シグナル認識複合体（signal recognition particle、SRP）は原核生物および真核生物において広く保存されたRNAタンパク質複合体であり、タンパク質の輸送・分泌に重要な役割を果たしている。SRPは翻訳中のリボソームから輩出される新生ポリペプチドのアミノ末端に存在するシグナル配列を認識し、原核生物では細胞膜、真核生物では小胞体に存在するSRP受容体を介して、翻訳中のリボソームを分泌タンパク質輸送体へと受け渡している。真核生物のSRP RNAはしばしば7S RNAと、原核生物のそれは4.5S RNAと呼ばれる。
snoRNAはrRNAや他のRNAの化学的修飾（メチル化やシュードウリジル化など）に関与する一群の低分子RNAであり、標的核酸分子と相補的塩基対を形成するガイドRNAである。snoRNAはタンパク質と複合体（small nucleolar ribonucleoprotein complex、snoRNP）を形成し、多くは核内の核小体に局在する。snoRNPには化学修飾を触媒する酵素タンパク質が含まれていることが多い。テロメアの伸長反応を行うテロメラーゼに含まれるRNA構成要素（telomere RNA component、TERC）はsnoRNAの一種であり、テロメラーゼに含まれる逆転写酵素（telomere reverse transcriptase、TERT）はTERCを鋳型としたDNA合成によりテロメアの伸長を行う。
snRNAは真核生物の核内に存在する低分子RNAの一群であり、他のタンパク質とともにRNAスプライシング（hnRNAからイントロンを除去する）やrRNAプロセシングを初めとした様々な反応過程に関わっている。snRNAとタンパク質との複合体を核内リボタンパク質複合体（small nuclear ribonucleoprotein complex、snRNP）と呼ぶ。snRNAの中でもウリジンに富んだ配列を持つものはU snRNA（あるいはU RNA）と呼ばれ、U1、U2、U4、U5、U6は標準的なRNAスプライシング反応に関与していることが知られている。これらのU snRNAを含むsnRNPは、スプライソソーム（spliceosome）と呼ばれる巨大酵素複合体を形成する。スプライソソームはRNAのホスホジエステル結合の転移反応（ラリアット構造形成反応とエクソンの再結合反応）を触媒するリボザイムであり、その反応中心はU6 RNAとMg⁺⁺イオンにより形成される。
オハイオ旅団の損失率は33％にもなったが、これでポープが増援を送るための30分間を稼いだ
最初に到着した北軍の2個旅団はリケット師団からのものであり、ジーラス・B・タワー准将とロバート・スタイルズ大佐が指揮していた
タワーの旅団は3方から攻撃されて崩壊した
その砲兵大隊が捕獲され、タワーも重傷を負った
タワーに続いたスタイルズの旅団はケンパー師団から新たに到着した、マイカ・ジェンキンス准将とエッパ・ハントン大佐の指揮する2個旅団の餌食になった
この激しい戦闘の間に、第12マサチューセッツ連隊の指揮官フレッチャー・ウェブスター大佐（政治家ダニエル・ウェブスターの息子）が致命傷を負った
シーゲルの第1軍団からジョン・コルテス大佐とヴラジミエシュ・クルチザノーフスキー大佐が指揮する2個旅団がさらに投入されたが、その前の部隊と比べても甚だしい成功は得られなかった
南軍ジョーンズ師団の先導隊、ジョージ・T・アンダーソン大佐とヘンリー・L・ベニング大佐の旅団は、午後6時までにチンリッジにおける北軍の抵抗を追い払ってしまった
しかし、南軍は攻撃に成功しても、兵士（フッドとケンパーの師団は大きな損失を被り少なくとも一時的にそれ以上の攻撃行動ができなかった）においても時間の面でも大きな損失があった
ヘンリー・ハウス・ヒルまではまだ数百ヤード向こうにあり、昼の光はあと1時間ぐらいの余裕しかなかった
南軍の攻撃から最初の2時間、ポープはヘンリー・ハウス・ヒルの防御に4個旅団を配置できた
2個旅団はレイノルズの師団から、1個はサイクスの師団から、最後の1個はロバート・H・ミルロイの独立旅団だった
リーはその攻撃を完遂させるためには戦闘力の追加が必要であることを認識し、予備隊としていたリチャード・アンダーソンの師団の動員を命じた
この部隊が移動している間に、D・R・ジョーンズがベニングとG・T・アンダーソンの旅団と共に丘への攻撃を始めた
この部隊は3,000名となり、この日の午後で最大の集中攻撃となったが、部隊間の連携が取れず、北軍の4個旅団がその陣地を守った
アンダーソンの師団から新たにウィリアム・マホーン准将とアンブローズ・R・ライト准将の2個旅団が到着して再度圧力が掛けられた
サイクスの師団からの正規兵は戦列の端にいて自然の防御効果が無く、ヘンリー・ハウスの方向に撃退された
不可解なことにアンダーソンは自分の明けた穴に付け込むことを止めたが、おそらくこれは闇が深くなったためだった
ヘンリー・ハウス・ヒルは北軍が確保したままとなった
ジャクソンは、リーからの比較的曖昧な命令でロングストリート軍を支援しており、午後6時にターンパイクの北に攻撃を掛けたが、このタイミングは恐らくその疲れ切った部隊が集まり次第直ぐにという形だった
歴史家のジョン・J・ヘネシーはジャクソンの遅れを「戦いの大きな謎の一つ」であり、戦いの「南軍による最も重大な誤りの一つ」と言い、ジャクソンの進軍の価値を下げたと言った
その攻撃は、ポープがヘンリー・ハウス・ヒル防衛の支援のためにターンパイク北の部隊の後退を命じたときと一致し、南軍はその激しい攻撃で多くの大砲と歩兵部隊を制圧することができた
しかし、午後7時までにポープ軍はヘンリー・ハウス・ヒルの部隊とを繋ぐ強固な防御戦を作り上げた
午後8時、全軍にセンタービルに通じるターンパイクでの撤退を命じた
第一次ブルランの戦いの時の悲惨な退却とは異なり、北軍の移動は静穏に秩序立って行われた
南軍は戦闘に疲れ、弾薬も尽きかけていたので、暗闇の中を追跡まではしなかった
リーは大きな勝利を得たが、ポープ軍を潰すという目標は果たせなかった