丹那トンネル工事の犠牲者全67名の殉職碑が、鉄道省によって熱海側の坑門の真上に建立されている。付近にある、工事の際に労務者の信仰の篤かった山神社なども含めて、地元有志の手で丹那神社として整備されている。工事は熱海口を鉄道工業、函南口を鹿島組が請負った。函南口の犠牲者36名に関してはもう1つの慰霊碑が鹿島組によって函南側の坑口近くに建立されている。この碑は当初は東海道本線の線路の北側にあったが、現在は南側に移転している。現在JR東海が樹木伐採等の周辺整備を行い、地元有志により定期的に清掃奉仕をされている。
丹那トンネルの難工事は、地質が分かっていない所へ遮二無二トンネルを掘ろうとした結果だった。その後のトンネル工事は事前にできるだけの調査を実施し、難工事が予想される箇所を避け、地質に合った掘削方法を準備するようになった。次の長大トンネル関門トンネルは事前調査の結果、地盤の軟弱な九州側の主要工法としてシールド工法が採用され、工事推進の原動力となった。北伊豆地震の震源となった丹那断層は、その後の調査で活動周期が約700年と判明し、当分の間地震は無いと判定され、東海道新幹線の新丹那トンネルも丹那断層を横切って建設された。
難工事の対策として様々な工法が検討された。「水抜き坑」は多用されたうえ湧水対策として有効だったため、以後「丹那方式」と呼ばれて各地のトンネル工事で採用された。軟弱地盤や湧水帯を掘削する際に使用される「セメント注入法」と、高圧空気で湧水を押さえる「圧搾空気掘削工法」が、日本では丹那トンネルの工事で初めて実用化された。圧搾空気掘削工法は、水頭の低い湧水箇所、つまり河底トンネルなどに利用されるべきであるが、トンネルに用いられた。まず坑内に空気閘を作り、0.35―2.5 kg/cm²の圧力の空気を坑奥の掘削面に送り、湧水を抑圧して掘進させた。地質不良で土圧の大きいときは支保工代用としてシールドを使用し、これが掘進にしたがって鉄製セグメントで畳築しながら進行した。この圧搾空気掘削工法に従事する者はすべて厳しい身体検査ののち入坑させ、彼らの空気病の治療のため坑門付近に治療用空気閘を用意し、医員が配置された。羽越本線折渡トンネル（現在の下り線トンネル）に続き日本で2例目の「シールド工法」も試みられたが地盤がこの工法に適しておらず成功しなかった。地質を調べたり湧水を抜くためにトンネル先端で行う「水平ボーリング」も日本で初めてと推測される。
工事関係者が「温泉余土」と名付けた、安山岩質溶岩と集塊岩が熱水で変成し粘土化した緑色の地層にも悩まされた。この地質はトンネルを掘っていく時には堅く何の問題もないのだが、掘った後で空気中の水分を吸うと軟らかくなり、きわめて激しく膨張する。膨張力はいろいろと工夫した鉄製の支保工でさえ曲がるほどだった。また、温泉余土はもともと水を通さないが、湧水と出会うと溶けてしまう。トンネルが崩壊する危険があるほか、溶けた粘土で排水ポンプが詰まるのにも困らされた。
1930年（昭和5年）に、西から掘り進んでいたトンネルが、明瞭な断層に到達した。断層を突破するため、数本の水抜き坑が掘削されていたまさにその時、その断層を震源とする地震（北伊豆地震）が発生した。ある水抜き坑では、切羽全体が横にずれて、坑道一杯にきれいな断層鏡面が現れた。地震で断層が動いた影響で、熱海側（東側）の地面が函南側（西側）に対して北へ2mほど移動した。このずれのため、本来直線で設置する予定だったルートが、S字型にわずかに修正されている。
1921年（大正10年）4月1日4時20分、270メートルの熱海口工事現場で崩落事故が発生し、33名が崩落に巻き込まれた。4月8日に坑道奥で作業していた17名が救出されている。また1924年（大正13年）2月10日には三島口で崩落事故が発生し16名が巻き込まれ全員が死亡している。この他1930年（昭和5年）11月26日に発生した北伊豆地震でも崩壊事故があり5名が遭難、3名が犠牲になった。なお、1923年には関東大震災が発生して、熱海線や東海道本線（現御殿場線）に甚大な被害を与えているが、工事中の丹那トンネルそのものにはほとんど被害がなかった。
小さい頃からWWEを主としたプロレスや格闘技を愛好し、少女漫画はほとんど読まず、『あしたのジョー』などの少年漫画を模写していた。その影響もあってか、自身の作品の中にも多種多様でコアなプロレス技や乱闘シーンが登場しているのが見受けられる。2007年11月に創刊された『ジャンプスクエア』（集英社）から、少年漫画を中心にした総合誌に舞台を移し『まつりスペシャル』にて女子プロレスラーを主人公としたストーリーを展開している。三沢光晴のファンであることを公言している。『まつりスペシャル』第3巻の帯コメントに三沢が寄稿した際には感激し、「三沢さんは自分にとってのアイドル的存在」という熱い思いを、同巻のあとがき漫画に描いている。第3巻の発売（2009年6月4日発売）から僅か9日後の2009年6月13日、三沢は試合中の事故により永眠した。その訃報を知った神尾は目の前が真っ暗になり、かなり取り乱したという。暫くは仕事も手につかなかったこと、帯コメントを貰ったことへの感謝などを『まつりスペシャル』を掲載しているジャンプスクエア2009年8月号の巻末作者コメント欄に吐露している。また、『まつりスペシャル』第4巻（最終巻）のあとがき漫画では、第3巻で三沢に帯コメントを貰ったことに対する感謝に加え、「三沢さんは自分にとっての永遠のヒーローです」と、星になった三沢に思いを馳せる神尾の姿が描かれている。