若いころは同門の孫臏とともに学んだ。彼は孫臏と比較して、才能においてはかなわないと嫉妬した。後に魏の恵王のもとに仕えて、将軍となった。このときに権威を利用して孫臏を陥れようと目論んだ。ある年に龐涓は配下を派遣して孫臏を食客として魏に招聘した。孫臏が来ると彼は過去の才能による憎悪が一気に噴き出して、冤罪に陥れて、両足を切断して額に入墨を入れる処罰を下して、出入りしないようにした。しかし、斉から公族の田忌が使者として魏に来たため、孫臏は人を派遣して巧みに田忌のもとに逃れて、田忌とともに斉に戻った。十数年後の紀元前342年に魏は、太子申を総大将に、龐涓を副将として趙と連合して韓を猛攻したので、韓は斉に援軍を要請した。斉の威王は田忌を将軍に、孫臏を軍師として趙を援助させた。これを聞いた龐涓は引き揚げようとしたが、斉軍は国境を越えて西進していた。そのため、斉軍を迎え撃つことになった。すると、突如斉軍は撤退した。これを聞いた龐涓は喜んで、三日後になると「私は斉の兵士が臆病であることを以前から知っておった。わが国の領地に入って三日後に兵士の逃亡率は半ばを超えたぞ」と述べた。そこで龐涓は騎兵を率いて、歩兵を後に続けさせて猛追撃した。やがて、馬陵（現在の山東省臨沂市郯城県）に入って、竈の数が徐々に減っているのを見た龐涓は喜び、追撃を続けた。夜に入って奥に向かう途中で切り倒された木にふさがれた木の茂みに入って、ある古い大木が削り取られているのを見て、龐涓は騎兵に命じて篝火でそれを見ると「龐涓はこの木の下で死す」と記されていた。このときに斉の一万の弩の部隊が矢の雨を放った。魏軍は大混乱を起こして、同士討ちを始めた。これを見て観念した龐涓は「これで、あのこわっぱ（孫臏）に名を成さしめたか」と叫んで、自害して果てた。斉軍は勢いに乗じて、太子申を捕虜とする戦功を挙げた（馬陵の戦い）。ただし、『戦国策』によると、龐涓は捕虜にされて、太子申は戦死を遂げたと記されている。
高校は30校近いスカウトの中からPL学園高校を選ぶ。天理高等学校かPL学園かどちらに行くかで悩んでいたが、両校の練習を見学した際に、毎年100人前後の部員を抱える天理高では3年生が練習をしている際に1年生が球拾いをしているのに対し、少数精鋭をとるPL学園では学年に関係なく同じメニューの練習ができることが決め手となった。また、清原の母親が奈良県出身で地元の強豪の天理で甲子園に行ってほしいと幼少のころから言われていて、本人もそのつもりだったが、後にPL学園の在阪スカウトの方から「小学生時代から目をつけていた。ぜひPLの練習を見に来てほしい」と熱心に勧誘され、心が揺らいだとも語っている。早くから1年生では田口権一と共にレギュラー組に選ばれていたが、6月ぐらいに（入学当初から希望していた）投手の練習はもうしなくていいと言われた。その後、同期の桑田真澄の傑出した実力を知り、「桑田には絶対勝てない」と野手を選んだ（新入部員が最初に集まった際に、桑田を探しその姿を発見すると「なんだ、こんな小さい奴か」と思ったが、実際の投球を見て驚嘆し、PL学園で投手になることを断念したと後にコメントしている）。当時はバッティング練習の際には飛距離の出ない竹バットを使用していたが、それでもネットを軽々越えて場外に飛ばしていたために、清原用の金網が継ぎ足されたという逸話が残っている。このネットは「清原ネット」と呼ばれていた。全国から精鋭の集まるPL学園野球部にあって1年生から4番に座り、エース桑田と共に甲子園に5季連続出場を果たす。1年生の夏に優勝、2年生の春・夏は共に準優勝、3年生の春はベスト4、3年生の夏は2度目の優勝を経験している。特に清原と桑田はKKコンビと呼ばれ、後には桑田清原世代と呼ばれるようになるこの世代を代表する人物となった。後にプロ入りした松山秀明、今久留主成幸、内匠政博も、共に活躍した。個人としても甲子園通算13本塁打を放つなど（第66回大会で香川伸行の記録を更新）、高校通算64本塁打を記録。3年夏の決勝戦でこの試合2本目、当時の1大会での新記録となる5号を放った際、当時朝日放送アナウンサーだった植草貞夫は「甲子園は清原のためにあるのか!」と実況した。3年生春の対浜松商戦と同年夏の東海大学山形高等学校戦（共に大量得点差のついた最終回）では監督の中村に懇願し、投手として登板させてもらった。しかし、その初球にカーブを投じたことに対し、同試合の球審を務めていた西大立目永から「真ん中、まっすぐ放りなさい!」と指導されるエピソードが残されている。豪快な本塁打など、試合での活躍が多くの伝説を生んだが、練習に対する姿勢も真摯であった。そのエピソードとして、3年春のセンバツ準決勝で高知県立伊野商業高等学校の渡辺智男に3三振と完璧に抑えられ、チームも3-1で敗れた際は試合後ベンチで涙を流したが（高校三年間で唯一甲子園大会の決勝に進むことができなかった）、その日学校に戻ってからの夜、監督の中村順司が誰もいないはずの室内練習場に明かりがついているのを見つけて中をのぞいてみると、上半身裸の清原が、湯気のような汗を流しながら一人で黙々とバッティング練習をしていたといい、夏の大会では宇部商（山口）とぶつかった決勝での2打席連続を含む大会新記録の5本塁打と爆発し、1年生のとき以来、2年ぶりの頂点をつかみ、その悔しさをはらしたとのこと。子供の頃から熱烈な巨人ファンで、甲子園球場での伝統の一戦をいつも楽しみにしていた清原は、父親以外全員がファンである読売ジャイアンツもしくは、父親がファンである阪神タイガース入りを熱望し、両軍が自身への交渉権を逃した場合には、次のドラフトまでに日本生命硬式野球部で野球をする事を表明していた。しかし巨人は早稲田大学進学を表明していた桑田をドラフト1位で強行指名。当の清原は南海ホークス、日本ハムファイターズ、中日ドラゴンズ、近鉄バファローズ、西武ライオンズ、阪神の6球団から1位指名を受けた。抽選の結果、西武が交渉権を獲得。ドラフト会議直後の記者会見では、失意で涙を溜めた姿が放送された（KKドラフト事件）。後に自宅で泣く清原を見て、母親が「あんたが勝手に惚れて、勝手に振られたんやないの。男らしく諦めなさい。男なら見返してやりなさい。泣いてる暇なんてないはずやで!」と言い聞かせ、巨人を見返すために日本生命硬式野球部の内定を断り、プロ入りを決断。