佐々木体制においては、1996年以来下げ続けていた発刊部数の下落に歯止めがかかり、微増ながら部数上昇を果たす。2009年（平成21年）4月よりテレビ東京系列で「サキよみ ジャンBANG!」の放送に協力。この番組は今までと違い、漫画紹介だけではなく、ジャンプ編集部や編集など漫画の作られ方にもスポットを当てた新しい形の番組であった。
2003年、急逝した高橋に代わり、副編集長の茨木が編集長に昇進。売上不振であった『月刊少年ジャンプ』を2007年（平成19年）6月6日に発売した2007年7月号で休刊し、新しくジャンプスクエア編集部を立ち上げ、2007年11月2日に月刊誌『ジャンプスクエア』を創刊。茨木は週刊少年ジャンプ編集部とジャンプスクエア編集部の編集長を兼任する。
2002年（平成14年）、高橋体制において『週刊少年マガジン』に追い抜かれていた部数を抜き返してトップに返り咲く。しかし、WJ発刊部数は増えたわけではなく、1996年以来落ち続けていた。単に『週刊少年マガジン』の部数の落ちが、『WJ』のそれよりも急激だっただけである。2003年（平成15年）1月、高橋がクモ膜下出血により急逝。
鳥嶋体制において、その復活が図られることになる。それまでWJ編集部の編集長交代時には、前編集長より後輩が選ばれていた。鳥嶋は堀江の3年先輩であり、編集長が先輩に受け継がれた初めての事例であった。また鳥嶋は1993年（平成5年）にゲーム雑誌『Vジャンプ』を立ち上げ同誌の創刊編集長となっており、それまで『少年ジャンプ』編集部内での内部昇格が基本だった編集長の座に、ジャンプ系列誌とはいえ別雑誌の編集長が横滑りしてくるという点でも異例の人事だった。さらに堀江が第三編集部を離れたため前任編集長の指定席的ポストといえる週刊ジャンプ発行人へ昇格できなくなり、鳥嶋は編集長兼発行人としてジャンプ発行の全責任を負っていくことになる。1997年（平成9年）『ONE PIECE』、1999年（平成11年）『NARUTO -ナルト-』など、後の『WJ』の看板作品となる作品も鳥嶋体制で連載開始された。こうした改革はなされたが部数下落は止まらず、ついに『週刊少年マガジン』に発刊部数1位の座を明け渡すことになる。
1995年（平成7年）3号・4号において史上最高発刊部数653万部数を記録。しかし、順調に発行部数を伸ばしていた『WJ』にも、看板漫画の終了とともに陰りが見え始める。1995年に『ドラゴンボール』が連載終了し、1996年（平成8年）の発刊部数は前年を下回った。1996年の『スラムダンク』連載終了によって拍車がかかり、以降着実に部数を落としていく。その責任を取らされ、堀江は更迭。『メンズノンノ』編集長に転出する形でジャンプを去った。堀江は2000年（平成12年）の『BART』廃刊をきっかけに退職し、コアミックスを設立。『コミックバンチ』『コミックゼノン』など、週刊ジャンプで連載経験のあった作家を起用した雑誌を手がけ編集者、経営者としての成功を手にした。
1986年（昭和61年）、8年間編集長を務めた西村が編集長から退き後藤が編集長に昇格。西村は『スーパージャンプ』を立ち上げ同誌の編集長となった。1987年（昭和62年）、椛島が担当した荒木飛呂彦が『ジョジョの奇妙な冒険』連載開始。1988年（昭和63年）8月の株主総会で集英社社長に若菜正が就任、集英社内部の大改革が始まる。役員の若返り、大規模な横断的人事などである。WJ編集部も若菜の改革に晒されるが、担当役員の西村は拒絶する。当時の『WJ』は順調に発行部数を伸ばしていたこともあり、西村の意向が通る。
1938年に戦時統合で成立。創立者の川本直水は京都交通・京都タクシー・京都観光バスほか数社をもって一代で企業グループを築き上げた。しかし、その崩壊も速く、1964年から徐々にグループ企業が離脱。1971年には創業の地である西ノ京円町から撤退。いずれも資金繰りの都合だった。2004年には中核企業であった京都交通が経営破綻したが、この際に京聯が同社の負債を抱えたことなどにより整理回収機構の管理下に入るとともに、2005年に新会社「京都聯合」が新たな親会社となり、川本一族から離れ新しいスタートを切っていた。2015年3月31日、民事再生法の適用を申請した。競争激化と社会保険料滞納に伴う経営悪化により資金繰りがつかなくなったことが原因とされる。2015年8月28日付けで民事再生申請を取り下げ、営業終了。京都地方裁判所に破産を申請し、同年9月28日に京都地方裁判所から破産手続開始決定を受けた。2016年6月、京聯自動車の車両・営業権・土地建物が清算のため競売にかけられ、2016年8月、車両と営業権は、大阪の大阪市平野区に本社を置く東陽運輸グループ傘下で、大阪府守口市に本社を置くタクシー会社・一番株式会社が、不動産は京都市南区に置くケイルックが売却交渉権を獲得。その後、タクシー事業は、一番株式会社京都営業所として2016年11月20日に営業再開。旧京聯自動車が使っていたロゴ、車両をそのまま使用しているため、同社は京都市内において『KYOREN』のブランドで営業中。京聯自動車の法人自体は、2018年10月17日に法人格が消滅した。