ワーグナーはアメリカ軍の捕虜としてドイツ敗戦を迎えたが、偽の身分証があったので釈放された。ニュルンベルクの法廷はワーグナーに死刑判決を下したが、ワーグナーは偽名を使ってオーストリアのグラーツで建築の仕事をしていた。しかしまもなくフランツ・シュタングルとともにバチカン市国の協力を得てレバノンのベイルートやシリアのダマスカスを経由してブラジルへ国外逃亡した。1971年にシュタングルが死ぬとワーグナーは彼の未亡人に求婚したという。しかしシュタングル夫人は激怒してこれを拒否したという。彼女は1975年に「夫はちゃんとした立派な人で義務を果たしただけです。ときには囚人を怒鳴り付けるぐらいのことはしたでしょうが、囚人には指一本触れませんでした。しかしあのワーグナーは有名なサディストで恐怖の的でした。そんな男が私に求婚しようとはとんでもないことです」などと語った。1950年4月12日にワーグナーはブラジル政府から永住権が認められた。しかもワーグナーは「ギュンター・メンデル」（Günther Mendel）という偽名を名乗りながらサンパウロ郊外で暮らしていた農場で農夫の仕事を得ていた。
脱走騒ぎによりソビボルが閉鎖された後、所長フランツ・ライトライヒナーとともにイタリアのパルチザン狩り部隊へ送られた。ワーグナーはここでシュタングルと再会した。ライヒライトナーはパルチザンによって殺害されたが、ワーグナーとシュタングルはアルベー島とアバチアにおいてユダヤ人狩りの仕事に回され、同地のユダヤ人をスサックの強制収容所へ移送していた。スサック強制収容所に送られたユダヤ人たちはそこからリジエラ・ディ・サン・サバ (Risiera di San Sabba) の絶滅収容所へ送られて殺害されている。
1942年3月、建設要員としてシュタングルとともにソビボル絶滅収容所に派遣される。シュタングルがソビボルの所長となり、ワーグナーはその補佐にあたった。初めは「宿泊施設」、後にはガス室の監督にもあたった。またカール・フレンツェルとともにソビボルに到着したユダヤ人をガス室送りにするか否かの選別をする役割を担った。ガス室へ向かう隊列を乱す者や抵抗する者は彼の手で殴り殺された。ワーグナーの熱心な督励によって効率的殺戮が行われ、25万人が抹殺された。シュタングルは1942年9月にトレブリンカ絶滅収容所へ転勤したが、ワーグナーはソビボル新所長フランツ・ライヒライトナーの下でソビボルでの職務に留まった。親衛隊全国指導者ハインリヒ・ヒムラーがソビボルの視察に訪れた1943年2月12日に親衛隊曹長（SS-Oberscharführer）に昇進した。ワーグナーは「親衛隊員らしい親衛隊員」だった。美男で、金髪碧眼で、がっしりした体つきの長身という「理想的なアーリア人種」だった。収容所内で毎日のように恣意的な殺人を行っていた。ある生存者によると「ワーグナーが人殺しをせずに昼食をとる日はなかった」という。 ワーグナーは囚人たちから最も残忍な看守と恐れられ、「ソビボルの死刑執行人」、「殺人鬼」、「狼」などの異名をとっていた。ワーグナーの残忍さはソビボルからの囚人の脱走劇を描いた「脱走戦線 ソビボーからの脱出（en:Escape from Sobibor）」（1987年英国）でも克明に描かれている（映画ではハートムート・ベーカー（Hartmut Becker）が演じた）。なおこの映画の中でも描写されているが、1943年10月のソビボル強制収容所での囚人の大脱走の際にはワーグナーは休暇で収容所を離れていた。
オーストリアのウィーン出身。1931年にゲルマン民族統一の思想に共鳴して非合法のオーストリア・ナチ党に入党した。党員番号は443,217。1934年にオーストリア官憲から逮捕されるのを防ぐためにドイツへ亡命。ドイツで突撃隊（SA）に参加。1930年代終わり頃に親衛隊に参加した（親衛隊員番号276,962）。オーストリア併合後の1940年、オーストリアのリンツに近いハルトハイムで安楽死計画（T4作戦）に参加した。この作戦における彼の任務は死体の焼却であり、ハルトハイム所長フランツ・シュタングルと親交を結んだ。
擬死は、言葉の意味からすれば、死を装うことで敵の攻撃を避ける、という意味に読める。実際、いかにも死んだかのように見えるものはある。しかし、死んだように見せかけることが身を守ることになるか、には大いに疑問がある。肉食動物の多くは生身と新鮮な死体を区別しないだろう。特に昆虫などの場合、死を装うと見るのはうがち過ぎか、と思われる例が多い。例えばクワガタ類は足場が振動すると硬直するし、テントウムシ類は天敵が近づくだけで硬直する。これらは、何かあったらまず動かなくなることを選択している、と見ることもできる。これは、多くの動物において動いている対象の方がはるかに発見しやすいことを考えれば、きわめて有効な逃避となろう。極端な例では、カエルは対象が動かなければ発見できないと言われる。また実際に昆虫採集などしていると遭遇することであるが、枝葉の先にいる昆虫を見つけ、捕まえようとした瞬間、虫が枝先から手足を離し、ぽろりと落ちることがよくある。この場合、下の草むらを探して見つけることはとても難しい。見つけた場合、たいていは擬死の状態である。つまり、最も素早く効果的な逃げ方が即座に手足を縮めて落下し、そのまま動かないことであるらしい（一般に昆虫は多くの脊椎動物と異なり、自らの体長の数倍から数十倍の高さから落下しても無事である）。とすれば、死んだように見えるのは二次的な問題であると見ることができる。また、昆虫類の擬死では足を体に密着し、ごくコンパクトにまとまった形で動かなくなる例も多い。ヤスデ等では体を丸めた上で動かなくなり、死体の姿としてはむしろ不自然である。これらの場合、むしろ防御姿勢に入った上で動かなくなる、と見た方が良いであろう。逆に、脚などの突起物を突き出してこわばらせるものもある。昆虫ではトゲヒシバッタがそのような姿勢による擬死を行い、それによってトノサマガエルによる捕食をほぼ完全に回避できることが知られている。このタイプの擬死ではその姿勢を維持すること自体が重要であり、人間がそれを「死んだふり」と誤って解釈していることになる。