かつて渡船は24時間運航されていたが、利用者数は1968年（昭和43年）度の年間79万1019人を頂点に年々減少し、2002年（平成14年）度には年間17万515人にまで落ち込んだ。これがため富山県は2003年（平成15年）9月9日に夜間早朝の時間帯における渡船運航を廃止する旨を表明し、2004年（平成16年）4月1日より深夜早朝に限り海王交通に委託してワンボックスカーによる代替輸送を開始した。加えて、2006年（平成18年）4月には費用削減のために「射水丸」が引退することとなり、以降は「こしのかた」及び「海竜」の2隻によって運航が行われるようになった。また、2012年（平成24年）9月23日には渡船の航路とほとんど平行する新湊大橋の供用が開始された。これにより、臨港道路富山新港東西線が全通し、堀岡 - 越ノ潟間は45年ぶりに陸路によって接続されることとなった。なお、歩道および自転車道の部分の開通は強風時の振動を理由として開通が遅れたものの、2013年（平成25年）6月16日に供用が開始されている。この自転車歩行者道は従来運航されていた富山県営渡船の代替であるとされ、富山県行政改革委員会は2010年（平成22年）10月27日にその完成後に渡船を廃止することを提案していた。しかし、防犯上の理由により新湊大橋の自転車歩行者道部分（通称あいの風プロムナード）は夜間閉鎖されることなどから、富山県営渡船の運航は従来通り継続されることとなった。ただし、2014年（平成26年）4月1日にはさらなる減便が行われた。2012年（平成24年）度に新湊大橋開通に伴う観光客の増加により一旦増加に転じた富山県営渡船の利用者数は、2013年（平成25年）度より再び減少に転じ、2015年（平成27年）度には5万7103人と過去最少を記録している。2016年（平成28年）度の利用者数も2015年（平成27年）度に引続き5万人台で推移しており、富山県は渡船の廃止を含めて協議を行っていくとしている。渡船の維持費用は毎年およそ1億円で、歳出減に取り組んでいる県の行政改革目標においては繰り返し「運営見直し」の対象とされていることから、運航にかかわる職員も新規採用が見送られ、大半が60歳以上の再任用もしくは嘱託職員である。
1857年（安政4年）2月11日、美濃国北方（現在の岐阜県本巣郡北方町）で生まれる。父の後藤昌文は漢方医であり当時のハンセン病医療の第一人者であった。また祖父の後藤宗謙は大垣藩医の杉田玄白系蘭医学塾、江馬塾門人帳に名を連ねていた。後藤昌文の長男であることから「二代目後藤昌文」とも称される。父に師事しハンセン病患者の治療方法を研究した。1875年（明治8年）1月16日、慶應義塾大学医学部の前身、慶應義塾医学所に入所、同年、父・昌文と共に東京市第四大区二小区神田猿楽町2丁目19番地にハンセン病専門の｢起廃病院｣を開院、当時は隔離政策が主であったハンセン病を後藤式療法により外来・通院治療で治癒に導いた。また京都府癩病院に招かれ、松原通大宮中道寺の癩病院でハンセン病患者の診療にあたった。後藤父子の治療は評判を得て、ハンセン病治療の権威となった。1881年（明治14年）3月には来日中のハワイ王カラカウアが起廃病院を訪問した。ハワイでは1840年（天保11年）頃からハンセン病が広まり、1866年（慶応元年）からモロカイ島カラウパパにおいて隔離収容していた。1882年（明治15年）5月、「難病自療」を著作、この中で昌直はハンセン病の感染の可能性に言及し、発病には遺伝・自発・感染の三つの場合があり、潜伏期間が長いため感染であったとしても、それを特定することはできない。また遺伝の場合は少なく、発症には生活環境と個人の「性質」が影響するとし、一般的に「遺伝説」が広く普及していた時代に、昌直は「ハンセン病は感染症」と認識していた。当時、ハンセン病は不治の病であったが、後藤式療法によって完治した患者もおり、後藤父子の名は全国に知れ渡り各地で公演を行った。講演では、わかりやすく患者向けに啓蒙活動を行い、治りえる病気であることを説いた。また全国の門下生に指導を行い、全国各地に治療院を開設し、貧しい患者には無料で治療を行った。1883年（明治16年）、起廃病院を芝新堀町に移転した。また浅草旅籠町に後藤薬舗を開業し、製薬も行いハワイ他海外にも輸出した。同年、ハワイの富豪患者ギルバート・ウォーラー（Gilbert Waller）がモロカイ島への隔離を避けるため来日し起廃病院で治療を受け、1885年（明治18年）に快癒し帰国した。ウォーラーは「後藤医師の有する知識と経験は、千年に渡る日本・中国漢方医の研究結果であり、何百名もの患者が治癒に至った」("The knowledge and experience possessed by the Gotos, was the result of the study of Japanese and Chinise Physicians for over a thousand years")とハワイ衛生局に報告し、治療法を試すように強く勧めた。このため同年末、ハワイ王の招聘により昌直はハワイに渡航し、ハワイのハンセン病患者の治療にあたった。昌直はダミアン神父の治療も行い、彼のハンセン病は一時軽快した。ダミアン神父は昌直を深く信頼しており、「私は欧米の医師を全く信用していない。後藤医師に治療して貰いたいのだ」("I have not the slightest confidence in our American and European doctors to stay my leprosy, I wish to be treated by Dr. Masanao Goto.")との言葉を残している。ダミアン神父は世界のカトリック教会に後藤式療法を紹介し、英領モーリシャスなど日本国外でも後藤式療法が行われた。しかし、ハワイ衛生局との確執などから、ダミアン神父の治療は1887年（明治20年）9月に中断され、昌直はハワイを去り、スタンフォード大学医学部の前身「Cooper Medical College」に留学し「Leprosy」という卒業論文(graduation thesis)を提出し帰国した。1893年（明治26年）、北里柴三郎とハンセン病の共同研究を開始した。また同年、ハワイのハンセン病患者の70%を超える嘆願書が提出され、昌直はハワイ王国政府の招聘に応じて同年2月14日に横浜より三池丸に乗船し再度ハワイに渡航、3月に到着し後藤式療法による治療を行った。年俸3600ドルであった。この功績によりハワイ王より叙勲を受けた。しかし1895年（明治28年）に治療は再度中止となった。その原因はハワイ衛生局との確執、後藤療法に必要な漢方薬が高額であったことなどとされている。また父・昌文の病状悪化もあって同年4月30日にハワイを出航し帰国した。帰国後も日本のハンセン病患者の治療に尽力し、1901年（明治34年）には東京市会議員総選挙麻布区選挙に立候補するも落選した。1908年（明治41年）7月9日、東京で死去した。