1986年、彼はテレザ・イマニシ＝カリおよび他4人の共著者とともに免疫学の論文を著した。ところがイマニシ＝カリ研究室の研究員マーゴット・オトゥールMargot O'Toole（共著者ではない）がこの論文の実験を再現できず、実験ノートの記録が論文の結果に反すると主張した。彼女は著者たちに再試を要求し、ついにはイマニシ＝カリがデータをでっち上げたと非難した。ボルティモアは初め追試を拒否したが、後に3人（イマニシともう1人を除く）とともに追試しその結果論文を取り下げた。その後この研究を助成していた国立衛生研究所（NIH）も調査を開始した。さらに下院議員ジョン・ディンゲルもこの問題を取り上げ、シークレット・サービスの専門家が実験ノートを分析するなど国家的な問題に発展したが、ボルティモアはこれを「学問に対する政治の不当介入」と主張した。彼は1990年7月からロックフェラー大学に勤めていたが、大学当局から圧力をかけられ、1991年12月に辞任した。この問題はマスコミでも大々的に取り上げられ、事件に関する書籍も、数学者サージ・ラング（ボルティモアらに批判的）や、科学史家ダニエル・ケブルズ（同情的）によるものなど多数出ている。保健社会福祉省（HHS）の科学公正局（のち研究公正局）は1991年、イマニシ＝カリをデータの改竄・捏造の疑いで告発し、またボルティモアをも、オトゥールの追及に対応しなかったとして批判した。1994年、研究公正局は不正があったと認定し、イマニシ＝カリに10年間研究助成しないよう勧告した。ところが1996年になって、HHSの上訴委員会が再調査の上、「不正の証拠は全くなかった」として、すべての処分を取り消した。以上とは別に2005年10月、かつてボルティモア研究室の博士研究員だったルク・ファン・パライス (Luk van Parijs) は、論文に不正があったとしてMITの准教授職を解任された。彼はボルティモアと連名の特許を出願していたが、ボルティモアはこれについて「一部誤りがあったが、特許自体に問題はない」としている。
1997年に創設されたリーグで、Sリーグに所属するクラブは必ず参加しなければならない他、Sリーグに参加していないクラブであってもそのレベルが適当であれば参加する事が出来る。全てのSリーグのクラブは最低15人、最高で20人をプライムリーグの選手として登録しなければならない。Sリーグに参加していないクラブに関しては最低15人、最高25人をプライムリーグの選手として登録する事が出来る。それぞれのチームは最低人数を割らないようにシーズン中保っていなければならない。外国人選手については、18歳から21歳までの選手でかつSリーグでプレイしない選手を対象に各チーム2名までの登録が認められている。また、Sリーグとの兼任選手については、Sリーグの最新試合に出場していない選手に限り出場する事が出来る。プライムリーグに所属するクラブもカップ戦に出場する事が出来る。
化学系薬学部会、構造活性相関部会、薬学教育部会、医薬化学部会、生物系薬学部会、医療薬科学部会、生薬天然物部会、薬理系薬学部会、レギュラトリーサイエンス部会、物理系薬学部会、環境・衛生部会、薬学研究ビジョン部会（〜2009年1月31日まで）
分党問題に決着をつけた維新の党は、民主党との連携に関心を移す。12月18日、衆議院統一会派「民主・維新・無所属クラブ」が結成される。会派には無所属の衆議院議員野間健も参加し、93名となった。。一方で、参議院の統一会派については、翌年夏の参院選で維新の党の議員が埋没しかねないとの懸念から延期されたが、翌2016年1月6日、参議院で日本を元気にする会との統一会派「維新・元気の会」を結成する。衆参で異なる党と統一会派を結成することは通常なく、民主党側が反発した。後述の合併が確定した後の3月4日、会派は解消された。2月22日、松野と民主党の岡田克也代表が会談し、民主党が維新の党を吸収合併することで合意した。なお、合併方法が吸収合併（民主党は存続）となったため、維新の党の議員のうち、みんなの党で当選してから結いの党経由で合流した参院議員5人は合流できないことになった。新党の党名に関しては民主側は党名の継続を、維新側は党名変更を主張したため、両党のホームページとファックスを用いて一般公募を行い、民主側は「立憲民主党」、維新側は「民進党」を提示した。この両者の間で更に意見を募った結果、3月14日、新しい党名が『民進党』に決定する。以降両党内部で手続きが進められ、3月25日、松野・岡田の両代表間で合併協議書が調印された。更に、かつて分裂騒動の際に袂を分けた改革結集の会も民進党へ参加、再び行動を共にすることとなった（議員5人の内、小沢鋭仁はおおさか維新の会へ合流）。なお、このとき民主側が提示した「立憲民主党」は、第48回衆議院議員総選挙の際に、枝野幸男代表の下、希望の党への公認申請を拒否した民進党議員(前職では民主側から11名、維新側から5名)によって結党された新党の名称となった。3月27日、『民進党』結党大会に先駆けて午前中に行われた維新の党の臨時党大会において、新党「民進党」結成のための解党を決議、全会一致で採択された。。なお「維新」の略称は、おおさか維新の会の略称として引き続き使用される。政党交付金については必要経費を差し引いた残余金の約2億円を国庫に返納した。ただし、解散前に松井一郎の元秘書を代表におおさか維新の会と同じ住所を本拠地として設立された「なんば維新」という政治団体に、おおさか維新系の議員が管理する支部から約8700万円の寄付が行われ、なんば維新はおおさか維新設立後にその政治資金を寄付して解散しており、国庫への返納逃れのための政治資金還流が行われたのではないかとの指摘がある。マスコミの取材に対して、なんば維新およびおおさか維新側は「お金を一時的にプールするためになんば維新を使った」「おおさか維新に政党交付金が出る１６年４月までの活動資金として必要だった」などと釈明した。