フィリピン攻略部隊として編制した。陸海軍協定でルソン島攻略を陸軍が、ミンダナオ島を海軍が攻略することになり、パラオ諸島で開戦を待った。ラモン湾の上陸支援、レガスピー攻略作戦に従事し、フィリピン占領後は蘭印攻略に向かう。陸海軍協定では、海軍が占領、陸軍が駐留を分担することになり、第三艦隊はジャワ島とボルネオ島の攻略に兵力を捻出した。蘭印占領をもって第一段作戦が完了。攻略に特化した編制から駐留に特化した編制へ変更されることになり、1年と経たぬうちに第二南遣艦隊へ改称した。第二南遣艦隊はインドネシア各地に陸戦部隊を駐留させたが、大規模な戦闘を経験せぬまま本土との航路が途絶し、末期には遊兵となって終戦を迎えた。太平洋戦争を経験した三代の「第三艦隊」の中で、終戦まで艦隊としての地位を維持した唯一の部隊である。
1932年1月28日に第一次上海事変が勃発したため、現地に駐留していた第一遣外艦隊・第二遣外艦隊に増援部隊を派遣し、この3つの部隊を統括する四代目の第三艦隊を編制した。この増援部隊に「上海特別陸戦隊」が含まれる。2個遣外艦隊は翌年まで戦隊への組み換えを行わなかったため、第三艦隊の中に2個艦隊が存在する状態が約1年3ヶ月続いた。1933年5月に遣外艦隊を第10・第11戦隊に組み替えて、通常の艦隊編制となった。主力の旧第一遣外艦隊と同様に、河川砲艦を主体とする揚子江流域を監視した。1937年7月に日華事変が勃発し、第三艦隊の統率能力を上回る大量の増援部隊が加わったため、10月には増援部隊で第四艦隊を新編し、第三艦隊と併せて統率する支那方面艦隊が編制された。第三艦隊司令部は支那方面艦隊司令部が兼任した。1939年11月15日より、支那方面艦隊隷下の3個艦隊は「～遣支艦隊」へ改名することになり、第三艦隊は「第一遣支艦隊」へ改名すると同時に、司令部の兼任も解除された。なお、第一遣支艦隊は1943年8月20日をもって揚子江方面特別根拠地隊へと降格した。新編から改称まで7年9ヶ月、歴代第三艦隊では最も長い期間存在した。
第一次世界大戦に対応した臨戦編制において、南方に進出した第二艦隊の留守部隊として編制した。したがって世界大戦の前半には目立つ動きはなかったが、1917年にロシア革命が起きると、ソビエト連邦の制圧のため沿海州方面での主力部隊となる。陸軍のシベリア出兵に対応して船団護衛を担当した。また、尼港事件勃発時に救援部隊の派遣に失敗している。また、三笠がこの艦隊の一員として進出した際に座礁事故を起こしている。第一次世界大戦の終結、シベリア出兵の中止、ワシントン軍縮会議にともなう旧式戦艦の廃棄などのために解散した。
1992年（平成4年）1月、皇太子は「小和田雅子さんではだめでしょうか」と安嶋のあと東宮大夫になっていた菅野弘夫に告げた。4月27日、藤森は東宮侍従長の山下和夫、菅野、参与の団藤らとともに会議を開き、再び雅子を候補として進める計画を始め、中川は元外務事務次官で国際協力事業団総裁だった柳谷謙介に協力を依頼した。柳谷は、その当時の事務次官となっていた、元部下に当たる小和田恆に働きかけた。終わった話と思っていた恆は、皇太子自身からの希望を伝える柳谷の言葉に驚いたものの、雅子にこれを伝え、彼女はその後の複数にわたる関係者の「一度でいいからお会いしてほしい」という熱心な働きかけに応えて一度は再会することにした。8月16日、柳谷に連れられた雅子は、千代田区三番町の宮内庁長官公邸で皇太子と再会した。同時に宮内庁は、マスコミに対し2月13日から3か月毎更新の形で皇太子妃報道を自粛する報道協定（皇太子妃報道に関する申し合わせ）を申し入れていた。これまでお妃候補が強引な取材でマスコミ不信に陥り、交際を発展させるにも支障をきたしていることへの配慮だった。各社はこれを受け入れた。10月3日、皇室が接待に使用する千葉県市川市の新浜鴨場で、皇太子と雅子を二人きりでデートさせる計画が実行された。天皇・皇后が山形国体に行幸啓するため取材陣の注目がそちらに向くようにこの日が選ばれたとみられる。さらに内部からの情報漏れを防ぐため、この計画は東宮大夫と侍従長ほか数名しか知らされず、鴨場では場長のみに伝えて他の職員は休ませた。護衛については全く同行させず、後日皇宮警察官の間で反発もあったとされるが、実際には事前に皇太子の意向で幹部一人にこの件を伝えて理解を得ている。内舎人と呼ばれる男性職員一人がワンボックスカーを運転して後部座席に隠れた皇太子を運び、その後を山下がマイカーで護衛した。仮御所ではその間彼が部屋にずっといたように見せかけるため、職員が部屋に届けた彼の食事を誰かが代わりに食べて空の食器を食堂に下げるという徹底ぶりで、誰も気付くことはなかった。こうして皇太子と、柳谷夫妻に連れられて鴨場に来た雅子は会うことができ、二人は鴨場を散策しゆっくりと会話した。この場で皇太子は雅子に「私と結婚していただけますか」とプロポーズした。皇太子は「外交官として仕事をするのも、皇族として仕事をするのも国を思う気持ちに変わりはないはず」と説得した。雅子は即答せず、断る可能性を伝えたものの、その後も電話で連絡しあう約束をした。