長旗は、各艦艇を指揮する将校の旗章として掲揚された。長旗は、在役艦の大檣頂に掲揚された。二檣艦船の場合は後檣頂に掲揚された。また、長旗は、海軍所属運送船において船長が海軍将校であるときも同様に掲揚された。先任旗を除く区別旗旈を掲げるときは、長旗は掲げないものとされた。
1974年、辞任した西本監督の推薦により37歳の若さで阪急の監督に就任する。この就任について上田は、「西本がフロントで支援する」と聞いたので受諾したが直後に西本の近鉄監督就任が決まり、「西本さんが球団を離れるとわかっていたら、引き受けていなかった」と後年の取材で述べている。監督就任2年目の1975年から日本シリーズ3連覇を含むリーグ4連覇を果たし、現在でも語り継がれる阪急の黄金時代を築き上げた。日本シリーズ3連覇は三原脩監督率いる西鉄ライオンズ、水原茂監督率いる巨人、川上哲治監督率いるV9時代の巨人、森祇晶監督率いる西武ライオンズ（1986年～88年、1990年～92年の2度）しか達成していない。1978年もリーグ優勝して日本シリーズに進出し、読売ジャイアンツのV9以来史上2チーム目の4年連続日本一がかかった1978年の広岡達朗率いるヤクルトスワローズとの日本シリーズでは、佐藤義則、山口高志の二人の主力投手を故障で欠くなど、苦しい事情を抱えてのものになった。それでも事前の予想は常勝阪急の圧倒的有利だったが、3勝3敗となったタイで迎えた第7戦の6回裏一死からヤクルトの大杉勝男が左翼線に放った本塁打をファウルだと上田が抗議し、この飛球を本塁打と判断した判定の取り消しと、本塁打と判定した線審の富澤宏哉の交代を求めた。審判団は受け入れず、激怒した上田は選手をグラウンドから引き上げて抗議を続け、この抗議による中断はシリーズ史上最長の1時間19分にも及んだ。ついにはコミッショナーの金子鋭がベンチの上田のところまでに出向き「コミッショナーの私がこうして頭をさげる。それでも上田君、試合を再開してくれないのか？」と懇願するまでの事態になり、ついに上田は試合再開に同意する。なお、この中断の間待機をしていた足立光宏は膝に水がたまり投げられる状態ではなくなり降板。その後マニエルと再度大杉に本塁打を打たれた結果、阪急はこの試合でヤクルトに0-4で敗れ日本シリーズ4連覇はならなかった。この日本シリーズでの混乱の責任を取るため退任した。この抗議について左翼手として一番近くで打球の行方を見た簑田浩二は「ファウル」とジャッジする富澤線審にすぐ「完全なファウルじゃないか!」「ボールを見失ったとハッキリ言え!などと押し問答になった」、上田監督の長い抗議についても「選手はこの日のために春のキャンプから長いシーズンを戦ってきた。それをあんな判定で台無しにされるなんて。選手の誰もが監督と同じ気持ちだった。上田監督にはみんな感謝の気持ちでいっぱいだった」などと述べている。前記の佐藤義則は「自信があったからできたことだと思う」と言っている。1979年と1980年はNHK専属解説者およびスポーツニッポン評論家を務めたが、後任監督の梶本隆夫の成績不振もあり1980年のオフ、新任の柴谷貞雄オーナーから「王者奪還」という強い要請で阪急監督に復帰する。福本豊によると、それに先立つ1980年のシーズン中には西武と接触しており、阪急の選手の間では「西武・上田監督」の噂が流れていた。それだけに、阪急復帰が決まると「エーッ、本当に戻ってくるの!?」と大声で話す選手もいたという。阪急の監督復帰後は今井雄太郎、福本、山田久志など西本に鍛えられたベテラン勢に加え、松永浩美、石嶺和彦、藤井康雄、福良淳一、佐藤義則、山沖之彦、星野伸之、古溝克之などの若手を見出し育成、さらに1983年にはブーマー・ウェルズが加入する。ブーマーは翌1984年には三冠王を獲得する大活躍を見せ、同年5度目のリーグ優勝を果たした。同時期は西武ライオンズの全盛時代だったこともあり、第2期監督時代のリーグ優勝はこの年だけであるが、安定した戦力を背景に毎年のように優勝争いに加わり、常に上位に食い込む結果を残した。1988年オフに球団の親会社が阪急電鉄からオリエント・リース（翌年より、オリックス）に変わった後も続けて指揮を執り、「ブルーサンダー打線」をつくりあげ、2年連続で2位に食い込む成績を残し勇退。編成部長に就任しフロント入りするも、球団の方針と意見が合わず、わずか1年で退団する。1992年からサンテレビ野球解説者・デイリースポーツ野球評論家。同年8月に福岡ダイエーホークスのオーナー代行の中内正から監督要請を受け、上田も了承し組閣の準備に入っていたが、父のオーナー中内功が西武の管理部長根本陸夫の招聘に動いた結果、就任に至らなかった。1995年から日本ハムファイターズの監督に就任する。日本ハムからの話は1992年のオフにもあり、このときはフロントの一部が難色を示して実現せず、2年越しでの就任であった。前年1994年は故障者が続出したこともあり最下位候補であったが、就任1年目は4位と健闘する。当時二軍でくすぶっていた6年目の岩本勉を「秘蔵っ子」として抜擢し、93年、94年と外野手だった田中幸雄を遊撃手に戻しパ・リーグを代表する遊撃手として育てる。1996年にはオリックスと熾烈な優勝争いを繰り広げ、優勝への期待も高まったが、同年9月9日に家族の新興宗教入信トラブルを理由に突然休養する。その後はオリックスに優勝をさらわれ2位に終わった。同年オフに復帰、1998年には「ビッグバン打線」と呼ばれる強力打線で8月まで首位を独走するも後半戦になると打線が低迷して失速し、西武に抜かれ2位に終わりまたしても優勝を逃した。翌1999年は5位と低迷し、監督を辞任した。