ジンスハイム市の紋章は、金地に赤い爪と嘴を持つ黒い鷲。市の旗は黄色地に黒い鷲である。この紋章と旗は、何世紀も前に遡る。ジンスハイムは1803年までプファルツ選帝侯領のオーバーアムト・モースバッハに属しており、1803年から1806年まではライニンゲン侯領に属した。1329年にプファルツ選帝侯領となって以後も、他のプファルツ選帝侯領内の旧帝国都市と同じように帝国都市の紋章である帝国鷲を引き続き使用することが許され、現在に至っている。鷲の図案は何世紀ものうちに何度か変更されている。現存する最も古い印章である1300年の文書では、「s. civivm de. svnnensheim」という言葉が掛けられている。
ガウの伯オットー・フォン・ケルンテン（948年頃 - 1004年）はシュティフツベルクに修道院と教会を創設した。教会は最初ヴォルムス司教区に属した。オットーの没後、1024年にラインフランケンの領主ザリエリ家の統治に移り、クライヒガウとその周辺の領地はツァイゾルフ＝ヴォルフラム家のヴォルフラム伯にレーエンとして与えられた。ガウの伯ツァイゾルフは神聖ローマ皇帝ハインリヒ4世によって1064年に市場開催権を、1067年に貨幣鋳造権を与えられた。ツァイゾルフの弟でシュパイアー司教となったヨハネスはヴォルムスからジンスハイムのアウグスティノ会修道院を獲得し、1100年にハインリヒ4世臨席の下ベネディクト会修道院に改めた。この結果、修道院はそれまでよりも大きな所領を有することとなり、その中には現在のシュタインスフルト区が含まれていた。修道院は市場町として重きをなしたが、その後1108年にハインリヒ5世によって様々な権利を与えられ、さらに重要度を増していった。1192年にハインリヒ6世がこの町に都市権を与えた。文献上初めて「civitas」（都市）の記述が現れるのは1234年からである。現存する最も古いこの都市の印章は1300年のものである。当時のこの都市の名前は、「Sunnensheim」であった。12世紀、13世紀と過ぎるうち、領主家はクライヒガウとエルゼンツタールの伯になった。この後、ジンスハイムは何度も質入れされ、たびたび領主が入れ替わった。近隣の村との間で領土上の連携ができあがっていった。 バーデン辺境伯、ゲンミンゲン家、ヒルシュホルン家がこれを治めた。
ジンスハイムは、770年のロルシュ文書に初めて記録されている。この文書は、ある人物が「Sunnisheim」の1フーフェの土地をロルシュ修道院に譲渡したというものである。大規模なフランク族の墓がこの時代を物語っている。この村はエルゼンツガウの中心地として古くから重きをなした。おそらくガウの伯の拠点があったと推測されている。908年頃にコンラート・フォン・ヘッセンによってジンスハイムに城が築かれ、村は防壁で囲まれた。
康頼の嫡男・平清基は承元年中に保司職を継承した。鎌倉3代将軍・源実朝が死去する頃には、幕府は執権の北条氏が頼朝以来の有力な御家人・門葉を排除し、実権を掌握していた。後鳥羽上皇は諸国の広大な荘園を再び取り返そうと、全国の武士に北条義時追討の院宣を下した。上皇側の予想に反し思うように兵は集まらず、圧倒的な鎌倉の大軍を支えることが出来ず、それぞれの国元へ逃げ帰った。この戦いで阿波の佐々木経高と高重の父子は討死して果て、600余の兵のほとんどは阿波へ帰らなかった。阿波国に対しては佐々木氏に代わって、小笠原長清を阿波守に任じた。長清は阿波へ入り居城を攻め、ほとんど兵のいない鳥坂城は炎上し、経高の二男高兼は城を捨て山中に逃げたが、小笠原氏は高兼の生存を許さなかったため、一族と家臣達が百姓となって、この地に住む事を条件に、自ら弓を折り腹を切って自害した。神山町鬼篭野地区にある弓折の地名は、高兼が弓を折って自害した所で、同地に多い佐々木姓は、かつての阿波守護職、近江源氏佐々木経高の後裔達であるといわれる。　一方、麻植保では清基が保を没収され、保司職を解任された。そして清基に代わって小笠原長清の嫡男・小笠原長経が阿波の守護代及び、麻植保の地頭に補任された。理由は清基が麻植保の兵をつれて、佐々木氏に従って上皇軍に加わっていたというのである。事実清基は、承久の乱に上京していたが、上皇軍には加わらなかったと申し立て、保司を解任されたのを不服として、長経と論争をおこし、無実を鎌倉へ訴えて、長経と対決裁判をした。長経の申し状によれば、清基は承久3年夏、上皇方へ加わるために上京し、和田朝盛と共に戦場へおもむいたと申し立て、証拠の書状などを提出した。これに対して清基は、叔父の中原仲康が、和田朝盛と朋友であったから対面したが、かの兵乱には自分はもとより、麻植保の衆も参加していないと主張した。しかし長経の提出した証拠の仲に、清基から経高に出した手紙があり、軍に加わる内容が書かれていたため、裁判の結果は清基が破れた。『吾妻鏡』二十六巻に、承久三年十月二十八日、平清基麻植保司没収の記事がある。三代目の平俊職は官職を失って浪々の身となり京に出たが、承久の乱の敗者には仕官先もなく、賊徒の輩と徒党を組み、伊具四郎を毒矢で射殺し捕らえられた。首謀者の諏訪刑部左門は斬首となり、俊職と牧左衛門は、昔、祖父の康頼が流されていた鬼界ヶ島に流されて消息を絶ち、森藤の平家は絶家した。俊職のおじ平康利は一族をまとめて森藤を引き払い、昔、父・康頼が赴任した越前国足羽郡の縁者を頼って彼の地へ去り、康利は出家して探嶺院に入り、その子の康綱も出家して後を継ぎ、探嶺院を浄土真宗（現在は出雲路派）心光山常照寺と改め同寺の開祖となる。のち権大僧都に昇ったとされる。また、その子孫も代々僧となった。