水戸藩士・跡部正続の子として生まれ、跡部正房（跡部家の宗家・300石）の養嗣子となった。文化14年（1817年）、家督を継ぐと同時に武田氏に改姓。戸田忠太夫、藤田東湖と並び水戸の三田と称される。徳川斉昭の藩主擁立に尽力した功績などから、天保11年（1840年）には参政に任じられ、水戸藩の藩政に参与した。しかし弘化元年（1844年）、斉昭が幕府から隠居謹慎処分を命じられると、これに猛反対したため、耕雲斎も連座で謹慎となった。嘉永2年（1849年）、斉昭の復帰に伴って再び藩政に参与し、安政3年（1856年）には執政に任じられた。そして、斉昭の尊皇攘夷運動を支持し、斉昭の藩政を支えた。しかし万延元年（1860年）、斉昭が病死すると水戸藩内は混乱を極め、耕雲斎も藩政から遠ざけられた。耕雲斎は斉昭死後の混乱を収拾しようと各派閥の調整に当たったが、混乱は収まらなかったばかりか、慶応元年（1864年）には藤田小四郎（藤田東湖の四男）が天狗党を率いて挙兵してしまう。耕雲斎は小四郎に早まった行動であると諌めたが、小四郎は斉昭時代の功臣である耕雲斎に天狗党の首領になってくれるように要請する。耕雲斎は初め拒絶していたが、小四郎の熱望に負けて止む無く首領となった。天狗党は、斉昭の子で当時は京都にいた徳川慶喜を新たな水戸藩主に据えることを目的としていた。そして、800名の将兵を率いて中山道を進軍したが、敦賀（越前国新保）で幕府軍の追討を受けて降伏した。降伏すると、簡単な取調べを受けた後、小四郎と共に斬首された。享年63。その後、妻・2人の子・3人の孫も斬り殺された。耕雲斎は斉昭の影響を強く受けた尊皇攘夷派であったが、過激な攘夷には消極的だった。天狗党の首領とされた時、彼は既に死を覚悟していたらしい。墓所は水戸市所在の妙雲寺にある。また、斬首された天狗党員353名とともに埋葬された墳墓が、福井県敦賀市松島町にあり、武田耕雲斎等墓の名称で国の史跡に指定されている。
武田耕雲斎の家系は清和源氏のひとつ、河内源氏の傍系である跡部氏の一族であるという。跡部氏は室町時代後期に甲斐守護・武田氏を補佐する守護代となり武田氏に滅ぼされた一族のほか、戦国時代の甲斐武田氏家臣となった一族や、武田遺臣として存続した一族が知られる。跡部氏はもともと武田氏と同じ甲斐源氏であるが、祖は武田氏とは別流の小笠原氏であった。しかし、姻戚関係によるつながりのためか、耕雲斎は武田信玄の末裔を称して武田姓に改めた。祖先とされる跡部勝資が『甲陽軍鑑』において「奸臣」とされていた為、この家名を嫌ったことから藩主斉昭の許しを得て武田姓への「復姓」（改姓）をしたという。
拓跋晃と尉椒房のあいだの子として生まれた。459年（太安5年）4月、京兆王に封じられた。侍中・征南大将軍・長安鎮都大将に任じられた。入朝して中都大官となり、刑事裁判に手腕をふるった。献文帝は帝位を子推に譲ろうと考えたが、大臣が強く諫めたため、孝文帝に帝位を譲った。477年（太和元年）、侍中・開府儀同三司・青州刺史に任じられ、赴任する途中で死去した。
バート・リップシュプリンゲは、元々はザクセン公領内にパーダーボルン司教の世俗支配下で建設された。14世紀から神聖ローマ帝国内にパーダーボルン司教領（領邦）が形成され、16世紀からこの領邦はニーラーライン=ヴェストファーレン帝国クライスに属した。1802/03年にプロイセン王国が支配権を得た。ナポレオン時代には、この街はヴェストファーレン王国領となった。バート・リップシュプリンゲは1815年以降プロイセン王国に属した。1945年から1949年まではイギリス管理地域の一部であり、1946年からノルトライン＝ヴェストファーレン州となった。この街は、780年に初めて文献に記録された。カール大帝はこの街を「Lippiogyspringiae」という名で呼んでおり、ザクセン＝フランケン戦争（772年から804年まで）の間、776年、780年、782年の3回この街で王国会議を開催した。782年の会議では、フランク王国の伯による支配体制がザクセンの土地に導入された。1235年に「フォン・リップシュプリンゲ家」が初めて文献に記録された。パーダーボルンの聖堂参事会は1312年に、リッペ川の水源付近にリップシュプリンゲ城を建設した。周辺地域から農民や手工業者が城の周囲に定住した。次第に防衛施設を拡充したこの集落を、聖堂参事会は1445年に「Stadt」（都市）に昇格させた。数多くのフェーデやそれによる毀損を受け、城は1482年に改修されたが、三十年戦争（1618年から1648年）で甚大な被害を受け、1665年に再度建て直された。この城は七年戦争（1756年から1763年）でまたもや大きな損傷を負い、1785年に最後の城主がこの城の建物を放棄せざるを得なくなった。この城は現在、遺跡となっている。1801年、リュネヴィルの和約でフランスがライン左岸のドイツ領を獲得した。プロイセンはその所領の代償にパーダーボルン司教領を得た。聖堂参事会はリップシュプリンゲの所領を失った。リップシュプリンゲは、初めは直轄地となったが、その後個人に売却された。1832年、最初の鉱泉としてアルミニウス源泉が偶然発見された。それ以前この流れはリッペ川の支流であると誤解されていた。1843年、リップシュプリンゲを含め人口2,500人未満のプロイセンの街は都市権を喪失した。1913年、この街に「バート・リップシュプリンゲ」という名称が公式に与えられ、1921年には再び都市権を獲得した。1962年にクールヴァルト内でマルティヌス源泉が掘り当てられた。この水は現在、屋外温水プール、ヴェストファーレン＝テルメ、屋内プール、運動プールを有するマルティヌス源泉治療センター、カイザー＝カール公園の飲泉ホールで用いられている。ノルトライン＝ヴェストファーレン州の新しい保養地法に基づき、バート・リップシュプリンゲは1975年に „Staatlich anerkanntes Heilbad“（「州指定療養温泉」）となった。1980年には Heilklimatischer Kurort（「健康によい気候の保養地」）に指定された。オストヴェストファーレン＝リッペが主催する博覧会に伴い、アレルギーの小径とコミュニケーション広場が建設された。この他にヨルダン川の畔に、アレルギー患者のため花粉の飛翔を抑えた地域としてネーベルヴィーゼ（直訳すると「霧の草地」）が設けられた。