2010年にiアプリ向けのソフトとして配信された本作は、全1章の短編作品だった。本作開発当時のポノスの社員は9人しかおらず、うち本作の開発スタッフはプロデューサー、デザイナー、プログラマーのわずか3人だけだった。これ以上の人手はかけられないため、キャラクターデザインは「誰でも描けそうな」単純なものになった。iOS/Android版はiアプリ版を基にしつつも、移植に伴い第2章以降が開発された。
基本キャラはすべて1章内の各ステージをクリアや経験値で入手可能であり、第三形態に進化させるためには、にゃんこガチャ（毎日ログイン時、または特定のステージやにゃんこミッションでもらえる銀色のチケット(にゃんこチケット)を回し、+を付け経験値で上げたレベルとの合計が30必要。なお、初期のころはレベルがMAXになっていない状況で使用すると、そのまま経験値で上げることができる範囲において+はつかなかったが、近年は現在のレベルに足され+がつくようになった。また、一部のEXキャラは日本編、未来編、宇宙編をクリアすることで入手でき、日本編で手に入れたEXキャラの第三形態は未来編をクリアすることで進化が可能となる。このほかにも、ネコカンを支払ったり、特定のステージのクリア報酬など、様々な方法で入手できるキャラクターもいる。一部のキャラクターは、不定期に出現する開眼ステージか特定のステージをクリアすることで第三形態に進化が可能となる。ガチャキャラはネコカンやレアチケットを消費しレアガチャを回す事により入手出来る。レア、激レア、超激レア、伝説レアの4種類ありマタタビを使って第3形態にする事が可能である。(一部実装されていないキャラがいる)本作では、1スロット目(1スロットには5体、2スロットにも5体とキャラクターが合計10体セット出来る)に特定のキャラクターを配置することで戦闘開始時に『にゃんコンボ』を発動させ、戦闘を有利に進めたりことなどができる。なお、にゃんコンボは同時に複数発動させることができる。
大きく分類すると、日本の各都道府県を制圧する日本編、世界を制圧する未来編、宇宙を制圧する宇宙編、レジェンドストーリー、高いスコアを目指すチャレンジモード、アイテムを取得できる曜日クエストが存在する。第二章へは第一章をクリアすることで、第三章へは第二章をクリアすることで進むことができる。また、未来編、レジェンドストーリー、チャレンジモードは日本編第一章をクリアすると出現し、宇宙編は未来編第一章をクリアすることで出現する。日本編では、日本列島の各都道府県と西表島の48ステージが存在し、未来編では、世界各国と月の同じく48ステージ、宇宙編では、様々な星、星雲とビックバンの48ステージとなっており、各章の最後のステージが日本編は西表島、未来編は月、宇宙編ではビッグバンとなっている。また、それぞれのステージにはお宝が一定確率でドロップする仕組みとなっている。お宝には粗悪なお宝、普通のお宝、最高のお宝の3種類ありそれぞれの地方で揃えると、戦闘が優位になったりするなどの効果が発動する。
プレイヤーが、自ら編成したキャラで敵キャラと戦闘を行い、勝利することを目的とする戦闘ゲームである。戦闘中に自動で貯まるゲーム内のお金を使用し、自分の城からキャラを生産することで戦闘を行うことができる。キャラを生産すると自動的に敵キャラと戦闘が行われ、最終的に敵側の城の体力を0にすると勝利となり、反対に自分の城の体力を0にされると敗北となる。プレイヤーは、プレイ当初より設定されている基本キャラクターや、ネコカン(課金等で入手することのできる仮想通貨)を使用することで入手できるEXキャラクター、ネコカンを使用することで回せるレアガチャで入手できるレアキャラ・激レアキャラ・超激レアキャラ(不定期複数)、伝説レアキャラや、ステージを攻略することで獲得できるキャラ(EX、レアなどに分類される)などを用いて敵キャラと戦闘させるキャラ10体の編成をすることができる。戦闘に勝利すると経験値（XP）を得る。また、その経験値を使用してキャラクターを強化できる。また、ステージを攻略すると次のステージへと進むようになっており、基本ステージは日本編の西表島、未来編の月、宇宙編のビッグバンまで進むことができる。
3年前、長野県の塩名町で遺跡の発掘作業をしていた考古学者の神村賢作は、日本にはないとされていた前期旧石器時代の遺物を発掘し、今もなお専門家による検証作業が続いているが、教科書編集者の佐久間里奈の尽力により、歴史の教科書に掲載されることになる。塩名は遺跡の町として沸き上がり、観光の町へと変貌を遂げていた。ある日、西多摩の桑見遺跡で発掘作業をしていた神村は、13年前に誘拐・殺害された女子高生の遺骨を見つけてしまう。当時、未解決に終わったこの事件を担当していた行永刑事は再びやる気を取り戻し、捜査を始める。そんな中、神村らが唱える前期旧石器時代の学説に否定的な立場を取る国松が、神村の発見は捏造だと里奈に訴える。教科書は多くの発注を受け、今さら捏造だなどととても言い出せる状態ではなく、里奈は一人で悩む。真夜中、桑見遺跡の一角で一人土を掘り返す男の姿があった。13年前に女子高生を殺した犯人が、残る手がかりを隠滅しようとしていたのだ。神村の捏造の証拠を掴もうと探っていた国松は、男に誰何し、殺されてしまう。同じ頃、神村の助手を務める馬場は、神村の3年前のある行動を思い出し、「神の手」への疑惑が大きくなっていき、神村の恩師でもある桧山に相談する。里奈に直接捏造疑惑を問い質された神村は、考古学の発展のために必要な捏造だったと主張する。栄える塩名町を見てきた里奈は言下に否定できない。そして遂に神村が、塩名遺跡で本物の前期旧石器時代の人骨を発掘する。歓喜に沸く神村を見て、馬場は「またやったのか」としか思えなかった。そんな中、女子高生の遺骨を掘り返され、神村を逆恨みした犯人が馬場を拉致し、神村の命も狙っていた。