パーシー・ジャクソンは、アナベスという名前以外すべての記憶を失った状態で目覚める。その後すぐに狼神ルパによる訓練を受けた後、パーシーはユピテル訓練所を目指し途中怪物に追われるも、無事に訓練所に辿り着く。訓練所でパーシーはどの神の息子か分からないフランク、プルトの娘ヘイゼルの二人と交友を深める。また、パーシーはニコ・ディ・アンジェロと名乗る少年に出会い、彼を知っている気がしてそのことについて尋ねるが、ニコはそれを否定する。その夜、訓練の一環である戦争ゲームの終了直後、軍人マルスが訓練生の前に姿を現す。そこでマルスは、死神タナトスが巨人に囚われているせいで、怪物が死なずに再生し続けていることを知らせる。またフランクを自分の息子だと認め、タナトスを解放する冒険の旅のリーダーに任命する。フランクは旅の仲間としてヘイゼル、パーシーを選び、3人は船に乗りマルスに言われ通りアラスカに向かう。途中、3人はエラというハルピュイアや神馬アリオン、女戦士アマゾン族らと出会い、その協力を得ながら先へ進んでいく。また、ニコがガイアの軍勢に囚われていることを知る。アラスカで3人は巨人を倒し、死神タナトスの解放に成功する。しかし、死神タナトスはこれで怪物の再生を完全に阻止できるわけではないと警告する。完全に阻止するには、囚われたニコがその在り処を知っているであろう『死の扉』を封印しなければならないと言うのだ。その手がかりとして、死神タナトスはローマへ行くよう指示を残す。その後、パーシーたちは途中でタイソン、ミセス・オリアリと合流し、怪物の攻撃下にあるユピテル訓練所の救援に駆けつける。戦闘の最中、アマゾン族も援軍に駆けつけ、訓練所は勝利を収める。パーシーはその功績を称えられ、訓練所のプラエトルに就任する。パーシーは、議会で自分がギリシャ神とのハーフであることを告げ、ローマの訓練生たちに、ガイアの復活を阻止するため、ギリシャを信頼し協力するように求める。そんな中、ユピテル訓練所の上空にジェイソン、パイパー、リオ、そしてアナベスを乗せたアルゴⅡ号が姿を現すのだった。 語り手は、パーシー、フランク、ヘイゼルの3人である。
記憶喪失の状態で目を覚ましたジェイソンは、親友だと名乗るリオと、恋人だと言うパイパーと共にハーフ訓練所に向かう。ハーフ訓練所では、パーシー・ジャクソン（シーズン1の主人公）という少年が行方不明になっており、ガールフレンドのアナベス・チェイスが必死に探していた。訓練所で、ヘラが巨人の一人に幽閉されていることが判明、そして神託レイチェル・エリザベス・デアは大予言が始まり、ガイアとその子供の巨人ギガンテスたちが目覚めつつあることを訓練生たちに告げる。そんな中、ジェイソン、パイパー、リオの3人は、ヘラを救うための冒険の旅に出る。旅の途中、雪の女神キオネや、キュクロプス、狼人間のリュカオンといった怪物たちに行く手を阻まれるが、3人はヘラを救出することに成功する。また、ジェイソンは姉のタレイアと再会する。ハーフ訓練所に帰還してから、ジェイソンは自分がローマ側のハーフであることを告白し、行方知れずのパーシー・ジャクソンはローマ側の訓練所にいるだろうと推測する。そして、ジェイソン、パイパー、リオ、アナベスの4人は自分たちが大予言の7人の英雄であると悟り、リオが巨大なギリシャ戦艦アルゴⅡ号を完成させたら、ローマ側の訓練所に行き、残る3人を集めることを決心する。 語り手は、ジェイソン、パイパー、リオの3人である。
シーズン1の『最後の神』で、新たな神託となったレイチェル・エリザベス・デアは次の大予言を予知した。ユピテル訓練所では『七名の英雄の予言』と呼ばれている。 以下のがその大予言であり、今シーズンの物語の展開の重要な鍵を握っている。七名のハーフが呼びかけにこたえる。 世界は嵐もしくは炎によって滅びる。 誓いは最後まで守られる。 敵は武器を手に死の扉を襲う。Seven half bloods shall answer the call. To storm or fire the world must fall. An oath to keep with his final breath. And foes bear arms to the Doors of Death
9月15日、ホーは6回目の哨戒でカブリラ (USS Cabrilla, SS-288)、アスプロ (USS Aspro, SS-309) とウルフパックを構成しルソン島方面に向かった。10月7日未明、ホーは北緯17度30分 東経119度52分のルソン島ビガン西北西55キロ地点でタマ28船団を発見。魚雷を4本発射し、うち2本が船団先頭の輸送船に命中してすさまじい爆発を起こした。ホーはさらに魚雷を3本発射し、1本を中型輸送船に命中させて撃沈した。この攻撃で陸軍輸送船マカッサ丸（南洋海運、4,026トン）を撃沈したとされた。翌10月8日未明には北緯17度42分 東経117度55分の地点で別の輸送船団を発見し、船団後方の2隻の輸送船に対して魚雷を6本発射、1本が命中したと判断された。同じ日の夜には北緯18度30分 東経116度15分の地点でマタ28船団を発見し、船団先頭の2隻の輸送船に対して魚雷を6本、約40分後の23時25分に別の大型輸送船と護衛艦に対して魚雷を5本それぞれ発射。魚雷は23時25分の攻撃による4本のうちの1本が陸軍輸送船湖北丸（大阪商船、2,578トン）に命中して撃沈した。10月22日、ホーは37日間の行動を終えてフリーマントルに帰投。艦長がマイルズ・P・レィフォ3世少佐（アナポリス1938年組）に代わった。11月23日、ホーは7回目の哨戒でフラッシャー (USS Flasher, SS-249)、ベクーナ (USS Becuna, SS-319) とウルフパックを構成し南シナ海に向かった。12月2日未明、ホーはレーダーにより目標を探知するが、その方角を観測すると、その目標は「セントエルモの火を発していた」1,500トン級タンカーであった。明け方近くに南緯06度32分 東経111度49分の地点で魚雷を4本発射し、うち2本が命中したと判断された。30分後にもう3本発射したが命中しなかった。12月22日には、北緯11度01分 東経109度30分の地点で大型タンカーに対して魚雷を3本発射したものの、命中することはなかった。1945年1月1日朝、ホーは北緯10度25分 東経114度20分にある南鑰島に対して3インチ砲と40ミリ機関砲による艦砲射撃を実施した。1月13日、ホーは50日間の行動を終えてフリーマントルに帰投した。