1999年（平成11年）に313系が登場し、311系を置き換える形で新快速に投入され、同年12月4日の改正で日中の列車はすべて313系となった。最高速度は120km/hのままであるが、加速性能の向上により所要時間の短縮を実現している。また、朝方はこの改正時に同時に新設した特別快速にほとんどが変更された。この改正で日中の普通列車を大垣折り返しから岐阜折り返しに短縮したことに伴い、岐阜 - 大垣間の快速・新快速は各駅に停車するようになった。同時に幸田、三河三谷に停車する列車も夕方以降に新設された。この列車は夕方以降の快速を格上げした列車であり、ラッシュ時には米原や浜松方面へ直通する列車も増発された。ここでの大きな変化は、快速にも313系が投入されたことにより、新快速と快速の性能統一がなされたことが挙げられる。全体の底上げを行うことで、旧来の「停車駅が少なく、スピードが速い」という新快速のフラッグシップ的な要素は消え、「停車駅が1駅少ない快速」の位置付けに変化した。同時に登場した特別快速も同様である。313系の大量投入により、それまでの新快速運用に充当されていた311系は普通列車に用いられることとなった。ただし、高速性をさほど必要としないラッシュ時間帯には311系も用いられ、同時間帯には117系の新快速も再設定された。これは、停車駅が1駅少ない快速となったことを受けてのものであり、313系の新快速より所要時間に余裕を持ったダイヤで運行された。そのほか、313系の投入により、朝夕に豊橋で2両を分割した飯田線への直通運転が行われ、豊川・新城方面からの通勤サービスが図られていた。飯田線直通の大半は特別快速であったが、一部は新快速の列車もあった。
1989年（平成元年）3月11日に新快速がはじめて設定された。運転区間は蒲郡駅 - 大垣駅間に限定され、また当時は岐阜駅 - 大垣駅間はノンストップであった。車両は当初117系が用いられ、最高速度は110 km/hであったが、同年7月に311系を新造、新快速に集中的に投入することにより、最高速度が120 km/hに引き上げられた。その後1年を経て、311系は増備が続けられ新快速の全列車に投入されるとともに、運転区間も豊橋 - 大垣間に拡大している。これにより「新快速=311系」「快速=117系」という棲み分けがなされ、120  km/h運転を行う新快速は快速に比べて特別なフラッグシップ的存在となっていた。一方、快速の運転区間は浜松駅 - 米原駅間となり、比較的長距離を走る列車も増えていった。このころから並行する名鉄名古屋本線との立場が逆転し、優位に立つようになる。劣勢になった名鉄では1990年（平成2年）に特急券不要の高速を特急に格上げし、名古屋本線では一部特別車（指定席）の特急が登場した。さらに翌年には専用車両（一部特別車の1000・1200系「パノラマSuper」）を登場させ、巻き返しを図っていった。停車駅面では知立駅、新安城駅通過の列車が増えていった。
新約聖書学の一部に、十字架の高さは人の背の高さから少し高い程度に過ぎなかったが、後の時代には、イエスを神と理解する信仰から、十字架刑の残忍性が払拭されるようになり、神の栄光を表すという心情から、高く掲げられるように変わってきた、という説がある。またキリスト教系の新宗教であるエホバの証人はキリストの磔刑が「一本の杭（苦しみの杭）」で行われたと主張している。彼らが発行した『参照資料付き新世界訳聖書』の付録において、「苦しみの杭」の根拠としてカトリック教会の学者ユストゥス・リプシウス（1547-1606年）の著書『デー・クルケ・リブリー・トレース』を引用しており、その本の複写を掲載している（ただし同書には十字架につけられた人の絵も掲載してあり、ｐ46にて『十字架こそキリストを処刑するのに使われた刑具である』とリプシウスは説明している）。上記のような考えに対し、新約学者Franceは、マルコの福音書15章36節「海綿に酸いぶどう酒を含ませて葦の棒に付け」「エリヤが彼を降ろしに来るか」という記述から、棒につけなければならない程の高さがあったこと、また「降ろす」という単語の接頭辞 κατα は「（ある程度の高さ）から」という意味があるため、縦木は高く、イエスが負わされたのは横木であった、つまり文字通りの十字架刑であったと主張している（R・T・フランス）。また大野キリスト教会牧師であり、「JWTC（エホバの証人をキリストへ）」主宰者の中澤啓介は著書『十字架か、杭か』において、エホバの証人が論点とする「イエスの時代のギリシャ語『スタウロス』」が「十字架」であったという考古学的証拠が多数発見されており、1～3 世紀のキリスト者の墓地に十字架が刻まれていることが、考古学的発見から明らかになっている、と述べている。神学者の佐藤研はイエスの十字架については「十字型」ではなく「T字型」であったろうとの見解を記し（なお、佐藤はイエスの十字架について「一本の杭」の可能性は全く述べていない）、本来処刑道具であることを示すためにスタウロス（十字架）の訳語として「杭殺刑」「杭殺柱」にしてはどうか、という提言を行なっている。