ボースの死の知らせを受けたインド総督アーチボルド・ウェーヴェルや連合国東南アジア方面軍司令官ルイス・マウントバッテンのみならず、ガンディーでさえも日本の発表を信じず、ボースが独立闘争の継続のために日本の協力のもとに逃亡したと考えていたように、公式情報を信じない向きはその当時から存在した。また戦後からしばらくの間、世界各地でボースの目撃情報が相次いで伝えられている。加えてボースと近い立場にあったA.M.ナイルも自書内で、今や敗戦国となった日本を経由して日本の旧敵国のソ連へ向かおうとする事が不可能であったことや、ボースの敵であるイギリスと同じ連合国の1国であるソ連と協力を行おうとすることの不可解さ、さらに事故の際に「死んだ」とされる日本人の複数の同乗者がその後も生存していたことや、ボースとS.A.アイエルが持ち出した、宝飾品などを中心とした仮政府の資産が行方不明になっているとして、ボースの「飛行機事故死」に疑問を投げかけている。特にインドにおいてボースの事故死を信じない者を中心として、生存説を支持する論説もたびたび出されている。これらの疑問に対し、インド政府は過去3度にわたって調査委員会を組織し、1956年（シャー・ナワズ委員会、シャー・ナワズはインド国民軍で最高幹部の一員を務め、戦後のインド国民軍裁判被告のひとり）、1970年（コスラ委員会）、2006年（後述）にそれぞれ報告書を作成している。最初の2回（実施時の政権与党はいずれもインド国民会議派）は「飛行機事故で死亡し生存の可能性がない」と結論づけた。しかし、インド人民党が与党であった1999年に組織した3度目の調査委員会であるムカルジー委員会は「飛行機事故は連合軍によるボースの追跡をかわすために日本軍が作り上げた」とし、蓮光寺の遺骨はボースのものではなく、ボースがすでに死亡していることは間違いないものの死因については「説得力のある証拠がない」として具体的に言及せず、恐らくソ連に向かったとしたうえ、シベリアで厚遇されるボースを見たという証言、ソ連のニキータ・フルシチョフ第一書記が「45日以内にインド（当時はネルー首相）に返せる」と語ったなどの通訳の証言を集めた。この3度目の報告書が発表された2006年には、政権与党は再びインド国民会議派などによる統一進歩同盟 (UPA) 連立政権に移っており、発表時のインド政府はムカルジー委員会の「調査結果に同意しない」と表明した。ただし同意しない理由については「複数の友好国との関係」を理由に公表を拒んだ。このほかボースの甥の妻は「政府の考えに賛成だ。墜落死には多くの証拠があり、遺骨はチャンドラ・ボースのものだ」とコメントした。その一方で、1985年9月にウッタル・プラデーシュ州ファイザーバードで死亡したバーグワンジー（またはグムナミ・ババ）という人物こそボースだったという主張もインドでは根強い。さらに2012年には 『India's Biggest Cover-up』という書籍が通常版、キンドル版で刊行されプラナブ・ムカルジー大統領の隠蔽工作への関与が名指しされて論争が再燃（最大級の英字紙ザ・タイムズ・オブ・インディアなど各メディアがこぞって取り上げた）、2013年1月にはイラーハーバード高等裁判所が実際にボースであったかの再調査を命じている。2017年5月30日、インド政府は市民団体の情報公開請求に対し、ボースが「1945年8月18日、飛行機事故のため台北で死亡したと結論付けた」と回答し、生存説を公式に否定した。
KY-3が使われた1960年代はベトナムでアメリカ軍による軍事活動が拡大していった時期でもあり、戦場での秘話装置の要求も強かった。第二次世界大戦でドイツや日本の通信を盗聴し戦闘を有利に運んだ経験から、アメリカ軍は戦場での秘話の重要性を十分に認識していた。第二次世界大戦で使われたSIGJIPのような戦術通信用のコンパクトな秘話装置がベトナム戦争でも必要だと考え、1960年代にNSAで検討が行われた。60年代中頃は初期の集積回路が使えるようになった時期で、せいぜい15石から20石程度のトランジスタしか集積できなかったが、KY-3のような音声暗号化装置を車で持ち運び可能な程度のサイズにすることも不可能ではなくなっていた。当時としては先進的な技術を用い、NSAは広帯域回線が使えるVHF/UHF無線機用の戦術通信用音声暗号化装置のファミリーを開発し NESTOR と名付けた。NESTORは車両用のKY-8、航空機用のKY-28、歩兵用のKY-38からなり、共通の秘話方式を使っているため相互に通話が可能だった。音質の悪さの問題はあったが、事務所用金庫のような従来の音声暗号化装置と比べるとサイズや重量、消費電力の点で大きく改善された。音声は19kbpsのビットレートでPCM符号化と暗号化が行われ、送受信は小型の戦術通信用無線機や既存の携帯無線機をデジタル通信用に一部改造したもので行うことができた。NESTORでの暗号鍵の設定と保存は機械的なメカニズムで行った。フロントパネルに並んだ64個の穴の中にあるピンをKYK-38のような専用のキーローダーを使って押し込むことでセットした。各ピンは複数の段階に押し込むことができ、各ピンの深さの組み合わせで暗号鍵が変化した。使用中の暗号鍵が漏れるのを防ぐため、穴をカバーしている扉を再び開けたり、飛行機の墜落などにより一定以上の衝撃が加わると、全てのピンがスプリングで元に戻り初期化されるメカニズムが採用された。NESTORを含む多くの音声暗号化装置では送信側と受信側とが同期している必要がある。NESTORは送信ボタンを押してから同期が行われ通話可能になるまでに0.6秒の時間が必要だった。ベトナム上空で空戦を行うパイロットにとって情報のわずかな遅れは生死にかかわる問題だったため、この待ち時間は3秒くらいに感じられ非常に評判が悪かった。秘話機能を使わないパイロットも多かった。車両用のKY-8は高温に弱く、ベトナムのような高温多湿の環境では問題となった。例えば、1969年に大統領がベトナムを訪れた際には、KY-8の過熱のため司令部とタンソンニャット空軍基地との通信が不通になったことがある。司令部から他の旅団への命令に使われた無線秘話ネットワークもたびたび同じ原因で使えなくなった。KY-8を使用する各部隊では過熱対策のため本体を濡れた布や氷で冷やしながら使うこともあった。後に発熱が少なく電池が使える歩兵用のKY-38も車両用に使われた。KY-38は初めての歩兵用音声暗号化装置だった。無線機と接続するケーブルの破損や、電池から発生する水素ガスによる長時間運用での爆発などの問題があり改良が行われていったが、一番の問題点はその重量だった。KY-38は当時ベトナムで一般的だった携帯無線機AN/PRC-77と組み合わせて使われた。専用のバックパックに両方の機器をセットしケーブルで接続して運用するようになっていたが、機器類と電池に予備電池を足した総重量は24.5kg（54ポンド）にもなった。無線機単体の重量は6.2kg程度なので秘話通信の負担はかなり大きかった。通信兵への負荷を軽減するため、アメリカ海兵隊では2名の兵士が秘話装置と無線機とをそれぞれ運び双方をケーブルで繋ぐやり方を試していたが、障害物の多いジャングル内での戦闘に向いたやり方とは言えなかった。これらの問題もあり、1970年頃のNESTORの総数は3万台ほどだったが、実際に使用されていた機器の数はその10分の1と見積もられている。