第一次世界大戦の戦後処理では敗戦国の戦争指導者の責任追及はうやむやにされたが、第二次世界大戦の戦後処理では、国際軍事裁判所条例に基づき、戦争犯罪人として逮捕された敗戦国の戦争指導者らの「共同謀議」、「平和に対する罪」、「戦時犯罪」、「人道に対する罪」などが追及された。ドイツに関してはニュルンベルク裁判が、日本に関しては極東国際軍事裁判（東京裁判）が開廷された。ドイツではヘルマン・ゲーリングら、ナチスの閣僚や党員だけでなく、軍人や関係者ら訴追され、ホロコーストや捕虜虐待などに関して、それぞれ絞首刑、終身禁固刑、20年の禁固、10年の禁固、無罪などの判決が下された。日本では戦争開始の罪、イギリス、フランス、オランダ、中華民国、アメリカとソビエト連邦への侵略行為を犯したとして、東條英機ら28名が戦犯として訴追され、絞首刑、終身禁固、20年の禁固、7年の禁固刑などの判決が下された。しかしその一方で、広島・長崎への原爆投下、東京大空襲、大阪大空襲、ドレスデン大空襲、ハンブルク大空襲など、民間人に対する無差別戦略爆撃は、連合国側の爆撃の方が枢軸国側による爆撃より遥かに大規模であり、また大戦初期のソ連によるポーランド、フィンランド、バルト三国に対する侵略行為、大戦末期のベルリンの戦いなどのドイツ国内におけるソ連兵による虐殺、捕虜虐待、残虐行為や略奪行為、さらに中立条約を結んでいた日本や満洲国に対する侵攻・略奪行為、降伏後の日本の北方領土に対する侵攻・占拠-などについての責任追及は全く行われていない。また、東欧諸国のドイツ系少数民族の追放やドイツ兵や日本兵のシベリア抑留の事例について、国際法違反の人道犯罪として戦勝国側の加害責任を訴える声も大きいものがあったが、この裁判では、戦勝国の行為については審理対象外とされたため、以上の事例すべてが不問とされている。サンフランシスコ講和条約締結後は、終身禁固刑を受けた戦犯も釈放される一方、上官命令でやむをえず捕虜虐待を行った兵士が処刑されたりするなど、概して裁判が杜撰であったとする批判も存在する。さらに「人道に対する罪」という交戦時には無かったいわゆる「事後法」によって裁くなど、刑事責任を問う裁判の根本的規則に反する疑義も指摘されている。敗戦国側では、それら連合軍の残虐な行為が全く裁かれなかったことを、戦勝国側のエゴ、勝者の敗者に対する復讐裁判として否定する意見が存在する。また、敗戦国側に対する戦争裁判を罪刑法定主義や法の不遡及に反することを理由として否定する意見もある。罪刑法定主義や法の不遡及を守りながら戦争犯罪を裁けるのか、あるいは裁くべきなのか、またその判決が世界に受け入れられるのか、人道罪を否定した場合、虐殺など戦争犯罪を止めることができるのか、など難問は多い。
1952年に再び州司法長官に立候補するよう周囲に促されるが、当時のテキサス州知事、アラン・シヴァーズの反対にあう。この際シヴァーズ知事がヤーボローを公然と中傷したため、彼はシヴァーズに対抗して民主党のテキサス州知事予備選に立候補を決意する。当時のテキサス州政界は民主党の一党支配の下にあり、共和党など他党の候補との間で争われる本選挙は有名無実であった。そのため、民主党の予備選が事実上の当選者を決定した。テキサス州民主党内では、保守派とリベラル派の間での激しい対立があり、それが予備選挙に反映された。かねてよりリベラル派であったヤーボローは、労働組合の支援を得て保守派のシヴァーズに挑戦したが及ばなかった。1954年にも再びシヴァーズと争ったが、再度敗れた。1956年に、みたび民主党のテキサス州知事予備選に立候補した。今度はリー・オダニエル元知事の支持を得、現職知事のシヴァーズが推すプライス・ダニエル上院議員相手に決選投票に持ち込む善戦を展開した。決選投票において、ヤーボローは勝利を収めると見られていたが、わずか9000票差で敗れた。だが、ヤーボローやその支持者、伝記作家たちは実際にはヤーボローが30000票差で勝ったと考えている。シヴァーズの影響下にあった州当局が、ヤーボローの地盤である州東部での開票結果を不正に操作したために敗れたのだと彼らは主張する。しかし、ヤーボローは州知事となったダニエルの後継を巡る上院議員補欠選挙に勝利し、上院議員に就任する。翌1958年には民主党予備選で、党内保守派のウィリアム・バークレーを降し再選された。既に1950年代から民主党保守派が共和党の候補を支援するなど、テキサス州における民主党の一党支配は二大政党制へと再編されつつあった。1961年にはジョン・タワー上院議員が南北戦争の再建期以降初めて共和党員としてテキサス州選出の連邦上院議員に選出され、政界再編の流れは加速した。だが、依然民主党の一党優位体制は維持され、党内では後に共和党員となるジョン・コナリー知事を中心とする保守派とリベラル派の対立が続いた。ヤーボローはリベラル派の中心的指導者であり、上院議員としてもリベラルな投票行動で知られた。同じテキサス州出身のリンドン・ジョンソン大統領の「偉大な社会」計画を支持し、推進した。メディケア（高齢者保険）、メディエイド（低所得者保険）の拡充など社会保障政策の充実に中心的な役割を果たし、「貧困との戦い」に精力を注いだ。アメリカ連合国に加盟した州から選出された上院議員としてただ一人、1964年公民権法に賛成するなど、他の南部出身の議員と異なりアフリカ系への公民権付与に熱心でもあった。1964年、ヤーボローは再選に当たって共和党のジョージ・ハーバート・ウォーカー・ブッシュ候補の厳しい挑戦を受けた。ブッシュはヤーボローを「極左」、「扇動政治家」などと形容し厳しく批判した。対してヤーボローは、ニューイングランドで生まれ育ったブッシュを、「渡り政治屋」、「富裕な東部出身者」、「バリー・ゴールドウォーター並みの極右」と攻撃した。ヤーボローは56.2%の票を得て再選を果たした。ジョンソン政権の国内政策に対する強固な支持者であった一方で、ヤーボローは次第に政権の外交・安全保障政策、とりわけヴェトナム政策に批判的な立場に転じた。彼は反戦綱領を掲げるロバート・ケネディ上院議員を1968年の民主党大統領予備選で支持し、ケネディの暗殺後は同じく反戦候補のユージーン・マッカーシー候補を支持した。1970年、ヤーボローは再選を目指すも、民主党の予備選で保守的なロイド・ベンツェン元下院議員に敗れた。ヤーボローは保守的なテキサス州において、ニューディーラーの流れを汲む最後のリベラル派上院議員であった。