2001年（平成13年）1月に行われた運輸政策審議会答申第18号において、営団地下鉄東西線の輸送力増強対応として同線の保安装置をWS-ATC装置から新CS-ATC装置へと更新することが決定された。同線と相互乗り入れを行う東葉高速鉄道側も対応することを受け入れ、この時点で車両を改造で対応させるのか、新車で対応させるのか長期視点で種々検討を行った。これは開業以来使用している本形式に新CS-ATC対応改造を実施した場合、近い将来に車両の更新が必要となり、改造費用が無駄となることも判明したことから、長期計画の見直しが実施された。この結果、車両更新時期を早め、2001年9月に更新用の新車を導入することが決定された。その後、2004年（平成16年）12月7日より後継車である2000系の営業運転が開始され、本系列の置き換えが始まった。導入から2年を経た2006年（平成18年）12月3日には東葉高速線内での営業運転を終了した。最後まで使用された06Fは、12月4日に深川検車区への移動を兼ねて東西線の朝ラッシュ時の東京メトロ車の運用に入り、東西線での営業運転も終えた。この際、1061は最初で最後の女性専用車指定を受けた。営業運転終了に際し、2007年初頭に大々的にイベントが行われた5000系とは異なり、記念パスネットカードの発売はされたものの、車両への記念シールの貼り付けなど、特別なことは一切されなかった。なお、2006年11月20日から東西線に女性専用車が設定されたが、1000形は営業運転終了が間近で休日運用のみの予備扱いとされたため、06F以外は告知シールは貼付されなかった。運用離脱車は順次解体されていたが、最後まで残存していた06Fを含む最終3編成については解体されず、東京メトロ5000系ステンレス車と共に、インドネシアの鉄道会社であるPT. Kereta Apiにジャカルタ近郊の通勤電車用として売却されることとなり、2006年10月に09Fが、11月に08Fが、2007年1月に06Fがそれぞれ深川検車区から甲種車両輸送されている。06Fは現地でholeckと衝突事故を起こしたが、無事に営業復活した。現在は東葉塗装は現地塗装に塗り直された。
改造時に東日本旅客鉄道（JR東日本、以下「JR」）線に対応する保安機器類が撤去されているため、同線への乗り入れは不可能となった。ただし、深川工場への検査入場時などJR線に入らない運用に限って本来営団（→東京メトロ）車が使われる運用に充当される場合があった。
譲受にあたっては、特に東西線と相互直通運転をすることから東葉高速鉄道としての独自性と近代的なイメージをアピールするデザインをめざした。改造工事は1995年（平成7年）4月より深川工場内の車体更新修繕場と新木場検車区（当時）内の新木場CRにおいてメトロ車両で実施された。改造後は同年12月上旬より順次、八千代緑が丘車両基地に回送された。主な改造内容は以下の通り。
竣工後在来車に互して使用され、戦中戦後の混乱期の酷使にもよく耐えた。1964年以降、2000形を先頭車とした固定編成化を実施する過程で、1200形・1300形・1400形は順次運転台撤去車となった上で、1400形は中間電動車に、1200形・1300形は中間電動車を経て、1500N形の新造に伴い中間付随車に改造された。車内も2000形並みに更新された。なお付随車化で発生した主電動機は1700形の出力増強用に転用された。付随車は1300形と共に、車番の頭に“。”が標記された。末期には妻面窓と戸袋窓がHゴム支持化されていたが、1200形については客用扉の窓は一部1300形のように小窓化されず、廃車まで全車鋼製横桟入り二段大窓のものであった。1500N形及び100形を除く銀座線鋼製車各形式に共通する事項として、電源系は高圧母線を引き通さず1両完結であり、なおかつ電動発電機などの低圧補助電源系は、予備灯用蓄電池を除き装備していない。このため、1200形・1300形は中間付随車化されてもコレクターシュー（集電靴）、蓄電池は存置された。室内灯などは600Vの直列回路であり、かつて電車線電圧600Vの鉄軌道では一般的手法であったが、都市高速鉄道では、銀座線鋼製車が最も遅くまで残った部類であった。これに起因して、駅手前などに存在する第三軌条が途切れる区間（デッドセクション）では、母線が編成に通っていないため、車両室内灯が瞬間停電し、壁に設置された予備灯が点灯する光景が、2000形全廃時まで見られた。なお、丸ノ内線鋼製車及び銀座線1500N・01系以降の形式では電動発電機に取り付けられたフライホイールにより、瞬間停電を回避している。1200形・1300形は、末期には銀座線浅草方から2両目に連結され、時代離れしたウィンドゥシル・ヘッダーを巻き、リベット外装とガーランドベンチレーターで異彩を放ちつつ使用されていた。1978年からは老朽化した台車がアルストム型のFS-387に交換されたが、01系量産車が登場した1984年から廃車が始まり、1986年に全車廃車となった。1200形は営団地下鉄の歴代車両で最も長期間に亘って使用された形式であり、なおかつ落成から廃車に至るまで実に50年以上もの間同じ路線で使用され続けた稀有なケースだった。