港湾業、水産業および造船業の構造改革や、アメリカ兵の撤収に伴う購買力の低下によって、1990年代末までブレーマーハーフェンの失業率は西部ドイツの記録レベルにまで増加した。1998年には歴史上最悪の失業率 22.3 % を記録した。コンテナや自動車の積み替え業務が改善し、観光業やオフショア風力発電分野で新たな雇用が生まれたことで、千年紀の変わり目頃からブレーマーハーフェンはゆっくりと立ち直っていった。2019年6月のブレーマーハーフェン市の失業率は、12.0 % であった。ニーダーザクセンに属す周辺地域の一部を含むブレーメン＝ブレーマーハーフェン管区における同時期の失業率は、9.0 % であった。
20世紀末頃から観光業が新たな骨格として確立されつつあるが、これは「港の雰囲気」と海洋関係の博物館によるものである。かつて「灰色のネズミ」と呼ばれたブレーマーハーフェンは、魅力的な博物館と上質な飲食業で鮮やかな色彩を獲得している。特に、ドイツ移民ハウス（2005年開館、2007年ヨーロピアン・ミュージアム・オブ・ザ・イヤーを受賞し、2012年に拡張された）、東経 8°気象ハウス・ブレーマーハーフェン（2009年開館）と周遊ツアーのある港は、旅行の魅力となっている。2014年には 63のツアーに7万人を超える利用客があった北海やバルト海クルージングの起点・終点として、近代的で高性能のターミナルを持つブレーマーハーフェンは重要な都市である。現在のコロンブス・クルーズ・センター・ブレーマーハーフェン (CCCB) は、歴史上コロンブス護岸堤防として、ヨーロッパ大陸からの重要な移民の港として知られており、1970年代まで北海を（イギリスへ）渡る、あるいは大西洋を渡る旅客船の港としてドイツの重要な港の1つであった。ブレーマーハーフェンは、2010年から「クラバウターマン」の伝説（船の損傷や沈没を予言する船の精）によってドイツ・メルヘン街道の終点となった。
ブレーマーハーフェンは現在でも最も重要な漁港である。この街には「フィッシュタウン」、その住民には「フィッシュケッペ」というあだ名がつけられている。アイスホッケークラブ REV ブレーマーハーフェンは「フィッシュタウン・ペンギンズ」と名乗っている。港湾積み替え業務から生じたのが食品加工業、特に魚の加工と冷凍食品である。現在、バナナをはじめとする熱帯の果実の積み替えおよび熟成、貯蔵も港湾地区内で行われている。かつては新鮮な魚、後には専ら海や道路を運ばれて供給された冷凍魚の漁港での積み替えに代わって、現在のブレーマーハーフェンでは食品産業の高度に工業化された部門が製造を行っている（魚、野菜、インスタント食品）。この産業への要求は、生鮮食料品（魚）から調理済み食品（ピザ）、さらに保存料なしの冷凍食品への消費習慣の変遷に伴って変化している。
ブレーマーハーフェンは、ドイツにおけるオフショア風力エネルギー産業にとって重要な都市の1つである。機械製造業の一部は、2010年代後半に海浜地方（オフショア）に設置する大型風力発電機の生産で成長した。市の南に、アレヴァ・ヴィント GmbH（Adwen の子会社、旧マルチブリッド）、ゼンヴィオン、パワー・ブレーズ GmbH、ヴェーザーヴィント GmbHなどのメーカーが立地する北海のオフショア風力発電施設建設のための工業地区がある。ヴェーザー川沿いでは、ゲーステ川の合流点の上流にオフショア＝ターミナル (OTB) 建設のための風力発電機積み替え港建設が計画されている。総費用2億ユーロのこのプロジェクトに対しては、オフショアの運用が非常に不安定であるという批判がなされている。オフショア施設のための風力発電機の積み替えに、いわゆる ABC-ハルプインゼル (BLG) やコンテナ＝ターミナル I （ユーロゲート）が利用されるようになって以後、現在（2015年中頃）ではこうした運用は必要とされていない。別のオフショア＝ウィンドパークの建設での再利用が期待されている。
テックレンボルク、リックマース、SSW、ジークホルトといったブレーマーハーフェンの伝統豊かな造船業者が世界的な造船不況により閉鎖した。存続した企業も、仕事量が少ないため、従業員を大幅に減らさなければならなかった。それにもかかわらず、ロイド・ヴェルフトおよびペトラム＝グループに属す修理ドック「ジャーマン・ドライ・ドックス」（モートーレンヴェルケ・ブレーマーハーフェンとリックマース＝ロイドのドック部門との合併によって成立した）やブレードなどによりブレーマーハーフェンは重要な造船都市の地位を保持した。新造船の減少による価値創造の低迷は修理事業におけるドックの部品供給業者にまで及んだ。2019年7月に、ペトラムはブレーマーハーフェンにおける造船事業（ブレードとジャーマン・ドライ・ドックス）をハインリヒ・レナー・グループに売却した。
1963年、文部教官として採用され、山梨大学の工学部発酵生産学科の助手となり、加賀美元男研究室でブランデーの製法の研究に従事した。1965年、山梨大学を退官し、社団法人である北里研究所にて技術補として採用された。小倉治夫の下で抗生物質を研究し、ロイコマイシンの構造を解明した。1968年、北里研究所での「Leucomycinに関する研究」により東京大学から薬学博士の学位（論文博士）を授与され、北里大学薬学部助教授に就任した。また1970年には「ロイコマイシン、スピラマイシン及びセルレニンの絶対構造」により東京理科大学から理学博士の学位を授与されている。理学博士の学位取得後、20年間に渡り東京理科大学薬学部非常勤講師を務めている。1971年には、ウェズリアン大学の客員教授も兼任することになった。これはカナダの国際会議で知り合ったアメリカ化学会会長のマックス・ティシュラーに対して留学を打診し、採用に至ったものである。メルク・アンド・カンパニーからの研究費も獲得することに成功した。アメリカで研究を続けようと考えていたが、退職する秦藤樹の研究室を引き継ぐために帰国することになった。日本に帰国し、1973年に北里研究所にて抗生物質研究室の室長に就任した。また、メルク・アンド・カンパニーとの共同研究を開始した。1975年、北里大学薬学部教授に就任した。その間大村研究室は多くの研究者を育て、31名の大学教授と120名の博士を輩出した。