「ちよだ」と同様に、深海潜水装置（DDS）も搭載した。これは、遭難潜水艦へのDSRVメイティングの支援などのために飽和潜水で潜水士を進出させることを想定したものであるが、また同時に、遭難潜水艦が浸水して、乗員が高圧に曝露されていた場合、飽和潜水の技法を用いた減圧を行ったり、減圧症の治療を行うためでもある。大型の再圧チェンバーである艦上減圧室（Deck Decompression Chamber, DDC）と、これと連結できる潜水球である人員輸送カプセル（Personnel Transfer Capsule, PTC）1基によって構成されているが、「ちよだ」ではDDCを左右舷に独立させていたため、大重量のDSRV（40トン）やPTC（13トン）を艦上で左右に移動させてメイティングする必要があり、艦の動揺の影響が大きかったのに対して、本艦のDDC室は船体中心線に対して「コの字」型に配置することで、メイティング位置を船体中心線上としたことで、この問題を解決している。上記の通り、本艦の特徴の1つが医療機能の充実であり、手術室やX線撮影室が新設された。医療区画はDDC室とのアクセスを考慮して、艦中央部付近の第1甲板上、PTC格納所後方に配置した。また本艦は、救助した潜水艦乗員のために80名分の居住区を確保しているが、ここは病室への転用が考慮されており、医療区画の近傍に配置されている。艦尾甲板はヘリコプター甲板とされており、MH-53Eの運用に対応している。
上部構造物後方に深海救難艇（DSRV）の格納庫を設け、その後方の船体中央部のムーンプール（センターウェル）から発進・収容するという基本的な構成は「ちよだ」と同様である。DSRV揚降装置も基本的に同構成であるが、「ちよだ」では油圧であったのに対し、本艦では相当部分を電動に変更して、整備性を向上させている。「ちよだ」との最大の変更点は、DSRVの発進・収容方向の変更である。同艦では、DSRVの艇首方向を母艦と一致させるため、艦尾側に向けて発進し、艦尾側から進入する方式としていたが、これでは母艦のプロペラ雑音や気泡のためにソナーが影響され、DSRVの位置把握や通信を妨げるという問題があった。このため、本艦の搭載艇（09DSRV）では艦尾側に向けて発進し、艦首側から進入する方式としており、艇首を母艦の艦尾側に向けて収容されることになっている。09DSRVの主用目は56ASの搭載艇（57DSRV）とほぼ同様である（排水量約40トン、全長12.4メートル、幅3.2メートル）が、充電池補充などの支援位置が異なるなどの為、両艦のDSRVに互換性はない。そのため、DSRVはLCACと異なり「母艦の搭載艇」扱いである。DSRVの活動を支援するため、無人潜水装置（ROV）も搭載した。これは「ちよだ」にはなかった装備で、左舷中部に搭載されており、空中重量3トン、速度3ノット、最大潜航深度2,000メートルで、水中作業のためマニピュレーター2基を備えている。
老朽化していた「ふしみ」（46ASR）の代替艦として建造された。設計面では、潜水艦救難母艦「ちよだ」（56AS）の拡大改良型とされており、潜水艦母艦機能を廃する一方で医療設備を強化している。DSRV運用のため、船体中央部にムーンプール（センターウェル）を備えるという基本構成は56ASと同様だが、船首楼は艦橋構造物付近まで延長され、基準排水量にして1,800トン大型化している。これによって、従来は暴露部に格納されていた装備も艦内に収容できるようになった。また遭難現場へ迅速に進出できるよう高速巡航能力に意が払われており、造波抵抗低減のためバルバス・バウが採用されているほか、センターウェル下部には艦底閉鎖装置が設けられている。これは2分割した閉鎖板を油圧によって開閉する方式であり、スライド式や内開き式などの構造が検討されたが、救難という任務に求められる確実性から、外開きによる観音開き方式が採用された。主機関としては三井造船12V42M-Aディーゼルエンジン2基を備えている。これは「ちよだ」で主機関とされた直列8気筒機関と同系列だが、V型12気筒とすることで出力を増強したものであった。推進器としては、可変ピッチ・プロペラ2軸のほか、艦首と艦尾にサイドスラスターを2基ずつ備えている。これらは、「ちよだ」と同様に艦位保持装置（Dynamic Positioning System, DPS）を装備しており、洋上の一点に静止することが可能である。
自治体間連合モワンヌ＝エ＝セーヴル（fr）に属する10のコミューン、ル・ロンジュロン、モンフォーコン・モンティニェ、ラ・ルノーディエール、ルセ、サンタンドレ・ド・ラ・マルシュ、サン・クレパン・シュル・モワンヌ、サン・ジェルマン・シュル・モワンヌ、サン＝マケール＝アン＝モージュ、ティリエール、トルフーが合併し、2015年12月15日に創設された。
この作品は、1996年にスーパーファミコンのサテラビューで配信されたテキストベースのアドベンチャーゲーム『ラジカル・ドリーマーズ -盗めない宝石-』の中のマルチストーリーの1つ、「Kid 盗めない宝石編」（『クロノ・トリガー』の流れを汲むストーリー）を雛形としている。ただし、設定やストーリーの内容は一部共通する所があるものの、大幅な変更が加えられている。発売から1年後の2000年11月30日には「スクウェアミレニアムコレクション」の第3弾として数量限定の特別版が発売され、2002年2月21日には廉価版『PS one Books クロノ・クロス』として再発売された。2006年7月20日には同じく廉価版「アルティメットヒッツ」シリーズの一つとして再び登場となった。2011年7月6日にはゲームアーカイブスでもPlayStation 3とPlayStation Portable向けに配信が開始された。本作はドリーム・プロジェクトによる企画ではないものの、前作でメインシナリオを手がけた加藤正人、音楽を担当した光田康典、グラフィックの本根康之など、多くの前作のスタッフが制作に携わっている。また、バトルプランニングは、プロデューサーの田中弘道がおこなっている。田中弘道は「鳥山明の世界を表現するゲーム」をスクウェア社内で最初に企画した人物であり、元来はその企画に「クロノ・トリガー」のタイトルが与えられていた。しかし、「諸々の事情」でその企画は「クロノ・トリガー」ではなくなり、形を変えて1993年に発売された『聖剣伝説2』となった。その後、1995年に実際に発売された「鳥山明の世界を表現したゲーム」である『クロノ・トリガー』の開発には田中が直接関わることはなかった。後に田中は、加藤正人が『クロノ・トリガー』の続編を作りたいとして立ち上げた企画（後述）にも参加している。