引退後もダイエーに籍を置き、1997年にロサンゼルス・ドジャースにコーチ留学。同年シーズン終了後の10月24日、ダイエー2軍監督に就任するが、翌1998年10月24日にわすが1年のみで事実上解任される。1999年から3年間はNHK、スポーツニッポンの野球解説者。2001年10月9日オリックス・ブルーウェーブ監督に就任。しかし、正式発表前にNHKにメジャーリーグのポストシーズン解説を依頼され、断るためやむなく就任を打ち明けたところ、『NHKニュース』で報道されることになり、こうなっては仕方がないと、スポニチにも監督打診の話を打ち明けた。これが「内部機密を外に漏らすようなやつは信用ならん」とオーナーの宮内義彦の不興を買い、石毛も反発して「この話、白紙に戻しましょうや」と応じた。結局NHKとスポニチに事前報道しないよう依頼し、いずれも自粛に応じた。最終的に監督就任は実現したが、2002年は球団では39年ぶり、オリックスでは初の最下位に終わった。翌2003年も開幕から低迷。20試合（7勝12敗1分け）を終了した4月23日に解任される。采配振りから監督としての資質が疑問視されたが、球団も積極的に補強を講じていないとして石毛に対する同情の声もあった。石毛によると、解任の引き金となったのは、新入団の外国人選手（ブラウン、オーティズ）が不振で、日本野球に慣れさせるため二軍に落としたことにあった。これが採用した球団社長の岡添裕への意趣返しと見なされ、解任されたという。2004年、株式会社IBLJを設立し代表取締役に就任、四国アイランドリーグ（現四国アイランドリーグplus）を設立。2007年3月10日、IBLJ代表取締役を退任し、コミッショナー専任となる。同年12月31日、四国アイランドリーグとの契約満了に伴い、リーグ運営から完全に撤退。ただし、同社設立時（単独で全額出資）から現在も主要株主の中に名を残している。コミッショナー退任について、自身のブログで「自分から言い出したものではなく、リーグ側で契約の更新を行わないと決めた」と説明した。2008年1月、愛媛マンダリンパイレーツのシニア・チームアドバイザーに就任。また、同年3月には関西独立リーグの構想を表明。2009年、関西独立リーグ発足後は最高顧問に就任した。しかし、同年5月に発覚したリーグから球団への分配金の未払問題に関連して、リーグ発足後はほとんど運営にタッチしていないことが報じられた。リーグ運営から撤退した株式会社ステラに代わる運営会社の代表に就任した木村竹志は、5月28日に開いた会議後の会見で、「（石毛との）関係には区切りが付いたと考えてもらっていい」と発言し、新会社発足後のリーグ運営に石毛が関与しないことを示唆し、石毛は最高顧問を辞任した。これに関して石毛は「オレは（リーグの）広告塔みたいな感じ（で参加した）」「（最高顧問なのに何もしてくれなかったという各球団の声に）立ち上げの前段階でいろいろやったのに、これまで礼もなければ報告も相談もなく、こうなってから『何もしてくれなかった』って言い方はない」と話す一方、「自分が悪者にされても、存続して（独立リーグが）広がってくれればいい」とも述べている。2009年、古巣の西武ライオンズが主催する『ライオンズ・クラシック2009』のエグゼクティブプロデューサーに就任するとともに、始球式にも登場。9月1日付で、地元・千葉県に本部を置く城西国際大学の客員教授に着任した。2010年12月7日、野球殿堂入り候補者名簿・プレーヤー部門に掲載された。2013年、FOX SPORTS ジャパンによるNPB試合中継への参入を受けて、同局のプロ野球中継・情報番組『BASEBALL CENTER』のアナリスト（専属解説者）に就任。その一方で、プロ野球経験者による学生野球の指導に必要な研修会を受講した。2014年、1月20日付で、日本学生野球協会から学生野球資格の回復を認定。6月1日からは、駒澤大学時代の石毛の2年後輩・染谷希一が監督を務める千葉商科大学付属高等学校硬式野球部で、非常勤のテクニカルアドバイザーとして部員を随時指導している。ちなみに、NPB球団の監督経験者が母校以外の高校で本格的に野球を指導するのは、石毛が初めてである。一方野球解説者としては2018年からは『サンデーモーニング』(TBSテレビ)のスポーツコーナー「週刊ご意見番」のコーナーに随時出演。西武OBとして2018年から文化放送のゲスト解説者として出演する傍ら、2019年8月22日は『テレ玉開局40周年記念ウィーク』としてスペシャルゲストとして出演。
ミズーリ州議会が1859年3月10日にカーター郡を創設したとき、ジムリ・A・カーターに因んでカーター郡と命名した。ジムリ・A・カーター（1794年-1870年）はサウスカロライナ州で生まれ、1807年、13歳のときに両親とミズーリに移った。カーター家は当初現在のウォーレン郡の地に入った。その後間もなくジムリ・A・カーターはミズーリ川とミシシッピ川を平底舟で移動する行商人の一隊に加わり、何年も家を離れた。その留守中に父親のベンジャミン・カーターが馬1頭、牛1頭と、当時ウェイン郡にあった広大な土地とを交換した。そこは後にヴァンビューレンの町ができる場所の南東約8マイル (13 km) にあった。ジムリが行商の旅から戻ると、その新しい土地で父親の農業を手伝い始めた（史料によっては早くて1812年、遅くとも1820年としている）。ジムリはミズーリ州南東部で最も影響力があり、また尊敬される者となり、カーター郡の創設に貢献し、一時期は郡政委員を務めた。カーター家の後を追って他の家族も移ってきた。チルトン、ケナード、スナイダー、ケリーの家族であり、カーター家と共に広大な原野を切り開いた。カーター郡はリプリー郡、シャノン郡、ウェイン郡の一部を合わせて造られた。1859年4月の第1月曜日、リプリー郡のアダム・レーン、レイノルズ郡のジョン・バルフォード、シャノン郡のD・C・リードという3人の男が、ジェイムズ・ブラウンの家で会して、新設カーター郡の郡庁舎を置く場所を選定した。かれらは1847年までリプリー郡の郡庁所在地だったヴァンビューレンの町を選んだ。カーター郡の設立当時、ミズーリ州議会におくる代表の選出ではリプリー郡に付設されていた。1853年にヴァンビューレンに建設された丸太小屋の郡庁舎は、1867年に木組み建築のものに置き換えられるまで使い続けられた。1864年、ウィリアム・ローソンがカーター郡から選出された初代ミズーリ州議会議員となり、1870年まで務めて、F・M・コールマンに引き継がれた。当初カーター郡はその全体が1つの選挙区であり、投票は全てヴァンビューレンの郡庁舎で行われた。1868年6月、郡政委員会は郡を2つの選挙区に分け、第1選挙区は郡の西半分で投票は郡庁舎で行うこと、第2選挙区は東半分で投票はブラッシー・クリーク中間支流の水源にあるジョン・カーナハンの家で行うこととした。製材業が隆盛を極めていた1895年、郡内には10の選挙区があった。1860年国勢調査では、郡の人口1,197人の自由人と、8人の所有者が持つ20人の奴隷がいた。1920年国勢調査では、人口7,482人とピークを迎えていた。その後人口は減少し、1970年には3,878人となっていた。2010年時点では6,265人となっている。