2006年版の映画に合わせる形で、『ビッグコミックスピリッツ』2006年第5・6合併号から2009年第4・5合併号まで連載された。単行本は小学館ビッグコミックスから全15巻で発売された。基本ストーリーは原作に沿っており、舞台も日本であるが、時代設定は東京スカイツリーの完成した姿が描かれていることから、2011年以降であることがうかがえる。小松左京の原作を基にしながらも、それを大きく変更した2006年版の映画の要素を部分的に取り込みかつ批判し、それらを包括する物語を構築している。また、1970年代には存在しない科学観や日本社会・国際社会の現代的問題点に言及し、2000年代の社会に即したものとなっているほか、原作では序盤にしか登場しない郷六郎が本作ではキーパーソンとなっている点も異なる。最終回では、テレビドラマ版主題歌「明日の愛」の歌詞が大々的に引用された。
19XX年、伊豆半島・天城山が突然噴火した。さらに小笠原諸島沖では無人島が沈没する不可思議な現象が起こった。富士火山帯の異変の謎を探るべく、地球物理学者の田所博士は日本海溝に潜るが、その海底では常識を覆す光景が繰り広げられていた。列島全域で大地震が起こる異常事態の中、日本政府は極秘裏に、田所博士を総責任者とする「D計画」を発足させる。そして田所博士は、異変の果てにある恐るべき結末を告げた……
連載後、秋田書店から単行本が発行されたが絶版。1995年に講談社漫画文庫から復刊されている。折しも発生した阪神・淡路大震災について、原作者である小松左京が寄稿している。さらにリメイク映画の公開に合わせ、2006年には講談社から廉価版が、リイド社から単行本が発売された。ストーリーは比較的原作に忠実であるが、原作には存在しない阿部玲子の弟が登場する。また、1973年公開の劇場版と似たストーリーが展開され、ラストシーンも若干、原作と異なっている。
『日本沈没』（にほんちんぼつ）は、小松左京のSF小説『日本沈没』を原作とした漫画。1970年代にさいとう・プロが『週刊少年チャンピオン』に連載した作品と、2000年代に一色登希彦が『ビッグコミックスピリッツ』に連載した作品の2作がある。
陸軍の構想は無線誘導方式の空対艦ミサイルを企図したものである。イ号一型乙は九九式双発軽爆撃機、キ102双発襲撃機への搭載が予定されていた。母機は目標（主として艦船）から10kmから11km離れた地点まで進出し、投下高度700mから1,000mで本誘導弾を投下する。誘導弾は2秒後にエンジンに点火し、ロケット推進によって飛行する。母機は無線誘導のため目標から4,000mの距離まで接近した。イ号一型乙は、イ号一型甲よりも近距離の目標を狙うこととされた。この投下方式では母機は長時間の誘導と目標への接近を余儀なくされるため艦隊を護衛する戦闘機に狙われる可能性が高くなるが、人間が操縦し無線誘導弾より射程に優れる桜花を搭載した一式陸上攻撃機は重量により回避行動が難しいため、直掩機に守られながらも切り離し前に撃墜されるなどして十分な戦果をあげられなかったことを考え合わせても、十分な制空権を持たない状況で艦艇に接近し続けることは相当な被害率を出すことが予想された。
高翼形式に木製の主翼を備えており、胴体は金属製の骨組みにトタン板を張って製造された。胴体の中央部やや前寄りに主翼を配し、胴体後尾に双尾翼式に垂直尾翼と噴射ノズルを備える。誘導方式は手動指令照準線一致誘導方式で動力には特呂一号二型液体ロケットを使用している。このエンジンは燃料に過酸化水素水を使い、触媒として過マンガン酸ソーダ液を用いた。この二種類の薬液を圧搾空気で燃焼室に送り込み、150kgの推力を80秒間発生させた。
柿の種（総称）は、いわゆる乾きもののおつまみの定番として根強い人気がある。柿の種（あられ）の製法は、もち米またはうるち米を細かく砕き粉末にしたものを蒸し、よく練ってから冷蔵庫で冷やして固め、固まったものを柿の種の原型の大きさに切断する。それをよく乾燥させた後、オーブンで焼いて膨らませ、柿の種の形をつくる。形ができた柿の種の表面に味を付けて完成となる。焼きの工程のオーブンの器は食材がよく裏返って全体が均一に焼けるよう五角多面体で、それが回転する。一般の煎餅と同じく柿の種（あられ）は湿気を取り込みやすいため、缶入りという販売形態が古くから執られてきている。しかし、合成樹脂フィルムやアルミニウム素材を用いた防湿包装技術が発達するに連れて袋型パッケージが主流となり、缶入りのほうはやや高級感のある商品やまとめ買い用の商品という位置づけにシフトすることで存続した。袋型パッケージのほうはその後も個包装やジッパー付きパックの登場でますます防湿性が高まっていった。また、割れに強いペットボトル入りも少なくとも2010年代後期後半には登場している。なお、亀田製菓では、個包装6つ入りの大袋の場合、工場に包装用ロボットを導入して以降、少なくとも2010年代半ば以降は、内容量をロボットが瞬時に計測し、個包装6つの合計重量が同じになる組み合わせを割り出して仕分けている。唐辛子と醤油で味付けされた赤みがかったものが元来の柿の種（あられ）であるが、多くは着色料も添加している。着色料は紅麹系の入った赤色系が多いが、美濃屋あられ製造本舗などの商品についてはコク出しのために使用されるカラメル色素を使った黒いものも存在する。塩だれ、ワサビ、チョコレート、マヨネーズ、青のり、チーズ、梅しそ、カレーパウダー等で味付けされた商品もある。また、柿の種（あられ）や柿ピーを一食材として他の食材と組み合わせた商品（アソート商品）も珍しくない。例えば、亀田製菓の「もち種あられ」は柿ピーと粒餅のアソート、同じ亀田製菓の「なないろ小町」は柿の種（あられ）をあられ7種の一つとするアソート、また、ブルボンの「おつまみ柿種」は柿の種（あられ）をメインに他のあられ3種とバターピーナッツという合計5つの食材からなるアソート商品である。