また権藤成卿は礼記礼運篇にある「大同」の思想を理想とした。礼記では、「大道の行わるるや、天下を公となし、賢者と能者を選び、信義と和親を重んず。ゆえに人は、わが親のみを親とせず、わが子のみを子とせず。老人をして天寿を全うせしめ、壮丁をして職を持たしめ、幼児をして養育を受けしめ、寡婦、孤児、廃疾者、寄るべなきものをしてみな養護を受けしむ。男には分あり。女には帰あり。財貨の地に棄てらるるを憎めども、己れの一身に蓄えんとはせず、力を振るわざるを憎むも、己れ一身のためにせんとはせず。このゆえに陰謀は止みて興らず、窃盗乱賊も起こることなし。ゆえに門戸を閉じず。これを大同という」と説かれ、このような大同の世に対して、「小康の世」では私的価値が追求されるために戦乱が起こると対比される。このような大同の思想は、春秋公羊学派、康有為の大同三世説で発展された。権藤の大同論には康有為の影響もあった。権藤はまた、大化の改新に影響を与えた南淵請安の思想にも大同説があると解釈した。
明治元年、国学者・藩医である権藤松門（権藤直）の長男として福岡県三井郡山川村(現在の久留米市)に生まれる。弟の権藤震二はのちに東京日日新聞、二六新報の新聞記者となり、日本電報通信社を設立した。末妹の誠子は平塚らいてうと赤瀾会を設立した。1874年、6歳の時に善太郎は父親に連れられて大阪に行き、丁稚で商いを習い、その後二松学舎で漢学を学んだ。14歳で家にあった漢籍のほとんどを読破し、神童のほまれがたかかった。権藤家は代々藩医であったが、長ずるにしたがってもう一方の家学である国学に精進し、学者を歴訪し、また阿蘇神社に伝わる古文書を渉猟した。1886年、中国に旅行する。1890年頃より父の権藤直のところに武田範之（文久3年（1863年） - 1911年）らが訪れるようになり、日韓問題に興味を持つようになる。武田は翌明治24年（1891年）より朝鮮にわたる。武田とともに対馬で漁業事業をしたが失敗する。1892年、善太郎は24歳で結婚した。この頃、父の権藤直が久留米青年義会を結成し、福岡派(頭山満・平岡浩太郎)、熊本派（宮崎滔天・清藤幸七郎ら）とならんで久留米派と呼ばれた。明治28年（1895年）、妻子を残して家出し、長崎の春徳寺で独学を続けた。
権藤家は代々藩医で、曾祖父は権藤寿達、祖父は権藤延陵であった。祖父の権藤延陵は日田の広瀬淡窓、筑後の笠大匡とともに筑後の三秀才とよばれ、儒者亀井南冥の門下生であり、天保13年（1842年）に華岡青洲に医を学んだ。権藤延陵の門下生に高良山座主坊厨家を出自とする厨順夫がいる。父の権藤直は勤皇党の領袖である池尻葛覃に学び、真木保臣・木村赤松が同窓であった。権藤直は品川弥二郎、高山彦九郎、平野国臣とも親交があり、高山彦九郎は権藤家の親族の家で自決している。明治4年、大楽源太郎らによる明治政府転覆未遂事件の二卿事件（明四事件）が起こり、久留米勤皇党のメンバーも事件に参加した。計画は山県有朋ら政府に発覚し、大楽らは処刑され、久留米藩主有馬頼咸は謹慎を受け、東京の久留米藩邸は接収された。事件に関わった松村雄之進は服役後、旧久留米藩士を率いて福島で開拓事業を行った（のち衆議院議員）。権藤家の家学は「東洋古制度学」であり、古代中国や日本の制度や律令、また有職故実を研究するものであった。
余市川は、札幌市南区・小樽市・赤井川村の3自治体の境界に位置する、朝里岳（標高約1280m）の西側斜面の標高約770m付近に源を発して西流する。この源流部には、盤ノ沢滝などの名所もある。なお、付近にはキロロリゾートも建設されており、その先はこの川の流路に沿うように国道393号（赤井川国道）が建設されている。そして、落合付近で小樽川、明治付近で白井川といった支流が合流してくる。中流域に入ると田畑や果樹園が広がるようになる。都付近で赤井川村中心部から流れてきた赤井川を合わせ、流量が増加した余市川は仁木町へ入る。この中流域には、この川に沿うように北海道道1022号仁木赤井川線が建設されている。この中流域では、余市川はゆるやかに蛇行しており、多くの砂州が形成されていることから様々な魚の棲息地や産卵場になっており、釣り人で賑わうポイントである。なお、大江橋付近より先には国道5号（羊蹄国道）が、やはり川に沿うように建設されている。そして、余市平野に出ると仁木・余市市街地の西側を流れる。下流域は勾配が緩やかになり、砂州も見られなくなる。後志種川を合わせると余市町に入り、大川橋を越えると間もなく余市湾（日本海）へと流入する。幹川流路延長50.2kmのうち、河口から常盤橋までの42.0kmが二級河川に指定されている。