2002年、nWoの新メンバーとしてケビン・ナッシュがショーンを連れてくる形で衝撃の復帰を果たしたが、スコット・ホールが不祥事を起こし離脱、ケビン・ナッシュも負傷休場してしまいnWoが崩壊してしまう。その後、ヴェンジャンスにてトリプルHに間接的にD-Generation Xの再結成を呼び掛ける。一時は再結成かと思われたがRAWにおいてショーンを裏切る恰好で抗争が始まり、サマースラムでのトリプルH戦（団体未公認試合）でついにリングへの復帰を果たし見事勝利するが試合後、トリプルHにハンマーで襲撃される。さらに抗争は続きサバイバー・シリーズで初のエリミネーション・チェンバー・マッチで初の世界ヘビー級王座をトリプルHを倒し獲得。年末のアルマゲドンでは決着戦としてスリー・ステージ・オブ・ヘル・マッチが行われ1勝2敗で王座を失った。2003年に入りクリス・ジェリコは自分が次のショーンであり、それ以上だと主張、ロイヤルランブルでは一番手で登場したマイケルズを二番手のジェリコが試合開始前に乱入、何もさせないまま退場させてしまう。抗争の決着は、レッスルマニアXIXでクリス・ジェリコと共に好試合を演じ勝利した。試合後二人は抱擁を交わすがジェリコはショーンに金的を食らわす形で因縁の継続を示唆した。2003年は世界ヘビー級王者トリプルH、あるいはその派閥エボリューションとの抗争を続け、年末からはトリプルHとの試合を繰り返し、ロイヤルランブルでは世界ヘビー級王座を賭けたラストマン・スタンディング・マッチで決着を計るが血まみれの末に引き分けとなった。同じロイヤルランブルでの覇者クリス・ベノワが王座への挑戦権を得た上に王座挑戦権の死角をつき、当時スマックダウン所属ながらRAWの最高王座に挑戦を表明したため二人の抗争に割り込む形となった。レッスルマニアXXではトリプルH、ベノワとレッスルマニア初の三つ巴戦のメインイベントになりクリス・ベノワが戴冠した。翌月のバックラッシュでの再戦ではモントリオール事件がテーマとなり、ブレット・ハートと関係が深いベノワのシャープシューターにショーンがタップアウトした。以降はトリプルHとの抗争に戻り、バッドブラッドでは世界ヘビー級王座戦を差し置いてノンタイトル戦であるショーン・マイケルズ対トリプルHのヘル・イン・ア・セルがメインイベントとなる。試合は50分に迫る壮絶な激闘となり、お互いの必殺技をキックアウト。最後は合計3発のペディグリーを浴びて敗北、完全決着に至った。翌日のケインの襲撃を期に長期欠場に入った。復帰後はケイン、あるいはエッジと抗争。2005年のロイヤルランブルにおいてカート・アングルを敗退させて以降、SmackDown!所属のスーパースターであるカート・アングルとの抗争を開始し、レッスルマニア21の番組対抗戦で対決、名試合をするもアンクル・ロックにタップアウトした。レッスルマニア21以降は一時復活したハルク・ホーガンとチームを組み、バックラッシュまでモハメド・ハッサン、デバリの嫌米チームと抗争。6月に行われたドラフトでカートがRAWへ移籍し、ヴェンジャンスで再戦しスーパーキックを見舞い雪辱を果たした。7月4日の独立記念日に開催されたRAWでのマイケルズ&ホーガンvsカート&クリス・マスターズ戦の試合終了後、突如ホーガンにスウィート・チン・ミュージックを浴びせヒールに転向。以降ホーガンとの抗争を開始する。サマースラムのメイン戦でホーガンとのICON対決には敗れたが、再びベビーとなった。秋からは同じくベビーターンしたリック・フレアーと組み、マスターズと抗争を開始。マスターズとの抗争を終え、USAネットワークに戻ったRAWでカートとのアイアンマン・マッチを行い、スウィート・チン・ミュージックを浴びせてフォールするが3カウント直前で時間切れ引き分けとなり、カートに延長戦を呼びかけるがカートが拒否して立ち去った。その後のサバイバー・シリーズでのスマックダウンとの番組対抗の一連の抗争ではRAWの主将を務めたが、チームは敗れた。
サレット (1795 - 1815) が初代学長に就任し、1801年に図書館の設立、1803年にはローマ賞音楽部門が設立された。またサレットは、音楽院における演劇部門と舞踊部門の設立を進め、1806年に 同校は音楽・演劇学校 (Conservatoire de musique et de déclamation) と改編された(第二次世界大戦後、この演劇部門はフランス国立高等演劇学校へと改編)。また同年、作曲家でヴァイオリニスト、指揮者のフランソワ・アントワーヌ・アブネックの手によって、音楽院学生によるオーケストラ、パリ音楽院管弦楽団（L'orchestre de la société des concerts du conservatoire、後のパリ管弦楽団）が創設された。サレットの後、フランシス・ペルヌ (1815 - 1822) の時代を経て、第三代学長に就任したルイジ・ケルビーニ (1822 - 1842) によって、入学試験、卒業試験の制度が配備され、新たなクラスとして、声楽伴奏 (1822)、女性ピアノ (1822)、男性ピアノ (1827)、ハープ (1825)、コントラバス (1827)、トランペット (1833)、ピストンホルン (1833)、トロンボーン (1836) などが整備され、器楽科が充実した。この時代、エクトル・ベルリオーズらが輩出された。第四代目学長のフランソワ・オーベール (1842 - 1871) の時代、ジャック・アレヴィ（作曲）、ピエール・バイヨ（ヴァイオリン）、ジルベール・デュプレ（声楽）、ロール・サンティ＝ダモロー（声楽）、アンリ・エルツ（ピアノ）、アントワーヌ＝フランソワ・マルモンテル（ピアノ）、ルイーズ・ファランク（ピアノ）らが教授として活躍し、学生からはセザール・フランク、サラ・ベルナールなどが輩出された。第五代学長アンブロワーズ・トマ (1871 - 1896)、第六代目学長テオドール・デュボワ (1896 - 1905) の時代の教授としては、フランク（オルガン）、シャルル＝マリー・ヴィドール（オルガン）、アレクサンドル・ギルマン（オルガン）、ルイ・ディエメ（ピアノ）、エドゥアール・リスラー（ピアノ）、ラウール・プーニョ（ピアノ）、マルタン・マルシック（ヴァイオリン）、ガブリエル・フォーレ（作曲）、アンドレ・ジェダルジュ（対位法、フーガ）らが挙げられる。エルネスト・ギローのクラスからはクロード・ドビュッシーらが、フォーレのクラスからは、シャルル・ケクラン、ナディア・ブーランジェらが、ヴィドールのクラスからはモーリス・ラヴェルなどの逸材が輩出され、学校は円熟期を迎えたが、その一方、この頃の舞台芸術に寄った教育体制への反発から、ヴァンサン・ダンディらによってスコラ・カントルムが設立され (1894)、後にはやはり同校の体制への反発からエコールノルマル音楽院が設立された (1914)。またローマ賞を巡った『ラヴェル事件』がスキャンダルとなり、デュボワが学長の職を退く結果となった。 デュボアの辞職を受けて第七代目学長の座についたフォーレ (1905 - 1920) は、指揮 (1914)、ティンパニ (1914)、マイムなどのクラスの充実の他、対位法やフーガのクラスを設立して作曲科と音楽書法科の分離を行ったり、作曲法や和声法を学ぶ生徒に対して音楽史を必修科目としたり、声楽のカリキュラムを変更ならびに充実させ、合奏や合唱を重視するなど、音楽院の抜本的な教育制度改革を行った。フォーレによって和声の教授に任命されたブーランジェのクラスからはピエール・アンリらが輩出され、また、ソルフェージュクラスの教授、後に対位法、フーガのクラスの教授となったノエル・ギャロンのクラスからは、モーリス・デュリュフレ 、オリヴィエ・メシアン 、アンリ・デュティーユなどが輩出された。作曲科教授となったヴィドールのクラスからはアルテュール・オネゲルらが、ヴィドールの後を受けて作曲科、管弦楽法クラスの教授となったポール・デュカスのクラスからは、ダリウス・ミヨーらが輩出された。