1979年7月17日、バクルが病気を理由に辞任すると発表した為、イラク共和国第5代大統領（兼首相）に就任した。バアス党内には、バクルの突然の辞任に疑問を呈する者もおり、これはバクルが1978年10月に当時対立していたシリアのハーフィズ・アル＝アサドと統合憲章を結んだためとされた。1979年7月22日、アル＝フルド・ホールで開かれた党臨時会議により、党内部でシリアと共謀した背信行為が発覚したとして、サッダーム自ら一人ずつ「裏切り者」の名前を挙げていき、66人の人物が、会場に待機していた総合情報庁の人間によって外へと連れ出され、その日のうちに革命指導評議会メンバーで構成される特別法廷により、55人の人間が有罪を宣告され、22人は「民主的処刑」と呼ばれた方法、仲間の党員の手によって銃殺となった。粛清された人間には、サッダームの大統領就任に反対した、ムヒー・アブドゥル＝フセイン・マシュハダーニー革命指導評議会・中央書記局長、サッダームの側近の一人だったアドナーン・アル＝ハムダーニー副首相、イラク石油国有化の舵取り役だったムルタダー・ハディーシー元石油相も含まれる。また、この時に党から除名された人物も後になって暗殺や投獄を受けて処刑され、党内の反サッダーム派は一掃された形となった。
1963年にアブドッサラーム・アーリフ将軍が率いたクーデター（ラマダーン革命）によりカースィム政権が崩壊してバアス党政権が発足すると、サッダームは帰国してバアス党の農民局長のポストに就いた。また、このころ党情報委員会のメンバーとして、イラク共産党に対する逮捕、投獄、拷問などを行なったと言われているが真偽は不明。1963年には党地域指導部（RC）メンバーに選出され、バアス党の民兵組織「国民防衛隊」の構築にも関与した。この年サージダと正式に結婚する。しかし、この第一次バアス党政権は党内左右両派の権力争いにより政権を追われる（1963年11月イラククーデター）。1964年、サッダームはアーリフ大統領の暗殺を企てたものの、事前に発覚し、逮捕投獄された。1965年に獄中でRC副書記長に選出された。1966年、看守を騙して脱獄し、地下活動を行なう。1968年7月17日、アフマド・ハサン・アル＝バクル将軍の率いるバアス党主導の無血クーデター（7月17日革命）により党は再び政権を握った。このクーデターでサッダームは、戦車で大統領宮殿に乗り付けて制圧するなど主要な役割を果たしている。
バアス党は親英王制を打倒させ政権についていたアブドゥル＝カリーム・カースィムがアラブ統一よりもイラクの国益を優先する政策をとりアラブ連合共和国への参加に懐疑的だったため、1959年にカースィム首相暗殺未遂事件を起こした。この事件に暗殺の実行犯として関与したサッダームは、カースィムの護衛から銃弾を受けて足を負傷するが、剃刀を使って自力で弾を取り除き、逮捕を逃れるためベドウィンに変装し、ティグリス川を泳ぎ継いで、シリアに亡命、ついでエジプトに逃れた。シリア滞在中にはバアス党の創始者ミシェル・アフラクの寵愛を受けた。亡命中の欠席裁判により、サッダームは死刑宣告を受けた。サッダームは、エジプトで亡命生活を送りながら高等教育を受け、カイロ大学法学部に学んだ。帰国後の1968年には、法学で学位を取得したとされるが、カイロ大学にはサッダームの在籍記録が存在していない（=卒業の確認が取れない）。カイロでのサッダームは、何かと周囲に喧嘩を吹っかけるなど、トラブルメーカーであったと、当時サッダームが出入りしていたカフェのオーナーが証言している。
1955年に当時、中央政府の教育庁長官になっていたハイラッラーの後を追ってバグダードに移り住む。1957年にバアス党に入党する。このころのサッダームは、バグダードのストリートギャングを率いていたといわれる。ハーシム王政崩壊後の1959年には叔父が教育庁長官の職を追放されるきっかけを作った（当時のイラクは親英派の王制であった）ティクリート出身の男性をハイラッラーの命により銃で殺害した。ハイラッラーとサッダームは殺人容疑で逮捕されたが、証拠不十分で釈放となった。1950年代は、エジプトで革命が起こり、親英の王制が倒されてガマール・アブドゥル＝ナーセル政権が樹立に向かっている時期にあたり、アラブ諸国ではアラブ民族主義が高まりを見せており、サッダームもナーセルの影響を受けた。1958年には、イラクでも軍部によるクーデター（7月14日革命）により親英王制が打倒されている。
忠恒は、自ら乱を鎮圧するため、徳川家康の許可を得て本国へ帰国、6月に鹿児島を出立し、東霧島金剛仏作寺を本営とし庄内を攻めた。島津氏の一門、重臣がこれに従った。特に北郷氏は旧領回復の機会であり奮戦した。庄内軍記によれば、忠恒の兵力は10万人と記されているが、実際は3万から4万人程度であった（高城町史）。家康は家臣の山口直友を使者として遣わし、和睦を促したが成立しなかった。また、九州の諸大名にも島津氏を支援するため出陣を要請した。島津豊久、秋月種長、伊東祐兵、相良長毎、高橋直次、高橋元種、太田一吉、立花宗茂、小西行長などに出陣が命ぜられたが、このうち、島津氏の一門である島津豊久は既に出陣しており、また、家臣の反乱を討伐するのに他家の援軍を仰ぐことを潔しとしない島津氏が固辞したこともあり、実際に庄内まで軍勢を進めたのは、秋月種長、高橋元種、太田一吉であった。忠恒は、緒戦で山田城を落とし入城した。次いで恒吉城を落としたがその後はなかなか戦果を挙げられず、戦いは膠着状態となった。その後、忠恒は、野之美谷と志和地の間の森田に陣を築き、志和地城を兵糧攻めにした。忠真は志和地城へ食糧を送り込もうとしたがうまくいかなかったので、城内の窮乏は甚だしかった。一方、忠真側の智将白石永仙らの活躍により、忠恒側の死傷者も多数にのぼった。義久も出陣し、財部城（鹿児島県財部）を攻めたが落とすことはできなかった。