明治18年（1886年）11月19日東京大学奏任官御用掛の任免を受け帝国大学医科大学専任講師に就任。薬物学教室を担当し、明治19年（1887年）3月6日、勅令により帝国大学令が公布され、（（旧）東京大学）から帝国大学となり、従来の総理が総長となって、5分化大学を設置、医科大学の黎明期に選出された7人の教授うちの一人に選ばれ、初代東京帝国大学医科大学薬物学の教授となった。明治19年（1887年）初代帝国大学医科大学薬物学の教授就任後、帝国大学薬物学教室の実験機材・備品設備を調達、薬理研究の基盤を構築し、後進の指導教育に力を注ぎ、明治21年4月5日内務省の委託により日本薬局方調査委員に任命され、。明治24年（1891年）8月医学博士の学位を授与、翌25年（1892年）10月5日医術開業試験医員に任命、明治34年（1900年）4月29日理学文書目録編纂医員などを務め、同年10月3日帝国大学評議員に任命された。日本薬理学会の設立に向け中心的な役割も果たした。
安政3年3月28日（1856年5月2日）、加賀藩知行御算用者小頭高橋荘兵衛（110石・通称：荘兵衛、諱：作善）・石橋鈴（御算用者:石橋良蔵・長女）の嫡男として、金澤勘解由町（金沢市瓢箪町）に生まれる。兄弟は直次郎、花山という弟2人と、他所、敬、留という3人の妹がいる。父、荘兵衛は加賀藩士で、慶応2年8月御算用者御軍艦方産物方の職務を受け、加賀藩梅鉢艦隊の艦船購入の為、長崎のグラバー商会より駿相丸・起業丸の購入に携わる。 同時期、維新の変革に伴い長崎の在崎諸藩士で構成する会議所の配下において、政治裁判掛を勤めた。順太郎も幼年期より加賀藩の御算用場に雇われる為、入塾及び自宅での両親からの教育を受け、数学の秀れた才能を有し、特に珠算の名手であった。慶応元年（1865年）11月8日、加賀藩御算用場に雇われ、慶応元年（1865年）、11歳で藩派遣による特待生に選ばれて長崎へ留学、留学中に英語及び一般数学を学び、慶応3年（1867年）7月6日に御算用者となる（切米四十表）。明治2年（1869年）2月7日漢学修行の為、加賀藩明倫堂の豊島安三郎に入塾、同年3月28日職制改正により二等中士を仰せ渡され、版籍奉還の変革により10月士族を命ぜられる。幕末の動乱期に父：荘兵衛・順太郎・弟の直次郎は職務・留学の為、長崎に在留していた。
首都高速最大のパーキングエリアである。大黒ジャンクションに併設されており、大黒ふ頭出入口を除く全方向からの出入りが可能である。大黒ジャンクションの各方向から入ることも、本PA出場後に向かうことも可能なため、本牧ジャンクション改良前は、湾岸線幸浦方面と神奈川3号狩場線石川町方面を行き来する方法として大黒パーキングエリア折り返しが行われていた。駐車スペースが広いために、自家用車乗り合いの待ち合わせ場所として利用されることも多く、休日には施設内に人が少ないのに駐車場は満車というケースも発生している。このためエリア内には、本来の休憩目的でない長時間駐車の自粛を呼び掛ける垂れ幕が掲げられている。珍しいスーパーカーやスポーツカーの他、VIPカー、ローライダー、バニング等のカスタムカーや暴走族、チューニングカーの集う場所として利用されることが多い。現在は違法ローダウン車の進入を防ぐための工事が施され、段差などがある。また金曜、土曜の深夜は近隣音響対策のため利用が規制される。しかしローライダーの進入は未だに続いている。開業以来長らく売店とスナックコーナーが24時間営業であったが、2017年3月15日にローソンが開店したのと同時にカフェ・ド・クリエが閉店、売店とスナックコーナーの深夜営業が廃止となった。なお、このローソンはイートインコーナーが併設されていないうえ、吉野家も大半の店舗で行っている24時間営業ではなく、スナックコーナー24時間営業廃止に伴う代替措置も行われなかったため、深夜利用時に店舗内で食事ができない問題が起きている。
1923年にテュービンゲン大学福音主義神学部に入学し、神学の学びを始めた。ここで、哲学の講義も受講している。ここではテュービンゲン大学学生組合イーゲルに加入した。ローマでの研究滞在の後、1924年にベルリン大学神学部に転学した。ここで自由主義神学の担い手たちに出会ったが、とりわけ、アドルフ・フォン・ハルナックから大きな影響を受けた。この時期、独自の弁証法神学を提起していたカール・バルトに傾倒した。ある種の批判的な距離を持ち続けていたが、ボンヘッファーはこの時以来、常にバルトと彼の神学に結びついていた。1927年、21歳で彼は神学博士号をベルリン大学神学部から授与された。教理史家のラインホルト・ゼーベリク教授の下で学位請求論文『聖徒の交わり』(Sanctorum Communio)を書き上げ、最優秀（summa cum laude)の評価を得た。バルトと並んで、ヘーゲル、マックス・ヴェーバー、エルンスト・トレルチから神学的、社会学的省察に関する影響を受けた。1928年1月に古プロイセン合同福音主義教会ベルリン＝ブランデンブルク地区の牧師資格を得るための第1次神学試験(合格者は通例、牧師補に任職)を受けた。1928年2月から1929年2月まで、バルセロナドイツ人福音主義教会共同体の牧師補を務めた。1929年にベルリン大学神学部の助手になり、1930年の24歳時に超越論哲学と存在論を扱った組織神学論文『行為と存在』で大学教授資格を与えられ、第2次神学試験を受けた。牧師任職を受けられる規定年齢の25歳になっていなかったので、この段階ではボンヘッファーはまだ牧師には任職されず、牧師補のままであった。1930年から1931年にかけてアメリカ合衆国に留学し、ニューヨークのユニオン神学校のラインホルド・ニーバーの下で学ぶ。この滞在中に、ハーレム地区のアフリカン・メソジスト・エピスコパル教会の共同体と接触する機会があり、アフリカ系アメリカ人に対する差別の問題に触れる。その後、マハトマ・ガンディーの思想からの影響と共に、アメリカでの経験が福音の社会的側面に対してボンヘッファーの考えが変わり、神学者として出発する。その後キリスト者として、やがて同時代人として生きることを選ぶ一つの契機となったと考えられる。