かつてはストレプトマイシン単剤の投与で効果があったようだが、現在は薬剤耐性獲得の危険があるため、単剤での治療は行わない。現在ではイソニアジド (INH)、リファンピシン (RFP)、ピラジナミド (PZA)、エタンブトール (EB)（またはストレプトマイシン (SM)）の4剤併用薬物療法を行うべきであると考えられている。ほかに、デラマニド製剤（デルティバ）も使用される。結核菌はこのそれぞれの薬物に耐性をもつものが存在するが、イソニアジドおよびリファンピシンの二剤に耐性をもつ菌は多剤耐性結核菌と呼ばれ、治療に難渋することがある。一度発症した場合は、6〜9ヶ月の投薬療法が一般的である。治療を正確に完了した場合、再発率は5%未満である。しかし、治療中断により結核菌に耐性ができ、集団感染することが問題となっている。そのため、特にストリートやホームレスの住人に対して、確実な薬の服用を目指した直接監視下短期化学療法 (directly observed treatment, short-course, DOTS) の実施拡大が求められている。肺結核は空気感染が起こりうるため、排菌のある結核患者は感染症予防法（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律）により、負圧設備のある結核病棟への入院が義務づけられている。医療従事者はN95マスク（FFP3マスク）を装着する必要がある。患者の搬送は最低限にすべきであるが、どうしても必要な場合は患者に通常のマスクを、医療従事者にN95マスクを装着し、窓を開けるなど換気に留意する。喀痰中の排菌のない（ガフキー0号）患者は、強制入院の対象ではない。
喀痰塗抹検査（チール・ニールセン染色）は喀痰中の抗酸菌の有無および排菌量をみる検査であり、まず行うべき方法である。また蛍光塗抹検査を利用することもできる。なお、結核を疑った患者から採痰を行う場合は専用ブースを用意し採集する。これまで喀痰中の排菌量はガフキー号数で表記されてきた。新結核菌検査指針では検出菌数を 1+, 2+, 3+ で表すこととなった（± はガフキー1号、1+ は2号、2+ は5号、3+ は9号に相当）。塗抹検査では、結核菌か非結核性抗酸菌かの同定はできない。菌の同定および薬剤耐性を調べるには喀痰培養検査を行うが、結核菌は培養による繁殖が遅く、3-6週間必要で早期診断には適さない。早期診断には喀痰の結核菌DNAのPCR法が有用である。感度・特異度が高く日本でも普及してきている。ただ、PCR法は死菌でもDNAを検出することがあり、陽性になることがある。気管支鏡下のBAL（気管支肺胞洗浄）やTBLB（経気管支肺生検）も診断に有用である。胃液検査は培養のみが検査に適するので早期診断に有用ではない。血液培養をする場合は専用のスピッツが必要である。胸水がある場合、胸水培養で結核菌が陽性になるのは25%未満である。胸膜生検が必要である。
核酸増幅法としてリアルタイムPCR (TaqMan PCR)、核酸増幅とキャピラリ電気泳動を組み合わせたPCR-CE法としてミュータスワコーMTBがある。また、核酸検出法としては、DNA-RNAハイブリダイゼーション（アキュプローブ法）、DNA-DNAハイブリダイゼーション（DDHマイコバクテリア）などがある。他に迅速診断法としてキャピリアTB蛋白検出法）がある。
その後はソロとなり数枚のレコーディングに参加。ライブ活動も"JOE ALCOHOL & THE FOURFORTIES/ジョー・アルコール・アンド・ザ・フォーフォーティーズ"として再開。全国各地を廻るライブ活動を始める。2006年8月には以前在籍していた"JET BOYS"の貴重なアルバム『TEENAGE THUNDER』の再発(『TEENAGE THUNDER REVISITED』)に伴い同年12月、リユニオンライブに参加。2009年7月、初のソロアルバム『GENERATOR THIRTEEN』をVIVID SOUNDよりリリース。このアルバムではゲストプレイヤーを用いながらも、歌は勿論ギターやベースにドラムまでも一人で録音された作品である。その後全国ツアーを決行。2010年1月17日、発売記念のワンマンライブを下北沢BASEMENT BARにて行ない超満員のオーディエンスに迎えられ大成功。以後、左股関節の手術治療のため活動休止していたが、2011年3月下北沢GARDENで行われた旧友クラック・ザ・マリアンの再結成ライブに、宮崎のロックバンド"THE BORED"をバックに従え復活。以後弾き語りでの活動を行うが同年10月 自身のブログにてBARE BONESやMOSQUITO SPIRALなどのメンバー達と、新バンド"WONDERFUL WORLD/ザ・ワンダフルワールド"の結成を表明。"JOE ALCOHOL & THE WONDERFUL WORLD/ジョー・アルコール・アンド・ザ・ワンダフルワールド"として2012年2月より完全復活。2013年12月にはザ・ワンダフルワールドのメンバーでもあるギタリストのハセシュウジロウと初のアコースティック・アルバム『STRANGE GUITAR BLUES』をリリース。2014年8月には音楽活動25周年を記念した写真集『STILL ALIVE 1998-2013』を発表。ライブもアコースティック、バンド共に精力的に活動。2015年1月、バンド名を"ザ・ワンダフルワールド"へと改め、4月にファーストアルバムをリリース。2016年6月、過去に行った手術でのボルト抜針手術の為、一時活動休止へ。またその記念盤としてソロ初のマキシCD『DEGENERATION BLUES』と写真集『STRANGER IN THE STREET』（松島幹撮影）をリリース。2019年9月には3年振りのCD作品『GLORY DAYS』を発表。(2019年9月現在)