2008年秋からアメリカ本国で放送されたシーズン7は、電脳空間で生み出されたサイバーシュレッダーとタートルズの戦いを描いている。内容はそれまでのシーズンからの続きとはなっているものの、タイトルロゴはそれまでのものとは別にデザインされている。また、キャラクターデザインははFFよりもさらにカートゥーン色を強め、タートルズは全員鉢巻をした状態でも黒目が見えるようになっており、瞳の色はそれぞれの体色に準拠しているほか、FFで表現されていた体格差がより顕著になっている。
"FAST FORWARD"と名付けられたこのシーズンは2006年から放送された。99年後の世界にタイムスリップしたタートルズとスプリンターが、エイプリルとケイシー・ジョーンズの曾孫とともに戦うという内容である。ミラージュ・スタジオと4キッズの方針変更により、シーズン1から5よりもカートゥーン調の強い絵柄になり、色彩も明るく華やかになっている。また、これまでのシリーズでは無かったタートルズ4人の体格差が表現されている。
"Ninja Tribunal"という副題がつけられたこのシーズンは、オロク・サキこと天狗シュレッダーとタートルズの対決を描いたものであり、当初シーズン5として放送される予定であった。だが、視聴率を回復させたい製作会社の意向により、"FAST FORWARD" が代わりに放送され、"Ninja Tribunal" はDVDのみの発売となった。2006年8月、製作会社の一つである4キッズエンタテインメントは、"Ninja Tribunal" をコムキャストの Comcast-On-Demand で配信する契約を結んだ。配信時、"FAST FORWARD" が第6シーズンとして扱われたことにより、多くの視聴者が混乱する事態を招いた。その後、"Ninja Tribunal" の5話分が配信された後、Comcast-On-Demand での配信は取りやめられた。"Ninja Tribunal" は、2007年初頭にDVD化される予定であったが中止となった。その後、4キッズは2008年2月16日に "Ninja Tribunal" を未公開エピソードとして宣伝し、最終的にDVDを2008年5月20日に発売した。
シーズン4では、フット団の首領の座に就いたカライとタートルズとの戦いを描いている。第97話（通算）"Insane in the Membrane" は、ストックマンが自身の頭脳を新たな身体へ移したことによって錯乱する様子を描いており、アメリカ合衆国では内容が問題視されたことによって放送が見送られ、2015年8月2日にニックトゥーンズで行われたタートルズ一挙放送の中で初めて放送された。なおこの回は、イギリスにおいては2006年10月14日に放送された。
漫画『ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズ』の二度目のアニメ化作品となる本作の制作には、漫画の原作者であるミラージュ・スタジオが関わっているため、デザインや設定は比較的原作に忠実であり、1987年版シリーズよりも暗めの作風となっている。その一方で、武器や鉢巻を装備しなくても見分けがつくよう、タートルズの各メンバーのデザインや体色には差異を持たせている。実質的な制作は韓国の同友アニメーションが担当している。オープニングテーマは、シーズン1 - 3、シーズン4前半、シーズン4後半 - 5とで若干歌詞が変わっている。日本では、2007年4月2日から2008年3月31日までテレビ東京およびその系列局で放送。『アニメ530』枠の後半にあたる月曜 18:00 - 18:30 （日本標準時）に放送されていた。日本語版では、前作同様独自演出によるギャグやアドリブが多い。またネット局によっては、作品本編の終了後にレオナルドが「ガレッジセールのお2人、この後はよろしく！」と言った後、直後の時間帯に放送されていた『ガレッジ×ビレッジ』の司会・ゴリ（ガレッジセール）が「はいはーい、任せとけ！」と受け答えるクロストーク風の演出（クロスプログラム）があった。テレビ東京版ではポケモンショックの問題で、残像処理などのさまざまな修正が施された。日本語版を収録したDVDは2010年に発売される予定であったが急遽中止となり、その後も発売が実現していない。
19世紀末、ジェレマイア・カーティンがアイルランド中西部でゲール語の話し手から採取した民話集 "Myths and Folk Tales of Ireland" の中に、コンラを取り扱ったものも収録されている。フィン・マックールの下に身を寄せていた、呪われた王女ギル・アン・オーグ (Gil an Og) を援助する者として、彼の部下の中から予言に半ば指名される格好でクー・フーリンが選ばれた。紆余曲折の冒険の後彼は成功を収め、ギル・アン・オーグを妻としてアイルランドへと凱旋した。これで収まらないのがアイルランドに残されていたクー・フーリンの妻、アルバのヴィラーゴ (Virago) である。父の顔を知らないまま18歳となったコンラは、嫉妬に狂った母親ヴィラーゴに命じられ父親の殺害を試みる事になる。ヴィラーゴは同時に「いかなる相手にも敗北してはならない」「相手を倒さない限り自らの名前を名乗ってはならない」とコンラに厳命したため、クー・フーリンはコンラが息子であると知ることなく彼と決闘を行うこととなった。事情を知らず挑戦者を容赦なく攻め立てるクー・フーリンに対し、コンラは父親への手加減を続けたまま三日三晩渡り合うほどの武芸者として描かれる。しかし四日目の朝、フィン・マックールの部下の一人でありトラブルメーカーのコナン・マウルが、まだコンラを倒せないクー・フーリンを煽り立てた事によって潮流は変わった。コナンの発言に集中力を乱されたコンラに生じた隙を見逃さず、クー・フーリンは槍で彼の頭を貫き決闘の幕を下ろした。今わの際のコンラからの告白により、息子を手にかけた事を知ったクー・フーリンは狂乱状態に陥る。親指の予言の力により今のクー・フーリンと対面すれば自分たちが一人残らず虐殺されてしまう事を悟ったフィン・マックールは、クー・フーリンをバーラ (Bale) の岸へと追放した。七昼夜狂乱し波と格闘したクー・フーリンは空腹と衰弱によりついに倒れ、その体を波が覆い隠した。