以上のように、ソフトウェア特許が成立するためには、(1) そのソフトウェアに新規性(特許法第29条1項3号)・進歩性(特許法第29条2項)を備えていなければならない。ごく当たり前の技術や方法が特許になることは、そもそも特許制度の立法趣旨に沿ったものではないからである。また、(2) ハードウェア資源上のデータ構造や具体的な仕組みが明確にされ、そのハードウェア資源の仕組みが、アルゴリズムであるソフトウェアとどのように協働して動作しているかが、情報処理動作として、実施可能要件（特許法第36条第4項1号）を満たすように明確に示されなければならない。この本質論が記載できるか、記載できないかは、出願する代理人や担当者が、コンピュータの動作原理やソフトウェア工学を本質的な切り口で上手に理解できるか、できないかに深く関わっているものと考えられる。コンピュータのソフトウェアにおける技術思想をもとに発明を記載する際には、本来、どのような構成が本質的な技術的思想を形成する根拠となり得るのかについて十分な検討を要するものであり、発明をする人や、出願をする人には、十分な熟考と責任が求められるようになるものと考えられる。一方で、特許庁の特許審査をより質の高いものとすることで、安定した権利を付与することや、実務上の運用がバラバラになっている難解なコンピュータソフトウェアの審査基準の扱いを明確化して、多くの人に受け入れられるような改訂審査基準として示すこと等も求められつつある。参考文献「新たな分野における特許と競争政策に関する研究会報告書について(公正取引委員会)」 「ソフトウェアの法的保護とイノベーションの促進に関する研究会（経済産業省）」
「ソフトウェア特許」について、誰しもが受け入れられる定義や、何が正しいか、そうでないかを定義づける統一的な規定が存在しない。これは、ソフトウェア特許における「機能的クレーム」が原因であると考えられる。米国においては、請求項の記載が、有用で(useful)、具体的で(concrete)、実体的な(tangible)技術的要素については特許可能性があることが明確化されている。欧州においては、請求項の記載と明細書の全体から、その発明に技術的な構成が含まれているかが重要視される。技術的効果・技術的寄与を備える構成については、特許可能性があることが明確にされている。日本においては、発明は特許法第2条の「自然法則を利用した技術的思想の創作のうち高度のもの」であることを要し、コンピュータソフトウェア審査基準において、「ソフトウェアによる情報処理がハードウェア資源を用いて具体的に実現されている」ことを要する旨が定義されている。これらの上記の定義においては、請求項の記載が発明になりえるかといったことを判断するのには役に立つが、ソフトウェア特許における「機能的クレーム」において、実体的に示される技術的思想が、どのような対象（客体）に対して権利を及ぼすかを明確に判断することが著しく困難である。その意味で、審査結果と権利範囲の効果は全く異なるものである。たとえば、多くの分野の技術的思想においても、ソフトウェア的な「機能的クレーム」が含まれることが多い。そして、この一般的な特許とソフトウェア特許との間に明確な区別をする事は困難であり、この機能的クレームにおいては、純粋に機械的な手段や、電子的な手段、あるいは方法的な手段のうち、何によって実現されるものなのかが不明確であることが多く、その技術的な実体も不明確であることが多い。加えて、もしあるソフトウェアが、いわゆる等価原理、ないしアナログ下で、ソフトウェアと明確な区別をする事が難しい形で使われるとするなら、ソフトウェアを必要としない手段を含む特許を侵害する可能性もあり得るということである。（たとえば、ソフトウェアがデジタルシグナルプロセッサ化（DSP化)されたとしたら、ハードウェアとして認識される可能性は大きくなる。）ソフトウェア特許とは、どのような実体によって、技術的と認められるものであるべきか、また、願望的な機能のみを記載することが、果たして、本当に技術的であるといえるのであるかについては、権利の正当性において、厳密な判断が必要であろう。
西之島は海洋島であり、2008年時点では1973年の噴火後まだ時間が経過していなかったため植物相は貧弱で、スベリヒユ、オヒシバ、イヌビエ、グンバイヒルガオ、ハマゴウ及びツルナの6種しか確認されていなかった。これらの多くは、種子の海流散布を行う植物である。動物では、アカオネッタイチョウやアオツラカツオドリ、オオアジサシ、オーストンウミツバメ、カツオドリ、オナガミズナギドリ、セグロアジサシなどの12種類の鳥類の生息、そのうち9種類の繁殖が確認されていた。その他にはアリやクモ、カニの生息が確認されていた。1975年には新属新種のニシノシマホウキガニが発見された（同種は他の島にも生息が確認されたが、西之島では噴火活動によりその後の生息が確認されていない）。それ以前にはアホウドリも生息していたとされる。周辺海域の海生哺乳類としてはザトウクジラと小型の鯨類（コビレゴンドウや数種のイルカ類）は噴火の前後に確認されている。2008年8月1日に国指定西之島鳥獣保護区（集団繁殖地）に指定されている（面積29ha）。島全域が特別保護地区である。島に人は居住していない。2013年11月以降の継続的な噴火活動で流れ出した溶岩により、1973年の噴火以降に形成された島の全域が覆われ、2015年時点で植物の存在が確認できない状況となった。動物については2015年合同調査で、1ha程の僅かに残る旧島部分でアオツラカツオドリの繁殖が行われている事が確認された（それまでの10年間で唯一子育てが確認されていた）。環境省が2016年10月25日に発表した同月20日の上陸調査結果などによると、鳥類ではアオツラカツオドリが定着していると見られるほか、カツオドリや渡り鳥のアトリ、ハクセキレイ、昆虫はトンボやハサミムシ、ガの幼虫、植物はオヒシバやイヌビエなど3種類が確認された。2019年9月3日から9月5日にかけての環境省による上陸調査では、鳥類5種の繁殖と、節足動物（トビカツオブシムシを含む昆虫やダニなど）32種、カニ2種、貝類4種の生息が確認された。アオツラカツオドリは60羽以上おり、尖閣列島を超える日本国内最大の集団となっている。カツオドリの生息数は約1400羽と噴火前とほぼ同水準に回復。オナガミズナギの成鳥は夜間だと400羽以上に達し、雛や卵も見つかった。噴火後の西之島は、人間の干渉を極力排して生態系が回復・形成される過程を観察する場とされている（「噴火後初の上陸調査」で後述）。