島津軍は新納忠元や稲富新助を大将に任じ御船城を攻めた。御船城は堅城というほどの城ではなかったが、親直の子・甲斐親英の反撃で落とすことができず、城の押さえを残して阿蘇氏の居城・岩尾城を攻めた。が、わずか3歳の幼主では対抗できるはずも無く、惟光は家臣に連れられて脱出してしまう。これにより阿蘇氏は滅亡したが、なおもその旧臣は島津軍の侵攻に抵抗した。岩尾城の北東に位置する南郷城では、長野惟久が徹底抗戦して玉砕した。長野惟久は甲斐氏と並ぶ阿蘇家の重鎮で、南郷城も阿蘇氏がかつて居城としていた（阿蘇氏はかつて南郷大宮司と呼ばれていた時期がある）ため、周辺の諸城は動揺し、長野城や下田城が島津軍の侵攻で陥落した。そしてその長野城の東南に、阿蘇家の重臣・高森惟直が守る高森城があった。惟直は島津軍の調略を拒絶し、さらに寡兵でありながら城外決戦に及んだが討ち取られてしまった。その惟直の子・高森惟居は父が討ち死にしたことを知ると、島津軍に降伏する。だがこれは惟居の謀略で、密かに大友氏に援軍要請をしていた惟居は、高森城で休息していた島津軍に突如として襲いかかった。このため、油断しきっていた島津軍は壊滅してしまう。このため、大友軍と高森軍の反撃を受けることを恐れた残余の島津軍は、御船城攻略を放棄してその南にある花の山城に撤退した。天正13年（1585年）8月10日、親英が阿蘇氏の旧臣を糾合して花の山城を攻め落とした。このとき、木脇祐昌と鎌田政虎ら島津氏の諸将及び、救援に向かった深水長智の嫡子・摂津介、犬童刑部、牧野勘解由ら相良の諸将が戦死している。
イブラーヒーム・シャーはアーグラを統治していた。彼はまた、スール朝の君主イスラーム・シャーの娘婿であった。1554年末、イスラーム・シャーが没し、息子フィールーズ・シャーが王位を継承したが、一カ月足らずでムハンマド・アーディル・シャーによって殺害された。1555年、ムハンマド・アーディル・シャーの姉妹の夫であるイブラーヒーム・シャーは反乱を起こし、ムハンマド・アーディル・シャーの軍を破り、デリーを占拠した。だが、イブラーヒーム・シャーはシカンダル・シャーの軍勢にアーグラ付近で敗れ、彼もまたデリーを追われた。一方、東部へと追われたアーディル・シャーはその地を領土としていたが、デリーを追われてきたイブラーヒーム・シャーはその地に侵入した。だが、イブラーヒーム・シャーはヘームーによって、カールピーとカーンワーで二度にわたって破られ、バヤーナーの城へと逃げ込んた。だが、ヘームーはバヤーナーの城を包囲し、イブラーヒーム・シャーは籠城を余儀なくされた。その間、ベンガルを統治していたムハンマド・ハーン・スーリーがカールピーに接近してきたため、バヤーナーを包囲していたヘームーを呼び戻したため、難を逃れた。その後、イブラーヒーム・シャーはオリッサ方面へと逃げ、1567年から1568年の間に没したという。
「ガメラ映画」はアメリカでは、1作目の『大怪獣ガメラ』（1965年）が劇場公開された以外、2作目、3作目は子供向け番組枠でテレビ放映された。4作目である本作より、新作「ガメラ映画」はこのアメリカでのテレビ放映契約を織り込んだ制作体制となった。ストーリーも、劇場よりも厳しいアメリカでのテレビ放送規制条件を満たすため、これに沿った、「ガメラが悪役新怪獣の侵略と闘う」という勧善懲悪テーマが強調された内容となっている。こういったこともあり、前作『大怪獣空中戦 ガメラ対ギャオス』よりさらに進んで、本作以降「ガメラシリーズ」は子供を主役に置いた、完全に子供向けの作風となった。脚本の高橋二三は、「『ガメラ対ギャオス』までは子供向けではなかった。『ガメラ対ギャオス』で子供を出してくれという要請はあったが、大人も楽しめる映画だった。ところが『ガメラ対バイラス』でひとつの方向性に偏ってしまった。ある意味では『お子様ランチ』になったことで客層を限定してしまったと言っていいでしょう」とコメントしている。一方で監督の湯浅憲明は、「『バルゴン』で大人のドラマをやってみたが、劇場の子供達は走り回って全く見ていない。『ギャオス』では子供がガメラに乗る場面は大歓声だった。子供が冒険し、怪獣が出ずっぱりの『バイラス』が、シリーズ当初から本来やりたかった形だ」と述懐しており、プロデューサーの永田秀雅も同じコメントをしている。湯浅は、ラストで子供たちが大空を飛ぶガメラに手を振るシーンに、童話的なイメージを込めたという。茅ヶ崎での戦闘シーンでバックにそびえる白いビルは、当時上原謙・加山雄三親子が経営していたパシフィックパークホテルである。 湯浅によると、劇中に登場する小型潜水艇は、葉山のヨットハーバーにあったものを、撮影のために借りて使用したものである。Uボートを製作したドイツのメーカーの製品だったそうだが、ほとんど使い物にならず、水中で転覆すると復帰できないようなものだった。危険なのでスタッフが正夫役を吹き替えで演じている。大映本社の深刻な営業不振から、本作の制作予算は特撮予算を含まない一般映画クラス（前作の3分の1）となり、湯浅らスタッフはいかに経費を抑えるかに腐心した。ことに撮影フィルムは通常5万フィートは必要なところ、3万フィートしか支給されないという極めて制約の多いものだった。バイラス宇宙船の「どこの部屋もみんな同じ造り」、「葉山海岸での舞台限定」など、こうした低予算が反映した設定だという。本作からプロデューサーに若い仲野和正が付き、湯浅のアイディアをすべて認めてくれ、高橋二三に「すべての制約をのんでください」と依頼。高橋もこれを承諾のうえで脚本化してくれたという。海外版では、アメリカでの販売条件である上映時間（1時間半、9,500フィート）を満たすため、流用映像の部分を長めにして90分に伸ばしてあるが、これは湯浅に無断で行われたことだった。「日本コカ・コーラ」がタイアップしており、画面にコカコーラマークが頻繁に登場する。湯浅は前作に続いて本編・特撮の両演出を1人でこなす奮闘ぶりを見せ、スタッフ一同、「これがガメラシリーズ最後の作品」との想いで本作をわずか25日で撮り終えた。湯浅監督は「こんな条件で撮れる監督は俺しかいないだろう」と、「半分は意地、半分はゲーム感覚でやった」と語っていて、クランク・アップ時は「やっと終わった」と感慨無量の思いだったという。しかし、公開されるや本作は子供たちに大評判となり、大ヒット。大映本社は翌年、次作『ガメラ対大悪獣ギロン』の制作を決定することとなった。