1983年の調査が行われた理由の一つに、その頃に南方熊楠の再評価が行われ、そこから熊楠による神島の調査に見直しが行われた点がある。熊楠の調査には「こやま」と「おやま」の「顕著な樹木」すべての位置と種名が記されていることになっているが、それと実際に見られる樹木に違いがあった。そのため、同様の調査が行われた。その結果わかったことは、タブノキとアキニレ、それにクロマツなどが大きく減少したこと、それに対してホルトノキ、イヌマキ、エノキなどが増加していた。クロマツについてはこの間の松食い虫被害によると考えられる。タブノキについては、大径の木があったことが枯れて腐った株の痕跡から確認できた。「おやま」には朽ち木で径100cm、150cmのものがあった。ここから、後藤らは熊楠の調査以降のジェーン台風、室戸台風、第二室戸台風の被害があり、それによってこれらの大木が被害を受けて枯死し、それによるギャップにパイオニア的樹木が育った結果であろうとする。つまり、タブ林が壊れてその代償植生としてホルトノキ林が生まれたという。ただし、たかだか数十年に一度程度の規模の台風でおそらくそれよりはるかに長い寿命を持つ樹木が軒並み倒れる、というのは納得できないとして、熊楠の保存運動の際にすでに「こやま」の大木が伐採されたことが何らかの影響を与えた可能性にも言及している。
1988年の調査では小野新平が粘菌の調査を行い、6科19種を記録している。なお、南方熊楠は、この島の特異な生物、特に北限のハカマカズラなどに力点を置いて保存運動を展開したが、実際の考えはやや違ったところにあったらしい。この島が国の天然記念物に指定された後に地元の牟婁新聞に「新庄村合併に就いて」を書き、その中で神島に触れて「神島を天然記念物に指定したのは、特に珍しいものがあるためでなく、むしろ周辺の森林がどんどん荒らされる中で、せめてこの島がそのまま保存されれば、それがどんなものだったかがわかるだろうと思ったからだ」という旨のことを述べている。
種子植物については太田と後藤が66科179種を、シダ植物については真砂が8科14種を報告している。数としては多いものではなく、これは小さな島であるから当然である。しかしシダの中にはより山間部に出現するはずのイワヤナギシダやヌリトラノオが含まれ、森林の深さと水環境のそれなりのあり方を示している。種子植物では、きわめて分布が限定されている植物として、キノクニスゲ、タキキビ、ハカマカズラが挙げられる。なお、ハカマカズラはこの島が北限ではなく、和歌山県ではさらに北の由良町黒島からも知られている。
植生は昭和期のほぼ安定していた頃の状況として、1988年の調査を元に記述する。全体が森林に覆われている。「こやま」や「おやま」外周崖地では背の低い風衝地となっており、ウバメガシを中心とし、トベラやマサキを交え、林床にはヒトツバが多い。植物生態学的にはトベラ－ウバメガシ群集にあたる。「おやま」の大部分はより背の高い森林で覆われている。構成樹種としては大きいものはホルトノキ、ヤブツバキ、ハゼ、クスノキなどがあり、その他にイヌマキ、タブノキ、ヤブニッケイなど様々な樹種がある。またハカマカズラやテイカカズラなどのつる植物も多く、林床にはキノクニスゲなどが見られる。新谷はこれをムサシアブミ－タブ群集の北限的なものと見ている。
1757年に七年戦争が勃発し、カンバーランドは偵察軍（Army of Observation）の指揮官となった。これはイギリスがドイツ兵を雇って作った軍で、フランスの攻撃からハノーヴァーの軍を守る目的があった。1757年7月26日、ハーメルン近くのハステンベックの戦いで、カンバーランドの軍はデストレ公爵の特別部隊に敗北した。戦闘の終盤に向けてはカンバーランドに有利に展開したものの、軍は退却を始めた。射程に入るまで敵を撃つなという規律は崩壊し、軍勢はばらばらになって北を目指した。カンバーランドは海軍が兵員と物資を持ってきて、それによって再集合と反撃が望めると期待したが、イギリス軍はカンバーランドに支援をする代わりに、ロシュフォール襲撃の準備に入っていた。その軍が、カンバーランドの支援に派遣されるべきという意見があったのに、それは実現しなかったのである。1757年9月までに、カンバーランドとその軍勢は、北海沿岸のスタードの城塞に退いた。国王ジョージ2世は、カンバーランドに、単独講和のために任意で使える軍をよこした。リシュリュー公爵指揮下のフランスの包囲を受けたカンバーランドは、クローステル・ツェーヴェン協定に同意した。1757年9月8日のツェーヴェン修道院で、カンバーランド軍は解散させられることになり、ハノーヴァー領の大部分はフランスに占領された。ロンドンへ戻ったカンバーランドは、講和への交渉を進める許可を事前に得ていたにもかかわらず、父王から手ひどい待遇を受けた。カンバーランドとの謁見で、ジョージ2世は「この息子は私の名を辱め、自らを貶めた」と発言した。これに対してカンバーランドは、軍やすべての公職から身を引き、私人として生活することにした。また、1757年にヨーロッパに出陣する際、カンバーランドはウィリアム・ピットと対立しており、戦場に行く見返りとして、ピットを解任してほしいと父王に要請した。ピットは一旦退いたが、その後復帰した。その後、カンバーランドの敗北により、ピットは自由に戦略を立てることができるようになった。ジョージ2世もピットの考えを受け入れるようになっていた。ピットはハノーファーより北アメリカの植民地を優先させており、カンバーランドが目指したヨーロッパの攻防よりも、はるか上を行く構想をピットは立てていたのだった。この時のカンバーランド軍にはジェフリー・アマーストがいた。アマーストはその後もヨーロッパの戦線にとどまっていたが、1758年の1月に本国からの指示でカナダに出発し、この年の7月にルイブールの戦いでフランス軍を破ることになった。