その後の吉良庄は、西尾藩のほか大多喜藩や沼津藩などの飛び地、寺社領、天領といった様々な領主が統治する。吉良義央の弟・東条義叔は、兄の死後、吉良の祭祀などは継承したが、知行500石は武蔵国児玉郡と賀美郡内にあり、吉良庄と直接の関係がなくなっている。
赤穂浪士らの切腹が行われた同日、元禄16年(1703年)2月4日、吉良義周は荒川丹波守（御寄合）、猪子左太夫（御先手）が同伴し、評定所へ呼び出され、仙石伯耆守（大目付）より「仕形不届」として、領地召上のうえ、信濃諏訪藩(高島藩)の藩主、諏訪忠虎へお預けの旨が申し渡された。そして、その身柄は高島藩士の沢市左衛門、茅野忠右衛門、加藤平四郎に渡されたことなどが『上杉家御年譜』などに見える。幕府が義周をこのように処分した理由としては、幕府の裁定により、父・吉良義央が松の廊下での事件の際に内匠に対し卑怯の至りな振る舞いをし、赤穂浪士討ち入りの時も未練のある振る舞いをしたため、「親の恥辱は子として遁れ難く」として、父である吉良義央に代わって吉良義周が責任を取ることとなったこと。そして、赤穂浪士が吉良邸に討ち入った際の義周の対応、義周が自ら武器をとって赤穂浪士達に応戦したが、不破正種に面と背中を斬られ、そのまま気絶していたことなどに対して幕府評定所が「不届き」としたためであった。そして、その後、宝永3年（1706年）に義周が死去したため、高家としての吉良家は断絶となった。
元禄16年2月4日 (旧暦) （1703年3月20日）、幕府の命により、赤穂浪士達はお預かりの大名屋敷で切腹した。切腹の場所は庭先であったが、切腹の場所には最高の格式である畳三枚(細川家)もしくは二枚(他の3家)が敷かれた。当時の切腹はすでに形骸化しており、実際に腹を切ることはなく、脇差を腹にあてた時に介錯人が首を落とす作法になっていた。
そして、義央の首は泉岳寺の浅野長矩の墓前に捧げられた後、箱に詰められて同寺に預けられた。寺では僧二人にこれを持たせて吉良家へと送り返し、家老の左右田孫兵衛と斎藤宮内がこれを受け取った。この時の二人の連署が書かれている、吉良の首の領収書（首一つ）が泉岳寺に残されている。その後、先の刃傷時に治療にあたった栗崎道有が義央の首と胴体を縫って繋ぎ合わせたあと、義央は菩提寺の万昌寺に葬られた。戒名は「霊性寺殿実山相公大居士」。この当時の万昌寺は市ヶ谷にあったが大正期に「万昌院」と名を改めて中野へ移転し、それに伴って墓も改葬して現在は歴史史跡に指定されている。
領地は三河国幡豆郡吉良庄、岡山、横須賀、乙川、饔場、小山田、鳥羽、宮夾の八箇村の3200石、上野国緑野郡の白石村、碓氷郡の人見村、中谷村の三箇村の1000石、計4200石。
久安4年（1148年）に従五位下に叙される。保元2年（1157年）従五位上・民部権大輔に任ぜられる。保元4年（1158年）に正五位下に進み、平治元年（1159年）に駿河守に任ぜられるが、永暦元年（1160年）に藤原隆信と共に院昇殿停止・解官の処分を受けた。応保3年（1163年）に左近衛少将に任ぜられ、嘉応3年（1171年）に左近衛中将になる。この間に正四位下に進む。安元2年（1176年）に雅長が有力視されていた蔵人頭の後任に院近臣の藤原定能・光能が雅長を飛び越えての任命が話題となり、九条兼実は雅長に同情している（『玉葉』）。治承3年1月19日（1179年）に従三位に叙されて左近衛中将を辞任、文治元年（1185年）に参議に任ぜられ、4年後に従二位に昇る。参議在任のまま薨去した。
良栄丸の遭難と漂流に関しては、1965年以降（昭和40年代以降）の児童向ミステリー事件の紹介本、それらが情報源となっていると推察されるweb上の情報を中心に、事実無根の話が散見される。その内容は「乗組員が半狂乱になって悶死した」「狂ったようになって仲間の死体を切り刻んだ」などで、web上に出回っている文章はほぼ同一である。児童書に慣れ親しんだ広い世代を通して、またひかりごけ事件と混同した誤解が長期にわたり語り継がれることになったと推測される。乗組員が残した日記にはそのような内容は一切なく、ほぼ流言飛語のようなものである。そのような事実無根のデマが流れた要因として、事件そのものは不幸な漂流の遭難で人目を引く事件とは言えず、正確に再度紹介される機会は少なかったこと、デマの内容がタブーの食人行為を巡るものであったことが大きい。「遭難の孤立状態で人肉食におよんだ」という話とその様子について描写したものの発端は、事件当時のアメリカの新聞の推測記事とみられ、アメリカでの報道には、当時のアメリカで「悲惨な遭難の結果人肉食に至った」事件として有名な「ドナー隊事件」と結びつけるネガティヴな記事があり、備品の大漁旗も野蛮民風習と紹介されるなど、事実無根な報道も一部にあった。当事件について北杜夫の『どくとるマンボウ航海記』（1960）には、かなり正確に紹介されている。