奈良時代に書かれた『懐風藻』は、大友皇子の伝を同情的に書き、『書紀』と異なり大友皇子を「皇太子」とするが、天皇とは呼ばず、即位したとも書かない。伝の中では大友のことを「皇太子」だと繰り返して書く。『懐風藻』には大友の子葛野王の伝もあり、そこでも葛野王は「大友太子の長子」とある。谷森種松は、『懐風藻』が天智天皇のことを「淡海先帝」とことさらに「先」の字を付けて書いたのは、淡海後帝の存在を暗示するもので、大友皇子の即位を知らせようとしたのだと考えた。伴信友がこれに加えて、序文が「淡海から平都」までの詩をとったというのに、淡海朝（近江朝）の詩人が大友皇子1人だけというのは、暗にこの1人が天皇だったことを示すと論じた。また『懐風藻』には大友皇子の最期を記すとき、「天命を果たさなかった」とあり、この「天命」の字を天皇の地位と解釈する説がある。ただ、この種の暗号説を用いれば、論者の都合でいかような解釈でも振り出すことができることは古代史ではよく知られており、今日学問的な論証として取り上げられることはない。
奈良の薬師寺の東塔には露盤があり、そこに銘文があって、「維清原宮馭宇天皇即位八年庚辰の歳」というくだりがある。清原宮とは飛鳥浄御原宮にあてられるから、この「天皇」は天武天皇である。天武天皇の庚辰年は680年である。『書紀』がいうように壬申年（672年）が天武天皇元年だとすると、庚辰年は9年になる。もし元年が癸酉（673年）なら8年で、計算があう。これは銘をいれた当時、持統天皇の時代に天武天皇元年が癸酉とみなされていた証拠であり、ひいては『日本書紀』が年数の計算を変更した証拠でもある。これは日下部勝皋が初めて指摘した。しかし『日本書紀』は即位が天武天皇2年の癸酉年にあったと記した上で元年を壬申年においているのだから、「即位八年」という表記は『書紀』の内容と食い違うものではない。
奈良時代に書かれた『続日本紀』には、天平宝字2年（758年）に淳仁天皇が藤原仲麻呂に恵美押勝の名を与えたときに、藤原氏の功績を称えて「近江大津宮の内大臣より（中略）君十帝をへて年ほとんど一百」と勅で述べたことが記されている。この「内大臣」は藤原鎌足のことで、近江大津宮は天智天皇が定めた都であるから、天智天皇からたどることにすると、天智天皇、天武天皇、持統天皇、文武天皇、元明天皇、元正天皇、聖武天皇、孝謙天皇、淳仁の9人にしかならない。弘文天皇を代数に入れるとちょうど10人になる。これに対しては、草壁皇子をあてれば10人になるという反論がある。
以下では、即位説を支える論点をまず記し、それに対して非即位説の立場からどの様な反論があるかを紹介する。どちらかの説が正しいという意味合いはない。
3月12日、曽国荃は梯子を利用して最初の攻撃を試みたが、守備兵に背後から攻撃され失敗した。その後清軍は朝陽門・神策門・金川門に合計10本の坑道を掘る作戦に転換した。太平天国軍はそれに対抗して城壁の背後にさらに壁を作る作戦をとった。6月1日、洪秀全は病死した。5日後、李秀成はすべての予備兵と文官を投入することを決定したが、既に遅かった。7月3日に紫金山の地保城が陥落した。清軍はここに砲兵を配備して砲撃を行い、坑道部隊を援護した。最終攻撃が近付いていた。7月18日、李秀成は守備兵千人に変装して坑道部隊を襲撃するように命じたが、清軍はだまされず失敗に終わった。翌日、清軍は太平門の下の坑道で爆破を行い城壁を破壊した。守備兵は防戦したが、防ぐことができなかった。清軍は4手に分かれて攻撃を開始した。王遠和軍は天王府を攻撃した。劉連捷軍は梯子によって侵入した朱南桂軍とともに神策門を攻撃し、両軍は儀鳳門を取るために西の獅子山に向かった。彭毓橘軍は通済門を攻撃した。蕭孚泗軍は朝陽門と洪武門を攻撃した。守備兵の抵抗は頑強で市街戦は激しいものとなった。しかし朝陽門の陥落後、守備兵の士気は衰え、羅逢源軍は聚宝門から侵入し、李金洲軍は彭毓橘軍とともに通済門から侵入した。同時に黄翼升が水軍を率いて中関を取り、川岸の要塞を落とした。さらに援軍の陳湜は水西門と旱西門を落とし、夜までに全ての門は清軍の手に落ちた。李秀成は朝の太平門での敗北ののち天王府に戻り、幼天王洪天貴福を連れて旱西門から脱出しようとした。しかし李秀成の数千の軍は背後から陳湜軍の攻撃を受け、清涼山に逃れざるを得なかった。夜、李秀成と残余の兵千人は太平門に行き、清軍に変装して、明孝陵から脱出することに成功した。清軍は略奪に忙しかったため見咎められることがなかったのである。略奪の後、街に火がつけられ7月26日まで炎上した。