過去のウルトラシリーズは本編の間にCMを1回だけ挟む前後半構成だったが、本作は本編の間にCMが2回入る構成となっている。本編の尺を確保するためにEDとアイキャッチがカットされ、OPも従来の90秒から70秒に短縮されたため、1回あたりの本編放送時間はウルトラシリーズで最長の24分前後となる。番組の構成は以下の通り。番組タイトル→アバンタイトル→オープニング→CM→本編Aパート→CM→本編Bパート→CM→本編Cパート→次回予告→情報コーナー「マックスボックス」本作は物語上は全39話で完結するが、本放送においては最終回の翌週（2006年4月1日）に、これまでのマックスの戦いを振り返る総集編『マックススペシャルフィナーレ“ウルトラの未来へ”』を放送して終了した。最終エピソードの脚本を担当した小中千昭は、「4月1日（総集編）の放送分もあるのなら3部作にしたかった」と後に語っている。
1991年6月川村かおりの後を継いで土曜2部を担当。当時は全くもって無名だったが、その数ヶ月前に月曜1部で2時間のスペシャル番組を担当した事や、『東京サウンドバズーカ音姫絵巻』内の10分番組「電気グルーヴのビリビリ行こうぜ」での実績を買われて2部のパーソナリティに抜擢された。なお、当時の月曜1部枠は同じナゴムレコード出身の大槻ケンヂが担当していた。1992年10月にとんねるずの後を受けて火曜1部に昇格、1994年3月に番組が終了。番組第1回において、オールナイトパーソナリティを務める事を「お猿の車掌に新幹線を運転させるようなもの」と自評している。しかし、2人の過激なトークと投稿ハガキの質の高さから番組の人気は徐々に上昇。番組開始当初の聴取率は測定不可能という意味の『※』だったが、その後当時放送されていた2部の全番組はもちろん、1部の『さくらももこのオールナイトニッポン』をも上回わり、『大江千里のオールナイトニッポン』と肩を並べる聴取率を獲得したこともある。また、ハガキの量も2部時代は断トツだったといわれる。この勢いを買われ、1992年10月にはとんねるずの後を受けて火曜1部に昇格した。1部第1回放送は瀧の「うんこ」の連呼で幕を開けた。電気グルーヴ自体の知名度も上昇しつつある頃で、テレビなどでの露出が増え出したのもこの番組が追い風となったのは間違いない。1994年3月には番組が終了。番組内でさんざんいじり倒してきた石川よしひろに番組枠を奪われるという素晴らしいオチがついた。最終回ではこの告知を『石川よしひろのオールナイトニッポン』のトークから引用し、石川の酒に酔ったような独特の口調を聞いて「後から来た酔っ払いに新幹線の指定席を取られたようなもの」と切り捨てた。最終回はフリートークや常連への電話コーナーなどをまじえながら、特に湿っぽい雰囲気になることもなく、さらっと終了した。そして、リスナーやはがき職人たちに翌週から始まる『石川よしひろのオールナイトニッポン』に茶化しやいたずらのはがきを送るよう煽りを入れ、最後まで悪乗りを忘れない放送となったが…「アニキ（石川よしひろ）をよろしくな！」と応援する声も次リスナーへ送った。この番組の影響としては次のようなものがある。浅草キッドとはオールナイトのパーソナリティ同士というきっかけで交流を深め、その後2組でライヴ・イベント「2階からぎょー虫ぶら下げおじさん」を行なった。伊集院光は元来電気のファンであり、前放送枠『伊集院光のOh!デカナイト』の番組を担当していた頃はよくそのままオールナイトに出演し、嬉々として瀧や石野にいじめられていた。その後も電気のテレビ番組に出演するなど公私ともに電気と交流があり、実際プライベートでも伊集院と瀧は親友であった。彼のラジオでのトーク・スタイルは電気に強く影響を受けているとよく評されており、伊集院自身も「(落語家時代の師匠である)三遊亭円楽に匹敵するくらいトークに影響を受けた」と公言している。他にもタレントの乾貴美子は学生時代この番組の陰毛イベント（企画の罰ゲームで作らされた伊集院光のチン毛で作った筆の筆下ろしをした）に参加するほどの熱狂的ファンであったり、岡村隆史（ナインティナイン）や土田晃之（U-turn）はオールナイトニッポンを担当するにあたって番組づくりの参考にこの番組を研究したそうである。現代美術家の境貴雄は"シニカルな笑い"の性質を含む自身の作風に大きな影響を与えたものとして、中学生の頃に聞いていたこの番組を挙げ「カセットテープに録音して、テープが擦り切れるくらい何度も何度も繰り返し聴いていました」とインタビューで語っている。一方、電気は自分達がかつて欠かさずエアチェックしていた番組として、『ビートたけしのオールナイトニッポン』、『笑福亭鶴光のオールナイトニッポン』、坂本龍一の『サウンドストリート』などを挙げている。これらの番組で展開された当時センセーショナルだった笑いと音楽のエッセンスは、本番組にも脈々と受継がれていた。当番組終了後は『伊集院光のOh!デカナイト』内で「ビリビリ行こうぜ」が復活。藤波辰爾の曲をフィーチャーした「マッチョドラゴンのコーナー」（有名人が企画盤で歌わされた曲を紹介する）が話題に。途中でホスト番組の『Oh!デカナイト』は終了するものの、『キャイ～ン天野ひろゆきのMEGAうま!ラジオバーガー!!』内に継続され、1995年まで放送された。その翌年の1996年にはTOKYO FMにて『電気グルーヴのドリルキングアワー』がスタート。こちらは途中からパーソナリティに砂原良徳も加わり、1997年まで放送された。そして1999年、約5年ぶりに『オールナイトニッポン』に一夜限りのWIREプロモーション特番として復帰を果たす。この特番は翌年のWIRE開催時も放送されたが、「石野放尿裁判」（酔っぱらった石野が、瀧の家のタンスの引き出しに放尿した事件）など、レギュラー放送当時以上にぶっ飛んだ内容と天久聖一の放送禁止発言が災いしたのか、二回で終了している。2000年には『QuickJapan』誌 vol.33において、『100% 電気グルーヴのオールナイトニッポン』と題し、数々の取材と各種放送データを掲載した大々的な特集が組まれた。ちなみに、石野の1998年発売のセカンドソロアルバム『BERLIN TRAX』に収録されている「Alles nach Nippon」という曲のタイトルは「オールナイトニッポン」を独語訳したものである。当時の生放送終了後から家路につくタクシーの中から観た高速道路の深夜から夜明けの情景をイメージしたものであるという。