ヤングジャンプ連載100回記念の読者プレゼントの1つとして、「LILIUM」のオルゴールが製作され、10名にプレゼントされた。2017年現在、日本電産サンキョーオルゴールから、「LILIUM」の一節を収録した、18弁シリンダータイプのムーブメントが販売されている。
全13話＋番外編をHDリマスタリングを施し、BD3枚に収録。 販売はVAP。特典として、サウンドトラック(CD1枚)を同梱。DVD 1st Notes CD付き初回限定盤のものとは収録内容が異なる。ブックレットには、原作者の岡本倫によるコメントと、描き下ろし漫画「エルフェンリート特別版」を収録。内容や登場人物はアニメ版に準拠したもので、由比ヶ浜への海水浴と花火大会といった平和な日常の一コマを描いたものである。
全7巻 (1st-7th.Notes) がVAPから販売されている。最終巻 (7th.Note) にはテレビでは放送されていない番外編（新作）が収録されている。アニメシアターXの放送では上記の視聴制限だけでなく、過激なシーンに対してはフラッシュをかぶせたり、画面を暗くする修正処理が行われたが、アニメDVD（国内販売）には無修正版が収録されている。しかし、販売に際しては特に年齢制限は設けられていない。パッケージには過激な暴力シーンの収録と購入への注意事項が記載されている。オンエア時は画面左右をカットした4:3での放送だったが、DVD、BDではトリミングなしの16:9で収録されている。
2004年7月25日からCS放送局のアニメシアターXで放送されたが、過激な暴力描写のため一部シーンの修正のほか、15歳未満視聴禁止のペアレンタルロックがなされた。また、本編の放送前に、暴力・残酷描写の存在と、15歳未満の視聴を控える旨の警告テロップが30秒という異例の長さで表示された。AT-Xで放送された番組宣伝では萌えバージョン（ナレーション：能登麻美子）と残虐バージョン（ナレーション：細井治）の2タイプが存在した。DVD発売以降に何度か行われた再放送でも、アスペクト比4:3のソースが使用されており、映像特典の番外編「通り雨にて…」はオンエアされていない。制作は16:9で行われている為、レイアウト的に見切れているシーンも散見される。
作家の小森健太朗は、社会や家族をめぐるドラマがストーリーから排除されていることから、本作をセカイ系作品のひとつとして位置づけた上で、「いわば内破をもくろんだ批評的な作品」であると評価している。多くのセカイ系作品では、ヒロインの戦闘美少女が繰り広げるバトルが、多くの巻き添えの犠牲者を出している可能性について踏み込んでいない。しかし本作のヒロインであるルーシー（にゅう）は破滅から世界を守る存在ではなく、世界を破滅に追いやる危険性のある存在として設定され、非日常のバトルが平穏な日常生活を脅かす必然性と向き合った作品となっている。そしてこれは同じくセカイ系の想像力をベースにしつつも、「日常の学園生活」と「非日常のバトル」を巧妙な設定で隔離して描くことで高い娯楽性を実現した、『灼眼のシャナ』と対照的であるとしている。
本作品は、神奈川県鎌倉市を舞台としており、いくつかのシーンは実在する場所で展開されている。物語終盤では神奈川県藤沢市内の江の島も登場している。特にアニメ作品では詳細なロケーションハンティングが行われており、鎌倉市の多くの場所や風景が正確に描画されている。
長岡藩の軍制は、江戸幕府が諸大名・諸旗本に定めた軍役義務の定めに従っていたと考えられる。すなわち、元和2年（1616年）6月、寛永10年（1633年）2月、慶安2年（1649年）10月の制定あるいは改正があった軍役令を基礎に長岡藩の軍事編成と軍役義務を定めていたと考えられる。長岡藩の慶安3年（1650年）3月制定の「御軍法」では士大将・さむらいだいしょう（＝大組の組頭、家老が務めた）以下202騎の騎馬武者について、その持槍・持筒（鉄砲）等の武装・装備や兜の立物（飾り）や旗指物・服装等の出で立ちおよび従者の定めを細かく規定した。また、足軽についても同様の軍装の定めがあり、戦闘の主力を担う鉄砲足軽隊については足軽頭（大組の士分）17人の統率の下に鉄砲30挺の隊2組、25挺の隊15組（鉄砲・計435挺）、合計鉄砲数531挺（士分の持筒等を合計した数と考えられる）である。他に弓足軽頭2騎以下、弓50張の弓足軽隊や長柄組と呼ばれる槍足軽隊があった。その後、延宝8年（1680年）8月にも改正があり、これを例に取ると次席家老山本勘右衛門（帯刀家）は家人23人（別に騎士の家人1名あり）・乗馬2匹・荷馬4匹である。（慶安の軍制ではこれに持筒2挺・持弓1張・持槍3本（内、陪臣用1本）である）。延宝の制では騎馬武者208騎のほか、戦闘要員の中小姓（士分）20人・徒士（馬乗り以外の士分）71人・足軽（兵卒）350人・中間（従者）259人、非戦闘要員の乗掛（荷馬夫）22人・伯楽その他12人・細工方45人、雑人（夫役の者）1,952人と定め、総勢2,939人、馬223匹（荷駄用は除くか？）となっている。また、家老以外の士分の者についても、知行高に応じた揃えるべき装備が定められていたと考えられ、天和元年（1681年）越後高田城の受け取り際の出動事例を具体的先例として「諸士法制并追加」とした（以下軍役参照）。なお、この体制は、河井継之助の慶応の軍制改革（越後長岡藩の慶応改革）まで基本的に存続した。