帰国したクラークは1945年6月からテキサス州コーパスクリスティの海軍航空中級課程部隊司令官となる。大戦終結後の1946年9月には海軍作戦部のメンバーに選ばれ、航空担当次長となる。1948年11月からは第4空母群と第3空母群の司令官を兼ね、空母「フィリピン・シー」 (USS Philippine Sea, CV-47) を旗艦とした。1950年8月から1951年10月までの間は第11および第12海軍区の基地航空部隊司令官を務めた。この間、朝鮮半島において朝鮮戦争が勃発し、クラークは海軍作戦部長となっていたシャーマンや、太平洋艦隊司令長官アーサー・W・ラドフォード大将（アナポリス1916年組）などとの打ち合わせのため奔走。1951年10月3日からはラドフォードによって第77任務部隊司令官に任命され、空母「ボノム・リシャール」 (USS Bon Homme Richard, CV-31) に将旗を翻した。1952年3月7日、クラークは中将に昇進して第1艦隊司令長官となって、引き続き「ボノム・リシャール」を旗艦とした。次いで5月20日からは第7艦隊司令長官となり、クラークは225隻の艦艇と7万名を超す乗組員を擁する大艦隊のトップに立った。クラークが第7艦隊司令長官に就いたころには朝鮮戦争は幾度となく停戦が模索されて目立った戦闘は行われていなかったものの、第8軍司令官マクスウェル・テイラー陸軍中将との間で支援計画の打ち合わせが行われた。しかし、打ち合わせから間もない1953年7月27日に板門店で休戦協定が締結され、戦争は休戦状態となった。1953年12月1日、クラークは第7艦隊司令長官の職を最後に、大将に名誉昇進の上退役した。退役後、クラークは企業幹部などを歴任。1971年7月13日、クラークはニューヨーク・クイーンズ区セント・オールバンズの海軍病院において、77歳で亡くなった。クラークはアーリントン国立墓地に埋葬されている。
9月12日から9月14日にかけて、ドイツ軍は自動車化された6個師団の一部による反撃を開始した。目的は、サレルノの海岸堡を占領し、イギリス第8軍と合流する前に上陸部隊を海に追い落とすことであった。アメリカ軍は集中した攻撃に対するには防衛線は薄すぎ、反撃は大損害を起こした。第36歩兵師団の第143歩兵連隊第2歩兵大隊はドイツ軍装甲部隊にさらされ、全滅した。左翼の第6軍団で、アメリカ第45歩兵師団が上陸し、第10軍に割り当てられた地域を確保しようと前進した。ドイツ軍の装甲部隊は反撃によりかなりの土地を取り返した。9月13日に、第45歩兵師団の右翼は、セレ川とカロレ・ルカノ川の交わる点で2つのアメリカ軍の師団の間の突出部を破られてしまった。ドイツ軍の装甲部隊の攻撃は、海岸堡の補給物資集積所から4マイルの地点で、砲兵と艦砲射撃、そして砲兵部隊により構成された間に合わせの歩兵部隊により止められた。両師団の前線の部隊は、T・ラ・カソ川の後方に下がり、防衛線の長さを短くした。新しい境界線の近傍は第82空挺降下師団の支援を受けて防衛された。第504パラシュート歩兵連隊の2個大隊（1800人）は、9月13日の夜に海岸堡に下がった後、第6軍の右の防衛線に速やかに移動した。翌日の夜、危機は去り、第505パラシュート歩兵連隊が第504連隊の補充として、海岸堡に空挺降下を行った。第504連隊の第3大隊で増強された、第325グライダー歩兵連隊は9月15日に上陸した。強力な艦砲射撃の支援と、第5軍砲兵による支援により、補充を受け再編成された歩兵部隊は9月14日の防衛線の弱点を攻略しようとするドイツ軍の全ての攻撃を防ぎきった。ドイツ軍の損害は、酷く、特に戦車の損害は大きかった。9月15日もドイツ軍の試みは続いたが、翌9月16日には、連合国軍は強力で、突破するのは難しいことが分かり、フォン・フィーティングホフは、遅延工作を行いながら、第10軍を北に撤退させるように命令した。9月17日に、連合国軍の両方の軍団の地域の偵察部隊は、海岸堡のあちこちにおいて、ドイツ軍との交戦状態が解消されていることが分かり、翌9月18日に全ての目標を再確保した後、第5軍は北へ進軍を開始した。マーク・W・クラーク大将は、この戦闘における前線指揮によって、2番目に高位な章である殊勲十字章を受けた。実際、彼は頻繁に戦闘中の部隊のある前線に姿を現していた。しかし、歴史家カルロ・D・エステの意見では、クラークの作戦指揮のまずさがこの危機を起こしたと言われている。クラーク自信は海岸堡における危機に対して、第8軍の対応の遅さを非難していた。この意見はいくらかの正当性があった。上陸した9月9日にモントゴメリーは第8軍に休養を与えるため2日間前進を止めていたからである。サレルノの戦いはイギリス第10軍団の600人によるサレルノの反乱が生じた場所でもある。彼らは、9月16日に補充部隊として新しい部隊への配属を拒否したのだった。彼らは、負傷のため北アフリカ戦線において戦っていた元の部隊に復帰するものと信じていた者たちであった。最終的に軍団の指揮官であるマククリーリーはその命令に従うように説得を行った。反乱を指揮した下士官は死刑を宣告されたが、実際のところ、部隊は再統合され、判決は実行されなかった。