かつては地方都市の球場での開催も積極的に行い、特に北海道シリーズ（円山、旭川、札幌ドームでの2 - 3連戦）、九州シリーズ（平和台、北九州、福岡ドーム、熊本など）、隔年で北陸シリーズ（金沢、富山県営、富山市民（アルペンスタジアム）、福井などでの2 - 3連戦。富山が正力松太郎の出身地であることから継続して開催されてきた）、東北シリーズ（盛岡、仙台、郡山などでの2 - 3連戦）を率先的に実施してきた。また秋田、青森市営なども開催していた。東京ドームが開場してからは東京ドームでの試合（かつナイトゲーム）を中心に編成したため、東北シリーズ・北陸シリーズは廃止となり、さらに北海道や九州のシリーズも会場を1カ所（福岡ドーム・札幌ドームでナイターのみ）に絞る形にして試合数を減らしていた（2004年度には九州シリーズの1試合に、ジャイアンツのキャンプ地である宮崎での開催がある）。ただ、地方開催をほぼ廃止したことが災いし、ファン離れが深刻になったことから、2005年以降は東北シリーズ・北陸シリーズを復活させるなど、再び地方都市での開催を増やしている。ただし、このうち札幌と福岡に関しては、2005年以後はセ・パ交流戦が組まれ、パ・リーグ側の球団が主催する試合で（ビジターとしてではあるが）遠征することが恒例になったため、巨人主催によるこれらの地域での試合は2010年以後開催されていない。ただし、球団側は廃止ではなく『休止』扱いとしている。また、東北シリーズのうち仙台での試合においても、こちらもフランチャイズとする球団が現れたこともあり、同じように交流戦で対処できるために、2008年以降は開催されていない。現状では、毎年京セラドーム大阪で1カード（基本2試合）が組まれているほか、毎年ないし隔年で東北シリーズ（宮城球場以外）と北陸シリーズ、九州シリーズ（福岡ドーム以外）が、またそれ以外にも近畿（甲子園以外）・東海（ナゴヤドーム以外）・中国（広島以外）・四国のいずれかで1試合（京セラドーム大阪とのセット）が組まれており、これらで年間8 - 9試合（2016年は7試合）が地方開催として行われている。地方開催の試合数はセ・リーグでは阪神が最も多い（10試合）が、阪神はそのほぼ全てが大阪ドームのため、開催球場ベースでは巨人が最も多い。
しかし国連や米国の説得によりトゥジマンも妥協し、国連防護軍の駐留人員を3分の1に削減する様に要求するが協議は平行線を辿る
そして国連保護軍駐留の期限切れが迫る中、セルビア人勢力に対する国土回復の最終的な解決手段として、クロアチア共和国軍の大規模な反攻作戦を迎える事となる
1995年5月、クロアチア共和国政府はアメリカの支持を取り付け、停戦協定を破棄
電撃的にクライナ・セルビア人共和国へ侵攻した
圧倒的な軍事力を誇るクロアチア共和国軍の前にセルビア人民兵組織は緒戦で戦意を喪失し崩壊、早々にセルビア本国へと退却を開始した
多くのセルビア人住民も追従し、長らくセルビア人勢力の支配下に置かれていたヤセノヴァツなど西スラヴォニア地方全域は解放された
1995年8月、トゥジマンは残るクライナ・セルビア人共和国の全域制圧を賭けてアンテ・ゴトヴィナ指導による『嵐作戦』を指示、数・装備に勝るクロアチア共和国軍は劣勢のセルビア人勢力に対して決定的な勝利を収めた
クライナ・セルビア人共和国の崩壊により、クライナ地方のセルビア人住民の大部分（20万人）は難民としてセルビア共和国へ退避、セルビア人勢力の残した財産の60%は戦闘によって破壊され、残りはクロアチア共和国軍と警察が接収、クロアチア共和国政府によって売却された
東スラヴォニア地方ではクロアチア共和国軍とセルビア系勢力が停戦に合意、東スラヴォニアを明け渡す形で多くのセルビア人勢力及びセルビア人住民がセルビア本国へと退避した
同年11月、旧ユーゴスラヴィア和平協議の中でセルビア系勢力は最後に残った東スラヴォニアの統治権を放棄（2年以内にクロアチアに統合する）
国際連合東スラヴォニア・バラニャおよび西スレム暫定統治機構（UNTAES）が展開したが、1998年1月15日に東スラヴォニアの施政権はクロアチア政府に移管された
紛争前にはクロアチア共和国の人口の12%を占めたセルビア人は、紛争後には5%以下に激減した
トゥジマンは健康状態の悪化にもかかわらず、1997年6月、3期目に再選された
1999年、胃癌のため入院
1週間後、クロアチア最高裁判所は、トゥジマンを「一時的労働不能」と宣告し、行政権を議会議長ヴラトコ・パヴレチッチに委譲した
トゥジマンは軍事力に勝るユーゴスラビア連邦軍、セルビア人勢力との内戦を臆する事なく一貫して指導し、クロアチア独立の父としてその地位を確固たるものとした
その政治手腕は時として独裁的とも言われたが、戦争を遂行する上で強力な指導力を発揮し、祖国を独立へと導いたトゥジマンは今もクロアチア国内でその名声を称えられている
セルビア側からは大クロアチア主義を掲げた野心家と蔑まれているが、第二次世界大戦中に参加したパルチザンでの経験が彼の人格に及ぼした影響は大きく、その後の連邦におけるクロアチア人とセルビア人の協力関係が、祖国クロアチアの独立により失われた事には心を痛めていたとされる
国民に対し時には熱狂的に愛国心を煽りながらも、しかしその本人は単純な民族主義者ではなく、クロアチア民主同盟(HDZ)の幹部にも「連邦と言う檻の中で他民族が他民族を支配するのではなく、共に牢獄を出て対等に独立し協力する関係を築くべきである」と諭す冷静さを持つ人物であった
セルビア人との民族紛争がその目的ではなく、クロアチア人と言う自民族の独立と安定こそがトゥジマン自身の人生だった、と言われている