前述のように、三重や愛知に本部を置いていた、名古屋を中心に活動していた巨人応援団が事件や入場禁止などの処分を受けたために現存していた東京読売巨人軍応援団（東京・大阪・北海道）とGLOVE（広島・九州）は活動を自粛し、2004年（平成16年）以降の中日主催試合ではTOKYO BOYSなどの有志がメガホンや指笛などで応援をまとめ、2010年（平成22年）のクライマックス・シリーズファイナルステージがナゴヤドームで行われた際は、試合の重要さを鑑みて、“特例”として東京読売巨人軍応援団（東京・大阪・北海道）による応援活動が行なわれた。翌年の2011年（平成23年）ではマツダオールスターゲームのみ活動を行った。2012年（平成24年）4月17日からは応援が再開されることとなった。しかし新たに中部地区に応援団が出来るわけではなく、「東京・大阪・北海道が力を合わせて活動する」としている。これにより平成24年度以降は読売ジャイアンツ応援団・読売ジャイアンツ大阪応援団・読売ジャイアンツ応援団北海道・読売巨人軍応援団GLOVE（広島・九州）によって応援活動が先導される。
名古屋連合会（なごやれんごうかい）とは、かつて中京地区を拠点としていた応援団連合であるが暴力団関与などにより、2004年（平成16年）3月に暴力団排除対策委員会が球場への立入禁止を通告し、現在に至っている。
2002年（平成14年）、私設応援団外野自由席席取り事件を引き起こす。この事件は、東京ドームで行われる巨人主催試合の外野席は、10列目より前方を外野指定席、11列目より後方が自由席となっていたにもかかわらず、暴力団員からの依頼で当応援団の応援団員が球場の警備員と組んで40人分もの席取りを行い、常習ショバ屋行為の疑いで逮捕されるという事件であった。また、試合によっては、自由席のほとんどを占拠することも度々あった。この不祥事に対し、読売新聞東京本社広報部は「結果的に違法グループの横行を許したことを、主催者としてファンの皆さんにおわびします。2003年（平成15年）からは、外野席を全席指定とし、再発防止に万全を期すとともに、子どもからお年寄り、遠隔地の方にも安心してゲームを楽しんでいただけるよう、ファンサービスに取り組みます」とコメントした。また、この事件を受けて、東京ドームにおいて（事実上は他の球場も含め）は東京読売巨人軍応援団の系列団体及び読売巨人軍応援団GLOVE、後に設立された読売ジャイアンツ応援団のみ応援活動を許可されることとなり、当応援団は、巨人主催試合に対して、球場内への出入りを禁止されたため、現在は活動を行っていない。なお、中心メンバーの一部は、応援の舞台をサッカーに移し、日本代表や横浜F・マリノス、さらには運営会社からの依頼を受け（サクラ）新日本プロレスの応援にも参加している。現在、新日本プロレスの試合会場には、マリノスの応援チャントから引用された「魂込めて」や、千葉ロッテマリーンズで掲出された横断幕からの引用である「俺たちがついてるぜ」の文言の書かれた横断幕が掲出されている。
読売巨人軍応援団GLOVE（よみうりきょじんぐんおうえんだんぐろーぶ）とは広島と九州に団体がある私設応援団である。岡山の応援団は現在、活動を行なっていない。
2003年（平成15年）から東京ドームにて行われている巨人主催の試合やイベントにおいて、ジャイアンツの応援活動を行っている唯一の私設応援団であったが2010年（平成22年）12月27日、東京の男性団員1名が、チケットの不正転売を行い、その責任を取って東京の応援団は自主解散したと発表された。また他の東京団員20名も1年間の応援自粛を決めた。それにともない2011年（平成23年）より新たな私設応援団の読売ジャイアンツ応援団が発足したが、大阪と北海道の応援団はユニフォームを読売ジャイアンツ応援団に準じたものに変更した他は例年通り活動している。ただし東京読売巨人軍応援団大阪は2012年（平成24年）から「読売ジャイアンツ大阪応援団」に改称し読売ジャイアンツ応援団の系列になる為に、「東京読売巨人軍応援団」は「東京読売巨人軍応援団北海道」のみとなるので事実上、北海道の応援団となる。（後に「読売ジャイアンツ応援団北海道」に改称）
本ソフトには「A-LIFE」システムという人工生命（ライフゲーム）の要素がある。（ゲーム進行上のルールには一切影響しないおまけ的な要素である。）マップ上に存在する「ナイトピアン」というキャラクターの制御に用いられており、「ナイトピアン」は頭に天使の輪がかかったかわいらしいキャラクターとして表現され、マップの各所で生活をしている。プレイヤーが彼らに対してネガティブ（パラループで消滅させる）な行為をしたり、逆にポジティブ（ナイトメアンに襲われている彼らを助け出す）な行為をとったりすると、ナイツに対する感情に変化が生まれ、ゲーム中のBGMがリアルタイムで変化する。ナイトピアンにナイトメアンをドリルダッシュやタッチダッシュでぶつけたり、それでさらにナイトピアン同士がぶつかったりすると新しいタイプのナイトピアン（楽器を持っていたり歌を歌ったりするなど）が誕生することがある。マップ中にはまれに卵が存在することがあり、それをタッチして孵化を促すことで新しいナイトピアンを誕生させることもできる。ナイトピアンは「パラループ」で消滅させることもできるが、かなり悲痛な叫び声とともに消えるので、あまり気持ちの良いものとは言えない。ナイトピアンと直接干渉する機会はあまり多くなく、プレイしている最中に発生する突発的な出来事によって状況が変化することが多いため、どちらかというと彼らとの干渉はライフゲームに近い感覚である。この「A-LIFE」はドリームキャスト用ソフト「ソニックアドベンチャー」シリーズで「チャオ」という形になって導入されることとなるが、そちらはライフゲームというよりも育成ゲームに近い形であり、原型をとどめているとは言いがたい。『ファンタシースターオンライン』では、ある条件を満たすことにより「ナイトピアン」と「チャオ」の形をした防具を作ることができ、これらのキャラクターはソニックチームを代表するキャラクターにもなっている。続編の『ナイツ 〜星降る夜の物語〜』にも引き継がれたが、そちらでは要素の変化が発生してもBGMの進行に影響を及ぼすことはない。