六甲山は花崗岩が主体の山塊であり、山に降った雨が長い年月をかけて浸透し、濾過された水が伏流水として地下を流れる多くの地下水脈があり市街地などの一部でミネラル分の多い湧水として採取も可能である。また、川となって生田川の源流ともなる布引渓流は名水百選にも選定されており、一日あたり数千 - 数万トンの河川流量を有する天然のミネラルウオーターとして昔から重宝されてきており、その水を水道水として確保するために1900年（明治33年）に完成した布引五本松ダム(国の重要文化財)から神戸港に停泊する船舶に送られる六甲山の水は「赤道を越えても腐らない水」として寄航する世界の船舶関係者から称賛され、「コウベウオーター」（KOBE WATER）の名で知られた。また1983年（昭和58年）にはハウス食品から灘区の採水場の水源を用いた六甲のおいしい水の商品化も図られ、六甲山の水のおいしさを世に知らしめることになった。以前には新神戸トンネル内での湧水を汲みることが可能だっが後に廃止されており、布引渓流でも直接湧水を汲める場所はなく現在では水の採水場所は限られており有料の採水所などがいくつか市街地に存在する。なお、神戸市で用いられる水道水の一部には六甲山を水源とする布引五本松ダムや住吉川の水が使用されているがブレンドされた水であり大半は淀川からの水である。（詳細は神戸水道#現在を参照）また、西宮市から湧出する宮水は日本酒造りに適しており江戸時代後期頃からその存在が知られている。日本一の酒造業地帯である灘五郷の酒造りには欠かせない名水として知られ、多くの酒造会社の井戸がある。宮水は硬度が高く、リン含有量が高く、鉄分が少ないという特徴があり、西宮から神戸市灘区の酒造地帯では六甲山からの寒風の吹き降ろし六甲颪と三木市などで生産される山田錦とあわせおいしい日本酒造りには欠かせない最適な水とされている。（詳細は宮水を参照）さらに、夙川・芦屋川・住吉川・都賀川・生田川などの河川の急流を活用した水車による精米技術を早くから取り入れたことで大変酒質が向上し灘の酒の大量生産が可能になったのも地の利を生かした六甲山の恩恵のひとつである。
六甲山系では広い範囲で野生の猪が生息しており、登山者に目撃されることが多く、住宅地に出没することも珍しくはない。登山道などでは注意喚起の看板などもあるが、一部で餌付けされている猪もおり人を恐れない猪も生息する。2009年6月には神戸市中央区の狐川で、10日以上閉じこめられていたイノシシの子どもを県の鳥獣保護員らが救出し山に放された。害獣であり「野生動物は自然のままに」と静観していたが住民などの声などで方針を転換、捕獲後山に放し論議となった。過去には飼い犬が殺されたり、人が噛まれたりしており注意が必要である。
六甲山は風化花崗岩でできた地質であるため、地表から草木が除かれ土壌が流出すると雨により崩壊しやすい。1938年（昭和13年）に空前の阪神大水害が発生し、大きな被害が出た。これを契機に、翌1939年（昭和14年）より六甲山の砂防事業は国（当時の内務省）の直轄事業に移って今日に至る。この時期から植林による砂防から、渓流への砂防えん堤等の設置対策へと比重が移る。そのため、六甲山は流れる川に砂防の堰堤が多い山としても知られる。国による砂防えん堤が511基、地方自治体によるものも含めると約1000基にのぼる。砂防事業による効果としては、1967年（昭和42年）昭和42年7月豪雨にも阪神大水害を上回る雨量で土砂災害が発生したものの、都市化の進行にもかかわらず被災者数、被災家屋は少なくなっていることが挙げられる。平成7年の兵庫県南部地震では六甲山も崩壊地が多数生じ、新たな危機が浮き彫りとなった。これを契機に、六甲山系グリーンベルト構想が打ち出され、今日にいたっている。
全域が瀬戸内海式気候に含まれ、温暖少雨であるが、山上と北斜面は東北北部から北海道南部の気候に似ていて、比較的冷涼で冬季に積雪する。市街地からの距離に比べて標高が高く、山頂付近が高原の様をなしているために、避暑地としての利用も多い。また複数の植物園が高度ごとに立地しており、特に六甲高山植物園は山上の冷涼な気候をいかし高山植物や寒冷地の植物を栽培している。
1873年（明治6年）に神宮教院が開館し、明治9年2月の神宮教院規則第五条に神宮大麻の頒布を主要な事業としていることが示される。第五条　大麻ヲ全国ニ頒布スル事 — 神宮教院規則1878年（明治11年）の通達以降、頒布の方法がたびたび変更されるようになる。神宮大麻頒布之儀ニ付明治五年六月元教部省ヨリ相達置候趣モ候処右ハ自今地方官ノ関係ニ不及候其受不ハ専ラ人民ノ自由ニ為仕儀ト心得此旨相達候事 — 明治十一年内務省達第三〇号宮家や旧皇族に献上される木箱に入った大きく厚みがある献上大麻も存在する。1882年（明治15年）に神宮教院が神道神宮派として独立し、さらに神宮教となると、大麻頒布は神宮教に委託される。さらに1898年（明治31年）には神宮教が神宮奉賛会となり、ここに頒布が委託される。1882年の神宮司庁教院区分第21条、1899年（明治32年）の内務省訓第823号の第7条（7）は、頒布大麻には天皇や皇室を祈る部分があるが、授与大麻はないことからこれらの混同を法的に禁止した。頒布大麻は、皇国守護の元で奉斎者を加護する。信仰の自由において意義が唱えられ、1916年（大正5年）に神宮神部署から説明がなされたが、神宮大麻の起源は大麻（おおぬさ）とも呼ばれる祓い串と祝詞によって修祓（しゅはつ）したもので、今では国家国民に対し祈願した行事によるものであるかあら、神体（しんたい）や分霊（わけみたま）ではなく、したがって本尊のようなものでもなく、崇敬するための標章なので信教の自由と衝突しないとしている。しかし、21世紀初頭の祝詞は頒布のものでも「大麻を奉製したので、神前に供し、修祓式を行うので、この大麻に御霊を寄せ給え」といった内容である。大正から昭和戦前の論では、御霊の存在を否定し、遥拝の象徴かのように説かれるが、幣帛、祓具、神体、象徴といった各説があり、当時の様々な信仰を包摂しようと試みたものだが、神に供物として献じられ、御霊が付着し神体となり、祓い清めの祈りでもあるから祓い具でもある。どれかを択一すべきではないとされる。2003年には神宮司庁教学課の『神宮大麻史料妙改定第一版』、翌年には神社本庁教学課の『神宮大麻に関する研究会報告書』が出版されている。2011年に頒布された大麻の数は888万545体である。