2006年10月3日、オーナーのジェフリー・ローリアとの確執が原因で解任されたジョー・ジラルディ前監督に代わるマーリンズの新監督に就任した。マーリンズでは2009年に地区2位となったのが最高で、プレーオフ進出は果たせなかった。2010年6月23日、コーチ2名と共に解任された。同年10月13日、勇退したボビー・コックス前監督に代わるブレーブスの新監督に3年契約で就任した。2011年はセントルイス・カージナルスに9.5ゲーム差を逆転され、シーズン最終戦でワイルドカードの座を奪われた。2012年は94勝を記録してワイルドカードを獲得した。ゴンザレスにとっては監督6年目で初のプレーオフ進出だったが、この年から新設されたワイルドカードプレーオフでカージナルスに敗れた。12月5日に2014年の契約オプションが行使された。2016年5月16日にベンチコーチのカルロス・トスカと共に解任された。2017年シーズンからはマイアミ・マーリンズの三塁コーチを務める。
テネシー大学でコーチを2年間務めた後、1990年にフロリダ・ステートリーグのA+級マイアミ・ミラクルの監督に就任した。1992年から1998年まではMLBのフロリダ・マーリンズ傘下のマイナー球団で監督を務めた。1993年にはカリフォルニアリーグのA+級ハイデザート・マーベリックス、1994年にはフロリダ・ステートリーグのA+級ブレバード・カウンティ・マナティーズ、1997年にはイースタンリーグのAA級ポートランド・シードッグスにおいて、ベースボール・アメリカ選定の最優秀監督に輝いた。1999年から2001年まではフロリダ・マーリンズで三塁コーチを務めた。2002年にはアトランタ・ブレーブスのAAA級リッチモンド・ブレーブスの監督に就任し、インターナショナルリーグの最年少監督となる。2003年から2006年まではブレーブスで三塁コーチを務めた。
1966年に一家でアメリカ合衆国のフロリダ州マイアミへ移住した。10年後の1978年にアメリカ合衆国の市民権を取得した。マイアミ市内の高校に通い、1982年のMLBドラフト16巡目（全体414位）でニューヨーク・ヤンキースから指名され、プロ入り。 ヤンキースのマイナーリーグで捕手として6年間プレーしたが、AA級に昇格したのが最高で、通算打率は.199だった。1987年限りで現役を引退した。
「新宝島」は映画の「漫画家を目指す2人の青年の活躍を描いたストーリー」を参考にし、テーマに「線を描く」を掲げて制作された。楽曲中には、漫画家と音楽家に共通する「モノを作る苦しみ」が表現されている箇所がある。また、大根からはもう1つのテーマとして「押しつけがましくない卒業ソング」というお題も出されている。映画『バクマン。』は主人公の2人が高校から卒業をする日に卒業式には出ず、教室で話し合っているシーンからエンドロールに入る。そのため、大根から提供されたテーマは映画のストーリーから「新宝島」へ関連性をもたすはたらきをしている。制作にあたって、山口は普段読まない漫画を読み、研究を重ねた。これに際し、山口は「漫画の映画の劇伴や主題歌を作るときに自分から学ばなければいけないなと思った。日本の漫画の原点ってなんだろうと調べたら手塚治虫に着いた。」と発言しており、楽曲のタイトルは日本の漫画家である手塚治虫の『新宝島』より借用されている。今作は元々「新宝島」というタイトルではなく、最初のタイトルは『バクマン。』の主人公たちがペンで書く「タッチ」とその2人の「ハイタッチ」をするシーンから「タッチ」と名付ける予定であったが、原作が『週刊少年ジャンプ』に掲載されているのに対して、『週刊少年サンデー』で掲載されていた漫画『タッチ』と題名が同一になってしまうために、『バクマン。』の映画スタッフに指摘され、題名を変えたという逸話がある。「新宝島」は、アルバム『懐かしい月は新しい月 〜Coupling & Remix works〜』より遅れてリリースされているが、作曲は2014年4月より開始されており、本作の方が先に作業を始めている。作品を製作するにあたって、山口は2015年7月に発売された雑誌のインタビューで、「史上最大級に苦戦した」と述べており、楽曲の制作に1年2か月かかっている。ベース・コーラス担当の草刈愛美の産前産後休業による制作ペースの遅延、キーボード・コーラス担当の岡崎英美のスランプ、映画に寄せるためになどを理由に楽曲の完成が遅れた。また、その影響で映画『バクマン。』完成へ影響が発生しており、この一連のことから今作への苦難が伺える。その一方、山口は大根と関わっていく中で、大根が様々と映画に対して挑戦をしている姿を見て、「自分も作品に手を抜くことは出来ない。」、「監督が喜ぶものをつくりたいなという一心だった。」など大根への敬意も作品にこめられている。また、映画『バクマン。』の台本を貰った際に「ちょっと明るい曲にしなきゃ」と山口が思い、「監督に『次へ行け』と背中を押された気がした」と山口は述べており、監督との関わりは今作での構成も変えている。一方、音楽雑誌『Talking Rock!』の取材では、大根による影響については特に触れず、「観る層も高校生と大学生という、はっきりとしたマーケットがわかっていて。求められている楽曲というのもパンチのある明るいものなのだろうなというのもわかっていたから、じゃあここでふりきってそういうものを作ることで新しいストーリーが生まれるかなとも思ったし。」と述べ、想定されるリスナーからの影響について説明している。「新宝島」には、歌詞中にサカナクションが2015年9月に企画開催したオーガナイズ・パーティーイベント『NF』に関連した詞が複数組み込まれている。「新宝島」の歌詞、「このまま君を連れて行くよ」は、「このまま『NF』に連れて行くよ」という意味が込められている。『NF』は、「外に音楽を発信した時に、興味を持ってくれた人たちが辿り着ける場所を作ることで自分がまた表向きな気持ち、ポジティブな気持ちで音楽を作ることができるようになれるんじゃないかな」という山口の考えから「新宝島」製作途中に計画され、開催されたイベントであり、これを開催したことにより山口は「新宝島」の歌詞を書くことができたという。また、2015年11月に開催され、『NF』の第2回にあたる『NF #02』では、イベントテーマが「新宝島」の歌詞に影響されたことにより、「SEN」と題している。