日本全国の土地が幕藩体制の支配下に入る近世になると、俸禄として将軍から大名および旗本・御家人、あるいは大名からその家臣に対し、石高制に基づいて土地あるいは蔵米（金銀で代替される場合もある）の形での知行が与えられるようになる。後者の場合、名目上の知行高が認められて石高に免（年貢率）を掛けた額を藩から蔵米の形で支給される蔵米知行と実際の手取額のみが明示される蔵米取が存在し、両者を合わせて俸禄制（ほうろくせい）とも称する。もっとも、大名の家臣で土地を知行する地方知行が許されたのは上級家臣が多く、大名の土地支配の強化（蔵入地の拡大）に伴って蔵米を知行する蔵米知行へと切り替えられ、更に借上などの措置が採られる場合もあった。なお、江戸幕府の旗本・御家人の場合には地方知行と蔵米取の2種類からなる支給体系となっていた。17世紀中期以降、武士階層の官僚化とともに、俸禄制への切り替えも進展していったが、その反面、中世の間に所領（知行）を持たない者は庶子・郎党・武家奉公人など一人前の武士ではない者とする意識が定着しており、地方知行から俸禄制への移行には必ずしも順調とは言えなかった。実際に知行に多少の余裕があった江戸幕府の場合には、俸禄制移行の流れに逆行して、地方直（じかたなおし）を行って蔵米取から地方知行に切り替えるという措置を採ることもあった。明治維新後、禄の問題は国家的なものとなった。維新の功績者に対しては賞典禄と呼ばれる禄が新たに支給されたが、これらが政府財政を圧迫することは明らかであった。版籍奉還の直後である明治2年6月25日、旧藩主である知藩事に対して現石高の10％を家禄とするとともに、旧家臣団の家禄について適宜改革を行うよう指令が下った。明治4年の廃藩置県後、政府は各地の家禄を掌握する政策を続いて行い、明治6年12月27日に家禄の国への奉還と、禄に対する家禄税の開始を布告した。明治9年（1876年）8月25日、禄を廃止して金禄公債を対象者に渡す、「金禄公債証書発行条例」の発令によって禄制度は全廃された（秩禄処分）。しかしこれら禄制改革の混乱で、不当に禄の支払いを差し止められたと訴える士族や旧卒族が多数存在し、秩禄処分の撤回を求めて運動を行った。この運動の結果、明治30年 (1897年)10月29日に家禄賞典禄処分法が成立し、秩禄処分が正当であるということが宣言される一方で、正当な支払いを受けなかった者に対して補償の道が開かれることとなった。しかし請求が増加することを危惧した大蔵省は、家禄賞典禄処分法施行法の制定によって支払対象者を限定する動きに出た。このため複禄申請を行った訴えの大半が却下されたが、その後も訴えの審理は継続された。昭和23年（1948年）に家禄賞典禄処分法は廃止され、秩禄処分はこの時点で完全に終了した。
1940年代、中蒲原郡亀田町の農民が共同で出資し亀田郷農民組合が結成され、元町地内（現元町工場および関連各社所在地）に委託加工所を開き、水飴の製造を開始した。組合は1950年に法人組織に改組され、亀田町農産加工農業協同組合に改称、製造品目も水飴から米菓に転換した。1957年、この組合を母体として亀田製菓株式会社が設立され、本格的な米菓メーカーとしてスタートを切った。1961年、あられ「サラダホープ」の製造を開始。同年度は記録的な売り上げを記録し、大手メーカーとしての素地を築いた。1965年には量産化に対応すべく運行式乾燥機を導入。またパッケージイメージの統一を目指して「亀田製菓」のロゴを赤い六角形で囲った亀甲マークが制定された。翌1966年に「ピーナッツ入り柿の種」、1967年には「うす焼」など、現在に至るまで主力商品となっている製品の製造が開始された。1969年には「亀田のあられ・おせんべい」のキャッチフレーズを採用。米どころ新潟の情景を描いたTVCM「ふるさとシリーズ」は1971年のACC賞を獲得した。業績を伸ばした亀田製菓は1970年代に大規模な設備投資を行い、製造体制を強化。1971年には北蒲原郡水原町（現阿賀野市）に水原工場、1976年には白根市（現新潟市南区）に白根工場を開設。元町の本社も1972年に新築され、オンラインシステムも他社に先駆けて整備された。こうして亀田製菓は1975年度、総売上165億1,900万円を記録し、米菓売上額日本一となった。また1976年には「ハッピーターン」、1977年には「梅の香巻」などヒット商品を生み出した。1984年、県内の米菓メーカーとしてはじめて新潟証券取引所に株式を上場。1986年には年間売上額が500億円に到達した。会社設立30周年の1987年、老朽化し手狭となった本社工場に代わる主力工場として、亀田町大字早通地内で造成が進められていた亀田工業団地内に亀田工場を開設。1990年には本社機能も亀田工場内に移された。2000年、新潟証券取引所が東京証券取引所と合併したのに伴い、東証第二部に上場。その後2012年4月6日には東証第一部に昇格。現在に至るまで米菓・スナック菓子を主力商品としているが、今後国内の少子化によって米菓需要が頭打ちになることを想定し、商品群の多角化や海外展開にも重点を置いており、菓子以外にも米飯や乳製品、健康食品の製造も手掛けている。また2008年春には対米輸出の強化を図るためアメリカ・カリフォルニア州に現地法人「KAMEDA USA」を発足させた。またJリーグ・アルビレックス新潟のユニフォームスポンサー（胸部）でもある（2016年シーズンからは同社の主力商品である「ハッピーターン」に変更となる）。2012年、海外への販路拡大のため韓国の食品メーカー農心と業務提携した。農心は異物混入などの衛生問題をたびたび起こしていることからネットユーザーからの反発を受け、広報ブログが炎上する騒ぎとなった。2013年、アルファ米等を製造する尾西食品株式会社を買収し、グループ会社とする。2017年、タイの連結子会社であるるTHAI KAMEDA CO., LTD.で棚卸資産を過大計上したとして、不適切会計を開示。2017年5月、煎餅を食べた小学２年の女児が、混入していた金属片で口の中を切るけがをしていたことが分かった。同社は女児側に謝罪したが、商品全体の回収や公表を見送った。。なお新潟県内で「亀田」を読む際、新潟市江南区亀田地区を指す場合は後ろにアクセントを置いて「かめだ」と読まれるが、亀田製菓を指す場合は頭にアクセントを置いて「かめだ」と読まれる。