1975年（昭和50年）、厚生省でも孤児情報の公開調査が開始されたが、顕著な結果は得られずにいた。1980年、当時の厚生大臣である園田直は、山本に感謝状を贈るとともに帝国ホテルで食事に招待した。山本はこの運動に予算をつけることを願い、返事をもらうまで食事に手をつけないと言い切り、園田はそれに応じた。山本ら民間による運動はついに国を動かすに至り、集団訪日調査は予算化され、翌1981年（昭和56年）から国による残留孤児たちの集団訪日調査が開始された。このことを皮切りに、新聞、テレビ、ラジオなどあらゆるマスコミも協力し、肉親捜しのために来日する孤児たちの話題を報じた。厚生省による調査が東京の代々木で行なわれる際も山本は必ず参加し、長野と東京の往復が2週間で3回におよぶこともあった。
1980年、山本たちは中国現地で調査を行なうべく、「孤児慰問」と称して訪中調査を行なった。吉林省では約30人の孤児らと出逢い、彼らの肉親を捜せずにいることを謝罪し、彼らの親を最後の1人まで捜すことを誓った。この孤児たちは政府の認可のおりた者たちだが、ほかにも許可を得られなかった約300人の孤児たちが大勢、座り込んでいた。中には数百キロメートルの距離を歩いてやって来た者もいた。それを見た山本は役人の制止を振り切って飛び出し、日本語で「彼らを見捨てて日本に帰ることはできない。わかってくれ」と叫んだ。もはや役人は山本を制止できなかった。このときの山本の聞き取り調査は300人におよび、大きな反響を呼んだ。このとき参加した孤児の1人の協力により、山本の長女の消息も判明した。1982年（昭和57年）に2回目の訪中調査が行われ、山本は黒龍江省でついに長女に念願の対面を果たした。長女には中国に長年ともに暮した家族がいるためにすぐに帰国はできなかったが、後に永住帰国を果たした。その後も山本らによる訪中調査は続けられ、1986年まで9回におよんだ。
1965年（昭和40年）、中国黒竜江省在住の中国残留日本人から手紙が届いた。山本の訪中を何かで知ったらしく、日本にいる肉親の捜索を依頼する手紙であった。これを機に山本は、まだ生存している中国残留日本人孤児の存在を知り、彼らを日本の肉親に引き合せることを決意した。寺の住職としての仕事の合間に、厚生省、外務省、法務省など各省を回り、国会議員全員にも手紙を書いたが、良い返事は得られなかった。それどころか厚生省では孤児たちからの肉親捜しの依頼の手紙が20通以上、棚に眠っている状態だった。さらに1969年（昭和44年）、阿智郷開拓団の生存者の1人が死去の2日前、実は開拓団8割の死は嘘と告白した。自分たちは子供たちの命を救うべく中国人たちに引き渡し、後に帰国できた自分たちは口裏を合わせて全員死んだと嘘をついたのであり、山本の妻と次女は死んだが、山本の長女、そして山本の教え子15人が生存しているはずとのことだった。こうして山本は、長女と教え子たちとの再会に希望を抱き、孤児捜しの使命感をさらに強めた。山本の依頼により、新聞やテレビでは機会あるごとに孤児たちの存在が報道され始めた。1970年（昭和45年）にはNHKの協力のもと、肉親の不明な孤児たちへの呼びかけと、山本のもとへ連絡する旨の放送が、日本語と中国語の両方で中国全土に流れた。
2019年（平成31年）3月現在、国宝の建造物は、近世以前が224件（内訳：神社40件、寺院157件、城郭9件、住宅14件、民家0件、その他4件）、近代が2件（内訳：産業・交通・土木1件、住居1件）の合計226件である。なお、近世以前で言う「住宅」は城郭の御殿、社寺の書院、客殿などを指し、「民家」は町屋、農家などを指す。民家の国宝指定物件はない。1967年（昭和42年）に法隆寺綱封蔵が指定されて以後、国宝建造物の新規指定は30年間にわたり行われていなかったが、1997年（平成9年）には正倉院正倉（奈良）と瑞龍寺仏殿・法堂・山門（富山）が指定された。正倉院正倉の国宝指定は「古都奈良の文化財」がユネスコの世界遺産として登録されるにあたっての措置であった一方、瑞龍寺仏殿・法堂・山門の国宝指定は、昭和50年代から行われてきた近世社寺建築調査によって、近世社寺建築の評価が進んだためであり、この指定以降、2002年（平成14年）の知恩院本堂・三門（京都）、2004年（平成16年）の長谷寺本堂（奈良）、2005年（平成17年）の東大寺二月堂（奈良）、2008年（平成20年）の青井阿蘇神社本殿・廊・幣殿・拝殿・楼門（熊本）の指定など、近年は近世建築の国宝指定が目立っている。また、洋風建築の国宝は長らく大浦天主堂（長崎）のみであったが、2009年（平成21年）には近代の建造物としては初めて旧東宮御所（迎賓館赤坂離宮）が指定された。異色の指定物件としては元興寺（奈良）と海龍王寺（奈良）の五重小塔がある。元興寺塔は高さ5.5メートル、海龍王寺塔は4メートルほどの小品で、当初から屋内に置かれたものだが工芸品ではなく建造物として国宝に指定されている。