1945年（昭和20年）8月15日太平洋戦争の終結により、内外へ出征していた学生らは渋谷・常磐松の校舎へ戻ったが、そこに残っていたのは横井講堂だけだった。1945年（昭和20年）11月、東京農業大学は常磐松から世田谷の現在地である旧陸軍機甲整備学校跡地へ移転し、再建に乗り出した。応援団は早くも活動を開始し、「全学生の団結なくして母校の発展はなし」と全学生を説き伏せ、「勉強のできる環境作り・運動場の整備」に立ち上がった。この時の農大応援団は専門部のみで構成されており、各科ごとに複数の応援団が存在していたが、全学的な実権は専門部応援団が持っていた。1946年（昭和21年）10月、応援団は戦後初めての収穫祭の準備に入った。時代は連合国軍占領下で5人以上の集会の禁止令があり、収穫祭の宣伝許可を得るため警視庁に申請したが、却下されてしまう。そこで連合国軍総司令部（GHQ）へ行きマーカット少将付き日系中尉キャピー原田に陳情した。交渉は難航したが、マッカーサー元帥の直筆の許可を得て、銀座、新橋、新宿、渋谷、三軒茶屋で大々的な宣伝パレードを行なった。また、応援団有志の手によって新団旗が作られた。1947年（昭和22年）11月14日、大学ホールにおいて全学的応援団結成のため、学部・専門部・予科応援団の合同幹部会が開催された。そして全学生応援団の構想が具体化されると早速統合の運びとなり、1948年（昭和23年）2月16日、学部・専門部・予科を統一し全学生を包含した「東京農業大学全学応援団」が復活した。1949年（昭和24年）に東都大学野球連盟の1部6校が集まり、東都大学応援団連盟を結成し、盛大に記念式典を行った。後に東都大学応援団連盟は、全日本学生応援団連盟へと発展する。戦後ようやく復活した応援団ではあったが、1947年（昭和22年）11月に発足した全学学生自治会の委員総会から今までの応援団に対する不満の点、団費の値上げ問題について徹底的に追及される。結局解決に至らず、応援団組織を全面的に解散するか一部だけ解散するかの採決をとり、有効投票43票中全員が解散を要求した。このため、全学組織による応援団を再編成するために1950年（昭和25年）6月30日をもって、全学応援団は解散した。
正式名称は旧字体表記の東京農業大學全學應援團であるが、現在では新字体表記の東京農業大学全学応援団が用いられる。この応援団の大きな特徴として、全学、すなわち全学生によって組織される点がある。このため、東京農業大学・東京農業大学短期大学部に入学した者が全てこの応援団に所属していることとなる。なお、通常の応援団業務は、「全學應援團リーダー部」、「全學應援團吹奏楽部」、「全學應援團チアリーダー部」の3団体が行っている。また、このように特殊な組織ゆえ、学内では学生団体ではなく、特別教育活動機関として位置づけられている。
東京農業大學全學應援團（とうきょうのうぎょうだいがくぜんがくおうえんだん）は、東京農業大学及び東京農業大学短期大学部の応援団。全日本学生応援団連盟に加盟している。
2000年代には、有井製作所=マイクロエースの製品が急速に拡充された。マイクロエースの製品は機関車以外はセット販売が主体で、販売車種は試作型車両、民鉄の車両、JR北海道、四国、九州の車両に及び、実物の存在しないアニメーション作品の銀河鉄道999編成まで製品化された。マイクロエースの製品展開は他メーカーにも影響を及ぼし、セット販売の増加はNゲージ全体の流れとなった。一方、プラキットの形態で長年製品を供給してきたグリーンマックスは90年代後半より、より完成品に近い塗装済みキットを製品化していたが、2000年代に入ると他社と同様の塗装済完成品を発売し、キットを作らないNゲージャーに対応している。このようなこともあり、毎月新製品が発売される完成品に比べると市場における未塗装キットの比重は低下している。チョコエッグなどの食玩にはじまるコレクションモデルのブームがNゲージにも波及して、Bトレインショーティーや鉄道コレクションというような従来の鉄道模型とは一線を画する製品が発売されているのも近年の特徴である。このような製品は他のコレクションモデルと並べられ、量販店やコンビニエンスストア、鉄道事業者主催のイベント会場でも販売される等、販売形態においても従来の鉄道模型とは異なる扱われ方をしている。Nゲージブームが去ってから次第に百貨店、玩具店でのNゲージの取り扱いは減少していく一方、1990年代後半から家電系・玩具系量販店がNゲージの取り扱いを始めた。量販店はBトレインショーティーや鉄道コレクションのようなコレクションモデルの販売にも力を入れていて、取り扱い商品の種類・数量とも豊富であるり、百貨店、玩具店に代わって模型専門店に足を運ばない層にもNゲージを広める役割を果たしている。当初、量販店は模型専門知識を備えたスタッフをほとんど持たなかったが、他店との差別化や顧客サービスのため専門知識を持った販売員を置く店もある。また、一般の模型店の中にも売り場を量販店型に改装するところも出てきている。また、インターネットの普及に伴い実店舗を持たないインターネット通販専門の鉄道模型店も登場している。2000年代後半にはレイアウトの完成を目標とした分冊百科形式の雑誌が刊行された。解説の冊子とともに各号にレールや車輛、レイアウト用品が付属する形で書店でNゲージ製品が購入できた。1990年代後半以降、製造コスト削減のために製造拠点を中国や東欧などに移すメーカーが現れていたが、2000年代以降その動きは加速し、日本メーカーの製品も中国で製造された製品が多くみられる。また、2000年代以降は海外でのNゲージ業界の再編が更に進行した。2001年、グラハム・ファリッシュがケーダーに買収され、同社のイギリス市場でのNゲージブランドとなった。リマグループは2004年に倒産し、イギリスのホーンビィに買収された。同年ロコも倒産し、ドイツのモデルアイゼンバーン・ホールディング傘下となった。2008年にはフライシュマンが倒産しモデルアイゼンバーン・ホールディング傘下に入った。以後ロコブランドのNゲージ製品はフライシュマンブランドに統合された。日本でも2012年に河合商会が倒産し、Nゲージ製品についてはポポンデッタに引き継がれた。