参預会議（1864年（文久4年）1月 - 3月）は、薩摩藩の排除を狙った一橋慶喜により短期間で解体させられ、雄藩の参加を伴う「公武合体」の機会は失われた 。4月、参内した将軍家茂は、朝廷より諸政を「一切御委任」する旨の勅書を与えられ、幕府はその勅書を全国に布達した。禁裏御守衛総督に転じ、天皇の信任を得た慶喜は禁門の変（同年7月）の主力であった会津藩、桑名藩とともに朝廷の掌握に成功し（一会桑政権）、ここにあくまで幕府を中心とした形での「公武合体」が実現した。朝廷に手掛かりを失いつつあった薩摩藩は、破約攘夷論から再転換した長州藩に接近、薩長同盟を締結した（1866年（慶応2年））。1866年（慶応2年）末に第15代将軍に就任した徳川慶喜に対し、薩摩藩は翌年5月に参預会議の再現となる四侯会議（島津久光・山内豊信・伊達宗城・松平慶永）の招集を図るが、慶喜の政治力に対抗することができず、結局これも短期間で崩壊に至った。朝廷改革・幕政改革の展望を失った薩摩藩は、長州藩とともに武力討幕を決意する。一方、越前藩や土佐藩は幕府を前提とした公武合体路線の行き詰まりから、内戦を避けて朝廷の下での諸侯会同による「公議」の実現を目指した（公議政体派）。慶喜は土佐藩の主張を容れて大政奉還を行い、大名連合政権（諸侯会議）の樹立による徳川宗家の実権確保を目指す。
大老に就任した井伊直弼は1858年（安政5年）5月、紀伊藩の徳川慶福（徳川家茂）を将軍後継に決定して将軍継嗣問題を決着させ、一橋派幕臣を失脚させた。一橋派諸大名は井伊に対して違勅調印を批判するが、もとより一橋派は通商論が優勢であり、条約の違勅調印を主導したのも実際には堀田ら一橋派幕臣であったから、結局井伊を論破することが出来ず、逆に隠居・謹慎などの処分を受けてしまう。アメリカとの通商条約調印後、幕府はフランス、イギリスなどと同様の条約を次々と結んだ（安政五カ国条約）。これら井伊の政策を不服とする孝明天皇は、水戸藩はじめ御三家、御三卿などに対して戊午の密勅を下した。この中で天皇は幕閣、外様大名、譜代大名らの協調による「公武御合体」を要求しており、密勅は万一の場合の出兵依頼も含めて各藩に回送されたが、のちの弾圧に際しても薩摩藩・長州藩を含め各藩は動かなかった。一方、これを徳川斉昭（前水戸藩主）らによる陰謀とみた井伊は反対派に対する大弾圧を行い、即時攘夷を求める天皇を屈服させた（安政の大獄）。井伊の強引な政治は各方面の反感を買うところとなり、1860年（安政7年）に水戸・薩摩浪士により井伊は暗殺される（桜田門外の変）。
詳細はフリーダム・ディール作戦(Operation Freedom Deal)を参照侵攻のための航空作戦は遅れて開始された。予告的な合図の役目を果たしかねないとMACVが考えていたため、作戦区域上の偵察飛行は制限されていた。侵攻計画自体における空軍の役割は最小限にとどまっており、それは後の国境突破への序曲と考えられたメニュー作戦の秘密を守るためという側面もあった。4月17日、エイブラムス大将はカンボジアの「垣根を越える」研究・観察グループの偵察行動を支援するために、戦略的航空攻撃を内密で行うパティオ作戦(Operation Patio)を承認するよう大統領に要請した。この許可が与えられ、米軍の航空機はカンボジア北東部に21km侵犯することができるようになった。 4月25日には、この境界が国境全体に沿って47kmまで延伸された。 パティオ作戦は156回の出撃が行われた後に完了となり 、最後となるメニュー作戦の任務は5月26日に行われた。 侵攻中に、米軍と南ベトナム軍の地上部隊は9,878回の航空出撃（米軍6,012、ベトナム空軍2,966）による援護がされており、1日当たり平均は210回になる。例えば「釣針」地域での作戦中、アメリカ空軍は3,047回の出撃飛行そして南ベトナム空軍は332回出撃した。これらの戦略的航空攻撃は国境地域にいる653回のB-52爆撃機任務により補完された（うち71回はビン・タイ作戦、559回はトアン・タン作戦、23回はクー・ロン作戦の援護） 。5月30日には、カンボジアにおける米軍の継続的な航空阻止行動、いわゆるフリーダム・ディール作戦が開始された（作戦命名は6月6日）。これらの任務は南ベトナムの国境とメコン川の間の深度48kmに制限されていた。しかし2ヵ月以内に作戦区域の境界がメコン川を越えて拡大し、すぐに米国の戦略航空機が現地でカンボジア軍を直接援護するようになった。これらの任務は合衆国によって公式に否定され、彼らの存在を隠すために公式報告書にて虚偽の文言調整がなされた。国防総省の記録では、1970年7月から1971年2月までの間にカンボジアを飛行した8000回以上の戦闘出撃のうち、約40％が許可された境界の外側であったことが示されている。カンボジアにおける米軍と南ベトナム軍にとっての真の闘いは、自分達の部隊を兵站補給し続けることであった。 繰り返しになるが、作戦前における機密の必要性および国境地域に部隊が移される性急さのため、綿密な計画および準備は不可能であった。 エイブラムスは幸運だったのであり、北ベトナム軍が退避する代わりに聖域のために戦っていたら、米軍と南ベトナム軍の部隊はすぐに自分達の使える物資を消費してしまっただろう、との説もある。兵站をめぐる状況は国境地域の貧弱な道路網のため悪くなっており、夜間に道路護送を待ち伏せされる可能性から日中のみの配達実施が求められた。例えば、米軍第3砲兵大隊は弾薬を1日最大150台の平床トラックに積んでいた。兵站物流の担当者は侵攻を支援するために毎日2,086トン（2300ショートトン）以上の物資を配給していた。したがって空中補給が前線部隊のための兵站補給の主な方法となった。工兵と飛行士は侵入区域じゅうを絶えず動き続けていた。性急な作戦、配備および再配備のため、砲兵部隊の調整やその射撃調整は作戦中における厄介な難題となった。このことは、性急に前進していく部隊間に適切な通信システムがないことで生じる混乱によって、ますます問題になった。 作戦を共同で行う事により、すでに過剰に伸びている通信ネットワークはさらに複雑さを増してしまった。にもかかわらず、米軍の兵站物流担当者の革新的で即興的な能力のお陰で食料、水、弾薬、予備パーツ供給は何の不足もなく目的地に到着し、戦闘作戦を妨害することはなかった。通信システムが複雑になりながらも、短期間の米軍作戦中における兵站は十分に機能した。