ヴァシーの虐殺は2つの宗派間の抗争を引き起こすことになった。ブルボン家のコンデ公ルイは「悪」の大臣たちから王と摂政を解放すると宣言し、プロテスタント教会を組織化してロワール川沿いの町々を占拠し、軍隊を駐留させた。実際にはユグノーたちはヴァシー事件以前から動員を開始していたが、コンデ公ルイは虐殺を勅命が破られた証拠であるとし、彼の軍事行動の大義名分に用いた。そして、戦闘が起こると実際にこの勅命は、ギーズ家の圧力によって取り消された。ユグノーは イングランド女王エリザベス1世とハンプトン・コート条約を結び、援助の見返りにル・アーヴル、ディエップ、ルーアンを引き渡す約束をする。これに従い、イングランド軍がル・アーヴルに上陸した。主な戦いはルーアンとドルー、そしてオルレアンで起こっている。ルーアン包囲戦（1562年5月 - 10月）では国王軍が町を奪回したものの、ナバラ王アントワーヌが戦死した。ドルーの戦い（1562年12月）ではコンデ公ルイがギーズ家の捕虜になったが、ブルボン家も敵の司令官アンヌ・ド・モンモランシーを捕らえている。1563年2月のオルレアン包囲戦において、ギーズ公フランソワがユグノーのポルトロ・ド・メレに銃撃され、その傷が元で死亡した。ギーズ家は暗殺は敵対者のコリニー提督の差し金であると信じた。暗殺によって引き起こされた暴動とオルレアンが陥落しないため、カトリーヌが和平調停を行い、アンボワーズ勅令が発せられた。
1560年3月、プロテスタント貴族ラ・ルノーディを中心とする不平貴族たちがフランソワ2世を誘拐してギーズ家を除こうと謀った。だが陰謀は露見し、数百人の容疑者たちが処刑されてしまう。ギーズ兄弟はブルボン家のコンデ公ルイが黒幕であると疑った。コンデ公は11月に逮捕された。このことにより対立は一層深まった（アンボワーズの陰謀）。この後の論争の中で、フランスのプロテスタントはユグノーと呼ばれるようになった。ユグノーはドイツ語のEidgenosse（アイドゲノッセ、盟友の意味）から生まれた蔑称である。ユグノーによるカトリック教会に対する最初の聖像破壊が1560年にルーアンとラ・ロシェルで発生し、翌年には20の都市に広まった。これに激怒したカトリックの都市住民による流血の報復がサンス、カオール、カルカソンヌ、トゥールその他の都市で行われた。王太后カトリーヌ・ド・メディシスはフォンテーヌブロー諮問会議を召集してカトリックとプロテスタントの融和を図るが、ギーズ家は異端絶滅を計画していた。
アンリ2世の治世（1547年 - 1559年）でも迫害は断続的に続き、治世の終わり頃に異端審問のための新たな法廷が作られ、これはプロテスタントからは火刑法廷（la chambre ardente）と呼ばれた。これはこの時期にカルヴァン派がルター派を凌いでフランス国内におけるプロテスタントの主流になり、急速に数を増やしたことの反動と見られる。フランス生まれのジャン・カルヴァンによって作られたカルヴァン主義は、社会階層や職業の違いなく人々を惹きつけ、更には地域差なく広範囲に広まっていた。1559年、66のカルヴァン派信徒団の代表が秘密裏にパリに集まって第1回全国教会会議を催し、信仰告白と教会規則を作成した。1560年時点で、カルヴァン派はフランス総人口1800万人の約10%と推定されている。1559年のアンリ2世の突発的な事故死は政治的空白を作り出し、フランソワ2世の妃であるスコットランド女王メアリーの母方の親族であるギーズ家が実権を握った。キーズ公フランソワはカレーをイングランドから奪回した英雄であり、その弟のロレーヌ枢機卿はフランス・カトリック教会の首長で、いずれも熱狂的なカトリックだった。一方のプロテスタントはブルボン家当主のナバラ王アントワーヌを盟主に戴いていたが、熱狂的プロテスタントの妻ナバラ女王ジャンヌ・ダルブレ（ナバラ王妃マルグリットの娘）に主導権を取られる頼りない人物で（戦争中は寝返ってカトリックに改宗している）、後に弟のコンデ公ルイがプロテスタントの中心となる。
ルター思想は1520年代にフランスに伝わり、プロテスタントに対する政策は寛容と弾圧の間で揺れ動いていた。イタリア戦争の渦中にあったフランソワ1世（在位：1515年 - 1547年）は神聖ローマ帝国内のプロテスタント諸侯の反乱を支援しており、フランス国内における信者に対して寛容であった。それ以上にルター派と宮廷内で人気のあった人文主義改革運動との区別が曖昧であり、また国王の姉ナバラ王妃マルグリットはルフェーヴル・デタープルなどの改革者たちを異端の嫌疑から庇護していた。だが、1534年に檄文事件が起こるとフランソワ1世はプロテスタントを脅威と感じ、彼らを弾圧し始める。
ユマでの機体検査では、胴体の一部が裂けて開いていたことが明らかになり、そのせいで急減圧が生じたと分かった。最初の報告では、胴体の穴は幅3フィート（91 cm）、長さ6フィート（180 cm）の大きさであった。NTSBの調査では、胴体の穴の実際のサイズは、長さが約60インチ（150cm）、幅が8インチ（20cm）であった。事故を受けて、サウスウエスト航空は自社の所有するボーイング737-300型機80機以上の検査を決定した。検査されたのは過去に機体外板の交換実績がなかったもので、うち5機に亀裂が発見された。事故機は修理されて運航に戻った。2011年4月6日、ボーイング社は737-300/400/500型機の点検のための改善指示書(SB: Service Bulletin)を発行した。2011年4月5日、FAAは離着陸回数の実績が多いボーイング737-300型、400型、500型について、接合部の検査頻度をあげるよう航空会社に求める耐空性改善命令（AD）を発行した。このADは、30,000回を超える離着陸の実績がある対象機はADの受領から20日以内に、それ以外の対象機は30,000回に達した時点で検査を実施するよう求めている。また、35,000回以上の航空機については、5日以内に点検が必要とされた。さらに、30,000回以上の離着陸を経験している航空機の場合、500回ごとに当該接合部を定期的に点検する必要があるとしている。ADの対象となる機体はラインナンバー2553から3132の計580機であり 、うち175機が30,000回の離着陸を行っており、80機がアメリカで運用されている。 ニュージーランド航空は737-300のうち15機を検査し、カンタス航空は21機の737-400のうち4機を検査した。マレーシア航空が運営する737-400型37機の中にも検査を受けることになる機体が存在した。