旅芸人の踊り終了後、アルガン、ベラルド、トワネットの3人の会話から第3幕開始。ベラルドはアルガンを説得しに来たのであった。アルガンが少し席を外している間に、トワネットは結婚をやめさせるために一芝居打つことに決めたとベラルドに告げる。戻ってきたアルガンにベラルドは、結婚のことで説得しつつ「お兄さんは極めて健康体である、医者や薬剤師はアルガンの体を食い物にしているだけだ」と言うも、アルガンは耳を貸そうとしない。フルーランやピュルゴンが登場し、ベラルドの話を聞いて、気分を害して帰ってしまう。再びアルガンとベラルドは結婚のことで話し始めるが、どうもベラルドはベリーヌに含むところがあるらしい。ベリーヌの愛情を確かめるために、トワネットと協力して、アルガンは死んだふりをして反応を見ることとした。死んだふりをしているアルガンを見て、急に態度を変え、本性を現すベリーヌ。アンジェリックとクレアントにも同じことを試してみると、とくにアンジェリックはアルガンを失って本当に悲しみ、動揺し始めた。彼らの優しい気立てと清らかな心を理解したアルガンは、クレアントが医者になるという条件で、結婚を認めると言う。ベラルドの提案で、ダンスと音楽付きの幕間劇をにぎやかに楽しみながら、第3幕終了。フィナーレを迎える。
クレアントが登場。アンジェリックに押し付けられた縁談の話を耳にし駆け付けたが、関係が露呈するのはまずいので、彼女の恋人としてではなく、音楽の先生としてアルガンの家に来たという。アルガンに取り次いでもらったクレアントは、稽古をつける名目で、アンジェリックと再会。会話を交わしているうちに、ディアフォワリュスとその息子、トーマが登場。結婚相手のアンジェリックと、その継母ベリーヌに挨拶をしに来たのだ。トーマは大変な間抜けで、することなすこと頓珍漢であり、また親子そろって古代の賢人たちの学説を妄信しているため、現代からすれば極めて稚拙な医学的知識しか持ち合わせていないが、その知識を披露し、アルガンらを驚かせる。アンジェリックは結婚には反対であると言い出す。ディアフォワリュス親子が退場後、ベリーヌがアルガンに「アンジェリックの部屋に、クレアントがいた」と告げ口をする。アルガンはその告げ口によって、なぜアンジェリックが結婚には反対であると言い出したのか、その真意を理解する。アルガンは、たまたまアンジェリックの部屋にいて、すべてを見ていたルイゾンに口を割らせ、自分の理解が間違いでないことを確認する。疲れて休んでいるところに、弟のベラルドが登場、アンジェリックに良い縁談相手を見つけてきたとアルガンに告げるも、アルガンはわがままな娘の話はもういいと激高する。ベラルドが連れてきた旅芸人の踊りで、第2幕終了。
アルガンが薬剤師のツケを計算しているところから舞台は始まる。召使を呼んでも誰も来ないことに腹を立て、しつこく呼び続け、女中のトワネットが登場。トワネットがアルガンの小言をのらりくらりと交わしているところに、アンジェリックが登場する。アルガンがトイレへ行ったところで、アンジェリックはトワネットにクレアントと結婚したい旨を打ち明ける。そこへアルガンが戻ってきて、結婚の申し込みがお前にあると話をしだし、アンジェリックは早合点して嬉しがるが、その申し込みはクレアントからではなく、トーマ・ディアフォワリュスからのものであった。アルガンは自分を重い病気であると思い込んでいるため、医者を婿にもらえば話が早いし、トーマと結婚すれば色々な財産がついてくるのでこの上なく良い話であると考えて、すでに結婚を約束してきたという。反対のため会話に割って入り、ふたたびアルガンと言い合うトワネット。言い合いが発展して、アルガンはトワネットを追い回し、ステッキで殴ろうとするが、逃げられてしまう。アルガンが疲れて休んでいたところで、ベリーヌが登場。ベリーヌは怒りの収まらないアルガンをなだめ、アルガンはその親切さに感心し、遺言状の話となり、ここで公証人が登場する。アンジェリックがトワネットに、気の進まない結婚を決められてしまったことについて、助けを求めたところで第1幕終了。
バロック時代のフランスの画家ニコラ・プッサンの代表作『アルカディアの牧人たち』では、墓石にラテン語で"Et In Arcadia Ego"（我はアルカディアにもある）と書かれているのを牧人たちが覗き込んで想いにふける様子を描いている。"Et In Arcadia Ego"（我はアルカディアにもある）は、並び替えると"I Tego Arcana Dei"（立ち去れ！私は神の秘密を隠した！）となるとして、リンカーンらは、これをイエス・キリストの血脈に関する秘密と解釈した。リチャード・アンドルーズとポール・シェレンバーガーは多くの単語がレンヌ＝ル＝シャトー地域の目印になっていて、彼らはその目印の場所を特定することができたと述べた。例えば"LA CROIX"はアレ・レ・バン北部で交差する鉄道である。これらの場所を羊皮紙文書の通りに訪ねると、正方形を横切る形になる。これを受け、問題の絵はイエスの墓の位置を示しているとして、南フランスの山中『Rennes-le-Chateau（レンヌ＝ル＝シャトー）』にその位置を推定した。（→キリストの墓）テンプル騎士団がスコットランドに逃れて100年後に、テンプル騎士団の子孫『ヘンリー・シンクレア』が大西洋を西に向かって謎の航海をしたという記録がある。サン・ベルナールの調査によるとテンプル騎士団は財産をカナダの東海岸（大西洋側）に位置するノバスコシアなどに隠したとされ、一部はアメリカにも渡ったともされている。また、『聖杯はヘラクレスの柱の向こうに眠っている』という記述もあり、カナダ説を裏付けているとされるが、『ヘラクレスの柱』の位置問題はアトランティスの研究過程でも問題となっている。トレヴァ・レヴンズクロフトは1962年に20年の研究の末に、スコットランドのミドロシアン州ロズリンにある『ロズリン・チャペル』の螺旋柱の中にあると発表した。しかし柱という柱、建物内のすべてが金属探知機で調べられたが、結果は得られなかった。つまり、その情報は誤っていたか、『ロズリン・チャペル』に一時的に保管され、その後に『ロズリン・チャペル』以外の場所に移動された可能性もある。イングランド、スタンフォードシアにあるリッチフィールド家の庭園にあった記念石碑にも、その鍵があるという。ニコラ・プッサンの『アルカディアの牧人たち』をもとにした鏡像である。また、この石碑には"D.O.V.O.S.V.A.V.V.M"と、刻まれている。イギリスのブレッチリー・パークの政府暗号学校の元解読班員であり、ナチス・ドイツが第二次世界大戦中に開発した暗号機『エニグマ』を破った男、オリヴァー・ローンが、2004年この暗号解読を試み、「Jesus (As Deity) Defy」（イエスの神性を受け入れない）という異端の立場を示したものと発表した。