1961年（昭和36年）9月15日に起工式を挙げた富山新港は、当初1967年（昭和42年）中の完成を見込んでいたが、実際には1966年（昭和41年）になっても東防波堤と西防波堤の一部が完成したに過ぎなかった。工事が思うように進捗しない富山県としては、港口切断を可及的速やかに行いたい意向であったが、地元青年団を中心とした反対運動は根強く、1964年（昭和39年）2月には堀岡通勤者同盟、同年7月には海老江通勤者同盟が組織され、1965年（昭和40年）1月11日には富山県労働組合協議会、新湊地区労働者組合協議会及び富山地方鉄道労働組合が中心となって富山新港港口切断対策富山県共闘会議を結成するなど、運動の組織化が進んでいった。1965年（昭和40年）8月1日には反対運動のシンボルである「切断反対の監視塔」が完成している。こうして地下道の建設や富山地方鉄道射水線の地下鉄化を求める富山新港港口切断対策富山県共闘会議及び地元振興会と富山県との交渉は何ら進展せず平行線を辿っていたものの、吉田実富山県知事が「交渉相手は新湊市と市議会」であると断言したことで事態は急変し、1966年（昭和41年）3月17日の新湊市議会全員協議会において質疑や討論を省略した自由民主党系議員による強行採決が行われ、富山県側の提案する形による港口切断の着工が決定した。これによってまず同年4月5日に富山地方鉄道射水線堀岡駅 - 越ノ潟駅間が廃止され、同区間における代行バスの運行が開始された。また、同日より富山地方鉄道射水線越ノ潟駅 - 新湊駅間は加越能鉄道に譲受され、同社新湊港線となった。富山県道1号魚津氷見線の堀切橋も同日より撤去作業が開始され、以降は仮橋による通行が行われた。
(サーキット内のコーナー・ストレート名などはサルト・サーキットを参照)ル・マンに持ち込まれたCLRは、その強烈な印象と洗練されたスタイルにより優勝候補マシンの一角として期待されることとなった。しかし、予備予選では関節部の強度不足が原因でサスペンションが破損するアクシデントが起こり、予選2日目においてはマーク・ウェバーが搭乗する4号車がミュルサンヌとインディアナポリスの間で突如フロントから浮き上がり離陸するという事故が起こる。離陸し宙に舞い上がった4号車は後向きに回転しながら後部からアスファルト路面に叩きつけられた。幸いにもウェバーは無事だったが、CLRは信頼性に疑問を持たれることとなった。CLRは修復され、決勝日朝のウォームアップに臨んだ。しかしダウンフォースを増すよう改良を施したにも関わらず、またも4号車がミュルサンヌ手前で舞い上がった。回転しながら屋根から仰向けに路面に叩き付けられたマシンは大破し、修復不可能となった。この二度目の事故でウェバーは膝を負傷、そのまま決勝出走を断念することとなった。それでもメルセデスは残る2台を決勝に出走させることを決め、フロントに更なる離陸対策として左右に2枚のカナードを装備した。しかし、付け焼刃的な対策では問題が解消できなかったことを実証する三度目のアクシデントがメルセデスチームを襲ってしまう。決勝レースの76周目、ユノディエールと並んでコースの中でも最高速が出るエリアでもあるインディアナポリスのコーナー手前の直線区間で、トヨタのTS020を追っていた3位走行中の5号車が、4号車と同じように舞い上がり、空中で回転しながらコース脇の林に落下した。5号車の事故現場は緩やかな凸形状をしており、その坂頂点を越えたあたりで、通常は車体上部を通過しダウンフォースを生み出すはずの気流が一気に車体底部へ流れ込んだため起こった。これには、すぐ前を走っていたTS020のスリップストリーム、もしくは乱気流の影響が少なからずあったとみられる。現場付近にはコースを跨ぐ形で設置されていたブリヂストンの看板のポールが建っており、これに衝突することが無かったこと、また落下地点が林を広範囲に渡って伐採した跡で立ち木への衝突が回避されたこと、さらに仰向けに落下しなかったことは不幸中の幸いだった。事故直後にメルセデスは残る6号車を呼び戻し、レースを棄権した。なお、ドライバーのピーター・ダンブレックは軽傷を負ったのみだった。そしてこの後、メルセデスのチーム監督ノルベルト・ハウグは予選、フリー走行、そして決勝の事故によって大方の原因は見当がついていたため、決勝レースへの出走を強行したことに対して各方面から批判の矢面に立たされる。この事故の様子はTV中継などを介して世界中に配信され、大きな衝撃を与えた。この事故は、市販車であるAクラスやMクラスにおける欠陥や品質の問題と並んで、メルセデスのブランドイメージの低下に拍車をかけた。また、FIAは原因を調査し、原因は複合的なものであるという結論を出したが、マシンの設計に根本的な問題があることは明らかであった。またカーデザイナーでこのときテレビ朝日の中継で解説を務めた由良拓也は、レース中のメルセデスCLRの異常なピッチング（小刻みな上下振動）を指摘していた。メルセデスCLRはトップスピードを重視して、空気抵抗を減らすため極限まで低められたボディを持つが、そのため十分なサスペンションストロークが取れなかった上に、前後のオーバーハングが極端に長かったためにフロントのダウンフォースが大きめであるためフロントサスが固く、トラクション確保のために柔らかくされたリアサスと相まってピッチングが起きやすい状況であり、数度程度鼻先が持ち上がった状態から一気に離陸してしまった。また、最初のアクシデントが発生した後からベルント・シュナイダーがフロント側のダウンフォース不足から来る乗り心地やコントロール性の悪さを指摘していた他、その後からドライバーが続々フロントのダウンフォース不足を指摘していた。さらにレース中外部から見てもわかる程の激しいピッチングからポーポイズ現象を起こし、その上マシンのスリップストリームに入ったためにマシンのフロント側のダウンフォースが急激に減少、さらにリアウイングによる車体後部に掛かったダウンフォースによってバランスが崩れ(二度目のアクシデントはブレーキングによるマシンの挙動不安定という要素もあった)、ノーズ部分が持ち上がったマシン下部に大量の空気が押し込まれたために発生したということが、事故後にメルセデス・ベンツが独自に立ち上げた調査チームとル・マン24時間レースの主催者であるフランス西部自動車クラブ（ACO）、更にこの事故の重大さを受け止めた国際自動車連盟（FIA）によって最終的に突き止められた。またピッチングの要因については、それまでのCLK-GTRやCLK-LMでは装備されていたサスペンションのピッチングを抑制するサードダンパーが、ダウンフォースよりもトップスピードを極端に重視して薄く低く設計されたフロントノーズ形状の影響を受け、取り付けるスペースが確保できず、サードダンパーそのものが最初から取り付けられていなかったために、ピッチング自体が抑制できていなかった構造上の欠陥であったことが明らかになった。さらに空力については従来AMGのムービングベルト式風洞を使用して走行状態における空力を解析するはずが、諸事情によって風洞が使用できなかったため、止む無くシュトゥットガルト大学のムービングベルトの無い風洞を借りてスケールモデルを用いた風洞実験を行なわざるを得なくなった事から、走行時の状態でのダウンフォースを煮詰めることが出来なかったという準備不足が起きていたことも明らかとなった。ちなみに、二度目のアクシデント後にノルベルト・ハウグは各ドライバーに｢スリップストリームに絶対に入るな｣と指示をしているが、一部公道コースを使用しており道路幅が狭くかつ数多くの車両が同時に走行しているル・マン24時間レースにおいて、この指示の遂行は困難であった。