マリアナ諸島攻防戦、台湾沖航空戦、フィリピン攻防戦と立て続けに生起する激戦により、母艦航空隊は壊滅、基地航空隊も大きく消耗したため、少数機での夜間または薄暮、黎明時の雷撃が陸攻・艦攻の主な対艦攻撃法となっていく。九州沖航空戦や沖縄戦（菊水作戦）では、鹿屋等の九州南部の基地から沖縄周辺に展開する米機動艦隊や輸送船団などに対して新装備の機上電探を活用した夜間雷撃を行っているが、F6F-5Nナイトヘルキャットの迎撃や対空砲火に阻まれ、大きな戦果を挙げることは出来なかった。しかし、終戦の3日前の昭和20年（1945年）8月12日の夜半、九州・鹿児島県の串良基地から出撃した第五航空艦隊麾下の第九三一航空隊攻撃第二五一飛行隊所属の天山隊4機が沖縄の中城湾に停泊していたペンシルヴェニアを夜間雷撃で大破させている。また、フィリピン攻防戦や硫黄島の戦い、沖縄戦（菊水作戦）では、零戦や彗星よりは少ないものの、特攻にも投入されている。昭和20年（1945年）2月21日に第三航空艦隊麾下の第六〇一航空隊所属の天山8機（雷装4機、爆装4機。途中で2機脱落）が第二御楯特別攻撃隊（他に零戦9機（直援）、彗星12機）として香取基地を出撃、八丈島を経由して硫黄島沖の米艦隊を攻撃、天山隊の爆撃と体当たり攻撃によりサラトガと輸送船を大破させている（この他に彗星隊の体当たり攻撃により、ビスマーク・シーを撃沈している）。昭和19年（1944年）夏から海軍は生産機種の絞り込みを計画し始め、昭和20年（1945年）1月に彩雲を単発攻撃機及び夜間戦闘機兼用機とし、天山を生産中止とすることに決定した。この決定に従って彩雲の攻撃機及び夜間戦闘機改修工事が行われているが、B-29による爆撃等のため生産を切り替えることは出来ず、終戦まで天山の生産が継続されている。終戦時の残存数は187機。
1944年に入ると北海道〜アリューシャン方面でも米軍の活動が活発化したため、同年4月終わりに本土で搭乗員養成を行っていた第五五三航空隊の所属機が九七式艦上攻撃機とともに占守島に進出。その後も天山の追加配備を受けながら占守島や道東から哨戒活動に就いていたが、フィリピン方面の戦局悪化により、10月に部隊は天山1機と九七式艦上攻撃機数機を残して移動した。残存機は直ちに「北東航空隊」に編入、引き続き対潜哨戒にあたったが、1945年春に天山は事故で失われた。このほか第九〇一航空隊といったシーレーン防衛を担う航空隊でも天山は船団護衛や対潜哨戒任務に用いられていたが、1945年初頭に南方航路が事実上寸断された後は艦船攻撃任務に充当されることとなった。
前述の様な競合の激化による売上減少や食品販売の撤退による売上減少などもあり、2009年（平成21年）2月期には売上高約149億円にまで落ち込んで債務超過に陥り、負債総額約45.7億円を抱えることになった。そのため、2010年（平成22年）2月22日、東京地方裁判所に破産手続開始の申立て（自己破産）をし、同日、破産手続開始決定がなされた。（東京地方裁判所平成22年（フ）第3021号破産事件）これを受けて、中小企業信用保険法の「特定中小企業者」の認定申請期間が開始となり、同日から全店舗が閉鎖された。そのなかの一つである池袋店も、同日から閉鎖され、シャッターが下りたままになった。2011年（平成23年）3月24日、キンカ堂健康保険組合が解散する。2011年（平成23年）4月28日、優先債権2億2270万2753円（債権全額）、一般債権3億9406万7837円（債権額は13億1873万555円）が、最終配当され、破産手続きが終結した。前払式証票の規制等に関する法律に基づいて2009年（平成21年）9月にキンカ堂が供託した約1億円の発行保証金を原資とした商品券の還付手続きを、2010年（平成22年）3月30日から6月8日の期間に所定の申し出書に商品券の現物を添付する形で関東財務局が受付け、約2億円程度と推計される未使用分に対して諸手数料を差し引いた金額が還付されることになった。池袋店には、店舗閉鎖後、本館のシャッターには閉店を惜しむ全国のファンからのメッセージが貼り付けられるようになった。張り紙や告示への書き込みの形で2010年（平成22年）3月1日で約50件のメッセージがあり、その後も日に日に増え続けて同月下旬には大人の背の高さを超えるところまでシャッターを埋め尽くすほどになって張る場所がない人のためのノートまで置かれるような状態になった。しかし、これらのメモ類は、何者かによって撤去されてしまい、建物を管理している破産管財人の弁護士事務所や「キンカ堂が発行した商品券の還付手続き」についての告知を張ってもらうよう管財人に依頼をした関東財務局などの関係者も問い合わせを受けるまで撤去されたことを知らなかった。その後、池袋店の跡の空き店舗は大型商業施設の再生を手掛けるコンサルタント会社の「やまき」によって再生され、2011年（平成23年）4月に本館の跡にジーユー池袋東口店が出店し、2011年（平成23年）11月に別館の跡にパチンコ楽園池袋店が出店し、それに伴って大規模な改修工事が行われた。