2005年8月、NPO法人「女たちの戦争と平和人権基金」が東京都新宿区のビルの一室に「女たちの戦争と平和資料館」を開館。主に旧日本軍の慰安婦と、戦時下における女性への暴力をテーマとしている。
慰安婦問題にはさまざまな認識の差異や論点があり、日本・大韓民国・アメリカ合衆国・国際連合などで1980年代ころから議論となっている。慰安婦は当時合法とされた公娼であり民間業者により報酬が支払われていたこと、斡旋業者が新聞広告などで広く募集をし内地の日本人女性をも慰安婦として採用していたことなどから国家責任はないとの主張がある一方、一般女性が慰安婦として官憲や軍隊により強制連行された性奴隷であるとの主張もある。
2012年5月に韓国で発見された、1943から44年にかけビルマとシンガポールの日本軍慰安所に勤務していた朝鮮人の日記が、落星台経済研究所により現代韓国語に翻訳され、2013年8月に『日本軍慰安所管理人の日記』として韓国で出版された。2013年9月には、堀和生と木村幹の監訳による日本語訳も公表された。それによると、慰安婦は食事や衣服住居を与えられ健康的であった。彼女らは医療的配慮の上出産し、望まぬ妊娠の場合は病院で堕胎していた。何人かは結婚し夫と一緒に暮らすことを望んでいたが、また慰安婦として戻されていた。
2002年(平成14年)、東京都議会議員で自民党の古賀俊昭、自民党の田代博嗣、民主党の土屋敬之ら3名の議員が、七生養護学校を始めとした学校を「行きすぎた性教育」と問題にし、産経新聞などのメディアで「過激な性教育」「まるでアダルトショップのよう」と扱われるなど、保護者や寮の職員から学校側に苦情や懸念が相次ぎ、社会的な批判が起きた。その後、七生養護学校は授業内容の全面変更・禁止、授業は事前に副校長の許可と当日の監視のもとで実施するよう指導され、校長他116人の教職員は処分された。この処分について時の教育長・横山洋吉は「都立七生養護学校では、虚偽の学級編制あるいは勤務時間の不正な調整、それから勤務時間内の校内飲酒などの服務規律違反、その他、学習指導要領を踏まえない性教育など、不適切な学校運営の実態が明らかになったことから、教職員とともに、管理監督責任を果たさなかった校長への処分等を行ったものでございます」と都議会で説明している。2005年3月4日の参議院予算委員会では、山谷えり子参議院議員が「ペニス、ヴァギナなどの用語を使いセックスを説明するのは過激で、とても許せない」と批判し、小泉純一郎元首相も同意した。自民党の安倍晋三を座長とした「過激な性教育・ジェンダーフリー教育実態調査プロジェクトチーム」が設置され、性教育は余計に性を乱すと批判した。山谷えり子は「性なんて教える必要はない」「オシベとメシベの夢のある話をしているのがいい」「結婚してから知ればいい」と主張した。元一橋大学非常勤講師の村瀬幸浩は、これにより学習指導要領が変更され、科学的な知識としての「受精」は扱うが「受精に至るプロセス（＝セックス・性交）」は扱わないなど、日本は性教育後進国となったと主張した。2008年2月、七生養護学校の教員や保護者、関係者が人権侵害を訴えて提訴した裁判で、東京地方裁判所は教育委員会の裁量権乱用を認め、処分取り消しを命じる判決を言い渡した。また、2009年3月12日、東京地裁（矢尾渉裁判長）は、3議員および東京都教育委員会に対して210万円の損害賠償の支払いを命じた。2013年、最高裁は「教育の自主性を阻害」するなどの「不当な支配」にあたると認定し、古賀俊昭をはじめとした都議側に、原告である教員らに賠償金を支払う判決を下した。2013年、中京テレビ『ニッポンの性教育 セックスをどこまで教えるか』が放送され、のちに無料公開された。2018年3月、東京都足立区立中学校の授業が不適切だとする東京都議会質問が波紋を広げた。性交、避妊、中絶は中学の学習指導要領で扱っていないが、3年生を対象にした授業で「産み育てられる状況になるまで性交は避けるべき」と強調し、避妊や人工妊娠中絶についても教え、考えさせる内容を行った。また授業前のアンケートで「2人が合意すれば、高校生になればセックスをしてもよいと思うか」や、正しいと思う避妊方法などを問う項目が含まれており、「学習指導要領に記載のない性交、避妊、中絶といった言葉を使っていた」「かえって性交を助長する」と問題視され、足立区教育委員会を指導するに至った。発端の都議会質問は、七生養護学校を非難・処分し最高裁で敗訴した古賀俊昭であり、「結婚するまで性交渉を控えるという純潔教育や自己抑制教育が必要だ」「そもそも『結婚する・しない』を自己決定するという戦後の価値観が問題だ。『結婚・出産・子育て』は社会貢献だとしっかり教育すれば、安易な性交渉にはおのずと抑制的になる」などと主張した。Yahoo!ニュースのアンケート（2018/5/15〜5/25）では、25,063票中、性教育が必要は90.5%（22,674票）、不必要は9.5%（2,389票）だった。2019年2月26日に行われた東京都議会では、中学校での性教育について、都教育委員会の中井敬三教育長は「児童生徒が正しい知識を身に付け、適切に意思決定や行動選択ができるよう、区市町村教委などと連携して各学校を支援する」と答弁した。小池百合子知事は、犯罪の被害者を支援するための犯罪被害者支援条例を制定する方針を明らかにした。