5月上旬時点での参加兵力は、第15軍の下記3個師団で計49600人、その他軍直轄部隊など36000人の総兵力約85000人であった。7月までの総兵力は、約90000人と見られる。ただし、チンドウィン川を渡河したのは2/3の約60000人に限られ、残りの人員は後方に残っていた。ただ、そのうち主力の一角の第15師団は、ビルマへの到着が遅れており、迅速性が要求される本作戦成功の障害となっていた。これは、本作戦に反対する稲田南方軍総参謀副長が、同師団にタイ方面の道路整備作業などを割り当て、故意にビルマへの前進を妨げた影響であった。インパール作戦には、イギリス支配下のインド独立運動を支援することによってインド内部を混乱させ、イギリスをはじめとする連合国軍の後方戦略を撹乱する目的が含まれていたことから、インド国民軍6000人も作戦に投入された。長距離の遠征作戦では後方からの補給が重要であるところ、当時の第15軍は自動車輜重23個中隊、駄馬輜重12個中隊の輜重戦力を持っており、その輸送力は損耗や稼働率の低下を考慮しなかった場合、57000トンキロ程度であった。しかしながら実際に必要とされる補給量は第15軍全体において56万トンキロ程度と推計され、到底及ぶものではなかった。なお、自動車中隊は、当時のビルマ方面軍全体でも30個中隊しかなかった。この点は第15軍としても先刻承知の上であり、事前に輜重部隊の増援を要求したものの、戦局はそれを許さなかった。第15軍は150個自動車中隊の配備を求めたが、この要求はビルマ方面軍により90個中隊に削減され、さらに南方軍によって内示された数に至っては26個中隊（要求量の17%）へと減らされていた。しかも、実際に増援されたのは18個中隊だけにとどまったのである。輜重兵中隊についても、第15軍の要求数に対して24%の増援しか認められなかった。第15軍参謀部は作戦を危ぶんだが、牟田口軍司令官はインパール付近の敵補給基地を早期に占領すれば心配なしと考え、作戦準備の推進につとめた。
なお、ウ号作戦が実施されようとしていた直前の3月3日、オットー・ウィンゲートの指揮する6個旅団は2度目のビルマ遠征のため空挺降下（第16旅団のみ陸路）を実施していた。この目的は、英印軍主力のビルマ進出を支援するものでも、ウ号作戦のため進出して来る敵を包囲する為のものでもなく、日本軍の第18師団、雲南方面の第56師団を孤立させ、レド公路の建設を支援する内容であった。そのため、インド最高司令部のクロード・オーキンレック将軍はこの作戦には反対であった。投入する戦力と航空機を手元に残置しておけばアラカン方面での戦力比は更に圧倒的になるからであった。
中巨摩郡大鎌田村二日市場（現：甲府市大里町）で内科を開業していた三神三朗は、済生学舎（後の日本医科大学）を卒業後、山梨へ帰郷し開業したばかりで、この解剖の当時24歳であった。三神内科（地図）のある大鎌田村は甲府盆地底部のほぼ中央に位置する地方病有病地の一つでもあり、三神内科では、老衰以外の患者の死因はほとんどがこの奇病だった。三神は県病院の病理技師から「杉山なかの肝臓には変形した虫卵の固まりを中心とする多数の結節が出来ており、同様の虫卵と結節は腸粘膜にも認められ、虫卵の大きさは従来から知られている寄生虫の十二指腸虫卵（鉤虫）より明らかに大きい」と知らされ、この奇病はまだ知られていない新種の寄生虫が大きく関与していることを確信した。当時は高価であったドイツからの輸入品である顕微鏡を自費で購入すると、三神は罹患した複数患者の便を集め、いくつかの便から今までに見たことのない大型の虫卵を見つけ、「肝臓脾臓肥大に就て」の題で1900年（明治33年）発行の『山梨県医師会会報第3号』に報告した。同会報には杉山なかの解剖を執刀した下平用彩医師、さらに軍医石井良斉による同疾患に関する報告もされたことから、俄然この奇病の原因解明に向けた機運が高まり、県医学界の重要研究課題となっていった。複数の患者から見つかった虫卵により寄生虫病である可能性が高くなり、1902年（明治35年）4月15日、山梨県医学会は県内外の研究者を県病院に招いて、『山梨県に於ける一種の肝脾肥大の原因に就て』と題した討論会を開いた。当時の日本では寄生虫に関する研究は始まったばかりであったが、佐賀県下の筑後川流域で同様の疾患を研究していた長崎医科大学教授の栗本東明ら、日本各地より寄生虫疾患に取り組む病理学研究者が参加した。三神は罹患者の便から発見した新しい虫卵の発表を行い、この虫卵を産む母虫こそ地方病の原因ではないかと主張した。しかし、肝臓組織内部で見つかった虫卵と、消化器官を通じて排泄される便中にある虫卵との同一性を指摘され、両者を関連付ける直接的な証拠を持っていなかったため返答に窮した。討論会では杉山なかの解剖以降に行われた数例の解剖所見も発表され、肝臓組織内に問題の虫卵が樹状に並んでいたことから、虫卵の母虫は恐らく肝臓内で産卵したのであろうという意見や、従来から知られている肝臓ジストマではないかという意見もあった。さらに、特定の地域にのみ流行する特性から寄生虫病ではなく、狭い地域で繰り返された婚姻による遺伝子疾患の類ではないかという、この疾患の当事者にとっては到底受け入れ難い誹謗とも取れる意見まで出てしまい、結局この討論会では、肝臓や脾臓の肥大原因と、正体不明の寄生虫の虫卵によるこの疾患との因果関係についての意見一致には至らなかった。この討論会の参加者の中に、後に三神と共にこの寄生虫病の病原である日本住血吸虫を発見する桂田富士郎がいた。