前述のように、本作では「世代交代」の概念がある。イベントをこなすことでゲーム内に設定された年月が大きく経過して、現在の世代のパーティは強制的に寿命で全ていなくなる（経過年数によっては生きていそうではあるが、いずれにせよ前線に出られる年齢ではない）。そこで、選抜される 4 人の候補者から選択したキャラクターが次の皇帝になり、次の世代がスタートするようになっている（選出される候補者にはある程度法則がある）。これを「年代ジャンプ」と呼び、場合によってはイベントの内容が変化・消滅したり、新イベントが発生することもある。主要ボスとなる七英雄の一部はゲームの進行によって強化される場合がある。修得した技が「技道場」に登録されて誰でも使えるようになったり、前の世代で開発した武器・防具が量産されて店頭で購入できるようになったり、新たな合成術が完成したりするため、年代ジャンプはゲーム中の大きな節目となっている。尚、年代ジャンプする時の年数は、戦闘回数などによって変動する。年代ジャンプは「○○を制圧した」などの字幕が表示されるイベントをクリアした時に条件を満たしている場合のみ発生する。条件はイベントを達成するごとにポイント（隠しパラメータ）で、これが規定値以上になるかその規定値よりも低い値で戦闘回数がある条件を満たした場合となっている。なお、全滅した場合は仲間にできるキャラのうちパーティに入れていないキャラから選ばれた4人の中から、年代ジャンプ前に皇帝のLPが0になって死亡した場合は残った4人のパーティメンバーの中から、新たな皇帝を選択し、その時代を再び進めていく。また、年代ジャンプには限りがあり、最終皇帝（後述）が出現した後は年代ジャンプによる皇位継承は発生しない。
前作に引き続き、シンボルエンカウントと戦闘回数による敵ランクの上昇方式が採用されている。マップ画面にプレイヤーと同じく敵がシンボル表示され、接触する（される）ことで戦闘が開始されるため、敵のシンボルとの接触を避ければ戦闘そのものを回避できる。本作ではダッシュをすることができるが、ダッシュ中は視界がプレイヤーキャラの周囲の狭い範囲のみとなり、ダッシュ中に接触した場合は陣形が何の効果もない「フリーファイト」に変更され敵が先制しやすい状態での戦闘を強いられる（背後から接触された場合も同様）。今作では敵シンボルは接近時に迫ってくるものの、動きはある程度ランダムであり、ダンジョン突入時から主人公目がけて追いかけてこないため、前作と比較して戦闘を回避しやすい。前作同様、敵のシンボルは種族ごとに違うため、シンボルの外見から敵の内容をある程度判断することができる。フリーシナリオシステムを採用している都合上、エンカウント時に出てくる敵の強さは「戦闘回数」に応じて上昇していく「敵ランク」で決まる。ただし戦闘から退却しても戦闘回数がカウントされるため、敵から退却を繰り返すと、味方が強くならないまま敵だけが強くなっていく。例外として、アプリ版・リメイク版で追加された追憶の遺跡に出てくる敵は階層ごとにランクが固定されている。ただし、メルー砂漠の蛇系モンスターやターム系モンスター(後述)など、特殊シンボルのキャラはこの戦闘回数に影響を受けず固定の敵が出現する。
ペンギンは南極にすむと思われがちだが、実際に南極大陸におもな繁殖地を持つのはコウテイペンギンとアデリーペンギンの2種類だけである。アデリーペンギンは夏に地面が露出した海岸で繁殖するが、コウテイペンギンは零下数十度の冬の氷原で繁殖を始める。このためコウテイペンギンは「世界でもっとも過酷な子育てをする鳥」と呼ばれることがある。厳しい冬に子育てを始めるのも、ヒナの成長と餌の量に関連したものと考えられる。南極では秋にあたる3月から4月の頃、群れは海を離れて繁殖地である氷原に上陸する。繁殖地は海岸から50-160kmほど離れた内陸部である。これほど海岸から離れる理由の一つは捕食者から逃れるため、また雛が成長する前に氷原が溶けてしまうからであると考えられている。求愛行動およびそれに続く交尾の後、5月から6月にかけてメスは長径12cm、重さ450g程度の卵を1個だけ産む。産卵により疲労しているメスは餌を求めて海へ向かい、繁殖地に残ったオスは卵を足の上に乗せ、抱卵嚢（ほうらんのう）と呼ばれる両肢の間のお腹のだぶついた皮を使って、抱卵を始める。抱卵は立ったままで行い、巣はない。オスはブリザード（地吹雪）が吹き荒れて-60℃になる極寒の冬の氷原上で身を寄せ合い、抱卵を続ける。卵は約65日で孵化するが、抱卵中のオスは雪を食べるしかない絶食状態に置かれるため、エネルギー消費量を抑えるため睡眠に近い状態で過ごすものの、孵化する頃にはオスの体重は40%以上も減少してしまう。繁殖地へ移動した頃から数えると約120日間も絶食していることになる。8月頃にはヒナが生まれるが、メスがまだ戻ってきていない場合には、オスは食道から分泌した白色の乳状の物質（ペンギンミルクと呼ばれることがある）を餌としてヒナに与える。メスが海から戻ってくると、ヒナの給餌はメスが行うため、オスはやっと海に出て行けることになるが、遠い海までの道のりで力尽き死んでしまうオスもいる。オスだけが抱卵するのはコウテイペンギン特有であり、他のペンギンはオスとメスが交代で抱卵する。海へ行ってきたメスはヒナのための食物（オキアミなど）を胃に貯蔵しており、食物を吐き出してヒナに餌として与える。ヒナは最初羽毛も生えていないが、やがてヒゲペンギンを小さくしたような黒と灰色の綿毛が生える。海へ行ったオスは、やはり同様に食物を胃に貯蔵して、数週間後に繁殖地へ戻ってくる。以後、オスとメスが交代でヒナの番と餌運びを行う。ただ、戻ってきてもヒナがなくなっていたりしていると、メスは他のヒナを奪って育てようとする。ヒナの成長につれ、摂取する餌の量が増えていくと、オスとメスが両方とも海に出るようになる。この頃、ヒナばかりが集まって「クレイシ」（フランス語でクレーシュCrèche、保育所の意味）という集団を作る。クレイシは子育てを行っていない若鳥などに守られながら徐々に海岸へと移動する。ヒナが充分に成長する頃にはクレイシも海岸に到達し、南極も夏を迎える。ヒナが成鳥の羽に換羽するのと同時期に、成鳥も冬羽から夏羽に換羽する。なお換羽の間は海に入らず、絶食することとなる。換羽の終わった群れは餌の豊富な夏の南極海へ旅立つ。