ファンコーニ貧血に合併する重要な血液学的合併症で最後のものは、骨髄不全である。これは血液細胞の産生が不十分であることと定義づけられる。ファンコーニ貧血の患者ではいくつかのタイプの不全が見られ、多くの場合MDSやAMLよりも先に生じる。血算の減少を探知することは、治療の必要性や移植の可能性を検討する最初のしるしとなることが多い。大部分のファンコーニ貧血の患者ははじめのうちアンドロゲンや造血成長因子に反応するが、この治療法はことにクローナル細胞遺伝学的異常を呈する患者で白血病を引き起こしやすいことや、血液腺腫や腺癌なども含む副作用を起こすことが示されている。残された唯一の治療法は骨髄移植であるが、このような手術はドナーが血縁者でない場合はファンコーニ貧血患者での成功率が低い（5年生存率が30%）。したがって、白血球型が同一である兄弟姉妹からの移植が必須となる。さらに、ファンコーニ貧血の患者は染色体異常を引き起こしやすいため、移植前のコンディショニングでは高用量放射線や免疫抑制剤を使用できない。このため患者は移植片対宿主病 (GVHD)を発症する確率が高い。もしすべての予防策が講じられ、骨髄移植が10歳になる前に施行されれば、2年生存率は89%に上る。しかし、移植が10歳を過ぎてから行われた場合は、2年生存率は54%までに低下する。Zhangらによる近年の研究では、FANCC-/-細胞での骨髄不全の機構が示されている。Zhangらは、造血細胞や原始細胞が過酸素化された血液と低酸素化された骨髄組織とを行き来する際に見られるような連続した低酸素-再酸素化サイクルが、未成熟の細胞の老化をもたらし、ひいては造血機構の阻害にもつながると仮説を立て、首尾よく実証した。老化は、アポトーシスとともに、骨髄不全における造血細胞の枯渇の主要なメカニズムを構成していると考えられる。
ファンコーニ貧血では急性骨髄性白血病 (AML)の発症の危険性が高まる。AMLは骨髄中の脊髄芽球が20%ないしそれ以上存在するか、血液中の骨髄芽球が5-20%を占めることで確定される。急性骨髄性白血病のすべてのサブタイプが（前骨髄芽性を除き）ファンコーニ貧血で生じうるが、骨髄性単球性と急性単球性とが最も多く観察されるサブタイプとなっている。骨髄異形成症候群の患者の多くが、長く生きればやがて急性骨髄性白血病に移行する。さらに、進行性急性骨髄性白血病の危険性は、骨髄不全の発症とともに増大する。骨髄異形成症候群や急性骨髄性白血病のいずれかを20歳前に発症する確率は27%と低いが、30歳までだと危険性は43%に上昇し、40歳までとなると52%に達する。骨髄移植を施行しても、MDSやAMLを患ったファンコーニ貧血患者の4人に1人は、MDSやAMLに関する症状で2年以内に死亡する (Butturini, A et al. 1994.  Blood. 84:1650-4)。
骨髄異形成症候群 (MDS)は、前白血病の名でも知られていた疾患であるが、一群の骨髄腫瘍性疾患の名称であり、いくつかの主だった差異を除いては急性骨髄性白血病 (AML)と多くの点で形態学的に共通点を有する。第一に、未分化の始原細胞、すなわち血球芽細胞の割合が常に20%を下回っていて、AMLの例で一般的に見ることができるよりもかなり高頻度で異形成（赤血球、顆粒球、巨核球前駆体における細胞質や核の形態学的変化と定義される）が見られる。これらの変化は、アポトーシスの延長やプログラム細胞死の不全を反映する。未治療のままだと、MDSは30%の症例でAMLに移行する。ファンコーニ貧血の病理的な性質のため、骨髄異形成症候群の診断は骨髄の細胞遺伝学的分析のみによっては行えない。骨髄異形成症候群の診断が確定するのは、骨髄細胞の形態学的分析が行なわれてからである。検査にあたって、骨髄異形成症候群を発症しているファンコーニ貧血の患者は、骨髄異形成症候群に先立つか続行するかのいずれかに見える様々なクローナルバリエーションを呈する。さらに、細胞の染色体は異常な相を呈する。最もよく見られるものは7番のモノソミーや3q15の部分的トリソミーである。骨髄内での7番モノソミーの確認は、進行性急性骨髄性白血病の危険差異が高まっていることと高い相関性を成し、予後は極めて不良で、続く2年のうちに大抵は死亡する。
オキアミ類、魚類などを食べる。食性は地域・年・性別などによって変動があることもある。一例としてメスはオキアミ類を主に食べ、オスはメスと比較すると魚類の比率が大きいとする複数の報告例もある。成鳥や巣立ち後の雛の捕食者としてヒョウアザラシ、卵や雛の捕食者としてオオトウゾクカモメやミズナギドリ類が挙げられる。非繁殖期は南極大陸の周辺海域で群れを作って生活し、オキアミなどの甲殻類や魚類を捕食する。海での天敵はシャチやヒョウアザラシなどである。近年の地球温暖化の影響を受け、生息数が減少傾向にある。南極大陸の海岸部および周辺の島々に、大きなコロニーを形成する。なお南極大陸内におもな繁殖地をもつペンギンは、アデリーペンギンとコウテイペンギンのみである。繁殖地は海岸にほど近い岩場で、夏になると雪が解けて岩石が露出する場所に限られる。スコット探検隊が越冬したロス島には約50万羽からなる巨大なコロニーが存在する他、日本の昭和基地付近にも営巣地がある。南極の初夏にあたる10月になるとアデリーペンギンが繁殖地に集まり、小石を積み重ねて火山のような形の巣を作る。南極では夏といえども冷たい雨や雪が降り、卵が冷たい雪解け水に浸ると死んでしまう。このため親鳥たちはできるだけ高い巣を作る必要がある。しかし岩が露出する場所は少なく、巣材の小石は貴重品である。よって巣作りの頃には繁殖地のいたる所で小石の奪い合いが発生する。メスが産卵するとまずはオスが抱卵し、メスは海へ採餌に向かう。ヒナが孵化するまでは約35日間かかるが、途中で一度だけオスとメスが交代する。ヒナは茶色い産毛に包まれ、3週間から4週間ほどは巣にとどまって両親から給餌を受ける。なお、卵やヒナの天敵は寒さの他にもオオトウゾクカモメやサヤハシチドリ、オオフルマカモメなどがいる。これらの鳥も繁殖期を迎えるため、繁殖地では卵やヒナをめぐる必死の攻防が繰り広げられることとなる。ヒナが成長すると、ヒナ同士が集まる「クレイシュ」が形成され、親鳥はオスメスとも海へ採餌に向かうようになる。クレイシュにやってきた親鳥は、鳴き声で自分のヒナを判別し給餌を行う。クレイシュは3週間から4週間ほど続く。ヒナが換羽し、成鳥と共に海に入るのは夏の終わりの2月頃である。