逆行性シグナリングとは、シナプス後細胞で誘導、発現した長期増強がシナプス前細胞でも発現することを説明しようとする仮説である。この仮説の名前は、通常のシナプス伝達はシナプス前細胞からシナプス後細胞へと一方向的に伝わることから付けられた。シナプス後細胞で長期増強が誘導され、シナプス前細胞でも長期増強が発現するには、何らかの信号がシナプス後細胞からシナプス前細胞へと『逆行』しなくてはならない。その信号によりシナプス前細胞における反応の連鎖が開始され、神経伝達物質の放出確率の増加などのシナプス前細胞における長期増強の発現が起きると考えられる。長期増強の発現におけるシナプス前細胞の寄与を認めない研究者などにとって、逆行性シグナリングは論争の対象となっている。仮説の支持者の間でさえも、逆行性メッセンジャー種類については論争が存在する。初期の考えでは一酸化窒素に焦点が集まっていたが、最近の研究により細胞接着タンパクが重要であるとみられている。
神経細胞が活動した際、細胞外シグナル制御キナーゼは多数の細胞質分子と核内分子をリン酸化し、最終的に後期長期増強において観察されるタンパク質生合成と細胞の形態的変化を引き起こす。このような細胞質分子と核内分子には、CREBのような転写因子がある。細胞外シグナル制御キナーゼを介して起きる転写因子の活性の変化は、後期長期増強の維持に関わるタンパク質の生合成の引き金となる。このようなタンパク質の例としてPKMζと呼ばれる長期増強の誘導の後に生合成が増加し、持続的に活性化するキナーゼがある。PKMζはPKCの特殊なアイソフォームで、調節ユニットを失っているために構成的活性化が起きたままになっている。長期増強を仲介する他のキナーゼと違い、PKMζは長期増強の誘導から初めの30分は活性がなく、長期増強の後半の段階である長期増強の維持に必要なキナーゼである。したがって、PKMζは記憶の持続に重要であり、長期記憶の維持に重要であると見られている。実際、ラットの海馬にPKMζ阻害剤を導入することにより、短期記憶を阻害することなく逆行性健忘を起こさせることができる（PKMζは短期記憶の成立には関与していない）。PKMζは最近、後期長期増強の発現に関わるシナプス足場タンパク質の輸送の指令や再編成によって後期長期増強に関わっていることが示されている。
前期長期増強の際のMAPKなどのプロテインキナーゼの持続的な活性化によって引き起こされた、遺伝子発現やタンパク質生合成の変化によって、後期長期増強は誘導される。実際、MAPK、特にその下位ファミリーであるERKは前期長期増強と後期長期増強を繋ぐ分子であるとされている。これは、CaMKIIやPKCを含む、多くの前期長期増強の信号伝達の流れが細胞外シグナル制御キナーゼへと収束しているためである。最近の研究によって、後期長期増強の誘導は、cAMP応答配列結合タンパク質 (CREB : cAMP response element binding protein) の強力な転写共役因子 (transcriptional coactivator) であるCRTC1 (TORC1) へと収束する分子的な現象である、PKAの活性化とカルシウムの流入が同時に起きることに依存することが示されている。この2つの現象が同時に起きることが必要とされることは、長期増強、ひいては学習がもつ連合性という性質の完璧な説明となる。
前期長期増強の延長上に、後期長期増強が存在する。タンパク質生合成非依存的な前期長期増強とは違い、後期長期増強はシナプス後細胞における遺伝子の転写とタンパク質生合成を必要とする。後期長期増強には、タンパク質生合成に依存する段階と、遺伝子の転写とタンパク質生合成の両方に依存する段階の2つの段階が存在する。これらの段階をそれぞれLTP2とLTP3と呼び、前期長期増強をLTP1と呼ぶことがある。
制限時間内に、フィールド内に3つある敵のアルカナストーンを制圧すれば勝利となる。制限時間内に勝負が付かない場合は、より多く制圧した側が勝利する。アルカナストーンの制圧は、味方パーティが敵アルカナストーンの制圧範囲に入るか、敵パーティを全滅させる、アルカナストーンゲージを減らす特殊技を使う、敵降魔を倒すの4通りの方法がある。アルカナストーンの制圧は、味方パーティの数が多いほど早めることができる。また、敵が味方アルカナストーンを制圧している場合、味方パーティを制圧範囲に入れることで妨害することができる。各使い魔カードにはコスト（10〜30の5刻み）が表示されており、その合計が制限値 (90) 以下でさえあれば、最大9枚までゲームに登録できる。ただし、同じ使い魔及び同じとみなされる使い魔は1枚しか登録できない。たとえば後のバージョンで追加されたSR【掌握】セラフとRセラフは同時に登録できない。一度に出撃できる使い魔は最大3枚で、それ以外の登録された使い魔は控え位置に配置し、パーティーメンバーを入れ替えて出撃する事になる。パーティーの移動速度（4段階）は、主人公を含めた一番遅いメンバーの速度になる。使い魔にはスキルという能力を持つものがあり、該当するスキルをもつ使い魔のいるパーティは下記施設の封印速度及び封印を解除する速度が速くなる。II以降ではさらに、ストックプレイスに置いているときに選択する（一番左側に配置する）ことでフィールドのキャラクターに効果を発動するサポートスキルが追加されている。複数のスキルを持つキャラクターもいるが、Iでは同じスキルは1つ（例: シールド）だったが、IIではWスキル（例: Wシールド）、II ULTIMATE VERSION以降はTスキル（例: Tシールド）が設定されており、後者のほうが効果が高い。