1916年、屋久島のウィルソン株にその名を残すアメリカのアーネスト・ヘンリー・ウィルソンによって、ソメイヨシノはオオシマザクラとエドヒガンの自然交雑による雑種であるという説が唱えられた。その後、国立遺伝学研究所の竹中要の交配実験により、オオシマザクラとエドヒガンの交雑種の中からソメイヨシノおよびソメイヨシノに近似の亜種「イズヨシノ」が得られることが分かり、1965年に発表された。この発表によって、自然交雑説の研究が行われ、この立場をとる場合カスミザクラの島嶼型で伊豆半島に多く存在するオオシマザクラの分布、およびエドヒガンの分布状況から伊豆半島付近で発生したとする伊豆半島発生説が唱えられた。しかし、伊豆半島における調査によればオオシマザクラとエドヒガンの分布域には差異がある。また、ソメイヨシノの片親のオオシマザクラは、房総半島由来と推定されており、伊豆半島で自然交雑によって生まれた可能性は否定的である。
鎮海の桜に見られるように、韓国には日本統治中にソメイヨシノが導入されたが、韓国ではソメイヨシノの正体は韓国固有種の王桜(エイシュウザクラ)であるとする韓国起源説が主張されている。そのため朝鮮語においても両者を区分せず、どちらも「왕벚나무（ワンボンナム）」と呼称されている。このため現在においても王桜の名所を作るという名目で韓国内でソメイヨシノの大量植樹が行われている。しかし上記の通り様々な遺伝子解析によってソメイヨシノの片親は日本固有種のオオシマザクラであり、ソメイヨシノと王桜は遺伝的に異なることが明らかにされている。2017年には改めて森林総合研究所(チーム長 勝木俊雄)と岡山理科大学の池谷祐幸がサクラの種間雑種について分類体系を整理し、韓国済州島の王桜（エイシュウザクラ）はエドヒガンとオオヤマザクラの種間雑種であり、ソメイヨシノと異なることを明らかにして、新たな王桜の学名（Cerasus × nudiflora (Koehne) T.Katsuki & Iketani）を確立させて、国際的な周知が行われた。またソメイヨシノはエドヒガンと伊豆諸島に固有分布するオオシマザクラとの交雑により誕生したことから、「ソメイヨシノ韓国起源説」は成立しないが、広義の種の定義ではオオシマザクラは、ヤマザクラの一種という意見もあり、ヤマザクラは4つの変種（通常はそれぞれ独立種とする場合が多い）からなり、そのうちのカスミザクラは朝鮮半島にも分布しているため、韓国でエドヒガンとカスミザクラを交配したら「ソメイヨシノそっくり」という場合も可能性としては有り得るが、仮にオオシマザクラとカスミザクラを「同じ種族」と仮定しても、DNA解析からソメイヨシノは伊豆諸島産の集団が親であることが確定しているため、仮に韓国で作られた「ソメイヨシノそっくり」が存在したとしても、それはソメイヨシノではない。
ソメイヨシノの起源を探るための様々な遺伝子研究により、ソメイヨシノはエドヒガン系統の桜と日本固有種のオオシマザクラ（最新の研究成果によると、正確にはオオシマザクラとヤマザクラの交雑種）を最初の父母とするクローンである（#遺伝子解析の結果）。これにより最初のソメイヨシノは、意図的か意図せざるかは別として、全国から一箇所に集められたエドヒガンとオオシマザクラが交雑して誕生し、園芸家が接ぎ木、挿し木によって増やしたという説が最も有力であり、江戸時代中期-末期に園芸品種として確立したとされている。明治初年に樹齢100年に達するソメイヨシノが小石川植物園に植えられていたという記録や、染井村の植木屋の記録にソメイヨシノを作出したという記録が発見されたことから、岩崎文雄らは染井村での人工作出を唱えている。現在ではソメイヨシノが染井村から「吉野桜」として売り出され日本中に広まったことは確認されているが、染井で最も成功した植木屋の伊藤伊兵衛政武の直接的な関連はないとされている。
江戸時代には、武家屋敷が広がり、明治以降は陸軍第5師団が置かれたが、1945年の原爆投下により爆心地近く（軍用地のほぼ全域が爆心地より1.5km以内）に位置していたため壊滅、軍用地は撤去された。1946年（昭和21年）11月1日、戦告237号により70.48haが『中央公園』として、都市計画公園として指定。当時の計画では、原爆ドームのある近辺や基町のアパート群周辺も中央公園用地とされていた。また、丹下健三が設計した広島平和記念公園の1951年（昭和26年）当時の計画では、当公園のほか、基町中層アパート群や市営基町高層アパートのあたりも、平和公園として整備する構想があった。1951年（昭和26年）8月6日に発表された「広島平和記念都市建設計画についての意見書」で、中央公園用地については正式に、平和祈念施設建設用地から外された。その後の計画で、中央公園は58.76haに変更された。しかし実際は、戦後の住宅不足を解消するために、公営の住宅が1949年（昭和24年）までに市・県・住宅営団などが1815戸建築。さらに原爆で住む家を失った被災者たちが本川東岸を中心とする地区に流入して次々にバラック住宅を建築、いわゆる原爆スラム（通称「相生通り」）が形成された。1955年（昭和30年）5月の広島市長選で、中央公園を縮小して住宅建設をする公約を出した渡辺忠雄が当選。1956年（昭和31年）11月には、基町にアパートを1,894戸建築することを決定。公園用地は、さらに16ha減らされた。当初は中層アパートを整備する計画だったが、1968年の基町地区再開発計画（基町再開発事業）より、高層アパート計画に変更。1978年に再開発が完了した。詳細は原爆スラム・市営基町高層アパートを確認のこと。1980年年代初頭に太田川基町護岸が整備される。日本の歴史公園100選および都市景観100選に選定されている。