1995年12月のボスマン判決は、ドイツやイタリア、スペインのリーグ等に比べ経済力に劣るオーストリアのクラブにとって死刑判決に等しかった。実際に多くのクラブが破産するなど、オーストリア・サッカー界全体に波紋を起こした。このような厳しい状況の中、ヨーロッパカップで好結果を残したチームもあった。SVアウストリア・ザルツブルク（現：レッドブル・ザルツブルク）は1994年にUEFAカップ準優勝を果たし、翌年にはUEFAチャンピオンズリーグでもオランダのアヤックス・アムステルダムとアウェーで引き分け、ギリシャのAEKアテネを破った。SKラピード・ウィーンは1996年にはUEFAカップウィナーズカップで準優勝した。また、SKシュトゥルム・グラーツが3年連続でUEFAチャンピオンズリーグ本戦に出場し、1度はグループリーグを首位で突破した。
1960年代になるとドイツをはじめ、ヨーロッパの各国でプロフェッショナル・サッカーリーグがスタート。オーストリアのチームは1970年代から1980年代にかけて、UEFAチャンピオンズカップ、UEFAカップウィナーズカップ、UEFAカップ等で2度の決勝、2度の準決勝、6度の準々決勝進出を果たし、ミトローパ・カップでも3度の優勝を飾るものの、1960年代初期までのような他国を圧倒するような力は失われていき、ヨーロッパ最高峰リーグの肩書きはイングランドやドイツ、イタリアのものになる。
第2次世界大戦直後からプロサッカー復活への動きがあり、1949年にはプロサッカーが、そして国内リーグ1部と2部が完全に復活した。また、1951年と1952年にブラジルで開催された国際サッカー連盟（FIFA）とブラジルサッカー連盟（CBF）が共催したクラブワールドカップ（当時の正式名称はコパ・リオ）では、開幕戦でオーストリアを代表して出場したクラブチームが1950 FIFAワールドカップでの優勝選手が5人スタメン出場し、当時南米最強チームの1つあったナシオナル・モンテビデオをエスタジオ・ド・マラカナンで4‐0で下し、2年連続準決勝進出を果たした。1953年にはFIFA（世界サッカー連盟）が選出した世界選抜チームに11人の選手のうち6人が、そして同チームの監督までもがオーストリア人で選ばれた。
1938年、オーストリアがナチス・ドイツに併合された（アンシュルス）。「サッカーで生計を立てるというプロフェッショナリズムは、1人の成人としての正式な職業に値しない」というナチス・ドイツの方針からプロサッカーは廃止される。これによってドイツ・サッカー選手権の傘下となっても、オーストリア・ブンデスリーガは「ドナウ・アルペンランド・リーガ」という名称で形は残すものの、ナチス・ドイツによるリーグのアマチュア化がレベルの低下を招く。
1911年に現在まで続くオーストリア最高峰リーグが創設された。このような状況からオーストリアサッカー協会のフーゴ・マイスル会長は全クラブの正式なプロ化を推薦。1924年には1部に次ぎ2部も創立され、1部と2部の全チームが完全なプロ・サッカー・チームとして運営されるようになる。そのため1924年がオーストリアでのプロサッカーの始まりとされているが、これはイングランド、スコットランドに次いで、ヨーロッパで3番目、そしてイギリスを除くヨーロッパ大陸では最も歴史のあるプロフェッショナル・サッカーリーグの誕生を意味している。ちなみにプロリーグ初年度に1部で優勝を飾ったチームはSCハコア・ウィーンである。
康治2年（1143年）、忠通に男子基実が生まれたことにより、摂関家の継承をめぐり、忠実・頼長と忠通の間に対立が生じた。この頃から、忠通は前年に修造した近衛殿も大規模儀式にも利用するようになった。忠通・頼長の不仲は次第に深刻化し、特にそれぞれの養女の近衛天皇への入内・立后を巡って鋭く対立したが、東三条殿もその舞台の一つとなっている。まず、久安5年（1149年）12月末から1ヶ月間、東三条殿は近衛天皇の元服のためにその里内裏となった。背景には、近衛天皇が忠通娘の藤原聖子を准母としていたことがある。年があけた1月、引き続き東三条殿を内裏としていた近衛天皇のもとに、頼長の養女藤原多子が入内し、3月に高陽院で皇后に冊立された。これに対し、4月には、忠通の養女藤原呈子が東三条第から近衛天皇のもとに入内し、6月に東三条殿で中宮に冊立された。頼長を寵愛し、従来の取り決め通り、忠通から頼長への藤氏長者継承を求める忠実は、同年9月、源為義ら武士を引き連れて、関白忠通が滞在する東三条殿に乗り込み、忠通を勘当し、藤氏長者と東三条殿、朱器台盤等を没収して、頼長に与えた。その後、東三条殿は頼長家の重要儀式の場となった。その後も忠通と頼長の対立は解消せず、保元元年（1156年）7月2日、抑えとなっていた鳥羽法皇が崩御すると、事態は急展開した。『保元物語』によれば、東三条殿には頼長と結ぶ崇徳上皇方の軍勢が集結し、謀反を計画したという。7月8日、頼長の宇治滞在中に、後白河天皇の軍が東三条殿を接収した。これをきっかけに、後白河天皇・忠通側と崇徳上皇・頼長側による保元の乱が勃発し、3日後には天皇と藤原忠通以下、天皇側の文武百官がここに立て籠もった。この乱で勝利した天皇は忠通に東三条殿を返還した。乱の翌年、忠通は東三条殿の修理を行ない、7月から1月ほど後白河天皇が里内裏として利用した後、忠通娘の藤原聖子（皇嘉門院）に譲られた。里内裏とした際には、寝殿を紫宸殿、東対を清涼殿に充てて、遣水の上にある御車寄廊を常御所として用いたことが、『兵範記』に記録されている。その後、二条天皇も一時期里内裏として利用した。その後、皇嘉門院から忠通嫡男の近衛基実（近衛家 始祖）に譲られたが、仁安元年（1166年）7月に基実が早逝すると、その室平盛子が伝領した。10月には平滋子所生の皇太子憲仁親王（後の高倉天皇）の立太子の儀が行なわれ、そのままその御所となったが、同年12月末、憲仁親王の着袴の儀が行なわれた2日後に火災で焼失した。以後は再建されずに荒廃し、しばしば里内裏となった閑院に面する「東三条の森」となった。