3番出口の駅前ロータリーに「南砂町駅前」停留所が設置されている他、永代通り沿いに「南砂町駅入口」停留所が設置されている。西口からは徒歩4分ほどのところに「日曹橋」停留所がある。東京都交通局の公式サイトによると、「南砂六丁目」停留所なども駅接続の扱いを受けており11番乗り場まであるが、駅前にある停留所は下記の2ヶ所である。なお、いずれの停留所とも発着するバスの本数はラッシュ時を除けば1時間に数本程度である。
とある中学校の1年B組、終業式後の雑然としたホームルームで、教壇に立つ担任の森口悠子が静かに語り出す。「わたしは、シングルマザーです。わたしの娘は、死にました。警察は、事故死と判断しました。でも事故死ではありません。このクラスの生徒に殺されたんです」。森口は、妊娠後に娘の父親のHIV感染が判明したことで結婚しなかったと語り、娘を殺した犯人は2人いるが名前は明かさず少年Aと少年Bとしますと述べ、少年Aが電気ショックによって娘を殺害したこと、居合わせた少年Bが娘をプールへ投げ入れたこと、その事実を警察へ伝えて蒸し返す気はないことなどを語る。名前は伏せられていたが、生徒達には少年Aは渡辺修哉、少年Bは下村直樹であることは明らかだった。森口は、先ほど犯人である2人の昼食の牛乳の中に、娘の父親の血液を入れた、HIVに感染するかどうかは運次第、2人には「命」をしっかりと噛み締めてほしいと告げると教室は騒然となった。修哉は、以前、工作で作った財布防犯用の電気ショック装置を担任の森口が認めてくれなかったことに不満を持ち逆恨みしており、そのために森口の娘を標的としたのだった。森口に真相を問われた際にはあっさり犯行を認め、窓から飛び降りる振りをしてから「なーんてね」と笑い、悪びれない素振りを見せていた。森口が去った新年度からは、クラスのいじめの標的となった。直樹は、不良に絡まれて交番に逃げ込んだ際、学校から迎えに来たのが担任の森口ではなく、他の男性教師だったことで、それまで好感を持っていた森口を恨むようになっていた。しかし、森口が迎えにいかなかったのは、学校でかつて起こったトラブルが原因で、そのような場合には生徒と同性の教師が足を運ぶというルールがあったからで、直樹はそのことを知らず、森口には非はなかったのだった。修哉は自分の制作した発明品を展示するサイトを作り、それがいずれ母の目にとまることを期待していた。自分を捨てて学問の道に戻った母親の気を惹くことだけが修哉の生きる希望だった。殺人を企てるようになったのは、自分の作品が賞をもらったことよりも、家族を毒殺した「ルナシー」と名乗る少女の事件の方が世間に注目されたことで、大きな事件を起こせば、世間、ひいては母の関心を惹けると考えたことが始まりだった。北原美月は修哉に好意を抱いており、クラスで唯一、いじめに加担せず、修哉と行動を共にしていたが、修哉は「ルナシー」を信奉している美月を、内心では軽蔑し見下していた。直樹は牛乳の件によって精神に変調を来し引きこもってしまう。新年度から森口に代わって担任となった熱血教師・寺田がクラスメイトの美月を引き連れて頻繁に自宅を訪問することで、一層直樹とその母を追い詰める。母は直樹を溺愛しており、かつて森口が訪問して、娘をプールへ投げ入れたのは直樹だと伝えた際にも、ひたすら直樹だけを憐れむ態度を見せていた。直樹が、森口の娘は電気ショックでは死んでおらず、目を覚ました後に自分がプールへ投げ入れ故意に殺害したことを話すと、母は直樹との心中を決意する。母は包丁を直樹に突き立てるが、傷は浅く、逆に直樹が包丁を奪い母を刺殺する。直樹の事件で、寺田とともに警察の事情聴取を受けた美月は、寺田が直樹を追い詰めた、悪いのは寺田だと糾弾する。寺田と森口がファミレスで同席しているのを偶然見かけた美月は、寺田が退店した後、森口の席を訪れると、修哉は母に捨てられた哀れな境遇で、母の気を惹きたくて必死であり、悪く思わないで欲しいと訴える。森口は、寺田が休職すること、相談を受けるふりをして意図的に寺田をけしかけ直樹とその母を追い詰めていたこと、修哉を許すつもりはないことを告げる。修哉のサイトに母の名前で連絡先と研究室の所在が書き込まれ、修哉は嬉々として「発明品」の数々を抱えて大学を訪ねるが、母は新たな夫との新婚旅行中で不在で、さらには妊娠中であることを知る。自暴自棄となった修哉は、心にもないことを綴ってまんまと賞をもらった「命」についての作文を講堂で発表することになっている終業式の日に、爆弾で自分もろとも講堂を爆破し生徒・教師を道連れにすることを計画する。唯一の理解者だった美月をも殺害し、一連の犯行と、終業式での犯行を予告する動画をサイトにアップする。終業式、修哉は舞台上で作文を読み終え、拍手を浴びながら満足気な表情で、爆弾を起爆するため携帯電話のボタンを押すが、何も起こらない。慌てて演台の下を確認すると、前夜に設置したはずの爆弾がなくなっていた。そこへ森口から電話がかかり、爆弾は修哉の母の研究室に置いてきたという。修哉のサイトに母の名前で書き込みをし、修哉が母の研究室を訪れるよう仕向けたのは森口だった。自分が母を殺してしまったことに半狂乱となった修哉のもとに森口が現れ、涙を流しながら「ここからあなたの更正の第一歩が始まるんです」と声をかける。そして最後に呟く。「なーんてね」。