『第3次』の隠しシナリオで死亡した後、ラ・ギアスにて復活を遂げたシュウのストーリー。難易度は難しい。最初は選択することが出来ず、マサキの章かリューネの章のどちらかをクリアして初めて出現する（代わりにトレーニングモードが無くなる）。マサキやリューネの物語の裏で邪神ヴォルクルス復活のために暗躍するシュウの姿が描かれる。毒舌で欲望の塊である使い魔チカや、変態のサフィーネ、天然ボケのモニカ、無気力な王位継承者テリウス、イスラム教徒で求道者のアハマドなどのキャラクター達が登場。他にも『聖戦士ダンバイン』のバーン・バニングスや『機動戦士Ζガンダム』のジェリド・メサ、ライラ・ミラ・ライラ、カクリコン・カクーラーといった版権作品のライバルキャラクター達が説得で仲間になるのが特徴（『機動戦士Ζガンダム』のクワトロ・バジーナもこの章で登場）。隠しコマンドを使ってスタートした場合は、『第3次』の隠しシナリオでボスを務めたネオ・グランゾンがシュウの乗機となる。さらに、この状態でISSを利用すればネオ・グランゾンをマサキやリューネのシナリオに登場させることができる（ただし、交戦できるのはリューネの章のみ）。
『第3次』の後にラ・ギアスに召喚されたリューネのストーリー。難易度は普通。マサキと同じ魔装機神のパイロットの一人であるヤンロンに保護されそのまま神聖ラングラン王国のカークス軍に参加することとなる。3人の主人公の中でISSの影響が一番強く、後半のシナリオも大きく分岐する。『機動戦士ガンダム』の黒い三連星が仲間になったり、シュウと戦ったり、マサキ達と合流したりすることも。（シナリオ担当の阪田雅彦によれば、ISSを使ったリューネのシナリオが正しいルートであるとされている）
『第3次』の後にラ・ギアスに帰還したマサキのストーリー。難易度は易しい。シュテドニアスの侵攻に対抗し、地上での仲間たちを連れて神聖ラングラン王国のフェイル軍に参加する。3人の主人公の中で登場人物も多くシナリオも一番長い。マサキと『マジンガーZ』の兜甲児との友情が全面に出てくるようになってきたのも今作から。『グレートマジンガー』の鉄也が怪我をしていることで、彼が乗るグレートマジンガーを『UFOロボ グレンダイザー』のマリアが操縦していたり、『機動戦士ガンダム0080 ポケットの中の戦争』のNT-1アレックスが登場せず、そのパイロットのクリスは『機動戦士Ζガンダム』のガンダムMk-II（黒のティターンズカラー）に乗って登場する。なおリューネの章で「めぐりあい」を通過していてもマサキの章には反映されない。
1999年には『第2次』や『第3次』と共に、『スーパーロボット大戦コンプリートボックス』としてPlayStationにリメイク移植された。システムを当時最新の『スーパーロボット大戦F』（以後『F』）のものに変更し、ゲームバランスも改められている。また各作品は1999年と2000年に単品でも発売された。2011年1月26日にはこの単品版がPlayStation Storeのゲームアーカイブスで配信されている。
SDで表現されたロボットたちが競演するクロスオーバー作品「スーパーロボット大戦シリーズ」の第4作目。『第2次スーパーロボット大戦』（以後『第2次』）から続く、シリーズカテゴリの一つである「DC戦争シリーズ」の3作目で、『第3次スーパーロボット大戦』（以後『第3次』）の続編。本作はDC戦争シリーズの中では外伝的位置づけにあり、それまでの参戦作品を知る大人以外の若い世代をターゲットとして製作された。そのため過去作ではゲスト扱いだったバンプレストオリジナル作品『魔装機神サイバスター』がストーリーの中心に据えられ、既存のロボットアニメ作品がゲスト扱いとなっている。本作の舞台は地底世界ラ・ギアスであり、地上世界や宇宙空間は登場しない。スーパーロボット大戦シリーズで初めて主人公が登場した。主人公は3人おり、全員『魔装機神サイバスター』の登場人物である。本編は主人公ごとに三つの章にわかれており、マサキ（『魔装機神サイバスター』の主人公）の章が27話、リューネ（同作のヒロイン）の章が24話、シュウ（マサキのライバル）の章が16話の、合計67話。それぞれの主人公ごとに難易度が表示されており、マサキ→リューネ→シュウの順で難易度が上昇していく。本作ではチュートリアル（トレーニングモード）が実装されており初心者にも配慮した内容になっている。
全般的に共通語に近いが、母音無声化は起こらない。アクセントは中輪東京式アクセント。「山梨県」や「山梨市」などと言う場合には、共通語と同様に平板型の発音であるが、単に「山梨」と言う場合に、「ヤマナシ」と第一音にアクセントを置いて発音すると山梨市を指す。同様に「甲府」を「コウフ」、「清里」を「キヨサト」と言う。奈良田方言は特殊アクセントであり、四つ仮名を区別する。
文治5年（1189年）、僅か9歳で内親王宣下を受けると同時に准三后とされ、建久2年（1191年）には11歳で院号宣下を受けた。建久3年（1192年）1月、父・後白河院から長講堂およびその附属領（長講堂領）をはじめとする広大な所領を譲渡された（後白河院は同年3月に崩御）。建久6年（1195年）に上洛した源頼朝・北条政子夫妻から拝謁を求められるなど、権勢を誇った。元久2年（1205年）に出家、法名を性円智と称する。建長4年（1252年）、72歳で没した。後鳥羽天皇の皇子・雅成親王を養子とし、また、関白近衛家実の娘・近衛長子（鷹司院）を養女とし、後堀河天皇のもとへ入内させた。承久の乱に関わりが無かったために長講堂領などは安堵された（鎌倉幕府に一時没収されたという説は近年否定された）が、養女・長子を入内させて将来は彼女が生むであろう皇位継承者に長講堂領を譲ろうとしたが後堀河天皇の早世で失敗に終わった。更に存命中の後堀河天皇との約束で後を継いだ四条天皇を自身の猶子とし、更に長子を天皇の准母にすることにも成功したが、四条天皇も程なく崩御した。その後、長講堂領を宗尊親王に継承させたい後嵯峨上皇と死後の自分及び亡き父院に対する将来の追善を期待して皇位継承者への譲渡に拘った覲子との間で意見の食い違いがあったが、最終的には建長3年（1251年）に上西門院領を除いて後深草天皇に譲渡された（上西門院領は長子に譲渡された）。