マッギネスとの戦いによって初代インパクトが再起不能となったため、初代を参考にしつつ新機能を搭載した二代目インパクト「ゴエモンインパクト・ターボ」が登場。この二代目インパクトを呼ぶためのほら貝は別に存在し、忍者の里「にんにん村」にあるほこらの奥に厳重に保管されている。初代インパクトは頭部のみが復元され、伊賀のからくり忍者屋敷とほろほろ寺の奥の空き地を結ぶ転送装置として改修、利用されている。二代目インパクトには、初代の欠点であった燃費効率の改良（行動中の油が減らなくなった）などのベースアップに加えてタイムワープ機能が内蔵されており、物知りじいさん救出の大きな足がかりとなったが、今度は駆動系の欠陥から「たーぼ・すいっち」が機能しなくなり、徒歩での低速移動を余儀無くされた。最終決戦において獅子重禄兵衛の画策した「巨神復活大作戦」によってほら貝を奪われてしまい、獅子重禄兵衛がほら貝を吹いた結果この時代に保管されていた「伝説の巨神」こと紫色のインパクトが現れ、「ゴエモンインパクトvsゴエモンインパクト」という異色の対戦となる。定員は前部座席2名、後部座席2名の計4名。搭乗方法は頭からで、インパクトが自分の頭部を叩くと頭髪部が横にスライドして開き、そこから仲間たちを放り込む。ただし、ある場面においては口から搭乗する描写があり、緊急用の搭乗経路として初代の名残を残している。なお、コクピットに表示されるキャラクターはランダムで変化するようになっている。前作と同様の二部構成を取っているが、「たーぼ・すいっちが故障した」という設定になっているため、本作では強制横スクロール低速アクションステージとなり「激震インパクトステージ」という名称が付与された。「巨大からくりメカ戦闘ステージ」においても、百烈パンチやレーザーなどの必殺技の追加、キセルボム残弾数を示す計器の導入、搭乗者のリアクション、敵の接近に応じたスクリーンの拡大など、大幅なシステムの改良が加えられている。また一部のインパクト戦では「激震インパクトステージ」を経由せず直接「巨大からくりメカ戦闘ステージ」に移行する。
伊賀の物知りじいさんが開発した巨大からくりメカ。内部に乗り込んで操縦し、敵方の巨大メカと戦いを繰り広げる。じいさん自身はゴエモンそっくりに作ったつもりでいるが、ゴエモン本人も気づかないほど似てない上に、デザインも評判が悪く馬鹿にされやすい。（敵やたまに見かけた人々、ゴエモンにも指摘されるほど。）多くの場合、敵が巨大メカを使ってくる際には必ず呼出されコックピット視点で戦闘が繰り広げられる。敵のダムや要塞などの大型建造物破壊にも使用される。ゴエモン達とは違い武器を使っての攻撃は少なく、戦闘は主にパンチなどの格闘戦がメイン。前述通り、ゴエモンとは外見が大きく異なり常に口を大きく開き笑みを浮かべた表情が特徴で、髪型は同じ（一部異なる）。首は360°回転し、体のスピンについていけなかったりすると回転することがあるが、操縦者（プレイヤー）がゴエモンインパクト搭乗シーン直後や強制スクロールアクションステージで回すこともできる。服のデザインなどもゴエモン同様赤い装束ではあるが縁が黄色ではなく青であったりと細部のデザインが微妙に異なり、腰は注連縄を巻いている。下に着ているのも鎖帷子ではなく晒であったりする。腕と拳は4個と1個の球体で構成されており、片手にキセルを持つ。作品によっては球の連結が曖昧で、片腕に対して反対側にパンチする場合は分離する。両脚には膝当て、両足の草履はローラースケート、踵には2つのターボ装置がついている。敗北をすると腕が落ちたり、腕が四方八方に飛ぶ描写がある。キセルを普段どこに収納しているのかは不明。『きらきら道中』からは喋るようになり、さらには、ある程度は自分で動くことができる(後述)。基本的に敬語で話し、一人称は「僕」。ほら貝で呼ばれたときの描写は、基本的に歩きで来ることが多い。『でろでろ道中』のときはジェット機で飛んできて、ゴエモン達を乗せたあとに変形したが、『大江戸天狗り返しの巻』、パチスロではそのままの姿で空を飛び、目的地に着地している。
関係者のうち、船員C-Eについては略式命令による罰金1万円、Fは松江地方裁判所浜田支部で懲役6か月執行猶予2年、Gは東京地方裁判所で懲役10か月執行猶予3年の処分が確定した。しかし、船長のAおよび船員Bについては、松江地方裁判所浜田支部の一審で1963年12月11日に無罪判決が下された。その決定理由は「被告人等は本件出国について治安当局（特に鳥取県境港警察署）の承認があるものと信じ、且つそのように信ずべき正当な事由があるから罪を犯す意思がない。またかりに被告人等」に犯意があった「としても、当時の客観的情勢の下においては、もはや被告人等に出国を思い止まることを期待することは不可能であったから、いずれにしても本件所属は無罪である」というものであった。AとBの裁判において弁護側は、公安調査庁や警察庁が諜報員を北朝鮮に送り込むことが渡航の本来の目的であったが、そのことをAとBは全く知らずに当局の承認があるとして出航したと主張した。一審判決では、Fおよびその背後にいるとされたH（中島辰次郎）とIはかつて関東軍の特務機関に所属して（FとIがHの部下）、戦後はHが連合国軍最高司令官総司令部で情報関係の職に就き、Fは新聞社で中華人民共和国や北朝鮮関係の情報を集めて米軍に提供、Gは大韓民国の「景武台機関」のメンバーであったと認定し、FとHは今回の前にも1958年と1959年の2度にわたり同様の北朝鮮への「漁業合作協約」のためとする工作船を仕立てたが失敗していたとした。1960年に再度企図するに当たり、Iが警察庁警備課に出向いてその行為が不法にならない確認をしたと認定した。Bは出港の一週間前に境港警察署の警備係の部長に「漁業合作のために渡航する」ことを記した手紙を送付し、出港3日前にBとFが部長に面談した際に部長は渡航の制止をせず、B・Fに酒類を贈ったともされた。1965年9月30日の参議院法務委員会でこの件を問われた内閣調査室次長は、Hは内閣調査室に在籍したことはないと答弁し、警察庁警備局長の秦野章（のちに法務大臣）は、Iが警察庁に来たことは認めたものの内容についてはそのような事実はない、境港警察署部長の行動は密出国の嫌疑には不十分と判断したもので酒類は前日に受けた飲食の便宜に対する返礼だったと説明した。この事件についてはその後も、1967年6月30日および7月14日の衆議院法務委員会でも問題視されたが、いずれにおいても内閣調査室側は、北朝鮮への渡航工作をおこなった事実はないと答弁した。AとBの一審判決に対して、検察側は広島高等裁判所松江支部に控訴したが結果は不明である。これらに基づき、この事件は「内閣調査室、警察庁警備課、それにアメリカ中央情報局が連携した北朝鮮に対するスパイ事件であった」とする書籍もある。