1980年12月14日、父の藤井丙午が議員任期中に死去。これに伴って1981年2月1日に行われた参議院岐阜県選挙区補欠選挙に自民党新人として立候補し初当選。1986年7月の参議院議員2期目当選。第3次中曽根内閣で大蔵政務次官。1989年、衆議院・旧岐阜2区への鞍替えを目論む。ところが同年7月の第15回参議院議員通常選挙で自民党現職の杉山令肇が連合の会公認の高井和伸に敗れたため、非改選だった藤井は鞍替えを断念した。1992年7月に参議院議員3期目当選を果たし、参議院自民党国会対策委員長等の要職を歴任した。1993年6月18日、参議院議員を辞職し、同年7月の第40回衆議院議員総選挙に旧岐阜2区から鞍替え出馬、衆議院議員に当選する。以後4期連続当選。ただし、1996年の小選挙区制導入後は岐阜4区で重複する同じ自民党の金子一義とコスタリカ方式をとり、2000年の第42回衆議院議員総選挙では比例東海ブロックから比例区のみでの立候補者として自民党の1位（単独）で当選した。1997年9月の第2次橋本改造内閣で運輸大臣に就任。衆議院議院運営委員長には、ゼネコン汚職事件で二審有罪判決（懲役1年6ヶ月・追徴金1000万円）が出た中村喜四郎への議員辞職勧告決議の本会議上程の採決が2001年5月18日に委員会で可否同数になった時、委員長決裁で否決とした。予算委員長などを歴任する。2003年9月には野中広務の支援により、現職の総裁・小泉純一郎の再選を阻止するため、橋本派（平成研究会）の候補として党総裁選に立候補する。しかし、橋本派では藤井の兄貴分である村岡兼造や、参議院の実力者である青木幹雄らが小泉再選を支持し、派閥が分裂、小泉に敗れた。その後の人事で金子が閣僚に就任したことは、小泉による藤井の総裁選出馬への意趣返しとも言われた。
1943年、東京府（のちの東京都）にて、新日本製鐵副社長や参議院議員をつとめた藤井丙午の三男として生まれた。岐阜県白川町出身。1965年3月、成城大学経済学部卒業。同年4月、アラビア石油株式会社入社。1971年より2年間カタール石油株式会社に出向し、アラビア半島カタール国で石油開発事業に従事。1973年、アラビア石油株式会社に復帰し、水野惣平社長秘書として勤務。12年間のサラリーマン生活を経て、1977年に退社し父である参議院議員・丙午の秘書となる。
宮古方言の動詞の終止形は、2種類が併用されている。「書く」ならばkakï、kakïmの2種類である。しかし、伊良部島や宮古島北部の狩俣などでは、kafu、kafumという形も使われている。また隣の八重山方言ではkaku、kakunという形もある。これらのうち、mを含まないkakï、kafuという終止形は、連体形と同形であり、また四段動詞では連用形とも同じ形となっている。つまり宮古方言では四段動詞の連用形・終止形1・連体形の語形がそろう形となる。これらの成立過程を巡っては、北琉球方言と同じように連用形に「をり」を付けた形から派生したとする融合説がある一方、「をり」を含んでいないとする非融合説もある。名嘉真三成は、宮古島狩俣方言に現れるkakï、kakïm、kafu、kafumという4つの終止形を検討し、kafuは*kakiworiから来ているとしている。名嘉によれば、その成立過程はkakiwori→kakjuri→kakuri→kafurï→kafuï→kafuである(当地の音変化規則で*rïはïになる)。しかしながら、宮古方言での音韻対応では、*koがkuになり*kuがfuになるが、*koがfuに対応する訳ではないのでこの変化過程は不自然とも言える。名嘉は、他の語形についても、宮古・八重山方言ではkakiwori→kakjuri→kakiri→kakïrï→kakïː→kakï、kakiwori→kakjuri→kakuri→kakuと変化したとしている。内間直仁は、宮古・八重山方言のkakï・kakuは、連用形と同じ*kakiが変化したものと推定している。また、kakïm、kakunなどは「連用形＋む」から来ているとする。内間が非融合説を取る根拠として、1．北琉球方言では非融合の活用形（未然形haka、条件形hakeː、連体形haku）と融合形（未然形hakura、条件形hakureː、連体形hakuru）とが共存しているが、南琉球では融合形による活用形が存在しないこと、2．南琉球方言では*kakiにあたる形が「書く」、*kakiworiに当たる形(例、石垣島川平でkakiurï)が「書いている」の意味を表すが、北琉球方言では*kakiworiに当たる形が「書く」、*kakiteworiにあたる形が「書いている」の意味を表し、構造的なずれがあることを挙げている。しかしながら宮古方言にkafuという形もあり、宮古方言一般にはki→fuという変化は認められないため、内間説ではkakïは説明できてもkafuについては説明が難しい。四段動詞では連用形・終止形1・連体形が同形だが、二段動詞では（「起きる」を例にとる）連用形はukiだが終止形1・連体形はukiïであり、同形ではない。内間は終止形1・連体形について*okiri→ukiïと推定している。一方、狩俣繁久は連体形に由来するとし、しかも下一段活用だったと見て*okeru→ukiïと推定している。また本永守靖もuで終わる日本語古来の終止形（あるいは連体形）に由来する形が宮古方言に残っていると見ている。根拠の一つとしてはハ行四段動詞が宮古方言でkoː（買う）、umuː（思う）のようになる点がある。これは音変化規則から、連用形*kai、*omoiからではなく、終止・連体形*kau、*omouから変化したと考えられる。また、kafuは終止・連体形*kakuからの変化と考えられる。本永は、宮古方言の終止・連体形は、類推によって連用形と同形に統一されたとする。終止形語尾は、宮古方言の音変化規則によって、su→sï、cu→cï、zu→zï、nu→n、mu→m、ru→ï、vu→vとなり、連用形と同形になってしまう。そのため、ku・gu・buだけがuを残しているため、語形を統一する動きが起こったとしている。