新作アルバムを発表した直後には必ずアルバムプロモーションのツアーを行っていたが、『COYOTE』リリース後に同作品を主体にしたツアーは行われず、2008年1月から3月までThe Hobo King Bandと共に全国22カ所を回るツアー「Sweet Soul Blue Beat」が行われた。最近では演奏されなくなっていた80年代のレア曲やライブ定番曲、そしてThe Hobo King Band結成以降の楽曲から構成され、いずれの公演も3時間にも及ぶステージが展開された。一方、母校である立教大学の文学部客員講師として、詩作などに関する講義「文学講義412〜詩創作論2〜」を受け持つ。この活動は現在も形を変えて続けられており、70年代から活躍する国内のソングライターを招いて、それぞれの創作の核心に迫るというオープン講座が定期的に開催されている。2009年3月31日には、佐野元春の主たる活動のひとつであるラジオDJがNHK-FMで復活。かつての「サウンドストリート」時代のサブタイトルであった「元春レイディオ・ショー」と銘打たれた音楽番組は、「サウンドストリート」時代から数えて実に22年ぶりとなる。2009年7月から9月,2010年7月から9月にかけては、NHK Eテレにおいて、毎回ソングライターたちをゲストに招いて、主に「歌詞」についてトークしていくテレビ番組『佐野元春のザ・ソングライターズ』を企画・出演。
2003年には、デビュー以来所属していたレーベル、エピックレコードジャパンの25周年記念イベント「LIVE EPIC 25」に参加するも、CCCD問題などでレーベルと対立が発生。翌年2004年6月にはエピックレコードを離れ、自主レーベル「Daisy Music」を発足する。原盤制作および管理は自主レーベルで行い、宣伝と流通はメジャーレコード会社に委託するという、世界的に進むアーティスト主体のメジャーインディペンデントな考えを実践したレーベル形態となっている。2004年7月21日にはデイジーミュージックからの第一弾アルバムとなる『THE SUN』が、4年半ぶりの新譜としてリリースされる。曲毎にさまざまな人物の視点で描かれた短編集のような作りになっている。そしてそれらはすべて「2004年の日本」を生きる人々の歌であり、自由の追求、「連帯」がもつ陰と陽の部分、そして夢を見る力をもつことの尊さが歌われている。2004年10月から2005年にかけて全国30公演で行われた「THE SUN TOUR 2004-2005」を行う。二部構成のステージとなったこのツアーは、The Hobo King Bandに古田たかし（Dr.）と山本拓夫（Sax）が加わったことで、一部の佐野元春クラシックではThe Heartland時代からお馴染みのライブアレンジが次々と再現され、続く第二部ではアルバム『THE SUN』がディテールを含めてライブで再現された。スィングしながら縦横無尽に演奏を繰り広げるジャムバンド的な側面も色濃くなり、現在まで続くThe Hobo King Bandのバンドサウンドが確立されたツアーとなった。2005年夏には「ap bank fes '05」や埼玉県狭山市で開催された「ハイド・パーク・ミュージック・フェスティバル2005」など音楽フェスティバルに意欲的に参加。また、この年に日本上陸となったiTunes Storeへ、インディペンデントレーベルとして最初の参加表明をするなど、インターネット時代のレーベルとしてその基盤を着実に整備していった。
2001年、21世紀最初の作品となるべく新作のレコーディングをThe Hobo King Bandとスタートする。バンドにはザ・ハートランド時代からの旧友、古田たかしがドラムで参加。サックスに山本拓夫が参加。レコーディングの模様は逐一「Moto's Web Server」でレポートされていった。2001年3月、坂本龍一の呼びかけの元、地雷廃絶を訴えるキャンペーンに参加し、TBS50周年特別企画番組「地雷ZERO 21世紀最初の祈り」に出演。坂本龍一による地雷除去のためのチャリティーソングZERO LANDMINEの制作にも参加する。9月11日、アメリカ同時多発テロを受け、すぐさま「光 - The Light」を書き下ろす。祈りと慈悲と癒しが交差するこの曲は、プライベートスタジオで多重録音され、ラフミックス後すぐにMoto's Web ServerからMP3無料ダウンロードでネット配信された。この動きに異を唱えた所属レコード会社との交渉の末、9月18日〜30日までの期間限定配信となったが、一週間で約10万ダウンロードされることとなった。9月21・22日には、井上鑑らとスポークンワーズライブ「In Motion 2001-植民地の夜は更けて」を鎌倉芸術館で行う。そのとき、観客を前に「光」を演奏した。
2007年9月にFCWに登場後、2008年からスマックダウン、ECW、ロウに登場している。当初はブリーのみが先行してシングルプレーヤーとして参戦していた。のちにニッキーもブリーと不正交代する役回りで登場し、それ以降ベラ・ツインズとして活動を開始している。NXTのシーズン3でジェイミーのプロとして登場。男性の王者に二人で言い寄って取り合ったり、喧嘩もするがすぐに仲直りをする等のアングルを繰り返して行っていたが、2012年5月、WWEから離脱。2013年3月、ローデス・スカラーズの仲間として復帰した。9月にブリーがダニエル・ブライアンと婚約したことが発表されてから、自然とベビーターンを果たし、ディーバ王者であるAJ・リーと抗争を始める。2014年4月、ブリーはダニエル・ブライアンとアリゾナ州セドナで結婚式をあげた。同年6月、ブライアンが上層部によってWWE・世界ヘビー級王座を明け渡さなければブリーが解雇されると言う条件を突き付けられた際、ブリーは自ら退団（これ自体はストーリー上のアングル）、さらにステファニー・マクマホンにビンタを食らわせる行動に出たことで、ステファニーは残ったニッキーを目の敵にし、ハンデ戦やヒールのディーヴァを使って暴行を加えるなど非道な扱いをした。それにより、抗争が激化。ブリーがサマースラムでステファニーと試合をすることになったが、ここでニッキーがブリーを裏切り一人だけヒールターンする。理由は、ブリーが自身を見捨てたことで不利な立場になったことや、子供の頃から自分だけ損をしていたということを語っている。その後の抗争により、10月のヘル・イン・ア・セルにて、敗者が勝者の奴隷となる条件を付けて試合を行い、ニッキーが勝利。身の回りの世話や試合中の乱入などをブリーに行わせ、11月のサバイバー・シリーズにおいてAJ・リーの所持するディーヴァ王座にてニッキーが挑戦。ブリーがいきなりAJにキスをしたところでニッキーが不意打ちをくらわせ、そのまま勝利を収めたことで王座を獲得。ブリーも笑顔を浮かべていた。