重要文化財。2019年現在所在不明。通称「香薬師」と呼ばれる奈良時代の金銅仏。白鳳期（飛鳥時代後期）の最高傑作とも言われる仏像で、その美しさから「黄金仏」と呼ばれ、国宝（旧国宝）に指定されたが、小像のため明治時代に2度盗難に遭い、昭和18年（1943年）の3度目の盗難以降行方不明。写真と盗難前にとられた石膏型から作られた模造数点などでしか見ることはできない。2015年に、長年香薬師像の行方を追う取材活動を続けていた元産経新聞記者の貴田正子の調査によって、仏像の一部である右手が神奈川県鎌倉市の東慶寺から発見された。明治時代の盗難の際に切断されていた右手は、自費で本体の模造仏を鋳造し新薬師寺と奈良市の観音院（のち奈良国立博物館）に寄進した作家の佐佐木茂索が所持し、2000年に遺族が東慶寺に寄贈していたもので、2016年に新薬師寺に返却された。
当寺の本尊。国宝に指定されている。像高191.5センチメートル。制作年代は記録がなく不明であるが、新薬師寺の創建期まではさかのぼらず、平安時代初期・8世紀末頃の作と見るのが一般的である。坐像で高さ2メートル近い大作だが、頭・体の主要部分はカヤの一木から木取りし、これに脚部、両腕の一部などを矧ぎ付ける。矧ぎ付け材も同じ材木から木取りされ、木目を縦方向に合わせるように造られていることが指摘されている。眉、瞳、髭などに墨、唇に朱を差すほかは彩色や金箔を施さない素木仕上げとする。一般の仏像に比べ眼が大きいのが特徴で、「聖武天皇が光明皇后の眼病平癒を祈願して新薬師寺を創建した」との伝承も、この像の眼の大きさと関連づけられている。昭和50年（1975年）の調査の際、像内から平安時代初期と見られる法華経8巻が発見され、国宝の「附（つけたり）」として指定されている。光背には6体の化仏が配されていて像本体と合わせると７体となり、『七仏薬師経』に説く七仏薬師を表現しているとみられる。また、光背の装飾にはシルクロード由来のアカンサスという植物の葉と考えられている装飾がある。
創建時の新薬師寺は金堂、東西両塔などの七堂伽藍が建ち並ぶ大寺院であったが、次第に衰退した。『続日本紀』によれば宝亀11年（780年）の落雷で西塔が焼失し、いくつかの堂宇が延焼している。また、『日本紀略』や『東大寺要録』によれば、応和2年（962年）に台風で金堂以下の主要堂宇が倒壊し、以後、復興はしたものの、往時の規模に戻ることはなかった。現在の本堂は様式からみて奈良時代の建築だが、本来の金堂ではなく、他の堂を転用したものである。現本尊の薬師如来像は様式・技法上、平安時代初期の制作とするのが一般的だが、本堂建立と同時期までさかのぼる可能性も指摘されている。治承4年（1180年）の平重衡の兵火で、東大寺、興福寺は主要伽藍を焼失したが、新薬師寺は焼け残った。鎌倉時代には華厳宗中興の祖である明恵が一時入寺し、復興に努めた。現存する本堂以外の主要建物は鎌倉時代のものである。
民族菌類学(Ethnomycology)は、菌類の歴史的な使用や社会学的な影響の研究であり、民族植物学や民族生物学の下位分野とみなされている。 理論上は火口や、薬としての薬用キノコや（酵母を含む）食物も含まれるが、マジックマッシュルームやベニテングタケ、麦角菌のような向精神性のキノコや菌類の研究が多い。アメリカの銀行家のロバート・ゴードン・ワッソンは、1950年代にこの分野の研究の先駆者となり、彼は妻と共に、クランデロ（治療的シャーマン）のマリア・サビーナによるマサテコ族のキノコの儀式に参加し、西洋で最初にそのことで記録された者となった。生物学者のリチャード・エヴァンズ・シュルテスもまた民族菌類学者の先駆者とみなされている。後の研究者には、テレンス・マッケナ、アルバート・ホフマン、ラルフ・メツナー、カール・ラック、ブライス・ダニエル・ステープルズ、ジョルジョ・サモリーニ、Keewaydinoquay Peschel、ジョン・マルコ・アレグロ、クラーク・ハインリッヒ、ジョナサン・オット、ポール・スタムなどがいる。菌類学的な同定に加え、民族菌類学は人類学と文献学の大きな文脈によるところが大きい。民族菌類学者における主な議論には、インド・アーリア人の古い文献『リグ・ヴェーダ』に登場するソーマは、ベニテングタケなのではというワッソンの仮説がある。これに続いて、他の古代の文化における向精神性キノコの使用法を特定するための、信頼性について様々な似たような試みが行われてきた。 他によく言及されるのは、およそ紀元前1500年から西暦396年の間の古代ギリシアにおけるエレウシスの秘儀での秘跡であるキュケオンについてである。ワッソンは、歴史的なキノコの使用がそうした儀式と伝統でのシャーマニズムの促進役、あるいはスピリチュアルな体験の核だとみなしているが、マッケナはさらに進めて、シロシビンの摂取がおそらく言語と文化の形成につながったものだと位置づけ、幻覚性キノコを善悪の知識の木の原型だとみなしている。1990年代には、レイブ文化においてサイケデリック・リヴァイヴァルとの組み合わせで、マジックマッシュルームの娯楽的な使用が盛り上がりを見せ、簡単な培養方法へと改良され、キノコ自体とそうした情報はインターネットを介して広まった。 こうした「キノコの使用の舞い上がり」は、民族菌類学の大衆化を促し、ウェブサイトや掲示板などでのクリスマスやメルヘン物語の象徴的意味についての議論をもたらしている。