シールは修理後、1945年6月1日までハワイ海域での訓練任務に従事する。6月中に真珠湾を出港してにニューロンドンに帰還し、第二次世界大戦の終わりまで引き続き訓練任務に従事した。戦争が終わると不活性化を命じられる。11月初めにマサチューセッツ州ボストンに移動し、11月15日に退役して予備役艦隊で保管された。1947年6月19日、再就役しボストンでの海軍予備役兵の訓練艦任務に就く。1949年3月にニューハンプシャー州ポーツマスに移動し訓練任務を継続、1956年5月1日に除籍された。その6日後、シールは廃棄のためにポーツマス海軍造船所を出渠した。シールは第二次世界大戦の戦功で10個の従軍星章を受章した。
8月15日、シールは8回目の哨戒で千島列島方面に向かった。8月27日にシールは南千島海域に入った。8月31日朝、シールは潜航の際に司令塔のハッチの留め金をかけるのを忘れ、入り込んだ海水がポンプルームを水浸しにし、電気系統を破壊した。シールは修理のため東に向かい、空気圧縮機を仮復旧させてなんとか魚雷を発射できる態勢にした。9月8日に哨戒海域に戻ったシールは、オホーツク海を横断するように哨戒。9月17日、シールは2隻の貨物船を発見し魚雷を発射したが、命中しなかった。9月25日、シールは哨戒海域を撤収した。10月4日、シールは50日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。11月7日、シールは9回目の哨戒でマーシャル諸島方面に向かった。ジョンストン島で補給を行い、12月15日までクェゼリン環礁を始めとするマーシャルの各環礁の写真偵察を行った。12月19日、シールは42日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投した。1944年1月17日、シールは10回目の哨戒でトラック諸島方面に向かった。この哨戒では2月17日のトラック島空襲に対する救助配備任務に就き、2月22日にはポンペイ島の偵察を行った。3月6日、シールは50日間の行動を終えて真珠湾に帰投。2度目のオーバーホールのためメア・アイランド海軍造船所に回航された。また、艦長がジョン・H・ターナー少佐（アナポリス1936年組）に代わった。
4月14日、シールは6回目の哨戒でパラオ方面に向かった。4月18日にミッドウェー島に寄港ののち、5月1日までにはパラオ近海の哨戒海域に到着した。5月2日、シールはパラオ西方で貨物船を発見し雷撃したが失敗し、逆に航空機の制圧を受けた。2日後の5月4日、シールは北緯06度50分 東経134度30分のアンガウル島近海でラバウルからパラオに向かう輸送船団を発見し、特設給油船さんくれめんて丸（三菱商事、7,354トン）を撃沈した。しかし、それ以外には獲物には恵まれなかった。6月3日、シールは50日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。2週間かけて次期哨戒のための改修と訓練を行った。6月24日、シールは7回目の哨戒で日本近海に向かった。7月2日、シールは魹ヶ崎近海の哨戒海域に到着。3日後の7月5日には3隻の貨物船を発見して魚雷を発射するも命中しなかった。7月8日、シールは輸送船団を発見し、魚雷を3本発射した。しかしこの時、シールはまたもや油漏れを発生させていた。上空警戒の零式水上観測機はシールから流れ出る油紋を発見し、船団護衛中の第1号掃海艇や特設掃海艇第一鶚丸（日本海洋漁業、265トン）、水雷艇千鳥などが駆けつけて爆雷攻撃を行った。シールは油漏れの箇所が分からないまま水中を逃げ回り、水上艦艇と水上機は動く油紋目がけて爆雷や対潜爆弾を投下。10時間もの間に投じられた爆雷と爆弾の数は72発にも及んだ。シールは撃沈こそ免れたが、油漏れはなおも止まらず、哨戒を打ち切ることとなった。7月24日、シールは30日間の行動を終えて真珠湾に帰投。修理を受けた。
マジカル・ウォーフェアの進行中、第八世界ファー・ジ・アースと同じ主八界の一つである第一世界ラース＝フェリアにおいて、ラ・アルメイア地方の指導者「幻導王」フィルナ＝メイの側近エレナの策謀により、冥界に堕ちた古代ラース＝フェリアの守護者エルオースが不完全ながら復活。冥界に封じられていた古代神やその眷属である冥魔がエルオースの力によって解放され、ラース＝フェリア全体が冥界に堕ちかかる事態が発生した（『セブン＝フォートレス V3』リプレイ『ラ・アルメイアの幻砦』）。これに対し、ファー・ジ・アースを管理する幻夢神の2つの現し身の一方ザ・ゲイザーは幻夢神を覚醒させて対処しようとしたが、もう一方の現し身TISと対立し、ファー・ジ・アース表界の存続を望むウィザードたちによって滅ぼされた（TVアニメ『ナイトウィザード The Animation』及び小説『柊蓮司と宝玉の少女』）。この結果、その力を弱めながらも人間界と冥界の壁となっていた幻夢界は完全に機能を停止し、古代神や冥魔はラース＝フェリア以外の世界にも侵略を開始した。これが「第二次古代神戦争」である。第二次古代神戦争勃発後のファー・ジ・アースは、守護者アンゼロットが出身世界である第三世界エル＝ネイシアを古代神の侵攻から守るべく遠征に出、柊蓮司もラース＝フェリア救済に赴くなどその余波を受けていた（『セブン＝フォートレス メビウス』リプレイ『シェローティアの空砦』第1巻）が、古代神の一柱である冥刻王メイオルティスが裏界の魔王アスモデートを利用してファー・ジ・アースに現出を果たした事（ファンブック『オペレーション・ケイオス』）で、否応なく第二次古代神戦争に巻き込まれる事になる。『ナイトウィザード』において幻夢神や冥魔が絡むリプレイやシナリオは、すなわち（ファー・ジ・アースにおける）第二次古代神戦争に属するとされる物語群である。『ナイトウィザード The 2nd Edition』は、主八界の他の世界における第二次古代神戦争を扱う『セブン＝フォートレス メビウス』とルールを共通させており、両者を連携させることで異世界を舞台にした冒険も可能になっている。