この龍門寺は龍蓋寺（岡寺）とともに当初、興福寺僧が二寺の別当を兼務し、興福寺の末寺となった。その後、興福寺別当が龍門寺別当をも兼務することとなり、龍門寺周辺は興福寺の寺領となった。時代が下るにつれ、龍門寺周辺の庄園開発が、積極的に行われる。龍門山の南側の麓には小盆地が広がっており、比較的なだらかな地形であったので、発展することになる。これらの庄園は「龍門庄」または「龍門寺庄」と呼ばれる。なお、龍門庄の範囲は現在の吉野町東北部にあった旧龍門村、旧中龍門村、現在の宇陀市西南部にあった旧上龍門村にあたる。
創建時期は不明だが、醍醐寺本「諸寺縁起集」に収める「龍門寺縁起」によれば、この龍門寺は7世紀後半に義淵僧正が龍蓋寺（岡寺）と共に国家隆泰、藤氏栄昌のために建立したと伝えられている。龍門山（竜門岳）の南斜面山腹にある龍門の滝の上に位置し、金堂、三重塔、六角堂、僧房などの伽藍が立ち並んでいた。1952年（昭和27年）から翌年にかけての発掘調査により塔跡、金堂跡や礎石が明らかになり、奈良時代の8世紀前半の瓦などが出土している。また寺跡への登り口近くには、元弘3年（1333年）在銘の「下乗石」（重要美術品）が残っている。塔跡は1954年（昭和29年）に奈良県の史跡に指定されている。
明治元年（1868年）、土佐藩主山内豊範が藩校高知致道館で、迅衝隊などの東征に従軍し陣歿した藩士105柱を招魂し、その御霊を鎮祭するため、現在の五台山大島岬に大島岬の地に社域を定め、翌年の明治2年に建社の土地に因んで大島岬神社と称して社殿竣工とともに神霊を鎮座地に奉還したことに始まる。 明治8年5月31日に招魂社と改称、昭和14年（1939年）に高知県護国神社に改称して特定護国神社となった。 第二次大戦後は占領下における宗教法人令によって国の管理を離れ、社号も元の大島岬神社と称していたが、崇敬者多数の熱望により、1959年（昭和34年）元の社名に復した。 1966年（昭和41年）7月1日、神社本庁の別表神社に加列する。
迅衝隊など、戊辰戦争の際に東征の陣で没した土佐藩士105柱。 明治維新志士四天王とされる武市半平太命・坂本龍馬命・中岡慎太郎命・吉村寅太郎命。堺事件（慶応4年）で没した11名の土佐藩士。幕末以来日清・日露、大東亜戦争にあたって国家公共の為に殉じた高知県にゆかりのある戦没者。高知県出身並びに、縁故ある戦没者4万1千余柱。
慶長5年（1600年）、豊臣時代に伊予国板島（後の宇和島市）で7万石を領有していた藤堂高虎は、関ヶ原の戦いの戦功により20万石に加増された。同時に今治市内にあった国分山城に移り今治藩が立藩した。しかし、国分山城は中世山城で城下町造営が不便なため、慶長7年（1602年）、今張浦に近世城郭建設と翌年に城下町建設に着手、慶長9年（1604年）、現在の今治市街地となる城と城下町が完成した。高虎は、慶長13年（1608年）、伊賀国・伊勢国にて22万石に加増の上、領地替えとなり津藩に転出した。しかし、越智郡2万石が残されたので養子である高吉が今治城主となり残った。のち、寛永12年（1635年）、伊賀国名張に領地替えとなり藤堂氏の支配は終了した。同年、伊勢国桑名藩より松平定行が伊予松山藩15万石に転封となり、同時にその弟定房が伊勢長島城7千石より3万石に加増され今治に入った。寛文5年（1665年）、定房は江戸城大御留守居役に任ぜられた。役料として武蔵国・下総国・常陸国から1万石を加増され、4万石となる。2代藩主・定時は、嗣子・定陳に遺言として、定陳の弟・定直に関東領地のうち5千石を分知するよう残した。このため石高は3万5千石となった。元禄11年（1698年）には関東の領地5千石が収公となり、伊予国内の宇摩郡5千石を代替として与えられた。藩の財政を支えた産業として塩・白木綿・甘藷等が挙げられる。塩田開発を行い塩を特産とし、また、白木綿の生産を奨励した。7代藩主・定剛は文化2年（1805年）、藩校の前身である講書場を構えた。文化4年（1807年）、講書場を拡充し藩校・克明館となる。幕末の10代藩主・定法は文久3年（1863年）、軍備を洋式に改革し、沿岸に砲台を建造した。また、時勢を積極的に見極めようとし京に長く駐在し、幕府・勤王派の周旋に尽力した。慶応元年（1865年）の第二次長州征伐の際、情勢を見極めた上、朝廷側に付くことを決意した。慶応4年（1868年）の鳥羽・伏見の戦いでは、いち早く京に兵を進め御所の警護を行った。その後も藩兵の一部は官軍として、戊辰戦争では、奥州まで転戦した。今治藩の宗家で隣藩である伊予松山藩が将軍家の親族であることを理由に、鳥羽・伏見の戦いまで佐幕を通したこととは大きく異なった。明治元年（1868年）、太政官布告により松平氏を返上し、菅原姓久松氏に復姓した。明治4年（1871年）、廃藩置県により今治県となった。その後、松山県・石鉄県を経て愛媛県に編入された。明治17年（1884年）、久松家は子爵となり華族に列した。