ペリーの『日本遠征記』によると、2度の来航で100発以上の空砲を祝砲、礼砲、号砲の名目で撃っており、日本側史料には、事前に日本側にこれらが行われることが伝えられ、さらに市民にもお触れが出ていたにもかかわらず、これが大混乱を巻き起こしたことが記録されているが、いずれも空砲であり被害はない。ところが、来航した「ポーハタン」以下7隻のうち、蒸気船2隻と帆船3隻が安房国（千葉県）洲崎を砲撃したと日本側の古文書にある。事件は1854年2月20日（嘉永7年1月23日）丑の下刻、洲崎を警護する備前岡山藩陣地への砲撃であった。艦船の砲弾は陣地の手前10メートルほどの海中に落下した。備前藩は非常召集を行い大砲5門をもって砲撃、蒸気船2隻は逃走したが、帆船3隻に命中した。備前の守備隊は舟艇で帆船への乗船を試み、反撃を受けて300名ほどが死傷したが、3隻を「御取り上げ」（拿捕）した。しかし、この事件は2月27日（旧暦2月1日）の記録を最後に途絶えている。この日の事件を受けて土佐藩では、1854年2月21日（嘉永7年1月24日）、土佐藩士の明神善秀が山内容堂より、安芸郡奉行を仰せつけられ、異国船打払令に基づき、異国船打払い御用を仰せつけられている。
ペリーは最初の浦賀来航の際に幕府に旗を2本贈っているが、旗の種類および贈った目的は不明である。この件に関して高麗環文書では、「開国か降伏か」を迫る文書を同時に渡したとされる。「2本の旗のうちひとつは白旗であり、降伏の際に用いる旗である」と説明されていたという。ただし同文書に記載された内容は当時の状況と矛盾する点が多く、日本史の専門家からは一部を除き偽書と判断されている。なお、香山栄左衛門と応接した際にサスケハナのフランクリン・ブキャナン艦長は「白旗」について言及しているが、「降伏勧告」については記録にはない。
岩倉具視の著述記録のうち「招魂社を建設する事」によれば、1869年に招魂社（靖国神社の前身）が設立されたのは、黒船来航以来の殉国者と伏見戦争（戊辰戦争）の殉国者をあわせて慰霊するためである。同文書は「五月十日癸丑以来殉国者の 霊魂を慰し 東山に祠宇を建て 之を合祀せしむ」としており、「五月十日癸丑」は1度目の来航のあった1853年の6月16日にあたる。この慰霊にともない東京府麹町区九段には招魂社が設置され、その境内に日本で初めての西洋式の競馬場が作られた。
1830年代から50年代にかけ、アメリカでは衣服製造用のミシンが発達していたが、1854年（嘉永7年）の2度目の来航のときには、ペリーから徳川将軍家にはミシンが送られたとされている。
さらに阿部は、アメリカ側と戦闘状態になった場合に備えて、江戸湾警備を増強すべく8月26日（嘉永6年7月23日）に江川太郎左衛門らに砲撃用の台場造営を命じた。江川は、富津-観音崎、本牧-木更津、羽田沖、品川沖の4線の防御ラインを提案していたが、予算・工期の関係からまず品川沖に11か所の台場が造営されることとなった。12月14日（嘉永6年11月14日）には建造途中の1 - 3番台場の守備に川越藩、会津藩、忍藩が任ぜられた。また、大船建造の禁も解除され、各藩に軍艦の建造を奨励、幕府自らも洋式帆船「鳳凰丸」を10月21日（嘉永6年9月19日）に浦賀造船所で起工した。オランダへの艦船発注も、ペリーが去ってからわずか1週間後の7月24日（嘉永6年6月19日）には決まっている。12月7日（嘉永6年11月7日）には、2年前にアメリカから帰国し土佐藩の藩校の教授となっていたジョン万次郎を旗本格として登用し、アメリカの事情などを述べさせた。
ペリー退去からわずか10日後の7月27日（嘉永6年6月22日）、将軍家慶が死去した。将軍後継者の家定（嘉永6年11月23日に第13代将軍に就任）は病弱で国政を担えるような人物ではなかった。しかし老中らにも名案はなく、国内は異国排斥を唱える攘夷論が高まっていたこともあって、老中首座の阿部は開国要求に頭を悩ませた。8月5日（嘉永6年7月1日）、阿部は、広く各大名から旗本、さらには庶民に至るまで、幕政に加わらない人々にも外交についての意見を求めたが、これは開幕以来初めてであった。国政に発言権のなかった外様大名は喜んだが、名案はなかった。これ以降は国政を幕府単独ではなく合議制で決定しようという「公議輿論」の考えだけが広がり、結果として幕府の権威を下げることとなった。
コリング兄弟が創出したショートホーン種は乳肉両用で高い評価を獲得し、世界中に広まっていった。イギリスをはじめ、アメリカ、アルゼンチン、カナダでは最も多く飼育されているウシ品種になった。世界各国で在来種の改良に充てられ、エアシャー種、オーストラリアンショートホーン種など、世界中で40以上の品種の祖となった。アメリカの遺伝学者シューアル・ライトは、自著『Evolution and the Genetics of Populations』のなかで「半世紀の間、世界で最も重要な家畜動物だった」と評している。アメリカでは、ショートホーン種ははじめ「イングランド種」の名前で導入された。これが商業的な理由で「ダラム種」や「ティーズウォーター種」などの呼び名で売買されたこともあり、主に「ダラム種」の名前で広まった。ショートホーン種はもともと乳肉兼用種として創出されたが、イギリスではトーマス・ベイツという畜産家が、ショートホーン種のさらなる改良を企てた。ベイツはコリング畜牛群のうち、特に泌乳能力の優れた個体である「ダチェス号(Duchess)」と「ダチェス3世号」を選抜し、近親交配を繰り返した。これが「ダチェス系」や「ベーツ畜牛群」と呼ばれるようになり、ショートホーン種の中でも乳用に適する系統となっていった。これに対してオリジナルのショートホーン種は肉用と考えられるようになっていった。ダチェス系は1885年に「デイリー・ショートホーン種(Dairy Shorthorn)」として独立した品種として認められることになり、1912年から血統登録が行われている。デイリーショートホーン種は20世紀初頭にはイギリスの乳牛の7割を占めるほど繁栄した。日本では肉用ショートホーン種から黒毛和種がうまれ、アメリカを経由して入ってきたショートホーン種とデイリーショートホーン種を南部牛に交配して日本短角種が創りだされた。デイリーショートホーン種を配合された影響で、日本短角種は肉用牛ながら産乳量が多い。そのデイリーショートホーン種は、日本でもかつて乳牛としてポピュラーだったが、のちにホルシュタイン種にとってかわられた。