皇帝は建物の模型を見ることに関心を表した。そして石膏の縮尺模型(1m＝2cm、50分の1)がルイ・ヴィルミノ（Louis Villeminot）によって1862年4月から翌1863年4月の間に、8,000フランを投じて製作された。それを見たのち、皇帝はいくつかの建物デザインの変更を要求した。最も重要なものは、ファザードの頂点の角のグループとともに、欄干に支えられたテラスの高さの抑制と、最後の翼棟の向こうにある皇帝のクアドリガ（馬車）の彫刻を配置する、横へと連続するフリーズの前にある大規模な屋根裏の階層の取り換えであった。組み合わされた変更とともに、模型は特別に1863年の万博で公開された産業館（w:Palais de l'Industrie）に導入されたレールの向こうに輸送され、展示された。テオフィル・ゴーティエは模型について書いている（『モニテュール・ユニヴェルセル』紙1863年5月13日付(Le Moniteur Universel, 13 May 1863)）。「総合的なアレンジは誰の目にも明らかで、すでに最終的な効果を決定するために、それにより良い許可をした一種のリアリティを獲得した…それは観衆の好奇心に魅力的で、それは効果として、新しいオペラ座を、あらかじめ用意したオペラグラスを通じて見せた」 。模型はいまは散逸した。しかし1863年にJ. B. Donasが撮影した写真が残る。皇帝のクアドリガは決して加えられなかった、それらは模型には見られたのに。かわりにシャルル・ギュムリー（w:Charles Gumery）の金メッキをしたブロンズの彫刻群「ハーモニー」と「詩情」が1869年に取り付けられた。直線のフリーズは模型にも見られ、また皇帝のモノグラムの"N"と"E"("N"はNapoléon、"E"はEmpereur（皇帝）のイニシャル)の金メッキの文字をあしらった装飾的なメダリオンのレリーフが交互に高低をつけて再設計された。特別デザインの文字はお披露目のときには用意されなかった。そして代わりに商業的に利用できる代用品に代わられていた。1870年の、皇帝のセダンの敗北で、ガルニエはメダリオンをそれらを取り除くことができて安堵した。ガルニエの手紙での、オリジナルデザインは2000年の建物改修で最終的に導入された。
1930年、フランスでウルグアイ人のマリア・マルチネリ（Maia Victoria Martinelli）と結婚。翌年ブラジル・リオ・デ・ジャネイロに戻る。1年半余りのヨーロッパ滞在中には美術館鑑賞ばかりしてわずか6枚の絵しか描かなかった彼だが、その後は精力的に活動し30年余りの間におよそ5000点の作品・デッサン・壁画などを残す。 リオのアトリエにはいつも評論家・画家などの文化人が集まっていた。生計を保つためにも活動当初は肖像画を多数描いている。その幅広い交友関係の中には日本人画家・藤田嗣治、詩人・マヌエル・バンデイラ（Manuel Bandeira）、評論家・マリオ・デ・アンドラーデ(Mario de Andrade)などの多くの著名人もいた。1932年、彼はリオのパラセ・ホテル（Palace Hotel）で個展を開く。60点の作品は、幼少時代・サーカスなどブラジル人の生活をテーマにしたもので、当時一般的には芸術的とは見なされていなかったテーマであったため評論家からの批判もあったが、ブラジル現代画家としてデビューした。1934年には、初めて社会的なテーマを扱った『放浪者（Os Despejados）』を発表。その後、白人と黒人の混血児を描いた『メスチソ（Mestico）』はサンパウロ州立美術館（Pinacoteca do Estado de Sao Paulo）の所蔵品となり、彼の国内での評価は（批判も続いていたが）高まっていった。1935年、アメリカ・ピッツバーグのカーネギー財団の展覧会でコーヒー農園で働く農民達の姿を描いた『コーヒー（Cafe）』を発表し、国際的にも注目を集める。ヨーロッパ滞在中から壁画に興味を持っていた彼は、1936年から1944年の間、時のジェトゥリオ・バルガス大統領（Getulio Vargas）の元で、教育文化保健省（Ministerio da Educacao e Saude）の建物に農民達の姿を描いた作品群を完成する。この作品には、当時まだ10代であったエンリコ・ビアンコ（Enrico Bianco）も彼の元で参加している。1939年、アメリカ・ニューヨークの現代美術館（MAM）が、ファベーラの日常生活を描いた『貧民窟（Morro）』を所蔵品とする。また、ピカソ（PIcasso）のゲルニカ（Guernica）に深く感動した彼は、その画風に影響を受けて、聖書をテーマにした『ビブリカシリーズ（Sirie Biblica）』を完成。この年には、息子ジョアン（João Candido Portinari）が生まれる。1944年には、建築家オスカー・ニーマイヤー（Oscar Niemeyer）の招きに応じ、ミナスジェライス州ベロホリゾンチ（Belo Horizonte）パンプーリャ (Panpulha) の聖フランシスコ教会（Igreja Sao Francisco de Assisi）の聖フランシスコの生涯を描いたタイル画、14枚の『十字架の道行（Via Sacra）』、『聖フランシスコの悟り（Sao Franciso se Despojando das Vestes）』を完成。北部の干ばつにより土地を追いやられた流民達の悲劇を描いた『ヘチランテス（Sirie Retirantes）』、幼少時代を過ごしたブロドスキーの少年達を描いた『ブロドスキーの少年達（Sirie Meninos de Brodouski）』と一連の代表作を発表する。1946年には、ヨーロッパで初の個展をパリのシャーペンテール画廊（Galeia Charpentier）で開き、フランス政府から叙勲（Legion d‘Honneur）される。1950年に、ブラジル独立のシンボルとなった悲劇の英雄『チラデンテス（Tiradentes）」で、平和維持会議（the second world congress of defender of peace）』から金賞を贈られている。ブラジル政府から要請を受け、1枚の大きさが約14×10メートルという彼自身の最大の壁画となる『平和（Paz）』と『戦争（Guerra）』を完成させ、1957年にニューヨークの国連本部に設置する。鉛中毒を避ける為に、常に黄色のゴム手袋をして描いていたが中毒症状が進行し、1962年2月6日家族に見守られながらリオの病院で息を引き取る。