ベティの催眠療法は、バーニーに比べて平穏に進行した。催眠下における彼女の証言は、頻発するUFO遭遇の夢とほとんど同じ内容であったが、2つの顕著な違いが見られた。催眠状態で思い出した「小さな男」は大きい鼻をしていなかったこと、また髪の毛がなく禿頭だったことである。サイモンは、ベティに「星図」をスケッチするように提案したが、彼女は躊躇した。彼女が船で見たという三次元星図を正確に描くことは不可能だと思ったためである。しかし最終的に彼女はサイモンの提案を受け入れ、12の星々を特徴とした地図を描き上げた。
1964年1月4日、サイモンはヒル夫妻への催眠療法を開始した。彼はベティとバーニーにそれぞれ数度にわたり催眠術をかけ、この診療は同年6月6日まで続いた。サイモンによる催眠療法はベティとバーニーをそれぞれ別にして行なわれ、お互いがどのような記憶を想起したのか分からないようにして実施された。
1963年3月3日、ヒル夫妻は彼らの所属する教会で、自分たちのUFO遭遇について最初の公的な討論を行なった。同年11月、ヒル夫妻はマサチューセッツ州クインシー・センターでアマチュアUFO研究家たちを前にして公演を行なった。この会議に出席していたアメリカ空軍のベン・スウェット大尉は、特にヒル夫妻が報告した「失われた時間」について興味を持っていた。ヒル夫妻がスウェット大尉に催眠療法を試したいという希望を伝えたところ、アマチュア催眠術師でもあったスウェットはそれが有効であるかもしれないと考えた。夫妻が次にスティーヴンス博士に会ったとき、バーニーは催眠療法について訊いた。スティーヴンスはヒル夫妻にボストンの精神分析医ベンジャミン・サイモン博士を紹介した。ヒル夫妻は1963年12月14日に初めてサイモン医師の元へ訪れた。対話を始めてすぐに、サイモン医師はUFOとの遭遇がバーニーの打ち明けたがっている不安や苦悩を彼にもたらしたのだと断定した。サイモン医師自身は地球外生命体に関する仮説を現実にはありえないものとして退けていたが、ヒル夫妻がUFOと人型の搭乗者を目撃したと本気で信じ込んでいることは明らかであるように思われた。サイモン医師は逆行催眠によって、夫妻が何を経験したのかについてより多くのことが発見できるのではないかと期待した。
1962年3月に、ヒル夫妻はマサチューセッツ州ジョージタウンの精神科医パトリック・J・クワーク医師を訪ねて診察を受けた。クワークは、ヒル夫妻が感応精神病（Folie a deux 、強い妄想に取り付かれた人間と長時間一緒にいる別の人間が同じ妄想を抱くようになること）に罹っているわけではないと考え、失われた記憶は自然に思い出した方がよいといって、逆行催眠療法に対する夫妻の期待には応えなかった。1962年の夏、バーニーは深刻な不安や苦悩を取り除いてもらうために、ニューハンプシャー州エクセターの精神科医ダンカン・スティーヴンスのもとで定期的な催眠治療を受けはじめた。バーニーとスティーヴンスは多くの話題について語り合い、その中には彼が経験したUFOとの遭遇も含まれていた。クワークと同じようにスティーヴンスもまた、バーニーとベティが共有する幻覚はとても現実にはありそうにもないことだと感じていた。
ベティの夢は、彼女が「これであなたも空飛ぶ円盤を信じるでしょ?」と言い、バーニーが苛立ちながら「馬鹿なことを言うな」と応える場面で終わる。ベティはこの夢が実際にあったことを反映したものに違いないと考えたが、バーニーはより懐疑的で、妻はただ単に並外れて鮮明な夢を何度も見ただけだと考えた。
ベティは、地球人が宇宙の他の住民に会いたがっていることを伝え、彼らの存在を地球人に明かすよう「リーダー」を説得しようとした。彼女がそう嘆願していると、「小さな男」の1人がバーニーを部屋へ連れて来た。バーニーは茫然自失の様子だった。「小さな男」たちはヒル夫妻を宇宙船から連れ出しはじめたが、このとき男達の間で、彼らが以前から話していた奇妙な言葉による議論が湧き起こった。「リーダー」はベティから大きな本を取りあげた。彼女は、この本は彼らとの遭遇の唯一の証拠だと言って抵抗した。「リーダー」は、自分個人としてはベティがこの本を保管していてもかまわないのだが、他の男たちはベティにこの遭遇そのものを記憶してもらいたくないのだと言った。ベティは、彼らに記憶をどう操作されようと、自分はいつかこの事件を思い出すだろうと主張した。彼女とバーニーは車まで連れて行かれ、そこで船の出発を2人で見守るよう「リーダー」から示唆された。夫妻は宇宙船が飛び去るのを見送り、それからドライブを再開した。ベティは奇跡的で手に汗握る出来事だったと述べたが、しかしバーニーは何も言わなかった。
2000年10月、KSDの不正経理疑惑が発生（KSD事件）。翌2001年1月、村上の側近だった自民党参議院議員小山孝雄（村上の元政策担当公設秘書、生長の家出身）が逮捕され、村上の周囲にも疑惑が広がる中、自民党参議院議員会長を辞任。同年2月、KSD事件で賄賂を受け取ったと報道される。2月28日に証人喚問された際、訴追の恐れを理由にいくつかの質問に対して証言拒否をした。世間の混乱を招いたとして、自民党を離党し、議員辞職した。3月1日に受託収賄の容疑で逮捕された。2003年5月20日、東京地裁で懲役2年2ヶ月、追徴金約7288万円の実刑判決を受ける。2005年12月19日、東京高裁でも一審判決と同じく懲役2年2ヶ月、追徴金約7280万円の実刑判決を受ける。2008年3月27日、上告が棄却され、実刑が確定。その後、異議申し立ても4月14日に却下され、5月15日、東京高等検察庁により東京拘置所に収監された。6月10日に栃木県にある「喜連川社会復帰促進センター」に移され、2009年10月28日に仮釈放され、2010年5月5日に刑期満了となった。