東京都杉並区にあった普門館（立正佼成会所有）で行われていた。初めて使用されたのは、第20回（1972年）大会である。その後、第25回（1977年）大会から第59回（2011年）大会まで（第53回大会を除く）開催されていた。さらに、予選を勝ち抜いた学校のみ演奏できたことから、「吹奏楽の甲子園」と呼ばれていた。例年、定員をはるかに超える入場希望者に対応するため、第44回（1996年）大会以降、中学の部・高校の部それぞれ全29団体のプログラムを「前半の部」と「後半の部」の2部に分け、完全入れ替え制で大会を進行していた。2012年に立正佼成会が専門家に依頼した耐震調査で、「大ホールの天井について十分な耐震性が確保されていない」ことが判明したため、2013年11月13日に、立正佼成会が普門館ホールの耐震工事を断念、使用停止すると発表。これにより、普門館での開催の歴史に幕を閉じた。普門館でのエピソードとして、第52回（2004年）大会中学後半の部の開催中、新潟県中越地震が発生し、大会史上初めて一時中断するという事態が発生した。高校後半の部では、演奏中にステージ裏側で誤って次の団体が楽器を落下させてしまうということがあり、これらのことを機に、大会を安全に運営するためのマニュアルが連盟によって作成された。
吹奏楽コンクールで全国大会まで開催される部門（各支部で大編成部門・A部門などと呼称）では、課題曲の演奏が義務付けられている。近年は、朝日作曲賞の入選作品3 - 5曲（大賞受賞作品は翌年度の課題曲 I となる。ただし、過去に I 以外の課題曲となった例外有。）と、連盟の委嘱による作品1曲前後が課題曲に選ばれている。過去には、既存曲や吹連委嘱曲として團伊玖磨、大栗裕、小山清茂、別宮貞雄、三善晃など現代日本を代表する作曲家による作品が課題曲となったこともあるほか、河辺浩市、間宮芳生、東海林修、保科洋、三枝成彰、池辺晋一郎、藤掛廣幸、西村朗、木下牧子、和田薫など一線級の作曲家による作品も課題曲となっている。他には、岩井直溥、藤田玄播、兼田敏、真島俊夫など、その他の吹奏楽作品の作編曲でも知られる作曲家も課題曲を書いている。また、近年では邦人作曲家による新曲が主であるが、かつてはジョン・フィリップ・スーザ、アルフレッド・リード、ウィリアム・フランシス・マクベス、ロバート・ジェイガーなど外国人作曲家の既存の楽曲もしくは吹連委嘱曲が課題曲になった。
全日本吹奏楽コンクールは大きく中学校（以下、中学）、高等学校（以下、高校）、大学、職場・一般の4部門に分かれる。中学、高校、大学、職場の各部門については、参加者の全てが同一の学校・企業・官庁の公認団体の団員であることが求められる。中学、高校の各部門では同一経営の小学校の児童、中学校の生徒（中高一貫校や付属校など）の参加も認められている。近年では、同居している連携型中高一貫教育校の大編成部門（A部門）への参加について議論されたが、「同一経営に準ずるもの」として参加が可能となっている。複数の団体から出演することはできず、また職業演奏家の参加はできない。参加を希望する団体はまず該当地域の吹奏楽連盟に加盟登録し、連盟理事会で毎年指定する課題曲（吹奏楽連盟会報「すいそうがく」、連盟公式ホームページ、朝日新聞紙上、吹奏楽関連雑誌で発表）と各団体が選曲する自由曲の2曲を決めて参加申込をする。また2009年度より、「職場の部」と「一般の部」の各々の部門が「職場・一般の部」として一つの部門に統一された。当初2008年度からの統一が予定されていたが、更なる検討が必要として、先延ばしされていた。統一後は、これら2部門の団員参加資格を同一のものとし制限人員を新たに設定、連盟への加盟登録については従来通り「職場」「一般」とそれぞれ分かれた形を維持している。
他の省庁とは異なり、財務総監の組織は大学風に組織された。いくつかの部門に分けられ、王室財政の管理も含め、財務総監が各部門の代表者を指示することで、機能していた。各部門長は旧体制の終わりまで、だいたい6人までの編成で、「財務様 (Messieurs des finances) 」や「財務諸氏 (gens des finances) 」と呼ばれた。 同じように通商についても、財務総監は4人か5人の担当者を指揮した。古くはこれらのうちの一人だけが財務総監に報告することができ、財務総監は財務と通商の各1名の執事を指揮することで、全体を監督していた。しかし、次第にセクションごとに職務が分化していったため、各部門が専門化し、それぞれの立場から財務総監に属する形態となった。他の省庁では、内閣への報告は、長官ただ一人によって行われるが、財務総監は部下である財務と通商の部門長からなるグループを連れて王に面謁した。このことから、財務総監は、内閣を、自らの管轄部分と、それ以外の部分に分割したとする立場をとり、財政問題に関しては財務総監以外からの発言権は失われた。また、財務総監による決定が王の裁可を得る必要がある場合には、内閣の審議を経ていなくとも、内閣の決定としてサインした文書を提出した。財政に関しては90%がこうした手順で決定され、内閣を経たものは10%だけだった。財務総監の配下の人員は他の省庁に比べ、非常に多くを擁した。各部門の庁舎は、銀行家や投資家の邸宅に近いパリに置かれた。財務総監の官舎はパリの、ヌーヴ・デ・プチ・シャン通りのマザラン・パレスと、ヴェルサイユに置かれた。