オレステスはネポスを倒す前に、傭兵達にイタリアの3分の1を領地として与えることを約束していた。しかし、オレステスは、ヘルール族、スキリア族、テューリンゲン族の傭兵にイタリアの領土を与えることを拒否した。これに不満を抱いた傭兵らはゲルマン人の傭兵隊長オドアケルの下に集い、476年8月23日に彼を王であると宣言して蜂起した。オレステスはパヴィーアへ逃亡し、パヴィーアの司教によって匿われた。しかしオドアケルは傭兵らを率いてパヴィーアを襲い、パヴィーアに火を放ち、パヴィーアでは多くの建物が灰燼に帰した。オレステスはパヴィーアから逃れ、イタリア北部に駐留していた少数の生き残った部隊を集め、ピアチェンツァに小さな軍隊を組織した。しかし寄せ集めの帝国軍とオドアケルの傭兵部隊とでは勝負にならず、オレステスは8月28日に捕らえられ、処刑された。彼の息子ロムルス・アウグストゥルスも数週間のうちにラヴェンナで捕らえられ、廃位された。この出来事は18世紀の歴史家エドワード・ギボンの『西ローマ帝国の滅亡』というロマンチックな記述によって後の2世紀の人々に大きな意味が与えられた。しかし現代の学問的見方においては、この出来事はローマ帝国の分裂の過程における重要な段階の一つではあるものの、この出来事が西ローマ帝国の滅亡を意味しているとは考えられていない。一方で、オレステスと彼の息子の敗北は、古代後期から中世初期への移行を区切る出来事としては用いられている。
オレステスは、パンノニア管区サウィア属州でローマ貴族の家に生まれたとされる。出自についてはゲルマン系の民族に属したという論がある一方、東ローマの外交官がフン族の貴族階級出身であったと記述しており、双方の混血の可能性も含めて議論が続けられている。パンノニアがフン族のアッティラに譲渡された後、オレステスはアッティラの重臣として仕えた。449年、オレステスはアッティラによってテオドシウス2世への特使としてコンスタンティノポリスへ派遣されている。アッティラの死後は西ローマ帝国に仕えた。475年、西ローマ帝国ではローマ皇帝グリケリウスがユリウス・ネポスによって追放され、ユリウス・ネポスが新たにローマ皇帝を名乗った。ユリウス・ネポスはオレステスを軍司令官（マギステル・ミリトゥム）に任命したが、この人事はユリウス・ネポスの命取りとなった。オレステスは彼の傭兵を率いて475年8月28日までに西ローマ帝国の事実上の首都だったラベンナを占領した。 ユリウス・ネポスは戦わずしてダルマチアへ逃亡し、オレステスは息子のロムルスにローマ皇帝を名乗らせた。 しかし、この皇帝は東ローマ帝国のローマ皇帝ゼノンからも、ゼノンの対立皇帝であるバシリスクスからも承認されなかった。この皇帝の名はロムルス・アウグストゥルスとして知られているが、「アウグストゥルス」とは「小さなアウグストゥス」の意味で、これはロムルスが僅か14歳の少年であったことにより呼ばれたものである。
ピエドラス・ネグラスの名が文献に初めて登場するのは、1892年に出版されたフランス人リュドビク・シャンボンの旅行記においてである。このガスコーニュ人は、近くにあった小さな伐採キャンプの名をとって、この遺跡をピエドラス・ネグラス（黒い石）と名づけた。名前の由来は、建造物に使用された石の色である。1894年、きこりに案内されたオーストリア人写真家テオベルト・マーラーが遺跡を訪れ、1901年、ハーヴァード大学ピーボディー博物館より彼の写真と報告書を収めた論文集が発行された。1931年より、ペンシルベニア大学博物館アメリカ部門責任者ジョン・オールデン・メイソンの主導の下、ピエドラス・ネグラスの発掘プロジェクトが開始される。1932年、プロジェクトの責任者はリントン・サタースウェイト・ジュニアに引き継がれ、彼の下で1939年まで調査が行われた。ペンシルベニア大学はフィラデルフィアにある博物館に展示するためのモニュメントを手に入れることを望み、大規模な発掘プロジェクトを計画した。ピエドラス・ネグラスがその対象に選ばれたのはカーネギー研究所のシルヴェイナス・グリスヴォルド・モーリーとアルフレッド・V・キダーの助言による。メイソンとサタースウェイトらによる調査は、一部を除いてなんら結論を出せぬまま終了したが、発掘の過程で得た大量の重要な発見は研究者たちに提供され、カーネギー研究所によるチチェン・イッツアやワシャクトゥンの調査などとともにマヤ地域の考古学の発展に大いに貢献した。中でも特筆すべきは、タチアーナ・プロスクリアコフがこの発掘プロジェクトに復元図を作成する画家として参加したことである。建築学の知識を駆使して描かれたアクロポリスの遠景や建造物の復元図は、現在でもピエドラス・ネグラスを扱う論文や出版物で目にすることができる。この仕事を終えた後、彼女はカーネギー研究所に招かれ、コパンの発掘プロジェクトに画家として参加する。その後、画家としてではなく考古学者として研究に従事するようになった。第二次世界大戦やグアテマラ内戦の影響などにより、その後58年間ピエドラス・ネグラスで大規模な発掘調査が行われることはなかった。一方で、1960年にこの遺跡の研究は碑文学の分野で革新的な発展をとげる。既に画家から考古学者に転身していたタチアーナ・プロスクリアコフが、ピエドラス・ネグラスに残されている保存状態の極めて良好な石碑やレリーフの中に、ある一定のパターンを持つものを見出したのである。プロスクリアコフは、石碑には、王などの特定の人物の誕生、即位、没年月日を長期暦で刻まれていると仮定し、そういった人物の名前と称号があることを立証した。この発見により、ひとつのマヤ王朝の歴史が明らかになったのである。続いて、プロスクリアコフはピエドラス・ネグラスのライバルであったヤシュチラン王朝の歴史も解明している。プロスクリアコフが1985年に亡くなったとき、ピエドラス・ネグラスのアクロポリスの建造物J-23に埋葬された。グアテマラ内戦終結に伴いグアテマラ考古学歴史研究所 (Instituto de Antropología e Historia de Guatemala, IDAEH) の許可が下り、1997年から2000年にかけて大規模な発掘調査が、ブリガムヤング大学のスティーブン・ハウストンとLa Universidad del Valle de Guatemalaのエクトル・エスコベドの指揮の下で実施された。