中華人民共和国の中華書局は1985-1991年に『叢書集成初編』を再版し、1930年代に出版されなかった533冊を加えて4000冊にした。
台湾の新文豊出版公司は1985年に『叢書集成新編』を出版した。『叢書集成初編』と同様に再分類し直して活字出版されている。新文豊出版はまた『叢書集成続編』、『叢書集成三編』も出版した。いずれも中外図書統一分類法に従っている。
台湾の芸文印書館は1970年に『百部叢書集成』を出版した。101種類の叢書から4144種の書物を取り、線装本7950冊として出版された。『叢書集成初編』と異なってすべて影印により、また本来の叢書の順序に従っているが、もとの『叢書集成初編』と同様に重複は除かれている。その後、1972年までかけて続編にあたる『叢書菁華』全6期を影印出版した。『叢書菁華』の前半は『叢書集成続編』、後半は『叢書集成三編』と呼ばれることがある。
深井没後の1979年5月には師・西八郎氏ら自由美術協会会員らが『深井克美遺作小品展』（吉祥寺、画廊駱駝館）を開催（最終日の6日、その会場で西は吐血、11日に死去）、第43回自由美術展で深井に「靉光賞」が授与され、さらに坂崎乙郎氏の企画で『深井克美遺作展』（新宿、紀伊国屋画廊）が開催された。その後、自由美術家協会・藤林叡三（武蔵野美術大学）の尽力で『深井克美遺作展』（銀座・あかね画廊）も開催されている。また、1980年10月に、深井が参加した同人誌『われらは今』『Pre』の伊藤容人、岩本重雄らは、布張りバインダー、展覧会会場のスナップ写真や資料コピーの貼り付けという「手作り」で、最初の深井の作品目録ともなる私家版『深井克美作業目録』（限定22部）を刊行した。一方、坂崎乙郎は《オリオン》《風》《青春1》《青春2》を、群馬県吾妻郡在住のコレクター・植木正心に紹介、1981年にコレクションされ、同氏は、1982年9月に深井作品を中心に展示する植木美術館を開館する。吾妻郡在住の画家・水野暁は、美術大学在学時に、植木美術館を訪れ、《オリオン》等に触れている。植木は、その後、数少ない遺作の一点《海》もコレクションに加えるが、2001年4月、「館主老齢」を理由に同館を休館（＝閉館）。同年末、植木美術館の深井克美作品は、一括、秋山コレクション（個人蔵）に引き受けられた。栃木県立美術館への《６・５・７》の作品収蔵も、坂崎の紹介によるものであった。その坂崎も1985年に死去している。その他の遺作は、母・千恵子の没後の1982年、一旦は散逸しかかったが、藤林叡三の尽力により、妹・片柳由利の手元に一括相続され、同年10月、由利から41点が北海道立近代美術館に寄贈された。なお、その内の《タキオン》《無題》は深井の生地での展観のために、1986年、北海道立函館美術館に管理替えされている。作品を寄贈された北海道立近代美術館は、翌1983年4月に『未完のランナー 深井克美展』を開催、代表作《オリオン》、絶筆《ランナー（未完）》など、所在判明の遺作すべて（油彩55点、素描・版画24点の総計79点）が展観された。その後は、1992年に北海道立函館美術館において道近美コレクションによる『深井克美－幻想の世界』展、1993年に北海道立旭川美術館で道近美コレクションに遺族所蔵作品を加えた『深井克美展 夭折の画家・その魂の軌跡』、1998年に練馬区美術館で、植木美術館コレクションや新発見の個人蔵作品も含めた『神田日勝・深井克美展』が開催されている。2013年の、北海道立近代美術館での「これくしょん・ぎゃらりい バラード－深井克美と人間像の画家たち」展は、その後の収集作品も含めた同館所蔵全51点による展示であった。また、日本のロックバンド、bloodthirsty butchersの2010年3月に発売された11thアルバム『NO ALBUM 無題』のジャケットに深井克美の〈ランナー（未完）〉が使用された。2014年7月、札幌の歌人・山田航と雪舟えまの二人が、＜目標は深井克美の画集が出ること！＞と、東京で「座談会：画家・深井克美を知っていますか？夭折した「愛」の画家の世界」を開催する（下北沢・本屋B&B）。2016年10月に「秋山コレクション展ー深井克美・サビエを中心にー」（前橋市・阿久津画廊）が開催され、ほぼ15年ぶりに《オリオン》など植木美術館旧蔵の深井の5作品が公開された。2019年2月5日―3月21日、北海道立近代美術館が『生誕70年・没後40年 深井克美展 未完のランナー、再び』を開催。深井の生涯を追った写真や地図などのパネル類、所蔵した美術書籍（母・千枝子の没後、1983年当時、武蔵野美術学園に寄贈のため束ねられたものを撮影したスナップ写真をもとに、本展のため古書で再収集された）、書簡やメモ、深井没後にその仕事を評価付けるべくなされた遺作展関係資料などの関係資料が多数出品された。