曼殊院は平安時代以来、近世末期に至るまで北野神社（現・北野天満宮）と関係が深かった。歴代の曼殊院門主は北野神社の別当（管理責任者）を兼ねており、前述の是算が菅原氏の出身であったことから、菅原道真を祭神とする神社である北野神社の初代別当になったという。是算の北野別当就任時期については、北野神社創建時（天暦元年・947年）とする説と、創建時ではなく、寛弘元年（1004年）、一条天皇の北野神社行幸時のこととする説がある。『華頂要略』所収の「諸門跡伝」は是算の没年を寛仁2年（1018年）としており、この没年からみて、それより70年以上前の天暦元年（947年）の北野別当就任は不自然だとする研究者もいる。天仁年間（1108年-1110年）、是算から数えて8代目の門主・忠尋の時に、北野神社からさほど遠くない北山（現・京都市右京区）に別院を建て、寺号を「曼殊院」と改めた。別院を建設したのは、北野神社の管理の便のためと思われる。比叡山にある本坊と北山の別院とはしばらくの間、並立していたが、次第に北山の別院が主体となっていった。また、忠尋は東塔北谷になった東陽坊を再興したと伝えられているが、観応元年（1350年）に当時の門跡である慈厳から朝廷（北朝）に出された奏状には是算を初代北野別当、東陽坊・北野別当の忠尋が曼殊院の祖であると記されており、当時の曼殊院が東陽坊を比叡山における本坊とみなしていたことが分かる。だが、記録上に見える東陽坊（曼殊院）と北野別当の歴代には不一致が見られ、特に後者は有力門跡による争奪の対象になったと考えられている。再び、確実に一致するようになるのは鎌倉時代後期の正安3年（1301年）に訴訟によって北野別当の地位を得た慈順以降であり、彼とその弟子で実の姪孫でもあった慈厳が門跡寺院としての曼殊院を確立させたと考えられる。慈順は洞院家の出身で後宇多・伏見・花園の3代の天皇の外戚として大覚寺統・持明院統の双方に出入りし、慈厳も出家後の花園法皇・光厳法皇の師の1人であるとともに元弘の変で六波羅探題に一時拘束される程までに後醍醐天皇とも親密な関係で正平の一統の際には天台座主に任じられている。慈厳の死後は甥の慈昭（洞院公賢の子）が継承し、北朝・室町幕府との関係を強めた。
赤軍による攻勢はヨーロッパにおけるドイツ軍最後の抵抗地を押しつぶしていた。赤軍によるプラハ攻勢は第1ウクライナ方面軍（司令官イワン・コーネフ）、第2ウクライナ方面軍（司令官ロディオン・マリノフスキー）、第4ウクライナ方面軍（司令官アンドレイ・エレメンコ）によって行われた。これらにはチェコスロバキア第I軍団、ポーランド第2軍、ルーマニア第1軍、第4軍を含んでおり、総勢200万名以上の将兵が所属していた。第1ウクライナ方面軍はベルリンの戦いをほぼ終了した直後にプラハへの攻撃を命令され、ベルリン南から強行軍でプラハへ向かった。赤軍の前にはドイツ中央軍集団（司令官フェルディナント・シェルナー）配下第1装甲軍、第4装甲軍、第7軍、第17軍で総勢約900,000名の将兵が存在していた。また、中央軍集団の残存兵に加えて、オストマルク軍集団（司令官ロタール・レンデュリック）などいくつかのドイツ軍部隊が存在した。5月2日、国防軍最高司令部（OKW）はシェルナーに今後のことを報告するよう通知した。シェルナーは西へ退却して、アメリカ軍に降伏すると告げた。5月7日、アルフレート・ヨードルはフレンスブルク政府代表として、ランスの連合軍最高司令部で降伏文書にサインした。5月8日、OKWの大佐がシェルナーの様子を見るために、アメリカ軍の護衛の元、シェルナーの元に向かった。大佐はシェルナーにアメリカ軍に降伏するよう伝えたが、彼がどこで従うかを保証できないと報告した。翌日、シェルナーは部隊を捨て、オーストリアへ脱出、5月18日、アメリカ軍に拘束された。赤軍によるプラハへの攻撃はドイツ軍残存部隊を撃破し、プラハで蜂起したチェコのパルチザンを援護した。蜂起は5月5日に始まり、8日までにはプラハで戦っているドイツ軍は撤退することに同意した。そのチェコパルチザンはロシア解放軍（ROA）第1歩兵師団（元ドイツ第600歩兵師団）に支援を要請した。ロシア解放軍第1歩兵師団は4月30日までナチスに忠誠を誓っていたセルゲイ・ブニチェンコ（Sergei Bunichenko、もしくはBunyachenko）が指揮しており、プラハの近くに配置されていたため、チェコパルチザンを支援することを決定、ドイツ軍を攻撃した。5月8日、ROA第1歩兵師団は赤軍に降伏することを回避するために、アメリカ軍の元で降伏したが、ROAの将兵はソ連に引き渡され、彼らは処刑、もしくは強制収容所に送られた。1945年5月9日、赤軍はプラハを占領するも、中央軍集団の残存兵は5月11日（一部のデータでは12日）まで抵抗を続けた。チェスケー・ブジェヨヴィツェとピーセック（Písek）地区でアメリカ第3軍（司令官ジョージ・パットン）と第2ウクライナ方面軍が出会い、プラハは包囲された。後に、第1ウクライナ方面軍、第2ウクライナ方面軍はカルロヴィ・ヴァリとクラトヴィー（Klatovy）でアメリカ軍と出会った。ドイツ軍残存兵、チェコで少数民族であるドイツ系住民、ナチス党員チェコ人らは赤軍に撃破され、プラハから逃亡した。エドヴァルド・ベネシュによる戦後初のチェコスロバキア政府の管理の元、赤軍によるドイツ人、捕虜への攻撃、追放は秋まで続いた。