明治以降、日本では他のサクラを圧倒する人気種である。街路樹、河川敷、公園の植え込みなどに広く用いられている。また、全国の学校の校門近くにも植えられていることが多い。広く植えられている園芸品種であることから、花見にもよく利用される。葉より先に花が咲き開花が華やかであることや若木から花を咲かす特性が好まれ、明治以来徐々に広まった。さらに、第二次世界大戦後、若木から花を咲かせるソメイヨシノは爆発的な勢いで植樹され、日本で最も一般的な桜となった。ソメイヨシノは街中では他種より目にする機会が圧倒的に多いことから、以前からその起源についてとともに、可否好悪についても愛桜家の間で論争の絶えなかった園芸品種である。ソメイヨシノは多くの人に人気があり、多くの公園などで花見のための木になっている一方で、ソメイヨシノ一種ばかりが植えられている現状やソメイヨシノばかりが桜として取り上げられる状態を憂慮する声もある。#遺伝子汚染も参照。欧米には1902年にカンザン(‘関山’)と共に渡っている。欧州やアメリカに多くのソメイヨシノが寄贈されており、ワシントンのポトマック川のタイダルベイスンで毎年春に行われる全米桜祭りでのソメイヨシノが有名である。現在もほぼ日本全域に植えられている最もポピュラーな桜であり、さらに全ての個体が同一に近い特徴を持ち、その数が非常に多いため「さくらの開花予想」（桜前線）に主に使われるのもソメイヨシノである。
ソメイヨシノのゲノム構成はヘテロ接合性が高く、ソメイヨシノに結実した種子では同じゲノム構成の品種にはならない。各地にある樹は全て人の手で接ぎ木などで増やしたものである。自家不和合性が強い品種である。よってソメイヨシノ同士では結実するものの種子が発芽に至ることはない。不稔性ではない。ただしソメイヨシノ以外のサクラとの間で交配することは可能であり、実をつけその種子が発芽することもあり、これはソメイヨシノとは別品種になる。ソメイヨシノとその他の品種の桜の実生子孫としては、ミズタマザクラやウスゲオオシマ、ショウワザクラ、ソメイニオイ、ソトオリヒメなど100種近くの品種が確認されている。ソメイヨシノの実生種からソメイヨシノに似て、より病害などに抵抗の強い品種を作ろうという試みも存在する。すべてのソメイヨシノは元をたどればかなり限られた数の原木につながり、それらのクローンといえる。これは地域ごとにソメイヨシノが一斉に咲き、一斉に花を散らす理由になっているが、特定の病気に掛かりやすく環境変化に弱い理由ともなっている。森林総合研究所などによるDNAマーカーを用いた研究では、各地から収集されていたソメイヨシノが同一クローンであることが確認された。
樹形は横に大きく広がる傘状。花弁は5枚で葉が出る前に花が開き、満開となる。開花期は九州・四国地方で3月下旬頃。花色は蕾では萼等も含めて濃い赤に見えるが、咲き始めは淡紅色で、満開になると白色に近づく。原種の一方であるエドヒガン系統と同じく満開時には花だけが密生して樹体全体を覆うが、エドヒガンよりも花が大きく、派手である。エドヒガン系統の花が葉より先に咲く性質とオオシマザクラの大きくて整った花形を併せ持った品種である。萼筒は紅色で、壺のような形をしている。樹高はおおよそ10-15 m。若い木から花を咲かすために非常に良く植えられている。実（サクランボ）は小さく、わずかに甘みもあるが、苦みと酸味が強いため、食用には向かない。
20世紀後半より、人類は原子力を平和的利用に代替しようとしてきたが、それに伴い、深刻な環境汚染の問題を抱えることになった。BSJ複合微生物製剤は、水銀や鉛、ニッケル等の人体に有害な重金属を効果的に分解・中和し重金属不検出という完璧な実験結果を得ていると主張する者もいるが根拠は不明。放射能で汚染された大気や海水及び土壌や動植物内のセシウム、ラジウム、ヨード、ストロンチウム等を、効果的に分解・中和し、放射性物質不検出という結果を得ることもできていると主張する者もいるが根拠は不明。BSJ複合菌（70万種余りの複合剤優種菌）は他の微生物とは比較にならないほどの強い力、強い破壊力、強い分解力、強い保護力を持ち合わせていると主張する者もいるが根拠は不明。例えば農薬や放射能で汚染された土壌改良に対しては、BSJ複合菌と水を混合させたものを、3-4日間隔で土壌に散布。1週間ほどで農薬が分解され、さらには12-16日経過する頃には土壌中から放射能汚染物質は検出されなくなると主張する者もいるが根拠は不明。広域な大気、大地、海域に対しては航空散布を行う。安全な土壌の整備、安全な水質の確保に活用できるもので、非常に優れた画期的な微生物菌と言うことができると主張する者もいるが根拠は不明。また家畜飼料にBSJ複合菌を飼料に混合させ、与えることにより家畜の体内の毒物や薬物（飼料内の抗生物質や成長促進剤、香辛料など）もBSJ複合菌が分解、処理し無毒化すると主張する者もいるが根拠は不明。食肉の場合、優れた質の良い肉質になり、毒物や薬物は一切検出されなくなる。鮮度も良く長持ちする。このようにBSJ複合菌は非常に幅広い用途を持ち合わせていると主張する者もいるが根拠は不明。このBSJ複合菌が広く有用性のあるものとして活用されてるのは、何か有害な物質を処理しても、そこからさらなる有害物質を生み出さない、全くの安全性が保障されているからであると主張する者もいるが根拠は不明。