1995年11月27日、モスクワから少数の政府派遣団がスイスのローザンヌにあるIOC本部を訪れた。モスクワの後援による若者向けの大規模な国際競技大会をIOCの名の下で開催するにあたって、その支持を集めるためのものだった。モスクワからの派遣団は、このような大会を開催するための多大な経験を有していると主張した。1997年4月にIOCはモスクワ及びロシアオリンピック委員会との間で合意に達して契約を交わしたことで、ワールドユースゲームズのモスクワ開催が実現することになった。
津成木第一中学校に通う主人公・朝日奈みらいは、もうすぐ中学2年生になる女の子。春休み中の十六夜月が輝く夜、みらいは無動作に飛行して落下した紫色の物体を目にする。翌日みらいは大事にしているくまのぬいぐるみ・モフルンを連れ昨日の物体の捜索に桜並木の遊歩道へ出掛ける。そこでモフルンをうっかり落としてしまい「落ちたわよ、ダメよ気をつけなきゃ」と上からの声にみらいが見上げると、そこには魔法のほうきで浮遊する少女がいた。彼女は魔法つかいのリコと名乗り「魔法の宝石リンクルストーン・エメラルドを探しに魔法界から人間界（魔法界ではナシマホウ界と呼称）へやってきた」と説明する。その時だった、同じくリンクルストーン・エメラルドを手に入れ世界侵略を企む闇の魔法つかいドクロクシー配下のバッティと怪物ヨクバールが現れる。みらいとリコは襲撃に遭うが、2人の持っていたペンダントがリンクルストーン・ダイヤへと変化し「伝説の魔法つかい」である魔法つかいプリキュアに変身。敵と対峙することになる。みらいは「奇跡」の力でキュアミラクルへ、リコは「魔法」の力でキュアマジカルへと覚醒しバッティらを退却させる。またその力でモフルンが言葉を話せるようになり、さらに魔法が察知できるようになる。リコは通っている魔法学校へみらいを連れて戻るが、教頭にプリキュアになったことを告げても受けいれられないどころか、勝手に補習を受けずに魔法界を抜け出してナシマホウ界に行っていたことがばれてしまい、退学の危機に陥る。それを見たみらいは校長に掛け合うため学校内を捜しに出かけ、杖の木でとある男性に出会う。みらいが男性に経緯を話していると、役目を終えようとしている木からみらいに魔法の杖が授けられる。間髪入れずに2人を追ってきたバッティとヨクバールが学校を襲撃し、2人もプリキュアへ変身し応戦する。そして、魔法の杖から変化したリンクルステッキの必殺技でヨクバールを撃破、バッティを再び退却させる。それを見ていた男性がみらいに校長と明かし、さらにリコの補習を受けさせる形でみらいに春休みの期間だけ魔法学校にとどまるよう促す。よって、みらいはリコや他の生徒たち（ジュン・ケイ・エミリー）とともに魔法を習うことに。教師のアイザックとリコの姉で実習生のリズから出される課題の習得と合格、そしてドクロクシーの側近のヤモーが送り込む幹部のバッティ、スパルダ、ガメッツらとの戦いを通じて、みらいとリコはより親密な仲になり、その過程の仲でルビー、サファイア、アクアマリン、ピンクトルマリンの4つのリンクルストーンも入手、さらに知識の森と呼ばれる書庫で入手した伝説の本リンクルスマホンから生まれた妖精の赤ちゃん・はーちゃんを育てるなど奇跡いっぱい、魔法いっぱいの生活を過ごす。そして5人は補習の全課程を合格しリコたちは進級を果たし、みらいは魔法学校の生徒として正式に認められる。同時にそれはみらいがナシマホウ界に戻ること、リコと別れることを意味していたが、校長はナシマホウ界に残りのリンクルストーンがある事を魔法の水晶の占いで察知し、そのことをリコに告げる。リコははーちゃんを連れてみらいを追いかけナシマホウ界に行き、これまでとは逆の魔法とは縁の無い世界で暮らしながらリンクルストーンを探すことに。リコは朝日奈家の計らいで居候し、春休みが終わった津成木第一中学校へも留学生の十六夜リコとして通い、みらいとクラスメイトになる。また「他人に魔法つかいと気づかれたら魔法の杖は没収」と教頭から伝えられたため、2人はそれを隠しながらナシマホウ界で暮らすことに。そんな中、2人が魔法のほうきで空を飛んでいる後ろ姿をクラスメイトの勝木かなに見られてしまい、彼女が「生徒の中に魔法つかいがいる」と周囲に告げた事により魔法の存在が広まってしまう。2人はリコのトランクに入っていた魔法の水晶（自称キャシー）を通じて伝えられる校長の情報をもとにナシマホウ界でのリンクルストーンの捜索に当たるが、ドクロクシー側もその情報を嗅ぎ付け強奪を目論む。2人はドクロクシーの一味との戦いに次々と勝利しトパーズ、タンザナイト、ペリドット、ムーンストーンと順次入手していく。そうした中、はーちゃんとリンクルスマホンの存在がドクロクシー側に把握されてしまい、彼らの狙いがリンクルスマホンへと変わる。はーちゃんも自らが持つ不思議な力を発揮し、プリキュアの力となってスパルダ、ガメッツを倒していき、ガメッツに一度奪われたガーネットのリンクルストーンも手に入れる事ができた。そして、どこかへと向かった校長を捜すため魔法樹の頂上にある開かずの扉を見つけ、同時にアメジストのリンクルストーンも入手するが、はーちゃんはリンクルスマホンの中で眠りについてしまう。2人は開かずの扉を開けて校長がいる場所へと向かうがそこはドクロクシーの本拠であり、校長はドクロクシーの正体がかつての友人であるクシィの怨念である事を見破り、封印していた魔力を解放して戦いを挑むもドクロクシーに圧倒される。プリキュアもその強い意志を持ってドクロクシーに挑んだその時、その意志に魔法界が呼応しエメラルドが現れバッティを消滅させるも、リンクルスマホンと共にドクロクシーに取り込まれてしまう。加えてヤモーもドクロクシーに身を捧げ、ドクロクシーの力がさらに増幅する。2人ははーちゃんを助け出すため、そして魔法界の危機を救うため持ちうる力でドクロクシーを倒すが、その怨念が襲いかかろうとする。その時はーちゃんがみらいたちと同い年くらいの容姿へと最後の成長を遂げ、その力で闇を打ち払い怨念を浄化する。そして現れたクシィを天へと導くが、同時にはーちゃんもどこかへと消えてしまう。モフルンが感じ取った遠いどこかからの甘い匂いを残して…。