もともと病気などが目に見えない存在がもたらすものであると考えられていたことに由来して、疫病神の姿が実際に目に見えるものであると考えられることはほとんど無い。『春日権現験記絵巻』や『融通念仏縁起絵巻』などの絵巻物には、様々な鬼の姿をした疫神たちが集う姿が描かれているが、夢の中でそれを見るなど普通の人間の目に姿は見えないものであると表現されている。『沙石集』（巻5「円頓之学者免鬼病事」）では、僧侶のもとへあまたの行疫神の集団がやって来るという説話が記されているがここでは「異類異形」と表現されている。　いっぽう、人間の目に見える姿として疫病神は老人や老婆などをはじめとした人間の姿をとって出没するとも考えられており、単体または複数人でさまよい、人家をおとずれ、疫病をもたらすなどといわれた。関東地方や東海地方を中心に確認されている箕借り婆や一つ目小僧に関する来訪者があるとする伝承などは、その代表的なものである。また秋田県の一部では、特にどのような姿であるかは説かれていないが、毎年2月9日を疫病神が村に来る日だとしており、疫病神が嫌うとされるあみ目の多いざるを戸外に下げるという行事があったという。江戸時代の随筆『宮川舎漫筆』には「毎月3日に小豆のかゆをつくる家には入らない」と疫神に教えてもらった人物の説話が記されている。この話では、人間の姿をとって入り込むべき屋敷に向かっていた疫病神を、それと知らずに同道した結果そのことを教わっている。また同じく江戸時代に書かれた小林渓舎『竹抓子』などには文政3年（1820）に江戸愛宕下の仁賀保家という武家の屋敷に疫病神が侵入したのを次男の金七郎が発見して捕まえた結果、決して家には入らない（疫病や災厄をたもらさない）としるした証文を置いて行ったという話が記録されている。この話は証文の文面と共に流布されており、随筆にもその全文が記載されているほか、その文面を疫病避けとして家々に用いた痕跡が残されている。
1960年（58歳ごろ）、フランソワ・ジャコブとジャック・モノーは、DNAが単なる塩基配列の集まりではなく、遺伝要素を発現させるために必要な「オペロン」と呼ばれる部分をいくつも持ち、タンパク質の生成には離れたところにある複数のオペロンが関与するのだとする、いわゆるオペロン説を発表した。マクリントックは、この説と自分の研究成果とには非常に多くの類似点があることに気付き、それを論文にしてアメリカン・ナチュラリスト誌に投稿し、モノーにも写しを送った。しかしモノーですらマクリントックの研究の重要性に気付けず、1961年の総説の中でマクリントックの論文を取り上げていない。マクリントックは1965年にもブルックヘブンのシンポジウムで発表しているが、そこでも手ごたえは得られなかった。なお、モノーはオペロン説などの業績が認められて1965年にノーベル賞を取っている。動く遺伝子の反響はほとんどなかったが、それ以外の点が評価されることは多くなってきた。まず1965年（63歳頃）に母校コーネル大学がアンドリュー・ディクソン・ホワイト記念教授（ただし非常勤）の地位を与えた。1967年にはコールド・スプリング・ハーバーの功労研究員となり、死の年までこの職を務めている。1970年にはリチャード・ニクソンからアメリカ国家科学賞を得ている（授賞式は翌年）。教授の立場で学生と話すこともあり、ある大学院生が「女の先生というものにはうんざりする」という愚痴をマクリントックにしたため（マクリントックはしばしば女であることを忘れられた）、この学生をたしなめている。その後ようやく、マクリントックの「動く遺伝子」仮説を裏付けるような発見が次々と発表されることになった。1966年、ジョナサン・ベックウィスらは、ある種のバクテリオファージが細菌の遺伝子の途中に別の遺伝要素を挿入することができると発表した。これがありえるということになれば、マクリントックの説も奇想天外ではなくなる。さらには、サルモネラの薬剤耐性遺伝子がバクテリオファージによって伝播することも明らかになった。1972年、ピーター・スターリングラーとハインツ・ゼードラーは、本格的な論文としては初めて、マクリントックの研究を支持する見解を発表した。その後、ショウジョウバエでも似た現象が起こることが明らかになるなど、「動く遺伝子」の証拠が続々と見つかった。動く遺伝子はトランスポゾンと名付けられた。マクリントック自身も、1978年に遺伝子が環境の変化の影響を受ける仕組みについての発表を行っている。これらの発見を受け、マクリントックは1978年、ブランダイス大学からローゼンスティール賞を得た。1981年には生涯に年6万ドルを受け取れるマッカーサー栄誉賞、その翌日にはアルバート・ラスカー基礎医学研究賞を受け、同年ウルフ賞医学部門から5万ドルの基金を得た。これらの受賞理由のいくつかには「遅すぎた評価ではあるが」との釈明が盛り込まれている。さらに1982年にはコロンビア大学からルイザ・グロス・ホロウィッツ賞が贈られている。受賞に伴いマスコミが騒ぐのにはうんざりしていたようで、満場の記者会見の席ではあっさり「早く静かな研究室に戻りたいです」と述べている。それでもマクリントックはこの賞金で初めて新車を買うことができ、ホンダ・アコードを選んでいる。女性科学者のエブリン・フォックス・ケラーによって、インタビューに基づいたマクリントックの半生記が出版されている。1983年にはトランスポゾンの発見を理由にして、ノーベル生理学・医学賞を受賞している。1992年9月2日、マクリントックはハンティントン (ニューヨーク州)で90歳で死んだ。死の直前まで研究に興味を持っており、死の年の秋にもハーバードの友人から送られてきた著書を読み、その友人と電話で議論を交わしている。生涯未婚で、子も無かった。