大仏造立の詔の2年前の天平13年（741年）、聖武天皇は詔して、国ごとに国分寺と国分尼寺を造ることを命じた。そして、東大寺は大和国の国分寺であると共に、日本の総国分寺と位置付けられた。この国分寺造立の思想的背景には護国経典である『金光明最勝王経』（10巻、唐僧の義浄訳）の信仰があった。同経によれば、この経を信じる国王の下には、仏教の護法善神である四天王が現れ、国を護るという。聖武は、日本の隅々にまで国分寺を建て、釈迦像を安置し、『金光明最勝王経』を安置することによって、国家の安定を図ろうとする意図があったものと思われる。聖武天皇が位に付いていた8世紀前半、すなわち天平時代の日本は決して安定した状況にはなかった。天平9年（737年）には、当時の政治の中枢にいた藤原武智麻呂・房前・宇合・麻呂の四兄弟が、天然痘（疫病）の大流行により相次いで死去した。そのほかにも、天平時代は例年旱魃・飢饉が続き、天平6年（734年）には大地震で大きな被害があり、国分寺建立の詔の出る前年の天平12年（740年）には九州で藤原広嗣の乱が発生するなど、社会不安にさらされた時代であった。聖武による国分寺の建立、東大寺大仏の造立には、こうした社会不安を取り除き、国を安定させたいという願いが背景にあったものと推測されている。
時宗は前執権の政村や義兄の安達泰盛、北条実時・平頼綱らに補佐され、モンゴルの国書に対する返牒など対外問題を協議し、大田文の作成、御家人の所領譲渡制限、異国警固体制の強化や、異国調伏の祈祷などを行わせる。モンゴルからの度々の国書には一切返事を与えず、また朝廷が作成した返牒案も採用しなかった。一方でモンゴルに滅ぼされた高麗の残党にあたる三別抄からの援助要請も黙殺した。文永8年（1271年）、モンゴルの使節が再来日して武力侵攻を警告すると、少弐氏をはじめとする西国御家人に戦争の準備を整えさせ、異国警固番役を設置している。得宗家の権力を磐石なものとするため、文永9年（1272年）には六波羅探題の南方の別当（長官）で、弟の時宗が執権になった事に不満を持ち朝廷に接近するようになっていた異母兄の時輔や、一族の評定衆北条時章・教時兄弟を誅殺し、世良田頼氏を佐渡へ配流している（二月騒動）。文永11年（1274年）、『立正安国論』を幕府に上呈した日蓮を佐渡に配流するなど、モンゴルや朝鮮に対してだけでなく、国内の世論や一門に対しても苛烈に臨んだ。文永11年（1274年）、元軍が日本に襲来した（文永の役）。いわゆる元寇である。激戦の末に元軍の内陸部への進撃を阻止した。翌年、降伏を勧める使節杜世忠らが来日すると、鎌倉で引見し、連署の北条義政の反対を押し切って処刑する。建治3年（1277年）に義政は程なく連署を辞して出家するが、弘安6年（1283年）に北条業時が連署に就任するまで連署は空席となった。弘安2年（1279年）に来日した周福ら使節団も、大宰府で処刑させた。これらの処刑には元への示威行動の意図もあった。時宗はじめ幕府の首脳陣は自ら高麗出兵を一時は命じたが、軍事費などを勘案した末に結局は中止となった。代わりに異国警固番役を拡充し、長門探題及び長門警固番役を新たに設置し、文永の役を教訓として博多湾岸に現代も残る石塁を構築するなどして国防強化に専念した。特に石塁や警固番役には、御家人のみならず寺社本所領などの非御家人にも兵や兵糧の調達を実施したため、鎌倉幕府の西国における実質的な支配権が拡大した。六波羅探題に対しても、御家人の処罰権を与えるなど機能を強化させた。また、北条一族を九州などの守護に相次いで任命し現地にも下向させ、時宗も小山氏の播磨守護を免じて、自身が就任した。また寄合衆には平頼綱ら御内人の参加を広げ、将軍権力であった御恩沙汰などを行うなど得宗専制が強化された。その方針は、時宗の没後に具体化された弘安徳政にも反映されることになる。その頃の朝廷では、後嵯峨法皇の遺言により、亀山天皇と後深草上皇のどちらが治天の君になるかで時宗が執権を務める幕府が裁定し、亀山天皇の親政が決定した。亀山天皇は皇子の後宇多天皇に譲位して院政を開始するが、時宗は後深草上皇の皇子である熙仁親王（後の伏見天皇）の立太子を実現させた（両統迭立）。弘安4年（1281年）の弘安の役では、作戦指示が時宗の名義で出され、御内人が戦場へ派遣されて部隊の指揮にあたった。元軍は、2ヶ月近くの戦闘で日本軍の抵抗に苦戦した末に台風を受けて混乱し、さらに日本軍の総攻撃により壊滅した。こうして時宗は二度の元軍の襲来を撃退したが、戦後に今度は御家人などに対する恩賞問題などが発生し、財政難のなかで3度目の元軍襲来に備えて改めて国防を強化しなければならないなど、難題がいくつも積み重なっていた。弘安7年（1284年）には、すでに病床にあったとされる。自身の死期を悟ったのか4月4日には出家し、同日に34歳（満32歳）で逝去。自らが開いた鎌倉山ノ内の瑞鹿山円覚寺に葬られた。死因は結核とも心臓病とも云われる。