1960年には西ドイツ首相のコンラート・アデナウアーとニューヨークのウォルドルフ＝アストリアホテルで会談し、アデナウアーは、ドイツの賠償支払いが終わってもイスラエルに対する借款による財政援助は続けることを約束し、武器給与に関しても同意した。しかし外交関係の樹立は保留された。アデナウアーの方で、西ドイツがイスラエルを承認すればアラブ諸国が東ドイツを承認してしまうのではないかと危惧したためであった。1962年にドイツ人の科学者が、イスラエルと対立していたエジプトでミサイルを開発している事実が明らかになると、ベン＝グリオンは国防次官シモン・ペレスを通してドイツ国防相フランツ・ヨーゼフ・シュトラウスに科学者達を処分するよう要請する書簡を送った。メナヘム・ベギンら政府への抵抗勢力や宗教政党は、ドイツに対する厳正な態度を求め、西ドイツとの外交関係や、イスラエル製機関銃ウージーを西ドイツへ売り渡す取引をも持ち出して非難した。ドイツとの関係維持を狙うベン＝グリオンはエジプトにいるドイツ人科学者もミサイルも、脅威になるほどの危険は無いと主張した。しかしその後モサドの工作員のウォルフガング・ロッツらによる工作よって、これらのドイツ人科学者がドイツに戻るように仕向けられた。
ベン・グリオンはパレスチナのアラブ人の土地への強い帰属意識を感じていたが、最終的にはこれが弱まることを願っていた。ナフム・ゴルドマンによれば、1956年の『アラブ問題』についての話し合いで、「なぜアラブ人達が和平に応じるべきか？もし、私がアラブ人のリーダーなら、イスラエルとは決して話がまとまらないでしょう。それは自然です。我々は彼らの国を奪った･･･、これまでに反セム主義、ナチス、ヒトラー、アウシュビッツがありました。しかし、それは彼らの過ちによるものでしょうか？彼らは一つの物事しか見ていません。我々はここへ来て、彼らの国を盗んだ。なぜそれを受け入れるべきなのでしょう？おそらく、彼らは1、2世代のあいだに忘れるでしょう。ただ、今のところ可能性はありません。そう、それは単純なことです。我々は強くあり続け、強力な軍隊を維持しなければなりません。」とベン＝グリオンは述べたという。アラブ人感情が、ベン＝グリオンの軍事力確立を強調する姿勢に導いたとする見方は、シムハ・フラパンに支持された。彼はベン＝グリオンが1938年に語った「私は我々の力を信じ、そして我々の力が育つことを信じます。そしてそれが成されるならば、調和は生まれるでしょう･･･。」という発言を引き合いに出している。
1949年1月25日、第一回国政総選挙（クネセト選挙）が行われ、ベン＝グリオンのマパイは46議席を獲得し、最大の議席を占める単独党派となったが、総議席120の過半数には満たなかった。ベギンが党首となったヘルートは14議席を獲得し、ベギンはクネセト議員となり、マキ（共産党）も4議席を得た。選挙が終わるとベン＝グリオンは連立政権を作るにあたって、「ヘルートとマキをはずす」という指導原理を明らかにした。彼は以後、この原則から決して逸脱することはなく、ヘルートはそれから20年近く野党の座にとどまった。
世は労働者のストライキが急増、小作争議が広がり、学生運動も台頭。森戸も当時の知識人たちと同様、近代社会の弊害を除去するための探求に進む。社会科学あるいは社会問題を生涯の研究課題に選ぶ。森戸は大学に残り師事した高野岩三郎の経済統計研究室でしばらく助手をした後1916年、経済学科助教授となる。当時の経済学科は法科大学の附属品のような存在であったため、他の研究者たちと独立に尽力。経済学・社会科学の研究は、法律・政治の国家学とは本質的に異なるうえ、国家主義的思想の強い法科大学とは袂を分かちたい気持もあった。結果的にこの考えが後の森戸事件で上杉慎吉ら学内の右翼団体から攻撃を受けることとなる。1917年、ロシア革命が発生。1919年、経済学科が経済学部として法学部から独立。1920年、新機運を象徴するものとして経済学部が森戸と同じ助教授だった大内兵衛編集による機関誌『経済学研究』を刊行。森戸は人類の究極の理想が無政府共産制にあるとの考えから、この創刊号にロシアの無政府主義者・クロポトキンの「パンと奪取」という論文を翻訳し「クロポトキンの社会思想の研究」として発表した。このことが上杉慎吉を中心とする学内の右翼団体・興国同志会から排撃を受けて雑誌は回収処分のち発売禁止となった。さらに新聞紙法第42条の朝憲紊乱罪により森戸と大内は起訴された。これをきっかけに東大新人会が森戸らを擁護、さらに各大学の学生団体も森戸と大内を擁護し新聞・雑誌も大きく取り上げ、言論界は大論争となった。裁判では今村力三郎を主任弁護士に原嘉道、花井卓蔵、鵜沢総明、特別弁護人に三宅雪嶺、吉野作造、佐々木惣一、安部磯雄ら錚々たるメンバーが揃い、大審院まで行ったが上告は棄却され有罪が確定。森戸と大内両名は失職した。この間森戸は巣鴨監獄の独房で3ヶ月を過ごした。しかし前述の弁護団を始め有島武郎や長谷川如是閑、後藤新平ら多くの文化人が森戸らを擁護し、有島とは終生変わらぬ交友を持った。有島は生前のクロポトキンに会った数少ない日本人の一人である。一方、森戸の論文は、論理も学術的価値もない、と同じ経済学部の教授・渡辺銕蔵などは批判した。出獄後、高野が所長を務めていた大阪の大原社会問題研究所に迎えられる。森戸や東大経済学部の若手研究家たちが大原研究所に移ったことで研究所の陣営は充実し権威を高めた。1921年、東大助教授時代に続き二度目のドイツ留学。ここでマルクス主義の文献を掻き集めるなどし、1年10ヶ月ヴァイマル体制下のドイツで学ぶ。帰国後、敗戦まで同研究所をよりどころに社会科学の研究や労働者教育に従事した。また大阪労働者学校、神戸労働者学校の経営委員・講師として携わり中心的運営を担う。この時、西尾末広と親しくなる。大原研究所は財政的に行き詰まり1937年東京に移転し縮小した。