スクレは妻が待つキトに向かい、その地に居を構え、妻の財産に頼って暮らすことにした。政治的には一貫してボリバルに味方したが、ボリバルの独裁化を好まず、自身の政治関与にも消極的だった。ボリバルはスクレを自身の後継者に指名しようと考えていたが、スクレはこの任を拒んだ。しかし1828年にペルーがエクアドルの領有をねらって軍を集結させたため、再びコロンビア陸軍の指揮をとった。総司令官のラマルをはじめとするペルー軍の指揮官の多くは、独立戦争でスクレの部下として戦った者たちであった。倍近い兵力で侵攻したペルー軍は、1829年2月27日のタルキの戦いでスクレに敗れて壊滅した。7月10日に娘のテレサが生まれた。スクレは故郷のクマナで国会議員に選ばれたため、妻子を残して11月に首都ボゴタに向けて発った。1830年1月20日に発足した議会で、スクレは国会議長になった。このとき既にベネズエラはホセ・アントニオ・パエスの下で分離の動きを明らかにしていた。スクレはパエスを説得するためカラカスに向かったが、パエスは会談を拒んでスクレを国境の町ククタで足止めした。スクレはあきらめてボゴタに戻り、ボリバル後の新大統領就任を見届けてから帰郷の旅についた。その旅の途中、1830年6月4日に、スクレの一行は森の中で待ち伏せた複数の暗殺者に狙撃された。スクレは頭に弾を受けて即死した。犯人は不明だったが、現場付近を管轄としていた軍人政治家のホセ・マリア・オバンドが関与を疑われた。オバンドはペルーに逃亡したがすぐに復帰し、1831年から1832年と1853年から1854年の2度にわたってヌエバグラナダの大統領を務めた。オバンドは、自分は無実で、当時エクアドルの分離を画策していたフアン・ホセ・フローレス（エクアドルの初代大統領）が真犯人だと主張した。1842年に下手人が判明し、アポリナル・モリリョらが逮捕され、処刑された。モリリョはオバンドの指示によると供述したが、裁判所はその証言を採用しなかった。スクレの名前はボリビアの首都スクレとなり、生地クマナのある地域もスクレ州になった。またエクアドルの旧通貨の単位もスクレであった。1994年から1998年まで発行されていたベネズエラの旧2000ボリバル紙幣に肖像が使用されていた。2017年10月9日にボリバル宇宙活動庁は小型地球観測衛星アントニオ・ホセ・デ・スクレ（VRSS-2）をベネズエラは中華人民共和国の協力で打ち上げている。
中選挙区時代は、北区・足立区は別の選挙区であった。1996年の設置以来、自由民主党が2度、公明党が3度、民主党が1度議席を獲得、八代英太（自民党）・青木愛（民主党）とタレント議員を2名輩出しているのも特徴である。1996年の総選挙は八代と、新進党から立候補した沢たまきによるタレント議員同士の争いとなった。この選挙では八代が僅差で当選した。1999年の連立与党組み替え（公明党が連立与党に加わった）を経て、八代は続く2000年の総選挙でも再選された。この2000年選挙から連立を組む自民党との選挙協力を全小選挙区において行った。ほとんどの小選挙区は自民党公認候補を公明党が推薦するが、公明党に小選挙区当選者を割り振るため、公明党公認候補が出馬し自民党は候補を出さず公明候補を党をあげて推薦する自公協力区を、大都市圏（東京と関西）にてごく限られた数だけ設定する手法を取った。その結果、関西では公明党公認候補が全選挙区で当選したが、東京ではこの手法は成功しなかった。東京での自公協力の失敗の原因を、「党員も含めた自民党支持層の非協力」にあるとみた公明党は、東京小選挙区での公明公認候補を1選挙区だけに絞り、絶対に落選させてはならない議員を候補として送りこむという戦術を取った。公明党は、次期党首と目されていた太田昭宏を候補とし、自公協力区として自民党が選んだのがこの東京12区であった。自民の現職（八代）との調整上、常に同区を公明党に明け渡すのでなくコスタリカ方式によって、自民八代と公明太田が小選挙区と比例区に順繰りに立候補するという合意が自公両党間でなされた。当区が選ばれた理由には、八代は山梨県出身の落下傘候補であること、地元区議や都議との関係も薄い他党からの移籍者であることなど、党内および選挙区内での基盤が弱かったことがあげられる。この合意がなされた2003年の総選挙は、前回当選の八代は比例代表にまわり、小選挙区は太田が立候補、当選した。しかし、その後の郵政民営化法案採決で八代は党議に反して民営化反対票を投じたため、2005年の総選挙では、八代は党公認を得られず無所属での立候補となり、コスタリカ方式は崩れた。そこで、この選挙でも引き続き太田が自公を代表する候補として臨み、再選された。与党への逆風が強くなった2009年の総選挙では、前回まで立候補していた藤田幸久が参議院茨城県選挙区に鞍替えし当選したため民主空白区となっていたが、参議院比例区から青木が鞍替えで立候補し当選した。太田は比例代表への重複立候補をしていなかったため議席を失った。2012年の総選挙では太田が青木を大差で破り返り咲いたが、選挙前に民主を離党し日本未来の党に参加していた青木も重複立候補していた比例東京ブロックで復活当選した。2014年の総選挙では前回立候補した太田、青木、日本共産党の池内沙織のほか、元航空幕僚長の田母神俊雄が次世代の党公認で立候補。この選挙では2万票以上得票数を減らしたものの太田が再選した。池内は安倍政権への全面対決を掲げてやや得票数を伸ばし、共産党が獲得議席数を増やした比例東京ブロックで重複立候補しており、復活当選した。生活の党に参加した青木は得票数を減らし、生活の党は比例東京ブロックで議席を獲得できず比例復活もならず議席を失った。田母神は公明党並びに太田への批判を展開し、公明党に批判的な保守層への浸透を図ったが最下位で落選し、次世代の党は比例東京ブロックで議席を獲得できず比例復活もならなかった。2019年5月、公明党は第49回衆議院議員総選挙において太田の立候補を見送り、新たに比例北関東ブロックの岡本三成を擁立することを決定した。