室戸台風、更に1935年の水害に続いて、復旧の不十分なまま昭和13年にも大水害があった（阪神大水害）。6月28日から降り始めた雨が7月5日には豪雨となり、最大時雨量60mm、最大日雨量326mm。死者は557人（うち行方不明76人）、流失家屋1955戸、全潰4039戸。ただ深江財産区管理会会長志井保治は平成5年にインタビューの際「本庄のあたりは阪神大水害よりも、昭和9年（1934年）の室戸台風の被害の方がすごかったですね。」と述べている。また、その時被害の小さかった本山の人々が握り飯などを持って救援にきてくれたという。西青木では一年後に、流れてきた当時の巨石を用いて、復興を祈念した石碑を春日神社境内に建立した。
本庄村は1889年に青木・西青木（魚崎村外三ヶ村戸長役場）・深江（深江村外三ヶ村戸長役場）の各村と横屋・津知各村の飛地と田中村の飛錯地を合わせて成立した。村名は県の方針で荘園名など地域全体を表す古い名称があれば拠ることとして、旧荘園名の本庄（本荘）とした。なお本来の本庄の範囲には西青木村は含まれておらず、芦屋市や本山地域東部に跨る。詳細は不明だが、成立時には利害対立があったようで、当初郡長は深江・青木の2村での新村を構想しており、1888年9月10日に両村の総代がこれを承認して、新村の役場を両村中央に置くことに決定した。しかし青木村は西青木村を合併することで北畑村（後の本山村の一部）管理下の溜池を本庄村管理にしたり、横川を西青木村内で直流させることで廃川とし堤防地の払い下げを受けるなどを目指したため、合併構想は一旦白紙化としてから再協議となり、結果3ヶ村合併と相成った。しかしこれが明らかになった後も役場は3ヶ村の中央か青木・深江の間かで議論があった（結局青木の深江との境界近くとなった）。本庄村成立後も深江はこれに納得していなかった。郡長が説得に当たったが、1892年12月12日付けで深江村総代が「県庁に出頭した上で村としての意見を述べたい」との願書を郡長へ提出していた。
この地方産の素麺は「灘目素麺」「上方素麺」として江戸に運ばれ、本庄村では代表的な産業であった。天保年間に青木の木村重左衛門が大和三輪素麺の製法を伝えたことが始まりである。しかし労働力の不足、競争の激化などで日清戦争を境に急激に減少した。大正10年（1921年）頃には青木・西青木に若干の製造家を残すのみとなったが、昭和5年時点で7350貫、価額6550円で、武庫郡では抜きん出ていた。昭和期の『兵庫県管内工場一覧』には青木の薩谷製麺工場（明治2年創業）がみられる。
灘五郷の酒粕を元にした焼酎の醸造も盛んであった。最盛期には40の醸造家が2500石を製造していた。これも1896年の酒造税の見直しにより衰退。1892年には名古屋の清酢醸造家笹田伝左衛門が青木の寺田一郎右衛門の酒蔵を買い入れ、川島銀太郎を代務人として翌1893年から酢の醸造を始めた。商号は「丸勘」で、後に「マルカン酢」と改めた。
近世には灘五郷のうち上灘東郷（魚崎郷）に属し、最盛期には青木・深江の醸造高は二万石に及んだ。しかし灘で行われた水車精米はこの地区では行われず、足踏み精米であったために品質がよくなく、東京以外の地方での販売を主とせざるを得なかった。更に酒税の増加と価格の下落、防腐剤や唐辛子を使用したり水を加えて石高を増加させるなどで販売不振を招き、青木では廃業が続発した。1896年の酒造税の改則により止めをさされ、1900年頃には青木の酒造は全廃した。それに対し、深江では酒造が続けられた。
本科学生全員（2000人弱）で連隊規模の「学生隊」を編成する。学生隊は4個大隊からなり、大隊は4個中隊、中隊は3個小隊、小隊は約30～40名からなる（分隊・班はない）。それぞれに学生長が置かれる。2004年（平成16年）度までは1個中隊に1～4学年までが混合で所属しており、2005年（平成17年）度から1学年が1個小隊を組むようになった。ただし、学生長は4学年が務める。しかし2018年現在ではまた各小隊に1～4学年が混合で所属するようになっている。卒業式では時の内閣総理大臣が訓示を述べ、閉式直後に本科卒業生総代である後期学生隊学生長の「n期学生隊解散」の号令とともに、本科卒業生一同が一斉に制帽を宙に放り投げ、講堂から飛び出して行く光景が、例年テレビ放送され有名。2013年に防衛大学校学生保険金詐欺事件が発覚したことを契機として第2次安倍内閣が2014年春から任官辞退者に対する卒業式への出席を認めていない（任官辞退者は卒業式とは別の「卒業証書授与式」を卒業式前日に行い、私服姿で大学裏門から帰宅させている。防大創設当初も任官辞退者は卒業式に出席できない分離方式だったが、元警視総監の土田国保が1978年に学校長に就任してからは、任官辞退者も卒業式に出席できるようになった歴史がある）。制帽は官給品であり、在校生によって回収され学校に返納されるが、私物として購入することができるので、記念として手元に残しておく者も多い。