一方で、欧州特許条約 (EPC) 第52条第2項においては、「次のものは、…発明とはみなされない。(a) 発見、科学の理論及び数学的方法、…(c) 精神的な行為、遊戯又は事業活動の遂行に関する計画、法則又は方法、並びにコンピュータ・プログラム」と規定があることから、ヨーロッパ特許庁においては、従来よりビジネスに関連するソフトウェアは、特許の対象から除外されていた。この点では、明確に「コンピュータのためのプログラム」は除外されていた。しかしながら、1998年、欧州特許庁審判部において、IBM審決 (T 1173/97 - 3.5.1 ,1998.07.01, Asynchronous resynchronization of a commit procedure) により、技術的性質を有するコンピュータのシステム自体には、特許可能性があることが結論づけられた。これによって、審査実務において、ヨーロッパ特許庁は多くのソフトウェア特許を認めることとなった。(なお、欧州特許庁では、出願された発明は3人合議体で厳密に技術性の評価がなされ、発明に該当しないと判断されると、第45規則に基づいて、サーチをしない旨の宣言(No Search Declaration)がなされる。)このように、ソフトウェアに一定の技術的性質や技術的寄与があれば、特許になることが結論付けられたこと、また、現行条文の表現が紛らわしいとして、現在では、欧州特許条約 (EPC) 第52条第2-3項を改正し、ソフトウェアを非特許要件から外す旨の改正がすすめられているが、ソフトウェア特許に対する世論の意見は厳しく、欧州委員会が2002年2月に公表した「コンピュータ利用発明の特許性に関する指令」案も3年に渡る議論の末に2005年7月に欧州議会より否決された。
初めて認可された特許はおそらく、1962年、英国石油によって申請された、線形計画法の解法に関する特許であろう。この特許は、低速な記憶装置と高速な記憶装置を用いて、反復法によって線形計画法を解くようにプログラムされたコンピュータの特許である。これは、多数の制約条件を有する最適化問題を連立一次方程式によって解く方法であったが、この時代には、コンピュータを使うことが、直接「機械」を用いることを意味していたため、産業上の利用可能性を充足すると捉えられていたものである。このように、かつては、ソフトウェアはハードウェアに極めて近い機械語・低級言語であったことから、ソフトウェアはある意味、具体的で生々しいものであり、ハードウェア等の技術的な構成と密接に関連していたものであった。しかしながら、コンピュータのソフトウェアは、ハードウェアから離れ、徐々に抽象化・概念化が進み、ソフトウェアが必ずしも従来のストアードプログラム方式に基づいて動作することを直接的に意味するものではなくなりつつある。
欧州特許庁は、ソフトウェア特許に関連して、「コンピュータ利用発明("computer-implemented invention")」という用語を用いており、その審査基準において、「コンピュータ、コンピュータネットワーク若しくはその他のプログラム可能な従来装置を含むクレームであって、クレームされた発明中の一見して新規な発明が、1つ又は複数のプログラムによって実現されるものを含む発明」（特許庁訳）と定義している。発明の記載としては、例えば、「従来装置の操作方法」、「その方法を実行するために設定された装置」、あるいは、審決 T1173/97(OJ 10/1999,609)に従い、プログラムそれ自体などの形態をとることができる。また、イギリスの無料オンライン・コンピュータ関連事典FOLDOCは、一般的なソフトウェア特許の定義を「他者からプログラミング技術を使われることを防止する事ができる特許」としている。
南極の探検や磁極調査をおこなう大磁極基地（ビッグ・マグネット）には、37人の隊員が暮らしていた。ある時、計器が不可解なほど強い磁力を探知したため、第2磁極遠征隊が編成されて調査へ向かう。やがて遠征隊は、潜水艦に似た物体が氷に埋もれているのを発見する。それは墜落した宇宙船であり、地球に来てから2千万年が経っていると推測された。遠征隊は氷を掘るうちに、宇宙船の乗組員らしき生物を見つける。船から出てすぐに吹雪で迷ったものらしく、遠征隊は氷のブロックごと生物を切り出した。宇宙船は、発掘に用いたテルミット爆薬が原因で失われてしまうが、氷漬けの生物は基地へと運ばれた。生物学者のブレアーは、異星生物を解凍して研究しようとする。ノリスを含め数人は反対するが、危険はないというブレアーの主張が通った。解凍は宇宙線観測小屋でおこなわれ、物理学者のコナントが仕事をしながら番を引き受ける。翌日、ブレアーはコナントに叩き起こされた。コナントが居眠りをしている間に、解凍していた異星生物が消えたという。基地を捜索した隊員たちが犬舎でそれを見つけた時、その姿はハスキー犬と同化しつつあった。ブロートーチや電撃機、そして犬たちの攻撃により怪物は倒され、ブレアーが組織を調べる。ブレアーによれば、怪物には他の生物を消化して細胞を模倣する能力がある。そして、南極を出るために知恵を持つ生物、つまり人間になりたがっているという。ブレアーは、怪物を逃がさないように飛行機を破壊したと告げる。さらにブレアーは、コナントがすでに人間ではないと言いはり、隊員たちの間に不安が広がる。危険な状態と見なされたブレアーは倉庫に閉じ込められ、隊員は4人1組となるように決められた。マクレディたちは、発掘時の奇妙な体験を思い出し、怪物がテレパシー能力も持っていると推測する。医師のカッパーは、人間と怪物を区別するため、犬の免疫を用いた血清のテストを始めた。一時はこのテストで問題が解決するかに思われたが、失敗に終わる。人間の組織と同様の反応が怪物の組織にも生じていたため、テスト用の血液を提供したギャリー隊長とカッパーは怪物ではないかいう疑いをかけられる。カッパーは平静さを失ってモルヒネを注射され、ギャリーはマクレディに指揮権をゆずった。隊員たちが猜疑心に包まれる中、マクレディは怪物を区別しようとするが、決め手がないままに犠牲者が増えてゆく。怪物は、あらゆる部分がそれ自体で全体であり、小さな断片でさえ自足できることも明らかになる。やがてマクレディは、ある事件をきっかけに解決策を思いつき、隊員たちを集める。それは隊員の血液を使ったテストだった。