老婦人マロープとその孫で盲目の少女ペネの2人が暮らす荒野の農場。レパ達はマロープの命を助けたことがきっかけでそこにかくまわれていた。しかし追跡の手はその農場にも伸びており、辛くも誤魔化すも、その騒動でペネの両親の形見であった「ガラスのペガサス」を壊されてしまう。彼女はペガサスがいつか自分の元を訪れて光を与えてくれると信じていたのだ。一方、密輸品を運ぶ宇宙船から逃げ出した「ペガサス」を追う謎の男の手が彼らに迫る。そのペガサスはペネの両親が違法な科学者に依頼して作ったGBのペガサスだったのだ。テレパシー能力を持ったペガサスはペネをその力で呼び出し、追っ手をサイコキネシスで次々と殺害する。そして隠れ場所で子馬を生むが、不意打ちを喰らい子馬を残して殺される。そこにレパ達が駆け付け、ハンターを倒す。そしてレパ達は気がつく。生殖能力のないはずのGBだが、子馬が生まれたということはその制約を取り払う技術を持った者がいるはずだということに。
惑星ゼラの七不思議、ダズモーグ山塊を超えたところに逃亡したGB達がひっそりと暮らす「モルグ・ハムレット」という村があるという噂が流れていた。ある行き倒れのGBの女が、その幻の村から交易に出ていたコーバンに拾われる。そしてその村にはレパ達3人がかくまわれていた。同じGBの仲間として彼女を受け入れるレパ達だが、彼女の口からは「あなた達が起こした事件のせいでパルマノーヴァで働いていたGB達は皆殺しにされ、街では抹殺を目的としたGB狩りが始まった」と告げられショックを受ける。だが、砂漠で遭難したGBにしては不審な彼女の様子、落し物を拾いにいくといって戻らないままのコーバン、数々の不審な材料からリュイとイフェは彼女が人間のスパイではないかと疑い始める。しかし純真なレパは仲間を疑う彼らを諌める。だが谷底でコーバンの干からびた死体が見つかると状況は一変。村人たちは彼女がGBを裏切ったスパイであると断定し、村を守るために抹殺を決断するが、レパは動揺しつつも反対する。しかし、包囲された彼女は傷口から流れる赤い血を見せて自分がGBに扮した人間である事を明かすと形勢は逆転。村人たちは「本能」により彼女を殺すことができず、このまま彼女の逃走を阻む事はできないと思われたが、レパはその場で彼女を手にかけ、村人達に対し「村を守るために仲間であるGBを殺さねばならないハメに陥るくらいなら、GB達の未来のために自分は人間たちと進んで戦う」と告げ、村を出て行く。その後をイフェがリュイが追いかけていった。真の旅立ちが始まったのである。
H.S.パルマノーバ社のシグナイト採掘工場で使役されていたGBのレパはある事件をきっかけに工場監督官の人間に目をつけられ酷使されるようになり、美人のイフェも性欲を持て余していた別な監督官に狙われる。彼らを気にかけるリュイはレパに「人間とGBは違う」と説いて無駄に反抗しないよう忠告していた。しかし、ある夜レイプされそうになったイフェを助けるためにレパは「本能」を打ち破り監督官を殺害、相談を受けたリュイも覚悟を決め、3人での逃亡を余儀なくされる。奪った銃器を使用して人間達を震え上がらせ、人質としてパルマノーバ社の社長令嬢のマイラを拉致するのだが、そこで彼女からレパ達は「GBはシグナイトを原料に作り出された子供も作れない人工生命体であり、人間どころかハエにも劣る下等生物」と面罵される。衝撃を受けたレパはイフェ達にもそれを問いただし、子供時代の記憶も無いグリーン・ブラッドは紛れも無く人造人間であると明かされる。しかし、逃亡のため強奪した飛行艇が整備中だった為に、飛行中に異常振動が始まり、機体は墜落。レパ達は投げ出されるか破片の下敷きとなりながらも無事だったが、有毒だったGBの血液を浴びたマイラは死亡。燃えさかる飛行艇の残骸を前に怒りに震える社長は全GBの抹殺を誓う。そして……砂漠へ続く足跡のみを残して消息を絶った若き3人のGB。それは彼らの「人間」としての誇りを掴む為の流浪の旅の始まりでもあった…
22世紀後半、宇宙殖民時代に到達した人類は、労働力としてグリーン・ブラッド（以下GB）と呼ばれる人造人間を奴隷として使役していた。グリーン・ブラッドは人間と変わらぬ外見・能力を持つが、「シグナイト」と呼ばれる鉱物を原料として化学的に合成して作られた「亜人間」であり、生殖能力を持たない一代生物である。GBの深層意識には「人間を畏れ、敬い、従う」という本能が埋め込まれており、人間への反抗は不可能であった。そして人間以下の存在の彼らは動物にも劣る「物」としてまさしく使い捨てられていた。
運転士は事情聴取に対し「ATPを切った」と述べたことを地検署は明らかにしている。その後の調査によると、台鉄は車両に故障が発生していたことは報告を受けていたがATPを切っていたことに関しては交信記録にもなく、運転士が独断で切ったものと24日に公表した。ATPについては2007年以降の他形式への実装段階で指令員に使い勝手の悪さを指摘され、2010年に運転士が報告せずに切っても指令にその通知が届くように通信装置が全列車に取り付けられていたが、台鉄は当時入札中だった普悠瑪号のTEMU2000型には搭載しなかった。台鉄は立法院交通委員会での時代力量立法委員黄国昌の質疑応答で事実を認め、普悠瑪編成への早期装着のため台湾ナブテスコに打診中とコメントしている。11月1日、車両を製造した日本車両製造は、別の通信事業者が納入したATPの通信装置端末の配線が未接続のまま出荷されていたと発表したが。日本車両製造は台湾当局からの問い合わせで調べたところ、設計担当者のミスで配線の接続が仕様書と一部異なり、ATPの通信装置が働かなかったことが判明した。、通信装置がなくても事故前にATPを切ったことは事故前の時点で指令所と運転士の無線交信の記録上からも明らかになっているため直接的な原因とはいえない。日本車輌とともに受注に関わった住友商事は賠償を拒否している。ATPを切っていたことに起因する事故事例としては、2007年に同じ宜蘭線で発生した2列車の衝突事故が挙げられる（台鉄大里駅事故を参照）。事故車両はまず、6号車と8号車の2両が23日未明に桃園市楊梅区にある自局の富岡車両基地へ搬送、残りも順次搬入され、事故調査完了後は廃車となる見通し。