モックアップ公開後、航空機メーカーの業界団体による設計組合的な輸送機設計研究協会から官民共同の特殊法人として日本航空機製造（日航製、NAMC）を1959年（昭和34年）6月1日に設立し、輸研は解散した。資本金を5億円とし、政府が3億円、民間からの出資は2億円であった。初代社長には輸研理事長の荘田康蔵が就任した。民間分の出資は輸研に参加した機体メーカー6社と材料・部品メーカーに加え、新たに商社、金融機関が出資した。日航製は輸研の残留スタッフの30名と、出資各社からの出向者に役員13名の総勢125名で発足した。「五人のサムライ」は実機製作には携わらないと宣言したため、1960年（昭和35年）からの実機製作は三菱から技術部長として出向してきた東條輝雄に任せられた。東條は父親で陸軍大臣や首相を歴任した東條英機の勧めで、軍人ではなく技術者を目指し、かつて堀越の元で「零戦」の設計にも携わっていた。設計部は、1.庶務及び設計管理、2.全体計画（空力、性能、基礎研究）、3.胴体構造、客席艤装、胴体強度、4.主翼、エンジンナセル、エンジン艤装、燃料供給装置、5.尾翼、脚、油圧、6.電気、無線、計器、与圧、防水、客室艤装の各6班に分かれて分担した。日航製は設計開発、生産管理、品質管理、販売、プロダクトサポートを行い、生産は機体メーカー各社が分担し、最終組立は三菱重工業が行うこととした。中型輸送機開発を正式に決定すると、アメリカのコンベアや、オランダのフォッカー、イギリスのBACなどの欧米航空機メーカーが、自社との共同開発、もしくは自社機のライセンス生産への参画、つまり独自開発の計画中止を求めて殺到した。これらの企業はみなDC-3の後継となる機体の開発計画を持っており、競合機種が増えることを望まなかったからである。特にフォッカーは自社のF27 フレンドシップと日本の機体の規模が競合するためしつこく食い下がってきたが、通産省はこれらをすべて一蹴した。設計・各種計算には、富士通のリレー式計算機FACOM 128B等が使われた。FACOM 128Bは同型機が現在、富士通沼津工場の池田敏雄記念室に展示・動態保存されている。同様の計算機の動態保存機としては世界最古である。
ジャパンの上昇ムードに水を差す形となったのが、ジャパンの経営を巡る内部対立であった。ジャパン内部は運営部、興行部、芸能部、グッズ販売部と分割されていたが、このうちの興行部門が赤字続きで、日本テレビからの肖像権料などにより補填されている状況で、また会社ビル自体も竹田会長の所有物であったことから、会社から賃料が発生していた事象などに対し、選手側の経営陣に対する不満が噴出。選手側と経営陣側に亀裂が生じつつあった。1987年2月、長州は「'87エキサイト・シリーズ」を開幕戦から欠場。3月23日、長州はジャパンプロレスで記者会見を行い、全日本との契約を解除して独立する方針を表明。この会見は所属選手や社員の総意ではなく、長州の一方的な会見であったため、全日本の馬場は激怒した。契約解除に関して、長州は「3月一杯で切れる全日本との契約を更新しなかった」と語っているが、馬場は「まだ契約は残っていた」と語っており、双方に認識の相違があった。ジャパンについては、全日本との契約のみならともかく、テレビ中継していた日本テレビとの肖像権などの権利問題の契約が残っていた。全日本の大株主でもあった日本テレビと全日本は、一番関係の強かった時期であり、全日本の社長を始め役員も、日本テレビ社員が出向で就任していたほか、社員にも日本テレビ出身者が多く在籍していた。裏切りや契約には厳しかったと言われる馬場にしてみれば、日本テレビに大きな迷惑がかかるとして、長州の勝手な行動に激怒したとされる。加えて長州はPWFヘビー級王者だったが、手首のガングリオン（仮病との説が有力）を理由に、シリーズ全戦の欠場を明言しており、この件についても、デビュー以来3000試合無欠場の記録を持ち、「ポスターに出ている以上は試合に出るのがトップ選手の務め」との信念を持つ馬場からすれば、許し難い行動であった。内部でも完全独立に反対する竹田会長や谷津、永源らとも対立して、ジャパン内部の混乱を露呈。この混乱の最中である3月25日、新日本の大阪大会で猪木と対戦するマサ斎藤の代理人として、長州が調印式に登場する事態となり、さらには28日には全日本の後楽園ホール大会への出場を巡り、長州、小林らが出場を拒否し、本社ビルへ籠城する事態が発生。最終的には30日に竹田会長、大塚副会長らが長州のジャパン追放を発表し、事実上崩壊した。追放された長州は新日本に出戻った。他の選手も全日本に残留する者、新日本に再び戻る者に分裂した。斎藤、小林、保永、マシーン、ヒロらは新日本に戻り、ユニット「ニュー維新軍」を結成して参戦。その一方で寺西、永源、栗栖、谷津、仲野は全日本に残留。全日本に残った谷津は鶴田とタッグチーム「五輪コンビ」を組み、永源はタニマチとの顔の広さを馬場から買われ、営業を任される重要なポストに就くことになる。また浜口、カーンらはいずれにも加わらず、これをきっかけに引退することになった。一説には、この分裂劇は2枚看板のうちの1枚が離脱してUWFとの提携も円滑に行かず、興行も苦しかった新日本の打開策として、猪木が長州に「帰ってきてくれ」と頼み込んだとする説がある。しかし、当時の新日本役員で後に社長となる坂口征二は、馬場との信頼関係を築いていたことを考えると、真実は謎であると言わざるを得ない。ただし、後年になって長州は、新日本からジャパンよりも高額な報酬を提示されたことで復帰を決意したことを、暗に認める発言をしている。裏切りで始まり、裏切りで終わった形になってしまったジャパンは、マスコミを中心に非難された。その十数年後、再び長州は新日本を離脱してWJプロレスを設立したものの、ジャパンでの教訓が生かされることはなくすぐさま経営難に陥り、SPWFとして団体の運営経験のある谷津からは痛烈に批判された上に、師匠格のマサや、長州の子飼いであった佐々木健介らの離脱及び関係悪化を招き、短期間で崩壊する結果となった。