1945年5月28、29日に鎮海入港、燃料補給。7月4日彩雲2機を大湊にて搭載、同月11日大湊発トラック島へ向け出港。本来の晴嵐搭載の任務ではなく、トラックへの輸送作戦だった。出港後、マリアナ東方海面を南下して、7月20日頃トラック入港の予定だったが、8月1日までにトラックへ入港しないことから喪失と認定された。米側記録によると7月16日に米護衛空母「アンツィオ」（アンジオ）の艦載機および米ジョン・C・バトラー級護衛駆逐艦「ローレンス・C・テイラー」の攻撃により小笠原北東方の、北緯34度28分 東経150度55分（米軍記録より）の海中で撃沈された。艦長の大橋勝夫中佐以下140名全員が戦死認定。9月15日に除籍。
マル追計画の潜水艦甲、第620号艦型の2番艦、仮称艦名第621号艦として計画。建造中の1943年後期に、建造隻数が削減された伊四百型潜水艦を補うため設計変更された。1943年2月4日川崎重工業神戸造船所で起工。10月1日伊号第十三潜水艦と命名、伊十型潜水艦の4番艦に定められ、本籍を佐世保鎮守府と仮定。11月30日進水。1944年12月16日竣工し、本籍を佐世保鎮守府に定められ、第六艦隊付属に編入、神戸発呉へ。その後は呉にて搭乗員の訓練などに従事。12月30日伊号第400潜水艦と第一潜水隊を新編。
この「フィリピン支援チームびわこ」の呼びかけに応じ、2013年12月、草津市立草津小学校が「サンタプロジェクト」として支援を行なった。支援チームの趣旨に賛同した同小学校のボランティア委員会が、クリスマスブーツ20個を各クラスに配り、使わなくなったペンや消しゴム、筆箱などや、寄付金などを募った。文房具はブーツ20足分が集まり、クラスごとにサンタクロースの顔やリボンなどで飾り付けた。この活動を知り、滋賀県立彦根東高等学校の生徒たちも衣類を集めるなど、地元で支援の輪が広がっていた。2013年12月の終業式で、全校生徒の前で、ボランティア委員会の委員長を務める生徒らがサンタクロースやトナカイに扮し、フィリピンの子供たちを笑顔を願って、支援チームにブーツを渡した。チーム代表者は「日本でたくさんの友達が応援してくれていることを伝えたい」と感謝を述べた。2015年3月には、クリスマスブーツを贈られたフィリピンの現地から草津市草津小学校宛てに、感謝を伝えるビデオレターが届き、同月の修了式で全校生徒に紹介された。同校の校長によれば、草津も災害が多いことから、フィリピンの子供たちは、災害の悲しみを知る子供たちに支えられたことを喜んでいたといい、子供が子供を助けるというアイディアも好評だったという。同校の生徒たちからも、感謝の言葉をもらっての喜びの声や、この計画に賛同して良かったとの声が寄せられている。
同様に大きな被害を被った宮城県石巻市に対しては、栃木県佐野市の市民団体「石巻絆の会」が震災当年から、「子供が笑えば大人も笑ってくれるはず」との思いから、石巻市の園児にクリスマスブーツを贈る活動「サンタクロス支援」を行っている（『クロス』は被災者と支援者の心の交わりの意）。費用は知人や取引先からの寄付によるもので、後にこの資金の寄付は県外にも広がっている。受け取った子供たちからは支援者宛てにお礼の手紙が送られて支援者たちを喜ばせており、それを楽しみにして毎年協力を続ける支援者も少なくない。震災から5年以上経過した頃には、現地ではボランティアが減り、菓子を受け取る子供も震災を知らない世代になったが、2016年は関東一円や中部地方などの約110人が協力し、前年の倍近い約70万円が集まり、石巻市内のほぼ全ての公立保育所、幼稚園、計28園、約1400人にお菓子を届けるまでになった。ブーツは震災後の生まれで震災を経験していない子供の手にも渡り、石巻市民の心を和ませている。
東京都出身。東京高等師範学校附属小学校（現・筑波大学附属小学校）で、のち東大教授となる芳賀徹、平川祐弘、高階秀爾、平田賢と同じクラス（第1部）だった。東京教育大学附属中学校・高等学校（現・筑波大学附属中学校・高等学校）、東京大学国史学科から大学院を経て東大史料編纂所員となり『大日本古文書』の編纂に従事した。東大在学中は佐藤進一に師事。東大文学部教授、史学会理事長、92年定年退官し名誉教授。専門の中世政治史では、1969年12月「史学雑誌」78編12号に発表した『中世成立期軍制研究の一視点－国衙を中心とする軍事力組織化について』（後に『鎌倉武士の実像』にも収録）において従来の武士＝在地領主論に欠けている側面、武士＝職能人論とも言える「武士がどのように認知され、国衙機構に組み込まれ、ないしは関係を持っていたか」を、国司軍としての「館の者」「国の兵共」と「地方豪族軍」などの図式化によって示したことで有名。翌年発表の主著『日本中世国家史の研究』で鎌倉幕府の支配構造にしめる国衙など律令政治機構の役割を解明した。尚、本来専門書でありながら最も入手しやすい著書は、文庫本にもなっている前述の『鎌倉武士の実像』であり、その研究の概要を知ることが出来る。民俗学にも造詣が深く、中世考古学など隣接諸科学にも強い関心を示した。失われゆく中世遺跡の保護にも尽力。中世都市の景観の復元をめざす『よみがえる中世3　武士の都鎌倉』など一連の仕事がある。棚田学会にも寄与した。 『石井進著作集』（全10巻、岩波書店刊）他著書多数。また晩年客員教授を務めた鶴見大学に石井の蔵書を中心に「石井文庫」が設けられた。