以上のように、3世紀初頭から、トマス福音書は、教父たちにより異端、ないし外典として退けられるようになった。やがて、エルサレムのキュリロス（Κύριλλος）らギリシア教父は、トマス福音書はマニ教徒によって採用された、または偽作された福音書であると述べるに至り、8世紀の第2ニカイア公会議においては、「マニ教徒による偽作である」と決定された。よって、伝統的教会の立場からは、聖文書・正典ではない外典ということになり、現行の新約聖書には収録されていない。
大政奉還後に成立した新政府によって慶応4年3月13日（1868年4月5日）に発せられた太政官布告（通称「神仏分離令」「神仏判然令」）、および明治3年1月3日（1870年2月3日）に出された詔書「大教宣布」などの政策を拡大解釈し暴走した民衆をきっかけに引き起こされた、仏教施設の破壊などを指す。日本政府の神仏分離令や大教宣布はあくまでも神道と仏教の分離が目的であり、仏教排斥を意図したものではなかったが、結果として廃仏毀釈運動（廃仏運動）が発生した。特に長年仏教に虐げられてきたと考えていた神職者たちは各地で仏教を排撃し、仏像、経巻、仏具の焼却や除去を行なった。しかしこれらの廃仏運動は、むしろ仏教覚醒の好機となり、日本近代仏教はこの事件を契機に形成されていった。一向宗が強い三河や越前では廃仏の動きに反発する一向一揆が見られたものの、それを除けば、全体としては大きな反抗もなく、わずか2、3年後の明治4年（1871年）頃には終息した。同年正月5日（1871年2月23日）付太政官布告で寺社領上知令が布告され、境内を除き寺や神社の領地を国が接収した。大阪住吉大社の神宮寺の二つの塔をもつ大伽藍は、明治6年（1873年）にほとんどが壊された。奈良興福寺の食堂は明治8年（1875年）に破壊される。出羽三山については、明治7年（1874年）以降に廃仏毀釈が始まる。例えば千葉県の鋸山には五百羅漢像があるが、全ての仏像が破壊された。現在は修復されているが、羅漢像には破壊された傷跡が残っている。また、華族の墓地も仏教方式から神道方式へと変更させられた。伊勢国（三重県）では、伊勢神宮のお膝元という事もあって激しい廃仏毀釈があり、かつて神宮との関係が深かった慶光院など100ヶ所以上が廃寺となった。特に、神宮がある宇治山田（現：伊勢市）は、寺院の数が300近くから15近くにまで減らされている。その為、全国平均に較べて古い建物の数自体が少なくなっている。明治政府は神道を国家統合の基幹にしようと意図した。一部の国学者主導のもと、仏教は外来の宗教であるとして、それまでさまざまな特権を持っていた仏教勢力の財産や地位を剥奪した。僧侶の下に置かれていた神官の一部には、「廃仏毀釈」運動を起こし、寺院を破壊し、土地を接収する者もいた。また、僧侶の中には神官や兵士となる者や、寺院の土地や宝物を売り逃げていく者もいた。現在は国宝に指定されている興福寺の五重塔は、明治の廃仏毀釈の法難に遭い、25円で売りに出され、薪にされようとしていた。大寺として広壮な伽藍を誇っていたと伝えられる内山永久寺に至っては破壊しつくされ、その痕跡すら残っていない。安徳天皇陵と平家を祀る塚を境内に持ち、「耳なし芳一」の舞台としても知られる阿弥陀寺も廃され、赤間神宮となり現在に至る。廃仏毀釈が徹底された薩摩藩では、寺院1616寺が廃され、還俗した僧侶は2966人にのぼった。そのうちの3分の1は軍属となったため、寺領から没収された財産や人員が強制的に兵科に回されたと言われることもある。美濃国（岐阜県）の苗木藩では、明治初期に徹底した廃仏毀釈が行われ、領内の全ての寺院・仏壇・仏像が破壊され、藩主の菩提寺（雲林寺）も廃され、現在でも葬儀を神道形式で行う家庭が殆どである。一方、尾張国（愛知県）では津島神社の神宮寺であった宝寿院が、仏教に関わる物品を神社から買い取ることで存続している。廃仏毀釈の徹底度に、地域により大きな差があったのは、主に国学の普及の度合いの差による。平田篤胤派の国学や水戸学による神仏習合への不純視が、仏教の排斥につながった。廃仏毀釈は、神道を国教化する運動へと結びついてゆき、神道を国家統合の基幹にしようとした政府の動きと呼応して国家神道の発端ともなった。一方で、廃仏毀釈がこれほど激しくなったのは、江戸時代、幕府の間接統治のシステムとして寺社奉行による寺請制度による寺院を通じた民衆管理が法制化され、権力から与えられた特権に安住した仏教界の腐敗に対する民衆の反発によるものという一面もある。藩政時代の特権を寺院が喪失したことによってもたらされた仏教の危機は、仏教界へ変革を促し、伝統仏教の近代化に結びついた。尾鍋輝彦は、近代国家形成期における国家と宗教の問題として、同時期にドイツ帝国首相オットー・フォン・ビスマルクが行った文化闘争との類似性を指摘している。明治期の神仏分離政策後、仏像・仏具の破壊といった廃仏毀釈が全国的に生じた。神仏分離が廃仏毀釈に至った原因は地域・事例ごとにさまざまであるが、廃仏思想を背景とするもののほか、近世までの寺檀制度下における寺院による管理・統制への神官・庶民の反感や、地方官が寺院財産の収公を狙ってのことなど、社会的・政治的理由も窺える。日本政府は廃仏毀釈などの行為に対して「社人僧侶共粗暴の行為勿らしむ」ことと、「神仏分離が廃仏毀釈を意味するものではない」との注意を改めて喚起した。