1998年に世界遺産に登録され、1999年から国の史跡整備保存事業として、発掘調査が進められている。平城京での創建1300年を機に中金堂と南大門の再建が計画された。中金堂は2018年10月に落慶法要を迎えた（7日～11日）。中心部の巨柱は国内で檜の大木が入手しにくく、宮大工棟梁の提案でカメルーン産欅を取り寄せて使った。
慶応4年（1868年）に出された神仏分離令は、全国に廃仏毀釈を引き起こし、春日社と一体の信仰（神仏習合）が行われていた興福寺は大きな打撃をこうむった。興福寺別当だった一乗院および大乗院の門主は還俗し、それぞれ水谷川家、松園家と名乗った（奈良華族）。子院は全て廃止、寺領は1871年（明治4年）の上知令で没収され、僧は春日社の神職となった。境内は塀が取り払われ、樹木が植えられて、奈良公園の一部となってしまった。一乗院跡は現在の奈良地方裁判所、大乗院跡は奈良ホテルとなっている。一時は廃寺同然となり、五重塔、三重塔さえ売りに出る始末だった。五重塔は250円（値段には諸説ある）で買い手がつき、買主は塔自体は燃やして金目の金具類だけを取り出そうとしたが、延焼を心配する近隣住民の反対で火を付けるのは取りやめになったという。ただし、五重塔が焼かれなかった理由はそれだけでなく、塔を残しておいた方が観光客の誘致に有利だという意見もあったという。行き過ぎた廃仏政策が反省されだした1881年（明治14年）、ようやく興福寺の再興が許可された。1897年（明治30年）、文化財保護法の前身である「古社寺保存法」が公布されると、興福寺の諸堂塔も修理が行われ、徐々に寺観が整備されて現代に至っている。しかし、寺に塀が無く公園の中に寺院がある状態、いわゆる「信仰の動線」が欠落していると称される状態は、この時の名残である。
興福寺は創建以来、度々火災に見舞われ、その都度再建を繰り返してきた。2018年に再建された中金堂は兵火や落雷により七度焼失している。中でも治承4年（1180年）、治承・寿永の乱（源平合戦）の最中に行われた平重衡の南都焼討による被害は甚大で、東大寺とともに大半の伽藍が焼失した。この時、焼失直後に別当職に就いた信円と解脱上人貞慶らが奔走。朝廷や藤原氏との交渉の結果、平氏政権が朝廷の実権を握っていた時期に一旦収公されて取り上げられていた荘園が実質的に興福寺側へ返却され、朝廷と藤原氏長者、興福寺の3者で費用を分担して、復興事業が実施されることとなった。現存の興福寺の建物は全てこの火災以後のものである。なお仏像をはじめとする寺宝類も多数が焼失したため、現存するものはこの火災以後の鎌倉復興期に制作されたものが多い。興福寺を拠点とした運慶ら慶派仏師の手になる仏像もこの時期に数多く作られている。江戸時代の享保2年（1717年）の火災の時は、時代背景の変化もあって大規模な復興はなされず、この時に焼けた西金堂、講堂、南大門などは再建されず、金堂も1世紀以上経過した後にようやく安普請の「仮金堂」が建てられた。江戸時代は2万1,000石の寺領を与えられていた。
ファミリーコンピュータ ディスクシステム用のゲームソフトとして、『ふぁみこんむかし話 新・鬼ヶ島 前編』が1987年9月4日に、『ふぁみこんむかし話 新・鬼ヶ島 後編』が同年9月30日に発売された。監修は宮本茂。脚本・演出は菱田達也。プログラムは橋下友茂と亀山雅之。音楽は近藤浩治。任天堂が初めて発売したテキストアドベンチャーゲームとなり、初の2枚組ディスクカードソフトともなった。「ふぁみこんむかし話」の副題が示す通り、「桃太郎」や「かぐや姫」など、日本の昔話から引用したキャラクターが、独特の切り口により融合された世界観の元で活躍するゲームである。当時日本のコンシューマゲーム機向けに制作されたアドベンチャーゲームはSFを題材とした作品や殺人事件の解決を目指す推理小説のような作品が多かったが、本作は昔話特有の優しく親しみやすい語り口で主人公の男の子と女の子、動物たちによる冒険や出会い、別れを織り込んだ物語が展開される。プレイヤーは画面に複数用意されたコマンドを選び、主人公たちに適切な行動を取らせ、全9章で構成される物語を読み進めていく。ただし誤ったコマンドを選択したり、謎を解かないまま物語を進めたりするとゲームオーバーになる場合がある。このゲームには「はなす」「みる」「いどう」などごく普通のコマンドのほか、主人公の男の子と女の子を切り換えるためのコマンド「ひとかえる」が用意された。「ひとかえる」を使用することによりそれぞれに別行動を取らせ、異なる観点から物語を同時に進行させることができる。さらに片方の主人公にはできない行動がもう一方では簡単にできたり、コマンドを選んだ結果として表示される文章や台詞に変化が現れたりと、主人公たちの個性を表現する役割も果たした。電源投入中にも専用メディア「ディスクカード」の交換が可能なディスクシステムの特徴を利用して、ゲームを前編・後編に分けて発売し、ゲーム内容のボリューム向上を図った。後編をプレイするには前編のディスクカードが必要となり、さらに前編の物語を終了させなければならない。この形式は後継作品の『ふぁみこんむかし話 遊遊記』（1989年）、『タイムツイスト 歴史のかたすみで…』（1991年）だけでなく、『ファミコン探偵倶楽部シリーズ』（1988年 - 1997年）、他社作品である『探偵 神宮寺三郎 危険な二人』（1988年）にも採用された。ディスクからのデータロードのタイミングは章単位で設けられており、セーブ時を除いて同じ章の中で読み込みが起こることは無い。