U-12、U-15、U-18各世代にチームを保有し、U-15は宇佐市を拠点とするチームも保有している。大分U-18は、2013年にプリンスリーグ九州1部にて初優勝。プレミアリーグ参入戦に臨んだが、愛媛FC U-18に敗れ参入は見送りとなった。翌2014年、プリンスリーグ九州で連覇を果たすと、この年の参入戦で大谷室蘭高校、米子北高校に勝利し2015シーズンからのプレミアリーグWESTへ昇格が決定した。2015年は3位となったが、翌2016年はリーグ戦最下位となりプリンス九州に降格となった。日本クラブユースサッカー選手権での最高成績は2012年、2014年、2018年、2019年のラウンド16、Jユースカップでの最高成績は2015年のベスト4となっている。天皇杯には過去4回出場をしている（但し第95回大会より規約が改定され、2種登録チームの参加資格が無くなった為現在は出場不可）。
2004年、クラブ創設以来ユニフォームスポンサーを務めていたペイントハウスが年度途中で撤退。これをきっかけとして大分FCは経営難に陥り、2005年9月時点で7億2,500万円の累積赤字、3億4,400万円の債務超過となった。また、これと相前後して、2004年途中にペイントハウスの代わりにユニフォームの胸スポンサーに就いた、ミュージシャンの小室哲哉が役員を務めるイベント会社「トライバルキックス」が年間スポンサー料7,000万円の滞納が発覚した。大分FCの経営諮問委員会は2005年9月14日にとりまとめた答申で「極めて厳しい状況。運転資金確保が緊急の課題」と結論づけ、大分FCが9月21日までに2億円の調達が必要であるとし、大分県に公的支援を要請した。これを受け、大分FCは大分県の外郭団体である大分県スポーツ文化振興財団から2億円の融資を受けた他、6月にユニフォーム胸スポンサーとなったパチンコホール運営会社のマルハンが2006年から6年間の年間シートを購入し、資金繰りを乗り切った。マルハンのスポンサードに関してはJリーグの規定に抵触するのではないかとの指摘があったものの、このときは特例として認められた。2006年12月、Jリーグから、「（マルハンをはじめとする）ホール業界がJリーグのスポンサー自粛カテゴリーであたり、2007年シーズン以降のユニフォームスポンサーとして許可できない」との方針が示されたことを受け、マルハンはこれ以降「スペシャルスポンサー」としてトリニータの支援を行うことになる。
大分トリニータを運営する株式会社大分フットボールクラブ（以下「大分FC」と記す。）には、1999年の会社設立以来、住宅リフォームメーカーのペイントハウスが筆頭株主として経営に参加していた（日経ビジネスオンラインによると、同社の創業者だった星野初太郎の肝いりだったという）。しかし、ペイントハウスの拡大路線が行き詰まり、同社の経営に投資コンサルタントの阪中彰夫が関与し始めた頃から、ペイントハウス、ひいては大分FCの経営が揺らぎはじめ、これをきっかけとなって様々な問題が生じ、クラブ経営が翻弄され続けることになった。
ODF に携わったPatrick Durusau によれば、OOXMLとODFのマークアップのスタイルは文書の2つの側面を示すものである。一方は"要素(エレメント)"の側面で、もう一方は"属性（アトリビュート)"の側面である。彼はOOXMLは"要素側のアプローチ"を採っていると述べ、一例として KeepNext 要素を挙げている:<w:pPr>   <w:keepNext></w:keepNext>   … </w:pPr>これと対照的に ODF では同じ意味を記述するのに属性fo:keep-nextを使っている。Office Open XML の XML スキーマ は、文書の読み込み時間と解釈のスピードに重点を置いたものである。 2007年当時のアプリケーションを使ったテストでは、XMLベースのドキュメントはバイナリ形式のものより読み込み速度が遅かった。 パフォーマンスを向上させるため、Office Open XML では要素名を非常に短い物としており、スプレッドシートでは日付をインデックス番号(1899-1904)で表記している。. 画一的かつ包括的であるために、Office Open XML は一般的にデータとメタデータについて (element names ending in Pr for properties) 属性を複数付けるより子エレメントを増やす方式によりプロパティの階層構造化を可能にしている。 Office Open XML does not use mixed content but uses elements to put a series of text runs (element name r) into paragraphs (element name p). 結果として、HTMLがフラットで人間がテキストエディターで編集しやすいのに比べて、簡潔で何層にも入れ子されたものとなっている。要素と属性のネーミングは批判を集めた部分である。OOXML(ECMA-376)では色とテキストの寄せ方向の文法はドキュメントがテキストかスプレッドシートかプレゼンテーションかによって3種類の異なった記法になっている。Rob Weir (IBM 社員、 OASIS OpenDocument Format 技術委員会副議長) は "このような恐怖は技術的に正当化できるのか?"と問うている。彼は対照例として OpenDocumentを挙げ、 "ODF では W3C の XSL-FO 用語を文書の整形に用いており、用語の統一に役立てている"と述べている。他に、デザインがあまりにマイクロソフトのアプリケーションに密着しすぎているというという議論もある。ISOにおける国際標準化が進行中であった2007年8月、 Linux Foundation はブログでISOの各国代表組織に対して"コメント付きのノーを"と呼びかけた。記事では"OOXML はベンダーのバイナリフォーマットを直接書き出しただけの物で、既存の国際標準(例: 暗号化アルゴリズム、VML等)の再利用を避けているとしている。OOXML標準化に先だって議論されるべき点が何百とあり、プラットフォーム特有機能と結びついたバイナリコードを存続させ、MS-Officeのバグ、知的財産、プロプライエタリーや機密に準拠したタグ、クリアになっていない知的財産を標準に取込み撒き散らす行為だと述べている。(日経参考記事)JTC 1 に投稿されたバージョンの仕様書は 6546 ページの長さにわたり、このような長さである必要性、正当性にも疑問が呈された。 Google は "ODF 標準ならば、同じゴールでありながら 867 ページでしかない"と声明を出した。