鎌倉時代中期に「遊行上人」と呼ばれた一遍は、熊野権現の神託により念仏の信仰を深め、身分の上下や貴賤の別、穢れの有無、また善人・悪人の区別、さらには信心の有無をさえ問うことなく、万人は阿弥陀仏によって救われるのであり、その喜びは念仏によってあらわされるべきだと説いた。北は陸奥国江刺から南は薩摩国・大隅国に至る諸国を遍歴し、「南無阿弥陀仏決定往生六十万人」と刷られた札を配り、阿弥陀仏への感謝を踊りで表現する踊念仏を通じて民衆や武士に教えをひろめた。この教えは、その場に居合わせた人がつくる集団という意味で当初は「時衆」と呼ばれた。これが今日の時宗である。一遍は生前に自らの著作を全部焼いてしまったが、死後、弟子たちが『一遍上人語録』としてその教義をまとめた。一遍没後、他阿弥陀仏（真教）があらわれ、遍歴をつづけながら時衆をまとめていったが、その後、他阿弥陀仏の直系（遊行派）と奥谷派、六条派、四条派、一向派など他の諸派 のあいだに様々な確執や緊張をともないながら、時宗の教団が確立されていった。こうした状況は、一遍や他阿弥陀仏同様、当時は各地を遍歴する聖が多数いてみずからの教えをひろめていた事実を反映している。時宗の本山は神奈川県藤沢市の清浄光寺である。
1207年（承元元年）、法然ひきいる吉水教団が延暦寺・興福寺によって指弾され、後鳥羽上皇によって、専修念仏の停止、および法然の門弟のうち安楽房遵西と住蓮房ら4人の死罪、さらに、法然自身と親鸞ら中心的な門弟7人が流罪に処せられ、法然は土佐国（のち讃岐国）に、親鸞は越後国に流された。このとき、親鸞は、朝廷にたいし信仰の自由を主張し、弾圧に対する抗議の意を表明している。こうした思想の深化は、越後から常陸国にうつった親鸞が、そこでみた寛喜の大飢饉の惨憺たる光景に遭遇したことと深くかかわっているとの指摘がある。
1201年（建仁元年）に法然の門をたたいた親鸞は、師の教えをさらに徹底させて『教行信証』を著して絶対他力を唱え、阿弥陀仏を信じる心さえあればよく（信心為本）、また、おかした罪を自覚する煩悩の深い者（悪人）こそ、むしろ仏が救おうとする人間であるという悪人正機説 を説いて、東国の武士や農民にうけいれられた。呪術的な救済を超えて来世への純化された信仰を説く親鸞の教えはのちに浄土真宗と呼ばれる教団をかたちづくることとなり、1272年（文永9年）には大谷御影堂が建立された。大谷御影堂は、親鸞の末娘覚信尼の再婚相手である小野宮禅念の所有地だったところに建てられ、1321年（元亨元年）には大谷本願寺と改称された。「本願寺」の名称は1332年（元弘2年）に鎌倉将軍守邦親王から、その翌年には後醍醐天皇の皇子護良親王から、それぞれ令旨をえた。
はじめ山門（比叡山）で天台宗の教学を学んだ法然（源空）は、1175年（承安5年）、もっぱら阿弥陀仏の誓いを信じ「南無阿弥陀仏」と念仏を唱えれば、死後は平等に往生できるという専修念仏の教えを説き、のちに浄土宗の開祖とあおがれた。ここでは顕密の修行のすべてを難行・雑行としてしりぞけ念仏を唱える易行のみが正行とされた。法然の教えは都だけではなく、地方の武士や庶民にも広がり、摂関家の九条兼実ら新時代の到来に不安をかかえる中央貴族にも広まった。兼実の求めに応えて、その教義を記した著作が『選択本願念仏集』である。日本仏教史上初めて、一般の女性にひろく布教をおこなったのも法然であり、かれは国家権力との関係を断ちきり、個人救済に専念する姿勢を示した。浄土宗の本山は京都の知恩院である。専修念仏の教えは旧仏教からのはげしい反発を受け、国家からのきびしい弾圧にさらされた（承元の法難）。
12世紀からの大転換期にあって、人びとは相次ぐ戦乱と飢饉に末法の世の到来を実感し、あたらしい救いを仏教に求めた。こうした要望にこたえたのが、信心や修行のあり方に着目した念仏と題目、および禅の教えであった。
日本では少子高齢化、女性の社会進出によるかつての結婚に対する若者の意識の変化、地縁血縁社会の崩壊、個人情報保護法によるプライバシー保護の厳格化、家族や社会とのコミュニケーションが希薄化しSNSによる交流が主となっている若者、また終身雇用制度の崩壊をはじめ、長引く不況において団塊の世代の退職・雇用減少といった要因が重なり合い、単身者はますます孤立しやすい社会へと急速に移行している。2030年以降の生涯未婚率は30%を超えるであろうと予測されている。さらにニートやフリーター、派遣社員の増加が著しく30代、40代ですでに社会から孤立する者が急速に増えている。これらは日本に限らず先進国一般の風潮であり社会問題化している。日本は、自殺率が先進国の中でも非常に高い一方、年間で3万人以上が孤独死している。死因は病気、自殺など原因はさまざまだが、誰にも気づかれずに亡くなり、身元すら判明しないまま火葬され、無縁墓地に送られることもある。亡くなってまで一人は寂しいと考え、財産や所持品、さらには自分自身の死後の処理をNPOと生前契約するものも少なくない。全国の自治体の調査によれば、近年「身元不明の自殺と見られる死者」や「行き倒れ死」など国の統計上では分類されない「新たな死」が急増していることが判明した。一方、こうした風潮をビジネスチャンスと捉えられ、さまざまな単身者向けのビジネスや商品が開発、販売されている。身辺整理や遺品整理、埋葬などを専門に請け負う「特殊清掃業」。共同墓、話し相手、保証人代行などの「無縁ビジネス」が繁盛している。また一人暮らしの高齢者の孤独死や自殺が起きた家やマンション、アパートなどは売買に支障が生じたり、次の借り手が見つからないなどの弊害が多くなっている。NHKは2010年1月以降、『報道プロジェクト・あすの日本』の一環として、『NHKスペシャル』などで関連する企画を放送し、その内容が特にネットユーザーを中心に大きな話題となった。NHKではその後も各種報道番組などを通じてキャンペーンを展開している。2010年12月1日にはユーキャン新語流行語大賞トップテンにノミネートされた。