2005年7月5日、郵政国会で反対票を投じた。このため同年9月11日の第44回衆議院議員総選挙では自由民主党の公認を得られず無所属で出馬。同党公認で出馬した金子に惜敗。その後自民党から正式に離党勧告処分が下り、離党する（野田聖子・佐藤ゆかり・金子一義・古屋圭司・松田岩夫の項も参照）。2006年11月、「自由民主党に復党し、2007年の参議院選挙に出馬し、参議院に鞍替えする」と報道されたが、郵政造反組復党問題に絡み現職議員以外の復党は参院選終了後まで認めないと党は決定したため、結局無所属で自民党の推薦を受けて出馬することとなった。2人区の岐阜県選挙区の2007年改選の議員に大野つや子がいたために、自民党岐阜県連は大野を公認候補とし、藤井を推薦候補としようとしたが、同士討ちが予想されたため大野が反発。しかし、2月に大野が2007年参議院選挙に立候補をせずに引退することを表明したため、岐阜県選挙区の与党系候補は藤井に統一された。2007年参議院選挙では、農村・山間部の保守層を中心に支持を集め、トップ当選。同年8月1日、自民党は、2007年参議院議員選挙で大敗したため欠員が生じている同党の党紀委員会の審査を経ずに、委員長・笹川尭の職権で仮復党を認めた。同年9月7日、党紀委員会で正式に復党が認められ、古巣の津島派に復帰した。2009年9月、参議院懲罰委員長に就任。
独裁者として、イラクを恐怖で統治していたサッダームであるが、1970年代から80年代に掛けて、イラクをアラブで随一の社会の世俗化を図り、近代国家にしたという功績がある。その一つがイラク石油国有化である。バアス党政権はソ連と共同で南部最大のルメイラ油田を開発させた後、1972年に国家的悲願だった石油事業の国有化を断行した。長年イラクは外資系のイラク石油会社に権益を独占され、石油利益が国家に還元されていなかった。一般に、石油国有化はサッダームの功績の一つにあげられているが、実際に計画を立てて指揮を執ったのは、当時の石油大臣であるムルタダー・アル＝ハディーシーであり、政治決断をしたのがサッダームである。バアス党政権は、国富の公平な配分を掲げていたが、原油収入が限られていたため国有化後も、思うような成果が上がらなかった。事態が好転したのは1973年。石油輸出国機構の原油価格が4倍に急騰した時だった。このころを境にイラクの石油収益は伸び続け1980年には、1968年から比較して50％の260億ドルに達した。この石油収入を背景にバアス党政権は第3次五ヵ年計画を立て、上中流階級の解体、社会主義経済と国有化推進、イラクの経済的自立を目指した。石油産業、軍装備、原発はソ連、その一部をフランス、鉄道建設はブラジル、リン酸塩生産施設はベルギー、旧ユーゴスラビア、東西ドイツ、中国、日本にはハイテク技術分野の専門家や外国人労働者、専門技師の派遣を要請した。これにより、バアス党政権は約400億ドルを懸けて第4次五ヵ年計画を進め、全国に通信網・電気網を整備し、僻地にも電気が届くようになった。貧困家庭には無料で家電が配布された。また農地解放により、農業の機械化、農地の分配を推進し、最新式の農機具まで配られ、国有地の70％が自営農家に与えられた。こうした政策により、1970年代後半にはイラクの人口は35％増加した。また、水利事業にも積極的であり、ドイツ、イタリアの協力でモスルダム（旧サッダーム・ダム）、ソ連の協力でハディーサー・ダム、中国の協力で新ヒンディーヤ・ダムなども完成させた。国内総生産における国営部門の比率も72年には35.9％だったのに対し、77年には80.4％と増加。事実上、バアス党政権が、国民に富を分配する唯一の存在となり、最大の「雇用主」であった。1970年から1980年まで年率11.9％という二桁の経済成長でイラクの一人当たりGDPは中東で最も高くなり、サウジアラビアに次ぐ世界第2位の石油輸出国になった。他にもサッダームはイラク全国に学校を作り、学校教育を強化した。教育振興により児童就学率は倍増した。イラクの低識字率の改善のため、1977年から大規模なキャンペーンを展開し、全国規模で読み書き教室を開講し、参加を拒否すれば投獄という脅迫手段を用いたものの、イラクの識字率はアラブ諸国で最も高くなり、1980年代に大統領となったサッダームにユネスコ賞が授与された。また、女性解放運動も積極的に行なわれ性別による賃金差別や雇用差別を法律で禁止し、家族法改正で一夫多妻制度を規制、女性の婚姻の自由と離婚の権利も認められた。女性の社会進出も推奨し、当時湾岸アラブ諸国では女性が働くことも禁じていた中で、イラクでは女性の公務員が増え、予備役であるが軍務に付くこともあった。男尊女卑の強い中東において「名誉の殺人」が数多く行われていた中、この「名誉の殺人」を非難した人物であることは、あまり知られていない。もっとも、1991年の湾岸戦争以後は、イスラーム回帰路線を推し進め、この「名誉殺人」も合法化。アルコール販売の規制や女性の服装規定の厳格化を進めた。さらにイラクのハブ空港であるバグダード国際空港（サッダーム国際空港）を建設した。これらは石油生産性がピークに達するバクル政権と、それが連続するサッダーム政権初期の功績である。がしかし、後のサッダームはイラン・イラク戦争や湾岸戦争での二度に渡る戦争での債務、その後の国連制裁によってこれらの成果を無に帰してしまった。