シリア内戦下の2015年5月21日、カリフ制によるイスラム過激派組織ISIL (ISIS) がシリア軍を撃破して市街地を制圧、遺跡も同組織の支配下に置かれた。その際、遺跡の保護に携わっていた専門家ハレド・アサドを斬首し、8月にはバール・シャミン、ベル両神殿を相次いで破壊した。ハレド・アザドは、遺跡に眠ると噂されていた金塊捜索への協力を拒否したため殺害された。2015年10月4日にはシリアの文化財保護当局が、地元の目撃者らの話として凱旋門が爆破されたことを伝えた。ロシア空軍による航空支援を得てシリア軍が交戦していたが、2016年3月27日、シリア国営テレビは、ISILからパルミラ全域を奪還したと報じた。シリア側は、「5年以内の修復が可能」との見解を示したが、ユネスコ側は「虚偽の報道で修復は不可能」と反論し、修復支援を全面拒否する意向を示した。2016年12月11日、パルミラはISILに再び制圧された。2017年3月2日、シリア国営テレビは、シリア軍がISILから再びパルミラ全域を奪還したと発表した。その後、ハレド・アザドの三男（元パルミラ博物館職員）やシリア政府の文化財・博物館局が、日本人考古学者などの協力を得ながら遺跡修復を図っている。
東ローマ帝国の時代、パルミラに新たに建設されたのはいくらかのキリスト教会のみで、市街の大半は廃墟のまま放置されていた。6世紀、遺跡とオアシスを見下ろす丘の上に砦が建設されている。634年、最初のムスリム（イスラム教徒）がパルミラにたどり着き、次いで636年にハーリド・イブン＝アル＝ワリード率いるイスラム帝国の正統カリフ軍がパルミラを占領し、アラブ人イスラム教徒が支配する町となった。800年ごろから数少ない住民もパルミラを去り始め、1089年の大地震で被害を受けた後は完全に放棄された。カトリック教会は現在も、パルミラに名義司教を残している。1751年、イギリスの探検隊がパルミラ遺跡を訪れ、1753年にはその報告書を出版した。これはローマ建築の研究およびその後のヨーロッパの古典主義建築の発展に大きな影響を与えた。シリア共和国の独立後はホムス県に属し、タドモルの街が遺跡の隣にある。
212年、サーサーン朝（ペルシア）が衰退するパルティアを圧迫し、チグリス川およびユーフラテス川の河口を占領すると、パルミラ経由の通商は途絶えがちになった。パルミラの長官セプティミウス・ヘロドの息子、セプティミウス・オダエナトゥスは皇帝ウァレリアヌス（在位253 - 260年）からシリア属州総督に任命された。260年にウァレリアヌス帝がサーサーン朝との戦いで捕らえられ、虜囚となったままビシャプールで死ぬと、オダエナトゥスは復讐としてペルシア領内に遠征し、クテシフォンにも2度侵攻した。オダエナトゥスは内憂外患に悩まされるローマの東の守りを任され、その本拠パルミラはローマから半独立状態にあったが、267年にオダエナトゥスが甥に殺されると、妻ゼノビアが息子ウァバッラトゥスを擁立してパルミラの実権を握った。ゼノビアは哲学者カッシウス・ロンギヌス(en)を顧問に迎え、アラビア・ペトラエアの州都ボスラを征服し、さらにはアエギュプトゥス（エジプト属州）へも遠征して領土を拡大した。北にある大都市アンティオキアも奪おうとしていたゼノビアは、273年に皇帝ルキウス・ドミティウス・アウレリアヌス（在位270 - 275年）の親征を受けて敗北し、捕らえられローマに送られた。虜囚となったゼノビアはローマ近郊のティヴォリに邸宅を持つことを許されて華やかな余生を送ったが、パルミラの街は破壊され、ロンギヌスらパルミラ政府の高官は殺された。ローマ帝国は以後、パルミラをローマ軍団の基地に変えてしまった。ディオクレティアヌス帝の時代には、ペルシアの侵攻に備えてさらに多くの部隊が駐留できるよう規模が拡大され、城壁で囲まれた。
アストロズでは期待されながらも思うような成績を残せなかったアブレイユだったが、フィリーズ移籍後に才能が開花。短期間でリーグの中でも有望な強打強肩の若手右翼手として台頭した。初めてシーズンを通して出場した1998年にはチームトップの打率.312を記録。続く1999年に打率.335（リーグ3位）を記録したが、これはフィリーズの選手としては1967年にトニー・ゴンザレスが記録した.339以来の高打率だった。シーズン終了後、球団と3年総額1,425万ドルで契約延長した。球団が昨年提示したが合意に至らなかった4年総額850万ドルを上回る契約となった。2001年には全162試合に出場し、31本塁打・36盗塁で球団史上初めて30本塁打・30盗塁（30-30）を達成。2003年シーズン終了後にFA権を取得するアブレイユに対し、フィリーズは2003年から球団史上最高額となる5年総額6400万ドル（6年目のオプションを含めると7800万ドル）で契約延長。2002年にはリーグ最多・球団史上70年ぶりの高水準となる50二塁打を記録した。2004年、MLB公式サイト上のネット投票により「32番目の男」としてMLBオールスターゲームに初出場を果たす。シーズン通算では30本塁打・40盗塁で自身2度目の30-30を達成し、初めてシルバースラッガー賞を受賞した。2005年オールスターゲームに、ファン投票で253万票を得て外野手部門2位に入り、初めてファン投票による出場を果たす。試合前日に行われたホームランダービーでは、フィールドの形状が投手有利とされるコメリカ・パークを舞台にしながら1ラウンド24本・全ラウンド合計41本と2つの新記録を樹立して優勝した。また、同年のシーズン終了後には自身初のゴールドグラブ賞を受賞。しかしながら「強肩ではあるものの打球処理が未熟」「闘争心の不足」「時たま明らかに集中力を欠いたプレーをする」という批判も地元などから多く出ており、受賞に疑問を呈す声も少なくなかった。これについて地元フィラデルフィアの新聞記者は「ボビーのプレーはスムーズすぎて情熱が伝わりにくいため、ファンから誤解を受けていたのだろう」と説明している。2006年開幕前の3月に第1回WBCのベネズエラ代表に選出された。