1974年のテレビドラマ『寺内貫太郎一家』第18話のラストで、寺内周平（西城秀樹演）と相馬ミヨコ（浅田美代子演）が日本語歌詞でデュエットしている。（その後、寺内貫太郎（小林亜星演）と娘の静江（梶芽衣子演）が演じるエンディングでは、海外のコーラス版がサントラとして使われている）1975年に発表した2人の歌手、梓みちよと加藤登紀子が特に有名な日本語曲の歌い手と言える。同年12月31日の第26回NHK紅白歌合戦では、梓の歌唱で披露されている。日本語歌詞は、梓が歌った片桐和子による訳詞のほうがドイツ語歌詞に近い。加藤が歌ったものは、加藤本人による「日本語詞」であり、ドイツ語歌詞とは異なる詞になっている。同年、他に淡谷のり子も小谷夏（久世光彦の筆名）の「日本語詞」で歌い、シングルが発売されている。その後も数多の歌手によりカバーされており、近年も途絶えることなく歌い継がれている（1992年・鮫島有美子、2005年・麻実れい、2009年・美川憲一など。他にも、安井かずみ訳詞で木の実ナナが歌唱している）。珍しい例では、2008年のテレビアニメ『ストライクウィッチーズ』の挿入歌として、鈴木貴昭の訳詞、長岡成貢の編曲の「リリー・マルレーン STRIKE WITCHES ver.」というアレンジカバー曲があり、劇中のキャラクターであるミーナ・ディートリンデ・ヴィルケとして声優の田中理恵が歌った。
定期運航に処する航空機体への空中衝突防止装置（TCAS）の装備を義務づけた航空法改正により、改修経費の関係で2006年（平成18年）9月30日のラストフライトをもって日本国内の民間定期路線より引退した。日本国内の民間定期路線のYS-11の最終便は、日本エアコミューターが2006年（平成18年）9月30日に同社が最初にYS-11を飛ばしたのと同じ沖永良部空港 - 鹿児島空港でのフライトが、沖永良部発15：55に行われ就航以来無事故での運航完了となった。なお、9月30日の引退の時まで運航していたのは、日本エアコミューターの福岡 - 松山、高知、徳島、鹿児島の4路線であり、松山、高知の2路線は9月29日の福岡行きが最終運航となった。徳島、鹿児島線は30日が最終運航で、徳島 - 福岡便は10:00徳島発、鹿児島線は同日12：10福岡発の便であった。なお、YS-11の初運行から最終運航まで一度も運行から離脱しなかったのは全国で徳島空港だけである。沖永良部空港では地元の踊り子によるエイサーで最終便を送り出し、鹿児島空港到着時には空港消防隊によるウォーターアーチと、ファイナルフライトの到着後に引退記念セレモニーが行われ、多くのパイロット、整備士、客室乗務員をはじめとする日本エアコミューターの社員、元日航製の社員などが多数出席し引退を惜しんだ。セレモニーには日本中のテレビや新聞、雑誌の取材が殺到し、ファイナルフライトと引退セレモニーの記事が多くの新聞の一面を飾った。これらの9月30日のファイナルフライトに使用された機体はJA8766とJA8768で、JA8768は徳島から福岡への飛行後に鹿児島へ、JA8766が沖永良部への最終フライトを行った（ちなみにこの機体は「レッド&グリーン塗装時代」には「とくのしま」、つまり隣の島の愛称がついていた）また、この機体の操縦桿を握ったのは航空雑誌や日本エアコミューターからも「ミスターYS」の愛称で親しまれていた本村栄一で、総飛行時間2万時間以上のうち、23年間をYSに捧げた人物であり、彼もこのフライトを最後に引退した。奇しくもYSの座席数と同じ64歳での出来事であった。運航終了後のYSについて保存の声も根強かったものの、機体性能には問題なく、十分に現役で飛べるため、2機ともフィリピンへ売却された。民間定期路線のYS-11最終便となった、日本エアコミューターの沖永良部空港発鹿児島空港行は2006年（平成18年）7月30日の発売開始から3分で完売した、しかしその後インターネットオークションに『2006年（平成18年）9月30日・日本エアコミューター・沖永良部発鹿児島行YS-11最終便搭乗券』1枚が出品されるという出来事があった。インターネットオークション運営会社と航空会社側が協力してインターネットオークションから「強制削除」され、出品された搭乗券は「無効扱い」とされた。なお、出品時の価格は「10万円」だったと言われている。2007年（平成19年）8月には新幹線0系電車などと共に機械遺産（13番）に認定された。国土交通省航空局が所有していたJA8709（製造番号2084。中古機を航空局が取得し1985年に登録）は2007年4月に用途廃止され、長らく東京国際空港（羽田空港）にて保管されていたが、2014年12月に一般競争入札にかけられ、大阪府八尾市の航空機部品販売ならび整備会社エアロラボインターナショナルが落札した。日本では航空法などの規制に適合しないおそれがあるため機体記号をアメリカ籍のN462ALへ変更する形で登録を行い、2015年3月にはエンジンの始動に成功。同年5月24日に連邦航空局（FAA）から飛行を許可されたと発表。羽田へこれ以上駐機できなくなったことで、同月27日に羽田空港から高松空港の飛行を実施した。その時点では本機は未だ完全な修復には至っておらず、エアロラボインターナショナルは引き続き整備を継続すると共に再飛行と本格的な動態保存に向けた寄金を募っていた。その後は同社が時折、エンジンを動かすなどして整備していたが高松空港が4月に民営化し、民営化に伴って定められた空港の供用規定で、機体を駐機できる期間を上限10日間とする項目が新設されたため、4月中旬からは違反状態になったことで運営会社が離陸を求めたことから高松空港での保管が難しくなった。そのため、能登空港に隣接する日本航空学園の敷地内に移して保管されることになった。なお、同学園は保管場所の無償提供を申し出ている。2018年5月11日午前11時に離陸して付近を約30分間試験飛行した後、能登空港へ向けて再び飛行し同日に着陸した。