外傷体験にさらされた個体が、そこからの回避を指向するようになるのは、個体保存の原則によるものであるが、これは再び再帰性の問題で、個体の心身に深く浸透している記憶が、その回避を妨げるものである。それは、われわれは「危害から回避するためには、危害を記憶しなければならない」というパラドックスを生きているからに他ならない。このパラドックスを調停するために、われわれの心は抑圧、解離、分裂などの心的防衛の機能を忙しく使い分けている。これらはもともと、目的に合致した機能であるはずだが、いっぽうではわれわれを外傷体験に支配された存在にもしてしまう。この状態では、いわば患者は過去の記憶に支配された状態といえる。第2段階の目的は、これを逆転し、患者自身が記憶を管理する立場に転換することにある。そのためには、封印されている記憶の蓋を開けなければならない。これがこの段階における「過去の開示」に相当する。しかし、これは時に危険をともなう作業である。過去を開示しないことによって、患者はなんらかの心的バランスを保っているため、それを操作することによって、収拾がつかないほどに諸症状が噴出する場合もありうるからである。少なくとも、侵入的回想にともなうパニック発作が頻発している状態では、この作業に進むべきではない。たとえば、彼らの安全がとりあえず確保され、集団療法の場に落ち着いて座っていられて、夜はじゅうぶんな睡眠がとれ、少なくとも自室で過ごすことができ、朝は起きて治療空間へ出かけていけるくらいまで、第1段階の回復がなされていなければならない。
患者は、はじめ自分が犠牲者であることを自覚していない場合が多い。外傷再演などの再帰的な行動様式は、そういった自覚の欠如が根底にある。もっとも「逆は必ずしも真ならず」で、自覚をしたからといってすぐ再帰的な行動様式が改まるわけではなく、そこからの治療過程の方がむしろ長いわけであるが、犠牲者自己の認知が段階的にはじめに来ることを妨げない。自覚がないのは、主に否認によるものである。これは、キューブラー＝ロスの唱えた「受容のための五段階」説にも合致するもので、もともとキューブラー＝ロスは「死」という人間にとって「不都合な真実」をいかに人間が受容していくかの過程において、「そんなはずはない」という否認が第一段階に来ることに着目したが、それは何も「死」に限らず、自分の家庭のなかで虐待が行なわれていること、自分に心的外傷があること、などすべての「不都合な真実」において言えることであると、理論を汎用していったところに近年の精神医学の大きな発展がある。
上記のように、外傷被害者は押し寄せる日々のさまざまな刺激に圧倒されて、症状に打ちのめされている。周囲の親密な他者からのケアでさえ、敵意に満ちた攻撃と考え、自らの内なる攻撃性を強めてしまう。その攻撃性が最も向けられるのは自分自身であり、その結果リストカット、摂食障害、アルコールや薬物の乱用といった嗜癖行動、鬱病、自殺などを招く。このように自責性（攻撃性が自分に向けられていくこと）が高まってくると、ストレスや刺激のない平穏な時間こそ、最も危険な時間へと変わる。なぜならば、自己との対面を強いられ、おのれの無力感と空虚感にさらされるからである。こういうときには上記の述べた自傷行為への欲求が高まり、自殺念慮が強まる。こういう状態で治療につながったクライエントに施す第一の処理は、彼らの内面に立ち入ることではない。不眠、食欲不振、過食、鬱、パニック発作など現在進行形で悩んでいる症状の緩和や、自分の部屋から追い立てられている、家族の者に虐待されている、などの現実的な生活課題の処理に手を貸すことである。補助的に向精神薬などの投与も必要な場合も多いが、こうした初期の患者に必要なのは、彼らの持っている社会的コンテクストに即して、治療を進めることができる「安全な場」へ移すことであり、また、患者本人も「ここは今までとは違う安全な場なのだ」と感じられるようにすることである。たとえば配偶者からの暴力におびえている外傷被害者であれば、「もうここまでは絶対に配偶者は追ってこない」と補償できるシェルターへ移送することがこの過程に相当する。それは、ひとり治療者のみならず広くソーシャル・ワークの仕事となる。この種のソーシャル・ワークの中で、公的な援助資源に関する情報を与えたり、被虐待者のためのシェルター（shelter）や代弁者や支援者（advocate）を紹介したりする必要も生じてくることがある。代弁者は、とくに被虐待者が年少であるなど、本人の被害を言語化するのに能力が及ばないときに、本人の言わんとすることを公に通用する言語（たとえば法廷で通用する陳述など）に変換する仕事を請け負う者だが、日本においては、他の先進国と比べるとその数はまだたいへん少ない。
しかし、分子遺伝学的情報が利用可能になったこと、原生生物各群の研究、特に微細構造の解明が進んだことから、光合成生物の単系統性は疑わしくなってきた。また、1967年、リン・マーギュリスの細胞内共生説は、同じ葉緑素を持っているからといって同系統とは言えないことを示した。たとえば、ミドリムシ類は緑藻類と同じ光合成色素を持っている。したがって系統上は近いものと考えることができた。しかし、近年の考えでは、これは全く系統の異なった原生生物が緑藻類を取り込み、自らの葉緑体としたものだと考えられている。つまり、光合成能力は、その生物の系統とは関係なく得られると考えられる。したがって、現代では、藻類というまとまりに分類学的意味を見いだすことはできなくなってしまった。これを受け植物界の範囲はさらに限定的なものへと変化していく。1981年、マーギュリスは五界説を修正し、陸上植物を植物界とした。これはよくまとまった群ではあるが、その際に植物から外してしまった緑藻植物なども当然系統関係は考えられる。実際、その後そのような関係は認められ、彼女の説は行き過ぎとの批判も出てきた。同じ1981年、トーマス・キャバリエ＝スミスは、八界説を唱えた。緑色植物+紅色植物+灰色植物は、葉緑体の唯一の一次共生を起こした生物を共通祖先とする単系統であるとして、これを植物界とした。ただしこの単系統性には疑問があるなどの理由で、新しい植物界の定義はあまり広まらなかった。一方、それまで（マーギュリス以前は）植物に含まれていたが別系統である褐藻などは、単細胞藻類の大部分やいくつかの原生動物と共にクロミスタ Chromista 界として独立させた。2005年には、アドルらによって、「キャバリエ＝スミスの植物界」がアーケプラスチダと命名され、この呼称が専門分野では一般的となる。アドルらはまったく新しい枠組みで生物界全体を見直すことを意図し、界などリンネ式の階級を使わなかったが、リンネ式の階級システムではアーケプラスチダを界とされることが多い。現在の普及度から言うと、マーギュリスのものが最も一般的であると思われるが、一方で生物界全体から見ると、陸上植物は界としてはあまりにも小さすぎるという面もある。英語版ウィキペディアでは、陸上植物よりも広範囲となる緑色植物を植物界として採用している。また、アーケプラスチダの単系統性が確実になるにつれ、これを植物界とするような流れも再燃している。