1978年、『弦上的夢』、全国優秀短篇小説賞。1978年、『三生石』、1977—年1980年全国優秀中篇小説賞。散文集『丁香結』、全国優秀散文賞。
原籍は河南省唐河県で、1928年7月26日に北京市に生まれた。父親は哲学研究者の馮友蘭。中日戦争の時、父親馮友蘭に連れられ雲南省昆明市に引っ越す。南菁小学校と西南聯大附属中学卒業。1945年北京に帰り、翌年南開大学外文系に入学した。1948年に清華大学外文系に転入し。同年、処女作『A.K.C』は『大公報』掲載された。1951に卒業した後、中華人民共和国政務院宗教事務委員会に配属される。年底、中国文聯研究部に転職。1956年至1958年、『文芸報』の外国文学担当編輯となった。1957年、「百花斉放百家争鳴」の時、短編小説『紅豆』（『人民文学』第七期）を発表したことで、「右派分子」と批判され、1959年以降、河北省の農村で労働改造。1960年、『世界文学』編輯部に転職、編輯者の仕事に戻った。1962年に中国作家協会に加入し会員となった。1981年に外国文学研究所英米文学研究室へ移った。1982年には国際ペンクラブ中国ペンクラブセンターに加入。1984年に中国作家協会理事に選ばれた。
プロ1年目の2000年は全てリリーフで31試合に登板。4月29日の対読売ジャイアンツ戦でプロ初勝利を挙げた。2001年は開幕前に山部太、高木晃次が相次いで故障したこともあって先発に転向する。開幕から先発ローテーションに定着した。6月17日の対広島東洋カープ戦で初完封勝利を挙げる。その後も好調を維持した。初めて規定投球回に到達し、最多勝利のタイトルを獲得。ベストナインにも選ばれた。5月22日の対巨人戦において、ヤクルトが8対1と大量リードして迎えた9回表二死三塁の場面で遊ゴロを打ち全力疾走した。その後、9回裏のマウンドに上がった藤井は巨人ベンチから野次を浴び涙ぐんだ。この回には先頭の江藤智にソロホームランを打たれ、その後の松井秀喜、清原和博、高橋由伸に3連続死四球を与えるなどして降板、試合はヤクルトが勝ったものの、藤井はヒーローインタビューを拒否した。この件については、大学時代から交友関係にある乙武洋匡に「ルールを知らなくてさ」と涙ながらに漏らしている。藤井はこの出来事から16年後、2017年11月26日放送の「中居正広のプロ野球珍プレー好プレー大賞2017」に出演。この番組で野次の一件が取り上げられ、司会の中居正広は、ゲストで出演していた元巨人の元木大介を「（野次を飛ばした）犯人だね！」と指摘した。2002年から背番号を23から18に変更。開幕投手を務めた。この年も2ケタ勝利を挙げ、11月の日米野球では2試合に登板し打者28人に対して5安打自責点1（1敗）の成績を残す。2003年は開幕前から左肘の違和感を訴え、4月2日の対中日ドラゴンズ戦で先発登板したものの3回途中で降板、翌日に左肘内側側副靭帯断裂が判明した。高校・大学時代は周辺の筋肉を鍛えることで克服してきたが、3度目となる故障で手術に踏み切り、この年は1試合の登板に終わった。2004年4月28日に交通事故で頸椎を捻挫するが、5月26日の対中日戦で420日ぶりの登板。6月30日には復帰後初の勝ち星を挙げるが、8月19日に左膝靭帯を損傷し登録抹消。15試合に登板したが4勝6敗・防御率5.51と復活したとは言い難い成績だった。オフには扁桃腺除去手術を受けた。2005年4月6日の対中日戦で14奪三振を奪う好投を見せた。5月5日の対中日戦では、タイロン・ウッズに顔付近へ投球したためウッズが抗議したが、藤井が両手を横に広げ当ててないだろう?とジェスチャー、激高したウッズに右頬を殴打されて軽症を負った。藤井には舌を出す癖があり、これをウッズが挑発と誤解したことが暴行の原因とされている（ウッズは退場処分）。後年、この件に関してウッズと藤井は和解している。前半戦は防御率・奪三振でリーグトップを独走するが、白星に恵まれなかった。監督推薦で出場したオールスターでは第1戦に登板、打者12人に対して6安打自責点4の成績だった。しかし9月だけで防御率を1点以上悪化させ大きく失速、3年ぶりの規定投球回到達及び2桁勝利を上げたがタイトルは獲得できなかった2006年4月16日の対中日戦（松山坊っちゃんスタジアム）で地元初勝利を飾ったが、勝ち負け数が並んだまま、8月10日に不振のため二軍落ちとなった。この年は規定投球回を満たせず7勝に終わった。2007年7月4日の対阪神タイガース戦でプロ通算50勝を挙げるが、2年連続で規定投球回不足で7勝に終わり防御率5.05など自己ワーストに迫る成績に終わった。メジャーリーグ志向が強いことと、若手の積極起用の構想から、2008年1月11日に川島慶三・橋本義隆・押本健彦とのトレードで坂元弥太郎・三木肇とともに北海道日本ハムファイターズへ移籍。背番号はヤクルト時代と同じ18。