A案が衆議院で可決され参議院に送付されたが、A案反対者の多かった野党が過半数を占めていたため、成立の行方は不透明とも見られた。当時野党だった民主党の輿石東参院議員会長は2009年6月18日の記者会見で、「臓器移植法案を最優先でやらなければいけないとは思ってない。急がなければ死んでしまうという話でもない。一日も早く救いたい気持ちは分かるが」と述べた。衆議院でA案が可決されたことを受け、改正に慎重な参議院議員有志らにより、いわゆるE案が提出されている。2009年6月26日に、衆議院を通過したA案と新たに提出されたE案の趣旨説明が行われている。また、A案の内容のうち、脳死を人の死とすることへの抵抗感からを否決されることを避けるため、A案の修正案（いわゆるA'案）が、7月10日に提出された。参議院厚生労働委員会における5日間の審議の後、委員会採決を省略して、2009年7月10日に中間報告を行い、本会議で直接採決されることとなった。A'案およびE案については、仮に参議院で可決しても、衆議院での審議と議決が再び必要となるため、衆議院解散に伴い廃案になるおそれがあった。また、3案とも否決された場合とA'案が可決された場合は、修正前のA案について、衆議院での再議決をする可能性があった。しかし、2009年7月13日に、参議院本会議において、衆議院同様に共産党を除く各党が党議拘束をはずして採決に望み、押しボタン方式で採決を行われたところ、まずA'案（A案修正案）が賛成72、反対135の反対多数で否決され、続いてA案が賛成138、反対82の賛成多数で可決・成立した。E案は、A案が可決されたため、採決されずに廃案となった。改正法は、公布から1年後の2010年7月17日に施行された。
衆議院には、議員提案の改正案が上記の4案が提出されていた。法案提出から何年にもわたり、ほとんど審議が進んでいない状況であったが、2009年5月に世界保健機関（WHO）総会において、臓器不正売買を目的に、移植ツーリズムの原則禁止や、生体移植、組織移植をめぐるガイドラインを決議する見込みになったことから、2009年になって、改正の機運が出てきている（WHOの決議自体は、新型インフルエンザの流行が起きたことに伴い、総会の開催期間が短縮されたため、2010年に延期されている）。2009年4月に入り、自民党と民主党の国会対策委員長が、審議促進に向け積極的な発言を行った。国会では、衆議院厚生労働委員会に臓器移植法改正法案審査小委員会が設置され、審議を行ってきたが、2009年4月28日に小委員長中間報告がなされ、論点整理が行われた。その後、衆議院厚生労働委員会では、2009年5月27日と6月5日に法案審議が行われ、委員会審議は実質終了した。衆議院は、2009年6月9日の衆議院本会議で、委員会採決を省略して、厚生労働委員会の田村憲久委員長による臓器移植法改正4案の審議経過に関する「中間報告」の聴取と、各案提出者による意見表明が行われた。2009年6月18日に、衆議院本会議で採決。法案提出順（ABCDの順）に記名式投票をし、過半数の賛成を得られた案が出た時点で終了するという方式で採決が行われた。共産党が審議不十分として全員棄権したほかは、他の政党は議員個人の倫理観にかかわるものとして党議拘束をはずして、採決に臨んだところ、自民党議員を中心にA案賛成者が多く、賛成263人・反対167人でA案が可決され、衆議院を通過した。
当初より他国に比べ、特に脳死臓器移植の臓器提供に関する制約が厳しく移植数が伸びないとの指摘があり、脳死臓器移植の施術状況を考慮しながら、法律施行後3年を目処に見直すことになっていた。しかし、10年以上が経過し、脳死臓器移植の数が増えず移植医療が停滞していたにもかかわらず、長い間改正されていなかった。議員立法であった法律成立の過程に配慮してか、行政府は改正案を出さずに、議員有志の改正案作成に委ねられた。
2013年1月頃から、アブドルファッターフ・アッ＝シーシーエジプト軍最高評議会議長は、情勢に何かあれば軍が介入することを示唆するようになった。4月28日には都市部の青年たちにを中心に、反政府運動「タマッルド（抵抗）」が結成され、6月29日までに2200万以上の署名を集めた。反政府派は、軍の介入を期待し、ムルシーの大統領就任1年にあたる2013年6月30日に大規模な反政府デモを計画。同日に政府支持デモも計画され、その数日前より中央治安部隊とデモ隊が衝突、犠牲者が出るなど緊張が高まった。6月30日には首都カイロ中心部のタハリール広場をはじめアレクサンドリア、マンスーラ、ミヌーフィーヤ、タンタ、エル＝マハッラ・エル＝コブラ、スエズ、ポートサイド、そしてザガジグなどエジプト全土で数百万人が反政府デモに参加。ムスリム同胞団による権利独占などを非難し、ムルシー大統領の退陣を求めた。デモそのものは当初、平和的に行われたが夜になって一部が暴徒化し、批判の対象となったムスリム同胞団は本部に火炎瓶や石を投げ込まれるなどデモ隊約150人による襲撃を受けたほか、銃撃もされた。同胞団からはデモ隊がクーデターを企てているという非難の声もあがった。7月1日には観光大臣、通信・情報技術大臣、人民議会・諮問評議会担当大臣、そして環境担当大臣の4閣僚が反政府デモに同調し辞任し、7月2日にはムハンマド・カーメル・アムル外務大臣及び大統領府報道官2人が辞任を表明したと報じられたほか、外交官約150人の連名での「国民の要求を支持する」との声明が出された。なお、デモ参加者が増大した背景として、世俗勢力の動員力が乏しい事から旧体制勢力の関与の可能性が指摘されている。こうした中、ムルシー政権と距離を置いてきた軍は事態の収拾に乗り出す。6月23日にアブドルファッターフ・アッ＝シーシー国防大臣兼エジプト国軍総司令官は国が大混乱に陥った場合の軍による介入を警告し、1週間の猶予を与えた。しかし事態は改善されず、7月1日、軍はテレビやラジオを通じて声明を発表し、ムルシーに対し48時間以内に国民の希望を実現する包括的なロードマップで合意するよう要求。期限内に実現されない場合は軍が自ら将来のロードマップを示し、その履行を監督するとし、これは事実上の最後通告と受け止められた。ただし、軍の報道官は軍事クーデターは容認しないとも述べ、政治勢力や支配勢力への加担を否定した。主要野党で構成される政党連合「国民救済戦線」による最後通告を歓迎し、反政府デモ隊の集まるタハリール広場では花火が打ち上げられたが、7月2日未明、大統領府は軍の要求を拒否し、国民和解に向けた政府の計画を堅持すると発表し、またムルシー政権は憲法上正当なものであるとして、軍による要求を撤回するよう要求した。ムルシー自らも2日にテレビ演説を行い、自分は選挙で選ばれた大統領であり、国民が制定した憲法上の正統性は尊重されるべきであると主張。軍は本来の任務に戻るべきであるとしたほか、大統領を辞任する意向がないことを表明した。