チュートリアルでコッコロ曰く、仲間を増やすための『この世界の大事な仕組み』であり、「ジュエル」を用いてガチャを引き、キャラを増やす。重複したキャラは「女神の秘石」と呼ばれるアイテムとなり、既存キャラの強化や他のキャラを増やすための「メモリーピース」との交換に使われる。ジュエルは入手方法によって有償と無償に分類され、ガチャで消費する際は無償のものが優先される。
本作はRPGであり、キャラは経験値や装備などで強化されることになる。装備や経験値は、すべて消費アイテムとなっており、クエストマップのバトルを繰り返しクリアしたり、「マナ」と呼ばれる通貨で購入することで得られる。キャラの強さを示す大きなパラメーターとして、レベル、★の数、RANKがある。レベルアップは、経験値ポーションを消費することで行う（各キャラクターのレベルはプレイヤー自身のレベルが上限となっている）。★の数アップは「才能開花」と呼ばれており「メモリーピース」と「マナ」を消費して行う。RANKアップは、指定された６種の装備を揃えることで行うことが出来る。RANKアップすると、装備はキャラのパラメーターに反映されて消えるため、新たな装備を揃えなければならない。装備は精錬石で強化することが可能だが、RANKを上げた際にパラメーターに反映されるのは、強化前の元の値である。そのため、RANKアップ直後はキャラクターが弱体化することがある。RANKアップ時に装備が消えた際、強化に使っていた精錬石は一部返却される。また、キャラには「絆ランク」があり、これを上げることで、キャラやギルドのストーリーが開放されステータスボーナスを得ることが出来るが、絆ランクの上限は★の数で制限されている。パーティーに編成されバトルに参加するか、ギルドハウス内で特定のアイテムを利用することで上げることが出来る。キャラにはそれぞれユニオンバースト、基本スキル、EXスキルがあり、これらのレベルアップには「マナ」を消費する。スキルレベルはキャラクターのレベルより高くすることはできない。また、スキルはRANKアップに応じて開放されるものがある。キャラクターにはパーティーとして編成された際の立ち位置が設定されており、位置に応じて前衛、中衛、後衛と分類されている。
『Re:Dive』では、様々なスキルを持つキャラ（仲間）を集めてパーティーを編成し、バトルをクリアしていくことでゲームを進める。1パーティに5人までキャラを編成し、クエスト上に存在する敵や、他のプレイヤーが設定しているパーティーとのバトルに立ち向かうことになる。基本攻撃やスキルの使用はオートで行われるが、ユニオンバーストと呼ばれる技はプレイヤーの操作で発動する。オートプレイも可能である。プレイヤーは「クラン」を組むことが出来、プレイヤー同士の交流が可能となっている。
前作での最終ストーリー、ユイをプリンセスとして展開したルートに沿っておりプロローグ内で覇瞳皇帝の最後の逆襲に敗れて意識が無くなった時点から物語は始まる。覇瞳皇帝に敗北し、意識を失っていた主人公は、コッコロと名乗る女の子によって目覚める。全ての記憶を失い、幼児退行を引き起こしていた主人公は、コッコロ、そして成り行きで出会ったペコリーヌ、キャルとともにギルド「美食殿」を結成する。彼女らが暮らすランドソルへ向かった主人公は、かつて会ったことがある（彼はそのことを覚えておらず、彼女らも以前主人公と会ったことを示唆する発言が散見されるもの、具体的なことは覚えていない）ヒロインたちと出会う。その中には、かつてギルドを組んでいたヒヨリ、レイ、ユイの姿もあった。
2033年、発達したVR技術により開発されたネットワークデバイス「mimi」が世間一般に普及していた。そして「mimi」を利用したオンラインゲーム「レジェンドオブアストルム」では「クリアすると現実世界で何でも願いが叶う」という噂が流れており、それを求めて多くの人間がプレイしていた。主人公はアストルムをプレイしてはいなかったが、公園で出会った女性・模索路晶によって、強引にアストルムを始めさせられる。最初は何が何だかわからなかった主人公だが、彼には「プリンセスナイト」という同じパーティーを組む少女たちの力を増大させ、「ユニオンバースト」という秘技を発動させる能力があった。主人公はその場に居あわせたヒヨリ、ユイ、レイたちとギルドを結成し、ゲームクリアを目指すこととなる。
不可視インクの存在が分かっている者はこれを可視化することができるが、しばしば起こる障害は、いくつもの紙片について何時間もかけて調べていくことができない、などといった時間の制限である。疑念を抱かせない事が不可視インクをうまく使うために重要な点である。不可視インクの使用があらわになる兆候として、シャープペンシルの引っかき跡、紙の表面の粗さや反射率の変化（インクを薄めずに使うと暗めまたは明るめに変わる）などが挙げられ、これらは強い照明、拡大鏡を使った注意深い観察によって、あるいは勘で見出すことができる。文脈上奇妙なところに表れる「赤キャベツ」や「熱」などといったキーワードも、隠された文書の存在を示唆してしまう。また、光沢剤を含む紙、滑らか過ぎる紙も避けるべきである。これは、紙に含まれる滲み止めのためにインクが繊維の奥深くまで染みとおらず、特に光に当てたときなどに発見されやすくなるためである。しかしながら、紫外線によって可視化される非極性表面用のインクも市販されており、そのような紙に使っても、通常の状態では視認できない。不可視インクで書かれた文書は、紫外線かヨウ素蒸気で満たされた容器を用いることによってすぐに読む事ができ、また、再び目に見えない状態に戻せる。すなわち、もし第三者がこの方法によって文書を盗み見たとしても、情報の漏洩を悟らせることなく受取人に手紙を渡すことができる。理想的には、「検閲所」では視覚・嗅覚による検査、紫外線下での試験、オーブンでの加熱、そして最終的にはヨウ素蒸気を使用する必要がある。いくつかの不可視インクは赤外線カメラで感知できる、という説もある。最終的には、紫外線と赤外線を交互に当てる方法でほとんどの不可視インクは破られることになった。