その後改修が行われ、プラーカ2は下層部を商業フロア、上層部をオフィスフロアとし、既存のプラーカ3とほぼ同様のフロア構成となった。またプラーカ1のホテルフロアはオープン以来、藤田観光による「新潟ワシントンホテル」が営業を継続してきた。商業フロア閉鎖以降も営業は継続されたものの、2007年3月31日をもって撤退。代わって同年ソラーレ ホテルズ アンド リゾーツが進出し「チサンホテル&コンファレンスセンター新潟」が8月4日にオープンした。しかし現在も商業フロア・オフィスフロアとも空きテナントが数多く、2010年1月時点でテナントスペース全体の約3割が空いており、新規顧客の開拓が大きな課題となっている。一方、周辺では新潟駅周辺の在来線立体交差化事業と、それに伴う周辺整備事業が進められており、立体交差化は2015年度、周辺整備は2027年度の竣工を目指している。このため、南口周辺では長らく停滞していた再開発事業が著しく進捗しつつある。
プラーカはオープン当初こそ順調な滑り出しを見せたものの、周辺の商業地区から若干遠く回遊性が乏しい上、専門店のみでキーテナントが存在しなかった事などが仇となり、徐々に業績が悪化。南口側には長らく気動車の基地が残ったため駅舎から遠いという周辺施設の構造上の問題も響いた。さらにセゾングループ（当時）の業績不振から1991年に西友の出店計画が取り止めとなった事を受けて第二地区の再開発計画は事実上凍結され、キーテナント不在のままでの営業を強いられるなど誤算が続いた。市は1990年10月、建物の所有権を駅南開発と地権者に譲渡して償却を図ったが、その後も市内には古町・西堀十字路角のNEXT21内にラフォーレ原宿が進出（1994年）、万代シテイにもビルボードプレイスがオープン（1996年）するなど、プラーカと同様の専門店主体の商業施設が次々とオープンした事でプラーカの存在意義は希薄となり、来館者数の減少から徐々にテナントも減少した。結局市などは慢性的な赤字経営から抜け出せないことを理由に、商業フロアの閉鎖を決断。2004年2月28日を以って3棟のうち駅南開発が保有していたプラーカ1・2の2棟の商業フロアが営業を終了し、2棟とも競売によって売却され、所有権はプラーカ1のホテルフロアが明治安田生命保険に、1の商業フロアと2の全棟が木山産業に移り、3棟の商業フロアは同社が一括して管理することになった。なお、駅南開発は2004年6月30日をもって解散。負債総額は約59億円であった。
真電はノジマに合併した時点で21店舗が営業を行っていたが、このうち1店舗を除く全ての店舗が赤字運営となっていた。ノジマは真電の業績不振が予想以上に深刻であったことから、業務規模を縮小してでも黒字化を最優先する方針を執ることになった。特に業績が悪く回復の見込みがない店舗を閉鎖して近隣店に運営を統合し、また既存店についても移転もしくは改装・改築により増床を行うなどスクラップアンドビルドを実施して業績改善を図っている。その一例として、新潟市南区白根地区にある「真電白根店」は、同区親和町にあった旧店舗の老朽化に伴って合併後のモデル店舗と位置づけられ、3月10日、同区田中・戸頭地内にある「原信マーケットシティ白根」の西側区画に新築移転した。また、業績が著しく悪化していた前述の新潟本店は店舗再編の対象となり、7月1日を以って閉店した。加えて同市中央区弁天橋通の「真電Hiリビングプラザ」は生活家電に特化した商品を揃えていたが業績が伸び悩み、この新潟本店とリビングプラザの両店舗を統合する形で10月26日、同市江南区下早通柳田のイオン新潟南ショッピングセンター（現在のイオンモール新潟南）内に「ノジマ イオン新潟南店」として移転オープンした。ノジマは同店を新潟県内の旗艦店に位置付けており、県内のノジマ店舗最大の売場面積を有し、且つ「真電」のブランドを冠さない初の店舗である。なお、ノジマは店舗再編を公表した当初、新潟本店跡の建物を不動産として賃貸もしくは売却を行う意向を示していた。市内中心部の立地とあって、その後の活用方法が注視されていたが、2009年初め、上越市に本社を置き結婚式場の運営などを行う「ティーエスエスアソシエイツ」がこの本店跡の建物を取得した。同社は約8億円をかけて建物を改修し、6月29日に結婚式場「ザ・ジャポナイズ」を開業した。前述の通り、ノジマは吸収合併直後は「真電」の店舗ブランド名を活用して新潟県内で事業展開を進める意向だったが、旧真電店舗のうち2009年以降に新築移転や改修を実施した箇所では店舗ブランドから「真電」を省き、単なる「ノジマ」へ改称している。また店舗の内外装についても前述の白根店をモデルとせず、首都圏のノジマの郊外型店舗とほぼ同様のデザインが踏襲されている。加えて折り込みチラシ、テレビCMなどの広告媒体でも「真電」を省き「ノジマ」の社名のみの表記に順次変更されている。ノジマの「スーパーポイントカード」は、真電各店舗でもノジマ他店同様に使用できる。また、一部店舗の店頭には来店ポイントが付与できる「ポイントゲッター」が設置されている。一方、新潟県内では前述のコジマ、ヤマダ、上新、ケーズもノジマ同様に新店舗の出店やスクラップアンドビルドを進めるなど販売力の強化を図り続けている。また石丸電気がエディオングループの経営合理化策の一環として2008年9月に全面閉店し、2009年2月には新潟駅南口にビックカメラが出店するなど大手各社の撤退・進出も相次いでおり、県内における家電量販店各社間の販売競争は現在も激化の一途をたどっている。