ヘッケルの反復説は、数々の点で批判の対象となってきた仮説でもある。まずヘッケルは、反復が動物発生にみられるのは「系統発生が個体発生の直接原因であるため」としていたが、これに対する批判があった。現在の生物学では至近要因と究極要因という因果関係の概念的区別がなされているが、当時はこういった考え方は一般的ではなく、むしろ反復説に対する批判を通してこういった概念の区別がなされるようになったとされる。また、ヘッケルは自身の反復説の法則性を重要視するあまり、自説にあわない観察事例をすべて例外と位置づけて軽視したことも、当時の研究者の批判を浴びることにつながった。他にも、彼は自己の考えを強調するために図を歪曲したり、彼が進化の中間型として発表した微生物が偽物だったりと捏造があったことが指摘されており、彼の科学データの信用性を損なうこととなってしまった。近年でも「個体発生は系統発生の反復はしないが、発生の初期ほど進化的により古い形質が現れる傾向にある」といった考えは根強く、フォン＝ベーアやヘッケルと似た発想を支持する研究報告は少なくない。一方で、（発生砂時計モデル）という新しい仮説も出されているが、研究者間で共通見解に到達していないのも事実であり、ヘッケル以来大きな進展のない分野でもある。ヘッケルの反復説の社会的影響は、ダーウィニズムと同様、曲解に近い形で社会的広がりを見せた。たとえば子供は大人にくらべて進化的に前の段階であるとか、いわゆる原始的種族は、進化の段階が低い状態にあるといった拡張がおこなわれ、ナチス・ドイツを始めとするレイシズムに利用されることもあった。
以上、この説は主として解剖学的な構造を元に唱えられたが、後に生理学的な分野でも類例が発見された。例えば、動物は一般に代謝の過程でタンパク質の分解産物としてアンモニアを生じ、これを排出するが、アンモニアは水溶性のため、水に溶けた形で排出せねばならない。陸上生活では水は貴重であるから、これを避ける適応として、両生類ではアンモニアから尿素を合成し、体内で蓄積して排出する。さらに爬虫類・鳥類では不溶性の尿酸とすることで水分の排出量を大きく減少させた。ところが、鳥類の胚はアンモニアや尿素を排出していることが分かった。ニワトリの場合、最初期にはアンモニアを排出し、その量は4日目頃が最高となる。しかし3日目頃より尿素の合成が始まり、そのピークは10日目頃になる。さらに遅れて5-7日目頃より尿酸の合成が始まり、12日目頃以降はこれが主体となる。つまり、発生の過程で排出物の種類も進化の過程をたどるように変化していることが分かっている。逆の例がアフリカツメガエルで、このカエルは一生涯を水中生活で過ごし、成体もアンモニアを排出している。ところが、変態直後には一時的に尿素を排出する。これもこのカエルが陸上生活の祖先を持つもので、現在の水中生活が二次的なものと考えると説明が付く。
ズバイルとタルハは一度はアリーにバイアを行ったが、メディナを抜け出してメッカのアーイシャと合流し、アリーがウスマーン暗殺の黒幕であると言い立てた。アーイシャ、ズバイル、タルハはウスマーンの血の復讐を大義名分とし、656年10月にウスマーンの支持者が多いバスラに入城して彼らの助力を期待した。バスラへの進軍中、タルハ、ズバイルはイエメンのカアブ、ラビーアのムンズル、バスラのアフナフらに協力を求める書状を送ったが色よい返事は得られなかった。当初バスラの住民はアリー、アーイシャのいずれを支持するかで意見が分かれていた。しかし、アリーからバスラの統治を命じられていたウスマーン・ブン・フナイフは投獄され、イスラム教徒同士の戦闘の抑止を試みたサハーバのフカイム・ブン・ジャバラはタルハによって殺害される。フカイムが殺害された後、タルハとズバイルはバスラに潜伏していたウスマーン暗殺の関係者を処刑し、バスラを完全に掌握する。ズバイルとタルハ以外に第二代カリフ・ウマルの子アブドゥッラーもメディナを脱出しており、アブドゥッラーがウマイヤ家のムアーウィヤの統治するシリアに向かったことにアリーは衝撃を受ける。当初メディナの住民はムアーウィヤの報復、アーイシャら反乱軍の攻撃を恐れていたが、アリーの鼓舞によって勇気を奮い立たせ、戦列に加わる。アリーはウスマーンの政策に不満を抱いていたアラブ人が多いクーファに移り、アーイシャらに対抗した。アリーの移動に先んじて、アリーの腹心であるアシュタルはアリー軍への参加を呼びかけながらクーファに向かい、クーファでアリーの受け入れの準備を整え、12,000人のクーファ市民がアリー軍に参加する。656年12月、バスラ郊外のワーディー・サブア（「ライオンの谷」の意）でアリー軍と反乱軍は対峙する。アリーがタルハにバイアの不履行を詰ると、タルハは先のバイアは脅迫されて行ったものだと言い返した。また、アリーはズバイルの多くの非を指摘した後でムハンマドの「汝が不義を為している時に限って彼と戦うものである」という言葉を引合いに出し、ズバイルは軍の引き上げを了承した。しかし、ズバイルは息子のアブドゥッラーの言葉を容れ、再びアリーと対陣した。戦闘の前夜にアリーは反乱軍の説得を試みて和解を呼びかけ、一度は反乱軍も提案を聞き入れかけた。しかし、夜間に処罰を恐れたウスマーン暗殺の参加者たちは反乱軍の陣営に襲撃をかけ、反乱軍はアリー側の攻撃と誤認して戦闘の準備を再開する。そして、反乱軍の動向を知ったアリーは彼らに和解の意思がないとみなして、開戦を決意した。戦闘中にタルハは流れ矢による出血によって落命し、ズバイルはメディナに退却する最中に殺害される。昼過ぎ、アーイシャは輿を付けたラクダに乗って戦闘の中止を呼びかけ、一度は戦闘が中断されたが、ウスマーンの殺害者たちがアーイシャに攻撃を加えたために戦闘は再開される。アーイシャはアスカルという名のラクダに乗り、陣頭に立って紅の籠の上から味方を鼓舞し、アリー軍を罵倒した。アスカルの周りで激戦が起き、アリーの兵士がラクダに矢を射かけたとき、70人ほどの反乱兵が身を挺してアーイシャを守り戦死する。この様子を見ていたアリーはラクダの脚を攻撃するよう命令し、反乱軍が逃走した際にラクダのひかがみが切りつけられた。ラクダの駕籠は取り外され、アーイシャは捕虜となった。反乱軍の兵数は約30,000人、アリー軍の兵数は約20,000人であり、戦死者は両軍合わせて10,000人に達した。戦利品はバスラの会衆モスクに集められ、アリーは自己の衣服と判別できるものは持ち帰ってもよいと告げた。アリーは戦死したズバイルとタルハに対して哀悼を奉げ、手厚い葬儀を行った。ズバイルを殺害した兵士は処刑され、自分の元に届けられたズバイルの剣を見てアリーは嘆息したと言われる。アーイシャは叱責を受け、40人の侍女と従兄弟のムハンマドを付けられてメディナに送り返された。