本作は20人のスタッフの手によって、1年をかけて開発された 。前作の発売から新卒採用された社員が入社する4月までの間、河津の周りにはスタッフがいなかったため、河津は次回作の構想を練る十分な時間を得られた。主人公が代替わりする「皇帝継承システム」は、『魔界塔士Sa・Ga』の開発期間中に河津が、「空間面での自由を保障する『魔界塔士Sa・Ga』に代わる自由」として、「最後が決まっている中で、約1000年の歴史が動く」ものとして考案した。シナリオの構築はシステム開発と並行して行われた。開発当時は十分なROMの容量を確保できなかったため、あらかじめ容量を割り振る必要があり、シナリオもそれに合わせなければなかった。このときボスキャラクターの数を7体にするということが決まり、のちの七英雄へとつながった。七英雄は七福神をヒントに生み出され、それぞれの名前はJRの山手線からとられた。七英雄のうち、一番最初に作られたのはスービエであり、スクウェアのオフィスがあった恵比寿と七福神のえびすのダブルミーニングを兼ねて命名された。スービエにならい、山手線の駅名のアナグラムを作ったところ、うまくかみ合ったため、ほかのメンバーも同様に名付けられた。ただし、河津は女性メンバーの名前を考えるのには苦労しており、ロックブーケは七英雄の中で一番最後に名前が付けられた。また、ロックブーケの兄であるノエルは七英雄の中の主役として設定された。さらに、「前作とは異なる形の敵にしたい」という考えから、七英雄を「1000年前から生きている古代人で、互いの仲はあまりよくない」という設定にした。時間の経過に伴い七英雄が勢力を広げるというアイデアもあったが、難易度が上がりすぎるおそれがあったため、実装は見送られた。河津は2016年の4Gamer.netとのインタビューの中で、「今思い返せば、『皇帝継承システム』によってカットされた主人公のキャラクター性が、七英雄に回ってきたのかもしれない」と振り返っている。本作がバーチャルコンソールで配信される際、七英雄の一人であるボクオーンが麻薬を密造しているという設定からコンピュータエンターテインメントレーティング機構（CERO）のレーティングではB（12才以上対象）に指定された。市川は、アプリ版の追加ダンジョン「追憶の迷宮」のテストプレイを通じ「なぜ麻薬を密造しているのかなと思ったけど、変えるべきではないと思っている」とファミ通とのインタビューの中で述べている。
15世紀から17世紀の大航海時代、多くのポルトガルの遠征隊がリスボンから旅立っていったが、この中には1497年にインドへ遠征したヴァスコ・ダ・ガマも含まれる。1506年には3,000人のセファルディムのユダヤ人が虐殺された。16世紀はリスボンの黄金期で、リスボンの街は航海で獲得した豊富な香辛料や奴隷、砂糖、織物、ほかのさまざまな商品により、ヨーロッパとアフリカ、インド、極東、のちにはブラジル植民地との交易の中心であった。この時代、豊富なマヌエル様式の建築が盛んになり、多くの16世紀の建築物にはその足跡が残されている。この様式には、ベレンの塔やジェロニモス修道院など世界遺産に登録されている建築物も含まれる。16世紀のリスボンの描写はダミアン＝デ＝ゴイスにより書かれ、1554年に著されている。ポルトガルの独立は1580年のイベリア連合のあとに失われている。リスボンでは貴族やブルジョワ階級がクーデターを組織し、1640年12月1日に成し遂げ、ポルトガルの独立は回復したが、それとともにポルトガル王政復古戦争が始まった。1640年の革命により60年間続いたスペイン・ハプスブルク朝の下でのポルトガルとスペインの二重君主制は終わりを迎えたが、1640年から1668年の間にポルトガルとスペインの間では定期的な衝突が続き、これと同様に、より深刻な短期間の戦闘がリスボン条約 (1668年)が調印されるまで続いた。18世紀初期、ブラジルからもたらされる金がジョアン5世がバロック様式の教会や劇場を街に建築することを可能にした。18世紀以前、リスボンはいくつかの大きな地震を経験している。14世紀には8回、16世紀には1531年の1,500戸が破壊された地震や、3つの通りが消えた1597年の地震を含め5回、17世紀には3度起こっている。1755年11月1日にはリスボン地震が起こり、当時人口20万から27万5,000人であったリスボン市民のうち、およそ3万から4万人の市民が地震と津波により犠牲になり、市内の建物の85パーセントは破壊された。これによりいくつかの市内の重要な建物が失われ、リベイラ宮殿や王立トドス・オス・サントス病院は失われている。沿岸部では、リスボンから北へ80キロ離れたペニシェなどでは多くの人が津波にさらわれた。リスボンから南に30キロのセトゥーバルでは、水が建物の2階にまで達している。ポルトガル南部のアルガルヴェでも破壊は著しく、津波が沿岸部の要塞や低地の多くの住居を破壊している。いくつかの地点では津波は30メートルに達していた。アルガルヴェ沿岸の町や村のほとんどは大きな被害に遭っているが、ファロは砂丘により免れた。ラゴシュでは波が城壁の一番上まで達している。多くのポルトガルの沿岸は地震そのものの被害よりも津波の破壊的な影響の方が悲惨であった。1755年のリスボンは当時ヨーロッパでも最大規模の大都市で、この大惨事はヨーロッパ中に衝撃を与え、全体の心理に深い印象を与えた。この地震のあと、市街はポンバル侯爵セバスティアン・デ・カルヴァーリョの計画によって大規模に再建された。下町ではバイシャ・ポンバリーナの開発が始まり、中世の街を再建する代わりにポンパル侯爵は地震のあとも残っていた建築物を取り壊し、近代的な都市計画の原理に従って中心部を再建することを決めた。2つの長方形の配置の広場であるロシオ広場とコメルシオ広場が再建された。