暫定政権はすぐに大統領選挙の実施に取りかかり、1996年にはモハメド・タキが選挙で勝利して大統領に就任した。しかしタキもまた経済問題を解決することができず、また出身であるグランドコモロ島優遇政策をとったため、1997年にはついにアンジュアン島及びモヘリ島が独立を宣言すると同時に、フランスに再植民地化を嘆願する状況となった。これに対しタキはアンジュアン島に鎮圧軍を差し向けたものの敗北し、また全閣僚を解任して独裁を進めたが、1998年に急死した。タジディンが大統領代理に就任したものの、翌1999年にはクーデターが勃発し、アザリ・アスマニ大佐が政権を掌握した。2001年にはフォンボニ協定（コモロ和解に関するOAU枠組合意）の署名がおこなわれて新憲法が採択され、「コモロ連合」に国号が変更された。このとき、連合大統領は3島から輪番制で任命されることとなった。2002年の大統領選挙ではグランドコモロ島からアザリ大佐が当選し、2006年の大統領選挙ではアンジュアン島のアフメド・アブドラ・モハメド・サンビが当選した。しかしアンジュアン島政府はコモロ当局に反発し、独自に自島の大統領選挙を実施したため中央政府との関係が悪化し、2008年にはアンジュアン島にアフリカ連合の部隊が武力介入して同島の支配権をコモロ政府に奪還した。これを受け、2009年には各島の自治権の縮小と連合政府の権限強化、サンビ大統領の任期1年延長を柱とする憲法改正が国民投票で承認された。2011年にはモヘリ島からイキリル・ドイニン大統領が選出され、2016年にはグランドコモロ島からアザリ・アスマニ大統領が就任。2018年には大統領再任許可を柱とする憲法改正が国民投票で承認され、2019年にはアザリ大統領が再選された。
しかし3島側はこの決議を受け入れず、1975年7月6日には 「コモロ国」としてフランスから一方的に独立を宣言し、アーメド・アブダラが大統領に就任した。コモロ政府側はマヨット島も新国家に含まれるものとして宣言を行ったものの、マヨット側はこれを受けて直ちにフランス残留を宣言し、この時点で分裂は決定的なものとなった。国際連合はコモロ側の主張を支持しフランスを非難したものの、翌1976年にはマヨットは住民投票を行い、改めてフランス残留を決定した。一方、独立したコモロ政府はすぐに政治的動乱に見舞われた。独立して1ヶ月もたたない1975年8月3日に、社会主義者のアリ・ソイリがクーデターを起こし、アブダラ政権を倒した。アブダラは地盤のアンジュアン島に逃れたものの、ソイリは白人傭兵ボブ・ディナールらを雇い入れてアブダラを追放し、3島を完全に掌握した。ソイリ政権は急進的な改革路線を取り、旧弊の廃止や公務員の追放、政府の簡素化を行い、政治警察を組織して厳しい取り締まりを行った。この路線はすぐに破綻し、政治経済の停滞により社会的緊張は極度に高まった。1978年、国外にいたアーメド・アブダラがボブ・ディナールを雇い入れ、クーデターでソイリ政権を崩壊させた。ソイリは殺害され、大統領に復帰したアブダラは新憲法を採択し、「コモロ・イスラム連邦共和国」に国号を変更した。アブダラ政権は一党独裁制を敷いて反対派を抑圧し、また経済も一層悪化したためクーデターが幾度も試みられたが、すべてディナールと傭兵たちによる大統領警護隊によって退けられた。しかしディナールらの専横は激しくなる一方で、アブダラは傭兵たちの排除を試みるようになった。この結果、1989年には大統領警護隊がアブダラ大統領を襲撃し、暗殺してしまった。この傭兵たちのクーデターに対しフランスは軍事的な圧力をかけ、ディナールと傭兵らは国外へと出国し、翌1990年には大統領選挙が行われて最高裁判所長官のモハメド・ジョハルが大統領に就任した。ジョハル政権は1992年に新憲法を採択して複数政党制を導入したが、権力基盤は不安定でクーデター未遂がここでも数度発生し、政情不安は収まらなかった。この情勢を受け、追放されていたディナールが1995年に傭兵隊を率いて再び侵攻し、ジョハルを拘束して権力を握ったものの、即座にフランスが軍事介入を行って傭兵隊を降伏させた。ジョハルは大統領に復帰したものの、同月レユニオンに療養に出かけた際に首相がクーデターを起こして暫定政権を樹立し、結局は追放された。
2001年にe-Japan戦略が示され、高速ネットワークインフラストラクチャーの整備と共に、電子政府の実現による行政サービスのワン・ストップ化が計画された。しかし、ブロードバンドインターネット接続の普及によりインフラ整備は進捗したものの、縦割り行政を廃したワン・ストップ・行政サービスが必ずしも促進されたとは言い難いという意見もある。2001年に総務省が開設した行政ポータルサイトe-Gov（イーガブ）は、ワン・ストップ・サービスを実現する電子政府の窓口、2013年現在のサービス内容は、行政手続き情報の案内、電子申請、パブリックコメント及び各府省への意見・要望の一元的な受付、法令や行政文書ファイルの検索サービスなど。パスポートの電子申請も一旦は実施されたが、2005年度の利用が103件で、1件あたりの経費が1,600万円程度になると財務省予算執行調査で指摘された後、2006年に廃止された。また、2005年12月からは「自動車保有関係手続のワンストップサービス」が始まったが、2007年の会計検査院決算検査報告では「自動車保有関係手続のワンストップサービスの利用が低調となっている」と指摘された。サービス提供地域で利用率が57%に達したのは、2011年10月であった。地方自治体発の動きとして、三重県松坂市などでは、「おくやみコーナー」を設け、死亡時の手続・窓口を一元化して好評を得ており、ワン・ストップ・サービスの好例とされている。このような動きを受け、政府の内閣官房ＩＴ総合戦略室においても、ワンストップサービスの一環として、「死亡・相続ワンストップサービス」の施策を掲げ、自治体も含めて複数の機関にまたがる死亡・相続の手続を、ＩＴ技術も活用して一元的に対応できる仕組みを構築しようとしている（遺言書検認、相続放棄などの家庭裁判所での手続はカバーされていないが、別分野では、家庭裁判所との連携に成功する自治体も表れ始めている。）。また、外国人居住者が増え続ける中、地方自治体が出入国在留管理庁、法テラス、その他の関係組織と連携し、「ワンストップ型相談センター」を設置する動きが広がっているが、これも注目を集めるワン・ストップ・サービスの例である。一方、厚生労働省でも、失業者が集まるハローワークで「ワンストップ・サービス・デイ」を適時実施している。ここでは、ハローワーク所在地の地方自治体・社会福祉協議会・弁護士会等と連携し、生活保護の相談・つなぎ資金の手続き・多重債務の相談などを、求職相談と併せて生活支援を行っている。このように地方自治体などの地域拠点を軸・中心として複数機関を連携させるワンストップサービスは、ＩＴ技術も活用して各種公的機能・手続などを極力集約・効率化していくコンパクトシティやスマート自治体の思想にも通じるもので、人口減少社会における住民サービスの維持策としても位置付けられる。