MD-90の新造機の導入は北米とアジア・中東地域の航空会社を中心に行われた。新造機の受領数はサウジアラビア航空（現・サウディア）が29機で最も多く、デルタ航空と日本エアシステムが16機ずつ、中国北方航空が11機、ユニー航空（立栄航空）が10機であった（いずれもリース機を除く）。2010年頃から運用数が減り始めた。一方で、デルタ航空は、経営統合した旧ノースウエスト航空から引き継いだDC-9の後継機材として、世界中の航空会社からMD-90の中古機を買い取った。古い機体は燃料費やメンテナンス・コストが高くなるが、デルタ航空では新造機の導入よりも10億ドル以上の節約になるとしている。2014年には、デルタ航空が65機を運用し、他には中華民国（台湾）のエバー航空とユニー航空（立栄航空）でも5機ずつ運用という状況となった。2016年にはMD-90を運用する航空会社はデルタ航空のみとなり、2017年7月現在、64機が運用されている。
MD-90の特徴として低騒音・低排気であることが挙げられ、「地球にやさしい旅客機」とも言われた。国際民間航空機関（International Civil Aviation Organization、以下ICAO）の騒音規制（ICAO Annex, 16 Volume I）に基づき計測された累積騒音レベルは、MD-90、737、A320の中でMD-90が最も小さかった。同じV2500エンジンを装備するA320よりも低騒音であることについて、マクドネル・ダグラスではエンジン配置に代表されるMD-90の機体構成よるためと説明している。リア・マウント方式では、側方への騒音は胴体と尾部が、離着陸時の下方への騒音は主翼が遮ることで騒音値が低くなるとしている。また、リア・マウント方式では、エンジンのカウリングを前後方向に長くとれるため、MD-90用のV2500エンジンではエンジンノイズを低減するようにナセルが変更されて空気流入口が延長されたほか、テール・コーンもノイズ対策が施された。また、離陸後の高度に応じて緻密にエンジン出力を絞ることで、騒音を低減させるシステムもオプションで用意されていた。このMD-90の騒音の小ささは、「地上にて、すぐ近くを自力でタキシングしていてもちょっと気がつかないくらい」とも評価された。排気ガスについても、V2500エンジンは窒素酸化物、一酸化炭素、炭化水素それぞれについて、開発当時のICAOの規制基準を大きく下回っている。MD-90で装備されたV2525-D5型の証明取得基準で見ると、窒素酸化物は約50パーセント、一酸化炭素は約80パーセント、炭化水素は95パーセント以上基準値を下回っていた。
MD-90の運航に必要な乗務員は機長と副操縦士の2名である。コックピット正面の窓は正面に1枚、左右に各3枚配置されている。左右3枚のうち中央の窓が開閉式で、窓上部の天井に脱出用ロープが収納されている。また、開閉式窓の上部にはDC-9の名残となる天測窓がある。当初のMD-90のコックピットはMD-88と同様のレイアウトで、CRTや液晶ディスプレイを用いたグラスコックピットであるが、機械式計器類も併用されている。コックピットレイアウトは、正副操縦席の正面と中央に主計器盤、その上にグレアシールドパネルと呼ばれるパネル、両座席間に中央ペデスタル、天井にオーバーヘッドパネルが配置されている。主計器盤の計器配列は、基本的に正副操縦席で同じである。後に、ハネウェル社のペガサス飛行管理コンピュータを導入し、主計器盤に横一列6面の液晶ディスプレイを配した仕様が開発され、サウジアラビア航空（現・サウディア）に納入されている。航法システムは、飛行管理装置による自動運航方式であり、リングレーザージャイロを用いた慣性航法装置を備える。エンジンの制御は、全デジタル式電子制御 (Full Authority Digital Engine Control :FADEC) により自動化されている。操縦士が選択したモードに応じてコンピュータが出力を制御し、同時にスロットル・レバーも自動的に動くようになっている。
Qassaman Binnazilat Ilmahiqat Waddimaa Izzakiyat IttahiratWalbonood Illamiaat IlkhafiqatF'Iljibal Ishshamikhat IshshahiqatNahno Thurna Fahayaton Aw ma maaatWa Aqadna Alazma An Tahya AljazairFashhadoo! Fashhadoo! Fashhadoo! Nahno Jondon Fi Sabil Il hakki ThornaWa Ila Isstiqlalina Bilharbi Kumna.Lam Yakon Yossgha Lana Lamma NataknaFattakhathna Rannat Albaroodi Wazna.Wa Azafna Naghamat Alrashshashi LahnaWa Aqadna Alazmat An Tahya Aljazair.Fashhadoo! Fashhadoo! Fashhadoo!Ya Firansa Kad Mada Waktou El Ittab.Wa Tawaynahou Kama Youtwa El Kitab.Ya Firansa Ina Da Yewmou El Hissab.Fessteidi Wa Khoudi Mina El Jawab. Ina Fi Tawratina Fasslou El Khitab.Wa Aqadna Alazmat An Tahya Aljazair.Fashhadoo! Fashhadoo! Fashhadoo!Nahno min Abtalina Nadfaoo JondaWa Ala Ashlaina Nassnaoo Magda.Wa Ala Hamatina Narfao Bandaa.Gabhato' Ltahreeri Aataynaki AhdaWa Aqadna Alazma An Tahya Aljazair.Fashhadoo! Fashhadoo! Fashhadoo!Sarkhato 'lawtani min Sah IlfidaIssmaooha Wasstageebo LinnidaWaktobooha Bidimaa IlshohadaaWakraooha Libany Iljeeli ghada.Kad Madadna Laka Ya Majdo YadaWa Aqadna Alazma An Tahya Aljazair.Fashhadoo! Fashhadoo! Fashhadoo!