「挺身隊」と「慰安婦」の混同、および「少女・処女」が「強制連行」されたとする認識は韓国（および日本での慰安婦問題活動家）の間では1990年代になっても存続し、1992年1月の宮沢首相の訪韓時に韓国の新聞は「小学生までが挺身隊にされ、慰安婦にされた」と、あたかも女子小学生が慰安婦にされたかのような報道を繰り返した。東亜日報は1992年1月14日に「挺身隊、小学生まで引っ張っていった」、朝鮮日報は同1月15日に「日本、小学生も挺身隊に徴発」との見だしで報道した。東亜日報は1992年1月15日の社説「十二歳の挺身隊員」では次のように報道した。本当に天と人とが共に憤怒する日帝の蛮行だった。人面獣心であるとか、いくら軍国主義政府が戦争を遂行するためだったとしても、このようなまでに非人道的残酷行為を敢えて行うことができたのかといいたい。（中略）十二歳の小学生まで動員、戦場で性的玩具にして踏みにじったという報道に再び沸き上がってくる憤怒を抑えがたい。（中略）これまで十五歳の少女が挺身隊に動員されたことは知られていた。しかし、十二歳の幼い子供まで連行されたことは初めて明らかにされたことだ。（中略）勤労挺身隊という名前で動員された後、彼女らを従軍慰安所に回した事実が様々な人の証言で立証されている…（中略）このように何もわからず父母のもとを離れ挺身隊に連行された少女らの数はわからない。泣き叫ぶ女性をなぐりつけ乳飲み子を腕から奪って赤ん坊の母親を連行したこともあった。このように動員された従軍慰安婦が八万〜二十万と推算される。--東亜日報1992年1月15日社説「十二歳の挺身隊員」現代朝鮮研究者の西岡力の調査によれば、1992年1月14日に報道された「小学生挺身隊」についての記事を初めて執筆したのは聯合通信の金溶洙記者であった。西岡が実際に12歳の少女が慰安婦になったことは事実ではないのに、なぜ報道したのかと質問したところ、金記者は、富山県に動員された6人の児童が慰安所でなく工場に動員されたことは事実であるとして6人の児童が慰安婦でなかったことは知っていましたが、まず勤労挺身隊として動員し、その後慰安婦にさせた例があるという話も韓国国内ではいわれていますので、この6人以外で小学生として慰安婦にさせられた者もいるかもしれないと考え、敢えて＜勤労挺身隊であって慰安婦ではない＞ということは強調しないで記事を書きました。と弁解した。この金溶洙記者による弁解で「小学生慰安婦」の存在が証明されたわけではないことが明らかになり、またその後、当時挺身隊だった女性が名乗りでて、新聞報道が誤報であったことが判明する。しかし、その後も「小学生慰安婦」について報道した新聞やテレビは報道を修正することはなく、「小学生や乳飲み子の母親までを連行して性の玩具にした」というイメージは韓国社会のなかで繰り返しテレビドラマなどで伝えられて、現在にいたっている。慰安婦活動家においてもそのような認識が変更されることはなく、2012年には米国などでの慰安婦（成人女性）像設置運動に続いて「少女」像の建設運動が進められている。また、インドネシアのスリ (Sri Soekanti) は、わずか9歳で「性奴隷にされた」と証言している。
1983年（昭和58年）12月22日、上野市丸之内40番地の5（現在地）に新図書館を建設するため起工式を挙行、1984年（昭和59年）9月に完成、10月3日に開館した。1997年（平成9年）7月1日より財団法人上野市文化都市協会（現・公益財団法人伊賀市文化都市協会）に業務委託を開始、祝日の開館や一部の土曜日を18時まで延長開館するなど利便性が向上した。1998年（平成10年）7月1日、コンピュータ導入のために同年3月15日から休止していた図書館業務を再開、蔵書検索機が設置されただけでなく、4冊から8冊に貸出冊数が増加し、返却ポストも設置された。なおコンピュータ導入を前に行った蔵書の総点検の際には、雑誌『白樺』が4巻欠けただけで、ほぼ全巻を所蔵していることが判明し、1996年（平成8年）1月に一般公開した。2002年（平成14年）10月には赤ちゃんコーナーを設け、2003年（平成15年）6月20日にはインターネットからの蔵書検索を可能とした。2004年（平成16年）11月1日、市町村合併により伊賀市が発足したため、伊賀市上野図書館に改称した。2005年（平成17年）より公民館図書室とシステム統合を進め、1月4日に大山田、11月1日に阿山、2008年（平成20年）12月16日に青山、2013年（平成25年）11月1日にいがまち、島ヶ原の公民館図書室と接続された。この間、2011年（平成23年）9月1日に貸出冊数を上野図書館と公民館図書室の合わせて8冊に改定した。2009年（平成21年）12月には伊賀の郷土史家だった沖森直三郎に関する企画展を開催し、孫で立教大学教授の沖森卓也から寄託された沖森書店開店の挨拶はがきなどを展示した。2010年（平成22年）8月には伊賀史談会の中心人物であった菊山種男邸の跡地に上野図書館があることから同会の100周年展を、同年11月には画家の元永定正の米寿記念絵本展を開催した。5つの公民館図書室とシステム統合が完了した後、2014年（平成26年）4月1日に公民館図書室を上野図書館の分館として位置付けるように変更された。同時に貸出冊数が10冊に増加している。分館化を記念して、同年9月20日から11月14日まで本館と分館を巡って松尾芭蕉の謎を解く「ちびっこ司書探偵の伊賀市図書館めぐり」を開催、10月には上野図書館開館110年記念も兼ねて、開館当時の資料や写真、崇広堂時代の上野市立図書館の看板などを展示する企画展を開催した。2015年（平成27年）、前年に逝去した放送作家の岸宏子の遺言に基づき、段ボール箱で約120箱にもなる膨大な岸の著書や蔵書が上野図書館に寄贈された。2016年（平成28年）4月より、市民の要望を受けて閉館時間を従来の17時から19時に変更した。同年8月3日、三重県上野森林公園との共催で、全長12mの大型絵本『長良川』に登場する動物を図鑑で調べる「図書館で体験!おもしろ自然教室」を開催した。