船型は前級のA型貨物船のうち、「吾妻丸」に似通った遮浪甲板型が採用された。遮浪甲板型の船には減トン甲板口と呼ばれる開口部がある。総トン数算定の際、遮浪甲板と上甲板間の容積をトン数から除外するため設けられるためのものであるが、S型貨物船のうち「崎戸丸」、「讃岐丸」、「相模丸」および「笹子丸」が竣工後に開口部を閉じて総トン数を増加させている。この4隻の1隻あたりの総トン数は9,000トンを超え、太平洋戦争前の日本郵船の貨物船の中でN型、A型はもとよりT型貨物船をもしのいで最も大型の船となった。貨客船以外の日本郵船の所有船のなかでもこれを超えたのは、戦争中に建造された陸軍特殊船の「吉備津丸」（9,575トン）を除くと、1955年（昭和30年）から建造された二代目のS型貨物船まで待たなければならなかった。ディーゼルエンジンは、N型貨物船と同様に建造所が三菱長崎造船所と三菱横浜船渠に分かれた関係で、二系統のエンジンを搭載している。三菱横浜船渠建造分はMAN社系統のエンジンを搭載していたが、三菱長崎造船所建造分は従来のスルザー社系統の機関から脱し、独自開発になるMS型単働式エンジンを搭載した。エンジンの基数も2基となり、最大出力は1万馬力前後となって20ノットに迫る最高速力を実現した。S型貨物船各船の竣工時期は第二次世界大戦勃発を挟んでいたため、上述のように予定されていた東西両周り世界一周航路には就けず、従前から開設していた東回り世界一周航路、また南米航路に就航したが、「相良丸」と「笹子丸」は、ついに商業航海の機会を与えられなかった。S型貨物船7隻は日本陸軍に5隻、日本海軍に2隻が徴傭され、日本海軍徴傭分の「讃岐丸」と「相良丸」は、いずれも特設水上機母艦となった。また、日本陸軍徴傭分の5隻のうち、「佐倉丸」は防空基幹船となった。その「佐倉丸」はバタビア沖海戦時の味方からの誤射で沈没し、「佐渡丸」と「笹子丸」はガダルカナル島の戦いで戦没。「相模丸」と「崎戸丸」は潜水艦の雷撃で沈没した。「讃岐丸」と「相良丸」はのちに特設運送艦に転じたが、いずれも潜水艦の雷撃で失われ、戦争終結後の残存船はなかった。なお、「佐倉丸」は日本郵船が貨物船隊刷新のために建造したN型、A型およびS型を合わせた18隻中の最初の喪失船であり、「讃岐丸」は最後の残存船にあたる。
1665年から1667年にかけてチャールズ2世を戴く王政復古後のイングランド王国と、デ・ウィットの率いるオランダの間で展開された。イングランド軍が北アメリカにおけるオランダ植民地ニューアムステルダムを占領したことが発端となった。前回同様イングランド艦隊はオランダ商船の拿捕やオランダ諸港の封鎖を行おうとしたが、財政難で失敗した。イングランド海軍はチャールズ2世の弟で海軍卿のヨーク公ジェームズ（後のジェームズ2世）と、ヨーク公の従兄のカンバーランド公ルパート、共和政でイングランド海軍の提督だったサンドウィッチ伯爵エドワード・モンタギューが指揮を執っていた。オランダは陸軍出身で政治的人事で登用されたオブダム提督が司令官として海軍を率いてイングランド海軍と戦うことになる。1665年、ヨーク公率いるイングランド海軍はローストフトの海戦で勝利したが、ここでオブダム提督が戦死したため、アフリカから帰国したデ・ロイテルがオランダ艦隊司令長官となり、却ってヤブヘビとなる。ヨーク公はチャールズ2世の後継者でもあるため、万が一の危険を恐れたチャールズ2世の命令で後方に回され、サンドウィッチが不正疑惑で左遷されると、第一次英蘭戦争で活躍したマンクが復帰してルパートと共に戦った。1666年、フランスがオランダと同盟を結んで宣戦布告したことを知ったイングランドは、ルパート艦隊をフランス艦隊に差し向けたが、戦力を分散したままオランダ海軍に遭遇、マンクはオランダ海軍より少ない艦隊で交戦する羽目になった（4日海戦6月11日から14日（旧暦では6月1日から4日））。4日目にはルパートの艦隊が合流し、イングランド側が戦力的に優位に立ったが、それでもイングランド海軍は大損害を受けて敗北した。オランダ海軍の損害は僅かだったが、マンクは戦果を過大に報告した。7月に起こった聖ジェイムズ日の海戦では、イングランド海軍は前回の反省からマンクとルパートが共同戦線を張りオランダ海軍と対決、一応は勝利を飾った。またもマンクは戦果を誇大に報告したが、実際の損害は英1隻、オランダ2隻で、双方ともごくわずかであった。余勢を駆った8月のオランダ沿岸襲撃（ホームズの焚火）も成功を収めたが、その翌月にはオランダ艦隊は再び海峡に進出しており、イングランド優勢とはならなかった。しかし、オランダ側はゼーラント海軍司令部の名将ヨハン・エベルトセンを始めとする5人の将官が戦死する痛手を受けた上に、命令無視をとがめられたコルネリス・トロンプ(マールテン・トロンプの息子)が解任された。この後、オランダ側はイングランドの同盟国であるドイツの小諸邦からの陸軍の侵入や、艦隊司令官デ・ロイテルの病気療養などもあって、海上において積極的な行動は取らなかった。この戦争が始まるとイングランドではペストが流行したり、ロンドン大火が起こったりして財政難に陥り厭戦気分が漂った。翌1667年、和平を考えていたデ・ウィットはロイテルと兄コルネリス・デ・ウィットを乗せたオランダ艦隊をテムズ川に侵入させてチャタム周辺に停泊中の軍艦を焼き討ちにし、イングランド艦隊総旗艦ロイヤル・チャールズを含めた数隻を捕獲した（メドウェイ川襲撃）。イングランドは決定的敗北を遂げたのだが、フランス軍の南ネーデルラント（現在のベルギー・ルクセンブルク）侵攻（ネーデルラント継承戦争）に対処するため、オランダ側がイングランドと協力する方針に転換した。そのため1667年7月31日、講和の条件をかなり譲歩したブレダの和約が結ばれ、戦争は終結した（フランスとも和睦）。オランダはこの和約でニューアムステルダム（現在のニューヨーク）を含む北米植民地ニューネーデルラント（現在のニューヨーク州。毛皮貿易の中心地）をイングランドに割譲したが、バンダ諸島のラン島（香辛料貿易の中心地）などをオランダが占領し、南アメリカのギアナ地方の一部は、そのままオランダ領ギアナ（現在のスリナム）となった。