3世紀から4世紀にはロワール河口地方の主要な都市となり、周辺の集住地と同様にコンデウィクヌム（Condevicnum）という旧称から一帯に住む人々の名を取った名称へ改称された。こうした地名の改変はローマ帝国の安定が崩壊しつつある時期に行なわれている。この時期の宗教的彫刻や奉納文の中には、土着の古いケルト神話の復興を示す記述が発見されている。地名の変更はおそらく、土着民のガリア的な民族性の復興という一連の現象の一部である。280年頃、サクソン人海賊の襲撃から都市を守るためにローマ帝国は数多くの駐屯地を設置した。こうした駐屯部隊はおそらくブリテン島地域からやってきたと考えられている。エルドル川沿いにはブリトン由来の地名が残されており、ブリトン人たちはエルドル川流域へと分布を拡大したと考えられている。駐屯ブリトン人たちはロワール川沿いにブロワに至るまで配置されていた。ナントがキリスト教化されたのは紀元3世紀である。285年にはサクソン人、500年頃にフランク人、6世紀から8世紀にかけてブリトン人、9世紀にはノルマン人の襲来を経験した。"ナントの町は何年もの間人の少なく荒れ果て、イバラやサンザシが生い茂っていた。"、ナント年代記は946年までのナントの様子を述べている。ブリトン王国最後の王であったアラン偉大王の孫にあたる、アラン捩髭公（のちのブルターニュ公アラン2世）が祖父の敵であるノース人を追放し、ブルターニュ公国を建国した。
ナントの場所に最初に定住したのはケルト人であった。紀元前70年頃、ガリア人の一部族であるナムネティ人が町をつくった。この後の紀元前56年にユリウス・カエサルによって占領され、ポルトゥス・ナムネトゥス（Portus Namnetus）と呼ばれた。
複数の川や運河が合流する地点に位置し、多くの島があることからナントは長らく『フランス西部のヴェネツィア』と呼ばれてきた。運河の大部分とロワール川北岸は20世紀初頭に埋め立て、あるいは暗渠化された。最も大規模な工事は1929年に始められたもので、ロワール川の北の分流およびエルドル川との合流地点を埋め立てるものである。以降この一帯は航行可能な地下運河で迂回されており、これは古くからのロワール川分流の一部をなすサン＝フェリックス運河に接続されている。ナント市街はロワール川によって南北に隔てられ、ロワール川には2つの分流に囲まれたナント島が浮かぶ。この北と南の2分流はそれぞれマドレーヌ川とピルミユ川と呼ばれている。また市街にはエルドル川、セーヴル・ナンテーズ川、シェジーヌ川、ジュヴル川、サン川も流れる。さらに複数の小さな水路もあり、大部分が運河で暗渠化されたものが多いが、中には公園整備の一環として再び水路の姿を取り戻したものもある。
開山禅師語録『永泉余滴』によると、天文元年（1532）、野呂長者惟久によって建立された。開山堂に掲げられる聯、及び所蔵の過去帳によると勧請開山を興宗宗松、創建開山を泰秀宗韓とする。興宗は悟溪宗頓の法嗣ゆえに、永泉寺は臨済宗妙心寺の東海派興宗門に属す。永泉余滴によると泰秀は始め悟溪に参じたが、悟溪遷化後に興宗に師事して法を嗣いだ。過去帳記載によると、天文3年に織田信長が勝幡城で出生「甲午 織田信長生 勝幡城 小字云吉法師」、15年に元服「吉法師 信長公小字也 元服 古渡城 信秀所居」とある。巷間では当寺2世の澤彦宗恩が命名したと伝えられるが、寺伝では泰秀としている。泰秀は天文20年に遷化するまで永泉寺主席であったため、師匠の権威権限を飛び越して弟子の命名は現実ではありえないと口伝されている。信長によって境内の池は湖山水、門前の巨木を傘（からかさ）の松と名付けられたと口伝や『尾張名所図会』にいわれる。過去帳には年月不詳ながら澤彦の父の葬儀の事績が載り、永泉余滴には泰秀の香語が記され、父は松泉軒と名乗り一宮の妙興寺に住んで泰秀とは父子のような間柄だったとある。天文18年に信長の父信秀が死し「己酉三月三日 信秀 信長父備後守死 年四十二号 桃岩 信長續家督」と記されている。その後、平手政秀が諌死、澤彦が移って政秀寺を創建した。『平手家牒譜』によると、平手家は政秀の曽祖父義秀の代から当寺の檀越と伝えられている。野呂惟久は天文16年死す「丁未年 當寺開基石窻永堅庵主 野呂長者惟久 行年七十八歳」。天文20年、泰秀が遷化、世寿67。後に敕されて慧日大聖禅師と諡された。過去帳には信長麾下の梶川家の者たちの戒名が載るが、当寺との関わりは不明である。後に小牧長久手の戦いで灰燼に付し、荒廃した。澤彦の後を雪巖宗郝が継ぎ、本堂を再築した。江戸時代に入り、犬山市羽黒の豪族梶原家の出自といわれる槐山宗三が住することによって漸次復興される。澤彦からしばらくの代は、永泉寺と政秀寺やその他末寺寺院の運営を派中で取りまとめていた。槐山の後は禅外崇喝、徹源祖侃と続き、徹源によって本堂が中興された。徹源は後藤又兵衛の遺児と伝えられ、過去帳に「當寺中興徹源祖侃大和尚 父後藤又兵衛仕秀頼公在大坂城」とある。又兵衛の戒名「長野善久居士」や母妹などの戒名の記載もある。また、「正保三丙戌年 茲歳當寺新再興徹源大和尚自筆之記録有之」ともあって、この記録は残っていないが『政秀寺古記』はこれが基となっていると当寺口伝にいう。『尾張名所図会』に「薬剤処方」の記述があるが、痕跡を窺う資料などは残っていない。『妙心寺派データベース』によると、泰秀を源流にする寺院数は約170ケ寺、妙心寺派内では1/20ほどの規模である。境内にはマメナシの木が数本自生していて、愛知県のレッドデータブック内の絶滅危惧種に指定されている。