1923年、考古学とエジプト学への貢献を称え、ナイトの称号を授与された。1926年以降、ピートリーの興味はほぼ完全にパレスチナに移った。ただし1928年にはルクソールの墓地を発掘してかなり巨大な遺構を発見し、そのために新たな発掘方法を考案した。その手法は今も使われている。パレスチナでは南西部でいくつかの重要な発掘を開始した。1933年には教授職を引退し、妻と共にエルサレムに定住。British School of Archaeology で働いていたが、後に American School of Oriental Research の設立にも関与した。
1896年初め、ピートリーらはルクソールの神殿群の一画の発掘を開始した。その神殿複合施設はアメンホテプ3世の建てた神殿の北に位置している。元々その神殿はそこら中に散らばっている石にアメンホテプ3世の名が刻まれていたため、アメンホテプ3世の建てたものとされていた。しかし、1人のファラオが隣接して2つも神殿を建てるだろうか、という疑問があった。発掘を開始して間もなく、ピートリーはその疑問の答えを探し当てた。この神殿はラムセス2世の息子メルエンプタハが、隣のアメンホテプ3世の神殿に使われていた石を使って建てたものだった。神殿の基礎から横たわるジャッカルの石像の破片が見つかったが、おそらくアメンホテプ3世の神殿の正面のアプローチに設置されていたものと見られる。メルエンプタハ本人の像や2つの素晴らしい石碑も見つかった。どちらもアメンホテプ3世の神殿で使われていた石像の裏面を使ったもので、元の像の顔が裏面にあった。1つはヌビア人やシリア人と戦うアメンホテプ3世を彫刻したもので、もう1つは高さ10フィート以上の黒い花崗岩でできた石碑である。元の碑文はアメンホテプ3世の建築業績を称えたもので、それが建っていた神殿の壮麗さを書き連ねている。一方それを裏返すとメルエンプタハがリビア人や海の民に勝利した事績が書かれていた。ドイツの言語学者ヴィルヘルム・シュピーゲルベルクがそれを解読したが、碑文の最後の方でメルエンプタハが勝利したという民族名らしき固有名詞 "I.si.ri.ar?" でつまってしまった。ピートリーはそれが「イスラエル」だと直観し、シュピーゲルベルクもその解釈に同意した。これは「イスラエル」という言葉が出てくる最古の金石文であり、イギリスでも大きなニュースとして扱われた。1902年王立協会フェロー選出。
1892年、アメリア・エドワーズの出資と尽力により、ユニヴァーシティ・カレッジ・ロンドン (UCL) にエジプト学教授の職が用意された。1880年からピートリーを支援していたエドワーズにより、ピートリーがその初代を務めることになった。その後も彼はエジプトでの発掘調査をし、多くの考古学者を実地訓練した。1913年、ピートリーは古代エジプトの遺物の膨大な個人的コレクションをUCLに売却し、それが同大学の Petrie Museum of Egyptian Archaeology の元になった。
翌1891年、アマルナ（テル・エル・アマルナ）のアテン神殿を調査し、庭や動物の狩猟シーンが描かれた新王国時代の舗装（28m²）を発見した。この発見に旅行者がひきつけられたが、そこに到達する簡単な手段がないため旅行者らが道を作るために舗装の一部を破壊し、さらに地元の農民も絵の外観を損なったため、ピートリーの残したものが唯一の完全な外観を記録したものとなった。
浅野内匠頭の勅使饗応役就任から、大石内蔵助たちによる吉良邸討入の顛末までを描く。5年前の1991年に同じフジテレビ系にて放映された単発時代劇「忠臣蔵」で用いられた古田求の脚本を採用。シリーズ放送となって時間数が伸びるため、各エピソードが膨らませられた他、大石の最初の江戸訪問、勝田新左衛門、小山田庄左衛門、橋本平左衛門、高田郡兵衛それぞれの逸話などが加筆されている。また、内蔵助から浪士たちの思いを後世に伝えるよう命じられ、浪士たちの死後も生き続けた寺坂吉右衛門の回想・語りによって物語が綴られる形式となったのも1991年版との相違点である。1991年版の脚本を基本とすることには、主演の北大路（91年版にも脇坂淡路守の役で出演）の希望もあったという。殊更に新解釈は盛り込まれておらず、内蔵助たち浪士を中心に綴っていくオーソドックスな「忠臣蔵」に徹したシリーズであり、内蔵助を演じる北大路の品格十分の演技、また吉良上野介に扮する平幹二朗の上品さも滲ませた憎々しさなど、核となる役者たちの充実した演技が見どころ。赤穂浪士たち個々のエピソードもじっくり描かれるのはもちろん、吉良方では、清水一学に扮した隆大介の存在感も印象的。また、寺坂を演じた寺尾聰（史実とは異なって大石家の家僕という設定）の静かな語り、渡辺俊幸の音楽も物語に味を添えていた。放映自体は全9回だったが、最終回前の12月14日（討入記念日）に関連の単発番組が放映され、それまでの放送分8回の総集編と、新エピソードとして、“刃傷松の廊下”の7年前に起き、物語の前章にあたる堀部安兵衛（清水一学とはかつての友人という設定）のエピソード「決闘高田馬場」が放映（安兵衛の回想の形で進む）されている。その事もあって、本作の世良公則演じる安兵衛の魅力が際立ち、今でも当時の視聴者たちの人気が高い。当時、まだ一線級ではなかった山本耕史（役は矢頭右衛門七）、内野聖陽（岡野金右衛門）、中村獅童（上野介の子・上杉綱憲）も出演して懸命な演技を披露している。ビデオ化もなされており、先述の関連番組から抜き出された「決闘高田馬場」も収録され、全10回としてビデオ化（レンタルも有。DVD化はなされておらず、ビデオは現在廃盤）。ビデオ化の機会を与えられたことについては、昨今のテレビ時代劇の中で恵まれた作品といえる。時代劇専門チャンネルで2007年12月に再放送された。