1958年（昭和33年）売春防止法の完全施行で赤線が廃止されるが、空き家となった現在の二丁目の地所を買い取り、積極的に進出を行ったのが前述の蘭屋を経営する前田である。前田は不動通り近辺を中心に不動産を買い、そこに進出を図る。このとき沖縄出身の前田が一族を呼び寄せ、沖縄・奄美料理を中心とした飲食業を展開したことが二丁目に多く存在する沖縄・奄美料理店の所以であるといわれる。以後、不動通りの北側エリア（靖国通り側）にもゲイバー出店が相次ぐ。少し後れ、千鳥街も区画整理で立退きを迫られ、現在の仲通りに面した雑居ビル「新千鳥街」に1960年代後半頃に移転する。このように現在のエリアの新宿二丁目ゲイ・タウンが産声を上げたのは、1960年代半ば以降であるとされる。
戦後初のゲイバーは1945年（昭和20年）、新橋の烏森神社参道に開店した島田正雄（通称：お島さん）が経営する「やなぎ」といわれ、比較的女装バーの色合いが強い店であった。美輪明宏は戦後初期の状況について「そのころゲイバー（という言葉さえなかった）と言えば、『ブランスヰック』、神田（の前は日本橋）『シレー』、上野『市蝶』、新宿『夜曲』くらいのもので、その後に新宿に『イプセン』（1951年）がやっとできた時代だった」といっている。
戦後初期の東京では新宿は未開の地であり、ゲイバーの多くは上野、浅草、新橋エリアを筆頭に各繁華街に数軒ずつが点在していた程度といわれ、現在のような巨大なゲイ・タウンはどの町にも見られなかった。また「同性愛と同性心中の研究」（1985年.小峰研究所.小峰茂之・南孝夫共著）によると戦前の一時期に「上野公園」に男娼がたむろしていたことが知られており、戦後直後から高度経済成長期にかけては、二丁目より上野の方が男娼や同性愛者の街として風俗雑誌などに取り上げられていた。ゲイ・タウンとしての新宿二丁目の歴史は1960年代半ばから始まると言われる。当時はゲイに対するタブー視も強くはっきりとした資料は存在しないが、1958年（昭和33年）の売春防止法完全施行で、空家となった元赤線の店などを利用してゲイバーが営業を始めた。
新宿二丁目はゲイ・タウンとしても知られている。新宿通りから靖国通りに抜ける、およそ240m弱の「仲通り（なかどおり）」がメインストリートである。この通りを中心にゲイバーなどが約450店ほど軒を連ね、ゲイグッズを扱うショップ、同性同士で利用可能なホテルなどが集まっている（詳細は後述）。ただ実際は、新宿3丁目や5丁目などその周辺にもゲイバーなどのゲイスポットが点在しており、ゲイタウンの範囲は「二丁目を中心としたエリア」ということになる。また二丁目から離れた歌舞伎町、西新宿（新宿駅西口）、北新宿/大久保、代々木（新宿駅南口）エリアなど比較的広範囲にゲイスポットがある（後述、詳細）。2008年の東京メトロ副都心線の新宿三丁目駅開設をきっかけに、二丁目エリアが商業・オフィスエリアとして脚光を浴び、ゲイタウンの存続を危ぶむ声も上がり始めている（後述）。またストレートや異性愛女性の客が増え、二丁目が観光地化した傾向もある。
最寄駅は新宿三丁目駅（都営地下鉄新宿線、東京メトロ丸ノ内線、東京メトロ副都心線。C7・C8（BYGS（ビッグス）新宿ビル内）出口）、または新宿一丁目の東京メトロ丸ノ内線新宿御苑前駅。バスは都営バス（品97系統）「新宿三丁目」バス停13番乗り場（品川車庫前行き、休日のみ）（11番7号先）、新宿WE（ウィー）バスB系統（新宿御苑ルート循環）「新宿二丁目仲通り」バス停（3番先）がある。 都営バス新宿二丁目バス停は二丁目ではなく一丁目の新宿御苑前駅前にある。新宿二丁目に最初に開業した公共交通機関は東京市街鉄道（「新宿二丁目」電停）である。後に東京市電（都電）新宿線（11・12・13系統）となったが、1970年（昭和45年）3月27日に廃止となっている。
岐阜県土岐郡時村（瑞浪市土岐町）に、父・磯貝謙造、母・操の長男として生まれる。磯貝家は岩村藩大給松平家家臣で、母方の実家伊東家は長百姓の家柄。磯貝家は祖父や叔父が製糸工場を経営しており、父の謙造は小学校校長。岐阜県大垣中学校、第八高等学校を経て、1936年（昭和11年）に東京帝国大学文学部国史学科を卒業し、大学院へ進む。大学時代は古代史学を専攻し坂本太郎に学び、卒業論文は「律令時代に於ける地方政治、特に郡司を中心として」。卒業論文の研究テーマはその後も継続し、昭和53年には『郡司及び采女制度の研究』として結実する。1938年（昭和13年）には同大学院を満期退学し、当時の文部省に勤務し、文部省宗務局保存課・宗務課に所属する。戦後、1946年（昭和21年）に山梨県へ移り、山梨師範学校教授、山梨大学教育学部教授を歴任。その間に図書館長や教育学部長などの役職をつとめた。1978年に定年退職し名誉教授となり、山梨県立考古博物館の初代館長や武田氏研究会の会長を務める。また、『山梨県史』の編纂においては編纂委員会委員長や古代部会会長を務めた。96歳で死去。専門は日本古代史で、山梨大学時代から古代史領域から発展した甲斐源氏および甲斐武田氏研究へと移る。野口賞を受賞した『甲斐源氏と武田信玄』は学術的な史料批判に基づき甲斐源氏の発祥から信玄期の治世、川中島の戦いに至る総合的な武田氏研究を反映した定本として評価されている。また、『山梨県の歴史』で県史を一般にも紹介し、『甲陽軍鑑』をはじめ『王代記』『塩山向岳禅菴小年代記』など武田氏研究における史料の刊行にも携わっている。昭和35年には山梨県文化財調査委員、昭和51年からは文化財保護審議会長となり、文化財保護・史跡整備にも携わる。また、靖国神社問題や建国記念日の問題、歴史学と歴史教育の関係など社会問題にも言及している。1984年叙勲三等授旭日中綬章。2008年叙正四位。