鳩山由紀夫内閣の成立にともない、内閣総理大臣秘書官を退任し、消防大学校の校長に就任。翌年には自治大学校の校長となる。また日本大学法学部大学院・慶応大学法学部講師を兼任する。2011年3月、内閣府被災者生活支援特別対策本部事務局次長となる。2011年6月、内閣審議官・東日本大震災復興対策室審議官併任東日本大震災復興対策本部事務局次長　内閣府官房審議官となる。2012年2月、復興庁統括官となる。2015年3月、復興庁事務次官となる。2016年6月、復興庁事務次官を退任し、内閣官房参与、福島復興再生総局事務局長に就任。
麻生内閣の成立による内閣総理大臣秘書官の定数増員に伴い、総務省出身者としては初の内閣総理大臣秘書官に任じられ、内閣官房に勤務する。麻生内閣の事務担当の内閣総理大臣秘書官としては、岡本の入省年次が最も古かった。そのため、同職の中では岡本が筆頭格とされた。2008年10月17日の経済財政諮問会議にて、内閣総理大臣の麻生太郎が消費税率引き上げは不可避とする意見を述べたところ、即座に岡本が「総理! 今の発言は議事録から削除します」と大声で主張し始めたため、出席していた議員らを驚かせた。ただ、実際に公表された経済財政諮問会議の議事要旨には、「基本的には消費税は上げねばならぬ」「それは避けては通れない。それだけは覚悟しないと、やはり責任政党としてはいかがなものか」との麻生の発言が収録されている。
2001年1月6日の中央省庁再編に自治省が廃止されると、以降は総務省に勤務。総務省の自治財政局交付税課長や、官房三課長の一つである大臣官房総務課長を歴任した。また、2002年から文部科学教官併任となり、東京大学大学院総合文化研究科教授を兼務。他に、一橋大学公共政策大学院講師や慶應義塾大学法学部講師、日本大学大学院法学研究科講師も務めた。2006年から内閣府大臣官房審議官や内閣官房内閣審議官を務め、「再チャレンジ」政策を主として担当した。その後、総務省に戻り大臣官房審議官を務めていた。
自治省では地方財政に関する職務を多く経験しており、自治省財政課・交付税課課長補佐、大臣秘書官などを務め、自治大学校では教授として指導に当たった。また、都道府県への出向も経験しており、徳島県庁財政課での勤務をはじめ、鹿児島県財政課長や富山県総務部長を務めた。2001年の中央省庁再編を控え内閣に設置された省庁改革本部では、参事官として活動した。
1955年1月、奈良県高市郡（後の高市郡明日香村）生まれ。奈良女子大学文学部附属高等学校を卒業し、上京して東京大学に入学し法学を学んだ。1978年に同大学の法学部を卒業し、自治省に入省した。
滝川高校のエースとして、1980年に春夏連続で全国大会に出場。春の選抜は、1回戦で鳴門高のエース島田茂と投げ合い1-0で完封勝利。しかし2回戦では丸亀商に延長12回敗退。夏の選手権は、兵庫大会決勝で報徳学園の矢野和哉、金村義明両投手に投げ勝ち出場を決める。熊谷商、敦賀高を破り3回戦に進出するが、原伸次、中井哲之がいた広陵高に逆転負け。その年近鉄からドラフト1位指名を受ける。プロ1年目の1981年、西本監督は石本の才能にほれ込み、高卒1年目ながらもオープン戦などで積極的に投げさせた。シーズンでは11試合に登板するもこれといった結果を出すことはできなかった。その後しばらくは二軍生活が主だったが、5年目の1985年、才能が開花する。この年直球とスライダーが面白いように決まり、リリーフでフル回転。70試合登板で、19勝3敗7セーブ、防御率3.56勝率.864という成績を記録。更にリリーフだけでこの年の規定投球回数をクリア。阪急佐藤義則に2勝差で敗れ最多勝は逃したものの、救援のみで19勝をあげ最高勝率と最優秀救援投手のタイトルを獲得し近鉄のAクラス（3位）復帰に大きく貢献した。1986年は64試合に登板、8勝32セーブで2年連続で最優秀救援投手になり、チーム2位躍進の原動力となった。1987年は50試合に登板したが、2年間の酷使による登板過多で球威が目に見えて落ちていた。3勝7セーブにとどまるなど、首脳陣の期待に応えきれずチームは最下位に沈んだ。近鉄が9年ぶりのリーグ優勝を決めた1989年には、僅か14試合の登板にとどまり、日本シリーズに於いても1試合のみ登板となる。この頃、抑えには吉井理人が台頭しており、石本は先発にも活路を見出そうとしたがうまくゆかず、活躍の場は狭まっていた。1991年6月中日ドラゴンズに金銭トレードにて移籍。球威は戻らず、1992年のシーズン限りで現役を引退した。その後古巣の近鉄に戻り打撃投手、スコアラーなどをしていたが近鉄球団の解散に伴いオリックスへ移り、フロントで育成担当として勤めていた。オリックスが開催する出張形式の野球教室「バルボン校長先生の野球教室」にコーチとして参加することもあった。2011年12月31日付でオリックスを退団した。現在は、NPO法人ホークスジュニアアカデミーのジュニアコーチとして、主に鹿児島市のセイカスポーツクラブにて少年野球の指導に従事している。