本作は主に宮川泰と羽田健太郎が『宇宙戦艦ヤマト』〜『宇宙戦艦ヤマト 完結編』で作曲したBGMを編曲・再演奏したものが使用されている。劇中使用されるBGMはほぼ全て旧シリーズ作品の使用曲・未使用曲およびそれらのアレンジや交響曲である。さらに劇中後半では、西崎の強い要望によりヤマトとは直接的な関係はないクラシック音楽の割合が増えてくる。新たな敵のメッツラーの曲などは羽田の弟子である山下康介によって新たに作編曲されたが、実際に使用された曲は少ない。また1994年の企画時に羽田が作曲した「『復活篇』ためのシンフォニー」も山下の採譜によって再録音・使用された。ディレクターズカット版では、クラシック音楽の割合が大幅に減り、旧シリーズ未使用曲と山下康介による初回未使用曲の割合が増えている。宮川彬良は本作で音楽を依頼されていたが、第一作への思い入れから「復活篇はないだろう」と感じ、断っていた。ただし、本作で使用された旧シリーズ未使用曲の中には、宮川彬良が作曲したものも存在する。
西崎の意向により、多国籍軍であることが分かるようにデザインの方向性に明確な区別がつけられている。SUSは鋭角的で金属感のある表面、ベルデルは生物的なフォルム、フリーデは四方への張り出した形状、エトスは地球艦に似つつも直線的で大理石のような質感、アマールはファンタジックな雰囲気をそれぞれ特徴としてデザインされている。
波動実験艦ムサシ・アンドロメダA12・ペンシルバニア・ブルーアース・ユキカゼ級駆逐艦はディレクターズカット版が初登場。また、本作の艦船の殆どは艦艇対比図はあるものの全長設定がない。これはヤマトの全長が265.8メートルであるかという議論をしなくては他の艦船全長設定はできないという考えからである。
旧ユニフォームは襟の色で、班長クラスは襟が矢印マークと同色、以下は襟が白と階級が解るようになっていたが、新ユニフォームは両袖に階級が解るマークが付いている。大村と徳川の2人は長方形マークが2本に逆三角形が1個、2人以外の第一艦橋スタッフおよび佐々木、天馬兄弟は長方形マークが1本に逆三角形1個、一般隊員は逆三角形1個である。また、ヤマト以外では雪のコートの左袖に長方形、逆三角形、長方形の順の階級章がある。
古代の自戒までは同一。ヤマト乗組員に敬礼を持って見送られながら、地球はカスケードブラックホールに飲み込まれ消滅した。その後、残存地球人類の救助に当たっていた防衛軍旗艦ブルーアースから入電し、観測の結果、地球は銀河中心部の巨大ブラックホールに飲み込まれたことが判明したと告げる。何かに気付いた様子の古代は、ブルーアースに地球の最期を見届けると告げ、ヤマトを銀河系中心部へと発進させる。
落語家の笑福亭鶴瓶をパーソナリティーに、スタジオに集まった観客と共にリスナーからのはがきを紹介したり、ゲストとのトークやライブを楽しむという体裁だった。「川柳のコーナー」や、観客が親に電話をして感謝の言葉を読み上げる「感謝のコーナー」など、たくさんの人気コーナーがあったが、いつごろからか鶴瓶自身がコーナーを「コナー！」と読むことが恒例となった。放送内で当時ヒット曲だった沢田研二の「TOKIO」をパロディーにした「NOKIO」（農協）いう歌を鶴瓶が歌い、この歌詞の中に出てくる兵庫県三田市農業協同組合から感謝状と米1俵を贈られた。番組終了後にMBSテレビで「感謝のコーナー」のコーナーを流用した『えーかげんにせえ!ホントにねぇ!』を開始させた。後番組は、圭・修がパーソナリティーの『サンデー・フレッシュわいわいカーニバル』。
豚の三枚身やアバラの骨付き肉を大きめにブツ切りにしたものを鍋へ入れた後、味付けに黒砂糖や鹿児島の味噌、生姜、そして焼酎を加え、弱火で2～3時間煮込み、柔らかくなったら出来上がりとなる。長時間煮込む事で臭みが取れ、コクが出る。さらに、残った汁には蒟蒻や桜島大根を入れて煮込み、付け合せとする。
豚骨料理は薩摩藩の武士たちが、戦場や狩場で作ったのが始まりとされる豪快な郷土料理であり、鹿児島県の居酒屋等で大抵メニューにある一般的な料理となっている。また鹿児島中央駅ではこれを用いた「豚骨弁当」がかつて名物駅弁として販売されていた。また西郷隆盛の大好物でもあったことが知られている。大久保利通のひ孫に当たる作家・英文学者の吉田健一は『私の食物誌』（中公文庫ほか）で「武骨に見え、繊細な料理」と紹介している。
カウキャッチャーはテレビやラジオのCMのうち、番組開始直前に放送されるもののことである。放送日時が固定しているのでスポットCMとは区別され、提供表示も伴わないのでタイムCMとも区別される。なお、番組終了直後に流されるCMはヒッチハイク (HH) と呼ばれており、カウキャッチャーとは区別される。また、カウキャッチャーやヒッチハイクにおいても番組提供スポンサーのCMを流す事がある。カウキャッチャーの語源はアメリカ合衆国の機関車やインターアーバンなどの鉄道車両に取り付けられた野牛除け（Cow Catcher）であるカウキャッチャーのことである。カウキャッチャーやヒッチハイクは競合するスポンサーを調整するために設定されることが多い。番組と番組の間に放送されるステーションブレイクと違って、カウキャッチャーには番組本体の視聴率や聴取率が適用され、それを元にCM放送料が決められる。例えば◯時00分ちょうどに始まる番組でも番組本編は◯時01分に開始しているものである場合、◯時00分 - 01分に放送されているCMがこのケースに当てはまる。また、番組中に放送される提供クレジットのないCMはパーティシペーション（パーティシペーティング・プログラム、単にPTとも）呼ばれる。