2004年3月22日、神戸製鋼コベルコスティーラーズのヘッドコーチだった萩本光威が監督に就任。萩本は就任当初、同年のスーパーパワーズカップでロシアとカナダを破って優勝に導き、幸先のよいスタートを切ったかに思われたが、続くイタリア戦で敗戦すると、同年11月に挙行された欧州遠征において、スコットランドに8-100、ルーマニアに10-25、ウェールズに0-98と、いずれも完敗ないし大敗したため、同遠征直後に解任論が噴出。しかし、萩本解任を唱えた向井昭吾、春口廣、清宮克幸の3名が、監督評価機関である8強会議の委員を解任され、欧州遠征と前後して、代表のフィットネスコーチ、選手2名が相次いで繁華街でのトラブルで逮捕される不祥事が起きたが、監督の萩本には「警告」のみという処分にとどまった。だが、翌2005年の南米遠征でウルグアイ、アルゼンチンに連敗。さらに5月から6月にかけて、カナダ、アイルランド (2試合)にもそれぞれ敗退したため、ついに萩本は辞任に追い込まれた。これを契機に、強化委員長・監督という指導体制に限界を感じた日本協会は、ゼネラルマネージャー (GM)及びヘッドコーチ (HC)という体制に改め、2005年8月、初代GMにNECグリーンロケッツの太田治、HCには、初の外国人指導者となる、ジャン＝ピエール・エリサルドが就いた。新体制下の日本代表は、いきなりテストマッチ4連勝を果たし上々の滑り出しとなったかに思われたが、2006年、第一回のIRBパシフィック・ネイションズ・カップでは全く歯が立たず、4戦全敗で最下位に終わった。そして同年9月、エリサルドが、日本協会に無断でアビロン・バイヨンヌのスポーツマネジャーにも就任したことが判明。日本協会はHCに専念するよう求めたが、エリサルドがこれを拒否したため、同年10月31日付でエリサルドを解任。暫定的にGMの太田がHCも兼務することになった。そして太田は、かつての自身のチームメイトであり、かつ第1回W杯における最大の優勝の立役者のジョン・カーワンに白羽の矢を立てることになる。
平尾の辞任を受け、宿澤広朗が強化委員長に就任し、現場復帰することになった。宿澤は、自身の出身校である早稲田大学を含めた、日本ラグビー界にはびこる「学閥」の排除の意味も込めて、監督時代に東芝府中の黄金時代を築いた、東海大学出身の向井昭吾を監督に招聘した。向井は東芝府中監督時代、「PからGO」のキャッチフレーズを掲げ、ペナルティを与えられたら間髪入れず素早い攻撃を仕掛けるという戦法を駆使し、日本選手権3連覇などの実績を挙げた。また「PからGO」の戦法は、体格に劣る日本代表にも合致していると思われた。しかも、向井時代の代表選手には、大畑大介と小野澤宏時というフィニッシャーがいたからなおさらだった。しかし、「速いラグビー」が売りであるがゆえに、他国チームは逆に、日本はスクラムやラインアウトといったセットプレーが弱点と考え、とりわけ列強諸国は、そこを重点的に突いてきたが、日本はほとんどそれに対応できなかった。結果、向井時代にテストマッチでアジア諸国以外のチームから勝ち星を得たのは、2001年におけるカナダと、2002年におけるロシアの2勝のみ。ラグビーワールドカップ2003は4戦全敗 (3大会連続の全敗)でプール敗退となった。大会終了後、監督の向井、強化委員長の宿澤がそれぞれ辞任した。
行路計画がまとまると交番計画を作成する（充当計画・割当計画）。この際に多くの行路を受け持つ区所では、行路をある程度のまとまりごとに分割してそれぞれに交番を作る。このまとまりのことを交番組または単に組という。各交番組に含まれた行路を並べて交番順序表を作成する。図3に単純な交番順序表の例を示す。図3は、駅Aと駅Bの間の列車を3往復、駅Bと駅Cの間の列車を1往復担当している交番組に対するものである。3つの行路を含んでいる例であるが、実際の交番組ではもっと多くの行路を含んでいるのが通常である。交番順序表はその形から横棒と通称される。横棒の各項目は箱ダイヤの運用を表す線を横に伸ばしたものとなっており、図3では省略されているが、列車番号や時刻などの記載がある。行路1の終わりと行路2の始まりがともに駅Bになっており、これは行路1が駅Bでの滞泊で終わって、その翌日行路2が駅Bから始まることを示している。この交番組を担当することになった編成・乗務員は、行路1から行路3の順番で運用されることになる。ただし前述した通り、乗務員に関しては滞泊する行路は泊行路として最初からまとめて取り扱われている。交番順序表では、検査や休暇の予定も考慮される。車両運用における検査は、行路の中で一定時間を検査に割り当てているものと、交番順序の中で行路を設定しない日を含めることで割り当てているものがある。乗務員運用では一定の間隔で乗務員に休暇を与える必要があり、これは交番順序の中で休暇を設定することで対応している。なお、交番順序表に従って運用した時に、前述した車両運用や乗務員運用に関する制約、特に検査周期と勤務条件を遵守できるように計画しなければならない。また、車両運用に関しては乗務員運用のように所属区所に毎日（日勤行路の場合）帰らなければならないという制約はないが、運用中に故障が発生して修理の必要がある場合に所属車両基地への回送、代走車両の手配などの問題があるため、短い期間ごとに所属車両基地へ戻ってくる運用が望ましいとされる。平日ダイヤと休日ダイヤの設定がある場合は、交番順序の計画はさらに複雑なものとなる。乗務員運用では、平日と休日の日勤行路をそれぞれ計画しておき、泊行路については平-平行路・平-休行路・休-平行路・休-休行路の4パターンの行路を作成するのが基本である。これに対して車両運用では1日ごとに行路を区切って考えているために、平日行路1から休日行路2へつなげられるかどうかなど、ありうる全ての組み合わせに対して制約条件を満たしていることを確認した交番計画を作る必要が生ずる。基本的には交番順序表に従って運用が行われるが、車両を特別に修理したい場合や全般検査などの長く掛かる検査をする場合、乗務員の都合による休暇の設定の場合など、随時交番順序表に拠らずに代わりの編成や乗務員を充てることになる。交番計画は、主にそれぞれの車両基地や乗務員所属区所で作成されている。