エルドアンは2003年3月9日、軍部の政治介入をやめさせてトルコを「先進的な民主国家」にするという公約を掲げ、圧倒的支持を得てスィイルト県の補欠選挙で当選。それに伴い、公正発展党副党首で首相のアブドゥラー・ギュルから首相職を譲り受け、2003年3月16日首相に就任（ギュルは外相として第1次内閣に残った）。就任当初は公約どおり改革に取り組み、ヨーロッパもそれを歓迎した。2007年の総選挙にも勝利し、第2次内閣を組閣した。2007年の爆弾テロ未遂事件が起きる。捜査当局はこの事件を、超愛国的な将校たちから成る地下組織「エルゲネコン」がクーデターを計画したものと断定し、大々的な摘発に乗り出している。これまでにジャーナリスト100人以上に加え、約250人の軍関係者が投獄された。エルドアンはエルゲネコンの訴追を支持し、報道の弾圧に対する国際社会からの批判を「単なる中傷」だとはねつけている。後にこの事件がきっかけでトルコの民主化が後退したみなされるようになった。2期目の終わりには国外でのエルドアンの評価は頂点を極める。好調な経済に加え、中東諸国（イスラエルを除く）やそのほかの地域とも良好な外交関係を保ち、軍の介入を排して政局を安定させたからである。そのため、「サラディン（クルド人）が1187年に十字軍からエルサレムを奪還して以来、アラブ人が最も尊敬する非アラブ人指導者」「新たなオスマン帝国を築けると考えたとしても許される」「（AKPは）キリスト教民主主義者のイスラム版」とまで評された。こうしたエルドアンの姿勢は新オスマン主義と呼ばれた。2011年の総選挙にも勝利して第3次内閣を組閣した。しかし、この頃から政権に批判的なジャーナリスト・政治家・企業に対して圧力が強まっているとして、国際社会におけるエルドアンの評価は下がり始める。国内でも、2013年の反政府運動では矛先を向けられる。エルドアンはツイッターについて、2014年3月20日に「裁判所の命令もある。ツイッターを根絶やしにする」「国際社会はいろいろと言うだろうが全く気にしない」などと述べ、ツイッターへのアクセスを遮断する姿勢を示した。過去にもエルドアンはフェイスブックやYouTubeへのアクセスを遮断する姿勢を見せたことがある。こうしたネット規制に積極的な背景には、政権の元閣僚による汚職事件の捜査に関する情報がネット上に流れており、統一地方選を控えて火消しに躍起になっているということがある。次いで新法を成立させ、政府がウェブサイトの遮断や個人のインターネット閲覧記録収集をすることを認め、実際にYouTubeを遮断した。
2009年は4月の体重別決勝でコマツの杉本美香に合技で敗れて7連覇を逃すものの、続く全日本選手権決勝では会社の後輩である78kg級の中澤さえを大外刈で破って8連覇を果たして世界選手権代表に選出された。5月のグランドスラム・モスクワでも優勝を飾った。8月にロッテルダムで開催された世界選手権では準々決勝でまたもや佟文に後袈裟固で敗れるが、敗者復活戦を勝ち上がって3位になった。その後、2010年になって佟文のドーピングが発覚して2年間の出場停止処分が下されたことで、2012年ロンドンオリンピックまで選手生活を続けるモチベーションが一気に下がることになったと述べている(但し佟文はIJFの検査不備を理由にしたCASの裁定により、塚田が引退した翌年の2011年5月から国際舞台に復帰することになった)。続いて、11月の講道館杯では決勝で杉本を指導2で破り今大会初優勝を飾ると、12月のグランドスラム・東京でも決勝でロシアのエレナ・イワシェンコを大外刈で破って優勝を果たした。2010年は1月に水原で開催されたランキング上位16選手によって争われるワールドマスターズに出場するものの、準々決勝で地元韓国の金ナ永に指導3で敗れて5位に終わった。4月の体重別決勝では1－2の微妙な判定ながら昨年に続いて杉本に敗れることになったが、続く全日本選手権決勝では杉本を大外刈で破り大会9連覇を達成し世界選手権代表に選出された。また、今回の優勝で男子の全日本選手権で1977年から1985年まで同じく9連覇を達成した東海大学の先輩である山下泰裕の記録に並ぶこととなった。7月のグランドスラム・モスクワ決勝では後輩である東海大学の田知本愛を指導3で破り今大会2連覇を飾った。9月に東京で開催された世界選手権では78kg超級準決勝で中国の秦茜に指導3で敗れて3位に終わると、当初出場予定だった無差別には出場しなかった。その後、強化選手の辞退届を全柔連に提出して受理されると、12月には引退会見を開いて、正式に現役引退を表明することになった。2011年にはJOCのスポーツ指導者海外研修員としてイギリスに派遣されることになった。また、世界選手権では大会を放映したフジテレビで解説を務めた。2012年ロンドンオリンピックでもテレビの解説を務めた。2013年4月からは全日本の女子特別コーチにも就任することになった。9月には2年間のイギリス研修を終えて帰国したが、その際に「英国では人生観が変わるほどの経験をした。いろんな見方ができるようになった自分に期待している」と語った。2014年4月からは本格的な強化に乗り出した東京女子体育大学柔道部の監督に就任することになった。2015年6月に名古屋で開催された東アジア柔道選手権大会では、女子代表チームの監督を務めた。若手主体のチームが今大会の個人戦及び団体戦で大活躍したことに、「若い世代が本当に伸び伸びとした試合を見せてくれた。わくわくする感触があった」とコメントした。2016年4月からは東海大学女子柔道部の副監督に就任し、11月1日付で監督に就任。