古くから魚付き林として大事にされたようである。神島の名も古くからここに神を祀ったことによるようだが、古い記録では神の名が挙げられていない。上述のようにこの島のハカマカズラの種子は数珠として珍重され、1940年代までは秋に新庄村でこれを採取して京都の仏具屋に売っており、その量は毎年数十リットルに達したと言われる。ハカマカズラの産地は他にも何カ所かあるが、神島のものが特に珍重されたとも言われる。神島への船の出る田辺市磯間に近い場所にある和歌山県立田辺商業高校（現在は和歌山県立神島高等学校）は、その校章がハカマカズラから取られており、これは学校が神島に近いことから選ばれたものである。学校創設時の教頭であった楠本定一は南方熊楠の長男、熊弥の親友であった由。現在では法的保護の下におかれているために島内は立ち入り禁止であり、上陸を求める場合には田辺市の許可が必要である。ただし近辺の岩礁は釣りによく用いられ、そこへ行き来する船は近くにある磯間漁港などから出る。また、南方熊楠賞の受賞者が授賞式の翌日にこの島を訪れるのが半ば慣例のようになっている。椿啓介や青木淳一が上陸して、それぞれにサンプル採集を行っていった。
神島は北緯33°42'、東経135°22'50"にある面積2.99haの小島である。一番近い陸地は新庄町鳥ノ巣で、その間の距離は500m足らずである。位置としては田辺湾の南側の湾口にやや近い位置にあり、より湾口側の隣には畑島がある。湾口の反対側には天神崎がある。島は大きく2つの島から成り、大きい方を「おやま」、小さい方を「こやま」と呼び、両者は干潮時には岩礁でつながる。「こやま」は標高約20mで、周囲は崖に近い急傾斜であり、背の低い樹木に覆われているものの、あまり大きな樹木はない。「おやま」の方は標高約30m近く、やや東西に細長く、南側の斜面は崖だが、北側はなだらかな部分もあり、海岸には砂浜もある。全体が背の高い森林に覆われ、神社のほこらもこちらの山頂近くにある。川はないが、わずかに水がわき出すところはある。「おやま」の岩礁に船が接岸できるようになっており、地元の釣り船で渡ることが出来るが、上陸は田辺市教育委員会の許可が必要である。ときおりボランティアによる海岸の清掃作業が行われる。この砂浜には昭和天皇の行幸を記念した南方熊楠の歌碑が建てられている。
神島は田辺湾の内側にある無人島で、行政区分としては田辺市新庄町3972番地である。古来より島全体を海上鎮護の神として崇め、樹林は神林として、また魚付き林として地元の保護を受け、明治まで人手のほとんど入らない森林を維持し続けた。この島が貴重な生物の住むところであることは古くから知られており、特にこの島に生育するハカマカズラの種子で作られた数珠は熊野詣での人たちに特別なお守りとして珍重されたことが知られている。明治期には南方熊楠が再三この島に渡り、生物採集を行った。神社合祀によってこの島の森林が伐採される計画が出たとき、南方はこれに猛烈な反対運動を行い、地元の協力を得ると共に、中央の研究者や役人に働きかけ、法律的な保護がつくこととなった。1929年には昭和天皇がこの地を訪れたことも知られている。1990年代に入ると、海鳥の集団が島に居着くことが起こり、その糞によって森林に大きな影響が出ることが複数回にわたって起こった。鳥を追い払う計画も行われたが、被害は大きく、森林の荒れが目立つようになっており、これをどう回復させるかが当面の課題とされている。
企画は東映京都撮影所（以下、東映京都）所長・岡田茂。当時の東映の時代劇はあまりお客は入らなかったが、大映の時代劇はお客を集め、テレビの『隠密剣士』や『三匹の侍』などは圧倒的人気で、特に『月光忍者部隊』や『風のフジ丸』などの忍者ものは漫画にまで普及して大きな人気を集め、1965年は時代劇のピークが来るのではと予想する映画関係者もいた。岡田は大映に対抗するには東映のオールスター映画を復活させて口火をつけようとテレビで放映中の『徳川家康』の映画化に踏み切った。『徳川家康』は数年来ブームを呼んでおり、吉川英治の『新平家物語』以上の読者を持ち、現代経営者から、学生、サラリーマンと、老若男女すべてに必見の書といわれていた。各映画会社とも映画化を企画していたが、山岡荘八が映画化をOKしなかった。山岡は「まだ小説が継続中に映画化されてはテーマを全く別の視覚からバラバラに切りさいなまれるようなもの」などという持論をもっていた。岡田は監督に伊藤大輔を起用し、脚本も執筆するという条件を提示し、山岡は「伊藤さんならば安心してお願い出来る」と東映時代劇への信用と合わせて映画化を了承した。1964年2月1日、大川博東映社長が社の大巾な機構改革と、それに伴う人事異動を発表し、製作の中心が明確に現場に移され、東西撮影所所長の権限増が明確にされた。人事の目玉が東映東京撮影所（以下、東映東京）を現代劇で軌道に乗せた岡田取締役の東映京都所長復帰であった。これは東映の表看板である時代劇の復興を岡田に託すという大川の肝煎りプロジェクトだったため、岡田には直接の指揮権が移譲された。またこの人事で東映創立以来の満映閥、東急閥などが脇に回され、さらに1964年9月30日、東映が東急グループから離脱し、同日付けで東急から出向していた東急系の役員、五島昇非常勤取締役を始め、小滝顕忠、山崎季四郎、伊勢憲三郎の他、伊藤義、吉田信、薦野直実、東映フライヤーズ代表・石原春夫ら、重鎮幹部がごっそり辞職した。これにより大川の御意見番はいなくなり、岡田にとっては兄貴分の五島とは表立って付き合えなくなったが、上がかなり減って、思い切って腕を振れるようになった。