信州方面へのスキー客輸送のため、2004年度・2005年度は、黒姫駅 → 大阪駅間で「シュプール雷鳥信越」が運転されていた。途中の停車駅は、新大阪駅・京都駅・糸魚川駅・直江津駅・新井駅・妙高高原駅で、列車の運転時刻に合わせて主要駅からスキー場までのスキーバスに接続していた。
1990年4月1日 - 9月30日の間で開催された、大阪市鶴見区および守口市にある鶴見緑地で行われた国際花と緑の博覧会（花博）へのアクセス向上を図るため、富山駅と京橋駅との間を運転する臨時列車が1往復設定されていた。なお、この列車は大阪駅を経由せず、新大阪駅から梅田貨物線・大阪環状線天王寺駅を経由して京橋駅とを結んでいた。運転日は、1990年4月1日・7日・8日・14日・15日と22日から7月15日の土曜・休日と、7月21日 - 8月7日と10日 - 20日の毎日、25日 - 9月30日の土曜・休日で、上りは富山駅発6:54・京橋駅着11:33、下りは京橋駅発17:08（日にちにより17:13）・富山駅着22:02のダイヤであった。停車駅は、京橋駅 - 天王寺駅 - 新大阪駅 - 京都駅 - 敦賀駅 - 武生駅 - 鯖江駅 - 福井駅 - 芦原温泉駅 - 加賀温泉駅 - 小松駅 - 金沢駅 - 石動駅 - 高岡駅 - 小杉駅 - 富山駅。また、これ以外にも花博開催期間中は直線距離での最寄り駅である茨木駅に一部の「雷鳥」が臨時停車していた。
2001年3月ダイヤ改正により、かつて大阪駅 - 青森駅間で運転していた「白鳥」1往復と、新潟駅発着の「雷鳥」3往復の金沢駅以東が「北越」に統合されて新潟駅発着の「雷鳥」が廃止された。しかし、大阪駅 - 新潟駅間でお盆・年末年始・ゴールデンウイークなど多客時に運転する臨時列車として、2001年秋に「雷鳥」として設定されていたが、2002年の夏から「ふるさと雷鳥」として2009年ゴールデンウィークまで運転されていた。車両は、当初は京都総合運転所の485系、2005年夏の運転より金沢総合車両所所属の489系ボンネット車が使用された。途中の停車駅は、新大阪駅・京都駅・敦賀駅・福井駅・小松駅・金沢駅・高岡駅・富山駅・魚津駅・糸魚川駅・直江津駅・柏崎駅・長岡駅・見附駅・東三条駅・加茂駅・新津駅であったが、2003年度から大阪駅 - 金沢駅間は「雷鳥」の基本の停車駅になり、金沢駅 - 新潟駅間の停車駅に泊駅が追加された。
北陸方面からユニバーサル・スタジオ・ジャパン（USJ）への集客を目的に、富山駅 - ユニバーサルシティ駅間で運転されていた臨時列車で、大阪駅を経由せず梅田貨物線・大阪環状線・桜島線（JRゆめ咲線）経由で運転されていた。USJが開業した年の2001年7月から「サンダーバード」94号として運転を開始し、2002年の春から「ユニバーサルエクスプレス」として1日1往復が運転されるようになった。運転開始当初は通年運転で、のちに夏と冬に限定されていたが、2010年の春以降は運転されていない。全区間6両編成の全車座席指定席で、途中の停車駅は、新大阪駅・京都駅・敦賀駅・武生駅・福井駅・加賀温泉駅・小松駅・金沢駅・高岡駅であった。
1. 『鉄腕アトム』から「鉄腕アトム」 2. 『鉄人28号』から「鉄人28号」 3. 『狼少年ケン』から「狼少年ケン」 4. 『少年忍者風のフジ丸』から「少年忍者風のフジ丸」 5. 『ビッグX』から「ビッグX」 6. 『スーパージェッター』から「スーパー・ジェッター」 7. 『宇宙パトロールホッパ』から「宇宙パトロール ホッパ」 8. 『宇宙人ピピ』から「宇宙人ピピ」 9. 『宇宙エース』から「星の炎に」 10. 『宇宙少年ソラン』から「宇宙少年ソラン」 11. 『W3』から「ワンダー3」 12. 『オバケのQ太郎』から「オバQ音頭」 13. 『ハッスルパンチ』から「ハッスルパンチの歌」 14. 『おそ松くん』から「おそ松くん」 15. 『レインボー戦隊ロビン』から「レインボー戦隊ロビン」 16. 『海賊王子』から「海賊王子」 17. 『ハリスの旋風』から「ハリスの旋風」 18. 『遊星仮面』から「遊星仮面」 19. 『ロボタン』から「ロボタンの歌」 20. 『ジャングル大帝』から「ジャングル大帝」 21. 『魔法使いサリー』から「魔法使いサリー」 22. 『悟空の大冒険』から「悟空の大冒険マーチ」 23. 『黄金バット』から「黄金バット」 24. 『マッハGoGoGo』から「マッハ・ゴー・ゴー・ゴー」 25. 『リボンの騎士』から「リボンの騎士」 26. 『パーマン』から「ぼくらのパーマン」 27. 『冒険ガボテン島』から「冒険ガボテン島」 28. 『おらあグズラだど』から「グズラ音頭」 29. 『ゲゲゲの鬼太郎』から「ゲゲゲの鬼太郎」