10世紀頃、日宋貿易において宋との交易通貨となっていた東北の金の供給が滞ったため、その代替として九州から朝廷へと献上される貢祖品を当てること事となり、太宰府が受領などを通じてその徴収に当たった。なおこの頃、997年（長徳3年）に長徳の入寇（新羅の入寇の一）があり、高麗のほか「南蛮の賊、奄美島人」が汎く九州に入寇、襲撃しており、翌長徳4年（998年）には太宰府から喜界島（城久遺跡）に対し反乱を起こした南蛮人（奄美大島）を征伐する命が下りているが、これは太宰府の徴税、統制強化に対する反乱とも考えられている。この一方で、城久遺跡から宋産の白磁食器、肥前産の石鍋とカムィ焼がセットで出土する事から、喜界島が太宰府と南島（琉球弧）との間の交易（この時代は「貝の道」）の中継点になっていたとする。11世紀頃、日本の朝廷と高麗との間には正式な国交がなかったが、この頃から九州の太宰府が非公式に高麗との貿易を始めている。これは逆に言えば、1080年（承暦4年頃）の太宰府解に『商人の高麗に往反するは，古今の例也』とあるとおり、朝廷がこれを統制しなかったと言う事でもある。また畿内の仏門も有形無形の文化的交流を高麗と持っていた。太宰府側は対馬、壱岐や九州の豪族名主の許可書の元、高麗、李氏朝鮮と交易を行っていた。
壊滅したと思われたブルメシアだが、ブルメシアの王たちはブラネたちが着くよりも早く聖地クレイラへと逃げていた。ジタン達はクジャの言葉を聞き、聖地クレイラに先回りすることができた。が、ここも程なく黒魔道士の襲撃にあってしまった。一行は再度現れたベアトリクスにまたも敗れてしまう。間一髪、敵の黒魔道士のテレポート魔法に便乗しクレイラを脱け出すジタンたち。壊滅状態のクレイラにブラネが光り輝く宝玉をかざすと、空から召喚獣・オーディンが現れ、一撃でクレイラを壊滅に追いやってしまった。衝撃によりクイナとはぐれてしまったが、一行はアレクサンドリアの軍艦、レッドローズに忍び込み、恐ろしき事実を知る。ブラネによれば召喚獣の力はダガーよりひきだしたものであるという。ジタンらは、さらなる力を引き出すため、召喚士としての力を秘める娘を手にかけようとするブラネからダガーを救うべく、アレクサンドリアへ急ぐ。一方、リンドブルムを抜け出たダガーとスタイナーはアレクサンドリアを目指していた。南ゲートを抜け山頂の駅で彼女らは盗賊団のメンバー・マーカスとの再会を果たした。直後、ダガーを追ってきた黒のワルツ3号と対決。もはや正気を失い、それでも執念だけで立ち向かってくる彼を見て「どうしてそこまで……」とショックを受けるダガー。黒のワルツ3号を倒した一行はブランクの石化を直すためにやってきた盗賊団のメンバーとともにトレノへと向かう。トレノで石化を直すための道具を手に入れた彼らは、ダガーの昔の家庭教師であったトットと再会する。彼らはトットに導かれ、ガルガントという生物を利用した乗り物に乗り込み、アレクサンドリアへと急ぐ。しかし、アレクサンドリアにたどり着いた途端に一行は罠に掛かり、マーカスとスタイナーは幽閉され、ダガーはゾーンとソーンによって捕まってしまい、眠りの魔法をかけられ目を覚まさなくなってしまった。レッドローズに乗ってやってきたジタン達と檻から抜け出したスタイナー達は合流し、ゾーンとソーンによって召喚獣を抽出されているダガーを助けに向かう。ゾーンとソーンを倒した一行はベアトリクスと遭遇。3度目の戦いも彼女に追い詰められてしまうが、ジタンの言葉によりベアトリクスは目を覚まさないダガーに気づく。そして今まで自分のしてきたことの間違いに気づき、眠りの魔法を打ち消した。ベアトリクスはジタンたちを逃がすためブラネに反旗を翻し、スタイナーもまたジタンにダガーのことを頼むと頭を下げる。フライヤも加勢のため一行を離れた。ジタン、ダガー、ビビはガルガントに乗り込み、トレノへと脱出しようとするがモンスターに追いかけられてしまい、トレノではない、リンドブルムの東にあるピナックルロックスへとたどり着く。ピナックルロックスにいたラムウの力を借りて、ダガーは召喚獣の力を使いこなせるようになったが、ピナックルロックスを抜けた一行が見たものは、炎上し、ブラネに召喚されたアトモスによって壊滅状態に追いやられたリンドブルムであった。リンドブルムでシドと面会した一行は、クジャは外側にある大陸の方へ消えていったという情報とク族の沼が外側の大陸に通じているかもしれないことを聞き、ク族の沼へ急ぐ。ク族の沼でクイナと再会した一行はフォッシル・ルーを発見し、進んでいく。ブラネに雇われた殺し屋のラニの襲撃を受けるも、一行はフォッシル・ルーを抜ける。すると、外に広がっていたのは、霧のない赤土の大地――「外側の大陸」だった。たどり着いたドワーフの住む里コンデヤ・パタで「クロマ族」の噂を聴いた一行は、マグダレンの森の中にある、枯れた森にたどり着く。そこは意識を獲得した黒魔道士が集まってつくった黒魔道士の村であった。そこでクジャの居所を聞いたジタン達はドワーフ達に聖地と呼ばれている場所に行くために、しきたりとなっている神前の儀を終え、聖地を目指す。その途中に出会った召喚士の少女エーコに誘われ、一行は廃墟となった召喚士の村マダイン・サリに訪れる。エーコはそこで友達のモーグリ達と暮らしていた。その後、クジャの手がかりを探してイーファの樹を訪れた一行は、イーファの樹の奥深くで霧を作り出していたザ・ソウルケージを倒し、霧を消滅させることに成功する。だが、イーファの樹を抜けた一行にマダイン・サリの宝が盗まれたという知らせが入る。急いで戻ったのも束の間、エーコ自身もその泥棒に捕まってしまう。泥棒の正体はラニであった。しかし突如現れた「焔色の髪の男」の手により撤退。彼の正体はブラネによって雇われた2人目の殺し屋であった。ジタンとの一騎討ちに敗れたが、命を救われた焔色の髪の男はサラマンダーと名乗り、ジタンとの決着を付けるために旅に同行することを決める。また、エーコも村を出てともに旅をする決意をする。そのころ、クジャがイーファの樹に現れたことを知り、一行はイーファの樹へと向かう。そこへ現れるクジャ。そしてブラネ率いる艦隊の姿。もはやクジャを用済みと断じたブラネは彼を抹殺し、そして外側の大陸まで支配するべく現れた。バハムートを召喚し、ブラネ艦隊はクジャに攻撃を仕掛けるが、空から現れた謎の目によって捕らわれ、洗脳されたバハムートに返り討ちにあってしまう。今まで他国を滅ぼしたように艦隊もまた召喚獣によって滅ぼされ、クジャはまたもや姿を消し、ブラネはダガーに「思うように生きよ」と残して息を引き取った。