ティムールは生前から、新たに征服した地方は自身の王子たちを知事としその支配を委ねていたため、ティムールの死後、各地に分封されて勢力を蓄えていた王子たちの間で後継者を巡る争いが起った。ティムールは自身に先立って死んだ王子ジャハーンギールの子ピール・ムハンマド・ジャハーンギールを後継者に指名していたが、ピール・ムハンマドは諸王子の中では力が弱く、権力を掌握することができなかった。かわって三男ミーラーン・シャーの子でタシュケント知事のハリール・スルタンが首都サマルカンドを奪い、ティムールの後継者として即位する。しかし、腹心の部下をもっていなかったハリールは、寵姫シャーディ・ムルク（英: Shad Mulk）の政治介入を許して首都での支持を失うと、ホラーサーン地方の知事でホラーサーン駐留の軍団を統御することに成功したティムールの四男シャー・ルフに倒された。1409年にサマルカンドを征服、ティムール朝の3代君主となったシャー・ルフは、サマルカンドの支配は自身の長男ウルグ・ベクに任せてホラーサーンに帰り、ホラーサーンの主要都市のひとつヘラート（現アフガニスタン西部）を本拠地としてティムール朝の再統一に乗り出した。シャー・ルフは自身の子飼いの部将たちを将軍に登用して権力を固め、王朝発祥の地である中央アジアの遊牧民の軍事力を背景に地方で割拠する三人の兄の子孫たちから次第に権力を奪っていった。40年近く続いたシャー・ルフの治世には明との外交が樹立されて商業活動が振興し、国際商業とオアシスの豊かな農業生産に支えられた繁栄を背景に中央アジアではイスラム文化が大いに発展した。1415年、1422年、1431年頃の3度にわたり明の永楽帝の命を受けた鄭和がホルムズを訪れている。しかし、西方辺境の東アナトリアからイランの西部ではティムールに打倒されたモンゴル貴族に代わってトゥルクマーン遊牧民の活動が活発化し、黒羊朝の英主カラ・ユースフに率いられた彼らの手によってアゼルバイジャン地方がティムール朝から失われた。1447年、シャー・ルフが没すると再び諸王子たちが各地で自立して王位を争い始め、ティムール朝の支配は再び揺らぐ。シャー・ルフが死んだ後、その長男でサマルカンドを支配していたウルグ・ベクが正統な後継者として4代君主に即位するが、まもなく1449年に自らの長男アブドゥッラティーフの手によって殺害されてしまった。翌年にはアブドゥッラティーフも暗殺されてシャー・ルフ家からは実力者がいなくなり、混乱が続く。この間に黒羊朝が急速に勢力を広げ、イランの西部から東部まで進出してホラーサーンの主邑ヘラートまで占領していた。
₁₇ 愛する者たちよ。わたしたちの主イエス・キリストの使徒たちが予告した言葉を思い出しなさい。 ₁₈ 彼らはあなたがたにこう言った、「終りの時に、あざける者たちがあらわれて、自分の不信心な欲のままに生活するであろう」。₁₉ 彼らは分派をつくる者、肉に属する者、御霊を持たない者たちである。 ₂₀ しかし、愛する者たちよ。あなたがたは、最も神聖な信仰の上に自らを築き上げ、聖霊によって祈り、₂₁ 神の愛の中に自らを保ち、永遠のいのちを目あてとして、わたしたちの主イエス・キリストのあわれみを待ち望みなさい。₂₂ 疑いをいだく人々があれば、彼らをあわれみ、₂₃ 火の中から引き出して救ってやりなさい。また、そのほかの人たちを、おそれの心をもってあわれみなさい。しかし、肉に汚れた者に対しては、その下着さえも忌みきらいなさい。 — ユダの手紙17-23節17節から内容を転じて後半に入る。17節から18節にかけては「使徒たちが予告した言葉」が引き合いに出されているが、これと一致する使徒の発言は伝わっていない。具体的な文章を引用したのではなく、読者の記憶を喚起するもの（バルバロ）、あるいは複数の使徒たちの発言を再編したもの（シュナイダー）などといわれる。また、もしも『ペトロの手紙二』がユダ書に先行するとした場合には、その3章2節から3節の引用の可能性も出てくる。いずれにせよ、ここでユダ書の著者は、旧約の預言者と使徒の言葉を同格の参照元として取り扱っている。その発言に見られる「あざける者」という表現では、何を嘲ったのかが明示されていないが、終末願望を嘲った可能性が指摘されている。また、彼らが「御霊を持たない者」とされるのは、その高慢さに原因がある。なお、17節から18節は、偽名書簡と見る者たちからは、使徒の死後の時代に書かれたことが読み取れるとされている。また、ユダを使徒の方ではないと位置づける者たちからは、著者が使徒と自らを別個の存在として位置づけている（つまり使徒ユダの作品ではありえない）ことが読み取れるとされている。19節に出てくる「彼らは分派をつくる者、肉に属する者、御霊を持たない者たち」という批判は、「彼ら」の主張を裏返しにした批判ではないかという説もある。すなわち、「彼ら」は自分たちが御霊を持ち、肉に属さないものであると主張していたため、まったく逆と批判したというわけである。グノーシス主義者の中には、救いは滅び行く世界を超えたところにあるものであり、パウロの説くことを都合よく解釈して、人為によって救われるのではないのでこの世の肉体が何をしても良いという放縦な振る舞いに及んだものもいたとされる。19節はそうした主張への反論として理解できる可能性がある。他方で、20世紀以降に発見されたグノーシス文書の分析などから、こうしたグノーシス理解に疑問も出されている。21節で保つように促されている信仰は、伝統的な信仰を指している。伝統それ自体を根拠に置く信仰のあり方が見られるのは、新約聖書ではここだけとされる。なお、20節から21節には「神」「イエス・キリスト」「聖霊」という3つの位格が揃っており、フェデリコ・バルバロや堀田雄康はここに三位一体の暗示を見出している。23節の「肉に汚れた者」はいろいろな説がある。フェデリコ・バルバロや上沼昌雄はハンセン病と関連付けていた。他方、放蕩や肉欲の穢れと結びつける見解もある。その下着も拒むという話は、人の持つ霊的な力が衣服を通じても伝わるという考え方（『マルコによる福音書』5章27節などに出てくる）が元になっているとされる。他方で、田川はこの肉の汚れが何を意味するかは、著者自身もよく分かっていないのではないかと否定的に述べている。