大航海時代や産業革命以降の西洋では鯨油が主な利用目的で、遠く日本近海まで進出してきた列強諸国の捕鯨船は、船内で鯨油を絞る工夫をし「海の油工場」でもあった。アメリカでの統計では、セミクジラ種の油はマッコウクジラ種を超えて一番消費された。セミクジラ種は他種よりも一頭あたりの油の割合が高かったためによる。日本の開国前の19世紀から、米国捕鯨団等の西洋型捕鯨が日本近海へ進出し本種の大量捕獲を行ったため、日本の漁獲高が著しく減少し、壱岐などの一部地域では沿岸にクジラが来なくなり鯨漁師がいなくなった。しかし一方、外国捕鯨の介入以前の沿岸捕鯨の段階で、沿岸の個体群には大幅な減少が見られた可能性も指摘されている。欧米諸国がハワイ・小笠原諸島・釧路を結んだ三角形の海域「ジャパン・グラウンド」における主対象はマッコウクジラであったとされ、数値統計上セミクジラの狩猟は欧米による捕鯨よりも日本の沿岸捕鯨の方が重圧的で個体群への影響が遥かに大きかったという意見もある。このことは、当時の大手の鯨組の一つである「深澤組」が寛政時代初期に廃業した事や、特に西海地域での各藩による市場競争から係争にまで勃発し当時の幕府による調停が刊行されるまでに拡大したことからも確認できる。
1878年暮れ、太地（和歌山県）で鯨を捕って生計を立てていた漁師たちが、その時に紀州を襲った猛烈な嵐により、100名以上が遭難し死亡した記録が残っている。背景は、西洋列強がクジラを捕りすぎたために沿岸の漁業しかできない太地ではクジラが取れなくなり漁師が困窮し、たまたま発見したセミクジラを荒れた海の中でさえ、捕りに行ったためである。しかし近年、下記の通り沿岸捕鯨で個体群の著しい減少と過剰捕獲による採算が取れなくなった可能性が指摘されている。太地組終焉の原因が背美流れにあったという意見に対する相反（内外の組織間とくに重鎮一族における確執、近隣猟場の買い取りや北海道への進出の失敗後の再進出など事業の無計画性、「重鎮の放蕩」といった噂の流出など、が鯨組の経営・財政難を招いたとする事態に対して何らかの意図があって創られた説話）や「背美流れ」の唄および子持ちの殺生の戒め等々が事件後に作られた創作であったとする意見も存在する。
日本では仏教の教えにより鯨の命を取ること（殺生）を忌み嫌うため、漁師たちは鯨が絶命する際に「南無阿弥陀仏」と念仏を唱え、また、その命を奪ったことを秘したり、各地で鯨の供養を行い、その供養塔が建立されている。一方で、前述の通り各地方に残る舟唄ではセミクジラに限らず子持ち鯨の捕獲を祝い事として賛美する風潮が見られ、生類憐れみの令でも鯨類は保護対象から除外され捕獲に歯止めがかかることはなかった（親子の情を持ち憐みの令の対象種に該当する要素を持ちながらも、当時の知見では魚類に分類されていたとされるが、1758年には京都で発行された自然史論文にて、鯨類は哺乳類であると分類されていた）。また、上記の供養塔や供養仏も仏職者が始めたものであり、古式捕鯨が盛んであったほぼ全ての地域で、鯨の怨念や祟りといった超自然現象的な影響により、村の人口や鯨組の家系に悪影響が出た為に仏職者によって諌められたという昔話が伝わっている。
セミクジラをはじめとするセミクジラ科のクジラは肥えた体形で動きが遅く、沿岸部に接近する事が多い上に好奇心も強く、脂肪分が多く死んでも沈まないなどの理由から捕獲が容易であり、他方、鯨油や鯨肉の採取効率に優れ、工芸材料として便利な長い鯨ひげを有しているなど利用価値が高かったことから、古くから世界各地で捕鯨の対象とされてきた。本種ジャポニカは19世紀までは日本の沿岸でもよくみられ、また「背美」と表されるように背中の曲線が美しかったことから、古くから絵画の題材に取り上げられている。弥生時代には日本では鯨を利用し、中世のころより鯨漁があった。漁には網を用いた。セミクジラ科特有の、長大で柔軟性のあるクジラヒゲには特徴的な用途が見られる。日本では文楽人形の仕掛けなどに用いられ、西洋ではコルセットや傘などの素材に使用された。日本では、ジャポニカ種に限らずクジラの肉を「赤身」といって食用に回され、残りの部位は工芸品や鯨油として利用された。
氏康は元亀元年（1570年）8月頃から中風とみられる病を得ており、8月初旬には鎌倉仏日庵で、氏康の病気平癒祈願の大般若経の真読が行われている。その頃、小田原城に滞在していた大石芳綱は、「風聞としてではあるが氏康の様子を、呂律が回らず、子供の見分けがつかず、食事は食べたいものを指差すような状態で、意志の疎通がままならず、信玄が豆州に出たことも分からないようだ」と記し伝えている。その後、12月には信玄の深沢城攻めの対応を指示ができるほどには快方に向かったが、明けて元亀2年に入ると氏康発給の文書は印判だけで花押が見られなくなる。そして元亀2年（1571年）5月10日を最後に文書の発給は停止されている。そして10月3日、氏康は小田原城において死没した。享年57。戒名は大聖寺殿東陽宗岱大居士。同年から、氏康は、かつて武田氏に通じていた北条高広を介して、武田信玄との和睦・同盟を模索していたといい、最後の務めとして氏政をはじめとする一族を集め、「上杉謙信との同盟を破棄して、武田信玄と同盟を結ぶように」と遺言を残したとされているが真偽は不明。死後の12月27日、北条・武田は再同盟している。