伊坂の遺したライダーシステムは、基幹をなすスパイダーアンデッドの邪悪な意思を色濃く反映するものだった。幼いころに誘拐されたトラウマに苛まれる高校生・上城睦月は、スパイダーアンデッドに魅入られて仮面ライダーレンゲルとなり、力を誇示するかのように見境なく戦闘に介入する。橘は先輩として睦月を指導し鍛えようとするが、それでもアンデッドの呪縛は強く、睦月の精神を侵食していく。そのような折、研究のためチベットに向かった烏丸の使いとして、争いを好まない嶋昇 / タランチュラアンデッドが現れる。嶋と対話した剣崎は、自分の戦う理由が使命や義務ではなく愛だと悟り、ジャックフォームへの強化変身能力を得る。さらに嶋は、睦月の力となるためにあえてカードへ封印されるが、効果は現れずに終わる。
人類基盤史研究所（BOARD）。それは「ヒトが地球を制した背景には、進化論で説明できない理由が存在する」との仮定に立ち、その理由を究明するために作られた機関である。彼らは研究対象の、不死の生命体・アンデッドを様々な生物の祖であるとした。しかし3年前、アンデッドの大半の封印が解かれ、人間を襲い始めた。BOARDは所長・烏丸啓の指揮の下、アンデッドを「ラウズカード」へと封印すべく、アンデッドの能力を応用した特殊装備「ライダーシステム」を開発する。BOARDの新人職員・剣崎一真 / 仮面ライダーブレイドは、先輩の橘朔也 / 仮面ライダーギャレンと協力してアンデッドの封印に当たっていた。しかしある日、BOARDはアンデッドの攻撃で壊滅し、橘は不可解な失踪を遂げる。剣崎は生き残った研究員・広瀬栞とともに、仮面ライダーの取材を試みていたライター・白井虎太郎の家に居候し、個人的にアンデッド討伐を続ける。戦いの中、剣崎は相川始 / 仮面ライダーカリスと遭遇する。カリスはBOARDが開発したシステムではなく、始の正体はどうやらアンデッドらしい。始は人間を軽んじる一方で、彼が身を寄せる栗原親子のことは気遣う様子を見せる。剣崎は当惑しつつ、始を静観することに決める。そのころ橘は、ライダーシステムに肉体を蝕まれ、烏丸らへの恨みを抱えながらさまよっていた。実はシステムに欠陥はなく、苦痛の原因は橘自身の精神的弱さに起因していたが、彼はそれを認められず、かりそめの力を与えてくれた伊坂 / ピーコックアンデッドの言いなりとなって闘いに耽溺していく。伊坂は自分の走狗となる新たなライダーシステムを開発しようともくろんでおり、そのために必要なラウズカードを橘に集めさせていた。橘を愛する深沢小夜子は彼に戦いから身を引くよう訴えるが、伊坂に邪魔者と見なされて殺害される。怒りに燃えた橘は内なる恐怖を克服し、伊坂に反旗を翻してカードへと封印する。
最大の流用部材である台枠には、1919年（大正8年）から1927年にかけて製造された2,800 mm幅の広幅車体を備える「鉄道省大形客車」のUF12・15などが、主に再利用されている。これらの木造2軸ボギー客車は車体長が17 mであったが、1929年（昭和4年）以降国鉄客車の車体長は20 m級が標準となっていたことから、鋼体化改造車も20 mの車体長とする必要があった。そこで補充車と称して、1910年（明治43年）から1919年（大正8年）ごろにかけて製造された2,500 - 2,600 mm幅の車体を備える「鉄道院基本形客車」の木造車体を解体し、残った幅狭台枠（UF11など）を4等分に切断、台枠延長用部材に加工した。こうして得られた部材を、前述の「大形客車」4両の台枠の切断面にそれぞれ挿入して継ぎ足した。更に車端部は鋼製客車並みの構造に改装、台車心皿位置を木造2軸ボギー車よりも若干車体中央寄りに変更してオーバーハングを拡大し、鋼製車用の20 m級台枠に延長改造したのである。台枠の幅こそ新旧で差はあったが、主たる部材の溝形鋼材（チャンネル材）は中形客車・大形客車とも8インチ級の同一断面で互換性があったため、挿入部材への流用が可能となった。この結果、17m級の大形客車4両と基本形客車1両の計5両から、20m級の鋼体化改造車4両ができることになった。実際に鋼体化客車の床下から台枠を観察すると、延長改造時の切断・接合の痕跡を確認できる。しかし、書類上はともかく実際には種車に関わる事情は複雑で、極力輸送力に影響を与えないように工事を進める必要があった。そのため、車種を問わず状態不良で休車となっている車両から優先的に工事を実施した結果、実際の種車と車籍が一致しないケースが少なからず生じた。また、17 m級大形客車用台枠に長形台枠 (UF12) と魚腹形台枠 (UF15またはUF16) の両方が混在していたことや、工事を担当した各国鉄工が用いた工法の相違などから、台枠は同一形式であっても同一形状であるとは限らなかった。更に一部では、もともと20 m級のサイズがあった28400系木造3軸ボギー客車（大形3AB車：優等列車用）などの台枠（UF41・42など）を改造して流用したケースも見られた。木造車の台枠はねじ式連結器が標準の時代に製造されたものがほとんどであるため、鋼体化の後も、台枠端部にはねじ式連結器時代のバッファー取り付け穴の痕跡が残っていた。