個体を捕獲できない場合、上記のような方法は取れなくなる。視認できるならばコドラート法が使えるし、何らかのサインを探して個体識別を行うことができる。しかし、捕獲どころか視認すら難しい動物もある。たとえば哺乳類の多くは人目を避ける行動をとり、個体そのものを視認することが難しい。その場合、その動物の残すフィールドサインを利用する方法もある。森下正明と村上興正は森林内に生息するニホンカモシカの個体数推定に糞塊を利用する糞塊法を開発した。糞調査によるニホンカモシカの密度推定の論文で発表された。個体数に比例して環境に加わるが、また時間に比例してある消失率で分解されて環境から消えていくと考えられ、この両者を考慮して環境中に存在する糞塊数の変化を微分方程式で表すことができる。加入と消失が平衡状態になっていると仮定することである瞬間に環境に存在する糞塊の量を示すことができ、個体あたりの糞の排出量を飼育実験によって、また糞塊の平均寿命を実験的に求め、さらに糞塊の発見率を小地域の精査によって求めれば、調査地域全体から見出された糞塊数のデータより個体数を推定する数式が得られる。樹上で葉を食べるチョウやガ、ハバチの幼虫に関しては、一定面積に落下する糞の量と飼育データによる個体あたりの排泄量を計測することによって、より簡単な数式で個体数推定を行える。同様に、糞だけではなく雪の上に残される足跡を使っても、個体数推定を行うことができ、ウサギの個体数をこれで推定した研究がある。古典的な統計的推計方法とは少々異なるが、フィールドサインから生化学的に個体識別を行い、それに基づいて個体数を推定することもできる。シカの死体の周囲に鉄条網を設置し、そこに残されたヒグマの毛から遺伝子情報を読み取り、個体識別を行うことで同じ餌場に現れるクマの個体数を求めている例がある。
直接にその数を数えられるなら、その方がよい。上記のように、その数を数えるのが簡単でない場合が多いが、逆に言えば、ある条件が整っていれば、その数を数え切れる場合もある。例えばその生息範囲が非常に狭く、その場所の見通しがよければ全部数えるのはそれほど難しくない。これに相当するのは、例えば小さな島の樹木とか、身を隠すことができないほど大きい動物の場合である。前者の例では、たとえば小笠原諸島の固有種のムニンツツジは、現在では父島の山頂部に数株を残すのみであり、そこへ行って数えれば全個体数はあっと言う間に数えられる。後者の例としてジャワサイは現在50頭といわれ、最少時には1967-68年には25頭であったとされている。いずれも限られた面積に、それも少数だけが存在するからこそできることではある。大きな動物でなくても生息域の中の限られた環境に巣を作る動物の場合、非常に見通しよく個体数を数えることができる。離島に営巣するアホウドリの場合も、繁殖年齢に達した成鳥と親の世話を受けている幼鳥は、容易に全数を数えることができる。また少々見通しが悪くても、個体識別が可能であれば、個体情報のデータを積み上げることで、個体の全数を得ることができる。霊長類の研究では個体識別を行うことで、個体間の社会的な関係を追跡するが、同時にそれによって研究対象個体群の全個体数も判明していることになる。ザトウクジラやシャチのように斑紋やプロポーションの個体差が大きなクジラでは遠くからでも個体識別が可能で、一部の個体群ではそれによって個体ごとの情報が膨大に蓄積されている。数えるのが容易い例の一つとして、ハンミョウの幼虫は裸地の地表に恒久的な巣穴を掘って生活するため、パッチ状に幼虫の生活に適した環境が存在する場合は巣穴をすべて数えつくせばよい。たとえばお墓の周りの裸地などにそのような生息地があり、そこでは見渡して巣穴を数えることが可能である。ただし、ある地域の個体数、となると、その地域にこのような場所がどれくらいあるか、というのが難しい問題となろう。
司会の明石家さんまが「工場長」ならぬ「向上長」と称し、若手お笑い向上委員会メンバーと共に、日本のお笑い界の傾向と対策を探り出す、というのが一応のテーマ。委員会メンバーが、ゲスト向上芸人の欠点を指摘し、向上するためのアイディアを話し合うというのが進行の基本である。実際は、お笑い芸人同士のフリートークに近く、さんまの裁量のもと、委員会メンバーがアドリブを繰り出し合って進行される。話が先に進まないためオープニングトークも長引く傾向があり、ゲスト向上芸人はなかなか呼び込んでもらえないままセット裏に待機させられ、時には登場が2週目に延びる事もある。番組の大半を占めるのが先述のアドリブ合戦であり、中に入れず呆然と見ているだけのゲスト向上芸人を尻目に、主役がどんどん入れ替わっていく。番組ではこれを「誰が（芸人として）殺るか殺られるかのサスペンスドラマ」と称している。1週分をドラマ風に「第〇話」とカウントし（サブタイトルも付される）、1回の収録分で原則3話（第3週分）が費やされる。セット内の司会中央部やゲスト席、ひな壇等の通常のカメラでは映らないセット外にある出演者がカメラ確認のためのモニター横で芸人が見学者として収録を見学している珍しい番組でもある。時々さんまがネタを振りそれに応えて笑いを生んでいるが、見学者扱いであるためノーギャラである。しかし笑いを取り続けたりオンエア率が高まると、同番組内でのひな壇（通称ドリームシート）へ格上げされ出演者扱いの委員会メンバーとなったり、愛のクレーマー芸人としてゲスト席へ出演したり、他の局や他の番組でも出演が増えたりなど芸人として売れるチャンスが高まるため、見学者扱いであっても必死にネタを披露したりオンエア競争率も激しく「モニター横芸人」として番組の要素の一つとなっている。開始当初はドラマ風の演出がなされ、番組冒頭に出演者によるミニドラマが挿入されていた。番組内で使われる状況説明のテロップは第85話までタイプライターで打ち出されるような表示となっていたが、第86話からは雰囲気を変え、テロップにスタジオ意匠同様、海の家をイメージした、派手な演出がなされるようになっている。開始当初から出演者の発言をなぞるテロップは使用されていない。2016年から番組内で『FNS27時間テレビ』の放送決定と当番組の参加が発表される。