新潟は、牧野家入封以来の長岡藩の領地であり、正徳3年（1713年）に越前国敦賀の人である中村源七の進言を受けて仲金制を敷いて以降、長岡藩の重要な財源となった。新潟町が港湾都市として発展したのも最初の2人の藩主、堀直寄と牧野忠成が新潟の商人を保護して河川交通・海上交通を発展させたことがきっかけであり、また先述の分水事業や新潟よりも古い港町である新発田藩領の沼垂との7度にわたる係争も起こった際には藩も係争に関与した。幕府は権力回復のため上知令などの統制強化策を推し進めようとしていたこともあり、天保14年（1843年）に新潟町の上知が命じられ、外港の新潟を幕府に返上し、新潟港の代替地として、天領であった三島郡高梨村600石を与えられた。それより前、新潟港では薩摩藩が同港を利用して私貿易（抜荷）を行い莫大な利益を得ていたことが発覚したが、長岡藩はこれを2度も見逃していた。貿易とそれによる利益を独占したい幕府にとっては看過できないことであった。そこで、流通統制を強化するため、新潟港の直轄化を行った。一説に、この上知は老中・水野忠邦の抵抗勢力となっていた寛政の遺老である牧野家に対する嫌がらせともいわれる。長岡藩が新潟港から得ていた租税は1万5千石相当あったため、上知は藩財政にとって大打撃となった。（以上、出典）
当初から軍役や助役が多かったために、藩財政は苦しく、初代の忠成の晩年には既に大津の米宿である打它家から借財を重ねており、熱心な新田開発による増収の恩恵はそれ程は続かず、むしろ出費の増加によって藩財政は次第に深刻さを増した。すなわち、藩主・家中の消費生活の進展による経費増大や幕府命令による公役負担、更には享保13年（1728年）の居城長岡城までもが全焼する三蔵火事を初めとする大火災や洪水による損害とその復旧、悠久山や藩校建設の出費の増加、宝暦5年（1755年）から天明8年（1788年）にわたる信濃川水運の船問屋利権の一時的喪失や新発田藩開墾事業の松ヶ崎分水による新潟湊への打撃による商業上の減収により、18世紀に入ると財政問題が深刻化した。さらに文政11年（1828年）の三条地震で田畑荒廃9百55町歩や城下全壊家屋220件、郷中全壊家屋3千522件などの被害を出した（長岡市史）。これに対して藩は借財や知行半分借り上げで対応することとなった。元禄以降からは長岡町や新潟町、郷中からも借用し、享保13年（1728年）には藩士の知行半分借り上げを行っている。加えて幕府からも忠寿の代に7千両、忠周の代に5千両借用している。このため、支配下の郷中や長岡城下町、あるいは新潟町への御用金・才覚金の賦課がたび重なり、蜂起事件も起こった。、明和5年（1768年）には御用金の命令に反発した新潟の町民が蜂起する事件（新潟明和騒動）を招いた。
譜代大名としての立身はそれほど早くはなく、江戸時代の前半には幕閣に名を連ねた藩主もほとんど出なかった。しかしその後、藩主牧野家において公卿や諸大名との婚姻・養子縁組が積極的に進められ、江戸後期には幕閣にも名を列ねるようになった。寺社奉行や京都所司代を務めた牧野貞通の子を立て続けに藩主に迎え、また松平定信の親族に連なったこともあり、牧野忠精が天明元年（1801年）に老中に任ぜられ、寛政の遺老の一人として名を残した。忠精に仕えた山本老迂斎（勘右衛門義方）は、6人の主君を補佐した名家老として著名であり、特に忠精に対しては老骨に鞭を打って献身的に尽くし、帝王学を授けた。この忠精を皮切りに、幕政に重きをなすようになり、忠精、忠雅、忠恭と3代続いて老中を出した。しかし、幕政参与のために借金がかさんで財政が悪化し、藩内で財政改革策を講じなければならなかった。天保の改革直前の天保11年（1840年）には庄内藩、川越藩との三方領地替えが計画され、牧野家は川越藩に移されそうになった。長岡藩内では特に反対の声は上がらず、動揺しつつも準備を進めていたが、庄内藩で領民の反対運動が起こったために計画は見送られた。
この地域の探検に関する最初期の記録としては1898のアーサー・ニーヴ（Arthur Neve）によるものが挙げられる。ニーヴはその後にも3回、1902年、1904年、1910年とこの地を訪れている。1903年、オランダの登山家ヘンリック・シレムが2つの峰の間の平地を発見している。彼はこの時にナン峰の標高6,400メートル地点に到達している。1906年、著名な探検家夫婦であるファニー・ブロック・ワークマンと彼女の夫であるウィリアム・ハンター・ワークマン（William Hunter Workman）はこの山塊の第3峰であるピナクル・ピークに登頂したと主張した。彼らはさらに山塊の周囲を広範に探索、地図を作製した。しかし彼らの主張のうちのいくつかには真偽に関して論争が残っている。さらには三角測量の基準点が少なかったため、彼らの作った地図は役に立たなかった。イタリアの登山家、マリオ・ピアチェンツァが1913年、北東の尾根を辿るルートからクン峰に初登頂している。しかしその後しばらくはクン峰の登頂に成功する者は現れず、2番目の登頂は58年後のインド陸軍の探検隊を待つことになる。一方のヌン峰へのアタックは1934年、1937年、1946年と3度にわたり失敗しており、1953年に初めてバーナード・ピエール（Bernard Pierre）とビエール・ビトー（Pierre Vittoz）率いるパーティにより初登頂がなされた。このパーティはフランス人、スイス人、インド人、シェルパから成り、モラヴィア出身の宣教師であり登山家のビエール・ビトーと、女性登山家の草分けであるクロード・コーガンの2名が山頂までを踏破した。以降は他のルートも開拓されていった。北西のルートは1976年の10月27日と28日にチェコの探検隊によって初めて踏破されている。この山塊へはカルギル、またはレー (インドの都市)からのアクセスが容易である。