1504年2月、いまだ抵抗を続けるチェーザレの旧領のイーモラやチェゼーナの降伏をチェーザレが命じることと引き換えに、チェーザレを釈放することで、ユリウス2世と合意した。4月にチェーザレはナポリへ向かった。ナポリは当時カスティーリャ＝アラゴン（スペイン）がフランスに代わって支配していたが、変心したユリウス2世とスペインの間の密約により、チェーザレは再び虜囚の身となった。1504年8月、弟フアンの殺害容疑でチェーザレはスペインへと移送され、当初はアルバセーテ近郊、その後バリャドリッド近郊のメディーナ・デル・カンポにあるモタ城に収監された。なお、この間にルイ12世はチェーザレに与えたフランス国内の領土を没収した。1506年10月、チェーザレは収監されていたモタ城を脱出して、スペイン軍の追っ手を避けながら2か月の逃避行の末に、12月3日に義兄フアン3世の統治するナバーラ王国へと逃れることに成功した。1507年3月、ナバーラ王国とスペインとの戦闘でナバーラ軍の一部隊を率いてチェーザレは参戦したものの、この戦いで戦死した。チェーザレの遺体はビアナにあるサンタ・マリア教会に埋葬された。なお、娘のルイーザはブルボン家の庶子の家系の1つブルボン＝ビュッセ家に嫁ぎ、チェーザレの死後もその血脈は保たれることとなった。
1502年12月31日、チェーザレは反乱側の5人のコンドッティエーレから、反乱軍が既に制圧していたシニガッリア（Sinigaglia、現：セニガッリア）で交渉を持ちかけられ、チェーザレおよび病を理由に欠席したバリオーニ以外の4人のコンドッティエーレが、シニガッリアへ軍を率いて集合した。チェーザレは穏和な態度で4人と相対して油断させ、4人が自軍から離れてシニガッリアの城内に入ったところを、ミケロットらに命じて捕縛させた。これと同時に、4人が率いた軍をチェーザレは攻撃して、これらを壊走させた。尋問の後にヴィテロッツォ及びオリヴェロットはそれぞれ「教皇に自らの罪業の大赦を願いたい」「ヴァレンティーノ公に反逆したのはヴィテロッツォが唆したためである」の言葉を残し、反逆罪によってその場で処刑された。パオロ及びフランチェスコは即時に処刑はされず、ローマでチェーザレの弟ホフレらが指揮を取る教皇軍がジョヴァンニ・バッティスタ・オルシーニやフィレンツェ大司教リナルド・オルシーニらを逮捕すると共にオルシーニ一党を討伐したのを聞いた後、1503年1月18日にカステッロ・デラ・ピエーヴェでパオロらを処刑した。なお、ジョヴァンニ・バッティスタは後に獄死、リナルドは釈放された。チェーザレは1503年1月より、反乱に加担した一味の壊滅を掲げて進軍、ヴィテロッツォの本拠地チッタ・ディ・カステッロを陥落させ、チェーザレの誅殺から逃れたバリオーニの本拠地ペルージャでは反乱の失敗に絶望したバリオーニが逃走して、ペルージャはチェーザレへの降伏を願い出た。更にシエナもチェーザレの圧力に屈して、パンドルフォ・ペトゥルッチはフランスへと落ち延びていった（ペトゥルッチはルイ12世の干渉により1503年3月にシエナのシニョリーアへ復帰した）。バリオーニやグイドバルドもフランスへ逃れた。なお、フェルモはチェーザレの攻撃に晒されなかった。その後、ローマへ進軍してオルシーニ党の勢力を攻撃したが、フランス寄りのオルシーニ家の処遇を巡ってチェーザレはフランスと対立、その後の暗転へつながることとなった。
モントリオールのプレスビテリアン・カレッジで神学の学位を得た。1894年に長老教会から牧師として按手された。最初の任地はモントリオール・ウェスト長老教会 (現在のモントリオール・ウェスト合同教会)であった。その後、トロント地区に移り、ウェスト・トロント・ジャンクション地区に異動になるまで、ストリートビル地区 (現在のミシサガ)で働いた。1909年から15年までは牧会の仕事を離れて、バンクーバーのウェストミンスター・ホール（現在のブリティッシュコロンビア大学のキュンパス以内にあるバンクーバー神学校）で神学を教えた。1916年にトロントに戻ると、ブルア・ストリート長老教会 (現在のブルア・ストリート合同教会)で牧師を務めた。1923年にカナダ長老教会の総会議長となり、長老派、メソジスト派、会衆派の教会合同を推進する主唱者となった。しかし、長老教会のなかの一部には教会合同に反対するものもいた。計画全体を頓挫させかねないこの問題は、長老派の個々の教会が合同に参加するかしないかを決める投票権があることを認めることで解決された。この結果、長老派の4509教会のうち302教会 (うち211教会がオンタリオ南部にあった)は、「存続」カナダ長老教会を再結成することを選んだ。合同支持派の長老教会の賛同をえて、1925年6月10日カナダ合同教会はトロントのミューチュアル・ストリート・アリーナで大規模な礼拝式を開いた。新しい教会のエキュメニカルな基調は最初の総会から表れていた。初代総会議長の候補として最有力だったのはメソジスト教会の元総監督であったS・D・チャウンであった。これは新しい合同教会において最大の割合を占めたのがメソジスト教会であったからである。しかし、チャウンはピジョンにその地位を譲った。チャウンの願いは、これによって新しい教会に参加することを選んだ長老派の人間の決心をより堅固なものにすることであった。初代総会議長としてピジョンは1年間その役目を務めた。ピジョンは禁酒運動や家庭宣教の支持者であり、後には1945年のカナダ教会協議会や1946年の世界教会協議会のようなエキュメニカルな組織結成の推進役を果たした。牧師として32年間、ブルア・ストリート合同教会で働き、1948年に引退した。1971年に99歳で死去。