最近では、各国間で「自由貿易協定」(FTA; Free Trade Agreement)や「経済連携協定」(EPA; Economic Partnership Agreement)が活発に結ばれている。これは、GATT24条の、貿易の自由の拡大のための関税同盟（例えば、EC）または自由貿易協定を締結することを認める、という規定に基づく。日本は、2002年にシンガポールと初のFTA（日本・シンガポール新時代経済連携協定）を締結した。その後も、メキシコとFTAを締結、ASEAN諸国を中心にその他の国ともEPAを活発に結び、また結ぼうとしている。
農業分野では、日本・EUと米国の対立が解けず、シアトル・ラウンドは不成功に終わった。現在も、農業分野の協議が続行されているが、日本は農業生産物の輸入関税の大幅な引き下げを余儀なくされることが危惧されている。
TRIPs協定については、2001年の「ドーハ宣言」によって、抗HIV薬の特許に関するモラトリアムを最貧国(LDCs)に対しては2012年まで延期する旨、決定されたことが注目される。その後、インドや南アフリカにおいて、ヨーロッパの製薬会社が、抗HIV薬の違法コピーを訴える事件が起こったが、南アフリカでは製薬会社が訴訟を取り下げ、インドでは製薬会社の訴えを退ける判決が下されている。
近年、GATT/WTO法による環境保護が急速に発展している。GATT20条(b)は、「人、動物又は植物の生命又は健康の保護のために必要な措置」を、同条(g)は、「有限天然資源の保存に関する措置」を、締約国に認めている。ただし、20条前文は、「ただし、それらの措置を、…濫用的に(arbitrary)もしくは正当と認められない差別的待遇の手段となる方法で…適用しないことを条件とする」としている。WTOが出来る前の1991年の「第一マグロ・イルカ事件」（メキシコ対米国; Tuna/Dolphine Case I）において、パネルは、20条(b)または(g)によって域外管轄権の行使を認めると、GATTで保障されている他の締約国の権利を害することになってしまう、として、米国の海洋哺乳動物保護法（MMPA; Marine Mammal Protection Act）による措置は正当化できないとした（Report of the Panel, paras.5.27, 5.32, 30 I.L.M. 1594(1991)）1994年の「第二マグロ・イルカ事件」(Tuna/Dolphine Case II)においても、本質的に同様の理由により、米国のMMPAに基づく措置は正当化できないとした(33 I.L.M. 839(1994))。しかし、1998年の「小エビ事件」において、上級委員会は、GATT20条(g)にある「有限天然資源」の文言について、他の環境条約も考慮した「発展的解釈」により、「生物天然資源及び非生物天然資源」も含むと解釈した（WT/DS58/AB/R, paras.129-130）。
多角的貿易交渉・ウルグアイ・ラウンドの成果として、1994年に「マラケッシュ協定」が成立し、翌年、「世界貿易機関」(WTO; World Trade Organization)が設立に至り、単なる条約にすぎなかったGATT制度は、国際組織となった。そして、ウルグアイ・ラウンドで結ばれた数々の協定により、その対象領域は急速に拡大した。例えば、「サービスに関する一般協定」(GATS; General Agreement on Trade in Services)、「衛生植物検疫措置の適用に関する協定」（SPS協定; Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures）、「知的所有権の貿易関連の側面に関する協定」（TRIPs協定; Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights）、「紛争解決に係わる規則及び手続きに関する了解」(Understanding on Rules and Procedures Governing the Settlement of Disputes)などである。WTOによって設立された紛争解決機関(DSB; Dispute Settlement Body)は、その後のGATT/WTO法の実効性に大きく寄与することとなった。特に、米国によりたびたび適用されてきた「スーパー301条」による一方的措置がこれによって禁じられ、全ての紛争は、「小委員会」(Panel)及びその上訴機関の「上級委員会」(AB; Appellate Body)の「報告」(Report)に服することになった。
開通当初は、高額な通行料金による通行量の少なさから自然渋滞は発生しなかったが、通行料の値下げ施策により次第に交通量が増加したことで、通勤時間帯やゴールデンウィークなどピーク期に、東京湾アクアトンネルの両端にあたる川崎浮島ジャンクション（上り線）と海ほたるPA入口（下り線）付近で、速度低下による1 km程度の混雑が日常的に見られるようになった。休日の日中は、海ほたるPAへの入庫待ちのために、分岐手前付近で渋滞を起こすこともある。また、トンネルや連絡橋の坂道とほぼ直線という線形から、追突事故や故障車が発生しやすく、車線規制による事故渋滞を生ずることもある。交通量が飛躍的に増加した2012年以降は、週末・休日の夕方に上り線川崎浮島JCTからアクア連絡道の木更津JCTまで全線にわたる渋滞が頻繁に発生するようになった（並行ルートの京葉道路や東関東道でも同時間帯は渋滞している場合が多い）。主に川崎・東京方面から、房総半島へレジャーで向かったマイカーが、Uターンラッシュを生じさせるものであり、木更津JCTから川崎浮島JCTまで90分以上になることもある。これは、川崎浮島JCTの接続道路となる首都高速湾岸線と異なり片側2車線である上、アクア連絡道と木更津金田ICが合流する木更津本線料金所手前と、川崎浮島JCT手前の登坂速度低下がボトルネックとなっており、交通容量の逼迫から発生するものである。また下り線においては、週末・休日の朝から昼にかけて、海ほたるPA手前や木更津金田IC付近を先頭とする渋滞が、接続する首都高速湾岸線両方向にも伸び、大型連休時などは、大井JCTから海ほたるPAまで数時間費やすこともある。2013年4月27日から、上り線のアクアトンネル終点（浮島側）手前の登坂部分の壁側面に、速度低下を防ぐ効果がある「ペースメーカーライト」を設置している。