あまりに存在感のない地味な少女、小春原日和は何を思ってかお嬢様学校である私立姫乃宮女学院への受験を決める。日和と同じアパートに住む晴崎佑介は日和からお嬢様としての振る舞い方のレクチャーを頼まれ、アパートの住人たちと共に奮闘することになる。
デザインは山下いくとの手によるが、デザインモチーフは1968年の東宝怪獣映画『怪獣総進撃』に登場する宇宙船「ムーンライトSY-3」に『さらば宇宙戦艦ヤマト』に出てくる宇宙戦艦「アンドロメダ」を加えてある（艦首にある2基の開口部は拡散波動砲をモチーフとしたデザインになっている）。カラーリングは『マイティジャック』の万能戦艦マイティ号をイメージしている。なお山下いくとの当初デザインでは前進翼になっていたが「ムーンライトSY-3」は後退翼であり、総監督庵野秀明の趣味としてデザイン決定された（さらに遡ると、ムーンライトSY-3はサンダーバード1号をモデルにしている）。更にリボルバー式の小型艇射出機構は、特撮映画『惑星大戦争』の宇宙戦艦轟天号のオマージュである。『ナディア』36話後半はジャンたちがエレベーターに乗り込む場面から艦橋内の会話、空中戦艦の来襲、メインエンジン始動、偽装外壁剥離、主砲発射などほとんどの場面が『宇宙戦艦ヤマト』第2話と同じカット割りで構成されており、艦長の指示のセリフも同じである。主砲発射音も庵野のこだわりにより、ヤマトの効果担当から音源を借りてきて使用している。エクセリオンという名前は『トップをねらえ!』のヱクセリヲンと共通している。同作の「科学講座」によれば、（そちらの）ヱクセリヲンの属する第4世代の超光速大型宇宙船はエーテル流体力学によるデザインと大型バニシングモーターを装備したものとされる。第38回では日本語のラベル(「第二バリヤー回路」「星間物質」など)が表示された計器を見ることができる。
旧タルテソス王国跡において、ネオ・アトランティスのデウス・ウキス・マキナ級空中戦艦2隻の攻撃を受けながら進空、うち1隻を撃沈する。重力子爆弾の攻撃から逃れ、日本の静岡付近で非戦闘要員を退艦させた後、パリ上空でレッドノアとの決戦に臨む。戦場は衛星軌道上へ移り、Ν-ノーチラス号は大きな損傷をうけつつもレッドノア内部へ突入。ネオ皇帝の制御装置を破壊し、内部からの撃破に成功する。レッドノアは自我を取り戻したネオ皇帝によってブルーウォーターによる制御を解かれ、地球に落下していく。Ν-ノーチラス号は最後の力を使って離脱を図るも、船体のダメージは大きく、脱出中にレッドノア内部にて擱座。行動不能となり、共に大気圏に突入していった。ネモ船長は全乗員をレッドノア内に係留されていたヱルトリウム級宇宙船（潜水艦に改造される前のノーチラス号の同型艦）に移乗させた後、Ν-ノーチラス号の電源をスターターにヱルトリウム級宇宙船を起動。ネモは一人ブリッジに残り、主砲でナディアたちの脱出口を開いた。ヱルトリウム級宇宙船の脱出直後、レッドノアもろともΝ-ノーチラス号も大気圏上空にて爆散、艦と運命を共にした。
現在では航空機や船などの遠距離交通が発達し、また住居環境を調節する技術も発達しているが、安定的で確実な遠洋航海技術が発達する以前から、ヒトの分布はほぼ全世界にわたっている。人類の祖先はアフリカ中部に発生したものと考えられている。およそ10万年前リフトバレーを起点として、アフリカ大陸を出て、アジアへと渡り、その後ベーリング海峡を超え、アメリカ大陸へと広がった。ほぼ世界全土にヒトは離散していった。大陸と主要な島嶼のうち、ほぼ唯一の例外として、南極大陸には定着しなかった。また、最も遅く到達したのはニュージーランドではないかと考えられる。それ以外の地域においては、寒帯から熱帯にわたる極めて広範囲の分布域をもっていた。サル目は基本的に熱帯の動物であり、ヒト以外では日本列島本州のニホンザルが分布の北限であることを考えると、格段に広い。これは、ヒトが衣服や住居を用いて身を守る方法を発達させたためでもあるが、体の構造そのものも、寒冷な気候に対応できたためと考えられる。たとえば、ベルクマンの法則の通り、その大きい体は体温を維持するには有利である。尾がなく、耳殻が短くて厚いこともアレンの法則にかなっている。また、高く盛り上がった鼻は、鼻腔を長くすることで、冷気を暖めて肺へ流し込むことができるようにする、寒冷な気候への適応であるとの説もある。またヒトの形態学的多様性の原因を性淘汰に求める説も存在する。その一方で、発汗機能も非常に発達しており、暑熱への耐性もある事から、生活圏が非常に広くなったと考えられる。このような分布域の拡大に従って、形質も多様化したと考えられ、さまざまな変異が見られる。それらの主要なものを分類して、人種と名付けている。しかし、その区別や範囲が客観的に明確でないことが多い。また、どのような人種の間でも、生理的な意味における生殖的隔離は認められない。前述のように、現在の人類はすべてヒトという単一の種に属するものと考えられ、人種の差は種を分かつものとは見なされない。本項では「ヒト」を亜種としてホモ・サピエンス・サピエンスとして扱っているためモンゴロイド・コーカソイド・ネグロイドといった人種は、チワワ・プードル・セントバーナードのような他生物でいう品種相当として扱う。（もっとも人種が亜種段階の分化であるとする見解もある）このような広い分布域を持ちつつ、完全な種分化が起こっていないのは、他の動物には例が少ない(クマネズミ・ドブネズミなど、人間により広められた汎存種に例が見られる）。