2017年6月、勤務先の年金事務所から個人情報20人分を持ち出したとして、淀川年金事務所に勤務していた年金機構の職員と、社会保険庁職員OBの2名が、大阪府警察に窃盗容疑で逮捕された。この事件による情報流出は400人分にも及ぶとされている。その後7月に、見返りに12万円の現金を受け取ったとして職員が加重収賄容疑などで再逮捕され、社会保険庁職員OBについては、公訴時効が成立しているため贈賄容疑での立件は見送られたが、別の窃盗容疑で再逮捕された。OBの男は受け取った個人情報を探偵や占い師として悪用していたとみられている。
2013年、国家の失態によって支払われなかった年金の受給権利の「時効」を撤廃する時効特例給付を1,300件、10億円以上放置したことが発覚した。機構内職員からの指摘があったにも関わらず、機構は1年以上に渡って隠匿を続けたことも確認された。
2010年10月、機構発注業務についての入札にて内部情報を業者に漏洩したとして、機構職員とNTTソルコ社員（社保庁OB）が官製談合防止法違反容疑で逮捕された。
いわゆる三層構造問題を解消すべく、人事の一体化を図り、企画業務と現場実務のを双方経験をして、マネジメントをしていくというキャリアパターンになっている。また、能力・実績本位の人材登用、給与体系、それを裏づける人事評価制度が導入されている。
民間からの採用については、平成21年4月からハローワーク等の求人媒体を通じて一般公募し、正職員1,127人（内訳は管理職355人、IT企画30人、監査関係13人、企業会計・調達関係8人、一般事務関係721人）、准職員970人の約2,000人に採用通知が出された。また、職員採用内定者には、希望を募った上で同年9月から社会保険庁の謝金職員（非常勤職員：民間企業等に言うパートタイマーに相当）として、地元の地方社会保険事務局（県単位の地方支分部局）で予め勤務させるとともに、社会保険大学校での研修を受講させた。
常勤職員は、正職員と准職員がいる。准職員は、有期雇用で正職員に相当するような業務を行う。正職員と准職員は、常勤職員として同一の給与規定が適用される。常勤職員以外の有期雇用職員として、特定業務契約職員及びアシスタント契約職員がいる。日本年金機構設立時の職員については、2008年12月22日、設立委員会（委員長：奥田碩トヨタ自動車株式会社取締役相談役）が職員の労働条件及び採用基準を決定し職員を募集した。採用審査は、職員採用審査会（委員長：岩村正彦東京大学大学院教授）が行い、設立委員会は、職員採用審査会の意見を聴いて職員採用の採否を決定し、2009年10月に採用通知を出している。
運営評議会は、被保険者、事業主、受給権者、その他の関係者の意見を機構の業務運営に反映するために置かれており、委員は理事長が委嘱する。理事長は、中期計画及び毎事業年度の年度計画、その他理事長が必要と判断する業務運営に関する重要事項について、あらかじめ運営評議会の意見を聴かなければならない。
厚生労働大臣の諮問機関である社会保障審議会の中にあり、委員は厚生労働大臣が任命する。業務は、1.厚生労働大臣が定めた日本年金機構の中期目標の審議、2.各事業年度及び中期目標期間の業績の評価、3.評価に基づいて改善が必要な場合は、業務改善についての審議。
日本年金機構に対して第三者の立場からチェックする機関は、日本年金機構評価部会と運営評議会の２つがある。また、民間企業の経営管理等の識見を機構の業務運営に反映するために、日本年金機構の中に非常勤理事がいる。
日本年金機構は、中期目標に沿って中期計画及び毎年度の年度計画を作成し、厚生労働大臣の認可を受ける。厚生労働大臣は、機構の事業年度ごとの業務の実績について、評価を行う。発足当初の中期計画は、客の信頼確保に向けた組織改革のため、発足当初の3か月は発足に伴う混乱回避と円滑な移行に最大限注力し、平成22年度以降、サービス向上に向け、職員の士気高揚・組織の活性化を通じた本格的な取組を、優先順位を付けて計画的に進めるとされた。
アケメネス朝下アッシリアの印章では、悪を意味する表現として有翼のユニコーンと有翼の牡牛が刻まれていたが、逆に光の要素、あるいは光の側面を表す表現として用いられることもあった。アイルランドの詩人であるウィリアム・バトラー・イェイツは空想上の、「笑顔と歓喜に満ちた破壊」に関連する、翼を持った猛獣について記述している。1907年のThe Unicorn from the Starsにおいて、この猛獣は有翼のユニコーンという形で表現されており、のちの1931年に書かれた復活では「ベツレヘムに向かって歩みをすすめる猛獣」と表現されている。イギリス生まれの小説家、ピアズ・アンソニイは1984年のBearing an Hourglassの中で有翼のユニコーンを指す言葉としてはじめて「アリコーン」を用いている。有翼のユニコーンはポップカルチャー中にも頻出する。任天堂の発売する『ファイアーエムブレム』シリーズ中に登場するユニットのひとつ、「ファルコンナイト」は有翼のユニコーンに騎乗しているほかハズブロ社の手がける玩具シリーズであるマイリトルポニー、および2010年以降に作られたマイリトルポニー〜トモダチは魔法〜などを含む関連メディアにおいて、有翼のユニコーンは「アリコーン」と呼ばれ、飛翔能力と魔法を扱う能力を兼ね備えた国を統括する存在として描かれている。当初これらこれらの種族を区別するための名称は指定されておらず、有翼のユニコーンであるプリンセスセレスティアやプリンセスルナは単に「ユニコーン」と呼ばれていた。