4月、司馬倫は孫秀・右衛佽飛督閭和・梁王司馬肜・斉王司馬冏と共に司馬遹の仇を討つ事を大義名分として政変を決行し、恵帝の詔と称して近衛軍に傘下に入るよう命じ、さらに司馬冏に百人を率いて宮中に入らせた。賈謐は異変に気付いて逃げようとしたが、兵士に囲まれてその場で殺された。賈南風は捕らえられて庶人に落とされ、金墉城に監禁された。賈氏一族も尽く捕らえられた。数日後、司馬倫は偽の詔を発し、尚書劉弘に金屑酒（金粉入りの毒酒）を金墉城に届けさせ、賈南風を自害させた。また、司馬倫に恨まれていた重臣の張華と裴頠も殺害された。こうして賈氏一族の時代は終わりを告げた。
皇太子司馬遹の母は謝玖であり賈南風の実子では無かったので、賈南風はその存在を快く思っていなかった。だが、賈南風には男子が生まれなかったので、秘かに妹賈午の夫韓壽の赤子を宮中に入れると、これを自らの子として皇太子に立てようと目論んだ。賈南風が司馬遹を廃そうとしているのは朝廷では誰もが知る所であり、重臣たちの間では密かに賈南風の廃位が幾度も議論されたが、結局実行には移されなかった。299年12月、賈南風は司馬遹に酒を飲ませて酩酊状態に陥らせ、恵帝と賈皇后を廃するという内容の文章を書かせた。黄門令董猛がこの文章を恵帝に見せると、恵帝は司馬遹へ死を下賜すると宣言した。だが、重臣の張華と裴頠は文章の偽作を疑って頑なに反対し、賈南風も張華らへは一目置いていたので、ひとまず処刑を諦めて庶人に落とす事を決めた。300年1月、賈南風は宦官の一人に、司馬遹と謀反を図ったと嘘の発言をさせて自首させ、司馬遹を許昌宮に幽閉した。3月、かつて東宮（皇太子の住む宮殿）に仕えていた右衛督司馬雅・常従督許超は司馬遹復位を目論み、強大な兵権を握る趙王司馬倫に協力を要請した。司馬倫はこれを快諾したが、腹心の孫秀はあえてこの謀略を賈南風に漏らして司馬遹を殺害させ、これを大義名分として賈南風を廃して政権を掌握するよう勧めるとと、司馬倫は同意してこれを実行した。賈南風はこの謀略を伝え聞くと驚愕し、黄門孫慮に命じて司馬遹を殺害させた。
こうして、賈南風はその一族と共に天下を欲しいままにする様になり、近臣が重職に就くようになった。特に甥の賈謐・大伯父の郭彰の権勢は皇帝を凌ぐ程であり、当時の人は賈謐と郭彰を併せて『賈郭』と呼び従い、『後塵を拝す』という故事も度を越えた追従の様子から生まれたという。賈謐と郭彰の奢侈な様は、屋敷は臣下の身分を越えた豪華さであり、自宅で宴会を催すと国中から人が押し寄せる程であった。また、賈南風の淫虐は酷く、外で若い男を見つけると宮中に招き入れて行為に及び、事が済むと口封じの為に殺されたという。ただ、賈南風は政事については張華・裴頠・賈模といった人物に全て委ねており、彼らは賢臣であったので力を合わせて国政を大いに安定させる事に成功した。
1931年（昭和6年）秋：山階家の私邸内に山階鳥類研究所の前身である山階家鳥類標本館（東京府豊多摩郡渋谷町上渋谷（現在の東京都渋谷区南平台））を私費を投じて建設着工する。冷暖房がない時代であったので、2階の標本室が外の気温に直接影響されないよう、天井を2層にした（このため、東京大空襲の際も標本は無事であった）。1932年（昭和7年）春：山階家鳥類標本館の完成（建設費は当時の金額で5万円）。鉄筋コンクリート2階建て126坪（416平方メートル）で、1階が研究室と図書室、2階が標本室。完工後、約1年間湿気を抜いた。アジア・太平洋地域の鳥類標本収集を開始し、1933年（昭和8年）5月に山階家鳥類標本館開所式を行なった。春から標本類などを運び込む。山階家鳥類標本館の体制は、芳麿 館長（格）で、研究員には北大出身の山田信夫、飼育担当は妻の寿賀子と佐藤勇吉、佐久間英松の3人、標本・図書管理が日和三徳、標本採集のための嘱託が折居彪二郎であった。1942年：文部省から財団法人としての認可を得て、財団法人山階鳥類研究所を設立した。今日においても鳥類研究の機関として運営されている。1945年（昭和20年）3月10日：この日の空襲を含む「東京大空襲」において焼夷弾の直撃を10発うけるが2重の天井のため、炎上しなかった。ただし、天井にひびが入り、雨漏りがするようになった。1966年（昭和41年）、戦災のため雨漏りがするようになった2階を補修するため、天井の上に1階を継ぎ足し、3階建とした。1992年（平成4年）財団設立50周年を記念して山階芳麿賞が創設された。2009年（平成21年）5月1日現在の総裁は秋篠宮文仁親王。