高田三郎は村の子が持っている常識が通用しない転校生。村の子供達は三郎の異様な言動に戸惑いながらも野良遊びを通して親交を深めてゆく。嘉助達は、利発で力もある三郎少年に魅かれながらも、最後には村の子達だけで結束して三郎を疎外してしまう。それからふっつりと三郎との交流が途絶え、永久に遊ぶ機会を失ってしまう。嘉助は、三郎が去ったことを知らされた時、三郎の正体は、やはり伝説の風の精だったと結論づけて物語が終了する。少年たちが野良遊びを楽しみながら墜落死や溺死を危うく回避する経験を通して、「魔」の本質を見抜き、本能的に団結して仲間から魔を追い出してしまうことで幼さを卒業する。しかしその代償として二度と風の精とは遊べなくなってしまうという、命を賭けた通過儀礼のプロセスが作品中に織り込まれている。三郎は単なる転校生だったという説、風の又三郎が化けていたという説のほか、よそ者である三郎に又三郎が憑依していたなどの説があるが、賢治は彼の正体を分からずじまいで終わらせている。子供たちの遊びの描写を通して、現実世界と土着的信仰との間で揺れる子供特有の精神世界を鮮やかに描いている。作者の他の作品に比較して幻想的要素が希薄で著しく現実的である。先駆作「風野又三郎」からの変貌ぶりは作者最晩年の創作姿勢の変容を体現したものとして意義深い。
賢治自身が書き残した創作メモや、発表の意思を伝えた上記の書簡でもタイトルは先駆作品と同じ「風野又三郎」であり、自ら「風の又三郎」と書いたものは現存しない（草稿では流用した先駆作品のタイトルがそのままになっている。また自筆の表紙が付されていたとされるがこれも現存しないため、この表紙の表記がどのようになっていたかは不明）。しかし、作中の表現はほぼすべて「風の又三郎」に書き改められていることや「風野又三郎」とは明らかに内容が異なることから、最初の出版（1934年の最初の全集）以来「風の又三郎」が用いられて今日に至っている。なお、現在の全集の最新版である「【新】校本宮澤賢治全集」（筑摩書房、1996年）では「風〔の〕又三郎」と、タイトルに校訂部分を表す〔〕が入っている。
「私、梶聡一郎は、3日前、妻の啓子を、自宅で首を絞めて、殺しました」県警捜査一課強行犯係指導官、志木和正警視は、連続少女暴行事件の捜査に当たっていた。犯人確保の電話を待つが、かかってきた電話の内容は、上司からの「現職警察官による、妻の殺人の取り調べを担当せよ」という依頼だった。自首してきた犯人、元警察官の梶聡一郎は、アルツハイマー病に侵された妻の啓子を殺害した動機、経緯についてすべて正直に話し、事件は「完落ち」で終わるかに見えた。だが、事件が発生してから出頭するまでの「空白の二日間」について、梶は一切の供述を拒否する。その後、家宅捜索と新聞社によって、「空白の二日間」に梶は歌舞伎町へ行ったらしい事がわかった。また、梶の自宅には「人間五十年」という奇妙な書が残されていた。「空白の二日間」の供述をじっくりと取ればよい、と考えていた志木だが、「歌舞伎町」の悪いイメージが独り歩きすることを恐れた上層部は、保身のため、梶に虚偽の供述をさせるよう志木に強制する。事件は検察にまわされ、志木と面識のある地方検察庁三席検事、佐瀬銛男は、供述が捏造であることを見抜き、警察内部の調査を進めようとする。志木に捜査を託された佐瀬は、県警に無断で検察による梶の家宅捜索を行うが、肝心な物証はすでに県警に持ち去られた後だった。いよいよ警察本部の調査に乗り出そうとしたとき、横領の疑いで以前から内偵を受けていた検察内部の人間が、置き引きにより県警に逮捕される。上位捜査機関である検察の人間が、下位組織の警察に逮捕されるなどということは、検察にとってあってはならない恥辱である。県警は検察に「逮捕は検察内部の調査により行われた」こととする代わりに、梶の事件について、供述の捏造を黙認するよう取引を持ちかけた。検察は取引に応じ、県警の不正を暴こうとした佐瀬の努力は闇に葬られる。偶然にも、佐瀬の口論を聞いてしまった東洋新聞支局記者 中尾洋平は、独自に調査を開始し、梶聡一郎の「空白の二日間」と「供述の捏造」を説明するための情報を集め始める。駆け引きの末、ついに一大スクープを得たが、警察、検察の隠蔽にあい、立ち消えとなってしまう。佐瀬と同期生の居候弁護士 植村学は、被害者の姉（＝梶の義姉）である島村康子に、梶の弁護を引き受けたいと持ちかける。その裏には『人権派で名を上げたい』という考えがあった。梶の私選弁護人となった植村は、島村から梶は歌舞伎町に行ったことをつかむが、梶からは証言を得ることができなかった。この不完全な証言では不利になると考えた植村は、島村の証言を公表しなかった。時間がたち、事件も忘れ去られたころ、裁判官の藤林圭吾は、この事件の担当になる。警察発表に疑念を持ちつつ、初公判に臨むが、警察、検事、弁護士までが、「空白の二日間」について口をつぐんでいた。現実に藤林は驚愕するが、高名な裁判官だった父もアルツハイマー病に侵されており、梶の妻のように「自分がまともなうちに殺してくれ」と、妻に頼んでいたことを知る。裁判で、佐瀬は梶を厳しく糾弾しながらも、懲役4年という短い求刑をする。藤林は真相の解明を諦め、その求刑を受諾することにした。定年間近の刑務官 古賀誠司は、新しく迎えたおかしな受刑者、梶聡一郎の処遇に困っていた。そこに志木という男からたびたび電話が入るようになる。そして遂に志木は、「人間五十年」の謎の解明に成功する。