紀元前56年3月にローマへ戻ったカトは、その年に三頭の間で行われたルッカ会談でポンペイウスとクラッススが紀元前55年の執政官に就くと密約したのに反発して、妹ポルキアの夫であったルキウス・ドミティウス・アヘノバルブスを執政官選挙に擁立したが敗北。しかし、翌年の執政官選挙（紀元前54年度）では三頭政治側の候補を破ってドミティウスが当選し、カトもプラエトル（法務官）に選出された。この頃より徐々に三頭政治側の繋がりは弱まりつつあり、紀元前53年にカルラエの戦いでクラッススが戦死したことで名実共に崩壊した。カトは反カエサルの旗頭としてポンペイウスへ徐々に接近し、紀元前52年にはクロディウスが暗殺されて混乱状態に陥ったローマを治めるために、ポンペイウスへ単独で執政官に就くように要請した。カトは紀元前51年の執政官選挙に立候補したものの敗北した。猛烈な贈収賄と選挙違反が横行した選挙であったが、カトは正々堂々と選挙戦を戦った。但し、これがカトにとって最後の執政官選挙への立候補となった。カエサルがガリア総督として任期が切れる紀元前49年に執政官選挙へ任地から立候補できるように元老院へ依頼があったが、カトら元老院派はカエサルが軍を全て解散した後でなければ認められないと伝えた。カエサルは1つの属州と2つのローマ軍団まで削減すると譲歩し、ポンペイウスやキケロらはカエサルの意向に沿った内容での落ち着きどころを見出そうとしたが、カトはドミティウスやその年の執政官ルキウス・コルネリウス・レントゥルス・クルスらと共にこの譲歩案に対して激しい批判を浴びせ、元老院として一切譲歩しない方針を示し、カエサルに対するセナトゥス・コンスルトゥム・ウルティムムを決議した。カエサル派の護民官らはローマから逃れざるを得なかった。
紀元前58年からカエサルが総督としてガリアへ赴任し、ガリア戦争でガリア人との戦争を始めた中、三頭政治側で護民官に当選したプブリウス・クロディウス・プルケルが頭角を現した。クロディウスはカトを疎ましく思ったことから、カトをキプロス併合のためにプロプラエトル（前法務官）格の総督として派遣することを提案し可決された。カトにとって不本意であったものの、決議に従ってキプロスへ向かうことを受け入れた。カトのキプロス派遣によって重石の外れた格好のクロディウスは、その後キケロのローマ追放へ邁進することとなる。キプロスに赴任したカトは無事にキプロスのローマへの併合を完了させた。キプロスは豊かな地方であったが、カトはクァエストルの職にあった時と同様に不正を行わなかったことから、属州総督後に当時のローマで頻発していた汚職による告発とは無縁であった。キプロス属州化によって、ローマは新たに銀貨で7,000タラントを得ることとなった。元老院はカトに対して、キプロスでの功績により凱旋式を行うように伝えたものの、法に反するとしてその申し出を拒否した。なお、ローマへ帰還したキケロは「パトリキ出身のクロディウスが（プレブス出身者しか就任資格の無いはずの）護民官に選出され、その職で行った法的措置は全て無効である」と発言・決議に持ち込んだのに対し、カトは「自分のキプロスでの功績が全て取り消されるのは横暴である」とキケロを批判したため、これ以降、カトはキケロとの仲が冷却化したと伝わっている。
紀元前72年、第三次奴隷戦争で執政官ルキウス・ゲッリウス・プブリコラ配下の幕僚（トリブヌス・ミリトゥム）として従軍したカエピオのために義勇軍として参戦。ゲッリウス軍は敗北を喫したが、カトは果敢さを示し一定の評価を得た。ゲッリウスは賞を与えようとしたが辞退した。紀元前67年、カトはマケドニア属州で軍務につき陣頭指揮を取った。ローマ軍の兵站を担当して、寝食を兵士と共にし、厳しい軍律を兵士に強いたが、軍団兵はカトを支持したと伝えられる。カトがマケドニアで軍務に就いていた最中に、最愛の兄カエピオがトラキアで重篤に陥ったとの知らせを受けた。激しい荒天の中でカエピオの元へと向かったものの、到着した時には既にカエピオは死去していた。贅沢を生涯避けたカトであったが、唯一カエピオの葬儀だけは誰からも支援は受けずに自らの負担で大きな費用をかけたと伝わっている。カエピオの遺産は、カエピオの娘セルウィリア（Servilia）とカトの間で分けられた。紀元前65年にマケドニアでの軍務を終えて、シリアや小アジアを旅した後にローマへ帰還したカトは、クァエストル（財務官）に選出された。カトはクァエストルに選出されると職務に必要な知識、特に税金に関連する法を勉強し、任期中に不正に国庫の資金を流用したクァエストル経験者を告発した。また、当時ローマで最も人気のあったグナエウス・ポンペイウスに近く、かつルキウス・コルネリウス・スッラの側近であった人物を、最初に国庫資金の不正流用、次いで殺人罪で告発した。年末にカトは退任したが、ローマ市民はカトに喝采を送ったと伝わっている。カトはクァエストル辞任後も不正への監視を続けた。
不二子の依頼でスイス銀行を建物ごと盗み出したルパン。建物内には旧ソビエト連邦の隠し財産などの大量の美術品が眠っていたが、不二子の本当の狙いは一つ。1492年、クリストファー・コロンブスがアメリカ大陸を発見した際、偶然入手した品物―無限の力を秘めると言う財宝のありかが記された「コロンブス・ファイル」と言う書類だった。持ち逃げしようとする不二子を難なく制し、そのことを知ったルパンは不二子と手を組む条件で良いムードになるはずだったが、突然打ち込まれてきたミサイルの妨害で手に手をとり逃げ出す羽目になってしまう。軍用ヘリを操る、異様にハイテンションな襲撃者に崖っぷちまで追い詰められた不二子は、降伏したふりをしてペンダント型爆弾でファイルを焼き払ってしまう。「暗記したから」と言う不二子だったが、その直後にハイテンションな男の攻撃により崖から落ちてしまった。数日後、トレジャーハンターを生業とする美女、ロザリアに保護された不二子。ところが、彼女はすべての記憶を失っていた。困惑する不二子の所へ、再びハイテンション男が現れる。男の名はナザロフ、ある人物の元で働くエージェントだ。抵抗するロザリアを難なく制し、不二子を連れ去ろうとするナザロフだが、今度はルパンが乱入してきて失敗。そこからルパン/ナザロフ/ロザリアによる三つ巴の不二子争奪戦に発展してしまった。そのころ、ナザロフのスポンサーである某国化学長官・バートンも動き出していた。バートンの「オペレーション」により、突如竜巻が発生、その場にいた全員が巻き込まれてしまい…。辛うじて助かったルパン一行は、ロザリアがひいきにしている古美術商の家で不二子と再会、再び襲い掛かってきたナザロフ一味を撃退するうちロザリアと共同戦線を張ることになった。少しずつ戻り始めた不二子の記憶を頼りに、ミノア文明の遺跡を訪れたルパン一行、そこで彼らは、ついに「コロンブスの卵」の正体を知る事になる。