航空輸送（航空会社）については、日本では1965年ごろまでは幼稚産業の側面が見られた。すなわち、日本航空は国際線を独占するとはいえ、政治・外交上の理由から運航を強制される側面があり、国際線は恒常的に不採算であった。日航は国内幹線の収益で経営を維持する状況が長く続いた。それ以外の航空会社では合従連衡が繰り返され、ようやく全日本空輸が国内線最大手の地位を確立するものの、経営の安定性には問題があり、一時期日航が全日空に対し出資するという事態すら見られた。1970年頃、航空業界の経営安定化と拡大が予想された航空需要に対応することを主な目的に、当時の運輸省主導のもと、日本航空と日本国内航空、全日本空輸と東亜航空の合併が企図された。ところが、当時東京急行電鉄が観光市場の拡大を背景に航空業界への進出を目指したことを背景に、日本国内航空と東亜航空の合併を進め、東急系の航空会社として再編されることになった。結果、いわゆる45/47体制により、国際線と国内幹線を担当する日本航空、国内幹線と国内ローカル線、国際線チャーター便を担当する全日本空輸、国内ローカル線を主体とする東亜国内航空（現: 日本航空）の大手3社体制がここに成立し、日本の航空業界の構造を規定することとなった。この枠組みは1985年に一部修正され、全日空と東亜国内航空の国際線進出と日本航空の国内ローカル線参入が認められるようになった（東亜国内航空は1988年の国際線運航開始に伴い、日本エアシステムに社名変更）。また航空会社の裁量度合いも高まったが、基本的には45/47体制の延長線上に留まった。こうした状況は、1990年代の規制緩和政策に伴い大きく変化した。整備などを外注化し、低運賃を目玉とするスカイマークエアラインズ（現: スカイマーク）や北海道国際航空（現：AIRDO）等の設立は、古くから見られた日本航空と全日本空輸との間で繰り広げられた競争とは異質の競争をもたらした。市場競争を通じた運賃の低廉化が進行し、それは激しいものとなった。事実、新規参入の航空会社はいずれも経営困難に直面している。大手の航空会社でも、日本航空と日本エアシステムは持株会社方式で経営統合が行われた。一方で、近距離の都市間を、小さな飛行機（10 - 20人乗り程度）で結ぶコミューター路線も開設された。しかし、なかなか採算が取れないのも現状である。さらに、地元からの積極的な誘致により新しく開港した空港も、需要が見込めず、ほとんど飛行機の発着がない空港もある。たとえば、オホーツク紋別空港は一日2便（一往復）しかない。枕崎空港は開港から廃止まで定期便の発着がなく、チャーター便の会社も営業を停止していた。佐渡空港も一時期は定期便の発着がなかった。日本を発着する国際線については、かなり前から運賃が自由化されており（時期や目的地によっては同程度以下の距離の国内線航空運賃より安いことも多い）目的地国の航空会社や運行コストの安い東南アジアの航空会社とも競争関係にあるが、アメリカ同時多発テロ事件の影響で航空業界全般に業績の悪化をもたらした2002年以降、グループ（航空連合）を作る動きが活発になり、各国の航空会社との提携を進め、一つの飛行機に複数の便名をつけて運行するコードシェア便が増加している。
1964年11月20日に読売ジャイアンツに入団。二塁手と遊撃手を掛け持ちして、新人ながら105試合に出場。同年の南海との日本シリーズは4試合に出場。第3戦では7回に代打2点適時打を放つ。最終第5戦は9回裏に杉浦忠からサヨナラ適時打、日本一を決めた。当時の巨人は前年のレギュラー二塁手であった船田和英が伸び悩み、開幕戦から須藤豊を先発に起用したものの長続きせず、瀧安治、塩原明も含めた定位置争いが続いていた。これを制し翌1966年からは二塁手のレギュラーに定着、規定打席（22位、打率.245）にも達する。同年から始まった前人未到の記録V9の主力選手のひとりとして、チームに貢献した。V9前半（1960年代後半）は主に2番打者を務め、クリーンナップである王貞治や長嶋茂雄へのつなぎ役であった。打撃面では追い込まれたカウントでもファウルで粘ったり、右翼方向を狙うなど、玄人好みの打撃が光った。長打力はなかったが、1967年は打率.289（リーグ10位）、1968年は.293（リーグ6位）と2年連続で打撃成績ベスト10に入っている。また、犠打などの小技や走塁技術にも優れ、二塁手としても堅実な守備を見せ、1968年と1969年の2年連続でベストナイン二塁手のタイトルも獲得した。特に土井が名声を挙げたのは、1969年の日本シリーズ（巨人対阪急）での本塁突入の走塁である。この日本シリーズ第4戦（10月30日）の4回裏、無死1・3塁でダブルスチールが敢行された。阪急の捕手岡村浩二から二塁手山口富士雄を経て再び送球を受けた岡村は、本塁突入を図った三塁走者の土井をブロック。傍目にはブロックが完全に成功したように見えたが、球審の岡田功はセーフの判定を下した。この判定を信じられず激昂した岡村は同球審に暴力を振るい、日本シリーズ史上初の退場処分を受けた。試合後、川上監督は土井に「ベースを踏んだのか」と聞くと、土井は「踏んだ」と無表情に答えたという。その翌10月31日に岡村のブロックを掻い潜って股の間からホームベースを踏む土井の足を写した写真が、各新聞の第一面に掲載された。このことから、土井の走塁技術と審判の的確さが賞賛された。同走塁はメディアにおいて「奇跡の走塁」と評され、土井は「忍者」と称された。V9時代後半（1970年代前半）は7番や8番など下位打者を務め、引き続き二塁手のレギュラーとしてチームを支えた。V9以降はチーム編成上の事情もあって、上田武司や富田勝、デービー・ジョンソンらに定位置を明け渡すこともしばしばあり、出場試合を減らす。この間の1976年からはコーチを兼任している。1977年から1978年にかけては正二塁手に返り咲き、特に1978年（同年は大洋からジョン・シピン二塁手が加入も、同年は主に外野手として起用）は打率.285、リーグ最多の犠打27個を記録し、ダイヤモンドグラブ賞を獲得するなど活躍した。土井自身はこの好成績に年俸アップを考えていたところ、長谷川実雄球団代表から現役引退・コーチ専任の打診を受ける。これは一軍守備・走塁コーチだった黒江透修を解任してその後継に土井を充てるという目的で、土井は現役続行の意志があった上に、コーチ専任によって収入が半減することもあって抵抗するが、長谷川の説得に折れ、10月12日現役を引退した。引退後は1979年から1980年まで巨人の一軍守備・走塁コーチを務め長嶋の監督解任に伴い10月24日退団。1981年から1985年まで日本テレビ野球解説者、1986年から1988年まで再び巨人の一軍守備コーチ、1989年から1990年まで日本テレビ・ラジオ日本野球解説者を務めた。1度目の巨人コーチ時代には、中畑清の代名詞「絶好調」の生みの親となった（詳しくは中畑の項を参照）。