躑躅ヶ崎館の建設・城下町の整備に伴い、館の周辺や城下町には寺社も移転される。館周辺では武田氏の氏神である府中八幡神社（甲府市古府中町の峰本古八幡神社）がや諏訪南宮神社（甲府市屋形）が鎮座する。館の鬼門にあたる北側館内には御崎社が勧請され、愛宕神社（甲府市古府中町）には勝軍地蔵が安置され、牛頭天王社は館の裏鬼門守護・疫病退治を司った。牛頭天王社に隣接する祇園寺は甲斐国内における当山派の修験者を支配した。諏訪南宮社に隣接する法城寺（現在は廃寺）は、甲斐国湖水伝承に関わる国母地蔵を本尊とする。城下中央部の商職人街では天尊躰寺や日蓮宗寺院の信立寺などの寺院が存在する。城下南端の一条小山（甲府市丸の内）には鎌倉時代に創建された時宗寺院・一蓮寺の門前町があり、愛宕山を隔てた北原扇状地にも戦国期に信濃から移転された甲斐善光寺（甲府市善光寺）の門前町が発達した。なお、武田氏滅亡後に一蓮寺は甲府市太田町に移転され、一条小山には甲府城が築城され、近世における甲斐の政治的拠点となった。
居館の建設と平行して城下町建設や新たな寺社創建、市場開設など府中整備が行われる。城下町の北面には家臣団屋敷地が整備され、南面には商職人町が整備された。城下の出入口である東西には市が所在し、城下西部には天文5年（1536年）には開設されている八日市場が、城下東部には大永6年（1526年）には開設されている三日市場が位置している。城下町と外部の境界にあたる上木戸には刑場があり、蓮台場には共同墓地、少し離れた堺町には牢屋もあった。城下町はこれらの空間的に独立した町場も包摂した。
武田城下町は、相川扇状地の扇頂部に位置する躑躅ヶ崎館を機軸に、条坊制的に二町間隔で5本の南北基幹街路が設定され、東西に市が所在することからも京風町並を意識していたことが指摘されている。考古学的には城下町整備当初から設定されていたかは不明であるが、文献史料では高野山成慶院「甲斐国供養帳」や二次史料において街路の地名が見られる。南北の主要街路は西から南小路（一条小路）・御崎小路（工小路）・広小路（柳小路・連雀小路）・鍛冶小路（城屋小路）・大泉寺小路（紺屋小路）が通過する。東西の主要街路では城下南部の穴山小路がある。これらの主要街路には折れ曲がったクランクが設けられており、遠見を遮断するための防御上の工夫であると考えられている。城下から甲斐国外へ通じる道としては、城下南東の八日市場からは鎌倉街道や秩父往還・若彦路・青梅街道・甲州街道・中道往還に分岐する道が発し、城下南西からは駿州往還・駿信往還・佐久往還・棒道・穂坂路・逸見路に分岐する道が発する。
当時の西ローマ宮廷における最有力者はアウィトゥス帝とマヨリアヌス帝を廃位し、先帝リウィウス・セウェルスを擁立した（リウィウス・セウェルス帝を殺害したとする史料もある）軍務長官（magister militum）リキメルであった。東ローマ宮廷によって指名されたアンテミウス帝は皇女アリピアをリキメルに嫁がせて結びつきを強めたものの、両者の関係は良好なものにはならなかった。リキメルはアンテミウス帝を「つまらぬギリシャ人」（graeculus）と呼び、アンテミウス帝はリキメルを「忘恩の男」と罵った。両者の不和の臨界点はイタリア人の元老院議員でパトリキのロマヌスの裁判であり、リキメルの支持者であった彼は470年に反逆罪で告発され、死刑を宣告された。 ロマヌスが処刑されるとリキメルは対ヴァンダル戦のために集めていた6,000人の兵士を引き連れて北へと向かい、メディオラヌム（現在のミラノ）に入った。アンテミウス帝とリキメルの両派は小競り合いを繰り返したがパヴィア司教エピファニウスの調停により、1年の休戦に同意した。472年初頭に内戦は再開し、アンテミウス帝は病人を装って聖ペテロ大聖堂への避難を余儀なくされている。東ローマ皇帝レオ1世はオリブリオスを両者の調停のために派遣したが、ヨハンネス・マララスの年代記によれば、同時にレオ1世はオリブリオスを殺害するようアンテミウス帝に使嗾する密書を送っていた。この密書を手に入れたリキメルはオリブリオスに見せた上で、彼が皇帝であると宣言した。 内戦が本格化し、ローマ市民と貴族たちはリキメルの軍に加えて、オドアケル将軍を含む蛮族の軍勢に攻撃されることになった。リキメルはアンテミウス帝をローマ市内に封じ込め、包囲戦は5か月に及んだ。市内に侵入したリキメルの軍はテヴェレ川の船着き場とパラティーノとの分断に成功し、皇帝の支持者たちは飢えに苦しめられた 。両派ともにガリアに援軍を要請したがブルグント族のガリア軍区長官（Magister militum per Gallias）グンドバトは叔父にあたるリキメルの側についた。アンテミウス帝はゴート族のジリメールをガリア総督（Rector Galliarum）に昇格させて、皇帝派の軍隊を率いてローマへ入城させようとした。ジリメールはローマに入城できたが、リキメル軍がアエリュウス橋とハドリアヌス帝霊廟（現在のサンタンジェロ城）を通ってテヴェレ川を越え、市内中心部へと突入しようし、これを防ぐ戦いでジリメールは戦死している。外部からの援軍の望みは絶たれ、食料も欠乏していたアンテミウス帝はなお戦うべく兵を再集結させようとするが、彼の軍隊は敗れ、大勢が殺害された。皇帝は物乞いに変装して聖ペテロ大聖堂（幾つかの史料ではサンタ・マリア・イン・トラステヴェレ聖堂）に逃れたが、ここで捕えられ、472年7月11日にグンドバトまたはリキメルによって斬首された。リキメルはアンテミウス帝の死から程ない8月18日に急死し、リキメルが擁立したオリブリオス帝もまた10月23日に短い治世を終えている。その後の西ローマ帝国は短命の皇帝の廃立が相次ぎ、最後の西ローマ皇帝ロムルス・アウグストゥルス（東ローマ帝国の史料は僭称者としている）が廃位されるのは、アンテミウス帝の死から4年後の476年のことであった。