一方の吉良は3月23日にお役御免となり、8月19日には呉服橋の屋敷を召し上げられて、江戸郊外の本所松坂町に移り住む事になった。大名屋敷の多い呉服橋と比べ、人気のない郊外 にある本所はずっと仇討ちに適した場所であった。討ち入りをしやすくするために吉良を郊外に幕府が移したのではないか、そんな噂が江戸に流れた。幕府がなぜこの時期に屋敷替えを命じたかは不明だが、『江赤見聞記』巻四によれば、吉良邸の隣の蜂須賀飛騨守は、赤穂浪士の討ち入りを警戒していて出費がかさむという理由で老中に屋敷替えを願い出ていたというので、こうした事情が影響した可能性はある。堀部ら急進派はこの屋敷換えを討ち入りの好条件ととらえ、大石に討ち入りを迫った。そこで大石は急進派を説得する為、9月はじめ頃に赤穂浪士の原惣右衛門、潮田又之丞、中村勘助の3人を派遣し、さらに10月に赤穂浪士の進藤源四郎と大高源五を派遣したが、どちらも逆に説き伏せられて急進派に同調してしまった。そこで大石は11月2日に自ら江戸に下り、急進派を説得すべく会議をひらいた（江戸会議）。しかし上方から派遣した同志達が堀部等に同調してしまっていたこともあり、議論は堀部等が望む方向で一方的に進んだ。堀部達は討ち入りの日の期限を決断するよう大石に迫り、大石は浅野内匠頭の一周忌には結論を出したいと約束した。
赤穂城が明け渡しになると、旧藩士たちは赤穂城を出て行かねばならなかった。大石内蔵助は6月に家族と合流し、山城国山科に隠棲する。親戚の進藤源四郎が代々ここに田畑を持っており、これを頼って居を定めたのである。ここで大石は幕府に対してお家再興の嘆願を、赤穂の遠林寺の僧祐海を通じて出している。それ以外の藩士達は赤穂に近い大阪、伏見、京都などに散らばっている。幕府の許可を得て赤穂に留まった者も多かったが、その場合は百姓や町人の格で居住する必要があった。江戸詰めの藩士達はそのまま江戸に留まる者が多かったが、もう藩邸には住めないので借宅して暮らす必要があった。この頃までには大石に起請文を提出した同志は93人に増えていた。
一方、同じ赤穂家でも、江戸に詰めている家臣には堀部安兵衛をはじめとした強硬派（いわゆる江戸急進派）がおり、主君の敵である吉良を討ち取る事に強くこだわっていた。堀部は同じく江戸詰めの高田郡兵衛、奥田孫太夫とともに吉良邸に討ち入ろうと試みたものの、吉良の実子の上杉綱憲が吉良邸を訪問するなど警戒が強く、討ち入りは難しかった 。そこで3人はまず国元の藩士と合流しようと4月5日に江戸をたち、4月14日に赤穂に到着した。3人は大石に籠城を説くも大石は賛成せず、城を明け渡した4月22日に赤穂を出発した。
大石内蔵助は4月12日に赤穂城の明け渡しを決意し、4月18日に明け渡された。予定された切腹は結局行われていない。赤穂城受け取りは物々しいもので、幕府は受城目付の荒木政羽と榊原政殊、代官石原正氏、受城使の脇坂安照、木下㒶定を派遣し、脇坂は総勢4550人を動員し、これに木下の軍勢が加わり、さらに船数百隻が警戒する中、赤穂城は開城された。明け渡しの際、大石は浅野大学によるお家再興を上使に嘆願し、上使から江戸に帰り次第その旨を老中に伝えるとの返答を得た。また取り潰しによって家臣が路頭に迷わぬよう、大石は4月5日から、赤穂に残った財産を家臣に分配している。4月12日から3日間、浅野内匠頭の法要が泉岳寺で執り行われた。幕府から許可がおりたためである。位牌や石塔もこの時建立された。
お取り潰しの話が藩に広まると、商人達が札座に押し寄せて大混乱となった。藩が取り潰しになると彼らの持っている藩札が無価値になってしまうからである。藩の両替所に両替可能な金が不足していたため、大石内蔵助は、3月20日（1701年4月27日）藩札を銀に六分率（金一両と等価の一分銀四枚（六十匁）に対し、その六割掛）で交換するよう指示。赤穂経済の混乱の回避に努めた。このとき大石は次席家老の大野九郎兵衛と相談し、広島の浅野本家に不足分の金の借用を頼むことにしたが、広島藩は藩主が不在であることを理由にしてこれを断っている。この件に限らず広島藩は、自藩に累が及ぶのを恐れ、赤穂藩に一貫して冷ややかな態度をとり続けている。
撮影はロンドンのシェパートン・スタジオで行われたが、これは主演のセラーズが離婚協議中のためロンドンを離れられなかったためである。スタジオには主要な舞台となる三つのセット（最高作戦会議室・B-52のコックピット・リッパー准将のオフィスと廊下）が作られた。また、スタジオの外観は空軍基地に改造され、これらのセットは007シリーズのケン・アダムが担当し、撮影はギルバート・テイラー、編集はアンソニー・ハーヴェイとキューブリック（キューブリックはノンクレジット）、音楽はローリー・ジョンソン、特殊効果はウォーリー・ヴィーバーズが担当した。B-52の飛行シーンでは「ジョニーが凱旋するとき」が使用されている。製作中、キューブリックとセラーズは協力して撮影を指揮するようになった。最高作戦会議室のセットは、キューブリックが気に入った案を採用して作られた。アダムは40メートル×30メートル、高さ11メートルの三角形状の部屋を作成した。この形状は、最も爆発に耐性のある形状だとキューブリックが判断したものを基に設計している。部屋の奥には、フレッド・アステアの映画のダンスシーンに触発された黒い光沢のある壁に映し出される巨大な戦略地図が配置された。また、部屋のテーブルには緑のラシャが敷かれていた（白黒映画のため判別はできない）。これは、核戦争の危機を「世界の運命を決めるポーカー・ゲームのようなもの」として風刺する意図があった。B-52の核攻撃仕様の内部構造は軍事機密であったためアメリカ国防総省の協力が得られず、B-29とB-52の写真を参考にコックピットを作り出した。アメリカ空軍幹部が撮影終了後にセットに招待された際、「それはCRMのような小さな黒い箱さえ、全て正確に作られていた」と述べたという。あまりにも正確なセットのため、キューブリックはアダムたち美術チームがFBIの捜査対象になるのではないかと心配したという。