菅生祭（すごうまつり）は厄災の除去を祈願したお祭りで、7月19日の「宵宮祭」、20日の「例大祭」、8月第1土曜日の「鉾船神事・奉納花火」の3つの祭事が執り行われている。江戸時代文化・文政の頃から、乙川（菅生川）に提灯を付けた鉾船を浮かべ金魚花火や手筒花火等を打ち上げ奉納している。1818年（文政元年）には岡崎藩主上覧花火が催され、城下各町や近在の村々が技を競ったという。8月第1土曜日の祭事は現在、「岡崎城下家康公夏まつり」の花火大会との共催で行われている。菅生祭の概要は以下のとおり。14時開始。14時30分、2艘の鉾船、天王丸・菅生丸に宮司らが分乗し安全を祈願。これを「船魂祭」という。宮司の祝詞に続き「鉾船神事」が行われる。これは船上から菰（こも）で編んだ舟形の中に人形（ひとがた）、神葭（みよし）を乗せ、菅生川に流し、疫神を流すというもの。「鉾船神事」が終わる頃、長持ちを担いだ氏子衆の練り込み行列が開始される。菅生町・祐金町・六地蔵町の3町は自町の練り込みを行ったのち、中央緑道西側に一旦集結。そこから川沿いに神社へ向かう。本町連・康生連・籠田町の3町は自町を回らず、前述の集結地から乙川沿いを進む。15時30分、神前にて奉納手筒花火。19時、天王丸・菅生丸の船上の提灯塔に一年の月数を表す12 個の提灯を立て並べ、手筒花火を打ち上げ、金魚花火を奉納する。
弘治年間に入っても三好長慶と足利義輝・細川晴元の抗争は続いたが、永禄元年（1558年）11月になって六角氏の仲介により、義輝と長慶の間で和睦が成立。義輝は5年ぶりに還京し、久しぶりに京都に幕府が存在する状況が復活し、幕府と三好政権が並立する状況が生まれた。細川晴元はなおも反長慶の戦いを続けたが永禄5年（1562年）になって長慶と和睦し、永禄6年（1563年）摂津・普門寺で亡くなった。永禄3年（1560年）11月、三好長慶は芥川山城を嫡男の義興に譲り、自らは河内の飯盛山城に本拠を移した。これにより摂津・芥川山城に義興、北河内・飯盛山城に長慶、南河内の高屋城には三好実休、和泉・岸和田城に十河一存と一族を配置。淡路・洲本城の安宅冬康も含め、長慶は摂河泉から大阪湾にかけて強力な支配体制を構築した。だがこの体制は長くは続かなかった。翌永禄4年（1561年）3月、一存が死没。永禄5年3月に実休が久米田の戦いで敗死した。5月には教興寺の戦いで畠山高政を破り、三好政権は全盛期を迎えるものの、永禄6年8月には長慶の後継者の義興が病没と、長慶を支える一門衆が相次いで亡くなった。永禄7年（1564年）5月長慶は冬康を自害させ、7月には長慶自身も43歳で亡くなった。三好本宗家は阿波三好家の義継が相続し、三好家の一門衆が義継を輔弼する体制がとられた。義輝と長慶の後を継いだ義興の間は良好で融和的な関係にあった。しかし義興が永禄6年に亡くなると義輝政権と三好政権の並立状況に変化が起き始めた。義輝は御所の改修に乗り出し、上杉謙信に北条氏康との和睦を促すようになった。永禄8年（1565年）5月、三好勢は義輝に何事かを訴えるために御所巻を行ったが、その最中戦闘に発展し義輝は戦死した。三好勢は義輝の弟の足利周こうを殺害。もう一人の弟足利義昭も興福寺に幽閉されたが7月に脱出し近江に逃れた。この状況下、反三好勢力が期待をかけていたのは関東管領の謙信だった。義昭・畠山氏は謙信に上洛を求め、越前の朝倉氏も謙信に上洛を勧めた。しかし武蔵を巡って北条氏と緊張関係にあった謙信は上洛することは出来なかった。こうして三好家が政権の主導権を獲得したが、今度は家臣団内部で不和が生じ始めた。同年11月、松永久秀と三好三人衆は断交し、翌永禄9年（1566年）2月、両者は和泉・上野芝で合戦し三好三人衆が勝利した。追い詰められた久秀は堺に立て籠もったのち、5月に姿をくらました。永禄10年（1567年）2月、義継は三好三人衆と義絶し、再び姿を現した久秀とともに大和を根拠地に三人衆と争うことになった。4月、三人衆は大和に攻め込み久秀・義継と三人衆は奈良で市街戦を展開した。この市街戦は6ヶ月もの長期に亘ったが10月10日夜、久秀・義継軍は東大寺大仏殿に陣取る三人衆を急襲し、敗れた三人衆は大和から退却した（東大寺大仏殿の戦い）。永禄11年（1568年）3月、三人衆に推戴され足利義栄が摂津・富田で将軍位に就任したが、上洛することは出来ず9月に同地で没した。一方、近江・矢島に逃れた義昭は朝倉義景を頼って越前に入国した。義昭は越前から各地の戦国大名に上洛のための馳走を呼びかけた。その中から織田信長がこれに応じる意向を示し、永禄11年7月義昭は越前を発ち信長の本拠地美濃・岐阜へ移動した。9月、足利義昭は織田信長に供奉され上洛。10月には15代将軍に就任した。