信太郡の飯名社は、「飯名神」と同じく式外社である。その比定社については、『新編常陸国誌』は、本文で「今の女化原なる稲荷のことと聞ゆ」「飯名と稲荷と俗言近きを以て、後人強て稲荷とせしものなり」とし、龍ケ崎市馴馬町の女化神社（女化稲荷神社）を挙げているが、「再按に、飯名神の墟は、稲塚と見ゆ」「風土記に、筑波の飯名神の別属と云ふもの、よくかなへり、疑ふべからず」と追記訂正している。『大日本地名辞書』は「飯名社は、即八代村稲塚にあたり、稲敷の名も稲八代と同義なりと、郡郷考、新国誌等に説かれたる、動かざる確論なり」と稲塚説に従っている。地名の一致から鹿島郡飯名村を注記する注釈本もある。稲塚（イ子ツカ）は、龍ケ崎市八代町稲塚にある「稲塚古墳」である。沖積地にある円墳で、付近には官道が通っていたという。地誌等は、『和名類聚抄』の「稲敷郷」や古歌にいう「稲敷里」の由来を、飯名神に求めている。『新編常陸国誌』は「稲敷を以て郷名とせしものも、飯名神より起れるものなり、敷と云ふは、屋敷、倉敷など云ふに同じくて、飯名社の敷地と云う意より出たるにもあるべし、凡て敷地と云ふは、しろと云ふ意にて、断地のことを云へるなり」とし、「稲敷」の語義を「飯名社の敷地」と解釈している。『大日本地名辞書』は「利根川図志云」として「飯名は即後に稲とつまりしものにて、稲敷といへるは、飯名の神の敷地なる故の名なり」と記している。前記の「稲敷の名も稲八代と同義なり」とは、飯名神の敷地が「稲敷」に、飯名の「社（やしろ）」が旧村名の「八代」になったという趣旨である。『標注古風土記』は「宮本元球曰」（郡郷考）として「村に稲塚あり、土人これを筑波山とも云ふ。稲塚は飯名塚の約なるべし」としている。「いなをか」や「稲奈野」も含めて、「飯名」は例外なく「稲」に変化していることも分かる。筑波山の「飯名神」から起こった稲敷郷は、近世の稲敷郡の由来となり、稲敷台地に採られ、平成の大合併で成立した稲敷市にも継承されている。
「飯名神」は、『常陸国風土記』の信太郡の条にのみ見られる神名である。『常陸国風土記』の筑波郡の条には本社の記述がなく、その後の六国史や『延喜式』等の文献にも登場しない。よって「飯名神」は、信太郡にある分社の記述からのみ間接的に実在が立証される、特殊な式外社といえる。「飯名神社由來記」にある通り、飯名神社は「飯名神」の有力な比定社である。ただし「筑波岳なる飯名神とは、稲村社と云へるものなり」（『新編常陸国誌』）、「郡郷考云、飯名神は今も筑波山の摂社に、稲村権現といふ者と、其称は相似たり」（『大日本地名辞書』）と、名称の類似から、筑波山神社の四摂社の一である稲村神社（天照大御神）を挙げる意見もある。
アミノ酸配列のみからタンパク質三次構造を予測することは非常に困難な問題であるが、より単純な二次構造の定義を用いることはより扱いやすい。初期の二次構造予測の手法では3つの主要な状態、ヘリックス、シート、またはランダムコイルを予測することしかできなかった。これらの手法は個々のアミノ酸のヘリックスまたはシートを形成する傾向に基づいており、二次構造要素形成の自由エネルギーを推定するための規則を組み合わせられることもあった。このような手法が残基が3つの状態（ヘリックス/シート/コイル）のどれを取るかの予測精度は概して~60%であった。アミノ酸配列から二次構造を予測するために最初に広く用いられた手法はシュー–ファスマン法であった。精度の著しい上昇（~80%近くまで）は多重配列アラインメントを利用することによって成された。進化を通じてある位置（とその周辺、典型的には前後に~7残基）に存在するアミノ酸の完全な分布を知ることにより、その位置周辺の構造的傾向についてはるかに良い予想を立てることが可能になった。例えば、あるタンパク質がある位置にグリシンを持つとすると、それ自体はその位置にランダムコイルが存在することを示唆する。しかし、多重配列アラインメントにより、数十億年近くの進化を経ている相同タンパク質の95%においてヘリックスに多く含まれるアミノ酸がその位置（と近傍）に存在することを明らかにするかもしれない。さらに、その位置と近傍における平均疎水性を調べることによって、同じアラインメントがαヘリックスと一致した残基の溶媒接触可能表面積のパターンをも示唆するかもしれない。これらの事実は元のタンパク質のグリシンがランダムコイルではなくαヘリックス構造に含まれることを示唆する。ニューラルネットワーク、隠れマルコフモデル、サポートベクターマシンを含む数種類の手法が、利用可能な全データを組み合わせ上記の3種の二次構造を予測するために用いられている。現代的な予測手法は、全ての位置における予測に対する信頼性スコアも提供する。二次構造予測手法は継続的に基準に従って評価された（例: EVA）。これらの試験に基づいた最も正確な手法は、PSIPRED、SAM、PORTER、PROF、SABLEであった。改善のための根本的な領域はβ鎖の予測と考えられている。β鎖と確信を持って予測される残基についての精度は高いが、これらの手法は一部のβ鎖領域を見落としがちである（偽陰性）。PDB構造に対して二次構造クラス（ヘリックス/ストランド/コイル）を割り当てる標準手法（DSSPで割り当てられ、この二次構造に対する予測精度が評価される）の特異性のため、全体の予測精度には~90%の上限がありそうである。最も単純なホモロジーモデリングの場合を除いて、正確な二次構造予測は三次構造の予測において鍵となる要素である。例えば、明確に予測された6つの二次構造要素のパターンβαββαβはフェレドキシン折り畳み構造の特徴である。