使用している応援リーダー台は、東京六大学応援団連盟の所有物であるため、特別な事情がない限りは応援団同士の個別借用ではなく、借主は東都大学野球連盟として貸料を一括納入している。各校応援部・応援団は、野球部経由で東都大学野球連盟に納入するか、或いは学校によっては野球部・大学側が諸経費の一部として納入している。ただし応援組織のあり無しや応援形態の違いなど学校により事情が異なるので、台の使用と貸料の発生は、あくまで事前の申し出による。
神宮球場・神宮第二球場は、自然環境保護（主に騒音の観点から）の都合から、楽器使用応援の規制を行なっており、東都大学野球連盟としてもこの通達に沿った応援規制を敷いている。スタンドでの応援活動で、規制制限外の応援への注意・指導は、球場内においては球場職員が直接これに当たっている。（詳細は明治神宮野球場の当該項を参照）
連盟や学生野球協会により出場停止の処分を受けた場合、停止期間中はリーグ戦・入れ替え戦ともに不戦敗と同等扱い（ただし記録上は不戦敗という記録にはならない）になる。出場停止期間中のリーグ戦と入れ替え戦は全て不戦敗となることで、それに応じて、「リーグ戦全敗→最下位→入れ替え戦出場→不戦敗→降格」という手順を踏んでいく。東都のように入れ替え戦システムを採っている連盟では実質的には降格処分と同等になるが、それは入れ替え制のシステムには必然的に伴うもので降格そのものは処分内容ではない。（仮にトーナメント戦しか行っていない連盟の場合は、単にその期間中に出場停止となるだけになる。）
例年4年に一度に1部から4部の21校を基本的には同部同士の対戦がないような配慮にてランダムな組み合わせで各校1試合ずつ（校数の関係で抽選にて1校のみは2試合）の対戦を神宮球場にて行う。ただし、試合時間の制限があり9回完了するとは限らない。また時間制限内や9回完了時に引き分けの場合はそのまま終了となる。2部以下も含む全加盟校が神宮球場で試合を行える機会であり、3部以下の大学は主力メンバーで臨むが1,2部校は新人戦と時期が近いこともあり、（学生含む）コーチが指揮し、控え選手を起用するケースが多い。連盟創設60周年を記念して行われた加盟全21校による交流トーナメント戦がきっかけ。以後4年に一度に現在のような形で行われるようになった。
例年、8月下旬にその年度の1部秋季リーグ所属予定の6校により神宮球場にてトーナメント戦で行われる。試合規定等は1部リーグ戦とほぼ同様。ただし、後述の各部交流戦がある年度は、神宮球場以外（各大学グランド）にて開催される。なお、2016年は秋季1、2部リーグの12校で実施された。
神宮球場で行われる1部及び2部リーグ戦、入替戦（1部2部、2部3部、3部4部）、1部新人戦、交流試合と嘗て神宮第二球場で開催された2部リーグ戦（以降は球場によって）は、それぞれ一般券が1,300円、シニア券が1,000円、学生券が600円、中高生券100円（2019年春季現在）にて入場可能。その他の試合は無料試合で行われている。また、2019年春季は第3試合前から一般でも1,000円のナイター券を発売した。なお、前記のように秋季1部2部入替戦が秋季高校野球東京都大会と同日開催の場合（翌日以降の2部3部以下を含む）は先に試合開始となる高校野球との共通券として入場料一般800円（2018年現在）が適用される。
各部（1部〜4部）の優勝校、最高殊勲選手、最優秀投手、首位打者と、1部のベストナインがそれぞれ選ばれる（記録としては昭和33年春季リーグより残っている）。選出には、首位打者を除き、公式記録の成績を基にして主に登録の報道記者クラブの投票結果で行なわれる。
日中戦争の勃発後、日本陸軍は華北一帯を占領下に置いたが、中国国民党政権系の軍が撤退した後の権力の空白に乗じて勢力を伸ばしたのが中国共産党だった。開戦前に山西省で閻錫山（国民党に帰順）と提携していた中国共産党は、日本陸軍の進攻によって閻錫山の第2戦区軍が陝西省に退避すると、後に残って山西省の根拠地化を図った。河北省でも、共産党軍が、国民党政権から冀察戦区司令官に任じられていた鹿鍾麟を攻撃して追放してしまった。山西省を占領中の日本の第1軍は、1940年4月から6月にかけて、晋南地域に残る衛立煌の第1戦区軍を攻撃したが、このときも中国共産党は日本軍の進撃の後を追うように勢力圏を広げた。中国共産党の部隊である八路軍は、建前上は国民革命軍の一部として国民党政権指揮下の共同部隊であったが、実際には他の国民革命軍部隊の赤化工作や、民兵の組織を積極的に行って、独自の戦力養成に努めた。1940年春には、山西省に展開していた国民党系の第97軍のほとんどを吸収していた。八路軍の装備は迫撃砲や機関銃程度の範囲ではあるものの次第に充実し、ヘルメットを着用した兵士が増えている。兵の練度も向上してきた。しかし、八路軍は「政治七分、軍事三分」を標榜し、前述のように国民党政権軍の戦闘に積極的に協力せず、日本軍との直接交戦は避けることを基本としていた。日本陸軍は、1940年には共産党の勢力拡大を危惧しており、徐々に八路軍への攻撃を増やしていった。北支那方面軍は、昭和15年度粛正建設計画の中で、共産党軍を重点攻撃対象と定めていた。もっとも北支那方面軍に属する第1軍は、前述のように国民党政権の正規部隊の撃破も依然として重視していた。