2015年10月、所属選手の福田聡志が野球賭博をしていることが発覚。その後、同じく所属選手の笠原将生と松本竜也の2人も野球賭博を行っていたこともわかった。11月に日本野球機構（NPB）のコミッショナー・熊崎勝彦は、3選手を失格処分とし、それを受けた球団は3選手との契約を解除（事実上の解雇）。また球団に対しては指導、管理が不十分であったとされ1000万円の制裁金が科せられた。NPBコミッショナーによる野球賭博事件による選手の処分は1969年に西鉄ライオンズ（現・埼玉西武ライオンズ）の投手の八百長に端を発した『黒い霧事件』以来のことである。また球団は、今回の事件の責任を明確化するため、3選手の解雇のほか、原沢敦専務取締役兼球団代表が引責辞任、桃井恒和会長・久保博社長が取締役報酬の50％返上（無期限）、白石興二郎オーナー・渡邉恒雄特別顧問が取締役報酬の全額返上（2か月）といった独自の処分を決定した。3選手以外にも巨人の一部選手間において賭け麻雀や賭けトランプ、高校野球を使ったギャンブルを読売ジャイアンツ球場のロッカールームでしていたことや、賭け麻雀には野球賭博に関与した3人の投手を含むおよそ10人が参加していたこと、賭けトランプは11人の選手が参加し大富豪やポーカーといったトランプゲームに1回1万円を賭けていたこと、守備練習でミスした選手から罰金を徴収していたことなど、球団内で賭け事が日常的に横行していた事実も発表した。現金を賭けることは賭博罪に該当するが、球団は関わった選手の名前は隠したまま厳重注意処分とした2016年3月8日、巨人は緊急会見を開き、新たに高木京介が野球賭博に関わっていた疑いがあることが新たに判明。球団は同日付で高木京を謹慎処分にし、野球賭博を禁じた野球協約に違反したとして、NPBに告発した。4人目が発覚したことにより、一連の野球賭博問題の責任を取る形で、巨人の渡邉恒雄最高顧問、白石興二郎オーナー、桃井恒和球団会長が辞任。3月22日にNPBの調査委員会は高木京を1年間の失格処分とし、球団に500万円の制裁金を課す処分案を発表した。その後、熊崎コミッショナーは調査委員会案と同じ処分を正式に下す。これを受けた読売巨人軍は高木京介に対し即日、事実上の解雇となる「契約解除」を通達。2016年4月、上記4選手以外に1名が違法カジノへの出入りがあることが確認された。しかし、日本の法律では闇カジノが違法であるにも関わらず、野球協約内では闇カジノで金銭を賭けても違反とされていないため、名前の公表はされなかった。また、3月に再度賭博調査を行ったところ、賭け麻雀は14名が参加、賭けトランプは23名が参加をしており、前年11月調査時よりも賭博への参加者が増加していた。
1990年の開幕戦・ヤクルトスワローズとの地元・東京ドームでの試合で、篠塚利夫が内藤尚行から放った打球が、1塁塁審を務めていた大里晴信審判員によってホームランと判定された。この判定に対して、「打球はライトポールより前方で通過し、ファールスタンドへ入った」と、ヤクルト野村克也監督は抗議したが、判定が覆ることはなかった。同日放送された各局のスポーツニュースではこの打球のVTRを再三放送し、「打球はライトポールより前方で切れ、ファールスタンドへ入った」と結論付けるものが多かった。この年からセントラル・リーグでは外野審判を廃止して4人制で行っていた。この疑惑後、東京ドームのポールは打球がわかるように黄色に塗装され、その後オレンジ色に変更された。
ムルシー政権は、ムバラク政権の新自由主義政策を支持し、独立した労働組合の結成を認める法案を議会で否決し国際労働機関から批判を受けたり、裁判所の判決を無視して国営企業を安値で売却するなど、企業側の立場をとった。また、殺人が2012年は2.5倍の1885件に増化するなど、ムバーラク政権の警察国家により抑えられていた反政府活動、宗派対立、通常犯罪の増加により治安が急速に悪化した（ただしムルシー政権発足は2012年6月で、ムバーラク大統領辞任は2011年2月であり、両者に1年4ヶ月間がある点に留意）。また人事面で、中央省庁の幹部や、これまで軍や警察出身者に独占されていた県知事に行政経験の乏しい同胞団関係者を採用し、円滑な行政運営に支障を生じさせたり、縁故主義であるとして国民から反発を招いたりしたとの指摘があるが、The Times of Israel誌の2013年6月17日付けの報道によると、ムルシー政権が新たに任命した17人の県知事のうち同胞団系は7人に過ぎない。これに関してはムルシー政権と軍との間で何らかの合意があったものと指摘する者がいる。また独善的な政策により官僚からの反発も招いた、などと指摘される。これらの情勢を受け政権批判が高まる中、活動家やジャーナリストを元首侮辱罪や扇動容疑で逮捕し、2013年5月には国境なき記者団からエジプト政府が報道の自由の破壊者に指定され、6月には大統領への国民の支持率が25パーセントまで低下する事態となった。そもそもムスリム同胞団は貧困者支援活動などを通じて農村部での支持が強い一方、全国での支持率は20パーセント程度にとどまっていたが、2012年エジプト大統領選挙においては、ムバラク政権で首相を務めていたアフマド・シャフィーク元空軍司令官に対抗するために、選挙戦略として諸勢力が結束してムルシーを支援し当選したものであり、ムルシー政権が盤石な政権基盤を有しているとはいいがたかった。一方、1952年のエジプト革命や、国境を接するイスラエルとの4度にわたる中東戦争で活躍したエジプト軍は、95パーセントにも達する高い国民の信頼を得ており、高い支持率を誇る政治勢力がないエジプトにおいて、例外的に多くの国民の支持を得ていた組織であった。一方、エジプト軍は傘下に軍産複合体と称される関連企業を抱えており、その規模はGDPの10パーセントから20パーセント、一説によると4割を占めるともいわれ、軍が反ムルシー側についた背景には、軍の既得権や影響力を弱めようとするムルシー政権から自らの利権を守る目的があった、との見方がある。またムルシー政権はムバーラク政権時代に任命されたアブドルメギード・マハムード検事総長の解任や、反ムルシー政権の裁判官を退任させるための定年引下げを試み、もともと旧政権志向であった司法権（2012年の大統領選挙決選投票直前には、イスラーム勢力が7割をしめていた人民議会を選挙法が違憲であるとの理由で解散に追い込むなどしてきた）からも反発を受けた。ムルシー政権の失政から民主主義への失望が生じ、エジプトで伝統的な街頭政治・路上民主主義への期待が国民の間で再燃したことや、大統領選挙での得票数を上回る退任要求の署名を得たこと、ムルシー政権が経済政策で成果を挙げられなかったほか、軍からの信頼を得られず、支持率低下や国内の騒乱を期に軍が復権を目論んだことなども、政変につながったとの見方がある。