60年代、南極で海遊性ほ乳類の一種と思われる凍結死体が発見された。調査の結果、死体は雄のジュゴンであることが判明した事で騒ぎはおさまるかに見えていた。しかしDNA分析をしたことで事態は急変。この生物が実際に凍結された時期は1000年以上も前、500年程前に既に絶滅している筈の「祖ジュゴン」であることが判明した。これこそが、人魚伝説の真のモデル…。海遊性ほ乳類研究の新分析を切り拓く新たなテーマ…。それから数十年後、この研究を続けた慈愛堂生物研究所では、ある発表が着々と準備されていた。その研究所へ、テレビ局の新米社会部記者、国友真理亜が上司の使いでフロッピーディスクを受け取りに行くところから物語は始まる。駆け出しジャーナリストの国友真里亜はある日、取材のために生物学者の亜門博士のもとを訪ねる。博士の魅力ある人柄や興味深い話に次第に惹かれる真里亜。しかしその夜、博士が研究所で死体で発見されたというニュースが流れ、しかも真里亜が研究所で出会った青年、博士の助手の景山純に殺害の容疑がかかっているという。ひょんなことから景山を匿う羽目になった真里亜は、事件の真相を追い始めるが、やがて思いもよらぬ巨大な陰謀へと巻き込まれてゆく。
前作の2年後の世界が描かれており、前作の舞台となった病院や前作の登場人物も本作中に登場するが、基本的に前作の物語の流れや設定が本作の物語の進行に影響を及ぼすことはなく、前作と世界観を共有しているのみの別作品といってもよい。ゲームシステムは前作を踏襲しており、登場人物間でテキストでの会話を交わす会話パートを主とし、クライマックスなどの重要な場面はムービーに切り替わる。建物内で物語進行に必要なアイテムを捜すような場面ではリアルタイム･パートに切り替わり、プレイヤーが主人公を操作して建物内を動き回る。また、情報源として主人公の操作するパソコンに他の人物のメールが届くことも前作同様である。マルチエンディングを採用しており、1周目に到達できるエンディングは3通りだが、エンディング後のゲームデータをセーブして2周目以降をプレイすると、ゲーム中盤の主人公の行動次第でもう一つのシナリオへ分岐でき、さらに2通りのエンディングを見ることができるので、計5つのエンディングが存在することになる。1周目のみでプレイ可能なシナリオは「逃亡編」、2周目以降で分岐可能なシナリオは「究明編」と呼ばれる。シナリオ名が示す通り、前者では正体の見えない敵に追われ続ける逃避行が主で、後者では前者で明らかにならなかった事件全体の真相を突き止めることができる。
顧客が複数チャネルで一貫したシームレスな体験をする、オムニチャネルエクスペリエンスが必要とする指摘がある。つまり、顧客が購買という意思決定を行う以前の行動と感情、あるいは購入後の拡散といった行動に影響を与えるためには、販売チャネルだけではなく、その他の接点や体験を適切に設計し、常にアップデートすることが必要である。打ちっぱなしの広告ではなく、そこから次に誘導されたSNSやキャンペーンサイト、店頭やフォローメールにも連動することで、顧客がその気になった瞬間を日数が経過した後でも逃さないことができる。
映画『2001年宇宙の旅』冒頭で第1部「導入部」が使われていることは非常によく知られている。冒頭シーンを模倣し日食などの天体現象を図案化したデザインがレコード～CDジャケットで多用されるほどこの映画が楽曲に与えた影響は強い。使用された演奏は、ヘルベルト・フォン・カラヤン指揮ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団によるデッカ盤。ウィーン・フィルとの共演を望みデッカの録音技術に惚れ込んでいたというカラヤンがそれまで専属だったEMIと並行する形で契約した最初の録音である（ウィーン・フィルがデッカ専属だったため。また同時期にドイツ・グラモフォンとの録音も本格的に開始している）。映画で使用された冒頭部最後のパイプオルガンの和音は録音会場となったウィーンのゾフィエンザールにオルガンが無かったため、郊外の小さな教会で収録しミキシングされた。キューブリック監督からの使用申請に対しデッカの経営陣が指揮者・演奏団体を表記しない事を条件にしたため、映画が成功し競合他社も争うようにこの曲のレコードを発売してデッカは大変な損失を被った。カラヤンもデッカと製作会社MGMの告訴を検討したほどであった。最初に発売されたサウンドトラック盤にも映画とはまったく違うカール・ベーム指揮ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団の録音が収録されていた（そのため、この演奏が映画でも用いられているという誤情報も一部流布した）が、最新のサウンドトラックCD (EMI) にはカラヤン指揮のデッカ録音があらためて収録されている。上記場面（映画『2001年宇宙の旅』冒頭）のパロディとして作られた『メル・ブルックス/珍説世界史PARTI』の該当シーンにも当然のように使われていた。日本では『2001年宇宙の旅』公開より遥か前の1943年、日本ニュース第179号において大東亜会議開幕のシーンでこの曲を使用していた。日本ニュースではこの曲を使っている場面がいくつか見られる。この部分は、プロレス界ではリック・フレアーのテーマ曲として世界的に知られている（日本ではボブ・サップのテーマ曲）。リック・フレアーの娘であるシャーロット・フレアーのテーマ曲にもアレンジした形で使われている。ポピュラー音楽では、1970年代のエルヴィス・プレスリーの公演のオープニングにしばしば使用されており、日本でも寺内タケシとブルージーンズがステージのオープニングに時折使用した他、1985年に嘉門達夫がリリースした『アホが見るブタのケツ』の冒頭部にも使用されている。「ビバ・エルビス」では本曲に「ザッツ・オーライト」などの掛け声や笑い声、ウッド・ベースや様々な曲のドラムをミックスし、ファンの掛け声や喚声、ラジオＤＪの言葉やエルビスを紹介するエド・サリヴァンらの声をサプリングしてオープニングに使用している。冒頭部のオルガンの低音は、LPレコード時代には録音技術者泣かせとして知られる一方、優秀録音盤がしばしばオーディオ機器のデモンストレーションに用いられた。1972年、ブラジル出身のジャズ・キーボード奏者 / アレンジャー、デオダートのアレンジによるクロスオーバー作品も、ポップスとしてヒットした。同様のアレンジは他にパーシー・フェイスやディープ・パープルも行っている。高校野球の応援歌としてもPL学園高校が使用している。