奈良市街地の南東方、春日大社の二の鳥居の南方に位置する。最盛期には4町（約440メートル）四方の寺地を有し、現在の奈良教育大学のキャンパスあたりまでが新薬師寺の境内地であった。新薬師寺は奈良時代（8世紀）創建の官立寺院であることは間違いないが、創建の正確な時期や事情については正史に記載がない。平安時代末期成立の『東大寺要録』には、末寺である新薬師寺についての記載があり、同書の巻第一・本願章には「天平19年（747年）、光明皇后が夫聖武天皇の病気平癒のため新薬師寺を建て、七仏薬師像を造った」とある。また、同書巻第六・末寺章によれば、新薬師寺は別名を香薬寺といい、九間の仏堂に「七仏（薬師）浄土七躯」があったという。天平宝字6年3月1日（762年3月30日）の「造東大寺司告朔解」（こくさくげ）という文書（正倉院文書）によると、当時「造香山薬師寺所」という臨時の役所が存在し、香山薬師寺（新薬師寺の別名）の造営がまだ続いていたことがわかる。『続日本紀』の記載を見ると、聖武天皇の病気は2年前の天平17年（745年）以来のもので、新薬師寺の建立された天平19年（747年）頃は小康状態にあったようである。『続紀』によると、天平17年（745年）9月には聖武の病気平癒のため、京師と畿内の諸寺に薬師悔過（けか）法要の実施を命じ、また諸国に「薬師仏像七躯高六尺三寸」の造立を命じている。新薬師寺の創建は、この七仏薬師造立の勅命にかかわるものとみられている。なお、別の伝承では、聖武天皇が光明皇后の眼病平癒を祈願して天平17年（745年）に建立したともいう。
五ェ門は斬鉄剣を非常に大切にしており、『TV第2シリーズ』第61話「空飛ぶ斬鉄剣」で不二子によって斬鉄剣が盗まれた時は自殺騒ぎまで起こしている（この時盗まれた斬鉄剣は、不二子に依頼したギャングを経由して武器の生産会社の手に渡り、同社の利益拡大のためにリモコン飛行機に装着された状態で用いられ、中央アフリカの前線基地の軍事施設を破壊して、仲の悪い2つの国の緊張を高め無理やり戦争を引き起こそうとする悪事に使われた）。『TV第2シリーズ』第19話のみ、金庫職人錠太郎の作った卵形金庫を切ることができず折れてしまったが、命よりも大切にしている割に、その時は嘆きもせず折れた斬鉄剣をゴミのように投げ捨てていた。他にも、『PartIII』第26話と第38話、TVスペシャル『炎の記憶〜TOKYO CRISIS〜』で盗まれている。またTVスペシャル『ロシアより愛をこめて』では、竹光にすりかえられたことがある。『PartIII』第37話では、銭形から強力な瞬間接着剤入りの銃弾を受け、斬鉄剣が抜けずそのまま銭形に敗れたというエピソードがある。『PartIII』第46話では、ルパンたちが復元したゼロ戦のプロペラとしても活躍している。劇場版『ルパンVS複製人間』では、合金チョッキこそ切れなかったものの、相手の顔面を切るという技を見せている（劇中では画面を切り、相手側の視点から切られた演出を使っている）。しかしその後斬鉄剣の剣先が折れてしまった（この剣先は後にルパンの命を救う）。なお、『TV第2シリーズ』第56話では、斬鉄剣のほかに、小太刀を持っていることが分かる。
日本では柿、南方ではパパイヤを好物とし、「大和」の冷蔵庫にはパパイヤが山のように保存されていた
水饅頭が大好物であった
ただし、これはくず粉を用いて作った透明の生地で餡を包んだ夏季の生菓子の水饅頭ではなく、酒饅頭を冷水で浸したものに砂糖を掛けたものであった
非常にお洒落な人物であり、大切にしていた特製のサージの軍服は、逆光で青色に光った
毎日5足以上の靴を磨かせて並べて履き替えていたが、靴の中が熱くなるのを嫌っていたからであった
従兵長達が山本のために精一杯豪華な食事を用意し続けたため窮屈な軍艦内部の生活が原因で運動不足になり、高血圧か脚気になった可能性がある
山本は1942年末-1943年にかけて手足のしびれ・むくみを訴えたため古賀峯一大将が心配している
女性に対して細やかな気配りを見せ、得意の逆立ちで宴席の場を盛り上げる等、花柳界ではかなりの人気者だった
その一方で山本は下戸であり、一説によると彼の徳利には番茶が入っていた
連合艦隊旗艦「長門」艦長・大西新蔵は、宴会で専用の徳利から酌をされる山本を目撃している
海軍将校間の宴会では無口だった山本だが、拳骨の腹に徳利を吸いつけて酌をする隠し芸を披露した
他人に揮毫を頼まれた時は「常在戦場」と好んで書いている
この言葉は、故郷旧長岡藩の藩是である
「号」は「兜城」（長岡城の別名）、のちに「長稜」（長岡の雅名）を使った
戦前、山本は「支那の夜」(渡辺はま子)という流行曲を気に入り、昼食時に軍楽隊に演奏させていた
逆立ちが得意で「アメリカ行きの船の中で催されたパーティーで、階段の手摺の上で逆立ちを披露した
続いて皿回しを披露して乗客を唸らせた」「妙義山頂の岩の上や加治川急流下りの舟の舳先などで逆立ちを行い、皆がハラハラする様を楽しんだ」といった話が伝えられている
河合千代子不在の折に妾宅を訪れ、山本とは面識のない千代子の兄が留守番をしている前で、逆立ちをし、屁をひとつひって、「これでも海軍大佐だ」と自己紹介した事がある