娘ディーナーは、パキスタンの独立後もインドに残り、その後、アメリカのニューヨークに住居を構えた。ジンナーの孫に当たるナスリー・ワーディヤーは、ムンバイ在住の企業家である。ジンナーの妹ファーティマ・ジンナーは、国家の母として知られるようになり、1963年から1964年にかけて実施された大統領選挙に立候補、アユーブ・ハーンに敗北した。ムンバイに残されたジンナー・ハウスは現在インド政府が所有しているが、その帰趨をめぐっては議論が続いている。ジンナーはネルーに対して、いつか自分がムンバイに帰ったときのために保存しておいてもらうよう個人的に依頼していた。パキスタンはインド政府に対してジンナー・ハウスを領事館として使用することを申し出ているが、ディーナーの家族が自らの財産権を主張しており、事態は進展していない。
1994年はゼッケン1を付けてヤマハ・モーター・フランスからエントリーするが、1勝もできずにランキング7位に甘んじる。翌1995年からはウェイン・レイニー率いるマールボロ・ヤマハ・チーム・レイニーの250ccクラスのエースとなる。この時期は宿命のライバル､アプリリアのビアッジと壮絶なバトルを繰り広げた。ビアッジの駆るアプリリア・RSV250は圧倒的なトップスピードを誇り、原田のヤマハTZ-Mはハンドリングには勝るものの直線で引き離されるという苦しい戦いが続いた。結局善戦しながらも、1994年から3年連続でチャンピオンをビアッジに譲ってしまう。この年、原田は「ビアッジに負けているんじゃない！アプリリアに勝てないだけだ！」とコメントしている。原田の繊細で緻密なライディングテクニックは誰もが認めるところで、ヤマハの供給するマシンの性能がアプリリアよりも劣るのは誰の目にも明らかであり、さらにチャンピオンライダーとしての待遇面のミスマッチも指摘されていたため、レース界でもこの発言をただの妬みと捉える見方は少なかった。1996年、ヤマハは原田と共に世界タイトルを奪還するために新型YZR250の開発を決断する。YZR250は原田一人にだけ用意された「原田スペシャル」とも呼べるマシンであった。原田はこの年、第2戦で早くもYZR250を勝利に導くものの、その後は熟成不足が祟って思う様な成績を残せず、シーズン途中でヤマハとの契約解除を発表。日本国内から始まって約8年間に及んだヤマハファクトリーと原田の契約は双方合意の元に解消されるに至った。この時、急遽空席となったYZR250のシートを託されたのが、プライベーターとしてGP250に参戦していた新人のセテ・ジベルナウである。その後、原田はアプリリアのファクトリーチームと契約を結ぶ。アプリリアは原田が世界GPにデビューした直後から彼の才能を高く評価し、原田が新人で世界チャンピオンを獲得するという偉業を達成すると、さらに獲得を強く望んだ。そして原田とヤマハファクトリーとの契約が解消されると直ちに原田獲得に動いた。原田もライバルのビアッジが乗るマシンに憧れと興味があった。アプリリアは念願の原田獲得が実現すると、3年連続世界チャンピオンを獲得したビアッジを放出するという驚くべき行動に出て、ゼッケン1よりも原田というライダーを選択したことを内外に知らしめた。この時代、日本人スポーツ選手が海外チームと契約する場合は金や日本市場進出といった実力以外の要素が絡むケースが非常に多かったが、原田とアプリリアの契約はそうした要件が一切絡まず、純粋に選手の実力のみを評価して結ばれた点が特筆される。この契約により、原田は日本人ライダーとして海外のファクトリーチームと契約する初のライダーとなった。当時ヤマハYZR250はリードバルブエンジンを搭載していたのに対し、アプリリア・RSV250はロータリーディスクバルブエンジンを搭載していた。原田はこの秋に初めてアプリリアのマシンをテスト走行した際、「乗る前はストレートでもっとドッカーン!としたエンジンパワーがあるかのと想像していたが、予想した程ではなかった。それだけビアッジが上手く乗っていたのだろう」とコメントしている。一方、アプリリアを離れたビアッジは、1997年の開幕間近になってもシートを獲得できずにいた。これに対してホンダが動き、プライベートチームにNSR250を貸与し、ようやくビアッジのGP250参戦が決定した。念願であったアプリリアのマシンを獲得した原田は、勝てないのはマシンの差だという過去の自らの発言が正しいことをレースで証明しなければならなかった。一方のビアッジも、マシンの力ではなく自分の実力で3年連続タイトルを獲得した事を証明しなければならなかった。1997年、原田は前半戦に不運に見舞われたが、フランスGPやオランダGPでトップスピードを如何なく発揮して2連勝。ドイツGPでは最終ラップで4人の混戦の中、最終コーナー手前で抜き去り3勝目をマークするが、結局ビアッジの4年連続タイトル獲得を許し、ランキング3位となった。1998年、原田はチームメートのカピロッシや若きバレンティーノ・ロッシをも翻弄する円熟したレース運びで序盤のアドバンテージを築き上げるが、転倒による骨折が仇となり、最終戦のアルゼンチンGPを残してカピロッシにポイントリーダーを明け渡す。それでもここで原田がカピロッシに先行して2位以内に入れば逆転でシリーズチャンピオンとなることができた。決勝では白熱したデッドヒートが展開され、最終ラップで原田はロッシに次ぐ2位を確保、5年振りのタイトル獲得かと思われた。ところが、最終コーナーで原田はカピロッシの無理な突っ込みによる接触を受け、コースから弾き出されて転倒・リタイア。カピロッシがチャンピオン獲得となった。レース後、カピロッシは一時失格となるが、後日スポーツ仲裁裁判所で失格処分が取り消されて2位が確定、チャンピオンも確定した。一方、リタイアした原田はポイントでロッシに抜かれ、ランキング3位でシーズンを終えることとなった。直後のインタビューで、原田は「ビアッジは大嫌いだがレースの中ではクリーンだった」「あんな事をしてまでチャンピオンが欲しいなら、そんなもの奴（カピロッシ）にくれてやる！」とコメントしている。しかし後年、原田は日本テレビの2006年日本GP特番でのインタビューで当時のカピロッシについて述懐し、「彼も可哀そうだった。93年に僕に負けて、また同じように負けることは彼自身、そしてイタリアのマスコミが許さない状況だった。あそこまでしてもチャンピオンを獲りたいと思う気持ちは大事なこと。日本人ライダーたちに欠けていることなのかも知れない」と理解を示している。