Maildir標準はファイル名にコロンを使うため、Microsoft Windows 上では修正なしで実装できない。Windows上でコロンの代わりに別の文字（";"、"-" など）を使えない技術的理由はないが、仕様が更新されていないため、代替に使用する文字について全体的な合意がなされていないという問題がある。そのため、Windows上のあるプログラムがMaildirファイルを書いても、別のプログラムが読めないという問題が発生する。PythonやPerlで書かれMaildirをサポートしているプログラムがあるし、Cygwinなどを使ってUNIX上のプログラムをWindows上で動かすこともできるが、コロンの代替をどうするかという問題が解決しないと動作が保証できない。また、Windows（特に古いバージョン）ではファイル名更新が不可分操作でないという問題もある。
Courier Mail Server などのソフトウェアを開発した Sam Varshavchik が、サブフォルダとメールクオータをサポートすべくMaildirの拡張フォーマット Maildir++ を作った。Maildir++ ディレクトリ群には、'.'（ドット）で始まる名前のサブディレクトリがあり、それらもMaildir++のフォルダである。したがってこの拡張はMaildir仕様とは異なるが、MaildirソフトウェアはMaildir++もサポートするものが多い。
qmail、djbdns、その他の各種ソフトウェアを開発したダニエル・バーンスタインがMaildirのオリジナルにして唯一の仕様を書いた。その後バーンスタインに追随する動きがなく、Maildirを標準化しようという努力もなされていない。この仕様はバーンスタインのqmail向けに書かれたもので、多くのプログラムに実装するのに十分な汎用性を備えていた。時と共に様々な実装がなされ、数少ない欠点も発見されている。
Maildirは、広く使われている電子メール格納フォーマットの一種で、メッセージを追加・移動・削除する際にメッセージの完全性を保証するためにアプリケーションレベルでファイルロックする必要がない。個々のメッセージは個別のファイルとして一意な名前付きで保持されている。全ての操作はファイルシステムの不可分操作を使うので、ファイルシステム側で並行性制御のためのファイルロックを行う。Maildirはディレクトリであり（通常、その名前も Maildir）、サブディレクトリとして tmp、new、cur がある。
他の士官に対する軍法会議を支持する者（特に先例、例えばアーノルドとの比較をする者）の常として、ゲイツはキャムデンの戦いでの行動を糾弾する尋問委員会に激しく反論した。ゲイツは再び野戦で指揮を執ることは無かったが、ニューイングランドの支持者達が彼に救いの手を差し伸べ、1782年に大陸会議はキャムデン惨事の追求をすることをやめた。ゲイツはニューバーグのワシントンのもとで参謀として復帰した。1783年のニューバーグ陰謀ではゲイツも加担していたという噂もあった。ゲイツはこのことを認めたかもしれないが、いまだに真相は不明である。
1780年7月、ゲイツはコネチカット植民地の南部でロイヤリストとの小さな戦闘に関わった。その地域はアメリカでも繊維貿易の中心であり、イギリスが主要な輸出市場にしていた。この戦闘で損失は何も報告されていないが、ロイヤリストの家畜が殺され、イギリス軍にとって重要な食糧供給源が絶たれた。
1775年5月遅く、革命の報に接したゲイツはマウントバーノンに駆けつけて、ジョージ・ワシントンに従軍を申し出た。6月、大陸会議は大陸軍の組織化を始めた。ワシントンは総司令官の職を受け入れるときに、ゲイツを副官に指名するよう推薦した。6月17日、大陸会議はゲイツを大陸軍の准将と総務局長に任命した。ゲイツはアメリカ軍の初代総務局長と考えられている。ゲイツとチャールズ・リーはイギリス正規軍でそこそこの経験を積んでいたので、彼の以前の軍歴は、巣立ちしたばかりの軍隊にとって何物にも替えがたいものだった。副官としてのゲイツは、軍隊の記録や命令の体系を作り、様々な植民地にいる部隊の標準化を手助けした。ゲイツの管理能力は優秀だったが、彼自身は野戦での指揮を望んだ。1776年6月までに彼は少将に昇進し、ジョン・サリバンに代わってカナダ方面軍の指揮官に指名された。
フレンチ・インディアン戦争では、アメリカのエドワード・ブラドック将軍のもとで従軍した。1755年、オハイオ渓谷の支配を狙い失敗に終わったブラドック遠征隊にも従った。この時の軍隊に従った者には、後にアメリカ独立戦争で指導者を務めたトマス・ゲイジ、チャールズ・リー、ダニエル・モーガンおよびジョージ・ワシントンがいた。1762年には少佐として第45歩兵連隊に復帰した。ゲイツは後に西インド諸島への遠征に参加し、マルティニーク島の占拠にも加わっていた。1754年、ゲイツはエリザベス・フィリップスと結婚し、1758年には一人息子ロバートが生まれた。イギリス軍の中での昇進は金や人脈を必要としていたので、ゲイツの軍歴は滞りがちだった。彼は1769年に少佐で退役し、アメリカに移民し、バージニア植民地の質素な農園に入った。
大学教授で科学者のノルター教授（ドナルド・プレザンス）は、生物の神秘に魅せられるがあまり、自身が勤務する大学の生徒たちを助手のリンチ（トム・ベイカー）に誘拐させては植物と併合させる人体実験を行う男でもあった。そしてノルター教授自身の研究室で遺伝子改造手術を行うも、手術に失敗した実験台の学生たちは、サーカス一座の見世物小屋に送られるという悲惨な末路を辿るのだった。ノルター教授の実験の主旨は、水と光だけで成長が出来る人間を作り上げることに成功すれば、食糧危機にも人類が対応できるというものなのだが、既に実験台となってしまった学生たちには悲劇が待っていた。一方で誘拐を実行し、教授の助手を務めるリンチもそのサーカス一座の一員で、自身の奇形をノルター教授が整形手術で治してくれると信じノルター教授の片腕として犯行に及んでいた。ある日、そんなリンチから誘拐された男子学生のブライアン（ブラッド・ハリス）は、ノルター教授から食虫植物の併合手術を施されてしまう。