社家の最も重要な社会的機能である祈祷においても、本願は深く関与していた。新宮庵主の屋敷に設けられた護摩堂では庵主独自の祈祷活動が行われており、しかもその祈祷の力は個別の檀那の息災を越えて、「天下安全之御祈祷」をするべき公的な性格を負ったものと認識されていた。また、牛玉宝印の頒布について、新宮・那智の本願は強い権限を有していた。牛玉宝印の伝来例としては那智のものが最も多いが、新宮庵主も独自に牛玉宝印を各地の貴紳に送っただけでなく、配下の熊野願職にも牛玉宝印を頒布する権利が委ねられていた。同様に、那智においても本願が頒布の権利を独占していた。それだけでなく、新宮庵主は、牛玉宝印加持、すなわち牛玉宝印の調製をも担っていた。牛玉宝印加持とは、牛玉宝印の版木を刷ることと牛玉宝印の「実体」である朱印を押すことを指しており、これを行い得たのであれば、調製から頒布までを一貫して本願が行い得たことを示していると言えよう。これらの他の祈祷について、社家側の史料と本願側の史料を照合してみると、本願は社家の祈祷のうち、年中に行われる代表的なもののほとんどの部分に関わろうとしていたことが分かっている。その具体的な関わり方はさまざまで、社家の祈祷に参加したり、社家と同内容の祈祷を独自に行ったりと一様でないが、社内における宗教的な役割を積極的に担おうとしていた。
15世紀後半以降に成立した後の熊野三山本願所は、回国遊行して各地で勧進奉加を募り、願物を熊野へ送り届ける一部の熊野山伏・熊野比丘尼を統率して造営・修造のための財源を確保するだけでなく、寺社の建立・再興・修復から、燈明・供花といった寺社の年中行事への関与（後述）など、三山の運営にそれぞれに深く関与した。勧進活動の範囲は、関東・東海・中国・九州と全国的な広がりを持ち、その対象も庶民に「一紙半銭」を求めるようなものから、戦国大名や朝廷を対象としたものまで、貴庶の幅広い層にわたるものだった。
熊野本宮は熊野川の氾濫による水害に繰り返し見舞われたために古文書・古記録の類が損なわれ、研究対象として中心になるのは新宮と那智である。また、熊野本宮の本願所は17世紀の史料によれば既に廃絶して久しいとあり、その実態はほとんど不明である。わずかな史料から知れるところによれば、14世紀中ごろの本宮では、勧進尼阿宗や千貫比丘尼といった比丘尼をはじめとする勧進聖が湯峯東光寺を拠点として活動していたと見られるが、それ以降継続されなかったと見られる。この他、年代は定かではないが、少なくとも16世紀までには本宮庵主が社人とともに古い由緒をもつものとして、衆徒の組織の中に位置づけられていたと考えられている。
大禅院は17世紀半ばに春禅（善）坊と称していたものが改称したものと云われ（『熊野年代記』）、その後、16世紀末から17世紀前半にかけての史料にその名が見えるが、それらの史料からは瀧庵主に属したとも那智阿弥に属したとも解釈でき、来歴は定かではない。いずれにせよ、瀧庵主、那智阿弥および御前庵主より遅れて成立したと見られる。
那智山奥之院とも称される妙法山阿弥陀寺は本願として名を挙げられるものの、その経緯は不詳である。五来重・豊島修といった民俗学者により、法燈国師覚心の再興により浄土信仰の寺として再興された際、勧進聖を束ねる本願寺院として組織されたとする説もあるが、史料的裏付けを欠いており確実ではない。
補陀洛寺は浜宮王子の神宮寺であるが、本願所となった経緯や時期は明らかではなく、補陀洛寺蔵の工芸品や仏像の銘から16世紀初頭から半ばにかけて、本願をつとめた聖の名が確認されるにとどまっている。
一条家5代当主・一条経通は正平20年/貞治4年（1365年）に病死、後を継いだ房経も翌年に急逝したために一条家は断絶してしまった。ところが正平22年/貞治6年（1367年）になって、二条家の家司で一条家にも兼参していた吉田兼煕が田舎に亡くなった経通の子が暮らしているという噂を聞きつけ、良基の勧めもあり後光厳天皇の勅許と2代将軍・足利義詮の了解を得た。ところが、実際に都に迎えたところそれは良基の三男であり、兼熈は騙されたことを知ったという（『吉田家日次記』）。この出来事については、近衛道嗣の日記『後深心院関白記』貞治6年4月4日条において、前関白九条経教が兼熈と同様に騙されて良基に抗議したことが記されている。かくして正平22年/貞治6年に元服して正五位下に叙され、翌正平23年/応安元年（1368年）従三位となる。元中5年/嘉慶2年（1388年）内大臣、元中8年/明徳2年（1391年）従一位となり、応永元年（1394年）に関白・左大臣に任じられた。応永5年（1398年）関白の職を辞したが、同6年（1399年）と17年（1410年）に関白に任じられ、関白職のまま准三宮の宣下を受けた。令を中原章忠に、日本書紀を吉田兼煕に学んでいる。足利義満と同年でその信任を受けた。成恩寺殿と号す。明徳5年（1398年）の改元に際しては、足利義満が推した「洪徳」という元号に経嗣が強く反対したために「応永」が採用され、以後35年にわたって用いられたとされている。日記『荒暦』がある。また『相国寺塔供養記』『北山院御入内記』『北山殿行幸記』『応永大嘗会記』などの仮名日記がある。