DC-9-50型の胴体をさらに延長、あわせて主翼も付け根と翼端で延長して全体に大型化し、当時もっとも市場のシェアを得ていたボーイング727の代替を狙ったモデルがMD-80シリーズである。ボーイング727-200型と比較し、乗客数はほぼ同じであるのにパイロットは2人で済み、エンジン3基のボーイング727に対してエンジンが2基と、燃費や騒音面でも勝っていた為たちまちベストセラーとなり、ボーイング727の生産終了を決定づけたとも言われる。1980年の就航当初はDC-9スーパー80と呼ばれていたが、これは上記のように1983年以降はMD-81に改称、以降は-航続距離を伸ばすなどして-82/-83/-88型と発展し、さらに胴短のMD-87型を含めシリーズを構成した。それらのバージョンは当時のベストセラーエンジンであったJT8D型シリーズのエンジンを大幅にアップグレードした、強力かつ低燃費で低騒音なJT8D-(200)型シリーズ・エンジンを搭載している。そのほかに操縦室の電子機器向上を行った。MD-88型では部分的ながらグラスコックピットを取り入れている。MD-87型を除き、-50型より4.34m胴体が長くなっている。MD-80シリーズは後継のMD-90型機登場後も1999年まで生産が続けられ、このシリーズのみでも1191機に達した。当時の日本エアシステムは東亜国内航空時代に導入したDC-9に続き、MD-81とMD-87を導入。日本航空との合併後も地方路線で活躍した。MD-81はJALエクスプレスへの移管が進められ2010年9月30日の運航で引退となった。
マクドネル社とダグラス社の統合後にも、同社の旅客機は「DC-xx」（Douglas Commercial）の呼称を使用していたが、1983年に両社の社名を併記した「MD-xx」（Mc Donnell Douglas）に呼称を変更し、スーパー80シリーズは「MD-80シリーズ」と名称が変更された。
1970年代末より、マクドネルダグラス社は新たにDC-9シリーズの一環として、新型のスーパー80シリーズの開発を開始した。これはDC-9-50を改良・ストレッチしたものであり、DC-9-81、DC-9-82、DC-9-83の3種類の開発がアナウンスされた。DC-9-81の初飛行は1979年10月18日である。このスーパー80シリーズはボーイング727-200よりも低騒音・低燃費で、パイロットは2人だけで済むなどという利点から、当時まだ勢力を保っていたボーイング727を圧倒した。このことが、ボーイング727の生産終了の決め手の1つとなったともいわれている。また、当時開発が進んでいたボーイング737-300や、エアバスA320シリーズに対抗する目的もあった。スーパー80シリーズのうち、最初の-81については1980年にスイス航空によって就航が開始され、後に「MD-80」シリーズと名称が変わった。
-50型は-40型の胴体を2.5メートル延長し乗客数を139人に増加させた型。1975年8月に運航が始められ、胴体延長の他に、インテリアを近代化されたボーイング737-200アドバンスドに対抗すべく、多数の詳細な改善、新しい客室インテリア、及び低騒音の70kNクラスのJT9D-15/17型エンジンが含まれる。96機が生産された。一般にDC-9と言えばこの-50型までを指し、合計で976機が生産された。
朝鮮との国交問題そのものは依然未解決であり、伊地知正治のように征韓派でも政府に残留した者も存在すること、そして天皇の勅裁には朝鮮遣使を「中止」するとは書かれず、単に「延期」するとなっており、その理由も当時もっとも紛糾していたロシアとの問題のみを理由として掲げていたからである。つまり、ロシアとの国境問題が解決した場合には、改めて朝鮮への遣使が行われるという解釈も成立する可能性があった。そして、それは千島樺太交換条約の締結によって、政府内に残留した征韓派は今度こそ朝鮮遣使を実現するようにという意見を上げ始めたのである。ところが、台湾出兵の発生と大院君の失脚によって征韓を視野に入れた朝鮮遣使論は下火となり、代わりに純粋な外交による国交回復のための特使として外務省の担当官であった森山茂（後に外務少丞）が倭館に派遣され、朝鮮政府代表との交渉が行われることとなった。1874年9月に開始された交渉は一旦は実務レベルの関係を回復して然るべき後に正式な国交を回復する交渉を行うという基本方針の合意が成立（「九月協定」）して、一旦両国政府からの方針の了承を得た後で細部の交渉をまとめるというものであった。しかし、日本側が一旦帰国した森山からの報告を受けた後に、大阪会議や佐賀の乱への対応で朝鮮問題が後回しにされて「九月協定」への了承を先延ばしにしているうちに、朝鮮では大院君側が巻き返しを図り再び攘夷論が巻き起こったのである。このため、明治8年(1875年)2月から始められた細部を詰めるための2次交渉は全く噛み合わない物になってしまった。しかも交渉は双方の首都から離れた倭館のある釜山で開かれ、相手側政府の状況は勿論、担当者が自国政府の状況も十分把握できない状況下で交渉が行われたために相互ともに相手側が「九月協定」の合意内容を破ったと非難を始めて、6月には決裂した。一方、日本政府と国内世論は士族反乱や立憲制確立を巡る議論に注目が移り、かつての征韓派も朝鮮問題への関心を失いつつあった。このため、8月27日に森山特使に引上げを命じて当面様子見を行うことが決定したのである。その直後に江華島事件が発生、その結果日朝修好条規を締結することになる。