大直径の護に合わせて雷電（最大幅1.50m）に次いで太い最大幅1.45mの胴体を採用しているが、爆弾倉は設けられておらず、魚雷や爆弾は胴体下に懸吊する。前下方視界が九七式艦攻より悪化したことから、視界確保のために操縦員の座席を2倍の高さまで調整できるようになっており、前部風防上面の一部を立てて風除けにすることができた。操縦桿には伸縮機能があったが、計器盤の下部にあるラダー（方向舵）ペダルについては何の措置もとられなかったため、小柄な搭乗員の場合、操縦席を上げるとラダーペダルに脚が届かなくなることがあった。空母のエレベーターの寸法に収めるため、垂直尾翼後端を前傾させることで着陸姿勢での全長を短くしている。この措置と太い胴体のため、九七式艦攻と比較して寸詰まりという印象を受けた搭乗員もいた。発動機のトルクによる左回頭性の対策として、垂直尾翼をB6N1 19～29号機は機軸に対して左に3度、30号機以降は2.1度傾けて取り付けている。B6N2は発動機の重量が軽くなったことから、前後の重量バランスを取るため機首が延長された他、工数簡略化のために引き込み式だった尾輪を固定式にしている。実戦配備開始後、急激な横滑り操作（敵戦闘機の銃撃回避操作として行われていた）による荷重によって垂直尾翼が破損、空中分解が多発したため、全機に垂直尾翼と方向舵の取付部の補強が行われている。
海軍は実用試験の終了を待たず、基地航空隊用としてB6N1を130機程度生産することを中島に指示した。その一方、昭和18年（1943年）1月には発動機を水メタノール噴射装置の追加によって1,800馬力級となった火星二五型に換装した仮称B6N2の開発も開始されている（海軍からの正式な指示は昭和18年4月）。前者は現用の九七式艦攻より約100km/h速い新型艦攻を一刻も早く前線に送るための措置であり、後者は不調で搭載機の少ない護の生産を中止し、中島飛行機の発動機生産を当時実用試験中だった誉に集中させるためだった。試験飛行時から問題になっていた離着陸滑走中の左回頭については、B6N1量産開始後に垂直尾翼の取付角を機軸に対し左に傾けることで一応の解決とされている。B6N1の量産と部隊配備が進められる一方、同年7月にB6N2試作一号機が完成、発動機の信頼性が向上した他、航続距離以外の性能全般の向上が確認されたことから、同年10月にはB6N1に代わってB6N2の量産が開始されている。
昭和17年（1942年）2月20日にB6N1試作一号機が完成、直ちに試験飛行が開始されたものの、護の振動が激しい上に故障が多く、しかも大馬力故の強トルクにより離着陸滑走中に機首を左に振るという艦上機としては大きな問題点が発見されている。それでも完成から4ヵ月後の7月19日にB6N1試作一号機は海軍に引き渡され、実用試験が開始されている。海軍の実用試験では排気管等の改修が行われた他、雷撃試験において超低空での高速雷撃時にプロペラ後流の影響で魚雷の海中突入角度が浅くなって海面で跳躍することが判明、魚雷懸吊架の改修と新型框板の開発で解決されている。昭和17年末から開始された離着艦試験では着艦制動索の切断が多発した。当初は九七式艦攻より重い上に着艦速度が高いことが原因と考えられていたが、調査の結果、着艦フックの形状不良が原因であることが判明している。また離陸滑走距離が長いことが問題視され、実用試験中だったRATOを搭載することが決定されている。
評議会を終えた後、執務室でスコルツァら反対票を投じた者達からグランディらの逮捕を提案され、党本部で用事を済ませてから自宅に戻った際には妻ラケーレからも粛清を勧められているが、いずれも却下している。ムッソリーニは休戦計画も粛清も内戦に繋がる事に変わりはないと考えて、国家が結束を失わない形での決着を模索し、サヴォイア家による仲裁に望みを託していた。だが既に宮内大臣アックアローネら王党派とアンブロージオ統合参謀本部総長らはムッソリーニの拘束を決意していた。1943年7月25日、ムッソリーニは自宅で僅かな仮眠を取り、朝早くヴェネツィア宮に向かった。ヴェネツィア宮の執務室ではグランディと連絡を取って議論を試みているが、グランディは既にアックアローネから軍部と王家の決起を聞いて身柄を隠していた。ムッソリーニは暫く執務室に滞在し、同日に処刑が予定されていた2名のクロアチア人パルチザンへの恩赦を命じ、国王副官のパオロ・プントーニ将軍に月曜日の定例謁見を夕方に繰り上げる様に連絡を入れた他、日本の日高信六郎駐伊大使と面会している。7月25日午後3時、謁見に向かう前に自宅に戻ってラケーレと昼食を取り、謁見用のスーツとフェルト帽に着替えて愛車のアルファ・ロメオで出発した。目的地は儀礼的な式典が行われるクィンナーレ宮ではなく、サヴォイア家の離宮と庭園があるヴィッラ・サヴォイアへと赴いた。予定より謁見が早まった為に軍部と王党派は大急ぎで準備を進め、クーデターは陸軍ではなく警察軍（カラビニエリ）を主体として行われる事になった。軍部と王家から首相に選定されたバドリオはクーデターの実務には全く関与しておらず、サヴォイア家から爵位と共に与えられていた邸宅で休暇を取り、カードゲーム（ブリッジ）をしていたという。7月25日午後4時55分、ヴィッラ・サヴォイアの門前に護衛が乗った3台の車両と訪れ、車から降りると秘書官のみを連れて離宮へと入っていった。ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世は大元帥の軍服を身に纏い、中央玄関で出迎えて謁見室までムッソリーニと歩いている。謁見室にはプントーニ将軍のみを扉の前に残し、20分ほどムッソリーニと会話している。ムッソリーニが大評議会の決定について述べようとすると、それを遮るようにしてピエトロ・バドリオ元統合参謀本部総長に組閣を命じる勅令を下した。唯一同席していたプントーニによれば、勅令を述べ終わるとムッソリーニが「では、全てが終わった、という事ですか」と尋ね、エマヌエーレ3世は「残念だが…実に残念だ」と呟いたという。エマヌエーレ3世はムッソリーニに握手をし、「余の責任において身の安全は保障する」とも話したという。謁見を終えてムッソリーニがヴィッラ・サヴォイアから外に出ると、待ち構えていた護衛のカラビニエリ（国家憲兵、警察軍）に身辺警護を名目に身柄を拘束された。