江戸時代を通じて久保田藩を支配する外様大名として存続した。転封時点で明示されていなかった石高は、第2代藩主義隆の治世も後期になった寛文4年（1664年）4月2日付で、20万5,800石と決定された（実高40万石）。うち5,800石は、慶長10年（1605年）10月17日に追加で与えられた下野国河内郡・都賀郡の飛び地11か村分である。元禄14年（1701年）に佐竹氏第21代当主で久保田藩第3代藩主の義処は弟の義長に2万石を、甥の義都に1万石を分与し、久保田新田藩として立藩させた（新田分知のため久保田藩の石高に変化はなし）。そのうち、佐竹義都を初代藩主とする久保田新田藩は、享保17年（1732年）に義都の子の義堅が久保田藩第5代藩主の義峯の嗣子となったために廃藩となり、封地は久保田藩に還付された（義堅は早世するが、その嫡男の義真が久保田藩第6代藩主となる）。一方、義長を初代藩主とする久保田新田藩は、歴代藩主が壱岐守に叙せられたので佐竹壱岐守家とも呼ばれ、明治2年（1869年）に岩崎藩と改称した。
慶長5年（1600年）、義宣は関ヶ原の戦いにおいて家中での意見をまとめられず、在国のまま観望するという中立的な態度を取った。戦後処理は翌年にはほぼ終了し、慶長7年（1602年）の3月に義宣は上洛し伏見城で徳川家康に拝謁している。ところが5月8日、家康から突然出羽国への国替えを命じられ、7月27日付で石高の明示・内示もなく秋田・仙北へと転封された。関ヶ原の戦いにおいて、家康を追撃する密約を上杉景勝と結んでいたことが発覚したためといわれている。また徳川氏の本拠地である江戸に近い佐竹氏は、同族の多賀谷領・岩城領・相馬領も勢力圏であり実質80万石以上と目された上、合戦に直接参加していないため軍団が無傷で残っており、脅威であった。こうして佐竹氏は平安時代後期以来の先祖伝来の地である常陸を去った。処遇の際、細川忠興が「大大名の佐竹氏には出羽一国でなければ家臣を賄いきれず変事が起きるかもしれない」と進言したが、家康の側近だった本多正信・正純親子に「出羽一国を与えるのでは常陸と変わらないから半国でよし」と決められてしまった。後に政争に負けた正純が失脚したとき（宇都宮城釣天井事件）、幕府は正純の身柄を佐竹氏に預け、出羽横手への流罪とした。正純は横手城の一角でさびしく生涯を終えたという。
仏教とゆかりの深い川辺地方では、1130年頃やって来て川辺を支配した平道房をはじめ、仏教文化を持ち鎌倉時代の初めに鹿児島県の南部で力があった河邊氏と、壇ノ浦の戦いで敗れ清水磨崖仏も刻んだと言われている平家の残党が、川辺町清水の渓谷を中心として供養や仏教の伝道にいそしみ、1200年頃には河邊氏の菩提寺が建てられるなど、仏教が盛んだった。そのため、この地には渓谷を中心として平家の落人が一族を弔うため彫ったと言われている磨崖仏や梵字が現存している。今でも、鹿児島県内において仏壇に関するものでは、延元元年（1336年）九月六日と記された漆塗りの位牌が現存している。だが、慶長2年（1597年）には島津義弘により、一向宗とも呼ばれていた浄土真宗の禁止と弾圧が始まり、江戸時代にも島津氏のもと継続。明治2年には、廃仏毀釈により鹿児島県内ほとんどの仏像や仏壇は焼失している。しかし、一向宗の禁止と弾圧が実施されても、『ガマ』の中で布教して念仏を唱え、見かけはタンスだが扉を開くと金色に燦然と輝く仏壇が内包されたものなど『隠し仏壇』などの隠れ念仏が作られ信仰は根強く残る。隠れ念仏によって仏壇は小型になり、今でも川辺仏壇に『ガマ』という型が作られているのは、その頃の名残で『隠し仏壇』の要素が今でも川辺仏壇のガマ型には色濃く残っていると言われている。明治8年（1875年）11月27日に教部省により信教の自由保障の口達がなされ、明治9年（1876年）9月には信教の自由が許されるも、鹿児島県では弾圧が継続された形跡があり、事実上許されたのは明治11年（1878年）頃になってからと言われており、浄土真宗系の寺が川辺に建てられたのは、浄土真宗本願寺派の瑞芳寺が明治12年（1879年）3月、真宗大谷派の光徳寺が明治13年（1880年）8月14日だった。その後、池田某が仏壇製作を始めたのを皮切りに、川辺町でも公然と仏壇製作が始まり、今日の川辺仏壇の基盤となった。この池田某とは、明治17年（1884年）9月に加世田村宮原で生まれ、父親の薦めで12歳のとき京都へ仏壇の修行へ行き、技術、技法を継承した後、19歳頃に父親たちが住む川辺村清水田代に移り、明治36年（1903年）、この地で野崎の商人・前野伊右衛門の依頼により仏壇を造り明治36年2月10日に完成させたと言われている、池田清蔵のことだという説があり、その兄である池田一二も弟の清蔵に弟子入りしたと言われている。この地方はもともと一向宗が盛んだったため、仏壇も浄土真宗の金仏壇が中心となって発展したと言われている。仏壇生産がこの地で盛んになった理由として、廃仏毀釈で消滅した宝光院との関わりを挙げる者も多いが、盛んになった理由ははっきりしていない。鹿児島県では信仰の自由が認められた昭和に入ってもなお、隠れ念仏を継続していた地域があるほど、隠れ念仏は根強かった。その後、仏壇産業が栄え盛んになるのに伴い、他の産地への研鑽のための交流や修行がますます盛んになり、昭和29年（1954年）から蒔絵の指導で金沢市から来た会津若松市出身の蒔絵師・斎藤光男をはじめとする先人たちにより、川辺仏壇の技術は進歩。以前は、浄土真宗以外の宗派では唐木仏壇が一般的だったが、現在では宗派にこだわらず金仏壇になっている。