弁護側は、ロサンゼルスロサンゼルス・タイムズ爆発はガス漏れの偶然の点火であると主張し、ダイナマイトは少しも関係していないと否定した。彼らは、証拠の残り、例えば翌朝ロサンゼルス市内で見つかった残りの爆弾、インディアナポリスの組合本部で得られたすべての材料は、こっそり仕込まれた、と主張した。彼らは、オーティスは組合指導者らを投獄するために悲劇的な事故を利用した、と非難した。ガス爆発事故説を支持するために、ステート・フェデレーション・オヴ・キャリフォーニア(State Federation of Labor of California)は、ロサンゼルスに行き事件を調査する委員会を任命した。委員会には、ウェスタン・フェデレーション・オヴ・マイナーズ(Western Federation of Miners)のメンバーの多くが含まれていたが、彼らであればダイナマイトを熟知していたであろう。委員会は、タイムズ・ビルディングにダイナマイトの爆発の痕跡はない、それは単にガス爆発であった、と報告して返した。彼らは、オーティスはそれが事故だと知っていると断定したが、彼はマクナマラ家の人々に対する罪状をでっちあげたが、これは1つには労働組合の信用を傷つけるため、1つにはガス事故を起こさせた怠慢への非難を避けるためであった。報告は次のように宣言した:他方で、ダイナマイトによる爆発の特徴を熟知している人々に、証拠は、ダイナマイトは無いという圧倒的な確実性を提供している。中にはさらに行く人々もいた。ユージーン・デブスは、ハリソン・オーティスは労働組合の指導者らを罪に陥れるために自分のビルディングを吹き飛ばしたと非難した。彼は爆破に次のように言及した:「オーティス将軍が、自らした、あるいはさせた、仕事、というのも私はあの男をよく知っているから」("a job that General Otis did himself or had it done, for I know the man well")
4月22日（土曜日）に、バーンズと2人の地元警察巡査は、アイアン・ワーカーズの執行委員会会合に乱入し、マクナマラを逮捕した。ジョンは、地元の巡回裁判所に引き出された。裁判官は、弁護士を求めるマクナマラの請求を拒絶し、そうする法的権限なしに、ジョンを釈放してバーンズの保護の下に置いた。逮捕から出発まで30分間を要した。同じ日に、マクニガルとジェームズは、ロサンゼルス警察によって列車でカリフォルニアに連れて行かれた。4月26日（水曜日）に、3人全員がロサンゼルス入りした。
1911年4月14日（金曜日）に、バーンズ、バーンズの息子レーモンド(Raymond)、そしてデトロイト及びシカゴからの警察官は、デトロイト市内のオックスフォード・ホテル(Oxford Hotel)に行き、マクニガルとジェームズを逮捕した。ダイナマイト、複数の雷管、及び複数の目覚まし時計が、彼らの複数のスーツケースから見つかった。その男らは、自分たちはシカゴでの銀行強盗容疑で逮捕されている、と語った。男は2人とも、犯罪とされることに対する隙のないアリバイがあったから、バーンズおよび警察官らに同行してシカゴに戻ることを承諾した。シカゴでは、マクニガルとマクナマラは警察署に連れて行かれず、シカゴ警察の巡査部長ウィリアム・リード(William Reed)の自家に4月13日（木曜日）から4月20日（木曜日）まで拘束された。どうやらバーンズは、マクニガルに、自分は全てを知っている、あなたは当局との取引することにより自分自身を救うことができる、と納得させたらしい。マクニガルは、より軽い実刑判決を確保するために自分の知っていることをすべて語ることを承諾し、告白に署名した。彼は、自分はロサンゼルス・タイムズ爆破事件に関与しなかったが、ジム・マクナマラは自分にそれに関する一切を語った、それはジム・マクナマラとほかの2人マシュー・シュミット(Matthew Schmidt)及びデヴィッド・キャプラン(David Caplan)によって実行された、と語った（シュミットとキャプランは1915年まで逮捕を免れた）。マクニガルはまた、他に関わった人物には、ライアン、ジョン、ホッキン、そして他のアイアン・ワーカーの指導者らも含まれる、と言った。バーンズは、カリフォルニアの職員に電報を打ち、マクニガル、ジェームズ及びジョンの引き渡し用紙を確保した。バーンズは、インディアナ州インディアナポリスに向けて発ったが、そこにはアイアン・ワーカーズの本部があった。ナショナル・エレクターズ・アソシエーションの職員の助力を得て、彼は、インディアナ州知事トーマス・R・マーシャルを説得して、ジョンの逮捕状を出させた。
付近海域は、好漁場であるためそれを餌とする大量の海鳥の生息地となっている。特に絶滅危惧種のアホウドリ（1953年8月1日 - 4日に行われた、高良鉄夫琉球大学助教授、宮城元助助教授と琉球大学学生11人の尖閣諸島学術調査団による尖閣諸島調査において、尖閣諸島北小島でアホウドリ数羽の生息を非公式に確認。その後、1971年4月1日に、池原貞雄琉球大学教授ら琉球大学学術調査団が尖閣諸島南小島でアホウドリ12羽が生息していることを公式に確認。）やクロアシアホウドリ（1970年12月10日に、九州・長崎大学合同学術調査団は、尖閣諸島北小島でクロアシアホウドリ数羽を発見。1971年に、池原貞雄琉球大学教授ら琉球大学学術調査団が尖閣諸島北小島でクロアシアホウドリ6羽の生息を確認。）の繁殖地となっている。沖縄県がアメリカ軍に占領され、日本政府が主権を行使できなかった1960年代には、尖閣諸島に大量の台湾人漁民が入域していたため、1963年（昭和38年）5月15日 - 18日に行われた琉球大学の高良鉄夫教授らによる第四次調査で100万羽以上の海鳥が生息することを確認していたが、1968年（昭和43年）7月7日 - 9日に行われた第五次調査では、小島のカツオドリが20万羽から1万羽、北小島のセグロアジサシは50万羽から10万羽に激減していた。これは台湾漁民が操業のついでに上陸し、海鳥や卵を大量に収奪していたからである。その後も台湾漁民による上陸が報告されているが、現在では上陸そのものが厳しく制限されており、保護されているため、元の海鳥の楽園となっている。