多くの場合、育てた生物自体を食用とする事が目的であるが、生物の育成によって副次的に生成される物質を食用以外の用途とする場合（真珠など）もある。一方、人間によって略奪、破壊された海洋環境を自然に返す手段の一つとする見解もある。養殖には、漁の条件や捕獲環境を管理できることで、捕獲時のダメージによる劣化を防ぎ時間やエネルギーなどの各種コストを抑えられること、魚種によっては天然環境に比べ成長が早めることが技術的に可能であることなど、明確なメリットがある。
養殖するためには対象となる生物の生態を知る必要があり、安定した養殖技術の獲得までには時間がかかる。魚介類に関しては、卵あるいは稚魚、稚貝から育てることが多い。反面、飼育親魚からの採卵と管理環境下での孵化を経た仔魚及び稚魚の質と量の確保が困難な魚種（例えば、ニホンウナギ、クロマグロ、ハマチ）の場合、自然界から稚魚を捕らえて育てる「蓄養」が行われる。ニホンウナギやマグロ類では稚魚として用いる未成魚の捕獲行為が無制限に行われ、捕獲する行為自体が天然資源資源減少の要因と指摘されていたが、クロマグロに於いては2014年から未成魚の捕獲制限が行われると報道された。
1953年に京都府京都市伏見区に生まれた。4歳時に転居した愛知県刈谷市の祭り「万燈祭り」で饗される古式競馬に惹かれ、騎手に憧れるようになる。刈谷市立小垣江小学校、刈谷市立依佐美中学校を卒業。なお、13歳年下の熊沢重文も南井と同じく小垣江小学校と依佐美中学校を卒業している。中学校卒業後、刈谷市に隣接する豊明市にある中京競馬場の厩舎に通い、工藤嘉見調教師に声を掛けられると、日本中央競馬会馬事公苑の長期騎手課程を受講したのち、1970年に騎手見習いとして入門する。1971年に騎手としてデビューする。1973年にはロングライトで皐月賞、東京優駿に騎乗し、3年目で八大競走に初騎乗となる。一時期は大舞台に恵まれず、勝利数も上積みがないことから、スランプに陥り引退も考えたという。この状況を見かねた宇田明彦調教師に声をかけられ、1978年に同厩舎所属となる。この出来事は南井にとって「大変ありがたいことだった」と語っており、「感謝の意を忘れないように」と、宇田が亡くなって厩舎が解散になりフリーになっても、調教服は以前のまま宇田厩舎の黄色い服を着続け、その服は現在の南井厩舎の調教服である。1987年には小原伊佐美調教師からタマモクロスの騎乗を依頼される。このことが今後の南井の方向性を位置づける。タマモクロスは1987年の夏までは単なる条件馬にすぎなかったが、秋になると頭角を現し、条件戦をクリア、重賞初挑戦となる鳴尾記念を制し、翌1988年にはスポーツニッポン賞金杯、阪神大賞典、天皇賞（春）、宝塚記念、天皇賞（秋）と6連勝を果たす。その後ジャパンカップと有馬記念は2着だったが、連対を外すことはなかった。のちに南井も騎乗するオグリキャップとの死闘は競馬ブームの最中、今まで見向きもされなかった芦毛の馬が脚光を浴びるようになる。タマモクロスの騎乗により南井にも有力馬の騎乗依頼が多くなった。なかでも特筆すべきはオグリキャップの全盛期というべき数え5歳秋の年の騎乗である。毎日王冠でのイナリワンとの死闘、天皇賞（秋）でのスーパークリークへの敗北（オグリは敗戦の悔しさのあまり、勝ったスーパークリークを睨み付けたまま動かなかったという）、マイルチャンピオンシップでの、絶望的な位置からの差し切り（南井はその勝負根性に感涙した）、連闘で迎えたジャパンカップでの世界レコードの激走など、「豪腕」・「ファイター」と言われた南井は、根性を剥き出しにして走るオグリキャップとは相性が良かった。多数の名手を鞍上に迎えたオグリキャップにとってもベストパートナーと言えた。1993年、大久保正陽調教師からナリタブライアンへの騎乗を依頼され、ナリタブライアンの主戦騎手となる。翌1994年、ナリタブライアンは史上5頭目となるクラシック三冠の栄光に輝いた。1994年には年間GI5勝（ナリタブライアンで三冠競走、有馬記念およびマーベラスクラウンでジャパンカップ。当時の年間GI最多勝記録）の大活躍で、JRA賞特別賞・日本プロスポーツ大賞殊勲賞を受賞した。また、年末の第45回NHK紅白歌合戦に審査員として出演。これはJRA関係者では初めてであり、NARを含めても1971年の第22回で審査員を務めた高橋優子以来2人目となる競馬関係者の出演である。1998年にはサイレンススズカへの代打騎乗で宝塚記念を優勝。同馬にとって唯一のGIタイトルをもたらし、そして南井自身にとってもこれが現役生活最後のGIレース勝利となった。1999年に騎手を引退し、調教師となる。引退レースは自らの出発点であった中京競馬場で迎え、当日のメインレース、かつ自身のラストランであった白川郷ステークスでは、リキアイワカタカを1着に持ってきて有終の美を飾った。当日本レースを中継した東海テレビでは、最後の直線で実況アナウンサーである吉村功が「ここでは他の馬には失礼して」と断ってから、カメラを鞍上の南井の姿をクローズアップにして実況を行った。GIを勝つまでにデビューから17年かかり、にもかかわらず1988年以降頻繁にGIを勝つようになったことについて問われた南井は、次のように答えた。GIで勝ったからとか、リーディングを獲ったからといって、人間としてどれだけの価値があるというんですか?（自分がGI未勝利だったのは）GIで本命になる馬に乗っていなかっただけの話じゃないですか。（GI勝利の）チャンスのある馬に何回か乗れば、誰でも勝てるのがGIですよ。 — 木村2000、101頁。2000年に工藤嘉見厩舎を引き継ぎ、ウイングアローで第1回ジャパンカップダートを制す。騎手としてGIを制覇するまでは18年もの歳月を要したが、調教師としては1年目からGIを制した。