国土交通省は本件を「重大インシデント」に指定し、航空鉄道事故調査委員会が事故原因についての調査を行った。その後2003年9月26日に航空鉄道事故調査委員会は、パイロットが比較的距離が短いB滑走路に着陸するのに必要な注意を怠った操縦ミスを主な原因とする報告書をまとめ発表した。報告書は、オーバーランの原因を、追い風が吹く中を、機長が意図したよりも速い速度で進入着陸し、接地位置が大幅に延びたため、とし、機長が、スレッショールド通過時に速度が速かったとの認識を欠いていたため着陸復行を行わなかったこと、副操縦士と訓練生から速度超過だというコールアウトがなかったことおよび着陸復航すべきことについての助言を行わなかったこと、運行乗務員が接地位置についての明確な目安を持っていなかったこと、などを指摘している。
ポーランド南部のヴウォシュチョヴァ（Włoszczowa）近くのチャルンツァ（Czarnca）でチャルニェツキ家の一員として生まれた。1599年という日付を決定的に証明する文献はなく、レシェク・ポトホロデツキ（Leszek Podhorodecki）やアダム・ケルステン（Adam Kersten）といった歴史学者は1599年としたが、歴史学者のズジスワフ・スピェラルスキ（Zdzisław Spieralski）は1604年とした。父のクシシュトフ・チャルニェツキは16世紀末から17世紀初にかけて戦争に何度か参戦した軍人であり、後にポーランド王妃コンスタンツェ・フォン・エスターライヒの廷臣になった。歴史学者のミロスワフ・ナギェルスキ（Mirosław Nagielski）はチャルニェツキ家がさほど裕福ではなく、ステファン・チャルニェツキのライフ・チャンスを制限したとしているものの、ポトホロデツキはチャルニェツキ家がいくつかの村と小さな町1つを所有しているとし、財産が少ないわけではないとした。しかし、クシシュトフ・チャルニェツキは9男1女（ステファンは六男）をもうけていたため、財産を分割した場合1人の取り分はかなり少ない。このような状況ではあるものの、クシシュトフは王妃の宮廷を取りいることで、その影響力を利用して息子たちを廷臣にし、出世を早めることができた。ステファン・チャルニェツキの幼年期についてはほとんど知られていない。家族に彼を外国の大学へ送り出す資金がなかったため（クシシュトフの9人の息子のうち、大学に進学したのは1人だけだった）、ステファンはクラクフかサンドミェシュ（Sandomierz）でイエズス会の学校から中等教育を受けた後、早くから軍人としての道を歩み始めた。中等教育から卒業した後、ヤン王子（後のポーランド王ヤン2世カジミェシュ）の廷臣になった。ユサール部隊に入隊するのに必要な装備を購入する資金もなかったため、1621年春にトヴァジシュ（波: towarzysz; 下級の騎兵士官）としてリソフチツィ（Lisowczycy）傭兵隊に入隊した。18/22歳と若くして士官になったチャルニェツキは1621年のホティンの戦いに参戦した。この戦いでは共和国軍がオスマン帝国軍に勝利してポーランド・オスマン戦争を終結させた。リソフチツィ傭兵の残忍さに学んだのか、以降の戦闘でも勝利のために手段を選ばず、一般人への残虐行為も行った。1623年に兄パヴェウ・チャルニェツキがヴォイスコ・クファルチャネ（Wojsko kwarciane）という正規軍の軽騎兵大尉に任命されると、パヴェウはステファンなど兄弟を自身の部隊に招いた。兄弟たちは王冠領野戦ヘトマンのスタニスワフ・コニェツポルスキの部下として1624年のマルティヌフの戦いなど対クリミア・ハン国の戦役に参加した。1625年、コサックによるジュマイロの乱の鎮圧に関わり、1626年から1629年にかけてはポーランド・スウェーデン戦争を戦った。ステファンの軽騎兵は偵察、陽動、敵地への襲撃などに使われた。兄のホロンギェフ（chorągiew）で従軍していたステファンだったが、1627年にホロンジィ（chorąży）に昇進した。同年8月6日から7日にかけて、グスタフ2世アドルフが間一髪で戦死を逃れたディルシャウの戦いに参加した。この時期、コニェツポルスキの用兵と敵軍であるスウェーデン軍、コサック、タタールを観察して軍事を学んだ。ポーランド・スウェーデン戦争が終結すると、チャルニェツキは1630年にハプスブルク帝国軍に入隊、引き続きスウェーデン軍を相手に戦い、1631年のブライテンフェルトの戦いに参加した。1633年、再び共和国軍に入隊して、新王ヴワディスワフ4世の下で対ロシア・ツァーリ国のスモレンスク戦争（1632年 - 1634年）を戦い、外国人傭兵隊から西欧の戦術を学んだ。1633年12月、奇襲部隊を率いてロシア軍の後方を襲撃してロシア軍に恐怖をひろめつつ補給線を攪乱、ロシアの町コゼリスクに放火した。スモレンスク戦争での功績により王冠領野戦ヘトマンマルチン・カザノフスキ（Marcin Kazanowski）率いるコサック軽騎兵部隊のポルチュニク（波: porucznik; 中尉）に昇進、スモレンスク県のスタロドゥーブ近くで小領地を獲得した。戦後、より名声の高いフサリア部隊に移り、おそらく国王軍の削減によりヴワディスワフ・ムィシュコフスキ（Władysław Myszkowski）、ついでスタニスワフ・ルボミルスキの私兵になった。1635年に後のヤン2世カジミェシュに軍事顧問としてウィーンまで同伴した可能性がある。1637年、ゾフィア・コビェジツカ（Zofia Kobierzycka）と結婚した。同年にパヴロ・パヴリウク率いるパヴリウクの乱の鎮圧に関わり、クメイキの戦いに参加、勝因となる騎兵突撃を率いた。同年には軍人代表としてワルシャワで開かれたセイム（議会）に派遣された。