地上デジタル放送への移行に伴う特需とエコポイントで売上を伸ばしていた家電量販店業界は、一転してその反動減に見舞われた。そのため、当社も2011年（平成23年）8月以降、売上高が対前年比で約30%落ち込んで存続の危機を迎えることになった。それを受けて、イオングループが資本・業務提携して子会社化し、当社の屋号を維持しながら営業を続けると支援を申込み、当社の主取引銀行である西日本シティ銀行もこの提携を歓迎していた。しかし、この提携交渉は不調に終わり、実現しなかった。景気低迷や他社との競争激化に伴う業績不振に不正郵便問題など伴う信用失墜が重なり2010年（平成22年）2月期の連結決算が期初予想よりも損失が拡大すると共に2期連続の営業赤字となることなった責任を取って、2010年（平成22年）1月12日付で濱田孝社長と有薗憲一会長が代表取締役を退いて非常勤取締役となり、同年5月の株主総会後に退任することになった。これを受けて、2010年（平成22年）1月12日付で深澤政和代表取締役副会長が新社長に就任し、翌月2月に井澤信親が代表取締役専務に就任したが、僅か2ヵ月後の同年3月20日に深澤政和社長と井澤信親専務は共に代表取締役を退いて取締役となるなど、経営陣の内紛が表面化することになった。これに伴い、同年5月の定時株主総会で濱田孝と有薗憲一、深澤政和と井澤信親を含む取締役18名中11名が退任し、経営陣を刷新することになった。
同業の株式会社さくらやは、2004年（平成16年）5月に投資ファンドのフェニックス・キャピタルが約70%を出資して経営再建に取り組んでいたが、2006年（平成18年）12月1日にさくらやの実施した第三者割当増資を24億9634万円で引き受けて40%を出資して同社を傘下に入れた。ベスト電器代表取締役副会長・グループCFOがさくらやの会長を兼務した。2008年（平成20年）3月10日には、残る株式40%も取得して完全子会社とした。2010年（平成22年）1月に業績の低迷していたさくらやの会社清算を含む「事業再構築計画」を発表した。そのうち、立地面から今後も一定の売り上げが見込めると判断された4店舗については当時提携関係にあったビックカメラが継承することになり、さくらや船橋店を同年2月21日にビックカメラ船橋駅店として開店したのを皮切りに、3月にかけてビックカメラの店舗として順次新装開店することになった。時計専門店WATCH.（ウオッチドット）はラオックスが引き継ぎ、“ラオックス WATCH.”として4月23日に新装開店した。同店ではさくらやの元従業員を一部再雇用している。それ以外の店舗は同年2月28日に全て閉店となった。株式会社さくらやは6月30日付で解散して清算手続に入り、2011年（平成23年）7月27日に東京地方裁判所が会社の特別清算の手続終結を決定して、さくらやは名実ともに消滅した。閉店後も扱っていた「HOT安心保障」は、ベスト電器のヤマダ電機傘下入り後の2013年（平成25年）2月28日を以って取扱が終了した。
2002年（平成14年）2月4日にデオデオとエイデンの他に上新電機とミドリ電化を加えた家電量販店4社連合と業務提携で基本合意したが、9月19日には同連合からの離脱とエディオンとの業務提携を解消を発表しており、この提携は実現しなかった。同時に当社を除いた3社とデンコードー、サンキューが提携することになった。（この5社連合「ボイスネットワーク」となったが、2004年（平成16年）10月に解消された。）同年6月には、第一家庭電器の経営破綻に伴って同社FCの一部店舗を当社のFC加盟店へ業務移管して店舗網を拡大した。2008年（平成20年）1月にエディオンがデオデオを介して同グループへの参加を打診したが、ベスト電器はこれを拒否した。しかし、明確な拒否回答はないとして、エディオンはデオデオを介して取得したベスト電器株式約3%を継続保有し、引き続き提携を模索し続けた。
T・ZONEが福岡店を撤退した際に当社が協力したことをきっかけに、2001年（平成13年）6月16日にT・ZONE渋谷店に「デジタル家電コーナー」を共同出店を行った。
国鉄ナエ9900形・オエ9920客車は、かつて日本国有鉄道（国鉄）に在籍した事業用客車（救援車）である。1953年（昭和28年）6月1日に施行された車両称号規程改正（改番）によって創設された形式で、3軸ボギー台車を有する救援車のうち、制式によらない木製のものが重量によって、ナエ9900形またはオエ9920形のいずれかに分類された。ナエ9900形の旧形式はナヤ9930形およびナヤ9990形で、いずれも1928年（昭和3年）に施行された車両称号規程改正以降に木製雑形ボギー車の改造によって誕生した形式である。9990形は10両、9930形は1両が製作されたが、1953年の改番時点では9990形のうち7両と9930形1両が残り、改番により8両が本形式となった。そのうち2両が旧山陽鉄道、3両が旧官設鉄道、3両が旧日本鉄道の客車である。ただし、山陽鉄道系のナヤ9990→ナエ9900の実車は2軸ボギー車に振り替えられて、同じく山陽鉄道系のナヤ9992→ナエ9901も2軸ボギー車に振り替えられたか、あるいは2軸ボギー車に改造されている。また、日本鉄道系の3両は落成したのは同社の国有化後だが、日本鉄道式の番号を割り当てられ、設計も日本鉄道に準じている。オエ9920形の旧形式はナヤ9910形およびオヤ9920形で、ナヤ9910は元々1928年の称号規定改正に伴い、職用車のナヤ9015を改番したものだが、その後救援車に改造されたものである。後に9911, 9912の2両が加わった。一方オヤ9920は終戦後に木製雑形ボギー車の改造により誕生した形式で9920, 9921の2両が存在するが、うち9920は実車は1947年に廃車となったオハ34 45に振り替えられたものであったため、1953年の称号規定改正により制式鋼製2軸ボギー車の形式・番号を与えられ、スエ30 1となった。結果として、改番により4両が本形式となった。