1913年（大正2年）7月には奥田義人文相が再び専攻部の東京帝大吸収を企てるが、教員・学生・同窓会一体の反対にあい断念した。1914年11月には同窓会有志がこれまでの専攻部存廃問題をかんがみ、政府・文部省の帝大中心主義政策から母校を防衛するための組織として「如水会」を結成した。さらに第一次世界大戦後の原内閣（中橋徳五郎文相）の高等教育拡充構想のなかで、東京高商は、1920年、専攻部を基礎とした念願の大学昇格（旧制東京商大の設立）を実現させることとなった。
東京高商商議員でもあった渋沢栄一は、東京を始めとする5商工会議所や高商父兄会とともに調停にあたる一方、高商に訣別した学生に対しては翻意を促した。結局文部省は、渋沢らの調停を受け6月25日に高商専攻部を今後4年間存置する旨の省令を出すことで事態を収拾、さらに1912年3月25日には専攻部をそのまま存続することを決定した。これは当面の大学昇格は実現できなかったものの、専攻部が存続することでその後の大学昇格への基礎が固まることとなり、事件はほぼ東京高商側の勝利に帰着することとなった。
そのうえ文部省は、松崎校長辞任発令直後の5月6日、高商専攻部と帝大商科との重複は「学制上より見るも…不統一の嫌」があるとして1911年をもって前者を廃止するという省令を発した。また救済措置として高商本科生のうち進学希望者については帝大商科に無試験で入学させるとしたが、これに猛反対したのが東京・神戸の両高商の在学生であった。帝大への進学は現在の高商在学生のみに限るという過渡的措置となる見込みであった一方、東京高商の念願であった大学昇格の可能性はこれにより完全に断たれることになるからである。この危機に直面し、東京高商の在学生は5月11日学生大会を開催して抗議の総退学を決議、神戸高商側もこれに呼応する態度を見せた。
このような東京高商の大学昇格運動や議会の建議に対し、第2次桂内閣および文部省（小松原英太郎文相）は翌08年9月から09年3月にかけて、東京帝国大学法科大学（東大法学部の前身）内に経済学科・商業学科を設置（のち改編され東大経済学部の前身となった）することで対応した。この過程で高商側は、単独での大学昇格を第一の目標としたが、次善の策として帝大内に東京高商を母体として商科大学を新設する（高商専攻部を東京帝大の内部に「分科大学」として事実上吸収することを意味する）こともやむなしとしていた。しかし文部省はこのいずれの案も認めず、帝大法科大学教授会側も文部省案を受け、上記のように商科を東京高商とは別に帝国大学内に独自に置くことを決議した。これにより10年にわたる東京高商の大学昇格運動は挫折し、運動を進めてきた関一ら4教授は辞表を提出、松崎蔵之助校長も問責により辞職においこまれた。
東京高商には本科に接続するかたちで2年制の専攻部が設置（1897年）され、同じ官立高商である神戸高等商業学校（神戸大学経済学部・経営学部の前身）の卒業生も受け入れていた。1901年1月、欧州留学中の高商教授8名（石川巌・石川文吾・神田乃武・瀧本美夫・津村秀松・福田徳三・志田鉀太郎・関一）がベルリンにおいて「商業大学の必要」を建議し、専攻部の設置・拡充（修業年限延長（1899年）や卒業者への「商業学士」授与（1901年 - ））を足がかりに、高商の大学昇格運動が進められた。1907年（明治40年）には「商科大学設置に関する建議案」が帝国議会を通過、高商の大学昇格運動は最高潮に達した。
1929年11月30日海軍省教育局局員
1931年11月14日第二十二駆逐隊司令となり第一次上海事変に従軍、呉淞の砲台を同期の原顕三郎(後海軍中将)が指揮する第十駆逐隊と共に沈黙せしめ、この功績で功四級金鵄勲章と勲三等旭日章を授与される
12月1日任海軍大佐
1933年11月15日鬼怒艦長
ここまでは順調に水雷屋としてのキャリアと歩んでいたが、1934年11月1日に馬公要港部参謀長となる
馬公要港部は日の当たらない士官が行かされる左遷場所のような意味合いを持っており、木幡自身もそろそろ自分の現役が長くない事を悟っていたようである
1936年12月1日横須賀防備隊司令
当時、防備隊は素行が悪かったりする者が行かされるような場所であり、その司令になるということは、もうすぐ退役になるという意味合いを含んでいた
1937年11月1日任海軍少将
12月11日予備役
予備役後は教育局局員の時に局長をしていた寺島健中将が世話をして、1938年1月19日、当時寺島が社長をしていた浦賀船渠株式会社顧問に就任する
戦中は海軍の要請により青島にあった海軍工廠が浦賀ドックに委託されたことにより青島出張所所長として勤務、終戦を迎える
戦後は秦行舍堂という印刷会社を経営し、1977年8月10日、90歳で死去
子役の小畑やすしは孫（長男の息子）である