オーストラリアでは、西オーストラリア州ジェラルトンの北東315kmのところにある、マーチソン電波天文台がSKAの中心地として立候補していた。オランダの国土と同じ広さにわずか110人が暮らしており、人工電波はきわめて少ない。また、アンテナの一部をニュージーランドに設置することで、5000kmを超える基線長を確保することができる。マーチソン電波天文台では、オーストラリアSKAパスファインダー (ASKAP)が建設された。建設地決定により、オーストラリア・ニュージーランド地域は低周波観測を担当し、低周波用アパーチャアレイアンテナが建設される。
SKAの建設地は当初5箇所が候補とされたが、最終決定前はオーストラリア・ニュージーランドと南アフリカが残っていた。いずれも、SKAに必要な条件（人工電波が少ないこと、安定した天候、建設に必要なコスト、広大な範囲に広がるアンテナをうまく接続できること）などを満たしており、2012年に建設地選定委員会の投票によって決定することとされた。最終的に両候補地とも同じように利点があるとされ、候補の2地域に分散して建設されることとなった。SKAの誘致に向けて、2グループともに試験的な望遠鏡（ASKAP、MeerKAT）が建設された。建設地の決定に伴ってASKAPは新技術のたたき台に使われるとされ、MeerKATはSKAシステムに取り込まれる予定である。
ヘリオポリスがザフト軍の攻撃を受けた際に救命ポッドで脱出するが、推進器の不調により難破状態になっていた所をキラが搭乗するストライクに救助され、アークエンジェルにおいてサイらと再会し、以降行動を共にする。父親ジョージ・アルスターがいる先遣艦隊との合流を目前に、クルーゼ隊との戦闘に巻き込まれ、その際捕虜になっていたラクスを人質にする事で停戦させようとするが、叶わないまま目の前で父親の乗艦する戦艦がザフト軍に撃沈される。錯乱したフレイは、帰艦したキラを本気で戦っていないと激しく非難した。これをきっかけに、フレイはコーディネイターへの憎しみに囚われ、アークエンジェルが地球に降下する際に事務次官である父親の立場を利用し地球連合軍に入隊志願する。そうすることでキラも志願させ、コーディネイター同士が殺しあうよう仕向け父を失ったことに対する復讐をしようとした。さらにキラが同じコーディネイターであるザフト軍との戦闘に迷いを捨てて身を投じるよう駆り立て、また天涯孤独の自分を守ってもらおうと、精神的に不安定になっていた彼の求める慰めを与えた。そのために、親の決めた婚約者であったサイとは地球降下後に婚約を一方的に破棄している。しかし内心ではサイを嫌ってはおらず、キラへの対抗心からストライクを起動させるも崩れ落ちるサイの姿を見て、辛くなり涙を流し立ち去る場面がある。カガリがキラの姉妹とは知らない為、キラの傍によくいる彼女に嫉妬心を抱き、嫌がらせをする描写もある（関連ゲームでもカガリに突っかかる等、不仲さが目立つ）。またその後もサイを心配する描写があり、独房でサイを見つめていたところを偶然見られたキラがそのことを問い詰めた際、本心ではサイが好きである事をキラに感づかれてしまう。真の愛情を伴わない関係がキラの精神不安定に拍車をかけ、キラは戦闘にのめり込んでいくこととなる。地球降下後、オーブへ寄港した際に、サイやトール達はヘリオポリスから脱出してオーブへ帰国していた家族と面会するが、面会者のいないフレイは1人アークエンジェル内に残り孤立する。しかし、両親がオーブで健在であるキラがアークエンジェルに残っているのを同情されたと思い込んで激しく詰め寄り、もとより不安定であった2人の仲はバランスを崩していく。フレイは関係の回復を望むが、直後の戦闘でキラはMIA（戦闘中行方不明）になり、父親の死後唯一の拠り所であったキラを失って激しく動揺する。悲しみから逃げるためサイとヨリを戻そうとするが、彼女が本当にキラに想いを寄せるようになっていた事を見抜いていたサイは、それを冷たく拒絶する。また、その直後、ミリアリアが捕虜であるディアッカを殺そうとしている所を目撃する。ミリアリアはサイに止められ正気を取り戻したが、フレイは「コーディネイターなんて皆死んでしまえばいいのよ！」と言い放ち、部屋に置いてあった拳銃でディアッカを殺そうとするが、ミリアリアに阻止されてしまう。直後、ミリアリアに何故コーディネイターを庇ったのか激しく詰め寄るもその場から去って行った。アラスカ基地到着後、大西洋連邦高官の娘ということを考慮した地球軍上層部の思惑によりアークエンジェルからの転属命令を受けるが、直後に起こったザフト軍のアラスカ基地攻略戦において、クルーゼによって拉致されてしまう。この時に殺されずに拉致されたのは、出会い頭にフレイが、クルーゼの声が父親に似ている事を指摘した事で、クルーゼがフレイを自身のルーツに繋がる血縁の者の可能性を疑ったため（実際には他人の空似でしかなかったため、自身の計画のためにフレイを利用する）。その後、通常の捕虜扱いでは無くクルーゼの身近に置かれながらザフト軍と行動を共にしていたが、クルーゼの策によりニュートロンジャマーキャンセラーのデータと共に救命ポッドにて解放、ナタルが指揮するドミニオンに救助される。地球連合軍への復帰後は、自らの希望でドミニオンのオペレーターとしてナタルの指揮下で任に着く。これは戦場がキラと再会しやすい場所であり、そして死と隣り合わせの場所にいる事が彼女なりの贖罪であった。第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦では、まず自らがアークエンジェルに離脱勧告を放送しナタルが同調する、ナタルの言葉に従い、ドミニオンから他の搭乗員と共に脱出艇に乗り込み避難する。戦闘空域から離脱しようとする脱出艇の窓越しからフリーダムに搭乗するキラと再会を果たすものの、直後にプロヴィデンスのドラグーン・システムから放たれたビームが脱出艇に直撃して落命する。その直後、泣き叫ぶキラと精神世界で邂逅（キラ側には見えたり聞こえたりはしていない）「私は生前、怖さ故に自分のこと以外何も見えていなかった。」という旨を彼に言い、謝罪する。そして素直な気持ちで「あなたはもう泣かないで。私の“本当の”想いが、あなたを守るから…」と言いながら、彼を包み込むように寄り添い消えていった。