同性結婚の権利擁護や、麻薬戦争の弊害解消のための大麻の合法化といった市民的自由を主張する。妊娠中絶については女性に選択する権利があると主張している（プロチョイス）。ニューメキシコ州知事時代には、遅い学期に妊娠中絶を禁止する請求に署名しており、女性の権利と胎児の生命の両方の権利を支持した。個人の自由と自己防衛の立場から銃規制に反対している。
2014年7月からネバダ州にある医療大麻会社「Cannabis Sativa」のCEOを務めていたが、2016年1月に辞任し、2016年大統領選挙に再びリバタリアン党から出馬することを表明する。2016年5月29日に開かれたリバタリアン党大会にて、2回目の投票で55.8%の代議員票を集め、指名を獲得した。党大会では、もし自身が当時の大統領だったならば「1964年制定の公民権法に署名しただろう」と発言し、差別的言動の規制を認めない同党の代議員からブーイングを浴びた。バージニア州選出の共和党のスコット・リジェル下院議員は投票することを明らかにした。また、エスタブリッシュメントとも言われるミット・ロムニー元マサチューセッツ州知事もジョンソンに投票する可能性を示唆した。この他、財政的には保守だが、社会的・文化的にはリベラルで、LGBTや移民に寛容な有権者からも支持されている。2016年11月8日の大統領選挙で共和党候補のドナルド・トランプに破れ落選した。選挙人獲得はなかったものの投票数では400万票を得た。これは歴代の大統領選挙においてリバタリアン党から立候補した人物としては最も多い数字である。
2008年大統領選挙共和党予備選ではロン・ポールを支持する。2009年の時点で2012年大統領選挙への自身の出馬に興味を示し、政治運動団体「Our America Initiative」を立ち上げる。2011年4月21日に大統領選挙への出馬を宣言し、共和党の指名争いに参加した。だが、ジョンソンのリバタリアン寄りな立場は共和党の有力支持グループである保守層から忌避され、支持率の低迷などによりテレビ討論会に呼ばれないこともあった。ロン・ポールとのリバタリアン寄り候補の一本化を模索するも失敗する。そのため共和党からの指名を得るのが難しいと判断し、同年12月28日にリバタリアン党からの指名を求めることを宣言する。2012年5月5日に開かれたリバタリアン党大会にて、初回投票で70%の代議員票を集め、指名を獲得した。ジョンソンは選挙の目標として、二大政党と同等の取り扱いを受けることのできる基準とされる、一般投票での得票率5%を狙うが、結果は1%弱の得票率に終わった。しかし、同党候補として初めて100万票以上を獲得している。得票率は同党歴代2位である。
1994年、自らの会社ビッグ・J・エンタープライズの売却を決め、共和党有力者の支持の下でニューメキシコ州知事選挙への出馬の意向を示した。50万ドル分の選挙資金は自ら賄った。共和党の指名争いではビジネスで成功したことをアピールし、減税や雇用創出、財政支出抑制、法と秩序の回復などを主張する。リチャード・P・チェイニーやジョン・デンダール、デイビット・F・カーゴらを抑えて共和党指名を勝ち取ると、民主党の現職知事ブルース・キングに勝利し、知事として政界に入る。就任後半年の間に、424件の両院通過法案のうち200件に対して拒否権を行使し、拒否権行使率の全米記録を作る。推進した政策は、支出削減および減税、教育バウチャーの導入などである。1998年に再選した後、マリファナ解禁を主張するが実現はしなかった。以後、2003年まで知事を務めた。
その後は広島東洋カープに移籍し、ブルペン捕手（1989年 - 1990年）、一軍バッテリーコーチ補佐（1991年 - 1992年）、二軍コーチ補佐（1993年 - 1994年）、一軍コーチ補佐（1995年）、一軍ブルペンコーチ（1996年 - 1997年）を歴任。1998年から2000年までは家族を広島に残し、台湾大聯盟所属の台中金剛でコーチを務めた。帰国後は郷里の山梨で仕事を転々としていたが、2005年、四国アイランドリーグの香川オリーブガイナーズ初代監督に就任。2006年にはチームを優勝へと導いたが、同シーズン限りで監督を退任。その後は同球団のチームアドバイザーとなり、2007年には新たに発足した北信越BCリーグの石川ミリオンスターズ運営部長も兼任した。2007年のシーズンはこの2つのチームがそれぞれのリーグで優勝を果たし、グランドチャンピオンシップを争う形になったが、芦沢は石川の運営部長として参加した（結果は香川が優勝）。2008年、BCリーグの新潟アルビレックス・ベースボール・クラブの監督に就任し、2年ぶりに現場に復帰。2008年7月12日、前年最下位のチームを上信越地区の前期優勝に導き、改めて指導力を示した。後期は地区2位。後期優勝の群馬と対戦した地区優勝決定シリーズは2連敗し、年間プレーオフ進出はならなかった。2009年は前後期とも2位となり、前後期優勝の群馬と対戦した地区優勝決定シリーズ（群馬は1勝すれば優勝）に敗退し、前年に続いて地区年間優勝を逃した。2010年は前期地区3位、後期地区2位の成績で通算勝率2位。3年連続の出場となった前後期優勝の群馬との地区優勝決定シリーズは前年に続いて敗退し、地区年間優勝はならなかった。2010年シーズン限りで契約満了に伴い退団し、2011年は横浜ベイスターズの一軍ブルペンコーチを務めた。退任後は会社員を務めた後、2014年に日本航空高等学校の臨時コーチを務め、2015年4月からは啓明学園高等学校の監督に就任。