YS-11の軍用機的性格が良い方に働いた例として、機体の頑丈さが挙げられる。航空先進国であった欧米では、民間輸送機開発に際してすでに耐用年数などを踏まえた合理的な機体設計を行うようになっていたが、YS-11は戦後日本で初の本格的旅客機であるため、安全率を過大なまでに確保していた。主翼については約19万飛行時間、胴体は約22万5千時間に相当する疲労強度試験を行っている。東京・調布市にある航空宇宙技術研究所（NAL, 現JAXA）では26か月にわたり大きな水槽の中に胴体を沈め、内圧の増減を繰り返す胴体強度試験を行った（コメット連続墜落事故の検証で使われたものと、ほぼ同じやり方である）が、9万時間までどこも損傷することはなかった（最終的に試験装置の方が損傷し、終了した）しかしその頑丈さは重量増加という欠点にもなって跳ね返ってきた。近代旅客機の常道通りに総ジュラルミン製のモノコック構造であるが、強度重視で重量過大となり、出力の限られたエンジンに対しては重すぎる機体となった。元テストパイロットの沼口正彦は退役後のインタビューにおいて、「YS-11はパワー不足が目立った」とも語っている。YSの出力不足は、沼口に限らず多くのパイロットから指摘されている弱点である。全日空の機長としてYS-11に乗務したことがある内田幹樹はその著書『機長からアナウンス』で「最初はあまりのパワーのなさに驚いた」、「そのうえコクピットの居住環境も、寒すぎたり暑すぎたりとほんとうに最悪だった」、「飛行機マニアにいまでも人気が高いようだが、これはまったく理解できない」、「クラウンに軽自動車のエンジンを乗せたような飛行機」、「パイロット仲間でもYS-11に愛着のある人をほとんど知らない」と酷評している。また重量のためタイヤに負担がかかり頻繁に交換が必要だという。量産1号機にあたるJA8610は国立科学博物館によって羽田空港のT101格納庫に保管されているが、同機はYS-11で唯一の動態保存機で、現在展示こそされていないものの、定期的にエンジンに火が入れられる予定となっており、「頑丈さを証明し、100年先も飛べるYSとして保存する」と言ったコメントも出されている。
機体の設計者たちは戦前に軍用機設計に携わってはいたが、旅客機の設計をしたことがない（それどころか乗ったこともない）者がほとんどであった。このため設計は軍用機の影響が強く、信頼性と耐久性に優れる反面、騒音と振動が大きく居住性が悪い、（後述する理由で）操縦者に対する負担が大きいという、民間旅客機でありながら軍用輸送機に近い性格の機体となってしまった。快適性・安全性・経済性が重視される民間機としては好ましくなく、運用開始した航空会社側からは、非常に扱いにくいという厳しい評価を受けた。それでも日本の航空業界側は「日本の空は日本の翼で」という意識のもと、改修に改修を重ね、機体を実用水準に高めた。航空業界によって使える機体に育ったとも言える。やがて東亜国内航空では日本国外に輸出された機体を購入しなおすなど、YS-11に対する信頼性は大いに上がった。機齢が40年を超えた機体も現れ始めたが、自衛隊や日本国外のエアライン等では2013年現在も使用され続けている。航空大国アメリカでは「日本製の飛行機」、「ロールス・ロイス製エンジンを搭載した飛行機」、「ピードモント航空が使っていた飛行機」という形で知られている。
尾瀬沼・尾瀬ヶ原は日本でも有数の湿地帯であり、本来寒帯・亜寒帯にしか自生しない高山植物や独自の生態系を有し、生物学的に貴重であった。だが、建設計画が持ち上がった時には開発が最優先で考えられ、「尾瀬の自然を残すよりも、尾瀬を開発したほうが将来の日本のためである」と言う意見が内務省や逓信省でまかり通っていたのは事実であった。だが、同じ官庁でも尾瀬原ダム計画に反対する官庁があった。一つは文部省であり、「尾瀬原・利根川・只見川総合開発調査協議会」の第一回会合（1948年2月19日）において次のような意見を述べている。尾瀬原を貯水池とするや否やを先決せよ・・・（中略）・・・尾瀬原は日本の文化財の中でも世界的なものでこれが一度水没すれば元へは還らぬから水没させるという前提では承知できない。・・・（中略）・・・即ち自然は変更できないのであるから設計を変えたらよかろう。（原文旧字体。一部抜粋）として学術的価値から尾瀬の保存を求めダム建設には反対しており、同年3月には「尾瀬ヶ原の学術的価値について」というパンフレットを発行して再度反対表明を行っている。また、当時国立公園を管轄していた厚生省も反対の立場を明確にしている。審議会では、尾瀬原が電源開発上日本最後のものであれば致し方ないが、未だその機に至ったとは考えられぬ。・・・（中略）・・・国民の輿論によって決すべきである。風景資源が日本再建の鍵であり、国立公園として世界的なものは保存せねばならぬ。・・・（後略）。（原文旧字体。一部抜粋）と主張し、上高地、熊野川、黒部峡谷（黒部ダム）と並び開発には容認出来ないとして真っ向から反対した。文部・厚生両省は計画当初から一貫してダム計画には反対している。一方民間からの反対運動では平野長蔵が有名である。明治期に尾瀬の自然に魅せられた長蔵は「長蔵小屋」を建てたが、1919年にダム計画が持ち上がると尾瀬の自然を守る為反対運動を単身で行った。1922年（大正11年）、長蔵は「長蔵小屋」へ永住しダム計画に抵抗の意思を示し、翌1923年（大正12年）には当時の加藤友三郎内閣の内務大臣であった水野錬太郎に尾瀬原ダム計画見直しの嘆願書を送付した。単身で厳しい自然の尾瀬に永住するのは想像を絶するが、「尾瀬を守りたい」という思いが、艱難辛苦の暮らしを支えた。長蔵の死後は子の平野長英が小屋に住んだが、折から1949年に尾瀬沼の片品川へ導水するためのトンネルが完成。ダム計画も前述の様に規模を拡大する方向で進められていく状況であった。これに対し長英もダム反対を唱えたが、このころには尾瀬の自然を守ろうとする文化人や登山家が長英の活動を支援し、尾瀬原ダム建設に反対する為の運動を開始した。これが同年に発足した「尾瀬保存期成同盟」であり、文部省・厚生省の反対表明と同様に尾瀬の保存を世間にアピールした。その後はダム反対運動だけでなくスーパー林道建設反対運動やゴミ持ち帰り運動を進め、尾瀬の自然保全に活躍した。そしてこの「同盟」は現在の日本自然保護協会へと発展し、尾瀬原ダム反対運動は日本の自然保護運動の嚆矢として、自然保護史に名を残した。こうした自然保護運動は尾瀬の環境保護行政に拍車を掛け、1953年には「国立公園特別保護地域」に指定され、1956年（昭和31年）には天然記念物に、続く1960年（昭和35年）には特別天然記念物に指定された。こうした流れに東京電力は1964年（昭和39年）に管理する尾瀬の森林を「水源涵養林」に指定して伐採を原則禁止とし、さらに1966年（昭和41年）3月には尾瀬原ダム計画を事実上凍結し、ダムに拠らない形で利根川水系に発電用の導水を行う方向に事業を大幅縮小した。