十三湊は、現在は閉じて汽水湖となっている十三湖が内海として日本海に大きく開いていた頃の、西の日本海と東の内海に挟まれた場所で南北に長く形成された（今も形成されている）砂嘴にて、自然発生的に営まれ始めたと考えられている。現在行政上は青森県五所川原市の十三地区に属し、青森県道12号鰺ケ沢蟹田線が通る十三湖大橋南部に位置している。水戸口（船の出入口）は現在では十三地区北部（十三湖大橋下の日本海側）にあるが、中世期には十三湊より南西方の明神沼南端に位置していたとされる。沼南端付近の丘陵に湊明神宮があるが、この地は中世期における「浜の明神」跡と伝えられており、浜の明神は航海における守護神であると共に灯台の役目も果たしていたと考えられている。なお、現在の水戸口から十三湊遺跡の西側および南西方の湊明神宮に向かって3つ並ぶ「前潟」「セバト沼」「明神沼」は旧水戸口の水路跡との見方がされている。十三湊より北東方に2〜3キロメートルほど離れた位置にある山王坊遺跡（山王坊日吉神社付近の神仏習合遺跡）や福島城跡は十三湊を本拠地とした安東氏（津軽の安藤氏）との関連が指摘されている。特に福島城については同氏の居城であったとの見方もされている（「十三湖#神社仏閣・城跡・遺跡」も参照）。
怪しき“古文書”『東日流外三郡誌』によれば、興国元年（西暦換算:1340年。南北朝時代初期）の大海嘯（大津波）によって十三湊は壊滅的被害を受け、これによって安東氏の政権は崩壊したという。しかしながら、発掘調査でこの時期における津波の痕跡は検出されておらず、また、興国2年以後も十三湊は重要な湊として数々の文献に記されている。従って同書の記述は信じるに値しない。そして何より、1993年（平成5年）に青森県古文書研究会が同書を偽書と断じており、研究者の大多数がこの結論を支持している。『東日流外三郡誌』の記述はともかくとして、弘前大学の発掘調査により、正確な年代こそ不詳ながら、十三湊を襲った津波の痕跡であろう泥の堆積が2層以上確認されており、津波の試練を幾度も受けながら存続していったのは確かなようである。
天然の良港であり、平安時代末期にはアイヌとの交易拠点として奥州藤原氏の支配下となり、一族の藤原秀栄が現地に土着し、後に十三氏を名乗ったが、1229年に、安東氏によって、居城の福島城を攻め滅ぼされた。
十三湊（とさみなと）は、日本の本州島の津軽半島北西部に所在する十三湖（※往時は内海であった）の西岸、現在行政上の青森県五所川原市十三（明治初期の西津軽郡十三村、江戸時代の陸奥国津軽郡十三村、中世期の陸奥国津軽郡域）にあって、13世紀初頭から15世紀半ば（鎌倉時代後期前葉から戦国時代初頭）にかけての中世期に、蝦夷沙汰職（えぞ さたしき。蝦夷管領）を務めた安東氏（津軽の安藤氏）の許でとりわけ隆盛を極めた湊である。地域名「十三」を江戸時代前期までは「とさ」と読んだが、後期以降は「じゅうさん（歴史的仮名遣：じふさん）」と読むようになった。もっとも、現在は「十三湊」関連に限って古訓「とさみなと」に戻して読んでいる。遺跡は十三湊遺跡（とさみなと いせき）と呼ばれ、2005年（平成17年）7月14日に国の史跡に指定されている。史跡としての中心地（説明板所在地）は十三古中道（ふるなかみち）61番地。本項ではこの遺跡についても述べる。
東京府東京市（後の東京都）日本橋区出身。東京開成中学、一高、東京帝国大学卒業後、農商務省官僚となる。農林省蚕糸局長を経て、1937年（昭和12年）に企画庁創立に伴い企画庁次長（初代）となる。その後、農水次官に就任。1941年（昭和16年）、近衛内閣に農林大臣として初入閣。東条内閣でも引き続き農林大臣に就任。東条内閣では拓務大臣も兼務した。1942年（昭和17年）4月30日の第21回衆議院議員総選挙に出馬して初当選をした。1945年（昭和20年）、護国同志会結成に参画。戦後、1945年（昭和20年）9月11日にA級戦犯容疑者として逮捕されるが、その後釈放。横浜・巣鴨の監獄に収容されていた際は、賀屋興宣らと囲碁を楽しんだという。公職追放の解除後の、1953年（昭和28年）の第3回参議院議員通常選挙で三重県選挙区から無所属で出馬して初当選した。岸信介系の参議院議員として政界に復帰した。緑風会を経て、1957年（昭和32年）8月に自民党に入党した。1959年（昭和34年）、第2次岸内閣改造内閣で法務大臣に就任した。1965年（昭和40年）、勲一等瑞宝章を受章した。1967年（昭和42年）、弾劾裁判所裁判長に就任した。1972年（昭和47年）に、勲一等旭日大綬章を受章した。1971年（昭和46年）に政界を引退した後に、皇學館大学と学校法人皇學館の理事長に就任した。1978年（昭和53年）に、自叙伝「藻汐草―井野碩哉自叙伝」を著した。1980年（昭和55年）5月19日、腎不全のため死去した。叙正三位。