2009年にA型のH1N1亜型に属するウイルスが原因で、ヒトからヒトに感染し流行した。このウイルスは、豚経由と見られたことから当初、「豚インフルエンザ」（英語: swine influenza 又は swine flu）と呼ばれた。2009年7月時点で、毒性は季節性インフルエンザより強くアジア風邪並みと考えられており、基礎疾患が発現されていない10代の死亡例が多くあり警戒されている。ただし、現在の日本では季節性インフルエンザとほぼ同様の扱いとしている。WHOの発表によると、2009年8月29日までの死者2,185人。最大死者数国は、ブラジルの577人、次にアメリカの522人だった。特にブラジルでは死者数が8月13日から22日までの間に倍以上に増えた結果となった。
感染症予防法によると新型インフルエンザは一類～五類に属さない「新型インフルエンザ等感染症」の一つとして取り扱われる。新型インフルエンザの発生が危惧され致死率が高くなると予想される鳥インフルエンザは、インフルエンザA属インフルエンザAウイルスであってその血清亜型がH5N1であるものに限る場合は二類感染症、血清亜型がH5N1以外の場合は四類感染症に分類される。ちなみに、新型インフルエンザとトリインフルエンザを除いたインフルエンザ全般は五類感染症に分類される。この意味に関しては感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律を参照。特定病原体に関しては新型インフルエンザウイルスは「四種病原体等」である。ちなみにインフルエンザA属インフルエンザAウイルスであって血清亜型がH2N2・H5N1・H7N7も「四種病原体等」である。この意味に関しては病原体を参照。学校保健安全法では、血清亜型がH5N1であるものに限っては第一種の感染症、その他の新型を含めたインフルエンザは第二種の感染症と分けられている。一方、「感染症予防法第6条第7項に規定する指定感染症は第一種の感染症とみなす。」と定められており、H5N1亜型に限らずすべての新型インフルエンザを第一種の感染症に相当するものとして対応することは、法律上可能となっている。この意味に関しては学校感染症を参照。
インフルエンザウイルスは連続変異・不連続変異などの性質から新型のインフルエンザウイルスが過去にも出現し、ヒト間でも度々大きな流行を繰り返した（詳しくはインフルエンザウイルス#歴史を参照）。ヒト間での流行は10-40年ごとである。2003年から新型のH5N1亜型と呼ばれるウイルスによってヒトが死亡する事例が報告され、そのウイルスが世界的流行を引き起こすと日本でも多くの死者が出ると言われたために、厚生労働省は新型のウイルスに対する危機管理の必要性に迫られた。厚生労働省は2006年6月に1年の期限付きでH5N1亜型を指定感染症とし二類感染症と同じ扱いをすることを定めた。2007年6月にさらに1年継続したが、その後も状況の好転はみられず、2008年5月に感染症予防法を改正し「新型インフルエンザ」が法律に明文化された。また、2009年の世界的大流行の際に対応が混乱したことを踏まえ、新型インフルエンザ等対策特別措置法が2012年に制定された。
鎌倉時代前期の建保年間（1213年 – 1219年）に高来郡を領する藤原経澄が築城した。 経澄は藤原北家で藤原純友の子孫（もしくは平氏）で築城時に姓を有間と称し、後に有馬と改称した。有馬氏は当初島原半島南部の一勢力に過ぎなかった。貴純の時代になると半島内の諸勢力を制圧し戦国大名へと成長していった。貴純は日野江城の支城として原城を築城している。晴純の時代に有馬氏の版図は最大となり21万石を領するまでに成長した。しかし、後ろ盾となっていた大内氏が滅亡すると龍造寺氏の圧迫を受けるようになった。13代目当主の晴信はキリシタン大名となり城下にセミナリヨを建設し、逆に寺社を破壊し城の築材とした。前述の発掘調査で出土した遺構は晴信の時代のものである。江戸時代初期には晴信は4万石を領し、日野江城は島原藩の藩庁となった。しかし、慶長17年（1612年）晴信は岡本大八事件に連座した罪により甲斐国で切腹となった。嫡男直純が後嗣となったが慶長19年（1614年）に日向国延岡城に移封となり、有馬氏は約400年間にわたる在城に別れを告げた。有馬氏が去り元和2年（1616年）に松倉重政が入城するまでの間は天領となった。この間は鍋島氏、大村氏、松浦氏の肥前の諸大名が分担して城を警固した。しかし、松倉氏は入封後、日野江城に不便を感じ新たに島原城を建設し、日野江城を廃城とし歴史の幕を閉じた。1982年（昭和57年）7月3日、国の史跡に指定された。1995年（平成7年）より2000年（平成12年）まで発掘調査が行われた。2006年（平成18年）初頭には、過疎による城地の農地利用の放棄や、来訪者の減少により、荒廃し約3割近くの箇所で修復が必要であることが明らかになったため、合併前の北有馬町が修復を兼ね、桜の名所にしようと城地を公園化整備したが、工事を行った際に損壊したものと指摘を受け工事を中止。世界遺産候補長崎の教会群とキリスト教関連遺産の構成資産の一つに選ばれ、2015年（平成27年）にユネスコ諮問機関の国際記念物遺跡会議の現地調査を経た結果、2016年（平成28年）に「禁教期に焦点を絞るべき」との指摘をうけ推薦を一旦取り下げ、対応を協議し再推薦は決まったが禁教期との関連性が薄いとの判断により、構成資産から除外された。ちなみに城跡には八天狗が祀られ、島原の乱のあと入植した人々により、城跡は果樹園や畑として整備されていた。