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南北戦争が勃発したとき、マイアーはワシントンD.Cに戻り、信号任務にあたる人員がいないことを訴えた。その唯一の選択肢は他の任務にある士官から選抜して説得に当たることだったが、そのことはマイアー自身もあるいは昇進の機会が無くなることを恐れる他の士官達にも満足のいくものとは考えられなかった。マイアーは陸軍長官サイモン・キャメロンに法案を提出し、信号司令部は彼自身と、7名の信号士官、40名の准士官、および通信線の構築と補修を行う40名の信号技術兵で構成されるべきと提案した。マイアーは陸軍が最終的に50万名規模になると想定し、各師団が専門の無線および電磁気電信の支援部隊を持つことになることを目指した。アメリカ合衆国議会はこの法案を検討することなく休会になった。その年の秋、マイアーは陸軍信号士官長の任務に加えて新たに結成されたポトマック軍の先任信号士官も務めており、モンロー砦やワシントンD.Cのジョージタウンにあるレッドヒルで選抜された将兵の訓練施設を起ち上げた。ワシントンD.Cの訓練施設は1862年の半島方面作戦やその後の期間も活動を続け、この期間にマイアーは議会や新しい陸軍長官エドウィン・スタントンに働きかけを続けて、恒久的司令部を作ろうとした。マイアーの努力が実って、エイブラハム・リンカーン大統領は1863年3月3日に諸々の民生用予算法案に署名し、この中で「現在の反乱」の間、信号司令部を組織化することを認めていた。これには大佐の階級で先任信号士官、1人の中佐、2人の少佐、各軍団あるいは方面軍につき1人の大尉、各軍団あるいは方面軍につき大統領が必要と考える8人を超えない中尉を置くことが含まれていた。各士官には1人の軍曹と6人の兵卒が割り当てられた。4月29日、マイアーはスタントン長官から先任信号士官の地位と大佐の階級に指名されたが、このとき上院が休会していたために直ぐには承認されなかった。マイアーはその指揮が有線電信も統制するものと解釈していたが、競合する組織が現れた。アメリカ軍電報部は民間の電信士を雇用し、兵站部で軍人の任命を受けた者が監督し、全体は元ウェスタンユニオン電信会社の役員だったアンソン・ステイジャーが管理した。1862年2月リンカーンはステイジャーの組織が使っていた全国の商業電信を統制することにした。元はアトランティック・アンド・オハイオ電信会社の役員で弁護士でもあったスタントン長官は、電信の技術と戦略的重要さを理解し、電信事務所を陸軍省の自分の事務室の直ぐ隣に置かせた。スタントンの伝記作者の1人は電信士のことをスタントンの「小さな軍隊...彼自身の信頼できるスタッフの一部」と表現した。マイアーはこの組織を上回るための動きを始め、信号司令部で野戦用電信輜重隊を形成するための装備を購い、移動中の軍隊を支援する電信士に機動性を備えることを提案した。マイアーは伝統的なモールス電信機を使って電信士を訓練することに憂慮していたので、ニューヨーク市のジョージ・W・ベアズリーが発明したベアズリー・テレグラフと呼ばれる電信装置を輜重車に備えさせた。この装置が技術的に限界があることが分かると、1862年秋には「アーミー・アンド・ネイビー・オフィシャル・ガゼット」誌に訓練されたモールス電信士の募集広告を出した。陸軍省は、マイアーの行動が「規則によらず、不適当」とマイアーに告知し、1863年11月10日付けで先任信号士官を解任した。ベアズリー・テレグラフの装置は全てアメリカ軍電信司令部に渡され（信頼性に欠けたために使われることは無かった）、マイアーはテネシー州メンフィスに左遷された。先任信号士官の後任はかつての弟子だったウィリアム・J・L・ニコデマス少佐となった。マイアーは西部に左遷されている間の1864年に『信号マニュアル：野戦における信号士官の使用のために』を出版し、これがその後長い間信号理論の基本になった。ニコデマスが継承した時、司令部は約200名の士官と1,000名の兵卒からなる組織に成長していた。1864年の信号司令部年報で敵の信号を読めることを暴露したときに、ニコデマスはスタントン長官と衝突した。スタントンはこれが機密漏洩であると正当に考え、1864年12月にニコデマスを陸軍から解雇した。南北戦争中の最後の信号士官長は、元ポトマック軍信号士官長だったベンジャミン・F・フィッシャー大佐だった。フィッシャーはゲティスバーグ方面作戦の間にバージニア州アルディー近くで捕虜になり、脱走して任務に戻るまでに8ヶ月間リビー監獄で囚われていた。信号司令部が戦時任務終了後、1865年8月に解隊されるまでに、146名の士官が任命されるか任官を提案された。実際は297名の信号士官が任命されたが、非常に短期間の者もいた。戦争中に携わった兵士の総数は約2,500名になった。アルバート・マイアーは忘れ去られていたが、最後には救出され、1864年5月に戦前からの盟友であるエドワード・キャンビーによって西ミシシッピ軍事師団の信号士官に選任された。マイアーはワシントンD.Cから追放された後で大佐の階級が撤回されていたために、この職を少佐として務めた。南北戦争の終結時点で准将への名誉昇進は果たしていた。1866年7月28日、ユリシーズ・グラント中将とアンドリュー・ジョンソン大統領の影響力に反応する形で、アメリカ合衆国議会は信号司令部を再編成し、1866年10月30日付けでマイアーは常備軍大佐の階級を得て、再び先任信号士官となった。その新しい任務には電信業務の統制を含んでおり、以前彼をその地位から追いやった紛争も解決していた。