一般的には、他のペン同様親指・人差し指・中指の3本の指で保持するが、どこを持つかは、その人の手の大きさ、万年筆の大きさ、重量バランスなどにも拠るので一概には言えない。寸軸のように太いペンでは5本全ての指で抱えて持つからである。ヨーロッパでは万年筆の持ち方が初等教育段階で指導されており、学童用の万年筆には正しい持ち方ができるように面取りしてあるものもある。ペン先を紙に当てる角度は、ペン先の研ぎ方にも拠るが、やや寝かせて書くのが一般的のようである。ボールペンのように垂直に近い角度で使うのは推奨されない。欧文を書く場合は、寝かせて書く方が書きやすい。漢字、日本語を書く場合にはこれは当てはまらず、やはり、鉛筆同様の角度50度前後の角度で書いた方が書きやすい。ねじれ方向の角度に関しては、通常のペン先の場合、ペン先が紙に対して平ら、筆記方向に水平にあたるようにしなければならない。もし、ペン先がねじれて紙と接するように使ったとすると、引っかかるばかりでなく、割り切りの内側の角が削られて、かすれの原因ともなる。ただし、楽譜用など特殊用途のペン先には、ペン先を紙面・筆記方向に垂直に当て、縦線を細く横線を太く引く設計のものがある。かなり弱い筆圧でも筆記に支障はない。むしろ強い筆圧で柔らかい（よくしなる）ペン先のものを使うと割り切りが開いてしまいうまく書けない。そのため一般に筆圧が強い人には硬いペン先のものの使用が推奨されている。いずれにしてもペン先が反り返ってしまうほど高い筆圧を掛けての使用は故障の原因となる。筆記角度については年代にも左右される。1970年代は筆記角度が80度ぐらいで使われるのが普通であった。また、大正時代のオノトも似た筆記角度である。
吸入式やコンバーター式の万年筆を使う場合には、ボトルインクに入ったインクを使用することになる。細かい手順は万年筆やコンバーターの種類によって異なるので製品に付属する説明書に従って操作しなければならないが、大まかな手順は共通している。まず、インクタンクの内部から空気を追い出すように操作する。その状態のままインクビンのインクの中にペン先を入れて、吸入動作をする。このとき、ペン先をつける量はペンによって異なるが首の部分まで浸さなければ空気を吸ってしまうことになり、インクを充填できない。これは吸入が空気穴を通じて行われるからである。充填が終わったら、余分なインクを拭き取り、使用する。インクボトルに残っているインクの量が減ってくると、インクを吸入するのが困難になる。このような場合は、小型の容器に移し替えたり、新しいインクを継ぎ足したりして使う。ただし、古いインクは変質していたりゴミが混入していたりする場合も多いので、インクの注ぎ足しはあまり推奨できる行為とはいえない場合が多い。モンブランのインク瓶やパーカーのインク瓶（ペンマンインクのみ）では、瓶内に小区画を設定して、そこにインクを流し込むことで、インクの量が少なくなってもペン先を十分に浸すことが出来るようにするなどの工夫を行っている。また、2010年代以降のセーラーやパイロットの顔料系インク瓶製品を中心に、インク瓶の口にプラスチック製で漏斗状の構造物を付け、インク瓶を一度逆さにしてこの漏斗状部分にインクを貯め、ここにペン先を挿入することで、少量の残量でも使い切る事の出来る製品が出ている。
同じメーカーの同じカートリッジを採用したペンであっても、コンバーターを利用できるものとできないものがあったり、固定方式などの点においてバリエーションが存在する場合があるので、原則として取扱説明書に記載されたメーカー推奨の組み合わせで使用する方が良い。欧州共通規格を採用したものであっても、他社のコンバーターを使用するとインク漏れなどの原因となることがある。なお、コンバーターも消耗品であり、抜き差しを繰り返すことによって差し込み口がゆるくなってくる。
インクカートリッジの形状は各社さまざまであるが、カートリッジインクの場合はカートリッジを装着するだけで使用可能となる。具体的には、首軸部分にカートリッジを正しい方向で奥まで差し込めばよい。装着手順の詳細はメーカーによって異なり、例えばパイロット、セーラー製ではまっすぐに、プラチナ製では右に回転させながら差し込むよう説明されている。また、装着後にインクを馴染ませるためにカートリッジ側面を軽く押さえる方法もある。シェーファーだけは少し変った方法を推奨しており、カートリッジを、軸（首軸ではない方）の中に入れそのまま首軸にねじ込む方式である。（モンブランの一部にもある）
子が親に似るという遺伝の現象を説明する遺伝の法則は、品種改良などにかかわるので、体験的には様々な現象が知られていたようである。 明確な法則性を求める様々な実験は行われていたが、まとまった形とはなっておらず、ただ一般的には親の卵子と精子に存在する「何らかの液状のモノ」が混ざりあって、両親の特徴が子に引き継がれると考えられていた。これを総称して融合説または混合説とよぶ。たとえばチャールズ・ダーウィンの種の起源を批判したフリーミング・ジェンキン（Fleeming Jenkin　イギリス） は混合説に基づき、変異は子で融合するのだからダーウィンが想定したような進化に必要な遺伝的変異は存在し得ないと主張した。メンデルはこの法則では、何らかの単位化された粒子状の物質が一つの親の性質（形質）を決めていると仮説を立てた。これを融合説に対比して粒子説または粒子遺伝と呼ぶ。この時にはまだ名前はなかったが、この粒子は後にウィリアム・ベイトソン（William Bateson　イギリス）によって遺伝子と命名された。メンデルの存命中、この発見はあまり注目されなかった。ただし、完全に埋もれていたわけではなかった。19世紀中に、ヴィルヘルム・フォッケ（Wilhelm Olbers Focke　ドイツ）、アルベルト・ブロンベリ（Albert Blomberg　スウェーデン）、イワン・シマリガウゼン（or シュマルハウゼン）（Ivan Ivanovich Schmalhausen　ロシア）、ハイド・ベイリー（Liberty Hyde Bailey　アメリカ） が、それぞれの論文でメンデルの法則に言及している。また、ブリタニカ百科事典1881年版には既にメンデルの研究の紹介がある。メンデルの法則は、1900年、カール・エーリヒ・コレンス（Carl Correns、ドイツ）、エーリヒ・フォン・チェルマク（Erich von Tschermak、オーストリア）、ユーゴー・ド・フリース（Hugo de Vries、オランダ）の3人の独立した研究により再発見された。過去の文献を調べた結果、メンデルの論文が発見され、彼の仕事が再評価されることとなった。「メンデルの法則」という法則名は、コレンスによる命名である。メンデル自身は「法則」という名称を用いていない。その後、メンデルの法則は、減数分裂における染色体の挙動として明確に説明されるようになった（染色体説の項参照）。現代的には、分離の法則は、染色体が減数分裂して対立遺伝子が2つに分かれることに対応し、一般的に成り立つ。独立の法則は、異なる染色体が独立に振る舞うことに対応し、2組の対立遺伝子が異なる染色体上にあるときに成り立つ。優性の法則は、両親から受け継いだ対立形質のうち、どちらか一方の形質のみが現れる現象（完全優性）だが、完全な優劣が現れるのはむしろ例外的だと考えられている。現代のスタンダードな教科書では、分離と独立について「法則」と明記している場合でも、優性については「法則」としていないことが多い。