基本的には自主制作のプログラム（主にゲームなど）や、コンピュータグラフィックスで描かれた自作の絵などを収録したものが中心となる。その他自作音楽データやデータベース的なものなどもあるが、ジャンル分類は次項を参照されたい。パソコンの草創期からこうした自作のデジタルメディアによる作品は同人レベルでも作られ頒布されてきた。各地に存在したコンピュータクラブなどの集まりで製作されたり、パソコン通信を通じて知り合った仲間同士で作成されてきたのである。こうした種類の作品は、コミックマーケットなどでは特定のジャンルを用意してサークル参加可能なものの、他の同人誌即売会ではその場で内容を確認できないため、あまり扱われなかった。そのため、草創期当時にはスタジオYOU（ユウメディア）主催による「パソケット」という同人ソフト専門の即売会イベントも存在していた。また、テクノポリス（徳間書店）やパソコンパラダイス（メディアックス）など一部のパソコンゲーム雑誌が同人ソフトの紹介ページを設けていたほか、ブラザー工業のパソコンソフト自動販売機「ソフトベンダーTAKERU」でも、事業後期には同人ソフトの取り扱いを行っていた。この状況が大転換したのは、1995年以後のパソコンおよびインターネットの急激な普及があった。これまでごく限られた層だけが使っていたパソコンが一般家庭にも普及するようになり、そうした一般ユーザーが容易に同人ソフトを使える状況になったことが大きい。さらにインターネットとブロードバンドの提供エリアが拡大されたことで、遠隔地でも互いに容易に大容量のデータをやり取りできるようになったことも大きい。また、配布メディアの大容量・低価格化も一層拍車をかけた。特にCD・DVD±Rの読み書きに対応した光学ドライブの高速・低価格化によって個人でも容易に量産化が可能になり、さらにCDプレスメーカーが同人サークルにも門戸を開放したことから大量生産・大量頒布も可能となった。それに応じて扱うデータも大容量化が進行し、ゲームにいたっては市販作品と遜色ない作品も作られるまでに至る。光学ドライブ搭載のノートパソコンも普及することで、会場内でも内容の確認も可能になったため、これまで扱うことが不可能だった即売会でも参加が可能になった。同人ショップでも取り扱われることも多くなり、最近ではデジタルデータという利点を活かし、同人ソフト専門のダウンロード販売サイトも開設されている（「デジ同人」も参照）。しかし、その一方でデジタルメディアという性質から容易に複製されやすく、法人の著作物（市販のゲームソフト、ビジネスソフトなど）にあるような、コピーガードやアクティベーションなどによるプロテクトをほとんど施せない問題も持っている（プログラマに一定の技術があれば、ある程度のコピーガードを施すことは可能だが、完全にガードできるとは限らない。アクティベーションになると、認証専用のサーバも設置せねばならず、同人では非現実的なものといえる）。実際、著名なサークルの作品が頒布された当日には、すぐに複製されインターネット上で違法に出回っている現実もある。
三共と第一製薬の一連の経営統合において、本体の統合に先立ち、2005年（平成17年）12月16日に両社のヘルスケア事業の統合を目的に設立。2006年（平成18年）4月1日に三共と第一製薬のヘルスケア事業を当社が継承し、同年4月3日に営業開始した。2006年（平成18年）4月13日に第一三共がゼファーマの株式を取得し、第一三共グループ内でヘルスケア部門の企業が並立する状態となった。ゼファーマは第一三共とほぼ同様の方法で山之内製薬と藤沢薬品工業が統合し、2005年（平成17年）4月にアステラス製薬となった際、それに先立って2004年（平成16年）10月に両社のヘルスケア事業を統合して誕生した企業であったが、ゼファーマの親会社・アステラスが医療用医薬品事業に特化する方針を固めたことにより、第一三共に全株式を売却したものである。その後、2007年4月に第一三共の完全統合と同時に行われたグループ内の再編により当社がゼファーマを吸収合併した（商号の変更はなし）。このため、現在は三共・第一製薬・藤沢薬品工業・山之内製薬の4社が発売していた商品を扱っており、各社が主力としていた「リゲイン（栄養ドリンク剤）」、「カロヤン（発毛促進薬）」、「マキロン（殺菌消毒薬）」など従来各社が扱っていなかったカテゴリが相互補完され、ラインナップが拡大。取扱品が多い同業他社と肩を並べる品揃えになった。統合によりラインナップが増えたことをアピールするため、2007年（平成19年）3月に掲載された新聞広告では、頭のてっぺんから足のつま先まで当社製品をまとった人間型オブジェが登場した。当社は主に風邪薬や胃腸薬を主力としており、風邪薬では取扱範囲が多い「ルル」、のど関連の製品がある「ペラック」、持続性型の「プレコール」、葛根湯製剤を主に扱う「カコナール」とタイプの異なるブランドがそろっており、また胃腸薬では総合型の「第一三共胃腸薬（2010年（平成22年）8月に「新三共胃腸薬」から製品名を変更）」・H2ブロッカーの「ガスター10」・制酸型の「センロック」等があり、消費者のニーズにこたえる豊富なラインナップとなっている。一方では統合により重複したカテゴリを整理し、ブランドの集約を行ったり、一部製品は製造委託から自社製造への切り替えを行っている。北京オリンピック期間中では、民放テレビ局において当社と第一三共との合同で『第一三共』という名称で提供し、当社と第一三共のCMを折半で振り分ける形で放映された。また、2008年（平成20年）秋からはCMの冒頭に第一三共と同一のサウンドロゴを挿入している（当社のサウンドロゴはロゴマークだけでなく、真下に「第一三共ヘルスケア」と記載。2010年（平成22年）1月より放映されているCMではサウンドロゴの映像が変更になっている、また、「ロキソニンS」のCMより16:9のワイド対応となっている）。