創建は不詳。付近では高知県で代表的古墳の1つである平田曽我山古墳（消滅）の築造が知られ、同古墳と当社を波多国造の墳墓・祭祀地と想定する説が挙げられている。『先代旧事本紀』「国造本紀」では第10代崇神天皇の時に天韓襲命が波多国造に定められたと見え、創建をこの頃とする説もあるが詳らかではない。境内地では祭祀遺跡の存在が知られ、平安時代の土師器・須恵器・甕が出土しているほか、縄文時代晩期の打製石斧も見つかっている。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では土佐国幡多郡に「高知坐神社」と記載され、式内社に列している。『和名抄』に見える地名のうちでは、現鎮座地は幡多郡枚田郷（ひらたごう、異本では牧田郷）に比定される。中世期には、元久2年（1205年）に社殿修理のことがあったほか、長福寺が別当寺であった。『南路志』所引の応永6年（1399年）の鰐口銘では「高地之大明神」と見えるほか、同書所引の天文13年（1544年）の棟札には「高持者大明神」と見え、土佐一条氏4代当主の一条房基がその造営を実施している。天正17年（1589年）の「山田郷内平田村地検帳」では「高持社」と見え、11代4歩の宮床と宝殿・舞殿・横殿の存在が記される。江戸時代には、宿毛土居の土佐藩家老の山内氏（安東氏）から崇敬を受け、明和5年（1768年）には7代山内氏篤によって現在の本殿が再建された。明治維新後、近代社格制度において郷社に列している。
この事件の後、浅野薫はその臆病な振る舞いを咎められて新選組を追放された。参戦した隊士達には、原田左之助の20両を筆頭に、会津藩から恩賞が与えられた。当時、土佐藩士の間では長い刀を差すことが流行になっていたが、この事件をきっかけに、長い刀は使いにくいとの認識が土佐藩士の間に広まって流行が終焉した。
事件当日、1866年10月20日（慶応2年9月12日）は、三条会所に原田左之助ら12人が、町屋に大石鍬次郎ら10人が、そして酒屋に新井忠雄ら12名が配置された上に、さらに斥候として浅野薫ら2人が配置されて犯人の出現を待ち構えていた。新選組が警備に当たっていたところ藤崎吉五郎と宮川助五郎を中心とした土佐藩士8人が三条大橋西詰に出現、制札を引き抜く動きを見せた。土佐藩士出現の報を受け、原田隊が現場に急行。逃走を開始した土佐藩士たちに、遅れて駆けつけた新井隊が追い討ちをかける形となり、新選組は有利に戦いを進めた。ところが、斥候の浅野薫が乱戦を怖れたため、大石隊への連絡が遅れて当初予定していた包囲体制が完成せず、土佐藩士たちは退路を確保することができた。また、土佐藩士の殿を勤めた安藤鎌次の奮戦もあり、結局、新選組は8人の土佐藩士のうち5人を逃してしまうことになった。
1865年（慶応元年）に実施された第二次長州征伐の失敗以降、江戸幕府の権威は失墜し、1866年（慶応2年）になると京都では幕府の立てた制札が引き抜かれるという事件が頻発し始めた。特に、鴨川にかかる三条大橋の西詰北に立てられた制札が3度に渡って引き抜かれ鴨川に捨てられたことから新選組に制札の警備が命じられ、新選組は三条大橋を中心とした3拠点に隊士を配置し、いつでも包囲体制をとれるように準備を整えていた。
元治元年7月19日に起きた禁門の変以降、三条大橋西詰の高札場に長州藩を朝敵とする内容の制札が掲げられた。しかしどんどん焼けで焼け出された市民たちからは長州藩へ同情する世論が根強かった。一、此度長州人恐多くも自ら兵端を開き、犯二禁闕一、不二容易一騒動相成候間、立去候者共安堵帰住可致候。　　将又妄に焼払候様、浮説を唱候者も有之哉に候得共、右様之儀には決して無レ之候間、銘々職業を励み、立騒ぎ申間敷事。一、元来長州人名を勤王に托し、種々手段を設け人身を迷し候故、信用致候者も有レ之候得共、禁闕に発砲し逆罪明にて追討被仰付候。　　若信用致候者も前非を悔改心候者は御免可レ被レ成候間、可二申出一候。且潜伏落人など見当り候者、　　早速に申出候はば御褒美可レ被レ下候。若隠他より顕はれ候はば、朝敵同罪たるべき事。
低エネルギーの電子はタングステンフィラメントまたは六ホウ化ランタノイド結晶陰極から生み出されて、3から3万電子ボルト(keV)の正に帯電している陽極によって加速される。陽極は中央部にアパーチャを有していて、それを通過する電子（線）は平行にされ、アパーチャに一連する磁界レンズによって焦点を合わせることができる。その結果生じる電子ビーム（おおよそ5nmから10マイクロメートルの直径）は、サンプルを横断走査（マッピング）するか、あるいはサンプルから様々な効果を惹起させるためにスポットモードで使うこともできる（この様々な効果とは、すなわちフォノン励起（熱）、陰極線ルミネセンス（可視光線蛍光）、連続X線放射（制動放射）、特性X線放射、二次電子発生（プラズモン発生）、反射電子発生、およびオージェ電子発生である）。特性X線は化学分析のために用いられる。特定すべきエックス線波長は、波長分散型X線分光器（WDS）またはエネルギー分散型X線分光器（EDS）により選択的にカウントされる。関心のあるエックス線波長を選び、それらをガスフロー型または封入型の比例検出器に向けるために、WDSは分光結晶によるブラッグ回折を利用している。対照的に、サンプルから発生した全波長のエックス線を蓄積するために、EDSは固型半導体を使う。EDSが一般的により短いカウント時間でより多くの情報を与える一方で、WDSはその優れたエックス線ピーク解像度のゆえに、それ以上に精度の高い技法である。化学組成は、既知の構成による強度（標準強度）とサンプル物質に由来の特性X線強度とを比較することによって決定される。結果として生じている化学的情報はサンプルの表面組織のコンテクストの中で収集される。鉱物性の粒または金属などの素材（領域）中の化学組成におけるバリエーションはすぐに決定することができる。化学的情報（エックス線発生量）が収集される分量は0.3 - 3立方マイクロメーターである。