ソメイヨシノは極めて多く植えられているため、地域に自生する野生のサクラと交雑してしまう遺伝子汚染が報告されている。これにより各地の地域固有の品種の桜の花の形や耐候性、強健性などの性質が変わってしまう可能性があり、固有の野生桜が自生する地域にソメイヨシノを植える際には注意が必要であるとされている。
ソメイヨシノは街路樹として植えられている場合が多いが、これにより根の近くまで舗装されていたり排気ガスに晒されたりしていることで、健康に悪影響を与え樹勢を削ぐ。花見に一番使われる木であることも病気の遠因といえ、根に近い土壌を過剰に踏みしめられたり、花見客に枝を折られたりすることは健康に悪影響を与えると推測される。近年の地球温暖化やヒートアイランド現象でソメイヨシノが急激な環境の変化についていけていないことが病気の遠因になっているという説もある。
2012年（平成24年）に初めて中国や朝鮮半島由来の外来種のクビアカツヤカミキリによるサクラの食害が報告されて以来、日本各地で被害報告が相次いでいる。その被害の深刻さから、2018年（平成30年）1月にクビアカツヤカミキリが環境省より特定外来生物に指定された。このカミキリはサクラに穴をあけて卵を産み付けるが、その幼虫が大量発生して木の内部を食い散らかす事態が相次いでおり、特に大量に植樹されているソメイヨシノの被害が著しく、回復不能なダメージを受けて伐採される事例が相次いでいる。2017年5月にはクビアカツヤカミキリに対応可能な住友化学の薬剤「ロビンフッド」の適用範囲がサクラにも拡大され、対応策の一例となっている。また埼玉県環境科学国際センターではサクラへ寄生するクビアカツヤカミキリ対策として、薬剤注入やネットによる成虫の拡散防止などの方法を広く公開している。
他のサクラよりてんぐ巣病（てんぐすびょう）に弱い。サクラてんぐ巣病は子嚢菌に属するタフリナ属の1種 Taphrina wiesneri の感染により起こる病気で、その上部では小枝が密生していわゆる「天狗の巣」を作る。さらに、開花時には小さい葉が開くので目障りとなったり、罹病部位は数年で枯死したりといった被害を与える。罹病した病枝は専門家に切り取ってもらうなどの措置を取る。また、コフキサルノコシカケなどの白色腐朽菌類が繁殖し、罹病した病木を切り取らなければならないケースが急増しており、特に、公園や街路樹として植えられている木が深刻な状況に陥っている。こうした症状は外からではわからないため、特別な機械を使わないと診断できない。京都府立植物園では2006年頃から衰弱するソメイヨシノが増え、調査のため、京都府立大学の共同研究員らと弱った木を掘り起こし調査したところ、「ナラタケモドキ」の白い菌糸が根を覆っていた。専門家は対策や観察の強化を呼びかけている。
ソメイヨシノにも他のサクラ全般と同様の特徴が見られる。桜に存在する生物学的弱点はソメイヨシノにも同様である。また、並木などに人為的に集中的に植樹されていることが病害を広げる原因になる場合もある。全個体が単一クローンであるため、突然変異以外に新しい耐性を獲得する可能性はない。
20世紀初頭、アメリカの植物学者アーネスト・ヘンリー・ウィルソンは、ソメイヨシノはオオシマザクラとエドヒガンの雑種ではなく独立した種であるとの説を唱えていた。この説を実験的に検証するため竹中要博士が様々な交配を行ない、その中から広い意味で形質が基本的に「ソメイヨシノ」と差異のないイズヨシノを生み出した。これが、ソメイヨシノの起源探究の原点にもなっている。現在、ソメイヨシノはオオシマザクラとエドヒガン系列のサクラの交雑種であることが確実となっており、ウィルソンの、この別説が唱えられることはない。
アークシリーズは表向きはUCEが独自に開発した人型機動兵器である。各組織の兵力やしがらみに捕われない、独自の軍事力の保有を理念として開発に着手。過去の開発プロジェクトの基礎研究を応用する形で安価かつ安定したユニットというコンセプトで製造された。だが実態はUCEに所属していた開発者、アルバート・ライネンが地球圏の防衛を目的とした「ライネンプロジェクト」のキーとなる機体というのが実態である。ライネンプロジェクトはライネンが近々予想していた対外宇宙勢力用の防衛戦力開発プロジェクトであり、ライネンは開発責任者として研究を開始した。特徴的なのは旧戦争時代に使用されていた防衛衛星を利用した「ガーディアン・システム」を搭載している点である。ガーディアン・システムは「一兵器としての機動性・汎用性を維持しつつ最大限の破壊力を持たせた機体」という設計理念を実現する戦略支援システムである。白兵戦闘でも通用する高機動のユニットを使って、地球周辺宙域に確認されている複数の戦闘衛星を制御し、高威力の砲撃を可能とするというシステムである。ガーディアン・システムで制御できる衛星の数には限りがなく、複数の衛星からの同時砲撃をも可能となっている。なおガーディアン・システムの中枢を司るガーディアン衛星は、機体に搭載された「E2コア」というコアエンジンからの指令によってのみ動作するシステムである。E2コアはガーディアン衛星にも使用されている出自不明のエネルギーであり、定められた特定のDNAを持つ人間との波長パターンが一致した場合のみ初めて作動するのである。このシステムは実際に使用すれば高い威力を持つと期待されたが、衛星を利用した砲撃があまりに強力すぎたため、UCEの中の強靭な勢力である地球連邦が危険視し、事故を装ってプロジェクトを強制的に中止させた。これにより地球連邦とUCEに失望したライネンは計画が頓挫すると同時に失踪したが、息子であるフィーデル・バルクホルツは父であるライネンの意志を引き継いでUCEの設計局に入り、機を伺いながらプロジェクトを密かに続行していた。そうしてガーディアン・システムを搭載して開発したのが、ガンアークと同型機であるバスターアークである。後にバルクホルツが全ての元凶と発覚した後は、アークシリーズとガーディアン・システムを凍結する事が決定した。