第二次世界大戦が勃発すると、エストニアは中立を宣言した。しかし、1939年9月28日、ソビエト連邦からの圧力により蘇愛相互援助協定を調印した。これにより、赤軍はエストニアに軍事基地を建設できるようになった。1939年10月、パッツはハト派のユール・ウルオツを新しい首相に任命した。1940年5月の時点では、パッツはソ連の意思は独ソ戦の勃発に備えてエストニアを従属させることに過ぎず、独ソ戦の戦力とする意図においてもエストニアの国体は保持されると考えていた。しかし、1940年6月、ソ連はエストニア政府に最後通牒を突きつけた。パッツは已むなくこれを受諾した。17日には赤軍による占領が開始された。パッツは引き続き大統領の地位に留まることを許されたが、ソ連はパッツに首相ユール・ウルオツの更迭を要求した。パッツは後任にアウグスト・レイを指名する方針を示したが、アンドレイ・ジダーノフはこれを拒否、その代わりに政治には元来無縁であった共産主義者のヨハネス・バレスを推薦した。パッツがこれを拒否すると、ソ連軍に護衛された共産主義者が大統領官邸前でデモを決行した。絶望的な状況の中でパッツはソ連の要求に屈し、21日、バレスを首相に指名した。事実上の操り人形として、パッツが署名させられたソビエト化のための大統領令は200通以上にのぼった。中でも大きな変更を強いられたのは、選挙法制であった。新体制のために議会選挙が行われたが、その結果招集された下院は、全議席が共産主義者で占められていた。1940年6月23日の戦勝記念日、パッツは「我々が成し遂げた最大の仕事は、エストニア民族の国家を作り上げたことである。そのために、我々は持てる限りの愛、忠誠、勤労、そして生命すらも捧げてきたのだ。」と声明した。29日、パッツは自宅に軟禁された。なお、6月上旬の段階で、パッツはドイツ大使に「エストニアがソビエト化されるとは思わない」との意見を表明していたことがわかっている。1940年7月21日にエストニア・ソビエト社会主義共和国が成立し、パッツは辞任を余儀なくされた。
パッツは迫る赤軍に備えて、エストニア国防軍を組織した。1918年11月28日、ソビエト軍がナルヴァを占領したことで、エストニア独立戦争が勃発した。閣議の最中、パッツは拳でテーブルを強く叩きながら共産主義者との妥協を拒絶し、他の閣僚にも独立戦争を承諾させた。1919年1月、エストニア臨時政府はボリシェヴィキを追放し、2月24日までにエストニアの全領土を掌握した。1919年の独立記念日の大行進で、パッツは「友好国への依存性を弱めるために、我々は自国の経済を保護しなければならない。財政破綻を回避するために、我々は農業国としての地位を確立せねばならない。」と演説した。これはその後20年間にわたってエストニアの財政政策の目標となった。1919年4月、エストニア憲法制定会議が選出された。しかしエストニア祖国同盟は120議席のうち8席しか獲得できず、中道左派の政党に多数派の座を明け渡した。5月9日、オットー・アウグスト・ストランドマンがパッツに代わって初めて首相に就任した。その夏、バルト郷土軍との開戦が提案されたが、パッツは反対した。しかし政府は開戦を決断し、結局エストニア・ラトビア連合軍の勝利に終わった。1920年2月2日に戦争が終わると、多数派である左派議員たちは自由主義的な土地改革法案を採択した。以降議会は安定せず、左右両翼の内閣が誕生と崩壊を繰り返すようになった。
国王軍とラ・ロシェルの反乱軍との戦いのさなか、リシュリュー枢機卿は、銃殺刑にされかけたものの、脱出に成功したロシュフォール伯爵（英語版）に、ボナシュウの妻コンスタンスを誘拐するように命じる。また、ダルタニャンへの復讐の炎を燃やすミレディーは、彼を誘惑して暗殺を企てるが失敗する。ダルタニャンは、かつてミレディーがアトスと恋愛関係にあり、犯罪歴があるのを知られて、アトスに殺されかけたことを知る。アトス、ポルトス、そしてアラミスは、サンクルーに囚われていたコンスタンスを助け出し、アルマンティエールの修道院にかくまう。方やミレディーは、ダルタニャンに、毒入りのぶどう酒と、三銃士が禁足処分を食ったと言う嘘の手紙を送りつける。ダルタニャンが3人を保釈しに行こうとしたところに、ロシュフォールと手下が襲いかかり、そこへ三銃士も加わって乱闘となり、捕まった手下の一人が、リシュリュー枢機卿がドーブ･コット･インに行く予定だとばらした後、その毒入りぶどう酒を飲んで息絶える。アトスはリシュリューの偵察に行き、枢機卿が、イングランドが噛んでいるらしい、ラ･ロシェルへの援軍を、バッキンガム公爵が寄越さないように、アンヌ王妃との関係を盾にゆさぶること、もし応じない時は暗殺することを命じる。ミレディーは見返りとして、自分の行為を正当化する証明書を枢機卿に書かせる。しかしながら、その後アトスがミレディーから書類を奪い取り、ダルタニャンに、枢機卿の陰謀を伝えたため、ダルタニャンは従卒のプランシェをイングランドに派遣して、バッキンガム公爵に注意を促そうとする。一方イングランドでは、援軍中止を拒否されたミレディーが、暗殺を謀ろうとするも捕えられ、ロンドン塔に監禁されるが、ミレディーはここでも公爵の部下フェルトンを誘惑し、公爵を殺すようそそのかす。フェルトンは彼女を逃がした後、プランシェが到着する前に、バッキンガム公爵を殺害する。ラ･ロシェルが陥落したのはそれから間もなくだった。ロシュフォールとミレディーは、アルメンティエールの修道院に乗り込み、そこに到着した四銃士と激しく闘う。ロシュフォールと配下の者が、銃士たちを追い詰めている間、ミレディーはコンスタンスを絞め殺すものの、ついにアトスにつかまり、ダルタニャンはロシュフォールとの死闘のすえ、相手を斃す。ミレディーは四銃士から首切りの判決を言い渡され、刑がとりおこなわれた直後、彼らは枢機卿の護衛隊に逮捕される。リシュリューは、大事な配下の者を2人失ったことで、ダルタニャンを告発するが、ダルタニャンは枢機卿の署名入りの証明書を見せ、自分の行為が法的に正しいものであると主張する。枢機卿は自らの完敗を悟り、またダルタニャンの行為に感心して、彼と、彼の3人の友人の中から1人を将校に任じることにする。アトス、ポルトス、アラミスがそれぞれ辞退したため、ダルタニャンが銃士隊の隊長補佐に昇任する。