かつて、私服のメンバーをひと目見たいファンたちが、道路をはさんだUDX側の歩道に待ち構えていたことがあった。メンバーたちが裏口へ入って行く姿を見るために待つ行為を「入待ち」という。逆は「出待ち」。入待ちと出待ちには劇場係員が監視するために立っており、近隣へ迷惑をかけないようにメンバーの名前を呼びかけることを禁止していた。写真撮影も禁止。そのため、入待ち・出待ちのファンたちは小さめの声でメンバーへ「お疲れ様」と声をかけていた。しかし、マナーの悪い一部ファン等の行動が原因で、近隣の住民の苦情や苦言が寄せられたために、2007年8月3日以降入待ちと出待ちの行為は禁止となっている。
ドン・キホーテビルの6階を除く各フロアへ入るにはエスカレーターしかないが、ビルの裏口（秋葉原UDX側）には店舗関係者向けエレベーターがあり、スタッフやメンバーがここから出入りすることがある。
劇場へ通じる通路の壁面に、劇場公演を100回以上観覧した「MVP会員」のネームプレートが貼付されたMVPボードが掲示されていたが、2014年4月に撤去され、MVPボードは公式サイトの1コンテンツになった。
ロビーにはグッズ売場「48's Shop」があり、AKB48のCDやオリジナルグッズを販売していたが、2009年12月8日より、階下のドン・キホーテ秋葉原店5階に設置された「AKB48 SHOP」に段階的に移管され、ロビーでの販売は終了した。
2008年6月8日に発生した秋葉原通り魔事件を受け、同年7月1日以降、警察当局の指導により劇場内へ荷物の持ち込みが不可能となった。それに伴い、ロビーにコインロッカーが設置され、手荷物はコインロッカーに預けて入場することになった。コインロッカーが満杯になった時と、キャンセル待ち入場者のために、劇場出入口付近で荷物一時預かりも併せて実施している。料金は両方とも200円である。
ロビーは通常の営業時間中は出入り自由であり、公演チケットを所持していない者も入ることができる。ただし混雑が予想される場合には、入場規制されることもある。ロビーに設置された液晶モニターで、メンバーのプロフィール映像を常時流している。また、壁面にプロジェクターのスクリーンが備え付けられていて、上演中の公演をリアルタイムで見ることができる。
劇場の天井には、48個のムービングライトが吊るされている。その他の照明器具を加えると、100個以上の照明器具が所狭しと吊るされている。ステージ中央の天井には、ミラーボールも設置されている。250席程度の小劇場において48個ものムービングライトは、日本国内では有数の規模である。
せり（迫り）とは、ステージの床がせり上がって来る機構のこと（油圧を用いる）。せりだしとも言う。ステージ上は奥行き方向に三分割、間口方向に四分割され、それぞれ独立して150mm刻みで750mmまでせり上がるようになっている。上手と下手の花道にも1基ずつ設置されており、合計14か所の床が上下する。
ステージ後方には、回転式の壁が10枚ある。そのうち、上手・下手側のそれぞれ2枚が開閉可能な黒のブラインドとなっており、それ以外の6枚は裏が鏡となっている。鏡の前にはパネルをはめ込むことができる。シアターの女神公演等、鏡を使用する公演では開演前に「インターネット中継に観客が（鏡を通じて）映りこむことがある」旨の周知がなされる。中央の2枚の表には照明器具が埋め込まれている。出演メンバーは、曲目によりどんでん返しから登退場することもある。
ステージと客席は非常に接近している。最前列の客席からステージまではおよそ2メートルで、身を乗り出せばステージ上のメンバーに手が届くほどの距離である。狭い劇場であることから、最後尾の立ち席であってもコンサートホールのアリーナ特S席並みの近さである。構造はライブハウスに似る。
定員は250名である。いす席は145席。いすは6人がけの長いす。残りの105席は立見となる。劇場の最後部には階段状の台（通称：お立ち台）が設置されている。この台に乗ると最後部でもステージが見やすくなる。
劇場の天井には照明をはじめとして多くの機材を吊り下げる必要があり、そのためにはある程度の天井高が求められる。候補に上がった他の物件は天井高に難があった。最終的に適した天井高と小劇場としては203坪（670m²）という十分な広さをもつ建物としてドン・キホーテ秋葉原店の8階が選ばれた。加えて、この建物はエスカレータ等の上部階への輸送能力が低く上部階でのドン・キホーテとして営業しても収益が得にくいフロアであり、ドン・キホーテ側としても別のスタイルの安定した収益が得られるテナントを誘致したいという目論見があり、当時ドン・キホーテ社長だった安田隆夫と秋元のトップ会談により、この場所への出店が決定された。
「アイドルは時代の一番エネルギーのある場所から生まれる」という秋元康の考えからオタク系・萌え系で若者のエネルギーにあふれた秋葉原が候補に上がった。秋葉原で開かれるアイドルの握手会、撮影会には多くの若者が集まる。新人アイドルの熱狂的なファンを作るには最適な立地であるというのが理由である。
年明け早々、金銭トレードでロッテに放出された張本勲が「巨人は間違った方向に進んでいる」と発言、さらにヘッドコーチに就任したばかりの青田昇が週刊誌上での発言が元で辞任に追い込まれるなど波乱続きのまま開幕を迎えたチームは、いきなり開幕3連敗と躓き、その後も借金生活から抜け出せない日々が続いた。投手陣は2年目の江川卓が最多勝のタイトルを獲得、定岡正二と西本聖も防御率2点台をマークするなど、チーム防御率はリーグ唯一の2点台と健闘したが、一方で打撃陣は前年18年ぶりに無冠に終わった王貞治が打率リーグ最下位と低迷、10月12日に19年連続となる30号本塁打を放つもこれが現役最後の本塁打となり、チーム打率もリーグで唯一2割5分を割り込んだ。10月19日と20日に、日本シリーズへ向けて調整モードの広島相手に連勝し、辛うじてシーズン勝ち越しとAクラスを確保したが、翌日長嶋監督は解任され、さらに11月4日には王も現役引退を表明、11月23日のファン感謝デーにて高田繁と共に引退セレモニーを行った。