普仏戦争のパリ包囲戦（1870年9月から1871年1月）のせいで、全ての建物建設作業が停止した。建設は進行したので建物の一部が食料倉庫と病院に使用することができた。フランスの降伏後、包囲戦の不自由からガルニエは深刻な病気にかかり、3月から6月まで治療のためにパリを離れて、イタリアのリグリア海岸へといった。その間、彼の助手のルイ・ルヴェ（Louis Louvet）は、パリコミューンの混乱の中パリにとどまった。ルヴェはガルニエに何通かの手紙を書いている。建物にかんする出来事も書かれている。建物の近くのヴァンドーム広場で戦闘が起きたので、国民衛兵はそこで露営し、防衛を担当し、兵士と市民に食料を補給していた。コミューンの首脳はガルニエを別の建築家に代える計画をたてた。しかし5月23日に共和国軍が国民衛兵を追い出して、建物を統制するようになったときには、この無名の男はまだ現れていなかった。5月末まで、コミューンはあちこちで敗北し続けた。第3共和政は秋までに盤石なものとなった。9月30日、建設作業は再開された。そして10月までに少額の資金が新しい議会によって今後の建設のために投じられた。
1867年8月15日、ファザードを隠していた足場が撤去された。この年に開催されていたパリ万博のためである。オペラ座の公式な名称「帝立音楽アカデミー（"ACADEMIE IMPERIALE DE MUSIQUE"）」がロッジアのメインフロアの前の円柱を対とする巨大なコリント式オーダーのエンタブラチュアに表示された。1870年、普仏戦争の結果、皇帝ナポレオン3世は退位して、同年9月17日にすぐに政府はフランス第三共和政に代わり、オペラ座の公式名称は「国立オペラ劇場（Théâtre National de l'Opéra）」に再命名された。この名称は1939年まで維持される。これにも関わらず、新オペラ座の名称が変わったとき、IMPERIALEの6文字を取り換えただけであった。いま有名な「国立音楽アカデミー（"ACADEMIE NATIONALE DE MUSIQUE"）」の名称が与えられて、公式名称として実際に使用されたのはおよそ2年間の短命なフランス第二共和政のときだけである。
甲斐国山梨郡牛奥村（現・甲州市塩山牛奥）に生まれる。自伝である雨宮家は長百姓の家で、次男。『過去六十年事跡』によれば、少年時代から季節商いなどに従事し、成年になるまでに一財産を築いたという。1870年（明治3年）から1872年（明治5年）頃に神奈川県横浜（横浜市）へ転居し、生糸・洋銀・蚕種などの相場で浮沈を繰り返す。1876年（明治9年）11月から1877年（明治10年）6月にかけてアメリカ、ヨーロッパを外遊し、発展段階にある近代国家が投資すべき産業は、鉄道、製鉄、水道等の社会基盤の分野だと見極めたという。1879年（明治12年）に東京府深川（当時の南葛飾郡八郎衛門新田。現在の東京都江東区扇橋）で興した蒸気力による製粉工場が成功し、本格的に実業界へ進出する。1883年（明治16年）には、農業と工業を連携させるアメリカでの実見をもとに軽井沢の開発事業を行う。この時の開墾地は現在でも長野県北佐久郡軽井沢町大字長倉地内に「雨宮新田」という地名として残っている。1884年（明治17年）に相場取引を止め東京に移住。この頃、製粉工場は発展し、1886年（明治19年）に東京蔵前の官営製粉所の払い下げを受け、翌1887年（明治20年）には主に軍用小麦粉製造を目的とする有限責任日本製粉会社へと改称した。この会社は1896年（明治29年）9月に日本製粉株式会社となり、現在は日本の代表的な製粉会社となっている。1888年（明治21年）には、新宿 - 八王子間を結び、中央本線の前身となる甲武鉄道への投機で大きな利益を出し、会社内部の対立により株価が低迷するとこれを買い占め、同社の取締役にも就任した。雨宮は甲武鉄道を西へ伸ばし八王子 - 甲府間を結ぶ「山梨鉄道案」を構想し、「甲信鉄道案」を構想していた若尾逸平と対立する。1891年（明治24年）には川越鉄道（現在の西武国分寺線）の取締役となる。同年、第1回藍綬褒章を受章。1892年（明治25年）に日本鋳鉄会社を興し、当時の東京市に水道用鉄管を納品した。しかし、1894年（明治27年）には納期遅延問題を生じ、敬次郎も刑事告訴されるに至った。（淀橋浄水場の日本鋳鉄疑獄の項を参照）1893年（明治26年）に北海道炭礦鉄道の取締役に就任、大師電気鉄道の発起人になる。1894年（明治27年）に豆相人車鉄道を敷設、岩手県の仙人鉄山（現在の北上市和賀町）を開発。1903年（明治36年）に東京商品取引所（現在の東京工業品取引所）の理事長になる。同年東京市街鉄道の会長に就任し、電力事業にも進出する。同年には若尾逸平が東京電灯株式会社買い占めを行うが、雨宮はこれには参加していない。1905年（明治38年）に江ノ島電鉄社長に就任。1904年（明治37年）に桂川電力を興す。1908年（明治41年）に大日本軌道を設立。広浜鉄道等を敷設。その他、海運・石油・貿易など様々な事業において活躍。1911年（明治44年）に64歳で永眠した。婿養子に事業を引き継いだ雨宮亘がいる。歌人の雨宮雅子、華道家 池田佳子（佳甫）は敬次郎の玄孫にあたる。敬次郎の来孫、亘の玄孫に写真家の森雅美と華道家池田裕、敬次郎の昆孫、亘の来孫に東京ミリオンフラワー株式会社代表の池田和正になる。