個人がいだいている「禁制（タブー）」の起源は、じぶん自身にたいして明瞭になっていない意識からやってくる。〈黙契〉では、人は共同体の中で怖れや崇拝を対象にした時に、その人の意識が共同体から赦（ゆる）されてなれ合っている。それに対して〈禁制〉では、人はどんなに共同体の内部にあるようにみえても、神聖を強要され、その人は共同性から全く赦（ゆる）されていない。吉本はわたしたちの思想の土壌では、〈黙契〉と〈禁制〉とはほとんど区別できていないとし、『遠野物語』の「山人譚」はこの2つが混融された資料であると述べている。そこに描かれた山人にたいする村落共同体の〈恐怖の共同性〉からは、1.判断力の低下による起きていながらの〈入眠幻覚〉と、2.村落共同体から離れたものは、恐ろしい目に合い不幸になるという〈出離〉の心の体験を、抽出することが出来るという。吉本は〈禁制〉が生み出される条件は、〈入眠幻覚〉と、〈出離〉の心の体験を生み出す弱小な生活圏（村落共同体）の2つであり、現実と理念との区別が失われた心の状態でたやすく「共同的な禁制」を生み出すことが出来るとし、その生み手は貧弱な共同社会そのものであるとした。
共同幻想論は、禁制論、憑人論、巫覡論、巫女論、他界論、祭儀論、母制論、対幻想論、罪責論、規範論、起源論の11の編によって構成されている。吉本は自分の幻想論を使い、『遠野物語』から村落の共同幻想を、『古事記』からは初期国家の共同幻想を解読しようとする。
本作品には従来のシリーズのようなカレンダーが存在せず、目標達成までの時間制限もない。しかし時間の流れは存在し、イベントの発生やアイテムの品質などに影響していく。その時間の管理は「スマラクト盤」という独特の時計によって行なわれる。スマラクト盤の外周部には12の目盛りが、内周部には10の目盛りが刻まれている。針は長針が1本だけで、内周部の目盛りを指す。外周部の目盛りは宝石のマーク（以下「短針」とする）によって現在位置が示される。移動や調合など時間のかかる行動を取った場合、最低でも「1単位時間」が経過して長針が動く。長針が1周、つまり10単位時間が経過することで、短針も1目盛り動く。そして短針の2目盛り分（20単位時間）が「1刻」という単位に換算される。短針用の目盛りは12なので、短針は6刻=120単位時間で1周することになる。「刻」は盤の上部から時計回りに竜、炎、陽、鍵、雷、月と呼ばれ、たとえば短針が竜の範囲にある間が「竜の刻」となる。なお、設定上は10単位時間が通常の「1日」にあたり、1刻とは2日である。ただしゲーム中で昼夜の区別はない。
ライフ村に住むユーディーは、客の依頼で時間を止めるアイテム「竜の砂時計」の調合を行っていた。その際、彼女の髪の毛が一本釜の中に入ってしまい、それが元で調合は失敗。ユーディーにとってはよくある失敗…のはずだったのだが、その失敗の影響で彼女はなんと200年後の未来へとタイムスリップしていたのであった。途方に暮れるユーディーにヴィトスという青年が救いの手を差し伸べる。彼はユーディーの話を信じ、住処となる宿屋を借り受け、錬金術による仕事も提供してくれたのだが、その正体はやり手の金貸しだった。見知らぬ時代に放り込まれ、多額の借金を背負い込んだユーディーは元の時代への帰還を果たすべく、出会った人々の協力を得ながら、「竜の砂時計」の調合に挑むのだった。
コナミによるMSXオリジナル作品の最終リリースとなった。前作では“前しか見ていない”敵兵士であったが今作では敵兵の視界が広がり、トラップ(罠）として足音が鳴る床などの仕掛けや、システム面でもトラックの下などに隠れられる匍匐操作、敵兵に発見された状態である“危険”から“回避”のモード移行など、後の続編であるPlayStation版『メタルギアソリッド』に繋がるアイデアが数多く採用されているなど、総合的な完成度ではコナミのMSXゲームの最後を飾るにふさわしく最高傑作との呼び声も高い。メタルギアシリーズは本作で一度終止符を打ち、後の1998年に続編『メタルギアソリッド』が発売されたが、説明書にはMSX2版『メタルギア』についても触れており、格闘戦になるサイボーグ忍者との戦いで「思い出さないか?」と、本作をプレイしたユーザーにしか思い出しようがないセリフが出てくるほか、様々な細かいところにMSX2版の要素が仕込まれており、これまでの2作と密接なストーリー関係を持ったメタルギアソリッドシリーズとして生まれ変わり、現在に至るまで連綿と作品がリリースされ続けている。2004年10月11日に携帯アプリとして復刻版がコナミネットDXで配信されている。2005年12月22日発売のPlayStation 2用ソフト『メタルギアソリッド3 サブシスタンス』と、2011年11月23日にPS3とXbox 360、2012年6月28日にPlayStation Vitaで発売された『メタルギアソリッド HDエディション』には、前作『メタルギア』と共に復刻版が収録されている。日本国外ではMSX2版が発売されなかったため、復刻版によって初めてプレイが可能になった。2010年3月30日からはWiiのバーチャルコンソールでも配信されている。実在の俳優をモデルにしたMSX版とは違い、復刻版ではキャラクターの顔グラフィックおよび、一部キャラクターの名称が変更されている。同様にMSX版では｢ミノフスキー粒子｣という台詞があったが、復刻版では｢妨害電波｣に変更されている。