2011年12月、調査捕鯨を実施している日本鯨類研究所が、シーシェパードの調査捕鯨に対する危険な妨害行為や接近行為を差し止めるようワシントン州連邦地方裁判所（連邦地裁）に提訴（本訴）すると共に仮処分を要求した。2012年3月、連邦地裁がこの仮処分の申し立てを棄却したので、同年4月に日本鯨類研究所は第九巡回控訴裁判所（連邦高裁）に仮処分棄却の再審理を求めて上訴し、同年12月にこれが認められ妨害行為差し止めの仮処分命令が発出された。2013年2月、連邦地裁は連邦高裁の結審まで連邦高裁の仮処分命令以外の提訴（本訴）手続きを凍結した。また、この仮処分に違反してシーシェパードが南極海で妨害行為を行ったため、同月に日本鯨類研究所は連邦高裁に対してシーシェパードの法廷侮辱罪を申し立てた。同月には連邦高裁が改めて妨害行為差し止めの仮処分を認めシーシェパードを「海賊」として認定した。また連邦地裁判事の交代を命令し本訴を連邦地裁に差し戻した。2014年12月、連邦高裁がシーシェパード、ポール・ワトソン、6名のシーシェパード理事の法廷侮辱罪を裁定し、原告（日本鯨類研究所）の訴訟費用と妨害により受けた損害を弁済するよう命令した。2015年4月、連邦高裁の法廷侮辱罪の裁定を不服としたシーシェパードらが合衆国最高裁判所に上告するも、同年6月、最高裁が上告を却下し、連邦高裁がシーシェパードらに下した法廷侮辱罪が確定した。これにより示談となり、シーシェパードは仮処分違反を認める形で255万ドル（3億1千万円）の賠償金を日本鯨類研究所に支払った。仮に引き続き妨害行為を繰り返せば、さらなる賠償金の支払い義務が生じることになる。2016年8月、日本側が賠償金として受け取った3億1千万円の一部（金額非公開）を和解金としてシーシェパード側に支払い、シーシェパードは永久的に妨害を行わないことで両者が合意したことが日本鯨類研究所から発表された。この調停結果は米国のシーシェパードのみに効力を発揮しオーストラリアのシーシェパードには効力が及ばないため、豪州シーシェパードは従来通り妨害行為を続けると主張しているが、米国シーシェパードから豪州シーシェパードへの資金提供を行うことができなくなるため日本鯨類研究所は抑止効果が期待できるとしている。
2010年2月15日、抗議船アディ・ギル号の船長ピーター・ベスーンが監視船「第2昭南丸」に不法侵入し身柄を拘束され、その後、海上保安庁に逮捕され、懲役2年・執行猶予5年の判決が下され、退去強制処分となった。
事故の詳細に関してはいくつかの食い違う説がある。ここでは特に断らない限りRail Passion誌のB. Carrièreの記事による。12月12日19時30分、イタリアからフランスに向かう14両編成の軍用列車がフレジュストンネルを通過しモダーヌ駅に到着した。21時15分には客車5両と空の貨車からなる第二の軍用列車が到着した。軍の輸送責任者は、2本の列車を連結して19両編成としてシャンベリ方面へ向かわせるよう命じ、22時までに入換作業が行われた。入換後の列車は先頭から順にPLMの230C型機関車（2592号機）、炭水車、荷物車1両、ボギー客車3両、二軸客車2両、ボギー客車12両、荷物車1両という編成になった。機関車、炭水車と荷物車のうち1両のみがPLMの車両であり、他はイタリア国鉄のものである。荷物車と客車の車体はすべて木造であった。列車の総重量は526tになった。客車はすべて貫通ブレーキ（ウェスティングハウス自動空気ブレーキ）を備えていたが、12月1日のモダーヌ駅長の指示により、貫通ブレーキを使うのは先頭の3両のみで、他については客車に分乗した6人の制動手が手ブレーキを使用することになっていた。ブレーキの点検を行なった後、モダーヌ駅の助役が発車を許可し、軍用列車は22時47分、予定より4時間47分遅れてモダーヌ駅を発車した。客車にはフランス陸軍の将兵982名とPLM職員である制動手6名が乗り、機関車はリュシアン・ジラール機関士と機関助士が運転していた。発車後しばらくは列車はゆっくりと進んでいたが、30パーミルの下り勾配区間に差し掛かったあたりから加速を始めた。ジラール機関士は貫通ブレーキをかけ、制動手にも汽笛でブレーキをかけるよう合図したが、速度は増すばかりであった。ラ・プラーズ駅を通過した時には、列車の速度は約90km/hに達していた。このときジラールは機関車の砂撒き装置を利用して摩擦を増そうとしていたが、効果はなかった。ラ・プラーズの駅員は、列車が制輪子から火花と甲高い音をたてながら通過していくのを目撃した。駅員はすぐに電話で進行方向にあるサン＝ミシェル＝ド＝モーリエンヌ駅に異常事態の発生を知らせた。このとき反対方向の線路では、イタリアへ向かうイギリス陸軍の兵士を乗せた列車がモダーヌの方向へ走っていたが、この通報によりサン＝ミシェルで運転を見あわせ、二重事故に巻き込まれることを免れた。乗っていた兵士たちは、最初は列車が故郷に向かって急いでいることに喜んでいたものの、速度を落とすことなくカーブに突入して大きな軋み音を立てたことに驚き、次いでブレーキが効いていないことに気づいてパニック状態に陥った。脱線の最初の痕跡はサン＝ミシェル＝ド＝モーリエンヌ駅からモダーヌ側に約1300mの、アルク川の鉄橋のやや手前、逆方向のカーブの間にある短い直線区間で発見されている。ここで炭水車と後続の車両の間の連結器が外れた。脱線した客車は切通しの壁面に衝突し、続く車両も次々とこれに追突するようにして脱線、大破した。列車の残骸はおよそ350mに渡って散らばった。直後に火災が発生し、30分以内にすべての車両（の残骸）に燃え広がった。速度計が振りきれてしまったために脱線の瞬間の速度は分かっていないが、150km/h近くに達していた可能性がある。機関車と炭水車は脱線することなく、サン＝ミシェル＝ド＝モーリエンヌ駅の構内で停止した。ここでジラール機関士はようやく後続車両が脱落していることに気づいた。