本作のキャラクターは今までと大きく変わっており、獣人や魔法生物などといった「純粋な人間」ではないキャラクターが多数登場している。本作では純粋な人間だけでなく森人・獣人・昆虫人・ドワーフからペンギン・アナグマまでもが「人間」として扱われているのが特徴。ゲーム発売当時のスタッフの話によると、本当に「純粋な人間」であるのは主人公のみで、一見普通の人間に見える者も過去に何かしらの混血となっているとのこと。キャラクターデザインは表記上、メインキャラクターを担当した亀岡慎一とサブキャラクター担当した池田奈緒となっているが、実際はスタッフ一人ひとりのアイデアが元になっており、ほかのスタッフの意見でデザインが変わることも多かったという。
本作が従来シリーズと一線を画す要素として、フリーシナリオが挙げられる。従来シリーズは1本の大きなシナリオを追う形であった。しかし本作では全68話の独立した小編イベントが存在し、その全てが1話完結の体裁を成す。それぞれのイベント発生条件さえ満たしていれば、いつでも体験することが可能である。それらは、その連続性や共通する登場人物によって全15編のシリーズに分けることができる。特に、下記の3編に関してはゲーム全体のメインシナリオ的な位置付けがされており、専用のエンディングが用意されている。また、この3編のシナリオのうちいずれか1つをクリアすることが、ゲーム全体の最終イベントを発生させる条件ともなっている。この3編はそれぞれにファ・ディールの歴史と現状を、何らかの形で象徴したものとなっている。それを経験することで初めて、主人公はマナの女神の待つ聖域へと歩みだすことができるのである。
主人公は夢を見る。夢の中には神々しい大樹が浮かびそして、声が聞こえる。過去の戦乱の記憶が今の人々の心にも傷を残し、そのために愛を求めることを恐れ、愛の化身であるわたし＝声の主＝マナの女神を目指そうとはしない、と。そして女神は、その現実を乗り越えて自分へと歩いてほしい、そう主人公に呼びかけて消える。夢から目覚めた主人公は、その声に従うように、目覚めたばかりの世界へと足を踏み出す。
バトルシステムに関連して、キャラクターが成長する際に加算される各パラメータの成長値は装備武器種によって違う。そのため、プレイヤーは成長に際して武器を持ち変えることで主人公の成長を自由に決めることができる。また、アビリティは全26種が存在しているが、戦闘モードで使用するには2つある装備枠に装備しなければならない。同様に、武器種ごとに取得していく必殺技についても1つの武器種に対して12種から20種が用意されており、必殺技と魔法とを合わせて4つある装備枠に装備しなければならない。上記のような要素によりプレイヤーは主人公を自由に、個性的に、成長させ行動させることができる。
『聖剣伝説3』から踏襲されていることであるが、移動モードと戦闘モードが明確に分離している。本作ではさらに、敵とエンカウントした場合、逃げることは不可能となっている。エンカウントした全ての敵を倒すことで勝利となり、戦闘モードが解除され、キャラクターのヒットポイント（HP）は全快する。戦闘モードでは弱攻撃、強攻撃、アビリティ、コマンド技、必殺技、魔法を駆使して戦う。攻撃及び移動速度が武器種ごとに設定されたものとなる。武器種は全11種あり、短剣・片手剣・両手剣・片手斧・両手斧・ハンマー・槍・ロッド・ナックル・ヌンチャク・弓矢である。縦方向への武器攻撃は出来ず、横方向のみ可能。必殺技と魔法以外の行動はタイミングよくボタンを押すことで行動同士を繋いでいくこと（コンボ）が可能で、方向キー入力によるコマンド技が繰り出せるなど、その操作性はベルトスクロールアクションゲームに準じたものとなっている。また、リングコマンドシステムが廃止され、戦闘モード中に装備の変更やアビリティの再設定などは一切できないため、従来シリーズよりもアクションの腕前が要求される。
騎手引退の同年、京都競馬場の厩舎を引き継ぎ、調教師として開業。2年目には早くも51勝を挙げて全国8位に付けると、翌1970年にはクニノハナで京都牝馬特別を制し、重賞初勝利を挙げる。同馬はその次走で牝馬三冠の最終戦として創設されたビクトリアカップを制し、同競走の第1回優勝馬となった。その馬主は兄・博司であり、これが重賞に勝利した初めての所有馬となった。以後も関西の有力調教師として確固とした地位を築き、1979年の菊花賞では管理馬ハシハーミット、ハシクランツで1、2着を独占。騎手時代に勝てなかったクラシック制覇を果たした。1991年の有馬記念では、ダイユウサクが弟子の熊沢重文を背に15頭立ての14番人気で出走、単勝オッズ1.5倍と圧倒的な支持を受けていたメジロマックイーンを最後の直線で差しきり、日本レコードタイムでの優勝が話題を集めた。このとき、内藤は（勝った時の記念撮影に備え）きちんと正装して当日に現れ、ほかの関係者には「（正装して）どうしたんですか？」とさんざんからかわれていたが、レース後には皆黙ってしまったという逸話があり、勝つ自信があったことを裏付けている。一方、1996年のスプリンターズステークスではエイシンワシントンが僅か1センチメートル（内藤の著書によれば7ミリメートル）の差でフラワーパークに敗れ、GI競走史上まれに見る接戦としてJRAのCM内でも語られた。内藤の管理馬には地味な血統の安馬が目立ったことで知られた。これについて内藤自身は「私は何も地味な血統の馬が好きなわけではない」としながらも、良血の高額馬は馬主が大きく損をする可能性もあるため、「金銭的な負担を少なくして、競馬を楽しんでもらう。これが私の厩舎の方針だった」としている。息長く現役を続ける馬も数々おり、開業初年度に北海道で育成専門の優駿牧場（現・待兼牧場）を設置し、内藤自身の方針で若駒時代から強い体質を持つ馬の育成に当たった。調教師の石坂正は同場の従業員から内藤厩舎の厩務員となり、のちに独立している。