開館前の2011年9月14日、GEヘルスケア・ジャパンにて、1回転64枚、幅0.625mmの間隔で断層撮影できるX線CT装置を用い、シーラカンス1頭（体長約170cm）の断層像を約2700枚分撮影し、これはCGにも合成された。
2階には、冷凍保存されたものと剥製にされたもの2種類のシーラカンスが展示されている。1979年に日本シーラカンス学術調査隊がアフリカ・コモロ沖の西インド洋で捕獲した個体5体のシーラカンスのうち、2体は2,500万円をかけて特注したガラス製の冷凍庫内で氷点下15度から18度に保冷され、3体は剥製として展示されている。大きいものは体長約1.8mある。また、CTスキャンを行いた立体映像が再現され、シーラカンスの鱗に触ることができ、内臓標本や魚拓が展示されている。シーラカンスが泳いでいる映像や捕獲に用いたカヌー、シーラカンス研究者の研究室も再現されている。2階入口のマスコットは「シーラ爺」という名のシーラカンスである。頭部はアニメーションの投影で表情が変わるように作られている。
館の1階では、世界中のユニークな生物で構成される「ヘンテコ生き物」コーナーや、光を発する魚が見られる「深海の光」コーナー、環境をテーマにした水槽やサンゴの養殖なども展示する。深海生物と浅い海とを比べたり、海底の廃棄物の展示もなされている。瞬間調光ガラスも使用している。
1942年（昭和17年）、日本陸軍の第59師団歩兵第53旅団の独立歩兵第42大隊は、臨清市を中心に東臨道北部に駐屯し、うち第5中隊を館陶県に配置していた。12月下旬当時、大隊主力は「と号作戦」と称する第12軍各部隊による掃討作戦に参加中で、大隊長の五十嵐直彦大佐も出陣して不在だった。第5中隊に対して、隊員のうち10人を大隊本部へ転属させるよう命令が出された。第5中隊長は、まずはK兵長ら6人に対し転属を命じた。K兵長らは、大隊本部への転属命令を、危険の大きな太平洋方面への転属の前段階と予想して不満に感じた。ある兵士の目撃証言によると、12月26日夜にK兵長らは中隊長室の前で、転属対象から外してほしいと泣いて懇願していたという。12月27日、第5中隊長ら幹部は、K兵長ら転属予定者6人を送るために壮行会を開いた。しかし、K兵長らは、酒の用意が少なかったことを不満として壮行会を退席してしまった。うちM上等兵ら4人は兵舎で飲酒後、規則を無視して町の食堂へと夜間外出しようとし、制止しようとした週番下士官や説得を試みたA准尉らを殴打。中隊長も胸倉を掴まれるなどした。K兵長ら2人も別に外出した。ほとんどは深夜になって帰営したが、M上等兵は食堂に無断外泊した。翌28日、K兵長ら3人が再度無断外出し、M上等兵と合流して町の食堂で酒盛りを始めた。大隊本部への出発予定時刻になっても帰営せず、中隊長の帰還命令も無視した。昼ごろになって、転属予定者のうちH上等兵は泥酔状態で中隊の本部へ乱入、A准尉を殴打した。竹刀で制圧しようとする下士官もあったが、なおも説得にこだわる中隊長が許さなかった。調子に乗ったH上等兵は銃剣を抜いて暴れだし、M上等兵も加勢して、中隊長ら幹部を追いかけ始めた。M上等兵は衛兵所にも侵入して窓ガラスを割るなど設備を破壊、備えつけの小銃を手にして発砲、手榴弾も投げた。その後、M上等兵とH上等兵、K一等兵は、小銃を乱射しながら駐屯地内外を徘徊したが、中隊長以下の幹部や衛兵司令らは実力行使を行わずに逃げ隠れしてしまった。その他の兵たちも危難を恐れて駐屯地外へ全員が逃げ出した。M上等兵らは町の食堂へ繰り出して夕方まで飲酒を続けた後、ようやく帰営。同僚兵士と記念撮影のあと、17時30分頃に転属先の大隊本部へ出発した。駐屯地を脱出した中隊長らは、近在の警察署の電話を借りて大隊本部へと事態を通報、K兵長ら転属者が出発した後の23時頃に駐屯地へと戻った。大隊本部は、到着したK兵長ら転属者を営倉入りさせるとともに、警備要員を館陶へ増派した。急ぎ帰還した大隊長や憲兵による捜査が始まり、翌1943年（昭和18年）1月6日には第12軍司令部から軍参謀や法務部長らも現地へ派遣された。1月7日、館陶駐屯部隊は第5中隊から大隊予備隊に交代となり、翌8日、第5中隊長は責任をとって自殺した。第12軍軍法会議で裁判が開かれ、用兵器党与上官暴行や抗命罪などでM上等兵とH上等兵は死刑、K一等兵は無期懲役、K兵長ら残りの転属予定者3人が有期懲役・禁錮となったほか、衛兵や幹部の一部も守地や勤務場所を放棄したとして辱職罪の有罪判決（禁錮刑）を受けた。大熊貞雄歩兵第53旅団長と五十嵐直彦独歩第42大隊長は30日の謹慎処分を受けたうえ、土橋一次第12軍司令官および柳川悌第59師団長とともに予備役編入となった。事件当時に館陶駐屯だった兵士全員も、適切な対応を怠ったとして重営倉1週間の懲罰処分相当とされたが、実際には軍人勅諭と戦陣訓の筆写をもって代わりの処分とされた。その後、第5中隊は改組された。