前述のように、ナリタブライアンは興奮しやすく、かつ臆病な気性の持ち主であった。陣営は前者についてはローテーションの間隔を詰めて多くのレースに出走させ、同馬のエネルギーを発散させることによって、後者についてはシャドーロールを装着して下方の視界を遮ることによって（疾走中に自分の影を怖がることがないよう）解決を図った。なお大川慶次郎によると、ナリタブライアンは競走馬生活の途中で精神的に成長しシャドーロールを装着しなくとも走りに集中できるようになったが、その時にはシャドーロールがナリタブライアンのトレードマークになっていたという。主戦騎手の南井も、1995年初めに受けたインタビューで「シャドーロールをとっても問題ないと思う」、「（シャドーロールは）今ではマスコットがわりのようなもの」と述べている。ナリタブライアンは4歳の春から、調教の際にはシャドーロールを外していた。大久保は皐月賞後に、レースでシャドーロールをつけ続けたのは「縁かつぎ」と「識別しやすい」ためと答えている。シャドーロールはナリタブライアンの代名詞的存在となり、同馬は「シャドーロールの怪物」と称された。
ナリタブライアンは9月27日にCBスタッドの敷地内に埋葬された。同年10月2日には追悼式が行われ関係者・ファンおよそ500人が参列した。死後、1999年9月に栗東トレーニングセンター内にナリタブライアンの馬像が建立された。命日にあたる2000年9月27日にナリタブライアン記念館が開館した（2008年9月30日閉館）。中央競馬クラシック三冠達成から10年後の2004年10月、JRAゴールデンジュビリーキャンペーンの「名馬メモリアル競走」の一環として「ナリタブライアンメモリアル」が同年の菊花賞施行日に京都競馬場にて施行された（優勝馬ハットトリック）。
1998年6月17日に疝痛を起こし、三石家畜診療センターで診察を受けた結果腸閉塞を発症していることが判明した。緊急の開腹手術が行われ一旦は快方に向かったが、9月26日午後に再び疝痛を起こした。三石家畜診療センターに運び込まれた際にはすでに胃破裂を発症しており、開腹手術を行ったものの手遅れであった。9月27日に安楽死の措置がとられた。早田光一郎によれば、ナリタブライアンは疝痛を起こした日の昼までは、ちょうどスタッドを訪れていた山路秀則と早田を前に、機嫌良さそうな様子を見せていた。夜になって突然疝痛の症状が現れた後も、診療センターに付き添ったスタッド場長の佐々木功は「すぐに帰れる」と踏んでいたが、夜が明けても疝痛は治まらず、開腹した際に腸捻転と胃破裂が発見された。このとき佐々木は獣医師から「どうにもならない」と告げられたという。佐々木は「我慢強い馬で頑張り屋だから、痛くても無理をしていたのかもしれない」と語っている。なお、ナリタブライアンの馬房には監視カメラも設置されており、夜には佐々木自ら見回りも行っていた。
1997年に生まれ故郷である新冠町のCBスタッド（早田牧場の傘下）で種牡馬となり、内国産馬として史上最高額となる20億7000万円のシンジケート（1株3450万円×60株）が組まれた。1997年には81頭、1998年には106頭の繁殖牝馬と交配された。交配相手にはアラホウトクやファイトガリバーといった牝馬クラシックホース、アグサン（ビワハイジの母）やモミジダンサー（マーベラスサンデーの母）など繁殖実績の高い輸入馬、スカーレットブーケといった国内外の良血繁殖牝馬が集められた。
高松宮杯から約1か月後の6月19日、ナリタブライアンは右前脚に屈腱炎を発症したと診断された。ナリタブライアンは同月28日に函館競馬場、8月には早田牧場新冠支場へ移送され、治療が行われた。大久保はナリタブライアンの復帰に強い意欲を見せていたが、9月に日刊スポーツがナリタブライアンの引退が決定したと報道。さらに読売新聞の取材に対して山路が引退を認めた。橋本全弘によると、この時期に大久保を除く関係者の間で引退に向けた話し合いが行われており、種牡馬となった際のシンジケート株の予約が開始されるなど引退へ向けた動きが起こっていた。10月7日に大久保と山路、工藤の3者による話し合いが行われ、正式に引退が決定した。なお、大久保は引退が決まった後もナリタブライアンを走らせることへの未練を口にしている。11月9日には京都競馬場で、11月16日には東京競馬場で引退式が行われた。関東と関西2か所で引退式が行われた競走馬はシンザン、スーパークリーク、オグリキャップに続きJRA史上4頭目であった。1997年には史上24頭目の顕彰馬に選出された。
剣道道場を開いている祖父・祖母と3人で静かに暮らしている狩谷苑生は静寂を好む人間だった。しかし3か月前に越してきた3歳年下の御門織人はばかげて口数の多い少年。狩谷道場に入門した織人は苑生の弟弟子となり、日々チャンバラごっこをして遊んでいた。数年が穏やかに過ぎていったが、ある日、織人が何者かに命を狙われる事件が起き、続いて織人の誘拐事件も起きる。織人の父はアメリカの大企業の総帥であり、私生児だったのだ。織人が跡を継ぐことを望まない正妻が、織人を亡き者にしようとしたという織人や苑生がチャンバラごっこで遊んでいた時代劇の設定そのままの出来事であった。苑生の剣術で織人を助け出したところへ織人の父が登場し、織人をアメリカに引き取っていった。時は流れ、祖父母も逝ったが、苑生は独り身であった。せっかく持ってきてもらったお見合いの席も、一世一代のユーモアとばかりに着ていった「怪獣の着ぐるみ」のために破談。そこへ長身の若者が現れ、着ぐるみの苑生を盛大に笑い飛ばす。その若者は成長した織人だったのだ。最後は、織人と「怪獣の着ぐるみ」が手をつないで森の中を歩くシーンを、子供が目撃し「これは夢だ。架空の森の出来事だ」と幕を閉じる。