「神経学」は「Neurology（脳神経など臓器としての神経学）」の日本語訳である。1902年に「（旧）日本神経学会 (Japanese Society of Neurology)」が三浦謹之助と呉秀三により創設され、ドイツ医学の影響を受ける内科医や精神科医らが多く募り、1935年に「日本精神神経学会 (Japanese Society of Psychiatry and Neurology)」へ改称される。1960年に「（新）日本神経学会 (Japanese Society of Neurology)」が内科系医師を中心に設立されて分離独立するも、日本精神神経学会の名称に「『神経』及び『Neurology』」が残り、日本では「Neurology（神経学）」を冠する「精神神経科」と「神経内科」の2つの診療科がある。現在は「精神科」と「神経内科」の取扱い領域は分かれており、「神経学」は主に「神経内科」で取り扱う。また、近年では診療科として脳神経外科と神経内科が共に「脳神経センター」や「脳卒中センター」を設置している施設もある。平成29年度に開催された第4回日本神経学会理事会で、日本神経学会として標榜診療科名を「神経内科」から「脳神経内科」に変更することを決めた。これは心療内科や精神科と区別する事や脳卒中や認知症等の脳神経を専門的に診療する科である事が社会一般的に周知されていない現状を踏まえて、診療内容が世間に広く知られている「脳神経外科」の内科側との位置づけを明確にしたものである。
耳川の戦い後、大友領内の各地で国人の反乱が相次ぎさらに島津義久や龍造寺隆信、秋月種実らの侵攻もあって大友氏の領土は侵食されていく。宗麟は本州で大勢力となった織田信長に接近し、島津氏との和睦を斡旋してもらう。さらに信長の毛利攻めに協力することなどを約束していたが、本能寺の変で信長が倒れたことによりこれらは立ち消えとなった。天正12年（1584年）に沖田畷の戦いで龍造寺隆信が島津義久の弟・島津家久に敗北を喫し戦死すると、立花道雪に命じて筑後侵攻を行い、筑後国の大半を奪回した。しかし天正13年（1585年）に道雪が病死してしまい、これを好機と見た島津義久の北上が始まることとなる。家臣の高橋紹運・立花宗茂父子の奮戦で島津軍の侵攻を遅らせたが（岩屋城の戦い）、大友氏単独で島津軍には対抗出来なくなっていた。このため天正14年（1586年）、宗麟は中央で統一政策を進める豊臣秀吉に大坂城で謁見して、豊臣傘下になることと引き換えに軍事的支援を懇願する。これに対し島津義久はその後も大友領へ侵攻し（豊薩合戦）、同年12月には島津家久軍が戸次川の戦いで、大友氏救援に赴いた豊臣軍先発隊を壊滅させ、さらに大友氏の本拠地である豊後府内を攻略する。この時、臼杵城に籠城していた宗麟は大砲・国崩し（フランキ砲）を使って臼杵城を守った。しかし、大友氏はもはや数ヶ月すら持ち堪えられないところまできており、滅亡寸前にまで追い詰められた。天正15年（1587年）、滅亡寸前のところで豊臣秀長の軍勢が豊前小倉においた先着していた毛利輝元、宇喜多秀家、宮部継潤らの軍勢と合流し、豊臣軍の総勢10万が九州に到着。同年4月17日に日向国根城坂で行なわれた豊臣秀吉軍と島津義久軍による合戦（根白坂の戦い）においては、砦の守将・宮部継潤らを中心にした1万の軍勢が空堀や板塀などを用いて砦を堅守。これを島津軍は突破できずに戦線は膠着状態に陥った、秀長麾下の藤堂高虎の500名と宇喜多秀家麾下の戸川達安の手勢らが守死奮闘の継潤を救援に向かった。結果、島津軍は島津忠隣、猿渡信光が戦死するなど甚大な損害を出して敗走した。この戦いは、「豊後国にて防備を固めよ」という秀吉の命令を順守せず、独断で会戦（戸次川の戦い）に望んだ上で敗北した仙石秀久の失態を挽回、秀吉による九州平定を盤石なものにし、窮地に陥っている大友義鎮を救った戦いであった。5月13日、秀吉は秀長へ全11ヶ条の条々を下す。大隅・日向両国の人質解放を命令したこと、長宗我部信親の戦死を悼み大隅国を長宗我部元親へ下す予定、島津義久降伏の様子、毛利輝元、小早川隆景、吉川元長を薩摩国に移陣させること、志賀親次の忠節に報い大友宗麟の判断で日向国内に城を与えること、大友義統と談議し豊後国内の不要な城の破却命令、日向国における大友宗麟の知行取分は宗麟の覚悟次第とすること、宇喜多秀家、宮部継潤、蜂須賀家政、尾藤知宣、黒田孝高に日向国、大隅国、豊後国の城普請および城わりを命令、豊前国の不要な城の破却と豊後・豊前国間に一城構築すべきこと、越権行為は成敗することを通達。（『大友家文書録』）宗麟は戦局が一気に逆転していく中で病気に倒れ、島津義久の降伏直前に豊後津久見で病死した。58歳。死因はチフスが有力とされる。九州平定後、秀吉の命令で義統には豊後一国を安堵された。秀吉は宗麟に日向国を与えようとしていたが統治意欲を失っていた宗麟はこれを辞退した、もしくは直前に死去したとされている。墓は大分県津久見市内と京都市北区の龍寶山大徳寺の塔頭寺院である瑞峯院にある。さらに津久見市上宮本町の響流山長泉寺に位牌がある。肖像画は瑞峯院に所蔵されている。宗麟の死の直後はキリスト教式の葬儀が行われ墓は自邸に設けられたが、後に義統が改めて府内の大知寺で仏式の葬儀を行い墓地も仏式のものに改めた。その後、墓は荒廃したが寛政年間（1789～1801年）に宗麟の家臣の末裔である臼杵城豊が自費で改葬した。津久見市内の現在の墓所は昭和52年（1977年）に当時の大分市長・上田保によって新たにキリスト教式の墓として、従来の場所から移されたものである。