2005年（平成17年）のダイヤ改正で水野駅と瀬戸市役所前駅が急行停車駅となったため、急行と準急では印場駅と旭前駅に停車するか否かの違いしかない。曲線区間が多いことなどから、急行といえども平常ダイヤ時の実質的な最高速度は尼ヶ坂駅 - 大曽根駅間、守山自衛隊前駅 - 小幡駅間、印場駅 - 尾張旭駅間と三郷駅 - 水野駅間で85 km/h程度である。停車駅が増えているが、車両性能が向上しているため全区間の所要時間は30分前後と、600 V時代の1966年（昭和41年）から1977年（昭和52年）に運行されていた特急からほとんど変わっていない。栄町乗り入れからしばらくは、普通を栄町駅 - 喜多山駅間の区間運用とし、急行停車駅を除き、名古屋市内の駅は普通、尾張旭・瀬戸両市内の駅は準急という運用が行われていた。1990年（平成2年）から2005年（平成17年）までの間、瀬戸線は名鉄で唯一準急が走る路線だった。名古屋本線などとは異なり、瀬戸線内で急行や準急の特別停車や臨時停車は行われていない。下りは2016年以降喜多山駅で緩急接続が可能であるが、通常は行われない。
平日の朝は、栄町方面の朝7時から8時までにおいては、尾張旭駅 - 栄町駅間は、最短運転時隔で3分、その他は4分間隔で走る高密度ダイヤになっている。待避設備がないこともあって、栄町方面には、急行などの優等列車が設定できず、普通のみの運用となっている。尾張瀬戸方面は準急と普通が交互に走り、普通の大半と準急1本が尾張旭折り返しになる。昼間時間帯では、平日・休日問わず毎時急行2本、準急2本、普通が4本ある。普通4本のうち2本が尾張旭駅折り返しで、急行と尾張旭駅で連絡する。平日の夕ラッシュ時間帯にはすべての列車が栄町駅 - 尾張瀬戸駅間の通し運転となり、優等列車の種別が、尾張瀬戸方面はすべて準急、栄町方面はすべて急行となる。平日夜間21時以降と休日夜間19時以降は、一部を除いて普通のみの運用となっている。この時間帯は尾張瀬戸駅発の回送列車も尾張旭駅または喜多山駅まで数本運行されている。栄町駅 - 喜多山駅間の区間列車はかつて数多くあったが、検車区が尾張旭に移転した後の現在は平日の朝8時台に1本と最終列車に限られたものとなっている。
名古屋市が市内の路面電車を買収し名古屋市電気局による全面市営化を進めていた1921年（大正10年）4月13日、軌道法による軌道から地方鉄道法による鉄道に変更した。これに伴い、従来あった停留場を整理し、計29駅として整備した。また、全線で複線化が進められ、1929年（昭和4年）12月には全線が複線化された。このように、輸送力の増強と設備の近代化が図られていった。開業以来、貨物輸送が収入の大きな割合を占めていたため、沿線の好況は瀬戸線の増収に結びついていった。しかし、瀬戸市内の国鉄バス（岡多線）や瀬戸街道の民営バスなど沿線へのバス路線の拡張や昭和恐慌による瀬戸の窯業の不況のあおりなどを受けて、業績は急速に悪化した。日中戦争の長期化による鉄道輸送統制強化として国の陸上交通事業調整法の制定や行政指導もあって、名岐鉄道と愛知電気鉄道の合併による1935年（昭和10年）名古屋鉄道の誕生と機を一にして、1939年（昭和14年）、瀬戸電気鉄道は名古屋鉄道と合併し、同社の瀬戸線となった。第二次世界大戦中には、運行効率を上げるため、多くの駅が休止または廃止に追い込まれた。また、瀬戸市内の愛知航空機への工員輸送の強化を目的として、終戦直前の1945年（昭和20年）8月13日に森下駅付近を通る市電高岳線に乗り入れ、名古屋駅 - 尾張瀬戸駅間の直通運転が検討された。だが同月25日の運転開始を前に終戦を迎えたため未実施に終わった。
1916年には創立15周年記念として、同窓会・清友会の運営により、私立大阪技芸女学校が東区清水谷東之町で開校している。大阪技芸女学校は1921年に清友会の運営から離れ、設置者や校地の変遷を経て現在の神戸第一高等学校（兵庫県神戸市中央区）へとつながっている。1924年には鉄筋コンクリート校舎への改築を実施している。玉造警察署の移転地として学校敷地の一部を割くことになり、創立以来の校舎の老朽化も相まって、中層の鉄筋コンクリート校舎として改築することになった。1929年には昭和天皇即位記念として、南河内郡恵我村（現在の松原市）に郊外農園を開設した。農園は1938年に中河内郡八尾町大字山本字東通南3丁目（現在の八尾市山本地区）に移転した。しかし山本の農園は大阪電気軌道（現在の近畿日本鉄道）から鉄道の引込線用地として譲ってほしいと要請がきた。代替地として中河内郡曙川村大字柏村（現在の八尾市柏村町）の土地が提供され、1942年に曙川村に移転した。郊外農園敷地はのちに清友幼稚園となっている。1941年には紀元2600年記念事業および創立40周年記念事業として、同窓会・清友会により私立清友学園高等女学校（のちの大阪府立清友高等学校）が設置されている。太平洋戦争に伴い1938年以降生徒の勤労作業がおこなわれるようになり、1944年には3年生以上の生徒が枚方造兵廠へと通年動員された。1945年6月1日の第二次大阪大空襲では校舎や講堂・倉庫を焼失した。この空襲では、校内にいた職員1名と生徒4名が死亡するなどの人的被害も受けている。同年6月15日の第四次大阪大空襲でも校舎に焼夷弾が落下して出火しているが、このときは人的被害はなかった。