連邦軍はガンダム各種、ガンキャノン各種、ジム系統、戦闘機、陸戦型ガンダム等を主戦力とする。汎用性の高い機体が多く、初心者でもプレイしやすい陣営である。スターターパックに最初から封入されているジム先行量産型ですら、ビーム兵器を装備可能なので、序盤でほぼ同じコストのジオン軍モビルスーツを相手にするときは、若干有利に戦いを進めることができる。後述のカード追加でいわゆるガンダム系と呼ぶことができる、高性能高コスト機体のバリエーションが多くなった。ジオン軍はザク系統、グフ系統、ドム系統、ゲルググ系統、ズゴックやゴッグ等の水陸用モビルスーツ、モビルアーマー等を主戦力とする。局地戦に重点を置いた機体が多く、コストは高いが高性能なモビルアーマーなどが多数存在するため、使用できるコストが多くなるにつれて有利になっていく。後述のカード追加では、連邦メカに多い汎用性の高い機体も増えた。
マスティフタイプそのものの、筋骨隆々でがっしりとした骨太の体格をしている。頭部は大きく、マズルは太く短く、あごの力はかなり強靭である。目は小さく眼光は鋭く、数種類を除きたいていは顔にはしわ、皮膚にはたるみがあり、敵の攻撃をある程度まで軽減することができる。首や脚も太く頑丈で、胸は広く、胸板は厚い。耳は垂れ耳だが、恐ろしさを強調するために短めに断耳して立たせることもあった。尾は太い垂れ尾で、場合によっては2分の1から4分の1ほどの長さに断尾されることもある。コートは硬いショートコートのものが多い。毛色は暗闇に溶け込む暗色系のもの（ブラックやブリンドルなど）が好まれるが、この色は駄目という制限はとくに無い。体高60cm以上の大型犬で、体重は50kg以上とかなり重量のある種である。性格は主人に忠実であるが、防衛本能と縄張り意識が高く勇敢かつ攻撃的であるため、初心者の飼育には不向きな犬種である。飼育の際にはしっかりとした訓練が必要不可欠で、犬の飼育に手馴れた人でもプロのドッグトレーナーによる飼育指導が必要である。運動量は中型犬並み（普通）で、体重が重く腰に負担がかかりやすいので、激しい運動はできない。怠けものの個体は運動を怠ると肥満になりやすい傾向があるため、注意が必要である。かかりやすい病気は大型犬にありがちな股関節形成不全、関節炎、目が顔のしわに圧迫されて置きやすい緑内障、しわの間にできやすい皮膚疾患、腰痛、心疾患などがある。雑種のものは雑種化矯正により丈夫で抵抗力があり、寿命も通常の大型犬に比べ長いものが多い。マスティフ系の犬種であるために食事量が多く、よだれも多めである。体重が重いため、寝床にはクッションを敷くなど、床ずれを防止することも大切である。
慶長4年（1599年）9月7日、家康は秀頼に重陽の節句の挨拶をするためとして伏見城から大坂城に入城。同日、家康に対する暗殺計画が発覚する。計画は前田利家の嫡男で加賀金沢城主である前田利長を首謀者として五奉行のひとり浅野長政、秀頼・淀殿側近の大野治長、および加賀野々市城主の土方雄久が、大坂城入城中の家康を襲撃し暗殺するというものであり、寛永年間成立の『慶長年中卜斎記』では計画を家康に密告したのは増田長盛とする。ただしこの事件に関する一次史料はわずかであり、計画の真相や騒動の経緯については不明な点が多い。10月2日、暗殺計画に加担した諸将に対する処分が家康より発表され、長政は隠居を命じられ武蔵国府中に蟄居し、治長は下総結城、雄久は常陸水戸に流罪となった。翌3日には首謀者である利長を討伐すべく、「加賀征伐」の号令を大坂に在住する諸大名に発し、加賀小松城主である丹羽長重に先鋒を命じた。金沢に居た利長はこの加賀征伐の報に接し、迎撃か弁明の択一を迫られたが、結局重臣である横山長知を家康の下へ派遣して弁明に努めた。家康は潔白の証明として人質を要求、慶長5年（1600年）正月に利長の母で利家正室であった芳春院・前田家の重臣の前田長種・横山長和・太田雄宗・山崎長徳らの子を人質として江戸に送ることで落着した。また、この時、細川忠興は長男の忠隆の妻が利長の姉であったことから、利長の陰謀に組したという家康の嫌疑を受けたため、利長と同じく、同年の正月に三男忠利(15歳)を人質として江戸に送り、浅野長政も第三子の長重(15歳)を江戸に送っている。この騒動のさなか、家康は北政所の居所であった大坂城西の丸に入り、その後も在城を続ける。秀吉の遺言では家康は伏見に在城することが定められており、大坂在城はこれに違反するものであった。政敵を排除し政権中枢の大坂城に入った家康の権力は上昇し、城中から大名への加増や転封を実施した。これは味方を増やすための多数派工作と考えられている。細川忠興に豊後杵築6万石、堀尾吉晴に越前府中5万石、森忠政に信濃川中島13万7,000石、宗義智に1万石を加増。文禄・慶長の役で落度があったとして福原長堯らを減封処分とし、田丸直昌を美濃岩村へ転封した。本来大名への加増転封は大老奉行の合議・合意のもと行われるものであるが、家康はこれを単独の決定によって進めている。このように政権内部での権力を強化していく家康に対して、この時期の前田玄以・増田長盛・長束正家の豊臣三奉行は政務面で協力的であり、輝元も恭順の意を示している。また佐和山に隠居していた三成も家康暗殺計画事件の際は前田勢への備えとして軍勢を派遣し、大坂の自邸を宿所として提供するなど、家康とは比較的良好な関係あった。しかし、最終的に彼等は反家康闘争を決断することになる。