一連の粛清の手を逃れた北畠の将たちは北畠政成の守る防御能力の高い霧山城（多気御所）に集結し抵抗を試みたが、信長は即座に羽柴秀吉・神戸信孝・関盛信ら15,000の兵を送り込んで霧山城を包囲。12月4日には霧山城は陥落して守将の北畠政成・波瀬具通らが自害して果てた。霧山城下は灰燼と化し、霧山城も焼け落ちたのでそのまま廃城となった。同年12月15日には信意の側近で変にも参加していた津田一安が信長の命を受けた日置大膳亮によって田丸城の普請場で斬殺されている。その後、一族誅殺の報を聞いて激怒した具教の弟である奈良興福寺東門院院主が伊賀に潜伏し、そこで還俗して北畠具親を名乗り挙兵。天正5年（1577年）に鳥屋尾満栄・家城之清ら北畠旧臣の協力を得て三瀬谷・河俣谷・多気・小倭衆らの在地武士と飯高郡森城に旗揚げしたが、信意麾下の日置大膳亮・日置次太夫兄弟らの活躍によって年内にはこの反乱も鎮圧され、具親は毛利輝元を頼って安芸国にまで亡命した。これによって信意の伊勢掌握の妨げになっていた旧北畠具教・具房家臣の一門一派はほぼ伊勢から駆逐され、要衝には信意の側近たちが配置される事となり織田氏による北畠氏簒奪が完了した。
一方で信意も同日（11月25日）に北畠家臣やその一門を一斉に集め、この機を逃さず根絶やしにしようと計画していた。まず、朝に饗応の席と偽って田丸城へと呼び出した長野具藤（具教次男）・北畠親成（具教三男）・坂内具義（具教娘婿）の3名を招き入れて、やがて信意が合図の鐘を鳴らすと城内の北畠家臣の抹殺を命じた。日置大膳亮・土方雄久・森雄秀・津田一安・足助十兵衛尉・立木久内らが一斉に組み付いて長野具藤・北畠親成・坂内具義を刺し殺すと、そのまま城内にいた坂内千松丸（具義長男）や波瀬具祐・岩内光安らも殺された。更に病の治療のために田丸に滞在していた大河内具良（教通）も標的となり、見舞いと偽って訪れた柘植保重・小川久兵衛尉が刺客となって具良を殺害した。翌日11月26日には天野雄光・池尻平九衛門尉の2人が坂内具房（具義父）らが寄る坂内御所に到着したが、既に城内では坂内の家臣たちが謀反を起こして具房を殺しており、坂内御所は具房の首を天野・池尻に差し出して降伏した。これらの知らせを聞いた田丸直昌も北畠一門の家柄であったので防備を固め警戒したが、直昌を殺すつもりは無かったのでこれは信意が使者を送って宥めた。田丸城に呼び出された北畠一門の中で助命されたのは信意の養父ということになっていた北畠具房ただ一人であり、具房の身柄は変後滝川一益預かりとなって長島城に幽閉された。
天正4年（1576年）11月、信長・信意親子は北畠一族の抹殺を画策。信長は藤方朝成・長野左京亮・奥山知忠の3名を呼び出し領地の朱印を与えて誓紙を書かせ、具教殺害を指示した。この内、奥山知忠は病と称して出家してしまい直前で計画から外れたが、長野左京進は参加し、また藤方朝成も直接の参加は避けたものの結局は家臣の軽野左京進を参加させた。11月25日、滝川雄利・柘植保重・軽野左京進の3名の軍勢が三瀬御所を密かに包囲。内通していた具教の近習である佐々木四郎左衛門が長野ら3人を通し、具教に面通りさせると長野がいきなり槍で具教を突き、具教はこれを躱して太刀で反撃しようとしたが佐々木に細工された太刀は抜くことが出来ずそのまま討ち果たされた。しかし一説には具教は19人を斬り殺し、100人に傷を負わせたという。その後、長野左京亮によって討ち果たされた。享年49。その後、三瀬御所に討ち入った軍勢によって具教の四男・徳松丸、五男・亀松丸らも殺害され、北の方（具教正室）らも走って逃げようとするなど御所内は大混乱となった。三瀬御所では具教と2人の子の他に北畠家臣14人の武将が殺害され、30人余りの家人もそれに殉じた。
身長は172cm、体重は67キロ（2017年時）、血液型はB型。趣味は読書、登山、囲碁。好きなスポーツはスクーバダイビングやスキンダイビング。信仰はローマ・カトリックである。好きな食べ物は刺身や海産物、座右の銘は「困難な時ほど原則に戻れ」。尊敬する人物は丁若鏞、世宗大王、フランクリン・ルーズベルト。好きな芸能人は歌手のイ・ウンミ（朝鮮語: 이은미_(1966년)）、俳優のソン・ガンホ。好きな映画は『王になった男』。幼少期の夢は歴史学者だった。息子をアメリカに、娘を日本に留学させている。「左派」（読売新聞・産経新聞）「反米・親中」（産経新聞）「反日・親北」（産経新聞）「従北」（産経新聞・夕刊フジ）と保守系メディア中心に否定的な見方がある。「従北」というレッテルについて文は「特殊戦司令部出身の私に従北という人たちが本当の従北」と中央日報の取材で述べている。一方、「革新」（時事通信・公明党）「リベラル」（CNN）「中道左派」（日本共産党）と肯定的な見方もあり、メディアにより評価が分かれる。その半生は保守派との闘争に彩られているが、保守主義全般については必ずしも否定的ではなく、保守思想を「家族、国家と民族、共同体をより大事にし、そのために犠牲になり献身するもの」と肯定的に定義している。2012年大統領選挙の時には参拝を忌避した顕忠院を2017年4月に訪問し、李承晩・朴正煕の墓地を順に参拝しており、芳名録に「国民すべての大統領！」と書いている。「真の保守」と「偽保守」を峻別して「偽保守」を批判している。2012年1月にバラエティ番組に出演した際、メディアにつけられたニックネームの中でもっとも気に入っているのは「盧武鉉の影法師」であると語り、「盧武鉉大統領が亡くなっていなければ政治の道に入ることはなかっただろう」と述べた。