毎日放送（MBS）製作により、TBS系列で2002年10月5日から2003年9月27日にかけて全50話が放送された。続篇として『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』が製作されている。本作はサンライズ第9スタジオが「新しい世代に向けた、新たなスタンダードとなりうるガンダム」「新世紀（21世紀）のファーストガンダム」「原点回帰」を目指し制作された。ガンダムシリーズでは初のデジタル制作によるVTR映像のテレビシリーズである。タイトルには「種子」以外に「遺伝子操作」や「発端」という意味も含まれており、さらに頭文字のSには「ガンダムズ」の意味もある。なお、ガンダムシリーズの通例になっていた主人公の搭乗機＝タイトルの法則にはなっておらず、その代わりに「SEED」と略記される未知の突然変異遺伝子の設定を反映している。また、サンライズの宮河恭夫とバンダイナムコゲームスの鵜之澤伸の案によって、サンライズ原作のガンダム作品で初めてタイトルに「機動戦士」の冠語がつけられた。過去の作品で複数のガンダムが敵軍・自軍に分かれて登場したのと同様、本作でも10機以上のガンダムが登場するが、本作の劇中では「ガンダム」という言葉を主人公のキラ・ヤマト個人が自らの搭乗機に名付けたペットネームとして描いており、彼の搭乗したストライクガンダムとフリーダムガンダムに対して「ガンダム」と呼称された以外では、この言葉を劇中で用いていない。映像ソフトは2003年3月28日からVHSビデオカセット版とDVD版の2種で全13巻がリリースされ、DVD版は累計140万枚以上の売り上げを記録した。2010年2月23日にはTV全50話のDVD-BOX、2011年2月25日には続篇とスペシャルエディションの全作品を含めたDVD-BOXが発売された。プラモデルや関連グッズ、同時期にメディアミックスで展開された『機動戦士ガンダムSEED ASTRAY』や『ガンダムSEED MSV』も人気を博した。2004年に東京アニメアワードでアニメーションオブザイヤーとテレビ部門の優秀作品賞の2冠を受賞している。また、角川書店の『月刊ニュータイプ』2006年9月号で応募・集計された「最新最強ベストアニメ100」では、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』と共に第1位に選ばれた。従来のガンダム作品の版権管理は創通とサンライズが共同で管理されていたが、本作より製作局である毎日放送もそれに加わり、著作権表示は「©創通・サンライズ・毎日放送」「©2002 SUNRISE INC」だった。2010年以降は毎日放送が外され、SEEDシリーズの版権管理は従来通り2社での管理に戻る。デジタル放送に移行してからの2011年10月に「HDリマスタープロジェクト」を発表。『機動戦士ガンダムSEED HDリマスター』としてリメイクされ、同年12月23日からのウェブサイト上インターネット動画配信を皮切りに、翌2012年1月1日からは衛星放送のBS11系列、1月3日からは地上波放送のTOKYO MX系列の2局でデジタルテレビ放送が、3月23日からはBlu-ray BOXシリーズがリリースされている。
1995年の創業から2007年4月30日まで、一労働につき200円（創業当時は100円）の「データ装備費」なる費用が、（派遣に伴うマージンや所得税とは別に）天引きされていた。「データ装備費」は民間の損害保険や勤務に際して貸し出される備品等の調達に充当していたという。「データ装備費」は本来任意のものであったが、事前説明などもなく実態としては強制的に徴収されており、更に用途についても不透明であったことから、労働基準法第24条の「給与全額支払の原則」に反する不払い賃金に当たるとの批判も多く、一部スタッフとのトラブルもあったため2007年5月1日より廃止となった。報道によると、勤務中の負傷に際して保険を請求しても下りず、それどころか「現在は加入していない」との返答もあったという。また、収入源として支店に徴収を徹底させ、本社の利益として計上していたという元支店長の証言もあった。また、廃止と前後して一部有志が労働組合「グッドウィルユニオン」（以下GWU）を結成し、これらを不払い賃金の返還や集合時間からの賃金（後述）の支払いを求めて活動を行った。GWGではGWUへの返答は一切行わずにデータ装備費廃止などを打ち出している。当初、返還の可否に関する対応は二転三転しており、直近の対応や団体交渉への回答では「返還しない」方針であった。しかし、これが更に一転し、2007年6月8日のコムスン問題に伴う記者会見の席上で、グループ会長折口雅博自らが返還に応じる方針を明らかにした。その後、態度は更に二転三転したものの、6月21日に2年分（2005年5月以降分）のみ返還を行うと発表した。GWU側では、これらは「未払い分」ではなく「不当所得」であるとして2年以上に遡っての返還を求めると共に、厚生労働省に対しての各種違法行為への指導強化を求めている（厚生労働省も、返還の有無に関わらず指導を強化する方針である）。その後、GWUでは更に遡っての返還を要求したものの、無回答に終わったことから、2007年7月7日、グッドウィルに対して集団提訴を行う事を決定、8月23日に東京地方裁判所に提訴した。組合側は「使途も不透明で、法的根拠もなく不当に利益を得ている」と強調。また、返還が過去2年間に限って行われる事に対しても、全て取り戻す方向となっている。また、GWUが計画しているものとは別に、愛知県名古屋市・静岡県浜松市・岡山県岡山市・福岡県福岡市の登録スタッフ又は元スタッフ（いずれも20〜30代男性）らが返還を求めての本人訴訟を起こしている。その後これらの返還請求訴訟は、2007年秋ごろに浜松訴訟が、2008年春頃に名古屋訴訟がそれぞれ取り下げられたものの、同様の訴訟では初の司法判断となる判決が2008年12月4日に福岡地裁で言い渡された。その結果は、福岡の30代原告男性が全面勝訴し、会社側に天引き金の全額返還を命じている　。この判決に対して会社側が控訴したが、2009年6月4日、天引額約4万円に対して、解決金20万円を支払う（和解と同時に支払われたようであるが、天引き金額に対する和解金額がおよそ5倍というのは、どのような理由かは不明である）とする内容の和解が成立しているようである。こうした天引きについては、派遣業界全体では慣行で行われており「暗黙の了解」となっていたが、この一件を機に批判が噴出したため他社においても廃止の動きが見られた。例として、当時業界2位だったフルキャストでは、2007年2月10日まで1勤務当たり250円徴収していた「業務管理費」を創業時（1992年）に遡って返却すると決めている。なお、仮に最終の2年分の返還が行われただけでも最大37億円ともいわれるその額は、創業時からの総額は数百億円にも上るとされた。