UW世界本部からの飛行機が到着した当夜、怜人・マリア・朱音・翠は病院跡を訪れて地下施設を発見し、そこにいた技術長官たちに殺害されそうになるが、クロエたちが現れて技術長官たちを射殺し、自分が世界本部の使者にしてUW日本支部を内偵していたUW平和維持活動局局長であることや、現在の絵理沙がテロ集団に身を置いていることを怜人たちに明かす。クロエの補佐官・ポープに詰問されて本性を現した鬼原は、総務長官・首藤や護衛たちによる造反に遭い、首藤以外の首脳陣共々拘束される。一方、慶門市では爆破テロが発生し、東京ではコールドスリープ中の会社員・木根渕善がテロ集団に拉致される。その数日前、さらなる女子生徒とも結ばれていた翔太は、花蓮にかつて自分をいじめていたエリカの調達を依頼し、彼女への復讐を遂げる。勢いづく花蓮が女子生徒たちを煽った結果、翔太を巡る争奪込みのメイティングは激化し、彼もそれに応じて女子生徒たちを満喫するが、校内には絵理沙への内通者が潜伏していた。
晶と結ばれた翌日、翔太は保健室で春歌・奈都・晶に流されるまま、彼女たち3人との4Pに励む。その後、柚希の「転任」を知っての自暴自棄から進んで女子生徒を求めるまでに至った翔太のもとへ、彼をかつて無視していた元級友・星野汐音が「転校」してくる。翔太は、男性の死滅によってタレントになり損ねていた汐音が年下の女子生徒たちから蔑視される姿を嘲笑して花蓮の勧めに応じ、UW日本支部による後ろ盾を求める汐音に昼休みの校舎屋上でのメイティングを強要する。まひるがメイティングを拒否し、首脳陣がUW世界本部の使者に備える中、怜人への暗殺計画を察した朱音はマリアと共に彼のもとを訪れ、自分が鬼原の娘であることや麗亜への不審を明かし、難民地区に隠れ家を構える。一方、自分でも暗殺計画を察した麗亜は配給に参加する怜人への狙撃を美来のために阻止し、その首謀者を推察する。マリアは渡米したはずの研究者たちの消息が病院跡で途絶えていたことを知り、怜人はそこがMKウイルスの製造場所かと疑う。
怜人たちは、犠牲者の妻・谷口の入院先を訪れる。絵理沙とひそかに連絡していた谷口は、怜人の思想を批判する。宿泊先の温泉旅館で入浴した怜人は、サウナ室に現れたアメリカからの留学生・クロエ・マンスフィールドに翻弄される。翌日、美来と怜人の思いを聞いた谷口は亡夫のことを明日に話すと誓うが、その夜に何者かが谷口の点滴に毒物を混入させる。翌日、谷口の昏睡を知った怜人は彼女の夫が収容されていた病院跡をマリアや翠と共に訪れ、朱音は麗亜に不審を抱く。谷口の持つMKウイルスの論文を入手した怜人が慶門市から、荷物をまとめた柚希が高校からそれぞれ立ち去るのと平行し、フリーター当時の先輩・リカともメイティングに励める現状に飽きを覚え始めていた恭司は、まひるに着目する。自分の立場に動揺していた翔太は、逃げ込んだ先の用務員室で自分と同様の過去を持つ春歌に惹かれて結ばれたうえ、翌日には体育用具室で自分への欲情を抑えきれなくなった晶に拘束されて結ばれる。
翔太は女子生徒たちの存在に動揺しながらも柚希の招きに応じてその夜に彼女の自室を訪れ、導かれるまま結ばれる。翌日、翔太は一条奈都や柊春歌と打ち解け始め、体育館で黒田・レイン・ちふゆと東堂晶のバレーボール対決に立ち会うが、ボールで額を負傷する。翔太を心配した柚希が音楽室で再び身体を開く一方、花蓮は怜人と恭司への対抗心を燃やす。1週間後、それまで柚希と日々愛し合った翔太は自室で奈都の突然の来訪に動揺するが、柚希と会えない状況に際して奈都とも結ばれる。その後、柚希の態度から自分の環境を察した翔太に花蓮はメイティングの詳細を明かし、欲情した女子生徒たちは翔太の目の前で制服を脱いでいく。その光景に満足した首脳陣は、美来を解任する。特効薬の開発が進まない怜人のもとへ、新たな専属担当官として黒田マリアと片桐麗亜が現れる。怜人は美来の旧友でもある麗亜に酷評されるが、研究者でもあるマリアに引率され、日本で最初にMKウイルスの犠牲者が出た慶門市へ向かう。
2008年6月、結婚式を翌日に控えた腐野花が婚約者の美郎、父の淳悟と3人で会食する場面から始まり、第2章は2005年11月、第3章は2000年7月、第4章は2000年1月、第5章は1996年3月、最終章は1993年7月と、年月をさかのぼっていく形で物語は進む。また年月がさかのぼるにつれて舞台も東京から北へ変わっていく。竹中花は9歳のとき、奥尻島を襲った大地震（北海道南西沖地震）による津波で家族を亡くし、親戚に当たる腐野淳悟の申し出によって引き取られ、北海道の紋別市で淳悟と性的関係を持つようになる。それ以来、花は淳悟と離れないと決意したのだが、大人になってから美郎と結婚することになる。第1章では花が新婚旅行から帰ってきて、淳悟が消えたことを知るまでを描かれ、第二章では後の婚約者である美郎との出会い、第三章では高校生になった花と淳悟の殺人、第四章では中学生の花による殺人、第五章では小町を中心にして描かれ、最終章となる。物語は全体的に日本をはじめ多くの国でタブーとされている親子による近親相姦を中心に描かれている。