794年（延暦13年）の平安遷都に際し木材を山国杣より運ぶこととなり、宝亀年間（770年-780年）に修理職が本殿を造営したとされる。造営に際し和気清麻呂が祭主として奉仕した。1016年（長和5年）三条天皇から神位正一位を贈られ御祈願所として菊花の紋章が贈られた。この紋は秋季例祭の神輿などに見られる。源平の乱により破壊されたが1233年（天福元年）四条天皇により再建される。しかし1333年（元弘3年/正慶2年）、元弘の乱によりまたも破却される。1370年（応安3年）に足利義満の臣細川頼之が山国荘に蟄居し、3年後復職の折に本社復興を執奏し、1399年（応永6年）に社殿を復旧し綸旨を賜る。この時足利義満が丸に二つ引きの紋を奉納し以来この紋章を神社の紋章とする。その後戦国時代に破壊されるが1596年（慶長元年）後陽成天皇により再建される。1873年（明治6年）郷社に、1900年（明治33年）府社に列格された。この間、山国隊西軍沙汰人・藤野齋が宮司となった。現在は齋の玄孫が宮司を継いでいる。
ポンペイ (Pompeii, ID829-001) は、世界遺産登録面積98haのうちの84.59haを占める都市遺跡である。ポンペイ南部にスタビア門があり、そこからスタビア通りが伸びている。スタビア門から見て通りの右側（北東側）が第I地区とされており、反時計回りに第IX地区までに分けられている。第I地区では1927年から1932年にかけて「メナンドロスの家」が発見された。この家からは多数の金属細工が発見されているほか、残されていた絵画やモザイクの素晴らしさが評価されている。また、ポンペイの主要産業のひとつであった繊維産業に関わる「ステファヌスの縮絨（しゅくじゅう）工房」も第I地区にあり、毛織物を浸すための水槽、脱水用の圧縮機などが使われていたようである。こうした毛織物の加工や洗濯を行う工房は他の地区にもあったが、分水場と配管の都合で、スタビア通りの近辺に多く存在していた。ほかに、「クリプトポルティコの家」と呼ばれる、その名の通りクリプトポルティコ（強い日差しや雨を避けて歩ける地下列柱廊）が残る家や、ペガサスとベレロポン、牡牛に乗ったエウロパなど神話を題材に採った装飾画が残るテルモポリオ（居酒屋）なども第I地区にある。第I地区とノチェーラ通りをはさんで北東に位置するのが第II地区で、ポンペイ遺跡の東端にあたる。ここには紀元前80年に建てられたアンフィテアトルムや、トレーニング用の大運動場が残されている。大運動場（大パラエストラ）は1935年から1936年の調査で発見されたものだが、そこからは噴火の犠牲者も多く発見されている。この地区には、18世紀半ばの発掘の段階で見つかっていた「ユリア・フェリクスの家」が残る。この家は、住居部分、一般公開部分（浴室）、賃貸部分（店舗など）の3つの要素で構成されており、柱廊に囲まれた庭園なども残っている。第II地区とアボンダンツァ通りをはさんで北東にあるのが第III地区、そこからさらにノーラ通りをはさんだ北西が第IV地区で、これがポンペイ遺跡の北端だが、それらの地域からは特筆される建物は出土していない。第IV地区の西に隣接する第V地区では、1891年から1893年の調査で「銀婚式の家」が出土した。スタビア通りをはさんで第V地区の西に位置するのが第VI地区で、市壁に囲まれた区域の中では西端に当たる。市壁には付随していたメルクリオの塔が残されており、塔の上からポンペイ遺跡を一望できる。この地区では、残されたフレスコ画や彫刻が最高傑作の部類に入ると評価されている富裕商人の邸宅「ヴェッティの家」、演劇に関心を持っていたらしいネロ帝と同時代人の邸宅「アモリーニ・ドラーティ（金のキューピッド）の家」、だまし絵を含む絵画が評価されている「アラ・マッシマの家」、テセウスとミノタウロスの迷宮（ラビュリントス）を題材に採ったモザイク画が残る「ラビュリントスの家」、前述のアレクサンドロス大王のモザイク画が発見された「ファウノの家」、エジプト風の装飾を施した噴水が特徴的な「大噴水の家」、番犬への注意を促すモザイク画が残る「悲劇詩人の家」など、様々な邸宅が発見されている。第VI地区とフォルトゥナ通りを隔てて南側にあるのが第VII地区で、ユピテル神殿、アポロ神殿、ウェスパシアヌス神殿などの神殿群や、フォルム、市場、フォルム浴場、スタビア浴場などの公共施設群が多く残る。スタビア浴場には男湯、女湯とも更衣室、微温浴室、温浴室（男湯は冷浴室も）が残り、運動競技場やプールもそなえていた。奔放な装飾の娼館が残っているのもこの地区であり、ほかにはポンペイで最も有名な肖像画ともいわれる「パン屋の夫婦」が発見された「テレンティウス・ネオの家」も、第VII地区にある。第VII地区とアボンダンツァ通りをはさんだ南側が第VIII地区で、1760年からのラ・ヴェーガの調査で発見されたイシス神殿、大劇場、小劇場などが残る。5,000人ほどを収容できた現在残る大劇場は1世紀に改築されたものだが、最初のものは紀元前5世紀に建てられていた。それに対し、800人収容の隣接する小劇場（オデオン）はそこまで古くはなく、ローマ人に支配され始めた頃に建てられた。この地区にはほかにウェヌス神殿やバシリカ、選挙の投票所などが残っている。第VIII地区の北側、第I地区の北西に位置するのが第IX地区で、選挙ポスターとして機能した碑文が正面に残る「トレビウス・ウァレンスの家」や、酒や料理を売る店があった。