1782年、パーのパトロンであったシェルバーン伯爵ウィリアム・ペティが影響力を発揮し、パーはノバスコシア総督に指名された。折しもアメリカ独立戦争の直後であり、イギリスに忠実であったロイヤリストたちが、追及の手を逃れて北上し、難民となってノバスコシアへ流入してくる状況があった。その規模は3万5千人ともいわれ、1782年から1783年にかけての冬に1万人が流入したハリファックスでは、倉庫や教会、停泊している船舶などを宿舎として彼らを収容する事態となった。1782年10月5日、パーは家族とともにハリファックスに到着した。前任者のフランシス・レゲ (Francis Legge) は、既に6年間にわたってイングランドに召還されたままの不在総督となっており、現地では数代にわたって軍人副総督が職務を代行していた。そうした代行者の最後を務めていたサー・アンドリュー・ハモンド (Sir Andrew Hamond) は、自身が総督に任命されるものと思っていた。パーが総督に指名されたことに腹を立てたハモンドは、新総督の着任後すぐに辞職し、イングランドへ帰還してしまった。後任の副総督には、当地へやって来たばかりのロイヤリストであったエドマンド・ファニング (Edmund Fanning) が任命された。1786年、イギリス領北アメリカ (British North America) の行政体制が再編された際、パーは新設されたカナダ総督兼イギリス領北アメリカ総督として、自分が指名されることを期待したが、結局この地位にはガイ・カールトンが指名され、カールトンはドーチェスター男爵 (Baron Dorchester) として貴族に叙された。この再編によってノバスコシア総督は廃止され、パーはカナダ総督の下に置かれたノバスコシア副総督に改めて任命され、ドーチェスター卿が上司という位置づけになった。パーの統治は、合衆国から逃れて来たアフリカ系アメリカ人ロイヤリスト (African-American Loyalists) である黒人ノバスコシア人 (Black Nova Scotians) の入植を監督する立場にあった。パーは、この件で、「差別的な扱いをし、対応を大幅に遅らせた」として非難された。パーは、ノバスコシアのダートマス (Dartmouth) を捕鯨業の拠点にするべく取り組んだが、他方では、「判事問題 (judges' affair)」に巻き込まれ、法律家として無能な者たちを判事に据えたとして弁護士たちから非難された。パーは、新たに入域して来たロイヤリストたちからの、土地や補給を求める声から圧力を受けながら、財政が破綻しないように務めなければならなかった。イギリス本国の政府には、ロイヤリストたちの窮状を訴える声が殺到しており、ロイヤリストたちに対するパーの態度は同情的でなさすぎると訴えられていた。こうした立場ゆえの精神的ストレスが、パーの健康に影響を与えたようで、パーは66歳で在職のまま亡くなった。パーの葬儀は、第20歩兵連隊が取り仕切り、最高級の軍隊式葬儀が執り行われた。遺体は、ハリファックスのセント・ポール教会に納められた。ノバスコシア州の町パーズボロ (Parrsboro) は、パーを讃えて名付けられた。
モンケが死去した際、後継者候補は大きく分けてモンケの弟たち（クビライ、フレグ、アリクブケ等）とモンケの遺児（バルト、アスタイ、シリギ等）の2群があったが、このうちモンケの諸子は若すぎるため除外され、またフレグも当時遠くイランの地で遠征を行っており、帝位争奪に参加しようと思っても間に合わないのは明白であり、除外された。結局最有力候補はクビライとアリクブケに絞られるが、正当性（遊牧民の末子相続の風習）からいっても、立ち位置（当時アリクブケは帝国の本拠地たるモンゴル高原にあり、クビライは中国に遠征中だった）からいってもアリクブケがかなり優勢だった。その上、クビライは生前のモンケと南宋侵攻の方針で対立しており、モンケの旧臣、遺児たちもこぞってアリクブケを支持しており、クビライは圧倒的に不利な状況にあった。しかし多くの者がクビライの性急な北還を予想している中で、クビライはあえて南進を続け、鄂州を攻め始めた（鄂州の役）。これには急いで北還することで配下の軍、特に漢人部隊が離散することを防ぐため、そしてあえて南宋遠征軍全体の殿軍を務める形をとることで、モンケの死により散り散りになった諸将を味方に引き入れるという目的があった。結果的にこの狙いは見事に的中し、遠征途上にあったモンゴル軍の諸将は続々とクビライの下に結集し、特に東方三王家の軍を率いるタガチャルがクビライの陣営に入ったことで、日和見を決め込んでいた多くの軍団もクビライ軍に合流した。クビライは、金蓮川（開平）のチャブイからの密使から、金蓮川のアラムダール（阿藍答児）と燕京のドルジ（脱里赤）が民兵の徴集を開始しており、至急北還するよう催促された。ここに至ってようやくクビライは全軍に北還を命じた。また、敵中で孤立しかかっていたものの、クビライの南下によって助かったウリヤンカダイ軍も途中で参加し、1260年、クビライは本拠地、金蓮川でクリルタイを開き、皇帝（大ハーン）即位を一方的に宣言した。一方、アリクブケ側はなまじ正当性があったが故にかえって積極的に行動を起こすことができず、クビライの即位を聞くとそれにせき立てられるようにして、こちらもクリルタイを開き大ハーンに即位した。こうして、帝国始まって以来初めて大ハーンが2人並び立ち、相争うことになったが、クビライ側に就いた将兵の多くがこの戦争に自分たちの未来を賭けており、戦意旺盛だったのに対し、アリクブケ側はただモンケ以来のカラコルム政権に逆らわなかっただけという者が多く、戦意に乏しかった。その上、もともとフレグの西征、南宋侵攻という2大遠征でモンゴル高原の兵力はさして多くなく、またクビライが華北農耕地帯の豊かな物資を背景にカラコルムへの輸出を差し止めるという経済封鎖を行ったため、初戦からクビライ側が優勢だった。シムルトゥ・ノールの戦いにも敗れたアリクブケは窮余の策として、アルグをチャガタイ家に派遣し、糧秣をカラコルムに送るように命じたが、アルグはチャガタイ家領に入るとアリクブケに反旗を翻し、アリクブケは東西から挟まれる形となった。追い詰められたアリクブケは、チャガタイ家の本拠地であるイリ渓谷を攻めて占領した。ここでアリクブケは頽勢挽回を図るはずであったが、捕虜にしたチャガタイ家の人間を殺してしまうという致命的なミスを犯してしまう。もともとモンゴル軍は敵に対しては容赦がなかったが、「モンゴル」と呼ばれる帝国支配層に組み込まれた集団の成員が同じ「モンゴル」成員を殺すということはほとんどなく、それによって強い結束を保っていた。この処置に部下たちの多くはアリクブケを見限り、また明らかに劣勢なアリクブケを救おうという勢力はなく、アリクブケは孤立無援に陥った。1263年、イリ渓谷で飢饉が起こると、アリクブケ軍は完全に解体し、翌1264年にアリクブケはクビライに降伏、足かけ4年にわたる帝位（大ハーン位）継承戦争は終結した。