蔚山港国際旅客ターミナルの建物はその後も放置されたままであったが、2005年6月、隣接して工場を持つ現代尾浦造船がターミナルを倉庫として使用したいと申し出て、この場所は同社に賃貸されることになった。2007年1月31日、蔚山市はターミナル設置時に制定され、用途廃止後も存置されていた「蔚山港国際旅客ターミナル運営条例」の廃止案を議会に提出した。これに対し姜錫求北区庁長は2月8日、記者会見を開き、蔚山港を多機能商業港に育成するためには条例の維持が必要として、条例の廃止に反対を表明した。姜庁長は航路をJRのような大企業が加わった合弁企業によって運営させ、蔚山側の発着地を南区長生浦に変更し、同地の鯨博物館と連携すれば日本人観光客の誘致は可能であると主張した。しかし蔚山市議会産業建設委員会は2月9日、特に異論の出ることもなく、蔚山港国際旅客ターミナル運営条例の廃止を可決した。倉庫として使用されていたターミナルの建物は、現代尾浦造船が別の場所に倉庫を新設し、ターミナルのあった場所を別の目的で使用することにしたため、2009年7月に解体され、ターミナルのあった場所は更地となった。
しかし蔚山航路の維持は名目上であり、2004年に入ると蔚山港国際旅客ターミナルへの発着は皆無となった。1月1日に「初日の出運航」が蔚山発着で実施されたのを除いて、以降は全ての蔚山発着便が運休として処理された。2004年3月には蔚山航路は週1往復（火曜:小倉→蔚山、水曜:蔚山→小倉）に減らされ、釜山航路が週5往復の運航となったが、蔚山航路の運航が実際には行われない状況に変化はなかった。武星は2002年4月の就航以降、蔚山からの発着が行われていた2003年末までの間、ターミナル使用料・賃貸料のほか、電気・水道料金といった諸費用を納付しておらず、滞納額は4000万ウォンを超えた。これに対し蔚山市は2004年4月、就航船である「ドルフィン蔚山」の仮差押えを行った。ターミナルは発着便がなくなった後も維持されていたが、2004年8月になると、蔚山市は武星による再運航も他社の参入も見込めず、これ以上の維持負担はできないとして、ターミナルの廃止に向けて動き出した。しかし廃止を決めても、市は多くの問題を抱えることになった。運航開始時に市は武星に対して一定期間の運航を保証するよう求めたが、武星はこれに確約を与えなかったため、短期間で撤退することになった武星に市は補償を求めることができず、逆に武星が滞納していたターミナル使用料の回収が課題として残った。ターミナル建設費の一部を出資した韓国観光公社に対しては、出資の前提となっていた免税店の運営が契約通りに行えなかったため、市は出資金の一部を返還しなければならなくなった。また土地を提供した蔚山地方水産庁は、廃止するのであれば用地の原状回復が必要であるとの解釈を示し、市は施設の撤去費用を捻出する義務も負うことになった。このように市がもっぱら損害を負うこととなった状況から、ターミナル設置時の経緯が監査の対象となり、当時、蔚山地方水産庁はターミナル建設に関わる費用の市による負担割合について問題を指摘していたが、市はこれを無視し、事業の妥当性評価も行わずにターミナル設置に乗り出したことが明らかになった。一方、釜山航路に絞って運航を続けていた武星は2004年9月に不渡りを出して倒産、釜山航路も9月末で運航を終了した。2004年12月には蔚山市議会がターミナルの用途廃止を承認した。
本作は後述の『ファンタシースターオンライン ブルーバースト』（以下、ブルーバースト）を除いて、基本的に「ネットワーク対応RPG」であり、オンラインプレイ専用ではなく、ゲームのプレイには必ずしもインターネットの接続は必要ない。『ブルーバースト』以外のタイトルにはシングルプレイ用のオフラインモードが搭載されている。オンラインモードは大規模な世界を多人数で共有するゲームではなく、比較的小さな空間を最大4人の比較的少人数で冒険するゲームである。一時期は海外のユーザーとも共にプレイできるサーバーも存在した。ドリームキャスト時代は最盛期で同時接続者数2万6000人（国内）、登録者数30万人（国内外）だったといわれている。当時としては珍しくタイトルに「オンライン」が付いていたため、内容をよく知らないユーザーやオンライン環境が整っていないユーザーに敬遠される傾向があった。しかし、ネットワーク環境が本格的に整備される以前に公開されたタイトルという事もあり、オフラインモードも充実しており、「オンライン通信で協力プレイもできるアクションRPG」という表現が当てはまる作品といえる。これは、近年のオンライン対応ゲームソフトに見受けられる、オフラインモードが存在していると明記されていてもネットワークに接続してプレイしないと本格的に楽しめないのとは対称的である。アクションゲーム要素の強さもあり、比較的短いプレイ時間でも楽しめるボリューム内容やゲーム構成であるが、一方で容量の問題からストーリーに関する表現はかなり淡白な作りになっている。特に普通のロールプレイングゲームと違い、街は最低限の機能をもったものがひとつだけしかない。後のGC版、Xbox版に追加された新マップの拡張に伴い街が1つ追加されているが、機能的にはほぼ同一である。ネットワーク接続することで追加クエストをダウンロードが可能となるなど拡張性を意識した作りだったが、追加されたシナリオのバリエーションとクオリティはあまり高い物であるとは言いがたく、特定の地点まで行ってアイテムを取ってくるといったお使いクエストが大半を占める。「ドラゴンクエストシリーズ」のような直接的な物語性を重視するプレイヤーよりも、『ウィザードリィ』『不思議のダンジョン』といった黙々とレベルを上げたり、アイテム探索を行うことが好きなプレイヤー寄りの内容といえる。また、時間の概念として現地時間ではなくインターネットタイムを導入しており、インターネットタイムによって一部の武器の攻撃力が可変するといったギミックが搭載されていたが、いわゆるマップの天候や昼夜が変わるといった仕様は盛り込まれていない。セーブデータは、ゲーム機本体やメモリーカードなどに保管されるローカル保存形式（『ブルーバースト』より前のバージョン）であったが、そのためセーブデータの改造による不正行為が非常に多かった。なお本項目では、注記が無い限り基本的に「ドリームキャスト版Ver1」「ドリームキャスト版Ver2」「PC版Ver1（DC版Ver2同等）」について記述されている。また、続編である『ファンタシースターユニバース』ではロボット系のキャラクタを「キャスト」と呼んでいるが、『PSO』の世界観に基づき本項目ではあえて「アンドロイド」の表現を用いる。また、以降使われる「DC」はドリームキャスト、「GC」はニンテンドーゲームキューブを、「EP1」はドリームキャスト版Ver1・Ver2・PC版を、「EP2」はゲームキューブ版・Xbox版、そしてブルーバーストの一部仕様を指すものとする。