亀井秀雄は、北大を定年で退職した2000年（平成12年）の6月、市立小樽文学館の館長に就任した。着任後は市民対象の連続文学講座を開く他、ほぼ毎年2泊3日程度の文学散歩の旅行を企画し、旅行先の文学や歴史に関する事前講座を行っている。それらの講座の内容は、自身のホームページに掲載されている。また、文学散歩に同行してガイドを務め、市民との交流を積極的に行っている。また、小樽文学館で発見した「チャタレイ裁判」に関する新資料を、「戦略的な読み ―〈新資料〉伊藤整による『チャタレイ夫人の恋人』書き込み―」という形で紹介するなど、研究論文も発表している。その傍ら、韓国の大学に研究用の図書を贈る事業を始めて国際交流の端緒を作り、韓国の文学と文化に関する国際的な集会を開いて国際交流を深めた。また、伊藤整の生誕100年を記念する行事として「よみがえる伊藤整」という国際的な学会を開くなど、小樽文学館の存在感を高める事に貢献した。他方、文学館長となった後も、UCLAの客員教授として大学院の講義を持ち（2002年）、アメリカ、オーストラリア、韓国の学会で講演や研究発表を行った。それらの原稿は彼のホームページ上で公開されている。2013年、亀井は13年ぶりに、論文集『主体と文体の歴史』（ひつじ書房）を出版した。本書により、亀井が『感性の変革』の後に着手した「近代詩史の試み」（『文学』に1984年1月号から86年11月号まで、断続的に6回掲載）をまとまった形で読むことができるようになった。亀井自身のHPに載せていた、「文学史の語り方」（2006年、韓国・高麗大学校）や、「三浦つとむの拡がり」（2004年、〈言語・認識・表現〉研究会）、「明治期『女流作家』の文体と空間」（1995年、ワシントン大学（ワシントン州））などの学会や研究会の講演記録も収録されている。なお、その他の主な所収論文として、「時間の物語」（岩波書店『季刊文学』第8巻第2号、1997年）、「『坊っちゃん』 ―「おれ」の位置・「おれ」への欲望」（学燈社『国文学』第37巻第5号、1992年）などがある。
韓国においては、2006年に、ソウル大学校の申寅燮（シン・インソプ）教授による『「小説」論 ―『小説神髄』と近代―』の韓国語訳が、建国大学校の出版局より刊行されている。また、その記念として行われた国際学会で、亀井は「『小説』のイデオロギー」という講演を行った。また、同年、『明治文学史』も、金春美（キム・チュンミ）教授による韓国語訳が高麗大学校の出版局より刊行され、記念講演会で亀井は「文学史の語り方」を講演した。
2003年にイラク戦争が始まると、2009年に除隊するまで4回に渡りイラクへ派遣され、ナシリヤ、ファルージャ、ラマーディー、サドルシティとイラク戦争の中でも激戦地を転戦。イラク軍およびアルカーイダ系武装勢力の戦闘員を160人（公式戦果のみ、非公式255人）を殺害した。その間に多数の叙勲を得て、味方からは「史上最高の狙撃手」、敵側からは「悪魔」と評され懸賞金が懸けられた。狙撃手となったのは1回目の配備後のスナイパースクールを経てからであった。最初に狙撃した相手は、イラク戦争中に海兵隊の前進経路上に手榴弾を仕掛けていた女性（子供をつれた母親）であり、彼によるとそれが最初で最後の女性の標的であった。著作のなかでは子供がどうなったのか一切書かれていないが、これについては映画化に際してクリント・イーストウッドが本人に会って話をした時に子供も同時に殺害していたことを告白している。これは映画のなかでも重要なシーンとして登場する。激戦となったファルージャの戦いにおいては、地上を掃討する海兵隊を建物の屋上から狙撃で援護するという「退屈な」任務に就いたが、特殊部隊と比べてあまりに稚拙なテクニックで屋内に突入し、そのたびに武装勢力の反撃を受けて死傷していく海兵隊員たちの姿を見ているうちに我慢できなくなり、命令を無視して地上で海兵隊と共に掃討作戦に参加するようになった。共に戦うだけでなく休憩時間にもテクニックを教え込んだり練習をさせたりしたが、若い海兵隊員たちは皆文句を言わずに教えに従ってくれたという。ある時、撃たれた海兵隊員を助けようとして抱きかかえたものの、敵の銃火の中で身動きが取れなくなってしまい、まだ10代の海兵隊員が「母さんに僕が苦しんで死んだと言わないで」と言い残して絶命してしまった。励ましの言葉を言おうとした瞬間だったという。後に仮想現実で戦闘を追体験することがPTSDの治療に役立つかどうかの実験を受けた際に、若い海兵隊員が戦死するシーンがあり動揺したことが著作の中で語られている。更にこの仮想現実での戦闘体験では戦闘時は血圧と心拍数が下がり、戦闘が終了すると心拍数が上がるという奇妙な反応を見せた。アメリカに帰還して妻のタヤを連れて自分の車のオイル交換に行ったときに、客の一人がカイルを見つけて「ファルージャの時に助けてくれた恩人だ」と父親と共にお礼を言ってきたこともあった。ラマーディーの戦いでも、目の前で親友のライアンが武装勢力の攻撃を受け両目を失明したり、マーク・リーが戦死するなどの壮絶な体験をしたためか自分が殺傷した相手を「悪人」と呼び、撃ったことに一切罪悪感は無いとしている。また、もっと敵を倒せればもっとたくさんの味方の命が救えたと書いている。同じシールズ隊員のマイケル・モンスーアが投げ込まれた手榴弾に覆いかぶさり仲間を守って戦死した際には、葬儀の手配や遺体が帰国した際の出迎えをしている。著作の中ではシールズの伝統で新人隊員だったマイケルを坊主頭にしたときの話が書かれている。なお、マイケル・モンスーアは後に名誉勲章を受勲し、ズムウォルト級ミサイル駆逐艦の2番艦には彼の名前が付けられている。4度に渡る戦地派遣は心身を蝕み、除隊する頃には体のあちこちの故障や原因不明の高血圧、飛蚊症等に悩まされるようになっていた。