陸軍長官退任から9ヵ月後の1926年7月12日、ウィークスはニューハンプシャー州ランカスターにある避暑用の別荘「マウント・プロスペクト」において死去した。ウィークスの別荘「マウント・プロスペクト」は、ウィークス州立公園の一部として、観光客向けに公開されている。この近郊にある山は、ウィークスにちなんで「ウィークス山」と名づけられた。ウィークスの業績を讃えて海軍はラッデロウ級護衛駆逐艦の1隻をウィークス (USS Weeks, DE-285) と命名したが、その建造は1944年にキャンセルされた。その後アレン・M・サムナー級駆逐艦の10番艦がジョン・W・ウィークス (USS John W. Weeks, DD-701) と命名された。ジョン・W・ウィークスは1944年に就役し、1970年に退役した。
ウィークスは1918年の上院議員選挙で敗北を喫したが、その後も継続して共和党内での国政への影響を残した。1920年の大統領選挙ではウォレン・ハーディングの立候補を早い時期から支持し、ハーディングが大統領に選出されるとウィークスは陸軍長官に指名された。陸軍長官として、ウィークスは有能で実直で、尊敬を受ける行政官であった。ウィークスは大統領の良き助言者として、第一次世界大戦後の陸軍省の人員削減を導いた。1925年4月、ウィークスは長時間の激務により卒中を引き起こした。そして同年10月、陸軍長官を辞任した。
ウィークスは連邦下院議員および連邦上院議員として、アメリカ国有林制度の主要部分の設計を行った。1911年のウィークス法では、森林火災防止に関する州政府への補助金の支援など、国有林保全に関わる制度を確立した。ウィークスは共和党に所属し、1905年3月から1913年3月までマサチューセッツ州選出連邦下院議員を、1913年3月から1919年3月までマサチューセッツ州選出連邦上院議員を務めた。ウィークスは第59議会から第60議会にかけて国務省歳出委員会の委員長を、第61議会に郵政委員会委員長を、第65議会に不要政府書類整理委員会の委員長を務めた。
島式ホーム3面6線を有する高架駅。駅舎外壁には透明の板が張られている。1・6番線が東海道本線の本線、2・5番線が東海道本線の副本線、3番線が高山本線の副本線、4番線が高山本線の本線である。構内の大垣駅寄りには、折り返し用の留置線が設けられている。1999年12月4日のダイヤ改正で日中の対名古屋方面の普通列車が大垣駅始発・終着から当駅始発・終着となったが、留置線の長さが短いことや配線構造などの関係ですべての折り返し列車を引き上げることが困難となった。このため、4・5番線での直接折り返しが多くなった（一部は大垣駅・岐阜貨物ターミナル駅への回送）。その結果、快速系統の列車と普通列車の同一ホームでの乗り換えが不可能になっているケースも多い。冬期の折り返し時(或いは特急通過待ちなどで暫く停車する列車)には車内保温のため車両中央のドアのみを開放するドアカットが行われる場合もある。ホームの高さは東海道本線の1・2・5・6番線が110cmであるが、高山本線の3・4番線はデッキのステップが低い気動車を運用することからそれより一段低い92cmである。この3・4番線には東海道本線の一部の列車（電車）も入り、ステップのないキハ75形気動車や電車が発着すると段差が生じるので車掌が到着時にアナウンスでそのことに対して注意を呼びかける場合がある。1992年に東海道本線下り線が高架化され、高架ホームのうち4 - 6番線の使用を開始したが、地上ホームの4番線は上り線高架化まで継続使用されることになり、暫定的に10番線と改称された。この間高山本線は高架ホーム・地上ホームのどちらにも入線可能な構造になっていたが、高架ホームの使用は東海道本線下り線と直通する特急・急行列車に限られた。高架化で名鉄名古屋本線のガードを越えるため3階建て高架に匹敵する位置に駅が造られているが、これは1978年（昭和53年）の岐阜県都市計画審議会で「国鉄3階・名鉄現線2階」案が答申された計画をそのまま施工したためでもある。この「国鉄3階・名鉄現線2階」案には名古屋鉄道側は高架事業に参入せず、旧国鉄側との事業化に向けた都市計画及び工事締結を行い答申案の計画のまま現在の高架化となる。このため、高架2階部にあたるJR改札コンコース前の吹き抜け部にある短いエスカレーターと階段の向こう側（現在のアスティ岐阜やハートフルスクエア岐阜に相当する部分）に名鉄線の駅とホームが建設される計画があったとも言われている。駅長・駅員配置駅（直営駅）である。管理駅として、東海道本線の西岐阜駅・穂積駅および高山本線の長森駅 - 鵜沼駅間の各駅を管理している。高架下の駅舎内部にはJR全線きっぷうりばや自動改札機・自動券売機などが置かれている。自動券売機では、高山や浜松だけでなく、京都や大阪、さらには、大阪市内の天王寺や神戸市内の三ノ宮等の運賃表には記載されていない主要駅の切符も購入することが出来る。改札口は2か所ある。JR東海のTOICAおよび相互利用可能な各ICカードが利用可能となっている。なお、ホームとコンコースを結ぶエレベーターは駅係員の操作を必要とする（エレベーターのコンコース出入り口が改札外にあるため、駅係員が切符の確認・精算を行う）。高架下にはレストランや岐阜の特産品を扱う施設である「アクティブG」、商業施設である「アスティ岐阜」、図書館（市立）や運動施設など生涯学習拠点の「ハートフルスクエアG」がある。アクティブGには2012年7月まではシティエフエムぎふ（FMわっち）が入居していたが、岐阜駅より北（かつての名鉄岐阜市内線の金宝町駅と徹明町駅との中間あたり）に移転した。