通常は無性的に二分裂で増殖する。少数ながら同形配偶による有性生殖も知られている。古くから、クリプト藻はその生活環の中で異なる形態の鞭毛虫として生活する事が報告されていた。例えばProteomonas sulcata では複相世代が大型の鞭毛虫、単相世代が小型の鞭毛虫であり、それぞれのステージではペリプラストのパターンも異なる（Hill and Wetherbee 1986）。このような例はクリプト藻のごく一部だと考えられてきたが、実は大部分のクリプト藻に適用されるべき現象である事が近年報告された（Hoef-Emden and Melkonian 2003）。これにより、単相世代と複数世代における命名の重複が明らかになると共に、分類群の整理が要求される事となった。これはハプト藻と同様の問題であり、やはり培養技術や分子系統解析の発展に伴い明らかとなった問題である。
クリプト藻の外被はペリプラスト（periplast）と呼ばれる。これは細胞膜とそれを裏打ちする板状の構造から成る。板状構造はタンパク質でできており、その規則的なパターンは分類形質としても有用である。
クリプト藻の葉緑体はふつう細胞内に1つで、核やその他の細胞小器官を取り巻くように細胞表面に沿った形で配置されている。光合成色素はクロロフィルa/cとカロテノイド類、そしてフィコビリンタンパクとしてフィコシアニンやフィコエリスリン（フィコエリトリン）を含む。フィコビリンタンパクはチラコイドの内腔に詰まっている。その為クリプト藻のチラコイドは他の藻類よりも厚い。フィコシアニンを持つ Chroomonas 属では、細胞は藍藻のような青緑色を呈する。クリプト藻の葉緑体は紅藻由来であるとされており、取り込まれた紅藻の核はヌクレオモルフとして葉緑体内に残存している。葉緑体膜は4重膜で、不等毛藻やハプト藻と同様に、最外膜は核膜と連絡している。ヌクレオモルフは外側の2枚（葉緑体ER）と内側の2枚との間の領域（periplastidal compartment）に位置しており、種によってはピレノイドに埋没する形になっている。この領域にはヌクレオモルフの他、真核型の80S rRNAやデンプン粒なども見られる。
クリプト藻の鞭毛は不等長〜亜等長で、種によって異なる。修飾としては鞭毛小毛や鱗片などが知られている。鱗片を持つ場合、この鱗片はロゼット状の特徴的な形態を示す。鞭毛小毛は鞭毛の軸に対して左右対称に生えているもの（両羽型）や片方にのみ生えているもの（片羽型）があり、2本の鞭毛における両羽/片羽の組み合わせも様々である。小毛は不等毛藻のそれとは異なり、軸部と先端毛から成る2部構成である（不等毛藻では基部を加えた3部構成）。クリプト藻の鞭毛小毛も不等毛藻と同様に推進力逆転の効果があると言われるが、前述のように片羽型の鞭毛や組み合わせの問題もあり、力学的な裏付けは取られていない。
司馬遼太郎の同名小説『国盗り物語』を核に、司馬の『新史太閤記』『功名が辻』『尻啖え孫市』『梟の城』などを合わせて大野靖子が脚色した。美濃一国を「盗る」ことに生涯を賭けた斎藤道三と、彼に後継者と目され共に天下統一に邁進しながらも、最期には本能寺で激突する織田信長と明智光秀の生き様を描いていく。前作『新・平家物語』がベテラン俳優を中心としたドラマであったのにくらべ、『国盗り物語』は、高橋英樹（信長）、近藤正臣（光秀）、火野正平（秀吉）、松坂慶子（濃姫）など20代中心の布陣であった。これは、当時のプロデューサーが放送前年に颯爽と首相に就任した田中角栄に織田信長の姿を見出し、そのあふれるエネルギーをドラマで表現したかったからだという。原作は道三と信長の二人がリレー形式で主人公になっているが、ドラマはこの形式を踏襲しつつも実際の主役は信長となっている。第1回は信長と濃姫の婚儀から始まり、その後道三の回想で京都御所に通う若き日の道三の場面に移る。その後道三を中心に美濃一国簒奪の話が続き、第14回で再び婚儀の席に戻ってくるという構成。ドラマはこの後、第18回で道三の死、第19回で信長の尾張統一、第20回で桶狭間の戦いへと移っていく。信長役には当初藤岡弘が決っていたが、東映の『仮面ライダー』と重なったため高橋に役がまわった。主役の高橋はこの信長役で一躍スターダムにのしあがる。道三役の平幹二朗は、あまりの高橋信長の人気に「高橋英樹君の若さが羨ましかった」と述懐している。なお平は1970年の『樅ノ木は残った』で主役の原田甲斐を演じており、大河ドラマ史上初の2度目の主役となった。二枚目俳優として女性に大きな人気があった近藤正臣は、本作の光秀で初の敵役を演じた。また火野正平も初のシリアスなドラマ、そして初の準主役級で秀吉を演じた。本作は合戦シーンの撮影や舞台となった地域の放送当時の様子を撮影するためにフィルムを使用している。前年の『新・平家物語』ではフィルム映像や放送当時の映像を入れていなかったので、この点でも前作との違いを際立たせている。なお、物語の最後では岐阜城や信長の墓、そして観光客が天守閣にいる大坂城を映し、時代の変化を感じさせる終わり方となっている。初回視聴率27.5%、最高視聴率29.9%、平均視聴率22.4%（関東地区・ビデオリサーチ調べ）。