ブドウ栽培とその醸造を合わせたワイン作りはサンタクルーズ郡の経済と文化で重要な役割を占めている。デイビッド・ブルース・ワイナリーとリッジ・ヴィニヤードのワインが、1976年パリ・ワイン品評会で入賞した。
一般用途空港としてワトソンビル市民空港を利用できる。他の民間施設として以前軍用だったモントレー湾アカデミー空港がある。商業便空港で近くにあるのはサンノゼ国際空港、モントレー半島空港、サンフランシスコ国際空港およびオークランド国際空港である。
郡内にはサンタクルーズ都市圏交通地区のバス便が運行されている。サンタクルーズ都市圏交通地区とサンタクララバレー交通局が共同でサンタクルーズ市とサンノゼ市の間に「ハイウェイ17急行」バスを運行している。グレイハウンドのバス便も郡内で利用できる。
アメリカ合衆国国勢調査局に拠れば、郡域全面積は607平方マイル (1,573 km²)であり、このうち陸地は445平方マイル (1,153 km²)、水域は162平方マイル (419 km²)で水域率は26.67%である。カリフォルニア州の郡の中で、サンフランシスコ郡（サンフランシスコ市に一致）に次いで2番目に小さな郡である。サンタクルーズ郡は太平洋とサンタクルーズ山脈に挟まれ、モントレー湾の北側に幅約10マイル (16 km) の帯状の形態をしている。大まかに4つの地域に分けられる。すなわち岩の多い「北海岸」部、都市部であるサンタクルーズ市、ソーケル、キャピトラおよびアプトスの並び、山岳の多いボニードゥーンとサンロレンソ川渓谷、およびワトソンビルなど肥沃な「郡南部」の4地域である。農業地帯は北端と南端の海岸側低地に集中している。海岸線の大半は崖になっている。
ストーンは大衆の批判の鉾先に立たされた。ベイカーの議会による追悼と敗戦に対する怒りの後で、アメリカ合衆国議会両院合同戦争遂行委員会が設立された。この7人の委員会（全て急進派共和党員）はボールズブラフ事件の最初の証人としてストーンを召喚しストーンとその他38名の証言は秘密にされた。10月末前にボールズブラフの戦いに関するストーンの公式報告書が「ニューヨーク・トリビューン」紙に漏れ、その中でストーンはベイカーの勇敢さを称賛していたが、野戦指揮官としてはその思慮の足り無さを明らかにしていた。議会におけるベイカーの仲間達、中でもアンドリュー知事とサムナー上院議員は明け透けにこの報告書を非難し、ベイカーではなくストーンに非難の鉾先を向け始めた。ストーンの合衆国に対する忠誠心や奴隷制に対する立場が軍隊における能力や決断力よりも大きく問題にされた。委員会の審問（および概して大衆）はストーンを、南軍との不適切頻繁な対話、ベイカーを援護しなかったこと、兵士を使ってメリーランド州奴隷所有者の資産を保護したこと、および逃亡奴隷をその所有者に戻したことについて告発した。最後の2つはメリーランド州法にも連邦法でも合法だった。ストーンが自身を弁護するためにもう一つ問題だったことはマクレランから「その作戦、軍隊を動かす命令、あるいは軍隊の配置に関する命令について」証言することを禁じられたことだった。このことでストーンは委員会にその行動を説明できなくなったが、マクレランを捜査の対象から外してもいた。ストーンは不忠誠と反逆の嫌疑で1862年2月8日夜半直前に逮捕された。これは1月28日付け陸軍長官エドウィン・スタントンからの命令で行動したマクレラン少将の命令に基づくものだった。ワシントンの自宅近くでストーンを待ち構えていたのはジョージ・サイクス准将の指揮する18名の兵士だった。ストーンが近付いていくと、サイクスは「私はかって経験したことのない最も不名誉な任務に就いている。貴方を逮捕することだ」と言った。ストーンが怒って理由を尋ねると、サイクスは「分からない。軍隊総司令官ジョージ・マクレラン少将の命令だ。...貴方はラファイエット砦に送られることは言ってもいいだろう」と言った。ストーンはショックを受けて、「そこは脱退主義者を送るところだ。私は如何なる任務においても政府に忠実な軍人だ」と言った。ストーンは護衛を付けられて列車でラファイエット砦の軍事刑務所に送られるよう命令された。フィラデルフィアの操車場に到着すると、切符を買う時の混乱から自分で購入することになった。刑務所に着くと、直ぐに独房に収容されたが、なんとか弁護士を雇って公式の告発が行われるのを待つことにした。軍法に拠れば告発は逮捕から8日以内に行われる必要があったが、ストーンの事件では告発が実行されることは無かった。ストーンはマクレランに（捜査が進行中と回答した）、軍の総務局（回答は無かった）およびスタントン自身に質問状を送り、スタントンは「告発は公開される前の審査中だ」と回答した。アメリカ陸軍規則に反して、ストーンに対する告発は行われず、法廷に立つことも無かった。ラファイエット砦の独房にいる間に、運動ができなかったので健康が衰え始めた。ストーンの医者がスタントンに激しく抗議したので、スタントンはストーンをハミルトン砦の軍事刑務所に移すよう命令した。そこでストーンは運動を許され、健康状態は改善した。ラファイエット砦には50日間滞在し、ハミルトン砦ではさらに139日間を過ごすことになった。最終的に1862年8月16日、説明や謝罪も無しに釈放された。釈放の理由はカリフォルニア州選出上院議員ジェイムズ・A・マクドーガルが提案した新しい法律だった。マクドーガルは他の法案に小さな付け足しを行って、公式の告発は逮捕から8日以内に行われるという軍法の規則を再提示したが、さらに収監された士官は30日以内に裁判に掛けられなければならないと追加されることになった。マクドーガルはこの法がその時点で逮捕されている者達にも適用されると明確にし、これがストーンの場合にも当てはまった。この法案はアメリカ合衆国議会を通過し7月17日にリンカーン大統領が署名して法律となった。スタントンはストーンを釈放するまでにそれから30日間待った。