順接の接続詞は、文脈を変えることなく文を繋ぐ。共通語では、前の文脈から導かれる当然の結果として後の文脈を導く原因理由の接続詞として「だから」「それで」などがあり、前の文脈からの時間的なつながりを表す継起関係の接続詞として「それから」「すると」「そうしたら」「それでは」「では」などが、前の文脈を条件として次の文脈を導く仮定条件の接続詞として「それなら」などがある。秋田方言では、「だから」「それで」などに相当する原因理由の接続詞には、「-ガラ」が後続する「シタガラ」「ンダガラ」と、「-ハンテ」に由来するものが後続した「シタンテ」「ンダンテ」がある。また、由利地方南部では、「-サカイ」に由来するものが後続した「ンダサゲ」「ンダハゲ」が用いられる。時間的な継起関係を表す接続詞には、「シタンバ」「シタッキャ」「シタッケ」が用いられる。このうち、「シタンバ」は全県的に用いられ、「シタッキャ」「シタッケ」は県北部を中心に用いられる。仮定条件の接続詞としては、「シタラ」が用いられる。
寛文元年（1661年）7月、父・頼房が水戸城で死去。葬儀は儒教の礼式で行い、領内久慈郡に新しく作られた儒式の墓地・瑞竜山に葬った。当時の風習であった家臣の殉死を禁じ、光圀は自ら殉死の噂された家臣宅を廻り、「殉死は頼房公には忠義だが私には不忠義ではないか」と問いかけ殉死をやめさせたといわれている。幕府が殉死禁止令を出したのはその2年後であるので、『義公行実』では殉死の禁止の初例としている。ただし、同じ頃、紀州・彦根・会津でも殉死を禁ずる旨の記録があるので、水戸藩が初例かどうかはわからない。8月19日、幕府の上使を受け水戸藩28万石の第2代藩主となる。『桃源遺事』では、この前日、兄・頼重と弟たちに「兄の長男・松千代（綱方）を養子に欲しい。これが叶えられなければ、自分は家督相続を断り、遁世するつもりである」と言ったという。兄弟は光圀を説得したが、光圀の意志は固く、今度は弟たちが頼重を説得し、頼重もやむなく松千代を養子に出すことを承諾した、とされている。しかし実際には、綱方が光圀の養子となったのは、寛文3年（1663年）12月である。翌寛文4年（1664年）2月、光圀の実子・頼常が頼重の養子となる。さらに寛文5年には頼重の次男・采女（綱條）が水戸家に移り、綱方死後の寛文11年（1671年）に光圀の養子となった。また、弟・頼元に那珂郡2万石（額田藩）を、頼隆に久慈郡2万石（保内藩）を分与する。藩主就任直後の寛文2年（1662年）、町奉行・望月恒隆に水道設置を命じた。頼房時代に造営された水戸下町はもともと湿地帯であったため井戸水が濁り、住民は飲料水に不自由であった。望月は笠原不動谷の湧水を水源と定め、笠原から細谷まで全長約10kmを埋設した岩樋でつなぐ笠原水道を着工。実際の敷設は永田勘衛門とその息子が担当した。約1年半で完成した。笠原水道は改修を重ね、明治時代に近代的な水道が整備されるまで利用された。寛文3年（1663年）、領内の寺社改革に乗り出し、村単位に「開基帳」の作成を命じた。寛文5年（1665年）、寺社奉行2人を任じ、翌年寺社の破却・移転などを断行した。開基帳には2,377寺が記されているが、この年処分されたのは1,098寺で、46％に及ぶ。うち破却は713寺。主な理由は不行跡であった。神社については、社僧を別院に住まわせるなど神仏分離を徹底させた。また、藩士の墓地として、特定の寺院宗派に属さない共有墓地を、水戸上町・下町それぞれに設けた。現在、常磐共有墓地 ・酒門共有墓地と称されている。一方で、由緒正しい寺院、長勝寺 (潮来市)や願入寺（大洗町）などについては支援・保護した。神社については、静神社（那珂市）、吉田神社 (水戸市)などの修造を助けるとともに、神主を京に派遣して、神道を学ばせている。寛文5年（1665年）、明の遺臣・朱舜水を招く。朱舜水の学風は、実理を重んじる実学派であった。朱舜水を招いた主な目的は、学校建設にあったようであるが、おそらく費用の面から実現しなかった。しかし、その儒学と実学を結びつける学風は、水戸藩の学風の特徴となって残った。朱舜水は、17年後の天和2年（1682年）死去し、瑞竜山に葬られた。延宝元年（1673年）、5回目の就藩からの江戸帰府に際し、通常の経路でなく、上総から船で鎌倉に渡り江戸へという経路をたどった。鎌倉では英勝寺を拠点として名所・名跡を訪ね、この旅の記録を『甲寅紀行』（1674年）、『鎌倉日記』（同年）として纏めた。貞享2年（1685年）、「鎌倉日記」をもとに河井恒久らにより、地誌『新編鎌倉志』が編纂された。延宝7年（1679年）頃、諱を光圀に改める（光圀52歳）。貞享から元禄の初めにかけて、建造した巨船快風丸を使い、蝦夷地探検を三度行う。二度目までは松前までの航海であったが、元禄元年（1688年）出航の3度目は松前から北上して石狩まで到達した。米・麹・酒などと引き換えに、塩鮭一万本、熊皮、ラッコやトドの皮などを積んで帰還した。この航海により、水戸藩は幕末に至るまで蝦夷地に強い関心を持った。しかし、この巨船での航海は、光圀が藩主であったから幕府も黙認して実現したようで、これ以降行われず、光圀の死から3年目に快風丸も解体された。