ゴケグモ類は、ゴケグモ属 (Latrodectus) というグループに分類され、約31種が知られている。熱帯地方を中心に世界中に分布する仲間である。ゴケグモの名前の由来に関して、「毒性が強いため噛まれた時の死亡率が高く、奥さんが後家になる」という俗説が知られている。実際には、ゴケグモ類の英名 "widow spider" そのままの和訳で、ゴケグモ類はオスの体がメスに比べて非常に小さく、交尾後にオスがメスに共食いされることに由来する。ただし、共食いの頻度などは種類や条件により異なる。最も有名なゴケグモ類は、クロゴケグモ (Latrodectus mactans、black widow spider) で、北アメリカをはじめ、世界中に広く生息する毒グモ。こちらの方が死亡例なども多い。日本では2000年以降になって米軍岩国基地内での発生が確認されている。セアカゴケグモとはほぼ同じ大きさ。セアカゴケグモをクロゴケグモの亜種に分類する場合もあり、その場合には、セアカゴケグモによる死亡例が、世界中のクロゴケグモによる死亡例と統計上合計されている場合があり注意が必要である。アメリカでは『black widow（ブラック・ウィドウ）』という名で知られており、戦闘機P-61とYF-23の愛称に採用された。またヨーロッパ南部に分布するジュウサンボシゴケグモ (Latrodectus tredecimguttatus、P. Rossi, 1790) も古来より有名で、その毒による症状はゴケグモ刺咬症 (Latrodectism) としてよく知られてきた。大利・池田（1996b）によれば、このクモに咬まれると、その時点での痛みはさほどではないが、10分ほどで全身症状が現れ、各部リンパ節が痛み、腹筋の硬直、さらに耐えられない痛みとともに多量の汗、涙、唾液が出、血圧上昇、呼吸困難、言語症などが起き、回復しない場合は2-3日後に死亡するという。しかし抗血清が作られるようになってからは、アナフィラキシー・ショック以外での死亡例はほとんどなくなったとされる。沖縄県には、在来種のアカオビゴケグモ（ヤエヤマゴケグモ）が生息する。
糸が測量機器、測距儀、顕微鏡、爆撃照準器、望遠照準器などの光学機器の十字線（レティクル）に用いられる。未成熟期にある米国産クロゴケグモのそれが最適とされているが、採取に際し命を失う恐れがあるうえに、十分な量を確保するのが困難なため、遺伝子工学を駆使して、バクテリアにゴケグモの糸を生成させる研究が、アメリカ陸軍の資金により進行中である。
ジョロウグモは、背面に赤い模様があり、本種と見間違われることが多いが、大きさ、体の模様、巣の張り方が異なる。日本で5月頃から庭や家壁などに見られるようになる真っ赤なタカラダニ類は、一見微小なクモにも見えるため、時に本種の子供ではないかと勘違いされることもあるが、前述のとおりセアカゴケグモの幼体は淡褐色で全く異なり、真っ赤なタカラダニ類は人体に無害な生き物である。その他にも、オオヒメグモやマダラヒメグモは、本種のオスと似ているが、腹面に赤い模様があるかどうかで判別できる。
本作のストーリーは、他のウルトラシリーズに例を見ないハードかつシリアスな重苦しいものとなった。第1話などを監督した小中和哉は、準備段階の時点で他の監督たちとミーティングを行うためにまとめた覚え書きに、「『深夜31時半』として捉えるくらいの気持ちで。」と記していたが、「主人公の恋人の部屋に飾られた大量の不気味な絵」「怪獣の攻撃で両親を殺されたうえに両親の身体を操られて捕らわれる少女」など、一部の場面に対して朝日新聞に批判が載るなどの状況にもなった。平成三部作とコスモスの低視聴率及び赤字が続いた経理により、従来は1話3000万以上かけていた予算が本作は1話1000万ほどになり、同じ舞台セットを続けて使用する、1体の怪獣を2 - 4話にわたって続けて登場させる、既存の怪獣のスーツを切り貼りして新怪獣にする、などの対処が見られた。ビル街などのミニチュアを一気に減らしてCGに切り替えたことは、「シリーズの世界観と違う」と不評を買った。視聴率は初回こそ5%台を記録したものの、その後は2 - 3%台に急落し、1%台の回もあった。視聴率低迷の要因として、従来とは異なる朝の時間帯での放送であったことが挙げられている。視聴率の低迷と連動して関連商品の売上も芳しくなく、2004年の年末商戦では多くの玩具販売店で不振であるという声が聞かれ、次作『ウルトラマンマックス』では原点回帰を期した路線変更がなされることとなる。視聴率や売上が不振であったことに加え、製作時に放送枠のTBS系土曜7:30が2006年4月から毎日放送の情報番組になることが確定しており、もう1本作品を制作したい円谷側にとってネクサスを1年で放送した後に2クールで番組を作成することが当時困難であったこと、次作『ウルトラマンマックス』を『ウルトラマンフェスティバル』との連動でヤマ場を作りたいというイベント企画側の都合により放送開始を開催の夏休み期間に合わす必要があったことから当初の全50話前後の予定が全37話に短縮された。プロデューサーの渋谷浩康は「路線変更は視聴者に対する裏切り行為」という信条から当初掲げた方向性を曲げず、初志を貫徹した。本作のシリーズ構成を務めた長谷川圭一は、放送期間短縮が決定した時点で脚本：村井さだゆき・監督：阿部雄一による第4クールの回がクランクイン直前であったと証言している。また長谷川は後年インタビューで、「やっぱり方向性としては、僕はあの前後にちょうど小中千昭さん達と『デビルマンレディー』を書いていたこともあり、デビルマンの世界とウルトラマンの世界を融合させたかった。一作前の『コスモス』では怪獣保護を打ち出してたので、もう一回、感情移入じゃなくて恐怖の対象としての怪獣とウルトラマンを見つめなおしたかった。『ティガ』では人の力がウルトラの力なんだと示しました。それがウルトラマンで育った僕らの答だった。『ネクサス』ではそこに至るまでの混純を描きたかった」と語っている。DVDには本放送時に前後編として制作されたものを1話に編集したために大幅に削られた場面を追加した第29話のディレクターズカット版や、撮影されながら未放送となった第31話と第32話の間の話を「Episode. EX」として収録している。また、第32話も前後編として書かれた脚本を1本にまとめている。最終話は3話分の内容を1話にまとめている。児童文学作家のひこ・田中は、『ふしぎなふしぎな子どもの物語 なぜ成長を描かなくなったのか？』の中で、「時代の物語」として本作に触れ、成長する主人公とウルトラマンとを別に設定したネクサスのスタンスを、勇者がプレイヤー自身ではなくなった『ドラゴンクエスト』や、『ファイナルファンタジーX』のティーダが中心から少し距離を置いたところで物語に参加するといった、時代性を反映させたゲームシステムとの呼応も例に挙げつつ、「『ネクサス』が、今の子ども、いや大人も含めた今の世界とこれからの世界を正確に反映していた現代的なヒーロー物語であったことは、記憶に留めていいでしょう。」と評価している。また、視聴率で苦戦したことについては、「『ウルトラセブン』と同じように、視聴する子どものグレードを見誤るミスを犯したことなどにあるのではないか」と推測している。