コデインは肝臓で全代謝の約80%がグルクロン酸抱合され、約10%はシトクロムP450の分子種の1つであるCYP2D6を触媒としてO-脱メチル化を受け、残りはCYP3A4を触媒としてN-脱メチル化される。これらのうち、O-脱メチル化されてできる代謝産物のモルヒネが、主に薬効を発揮する。健康な成人男性にコデインリン酸塩水和物として65mg経口投与したとき、血中濃度は約1時間後に最高血中濃度に達する。その後、3-4時間で半減期を迎える。30mgを経口で投与した場合、48時間以内に約95%が尿中に排泄される。白色人種の約6-10%、アジア人種の約2%、アラビア人種の約1%は酵素欠損によりほとんど機能しないCYP2D6を持っており、コデインは鎮痛効果をほとんど持たない。しかし、依然としてほとんどの副作用は起こりうる。また医薬品によってはCYP2D6を阻害しコデインの有効性を損なったり失わせたりする。これらには選択的セロトニン再取り込み阻害薬などがある。
主として肝代謝酵素UGT2B7、UGT2B4及び一部CYP3A4、CYP2D6で代謝される。コデインはプロドラッグであり、グルクロン酸抱合及びO-脱メチル化された代謝産物のみが薬効薬理を発揮する。代謝産物の約10%がモルヒネとなり、鎮痛力価はモルヒネの半分にも満たないとされる。体内でコデインから生成したモルヒネがグルクロン酸抱合を受けてできるmorphine-6-glucuronide（以降M-6-Gとする）がモルヒネと共にオピオイド受容体に作用し、下降性疼痛を抑制することで鎮痛作用の主体を担っている。一方、グルクロン酸抱合によってコデインはcodeine-6-glucuronide（以降C-6-G）に代謝される。C-6-Gは全代謝の約80%を占めるが、μ受容体への結合が弱く、鎮痛には関与していないとされる。しかし一部鎮痛に関与しているとの報告もある。N-脱メチル化されたコデインは、ノルコデインになり、最後はノルモルヒネに代謝される。論理的には30mgのモルヒネ（経口）と同じ鎮痛作用を期待するには、約200mgのコデイン（経口）の投与が必要である。
コデインそのものはμ-オピオイド受容体に弱い親和力を示す。主要な鎮痛作用はμ-オピオイド受容体へのモルヒネの親和性による。しかし他の作用または副作用は他のオピオイド受容体への作用による。モルヒネと極めて類似した化学構造と薬理作用を有するが、モルヒネに比べ作用は弱い。力価は、鎮痛作用は¹⁄₆、鎮静・催眠作用は約¹⁄₄、呼吸抑制作用も¹⁄₄程度とされている。反面、鎮咳作用量でモルヒネに比べ便秘、悪心・嘔吐等の副作用が少なく、依存性形成も弱いので、主として鎮咳の目的に使用される。
コデインを使用していた母親が授乳を行った乳児が死亡した症例の報告がある。既述の通り、ヒトの体内では投与されたコデインの約10%がCYP2D6によってモルヒネになるとされている。本症例は、授乳婦の体内でコデインから生成したモルヒネが、母乳を通して乳児に移行し、モルヒネの毒性によって乳児が死亡したと見られている。なお、誘発中枢抑制の発現には母親のシトクロムP4502D6(CYP2D6)遺伝子型が影響していると報告されている。
守護土岐成頼は嫡男政房よりも末子元頼を愛し彼に家督を譲ろうと考え、政房・妙純を倒すため、守護代利藤と結んだ。更に強い出世志向を持つ石丸利光が同僚の西尾直教と対立しているのを知ると、利光に斎藤姓を許した上で妙純から離反させてこれと手を結んだ。その結果、美濃とその周辺諸国を巻き込んだ船田合戦が勃発する。明応3年（1494年）12月、西尾直教による追い落としの策謀を知った利光は居城船田城に兵を集め、妙純を奇襲しようとしたが失敗、成頼に頼み込んで一旦妙純と和議を結んだ。一方、妙純も居城加納城の防備を固くし事態に備えた。明応4年（1495年）5月から6月にかけて、利光は船田城へ斎藤利藤の孫利春、末子毘沙童、更に土岐元頼を次々と迎え入れた。妙純には尾張の織田寛広（寛広の養父敏広の妻は妙椿の養女）から援軍が駆け付けた。7月1日に合戦があり、石丸方が敗れ、形勢不利と見た利光は、7日に船田城に火をかけ近江へと逃れた。石丸方が敗れたことで責任を感じたのか、成頼は城田寺城に隠居、政房に家督と守護職を譲った。明応5年（1496年）5月、妙純が尾張の織田寛広支援のために出陣中に、利光は近江の六角高頼、尾張の織田寛村、伊勢の梅戸貞実らの援助を得て、4000の兵で伊勢、尾張を通り、成頼の居る城田寺城に入った。妙純方には近江の京極高清、尾張の織田寛広、越前の朝倉貞景の援軍が集まった。27日に合戦が始まるが、石丸方は劣勢で29日には城田寺城は包囲され、30日に利光は自害した。成頼は妙純が元頼を許さないため、城から出ようとしなかったが、政房が出向いて説得し6月16日に漸く城を出た。20日、城田寺城に火がかけられ元頼は自害した。利藤も間もなく隠居させられることとなった。同年8月、法印権大僧都となり、嫡男の利親に家督を譲った。