経済情勢研究会、財政金融研究会、東亜ブロック経済研究会、労働問題研究会、農村問題研究会を設立する。昭和12年12月、「民間経済中枢機関試案」を発表。昭和13年2月、「臨時経済調整庁案要綱」を発表。同年12月「東亜ブロック経済研究覚書」を配布。昭和14年、「東亜経済ブロックの特質とその世界史的意義」を発表。昭和15年（1940年）8月に有沢広巳を中心に執筆した「日本経済再編成試案」を公表し、財界に衝撃を与え反対にあう。
昭和12年3月、政治機構改革研究会が第1回の会合を開き、委員は、唐沢、佐々、松井、中村敬之進、蝋山などであった。その後、会合を重ねるうちに、亀井貫一郎、河野密、木村正義、関口泰、長谷川如是閑、橋本清之助、船田中、前田多門らが委員に加わった。昭和13年7月に「貴族院改革要項」、8月に「内閣制度改革要項」を発表。昭和15年（1940年）6月、「政治機構改新大綱」を発表する。
東亜協同体論や新体制運動促進などを会の主張として掲げ、後の近衛による「東亜新秩序」・「大政翼賛会」に大きな影響を与えることとなる。同時に平沼騏一郎など国粋主義を掲げる政治家・官僚・右翼から「アカ」として批判・攻撃されるようになり、経済政策も財界から反対にあう。また、大政翼賛会を「政事結社」とするか「公事結社」とするかなど、新体制運動などに対しても会員間で意見が対立するようになった。こういったことから、大政翼賛会に発展的に解消するという名目によって1940年11月に解散した。大政翼賛会議会局をつくり、そこに解党した各党の議員らを全部押し込めるかたちになったので、議員らの不満がつのり、翼賛会の予算審議で議員らの不満が爆発した。たとえば、小泉純也は後藤隆之介が皇軍を批判し、共産軍に同調しているとして非難した。
その後、三木清、矢部貞治、笠信太郎が常任委員として加わる。また宇都宮徳馬、平貞蔵、朝日新聞から大西斎、尾崎秀実、沢村克人、益田豊彦などが委員として参加し、新たな会員を増やしていくことになる。次第に専門研究会が増加し、1938年には世界政策研究会、政治動向研究会、政治機構研究会、経済情勢研究会、増税研究会、財政金融研究会、予算編成に関する研究会、貿易研究会、農業団体統制研究会、農業政策研究会、労働問題研究会（風早八十二（国体の衣を着けたる共産主義者））、東亜ブロック経済研究会、支那問題研究会、外交問題研究会、文化研究会、教育問題研究会があった。また、1934年6月7日から七日会が開催されており、1938年4月には唐沢、岸道三、松井春生、千葉三郎、橋本清之助を幹事とする昭和同人会、これと同様の若手グループによる東亜クラブ、佐々弘雄と平貞蔵による昭和塾、全国的な地方組織の結成を目指す壮年団期成同盟、昭和11年末の時局懇談会、羽生三七、平井羊三、林広告らを指導者とする若者たちの国民運動研究会など、会の発達と並行して関連団体が発足していく。
操作は前作とほぼ同じであるが、ポンプアクションが追加された代わりにパンチ、キックなど従来の攻撃アクションが削除されている点も今作の特徴として挙げられる。ポンプを用いて、落書きや汚れを落とす、放水攻撃などが出来る。ポンプのノズルは変更可能で、それぞれのノズルによって能力や効果に違いがある為、場面ごとの使い分けが非常に重要になってくる。ダメージを受けると画面右上にオレンジ色（水中では水色）のライフメーターが出現してダメージごとに減っていき、メーターが完全になくなる（8回ダメージを受ける）と1ミスでマリオの残数が減る。残数が0の時にミスしたらゲームオーバーとなり、タイトル画面に戻るか、セーブした状態からやり直すことができる。ライフメーターはコインを取ると回復（コイン1枚毎にライフ1回復）し、1UPキノコを取るとフル回復。水中ではコインを取る、もしくは息継ぎをすると回復。なお、前作では落下する高さや攻撃によってライフの減りが異なっていたが、今作ではコロナマウンテン（後述）の障害物に触れたとき以外は、1つずつしか減らない。本作はヨッシーも登場する。ヨッシーのタマゴを持ったニセマリオを倒す事で出現するようになる。乗る事ができ、乗っている間は口からジュースを発射可能。ただしヨッシーに乗るには、タマゴのふきだしに描かれた「欲しがっているフルーツ」を与えてタマゴを孵化させる必要がある。胃袋メーターは時間が経つと減っていき、ジュースを発射しても減っていく。また、本作のヨッシーは水が苦手であるため、水に入ったり（これは今回のヨッシーは魔法の絵具の力で具現化されたものだからという説がある）、胃袋メーターが空になったりするとヨッシーの体が緑色になってその場で消えてしまう。落ちているフルーツを食べて補給でき、フルーツによって身体やジュースの色が変わる（ピンク、オレンジ、紫の全3色）。また、本作で探すのは「スター」ではなく、太陽の形をした「シャイン」である。シャインを集めると、少しずつドルピック島の太陽の光が強くなる。シャインを一定数集めるとマリオがサングラスをかけたり、アロハシャツを着たり出来るようになる。数分間操作せずに放置すると座って寝るが、一定時間そのままにすると寝転んで眠ることになる。本作以降は眠っている時に「Zzz…」のマークがつくようになっている。中心の街ドルピックタウンから、8つのステージに移動しクリアしていく形となる。各ステージは8つのSTORYからなり、STORYの違いにより、同一マップのステージの状況が逐一変化していく。1つのSTORYで最低1つのシャインが取得出来、そのほか隠しステージやコイン集めなどで取得出来る。全120個のシャインを集めるとパーフェクトクリアとなる。なお、STORY7は全ステージでニセマリオを倒す条件に統一されている。