11人の最初の弟子の一人はサンフランシスコに渡り、ハイト＝アシュベリーに寺院用の部屋を借りた。この寺院を訪れてほしいと弟子に頼まれたプラブパーダは1967年1月にサンフランシスコを訪れた。1967年1月29日、マントラ・ロック・コンサートに参加した。グレイトフル・デッド、モビー・グレープ、ジェファーソン・エアプレインといった顔ぶれの中、プラブパーダはコンサートそのものの中心に据えられていた。このコンサートは彼に心酔していたアレン・ギンズバーグのアイデアによるものだった。クリシュナ意識国際協会でも唱えられる賛美の言葉「ハレー・クリシュナ」はサンフランシスコでのヒッピー全体に行き渡り、共通の特徴と言えるまでに普及した。
資金はなく後援者は見つからなかったものの、ある船会社のオーナーの善意により、無料でアメリカ合衆国に行くことができた。この時69歳であった。ニューヨークに到着したプラブパーダは、やがてイースト・ヴィレッジにて、若者を対象に布教を開始する。プラブパーダは新しい人生のスタイルを求める彼らにこそクリシュナ意識を伝えるべきと考えた。1966年の春に小さな寺院を開いた。彼らは後にヒッピーと呼ばれるタイプの人びとであった。その看板には「クリシュナ意識国際協会」と書かれ、同年7月には免税宗教法人として認められた。夏頃になると、旧来のアメリカの価値観に代わるものを求める何千人もの若者がイースト・ヴィレッジに集まっていた。プラブパーダはクリシュナの誕生日とされる9月8日に11人の弟子の入門式を執り行った。
硫黄島から帰還後の1944年（昭和19年）8月少尉（特務士官たる少尉）に昇進。同年12月、第三四三海軍航空隊（通称『剣』部隊。以後、343空とする）戦闘七〇一飛行隊『維新隊』に配属。343空が装備する最新鋭戦闘機紫電改の操縦などの指導に当たる。紫電改については、航続力がない点からみれば九六艦戦時代に逆戻りした感があるが、極めて斬新な設計（空戦フラップ）が施された優秀な戦闘機と評していたが、晩年には「制空戦闘機とも局地戦闘機ともいえない中途半端な戦闘機」と批判的になっている。指導に当たった坂井は空戦講話をやったが、激戦を経験した若者には不評だった。いわゆる昔語りに過ぎず、暴力をたびたび振るったことも反感を買った。特に坂井より8つ年下でありながら、坂井の撃墜数を超える杉田庄一は大村空でも坂井と一緒だったが、杉田は坂井が前線から退いた後もずっと勝ちぬいてきた誇りがあり、また後輩に対して鉄拳制裁を好まず面倒見の良い優しい性格だったことから、自分より若い搭乗員達をことごとくジャク（未熟者）呼ばわりする坂井を嫌い、「坂井は敵がまだ弱かった頃しか知らない、坂井がいなくなった後の方が大変であった」と言って対立し、343空でも「零戦は正しく整備、調整されていれば、たとえ手を離して飛んでも、上昇下降を繰り返してやがて水平飛行に戻る。意識を失って背面状態に入り、それが続くなんてことはない。だいたい、意識がないのにどうして詳しい状況が話せるんだ」と批判し、また「あんなインチキなこと言うやつはぶん殴ってやる」と公言していた。飛行長の志賀淑雄少佐は一触即発の状態に苦慮し、空戦に使える杉田を残し、坂井の経験を活かすため飛行実験を任務としている横空へ武藤金義との交換の形で異動させる事にした。これに対し横空は反発し、特に塚本祐造は、片目が見えない坂井と武藤の交換は割にあわない、横空は飛行実験だけが任務ではないとして、猛反発した。結局、野口毅次郎少尉を付けての2対1の交換でまとまった。交換された武藤金義少尉が豊後水道上空の空戦において戦死したため、坂井は武藤少尉が自分の身代わりになって戦死したように感じると語っている。1945年8月15日、日本はポツダム宣言を受諾。松田千秋司令は、准士官以上を講堂に集合させ、「残念ではあるが日本は降伏することになった。しかし、厚木、その他の航空隊では、徹底抗戦を叫んで降伏をがえんじないようであるが、うち（横空）はこれには加わらぬ。諸君も無念ではあろうが、軽挙妄動してはならぬ」と戒めた。しかし、晩年になると坂井は、横空は無条件降伏に納得せず厚木航空隊に同調し、松田司令が徹底抗戦を叫んでパイロットも引く気がなく、やってくる航空機に対する攻撃は国際法上で正当防衛と聞き、8月17日に他の機種に目もくれず零戦52型で出撃したと語っている。1945年（昭和20年）8月17日、アメリカ軍をはじめとする連合国軍による占領下の沖縄の基地から日本本土偵察のため上空写真の撮影に飛来していたB-32ドミネーター2機を多数の日本海軍機が襲撃して房総半島から伊豆諸島の上空で交戦した第二次世界大戦最後の空中戦があった。坂井もまたこの時に出撃しており、零戦で交戦したともされる。空戦の結果はB-32の搭乗員1名が戦死、2名が負傷。ダメージを負った機体は沖縄へ退いた。この戦闘での死者がアメリカ軍兵士の第二次世界大戦での最後の戦死者となった。この空戦に参加した小町定は「紫電ですら追いかけるのに苦労したのに、零戦では無理」のような趣旨の発言をして、離陸した坂井が攻撃には参加できなかったことを示唆している一方で、大原亮治上等飛行兵曹は零戦52型で同日にB-32を迎撃し、三撃目までを加えたことを証言している。小町と大原の証言を本にまとめた神立尚紀は、この日飛来したB-32は複数機だったらしく、小町と大原が迎撃したのはそれぞれ別の機体であろうと解釈している。9月5日、ポツダム進級により海軍中尉。