1990年代末に20代から30代を中心とする「ニュージェネレーション層」をターゲットに、松下電器産業（現・パナソニック）、花王、アサヒビール、近畿日本ツーリストなど他業種各社とともに立ち上げられた合同プロジェクト。トヨタは既存のプラットフォーム（トヨタ・NBCプラットフォーム、およびトヨタ・MCプラットフォーム）を流用し、前衛的な技術やデザインの自動車を発売したが、2005年2月にトヨタ・WiLL_サイファの販売を終了している。
サイオン（SCION ）はアメリカの若者向けのブランドで2003年に開始。いわゆる「ジェネレーションY」と呼ばれる20代前半の若い世代をターゲットとする。トヨタの主要顧客は概して年齢層が高く、若年層の取り込みが課題であった。商品開発思想や広告展開まで新しい手法を用い、従来の“退屈なトヨタ車”のイメージを覆すことを狙った。クールでスタイリッシュな「ファッション性」を商品力とし、あらかじめ多様なカスタマイズを用意することで「個性化」を呼びかけた。マス（大衆）にもアッパーにも属さない新しいカテゴリの開拓を狙う。開始当時の車種はxA（日本名ist）、xB（初代は日本名bB、2代目はカローラルミオン）で、後に日本未発売のクーペtCが追加された。86は北米でサイオンブランドからFR-Sの名前で販売された。しかしサイオン登場時の若者が中年になり、現代の若者がトヨタの実用性・ブランド力を評価し始めたことでその役割を終えたとされ、2016年に廃止された。
テストドライバーの成瀬弘の薫陶を受けた豊田章男が社長に就任した2009年から、トヨタは「もっといいクルマづくり」というスローガンを掲げ、実用性だけでなく自動車としての魅力やインパクトを持つクルマ作りを目指している。「キーンルック」やレクサスの「スピンドルグリル」といった個性的なデザインを採用して「退屈」から脱却を目指す他、ニュルブルクリンクや五大陸走破プロジェクト、モータースポーツなどでスポーツカー以外の乗用車も頻繁に走り込ませて、シャシーの出来を向上させる努力をしている。2015年にクルマづくりの開発方針である「TNGA（Toyota New Global Architecture）」を導入した。これにより従来以上に大胆にプラットフォームやエンジン、部品などを共通化・モジュール化して集約して大幅な原価低減を図った。核となるプラットフォームは運転のしやすさ・低重心・ドライビングポジションなど46項目を徹底的に追求し、走行フィーリングの大幅な向上を目指している。2019年にはニュルブルクリンクや世界中の道で得た知見をもとに構想されたテストコースを含む研究施設「トヨタテクニカルセンター下山」を豊田市下山に設立し、一部運用が開始されている。スポーツカーのような趣味性の高い開発も積極的に行っており、2019年現在トヨタはレクサスも含めると、日本で最も多くクーペをラインナップする国産メーカーである。
1982年にトヨタ自工とトヨタ自販が合併し、現在のトヨタ自動車株式会社となった。新会社の社長に喜一郎の長男・豊田章一郞が就任し、佐吉の甥である英二は会長に退いた。国内市場で1982年のビスタ、マスターエース、1984年のハイラックスサーフ、MR2、1985年のカリーナED、1986年のスープラ、1989年のセルシオ、1991年のウィンダムなど次世代のトヨタを担う車種を発売し、国内販売高トップの座を強固にした。1989年にアメリカを主要マーケットとしたトヨタの上級ブランド「レクサス」を立ち上げた。レクサス・LS (日本名、セルシオ) の成功は、日本車が高級乗用車としても通用することを証明した。1992年に章一郞は社長を退き弟の豊田達郎が社長に就いた。バブル経済の崩壊は自動車業界を直撃してトヨタも影響を受けた。時代はトヨタの得意とするセダン・クーペなどの高級感・格好良さより、SUVやミニバンなどの実用性を重視する分野へと移り変わって行き、シェアは一時40％を切った。トヨタはセダンに力を入れる一方、ミニバンのエスティマ（1990年）や、クロスオーバーSUV（CUV）の先駆けとなるRAV4（1994年）を投入して状況に対応した。不況の続く中、1995年に達郎は高血圧で倒れ、副社長の奥田碩が社長職を継いだ。
認知症治療で著名な長谷川和夫（認知症介護研究・研修東京センター名誉センター長、聖マリアンナ医科大学名誉教授）の著書を多数発刊。 近年、救命・救急医療関連の書籍も注力している。
正式な起点は後免駅で、本来、後免駅から奈半利駅へ向かう列車が下りだが、JR土讃線と合わせるために列車番号は、奈半利駅から後免駅へ向かう列車が下りに付ける奇数、逆方向が上りに付ける偶数となっている。また、誤乗防止のため「上り」「下り」の呼称は用いていない。1時間あたり1 - 2本程度運行されている。各駅停車のほか、快速列車が運転されている。朝ラッシュ時の一部を除いて、1両編成の気動車がワンマン運転される。運転パターンは後免駅 - 奈半利駅間運転の列車のほか、途中駅の安芸駅発着の区間列車が多数設定されている。また、夕方には後免駅 - あかおか駅間の区間列車が1往復設定されている。また、全ての快速列車と各駅停車の一部は、JR土讃線に乗り入れ、高知駅まで相互直通運転を実施している。また、オープンデッキ車両にて運行される列車が、安芸駅発着（後免発安芸行きと安芸発高知行き）、奈半利駅発着（高知発奈半利行きと奈半利発後免行き）それぞれ1往復運行されており、運行開始時には愛称がなかったが、2009年3月14日のダイヤ改正時にオープンデッキ車両に沿線出身の著名人岩崎弥太郎・中岡慎太郎にちなみ「やたろう号」「しんたろう号」の愛称が付き、2010年にはオープンデッキ車両を使う列車にも安芸駅発着に「やたろう号」、奈半利駅発着に「しんたろう号」と愛称がついた。使用車両は全て気動車で、9640形のほか、JR四国の1000形も乗り入れている。車両の夜間滞泊は安芸駅で行っている。