1965年（昭和40年）5月15日農友会ワンダーフォーゲル部が奥秩父へ合宿に出発した。その際、強行を強いられた新入生が死亡する事故が起き、これが死のシゴキ事件として新聞に報じられた。事件発生直後から学内では学生集会やクラス討論会など連日行われ、騒ぎは拡大の一途をたどった。その騒ぎの中、学生会が中心となり「学園民主化委員会」が設立された。一方、クラス討論会においては「シゴキ」に関して賛否両論が激しく対立していた。結論が出ないまま、5月27日にワンゲル事件について大学当局からの報告会があったが、この報告会と新聞等の報道内容とはかなりの食い違いがあった。質疑打ち切りを強行した学校当局側と学生側との間で小競り合いが続き、不満を持った参加学生の圧倒的支持によって、直ちに学生大会が強行された。学生大会は5つの議題が決議されたが、6月2日の学生大会において第4議題として「応援団問題」が取り上げられた。この学生大会で一番問題にされたのは「応援団は暴力団」と公言されたことであった。更に、学生会中央委員会委員長より「応援団を全学組織か農友会所属のクラブにするかを全学投票により決めてはどうか」との提案があった。遂にこの事件は、応援団の存続問題にまで発展した。応援団を現状の全学組織で行うか、クラブ組織にするかの全学生投票が10日と11日に行われ、その開票が応援団幹部と学生会から各2名の立ち会いのもとで行われた。その開票結果は2114票対1337票。全学組織で続けることが決定された。昭和40年代前半は70年安保・学費値上げを問題として学生運動が全国に拡大し、学園紛争が勃発した。農大においても立て看板を連立する動きが目立った。応援団幹部を中心に一般学生有志をもって一志会を結成し学内の警備を強化し、定期巡回を開始した。その活動中に過激派との小競り合いが頻発し、幹部が負傷して入院するといった事件が起きた。
応援団解散と同時に新たに応援団結成準備会が出来、1950年（昭和25年）11月10日、全学生の支持を得て心機一転した応援団が再発足した。1953年（昭和28年）7月には楽器が購入され、ブラスバンドの練習が始まった。そして11月13日に五者管理委員会が開催され、ブラスバンド部を応援団の一部として正式に発足することとなった。1960年（昭和35年）6月25日、応援団幹部内で暴力事件が起き、活動即時停止処分を受け、団長以下4年生は幹部役員を辞任した。自治会は応援団の暴力事件を批判し、同時に全学組織を廃止し任意の部にしようと主張した。1961年（昭和36年）、三団体統一に関する草案が第4回自治委員会の議案に上程された。その内容は、「農友会に所属している体育団体と文化団体はそれぞれ体育連合会、文化連合会として自治中央執行部の下におく」「新聞部は独立する」「応援団は応援指導連合会として中央執行部の下におく」「生協は分離独立していること」であった。1962年（昭和37年）10月25日、大学側の回答は『農友会および応援団は大学の特別教育活動のための機関であり、学生団体ではないので、学生団体としてこれを統合あるいは脱退することは認めない』であった。その前年、東京都吹奏楽連盟が結成されたと同時にブラスバンド部が加盟し、吹奏楽部へ改名する。1963年（昭和38年）には連盟を脱退するが、翌年に再加盟している。
「作曲の経緯」で述べたように、「小ぶりの作品」のつもりが結果的に到底手軽に演じられるものではなくなったため、『トリスタンとイゾルデ』の上演機会はなかなか訪れなかった。1860年、ワーグナーは『タンホイザー』のパリ初演のためにフランスに滞在し、このとき『トリスタンとイゾルデ』上演の感触を探ろうとして、パリの演奏会で第1幕への前奏曲を取り上げた。しかし、この計画は失敗する。例えば、エクトル・ベルリオーズは前奏曲について、次のように述べた。「この作曲家がこれで何をしようとしていたのか、いまだにほんの少しでさえもわからないということを、私は告白せねばなりません」。ちなみに、同年初夏にはワーグナー信奉者であったヨーゼフ・シュトラウスもウィーンで『トリスタンとイゾルデ』の一部を演奏している。翌1861年、ワーグナーはバーデン大公国のフリードリヒ1世に謁見して上演の可能性を打診した。バーデン公国の首都カールスルーエの劇場は、ワーグナーのドレスデン時代から旧知の間柄であるエドゥアルト・ドゥヴリアン（俳優・演出家。デフリーントとも）が支配人をしていたからである。しかし、カールスルーエには主役を演じる歌手がおらず、ワーグナーは歌手を探すためにウィーンに向かう。ウィーンでは歌手は見つかったものの、ウィーン以外に歌手を出すことを劇場が渋ったため、今度はウィーンでの上演をめざすこととなり、ワーグナーはいったんウィーンに居を構えた。ところが、その後もトリスタン役の歌手が自信喪失したり、イゾルデ役に人間関係のトラブルが発生、ワーグナー自身も持ち前の浪費癖から借金を重ねてウィーンにいられなくなり、計77回ものリハーサルを重ねながら、上演は無期延期となってしまう。しかし、1864年5月、バイエルン王国のルートヴィヒ2世との出会いによって、ワーグナーに援助の手が差し伸べられ、ミュンヘンでの上演計画が前進する。なお、このときも当初は1865年5月15日を初演予定日としながら、イゾルデ役のマルヴィーネの声が出なくなったために延期となり、一ヶ月後の6月10日にようやく初演が実現した。全曲完成から6年後のことである。ミュンヘン初演では3回の上演が行われ、評判は上々だった。ただし、バイエルン王がワーグナーに莫大な資金を提供したことを快く思わない地元の新聞は酷評した。また、初演を指揮したハンス・フォン・ビューローの妻でフランツ・リストの娘コジマはワーグナーとこのころすでに実質的に夫婦の関係となっており、初演に先立つ4月には、ワーグナーとコジマの最初の子供、イゾルデが生まれていた。のちにワーグナーの名声が高まるとともに、『トリスタンとイゾルデ』の評判も各地に伝わり、1876年にベルリン、1882年ロンドン、1883年ウィーン、1886年ニューヨークと世界の主要都市で上演され、いずれも大成功を収めた。バイロイト音楽祭において『トリスタンとイゾルデ』が初めて上演されたのは1886年、ワーグナーが没して3年後のことである。日本初演は1963年10月で、日生劇場のこけら落としに招聘されたベルリン・ドイツ・オペラによる。指揮はロリン・マゼール、演出と装置はヴィーラント・ワーグナー。