エアーニッポンで使用していたYS-11は、1997年（平成9年）に定時離陸率99.6 - 99.8%、日本エアコミューターで運航されていたYS-11も2004年（平成16年）に定時出発率91.8%を達成している。これは世界の最新鋭飛行機でもなかなか達成できないものである。
自衛隊では1965年（昭和40年）から1973年（昭和46年）までにYS-11を23機導入した。内訳は航空自衛隊13機、海上自衛隊10機であった。この採用には、世界への信頼誇示のため、防衛庁に進んで採用してほしいとの強い要望が通産省から寄せられたという話もある。空自の一部の機体はゼネラル・エレクトリック社製 T64-IHI-10J を搭載し、プロペラを3枚に変更した「スーパーYS-11」となっている。航空法改正により日本の航空機は空中衝突防止装置の装備が義務付けられたが、自衛隊機は対象外であり追加装備費を要さず、かつ民間機より飛行時間が短いことから傷みも少ないため、民間YS-11が引退した後も運用されている。
日本の主要航空会社の他、アジア、南北アメリカ、ヨーロッパ、アフリカの航空会社に新造機として導入された他、ギリシア政府やフィリピン政府専用機および空軍機としても運航されていた。その後転売を重ねられた機体も多く、2010年7月現在、各国の航空会社で運航されている機体は10-20機程度とみられ、その他に同数程度の機体が動態保存されているとみられる。
明応2年（1493年）2月、足利義材(義尹、義稙)は畠山基家討伐のために河内に親征を行った。各守護もこれに参加したが、各守護達にとって河内親征は畠山氏の内紛に過ぎず、前年の近江親征に続いての軍事行動は厭戦気分を招いた。4月、管領・細川政元は日野富子や伊勢貞宗と示し合わせて足利義材不在の京都でクーデターを起こした。義材を廃し、新たに14歳の足利義澄(香厳院清晃)を将軍に擁立した(明応の政変)。クーデターが実行されると、河内に在陣していた守護達は各自撤退し幕府軍は瓦解した。政元は河内に軍勢を派遣し、畠山政長を自害に追い込み義材を龍安寺に幽閉した。政元は義材を讃岐に配流させようとしたが、義材は畠山氏の守護管国の一つ越中に逃亡し、以後義稙系、義澄系に分かれて政権の座を争う状況が続くことになった。この抗争は地方にも波及し、各地方における抗争の中から戦国大名が生まれていったと考えられており、明応の政変は戦国時代の重要な政治的転機とされている。その後、京都の中央政権では政所執事兼山城守護の伊勢貞陸が山城の一円知行を目指し、興福寺衆徒・古市澄胤を南山城二郡の守護代に任じて山城国一揆の弾圧に乗り出した。一揆を構成する国人達の中には細川氏と被官関係を結んでいる者もいたが、義材派の反撃が予想される中で同盟者である伊勢氏との対立を忌避した政元は一揆勢を救援せず、山城国一揆は崩壊した。明応4年（1495年）11月、畠山義豊(基家改め)の重臣である遊佐弥六が南山城に進出すると、これを敵視した政元は翌明応5年（1496年）8月、配下の赤沢朝経を山城に侵攻させ弥六を撤兵させた。翌明応6年（1496年）、政長の息子である畠山尚順が挙兵すると、これに危機感を抱いた政元と貞陸が歩み寄り、南山城三郡の守護代を朝経が、北山城五郡の守護代を政元の重臣である香西元長が務め、守護伊勢氏を細川氏の軍事力が支えるという体制が確立された。北陸に逃れた義材は再上洛を目指したが、内衆の中では和睦上洛派と武力上洛派とで路線対立が存在していた。明応7年（1498年）春、義材は畿内に使者を派遣し帰洛交渉を行ったが不調に終わり、武力により上洛を目指すことで意見が一致した。明応8年（1499年）、義尹(義材改め)は朝倉貞景らの助力を得て上洛作戦を実行に移した。南方では尚順が紀伊から河内に進出。義尹も貞景とともに近江まで南下し京都に迫ったが11月、六角高頼が義尹軍に勝利し敗れた義尹は周防に逃亡した。12月には尚順も政元勢に敗れ紀伊に逃れた。同性愛者で子供のいない政元には後継者がいなかった。そこで文亀2年（1501年）、九条政基の子を養子とした(細川澄之)。しかし阿波の内衆から異論が出されたため、阿波守護・細川義春の子、細川澄元も養子に迎えた。こうして政元は二人の後継者を抱えることになった。文亀元年（1501年）3月、政基は九条家の荘園の一つ、和泉・日根荘に下向した。戦国期、公家の荘園が在地領主に横領されるなか「家門御下向」として荘園領主自らが荘園支配に乗り出すことがあり、政基も日根荘で直務にあたることになった。公家である政基は自前の軍事力を保持していなかったが、そんな中でも4年弱に亘って荘園経営を行い、永正元年（1504年）12月帰洛した。