7月12日の朝より、セルビア人兵士は、避難民の中から男性を集めて複数個所に分散拘留し始めた。避難民が北のボスニア政府支配地域へ向かうバスへ乗車を始めると、乗り込もうとしていた従軍可能年齢の男性をむりやり引き離した。時には年少者や高齢者も引き離しの対象となった。この男性らは「ホワイト・ハウス」と呼ばれていた建物に連れて行かれた。早くも1995年7月12日夕方には、オランダ軍のフランケン（Franken）少佐は、ボスニア側への難民引渡しの場所であったクラダニ（Kladanj）に到着した人の中に、男性が一人もいないことを聞かされた。1995年7月13日、オランダ軍部隊は、隔離された男性をセルビア人兵士が殺害している明らかな形跡を目撃した。たとえばファーセン（Vaasen）伍長によると、2人のセルビア人兵士が1人の男性を「ホワイト・ハウス」の裏へと連れて行く姿を目撃した。その後銃声が聞こえ、2人のセルビア人兵士だけが戻ってきた。別のオランダ軍士官もセルビア人兵士が非武装の男性の頭を一撃で打ち抜くのを目撃したほか、午後中、1時間あたり20から40回の銃声を耳にした。複数の男性が「ホワイト・ハウス」の裏へ連行され戻って来ていないという兵士からの報告を受けてスレブレニツァ地域の国連軍事監視団（United Nations Military Observer; UNMO）のヨーセフ・キンゴリ（Joseph Kingori）大佐は調査に向かった。現場に近付いた大佐は銃声を聞いたが、セルビア人兵士によって止められ、何が起きているかは確認できなかった。処刑の一部は夜間にアーク灯の明かりの下で行われ、工事用のブルドーザーによって遺体はまとめて遺棄された。フランスの警察官ジャン＝ルネ・リュ（Jean-René Ruez）がボシュニャク人から集めた証拠によると、被害者の一部は生きたまま埋められた。また、セルビア人兵士たちは難民を好きなように虐待・殺害し、道路には遺体が散乱していた。難民たちの一部は、鼻や唇、耳をそぎ落とされるのを逃れるために自殺を図り、また大人たちは彼らの子どもが殺害されるのをなすすべなく見守るしかなかった。
1995年7月12日、日があけて時間がたつにつれ、スルプスカ共和国軍が家屋や干草に放火している姿が、難民の集まっている国連施設からも確認できた。午後の間、セルビア人兵士は群集の中に入り込み、男性に対する即決処刑を繰り返した。ある証人は、7月12日の午前遅くに、ポトチャリの運送施設の裏のトラクターのような機械の隣に、20体から30体ほどの遺体が積み上げられていたのを目撃したことを証言している。別の証人は、ポトチャリに集まった避難民の中でセルビア人兵士が子供をナイフで殺害する姿を目撃したとしている。この証人はさらに、セルビア人兵士が亜鉛工場の裏で100人以上のボシュニャク人男性を処刑し、その遺体をトラックに載せていたとしている。しかし、別の証拠によると、ポトチャリでの殺害は散発的なものであった可能性が示唆されている。セルビア人兵士らは難民の群集のなかから人を連れ出してはどこかへ連れ去っていた。ある証人は、夜間に幼い子供と10代の兄2人がセルビア人に連れて行かれた様子を証言している。少年らの母親が彼らを探しに行ったところ、咽喉を切られた姿で見つけたという。その夜、オランダ部隊の衛生兵は、2人のセルビア人が少女を強姦していたと証言している。ある生存者によると、平和維持活動中でありながらこの状況に対して何もすることができずにいるオランダ人国連軍兵士のすぐそばで、子どもの断首、女性の強姦が行われていたと述べている。この人物によると、あるセルビア人兵士が子供の母親に対して、子供を泣き止ませるよう命じた。子供がその後も泣き続けると、セルビア人兵士は子供を取り上げて咽喉を切り、笑ったという。強姦や殺人の話は群集の間に広まり、彼らの恐怖を一層激化させた。難民の中には、恐怖のあまりに首をつって自殺を図る者もいた。
従来、医師国家試験に合格した医師は、大学医局に研修医として所属することが多かった。そして、医局は集まった研修医を教育した後に人事権を把握している系列の地方の基幹病院に半強制的に派遣し、不本意ながら派遣された医師が往々にして地域医療を支えていた。この医局管理は地域医療の維持には有効であったが、行政側からは大学医局が病院の人事権を盾に好きなことをしているとしているとして、新聞や雑誌で「日本の医療改革には医局解体が必要」という意見が根強く存在していた。1998年、関西医科大学研修医過労死事件を発端に研修医の立場見直し論が浮上し、厚労省の医師臨床研修検討部会での検討により2004年度からの初期臨床研修義務化が実施され、市中の総合病院でも研修医の初期研修ができるようになった。大学病院は、元々雑用ばかりで待遇の悪かったので研修医は激減した。医師数が減少してしまった大学医局は、系列の地方の病院に派遣していた医師を引き上げざるを得なくなり、また新たに地方病院に医師を半強制的に派遣することも出来なくなった。地方の基幹病院では医師が足りなくなり、集約化が進むことになり、病院によっては特定の診療科を閉鎖せざるを得なくなった。加えて研修先を自由に選べる為に都市部の研修システムが充実した病院に研修医が集中し、教育環境の劣悪な病院には志望者が行かなくなった。以上のことから、初期臨床研修制度は医療崩壊の引き鉄となった。つまり、従来は研修システムの充実とは無関係に医局との関係性で派遣されていた研修医が、さまざまな病院やその教育・研修システムを比較して研修医個人が良いと思う病院を選ぶ時代になった。また、それまでの医学生は自身の専門となる診療科を決める際、実際の医療現場の労働環境を見ることは殆どなく、興味や憧れ、使命感に燃えて診療科を選択していた。初期臨床研修義務化に伴い、様々な診療科の現場に入り、その現場の現実を実体験することになり、過重労働がみられる診療科や訴訟リスクの高い診療科、QOMLの低い診療科を避けられるようになった。元々当制度は、研修医の待遇や研修システムの改善、医師が自由に赴任先を選択できる自由度は増すというメリットはあったが、医療崩壊を加速するとして、病院や医学部、民医連は反対していたが、行政主導によって開始されたものである。米国では効果をあげた制度であるが、元々医療資源に余力が少ない日本において、医師数を増やすなどの対策をせず当制度を開始したためにこのような新たな問題が浮上した。