シンガポール在住イギリス商人たちは海峡植民地のインドへの従属に反対し、インドからの分離と議会の設立を訴えた。その要請に応えるとともに、海峡植民地の財政が印紙法の成立によってバランスが取れるようになったため、1867年、海峡植民地はイギリス植民地省の管轄に移された。東インド会社の所管を離れても海峡植民地の名前はそのまま使われ、ロンドンから直接派遣される新知事はシンガポールに駐在した。マレー諸国に対する、インド時代の海峡植民地の基本的姿勢は、「非介入政策」と呼ばれる。財政的に「お荷物」の海峡植民地の重荷をさらに増やさぬよう、なるべく消極的に運営されるべき植民地とみなされたのである。この姿勢に転機が訪れたのは、1873年の知事アンドルー・クラークの着任によってである。ペラの内紛を調停するという名目のもとに結ばれた1874年のパンコール条約以来、イギリス勢力は積極的にマレー半島に介入していくようになる（「積極介入政策」）。マレー半島西海岸のスルタン諸国に産出するスズの利権を確保するという、実質的な利害関心もこの動きの背後にあったとされる。19世紀末には、ペラ、スランゴール、ヌグリ・スンビラン及び後背地パハンのマレー系スルタン国に次第に介入していった。これらの4ヵ国は、1896年にマレー連合州とされ、統監がクアラルンプールに置かれた。ここにおいて、イギリスの直轄領域である海峡植民地と、間接統治をうける保護国からなる英領マラヤが成立した。また、クランタン、トレンガヌ、ジョホールなどの東海岸のスルタン国は、20世紀に入ってからイギリスの保護下に置かれることになった。
1826年、イギリス東インド会社はこれら3植民地を統合して海峡植民地とし、インドのベンガル総督府の管轄下でペナンに海峡植民地知事が駐在した。行政府となったペナンの人口は1860年には125,000人（ウェルズリーを含む）を数え、海峡植民地中首位であった。ただし、19世紀のシンガポールの経済的成長はめざましく、1832年以降はシンガポールが行政府となる。しかし、シンガポールの経済的発展とはうらはらに、東インド会社にとって海峡植民地はあまり利益をあげない「お荷物」であることが明らかになっていった。1826年の成立以来、海峡植民地は自由港だったために関税収入が見込めなかったうえ、当初期待された香料取引による利益も、香料自体の価格の暴落によって、期待できないものとなったからである。1805年にペナンが英領インドの4番目の管区に指定されて以来、海峡植民地はそれを受け継いでいたが、1830年にはとうとうその地位が剥奪され、レジデンシーに降格されてしまった。なお、降格後も行政の長の職名は「知事（Governor）」とされる慣行が続いたが、英領インドの行政官の秩序の中では、ほぼ閑職扱いであった。他方で阿片戦争以来、海峡地域には中国からの移民が流入し労働力を提供したが、その秘密結社が治安上の問題となることもあった。それにもかかわらず、インド政府側は海峡植民地の治安や公共政策への出費に積極的でなかったため、シンガポールを中心に活動していた海峡商人たちの間で不満が高まる要因になった。
シンガポールは、この島の地政学的重要性に目を付けた東インド会社員トーマス・ラッフルズによって、1819年にジョホール王国から割譲された。以後、イギリスはこのシンガポールを自由貿易港に指定して東南アジア貿易の拠点とした。シンガポール港は、中国をはじめとする各地との貿易が急増したことで、次第に経済的に台頭した。中国で起きた阿片戦争後の1845年、香港とシンガポールを結ぶ定期航路も開設された。欧州との関係では1869年に開通したスエズ運河が遠洋航路の所要時間を短縮した。
マラッカ海峡を臨むマラッカの町は、1645年以来、オランダの支配下にあったが、フランス革命の余波を受けてオランダ本国がフランスの勢力下に入ると、イギリスは1795年にマラッカをはじめとするオランダ領東インドの各地を占領した。ナポレオン戦争終結後の1818年、イギリスは同地をオランダに返還したが、その後、1824年の英蘭協約によって、イギリスはスマトラ島西海岸にあった英領ベンクーレン植民地と引き換えにオランダからマラッカを獲得した。それまでイギリスとオランダの植民地がマレー半島とスマトラの各地に混在していたが、この協定で両国の植民地の境界がおおまかにひかれた（今日のマレーシアとインドネシアの国境線はこれに由来する）。
1989年に縦6,600 km、横幅13,000 kmに渡る高気圧性の嵐構造である大暗斑（英語: Great Dark Spot）がNASAのボイジャー2号による観測で発見された。この大暗斑は木星の大赤斑に似ている。しかし、約5年後の1994年11月2日に行われたハッブル宇宙望遠鏡による観測では、大暗斑は消失していたが、その理由は分かっていない。その代わりに、海王星の北半球では大暗斑に似た新しい嵐が発見された。大暗斑の下に見える白い雲の塊からなるもう1つの嵐はスクーター（英語: Scooter）と呼ばれる。この名称は、1989年にボイジャー2号が海王星に接近するまでの数ヶ月間の間に、スクーターが大暗斑よりも速く移動している様子が観測されたことから初めて使用された（後に得られた画像から、ボイジャー2号によって最初に検出されたものよりもさらに速く移動する雲の存在も明らかになった）。小暗斑（英語: Small Dark Spot）は南半球に発生する低気圧性の嵐で、1989年の接近飛行の際に観測された2番目に大きな嵐である。当初は完全に暗かったが、ボイジャー2号が海王星に接近するにつれて、明るい中心部が発達し、最高解像度で撮影された画像のほとんどで確認することができる。海王星の暗斑は、明るい雲の模様より高度が低い対流圏で発生していると考えられているので、それらは上部の雲に穴が開いているように見える。これらの構造は数ヶ月間持続することができる安定した現象のため、これらは渦構造であると考えられる。対流圏界面付近で形成されるメタンの雲は、しばしば暗斑と共に明るくなることがある。暗斑は、赤道に近づいた時もしくは他の未知のメカニズムを介して移動した時に消滅することがある。