リボソームRNAは翻訳反応を司るリボソームの主要な構成成分であり、通常rRNAと省略して表記される。細胞内でもっとも大量に存在するRNA種である。真核生物では、リボソーム大サブユニット（60Sサブユニット）に28S, 5.8S, 5S RNAが、小サブユニット（40Sサブユニット）に18Sが含まれている。一方、原核生物には大サブユニット（50Sサブユニット）に23S, 5Sが、小サブユニット（30Sサブユニット）に16Sが含まれている。リボソームは40種類以上のリボソームタンパク質を含むリボ核酸複合体であるが、原核生物ではペプチド結合の生成反応が大サブユニット中で進行し23S rRNAが触媒活性に関与する事がわかっている。rRNAは最も詳細な研究が行われているノンコーディングRNAである。
転移RNA（てんい-、transfer RNA）は73〜93塩基の長さの小さなRNAであり、翻訳反応において、合成中のポリペプチド鎖にアミノ酸を転移させるためのアダプター分子である。通常tRNAと略記されるが、運搬RNA、トランスファーRNAなどとも呼ばれる。アミノアシルtRNA合成酵素の働きにより、それぞれ特定のアミノ酸と結合してアミノアシルtRNA（amino acyl-tRNA）となる。tRNAに含まれるアンチコドンはリボソーム中でmRNA上の塩基配列（コドン）を認識し結合する。この過程でmRNA上の塩基配列に対応した正しいアミノ酸がポリペプチド鎖に取込まれる。また、ある種のtRNAはレトロトランスポゾンの逆転写反応のプライマーとして機能することが知られている。
RNAの構造は一次構造（塩基配列）、二次構造（相補鎖形成によるステムループ、バルジ、シュードノットなどの構造）、三次構造（分子の全体あるいは一部がとる立体構造）の観点から述べることができるが、ノンコーディングRNAの一部は進化的に保存された一次構造、あるいは二次構造を含むことが知られており、これらの構造上の特徴が生化学的な分子活性に重要であることが示されている。このような構造上の特徴をもとに、ノンコーディングRNAは大きく以下のように分類することができる。
第三ヨハネ書は純粋に個人宛の手紙ではあったが、新約聖書の正典に収録され、現在に伝えられている。第三書のような簡略で個人的な手紙が今に伝えられていることについては、そこに神意を見出そうとするヘンリー・H・ハーレイのような聖職者もいた。レイモンド・ブラウンは一つの可能性として、「長老」がディオトレフェスに拒絶された代わりに、ガイオに新たな「家の教会」を開かせたのではないかとしている。つまり、そのガイオの「家の教会」においては、この手紙は重要な価値を持っていたはずであり、それゆえに伝承されたのではないかというのである。いずれにせよ、すでに「執筆年代」の節で述べたことと重なるが、ヨハネ書簡のうちで最も早くに言及されたのは第一書で、ポリュカルポスによる言及は一連のヨハネ書簡の推定成立年代の下限としても利用されている。それに対し、第三ヨハネ書への言及はそれからも長い間見られない。たとえば、エイレナイオスはその『異端駁論』（180年頃）において、第一書と第二書から引用しているが、第一書と第二書を区別していないし、第三書は引用していない。また、いわゆる『ムラトリ正典目録』（2世紀末から3世紀初頭）では、ヨハネ書簡は「2通」とされている。具体的にどの書簡かは明言されておらず、これを第三書への初期の言及とみなすバルバロのような論者もいなかったわけではないが、一般には第一書と第二書を指し、第三書は言及されていないものと受け止められている。第三書が3世紀以前に引用されていたことは確認されていない。西方系では3世紀に入っても、ノウァティアヌス、キプリアヌスらは第三書に言及していない。他方、東方系ではオリゲネス、エウセビオスらが真作あるいは公認書として第一書に言及する一方、「疑わしい書」として第二書・第三書に言及している。第三ヨハネ書を含む現在の27文書が新約正典とされたのは、アレクサンドリアのアタナシオスの『第三十九復活祭書簡』（367年）が最初とされている。この決定はヒッポ会議（393年）、カルタゴ会議（397年）などで追認された。第三書の短さは、その言及が他の正典文書よりも遅れたことを説明する一因である。つまり、初期のキリスト教著述家たちには、単にそこから引用する理由がなかったというだけかもしれないのである。言及の遅れに関しては、他にも私信という側面の強さや使徒の著作であるとなかなか承認されなかったことなどの影響が挙げられている。いずれにせよ、現存する最古の部類に属するギリシア語のいわゆる「大文字写本」の中でも、一部破損の見られる写本で断片しか残されていないものの、シナイ写本、アレクサンドリア写本、バチカン写本はヨハネ書簡を3通全て収録している。写本は多種多様であるが、それらの間に有意な異文は存在せず、本来の原文を確定させる上での困難はほとんどない。他方、シリアの教会では第三書の承認が遅れ、5世紀以降になった。5世紀初頭に新約部分が成立したシリア語訳聖書（ペシタ訳）には、ヨハネ書簡は第一書しか含まれていない。それに対し、508年に成立したシリア語訳、フィロクセノス訳には3書簡全てが含まれ、616年の改訂版（ハルケル訳）でも踏襲された。中世ヨーロッパにおいては、正典として受容された後も、第一ヨハネ書に比べ、第二書・第三書は低い評価が与えられることがあった。宗教改革期には、マルティン・ルターが新約聖書の文書を3つに分類し、第一書に『ローマの信徒への手紙』などとともに最高の評価を与えたのに対し、第二書・第三書はそれより劣る評価になった。ジャン・カルヴァンは公同書簡の注解では、第二書と第三書を割愛した。これは当時の慣例に従ったものとされている。