる。減額は無制限であり、通常の減額制限を超えての減額も可能であるが、年俸調停の申請はできない。年俸上限が現状維持なのは複数球団による過度な獲得競争を防止するためだが、契約年数や出来高払い（インセンティブ契約）、2年目以降の年俸の上昇に制約は無い。ただし「特別な事情をコミッショナーに文書で申請し、コミッショナーがこれを認めた場合」（FA規約第７条から抜粋）は制限を超える金額での契約が可能。2016年に横浜DeNAから巨人に移籍した山口俊は当初推定年俸8,000万円と前年度の据置で発表されていたが、実際は上記の規約を巨人が申請し、コミッショナーが認めていたため、推定年俸2億5000万円程度で契約していたことが発覚した。
日本プロ野球では2007年より故障者選手特例措置制度を導入している。これは特定の条件を満たした選手の出場選手登録日数を救済する制度である。2月1日から11月30日の間にグラウンド上で発生した故障が原因で出場選手登録を抹消されたために、その年の出場登録日数が145日に達しない選手について、登録抹消を起点として二軍の公式戦に出場するまでの日数のうち、最大60日までがその年の出場選手登録の日数に加算される。シーズン中に数回に渡って登録抹消が起こった場合も、累計60日まで計算され、加えられる。前提条件として、前年の出場選手登録が145日以上であることが必要である。この制度により出場登録日数が加算された場合、翌年は適用の対象外となる。この制度によってFA権を取得した初めての選手は2007年の福留孝介（取得当時は中日ドラゴンズ在籍）。2008年は大村直之（取得当時は福岡ソフトバンクホークス在籍、海外FA権）と多村仁（取得当時同球団所属、国内FA権）がこの制度で権利を取得した。
医療錬士とは東京女子医科大学が1966年(昭和41年）から、優れた臨床医を育成する目的で創設した卒後臨床研修プログラム「医療練士研修制度」の修了者に与えられる称号。例年、140名を超える後期研修医が同大学病院に入職し、約2400名余の研修修了者に医療練士の称号を受けている。
1999年7月に、大学通りの一角にある東京海上火災保険計算センター跡地（中三丁目）を購入した明和地所は、高層マンション建設を計画し、8月に「開発行為等指導要綱」に基づく事前協議の届出を行った。上原市長は、別件のマンション反対運動の集会において、18階建（高さ53m）の建設計画があることを話した（これが後に、国立市に対する損害賠償の原因の不法行為の1つとなった (PDF, 420KB) ）。計画内容が知られると、住民の間にマンション建設反対運動が起こった。国立市は8月19日、国立市開発指導要綱に基づく標識の設置を明和地所に求め、さらに10月8日、マンションの高さを銀杏並木と調和する高さにするよう行政指導を行った。10月19日に、明和地所側が計画建築物の高さを具体的に明示するように都市計画課長に求めたが、「条例等には、何階建てならよいとか、何メートルならよいというルールは無い」と回答した。同日、明和地所は紛争予防条例に基づき、標識を設置した（標識を設置した場合、設置後30日で建築確認申請が提出できる）。これに対して、市は、明和地所に紛争防止条例に基づく標識の撤去を求めた。後に、明和地所は14階建の計画に変更したものの、それ以上の計画変更には応じない姿勢を示した。