1503年7月、チェーザレは軍を率いてローマへ入ったが、8月にアレクサンデル6世と共に原因不明の重病に陥った。現在ではマラリアに感染したとの説が有力であるが、グイチャルディーニやヤーコプ・ブルクハルトは「毒入りワインを飲んだことが原因である」としている。8月18日、アレクサンデル6世が死去したものの、チェーザレはいまだ病の床におり、状況の変化への機敏な対応が出来なかった。この機を捉えて、グイドバルドやバリオーニらが元々の領土の当主の座に戻った一方で、イーモラやフォルリはカテリーナ・スフォルツァの帰還を拒んでチェーザレにつくことを示した。アレクサンデル6世の後継教皇となったピウス3世は即位後1か月弱で死去、ピウス3世の後継となったのはかつて父と教皇の座を激しく争ったジュリアーノ・デッラ・ローヴェレ（ユリウス2世）であった。その際にチェーザレは「教皇軍最高司令官」及び「ロマーニャ公」の地位の確保をユリウス2世と密約して、教皇就任を後押しした。11月、チェーザレはローマからロマーニャへの帰路についたが、密約を反故にしたユリウス2世の命によってチェーザレは捕縛され、ローマへと移送されることとなった。なお、この時のチェーザレの判断をマキャヴェッリは「誤った選択をし、チェーザレが破滅した最終的な原因となった」と記している。12月、ミケロット・コレッラ率いる軍勢がフィレンツェ共和国軍と戦ったものの敗北し、ミケロットは捕虜となった。
1500年8月、チェーザレは内紛状態にあったチェゼーナを、軍を動かすことなく手に入れた。更にアレクサンデル6世によりマラテスタ家（Malatesta, リミニ）、マンフレディ家（ファエンツァ）、スフォルツァ家（ペーザロ）を破門・宣戦布告したことを受けて、チェーザレはイーモラ攻撃時と同様にフランスの応援部隊及び傭兵から成る12,000の兵を率いて、リミニへ向けて進軍した。10月、リミニを支配していたパンドルフォ4世マラテスタがチェーザレ到着を前にチェーザレに降伏を申し出て国外へ退去し、チェーザレはリミニへの無血入城を果たした。続いてペーザロへ進軍したが、ペーザロを支配していたジョヴァンニ・スフォルツァもチェーザレ到着前に遁走しており、やはり無血入城を果たした。更にファーノへ向かって進軍しこれを降伏させた。11月、アストール3世マンフレディを当主とするファエンツァに到着したが、ファエンツァはチェーザレの降伏勧告を拒否して抵抗する姿勢を示した。ファエンツァの抵抗は激しく、チェーザレの再三にわたる攻撃を退けたものの、1501年4月にアストールの命を保証することを条件にファエンツァはチェーザレに降伏した。後にアストールはローマへ送られ、1502年1月にサンタンジェロ城で暗殺された。ファエンツァ陥落を受けて、アレクサンデルはチェーザレをロマーニャ公爵に任じた。
1499年11月、アレクサンデル6世の宣戦布告を受けて、チェーザレはフランスからの応援部隊（ルイ12世との協約による）及びスイスやスペイン、イタリア各地のコンドッティエーレ（傭兵）から構成された15,000の兵を率いて、カテリーナ・スフォルツァの治めるイーモラ及びフォルリへ向けて進軍した。カテリーナはチェーザレの侵攻前に教皇アレクサンデル6世宛に毒薬入りの手紙を送ったものの、アレクサンデル6世には届かずに未遂に終わったと伝わっている。なお、カテリーナはチェーザレの侵攻を前に自らの子供や財産をフィレンツェに送った上で、防戦に向けた準備に入ったが、国内は親チェーザレ・反チェーザレに2分された。結局、イーモラでは一部の砦で抵抗があったものの、チェーザレは陥落させて、イーモラを手中に収めた。12月、フォルリへ到着したチェーザレはフォルリ近郊の砦に籠城するカテリーナ軍への攻撃を開始した。カテリーナは激しく抵抗したが、2か月にわたる戦闘の末に最後はチェーザレ軍がカテリーナを捕縛した事で、勝利を収めた。裏切り者による仕業とも示唆されている。1500年2月、チェーザレは軍の一部を率いてローマへ入城。同時期に行われた謝肉祭にて、チェーザレ自身の先の戦功に関連付ける形で、11頭立ての馬車から構成された古代ローマのガイウス・ユリウス・カエサルが行った凱旋式と同様の催しを挙行した。3月、バチカンにてアレクサンデル6世は、イーモラとフォルリの統治権をチェーザレに与えることを公布すると共に、チェーザレを教会軍総司令官に任命した。7月、ルクレツィアの夫であったアルフォンソが何者かによって襲撃される事件（8月に死去）が発生した。フランスと微妙な関係にあったナポリ王家の一員であったアルフォンソの死によって、最も利益を得る立場にあったチェーザレが真犯人として疑われたものの、真相は闇の中に消える事となった。
民事訴訟における法律解釈の統一を図る必要がある一方で、最高裁判所の過大な事務負担を軽減すべきと考えられたことから、刑事訴訟における上告受理と類似の制度として、平成10年1月1日施行の民事訴訟法の制定で導入した制度である。旧民訴法では、結論に影響を及ぼす法令違背も上告理由となっていたが、増大する上告事件により最高裁の負担が大きくなり、法令違背について裁量による上告受理制度とすることで負担軽減を図っている。最高裁判所が上告受理の申立てがされた事件を受理するかどうかはその裁量に委ねられており（民事訴訟法318条1項）、たとえ客観的に法令の解釈に関する重要な事項を含む場合であっても事案の成熟性、その他の理由から受理がされない（上告受理申立不受理決定）こともある。最高裁判所は上告を受理する場合であっても、申立ての理由中に重要でないと認めるものはこれを排除することができる（同条3項）。受理がなされる事案の場合でも、高裁の判断が分かれるような事案の場合、実際は2～3年（長いものの場合は5年程度）にわたって決定を出すものを先延ばして、上告受理申立の件数がある程度蓄積するところを待ち、高裁の判決を変更する方を受理して、高裁の判決を維持する事件は上告不受理とすることが多い。高裁の判断は分かれていないが重要な法令解釈に関する事件で、高裁の判断を維持しようとする場合は、代表的な事件のみ受理して棄却判決を出し、ほかの事件は上告不受理とすることが多い。そのため、最高裁判所が上告受理申立不受理決定をした場合であっても、それは原判決の法令解釈の正当性を最高裁判所が積極的に認めたと判断することはできない。Aという法令解釈を示す高裁判決が何件もあり、これに対して何件も上告受理申立がなされ、それに対し最高裁判所が上告受理申立不受理決定を何件もしている（つまりAという解釈に基づく高裁判決を覆していない）法律上の論点について、最高裁判所がある日突然に上告受理申立を受理し、Aという解釈を否定してBという解釈を採用し、A解釈に基づく高裁判決を覆す判断を下すこともよく見られる。最高裁判所が上告審として受理した後は、基本的に通常の上告と同様に扱われる。