一部・二部入替戦は神宮球場で実施する。過去には春秋ともに、早慶戦翌週の土日から入替戦を開催してきたが、春季については2013年以後6月第1週にヤクルトがデーゲームを開催しているため月曜日からの開幕となっている。秋季については原則として土日開催を維持しているが、2013年以後は東京都高等学校野球連盟主催の秋季大会との共催の形式を原則としてとっている。二部・三部入替戦、三部・四部入替戦は、一部・二部入替戦終了後に同じく神宮球場で開催している。過去に、神宮第二球場が使用できた時代には、神宮球場が大学選手権大会や明治神宮大会により使用できない場合は第二球場で開催したが、現在は各大会終了後の神宮球場で開催している。2016年秋は、11月第1週の土曜日に六大学リーグとヤクルトの間で神宮球場建設90年の記念試合を行ったため、高校野球との共催は行わず、日曜日からの開催となり、一部・二部、二部・三部、三部・四部入替戦の同日開催を実施するなど、状況に応じた例外的な運用もある。
原則として各校の大学グラウンドで試合を開催する。近年は、学習院大学グラウンド、一橋大学グラウンド、芝浦工業大学グラウンド、上智大学グラウンドが主戦場となっている。過去には、大正大学グラウンドでも試合を消化していた。また、公営球場では、2017年春季に、二部予備日として確保されていた大田スタジアムで試合が開催された実績がある。
原則として首都圏の公営球場等で主に月曜日以降の平日に試合を開催する。2013年以前は原則として神宮第二球場で開催していた。ただし、神宮第二球場はゴルフ練習場を兼ねている都合上、使用できない予備日等においては、東京農業大学グラウンドを始めとした各大学が所有する野球場を使用して試合を実施していた。2014年から神宮第二球場での開催は、球場が非常に狭く、ファールボールが場外に飛び出すなどといった問題や施設の老朽化などもあるため、原則として参加校のグラウンドを使用することになった。土日開催を原則とし、1・2回戦は対戦校の各大学グラウンドを入替えるホーム＆アウェイ方式とし、3回戦以後にもつれ込んだ場合（および、土曜・日曜に雨天などの中止が生じ、月曜日以後に延期分が繰り越された場合）は原則として東京都町田市にある小野路球場を使用するが、東京六大学野球連盟が日曜日までにその週の試合を終えていれば神宮球場で開催するという変則的な日程を採用した。しかし、大学グラウンドの所在地によって移動が長距離となることから選手やファンからは不評であったことや、郊外開催となりプロ野球球団のスカウトが訪れる機会が減少するといった切実な事情もあり、2016年以後は原則として、相模原球場や大和スタジアム、上尾市民球場等を中心に、平日の首都圏の公営球場で試合を開催している。なお、2016年は西武プリンスドームで開催した他、神宮球場で、一部リーグとの同時開催をした実績もある。
先述のとおり、原則として神宮球場で主に火曜日以降の平日に試合を開催する。ただし、9月の第1週の週末は六大学野球の未使用日に当たるため、1994年以降、長らくの間、秋季の開会式と1部リーグ戦開幕を土日の神宮球場で開催してきた。2014年以後、東京ヤクルトスワローズが第1週にデーゲームを開催したため、土日開幕は中断したが2018年に5年ぶりに復活した。春季リーグは六大学の日程が組まれない4月第1週の月曜日から開幕となることが多いが、2012年は日曜日に開幕戦を行った実績がある。祝日を含めた休日の開催実績は、ゴールデンウィークや秋分の日を中心に多数あるが、近年はヤクルトがデイゲームを開催することが増え、変則的な日程を組むことが多くなっている。雨天順延等の諸事情により、神宮球場のみでの試合消化が困難な場合、近年も神宮第二球場や府中市民球場、東洋大学グラウンドでの開催実績がある。また、1960年代以前には、1部リーグ戦で後楽園球場や駒沢球場が併用されていた時期もあった。2019年春季から日程が再編され、毎週全6校が登場してナイターを含む1日3試合ずつ行い、5カードを全5週で消化させた（予備日、3回戦を含むプロ併用日は1試合）。しかし、第3試合終了時間が極めて遅い試合も生じたことからも秋季は各試合開始時刻を早めた。
フランス・ノルマンディーのとある田舎町に、アメリカ人のブレイク一家が引っ越してきた。彼らは一見ごく普通のアメリカ人の一家のようだが、実は主のフレッドは本名がジョヴァンニ・マンゾーニという元マフィアで、家族ともどもFBIの証人保護プログラムを適用され、様々な偽名を名乗りながら世界各地の隠れ家を転々としていた。FBI捜査官のスタンスフィールドからは度々「目立たずに地域のコミュニティーに溶け込むように」と言われていたが、一家揃って行く先々でトラブルを起こしてしまい、短期間で隠れ家を変える日々を過ごしていた。ノルマンディーの町に移ってからも、妻マギーはアメリカ人である自分の感性を馬鹿にした店員のいるスーパーを爆破し、娘ベルと息子ウォレンは転入した学校で不良学生たちを袋叩きにしてボスの座に就き、悪行三昧。フレッド自身も気に入らない人間を半殺しにして病院送りにしていた。そんな中でもフレッドたちは何とかコミュニティーに溶け込み、フレッドは小説家として自身の半生を書き始めて人望を集め、マギーは近所の教会の神父に心を許すようになり、ベルは学校の教育実習生と初恋を経験していた。しかしウォレンが学校発行の新聞に、父がマフィア時代にドン・ルケージと交わしたジョークを載せてしまい、その新聞が巡り巡ってアメリカの刑務所に収監中のルケージの元に届いてしまう。フレッドの裏切りで逮捕されたルケージは復讐の機会を狙っており、部下に命じてフレッド一家の元に殺し屋を差し向ける。同じ頃、マギーは神父にマフィアであることを告解したところ「悪魔の一家」と蔑まれて拒絶され、ベルは失恋、ウォレスは学校内の悪行がバレてしまう。一家がコミュニティーから孤立し始めたことを知ったスタンスフィールドは、彼らを次の隠れ家に移そうと考える。FBI捜査官たちが移転の準備を進める中、ルケージの殺し屋集団が隠れ家を襲撃し、彼らは隠れ家ごとフレッドをロケットランチャーで吹き飛ばすが、生き延びたフレッドは脱出に成功し、騒ぎを知った家族は殺し屋集団を逆に返り討ちにして全滅させる。名前を新しく変えたフレッド一家は、次の隠れ家に向かうため町を離れる。