13世紀始め、チベットをモンゴル帝国が襲った。モンゴル帝国は初期から内部の争いが絶えなかったので、各宗派はそれぞれ自分のモンゴルの保護者を探した。パクモドゥ派はフレグとの接触を試みたがフレグは1265年に死んだ。結局、チベット中央はクビライを保護者に選んだサキャ派が支配するようになった。パクモドゥ派とデンサ・ティル寺院も時の経過と共に発展していた。13世紀の始めに宗派の長が空位になると、出自不明のラン氏が僧正職を継ぐようになった。これ以後、デンサ・ティル寺院の僧正職はラン氏出身の僧侶が、パクモドゥ派の支配地域はラン氏の長が支配するようになった。クビライはサキャ派に大きな権限を与えたが、一方でチベット十三万戸を設けて各万戸長に地方自治を行わせた。1322年、パクモドゥ派の長も万戸長を任された。パクモドゥ派の初代万戸長はラン・チャンチュプ・ギェルツェン(1302-64)である。パクモドゥ派はオン渓谷を下ったブラマプトラ川南岸にあるネドンをも支配した。チャンチュプ・ギェルツェンは隣接するヤムサン万戸と争いを始めた。サキャパ政権はチャンチュプ・ギェルツェンを２度投獄するが、チャンチュプ・ギェルツェンの権威は揺るがなかった。1347年にサキャ派が分裂して力を弱めると、チャンチュプ・ギェルツェンはツェル、ディグンなどラサ東部を次々に攻略した。1354年にはサキャの長がチャンチュプ・ギェルツェンに事実上降伏し、さらに1358年にサキャの長が大臣に暗殺されてチャンチュプ・ギェルツェンがチベットの長となった。
パクモドゥ派はカム出身の貴族ドルジェ・ギェルポ(1110-70)が開祖である。ドルジェ・ギェルポは師のガムポパ(1079-1153)からカギュ派の長に任命され、ダクラ・ガムポ寺院を任された。1158年、オン渓谷の東側の谷にあるパクモドゥの地に定着し、デンサ・ティル寺院を建立して新宗派を開き、ドルジェ・ギェルポはパクモドゥパと呼ばれるようになった。（この頃にカギュ派はいくつかの分派に分かれた。今日ではカギュ派と言えば、パクモドゥ派とは別系統のカルマ派が主流である。）
2007年6月、幻冬舎からの著作『新・UFO入門』の中の文章の一部が、インターネット上のあるブログからの無断転載ではないかとの疑惑が持ち上がった。ブログ主宰者から指摘されると、唐沢は自身のサイト上において、確かに参考にしており、当該ブログより多くのものを得たことを明示していなかったことは手落ちであると詫びたが、悪意や盗用の意思はなかったとも主張した。後にブログ主宰者との交渉は唐沢から幻冬舎の法律担当に引き継がれたが、交渉経緯や謝罪文の公表をめぐって決裂したため正式な和解には至らず、唐沢は当該ブログの「内容とほぼ同一の文章を無断で掲載してしまった」との謝罪文をサイトに掲載した上で、『新・UFO入門』の二刷において該当ブログより無断で掲載していた旨を記して刊行した。ただし、後者に関してブログ主宰者には一切の連絡がなかったという。『新・UFO入門』においては他にも、新戸雅章の文章が無断で改竄のうえ使用されているのではないかと新戸本人などより指摘されているほか、他のウェブサイトからの盗用も指摘されている。なお、『新・UFO入門』は改訂後増刷はされず絶版となっており、唐沢が予告していた続編も発表されていない。唐沢はその後、『社会派くんがゆく!復活編』において、この件は単なる「引用ミス」であるとした上、ブログ主宰者側の過大な要求があったかのように主張し、批判されている。また村崎百郎は、唐沢との対談の中で、「この件（引用者注：盗作）に関しては諸悪の根源が唐沢さんにある」と述べている。この件がキッカケとなり他の書籍における文章盗用問題が取りざたされるようになり、2005年8月に発行した唐沢俊一著『唐沢先生の雑学授業』の中に、メルマガ知泉に書かれたアントニ・ガウディの雑学がほぼそのままの形で盗用されていることも指摘されている。それ以外にも知泉で書かれていた物が多く唐沢俊一の著書に流用されていることがその後の検証で発覚している。たとえば、『唐沢俊一のトンデモ事件簿』や、雑誌『ラジオライフ』上での連載にも、ウェブサイトからの盗用が指摘されている。また『唐沢俊一のトンデモ事件簿』に関しては、アイルランド共和軍はアイルランド独立を目指す組織である（実際にはアイルランドはすでに独立しており、現在の目標は北アイルランドの統合である）、俳優ショーン・コネリーはアイルランド独立運動を支援しているためにサーの称号をもらえないでいる（実際には彼が支援しているのはスコットランド独立運動であり、しかも2000年にナイトの称号を授与されている）、といった間違った記述があることも指摘されており、唐沢の雑学知識を疑問視する意見もある。これらの検証サイトに反応する形で、京都大学の安岡孝一准教授やミステリ作家藤岡真など出版業界と深く関係を持つ人々のブログなどでも同様の問題が指摘されている。また映画評論家町山智浩はブログで唐沢のプロフェッショナルとしての資質を厳しく問うて非難している。ライターの松永英明は、資料を読み込み自分の文章でまとめる、あるいは出典を明記するといったことを怠り盗用を繰り返すことに対して、「文章を扱う者としての意識に根本的な問題がある」と批判している。当時、唐沢が運営委員を務めていたと学会の山本弘会長は、2008年10月1日に、この問題について長文のエントリーで発言すると自らのブログのコメント欄で発表したものの、何の処分も行われないまま、2014年に山本自身がと学会の会長の辞任と同会の脱退を発表している。