マッカンはジェームズ・マッカン（James MacCunn）という名前でグリーノックに生まれた。。父は船舶主であった。1883年に奨学金を獲得したマッカンはロンドンへ赴き、王立音楽大学に入学、ヒューバート・パリーやチャールズ・ヴィリアーズ・スタンフォードの下で学んだ。マッカンの最初の成功作は1887年11月5日に水晶宮で演奏された序曲『山と湖の国』であり、この曲をもってマッカンの名は広く知られることになる。続けて発表された作品は、いずれもスコットランド風に色付けされたものだった。1888年から1894年にかけてマッカンは王立音楽大学の教授を務め、そこで長きにわたるマーマデューク・バートンとの芸術的協力関係並びに親交を築いた。1888年、マッカンは幾度か自らの肖像画を描いてもらっていた画家のジョン・ペティの娘、アリソン・ペティ（Alison Pettie）と結婚した。2人は1人の息子を儲けた。ジョンは音楽にも熱心で、マッカンがキャリアを積むべく自作を披露する演奏会を企画した際に助力を行っていた。こうしたことがきっかけとなり、カール・ローザからスコットランドの題材に基づくオペラの委嘱を取り付けることになる。マッカンのオペラ処女作となる『Jeanie Deans』は、彼自身の指揮により1894年11月15日にエディンバラの王立ライシーアム劇場で初演された。オペラ『Diarmid』（Marquis of Lomeのリブレット）は1897年10月23日にロイヤル・オペラ・ハウスで上演された。彼は数年間にわたってカール・ローザのオペラ興行会社で、その後は他の会社も指揮者を務めた。多忙を極めた作曲、指揮、教職のスケジュールは次第にマッカンの健康を蝕み、彼は1916年にわずか48歳でこの世を去った。
碁好きが嵩じて碁会所を開いていた父から小学2年の時に囲碁を教えられる。碁を覚えて1年でアマ5段まで到達した。その年木谷實が名古屋に来た際に同行していた大竹英雄初段（当時）と六子で打って認められ、その1957年に木谷道場に入門する。師匠から「日吉丸」とあだ名される。3回目の挑戦の14歳でプロ試験合格。1963年入段。初勝利は同年5月1日（大手合泉谷政憲二段に黒番中押し勝ち）。 若手時代は同じ木谷門の加藤正夫、武宮正樹とともに「黄金トリオ」「木谷三羽烏」と呼ばれた。1967年五段。1968年に首相杯争奪戦、69年に新鋭トーナメント戦優勝。1970年、六段で日本棋院選手権戦で大平修三を3-1で破り初タイトル獲得、同年七段。四段時1967年から71年にかけて大手合30連勝を記録。1971年、初の本因坊リーグ入りで6勝1敗で挑戦者となり、林海峰本因坊を4-2で破って22歳10ヶ月で師匠・木谷が3度挑戦して果たせなかった宿願であった本因坊を獲得した。これは本因坊獲得の最年少記録であるとともに、井山裕太が20歳4か月で名人位を獲得するまで、三大タイトル（棋聖・名人・本因坊）獲得の最年少記録ともなった。続いて2年連続で林のリターンマッチを受けたが防衛し、「林の天敵」とも言われた。本因坊は計5連覇。プロ十傑戦も1971、72年と2連覇。1972年8月に木谷道場から独立。名人戦では、1973年に林海峰名人に挑戦するが、3連勝後の4連敗という七番勝負史上初のスコアで敗れる。翌74年に再度名人挑戦して林を破り、坂田栄男、林に次いで選手権制史上3人目の名人本因坊となる。これにより九段に推挙され、入段以来11年で九段到達の記録となった。同年王座も獲得し三冠。1975年には第14期名人戦で大竹英雄に3-4、1976年には第31期本因坊戦で武宮正樹に1-4と、木谷門の兄弟弟子にタイトルを奪われる。1976年新名人戦第一期で大竹名人にリターンマッチを挑むが1-4で敗北。1978年には本因坊戦で加藤剱正本因坊への挑戦者となるが、最終局は必勝の碁をポカで落とし3-4で敗れる。1979年には挑戦者決定戦で坂田栄男を破り棋聖戦挑戦者となるが、藤沢秀行棋聖に1-4で敗れる。その後も1984年の天元位獲得、1987年以後NHK杯優勝3回や、早碁選手権戦、NEC杯、IBM早碁オープン戦などの早碁棋戦優勝はあるが、過去の実績からすれば低迷と見られている。1990年代は竜星戦準優勝、世界囲碁選手権富士通杯に何度か出場。2000年から棋聖戦リーグに4期連続在籍し、2000年にはBリーグ4勝1敗で趙善津と同率1位になるが、順位差で挑戦者決定戦進出を逃した。2001年にはNHK杯テレビ囲碁トーナメントで11年ぶりの優勝を果たした。2011年、第1回エステー&フマキラー囲碁マスターズカップでは準決勝進出。2014年8月31日、クラウドファンディング13路盤選抜プロトーナメント戦で高尾紳路十段を破り優勝。2016年7月23日、第1回13路盤プロアマトーナメント戦でも、河野臨九段を下し優勝する。国際棋戦では、1987年に日中テレビ囲碁選手権戦で聶衛平を下した。富士通杯で1991、99年にベスト8進出、2010年には1回戦で睦鎮碩を破りベスト16に進むが2回戦で孔傑に敗れる。2008年、60歳をもって規定により二十四世本因坊秀芳を名乗る。2016年紫綬褒章を受章。2005年から2008年まで日本棋院棋士会（東京）会長。またテレビ等での囲碁解説者として、2006年度（前期）、08年度（後期）のNHK囲碁講座では講師を務める。1983年からは代々木上原に「二十四世本因坊秀芳囲碁さろん」を開いている。門下に高橋秀夫七段。2010年5月20日、三王裕孝九段を破り、通算11人目となる公式戦通算1000勝（604敗）を達成する。2019年1月17日、史上15人目となる通算1100勝を達成。