2011年は代走要員として開幕一軍入りを果たす。しかし、4月16日の対楽天戦で、同点の二塁走者として代走で出場するも、坂口智隆のヒットで打球判断を誤って三塁に止まり、結局後続の凡退で同点に追いつけず試合に敗れた。5月22日に登録抹消されて以降は、後藤光尊や大引啓次ら内野陣が安定し始めたのもあり、一軍に昇格する事なくシーズンを終えた。12試合の出場に留まり、打撃も3打席で1犠打・2三振で3年連続無安打だった。2012年は外野手として登録され、前年同様に代走要員として開幕一軍入りを果たす。5月17日の対読売ジャイアンツ戦で坂口智隆が戦線離脱したのを受け、5月19日の対東京ヤクルトスワローズ戦で、横浜時代の2010年4月23日の対ヤクルト戦以来、移籍後初のスタメン出場を果たすと、第2打席で内野安打を放ち2008年9月5日以来1352日ぶりの安打を記録した。1点を追う9回表の第4打席でも安打を放ち、2007年9月2日以来1721日ぶりのマルチ安打を記録し、その後の逆転劇で結果的にチームの連敗を6で阻止する契機となり、1、2番打者として出場する機会が増えていき、5月25日の対広島東洋カープ戦では自己最多の1試合3盗塁をマークし、5月27日のDeNA戦では5年ぶりの三塁打も放っている。その後は74試合に出場してチーム最多の12盗塁をマークした。2013年、10月7日に球団から戦力外通告を受ける。
2004年、イースタン・リーグの盗塁王（32盗塁）を獲得。一軍でも代走で7試合に出場し3盗塁を記録（打席機会なし）。2005年は代走要員として一軍に定着し、30試合に出場。4月29日の対中日戦で移籍後初打席に立ち、右中間を破るタイムリー三塁打を放った。2006年はイースタン・リーグで2度目の盗塁王（26盗塁）を獲得するが、一軍では2試合の代走出場のみに終わった。2007年に監督就任した大矢明彦の勧めで、交流戦途中からスイッチから右打ちに戻した。シーズン前半は主に代走・守備固めで活躍。後半からはスタメン起用が大幅に増え、自己最多の79試合に出場しチームトップの15盗塁を記録した。また、7月25日に読売ジャイアンツの林昌範からプロ初本塁打を放ち、7月28日には3安打1盗塁2得点の活躍でヒーローインタビューを経験、出塁率は3割を超えるなど打力でもアピールした。二塁手24試合、遊撃手32試合を守ってどちらのポジションでも安定した守備を見せ、出場機会を増やすため外野手も1試合守った。2008年は前年の活躍からレギュラー奪取が期待されたが、打撃成績などが思うように伸びずほとんどの成績で前年を下回る結果となった。2009年は僅か7試合の出場で、盗塁出来ずに盗塁失敗は2回。2010年は36試合に出場し7盗塁を記録するも打席に立つ機会は少なく、2年連続で無安打だった。11月11日に一輝との交換トレードで桑原謙太朗と共にオリックス・バファローズへ移籍。背番号は横浜時代と同じ53に決まった。
ブレインはジェームズ・ガーフィールドおよびチェスター・A・アーサー大統領の内閣で国務長官を務めた。連続しない期間で2度この職に就いた者としては2人目で最後だった。ガーフィールドが暗殺された後、アーサー大統領は1881年12月までブレインを国務長官としていた。1884年アメリカ合衆国大統領選挙では共和党公認大統領候補となったが落選した。ブレインは1860年から1912年の間で唯一人大統領選で落選した共和党非現職候補者であり、一度も当選できなかった共和党公認大統領候補としては2人目だった。「マグワンプス」と呼ばれる共和党改革派がブレインの汚職という評判故に民主党のクリーブランドを支持した。ブレインが一連の素晴らしい演説を繰り返した白熱した選挙戦の後で、ニューヨーク州を僅差で失ったために敗れた。ブレイン自身を含み多くの者は、その敗北の原因を1884年10月29日に、ブレインのいる前で、プロテスタントの牧師サミュエル・D・バーチャードが使った「ラム酒、ローマニズムと反逆者」という言葉に帰している。バーチャードは、その意見では民主党の立場を特徴づけるためにこの言葉を使った。ラム酒はアルコールから上がる利益を意味し、ローマニズムはカトリック教会、反逆者は1861年のアメリカ連合国を意味していた。この言葉はブレインのものではなかったが、その反対勢力はブレインのカトリック教会に対する敵意を象徴させるために利用し、おそらくカトリック教徒の中には投票対象者を変える者がいた。ブレインの母はアイルランド人ローマカトリック教徒の子孫であり、姉妹は修道女であり、ブレインが多くの民主党支持者の票を得ようとしたという憶測もあった。しかしカトリック教徒はブレインの修正条項を支持したことでブレインを既に疑っており、このことで多くの疑いを確信させることになった。1888年の大統領候補者選びの時は候補者指名を拒否し、ベンジャミン・ハリソン大統領の内閣で再び国務長官となり、1889年から1892年まで務めた。ブレインの国務長官としての役割は幾つかの顕著な段階で際だった。アメリカ大陸の国々の友好的理解と協力を促進するために、ブレインを議長として汎アメリカ会議が企画され推進されたが、ブレインの引退で挫折することになった（会議での最も重要な決議は貿易の域内依存、大陸横断鉄道および国際紛争における強制力ある調停の必要性だった）。ブレインはこの政策のために関税法を提案し、自国の商業を繁栄させた多くの相互依存条約を交渉した。ブレインはサモアにおけるアメリカの権益を維持し、1891年にニューオーリンズで警察署長を殺害したマフィアとして告発された11人のイタリア人の私刑についてイタリアと活発に外交交渉を行い、アメリカ海軍の艦船USSボルティモアの水夫を巻き込み、死者を出した酒場での喧嘩について合衆国とチリの間の緊張関係の間も断固たる態度を崩さず、ベーリング海でのアザラシ猟についてイギリスとの議論を行い、この食い違いは仲裁によって後に解決された。ブレインはクレイトン・バルワー条約の修正を行うために動き、イギリス政府との延々と続く交渉の中で、大西洋と太平洋を繋ぐために建設される地峡の運河はアメリカが排他的に支配するという政策を強力に主張した。ブレインは共和党全国大会の前夜、1892年6月4日に辞任した。その名前は大統領指名候補として再度代議員の考慮対象とされたが、多くの支持は得られなかった。