車両工場部分（旧・大井工場）は西エリアと呼ばれる。日本国有鉄道（国鉄）時代から、東京地区の電車を専門に、検修・改造などを行っている。構内には御料車庫があり、歴代の皇室用客車が保管（名目上の配置は尾久車両センター）されている。また、各種旧型車両も保管されている（#保存車両を参照）。2017年現在、東京総合車両センターでは新系列車両（209系・E231系・E233系など）の大部分の検査を受け持っており、これらの車両のメンテナンスに最適な設備を有している。また、新系列車両は耐久性や耐摩耗性に優れていることから、新保全体系と称する従来の検査体系を簡略化した（各機器ごとに検査周期を適正化した）検査体系を実施している。西エリア内の最も西側には1997年（平成9年）11月に完成した「新系列車両検修西棟」が、東側には2004年（平成16年）12月に完成した「新系列車両検修東棟」が設けられている。これらの検修棟は各車両を1両ごとに分割することなく最大6両（西棟）または最大11両（東棟）とした在姿状態で台車や屋根上機器などの検査が可能な設備となっており、新系列車両を効率的に検査が行えるような設備となっている。なお、205系は大宮総合車両センターの担当となっている。
車両基地部分（旧・山手電車区）は東エリアと呼ばれる。山手線で使用される全ての電車および試験車・事業用車が配置され、日夜定期検査や臨時修繕などが行われている。地理的には旧大井工場の東側に位置し、東側は東海道本線に、南側は東急大井町線大井町駅に隣接している。大崎駅から入出区線により連絡している。1967年に建設されたコンクリート製高架を備えた2階建て車両基地であり、階下「下収容線」に22線（1 - 22番線）、高架「上収容線」に23線（31 - 53番線）を備える。1 - 4番線は修繕線であり、そのうち2・3番線は基地奥の修繕場につながり、修2・3番線と称する。修2番線にはリフティングジャッキを、修3番線には車輪転削装置を備える。構内入替に使用される事業用車両（クモヤ143形）は1・4番線に留置されることが多い。5 - 7番線は床下検査用のピット線、8 - 11番線は手洗いによる洗浄線、12番線以降は留置線となっている。
寺伝によれば、奈良時代初期の和銅3年（710年）肩野部長者乙麻呂が喜恵上人を開山として招聘し建立したと言われる。和銅7年（714年）には元明天皇、平安時代には陽成天皇の勅願寺となったと伝えられている。平安時代になると真言宗寺院となったと伝わる。また、南北朝時代には南朝方を支援したといわれる。安土桃山時代の天正9年（1581年）兵火により伽藍を焼亡し、元明・陽成両天皇の勅旨を焼失したと言われている。江戸時代初期の慶長9年（1604年）津山藩初代藩主森忠政により寺院が再興された。明治時代以降、急速に衰退した。明治19年（1886年）本堂が崩壊したため、翌年の明治20年（1887年）に境内の文殊堂を移築し現在に至っている。昭和初期までは寛永14年（1637年）に森長継が再興した三重塔が存在したが老朽化のために昭和9年（1934年）に倒壊した。跡地には昭和61年（1986年）に日新社殿が建造された。昭和30年（1955年）までは旧盆の7月16日に護法祭が行われていた。
マリーは1548年7月、フランスとの間で王太子フランソワ（後のフランソワ2世）とメアリーとの婚約を決め、エドワード6世との婚約を破棄した。7月29日、メアリーは迎えに来たガレー船に乗船し、メアリー・フレミング、メアリー・シートン、メアリー・ビートン、メアリー・リヴィングストンという4人の同名の侍女達と共にフランスに向けて旅立った。1557年にマリーは、ボスウェル伯をスコットランド国境のハーミテージの指揮官に任命した。ボスウェル伯は、当時スコットランド国境から絶えず侵入を繰り返し、人々を恐れさせていたイングランドの軍隊や盗賊団の掃討に、目ざましい働きを見せていた。マリーはボスウェルを高く評価しており、さらに地域一帯の指揮権も与えている。1557年12月3日、アースキン、アーガイル、モートン、グレンケアンらのプロテスタント貴族は、プロテスタントの布教に努めるというもっともらしい口実で｢組合貴族｣を結集し、エディンバラに集結した。彼らは自分達を｢イエス・キリストの会衆」と自称すると、スコットランドの政治･宗教上の改革と、スコットランド全土におけるプロテスタント教会の設立を要求した。彼らの真の目的は、国内のカトリック勢力を打倒し、カトリック教会の財産を手中にし、マリーに入れ知恵をする邪魔なフランス人を駆逐する事であった。1558年4月24日、ノートルダム大聖堂で、メアリーはフランソワと結婚式をあげた。マリーはスコットランドを離れる事ができなかったので、母アントワネットを娘の婚姻契約を結ぶための代理として派遣する。1559年5月10日、カリスマ的な存在であったノックスは、パースのセント・ジョン教会で偶像崇拝の根絶と聖遺物の破壊を訴えた。これを契機に国内で反乱が勃発した。わずか2日間の間に、荒れ狂う民衆の手で3ヶ所の修道院が破壊され、聖遺物が奪われる。さらに、この暴動は瞬く間にスコットランド全土の教会に広がった。5月22日、組合貴族達は武装蜂起を決定し、イングランドへ援助を求めた。マリーもフランスの弟達に援助の要請を求めるべく、フランスに行った。また、彼女は息子フランソワとメアリーにも会いたいと考えていた。4月23日のマリーからの手紙で、メアリーは母がフランスを訪れる事を知ると、自分はとても幸せであり、母の期待に添えるようにがんばって勉強し、立派な人間になりたいという手紙を書いている。マリーは9月25日にルーアンの宮廷に到着した。宮廷では歓迎式典が開かれた。長い間離れ離れになっていた親子は楽しく語り合った。しかし親子の対面以外では、マリーのフランス訪問に収穫はなかった。アンリ2世に財政援助をしつこく懇願したため、かえって逆効果になってしまったからだった。フランスの駐屯軍を養うために、彼女は大変な財政難に陥っていて、使用人の給料さえ満足に支払えなくなっていた。さらにこの月、メアリーがフランスにやってきた時「世界一すばらしい妹だ」と言ってメアリーを歓迎した息子、フランソワが小児病にかかり、急死してしまった。マリーはこの悲しみを母宛ての手紙に書いている。