ムセベニはIMFの構造調整計画に沿って歳出削減や国営企業の民営化等を行ったために西側から賞賛された。報道機関の自由はアミン/オボテ政権と比較して拡大され、多くの民間のFM放送局が1990年代後半に開局された。恐らくムセベニの最も広く注目を集めた成果はエイズに対する政府による初期の取組みである。1980年代にウガンダは世界でHIV感染率の高い国の一つであったが、現在のウガンダの感染率は比較的に低くなった。これは世界的なエイズウイルスに対する取組みの中でも国家的に成功した稀な例であった。1998年4月ウガンダは7億USドルの支援を受け重債務貧困国 (HIPC) イニシアチブにおける最初の適切な債務軽減対象国とされた。ムセベニは国家的な女性差別是正措置計画でも賞賛され、約10年間副大統領に女性のスペシオーザ・カジブウェを据え、女性の大学進学を助成した。他方でムセベニは女性の土地所有権の拡大（婚姻関係による財産共有の権利）要求には反対した。1990年代半ばムセベニはアフリカの新しい指導者の例と思われた。1997年の『ニューヨーク・タイムズ』の記事の一節はムセベニが西側のメディア、政府、学者から高い評価を受けていたことを示している。ウガンダは元ゲリラの運営する勢いのある時代となった。彼は権力と展望を確保して足取りを調整しながら指導力を振るう。複数の外交官やアフリカ専門家が「ヨウェリ・K・ムセベニ大統領は、アフリカを作り直す、冷戦時代を特徴付けた腐敗した強い男の政権の終わりを告げる、イデオロギー的な運動を始めた。」と言うのを聞くのも不思議ではない。最近、大陸の向こう側の政治学者は、ムセベニのことをアフリカのビスマルクと呼んでいる。現在彼をアフリカで尊敬されている南アフリカ大統領、ネルソン・マンデラ以外には引けを取らない「別の政治家」と看做す者もいる。これらの寛大な評価は度々見直される。
1996年5月9日大統領選挙が行われ、ムセベニは72.6%の投票率において75.5%の得票で超党派勢力連合のポール・セモゲレレと新人のモハメド・マヤンジャに勝利した。内外の選挙監視団は、投票の有効性を認めたが、敗北した候補者達は選挙結果を拒絶した。1996年5月12日ムセベニは再び大統領に就任した。ムセベニの選挙戦における主な武器は国土の大部分での治安と経済の回復だった。彼の選挙対策本部が用いた忘れ難い選挙用のイメージはルウェロ三角地帯での頭蓋骨の山を表現していた。この領域の住民は内戦の間に苦しめられたこの強力なシンボリズムを忘れることはできなかった。他の候補は主要な訴えをムセベニのそれに匹敵させようと苦労した。ムセベニは特に南部出身者に対して地域の言語を使用することで政治的な訴えを広める目覚しい能力を持っていると思われた。ムセベニは「指導力に磨きをかける」との表現を用いて「権威の重荷を担う威厳のある人物」であるように自らを演出した。彼は適切な地域の口語的な言語で尊重の意思と部族政治を超えることを示す目的で英語、ガンダ語、ニャンコレ語、スワヒリ語を流暢に用いた。大統領選に至るまで、セモゲレレは NRM政権で大臣を務めていた。ムセベニの「抵抗運動」に対する分け前を主張するよりもムセベニと NRM に挑戦することを選んだ彼の判断は繊細な日和見主義と看做され、政治的な過ちとして扱われた。バガンダにとってUPCとセモゲレレの同盟は呪いだった。そうでなければ、バガンダは民主党の指導者である彼を何らかの形で支援しただろう。またセモゲレレはムセベニがルワンダ人だと主張した。同様の主張は、彼の出生地がウガンダ＝ルワンダ国境に近く、民族的にもアンコーレ族がルワンダ人と近いこと、彼の軍で現ルワンダ大統領のポール・カガメを含むルワンダ人が支配的であったこと等により批判者から繰返し主張された。
ボンヘッファー神学の展開に関して、中心点はイエス・キリストにある。この中心的観点から、神学的な深い考察、霊的深さ、倫理的責任感が組み合わされている。知覚し得る霊的な事項はキリスト教的存在論における根本事項である。イエス・キリストを中心とすることで、ボンヘッファーの神学的思惟における全要素が統一性を得ることになり、大学で講じられる福音主義神学に組み込まれた。ボンヘッファーのキリストに関する深い考察に際して、19世紀における宗教批判は現在においても意味を持っている。ルートヴィヒ・フォイエルバッハとアドルフ・フォン・ハルナックに関する暗示をおこないながら、彼は1928年の論文に『イエス・キリストとキリスト論の本質』という表題をつけていた。そこにおいて、彼はカール・バルトの弁証法神学の方法を用いて、知識、モラル、教会と宗教を神への無意味な道と見なした。「人間において神へ向かう道は一つであって、そこで人間と神は出会う必要がある。」イエスにおいて、神が無条件の愛を示して人間に接近して来ているのは明白であって、神の無条件の愛は死よりも強いのである 。キリストはそれ自体として存在し得るのではなく、人間である私に向けて存在するのであり、共同体においてのみ考えられ得る存在なのである 。ボンヘッファーは新約聖書を引用して、キリスト論においてパウロとルターを重要な問題と見なしている。「お前は誰なのか、神自身なのか？」という問いに、初代教会はその問いに方法論という見地で答えたが、現代神学は本質論で答えようとして混乱している。イエス・キリストは今現在、単なる人間として存在し得るのであり、しかし、神としても永遠に存在し得るのであり、同時代人として存在し得るのであり、生きてもいる。キリストは人間の中の義人による祈りと行為において存在し得るのであり、受肉と十字架がこの世に向けた全面的な愛を根拠づけるからである。1939年のテオドール・リットへのボンヘッファー書簡には以下の様に書かれている。„なぜなら、神は貧しく、惨めで、無名で、敗北した人間になったのであり、神自身は貧困と十字架においてのみ見出し得るので、それゆえ、我々は人間とこの世から逃れることは出来ず、兄弟たちを愛し続けるのである“