野放図事件の末に窪塚は殉職し、玲奈は取り調べを受ける。その後玲奈は悪徳探偵を追う業務を再開。一方、野放図のメンバーの一人が名前を挙げた澤柳菜々が死神だと見て調査を始める。そして、玲奈は野放図事件の被害者の一人である市村 凛(いちむら りん)と再会し、彼女を探す凛の夫の襲撃を受ける。襲撃を一時退けた玲奈は、凛にどうして自分の素性を知っているのか尋ねると、玲奈から送られたというスマ・リサーチ社の封筒に入ったブックボックスと手紙を渡す。しかしそれらは玲奈には一切覚えがないもので、不穏に思った玲奈がブックボックスを破壊すると中には高性能のGPSが隠されていた。同様のGPS入りブックボックスは他の野放図事件の被害者達にも渡っており、玲奈は死神の反撃が始まったことを知る。社内も危険と判断した玲奈は琴葉と共に凛を保護し、自分を追跡していた竹内事務所など他社の対探偵課の調査員と一時共闘して姿を現し始めた澤柳菜々を調べるが、やがて性転換していた彼が事件と全く無関係で、死神が使われなくなった名前を悪用しているだけだと知る。一方琴葉は、凛の警護中に姉の彩音が自殺をほのめかす内容のメールを受け取る。琴葉が見つけた彩音は異常な様子であり、琴葉は彩音を操っていた死神に拉致されることになる。玲奈は二人を救出するためにたどりついた場所でついに咲良を死に追いやった死神と対峙するが、その正体は意外な人物だった。
琴葉は一命を取り留めたが、家族の反対もあってスマ・リサーチを辞めてしまう。ひとりになった玲奈は、警察に危険人物として追われながらも、みずからは悪徳探偵を追う日々を送る。やがて連続婦女暴行魔がストーカー代行を依頼していた探偵が、かつて咲良を尾行していた探偵とまったく同じ用紙と書式の調査報告書を発行していたことを知る。遂につきとめた妹の仇を、玲奈は死神と呼び正体を明かそうと必死になる。死神はDVシェルター集団失踪事件の実行犯である半グレ集団、野放図と関わりを持っていた。そのころ琴葉は退院し、姉の彩音のもとに同居していた。玲奈は一度も見舞いに来なかったと彩音から聞かされた琴葉は、複雑な心境になる。ところが琴葉は、現実が彩音の説明と違っていることを知る。玲奈は何度も謝罪に来ていたのだが、姉夫婦にリンチされていたのだ。事実を知った琴葉は彩音のもとを飛び出し、玲奈のいる寮へ駆け戻る。琴葉はスマ・リサーチに復帰し、二人で悪徳探偵とDVシェルター事件の謎に挑んでいく。やがて玲奈は窪塚と再会する。
三菱での最初のラリーとして1994年のサンレモにスポット参戦し、結果はリタイヤだったが、後にマキネンの走りを支えることとなる三菱の宝刀、アクティブ・デフを初投入した非常に意義のあるラリーだった。フル参戦初年度の1995年は、前年に投入した電気式アクティブデフの威力とマシンの改良が功を奏し、マキネンも持ち前の速さを遺憾なく発揮する。2戦目のスノーイベントのスウェーデンではその成果が表れ、チームオーダーによりチームメイトのケネス・エリクソンに勝利を譲ったものの、マキネンの速さが際立った。その後のラリーでも速さを見せるものの、結果に結びつかないラリーが多く、この年は散発的な結果に終わる。翌1996年は三菱本社の予算縮小の煽りを受け、1台体制がメインとなるも、チームはマキネンのタイトル獲得に戦力を集中させる。マキネンも前年の不安定感を克服して、シーズンを通して安定した速さを見せた。最終的に全9戦中5勝を挙げ、第7戦オーストラリアで初のWRCドライバーズ・タイトルを獲得した。この年を境にマキネンとランサーエボリューションは目覚しい活躍をみせる。1997年に新しくワールドラリーカー（WRカー）規定が導入され、ライバルのスバル、フォード、トヨタがWRカーを投入したが、三菱はグループAを貫き、ランサーエボリューションⅣを投入した。マキネンは最終戦までスバルのマクレーと熾烈なタイトル争いを繰り広げ、わずか1ポイント差でマクレーを下しタイトルを連覇した。1998年は最終戦ラリーGBで初日にリタイアしてタイトルが絶望視されたが、トヨタのサインツが最終SSの残り300mでリタイアする劇的な展開となり、3連覇を達成した。1999年もタイトルを防衛し、チャンピオン獲得4回というユハ・カンクネンの記録に並んだ（4連覇は史上初）。1998年は三菱初のマニュファクチャラーズ・タイトル獲得にも貢献し、まさにマキネン、ランサーエボリューションの絶頂期であった。WRカー勢に対抗して三菱はランサーエボリューションV、Ⅵを投入し、ワイドトレッド化、エアロダイナミクスの改善、アクティブ・デフの進化といった改良を続けた。だが、改造範囲の広いWRカーがより戦闘力をつけるとともに、マキネンとランサーエボリューションの走りにも陰りが見え始め、グループAのランサーがWRカーの規約にあわせた修正（フロント、リアスポイラーの小型化）を余儀なくされる不条理な事態も発生するようになった。2000年はフル参戦を開始したプジョーのマーカス・グロンホルムにチャンピオンを奪われ、マキネンはシーズン5位に終わった。このような時代の変化に伴い、ついにチームは2001年に長年に渡って拘ってきたグループAからWRカーへの転換を発表した。その特例でフライホイールの軽量化、リアサスペンションストロークの増大を施したランサー・エボリューション・トミマキネンエディション（通称：エボ6.5）は開幕戦から3勝をマークした。その後、第11戦サンレモからWRカーであるランサーエボリューションWRCを投入するも、最終戦までの4戦中3戦でリタイヤし、わずか1ポイントを得たのみだった。その結果、最終戦までもつれたチャンピオン争いに敗れシーズン3位に終わった。