東日本旅客鉄道（JR東日本）管内の東北新幹線では、仙台駅など5つの駅が被害を受けたほか、電柱や架線、高架橋の橋脚など約1,100箇所が損傷した。また、気仙沼線など在来線7線区で23駅が流失、線路が約60キロメートルにわたって流されるなどの被害が発生した。三陸鉄道は北リアス線と南リアス線が線路流出や高架橋の決壊などで、一時全線不通となった。その後復旧工事が進められ順次営業を再開し、2014年4月5日に南リアス線、翌6日に北リアス線が全区間で営業運転を再開した。このほか、仙台空港へ押し寄せた津波により仙台空港鉄道仙台空港線の仙台空港駅も甚大な被害を受けた。地震発生直後より、JR東日本は新幹線と在来線の運転を終日運転見合わせ、関東・首都圏では私鉄と地下鉄の全線が運行を停止した。このため、職場などから自宅へ帰宅することが困難となった帰宅困難者が首都圏で推計約515万人発生、そのうち自治体が用意した待機場所で11万人以上、国などの公的施設も待機場所として開放され、そこでも多数が交通機関復帰まで留まった。また、3月14日からは計画停電の影響などにより、各路線で列車の運休、減便などが行われた。
警察庁は2019年3月8日現在、4,198箇所で道路の損壊があったと発表している。岩手県山田町の船越半島や宮城県の南三陸町、牡鹿半島などにつながる道路が寸断され、岩手・宮城・福島の3県で少なくとも1万6000人が孤立した。また、茨城県では北浦に架かる鹿行大橋の一部が崩落した。首都高速道路でも湾岸線を中心に被害が発生し、高架橋に破損箇所が発生した新木場出入口 - 葛西ジャンクション間が3月22日、大黒ジャンクション連絡路が3月27日まで通行止めとなった。東日本高速道路（NEXCO東日本）管内の高速道路では、広範囲の路線で通行止めとなった。東北自動車道の浦和インターチェンジ - 碇ヶ関インターチェンジ間、秋田自動車道・釜石自動車道・八戸自動車道の一部、常磐自動車道の三郷ジャンクション以北、磐越自動車道の津川インターチェンジ以東などが公安委員会により緊急交通路に指定され、緊急車両専用となった。3月24日6時に全区間で通行止めが解除され、一般車両の通行が可能となったが、常磐自動車道の広野インターチェンジ - 常磐富岡インターチェンジ間は、福島第一原子力発電所事故の旧警戒区域内だが2014年2月22日3年ぶりに再開通（通行再開）した。当初2011年度に予定されていた常磐富岡インターチェンジ - 相馬インターチェンジ間は、開通が延期された。なお、旧警戒区域外の南相馬インターチェンジ以北が2012年4月8日に先行開通した。その後、浪江インターチェンジ - 南相馬インターチェンジ間は2014年12月6日、常磐富岡インターチェンジ-浪江インターチェンジ間も2015年3月1日に開通し、この日をもって常磐自動車道は全線開通した。東北地方整備局は沿岸部の都市への救援のためくしの歯作戦を実行した。
関東・東北地方の広い範囲で液状化現象が発生し、千葉県千葉市美浜区 - 浦安市・香取市 - 我孫子市、東京都江東区・江戸川区、神奈川県横浜市の八景島周辺、茨城県ひたちなか市・潮来市、宮城県大崎市の江合川周辺などで、建築物の傾斜や断水・ガス供給停止・水田への土砂の堆積などの被害が生じた。東京湾岸の埋立地や千葉県北東部から茨城県鹿行地域南部にかけての利根川沿い（水郷地帯）での被害が目立ち、自治体により液状化の危険度が低いと認定されていた地域でも被害が発生した。東北地方から関東地方北部の太平洋沿岸では地震に伴う地盤沈下により、海岸や河口付近などで浸水や冠水のおそれが出ている。石巻市塩富町では、満潮時に町全体が水没している。また津波によって東北・関東の6県で2万3600 haの農地が流失または冠水しており、農林水産省は3年後の完了をめどにがれきの撤去や土中の塩分の除去を進める方針を固めた。
千葉県市原市の「コスモ石油千葉製油所」LPGタンクが爆発炎上、この影響で近隣の劣化ウラン保管施設に延焼したほか、東北地方や茨城などでは、多くの製油所や工場で被災して操業を停止し、産業界にも幅広く影響が出た。また、北海道・東北・関東の多くの文教施設で、建物の損壊や浸水などの被害が発生した。4月6日までに文化庁により被害が確認された文化財は463件に上っている。
1992年4月15日、北海道千歳市の社台ファーム千歳に生まれる。父・サンデーサイレンスは1989年の全米年度代表馬であり、種牡馬として日本に輸入された後に12年連続のリーディングサイアー（首位種牡馬）を獲得、「日本競馬に革命を起こした種牡馬」と言われた。本馬はその初年度産駒である。馬産地ライターの後藤正俊によれば、父に似た馬が活躍する傾向にあったヘイロー系（サンデーサイレンスの父）にあって、同年に生まれた67頭の中で同じ青鹿毛という点も含めて最も父に似た馬であり、サンデーサイレンス産駒が続々と誕生していた頃、牧場に対して「一番の期待馬」を尋ねた際、「躊躇なく挙げられたほど傑出した馬」であった。出生直後に馬主の齊藤四方司が購買し、当時の社台ファーム千歳場長・吉田照哉の推薦で、渡辺栄厩舎（栗東トレーニングセンター）への預託が決まった。渡辺は直後に北海道へ飛び、実馬を見た際の印象を「垢抜けした、均整の取れた良い馬」と語っている。2歳時から始まった育成調教においても、牧場スタッフからの評判は高かった。競走年齢の3歳に達した1993年6月、「フジキセキ」と命名されて滋賀県栗東トレーニングセンターの渡辺厩舎に入った。馬名の「フジ」は富士山を意味し、「キセキ」には奇跡、輝石、軌跡といった様々な意味が込められている。馬名登録の時は『富士奇石』として申請した。鉱物に詳しい友人の勧めで静岡県富士市出身の齋藤四方司は「富士山とキセキ（輝石、奇跡、軌跡）輝くような、ミラクルを起こして欲しい、栄光の軌跡を残して欲しい」そんな心情をこめて名付けた。『石』の文字が付いたことで当時、渡辺栄調教師は「ちょっと重そうな名前ですね」と言って笑っていた。調教でも良好な動きを見せて渡辺に期待を抱かせたが、デビュー前の必修審査であるゲート試験（発馬機からの発走試験）には手こずり、合格までに5回を要した。