今回の大きな変更点はドラフト指名候補選手を『高校生選択会議』と『大学生・社会人ほか選択会議』の2部に分けた点である。高校生のみを指名可能な『高校生選択会議』は10月3日、大学生・社会人だけを指名可能な『大学生・社会人ほか選択会議』は11月18日に開催された。ドラフトが2分割されるのは1966年以来39年ぶりである（この時は社会人と国体に出場しない高校生を対象とした第1次を9月に、大学生と国体出場の高校生を対象にした第2次を11月に行った）。また、2003年のドラフト会議から施行された1球団最大2名まで自由競争で契約できる『自由獲得枠』を『希望入団枠』と名称変更し、1球団最大1名のみ自由競争で契約可能と削減された。詳細は現行のドラフト制度参照。12月1日にプロ野球実行委員会が開かれ育成選手制度の導入が決定し、同日に育成選手選択会議が行われ広島、巨人、中日、ソフトバンクの4球団が計6人の選手を指名した。この年の高校生ドラフトは辻内・平田（大阪桐蔭）、鶴（近大附）、岡田（履正社）の「ナニワの四天王」が注目された。福井（済美）を除いた37人がプロ入りを果たした。巨人は1992年のドラフト会議で松井秀喜を獲得して以来、13年ぶりに競合によるくじ引きで獲得した。NTT西日本からNPBドラフト史上最多タイ記録となる5人の同時指名が出た。
左の地でもっとも有力な種族は人間である。人間たちは数多くの国や街を作りそこで暮らしている。この世界の「国」は都市国家的なものであり、広大な領地を持つ帝国のような勢力は存在しない。四大国と呼ばれる世界的な有力国家はあるものの、直接的な支配領域は他の国と同様、ひとつの中心的大都市とその周辺のみである。「国」の多くは「図書の国」「塩の国」「木漏れ日の国」など、「●●の国」という名前で呼ばれ、固有名詞を持たないのが一般的である。また、国によってまったく異なる文化や風習を持つことが多々ある。それは他の国の人間には理解しがたい奇妙なものであることも多い。例えば「歓待の国」は旅人にはどんな相手であっても最上の笑顔で派手な歓待を無償で行う。このことは国民にとっては「ルール」であり、法などよりも強制力を持つ。国ごとに個性的で強制力のある文化が存在するのは後述する「御標」に従って国が作られるためである。文明レベルは基本的には中世～近世のヨーロッパをモチーフとする。人間たちの職業の大半は農業関係である。ただし、国によっては技術レベルが高いところもあり、「職工の国」ではすでに蒸気機関が実用化されており、最近では電気の実用化まで研究されている。他の国でも蒸気機関レベルの技術力を持つことがあるが、そこまで技術レベルが高いところは少数派である。歴史が失われた200年前の「暗黒期」以前にはかなり優れた科学技術を持つ古代文明が存在していたようで、そこから発掘されたロストテクノロジーの産物を所有する国もある。ただし、これらは技術としては解析できていないことがほとんどなためにそのテクノロジーを利用した機械を再生産できることはほとんどない。また、現実世界には存在しない独自の機械技術体系として「からくり」と呼ばれる自律人形を作り出す技術が存在している。なお、ファンタジー世界のご多分にもれず、魔術が技術として確立している。魔術は神の恩寵とされているため、基本的には肯定的に受け入れられている。ただし、異形の力や紡ぎ手の力は禁忌の技とされ、普通の魔術とは別ものとして恐れられている。
左の地は四季がある世界である。ただし、季節は徐々に変化するのではなく、「狭間の日」と呼ばれる一日を境に突然四季が変化する。それまで雪に覆われていた街が、突然春の花に囲まれるようなことが常識として起こる世界なのである。季節の変わり目である「狭間の日」は四季の間、つまりは一年に4回ある。狭間の日は起こるはずのないことが起こる日でもあり、童話的メルヘンの神秘に定められたこの世界でももっとも幻想的な、もしくは悪夢的な一日となる。
第3期ゴジラシリーズ（ミレニアムシリーズ）の第5作である本作は、前年に公開された『ゴジラ×メカゴジラ』の好評を受けて製作された、同作の直接の続編である。制作の富山省吾は、製作報告会見で本作を新世紀のゴジラシリーズのゴールと位置づけていた。前作で主人公を演じた釈由美子も少し登場するが、本作の主人公は金子昇が演じる3式機龍の整備士となる。また、金子は『百獣戦隊ガオレンジャー 火の山、吼える』でも主演しているが、これは上映時間が短いため、長編映画としては本作が初である。前作に引き続き、自衛隊の全面協力が行われており、主演の金子昇も整備士の役作りのため航空自衛隊に体験入隊をしている。C-1輸送機の整備作業に参加させてもらい、そこで整備士として必要な敬礼の仕方や工具の使い方を教わったうえに、「どうして整備士になったのか？」という経験を聞かせてもらい、外面だけでなく内面でも整備士らしく演じることができている。前作でも作中で語られたように1961年の映画『モスラ』と直接つながった世界であり、共通人物として小泉博が同じ中條信一役で出演している。モスラが卵、幼虫、成虫でそれぞれ登場した。モスラの登場は配給側からの要請によるもので、メカゴジラとモスラは共に「ゴジラシリーズ」での再登場の多い怪獣だが、本作で初共演となる。ストーリー上は『モスラ対ゴジラ』のオマージュも散見される。劇中では「メカゴジラ」の名称は一切出てこない（タイトルは「ゴジラ モスラ 機龍」と出た後に「ゴジラ×モスラ×メカゴジラ」に変わってから本編が始まる、という形になっている）。モスラの小美人はこれまでの作品と異なり、箱や籠に入って人間に運ばれる等の物理的な移動はせず、どこからともなく現れては消えるといったより妖精らしく神秘的な演出がされている。双子であるがそれぞれに名前もあり、衣装は昭和の小美人に近い南方風のものとなっている（ただしセパレート）。小美人を演じる大塚ちひろと長澤まさみはどちらも東宝シンデレラ出身である。特撮パートでは、東京タワーと国会議事堂の破壊シーンが大きな見せ場として用意された。タワーは1961年の『モスラ』を、議事堂は1954年の『ゴジラ』を、それぞれ踏襲した選定である。ゴジラが東京タワーを破壊したのは今作が初となる。富山によると、日本を代表する建物の国会議事堂と東京タワーがゴジラのゴールとして壊すのにふさわしいとして選ばれた。