2007年5月31日、ボスニアのセルビア人勢力の将軍であったズドラヴコ・トリミル（Zdravko Tolimir）はセルビアおよびスルプスカ共和国政府の警察によって逮捕され、ハーグのICTYに引き渡された。トリミルはジェノサイド、ジェノサイド実行の共謀、絶滅、迫害、強制移送の罪に問われた。起訴状ではトリミルを、スレブレニツァおよびジェパの飛び地から「ムスリム人住民を排除する目的での共同犯罪」に加担したと訴えた。
2006年8月24日、オスロボジェニェ紙（Oslobođenje）は、依然スルプスカ共和国の責任者の地位についている、スレブレニツァに関与したと思われる800人の人名を公表し始めた。一覧はボスニアのセルビア人政府によって集められたものである。
2006年の時点で、42の集団墓地がスレブレニツァ周辺地域で発掘され、更に22の集団墓地があると考えられている。犠牲者のうち身元が特定されたのは2,070人であり、更に7,000以上の袋に入った遺体痕跡が身元の特定を待たれている。2006年8月13日、1000以上の遺体痕跡が、カメニツァ（Kamenica）にあるスレブレニツァの虐殺の集団墓地から見つかった。
2005年6月2日、ビデオ証拠が浮上した。これは、セルビアから来た警察部隊のメンバーがスレブレニツァの虐殺に関与したことを示すために、スロボダン・ミロシェヴィッチに対する裁判の中で持ち出されたものである。ビデオはおよそ2時間35分におよんでいる。映像では、正教会の神品が兵士らを祝福する様子が写されている。そしてその後、これらの兵士たちが、捕虜たちと共に映し出されている。拘束されている捕虜たちは民間人の格好をしており、外見上明らかに虐待を受けたとみられる。後にこの捕虜たちのうち若い方の4人は16歳、2人の男性は20代前半であることが確認された。映像はその後、4人の市民の殺害の様子と、原野の上で死んでいる彼らの遺体を映し出している。この時点でカメラマンが、カメラのバッテリーの残量があまりないことを残念がる。兵士らは残された2人の捕虜たちに、4人の遺体を炎の近くまで運ぶように命じ、それが終わる頃に2人もまた殺害された。ビデオ映像はセルビアで激しい怒りを巻き起こした。この映像が示されてから数日の間に、セルビアの政府はビデオによって特定できた元兵士らを即座に逮捕した。この出来事を最も大々的に取り上げたのは新聞ダナス（Danas）、ラジオ・テレビ放送局のB92（B92）であった。ボスニアのメディアで報道されると、ビデオ映像に映っていた犠牲者のうち、少なくとも1人の母親が、息子の殺害の様子を目にすることになった。彼女は、自分は既に息子の死を知っていたと話し、殺害の後に遺体は焼却されたこと、その遺骸は2003年にポトチャリ（Potočari）で埋葬されたことを明らかにした。
2009年1月15日、欧州議会は、7月11日をスレブレニツァ虐殺を記念する日とする決議を、賛成556、反対9、欠席22で可決した。ボスニアのセルビア人政治家らはこの決議はスルプスカ共和国には受け入れ不可能として拒絶の姿勢を示した。
黒澤市兵衛による7月25日の口上書は次のような記述である。昨日大野村へ魚釣りに行き、午後2時ごろ大野川で糸を垂れていたところ、川舟に草を積んだ14,5人の百姓が引き綱で舟を引きながら通り過ぎようとして、市兵衛の体に綱をひっかけた。そこで市兵衛が「拙者が見えぬはずがないのに無礼であろう」と叱ったところ、舟を引いている者の言うには「おさむらい様の釣りはご公務のご用ではございますまい」などと悪口を叩くので、市兵衛と百姓たちは激しい口論となった。舟乗りの1人がクイを持って市兵衛に打ってかかったので、市兵衛は刀を抜いて争ううちに、2人の百姓に傷を負わせてしまった。これを見た舟乗りたちは一斉に岸に飛び移り、クイや棒を振り上げて市兵衛に打ってかかった。少し離れて釣りをしていた連れの小貫万七が驚いて駆けつけ、市兵衛に助太刀をしたので百姓たちは逃げ去った。そこへ大野村の肝煎がやってきて「いかがなされた」と言うので、市兵衛は「不届きの仕打ちがあったので、百姓2人を手負いにした」と言って名乗った。連れ添って村端まで来ると、先刻逃げた者や棍棒を持った大勢の村人が市兵衛に飛びかかり、散々に痛めつけた。多勢に無勢のため市兵衛は力及ばず打ち負かされ、大小を奪われナワまで掛けようとしたので「待たれい！拙者は逃げかくれはせぬ。侍に似合わぬことがあったとしても、侍にナワを掛けるという法はない。やめられい！」と制止したが、大勢の百姓たちは市兵衛を縛り上げ、梅津家の家臣根元今右ェ門の所に引き立てようとした。しかし、途中から大野に引き返し百姓治兵衛宅に連れ込んだ。やがて、万七の急報によってか、市兵衛の親類の者が駆けつけ、間もなく梅津家の家臣、柳田数馬がやってきて、市兵衛のナワを解いた。久保田藩ではこの口上書を基に、百姓たちの罪科はまぬがれないものとして判決を下した。申渡しによると、武士方はむしろ武士道を立てたとして賞揚され、助太刀をした者はお構いなしとした。ただ、同僚を見捨てて現場より帰った2人が閉門になっている。一方の百姓側では、武士を面縛したということで事件の端緒をつくった2人が磔の極刑、名主はじめ多くの村人は残らず斬首刑を言い渡されている。