上述した仏教界の動向は、古来の神々に対する信仰にも影響をあたえた。神仏習合がいっそう深まるいっぽう、元寇ののちは石清水八幡宮はじめ各社で敵国調伏の祈祷がなされるなど神国思想の高まりもあって独自の宗教として神道の教理をつくろうという動きがあらわれた。伊勢神宮外宮の神官であった度会家行は、『類聚神祇本源』をあらわして独自の教理を形成し、伊勢神道（度会神道）の基礎を固め、従来の本地垂迹説に対して神道優位の神本仏迹説（反本地垂迹説）を唱えた。後醍醐天皇に仕えた南朝の重臣北畠親房も、伊勢神道の影響を受けている。東国政権である幕府は、天照大神よりも八幡神を重んじ、王朝国家の側からは反逆者でもあった菅原道真を祀る天満宮（北野社）を崇敬した。さらに、東国の神々である伊豆山神社、三島神社、箱根権現、日光権現などによる独自な祭祀体系の整備をはかった。神道界の新動向としては、他に、日本史上はじめて村や町など民衆の暮らす場所である地域社会に民間によって神社が建てられたという現象が注目される。これらの神社で祀られる多種多様の神は、当該地域に住む住民たちの守護神であると同時に共同生活における公共性を表象するものであり、やがて神社は共同体の中心として位置づけられるようになっていった。
石仏は、前代につづいて磨崖仏を中心に軟質の凝灰岩が多用され、技法の面でも、線刻から高浮彫、丸彫など自在に駆使された。大分県臼杵市の国宝臼杵磨崖仏は院政期から鎌倉期にかけての制作で凝灰岩製、栃木県宇都宮市の大谷磨崖仏は大谷石と呼ばれる凝灰岩に彫られた石仏で国の重要文化財に指定されている。また、鎌倉時代以降は硬質の花崗岩も利用されるようになった。鎌倉時代に特徴的にみられる鉄仏は、修験道関連の社寺のほか、東国ことに現在の愛知県下に秀作が濃密に分布する。近年の鉄仏研究によれば、鎌倉期につくられた日本の鉄仏は中国や朝鮮の鉄仏とのあいだに直接的な関係をもたず、平安時代末期以降に導入された大規模な鋳鉄技術が各地に普及したことによって独自の発展をみたものと考えられ、在地の領主が、鉄の肌合いの感触や素材そのものの堅牢さを好んだところから広がった可能性が指摘されている。
律宗では我禅坊俊芿が南宋からの帰国後、京都に泉涌寺 を再興し、台・密・禅・律兼学の道場とした。後述のように宋学を日本に伝えたのも彼であるという。思円房叡尊は律宗中興の祖といわれ、西大寺を再興して戒律復興に努めるいっぽう、道路の修復や架橋、貧民・病者の救済など社会事業に力を尽くした。叡尊はまた、元寇に際して敵国調伏の祈祷を石清水八幡宮でおこなったことでも知られる。叡尊の弟子の良観房忍性は、北条氏の保護も受け、鎌倉の極楽寺を再興してそこを拠点に旧仏教の復興のため尽力した。同時期に鎌倉で活躍していた日蓮からは「律国賊」と論争を挑まれたことがある。また、師叡尊の志をついで社会事業に尽くし、西大寺にいた当時、奈良にハンセン病患者を救済するための施設として北山十八間戸を設立し、その経営にあたった。他に律宗出身の学僧としては、円照とその弟子凝然がいる。特に凝然の『八宗綱要』は日本仏教史上重要な文献である。このように、旧仏教は戒律の復興を掲げて、国家からの自立と非人などの社会的弱者や女人もふくんだ個人の救済に努めたが、新仏教とりわけ念仏に対する対抗意識も強く、これを排撃する側に加わることもあった。上述した承元元年の弾圧はそのことにより引き起こされたものであった。そのいっぽう、華厳宗の高弁は三時三宝礼により「南無三宝後生たすけさせたまえ」と唱えるだけで成仏できると説き、貞慶は唯心の念仏をひろめるなど、表面的には専修念仏をきびしく非難しながらも浄土門諸宗の説く易行の提唱を学びとり、これによって従来の学問中心の仏教からの脱皮をはかろうとした。
ペンサコーラの玄関口となる商業空港は、ダウンタウンの北東約5.5kmに立地するペンサコーラ国際空港（IATA: PNS）である。この空港には、3大航空会社（デルタ航空・ユナイテッド航空・アメリカン航空）がそれぞれのハブ空港からの便を発着させているほか、サウスウエスト航空、USエアウェイズ、シルバー・エアウェイズも就航しており、州内や南部を中心に、シカゴやワシントンD.C.を含めた10都市/11空港からの便が発着している。州間高速道路I-10はペンサコーラの北郊を東西に通っている。I-10はロサンゼルス都市圏からジャクソンビルまで、合衆国の最南部を貫いて大陸を横断する幹線である。I-10の支線であるI-110は、ペンサコーラのダウンタウンとI-10本線とを結んでいる。2004年、ペンサコーラの北東、ペンサコーラ湾奥のエスカンビア湾に架かる、I-10のエスカンビア・ベイ・ブリッジがハリケーン・アイバンの被害を受けて崩落したが、架け替えが行われ、2006年12月に東行、翌2007年に西行がそれぞれ開通した。アムトラックの駅はダウンタウンの南東、ペンサコーラ・ベイ・ブリッジ北詰の近くにあり、I-10とほぼ並行して合衆国の最南部を貫き、大陸を横断する長距離列車サンセット・リミテッド号が東行、西行とも週3便停車していた。しかし、2005年にハリケーン・カトリーナおよびハリケーン・リタが相次いでメキシコ湾岸に上陸し、ルイジアナ州南東部やミシシッピ州南部を通っていた線路にも被害を与えたため、以後はニューオーリンズ以東無期限運休となり、ペンサコーラに停車するアムトラックの列車はなくなった。グレイハウンドのバスディーポはパラフォックス・ストリートおよびペンサコーラ・ブールバードを北上したI-10本線の近くにあり、ダウンタウンからは約10km離れている。このディーポにはモービルとタラハシーを結ぶバスが停車する。市内の公共交通機関は、エスカンビア郡地域交通局（ECAT）の運営する路線バス網によってまかなわれている。20系統を有するこの路線バス網は、市内のみならず、ペンサコーラビーチもカバーしている。