1980年代後半にリリースされたファンタシースター第一作より引き続き、前作『PSO』も含むファンタシースターシリーズにおいては伝統的に、BGMの切り替わりがスムーズで切れ目を意識させない特徴があり、今作PSO2もその特徴を受け継いでいる。PSO2の音楽データは旋律ごと小節ごとに非常に細かく分けて用意されており、ゲームで流す際にリアルタイムで組み合わせて流す仕組みになっている。このためBGMが途切れることなく、状況変化に応じて曲調を切り替えることが可能となっている。また、プレイヤーを飽きさせない工夫として、プレイ状況における各種パラメータから3つの基本数値を計算、それに応じて曲調を遷移させる工夫を行っている。
PSO2の戦闘システムは、いわゆる3Dアクションゲームに類別される。表示には「通常視点」と称されるキャラクター見下ろし型の視点と、「肩越し視点」と称されるキャラクターの右肩付近に固定された視点の二種類があり、両者はプレイヤーの任意でいつでも切り替え可能となっている。なお「通常視点」の場合キャラクターの向きとカメラの向きを別々に変えられるが、「肩越し視点」の場合キャラクターの向きとカメラの向きは連動しており常に一致する。操作は、PC版の場合キーボードとマウス、およびゲームパッドに対応しており、キー配列やボタン配置のカスタマイズも可能。PS Vita版の場合、通常視点2種、肩越し視点3種から任意のボタン配置を選択でき、それらの選択とは別にカスタマイズも可能。戦闘中は攻撃やジャンプ、回避などのアクションと、フォトンアーツ(PA)、テクニックなどの攻撃方法をクラスによって切り替えつつ行う。
ゲーム内で主人公に敵対するモンスターで、ボスエネミー、レアボスエネミーの種類があり、難易度によって強さが変化する。難易度スーパーハード以上で現れる「侵食核」のついた「ブーストエネミー」が登場し、侵食核のない通常エネミーより更に強化されるほか、侵食核自身が攻撃を行うなど行動アクションにも変化が発生する。「ボスエネミー」はエネミーの中でも通常のエネミーとは異なる体力・攻撃力・防御力が高い強敵であり、また倒すとボスエネミー特有のアイテムドロップが出現する。またレアエネミーは通常エネミーとは外見が異なり、通常タイプよりアイテムドロップ確率が高くなる。レアボスエネミーは難易度ベリーハード以上のクエストでごくまれに出現し、ボスエネミーの中でも更に強化されており、倒すとボスエネミー特有のアイテムドロップのほか、通常ボスエネミーからは得られないレアアイテムを入手出来る場合がある。
異なるシップのプレイヤーが集まることのできる唯一のサーバー。このサーバー内はチャレンジブロックとバトルブロックのみになっている。通常シップとは一部機能や情報が異なる状態になる。所属シップとはゲーム内ロビーのテレポーターを使用して自由に移動可能となっている。
バトルブロックでは特定のクエストのみ受注することができ、このブロック内では「バトルウォリアー」という専用クラスに固定される。また、通常ブロックとは一部機能や情報が異なる状態になる。共通シップにしか存在しない。
主人公はアークスの一員として、船団『オラクル』を構成する宇宙船のシップ（Ship、ゲームサーバーのこと）に乗船し、そこを活動拠点としている。そのため各ゲームサーバーにはシップ番号と固有のシップ名が付けられている。他シップへの移動は特定条件を満たした上での有償実施となっているほか、移動出来るデータにも制限がある。
プレイヤーキャラクターは、1アカウントにつき最大20キャラ登録可能。3キャラ目までは無料で、4体目以降は有料となる。キャラクターの外見や声などはいつでも変更することが出来る（後述）。最低1体のキャラクターを作成しない限りゲームをプレイすることが出来ない。
新光歴238年より物語は始まる。4つの種族(ヒューマン・ニューマン・キャスト・デューマン)により構成された惑星間航行船団、通称「オラクル」は数多くの銀河を行動範囲内に収めていた。銀河の外宇宙で新たに発見された惑星に最初に降り立つのが調査隊『アークス』であり、調査と交流のために互いに協力し合って未知の惑星の謎を解明して行く。主人公（プレイヤー）は新たなアークスとして冒険が始まる。
ロンドンでハードロックやヘヴィメタルのアーティストのファッションとして流行していたブーツが元になっている。 細野が考案したきっかけは「ムッシュかまやつが製作を依頼した」「靴屋がイギリスのレコードのジャケットを見て考案した」など諸説があり、1970年頃から販売されるようになった。とくに当時流行していたベルボトムのパンツ（パンタロン）と組み合わせて脚を長く見せるファッションが流行り、野口五郎や沢田研二、グループ・サウンズの人気歌手などがこぞってこのファッションを取り入れ、さらに流行に拍車をかけた。1990年代後半には、つま先の底の厚さがロンドンブーツに比べて2～3倍のものが『厚底靴』として女性を中心に流行となった。2000年代前半にはピンヒールなどの流行によりあまり見られなくなったが、依然ロックアーティストや、コスプレ用のファッションアイテムとして需要がある。
16世紀にはフェリペ2世が村を初代エステパ侯爵に与え、19世紀に荘園が解かれるまでマリナレーダの村はエステパ侯爵の所有下にあった。特にエステパ伯爵などの大土地所有者が日雇い労働者を呼び寄せたため、マリナレーダは人口集中地として成長した。土地を持たない労働者は一日に2レアルを稼ぎ、1751年にはこのような労働者のための60軒の家があったという。18世紀、マリナレーダには3人の聖職者がおり、エシハに住んでいたペニャフロール侯爵が所有する商店があった。主要な経済活動は灌漑を用いない農業だった。アンダルシア地方の中央部は「盗賊のゆりかご」と呼ばれ、長年にわたって盗賊の縄張りだった。19世紀にはマリナレーダにも自治体住民が関与するいくつかの盗賊団が存在した。エル・テンプラニーリョ、フランシスコ・リオス・ゴンサーレス、フアン・カバリェロなどが盗賊団のボスとして有名である。19世紀のアンダルシア地方では、それまで共有地や教会所有地だった土地を貴族などが買い占め、大土地所有者と小作農という構図が顕著になった。この土地の労働者は何度も抵抗運動を繰り広げたが、そのたびにグアルディア・シビル（治安警察）に鎮圧された。