1995年（平成7年）の時点で貝塚は当地で7箇所、環状に見つかっている縄文時代の遺物としては貝殻が主体となっていてハマグリが57%、サルボウ貝14%、ハイガイが7%などとなっている。他にアカガイ、シオフキガイ、ミルクイ、オーノガイ、シジミ類、マガキ、など15種の貝が見つかっている。他に動物の遺物としてはニホンシカやキジ、鯛類などの骨も見つかっている。石器は少なく数点が見つかっているのみである。見つかった人骨の脛骨の断面は二等辺三角形に近く、現代日本人の物より扁平である。これは現代日本人よりも現代アイヌ人に近い特徴である。縄文土器の破片は多く見つかっており、1952年の御茶ノ水駅工事の際の調査でも土器片は1300点ほど見つかり、他の調査でも多くの土器片が見つかっている。土器は縄文前期の関山式や黒浜式、諸磯式、縄文中期の阿玉台式、加曾利E式、縄文後期の堀の内式、加曾利B式、曾谷式、安行式など縄文の前期から晩期までの幅広い時代の土器が見つかっている。縄文中期の阿玉台式は関東東北部に分布している土器でこの地は縄文中期には関東東北部の文化圏に属していたことが推定されている。ただし、量的には縄文前期から中期の土器はわずかで、加曾利B式が49%、安行式27%、堀の内式22%とほとんどが縄文後期から晩期の土器で占められ、この地がもっとも栄えたのは縄文後期から晩期であろうと考えられている。しかし、貝塚の北西側の調査である2002年の調査では縄文時代の住居跡が2軒みつかり、住居跡から発掘された土器片は黒浜式、釈迦堂Z3式などで縄文前期の土器でありこの住居跡も縄文前期のものと推察され、本来のお茶の水貝塚を形成した集落とは別の集落があったのではないかとも推察されている。
現地では貝殻や土器片が見つかる事は古くから知られており、1891年（明治24年）、お茶の水橋建設の際に貝殻や土器片が採取されている。1934年（昭和9年）医科歯科大学の本館工事の際や1952年の地下鉄丸ノ内線御茶ノ水駅建設工事、1953年（昭和28年）医科歯科大増設工事、1988年（昭和63年）医科歯科大構内、2001年（平成13年）には隣接する三楽病院の寮でも調査が行われている。1952年の場合は地下鉄工事の際に縄文土器や人骨が見つかり貝塚として認められている。2002年の調査では縄文前期の住居跡2軒も見つかっている。
少なくとも5世紀のアウグスティヌスの時代から、救いのためには洗礼が不可欠だと考える神学者は、洗礼を受けていない幼児がどうなるかについて議論していた。「幼児の辺獄」はこの解決として示された仮説の一つである。この説を採用した者には、幼児の辺獄が最高の自然的幸福の地と考える者もいれば、少なくとも至福直観を将来にわたって剥奪されるなどの「最も軽い罰」を受ける場所として考える者もいた。この説は、どのような形であろうと、カトリック教会の公式教義として採用される事はなかったが、禁止もされなかった。アウグスティヌスは、「洗礼を受けることなく肉体を失った幼児は」原罪のために「すべての罪の中で最も軽い罪として数えられるであろう。したがって、幼児たちが罪をもたないと説く人間は、自分自身と他人とを同時に騙していることとなる。」という考えを固持した。418年、アウグスティヌスを含む北アフリカの司教によってカルタゴ会議が開かれたが、アウグスティヌスによる未洗礼の幼児の運命に関する信念は、明確に保証されはしなかった。5 - 6世紀のラテン教父たちは彼の意見を採用しなかったが、中世になるとラテン神学者たちの再評価の対象となった。中世には、アウグスティヌスの視点を受け継ぐ神学者たちがいた。12世紀に、ピエール・アベラールは「未洗礼の幼児は物質的な責めや積極的な罰は与えられないが、至福直観が否定される喪失感にのみ苛まれる」と説いた。一方で、未洗礼の幼児は何らの責めも与えられないと主張する者もいた。幼児は至福直観を奪われたことにも気づかないため、超自然的な幸福を味わうわけではないが、自然の楽しみを享受するという考え方である。この理論が結びついた形で、1300年頃「幼児の辺獄」という表現として独立したのである。トマス・アクィナスは、「幼児の辺獄」は永遠の自然の楽しみの国であるとし、「もしも洗礼の恵みを受けていればどれだけの幸福があったか」という喪失感に苛まれることもないと述べた。彼は、この状態が自然の美徳に対する自然の幸せによる報酬であるが、超自然的な幸福による報酬は完全な自然の美徳に対して与えられるべきものであるため、原罪のために赦しを知らない未洗礼の幼児にはふさわしくないと主張した。「望みの洗礼」に関しては、成人のみに適用されるものだとした。フィレンツェ公会議（1431年 - 1443年）では、「子どもに関しては、死の危険がしばしば現れ、救いは秘跡による洗礼のみという状況があり、悪魔の支配を逃れて神の子と認められるように、神聖なる洗礼は40日や80日、それ以上延びないようにと警告する････」と、幼児に対しても洗礼が不可欠とされ、誕生後すぐに洗礼を行うことが必要だとされた。これは5世紀のカルタゴ公会議でも言及されていたが、フィレンツェ公会議では、この世の生における実際の罪を負って死んだ者も、原罪のみを負って死んだ者も、苦痛に差はあるものの、ともに直ちに地獄へと落ちて罰を受けると宣言された。トリエント公会議（1543年 - 1563年）では、「望みの洗礼」は「アダムの子として生まれた状態から、二番目のアダムたる救世主イエス・キリストにより、神の子に加えられる恵みを賜る状態へ」移行するための手段であると明言された。そしてこの頃には、成人が秘跡による洗礼を受けられない事態になった場合に秘跡への望みによって洗礼（望みの洗礼）を受けられるとするなら、秘跡による洗礼を受けていない幼児もまた、通常の洗礼が受けられなかったとしても代替できる救済方法があるのではないかと考えるものもいた。16世紀の神学者トマソ・デ・ヴィオは、「出生前に死んでしまい洗礼を受けられなかった胎児は、母親の洗礼への願いによって救済されうる」と説いた。このように、フィレンツェ公会議で否定されたといえ、通常の洗礼以外に幼児の救済を求めることについて明確な共通理解が得られたわけではなかった。18 - 19世紀を通じて、複数の神学者が、未洗礼で死んだ幼児の救済理論を説き続けたが、一般的な意見として幼児が辺獄へ行くことを教えていた。