巨大サイコミュ要塞エンジェル・ハイロゥによって増幅した精神波を地球規模で地球の居住者へ向けて照射し、人類の闘争意欲を消失させることで戦乱を鎮めるのがザンスカールの作戦目的である。広範囲の生物を死に至るまで眠らせ続ける事も可能で、カガチの真の目的はそれによる地球人類の殲滅にあったという説も有力である。その場合、その事実は照射源である女王マリア（とその娘シャクティ）には伏せられていた。また、先の地球浄化作戦はこの作戦の陽動という側面があった。宇宙世紀0153年6月、その効果を最大限に発揮するため、ザンスカールはエンジェル・ハイロゥを地球上空に降下させながら、その周囲に主力艦隊を展開して守備に当たった。これに対し、リガ・ミリティアと連邦軍ムバラク艦隊の連合艦隊は現有戦力で突破できると判断して包囲し、攻勢に出た。一方、ザンスカール側はこの期に及んで指導者層の私怨や野心が表面化して足並みが乱れ、統一した作戦行動が取れぬまま連合艦隊と各艦隊が個別に戦闘する形となった。連合艦隊は、まずタシロに捨て駒とされて最前線を守備していたアルベオ・ピピニーデン麾下のラステオ艦隊と交戦、ウッソとの諍いの末に機体を損傷したルペ・シノが上官のピピニーデンを道連れにする形で戦死したことに乗じてこれを破る。その攻防戦の最中、戦力を温存していたタシロ・ヴァゴはギロチンにかけられたカガチへの恨みを忘れないでいた。実は助けるつもりだったというカガチの説得には耳を貸さず、血迷ったタシロは自ら拳銃を抜き、女王マリアを拉致する。だが、タシロの切り札ファラ・グリフォンは宿敵ウッソと対峙し、敗死してしまう。祈りを通じて、感受性の高いガンダムチームの子供達に真の敵は自分の近くにいることを伝えるマリア。その事を感知したタシロはマリアを問い詰め、恫喝し最後には反抗したマリアを射殺した。その事がウッソの逆鱗に触れ、直後にタシロも討たれることとなった。そしてタシロの旗艦シュバッテンを撃破した連合艦隊は勢いに乗じてタシロ艦隊を全滅させるが、エンジェル・ハイロゥの地球降下などによって戦闘は一時中断された。大気圏内での戦闘再開後、連合艦隊は更にリーンホースJrの特攻によりクロノクル・アシャー指揮下のモトラッド艦隊をも全滅させた。また、クロノクルも艦隊指揮を放棄して自ら出撃、そしてカテジナ・ルースが見守る中、再三の因縁があるウッソとの一騎討ちに臨んで敗死している。なお、リガ・ミリティアの指導者ハンゲルグ・エヴィンはリーンホースJrの特攻直前に失踪して消息不明となり、ムバラク提督もクロノクルによって旗艦ジャンヌ・ダルクの艦橋ごと撃破されて戦死している。最後に残ったムッターマ・ズガン配下のズガン艦隊の戦力は大きかったが、肝心のズガンが旗艦ダルマシアンごと半壊したジャンヌ・ダルクの特攻を受け、両艦は共に轟沈。その誘爆はズガン艦隊の大半を巻き込み、またダルマシアンから脱出したカガチも、錯乱しマリアの反抗をなじりながら戦火の混乱の中で死亡した。これによって両陣営は指導者や司令官をことごとく失い、戦闘はただの殺し合いと化して無意味な人死にだけが増えていった。その混乱と修羅場のさなか、ウッソはかつての憧れの人であり、そして今は最強最悪の最後の敵となったカテジナと対峙し、これを打ち破った。一方、マリアに代わって平和を祈るシャクティの力を増幅したエンジェル・ハイロゥは、当初予定されていた性能を超えた超常的な力を発揮、エンジェル・ハイロゥのパーツが分離（一部は再結合）し、勢力の区別なく大部分のMSと艦艇を空の彼方へと連れ去り、戦闘は終結、作戦は失敗に終わった。なお、シャクティ自身は地上の仲間たちの元へ送り返され、共にカサレリアに帰郷している。物語はそのシャクテイとウッソと仲間たちがカサレリアで暮らしているシーン（そして視力と恋人と帰るべき場所を失ったカテジナが焼け野原となっている故郷へ帰郷するシーン）で終わり、ザンスカール戦争の結末、サイド2のアメリアのザンスカール帝国の末路は作中では描かれていない。
中央アジアの定義には広狭さまざまあるが、美術史上の地域区分としては、パミール高原の東西に位置する東トルキスタンと西トルキスタンの両地域を指すのが一般的である。現代の国名では、東トルキスタンは中華人民共和国新疆ウイグル自治区に相当し、西トルキスタンは旧ソ連の中央アジア5か国（カザフスタン、ウズベキスタン、タジキスタン、トルクメニスタン、キルギス）に加えて、アフガニスタンの北部もここに含むのが一般的である。この地域は、東方はタリム盆地およびジュンガル盆地を含み、西方はカスピ海東岸に至り、北はアルタイ山脈と南ロシア草原地帯を含み、南は崑崙山脈とヒンドゥークシュ山脈までを含む。取り上げる文化によっては、スキタイの活動した黒海北岸や、ガンダーラの位置するパキスタン北部までを含むこともある。なお、チベットとモンゴル高原については、自然地理的には中央アジアの一部と考えられるが、歴史的には中央アジアと一体の地域とはみなしがたい。この地域は文字通りユーラシアの中央部に位置し、世界でももっとも海から遠く離れた土地であり、降水量のきわめて少ない乾燥地帯である。トルキスタンは「テュルク（トルコ）人の土地」の意である。この地域に暮らしたのはテュルク系民族のみではなく、歴史上さまざまな民族や国家が興亡を繰り返したが、本項では便宜上「トルキスタン」の地域呼称を用いる。東西トルキスタンの地理を大局的に見ると、おおむね天山山脈とシル川を結ぶ線より南は砂漠地帯であり、それより北は草原地帯である。この草原と砂漠との差異は、それぞれの地帯の文化の差異にもつながっている。すなわち、草原に暮らした騎馬遊牧民の文化と、砂漠のオアシスに暮らした農耕定住民の文化である。北の草原地帯に騎馬遊牧民が登場したのは紀元前1000年前後とされている。彼らは家畜を引きつれて、夏は高地、冬は低地へと移動しながら生活した。そのため、彼らの飼う家畜は羊、山羊などのような群れをつくる性質のあるものに限られた。一方、砂漠が大部分を占める南方の地域では、周囲の高山の雪解け水を水源とする内陸河川の流域やオアシスなどに人々が定住し、農耕や手工業、商業を営み、都市を形成した。騎馬遊牧民の国家は機動性と軍事力に優れていた。一方、オアシスの民の国家は規模も小さく、広い地域を連合した帝国を形成することもなかったため、しばしば周囲の大国の侵略を受けた。19世紀までの西欧の歴史家は、中央アジアの歴史を騎馬遊牧民の国家とオアシス国家（農耕定住民）との対立抗争、支配・被支配の歴史として語ってきた。しかし、この地域の歴史をこうした遊牧民対定住民の対立の構図でのみ理解するのは適切でないということが指摘されている。長い歴史のなかで遊牧民と定住民との対立抗争があったことは事実だが、平時には両者はむしろ互いの必要とする物資を交換しつつ共存共栄してきたのであった。騎馬遊牧民の社会経済構造は、自民族のみで完結するものではなく、生存のためには農耕民族との共存が不可欠であった。遊牧民は自らの有する家畜から毛、皮、肉、乳などを得ることができたが、彼らにとって不足していたものは穀物などの農産物や、絹織物などの手工業製品で、これらは定住農耕民との交易で手に入れるほかなかった。一方、定住農耕民は遊牧民から獣の毛、皮、肉や乳製品などを手に入れた。遠隔地との交易のためには、輸送手段としての馬、牛、ラクダなどが必要であったが、定住民はこうした動物も遊牧民から調達したのである。