坂本の不慮の死は、日本音楽界・歌手界、そして芸能界にとって大きな損失と言われたほか、福祉界においても大きな損失と言われた。例えば、彼の死によって手話が市民権を得るのが5年は遅れたと言われている。坂本は前述の「サンデー九」の一環で北海道栗山町と交流があったことから、逝去後栗山町に「坂本九思い出記念館」が設立され、関連の展示がなされている。坂本を記念して命名された、(6980) Kyusakamoto という小惑星がある（発見は1993年、命名は1998年）。小惑星番号の6980を「六八九トリオ」にかけたものである。坂本が最後に歌った「心の瞳」は、結果的に遺作となってしまったが、横山潤子などによって編曲され、現在では混声3部合唱として主に中学生に歌われている。また、「明日があるさ」は2000年8月より約1年半間にわたりジョージアのコマーシャルに起用され、CMソングを歌ったウルフルズによる『明日があるさ』はオリコン4位を獲得し、出演する吉本興業所属タレント達によるRe:Japanが結成されるといった現象が起き、坂本の楽曲が再び注目されるようになった。2007年3月4日より、ゆかりの地茨城県笠間市の中心駅である東日本旅客鉄道（JR東日本）常磐線友部駅で「明日があるさ」・「上を向いて歩こう」・「幸せなら手をたたこう」のアレンジが発車メロディとして使用されている。これは、笠間市（旧：友部町）が、坂本が戦時中の学童疎開で滞在し育った街であるということと、駅舎を橋上駅舎に改築したことの記念という意味を込めたものである。さらに2012年7月24日には、常磐線岩間駅の橋上駅舎完成に合わせ、「幸せなら手をたたこう」・「レットキス」の発車メロディを導入している。2014年4月29日には、水戸線笠間駅でも岩間駅と同じ発車メロディが導入された。また、2008年12月20日からは、坂本の出生地である神奈川県川崎市の京浜急行電鉄京急川崎駅にて、「上を向いて歩こう」が接近メロディとして使用されているほか、2016年12月10日からは、JR東日本川崎駅1・2番線（東海道線ホーム）にて、同曲が発車メロディとして使用されているメロディの制作はいずれの駅もスイッチで、編曲は前者が塩塚博、後者は福嶋尚哉が担当した。2012年現在、茨城県笠間市の一部(おもに笠間地区)では正午に「上を向いて歩こう」、午後5時に「見上げてごらん夜の星を」のメロディが流れている。
石徹白騒動は、宝暦2年（1752年）、浄土真宗高山照蓮寺付きの道場であった石徹白村の威徳寺が、照蓮寺の掛所として寺格を持つようにする動きを起こしたことがきっかけとして始まった。宝暦2年（1752年）、東本願寺は威徳寺を掛所に指定したが、白山中居神社の神主を務めていた石徹白豊前は異議を唱えた。石徹白豊前は上洛してまず吉田家に願書を提出し、威徳寺の隆盛は神事の衰退をもたらすため、吉田家から東本願寺に抗議するよう依頼するとともに、郡上藩の寺社奉行への働きかけも願った。また豊前は東本願寺にも直接、威徳寺の掛所昇格は白山中居神社の神主として反対すると抗議を行った。結局、吉田家は豊前の抗議を受け、東本願寺への抗議を行うとともに郡上藩寺社奉行への書状を発行した。石徹白豊前は、威徳寺の掛所昇格問題を利用して石徹白の支配権を掌握しようともくろみ、京都からの帰りに郡上藩の寺社奉行らを訪ね、賄賂を贈った。豊前の意を受けた郡上藩寺社奉行の手代が石徹白に派遣され、石徹白の中居神社社人は吉田家の支配を承認することと、そして神主の石徹白豊前の下知に従うべきとの指示を行った。しかし社人らは郡上藩寺社奉行の指示に従おうとしなかった。そこで郡上藩寺社奉行は石徹白の有力社人を郡上八幡へ呼び寄せ、先日の指示は京都吉田家からの指示であるのに、それを受け入れないのは不届きであると改めて受け入れを強要したが、やはり石徹白の有力社人は受け入れをあくまで拒んだ。宝暦4年（1754年）、石徹白豊前は再び上洛し、吉田家を訪ねた。吉田家は豊前の願いを受け入れ、石徹白の社人たちは吉田家の指示に従い神事を行い、神主である石徹白豊前に従うべきであることと、従わない場合は神職を解くという内容の下知状を交付した。石徹白に戻った豊前は社人を集め、吉田家から石徹白支配を認められた自らに従うように強要し、その後、郡上藩の役人が反豊前派の有力社人を追放処分に処した。石徹白の社人らはまず郡上藩寺社奉行に石徹白豊前の不法を訴えるが、賄賂によって豊前に取り込まれていた郡上藩寺社奉行は、全く訴えを取り上げようとはしなかった。宝暦4年（1754年）8月には寺社奉行の本多忠央に訴状を提出したが、郡上藩主の金森家と近い関係にあった本多忠央は、訴状を提出した人物を郡上藩に引き渡した。訴訟者を引き渡された郡上藩は吟味することもなく、宿屋預け、そして入牢扱いを行った。結局宝暦5年（1755年）11月には訴訟者らは追放処分となった。続いて石徹白豊前に従わない社人80名あまりを追放した。そして郡上藩の寺社奉行は追放社人の家族を集め、吉田家支配を認め石徹白豊前の指示に従うよう改めて強要するも、あくまで家族らは従おうとしないため、石徹白全世帯の約三分の二、500名余りを石徹白から追放処分とした。厳冬期に500名以上の人々が石徹白を追放され、更に騒動が解決を見るまで3年間を要したため、体の弱い高齢者や子どもを中心として死者が相次ぎ、最終的に70名以上の人々が亡くなった。石徹白豊前やその一派は、追放処分とした人々の資産を売却して私物化し、神地であった石徹白に新たに三分の一の税を取り立てるなど、石徹白は豊前の独裁状態となった。反豊前派は宝暦6年（1756年）8月、老中松平武元に直訴する。直訴は受理されたものの寺社に関する事項であるため、寺社奉行の本多忠央に扱いが委ねられてしまい、事態は思うように進展しなかった。宝暦7年（1757年）11月には改めて寺社奉行への直訴が行われたが、やはり事態の進展は見られなかった。結局、宝暦8年（1758年）6月から7月にかけて、目安箱に3回箱訴を繰り返し、最終的に同時期に箱訴が行われた郡上一揆とともに評定所による審議がなされることになった。宝暦8年（1758年）12月に言い渡された評定所の判決で、郡上一揆と石徹白騒動の責任を問われた郡上藩主の金森頼錦は改易となり、郡上藩の寺社奉行と寺社奉行手代、そして石徹白豊前は死罪が言い渡された。