2002年3月に『真相』の第一弾が刊行されて以来、名指しで批判された部落解放同盟は一年以上のあいだ沈黙を保っていたが、2003年4月に入って、「解放新聞」紙上で部落解放同盟中央本部による「別冊宝島Real『同和利権の真相』への見解」（以下「見解」　解放新聞 2003年4月14日）が発表された。その論調は、「『真相』は部落民個人の汚職を不当に一般化して、部落解放同盟や部落出身者全体の問題とすりかえている」、「批判内容は共産党系メディアの論調をなぞっており、共産党による差別キャンペーンである」などというもので、『真相』を全面的に批判し、両者の間での論争に発展していった。この「見解」に対して、寺園は再反論「答えるべきことはないのか──解放同盟中央本部〈『別冊宝島Real　同和利権の真相』への見解〉を読んで」（雑誌「こぺる」2003年6月号）を発表した。反論内容は、「『真相』シリーズで紹介した、部落解放同盟による数多くの犯罪・不正・不祥事について一言も触れられていない」、「レッテル張りというが、部落解放同盟の方こそ「日共＝全解連」というレッテル張りを多用している」というものである。なお、部落とは無関係な写真を「同和利権」を象徴するものとして使用している、という指摘については、誤用であったことを認めている。これ以降も、部落解放同盟は「解放新聞」や機関誌『部落解放』などで、たびたび『真相』シリーズに批判的に言及している。なお、同書では、全国部落解放運動連合会（現全国地域人権運動総連合）も解放同盟ほど悪辣ではないが（補助金受給などの）利権の恩恵をうけている地域があると批判している。
『真相』シリーズの刊行は、同和行政および部落解放運動のありかたをめぐる議論に一石を投じた。このシリーズ内容をめぐって、部落解放運動関係の新聞雑誌やネット上において侃侃諤諤の議論が巻き起こっている。以下では、『真相』シリーズをめぐる批判、反論の流れを追って、論争の過程をまとめることにする。なお、関連する記事内容がウェブ上で公開されているものについては、当該記事にリンクを付した。
『同和利権の真相』（どうわりけんのしんそう、以下、『真相』と略記する）は、寺園敦史、一ノ宮美成、グループK21らによって編纂された、宝島社のムック「別冊宝島Real」のシリーズである。「同和行政にからむ利権や、リンチに発展した糾弾活動など、部落解放運動の暗面をルポした」とされるこのシリーズは、2006年の時点で第4弾（文庫版は第3弾まで）と特別版までの5冊が刊行されており、累計50万部前後のベストセラーとなった。「同和利権」とは、同和対策事業特別措置法（同特法）などの同和行政における公金横領など、同和がらみの汚職を「利権」と表現したものである。『真相』シリーズは、「2002年に終了した同特法などによる同和対策事業が、被差別部落の状態を改善するのに役立ったのは事実だが、その反面、莫大な公金が投入される中でそれは同時に利権を生み、腐敗、不正の温床になった」としている。
NRM は治安と人権の回復を掲げて権力を得た。10項の目標の内にも挙げられており、ムセベニは就任演説の際にも、「我々の計画の2点目は人と財産の安全保障である。全てウガンダ人はどこであれ[絶対に]安全に暮らさなくてはならない。我々の安全を脅かす者はいかなる個人及び集団も容赦なく討ち果される。ウガンダの人々は我らの国土の内の仲間の人間からではなく我々を超えた自然に従って死ぬべきである。」と述べた。しかし NRM がカンパラに新政権を発足させて以降も反乱と戦闘が続きこの目標が全土に及んだことはない。就任当初ムセベニは支持基盤のバントゥー系の多い南部及び南西部から強い支持を得た。ムセベニはこれまで政治的な発言の少なかった北東部の半遊牧民のカラモジョン族とも手を結んだ。しかしスーダンと国境を接する北部地域では混乱が続いている。西ナイル地方ではカクワ族とルグバラ族のかつてのアミン支持者らによるUNRFとFUNAが活動していたが、モーゼス・アリが第二副首相になることで戦闘を停止した。南部出身者による政府が立てられたことで北部出身者は不安を覚えた。ランゴ族、アチョリ族、イテソ族の反乱軍は NRA の強さに驚き、スーダン南部へと逃れた。アチョリのウガンダ人民民主軍 (UPDA) はアチョリランドのNRA による占領を阻止できず、自棄的な千年王国説を唱える聖霊運動 (HSM) を招いた。UPDAとHSMの敗北により兵力は神の抵抗軍 (LRA) へと引継がれ、LRAの被害はアチョリ自らに及んだ。ムセベニは評判を回復するために人権の尊重を訴えたが、NRM も少年兵の使用 を非難された。NRA は公正さを認められるよう努めたがすぐに失墜した。ある村人は「ムセベニの部下が最初に来たとき、よく活動し私たちも彼らを歓迎した、しかし、彼らは人々を逮捕し殺し始めた。」と語った。1989年6月アムネスティ・インターナショナルは "Uganda, the Human Rights Record 1986–1989"  と題したウガンダの人権報告書を発表した。それは NRA の部隊により遂行された数多の人権侵害を報告した。戦闘の最も激しい局面の1つの1988年10月から12月の間に NRA はグルの町とその周りの約10万の住民を強制移住させた。兵士は強制移住の際に家や穀倉を焼き数百人を超法規的に処刑した。しかしながらアミンやオボテ政権の間に行われたような系統的な拷問の報告はほとんどなかった。結論で報告書はNRM 政権の人権の履行状況は政権獲得後4年間で初期の数ヶ月よりどう見ても悪化している。しかしながら、複数の評論家と観測者が「大量の人権侵害へ逆戻りする傾向がある」として、「ウガンダは悪い政府の手で苦しめられるよう運命づけられている」と言うのは事実ではない。としていくらかの希望を伝えた。