宗教法人｢生長の家｣の青年組織は日青協ではなく、生長の家青年会である。また、日青協の教員団体である日本教育研究所と、｢生長の家」の教員団体であった新教育者連盟（平成15年教団と分裂）は別の団体である。上杉聰は、日本青年協議会を元・生長の家学生部のグループと述べている。この主張に対して両組織のメンバーは全く異なっており、また、組織的にも全国学協、日青協は生長の家の傘下に入ったことは一度もなく、独立した活動を展開してきているとする反論もあるが、日青協は生長の家本流運動側の団体であるので現在の生長の家と日青協が無関係のように見えるのは当然である。生長の家青年会を脱退した愛国派のグループは、日青協へは合流せず、独自に「若い世代の会」を結成した。全国学協の分裂（1973年）前後から、生学連との共闘関係は次第に解消へ向かい、1980年代に生長の家教団が「愛国路線」から撤退して以降は、両者の組織的な交流はほぼ断絶している。
1978年、日本を守る会を中心に元号法制化実現国民会議（石田和外議長・末次一郎運営委員長）が結成される際に、副島廣之（明治神宮権宮司）や小田村寅二郎（国民文化研究会理事長。小田村四郎の実兄）らが、日本青年協議会の椛島有三に事務局長を依頼した。後継団体として結成された日本を守る国民会議や日本会議において、代表の椛島有三が事務総長を務めている。
日本青年協議会の幹部は、全国学協の草創期に国民文化研究会の小田村寅二郎理事長ほかの指導を受けた者が多い。このため、全国学協の運動には、国民文化研究会の前身である日本学生協会の歴史からの強い影響を見ることができる。現在も日青協のメンバーや全日本学生文化会議の学生は、毎年夏に開催される国民文化研究会の「合宿教室」に参加している。
日本青年協議会の幹部は、全国学協の顧問でもあった三島由紀夫から学生時代に直接指導を受けていた。また、生前の森田必勝と懇意であった者も多く、三島事件に参加した4名の学生のうちの2名（古賀浩靖と小賀正義）も学協のメンバーであった。日青協と学協は事件の直後、三島憲法裁判闘争（全国学生自治体連絡協議会の頁を参照）を展開している。毎年11月25日には、各県で「三島・森田両烈士追悼慰霊祭」を開催している（一部の地域では開催日が前後することもある）
日青協の機関誌『祖国と青年』24号（1976年7月）の特集に、谷口雅春の信念とされる「占領憲法破棄・明治憲法復元」の文字はなく、「従来の運動は現憲法解体などと勇ましいことを言ってきたが、新たな改憲運動を創出しないと、改憲勢力は永久に葦津珍彦さんが言う『力学無視の悲歌慷慨』で終わってしまう」と述べている。また、日青協の機関紙で椛島有三は「国難を一つずつ逆転し、そこに国体精神を甦らせ、憲法改正の道を一歩ずつ前進させる葦津先生の憲法理論に学び、『反憲的解釈改憲路線』と名づけ推進していくことになった」と述べ、元号法制化運動を契機に解釈改憲路線に転換する方針を述べている。朝日新聞記者の藤生明は、1977年から地方議会決議運動を展開し中央政府を動かしたことを、草の根民族運動の始まりであるとしている。
国民文化研究会、日本政策研究センターのほか、日本会議に加盟している神社本庁等の右派的宗教団体、財団法人、労組等と友好協力関係にある。影山正治が設立した「大東塾」とは、日本を守る国民会議時代までは連携が強く、1984年の「建国記念の日」式典から「神武建国」色を排除しようとする中曽根内閣や、1992年秋の「天皇御訪中」を推進する宮澤内閣に最期まで抵抗したのは、日青協と大東塾であった。
モーガン将軍と選り抜きの2,460名の南軍騎兵は軽砲兵1個大隊と共に、1863年6月11日にテネシー州スパータを出発した。これはテネシー州内の南軍から北軍のオハイオ軍の注意を逸らすことが意図された。その地域の南軍指揮官ブラクストン・ブラッグ将軍はモーガンの騎兵隊がケンタッキー州に入ることで陽動行動させるつもりだった。しかし、モーガンは士官の何人かに、以前からインディアナ州やオハイオ州に侵入して北部に戦争の恐怖をもたらす考えでいることを打ち明けていた。ブラッグはモーガンにテネシーやケンタッキーを自由に騎り回す裁量権を与えたが、いかなる場合もオハイオ川を越えてはならないという条件をつけていた。6月23日、北軍のカンバーランド軍がブラッグ将軍のテネシー軍に対する作戦を開始し、これがタラホーマ方面作戦と呼ばれるようになり、モーガンはそれが北のケンタッキー州に進む時だと決めた。7月2日、モーガンは北軍の通信線を遮断することを期待してケンタッキー州に入り、そこでは称賛の気持ちを表す市民が公然とその騎兵を迎えた。バークスビルで雨で増水したカンバーランド川を越え、モーガン師団はグリーン川まで進み、7月4日のテブスベンドの戦いで北軍の1個連隊（第25ミシガン歩兵連隊）に遮られた。モーガンは間もなくレバノンの戦いでそこの守備隊を急襲し占領した。町の鉄道補給所で第20ケンタッキー連隊の400名の兵士を囲ったが、防御が十分になされた建物はかなりの防御力があった。激しい6時間の戦闘の中で、北軍はモーガンの一番下の弟トーマスを最後の突撃の時に殺した。最終的にモーガンは北軍を捕捉し釈放した。弟を失った悲しみにあったモーガンは、スプリングフィールド、バーズタウンおよびガーネッツビルを通過し北のルイビルへの進軍を続けた。その途中、北軍やケンタッキー州兵隊と幾つかの小戦闘を繰り返した。しかし、ルイビル市の直ぐ南で、部隊を北西に進路を変えさせオハイオ川に向かった。スプリングフィールドでルイビルの北と東に分遣隊を送り、モーガン隊が実際に何処に向かっているか北軍を混乱させようとした。この分遣隊はトウェルブマイル島でオハイオ川を渡ったが、モーガン隊と合流する前にインディアナ州ニューペキンで捕まった。モーガンは北軍にその目的を悟らせないために他の手段として、部隊の電信士"ライトニング"エルスワースに北軍の電信士に成りすまさせて電報を打たせ、襲撃隊の向かう方向について異なる幾つかの伝言を送り、さらにモーガン隊の勢力に付いても嘘の報告をさせ、時には7,000名とまで報告させた。エルスワースはこの襲撃の間を通じてこれを繰り返し、特にインディアナ州で多かった。