1864年（元治元年）、日仏修好通商条約に基づき、居留するフランス人のため長崎の南山手居留地内にカトリック教会の大浦天主堂が建てられた。主任司祭であったパリ外国宣教会のベルナール・プティジャン神父は信徒が隠れているのではないかという密かな期待を抱いていた。そこへ1865年4月12日（元治2年3月17日）、浦上村の住民数名が訪れた。その中の1人でイザベリナと呼ばれた「ゆり（後に杉本姓）」という当時52歳の女性がプティジャン神父に近づき、「ワレラノムネ（宗）アナタノムネトオナジ」（私たちはキリスト教を信じています）とささやいた。神父は驚愕した。これが世にいう「信徒発見」である。彼らは聖母マリアの像を見て喜び、祈りをささげた。神父は彼らが口伝で伝えた典礼暦を元に「カナシミセツ」（四旬節）を守っていることを聞いて再び驚いた。以後、浦上のみならず、外海、五島、天草、筑後今村などに住む信徒たちの指導者が続々と神父の元を訪れて指導を願った。神父はひそかに彼らを指導し、彼らは村に帰って神父の教えを広めた。しかし、2年後の1867年（慶応3年）、浦上村の信徒たちが仏式の葬儀を拒否したことで信徒の存在が明るみに出た。この件は庄屋によって長崎奉行に届けられた。信徒代表として奉行所に呼び出された高木仙右衛門らははっきりとキリスト教信仰を表明したが、逆に戸惑った長崎奉行はいったん彼らを村に返した。その後、長崎奉行の報告を受けた幕府は密偵に命じて浦上の信徒組織を調査し、7月14日（6月13日）の深夜、秘密の教会堂を幕吏が急襲したのを皮切りに、高木仙右衛門ら信徒ら68人が一斉に捕縛された。捕縛される際、信徒たちはひざまずいて両手を出し、「縄をかけて下さい」と述べたため、抵抗を予想していた捕手側も、信徒側の落ち着き様に怯んだと伝えられている。捕縛された信徒たちは激しい拷問を受けた。翌日、事件を聞いたプロイセン公使とフランス領事、さらにポルトガル公使、アメリカ公使も長崎奉行に対し、人道に外れる行いであると即座に抗議を行った。9月21日（8月24日）には正式な抗議を申し入れたフランス公使レオン・ロッシュと将軍徳川慶喜が大坂城で面会し、事件についての話し合いが行われた。
江戸幕府はキリスト教禁止を国策とし、全国でキリスト教宣教師・信徒を徹底的に捕縛、仏教へ強制改宗させ、改宗しないものは処刑する政策をとった。もともと長崎はカトリック教会とゆかりがあり、信徒たちが多く暮らしていたが、禁教令をうけた信徒たちは隠れキリシタンとしてひそかに信仰を守り、次代へ受け継いでいくことになった。そんな長崎の隠れキリシタンたちの間には、江戸時代の初期に幕府に捕らえられて殉教したバスチャンなる伝道士の予言が伝えられていた。それは「七代耐え忍べば、再びローマからパードレ（司祭）がやってくる」というものであった。
大分県竹田市玉来出身であった父の阿南尚は内務官吏として転勤を繰り返したため、幼少時は東京、大分の竹田、徳島などを転々としながら育った。本籍は竹田市に置かれている。早くから陸軍将校を志望していたが、徳島中学校2年生の時に、当時第11師団長であった乃木希典陸軍中将の助言もあって陸軍幼年学校を受験して合格した。阿南は乃木を終生の模範として仰いでいる。幼年学校を経て、陸軍士官学校（18期）920名中を第24席の成績で卒業し、陸軍大学校（30期）を卒業。陸大の入学試験には3度失敗しており、卒業の席次も60人中18番と目立つものではなかった。1929年（昭和4年）8月1日から1933年（昭和8年）8月1日までは侍従武官を務めており、当時の侍従長は鈴木貫太郎であった。阿南は鈴木の懐の深い人格に尊敬の念を抱き、その鈴木への気持ちは終生変わるところがなかった。侍従武官を辞した後は近衛歩兵第2連隊長を経て東京陸軍幼年学校長となった。1936年（昭和11年）2月26日に二・二六事件が発生し、鈴木侍従長も襲撃され重傷を負った。阿南は、幼年学校生徒への訓話で「農民の救済を唱え、政治の改革を叫ばんとする者は、まず軍服を脱ぎ、しかる後に行え」と叛乱将校を厳しく批判し、「軍人は政治にかかわるべきでない」と説いている。陸軍内の派閥に属しておらず政治的に無色であったことが評価され、8月に新設された陸軍省兵務局長に就任した。さらに翌1937年（昭和12年）には陸軍省人事局長に任ぜられた。人望や職務への精勤ぶりへの評価が徐々に高まり、「同期に阿南あり」と言われるようになった。上官や上層部に対する歯に衣着せぬ発言で知られる石原莞爾でさえも阿南にたいしては敬意を示したと言われる。1939年（昭和14年）10月から1941年（昭和16年）4月には陸軍次官を務めた。この間には親英米路線で日独伊三国同盟に反対していた米内内閣に対して陸軍が反発し、畑俊六陸軍大臣を辞職させ陸軍三長官が後任を推薦しないことで、米内内閣を倒閣する事件が起きている。その後、第2次近衛内閣、第3次近衛内閣そして東條内閣と続き、太平洋戦争（大東亜戦争）開戦直後の1941年、阿南は第11軍司令官として中支戦線へ赴く。この時、阿南は長沙侵攻を目論み「独断」による進撃を命令し第二次長沙作戦が始まる。配下の師団長らは困惑しつつも命令に従い、総司令部も事後追認することになった第二次長沙作戦は、この時期には珍しい玉砕まで行った挙句、千人以上の戦死者を出し大敗して終わった。中国側が長沙会戦と呼んだこの戦いは、日本軍に対する連合国軍最初の勝利とも言われ大きな宣伝効果をもたらしたという。しかし、陸軍は阿南を罰することはなく、それどころか1943年（昭和18年）に陸軍大将に進級させた。