しかし江華島からの退去に従わない武人は、高麗の首都警備軍である「三別抄（サムピョルチョ）」を主力として反乱を起こし、珍島臨時政府に合流してモンゴルに抵抗した。クビライはヒンドゥ（忻都）に5,000の騎兵を授けて金州に駐屯させ、元宗に三別抄討伐のための軍船を造らせる一方、後に2度の元寇に従軍することになる洪福源の子・洪茶丘（ホン・タグ）にも兵を率いさせて屯田させた。1271年（この年からクビライは国号を「大元」と改める）アカイ率いる第1次珍島討伐は失敗に終わる。同年3月、三別抄は日本の朝廷に対して援軍と兵糧を求めたが、日本側では事態がよく理解できておらず、この要求は無駄に終わった。同5月ヒンドゥ率いる元・高麗連合軍が珍島を攻略し、モンゴルとして初めて海戦に勝利して、王温を捕らえ斬刑に処した。なおも三別抄の指導者金通精らは、属国の耽羅国（済州島）へ逃れて耽羅国王を追い出し籠城したが、ヒンドゥ軍12,000の兵は1273年軍船108艘に分乗して耽羅を攻略。三別抄勢力を壊滅させた元朝は耽羅総管府を設置、高麗征服事業は完了した。
1269年10月、林衍の乱の原因となった親モンゴル派で都統領の崔坦らが、西京（平壌）を中心とする西北面50城を領して、高麗から分離し元に帰属した。クビライは西京を「東寧府」へ改称し東寧路を置いた。またその北の遼寧平原の瀋州（瀋陽）一帯は先に降伏していた洪福源らの1族が統治していた。一方、林衍1派の残党である裴仲孫（ペ・チュンソン）は残存勢力を集め、高麗王室の傍流にあたる王温を擁立して江華島を脱出、半島西南部の珍島を根拠として「高麗国」を自称した。これら高麗人が別々に構成した4つの勢力（北から順に洪福源・崔坦・元宗・珍島）をまとめて統治するため、クビライは行中書省を置き、クルムシ（ムカリ国王家）を長官に据えた。クルムシの勧告を受けて元宗は江華島を退去し、開城に還都し、ここに約40年にわたった江華島政権は終了した。
以後、旧高麗領の多くはモンゴル領征東行省（高麗行省）となり、モンゴルの役人によって軍政両面に渡り統括された。モンゴルは和州（現金野郡）に「双城総管府」を設置し、その周辺を直轄領に編入。1259年4月に王子倎をモンゴルに入朝させることを決した。
この間、高麗朝廷内部はモンゴルへの対応について2派に分かれていた。モンゴルとの戦争に反対し降伏を進めようとする文臣グループ（文班）と、モンゴルとの戦争を継続しようとする崔氏が率いる武臣グループ（武班）である。しかし、文臣の筆頭だった柳璥（ユ・ギョン）が武臣の金俊（キム・ジュン）と結託して崔竩（チェ・ウィ）を暗殺して崔氏政権を倒すと、モンゴルとの講和が進展する。崔氏滅亡を告げるモンゴル宛て国書で高宗は「今まで我が国が貴国に事大の誠を尽くせなかったのは権臣が政治を奪い貴国へ属するのを嫌がったためであり、崔竩が死んだ今、ただちに都を戻し、貴国の命を聞きます」と全面的な従属を宣言した。
モンゴル帝国は後に高麗朝廷上層部の江華島残留を知り処罰した。その後1253年から1258年にかけて、罷免されたイェグに代わって征東元帥に任じられたジャラルダイ配下のモンゴル軍は、貴人と官吏のみが要衝へ立て籠ったため多くが放置されていた高麗領へ、6年に渡り断続的な破壊・略奪を行う第6次侵攻が開始された。この第6次侵攻は小休止を挟んで4度の波があったが、渡る第一波となった1254年には206,800余人の高麗人が捕虜となり、殺された者は数えきれず、「蒙古軍が経る所の州郡みな灰燼となる」「骸骨野を蔽う」といった惨状を呈したという。
翌1253年5月にはイェグ（也窟大王）は先年高麗に使者として来たった阿豆ら16人を改めて使者として送って来たが、進展は無かった。ついに、その国王が国外へ旅するなど先例がないとして拒絶。モンケは親族のイェグ（諸王 也古、ジョチ・カサルの長男）に、高麗の軍を統治するよう命じ、モンケ宮廷の高麗人の勧めにより1253年7月に侵攻を開始した。イェグはアムカン（阿母侃）を伴い、高麗に降伏を要求。高麗はこれを拒絶するが、モンゴルへの抵抗は諦め、山城や島嶼部に農民を集めはじめた。またジャラルダイ（札剌児帯）はモンゴルに降伏した高麗の将とともに国土を蹂躙。イェグの使者が高宗の宮廷に遣わされると、高宗はついに半島本土への帰還と、第2王子の安慶公淐を人質に出すことを承諾。高麗の降伏を受け、モンゴルは1254年1月に停戦に応じた。しかし、高麗朝廷上層部は江華島に残留していた。
かつて小倉は自らのことを「こりん星（こりんせい）」という星からいちごの馬車でやってきた「りんごももか姫」だと事あるごとに発言していた。これは小倉のキャラクターを語る上で外せないフレーズで、彼女なりのユーモアの1つであり、トーク番組などで自ら笑いのネタに使うこともあった。また自ら創作した物語を1冊の本として発表したこともある（『りんごももか姫』ワニブックス刊）。2007年3月21日発売の『ダイヤモンドZAi』5月号の特集「ゼロから始める株超入門！」で、株式投資に挑戦。証券会社に口座を開設する際、申込書の住所欄に「こりん星」と入力し受付不可とされる（その後、こっそり「東京都港区」と訂正）。なお、この企画は翌月から連載企画として継続される。2009年の末頃の時期に、こりん星キャラを終了した。2010年5月、『誰だって波瀾爆笑』で「こりん星」という設定は名前を売るための戦略だったことを明かした。同年9月、『キングダム ハーツ Re:コーデッド』の発売記念イベントで、こりん星をやめてからイベントの仕事が少なくなったことを告白した。アメリカザリガニの平井善之から「迷ったらこりん星に戻れば？」と促されたが、「後ろは振り返りたくないんです。キャラとかじゃなくて、普通の自分でいたい…」と話した。「こりん星」のキャラクターに行き詰まりを感じていた頃に、有吉弘行から「うその限界」というあだ名を付けられたことが「こりん星」卒業のきっかけになった。