2006年には約6000の申し込みがあった。前年より少ないのは、Googleアカウントの取得が義務付けられたためで、それによってスパムが排除された。Googleや参加組織は申込書のレベルが高くなったとしている。参加組織数もほぼ3倍の102件に伸び、新たに参加した組織としては、Debian、GNUプロジェクト、Gentoo Linux、Adium、PHPなどがある。Googleは約600件のプロジェクトの後援を決定した。申込み期限は2006年5月9日午前11:00 (PDT) まで延長された。結果発表は同午後 5時ちょうどを予定していたが、Googleの予想に反する事態となり調整に手間取って発表日時は大幅に延期される。Googleでは学生1人につき後援組織1件としていたが、実際には同じ学生を複数の組織が選んだため重複の調停に時間がかかり、採用通知は5月24日の同午前 3:13 にようやく発信される。ところがその際、不採用の1600件の申込者にも「採用」と通知する手違いが発生、DiBona 担当マネージャ (当時) が同午前 3:38付で公式メーリングリストに謝罪を投稿する顛末があった。「大変申し訳ない。メールを2通受け取って1通が採用、もう1通が不採用の場合、決定は不採用を意味している」とした。Googleは公式サイトに最終的な採用プロジェクトの一覧を掲載し個々のプロジェクトの提案書（申込書）も公開したところ、参加者からプライバシー侵害だという訴えを受け、数時間後には閲覧できなくしている。その後、個人情報を含む申込書とは別に、参加者から公開できる概要的なメッセージをGoogleに提供してもらい、問題を解決した。SoC 2006 は同年9月8日に終わり、Google発表では参加学生の82%が肯定的評価を受けたという。
2005年、200人の募集に対して応募件数は8740人以上と大幅に差ができたため、Googleは募集枠を419人に増やして対応した。指導にあたる組織は申込書の審査と選択を行い、プロジェクト案を学生が完遂できるようガイダンスなどの指導をした。その組織の期待するレベルでプロジェクトを完了させた学生には賞金4500ドルとSoC特製Tシャツが、また指導にあたった組織には学生1人あたり500ドルが贈呈された。2005年は約80%のプロジェクトが成功裡に完了したが、成功率は組織によって様々である。例えば、Ubuntuでの成功率は64%、KDEでの成功率は67%である。一部のプロジェクトは夏が過ぎても継続されていった。第1回SoC開催に対してオープンソース組織側から準備期間が短いという批判があったにも関わらず、参加組織は41件を数え、FreeBSD、Apache、KDE、Ubuntu、Blender、en:mozdev.org（英語）と当然ながらGoogleも参加した。多くのプロジェクトはSoCイベント期間が過ぎると停止した。当時のGoogleの担当マネージャ Chris DiBona のブログによると「約30%の学生が SoC の期間を過ぎると活動停止」したという。Mozillaの開発者 Gervase Markham は、SoC で行われたMozillaプロジェクト10件のうちイベント終了後まで生き延びたものはないとコメントしている。しかし、Gaimのプロジェクトのように、そのコード修正が更新版の Gaim 2.0 に取り込まれた例もある。XMPPとKDEでも一部のプロジェクトは終了をまぬがれた。
学生には、プログラムが採用されてから実際にプロジェクトを開始するまで準備期間が1カ月以上与えられ、その間に自分を担当する組織のやり方を学ぶ。GoogleのホーソンPMは2007年4月に次のように説明した。「締め切りまで時間的な余裕のある状況の方が、仲間となる開発者と関係を築きやすいと考えている。経験上、ほとんどの人は最初のパッチを送るまでの数週間や数ヶ月間にプロジェクトのチャットルーム（IRCチャネル）に入って自己紹介をし、知り合いを作ろうとするからだ。」
明治新政府発足以来の外交的課題と悲願は、幕末に諸外国と締結した不平等条約の改正であった。そのため殖産興業による富国強兵を国是として、国家の近代化を進めてきたのである。明治4年（1871年）から明治5年（1872年）にかけて岩倉具視らを遣欧使節として欧米に派遣したのも、不平等条約改正の予備交渉の目的もあってのことであった。だが、この時の交渉では何らの成果も得られていない。政府が不平等条約改正を模索する中、条約改正を求めて世論が沸騰するような事件が起きた。ノルマントン号事件である。ノルマントン号事件と大演習との直接の因果関係はない。しかし、大演習が行われた頃の時代背景としては重要な事件であった。明治19年（1886年) 10月24日、横浜を出航したイギリス船籍の貨物船ノルマントン号が、和歌山沖で座礁沈没する事故があった。その事故の際、イギリス人船員26人は全員ボートで脱出し、死亡者・負傷者ともに皆無であった。これに対し、この船に乗り合わせた日本人乗客25人全員が溺死した。この事故の海難審判は日本側にその権限がなく、神戸のイギリス領事館で行われた。そして、船長以下のイギリス人船員全員が無罪という判決が出された。これを不服として、外務大臣井上馨は兵庫県知事にイギリス人船長らを殺人罪で告訴させた。だが、横浜領事裁判所での裁判の結果は、船長のみが禁錮3ヶ月の判決を受けたのみあった。死者への賠償すらも得られなかったというのがノルマントン号事件の顛末である。この事件に関する記事は、連日新聞に掲載された。不平等条約が個人の生命・財産にも大きな不利益をもたらすものであることを、国民一人ひとりに痛切に感じさせたのである。政府も不平等条約改正のためには国の近代化を進め、欧米諸国に日本が近代国家の一員であることを認めさせることが不可欠であるとして、あらゆる機会をとらえ条約改正を諸外国に働きかけた。大演習もその一環であったと捉えるのも、あながち間違った見方ではない。