生存者の一人、サンドロ・ロサ・ド・ナシメント は、2000年6月12日、バスハイジャック事件を起こす。事件はテレビで生中継されたが、ナシメントは、カンデラリア教会虐殺も含め、如何にブラジルの刑事司法制度が貧困層に不当であるかを訴えた。彼の生涯と、この事件の調査は映画『バス174』にまとめられている。また、このバス174を元にナシメントに視点を置いた映画『シティ・オブ・マッド』（原題：Última parada174）が本国ブラジルでは2008年の10月24日に公開されている。原作がナシメントを取り巻く社会の構造を中心に描いたものであったのに対し、今作はナシメントを中心とした一つの物語として成り立つように制作されている。
カンデラリア教会虐殺事件（ポルトガル語: Chacina da Candelária、英語: Candelária massacre、カンデラリアきょうかいぎゃくさつじけん）は、1993年7月23日、リオデジャネイロのカンデラリア教会で、8人のモレーキ・ジ・フア（ストリートチルドレン）が警官を含むグループに射殺された事件。刑事司法判決は2人のみ有罪。
作曲の担当は従来と趣が異なっており、これまでは戦闘曲・主要イベントなどは桜庭統、主なタウンマップやダンジョンなどは田村信二という編成だったが、本作ではシルヴァラントでのマップや一部の戦闘曲は主に田村、テセアラやデリス・カーラーンでのマップや多くの戦闘曲は桜庭という編成で作曲が行われた。
シルヴァラントとテセアラの双方に存在。精霊のほとんどはミトスと契約しており、しいなが精霊と契約する際には、新たな契約主として相応しい力と強い意志を求め、戦闘を挑んでくる（よって、ヴォルト・ルナ・オリジンを除き、全滅してもゲームオーバーにならない）。表裏の世界で対をなす精霊と契約すると「マナの楔」が引き抜かれ、4対の全てを引き抜くと、繋がっていた世界が分断されてしまう。精霊戦では戦闘パーティにしいな（オリジン戦ではロイドとしいなの2人）を含まなければならない。精霊と契約し召喚することができる召喚士は、天性の素質と同時に、契約者がエルフの血を持つことが必須である（ミトスはハーフエルフで、しいなも僅かにエルフの血を引いている）。召喚士は現時点では殆ど途絶えており、精霊たちによればしいなはミトス以来の、実に4000年以来の召喚士である。
千年王国の建国に不可欠なエクスフィアを作るために、各地の人間牧場を運営する軍団。五聖刃が中心で、首領はユグドラシルとなる。ハーフエルフのみで構成され、エクスフィアの培養体となる人間を「道具」として扱う。民衆にとっては恐怖の対象であり、残忍な制裁や処刑も公然と行われる。人間牧場は、おもに衰退世界のみに存在し（シルヴァラントで4つ確認出来る）、繁栄世界にはない（衰退世界では封印が弱まるとされているため）。ミトス伝説において「戦乱の原因」「絶対悪」と位置づけられている存在だが、実際はクルシスの下部組織であり、選ばれた神子に苦痛を与えて輝石の成長を促進させる役割を担っている。封印自体、もともと存在しない。
本作では、要所要所で発生する選択肢や主人公の行動、フィールド上にあるスキットポイントの選択肢などにより、キャラの隠しパラメータである「好感度」が上がる。ゲーム中の複数の場面で、主人公と好感度が最も高いキャラとの特別なイベントが発生する。
物語が終盤になると、各キャラの秘奥義が使えるようになる。それぞれ多くの条件を満たす必要があり、使用するのは難しいが、威力は申し分ない。GC版ではロイド、コレット、ジーニアスの3人のみ。PS2版では他のキャラ（召喚を行うしいなを除く）も使える。
各キャラにはT（テクニカル）タイプとS（ストライク）タイプのメーターがあり、これがタイプを分ける。TタイプとSタイプでは技派生が変わり、Tタイプだとヒット数やリーチに、Sタイプだと威力や吹き飛ばしに長ける傾向がある。TタイプとSタイプの技を同時に覚えることは出来ないが、一度どちらかを覚えても、忘れることでもう片方を覚えることも出来る。なお、GC版ではどちらのタイプの技も習得出来る裏技があったが、PS2版では修正されている。
戦闘に勝利すると、お金や経験値の他にGRADEという戦闘評価ポイントが付加される。これは戦闘の内容や結果に応じて変化する戦闘の質的評価である。GRADEを貯めると、特別なアイテムの買い物やクリア時の「グレードショップ」で使える。前作での評判が良かったため本作以降の作品でも同様に採用された。
今までのエンカウント方式は、フィールド上で敵が確認出来ない「ランダムエンカウント」であったが、本作では敵が画面上で一定のシンボルとしてうろつき、接触すると戦闘に入る「シンボルエンカウント」を採用。このシステムは『テイルズ オブ ジ アビス』などそれ以後のシリーズ作品でも採用されていることがある。
▲7七桂（図3）と打つと、玉方は桂を取ると金がなくなり、△9六玉と逃げざるをえなくなる。▲9七銀以下玉を左上に追っていき、竜追いの鍵となっていた竜をいったん▲9四竜△同銀と捨てたのち、さらに右上に玉を追っていく。▲5一歩成△同竜▲同金△同玉と玉方の竜を奪い、▲5二歩△4一玉▲5一飛△3二玉▲3一飛成で竜を作って再び竜追いを行う。今度の竜追いは右辺だけで行い、右下を経由して右上に玉を追い、▲1三歩成△同玉でついに1筋の二歩が解消される。右下に玉を追った後、▲3七竜△1八玉のときに▲1九歩が打て、以下△同玉▲2八銀△1八玉▲1七竜△2九玉▲1九竜△3八玉▲3九竜（図4）までとなる。