2005年、明治大学サッカー部入部。神川明彦監督によって右サイドバックへコンバートされた。神川は長友を右サイドバックにコンバートした理由について、フィジカルの強さ、走力、攻撃の完結力を生かすためであると語る。このポジションでのプレーをものにしつつあった矢先、入部早々に発症した椎間板ヘルニアを再発。試合に出場できずスタンドで応援する日々が続いた。この時期、サッカーができないストレスでパチンコなどの遊興に溺れたことがあったが、実姉や大学の同窓生の叱咤激励で乗り越えることができたと語っている。2006年8月にかけて復帰し、後期リーグの開幕戦で入部以来初の先発出場。椎間板安定の為に腰周りの体幹筋を鍛えたことも奏功し、復帰後3試合ほどで神川が「別格」と評するほどのプレーを見せるようになった。身体能力の強さから3バックで臨む際にはセンターバックを務めたこともあった。ここから急速に頭角を現し、全日本大学選抜やユニバーシアード代表にも選出された。同学年には藤田優人、林陵平、橋本晃司らがいた。2007年3月に行われたFC東京との練習試合におけるFWリチェーリとのマッチアップが当時の原博実監督など東京関係者の関心を引き、5月から特別指定選手としてFC東京の練習に参加。7月8日のナビスコカップ準々決勝の対横浜FM戦で途中起用され公式戦デビュー。さらにU-22日本代表として北京オリンピックアジア二次予選のマレーシア戦に選出。右ウイングバックで出場し、ダイビングヘッドでの先制点に加えてPKを獲得するなどの活躍を見せた。
スポーツ一家の第二子（一つ上の姉と二つ下の弟がいる  。） として生まれ、母方の祖父は第1回小倉競輪出走者である元競輪選手の吉田達雄。達雄の弟で同じく元競輪選手の吉田実は大叔父にあたる。父方の祖父は明治大学出身の元ラガーマン。小学校1年生時にサッカーを始め、6年時に愛媛FCジュニアユースのセレクションを受けるも不合格。西条市立北中学校在学時に恩師である井上博に出会い、この時期の走り込みにより現在の豊富な運動量のベースが作られた。2001年のU-15全日本ユース選手権では県3位の成績を残した。2002年、サッカーの強豪東福岡高校に進学。森重潤也の下で2年生時に1ボランチとしてレギュラー入りしたが、地区選抜などには選ばれず全国的には無名だったためスポーツ推薦を得られず、進学先の明治大学政治経済学部には指定校推薦で入学した。高校時代の同級生には近藤徹志、ラグビー日本代表の豊田将万などがいる。
10月12日当日、主役の若者たちによってまず舞台が準備される。正面2間・奥行2間半ほどの地を2重の竹柵で囲い、中央に1間四方の板敷を置き周囲に藁筵を敷く。午後7時半頃、神社西隣の元薬寺で装束を整えた若者たちは、先導する長老に続きこの舞台へと進む。長老はミチビキ歌を謡い若者たちはこれに唱和する。安芸の国 厳島の 弁才天は たからえんさや ほうがまの そうようの—（厳島）我が朝に 弓矢の大将はたれたれぞ よんのげにもさりさり 頼朝兵衛佐殿に まさる弓とりなかりけり ようそんのう—（大仏供養）題目立の曲目は「厳島」「大仏供養」「石橋山」の3曲が伝わるが、現在は「厳島」と「大仏供養」の2曲が1年交代で演じられる。ただし氏神の造替があるとその年から3年間は「厳島」を演じるしきたりとなっている。「石橋山」はあまりにも長尺で深夜に及ぶことも度々であったためか、百年以上も演じられていない。「厳島」は安芸の厳島神社を訪れた平清盛が弁才天から節刀という天下を治める長刀を授けられるというもので、8人で演じられる。「大仏供養」は源頼朝が東大寺の大仏供養に下向した際に悪七兵衛景清が三たびその命を狙ってついに果たせず終わるという筋で9人で演じられる。17歳の若者が定員どおり充足されることはあまりないため、不足の役はそれに近い年上の経験者があたる。戦時中は若い演じ手がいないため50歳や60歳にもなった者が演じたこともあるというが、それでも1年も欠かさず行われてきた。配役のほとんどは「ソー」と呼ばれる黒地に2本の白線が入った素袍上下に立烏帽子という姿で襟首に扇子、手には弓を持つ。青地に白い斑点の素袍上下に扇子を持つのは「厳島」では平清盛、「大仏供養」では源頼朝。また「厳島」の弁才天は化粧を施し冠金をかぶり長刀を、神主は白幣を持つ。「大仏供養」の悪七兵衛景清と畠山重忠は弓を持たない。若者たちが舞台の所定の位置に着き神前に題目立の奉納が告げられると、呼び出し役の「番帳さし」から「一番清盛」「二番小松」というようにセリフの順番と役名が告げられる。この呼び出しにうながされて各役回りの者が順に独特の節回しで名乗りをあげ、動作はほとんど伴わずに物語を語っていく。各人それぞれ微妙に音域や節回しが異なり、それが素朴な味わいでもある。この節回しは、ある音楽研究家が採譜したところによると邦楽独特の五音階で成り立っているものらしい。セリフが一巡すると演者も落ち着いてくるのが声の調子でわかる。こうして題目立は淡々と進行し、村人や拝観者は静かにそれを見守る。物語の終盤（「厳島」では二六番の後、「大仏供養」では三八番の後）に入ると「イリクドン（入句同音）」という呼び出しがあり「フショ舞」が行われる。演者の1人が中央の板敷に進み出ると残りの者が「ソーヨーヤ ヨロコビ エーエンニ」と謡い、さらに続けて「ヨロコビニ ヨロコビニ マタヨロコビヲ カサヌレバ モンドニ ヤリキニ ヤリコドンド」と「ヨロコビ歌」を謡う。中央の若者はそれに合わせて激しく板を踏み鳴らし扇を振り、周囲に喜びを振りまくように舞う。その様子からシコフミとも呼ばれるが、それまでほとんど動作のない語りが続くだけにこの「フショ舞」は強い印象をもたらす。この後全員が祝言の意味合いを持つ「人句」を唱和して奉納を終え、再び長老の先導でミチビキ歌を謡いつつ舞台から元薬寺へ退出する。