あんかけの時次郎と珍念の二人は、百万石の大藩・加賀美藩へやって来た。だが城下は何故か物価高で、泊まる宿も無い、そこで修念和尚のいる寿命寺という寺に泊まった。その頃加賀美城では大変な事が起こっていた。藩主・加賀美正家が侍医・淳庵にみとられて息を引き取ったのだ。そして正家の遺体は家老・大杉源蔵の令で、寿命寺に埋葬、その夜時次郎と珍念は正家の霊を見て驚き、寺を後にした。その頃加賀美城の大杉家老の元へ、腹心・黒岩兵部がやって来て、「10数年前に城下を出た正家の落し胤・まゆみ姫を探しに、桂木半太夫が城を出た」と忠告、大杉は色をなす。というのも、大杉はまゆみ姫がいないのをいい事に、自分の娘を松平家からの養子と一緒にさせる事で、加賀美藩を手中に納めようと企んでいたからだ。そして正家の死は、その目的のために淳庵に毒薬を与えての毒殺だった。まゆみ姫が来てはまずいと考えた大杉は、追っ手を出す。それを知った腰元・雪枝は城を出る。そして関所の前で鑑札が無くて困っていた雪枝は、時次郎と珍念と出会い、加賀美藩のお家騒動を教える。それを知った二人は雪枝と結託し、関所を出ると、半太夫と出会ったが、半太夫は追っ手に殺される。しかし近藤清之進に出会い、彼らは二手に分かれて姫さがしを始めた。やがて時次郎と珍念は旅芸人と知り合い、一座の看板娘・博多小春の仲良くなる。そんな折、芝居見物に来た三鬼代官の財布を、公儀目付・森山忠之助の令を受けた鼠小僧次郎吉が盗むが、その金は贋金、森山と次郎吉は贋金のルートを追った。一方小春と別れた時次郎と珍念は雪枝・清之進と再開するが、小春がまゆみ姫と知り、一座を追う。だが、一座の男達は皆殺しにされ、小春達は居ない。手がかりは「蛇谷権現の神罪」という張り紙だけ。そこでその蛇谷に行って、二手に分かれる。ところがそこへ2人の妖怪が現れ、その上怪獣も2体現れパニックに。だが怪獣の正体は森山と次郎吉で、妖怪は贋金のアジトの門番だった。そこで時次郎と珍念は、森山と次郎吉と共にアジトに潜入、するとそこでは贋金が作られており、更に小春たちが黒岩の元で踊らされていた。早速時次郎たちは雪枝たちとともに贋金一派を退治し、小春たちを助け、雪枝と清之進は小春にまゆみ姫である事を教えた。皆が助かった所で、修念和尚はお家騒動解決のため、時次郎と珍念に芝居を打って欲しいとする。そして時次郎は腰元に、珍念は僧侶にそれぞれ扮し、まゆみ姫と共に大杉の元へ現れ、まゆみ姫を見せる。「偽者だろう」とシラを切る大杉に対し、珍念は「証拠を見せてやろう」と呪文を唱えた。すると正家の霊が現れ、まゆみ姫の事を教えた。たまりかねた大杉は斬りかかろうとするが、忠臣たちに取り押さえられた。すると死んだはずの正家が現れたではないか!実は淳庵の機転で、大杉の勧めた毒薬を栄養剤にすりかえており、正家は生きていたのだ。そして死んだフリをしていたのは、部下の動向を探るためだったのだ。かくて大杉家老は切腹となり、お家騒動は一件落着。そして時次郎と珍念は正家たちに見送られながら、また旅に出ていった……。
HPに加えてLP（ライフポイント）の概念が設定されている。LPとはキャラの生命力を表す数値であり、HPが0=戦闘不能になった場合・および戦闘不能状態で追撃を受けることによって、1ずつ減少する（ただし、基本的に敵が自分から単体攻撃で追撃することはない）。LPが0になるとそのキャラは死亡してしまい、パーティから消滅（ロスト）する。HPに比べ、LPは回復手段に乏しい。なお、本作以降の多くの作品ではHPが戦闘終了後に全回復する仕様になり、そのぶん全体的に敵から受けるダメージ量が多い。戦闘に常にボス戦のようなダイナミズムを与えると同時に、LPによって戦闘不能になるリスクを持たせた形となっている。戦闘はターン制で、ターンの初めに所持しているアイテム、もしくはアイテムに応じた各キャラが覚えている技・術を選択し、概ね装備の重量を加味して素早い順に行動していく（陣形によっては、素早さとは無関係に行動順が決まる場合もある）。基本的に、技はWPを、術はJPを消費する。術の効果を持った武器による術を使う場合、JPでなくWPを使用して発動する。敵が技・術を使用してくることもあるが、それに対して「見切り」を覚えていると、その技を100%回避できる。序盤での「ソウルスティール」など、特定の見切りを必要とするボスも存在する。属性の管理システムが前作から大幅に変更され、本作以降では全ての攻撃に「斬（斬撃）・打（打撃）・突（突き）・射（射撃）・熱（高温）・冷（低温）・雷（電撃）・状（状態異常）」の 8 つの属性が設定されており、防御側には各属性に対する防御力がそれぞれ設定され、対応する属性の防御力が高いほどダメージを軽減するシステムになった。前作までは、例えば「炎に耐性を持つ防具を装備していれば炎属性の魔法攻撃が効かなくなる」という、属性遮断を行なう概念のみが存在し、それ以外は物理防御力・魔法防御力の 2 種類のみであった。本作でも、従来のように特定の性質の攻撃を無効化する耐性もあるが、属性の概念が一新されたため、区別するために「特性」という用語になっている。結果として、特定の属性が効きにくい防具が登場したり、敵側も例えば打属性の攻撃を激減もしくは完全防御するスライム系、突きや射撃には強いが打撃や熱に弱い骸骨系といった、いっそうの個性化が図られている。「防御特性」と呼ばれるこのシステムは、『女神転生』シリーズがモデルとなっているとのこと。それに合わせ、弱点のシステムも変更され、通常の属性であれば「対応する属性の防御力が低い状態」でしかなく、絶対的な急所という概念ではなくなった。「浮遊」「女性」といった、種族が持つタイプに特効するシステムは残されているが、こちらも一定確率で即死させる効果は失われている。ただし、装備品の防御力は斬属性しか表示されない。そのため、防具の種類と敵の使う技によっては、数値以上のダメージ増減を発揮する可能性が多い（例えば、兜系は斬属性防御が低く表示上は弱いが、打属性防御が高いのでダンターグなどに有効）。さらに、盾を装備している場合、表示される防御力の総和はシールドガードが発動した時の値という意味になり、さらに乖離が激しくなる。今作でもパーティが陣形を組んで戦闘するシステムは導入されているが、前作と内容は変更されており、それぞれに特徴を持った陣形の中からあらかじめ選択する。陣形には様々な特徴があり「絶対に先手が取れる」「1 人に敵の攻撃を集中させる」など、多々存在するが、敵の近接攻撃に絶対に狙われないポジションはなくなった。新しい陣形を覚えるには、その陣形に対応したクラスのキャラを皇帝にして陣形の練習をしている兵士に話しかける必要がある。ただし、これらの特性はメンバーのうち一人でも戦闘不能になると無効となるものが多い（ステータス強化は影響なし）。