フィールドの描写が前作までの斜投影図法から正面見下ろし型（トップビュー）になっている。フィールド上ではダッシュが可能になった。物語が章仕立てになっており、その都度メインとなるキャラクターが変わる。その総数は、直接操作できないノンプレイヤーキャラクターも含めるとシリーズ最多である。戦闘ではBGMに合わせてテンポよくボタンを押すことで敵に連続してダメージを与えることができる。このシステムを「サウンドバトル」と呼んでいる。敵を眠らせることで鼓動が聞こえ、リズムをとりやすくなる。敵に与えたダメージは、これまでのシリーズのようなメッセージ枠内ではなく、敵の上部に数字のみ表示される。敵を倒した際には「DP」と呼ばれるお金のようなものが手に入り、各地にいる「カエル」のもとに自動的に振り込まれる。また、フィールド上にいる「あずかりやのおじさん」に道具を預けることができる。ゲーム内の曲を聴くことができる「サウンドプレイヤー」モードがあり、タイトル画面から入ることができる。収録曲は250曲に及び、物語の進行状況に応じて聞ける曲目が増えていく。お気に入りの曲の登録や曲順の並べ替え、リピート再生、シャッフル再生機能も搭載されている。今作の音楽は、前作までの鈴木慶一と田中宏和に変わり、HAL研究所の酒井省吾が全曲を制作している。これは、前述のように曲数が膨大なため、開発チームの外部の作曲家に随時伝達するよりも内部にいてゲームのことを熟知している人に担当してもらう方が良いとの判断からである。戦闘曲では、従来シリーズのロックやテクノに加え、クラシック、マンボ、タンゴなど多様なジャンルが扱われている。
ハードの性能向上に伴い、グラフィックが前作よりも精細になった。大山功一がアートディレクターを務めている。フィールド上に表示されている敵と接することで戦闘が開始される（シンボルエンカウント）。この際、敵の背後を取ることで先制攻撃でき、逆に背後を取られると敵に先制攻撃される。また、主人公側が敵側よりも圧倒的に強い場合は戦闘画面に切り替わらず一瞬で勝負が決まる。戦闘画面では、主人公たちのHP（体力）とPP（PSIを使うときに消費する数値）がドラムカウンター形式で表示され、数値がアナログ的に時間を掛けて変化する。HPを超える大ダメージを受けた際には、HPの表示が0になる前に回復することで戦闘不能状態を回避できる。戦闘画面の背景やPSIを使用した際のエフェクトには抽象的、幾何学的なアニメーションが用いられている。作曲は、前作に続き鈴木慶一と田中宏和が担当。戦闘曲はジャズやロックを用いた前作から一転し、テクノサウンドが前面に押し出されている。
1961年、福岡県小倉市（現・北九州市）の炭鉱町に生まれる。幼少期に三重県四日市市の団地に転居し、そこで少年時代を過ごす。父親は四日市ぜんそくの被告企業となった三菱化成工業の環境課に勤めており、公害問題の反対運動に対処する窓口役で、山野曰く「住民の抗議に曖昧な笑いを浮かべながらお茶を濁す様な役目」だったという。山野は当時の四日市について「住むとすぐに喘息になる街」と述べており、母親も排煙が原因で喘息を患い、山野も気管支炎で咳が止まらなかったという。山野は自身の少年時代について「普通の公立学校に通って、特に目立たず、何もせずぼうっと暮らしていましたね。不良でもないし、インテリでもないし、読書家でもないし、スポーツもしない、本当に特徴のない子でしたね。あえて無理に言えば何もないっていうのが当時の印象ですね」と回想しており「育ったところに対して郷愁なんて何もない」と語っている。『ガロ』1992年10月号「特殊漫画博覧会」で開かれた座談会では「子供の頃って言葉が通じなくて悩んだ事があるんですよ。誰でもこんな事思ってるんだろうな、っていうような事を友達とか親とかに言っても非常に意外そうな顔されるんですよね。言葉を正確に自分が使ってるつもりなのに、意味が伝達出来ないんですよ。で自分はおかしいんじゃないか、って思った事がありますよね」と少年時代から「会話が空転する」など周囲との違和感を感じていたと明かしている。『危ない1号』第2巻のロングインタビューでも「小学校の頃、歩いて通学する道すがら、世界っていうのは自分の夢なんだと、ずっとそんなことばかり考えていたんですよ。それで、周囲の人と話しても、誰も僕の言葉を全く理解してくれなくて、みんなバカでこいつらとコミュニケーションしてもしょうがないと思いましたよ。自分の親にもそう思いましたね。例えば親と話してても、向こうの言うことは良くわかるんだけど、こっちの言うことは全然通じないんですよ。こっちの不満はほんの少しも理解してくれない。だから、もう拒絶するしかないんですよ。何を言っても通じない人間には話しかけても無駄だし、世の中の人すべてがそうなら、もう内側に籠もるしかないじゃないですか」と答えている。1979年、高杉弾の自販機本『Jam』で蛭子能収の漫画『不確実性の家族』を読み特殊漫画に感化される。高校卒業後、立教大学に入学し、大学3年から4年にかけての時期に入部していた美術クラブで漫画を描き始める（美術部OBに『三丁目の夕日』の西岸良平がいる）。絵やデッサンに関しては全く習ったことが無く完全に独学だという。吉永嘉明が行ったインタビューによると、山野は「大学2年か3年の時」に東京駅の八重洲口で「神の啓示を受けた」という（この「神」について山野は「なんだかわからないから神様といってます」と説明している）。その体験によって山野は、将来の自分の職業が「部屋にずっと籠もって何かを書く仕事」になるという展望を得た（この時点では、漫画家になるという明確な展望を得たわけではない）。また、インタビューの中で山野は、漫画を描くという労働の特徴として、「人と会わなくてすむ」ことを挙げている。その上で、インタビュー当時の話として、他人との持続的な接触が要求される状況で心理的重圧を受けていたことを述べている。