1918年3月にブレスト＝リトフスク条約が締結され、戦争が終結すると、ソヴィエト政府の最優先課題は経済の再建へと移った。十月革命後もボリシェヴィキの経済政策は概して穏健で、ブルジョアジーの支配を当面認めながら労働者統制を発展させ、労働者の管理能力の向上に応じて漸進的に労働者管理、国有化へと移行しようとしていた。しかし各工場における工場主と労働者の対立は激しく。工場主はロックアウトやサボタージュ、労働者は工場接収や地方権力を通じた工場の差し押さえに訴えた。。一方、ドイツ軍の再攻撃に備えるため、軍隊の再建が急務となり、旧軍の将校が軍事専門家として登用されることになった。経済の分野でも同様の政策がとられた。3月3日、最高国民経済会議がすべての国有企業について技術管理者と経営管理者を中央が任命するよう定めた。3月15日には、第四回臨時全ロシア・ソヴェト大会が採択された決議において、「勤労者の規律と自己規律を高めること、可能なかぎり物資の生産全体と分配全体を包括する強固で整然とした組織を全国いたるところにつくりだすこと、苦痛をきわめた戦争の遺産として歴史的に避けがたい、だがそれと同時に社会主義の最後の勝利および社会主義社会の基礎の確立という大業にとって第一の障害である混乱、組織破壊、崩壊と仮借なく闘争すること」を現情勢のもっとも主要な当面の緊迫した課題とした。このくだりを書き加えたのはレーニンだった。同じ時期に鉄鋼王のメシチェルスキーが、新しい冶金トラストの株式の半分を彼のグループ、残り半分を国家が保有し、彼のグループが共同の利益のためにトラストの経営を引きうけるという提案を出した。レーニンはこの案を支持した。ブレスト講和に反対した共産党内のグループは「左翼共産主義者」と呼ばれ、十月革命当初から最高国民経済会議でも要職を占めていた。2月に講和反対のため党やソヴィエトの役職を辞任し、分派として新しい新聞を発行してブレスト講和や「ブルジョア専門家」の登用に反対するキャンペーンを開始した。4月4日に党の指導的中央委員と「左翼共産主義者」の会議が開かれた際、「左翼共産主義者」は「現在の時機についてのテーゼ」を提出し、「官僚主義的中央集権制、さまざまなコミッサールの支配、地方ソヴェトからの自主性の剥奪、下から管理する「コミューン国家」形態の事実上の拒否」へと向かう傾向を批判した。レーニンはブレスト講和後の政策転換を説明するために3月から準備を始め、4月28日に『イズヴェスチヤ』と『プラウダ』に「ソヴェト権力の当面の任務」を発表した。
1941年（昭和16年）の昭和16年度計画（マル臨計画）により、1942年（昭和17年）10月6日、三菱重工業神戸造船所で起工。1943年（昭和18年）6月5日進水。1943年12月16日に竣工し、二等潜水艦に類別。同日、舞鶴鎮守府籍となり、訓練部隊である第六艦隊第11潜水戦隊に編入された。1944年（昭和19年）3月10日、第34潜水隊に編入。3月11日、呂43は舞鶴を出港し、トラックへ向かう、19日、トラック周辺海域を哨戒し、米機動部隊を迎撃するよう命ぜられる。しかし同日、艦内タンク空気排水弁が爆発する事故が起きて潜航不能となったため、28日にトラックに到着。31日、トラックを出港し、4月9日に舞鶴に到着し、修理を受ける。6月4日、呂43は舞鶴を出港し、10日にサイパンに到着。11日、サイパンを出港し、サイパン周辺海域で哨戒を行う。13日、あ号作戦に参加してマリアナ諸島東方沖に移動。16日、マリアナ諸島南東沖の散開線に移動するよう命ぜられる。同日2144、ロタ島近海で浮上航走中、米駆逐艦に発見されて砲撃と爆雷攻撃を受ける。退避のため呂43は潜航するが、この時に安全潜航深度を超えたため損傷。18日に哨戒を中止して艦の状況を報告。その結果、21日に帰投命令が出され、26日に舞鶴に到着。その後呉に移動して修理を受ける。これをうけ、海軍省は安全潜航深度の1.3倍以上の深度への潜航を禁止した。9月17日、呂43は呉を出港し、パラオ南東沖に進出して哨戒。10月14日、呉に到着。19日、呂43は呉を出港し、フィリピン東方沖に進出。31日、多号作戦を妨害する米艦隊の発見と迎撃のため、サンベルナルジノ海峡に移動。11月16日、佐世保に到着。12月8日、呂43は佐世保を出港し、ルソン島東方沖に進出して哨戒。1945年（昭和20年）1月4日、呉に到着。2月13日、呂43はセブ島に配備されている甲標的へ97式魚雷を輸送するべく準備中、沖縄周辺海域に米艦隊が出現したため任務は中止となった。16日、呉を出港し、沖縄東方沖に進出。17日、硫黄島周辺海域へ移動するよう命ぜられるが、この時に命令を受け取った反応を最後に消息不明。アメリカ側記録によると、25日、硫黄島北西沖で米駆逐艦ベニオン(USS Bennion, DD-662)が潜航中の潜水艦をソナー探知。そのため、米護衛空母アンツィオ(USS Anzio, CVE-57)からTBM アヴェンジャー1機が発進した。26日、アンツィオはアヴェンジャーをもう1機発進させ、潜水艦を捜索する。0220、アヴェンジャーがレーダーで目標を探知。味方の護衛駆逐艦とも思われたが、上空を通過すると丁度急速潜航する潜水艦だった。そのため、ソノブイ、Mk24電池式音響探知魚雷を投下。ソノブイの着水直後に水中から大轟音を聴取した後、後には何も聞こえてこなかった。翌27日夜明けごろ、この海域で大きな重油の帯が漂っていた。これが呂43の最期の瞬間であり、艦長の月形正気大尉以下乗員79名全員戦死。沈没地点は硫黄島北西沖、北緯25度07分 東経140度19分。日本海軍は硫黄島に上陸したアメリカ軍に対して回天特別攻撃隊(千早隊)を編成して投入したが、伊368と伊370を失い、同時期に硫黄島方面で作戦を行っていた呂43も帰らなかった。アンツィオの航空機はこの日1日で伊368と呂43の2隻の潜水艦を撃沈した。3月14日、硫黄島方面で亡失と認定され、4月10日に除籍された。