少将となり3月15日付で第13空母任務群司令官となったクラークは、同期のブローニングが艦長の空母「ホーネット」 (USS Hornet, CV-12) を旗艦としたが、初めは前線司令官の枠が埋まっていて前線への出動がかなわなかった。しかし、任務群の一つを指揮していたサミュエル・P・ギンダー少将がミッチャーに気に入られず更迭され、クラークはギンダーのポジションを継承する形で前線に出動することとなった。司令官としてのクラークの初陣はホーランジアの戦い支援であり、次いでマリアナ・パラオ諸島の戦いに加わる。第58.1任務群を率いたクラークは第58.4任務群を率いるW・K・ハリル少将とともに、サイパンの戦いに先んじて小笠原諸島を爆撃したが、小沢治三郎中将率いる第一機動艦隊のマリアナ諸島への接近により引き返し、6月19日から20日にかけてのマリアナ沖海戦に参加した。海戦後は6月下旬から8月にかけてスカベンジャー作戦を含む再度の小笠原攻撃を行う。一連の小笠原攻撃でクラークが良い評価を得たのとは対照的に煮え切らない戦いを行ったハリルは解任され、海戦後の小笠原攻撃での第58.4任務群司令官はラバウル空襲の経験者であるアルフレッド・E・モントゴメリー少将（アナポリス1912年組）に差し替えられた。また、小笠原諸島に対する頻繁な攻撃は、クラークの下で戦った乗組員やパイロットから「ジョッコー島開発公社」 (Jocko Jima Development Corporation) と命名された。8月下旬、第5艦隊はハルゼーの第3艦隊と交替してスプルーアンス以下第5艦隊司令部は休養に入ることとなった。ただし、ミッチャーは交代予定者のジョン・S・マケイン・シニア少将（アナポリス1906年組）の技量が十分ではなかったため、マケインに一個任務群を与えて経験を積ませることとなり、ミッチャーは当面ハルゼーの下で第38任務部隊を指揮することとなった。しかし、この決定が不満でマケインも「キーウィ」だったためなのかは定かではないが、クラークは第38任務部隊の指揮下で戦うことは断り、ミッチャーの了承を得て休養に入った。この間にレイテ沖海戦が起こってクラークは大海戦に加わる機会を逸した。下って1945年1月に第38任務部隊がグラティテュード作戦を終えてウルシー環礁に帰投したあと艦隊司令部の交代が行われ、休養のミッチャーが前線に戻ってきたことに応えてクラークも第58任務部隊に復帰。1942年4月18日のドーリットル空襲以来となる日本本土攻撃（ジャンボリー作戦）や硫黄島の戦い、沖縄戦を戦った。1945年5月27日に三度第5艦隊と第3艦隊の交代が行われ、任務部隊がレイテ島サンペドロ湾に帰投したのちクラークは任務部隊を離れてアメリカ本国に戻った。なお、帰投途中にヴァイパー台風に見舞われ、1944年12月のコブラ台風の時のような沈没艦は出なかったものの、クラークの第38.1任務群の艦艇に大きな損害が出た。クラークは、レイテ湾の戦艦「ニューメキシコ」 (USS New Mexico, BB-40) で6月15日に開かれた査問委員会に、ハルゼー、マケインらとともに出頭した。
作者の岩明によれば、本作の元となる作品の構想を思いついたのは漫画家としてプロデビューする前のことであるという。最初から「主人公の手が意思を持って動き出す」という状況に「環境問題」を絡めて描くというところまでは決まっていたものの、当初はラブコメディー的な内容の投稿作品を想定していたとされる。当初はお蔵入りのアイディアとなっていたものの、岩明にとって最初の連載長編作品であった『風子のいる店』における反省点を活かせる題材として日の目を見ることとなった。連載開始時は読者に訴えるような強いメッセージ性を込める意図はなく、「嫌な理屈で来る新型生物を読者に紹介する」という程度の気構えであったと述懐しているが、連載を終える頃までには何事もテーマと結びつけて深く考えるのが日課となっていたという。当初は全3話完結の予定で、当初の掲載誌であった『モーニングオープン増刊』で発表された第3話まででまとまった話になっており、この序盤において既に物語全体のテーマが縮図として提示される形となっている。その後『月刊アフタヌーン』へ移籍してから最初のエピソードとなる第4話では、『アフタヌーン』からの読者に向けた仕切り直しのプロローグが描かれた。岩明は、基本的な構想自体は連載初期から大きく変わることはなかったとしており、物語終盤における最大の敵となるパラサイト「後藤」との対決も、最終的にはその結末が変更されたものの、連載初期から予定されていたと語っている。岩明が得意としているのは伝統的なストーリーテリングの技法に則って計算し尽くされたドラマツルギーであり、本作もまた1928年にウラジーミル・プロップが分類したストーリー類型「昔話の構造31の機能分類」に沿った構造となっているのが見て取れ、物語全体に程良く張り巡らされた伏線の回収は巧妙かつ模範的なものとなっている。特に、表題の「寄生獣」という単語の意味が明かされる第55話の展開（「#概要」を参照）は、劇中における人間とパラサイトの関係を反転させるどんでん返しになっているが、この展開は第1話の最初のページから周到な伏線が張られており、連載開始から約6年越しの伏線の回収で読者を驚かせる仕掛けになっている。一方、テーマには変遷もあったという。当初は「愚かな人間どもに対する警鐘」的な結末が構想されていたが、本作の連載が進むにつれて類似のテーマが世間で流行して陳腐化していくようになると、そのことに疑問を感じた作者が方向性を転換した。最終的に当初のテーマは、主人公たちの敵となる登場人物・広川個人の思想として引き継がれ、イデオロギーとしては否定的に描かれつつもその後の展開に影響を及ぼす軸となっていく。結果として物語は単なる環境問題の啓発や、環境問題を掲げて人間を批判する広川との対決で終わることはなく、人間とパラサイト、主人公自らの存在意義を追求するSFとして奥行きを持った展開が描かれていく。作者の岩明は、登場人物の容姿を設定するに当たって、身近な人物をモデルとすることは避けていたが、その数少ない例外として、鏡に映してミギーのモデルにしていた自身の左手を挙げている。また、最終話で殺人鬼・浦上が武器として用いた肉厚のナイフのモデルは、資料として購入した実在のナイフであるという。更に岩明は最終巻のあとがきで以下のような余談を明かしている。岩明は連載の最終話を脱稿した後、友人との酒の席で、酔った勢いで「浦上のナイフ」を弄び、誤って左手の親指を爪先ごと切り落とす怪我を負った。しかし指先は2か月後には元通りに再生し、「まるでミギー」という感慨を抱くと同時に、それ以上に人間の身体が大自然に支配され生かされていることを改めて思い知ったという。