1995年11月、ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争が公式に終わってから、イゼトベゴヴィッチは大統領評議会の議長に就任した。民主行動党の影響力は、国際社会によって設置されたボスニア・ヘルツェゴビナ上級代表によって低下させられた。上級代表はボスニア・ヘルツェゴビナを監視し、大統領評議会や議会、クロアチア人とボシュニャク人主体のボスニア・ヘルツェゴビナ連邦、セルビア人主体のスルプスカ共和国よりも上位の権限を持っていた。イゼトベゴヴィッチは2000年10月に74歳で、健康上の理由のために大統領評議会を退いた。しかし、イゼトベゴヴィッチはその後もボシュニャク人の間で高い人気を維持し、デド（Dedo）の愛称で親しまれた。この愛称は、トルコ語で「祖父」を意味する「dede」に由来している。イゼトベゴヴィッチの支援によって民主行動党は2002年の選挙で政権に返り咲いた。セルビア人民族主義者や組織は2度にわたって旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷に対してイゼトベゴヴィッチを戦争犯罪やその他の容疑で訴追するように求めた。 旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷によるイゼトベゴヴィッチに対する調査は一度は始められたものの、彼の死によって中止された。 自伝『逃れられない疑問』（Inescapable Questions）の中で、イゼトベゴヴィッチは、ある場面で少数のボシュニャク人兵士が故意に市民を殺害したことを認め、これに関して、彼の政府による急ごしらえの軍の統率を保つことの困難さについて詳述した。イゼトベゴヴィッチは2003年10月、自宅で転倒しケガを負ったことで心臓病が悪化したため、サラエヴォにて死去した。死後、サラエヴォの大通り「Ulica Maršala Tita」（チトー元帥通り）および「サラエヴォ国際空港」に彼の栄誉を称えての改称が提案されたが、これはスルプスカ共和国の政治家からの反対を招き、ボスニア・ヘルツェゴビナ上級代表のパディ・アッシュダウン（Paddy Ashdown）によって改称は阻止された。イゼトベゴヴィッチの墓はサラエヴォのコヴァチ（Kovači）墓地にあり、2006年8月11日に何者かによって爆破された。
1995年8月、スレブレニツァの虐殺に続いて、NATOは2週間にわたる集中的な空爆作戦を展開し、ボスニアのセルビア人勢力の命令・指揮系統を破壊した。これによってクロアチア人とボシュニャク人の軍は、それまでセルビア人が支配していた地域への攻勢が実現し、ボスニア・ヘルツェゴビナの国土をボシュニャク人・クロアチア人とセルビア人でほぼ半分に分ける状態に至った。攻勢はセルビア人勢力の事実上の首都であったバニャ・ルカの直前で停止した。ボシュニャク人が進軍を停止したとき、彼らはバニャ・ルカに電力を供給している発電所を制圧し、セルビア人勢力に対して停戦合意への圧力をかけた。各方面はデイトンにてアメリカ合衆国の監督の下で和平交渉を進めた。クロアチア人とセルビア人の利益はそれぞれクロアチアとセルビアの大統領であるトゥジマンとミロシェヴィッチが代表していた。イゼトベゴヴィッチは、国際的に承認されたボスニア政府を代表していた。
1993年9月、ボシュニャク人知識人会議（Drugi bošnjački sabor）は、歴史的な民族呼称である「ボシュニャク人」を、それまでの呼称であった「ムスリム人」に代わって再導入した
ユーゴスラビア時代、「ボシュニャク人」の呼称は、ボスニアにおける支配力が失われることを恐れたセルビア人によって反対され、その代わりに「ムスリム人」の呼称が導入されていた
ユーゴスラビアによる「ムスリム人」政策は、ボシュニャク人の間では民族性の無視と、ボスニアという地域性の否定であり、彼らを民族性ではなく宗教によって区分するものであったと見なされた
 ボスニアの政治家のハムディヤ・ポズデラツ（Hamdija Pozderac）は、1971年のヨシップ・ブロズ・チトーとの会談の中で、「彼らは、ボスニア性を認めず、代わりにムスリム性を提案してきた
この呼称は誤りであるものの、我々はこれを受け入れ、これを進展の第一歩としよう」としている

西ローマ帝国の皇帝マヨリアヌス（在位: 457年 - 461年）は、ガリア地方の軍司令官（マギステル・ミリトゥム）としてアエギディウスを任命した。ガリア北部に残された西ローマ帝国の領域は、ラングドック・オーヴェルニュを含む細い支配領域によって辛うじてイタリア本土と結ばれていたが、マヨリアヌスの治世にこの回廊地帯はゲルマン人によって占拠され、ガリア北部は本国と切断された飛び地となった。アエギディウスはスエッシオ（ソワソン）に拠点を置き、帝国が混乱し蛮族に領土を奪われていく中で、ガリアにおけるローマ人の支配を維持した。461年、マヨリアヌスが兵士の反乱に遭って殺害され、セウェルス3世がローマ皇帝として推戴された。アエギディウスはセウェルス3世に従うことを不服とし、帝国の代官を追放してて西ローマ帝国から独立した。このガリアにおける西ローマ帝国から独立したローマ人の支配地域は、ソワソン管区またはソワソン王国と呼ばれるようになった。アエギディウスはイタリアの帝国政府と戦う一方、ブルトン人やフランク人とはおおむね良好な関係を築いていたようで、フランク人からはフランクの副王として厚遇されている。アエギディウスは465年または464年の末頃にロワールで突然死した。一説には毒殺もしくは殺害であったともされるが、死因は不明である。息子のシアグリウスが後を継ぎ、ドゥクスの称号を称したが、周辺のゲルマン人は「ローマ人の王」とみなした。彼に対する記述からは、彼がローマ的というよりはゲルマン人と同じような形でソワソン管区を支配していたであろうと推測されている。474年、ユリウス・ネポスが西ローマ皇帝として即位を宣言すると、シアグリウスは、これを正当なる西帝として認知した。475年にネポス帝はフラウィウス・オレステスの反乱によってダルマチアへの亡命を余儀なくされ、フラウィウス・オレステスが息子のロムルス・アウグストゥルスを西ローマ皇帝に擁立するが、アウグストゥルスは476年にオドアケルによって廃される。亡命後もネポスはダルマチアで依然として西ローマ皇帝を称し、480年に暗殺されるのだが、シアグリウスは一貫してネポスを支持の立場を変えなかった。シアグリウスは初めフランク王キルデリク1世の庇護を得てイタリアの帝国政府と争っていたが、キルデリク1世がローマ帝国のイタリア領主オドアケルと講和した後は、西ゴート族の王エウリックを頼るようになった。486年、フランク王クローヴィスが、場所と時を告げてシアグリウスに挑戦してきた（ソワソンの戦い）。ソワソンは陥落し、ここにソワソン管区は滅びた。シアグリウスは、トゥールーズにあった西ゴート王アラリック2世の宮廷に逃れて庇護を求めたが、捕らえられてクローヴィスのもとへ引き渡された。そして487年に密かに刺殺された。