「隠れ里」という初心者専用エリアが導入された。キャラクター作成直後はこのゾーンからスタートする。自然と流れるように設定されたクエストが用意されており、これらを全てこなすことでチャットシステムや生産システム、戦闘システム、徒党の組み方などを自然と習得できるように構築されている。また、クエストの一部に戦国時代に丹波国を支配していた波多野氏（波多野秀治、波多野秀尚）が登場している。
2006年9月12日に拡張パック「破天の章」が発表され、2006年12月13日にサービスイン、発売された。拡張料金は2,940円（税込）。信長の野望Online 破天の章
一定の勲功を納めたプレイヤーは官位が拝領できるようになった。また官位に応じた官職を入札によって拝領できる。官位・官職には献策票の増加効果があり、上位の官位を得るほど国政に影響を与えることができる。
戦闘技能の一環として、通常の目録で習得する技能とは別に、「流派」と呼ばれる戦闘コマンドが使用できるようになった。流派では経験した戦闘にあわせて、千差万別の技能への成長していくスタイルがとられている。
合戦において、「兵種」の概念が導入され、プレイヤーは歩兵の他に「騎馬兵」「鉄砲隊」「弓兵」になる事が可能となった。それぞれの兵種の技能（例：騎馬兵なら突撃、鉄砲隊なら銃撃など）を使用する事により、敵PCを混乱させたり、落馬させたりする事ができるようになった。
プレイヤーキャラクターのレベル上限が従来のレベル50からレベル60に引き上げられた。また、新しい技能目録も追加された。同時に合戦などに登場する敵NPC武将キャラクターなどもレベルが引き上げられた。なお、2008年12月17日に実装された大型パッチ『覚醒の刻』でレベル60からレベル65に引き上げられた。
ライトプレイヤーでも気軽に遊ぶことができるトライアルダンジョンシステム（TD）が導入された。通常のフィールド上に存在するダンジョンとは異なり、徒党のレベルに合せた90分で終了となる特殊ステージが自動生成され、他の徒党の敵の取り合いなどの問題を発生させることなく遊ぶ事ができる。また、TDに登録する事で徒党編成もシステム側で自動的に行ってくれる為、徒党を組む為の時間なども軽減される。しかし実際は、過疎サーバーなどとよばれるプレイヤー人口の少ないサーバーにおいてはこの自動編成システムは機能せず、町でTDへ赴くメンバーを集めてからTDへ向かう形が主流となっている。
プレイヤーが自分だけの土地、及び屋敷を所有する事が出来、生産した家具や敵からドロップした調度品などを飾りつけることが可能となる。飛龍の章の目玉の1つであったにも関わらず、実装当初はバグが多くいったん実装が取り消される等混乱が続き、批判を大きくした原因の1つとなった。
2004年12月15日に発売された拡張パック「飛龍の章」で、以下のシステムが新しく導入された。しかし開発の遅れから、導入日に全てが導入されることは無く、メンテナンスを繰り返しながら、全てが導入完了したのは、実に発売日から6ヶ月以上経ってからの事であった。
2004年6月30日、プレイヤーの職業7職にそれぞれ特化技能という概念が加えられ、1職につき3特化ずつ、特定の技能に特化した上級職ともいえるべき仕様が実装された。これにより、7職21特化という、多彩なキャラクター育成が可能となった。
2004年4月14日に追加勢力として足利家・三好家・伊賀忍・雑賀衆が実装され、それに伴い、山城・摂津和泉・大和・伊賀・紀伊の5つの地域が実装され、開発当初予定されていた全ての大名家、地域が実装された。
2003年12月17日に追加勢力として本願寺家・浅井家・朝倉家が実装され、それに伴い加賀・越前・近江・伊勢の4つの地域が実装された。「信長の野望Online」では初の勢力実装となった。
キラー・コワルスキーに師事し、2005年にプロレスラーデビューを果たす。インディー団体を転戦しながらWWE入団を目指し、同年にモハメド・ハッサンの弁護士役としてWWEスマックダウンに出演。2006年8月にはWWEのダークマッチに出場し、コフィ・キングストンと組んでケイド&マードックと対戦。2007年にWWEと契約。当時、傘下団体であったOVWに送られ、ドクター・トーマス（Dr.Thomas）のリングネームで活動。後にマスクマンのプロディジー（Prodigy）にギミックチェンジするが、程なくWWEから解雇される。2011年からROHに参戦。2013年にはROH世界TV王座を獲得。2015年にROH退団後、WWEのトライアウトを受けNXTに数回参戦。2016年4月にWWEと再契約を果たしNXT所属となる。2016年、WWE主催のCWCに出場。1回戦にジョニー・ガルガノと対戦して敗退。11月19日、Takeover Torontoにてジョニー・ガルガノとのタッグチームである#DIY（Do It Yourself）でNXTタッグ王座を保持するザ・リバイバル（ダッシュ・ワイルダー & スコット・ドーソン）に3本勝負で挑戦。1本目を先取されるが、2本目を合体技であるシャーク・イン・ザ・ウォーターを決めて五分となり、最後はリバイバルが#DIYの技を真似ようとしたところに誤爆を誘発すると逆にリバイバルのフィニッシャーであるシャッター・マシーンから自身はドーソンにアームバー、ガルガノはワイルダーにガルガノ・エスケープを極めるとギブアップを奪い勝利。ベルトを奪取した。2018年7月18日、NXTの収録においてNXT王座選手権試合で王者のアリスター・ブラックと対戦。試合中にガルガノの乱入で二人とも攻撃を受けるが先に回復。ブラックにエンジェル・ウィングスを見舞いNXT王座を奪取した。