山梨県では1903年（明治36年）6月には中央線が開通し、甲府から西へ進んだ路線は町域の大下条・長塚を通過している。大下条に隣接する現在の甲斐市竜王新町には同年12月に竜王駅が開設され、町域からの最寄駅として機能している。1872年には睦沢村亀沢に睦沢小学校が創立され、1875年（明治8年）には新校舎が建設される。この新校舎は山梨県知事藤村紫朗が推進した擬洋風建築の建物で「藤村式建築」と呼称された。旧睦沢小学校校舎は1966年（昭和41年）に甲府市古府中町の武田神社へ移築され、2010年（平成22年）には甲府駅北口広場に再移築され甲府市藤村記念館となっている。明治から昭和初期には荒川沿いに水車による精米業が行われ、甲府市場に出荷していた。戦後には町域南部が甲府市のベッドタウンとなるが、北部の山岳地帯では過疎化が進行している。
近世には巨摩郡北山筋に属し、22か村が成立する。町域は甲府城背後の山間地域にあたり、甲府城下に用材を供給し、城の普請にも携わっている。町域には林業の専門技術を提供して特権を得る杣（そま）や大鋸（おが）と呼ばれる村々があり、亀沢川流域に位置する上芦沢、下芦沢、上福沢、下福沢、神戸、安寺、打返、漆戸、上菅口、下菅口、獅子平、草鹿沢（甲府市）の12か村は地域的な関係が強く北山筋12箇村と総称され、御用仙として加藤光泰、浅野氏ら豊臣系大名時代の甲府城建設にも動員されており、諸役免除の特権を得ている。12箇村は仙御用の由緒を記した共有文書を保持し、宝暦7年の高掛三役の新規上納に反対し、連帯して特権維持の訴願運動を行った。
町域には旧石器時代の遺跡は見られないものの、縄文時代からの考古遺跡が分布している。縄文遺跡は亀沢川流域に多く分布しており、北部山間部より南部平坦地に集中する。大下条の金の尾遺跡は弥生時代の集落遺跡を主体としているが、縄文前期から中期の住居跡や縄文土器などの遺物が出土している。また、滝下の金ノ宮遺跡は縄文中期の大規模集落として知られる。金の遺跡は県内で少ない弥生時代の集落遺跡で、弥生後期を中心に水田遺構は見られないが住居跡や土坑内の壺棺を伴う方形周溝墓が検出され、弥生土器などの遺物も出土している。古墳時代の遺跡には大下条の御岳田遺跡が古墳前期の集落遺跡で、甲府盆地南部の曽根丘陵地域（旧中道町）にヤマト王権の影響を受けた大型古墳が築造されていた時期にあたる。6世紀には中道勢力が衰退し盆地各地へ古墳築造が拡散し、隣接する甲府市千塚・湯村では加牟那塚古墳や万寿森古墳など横穴式石室を伴う盆地北西部勢力の大型古墳が出現する。町域でも境の大塚古墳や島上条の大庭古墳など横穴式石室をもつ古墳4基が現存している。また、金の尾遺跡や大下条の松ノ尾遺跡は同時代の集落遺跡がある。古代の律令時下では巨麻郡に属する。甲斐国は早くから仏教文化を受容し、盆地北縁部では笛吹市春日居町寺本に寺本廃寺（寺本古代寺院）があり、甲府市川田町には寺本廃寺へ瓦を供給した川田瓦窯跡があるが。町域では天狗沢に7世紀中頃の天狗沢瓦窯跡があり、供給先は不明であるが瓦を供給していたと考えられており、平安仏も出土している。また、中下条・上下条の松ノ尾遺跡は奈良・平安時代の集落遺跡として知られ、近辺は巨摩郡家が所在した可能性も考えられている。
プライマー対は、それぞれに対してアニーリングが同時に行なわれるため、似た融点を持つ必要がある。融点 Tₘ が反応のアニーリング温度よりも大幅に高いプライマーは誤分子交雑を起こし誤った場所で伸長するおそれがあり、Tₘ がアニーリング温度よりも低い場合はアニールに失敗し伸長が全く起こらないおそれがある。プライマー配列はDNA領域を一意に選択できるよう、近傍の類似配列との誤分子交雑の可能性を避けられるように決める必要がある。普及している手法はBLASTサーチと呼ばれ、プライマーが結合する可能性を持つ領域を表示することができる。ヌクレオチド配列とプライマー配列の両方をBLASTは検索することができる。NCBIによるフリーなツール、Primer-BLAST はプライマー設計とBLASTサーチを一つのアプリケーションに統合しており、同様の商用ソフトウェア製品として ePrime や Beacon Designer が挙げられる。プライマー設計を支援するために、PCRの理論的結果をコンピュータシミュレーション（電子PCR）が行われることもある。特定のPCR応用用途のプライマー設計向けには多数のフリーなオンラインツールが利用可能である。有名なツールとして、幅広い特徴にマッチするプライマーを見つけることのできる Primer3Plus や PrimerQuest が挙げられる。GeneFISHER を使えば、多様な鋳型DNAを標的とすることのできる高縮退度プライマーをインタラクティブに設計することができる。DECIPHER を使えば、多数の類似DNAの存在下でいくつかの特定の鋳型DNAに対して選択性の高いプライマーを設計することができる。モノヌクレオチドおよびジヌクレオチド反復はループ形成を起こし、誤分子交雑に寄与しうるため避けるべきである。プライマーは混合された別のプライマー（同配列の別分子鎖と逆配列のものと両方）と容易にアニールするべきではない。この現象はプライマーダイマーと呼ばれる夾雑物を生じさせるおそれがある。加えて、内部ヘアピン構造やループの形成は鋳型DNAとのアニーリングを妨げるおそれがあるため、自分自身とのアニールが強くてもいけない。TAクローニング用のプライマー設計時には、5′末端と3′末端にAGテールを追加することで効率を向上させることができる。逆プライマーはcDNA配列の逆相補配列を持つ必要がある。逆相補配列はオンライン計算サービスなどで容易に決定できる。