武田家臣には郡内領主小山田氏とは別に、巨摩郡石田郷（現在の甲府市上石田・下石田）を領した石田小山田氏が存在する。戦国期には信濃侵攻において活躍した信濃内山城代上原伊賀守（小山田虎満、備中守）が石田小山田氏を継承し、虎満・昌成が二代続けて「備中守」を称している。昌成の弟には大学助がいる。なお、江戸期の真田家臣で、松代藩の次席家老として幕末を迎えた小山田家は小山田昌成の子孫を自称していたが、現在では郡内小山田氏の一門・家臣であった小山田弾正家の子孫だとされている。
源為義（清和源氏）┃源義広 (志田三郎先生) （清和源氏）┃志田 頼重┃志田 重賢┃比志島 祐範┃比志島 時範┃比志島 忠範┃小山田 景範（薩摩藩島津家臣団大蔵氏族）┃小山田 範清┃（略）┃袈裟太郎（本家／長男）┃八之進（長男）　　┣━━━━━━━━━┓時彦（長男）　正彦（次男）　∥┏━━━━━━━━┛　幸吉（次男が養子へ）┃勇一（長男）　　　　┃小山田真（長男）
慶応期に比志島氏（小山田氏）の長男・小山田袈裟太郎（こやまだけさたろう）は、南北朝時代に島津氏から与えられた岸良村（現在：肝付町／旧：鹿児島県内之浦町）で弟の袈裟次郎と定住。当時の日本地図には、岸良湾は海図に小山田湾と書かれている。小山田袈裟太郎の息子は、長男の八之進、次男の友吉、三男の末吉（すえきち）。現在、アメリカで俳優として海外で活躍している小山田真（こやまだしん）は、小山田八之進の直系の子孫にあたる。
秩父重弘　　┣━━━━━┓ 畠山重能　 小山田有重　　┃　　　　　┣━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━┳━━━┳━━━━┓ 畠山重忠　　稲毛重成　　　　　　　　　　　　　　　　　　　榛谷重朝　 森行重 田奈有朝 小山田重親　　　　　　　　┣━━━━━━━━┳━━━━━━┓　　　　　　┣━━━━┓　　　　 稲毛（小沢）重政　　宇都宮頼綱室　綾小路師季室　　榛谷重季　榛谷秀重
代わって黒川城に入ったのは蒲生氏郷で、1592年（文禄元年）より大名に相応しい近世城郭に改造し、城下町を整備した。氏郷は、町の名を黒川から「若松」へと改め、蒲生群流の縄張りによる城作りを行った。なお「若松」の名は、出身地の日野城（中野城）に近い馬見岡綿向神社（現在の滋賀県蒲生郡日野町村井にある神社、蒲生氏の氏神）の参道周辺にあった「若松の杜」に由来し、同じく領土であった松坂の「松」という一文字もこの松に由来すると言われている。1593年（文禄2年）、望楼型7重（5重5階地下2階とも、また7重には「何段にも重なる」の意味もある）の天守が竣工し、名は「鶴ヶ城」に改められた。近年の発掘調査で蒲生時代の石垣の基底部が確認され、鐙瓦（軒丸瓦）、宇瓦（軒平瓦）、鬼瓦の一部に金箔が貼られたものが出土している。1598年（慶長3年）、氏郷の子・秀行は家中騒動のために92万石から18万石に下げられ下野国宇都宮に移封された。越後国春日山より上杉景勝が120万石で入封。1600年（慶長5年）、徳川家康は関ヶ原の戦いで西軍に加担した景勝を30万石に下げ、出羽国米沢に移封した。翌1601年（慶長6年）には蒲生秀行が再び入城したが、1627年（寛永4年）、嫡男の忠郷に嗣子がなく没したため、秀行の次男・忠知が後嗣となり伊予国松山に移封された。代わって伊予松山より加藤嘉明が入封。子の明成は西出丸、北出丸などの造築を行い、1611年（慶長16年）に起きた会津地震により倒壊した天守を今日見られる層塔型天守に組みなおさせている。1643年（寛永20年）、加藤明成は改易され、出羽国山形より3代将軍徳川家光の庶弟である保科正之が23万石で入封。以後、明治維新まで会津松平家（保科氏から改名）の居城となった。1868年（慶応4年）、戊辰戦争の戦闘の一つである会津戦争にて、会津勢の立て篭もる若松城は新政府軍に包囲され砲撃を受けた。1か月の間持ちこたえたが、降伏し開城した。戦後、天守を含む多くの建造物の傷みは激しかったが修復は行われず、しばらく放置された後、解体された（下記参照）。