ケンタッキー州の名門の出。高い教育を受け、名門トッド家の一員として社交界にデビューし、 その後、イリノイ州のスプリングフィールドでリンカーンと出会うことになる。社交的・派手好きで、リンカーンとはまったく正反対の性格だったが1842年に恋愛結婚をした。結婚後、リンカーンは弁護士業も着々成功。年収1200ドルに達する。知事の報酬と同額である。その代り、巡回裁判所を廻らねばならず、1日50キロも馬を飛ばすこともあった。しかし、メアリーは経済観念が無く、嫉妬深く、ヒステリー症状のため家庭生活はあまり幸福ではなかった。アメリカの作家、デール・カーネギーには「彼（エイブラハム・リンカーン）が暗殺されたことは、彼の結婚にくらべれば悲劇というに足りない」（『人を動かす』）とまで言われている。リンカーンとメアリー・トッドには4人の息子、ロバート・トッド・リンカーン、エドワード・ベイカー「エディ」リンカーン、ウィリアム・ウォレス「ウィリー」リンカーン、トーマス「タッド」リンカーンがいたが、長男を除く3人が若くして死んだ。元々精神的に不安定なところがあった彼女は、夫の暗殺を目撃し、さらに末の息子であるタッドを18歳で無くすと、ますます異常をきたしたため、長男のロバートにより精神病院に入れられた。4か月後に姉のエリザベスが身元引受人になることで退院したが、この出来事により最後に残った子供であるロバートとは生涯疎遠となった。その後スプリングフィールドにある姉の邸宅で事実上の世捨て人として63歳で亡くなるまで過ごした。
かねてから親交のあった俳優、イーサン・ホークの監督2作目となる映画『痛いほどきみが好きなのに』(2006年、日本公開は2008年5月17日)に歌手の役で出演。劇中歌とスコアのほとんどを担当した。映画は2006年のヴェネツィア国際映画祭に出品され、レッドカーペットを他の出演者とともに歩いた。監督のイーサン・ホークはジェシー・ハリスの音楽を「この映画でのナレーションの役目」と語っている。なお、ホークは出会った当初のハリスについては「あまりにルックスがよくて女の子がみんな夢中になった」ので当時は彼のことが気に入らなかったという。なお、ホークの主演映画『恋人までの距離』(1995年)、『ビフォア・サンセット』(2005年)、『ビフォア・ミッドナイト』(2013年)での彼の役名はジェシーである。劇中挿入歌には、本人の歌う新曲と、過去のジェシー・ハリスの曲をノラ・ジョーンズ、ウィリー・ネルソン、エミルー・ハリス、ブライト・アイズ、ファイスト、キャット・パワー、ブラッド・メルドーなどがカバーしたものが使用されている（ほんの数曲、他のミュージシャンのカバーも流れる）。参加ミュージシャンは、「脚本の中のそのシーンを一番体現してくれる、その曲を通して饒舌に語ってくれる」ことを基準に選ばれた。劇中歌とスコアを収録したサウンドトラック（Hickory Records）は、米国紙デイリーニューズ (ニューヨーク)の2007年間CDトップ10の6位にランクイン、日本でもタワーレコードのウェブサイトで年間優秀作品として取り上げられるなど高い評価を得た。日本盤はソニーから発売。JUJUが日本語で歌う"Somewhere Down The Road"(訳詞:TAMAKI MORI、TSUBASA NISHITANI)がボーナストラックとして収録された。また日本では劇場公開時のエンディング曲も、オリジナル版のファイストではなく、JUJUの歌うバージョンが使用された。
大衆の好みに合わせようとすることよりも、フリムルは演奏会でのピアノ演奏と芸術音楽の作曲に集中することにし、90代になってそれらを実行に移した。また、1947年にはネルソン・エディとイロナ・マッセイを主役に据えた映画『Northwest Outpost』の音楽も作曲している。ブロードウェイではリバイバル上演されるフリムル作品もあり、1943年の『The Vagabond King』や1984年の『The Three Musketeers』などが挙げられる。映画版の『The Firefly』中の「The Donkey Serenade」や、「The Mounties」、「Indian Love Call」などは現在でも頻繁に耳にする機会があり、しばしばロマンティックなパロディやおどけた状況で使用される。ピアノ作品もたびたび演奏されている。1939年11月号のタイム誌上で、フリムルはヴィクター・ハーバートがウィジャボードを使って話しかけてきたと述べている。フリムルが言うには、ハーバートが「5つの音を弾け」と伝えてきたという。フリムルが音を鳴らすとハーバートは「とても素敵だ」と返したのだった。1967年、フリムルはサンフランシスコのカレン劇場で行われた特別コンサートの舞台に上がった。彼のコンサートでは常だったようにピアノの即興演奏に始まり、自作曲の編曲や彼に影響を与えた作曲家の作品などを弾いていった。自らの師に捧げるとしてドヴォルザークの『ユーモレスク』も演奏された。1971年にはソングライターの殿堂入りを果たしている。フリムルの2人の息子も音楽家として活動した。ルドルフ（ジュニア）は1930年代と1940年代にビッグバンドのリーダーを務め、3番目の妻の子であるウィリアムはハリウッドの作曲家、編曲家となった。1969年、フリムルの90歳の誕生日を祝ったオグデン・ナッシュの対句は次のように締めくくられている。「君も私と同じ結論のはずだ。フリムル流ならもっと幸せな世界になってるだろう、と。」同様に、風刺家のソングライターであったトム・レーラーはファーストアルバム『Songs by Tom Lehrer』（1953年）の中でフリムルに言及している。「The Wiener Schnitzel Waltz」という楽曲には次のような歌詞がある。「Your lips were like wine (if you'll pardon the simile) / The music was lovely, and quite Rudolf Friml-y.（君の唇はワインのようだった（直喩でもよければ） / 音楽は心地よく、そしてとてもルドルフ・フリムル風だった）」1957年暮れのミュージカル『The Music Man』では、ハロルド・ヒルがマリアン・パルーにこう嘘を付く。「ルディ・フリムルからの電報が来るんじゃないかと思っていて、これがそうかもしれない。」フリムルは1972年11月12日にロサンゼルスでこの世を去り、グレンデールのフォレスト・ローン記念公園で「栄誉の庭」に埋葬された。そして、2007年8月18日のサンフランシスコ・クロニクル紙の訃報欄に、フリムルの最後の妻であったケイ・ウォング・リング・フリムル（1913年3月16日生まれ）が2007年8月9日に死去し、夫とともにフォレスト・ローン記念公園に埋葬されると掲載された。