主人公となるキャラクターは、記憶を失い、閉ざされた施設にて目を覚まし、その中に設置された様々なトラップを回避しつつ、アイテムを駆使しながら脱出を試みるというシステム。基本的に敵キャラクターが出てくるということはなく、ダメージ源となるものはトラップのみである。各所にあるアイテムや器材を「見る」、「触る」などの行動により、謎を解いていく。施設の奥に進むためには、トラップが仕掛けられている可能性のある家具や媒体に触れたり調査することにより謎を解くため、プレイヤーは自ら危険にさらされなければならないという恐怖を味わうこととなる。主人公にはライフケージが設定されており、0になればその時点でゲームオーバーとなる。部屋の移動は基本的にマップに表示されるアイコンを選択したり、ドアや床の吹きぬけを調べて移動する。「-Dear Emlie-」では機能の向上により、十字キーや画面をタッチすることにより、マップ上をプレイヤーが自由に動くことができる。トラップによっていかにダメージを受けることなく、脱出できるかというのが目標である。また、「-Dear Lizst-」のみ、「達成率」というものが設定されている。イベントの発生やアイテムの取得によってこの「達成率」が増えていくので、最短ルートで物語を進めるだけでなく、全てのイベント、アイテムを取得して達成率を最大にするというやりこみ要素も加えられている。（「-Dear Emlie-」では廃止）脱出系のゲームとしては珍しく、ストーリー性にも富んだ内容となっている。
保存された配列モチーフはコンセンサス配列と呼ばれ、どの残基が保存され、どの残基が変化しやすいものであるかを示している。次のようなDNA配列の例について考えてみよう。A[CT]N{A}YRこの表記では、左端の A は常にこの位置に A が見つかることを意味している。[CT] はこの位置に C または T が見つかること、N はこの位置にすべての塩基が入りうること、{A} は A 以外の塩基、Y はピリミジン塩基 (pYrimidine)、R はプリン塩基 (puRine) をそれぞれ意味している。この例での [CT] という表記にはその位置における C と T の相対的頻度について何の情報も示されていない。コンセンサス配列を表現する別の方法として、シーケンスロゴが用いられる。シーケンスロゴはコンセンサス配列の画像的な表現であり、特定の位置におけるヌクレオチド（もしくはアミノ酸）の頻度がそのシンボルのサイズによって表現される。より多く保存されている残基は、より大きなシンボルで描かれ、頻度の低いものは小さなシンボルで描かれる。シーケンスロゴは WebLogo や Gestalt Workbench を用いることで生成することができる。
平家討滅後の頼朝にとって、鎌倉政権を安定させるためには、潜在的脅威である奥州藤原氏を打倒する必要があった。文治2年（1186年）4月には藤原秀衡に寿永二年十月宣旨で獲得した東海道東山道支配権を理由に奥州から都に献上する年貢は頼朝が取り次ぐと申し入れ、秀衡もこれに応じた。文治3年（1187年）10月に藤原秀衡が没し、文治4年（1188年）2月に義経の奥州潜伏が発覚すると、頼朝は藤原秀衡の子息に義経追討宣旨を下すよう朝廷に奏上した。頼朝の申請を受けて朝廷は、2月と10月に藤原基成・泰衡に義経追討宣旨を下す。文治5年（1189年）閏4月30日、鎌倉方の圧力に屈した泰衡は衣川館に住む義経を襲撃して自害へと追いやった。6月13日に義経の首が鎌倉に届き、和田義盛と梶原景時が実検した。25日、頼朝はこれまで義経を匿ってきた罪は反逆以上のものとして泰衡追討宣旨を朝廷に求めるが勅許は下されなかった。しかし大庭景義の「軍中は将軍の令を聞き、天子の詔を聞かず」という進言により、7月19日、勅許を待たずおよそ1,000騎を率いて鎌倉を発して泰衡追討に向かった（奥州合戦）。頼朝軍はさしたる抵抗も受けずに白河関から奥州南部を進み、8月7日には伊達郡国見駅に達した。8月8日石那坂の戦い（現在の福島市飯坂）で、頼朝の別働隊伊佐為宗が信夫庄司佐藤基治（佐藤継信・佐藤忠信の父）を打ち破り、8月8日から10日にかけて行なわれた阿津賀志山の戦いにおいて藤原国衡率いる奥州軍を破った頼朝は、泰衡を追って北上する。22日には平泉を攻略するが、泰衡は館に火を放って逃亡していた。26日、頼朝の宿所に赦免を求める泰衡の書状が投げ込まれたが、頼朝はこれを無視して、9月2日には岩井郡厨河（現盛岡市厨川）へ向けて進軍を開始する。厨河柵はかつて前九年の役で源頼義が安倍貞任らを討った地であり、頼朝はその佳例に倣い、厨河柵での泰衡討伐を望んだのである。9月3日、泰衡はその郎従である河田次郎の裏切りにより討たれ、その首は6日に陣岡にいた頼朝へ届けられた。頼朝は河田次郎を八虐の罪に値するとして斬罪に処し、前九年の役で祖先の源頼義が安倍貞任の首を晒した故事に倣って泰衡の首を晒した。9日、京都の一条能保から7月19日付の泰衡追討宣旨が頼朝の下へ届いた。12日、頼朝は陣岡を出て厨河柵に入り、19日まで逗留して降人の赦免や奥州藤原氏の建立した中尊寺、毛越寺、宇治平等院を模した無量光院の寺領安堵などの処理を行った。平泉に戻って諸寺を巡り感銘を受けた頼朝は、鎌倉に戻った後に中尊寺境内の大長寿院に模した永福寺を建立している。22日、頼朝は奥州支配体制を固めるため葛西清重を奥州総奉行に任命すると、28日に平泉を発ち、10月24日に鎌倉へ帰着した。この奥州合戦には関東のみならず、全国各地の武士が動員された。また、かつて敵対して捕虜となった者に対しても、この合戦に従って戦功を上げるという挽回の機会も与えられていた。さらに、前九年の役の源頼義の先例を随時持ち出すことによって、坂東の武士達と頼朝との主従関係をさらに強固にする役割も果たした。この奥州合戦の終了で治承4年（1180年）から続いていた内乱も終結を迎えることになる。