1部リーグ戦の審判員は、全員が連盟登録の公式審判員が務める。所属校OBをメインに構成されているが、外部招聘の審判員も少数ながら含まれている。2部リーグ戦は球審と2塁塁審に関しては1部リーグ戦と同様であるが、1塁塁審と3塁塁審に関しては1部所属校の野球部員が当番制で務める。3・4部のリーグ戦では、球審に関しては1・2部リーグ戦と同様で、塁審は2部所属校の野球部員が当番制で務める。
開会式は1部リーグ戦の開幕日の第一試合前に加盟全21校の参加で執り行われる。1部〜4部別に前季の順位に従った順番で一塁側ダグアウト入り口からの入場行進となる。なお、入退場の行進に際しては、場内放送により一般的な行進曲が流される。優勝旗・優勝杯の返還と連盟役員挨拶後に退場となる。なお、退場は一斉に関係者入場口からの退場になる。表彰式は、各部リーグ戦の最終戦終了後にそのまま球場で執り行われる。優勝旗・優勝杯の授与（4部は優勝杯のみ）と連盟役員の挨拶後に退場、終了となる。個人表彰は別途行う。開会式の最中には、東都大学野球連盟の所属校応援団の中で、全日本学生応援団連盟に加盟している応援団のうち、さらに任意の数校が1塁側スタンドに陣取り団旗を掲げる（ただし、例年、多くても4校程度で、全くないシーズンもある）。因みに、これは、東都所属校のなか全日本学生応援団連盟に加盟している応援団の慣習によるもので、野球連盟としてはいっさい関知していない行為に当たる。
各部のリーグ戦の終了後に上位リーグの最下位校と下位リーグの優勝校との間で対戦を組み、勝者チームを次シーズンの上位リーグの所属とする。（敗者チームは次シーズンは下位リーグ所属となる。）対戦方法は2戦先勝方式。また、入れ替え戦の試合記録・成績は決定戦と同様に個人やチームのリーグ公式戦記録・成績には含まれない（入れ替え戦もあくまでプレイオフの一種）。各部入れ替え戦ともに基本的には神宮球場を使用して行われる。通常は、1部2部入れ替え戦を先に開催して、1部2部入れ替え戦終了翌日から3部4部入れ替え戦と2部3部入れ替え戦の同時開催として実施される（過去には3試合同日開催が行われていた時期もあった）。なお、球場使用スケジュールの都合で、3部4部・2部3部入れ替え戦開催日が、全日本大学野球選手権大会及び明治神宮野球大会の開催日と被る場合が多く、その場合は神宮第二球場での開催に回ることが多くなっていたがその後は各部入替戦は各大会と異なる週に実施されている。また近年、秋季1部2部入替戦は秋季東京都高等学校野球大会の準決勝、決勝戦と同日開催として高校野球終了後に試合を行っている。
同一対戦校に勝ち越した場合に勝ち点1を獲得し、勝ち点が多い方が上位。勝ち点が同じ場合は全体の勝率比較によって順位を決定。勝ち点も勝率も同じ場合は、優劣の決定が必要な場合に限り決定戦（プレイオフ）を行なう。それ以外の場合は同順位とする。（かつては、前シーズンの順位が上だった方を上位とする方法を採った時期もあった。）決定戦での記録・成績はリーグ戦のチーム・個人の成績には含まれない。
加盟校数の関係から前シーズンの成績を基にした各部6校構成を基本に1部から4部まで分けたブロック運営を行なっている。最上位リーグを1部リーグ、順次下位リーグを2部以下と称する。なお、2部リーグ以下の試合記録は表彰選手も含めてあくまで参考記録扱いであり、リーグ記録としては扱われない。
民主党内では珍しい、自由民主党清和会出身。自民党時代は「清和会のプリンス」と呼ばれ40代で入閣するなど、将来の総裁候補として期待されていた。離党後も新党みらい・国民の声で代表を務め、新進党・民主党でも党首（代表）候補としてたびたび名前が挙がった。農林水産行政に精通しており、海部・菅・野田の3内閣で農林水産大臣を務めた。また、党内では自民党で総合農政調査会長、民主党では農業再生本部長等を歴任している。農業政策の方針として、アジア地域での食糧輸出・技術連携を重視した「攻めの農業」を掲げ、農業者戸別所得補償制度を基本として農業の持続可能な発展を目指していた。一方、アメリカが議論を主導する環太平洋戦略的経済連携協定（TPP）には懐疑的な立場をとることが多かった。なお、農水相通算在任期間は828日に及び、農林省から農林水産省に名称が変更した後では歴代1位の記録である（ただし連続在任1位は田名部匡省で、鹿野より12日多い）。古くから政治改革を志向し、自民党では政治倫理委員長や選挙制度部会長代理などを歴任した。1993年の政界再編では、現職の閣僚（総務庁長官）であったため表立った動きはとれなかったが、翌年には新党みらいを結成し離党、新進党時代には衆議院行政改革特別委員会の筆頭理事を務めた。民主党では入党直後から政治改革本部長に就任、2002年に業際研事件の責任をとり離党する直前まで在職した。憲法問題にも明るく、民主党憲法調査会長に加え、長く衆議院憲法調査会の幹事を務めた。やや改憲寄りのスタンスで知られる。民主党憲法調査会では、2005年に落選し議員でなくなった後も顧問として名を連ねた。父である衆議院議員鹿野彦吉の秘書を経て政界入りした二世政治家である。衆議院当選11回は、党内では羽田孜・渡部恒三の14回に次ぐ。