2008年に入るとスーパーアグリF1チームの資金難が深刻化。ホンダが発表した参戦リストにスーパーアグリチーム及び佐藤琢磨の名前がなく、2008年シーズンに参戦できない状況に陥ったが、開幕直前の3月10日に当座の資金の目処を付けて参戦を表明し、スーパーアグリのファーストドライバーとしてエントリーした。しかし資金難によりマシン開発がほとんどできておらず、前年後半のような戦闘力の劣るマシンでのレースを余儀なくされた。開幕戦のオーストラリアGPでは予選のQ2へ進出することもできず、決勝もトラブルでリタイアした。だが、次戦のマレーシアGPからは予選のパフォーマンスは優れないものの、決勝では完走した。5月6日、スーパーアグリF1チームがF1からの撤退を表明したため所属チームを失った。その後、ル・マン24時間レースやALMS、インディなどからオファーを受けるも全て断り、あくまでF1レギュラーシートを獲得する方向で交渉を進めていた。当時の琢磨自身もF1を引退する考えはまったくないことを表明していた。イギリスの月刊誌F1 Racingが行った歴代ドライバー100傑では、唯一の日本人ドライバーとして78位と評価された。8月26日、来季F1復帰を目指しスクーデリア・トロ・ロッソとの交渉に入ったことが発表された。その後トロ・ロッソから、琢磨とセバスチャン・ブエミが9月17日からスペイン・ヘレスにて行なわれたテストに参加し、来期のレギュラードライバーとしてのテストを行った。シーズン終了後の11月17日および、18日の午前中にも再びトロ・ロッソのテストでステアリングを握り、初日、2日目の午前といずれも全体のトップタイムをマークした（2日目の午後にレッドブルから出走したセバスチャン・ベッテルに更新された）。12月10日、11日にも、ヘレスで行われたテストにトロ・ロッソから参加し、2日ともセバスチャン・ブエミに次ぐ2番手タイムをマークした。
1912年（大正元年）の創業以来の主力製品であるポンプを主として、送風機、タービン、冷凍機、空調システムなどの風水力を媒体とする機械製造において、世界トップクラスの高い技術力を持つ。また、風水力機械製造において培った技術を生かし、半導体や電子部品の製造に必要な真空ポンプ装置やCMP装置、メッキ装置、さらには原子炉冷却材循環ポンプなどの製造も行っている。ポンプ製造から発展した上水道と下水道の水処理施設や、ごみ処理・廃棄物処理プラント等の環境装置・設備の設計コンサルティング、建造設置等を行う環境エンジニアリング事業も営んでいる。この他にも、燃料電池やバイオマスなど、環境負荷を低減する技術開発・事業化に注力していたが、環境エンジニアリング事業は2009年（平成21年）度に子会社と事業統合する形（水処理事業とごみ処理事業の2社に集約）で分社化し、2009年（平成21年）5月には燃料電池事業からの撤退を発表するなど、環境関連の事業の大幅な再編を行っている。2013年（平成25年）3月期の連結売上構成は、風水力事業71.7%、エンジニアリング事業12.3%、精密電子事業15.6%である。本社を含む羽田事業所の老朽化に伴い、本社の港区への移転が計画されていたが、2000年（平成12年）に発覚した藤沢工場のダイオキシン流出問題で計画が頓挫し、移転予定地をリクルートコスモス（現コスモスイニシア）へ売却した。藤沢工場（現在の藤沢事業所）は、藤沢飛行場の跡地に建設された。2007年（平成19年）には、羽田の同社敷地内に、首都圏の拠点を集約する本社ビルを建設し、2008年（平成20年）4月より利用が開始された。なお、近年の業績不振の影響を受け、本社ビルを含めた羽田事業所の土地・建物をヤマト運輸に売却している。工場は千葉県富津市の富津工業団地に移転し、本社ビルについては賃借にて使用されている。ヤマトは当地に羽田空港隣接地であることを生かした一大物流拠点「羽田クロノゲート」を設置した。しかし、旧工場の解体、引き渡し後に石綿（アスベスト）を含有するスレート片が敷地内に混入していた事が発覚し、契約の庇護にあたるとして追加の除去費用としてヤマト運輸により荏原製作所への損害賠償訴訟に発展し、クロノゲートの稼働開始が遅延するトラブルが発生した。2016年4月、東京地裁はヤマト運輸の訴えを一部認容し、約85億円の請求のうち56億円余りの賠償を荏原製作所に命じた。荏原製作所は、判決を受けて、石綿を含有するスレート片は東京都心や近郊の公園など100箇所近くから発見されており、判決が確定すれば、相当数の土地の土砂を廃棄物として処理する必要が生じ、不動産実務や建設実務に及ぼす影響は多大であるとして、控訴するとコメントしている。社名は、株式会社としての創立時の本社及び工場が、東京府荏原郡品川町（現在の品川区）に置かれていたことに由来する。ニコンようかんと同様に「株式会社本宮」（大田原市）が開発・製造を担当し、荏原製作所へOEM供給する「ようかん」を社内売店で販売している。こちらは「荏原ようかん」、「荏原一口ようかん」と言う商品名である。旧羽田工場は80年代後半の稼働停止・解体の時期、テレビドラマ・映画のアクションシーンが問題なく撮影できる都内有数のロケ地として頻繁に使用されていた。主要代理店の一つである荏原実業と株式を持ち合うが、れっきとした別会社である。荏原製作所はかつての第一勧銀グループの一員だが、荏原実業はどの企業グループにも属さない独立系の企業である。また、荏原商事は資本関係はないものの荏原製作所の代理店として創業し、主力代理店の一つとして活動している。