押井は本作を完成した後、『うる星やつら』テレビシリーズのチーフディレクターを降板し、同時にスタジオぴえろを退社。後任のチーフディレクターはやまざきかずおに、制作スタジオは本作の実質的な現場であり、それまでテレビシリーズのグロス請けも行っていたスタジオディーンに託された。テレビアニメのシリーズ途中でのメインスタッフの交替は異例であった。後年のインタビューでは、「うる星やつら2 ビューティフル・ドリーマー」が高い評価を受けたことでイケイケになってしまい、監督としての良い意味でも悪い意味でも自信がついたため独立したと語っている。このあと押井は自分の意見ばかりを主張するようになってしまい、新作（OVA『天使のたまご』他）は難解で、映画関係者は離れていった。その後もマニアックかつ独創性の強すぎる作品ばかりを企画するが、制作サイドが難色を示して取り合ってもらえず、苦しい生活は3年続くことになる。主題歌を歌った松谷祐子は、映画公開中に『ザ・トップテン』（1984年2月27日放送）の「話題曲コーナー」に出演し、『愛はブーメラン』を歌った。彼女が歌謡番組に出演することは珍しかった。なお番組に同時に出演したのは、チェッカーズであり彼らにとっても初出演であった。同時期に、安田成美も『ザ・ベストテン』の「今週のスポットライト」コーナーにおいて、イメージソング『風の谷のナウシカ』を歌っており、当時レコード会社がアニメ映画の主題歌やイメージソングを、こうした形でプロモーションしていたことがわかる。宮崎駿の長男の宮崎吾朗は当時、父の作品『風の谷のナウシカ』よりも『うる星やつら2』のほうが好きだったと話している。
本作は、当時の幅広い分野のクリエイター達に影響を与えた。本作品は、いくつかの作品にて模倣されている。本作の作画監督であるやまざきかずおが本作の2年後に監督した映画『うる星やつら4 ラム・ザ・フォーエバー』は、本作と同様に夢をテーマとした作品になった。桜坂洋はハリウッド実写化もされた『All You Need Is Kill』の執筆にあたり、はじめに頭に浮かんだのは本作と公言している。SF作家の笹本祐一は本作の影響を受けて、小説『妖精作戦』シリーズの第2巻「ハレーション・ゴースト」を執筆しており、その巻末では「ビューティフル・ドリーマー」に対する謝辞が述べられている。『涼宮ハルヒの憂鬱』の作者谷川流は、本作が好きで押井守さんが無意識に出てしまっていると話している。テレビアニメ版第12話「ライブアライブ」では、本作で2年4組の面々が行った出し物「純喫茶 第三帝国」が文化祭のシーンの背景として登場する。堤幸彦の『ケイゾク』劇場版タイトル『ケイゾク/映画 Beautiful Dreamer』は、本作から引用されている。テレビアニメ『えびてん 公立海老栖川高校天悶部』の第10話「ビューティフルドリーマーズ」は、全編に渡って文化祭の準備期間を舞台とした本作のパロディとなっており、エンディングテーマも登場キャラクターの声優による「愛はブーメラン」を用いている。また、文化祭前日を舞台とした回のエンディングを「愛はブーメラン」とするパロディは、テレビアニメ『らき☆すた』第24話「未定」でも行われた。このほか、特撮テレビドラマ『怪奇大家族』の第9怪「脱出せよ! 忌野家呪いの迷路」では、本作にてメガネが世界の全てを語るシーンが模倣されている。テレビアニメ『這いよれ! ニャル子さん』の第12話「夢見るままに待ちいたり」では、時間がループするという状況下で本作を模倣したシーンが挿入されている。
一生懸命作った夢を壊されてしまった夢邪鬼は、あたるを追い詰める様に次々と悪夢を見せる。最後には「夢だから何度でもやり直しが利く」「自分の作り出す現実と何の違いもない楽しい夢の世界で思い通りに暮らす方が良い」とあたるを誘惑するが、あたるは現実の世界へ戻ることを望み、白い服の少女に教えられたままに、現実への大ジャンプを敢行するのだった。あたるは、学園祭の準備で泊まり込んでいた友引高校で目を覚ます。隣りに寝ていたラムも目覚め、終太郎やメガネ達と、ずっと一緒に楽しく過ごす夢を見ていたと語る。だが、あたるは「それは夢だ。夢なんだよ。ラム」と夢との決別を囁いて日常に戻り、またいつものドタバタを繰り広げつつ、学園祭初日を迎えた。
アニメ『5D's』の主人公・不動遊星のエースモンスターであり、外観は胸と肩に水晶体が付いた白と水色を基調とした竜である。通称「星屑（龍）」。劇中における「シグナーの龍」の1体でもある。シンクロ召喚の際の台詞は、遊星とアキの場合は「集いし願いが、新たに輝く星となる。光さす道となれ！ シンクロ召喚！ 飛翔せよ、スターダスト・ドラゴン！」。数回「集いし星が〜」と言い間違えたこともある。ジャックの場合は「大いなる風に導かれた翼を見よ！ シンクロ召喚！ 響け、スターダスト・ドラゴン！」。攻撃名は「シューティング・ソニック」、破壊を無効化する効果名は「ヴィクテム・サンクチュアリ」。『劇場版 遊☆戯☆王 〜超融合!時空を越えた絆〜』で「ブラック・スパイラル・フォース」と「ネオス・スパイラル・フォース」の効果を受けた時の攻撃名は「シューティング・スパイラル・ソニック」。元々はレッド・デーモンズ・ドラゴン、ブラック・ローズ・ドラゴン、エンシェント・フェアリー・ドラゴンと共に旧モーメントの制御装置の封印に使用されていたカードの1枚。ゴドウィンが世に放した後にシグナーである遊星の手に渡ったが、本編開始の2年前、ジャック・アトラスがサテライトを去る際に彼のD・ホイールと共に奪われてしまった。武藤遊戯の「ブラック・マジシャン」、遊城十代の「E・HERO ネオス」に続く遊戯王歴代主人公のエースモンスターであり、属性や種族などは異なるものの、「攻撃力が2500」「数多くの強化形態や多彩なサポートカードが存在する」の2つは健在である。これらの伝統は続編『ZEXAL』・『ARC-V』の主人公・九十九遊馬や榊遊矢のエースである「No.39 希望皇ホープ」・「オッドアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」へと受け継がれていく。スターダスト（Stardust）とは、英語で「星屑」という意味。