阪田の復帰を記念し、読売新聞社主催で特別対局が行われることになった。既に名人の関根は引退を表明しており、関根の弟子で、当時行われていた第一期の実力制名人戦での、最有力優勝候補であった、木村義雄と花田長太郎が対局に臨むことになる。木村との対局の舞台は京都の南禅寺。1937年（昭和12年）2月5日から7日間、持ち時間30時間というルールの下で行われた。現在の公式戦で持ち時間が最も長い棋戦は名人戦の9時間であり、名人戦は創設当初でも15時間の持ち時間で指されていたことからも、30時間という持ち時間は非常に長い。このとき66歳の阪田にとっては厳しい戦いになることが予想された。この対局は後手となった阪田が2手目に△9四歩と指した（「阪田の端歩突き」）。当時の常識では後手でありながらなお1手損とするのと同様であるこの指し手は、関西の棋界を背負っていた阪田の、東京への反骨精神の表れとも見られている。当時は非常に注目を集めた勝負であり、織田作之助は新聞で阪田の端歩突きを知り、感激して「阪田はやったぞ。阪田はやったぞ。」とつぶやいたと、作品「聴雨」で回想している（織田作之助は阪田ファンで、二度も作品に阪田を取り上げている）。一方で正攻法の将棋を重んじ、奇手や小技を潔しとしなかった木村義雄はこの手に「これには私もたまげたが、同時に『ははん、これは』と思った」とのちの自著に記している。結局この一手が響いた形となり、結果は95手で先手の木村義雄の勝ち。のちに阪田の孫弟子に当たる内藤國雄は、自著『阪田三吉名局集』（講談社, 1979）の中で、この南禅寺の決戦を「三百七十年に及ぶ将棋の歴史の中で、最大の一番」と記している。読売新聞社の観戦記者である西條耕一によると、当時は関根金次郎が名人位を返上し、木村義雄らによる第1期の名人決定リーグ戦のさなかであった。名人戦は東京日日新聞（現在の毎日新聞社）が主催していたが、小さな新聞社であった読売は名人の権威を逆手に取り、リーグ戦の上位で名人位獲得が有力視されていた木村義雄、花田長太郎の2人の実力者と阪田を対局させることを企画したという。名人位の失墜を恐れる毎日は反発したが、木村が「（もし対局が受け入れられないなら）将棋大成会を脱退し、個人として参加する」ことを宣言して対局は実現した。このことは、木村にそこまで言わせるほど阪田と対戦できるということに魅力があったことを示している。花田との対局（1937年（昭和12年）3月）は「天龍寺の決戦」と呼ばれ、このときは後手となった阪田が2手目に△1四歩と南禅寺とは反対の端歩を突いている。結果は169手で花田の勝ちとなった。


弟子に藤内金吾、星田啓三、高浜禎がいる。また、棋士系統図においては弟子とされていないが、神田辰之助は長く阪田の下で将棋を教わっていた。その他、ライバルの木見門下である升田幸三を阪田は特に才能を評価していた。阪田は升田が将棋を教えている社交クラブへ出向き、色々なアドバイスをし、「木村（義雄）を負かすのはあんたや、あんたのほかにおらへん」と激励したという。阪田が得意とした振り飛車戦法は、木見門下である大野源一が改良を加えて引き継いでいる。阪田が創始者とされる戦法に阪田流向かい飛車・袖飛車があり、特に袖飛車では花田長太郎が対抗する定跡を作り上げるまでは当時不敗を誇ったと観戦記者の天狗太郎は記している。阪田の一番弟子の藤内金吾（1893年-1968年）は弟子を多く育て、高島一岐代、内藤國雄、若松政和を始めとする「阪田三吉の孫弟子」、さらには若松から「阪田三吉の曾孫弟子」で十七世名人（資格者）の谷川浩司を生んだ。藤内は元々は棋士でもなんでもなく一介の繊維業者であり、阪田とはいわゆるタニマチとしてのつながりでしかなかった。しかし、個人的に稽古をつけてもらっているうちに阪田の魅力にひかれ、気がつけば39歳からプロ棋士になっていたという。
11月1日、ムルシー支持派の反クーデターデモが各地で行われた。4日にムルシーの裁判を控え、過去数週より規模は大きかったと伝えられている。11月4日、イスマイリーヤの検問所で軍将校1人が射殺された。11月10日、イスマイリーヤとザガジグを結ぶ道路にある軍施設に対し、走行中の自動車から銃撃があり、兵士2人が死亡した。11月12日、ムルシー支持派によるデモが行われ、マンスール大学ではデモ隊と警察の間で衝突が発生した。11月10日に行われたサッカーのCAFチャンピオンズリーグ決勝第2戦で、アル・アハリのアハマド・アブドッザーヘルが、ゴールを決めた際にムルシー支持派が行う4本の指を立てるラバアサインを示したことにより、12月にモロッコで行われる予定のFIFAクラブワールドカップ2013のメンバーから外されることになった。11月13日、暫定政権が8月14日に出された非常事態宣言と夜間外出禁止令を同月14日解除すると発表した。暫定憲法では非常事態宣言の期間を3ヶ月以上に延長する場合には国民投票が必要とされることが定められていた。なお、暫定政権は、デモ活動を制限する法律の制定を準備している。11月15日、ムルシー支持派のデモがエジプト各地で行われ、アレクサンドリアでは支持派と反対派間で衝突が起き1人が死亡した。11月16日、ザガジグ大学で、ムルシー支持派学生が拘束されているクラスメイトの釈放などを要求する抗議デモを実施、これに対して治安部隊は催涙弾を発射するなどしてデモ隊の解散をはかった。11月20日、シナイ半島北部のアリーシュ近くで、兵士輸送中のバスに対する自動車爆弾攻撃があり、兵士12人が死亡した。同日アズハル大学でムルシー支持派学生のデモ隊と治安部隊が衝突し、学生1人が死亡した。また、アレクサンドリア、タンタ、ヘルワーンで反軍デモが行われた。11月23日、エジプト外務省は、駐エジプト・トルコ大使をペルソナ・ノン・グラータに指定し国外退去を求めるとともに、自国の駐トルコ大使の召還を決めた。トルコのエルドアン首相は、暫定政権に対して批判的な姿勢をとっている。11月24日、暫定政権はデモ活動を規制する法律を制定。当局の許可なくデモを行うことが禁じられ、細部に関してまで届け出を行わねばならないこの法律に対しては、人権団体や反ムルシー派の政治勢力などからも批判の声が上がっている。11月26日、市民を軍事裁判にかける事を認める条項に反対するデモが、憲法制定委員会が開かれている諮問評議会前で行われた。このデモに対し、治安部隊は放水などを行ってデモ解散をはかり、デモ参加者の一部を拘束した。憲法制定委員会のメンバー10人が、この拘束に抗議するとして憲法改訂委員の活動を中断した。11月29日、デモ活動を規制する法律が制定されて初めての金曜日のこの日、ムルシー支持派によるデモがエジプト各地で行われた。183人が拘束された、との当局発表が伝えられている。