725年（神亀2年） - 御神託により京都伏見から「稲荷大明神」をお迎えし「吹矢大明神」の同殿に合祀する。社地を亀井戸の地（六地蔵町1丁目）に移した。1517年（永正14年） - 額田郡宮崎町に勧請された牛頭大王が洪水で岡崎高石の地に流れ着く。そして翌1518年（永正15年）にここに本社を造営し「菅生天王」と称した。1523年（大永3年） - 岡崎城主松平信貞が境内に12末社を勧請。1566年（永禄9年） - 徳川家康が社殿を再建する。1591年（天正19年） - 城主田中吉政が城郭拡張のため社領などを没収し、12末社も破却した。その後岡崎城内殿橋東側の地に移転。1638年（寛永15年） - 城主本多忠利が本殿を修復。その際に寄進した石鳥居は神社の北入口に現存する。1646年（正保2年） - 12月17日、城主水野忠善が徳川家康を祀る。1868年（明治元年） - 菅生神社と改称。1876年（明治9年） - 岡崎公園内の龍城神社境内に移転。1890年（明治23年） - 殿橋東側に再び移転。1901年（明治34年） - 現在地に移転した。1945年（昭和20年） - 7月19日未明、岡崎空襲で社殿が焼失（その後再建され現在に至る）。1990年（平成2年） - 3月22日、明神型石鳥居が岡崎市の文化財に指定される。
社伝によれば、起源は第12代景行天皇の時代にさかのぼる。110年10月、景行天皇の子の日本武尊（やまとたけるのみこと）が東国平定のために菅生の地を通過した際、高石（たかいわ）に伊勢大神を勧請し、神社を建て「吹矢大明神」と称した。菅生神社が岡崎市最古の神社と言われるのはこの言い伝えをもとにする。なお高石は現在の菅生町、岡崎信用金庫本店南側の満性寺あたりを指す。2016年（平成28年）9月から、季節・行事限定絵柄の御朱印を制作。東京や大阪に評判が広がり、桜の花びらを取り入れた4月は5時間待ちの日もあったという。御朱印販売の時期は参拝客で賑わう。
2月15日、シルバーサイズは9回目の哨戒でマリアナ諸島方面に向かった。3月5日にグアムアプラ港を偵察して港内に2隻の輸送船がいるのを発見したり、パラオ方面に転じて哨戒を続けたが、攻撃の機会はなかなかつかめなかった。しかし、3月15日未明に至り北緯07度12分 東経134度30分の地点で千鳥型水雷艇と3隻の駆潜艇と思しき艦艇が護衛についている3隻の輸送船団を発見する。船団がラバウルかウェワク方面に向かうと判断したシルバーサイズは浮上して追跡を行い、幾度となく行われた爆雷攻撃をかいくぐって、3月16日午後に北緯04度28分 東経136度56分の地点で魚雷を3本発射。魚雷は陸軍船光福丸（大光商船、1,920トン）に2本命中してこれを撃沈した。攻撃後はマノクワリ近海での哨戒に転じ、3月28日午後には南緯00度55分 東経134度20分の地点で発見した日本陸軍の海上トラックに対して魚雷を4本発射し、1本の命中を得て撃沈した。4月8日、シルバーサイズは52日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。4月26日、シルバーサイズは10回目の哨戒でマリアナ諸島海域に向かった。ミルン湾、アドミラリティ諸島近海を抜けて哨区に到着。5月8日、シルバーサイズは北緯13度42分 東経144度22分の地点で5隻の護衛艦がついた6隻か7隻の輸送船団を発見し、艦尾発射管から魚雷を4本発射して5,000トン級輸送船に1本の命中を得たと判断される。翌5月9日朝、シルバーサイズはアプラ港外で東松七号船団（往航）から分派された輸送船団を発見し、間合いを取って丸一日追跡した後、5月10日朝に北緯11度26分 東経143度46分の地点で魚雷を6本発射する。魚雷は輸送船沖縄丸（広南汽船、2,254トン）、特設運送船（給炭油）第十八御影丸（武庫汽船、4,319トン）特設運送船第二号長安丸（東亜海運、2,631トン）にそれぞれ命中して撃沈した。少なくとも48発あった爆雷攻撃が済んだ後浮上してみると、周囲には第十八御影丸の残骸が漂っていた。攻撃後はグアム近海のほかにサイパン島の周囲を哨戒し、5月20日午後には北緯13度42分 東経144度39分の地点で大型輸送船と護衛艦4隻を発見し、北緯13度32分 東経144度36分の地点で魚雷を4本発射して2本が命中したと判断される。5月28日朝、シルバーサイズは北緯18度03分 東経144度05分の地点で輸送船2隻と第16号海防艦からなる第3519船団を発見。この時もまた丸一日かけて追跡を行い、翌5月29日未明に北緯16度19分 東経145度21分のサイパン島西岸沖で魚雷を3本ずつ計6本発射し、陸軍船昭建丸（東和汽船、1,949トン）と海軍徴傭船蓬莱山丸（鶴丸汽船、1,999トン）に魚雷を命中させて撃沈し船団を全滅させた。5月30日にも北緯15度33分 東経145度23分の地点で新たな輸送船団を発見し、ピンタド (USS Pintado, SS-387)、シャーク (USS Shark, SS-314)、パイロットフィッシュ (USS Pilotfish, SS-386) からなる別のウルフパックを呼び寄せて攻め立てた。シルバーサイズは6月1日未明に北緯18度08分 東経141度26分の地点で魚雷を4本発射したが成功せず、この攻撃で魚雷が底をついたので哨戒を切り上げることとした。6月11日、シルバーサイズは47日間の行動を終えて真珠湾に帰投。メア・アイランド海軍造船所に回航されオーバーホールに入った。オーバーホール後、シルバーサイズは9月12日に真珠湾に戻った。