まず、ローマのヒッポリュトス（Ἱππόλυτος, Hippolytus）が230年前後、『全異端反駁』（Refutatiō Omnium Haeresium）の中で、グノーシス教団の一派・ナハシュ派（オフィス派）に関する報告とともに「トマス福音書」を引用している。つづいて、オリゲネス（Ὠριγένης）が230年、『ルカ福音書講解説教』（Homiliae in Lucam）の中で、異端的な福音書の一つとして挙げている。また、カイサリアのエウセビオス（Εὐσέβιος）が324年、『教会史』（Ἐκκλησιαστικὴ Ἱστορία）の中で、偽作された外典として言及している。シデのピリッポス（フィリポ、Φίλιππος）が430年頃、『教会史』（Χριστιανικὴ   Ἱστορία）の中で偽福音書と位置づけている。
本件の事故は、はじめテロリストが関与していると考えられていた。というのも、当時、パリとその周辺の列車の爆破事件が続いていたためである。この考えは、153944列車を調べた調査員が、1両目の後方にある主ブレーキ配管のバルブが閉じられていることを見つけたことから有力視された。このバルブが開けられた状態では、1両目で圧縮された空気が後方の車両に送られ、それらの客車にある空気ブレーキを働かせることができる。もし、閉じられていれば、バルブより後方にあるすべての車両のブレーキが働かない状態になる。調査員は、ブレーキシステムの仕組みについての詳細な知識がある何者かが、バルブを閉じたと思われた。次に緊急ブレーキを操作した者が誰であるか調査された。緊急ブレーキを操作した者への出頭を呼びかける広告を新聞に掲載すると、若い母親が名乗り出た。彼女は、普段、下校する自分の子供たちを迎えるためル・ヴェール・ド・メゾン駅で停車する153944列車を利用していた。しかし、夏ダイヤへの改正により、自分が乗っていた列車がル・ヴェール・ド・メゾン駅を通過するようになったことを知らなかった。自分の子供を待たせたくなかったため、非常ブレーキを操作して停車させたと調査員らに語った。調査員らは、彼女のとった行動は無責任であるが、事故につながる物ではないと結論づけた。その後、調査員らは、運転士への取り調べの記録を、以前よりも注意深く見た。非常ブレーキが操作された後、運転士は、非常ブレーキを解除するため、1両目後部に行き、解除ハンドルを引こうとしたが、ハンドルが固く、動こうとしなかった。以前に見落とされていたが、そのとき、運転士は、解除ハンドルにより力を加えるため、主ブレーキの配管バルブに手を置いていたことがわかった。調査員らは、運転士がハンドルを引っ張ったとき、誤ってバルブを閉じたと推測した。しかし、この推測は、運転士が列車を再び動かしているという点で別の疑問が出てきた。それは、バルブが閉じている場合、車両にはフェールセーフ機構が働き、ブレーキをロックする。再び列車の運行を開始するには、バルブを開くか、各ブレーキパッドのロックを手動で解除しなければならない。フランス国鉄の指針では、技術者を呼んで電車を調査（おそらくバルブが閉じていたことを発見したであろう）してもらう必要がある。しかし、運転士は、運行の継続を望んでおり、列車の反対側にいた車掌にブレーキのロックを解除するよう依頼した。運転士は問題の原因をエアロックであると思い込んでいた。「エアロック」は、緊急ブレーキが作動すると、圧縮空気がブレーキパイプに溜まり、パイプの目詰まりを起こし、結果、ブレーキ操作ができなくなる現象である。エアロックが発生したときに、フェイルセーフ機構の一部としてブレーキパッドをロックする。この問題を解決するには、ブレーキを解放するため、閉じ込められた空気をパイプの外に放出する必要がある。それにもかかわらず、運転士は、自分の行った行動になんの疑問もなかった。運転室内にあるブレーキ圧力計では、正常な値を示しており、そのためすべてのブレーキシステムが正常に動作していたと思った。運転士は、知らないうちに、主バルブを閉じ、それより後方の車両とのブレーキ系統を切り離していたため、運転室で示していた圧力計の値は1両目のブレーキのみの値を示していた。しかし、必要な制動力が1/8になったが、まだ列車を停止または減速する機会があった。まず、列車を減速または停止する時間が、リヨン駅一つ前の停車駅であるメゾン＝アルフォール駅にあった。しかし、運行指令室はメゾン＝アルフォール駅を通過し、リヨン駅まで無停車で運行するよう運転士に指示した。また、列車には電気ブレーキが装備されていたが、運転士らは通常、電気ブレーキの使用を嫌う傾向にあった。しかも、事故当日、運転士は、パニックのためそれについて忘れていた。しかし、この段階でも、列車を停止する機会が存在していた。運転士は、異常が発生したことを無線で知らせ、列車がトラブルにあったことを知らせる緊急警報を発報したが、運行指令室に自分の列車番号も現在走行している場所も知らせなかった。運行指令室は、暴走列車が駅に到着する予定の4編成の列車の一つであったことが分かった。指令室はどの列車か絞り込むためにそれらの列車すべてに通信を行った。運転士が緊急警報を押したとき、ネットワーク上のすべての列車が、指示を待つために、運行停止を余儀なくされた。停止した理由を説明のためいくつかの他の運転士と指令室との通信が発生した。駅員は、列車のいない路線に列車を誘導しようとしたが、運転士が自分の列車番号と列車の位置を伝えなかったため列車を識別することができなかった。運転士は運転室を離れていたため、指令室との対応ができなかった。指令室は、問題のない3本の列車を除くため、リヨン駅に入場する4本の列車に通信を試してみたが、運転士が警報ボタンを押したことにより、指令室は、停止を余儀なくされた他の多くの列車からの問い合わせに殺到されることになった。多くの問い合わせのため、指令室は問題の列車を識別することができなかった。最後に、信号操作者は、暴走列車を列車が存在する2番線でなく、列車のいない1番線に誘導するように、事前にプログラミングされていた。列車のいないプラットフォームに電車を突入させた場合、死傷者の発生は回避されたと思われた。しかし、運転士が警報アラームを発報させたため、信号操作者は「一般的な閉鎖手順」と呼ばれるプロセスになり、すべての信号を赤にする必要があった。しかし、このプロセスは、意図せぬ結果を生み出した。信号機の制御が完全に手動制御になり、あらかじめ設定したプログラムは無効となった。そのため、暴走列車は列車の存在する2番線に侵入することになり、衝突に至った。