本作発売の2週間前である1999年11月2日に、『クロノ・トリガー』のPlayStation移植版が発売された。特定の条件を満たすと『クロノ・クロス』に繋がる時間軸への分岐を描いたアニメーションムービーが流れるようになっている。ただし、後に発売された『クロノ・クロス』本編とは一部食い違う描写がある。なお、両作間でセーブデータの互換性やゲーム上の連動特典などは一切無い。その後、2008年11月20日にはニンテンドーDS移植版『クロノ・トリガー』も発売された。前述のPS版にあったアニメーションムービーの他、『クロノ・クロス』本編との関連を思わせる新イベント、新エンディングが追加されている。これらの追加イベントは後のフィーチャーフォン・スマートフォン移植版にも収録されている。
加藤自身が10ではなく9と評価されるゲームと語ったように、国内ではそれなりに高い評価を受け全部門にノミネートされるがすべて受賞には至らず、巨匠クリエイターによる企画と大々的に宣伝された前作の国内200万本以上に比べて、本作は60万本以上と売上を大幅に減らす結果となった。海外ではミリオンには至らなかったものの、高い評価を受け複数の賞を受賞するなどし、大手ゲームレビューサイト「GameSpot」では10.0と非常に高いスコアを誇っている。しかし加藤自身は「9点が最高のほめ言葉。絶対にヘンなゲームですからね」と語っている。
当初は前作に登場したサラとジャキ（魔王）のアフター・ストーリーとして本編シナリオが展開されることになっていたが、パーティーメンバーが総勢45人という仕様になった時点でこれを諦め、結果としてゲーム中で描かれることはなかった。終盤のイベントで、ルッカが遺した手紙をキッドが受け取るイベントがあり、その文中の一節に、パーティメンバー中の誰かの正体がジャキであるという推測を示唆しているものがあるが、これはジャキがパーティにいるという設定の元で開発初期に書かれたものであり、パーティに必ずしもジャキがいると断言するものではないため、あえてそのまま残されたもの。なお、『クロノ・クロス』の雛形である『ラジカル・ドリーマーズ』では、ギルと名乗る人物がセルジュ、キッドと行動を共にしている。このギルは、メインストーリーの「Kid 盗めない宝石編」においては、正体は『クロノ・トリガー』の魔王ジャキそのものである。『クロノ・クロス』にギル本人は登場しないが、ゲーム内で見られる手記に名前のみ登場する他、どこかにその面影が存在するとされる。
当初の企画では短いシナリオを予定していたため、町の住人全員を誰でも仲間にできるというシステムが予定されていたが、さすがに多すぎたためメンバーを絞り込むことになり、一旦は64名まで絞り込まれた後、最終的に製品版での45名に減らされることになった。ウーナ、リサ、ザッパのかみさんなどメインストーリーにほぼ絡まない人物にも顔グラフィックが存在するのはその名残である。開発中は、仲間になるキャラクター全員にそれぞれ独自のエピソードを盛り込むことが予定されており、各キャラクター別の個別分岐エンディングを用意するなどの案もあったが、メインシナリオが長くなったため開発期間が足りず、製品版に入らなかったイベントもいくつか存在したとされている。
もともと、『ゼノギアス』が『クロノ・トリガー2』という企画から発足しており、『ゼノギアス』制作後にチームが再編成して、改めて『クロノ・トリガー』の続編を作るべく発足したのが『クロノ・クロス』の制作チームである。そのため本作には『ゼノギアス』との類似点が多々存在し、戦闘システムなども『ゼノギアス』のものを発展させた形となっている。また、『ゼノギアス』のデモムービーで使われていた、「さあ、愛に血を流させてやろう！地獄の海のように、紅く……深く……！」という台詞も、『ゼノギアス』本編ではなく、『クロノ・クロス』本編で使われている。
仲間になるキャラクターは正式にパーティーに加わった時点で名前を変えられる。ただし、前作の主人公である「クロノ」という名には変えることができない。ここではデフォルト名を記す。キャラクター名の後ろの括弧内に英語表記を記す。日本版と北米版で名称・綴りが異なるキャラクターは、攻略本『アルティマニア』に掲載されている日本版のラテン文字表記には「日本版：」、北米版での表記に「北米版：」を記す。
前作と同じくマルチエンディングが採用されており、1周目でも普通に最終ボスを倒すだけではスタッフロールとエンディングテーマしか流れないバッドエンディングになる。真のエンディングを見るためのヒントはゲーム中でさり気なく示される。また、前作同様2周目以降ではいつでもゲームクリアが可能になり、ストーリー途中のままクリアした場合、その後の展開が描かれるものからオマケ的なコミカルな内容のものまで、多数のエンディングが用意されている。
グリプス戦役終了から7日後、宇宙世紀0088年2月29日、アクシズはミネバ・ラオ・ザビを戴き、新たなるジオン「ネオ・ジオン」を僭称。各コロニーへ進軍、制圧を開始する。彼らにとって最大の障害がパイロットの大半を喪失したといえ、いまだ健在であるエゥーゴの旗艦アーガマであった。アーガマ追討命令はハマーン・カーンへの個人的忠誠心の強いマシュマー・セロを指揮官とするムサイ級新造艦（新訳Ζガンダムではアクシズの主力艦として既に実戦配備されていた模様）エンドラ隊に下される。カミーユ・ビダンの個人的事情（精神疾患）を知らないネオ・ジオンにとって彼とΖガンダムは戦局を一変させかねない力を持っているとみなされた。マシュマーはΖガンダムの撃墜または鹵獲とアーガマ撃沈を当初の作戦目標とする。雑誌企画『ガンダム・センチネル』では、このコロニー進軍前後（つまり宣戦布告前後）に地球連邦軍教導隊の一部将校が起こした「ペズンの反乱」において、月のエアーズ市から脱出したニューディサイズを回収、保護して廃棄予定だったモビルアーマー、ゾディ・アックを譲渡した上でニューディサイズを追撃してきたα任務部隊の足止めを行っている。