本編のストーリーは、吸血鬼と人間の共存の象徴である都市「特区」を巡る戦いを軸に進行する。九龍王復活を狙う九龍の血統の魔手が特区に迫る中で、ジローとコタロウの兄弟の絆、やがて消滅する宿命を受け入れながら互いに惹かれ合うジローとミミコの絆、カンパニーと協定血族の絆や確執、世界中から忌み嫌われ敵視される九龍の血統の家族としての絆などを通じて、吸血鬼と人間、あるいは吸血鬼同士の絆や吸血鬼の存在意義などについて描いている。一方、短編では調停員として働くミミコの日常を中心に特区の日常を描いており、概ねシリアスな雰囲気で進行する本編とは対照的なコメディタッチのエピソードもある。短編集で書き下ろされた番外編「BLACK BLOOD CHRONICLE」シリーズでは、九龍の血統に染まる以前のカーサがジローやアリスと共に世界中を旅していた頃のエピソードが描かれており、これらは特区だけでなくシンガポールやフランスなどの外国も舞台となる本編後半の伏線にもなっている。本編はストーリーの区切りごとに大きく3部構成に分けられており、1巻から3巻までが第1部、過去のエピソードである4巻を飛ばし、5巻から7巻までが第2部、8巻から11巻までが第3部となっている。ストーリー上では第1部と第2部の間には1年、5巻と6間の間には半年の時間的空白があり、短編のエピソードではこの間に起きた出来事が描かれている。
主人公は望月ジロー、望月コタロウの、「賢者イヴ」と呼ばれる血統に属する吸血鬼の兄弟と、特区で吸血鬼と人間の間のトラブルを調停する調停員（コンプロマイザー）の少女・葛城ミミコの3人。コタロウは賢者イヴの血統の始祖アリス・イヴが転生した姿で、アリスは九龍ショックの折、ジローに自らの血と記憶を預けて死亡した。ジローはやがてアリスから預かった血と記憶をコタロウに返して消滅する宿命を背負っており、自身が消えた後にコタロウを支えてくれる人間の友人を作るために特区を訪れる。その道中で2人はミミコと出会い、彼女の護衛として特区に住む事になる。敵役となるのは九龍の血統の女吸血鬼カサンドラ・ジル・ウォーロック（通称カーサ）を筆頭とする、9人の九龍の血統の姉弟。カーサは血を重んじる吸血鬼社会の中では忌むべき存在である混血児という出自の持ち主で、九龍ショックの折には最も早く九龍の血統に染まった裏切り者とされている。その一方で、九龍の血統に染まる以前はジローやアリスと共に世界中を旅した仲であり、敵対関係になった後もジローとは互いに単なる敵意とは異なる複雑な感情を抱いている。この他、特区に住む吸血鬼達の同盟組織「協定血族」の盟主であるケイン・ウォーロックと大吸血鬼セイ、特区ではセイに次ぐ強力な力を持つアウトロー的な吸血鬼ゼルマン・クロック、ゼルマンに心酔する人間の女性・白峰サユカ、調停員を纏め上げ事実上特区を牛耳る秘密結社「オーダー・コフィン・カンパニー」（通称カンパニー）の会長・尾根崎ミタカ、ジローの旧友でありミミコの上司である調停員・陣内ショウゴらを中心にストーリーは展開していく。
4両編成のクモハ2401形（2500番台奇数車）はパンタグラフを2個装備していたが、後に全編成撤去され、編成中のクモハ2401形-モハ2101形（2500番台偶数車）のユニットはモハ2101形（2600番台奇数車）から受電する方式に変更されている。2012年以降、2463編成を皮切りに屋根上のベンチレータ撤去工事が行なわれ、2017年7月現在は2451-2465、2501-2519、2523-2543編成に施工している。なお、2531編成・2533編成は、行先・種別表示器のLED化とクモハ2401形のパンタグラフ跡完全撤去も併せて行なわれた。2533編成は施工後しばらく新宿線車両所に在籍したが、2531編成の工事完了と同時に新101系の代替を目的として池袋線車両所へ転出した。また2000系の更新工事と前後して当形式にも長時間停車時の車内保温対策として3/4ドアカット機構が追加されている。2002年から8両編成でパンタグラフの削減（モハ2101形奇数車の池袋・本川越寄りのものを撤去、2063編成を除く）と行先・種別表示器のLED化が実施されている。なお、中期車の8両編成は2006年3月の2059編成を皮切りに2063編成を除く4本に、前期車の8両編成である2057編成も2059編成とほぼ同時期に施工されている。2003年度から前期車と中期車の4両編成車については空気圧縮機をスクリュー式又はスクロール式に、電動発電機を静止形インバータに換装が施工された。2003年から2004年にかけて転落防止外幌が全車の連結面に装備された。2005年度からはドア付近へのつり革増設が実施されている。2007年2月に検査出場した2505編成では、各部の改良が行なわれた。この工事の内容は、以前から実施されているつり手増設工事の他、スタンションポールの設置・ドア付近の床への警戒色の追加・非常通報装置の交換・消火器の床下→室内への移設・優先席部分のつり革の低位置化・本川越方先頭車スカートへの連結面注意放送用スピーカーの設置などで、引き続き2007年度には2507編成・2509編成にも施工された。2008年3月には、2045編成の行先・種別表示器がフルカラーLED式に交換された。この工事は2016年現在、後述する東急車輛でのリニューアル施工車のほか、8両編成は大半の編成で施工されている。なお、2008年4月頃から2008年6月14日のダイヤ改正に備えて幕式・LED式両方に種別・行先にローマ字表記を追加し、各駅停車の種別表示が「普通」から「各停」に変更がされているが、フルカラーLED改造1号編成となった2045編成と後述の2047編成では、交換時から「各停」表示にされている。