創建は不詳で、様々な伝承が現在に伝えられている。社伝の1つでは、雄略天皇（第21代）21年に、籠神社（京都府宮津市）から宇賀御魂大神を勧請して山頂に祀り、里宮に大宜津比売神と事代主神を配祀したが、のちに前記6柱となったという。別伝では、景行天皇（第12代）40年に日本武尊が東征に際し、蝦夷平定のために前記6柱を勧請・創建したという。また、坂上田村麻呂が当地で倒れた愛馬を祀ったが、のちに慈覚大師（円仁）が廻国した際にその駒形神を駒ヶ岳山頂に移して本宮を造営、さらに源義家が前九年の役の際に戦勝祈願をしたともいう。別説として、上毛野（のちの上野国、現・群馬県）を根拠とする上毛野氏一族が当地に来住するにあたり、駒ヶ岳を上毛野氏氏神の赤城山（赤城神社）に擬して奉斎したとする説もある。その中で、休火山である赤城山の外輪山に「駒形山」が存在することから、毛野氏が上毛野氏と下毛野氏に分かれた後にそれぞれ勢力を北に伸ばし、外輪山を持つ山の中で二番目の高峰を赤城山になぞらえて「駒ヶ岳」または「駒形山」と名付け、駒形大神を祀ったとする。そして雄略天皇の時代に、上毛野氏が奥州において現在の「駒ヶ岳」を見出して名づけ、山頂に駒形大神を勧請したのが始まりであるとするものである。この説に従えば、駒形神社の祭神は赤城山の神と同一か、深い関連を持つ存在ということになる。関連して、『続日本後紀』承和8年（841年）3月2日条には江刺郡擬大領として「上毛野胆沢公毛人」の名が見え、上毛野氏と胆沢との関わりが指摘される。さらに赤城神社との関連では、源実朝が『金塊和歌集』において赤城神社を「からやしろ」と詠んでいることから、赤城神社は「から」すなわち中国や韓国に由来するともされるが、当時の朝鮮にあった高麗が「コマ」と呼ばれたことから、駒形という名称は、「高麗唐」すなわち「コマカラ」が「こまかた」のち「こまがた」に転訛したともいう。関連して箱根神社の摂社である駒形神社では、朝鮮から高麗大神が勧請されたとしている。なお奥宮は現在駒ヶ岳に鎮座するが、元々は駒ヶ岳南方で最高峰の大日岳（経塚山）山頂にあったとする伝承がある。
当社は駒ヶ岳（焼石駒ヶ岳/駒形山）を祀る神社として、明治以前は駒ヶ岳山頂の本宮（奥宮）、北上市和賀町岩崎と金ケ崎町西根雛小沢の各里宮をして奉斎された。水沢の現在社（水沢本社）は明治36年（1903年）の新設である。それ以前の水沢本社の地は鹽竈神社（現・境内別宮）の境内地であった。以下、駒形神社一般の歴史について概説する。
下村 輝夫（しもむら てるお、1945年 -　）は、日本の工学者。九州工業大学名誉教授。工学博士。九州工業大学学長や福岡工業大学学長などを歴任。
男性の大半は加齢と共に多少なりとも前頭部と頭頂部の毛量が減少していく。そのため、これは正常な生理的現象であるとし、病気としては扱われない。後述するような医学的対処も行われているが、医薬品は生活改善薬の一種であり、外科的手法は美容外科手術の一種である。病気の治療ではないので健康保険は適用されない。しかし、男性型脱毛症の大部分を占めるAGAはフィナステリドやデュタステリドを内服する事で進行を止める事が可能になった。その場合自由診療であり、皮膚科、美容外科などの医療機関のみが取り扱っている。AGAの原因は酵素5α-リダクターゼの働きによって男性ホルモンである「テストステロン」から生成されたDHT(ジヒドロ・テストステロン)という物質が原因と考えられている。このDHTが毛乳頭細胞に存在する男性ホルモン受容体（レセプター）と結びつくと、髪の毛の正常なサイクルを狂わせてしまう。5α-リダクターゼにはタイプIとタイプIIの二種類が存在し、それぞれI型DHTとII型DHTを生成する。AGAが出現する前頭部と頭頂部にはタイプIIの5α-リダクターゼが主に存在し、AGAが出現しにくい後頭部と側頭部にはタイプⅠが多く存在している。通常、生えた髪の毛は2年～6年は維持されるはず(その後抜け毛となり、また生え変わる)であるが、DHTタイプIIが標的器官である前頭部と頭頂部の髪の毛の毛乳頭細胞にある男性ホルモンレセプターに接続すると脱毛に関するタンパクを生成し、一気に毛髪の寿命を縮め、数ヶ月から1年で成長が止まってしまう。そのタンパク質の代表的なものがTGF-β1と考えられている。TGF-β1は細胞の働きを調節する内因性生理活性蛋白質でサイトカインの一種である。TGF-β1が毛包細胞に存在するTGF-β1レセプターに結合すると毛包細胞の細胞自然死（アポトーシス）が起こり、毛周期が退行期へ誘導されてしまう。5α-リダクターゼタイプⅡの阻害薬がフィナステリドであり、5α-リダクターゼタイプⅡとタイプⅠの両方を阻害するのがデュタステリドである。これらの薬品はAGAの進行を防ぐ効果がある。これは自毛植毛をしても同じ事であり、植毛のドナーは後頭部より持ってくるため、生涯AGAに侵されるリスクは少ないが周囲の毛はAGAの進行とともに弱毛化し抜けて行く。つまり自毛植毛をしてフィナステリドかデュタステリドを内服しなければ植毛した毛のみが残る事になりうる。女性の男性型脱毛症（FAGA）は女性型脱毛の一部に認められ、前頭部から頭頂部にかけて全体的に薄くなる。女性にフィナステリドやデュタステリドを投与する事は禁忌となっている。脱毛症の男性はヨーロッパで多く、東アジアや東南アジアでは少ないとされる。薄毛率が比較的低い東アジア（特に日本と韓国）では、若ハゲは昔から軽蔑される風潮がある。近年はカツラ業界や育毛剤業界が盛んにテレビコマーシャルを流しており、若年性脱毛症を深刻な悩みの原因とする若い男性は多い。そのように人の劣等感を煽り立てて商売をするいわゆるコンプレックス産業のあり方を疑問視する声もある。例えば、日本皮膚科学会では、「育毛を掲げたヘアサロンの行き過ぎた行為、発毛に関する誇大な広告、人工毛植毛によるトラブル。医療者向けにまずエビデンス（医学的根拠）を提供したいと考えた」として、男性型脱毛症診療ガイドラインを策定している。同委員の板見智・大阪大大学院教授によると、「対象とした成分や施術は科学的な検証材料があった。むしろこれに該当しなかった育毛剤や育毛サロンなどは科学的な根拠がないということ」などと指摘している。