それを救ったのが、白根町の名士であった金丸宗之助率いる甲府電車軌道（1929年4月11日に山梨電気鉄道と改称）であった。しかし手を差し伸べたのは思惑あってのことであった。実は計画路線の一部が山梨軽便鉄道の路線と重なっており、面倒な競合を起こす前にこちらから買収して芽を摘んでしまおうという、戦略的な考えからの行動だったのである。1925年1月27日、当社の路線は甲府電車軌道に譲渡された。だが、その扱いは冷淡なものであった。元々先のような計画があったため、会社側は馬鉄線を計画線を敷設するための踏み台としか見なさなかったのである。特に鰍沢方面は、代替となる電車線を富士身延鉄道との競合を避けるべく大きく西側へルートを変更して建設することに決めていたため、路線譲渡を受けた時点で既に「太田町まで電化して利用」「太田町以南は浅原橋まではしばらく馬鉄のまま据え置き」「浅原橋 - 鰍沢河岸間は廃止」と馬鉄線をいかに解体しいかにそのルートを利用するかという具体的な計画を立てていたほどで、ほとんど素材扱いであった。そしてついに甲府 - 鰍沢間の電車線（後の山梨交通電車線）建設の布石として、馬鉄線の解体が始まった。まず会社は1927年7月1日に千秋橋東詰 - 鰍沢河岸間を休止した。そして翌1928年7月1日には残存区間の石和 - 柳町 - 千秋橋東詰間・柳町 - 甲府駅前間が休止された。これにより全線が休止となり、事実上馬鉄線は全廃された。なおその2週間後の同年7月15日には、千秋橋東詰 - 鰍沢河岸間が休止のまま廃止されている。休止区間は「電車線化工事完了まで休止」とされ、電車線化を前提条件として休止されていた。このため後に全て電車線の一部として復活される予定であったが、石和 - 柳町間は会社の経営不振から計画倒れとなって工事すら行われなかった。柳町 - 錦町間・柳町 - 千秋橋東詰間も電車線が柳町経由ではなく錦町経由＝舞鶴通り経由で建設されて復活の機会を逸した後、柳町を経由して相生町電停に至るコの字型の計画線の一部としてかろうじて残されたものの、新規に敷設予定だった柳町通りから相生町電停を結ぶ部分の免許が失効した時点で実質的に着工出来なくなり、そのまま放棄される形となった。その結果、実際に復活したのは錦町 - 甲府駅前間、電車線の電停でいえば警察署前電停手前から甲府駅前電停までの600mのみになってしまった。その区間も1953年のルート変更で一気に短縮してわずか150mとなり、馬鉄線の後継とは名ばかりの状態になっていた。
だがそのような華々しい時代も、富士身延鉄道（のちの身延線）によって終焉を迎えることになる。富士身延鉄道は富士駅から身延を経由して甲府駅を結ぶことを目的としており、ちょうど当社が全盛を迎えている頃に身延駅まで達し、さらに富士川沿いに路線を伸ばしていた。ここより北に進まれることはすなわち当社にとっては致命傷を意味するものであった。事実、富士身延鉄道の鰍沢より北の免許区間は完全に当社と並行しており、一部には完全に重なってしまう場所もあった。また甲府市周辺にこの頃から中小の乗合自動車が走り出したことも、当社に大きな打撃を与えることとなった。これに対し会社は対抗して乗合自動車事業に乗り出したものの、焼け石に水の状態で、完全に周囲を包囲された格好になってしまう。さらにかつて蒸気化・電化の話を失敗したまま放置していたつけもここに回って来てしまい、有効な解決策を見出せないまま転落の道をたどって行った。
1879年、56歳の時セリニアンに移り住んで、後（1885年、62歳）に最初の妻マリー（64歳）を病気で失い、1887年、64歳で23歳の村の娘ジョゼフィーヌ・ドーテルと再婚する。年齢差40に近いこの結婚が保守的な村人からあまり祝福されなかったことは想像にかたくなく、結婚後しばらくの間アルマスの屋敷に石が投げ込まれることもあった。もっとも再婚した妻との間にも3人の子に恵まれ、家族は8人の大所帯となる。ファーブルは亡妻マリーとの間に7人、後妻のジョゼフィーヌとの間に3人と生涯で10人の子に恵まれたが、最終的にそのうち6人が早世してしまった。前述にもあるように、1877年にファーブル同様に昆虫や植物に傾倒していた次男ジュールに先立たれた衝撃はとりわけ大きく、『昆虫記』第2巻ではジュールへの献辞を付している。ファーブルが自らアルマスと名付けたセリニアンの自宅には1ヘクタールの裏庭があり、ファーブルは世界中から様々な草木を取り寄せて庭に植え付けると共に様々な仕掛けを設置した。以後、死去までの36年間、彼はこの裏庭を中心として昆虫の研究に没頭した。この時期にファーブルはオオクジャクヤママユの研究から、メスには一種の匂い（現在でいうフェロモン）があり、オスはその匂いに引かれて相手を探し出すということを突き止めた。試しに部屋にメスのヤママユを置いて一晩窓を開けていると、翌日60匹ものオスのヤママユが部屋を乱舞したという。ファーブルはセリニアン移住後から徐々に有名になっていったのだが、年金による収入はなく、『昆虫記』ほか科学啓蒙書の売れ行きも出版当初は必ずしも芳しくなく、さらには教職を辞しお金に苦労していた頃の話が、有名になった後も噂として伝わったので、極貧生活にあえいでいると、この当時からすでに誤解されていた。しかしセリニアン移住後のファーブル家は、極貧どころか使用人を雇える余裕すらあった。後妻 Marie Joséphine Daudelマリー・ジョセフィーヌ・ドーデルも、そのようにしてファーブル家に雇われていた家政婦だった。また終の棲家となったアルマスも，元々は陸軍旅団長という高級将校の居館で、その地方ではお屋敷と呼ばれるに相応しい邸宅であった。さらにファーブルが極貧にあえいでいるとの噂を聞きつけフランス全土のみならず、ファーブルがどこよりも忌み嫌ったプロシアからすらも多額の義援金がファーブルの元に送付されたが、こうした人の情けを嫌う彼の性格もあり、それらは全て差出人に送り返されている。このころヨーロッパ全土にファーブルを救えという運動が起き、1910年、当時のフランス大統領レーモン・ポアンカレはそれに応えるように、ファーブルに年2,000フランの年金と第5等のレジオンドヌール勲章を与えた。当時85歳を超えていたファーブルだが、最晩年にしてようやく名誉を回復したが、自身は高齢と健康を損なっていたこともあり、横になったままの時期が多くなっていく。1913年には、40歳年下の後妻ジョセフィーヌにも先立たれている。1915年5月、ファーブルは担架に乗せられて、アルマスの庭を一巡りする（彼にとって最後の野外活動となった）。同年10月11日、老衰と尿毒症のため91歳で死去した。