一方で弱点も様々に存在する。まず、効果範囲が狭く、右手で直接的に異能に触れない限りは無効化することが出来ない。素手を突き出し相手の懐に突撃する必要があるため、身体を攻撃に晒す危険性があり、防御が間に合わず体の他の部位に当たった場合はまともにダメージを食らう。同時に多方向から迫る攻撃も苦手とし、遠距離から一方的に嬲られるような攻撃や、上条が追い付けない程の高速運動を行う相手に対しても、右手が触れられないため苦戦を強いられる。ステイルの「魔女狩りの王」のような核を破壊しない限り無限に再生するタイプとも相性が悪い。そもそも右手が届かない位置に魔術の核がある「神の力」の「一掃」も消去できなかった。前述の通り、処理しきれない力を真っ向から受け止めた場合は右腕に大きな負荷がかかり、骨折や脱臼といった重傷を負ってしまう危険性がある。また、異能の力しか打ち消せず、銃器などの現代兵器や単なる格闘技といった、異能でない攻撃に対しては効果がない。あるいは、運動の起点は異能の力であっても、既に異能の力とは無関係になった二次的な現象や物体も打ち消せない（例えば能力の余波で生じた爆風や飛んできたコンクリート片、異能により物理的に潰れた自身の脳機能など）。さらに、無効化は自分の意思とは無関係に働く（常時発動型の異能で意識の有無を問わない）ため、回復魔術などの有益な異能でも容赦なく打ち消してしまう。なお、インデックスは運命の赤い糸や神の加護なども打ち消している（だから不幸体質である）と推測している。また例外として、「人の魂・生命力」や「惑星の地脈・龍脈」といった「魔術的ではあるが自然のままに存在する力」も打ち消せない。インデックスやレイヴィニアの分析によれば、「幻想殺し」は「調和の取れた破壊」を行っており、厳密には絶えず消し続けているものの、魔術や超能力のような異常な値を均一化させることには極端に働くが、地脈や生命力のような元から均一なものにはあまり効果を発揮せず、そういったものは削った分を自然と修復するサイクルが構築されているという。
インデックスを「首輪」から解放した際、彼女の「竜王の殺息」によって脳を負傷し記憶喪失になるが、彼女を心配させたくないという思いから彼女や周囲には隠している。記憶を失って以降は「上条当麻」であるよう心掛け、またそれを誇りと感じている。それ故に、記憶喪失の事実やインデックスの存在は上条の根幹を成しており、それらに関する事になると大きく動揺する事もある。記憶喪失を知るのは本人と冥土帰しのみだったが、アビニョンの一件で「幻想殺し」について何か知っていたテッラに見抜かれ、偶然その会話を携帯電話で聞いていた美琴にも知られてしまう。その後、第三次世界大戦で理由は不明だがこの事実を知っていたフィアンマに、「なぜ、あの女（インデックス）の前で白々しい演技を続けている」「その嘘が救いか否かはあの女にしかジャッジを下せない」と問い詰められ苦悩する。その末に、結局はインデックスの為ではなく彼女が離れるのを怖れていた自分の為に隠していたと気付き、崩落直前の「ベツレヘムの星」で記憶喪失の事実をインデックスに打ち明ける。上条が喪失した記憶は、エピソード記憶、手続き記憶、意味記憶のうち、思い出を司るエピソード記憶、知識を司る意味記憶の内のエピソード記憶のみである。知識は残っているが、それに関する思い出が残っていないという状態であり、そのため母親と父親という言葉の意味や概念は分かるが、自分の母親と父親の顔や名前などは忘却している。また手続き記憶は残っているため、歩行方法や携帯電話の操作方法などなどは依然として不自由なく行える。
比較的低レベルの高校に通っているが、その学校でさえも赤点・補習の常連になるほど成績が悪い落ちこぼれ。また外国語が全く話せず、携帯のアプリで日常英会話の勉強をしたこともあるが、効果は薄い。しかし頭自体は悪いわけではなく、咄嗟の判断力や理解力には優れている。なお、漫画やゲームなどのサブカルチャー系の知識はそれなりにある。また、日本語と教科書英語（しかも成績下位）のみで諸外国を渡り歩くという稀有な能力を持つ。科学サイドの住人なので魔術に関しては全くの無知な為、インデックスや土御門ら仲間の魔術師にその都度解説してもらうことが多い。だが物語が進み多くの魔術師達と戦うにつれて、素人なりにも徐々に知識が増え魔術師への戦い方にも慣れるようになっていく。
P160は1971年南アフリカグランプリでペドロ・ロドリゲスのドライブでデビューしたが、オーバーヒートでリタイアとなった。チームのもう1人のドライバー、ジョー・シフェールは南アフリカではP153をドライブしたが、第2戦以降はP160をドライブした。第2戦のスペイングランプリではシフェールはギアボックストラブルでリタイアしたが、ロドリゲスは4位に入賞した。モナコグランプリではシフェールがオイルラインの破損でリタイアし、ロドリゲスは9位で完走した。オランダグランプリではシフェールが6位、ロドリゲスは2位となった。フランスグランプリではシフェールが4位に入り、ロドリゲスはイグニッショントラブルでリタイアとなった。1971年7月11日、ドイツのノリスリンクで行われたインターセリエでロドリゲスは事故死し、その後に行われたイギリスグランプリにBRMはシフェールのみをエントリーさせた。シフェールはこのレースを9位で完走した。ドイツグランプリではイギリス人ドライバーのビック・エルフォードが代役として参戦し、11位で完走したが、シフェールは6周目に右フロントの下部ウィッシュボーンが外れかけたためピットインしようとショートカットしたことで失格となった。オーストリアグランプリではハウデン・ガンレイがP153からP160にスイッチ、イギリス人ドライバーのピーター・ゲシンがチームに加入した。シフェールはこのレースで優勝し、ゲシンは10位完走、ガンレイはイグニッショントラブルでリタイアとなった。イタリアグランプリではゲシンが優勝、ガンレイは5位で完走したが、マーチのロニー・ピーターソン、ティレルのフランソワ・セベール、サーティースのマイク・ヘイルウッドと僅差でのゴールであった。シフェールは9位で完走した。カナダグランプリでは地元ドライバーのジョージ・イートンがチームに加わったが、レースはBRMにとって最悪となった。ガンレイはクラッシュしたためスタートできず、シフェールは9位、ゲシンは14位、イートンは15位だったが悪天候のためレースは64周で中止された。最終戦アメリカグランプリではオーストリア人ドライバーのヘルムート・マルコが加わり、シフェールが2位、ガンレイが4位、ゲシンが9位、マルコは13位となった。シフェールはその後、ブランズ・ハッチで行われたノンタイトル戦のワールドチャンピオンシップ・ビクトリーレースで事故死した。15周目に高速でホーソーンベントに近づいたシフェールのP160は機械トラブルでコントロールを失い、コースを横切って土手に衝突した。P160は横転して炎上、シフェールは脱出することができなかった。