単式ホーム2面2線を有する地上駅。駅舎からホーム・線路・ホーム・線路の順に並んでいる。2番線に隣接した側線は保線用のヤードになっており、長崎寄りの方から約40mほどの区間に訓練用と思われる架線が張ってある。また、線路脇に保線区のプレハブがある。太平洋戦争終結までは川棚海軍工廠への貨物列車が当駅に発着し軍用貨物などを多く扱っていたこともあり、構内はやや広い。そのため、安全側線は設置されていない。当時は海側（南側）の側線から臨海部の工場へ向けて引込み線が存在した。その面影は今も長崎寄りの百津踏切付近や工場群を走る道路などに見受けられる。また、1番ホームに隣接して小規模な貨物ヤードが、長崎寄りに本線に沿って入換用の側線が存在したが、現在は全て撤去されておりヤード跡は地元のタクシー会社の駐車場となっている。下り方の線路が不自然な配置となっているのはこの名残である。駅舎はコンクリート平屋である。明治時代に開業してから戦前までは海側（南側）にあったが、戦後になって本通が山側（北側）に移ったため現在は山側（北側）にある。ホーム間連絡は平面横断。跨線橋は駅前と駅南を結んでおり、駅南側の住宅地からの利便性を向上させたものである。跨線橋は川棚町が駅前の改修工事を行ったときに設置され、同時に駅前と駅南に有料駐車場が設置された。また、この工事に先駆けて駅前に電光掲示板つきの時計塔が設置され、ニュースや町の情報などが流れる。2006年、構内改良工事により、1番ホームと2番ホームの間にスロープが設けられた。長崎寄りにあった構内踏切が佐世保寄りの改札に近い位置に移設され、遮断機も設置された。以前は遮断機が存在せず、混雑時には下り列車が発車直後に急停止することも多々あり危険な状態だったが、これにより解消された。また、この工事に伴い1番ホームの佐世保寄り40メートル程が使えなくなったため、長崎寄りの未使用部分を改修し延長された。しかしながら、下り出発信号機とATS地上子の位置の関係で有効延長が短くなったため4両編成までの対応となり、大村線内で最もホームの短い駅となった（長崎運輸センターからキハ58が撤退し、定期列車は全てキハ66及びキハ200・220の2両～4両編成となっている。長崎～上有田の臨時快速有田陶器市号はキハ58撤退後も5両編成であったが、工事の翌年から4両編成になっている）。JR九州100%出資の子会社JR九州鉄道営業が業務を行う業務委託駅である。自動券売機設置駅。マルスは無いがPOS端末が設置されている。自動券売機では近距離の普通切符とミニ回数券を発売する（特急が運転されていたころは特急券も発売していた）。POS端末では九州内と東海道・山陽新幹線の乗車券・定期券・回数券（2枚切符等含む）・一部企画切符及び自由席特急券を発行し、それ以外の切符（指定席券を含む）は駅員が昔ながらの手書きで発行する。指定席券については鉄道電話で予約センターに問い合わせて発行される。2004年の長崎駅自動改札導入に伴って、当駅でも自動改札対応型の定期券が発行されるようになった（以前は県内の他の駅と同様に普通の切符をプラ製のカバーで挟んだものを発行していた）。また、自動券売機についても自動改札機対応型に切り替えられた。以前は待合室にキヨスクも営業していたが、1998年頃に閉店し自動販売機が設置された。タバコの自販については駅員が管理しており、窓口では新聞等の販売も行っている。大半の列車はホーム側全てのドアが開くが、朝晩の営業時間外の2両編成ワンマン列車については前の車両から乗り降りする必要がある。
1890年秋の時点で黄金の夜明け団には、ヴィクトリア朝社会の様々な階層から参加した100名以上のメンバーが在籍していた。並みいる団員の中には女優のフロレンス・ファー、アイルランド革命家で女優のモード・ゴン、ノーベル賞詩人ウィリアム・バトラー・イェイツ、小説家のアーサー・マッケンとアルジャノン・ブラックウッド、詩人ウィリアム・シャープ、物理学者ウィリアム・クルックス、オスカー・ワイルドの妻コンスタンスといった当時の著名な文化人、知識人が短期間の在籍を含めて名を連ねていた。隠秘学方面の人物としては著述家のアーサー・エドワード・ウェイト、魔術師アレイスター・クロウリー、ウェイト版タロットを描いた画家パメラ・コールマン・スミスなどがいた。1891年、ウェストコットは秘密の首領であるシュプレンゲルからの連絡が途絶えたと公表し、団体運営は新たな節目を迎えた。これはより自由なスタイルで今後の教義と活動の幅を広げようとする意思表示でもあった。同年末に高齢の首領ウッドマンが死去した。1892年にメイザースは妻のモイナとともにパリへ移住し、そこで新たな秘密の首領との接触に成功したと発表した。ウェストコットはやや驚いたようで、この辺から団内のぎくしゃくが始まったと見られている。彼は対立を回避し、以後の教義はメイザースが全面的に作成することになった。1897年頃にウェストコットは突然首領職を辞して団体運営から手を引いた。これには諸説あるが、ロンドン警察の検死官が本職であるウェストコットは、団員の誰かが辻馬車内に置き忘れた団内文書から勤務先の当局に魔術結社との繋がりを知られてしまい、職業倫理上の規定に従わざるを得なかったためという話が有力視されている。こうしてパリ在住のメイザースが唯一の首領になった。メイザースはロンドンのイシス・ウラニア神殿の運営をフロレンス・ファーにまかせてイギリス側の代表とする新体制を発足させたが、ファーをはじめとするロンドンの団員たちは、メイザースの日頃の言動と頻繁な会議欠席に不満を募らせて、彼のリーダーシップに疑問を抱くようになっていった。1899年、イシス・ウラニア神殿は団内の問題児であったアレイスター・クロウリーのアデプト昇格を拒否し、これに反発したクロウリーがパリにいる首領メイザースを頼ったことで新たな波乱が巻き起こった。1900年1月16日にメイザースは自身に反抗的なロンドン側への当てつけも兼ねて、パリのアハトル神殿でクロウリーをアデプトに昇格させた。ロンドンに帰還したクロウリーは、ファーたちにメイザースの昇格決定に従うよう要求したが、ファーは断固拒絶し問題が収束するまでのイシス・ウラニア神殿の閉鎖とイギリス代表辞任の意思を表明した。対立が続く中でパリのメイザースは、ファーたちの背後でウェストコットが糸を引いていると疑心暗鬼に駆られるようになり、彼の信用を落とせばロンドン側を切り崩せると考えて、2月16日付けの返信内で秘密の首領シュプレンゲルの書簡はウェストコットの捏造であったと唐突に暴露した。これによって団内全体が紛糾することになった。ファーたちはウェストコットの回答も得た上で事態収拾の会合を繰り返し開き、3月3日にメイザースに対して捏造とする証拠の提示を求めた。この予想外の反応に困惑したメイザースは拒否という態度を取った。調停は決裂し、23日にパリのメイザースはファーの解任指示を出したが、逆に29日のロンドンの会議で首領メイザースの追放が決定された。憤激したメイザースは翌4月に愛弟子であるクロウリーをロンドンへ派遣し、イシス・ウラニア神殿の保管庫にある重要文書と儀式道具を押収させて運営不能にするという型破りの作戦に出た。これは保管庫の所在地からブライスロードの戦いと呼ばれたが、建物に押し入ったところで当然のごとく通報されて失敗した。