1716年、ヘラートはカンダハールを都とするパシュトゥーン人（アフガン人）勢力の手に落ちた。これ以来、ヘラートを巡る紛争はイランを支配する王朝とアフガニスタンを支配する王朝の手に移る。1729年にはサファヴィー朝のナーディル・クリー・ハーン（ナーディル・シャー）によって奪還されるが、1747年にナーディルが暗殺されると、ナーディルの元部下のパシュトゥーン人アフマド・ハーン・アブダーリーことアフマド・シャー・ドゥッラーニーが自立して建国したドゥッラーニー朝（現在のアフガニスタン）の支配下に入った。19世紀に入ると、アフガニスタンでのバーラクザイ朝への王朝交代を経て、イランのカージャール朝はヘラートの奪取を目指してアフガニスタンへと侵攻、イランとアフガニスタンの紛争が再燃した。1856年、カージャール朝軍はついにヘラートを占領する。しかし、ここでアフガニスタンをロシアとの緩衝国として保護国化することをねらっていたイギリスが介入した。イギリスは、前年にアフガニスタンと結んでいたペシャーワル条約の領土保全条項にもとづいてカージャール朝に圧力をかけ、1857年、パリでイギリス・ペルシア平和条約を結んだ際にその条件の一環としてヘラートを放棄させた。これにより、ヘラートはアフガニスタンへの帰属が確定し、その地方都市となった。1979年にソビエト連邦のアフガニスタン侵攻が始まると、ソ連との国境に近いヘラートではタジク系の軍人イスマーイール・ハーンがソ連に対する抵抗戦を繰り広げた。1992年にムジャーヒディーンの連合政権が設立されるとヘラート州知事となったイスマーイール・ハーンは、ヘラートを本拠地としてタジク人の有力軍閥を形成し、アフガニスタン内戦では同じくタジク人のブルハーヌッディーン・ラッバーニー大統領の派に属した。しかし1995年9月5日、パシュトゥーン人中心のターリバーンによってヘラートは攻略された。2001年、アメリカのアフガニスタン侵攻が始まると、同年11月12日にヘラートは亡命先のイランから帰国したイスマーイール・ハーンの軍閥によって奪還され、イスマーイール・ハーンが州知事に返り咲いた。しかし、アフガニスタンの移行政権においては軍閥解体を掲げるハーミド・カルザイ大統領と、主要な軍閥であるイスマーイール・ハーン派の対立が深まっているとされ、2004年9月にはイスマーイール・ハーンが中央政府の鉱工業相への異動を命ぜられたのをきっかけに州知事職を辞任。さらにこれに刺激されて州知事支持派による暴動が起こり7人が死亡するなど、不穏な情勢が続いた。2007年現在、ハーミド・カルザイ大統領率いるアフガニスタン中央政府によってヘラートは完全に掌握されている。NATOの平和維持軍も市内外に展開し、政府による治安維持を支援している。
ヤン・マテイコ美術アカデミー (Academy of Fine Arts, ASP) は当初 (1818年 – 1873年) ヤギェウォ大学文学部の一部であり、“絵画学校” (波: Szkoła Rysunku i Malarstwa シュコワ・ルスンク・イ・マラルストファ ; 英: School of Drawing and Painting) と呼ばれていた。教師には、立憲王国時代のポーランドにおける世界的な風景画家および肖像画家でポーランド新古典主義者のアントニ・ブロドフスキ (Antoni Brodowski)、フランチシェク・クサヴェル・ランピ  (Franciszek Ksawery Lampi) がおり、最も著名な卒業生でのちにヤン・マテイコの師となったヴォイチェフ・コルネリ・スタトレル (Wojciech Korneli Stattler)、ポーランドロマン主義時代の馬術の達人でもあったピョートル・ミハウォフスキ (Piotr Michałowski) などが在籍した。1873年にASPは “美術アカデミー” (波: Szkoła Sztuk Pięknych シュコワ・シュトゥク・ピェンクヌフ ; 英: School of Fine Arts) として独立高等教育機関となった。アカデミーの初代学長はヤン・マテイコであり、19世紀ポーランドで群を抜いて優れた風景画家であったヤン・ネポムツェン・グウォヴァツキ (Jan Nepomucen Głowacki) 、ウィーン美術アカデミーのメンバーであったフロリアン・ツンク (Florian Cynk) 、アレクサンデル・グルグレフスキ (Aleksander Gryglewski) 、レオポルド・ロフラー (Leopold Loeffler) など有名な画家たちを教授として招いた。1879年、今日のマテイコ広場に建設される本館の建築設計として、マチェイ・モラチェフスキ (Maciej Moraczewski) による新古典主義に基づいた計画が選出された。1893 – 95年の学長は町の記念建築物の管理委員の一員であり幅広い教育的背景を持ったウワディスワフ・ウシュチキェヴィチ (Władysław Łuszczkiewicz、ヤン・マテイコの師であり、後に彼の片腕となった) である。1893年にヤン・マテイコが死去したのち、1895年にASPの次期学長にユリアン・ファワト (Julian Fałat) が選任され1909年までこれを務めた。ファワトは現代西方美術哲学に造詣の深い指導者らを雇い、アカデミーを新しい方向へと導いた。とりわけ、テオドル・アクセントヴィチ (Teodor Axentowicz) 、「ポーランド象徴主義 (波: Młoda Polska ムウォダ・ポルスカ; 英: Young Poland、ポーランド芸術界における近代主義)の父」ヤチェク・マルチェフスキ (Jacek Malczewski)、ヤン・スタニスワフスキ (Jan Stanisławski)、レオン・ヴチュウコフスキ (Leon Wyczółkowski) 、コンスタントゥ・ラシチカ (Konstanty Laszczka) 、ユゼフ・メホフェル (Józef Mehoffer) 、ヨーロッパにおいて初めて画家・詩人から内装設計まで全ての分野で活動した作家スタニスワフ・ヴィスピャンスキ (Stanisław Wyspiański) 、ヴォイチェフ・ヴァイス (Wojciech Weiss) 、ユゼフ・パンキェヴィチ (Józef Pankiewicz) らが著名である。アカデミー創立100周年を迎えた1979年、その芸術的遺産に多大な貢献をもたらした創立者および初代学長ヤン・マテイコを記念して名称を変更した。2008年、アカデミーはイコグラーダ (Icograda; the International Council of Graphic Design Associations) に参加し、ポーランド初の教育メンバーとなった。