国民的歴史学運動は「民族解放と民主革命という目的」という政治的意図をもって進められたが、「民族」の概念を巡っては運動の当初より論争の絶えないテーマであった。なかんずく、1951年5月に開かれた歴史学研究会の年次大会で提示された「歴史における民族の問題」という統一テーマに関しては、「大方の研究者はたいへんとまどった」という。
高度経済成長が進展するにつれ、運動の負の遺産を払拭するべく、歴史学会には「政治」を持ち込むことを忌避する動きが拡大した。遠山茂樹らが運動の総括を行うものの、結局国民的歴史学運動は歴史学会の傷痕として封印されてしまう。また、運動参加者が多くを語らず、歴史学者の世代交代も相俟って、運動で提起された民衆、民族の問題そのものが忘却されていった。1960年には石母田が「『国民のための歴史学』おぼえがき」を公表、運動を自分なりに総括した上で、自己批判を行っている。石母田は1973年にパーキンソン病を患い、その後10年以上にわたる療養生活を経て、『中世的世界の形成』文庫版序文を書き終えた直後の1986年1月18日に死去した。
1955年7月に開かれた六全協にて日本共産党は方針転換し、山村工作隊など所感派による武装闘争路線が「極左冒険主義」として総括され、査問の後、事実上除名処分となっていた国際派が復権した。これにより停滞状態に陥った国民的歴史学運動はとどめを刺される形となった。同年11月に開かれた民科歴史部会の総会では、運動への総批判が展開され、「今迄の伝統的歴史学の成果をふまえていない」「一般学生層を性急に農民に結びつける政治的引き廻しがあった」「学会から孤立している」といった声が寄せられたという。運動を牽引してきた松本や石母田は自己批判を迫られた結果、1956年に松本が、次いで1957年には石母田が、それぞれ自己批判の文章を公表するも、評価を得ることは皆無であった。犬丸義一に至っては、『歴史と民族の発見』を「この時期のマルクス主義史学の悪の見本」とまで酷評している。
共産党内の内部抗争（「50年問題」）が国民的歴史学運動にも飛び火し、所感派と国際派との間で罵倒合戦が展開される。国民的歴史学運動への賛否はやがて政治的立場の踏絵となり、運動末期の1954年頃には、両派に属する研究者同士で自己批判や査問が行われるに至った。例えば、藤間を批判した井上清は藤間から査問を受け、自己批判書を書かされたり、自宅の井戸を改築した際には「ブルジョワ的生活態度」が槍玉に挙げられ、嫌がらせに遭遇している。また、藤間のヤマトタケル論への批判に追随した者も、次々と査問の対象となったという。なお井上は、所感派に批判的な立場を取る日本共産党員であったが、1967年中国で発生した文化大革命に賛同したため、除名処分が下る。結局は科学者の学問上の内的要求と無縁であったため、歴史学研究会や民科から専門の歴史学者が撤退していった。かつ1953年頃は武装闘争路線の限界が見え始めた時期でもあり、党派抗争で共産党も党員数の激減を余儀無くされた。国民的歴史学運動も、こうした流れの中で衰退の一途をたどってゆく。
様々な成果を生み出した国民的歴史学運動も、1955年から1956年頃を境として、組織的な担い手であった民科歴史部会が解体（1956年の第11回大会開催後、本部の活動が事実上停止）を余儀無くされる中、衰退過程に入る。
世俗政治と同様に皇帝の教会政策でも専制が見られた。彼は宗教と法の全てを統制した。治世の初めから、彼は三位一体と受肉を法によって広めることが適切であるとみなし、そして全ての異端に適当な処罰を加えることにより威嚇し、故にその後に彼は適法手続きによって正統的信仰へのすべての妨害者から犯罪の機会を奪うつもりであると宣言した。彼はニカイア・コンスタンチノポリス信条を教会の唯一の象徴となし、4度の教会一致促進運動会議における教会法へ法律上の力を与えた。553年の第2コンスタンティノポリス公会議に出席した主教たちは教会が皇帝の意思と命令に反して如何なることもなさないと同意した。コンスタンディヌーポリ総主教アンシモス1世の場合には皇帝は一時的な追放措置によって教会の禁制を助けている。ユスティニアヌスは異端を弾圧することによって教会の清浄を守った。彼は修道院制度を保護、拡張するに際して教会と聖職者の権利を保証する機会を放置しなかった。彼は修道士に一般市民から財産を相続する権利と帝国の国庫あるいはある特定の州の税金からsolemniaあるいは毎年の寄進を受け取る権利を与え、そして彼は俗人への修道院財産の譲渡を禁止した。彼の手法の専制的な特徴が近代的な感受性に反するけれども、彼は正に教会の「育ての父」だった。勅法彙纂と新勅法には教会資産の寄進・創立・管理について、主教・司祭・大修道院長の選挙とその権利、修道院生活、聖職者の滞在義務、礼拝様式、監督者の管轄権などに関する多くの法令が含まれていた。ユスティニアヌスはニカの乱で破壊されたハギア・ソフィア大聖堂の再建を行い、その建設費は金2万ポンドを要した。八角形の金箔のドームとモザイクを備えた新築されたハギア・ソフィア大聖堂はコンスタンティノポリスにおける東方正教会の中核かつ最も明瞭な記念碑となった。