2015年6月、ユヴェントスFCのマッシミリアーノ・アッレグリがマンジュキッチ獲得の報道を認め、後にユヴェントスFCがマンジュキッチ獲得を正式発表した。契約は4年間で移籍金は1900万ユーロ。背番号はダビド・トレゼゲが着用し本人がクロアチア代表でも着用している17番。リーグ戦10ゴールを記録し、リーグ優勝に貢献、コパイタリア、イタリアスーパーカップも制した。2016-17シーズンからはゴンサロ・イグアインの加入もあり本来のストライカーポジションのほか、中盤の左ウイングとしてもプレーしている。UEFAチャンピオンズリーグ 2016-17準決勝のASモナコ戦セカンドレグではダニエウ・アウヴェスのクロスからヘディングで先制点を決め、ユヴェントスのファイナル進出に貢献した。2017年5月25日、ユヴェントスとの契約を2020年まで延長した。チャンピオンズリーグ決勝のレアル・マドリード戦では同点ゴールを決め、決勝戦において異なるクラブで得点を記録したのはクリスティアーノ・ロナウドに続いて史上二人目の快挙となった。2017-18年チャンピオンズリーグ準々決勝レアルマドリードのホームで行われた第2戦では2ゴールの活躍で1-3での勝利の立役者となるも、第1戦で3-0と敗れていたため、準決勝進出はならなかった。
2014年7月、バイエルン・ミュンヘンのスポーツディレクター、マティアス・ザマーがアトレティコ・マドリードとバイエルン及びマンジュキッチ本人との間に移籍合意していることを明かした。その後、4年契約でアトレティコに加入することが発表された。背番号は9番。8月22日のスーペルコパ・デ・エスパーニャのレアル・マドリード戦で決勝点を決め、公式戦初得点を記録した。
12得点を挙げた2011-12シーズンと、UEFA EURO 2012でグループリーグで敗退したものの3試合で3得点した活躍が評価されて、2012年6月27日に1300万ユーロでバイエルン・ミュンヘンに移籍した。2012-13シーズンはマリオ・ゴメスの控えと思われたものの、ゴメスの怪我もありスタメンに定着しユップ・ハインケスの下でのシーズン三冠に貢献した。2013-14シーズンも前線の軸として活躍しリーグ戦とDFBポカールの二冠に貢献した。しかし、公式戦で次第にスタメンから外れることが多くなり、DFBポカールの決勝のメンバーでも外れることをジョセップ・グアルディオラが発表し、ロベルト・レヴァンドフスキの獲得もあり退団が確実視された。後に本人はグアルディオラとの確執をほのめかしている。
2007年夏、クロアチア内の強豪NKディナモ・ザグレブに、エドゥアルド・ダ・シルヴァの代役として130万ユーロの移籍金で移籍。移籍初年度は29試合出場で12ゴール、11アシストを記録した反面、8枚のイエローカードを受けるという記録も残した。2008-09シーズンは、28試合に出場し16ゴールをあげ、クロアチアリーグ得点王に輝いた。シーズン終了後、ドイツのヴェルダー・ブレーメンから1200万ユーロの移籍金で獲得のオファーがあったが、ディナモは1500万ユーロを要求し破談に終わった。2009年9月17日のUEFAヨーロッパリーグ、RSCアンデルレヒト戦（ホームで0対2の敗戦）後、試合中の低調なパフォーマンスと、以前に行われたUEFAチャンピオンズリーグ予選、レッドブル・ザルツブルク戦でのレッドカードの責任を問われ、10万ユーロの罰金という高額な懲罰が課された。これはクラブ史上初の経済的懲罰だった。2010年7月16日、ドイツのVfLヴォルフスブルクへ移籍。移籍金は700万ユーロと報道されている。
幼少時にドイツで過ごしていた時期があり、シュトゥットガルト近郊のディツィンゲンという町のクラブでサッカーを始めた。その後出身地に戻り、1997年から2003年までNKマルソニアのユース組織に所属した。2005年夏にNKザグレブに移籍。元クロアチア代表監督であるミロスラヴ・ブラジェヴィッチの指導の下で才能を伸ばし、他の多くのクラブから関心を持たれるようになった。
床を箒で掃き掃除するお手伝いさんは、今日に限ってやけに機嫌がいい。一方、トムは床でのんびり寝そべっている。耳元をチーズを運び出すジェリーが通りかかっても知らん顔のトムにも「ゆっくり寝てていいのよ」とやさしく話しかけるお手伝いさん。そこへ小包が届いた。「これを待っていたのよ！」と大喜びのお手伝いさん。「これで私の仕事も楽になるわね。もうトムもお払い箱よ！」と一人ごちながら開けられた箱の中身は「MECHANO」(メカーノ)。機械のネズミ捕り「人造ネコ」だ。その奇妙な姿にトムもジェリーもあざけって大笑いするが、スイッチが入れられるや一転。たちまちジェリーを察知して頭部から繰り出すハンマーで殴って気絶させ、ゴムパチンコで戸外へ放り出した。あまりにも鮮やかな手際の人造ネコに、トムは意気消沈。お手伝いさんの嘲笑を浴びつつ、荷物をまとめ肩を落として家を出て行く。一方、追い出されたジェリーは何とか家の中に戻ろうとする。しかし手紙に隠れて家に入り込めばテニスラケットで追い出され、ゴムホースを使ってもぐりこもうとすれば斧で輪切りにされ、イモムシのような姿になって命からがら逃げ出し、Y字型の木に長いゴムを取り付けてゴムパチンコのようにして巣穴に入り込もうとすればグローブでキャッチされ、大砲で外に追い出される。腹を立てたジェリーは、「向こうが機械ならこっちも機械だ！」とばかりに、ゼンマイ仕掛けのネズミを何匹も家の中に送り込む。これを察知した人造ネコは、体内に内蔵した肉きり包丁に斧、電気鋸、挙句は大砲にダイナマイトを総動員して殲滅作戦を開始。障害になるものはグランドピアノでもテーブルでも皿でもかまわずに打ち砕き断ち切る。当然家の中はメチャクチャになり、巻き込まれたお手伝いさんは悲鳴をあげつつ、家を出て行ったトムに助けを求めた。一方、人造ネコは機械ネズミを追って何度もドアや家具に激突した末に、バラバラに分解してしまう。吹き飛んだ電子頭脳部分が、運悪く戻ってきたトムの口の中に飛び込み、そのまま飲み込んでしまう。戻って来たトムにお手伝いさんは大喜び。さっきの嘲笑はウソのように、「ネコは生が一番だ！」と熱い握手を交わす。ところがジェリーが、人造ネコのスイッチを入れたものだから、さあ大変！トムは人造ネコと化し、お手伝いさんの命令も聞かず、そのまま暴走するのだった。