クリア特典であるモード。本編で入手した設計図・クルー全てを最初から使用でき、各宙域ごとに定められたボスを倒していくモード。ただし仲間の能力やスキルは初期値のままであり、少年編と青年編で登場したキャラクター（仲間にならないものも含め）では年齢などの設定は少年編時点のものが優先されている。ただしチェルシーは戦場の女神が使え、ユーリの艦隊指揮レベルは最初から最大である。軌道エレベータは撤去されており地上には降りれないが、宇宙港は機能しており回復はもちろんのこと貨物輸送なども問題なく行える。ラスボスをたおしてもセーブできない。敵からはボス含め離脱可能であるがボスは全て白兵戦不可能。本編で白兵戦ができなかった敵は雑魚でも当然不可能である。デイジーリップ級は無料で何隻でも建造できる。本編では仲間にならなかったキャラを仲間にできるほか隠し艦載機などもありコンプリートには欠かせない。バグで周回プレイをすると味方や設計図が消えることがある。デイジーリップの司令艦橋をほかの艦船に搭載すると出港時にフリーズすることがある。通信対戦はエクストラモードでも可能である。
一定距離航海すると入港時に艦船の能力のうちランダムに与えられた3つの中からどれか一つを強化するかどうか選択することができる。強化しない選択もできるが、強化しなかった場合次に入港した時にまた同様の選択肢が現れる。この距離は科学技術クルーの能力や艦船自体に設置した研究室などのモジュールに比例する。耐久力や命中率などを強化することができるが、兵装スロット、最低稼働人数、整備力や居住性などは強化できない。また巡航速度・戦闘速度・CT上昇率はそれぞれ最大まで強化すると他の能力のいずれかが強化できなくなってしまう。最大値は全艦船共通なため、序盤の艦船を強化して最強クラスの艦船にするなども時間さえかければ可能である。また設計図ベースで強化されるため同型艦は全て強化される。
一定距離航海すると入港時に資金が手に入るシステム。主計クルーの能力・艦船に搭載された貨物モジュールなどにも比例する。敵が一切登場しない宙域で貨物モジュールを最大まで積み込んだ艦船でひたすら航海しつづける資金稼ぎテクニックがある。
マップは各宙域ごとに分けられ、各宙域では多層構造となっており各惑星に航路が結ばれている。他の宙域に移動するには、「ボイドゲート」と呼ばれるワープ場所を通過する必要がある。移動中はクルーの疲労度が上昇し、高いと戦闘中のCT上昇が遅くなってしまう。そのため、疲労度の上昇を抑えるように艦内の福利厚生にも気を配る必要がある。移動中には敵に遭遇する事もある（所謂エンカウント）。その宙域で最強の雑魚艦隊からは逃げられない事が多く、序盤は全滅することもよくあるゲームバランスなのでこまめなセーブはかかせない。遭遇率は巡航速度が関係し、速ければ速いほど敵に遭遇しづらくなる。また、特殊天体を発見する事もあり、その場合は名声が上昇する（ただし、一度発見した特殊天体は記録され、以降そのカートリッジでは発見出来なくなる）。何もない場所（小惑星のような場所）でも資源を発掘して資金が得られることがある。ゲームを一度クリアすると敵の出現率が設定であげられるようになる。各宇宙港の設定で切り替えることが出来るためレベル上げや資金稼ぎで有利である。
建造した艦船は艦隊に組み込んでおかなければ使えない。艦隊は3×3マスの任意の場所に設置できる。陣形が前から3段階存在し、前にいくほど命中率は上がるが回避力は下がり、敵の攻撃が当たりやすくなる。逆に後ろにいくほど回避力は上がるが命中率は下がってしまう。また必ず前の列に最低1隻は設置しないと陣形は有効にならない。例えば最後列に3隻だけ設置しても最前列に3隻いるのと変わらないのである。設置できる艦船数は1隻から最大5隻で、ゲームが進むごとに増えていく。当然最大設置可能数以下でも戦えるが、各艦船には番号が振られており、旗艦（1番艦）は必ず設置しなければ出港できない。基本的に空母など直接戦闘しない艦船は後列に、戦艦など攻撃力・耐久力・防御力などが高い艦船を前に設置するとよいが、旗艦が撃沈するとゲームオーバーなため慎重に選択する必要がある。
1953年12月13日にアメリカのオハイオ州レイク郡ペインズヴィルにて生まれる。(同州クリーヴランド生まれと言われているが正確にはクリーヴランドではなく少し離れたペインズヴィルという町である)7歳の頃、ポルカバンドを見た際にドラマーを観て夢中になり憧れ、2～3年後、ドラムスティックを買ってもらう。庭で小枝を削るなどして、ドラムスティックを作ったりもしていた。12歳の時に親の離婚が原因となり母ジャニスの故郷のアリゾナ州フェニックスへ引っ越す。14歳でラディックの中古のドラム(ブラック・オイスター・パール)を手に入れる。その当時のバンド名は「THE SLAVES OF SATAN」。高校の頃、一番影響を受けたドラマーは、レッド・ツェッペリンのジョン・ボーナム。さらに、ミッチ・ミッチェルの影響でジャズの勉強もしたりと、独学で練習していた。高校卒業後はアリゾナ州立大学へ進学し建築学と工学を学ぶはずだったが、クラブバンドのツアーへ出るために1年の猶予をもらい、建築現場で働いて車と新しいドラムキットを購入。「CHESHIRE CAT」、「STARZ」、「BE」というバンドを経て、その後CAのモントレーで「THE SPIN」を結成。THE SPINは8曲入りのデモと6曲入りのデモを製作、その全曲でパットがリードシンガーを務めている。モントレーではそれ以上先へ進むことができずロサンゼルスへ拠点を移しまたデモを作ったが、レーベルに注目してもらえずTHE SPINは解散。その後、「7TH HEAVEN」というカバーバンドに入ったが、オリジナル曲をやるために7TH HEAVENのギター兼シンガーのエリック・バーネット、チャック・ライト、ジョン・パーデルと組んだバンドが「EXPOSURE」となる。エリック・バーネットは薬物乱用の問題でクビになり、新ギタリストとしてジーン・ブラックが加入、またジョン・パーデルに歌に専念してもらうためキーボードプレイヤーとしてパット・レーガンを迎えたが、結局EXPOSUREは契約することはできず、解散。