カラ・ムスタファはベオグラードに逃れ、敗軍を建て直し連合軍に対する反撃を準備していた。しかし帝国の宮廷では、カラ・ムスタファの強権的な執政に不満をもっていた政敵たちの策動が功を奏し、ベオグラードにはメフメト4世の名をもってカラ・ムスタファの処刑を命ずる勅令が届けられ、12月25日に処刑された。連合軍の側ではローマ教皇インノケンティウス11世がトルコ人に対する同盟結成の呼びかけを行い、オーストリア、ポーランドにヴェネツィア共和国を加えて神聖同盟が結成された。神聖同盟は引き続きオスマン帝国の支配下にあった東ヨーロッパの各地に侵攻、大トルコ戦争が勃発した。一方のオスマン帝国では、カラ・ムスタファの刑死後は政府内に指導者を欠き、混迷するオスマン軍は連合軍の前になすすべなく連敗を重ねた。帝国はオーストリアにハンガリー、トランシルヴァニアを、ポーランドにポドリアを、ヴェネツィアにモレア戦争でモレア半島を奪われ植民地モレア王国（1688年 - 1715年）が成立、アドリア海沿岸の諸都市を奪われ、さらに1686年にはロシアが神聖同盟に加わってクリミア、アゾフに侵攻を開始した。オスマン帝国の勢力は東方に大幅に押し戻され、一時はバルカン半島支配の要衝であるベオグラードまで失われることになる。1689年に再びキョプリュリュ家から登用された大宰相キョプリュリュ・ムスタファ・パシャ率いる反攻によってオスマン帝国は戦況をある程度挽回するが、ムスタファ・パシャは1691年に戦死し、大局を覆すに至らなかった。戦争は長期化するにつれて大同盟戦争の勃発による遠征軍引き抜きや神聖同盟間の不和が表面化して戦線が膠着化するが、16年間にわたって続き、1697年のゼンタの戦いが神聖同盟の決定的な大勝利となり交渉が進展、1699年にカルロヴィッツ条約が結ばれてようやく終結する。カルロヴィッツ条約でオスマン帝国はベオグラード周辺を除くハンガリー王国の大部分（ハンガリー中央部、トランシルヴァニア、クロアチアなど）をオーストリアに、アドリア海沿岸の一部をヴェネツィアに、ポドリアをポーランドに割譲することを認めた。翌年にはロシアと個別の講和を結んでアゾフの割譲を認めている。
9月12日、ポーランド・オーストリア・ドイツ諸侯の連合軍がウィーン郊外に到着、ウィーンとその周辺を見下ろすようにしてウィーン市西の丘陵上に展開した。連合軍は右翼にヤン3世率いるポーランド軍3万と、左翼にオーストリア軍及びドイツ諸侯の連合軍4万を配置し、オスマン軍と対峙した。この日までにオスマン軍はウィーンの防衛線に突破口を開きつつあったが、ウィーン守備軍の必死の抵抗によりウィーンは辛うじて守られていた。オスマン軍は数の上でも依然としてウィーン守備軍と連合軍の合計を上回っていたが、長引く包囲戦により士気は低下しており、装備も旧式で不十分であった。またクリミア・タタール軍などオスマン軍の一部は強権的なカラ・ムスタファに反発しており、大宰相に対して非協力的ですらあった。偵察を放ってオスマン軍の情報を探っていたヤン3世はこのような状況を掴んでオスマン軍の防備体制が弱体であることを見抜いた。連合軍による攻撃の開始は翌9月13日が予定されていたが、ヤン3世は到着した9月12日の夕刻に連合軍に総攻撃を命じた。偵察によってカラ・ムスタファの本営の位置を正確に把握していたポーランド・リトアニア共和国軍精鋭の有翼重装騎兵「フサリア」の3000騎はオスマン軍陣地の中央突破を敢行しこれを分断、そのままムスタファの本営までまっすぐ突撃し大混乱に陥れた。わずか1時間ほど続いた戦闘によってオスマン軍は包囲陣を寸断され、散り散りになって潰走した。夕暮れで暗くなったために追撃は早々に打ち切られ、カラ・ムスタファは無事に逃げ延びることができたが、戦闘はオスマン軍の惨憺たる敗北に終わった。ヤン3世はガイウス・ユリウス・カエサルの言葉に倣い、「来た、見た、神は勝利した。」と語った。
マルセリーヌ・ジョーンズの死体の傍でタイプライターで書かれた書付が発見された。この書付の日付は1978年11月18日となっており、マルセリーヌのサインがなされており、ムーアとマリア・カツァリスが証人として署名していた。私、マルセリーヌ・ジョーンズは私名義の銀行口座の資産をソビエト連邦共産党に贈与します。この上記銀行口座は、バハマ・ナッソーのノヴァ・スコシア銀行の口座です。どうか、この財産をソビエト連邦へ届けてください。私は、養子のスザンヌ・ジョーンズ・カートメルの手にこの財産が渡ることが無いように強く望んでいます。この手紙を見つけたどなたか、どうかこの望みを引き受けてください。これは、私と私の夫・ジェームズ・W・ジョーンズの最も大切な願いなのです。ムーアもまた書付を残していた。その中の一文で次のように残している。「私は今、私自身なぜこんなものを書いているのか分からないほど世界に対して憤慨しています。これを見つけた人は、私が狂っていたかと信じるか、ジョーンズタウンには有刺鉄線などなかったと信じるかのどちらかでしょう。」そして最後の行（「お前たちが私たちに安寧の中で生きることを許さなかったから、我々は死ぬのだ。」）は、別の色のインクで書かれていた。ムーアの書付の中で、この日に起こった惨劇について、他に具体的な言及は無かった。ムーアはまた次のように書いている。「ジョーンズタウン - かつて存在した最も平和で愛に満ち溢れたコミュニティ」加えて、「ジム・ジョーンズ - この楽園を作り上げた人 - 世間で語られていた嘘とはまったく正反対の人です。権力に飢えたサディスティックで下劣な人物で、自分をこともあろうに神だと考えていた、などという嘘とは」とも書き遺している。そして、「彼はレイシズム、性差別、エリート支配、そして主に階級主義を嫌悪していました。それが、彼に人々のための新たな世界 - ジャングルの中の楽園 - を創設させたのです。子供たちはそれを愛していました。他の人達もそうでした。」とも書いている。キャロライン・レイトンの死体の傍では、レイトンのサインがなされ、カツァリスとムーアが証人として署名した手書きの書付が見つかった。日付は1978年11月18日となっており、次のように書かれていた。「これは私の最後の望みであり最期の言葉です。私は自分の署名がある銀行のすべての資産をソビエト連邦共産党に遺贈します。」