後白河上皇の院政に参画、その一翼を担う有力な廷臣となるが、信西と対立したためその政敵である藤原信頼に接近する。信西打倒のための武力蜂起計画が進行する過程で、伏見の自領を信頼の武芸の訓練のために提供するなど、深く謀議に関与している。平治元年（1159年）、かねてからの計画通り信頼や源義朝らと共に挙兵（平治の乱）。上皇と上西門院を内裏に幽閉するに当たり、その護送用の車を用意するという任務を果たしている。当初、戦局は信頼方に有利に展開するが、藤原惟方・藤原経宗らが敵方に寝返り二条天皇を内裏から脱出させたことから状況は一変、上皇も脱出し、信頼らは一転して賊軍としての立場に追い込まれる。こうした情勢を見て師仲は、味方陣中にあった三種の神器の一つである八咫鏡などを自らの手中に納め、早くも降伏を想定した保身行動に入っていたとされる。やがて信頼・義朝らの敗戦を見届けた後、神鏡を姉小路東洞院にあった自邸に保管し、自らは六波羅に出頭する。しかし八咫鏡を守った功による減刑は認められず、永暦元年（1160年）3月31日に下野国に配流となった。この際、配所に赴く途上で詠んだ歌が、後に勅撰集『千載和歌集』に収録されている。仁安元年（1166年）に赦され、3月29日に帰洛。戦前の地位である正三位に復位し、翌年従二位に進んでいる。しかし散位に留められて官職に就くことはなかった。承安2年（1172年）5月16日に57歳で没した。
現在も城郭跡地の大部分が陸上自衛隊の新発田駐屯地となっているため、三階櫓に行けないなど、新発田城の観光地化の支障となっている。しかしその反面、ここを訪れる観光客の中では、城と重なる駐屯地の光景を見て、「戦国自衛隊のようである」と感想を漏らす人々が非常に多い。かつては浮船城、狐の尾引き城、あやめ城と呼ばれていた新発田城であるが、近年では戦国自衛隊の城という愛称で呼ばれることが増えてきている。
城郭跡の大部分は日本軍解体まで陸軍が置かれていたこともあり、現在も陸上自衛隊の駐屯地（新発田駐屯地）となっている。その関係により、城内の建築のうち建物の内部を観覧できるものは、二の丸隅櫓・本丸表門・辰巳櫓である。自衛隊の敷地内にある三階櫓の内部は公開されていない。新発田城周辺は新発田城址公園として整備されており、憩いの場となっている。また城郭跡には、初代藩主・溝口秀勝の銅像と、溝口秀勝の曾孫にあたるといわれる堀部武庸の銅像が建っている。下屋敷であった清水園（清水谷御殿）は国の名勝、同園内にある足軽長屋は国の重要文化財に指定されている。溝口家の茶寮であった五十公野御茶屋は国の名勝、新潟県の文化財に指定されている。
『TV第1シリーズ』第5話「十三代五ヱ門登場」より登場し、第7話「狼は狼を呼ぶ」のラストシーンでルパンの仲間になる。初登場時はルパンの命を狙う殺し屋として登場しており、『ルパンVS複製人間』では「他人にルパンを殺させたくない」といった台詞がある。『TV第1シリーズ』の企画書に添付されたキャラ対照表では、五ェ門が明智小五郎や銭形警部と並んで描かれており、初期の映画、また同シリーズでは、ルパンの敵か味方か、中盤までわからない展開が用意されていたことをうかがわせる。ルパンファミリーの一員として世界中を飛び回っているが、ルパンと影のように行動を共にする次元大介と違って、単独行動または別行動を取ることが多い。役割は進路・退路の確保、敵陣への切り込み、武器破壊、障害物の破壊など、剣の腕を活かした戦闘や特殊任務に就くことが多い。ルパンとは自身に関する事情によっては敵対する場合もあり『TV第2シリーズ』第55話「花吹雪 謎の五人衆 前篇」では、白波五人衆が武器もなくルパン一味に立ち向かい、「ルパンは峰不二子のために富嶽三十六景を盗んだ。だが自分たちはそんなことをしない。だから大した武器もない自分たちの助っ人になってほしい」として彼らに籠絡されてしまい、続く第56話「花吹雪 謎の五人衆 後篇」ではその一員としてルパンに一騎討ちを挑みルパンを負傷させたが、その後菊子とともに白波五人衆を離反した後に、五人衆の真の狙いは自分を人質にしてルパンが今まで手に入れた宝を横取りすることであると知り、その後ルパンたちの前で、ルパンを負傷させた責任を取り切腹すると言い出したが、介錯を頼まれたルパンは「無抵抗のやつの首をはねても面白く無い」として、ルパンと五ェ門の殴り合いの喧嘩となった。このようにルパンたちに対する仲間意識は強く、『TV第2シリーズ』第112話「五エ門危機一髪」ではルパンの弱点を聞き出すため拷問にかけられるが、「仲間を売る様な真似をするくらいなら喜んで死ぬ」として一言も口を割らなかった。さらに『ルパン三世 グッバイ・パートナー』ではアリサを救う為、仲間を裏切った次元に対し、「裏切り者は斬り捨てなければ気が済まん」と言っていたが事情を知った後は「過ぎたことだ」と許してやった。TVスペシャル『ルパン三世 盗まれたルパン 〜コピーキャットは真夏の蝶〜』では、ルパンに対して「お主、やはり侍であったか」と、ルパンの人柄を認める発言をしている。