副流煙は、煙草の発火点から直接立ち上ることによる温度の差から、主流煙の数倍ないしそれ以上の有害物質を含んでおり、非常に危険であると警告されている。米国環境保護局(EPA)は、環境たばこ煙をAクラスの発癌性物質に分類している。タバコ会社自身による実験においても、種々の発癌性物質の濃度が、主流煙よりも副流煙において高いことが示されている。
受動喫煙がもたらす健康障害については、「科学的根拠が希薄である」との説も唱えられ、論争が行われていたが、2004年には世界保健機関（WHO）及び英国タバコか健康かに関する科学委員会が、2005年には米国カリフォルニア州環境局が、2006年には米国公衆衛生局長が、それぞれに詳細な報告書を発表している。また、2007年にタイのバンコクで開催されたたばこ規制枠組条約第2回締約国会議の際に、日本を含め全会一致で採択された条約第8条（受動喫煙の防止）履行のためのガイドラインにおいて、自国での条約発効後5年以内（日本では2010年2月27日まで）に屋内施設の100%完全禁煙を実現するための法的規制をとることが求められている。日本学術会議は、これらの報告書等を踏まえ、この論争について「『受動喫煙は科学的根拠を持って健康障害を引き起こす』ことが示されて『論争に終止符が打たれた』といえる」との評価を行うとともに、2008年3月4日に発表した提言「脱タバコ社会の実現に向けて」において、「受動喫煙が肺がんや心筋梗塞、小児の気管支炎・肺炎や喘息の悪化、乳幼児突然死症候群などの原因となることには、十分な科学的証拠がある」、「他人の健康を害してまで喫煙する権利を喫煙者に認めるわけにはいかない」とし、職場・公共の場所での喫煙を禁止することを求めている。具体的には上記のガイドラインに沿って、「職場、レストランやバーを含む公共の場における屋内ならびにタクシーを含む公共交通機関での全面禁煙を明示し、罰則のある強制力を伴う法を整備する必要がある。」としており、たばこ規制枠組条約の締約国として、日本がタバコ対策を強力に進めて行くことを求めている。
2005年2月27日に発効したWHO（世界保健機関）のたばこの規制に関する世界保健機関枠組条約（たばこ規制枠組条約）では、受動喫煙の防止が各国の責務として定められている。この条約については、146カ国が合意し、日本も批准している。2007年7月4日、第2回締約国会議において「たばこ規制枠組条約第8条とそのガイドライン」の実行を、2010年2月までに行うことが、満場一致で採択された。これにより、日本を含む締約国は、すみやかに公共の場での受動喫煙防止対策を実施・促進することが約束された。具体的には、人が集まる場所の全面禁煙化、そうした施設内にいかなる形態の喫煙所も設けないこと（たとえばドアで仕切られていても開ければ煙が漏れる）、違反管理者への罰則を定めることとなっている。
受動喫煙による健康への悪影響については、流涙、鼻閉、頭痛等の諸症状や呼吸抑制、心拍増加、血管収縮等生理学的反応等に関する知見が示されるとともに、慢性影響として、肺癌や循環器疾患等のリスクの上昇を示す疫学的研究があり、IARC（国際がん研究機関）は、証拠の強さによる発がん性リスク一覧において、たばこを、グループ1（グループ1～4のうち、グループ1は最も強い分類）と分類している。さらに、受動喫煙により非喫煙妊婦であっても低出生体重児の出産の発生率が上昇するという研究報告があることから、以下の条約や法令により受動喫煙の防止が求められている。
2009年4月26日、内閣総理大臣麻生太郎が、検疫体制の強化や在外日本人への情報提供などの体制を指示。厚生労働省や自治体に電話相談窓口が開設された。4月27日、厚生労働省が感染の疑いのある帰国者・入国者を留め置く「停留」のための医療施設を、既に成田周辺で約500室を確保した。また4月28日からはメキシコ、米国、カナダから成田、中部、関西、そして福岡の国内4空港に到着した国際便については、降機前に乗客に機内で「機内検疫」の実施を始めた。4月29日からは「臨船検疫」も開始され、横浜、神戸、関門の港についても、上記3か国からの乗員乗客への検疫体制が強化される。検疫官不足解消のため、防衛医科大学校職員と陸上自衛隊の医官の応援派遣をしている。また4月30日より、品種改良の目的で輸入された生きた豚の全頭検査も開始された。国内各地では、保健所での「発熱相談センター」や医療機関での「発熱外来」が順次設けられることになっており、早いものは4月28日から開設された。同日、政府は「新型インフルエンザ対策本部」を設置し「基本的対処方針」を決定した。地方自治体の動きとしては、5月5日に最初の感染者が神戸市で発見されたことにより、5月17日に兵庫県庁が「緊急事態宣言」を発表した。日本国政府の方針転換を受けて、7月24日以降に全数検査を全国で中止するよう通達が出され、発熱外来も多くの保健所で廃止し、全ての医療機関で受診、治療を受けられるようにした。また、東京などの都市部では、A型インフルエンザと判定された場合でも、従来型か新型かの追加検査を行わない方針とした保健所が多い。これにより、都市部では通常の季節性インフルエンザと同様の扱いとなるが、都市部以外では依然として独自に自治体内の新型感染者数の全数調査を行うなど、特別扱いしている地方も多く、全国で対応が統一されるには至らなかった。