島式ホーム1面2線を有する地下駅。明治通りの直下、新宿三丁目交差点から新宿四丁目交差点付近に位置する。既設であった丸ノ内線と都営新宿線の間に作られたが、丸ノ内線をくぐってからホーム自体に勾配をつけつつ都営新宿線のトンネルのわずか11cm上を越えるという複雑な構造となり、駅の完成までに7年を要している。明治神宮前駅や渋谷駅と同様に、コンコース階とホーム階の一部に吹き抜けが設置されている。東新宿寄りに引き上げ線が設置されており、東急東横線・横浜高速鉄道みなとみらい線方面からの当駅終着・始発列車が深夜に数本設定されている。副都心線開業時のダイヤでは早朝に当駅始発の渋谷行、平日朝ラッシュ時に渋谷から当駅終着の回送列車がそれぞれ設定されていたが、2013年3月16日に東横線・みなとみらい線との相互直通運転が開始されると、当駅始発・終着の列車が大幅に増加した。平日昼間、土日朝-夕方の時間帯に当駅終着・始発が2本/hの割合で設定されていたが、2017年3月25日のダイヤ改正で、当駅止まりの列車は日中を中心に池袋まで延長された。トイレは地下2階北側の改札口内にあり、多機能トイレを併設している。一部の便器には温水洗浄便座が設置されている。地下鉄博物館に同線の構造模型が展示されており、将来的に新宿サブナードとも接続する計画があることから、その表示もなされている。なお、副都心線開業当時からほぼ終日警備員および駅員による立ち番がいる。有料座席指定列車「S-TRAIN」は、土曜・休日ダイヤのみ副都心線に入線し、当駅にも停車する。なお、当駅から東京メトロ線内のみの乗車はできない（西武池袋線石神井公園から当駅まで、また当駅から東急東横線自由が丘までといった区間は乗車できる）。
島式ホーム1面2線を有する地下駅。新宿通りの直下、新宿三丁目交差点付近を東端とし、西方に延びている。改札口は地下1階、ホームは地下2階にある。従来、伊勢丹側の階段はホームの東端にあったが、副都心線との連絡通路を設置するスペースを捻出するため、2006年8月13日より新宿方に約30m移動した。改札口もこれに合わせて移動している。さらに2013年3月に移設されたことは前記した。トイレは地下1階改札外東端（副都心線・都営新宿線連絡階段付近）にあり、ユニバーサルデザインの一環として多機能トイレを併設している。新宿側に渡り線があり、早朝深夜に中野坂上方面に折り返す列車が設定されている。2017年4月に、発車標が他駅に先駆けてLCD式の新型へ更新され、あわせて接近放送も変更された。ただし、英語の接近放送や中国語・韓国語表示への対応は、他駅での本格導入が進んだ2019年より実施されている。
198X年の夏、夜ごと繰り返される奇妙な悪夢に襲われる人々がいた。その人々、私大生・伊吹涼、女子大生・白鳥夏姫、華族の末裔・藤原華子は、銀座の小さな画廊に集められた。画廊の主人・結城大和とその妹・伽耶子と出会った彼らは、古来より神州・日本に住まってきた神々・先住者の末裔として、次々と覚醒していく。そこで彼らが目にしたのは、狂気の天才画家・葛城繁の残した怪奇な数枚の絵。それはクトゥルーの邪神による地球侵略の開始を告げる、予言の絵であった。先住者の末裔たちは、その侵略から地球を守るべく画廊に集結し、覚醒を促されたのだ。だが、その中でただひとり覚醒しない人物がいた。それは《火の民》伊吹一族の末裔であるはずの伊吹涼であった。いぶかる周囲の先住者に、《山の民》の長老・許斐老人は驚くべき事実を告げる。伊吹涼は《火の民》の血を引いていないというのだ。彼の名「涼」に見える、本来、火とは相いれないはずの部首「氵」こそが、彼が《火の民》の血を引いていない証拠であったのだ。先住者たちに囲まれ、怯える涼の前に、突如、おぞましいクトゥルーの邪神ツァトゥグァが出現する。数日後、その体験から、半ば精神に狂いを生じた涼のもとを、ルポライター・安西雄介が訪れた。実は、涼が口走る「葛城繁」という名に、雄介は強い関心を抱いていた。葛城繁は、雄介が恋い焦がれる貴婦人・葛城秌子の叔父にあたり、その死は何か人間でないものに殺されたとしか思えない、奇怪にして残忍なものであったというのだ。涼とともに銀座の画廊を訪れた雄介は、画廊がすでになく、そこが平凡な事務所になっていることを知った。だが、その事務所に足を踏み入れたとたん、雄介はそこが魚のような風貌の人間－インスマウス人の巣窟となっていることを目の当たりにした。それをきっかけとして、本格的に調査を開始した雄介は、涼に聞いた風体から藤原華子の正体をつきとめ、涼とともにその屋敷へと向かった。身分を偽り、首尾よく屋敷内に潜入した二人を恐怖が襲った。オカルトに狂った華子の父・隆道が呼び出したツァトゥグァが再び出現し、屋敷の住人をことごとく殺し始めたのだ。ツァトゥグァのあぎとから逃れ、かろうじて屋敷を脱出した雄介と涼の目の前で、藤原家の屋敷は火に包まれ、焼け落ちていった。そして、人々の生活の中に、徐々に魔の気配がその濃さを増し、恐るべき侵略がじわりと始まっていく。（以上、第二巻冒頭部まで）