バタクは反オスマン帝国の反乱であった4月蜂起の中心的な役割を担った。蜂起の数週間後、町では独立が宣言された。革命委員会による町の統治は9日間におよんだ。バタクの反乱は1876年4月30日にトルコ人の当局に報告された。アフメト・アガ・バルン（Ahmet Aga Barun）に率いられ、非正規兵・バシ・ボズクを主体とする8千人のオスマン帝国の兵士が町を包囲した。最初の戦闘の後、バタクの市民はアフメト・アガとの交渉を決定した。アフメト・アガは、バタクの武装解除を条件として軍を引き上げることを約束した。反乱者たちが武器を差し出すと、バシ・ボズクは自衛の術を失ったバタクの市民を攻撃した。犠牲者の多くは斬首された。ブリタニカ百科事典第11版によると、バタクだけで5千人が虐殺された。フィリッポポリス（プロヴディフ）地区全体での犠牲者数は1万5千人に達する。また、『デイリー・ニュース』に掲載されたユージーン・スカイラー(Eugene Schuyler)の報告によると、4月蜂起の中で、3つの地区で併せて36の村が焼き払われ、少なくとも1万5千人が殺害されたとしている。スカイラーは自身が見たものについて、次のように述べている:あらゆる方向に人間の骨、頭蓋骨、肋骨が、中には完全な骸骨もが、長い髪を束ねた三つ編みに飾られた娘の頭が、子供の骨が、いまだ衣服をまとったままの骸骨が転がっている。ここには家があり、その床は、灰と、生きたまま焼かれた30人の居住者の炭化した骨で白くなっている。ここでは町の名士トランダフィル（Trandafil）が矛で刺され、焼かれ、後に埋葬された。ここには不潔な穴があり、その中は腐敗した遺体で満たされている。ここには水車ダムがあり、膨張した死体で埋め尽くされている。ここには学校の校舎があり、200人の女性と子供が逃げ込んだが、生きたまま焼かれた。ここには教会と庭があり、あまたの腐りかけた死体に埋め尽くされており、囲いの中は高さ数フィートに達する山があり、腕、脚、頭が、彼らを覆い隠すために荒っぽく積まれた石の合間から姿を見せており、空気を汚している。この訪問をきっかけとして、ムタサリフ（mutasarrif）の命令によって、遺体の腐敗を防止し、疫病を予防するために、タタール・バザルジクのカイマカム（Kaymakam）が石灰をもってバタクに入った。虐殺を指揮したアフメト・アガは、勲章を受け、ユズ・バシ（Yuz-bashi）へと昇進した。虐殺の形跡を見たもう一つの証言は、アメリカ合衆国のジャーナリスト、Januarius MacGahanであり、見たものについて以下のように述べている:我々は木工品が燃えて黒こげになったまま破壊や損傷を免れている教会を見た。それは屋根の低い、背の低い建物であり、背の高い人が下に十分入れる程度の重厚で不規則なアーチによって支えられていた。我々がそこで見たものは、一目みるだけで恐ろしい光景であった。数え切れない程の、部分的に焼け焦げ、炭化し、黒くなった遺体が、低くて暗いアーチのほぼ半分を覆っているかのようであり、これによってアーチはいっそう低く、暗く見え、遺体は腐敗が進んでおり、恐ろしくて正視できない。想像を絶する恐ろしさであった。我々はみな恐れてめまいを感じ、動揺し、恐ろしい疫病の巣窟から脱出して、心底ほっとして路上へと戻った。我々はその後もたびたびこの場所を思い出し、何度も同じ光景が浮かび上がった。男性の骸骨は衣服に包まれたまま、ぶら下がった肉の腐敗が進んでいる。女性の骸骨から垂れた、ほこりにまみれた髪。子供や幼児の死体は至るところにころがっている。ここには、20人が生きたまま焼かれたという家がある。そこには大勢の娘たちが逃げ込み、その最後の1人までが、骨が確認できるまで虐殺された。全ての場所が恐怖の上に恐怖であった。イギリスの長官、ベアリング（Baring）はこの出来事について、「今世紀の歴史を汚した、最も憎むべき犯罪であろう」と述べた。10月には、ベアリングはオスマン帝国の犯罪に関する記録の中で、再度の報告を求められた。委員会の閉会から6週間の後、バタクの虐殺が犯罪か否かについて決定はなされなかった。
1451年、シャー・ルフの兄ミーラーン・シャーの孫アブー・サイードが、中央アジアのトゥルクマーンとウズベクの支援を受けてサマルカンドを奪取、シャー・ルフ家の王子に代わって第6代君主に即位した。アブー・サイードはイスラム神秘主義教団のひとつナクシュバンディー教団の支持を獲得してその宗教的権威のもとにマー・ワラー・アンナフルの勢力を固め、1457年にはアゼルバイジャンで反乱が起ったためにヘラートを放棄して東イランに帰還せざるを得なくなった黒羊朝と交渉して、ヘラートを含むホラーサーンを始めとするイラン東部を返還されて、シャー・ルフ没以来の10年ぶりのティムール朝の単独君主となった。アブー・サイードの治世では、反乱やウズベクの侵入に悩まされつつも統一は保たれた。しかし、1467年にアゼルバイジャン方面でトゥルクマーンの白羊朝が黒羊朝を破って勢力を確立すると、これを東部イラン回復の好機と見たアブー・サイードは西方へと遠征を敢行し、1469年に白羊朝の英主ウズン・ハサンの軍によって大敗を喫し、殺害された。アブー・サイードの死後、その長男スルタン・アフマドがサマルカンドで即位するが、もはやマー・ワラー・アンナフルを確保するのが精一杯で、ホラーサーンではヘラートを本拠地とするティムールの次男ウマル・シャイフの曾孫フサイン・バイカラが勢力を確立していた。こうしてティムール朝はサマルカンド政権とヘラート政権の分立の時代に入る。サマルカンド政権ではウルグ・ベクの知事時代に繁栄の絶頂を極めていた都市文化が衰退に向かいつつあったが、ナクシュバンディー教団の権威のもとで安定が保たれた。しかし、1494年にアフマドが没すると王子たちと有力な将軍たち、ナクシュバンディー教団の教主たちの間で王位を巡る内訌が勃発し、さらに北方のウズベクの南下・侵入によってサマルカンド政権の支配は急速に崩壊していった。1500年、サマルカンドはシャイバーン朝のムハンマド・シャイバーニー・ハーンによって征服され、サマルカンド政権は滅びる。1503年にはアブー・サイードの孫バーブルがサマルカンドを奪還するが数ヶ月で再びシャイバーニー・ハンに奪取され、中央アジアはシャイバーン朝に制圧されてゆく。一方、ヘラート政権では40年近くに及んだフサイン・バイカラの治世のもとで安定を実現し、サマルカンド政権や白羊朝との友好関係のもと、首都ヘラートではティムール朝の宮廷文化が絶頂を迎えた。しかし、平和の影でヘラート政権は次第に文弱化しており、1506年にフサインが死んだ後にはまったくその力は失われていた。翌1507年、ヘラート政権は、サマルカンドから南下してきたシャイバーニー・ハンの前にあっけなく降伏し、こうして中央アジアにおけるティムール朝の政権は消滅した。1511年、バーブルはイランの新興王朝サファヴィー朝の支援を受けて再びサマルカンドを奪還するが、サファヴィー朝の援助を受けるためにシーア派に改宗していたために住民の支持を失い、1512年に再びサマルカンドを失った。バーブルはこれ以降、中央アジアの支配奪還を断念し、南下に転じる。アフガニスタンのカーブルを本拠地としていたバーブルが、デリーのローディー朝を破り、インドにおけるティムール朝としてムガル帝国を打ち立てるのは、その晩年の1526年のことである。