2007年はアメリカジョッキークラブカップから始動。2番人気に支持され、1番人気のインティライミを直線で交わすと、2着に5馬身差をつける勝利で重賞初制覇を達成した。続く日経賞では1番人気に支持され、前走同様、直線で一旦は先頭に立ったものの伸びを欠きネヴァブションの3着に敗れた。続いての天皇賞（春）では、先行するものの抜け出すことができず11着に敗れ、放牧に出された。放牧後は札幌記念にて復帰。1番人気に推されたものの7着に敗れた。しかし、続くオールカマーでは、冬に制したアメリカジョッキークラブカップと同様に4コーナーで先頭争いに加わり、直線では粘るシルクネクサスを交わしてゴール。重賞2勝目を挙げ、中山巧者ぶりを見せた。10月3日に発表された重賞・オープン特別競走レーティングでは、112ポンドの評価を得た。続いて天皇賞（秋）に出走。しかし、レース本番では苦手な左回りや、他馬にぶつかる不利も響き15着に敗れた。その後、第1希望で香港カップ、第2希望で香港ヴァーズに予備登録を行っていたが、馬インフルエンザの影響による検疫上の問題から香港への渡航を回避し、出走を見送った。そして得意の中山競馬場で開催される第52回有馬記念への出走を決めた。有馬記念当日、レース前の人気は9番人気と低かった。稍重馬場となったレースではメイショウサムソンや、ウオッカなどの有力馬が後方に位置するスローペースの展開となり、先頭に立ったチョウサンをマークしながら、終始内側の経済コースを通り、最後の直線に出たところで抜け出した。真ん中から競り掛けるダイワスカーレットを1 1/4馬身差で振り切って初のGI制覇を飾り大波乱を演出した。
2005年8月21日、札幌競馬場の新馬戦で蛯名正義を鞍上にデビュー。2着に7馬身差をつけて勝利したことにより注目される。その勢いで札幌2歳ステークスに向かい、アドマイヤムーンに次ぐ2番人気に推されるが同馬の6着に敗れた。その後5か月の休養に入る。明けて2006年、復帰戦となる3歳500万下条件戦を勝利すると、東京優駿（日本ダービー）への優先出走権を目指して青葉賞に向かったが、アドマイヤメインの4着と敗戦。東京優駿を諦めオープン特別の白百合ステークスに出走したが、ここでも7着に敗れた。3か月の休養を挟み、8月の札幌競馬で日高特別（1000万下）に出走し3勝目を挙げる。その後はセントライト記念に向かい3番人気に支持されるも第4コーナーで前の馬と接触し落馬競走中止。幸い大事には至らなかった。12月の中山競馬で、冬至ステークス（1600万下）をタイム差無しの2着の後、続くクリスマスカップ（1600万下）に勝利し、オープン入りを果たす。
目的は、バトル競技、ゲッチュ競技、レース競技において1位になること。プレイヤーの体力は、ビスケットではなくメーターのようなもので表示される。ジャケットもない。64ドットで形成されており、0になるとリタイア。「ゲッチュ!」という言葉は今回では聞けない。
ある日、カケルとナツミ、ハカセは3人でバーチャルワールドで開かれる「ハイテクオリンピア」に参加する。会場に到着後、カケルはハカセとナツミに「ガチャメカ使ったら僕が優勝するに決まってるじゃん!」と意気込むが、会場でハルカがトロフィーを返還する時にピポトロンの存在に気付く。決勝後（地球の危機編）には、優勝者がトロフィーをピポトロンによって奪われ、奪われたトロフィーを空中に投げることによりトロフィーは割れ、中に隠されていたディスクは謎の男に渡ってしまう。このディスクはハルカの父親が開発したもので、バーチャルワールドを支配出来るほどの強力な威力を持っているものであった。これによってバーチャルワールドは謎の男により変貌させられると共に、謎の男のしもべであったピポトロンは裏切られ、カケル達と共に元通りの世界を取り戻すために戦うことになった。
バーチャルワールドで開かれる「ハイテクオリンピア」という競技大会に参戦して優勝を目指すゲームである。これまでの作品とは異なり、ピポサルを捕まえる要素は存在しない。ゲーム内の各ステージにて好成績を収めるとピポサルのファンが増えていき、彼らから多種多様なファンレターやプレゼントを受け取るファンクラブシステムが特徴的。ファンクラブ会員の多くは『サルゲッチュ1』『2』に登場したピポサルであり、彼らのプロフィールやファンレターによると本作の時系列は少なくとも『2』以降である。
自然発酵法で行われた。「納豆」という語句が確認できる最古の書物は、11世紀半ば頃に藤原明衡によって書かれた『新猿楽記』である。同作中に「腐水葱香疾大根舂塩辛納豆」という記述があり、平安時代には納豆という言葉が既に存在していたことが確認できる。この記述の読み下しには諸説あるが（「舂塩辛」「納豆」、「舂塩」「辛納豆」、「大根舂」「塩辛納豆」など）、「辛納豆＝唐納豆」など、これは本来の意味の納豆、つまり現在の「塩辛納豆」を指すものであろうという意見が多い。本来の納豆の由来等、詳しくは本項目後述の「塩辛納豆」の節を参照。糸引き納豆は、「煮豆」と「藁」の菌（弥生時代の住居には藁が敷き詰められていた。また炉があるために温度と湿度が菌繁殖に適した温度になる）がたまたま作用し、偶然に糸引き納豆が出来たと考えられているが、起源や時代背景については様々な説があり定かではない。「大豆」は既に縄文時代に伝来しており、稲作も始まっていたが、納豆の起源がその頃まで遡るのかは不明である。糸引き納豆が資料として確認できるのは室町時代中期の御伽草子『精進魚類物語』が最古のものと言われる。なまぐさ料理と精進料理が擬人化して合戦する物語だが、「納豆太郎糸重」という納豆を擬人化した人物の描写は藁苞納豆と通ずるものがある。南北朝時代、丹波山国・常照皇寺にいた光厳法皇が村人に藁包納豆（山国納豆）の製法を伝えた記録が残る。戦国時代において、武将の蛋白源やスタミナ源ともなっていた。また江戸時代では、京都や江戸において「納豆売り」が毎朝納豆を売り歩いていたが、製法は容器に付着した納豆菌による自然発酵で行われていたため、不安定であったと考えられている。