1893年7月15日、ケープ植民地（現東ケープ州）のクリップフォンテーンで農場主の息子として生まれ、法律家となるためにヴィクトリア・カレッジ（現ステレンボッシュ大学）へと進学し、さらにプレトリア大学へと進んだ 。学業を修了すると、ストレイダムは北トランスヴァールのニルストルームへと植民し、やがてこの地域のアフリカーナーのリーダーとなっていった。
北海道旭川市出身。北海道旭川東高等学校を経て、1980年東北大学法学部卒業、人事院入庁。給与局給与第一課長、人事課長を経て、2009年職員福祉局次長。2012年から給与局長を務め、国家公務員の給与引き下げ関連法案の整備などにあたった。2017年事務総長。
文化圏によっては、箕ではなく、園芸用スコップ型（柄の短いショベル型）あるいはそれに長い柄を付けたショペル型とも言える形状の道具、もしくは、英語で "winnowing fork" と呼ばれるフォーク状の道具あるいはフォーク状の道具に長い柄が付いたものが用いられてきた（大昔から使われており、今も地域によっては使われ続けている）。使い方で箕との違いはほとんど無く、すくって宙に舞わせ、風で小片を吹き飛ばすというものである。古代エジプトでは、英語で "winnowing fork" に分類されるフォーク状の道具を手に持って叩くようにして脱穀を行っていたことが知られている。
長野県佐久地域には箕を使用し、幼児の成長を願う初誕生の行事がある。箕の中に幼児を入れ、杖代わりの麺棒を持たせて立たせてみたり、大人がゆすりながら「粃（しいな）は舞出ろ実は残れ」と歌い、邪気をはらう。
日本では、「サンカ」と呼ばれる人々が古代から近世までの長きにわたって山間部や里山近くに住まっていたといわれているが、このサンカは、箕作りを始めとする箕にまつわる労働を生業にしていたと俗説されている。詳しくは「サンカ#俗説」を参照のこと。
元治元(1864)年4月14日（4月10日との説もある）、越後国蒲原郡保田村（現：阿賀野市安田村）の豪農旗野家の子（三男）としてに生まれる。吉田姓は養子先であり、明治17(1884)年12月から名乗った。明治8(1875)年、11歳の時から新潟学校（後の新潟英語学校）中学部を3年ほどで中退後、学校教育を受けずに独学で小学校教員となる。1884(明治17)年、中蒲原大鹿新田（新潟市秋葉区）の吉田家の養子となり結婚する。1885(明治18)年、1年志願兵として仙台兵学校に入営する。休日には仙台師範学校の図書館（旧仙台藩の図書を収蔵）に通う。翌年、帰郷する。1887(明治20)年、24歳の時、小学校正教員の検定に合格し、北蒲原郡水原小学校訓導となった。この頃、歴史・地理・天文のほか考古学・人類学に関心をもつ。1889年（明治22年）水原小学校を辞職。1890年（明治23年）、27歳での結婚後に単身北海道に渡り、そこから『史学雑誌』に寄稿した「古代半島興廃概考」が学者の注意を引き、落後生という筆名で続々史論を発表し注目された。特に『史海』への投書論考が主筆田口卯吉らの注目をひき、学界への登竜門となった。1891年（明治24年）郷土に帰り、親戚の市島謙吉を頼って上京し、市島が主筆を務める読売新聞社に入社し、「徳川政教考」を『読売新聞』に連載。また、2年足らずで膨大な『日韓古史断』（1893年、30歳）を書き上げ、翌年『徳川政教考』を出版し、歴史家としての地位を固めた。1895年、日清戦争に記者として従軍した頃から、1893年に官撰日本地誌の編纂事業が中止されており、その事業を独力で継ごうという意思の表れでもあり、また、日本の地名の変遷を記した研究がないことに気付き、13年かかって『大日本地名辞書』11冊を完成した。原稿の厚さ5mに及ぶ質量とも古今未曾有の大地誌で、今日でも刊行されている。歴史地理学のほか日本音楽史の造詣も深く、とくに能楽研究に意を注ぎ、『世子六十以後申楽談儀』(『申楽談儀』)を校訂、これが世阿弥伝書の発見につながる契機となった。その後、吉田が『花伝書』と命名した『風姿花伝』をはじめ，当時発見された世阿弥の著書16部を収めた『世阿弥十六部集』を校注し、従来の観阿弥・世阿弥像を一新させ、近代能楽研究の出発点となった。晩年は宴曲(早歌（そうが）)研究に努め、東儀鉄笛（とうぎてつてき）の協力で宴曲再興を試み、私財を投じて『宴曲全集』を公刊して研究の基礎を築いた。他にも、社会経済史の分野では『庄園制度之大要』が、近代史の分野では『維新史八講』があり、現代より過去にさかのぼるという歴史的視野の問題を含む通史『倒叙日本史』(全12巻)もある。東京専門学校（早稲田大学の前身）文学部史学科講師となり、以後、国史、日本地誌、明治史、日本地理を担当、のちに教授となり、さらに維持員、理事に就任した。1918年（大正7年）尿毒症のため急死した。