1999年、フェイス傘下のバリアフリーレーベルとポニーキャニオンとの契約が終了したのに伴い、バリアフリーレーベルごと東芝EMIに移籍。1999年にはシングル「ガストロンジャー」、2000年には、ほぼ宮本のソロアルバムとも呼べる打ち込みを多用した『good morning』を発表。またこの時期の宮本は音楽活動と平行して執筆活動やドラマ『フレンズ』出演などを精力的にこなし多彩な才能を発揮した。2002年には小林武史をプロデューサーに迎えたアルバム『ライフ』を発表。緻密なアレンジによる、穏やかで色彩豊かな世界を作り上げた。しかし同年末には再びセルフプロデュースに戻り、よりシンプルなバンドサウンドへと回帰した、初のミニアルバム『DEAD OR ALIVE』を発表。またこの頃から「音楽バラエティ番組での面白いキャラクター」へと定着したことへの反省から、メディアへの露出を極力控えるようになる。2003年にはセルフプロデュースによるアルバム『俺の道』を発表、バンドサウンドへの回帰は決定的なものとなる。2004年にはシングル「化ケモノ青年/生きている証」、熊谷昭を共同プロデューサーに迎え、アルバム『扉』を発表。そのアルバムの製作過程を密着取材したドキュメンタリーフィルム『扉の向こう』（是枝裕和プロデュース作品）は、テレビやミニシアターで上映され、DVDでも発売された。同年9月にはアルバム『風』を発表。2005年には初のライブアルバム『野音 秋』『日本 夏』をそれぞれファンクラブやインターネットを通じて発売。2006年3月に冨永義之が慢性硬膜下血腫を発症、3月2日に手術し完治。3月29日、佐久間正英プロデュースによるニューアルバム『町を見下ろす丘』を発売。その際、「シグナル/今をかきならせ」が初の配信限定シングルとなった。
こうして一旦メジャーから遠ざかるが、その間も曲作りやライブは地道に行っていた。そしてロッキング・オンの渋谷陽一や山崎洋一郎の協力により、新事務所FAITH A&R（現フェイスミュージックエンタテインメント）と契約、1996年、ポニーキャニオンよりシングル「悲しみの果て/四月の風」をリリースして再デビュー。エピック・ソニー時代とは打って変わったタイアップ路線や、宮本浩次を中心としたメンバーのメディアへの積極的露出により売り上げを伸ばす。なお、『悲しみの果て』以降のバンド名は「エレファントカシマシ」とスペースなしのものになっている。1997年にフジテレビのドラマ『月の輝く夜だから』の主題歌として発売された「今宵の月のように」は80万枚を超える大ヒットとなる。「今宵の月のように」が収録されたアルバム「明日に向かって走れ-月夜の歌-」は50万枚を売り上げた。ポニー・キャニオンからは『ココロに花を』「明日に向かって走れ-月夜の歌-」『愛と夢』の3枚のアルバムを発表。当時のエピソードとして、ミックスの済んだ『かけだす男』をウォークマンで聞きながら新宿を歩いていた宮本が、自身の描くイメージとは全く違う整然とトリートメントされた音質にいらだち、その場に叩き付けたという。
1981年に北区立赤羽台中学校1年6組の石森と冨永を中心とする中学の同級生で結成され、中学3年時に宮本が加入した（ギターとベース、女子のオルガンとマネージャー）。当初は6人編成であった。ディープ・パープル、レインボー、RCサクセションのコピーから始められた。翌年EastWestの地区予選に参加し、「デーデ」「やさしさ」等のオリジナル曲を演奏し、初ステージを踏む。新宿JAMなど」でライヴ活動を展開していた。1986年、冨永の高校時代の同級生だった高緑が加入し、現在のメンバーとなる。同年12月、CBS SONY SDオーディションに入賞。デビューのきっかけをつかみ、双啓舎と契約。デビュー前に行われたイベントでは、観客が拍手をしたり声援を送ったりすると、「うるせぇ！」などとボーカルの宮本浩次が観客に毒づく場面があり、来場していた観客も戸惑いを隠せなかった。イベントで共演したHOUND DOGからTシャツにサインを求められた際、ロゴマークを塗りつぶした挙句、「バカ」とサインしたうえ、ライターで火をつけて投げ返すなど、ステージの内外によらず傍若無人の振る舞いでデビュー後も異彩を放つことになる。これに関しては酔っ払っていたこともあり、後に宮本は謝罪を行ったという。
水橋高校ではフォワードとして活躍。同期の富山第一高校の柳沢敦とは全国高校サッカー選手権富山県大会の決勝でも対戦している。1年生の時から3年生までレギュラーとして国体に3回出場。高校卒業後、横浜フリューゲルスへ入団し、豊富な運動量を評価されボランチへとコンバートされた。1998年にはシドニーオリンピック代表候補にも選ばれた。フリューゲルス吸収合併後の横浜F・マリノスには加入せず、当時J2所属だったアルビレックス新潟へ移籍。2000年、より高いレベルでのプレーを望み大分トリニータに完全移籍。2001年より岡田武史監督の目にとまりコンサドーレ札幌に期限付き移籍、契約期限満了後の7月よりガンバ大阪に期限付き移籍。大分に復帰した2002年には数多くのポジションをこなしJ1昇格に大きく貢献した。その年、CM、時代劇、グラビアなどで活躍したタレントの日置由香と結婚。2004年のJOMOオールスターサッカーにも出場した。2005年、イビチャ・オシム監督率いるジェフユナイテッド市原・千葉に完全移籍、チーム初のナビスコカップ優勝を果たした。2006年恩師石崎信弘監督の下柏レイソルにレンタル移籍、レギュラーをつかむも怪我で半年間プレー出来ず2007年には故郷のチームであるYKK APに所属し、地元のチューリップテレビと契約、富山県からJリーグを目指しサッカー教室（スポ天）PASSIONで地元のサッカーを盛り上げた。ところが、楚輪博監督とサッカーの戦術で衝突。3年契約の1年で移籍を決意。自らシンガポールでトライアウトを受け外国人枠を勝ち取り、2008年からはシンガポールのバレスティア・カルサに移籍。バレスティア・カルサでは加入1年目ながらキャプテンを務めた。シンガポールの中でもACL,AFCに出場を目指し2009年よりゲイラン・ユナイテッドFCに移籍、リーグ戦、カップ戦全てに出場。シンガポールカップ優勝に大きく貢献、またその年シンガポールの外国人選抜にも選ばれ実力を高く評価され、2010年インドネシアスーパーリーガ・強豪ペルシワ、ワメナからのオファーを断り自分の最後の目標であるアメリカ・メジャーリーグサッカーに挑戦。プレシーズンまで参加するも契約に至らず現役引退を決意。現在西東京市田無にあるスポーツシーン、レナトにコーチとして所属スクール、ジュニアユースの監督をしている。都立富士高校などで指導にあたる