第1期Ver.3で新しく登場したカード。通常の武将カードが縦なのに対して、これは横向きに印刷されている。軍師カード自体には武将コストや能力値が設定されておらず、直接戦闘には参加しないが、同名の武将カードと同時に使用できない点や、デッキ内の勢力の種類の計算に含まれるということについては、通常の武将カードと同様である。軍師には前作までの「兵法」に代わる「奥義」が設定されている。奥義は、前作までの兵法と同様に戦場全体に効果を及ぼす兵略と、効果範囲内に入った武将に影響を与える陣を張る陣略の2種類があり、戦闘前に兵略と陣略のどちらを使用するかを選択する事ができる（3.50からは、範囲内の味方に一瞬で特定の効果を適用する、範囲限定のVer1・2における兵法のような新奥義攻略が追加された）。また、時間の経過によって増加する奥義ゲージが新たに設定されており、これが高まった状態で奥義を使用すると、より高い効果を得ることができる（奥義の中にはゲージMAXで発動すると効果がゲーム終了まで持続する物も存在していたが、Ver3.12以降それが全て廃止され、永続陣略は無くなっている。）奥義には天・地・人の属性が設定されており、選択した奥義と同じ属性を持つ武将を編成すると、該当する武将の武将コスト合計に応じて奥義ゲージの初期値が高くなり、効果の高い奥義を戦闘の早い段階で使用できるようになる。これにより、デッキ構築の際には武将自体の能力のほかに奥義との相性を考慮に入れる必要が出てきた。また軍師カード自体に成長要素があり、戦闘後に得られる兵糧を使用する事で成長させる事ができ、奥義の効果を高めたり奥義ゲージがたまるスピードを速めることができる。軍師カードは鍛錬実習を始める前の画面で訓練をすることができ、訓練の成果に応じて能力が上がるようになっている。なお、訓練には兵糧が必要である。訓練は、兵錬,特訓,模擬戦,盗賊狩りがありそれぞれかかる兵糧は違い、効率も変わってくる。特に、盗賊狩りの際成功する場合と失敗する場合がある。前作までに溜めた兵法の経験値は、兵法に対応する奥義を持つ軍師に受け継がれる。なお、軍師カードを使用しない場合は、チュートリアルに登場する軍師が自動的に登録される。
ボンパールはイギリスの追跡に気付いたが、構わずに北を目指した、カウンテスは艦にぴったり沿って追跡し、9月18日にチャールズ・ハーバート艦長のアメリアがそれに加わった。アメリアは、前日にはフランス軍の北の方角で、目標であるボンパールの戦隊を追跡し、夜のうちに彼ら気付かれない様に追いついた。翌日、ボンパールはイギリス軍をまくべく、ロリアンに向かうふりをし、そのまた翌日にもう一度、あたかもアンティル諸島に向かうように見せかけて、南への陽動作戦を取った。しかしイギリス軍の艦長たちもその方向に移動し続け、9月20日には、イギリス艦隊はボンパールの部隊からわずか9マイル（14.5キロ）の所にいた。フランス軍は、アメリカ大陸に向かうかのように南西の針路を取っていた。同じ日、フィリップ・チャールズ・ダラム艦長の大型のレイジー艦アンソンが、イギリス戦隊に新たに加わった。ボンパールが針路をごまかそうとするしているのにもかかわらず、23日の夕方には、カウンテスは、フランスがアイルランドに向かおうとしていると正しい断定を下していた。そしてブリッグ船シルフを派遣して、ウォーレン准将と他のイギリス艦に、ボンパールの艦に出会うかもしれないと警告をさせた。その2日後、9月25日にボンパールは東に針路を変え、後退することを余儀なくされた。100隻から成るイギリスの護送船団が北に向かったためだった。この船団は武装した東インド会社の船で、何隻かのフリゲート艦に守られており、兵をいっぱいに積んだボンパールの戦隊にはかなりの示威行為となった。ボンパールはそこで、カウンテスの戦隊へ向きを変えると見せかけて、追手を撃退しようとしたが、速度で勝るイギリス戦隊が安全な地域へと撤退しただけであった。本来の針路に戻ったフランス軍を、カウンテスの戦隊は再び追跡し始めた。9月29日、ボンパールは追手に動揺を与えるための最後の手段に出た。イギリスの戦隊と、自分の戦隊の3隻の艦、アンタルモリテ、ロワール、そしてもう1隻と交戦させることをもくろんだ。この計画は、自分の旗艦であるオッシュが荒天でトップマストを失い、他の艦よりも速度が遅くなって、護衛のために他の艦を戻させたため、失敗に終わった。逃れられなくなったボンパールは、ついに、アメリカへ向かっているかのように装うのを止めて、北西を目指した。翌日は終日強風が吹いてオッシュとアンソンのトップマストが失われ、両方の戦隊が進めなかったが、オッシュのほうが修理が速かったため、フランス軍がイギリス軍を引き離した。それから4日間、北への一直線の追跡が続いた。10月4日になって嵐が不意に両戦隊を襲い、日が暮れかかるころ、ボンパールはうまくカウンテスから逃れた。強風の中、アメリアは針路を外れ、10月7日に味方から遠く離れた。アンソンも同じ7日に損失を受けた、トップマストがまた2本も折れたのである。10月11日、晴れ渡った空の下、南に向かう2隻の帆船が見え、カウンテスはエタリオンを連れて調査に向かった。この2隻はアメリアと、9月23日にシルフから警告を受けて、フランスを迎撃する目的で北へ向かっていたウォーレンの戦隊の戦列艦だった。ウォーレンの戦隊は、3隻の戦列艦とレイジー艦マグナニムから構成されており、その前日に、ラフ・スウィリーに駐留していたフリゲート艦が2隻合流していた。その2隻は、グレアム・ムーア艦長のメランパスと、チャールズ・ジョーンズ艦長のドリスだった。ウォーレンは自分の戦隊にメランパスを合流させ、アイルランドの沿岸の偵察、及びアイルランド駐留のイギリス軍、とりわけドニゴール州とアイルランド北西部の沿岸の駐留軍に警告するため、ドリスを派遣した。ドリスはまた、アイルランド西岸の地域も偵察した。前回フランス軍が上陸したのは西岸のキララからだったからである。