高畑勲は、本作品について「反戦アニメなどでは全くない、そのようなメッセージは一切含まれていない」と繰り返し述べたが(「決して単なる反戦映画ではなく、お涙頂戴のかわいそうな戦争の犠牲者の物語でもなく、戦争の時代に生きた、ごく普通の子供がたどった悲劇の物語を描いた」とも)、反戦アニメと受け取られたことについてはやむを得ないだろうとしている。高畑自身はこの映画を心中物として描いており「戦争の悲惨さを出すんだったらもっと激しくやらなければおかしいんじゃないか。」と述べている。高畑は、兄妹が2人だけの閉じた家庭生活を築くことには成功するものの、周囲の人々との共生を拒絶して社会生活に失敗していく姿は現代を生きる人々にも通じるものであると解説し、特に高校生から20代の若い世代に共感してもらいたいと語っている。また、「当時は非常に抑圧的な、社会生活の中でも最低最悪の『全体主義』が是とされた時代。清太はそんな全体主義の時代に抗い、節子と2人きりの『純粋な家族』を築こうとするが、そんなことが可能か、可能でないから清太は節子を死なせてしまう。しかし私たちにそれを批判できるでしょうか。我々現代人が心情的に清太に共感しやすいのは時代が逆転したせいなんです。いつかまた時代が再逆転したら、あの未亡人（親戚の叔母さん）以上に清太を糾弾する意見が大勢を占める時代が来るかもしれず、ぼくはおそろしい気がします」と述べている。
1999年には魔女見習いの小学生たちが人間界と魔女界を冒険する『おジャ魔女どれみ』シリーズ（1999年-2002年）が制作された。この作品では、日常の人助けに魔法を使う点で『サリー』に代表される古典的魔法少女の流れを、複数の魔女見習いがチームで活動・変身するという点では『美少女戦士セーラームーン』に代表される戦闘美少女の流れを継承している。安野モヨコが恋愛と冒険をテーマにして王道魔法少女を意識した『シュガシュガルーン』（2003年）を執筆、久しぶりにこの形態を扱った少女漫画となり、2005年にはアニメ化された。また、丸川トモヒロのSFマンガ『成恵の世界』（1999年-2013年）から、劇中作のスピンオフ『魔砲少女四号ちゃん』（2000年-）は魔法ならぬ、魔力を用いる重火器、魔砲を用いた戦いを描いたバトル物で、後に同様な魔力的火器を用いる魔砲使いが登場した『ストライクウィッチーズ』や『魔法少女まどか☆マギカ』の先駆け的な作品となっている。なお、動物のDNAを詰め込まれた高校生のカフェ店員たちがエイリアンと戦う『東京ミュウミュウ』（2002年-2003年）、人間に変身した人魚の王女たちが歌の力で戦う『マーメイドメロディー ぴちぴちピッチ』（2003年-2004年）、男児向け作品のような肉弾戦に力を入れてロングランヒットとなった『プリキュアシリーズ』（2004年-）等、1990年代の戦闘美少女系魔法少女の流れを受け継いだ作品も多数制作されている。ダークファンタジーの要素が強い『魔法少女隊アルス』（2004年）や双子の王女の楽しい冒険を描いた『ふしぎ星の☆ふたご姫』（2005年）、『プリキュアシリーズ』で初めて古典的な魔法少女らしい魔法使いの要素を組み込んだ『魔法つかいプリキュア!』（2016年）などのように魔法の世界を舞台にした女児向け作品も存在する。また、ゲーム原作の『オシャレ魔女 ラブandベリー』（ゲーム2004年、アニメ2007年）、プリティーリズム（2011年） 、アイカツ（2012年）、プリパラ（2014年） が大ヒットした。魔法少女ものの本流ではないが、この時期には魔法少女のフォーマットを利用した男性向けアニメが次々と現れた。毒のある描写を盛り込んだ『ぷにぷに☆ぽえみぃ』（2001年）、『ナースウィッチ小麦ちゃんマジカルて』（2002年）をはじめとする邪道魔法少女三部作、軍事・政治・英語の卑語などの際どいギャグを盛り込んだヒライユキオの『魔法の海兵隊員ぴくせる☆まりたん』（2005年）、アニメより規制の緩い小説という媒体を利用したミステリ要素のある『新本格魔法少女りすか』（2004年）、少年漫画的な要素を強く出した『魔法少女リリカルなのはシリーズ』（2004年-）、ミリタリー系少女バトルの先駆にもなった『ストライクウィッチーズ』（2007年）、自動車産業であるスバルのプロモーションのために製作された『放課後のプレアデス』（2011年）、魔法少女をモチーフとしたダーク・ファンタジー『魔法少女まどか☆マギカ』（2011年）などである。特に『魔法少女まどか☆マギカ』は社会現象とまでされる大きな盛り上がりを見せた。近年では、男性主人公が魔法少女として強制的に性転換させられる『マヴカレ魔法少女!』（2005年）や、逆に普通の少女が男性の魔法少女に変身する『魔法少女 俺』（2012年-2014年）、また『魔法少女プリティ☆ベル』（2009年）や『魔法☆中年おじまじょ5』（2013年）などといった、ボディビルダーやサラリーマンといった中年の男性が女装して戦うなどの「キワモノ系」も登場している。また、男の娘が魔法少女になる『おと×まほ』（2007年-2015年）も登場した。『魔法少女まどか☆マギカ』以降はその亜種として、魔法少女という存在をパニックホラー映画のゾンビのように描いた『魔法少女・オブ・ジ・エンド』（2012年-2017年）や、不幸な境遇の少女たちが不気味なWebサイトから贈られたステッキで寿命を削り戦う『魔法少女サイト』（2013年-）、特定の街に魔法少女が増えすぎたために行われる魔法少女たちのバトルロワイヤルを描いた『魔法少女育成計画』（2012年-）、ミリタリー要素を組み込み、人間界に侵攻してきた異世界の勢力と戦った魔法少女が戦後テロや国家間の争いに身を投じることになる『魔法少女特殊戦あすか』（2015年-）や、妖精に拉致された魔法少女たちが、半ば強制的に独裁者（大統領）や閣僚に任命されて国家経営に関わる『少女政府 ベルガモット・ドミニオンズ』（2012年-2015年）などもある。