遺族は大津警察署に対して、3度にわたり被害届を提出したが｢被害者本人が自殺しており存在していない｣として受理されなかったが、このことが大きく報道されると態度を変えて受理するに至った。父親は7月18日、男子生徒に対する行為45件について暴行や恐喝、強要、窃盗、脅迫、器物損壊の6つの罪で加害側の同級生3人を刑事告訴した。父親は告訴後、弁護士を通じて「事実が解明され、加害少年が罰を受け、しっかり更生することを望みます」とのコメントを公表した。一方でインターネット上からは、「どうせ渋々受理したんだろう」と警察への不信感を覗かせる声が噴出した。滋賀県警察はこのうち、2011年夏頃から自殺した同年10月までの間に、3人が男子生徒に行った行為を家宅捜索での押収資料や生徒らへの聞き取りで捜査した。これに対して加害者側は「いじめではなく遊びだった」と一貫して容疑を否定している。
しかし学校側は、それまで「男子生徒が自殺するまでいじめを認識していた教諭はいなかった」としていたが、校長が9月18日に緊急記者会見を開き、「少なくとも教諭3人がいじめを認識していた可能性が高い」と従来の説明を一転させた。また、複数の教諭が男子生徒への「いじめ」を自殺前から認識していたとする内容を生徒指導担当教諭が文書に記録し、校長に提出していたことも判明した。この文書は、男子生徒が自殺した日に作成された「生徒指導連絡書」で、同校の生徒指導担当教諭が問題の経過を教諭らに聞き取って纏め、校長に提出した。それによると、自殺6日前の同月5日、男子生徒が同級生から校内のトイレで暴力行為を受けたことについて「被害生徒を呼びつけ、殴る」「加害生徒の身勝手な行動を『いじめ行為』ととらえ、被害生徒と加害生徒を呼んで指導」などと経緯を記し、自殺前から2年生を担当する複数の教諭が「いじめ」を認識して対応にあたっていたことが示されていた。市教委によるとこの連絡書は県警が加害者の暴行容疑の関係先として学校を捜索した際に押収したうちの一つで、事実確認のため関係資料を探していた市がコピーを受け取り、18日に遺族による損害賠償請求訴訟の第3回口頭弁論で証拠として提出した。
1回目のアンケート調査結果を踏まえ、さらに事実を知りたいという遺族の希望があり、2011年11月に学校は2回目のアンケート調査を実施した。2回目のアンケート調査では、「葬式ごっこをした」、「『自殺の練習』と言って首を絞めた」などのいじめを示唆する回答があったが、学校側は1回目のアンケート調査と同様に事実関係の調査を実施せず、調査結果の公表もしなかった。また、教育委員会には「新たな情報は確認できなかった」と報告し、本件の調査を終了した。
クラス担当の担任は、自殺した生徒より相談や暴力行為の報告を受けていたが、適切な対応をとらなかった。自殺後の保護者説明会にも姿を見せず、在校生徒に取材を避ける旨の放送とプリントの配布が行われ、事件直後より2013年3月まで休職してしまい、教育委員会や第三者調査委員会（後述）の調査にも支障をきたした。また遺族には謝罪を行わなかった。
大津市内の中学校で発生した出来事で、複数の同級生が2011年9月29日に体育館で男子生徒の手足を鉢巻きで縛り、口を粘着テープで塞ぐなどの行為を行った。10月8日にも被害者宅を訪れ、自宅から貴金属や財布を盗んだ。被害者は自殺前日に自殺を仄めかすメールを加害者らに送ったが、加害者らは相手にしなかった。男子生徒は10月11日、自宅マンションから飛び降り自殺した。被害者の自殺後も加害者らは自殺した生徒の顔写真に穴を空けたり落書きをしたりしていた。学校と教育委員会は自殺後に、担任を含めて誰もいじめの事態に気付いていなかった、知らなかったと一貫して主張していた。後の報道機関の取材で、学校側は生徒が自殺する6日前に「生徒がいじめを受けている」との報告を受け、担任らが対応を検討した事は認めたが、当時はいじめではなく喧嘩と認識していたと説明した。学校側と監督する教育委員会も当初自殺の原因はいじめではなく家庭環境が問題と説明していた。
コーランは明示的に肖像画を禁じていないが、それを経典として補なうハディースの一部は明確にあらゆる生物の肖像画を描くことを禁じている。それ以外の、肖像画を許容しているハディースも、決してそれを推奨しているわけではない。しかし、ムスリムの大半がムハンマドだけでなくモーセやアブラハムなど預言者を視覚的に描写することに否定的である。スンニ派の信者はほとんどが、イスラムの預言者を視覚的に描くことは禁止するべきだと考えているし、とくにムハンマドの視覚的な表象については反対である。その根幹にあるのは、そうした肖像画が偶像崇拝につながるという考えである。シーア派のイスラム社会ではムハンマドの肖像画は今日とても一般的になったが、シーア派の学者もかつてはこうした描写については反対していた。いまも、ハディースの教えどおり厳格な立場をとる多くのムスリムは、あらゆるムハンマドの描写には否定的であり、たとえそれが非ムスリムが創作し、出版したものだからといって寛容にはならない。世界の主要な宗教は、歴史のどこかで反偶像主義（アニコイスム）を経験している。ユダヤ教であれば十戒の1つが「刻んだ像」を禁じている。ビザンツ時代のキリスト教は、8世紀と9世紀に偶像破壊運動が広がるなかで、聖人の視覚的な表象が禁じられ、教会で鑑賞可能なのは十字架だけになった。イエスをはじめとする聖人の視覚表象は、プロテスタントの一部ではいまも議論になっている。