第14話『外なる戦い、内なる戦い』では、U.S.S.ディスカバリーが元の宇宙に戻るも9か月が経過しており、惑星連邦はクリンゴンに負けつつある。マイケルは、治療を受けてヴォクとタイラーの両方の記憶を持つようになったタイラーに再会する。マイケルはタイラーとの関係を打ち切る 。シーズン1最終話『新たなる旅立ち』では、対クリンゴン戦争に勝つために鏡像ジョージャウがディスカバリーの船長に任命される。マイケル、ティリー、タイラーはジョージャウに同行してクリンゴン人の母星クロノスに行く。ジョージャウは惑星を爆弾で破壊してクリンゴン人の皆殺しを図るが、それが惑星連邦の理念に反すると考えたマイケルはジョージャウの情に訴えて阻止する。ルレルと取引し、戦争を止めさせる代わりに起爆装置を渡し、ルレルはその力で帝国総裁となる。タイラーもルレルに同行する。2257年、この功績によりマイケルは恩赦を受けて中佐に復帰し、ディスカバリーの科学主任となる。ディスカバリーは新船長を迎えるためにバルカンに向かうが、U.S.S.エンタープライズのクリストファー・パイク船長から救難信号を受け取る。
第10話『我の意思にあらず』では、ディスカバリーは鏡像宇宙に飛ばされる。この宇宙での鏡像マイケルはI.S.S.シェンジョウの船長であったが、反逆者のロルカを追跡中に死亡したとされている。マイケルは鏡像宇宙での自分になりすまし、元の宇宙に戻るため、U.S.S.ディファイアントのデータを入手しようとする。マイケルは、決闘の末に船長の座を取り戻し、自分のボディガードの偽装をするタイラーと初めて愛を交わす。『内なる狼』では、マイケルは名もなき奴隷である鏡像サルーに出会う。反帝国軍の基地を破壊する命令を受けるが、これに反して諸種族からなる反帝国軍と連合し予言者と呼ばれる鏡像サレクに会う。他の種族との連合を達成したクリンゴン人ヴォクの鏡像に興味を持つが、タイラーは動揺する。I.S.S.シェンジョウに戻り、タイラーは地球人に改造されたヴォクであることがわかる。タイラーはマイケルを襲うが、鏡像サルーが救う。マイケルはタイラーをU.S.S.ディファイアントのデータとともにU.S.S.ディスカバリーに送る。マイケルは鏡像宇宙の自分がテラン帝国皇帝ジョージャウの養女であることを知る。『大それた野心』では、マイケルとロルカは皇帝の旗艦I.S.S.カロンに召喚される。ロルカは拷問され、マイケルは自分が鏡像宇宙から来たことを皇帝に明かして、胞子ドライブ技術と交換に自由を得る。マイケルは、鏡像宇宙の自分がジョージャウに育てられた後、恋人となったロルカと企んでジョージャウを殺そうとしたこと 、ロルカが鏡像宇宙出身であり意図的にディスカバリーを鏡像宇宙に飛ばしたことを知る。『過去は序章』では、ロルカら反帝国軍が旗艦を制圧する。ジョージャウとマイケルは反帝国軍と戦い、ジョージャウはロルカを殺す。ジョージャウとマイケルはディスカバリーに転送され、元の宇宙に戻る。
また同時期の1886年（明治19年）4月には、辻新次（初代文部次官）・古市公威（帝国大学工科大学初代学長）・長田銈太郎（明治天皇の通訳）・山崎直胤（内務省初代県治局長）・平山成信（後の枢密顧問官）・寺内正毅（後の内閣総理大臣）・栗塚省吾（後の大審院部長判事）の7名が、フランス学の普及を目的とした「一ノ完全ナル仏学校ヲ東京ニ設立」することを計画し、5月に仏学会 (La Société de Langue Française) を組織（初代会長は辻新次）、11月に同学会が神田区小川町の東京法学校の正面に東京仏学校を設立した（初代校長は古市公威）。同校は1885年（明治18年）に旧東京大学に統合された官立の仏法系学校・司法省法学校の後身校的な性格をもち、フランス語で教授する法律科を有し、司法省からは年間5,000円の補助費が支給されていた。なお、当時の文部官僚トップで東京仏学校設立の中心人物であった辻新次と、当時の司法省刑事局長で後に東京法学校の校長に就任した河津祐之は、1872年（明治5年）頃の文部省において箕作麟祥のもとで学制の起草にあたっていた元同僚である。また、薩埵や河津は仏学会の創立会員でもあり、名誉会員には伏見宮貞愛親王、徳川昭武（第15代将軍徳川慶喜の弟、水戸藩第11代藩主）、徳川篤敬（水戸徳川家第12代当主）、鍋島直大（佐賀藩第11代藩主）、蜂須賀茂韶（徳島藩第14代藩主）、太田資美（掛川藩第7代藩主）、大木喬任（元老院議長、枢密院議長）、山田顕義（司法大臣）、ボアソナード、アッペール等が名を連ね、彼ら会員からの支援も受けながら東京仏学校は設立・運営された。しかし帝国大学（1886年、旧東京大学が改称）の法科においてイギリス法学が主流となり、また新たに導入されたドイツ法学が台頭するなどして次第にフランス法学の優位が崩れると、仏法系3校の鼎立状況に対し危機感が生まれ、1888年（明治21年）6月に司法省刑事局長の河津祐之が東京法学校の校長に就任、同校が特別認可学校となった後の同年末には、この3校の合併が関係者により構想された。結果として明治法律学校はこれに参加せず（その後明治大学へ発展）、翌1889年（明治22年）5月の仏学会臨時総集会で、東京法学校と東京仏学校の2校の合併が決議されることとなった。同年9月9日、両校の合併と「和仏法律学校」への改称ならびに学則の改正が文部大臣に認可され、同校が正式に発足。初代校長には当時の司法次官（司法官僚トップ）であった箕作麟祥が就任し、教頭は引き続きボアソナードが務めることになった。さらに1890年（明治23年）には薩埵が本校を去り、理事員・学監を兼ねたフランス帰りの梅謙次郎が校務の実権を掌握、大改革を行った。同時期に民法・商法両法典の実施如何をめぐる「法典論争」が起こると、和仏法律学校は明治法律学校とともに法典実施断行論を唱え、実施延期を主張する帝国大学法科の英法系および東京法学院などと激しく対立した。