公職を退いても、自分の研究や意見を、電子書籍を主な媒体として世に発表してゆきたいという希望から、2014年3月、家族と共に〈合同会社オピニオン・ランチャー〉を設立、その代表社員となる。2015年（平成27年）2月より、楽天ブックスにおいて、電子書籍〈オピニオン・ランチャー叢書　テクストの無意識シリーズ〉を発売開始。2016年（平成28年）6月17日、間質性肺炎のため死去。79歳没。叙正四位、瑞宝中綬章追贈。
1976年、亀井は、教養教育担当の助教授から、専門教育担当の〈国文学講座〉の助教授となった。当時、旧帝国大学系の国立大学では、教養部には近代文学専攻の教員を置いたが、専門教育の〈国文学講座〉には置かなかった。これは、旧帝国大学の国文学講座では近代文学研究を「学問」として認知しなかったためであり、ただ、東京大学だけは例外的に近代文学専攻の教員を1人おいていた。そのような時期に、亀井は旧帝国大学の後身である北大の〈国文学講座〉の助教授に選ばれた。そこで彼は、自分の役割は、近代文学研究の研究水準を高め、〈学問〉として認知させことにあると目標を定めた。ただしその〈学問〉は、多くの国立大学の教養部の教員や私立大学の教員が志向してきた、文学者の私生活の調査を中心とする〈実証的研究〉や、古典文学研究の考証学・書誌学の亜流的な研究ではなく、日本語表現の研究の歴史と、日本の近代文学の伝統から派生した文学論を統合し、世界的な文学理論と研究方法とを作り出すことである、と考えた。亀井は北大文学部における教養教育担当と専門教育担当との差別を廃するとともに、国文学講座と同様の問題をかかえた他の講座の改革を含む、文学部全体の改革に努めた。1984年（昭和59年）、北海道大学文学部教授となる。また、海外との関わりにおいては、1987年に西ドイツ（当時）のルートヴィヒ・マクシミリアン大学（ミュンヘン大学）の客員教授、1995年にアメリカのコーネル大学 Department of Asian Studiesの客員教授となり、日本の近代文学の紹介だけではなく、日本における近代文学研究の紹介に力を傾注した。他方、1996年には大学院委員、1998年には評議員として改革構想立案の中心となり、1999年に文学部の大学院大学化の目途を立てたのち、2000年（平成12年）、定年退職した。
当時、外戚の賈氏が朝政を専断しており、特に賈南風の妹の子である賈謐は皇帝を凌ぐほどの権勢を誇った。299年、賈謐は東宮で司馬遹へ学問の講義をするようになったが、司馬遹は賈謐が賈南風の後ろ盾を得て権勢を振りかざしている事を妬み、これを喜ばなかったので、賈謐もまた恨みを抱いた。また、賈謐は以前からしばしば司馬遹へ無礼を働いており、祖母の郭槐から窘められた事もあった。ある時、司馬遹と囲碁を行うといつも指し手の事で言い争い、一切遠慮がなかった。年少の叔父の成都王司馬穎がこれに同席した時、賈謐の振る舞いを見て「皇太子は国の儲君であるのに、賈謐はなんと無礼なのか!」と血相を変えて叱りつけた。賈謐はこれを恐れ、また不満を抱いたので賈南風へこの事を相談した。これにより、司馬穎を平北将軍に任じ、鄴城の鎮守を命じて朝廷から追い出した。郭槐は娘の賈南風に男子が産まれないため、司馬遹を実子のように育てるよう諭したが、賈南風は彼を忌み嫌っていたので拒絶した。また、郭槐は韓壽（賈南風の妹である賈午の夫）の娘を太子妃に立てようとすると、司馬遹もまた韓壽の娘を妃にして地位を固めたいと思った。だが、賈南風は賈午と共に猛反対し、王衍の長女王景風を司馬遹と結婚させる事にした。王衍の長女は美麗であり、司馬遹は長女との結婚を望んだが、賈謐が長女を娶ったのでやむなく王衍の次女王恵風を妻とした。これにより、司馬遹は賈謐への不満をさらに積もらせた。司馬遹は強情な性格であったので、賈謐との関係を改善しようと思わず、逆に賈謐が東宮に来ると後庭に隠れて避けるようになった。詹事裴権は「賈謐は皇后の近くにおり、異謀を抱いております。もし一度でも賈謐との間に何かあれば、大事（皇帝即位）は去ってしまうでしょう。どうか自重なさって変事を防ぎ、賢士を侍らせてよく補佐させますよう」と諫言したが、改めなかった。賈謐は賈南風の前で司馬遹を讒言し「太子は私財を用いて小人と結んでおり、恐らく賈氏に対抗するためかと思われます。もし皇帝が崩御されたら、楊氏の時のように臣らは謀殺され、皇后は金墉に監禁されることになります。今のうちに手を打ち、恭順な者を跡継ぎに入れ替えるべきです」と述べると、賈南風はこれに同意し、司馬遹の欠点を周囲の前で公表した。また、自らが妊娠したと偽って出産に必要な物を集めさせ、秘かに妹の夫である韓寿の子を宮中に入れると、これを自らの子として皇太子に立てようと目論んだ。