遠い未来。人類に代わってロボットが世界の中心を担うようになった世界。人類は決して滅亡したわけではなかったものの、その機能はほとんど失ってしまった。ロボットは、かつての人間たちの魂の名残なのである。人間がロボットに記憶を転送させるプログラムを作ったことによって、彼らは人間の記憶や感情を知ることができたのだった。しかし、記憶を保存できる場所は限られており、新しい記憶が入れば古い記憶はいずれ消えていってしまう。そこで、ロボットたちは人間の感情を音楽に変換し、Cytusという場所に保管することにした。そうすることで、彼らは人間の魂の存在を確認し、彼ら自身が本当の魂を持つことができる日を夢見ているのだ。このゲームでプレイできる楽曲は、すべて「Cytus」に保存されているものという設定である。
主要社殿は、本殿・石の間・幣殿・拝殿からなる。いずれも江戸時代初期の元和5年（1619年）、江戸幕府第2代徳川秀忠の命による造営のもので、幕府棟梁の鈴木長次の手による。幣殿は拝殿の後方に建てられ、本殿と幣殿の間を「石の間」と呼ぶ渡り廊下でつなぐという、複合社殿の形式をとっている。楼門を入ってからも参道は真っ直ぐ東へと伸びるが、社殿はその参道の途中で右（南）から接続する特殊な位置関係にある。このため社殿は北面するが、これは北方の蝦夷を意識した配置ともいわれる。本殿は三間社流造、向拝一間で檜皮葺。漆塗りで柱頭・組物等に極彩色が施されている。元和5年（1619年）の造営までは、現在の奥宮の社殿が本殿として使用されていた。本殿は北面するが、内部の神座は本殿内陣の南西隅にあって参拝者とは相対せず東を向くといい（下図参照）、出雲大社本殿との関連が指摘される（ただし神主らの参入形式の本殿では上代の宮殿にならい正面から見て横向きに建物を使う例が多い）。『鹿島宮社例伝記』によると、本殿は古くは普段開かれない「不開御殿（あかずのごてん）」と記され、毎年1月7日にのみ物忌によって戸が開かれ幣を交換されたという。この本殿の背後には杉の巨木の神木が立っており、樹高43メートル・根回り12メートルで樹齢約1,000年といわれる。そのさらに後方、玉垣を介した位置には「鏡石（かがみいし）」と呼ばれる直径80センチメートルほどの石があり、神宮創祀の地とも伝えられている。石の間は桁行二間、梁間一間、一重、切妻造、檜皮葺で、前面は幣殿に接続する。本殿同様、漆塗りで極彩色が施されている。幣殿は桁行二間、梁間一間、一重、切妻造、檜皮葺で、前面は拝殿に接続する。拝殿は桁行五間、梁間三間、一重、入母屋造、向拝一間、檜皮葺。幣殿・拝殿は、本殿・石の間と異なり漆や極彩色がなく、白木のままの簡素な意匠である。これら本殿・石の間・幣殿・拝殿は国の重要文化財に指定されている。拝殿の右前方には南面して仮殿（かりどの）が建てられている。仮殿は「権殿」とも記され、本殿造営の際に一時的に神霊を安置するために使用される社殿である。この仮殿は、元和5年（1619年）に現在の本殿が造営される際、本殿同様に幕府棟梁の鈴木長次の手によって建てられたものである。構造は桁行三間、梁間二間、一重、入母屋造、向拝一間、檜皮葺。仮殿であるため比較的簡素な作りであるが、一部には漆彩色が施されている。なお、造営当初は拝殿の左前方にあって西面していたというが、再三位置を変えた末、昭和26年（1951年）に現在の位置に定まった。この仮殿は国の重要文化財に指定されている。境内の参道には西面して楼門があるが、この楼門は「日本三大楼門」の1つに数えられる。寛永11年（1634年）、初代水戸藩主の徳川頼房の命による造営のもので、棟梁は越前大工の坂上吉正。構造は三間一戸（扉口は省略）、入母屋造の2階建てで、現在は銅板葺であるが元は檜皮葺であったという。総朱漆塗りであり、彩色はわずかに欄間等に飾るに抑えるという控え目な意匠である。扁額「鹿島鳥居」は東郷平八郎の書になる。楼門左右の回廊は楼門と同時の作であるが、のちに札所が増設されている。この楼門は国の重要文化財に指定され、回廊は鹿嶋市指定文化財に指定されている。境内入り口にある大鳥居は、4本の杉を用い、高さが10.2メートル、幅が14.6メートルの大きさである。元々は笠間市産の御影石を用いた石鳥居であったが、平成23年（2011年）3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震およびその余震により根元から倒壊した。これを受けて、神宮境内から杉の巨木4本を伐り出して再建され、記録が残る1664年から数えて11度目の建て替えとなった。大鳥居は、2本の円柱の上に丸太状の笠木を載せ、貫のみを角形として柱の外に突き出させる等の特徴があり、この形式は「鹿島鳥居」と称されている。用いられた杉の樹齢は、左右の柱が約500年、笠木が約600年、貫が約250年である。柱の土台部分にあたる亀腹石（かめばらいし）には、倒壊した鳥居の石が用いられている。