琵琶湖の市町境界については、かつて、どの市町にも組み入れられていなかった。2007年5月8日、沿岸の各自治体による共同会議において境界の設定に合意し、各自治体の議会の同意を得た上で総務省に届け出を行い、9月28日付で『官報』に確定が公示された。境界確定の目的は主に地方交付税交付金の増額である。また、増額された交付金の半分は琵琶湖の保全に使われることが発表されている。
滋賀県によると、西岸湖底断層系南部では最大でマグニチュード7.6の地震が発生し、その場合、4.9メートルの津波が沖島に到達。また、同断層系北部では最大でマグニチュード7.2の地震が発生し、その場合、長浜市沿岸に3メートルの津波が到達すると予測している。ただし、「西岸湖底断層系南部は活断層だが、300年以内に地震が起こる確率はほぼ0％。他の4断層はいずれも活断層ではなく、津波を伴う地震が発生する恐れは極めて小さい」としている。また、1185年7月9日に、実際に津波が発生した可能性がある。塩津港遺跡で発掘調査が行われた際、湖底で神社が発見され、その神社から津波と見られる痕跡が見つかった(柱が全て琵琶湖の岸に傾いていた)。また、『山槐記』には「琵琶湖の水は北に流れた」、鴨長明は「山は崩れて川を埋め、海(琵琶湖)は傾いて陸地を浸せり」と書いている。
京阪神の水利用において、琵琶湖は非常に重要である。流出する淀川は京都府南部と大阪府中部を貫いて流れ、また琵琶湖が調節池の役割を果たすことから、年間を通して水量が安定している。1895年、大阪市において近代的な水道が近畿地方で初めて引かれて以来、琵琶湖淀川水系の水は上水道をはじめとしてこの地域の水利用を支えてきた。1998年時点で約1,400万人がこの水系の水で生活をしている。
環流と呼ばれる湖全体を循環する大規模な水流（海洋での海流に相当）は、1926年に発見され、1960年代から1995年頃にかけて精力的な研究が行われた。環流は、2つから3つ程度あり便宜的に北から第1環流（反時計回り）、第2環流（時計回り）、第3環流（反時計回り）と呼ばれる。駆動源となるものは海洋における海流と同様にコリオリの力、風、湖心部と沿岸部との温度差気圧などと複雑な要素が考えられ、季節や気象条件により複雑に変動している。なお、環流は常に3つあるとは限らない。
平均透明度は、6mとされている。年により変化があり、水深の浅い南湖では2m程度、水深の深い北湖では4～6m程度であるが、気象条件によっては16mを超える透明度を観測することもある。
水面に現れる周期30分以上の振動（静振）として主に240.9分、71.9分、65.0分、39.8分、32.3分の5種類がある。湖の容量を流入量で割って求めた、全ての水が入れ替わるまでの時間（滞留時間）は5年程度。
竹生島（面積0.14km²）、沖島（面積1.5km²）、多景島、沖の白石、矢橋帰帆島がある。矢橋帰帆島は、下水処理場のために埋め立てて造った人工島である。
琵琶湖の生態系は多様で、1,000種類を超える動・植物が生息している。長い期間自立したためその中には琵琶湖（およびその水系）にのみ生息する固有種も数多く確認されている。その規模も大きく、独特の漁業が発達した。その一方で、オオクチバスやブルーギルをはじめとする外来種の侵入や1992年の琵琶湖水位操作規則の改訂、内湖の消失、水田とのネットワークの分断等によって固有の生物相が大きく攪乱を受け、漁獲高が激減した種も多い。それらへの対抗策も講じられ、外来種駆除や生態系に配慮した水位操作、内湖の再生など様々な取り組みが行われているが、まだ十分な効果をあげられていない。また、琵琶湖産の稚アユは日本各地へ放流され、その為に琵琶湖固有種だけでなく稚アユと共に混獲され放流されたハスなどの種が各地で繁殖するという、移入種を生み出す元ともなっている。
格納庫2段の平甲板型空母で羅針艦橋は飛行甲板最前の直下に置かれた。格納庫の後端は航空機搬入用に開放式になっていた。飛行甲板は長さ158.6m、最大幅23.0m。前端から29.9mの位置から前方に28.7mの長さで1度の下り傾斜が付けられ、中央付近には60.9mの長さで0.35度の上り傾斜が付けられていた。ただ、その傾斜はほとんど目立たない。遮風柵は前面遮風柵に加え、海軍航空本部の強い要請により側面遮風柵も装備した。着艦制動装置の制動索は、呉海軍工廠と広海軍工廠により1933年(昭和8年)に開発されたばかりの電磁式の呉式一型を竣工時に2本装備した。当時はまだ試行錯誤の時代であり、その後の1935年1月からは呉式一型3本を位置を変えて装備し、まもなく呉式滑走制止装置も1組装備した。同年5月からは呉式三型1本、呉式四型1本、フェー式1本を追加装備した。8月からは着艦制動装置は呉式一型1本、同三型1本、同四型1本、同四型改3本の計6本の制動索を装備、滑走制止装置は引き続き呉式1組を装備している。対空兵装として12.7cm連装高角砲を6基を舷側スポンソンに搭載、12.7cm高角砲は空母として初めての搭載艦となった、機銃は九三式13mm4連装機銃を6基搭載、13mm4連装機銃を搭載した空母は龍驤のみだった。