淀川領事は、再三ペルー政府に対して調査委員会の調査の進捗状況を問合せた。しかし、暴動事件後も、排日感情が収まっておらず、排日的な意見を持つ者が「日本人に対して過大に被害額を査定した」と非難することを恐れて、故意に調査を遅延させているのではないか、と疑われていた。領事館では賠償額を、400万ソルと見積もっていた。しかしペルー側の被害額の調査は、事件後1年経過した1941年5月に至っても全体の約半分程度であった。また調査が終わった部分の賠償額は日本側の査定した請求額と大きな開きがあり、ペルー側の調査に従って賠償額が決定すれば、移民の間から大きな不満が起こるだろうと予想された。被害にあった日系移民には、生活に困窮するものも出てきており、外務省はペルー政府に前払いで暫定的に支払うように交渉するようにと、領事館に対して訓令を行った。そして交渉の末、ペルー政府は1941年3月に賠償金10万ソルの前払いに同意した。1941年8月に一部物資払いで、総額140万ソルで賠償金が合意となった。賠償の関連法案に大統領署名を得て、官報に掲載されたのは、1941年12月6日であった。12月7日、賠償に関する法案が官報に公布されたことを日系移民に報告する会が、リマ日本人小学校で開かれた。その席上で、太平洋戦争開戦のニュースが伝えられた。太平洋戦争開戦まもなく、日本とペルーは断交となった。そのため、1962年まで賠償問題は棚上げとなった。1962年、太平洋戦争時にペルー政府が行った日系移民資産凍結に対する解除問題の解決後、暴動事件の賠償金が日本大使館とペルー政府の間で議論されることになった。1963年、三浦文夫大使とペルー外務大臣との間で、暴動事件の賠償金未払額130万ソルの存在の確認と、1964年より20万ソルの年賦支払いを合意した。しかし、ペルー政府は財政の問題を理由に支払い実行に応じず、1966年に5万ソルの支払いを実行しただけであった。
淀川領事は、1940年11月20日付の東京への公電で、リマでの排日的感情について報告を行った。その中で、「新聞は暴動後も引き続き排日記事を掲載している」「リマやカヤオなどでは連日のように排日ビラが撒布され、民衆の反日感情を煽っている」「状況は暴動前と変わっておらず、日系移民は不安に駆られている」と報告した。
1940年に淀川正樹がリマ領事に、1941年に坂本竜起がペルー公使にそれぞれ着任した。両名は外務省より、暴動の賠償問題の解決と暴動事件の背景にあった排日感情の改善に務めるよう指示を受けていた。淀川領事の元には、賠償金受領を催促する日系移民が連日押しかけた。
5月15日発の公電によると、日系移民の死者1名、負傷者10数名、掠奪を受けた家屋は500軒以上であるとした。5月23日発の公電によると、リマ市とその郊外の被害件数は598、そのうち全滅が321件。直接被害362万5,000ソル、住宅被害53万9,000ソルと報告した。
5月18日、大統領令をもって、国勢調査の実施を理由に、外国人移民の入国を停止することを決定した。日本側から抗議があったがこれを退けた。5月22日、北田公使に対してペルー外相は、暴動事件の調査委員会を設置したことを通知した。また、外相は暴動の関係者として、「暴動の口火を切った中学生などを放校」、「扇動した教師を解職」、「警察署長2名を更迭」、「反日記事を連続して掲載したラ・クロニカ誌に自己批判的な社説掲載を命じた」、「暴動に関与したとしてアブラ党の党員を逮捕した」等を説明した。
6月12日の東京宛の公電によると、暴動被害者のうち、帰国希望者は合計558名であり、その内沖縄県出身者は482名だった。6月20日に、北田公使は再起不能者を全員無償で日本に帰国させる必要があることを強調した報告を東京に送った。帰国希望者の数を絞った上で、外務省と拓務省の折半で機密費から帰国費用を支出することが決まった。7月11日、54家族216名が平洋丸でカヤオ港を出港、8月13日に横浜港に入港した。
1966年、京都市生まれ、京丹波町で幼年期を過ごし、ノートルダム学院小学校、長岡京市立長岡中学校、京都府立乙訓高等学校、滋賀大学経済学部に一年の在籍後、京都大学経済学部に再入学し卒業。伊藤秀史ゼミ出身、専攻は組織の経済学、企業の経済分析、ゲーム理論。1993年に電通入社、同期には高崎卓馬・田中泰延・本間絹子・窪本心介・中山泰秀らがいる。マーケティング部門に配属されて勤務したものの1995年に地下鉄サリン事件に遭遇した数ヶ月後に退社し、渡米。2000年、カリフォルニア大学バークレー校にて経営学修士号 (MBA) 取得。大学院二年生のときからシリコンバレーのベンチャーに参加、卒業後はそのままシリコンバレーに残る。大学院在学中に、神田沙也加のデビュー作となる短編映画『おはぎ』のハリウッドでの製作に参加、2001年、シリコンバレーでの起業に参加中、同作品はカンヌ国際映画祭 短編映画部門でパルムドール賞受賞。2012年から2013年にかけ四国一番札所霊山寺の副住職（当時）の支援を受け、四国霊場をカメラを車に乗せて四、五周して撮影旅行しながら、映像作りを独学で学ぶ。2014年から2016年まで放送芸術学院専門学校にて非常勤で映画作りを教える。オウム真理教に関する初長編ドキュメンタリー「AGANAI（あがない）」を2015年から制作に取り掛かる。2016年に公開の予定であったが遅延、2018年現在、ポストプロダクション中であると、自身のブログ、単騎独考に発表している。2018年、AGANAIは香港国際映画祭の企画市の一つWIP Labに選出。G2Dポストプロダクション賞を受賞。2016年にAGANAIのファーストカットは香港国際映画祭に正式招待されているが、監督は納得せず招待を辞退、編集担当を解雇し、追加撮影を行いながら自ら再編集。再び、香港国際映画祭に呼ばれ完成支援の賞を受賞する。そして、2018年には香港国際映画祭がAGANAIを世界に紹介するためのセールスエージェントになった。このような経緯は極めて異例である。