1988年（昭和63年）、荻窪用水周辺に「めだかの学校」の歌碑が建てられた。2005年（平成17年）4月には、作曲者の中田が在住していた横浜市旭区にあるこども自然公園にも歌碑が建てられた。また、神奈川県横須賀市内三笠公園脇、埼玉県久喜市のUR（公団）久喜青葉団地内『童謡の小道』、および和歌山県西牟婁郡すさみ町の『日本童謡の園』にも碑が存在する。
茶木が作った詞は、曲を担当する中田のもとにNHKを経由して届けられた。当初、茶木が作った歌詞には特定の歌詞の繰り返しが存在しなかったが、その箇所を繰り返した方がいいと言う知人の女性の指摘を受け入れた中田は、歌詞を変更した上で作曲を行い、楽曲の完成へと至った。繰り返しがないと8小節で曲がまとまってしまい、小さくまとまってしまうこともその理由としている。中田はこの作品について、作曲した当初は多くの人々に歌われ、親しまれるようになるとは思わなかったと証言している。
東京の製薬会社に勤務するかたわら童話や童謡を作っていた茶木だが、作詞する際に参考にしたのは、依頼が来る4年前の1946年（昭和21年）に神奈川県小田原市にある荻窪用水で息子と交わしたやりとりである。小田原市に在住していた茶木は、戦中は家族で箱根に疎開して難を逃れた。しかし、自宅が全焼したために、戦後はバラックのような家に住むことになり、食糧を確保するためにたびたび買い出しに出た。ある日、買い出しのために息子と山を降りて荻窪用水周辺を通りかかると、息子がメダカを見つけた。息子が大声を上げるとメダカが姿を隠してしまったので、茶木が「あんまり大声を出すんで逃げてしまったんだよ」と言うと、息子は「大丈夫、またくるよ。だってここはメダカの学校だもん」と返答した。というのがこれまでの定説化した話であったが、童謡研究家の池田小百合が茶木本人と直接書簡をやりとりした結果を2009年に発表したものによると、これは筆者佐藤義美の創作であると結論づけている。4年後の1950年、茶木が雑誌に書いた童話を放送したいと、NHKから連絡があった。その打ち合わせの際に、茶木が本職である童謡を作らせて欲しいと要望を伝えると、NHKは「春先に放送する明るい歌」という条件を出した上で、茶木の要望を受け入れた。そして、茶木は息子とのやりとりを思い出して詞を完成させた。
1950年（昭和25年）に茶木によって作詞され、1951年（昭和26年）3月、NHKのラジオ番組「幼児の時間」のコーナー「歌のおけいこ」で発表された。同年4月、NHKのラジオ番組「うたのおばさん」で安西愛子が歌い、安西の歌唱によるレコードも発売された。片面には、作詞：サトウハチロー、作曲：中田喜直の「かわいいかくれんぼ」が収録されていた。発表された当初は「新しい童謡はなじみがなくつまらない」「昔からある童謡がいい」などと批評されたこともあったが、やがて日本中に知れ渡り、1954年（昭和29年）には文部省芸術選奨文部大臣賞を受賞した。また、2007年（平成19年）に文化庁が選定した「日本の歌百選」に選ばれた。2013年の保育士実技試験課題曲に取り上げられた。
ホーチミン市から北西約100kmのタイニン省（ベトナム語: Tĩnh Tây Ninh / 省西寧）ホアタイン県（ベトナム語: Huyện Hòa Thành / 縣和城）に総本山がある。信徒数は約100万から300万と言われ、タイニン省の人口の7割あるいは3分の2がカオダイ教の信者だと言われる。カオダイとはベトナム道教の最高神玉皇上帝のことであり、総本山教会堂の祭壇中央に信者を見下ろすように設置される目だまは、カオダイの神の目である。これは天眼と呼ばれ「宇宙の原理」「宇宙の至上神」の象徴とする。この目玉はカオダイ教のシンボルマークでもある。教義では、キリスト教的な要素、特に聖職者の階級制度を採用していると言われるなどカトリックの側面が見られる一方で、古来からの精霊崇拝の要素も見られる。孔子、老子、釈迦、観音菩薩、キリスト、ムハンマド、さらには李白、太上老君（老子）、ソクラテス、トルストイ、ヴィクトル・ユーゴーなどを聖人や使徒と仰ぐ。1959年に死んだファン・コン・タックという人物がカオダイの新たな教祖として祀られている。タックはキリスト教徒であったが仏教、儒教、老教、キリスト教に神道を束ね世界の救済を行ったとされる。カオダイは第1回目の人類救済のために釈迦の姿を借り現世へ現れ、第2回目はキリストと老子の姿を借りて現れた。現在、3回目の人類救済のために東西諸宗教を統合したとされる。総本山の建物は南国的かつ色彩的な外観であり、内部には色とりどりのネオンが取り囲み祭壇は派手でけばけばしい（もっとも、ベトナムでは田んぼの脇の祠から廟、寺の本尊、教会に至るまでLEDやネオンで飾るのは一般的である）。一般信徒は主に白色のアオザイ（衣長）を身に着け、日に4回の礼拝を行う。礼拝は声明のようなものが唱えられ、信者らはひれ伏し2回の鳴物入りの合唱隊とともに不思議な酩酊状態が作り出される。フランス領インドシナ時代には独自に私兵団や自治機構を持ち反フランス運動を展開する一方で、インドシナ戦争中にはベトミン（ベトナム独立同盟会）と戦った。ジュネーヴ協定によってベトナム共和国（南ベトナム）が成立すると、カトリック教徒の政権がカオダイ教やホアハオ教（和好教）、ビン・スエン派などの私兵団を武装解除する動きを見せたため、武力抵抗を図ったが鎮圧された。