2002年7月5日から7月7日までの全米週末興行成績が1300万ドルを記録して初登場3なる位となる（1位は「メン・イン・ブラック2」）。IMDbで4.8/10のランクを格付けされている。
ドルフィンズに入団した彼はデビッド・ウッドリーの控えQBとなり2試合にリリーフで出場した後、第6週のバッファロー・ビルズ戦で初先発した。この試合はオーバータイムの末、35-38で敗れた。ルーキーシーズンに彼はQBレイティング96.0の新記録を作った。この記録は2004年にベン・ロスリスバーガーの98.1に更新されるまでNFL記録として残った。彼はプロボウルに選出されると共にプロボウル出場初の先発QBに選ばれた 。彼のルーキーシーズンは雨の中のプレーオフでシアトル・シーホークスに番狂わせで敗れて終わった。この3試合前にヒューストン・オイラーズとの試合で負傷した彼は続く2試合を欠場していた。これ以降1993年にアキレス腱を負傷して欠場するまで145試合連続出場を果たしている。2年目の1984年に彼はシーズンTD数48、シーズンパス獲得5084ヤードなど、NFLのパス記録を6つ更新した。14勝2敗で終えたドルフィンズはホームフィールドアドバンテージを獲得しシアトル・シーホークスを31-10、ピッツバーグ・スティーラーズを45-28で破りAFCを制し第19回スーパーボウルに出場した。スーパーボウルではペンシルベニア州西部出身の2人のQB（マリーノとジョー・モンタナ）に注目が集まった。プレーオフ2試合で74回選択されたランプレイはわずか8回にとどまり、マリーノのパスは50回中29回成功、1TDパス、2インターセプトに終わり試合は16-38で敗れた。1985年12月2日のシカゴ・ベアーズとのマンデーナイトフットボールではパス27回中14回成功、270ヤード、3TDパスを投げる活躍を見せて、それまで12連勝していたベアーズに土をつけた。チームは2年連続AFCチャンピオンシップゲームに進出したがニューイングランド・ペイトリオッツのディフェンスがインターセプト2回、ファンブルリカバー4回をあげる活躍を見せて14-31でドルフィンズは敗れた。マイアミ・オレンジボウルでドルフィンズがペイトリオッツに敗れたのは1966年から初のことであった。1988年10月23日にはパス521ヤードを獲得、3TDをあげた。マリーノは現役17年間のうち10回プレーオフに出場を果たしたがAFCチャンピオンシップゲームに出場したのは1992年終了後のプレーオフが最後となった。1990年から1995年の間にバッファロー・ビルズとジム・ケリーは3度マリーノのスーパーボウル出場の夢を砕いた。1993年10月のクリーブランド・ブラウンズ戦で、右アキレス腱を痛めて負傷退場、控えQBのスコット・ミッチェルが代役を務めた。ドルフィンズはシーズンの最後の5試合に連敗しプレーオフをチームは逃した。シーズンオフにミッチェルはデトロイト・ライオンズに移籍、ドルフィンズはクリーブランド・ブラウンズのバーニー・コーザーを控えQBとして獲得した。1994年の開幕戦はニューイングランド・ペイトリオッツのドリュー・ブレッドソーとのパスの投げ合いになった。デーゲームでフロリダ・マーリンズの試合に使われたフィールドはぬかるんでいたがマリーノはパス42回中23回成功で473ヤードを獲得、一方ブレッドソーはパス51回中32回成功で421ヤードを獲得、2人のQBは合計で894ヤード、9TDをあげて試合は39-35でドルフィンズが勝利した。またアウェイのニューヨーク・ジェッツ戦ではスパイク（ボールを地面にたたきつけて時間を止めるためのプレイ）のフェイクを行いTDパスを成功させている。10勝6敗でシーズンを終えたチームはプレーオフでモンタナのカンザスシティ・チーフスを破ったもののサンディエゴ・チャージャーズ戦でハーフタイムに21-6とリードしたものの21-22と僅差で敗れた。このシーズン、マリーノは4,435ヤードを投げてカムバック賞に選ばれた。1995年、フラン・ターケントンが持っていたNFL記録、パス試投、パス成功、パス獲得ヤード、TDパス記録を更新した。シーズンが終了するとドン・シュラヘッドコーチが辞任しジミー・ジョンソンが後任のヘッドコーチに就任した。スーパーボウルを連覇していたジョンソンヘッドコーチはボールコントロールオフェンスを攻撃の中心としようと欲したが彼が在籍した4年間優秀なランニングバックは現れず有効なランニングゲームは行われることはなかった。1999年に怪我で1ヶ月ほど欠場した後、先発したダラス・カウボーイズとのサンクスギビングデーに行われた試合で彼は5インターセプトを与えてしまった。残り5試合で4敗して9勝7敗となったもののかろうじてプレーオフに出場を果たしたマリーノはキングドーム最後の試合となったアウェイでのシアトル・シーホークス戦で自身37回目の第4Qにおける逆転勝ちを果たしたが翌週に行われたジャクソンビル・ジャガーズに7-62で敗れ、この試合がマリーノの現役最後の試合となった。シーズン終了後にドルフィンズのヘッドコーチ、ジミー・ジョンソンが退団し、新ヘッドコーチに就任したデーブ・ウォンステッドがジェイ・フィードラーを獲得すると、マリーノはチームの構想外となり、2000年3月13日、現役引退を表明した。NFL歴代3位の147勝をあげると共に、プロボウルに9回選ばれて（うち7回先発出場）、オールプロにも8回、オールAFCにも6回選ばれた。1999年にスポーティング・ニュースが選ぶ偉大な100人のアメリカンフットボール選手の27位に名前を連ねた。2000年9月17日にプロプレーヤー・スタジアムで行われたボルチモア・レイブンズ戦のハーフタイムに彼の背番号13を永久欠番とするセレモニーが行われた。その時点でのドルフィンズの永久欠番はボブ・グリーシーの12番のみであった。（2002年にラリー・ゾンカの39番も永久欠番となった。）2003年にはカレッジフットボール殿堂入りを果たした。2005年8月7日にスティーブ・ヤング、ベニー・フリードマン、フリッツ・ポラードと共にプロフットボール殿堂入りを果たした。殿堂入りの際のスピーチ中に彼は元チームメートでホットラインを築いていたマーク・クレイトンへのパスを投げた。NFLのシーズン中、彼はCBSスポーツのThe NFL Todayのコメンテーターを務めている。また以前はHBOのInside the NFLを担当していた。