アストラルの領域に棲まう存在は「精霊」と呼ばれている。ほぼ自我を持たない低俗なものから、自由意志を獲得した自由精霊、覚醒者を導く導師精霊、より強大なグレートフォームと呼ばれる存在など姿形や能力は多岐に及ぶ。シャドウランの世界では「幽霊」「神」「天使」などの存在は客観的に観測されておらず、そう自称する精霊が現れるという設定が為されている。そのため神道系術式の魔術師が召喚するのは神々の名と姿を持った精霊であり、キリスト教系術式の魔術師が召喚するのは天使の名と姿を持った精霊となる。また精霊は現実世界の土地の状況に大きく影響を受け、汚染された土地に現れる精霊は「汚染精霊」と呼ばれる。例えば汚染された火の精霊は核の精霊に変化するなど、その性質はまったく異なってしまう。こうした汚染精霊の力を行使する魔術師は「汚染魔術師」と呼ばれ、生贄儀式を多用する鮮血魔術師同様に嫌悪の対象とされる。魔法使いによって召喚・束縛されている精霊には、ある程度の回数まで助力を行使させることができ、これを利用して企業では精霊に警備を行わせたりするケースは少なくない。また少人数で行動するシャドウランナーにとってはドローン同様、貴重な戦力として活躍する事が多い。第四版までは精霊の意に沿わない命令（自爆しろ、消滅するまで敵を足止めしろ等）をしても特にペナルティはなかったが、第五版以降は精霊に対する知名度のパラメーターが新たに追加され、これにより評判の悪い召喚者のもとには精霊が現れ難くなっている。また、精霊の性質を持ちながら完全に相互理解不可能な侵略者として「昆虫精霊」が存在する。世界的なボランティア団体「世界友愛団（ユニバーサル・ブラザーフッド）」を隠れ蓑に、憑依した対象を昆虫精霊に作り変えることで勢力を広げていたが、2055年のバグシティ事件をきっかけに正体が発覚した。これら「昆虫精霊」は世界に満ちる魔力の濃度が高まったことで現われたもので、より恐るべき存在である「ホラー」出現の前兆なのだとされる。「昆虫精霊」は昆虫に似た外見、性質を有しているだけで「昆虫の精霊」ではなく、まったく異質で異常な存在である。女王を中心とする群体性か、単独で動く個体性かといった違いはあれど、その目的はひたすら人類に憑依することで同胞を増やすことにある。どうやってコンタクトを取ったのか不明だが「昆虫精霊」に仕えるシャーマンも存在しており、彼らは世界に数箇所しか存在しないデルタレベルの最高級医療クリニックの一つを密かに占拠、患者として訪れた高官たちに「昆虫精霊」を憑依させることで、その浸透は密かに世界を脅かしている。こういった事情からパニックを招くとして（そしておそらくは上層部に食い込んだ「昆虫精霊」の圧力により）「昆虫精霊」の詳細は注意深く隠蔽されており、正確な危険性を理解している一般市民は少ない。
日立鉱山での煙害対策で特徴的なのが、煙害について研究する試験農場を設けたことと煙害によって荒れ果てた山林に積極的な植林事業を展開したことである。まず試験農場は1909年（明治42年）に設置され、日立鉱山の煙害による植物への影響を研究した。これは煙害による補償を行う際、作物の受けた被害が本当に煙害によるものかどうかや補償額の算定基準で被害農民との間で多くの場合論争になったため、煙害の認定と賠償の基準を作るためのデータを得るために試験農場が必要とされた。そして試験農場では排煙による植物への影響を研究するばかりでなく、煙害に強い品種を選び出し、その種子を煙害被害地の農民たちに有償ないし無償で配布した。また試験農場での研究によって、煙害は施肥の工夫によってかなり防ぐことができることが判明したため、1911年（明治44年）、日立鉱山は被害農家に対して補償として肥料を支給することになった。また試験農場は地域の農民に対して農業経営の改善のために農場の施設を利用するように勧めていて、農場の技術者から直接助言や指導を受けることが可能であり、新品種の導入や栽培技術の研修のために試験農場を利用した地域の農民もいた。激しい煙害のため、鉱山付近の山林は完全にはげ山になっていた。1910年（明治43年）には東京大林区署から煙害による荒廃地に緑化を行うよう通達があり、鉱山の直接監督官庁である東京鉱務署からも同様の命令が出されたことをきっかけに、日立鉱山は植林事業を開始した。伊豆大島の三原山からの噴煙の中で成長する樹木が煙害に強いのではないかとの想定のもと、試験農場で調査を行った結果、オオシマザクラが煙害に強いことが判明し、まずオオシマザクラの植樹が進められた。また土砂崩壊を防止するために効果があるとされたヤシャブシの植樹も試み、最初は上手く行かなかったが近隣の山に自生するヤシャブシから苗木を育成して植樹を行い好成績を挙げた。大煙突と制限溶鉱によって煙害対策が軌道に乗ると、日立鉱山は植林事業を大々的に取り組んだ。当初、オオシマザクラを大量に植林したが、単一の植物を大量に植えたことにより、昭和初期に大虫害が発生したためにその後は多種の植物をバランス良く植えることとなった。日立鉱山の植林は鉱山の所有林ばかりではなく国有林にも及び、更に特徴的なこととして煙害の被害を受けた山林所有者に対して、日立鉱山が無償で苗木を頒布したことが挙げられる。鉱山の苗木の無償配布は1937年（昭和12年）まで続けられ、合計約513万本もの苗木が配布された。そしてオオシマザクラの植樹に始まった桜の植樹は、やはり日立鉱山の試験農場で苗木の育成が行われるようになったソメイヨシノが学校や社宅の近隣に植えられ、やがて日立市の各地に桜が植えられるようになった。日立市は桜の名所として知られるようになり、現在、桜は日立市の花とされている。