戦闘用に山着、野良着を改良したもので、後述の通り、闇に紛れるため色は黒ではなく茶色(柿渋色やクレ色)に近いものを着用していたとされる。当然、日中は目立つのでこの格好で動く事はない。「六尺手拭」を覆面に用いる事もあった。
その後明治になり、江戸幕府から明治新政府へ政権が移ると、警察、日本陸軍、日本海軍が創設され、忍者もその役目を終えることになった。活躍できる場を失った彼らはその後、陸軍や警察関係（警察官）の職業など、技能を活かすために新たに創設された職に就いた者や、明治になって職業選択の自由が出来たことから全く違う職に就いた者など、生きた経緯は別れるようになり、それぞれの子孫が現在に至る。明治末期〜大正年間には立川文庫の作家たちによって、猿飛佐助、霧隠才蔵など忍者ものが創作され人気を博した。また、映画の実用化により、特撮技術を用いた忍者ものが創作された。1921年公開の牧野省三監督の映画『豪傑児雷也』は、日本初の特撮映画と言われる。この映画では、現代に至るも創作作品で継承されている、煙とともに消える忍者が描写されるが、これは1902年に世界最初の劇映画として製作された『月世界旅行』の特撮技法をそのまま踏襲したものであり、もちろん史実ではない。戦後の1950年代後半より、小説や時代劇、劇画などに忍者が多く取り上げられるようになり、忍者は再び日本人の間で広く認知されるようになった。これらに描かれる忍者は主に使用する忍術の非現実性などから批判を受けることもあるが概ね好評と言え、平成期には『るろうに剣心』、『NARUTO -ナルト-』などの漫画を原作としたアニメ作品が制作され、国内のみならず海外においても人気を集めている。
寛政期の甲賀古士らによる訴願により世間に広まった忍者像は、出版文化の高まりとともに独り歩きしてゆく。読本には忍者が好まれ「自来也説話」の自来也、「列戦功記」の飛加藤、「絵本太閤記」の石川五右衛門などが有名。
昭和37年（1962年）、伊賀上野の旧家より「上嶋家文書（江戸時代末期の写本）」が発見された。これによると、伊賀国の服部氏族・上嶋元成の三男が申楽（能）役者・観阿弥で、母は楠木正成の姉妹だったという。すなわち、観阿弥は楠木正成の甥だったことになる。根拠は特にないが、偽系図などと呼ばれている。観阿弥の息子・世阿弥も「先祖は服部氏」と自称していた。伊賀国では、藤林・百地・服部の上忍三家が他の地侍を支配下に、最終的に合議制を敷いて、戦国大名に支配されない地域を形成していた。外部からの侵略に対しては結束して戦い、織田信長が伊賀国を支配するために送り込んだ築城奉行・滝川雄利を追放、その報復として攻め込んできた織田信雄の軍も彼らは壊滅させている（第一次天正伊賀の乱）。改めて敵の一部を調略してから、信長が大軍を編成し攻め込んできた際に、その他の伊賀国の忍者集団は壊滅的な打撃を受けた（第二次天正伊賀の乱）。百地丹波以下100名が紀州の根来へと落ち延びたと言われる。
徳川家康が桶狭間の戦い後に今川氏から独立し、三河国奪還戦争のさなか、蒲郡市にある鵜殿長持の西之郡城（上ノ郷城）を忍で取る、と記載されている。寛文7年（1667年）の近江国甲賀武士が奉行に差し出した書状には、甲賀21家が援軍として駆け付け、夜襲・焼き討ちにより、鵜殿藤太郎の首を討ち取った武功について記載。伊賀ではなく、甲賀であることも注目される。
形状や作り方、調理法はほぼ餃子と近い。小麦粉で作った皮に具を詰め、煮たり、揚げたり、焼いたりして食べる。具にはダイコン、豚肉、ニラ、キムチ、豆腐、春雨などが使われる。形は蒸し器で蒸した日本の肉まん型のものやひだをつけた半月状の餃子型、具を置いた皮を二つ折りにし、半月形にしてから両端を留めて円形にしたものなど独特なバリエーションがある。油で揚げるか焼いて食べるクンマンドゥ（군만두、焼き饅頭）は、韓国では中華料理店や大衆食堂である粉食（プンシク）店などでよく見られ、蒸したジンマンドゥ（찐만두）も粉食店では定番である。茹でたムルマンドゥ（물만두、水饅頭）は中華料理店でよく食べられる。中華料理店や粉食店などの飲食店ではクンマンドゥを揚げて調理することが多く、日本風に油で焼いたクンマンドゥは屋台でよく提供されている。クンマンドゥやジンマンドゥは酢醤油を添えて食べる。ワンマンドゥ（왕만두、王饅頭）は餃子よりも日本の肉まんや中国の包子に近い。極東ロシア地域を中心に食されているピャンセもワンマンドゥがルーツと見られる。朝鮮半島北部の料理にマンドゥをスープ（クク）に入れたマンドゥククやトックク（トックのスープ）にマンドゥを入れたマンドゥトッククがある。韓国の屋台でよく見られる餃子型マンドゥは殆どが冷凍食品である。一般家庭でも冷凍食品の餃子型マンドゥがよく食べられ、500g、1kg入りのものを中心にスーパーマーケットなどで多く売られている。最近はMBC放映のドラマ「大長今」から名前を取った四角い形のマンドゥ「大長今」や海鮮マンドゥなど、冷凍マンドゥも多様化している。