2月・10月および11月の日曜日や祝日・ゴールデンウイークなどに米原駅 → 木ノ本駅間で臨時列車「SL北びわこ号」が運行されている。通過駅があるが、列車種別は快速ではない。
前記の新快速・快速を補完する形で朝晩を中心に運行される。全区間を走る列車のほか、長浜駅・近江塩津駅発着の区間列車も設定されている。ただし、近江塩津駅 - 敦賀駅間のみを走る普通列車はない。湖西線と直通運転する近江今津駅発着の普通列車があり、多くは敦賀方面との直通である。ただし、近江今津発米原行きの普通列車が朝に1本、長浜発近江今津行きの普通列車が夕方に1本ある。敦賀発湖西線経由京都行きの普通列車も夜19時台に1本ある。また、琵琶湖線と直通運転する京都発長浜行き（平日2本、土曜・休日1本）の普通列車もある。逆の長浜発京都行きは2014年3月15日の改正で消滅した。米原駅 - 長浜駅間では、当該区間では普通列車として運転されるが、大阪発5時台（米原発7時台）の長浜行きは京都駅まで、大阪発18時台（米原発20時台）の長浜行きと長浜発7時台の加古川行きは大阪駅 - 高槻駅間で快速運転を行う。2011年3月11日までは朝5時台の長浜発で京都駅 → 明石駅間で快速運転する列車が設定されていた。
当路線内では新快速・快速ともに各駅に停車する。新快速の多くは敦賀駅・近江塩津駅・長浜駅から東海道本線・山陽本線（琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線）を経由して、姫路駅・山陽本線網干駅・赤穂線播州赤穂駅まで直通運転している。日中の敦賀駅発着の新快速は湖西線経由で運転されている。ほかに、山陽本線上郡駅から近江塩津駅まで運転される新快速 や夜の大阪行きの新快速（いずれも土曜・休日ダイヤのみ）などがある。日中時間帯は1時間に2本程度で、長浜駅・近江塩津駅折り返しが交互に運行されている。また、近江塩津駅 - 敦賀駅間では湖西線系統の列車が運転されている。琵琶湖環状線構想の実現として、日中の新快速は湖西線経由の敦賀駅発着の列車と近江塩津駅折り返しの米原駅経由の列車同士で対面乗り換えができるようになっている。快速は朝晩のみ運転されており、近江塩津駅 - 敦賀駅間では2006年10月21日から湖西線系統の快速列車が運転されている。
以前は北陸本線の全線を運転する客車で編成された長距離普通列車が多かったが、国鉄末期にはほぼ全列車が急行から転用の475系や特急車両改造の419系により電車化された。電車化により列車の運転区間は徐々に短くなり、区間運転の列車も増加した。2006年10月21日の新快速の敦賀乗り入れ開始で敦賀駅を境に、2011年3月12日の敦賀駅 - 金沢駅間（小松駅 - 金沢駅間の一部列車をのぞく）の新型車両521系への置き換え完了により金沢駅を境に、運転系統が原則として分断された。敦賀駅を越えて運転する列車は朝の湖西線近江今津発福井行きの下り1本のみとなり、金沢駅を越えて運転する列車は2014年3月15日に消滅した。特急列車と貨物列車が多数運転されているため、特急列車・貨物列車待避を行うことが多く、接続・通過待ち時間が30分を超える列車もある。また普通列車同士の接続が40分以上という場合がある。
1967年（昭和42年）7月、全日本学生自治会総連合（全学連）による左派系学生運動に対抗し、保守系学生によってまず長崎大学で長崎大学学生協議会（長大学協。椛島有三議長）が結成され、続いて翌1968年3月には九州学生自治体連絡協議会（九州学協）が、更にその翌年5月には、各大学・各地方の学協が連合する形で全国学協が結成された。YP体制打破の「反ヤルタ・ポツダム論」と、日本人としての「生の全体性」を回復する「反近代・文化防衛論」を掲げて運動する。1970年11月3日には、椛島を含む全国学協OBらにより日本青年協議会が結成された。日本青年協議会は、地方議会への元号法制定等の陳情活動、日本教職員組合の“イデオロギー教育”への抗議行動等を活発に展開してきた。また、1975年5月3日には、政府（三木内閣）主催の憲法記念行事への抗議集会を自民党ホールで強行開催した。このように、当初は行動的な青年運動を中心に展開してきた日本青年協議会だったが、時間の経過とともに活動の内容も多彩になり、小中高生を対象とする教育研修事業等も開始するようになった。また会員の中には、政治家、実業家、学者等として社会的に大きな影響力を持ち、独自の活動を展開する者、他団体へも所属し、その活動の中心を担う者なども出てきた。このため、運動、組織全体をより機能的に整理、再編すべく、2005年（平成17年）4月、新たに「日本協議会」が結成され、日本青年協議会の方は従来の青年運動を中心的に行う一部署として位置付け直されることとなった。なお、機関誌『祖国と青年』は、日本協議会、日本青年協議会双方の発行となっている。日本協議会は日本会議の事務総局役を務め、椛島も日本会議の事務総長を兼任している。