2008年4月に基盤科学研究系の先端エネルギー工学専攻と複雑理工学専攻とを横断した「核融合研究教育プログラム」が開設され、核融合実現のための実践的教育が開始された（同年3月31日に廃止された高温プラズマ研究センターの教育機能も継承している）。この教育プログラムは、プラズマ理工学、核融合科学、さらには環境・社会などの広範な分野を学際的・俯瞰的に学ぶことができる「学融合教育カリキュラム」と、先進プラズマ実験装置を積極的に活用し、最先端の研究プロジェクトに直接参画することにより、先駆的・革新的な研究教育を行う「実践的研究教育カリキュラム」とを二本の柱としている。
2007年8月、文部科学省・日本学術振興会による「大学院教育改革支援プログラム」に、メディカルゲノム専攻と東京大学医科学研究所が応募した「メディカルゲノムサイエンス・プログラム（ゲノムに基づいた5年制生命科学医科学研究者養成プログラム）」が、採択された。
2007年4月、環境学研究系5専攻（自然環境学専攻、環境システム学専攻、人間環境学専攻、社会文化環境学専攻、国際協力学専攻）を横断する形で「サステイナビリティ学教育プログラム」が設置された。これは、東京大学地球持続戦略研究イニシアティブ (TIGS) ならびにサステイナビリティ学連携研究機構 (IR3S) と協力して、サステイナブルな社会の実現のために国際的な視野を持って貢献できる人材の養成を目的とした修士プログラムである。すべての講義・演習は英語で行われ、修了者には「修士（サステイナビリティ学）」の学位が授与される。
先端生命科学専攻の「超横断的バイオ人材育成プログラム」、およびメディカルゲノム専攻の「バイオ分野の知財戦略の設計検証と人材育成」は、2005年度に文部科学省の「魅力ある大学院教育」イニシアティブに採択された。なお、「超横断的バイオ人材育成プログラム」の取り組みの一つとして、東京大学全学開放科目「生命科学大学院共通セミナー」、「生命科学共通講義」が開設されている。これらの科目はネット配信で聴講する方式をとっている。
新領域創成科学研究科は、関連する学部をもたない大学院（独立研究科）として、東京大学既存のすべての部局の全面的な協力のもとに1998年に設置された。既存の諸専門領域を基礎にさかのぼって組み替えた領域横断的な教育と研究、すなわち「学融合」を理念に掲げ、新しい学問領域の教育研究を行っている。
新領域創成科学研究科（しんりょういきそうせいかがくけんきゅうか、英称:Graduate School of Frontier Sciences）は、東京大学のみに存在する大学院研究科である。略称は創域またはFS。
重要文化財。着衣像と裸形像の2躯がある。景清地蔵と通称する着衣像は鎌倉時代の作で、明治2年（1869年）に近隣の景清地蔵堂から移されたものである。昭和58年（1983年）にこの像の解体修理を行ったところ、内部から裸形像の体部が発見された。鎌倉時代には、裸形の仏像に布製の衣を着せて安置する例が散見される。本像も当初は裸形像に実物の衣を着せていたものとみられるが、後に裸形像の上に木製の衣を張り付ける形に改造された稀有な作例であることが、解体修理の結果判明した。また、像内からは造像にかかわる文書や像の旧部材などの納入品が発見された。嘉禎4年（1238年）の記がある納入文書により、裸形像は興福寺別当を務めた実尊の追善のために弟子の尊遍が造らせたことが判明した。解体修理後は、裸形像に新しく造った頭部をつないで別の像として独立させ、「おたま地蔵」として寺内の香薬師堂に安置している。
石見小笠原氏当主・小笠原長隆の子である小笠原長実の子として生まれる。従兄弟の小笠原長雄と、その子・小笠原長旌に仕えた。永禄7年（1564年）、石見小笠原氏家臣の平田治家（彦兵衛尉）の元服の際には長治が加冠を行い、「治」の偏諱を与えている。長らく石見小笠原氏当主・長旌に後継となる男子がいなかったことから、長旌の養子として吉川元春の四男・吉川松寿丸を長旌の養子としたい旨を、市川春俊を通じて申し入れた。しかし、松寿丸が天正6年（1578年）に死去したため、長治は元春の三男・吉川経言（広家）の入嗣を要請したが、天正7年（1579年）に宇喜多直家と南条元続が毛利氏から離反したことで、南条元続討伐のために元春や元長が伯耆国や因幡国等へ出陣することとなったため、この時は経言の石見小笠原氏入嗣の話はまとまらなかった。天正8年（1580年）8月、長治ら石見小笠原氏の重臣は合議し、小笠原長秀、小笠原元枝、小笠原長往、小笠原長益、小笠原長治、小笠原長貞、小笠原長扶、小笠原長江、小笠原長秋の9名が加判した連署起請文を提出し、重ねて経言の石見小笠原氏入嗣を要請した。また、翌9月には長秀、長往、長江、元枝、長治の5人が連署書状を市川春俊に送り、元春への取り成しを依頼した。天正9年（1581年）3月、経言の入嗣に関して吉川氏側は経言の入嗣に納得し、石見小笠原氏側の意向が変わっていなければ、小早川隆景や口羽通良らと談合し、毛利輝元の許可得た上で決定するとの元春の返答が長治と長秋に送られている。しかし、同年6月に輝元の強硬な反対を受け、経言の石見小笠原氏入嗣の話は白紙となった。なお、この時輝元は長治について、さし当たっては毛利氏に忠誠を尽くしているが、本心ではどう考えているか分からず、長治の内心は信用できないと述べている。これ以降の長治の動向は不明。