松尾芭蕉や藤堂藩（津藩）、忍者といった郷土資料の収集を行っている。また伊賀古文献刊行会による翻刻資料も所蔵する。1956年（昭和31年）に寄贈された「村治文庫」12,000冊には『白樺』全160巻のうち156巻が含まれており、貴重である。このほか、図書館ボランティアと共同で布絵本を作る活動も行っている。
青山図書室（あおやまとしょしつ）は伊賀市阿保1411番地の青山公民館内に設置されている。唯一の市直営施設である。図書室の面積は181m²。2015年（平成27年）度の蔵書数は22,063冊、貸出者数は3,783人、貸出冊数は12,293冊。
島ヶ原図書室（しまがはらとしょしつ）は伊賀市島ヶ原4739番地の島ヶ原会館内に設置されている。運営は島ヶ原地域まちづくり協議会に委託している。図書室の面積は30m²。2015年（平成27年）度の蔵書数は2,729冊、貸出者数は403人、貸出冊数は953冊。
大山田図書室（おおやまだとしょしつ）は伊賀市平田3154番地の大山田公民館内に設置されている。運営は伊賀市文化都市協会に一部業務委託している。図書室の面積は109m²。2015年（平成27年）度の蔵書数は13,689冊（AV資料3点を含む）、貸出者数は4,151人、貸出冊数は13,481冊。
阿山図書室（あやまとしょしつ）は伊賀市川合3370番地29のあやま文化センター内に設置されている。運営は伊賀市文化都市協会に一部業務委託している。図書室の面積は351.3m²で分館の中では最も広い。2015年（平成27年）度の蔵書数は22,882冊（AV資料を含む）、貸出者数は3,426人、貸出冊数は12,654冊。
いがまち図書室（いがまちとしょしつ）は伊賀市下柘植702番地のいがまち公民館内に設置されている。運営は伊賀市文化都市協会に一部業務委託している。図書室の面積は115.2m²。2015年（平成27年）度の蔵書数は15,295冊、貸出者数は4,005人、貸出冊数は13,170冊。
2014年（平成26年）4月1日に5つの公民館図書室を上野図書館の分館として位置付けた。開館時間は10時から17時まで、休館日は月曜日（島ヶ原のみ日曜日）、祝日、年末年始、図書整理日である。
タンパク質のドメインという概念は、リゾチーム(Phillips, 1966)、パパイン(Phillips, 1966)の結晶のX線回折の研究、免疫グロブリン(Porter, 1973; Edelman, 1973)の部分的な分解の研究等を受けて、1973年にD.B. Wetlauferにより提唱された。Wetlauferはドメインを自立的に折り畳まれるタンパク質構造の中の安定なユニット部分と定義した。ドメインは、(1)コンパクトな構造で、(2)独自の進化をして独自の機能を持ち、(3)独自に折り畳まれるもの(Wetlaufer, 1973)、と定義された。ドメインは他のドメインと組み合わさってマルチドメインを作ることがある(Chothia, 1992)。マルチドメインを持つタンパク質では、それぞれのドメインは独立にそれぞれの機能を果たすか、隣接のドメインと協力し合って機能を果たす。またドメインはウイルスの殻や筋肉繊維などのような大きな集合体の一モジュールとなったり、酵素や制御因子の触媒部位、結合部位となることもある。一例としてピルビン酸キナーゼでは、all-βの調整ドメイン、α/β-基質結合ドメイン、α/β-核結合ドメインがポリペプチドのリンカーで結合されている(George and Heringa, 2002a) 。これらのドメインは別々のファミリーに属している。酵素の中心にあるTIMバレルの基質結合ドメインは最もよく見られるものの1つである。これは相互に全く関係のない反応を触媒する多くの異なった酵素ファミリーの中に見られる(Hegyi and Gerstein, 1999)。TIMバレルはこのような構造のうち最も早くに構造が解かれたものである。CATHドメインデータベースには、現在26のホモログファミリーが分類されている(Orengo et al., 1997)。TIMバレルはβ-α-βというモチーフを持ち、末端同士が水素結合で閉じられている。起源については、大昔の1つの酵素にあったものが急速に拡散したという説や、収束進化によるという説がある(Lesk et al., 1989)。ピルビン酸キナーゼ中のTIMバレルは、ドメインを形成するのに2つ以上のポリペプチド鎖を要するという意味で「不連続」である。これはタンパク質の進化中にあるドメインが別のドメインの中に挿入されたためであると考えられている。これまで知られているドメインのうち、約4分の1が不連続となっている(Jones et al., 1998; Holm and Sander, 1994)。共有結合している2つのドメインは、タンパク質の構造や機能の安定性の面において、共有結合していないものよりも有利である(Ghelis and Yon, 1979)。また共有結合は、触媒作用の中間体を安定化したり量比を固定するのにも役立つ(Ostermeier and Benkovic, 2000)。