最近の研究では複合体Iが活性酸素種の発生源であることが提唱されている。複合体Iは少なくとも2通りの経路を経由して超酸化物（過酸化水素も含む）を合成することができる。前方の電子伝達では、ごく少量のみの超酸化物が合成される（全体の電子流の0.1%以下）。逆電子移動では、複合体Iはミトコンドリア内部における超酸化物合成の最も重要な部分で、5%以上の電子が超酸化物に転用される可能性がある。逆電子移動は、還元されたユビキノールプール（哺乳類のミトコンドリアのコハク酸デヒドロゲナーゼ、グリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼまたはジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼから供給される）からの電子が複合体Iを経由してNAD⁺をNADHへ還元する過程、ミトコンドリア内膜電位の電位によって進む。逆電子移動がどのような病的状態でin vivoで発生するかまだ正確には判明していないが、in vitroでの実験ではコハク酸濃度が高く、オキサロ酢酸またはリンゴ酸が低濃度のときに起こっている。
真核生物の複合体Iの触媒活性は複雑である。酵素には触媒的・構造的に異なる2種の型があり、一つ目は活性型（A型）、もう一方は不活性型（D型）である。生理学的温度（>30°C）で基質が欠乏することにより酵素は不活性型に変わるが、NADHの遅い反応(k~4 min⁻¹)とそれに続くユビキノンの還元によって活性化することができる。何回かの代謝回転の後、酵素は活性状態となり、速い速度(k~10⁴ min⁻¹)で触媒作用を及ぼすようになる。二価カチオン (Mg²⁺, Ca²⁺) の存在下、またはアルカリ性の状態では活性化は長くなる。失活過程での高い活性化エネルギー (270 kJ/mol) は複合体Iに大きな構造変化が起きたことを示しているが、現在判明している2種の構造間の違いは酵素表面に露出するシステイン残基の数のみである。不活性型の複合体Iのシステイン残基をスルフヒドリル試薬（N-エチルマレイミドまたはDTNB）で保護すると、酵素は活性化しなくなる。一方、A型はスルフヒドリル試薬とは反応しない。構造変化には非常に重要な生理学的意義があることが分かっている。活性型はニトロソチオールとペルオキシ亜硝酸による阻害を受けにくく、逆に不活性型の方が受けやすい。
右翼の頭山満から皇室に関係があると言われた、との説もあるが、頭山満の評伝に堀川の名は登場しない。明治天皇の落胤とも噂されたが、堀川自身は公の場でそのように名乗ったことはない、と言われる。後に堀川の娘と名乗る中丸薫によって、堀川が明治天皇と女官の「千草任子」の間に出来た隠し子という設定が雑誌に発表された。また、堀川の親友の田島将光（総会屋）は「子供のころから、堀川は井上馨と京都の芸者の間にできた子であるという噂を、大人たちからきき、みながそう信じていた。それほどにかれの家は大きく、かれは気品があった。それに母親しかいなかった」と発言している。戸籍上は井上馨の兄・重蒼の五男として入籍されたともいわれるが、系図上、井上馨の兄は井上光遠（五郎三郎）ただひとりであり、重蒼という兄がいたことは確認できない。堀川が明治天皇の落胤であるという話は、確認できる限りでは、堀川の娘と名乗る中丸薫の著書『対米外交・対中外交』p.186（サイマル出版会、1971年）が初出である。山川暁夫は、この主張を真に受けて、堀川のことを明治天皇の落とし子、孫文の片腕、紅卍会の幹部、M資金の管理者の一人と呼んでいる。皇室ジャーナリストの河原敏明は、「堀川氏は孫文をたすけたこともある右翼の壮士だった人。明治天皇の落胤との噂もあるが、一般的にいえば、大陸浪人とか右翼の壮士といわれる人の話は、割引きして聞かねばならない。中丸薫さんの出生そのものが判然としないし、また堀川氏がご落凰というのも噂にすぎない。もちろん宮内庁では相手にしていない。こうなると、中丸さんが明治天皇の孫だという確率はゼロにも等しいわけである」と述べている。1959年に堀川を取材した週刊誌記者は、堀川から頭山満、出口王仁三郎、原敬、清浦奎吾、鈴木喜三郎、愛新覚羅溥儀一族、張景恵、エレノア・ルーズヴェルトなどの名士と一緒に撮った写真を見せられ、さらにはアイゼンハワーとの会見の図と題する油絵まで見せられたが、「どの写真も大勢で撮した記念撮影で、時代の古いものは後の方から顔を出しているようなものが多い」点を不審と評している。この記者は、元満洲国皇帝侍従武官長の工藤忠、玄洋社の生き残り、世界メシア教の大草直好管長、明治時代の生き残りの元女官などに堀川のことを訊いたが、いずれも知らないとの返事だったという。ただし大草管長とは、後述のように1959年の取材に先立つ1955年に訴訟関係となっており、森川哲郎は「堀川氏はメシヤ教と関係のないような書きぶりであったが、少し熱心なジャーナリストであったら、メシヤ教に堀川氏がかなり深い根をはり、怪腕をふるっていたことは、みな知っているはずである。現在、堀川氏が熱海に所有している別荘は、メシヤ教の教祖岡田茂吉が贈ったものである」と評している。堀川を取材した作家Nは堀川を「天才的なインチキ師」と評している。ある宮廷写真師は「あの人は昔から有名人の会合があると顔を出し、記念撮影にヒョコッと入る常習者と聞いています」とも言っている。堀川のほか、竹綱貞男や橘天敬が明治天皇の落胤と自称していた。これに対し、宮内庁宮務課長の小川省三は次のように発言している。「堀川さん、竹綱さん、園部さん、いずれも、（明治天皇のご落胤とは）考えられませんなあ。戦前は、自分がご落胤であるなぞとウッカリいえば不敬罪になったろうし、また、そんな者もいなかった。しかし、戦後は自由になったというか、イージーになりましたな。が、いちいち取りあっていたらキリがありません。こちらから当人に連絡でもしようものなら、その内容は隠したまま、宮内庁から連絡があったこと自体をキャッチフレーズとして利用されてしまうんです。ですから、今のところ、こちらから、やめてくれとはいっておりません」