一部の人間にのみ備わっている力。テレキネシスや千里眼などメジャーな能力もあれば、独自設定の能力もある。能力の有無や種類は先天的に決定し、それ以降変化する事はない。従って、能力を持っていない者が後に持つ事はない。ただし、無意識に使っていたり、力が眠っていると言う事が良くあるため、“能力が使えない”イコール非能力者という訳ではない。また、後述するような能力者、非能力者の選別方法も存在する。そのため、能力者同士の間ではある程度の判別が可能。超能力の素質は遺伝するため、両親に能力者がいれば子も能力者になる可能性は高い。ただし、同族の能力がいつも同じという訳ではない。ナゴムの母も（ストーリー次第で）能力者として登場するし、トモの家系ではサイバイブデストラクションが代々受け継がれている。超能力の強さや性能は持ち主のイメージする力に大きく左右され、訓練次第で上昇させられる。例えばナゴムのマテリアルメスメリズムは具体的なイメージさえできればどんな姿にもなれるし、アスカのテレポートは場所さえ分かればどんなに遠く離れたところにも行ける。一人の人間が複数の能力を持つことはない（テレパシーは共通能力のため例外）が、同じ能力を複数の人物が所有する事は珍しくない。ジーンいわく「能力者は共に惹かれあう」らしく、力を持った者同士は互いに遭遇するか、何らかの関わりを持つ可能性が高い。
常光寺ナゴムは、ここ数日奇妙な夢に悩まされていた。羽を生やした大男に襲われ、殺されてしまう夢だ。夏休みを翌日に控えた一学期最後の日、ナゴムは同級生から学校で肝試しをやらないかと誘われる。友人いわく、毎晩0時になると音楽室のピアノが鳴るらしい、との事。渋々ながらも断りきれず参加するナゴム。この日を境に、彼の周りで次々と騒動が起こるようになる。果たして、ナゴムは無事に新学期を迎える事ができるのだろうか。
前作『ZERO ONE』のリメイク。新規シナリオの追加に加え、キャラクターデザインが伊東岳彦によって一新され、新キャラクターが登場したりミニゲームが追加されるなど、前作よりも更にボリュームアップしている。主なシナリオは全部で4つあり、前作の「ゲーマー編」を丸ごと収録した他、新たに「ノア編」、「サイボーグ編」、「クリエーター編（完結編）」の3シナリオが加えられている。本作はグロテスクなシーンやお色気シーンなどが挿入されている。
千座の岩屋（ちくらのいわや）は、日本の鹿児島県南種子町にある洞窟である。種子島の東岸、中種子町と南種子町の境に位置する熊野浦の南端浜田海岸に海食によってできた岩窟であり、内部の広さが千座、あるいは畳千枚ともいわれたことからこの名で呼ばれる。 周囲は砂浜であり、沖合に浜島、竹島を望む景勝地として知られた。元禄2年（1689年）に上妻隆直が記した『懐中島記』には、「窟中南北14間、東西19間、其の中間大柱あり、廊下あり、潮汐出入り口二ツ」とあり、天保14年（1843年）に薩摩藩がまとめた『三国名勝図会』には「窟口高8 - 9尺、横11間許、深凡29間、窟中に自然の石柱数基立つ。是波風の穿つ所にして、景状奇なり」とある。
日本の盾の初見は「神代紀」の国譲之条の「百八十縫之白盾」である。これは神宝の盾だといわれる。魏志倭人伝の記述として、倭人が木製楯を用いていたことが記述されている（漢字で楯と表記した場合、木製をさす）。兵用矛楯 — 『三國志』魏書東夷傳倭人条奈良県の3世紀から4世紀にかけての遺跡からは多くの木製盾と木製埴輪（矢傷などがない）が出土している。5世紀頃になると、鉄製盾が登場し、以降、革製、石製盾（実用武具ではなく、石製埴輪であり、福岡県に見られる）なども用いられるようになり、5世紀末から6世紀にかけて、盾持人埴輪が盛んに古墳の周囲に置かれるようになる。古墳を悪霊・邪気の類から守るための呪具として制作されたとみられている。大阪府八尾市美園遺跡の方墳から出土した家形埴輪の2階の壁には盾を表す線刻があり、悪霊の建物への侵入を防ぐ役割を担っていたと解釈されている。建物の四方に盾を立てたと推測されている。また、『続日本紀』において、文武天皇2年（698年）11月に行われた大嘗に榎井倭麻呂が大盾を立てる儀礼を行い、以降、大嘗に当たり、物部・石上・榎井氏によって、大嘗宮の門に盾を立てることが慣行となったとある。古代日本において盾は実用具以外の面も持ち合わせており、権力者の墓や建物、宮門を悪霊の類から守る信仰は一例とみられる。中には、石室内に盾が描かれている例もある。権力者の間で仏教が普及すると、こうした盾の信仰も忘れ去られたものとみられる。奈良県四条古墳出土の5世紀の木製盾やそれと形状が類似する盾形埴輪（奈良県から静岡県にかけて見られる上部がY字状でくびれが多い盾）などから5世紀当時の盾の長さは130センチ前後であり、盾持人埴輪の表現にある様に顔は丸出しだったとみられる（四条古墳出土の木製品については、祭祀盾とする見解が一般的であるが、研究者によっては疑っており、杖とする見解もある。また、5世紀の近畿圏では小型な手持ち盾の例もある）。奈良県の5世紀の遺跡から出土した鉄製盾の長さも130センチ程である。この他、「隼人の盾」があり、朝廷が隼人を制圧した後、内国に移配した結果、平城宮跡からも出土している。この隼人盾の長さは150センチである。これは、『延喜式』の「長さ五尺、広さ一尺八寸、厚さ一寸、頭には馬髪を編みつけ、赤白の土墨でもって鈎（こう）形を画く」とある記述と合致し、外国からの客を迎える際の規定であった。6世紀の東国の盾持人埴輪を見る限り、西国よりシンプルなデザインとなっている。西国・東国・隼人の武人に共通して多く見られる盾の模様は、三角形を単位紋とする鋸歯（きょし）紋、いわゆるギザギザ模様である。一説には悪霊に対する威嚇という呪術的な意味合いのものとされる。古墳時代の盾には漆を塗っている例もある。『万葉集』の一巻と二十巻に盾に関する歌がある。一巻に記された歌は、弓を射る音が鳴ると、武官は楯を立てるという内容で、音に敏感に反応する武人の様子が描かれている。大夫之 鞆乃音為奈利 物部乃 大臣 楯立良思母 — 『萬葉集』1巻　76　和銅元年戊申  元明天皇