第二次世界大戦に敗戦したあと、ポールは、バイエルン州のブレーメンの近くで農場労働者に化けて身を隠していたが、1946年5月27日にイギリス軍に見つけ出されて逮捕された。取り調べの際、イギリス軍人とアメリカ軍人から拷問を受けた。椅子に縛りつけられ、意識を失うほど殴る蹴るの暴行を受け、ヴァルター・フンクの有罪を証明する文書を出すと約束させられた。ニュルンベルク裁判で証人として召喚されるなどしたのち、ポール自身も1947年11月3日にアメリカのニュルンベルク継続裁判にかけられ、「人道に背く罪」や「戦争犯罪」で有罪となり死刑を宣告された。3年半、ランツベルクの死刑独房で過ごし、収監中の1950年には『Credo. Mein Weg zu Gott』（信条。私の道は神への道）をカトリック教会の許可を得て出版している。1951年6月7日にランツベルク・アム・レヒのランツベルク刑務所で刑死した。
1942年2月1日には「予算および建設本部」と「経済および行政本部」が統一されて経済管理本部 (Wirtschafts-Verwaltungshauptamt, WVHA) が新設され、ポールがその本部長となる。1942年3月16日の命令により強制収容所監督部隊（司令官リヒャルト・グリュックス）が、SS作戦本部配属からポールのWVHA配属に移された。以降、強制収容所はWVHAのD局となり、正式にポールの傘下となった。これは強制収容所のもともとの意味であった隔離施設としての面よりも、総力戦体制構築が進むにつれて、奴隷労働力の供給源としての側面の方が重視されるようになっていった事を示している。ポール以下親衛隊経済管理本部は奴隷労働力として強制収容所囚人やユダヤ人を重視しており、彼らの死亡率を下げる努力は常に行っていた。一方労働できなくなったユダヤ人は絶滅対象であった。ソビボル絶滅収容所、トレブリンカ絶滅収容所、ベウジェツ絶滅収容所、ヘウムノ絶滅収容所といった絶滅収容所特化の収容所は彼の管轄下ではなかったが、彼の管轄下の強制収容所のうちアウシュヴィッツ＝ビルケナウ強制収容所とマイダネク強制収容所にガス室が設置され、ここでは到着したユダヤ人を働ける者と働けない者に選別する作業が行われていた。働けないユダヤ人は即ガス室へ送られた。働けるユダヤ人は収容所で収容されて軍需産業の労働力として徹底的に動員されていた。また経済管理本部は収容所に到着したユダヤ人たちから金銭、宝石、金時計、金の入れ歯などの所有物を取り上げ、これらをドイツ帝国銀行に引き渡していた。1942年4月20日にポールは親衛隊大将に昇進する。また1942年12月、最初の妻と離婚してIG・ファルベン社の下部企業であるヘキスト (Hoechster Farbwerke) 創設者の未亡人エレオノーレ・フォン・ブリューニング (Eleonore von Brüning) と再婚している。
1994年オフに長冨浩志投手との交換トレードで広島東洋カープに移籍。正田耕三の後釜候補として二塁手に就き、以後内野の守備も兼ねるようになる。1996年オフにスイッチヒッター転向に取り組み、1997年よりスイッチヒッターデビューした。同年秋季キャンプから故障がちな野村謙二郎の控えとして遊撃手に挑戦。これが大きな転機となる。1998年、公式戦で遊撃手として守ったほかに代打の切り札として活躍、盗塁も14個記録してスーパーサブとしての役割を果たした。1999年には一時捕手への再転向案が浮上し、公式戦でも4試合捕手を守った。この頃よりユーティリティープレイヤーとなり、この年だけで投手・一塁手以外の全ポジションを守っている。同年は広島市民球場のバックスクリーンにプロ初本塁打を放つなどバッティングも向上し、2000年には一番打者として初の規定打席に到達しただけでなく、打率2割8分8厘、10本塁打、30打点、165安打の好成績を残すなど10年目にしてブレイクした。以降は3年連続して130試合出場するなど、チームにとって欠かせない存在となる。2001年は2番東出輝裕とのコンビでシーズン通じて1番打者で活躍し、自己最高の45打点をマークするも、打撃にパンチ力がついたためか引っ張り中心のスイングが目立つようになり、加えてリードオフマンとしては三振が多い点も課題で、最も打席数の多い1番という条件を考慮しても、129個もの三振を喫している。首脳陣からもその点を指摘されたこともあって、コンパクトかつ確実性を重視したバッティングスタイルを心掛けるようになる。2002年は東出の故障により、それまで二塁・中堅での起用が主であったが、遊撃での起用も増えた。打撃面での成績は前年を下回った。2003年には東出が二塁へコンバートされることになったため、木村が遊撃へ回る案も出たが、アンディ・シーツの獲得により実行はされなかった。しかし、東出から二塁のポジションを奪還し、自己最高の13本塁打を放っただけでなく、センター前に渋く打ち返すシュアな打撃にも磨きがかかり、打率も2割8分を超えた。シーズン通して二塁を主に守っていたが、三塁や外野、シーツが退いた場合は遊撃の守備にもついた。2004年にはアテネオリンピック野球日本代表に選出（詳細は後述）。10月9日の対横浜28回戦では三浦大輔の前に三重殺（記録はセンターフライ）を喫している。このシーズン以降は若手選手の急成長に加え、足や腰を故障するなどして、打撃や走塁で満足なプレーを残せず、スタメン出場の機会は著しく減少。シーズン終盤に椎間板ヘルニアを発症し、手術を受けた。2005年は打順は一定しないもののほぼ二塁・遊撃を守る。レギュラーに定着しかけていたが腰痛を発症し、8月上旬に離脱した。1ヶ月後復帰したが、以後はスタメン起用は大幅に減った。2006年シーズン、新任のマーティ・ブラウン監督の若手起用の方針により開幕二軍スタートとなり、全く一軍での起用がなく、シーズン途中ではあったが本人の希望もあって6月5日に山田真介外野手との交換トレードで巨人へ移籍。広島OBの江夏豊は「広島は大きな損失をした」と木村の移籍を惜しんだ。なお、広島時代の応援歌「足の速さは 誰にも負けない 風を切り走れ 木村拓也」のフレーズは、2007年シーズン後に広島に移籍してきた同姓の木村昇吾（2015年退団）に引き継がれた。