白鳥に乗ったムーシカはオオカモメの群れに襲われたが、かあさんグマがオオカモメを叩き落した。ユーリの兄と遊びに来ていたオーラは家の中に匿われた。あたりに銃声が響き渡り、人間が近づいている事を知ったかあさんグマは、オオカモメの死体を離れた所まで咥えていき、人間達の使うエスキモー犬による捜索をかく乱し、家から遠ざけた。再び銃声が鳴り響いた時、心配になった子供達が外へ出ると、ホッキョクグマの母娘に出会った。母親は死んだように倒れており、娘は家に連れて帰った。偶然、娘の名前はマーシカだった事もあり、かあさんグマは自分の娘のように育てることにした。ユーリの兄もすっかり良くなり帰って行った。かあさんグマは子熊達に泳ぎを教えながら、人間に対する用心も兼ねて、海に浮く氷山へ移住することにした。子熊達は魚も食べるようになり、夜には大熊座を眺めて生活した。9月になり、冬の訪れとともに海が凍り始め、一家は陸地に戻って行った。家に向かう途中で人間達の船が氷に閉ざされ放置されていた。ミーシカは中で赤い鞠を見つけ、かあさんグマに見せに行くと、かあさんグマは見つけたアザラシの肉を食べていた。ミーシカは友達のオーラの姿を重ねて悲しんだ。熊には冬の間の食料としてアザラシも必要なのだということをミーシカに教えきれない自分に、かあさんグマは不甲斐無さを感じた。空にオーロラがゆらめき、一家は冬眠に入った。
ホッキョクグマのものしりのムーは、妊娠して雪の下で冬眠に入るかあさんグマに、女の子ならマーシカ、男の子ならムーシカと名付けるように言って、餌のある海へと遠出する。しかし生まれたのは雄の双子で、兄はムーシカ、弟はミーシカと名付けた。ある日、白い鳥を追って迷子になったミーシカはアザラシの子供オーラと友達になる。ムーシカはミーシカを追って氷の割れ目に落ちて行方不明。かあさんグマは2人を探していたところオーラとミーシカを見つけた。熊に警戒心を露にする母アザラシに、かあさんグマはミーシカの友達だから手出しをしない事を約束する。一方、氷の割れ目を登り湖の傍に出たムーシカは白鳥の卵を壊して怒られた。事情を知った白鳥の娘ユーリはムーシカを許し、疲れたムーシカを眠りに就かせた。いつものように白鳥の湖の中の氷の上ではなく氷原で眠ったため、ユーリはホッキョクギツネに襲われてしまう。そこでムーシカは必死に戦って狐を追い返し、ユーリの兄達からも認められ、家まで送ってもらう事になった。
1982年10月4日、帯バラエティ番組『笑ってる場合ですよ!』の後継番組として放送開始。また、1982年10月24日（日曜日）には、『もう一度笑ってる場合ですよ!』の後継番組として姉妹番組の『笑っていいとも!増刊号』が放送を開始した。フジテレビ系列局がない地域においては他系列局で遅れネットも実施された。他に派生番組として、年末年始の生放送特別番組『笑っていいとも!特大号』、夏の生放送大型特別番組『FNS27時間テレビ』内で日曜日の午前から午後のお昼の時間帯（10:30頃 - 12:30頃）に掛けて行われた『笑っていいとも!増刊号 生スペシャル』、番組改編時期（春3月・秋10月）に放送されていた特別番組『笑っていいとも!春・秋の祭典スペシャル』『笑っていいとも!新春祭』『夜の笑っていいとも!春・秋のドラマ特大号』が放送されていた。2012年夏には、当番組が放送開始30周年目ということで当番組をベースとした『FNS27時間テレビ 笑っていいとも! 真夏の超団結特大号!! 徹夜でがんばっちゃってもいいかな?』が放送されたこともある。1970年代から1980年代当時の人気お笑いタレントが勢揃いしていた、帯バラエティ番組『笑ってる場合ですよ!』の後を受けて、当時深夜色の強いタレントであった森田一義（タモリ）を総合司会に起用する。『笑ってる場合ですよ!』に比べて視聴率的に苦戦することは十分予想できる事態であった。そのため、タモリ自身も3か月から半年での終了を予期していた。しかし、番組放送開始から半年も経たないうちに視聴率が上昇し、同時間帯（月-金曜12時台）の年間平均視聴率では、1989年の統計開始から2013年までの25年間連続で民放横並び首位を獲得、「楽しくなければお昼じゃない!」（当時のフジテレビのキャッチフレーズ「楽しくなければテレビじゃない!」のもじり）の番組が掲げるコンセプトでタモリといいとも青年隊を軸として、月曜日から金曜日の各曜日レギュラー陣を始めとし、日替わりコーナーゲストに毎回「テレフォンゲスト」を1組招いて、タモリとトークを展開する「テレフォンショッキング」「各曜日日替わりコーナー」「曜日対抗いいともCUP」などのコーナーを主に放送していた。末期には日本テレビ系『ヒルナンデス!』やTBS系『ひるおび!』に視聴率で越されることが多くなり、2013年4月からは40歳以上の主婦を狙った内容への転換が図られたが、新コーナーにタモリが何故か出演しないなど、番組改革とタモリとの不和が報じられていた。その後、2013年10月22日の放送において、2014年3月31日をもって終了することが発表された。本番組の放送期間は31年6か月であった。これは本番組終了時点において、フジテレビ系列の帯番組最長記録となった。お笑い評論家のラリー遠田は、いいともの終わり（最終回）は「テレビ自体の最終回」であり、数千万人規模の大衆がそれだけを求め、心を奪われ、酔いしれる、華やかでにぎやかな「祝祭」としてのテレビの終焉と評している。