駅の到着・発車・通過する線路を変更する方法。到着番線の変更は比較的容易であるものの、発車番線については、特に長距離列車の場合には自由席の乗客が並んで待っていることがあるため、直前に実施することは困難である。待避駅において、臨時用の番線を使用することもある。
(先発)A列車→(後発)B列車という運行順序を、(先発)B列車→(後発)A列車に変更するなど、列車の始発駅や複数の路線が合流する駅で、どの列車から走らせるかを通常時と変更する方法。快速・普通列車が特急列車の通過待ちをする駅の変更、単線において列車の行き違いをする駅の変更など、待避駅・列車交換駅変更で部分的に順序を変更したりするのも含まれる。ダイヤ全体に大きな影響を与える重要なファクターである。
特急から急行へ、快速を各駅停車に変更するなど、主に種別を格下げする方向での種別変更が行われる。臨時停車・臨時通過を一定のパターンで組み合わせたものであると見ることもできる。種別を格上げする方向での変更は、一般に誤乗防止の観点から避けられる。
通過駅に臨時停車、停車駅を臨時に通過する方法。臨時停車は、ほかの列車の運休などで停車列車が当分の間ない駅での乗降客を救済するために実施される例が多い（JR神戸線でダイヤが大幅に乱れた場合に、新快速を西明石駅 - 姫路駅間各駅に停車させることなど）。イベントの開催に応じて臨時停車させるような例は、あらかじめ運行計画の中で決められているため運転整理の範疇ではない。停車駅を通過することは、誤乗を誘発し案内が大変困難であるため避けられるが、地下鉄サリン事件や阪神・淡路大震災のように駅で事故・災害などが発生した場合などに見られる。
遅延している列車の先行列車、および後続列車の発車を故意に遅らせて運転間隔を調整する方法で、運転時刻変更の特殊例である。列車が頻発運転されている都市部の線区では、乗客は特に時刻表を見ずに駅にやってきて、その時点でもっとも都合のよい列車を選んで乗車するという行動をとることが多い。このような状態で特定の列車が遅延すると、遅延した分だけ駅で列車を待っている乗客が増加して乗降に時間が掛かるようになり、さらに遅延が拡大していく。一方で、その後の列車は前の列車との間隔が詰まって駅で待っている乗客が少なくなるため乗降時間が短くなり、何も手を打たなければどんどん早くなって前の列車に追いつき、団子運転となってしまう。このため運転間隔を調整し、各列車に均等に乗客が分散するようにして、遅延の拡大防止を図っている。JR東日本ではATOSを用い、駅設置の出発時機表示器により「延発」と発車時間を交互に表示（下図では、28分15秒に発車）、JR西日本では抑止表示器に「整理」と調整時間を交互に表示（下図では、所定時刻より4分0秒遅らせて発車）している。
抑止の一種で、駅間で列車が停車することを防止するために、先行列車が次の駅を出発して駅の番線が空いてからでなければ続行列車を出発させないようにすることをいう。次の駅の番線が空いた場合にはその駅まで進むことが許され、駅に到着後は再び次の駅の番線が空くまで待機する。先行列車が出発して次の駅に進めるようになることを「通知解除」という。抑止と同様にATOSでは出発時機表示器により自動的に実施することができる。
旧制高校、旧制専門学校、師範学校、高等師範学校、大学予科の募集は1948年（昭和23年）までであった。ただし、3年で卒業したのは1947年（昭和22年）の入学者が最後である。1948年（昭和23年）の入学者は1年次を修了した1949年（昭和24年）3月で学籍が消滅し、新制大学を受験し直さねばならなかった（詳細は旧制高等学校を参照）。1947年（昭和22年）度の旧制中学の卒業者、4年修了者の大学へのコースは旧制高校経由と新制高校経由の2つがあった。1949年（昭和24年）、新制大学の発足にともない旧制高校、旧制専門学校、師範学校が新制大学に包括され、旧制単科大学も多くが新制の総合大学に包括されたため「東京大学第一高等学校」、「金沢大学第四高等学校」、「滋賀大学彦根経済専門学校」、「北海道学芸大学北海道第二師範学校」、「千葉大学東京医科歯科大学予科」、「広島大学広島文理科大学」というような名称になった。この状態が旧制学校の最後の卒業生が卒業するまで続いた。東京大学駒場キャンパスでは東京大学第一高等学校と東京大学教養学部が同居して旧制と新制の学生が対立する光景も見られたという。旧制大学の入試は1950年（昭和25年）度が最後であった。しかしその後も「白線浪人」と呼ばれる旧制高校卒の過年度生が多数いたので編入試験が行われた。1949年（昭和24年）、学制改革で医学部・歯学部の入学資格は「大学2年修了者で特定の要件（科目および単位が規定された）を満たす者」となった。そこで単科医科（歯科）大学などでは旧大学令に基づく大学予科（旧制）を2年制とした上で学制改革後も存続させ総合大学では理学部内に2年制の医歯学部受験コースである「理学部乙」を設け、「大学2年修了者」の要件を満たした。新制と旧制の入り混じるこの変則状態は1955年（昭和30年）まで存続し、1955年（昭和30年）に大学予科と理学部乙は医学部・歯学部進学課程（新制）となった。