彼は単独で、また時にはバンドを引き連れて小さな会場で予告なしに演奏するという、リバティーンズ以来続けているゲリラ・ギグをしばしば行なう。2005年の大晦日に北ロンドンの自分のフラットで行なったゲリラ・ギグでは、ソロ作品をいくつか公開し、その多くが後にインターネットに流出した。2006年の3月31日および4月1日には、1月に行なう予定であったライヴが取り止めになったのを受けて、ヨーロッパ本土では初となる単独ギグを2ヵ所で行なったが、その場所はオーストリア、グラーツのポルノ映画館 "NonStop Kino" であった。これを機に、ドハーティは友人で "NonStop Kino" の所有者でもあるベッティナ・アイヒバウアーの提案で、自分の演奏中にスクリーンに映し出すための映像作品 "Spew It Out Your Soul" を制作した。2006年6月、ドハーティは自分の日記を出版するためにオリオン・ブックスと契約したと発表した。この本は彼がこれまでに書いた詩や絵画、写真などを収めたものである。ドハーティの日記の多くはインターネットから自由に入手することが可能となっている。 "The Books Of Albion: The Collected Writings of Peter Doherty" と題されたこの本は2007年6月21日に刊行された。
ドハーティは、リバティーンズでの活動の終わりごろにベイビーシャンブルズを結成した。このバンドは2枚のスタジオ・アルバム『ダウン・イン・アルビオン』（"Down in Albion" 、2005年11月）と『ショッターズ・ネイション』（"Shotter's Nation" 、2007年10月）をリリースした。ツアーのスケジュールや作品のリリースも立てられたが、ドハーティがたびたび起こす法的問題によりしばしば中断された。バンドのラインナップも何度か変更されている。ドラマーのジェマ・クラークがドハーティの麻薬問題によってバンドを去り、アダム・フィセクが後任となった。またギタリストで共同作曲者のパトリック・ウォールデンもバンドを離れてミック・ウィフィナルが後を継いだ。2006年8月、ベイビーシャンブルズはメジャー・レコード・レーベルのパーロフォンと契約し、2006年12月9日に "The Blinding EP" をリリースして高い評価を得た。その後2007年1月にはパーロフォンとの長期レコード契約にサインした。2007年11月にベイビーシャンブルズははじめてのアリーナ・ツアーを行ない、マンチェスターのMENアリーナやノッティンガム・アリーナ、ボーンマス・インターナショナル・センター、ロンドンのウェンブリー・アリーナ、バーミンガムのナショナル・インドア・アリーナなどで演奏した。
筑摩県筑摩郡松本深志町（現・長野県松本市）に旧松本藩士・西郷績（いさお）の長男として生まれる。祖先は松平康長に仕えた三河西郷氏。幼少時に東京神田に引っ越し、明治12年（1879年）6月、東京高等師範学校附属小学校、明治17年（1884年）7月、本郷新花町の私立独逸語学校、明治19年（1886年）、神田錦町私立東京英語学校で学ぶ。語学を学ぼうとしたのは明治時代の風潮の1つで、語学を身に付けておけばなんとか生計が立つとの考えからであった。同年10月小石川餌差町の私立知神学校美術科へ入学して絵を習い始め、明治21年（1888年）、狩野友信に師事して日本画修業を始める。明治22年（1889年）、英語学校で同窓だった横山大観や、下村観山らとともに東京美術学校の第一期生として学ぶ。校内臨時試験で、観山と共に乙組に編入された。同27年2月に絵画科を卒業、卒業制作の「俊寛鬼界ヶ島ニ決別ノ図」が宮内庁買上げとなる。この頃から橋本雅邦に見出され、同校研究科へ進む。翌年3月、岡倉覚三（天心）の推薦で近衛師団に従軍、日清戦争の模様を写し、9月に帰国、「朝鮮風俗」（東京芸術大学大学美術館蔵）を描く。一方、大観・観山らと古画を模写して、古典学習にも努めた。明治29年（1896年）、研究科修了後、すぐに助教授となる。同年9月から日本絵画協会共進会に出品し始め、毎回賞を得る。明治31年（1898年）に岡倉覚三が東京美術学校を辞任するのに従い辞職し、日本美術院の設立に尽力、評議員に挙げられる。橋本雅邦門下の四天王、大観・観山・孤月・菱田春草のうち、最も将来を嘱望され、同年末雅邦の四女・榮と結婚。媒酌人は岡倉覚三であった。しかし、ある酒席で雅邦と激突、以降、酒と遊蕩に明け暮れるようになり、それが要因となり1年を待たずに離婚してしまう。岡倉天心の子・一雄によると、新婚の妻の他に女があることが発覚して別れたため、日本美術院にいられなくなったという。暫く共進会への出品もなかったが、同僚の勧めで33年（1900年）4月より再び参加し始めるが、かつて下位だった春草らの優位に及ばなくなっていく。私生活の不行跡も加わって仲間たちも離れていき、明治36年（1903年）、弧月会をつくり渡欧資金を集めようとしたが、うまくいかず挫折する。同年6月木村武山と東北、北陸、北海道を巡遊したのち、中央画壇を離れ各地を放浪することとなる。明治39年（1906年）、大観と春草は孤月の才能を惜しみ、日本橋倶楽部の展覧会に参加させるが、もはや昔日の面影はなかった。その足跡は判然としないが、明治41年（1908年）11月には、叔父のいた神戸に滞在していたのがわかっている。しかし、明治44年（1911年）に盟友の春草が病死した後、何かが吹っ切れたように翌大正元年（1912年）に台湾へ渡り「台湾風景」（山種美術館、松本市美術館蔵）を描く。大陸への更なる進出を望んでいたものの、台北で胃腸カタルを発病し7月帰国するが、本郷駒込富士前町の自宅で急逝した。墓所は文京区本駒込の吉祥寺。