ボスは全7面の内、最終面（7面）を除く各一ステージに中ボスとステージボスの併せて2体ずつが出現。パーツごとに耐久力が違い、ほとんどのパーツは破壊可能。武装パーツを破壊して攻撃を封じることもできる。部品を破壊する順番によって行動や後のステージ進行が変化するボスも存在する。ボス戦では制限時間が設けられており、時間を過ぎるとボスが機能停止、退却するなどして強制的に戦闘終了になる。ゾードム軍の兵器は全て、緑色に光る「コア」と呼ばれる部分が弱点となっている。ほとんどの場合コアは分厚い装甲に覆われており、装甲を破壊してからでないとコアにダメージを与えることができない。ただしライオットやフラッシュなど装甲を無視してコアに直接ダメージを与える兵器も存在する。緑色の光は、操縦席や無人機の制御中枢など兵器の心臓部を守る、電子バリアが発する光である。
1か月後。潜伏していたアインハンダーは宇宙空間用ブースターが増設され、オペレーション・ジャッジメントの最終段階へ入ったセレーネ軍中枢「リコンカスターズ」に叛逆の狼煙を上げる。舞台は無重力の宇宙空間。アインハンダーはヒュペリオンの投降勧告を無視し、立ちはだかる最新鋭無人戦斗機群を退け、一直線にヒュペリオンを目指す。主人公は、自分に非人道的な仕打ちをした無人指令衛星を破壊しこの戦争を終わらせるため、ヒュペリオンに最後の戦いを挑む。
ヒュペリオンより、主力部隊の到着が間に合わないため単機にて宇宙艦「ガイアー」を撃墜せよと指令が下される。打ち上げられた宇宙艦を追跡し、アインハンダーは成層圏へ向かう。宇宙艦ガイアーを撃墜するためには、2基の大気圏離脱用ロケットブースターを破壊する。しかしガイアーの護衛であるルフトヴァッフェ（Luftwaffe,ゾードム帝国空軍）や、ブースター周辺に設置された防御兵装、ガイアーの搭載機などがそれを阻む。みごと2基のブースターを破壊すると、推進力を失ったガイアーは墜落してゆくが…。
夜明け。ヒュペリオンがゾードムの新造戦略宇宙艦が発進準備中であることを察知し、主力部隊が降下するまでゾードム軍を攪乱せよとの指令が下る。アインハンダーは、陽動としてルフトシュトゥッツプンクトガルニゾーン（Luftstützpunkt-Garnison,空軍基地守備隊）と攻防を繰り広げながら空軍基地内を進む。基地中心部で中ボスと戦闘後、ステージ後半は朝焼けのマスドライバー区域に突入する。宇宙艦が今しも離陸しようとするのを阻止せんとマスドライバーへ向かうと、プレイヤーを迎撃するためボスが現れる。
ヒュペリオンが敵軍のセキュリティコード解除に成功し、基地内の原子炉の位置が明らかになる。アインハンダーはこの原子炉破壊の任務を受諾し、原子炉目指して侵攻する。アインハンダーを察知したマリーネインファンテリーエ（Marine-Infanterie,ゾードム軍海兵隊）と交戦しながら前半はダムの地下試験プールを進んで往く。途中、ダム最奥部の兵器試験場にて地下ドックで配備されている中ボスの潜水艦と対峙。後半はダムから離れ複雑に入り組んだ工場を襲撃する。工場内は狭いルートが幾つにも枝分かれしており、守備戦力も相当が配置されている。工場地帯を抜けると原子炉を発見、これを破壊し竪穴を通って一気に地上へと脱出する。炎を吹き上げる空軍基地で、地下から追跡してきたボスと対決。
敵輸送列車の破壊に成功したものの、トンネルの出入り口が閉鎖され退路を遮断されてしまう。敵基地内への前進を余儀なくされたアインハンダーが見たものは、前大戦で使用された巨大ミサイルサイロ跡であった。基地内を警備するシュトゥッツプンクトガルニゾーン（Stützpunkt-Garnison,基地守備隊）と戦闘する。サイロ同士を繋ぐ通路で中ボスと戦闘。さらにサイロを降下し、ミサイルサイロのエレベーターから投下されたボスと対決する。
夜半過ぎ。指令衛星ヒュペリオンより、敵輸送列車を追尾しゾードム軍補給基地を探索せよとの指令が下る。ゾードム鉄道警備隊の護衛で荒野をゆくパンツァーシュヴェーベツーク（Panzer-Schwebezug,装甲滑空列車）を追跡、砂漠と山間の2つの場面を跨ぎ、列車に格納されていた中ボスと戦闘。さらに侵攻し、トンネル内にて列車を牽引していた先頭車両（ボス）と対決する。
議会共和制期は不安定ながらも硝石、銅の輸出増を背景に鉱山寡頭支配層が政権を握り続けたが、第一次世界大戦後に硝石価格が下落すると保守支配に抵抗した「国民連合」のアルトゥーロ・アレサンドリが1920年の大統領選挙で勝利した。第一次アレサンドリ政権は議会の過半数を占める保守派の抵抗により、改革に失敗した末に1924年の軍保守派によるクーデターで失脚したが、1925年の軍改革派によるクーデターにより返り咲き、再び政権に就いた。第二次アレサンドリ政権は1925年憲法を制定して大統領権力を強化し、ここに議会共和政期は終焉した。なお、同年にチリ中央銀行が創立された。1927年に急進党から就任したイバーニェス政権は道路、鉄道、港湾、水利などの公共事業と鉱業を拡大したが、1929年の世界恐慌で大打撃を受けると政府財政は破綻し、1931年に崩壊した。混乱の中、1932年の極短期間に「社会主義共和国」が成立するが、同年中に自由党から保守派の第三次アレサンドリ政権が誕生することで混乱に終止符を打った。1929年6月、イギリス・ドイツ・ノルウェーとカルテル結成。合成窒素の価格統一、生産・輸出割当を規定して世界生産量のほぼ八割を支配した。1930年8月に更新され、イギリス・ドイツ・ノルウェー・ベルギー・フランスがDEN グループとしてカルテルの中心となった。チリの他、チェコスロバキア、オランダ、イタリア、ポーランドはDEN グループと別個に協定した。カルテルはDEN グループのブロック経済に使われた。非加盟国市場について輸出割当が行われたが、アメリカ合衆国に対する輸出は無制限であった。各国の生産能力は増大するばかりであったので、生産量を能力の七割以下に抑えた加盟者に補償金を出していた。補償金は主にチリが負担したから、見返りにチリは生産量を制限されなかった。1932年にも更新。チリがベルギーなどと割当量と価格について協定。1936年、日本も合成窒素カルテルに参加した。