この事件以降、ポルトガル政府並びにマカオ政庁の権威は失墜し、マカオはポルトガル領でありつつ事実上中華人民共和国の影響下に入ることになった。後に中国に返還されたマカオで初代行政長官を務める何厚カの父親で「マカオの王」「マカオの影の総督」と呼ばれた親中派実業家の何賢の影響力は絶大なものになり、何賢はポルトガル政府と友好的な関係を持ったことから当時のアフリカのポルトガル植民地とは対照的に政情は安定した。そして、本国のポルトガルが中華民国との国交を維持しているにもかかわらず、マカオは独断で中華人民共和国との国交を結び、その結果これまでマカオで活動していた中華民国の各機関は締め出された。中華民国の国旗の掲揚や国民党支持者の活動も禁止された。また、中国共産党の弾圧などから逃れてくる中華人民共和国からの難民の入国を禁止し、強制送還を行った。これに中華民国は抗議して大使召還を行い、ポルトガル政府は中華民国を国連から追放するアルバニア決議に賛成するまで外交関係は冷却化した。香港の中国共産党勢力はこの暴動の勝利に勇気づけられ、半年後に香港で起きる六七事件に間接的に影響を与えた。
当時のポルトガルは西ヨーロッパの最貧国と呼ばれるまで国力が低下し、マカオにわずかな軍事力しか駐留させていなかった上に、ヨーロッパ最長の独裁体制とされるエスタド・ノヴォ体制で多くの西側諸国との関係が悪化しており、同じように中国大陸に香港を抱えていたイギリスとの英葡永久同盟もポルトガル領のゴアなどがインドから武力侵攻を受けた際やポルトガルの植民地戦争で役立っておらず、軍事的な支援は期待できなかった。この様な背景から、中国人民解放軍との全面的な軍事対立が起きた場合全てを失うと判断したポルトガル政府とマカオ政庁は、12月12日午後11時半になって、中国共産党による要求を全面的に受け入れることを明らかにした。そして12月16日までに、カヴァーリョ総督は死者が出るような経緯に対する遺憾の意を表し、この事件の発端となったセルヴェイラ総督代理とフィゲレド警察署長は罷免されマカオ退去が命じられた。12月17日、この事件の犠牲者の葬儀が行われ、関閘や市役所では半旗が掲げられた。その他、マカオ政庁は慰謝料等で計2,058,424パタカを遺族に支払った。翌1967年1月29日、カヴァーリョ総督は毛沢東の肖像画が掛けられた場所で謝罪の文書に署名させられた。
12月10日、中華人民共和国の広東省人民委員会はマカオ政庁とポルトガル政府に対して、事件の謝罪と責任者の処罰、中国共産党系の遺族に対する慰謝料の支払い、以後の中国共産党系住民による統治参加、そして中華民国の国務機関（諜報機関）によるマカオ内での活動の停止などを要求した。さらに中華人民共和国政府は、中国人民解放軍の師団を国境地域に集結させ、ポルトガルとマカオ政庁に対して人民解放軍によるマカオへの軍事侵攻をほのめかす軍事的恫喝を行った。また艦船をマカオ沖に派遣しマカオ及びポルトガルの艦船に対する海上封鎖を行った。これに対しポルトガル政府とマカオ政庁はセルヴェイラ総督代理率いるマカオ在留ポルトガル軍に動員令を下し、ポルトガル人の住人が続々と入営した他、婦女子の国外への退去を進めた。さらにマカオに外交団を置く各国は在留する自国民の退去を進めた。これによりマカオに観光に来る外国人は激減し、またマカオ内の経済活動や交通は全面ストップし、マカオ・パタカはこの間に暴落した。
12月3日正午、総督府前で中国共産党系の住人を中心としたデモ隊とフィゲレド警察署長率いる警官隊との間で小競り合いが発生、警察は警棒や放水車でデモ隊を蹴散らしたが、中国共産党系団体が煽り立てたデモ隊は午後3時になると暴動化した。裁判所前のアルヴァレス（ポルトガル人で最初に中国到達した人物）の石像を一部破損させたり、セナド広場ではメスキータ（従来、清朝が管理していた関閘を占領した人物）の銅像が引きずり降ろされ、広場に面する澳門市役所庁舎（現民政総署大楼）や仁慈堂が襲撃された。ついに午後4時半龍嵩街の司法警察署（現・司法警察局）前では、暴動化したデモ隊の警備に不慣れな警察が暴徒化したデモ隊に発砲、2人が死亡した。カヴァーリョ総督は午後6時に戒厳令と夜間外出禁止令を布告した。その後の数日間で、公式記録によれば8人が死亡、212人が負傷、逮捕者は62人に及んだ。
スレッドフィンは8月18日にグアムを出航し帰国の途に就く。9月16日にパナマ運河を通過し、大西洋艦隊に合流した。その6日後、スタテンアイランドの海軍基地に到着した。その後のスレッドフィンの28年間の経歴は、ある意味型通りのものであった。スレッドフィンはニューロンドンで潜水学校の訓練艦として士官、兵員の訓練を担当し、その任務は1962年12月まで続けられた。任務終了後予備役となり、ポーツマス海軍造船所で近代化のための大規模オーバーホールが行われた。続く8ヶ月間をスレッドフィンは近代化改修に費やす。翌年の夏に作業が完了すると、その船体は流線型となり、セイル部分は改修された。加えて4基のディーゼルエンジンの内1基が取り外され、拡張ソナー設備が取り付けられた。最後に、その水中における性能は2基の新型バッテリーにより飛躍的に向上した。新型バッテリーは旧型と出力は同じだったものの、小型軽量化がなされていた。また、シュノーケルによって水中における巡航能力も向上した。一連のGUPPY 改修の完了後、スレッドフィンは1963年8月7日に艦長ダニエル・G・ベイリー少佐の指揮下ポーツマスで再就役した。10月に転換後の整調巡航を行い、11月初めにフロリダ州キーウェストの第4潜水戦隊に合流した。その後19年におよぶ期間をスレッドフィンは東海岸を拠点として活動した。毎年の演習に参加し、しばしば海軍士官学校生を乗せた夏の巡航を行った。キーウェストを拠点として、ルイジアナ州ニューオーリンズを初めとするメキシコ湾の港を訪問し、しばしばニューロンドンを訪問した。1962年10月、キューバ危機が発生すると封鎖任務に参加した。翌夏には地中海で第6艦隊の任務に就くが、これはスレッドフィンにとって戦後唯一の海外配備であった。