東京科学博物館に届けられたハチの死体はひどく汚れて臭気も発していたため、まず時間をかけて念入りな洗浄が行われた。ハチは持病のフィラリアがあったため獣医らにより奉仕治療が行われていたが、注射を打つために前肢の毛が剃られており、四肢の内側を剥ぐために皮膚の切開を行うと皮膚が浮き上がっていて皮下に貯まっていた注射液が流れ出した。毛が剃られた部分は他の部分から毛が移植された。垂れた左耳は内側の軟骨部が付け根部分で咬み抜かれており、胃には焼き鳥の串が数本あった（東京大学の解剖記録によれば胃の中に折れた串が数本あったが胃壁に刺さってはいなかった）。製作は石膏で精密な塑像を制作し、その上に毛皮を被せる手法「坂本式剥製法」で作成された。骨格は全て取り除かれているため、残っているのは爪と指骨だけである。剥製が完成したのは6月13日で、本田晋が作成したケースに収められ、2日後の15日に東京科学博物館で開眼式が執り行われた後、一般公開された。制作者の本田晋86歳時の述懐によれば、ハチ剥製の胴体には後々の事を考えて「いつ死に、いつ作られ、誰が作ったのか」を記載した封筒をこっそり収めた。何万点も剥製を作ってきたが、そんな事をしたのはハチの剥製だけである、と記している。
ハチの剥製の製作は、一般には坂本喜一とされている。坂本喜一は日本の剥製製作の元祖と言われている坂本福治の息子であり「坂本式剥製法」を大成させた人物である。しかし、ハチの剥製製作依頼が来た時、既に坂本は高齢であったため、実際の剥製製作は内弟子の本田晋が担当した。斎藤弘吉は自書『日本の犬と狼』で、坂本と本田は剥製室内には完成までは一切他の人を入れず2人で籠って製作を行っていたが、自分だけは時々入室した、と記載している。
ハチの死体は東京帝国大学で病理解剖後、3月10日に東京科学博物館（現在の国立科学博物館）別館の木工部工作室に届けられ、そこで坂本喜一と内弟子の本田晋によって剥製にされた。
ハチの死体が発見されて間もなく、死体の病理解剖が上野の勤務先であった東京帝国大学農学部において行われた。解剖の結果、ハチの心臓と肝臓には大量のフィラリアが寄生し、それに伴う腹水が貯留していた。また、胃の中からは焼き鳥のものと思われる串が3 - 4本見つかっている。解剖後、ハチの剥製が作成され、内臓はホルマリンに漬けられて保存された。これら臓器については、ホルマリン液交換の度にじっくり観察すると腫瘍らしきものが見られることが従来から認識されていた。組織標本採取の機会に恵まれた2010年（平成22年）の暮れから精密検査が行われ、フィラリア症は中程度（決定的致死原因に非ず）であって、心臓に重度の浸潤性癌が、肺に転移性の癌があることが確認された。この再検査の結果は2011年に発表された。ハチの臓器標本は現在、東京大学農学資料館（弥生キャンパス農正門入ってすぐ右）に展示されており、フィラリアが寄生している様子も観察できる。
上野が死去してから10年近くが経った1935年（昭和10年）3月8日午前6時過ぎ、ハチは渋谷川に架かる稲荷橋付近、滝沢酒店北側路地の入口（2018年9月13日～渋谷ストリーム駐車場入り口付近）で死んでいるのを発見された。ここは渋谷駅の反対側で、普段はハチが行かない場所であった。現在の渋谷警察署向かいの山下書店（2018年9月～セブンイレブン渋谷駅東口店）にある橋である。ハチの死後、渋谷駅では12日にハチの告別式が行われ、上野の妻・八重や、富ヶ谷の小林夫妻、駅や町内の人々など多数参列した。また、渋谷・宮益坂にあった妙祐寺の僧侶など16人による読経が行われ、花環25、生花200、手紙や電報が180、200円を超える香典など、人間さながらの葬儀が執り行われたという。ハチは上野と同じ青山霊園に葬られ、四メートル四方の竹垣で囲った区画の奥には、「東京帝国大学教授 農学博士 上野英三郎墓」と刻まれた墓石がある。右手には小さい祠があり、これがハチの墓である。死体は坂本喜一と内弟子の本田晋によって剥製にされ、現在は東京・上野の国立科学博物館に所蔵され、幾度となくメディアにも登場している。
京都で石門心学を講ずる学者の家に生まれる。 記憶力に優れ、近隣の人をして神童と称されたと言う。才能を見込まれ、学資の援助を受けながら、官立の京都仏学校に入学。京都仏学校が廃止されて、師であるレオン・デュリーが開成学校（現在の東京大学）へ転任すると、それに従い上京する。 上京後に当時太政官法制局少書記官だった桜井能監らの「仏国民法研究会」のメンバーとなり、その縁で官職を得る。内務省に勤務していた1879年8月に、日本政府の法律顧問としてフランスから招かれていたパリ大学教授ボアソナードと出会い、以後ボアソナードに師事する。東京法学社設立に加わり、東京法学社講法局が1881年5月に東京法学校として独立した後は、薩埵がその主幹となり学校の運営を担った。愛弟子の薩埵が主幹する学校ということでボアソナードが教壇に立ち、教頭に就任するなどしたことから、東京法学校はボアソナードの学校と呼ばれ人気を得た。フランス法系の学校の団結・統合を図るために、東京法学校と東京仏学校とが合併するのを機に、薩埵は故郷の京都に戻り、第三高等中学校（現在の京都大学）法学部の教授となった。第三高等学校への昇格後も法学部教授の任にあたっていたが、京都帝国大学法科大学が設置されるのを目前にして、病気により在官中40歳で急死した。部長として指導していた三高弁論部の部史には、薩埵について「日本法学教育界の錚々、その議論の暢達明快、誠に此部好個の指導者」と記されている。