ボスのネーミングは、アパルトヘイト・ヘドロ・ダイオキシン・アマゾン熱帯雨林・カースト制度・オゾン層のように環境破壊・汚染・差別といった、国際問題の単語を捩った名前で統一されている。ボス撃破時の爆発エフェクトも、そのほとんどが画面全体に世界地図のようなシルエットが現れるという演出になっている。プロデューサーの仙波隆綱によると、当初の案では『ダライアスII』と同様の2画面筐体で発表される予定だったという。しかしこれについては、高田馬場ゲームセンターミカド主催による2014年10月7日の実況配信の中で、開発者の一人であるたらばーが否定している。
西暦2042年、木星宙域付近に突如出現した伴星がオールトの雲に干渉した事によって流星雨が発生。一部は核ミサイルによる攻撃で破砕されたものの、多くは隕石となり地球に落下。地球の生態系は壊滅した。これと時を同じくして、突如地球上に出現した地球外知的生命体が侵略を開始し、地球文明は崩壊寸前の危機に陥ってしまう。地球側は国連安全保障理事会の元、各国の陸海空の三軍を統合してこれに対抗したが、「ネメシス」と呼称された木星軌道上の伴星から飛来したと推測された侵略者は、地球文明機器と融合する特殊能力を持ち、さらにある高エネルギー体を利用したビーム兵器を用いていたことで、地球軍は為す術なく敗北を喫してしまう。科学者はこのエネルギー源となる物質を「NEWALONE」と称し、これを利用した対抗兵器「CF-345 ブラックフライ」を開発。このブラックフライ全2万機を軸としたネメシスへの大反攻作戦計画「メタルブラック （METAL BLACK）：the Military Enforce Totalwar for Absolute Liberty（完全なる自由のための軍事的総力戦）、 Beam, Lesson, Aircraft, Carrier（作戦遂行のために必要なビーム兵器、パイロットの育成、戦闘機、母艦の開発）: Kill off（今作戦の最終目的、敵の殲滅）」を推進した。しかし、政府はネメシスに対する停戦和平協定を結ぶことで被害の拡大を逃れることを決め、同時に「メタルブラック」は永久凍結、ブラックフライの存在は隠蔽された。そして、西暦2052年6月22日。地球が静寂の時を迎えようとしていた中、ブラックフライのテストパイロットの1人だったジョン・フォードはブラックフライを強奪し、全てを敵に回し、単身ネメシスに立ち向かっていった。
本作のストーリーは「ファーストコンタクト」「擬似反物質による超兵器」「地球人類の破滅」などを扱ったハードSF的なものだったが、これは保守的なタイトーの経営陣に受け入れられないことが予想された。そこで開発陣はプレゼンテーションに際し、敵勢力を『ガンフロンティア』に登場した宇宙海賊「ワイルドリザード」に置き換えることで、あたかも『ガンフロンティア』と設定上の関連があるかのようなダミーストーリーを提示した。このダミーストーリーは社内でのみ用いられるはずのものだったが、『ゲーメスト』などの雑誌記事にも紹介され、ダミーストーリーが本来のストーリーであるかのような誤解が広まった。このダミーストーリーは、コンシューマ移植版の取扱説明書にも、そのまま記載されている。真のストーリーは、コミック版やアレンジCD『The First』の解説書などで、その一部が説明されている。本作は営業上の理由から2人同時プレイが可能な仕様だが、ストーリー上の主人公は「ジョン・フォード」1名のみである。
1面と3面の終了後にはボーナスステージが用意されている。本来の横スクロールシューティングとは異なり、3Dシューティングゲームのような形式で、画面内を動き回る敵に対し、レバーで照準を合わせてショットボタンを押すことでロックオンミサイルを発射する（その際、1P・2Pどちらがロックしたかロックオンマーカーの展開で判断可能）。制限時間内に撃ちおとした敵の数に応じてボーナス点が入る。
ショットボタンを押し続けると自動的に高速で連射されるが、徐々に連射速度が遅くなっていく仕様が盛り込まれていた。これは、連射すると砲身がオーバーヒートするという設定を反映している。しかしゲームセンターの設備として普及しつつあったシンクロ連射装置による連射に影響はなく、敵の巨大ビームを容易に押し返せてしまうなど、ゲーム内容に著しく影響した。
モンタウのドロテーアは富農の家に生まれた 。7歳のとき熱湯がひっくり返って火傷を負い、死にかけた。すでに子供時代からドロテーアは苦行と禁欲を実践し始めた。母の指導のもと十字架の前でひざまづき 、断食が義務ではない年齢だったときも四旬節に乳製品を摂ろうとしなかった  。伝記作者はさらに自傷による火傷、極端な断食、足の火傷、冷寒な場所での睡眠やその他の実践を述べている。 家族の勧めにより、彼女はダンツィヒ（現：グダニスク）の刀鍛冶と結婚した。この結婚で9人の子供が生まれたが、成人したのは1人（後にクルム（現：ヘウムノ）で修道女となる）のみだった。結婚の直後から、モンタウのドロテーアは幻視を得るようになった。初めに得た幻視の神秘体験について、記録は以下のように述べている。「[…] 大いなる喜悦により肉体と魂が飛び上がり、魂は燃えたぎる愛と喜悦からまるで溶けた銅のように流れ、霊において我らが生きた主と1つになった」。彼女の夫は彼女の神秘体験に寛容ではなく、彼女を避けるようになった。のちに彼女は彼を改宗させ、二人でケルン、アーヘン、アインジーデルンなどに巡礼に行っている。夫が1389もしくは1390年に死去すると、ドロテーアはマリーエンヴェルダーに転居した。同地で大聖堂参事会員、ドイツ騎士修道会士ヨハネス・マリーエンヴェルダーと出会った。この人物は後に彼女の聴罪司祭、伝記作者となる。  1391年、彼女は信仰に誤りがあるとされ、ダンツィヒで魔女として火刑の危機に陥った。告解の際に話した幻視が人々に示されたためである。火刑の脅威は聴罪司祭であるヨハネス・マリーエンヴェルダーがただちに防止したようである。ドロテーアは自分の財産を寄進し、マリーエンヴェルダー大聖堂に付属して建てられた庵に移り、死去するまで隠修女としての生活を送った。