農民の自立が進むと、それまで宮廷に属していた工人も解放されて自立し、手工業が一般的に行われ市場が成立する。日用品や農具、織物や紙など。今日各地方の特産物と呼ばれるものは室町時代が起源であるものも多く、京都の西陣では明から輸入した生糸を利用して高級織物である西陣織がつくられた。そのほか、日明貿易の関係上、堺、山口、博多などの都市近辺で高級織物が生産されるようになったほか、社寺の建立が地方にも拡大したため、製紙業が大きく発展した事と、製陶業が応仁の乱前後から地方にも広まった点が室町時代の特徴である。また室町時代前期には大寺社の改修や建立により、後期には戦国大名の城郭・軍船などの建設の関係上、鎌倉時代よりも林業が発達、流通も行われた。天文初年の本願寺修築に土佐国にもとめているほか、天文年間の京の材木座には美濃や飛騨の材木が取り扱われている。
鎌倉時代から農業生産力が向上する。西日本から関東地方に波及した二毛作の技術や牛馬耕、水車などを利用した灌漑施設の整備や肥料の発達などは生産力を向上させ、さらに農業技術の進歩で集約的・多角的な農業を行い、自立農民の成長を促して郷村制の成立をもたらす。なお、稲に関しては室町時代に今日のベトナムから占城米（当時は中国からの流入であったため「大唐米」等と呼ばれていた）が伝来した点が特筆される。この品種はそれ以前のものより虫害や旱害に強く、結果的に収穫量が多くなった。室町時代後期になると荘園領主や戦国大名が広域を支配することにより、中世を上回る政治権力と経済力による広範囲の灌漑工事や治水事業などが行われ、新開地の増大や低湿地帯の安定化などにより、生産力が飛躍的に向上したことも大きい。また、この時期から手工業原料となる胡麻や桑、楮なども栽培される。それまでは輸入に頼るのみであった木綿の栽培も16世紀頃から三河地方において栽培されはじめる。この木綿の生産は帆布としての用途があり、海運事業の面でも多くの利益があった。このほか、枇杷・梨・柿・瓜などの果実類の流通が発展したため、産地名を冠して呼ばれるようになったのも室町時代からである。
義輝の死後、その弟・足利義昭は管領斯波氏の守護代の元家臣である有力大名・織田信長の支援を受けて上洛し、三好義継らを臣従させて将軍に就任する。だが、やがて幕府の権威に依らない新秩序形成を目指す信長と旧来の将軍・幕府中心の秩序の再建を目指す義昭は敵対し、元亀4年（1573年）に義昭は信長によって京都から追放された。それ以降、義昭は各地を転々とした後、中国地方の有力大名・毛利輝元の支配下にあった備後の鞆の浦へと下向した。信長は義昭の子足利義尋を当初は擁立するものの、やがて僧籍に入れて排除した。また、管領・守護などの幕府組織も信長の築く政治機構の内に吸収されていった。しかし、織田家と対立する毛利領に移った義昭は、朝廷からは征夷大将軍職を解任されなかったので、備後から書状や重臣を派遣することにより各地の大名を動員し、信長征討活動を長期に渡って行った。長らく義昭の京都からの下向をもって室町幕府および室町時代の終期と看做されていたが、昨今では備後幕府（鞆幕府）の地位が改めて見直され、室町幕府の存続が認められつつある。信長が自らの重臣・明智光秀によって討たれ（本能寺の変）、その仇討ちをしたもう一人の重臣である羽柴秀吉が関白太政大臣となり、義昭が帰京して将軍を辞任したところで、ようやく静かに足利時代は幕を閉じた。→地方情勢については戦国時代 (日本)を参照
斉明天皇4年（658年）に天皇が紀温湯（温泉）に旅行した際、赤兄は都の留守官になった。その留守の11月3日、赤兄は、有間皇子に「天皇の政治には三失がある。大きな倉庫を建て民の財を集めたのが一つ目、長い運河を掘って公の糧を費やしたのが二つ目、舟に石を載せて運び丘を作ったのが三つ目である」と言った。有間皇子は赤兄の接近を喜んで、挙兵の意思を告げた。5日に有間皇子と自宅で密議したところ、脇息が折れたため不吉だということになり、陰謀を止めることを互いに誓った。有間皇子が自宅に帰ったその夜、赤兄は物部朴井鮪に命じて宮殿造営の丁を率いさせ、市経にあった皇子の家を囲ませ、駅馬で天皇に急報した。捕らえられて9日に中大兄皇子（後の天智天皇）の尋問を受けた有間皇子は、「なぜ謀反しようとしたのか」と問われて「天と赤兄が知る。吾はまったく知らない」と答えた。有間皇子は11日に塩屋鯯魚、新田部米麻呂と共に処刑され、守大石と坂合部薬（境部薬）は流刑になった。『日本書紀』は上述の話のほかに「或本にいわく」として別の話を載せる。それによれば、有間皇子と蘇我赤兄、塩屋小戈、守大石、坂合部薬は短籍で謀反を占った。有間皇子は挙兵計画を語ったが、ある人が皇子はまだ19歳なので早すぎると諫めた。別の日に皇子が一人の判事と相談していたとき、皇子の脇息が折れた。それでも皇子は中止せず、ついに誅戮された。この事件について現代の歴史家の間には、中大兄皇子が有間皇子を除くために赤兄に指示して挑発させたという説と、赤兄が単独で有間皇子を陥れようとしたという説がある。