2001年に『Oblivion Lost』という副題で開発が発表され、2003年夏発売を予定したが、実際に発売されたのは2007年である。2008年9月の時点で全世界での売上げが200万本を超えた。ゲームフィールドはオープンワールドで構成され、過酷な環境の中、プレイヤーは装備から食料まで、すべてを自給自足で生きていく事が求められる。自分以外の人間やミュータントが、ほぼ全てAIにしたがって行動・戦闘などを勝手に行う生態系シミュレータ機能"A-Life"や、総じて命中率が悪く精密な射撃が要求される銃火器類、戦闘時に高度な戦術行動を取る敵AIなど、近年欧米のRPGで特徴的とされる要素の多くをリリース時点で既に兼ね備えていた。荒削りな部分を残しながらも、その先鋭的なシステムが評価を集めている。日本語版は発売されていない。続編に前日譚の『S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky』、後日譚の『S.T.A.L.K.E.R. Call of Pripyat』がある。ゾーン、ストーカー、モノリスなど、劇中の単語にはストルガツキー兄弟の小説『路傍のピクニック』や映画『ストーカー』をオマージュしたと思われる点があるが、直接のつながりはない。
※このゲームに登場する生物は「実在の生物が突然変異を起こした個体」という設定のため、出自や戦闘動機などの性格付けは行われていない。他方、ゲーム上の性能としては、各々異なる特徴を持つ。
画面上部中央には、水温・酸素・有機物という3種の数値から成る「水質」が表示される。戦闘中、小型生物や敵の部位を破壊すると有機物が発生し、その値が増すにつれ好気バクテリアによる生分解活動で酸素が低下する。酸素が1.0を下回ると、POWゲージの自然回復速度が低下する。また、近接攻撃や爆発によって「水流」が発生することがあり、水流は画面内に矢印で示される。水質変化は水流によって拡大し、一方で近接攻撃で水流を起こして周囲を撹拌すると有機汚染を防ぐこともできる。重さの軽いキャラクターは、水流によって流される場合もある。なお、水温については、取扱説明書によれば現在のところ特にプレイ上の影響はないという。
フジツボは、登場するキャラクターの中で唯一、普通の方法では移動できない特殊キャラクターである。この生物は、Shiftキーを押すとキプリス幼生を発射し、それが海底に定着すると「本体」が移動する。即ち、元の個体を残したまま、最後に成体となった個体に操作主体が移る。そうして繁殖した全てのフジツボは同様の攻撃力を持ち、繁殖した全個体は本体の攻撃に合わせて敵を攻撃する。なお、個体数は最大10体で、それ以降は幼生を射出する度に最も古い個体が消滅する。また、射出された幼生は定着するまでの間は他と同様に移動できるが、幼生の状態で被弾すると追加ダメージを受ける。
敵の攻撃を受けると、身体の部位を失うことがある。また、部位を分離することでも（本体からは）失ってしまう。部位の喪失は画面左下に図示され、例えば脚を多く失うと移動速度や旋回能力が低下する。そうした場合、Sキーを押し続けると脱皮し、完全な姿に復帰できる。また、戦闘中に小型生物や敵の部位などの「有機物」を破壊して吸収すると、POWゲージ上限の先に白い「成長線」が現われるが、脱皮するとPOWゲージの上限が成長線まで拡大する。但し、脱皮と同時にPOWゲージは全消費される。
Cキーと攻撃キー（ZキーまたはXキー）を同時に押すと、身体の部位を切り離すことができる。切り離した部位は「部位分離オプション」といい、あたかもシューティングゲームでいう「オプション」のように機能する。即ちCキーとZキーの同時押しで「ショット」を撃つ部位が切り離されて、以後はZキーの連射に従って自機本体とは離れた位置から通常弾攻撃を行う。CキーとXキーの同時押しでは近接攻撃を行う部位が切り離されて、同様に機能する。なお、フジツボのみは動作が異なる。
欧州では殆ど支持されなかったノルディキズムはドイツでのみ、各国に比べて非常に高い名声を得ていた。ドイツではノルディキズムをNordischer Gedanke（北方主義）と呼び、生物学者オイゲン・フィッシャーがその中心人物であった。ショーペンハウエルの思想とダーヴィニズムを融合させ、厳しい北欧の環境が自然淘汰された人類を残したと主張した。この理屈は優生学と社会ダーヴィニズムと深い関連性を持ち、社会における弱肉強食の淘汰を肯定した。後にインド・ヨーロッパ語族に共通の祖民族「アーリア人」が居たと考えるアーリアン学説も加わり、北方人種がアーリア人の直接的末裔であるとして古代史の側面からも指導者階層であることを補強しようとした。当時のドイツは統一の為に声高に叫ばれたドイツ民族主義を正当化するため、政府の支援を受けた民族学による民族的な至上主義が唱えられた時代であった。その中で人種的な至上を説くノルディキズムは延長線上の議論として違和感無く、国民の多くに受け入れられる傾向にあった。ただし民族主義がそのロマン主義的な空想から一般大衆に支持されたのに対し、人種主義的は科学を援用していた事から知識人に好まれる傾向があった。後年にナチスの理論家となる人種学者ハンス・ギュンターは元々は生物学者であり、オイゲン・フィッシャーからの影響で人種学に関する著作を執筆している。ハンス・ギュンターは従来のノルディキズムが唱えた白色人種の三大分類（北方、地中海、アルプス）に、新たな分類として東ヨーロッパ人種とディナール人種を加える理論を唱えた。一方でギュンターはドイツ民族という分類に対しては冷淡な態度を見せ、「ドイツ民族と呼ばれる人々は五大人種が入り乱れた、もっとも人種学的に雑多な集団である」と断じている。彼の理論に基づいたナチスは実際にドイツという枠組みより北方人種（アーリア人種）の国家統一を成し遂げる事を望んで、北欧男性との結婚を奨励するなど「北方的でない自国民」を冷遇する場合もあった。こうした点から政治学者ハンナ・アーレントは「ナチスは民族主義というより、人種主義による全体主義であった」と論じている。