分岐条件は主にアルファ小隊関係のイベントを多く発生させることである。「朱き傀儡」において、綾人とアルファ小隊との関係が非常に友好的であることがうかがえる。そのため、綾人がムーリアンであることを知るのが遅れる。綾人は東京ジュピターに戻らないため、アニメ第16楽章 - 第22楽章に相当する部分の展開が異なる。第23楽章以降の展開はアニメ準拠編と同じ。
アニメ第16楽章 - 最終楽章に相当。分岐条件はアニメのエピソードに該当するイベントを多く発生させることである。大まかなストーリーは同じだがゲーム向けに再構成されており、細部が異なる。綾人以外の視点はあまり描かれず、他のキャラの末路も描写されない事が多い。また、綾人と結ばれる相手が遥とは限らない為、最終決戦の演出もアニメとは大きく違ったものになっている。
後編のストーリー展開はアニメ準拠編、バーベム傾向編、ムーリアン傾向編の大きく3つに分かれている。アニメ準拠編はさらにアニメ準拠編2というマイナーチェンジが存在する。その他、発生条件が特殊な「18歳の肖像」がある。
「朱き傀儡」は中編最後のイベントである。アニメ第14楽章に相当。ヴァーミリオンがTERRAに搬入される話。後編の分岐に相応して4つの異なる展開がある。
アニメ第1楽章 - 第5楽章に相当。チュートリアル的位置付けであり、イベントもすべて強制的に始まる。綾人が東京ジュピターを飛び出し六道家に住むようになるまで。
ストーリー中編の自由行動では、基本的に移動しなければ時間は進行しない。朝は六道家から始まり、バスでTERRAに移動すると昼に、そこからさらにモノレールでショッピングモールに移動すると夕方に、六道家に戻ると夜になる。イベントが終了するか、あるいは夜に六道家の自室で眠ると、一日が終了する。
アドベンチャーパートで、一定の条件を満たした上で、特定の会話を起こすとイベントが始まる。強制的に始まるイベントもある。イベントが始まりしばらくすると、イベントタイトルが表示される。イベントタイトルには、アニメのサブタイトルと同じものもある（「首都侵攻」「凍る聖夜」など）。イベントを進行させるには、特定の人物と会話を起こす必要がある。敵との戦闘が起こる場合もある。以降、fineと表示されるとイベント終了である。
綾人とラーゼフォンの操作は基本的に同じである。左スティックで対象にカーソルを合わせ、○ボタンを押すことでロックオンする。綾人の場合は会話をし、ラーゼフォンの場合は遠距離攻撃になる。
自機であるロボット「ラーゼフォン」を操作し、敵（主にドーレム）と戦うパート。敵味方とも常に空中に浮いた状態にあり、障害物もほとんど無いため、アクションゲームとしてはシンプル、かつスムーズな3D戦闘シーンとなっている。ラーゼフォンは手持ちの武器による直接攻撃のほか、遠距離攻撃を行うことができる。緊急回避、高速移動といったアクションも利用することで、中空の敵を次々と砕いていく華麗な戦闘が行える。
綾人を操作し、マップ内の人物をロックオンし会話を行うメインパート。会話では、第一ターゲットと第二ターゲットを選択する。これにより「複数人での会話を起こす」「ある人物から、別の人物の印象を聞く」といった会話を行うことができる。どのようなイベントを経てきたかによって、後半のストーリーは3系統に大きく分岐する。また会話によって各キャラクターの好感度も変化する。一般的なアドベンチャーゲームとは異なり、会話中に選択肢は存在しない。「誰と会話をするか」「どのようなイベントを起こすか」が一種の選択肢として機能するシステムになっている。
神名綾人、17歳の誕生日。麻弥は守や浩子を招いて誕生日パーティーを開いた。その席で麻弥は綾人に言う。「17歳になった貴方には、これまでと違った日々がやってくる。貴方は時の力を手に入れたわ。時を費やし、時を得ることで、貴方は様々な経験をすることでしょう」麻弥の言うとおり、次の日から綾人の過酷な運命が始まった。
カストルムという言葉は、政治的、宗教的、軍事的に意志決定が行われる中枢をおさめた、要塞化複合体を示す。メロヴィング朝期のカストルムの存在は7世紀に証明されている。ユゼルシュの黄金でスー金貨を鋳造していたのである · 。この管理部門は9世紀にもまだ健在で、ユゼルシュはかつて、助任司祭が治めるよう分割された行政区である、助任司祭管轄区であった。助任司祭管轄区は、リモージュ伯が権利を委任していた。ユゼルシュはまた異教崇拝の中心であった。王とローマ教皇の両方から許可を得て、10世紀に修道院の建設が始まり、多くの寄進が行われて非常に豊かになった。修道院の周囲に町が形作られた。修道院長の権限はユゼルシュの町の隅々、周辺地域、領主として治める土地に響き渡った。修道士は100人いた。こうした場所では、住民は全て修道院長の臣下であり、修道院長自身は王直属の家臣であった。教皇ウルバヌス2世は、第一回十字軍の準備のため隠者ピエールの十字軍宣伝活動が行われたクレルモン＝フェランを訪問し、1095年にユゼルシュにも立ち寄った。教皇はユゼルシュ近郊生まれのモーリス・ブールダンという名の修道士を知った。ブールダンは1118年から1121年の間、グレゴリウス8世の名で対立教皇となる。ベネディクト会派の修道院は強力で豊かであり、12世紀から13世紀に黄金時代に達した。今も残るサン・ピエール教会はかつてのサン・ピエール修道院の付属教会であり、リムーザンのロマネスク芸術の重要な文化財である。そして聖人の地下納骨堂には、サンティアゴ・デ・コンポステーラの巡礼路の巡礼者たちから崇敬を受ける2人のブルトン人司教、聖レオンと聖コロナの遺体が含まれている。