甲申政変後の1885年、興宣大院君は朝鮮への帰国を果たした。閔氏政権は長期化するなかで官職売買と賄賂が横行し、政治の腐敗がいっそう進行して地方官が買官経費の回収や蓄財のために郷吏と結んで管下の住民が不法な収奪をおこなうことも慢性化した。これに苦しんだ民衆は収奪緩和を求める活発な請願活動を展開し、さらに腐敗した地方官・郷吏を実力で排除する民乱を起こした。1888年以降、民乱は毎年のように続いた。1894年2月（これより陽暦）、全羅道古阜郡で東学の地方幹部だった全琫準の指揮下に民乱が起こった。これが甲午農民戦争の始まりであり、農民軍は政府軍を次々に打ち破り、占領地を拡大させた。深刻な危機に陥った閔氏政権は自力鎮圧を困難とみて、閔泳駿の提議により清国軍の出兵を求めることを決めた。これを受けて政府は6月3日袁世凱に出兵を求め、それに応じて清国軍が忠清道牙山に上陸、対抗して日本も公使館と居留民の保護を名目に漢城に軍を送った。日本政府は6月なかばに日清両国共同による反乱の鎮圧と朝鮮の内政改革を清国側に提議したが、これは清の拒否するところなり、6月下旬、日本単独での朝鮮内政改革方針を閣議決定し、朝鮮政府に改革の実施をせまった。7月16日、督弁趙秉稷は日本軍の撤兵を求める声明を出して、日本の軍事力を背景とする内政干渉に抗議した。しかし、日本軍は漢城-釜山間の軍事用電信機敷設に着手し、大鳥圭介公使は逆に清国軍の撤退と中朝商民水陸貿易章程など3章程の廃棄を求めた。これを朝鮮政府が拒むと、日本軍は7月23日、景福宮などの要地を占領し、朝鮮政府軍を武装解除して興宣大院君を担ぎ出して閔氏政権を倒した。第三次大院君政権の成立である。趙秉稷は3章程の廃棄を清国に通告し、清国・朝鮮の宗属関係は断たれた。直後に日清両国間に戦端がひらかれた（日清戦争）。しかし、第三次政権では大院君自身には実権がなかった。日本優勢の戦況下、10月の井上馨公使の着任後は朝鮮に対する日本の干渉はさらに強まり、11月、井上が高宗に「内政改革綱領」を承認させ、大院君、王妃の政治関与を禁じた。
MSA法は朝鮮戦争に対応した反共軍事同盟の形成を目的としたものであったが、それは友好国たる米国への政治的経済的従属を強要するものでもあった。米国は1951年のMSA法第550条に農産物取引の一項を加えて新たな余剰農産物輸出機構を創設。MSA法の趣旨は農産物取引条件にも貫徹しており、軍事的性格を持った農産物取引であったが、1954年からこれを日本にも適用してきた。同年3月のMSA協定調印によって日本は小麦60万トンや大麦11万6000トン、脱脂粉乳など総額5000万ドルの米国の余剰農産物を受け入れ、それを三菱商事や兼松、日清製粉などに販売しその代金を積み立て（見返り資金）、4000万ドルは米国側の取り分として日本に対する軍事援助などに使われ、残り1000万ドルが日本側の取り分として経済復興に使われた。先の自衛隊の発足、再軍備化はこの米国の余剰農産物を活用したものであった。米国としても将来的に余剰農産物の有力なはけ口としての日本を念頭においての戦略でもあった。このとき受け入れた小麦のことを通称「MSA小麦」と呼び、この小麦を国内で消費するため厚生省は粉食奨励を「栄養改善運動」の柱にして、学校給食ではパンとミルクの給食を定着させ、パン食普及に力を入れた。これは終戦直後の食糧難打開のための代用食としての粉食奨励とは違い、積極的に粉食の優位性を説いた運動であり、ここから学校給食のパン食、及び日本の食生活にパン食が入り込み、日本人の食生活が顕著に欧米化した。同時に主食がパンとなるとおかずは味噌汁、漬物というわけにもいかず、どうしても牛乳、肉類、油料理、乳製品という欧米型食生活の傾向となるが、これら食材の供給元である米国の狙いもそこにあった。1954年7月、アイゼンハワー米大統領はMSAを改定し、PL480法案（通称：余剰農産物処理法、正式名称：農業貿易促進援助法）を成立させ、余剰農産物処理をさらに強力に推し進める作戦に出て、最も有望な市場と見られたのが日本であった。当時の日本は戦後復興の足がかりとして、愛知用水や八郎潟干拓、電源開発事業などの大型プロジェクトを実現させる必要に迫られており、この余剰農産物を受け入れた。以後日本の小麦輸入は飛躍的に高まり、安価な外国産小麦の大量輸入で、太刀打ちできない日本の小麦生産農家は生産意欲をなくした。余剰農産物はさらに米10万トン、葉タバコ4000トン、飼料11万トンの購入も強要され、1955年に8500万ドル、1956年に6580万ドル分の余剰農産物を購入させられた。購入代金の多くは在日米軍基地増強に企てられ、日本は米国の東南アジア市場支配の一拠点に完全に組み込まれることになった。余剰農産物の輸入は日本の戦後農政に多面的に影響を与えた。日本の米離れ、食料自給率低下もここを始まりとしており、逆に米国は自国の農産物を長期的に継続して日本に輸出する道をここから開き、その後の日米間の農産物貿易自由化を推進させたのである。さらに、池田・ロバートソン会談の中で池田が主張したといわれる、「日本政府は教育および広報によって日本に愛国心と自衛のための自発的精神が成長するような空気を助長することに第一の責任をもつものである」という一文があり、これが戦後の学校教育に大きな影響を及ぼしたといわれる。1954年の第19回通常国会で「MSA協定」と共に審議可決されたのが、逆コースといわれた政治反動を象徴する「新警察法」と「教育二法」で、「教育二法」は、地方公務員である教職員の政治活動を国家公務員並みに禁止し「教え子をふたたび戦場に送るな」のスローガンのもとに、再軍備反対・平和教育を進めてきた日教組の影響を排除することを狙いとしたもので、その背後には、先の「愛国心と自衛のための自発的精神」を助長する措置の一環といわれた。その後も1958年8月、学習指導要領の改定に先駆けた小中学校に道徳の授業が、1960年10月から高校の社会科の授業に「倫理」という科目が置かれ、1958年、学習指導要領における「日の丸・君が代」条項が新設されるなどした。池田・ロバートソン会談は、戦後日本の大きな転換期でもあった。