1938年（昭和13年）5月上田市長成沢伍一郎の辞任に際し、後任の要請を断り、1940年（昭和15年）5月4日帰郷して新築家屋に住み、帯経草堂と号した。太平洋戦争が勃発すると、妻の宝石・功労賞品・乳母車・山林等を進んで供出した。娘婿は次々に出征し、1944年（昭和19年）6月七女貞子、12月五女美津枝、1945年（昭和20年）3月三男正樹が実家に戻り、15人の大家族で畑を耕し、食糧を自給した。1942年（昭和17年）2月25日妻ノブ、1944年（昭和19年）12月七女貞子を喪い、1945年（昭和20年）5月東京大空襲で青山の持家2軒を焼失した。戦後は農地改革により田畑を手放し、社会の道義的退廃を嘆きながら日々を過ごした。
長野県に蚕糸専門学校の設置が計画されると、1908年（明治41年）8月創立委員長に任命され、1910年（明治43年）5月米沢高等工業学校長事務取扱として必要な設備等を調査し、8月13日上田蚕糸専門学校長に就任した。専門学校では絹糸紡績科・教婦養成科の新設に関わったほか、柔道・剣道などの武道教育に力を入れた。1918年（大正7年）2月教授勝木喜董の解任に対し、養蚕科1年生岸本元治・山本岩三郎・間宮成吉等が反発し、革命団と称して校長刷新を求めストライキを起こした。ストは1週間で終息し、4月勝木喜董は離職した。1924年（大正13年）朝鮮・関東州・満州の蚕糸業を視察して有望と見込み、卒業生の大陸への就職に力を入れた。1936年（昭和11年）、1940年（昭和15年）にも満州を訪れている。1927年（昭和2年）8月東京朝日新聞により盛岡高等農林学校へ転任内定と誤報され、卒業生により留任運動が行われた。1937年（昭和12年）の勲一等瑞宝章受章を機に、1938年（昭和13年）3月31日校長を辞職し、井上柳梧が後任に就いた。
1896年（明治29年）7月農学科を卒業し、1897年（明治30年）6月拓殖務省に入省したが、間もなく廃省となり、11月農商務省横浜生糸検査所に勤め、12月西ヶ原蚕業講習所に兼務した。1898年（明治31年）5月文部省実業教育局に入り、11月専門学務局に転じ、1899年（明治32年）6月高等師範学校教授を兼任した。1900年（明治33年）11月図書審議官となり、1902年（明治35年）9月視学官を兼務、教科書編纂や教科細目調査に従事した。1906年（明治39年）2月松浦鎮次郎と文部省留学生に任命され、アメリカ合衆国・ドイツで農業教育を学んだ。留学中の1907年（明治40年）3月には盛岡高等農林学校教授の名義を与えられた。1908年（明治41年）5月帰国し、文部省視学官に復職した。
上野戦争から逃れ、6月6日に会津に入っていた寛永寺の門跡、輪王寺宮公現入道親王を同盟の盟主に戴こうとする構想が浮上した。輪王寺宮は「会稽の恥辱を雪ぎ、速に仏敵朝敵退治せんと欲す」と述べるなど、新政府軍に対して強い反感を持っていた。同盟側は輪王寺宮に対し、軍事的要素も含む同盟の総裁への就任を要請した。しかし輪王寺宮は「君側の奸」を除くことには同意し、政治面での盟主にはなるが、出家の身であるために軍事面では指導できないとした。結局6月16日に盟主のみの就任に決着、7月12日には白石城に入り列藩会議に出席した。この際輪王寺宮が同盟の「天皇」として推戴されたという説が存在する。瀧川政次郎がその可能性があると指摘し、遠藤進之助、亀掛川博正らも追随している。藤井徳行はこの説をさらにすすめ、当時の日本をアメリカ公使は本国に対して、「今、日本には二人の帝（ミカド）がいる。現在、北方政権のほうが優勢である。」と伝えており、新聞にも同様の記事が掲載されていることや、この「朝廷」が「東武皇帝」を擁立し、元号を「大政」と改め、政府の布陣を定めた名簿が史料として残っていることなどから、「東北朝廷」の存在はほぼ確定的になったと主張した。星亮一、小田部雄次などがこの説を支持している。一方で石井孝、工藤威は現実性をもたない、構想のみのものであったと批判している。上野戦争の頃から輪王寺宮が天皇として擁立されるという噂は流れており、輪王寺宮の江戸脱出に手を貸した榎本武揚も「南北朝の昔の如き事を御勤め申す者が有之候とも御同意遊ばすな」と忠告している。輪王寺宮は列藩会議出席に先立つ7月9日に秋田藩、7月10日には仙台藩に対し「幼君」のため、「久壊凶悪」な「薩賊」を除くとした「輪王寺宮令旨」を下している。さらに7月10日には動座について説明し、「薩賊」を除くために輪王寺宮が決起したという布告文が公議府から出されている。この布告文には目的を達成したあと輪王寺宮が東叡山（寛永寺）に戻るとされた上、「南北朝ノ故事ヲ附会シテ、宮様ノ御神意ヲ弁ヘス、誣罔ノ説ナサンコトヲ恐ル」と説明されている。石井孝はこの布告文から東北朝廷の存在は成り立たないとしている。また「東北朝廷」の構成とされる史料についても作成された経緯が不明確であり、輪王寺宮の還俗・即位・改元についても公表された形跡はない。皇族であり、明治天皇の叔父でもある輪王寺宮の擁立は同盟にとっては統合のシンボル的な価値を持った。しかし秋田藩などからは「尊氏の悪例」として批判されている。いわばお飾り的な存在であった輪王寺宮だったが、後に同盟が敗勢に向かうと、軍事面にも積極的な言動を行うようになり、抗戦継続を訴えるようになった。