上述のように昭和56年（1981年）までに「田子の浦港堆積汚泥浚渫事業」が行われ、既に存在しているヘドロ分についての処理は完了した。その後は工場からのダイオキシン類の排出を制限させるため、平成2年（1990年）に「富士地区ダイオキシン対策委員会」を設立し、目標値を設けた。平成6年（1994年）にはその目標値の達成を確認し、ヘドロ問題の解決がなされたかのように見えた。しかし平成12年（2000年）に県が調査を行うと田子の浦港底質よりダイオキシンといった高濃度の環境ホルモンが検出された。平成14年（2002年）の追加調査でも調査地点の半分で環境基準を越えていることが確認され、ダイオキシン類問題が解決されていないことが判明した。県は「田子の浦港底質（ダイオキシン類）浄化対策委員会」を設置、汚染底質土砂の除去・浚渫作業を開始した。しかしその際発生した浚渫土の処分場確保に難航しており、円滑には進んでいない。浚渫土砂の埋立地として岩本山が選ばれたものの周辺住民が猛反発し、平成17年（2005年）には署名活動および決起集会が行われた。他、平成19年（2007年）にはダイオキシンを危惧する地元住民約1900人の反対陳情の署名が提出されるなどしている。そのため県は埋立地を鈴川海岸へと変更したが、これも周辺住民により反対された。その後ダイオキシン類の濃度が低いものは鈴川海岸に埋立処分されたが、濃度が高いものについては埋め立てができず未だ処分方法および処分地は決まっていない。そのため未だ課題が残っている状況にある。これらの経緯から、富士市はダイオキシン類等による田子の浦港の底質汚染予防を、公害防止対策事業として継続している。
製紙工場の増加・拡大は電力需要の増加を意味し、東京電力は安定供給のため火力発電所の建設を計画した。1968年3月に東京電力は富士市に協力要請をし、併せて計画書概要を提出した。しかしこの頃の富士市は既に大気汚染問題を抱えていたため、火力発電所が大気に影響するかどうか確認が必要であった。富士市は同年4月に「火力発電所対策室」を設置し、調査研究を進めることとした。東京電力の計画では公害予防のため煙突の高さを200mとするとしており事前に対策を講じていたが、住民の反発は大変に強いものであった。これは大気汚染を危惧するためであるが、火力発電所反対運動は過熱を見せ、1968年12月には12,725人分の既存公害絶滅と火力発電所建設阻止の請願書が提示された。同年12月11日富士市は市長名を以って東京電力に対し火力発電所建設計画に関する条件を提示した。13日には東京電力より条件に対する正式回答があり、全項目を受け入れるという意思が提示された。次年には市の特別委員会により火力発電所建設が了承され、市議会全員協議会にて報告されるという最終段階に入った。しかし協議会開会直前になり火力発電所建設に反対する約300人が乱入し、協議会は延長された。延長後の総務・厚生両委員会にも反対派300人が駆けつけたため場所を変更し富士市役所本庁舎で行うこととしたが、やはり反対派が集まることとなった。特に1969年3月の富士市議会3月定例会議は大変な騒ぎとなり、流血騒ぎとなった。反対派1,500人が会場に集結したため警察官の導入が要請され、200人の警官が集結した。これらの騒ぎにより議会を開催できなかったため、午後5時以降にひそかに再開し6時15分に閉会した。その後市議会が休会であっても500名近い反対派が集結し、市議会が開催される日には1,500人が集結した。こうした連日の騒ぎから富士市議会は異例中の異例である真夜中に開催されることとなったが、これさえもデモ隊によって大混乱となった。富士市議会3月定例会は火力発電所建設問題は審議未了のまま終わった。同年11月、市議会全員協議会の中で火力発電所建設問題についての特別委員長報告を求める緊急動議が提出され、富士市として設置を妥当する最終結論が提出された。
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