縦貫坑道の最深部「ジェノミライ研究所」へと辿り着いたイオンとサーリは、そこで既に亡くなっていたと思われていた研究者、クラケットに出会い、先んじてやって来ていたカノンとも再会を果たす。クラケットは異なる世界から連れてこられたイオンの存在がラシェーラ崩壊の要因になっている事、イオンを元の世界へと還すことを計画している事を語る。一方、同じくジェノミライ研究所にやって来ていたジルは、サーリを人質に取ってシェルノトロンサーバーからレオンの本体、ネロを解放する。ジルの目的はネロの内部に存在するかつての研究者であるウンドゥと再会し、そしてそのためにネロを元の世界へと還すことであった。
カノンを縦貫坑道に送り出した事で再度PLASMAに拘束されたイオン達だったが「クオンタイズ」を名乗る集団によって脱出し、コロン・フォーシーズンへと移動する。そこでイオン達を迎えたのは組織のリーダーでありまたネプツールの娘、そして度々イオンに協力していた「ノエル」であるサーリ・プランクであった。自らもカノンを追うために縦貫坑道に向かうことを頼むイオンに対して、サーリはイオンの存在自体が生み出す世界への危険性を指摘する。その後、案内の条件としてサーリの通う学園の学園祭を回る一行は、ネプトロン開発のきっかけになったという研究者、ジルと対峙する。そこでター坊がレオンに乗っ取られている事や、ネイがジルと繋がりがあるということなどが発覚するが、生命維持を行うG2トロンを停止されたサーリの病状は急激に悪化し、死期が迫っていた。
Tzチューブカンパニーでの事件に関する聴取などのため、情報集約都市アルメティカにあるPLASMA本部へと連れられてきたイオンは、そこで皇位継承の儀以前からの知り合いであったレナルルと再会する。その後、同行するジェノムであるテレフンケンの故郷がここアルメティカであるとの事から、一時的な外出を許可されたイオンは、先の事件によりシェルノトロンの使用規制がかけられるようになり、シェルノトロンに依存する民衆からは大きく反発が高まっている様を目にする。そんな中、人々の救済に当たっていたカノンと再会したイオンは彼女の協力を得て、真相を得るために街その物であるジェノム・アルメティカとの同調を行う。一方カノンもまた、自身の生まれの秘密の真相を知るために、アルメティカとの対話を行っていた。
夢の珠での出来事から傷心のイオンは、ネイの提案によりTzチューブカンパニーへの招待を保留して彼女の住むコロン・プラネタリー・メゾンへと向かうことになる。ネイとのやりとりや彼女の踊り子としての仕事ぶりなどを目の当たりにしたイオンは、皇帝候補としての自覚と自分にも何か想いを伝える手段が無いかという事を改めて意識するようになる。それに対してネイは、丁度開催されようとしていた年に一度のプラネタリー・メゾン最大級のイベント、ラシェーラ・スターライトへの参加を持ちかける。
巨大な花を咲かせる詩魔法によって万寿沙羅に迫っていたバースト直撃の危機を救ったイオンは、万寿沙羅を後にして次なる街としてコロン・夢の珠へと向かう。夢の珠では現地の天文区長パリーに迎えられ、この地が断線による重力消失に悩まされていることが知らされる。さらに時を同じくして対立候補であるカノンもまた夢の珠を訪れている中、突然イオンの元をネイと名乗る少女が訪ね、行動を共にしていくこととなる。
ラシェーラの次期皇帝を決めるための皇位継承の儀が開始され、天文皇女イオナサル(イオン)と地文皇女カノイール(カノン)がそれぞれ旧市街地へ送り出される。待ち構える群衆に対して皇帝候補として堂々たる態度を見せるカノンに対し、何も知らずに怯えきったイオンは終始逃げ惑い、翻弄される。その後、万寿沙羅の路頭に迷っていた所バーストが発生する寸前の所でター坊と名乗る少年に拾われ、彼の母親ルウレイの経営する雑貨屋「縷縷」に一応の居場所を得る。その後イオンはター坊やその友人プラムやキャスとの親交を深めていく。
イオンの夢世界（精神世界）に入ってイオンの記憶を蘇らせるのが目的。物語の章を選択し、入った扉の先の廃墟を修復すると少しずつ物語が進行する。修復には『シャール』という心の妖精をバーコード（13桁か8桁のJAN (EAN) コードのみ対応）をPS Vitaのカメラで読み取らせて生成し、ヒュムノポイント (HymP) を使用して契約する必要がある。シャールにはそれぞれ担当する属性が存在するため、廃墟の修復には多くの場合複数のシャールが必要になる。修復が完了する事で次の修復ポイントが表示されたり、イベントポイントが発生してイオンの記憶を見ることが出来るようになる。また、上記の通り修復されるのはイオン自身の記憶であるが、その一方でプレイヤーが視聴する物語の中には、イオンが知りえない他者の記憶も多く含まれている。
多賀谷 厚孝（たがや　ひろたか、生没年不詳）は出羽久保田藩士。久保田藩士家多賀谷氏当主で山本檜山所預。「秋田武鑑」が成立した頃の当主。通称は但馬。石高は3,376石余。家格は引渡二番坐。祖父は多賀谷敦候（あつよし/あつとき、下総、佐竹義路の実弟で佐竹義敦より1字を賜う）、父は多賀谷和経（まさつね、佐竹義和より1字を賜う）。夫人は佐竹北家佐竹義術の娘である於庫。子息に佐竹義許（義術の養子）、多賀谷睦貞（ちかさだ、通称：彦太郎、佐竹義睦より1字を賜う）。多賀谷家知（いえとも、通称：勝之助、長門、初め佐竹義睦より1字を賜い睦昭（ちかあき）を称す）。文政12年(1829年)に出仕し、前述の家族にも見られる通り、多賀谷氏には主君の久保田藩主から1字を受ける慣例があり、これに倣って厚孝も藩主・佐竹義厚より一字拝領される。長男・佐竹義許は夫人の実家の佐竹北家の養子となった。このため厚孝の後は、次男・睦貞、次いで三男・睦昭（家知）が当主となった。