ブルーライン・グリーンラインともに標準軌の路線であるが、集電方法としてブルーラインは第三軌条方式、グリーンラインは架空電車線方式をそれぞれ採用しており、架線電圧・集電方法が異なるため同じ車両を営業運転することはない。ブルーラインで用いる車両は、異なる車両形式にまたがって車両番号が連番となっている。ブルーラインはすべて6両編成で、湘南台寄りが1号車、あざみ野寄りが6号車となっている。千の位が形式、百と十の位が編成番号、下1桁が号車を表す（例：3562の場合は3000形第56編成の2号車となる）。これは東葉高速鉄道1000形と同様である。グリーンラインで用いる車両はすべて4両編成で、中山駅寄りを1号車、日吉駅寄りを4号車としている。ただし将来の需要増加を考慮し、車両番号は6両までの増結に対応できるようにしている。ブルーライン用の車両は日本車輌製か東急車輛 製であり、グリーンライン用の車両は川崎重工製である。かつて用いられた1000形は、日本車輌・川崎重工・アルナ工機製である。後述するように横浜市営地下鉄はデザインにも力を入れており、車両も例外ではなく、ブルーラインの車両の前面形状は営団6000系電車のように下部が出っ張る「くの字型」を採用している。またブルーラインのホームの乗車予定位置に引かれた青い帯は、1000・2000形が到着した時に車体のドア周りに塗られた縦の青い帯（ゼブラ塗装）と一体化するという凝ったものだった。またブルーラインで用いている警笛の音色は横浜港の汽笛をイメージした、ソ・シ・レの和音からなる独特のものである。かつては列車が駅に進入する際には注意を促すために必ず警笛を鳴らしていたが、ホームドア導入後はその必要がなくなったため鳴らすのをやめている。なお、グリーンラインで用いている警笛はブルーラインとは異なるものである。
1972年（昭和47年）12月のブルーライン第1期開業時は、伊勢佐木長者町駅の信号扱所に運転指令所を仮設し、伊勢佐木長者町駅・上大岡駅に配置された司令員が駅扱いを行っていた。1973年（昭和48年）3月の列車集中制御装置(CTC)の運用開始にともない、横浜市交通局が大通り公園沿いの万代町の土地を取得し、横浜市が横浜市教育文化センターを建設。1975年（昭和50年）5月に横浜市教育文化センター10階に万代町運転指令所（1988年に「万代町運輸指令所」に改称）・電力指令所、地下2階に万代町変電所を設置し、運用を開始した。2002年（平成14年）には、新羽車両基地に運輸指令所と電気指令所を移転・統合した「総合指令所」を設置した。なお2008年（平成20年）3月のグリーンライン開業時には、総合指令所がブルーライン・グリーンラインを一括管理することとした。
リーグ戦はMJ3の東風戦・半荘戦に加え、三人打ちリーグが新設された。各リーグ別にA1-C3のレギュラーリーグがあり、東風戦・半荘戦にはS1-S3のプロリーグが月替わりで開催される（三人打ちリーグにプロリーグは存在しない）。プレイヤーは各リーグ階級に所属し、同じクラスの他のプレイヤーと対戦して上位リーグ階級を目指す。なおレギュラーリーグへは初段以上であれば参加可能だが、プロリーグへの参加には後述する参加権が必要である（参加権を持っていても級位では参加できない）。リーグ戦は、「セット」と呼ばれる一定数の対局ごとに合計値が記録され、その平均値がリーグの成績となる。2セットが終了した時点で1セット目と2セット目の平均値が算出され、その値が「自己ベスト」として記録される。3セット目以降は前回セット終了時の成績と現在消化したセットの成績の平均値が計算され、それが自己ベストを上回っていれば更新される。ただし自己ベストが更新できなくてもその値は前回時点の成績として残るため、あるセットで大きなマイナスとなった場合、次のセットで挽回しても自己ベストが更新できないケースがある。1セットの試合数は各リーグによって異なるが、入れ替え対象となる最低試合数の「規定試合数」は全てのリーグで2セットと決められている。原則、一定期間ごとの基準日（レギュラーリーグは毎週日曜日、プロリーグは7日、14日、21日、28日）で一旦締め切り規定試合数を消化した同クラスのプレイヤーの成績を集計した結果により入れ替え、基準日翌日以降にMJ4をプレイして結果を受け取った際に階級が移動する。リーグ階級内で成績上位のプレーヤーは階級が1つ昇格し、下位のプレーヤーは1つ降格する。なお規定試合数を消化しなかった場合、入れ替え判定が行われず成績は持ち越しとなる。またリーグ戦で良い成績を修めても、3開催（そのリーグで3回入れ替えが行われる）が経過すると昇格条件を満たしていても権利が失効し昇格が無効となる（降格になる場合はいつまでも有効）。一定試合数消化後、特別昇格ボーダーを越える成績を出した場合、入れ替え基準日を待たずに昇格することができる（Aクラス以上では特別昇格はない）。逆に連敗が続き降格ボーダー内に残れそうに無い場合は、成績をリセットすることが出来る（ただし、自己ベストの記録自体は残るため、リセット後に規定対局数を消化して降格ボーダーを越えることが出来なければ、降格は免れない）。成績のリセットもAクラス以上では行えない。上位階級を目指すにはある程度の戦数をこなし、かつそれなりに良い成績を修める必要がある。プロリーグに参加するにはレギュラーリーグAクラス（A1・A2・A3階級）でプロリーグ参加権ボーダーを越える成績を修め、対応する参加権を獲得する必要がある。またプロリーグ1ヶ月ぶん（4週間）の成績による、月間ランキングで上位となる事でもプロリーグ参加権を獲得できる。東風戦プロリーグは偶数月の1日-28日、半荘戦プロリーグは奇数月の1日-28日にそれぞれ開催されている。プロリーグ参加権は東風戦・半荘戦別に、一開催月のみ有効である。従ってプロリーグ参加権を消費した場合、およびプロリーグS3階級から陥落し（または級位に転落し）参加権を失った場合は改めてプロリーグ参加権を獲得する必要がある（級位に転落した場合は、開催期間中であれば段位昇格で復帰可能）。なおMJ3でプロリーグ参加権を獲得したままMJ4に引き継いだ場合は、その参加権でプロリーグに参加できる。プロリーグではS1階級で「S1レベル」が設定されており、S1階級でリーグ昇格条件を満たすと上昇する。一度上がったレベルは下の階級に降格してもリセットされず、S1階級に再昇格すれば降格前までのレベルからスタートする。また、プロリーグの無い三人打ちリーグではA1階級で「A1レベル」が設定されている。前記の段位が短期での成績で上下するのに対し、リーグ階級はある程度まとまった成績で上下するのが大きな違いである。なお、リーグ戦でも段位変動する。また『麻雀格闘倶楽部』と異なり、リーグ戦参加中に級位に転落した場合、即座にリーグ戦から追い出され強制的に段位別戦に移動させられる。またリーグ戦で維持・昇格になった場合、特典としてGOLDや経験値が授与される（プロリーグでは十段・上級段位者に幻球が授与される場合がある）。使用される牌の背の色はC（リーグ）が青、Bが緑、Aが赤、プロリーグが紫（Ver.Bまでは青）となっている。また、卓のラシャ地は東風戦が緑・半荘戦が紫・三人打ちが青緑となっている。