植物のハマナスから。寝台特急「北斗星」・快速「海峡」とともに、一般公募により決定された。なお、過去には1955年（昭和30年）6月1日から1968年（昭和43年）10月1日まで函館・小樽・札幌・旭川 - 網走間を函館本線・石北本線経由で運転していた準急列車・急行列車の名称として「はまなす」の名称が使用されていた（「オホーツク (列車)#準急・急行「オホーツク」として」も参照）。また本列車の運行開始時には、全国で行なわれた都市圏短距離普通列車増発のうち北海道内のものに愛称がつけられ、石北本線網走着のものが「はまなす」を名乗っていた。さらに、鹿島臨海鉄道・大洗鹿島線の快速「マリンライナーはまなす」がJR東日本鹿島線（北鹿島（現・鹿島サッカースタジアム） - 鹿島神宮間）に乗り入れていた。また、2014年（平成26年）に青い森鉄道 - 大湊線直通の臨時快速として「快速はまなすベイライン号」が運行したため、JR線上の愛称で「はまなす」を使った別列車が3系統も運用した実績がある。
津軽海峡線（青函トンネル）開通に伴い廃止された青函連絡船の深夜便の代替として、1988年（昭和63年）3月13日に運行を開始した。2012年（平成24年）3月17日に急行「きたぐに」（大阪 - 新潟間）、2014年（平成26年）3月15日に寝台特急「あけぼの」（上野 - 青森間）、2015年（平成27年）3月14日に寝台特急「北斗星」（上野 - 札幌間）が相次いで定期運行を終了したために、当列車はJRグループにおける最後の「定期運行を行う急行列車」「客車を使用した定期列車」「青函トンネルを通過する定期夜行列車」となっていた。しかし後述のとおり、2016年（平成28年）3月20日の札幌発青森行き、同年3月21日の青森発札幌行き最後に運行を終了し、北海道新幹線開業日の同年3月26日をもって廃止となった。なお、運行最終日（札幌3月20日発・青森3月21日発）は全車指定席で運行された。
北海道砂川市出身。1989年、元々栗が口演し書籍化された童話『一杯のかけそば』が口コミで広がり、2月17日に開かれた衆議院予算委員会で、当時公明党所属の大久保直彦が質疑中に本書を朗読して涙を誘ったということもあって話題となり、映画化もされた。しかしその後、自称していた「北海道大学医学部卒」が虚偽である事が発覚。さらに、滋賀県で寸借詐欺をしたことも明らかになり、表舞台から姿を隠した。1994年、北海道静内町で人妻を誘惑し、1998年まで各地を転々とし詐欺的行為を繰り返したとされる。その後、滋賀県大津市の山中でテント生活を始め、さらに詐欺的行為を繰り返し、同市にある岩間山正法寺の次女と親しくなり、寺は真言宗醍醐派からの離脱を申し出たが総本山醍醐寺は認めず、裁判となって最高裁で敗訴したという。
いわゆるバッドエンドである。条件は中編でイベントを起こさずに一定日数を経過させること。綾人が戦うことを拒絶したため、MUによってTERRAは壊滅してしまう。その日は綾人の18歳の誕生日であった。
分岐条件は綾人が疎外感を抱くようなイベントを多く発生させることである。TERRAや連合に対して疎外感を抱いていた綾人は、傷ついた浩子を治療することを交換条件として、東京のMU総督府に身を寄せ、ムーリアンとして生きることになる。綾人はムーリアンの司祭服を着てオリンとして祭り上げられる。MUの圧倒的戦力の前にTERRAは壊滅。最後に綾人が調律を行い、ムーリアンに偏向した世界を作る。
分岐条件は綾人の周囲の人物を掘り下げるようなイベントを多く発生させることである。綾人がバーベム卿に嫌悪し、調律に対して懐疑的であるために、調律は行われない。イシュトリである玲香は綾人に自分を受け入れるよう求めるが、人間であることにこだわる綾人は拒絶する。最後はラーゼフォンとベルゼフォンがシステムから開放される（消滅する）ことによって、世界は救われる。
制御方式は抵抗制御で、走行性能は1100系と同等である。電動機は中間にT車を挟んだ2M1T編成のため同系列のMB-3088-B(105kW)、制御装置はABF-144-15MDHB電動カム軸式自動総括制御を採用、1C4M方式で4個の主電動機を永久直列接続として抵抗14段・界磁7段で制御する。平行カルダン駆動方式を採用し、歯車比は99:16である。台車は軸梁式ダイレクトマウント空気ばね台車 KW-200(動力台車) とKW-220(付随台車) を採用した。パンタグラフは下枠交差型パンタグラフのPT-4808-B-Mを採用、2000形奇数車・偶数車の連結面寄り屋根上に搭載している。ブレーキは神鉄初の電空併用電気指令式ブレーキ（MBSA）を採用した。HSC車との非常時の連結に備え、両者で非常ブレーキが動作可能な電空読替装置を設置したほか、3000系同様非常電制を自動化している。なお、3000系で採用された定速度抑速制御装置は設置していない。保安ブレーキも併せて装備する。補助電源装置は4連化に対応するため、4連分の給電能力を有する100kVAのSIV、NC-FAT100Bと16kVAのバックアップインバータ、NC-FAT16Aの2種類の静止形インバータを採用。T車の2200形に搭載。電動空気圧縮機はC-1000（吐出容量は毎分1160リットル）で、CPの多重系を図って、2000形奇数車・偶数車と2100形に搭載する。冷房装置は集約分散式のCU-772K (17,000kcal/h) で、各車に2基を搭載する。