新党さきがけとともに野党に転じた社会党に目を付けた自民党は、政権復帰のために自社さ共同政権構想を提案し、なおかつ村山を内閣総理大臣に指名するという奇策を打ち出した。村山はこれを飲み、1994年6月に村山連立内閣が発足した。首相を出した社会党は連立政権との政策の整合性を強く問われる事になり、村山は施政方針演説で自衛隊合憲や日米安保体制の堅持を表明した。これで社会党の路線転換は完了したが、新路線そのものに反対する協会系グループとともに、自民党との連立を拒絶して再び非自民連立政権を目指そうとする政構研内の動きも続いた。1996年1月に村山が退陣して自民党の橋本龍太郎へ政権を譲り、社会党が社会民主党（社民党）と改名して再出発をしても、党内の対立は収まらなかった。同年9月、衆議院選挙を前に、新党さきがけの鳩山由紀夫が提唱したリベラル新党、民主党に久保や佐藤が参加し、政構研の非自民連立派は民主党に移った。一方、残された社民党は村山から党首を引き継いだ土井が自衛隊違憲論の再提起などでかつての左派的な主張を進め、村山や山口が議員を引退したため、政構研の影響力は失われた。
1993年7月、自民党分裂と新党ブームで迎えた衆議院選挙で社会党は再び惨敗し、結党以来最低の70議席に落ち込んだ。それでも社会党は自民党に次ぐ第二党だったが、山花は連立協議を仕切る新生党の小沢一郎代表幹事が裁定した日本新党・細川護煕党首の内閣総理大臣指名を認め、8月の非自民・非共産8会派連立内閣にこぎ着けた。これは政構研の考えていた大連立内閣の枠組みで、政構研は佐藤を入閣させた。社会党にとって41年ぶりの政権参加だったが、国民から社会党への期待は薄かった。一方、入閣した山花は選挙敗北の責任を取って辞任し、9月には村山が新委員長になった。新体制でも政構研の影響力は強く、副委員長に大出俊、山口鶴男、書記長に久保亘、政審会長に日野市朗、参院会長に浜本万三が執行部入りするが、新生党や日本新党に主導権を取られる政権運営のあり方や、連立政権と社会党の基本政策の違いなどが社会党内部や政構研内部で議論された。1994年4月、細川が退陣して羽田孜内閣が発足した際、小沢による社会党外しに憤慨した村山は閣外協力も取りやめた。政構研では久保や佐藤が連立残留を主張したが、村山は山口や大出の支持を取り付けた。これで政構研の分裂が明確になり、社会党内の右派対左派という組み分けはイデオロギー的根拠を失った。
1982年12月、政構研は政策研究会リーダーの石橋政嗣副委員長の辞意をきっかけにした改造人事で馬場書記長の更迭に成功し、新書記長に社研の平林剛新書記長を選出させた。新体制では副委員長に田邊誠、国会対策委員長（国対委員長）に山口鶴男などが執行部入りを果たして挙党態勢の形式を取った結果、政構研は党内での影響力を増した。なお、旧江田派の田邊は政構研とは別に政策集団として水曜会を結成した。1983年1月、山口の国対委員長就任に伴い武藤山治が新代表世話人となった。3月に平林書記長が急死すると、田邊が副委員長兼任で書記長代行に就任し、直近に迫った統一地方選挙と参議院選挙を戦った。ここで社会党が大敗し、飛鳥田委員長が引責辞任すると石橋が新委員長に就任した。政構研はこれを支持し、田邊が代行からそのまま書記長へ正式就任した他、山口国対委員長が執行部に残留した。この頃、協会派は内部抗争が激化し、政構研の党内掌握が容易になった。
ある時、元勘定奉行、久須美祐明が北斎を招き席画を書かせた。最初の2、3枚はふつうの細密な絵を描いた。ちょうどその席に子供がいたので、北斎は半紙をひねって渡し「これに墨をつけて紙の上に垂らしてごらん」と言った。子供が言われたとおりにポタポタと墨を垂らすと、北斎は無作為に垂らされた黒い染みに自在なタッチで筆を加え、たちまちのうちに奇々怪々なお化けの絵に仕上げてしまった。一瞬のうちの妙技に、見物していた人々は驚きの声を上げた。この日は夕方から深夜まで子供と遊びながら画を描いた。同行者は、先生は誰の言うことも聞かないので、どんな絵を描こうとも意のままに描いてもらうしかない。と述べたという。11代将軍徳川家斉は北斎の画力を聞きつけ、鷹狩の帰りに滞在した浅草伝法院に北斎他を呼び画を描かせた。1人目谷文晁がまともな絵を書き、2人目に北斎が御前に進み出たが恐れる気色なく、まず普通に山水花鳥を描いた。次に長くつないだ紙を横にして刷毛で藍色を引いた。そして持参した籠からだした鶏の足に朱を塗って紙の上に放ち、鶏がつけた赤い足跡を紅葉に見立て、「竜田川でございます」と言って拝礼して退出した。一同はこの斬新な趣向に驚嘆した。弟子が語るには、北斎自身は将軍の前に出ることを無上の栄誉に感じ大いに喜んでいたが、礼儀を正し窮屈なことには困ったという。また長屋の大家は将軍にご覧に入れるとの内命があると、トラブル・不祥事の心配な北斎の身柄を預かって拝謁の日まで外出を許さなかった。