富士山は標高は高いが、日本の他の高山に比較すると高山植物などの植生に乏しい。これは富士山が最終氷期が終了した後に山頂から大規模な噴火が繰り返したために山の生態系が破壊され、また独立峰であるため、他の山系からの植物の進入も遅れたためである。しかし、宝永山周辺ではいくらか高山植物が見られる。山の上部ではタデ科オンタデ属のオンタデ（御蓼）、山腹ではキク科アザミ属のフジアザミ（富士薊）が自生している。中部山岳地帯の高山の森林限界の上にはハイマツ帯が広がっているのが通例であるが、富士山にはハイマツ帯は欠如し、その代替にカラマツ林が広がっている。
富士山麓周辺には大小100以上の溶岩洞窟が形成されている。その中でも総延長2139mの三ツ池穴（静岡県富士宮市）は溶岩洞窟として日本一の長さを誇る。また、山麓周辺で最大規模の溶岩洞窟として西湖コウモリ穴（山梨県南都留郡富士河口湖町）があり、国の天然記念物に指定されている。その他、鳴沢氷穴（山梨県南都留郡鳴沢村）も国の天然記念物に指定されている。
富士山麓の天然記念物として、「富士山原始林及び青木ヶ原」（天然記念物：1926年2月24日指定、2010年3月8日追加指定・名称変更）、「富士風穴」（天然記念物：1929年12月17日指定）などがある。
かつて気象庁東京管区気象台が富士山頂剣ヶ峯に設置していた気象官署が富士山測候所である。現在は富士山特別地域気象観測所となっており、自動気象観測装置による気象観測を行っている。
富士山が日本を代表する名峰であることから、日本の各地に「富士」の付く地名が多数存在している。富士山麓では静岡県に富士市や富士宮市、富士郡、山梨県に富士吉田市や富士河口湖町、富士川町がある。他によくあるものとして富士山が見える場所を富士見と名づけたり（例：埼玉県富士見市）、富士山に似ている山（主に成層火山）に「富士」の名を冠する例（信濃富士など）がある。日本国外に移住した日本人たちも、居住地付近の山を「○○富士」と呼ぶことがある。全国各地には、別称を含めて少なくとも321座を超える数の、富士と名の付く山があり、それらを郷土富士と呼ぶ。地名以外にも「富士」を冠した名称は多く存在する。また、異名として「芙蓉峰」「富嶽」とも言う。
富士山についての最も古い記録は『常陸国風土記』における「福慈岳」という語であると言われている。他にも多くの呼称が存在し、不二山もしくは不尽山と表記する古文献もある。また、『竹取物語』における伝説もある。「フジ」という長い山の斜面を表す大和言葉から転じて富士山と称されたという説もある。近代以降の語源説としては、宣教師バチェラーは、名前は「火を噴く山」を意味するアイヌ語の「フンチヌプリ」に由来するとの説を提示した。しかし、これは囲炉裏の中に鎮座する火の姥神を表す「アペフチカムイ」からきた誤解であるとの反論がある。その他の語源説として、マレー語説、マオリ語説、原ポリネシア語説等がある。明確に「富士山」と表記される過程においては駿河国に由来するとするものがあり、記録としては都良香の『富士山記』に「山を富士と名づくるは、郡の名に取れるなり」とある。
“紅世の徒”がこの世で活動するため、この世の人間の“存在の力”を変換・吸収する（「喰らう」と例えられる）などすると、本来あるべき“存在の力”が過去・現在・未来の時空から強制的に失われ、その存在は「最初からこの世に存在していなかった」ことになる。すると、その存在によって起こるはずだった影響（人間関係など）や、所有物や関わった人間の記憶や写真などの『存在した証』も同時に失われる。しかし、既に起きた出来事などを巻き戻すには至らないため、本来あるべき存在が失われたことで、矛盾する部分が必ず生じる。それらが積み重なって、この世を構成する巨大な“存在の力”の秩序と流れに変調をきたしている状態を「世界が歪んでいる」と言い、前述の通りあまりにも歪みが大きくなると、この世と“紅世”の両界に『大災厄』と称される大きな災いが起きると予想されている。例を挙げれば、子供と家を持つ夫婦が喰われた場合、夫婦自身やその直接の持ち物は消える。しかし子供は親がいない子供として残り、住んでいる家は夫婦の部屋が空っぽの状態になって残る。人々の記憶は夫婦が「最初からこの世に存在していなかった」ように修正され、残された子供や家に関する矛盾や疑問点を追究する者も通常はいないとされる。このような違和感の集合が「世界の歪み」である。「世界の歪み」を感覚として捉えることができるフレイムヘイズはこの歪みを“徒”のいた痕跡として追い、同様の力を持つ“徒”も歪みがあると興味を惹かれてその土地にやって来る傾向がある。“紅世”の関係者は一般に上述のように認識しているが、歪みの真の原因は“存在の力”がこの世で自然発生し得ない状態に変換されたことによる「不安定化」である。“存在の力”は実際には消失しておらず、異世界の住人である“徒”が「この世に存在する為の根源的な力」として本来この世に存在しない形に固定しており、それが“存在の力”の流れを滞らせ歪みを生む原因となっている。これが“徒”に発覚すれば「不安定化した“存在の力”を使えば“存在の力”が安定化するため、“存在の力”を乱用しても何の問題もない」という誤認を生み、中途の過程を無視した更なる暴走を招く恐れがあったため、この事実に気づいた『宙の心臓』とその弟子である『大地の四神』のみの秘密とされた。後に現代の『大戦』の最中に『大地の四神』の一人であるセンターヒルから、シャナ他数名のフレイムヘイズのみに伝えられた。