2008年2009年にアメリカ食品医薬品局 (FDA) の有害事象報告制度 (AERS) から、潜在的な安全性の問題を特定したと公表があり調査中であるが、服薬の中止を意味するものではない。ミノサイクリン使用と甲状腺疾患、小児自己免疫疾患、DRESS症候群が関連を示した。精子形成異常、発癌性などが米国の添付文書には記載され、男女共に妊娠を希望している場合には使用できない。ヒトへの限られた研究では、精子形成に有害であることが示唆された。動物研究では、甲状腺腫と甲状腺癌が有意に増加した。
アレルギー、アナフィラキシー、結節性多発動脈炎(PAN)、顕微鏡的多発血管炎(MPA)、自己免疫性肝炎、重篤な肝機能障害、中毒性表皮壊死融解症(TEN)、皮膚粘膜眼症候群(SJS)、薬剤誘発性エリテマトーデス(SLE)、紅皮症（剥脱性皮膚炎）、光線過敏症、血液障害。また、急性熱性好中球性皮膚症(Sweet's病)や、聴覚障害、発癌性の報告もある。アナフィラキシーではない死亡例も報告されている。肝障害、腎障害、食道通過障害を有していると副作用が強く出る。経口摂取の不良な患者又は非経口栄養の患者、全身状態の悪い患者では、ビタミンK欠乏症状があらわれることがある。また、他のテトラサイクリン系よりも頻繁に深刻な有害事象が報告されている。頭蓋内圧亢進、肝障害、自己免疫疾患、好酸球増加症候群がミノサイクリンで多かった。テトラサイクリン系の有害事象報告は「ミノサイクリン > ドキシサイクリン > テトラサイクリン」の順で頻繁かつ深刻であった。非免疫性の甲状腺機能障害。耳鳴り、目眩、運動障害といった内耳前庭障害は女性に起きやすく（50〜70%）、発症率がかなり高く不快なため女性患者に投与されることは滅多にない。他のテトラサイクリン系よりも高い頻度で突発性頭蓋内圧亢進を引き起こす可能性があり、頭痛、視野の揺らぎ、目眩、嘔吐、混乱も起こりうる。長期使用では、皮膚への青灰色の着色が認められる。
アルミニウム・カルシウム・マグネシウムを含有している制酸剤、または鉄含有製剤によって損なわれるが、乳製品を含む食事と同時にミノサイクリンを摂取しても、吸収の程度と時間は、絶食条件下との差は認められなかった。
エイズ患者のトキソプラズマ症に対する 土壇場治療薬としても使用されている。アメリカ合衆国ではリウマチ学会のホームページに他の治療より効果的でないため一般的には使用されないが、たまに使用されることがあると記される。
妊娠中や妊娠の可能性がある場合は他のテトラサイクリン系と同様に選択されない。小児に対しては第一選択とならない。特に8歳未満の小児において歯牙の着色やエナメル質形成不全、また、一過性の骨発育不全などを起こす可能性があるためである。しかし耐性などの問題で本剤以外に選択肢がない場合は例外となりうる。ミノサイクリンに感受性のある菌種は、ブドウ球菌属、レンサ球菌属、肺炎球菌、腸球菌属、淋菌、炭疽菌、大腸菌、赤痢菌、シトロバクター属、クレブシエラ属(肺炎桿菌を含む)、エンテロバクター属、緑膿菌、梅毒トレポネーマ、リケッチア属、クラミジア属、マイコプラズマ、アメーバ性赤痢、炭疽症、コレラ、淋病（ペニシリンが投与できない場合）、融合性細網状乳頭腫症（グジュロー・カートイド症候群）、ライム病、腺ペスト、歯周病、肺炎など呼吸器疾患、ロッキー山紅斑熱、梅毒、尿路感染症、直腸の感染症、ある種の微生物感染による子宮頚部の症状など。適応だけを見ればそうだが、実際には例えば淋病では2016年には7-8割の例で耐性を持つため、治療薬剤としての推奨にはない。
リャザン県サライスク郡ナザルイェヴォの貧農の家庭に生まれる。15歳まで学校に通う傍ら両親の農作業を手伝った。卒業後の1912年に機械工の徒弟となり、モスクワの夜間学校に通う。1915年に修業を終えると、ズドグダで機械工として働き始めるが、高等教育を受ける準備のため夜間学校に通い続けた。この頃からツァーリズムと第一次世界大戦に反対するボリシェヴィキの地下活動に加わるようになる。1917年、ロシア社会民主労働党に加入し、赤衛軍に参加。大隊参謀となりムーロムでの反革命蜂起鎮圧に従事。ロシア内戦の最前線で戦い、第5軍第227連隊の大隊政治委員の当時には負傷。1918年10月に参謀教育を修了した。1919年10月から南部戦線の第9軍第14師団で参謀及び旅団参謀長を務める。1920年‐1921年、アレクサンドル・エゴロフ率いる第1騎兵軍の第4騎兵師団（司令官セミョーン・ブジョーンヌイ）で参謀。1921年に陸軍大学を修了後、旅団長及びベラルーシに駐屯する第1トムスクシベリア騎兵師団参謀長。内戦終結後、1923年にカフカスの第15狙撃軍団参謀及び第9ドン狙撃師団参謀長。翌年、モスクワ軍管区動員局長。1925年、モスクワ軍管区第1副参謀長及び副政治委員長。次いで第14狙撃師団長及びモスクワ軍管区参謀長。1932年‐1935年、ベラルーシ軍管区参謀長、次いで特別極東赤旗軍司令官ヴァシーリー・ブリュヘルの下で参謀長。スペイン内戦中の1936年‐1937年、共和国政府の軍事顧問としてスペインに派遣。次いで参謀総長ボリス・シャポシニコフの代理となる。1938年9月、ヴォルガ軍管区司令官、次いでレニングラード軍管区司令官。第18回党大会で党中央委員会候補に選出される。