暮綯學園高等学校に転校してきた転校生（主人公）は、校舎内を彷徨う少女の霊を見かけた後、悪霊に遭遇する。悪霊たちから主人公を救ったのは、学校の生徒である支我と見慣れない女性だった。女性は、伏頼 千鶴と名乗り、夕隙社というオカルト関係の出版社の経営社にして"幽撃隊"という悪霊退治を裏稼業とする集団のリーダーだと自己紹介を行った。その出会いがきっかけで、主人公は支我たちとともに、東京に潜む霊たちとの戦いに身を投じていくのであった。
売れっ子漫画家のアリソン・ベクダルは、自伝的グラフィック・ノベルの執筆にあたり、過去の2つの時期の自分を思い返す。一人は、10歳の自分（子どものアリソン）、父親ブルースの厳しさと、芽生え始めた自身のセクシュアリティとに悩んでいた頃。もう一人は、大学1年生の自分（若いアリソン）。初めて恋人ができ、レズビアンであることをカミングアウトした時期である。大人のアリソンは、「飛行機ごっこ」をブルースにねだっていた子どもの自分を思い出す。近所の火事で焼け残ったがらくたを譲ってもらったブルースは、価値のあるものが隠れていないか探している（"It All Comes Back")。ベクダル一家はブルースが再建した、美しいビクトリア様式の家に住んでいた。地域歴史保存会から視察が来ると聞いたアリソンの母ヘレンは、夫の厳しい美意識に見合うよう家を整えようとする（"Welcome to Our House on Maple Avenue")。大学に入学したばかりの若いアリソンは、不安な気持ちを父親との電話で吐露し、日記をつづる（"Not Too Bad"）。ベクダル家は葬儀社を営んでいた。ブルースが客と話している間、子どものアリソンと彼女の兄弟、ジョンとクリスチャンは、棺桶に隠れている。子ども達は、ベクダル葬儀社の架空のコマーシャルごっこをして遊ぶ("Come to the Fun Home")。大学の同性愛者団体の部屋を前にためらう若いアリソン。そこへやってきた、若く、自信に満ちたレズビアン女性、ジョーンに声をかけられてまごつく。ブルースは、庭の手入れのために雇ったロイという男性を家に招く。図書室で、ブルースはロイに近づき、誘いはじめる。ヘレンは気づかないふりをするよう努めながら、二階でピアノを弾く("Helen's Etude")。若いアリソンは両親に手紙を書く。だが、ジョーンのこと、自身がレズビアンであると気付いたことには触れずにおく。ブルースは子どものアリソンにドレスを着るよう言い聞かせるが、アリソンはデニムジャケットの方が良いと言う。ブルースに、女の子たちの中でたったひとりドレスを着ていなかったら、パーティーで笑いものになると諭されると、彼女は渋々ドレスを着る("Party Dress")。自身がレズビアンであるとの手紙を両親に送ったことを、ジョーンに誇らしげに伝える若いアリソン。そのうちに本当はアセクシュアルなのではないかと疑い始めるが、ジョーンにキスされて確信を持つ。その夜、若いアリソンはジョーンと体を交わし、興奮と幸福に満たされる("Changing My Major")。大人のアリソンは、父の死と彼女のカミングアウトとのつながりについて考える。子どものアリソンは、自分の家族が住んだことのある場所の地図を描くという宿題をしている。しかし、ブルースはアリソンの手からスケッチブックを奪い、彼の正しいと考える描き方で描き直してしまう。大人のアリソンは、たとえブルースがヨーロッパを旅し、住んだことがあったにしろ、彼の生まれた場所、生活、仕事、死はすべて、ペンシルバニア州ビーチ・クリークの、小さな円の中で起きていたことに気付く("Maps")。未成年の少年と一緒にいるブルースは、車で家に送ると少年に申し出る。彼は車内で少年にビールをすすめる。のちに、ここで二人が性的関係を持ったことが暗示される。若いアリソンは自身のカミングアウトに対しての返事がほしいと両親に手紙を書く。子どものアリソンが『パートリッジ・ファミリー』を見ているところに、ブルースがやってきてテレビを消してしまう。ブルースと話すうち、アリソンは彼がこれから精神科の診察を受けに行くのだと知る。彼はそれを、自分は「悪く」、アリソンのように「良く」ないからだと言う。彼が嘘をついていたことに苛立つ大人のアリソン。彼が出かけた本当の理由は、未成年の少年と関係を持ったかどで逮捕されたためだった。ヘレンは、精神科に行けばブルースはよくなると言って、子どものアリソンに念を押す。ブルースはヘレンと激しく言い争い、本と一緒に彼女の持ち物をいくつか壊してしまう。子どものアリソンはテレビで見た家族と同じように、楽しく歌っている自分たちを想像する("Raincoat of Love")。大人のアリソンは、ブルースに連れられてニューヨークのグリニッジ・ヴィレッジのアパートで兄弟たちと過ごした時のことを思い出す。長い一日が終わり、子どものアリソン、クリスチャンとジョンは寝袋に入る。子どものアリソンが目を覚ますと、ブルースがアパートを抜け出そうとしている。ブルースはアリソンに子守唄を歌い("Pony Girl")、新聞を買いに行くだけだと言い聞かせる。しかし本当は、街へ男性を誘いに出るところだった。若いアリソンは、彼女のカミングアウトに対しての、ブルースのあいまいな返信に憤る。子どものアリソンは、ブルースと軽食堂にいる。店に入ってきた配送員の女性を見て、不思議な親近感を感じる("Ring of Keys")。若いアリソンは、カミングアウトに対してのきちんとした返事を聞くため両親に電話をかける。そこで、ブルースが男性や少年と性的関係を持ってきたことをヘレンから聞かされ驚愕する。その時期の家族の張りつめた雰囲気に思いをはせる大人のアリソンは、両親の激しい言い争いの様子を見る。大学の長期休暇に、若いアリソンはジョーンを連れて家に帰ってくる。ヘレンはアリソンに、満たされない結婚生活で費やした、自らのの人生の悲惨を語る("Days and Days")。その夜、ピアノを囲む若いアリソン、ジョーン、ブルースは思いがけず楽しい時間を過ごす。ブルースがアリソンをドライブに誘ったとき、大人のアリソンは若いアリソンが立ち去ったことに気付く。こうして、彼女は時の隔たりを越えてブルースと車に乗りこむ。車の中で二人は、お互いに気持ちを伝えようとする("Telephone Wire")。歴史建築再建の仕事に強迫的なまでにのめりこむブルース。崩れかかる自身の人生をつなぎとめようとするが、そのすべが見つからない。彼はトラックの前に飛び出し、この世を去る("Edges of the World")。初めて過去と和解した大人のアリソンは、完璧な調和のひと時を思い出し、描きはじめる。それは、ブルースと「飛行機ごっこ」をしていたひと時だった。三人のアリソンが、ともに過去を振り返る("Flying Away")。