「やめよッカナ!?キャンペーン」によって全国的に知名度を高めた新喜劇は、1991年に初の東京公演となる「帝都公演」を開催して大成功を収める。その後テレビ放送でも、全国において木曜20時台の視聴率を確保したいという毎日放送の思惑と、新喜劇を全国区化させたいという吉本の意向が合致し、『超!よしもと新喜劇』が1997年秋から東京で収録され、新喜劇が東京発の形でゴールデンタイムに全国ネットでテレビ放送されるようになった（後に『超コメディ60!』としてリニューアルされた）。しかし、舞台は新喜劇なのに仕掛けがドリフ調であったり、新喜劇や関西とはまったく関係のないゲストが多数出演したりしたことから、従来からのファンにも見放され、1998年秋に終了。この1年間は、本家NGKからも特に知名度と笑わせる力のあるベテラン勢が駆り出されたため、リーダーに相当するポジションで大阪に残ることができたのは実質的に吉田ヒロだけであり（なお、のちに座長となる当時の4人のニューリーダーのうち、『超!よしもと新喜劇』〜『超コメディ60!』に一度も出演しなかったのはヒロと石田靖。また、女優陣では、この当時のマドンナ役の一人であった中西喜美恵なども、『超!よしもと新喜劇』〜『超コメディ60!』に一度も出演しなかった）、ニューリーダー制開始直後の柔軟さ・斬新さから一転、まさに「やめよッカナ!?キャンペーン」直前の状況が再来していた。それでもやはり東京公演をあきらめたわけではなく、1999年からは場所と方式を変えてスタジオアルタで週末にニューリーダー3人を中心にした本家そのままの新喜劇を定期上演。これも『ギャク輸入!新喜劇』（朝日放送）として、関西地区で放送された。2001年には、ルミネtheよしもとが開業し、今度は東京オリジナルの台本と出演者、今田、東野などNGK新喜劇経験者、NGKから東京に移籍した石田を座長に据えた公演（メンバーは後述）が開始され、現在に至る。ルミネ新喜劇は比較的若手のメンバーで構成されており、専属座員および座付き作家は基本的に存在しない（若手芸人が作家を兼業することもある）。公演は不定期で2〜3ヶ月行われ、テレビ出演の多い今田・東野座長回は基本的に月一公演となる。2014年以降は座員座長はそのままで名称を変更し、「SPコメディ」という名称に変更された。また、2009年4月末から2011年11月末まで品川に開設されていたよしもとプリンスシアターでは、辻本、内場などNGK新喜劇座員が中心となる「本場吉本新喜劇」が、原則として毎週火曜から木曜または金曜にかけて上演されていた。NGK座員による新喜劇の東京上演は2014年以降、なんばグランド花月の出張版である「東京グランド花月」を上演しているほか、毎年8月には小籔座長による単独公演も実施されている。
「やめよっカナ!?」時代の主力メンバーだった今田耕司、130R、東野幸治らがダウンタウンと共に東京進出したあとは、内場勝則、辻本茂雄、石田靖の3人が頭角を現し、1995年にはニューリーダーに就任した。この頃より「やめよっカナ!?」で退団していた島田一の介、浅香あき恵といった一部の中堅・ベテランが復帰し、1999年には前述の3人に吉田ヒロを加えた4人が新座長に就任した。その後は、石田と吉田が座長を退いたが、その下の世代である小籔千豊、川畑泰史、すっちー（高井俊彦，烏川耕一，清水けんじとともに2012年5月から2年間リーダーを務めた）、「金の卵オーディション2007」で入団した酒井藍が座長に加わって現在に至る。オーディションによる若手に加え再入団を含む中堅・ベテランの加入で全盛期を上回る大所帯となっているが、近年は「やめよっカナ!?」以降も残留したベテラン勢の鬼籍入りが相次いでいる。2019年2月には辻本・内場の座長退任と、過去にはすっちーの座長就任までの2年間にわたって実施されていたリーダー制度の再開とポジションの正式な新設が発表された。（詳細は座長及び副座長格（リーダー）の項を参照のこと）
ジョーンズは父と叔父で俳優のマイケル・ハドリーの勧めにより、演技の道へ進むことを決めた。また、母も映画や舞台に関心を持っていた。演技経験は11歳の時、セントラル・テレビジョンが設立したアフタースクール・ワークショップで始まった。『ミルドレッドの魔女学校』でテレビシリーズに初出演するが、家庭の事情により第2シーズンからは降板する。2001年の続編『Weirdsister College』 では同じ役でシリーズに復帰を果たした。2003年にBBCのテレビシリーズ『Servants』に出演した。2007年にITVの『Northanger Abbey』で主要キャストとして出演した。この時期に最も長期間出演していたのは、BBCラジオ4の昼ドラ『The Archers』で、2009年まで出演した。2008年に『情愛と友情』『フラッシュバック』に出演しており、『ドクター・フー』のエピソード「The Unicorn and the Wasp」やドンマー・ウエアハウスで上演された『The Chalk Garden』にも出演している。2009年1月に『アンネの日記』に出演し、5月下旬に開催されたハイ・タイド・フェスティバルではアンソニー・ミンゲラの『Hang Up』に出演している。2010年には『Cemetery Junction』にヒロイン役で出演している。また、『Soulboy』や『テンペスト』にも出演している。2011年1月29日、『今日、キミに会えたら』での演技を評価され、サンダンス映画祭でドラマ部門特別審査員賞を受賞した。彼女は映画で髪色を変えており、会話シーンは完全にアドリブだった。また、彼女の演技力は『17歳の肖像』でアカデミー賞にノミネートされたキャリー・マリガンと比較された。彼女はハリウッド映画賞でも『今日、キミに会えたら』での演技を評価された。3月に『ゴシップガール』に出演し、そのために2か月間サンクト・アントン・アム・アールベルクでスノーボードの訓練を行った。また、同年にバーバリーのニューフェイスとして起用され、11月にはドルチェ&ガッバーナのニューフェイスに起用された。2013年に『エレン・ターナン 〜ディケンズに愛された女〜』で主役のエレン・ターナンを演じた。ジョーンズは以前、研究を通じてターナンの人生を学んでいる。2014年には『アメイジング・スパイダーマン2』にフェリシア役で出演している。『博士と彼女のセオリー』ではヒロインであるジェーン・ホーキングを演じ、アカデミー主演女優賞にノミネートされた。彼女はエージェントから渡された脚本を読んだ後、「これは単純な伝記映画ではなくラブストーリーですね」と語ったという。また、ホーキングに直接会い演じる際の協力を得ている。2015年2月に『ローグ・ワン/スター・ウォーズ・ストーリー』の主役ジン・アーソ役に起用された。映画は2016年12月に公開されて10億ドル以上の興行収入を記録し、同年には『インフェルノ』にも出演してヒロインであるシエナ・ブルックス役を演じた。ジョーンズは『インフェルノ』への出演を決めた後、ブルックスのキャラクターについて理解を深めるために美術館を訪れている。2018年には現役のアメリカ合衆国最高裁判所判事であるルース・ベイダー・ギンズバーグが弁護士時代に史上初の男女平等裁判に挑んだ実話を描いた伝記映画『ビリーブ 未来への大逆転』でギンズバーグ役に起用された。