大気汚染物質や酸性雨による問題とあわせて檜洞丸周辺で問題となっているのが、害虫によるブナの食害問題である。この害虫とは主にブナハバチやブナアオシャチホコ（いずれも幼虫）によるものであり、食害がブナ林の衰退をさらに加速させていると考えられている。ブナハバチによる食害が問題となり始めたのは1993年からで、それ以降毎年発生を繰り返し、5月~6月にかけてブナの葉を食い荒らしている。近年では2007年と2011年が特に規模の大きな発生年であった。このブナハバチは2000年に属レベルで新種（学名:Fagineura crenativora）として認められた昆虫であり、現在も生態の詳しい調査が続けられている。一般的に食葉性昆虫によって広葉樹が枯死に至ることは稀とされているが、ブナハバチの場合は同じ樹木個体に対して連年大きな被害を与える傾向が強く、外的ストレスに弱い樹木個体から衰弱枯死する例が後を絶たない。越地らによる檜洞丸や丹沢山おける定点観測（1997年～2005年）では、わずかな食害度であったブナの個体が、連年被害により10年足らずで枯死に至っている例が報告されている。また、檜洞丸山頂付近における1993年から2010年にかけての長期調査では、調査本数計204本のうち32%の64本が枯死に至り、そのうち46本がブナハバチの食害を受けていたと報告されている。一方でブナアオシャチホコによる食害が注目されるようになったのは、2005年の大発生以降のことである。八甲田山や八幡平などの東北地方の山地では約10年の周期で大発生する昆虫として知られていたが、丹沢山地においては1917年以来、実に88年ぶりの大発生であった。2005年の大発生は檜洞丸西側の石棚山稜で起こったもので、大規模被害に準ずるものであったが、翌年の2006年は目立つような被害はなく、2007年はブナアオシャチホコの発生はほとんど確認できなかったことから、2005年の大発生は一過性のものであったと推測されている。大発生の原因としては、2005年4月～6月期の降水量が例年に比べて少なかったことが、降雨の影響を受けやすい幼虫に対して有利に働いたことによるものと考えられているが、なぜ88年ぶりに突然大発生を起こしたのかは未だ不明のままである。
責任は当に人間と云ふ機関に在る」など、日本国家ではなく「責任は個人にあり」という方針が再確認されたとする
「もちろんキーナンの主張には政治的意図が見え隠れする」と、日本本土への空襲という惨害をもたらしたのも被告たち、国民一般も犠牲者、自分たちが糾弾するのは、日本国でも国民一般でもなく被告たちだと主張し、国民が戦時指導者たちを指弾し、軍事法廷を支持するようにし向けたと語った
そしてパール自身も、この枠組みに基づいて「全員無罪」の判決を出したのが東京裁判という史実であるとする
そして、被告を通して「歴然たる国家の行為」を裁こうとしたから「パル判決」は日本無罪論と主張するのは、別の枠組みで論じる事であり、「同じ土俵で正反対の結論を導き出し主張したからこそ、「パル判決」は強烈なメッセージを発する」と語り、まず「厳密な意味での裁判の枠組み」が本筋で、「日本無罪論」という解釈の可能性の議論は副次的な議論であると言うのが、現在の自身（牛村）の見解であり、「この視角にたどり着いたのは、他ならぬ小林の展開してきた議論を追ってきたからに他ならない
反論を呈しつつも、史実を熟考し自らの東京裁判論を発展させる機会を与えられたことに対し、改めて感謝したい」とした
そして弁護方法の対立に関して、必ずしもブレークニが個人弁護、清瀬が国家弁護という解釈は当たらないとし、ブレークニが弁護した梅津美治郎や東郷茂徳も「国家弁護」より「個人弁護」に力を置いたとは言えず、「国家弁護と個人弁護」の対立は東京裁判の神話であり、明確に「国家弁護」の論陣を張った東條英機を除いて、弁護人の回想録に書いてあっても区別は判然としないとし、「個人弁護」派の重鎮と見なされた高柳賢三（鈴木貞一被告担当）が「侵略戦争とか自衛戦争とかいう区別いかんにかかわらず、国際法はそれを処罰することはできない、というのがわれわれの立場でした」と、日本の戦争が自衛か侵略か、という政治的意味に関わらず「全部を無罪と主張」しており、これは国家弁護そのものではないだろうかと主張
小林が、清瀬の冒頭陳述を引き「日本国家が裁かれている」という見解が存在したと指摘したことは、清瀬のそれはポツダム宣言の枠組みから逸脱しており、効果的な反論になり得ていないと、「占領下「勝者の裁き」に敢然と立ち上がった義を尊ぶその姿」に感銘こそすれ非難する気はないとしながらも指摘した
そして「パール真論」に紹介された"Japan Not Guilty"をパールが承諾したとした事実は、「私人としてのパル自身が、自分の意見書には「日本無罪論」として読める可能性もある、と認めたということだと私は考えている
」とし、法廷で自己の意見書を「日本無罪論」と言うことはありえず、パールは訴因に照らし合わせ、全被告無罪とすることで任務を全うした、とする
そして「パル判決＝日本無罪論」とする論者に対し、それを是とするならば、パールが私人として語った昭和41年秋の「あの戦争裁判で、私は日本は道徳的には責任はあっても、法律的には責任はないという結論を下しました」も是としなければいけないとし、読みの可能性としての「パル判決＝日本無罪論」を否定はしないが「日本無罪論とすべきだ」という主張に嫌疑を呈すると結んだ
日暮吉延は、「最近もパルをめぐる『論争』があるようだが、この点、筆者のもっとも信頼する東京裁判研究者である牛村圭が『諸君!』2008年1月号でパル判決研究のあり方を泰然と正しく説いたので、それで決まりだと思っている」とこれを支持した
また、日暮は『パール判決書』を「日本無罪論」とする見方を批判するも、「多数判決を評価できないのと同様、パル判決-こちらのほうがずっとましだが-にも高い評価は与えられない
どちらも偏っているからである」と、パール判決への評価は低い
なお、前出の『NHKスペシャル』は、パールの無罪判定などの後に「しかし」という形で判決書内の「日本軍の残虐行為や、満州事変以降の歩み」に否定的と取れる箇所を強調する構成だった