1992年2月25日、NGO 国際教育開発(IED)代表で弁護士の戸塚悦朗が国連人権委員会で日本軍慰安婦問題を取り扱うように要請したが、これが国連での初めての慰安婦問題提起であった。戸塚自身も、当時慰安婦問題に関する国際法上の検討がなされていなかったため、「日本帝国主義の性奴隷(sex slaves)と規定した」と自分が「性奴隷」という言葉を発案したとしている。当初、国連では「性奴隷」という呼称は受入れられなかったが、戸塚は人権委員会の下位にある差別防止少数者保護小委員会(人権小委員会)や、人権小委員会で活動する現代奴隷制作業部会に働きかけた。日本弁護士連合会（日弁連）会長（当時）で「慰安婦問題の立法解決を求める会」（1996年12月設立）の土屋公献も、1992年から日弁連が国連において慰安婦補償を要求するなかで「性的奴隷（Sex SlavesまたはSexual Slavery）」 として扱うように働きかけ、その結果、1993年6月のウィーンの世界人権会議「ウィーン宣言及び行動計画」において「性的奴隷制」が初めて「国連の用語」として採用されたとしている。日弁連会長鬼追明夫は「軍事的性的奴隷」とも表現している。1992年、NGOに日本に招待されたテオ・ファン・ボーベン（オランダ）は、元慰安婦の証言を聞き、その実態に衝撃を受けた。1992年に、当時日本軍に暴行されたと名乗り出たオランダ人女性ジャン・ラフ・オハーンは「慰安婦」という言葉は侮蔑であり、自身を「戦時強姦の被害者であり、日本帝国軍の奴隷として強制徴集（conscripted）された」と訴えた。1993年、国連人権委員会の差別防止・少数者保護小委員会「武力紛争下の強姦、性奴隷制および類似慣行に関する特別報告者」の報告者であったリンダ・チャベスは準備文書で「性奴隷制度である」と明記した、これが1998年のマクドゥーガル報告書につながったとされる。ただし、リンダ・チャベスは報告書をまとめることなく1997年に辞任した。1996年に国連人権委に報告されたクマラスワミ報告には日本軍慰安婦制度（公娼制度）を「軍用性奴隷制（Military Sexual Slavery）)」また「性奴隷制」と明記された。ただし、戦後に旧日本軍の調査を行ったアメリカ政府および軍の報告の中には、旧日本軍が慰安婦を奴隷として扱っていたという内容は存在しない。慰安婦問題を国連で扱うように活動してきた日弁連海外調査特別委員の戸塚悦朗弁護士は、国連小委員会による日本政府への勧告にはいたらなかったことを失望し、ロビー活動の不足を訴えた。のちに戸塚らの政治的活動は日弁連内部から目的外・職務外行為であるとして批判され、戸塚は1998年に解嘱された。
シーズン1最終話「三角フラスコ」でX-ファイル課の閉鎖が決定したことにより、スカリーはFBIアカデミーの教官に戻り、モルダーは盗聴の任務に就くことになった。真実の追及をあきらめてはいなかったモルダーは、自らの支援者であるリチャード・マティソン上院議員からエイリアンに関する情報を入手する。プエルトリコのアレシボ天文台を捜査したモルダーはエイリアンを目撃したが、その存在に関する証拠を入手することができなかった。アレシボから帰って来たモルダーはアレックス・クライチェック捜査官と組むことになる。また、ミスターXという新しい情報提供者が登場した。そんな中、エイリアンに誘拐されたことがあると主張する、デュエイン・ベリーが4人を人質にとって旅行代理店に立てこもる事件が発生し、モルダーはベリーと人質解放の交渉を行う。一度逮捕されたものの、ベリーは脱走し、スカリーを誘拐する。ベリーは自らがエイリアンに誘拐されたスカイランド・マウンテンに向かい、エイリアンに自分の身代わりとしてスカリーを差し出そうとしていた。モルダーはベリーを追いかけるが、クライチェックの妨害工作を受けてしまう。モルダーが山の頂上に到着したときには、スカリーはエイリアンに連れ去られていた。モルダーはベリーを逮捕したが、ベリーはクライチェックに殺される。クライチェックがシンジケート側の人間だと知ったモルダーは彼を告発しようとしたが、クライチェックはすでに姿をくらましていた。それを受けて、スキナー副長官はX-ファイル課の再開を決定する。それから数か月後、突然、スカリーが昏睡状態のまま病院に運び込まれた。ミスターXはモルダーにエイリアンたちに報復する方法を教えるが、モルダーは病床のスカリーの元を訪れることを優先する。スカリーは無事回復し、仕事に復帰することができた。2人はウィスコンシン州で発生していたティーンエイジャーの連続誘拐事件の捜査に当たる。捜査の過程で、地元の医師が誘拐された若者たちに地球外のバクテリアを投与していたことが判明する。その証拠を隠滅するために、クルー・カット・マン（シーズン1でディープ・スロートを殺した暗殺者）が街にやってくるが、2人に逮捕される前に地元の保安官によって射殺される。外見が一致している医者たちが次々と殺される事件を捜査していると、2人は姿を自由自在に変えることができるエイリアン、バウンティハンターの襲撃を受けた。バウンティハンターはエイリアンのクローンを次々と殺していった。そんな中、妹のサマンサが成長した姿で戻って来た。サマンサもバウンティハンターに狙われているという。ところが、スカリーがバウンティハンターに誘拐されてしまい、モルダーはサマンサの身柄とスカリーの身柄の交換を強いられることになる。モルダーはバウンティハンターの殺害を試みるが、サマンサが死んでしまう。その死体が溶けていく様子から、サマンサもエイリアンのクローンの一体であることが判明した。ミスターXの協力を得て、モルダーはバウンティハンターを追って北極海へ向かった。モルダーはハンターの有毒な血液を浴びて死にかけるが、スカリーの治療で生還する。あるハッカーがモルダーに一本のデジタルテープを送って来た。そのテープの中にはロズウェル事件の真相があるという。ところが、そのテープに入っているデータはナバホ語で記述されていた。シガレット・スモーキング・マンはテープの所在を探しまわり、モルダーの父親、ウィリアムの元を訪れる。ウィリアムがモルダーにすべての真実を打ち明けようとしていると察したスモーキング・マンはクライチェックにウィリアムを殺害させた。モルダーとスカリーはニューメキシコ州を訪れ、第二次世界大戦で米軍の暗号を作成したナバホ族の老人、アルバート・ホスティンに会い、テープの翻訳を依頼する。ホスティンの孫はモルダーにエイリアンの死体が入った貨車を見せる。スモーキング・マンはモルダーに追いつき、貨車をモルダーごと焼きはらってしまった。