1774年、ルイ16世の即位によりフランス王妃となった。王妃になったアントワネットは、朝の接見を簡素化させたり、全王族の食事風景を公開することや、王妃に直接物を渡してはならないなどのベルサイユの習慣や儀式を廃止・緩和させた。しかし、誰が王妃に下着を渡すかでもめたり、廷臣の地位によって便器の形が違ったりすることが一種のステータスであった宮廷内の人々にとっては、アントワネットが彼らが無駄だと知りながらも今まで大切にしてきた特権を奪う形になり、逆に反感を買った。こうした中で、マリー・アントワネットとスウェーデンの貴族アクセル・フォン・フェルセン伯爵との浮き名が、宮廷ではもっぱらの噂となった。地味な人物である夫のルイ16世を見下しているところもあったという。ただしこれは彼女だけではなく大勢の貴族達の間にもそのような傾向は見られたらしい。一方、彼女は大貴族たちを無視し、彼女の寵に加われなかった貴族たちは、彼女とその寵臣をこぞって非難した。彼らは宮廷を去ったアデライード王女や宮廷を追われたデュ・バリー夫人の居城にしばしば集まっていた。ヴェルサイユ以外の場所、特にパリではアントワネットへの中傷がひどかったという。多くは流言飛語の類だったが、結果的にこれらの中傷がパリの民衆の憎悪をかき立てることとなった。1785年にはマリー・アントワネットの名を騙った詐欺師集団による、ブルボン王朝末期を象徴するスキャンダルである首飾り事件が発生する。このように彼女に関する騒動は絶えなかった。
マリー・アントワネットとルイとの夫婦仲は、あまり良好ではなく、夫婦仲は冷めていた。マリーアントワネットとルイ16世の部屋を繋ぐ隠し通路があったものの、使われることはほとんどなかった。新婚生活はラ・ミュエット宮殿（現在のパリ16区ラ・ミュエット地区）でも送ったが、子どもが生まれず性生活を疑った母親マリア・テレジアより、1777年4月、マリー・アントワネットの長兄ヨーゼフ2世がこの地の新婚夫妻のもとに遣わされ、夫妻それぞれの相談に応じた。翌1778年、結婚生活7年目にして待望の子どもマリー・テレーズ・シャルロットが生まれた。母マリア・テレジアは娘の身を案じ、たびたび手紙を送って戒めていたが、効果はなかった（この往復書簡は現存し、オーストリア国立公文書館に所蔵されている）。時にパリのオペラ座で仮面舞踏会に遊び、また賭博にも狂的に熱中したと言われる。賭博に関しては子供が生まれたことをきっかけに訪れた心境の変化から止めている。ただの向こう見ずな浪費家でしかないように語られる反面、自らのために城を建築したりもせず、宮廷内で貧困にある者のためのカンパを募ったり、子供らにおもちゃを我慢させたりもしていた。母親としてはいい母親であったようで、もともとポンパドゥール夫人のために建てられるも、完成直後に当人が死んで無人だったプチ・トリアノン宮殿を与えられてからは、そこに家畜用の庭を増設し、子供を育てながら家畜を眺める生活を送っていたという。
結婚すると間もなく、ルイ15世の寵姫デュ・バリー夫人と対立する。もともとデュ・バリー夫人と対立していた、ルイ15世の娘アデライードが率いるヴィクトワール、ソフィーらに焚きつけられたのだが、娼婦や愛妾が嫌いな母マリア・テレジアの影響を受けたアントワネットは、デュ・バリー夫人の出自の悪さや存在を憎み、徹底的に宮廷内で無視し続けた。当時のしきたりにより、デュ・バリー夫人からアントワネットに声をかけることは禁止されていた。宮廷内はアントワネット派とデュ・バリー夫人派に別れ、アントワネットがいつデュ・バリー夫人に話しかけるかの話題で持ちきりであったと伝えられているルイ15世はこの対立に激怒し、母マリア・テレジアからも対立をやめるよう忠告を受けたアントワネットは、1771年7月に貴婦人たちの集まりでデュ・バリー夫人に声をかけることになった。しかし、声をかける寸前にアデライード王女が突如アントワネットの前に走り出て「さあ時間でございます！ヴィクトワールの部屋に行って、国王陛下をお待ちしましょう！」と言い放ち、皆が唖然とするなかで、アントワネットを引っ張って退場したと言われている。2人の対決は1772年1月1日に、新年のあいさつに訪れたデュ・バリー夫人に対し、あらかじめ用意された筋書きどおりに「本日のヴェルサイユは大層な人出ですこと」とアントワネットが声をかけることで表向きは終結した。その後、アントワネットはアデライード王女らとは距離を置くようになった。
元弘2年/正慶元年（1332年）討幕に関与した父師賢が流罪地で客死したものの、母方の庇護があったためか、北朝の下で官位は順調に進み、侍従･右近衛中将･春宮権亮などを歴任。正平2年/貞和3年（1347年）11月従三位に叙されて公卿に列し、正平3年/貞和4年（1348年）4月参議に任じられ、正平4年/貞和5年（1349年）12月の崇光天皇即位式に際しては親王代を務めた。正平5年/観応元年（1350年）10月大嘗会御禊行幸の供奉に関して「子細」を申し出たために職を止められたが、翌正平6年/観応2年（1351年）6月花山院長定（母の弟）の推挙で還任。南朝による正平一統後も北朝に留まり、正平8年/文和2年（1353年）12月権中納言に任じられ、正平9年/文和3年（1354年）4月左衛門督を兼ねた。ただ、閏10月には何らかの事情で辞職しており、以降北朝での昇進は見られない。正平10年/文和4年（1355年）後光厳天皇の避難する近江国行宮（成就寺）への不参を咎められ、徳大寺公清らと共に家領を一時没収される処分を受けた。正平12年/延文2年（1357年）1月、遂に兄・信賢と共に南朝（当時の行宮は金剛寺）へ参候し、再び家領を没収された。南朝では元の官位のまま任用されたらしく、中納言から権大納言を経て、正平20年/貞治4年（1365年）右近衛大将として所見。翌正平21年/貞治5年（1366年）内大臣に至ったが、同年6月23日現職で薨去した。享年41か。南朝歌壇における中心歌人であり、自邸で百首歌を主催した他、正平18年（1363年）の『内裏名所百首』・『探題五十首』、同20年（1365年）の『内裏三百六十首歌』・『探題七百首』などに詠進した。准勅撰集『新葉和歌集』には「妙光寺内大臣」として52首が入集し、また、勅撰集『新続古今和歌集』にも1首が入集する。