南軍は戦争中に北軍よりも多くの将軍を戦闘で失った。その比率は南軍の場合5人のうち1人であり、北軍では12人に1人だった。この戦死した将軍の後を補うことは戦争の間に続いた問題であり、しばしばその能力を超えた者を昇進させることになった（よくある批判はジョン・ベル・フッドやジョージ・ピケットに対してであったが、両軍とも問題だった）。あるいは戦闘で重傷を負ったがリチャード・イーウェルのように必要とされた。この問題は特に戦争の終盤近くになって南部の人的資源が枯渇してきたときにより困難なものになった。野戦に立った南軍最後の将軍は1865年6月23日に降伏したスタンド・ワティーであり、最期まで生き残った大将はエドマンド・カービー・スミスで、1893年3月28日に死んだ。ジェイムズ・ロングストリートは1904年1月2日に死に、「南軍最後の高官」と考えられた。南軍の4つの階級を用いる将官の仕組みは、現在のアメリカ陸軍と同じ構造であり（南北戦争の直後から使われた）、またアメリカ海兵隊でも使われている（第二次世界大戦後に使われた）。
アメリカ連合国陸軍の将官はその任務に応じて給与が支払われ、（南軍ドルで）幾ら支払われるかはその階級と野戦指揮を執っているかどうかで違っていた。1861年3月6日、陸軍に准将しか居ない時、その給与は月301ドルであり、その副官の中尉は正規の給与以外に月35ドルが付加された。上級の将官が付け加えられると、その給与水準が調整された。1864年6月10日までに、大将は月500ドルを受け取り、野戦部隊を指揮しておればさらに500ドルが付加された。また同じ日までに中将は月450ドルを受け取り、少将は月350ドル、准将は野戦部隊を指揮しておれば正規の給与以外に50ドルが付加されるものとされた。
南部州はアメリカ独立戦争の時代以来、1792年アメリカ合衆国民兵法に合致する民兵隊を置いていた。それらは州の"Militia"あるいは"Armies"または"Guard"というような様々な名前があり、南北戦争が始まったときに活性化され拡張された。これらの部隊は「民兵隊将軍」に指揮されて特定州を守り、時として南軍のために出身州を離れてまで戦おうとはしなかった。南軍の民兵隊は准将と少将の階級を用いた。1792年アメリカ合衆国民兵法の規定は民兵隊を年齢に応じて2つの階級に分けていた。第1階級は21歳から30歳までの兵士であり、第2階級は18歳から20歳までと31歳から45歳までの兵士を含めていた。南部の諸州は戦争が始まった時にこの仕組みを使っていた。
ロバート・E・リーは総司令官（General-in-Chief）に指名された唯一の将官である。これは戦争も終盤になった1865年1月23日にアメリカ連合国議会によって創設されたが、1862年2月27日には議論になってもいた。ジェファーソン・デイヴィスは、そのような将軍ならば「大統領の意思なくして1軍あるいは複数の軍を指揮」できることになると考え、その年3月14日に議会に対してその地位を創ることについて拒絶を意思表明し（さらに拒否権を使った）。デイヴィスは戦争を通じて総司令官の責任の大半を自分で果たし、軍事作戦の管理者と総司令官の両方として行動した。リー（1862年3月から5月）とブラクストン・ブラッグ（1864年2月から1865年1月）もデイヴィスに対する軍事顧問としてこれと同じ役割の大半をはたした。すなわち「南軍の軍事作戦の遂行を伴う任務」だった。
少将は極普通の場合は歩兵師団長、高位の階級の将軍副官、および陸軍省参謀士官となった。彼らはまた軍事方面軍を作り上げる地区軍も率い、その地区軍の複数部隊の指揮を執った。戦争が終わるまでに、少なくとも88人の者がこの階級となったが、すべて暫定アメリカ連合国陸軍だった。師団は1861年3月6日にアメリカ連合国議会により承認され、少将がそれらを指揮した。少将はデイヴィスにより指名され議会上院によって確認されることとされていた。少将は准将とそれ以下の士官の上位にあった。この階級は北軍の少将とは同じではなかった。北軍の少将は師団、軍団、ときには軍全体を率いた。この階級は多くの点で現代のアメリカ陸軍では2つ星将軍に相当する。
ストーンは釈放後ワシントンの自宅に戻って命令を待ちながら、その汚名をすすごうと試み続けた。逮捕や収監という事実にも拘わらず、ストーンの任務はまだ続いていた。1862年9月、メリーランド方面作戦が行われていた頃、マクレランが陸軍省にストーンを復任させるよう求めたがスタントンが断った。1863年早々にジョセフ・フッカー少将がポトマック軍指揮官に就任すると、フッカーはストーンに参謀長就任を求めたが、スタントンはこの要請も拒否した。2月27日（ストーンの妻マリア・クラリーが死んだ数日後）、ストーンはやっと逮捕された証言について聴聞されることを許され、マクレランがもはや上官ではなかったので、自由に告発に答えることができた。ストーンはこのことで委員会も満足させ、委員会はその後間もなくストーンの容疑を晴らす改定された調査結果を発行した。この事実が知られると、「ニューヨーク・タイムズ」紙は次のような論説を載せた。ストーン将軍は最も目に余る悪事に、すなわち戦争の歴史の中で国の側におそらく最悪の汚点をつけた悪事に耐えてきた。ストーンは5月まで任務が無かった後に、メキシコ湾方面軍任務を命じられ、ポートハドソンの包囲戦では降伏勧告員となり、レッド川方面作戦ではナサニエル・バンクス少将の参謀長を務めた。しかし、1864年4月4日、スタントンがストーンに准将としての志願兵任務の解除を命じ、正規軍の中の大佐の位に戻した。ピーターズバーグ包囲戦では短期間ポトマック軍の旅団長を務めたが、最後は戦争が終わる前の1864年9月13日に陸軍から除隊した。