本編は第3シーズンで終了したが、ここではムック"The AllSpark Almanac II" で明かされている第4シーズンにも触れる。第4シーズンではセンチネルが正式な総司令官として就任し、新たなトランスフォーマーも登場する予定であった。オプティマス部隊はオールスパークと一体となったプロール、サイバトロン星に残ることとなったサリとアイアンハイドに代わり、ジャズとアーマーハイドが加わり、再び地球に常駐する。一方メガトロン含むサイバトロン星の収監所に捕らえられたディセプティコンはサイバトロン星の収監所ごと脱獄して地球へ逃亡する。オートボットとディセプティコンの善悪が反転したパラレルワールド「シャッタードバース」における悪のオプティマスプライム（コンボイ）、悪のサリ・サムダック、善のメガトロンの登場のエピソード。新たにディセプティコンのスタンティコン部隊が登場する予定であった。また、オプティマスプライム（コンボイ）はパワーマスターオプティマスプライムに、メガトロンはトリプルチェンジャーマローダーメガトロンへと強化される予定であった。シーズンをもって第4シーズンは最終シーズンに当たる。
第3シーズンではサリが人間ではないことが発覚し、サリはトランスフォーマーとしての能力に目覚める。オートボット側ではそれまでスパイとして潜入していたショックウェーブによってウルトラマグナスが襲撃される。その一方で新たに飛行が可能なオートボット・セーフガードが登場し、オプティマスも終盤ではウイングブレードへと強化され飛べるようになる。また、サイバーニンジャにスポットがあたるエピソードがあり、プロールは次第にサイバーニンジャとしての力を覚醒させることになる。メガトロンを失った地球のディセプティコンは次々と捕らえられ、エリートガードによってサイバトロン星へと送られる。宇宙の彼方へと飛ばされたメガトロンは同じく宇宙を漂っていたオメガスプリームを利用してラグナッツスプリームを量産し、オートボットに戦いを挑む。オプティマスプライム（コンボイ）とメガトロンの戦いはオプティマス（コンボイ）の勝利に終わる。そして、オプティマス部隊が捕らえたメガトロン含むディセプティコンを連れてサイバトロン星へと帰還したところで物語は終わる。
第2シーズンではウルトラマグナス率いるエリートガードが登場する。その目的はオールスパークの回収だったため、地球に潜伏するディセプティコンの殲滅などは行わず、オプティマス部隊に欠片の回収を命じてサイバトロン星へと帰還することになる。オールスパークの欠片の力によって新たなトランスフォーマーも誕生する。レックガーは特にどちらの陣営に入るということはないが、コンストラクティコンは騒動を起こした後、ディセプティコンの一員となる。また、オールスパークの欠片は第1シーズンでメガトロンに粛清されたスタースクリームも復活させることになる。スタースクリームは欠片の力を使って自らのクローンで軍隊を作り、再度メガトロンに反旗を翻すことになる。復活したメガトロンはディセプティコンを再集結させ、スペースブリッジを建設してオートボットを内部から潰そうと目論んだが、オートボットとスタースクリームのクローン軍団による邪魔が入り、戦闘になる。その戦いでは前の大戦で活躍したオートボットの最終兵器であるオメガスプリームも参戦し、最終的にはスペースブリッジが暴走し、メガトロンとスタースクリームは宇宙の彼方へと飛ばされる。
墜落時にメガトロンは頭部だけの状態となっており、メガトロンがボディを取り戻す第15話まで主要なディセプティコンは集団での行動を取らない。そのため、北米における第1シーズンでのオプティマス部隊の戦いは悪事を働く人間やメガトロンが差し向けた地球のロボット達との戦闘が中心となる。また、オプティマス部隊と行動を共にする地球の少女としてサリがおり、オプティマス達はサリが用意した自動車工場の廃屋を拠点として活動することになる。第15話でメガトロンは復活し、その後オプティマス部隊とディセプティコンの間で戦闘になるが、その戦闘の際にオールスパークは粉々に砕け散り、方々へ飛び散る。
実戦経験に乏しいオートボットの一部隊であるオプティマス部隊が、オールスパークを発見したことをきっかけに前の大戦の生き残りであるディセプティコンの精鋭達と対峙していくストーリーとなっている。きっかけとなる最初の戦闘の後、ディセプティコンのボスであるメガトロンとオプティマス部隊は見知らぬ惑星（地球）へと墜落し、舞台は宇宙から地球へと移される。物語は連続性を持たせながら小エピソードが続く構成で、それぞれのシーズンの終盤に2つの陣営による総力戦が起こるようになっている。
トランスフォーマーのTVシリーズとしては日米共に『TRANSFORMERS CYBERTRON（ギャラクシーフォース）』の次に放映されたTVアニメシリーズ。企画自体は2005年に立ち上がっており当初の仮題は『TRANSFORMERS HEROES』だったが、その後の実写版映画のヒットを受け今のタイトルになった。製作はアメリカのカートゥーン ネットワーク・スタジオ、アニメーション制作は日本のアニメスタジオが担当しており、その作風は思い切った構図や動きを重視したアメリカのアニメと止め絵や見栄切りといったメリハリを重視する日本のアニメの特徴を織り交ぜたものであるとも評され、アメリカのカートゥーン・アニメーション風のデフォルメを施したキャラクターデザインは、トランスフォーマーシリーズの中では異質なデザインとなっている。放映開始当初は第4シーズンまでの放映が予定されていたが、2009年初頭に第3シーズンでの終了が発表された。
この様な状況を受けて、オルトドクソ党（正統党）から議会選挙に立候補したものの、選挙の無効により失職した弁護士のフィデル・カストロが武装勢力を組織し、1953年7月26日に130名の同志とともにオリエンテ州のモンカダ兵営に対する攻撃を行った。攻撃者の80人以上が死にカストロは逮捕され、カトリック司教の仲裁で死刑は免れたが、懲役15年が宣告され投獄される。その後メキシコに亡命していたカストロは、1956年12月に60フィートのプレジャーヨット、「グランマ号」でメキシコから多くの他の亡命者と共に秘密裏にキューバへ帰国した。それらは「7月26日運動」と呼ばれた。「7月26日運動」の最初の行動は1956年12月2日にオリエンテ州で始まった。その中には革命後に閣僚となるチェ・ゲバラ、ラウル・カストロ、またカミロ・シエンフェゴスが含まれていた。カストロの運動は民衆の支援を獲得し、800人以上の勢力に成長した。