1945年（昭和20年）9月21日、清太は省線（現在のJR神戸線）三ノ宮駅構内で、14歳の若さで衰弱死した。清太の所持品は錆びたドロップ缶。その中にはわずか4歳で衰弱死した妹・節子の小さな骨片が入っていた。駅員がドロップ缶を見つけ、無造作に草むらへ放り投げていった。地面に落ちた缶からこぼれ落ちた遺骨のまわりに蛍がひとしきり飛び交い、やがて静まる。太平洋戦争末期、兵庫県武庫郡御影町（現在の神戸市東灘区）に住んでいた清太とその妹・節子は6月5日の神戸大空襲で母も家も失い、父の従兄弟の嫁で今は未亡人である兵庫県西宮市の親戚の家に身を寄せることになる。最初のうちは順調だった共同生活も戦争が進むにつれて、2人を邪魔扱いする説教くさい叔母との諍いが絶えなくなっていった。居心地が悪くなった清太は節子を連れて家を出ることを決心し、近くの満池谷町の貯水池のほとりにある防空壕の中で暮らし始めるが、配給は途切れがちになり、情報や近所付き合いもないために思うように食料が得られず、節子は徐々に栄養失調で弱っていった。清太は畑から野菜を盗んだり、空襲で無人となった人家から火事場泥棒し、時には見つかり殴られた上に派出所に突き出されながらも飢えをしのいだ。ある日、川辺で倒れている節子を発見した清太は、病院に連れていくも医者に「滋養を付けるしかない」と言われたため、銀行から貯金を下ろして食料の調達に走る最中に日本が降伏して戦争は終わったことを知った。清太は日本が敗戦し、父の所属する連合艦隊も壊滅したと聞かされショックを受ける。節子に食べ物を食べさせるものの既に手遅れで、節子は終戦から7日後の8月22日に短い生涯を閉じた。節子を荼毘に付した後、清太は防空壕を去る。その清太もまた栄養失調に侵されており、身寄りも無いため三ノ宮駅に寝起きする戦災孤児の1人として野垂れ死に、死体は他の死亡した30人の死体と共に荼毘に付され、無縁仏として納骨堂へ収められた。その後、物語の冒頭1945年（昭和20年）9月21日、鉄道構内で衰弱し霊的な存在となった清太は節子と再会し自分たちが生きていた頃を思い浮かべ見つめ続ける。それから2人は現代の時代まで成仏せずに迷い続けた。
「信濃の国」はかつて、長野県内の多くの小学校・中学校・高校で、さまざまな行事の際に歌われてきたため、俗に「信州（長野県）育ちなら『信濃の国』を歌える」「会議や宴会の締めでは、必ず『信濃の国』が合唱される」「県内在住者であっても『信濃の国』を歌えなければ他所者」とやや誇張気味に語られるほど、信州人（長野県民）に深く浸透していた。日本の都道府県歌は、住民にとってあまりなじみがない場合が多く、存在すら認識されていない例もあるため、「信濃の国」は、「日本で最も有名な県歌」とも言える歌である。現在でも、県外から（多くは日本国政府からの出向）県幹部職員を着任させる時、県会に同意了解を求めるが、他県出身の人事を快しとしない長野県議会議員からは、「信濃の国」を知っているかどうかを、質疑で詰問する風景が見られることもある。「信濃の国」は、長野県師範学校附属小学校の後身である信州大学教育学部附属長野小学校のように校歌として採用されている例はあるものの、昭和末期からは、長野県内でも「信濃の国」を歌わない学校が現れており、「信濃の国」を歌えない県民も徐々に増えつつある。しかし、カラオケのレパートリーや、携帯電話の着信メロディに用いられるなど、地元・長野県民の支持は依然として根強い。長野県の各地域では、公共放送でのジングルや特別急行列車等の車内アナウンスでの採用例（1997年（平成9年）に北陸新幹線が長野駅まで開業する以前の特急「あさま」号の長野駅到着時、特急「あずさ」号の松本駅到着時）も多い。JRでは、2002年（平成14年）2月にはJR東日本長野支社から、列車が走る風景を背景にして「信濃の国」の歌詞を1番ずつあしらった6枚組オレンジカードが発行された。2014年（平成26年）11月7日、JR東日本長野支社は2015年（平成27年）3月14日に北陸新幹線の金沢駅延伸に先駆け、同年1月から長野駅新幹線ホームの発車メロディを「信濃の国」にすると発表し、同年1月31日の始発から変更された。信越放送ラジオ (SBC) においても、開局時から放送開始・終了時にインストゥルメンタルでこの楽曲を放送している（現在は終夜放送＜除・日曜深夜～月曜未明＞となっており、毎日午前5時前の1日の基点に1番等のインストゥルメンタルが、及び、日曜付放送終了時に4番のインストゥルメンタルが放送されている）。2005年（平成17年）には、パラパラが踊れるユーロビートバージョンも登場した。ユーロビートバージョンは、CMなどで流れていることもある。2013年7月からはこのユーロビートバージョンをバックに、長野県観光PRキャラクターのアルクマが様々なイベントでダンスを披露している。また、この曲は全国の自治体歌のなかでも特に知名度が高く、県外からの観光や修学旅行などでバスガイドが歌うことも多い。2005年（平成17年）長野青年会議所の手により、上高井郡小布施町在住のセーラ・マリ・カミングスの翻訳監修で、全て英語の歌詞の信濃の国（英語: Our Shinano）が制作された（外部リンク参照）。2015年（平成27年）6月に宇宙で6ヶ月程度滞在する事が決まっている宇宙飛行士の油井亀美也（南佐久郡川上村出身）は、「機内放送されるかわからないが、『信濃の国』をISSで歌いたい」と話している。また北陸新幹線の一部先行開通記念の長野駅でのセレモニー（1997年10月）や、長野オリンピック（1998年2月）の開会式における国歌君が代斉唱の次に「信濃の国」を歌ったほか、日本選手団の入場行進時などに代表されるように、長野県に関わる公的行事の伴奏音楽としても頻繁に採り上げられている。高校野球の全国大会で長野県代表の応援歌としても使用されており、出場校の出身者でなくても、殆どの長野県人が歌えるという普及度の高さが生かされている。長野県を本拠地とするスポーツチームの応援歌として使用されることが増えている。1999年のNTT再編によりクラブチーム化したNTT信越硬式野球クラブ（当時、現・信越硬式野球クラブ）が従来のNTT社歌・応援歌に変わり使い始めたのを皮切りに、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟する松本山雅FCの試合ではチャント（サポーターソング）として歌われている。プロ野球独立リーグ・ベースボール・チャレンジ・リーグ（BCリーグ）に所属する信濃グランセローズの主催試合でも歌われる。Bリーグに所属する信州ブレイブウォリアーズの試合でも使用される。「歴史」の項目で述べている分県問題にまつわる逸話を題材にして、作家内田康夫が『「信濃の国」殺人事件』を書いており、「信濃のコロンボ事件ファイル」の一編としてTVドラマも作られた。