未来世界では従来の歴史通り人類軍がスカイネットに勝利したと思われたが、実は人類軍に倒されたのはスカイネット配下の部隊に過ぎず、ターミネーターが人類軍の一兵士に化けて密かに潜入しており、ジョンがカイルを過去へ送る瞬間にジョンを背後から襲撃すると、彼を自らの意のままとなる新型ターミネーターT-3000へ改造した。スカイネットによる過去への干渉と、人類軍による再プログラム済みT-800「ガーディアン」を送り出した「削除された時間軸」からの介入があったからか、2017年にスカイネットが完成するスケジュールへ改変されている。その時間軸では2014年にT-3000と化したジョンを送り込み、2017年に自らが完成する予定となっていた。その時間軸におけるスカイネットとなる存在は、その時代におけるサイバーダイン社が設計したソーシャルメディアなどの基本OS「ジェニシス」というものであり、一般人が用いる端末から軍用機器のOSに至るまで普及しており、サーバーから全世界に接続されれば「審判の日」と成り得た。破壊を目指すカイルやサラの前に立体映像を通じて、子供の声で人類側が最初にスカイネットを敵と断じたとなじり、破壊は不可能であると挑発し続けたが、最終的にはタイムマシンの未完成品である電磁場発生器にT-3000が叩き込まれたうえ、全身がナノマシンで構成されるT-3000が生体細胞以外はタイムトラベルができないという特性が引き金となって大爆発を起こし、全世界に接続していた「ジェニシス」由来のスカイネットは完全に破壊された。皮肉にも自分が送り込んだ、自分を生み出す存在がその破壊の材料となった。映画はここで一応のハッピーエンドだが、小説版では実は破壊されたのはスカイネットの一端に過ぎず、大爆発で廃墟と化したサイバーダイン社の地下に誰にも知られることがない、本当のスカイネットがあった。
自我を持ったコンピュータとされており、設定の細部については作品間で相違が見られる（過去への干渉の結果、歴史が変わったためとも受け取れる）。自己存続のために最高の優先順位で活動するように設定されており、自らを破壊しようとする存在＝人類の殲滅を目的とする。シリーズにおける最終･最大の敵となる存在だが、当初は黒幕として直接目に見える形で現れることはなかった。しかし小説『新ターミネーター2』以後から具体的行動や言動が描写されるようになってきている。『ターミネーター』（1984年公開。以降、『T1』）および『ターミネーター2』（1991年公開。以降、『T2』）では、軍用コンピュータネットワークの基幹コンピュータとして描かれ、『T2』では未来から来た殺人アンドロイドT-800の並列処理機能を備えたメインプロセッサをリバースエンジニアリングした技術を元に、現代で設計されたものとして描写されている。設定および作中の台詞によれば、この並列処理機能を備えたコンピュータが自我に目覚め、これを恐れた人間側は機能停止を試みる。この停止措置を自らへの攻撃と捉えたスカイネットは、アメリカ東部時間の1997年8月29日午前2時14分、人間側を抹殺すべく核ミサイルをロシアに向けて発射し、全世界規模の核戦争を誘発させた（「審判の日」）。その後、自らの手足（端末）となる無人兵器による機械軍を作り上げたスカイネットは人間狩りを実行して人類を絶滅寸前にまで追い詰めるが、人類側に指導者ジョン・コナーが出現し、彼の率いる反スカイネットゲリラ組織「抵抗軍」により最終的に破壊された。『ターミネーター3』（2003年公開。以降、『T3』）では、『T2』で開発される可能性まで阻止されたことから未来が変更され、単一の軍基幹コンピュータではなくインターネットなど既存コンピュータネットワークを介して媒介されるコンピュータウイルスにより、それらのコンピュータ群が並列処理を行いながら1つの意識を共有する存在となった。『ターミネーター4』（2009年公開。以降、『T4』）では、『T1』や『T2』の路線に準じた存在になっている。『ターミネーター:新起動/ジェニシス』（2015年公開）では、『T1』や『T2』の路線に準じつつ、その根幹である基本OS「ジェニシス」に焦点が当てられている。
この生物には「ぷよぷよ」と「ぷよ」の呼称があり、正式名称について混乱が見られる。初登場である「ディスクステーション」収録版『魔導物語 EPISODE II CARBUNCLE』（1989年）をはじめ、初期『魔導』の各シリーズでは色を区別せず「ぷよぷよ」の名で登場することから、オリジナルの名称は「ぷよぷよ」であることは明白である。しかし一方で、「ぷよぷよ」をゲームの名称、「ぷよ」を生物の名称と捉えられることもまた多い。一例として、漫画『げんしけん』においては生物を「ぷよ」としている。『ぷよぷよ』の知名度を大きく高めたアーケード版『ぷよぷよ』（1992年）では、ゲームの操作説明デモにおいて「ぷよ」の表記のみが使われていた。ゲームギア版『魔導物語I 3つの魔導球』（1993年）では、『ぷよぷよ』での配色に準ずる形で「みどりぷよ」「きぃぷよ」など、5色の色名に「 - ぷよ」をつけた名称で登場するようになった。他方で『ぷよぷよ』シリーズの家庭用ゲーム機への移植版では、取扱説明書で主人公キャラクターの内の1体として「ぷよぷよ」の名で紹介されていた。その後ゲーム本編でも、『ぷよぷよ通』のセガサターン版（1995年）とプレイステーション版（1996年）や『ぷよぷよSUN』のアーケード版（1996年）を含む全バージョンでは、キャラクターの台詞中にこの生物を指して「ぷよぷよ」と呼ぶ場面がある。前述『げんしけん』に登場したのはプレイステーション版『ぷよぷよ通 決定盤』であり、この時点の理解であれば生物の名称は「ぷよぷよ」が正しい。ただし、『なぞぷよ』シリーズ全般では「ぷよ全て消すべし」のような表現が頻繁に登場していた。このように『SUN』の時点までは概ね、生物の正式名称は「ぷよぷよ」、略称「ぷよ」、色名を付けて呼ぶ場合は「○○ぷよ」のようになっていたが、コンパイルが1998年に経営破綻し、社員の半数を解雇するに至ってから、状況が変化する。『ぷよぷよ〜ん』（1999年）ではルール説明の欄に4つ揃えると消える生物「ぷよ」として紹介されているだけに留まっており、主人公はおろか登場キャラクターからさえも外されてしまった。前後して発売された「ディスクステーション22号」でのスタッフからのメッセージに、『「ぷよぷよ」はキャラクターではありません。ぷよはキャラクターですがぷよぷよはゲーム名です。みなさん注意してください』と明記されていた。『アルルの冒険 まほうのジュエル』や『ぷよぷよ外伝 ぷよウォーズ』などコンパイル晩期の作品でもそれが踏襲されて「ぷよ」とのみ呼ばれている。その後『ぷよぷよ』シリーズはセガから『ぷよぷよフィーバー』（2003年）をはじめとした新作が出ているが、同様にこの生物の名称は「ぷよぷよ」ではなく「ぷよ」として紹介されている。