陸奥国弘前（現青森県弘前市）にて、父豊吉、母いちの長男として生まれる。豊吉は貧しい表具師であったが、祖父は国文学者として津軽藩校で教鞭を執っていた。生活苦のため寺に小僧に出されたものの、叔父岩川藤兵衛の伝手を頼り、15歳で藩の海軍局へ入局、機関学を学ぶこととなる。藩校で英語を学んだ後、当時新設されたばかりの東奥義塾（1872年11月27日創設）にて英語教師に就く。宣教師として弘前に赴任したチャールズ・ウォルフ（東北地方初の米人英語教師でもある）から英語の指導を受けるが、語学力向上を目的に東京外語学校（現東京外国語大学）に進学。同校卒業後は開成学校及び東京大学にも進学を果たす。東大では生涯の恩師となる、大森貝塚発見で名高いエドワード・S・モースに出会い、モースの直弟子となる。モースは日本に初めて生物学を導入しているが、後任のチャールズ・オーティス・ホイットマンからも厚き薫陶を受け、貝類学の研究に励む。1881年理学部生物学科を卒業。同学科初の卒業生であった。東京高等師範学校（現筑波大学）を経て、1898年には女子高等師範学校（現お茶の水女子大学）教授に着任、日本の貝類研究の草分け的存在となった。女子高師では動物、生理および衛生の授業を担当、後に同校の名誉教授に就く。1933年5月2日死去。
会議の記録である、『備辺司謄録』は、朝鮮王朝中期から後期にかけて、その膨大な情報は「承政院日記」とともに、『朝鮮王朝実録』の編纂に際して、基本資料として活用され、1617年（光海君9年）から1892年（高宗29年）までの、273冊が残存している。（1865年以降は、『議政府謄録』という）
1976年9月10日の金曜日、2機の民間航空機がユーゴスラビア上空を飛行していた。1機はブリティッシュ・エアウェイズ（英国航空）476便でイギリスのロンドン・ヒースロー空港を世界時午前8時32分に離陸し、トルコのイスタンブールに向けて飛行していた。ユーゴスラビア上空を巡航高度33,000フィートで通過するフライトプランであった。476便はホーカー・シドレー トライデント（イギリス製3発ジェット機）で運行されており乗員乗客63人が搭乗していた。もう1機はイネックス・アドリア航空（現在のアドリア航空）550便で、アドリア海沿岸にあるスプリトから西ドイツのケルン・ボン空港に向けて離陸した。550便はDC-9-32（アメリカ合衆国製双発ジェット機）で運行されており、乗員乗客113人が搭乗していたが、乗客の多くは休暇帰りのドイツ人であった。ユーゴスラビア上空は欧州と中東を結ぶ航空路が錯綜しており、ヨーロッパでも忙しい空域のひとつであった。しかしザグレブ航空管制は人手不足であり、導入された航空管制システムも使いこなせないことから、一部以前のやり方を用いていた。当時は8人の管制官が担当していた。ザグレブ航空管制は高度別3階層のセクターに分けられており、管制官はそれぞれのセクターのみを担当するシステムだった。このシステムでは管制官は担当セクターを飛行する航空機はレーダー画面上に便名と高度が表示されるが、担当外は輝点しか表示されなかった。出発前に550便は巡航高度31,000フィートを要求したが、別の航空機が既に使用していたため、離陸後26,000フィート以上に上昇することを禁止されていた。しかし、航空管制官に空いている35,000フィートへの上昇を許可されたため上昇を始めた。航空管制の担当が中高度（25,000~31,000フィート）から高高度（35,000フィート~）担当に移管されたが、この時業務の引継ぎがうまくいかず、高高度担当の管制官に550便が35,000フィートへ上昇するという事実が正しく伝わらなかった。これは高高度担当の管制官が他の運行便との交信に忙殺されていたことも一因であった。この結果、高高度担当の管制官が550便と交信するのが遅れた。そのため2機は接近することになったが550便はこの時高度32,700フィートを飛行しており、高度差があるため衝突する危険性はなかった。この時管制官は476便が近くに飛行していることを伝達したが、476便の高度を33,500フィートと勘違いしており（上記の理由から高度はレーダーに表記されない）、「現在上昇中の高度を維持せよ」と曖昧な指示を与えた。このことにより550便は上昇を継続し、476便と同じ33,000フィートとなり衝突コースに向わせるという致命的な誤った指示となった。なお、この時の管制官と550便との一連の交信は英語ではなくセルボ・クロアチア語（当時）で行われており、国際航空管制に反していた（管制官は、この時以外の交信は英語で行っていた）。もし英国航空の機長がアドリア航空機と管制塔の会話を理解できていたら、両者が同高度を飛んでいることに気づいた可能性が高い。2機は世界時午前10時15分にザグレブVOR上空で高度差30メートル、交差角度90度で空中衝突した。衝突の瞬間、476便は毎時900キロメートル、550便は毎時860キロメートルで飛行しており、上昇から指示された（と思った）33,000フィートに戻そうと下降していた550便の左翼が水平飛行していた476便の操縦室を直撃した。この瞬間476便の操縦乗員は全員即死し操縦不能になった。また550便も左翼を失ったことから2機ともまっ逆さまになり地上に激突した。両機に搭乗していた乗員乗客176名全員が犠牲になったが、この犠牲者数は1971年に日本で発生した全日空機雫石衝突事故の162人を上回り、空中衝突事故としては当時世界最悪であった。この様子は476便の後方15マイル、高度29,000フィートを飛行していたルフトハンザ航空のボーイング737のパイロットが目撃しておりただちに航空管制官に報告された。550便と476便に繰り返し呼びかけていた上記の管制官はショックを受けた。