とあるゲームセンターで、大原徹（ディレクター）はワールドクラブチャンピオンフットボール（WCCF）を西山泰弘（プロデューサー）とともにプレイしていた。WCCFは、カードを選手に見立てたサッカーゲームであるが、大原は選手となるカードをあまり動かさないということに物足りなさを感じ、カードを動かしてプレイするシミュレーションゲームを考えた。それとともに、ゲームの題材として三国志を当てはめ、近くにあったサクラ大戦のポスターを見て、ゲームのタイトルを「三国志大戦」と名づけた。企画会議では、三国志のゲームとしての国取りや内政の必要性を問われたが、大原は「リアルタイムの対人戦（キャラ個人対キャラ個人）」を三国志大戦のテーマとすることを発表。2003年に正式に開発が始まった。なお、開発初めの概要説明の時、大原はスタッフとして集まった30名のメンバーに「鈴木裕の制作したセガの代表作、バーチャファイターの打倒を狙おう」をもう一つのテーマとして発表した。ちなみに、説明後、廊下を歩いていた大原と西山は、鈴木に会いプレッシャーをかけられる。開発当初は、真上から見たゲーム画面であったため迫力に欠け、かといってキャラクターをアップ画面で表示すると、フィールド全体を見渡せないためシミュレーションゲームとして成り立たないという、どっちつかずの状況に陥っていた。しばらく開発が続き、特に強いストレスを溜め込んだ大原の息抜きのため、西山は近くに土手とグラウンドのある草木の生えた場所に大原を誘った。その場所では、その日偶然にも、高校生の体育祭の練習を行うことになっており、大原と西山は騎馬戦を見学することになった。手前からでは騎馬戦全体の様子が見えなかった二人は、土手の上から眺めてみた。そうすると、騎馬戦を行っていたグラウンドが迫力のある戦場に変わったようにみえた。そこから大原は、「高台から見た視点」で三国志大戦の画面を作成すれば前述した問題を解決できることをひらめき、それに合わせてミニマップを追加。次々に良い発想が浮かんでいった。三国志大戦の完成が間近に控えた時、大原は一つ不安があった。プレイヤーが面白さを理解するかどうか、である。2004年を迎えた冬のとある日、スタッフの一時休息を提案した西山に促され、大原はスタッフを定時に上がらせることを許可。その日の夜、ゲームの資料をセガに忘れてきた大原は、急いでセガに戻り、開発部に明かりがついていることに気づく。大原が開発部を見に行くとスタッフが三国志大戦のテストプレイに熱中している姿が目に入り、大原は三国志大戦が大ヒットすることを確信した。2004年10月に三国志大戦は完成し、その後行われたロケテストでも好評を博した。
2006年9月発売のコミックボンボン増刊号「アブラカダブラ」に、かつて週刊少年マガジンで『ゲームクリエイター列伝』シリーズを執筆していた平沢たかゆきによる本作の開発経緯を描いた新作『三国志大戦を創った男達』が掲載された。ただし、『ゲームクリエイター列伝』はあくまでも事実を基にしたフィクション作品なので、作中で描かれたエピソードがどの程度実話なのかは定かではない。
カードには魏・呉・蜀・群雄・漢の5区分がある。計略の発動に必要な士気の蓄積上限は最大で12だが、多数の勢力でデッキを編成するほど少なくなる（単一勢力：12、二勢力：9、三勢力以上：6）。この制約の為、編成勢力の数次第では一部の計略が発動出来なくなる（例：蜀R劉備の「桃園の誓い」は必要士気：7の為、二勢力以下での編成が発動条件）。士気上限の拡大や増加速度の上昇をもたらす計略も存在するが、基本的には戦術の選択肢を広げる（計略のコンボなど）という意味で、参加勢力がより少ない（出来れば単一勢力の）方が望ましいと思われる。各勢力の説明は下記を参照。
遡ること1963年（昭和38年）1月14日、文学座の芥川比呂志、岸田今日子、小池朝雄、神山繁、加藤治子、仲谷昇、三谷昇、山崎努、名古屋章、橋爪功ら、有望な中堅俳優が集団で脱退して、福田恆存と組んで現代演劇協会附属・劇団雲を創立したことは、文学座にとって大きな痛手であった。この大量脱退騒動は、杉村体制への反発が発端であった。そんな中、三島由紀夫は同年1月16日、劇団・文学座の結束を固め再出発したいとの旨の声明を発表し、2月11日に文学座再建のためのプランを発表。三島は、「現代劇の確立」「西洋演劇の源流を探る」「日本の古典を探る」という3つの課題を提示した。この課題に基づいて、三島潤色のヴィクトリアン・サルドゥ原作の『トスカ』が、杉村春子主演で上演された。そして、翌年の1964年（昭和39年）正月公演用の戯曲が三島に委嘱され、『喜びの琴』が提供された。『喜びの琴』は、言論統制法を内閣が制定しようとしている時代（当時からみた近未来）を背景にしており、反共主義思想を固く信じる若い公安巡査・片桐を主人公にした、政治色の強い題材の作品であった。劇中に起こる「上越線転覆事件」は松川事件を連想させる内容であり、同年9月に松川事件の首謀者とされた国労関係者20名の無罪が確定したばかりであった。しかし、作品の結末は、「思想の絶対化を唯一の拠り所として生きてきた片桐は、その思想が相対化されるといふ絶対的な孤独の中で、観客には聞こえない琴の音に耳をすませ、仕事に戻る――」という、信じていた上司に裏切られた若い公安巡査の悲劇を描いたもので、政治的プロパガンダ作品ではなかった。同年1963年（昭和38年）11月20日、杉村春子、長岡輝子ら文学座劇団員の臨時総会が開かれ、話し合いの末、『喜びの琴』上演保留を決定。翌日、戌井市郎理事らが、その上演保留決定を三島に伝え申し入れた。三島は、保留ではなく中止とすることで、「文学座は思想上の理由により上演中止を申し入れ、作者はこれを応諾した」という証書を取り交わした。そして11月25日、三島は戌井市郎理事に文学座退団を申し入れ、11月27日の『朝日新聞』紙上に、「文学座の諸君への『公開状』――『喜びの琴』の上演拒否について」を発表し、上演中止に至る経緯と顛末を書くとともに痛烈な内容で締めくくり、その翌日に矢代静一、松浦竹夫も文学座退団を声明した。同年12月15日、三島は『週刊読売』に「俳優に徹すること――杉村春子さんへ」という記事を発表した。同年12月、三島、矢代静一、松浦竹夫のほか、青野平義、奥野匡、荻昱子、賀原夏子、北見治一、丹阿弥谷津子、寺崎嘉浩、中村伸郎、仁木佑子、真咲美岐、南美江、宮内順子、水田晴康、村松英子ら10数名が次々と文学座を正式に脱退する。1964年（昭和39年）1月10日に脱退者によりグループNLT（1968年に劇団NLTとして再編）が設立され、岩田豊雄（獅子文六）、三島が顧問として迎えられた。NLTとはラテン語で「新文学座」を表すNeo Litterature Theatreの頭文字で、岩田豊雄により命名された。なお、『喜びの琴』は1964年（昭和39年）5月7日に、日生劇場で浅利慶太の演出により上演された。