ロンド・ベルのネェル・アーガマ改とバナージ・リンクスは、ユニコーンガンダムがラプラスの箱を示す座標となるラプラスの残骸に赴く。そこでユニコーンガンダムがLa+を起動させた瞬間、ユニコーンガンダムからワールドシグナルが放たれ、それに呼応するようにELSが出現する。その危機に刹那・F・セイエイが搭乗するダブルオークアンタがバナージを救い、それに続くようにアムロ・レイのνガンダム、ドモン・カッシュのゴッドガンダム、キラ・ヤマトのフリーダムガンダム、フリット・アスノのガンダムAGE-1ノーマルが現れる。しかし刹那がELSとの対話を試みようとクアンタムシステムを起動させようとした瞬間、アムロ、ドモン、キラ、フリットが敵意を剥き出しにして刹那とバナージに襲い掛かる。その内の1機を戦闘不能にさせた瞬間、彼らは正気に戻る。それはジェネレーション・システムの暴走によって引き起こされ、協力していた者が突然敵意を向けるオーバーインパクトであると、かつてとは容姿が激変したアプロディアが警告する。それを止め、「悪しき者を倒せ」とアプロディアが続けて告げ、それと同時にジェネレーション・システムの心臓部であるワールドコアへ突入する1つの機影があった。
とある世界の地球において、地球外生命体「ELS」と紫色に輝く謎の彗星、謎のMS「バルバトス・ミラージュ」の襲来によって世界は混沌と化す。その裏ではある男が自分の野望のためにある計画を発動させようとしていた。
突如世界中に「アプロディア」と名乗る女性からの信号が流れ始めた。それと同時に世界に偽りの世界を創り出すという「ワールドシグナル」が鳴り始める。アプロディアからの信号を受け取った刹那・F・セイエイ達プトレマイオスチームは彼女が示したポイントへと向かう。その時フル・フロンダル率いる「袖付き」らと遭遇し、ユニコーンガンダムを駆るバナージ・リンクスと共闘する。戦闘に介入してきたキラ・ヤマト、アスラン・ザラとも協力し途中乱入してきたアロウズを含め何とか敵を撃退した刹那達だが、その直後に再びアプロディアの信号が届く。ワールドシグナルを止めるにはそれを操るハルファスガンダムを止めるしかないと告げるアプロディア。欺かれた世界を舞台に、様々な時代やガンダムパイロットを巻き込んだ戦いが幕を開ける。
人類が増えすぎた人口を宇宙空間に建設されたスペースコロニーに移住させるようになった未来の世界。地球からの独立を宣言したジオン公国に対して地球連邦軍は人型機動兵器MSの登場によって開戦より圧倒差を付けられるも、反攻の一手として独自のMS開発に成功し、ジオンを追い詰めていった。起死回生の策としてジオン軍はコロニー落としを仕掛け、連邦軍はこれを阻止すべく宇宙艦隊を集結させる。連邦の抵抗むなしくコロニーは地球へ落ちたが、ジオンの逆転は成らず人類史上初の宇宙戦争は終結した。それから数年後、弱体化した連邦軍内部の保守派からスペースノイド粛清を掲げるティターンズが結成され、軍事秘密結社OZの協力を得て勢力を拡大した。彼らの独裁に反発したザンスカール帝国がジオンに続いて独立を宣言し、地球に侵攻部隊を送り込んでいた。悪化を辿る情勢の中、連邦には改革派のエゥーゴも存在したが発言力は弱く前大戦の旧式兵装で凌いでいる有様だった。エゥーゴに属するアーガマ隊は現状を打破すべく3機の新型MSを受け取るためトリントン基地へ向かうも、その内のガンダム試作2号機を狙うジオン残党の襲撃を受ける。ガンダム試作2号機の強奪を阻止できたか否かによって、その後の物語が分岐する。
この当てにならない和平にもかかわらず、ルーアン、オランジュ、パリなどの都市ではカトリックの群衆によるユグノー虐殺が続いていた。宮廷の事情は更に複雑で、シャルル9世がユグノーたち、とりわけコリニー提督と結びつき始めた。一方、王太后カトリーヌはコリニー提督とその支持者たちの権勢の拡大を食い止められないこと、特にコリニー提督がイングランドやネーデルラント反乱軍との同盟を主張していたことが明らかになると、次第に脅威を感じ始める。1572年8月18日、コリニー提督やその他のカルヴァン派貴族たちが王女マルグリットとプロテスタントのナバラ王アンリ（同年6月の母の死により王位を継承）の結婚式に参列するためパリにやって来た。8月22日、通りの窓からコリニー提督を狙撃する暗殺未遂事件が起こる。歴史家の間では暗殺者がシャルル・ド・ルビエであることは定説になっているものの、暗殺の指示者は明らかになっていない（カトリーヌが指示したとの広く知られる説は当てにならない）。ユグノーによる報復クーデターを恐れたギーズ公アンリとその一派は行動を起こし、8月24日早朝に従者とともに宿屋にいたコリニー提督を襲撃して殺害した。コリニー提督の死体は窓外へ投げ出され、その後、死体はパリ市民によって無残に切り刻まれ、切断されて、群衆の中を引き回された末に川に投げ込まれ、絞首台に釣り上げられた後に焼かれた。その後5日間にわたって大規模な虐殺が行われ、カルヴァン派は男も、女もそして子供までも殺され、彼らの家々は略奪された。これらの蛮行に王の許可はなく、予測もされないことだった。5週間にわたり、十数の都市で無秩序が広まった。結局、パリではおよそ2000人のユグノーが虐殺され、地方ではおそらく1万人が犠牲となった。ナバラ王アンリと従弟コンデ公アンリは、カトリックへの改宗に応じたことで辛うじて死を免れた。スペイン王フェリペ2世とローマ教皇グレゴリウス13世はこの結果に対する満足の意を表明したが、ヨーロッパ中のプロテスタントたちには恐怖と憤慨を引き起こしている。フランスではユグノーたちが恐慌状態になり、カトリックへ改宗する者が続出し、一部は国外に亡命して、王家に対抗するユグノーの力が酷く弱まってしまった。一方で、残ったプロテスタントはより過激になり、君主を選ぶ権利は人民にあり、君主が暴政を行うならば追放することができるとする「暴君放伐論」が唱えられた。また、法曹家を中心とした穏健なカトリック教徒たちはカトリック過激派の暴走を危惧し、王国の分裂を防ぐためにカトリックとプロテスタントとの融和とより強い王権の確立を主張するようになり、彼らはポリティーク派と呼ばれた。