小規模校は、こぢんまりした環境の中、マンツーマンに近い状態でじっくりと学力を伸ばす手作り感が強みである。しかし生徒数が少なすぎると、寺子屋式で複数の学年をまとめて指導することになり、学年別に分ければ全学生数に対して教室数が多く財政的な負担となる。しかしながら、特に開発途上国や小国の日本人駐在員が非常に少ない地域にある小規模な日本人学校は、土地柄公立や私立の現地校、インターナショナル・スクール、補習授業校、日系の塾など選択の幅が少ない中で、質の高い教育を与えてくれる貴重な存在である。日本人学校が無いため家族帯同ができなかった人が日本から家族を呼んだり、日本人学校へ通うために引越して来るケースもある。
日本人学校には小中一貫校教育、海外にいながら日本の小・中学校と同じ教育が受けられるという利点がある。大規模な日本人学校は企業駐在員や国家公務員、団体職員が多い地域の大国の大都市近郊にある。立派な施設を持ち、日本の学校の雰囲気そのままを味うことができる。しかし、土地柄公立や私立の現地校、インターナショナル・スクール、補習授業校、日系の塾など選択の幅が広く、近年は現地校やインターナショナルスクールなどに流れる生徒が以前に比べ増加している。
日本の景気や現地国の景気、現地国の政情の変化、日本企業の現地化の促進や進出企業の不振による現地拠点の閉鎖・撤退などが生徒数の激増・激減に直接影響するため、日本人学校の運営には先行き不安がついてまわる。現在は、中南米諸国やヨーロッパ諸国の比較的日本人が少ない都市などを中心に生徒減少の一途をたどるために、中には閉校という危機感を持つ学校も多い。さらに今後は、日本企業の現地化の促進や駐在員の若年化に伴う子女の低年齢化、晩婚化、少子化、単身赴任といった要因で子供数自体が減る恐れがある。なお、日本人学校は義務教育課程の学校であるが、通学範囲内に住む日本人に入学が義務づけられているわけではない。義務教育施設であっても公立学校ではない。そのため運営は私立校のようにアイディアを絞り、生き残り案を考えなくてはならない。生徒数を安定させるために、現地の日系企業に出向いて営業活動をしたり、現地国の学校教育法に基づく「国際部」や「○○部」（○○は現地国名）を設けて現地国籍の子供や日本国籍を持たない子供を入学させる学校もある。しかし、永住組や日本人以外の子供の入学は、日本人学校の多くが現地国の学校教育法に基づいていないために卒業後に現地の高等教育校に進めないケースが多く敬遠される事が多い上に、日本語能力のばらつきや学力レベルの低下につながるとして国際部開設に反対する保護者や教員もいる。また、外国籍を持つ子供の割合や人数が一定数を超えないよう調整したり、日本語テストの結果で入学を決定する学校もある。一方で、1990年代以降のシンガポールや中国、タイの日本人学校など、生徒が急増する学校では、質の良い教員と教室の確保が非常に難しい。増加・減少どちらにしろ、生徒数の変動が激しいことが悩みの種である。
時代は明治時代の中期、愛知県半田近隣の農村。初夏のある日、人力車夫の海蔵と牛ひきの利助は山道を連れだって歩いていた。喉の渇きを覚えた2人は、道を外れた山中にある湧き水へと向かう。ところが、2人が水を飲んでいる間に、道端の椿の木に繋いであった利助の牛が、椿の葉を食べつくしてしまう。そこへ地主が通りかかり、椿の木を台無しにしたとして利助はさんざん怒られる。利助と海蔵はしょげ返って、「湧き水がもう少し近くにあればなぁ」と言い合う。海蔵は井戸掘りの新五郎に会い、井戸を掘るのに必要な値段と、山道の椿の木の辺りで井戸が掘れるかを尋ねる。新五郎は、あの椿の辺りは水脈にも近いから水が出るだろうと請け合い、井戸掘りに必要な資金は資材や人足の給金も含めて30円は必要だと告げる。しかし、貧しい海蔵はとても30円を用意できない。利助が最近山林で大金を手にしたことを聞きつけた海蔵は、井戸堀りの費用を出してくれるように頼むが、断られる。次に海蔵は井戸掘り資金のために募金箱を椿の木に下げるが、誰も協力してくれない。自分でやるしかないと決意した海蔵は、人力引きの仕事の合間の楽しみだった駄菓子を食べるのもやめて貯蓄に励む。2年後。努力のかいあって、海蔵は井戸掘りには十分な額を貯めることができた。ところが、いざ井戸を掘ろうと地主を訪ねたところ、地主は重病で寝込んでいた。頑固な地主は苦しい息の中でも、海蔵に井戸掘りの許可を与えようとしない。落胆した海蔵が帰りかけた時、地主の息子が声をかけ、「父親は頑固で仕方がないが、もし自分の代になったら井戸を掘らせてあげよう」と約束する。海蔵は喜び、夕食の折に母親に「地主は病気であと二、三日で死ぬだろうから井戸が掘れる」と話す。それを聞いた母親は「人が死ぬのを望むのは悪いことだ」とたしなめる。海蔵は反省し、翌日に再び地主を訪ね、自分が地主の死を望んだことを詫びると同時に、他の土地を探すことにしたと告げる。それを聞いた地主は自身の頑固さを詫びると共に、海蔵の潔さと私心のなさを褒め、好きな場所に井戸を掘ることを許した。時が流れ、海蔵は日露戦争に召集された。出征祝いの行列が海蔵が掘らせた井戸にさしかかると子供が水を飲んでいた。海蔵は「俺も一杯飲んでいこうか」と、子供たちに続いて水を飲み、世のためになる仕事ができたと感慨に浸る。海蔵は日露戦争の花と散り、復員することはなかった。しかし彼が遺した仕事は昭和に入っても生きており、掘った井戸はその後も道を通る人の喉を潤し続けている。