比較的古くから存在する委員会。毎月1回のインド募金の実施や夏の社会奉仕活動の実施・統括、そのほか各社会奉仕活動の実施・統括などを行っている。委員は全クラスから2,3人までクラス選挙によって決められる。社会奉仕委員会の三役・執行部は社会奉仕員会の中で選挙を行って決める。
最も古くから存在する委員会。掃除の監督や朝礼の追い出し、遅刻の清算、日番の管理までと活動は多岐にわたっている。委員は中3 - 高3（後期は高2まで）の各クラスから2,3人ずつクラス選挙によって決められる。訓育委員会の三役は訓育委員会の中で選挙を行って決める。教員・上級生による綿密な「指導」や、「もっとできたと思うよ」など、温かい声かけや、生徒同士、「いや、それは違う」と議論を戦わす指導と寄り添いにより、訓育の根幹が成り立っている。
近年設立された、六甲学院の生徒による代表統括機関である。生徒の意見を一院制の生徒会会議で審議・集約し、職員会議に持ち込むことなどが主な仕事である。生徒会長は7月後半に行われる生徒会長選挙で立候補者の中から中1から高2の全生徒と高3の有志生徒の投票によって選ばれる。立候補した会長は同時に副委員長・書記まで任命することができる。そのほかの委員は評議員として高校各クラスから2人ずつクラス選挙によって選ばれる。
六甲学院では、委員会活動が活発である。委員会活動の期間は大きく前期と後期に分けられている。前期が4月 - 9月、後期が10月 - 翌3月までである。
勉学に影響を及ぼさないように、活動は週3日までに制限されている（公式試合前はこの限りではない）。中学1年生はほぼ全員が何らかの部に所属している。全国大会への出場などの目立った成績はあまりないが、まれに弓道部と囲碁·将棋部が全国大会に出場することがある。
2・3限の授業の間に全員上半身裸でグラウンドを走る。ただし、紫外線が生徒の健康に悪影響を与えることを考慮し、6月上旬にある体育祭後から9月下旬の文化祭終了までの期間は中止される。かつてはグラウンドを走った後に皆で六甲体操をしていた。
いわゆる海軍士官型で、筑波大学附属中学校や海城中学校・高等学校と同様の濃紺詰襟学生服であるが、校内では白色の「校内着」に着替えなければいけない。
イエズス会の学校のため、創立記念日はフランシスコ・ザビエルの命日である12月3日である。世界各国からイエズス会の関係者が視察に訪れることもある。2004年には、バチカン市国人の、日本での文部大臣に相当する者が視察に訪れている。同窓会として六甲伯友会がある。
全学年とも4クラス170名 - 200名強（募集定員は192名）で構成され、全校生徒数は中高併せて約1,100人。完全中高一貫校で、欠員補充を除いて原則として高校入試は行われない（昭和50年代に数年間実施されたこともあったが、実績はあまり上がらなかった）。
Man for others.（ほかの人々のために生きる人間に）。イエズス会が設立した日本国内の他の学校（栄光学園、広島学院、上智福岡）も同じ理念を共有している。創立75周年を機に、六甲学院ミッションステートメントが作成された。カトリックの男子校であり、厳しいしつけの教育と他者を思いやる奉仕の精神、保護者とも密に連絡を取り合うアットホームで面倒見のよい「本物」の教育や、教科を通じて「規律」を教える教育が、校風となっている。また、アクティブ・ラーニングと称し、校外へ向かう社会科の試み、またグループ・ワークを基調とする国語科での試みなど、21世紀を見据えた教育にも取り組んでいる。
内村光良の一人舞台『東京オリンピック生まれの男』は、東京・サンシャイン劇場にて2011年7月7日から10日にわたって全5回上演された。当初は3月の予定だったが、東日本大震災の影響により延期された。作・出演は内村光良、演出は飯山直樹、ブレーンとして内村宏幸と｢世界の果てまでイッテQ！｣のプロデューサーである古立善之が参加。内村が自身と同じ"東京オリンピック生まれの男"秋田泉一を演じ、様々な芸を実演していく約2時間の舞台は内村の集大成と評されている。DVD化などはされていないが、WOWOWにて何度か放送されている。
長峰荘は1971年（昭和46年）10月、当時の東筑摩郡明科町の町営保養所「明科温泉保養センター長峰荘」として開業した。長野県開発公社が建設したもので、費用は4,000万円。その後、1977年（昭和52年）に増築を行っている。現在でこそ人工温泉装置を導入しているが（前述）、当初は「明科温泉」の名が示す通り、ボーリングで得た温泉（鉱泉）を引いていた。源泉は小倉沢の河床で、古くから温泉の湧出が知られており、「まんだらの湯」と呼ばれていた。地元の人々はこれを汲んで家に持ち帰り、沸かして入浴していたという。『明科町史』によると泉質は硫黄泉に分類されるもので、泉温はセ氏7.0度、pH 7.6である。高血圧、リウマチ、糖尿病、皮膚病、切り傷などに効能があるとされた。1983年（昭和58年）度の営業実績は、歳入6,685万円に対し歳出5,972万円という黒字経営であった。宿泊客数4,665人、日帰り入浴客8,934人、合計1万3,599人で、うち7割が明科町外（一部は長野県外）からの訪問客であった。