犬山線の地下鉄鶴舞線直通に対応する工事はその後も進められ、1993年8月から直通運転が開始されることになったが、これに伴い、地下鉄鶴舞線の全列車を4両編成から6両編成に増強することとなった。このため、100系も全編成が6両編成化されることになり、各編成に中間車を2両増結するための車両が5次車として増備されたが、この5次車では名鉄では初採用となるVVVFインバータ制御を導入した。まず既に豊田線で運用されていた車両が順次6両編成化され、犬山線で最混雑列車に使用されていた車両についても、代替車両として3500系を投入し、6両編成化の上で豊田線に転属となった。同年8月12日から犬山線と地下鉄鶴舞線の直通運転が開始され、翌1994年には上小田井駅構内の折り返し設備が完成したことから、同年4月から直通運転が本格化することになった。このために100系6次車として6両編成が1本増備されたが、この編成は6両ともVVVFインバータ制御となり、形式も200系に変更された。その後は犬山線・豊田線および地下鉄鶴舞線で運用されているが、定期検査時には名古屋本線を走行することがある。また、2000年9月の東海豪雨によって車両不足が発生した際には、211編成が4両編成化されて各務原線三柿野駅から名古屋本線豊明駅までの区間で1週間程度、運用された。
一方、1990年ごろになると犬山線の朝ラッシュ時の混雑はかなり激しくなっており、これを打開する対策として犬山線と地下鉄鶴舞線の直通運転のための工事が行われていた。しかし、工事の進捗は芳しいものではなく、早急な混雑緩和対策が求められていた。ここで名鉄は、標準的な通勤車両である6000系・6500系・6800系よりも全長が長く収容力の大きい20m4扉車の100系に着目、本来は犬山線と地下鉄鶴舞線の直通運転が開始された時点で増備するべきだった100系を先行増備し、犬山線に投入することになった。これによって増備された100系4次車は4編成が導入されたが、犬山線では4両編成を2本連結した8両編成での運用を行うことになり、一部仕様が変更されたことから車両番号は200番台となった。1991年4月14日から犬山線の最混雑列車に8両編成で投入、それ以外の時間帯は名古屋本線・常滑線・犬山線・広見線の普通列車に運用された。20m車が8両編成で運用されるのは名鉄ではこれが初めてであったが、100系の方向幕には名古屋本線・常滑線の駅名は入っていなかったため、運用時には行先表示板・種別板が使用された。
1978年12月に1次車として2編成が入線し、1979年1月から主に三河線の知立駅から豊田市駅までの区間において運用を開始した。100系の入線にあたり、三河線の猿投駅構内に猿投検車区が新設されたため、一部の列車は猿投駅まで運用された。同年7月29日には豊田線が開業し、2次車と合わせて5編成が豊田線と地下鉄鶴舞線の直通運転に投入された。100系の車内見付は、試乗に来た報道関係者から「喫茶店みたい」とも評された。一方、抵抗制御であったため、床下の抵抗器の放熱によって床面が熱くなってしまうことがあった。翌1980年には鉄道友の会からローレル賞を受賞、開業1周年となる1980年7月29日には豊田市駅で記念式典が開かれた。しばらくは大きな動きはなかったが、1989年には輸送力増強のため、3次車として回生ブレーキを採用した1編成が増備された。
乗務員室は、ATC・誘導無線など地下鉄直通運転に必要な機器を搭載するため6000系より若干広くしたほか、主なスイッチや表示灯の位置は地下鉄の車両と統一を図ったため、運転台の機器配置は6000系とは大幅に変更された。冷房装置は、10,500kcal/hの能力を有するRPU-3004形を1両につき3台を搭載したほか、ラインフローファンを先頭車では9台、中間車では10台設けた。補助電源装置は、出力60kVAのCLG-326-N1形電動発電機を装備した。集電装置はモ120形・モ140形にPT4214-A-M形菱枠型パンタグラフを設けた。連結器は先頭部分が簡易密着連結器で、中間は棒連結器である。
日本正教会はその成立期である19世紀において、亜使徒聖ニコライを通して同時代のロシア文化を色濃く受け継いだ。その影響は聖歌にも及んでおり、使われている聖歌の多くは19世紀に広くサンクトペテルブルクで歌われていたものである。八調を使用するとともに、作曲されたものではドミトリー・ボルトニャンスキーやアレクサンドル・アルハンゲルスキーのものが多く採用されている。明治時代にの黎明期にはピアノ、チェロの奏者でもあったヤコフ・チハイが聖歌の翻訳・作曲・指導にあたった。日本人で活躍した聖歌指揮者・作曲家としては金須嘉之進がいる。日本正教会では一部例外を除き、ほとんどの聖歌が日本語に訳され、奉神礼においても教会スラヴ語等ではなく日本語が用いられている。明治時代にニコライとパウェル中井天生によって訳された漢文訓読体の文語であるが、この祈祷文の翻訳にはほとんど変更が加えられていない。司祭司祷の聖体礼儀は説教の時間を含めずに1時間、主教司祷の聖体礼儀の時間は実に3時間弱にもおよぶが、その間もっぱら無伴奏声楽（ア・カペラ）で祈祷は歌い続けられ、歌唱を伴わない朗読のみで公祈祷が行われることは皆無である（これは、全世界の正教会に共通している）。西方教会の典礼音楽・礼拝音楽に比べて平易な旋律が用いられることが日本正教会では多く、それほど多くない練習時間で歌われることが多いが、他教派と同様、聖歌に対する習熟度と練習の頻度には各地域教会ごとに差がある。