1606年3月17日にプファルツ選帝侯フリードリヒ4世はフリードリヒスブルク城塞建設の基礎工事を開始した。1607年1月24日にマンハイムに都市権が授けられた。城塞に隣接する城下町マンハイムについてなされた格子状の道路網敷設計画が現在まで遺され、活かされている。三十年戦争をマンハイムはプロテスタント同盟側で戦い、1622年に兵力による破壊を受けた。1618年には約1200人を数えたマンハイムは、戦争と疫病によって甚大な人的被害を受けた。1649年にカール1世ルートヴィヒがプファルツ選帝侯に就いた時、戦争による破壊で著しく人口が減少し、経済的に破綻した領土を目の当たりにした。新しい君主はマンハイムの再建を決定した。ネッカー川がライン川に合流するマンハイムは、産業、商業の中心地とするに好都合な位置にあったことから選ばれたのであった。プファルツ継承戦争では、1689年にフランス軍による激しい砲撃とその後の占領により甚だしい損害を被った。都市の破壊を承けて、プファルツ選帝侯ヨハン・ヴィルヘルムは、新たに大規模な再建を指示した。和平条約締結前の1697年に選帝侯は、避難民や流出した住民達に帰還を促す布告を起草している。都市の再建が始まると住民の数はたちまち増加していった。
マンハイム村(=Heim des Manno)は、766年のロルシュ文書中に初めて文献上の記録が遺されている。長い間、小さな変哲のない漁村であったマンハイムは、1284年にヴィッテルスバッハ家出身のライン宮中伯の所領となった。1349年、現在のリンデンホーフにライン川を航行する船から少額の関税を徴収するための城、アイヒェルスハイム城が築かれ、この村は次第に重要性を増していった。1415年、ここに廃位された対立教皇ヨハネス23世が監禁された。1462年にゼッケンハイムの戦いでプファルツ選帝侯は、ヴュルテンベルク伯、バーデン辺境伯、メッツ司教からなる敵同盟軍を撃破し、この勝利により「勝利侯」としてオーバーラインの覇権を握った。1566年にはマンハイムの人口は700人となり、オーバーアムト・ハイデルベルク（ハイデルベルク管区）で最も大きな村になっていた。
プフェルツァーヴァルトとオーデンヴァルトに護られたオーバーライン地溝帯に位置するマンハイムは、大変穏やかな気候である。最も暖かい7月の平均気温は19.9℃、最も寒い1月の平均気温は1.8℃である。真夏には30℃を越える日も珍しくはない。最高気温は2003年8月8日に記録された39.3℃である。（DWDの記録による。マンハイム=ゼッケンハイム私立観測所のこの日の記録は40.1℃である。）マンハイムで顕著なのは少ない降水量である。平均年間降水量は668mmである。最も降水量が多い月は、やはり7月である。ライン川とネッカー川が、特に秋には、霧の発生を促す。両河川は湿度の上昇をももたらし、特に真夏には蒸し暑さの要因となる。マンハイムの年間平均気温は10.2℃で、ドイツで最も暖かい都市の一つである。
同年9月26日 - 28日、東北高が所在する宮城県の仙台都市圏で開催された「ミヤギテレビ杯ダンロップ女子オープンゴルフトーナメント」で優勝。10月9日にプロ宣言をして、史上初の高校生プロゴルファーとなった。2004年（平成16年）3月1日に卒業式を迎えた。卒業生の見送りの際に、1学年後輩のダルビッシュ有が現れたため、父兄が殺到して藍が突き飛ばされるアクシデントがあった。3月5日 - 7日の日程で地元・沖縄県で開催された、同年のLPGAツアー初戦「第17回ダイキンオーキッドレディスゴルフトーナメント」に次兄・優作プロを帯同キャディとして参戦し、プロ初優勝（プロ4戦目）。11月の「エリエールレディスオープン」でも優勝し、年間獲得賞金額が1億円を突破。日本女子ツアーでは不動裕理以来2人目の快挙を達成した。この年賞金女王は逃したが、ツアー5勝を挙げ、賞金ランキング2位に入った。2004年日本プロスポーツ大賞新人賞を受賞。男子も含めゴルフ人気は長く低迷していたが、宮里藍のライバルの横峯さくらとともに女子プロゴルフ界のニュー・ヒロインとして注目され、テレビ中継の視聴率が10%を超えるなどゴルフ人気の復活に貢献した。また、同年のワイドショー露出時間ランキングでは10代部門で福原愛（アテネ五輪・女子卓球日本代表）に続いて2位となり、スポーツニュース以外でも注目を集めた。なお、アテネ五輪では柴田亜衣や大友愛らも注目されており、2004年は『アイちゃんの年』だったとも言われる。長兄の宮里聖志は、同年12月の「アジア・ジャパン沖縄オープン」でプロゴルファーとしての初優勝を果たしている。2005年（平成17年）2月11日-13日、第1回ワールドカップ女子ゴルフ（南アフリカ）に日本代表として出場し、韓国・アメリカ・オーストラリアなどの強豪国を抑えて優勝した。最終日はそれまで絶好調でチームを引っ張ってきたペアの北田瑠衣が終始不調であったが、それを補って余りあるバーディーラッシュを見せた。メジャー大会では、初挑戦だった2004年（平成16年）7月末の全英女子オープンは予選落ちするも、翌2005年（平成17年）には11位タイでフィニッシュ、2006年（平成18年）の出場資格を獲得した。2005年度の女子メジャー大会第1戦クラフト・ナビスコ選手権で予選を通過し、同年7月末の最終戦全英女子オープンでメジャー自己最高の11位に入った。6月末の「世界女子マッチプレー選手権」では3回戦まで進出している。2005年（平成17年）10月に開かれた日本女子オープンゴルフ選手権競技において、感涙の公式戦初優勝を達成、史上最年少の20歳3か月でのツアー通算10勝、並びに同大会史上最年少優勝も獲得した。この大会の最終日、2005年（平成17年）10月2日は「藍ちゃん人気」も手伝ってギャラリー数が史上初めて2万人を超え、また大会全体でも4万人の大観衆を集めた。この後も10月末の「樋口久子IDC大塚家具レディス」に勝ち、11月の「エリエールレディスオープン」大会2連覇も達成している。最終戦を残したこの時点で、賞金ランキング1位であり、最年少賞金女王の可能性もあったが、米国LPGAツアー最終予選会出場のため、最終戦は欠場した。（この年の賞金ランキングは2位）