寧蒗は元代に設置された永寧州と蒗蕖州地域が1917年に統合され誕生した。1956年9月20日に民族自治県に昇格し現在に至っている。
台31線（たいさんじゅういちせん）は、桃園市蘆竹区から新竹県湖口郷に至る台湾省道であり、計画段階では「高鉄橋下桃園段道路（こうてつはししもとうえんだんどうろ）」と呼ばれていた。
2006年の沖縄県知事選挙に、自民・公明の推薦を受け出馬し、野党8党の推薦・支持を受けた糸数慶子を破り初当選した。各党の折衝に時間を取られた糸数の機先を制し、さらに糸数を推薦した自由連合代表の徳田毅が離党して仲井眞支援に回るなど、野党の切り崩しに成功したといえた。糸数陣営は普天間基地県内移設反対など在日米軍基地問題を強く主張したが、厳しい経済情勢の中で、行政や財界での経験から経済振興を争点とし、稲嶺県政の継承発展を主張した仲井眞に支持が集まったとされた。仲井眞は県内保守派に基盤を置くが、沖縄特有の問題（在日米軍基地問題や歴史問題など）については前任者の稲嶺惠一同様、政府とは一線を画して地元の立場を強く主張し、譲れないものは譲れないという姿勢を見せている。『産經新聞』や『日本経済新聞』が選挙後の社説で、仲井眞の当選を喜ぶとともに仲井眞に在日米軍基地問題で政府に従うよう釘を刺したが、仲井眞は辺野古基地問題に関して、「（掃海母艦を出すのは）銃剣を突きつけているような連想をさせ、強烈な誤解を生む。防衛省のやり方はデリカシーに欠ける」と発言し、政府の強硬策を牽制した。2007年6月23日、県知事として「沖縄全戦没者追悼式」に出席したが、翌24日、軽い脳梗塞で緊急入院した。入院及び自宅静養で2週間程度公務を休む必要があると診断されたが、既に追悼式の段階で体調の不良を訴えていたといわれ、追悼式には医師の立会いのもとで出席した。同年7月9日に公務復帰。2007年9月には、文部科学省が公立高校の歴史教科書から旧日本軍の集団自決強制の記述を削除した問題で起きた県民の抗議集会に参加し、政府の対応を「遺憾である」と表明。2008年2月11日に沖縄駐留アメリカ軍兵士が中学3年の少女に対する暴行・強姦容疑で逮捕された件で、記者団に対して前持って用意されたメモに沿う形で一連の事件に「強い怒り」を表明したが、普天間飛行場の機能をキャンプ・シュワブ沿岸部へ移設する計画には全く影響しないと語った。2010年7月の第22回参議院議員通常選挙では自民党公認の島尻安伊子陣営で選対本部長を務めた。2010年11月、自民党沖縄県連からの支援及び推薦と公明党・みんなの党の推薦を受け、日米合意の見直しと基地の県外移設を公約として沖縄県知事選挙に出馬、335,708票（得票率52.0％）を獲得し、共産党・社民党・国民新党・新党日本・沖縄社会大衆党推薦の新人で前宜野湾市長の伊波洋一、幸福実現党の新人候補者を破り再選された。しかし、県外への移設論に傾いた米軍普天間基地移設問題は、選挙戦の最中に朝鮮半島で武力衝突があったこともあり、実現できるかどうか流動的な情勢となっている。2012年7月、尖閣諸島問題が燻り続ける中で中華人民共和国の北京に沖縄県北京事務所を開所し、中国外交部部長の楊潔篪から高く評価された。2013年1月10日、腹痛を訴え、診断の結果急性胆嚢炎と診断され入院。翌11日に胆石を取り除く手術を受けたのち、同月20日に退院し静養。静養中の2月2日には安倍晋三（第2次安倍内閣）との会談を行った。正式な公務復帰は同月4日となった。2013年9月9日 2040年に長寿日本一を取り戻すことを目標に「健康長寿おきなわ復活推進本部」を設置して、自ら本部長に就任。2013年12月27日　米軍普天間飛行場（沖縄県宜野湾（ぎのわん）市）の名護市辺野古への移設に向けた政府の埋め立て申請について「基準に適合していると判断し、承認することとした」と表明した。2014年1月10日、沖縄県議会の本会議において、米軍普天間飛行場の名護市辺野古移設に向けた埋め立てを承認したことは公約違反だとして、知事の辞任を求める決議が可決された。ただし、決議に拘束力はなく、仲井眞は辞任しない意向を示した。2014年4月10日に沖縄県と71団体で構成する「健康長寿おきなわ復活県民会議」を発足させて、沖縄県民の健康長寿を取り戻すための県民運動を目指した。働く世代の健康改善を目的とした短期目標を設定し、生活習慣改善のための行動指針として、健康診断やがん検診の受診、適正な飲酒量を示した上で、健康改善を主な目的として、県民意健康づくりへの積極的な参加などを求めた「いちまでぃんちゃーがんじゅうー県民宣言」を発表した。2014年の沖縄県知事選挙には自民党の推薦を受け出馬。その後、次世代の党からも推薦を受け選挙戦を戦ったが、翁長雄志に破れ、落選した。