父・経胤の死後、醍醐家当主となった義兄の兼純（経胤の養子）、実兄の冬香（兼純の養嗣子）がいずれも早世し、安永元年（1772年）冬香の死に伴い家督を継ぎ、同年叙爵。以降清華家当主として速いスピードで昇進し、侍従・右近衛権少将・左近衛権中将をへて、安永5年（1776年）に従三位に達して公卿に列する。その後、踏歌節会外弁・権中納言を経て、寛政元年（1789年）に権大納言となり、享和元年（1801年）に職を辞した。同年中に薨去。享年42。
室町時代の大永7年(1527年)に焼失したが、享禄2年(1529年)に再建された。江戸時代の貞享3年(1686年)に水戸藩主の徳川光圀によって大修理が行われた。昭和41年（1966年）6月11日に重要文化財に指定され、昭和43年(1968年)には解体修理が行われた。
幕末の庄内地方。海坂藩の御蔵役を務める井口清兵衛は、夕刻の終業の太鼓の音を聞くと同僚の酒の誘いも断り真っ直ぐ自宅に帰り、家事と内職にいそしんでいた。認知症を抱える老母と幼い2人の娘の世話、そして労咳で死んだ妻の薬代や葬儀などで嵩んだ借金を返済するためだ。日々の暮らしに追われ、着の身着のままの貧乏生活で身なりが薄汚れていく清兵衛。同僚の中には、そんな彼を陰で「たそがれ清兵衛」と呼んで小馬鹿にする者もいた。春、清兵衛は親友の飯沼倫之丞と再会する。倫之丞は妹の朋江が酒乱の夫・甲田豊太郎に度々暴力を振るわれるため、離縁させたことを清兵衛にうちあける。清兵衛が帰宅すると、そこには美しい女の姿があった。朋江であった。「機織ばかりさせられて退屈だから」と飯沼家を抜け出し清兵衛の家を訪ねていたのだ。楽しそうに幼少時代を懐古したり娘たちと遊んだりする幼馴染の朋江に、清兵衛は再び淡い恋心を抱いた。一方その晩、飯沼家では酒に酔った甲田が朋江と離縁させられたことに腹を立て、倫之丞に果し合いを申し込んでいた。夜道、朋江を飯沼家まで送ってきた清兵衛は、暴れる甲田を取り押さえ、自分が倫之丞に代わって果し合いの相手をすると宣言してしまった。翌朝、城下の般若寺裏の河原で相対した清兵衛と甲田。真剣を抜き「斬るぞ」と息巻く甲田を、清兵衛は木刀の小太刀1本であっさりと倒した。やがてその噂は城内でもささやかれ広まっていった。朋江は清兵衛の家へ通い、家事や娘の世話を続けていた。穏やかな日々が続いていた。そんなある日、海坂藩の藩主が若くして没した。ほどなく後継者争いが勃発。藩内に暗雲が立ち込める。命の危険を感じた倫之丞は、朋江を親友である清兵衛の下へ嫁がせたいと申し出た。しかし、清兵衛は自らの身分の低さと貧しさを理由にその申し出を断る。世継ぎが決まり、旧体制を率いてきた藩士の粛清がはじまった。粛清されるべき人物の中に、一刀流の使い手・余吾善右衛門がいた。余吾は切腹を命じられながらもそれを拒絶したばかりか、討手の服部某を斬殺。自らの屋敷にたてこもっていた。新たな討手を求めていた海坂藩は、若かりし頃に道場の師範代を務め、般若寺裏の決闘で甲田を倒した清兵衛の剣を見込み、その任務を命じる。清兵衛は断ったが、家老はそれを許さなかった。翌朝、清兵衛は朋江を自宅に呼び、身支度の手伝いを頼んだ。決闘を前に、清兵衛は秘めていた想いをついに打ち明ける。「果し合いに打ち勝ったら井口家に嫁に来てほしい」と。しかし朋江は清兵衛に縁談を断られた後、会津の有力な家中との縁談を受けてしまっていた。余吾の屋敷。意気込んで乗り込んだ清兵衛が見たのは、憔悴した余吾善右衛門だった。「お主とすこし話がしたい。まぁ、かけんか。」余吾は訥々と話しはじめた。苦しかった浪人時代…労咳で亡くした妻子…藩のために一心に働いた末に命じられた切腹…互いの苦しい境遇に共感しあう清兵衛と余吾。しかし清兵衛が妻の葬式代のために父から譲り受けた刀を売ってしまったことを知ると、余吾の目付きが変わった。「わしを竹光で斬るつもりか。」清兵衛が「小太刀で戦うつもりだった」と答えると、余吾が立ち上がった。「小手先の剣法で、このわしを殺すつもりだったのか。許さぬ。」壮絶な果たし合いに打ち勝った清兵衛は、傷だらけの体のまま自宅に戻った。清兵衛を待っていたのは2人の娘と朋江だった。朋江を思い生きて帰った清兵衛。清兵衛の無事を待ちつづけた朋江。2人の心が重なり合った。朋江を妻に迎えた清兵衛が幸せな暮らしを送ったのは、3年あまりだった。明治維新とともに勃発した戊辰戦争で賊軍となった海坂藩は、圧倒的な戦力の官軍と戦うことになったのだ。清兵衛は官軍の鉄砲に撃たれて死んだ。ラストシーン。壮齢になった清兵衛の娘・以登が父の姿を述懐する。「たそがれ清兵衛は不運な男だったとおっしゃるのをよく聞きましたが、私はそんな風には思いません。（中略）私たち娘を愛し、美しい朋江さんに愛され、充足した思いで短い人生を過ごしたに違いありません。そんな父のことを私は誇りに思っております」と。