ハイパースペース内を航行中のエルザは、強制的に通常空間に引きずり出され、グノーシスの大群に囲まれる。KOS-MOSがヒルベルトエフェクトを展開するが、エルザは聖堂船といわれる巨大グノーシスに飲み込まれてしまう。内部でシオンたちは、まるでアリアドネ自体がグノーシス化してしまったかのような光景に出くわす。聖堂船の中心部で、ヴォークリンデより奪われたゾハルを発見する。ゾハルからアンドリューに波動が流れ込み、グノーシスと化した彼をシオンたちは倒す。アンドリューの心は虚無の浜辺にたどり着き、安らぎを得る。エルザとともに脱出したシオンたちはグノーシスの大群に追われる。駆けつけたデュランダルでさえ手に負えないグノーシスをKOS-MOSはすべて吸収した。
惑星アリアドネ消失の現場をJr.は調査するが、何一つ痕跡を見出せない。その後、調査を進めるために大破して無人となったヴォークリンデを調査するが、待ち構えていたU-TIC機関と戦闘になってしまう。デュランダルは戦闘により、U-TIC機関の艦を沈黙させた。
接触小委員会よりジギーは、小惑星プロレマのU-TIC機関に拉致されているM.O.M.O.の救出の依頼を受ける。プロレマに潜入したジギーはM.O.M.O.と接触する。二人は行く手を阻むA.G.W.S.やマーグリスの追撃をかわし、小型艇を奪ってプロレマを脱出した。U-TIC機関の追撃機とハイパースペース内で戦闘する二人は、偶然通りかかったエルザに救出された。
10日後、静けさに包まれるヴォークリンデに、KOS-MOSが自律モードで覚醒しようとしていることに対する警報音が鳴り響いた。それと時を同じくして、艦隊前方にグノーシスの大群が押し寄せる。装備不十分のために蹂躙される艦隊。グノーシスに捕まったシオンは死を覚悟したが、彼女を覚醒したKOS-MOSが救った。ゾハル格納庫にある脱出ポッドに向かう一行。そこでKOS-MOSはシオンを救うため、バージル中尉を撃ち殺す。しかし、ゾハルはグノーシスに奪われてしまう。シオン、アレン、KOS-MOS、そして、ゾハルをマーグリスのもとに送るため格納庫にいたアンドリュー中佐はポッドで脱出し、たまたまこの宙域を訪れていたエルザに救助された。グノーシスの残存勢力がエルザを襲い、アンドリュー中佐が捕まるが、エルザの乗組員ケイオスの不思議な力によって、グノーシスは消滅した。
約4000年後。宇宙空間に漂う金色のプレートを巡洋艦ヴォークリンデが回収する。そして、その内部では、ヴェクター一局のメンバーたちにより、KOS-MOSの戦闘実験が仮想空間内（以後この仮想空間をゲーム中の用語に従ってエンセフェロンと呼ぶ）で行われていた。無謀な実験を行ったために崩壊するエンセフェロン内でシオンはネピリムと遭遇するが、その直後、アレンによってエンセフェロンから現実に引き戻される。シオンはブリッジに実験報告をするが、アンドリュー中佐より、いまだ実働実験に移れていないことに対する不満をぶつけられる。
20XX年、地球、ケニア、トゥルカナ湖。発掘作業をしていたMr.マスダが遺跡に銀色のプレートをはめ込むと、湖中から建造物が現れ、空間に金色のプレート型をした物体が実体化した。
京都（現在の京都市中京区大黒町）の両替商の家に生まれる。元治元年（1864年）、二代目尾上多見蔵の門下に入り、尾上常次郎として歌舞伎をはじめる。子供芝居、小芝居、旅巡業などで修業を積み、明治4年（1871年）中山鶴五郎を名乗る。明治8年（1875年）、上京して春木座に勤める。小芝居で培った演技力が評判となり、九代目市川團十郎に認められてその門人となる。明治12年7月には大名跡の七代目市川八百蔵を襲名、以後九代目の舞台の多くを勤め、梨園に確乎たる地位を築いた。大正7年（1918年）10月、養子の市川松尾に八代目八百蔵を襲名させると、自らは八百蔵の俳名「中車」を襲名、七代目市川中車を名乗る。門閥外から幹部役者にまで出世した努力家で、師・九代目伝授の硬派な芸風が特徴的だった。『絵本太功記』や『時今也桔梗旗揚』（馬盥の光秀）の武智光秀、『新薄雪物語』の幸崎伊賀守、『妹背山婦女庭訓・吉野山』の大判事清澄、『菅原伝授手習鑑』「寺子屋」の松王丸、『伊賀越道中双六』「岡崎」の幸右衛門、『ひらかな盛衰記』「逆櫓」の樋口次郎など、時代物の立役を得意とした。また老女形も巧く、『菅原伝授手習鑑』「道明寺」の覚寿はその後の手本となるほどの逸品だった。東西の歌舞伎に通じた知識と豊富な経験は関係者に重宝がられた。特に、二代目中村梅玉に死なれた初代中村鴈治郎は、中車をよく相手役に選んだ。晩年は歌舞伎界の長老として、六代目尾上菊五郎、十五代目市村羽左衛門、二代目市川左團次、十三代目片岡仁左衛門など後進の指導にもあたった。まだ六代目が若いころ、その芸が未熟だとして中車はわざと皮肉な態度をとり続け、『伽羅先代萩』「対決」 の舞台では六代目の細川勝元に仁木弾正をつきあい、勝元の「恐れ入ったか」に小声で「恐れ入るもんけェ」と呟いて六代目と大喧嘩になった。それでも、後年両者は和解し『摂州合邦辻』（合邦庵室）で中車は合邦で菊五郎の玉手御前につきあい、役の性根を懇切丁寧に教えるほどになった。著書に『中車芸話』がある。墓所は次代八代目と同じ青山霊園。