同治13年（1874年）5月、日本による台湾出兵が行なわれ原住民との戦闘が行なわれると、清朝は沈葆楨を欽差弁理台湾等処海防兼理各国事務大臣に任命し、福建の全ての鎮及び道をその管轄に置き、江蘇、広東の船舶を徴用し日本及び各国との外交交渉を担当することとなった。沈葆楨は受命後、福州将軍の文煜、閩浙総督兼署福建巡撫李鶴年と共に上奏し外交交渉の基本方針を確認している。6月、沈葆楨は福建布政使潘霨と共に台湾に着任、軍備の整備に着手し府城を本拠地と定め安平に砲台（二鯤鯓砲台）を建設、洋式大砲を設置し防禦を固めた。同時に枋寮、東港等に兵を駐留させ、淮軍の精鋭部隊である武毅銘軍（劉銘伝の項目を参照）を配備、唐定奎の部隊6千余人及び総兵張其光、呉光亮等の8千人規模の軍を配置し有事に備えている。このように防備を固めた台湾であるが、清は海防能力に欠如し、同時に新疆での叛乱（ヤクブ・ベクの乱、1862年 - 1877年）が収束していなかったことより日本との全面対決を避ける傾向があった。日本側も熱帯病により作戦行動に支障を来たし、大規模な作戦継続能力に不足していたことから北京専約を締結し、日本は台湾より撤兵した。同治14年（1875年）に北京へと戻り両江総督兼南洋大臣に任命され南洋水師を管掌するようになるが、清朝の海防予算には限界がある事を認識していた沈葆楨は、限り有る予算を南北洋水師に分散させる不利を説き、北洋水師に予算を重点配分することを主張した。光緒5年（1879年）、在任中に59歳で病没。粛公と諡された。
1961年（昭和36年）、辻は参議院に対して東南アジアの視察を目的として40日間の休暇を申請し、4月4日に公用旅券で日本を出発した。辻は北ベトナムでホー・チ・ミンに会うことを望んでいた。予定では1ヶ月程度の日程であったが5月半ばになっても帰国しないため、家族の依頼により外務省は現地公館に対して調査を指令している。辻はラオス入りを支援した旧日本軍兵士・現地軍将校が4月21日に目撃したのを最後に消息を絶った。その後の調査によって、仏教の僧侶に扮してラオス北部のジャール平原へ単身向かったことが判明している。失踪の真相を巡って様々な説が主張された。虎か毒蛇に襲われ死亡した、アジアの政治に介入するのを恐れたCIAが暗殺した、ベトナムで反共義勇軍で戦った、キューバで首相フィデル・カストロの支援工作をしている、ジャール平原からハノイに向かう旧ソ連の飛行機に乗ったが墜落した、エジプトの大統領ナセルの軍事顧問となった、などがある。辻の失踪については、1962年（昭和37年）5月4日の参議院議院運営委員会で報告・議論がなされている。辻がラオスで消息を絶ってから9年後の1970年（昭和45年）4月13日付の『朝日新聞』で辻の消息に関する記事が掲載された。従軍カメラマンの楊光宇による証言によると、1961年4月に辻はパテート・ラーオに捕らえられ、「中国語なら少しわかる」という辻の申し出により、中立派軍からカンカイの司令部にいた従軍カメラマン楊が通訳にかり出された。6月頃に楊は、脱走しビエンチャンへ向かうのに協力して欲しいと辻から報酬を引き換えに持ちかけられたが、ほどなく軍の命令により北京へ写真の研修に向かい、1962年3月にラオスへ戻った。カンカイには既に辻の姿はなく、パテート・ラーオの司令官や兵士からは「辻は逃げた」、「楊が北京に向ってから1ヶ月ほど経って姿が見えなくなった」などと言われた。楊は「結局、1965年まで私は中立派軍にいました。辻さんの行方はついにわかりませんでした。これは私の意見ですが、変装したということが、スパイ容疑を決定的にしたようです。ひそかに処刑されたのだ、と思います」と述べている。ラオスで現地調査を行った三木公平は、辻は僧衣をつけていたことや軍歴・経歴からスパイと疑われ、フランス軍将校の関与により処刑されたという証言を得ている。CIA文書によると、辻は1962年8月8日時点で存命であり、ハノイからヴィエンチャンに戻った後に中国共産党に拉致され中国雲南省に抑留されていること、中国共産党が辻を改造して「東南亜戦略委員会設計部長」に任命する計画を立てており、辻に何らかの宣言をさせて日米関係や日本の東南アジアにおける地位に打撃を与えることを画策していること、中国共産党右派が辻を釈放して、日本政府から支援を得ようとしていること、辻が生存していることを証明するために、中国共産党は日本政府からの人員がラオスから雲南省に入り、辻と面会することを承諾していることが書かれている。ほか、辻政信の息子である辻徹が、香港で辻を救出するために工作をしていたことも明らかにされている。1962年9月11日のCIA文書によると、同年5月後半にCIA極東課に、辻が自筆で書いたとされる封筒(中身は、中国共産党雲南省委員会で書かされた坦白書か？)が持ち込まれ、同年8月24日に出た筆跡鑑定の結果、辻自身のものであると断定されている。参議院議員としての議席は1965年（昭和40年）6月の任期切れまで保たれていた。この間、1962年に無所属クラブは参議院同志会（緑風会より改称）と合同して第二院クラブとなったため、辻は不在のまま二院クラブ所属になった。1964年（昭和39年）、旧同志会が二院クラブを離脱して緑風会に戻ると、辻はどちらの会派にも入れず、便宜上各派に属しない議員（純無所属）とされた。その後、家族の失踪宣告請求により、1969年（昭和44年）6月28日に東京家庭裁判所は1968年7月20日付の死亡宣告を行なった。