2015年7月29日、アフガニスタン大統領府と同国の情報機関・国家保安局は、オマルが2013年4月にパキスタンのカラチにある病院で死亡していたことが信頼できる情報に基づいて確認されたと発表した。アメリカ合衆国のホワイトハウス報道官のシュルツ副報道官も同日の記者会見で、アフガニスタン大統領府の発表に信憑性があり情報を分析中であると述べた。中国はオマルの死に最も動揺した国の1つとされる。2000年11月には非イスラム教国の外交官で初めて中国の駐パキスタン大使がオマルと面会をゆるされてオマルは新疆ウイグル自治区の過激派を支援しないことを約束していた。パキスタンメディアの報道によると、ターリバーン政権の元閣僚が、2013年春にオマルが肺結核で死亡しアフガニスタン国内で埋葬されたことを認めたという。またターリバーンは産経新聞の取材にもオマルの死亡を認めた。後継の指導者はアフタル・ムハンマド・マンスール。
オマルは寡黙な性格で、首長時代にもメディアへの露出も外交的な活動もなく、公式な写真は一枚もないが、身長が極めて高い（2mと言われる）とされる。2001年12月、カンダハールのオマルの自宅がアメリカ軍に爆撃されてオマルの息子が死亡した。ターリバーン政権崩壊でオマルは残余の兵士とともに逃亡し、その後は消息不明となった。一説には、アフガニスタンとパキスタンのパシュトゥーン人居住地帯を転々としながらアフガニスタンの親米政権に対する敵対行動を指揮しているといわれた。2004年4月、パキスタンのメディアがオマルとのインタビューに成功した。そこでオマルはビン・ラーディンとは連絡を取っていると語った。2006年初頭にアフガニスタン国軍により拘束されたターリバーンのムハマド・ハニーフ報道官の供述に拠れば、オマルは当時軍統合情報局（ISI）の保護下にあり、クエッタの安全な場所に滞在していたという。ハーミド・カルザイは「オマルの背後にはISIがいる」とパキスタンを非難していた。また、スタンリー・マクリスタルやデヴィッド・ペトレイアスらアメリカ軍高官は「イランのイスラム革命防衛隊がターリバーンの庇護に関与している」と度々イランを非難していた。2006年6月、アブー・ムスアブ・アッ＝ザルカーウィーがアメリカ軍の爆撃で死亡すると、オマルはザルカーウィーを殉教者と讃える声明を発表した。2009年11月、ワシントン・ポスト紙は「オマルの潜伏先がISIによってカラチに移された」と報じた。2011年1月、ワシントン・ポスト紙はCIA筋の情報として「オマルが心臓病を発症した」と報じるなど、オマルのパキスタン潜伏説が度々流れた。2011年5月、7月と死亡説が流れたが、ターリバーンのスポークスマンはこれを否定した。
2001年9月11日、アメリカ同時多発テロ事件が起こり、ビン・ラーディンがその最重要容疑者とみなされ、ターリバーンはまたもアメリカからその身柄の引渡しを要求されるが、オマルはこれも拒否した。このためターリバーンはNATOの攻撃対象とされ、NATO軍と北部同盟の攻撃により同年12月にターリバーン政権は崩壊した。
改修工事は2008年3月28日に始まり、受注したカナダ原子力公社は工期を18ヶ月としていた。しかし、工事はさまざまな技術的不具合、遅延や事件に見舞われることになった。例えば、2008年10月15日には重さ115トンのタービンローター2基（カナダ原子力公社の契約範囲外であるが、各々1,000万カナダドルもする高額部品）が輸送中にセントジョン港で艀から転落する事故が起きた。これは最終的にタービンローターを製作したシーメンス・カナダが事故は「重大な過失」によるものとしてJ.D.アーヴィング社を含む4社をオンタリオ州裁判所に提訴する事態になった。発電所の運転再開予定は何度も延期された。2009年1月には圧力管を撤去するための装置に不具合があるとして、完工が3ヶ月遅れると発表された。続いて、同年7月にはさらに4ヶ月遅れると発表された。2009年10月にはニューブランズウィック州エネルギー相のジャック・キアが運転再開が2011年2月になるとの見通しを示し、カナダ政府に工事期間中の代替電力を購入する費用の手当てを要請した。これは、ポイント・ルプロー原子力発電所が州の電力生産の25～30%にあたる4TWh/年を発電し、NBパワーの電力供給計画において戦略的に重要な位置を占めていたことと相まって、状況の混迷を深めることになった。それからわずか数週間後の2009年10月29日には、ポイント・ルプロー原子力発電所はイドロ・ケベックへのNBパワーの売却提案に含まれる資産の1つであると報道された。2010年3月24日にショーン・グラハム州首相は売却提案はハイドロ・ケベックが「予期せぬコストへの懸念」を示したことから失敗したと発表した。グラハム州首相の発表はアナリストらから取引失敗に対する批難を浴び、6ヶ月後に州選挙を控えた州の政局は困難を迎えることとなった。リークされた内部資料によると、NBパワーの売却提案および改修後の人員再配置案はポイント・ルプロー原子力発電所の作業員の士気に悪影響を及ぼし、安全に関する懸念を生じることになった。2009年1月から2010年6月までの間に、600件以上の労働災害が発生し、休業災害が7件、就業制限が13件、要治療の不休災害が32件にも上った。内部報告によると、遅延によるNBパワーの損失は毎月3,300万カナダドルに上り、そのうち「1,100万カナダドルが資本コスト、2,200万カナダドルが代替電力費と利息負担であった」。2010年10月9日にNBパワーはカナダ原子力公社が前年に設置した380本のカランドリア管をすべて取り外した上で再設置すると発表した。カランドリア管は燃料を装荷した圧力管を炉内に保持するもので、長さは約7.13メートルある。2010年6月30日付の内部報告によると問題は「おそらく以前の作業でクリーニングを行った際、管取付板の取付穴が損傷したものとみられる」。2010年10月の予測では、発電所の送電網への復列は当初予定から3年遅れの2012年秋になるとされた。結局、送電網への同期は2012年10月23日になり、同年11月23日に商業運転を再開した。