歴代政府の下で育成された忍者組織・恐車一族と神魔一族。彼らは並外れた戦闘力と情報収集力を持つことから超忍と呼ばれている。ある日、神魔一族の首領・神魔魔太郎が謎の兵器「終末兵器」を奪って反乱を起こしたため、政府は恐車一族に対し「終末兵器」の奪還と、神魔一族の抹殺を命じる。これにより恐車一族の一員・朝霧弾と巡回処刑人グループの仲間たちは使命を全うするため、神魔一族の刺客との間で抗争を繰り広げる。やがて巡回処刑人グループは神魔一族による「終末兵器」の実用化実験を阻止すると、北海道をはじめとした国内の保管施設を突き止め破壊に成功する。一方、ダンは戦いの最中に宿敵の魔太郎と対峙し勝負を挑むも、命を助けられた上に「政府が本当に正義の側なのか、よく考えるのだ」と告げられる。「終末兵器」の実用化を阻止し意気揚々とする政府首脳と恐車一族の面々だったが、神魔一族は政府が極秘に開発を進めていた「破滅兵器」を奪うため再び挑戦状を突きつける。やがて政府がこの兵器を使って世界各国に対して戦争を引き起こし、武力によって抑え込もうと画策していることが明らかとなる。これを知ったダンは仲間とともに恐車一族を脱退し、「破滅兵器」の開発を阻止するための戦いを続けるが、その渦中で魔太郎の実の息子であったことを知る。「破滅兵器」を巡る戦いは魔太郎と、恐車一族の頭領・恐車七角の一騎討ちで勝負を決することになり、やがて、それぞれの配下の超忍や、巡回処刑人グループも加わった三つ巴の乱戦となる。乱戦の最中にダンは、脇腹を貫かれながらも恐車を両腕で締め上げた魔太郎と出会うと、彼から自分の体ごと止めを刺すように命じられる。その言葉に押され実の親を手にかけたダンは、魔太郎から「普通の若者として生き、新しい世界を作れ」という言葉を託され物語を終える。
The Art of Castlevania: Lords of Shadow Hardcover – March 4, 2014タイタンブックスから発売、1・宿命の魔鏡・2の全作のアートが192Pで収録されている。ガブリエルから始まるベルモンドの系譜、ドラキュラ、敵デザイン、背景を見る事ができる。宿命の魔鏡の横スクロールマップも全体を見通す事ができる。
Disc: 1 1. The Throne Room  2. Brotherhood Assault  3. Dying for a Drop of Blood  4. The Toy Maker  5. The Paladin of God  6. Descent to the Castle Dungeons  7. The Siege Titan  8. Dracula's Theme  9. Hunter and Prey  10. Gods Chosen  11. Carmilla  12. The Power of Void  13. City in Flames  14. Castlevania  15. Carmilla's Fight  16. A Man of God  17. Chaotic Battle  18. Satan  19. Carmilla's Spell)別売りのサントラCD。全曲ではなく収録されていない曲もある。海外では単品での販売がされているが、足りない曲はiTunesから購入する形式になっている。
魔王ドラキュラと名乗り世界を恐怖に陥れたガブリエル・ベルモンドは、ある日の燈光教団の総攻撃を退けた後、歴史の舞台から忽然と姿を消す。それを好機と見たサタンの従者達はサタンの復活の儀式を始める。サタンの復活を恐れたゾベックは、姿を消したガブリエルを見つけ従者達を抹殺してサタンの復活を阻止せよと告げる。ガブリエルもまた永遠の死のために再び戦いに身を投じるのだった。
2008年4月19日の対福岡ソフトバンクホークス戦で移籍後初勝利を挙げた。先発ローテーションの一翼を担うが、打線の援護に恵まれず、レギュラーシーズンは19試合に投げ防御率3.25と比較的良好ながらも3勝8敗と負け越して終わった。しかし、オリックス・バファローズとのクライマックスシリーズ第1ステージ第2戦ではライアン・グリンや武田勝など藤井よりも好成績を残した投手陣を跳ね除けて先発を任された。この年15勝を挙げレギュラーシーズン9連勝でシーズンを終え対パ・リーグは15勝1敗と圧倒的な成績を残していた小松聖との投げ合いだったが小松は味方守備に足を引っ張られ、6回3失点で降板した。一方藤井は6回0/3を投げてタフィ・ローズの適時打の1点に抑え、勝利投手となり、チームの第2ステージ進出に貢献した。しかし第2ステージでの埼玉西武ライオンズ戦では第5戦に3回途中から登板したが、先発したグリンの出したランナーを帰してしまった。結局3回2/3を無失点の内容だったがチームはそのまま敗れCS敗退となった。2009年は交流戦後半に一時離脱した以外は先発ローテを守り、22試合に先発して7勝を挙げた。巨人との日本シリーズでは第5戦に先発し7回無失点と好投した。しかし、降板後の8回に同点に追いつかれてしまい。9回に一度は勝ち越すもその裏に2本のソロ本塁打を浴び、サヨナラ負けを喫し、第6戦もチームは敗れ、日本一を逃した。同年のシーズンは梨田昌孝監督の方針で5回または6回で降板した試合がほとんどで規定投球回に達していないこともあり、11月9日に「新しい場所で成長したい」として移籍を前提としたFA権の行使を表明した。前年から導入された国内FA権を行使したのは藤井が初めてである。阪神が興味を示したものの具体的なオファーはなく、日本ハムも再契約を否定したことで、一時は所属先がないまま来季を迎える可能性もあったが、12月8日に巨人への入団が決定した。背番号は99。しかし「新しい場所で成長したい」という理由でFA権を行使したのは表向きの理由であり、実際には藤井は日本シリーズ第5戦から3日後に戦力外通告を受けており、球団から「クビだとイメージが悪いから、FAしたことにしといてやる」と言われ仕方なくFA権を行使し「北海道を裏切ったみたいになってツラかった…」と、藤井は引退後に明かした。