観賞用に坪庭に植えたり、生け花の客材などに用いられる。なお、土壌を選ばず地下茎を伸ばして広範囲に繁殖を広げる性質があるため、庭植えには注意が必要である。古来、茎を煮て乾燥したものを研磨の用途に用いた。「とくさ」（砥草）の名はこれに由来している。紙やすりが一般的な現代でも高級つげぐしの歯や漆器の木地加工、木製品の仕上げ工程などに使用されている。クラリネットなどの葦製リードを磨いて調整するのにもトクサが用いられる。また、瀧廉太郎は身だしなみとして常々トクサで爪を磨いていたとされる。アイヌ語ではトクサを「シプシプ」と呼ぶが、これも物を磨く際のオノマトペに由来する名である。茎を乾燥したものは木賊（もくぞく）と呼ばれる生薬で、その煎液を飲用すると目の充血や涙目に効果があるとされる。
北半球の亜寒帯南部から温帯北部にかけての広範囲、日本では北海道から本州中部にかけての山間の湿地に自生するが、観賞用などの目的で栽培されることも多い。表皮細胞の細胞壁にプラントオパールと呼ばれるケイ酸が蓄積して硬化し、砥石に似て茎でものを研ぐことができることから、砥草と呼ばれる。地下茎があって横に伸び、地上茎を直立させる。茎は直立していて同じトクサ科のスギナやイヌドクサ、ミズドクサの様に枝分かれせず、中空で節がある。茎は触るとザラついた感じがし、引っ張ると節で抜ける。節の部分にはギザギザのはかま状のものがあって、それより上の節の茎がソケットのように収まっているが、このはかま状のぎざぎざが葉に当たる。茎の先端にツクシの頭部のような胞子葉群をつけ、ここに胞子ができる。
有機化学では温和な酸化剤として利用され、例えばアルデヒドのカルボン酸への酸化に用いられる。この場合は、硝酸銀とアルカリ水酸化物によってin situ で調製されることが多い。また、一酸化銀 Ag₄O₄と同様に酸化銀電池に用いられる。微細な電子回路の製造時に導電性材料として銀粉が用いられることがあるが、より粉末化の容易な酸化銀を用いて、加熱することで導電性の銀に変換する手法が開発されている。
日本の河川に広く生息しているモクズガニ（藻屑蟹、英名 Japanese mitten crab、学名Eriocheir japonica）は、同属異種である。複眼の間の突起がチュウゴクモクズガニほど鋭っておらず、甲羅の横のとげも3対で、チュウゴクモクズガニより1対少ない。また甲羅のでこぼこも低く、大きさもチュウゴクモクズガニよりも少し小さい。色は褐色で異なる。
食性は植物食に偏った雑食性であり、甲殻類、貝類、小魚、水生昆虫、水草、稲の苗などを好んで食べる。産卵は海水中で行われるため、産卵時期の秋になると、海辺に移動する。交尾の後にメスは海水中で産卵し、0.4mm足らずの小さな卵を腹脚にたくさん抱え、孵化するまで保護する。孵化した幼生を海に放出した成体は一冬に2-3回交尾と産卵を繰り返したあと、疲弊して死亡するため二度と川には戻らない。孵化したゾエア幼生は0.4mmたらずで、遊泳能力の乏しいゾエア幼生はプランクトン生活を送るが、この間に魚などに捕食されるので、生き残るのはごくわずかである。人工孵化する場合でも、4分の1程度しか生き残らないと言われる。脱皮を繰り返して、メガロパ幼生へと変態し、エビのように腹肢を用いて積極的に遊泳して河口から河川の汽水域を遡上する。変態した稚ガニは泥地で生活をし、泥の中に穴を掘って棲むようになる。養殖の場合、中国で鈕釦蟹とも呼ばれるサワガニより少し小さい大きさになると、泥から掘り出して、養殖池に移される。養殖の場合、成長促進ホルモンや、病気を予防するために、クロラムフェニコールやオキシテトラサイクリンなどの抗生物質が与えられることが多い。
慶長19年（1614年）からの大坂冬の陣では、家康に井伊家の大将に指名された。大坂城攻略では松平忠直と共に八丁目口の攻略を任せられたが、同じ赤備えの真田信繁勢の挑発に乗り突撃したところを敵の策にはまってしまい信繁や木村重成の軍勢から一斉射撃を受け、500人の死者を出す大被害を生じさせた（真田丸の戦い）。後に先走って突撃したことを軍令違反と咎められたが、家康が「味方を奮い立たせた」と庇ったため処罰はされなかった。井伊家では直政の死後、家督を兄・直勝が継いでいたが、直勝は家臣団をまとめ切れず、それを憂慮した家康の裁定によって慶長20年（1615年）、直孝は井伊家の家督を継ぐよう命じられ父の遺領18万石の内、彦根藩15万石を継承し、直勝には上野安中藩3万石が分知された。井伊家の家臣団は井伊谷以来の家臣は直勝に、甲斐武田氏の遺臣などは直孝に配属された。同年の大坂夏の陣においては藤堂高虎と共に先鋒を務め、敵将・木村重成と長宗我部盛親を打ち破り（八尾・若江の戦い）、冬の陣での雪辱を遂げた。また秀忠の命により、大坂城の山里郭に篭っていた淀殿・豊臣秀頼母子を包囲し発砲して自害に追い込むという大任を遂げた。戦後、5万石を加増され、従四位下侍従へ昇進した。大坂の陣での直孝の勇猛な様は大坂冬の陣屏風、大坂夏の陣屏風、大坂夏の陣図（若江合戦図）などに描き込まれている。