昭和町では、ミヤイリガイ駆除で使われた殺貝剤や鎌田川流域など河川のコンクリート化、さらに先述した高度経済成長による土地開発や汚水の垂れ流しにより、ミヤイリガイとよく似た形態・生態であるカワニナが減り、それを幼虫期の餌とするゲンジボタルも、その個体数と生息地を減らしていった。また、火炎放射器がミヤイリガイと一緒くたにホタルの蛹を焼く、ということも原因の一つにあった。鎌田川のゲンジボタル発生地（地図）は1930年（昭和5年）に国の天然記念物に指定されていたが、個体数の減少により、1976年（昭和51年）に指定解除された。当時の昭和町民はミヤイリガイを減らすとホタルも減る、と認識していたが、地方病撲滅のため、天然記念物指定解除を受け入れるばかりだった。姿を消したと思われたホタルであったが、1987年（昭和62年）、昭和町内の川で突然大発生し、翌1988年にはホタル復活をめざす有志により『昭和町源氏ホタル愛護会』が結成され、会員らの自宅にホタルの飼育場を設け、生息環境の保全のため河川清掃などの活動が続けられている。さらに昭和町内に約4,000ヶ所ある下水道のマンホールのフタにはホタルがデザインされるなど、町を挙げてゲンジボタルの保全活動が行われている。また、昭和町風土伝承館となっている杉浦醫院内の池には、ホタルが生息できるようにしている。また2012年現在、釜無川や笛吹川の流域では、小学生など児童が参加するホタルの勉強会や幼虫放流会が行われている。
これらの中で、果樹栽培への転換は甲府盆地の農業形態を大きく変え、今日見られるような果樹園が広がる甲府盆地特有の景観を決定付けた。山梨県では1952年（昭和27年）に、当時需要が高まっていた養蚕の拡大化を図り、山間地の棚田を中心に水田を桑畑に変えていき、最盛期には4万戸もの農家が養蚕業を営むようになった。しかし、直後の1958年（昭和33年）には生産過剰となり繭の価格は下落の一途をたどることとなる。この対応策として山梨県は、米や養蚕に替わる新たな県のブランドとしての農作物を検討した結果、ブドウやモモなどの果樹栽培に意見が集約された。甲府盆地は大消費地の京浜地区に近接し、国道20号の新笹子トンネル開通などにより、輸送手段も格段に向上し始めていた。もともと甲府盆地の寒暖の差がある気候条件は、盆地東部の勝沼地区周辺で江戸時代から栽培されていた甲州ブドウに代表されるように果樹栽培に適した気候であった。地方病撲滅協力会と地方病撲滅対策促進委員会も水田から果樹園への転換推進を後押しした。この果樹栽培転換は甲府盆地全体の農民に強い影響を与えた。先祖代々稲作を続けてきた土地ではあったが、同じく先祖代々苦しめられてきた地方病と決別するためなら反対する者などいなかった。1960年（昭和35年）の甲府盆地における果樹生産額は当時の価格で49億5千万円、これは山梨県全体の農業生産額の20%であり、全国水準の6.3%を大きく上回っていた。その後も甲府盆地の土地利用転換は加速度的に進み、ワイン製造やブドウ狩りなどの観光地化が進んでいった。やがて新規感染者と考えられる低年齢者の保卵者数の割合が低下し、1966年（昭和41年）以降の調査では保卵者の大部分が35歳以上で占められるようになった。
ミヤイリガイの発見によって、長らく人々を悩ませていた地方病の原因、メカニズムは全て解明され、地方病撲滅への活動が始まった。比較的短期間に解明された病因に対し、病気の撲滅には非常に長い期間を要した。研究者、地域住民をはじめとする人々が一丸となって、治療法の開発、感染源対策、啓蒙活動、そしてミヤイリガイ撲滅活動など、さまざまな対策を試行錯誤しながら同時に進めていった。この節では各対策ごとに時系列を記述する。
原因不明の奇病であった地方病も、明治中期から大正初期にかけて虫卵の発見、病原体（日本住血吸虫）の発見、感染経路の解明、中間宿主（ミヤイリガイ）の発見へと、病気の原因となるメカニズムが比較的短期間に解明されていった。これらが全て日本人の手によって解明されたことは特筆すべきことであるとする見解がある。
エイリアン（ハレー彗星のモンスター）は前作と特徴が異なる。直接攻撃以外にも胞子となって人に取り付く能力を有している。モンスターに殺害されると被害者は突然死した後にグロテスクな変身をとげる場合もあるが、標的となる人間をすぐ殺さず融合して操作する場合もある。目の前の生物を機械的に殺戮していた前作より生物戦略的な進化が見られる反面、戦術的には弱体化しており、銃器類等による直接攻撃が有効になっている。従って前作の様に、未知の生物対人間の戦いというより、登場人物の中で誰が取り付かれた人間かを推理する事が重要になる。また、人間の側にもそのモンスターそのものを利用しようとする陰謀があり、初期の登場人物全員が怪しい事から、推理小説の要素が強くなっている。最後にはエイリアン（ハレー彗星のモンスター）の本来の目的も明かされる。ただし前述の様に、そうした推理が出来ないと前に進めなかったり展開が変わるわけではない（前作ではエイリアンの狙いと弱点を推理することもクリア条件であった）。物語後半ではタイトル通りJESUSが舞台となる。だが、広大な面積を有する筈のJESUS内部を歩き回るシーンはない。前作では音楽が重要な鍵であった様に、本作ではフロッピーディスクの色が後に重要な要素になってくる。作中には5色のディスクが登場し、ゲームの媒体もそれと同じ色のFD5枚で構成されている。ディスクを使用する場面では、指定された色のFDを抜き差しすることが要求される。これを一種のコピープロテクトと見る向きもある。なお、直接の関係は無いが、本作の主人公の名前は「五色」和也であり、前作と主人公が違う。前作と共通の登場人物はナハス・アリ、速雄、FOJY（人ではないが）のみである。また、JESUSのコンピューターシステムを設計したアンドレイ・ベリーニについては間接的に言及される。それ以外の人物もごく僅かではあるが名前のみ登場する。