『新撰美濃志』によれば、南北朝時代初頭に土岐頼貞の子・舟木頼胤（土岐頼員の弟・船木頼重と同一人物とも言われる）によって築城された。その後、二階堂氏や仙石秀豊、和田利詮が居城とした時期を経て、享禄年間には林正長が城を改築している。正長の子・林玄蕃は1562年（永禄5年）に織田信長と斎藤龍興の間で起きた軽海の戦いで戦死したため、弟の林正三が後を継ぎ、1578年（天正6年）に逝去するまで城主を務めた。正三の子は稲葉重通の養子になって稲葉正成と名乗り、十七条城で十七条藩・一万石を治めた。その子・稲葉正定は尾張藩へ仕え、やはり十七条村で一千石を治めたが、孫に嗣子がなく1675年（延宝3年）に家が断絶、城は廃城となった。
2004年、180cm超の長身から繰り出される高校記録を塗り替えるそのスピードにスーパー高校生、スーパールーキーの呼び声を受けつつ、中央大学法学部へ進学した。2005年1月2日、初めての箱根路となる第81回箱根駅伝で1区を任された。しかし、体調不良と故障を抱え十分な練習が積めず区間19位となり、高橋憲昭・野村俊輔らの活躍があって中央大学は盛り返すものの上野は辛酸を嘗めた。1月23日、第10回全国都道府県男子駅伝に出場し最終7区を走り、兵庫県代表北村聡とタイム差なしでのスタートとなった。最後までもつれたがラストスパートで北村を振り切り、前年に続き長野県代表として優勝を飾った。2005年5月の第84回関東インカレ1500mでメクボ・ジョブ・モグスに次ぐ2位に入賞した。5000mではディラング・サイモン（日本大学）が大会新記録となる13分27秒14で優勝する中、上野は3位松岡佑起・4位佐藤悠基に次ぐ5位入賞となった。6月の第89回日本選手権1500mでは4位入賞を果たした。10月、第17回出雲駅伝では6区アンカーを任され、駒澤大学を交わし2位に上げるが、前を行く伊達秀晃には届かず、中央大学は出雲駅伝準優勝となった。11月6日、第37回全日本大学駅伝で2区を任されると、8人をごぼう抜きし10位から2位へ順位を上げ、区間2位の成績を残した。この年、中央大学は出雲路に続き伊勢路でも準優勝の成績を残した。2006年1月2日、第82回箱根駅伝で東海大学のスーパールーキーとなった佐藤悠基と3区で対決。後ろから迫る佐藤に影を踏ませることはなかったが、風邪と右足人指し指の腱鞘炎の影響で、区間新記録を樹立した佐藤、福井誠に続く区間3位にとどまった。4月には福岡で開かれた世界クロスカントリー選手権のショート（4 km、この年をもって廃止）に日本代表として出場するがスタート直後にシレシ・シヒネと足が絡まり転倒した。2006年夏にヨーロッパ遠征に赴くが、右すねに故障を発症しレースには出場できなかった。11月5日、第38回全日本大学駅伝では3区を走り、4人抜き。ステファン・マヤカが刻んだ区間記録と2秒差の27分07秒で区間賞を獲得した。11月23日、上野は第18回国際千葉駅伝に日本学生選抜1区として出場すると、日本代表・佐藤悠基に1秒競り勝つ13分32秒の記録で、マーティン・イルング・マサシ（ケニア）に次ぐ区間2位となった。2007年1月2日、第83回箱根駅伝でも3区にエントリー、前年佐藤が出した区間記録を更新すべく遊行寺坂を駆け下り湘南を疾走した。17位でタスキを受けると9人をごぼう抜きし8位まで順位を上げ、1時間02分50秒で区間賞を獲得した。なお、区間2位は日本大学のギタウ・ダニエルであったが、学生三大駅伝でモグスを除き、ダニエルに唯一勝ったのがこの時の上野であった。大学4年となり、上野は5月の関東インカレ5000mに出場、松岡・竹澤らを抑えて14分01秒00の記録で優勝を飾った。「四天王ではなく僕が一番」「佐藤や竹澤は本当に強い選手なので、負けたくない意識は強い」との上野の想いが結実する勝利であった。7月28日ベルギー・ヒュースデン＝ゾルダーにおいてナイトオブアスレチックスの5000mBに出場。自己ベストを10秒以上も更新する13分21秒49を記録し、世界陸上選手権大阪大会5000mの参加標準記録A（13分21秒50）を突破した。またこれは5000m日本歴代5位となる記録であった。10月、雨の降りしきる第19回出雲駅伝では1区区間賞を獲得、また前年安西秀幸が出した区間記録を26秒更新する区間新記録となった。11月、第39回全日本大学駅伝では4区区間賞を獲得。大学時代に出場した全日本大学駅伝で4年間トータル29人抜きの記録となり、前を行く選手を次々に抜いていく様からごぼう抜きは上野の代名詞となった。11月22日には第19回国際千葉駅伝で1区を務め区間2位、この年から男女混合となった大会の日本代表として優勝を飾った。最後の箱根路となる第84回箱根駅伝は本番2日前に38℃の高熱を出し強行出場となった。上野は竹澤健介に次ぐ3区区間2位でまとめたが、ゴール後には路上に転倒するほどの状態となり、本人は「自分の中では大ブレーキ」と語った。