次第に社会の地位を確立しつつあった1941年、BCAと日系移民を取り巻く状況は一変する。真珠湾攻撃に始まる太平洋戦争開戦により、ルーズベルト大統領は大統領令9066号を発令し、日系人の強制収容が実施され、日系人社会は壊滅させられた。特にFBIなどは日系人の団結を警戒して宗教活動を厳しく取り締まったことから、BCA傘下の寺院は悉く閉鎖された。収容所においても僧侶と一般人は別々に収監され、宗教活動の一切が禁じられた。しかし、当局による厳しい監視の下でも密かに信仰を守り通したメンバーも少なくはなかった。
米国仏教団（べいこくぶっきょうだん、英: Buddhist Churches of America、略称はBCA）は、浄土真宗本願寺派のアメリカ合衆国本土における布教組織。本願寺派の海外開教拠点のひとつであり、100年以上の歴史を持つアメリカ大陸最古の仏教組織。本部をサンフランシスコに置く。本願寺派教団内での名称は北米開教区。
住血吸虫症は日本住血吸虫症以外にも、インドシナ半島のメコン住血吸虫症、アフリカ大陸および中南米一帯のビルハルツ住血吸虫症や、マンソン住血吸虫症など、世界各地に数種存在する。今日ではこれらの住血吸虫症でも、画期的な駆虫薬プラジカンテルによる治療が普及したことによって、生命に関わるような重篤な患者は減少しつつある。終息宣言から20年以上経過した日本国内では日本住血吸虫という言葉を知る人も少なくなり、三省堂の辞書編纂に携わる編集委員のひとり飯間浩明は、日本住血吸虫という言葉を他の数百語とともに三省堂国語辞典の最新版から削除したと2017年（平成29年）に語った。しかしながら、2015年のWHO（世界保健機構）の報告によれば、住血吸虫症の流行国は78カ国、そのうち感染リスクの高い国は52カ国に及ぶ。推定感染者数は約2億6100万人に達し、2014年には全世界で4000万人が住血吸虫症の治療を受けたと報告されている。特に、サハラ砂漠以南のアフリカ諸国では、2015年現在も年間推計2万人から20万人が住血吸虫症により死亡したと推計されている。山梨県で終息宣言が出された2年後の1998年（平成10年）5月に、イギリスのバーミンガムで行われたバーミンガム・サミット（主要国首脳会議）の席上で、橋本龍太郎首相（当時）は、世界規模で寄生虫対策を実施する必要性を訴えた『21世紀に向けての国際寄生虫戦略 - The Global Parasite Control for the 21st Century』と題する報告書を各国首脳に提示した。橋本イニシアティブ (Global parasite control initiative of Japan (Hashimoto Initiative))と呼ばれるこの報告書は、アメリカコロラド州デンバーで前年に開催されたデンバー・サミットのG8会議において、世界規模で寄生虫対策を行う重要性を橋本が指摘し、対策が具体化したものであり、デンバー・サミット後、橋本の指示を受けた日本の厚生省は、辻守康杏林大学医学部教授を委員長とした「国際寄生虫対策検討会」を組織した。橋本イニシアティブが出された後、日本の寄生虫学研究者や医師らの多くが寄生虫疾患対策のために世界各地へ出向き、その対策や治療、中間宿主貝撲滅活動などが継続的に行われている。また、日本国内においても住血吸虫症の治療に関する研究が継続的に行われており、プラジカンテル等の駆虫薬を用いた感染後の治療に主眼点をおいていた従来の治療法に代わる新たな試みとして、ヒト宿主との相互作用に直接関与し、ヒトの免疫応答に重要な機能を果たしている可能性がある日本住血吸虫本体（膜表面）および分泌性のタンパクの同定に長崎大学熱帯医学研究所が2014年（平成26年）に成功し、これらを遺伝コードする遺伝子族が特定されるなど、日本住血吸虫症に対する予防ワクチンの開発研究が進められている。日本が世界の寄生虫対策の舵取り、イニシアティブをとる理由は、日本がさまざまな苦難を乗り越え、日本住血吸虫症ばかりでなく、数々の寄生虫病を制圧してきた経験を持つ公衆衛生先進国だからである。以下、寄生虫学者である自治医科大学名誉教授石井明が2005年に記した、「日本における住血吸虫研究の流れ」より引用する。日本住血吸虫症は住血吸虫感染症の中で最も重症である。日本住血吸虫を発見した後に、その感染経路、中間宿主貝を発見したのは住血吸虫感染の中で日本が最初である。住血吸虫症が制圧されたのは日本が世界で最初である。住血吸虫症は世界の寄生虫感染の中でも重要な位置を占めている。したがって日本が日本住血吸虫症を制圧したことは誇るべき先駆的で歴史的な事実となった。これには日本の研究が大きな役割を果たしたことを記録しなければならない。研究論文は莫大な数に上がっている。日本語で書かれたものが多いので必ずしも世界に十分に知られているとは言えないが、それらの成果がもたらした結果が日本住血吸虫症の制圧に至ったことを明記する必要がある。 — 日本における住血吸虫研究の流れ。2005年 石井明世界には日本住血吸虫症だけでなく、さまざまな住血吸虫症があるが、日本は日本住血吸虫症のメカニズムを世界で初めて解明しただけでなく、撲滅・制圧を成し遂げた世界唯一の国である。その中心的役割を担った山梨県では、2005年（平成17年）に開館した山梨県立博物館の常設展示に「地方病」に関するコーナーが設けられ、中巨摩郡昭和町では、旧杉浦医院の建物を利用した地方病資料館（風土伝承館杉浦醫院）が2010年（平成22年）に開館した。また、山梨県内の小学校・中学校で使用される道徳教育教科書に「地方病」撲滅の経緯が記載され、2012年（平成24年）より総合的な学習の時間を利用した「地方病」に関する授業学習が一部の小学校で行われ、さらにNHK教育テレビで放送された小学校4年生向けの番組NHK for Schoolで取り上げられるなど、地方病撲滅に至る経緯や得られた経験を、後世に伝えようという活動が行われ始めている。