本作のサウンドトラックは『怒首領蜂』サウンドトラックと共に一枚のCDに収められ、『ゲーメスト』誌上限定で通信販売されていた。また2008年2月18日からはケイブのオンラインショップにおいて、『ぐわんげ』サウンドトラックとセットで発売されたが、現在はどちらも廃盤となっている。本作のメインデザイナーである井上淳哉の漫画『おとぎ奉り』には、本作の登場人物をモチーフにしたと見られるキャラクターが多数登場している。また井上は、本作で近江覚の声優も手がけている。本作のラストボスである「ガラ婦人」は当初はプレイヤーキャラになる予定であり、その時点ではストーリーも現在と若干違うものであったことが、開発者によって語られている。2003年には一部システムを継承した姉妹作『エスプガルーダ』が制作された。世界観上の関連性は持たないが、ステージ構成や弾幕などに本作の強い影響が見受けられる。またPlayStation 2移植版には、J-B 5thといろりをモチーフにした「Black」「千裕」というキャラが、プレイヤーキャラとして登場する。
東京湾の埋め立てにより新しく「鳳凰区」「台場区」「湾上区」が作られた西暦2018年の東京都は、ESP者（エスプしゃ）と呼ばれる超能力者による犯罪と、そのESP者を束ねる犯罪組織「夜叉」の暗躍に脅かされていた。自衛隊をも支配下に置き、その圧倒的な組織力で首都を要塞化し始める夜叉に対し、阪神国際警察は対ESP犯罪機関「JUDGE」を設立し、戦闘員として11歳の少女・美作いろりを東京に派遣。ロシアもまた同様に夜叉の壊滅を画策し、エージェント・J-B 5thを日本へと送り込んだ。一方、鳳凰区にある鳳凰高校では、クラスメイトから執拗ないじめに遭っていた生徒・近江覚が、突如ESP者として覚醒、それを感知した夜叉のスカウトマンによって誘拐されてしまう。現場に居合わせた覚の同級生・相模祐介は、自ら封印していたESP者としての力を解放し、覚を救うべく単身夜叉に戦いを挑まんとしていた。それぞれの思いが交錯する東京湾岸上空に、戦いの火蓋が切られる。
井上淳哉は「なぜ今頃?」の感想し、エムツーを感謝した。井上は「思い出につられて購入して、ちょっと遊んで終わり」にしない事をリクエストした。エムツーから「何度も遊ばせてプレイヤーを成長させ、シューターにする」というコンセプトを挙げた。フルボイスは「移植する際に、音声データの容量に余裕がある」と言う理由で同じセリフを繰り返さない様に100種類以上の台詞を用意した。叫び声を繰り返した声優は枯れたときに備えてのど飴休憩した。タイトルコールは井上が担当。本作のタイトルのΨの由来は超能力の意味だけでなく再会、最強、覚醒の意味となってる。
二回戦の名古屋城で行われたキン肉マンソルジャー率いる超人血盟軍こと残虐（ソルジャー）チームとの戦いは正義超人と悪魔超人で編成された相手を警戒し、3人目の戦士サタンクロスを先鋒ザ・ニンジャと戦わせ、これに勝利。勝利を確信したフェニックスはサバイバルマッチを15連勝負けなしで勝ち抜く、パーフェクト勝利宣言を行う。サタンクロスは次鋒アシュラマンと、引き分けるも、フェニックスは「引き分けは負けにならない」と強気な態度を崩さなかった。舞台は関ヶ原格闘城に移り（アニメではその衝撃でリングが破壊され、修理が終わるまで休戦）キン肉マンチームと技巧チームの試合が終了後、残虐チーム副将ブロッケンJr.の提案（アニメではフェニックスより）により次鋒マンモスマンと中堅プリズマンを加えた、6人タッグ・キャプテン・ギブアップ・マッチを展開。空中に浮かぶ立方体リングで行われた戦いは、当初は一つのリングで1対1の戦いだったが、フェニックスは立方体リングに隠された、もう2つのリングを出現させ、残虐チームを分断させる。メインリングのフェニックスは力量を図るために消極的なファイトを行うソルジャー相手に優位に立ち、即座にソルジャーからキャプテンの証であるバンダナを奪おうとするが、分断されたブロッケンとバッファローマンの妨害により、バンダナを奪えなかった。これを数回繰り返した後、プリズマンはブロッケンJr.と相打ちになったことで戦闘不能になる。攻めのレスリングに切り替えたソルジャーと彼の真・友情パワーで成長したバッファローマンの反撃により、流れが残虐チームに傾く中、ソルジャーが偽物であることが判明。バッファローマンのバッファローBOMBでマンモスマンも戦闘不能になった後、邪悪神らはフェニックスを天のロープ（アニメ版では飛行カプセル）に避難させ方体リングを格闘城に落下させる。観客を巻き込むことを承知で、ソルジャーとキン肉マンチームの両方を葬ろうとした。バッファローマンの捨て身の行動でリングの浮遊機能が復活し、リング落下作戦は阻止されるが、バッファローマンをリタイアさせることはできた。これにより、フェニックスとソルジャーは正真正銘の1対1の戦いを展開。死んだ残虐チームの命が吹き込まれた衣装に妨害されたフェニックスは、ソルジャーにあと一歩のところまで追い詰められる。しかし、息を吹き返したマンモスマンがソルジャーに関する超人預言書のページを屋外のたいまつの中に放り込んだことでソルジャーの身体の消滅が始まった。思うように動けなくなったソルジャーに対し、フェニックスはソルジャーの正体を知るべくレイジング・オックスからの拷問を行い、耐えかねたキン肉真弓の口からソルジャーの正体が25年前に家出したキン肉族の長男アタルであることが判明する。フェニックスは自分の殺人を正当化する主張の上でアタルへの拷問をやめて倒すことに切り替え、アタル版マッスル・スパークを受けながらも立ち上がり、マッスル・リベンジャーでアタルをKO。バンダナも奪ったことで試合自体にも勝利し、決勝戦に進出した。試合後には、アタルの最期を看取ったキン肉マンに「王位継承に割り込んできた邪魔者を葬ってやったから感謝しろ」と言い放った（アニメ版ではカット）。同時期に行われた第4回人気投票では6位にランク入りしている。