1788年6月にロシア軍が、フィンランドとの国境を越えてスウェーデン守備兵に攻撃を加えたことから戦争が開始された。しかしこれはすでに当初から、グスタフ3世の自作自演であるという噂が流れた。今日において、グスタフ3世による戦術であることは確かとされている。開戦するには、スウェーデン議会の了承が必要であり、大国ロシアとの戦争を望まない議員も多数存在していたために、グスタフ3世は、守戦を装うことで自国をも欺いたと言われている。グスタフ3世は以前から軍事力の増強に努めており、以前の自由の時代よりも陸軍、海軍は強化されていた。おりしもロシアはオスマン帝国とも戦端を開いており（露土戦争）、グスタフ3世はこれを利用して開戦した。グスタフ3世は陸軍を総動員させ、フィンランドに上陸させた。グスタフ3世は、失われたフィンランドの領土「カレリア」の返還を要求した。しかしロシアはこの要求を拒否し、ロシア軍をフィンランドに派遣した。さらに帝都サンクトペテルブルクからロシア海軍を出動させ、スウェーデン海軍とフィンランド湾で海戦が行われたが、勝敗はつかなかった。フィンランドのスウェーデン軍はロシア国境まで迫ったが、士気は低かった。そしてここでフィンランド兵を中心にエカチェリーナ2世に対して、恭順のための嘆願書が練られた。これを「アニアーラ事件」と言うが、これはロシアによる陰謀であるとも言われている。密議は結局、露見し失敗に終わっている。この様な事態であったため、フィンランドでのスウェーデンの軍事行動は不調であった。しかもこの期を逃さず、デンマークもスウェーデンに対し宣戦布告した。グスタフ3世は窮地に陥ったが、ここでグスタフ3世は防衛戦争に切り替え、志願兵を募りデンマークに対抗した。さらに水面下での外交で、イギリスとプロイセンにデンマークに圧力を加えさせ、戦線から離脱させることに成功した。そして国内では聖職者、市民、農民の支持の下、絶対王政を復活させる。戦争の行方は、グスタフ3世の手に委ねられた。グスタフ3世は、陸戦の不調に代わる海戦の勝利によるロシアの首都サンクトペテルブルク侵攻作戦も視野に入れていたが、ロシアの国力を前にして、不測の事態にも備え、イギリス、フランス、プロイセンなど列強とも外交交渉を行った。ロシアも露土戦争との二正面作戦を強いられて本格的な攻勢に出られず、ロシア海軍による防衛戦争に止まっていた。一方グスタフ3世はスウェーデン海軍に軸を移し、戦争はロシア・スウェーデン戦争の山場、フィンランド湾の海戦へと移っていく。そして1790年7月、フィンランド湾の一角スヴェンスクスンドの海戦で、ロシアのバルチック艦隊に大勝利を収めた。ロシア艦隊はおよそ150隻の軍艦のうち50隻が撃沈ないし破壊され、死者はおよそ9000人にも及んだ。スウェーデン側の損害は撃沈6隻、戦死者は僅かに300人程度であった。もっとも、この海戦の勝利には、イギリス海軍より出向したシドニー・スミスなどのイギリス海軍軍人の働きも大きかった。ただし、スウェーデン側の疫病等による死者は、対ロシア戦において1万人にも及んだとされている。
4月30日、シルバーサイズは最初の哨戒で日本近海に向かった。哨区の紀伊水道に向かう途中の5月10日6時ごろ、北緯33度00分 東経152度00分付近の日本本土からおよそ600海里離れ、南鳥島の北に位置する海上で、シルバーサイズは1隻の漁船のようなものを発見した。これは日本の東方洋上を哨戒していた第二監視艇隊所属の特設監視艇第五恵比寿丸（昭和漁業、131トン）で、第五恵比寿丸は哨戒線の最南端に位置しており、第五恵比寿丸は西に向かって微速航行していた。第五恵比寿丸も自艦の南西約2,000メートルの位置にシルバーサイズを発見しており、6時5分に「敵潜水艦ラシキモノ見ユ 一隻」と打電したが、その後音信不通となった。6時20分、シルバーサイズは第五恵比寿丸との距離が右舷側後方約700メートルまで接近してきたところで3インチ砲と機銃で攻撃を仕掛け、第五恵比寿丸も搭載の7.7ミリ機銃と船員が所持していた三八式歩兵銃で応戦した。シルバーサイズは第五恵比寿丸より優速であることを生かして自在に転舵して第五恵比寿丸の射撃圏外に逃れ、6時27分に3インチ砲弾が第五恵比寿丸の船体に命中し、無線機を破壊した。6時30分には艦橋に一弾を命中させ、第五恵比寿丸の主要幹部を戦死させた。シルバーサイズは第五恵比寿丸の左舷約300メートルにまで接近し機銃掃射を実施したが、その時、第五恵比寿丸からの反撃で3インチ砲砲座周辺が掃射され、砲の装填を担当していた水兵マイク・ハービンが被弾して戦死した。第五恵比寿丸も操舵不能に陥り戦死者、負傷者が続出していたが射撃を止めず、7時20分には体当たりを企図してシルバーサイズに突進してきた。シルバーサイズは体当たりを避けるべく速力を上げて、7時55分頃に南西方向に向けて戦場を離脱した。シルバーサイズは3インチ砲弾約50発、機銃弾を約4,000発消費し、うち砲弾13発、機銃弾多数を命中させ第五恵比寿丸を大破させたものの、シルバーサイズ自身も艦橋構造物にも多数被弾していた。ハービンは第二次世界大戦でのアメリカ潜水艦隊最初の、銃火を交えた行為における戦死者となり、シルバーサイズはその日の夜、ハービンを水葬で弔った。5月13日、シルバーサイズは北緯33度52分 東経137度09分の地点で潜水艦を発見して魚雷を1本だけ発射したが、命中音は聞こえなかった。5月17日午後には、北緯33度28分 東経135度33分の潮岬沖で中型輸送船と大型輸送船各1隻を発見する。この時、シルバーサイズは潜望鏡に竹竿をくくりつけ、これに日の丸を翻させた上、網で漁船に成りすまして漁船群ごしに船団を攻撃した。シルバーサイズは北緯33度28分 東経135度34分の地点で魚雷を3本発射し、4,000トン級の貨物船に2本命中させてこれを撃沈したと報じ、戦後の調査では、ていむす丸（川崎汽船、5,871トン）と鳥取丸（日本郵船、5,973トン）の2隻の陸軍輸送船を撃破したとするが、日本側の記録は、ていむす丸と「シンリュウ丸」が雷撃を受けたと書いてあるのみで被害の有無ははっきりしない。5月21日午後には市江崎沖で中型輸送船に対して魚雷を2本発射するも命中しなかった。翌5月22日15時ごろ、シルバーサイズは北緯33度30分 東経135度27分の市江崎沖で特設運送船朝日山丸（三井船舶、4,550トン）を発見して魚雷を2本発射して1本を命中させ、朝日山丸の前部を切断した上大破座礁させた。執拗な爆雷攻撃を受けたが、難なく切り抜けた。5月26日夜にも潮岬沖で小型輸送船に対して魚雷を1本発射したが、これは命中しなかった。6月3日、シルバーサイズは北緯33度26分 東経135度33分の地点で海軍徴傭船第二日新丸（大洋捕鯨、17,579トン）と輸送船宮崎丸（日本製鐵、3,948トン）を発見して宮崎丸に対し魚雷を2本発射し、1つの命中音を聴取したが、実際には宮崎丸の船底を通過しただけであった。哨区からの帰途にはミッドウェー海戦で敗れた日本艦隊の動向を警戒。6月21日、シルバーサイズは52日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。