龍門寺が衰退したのちも龍門庄を巡る争いは続いている。永正7年（1510年）には興福寺と東大寺との間で龍門庄を巡り争いが起こった。この時は、越智正忠の仲介に入り和解している。大永2年（1522年）には、龍門庄民が団結して多武峰への年貢を勝手に納めなかったり半減し命令にも従わず、ついには罪人を成敗しようと入ってきた多武峰の使者を殺害する暴動が起こっている。この時、多武峰は衆徒を動員して、庄民の住宅を焼き、庄民を追い払おうとしたが、本善寺と越智氏が仲介して、破却をまぬがれた。その後、大和国は筒井順慶によって統一されるが、本能寺の変のあとに筒井氏は伊賀国へ国替えとなり、大和国は豊臣秀吉の弟、豊臣秀長が支配することとなる。文禄4年（1595年）の太閤検地により龍門庄は寺領庄園としての性格を解かれ、興福寺・多武峰その他の幾重にも重なった支配体制は解体され、龍門庄に含まれた村々は村単位で大名の領地となった。
吉野に南朝が置かれ、南北朝時代に入ると、龍門庄は南朝方に組み入れられることになった。しかし、南朝方、楠木正行らが四條畷の戦いで破れると、足利方の高師直が吉野まで攻め入り、龍門庄は足利方の一時、支配下に置かれる。この時に龍門庄は両方から課税されるという複雑な立場にあった。その後、龍門庄は南朝の牧堯観（牧定観の子息）の支配下に入った。堯観は牧（現在の宇陀市大宇陀牧）に館を構え、背後には山城（牧城）を作っている。南北朝時代が終わると、再び興福寺領となるが、一山越えた多武峰妙楽寺の勢力や小川氏（現在の東吉野村の豪族）の勢力が入ってくるなどしている。特に多武峰とは紛争となった。この時は、多武峰が興福寺の代官となって龍門庄を支配することになったものの、その後も興福寺と多武峰の争いは続いている。応仁の乱に至っては、龍門庄にも兵火が及び、永正3年（1506年）7月、大和国に攻め込んできた細川政元の家臣赤沢朝経が龍門庄に侵入して龍門郷を焼き討ちにしている。この頃から龍門寺は衰え、廃寺となったようである。
元慶3年（879年）には清和上皇が龍門寺を参詣し、供奉の源昇、在原友于が大伴・安曇仙人の旧廬（きゅうろ）を見て、往時を偲び涙したという。寛平10年（898年）には、宇多上皇の巡礼で参詣している。この時に供奉した菅原道真、都良香が、仙房の扉に妙句を記したという。さらに寛仁4年（1020年）には藤原道長が、高野山参詣の途中に立ち寄っており、寛平年間には藤原継蔭の娘で歌人として著名な伊勢が訪れている。
イモータル・ルール はホワイトドワーフ 誌83号においてグレーム・デイビスによって論評され、彼はこのセットを「D&D ゲームシステムの頂点」と述べた。デイビスは、キャラクターの成長における重大な変化であり、このセットは以前の拡張セットとは全く別のゲームのようであることを見いだしたが、イモータル・ルールはこのような高レベルのキャラクターにとって「起こり得たかもしれない、非常に甚だしいAD&D 式のルール拡張に比べれば、はるかに好ましい」と結論した。デイビスはこのセットを実際にプレイすることは想像もできなかったが、非常に興味深いと感じた。彼は「より重要な局面に進んでゆく本当の興奮があり、イモータルのキャラクターが獲得する大きなパワーは、経験豊かなDMがたいていの状況において致命的な限界突破主義を避けるために使用することができる抑制と均衡によってうまく相殺される」と述べた。デイビスは「D&D のゲームグループに必要不可欠な製品ではないが、興味深く、熟考されたものである。熱心な収集家はこれを逃したいとは思わないであろう。また高レベル帯の非イモータル・キャンペーンを運営しているDMは、これに掲載されている情報のいくらかは興味深いことを見いだすであろう」と述べて論評を締めくくった。ケン・ロルストンはイモータル・ルール セットをドラゴン 誌127号で論評し、「神々をプレイするための精妙で、独創的で、複雑なルールシステム」、「無限に多様な別宇宙への旅や接触に理論的根拠を提供する」と述べた。ロルストンはこのシステムは「巧妙、複雑、抽象的、強力なものである。それはまた、多くの難解な思考パズルが散りばめられており、かなり高い知性が要求される」と述べた。彼は、このシステムはD&D ゲームと互換性はあるが、新たなデータ、攻撃と防御方式、キャラクターの動機付けが完全に異なる等、本当に全く新しいゲームである、と指摘した。彼はルールの説明における明確性の欠如を批判し、プレイヤーキャラクターへのパワー・ポイントの追加は「呪文とパワーのややこしい相互作用をほとんど無限に引き起こす、GMにとっての悪夢」とみなした。彼はまた、このルールブックの神話に対する取り扱いが「かなり淡白」であったと感じ「イモータル・セットの最大の弱点」とし、「D&Dゲームにおける神々の精神的な洞察はほとんどなく、エピックキャラクターの道、物語、主題の情報は全くない。そしてまた善悪に関する要旨もあまりない。イモータル達の動機付けにしても、魂を揺さぶるようなものではなく、抽象的である。」と述べた。彼はまた、このセットがキャンペーン志向ではなくシステム志向であり、主題と神話をキャンペーンに適合させるのをDMまかせにしている、と批判した。ロルストンは「D&Dイモータル・セットを本当に必要とするのはごくわずかな人々のみである。神々を演じようとする人々は少数であり、そのDMをしようとする人々は更に少ない....一方で、イモータルのPC達という独創的な概念とシステムを提供したことは賞賛に値する。他方、ファンタジー・キャンペーンにおける作成済みの神々と宗教の機構と様式を提供しなかったのは、怠慢であり期待はずれである。」と結論した。ローレンス・シックは1991年出版の書籍ヒロイック・ワールズ で、「イモータル・ルールを使ったプレイは、低レベル帯のD&D とは、完全に別のゲームであるかのように異なる。」と記した。