1999年5月、株式会社に組織変更。2000年2月にボストン・コンサルティング・グループ出身で、株式会社ディジメーション代表取締役の石川真一郎を迎えて持株会社「株式会社ゴンゾ・ディジメーション・ホールディング」を設立。ゴンゾとディジメーションを完全子会社とし、経営の基盤を整える。GDHグループを形成し、ゴンゾ（GONZO）は単独の社名としてだけでなく、グループ全体のブランド名にもなった。2002年4月、ゴンゾとディジメーションを合併し「株式会社ゴンゾ・ディジメーション」に商号変更。2004年7月に「株式会社ゴンゾ」に再び商号変更。併せて「株式会社ゴンゾ・ディジメーション・ホールディング」を「株式会社GDH」へ商号変更した。同年11月、GDHは東京証券取引所・マザーズ市場に上場を果たした。2000年からテレビアニメの制作にも乗り出し、2005年に放送されたテレビアニメ『BLACK CAT』はマニア向けの作品の印象が強かったゴンゾにとって初の少年漫画誌『週刊少年ジャンプ』連載の漫画を原作とする作品であった。2006年には初の劇場作品『銀色の髪のアギト』を公開した。ゴンゾは創立当初から世界進出を目標に掲げ、実写映画を手がけることも視野に入れ活動を行っていた。またこの年は創立15周年にあたり、記念作品『マルドゥック・スクランブル』を制作していたが制作中止となった。同じ15周年記念作品である『アフロサムライ』は米国で2010年4月時点で約40万枚のセールスを達成し、続編やゲームソフトウェアも制作された。
1992年、ガイナックスを退社した村濱章司と前田真宏、山口宏、樋口真嗣によってクリエイターの事務所として発足。同年9月11日、村濱が有限会社ゴンゾを設立。法人としてのゴンゾは村濱個人の企業であり、前田、山口宏、樋口らは役員ではなくフリーとしてゴンゾに出入りしていたという。社名は樋口の発案でイタリア語で「馬鹿」を意味する「gonzo」から変に賢くなることがないようにと付けられたもの。村濱によると樋口の発案なのは同様だが、ハンター・S・トンプソンの呼称「ゴンゾ・ジャーナリスト」から取られたとしている。イタリア語で「馬鹿」を意味するのは後で知ったことである。1994年末に発売されたCD-ROMドライブを搭載するPlayStation、セガサターンのいわゆる次世代ゲーム機の登場によりスタジオの方向性をデジタルアニメーションに見定める。1996年に発売されたセガサターンのゲームソフトウェア『ルナ ザ・シルバースター』のムービーパートを制作。それによりビデオゲームのイベントムービーの発注が舞い込むようになった。その上で、ゴンゾが物語性を持って一本の作品として完結する作品を作れることを証明すべく、1998年に放ったOVA『青の6号』でフルデジタルアニメのスタジオとしてその名を一躍知られるようになる。これにより、デジタルアニメーションの先駆者的存在としてのゴンゾのブランドが定着した。
北海道札幌市を代表するハム・ソーセージ製造メーカーの一つであり、ハム・ソーセージ、ベーコンなどの製造、販売を行うハム事業。空弁の製造、販売を行う弁当事業。水産加工品の製造、販売を行う水産事業の3部門にわかれる。
ベトナムの仏教僧ティック・クアン・ドックの焼身自殺に呼応して同様に自殺したアメリカ人は8人いたが、アリス・ハーズが1人目だった（他にノーマン・モリソン、ロジャー・ラポート、セレーン・ジャンコウスキーなどがいる）。ハーズは平和運動家として長年活動した後、1965年3月16日、82歳の時、ミシガン州デトロイトで自殺を決行した。子供とドライブ中に偶然その現場を目撃した人物が燃えさかる炎に包まれた彼女を見つけて火を消し止めたため、その場で一命を取り留めたが、重度の火傷がもとで10日後に亡くなった。テイラー・ブランチ（Taylor Branch）によるAt Canaan's Edge（2006年）によると、リンドン・B・ジョンソン大統領が公民権法への賛成を表明する演説を議会で行ったことが直接のきっかけになって、ベトナム反戦を行動で示す必要を感じたのだという。またハーズは、ジョンソン大統領が武力によって、選んだ国を消滅させてしまう、と非難していた。ベトナム戦争はハーズの死後も10年にわたって続けられた。ハーズはユダヤ系ドイツ人であり、夫を亡くした後の1933年に娘ヘルガを連れてドイツを脱出した。このときハーズは、ナチズムの到来はかなり前から明らかだったと言ったという。当初フランスに逃れたが、1940年にフランスがドイツによる侵攻を受けたため、その後しばらくのあいだスペイン国境近くの収容所で過ごした後、1942年に娘ヘルガとともにアメリカ合衆国に亡命した。その後クエーカーに改宗してデトロイトに居を定め、ヘルガは市立図書館で図書館員として働き、アリスは数年にわたってウェイン州立大学でドイツ語講師として働いた。ハーズ母子は合衆国の市民権を申請したが、国防のため武器を取るという宣誓を拒否したため、認められなかった。ヘルガは後年、市民権を再申請し、1954年に取得している。だがアリスが同様にしたかは不明である。ハーズは自殺の直前、友人たちや仲間の反戦活動家たちに遺書となる手紙を投函していた。こうした遺書では主に、当時世界的な話題となっていたティック・クアン・ドックらベトナムの仏教僧・尼僧たちの抗議自殺に彼女が追随を決意したことが述べられている。ある友人によれば、ハーズはデモ行進、抗議声明、論説記事や公開書簡などあらゆる手段で反戦活動をおこなったが、他にどんな手段がありうるか思案していたという。明らかに彼女は焼身自殺が究極的な抗議行動になると結論したのである。日本でアリス・ハーズの名前が知られているのは、もっぱらハーズの著書の翻訳者である芝田進午の尽力による。芝田はアメリカの哲学者ジョン・サマーヴィルを介してハーズと知り合い、13年にわたって文通していた。ハーズの死後芝田は、彼女との往復書簡を活字化するとともに、キリスト教民主主義を採るスイスのドイツ語の月刊誌『ノイエ・ヴェーゲ（「新しい道」の意）』に彼女がアメリカ亡命以前から継続的に発表していた数々の論文・論説のいくつかを選んで翻訳し公刊した。アリス・ハーズ夫人記念平和基金（Peace Fund in Memory of Mrs. Alice Herz）は、自殺報道の後集まった多額の義捐金にこれらの書籍の印税をあわせて設立されたものである。2003年には、ベルリンに彼女の名を付けた広場（北緯52.514度 東経13.607度）が設けられた。