明治37年（1904年）、日露戦争が開戦した。戦いは日本軍優勢で進むが、大国ロシアで世界屈指の大要塞である旅順要塞の攻略には苦戦していた。そこには、人智を超えた力が潜んでいたからである。ロシアの増援が日本に到着する前に、陸海での重要拠点である旅順要塞を攻略しなければ、日本軍の勝利はない。その頃、北海道の大地に一人の青年が足を踏み入れていた。彼の名は、馬飼新太郎。かつてロシアに駐在していた元外交官である。現地で夜も共にするほどの熱き恋仲となった金髪美女・ソフィアを、やむなく現地に残したまま日本へ帰国していた彼は、彼女のことを気にかけながら、新設校の「天乃原女学院」へ教師として赴任する。だが、そこで彼を待っていた5人の教え子には、彼の知らない秘密の使命があった。彼女達は日本軍直属の極秘特殊部隊、その名も「らいむ隊」。自分達の魂に秘められた力である「魂色」（こんじき）を具現化、分身である「礼武」（らいむ）を駆使して、旅順要塞に潜む謎の軍団を倒すという使命を背負っていた。さらには、彼女達のいる天乃原女学院とは、旅順要塞攻略のための決戦兵器・浮遊戦艦「天乃原」（あまのはら）であった。新太郎と5人の教え子達は、こうして旅順要塞を目指すこととなった。
太平洋戦争の開戦と同時に南方に進出すると、工作艦朝日等と艦艇修理任務に従事する。当時の日本海軍が保有していた工作艦は、明石、朝日および特設工作艦松栄丸、山彦丸の4隻で、のちに特設工作艦浦山丸、八海丸、山霜丸、白沙が就役した。パラオ諸島、フィリピンのダバオ、スラウェシ島のスターリング湾、モルッカ諸島のアンボンなど、南洋の各地を駆け回り多くの艦を修理した。だが、朝日は1942年（昭和17年）5月26日に米潜水艦サーモンの雷撃で沈没した。6月上旬のミッドウェー海戦では、近藤信竹中将指揮下の攻略部隊（旗艦愛宕）に所属していた。同海戦での大敗後、明石はトラック泊地において大破した重巡最上に仮艦首を装着する修理をおこなう。8月5日、最上、明石は第16駆逐隊（雪風、時津風）に護衛されて内地へ帰投、8月11日に呉へ到着した。8月18日、明石は豊後水道を通過、日本本土を離れ8月23日にトラック島へ到着する。進出直後の8月28日には、第二次ソロモン海戦で中破した軽巡神通の修理を行った。以後、同泊地を拠点にして修理・工作に従事する。戦艦大和、空母大鷹、重巡青葉、軽巡阿賀野、駆逐艦春雨、秋月等々、あらゆる艦種・艦艇の修理に従事した。くわえて第四工作部は3000トンの浮きドックを所有しており、小型艦の修理に役立った。これらの整備・補修能力の高さから、明石はアメリカ海軍から『最重要攻撃目標』としてマークされるほどであった。9月9日朝、駆逐艦秋風がトラック泊地に接近する空母雲鷹を米潜水艦と誤認して対潜警報を発令、戦艦大和、練習巡洋艦香取以下、トラック在泊艦艇が一斉に停泊地を変更する騒動が起きる。この時点で、明石は既に3隻の損傷艦を横抱きにして修理していたという。1944年（昭和19年）2月17日、明石は米機動部隊（第38任務部隊）のトラック島空襲に遭遇した。空襲を受け爆弾1発が命中したが、不発弾のため損傷は軽微であった。ただし、同空襲で駆逐艦追風が撃沈された際、追風に収容中の本艦乗員数十名（もとは内地回航中の軽巡阿賀野に便乗していて同艦沈没時に追風が救助）が戦死している。その後、明石と標的艦の波勝は駆逐艦秋風（第三水雷戦隊）、藤波（第二水雷戦隊）に護衛され19日-20日トラックを出港、21日にはトラックから脱出していた第27駆逐隊春雨が合流した、明石船団は24日パラオ諸島へ到着した。同地で、第三水雷戦隊の駆逐艦夕月、水無月や、トラック島空襲で損傷した27駆の時雨、さらに空襲以前にトラックから退避していた連合艦隊の戦艦・重巡洋艦・水雷戦隊部隊と合流した。1944年（昭和19年）3月30日、アメリカ軍の第58任務部隊はパラオ大空襲を敢行した。連合艦隊の主力（戦艦武蔵等）は事前に退避しており、泊地に取り残されていた明石以下多数の補助艦艇や商船は次々に撃沈されていった。マラカル島とウルクターブル諸島の間に避泊する明石の周囲には、安宅丸、勝栄丸、吉備丸、第3玉圜丸、昭和丸といった特設掃海艇や駆潜艇が停泊していた。当時乗り組みの造船官の記憶によると「朝からの空襲により、昼頃に高角砲が故障、その間に500ポンド爆弾と思われる1発が命中して火災が発生、その後も次々と爆弾が命中したという。被弾した明石は夕刻になると激しく炎上し、闇夜に浮かび上がっていた。周囲の掃海艇が明石に接舷して消火に協力するが、重油タンクにも引火、消火の見込みがなくなる。ここに至って明石は放棄され、御真影や生存者は周囲の小型艇に収容された。」明石の喪失は、南方における日本海軍の艦艇修理の要が失われた事を意味した。海軍は特設測量艦白沙（6,800トン）を改造し、5月1日附で特設工作艦とする。白沙はシンガポールに配備されたが、その能力は明石に劣った。このため南方で損傷した艦の修理に際しては、設備の整った内地への帰還を余儀なくされる。同年5月10日、明石は帝国特務艦籍より除籍された。1954年（昭和29年）、大破着底した明石の解体処分が完了した。