アクティブタイムイベントシステムを略してATEと称する。「一方その頃…」といった形で操作中キャラクター以外の行動をイベントで見ることができる。複数のイベントが存在し、選択したイベントしか見られないものもある。
そして月日が流れた。復興したアレクサンドリアを歩くビビ。そこにぶつかったのはブルメシアの王子パックだった。しかし当のビビはまるで初めて会ったような反応をパックに見せていた。実はビビではなく彼の子供たちの一人だった。後からゾロゾロとビビとそっくりの子供たちが現れパックは驚いて逃げてしまった。ブルメシアにてフラットレイに寄り添うフライヤ。記憶がなくなったとしても生きてさえいればまたやり直せると信じ、恋人とのひと時を過ごしていた。「私の使命は終わった」と述べ、アレクサンドリアから立ち去る決意をするベアトリクス。アレクサンドリアへ向かうというサラマンダーの前に現れるラニ。どういう風の吹き回しなのかと問う彼女に「お前は行かないのか？」と言い、立ち去るサラマンダー。ラニは慌ててその背中を追うのだった。アレクサンドリアの厨房へ戻ったクイナは料理人たちに「心を込めて作ること」の大切さを説く。大切なトモダチなら猶更心を込めないといけない、と。シド夫妻に引き取られたエーコは新たな父と母の三人でアレクサンドリアへ向かおうとしていた。そこにはエーコから「おとうさん」と言われ、本当の親のように見てもらえたことに感動するシドとヒルダの姿があった。一人アレクサンドリアを立ち去るベアトリクス。その背中に呼びかけたのはスタイナーだった。「もう二度とお前を失いたくない」「これからも一緒に女王を守ってほしい」と告げられ、ベアトリクスは最愛の男性のもとへ駆け出して行った。バクーたち「タンタラス」は再び劇団員としてアレクサンドリアへ向かっていた。今度は誘拐のためではなく、仲間のために。劇の始まる直前、ガーネット女王はかつての仲間たちとまた会えることに懐かしさを感じていた。過ぎ去った日々はもう帰ってこないと涙を抑え己を戒めるのであった。そしてバクーたち演じる「君の小鳥になりたい」が始まった。物語はコーネリア姫が黒衣をまとう主人公マーカスと駆け落ちを約束する場面から始まる。しかし船出の時間になってもコーネリア姫は現れない。それでも諦めずにマーカスは黒衣を脱ぎ捨てると共に言い放つ。「会わせてくれ！　愛しのガーネットに！」そこにはマーカスに扮していたジタンの姿があった。彼の姿を認めるなり駆け出すガーネットの前にスタイナーとベアトリクスが立ちはだかる。ジタンと会うことを許されないと思い気落ちするガーネットだったがそれは違っていた。二人は扉を開いて会いに行くように促してくれたのだ。こうして想い人と再会したジタンとガーネットは抱擁を交わし、大勢の人たちがその姿を祝福するのだった。
2007年より『ガチャピンClub』を始めとするBS放送やCS放送向けの番組の制作が中心となるが、子供向けワークショップなどは継続した。2007年秋になると海外番組の放送を順次終了し、『きかんしゃトーマス』と『ポンポン ポロロ』は各ライセンス元や版権元に放送権が返上され、自社制作作品の放送のみを行う体制に切り替えていった。また、この頃に代表取締役社長が「ポンキッキシリーズ」のエグゼクティブプロデューサーを務めてきた小畑芳和に交代された。2008年に「ポンキッキシリーズ」の新シリーズとして『Beポンキッキ』を放送開始した他、『笑学六年生』『モノコト駄菓子屋』など「ポンキッキシリーズ」の派生ではない番組を多数制作するようになった。また、同年よりBSフジ、ポニーキャニオン、扶桑社と共同で『be絵本大賞』を創設し、秋元康、茂木健一郎、武田双雲が選考委員となって2018年まで毎年作品の公募、大賞発表が行われた。2009年4月より『Beポンキッキ』の派生番組として小学生をターゲットとした『We Can☆』の放送を開始し、2011年には『We Can☆47』にリニューアル、『Beポンキッキ』も『beポンキッキーズ』にリニューアルされた。2011年3月11日に発生した東日本大震災の支援としてガチャピンとムックが被災地を訪れるプロジェクトなども行われた。2012年、『beポンキッキーズ』が厚生労働省社会保障審議会推薦児童福祉文化財番組の指定を受ける。2013年に「ポンキッキシリーズ」が放送40周年を迎えることに伴い、2012年より40周年プロジェクトが順次開始され、同年4月に福井県立恐竜博物館協力の下「ガチャピン創世記～ガチャピンのルーツを探る～」調査委員会が発足された。このプロジェクトにより「小学生恐竜チャンピオン大会 in お台場」（2013年1月開催）や「ガチャピンのルーツ展 in 福井県立恐竜博物館」（2013年3月開催）、お台場合衆国2013「ガチャピン創世記・恐竜時代へGO！」（2013年7月開催）など複数のイベントが開催された。また、新規プロジェクトとしてケニア、インドネシア、パプアニューギニア、パラグアイ、ネパール、ラオスの7カ国が各国の工芸技術を活用してガチャピン・ムックのグッズ製作を行い販売する、教育・経済支援を目的としたフェアトレードの活動も行った。2013年以降は論語教養を目的とした「論語プロジェクト」を開始し、番組内で論語関連のコンテンツを放送した他、「加地・小島式論語塾」や「論語リーダー塾」、「論語指導士」資格認定試験などを実施し、社内コンテンツの中でも特に力を入れて事業展開された。また、同年より台湾や中国など海外向けにローカライズした「ポンキッキシリーズ」の展開も開始した。他のイベントとしては40thポンキッキーズ展やライブなども開催したが、この頃から番組としては「ポンキッキシリーズ」の制作のみとなり他番組の制作は縮小されていった。