地頭は鎌倉幕府によって補任されていたが、地頭として与えられた所領は御家人の本拠地からは遠く離れた地域に存在することも珍しくはなかった。そのため、本拠地から離れた所領に対しては地頭正員（本人）の代わりに一族・郎党が代官として派遣されるのが一般的であった。これを地頭代と呼んだ。地頭代は現地の所務（年貢・検断など）に関しては地頭正員とほぼ同一の権限を持っており、荘園領主との交渉や訴訟にも直接参加した。また、地頭代がその支配を徹底するために管轄所領の遠隔地や重要地点に自己の被官（御家人から見れば陪臣にあたる）を下級の地頭代・代官に任命して派遣する場合もあった。これを小代官（しょうだいかん）・又代官（まただいかん）などと称した。鎌倉幕府は御成敗式目14条において地頭代に関する規定を定め、地頭代が殺人などの重罪を犯した時には主人である地頭正員は速やかに地頭代を捕らえて幕府に差し出すこと、正員がこれを庇った場合は正員も連座して所領を没収された。また、地頭代が荘園領主への年貢の納付を拒んだり、所務の先例に違反したり、訴訟の際に幕府や六波羅探題の召喚命令に応じない場合には、地頭正員がこれに関与していない場合でも、やはり正員も連座として所領は没収された。また、鎌倉幕府の正史である『吾妻鏡』には、御家人が経営能力に優れた山門僧侶や商人を地頭代に任命する事例に触れて、地頭正員である御家人と主従関係にないために現地において地頭正員の命令を無視して私利私欲を貪って現地で問題を起こすことを指摘してこれを禁止したことが記されている。だが、鎌倉時代後期に入ると、現地に土着した地頭代が権限を利用して地域を掌握し、また御家人の一族間における内紛（地頭正員である嫡子と地頭代である庶子の対立）などもあり、鎌倉幕府の崩壊、南北朝の内乱と続く過程の中で地頭代は独立した領主としての地位を獲得することになった。
エクストラマップとは、本作のシステムの目玉である。従来の作品と異なり（『外伝』には近いが）、ゲームがある程度進むと、本編の各章のマップクリア後、ワールドマップ上の任意の拠点へ移動し、ゲームを進めていく。移動は、カーソルで移動したい地点を選択して移動する。ここで出入り自由で、何度でも敵と戦えるマップがエクストラマップである。これにより、ユニットのレベル上げや、クリア後の腕試しなどが可能になった。行けるエリアはゲームが進むと増えていき、最終的にマギ・ヴァル大陸全域に行けるようになる。ゲームは２人の主人公で分岐するが、行かなかったほうの拠点は合流後に移動のみができるようになる（本編マップは当然プレイできない）。ワールドマップの縮小マップも、オンオフに切り替えて表示することもできる。買い物もすでにクリアしたマップではワールドマップ上で行えるため（秘密の店はクリア後のみ利用可）、戦闘中に無理に買い出しに行くメリットは薄く、買い忘れてしまったり、以前のマップでしか購入できなかったアイテムを買いに行ったりもできる。各章のマップへ行きたければ、該当する地点へ移動するとゲームが進んでいく。それまではゲーム本編は進まないため、ワールドマップ上でアイテムの使用や整理、レベル上げ、買い物、セーブなどが自由にできる。ワールドマップの状況画面で次の目的地を確認できるほか、現在地も確認でき、セーブデータにも記録される（Rボタンで現在の主人公のレベルと現在地が閲覧できる）。基本的にワールドマップは章をクリアする度に行けるようになるものの、一部連戦マップもあり、この場合は何章かワールドマップへ行けないこともある。連戦マップは予告などはなく、拠点も存在しないことも多い（したがって、そのマップクリア後にエクストラマップとしてもプレイできない）。また、各章の進撃準備画面でセーブしてしまうと、ワールドマップへはその章をクリアするまで戻れなくなる。エクストラマップには既にクリアしたマップに魔物が登場し、自由に戦闘できるものと、ヴェルニの塔・ラグドゥ遺跡がある。前者は本編マップをクリアしたり、後者の施設から出入りすると何度でもマップに現れる敵と自由に戦えるモードである。買い物などで別の場所に行きたいが、進路上に魔物がいる場合は必ず戦闘しなければならないが、戦闘を始めて即座に撤退すれば、実質戦わなくても問題ない。主人公は強制出撃ではなく、全滅させるか撤退すると敵は消滅する。城などの一部マップ上には現れない。オートターンエンドをオフにしておくと、最悪の状態であっても撤退することが可能である。本編であった民家や闘技場などの施設などは全て廃墟となっており、利用できなくなっている（店舗もマップでは利用できないが、ワールドマップ上では利用できる）ほか、本編では通常マップだったのに索敵マップになっていたりもする。勝利条件は全て敵全滅である。後者はストーリーが進むと自由に出入りできる。こちらも主人公は強制出撃ではない。主人公を出撃させなければ、状況画面の軍のリーダーは主人公ではない別のキャラ（進撃準備で一番上に選択したキャラ）となり、オートターンエンドも有効であるが、当然輸送隊は使えない。塔は登場したばかりの序盤こそ1階しかプレイできないが、ストーリーが進むにつれ、プレイできる階が増えていく。ラグドゥ遺跡は最初から最深部まで到達できる。これらは階層構造をなしており、最終階層をクリアするか、途中で撤退しないかぎり、中断セーブを除いて途中でセーブできない。むろん、途中でゲームオーバーになれば当然終了である。いずれのマップでも途中には宝箱などもあり、資金や通常プレイでは入手困難・不可能なレアアイテムも手に入ることがある。これらの宝箱は、入り直せば何度でも復活する。魔物が固定またはランダムでレアアイテムを持っていることもある。また、長時間プレイしていると進撃準備画面が暗転したまま操作不能に陥るバグがあるが、直前のマップのクリア直前の中断データは残っているため、リセットすればちゃんとやり直せる。本編をクリア後にクリアすると、隠しキャラが仲間になるが、支援をつけたり通信闘技場に出したりすることは不可能である。一部マップのトラップなどが、ほかのGBAシリーズのオマージュとなっているマップもいくつかある。