2014年4月21日、社民党党首の吉田忠智らと、第2次安倍内閣が目指す憲法解釈変更による集団的自衛権の行使容認を支持しないようアメリカ大統領のバラク・オバマに求める文書を在日米大使館に提出した。先に訪米し民主党は行使容認に前向きとの認識を示していた元防衛副大臣の長島昭久は、ツイッターで「属国でもあるまいし、嘆かわしい」と批判した。
行政刷新相を務めていた2010年9月14日、閣議後の記者会見で、尖閣諸島付近で起きた海上保安庁の巡視艇と中国籍の漁船の衝突事故に関連し、尖閣諸島について「領土問題であるから日本は毅然と対応する必要がある」と述べ、「東シナ海に領土問題は存在しない」とする政府の見解とは異なる見解を示したが、同日午後に「尖閣諸島は歴史的にも国際法上もわが国固有のものだ」と発言を修正した。
東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）後、新たに任命された節電啓発相として2011年（平成23年）3月14日、節電の要請を行うため、石原慎太郎東京都知事を訪問したが、石原から「スーパー堤防、いりますよ。あなたに（「廃止」と）言われたけどね」と蓮舫が建設廃止判定を行ったスーパー堤防の廃止見直しをせまられた。2010年（平成22年）10月に行われた事業仕分けで、蓮舫は「二百年に一度の大洪水を想定するのは百歩譲って分かるが、全部の完成まで四百年かかるのは現実的か」「いつまでに整備できるか出口が見えない。お金の使い方として疑問だ」と批判し、スーパー堤防建設事業を廃止判定していた。
代表辞任後の2017年9月に行われた民進党代表選挙では特定の推薦人にはならなかったものの前原誠司に投票した。2017年10月の第48回衆議院議員総選挙後、辞任した前原の後任代表を決める民進党代表選挙では代表に復帰させる声も上がったが推薦人不足で断念した。2017年12月、大塚耕平代表の下、民進党執行部が立憲民主党・希望の党に統一会派を呼び掛けたことを批判した。
蓮舫は「2030年までに原発ゼロ」の方針を掲げて世論からの支持を得ようとしたが、調整力の不足から原発推進派である支持母体の連合の反発を招き、方針の撤回を行った。2016年10月16日の新潟県知事選挙で、民主党は支持母体の日本労働組合総連合会が自民党の推薦する森民夫を支援していることから、自主投票の方針を決定していたが、蓮舫は反原発を掲げる米山隆一の応援演説を行った。選挙は米山の勝利で終わったが、支持母体である連合から強い不信感を受けることになった。さらに、民進党の有力な支持母体である電力総連、基幹労組、電機連合なども蓮舫に方針の再考を求めたことから、労組系の議員と反原発派議員の党内対立を深める結果となった。
2016年9月2日、民進党代表選挙に、前原誠司、玉木雄一郎と共に立候補（推薦人代表は田名部匡代）した。9月15日の選挙では1回目の投票において過半数を獲得、第2代代表に選出された。代表選において、蓮舫は共産党との選挙協力体制については継続の方針を打ち出すが、「政権選択の衆院選は綱領や政策の異なる政党と政権を目指すことはあり得ない」などの発言を繰り返し、衆議院選挙で共産党が選挙区から候補を取り下げて民進党に協力をするように求めた。9月21日に発足した新執行部は、「新世代の民進党」を掲げていたにもかかわらず幹事長の野田佳彦に近い人物による布陣となったために「お友達執行部」と呼ばれることとなり、産経新聞からは「船出早々、お家芸の「党内分裂」の危機に直面している」と報じられた。
2013年5月27日の民主党役員会で、馬淵澄夫、長妻昭とともに幹事長代行に起用されることが決まり、第23回参議院議員通常選挙中の政策発信に当たったが、同選挙で民主党が惨敗したことを受け、7月26日に幹事長代行の辞表を提出し、受理されたことをツイッター上で明らかにした。2015年1月の民主党代表選挙では岡田克也の推薦人となり、岡田が代表に選出されると代表代行に就任した。同年6月、新国立競技場の建設問題を調べる「公共事業再検討本部」本部長に就任。2016年3月、民主党と維新の党が合流して結成された民進党に参加し、執行部発足後も代表代行に留任した。同年7月の第24回参議院議員通常選挙で3選後、一時立候補が取り沙汰された東京都知事選挙では鳥越俊太郎の応援演説を行った。
フラムボー (flambeaux) とは、夜間のパレードで使用される一種のたいまつである。1857年にミスティック・クルー・オブ・コムスが始めた。夜間にパレードした際、暗いガス灯しかない中でもフロートがよく見えるようにと使用したのがその起源である。近年では夜の街も明るくなりフロート自体にも電飾が施されているため、フラムボーはすでに本来の役割を終えているが、一部のクルーは伝統を守りフラムボーを伴ってのパレードを続けている。現在最も一般的なフラムボーは、木の棒の先にガスバーナーをいくつか取り付けたものである。フラムボーの運び手は、歩きながら踊ったりジャンプしたり高速で回転したりと激しい動きをし、夜のパレードの呼び物のひとつとなっている。かつてはもっぱら黒人の男性が運び手を務めていたが、近年は白人や女性の運び手も増加してきている。数人のフラムボーと共に何も持たない人間が1人一緒に歩いており、沿道の観客から投げられたチップを拾う役目を果たす。