元弘の乱を経て南北朝時代になると、佐竹氏第8代当主貞義および第9代当主義篤は早々に足利氏に呼応して北朝方に属し、小田氏や白河結城氏といった関東における南朝方勢力と争う。室町幕府が樹立すると、これらの功績から守護職に任ぜられ、やがて幕府の関東出先機関である鎌倉府の重鎮として活躍した。また、貞義の息子の一人である師義は足利将軍家の直属の家来である京都扶持衆に選ばれ佐竹山入家（山入流佐竹氏）を興した。義篤の孫で第11代当主義盛の時代、第3代鎌倉公方の足利満兼より関東の8つの有力武家に屋形号が与えられ関東八屋形の格式が制定されると、佐竹氏もこのひとつに列せられた。以後、佐竹氏の当主は「お屋形さま」の尊称をもって称された。しかし、佐竹氏は先述のように鎌倉公方を主君としたことから足利将軍家と鎌倉公方の争いに巻き込まれることも少なくなかった。室町時代中期、佐竹氏宗家当主の佐竹義盛に男子がなかったことから、藤原北家の勧修寺流の流れをくむ関東管領の上杉氏より佐竹義人が婿養子に迎えられて第12代当主となる。佐竹氏の庶家で佐竹の男系の血筋を引く佐竹山入家はこれに反発し、宗家に反旗を翻すことになった。佐竹山入家が室町幕府と結んで佐竹宗家の常陸守護職を奪い山入の乱（山入一揆）を起こしたこと、さらには、名目上傘下にあったものの実際には独立勢力であった大掾氏や那珂氏（後の江戸氏）の存在などもあったことから、佐竹氏の勢力基盤は脆弱（ぜいじゃく）であったといえる。こうした内紛もあり、戦国時代に突入した後も佐竹氏の常陸統一は困難を極め、戦国大名化も遅れた。
平安時代の後期には、佐竹氏は既に奥七郡と呼ばれる多珂郡・久慈東郡・久慈西郡・佐都東郡・佐都西郡・那珂東郡・那珂西郡など常陸北部七郡を支配し、常陸に強い勢力を持つ常陸平氏の一族大掾氏との姻戚関係をもとに強い勢力基盤を築いていた。また、中央では伊勢平氏と、東国では奥州藤原氏と結び、常陸南部にも積極的に介入するなど常陸の有力な豪族としての地位を確立していた。治承・寿永の乱においては、佐竹氏は平家にくみしたために源頼朝によって所領を没収された。後に頼朝に従って奥州合戦に加わった。その際に無地の白旗を持参したところ、頼朝の旗と等しかったことから紛らわしいとの理由で、扇を白旗の上に付けるよう命じられた。この扇は月を描いており、以後、佐竹氏は家紋として「扇に月」（一般的には日の丸扇と呼ばれている）を用いることになる。鎌倉時代においては、奥七郡への支配権は宇佐見氏、伊賀氏、二階堂氏などに奪われ、後に北条氏などがそれらの郡の地頭職を獲得し、佐竹氏は不遇の時代を過ごすことになる。
アルチ・ノヤンはコンギラト部の族長デイ・セチェンの息子として生まれ、妹にはボルテがいた。デイ・セチェンの家系はコンギラトの枝族ボスクル(孛思忽児)の出であったが、この一族にとって転機となったのがボルテとキヤト氏の長テムジン(後のチンギス・カン)との婚姻であった。『モンゴル秘史』は「デイ・セチェンがイェスゲイに連れてこられたテムジンの顔つきを気に入り、その場で娘のボルテを嫁がせる約束をした」という逸話を伝える一方、『集史』「コンギラト部族志」は「テムジンはボルテと結婚したいとデイ・セチェンに訴えたが何度も拒絶され、テムジンと仲の良かったアルチの尽力によりようやく結婚が許された」と記している。若い頃のテムジンの勢力は弱小で苦労したことが知られており、『集史』の記述の方が史実に近いと考えられている。1206年にモンゴル帝国が建国されると、アルチは帝国の幹部層たる千人隊長に任ぜられた。『モンゴル秘史』の功臣表では86位に列せられ、『集史』「チンギス・カン紀」の「千人隊長」一覧には左翼6番目の千人隊長として名前が挙げられている。『集史』では5つの千人隊を有していたと記されるが、これはバアリン部の10千人隊に次ぐ大兵力であった。1213年に金朝遠征が始まると、アルチはムカリ率いる左翼軍に加わり、遼西・遼東一帯の攻略を担当した。その途中、アルチは遼の宗室につらなる契丹人耶律留哥に出会い、耶律留哥はモンゴル軍に加わることを希望した。その後、耶律留哥は自らの有する兵を差し出した上、矢を折ってモンゴル帝国に仕えることを盟約し、これを受けてアルチは「我は[チンギス・カンの下に]帰り、遼の征服は汝に任せるよう奏上しよう」と語った。この言葉通り、後にアルチがチンギス・カンの下に帰還した後は耶律留哥が遼河一帯に駐屯することになった。1218年、チンギス・カンは金朝侵攻の指揮権をジャライル部のムカリに委ね、マングト千人隊を率いるモンケ・カルジャ、コンギラト千人隊を率いるアルチ・ノヤン、イキレス2千人隊を率いるブトゥ・キュレゲン、諸部族混合兵を率いるクシャウルとジュスク、現地徴発の契丹・女真・漢人兵を率いるウヤルらがその指揮下に入った。この軍団の内、特にジャライル部・マングト部・コンギラト部・ウルウト部・イキレス部の5部はこれ以降一つの軍団として扱われることが多くなり、「左手の五投下」と総称されるようになる。このモンゴル帝国の東方軍団においてアルチはムカリに次ぐ地位にあったようで、現地の漢人からは「尚書令(尚書省の長)」とも呼称されていた。この頃ムカリの下を訪れた趙珙は『蒙韃備録』において、「アルチは法をよく守るため、モンゴル人はムカリに従う者は悪人でアルチに従う者は善人だと言っている」と書き記している。軍事面では1224年(甲申)に東平・大名を攻略し、1226年(丙戌)に益都の攻囲を行っている。1227年(丁亥)、チンギス・カンの晩年にはその地位を賞して「国舅」の号を与えられた。1232年(壬辰)には河西王に封ぜられ、1237年(丁酉)には更に万戸(万人隊長)の称号を授けられた。これ以後、アルチの子孫は代々「万戸」を称するようになる。それから間もなくアルチは亡くなり、1295年には済寧王に追封された。