天皇旗は天皇乗御の艦船において大檣頂に掲げられた。天皇旗を掲げた艦船においては、区別旗旈（海軍大臣旗、将旗、代将旗及び先任旗）及び長旗はすべて降下された。天皇旗を初めとして皇族に関する旗（天皇旗・皇后旗・皇太子旗・親王旗・摂政旗）には全て菊花御紋章の意匠が用いられた。
入団2年目の2000年に、9月27日の対ヤクルトスワローズ戦（明治神宮野球場）6回裏から、捕手として一軍デビュー。その後も一軍公式戦2試合に出場したが、初安打を記録できずにシーズンを終えた。2001年のフレッシュオールスターゲームにイースタン・リーグ選抜としてスタメンで出場。当時チームメイトだった上野裕平とバッテリーを組んだ。2002年には2試合に出場するも無安打に終わるなど一軍に定着できず、2005年にはイースタン・リーグで打率.289・5本塁打で二軍の成績を収めた。2006年は4年ぶりに一軍出場を果たすと、同年6月11日の対千葉ロッテマリーンズ戦（千葉マリンスタジアム）でようやく一軍初安打を記録した。その後も少ない出場機会ながら打率.294を記録、同年オフにはハワイ・ウィンターリーグへ派遣されることが決まった。2007年からは正捕手・阿部慎之助に次ぐ2番手として開幕一軍入りを果たす。出場試合の少なさは変わらなかったものの、同年9月21日の対横浜ベイスターズ戦（東京ドーム）では負傷していた阿部に代わって先発出場、寺原隼人からプロ初本塁打を放って勝利に貢献した。2008年は開幕前に左肩を骨折したことで出遅れるも、開幕から控え捕手として一軍入りを果たした。この年に開催される北京オリンピックに阿部が出場することを見越し、同年6月に横浜ベイスターズから鶴岡一成が加入すると、経験・打撃力などで上回る鶴岡に次ぐ第3の捕手としてチームを支えた。この年は前年に並ぶ28試合に出場し、2008年の日本シリーズにおいても阿部の代わりに5試合に出場するなど、プレーオフでは自身最多の出場機会を得た。同年オフに上原浩治がボルチモア・オリオールズへ、二岡智宏が北海道日本ハムファイターズへそれぞれ移籍したことで、翌年からは1998年ドラフト指名選手で最後の読売ジャイアンツ所属選手となった。2009年はオープン戦において低迷したことで完全に出遅れ、同年7月3日に昇格した。その後、9月20日に抹消されるまでに13打席において2死球を受け、負傷退場も経験するなど苦難の年となった。特に2009年9月4日の対ヤクルト戦(東京ドーム)においては、延長11回に高木啓充から頭部に死球を受けて交代したが、この時すでに巨人は加藤以外に捕手登録されていた阿部慎之助・鶴岡一成をすでに交代させており、急遽捕手経験のある木村拓也が捕手を務めるという事態も発生した(詳細は木村の項を参照)。2010年は捕手として1試合の出場、さらに守備機会も無かったが、2011年は開幕前に阿部が負傷離脱したことで、開幕2戦目となった4月13日の対東京ヤクルトスワローズ戦（東京ドーム）では内海哲也とバッテリーを組んで7回途中無失点に抑え、4月15日の東京ヤクルトスワローズ戦（東京ドーム）では澤村拓一の初登板・初先発でバッテリーを組んだ。2012年は、レギュラーシーズンでの出番は限られたが、11月1日の日本シリーズ第5戦には阿部の負傷もありスタメン出場。この試合の4回表の攻撃時、日本ハムの投手多田野数人が投じたボールに加藤はバントの構えから大きくのけぞり、倒れて頭を押さえた。主審の柳田浩一は当初ファウルボールと判定していたが、その後この投球が加藤の顔に当たったとして「死球」と判断し、多田野は危険球により退場となった。しかし、リプレイの映像では投球は加藤の頭には当たっておらず、評論家からはこの判定を疑問視する声があがっており、加藤が死球を装ったのではないかという疑義も持たれた。加藤は後に「ベンチに戻って映像を見たら当たっていなかったです。ボールが顔にめがけてきて、”当たった”と思っているから目もつぶっている」「何が起きたかわからず、その場に倒れてしまいました」「顔にボールが来ていたし、バントの構えからよけようとしたバットがヘルメットに当たったんだと思います」と述べたが、映像ではバットがヘルメットに当たっていない。（詳細は柳田浩一#誤審騒動も参照）2012年のアジアシリーズ制覇にも貢献。2015年は、阿部の一塁手転向や相川亮二の骨折離脱もあり出番が増加し、2度の猛打賞もマークするなど35試合出場・18安打はプロ17年目にして自己最多を記録した。ジャイアンツ時代は實松一成、矢野謙次、杉内俊哉、村田修一と共に松坂世代を盛り上げた。2016年には、小林誠司が一軍の正捕手に定着したことなどを背景に、一軍公式戦への出場機会が再び減少。通算では、わずか2試合の出場に終わった。球団では、加藤を翌2017年の戦力構想から外すことを前提に、加藤に対してスタッフへの転身を打診。しかし、加藤自身が現役生活を続けることを希望したため、球団は10月17日に加藤へ正式に戦力外を通告。事実上の退団に至った。1990年代にドラフト会議での指名を経て巨人へ入団してから、同球団で現役生活を続ける選手は、加藤の退団によって1人もいなくなった。加藤自身は、NPB他球団での現役続行を求めて、11月12日に12球団合同トライアウト（阪神甲子園球場）へ参加。捕手として参加した4選手では最年長（35歳）であったが、シートバッティング形式の対戦で、5人の投手に対して5打数1安打2三振という結果を残した。12月中旬まで練習を継続したが、NPB他球団から獲得のオファーを受けるまでには至らず、2017年1月に現役を引退した。