横浜市営地下鉄3号線の計画は、1963年（昭和38年）3月に横浜市交通局運輸調査室が提出した報告書が発端になっている。その報告書の中で、現在のブルーラインの戸塚駅-あざみ野駅とほぼ同一経路の、戸塚駅-上大岡駅-横浜駅-新横浜駅-江田駅の32.0kmが提案された。1966年（昭和41年）7月の都市交通審議会答申第9号の提案をもとにして、10月に可決された横浜市条例 昭和41年第65号「横浜市交通事業の設置等に関する条例」の中で4路線の中の一つとして、3号線の建設が決定した。経路は、本牧付近（三渓園）-本町（神奈川県庁前）-桜木町-横浜駅-勝田（港北ニュータウン）の19.2kmである。1967年（昭和42年）3月に、上大岡駅-港町（現 JR関内駅）・北幸町（横浜駅）-山下町（横浜マリンタワー付近）の鉄道事業免許を取得した。しかし神奈川県警察本部庁舎・横浜税関本関庁舎・神奈川県庁本庁舎の前を通る海岸通りの地盤が予想以上に悪かったため、1973年（昭和48年）9月に港町-山下町の区間を、国道133号（通称 コンテナ街道）の下を通る尾上町（現 横浜市営地下鉄関内駅）-山下町（現 元町・中華街駅）に変更した。また建設大臣には尾上町-県庁・県庁-山下町の2区間に分割して工事施工認可申請を行い、1975年（昭和50年）5月・9月に認可を取得した。しかし9月と12月に横浜港湾労組協議会・横浜船主会などの港湾業界から、地下鉄建設工事で交通渋滞が一層激しくなり、港湾からの貨物輸送に大きな影響を受けることを懸念し、工事着手の延期を願う陳情書が提出された。そのため運輸大臣の建設認可が下りず、尾上町-山下町を建設することができなくなった。港湾業界との折衝の結果、工事着手は首都高速横羽線山下インターと山下長津田線の完成後とすることで合意した。なお横浜-尾上町については、1976年（昭和60年）9月に開業している。 その後、みなとみらい地区の開発がはじまり、輸送需要の増加が期待されたことから、1985年（昭和60年）7月に運輸政策審議会答申第7号で「みなとみらい21線」（東神奈川-みなとみらい21地区-元町付近-本牧町-根岸）が提案された。これにより1988年（昭和63年）に横浜市議会の全員協議会で、3号線 尾上町-山下町の建設計画を廃止すべきとの結論に至り、1990年（平成2年）4月に3号線の鉄道事業免許の廃止が許可され、同日付で横浜高速鉄道に鉄道事業免許が発行された。2004年（平成16年）2月に横浜高速鉄道みなとみらい線（開業区間・横浜駅 - 元町・中華街駅、計画区間・元町・中華街駅 - 根岸駅）が開業した。なお第2期開業時に関内駅構内に3号線のためのホーム（1・3番線）を先行して設置しており、関内駅開業までに上永谷車両基地の完成が間に合わなかったことから関内仮検車場として使用していた。現在は1番線を撤去、3番線を回送列車の留置線として使用している。
詳細は、末尾の年表 を参照。1987年度の第14期女流名人位戦を皮切りに女流タイトルを次々獲得。林葉直子、中井広恵との三強を形成した。林葉が将棋界を離れた後も、中井との二強時代が続いた。1996年7月には、3年間遠ざかっていた女流王将に返り咲き、女流名人、女流王位、倉敷藤花と合わせて女流四冠独占を達成。これにより文部大臣表彰も受けた。同時期に羽生善治が七冠タイトルを独占していたことから、俗に「女羽生（おんなはぶ）」と呼ばれた。1996年7月17日に文部大臣表彰、1997年に都民文化栄誉章をそれぞれ受ける。2000年、5期目の女流王将を獲得してクイーン王将となり、他の3タイトルのクイーン称号と合わせてクイーン四冠を達成。同年10月1日、女流棋士として史上最高位となる女流六段に昇段した。2004年、中井広恵と、女流棋士では初の百番指しを記録。この時点での対戦成績は清水の60勝40敗であった。2008年度、2009年3月5日に第35期女流名人位戦五番勝負を制して矢内理絵子から女流名人を奪取し、女流タイトル獲得最年長記録を更新した（40歳1か月。それまでの記録は、斎田晴子の39歳11か月での倉敷藤花獲得）。2010年度、コンピュータ将棋ソフト「あから2010」と対戦して敗北。10月28日、第32期女流王将戦三番勝負で里見香奈に敗退し、1992年から常にタイトルを1つ以上保持し続けていた清水は、18年ぶりに無冠となった。2011年度、2012年2月19日に第5回大和証券杯ネット将棋・女流最強戦準決勝を対局し、女流公式戦年間対局数記録を更新した（49対局）。また、3月22日に第39期女流名人位戦A級リーグ戦で中村真梨花女流二段に勝ち、女流公式戦年間勝数記録を更新した（40勝）。2011年度の最終成績は、55対局・40勝15敗であった。3月26日の第23期女流王位戦挑戦者決定戦で里見香奈に敗れ、女流王位戦連続登場記録が19年で止まる。2013年度、2014年3月14日の第25期女流王位戦挑戦者決定戦で中井広恵に勝利し、2012年2月以来のタイトル戦出場を決めた。2014年度、第25期女流王位戦五番勝負では甲斐智美に敗退。第36期女流王将戦三番勝負では香川愛生に敗退。第41期女流名人リーグを1位タイの6勝3敗で終え、プレーオフを制して挑戦権を獲得したが、五番勝負では里見香奈に敗退。2015年度、第42期女流名人戦挑戦者決定リーグでは8勝1敗で2年連続の挑戦となるも、五番勝負では里見香奈を相手にフルセットに持ち込むも敗退。2016年度、第43期女流名人戦挑戦者決定リーグでは旧Ａ級リーグ時代を含めて最上位リーグで初の負け越しを喫し、第14期に昇級して以来初の最上位リーグ陥落。2017年度、2018年1月19日の第45期女流名人戦予選でカロリーナ・ステチェンスカに敗れ、女流名人挑戦者決定リーグ連続在位記録が31期で止まった（女流名人在位、女流名人リーグA級時代を含む）。第29期女流王位戦では挑戦者決定戦に進出するも、渡部愛に敗れて挑戦権獲得ならず。2018年度、9月10日の第8期女流王座戦挑戦者決定戦で伊藤沙恵に勝ち、2015年度の第42期女流名人戦以来となる約3年ぶりのタイトル挑戦を決め、女流タイトル挑戦最年長記録を更新した（49歳8か月。それまでの記録は、山田久美の47歳8か月での倉敷藤花挑戦）。里見香奈との五番勝負は0勝3敗のストレート負けに終わった。