脱官僚・政治主導を掲げ、国家戦略室と行政刷新会議を設置した。衆議院選挙で民主党は、子ども手当、高速道路の無料化などを政権公約に掲げていたが、財源の問題もあり不完全にしか実施されなかった。ほかに、事業仕分け、高等学校授業料無償化などが実施された。政策の決定には民主党幹事長の小沢一郎が強い影響力を行使していたとみられている。初閣議では「国家戦略室」（法制化後に国家戦略局へ格上げする予定）の設置が鳩山から指示され、続く閣僚懇談会では事務次官等会議の廃止と政府の公式見解の発表を政務三役（大臣・副大臣・政務官）に限る原則が確認され、「脱官僚依存」をアピールする形で内閣がスタートした。9月18日には国家戦略室と並ぶ新政権の目玉として行政刷新会議の設置が閣議決定された。組閣直後の報道各社の世論調査では支持率が各社軒並み70%を超え、歴代2位もしくは3位となる高水準となった。新機軸として、国家戦略室、行政刷新会議を担当する国務大臣ポストが新設された。また、国家戦略担当大臣たる菅直人が内閣総理大臣臨時代理の第1順位に指定され、副総理の肩書きが与えられた。副総理が設置されるのは第1次橋本内閣の久保亘（社民党）以来。なお、首相官邸には副総理執務室が用意されているが、官邸が竣工してから今まで一度も副総理が置かれなかったため、今回初めて使用されることになった。社民党・国民新党からそれぞれ党首（福島瑞穂、亀井靜香）が入閣、その他の閣僚ポストは民主党によって占められ、麻生内閣に引き続いて民間からの入閣はなかった。なお、民主党が衆議院選挙前の野党時に「組閣」した第五次鳩山由紀夫「次の内閣」から実際に同じ役職に就いたのは21名中3名であった。また、2005年（平成17年）のマニフェストに謳われた「政権発足直後の混乱を回避するため、主要閣僚などを事前に決定したチームを作る」という構想は小沢一郎の意向を受けて頓挫した。
2009年（平成21年）8月30日、第45回衆議院議員総選挙が施行され、民主党が総議席の3分の2に迫る308議席獲得と圧勝した。さかのぼって8月14日、民主党・社会民主党・国民新党の3党は「衆議院選挙に当たっての共通政策」を発表していたが、総選挙の結果を受けて9月9日に3党の党首会談が行われ、10項目の政策分野について意見を擦り合わせ、連立政権の樹立が合意された。これは、民主党は参議院において過半数の議席を有していないため、安定した政権運営のためには2党との連立が欠かせなかったことによる。9月16日、民主党代表の鳩山由紀夫が国会において首班指名を受け、同日、鳩山内閣が発足した。従前の内閣においては組閣当日に新閣僚が呼び込まれてポストを告げられることが常であったが、今回の組閣では前日までに閣僚人事が内定され、新閣僚予定者にポストが内示された。これは政策決定を内閣へ一元化する政権方針の一環であり、新大臣に副大臣の人選を委ねるためである。また閣僚名簿の発表後に行われてきた新閣僚の就任記者会見は「官僚主導の象徴」であるとして閣議後に行なった。
2013年度は土曜ナイターの定時放送を行われているが、日曜はナイターがある時の注目カードのみ放送となり、定時放送は行っていない。ただし、NRN日曜ナイター自体の機能は、その「注目カード」の自社での中継や、系列局の中継（各局自社制作分や文化放送からの裏送り分）を交えることで2017年まで維持されていた なお、実際に2013年の日曜日に公式戦を文化放送で放送したのは4月28日の「ヤクルト対巨人」の1回のみであり（このときのみ『文化放送ホームランナイタースペシャル ヤクルト対巨人 実況中継』として放送）、この試合を最後に日曜日の公式戦は一切中継していない（よって日曜ナイターは事実上日本シリーズのみ中継）。また、2012年まで土曜のナイターオフ番組として放送されていた『ズミスポ』を日曜分の『ホームランナイター プロローグ』の代替番組として設定している。しかし、2014年以降、注目カードのみ日曜ナイターを放送する旨の文言は、公式サイトの番組表における番組紹介文から削除された。文化放送では日曜ナイターの定時放送を廃止（特番扱い化）したため、NRN全国放送の指定試合であっても、日曜ナイターの放送自体をネットしている局は地元勢の試合を優先するため、結果的には全国放送指定試合が予備カード扱い、あるいは地元勢以外の試合を放送しない、ビジター側が乗り込み自社制作をするにもかかわらず、当該局がニッポン放送の協力となるため（特にヤクルト主催の対阪神戦におけるABC）文化放送が別に予備待機を配置した場合等、局の方針の都合で全く放送されず素材録音同然となる場合（特に在関東のチーム同士の対戦や前述のヤクルト対阪神戦等の場合に、全国放送の指定カードが1局も流れない試合も多数ある）、あるいは当該チーム本拠地の1-2局のみ（在関東チームとの対戦であれば、対戦相手の地域の局向けの自社製作か裏送り＜関東のチーム主管である場合＞のみ）となるケースもまれではない 。そういったことから、在関東チーム同士の試合については、土曜日に本番カードであった場合でも、日曜日には予備順を下げて他の関東圏外のカードに本番を変更する場合がある。2018年4月現在、NRN公式サイトの基本番組表には日曜のNRNナイター枠が存在しているが、4月については日程上「（名目上の）日曜日のNRNナイター本番カード」は設定されていなかった。5月については6日の「ヤクルト vs 広島」、13日の「巨人 vs 中日」、27日の「ヤクルト vs DeNA」が名目上のNRNナイター本番カードとなるが、事実上6日はRCCへの、13日はSFへの裏送りとなり、27日は他カードがデーゲームのためネット局が発生しないが（解説者が空欄でアナウンサー（長谷川太）のみ記述）、2017年以降はこうしたケースでは番組として設定していなかったため珍しい措置である。NRNナイターの放送が球団所在地の地元局かつ地元球団が関与した試合のみ放送となっている現状から、文化放送を幹事局とする非NRN番組ながら、ネット局の多い競艇中継が日曜に行われる場合は、競艇中継にNRN回線（モノラル）を充てて、NRNナイターを個別の素材回線（ステレオ）でのネットとすることがある。