1587年からは九州をすべて服属させた豊臣秀吉により博多の復興がなされた。これを太閤町割と呼ぶ。交易の自由や、町人による街の自治が行われ、新たな自治都市が確立された。なお当時の博多とは、博多湾南岸の東西に渡る地域を指したものだった。このときの秀吉の意図には、文禄・慶長の役で出兵を行うにあたり、貿易都市・博多を物流の補給基地として活用しようというものがあったと思われる。関ヶ原の戦いの後の1600年に黒田如水、黒田長政親子が筑前国に入国し、その後市内中心部の那珂川から東を博多、西を福岡と呼び、そのまま定着した。黒田親子は、小早川秀秋の居城であった名島城（東区）に入城したが、名島城は博多湾に面した小高い丘の上にあるために城下町が作れなかった。そこで1601年から当時の警固村（現・中央区）福崎に新たな城・福岡城と城下町をつくった。その際、出身地の備前国福岡（現在の岡山県瀬戸内市長船町福岡）に由来して、城下町を福岡と命名した。黒田藩は博多のまちの自治を広く認めたため、町人の商業都市・博多と武士の行政都市・福岡が機能分担しつつ隣接するという、全国的にあまり類例のない「双子都市」が誕生した。博多と福岡の境界である那珂川の中州は歓楽街としての中洲が発展した。江戸時代を通じた幕府の鎖国政策により、外国との通商が長崎と対馬に限られたため、福岡・博多の国際貿易都市としての展開はあまり見られなかった。なお、前述のとおり、天明4年（1784年）に志賀島で金印が発見されている。
しかしその反面、他国から侵略の被害にも遭っており、869年には新羅海賊が博多湾に侵入、1019年には刀伊の入寇があり、博多は常に対外的な脅威に曝されていた。その最大の脅威は、宋を滅ぼしてユーラシア大陸のほとんどを支配した人類史上最大の帝国、モンゴル帝国である。高麗を屈服させたモンゴル帝国のクビライが日本の服属を求め、時の鎌倉幕府がこれを拒否したことから、1274年、モンゴル人・漢人・女真人・高麗人などからなる4万人の元軍が襲来した（文永の役）。10月5日に対馬、10月14日に壱岐を襲撃し、平戸鷹島の松浦党の本拠を全滅させた元軍は、10月20日、百道原から博多湾に上陸し、激しい地上戦が展開された。しかし、赤坂の戦いや鳥飼潟の戦いで破れるなど苦戦を強いられた元軍は、撤退を決め、夜間の撤退を強行したため、撤退中に暴風雨を受け、甚大な損害を被った。幕府は、再度の元軍の襲来に備え、博多湾岸に約20kmにも及ぶ石築地を築いた。この史跡「元寇防塁」は現代にも残っており「防塁」という地名も存在する。そして、1281年に元軍が襲来（弘安の役）。博多湾に現れた元軍は、防塁から上陸することを避け、陸繋島である志賀島を占領し、博多への進出を窺うが、日本側の総攻撃を受け大敗し、壱岐島に撤退した（志賀島の戦い）。
都市名は「福岡」であるが、「福岡」を称する市の中心駅名は、西鉄の西鉄福岡（天神）駅（旧名称は「西鉄福岡」）のみで、JRは「博多」を用いている。福岡は福岡藩黒田氏の「武家町」、博多は古来から国際貿易港としての「商人町」として栄えた歴史があり、那珂川を境として福岡と博多は元々は別々の都市であった。市制施行の際に一悶着があったが、都市名を福岡、中央駅名を博多にすることで合意（詳しくは歴史で後述）。新幹線開通時は博多が玄関口となり、博多の知名度が大きく上回ったが、今日では城下町のはずれに位置した天神地区の台頭もあり、かつての「福岡」が商業の街、「博多」がビジネス街となった。こうしたことから「博多」より「福岡」という名称で呼ばれることが多くなり、博多は都市内の一地区名でしか用いられないことが多くなった。ただし、現在の中心部の天神地区の繁華街としての発展は、戦後旧博多部から現在の新天町に移った『博多商人』の力なくしてはあり得ない。ことに明治時代、時の博多豪商「渡辺与八郎」の尽力により、他の都市に後れを取っていた市内電車の導入を果たし、当時多くを所有していた天神町付近（現在の天神）の土地を福岡市に寄付し、福岡市の発展に力を注いだ。そしてその功績を称え、福岡市の中心部を南北に貫く目抜き通りは「渡辺通り」と称している。近年の福岡・博多地区は武家町・商人町を区別する色合いは薄くなり、双方を包含して九州全体の経済・文化等の中心的機能を担う役割が一層高まっている。
フォトリソグラフィ（photolithography）は、写真（photo）技術を用いて、基板に（絵や文字を含む）画像パターンを刻み込む技法（lithography）という意味である。「リソ（litho）」は石の意であり、石板に絵を刻み込んで平板印刷の刷版とする石版画（lithograph）と同一の概念であるが、石版画は画家が石板に直接描くペンキをマスクとして、非描画部の基板表面を酸処理し、親水化するのに対して、フォトリソグラフィでは、フォトレジストの現像で残った部分をマスクとして基板表面を酸処理する点が異なる。また印刷分野では、フォトリソグラフィにより刷版を作ることが印刷前の最終工程であるが、半導体分野では、膨大な数の工程ごとに使われる一つの（但し重要な）技術に過ぎない。尚、日本では石版画を意味する"lithograph"は「リトグラフ」と読み、半導体分野での"lithography"は「リソグラフィ」と読むのが一般的である。かつてはフォトレジストをコダック社1社で供給していたため、KPR（Kodak photo resist）工程と呼ばれたり、PEP（photo engraving process）とも呼ばれたりした。フォトリソグラフィやPEP技術は、日本語では「写真蝕刻」技術と訳される。印刷分野では写真などの画像を印刷するためにも用いられるため違和感が無いが、フォトマスクに写真画像を用いない半導体分野では違和感が大きいため、「光蝕刻」技術、「光リソグラフィ」と訳されることが多い。尚、印刷分野では、写真を印刷するための技術だから「写真製版」技術だと勘違いされがちであるが、正しくは『写真技術を用いて製版する（刷版を作る）』ための技術であるから「写真製版」であり、これは「写真植字」（略称：「写植」）技術に由来する。この技術は1851年にフランス人科学者・エンジニアのAlphonse Louis Poitevinに開発され、現在に至る。