施設管理費、現地採用者の人件費、スクールバス運営費、安全対策費といった支出面と、入学金、授業料、寄付金といった収入面との採算を合わせなければならない。現地採用者は、教員のほかに、事務、清掃、庭師、バスの運転手、警備員などがいる。週末は校舎を日本語補習校に貸与して賃貸料が収入となる学校もある。在住国の法律により、優遇条件で土地が借りられたり、ある程度の収益までは税金が免除されることがあれば、現地採用者の解雇や減給が禁止されている、1年契約は短すぎるとして認められないこともある。在住地の法律に通じかつ人脈・情報を持つアドバイザーが求められる。殆どの企業駐在員や国家公務員、団体職員には子女教育手当が出るが、その額は企業によってまちまちである。理科室・音楽室・美術室・家庭科室・コンピュータ室・図書室といった特別教室、体育館、全天候型運動場やトラック、プールなどの施設、スクールバス、安全対策、外国語・進路指導・特殊教育の専門家を抱える学校の授業料は安くはない。赴任者の手当支給額にも上限があるので一部は個人の負担となる。また現地の日本人企業や日本人会に寄付金が課されることもあり、企業にとっても負担が大きい。寄付金では払う人と払わない人が出てくるため、施設費や管理費という名目で一律の額を全家庭から徴収する学校もある。日本人学校がない地域でインターナショナルスクールの授業料を元に教育手当が算出されていたのが、それより授業料の低い日本人学校ができると手当が減額されてしまい、引き続きインターナショナルスクールに通わせるには負担が大きくなるため、日本人学校の進出を歓迎しない保護者もいる。
2002年以降、日本人学校よりも英語を主体としたインターナショナル・スクールや現地校に通う子供の方が多くなっている。理由はいくつか考えられる。まず英語志向の保護者が増え、英語圏では現地校、非英語圏ではインターナショナルスクールを選ぶようになったため。そして、せっかく海外にいるのだから、多国籍の環境で学ばせたいと望むため。もう一つは、帰国生徒が珍しくなくなり、帰国生学級や別枠入試、日本人学校校出身者は出願できない英語での入試など、現地校出身者に対する日本の受け入れ側の態勢が整ってきたため（本来、日本人学校のない地域を考慮した措置だが）、現地校を選びやすくなったことも一因である。そのほか数は少ないが、収入・嗜好・通勤条件などの都合でスクールバスの運行ルート上に住めないため便利な近場の学校を選ぶ家庭、現地の狭い日本人社会のしがらみを避るためなど、家庭によってその理由も様々である。そして、データには現れていないが、現地校に通う在外日本人の中には、海外で生まれ日本へ永住帰国の予定はないが、管轄領事館に出生届と在留届を提出した日本国籍を持つ、いわゆる「国際結婚の子供」も多数いる。
戦国時代に入ると、勢力を強めていく織田信長と延暦寺の対立は頂点に達し、ついに元亀2年（1571年）に園城寺に本陣を置いた信長によって比叡山焼き討ちが行われた。しかし、その一方で園城寺は信長と良好な関係を構築し維持し続けていた。次いで園城寺は天下人となった豊臣秀吉とも良好な関係を築いていたが、文禄4年（1595年）11月、園城寺は豊臣秀吉の怒りに触れ、闕所（寺領の没収、事実上の廃寺）を命じられた。園城寺が何によって秀吉の怒りを買ったものかは諸説あって定かではない。この結果、本尊の弥勒菩薩像や智証大師坐像、黄不動尊などは元園城寺長吏の道澄が自ら住持を務める照高院（現在妙法院がある場所にあった）に避難させ、僧も保護したが、ほとんどの仏像や宝物はよその寺院へ移され、金堂をはじめとする堂宇も強制的に破却、移築された。当時の園城寺金堂は比叡山に移され、現在も延暦寺西塔転法輪堂（釈迦堂）として現存している。道澄は、元光浄院の住持であり秀吉の御伽衆でもある山岡景友とその弟光浄院暹実らと共に復興の請願を繰り返し行った。慶長3年（1598年）になり、秀吉は自らの死の直前になって園城寺の再興をようやく許可している。これは死期を悟った秀吉が、霊験あらたかな園城寺の祟りを恐れたためとも言われている。秀吉の再興許可を受けて園城寺長吏・道澄が中心となって寺の復興事業が開始される。それに伴って、照高院に避難させていた弥勒菩薩像、智証大師坐像、黄不動尊などを園城寺闕所の際にも存続が許されて残っていた上光院に移している。伽藍の復興も進められ、寺領4300石も安堵された。翌慶長4年（1599年）には高台院が金堂を寄進し再建を果たした。現在の園城寺の寺観は、ほぼこの頃に整えられたものである。そして慶長年間末期の頃には三院で49院、五別所で25坊もの子院が並んでいた。寛永年間（1624年～1645年）には寺領4619石が安堵されている。明治維新後、北院の大半は陸軍用地として軍部に接収されてしまい歩兵第9連隊司令部（現、大津商業高校）や練兵場（現、皇子山総合運動公園）となり、最終的に新羅善神堂と法明院を残して廃絶してしまった。また、明治以降は天台宗寺門派を名乗っていたが、1946年（昭和21年）に天台寺門宗と名称を改めたうえで天台寺門宗総本山となった。