このゲームには敵の名前、アイテムの説明文、実績の名前、NPCのセリフ・行動、クエスト名など各所に様々な作品のオマージュが散りばめられている。元ネタを辿ると海外のゲーム・アニメ・映画・音楽に関するものが大多数を占めるが、中にはトロフィー・実績名で「俺の兄貴はイタリア人」と言った日本人にも馴染みのあるものも存在する。とはいえ、トロフィー・実績は日本版独自のものもあり、日本の開発スタッフがローカライズの際に遊んだ可能性は高い。
遠く離れた惑星「パンドラ」に到着した移民船。そこから降りたのは資源を求めて一攫千金を夢見る開拓者たちだった。それから7年が経過し惑星全体に春が訪れた時、冬眠から覚めた原生生物たちが一斉に活動を開始する、目ぼしい資源が無いと判断した人々は星を離れ、残ったのは未だ夢を捨てきれない者と日々を凌ぐ事で精一杯の者、そして人々から略奪を繰り返す無法者の集団であった。人々は惑星の至る箇所でエイリアンが住んでいたと思われる廃墟を発見する。中でも雪の降る山岳地帯で発見された「ザ・ヴォルト」（The Vault）はエイリアンが持つ未知のテクノロジーが生きたまま眠っている可能性があるとして大きな関心を集めた。しかし発見者たちは防衛システムによる攻撃で全滅しており、記録を綴ったボイスレコーダーは方々へと散乱していた。そんな惑星にある「ファイアストーン」（Fyrestone）という街へ向かう1台のバス。そこには理由は違えど確固たる目的を持つ4人の若者が搭乗していた。
舞台は地球から遠く離れた辺境の惑星「パンドラ」（Pandora）。プレイヤーは一攫千金を狙うハンターとして、惑星に生息するモンスターの討伐や、盗賊団退治などの仕事をこなしていく。FPSにRPGの要素が取り入れられており、レベルアップによるキャラクターの成長や、スキルの習得ができる。オフラインでは画面分割で2人プレイ（PC版では不可）、オンラインでは4人までの協力プレイができる（コンシューマ機のEnhanced版ではオフラインでも画面分割4人プレイが可能となった）。開発当初は「Unreal Engine 3」を使ったリアルなグラフィックになる予定だったが、開発途中でカートゥーン風のグラフィックに変更された。これにはBen Hibonの短編アニメーションCodehuntersなどの影響とも言われている。
ソ連崩壊前、ソ連の化学兵器工場に006ことアレックと共に侵入したボンドだったが、責任者のウルモフ大佐に見つかりアレックが拘束されてしまう。ボンドはやむなく彼を見捨て秘密工場を爆破し、任務を達成した。それから9年後。20世紀も終わりに近く、ソ連は既に崩壊していた。ボンドはモナコでロシアの犯罪組織「ヤヌス」のメンバーであるゼニアをマークしていたが、彼女と将軍になっていたウルモフは、対電磁波装甲を施したNATOの最新鋭戦闘ヘリコプター・タイガーを、デモンストレーションを行っていたフリゲート艦上から奪取・逃走する。その後ゼニアとウルモフは、そのヘリコプターを用いて隠密でロシアのセヴェルナヤにある秘密宇宙基地を訪れる。そこの職員であったボリスは二人と同じヤヌスの一員であり、かねてより二人を手引きしていた。ゼニアとウルモフはソ連時代の秘密兵器「ゴールデンアイ」の起動キーを受け取ると、ボリスを除いてそこの兵士と職員を皆殺しにする。また宇宙基地ごと隠滅するために、宇宙空間に存在する「ゴールデンアイ」を基地に向けて照射した。しかしこのとき女性コンピューター技術士のナターリアは、奇跡的に生き残り脱出することができていた。この様子をイギリスのMI6から衛星中継を通じて見ていたボンドは、「ゴールデンアイ」とヤヌスの関係の手掛かりを求めてサンクトペテルブルクへと赴く。一方、将軍としてロシアの大臣会議に出席し、セヴェルナヤの事故についての虚偽の報告をしたウルモフは、ミシュキン国防大臣からボリス以外の行方不明者がいることを知らされ、ボリスを使って捜索させる。ボンドはサンクトペテルブルクでジャックとヴァレンティンの仲介を受け、ゼニアと接触することに成功し、彼女を通じてヤヌスの幹部と接触するチャンスを掴む。しかし、そこで待っていたのは9年前ウルモフに殺されたはずのアレックであり、彼がヤヌスの首領であることを告げられる。アレックの両親はコサック出身であり、旧ソ連の共産体制で迫害を受けていたためイギリスに加担しようとしたが、第二次世界大戦中にイギリスがソ連に対してコサックを引き渡したためソ連によって両親が処刑され、以来イギリスに恨みを持ちながらMI6で二重スパイとして長年生き抜いてきたことを告白する。アレックはボンドを捕らえ、ナターリアとともに用済みとなったヘリコプター・タイガーの中に閉じ込めて爆破しようとするが、間一髪で2人は脱出することに成功する。しかし直後にロシア軍によって捕らえられ、ミシュキンによる尋問を受けることになる。ここでボンドとナターリアはミシュキンに真実を告げるが、割って入ってきたウルモフによってミシュキンは暗殺され、ナターリアが連れ去られる。ボンドはサンクトペテルブルク市内を戦車に乗ってウルモフを追いかけるうちに、ヤヌスが拠点としている秘密の軍用列車を発見する。列車内でウルモフを倒しナターリアを奪還することに成功したボンドは、ナターリアのハッキングによってヤヌスの隠し拠点がキューバに存在することを突き止める。「ゴールデンアイ」を起動するにはセヴェルナヤと同規模のパラボラアンテナが必要だということから、2人はキューバでセスナ機に乗って上空からその探索を試みるものの、まったく見つけられずにいた。その時突如爆撃を受けたセスナ機はジャングルに墜落。その後ゼニアがボンドに襲い掛かってくるものの、彼女を撃退することに成功する。一方、隠し拠点にいたボリスとアレックは「ゴールデンアイ」を起動させるため、湖の底に隠していたパラボラアンテナと基地を出現させて発射準備に入った。基地内部でボンドはアレックから、ヤヌスがボリスを用いてイギリス・ロンドン銀行に不正アクセスして金を引き出し、その操作記録を「ゴールデンアイ」で隠蔽する計画であったことを告げられる。しかしナターリアが「ゴールデンアイ」の挙動を書き換えることに成功し、大気圏突入させて自爆させるよう仕向けさせた。そしてボンドは仕掛けておいた爆弾を起動させて基地を爆破させ、基地上部にあるパラボラアンテナ上で一対一でアレックと死闘を繰り広げ、彼を突き落とし、爆発して落下するアンテナの下に彼を葬った。