2003年、大岡修平（80年3月卒）へと監督が替わり関西リーディングレシーバーの主将・吉田や好ラインバッカーの山本とタレントを擁するも0勝7敗で入れ替え戦出場となり龍谷大学に27－14で敗れ2部降格となった。04年は入れ替え戦で同志社大学に14－36で敗れ2部残留。神戸ベイシェラトンホテルで創部50周年式典が行われた05年は圧倒的強さで2部リーグ最終戦まで進むも大阪産業大学にまさかの敗戦を喫してしまいリーグ戦で敗退し2部残留。06年には全勝で迎えた2部リーグ最終戦で京都産業大学に46－11で大勝、続く名城大学に27-21で辛くも勝利。2年ぶりに出場の入れ替え戦では1部リーグ7位の近畿大学に前半17-7とリードしながら後半逆転され24－28と敗れてしまうなど、苦しいシーズンが続いた。
1998年は2部リーグで優勝、入れ替え戦の相手は2年連続で同志社大学であった。試合は0－0のまま第4Qまで進み、試合終了間際に敵陣エンドゾーン目前で決まれば勝利のフィールドゴールを試みるが、失敗。試合は延長タイブレイクとなり2回目の同志社の攻撃でフィールドゴールが外れ、6－3で勝利し1年で1部リーグに返り咲いた。1999年には、設備の面でデイリーコーチの固定化、トレーニングルームの充実など、環境が徐々に整い、春シーズンの関西学院大学との練習試合で13－10と勝利。秋シーズンでは1部復帰1年目で4勝3敗と勝ち越し、当時3強の関西学院大学・立命館大学・京都大学に次ぐ4位。4勝のすべてが10点差以内という接戦続きであった。WR能見、QB仲田がコカコーラのCMに出演した。翌2000年には主将ディフェンシブエンド慈幸、オールジャパン選出のディフェンスライン岡部、好ラインバッカー石原擁するディフェンスとリーディングレシーバー(捕球回数1位)の松下、好クォーターバック仲田などタレント揃いのメンバーで秋シーズンでは37年ぶりの開幕4連勝を挙げ、全勝対決で迎えた関西学院大学との試合は前半14－14で折り返すも、28－49で敗れてしまい、2年連続で4勝3敗で4位の成績を残した。01年、02年と2勝5敗で5位となり02年には初めて西日本大学王座決定戦（ウエスタンボウル）に出場、九州大学に41－0で勝利。
1993年、2部リーグで優勝し、入れ替え戦出場校決定戦で金沢大学に100－0で勝利し入れ替え戦でも同志社大学に49－14で大勝。4年ぶりに1部昇格を果たした。その後94年から96年まで武田、森川、山口のQBや岩城、横山、戸川といったRB、遠藤、永峯、小林らWR陣の活躍もあり3勝（５位）、3勝（４位）、2勝（同率５位）の成績を残す。97年は2勝5敗同率6位となるが抽選の結果、入れ替え戦出場となり同志社大学に26－23で敗れ2部降格となった。1996年に創部40周年記念式典を新阪急ホテルで開催。
関西大学とは1988年から91年の間、4年連続で入れ替え戦で戦い、因縁の相手でもあった。1988年は1勝6敗で8位となり入れ替え戦出場となったが14－7で勝利し残留。しかし、翌89年に0勝7敗で8位となり入れ替え戦で、3－24で敗れ2部降格となった。90年は連盟の通達により、ユニフォームを切ることが禁止になり、パンツに裾を入れることとなった。この年は2部リーグでブロック優勝したが、関西大学との入れ替え戦では残り43秒にFGを決められ、20－20の引き分けとなり、規定により2部残留となってしまった。この試合がきっかけで、これ以降入れ替え戦ではタイブレーク方式へと変更となった。91年、それまでラン攻撃主体のオフェンスを前年に招聘したジョン・マコヴィックコーチの教えの元、パッシングにも磨きをかけ2部リーグ優勝、入れ替え戦まで駒を進めるが、関西大学とシーソーゲームを繰り広げるも28－35で惜敗。92年は入替戦で大阪体育大学と対戦したが13-21で敗退。92年度よりスポーツ推薦制度（3名）による入学が始まった。
草創期から65年ごろまでは関西学院大学に次ぐ関西の第2勢力として快勝を続けてきた。77年の愛知学院大学との入替戦は勝利したものの、翌78年神戸学院大学との入替戦で敗北し2部降格。当時の近畿学生リーグで8年間低迷の時期を過ごしたが86年には2部リーグで優勝、続く入れ替え戦出場トーナメントでも優勝し、入れ替え戦では大阪大学に7－3で勝利し1部昇格。1987年の１部復帰と同時に選手の保護者を中心とした後援会が発足し、イヤーブックが発行された。
羽根木プレーパーク（はねぎプレーパーク）は、東京都世田谷区の羽根木公園内にある子供のためのプレーパーク。住所は、世田谷区代田4-38-52羽根木公園内になる。 プレーパークは別名「冒険遊び場」とも呼ばれ、ヨーロッパを中心に1950年代あたりから徐々に増えてきたもので、日本では、1979年に開園したこの羽根木プレーパークが現在ある冒険遊び場で最初のものになる。ここでは、子供たちが廃材や道具を使って秘密基地を作ったり、木に登ったり、地面を掘り返したり、また他の公園では絶対にできないことだが、焚き火をしたりしても構わない。(但し、焚き火に関しては後述するプレーリーダーの観察指導の下で行う事が出来る) 昔の子供たちが、自然の中で自由気ままに遊んでいたように、予想できる多少の危険も含めて、都市公園の中で再現できる、そういう趣旨の公園である。その代わり、子供の視点にたって、子供の相談相手としてまた一緒に遊びの工夫に参加してくれる大人のプレーリーダーが常駐している。遊びは、このプレーリーダーの見守る中で行われるというのが、ルールである。今は常時3人程度のプレーリーダーが常駐しており、開園当初は区の嘱託職員がその任に当たったが、2005年4月から「NPO法人プレーパークせたがや」が運営に当たることになった。地域のボランティアが運営し、プレーリーダーが常駐して指導助言に当たるといったものが、なかなかどこの地域でも条件整備が容易ではなく、こうしたプレーパーク方式の子供の遊び場を普及させていくのにネックとなっている。