2008年1月、期限付き移籍期間満了により浦和レッドダイヤモンズに復帰。2008年Jリーグ開幕前の練習試合で左足付け根に全治3ヶ月の怪我を負う。第14節の柏レイソル戦にて復帰するが、出場わずか15分で怪我を再発。全治6ヶ月の重傷と診断を受け、同年の公式戦出場はこの1試合のみとなった。2009年、浦和の新監督にフォルカー・フィンケが就任。三都主は負傷の回復が遅れた上に、フィンケの若手選手重用により出場機会が激減。先発出場は8月までに2試合のみ にとどまっていた。
2007年1月30日から1年間、浦和からの期限付き移籍によりオーストリア・ブンデスリーガに所属するレッドブル・ザルツブルクでプレーした。ザルツブルクでは加入した2006-07シーズンにリーグ優勝を経験。2007-08シーズン前半まで在籍し、リーグ戦通算11試合に出場した。移籍時には完全移籍や契約延長のオプション契約も含まれていたが、ザルツブルク側はそれらを行使しなかった。
2004年1月、清水エスパルスから浦和レッドダイヤモンズに完全移籍。移籍金は1997年に横浜フリューゲルスからヴェルディ川崎に移籍した前園真聖を超えて、当時の国内最高額となる推定3億8000万円（または3億5000万円） だった。浦和では2004年のJ1 2ndステージ、2006年のJ1、2005年度と2006年度の天皇杯に優勝した。
明徳義塾高校卒業後、監督が清水エスパルスのスカウトと知り合いだったこともあり、清水の練習に練習生として参加し、契約を勝ち取る。1997年に正式加入、持ち前のドリブルで左サイドのスペシャリストとして頭角を現す。「アレックス」という登録名は当時の清水の監督オズワルド・アルディレスによって付けられた。加入当時、清水にはサントス、オリバ、マーク・ボウエンと3人の外国籍選手がおり、三都主は第4の選手とみなされていた。しかし他の選手に故障が相次いだこともあり 1年目からリーグ戦27試合に出場した。体力不足もあって1年目のリーグ戦フル出場は1試合のみにとどまった。1997年5月28日の1stステージ第11節アビスパ福岡戦では、自陣からドリブルで約70メートルを突破して初ゴールを決めた。清水加入当初は色々なポジションで起用されていたが、1999年に左アウトサイドに定着。清水はこの年に2ndステージで優勝、また年間勝点では2位以下に大きく差を付けて1位となった。この年に大きくブレイクした三都主は清水躍進の原動力となり、史上最年少の22歳でJリーグ最優秀選手賞を受賞した。1999年12月11日に行われたジュビロ磐田とのチャンピオンシップ第2戦では、三浦文丈を蹴りつけて35分に退場を命じられた。チームは奮闘したものの最終的にPK戦で磐田に敗れた。清水の監督スティーブ・ペリマンは「11人で戦っていれば勝っていた」と試合後に振り返った。また、アジアカップウィナーズカップ1999-2000、第81回天皇杯優勝にも貢献した。セレッソ大阪との天皇杯決勝で三都主は1得点1アシストし、3-2の勝利に貢献した。2001年9月3日に開催されたJOMO CUPでは、ワールド・ドリームス（外国籍選手選抜）のキャプテンマークを巻いた。清水在籍最終シーズンとなった2003年にはチームキャプテンを務めた2000年シーズン終了後にはギリシャのパナシナイコスFCからオファーを受けていたが、契約には至らなかった。2002年8月、プレミアリーグのチャールトンに移籍金350万ドル（約4億2000万円。または4億5000万円）、5年契約 で加入合意が伝えられたが、イギリス政府から労働許可証が発行されなかったため白紙になった。
官稲は租として徴収された稲とそれを出挙によって運営して利息とともに収取された稲から成り立っていたが、前者がその基礎となったものの、実際の収入は前者を出挙することで得られた後者を主とすることで成り立っていた。主に大税（正税）・籾穀・郡稲の3つ及びその他（雑官稲）に分けられた。大税は出挙の財源であり、収益から国衙の臨時費の財源に充てられ、また一部は舂米として中央に贈られた。籾穀は非常時に備えて備蓄され、不動倉に納められた。郡稲も出挙の財源であり、その収益は国衙の通常費の財源に充てられ、また交易進上物の財源に充てられた。この他に雑官稲（ぞうかんとう）として公用稲（こうようとう）・官奴婢稲（かんぬひとう）・駅起稲（えききとう）などが存在した。天平6年（734年）1月、駅起稲・神税などの一部例外を除いたほぼ全ての官稲を正税として一本化、天平11年（739年）までには、残りの官稲も全て正税に編入されて全ての官稲が混合された（「官稲混合」）。だが、この方針は失敗におわり、天平16年（744年）には国分二寺稲（こくぶんにじとう）が各国4万束ずつ置かれることとなり、翌年には正税の一部を分離して公廨稲（くがいとう）が設けられた。以後、官稲は正税・公廨・雑稲の2つに分けて運用されることとなる。正税はかつての大税と郡稲の役目を引き継いで国衙の通常・臨時の経費や交易運上物の財源に充てられ、一部は中央に送られた。公廨は公廨稲のことで官物の不足分の補填と中央への進物の輸送費に充てられた分を除いたものが国司以下官人の俸料に充てられた。雑稲は国分二寺稲や救急料など特定の目的をもって設置されたものである。正税・公廨・雑稲の定額については弘仁式及び延喜式の主税寮式に記されている。だが、延喜式が定められた10世紀には出挙自体の運営が滞るようになっており、正税をはじめとした官稲の仕組は解体されていった。