古屋安雄は、「この問題が教会裁判にまでいった最大の原因は、国粋主義にたいする教会の自己保存的な迎合態度」でないかと考えている 。土肥昭夫はこの事件を「キリスト教を排撃する国家主義的な風潮に対してキリスト教の身の証をたてるためであった」としている。 小野静雄はこの事件が起こったのは、1890年頃から日本の教会の教勢が衰えていたために田村を葬りさることによって身の証を立てようとしたことと、彼らが日本の家族制度を美しいものと見ていたことが理由と考えている 。一方、この本にある米国的な個人主義への疑問もでている。
国会外では拓殖大学評議員、株式会社ハリカの最高顧問等を歴任。1997年の厚生省理事問題もあったことで郵政民営化を始めとする小泉元首相の政策や政治手法に対しては批判的で、2005年の郵政国会の際、参議院本会議で反対票が上回った理由に村上の影響力があったとされる。2011年6月には全自民党参議院議員に「党議拘束に縛られず、良心に従って政治意思を表明すべきだ」などと訴える文書を配布。また総務政務官に就任した浜田和幸の自民党離党（離党届は受理されず除名処分）などは亀井静香国民新党代表らと組んで参議院自民党議員の与党引き抜き工作の黒幕と目された。2015年3月11日、さとやま・草莽の会の結成に参画した。
2000年4月、村上は、小渕恵三首相危篤の際には、当時、次期総裁の最有力候補と目されていた加藤紘一・山崎拓を差し置く形で五人組と呼ばれる密室談合政治を展開した。この五人組は森喜朗幹事長、青木幹雄内閣官房長官、村上正邦参議院議員会長、野中広務幹事長代理、亀井静香政調会長だった。会談中、「あんたがやればいいじゃないか」との村上の発言により、後継総理・総裁に森喜朗が就任することが決まった。池田行彦総務会長は党三役で唯一欠席した。当時池田は体調不良であったが、五人組に池田が加わらなかったのは、池田が加藤紘一の側近だったことも影響したと思われる。後に村上は週刊ポスト2018年8月17・24日号の政治記者・評論家・学者52人実名アンケート「戦後歴代最低の総理大臣」の中で森の名を挙げ「総理に推したのは大間違いだった。神の国発言など空気が読めないし、辞めた後も恥知らずに大きな顔で五輪組織委員会会長をやっている」と述べている。
村上は平成4年1992年暮れ、宮沢改造内閣で労働大臣として初入閣する。この時、閣僚の参議院枠は二つあり、井上孝と村上が入閣候補に挙がっていた。村上は派閥の長であった中曽根康弘に防衛庁長官を希望した。(村上は中曽根内閣で防衛政務次官をやっていた。) しかし参議院議員会長だった斎藤十朗から労働大臣という話を聞き、村上は一旦断る。中曽根も村上に労働大臣を勧め、宮沢総理が「生活大国」の一環として労働時間の短縮を目指しており、村上の国対経験を生かして欲しいと説得される。宮沢、斎藤十朗からも説得され、労働大臣を受け入れる。この時、官房長官だった河野洋平は、「村上先生、先生が防衛庁長官になったら、総理はおちおち外遊できないと言ってるんです。あなたは総理が留守の間にクーデターをやりかねないって」と冗談を言った。(魚住昭『証言・村上正邦』217p)しかし、「国対のプロ」を自任する村上は、党内の反対派を説得し、「タカ派の村上がここまでするか」と協力を引き出した。(同書220p)
昭和55年(1980年)第12回参議院選挙全国区で村上は生長の家唯一の推薦候補として立候補し、110万票を得て初当選する。村上は以後、参議院に4期当選。当選後、福田派入りを希望するが、自分の派閥を持とうとする玉置と板ばさみになり、結局、無派閥で活動することになる。その後、教団の要請により、優生保護法改正に取り組むが、党内がまとまらず、頓挫する。この件が生長の家の政治離れを招く。埼玉県志木市に在住していたことから自由民主党埼玉県連合会に所属。一時は埼玉県選挙区からの立候補や埼玉県からの衆議院議員転身も取り沙汰された。
展示は恐竜遺址館（恐竜博物館）でなされている。1階は「恐竜世界」と「恐竜遺址」からなり、「恐竜世界」は恐竜化石の生態陳列となっている。18種類の各種の恐竜（巴山首竜・太白華陽竜・自貢四川竜・四川巨棘竜・李氏蜀竜など）が展示され、すべてが自貢市で発掘されている。「恐竜遺址」は恐竜化石埋蔵現場をそのまま保存展示しており、面積は1.5Km²と世界最大規模の埋蔵現場である。数千の化石が埋蔵されている。2階は「恐竜時代的動植物」と「恐竜珍品」からなり、「恐竜時代的動植物」は陸上・水中・空中・植物などの展示に分かれて、ここには自貢市以外の中国各地の化石も展示されて、恐竜の生態を示している。「恐竜珍品」では自貢市で発掘された恐竜化石の貴重品10数点が展示されている。1989年からは、館内の恐竜骨格などの展示物を国外の博物館へ出張展示させる取り組みも行っている。2008年3月22日には福井県立恐竜博物館と姉妹提携を結んだ。