日本政府は1993年6月、1994年度用高校歴史教科書に検定を申請した９つの教科書に、慰安婦に関する内容を収録すると発表した。また中学校歴史教科書では、1997年には同年度用の7つの教科書全てに慰安婦に関する記載がされていた。1996年、1997年度用中学校歴史教科書の検定を申請した7種の教科書が「慰安婦」に関する記載をしていることに反発し、藤岡信勝と西尾幹二などは1997年1月に「新しい歴史教科書をつくる会」（「つくる会」）を発足させた。「つくる会」は発足直後の１月に文部大臣と面会し、歴史教科書から「従軍慰安婦」の語を削除するよう求めている。「つくる会」は、既存の教科書が日本人としての誇りや国家と国民を守る意識を欠如させたと批判し、『教科書が教えない歴史』『国民の歴史』など同会の主張に基づいた書籍を出版、2000年4月には中学校歴史と公民用教科書の検定を申請し、翌2001年4月に同教科書が検定を通過した。ただし、実際の教育現場での採択率は0.039%に留まった。「つくる会」に反対する「子どもと教科書全国ネット21」は、「つくる会」の活動によって他の教科書から「慰安婦」に関する記述がなくなり、「強制連行」に関する記述も後退したとしている。自由民主党の有志議員でつくる団体「日本の前途と歴史教育を考える議員の会」は、前述の「つくる会」の運動を支援していた。
朝日新聞は1997年に「吉田証言の真偽は確認できない」とする記事を掲載したが、報道の取り消しは行わなかった。2014年、朝日新聞は慰安婦報道に関する検証を行い、吉田氏関連の16本の記事を取り消した。
1995年8月15日、村山富市内閣総理大臣は談話を発表し（村山談話）、その中で、従軍慰安婦問題について「女性の名誉と尊厳を深く傷つけた問題であり、私はこの機会に、改めて、心からの深い反省とお詫びの気持ちを申し上げたいと思います」と、政府としての反省の意を示した。
1994年4月28日、永野茂門法務大臣は共同通信のインタビューに応じ「慰安婦は当時の公娼であって、それを今の目から女性蔑視とか、韓国人差別とかは言えない。」などと述べ、この発言は5月4日と5日の新聞朝刊で報道された。なお、永野法務大臣は前述の発言の際、南京虐殺を否定する発言もしていたことについて責任を取り、同年5月7日に辞任している。
2013年3月13日、独立行政法人日本スポーツ振興センター（以下、JSC）から全柔連の指導者に一人あたり120万円支給されていた助成金のうち、40万円が強化委員会の指定した口座に徴収されて、強化留保金として使用目的外である飲食費などの懇親会費に使われていた疑惑も発覚した。 2012年秋までの4年間で集められた内部留保金は約2800万円に上るが、海外遠征時の代表チームの打ち上げや強化委員会内部の懇親会などに使われていて、帳簿などの会計処理はなされていなかった。 口座には約2000万円が残高として残されていたが、2010年の世界選手権で活躍した選手が多かったために、助成対象者が47人に増えて金額も一挙に増大した。口座を管理していたのは吉村和郎（前強化委員長）であったが、私的流用は一切なかったと弁明した。 2012年11月に強化体制が変わり、斉藤仁が新委員長になった時にはすでに留保金が充分過ぎるほどあったため徴収を取り止めて、その後は会計士に帳簿をつけてもらうようになった。 もともとは、1989年頃から「強化留保金」という名目で、コーチが所属企業から受け取った餞別を集めて飲食費などに充てていたものだという。助成金の支給を受けた指導者は年に1回、詳細を記した収支報告書を提出しなければならないことになっている。 助成金の使用目的であるスポーツ活動以外の飲食費など懇親会費に使われていたのは目的外使用となり、助成金の不正使用が確認された場合は、助成金の返還請求及び、最大5年間の交付停止などの処分が下されることになる。 上村春樹（全柔連会長）は「帳簿もつけておらず、不適切なやり方だった。私自身は知らなかった」と釈明したが、吉村によれば、上村もこのことを知っていたという。 JSCは全柔連に対して調査と報告を指示した。 全柔連側も所属の監事や弁護士を中心とした調査委員会を設置して調査に乗り出すことになった。また、全柔連側は強化委員に対する助成金の徴収は任意としてきたものの、未納の強化委員に対しては全柔連事務局から吉村の名前を出した上で催促のメールを送っていたことが明らかになった。21日、選手指導の実態がない複数の理事が助成金を不正に受給していた疑いが新たに浮上した。 その内の1人である田中裕之は全柔連上層部の命令に従って、事務局から活動報告書の虚偽記載の方法まで指導された上で助成金を受けとっていた組織ぐるみの行為であったことを明らかにした。 それが不正行為であると分かっていながら内部告発をする勇気がなくこの問題を見過ごしてきたが、受け取った助成金は全柔連に徴収された分を除いて一銭も使っていないと述べるとともに、責任を取って理事を辞職することになった。助成金受給候補の指導者は各競技団体がリストを作成して、それをJOC強化本部が審査した上でJSCに推薦するようになっていたが、1月までJOC強化本部長だった上村が助成リストを最終承認していたものの、個人名まで具体的にチェックしていなかったことを明かした。JSC理事の藤原誠は迅速な徹底調査を全柔連に求めるとともに、不正受給が判明した場合は、約1億5千万円に上る助成金を今後停止する可能性があることを示唆した。 全柔連は疑惑解明に向けて、この問題で第三者委員会を設置して事実関係を解明すると声明した 。 内閣府の公益認定等委員会もこの問題の調査に乗り出すとともに、全柔連とJSCに事実確認を求めた。