1968年から1969年にかけて『週刊少年サンデー』で連載。『別冊少年サンデー』には外伝の読み切り作品が掲載された。貸本版と『ぼくら』版をもとにしたリライトだが、複数のオリジナルエピソードが加えられている。『ぼくら』版で見られた短編のスタイルから長編として組み直されており、中盤からは三平と河童が妖怪と戦いながら七つの秘宝を探しに行く冒険活劇「ストトントノス大王七つの秘宝」が描かれた。これは妖怪退治の要素が加えられたテレビドラマ版を意識した展開とされる。その後は短編シリーズを挟んでから、後半は『ぼくら』版で省かれていた都会のエピソードへと繋がっていく。
1966年に『月刊ぼくら』で全7話を連載。『週刊少年マガジン』で『墓場の鬼太郎』の掲載が始まった頃、同誌にライバル意識を持っていたとされる『月刊ぼくら』から熱心に連載の依頼が来たという。内容は貸本版のリライトだが、貸本版や後の『少年サンデー』版にはないエピソードも描かれている。低年齢層向けの雑誌ゆえにタイトルを『カッパの三平』と片仮名に改め、背景はあまり細かく描き込まない方針で作られた。また、三平の家族の死の表現を控えめにし、後半は河童とタヌキとの共同生活を主体とするなど、読者を意識した作りになっている。
1961年から1962年にかけて兎月書房から全8巻まで刊行。河童にそっくりな人間の子ども・河原三平が河童の世界に迷い込むことがきっかけで、河童の長老の息子が人間世界へ留学することから始まる長編物語。水木と兎月書房の関係は長いが、原稿料の未払いが続いた影響で関係が途絶えていた時期があり、本作は和解直後の作品である。しかし、間もなく倒産してしまう兎月書房から突然8巻で終了と告げられ、やむなく話の途中の段階で三平を死なせて物語を終わらせてしまう。これによりいくら書きたくても続きが書けなくなってしまい、生涯の最大の失敗だったと語っている。
『河童の三平』の物語は、水木の故郷・鳥取県境港の下ノ川に河童が棲んでいるという伝説から着想を得て、幼い姪に語って聞かせた物語「河童のカー坊」が下敷きになっている。毎晩のようにカー坊の話をせがまれた水木は、少年時代の体験をカー坊に置き換えるなどして即興で物語を作っていったという。やがて、紙芝居作家になった水木は気に入っていたカー坊の話を『河童の三平』として紙芝居に仕立てる。三平が見つけた河童の国から河童たちが地上に現れるという内容で評判が良く、前後編80巻（1巻は10枚前後）ほど続いた。しかし、版元から「もっと面白く」と注文されるごとに河童を人間社会に多く出し過ぎてしまい、物語の収拾がつかなくなって続けることが困難になってしまう。その後、紙芝居の物語を貸本漫画として再構築した際は、先の反省を生かして河童を出し過ぎないようにした。三平の田舎の雰囲気は水木の妻・布枝の故郷である島根県安来市大塚を参考にし、三平のお爺さんは布枝の父をモデルにして描いた。主人公の三平は河童に似ているだけで特別な力は持っていない子供だが、水木はこのような主人公が好きだと述べている。
河童に似た少年・三平が河童に出会うことで始まる物語。人間と動物と妖怪が山で一緒に暮らす牧歌的な世界を描いた、水木の代表作の一つである。作品は1955年頃に発表された紙芝居から始まり、1961年に貸本漫画として刊行。その後も1966年の『月刊ぼくら』、1968年の『週刊少年サンデー』、1993年の『小学1年生』と掲載誌を変えて新たなシリーズが発表され、1968年にはテレビドラマ『河童の三平 妖怪大作戦』、1993年には劇場用アニメ『カッパの三平』が製作された。単行本は体裁を変えて何度も出版されており、貸本版とサンデー版は文庫で読むことが出来る。他のシリーズに関しても『水木しげる漫画大全集』で全ての作品が復刻された。
ティモンからアイネシデモスまでの断絶期間中に懐疑主義に大きな貢献を果たしたのは、プラトンが創設したアカデメイアであった。ただし、プラトン自身が懐疑主義者だったわけではなく、その後の学頭アルケシラオス（前316/315年ー前241/240年）がストア派を反駁するために懐疑主義に方向転換したからである。ピュロン主義の重要な用語である「判断留保」（エポケー）もアルケシラオスの考案ではないかと言われている。初期のアカデメイア派懐疑主義の特徴は、対人論法という議論の形式にあった。これは、プラトンの師ソクラテスが行っていたように、相手方の主張を仮定的に前提とした上で、そこからどのような結論が導き出されるかを探究する手法である。アルケシラオスおよび同じくアカデメイア派のカルネアデス（前214年頃ー紀元前129年）らが引き出した結論は、仮にストア派の前提が承認されるならば、彼らは不可知論に陥ってしまうということであった。アルケシラオスやカルネアデスの徹底した対人論法はその後廃れ、さらに後代の学頭ラリサのピロン（前159/58年頃ー前84/83年頃）の下で、アカデメイア派は、不可知論を正式な見解とした上で、信頼性の高い表象から真理へと漸次接近するという立場を取るようになった。しかし、このような立場は結局のところ、現存しない理想的な知者を目標として漸次探究するというストア派の見解と異なる点がなく、アイネシデモスはついにアカデメイア派と決別してピュロン主義を再興することになった。