大船収容所は、1942年5月初旬から捕虜を収容し始めた。捕虜の尋問は、東京の海軍軍令部第3部第5課(アメリカ情報部)の情報部員が行った。主力は主任尋問官の実松譲大佐や、與倉三四三中佐らで、尋問官には通訳が同行した。GHQの調査報告書によると、実松大佐や與倉中佐らは、捕虜を長期間独房に入れさせ、捕虜たちが尋問で黙秘したり嘘を付いたとき、収容所の警備兵に、捕虜を殴打し、食事を抜くなどの制裁を行うよう命じていた。複数の捕虜が尋問の直後に過酷な懲罰を頻繁に受けたと証言し、収容所のＩ所長も実松大佐、與倉中佐から「黙秘する捕虜は殴打せよ」「食事を抜け」と命令されたことを証言した。また尋問を拒否したときだけでなく、ささいな規則違反により平手打ち、鉄拳制裁、鞭打ちなどの暴力が日常的に加えられていた。大船はあくまで尋問所であったので、一般の収容所のように捕虜たちが労働に出されることはなかった。大船収容所のＩ所長の証言によれば、捕虜たちの大船での滞在期間は平均２ヶ月程度で、尋問が完了しても大船にとどめられ、1-2年拘束されていた者も多かった。その間捕虜は「特殊捕虜 Special Captive」として国際赤十字に届けられず、捕虜の人道的取扱いを定めた国際法の保護を受けることもなかった。大船収容所には専任の医師が居らず、横須賀警備隊から軍医が派遣されることもほとんどなかった。捕虜の傷病は薬剤師見習いの衛生兵が簡単な治療を施す程度で、医薬品も不足していた。戦争末期には本土周辺で撃墜されたB29の搭乗員などが収容されるようになり、重傷者も多かったが、専門医の治療を受けたり入院したりすることはなく、ほとんど放置されていた。この結果6人の捕虜が死亡した。医師の派遣に関しては、大船収容所のＩ所長は、警備隊に何度も医師の派遣を要請したがほとんど拒否された、と主張した。横須賀警備隊医務部のＡ軍医大佐は、要請はほとんどなく、自分が呼ばれたのはたいてい捕虜が死亡した後だった、と主張した。警備隊医務部のスタッフは、大船から要請書類が来たときはＡ軍医大佐に届けたが、Ａ軍医大佐は書類を見なかったり、医師を派遣する必要はないと言ったりした、と証言した。Ａ軍医大佐は、横須賀地域には3,4万人あたり15人の医師しかおらず、恒常的に医師が不足していて派遣するゆとりはなかったと供述した。
太平洋戦争の開戦直後、海軍は、グアム島やウェーキ島などで多数の米軍捕虜を捕えた。日本に送られた捕虜は、原則として陸軍が管理する捕虜収容所に収容されることとなっていたが、海軍は、捕虜を陸軍に引き渡す前に、捕虜から兵器や作戦に関する情報を得ようと考えた。当初は横浜の民間会社などの倉庫に捕虜を仮収容し、民間会社の社宅を尋問所として捕虜を尋問していたが、海軍大臣嶋田繁太郎により、1942年4月6日に本格的な尋問所として大船収容所が開設された。大船収容所は、捕虜の収容所であることを伏せ、横須賀鎮守府の横須賀海軍警備隊に属し、大船町植木129番地、陽谷山竜宝寺の境内にあったため「植木分遣隊」と称した。
もともとは北条経時の時代の事として『吾妻鏡』に初出した北条氏得宗の私的な会議「深秘御沙汰」である。宮騒動以後、宝治合戦、元寇にかけて続いた政治的緊張の中で確立された得宗専制体制の下で、少数の幕府重臣によって行われた寄合が持つ政治的な意味が重くなっていった。寛元年間には北条時頼のもとに北条政村・金沢実時・安達義景・三浦泰村らが寄合を構成していたが、宝治合戦後には北条政村・金沢実時・安達泰盛・諏訪盛重（御内人）らが構成するようになった。元寇期には北条時宗の元に安達泰盛・太田康有ら御家人のみならず、佐藤業連・諏訪盛経・平頼綱などの御内人層も多数、寄合を構成するようになった。弘安7年（1284年）に北条貞時が14歳で得宗家の家督を継ぐと、若い貞時に代わって、連署の普恩寺業時、得宗外戚の安達泰盛、内管領の平頼綱らによる寄合衆によって政治が進められる。「寄合衆」という名称が初めて登場するのは、弘安8年に安達義盛が霜月騒動で討たれ、平頼綱が権勢を振るう様になった正応2年（1289年）に北条時村が寄合衆に「補任」されたとする記事（『鎌倉年代記』正安3年（1301年）条）である。寄合は幕府の公的機関となり、それまで公式な最高決定機関とされた評定衆よりも権威を持つようになり、幕府内の最高の顕官の1つと考えられるようになった。延慶2年（1309年）に評定衆から寄合衆に転じた金沢貞顕は「面目の至り、申す計りなく候」という書状を記している（『金沢文庫文書』所収、原文漢文体）。一方で、初代政所別当・大江広元を祖とする長井氏（大江氏）、幕府政所・問注所の世襲高級官僚・法曹である二階堂氏（政所執事を世襲）、太田氏（三善氏、問注所執事を世襲）らも寄合衆を構成しており、彼らも鎌倉幕府の滅亡まで幕政に一定の影響力を持ち続けた。嘉元2年（1304年）の嘉元の乱以後貞時が政務を放棄すると、幕府は寄合衆の合議制で運営されて得宗の地位も形式的なものとなっていき、貞時の息子北条高時が得宗となった頃には幕府は寄合衆の長崎円喜・安達時顕らによって運営されるようになり、高時は装飾的存在となっていた。こうして、末期の鎌倉幕府では得宗家の当主すら形骸化し、元弘の乱で滅びるまで特権的支配層である寄合衆によって運営されていた。鎌倉幕府滅亡後も、武家の当主を中心とした寄合の構成員を「寄合衆」と呼ばれる例があり、南北朝時代に菊地武重が記した「寄合衆内談の事」と呼ばれる起請文が存在する。なお、江戸幕府にも「寄合衆」は存在するが、3000石以上の旗本のうち無役の者を「寄合席」と呼称し、その集団を指したもので合議体の構成などの職掌を有したものではない。