通常内陸部で生活することを常とする人にとって、海運による航路は交通手段としてあまり見えるものではないが、日本のような島国では、エネルギー、食料の大半は国外からの海路で供給されるものであり、また、古くは国内の道路が近年まで整備されなかったためもあり、江戸時代には、日本の北部、日本海側と太平洋側、あるいは瀬戸内側の物資の交流、米、海産物、木材の交易は、北前船という独特の構造をもった船で運ばれた。大阪などの上方から江戸への物資の輸送に活躍した菱垣廻船や樽廻船も有名である。今日、よく知られた書店にその名前を残す紀伊国屋文左衛門も、海路による交易で財を成した人物である。江戸時代には、内陸部でも、淀川水系や利根川水系などの大河川では各所に河岸が設置され、内陸水運により内陸奥深くまで物資が運ばれた。江戸や大阪など水路に恵まれた町では小河川や運河が整備され、小舟により日用物資が市内の隅々まで運ばれた。今日では、自動車、鉄道の発達で、内陸水運は完全に衰退したが、海運は、現在でも、重要度はいくらか下がったとはいえ、生活ラインを維持する上での大きな役割を果たしている。現在は、長距離の旅客を輸送するという目的では、船舶の需要はほとんどない。小笠原諸島等、船舶以外に選択肢がないもの以外は、ほとんど航空機や鉄道、あるいは長距離バスによって需要がまかなわれている。船舶の速度は他の輸送手段に比べて格段に遅いため、競争にならないからである。しかし貨物輸送においては輸送能力の大きさは他の交通手段を圧倒する。旅客を輸送するという目的では、フェリーによる離島や対岸への輸送、高速船（水中翼船など）による短距離の輸送がほとんどである。新潟-佐渡などがその代表的な例である。長距離向けには主にフェリーが利用されている。たとえば、東京から北海道や南紀、あるいは四国、九州等へ、おおよそ2日くらいかけて航行する航路が開設されている。それほど急ぐものでない貨物の輸送（無人のトラックだけフェリーに載せて輸送する）や、安価に移動したい人が使っている。国際航路については、客船は1950年代まで日本と外国を結ぶ交通機関として機能していたが、1964年以降の海外旅行の自由化と国際航空路線の拡充・一般化により、下関・福岡 - 釜山といった距離の短い航路を除き、豪華客船によるクルージングと呼ばれるパッケージツアーとなり、交通機関としての機能は果たしていない。しかし、貨物輸送では、急ぐ必要のない、大量の貨物輸送を中心にコンテナ貨物船や石油、天然ガスなどを運ぶタンカーなどが重要な役割を担っている。ヨーロッパでは、これに加えて運河網が発達しており、フランスなどでは、ヨットで水路のみを用いても国をほぼ一周できるといわれるくらいに運河が発達している。ドイツも、東西に分割されていた時代は、西ドイツからのベルリンへの物資の供給はほとんど水路であったという。オランダなどについては、アムステルダムの運河に代表されるように16世紀から歴史が長い。
各国での政府専用機に相当する航空機の採用状況をみると、ボーイング747-400やエアバスA340など、非常に高価なワイドボディ新型機を新規に購入した例は、航空機製造国以外では極わずかな国家のみであり、日本やブルネイ、カタールなどに限定される。実際、航空機製造国（アメリカやEUやロシア、フランスやドイツなど）は、自国製の新造機を政府専用機としている。しかしそれに対し航空機製造国以外（その他多くの国）はボーイング ビジネスジェットやエアバス・コーポレート・ジェットなどの中型機を導入したり、民間からボーイング757やボーイング727などの中古の中・小型機またはボーイング747-SPなどの中古のワイドボディ機を買い上げて改造したりする例が多い。その一方、2000年頃からは政府専用機にも小型化の傾向が見られている。その理由は、短い滑走路を持つ地方の空港からでも容易に離着陸できるなど、小振りの機種が汎用性においてより優れた選択肢となったためである。その背景には、中・小型機の航続距離、双発機（ボーイング737、ボーイング777、エアバスA330、ボーイング787など）の燃費やETOPSなどが飛躍的に向上した事実がある。実際の大型機の運用においても、運用自体が中途半端なものとなり、警備上の問題や経済性の低さなどが生じることも指摘されるようになっている。この指摘の根拠には、ボーイング747が安全な離着陸を行うためには最短でも2,500から2,750m以上の滑走路が必要であり、そのような条件を満たす滑走路を持つ空港が、大都市の国際空港や空軍基地に限られてしまうことが挙げられている。その点、ボーイング737-600以降の新型機種などでは、2,000mの滑走路があれば余裕を持って離着陸できるため、運用できる空港が非常に多くなる。なお、2008年（平成20年）10月17日付の産経新聞は、三菱重工業が開発中の日本製小型旅客機「MRJ」（現：Mitsubishi SpaceJet）を10機発注する予想を報じた。MRJはボーイング737よりさらに小型で燃料効率がよいとされ、また開発に関して国が補助金を出していることから販売を促進する目的も兼ねている。ただし、MRJは太平洋無着陸横断飛行などの長距離洋上飛行ができない。したがって、仮にMRJが政府専用機として使用されるとしても、日本国内および近距離の外国渡航用といった、補助的な役割に留まるものと考えられている。2010年、日本航空の経営再建のため、同社のボーイング747が全機退役するのに伴い、整備面での問題が浮上した。2019年以降は同社で整備を受けられなくなるため、後継機の選択を実施しなければならなくなった（下記「運航および整備の委託」の項を参照）。2013年8月には、前述の通り2018年度末をもって現用の2機を退役させる方針が明らかにされている。新たな政府専用機の候補としては複数の報道によりボーイング777・787、エアバスA350 XWBが挙がっており、2019年の導入に向け機種を選定するとしていた。。2014年4月になって飛行性能に加えて日米同盟の関係強化に向けた姿勢などを重視し、導入後のメンテナンス委託先も確保しやすいことからボーイング777を導入する方向で最終調整していることが報道された。なお、選定候補に挙がっていたボーイング787は機内空間の狭さ、エアバスA350は現行機がボーイング製という継続性と日米安保同盟という外交的政治判断によって、選定から外れている。2014年8月12日、日本国政府はボーイング747-400の後継機として、ボーイング777-300ERを選定し、機体整備は全日本空輸に委託されることを明らかにした。2018年8月1日、航空幕僚監部は政府専用機（ボーイング747-400）の運用終了を前に、この機材の処分に関する情報提供の募集を開始した。2018年8月17日、午前7時ごろに新機材が北海道の新千歳空港に到着した。2019年4月1日、旧型機「B747-400」が退役し、新型機「B777-300ER」が就航した。