このゲームでは禁止エリアが設定されている。このエリアに入ると、首輪が爆発する仕組みになっている。始めに、睡眠ガスで眠らせるなどして強制的に会場まで連れて来られた対象クラスの生徒全員を1箇所に集めて、プログラムの開会式とルール説明が行われる。試合が開始された後、予めくじで決定された生徒（基本的に最初に出発した生徒の方が有利になるので、公平性を保つための措置。作中行われたプログラムでは偶然男子1番から出発となった）から順に、政府の兵士達がいるスタート地点から2分おきに1人1人を出発させる。全員出発した20分後を以て、そのスタート地点から半径200mが禁止エリアとなり、その後は最初の定時放送の1時間後から2時間毎にエリアが3つずつ増えて行く。禁止エリアの座標はコンピューターによって不規則に決められるので、どこが禁止エリアになるのかは放送を聞くまで分からない。なお、出発する時間になってもスタート地点を離れない生徒は殺害対象となる。スタート地点に大人数の兵士が武装して警備しており、スタート地点が禁止エリアになる前に武器を持った生徒から襲撃される事態に対処している。禁止エリアの範囲は政府から支給された地図に記されているが、地面に目に見える線やロープが存在する訳ではない。基本的にこのゲームは1箇所に留まって動かないことが得策なので、それを防いで強制的に生徒達を移動させ、他の生徒達と遭遇する様に仕向けるためのシステムである。1度禁止エリアに設定されたエリアはゲーム終了まで解除されることがないので、時間が経過するに連れて自然と行動範囲が狭められ、遭遇率が高くなるのである。プログラムの舞台が離島の場合、海に逃亡しようとする者を射殺する船が東西南北に1隻ずつ配置されている。
このゲームを成立させる上で、最も重要なアイテムが首輪（正式名称：ガダルカナル22号）である。生徒達には必ずこれが装着させられている。それぞれの首輪には発信機が付いており、生徒の現在位置と生体反応を常に送信し続けている。この首輪によって、政府が生き残っている生徒の数とその現在地を把握している。建物や掘った穴に隠れても首輪に電波は届き、防水措置もされている。また爆弾も取り付けられていて、首輪を無理に外そうとしたり、禁止エリアに侵入したりした時などに爆発するようになっている。さらに、生徒達には知らされていないが、この首輪には盗聴器も内蔵されており、脱出しようとしたり政府に反抗しようとしたりするなどプログラムの根幹を崩そうとする者に先手を打ったり、最悪の場合は政府が即座に遠隔操作でその生徒の首輪を爆破することもできる。電気回路をいじることができ、内部構造を知っている者であれば、ラジオなどに入っている部品を使って簡単に外すことが可能である。ただし内部構造は国家機密。
スタート地点を出た段階から殺し合いがスタートすることになる（原作ではスタート地点の分校の出口のドアが観音開きになっている）。エリア内の施設は電話、電気、水道が止まっており、携帯電話も中継局が押さえられているため外部と通じない。基本的に反則は無いが、2人以上の生存を目的にプログラムを実施するためのシステムを無効にすることや、プログラムを実施する政府を攻撃することなどの反政府活動は禁止されている。プログラム終了になっても最後の一人が決まらない場合は生存者全員の首輪が爆発し、生存者を一斉に殺害する。そのため、優勝者は誰一人いなくなる。
1998年（平成10年）には柿久が自費で本渡第一映劇を改装し、常設館として再開館させた。1999年10月には第1回天草映画祭を開催。「日本映画再発見」をテーマに、1970年代・1980年代を中心に9作品を上映した。1999年（平成11年）には邦画旧作の特集上映企画「天草映画祭」（現在の天草名画座番外地）を開始し、2008年（平成20年）まで続く恒例企画となった。2003年6月には全世界同時公開を謳い文句にする『マトリックス リローデッド』（ウォシャウスキー姉妹監督）を、同年11月には同じく『マトリックス レボリューションズ』（ウォシャウスキー姉妹監督）を上映したが、経営的には大赤字となった。2011年（平成23年）7月15日には『ハリー・ポッターと死の秘宝 PART2』（デヴィッド・イェーツ監督）を全国公開と同時に上映し、10週間で計1,000人の観客を集めた。2011年以後にはデジタル化の危機に直面している。2013年（平成25年）の『女たちの都〜ワッゲンオッゲン〜』（祷映監督）は天草諸島でロケが行われた。この作品の公開時には、遠く離れた埼玉県の川越スカラ座と遠距離タイアップ割引を行った。片方の半券をもう片方の映画館で提示すると料金が1,000円となる。2013年6月に『飢餓海峡』（1965年、内田吐夢監督）や『山椒大夫』（1954年、溝口健二監督）などの名作をフィルム上映した際には、熊本県外からも映画ファンが訪れた。同年11月から12月にも同様の特集上映を行い、特撮作品『大魔神』（安田公義監督）、藤純子のデビュー作『八州遊侠伝 男の盃』（マキノ雅弘監督）、『黒い十人の女』（市川崑監督）などを上映した。同年10月11日には世界約30か国のテレビコマーシャル約200本を集めた「世界のCMフェスティバル」を開催し、フランス出身の教員・翻訳家のジャンクリスチャン・ブーヴィエが日本語で解説を行った。同年12月28日にはBSフジの「倉本聰、小山薫堂　ふたり。」が放送され、放送作家の小山薫堂が脚本家の倉本聰と一緒に本渡第一映劇を訪れた。ちょうど館内では倉本が脚本を書いた『駅 STATION』（降旗康男監督）が上映されているというサプライズを行い、倉本は感極まって涙ぐんだ。2015年2月には小山薫堂が企画した短編映画『ふるさとで、ずっと。』の未完成版試写会が行われ、熊のくまモンや市民120人が来館して大入り満員となった。同年2月と4月には健さん追悼記念特集を行い、高倉健出演205作品の中からえりすぐりの10作品を上映した。