明治時代に入ると東京への海上交通の手段として木更津 - 東京間の就航が開始される。1887年（明治20年）、東京汽船株式会社が木更津と東京・横浜間の定期航路を引継いだが遠浅のため大型船の出入できず、小型船による澪筋を利用して航行を始める。木更津は航路の浚渫と防波堤を築造し、1912年（明治45年）に完成した。同年（大正元年）、蘇我 - 木更津間に鉄道が開通し、海運は次第に衰微した。1926年（大正15年）5月27日、内務省告示第131号により公有水面埋立法に基づく指定港となった。
木更津船はとくに関所を通ることなく往来できる利点があった。湊の様子は幕末（安政年間）にその船唄を元に木更津出身の噺家、木更津亭柳勢が江戸の高座で唄い江戸界隈で流行した木更津甚句に歌われ、この甚句は安政期（1854年 - 1860年）に江戸で流行した。木更津海岸からは三浦半島や遠く富士山も望むことができる。風景の良さから観光地あるいは保養地としても知られ、司馬江漢の絵馬『木更津浦之図』などにも描かれる。
オランダは大航海時代以来、およそ300年にわたって「東インド」と名づけた島々を植民地支配してきた（オランダ海上帝国）。しかし1941年夏のABCD包囲網以来日本とオランダは敵対し、同年12月8日に大東亜戦争(太平洋戦争)が始まるとオランダ政府は12月10日に日本政府に対して宣戦布告（オランダ領東インド政庁が独断で宣戦布告し、当時ロンドンに亡命していた本国政府が追認したものとされる）、これに応じて日本軍（第16軍、ジャワ島上陸第1陣は約5万5000人）は1942年2月末から3月にかけて、スマトラ島とジャワ島に進攻した。オランダ領東インド軍（蘭印軍、約4万人）は、3月10日に日本軍に全面降伏した。その後日本軍は、オランダ植民地政府により軟禁されていたスカルノやハッタなどの民族主義運動の活動家を解放し、その後スカルノやハッタと協力体制を取り、さらにインドネシア人を現地官吏に登用したほか、「インドネシア」という呼称を公の場で使用することを解禁するなど、インドネシア人を差別し弾圧したオランダ人とは異なった政策を取った。さらに1943年10月には、日本軍の協力を得てインドネシア人指揮官がみずから率いる「民族軍」である郷土防衛義勇軍（ペタ）を組織するなど、日本軍政下ではあったものの、インドネシア人はこれまでのオランダ統治下では決して得ることのできなかった権限を得ることとなったが、この頃までは石油資源の安定確保を目的として東インドを直轄の軍政地域とし、スカルノやハッタらインドネシア民族主義指導者の独立の要請は認めなかった。しかし、日本の戦局が悪化してくると、1944年9月3日には将来の独立を認容する「小磯声明」を発表、さらに1945年3月に東インドに独立準備調査会を発足させ、スカルノやハッタらに独立後の憲法を審議させた。同年8月7日スカルノを主席とする独立準備委員会が設立され、その第1回会議が18日に開催されるはずであったが、8月15日に日本が降伏したことによって、この軍政当局の主導による独立準備は中止されることとなった。1945年8月15日、ジャカルタの街に日本が連合軍に降伏したという噂が拡がっていたため、スカルノとハッタは山本茂一郎軍政監と接触して、確実な情報を得ようと務めたが徒労に終わった。そこで二人は同日14時半頃前田精海軍少将を訪ねたところ、前田は公式な情報がないという理由で回答を留保した。8月16日早朝、スカルノとハッタは、無傷の日本軍と敵対してでも即時に独立宣言すべきと主張する青年グループに拉致された（レンガス・デンクロック事件）。スカルノ、ハッタおよびスバルジョは青年グループを説得し、8月17日の正午までに準備を整え独立を宣言すべく解放され、ジャカルタへ向かった。8月16日23時頃、スカルノ、ハッタらは前田精海軍少将邸に集まり、既に起草されていた憲法前文の独立宣言に関連した箇所に基いて独立宣言を起草し採択した。8月17日10時頃、スカルノらインドネシアの民族主義者たち自身が、連合国の了解を得ることなく、スカルノの私邸に集まった約1000名の立会いを得て、インドネシア独立宣言を発表し、スカルノを首班とするインドネシア共和国が成立した。独立宣言後の8月22日には人民治安団（Badan Keamanan Rakyat）が政府布告によって結成され、政府は日本軍政下で結成された旧ペタ（郷土防衛義勇軍）系の将兵、兵補らに参加を呼びかけた。この人民治安団が治安維持、急進化する青年層の取り込みといった目的をもっていたのに対して、10月5日に結成された人民治安軍（Tentara Keamanan Rakyat）は、10月になって本格的に進駐してきたイギリス軍および旧宗主国のオランダ軍に対抗するという目的があった。人民治安軍は旧蘭印軍将兵に対してもこれへの参加を呼びかけ、純然たる軍組織を目指した。共和国側にはこの正規軍以外にも複数の非正規の武装組織が誕生し、その活動には政府の統制が及ばなかった。一方、大戦に敗れた日本軍は、連合軍の命令により、東南アジアの各占領地域を現状維持のまま、上陸する連合軍部隊に引き渡すことになり、インドネシア人の独立派への武器引渡しも厳禁とされていた。この命令を守るために独立派との間でスマラン事件などの衝突が生じ、日本側にも多数の死傷者が出た。他方で、日本軍部隊が上官の命によって兵器の集積庫を開放し、横流しした例もある。その結果、日本軍からは3万丁以上の三八式歩兵銃、数百の野砲・トラック、食料、弾薬、軍刀など多くの資材が独立派の手に渡った。日本に引き揚げずに独立派に身を投じた元日本兵は数千人に上った。