やがてクラークは航空を志願し、フロリダ州ペンサコーラの海軍飛行学校での講習を経て1925年3月にパイロット免許を取得する。間もなく戦闘艦隊航空戦隊に配属され、第1多目的部隊や戦艦「ミシシッピ」 (USS Mississippi, BB-41) の航空士官、第3戦艦群司令付航空技術アドバイザーを務める。1931年から1932年の間は空母「レキシントン」 (USS Lexington, CV-2) 所属の2-B戦闘機隊隊長となり、「レキシントン」では1936年から1937年にかけても航空士官として所属していた。水上勤務以外でもワシントンD.C.アナコスティアの海軍航空基地副長をはじめとして、海軍省航空点検調査委員会メンバー、1938年から1939年にかけての真珠湾の第2哨戒航空隊副長、1940年から1941年にかけてのフロリダ州ジャクソンビル海軍航空基地副長と、とにかく航空一本の勤務を水上に陸上にと歴任。1940年にはニューヨーク州バッファローのカーチス・ライト社で監督官を務めた。なお、クラークの伝記を著した歴史家クラーク・G・レイノルズによれば、クラークは戦間期に胃潰瘍を患って軽い食事しかとれなくなり、また事故の古傷で足を引きずるようになった、としている。
「ジョッコー」こと、ジョゼフ・ジェームズ・クラークは1893年11月12日、オクラホマ州プライヤー・クリークに、父ウィリアム・A・クラークと母リリー・ベリー・クラークあるいはメアリー・ポリウォード・クラークの間に生まれる。チェロキー・ネイションの出であるウィリアムはサリナの孤児院で教育を受けた人物であり、母は産後に亡くなった。クラークは成長するとヴィニタのウィリー・ハンセル・カレッジ、オクラホマ州立大学の前身であるオクラホマ農工大学を経て1913年にアナポリスに入学する。ところが、最終学年に達したところでアメリカが第一次世界大戦に参戦したため卒業が1年早められ、1917年に卒業。本来の卒業年次から「アナポリス1918年組」と呼称されたこの世代からは、クラークと同様に空母と縁を持ったトーマス・スプレイグとクリフトン・スプレイグ、ウィリアム・ハルゼー（アナポリス1904年組）の初期の参謀長マイルズ・ブローニング、大西洋艦隊司令長官や大西洋連合軍最高司令官を務めたジェラルド・ライト、そしてアメリカ海軍史上最年少の海軍作戦部長であるフォレスト・シャーマンらがいる。ニックネームの「ジョッコー」は、このアナポリス時代に命名された。卒業後、クラークは士官候補生として装甲巡洋艦「ノースカロライナ」 (USS North Carolina, ACR-12) 乗組みとなり、大西洋を渡る輸送船団の護衛にあたる。駆逐艦「アーロン・ワード」 (USS Aaron Ward, DD-132) 、「オーリック」 (USS Aulick, DD-258) および「ブルックス」 (USS Brooks, DD-232) 配属として救援活動などの任務のため近東方面を行動し、大戦終結後はアメリカに戻って1923年から1924年の間はアナポリスで講師を務めた。
この時代から、メソポタミア側の歴史史料にエラムについての情報が載り始める。しかしその記述は多分に伝説的なものであり、編年を明らかにするのは不可能である。シュメール伝説には、キシュの王エンメバラゲシがエラムを征服し戦利品を獲得したというものがある。また、ウルクの王エンメルカルはエラムに降伏を迫るためにエラムの領主エン・スフギル・アナ（英: En-suhgir-ana、エンスフケシュダンナ - Ensuhkeshdanna）へ使者を送り、エラムを服属させたというもの（『エンメルカルとエン・スフギル・アナ』）もある。古エラム時代のアワン朝 (Awan dynasty) の王はシュメールを3代に渡って支配したと伝えられる。だがこれらの説話にどの程度史実が含まれているのかは全くわからない。アワン朝の後にはハマズィ朝が再びシュメールを支配したという。この他シュメールの都市国家の中にはその初期にエラムの支配を受けたという伝説を持ったものが少なくない。具体的な政治史の復元は困難ながら、シュメール時代の初期からエラム人がメソポタミアと接触を持っていたことは確実である。飛躍的に情報が増えるのはエラムに侵攻してこれを支配したアッカド帝国と、その後のウル第3王朝時代からである。アワン朝（シュメールを支配したという王朝と同一であるかは不明）最後の王クティク・インシュシナクはウル第3王朝の創設者ウル・ナンムと同時代人であったと考えられる。彼はスサとアンシャンを征服して、イラン高原における初の統一的な政治勢力を形成した。しかしアワン朝は間もなくウル第3王朝のシュルギ王の攻撃を受けて崩壊した。アワン朝と入れ替わるようにエラム史に登場したシュマシュキ朝 (Simashki dynasty) は当初はウル第3王朝や異民族の間断無い攻撃に曝され弱小であったが、やがてウル第3王朝の弱体化に乗じて勢力を拡大し、ウル第3王朝は婚姻政策によってシュマシュキ朝を懐柔しようとするようになった。だがシュマシュキ朝が、全エラムを統合していたのかどうかはよくわかっていない。紀元前2004年シュマシュキ朝の6代目の王キンダットゥはウルを攻撃し、ウル第3王朝を滅ぼした。だが、既にウル第3王朝より離脱し、その実質的後継者となっていたイシュビ・エッラのイシン第1王朝によって破られ、ウルを奪回された。その後シュマシュキ朝はメソポタミア各地に成立したアムル系王朝と対立した。特にラルサなど南部メソポタミアの王朝はスサなどの支配権を再び確保しようとしてエラムと戦闘を続けた。紀元前19世紀頃にはシュマシュキ朝にかわってエパルティ朝 (Epartid dynasty) がエラムの支配権を握った。この王朝はエラムの主要部分を含んでいたと考えられるが、3代目の王以降スッカル・マフ（シュメール語で大総督の意）という称号を用いており、メソポタミアの王朝と何らかの宗属関係があったかもしれない。また、ラルサではスサ北部の別のエラム人国家の王クドゥル・マブクがラルサ王ツィリ・アダドを追放し、「アムルの父」を名乗ってその支配権を獲得するなどしていた。彼とその後継者はバビロン第1王朝のハンムラビ王の時代まで、たびたびバビロンと戦火を交えている。だが、こうしたエラム人のバビロニアでの影響力は長続きしなかった。その後インド・ヨーロッパ系の集団や、カッシート人、フルリ人の移動などに伴う混乱によってか、エラムは混乱に陥ったらしく記録は少ない。だが、この時代にエラム各地にフルリ人が移住しており、エラムの諸都市にはフルリ人の王を頂く都市が多数出た。(バビロニア臣下の時代)