明治に入ると文鳥・金魚の養殖がますます盛んになり、1872年（明治5年）には前ヶ須に最初の商業地が設けられた。それまで東海道は愛知県と三重県の間は七里の渡しが主なルートだったが、この間を陸路で結ぶ新東海道が現在の弥富市域を通る形で開設され、前ヶ須に渡し場と駅宿が設けられた。後には海西郡の郡役所も置かれている。その地は現在、弥富市歴史民俗資料館となっている。廃藩置県後に鍋田川左岸で三重県桑名郡に属していた地域（小島新田・五明村・川原欠新田・富島新田・富島付新田・富崎新田・加稲新田・加稲付新田・加稲山新田・加稲九郎治新田・稲荷崎新田・稲荷崎付新田・三好新田・境新田）については、1880年（明治13年）に愛知と三重の県境を木曽川及び鍋田川と定め、愛知県海西郡に編入されて現在は弥富市の一部になっている。1889年（明治22年）、町村制施行により鯏浦村・平島新田・前ヶ須新田・中山新田村と旧伊勢領の五明村・小島新田を合併し、海西郡彌富村が発足した。彌（弥）富は「いよいよ富む、いやがおうにも富む」事を願って命名された瑞祥地名。1898年刊行の『愛知県海東郡志』には「彌富は維新後、東海道の駅次となり、海西郡役所のある所にして、一市街をなし、警察署、郵便局、高等小学校、停車場等ありて、稍繁華の地なり」と記されている。1903年（明治36年）に町制施行により、海西郡彌富町に改称。1906年（明治39年）に市腋村の荷之上・五之三地区、および十四山村の鎌倉新田地区を彌富町に編入した（同時に町内前ヶ須新田・中山新田地区を海西郡鍋田村に編出）。1913年（大正2年）、海東郡と海西郡が合併し海部郡が成立したため、海部郡彌富町に改称。
1607年（慶長12年）、徳川家康の命により御囲堤が設けられたことをきっかけに、藩や豪農、豪商による大規模な干拓新田の開発が行われるようになる。時に水害によって水没しながらも再度の開発が繰り返され、南へと新田が延びていった。現在の市域の大部分はこの時代以降に陸地化されたものである。元々、国境である木曽川の流し出した土砂の堆積に輪中を造る事で成立した村々であるだけに、東側が尾張（尾張藩）、西側は伊勢（長島藩）という不文律こそ有っても、新しく（あるいは再度）開発する土地についての領有争いも多かったと言う。木曽川の流路変更による国替えなどもあったが、現在の市域の大部分を占めた尾張藩領（尾張藩佐屋代官所管轄）と犬山藩領の飛び地は尾張国、南西部の長島藩領と北西部にあった天領（笠松代官所管轄）は伊勢国という形で明治を迎えている。江戸後期からは漁業や海苔の養殖が始まり、特に海苔養殖に関しては尾張藩主から「蓬莱海苔」との称号を与えられるほどの名産となった。また市の特産品であるキンギョ（弥富金魚）の養殖とブンチョウの飼育もこの頃から始まる。
エリザベスは（しばしば外交上の策略にしか過ぎない）結婚問題を公にし続けた。ダドリーの求婚は別として、エリザベスは結婚問題を外交政策として扱った。彼女はスペイン王フェリペ2世の求婚は1559年に拒否したものの、数年に渡り彼の従弟のオーストリア大公カール2世との婚姻を交渉している。議会は繰り返し結婚を請願したが、彼女は常に言葉を濁して答えていた。1563年に彼女は帝国の使節にこう語っている。「もしも私が私本来の意向に従うならば、『結婚した女王よりも、独身の乞食女』ということです」。同じ年にエリザベスが天然痘に罹ると後継者問題が激化した。議会は彼女の死による内戦を防ぐために女王に結婚か後継者の指名を迫った。その4月に彼女は議会を閉会させ、1566年に課税への支持を必要とするまで再開させなかった。庶民院は彼女が後継者を示すことに同意するまで特別補助金を差し控えると脅した。1566年議会でロバート・ベル (en) がエリザベスの制止にもかかわらず、大胆にもこの問題を追及すると、彼は彼女の怒りの標的になり「ベル氏とその共犯者は貴族院で意見を開陳して、彼らを納得させなさい」と言われている。1566年、彼女はスペイン大使にもしも結婚せずに後継者問題を解決できるならば、そうするだろうと打ち明けている。1570年までに政府の高官たちはエリザベスは結婚せず、後継者を指名もしないであろうことを受け入れた。ウィリアム・セシルは既に後継者問題の解決法を模索していた。この立場のために、彼女の結婚の失敗により、彼女はしばしば無責任だと非難された。エリザベスの沈黙は彼女自身の政治的な安全を強化した。彼女はもしも後継者を指名すれば、彼女の王座がクーデターの危機にさらされると知っていた。1568年にハプスブルクとの関係が悪化すると、代わりにエリザベスはフランスのヴァロワ家の2人の王子との結婚を考えた。最初はアンジュー公アンリ（後のフランス国王アンリ3世）であり、その後（1572年から1581年）は彼の弟のアンジュー公フランソワである。この最後の提案は南ネーデルラントを支配していたスペインに対抗するためのフランスとの同盟構想と結びついていた。1579年にアンジュー公フランソワは求婚のため来英してエリザベスと面会しており、 エリザベスは彼が噂されていたよりは「それほど醜くはない」ので、彼に「蛙 (frog)」の愛称をつけた。エリザベスはこの求婚を真剣に考慮していたようで、アンジュー公が彼女へ贈った蛙形のイアリングを身につけている。カトリックのフランス王族との結婚には反対論が非常に強く、結局、この縁談は成立しなかった。1584年にアンジュー公フランソワは若くして死去し、この報を受けたエリザベスは悲しみ喪に服した。エリザベスの未婚は処女性の崇拝を生じさせた。詩や肖像画において、彼女は普通の女性ではなく処女や女神として描写された。当初はエリザベスの処女性を美徳とするものであった。1559年に彼女は庶民院において「大理石の墓石にこの時代を治めた女王、処女として生き、死んだと刻まれれば満足です」と発言している。これ以降、とりわけ1578年以降、詩人や作家たちはこの題材を取り上げ、エリザベスを称揚するイコンに転じた。隠喩 (metaphor) や奇想 (conceit) の時代、神の加護の元に彼女は王国そして臣民と結婚した者として描かれた。1599年にエリザベスは「私のよき臣民、すべてが私の夫だ」と語っている。