1983年4月、イゼトベゴヴィッチとその他の20人のボシュニャク人活動家、メリカ・サリフベゴヴィッチ（Melika Salihbegović）、エドヘム・ビチャクチッチ（Edhem Bičakčić）、オメル・ベフメン（Omer Behmen）、ムスタファ・スパヒッチ（Mustafa Spahić）、ハサン・チェンギッチ（Hasan Čengić）はサラエヴォの裁判所で裁判にかけられた。「敵対行動」、特に「ムスリム民族主義に影響を受けた敵対活動」、「敵対活動を目的とした共謀」、「敵対的プロパガンダ」の容疑であった。とりわけ、起訴された者たちは「民族的に純粋なムスリムのボスニア・ヘルツェゴビナ」を創設することを目指していたとされた。イゼトベゴヴィッチは更に、イランでのムスリム会議に参加したことでも訴追された。彼らは全て有罪と認定され、イゼトベゴヴィッチは懲役14年を宣告された。有罪判決は、アムネスティ・インターナショナルやヒューマン・ライツ・ウォッチなどの西側の人権組織から強く非難され、この事件は共産主義者によるプロパガンダに基づいており、起訴された者たちはいかなる暴力を使ったことも擁護したこともないとした。 続く5月には、ボスニア上級裁判所は、「被告の行動の幾らかは、犯罪活動としての性質を有さず」とし、イゼトベゴヴィッチの懲役を12年に減刑した。1988年、共産主義による統治が失墜すると、イゼトベゴヴィッチは恩赦を得て釈放され、ほぼ5年間に及んだ投獄生活を終えた。イゼトベゴヴィッチの健康状態はひどく害されていた。
1970年、イゼトベゴヴィッチは『イスラム宣言』（The Islamic Declaration）と題する声明書を発表した。このなかで、イゼトベゴヴィッチはイスラムと国家、社会に関する自身の見解を表明した。ユーゴスラビアの当局はこの宣言書をボスニアにおけるシャーリア法であるとの見解を示し、出版を禁じた。後に、この宣言書はセルビア人の民族主義者によって戦争の口実として使われた。彼らは本書を引用し、ボシュニャク人がボスニアに、イランのようなイスラム国家を設立しようとしていると主張した。ボスニア紛争が続いた1990年代、宣言書がイゼトベゴヴィッチに反する立場の人々によって頻繁に引用されるようになってから、本書はイスラム原理主義の見解を示したものと見なされてきた。 こうした見解はジョン・シンドラー（John Schindler）等の一部の西側諸国の人々にも共有された。 しかし、イゼトベゴヴィッチはこうした見解を強く否定している。イギリスの著者ノエル・マルコルム（Noel Malcolm）は、セルビア人民族主義者による本書に関する主張を「誤ったプロパガンダ」であるとし、本書を丁寧に読むことを薦めた。 マルコルムは本書を「政治とイスラムに関する一般的な指針を示したものであり、全てのイスラム世界に向けられたものである。これはボスニアについて述べたものではなく、ボスニアは本書では触れられてすらもない。…引用される箇所はいずれも、原理主義的なものではない」とした。マルコルムは、イゼトベゴヴィッチの視点は、後の著書『西と東のイスラム』（Islam between East and West）で熟考されて述べられているとし、そこで「彼はイスラムを、西ヨーロッパ諸国の価値を含む、精神的・理知的なジンテーゼとみなしている」とした。 この功績により、1993年キング・ファイサル国際賞イスラーム奉仕部門受賞。宣言書は現在も論争の的となり続けている。またイゼトベゴヴィッチの著書は二元論的であると指摘されている。
もともと1995年11月1日の開局当初のイブニングニュースや定時ニュースは『東京NEWS』というタイトルで統一されていたが、後に、夕方のニュースは『イブニングTOKYO』や『MXTVニュース17:55(18:00)』として、夜間のニュースは『東京NEWS21時』や『TOKYO NEWS update』などとして放送されるようになっていた。しかし21世紀を迎え、TOKYO MXとしての報道色を前面に押し出す為、再び全時間のニュースタイトルが『TOKYO MX NEWS』に統一され、アメリカナイズされたローカルなニュース番組のイメージを、視聴者にアピールしている。2004年5月には、米国のテレビ局「ニューヨーク1」(NY1)と姉妹局契約を締結し、2004年6月からは、「ニューヨーク1」内にニューヨーク事務所を開設した。以来、ニューヨークからのリポートを、東京が受けるというスタイルで毎日伝えている。2006年7月1日からハイビジョン製作番組となる。2011年3月11日発生の東日本大震災を教訓として、2011年以降、不定期で「シリーズ・検証！首都防災」の企画が始まる。基本的に他局へのネットは行われない。但し2011年4月11日及び2012年12月7日の「5時に夢中!」の生放送中に東日本大震災の余震に関連した地震が発生した為、臨時に群馬テレビへもネットされた。20:00からの放送は原則TOKYO MX1で放送されるが、『パ・リーグ応援宣言!ホークス中継』を放送する場合はTOKYO MX2およびワンセグ2で放送。土曜日0:00（金曜深夜）からの再放送（TOKYO MX2およびワンセグ2のみ）は2012年3月まで原則『都知事定例会見中継』の再放送後に放送されていたが、同年4月から土曜0:30（金曜深夜）枠がアニメ枠になった関係で『都知事定例会見』の再放送は4月から2時間繰り下がって深夜2時からの単独番組に変更された。また、2014年8月からMX NEWS再放送は1:00からの放送時間に変更されている。ニュース内容によってはMX以外の独立局（主にサンテレビ、KBS京都、三重テレビなど）が取材した映像が使用される。特に週末夕方の放送では、ラストニュースでこの映像を使用した季節の話題が伝えられる。また、独立局がない地域のニュースでは基本的に共同通信社から情報や映像が提供され、何れの場合も協力局・会社が途中でクレジット表示される。15:00からの放送の際、2011年度までは092chで東京シティ競馬中継を15:05から放送する場合、その直前まで092chで放送している東京マーケットワイドを15分ごろまで引き継いで放送されていた。また、かつては平日夕方・夜間にStock Voiceキャスターが今日の東京証券取引所の概況をVTRで解説するコーナーがあった。