その後内村は、一番町教会で説教したり、水産伝習所（現在の東京海洋大学の前身の一つ）・明治女学校・東京英和学校などで教鞭をとる。やがて第一高等中学校の嘱託教員になり、有名な不敬事件を起こして、世間の話題を呼ぶことになる。1891年（明治24年）に発生した不敬事件の際には、雑誌『国会』が北越学館における内村の国粋主義的な行動を引用して、内村が勤皇心がある人物であるとの文章を掲載した。内村自身は事件から17年後の1905年（明治38年）に新潟で行った講演で北越学館を去った日のことを回顧し、「12月18日霙乱るる寒風」に送られて東京へ逃げ帰ったと語っている。
1888年頃、内村鑑三がアマースト大学に在学しているときに、アメリカン・ボード宣教師のドリマス・スカッダーを通じて、北越学館から招聘の交渉があったが、内村は一度断っていた。同年5月に、内村が神学校を退学して帰国すると、新島襄を通じて再び話があり、6月6日に赴任を正式に受託することになった。館主のクリスチャン議員の加藤勝弥と契約を結んだ。9月10日に教頭として新潟へ仮教頭として赴任した。内村は百数十人の生徒にエレミヤ書を一週間に4回の講義をした。毎週、土曜日には公開講演会を開いた。また、日蓮宗僧侶による講演会を企画して宣教師たちの反対にもあった。赴任一ヵ月後に、北越学館の発起人たちに「意見書」を提出した。その意見書の中で、外国人宣教師による教育が無給でなされていることを指摘し、これはアメリカン・ボードの援助を受けていることであり、これは、北越学館設立の独立の精神に反するとの見解を表明した。それに対して、宣教師たちは、内村教頭の元での勤務を拒否して、辞職を通告した。内村は愛国心と独立の精神を持っていたので、外国人宣教師や牧師の成瀬仁蔵と学校行政の問題をめぐって激しく対立した。内村は自らの信念に従って行動して、内村と宣教師たちの対立は学館紛争になり、激化した。この紛争は生徒をも巻き込んだ。生徒は「北越学館の独立を計らんための結合」を誓う、内村支持の誓約書が作成され136人が署名した。学館の発起人たちは、これは内村による煽動であると見なした。阿部欽次郎、加藤勝弥、成瀬仁蔵ら発起人は、内村の「意見書」につき会合を開き協議をする。その結果、外国人宣教師の援助を打ち切る必要はないことを決定した。この両者の紛争の調停を図るために、新島襄は横井時雄を新潟に派遣したが、効果はなかった。とりわけ、成瀬が激しく内村と対立して、自らも「意見書」をあらわし、内村の非を五項目にわたり列挙した。その年の12月に内村は北越学館を辞任して、東京へと去った。後任には後に、内村と共にキリスト教界の四村と呼ばれた松村介石が赴任した。この事件に関連して、棚橋一郎、志賀重昂らの国粋主義者が関係していた雑誌『日本人』が内村鑑三の擁護論を掲載した。
北越学館事件（ほくえつがっかんじけん）は、1888年（明治21年）、新潟県新潟市にあった北越学館の教頭に就任した内村鑑三と学館の発起人の成瀬仁蔵らの間に起こった事件である。学館紛争とも言う。
CBCラジオの1053kHzに対する以前の統一革命党の声放送（後に救国の声放送に改称。2003年（平成15年）8月廃局）や現在の朝鮮中央放送の混信は、放送区域の中京圏でも聞きづらい事がある。CBCラジオでは愛知県尾張北部（一宮市や犬山市など）や岐阜市とその周辺の受信状況を改善するために、各務原市に中継局（639kHz・500W）を新設したほどである。敢えて放送区域外のラジオ放送、特に小出力局を聴取しようとする場合、混信との闘いになる。例えば、夜間の東京では、中波1098kHzを信越放送とラジオ福島郡山局が使っており、番組表を見比べたり、地元ニュースやローカルCMの違いで識別するしかない。さらに、距離的にもあまり離れていない和歌山放送と岐阜放送は、共に県域放送であるが、親局同士が同一周波数1431kHzで放送（中継局では山陰放送が複数、ラジオ福島・長崎放送が1局ずつ使用）している事例もあり、これらの地元では他県局の聞き取りは不可能であり、遠方での受信も区別は困難である（指向性のあるアンテナを使っても、日本列島のほぼ中程にあるこの2局は、方位的に切り分けできない場合が多い。）。なお、ユーラシア大陸に近い山陰地方（鳥取県・島根県・山口県）や九州北西部（福岡県・佐賀県北部・長崎県、熊本県、鹿児島県）、台湾に近い沖縄県、瀬戸内海沿岸部では混信は発生しやすく、特に夜間、地元のラジオ放送でも聴き辛くなる事が多い。対策として周波数の変更や中継局の設置の他には、FM中継（サイマル放送）がある。1991年（平成3年）11月にNHKが沖縄県西表島に祖納中継局として、12月に富山県の北日本放送が黒部市に新川局としてFMによる中継局を設置した。これ以降、東京都ではNHKが小笠原諸島の父島・母島両中継局、富山県では北日本放送が先述の新川中継局と砺波市に設置した砺波中継局、鹿児島県ではNHKが奄美諸島の一部中継局、沖縄県ではNHKが先島諸島の一部中継局と南大東中継局、琉球放送とラジオ沖縄では全ての中継局で実施している。2014年（平成26年）には、アナログテレビ放送の帯域を再利用するFM補完中継局として全国的に普及する方針が策定された。この他、路側放送局の付近にAFNの送信所がある場合、1620kHzでは混信を起こすことがある。これは、AFNの第2高調波（810kHz×2=1620kHz）が、路側放送の周波数と同じであるために発生するもので、対策としては1629kHzを使用することとしている。