基本的な操作はGC版と同じなのでファイナルファンタジー・クリスタルクロニクルのゲームシステムを参照とする。今作とGC版との最大の違いはGC版では無かった特徴的な操作系を加えてゲーム性を出している点である。GC版に無かった操作としてジャンプやジャンプ攻撃がある。敵につかまって敵に攻撃することも可能である。仲間キャラクターを持ち上げて投げつけたり、敵を持ち上げて壁に投げつけてダメージを与えることも可能である。また、それぞれの種族ごとに最初から使うことの出来るレイスアビリティ（レイスアビリティについては登場キャラクターのマルチプレイの項目に記述する）とレベルが上がる事で覚えることが出来るレベルアビリティがある。これらを加えることでよりアクション要素の強いRPGとなっている。シングルプレイモードでは仲間キャラがCPUとして自動的に行動する場所がある。その時マジックパイルで仲間と合体魔法を放つこともできる。ニンテンドーDSということでタッチパネルも使うことになるが、主に自分のキャラクターの情報をみたり、アイテムの選択や魔法を使う際の魔石の選択やレイスアビリティやそれぞれの種族の特殊能力を使うときに使われる。ボタン操作で移動しながらタッチパネルを使うことになるのでタッチペンでの操作は少し操作しづらいと考えられる。ゲームシステム面においても魔石が1回使うとなくなるようになっていたり、SP（従来のMP）も今作では登場する。SPはレイスアビリティやレベルアビリティを使うときに主に消費される。
ファイナルファンタジー・クリスタルクロニクル（FFCC）シリーズの第2弾。ストーリーが楽しめるシングルプレイモードとそれとは異なるマルチプレイモードがある。マルチプレイモードではDSワイヤレスプレイで協力して遊べる。但し人数分のDS本体とソフトが必要。ニンテンドーWi-Fiコネクションにも対応しており、ゲーム中でペイントしたモーグリの交換ができる（なお、マルチプレイをニンテンドーWi-Fiコネクション上で実現させるようなことはしていない。その理由として様々なアクションをWi-Fi上で実現させることが困難であることや、ニンテンドーWi-Fiコネクション自体の通信の遅延の問題を開発者達が挙げている）Wiiで発売される『ファイナルファンタジー・クリスタルクロニクル クリスタルベアラー』（以下FFCCTCB）とは世界観・時系列での連動があるが、ゲームシステム上の連動は無い。前作ニンテンドーゲームキューブ版『ファイナルファンタジー・クリスタルクロニクル』でシングルプレイが楽しめなかったという意見を反映し、シングルプレイモードで「FFらしいストーリー」を重視されて作られているのが今作品と『FFCCTCB』である。今作品ではその表れとしてニンテンドーDSという容量の制約のあるソフトウェアのスペックながら、一部のイベントシーンはボイス付で話が進められ、シングルプレイモードでは重厚なストーリーとがある。しかしながらワイヤレスプレイができるニンテンドーDSの特徴も考えてマルチプレイモードも用意されており全く別のゲームとなっている。なお、マルチプレイモードでもフリーの冒険やクエストで対戦型のもの以外は一人でも遊ぶことができる。なお、主人公が同じ姉と弟である双子だったFF作品として今作のエグゼクティブ・プロデューサーである河津秋敏が企画立案・ベースコンセプトデザインを行ったアニメーション作品である『FF：U 〜ファイナルファンタジー:アンリミテッド〜』がある。
天守閣を持たない平城であり、本丸の周りには内堀が囲み、外堀は自然の河川である藤島川を利用している。周辺領域には、向楯、平形楯、古郡楯、柳久瀬楯、勝楽寺楯等の前衛支城を擁する難攻堅固な城であった。築城された時期は、資料が残っていないため不明であるが、和銅年間（西暦708年から714年）に、平（平形）に国府が置かれた時の府城ではないかと考えられ、出羽守や鎮守府将軍の居城であった。現在、本丸跡には八幡神社の社が建っており、二の丸と三の丸跡は山形県立庄内農業高等学校の校舎と敷地になっている。
そして12月24日、引退レースとなる有馬記念に出走した。事前に行われたファン投票では11万9940票を集め2年連続1位、かつファン投票で選ぶレースとしては3レース連続で（2005年有馬記念・2006年宝塚記念・2006年有馬記念）1位となった。単勝支持率は70.1パーセント（オッズ1.2倍）で、1957年（昭和32年）にハクチカラが記録した76.1パーセントに次ぐ史上2位となった。レースでは道中後方3番手につけ、3コーナーから追い出して直線で早々と先頭に立つと、最後は流しながらも2着ポップロックに3馬身の差をつける圧勝で、有終の美を飾った。武豊が「生涯最高のレースができた」「今までにないくらい、強烈な『飛び』だった」と言うほどのレース内容だった。このレースの勝利でシンボリルドルフ・テイエムオペラオーに並ぶ史上3頭目（当時）の中央競馬GI7勝の最多タイ記録を達成し、獲得賞金は14億5155万1000円となりテイエムオペラオーに次ぐ単独2位にランクインした。2006年1年間では7億7148万8000円を獲得し、84年,85年のシンボリルドルフ、98年,99年のスペシャルウィークに続く3頭目のグレード制導入以降2年連続JRA年間獲得賞金1位馬となった。父・サンデーサイレンスにとってはこのレースでゼンノロブロイ、ハーツクライに続いて産駒による同レース三連覇を達成し、ヒンドスタンと並ぶ同レース最多の4勝を達成した。池江泰郎にとっては87年のメジロデュレン以来、武豊にとっては90年のオグリキャップ以来16年ぶりとなる有馬記念2勝目を挙げた。この後ウイニングランは行われなかったが、その理由について武豊は、ゴールを過ぎてから走るのを嫌がったためだと語っている。記念撮影では武豊の5本指にオーナーの金子の2本指が加わって七冠を表す7本指ができた（レースに関する詳細については第51回有馬記念を参照）。そして有馬記念当日の全競走が終了したあとに引退式が行われた。約5万人のファンが見守る中、厩務員の市川と調教助手の池江に曳かれながら、武豊を背に同日の有馬記念のゼッケンを付けて登場し、ファンに最後の勇姿を披露した。世界ランキングでは、夏から秋にかけては一時的に順位を落としたものの、ジャパンカップと有馬記念の優勝によって、最終的な2006年通年の世界ランキング1位となった。JRA賞でも年度代表馬および最優秀4歳以上牡馬に選出された。年度代表馬は2年連続の受賞だった。JRA賞選考委員会の記者投票では総得票数289票のうち年度代表馬で287票、最優秀4歳以上牡馬で288票を獲得した。前年に続き関西競馬記者クラブ賞も受賞した。