『日本書紀』には日本武尊が神坂峠を超えようとしたときに、悪神の使いの白鹿を殺して道に迷い、窮地に陥ったところ、一匹の狗（犬）が姿を現し、尊らを導いて窮地から脱出させたとの記述がある。そして、『日本書紀』には天武天皇5年4月17日（675年）の条に、4月1日から9月30日の期間、牛・馬・犬・猿・鶏の、いわゆる肉食禁止令を出しており、犬を食べる人がいたことは明らかである。なお、長屋王邸跡から出土した木簡の中に子を産んだ母犬の餌に米（呪術的な力の源とされた）を支給すると記されたものが含まれていたことから、長屋王邸では、貴重な米を犬の餌にしていたらしいが、奈良文化財研究所の金子裕之は、「この米は犬を太らせて食べるためのもので、客をもてなすための食用犬だった」との説を発表した。奈良時代・平安時代には貴族が鷹狩や守衛に使う犬を飼育する職として犬養部（犬飼部）が存在した。平安京では、犬が人間の残飯や排泄物を食べていた。また、埋葬されない人の死体が放置され、犬に食われることが珍しくなかった。
日本列島においては犬の起源は不明であるが、家畜化された犬を飼う習慣が日本列島に渡ってきたと考えられている。縄文時代早期からの遺跡から犬（縄文犬）が出土している。その一部は埋葬された状態だが、多数例は散乱状態で出ており、家族の一員として飼われた犬と、そうでない犬がいたと考えられる。縄文早期から中期には体高45センチメートル前後の中型犬、縄文後期には体高40センチメートル前後の小型犬に変化し、これは日本列島で長く飼育されたことによる島嶼化現象と考えられている。なお、1990年代に縄文人と犬との関係の定説に再考を迫る発見があった。霞ヶ浦沿岸の茨城県麻生町（現：行方市）で発掘調査された縄文中期から後期の於下貝塚から、犬の各部位の骨が散乱した状態で出土。犬の上腕骨1点に、解体痕の可能性が高い切痕が確認された。調査報告では、犬を食用として解体していた物的証拠と評価しており、日本列島における犬食の起源がさらに遡る可能性が高い。弥生時代に犬の埋葬例は激減する。また、墓に供えられた壺の中に、犬の骨の一部が入っていることがあり、犬が人間の墓の供え物になったことがわかる。長崎県の原の辻遺跡などでは、解体された痕のある犬の骨が発見され、食用に饗されたことも窺える。遺跡からは縄文犬と形質の異なる犬も出土しており、大陸から連れてこられたと考えられる。
オランダは第二次世界大戦中、日本に対してのみ宣戦布告した。これは、オランダ領東インド政庁が独断で宣戦布告し、当時ロンドンに亡命していた本国政府が追認したものとされる。この1941年（昭和16年）12月8日の宣戦布告によって、両国は戦争状態に入った。翌1942年（昭和17年）1月、日本軍は石油資源の獲得を主な目的として蘭印作戦と呼ばれるオランダ領東インド（蘭印、現在のインドネシア）進攻作戦を決行し、同年3月10日には蘭印連合軍の本拠ジャワ島に至ってこれを全面降伏させ、ほぼ全域を制圧した。オランダ領東インドは大東亜政略指導大綱で領有する方針が決定されていたため、3地域に分けて日本軍による軍政が施かれ、正負両側面にわたる様々な影響を与えた。終戦後、再植民地化を示唆したオランダに対して、スカルノやモハマッド・ハッタらの独立派は、1945年8月17日、インドネシアの独立を宣言して、インドネシア独立戦争に入った。一方、1942年（昭和17年）3月の内に日本軍はジャワ島内で蘭印軍66,219名を含む連合軍82,618名を捕虜としたほか、民間人9万人余も収容した。彼らは自分達が東インド住民を懲罰するために設けた監獄に自ら入れられるという屈辱を味わった。オランダ人兵士の一部は長崎の捕虜収容所に送られ、そこで原爆に被爆した。また、日本軍がオランダ人女性を強制連行し慰安婦にした白馬事件も起こった。終戦後、オランダは捕虜虐待などの容疑で多くの日本軍人をBC級戦犯として処罰した（連合国中で最も多い226人の日本人を処刑）。戦後長らく反日感情は残り、1971年（昭和46年）に昭和天皇がオランダを訪問した際には街中に「裕仁は犯罪者」という落書きが見られ、卵や魔法瓶が投げつけられ手植え苗を引き抜かれるという嫌がらせがあった。1986年（昭和61年）にはベアトリクス女王の訪日計画がオランダ国内世論の反発を受けて中止された。1989年（平成元年）の昭和天皇の大喪の礼の際も、多くの君主国が王族を派遣したもののオランダからは王族が葬儀に参列することはなかった。1991年（平成3年）に来日した女王は宮中晩餐会で「日本のオランダ人捕虜問題は、お国ではあまり知られていない歴史の一章です」と、この間の事情の一端について触れた。同年、海部俊樹首相がオランダ訪問した際には、戦没者慰霊碑に捧げた花輪が池に投げ捨てられており、いかに反日感情が根強かったかが窺える。しかしその後、終戦後50年にあたる1995年（平成7年）に出された村山談話をきっかけに「平和友好交流計画」が決められ、アジア女性基金による償い事業などの実施により、オランダ国民の対日感情も和らいだ。日蘭交流400周年を記念して、2000年（平成12年）に明仁天皇が訪問した際には、オランダのテレビ番組で献花の様子が放映され、昭和天皇の訪問のときとは打って変わって熱烈な歓迎を受けた。ただ、2007年（平成19年）にはオランダ議会下院で日本政府に対し「慰安婦」問題で元慰安婦への謝罪と補償などを求める慰安婦問題謝罪要求決議がなされた。2008年（平成20年）に訪日したマキシム・フェルハーヘン外相は、「法的には解決済みだが被害者感情は強く、60年以上たった今も戦争の傷は生々しい。オランダ議会・政府は日本当局に追加的な意思表示を求める」と述べた。