1962年8月17日、東ドイツ人のペーター・フェヒターという18歳の青年が、チェックポイント・チャーリー近くの壁をよじ登って西側へ脱走しようとしたところ、これを発見した東ドイツの警備兵に銃撃された。背中に弾を受けて壁から落ちたフェヒターは、有刺鉄線のフェンスに絡まるように倒れこみ、西側のジャーナリストを含む数百人が見守る中、そのまま失血死した。彼の身体は境界線から数メートル東側にあったため、アメリカ軍の兵士は救助することができず、また東ドイツ警備兵も西側の兵士を刺激することを恐れて、フェヒターに近寄ることを躊躇した。結局、フェヒターの遺体は1時間以上経ってから東ドイツ兵によって回収された。これを受けて、東側の行為と西側の無為に対する抗議行動が検問所のアメリカ側で起こった。さらに数日後、イギリス地区ティーアガルテンにあるソ連の戦死者墓地へ向かうソ連のバスに向かって群衆が投石する事件が起こり、ソ連軍は装甲兵員輸送車でバスを護衛せざるを得なかった。この後、ソ連軍はティーアガルテンに最も近いザントクルーク橋検問所のみの通行しか認められなくなり、イギリス地区への装甲兵員輸送車の乗り入れも禁止された。この禁令を徹底するため、西側の部隊は9月初めのある日真夜中、武器弾薬や軍用車両を展開した。もっとも、これらの弾薬は結局使用されることはなかった。その後、1973年に東ドイツの国境警備兵が自動小銃を発砲し、チェックポイント・チャーリーに弾痕を残すということがあったが、アメリカ兵に死傷者は出なかった。
アメリカ・イギリス・フランス・ソ連の連合軍4か国は、1945年のポツダム会談において、「4か国の関係者は、ベルリンのどの地区においてもドイツの警官によるパスポートのチェックを受けずに移動できる」という合意をお互いに取り交わしていた。しかし、壁の建設から2か月後の1961年10月22日、アメリカの駐西ベルリン特使、エドウィン・アラン・ライトナーが占領軍ナンバープレートを付けた車で東ベルリンの劇場に向かっていたところを止められるという一件があった。これに対し、ジョン・F・ケネディ大統領の西ベルリン特別顧問を務めるルシアス・D・クレイ陸軍大将は、アメリカ側の決意のほどを見せつけることにした。クレイは外交官のアルバート・ヘムシングを派遣し、米ソ境界を探索させた。ヘムシングは外交官の車両で探索をしていたところ、東ドイツの交通警官に止められ、パスポートの提示を求められた。ヘムシングの身元が明らかになると、東ドイツの交通警察が東ベルリンに入るヘムシングの車にぴたりと寄り添った。車はそのまま走り続け西ベルリンへ戻ったが、その翌日、イギリスの外交官のひとりが、やはり止められてパスポートを提示させられるということがあり、クレイを激怒させた。ヘムシングはさらに同様の実験をすることに決めた。10月27日、ヘムシングは再び外交官用の車両を境界近くへ走らせた。しかし、ソ連側がどのような反応を見せてくるかが分からなかったクレイは、念のために戦車を歩兵部隊とともに近隣のテンペルホーフ基地へ事前に送っていた。この時の東側の対応は、以前のような問題ないものであったため、安心したアメリカ軍は西ベルリンへ引き返し、後方で待機していた戦車も帰還した。
1961年、西側への人口流出に危機感を抱いた東ドイツ政府によってベルリンの壁が建設された。しかし、それでも西側へ脱出する手段は数多く残されていた。チェックポイント・チャーリーは当初、ゲート1つで東西を隔てているだけであり、車で突入しゲートを破壊して強行突破したり、車高の低いオープンカーでゲートの下をくぐり抜けたりする東ドイツ市民が現れた。これに対し、当局はゲートの遮断棒を強化したり遮る位置を下げたりして対応した。
セネタース移籍後の1911年は打撃面が好調で、打率は自己最高となる.334（リーグ8位）を記録した。シェーファーがはっきりと「一塁盗塁」の記録を残したのは、同年8月4日の対ホワイトソックス戦だった。9回裏、サヨナラの走者となるクライド・ミランを二塁に置き、シェーファーがバントヒットで出塁した。一・三塁の場面でセネタースはダブルスチールを仕掛けたが、ホワイトソックスの捕手フレッド・ペインは二塁へ送球しなかった。するとシェーファーは次の投球で二塁から一塁へ盗塁し、一塁に戻ってしまった。このプレーにホワイトソックスの監督をしていたヒュー・ダフィーが、審判のトム・コナリーにアウトだと抗議し、二人で言い争いをしている間に、シェーファーは再び二塁へ走ろうとした。シェーファーは一・二塁間で挟まれ、その間に三塁走者のミランが本塁を狙ったがタッチアウトになった。すると今度はセネタース側が「フィールドに（監督含め）10人のプレーヤーが居たから今のプレーは無効」とアピールし試合は混乱した。セネタースの抗議はすぐ却下されたが、試合後主審のコナリーは、ルール上明確に禁じられていないことを理由にシェーファーの一塁への盗塁を認めた。その後1920年になって、はっきりと逆走の盗塁を禁じる文章が野球規則（7.08i）に書き加えられることになる。セネタース移籍後のシェーファーは選手兼任だったが、コーチとしての役割が徐々に増えていった。相手チームのサイン盗みに長け、野次もうまかったそうである。しかし気まぐれな行動は相変わらずで、1912年6月8日のシカゴでの試合で退場になったときは、シェーファーはコーチスボックスでポップコーンを食べていた。またセネタースではニック・アルトロックやアル・シャクトらとコンビを組んで、両手にバットを持ち、ファウルラインの上を綱渡りのようにして歩くパフォーマンスを見せるなどして関係者を笑わせていた。シェーファーは1912年頃のスポーティングニュース紙のインタビューに対し、「コーチのユーモアはチームに必要だと思う。味方は機嫌がよくなり、相手は気が散るからね。（監督の）クラーク・グリフィスも同じ考えだと思うよ。彼は私のおふざけを煽るから」と語った。1913年のオフにはチャールズ・コミスキーらが率いる「世界周遊野球チーム」に参加し、同年には日本でも試合を行っている。