フィップスの粗野な振る舞いは敵意を募らせ、隣接植民地の総督とは軍事がらみで口論し、ロードアイランドとは州境の問題を悪化させた。他の植民地政府の役人と2度取っ組み合いのけんかをしたことなどはダドリーと他の政敵により商務院に強調して報告され、航海条例を反故にしたこと（当時は総督であり、当然施行すると思われていた）で告訴され、政敵達には「違法的で利己的な商業行為」といわれた。政敵への攻撃を含めたフィップスの自己正当化は、政敵たちと仲の良い植民地執政官ウィリアム・ブラスワイトは、インクリース・マザー同様に彼を支持したが、フィップスへの批判を克服させるには十分ではなかった。1694年7月4日、フィップスは、本国の商務院に出頭するようにとの正式な召喚命令を受けた。その年の夏、彼はヌーベルフランスとの境界であるペマキッドで防御の監督をしており、一方で副総督のストウトンが審問の証拠を集める作業の監督をしていた。11月17日、フィップスはイングランドに向けて出発し、1694年（1695年）1月1日にロンドンに着いたが、着くや否や大げさな罪を着せられて逮捕された。この罪状はダドリーが課したもので、関税金を保留するための策略だった。ダドリーは2万ポンドの保釈金でフィップスが帰国できないことを望んでいたが、サー・ヘンリー・アシャーストにより釈放された。しかしフィップスは弁護の準備をしている時に発熱して体調を崩し、1694年（1695年）2月18日、審問が行われる前に死亡した。遺体は聖メアリー・ウールノス教会の中庭に埋葬された。当初は墓碑があったが、18世紀の修復のさなかに取り外され、棺も違う場所に移された可能性がある。
1690年の遠征の後、フランスとインディアンは奇襲を再開し、そのためフィップスはマサチューセッツ湾植民地の防御の強化に努めた。1692年、イングランド本国からの命令に従って、フィップスは石造りの砦の建設を監督した。この砦はウィリアム・ヘンリー砦と名付けられた。この砦が建てられたのは、かつてのペマキドの包囲戦の際に、木造の砦が建てられていたペマキド（現メイン州ブリストル）だった。この砦に使われた経費に対し、植民地内では批判が高まった。フィップスは、隣接する植民地と協調して防御強化を目論んだが、この計画は彼の人格や気質が荒っぽさによって困難をきたし、台無しになった。隣接植民地との関係が改善されたのは、彼が失脚してからだった。フィップスはまた、メインでのインディアンとの戦いに備えて、450人部隊を派遣し、ベンジャミン・チャーチに指揮を執らせた 。1693年8月、フィップスはアベナキ族との、さして重要とも言えない平和合意に達したが、結局はフランスの陰謀によって覆され、インディアンたちに再び武器を取らせることとなって、長続きさせるには至らなかった。フィップスの行政の特色は派閥主義であり、人脈の欠如が地元の政治家の批判を生んだ 。さらに、ロンドンに駐在していた、マサチューセッツ生まれにして、かつてのドミニオンの行政官であったジョセフ・ダドリーが、フィップスに代わって総督の地位に着くことを企んでいた。フィップスは友人や、政敵や、政府の役人と頻繁に口論をした。彼の伝記の作者たちはこの行為を「たけり狂う攻撃性」と書き、同時代の人間達は彼の「教育水準の低さ」に不満を漏らした。
フィップスは、ヌーベルフランスへの次の遠征の支援は受けられなかったが、その代わりに、インクリース・マザーや植民地代表部と行動をともにし、マサチューセッツへの新しい勅許を入手するための努力をした。マザーの数多い勅許の要請は拒否されたが、ウィリアム3世・メアリー2世は、マザーに次のマサチューセッツ総督の候補を選ばせることでマザーを懐柔した。マザーの提言により、両君主は新たに発せられた勅許状の下での新生マサチューセッツ湾直轄植民地の総督にフィップスを任命した。この勅許によれば、マサチューセッツ湾植民地はかなり広くなっており、かつてのマサチューセッツ湾植民地のみならず、プリマス植民地やケープコッドの南の島々、マーサズ・ヴィニヤードやナンタケット、現在のメイン州にカナダのニューブランズウィック州、ノバスコシア州までもが組み込まれていた。1692年の5月14日にボストンに戻った時、フィップスは、マサチューセッツ湾直轄植民地が魔女裁判の興奮で手がつけられなくなっているのに気づいた。この年の2月に、125人以上の人々が魔女狩りで逮捕され、新政府の発足もまだなされないまま、牢につながれていた。5月27日、フィップスは、このたまりにたまった懸案を公聴するため、特別に刑事犯採決の場を設け、副総督のウィリアム・ストートンを主審判事に任命した 。この悪名高き裁判は幻覚による証拠を認め、法律顧問へ告訴するのを認めず、このような証拠により多くの人々が有罪の判決を受けた。1692年の9月に裁判は終わったが、フィップスの妻を始め、かなり明確な態度を示す人々への非難を含む告発と逮捕が続いた。フィップスは最終的に、裁判を中断して審理に終止符を打ち、1693年の5月に魔女と思われて逮捕された人々約150名を釈放した。
マクタガートの初期の研究は、ヘーゲルの形而上学の方法とその結論およびそれらを他の分野に応用することに対する説明と批判に向けられた。彼の最初に発表された著書「ヘーゲル弁証法の典型(Studies in Hegelian Dialectic)」(1896年)はトリニティー・カレッジでフェローシップを獲得した学位論文を発展させたものであり、大論理学でのヘーゲルの弁証的方法に焦点を合わせている。彼の第2の著書「ヘーゲル宇宙論の典型(Studies in Hegelian Cosmology)」(1901年)は、ヘーゲル及び初期の新ヘーゲル学派がヘーゲル思想を倫理学、政治学、宗教に適用したことに対する批判により集中している。この著書ではたくさんの マクタガート独自の理論、例えば彼の不死に対する信仰が登場する。彼の最後の著書は明らかにヘーゲルに向けられた「ヘーゲルの大論理学に関する評論(A Commentary on Hegel's "Logic")」(1910年)というタイトルである。この著書では大論理学の主張を説明し、ある程度まで擁護することが試みられた。彼は、ヘーゲルの見地と同じだと広く解釈され共有された弁証的方法を擁護したが、マクタガートのヘーゲル主義は無批判的であったわけではなく、彼はヘーゲル自身や初期の新ヘーゲル学派にははっきりと反対している。彼は、ヘーゲルの主張の具体的特徴の多くは重大な欠陥があり、ヘーゲルの抽象的な思想を応用することは退行するも同然だと強く思っていた。しかし、彼は決して前の世代のイギリス観念論者と同じ結論に達したわけではなく、彼の後期の著作は著しく異なった独自の観点から述べられている。それでもなお、彼がそれ以前の形のヘーゲル主義から断絶しているにもかかわらず、マクタガートは、それ以前のヘーゲル主義者たちのように彼にとって絶対的な思想である、究極的な実在の本性を把握するアプリオリな思想の能力を枢要なものだと信じることを先達から受け継いでいた。実際、彼の後期の作品と成熟した体系は、彼の絶対性という新しい概念を実質的なものとする試みに主にあてられている。