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多くの国では、識別マークは白地に赤い十字（赤十字）のマークを採用している。この赤十字マークは1863年に赤十字規約が制定された時にはすでに決定しており、創立当初から各国において使用されていたものの、当時は団体名は各国まちまちであり、赤十字社という名前は使用されていなかった。しかし団体の規模が大きくなるにつれて統一した名称が必要となっていったことを受け、1867年からオランダ救護社が通称としてマークの名前を団体名として使用していたため、赤十字社を各国救護社の正式名称とすることが提案され、1872年のスペインを皮切りに1870年代には各国救護社が赤十字社と改称していった。呼称については「赤十字社」が一般的だが、中華人民共和国では「紅十字会」（赤は中国語では「紅」）、また朝鮮民主主義人民共和国では「赤十字会」と呼んでいる。イスラム諸国では、「十字はキリスト教を意味し、十字軍を連想する」として嫌われたため、白地に赤色の新月を識別マークとし、「赤新月社」（せきしんげつしゃ）と呼んでいる。このマークはデュナンの母国スイスの国旗の赤地に白い十字の色を反転したものとされており、ジュネーブ条約にも「スイスに敬意を表するため、スイス連邦の国旗の配色を転倒して作成した白地に赤十字の紋章」との一文があるが、1863年の赤十字創立時の記録にはルイ・アッピアが団体構成員の目印として白い腕章を提案し、おそらくアンリ・デュフールと思われる人物がそれに赤い十字のマークを付け加えることを提案したのみで、スイス国旗についての記載は存在しない。スイス国旗と赤十字の関係についての初めての記載は1870年のギュスターブ・モアニエの発言が初出である。この一文が挿入されたのは、初期加盟国のひとつであるオスマン帝国の行動が原因である。オスマン帝国は1865年にジュネーブ条約に加盟したが、自国の兵士の大半を占めるイスラム教徒がキリスト教の印である十字架の印を用いるのは不適当であるとして、1876年に新たに赤い三日月（赤新月）のマークを制定し、以後オスマン帝国の救護部隊には赤十字に代わり赤新月を使用させる旨スイス政府に通告を行った。オスマンのこの動きによってペルシャやタイ王国といった国々で新しい標章制定の動きが強まり、世界同一のマークを使用することを重視する赤十字国際委員会との対立が深まった。1906年にはジュネーブ条約が改定され、この時に上記の「スイスに敬意を表するため、スイス連邦の国旗の配色を転倒して作成した白地に赤十字の紋章」との一文が初めてジュネーブ条約に挿入された。これは、赤十字のマークがキリスト教とはなんの関係もなく、スイスに敬意を表したものだと強調することで、非キリスト教国、特にイスラム教国に対して赤十字マークの使用を促す意図があった。ただしオスマン帝国はこれを承認せず、翌年に赤新月マークの使用を条件として加入した。やがて第一次世界大戦後、いくつかのイスラム教国の新独立国が誕生すると、それらの国々は赤新月を自国の団体のマークと定めた。（インドネシアはイスラム教徒が多い国であるが例外的に「赤十字社」である。またパキスタン、マレーシア、バングラデシュなどは設立当初は「赤十字社」であったが、のちに「赤新月社」に変更した）。また、イランの「赤獅子太陽」も公認された。ただし赤十字社はこうした異なるマークの採用には非常に否定的なスタンスを貫いており、第二次世界大戦後にユダヤ教を国教とするイスラエルが独立し、マーゲン・ダビド公社（＝ダビデの赤盾社）が設立された時に、彼らのマークとして提唱された「ダビデの赤盾」を赤十字社のマークとして認定することを拒否しており、「ダビデの赤盾」は今までに承認されたことはない。赤十字・赤新月の他にも種々の標章が乱立し混乱を招くことから、赤十字・赤新月に代わる共通の（＝第三の）標章採用が提案された。これには加盟国の合意に基づくジュネーブ条約の改訂を要する為に議論は紛糾したが、2005年12月8日の赤十字・赤新月国際会議総会において、全会一致原則の総会では異例である投票による賛成多数により、赤の菱形を象った宗教的に中立な第三の標章「Red Crystal（レッドクリスタル、赤水晶、赤菱形、赤菱）」が採択された。これは、ジュネーブ諸条約第三追加議定書として、署名が開放され、2007年1月14日に発効した。「Red Crystal」の標章の意味や法的効力は従来の赤十字・赤新月と完全に同一である。「Red Crystal」を用いることで、イスラエルの赤盾社は国際赤十字への加盟が出来る事となり、赤十字国際委員会は同社を正式に承認した。ただし、「ダビデの赤盾」の標章は、イスラエル国内（国境紛争中のウエストバンクと東エルサレム地域を除く）のみで用いる「表示標章」であり、ジュネーブ条約の「保護標章」としては認められていない。同様に国内での宗教勢力のバランスから赤十字・赤新月の標章を併用したいと主張しているエリトリア等の国や地域でも、「Red Crystal」を使用することで国際赤十字への加盟を期待している。また、この「Red Crystal」の標章は単独で用いる以外に、国際活動を行う際にホストとなる国の了承があれば、中の白地の部分に独自のマークを入れても構わない。なお、「赤十字」マークに対するかなり強硬な統一標章維持の姿勢とは異なり、赤十字・赤新月・レッドクリスタルの各標章において、その標章の明確な形状は指定されていない。色調においても同様である。これは、もし明確な形状・色調を定めてしまった場合、その標章から少しでも外れたものが赤十字標章とみなされず攻撃を受けてしまうことを防ぐためである。