宗教法人に対する非課税措置が「特権付与」に当たるかどうか議論がある。憲法上の疑義があるという見解も存在している。宗教法人は公益法人に属するが、他の公益法人も免税されているので、特に宗教法人だけが特権を付与されていることにはならないとし合憲としている。また、日本の法人税法がいう儲けとは配当金のことであり、法人擬制説に立って我が国の税法は運用され、法人税法等では株主などの構成員へ分配することが出来る剰余金配当（配当金）や、残余財産分配（みなし配当）に法人税などを課税し、法人自体にではなく配当金を貰う個人へ税を課している。宗教法人は、収益事業を行っている場合、公益事業へ組み込むための儲けが出せるので課税される。ただし、儲けは出せるが、その総ては法律で公益事業へ使わなければならず、一般企業のように個人へ配当することは出来ないので、その点で税率が軽減されている。しかし、宗教法人の本来事業である公益事業は、剰余金配当も、また、たとえ解散をしても残余財産分配が宗教法人には持分が全くないために法律上できず、法人税法などの主旨とは合わないので公益事業は非課税になっている。なお、法人の内部留保金については、役員や職員への給与、賞与等（もっとも言うまでもないが、宗教法人を含む公益法人からの給与と賞与などへは一般サラリーマンと同様に所得税などが課税されている）以外の資産は、法律どおり公益宗教活動、多くの文化財の保護、伝統と慣習の承継等の本来事業へ使わなければいけない。ただ、これらを実行するには多額の費用が掛かるため、教会、神社、寺院の宗教団体員は一丸となって費用捻出のため努力をしている。株式会社は、営利目的（配当金を生む目的）で設立され、剰余金配当や残余財産分配もでき、仮に公益活動を行っても剰余金配当などが出来るため課税される。なお、非課税措置については批判がある。
内閣法制局は、憲法の政教分離の原則とは、信教の自由の保障を実質的なものとするため、国およびその機関が国権行使の場面において宗教に介入し、または関与することを排除する趣旨である。それを超えて、宗教団体が政治的活動をすることをも排除している趣旨ではない。 — 自社さ連立政権における内閣法制局長官大森政輔の国会答弁趣旨という見解を一貫して述べてきた。2008年10月7日衆議院予算委員会で、民主党の菅直人の「90年にオウム真理教の麻原氏を党首とする真理党が結成され、25人が立候補した。多数を占め、政治権力を使って教えを広めようとしたら、憲法第20条の政教分離の原則に反すると考えるがどうか」との質問に対し、内閣法制局長官および首相が違憲と答弁したが、翌10月8日に長官は「誤解を与える結果となったとすれば誠に申し訳ない」と陳謝のうえ「菅委員の質問の場合は、宗教団体が「政治上の権力」を行使していることにはならないので、憲法第20条第1項後段違反の問題は生じない」との趣旨を再答弁した。法制局は法的に憲法解釈の権限をあたえられているわけではないが（違憲立法審査権をもつのは最高裁である）、政府の公式見解である。ただし近年においては、与党関係者から、内閣内で憲法解釈を担ってきたことへの批判が生じており、その地位および解釈は必ずしも保証されているわけではない。
大きく分けると「物流」と「不動産業」の2つに分類される。 「倉庫事業」をはじめ「港湾運送」「国際輸送」、そして「不動産事業」が主な事業内容である。 物流事業は、120年の伝統を誇り世界中に関連会社を持ち、実績は日本の倉庫業界では首位である。日本最大の倉庫も保有している。 各国子会社との連携も強く、医薬品・化学品取り扱いでは実績が高い。神戸・六甲アイランド、東京大井と、東西2箇所で合計訳63千冷蔵トンの冷蔵倉庫を持つ。また不動産事業での収益も大きく、ビル・商業施設・住宅と活発に展開している。ビル事業では、東京ダイヤビルディングをはじめとする“データセンタ対応ビル”を多く手がけており、賃貸ビルでありながら、非常用発電機や高い耐震性能、マルチキャリア等を兼ね備えたビルの分野では、パイオニアであり、日本最大規模のシェアを持っている（ちなみに東京ダイヤビルディングは日本最大の免震ビルである）。商業施設は、関西で複合商業施設である神戸ハーバーランド等がある。また、関東では2006年8月24日に横浜駅東口に横浜ベイクォーターが開業した。住宅事業としては、ナビューレ横浜タワーレジデンスやM.M.TOWERS FORESISをはじめとする分譲マンションの開発も手掛けている。横浜駅東口の同社敷地の再開発のしめくくりとして、同駅周辺では最大規模であり、統一された意匠とガラスカーテンウォールの外装が特徴の横浜ダイヤビルディングを2009年12月16日に竣工させた。横浜ダイヤビルディングは、地上31階・地下2階・塔屋2階、高さ157.7m（横浜ではランドマークタワー、クィーンズタワーA棟に次ぐ、3番目に高い）、延床面積69,977㎡であり、3～6階までは商業施設として隣接する横浜ベイクォーターと各フロアで接続して一体化、7～30階の低・中・高層部は賃貸オフィスで構成される。横浜ダイヤビルディングは、1990年代以降、大規模オフィスビルの開発が滞っていた横浜において、久々に建設された大規模オフィスビルであり、東京都内にて相次いで建設されている2000年代のオフィスビルに伍する高品質なオフィスビルである。同時に建設されたペデストリアンデッキ（ベイクォーターウォーク）にて横浜駅と直結し、雨に濡れずに駅まで行くことができる。三菱倉庫の所有ビルには、「横浜ダイヤビルディング 港北館」も存在するので、注意が必要である。なおポートサイド地区にある「ポートサイドダイヤビル」の所有者は、三菱重工業（株）系列企業の菱重ファシリティー&プロパティーズ（株）である。