広さは周囲の堀を含めて東西約200メートル・南北約190メートル、面積は約1.4万坪（約4.6万m²）と推定される。外濠、内濠、空濠に囲まれた三重構造で、中世式の武家館であるが、東曲輪・中曲輪からなる規格的な主郭部、西曲輪、味噌曲輪、御隠居曲輪、梅翁曲輪（うち、味噌曲輪、御隠居曲輪、梅翁曲輪は武田氏滅亡後の豊臣時代に造成）等から構成されると考えられ、甲斐武田氏の城郭の特徴がよく現れた西曲輪虎口や空堀、馬出しなどの防御施設を配した構造になっている。2006年の発掘調査では大手口前面の下部から三日月堀が確認され、正確な年代は不明であるが丸馬出が築かれていたことが判明した。内郭は石積みで仕切られており、東曲輪で政務が行われ、中曲輪は当主の日常の居住空間、西曲輪は家族の住居があったと考えられている。武田氏から徳川氏、浅野氏の支配の期間を通じて、主郭部に曲輪を増設する形で改修が行われた。『甲陽軍鑑』では晴信の持仏を納めた毘沙門堂に関する記事がみられ、連歌会や歌会が催される会所であったという。『高白斎記』によれば、1543年（天文12年）には館の一部を焼失したが、再建されている。現在、跡地は1919年（大正8年）に創建された武田神社の境内にあたるが、このときに南面の主殿の規模が縮小されている。また武田神社の本殿を立てる際には南の石垣を崩し、正門を新たに造った。このときに三重構造の原型の大半が崩されてしまったが、その後の1940年（昭和15年）に国の史跡に指定されている。遺構として土塁、堀、石垣、虎口などがあり、陶磁器などの出土遺物も確認されたほか、神社の近くには往時のままの場所にあると伝えられている井戸が2箇所存在する。そのうち「姫の井戸」と呼ばれる井戸は、信玄の子息誕生の際に産湯に使用されたと伝えられている。なお、信玄の時代の通用門は現在の神社東側にあり、内堀によって道と隔てられていた。
世界征服のための計画をことごとくソニックに潰されているが、決して諦めることはなく、シリーズにおいてはほぼ例外なく世界征服をした後で己の理想郷である「エッグマンランドを建設する」という目的のために悪事の限りを尽くす。むしろ世界を破壊する自分以外の悪者に対しては「地球がなくなったらエッグマンランドが作れなくなる」という理由で、その侵攻に対抗するために戦力を出したり積極的に協力することがある。一方でしばしば強大な力（カオス、ダークガイアなど）を狙い、「世紀の頭脳を持つ自分なら制御できる」と後先考えず行動したあげく結局制御できず、世界が破滅しかねない事態を招き起こす。これらのエッグマンの悪巧みによって暴走した者の多くは各シリーズの最後の敵としてソニックを初めとしたプレイヤーキャラクターの前に立ちはだかる者も少なくない。このように周囲の迷惑を考えず、世界を何度も危機的状況に陥れており、世間にとっては人騒がせな人物であるが、上記の通り、当事者である本人が悪気を感じている場面はほとんど描かれない。自分の研究で世界を危機に陥れても自身をマッドサイエンティストという自覚を見せることはなく、むしろ『ソニックアドベンチャー2』や『シャドウ・ザ・ヘッジホッグ』などで利己的な研究や復讐のために世界を滅ぼそうとする（とエッグマンはそう思っていた）祖父であるジェラルドに「あのマッドサイエンティストめ！」と激怒している場面さえあるしかし上記のように自分の帝国を作るための地盤を揺るがすことは望んでいないため、『シャドウ・ザ・ヘッジホッグ』でブラックアームズに利用されているシャドウを助けたり、『ソニックライバルズ』シリーズでは一切悪事を働かず、世界滅亡を企むエッグマンネガの野望を阻止するためにシャドウやシルバーと協力して終始正義のために行動した。また、かつては自分の祖父のような立派な科学者になりたいと語っていたがなぜ世界征服を狙うようになったかは不明。『ソニック カラーズ』では今までエッグマンランドを作る目的とは異なり、今までの悪行を償いたいという名目で宇宙テーマパーク「エッグプラネットパーク」を建造し、裏でウィスプの改造、ウィスプ達のエネルギーを抽出することで世界の人間を洗脳する計画を進めていた。これにはソニックですら「エッグマンがやった中でも特に酷い」と言われている。これをきっかけにその続編にあたる『ソニック ジェネレーションズ』では、偶然タイムイーターの誕生に遭遇して時空を消す能力を解析し、これを利用して「自分の敗北の歴史を塗り変える」という計画を立案した。計画の全貌を聞いたテイルスから「このままでは世界が消える」と主張されたが、「世界など自分が作り変える」などと自信満々に豪語しており、上記のソニック同様過去の自分であるクラシックエッグマンですら自分の行く末を嘆かれている。『ソニック ロストワールド』では打倒ソニックのため幻の大陸ロストヘックスで六鬼衆を復活させ、さらに動物達をさらいメカの原動力として利用する一方で、惑星のエネルギーを吸収する際に惑星を破壊しないよう細心の注意を払うなど、『ソニック カラーズ』や『ソニック ジェネレーションズ』のような冷徹さは見られない。物語中盤からはソニック達と行動を共にし、敵として付き合いの長いソニックからはある種の信頼はされているも、テイルスはメカニックとしての考え方が対照的なためにお互い憎まれ口を叩いているが、ソニックやテイルスを体を張って助けるなどの一面を見せる。逆に『ソニックフォース』では作中冒頭にソニックを捕まえデスエッグに幽閉。半年間拷問した挙句宇宙に放り出そうとしたり、自分に逆らう者をソニック同様幽閉したりある兵器によって根絶やしにしようとするなど、『ソニックアドベンチャー』シリーズや『シャドウ・ザ・ヘッジホッグ』とは対照的な行動を見せる。