特殊慰安施設協会は1945年8月22日に設置されたが、30日に上陸した進駐軍は横須賀や横浜をはじめ、民家に侵入し日本人女性を強姦する事件が多発した。28日、9月2日開業予定の小町園慰安所には機関銃で武装したアメリカ軍兵士達が乗り込みすべての慰安婦たちを強姦した。横浜では、100名を超える武装したアメリカ兵が開業前日の慰安所に乗り込み慰安婦14名を輪姦した。9月1日には野毛山公園で日本女性が27人の米兵に集団強姦された。5日には神奈川県の女子高校が休校した。19日にGHQがプレスコードを発令して以後は連合軍を批判的に扱う記事は新聞で報道されなくなった。武蔵野市では小学生が集団強姦され、東京都大田区 大森では病院に2 - 300人の米兵が侵入し、妊婦や看護婦らが強姦された。これらのアメリカ軍による集団強姦事件はダグラス・マッカーサー元帥やロバート・アイケルバーガー将軍も把握しており、アメリカ軍は強姦から女性を守ろうと設立された自警団に対しては戦闘車両で鎮圧し自警団幹部らを長期間にわたって刑務所に監禁した。進駐軍相手の日本人娼婦（街娼）は「パンパン」などと呼ばれていた。占領直後の性的暴行や強姦の件数については確定していないが、藤目ゆきによれば上陸後一ヶ月だけでも最低3500人以上の女性が連合軍兵士によって被害をうけ、その後も1947年に283人、1948年に265人、1949年に312人の被害届けが確認されているがこれらは氷山の一角であり、藤目は占領とは「日本人女性に対する米軍の性的蹂躙の始まり」でもあったと述べている。
また、服属していた東方アフガン勢力のシェール・ハーンが次第に勢力を拡大し、ムガル朝に敵対するアフガン人らの盟主となってしまったため、1537年にフマーユーンは彼を攻めるために東方に進軍した。シェール・ハーンはバハードゥル・シャーの多額の資金援助のもと、1200頭の象を含む大軍を擁し、ジャウンプルとヴァーラーナシーからベンガルにかけて強力な同盟勢力を築き上げた。フマーユーンは同年の暮れ、後方との連絡を脅かすとしてチュナールを包囲したが、その城を占領するのに6ヶ月も要した。その間、シェール・ハーンはロータースガル城を奪い、そこに自身の家族を避難させたのち、ベンガル・スルターン朝への侵略を行い、その首都ガウルを占領した。シェール・ハーンはフマーユーンに完全に軍略で勝っていた、と歴史家のサティーシュ・チャンドラは評している。シェール・ハーンはガウルを占領したのち、フマーユーンに対してベンガル領有を認めるなら毎年100ディーナールを支払うと申し出た。だが、フマーユーンは豊かなベンガルをシェール・ハーンの手に残しておくつもりはなく、またフマーユーンの陣営に負傷して逃げてきたベンガル王がシェール・ハーンへの抵抗を続けられると力説したため、彼にこの提案を拒否させた。しかし、ベンガル王は負っていた怪我が原因で死亡したため、フマーユーンは単独でベンガル遠征に向かった。シェール・ハーンはすでにベンガルを離れ、南ビハールにいたが、これはフマーユーンにベンガルに進出させ、アーグラとの連絡を絶つ彼の作戦であった。そのため、フマーユーンはガウルに難なく到着し、現地で法と秩序を確立しようとした。だが、その間に実弟のヒンダールがデリーで皇帝を自称し始めた。この企みはフマーユーンを支持する貴族の反対で失敗した。だが、この行動はカームラーンの覇権を狙う野望にも火をつける結果となった。一方、フマーユーンはシェール・ハーンの作戦により、アーグラとの連絡を絶たれてしまったため、3、4ヶ月ガウルに滞在したのち、わずかな守備隊を残してアーグラへと帰還した。フマーユーンは雨季やアフガン人の執拗かつ絶え間なく続く攻撃に加え、貴族間の不仲にもかかわらず、ブクサール近くのチャウサーにまで軍を退却させることが出来た。このころ、カームラーンがヒンダールの反乱鎮圧を目的にラホールから進出してきたが、フマーユーンには援軍を送ることはしなかった。1539年6月26日、フマーユーンはシェール・ハーンの軍勢にチャウサーで敗北を喫した。フマーユーンはシェール・ハーンに勝てると確信していたが、アフガン軍は戦闘経験をつみ、強力な指導者に率いられていたため士気が高かったが、フマーユーンはチャウサーの町でアフガン軍と対峙しながら和議を結ぼうとした。シェール・ハーンはその間に軍の戦闘態勢を整え、帝国軍を急襲させ、総崩れにさせた。この戦いで帝国軍の著名な貴族、および兵士7千人あるいは8千人が死亡し、フマーユーンはアーグラへと逃げ延びた。同年12月、シェール・ハーンはガウルで即位して、シェール・シャーと名乗った。そして、ここにアフガン系スール族によるスール朝が創始された。一方、フマーユーンはアーグラに戻ったのち、軍の体勢を立て直し、再び東征を開始した。とはいえ、一万の兵とともにアーグラにいたカームラーンはフマーユーンに協力する気はなく、他方フマーユーンも彼に軍の指揮権を委ねる気はなかったため、カームラーンはラホールへと進出していた。1540年5月17日、フマーユーンはシェール・シャーの軍勢とアーグラとラクナウの間にあるカナウジで再び激突した。この戦いにはヒンダールとアスカリーも参加し、兵の数のスール朝を上回っていたが、帝国軍が結果的に大敗した。軍の大部分はガンジス川で溺れ死んだが、フマーユーンはアトガ・ハーンのおかげで何とか川を安全にわたることが出来た。フマーユーンはアーグラへと逃げ、そこからラホールへと逃れた。彼はカームラーンら弟とラホールで談合し、シェール・シャー打倒後に帝国領の分割をする約束さえもしたが、弟たちは軍事支援を拒否したばかりか、カーブルへの避難はもとよりラホール滞在も容認せず、失敗に終わった。彼はラホールからインダス川にそって下り、ムルターンを経由したのち、長く苦しい亡命生活に身を置いた。その後、同年6月15日、シェール・シャーはアーグラに入城し、帝国はスール朝に乗っ取られてしまった。