1898年、宗門よりの除名を解かれた。彼は保守勢力からの独立を強く求め、その目玉として、京都にあった、真宗大学の東京移転があった。1899年9月に東京本郷森川の近角常観留守宅にて私塾浩々洞を開き、多田鼎、佐々木月樵、暁烏敏ら多くの真宗学者、仏教学者を輩出する。1901年、浩々洞にて雑誌『精神界』を創刊。同年、東本願寺が東京巣鴨に開校した真宗大学（後に、高倉大学寮と併合、京都に移されて真宗大谷大学と改称、現、大谷大学）の学監に就任するも、翌年辞任。
1894年、肺結核を発病した。同年1月、禁欲生活で体力が落ちた体で、厳寒の京都で前法主の葬儀に参列した清沢は屋外に立ち続けた。これが引き金といわれる。1896年に京都府愛宕郡白川村（現在の京都市左京区）に移り済む。白川党の宗門改革運動を始める。今川覚神や稲葉昌丸らと『教界時言』を発刊、東本願寺における近代的な教育制度・組織の確立を期して種々の改革を建議・推進し、しばしば当局者と対立し、宗門からの除名処分を受ける。
1890年7月には京都府尋常中学校校長を辞任する。この頃からミニマム・ポッシブル（Minimum Possible）と呼ばれる最低限の制欲自戒生活を始める。黒衣黒袈裟の僧服姿で、食膳は麦飯一菜漬物、煮炊きはせず、酒はもちろん茶すら飲まず、飲料には素湯もしくは冷湯を用いた。そんな生活を続ける中、学問の面でも『歎異抄』などをよく読み、その自戒生活の実践の中で得意の哲学を駆使して『宗教哲学骸骨』『他力門哲学骸骨試稿』を執筆する。1892年8月に刊行された『宗教哲学骸骨』は、1893年9月のシカゴ万国宗教大会で英訳されて評判となった。骸骨なる言葉はこの時代の生活ぶりに重ねあわせたものである。
尾張藩士、徳永永則の子として、尾張国名古屋（現、名古屋市）に生まれる。英語学校、医学校に入るも、いずれも廃校になり、その方面の道を断念。彼は優秀で前者の愛知英語学校では通訳として教授のイギリス人が演説に出かけるときは通訳をしたという。浄土真宗本願寺派の名古屋別院にある医学校はドイツ語を習っただけで廃校になっている。1878年2月、得度して真宗大谷派の僧侶となり、東本願寺育英教校に入学した。当時は非常に活発で走ったり相撲をしたりしている。その留学生として東京大学予備門に補欠募集があるのを知り、僅かの準備期間でトップで入学した。1887年に東京大学文学部哲学科を首席で卒業。同級生には後に文部大臣になる岡田良平、梅本順三郎が、一年後輩に、上田万年や沢柳政太郎がいた。学生時代に、井上円了らと「哲学会」を始め、1887年2月に『哲学会雑誌』を創刊した際には編集に当たる。同年、井上円了による哲学館（現、東洋大学）の創設時には、評議員となり、また心理学及び哲学史を担当する講師となる。大学院では、宗教哲学を専攻。しかし、1888年7月には、真宗大谷派の要請で、当時、同派が経営を委嘱されていた京都府尋常中学校の校長を務め、高倉大学寮にも出講する一方、清沢やす子と結婚し、清沢姓になっている。そして、愛知県碧南市の西方寺の副住職にて死去。しかし大学院をやめても、彼は研究をやめたわけではなかった。
「ローリング・ストーンの選ぶ歴史上最も偉大な100人のシンガー」において第32位。「Q誌の選ぶ歴史上最も偉大な100人のシンガー」において第26位。慈善活動が評価され、2003年、2005年、2006年にはノーベル平和賞候補になる。2006年12月23日に、英国大使館は、音楽界への貢献と人道活動を評価し、名誉ナイト爵位を叙位することを発表した。ただし、英国民ではないので「サー」の敬称はつかない。他にも、2003年に、フランスのシラク大統領からレジオン・ドヌール勲章を授与された。2013年7月に、フランス芸術文化勲章コマンドゥールを授与される。2008年5月27日、アフリカ貧困撲滅運動など人道支援活動の功績により、慶應義塾大学から名誉博士号（法学）を受ける。逆に、そのイメージが政治的に利用される場合もある。2005年3月、当時のアメリカ国防副長官で代表的ネオコンとしてイラク戦争を推進したポール・ウォルフォウィッツが、ブッシュ大統領より世界銀行総裁に指名され物議をかもした。自分に人望が無いことを自覚していたウォルフォウィッツは、批判をかわすために、一部で『もっとも世界銀行総裁にふさわしい男』との声が高かったボノに電話を入れて助言と協力を仰いだ。また、アイルランド出身であるが、アイルランド政府に海外援助を要請しつつもアイルランドの法律の抜け穴を利用して節税した後、法律が変更されるとU2の版権管理会社をアイルランドから税率の極端に低いオランダに移動させ、毎年数十億円の節税を行っている。母国に納税せず援助だけを要求する行為については、アイルランドの音楽家からも非難されている。2014年、アメリカのフォーチュン誌が発表した「世界で最も偉大な指導者50人」において8位に選ばれた。2017年、タックスヘイブン（租税回避地）に関する流出資料「パラダイス文書」に掲載されていた著名人の中に、ボノの名前があった。節税目的でマルタ共和国の会社を通じ、リトアニアのショッピングモールに投資していたとされる。ボノは投資家として会社の不正行為を知らなかったと説明し、オフショア会社に関するこうした報道を歓迎すると述べた。2019年、純資産が7億ドルを超え、世界で二番目に裕福なロックスターと報じられた。