以上のように、当寺の創建伝承については伝説的色彩が濃く、創建の正確な事情についてははっきりしない。園城寺（三井寺）の僧の伝記を集成した『寺門高僧記』所収の僧・行尊の三十三所巡礼記は、西国三十三所巡礼に関する最古の史料であるが、これによると、11世紀末頃に行尊が三十三所を巡礼した時は、三室戸寺は三十三番目、つまり最後の巡礼地であった。寺は康和年間（1099 - 1103年）、三井寺の僧隆明によって中興されたという。その後寛正年間（1460 - 1466年）の火災で伽藍を失い、再興されたものの、天正元年（1573年）には織田信長と争った足利義昭に加勢したため焼き討ちされる。現存する本堂は江戸時代後期の文化11年（1814年）に再建された。
寺伝によれば、宝亀元年（770年）光仁天皇の勅願により南都大安寺の僧行表が創建したものという。創建と本尊に関しては次のような伝承がある。天智天皇の孫にあたる白壁王（後の光仁天皇）は、毎夜宮中に達する金色の霊光の正体を知りたいと願い、右少弁（右少史とも）藤原犬養なる者に命じて、その光の元を尋ねさせた。犬養がその光を求めて宇治川の支流志津川の上流へたどり着くと、滝壺に身の丈二丈ばかりの千手観音像を見た。犬養が滝壺へ飛び込むと1枚の蓮弁（ハスの花びら）が流れてきて、それが一尺二寸の二臂の観音像に変じたという。光仁天皇がその観音像を安置し、行表を開山として創建したのが当寺の起こりで、当初は御室戸寺と称したという。その後、桓武天皇が二丈の観音像を造立、その胎内に先の一尺二寸の観音像を納めたという。
1960年（昭和35年）本荘市立本荘中学校を分割して本荘市立南中学校として設立された。南中学校設立とともに既設の本荘中学校は本荘市立北中学校へと改称されている。その後1977年（昭和52年）に本荘市立子吉中学校を統合、2005年（平成17年）の由利本荘市立本荘東中学校の新設に際し学区が見直され、一部を分割する形となった。同時に由利本荘市の発足にともない本荘市立南中学校から由利本荘市立本荘南中学校の現校名へと改称されている。2009年（平成21年）1月に現校舎が落成した。
1月12日未明、カムラン湾東方沖に達した第38任務部隊は、空母エンタープライズ、インディペンデンスから夜間偵察隊を発進させて第二遊撃部隊（日向、伊勢）を探したが、発見できなかった。第二遊撃部隊は1月7日にカムラン湾進出命令が取り消され（南西方面部隊電令作第7号）、主力はリンガ泊地に碇泊していたためであった。主目標の伊勢型戦艦2隻（日向、伊勢）を発見できなかった第38任務部隊は、やむなく輸送船などを代わりに攻撃することにした。ヒ86船団は、12日午前7時前にクイニョン湾を出港して北上していたが、午前9時頃に敵艦上機3機に発見された。第901海軍航空隊の戦闘機1機が船団上空を警戒していたが、撃墜されてしまった。午前10時に再び3機編隊の艦上機の接触を受けると、澁谷少将は、対空戦闘の準備を命じた。船団は輸送船を2列縦隊に組んで接岸航行し、沖側を香椎を先頭にした護衛艦で囲んだ戦闘隊形を構えた。午前11時06分頃から、第一波の艦上爆撃機16機による空襲が始まり、貨物船の余州丸が最初に炎上沈没した。貨物船の永万丸とタンカーの大津山丸は、いずれも機銃掃射を受けて舵が故障して衝突し、人力操舵に切り替えた。澁谷少将は午前中の空襲の被害を見て、万一の場合に備えて機密書類の処分を用意するよう船団全艦船に命令した。12時過ぎから第二波の空襲が始まり、同日18時頃まで延べ約150機の波状攻撃が続いた。主力は爆撃機で、一部は雷撃機だった。護衛艦艇・輸送船とも、弾薬が尽きるほど激しく対空砲火で応戦したが、夕刻までに輸送船は全滅した。まず、永万丸が爆弾3発の直撃を受けて12時20分に沈没。舵故障で落伍した大津山丸も大破炎上し、午後2時30分に海岸に擱座した。他の船も次々と被爆炎上し、ほとんどは沈没を免れるために自ら海岸に擱座した。タンカーのさんるいす丸が最後まで残ったが、対空砲弾が尽きて脱出不可能と判断し、午後4時に海岸に擱座。船体は午後5時頃からの約30機の爆撃で炎上した。護衛艦艇に対しても激しい攻撃が加えられ、旗艦香椎は魚雷1発と爆弾2発を受けて午後2時8分頃に後部弾薬庫に引火爆沈した。澁谷少将以下多数が戦死した。最後尾の第五十一号海防艦も、午後2時16分に爆弾の直撃を受けた際に爆雷が誘爆、瞬時に爆沈した（戦死159名）。第二十三号海防艦は行方不明で生存者が無く、沈没状況不明となっている。海防艦3隻（鵜来、大東、第二十七号海防艦）は、損傷しながらもスコールの陰などに退避して生き残った。ヒ86船団の16隻中13隻沈没という艦船の損害率は、ヒ船団中で最悪の事例となった。擱座した船にも徹底的に追撃が加えられ、10隻の輸送船は積荷・船体とも全損となった。ただし、沿岸で沈没したために船員の人的被害は比較的軽かった。