ペルーはサン・マルティンの援けによって独立を果たしたが、その支配は海岸部にとどまっていた。グアヤキル会談の後にサン・マルティンが引退すると、新生ペルーは軍事的劣勢を補うためコロンビアに援兵を求めた。1823年にスクレは先遣隊6000を率いてペルーに向かった。スクレはまずリマから政府を疎開させ、この方面の防衛体制を整えた。ペルー政府はスクレをペルー軍司令官に任命したが、スクレはペルー政府の内紛を見てその地位を返上し、ペルー南部で作戦中のサンタクルスの救援に向かった。兵力に勝るスペイン軍はサンタクルスを撃破したが、スクレを捕捉することはできなかった。スクレは敗兵を収容しようとしたが、サンタ・クルスの方が合流を望まなかった。10月にこの戦役は独立軍の敗勢に終わった。結果的に、スクレ軍は兵力を失わずリマに帰り、サンタクルス軍は兵力の大部分を失った。それより少し前、9月にはボリバルがペルーに到着し、ペルー軍とコロンビア軍の指揮権をおさめた。ボリバルはスクレを全軍の司令官に任じたが、ボリバルがいる場所でスクレの実際の役割は参謀長であった。1824年夏にボリバルは連合軍を率いて攻勢をかけた。8月6日にボリバルはフニンの戦いで騎兵戦を行い、大勝を得た。この戦いではスペイン軍が早々に退却してしまい、歩兵を指揮するスクレの出る幕はなかった。ボリバルはこれで戦線が一応安定したと考え、主力をスクレに預けて自らは海岸地方を掃討することにした。しかしこの間、ホセ・デ・ラセルナ副王は、他方面から部隊を呼び寄せて大兵力を結集し、スクレ軍に対して攻勢に出た。スクレは交戦しようとせず、1か月もの間ひたすら退却を続けた。ラセルナはスクレの退路を遮断する進路をとった。その目的は達したが、遠回りで強行軍したため、追撃したスペイン軍の兵力の消耗のほうが大きかった。追い詰められたスクレはアヤクチョの盆地に布陣してスペイン軍を迎えた。12月9日のアヤクーチョの戦いでは、スクレが率いる少数の連合軍が決定的勝利をおさめた。スペイン軍は敵の退路を塞ぐために回り込んだはずだったが、敗れてみるとその機動のせいで自らの退路がなくなっており、副王以下の将兵がみな降伏を余儀なくされた。スペイン領南アメリカ独立はこの一戦をもって最終的に決まった。ボリバルは12月26日にこの戦功をたたえてスクレを大元帥に任命した。翌年2月12日、ペルー政府がスクレを「アヤクチョ大元帥」に任命した。
怪盗キッドが登場する映画は、第3作『世紀末の魔術師』、第8作『銀翼の奇術師』、第10作『探偵たちの鎮魂歌』と合わせて本作が4作目となり、前作までの登場映画ではキッドのクールな面が強調されていたが、本作では『まじっく快斗』のようなコミカルなシーンが見られる。また、公開間近の2010年4月3日からは3週にわたり怪盗キッドが物語にかかわるエピソードであるテレビアニメ394話 - 396話「奇抜な屋敷の大冒険」が本放送枠で再放送された。本作は世界最大級の飛行船「ベル・ツリーI世号」を舞台に、主人公・江戸川コナンとライバル・怪盗キッドの共闘、テロリストグループとの戦いを描いている。TVシリーズのキャラクターからは、鈴木次郎吉が初登場。なお、2014年1月27日に永井一郎が死去したため、永井が演じる次郎吉は本作が唯一である。服部平蔵と遠山銀司郎は2度目の登場を果たしており、遠山刑事部長の下の名前は本作で明らかになっている。第4作『瞳の中の暗殺者』に登場した小田切敏郎が本作と次作『沈黙の15分』で再登場している。オープニングの作品解説が例年に比べて大幅に短縮されているため、メインキャラクターの灰原哀や怪盗キッドらの紹介シーンも省略されている。鈴木次郎吉の紹介、本編に登場するテロ組織「赤いシャムネコ」の解説があり、メインキャラクター以外のオープニング登場は初めてのことであった。また、毎年製作されている劇場ロゴにはコナンのシルエットはなく、オープニング映像にもロゴが登場しないという珍しい回である。服部平次と遠山和葉が初めて映画シリーズに2年連続で登場している。平次と和葉は、本作と同日に発売されたOVA『大阪お好み焼きオデッセイ』にも出演している。また、コナンと平次が電話中に話題にした「お好み焼き屋さん」は、前作『漆黒の追跡者』のコナンとの電話で平次が「黒の組織絡みの事件を解決して、今度大阪へ遊びに来たら、お好み焼き屋に連れて行ってやる」と約束していたときのことである。毛利蘭が、『銀翼の奇術師』で怪盗キッドが新一に変装していたことを語っている。また、劇場版第9作『水平線上の陰謀』の空手の関東大会で蘭が優勝した話題を、藤岡隆道が述べる。山口勝平は怪盗キッドとの兼任だが、本作に出てくる新一はキッドの変装であり、『水平線上の陰謀』同様、小学生時代の新一の声も高山みなみが担当しているため、山口勝平が演じる新一の出番はエピローグのみで、冒頭の解説とコナンの変声を除けば台詞は一言のみであった。本作以降の毛利小五郎役は降板した神谷明に代わり、小山力也が演じている。本作以降の舞台挨拶にも神谷に代わり小山が、コナン役の高山みなみ、蘭役の山崎和佳奈と共に登場している。本作には、平次にヒントを与える少年・川口聡役で大橋のぞみ、赤いシャムネコのメンバー役で優木まおみがゲスト出演している。大橋は役名付きの重要なキャラクターで出演したが、優木の役は名前がなく出番も少なかった。その後、優木は『名探偵コナン vs Wooo』第2話に本人役のレポーターとして再び出演している。シリーズ恒例となっている阿笠博士からのダジャレクイズは、いつもは本編の序盤で出題されるが、本作では事件解決後になっている。本作は映画シリーズで初めて、回想を含めて一度も殺人事件が発生していない作品である。2019年現在、このような作品は本作と2012年公開の第16作『11人目のストライカー』の2作品のみである。本作の小説版が小学館のジュニア文庫から2013年2月8日に発売された。セブン-イレブンとのキャンペーン・タイアップでは、実写背景に着ぐるみのコナンが出演するテレビCMが制作・放送された。2016年に開催された歴代映画19作品の人気投票で、今作は9位を獲得した。