反対した国とは対照的に、国連と賛成した国々の指導者は宣言の採択に喜びを表した。潘基文国際連合事務総長は「国連加盟国と先住民族が痛ましい歴史を重ね、人権と正義と全ての人々のための開発への道へ共に進み解決を図る歴史的瞬間だ」と述べ、ルイーズ・アルブール人権高等弁務官は、カナダ人ではあるが、それまでの激務と忍耐が「これまでの先住民族の権利宣言の中でも最も包括的なものとして実った」ことに満足を示した。同様に宣言の採択のニュースはアフリカでも歓迎された。採択に臨んだボリビアのデビッド・チョケワンカ外相は反対及び棄権した加盟国が彼が世界人権宣言と等しく重要と評価するこの宣言を拒絶したことを再考することを望んだ。
慶長5年（1600年）に石田三成らが徳川家康に対して挙兵して関ヶ原の戦いが起こると、昌幸は西軍に、信幸は東軍に分かれることになった。昌幸と次男・信繁は上田城で徳川秀忠率いる約3万の軍勢をわずか数千で迎え撃って秀忠軍を釘付けにし（第二次上田合戦）、秀忠の関ヶ原遅参の一因を作ったと言われた（主要因は悪天候との説もある）。しかし努力のかいもなく戦いは東軍の勝利となり、同年12月13日に昌幸と信繁は紀伊高野山山麓の九度山に流刑となる。しかし昌幸が蟄居（ちっきょ）となっても、その所領は東軍についた長男・信幸改め信之に継承された。これで信之は従前から任されていた沼田領と併せて都合9万5000石を知行することになり、ここに上田藩を立藩した。信之以後の真田家が江戸幕府から外様大名ではなく譜代格として扱われるのはこのためである。慶長19年から20年（1614年 – 1615年）に起きた大坂の役でも信之は徳川方についたが、弟の信繁は豊臣方に馳せ参じて家康を手こずらせたのち討死している。この信繁の次男・片倉守信はのちに陸奥仙台藩士となり、これを祖とする仙台真田家がやはり幕末まで続いている。また、昌幸の庶子は信之に従い、三男の信勝と孫の信親（四男・昌親の子）は後に旗本に取り立てられたが、断絶している。元和2年（1616年）、信之は沼田より上田に移り、沼田領3万石は長男・信吉に任せることになった。元和8年（1622年）になって信之は松代藩13万石へ加増転封となったが、この際にも沼田領は引き続き所領として認められている。寛永11年（1634年）に沼田領を預かる信吉が死去すると、信吉の長男・熊之助が相続したが、その熊之助も寛永15年（1638年）に死去したため、信之の次男・信政が沼田領を相続した。明暦2年（1656年）、数え90歳になっていた信之が隠居し、沼田領を任されていた信政が松代藩第2代藩主となった。この際に沼田領は熊之助の弟・信利が相続している。しかし2年後に信政が死去すると、信之の判断により信政の六男で数え2歳の幸道が第3代藩主となったが、信之の次男・信政の系統に真田氏嫡流が移ってしまったことに信之の長男・信吉の子である信利が反発しお家騒動となった。最終的には信之の後見により幸道が松代藩を10万石で相続し、沼田領は幕命により正式に沼田藩3万石とすることで決着した。その直後に信之は死去している。幸道は長じて江戸城の普請や朝鮮通信使の饗応役などを無難にこなし、 享保12年（1727年）70歳の天寿を全うした。一方の信利は松代藩に対抗して領内検地を行うと名目高の5倍近い実高14万4000石という途方もない数字を叩き出して幕府に報告、この結果領民は重税に苦しめられ、天和元年（1681年）に杉木茂左衛門が直訴するに及んで沼田藩は治世不良で改易となっている。幸道には成人した男子がいなかったため、兄（信政の長男）でありながらゆえあって旗本寄合となった信就の七男・信弘を継嗣に迎え第4代藩主とした。信弘の子で第5代藩主となった信安は田村半右衛門（大野群右衛門と同一人物ともいわれる）を登用して藩内の統制をはかり、千曲川改修工事などを行っている。しかし一連の藩政改革はうまくいかず、宝暦元年（1751年）には松代藩で初となる一揆（田村騒動）を引き起こしたため、信安は政治に嫌気して隠居し、長男・幸弘が第6代藩主となった。幸弘も恩田民親を登用した藩政改革を行ったが、こちらは成功を収めている。幸弘には跡取りの男子がいなかった（もともと5人の男子がいたがいずれも結核により夭折していた）ため、娘の三千姫の婿養子に近江彦根藩から大老・井伊直幸の九男・幸専を迎えて第7代藩主とした。ここに真田本家では真田氏男系の血筋が絶えることになった。さらにこの幸専にも男子がなかったため、娘が遠江浜松藩主・井上正甫に嫁いで生んだ雅姫を養女に取り、その婿養子に陸奥白河藩から老中首座・松平定信の次男・幸貫を迎えて第8代藩主とするに至って、藩主は第8代将軍・徳川吉宗の曾孫となった。幸貫は老中となり天保の改革の一翼を担ったほか、藩政では佐久間象山を登用して殖産興業政策を行った。真田家はこの幸貫のときに守名乗りが伊豆守から信濃守に替わっているが、国主ではない大名が領国の国司名を名乗ることを許されるのは極めてまれなことだった。幸貫には実子の幸良がいたが、真田家に養子入りする前年に生まれた子だったため、幕府には実父・定信の末子と届け出ていた。ところが幸貫はこの幸良の他に成人した男子を得なかったので、この実子を養嗣子として迎え入れることになった。しかしこの幸良にも先立たれたため、その長男・幸教に家督を譲って第9代藩主とした。