1948年6月19日、第一次中東戦争の休戦中、900人のイスラエルへの移民と多数のイルグン義勇兵、他にライフル、軽機関銃などイルグンの武器を積み込んだ輸送船アルタレナ号が、南フランスからイスラエルの海岸に航行してきた。ベン＝グリオンはすでに正式にIDFに編入されていたイルグンの分派活動を許さず、武器の引渡しを求めたが、ベギンはこの要求に応じなかった。20日にはアルタレナ号はクファル・ヴィトキン沿岸に接近した。結果イスラエル軍と銃撃戦となり、その場でイスラエル軍側2名、イルグン側6名の死者を出した。上陸したイルグンは降伏し、命令に従うことを約束したが、アルタレナ号はその場を去っていった。翌21日夜、ベン＝グリオンと国防次官レヴィ・エシュコル、シモン・ペレスらはテルアヴィヴから少し内陸にあるラマト・ガンの陸軍本部で反対派の襲撃に備え、ライフル片手に一夜を過ごした。その頃、ベギンらの乗るアルタレナ号は南下してテルアヴィヴに向かっていた。ベン=グリオンは彼らに繰り返し武器の引渡しを命じたが、拒否された。アルタレナのイルグン勢は海岸付近に集結したイスラエル軍に対し機関銃を浴びせ、戦端を開いた。応戦で船は炎上した。22日、ベン＝グリオンは臨時評議会の会議を招集し、この事件を報告したとき、「船を燃え上がらせた船は幸いだ。この銃はやがてイスラエル戦争博物館に展示されるだろう」と語った。また、イルグン側に死者が出たことに世論が悼んでいることを憂慮したが、評議会の一員のラビ（導師）メイル・ベルリンは『ユダヤ人によるユダヤ人の殺害』として警告を発した。ベン＝グリオンは反論し、次のように述べた。国家あるいは軍に対する武装蜂起は軍事力で鎮圧することも出来るが、危険を取り除くには軍事力だけでは十分ではない。反対派のごまかしが通用したのは、主として各層の支持を受けたからだ。以前ならこうした支持は正当化するのは難しいにしても説明はついたかもしれない。だが今ではその説明すら難しい。我々は今、生きるか死ぬかの闘いのさなかにあるからだ。今は休戦中だが戦争が終わったわけではない。敵は国内に砦を築いて立てこもっている。エルサレムはアラブ軍団とその砲列に包囲されている。ネゲブ街道はエジプト大群の掌中にある。ミシュマル・ハ・ヤルデンはシリアが占拠している。さらに国境にはアラブ軍が待機している。国内武装ギャングの傲慢な行動は、我々の未来を防衛しユダヤ民族全体の未来を防衛する力をはなはだしく損ねている。この国の国民と全世界のユダヤ人がこうした組織が存在することの悲劇的な意味を理解しない限り、この種の危険は続くだろう。この悪を根絶するために、軍だけでなく全国民が力を尽くさなければならない。
1948年の第一次中東戦争の間、ベン＝グリオンはまだ国ができて間もない頃の軍事作戦を指揮した。イスラエル独立の最初の週には全ての軍事勢力をイスラエル国防軍（IDF）として一つの国軍とすることを命じた。そのために、ベン＝グリオンはイルグンの購入した武器を運んでいた「アルタレナ号」という船を沈める命令を下し、約16人のイルグンのメンバーが攻撃により死亡した。（詳細は#アルタレナ号事件で後述）
1947年9月にベン＝グリオンは、正統派アグダト・イスラエル党とは現状維持で迎える合意に達した。彼はアグダト・イスラエル党に、安息日をイスラエルの公式の休暇日とし、民事婚をなくし、正統派の分野には独立した宗教教育の範囲が与えられることを約束する手紙を送った。
1912年の論文発表後、リービットはピッカリングの指示により、恒星の等級測定の基準となる北極標準星の等級を判定する作業に従事した。この成果は1917年に184ページの論文として発表した。この間の1916年、一緒に住んでいた叔父のエラスムスが死去したため、ケンブリッジで一人暮らしを始めた。この時期のリービットは、変光星の研究からは遠ざかっていた。しかし同時期、ウィルソン山天文台の天文学者ハーロー・シャプレーはリービットによる変光星の研究に関心を示し、自らの研究を進めるにあたってリービットの助けが必要だと感じた。シャプレーはピッカリング宛に、「彼女の周期光度関係の発見は、恒星天文学にきわめて大きな成果をもたらすことになると思われます。私がいま、結論を出そうとしている統計処理の変光周期に関する部分について、ぜひ彼女から直接ご意見をうかがいたいのです」と手紙を出した。シャプレーとピッカリングは、1917年から1918年までこの件で何度か手紙でやりとりしたが、ピッカリングはその後まもなく死去した。ピッカリングの死後、ハーバード大学天文台長の地位にはシャプレーが就くことが決まった。シャプレーは1年間の試験採用期間を経て、1921年3月に正式に天文台長となった。シャプレー就任前の1920年、リービットはシャプレーに、今後の研究内容について助言を求めた。シャプレーはそれに対し、今までの変光星の研究をより深く続けるべきだと答え、さらに、変光星の周期と光度の関係が大マゼラン雲の変光星でも成り立つか調べてみてはどうかと提案している。またこの時期、リービットは天文台近くの部屋で母親と暮らすようになった。シャプレーが台長になった1921年、リービットは天体測光の責任者となっていた。しかしリービットはその年、胃がんとなり闘病生活に入った。病床にはシャプレーや、同僚のアニー・ジャンプ・キャノンが何度か訪れたが、同年の12月12日に53歳で亡くなった。遺体はケンブリッジ墓地に、家族と共に葬られている。リービットの死後、シャプレーは、「リービットに代わってその仕事を引き継ぐ能力のある人はいません」と語った。また、1922年5月に開かれた国債天文学会の第1回総会では、リービットの業績を「天文学への偉大な貢献」とたたえた。アニー・ジャンプ・キャノンはリービットの葬儀から4か月後、ペルーへ向かう蒸気船の上から南半球の星空を見て、「大マゼラン星雲はなんと明るいのだろう。見るたびに、かわいそうなヘンリエッタのことを思わずにいられない。ヘンリエッタはこの星雲をどれほど愛していたことだろう」と日記につづっている。1925年、スウェーデンの数学者でありスウェーデン王立科学アカデミー会員でもあるヨースタ・ミッタク＝レフラーは、同僚からリービットの業績について話を聞いた。リービットの死を知らなかったミッタク＝レフラーは、リービット宛に、「1926年のノーベル賞の候補者に推薦したいと思うほど感銘を受けました」と書いた手紙を出し、研究について詳しく知らせて欲しいと記した。しかしリービットはその4年前に死去していたため、ノーベル賞が与えられることはなかった。