一部エリアの通常の行き止まりであり、カードキーが存在しないという場所に限って一定の確率でレアブロックが出現する事がある。ストーリーモードでしか出現しないものと、それ以外のモードでも出現するものがある。ストーリーモードでしか出現しないものは、店系統（レアアイテムや回復アイテムが購入できる）ファンタシースターオンラインシリーズからの伝統の「ナウラのケーキ屋」と「ココ・ハット」の2種類。どんなモードでも登場するのは、 - の巣形「ラッピーの巣」、「ウサニーの巣」、「ブーマの巣」の三種類と、中間エリアで出現する中ボスとその亜種計三体と2連戦する「アリーナ」がある。
武器での攻撃の耐性について敵側に打撃耐性、射撃耐性という概念が加わった。この値はエリアごとに偏っている傾向が多く、エリアによってはハンターが銃で戦ったり、逆にレンジャーも剣で戦ったりと言う事が求められる。全体的に見て射撃耐性を持つ敵が多く、間に障害物や谷間・溝などがあったりすると銃で攻撃しても無効化されるため接近戦を求められる傾向が高い。
プレイヤーはゲーム開始時にキャラクターを作成する。作成可能な種類は『PSO』の全種族に加え、ヒューマンの女性ハンターであるヒューマール、およびニューマンの男性ハンターであるハニュームを加え計14種類が作成可能となっている。自由度はヒューマン、ニューマンはヘッドタイプ4種類、ヘアカラー3種類、コスチュームカラー5種類、スキンカラー3種類、キャストはヘッドパーツ4種類とボディーカラーA3種類、B5種類、C3種類とそれぞれボイスを8種類（無効化含む）とマグカラー（ゲーム開始時のみ）の中の組み合わせから自由に選ぶ事が出来る。キャラクターの体格は設定する事が出来ない。名前は平仮名、カタカナ、全角英数と記号から6文字以内で自由につける事が出来る。キャラクター作成後も無条件で無制限（マグの色以外）にこれらの設定を変更する事が可能である。また、セクションID制度は廃止された。作成可能な人数は最大3人である。『PSU』同様、カウンターストップの概念は存在しない。以下にその全貌を述べる。
『PSO』、『ファンタシースターユニバース』（以下、PSU）同様、ヒューマン・ニューマン・キャスト3種族を軸として物語が展開する。『PSU』で登場した種族ビーストは今作には登場しない。前述の作品、『PSU』は「差別」が主軸であるのに対し、こちらは「絆」がテーマとなっている。そのためストーリーモードでは余計な複線や対立の描写はなく、プレイヤーが世界観に入っていきやすい、親しみやすい作りとなっている。また『PSO』はアメコミ調のSFタッチであったが、今作はコミカルなアニメ調の雰囲気で、全体の様子としては、アメリカの西部開拓時代を髣髴とさせ、プレイヤーキャラクターもそれに準じたデザインとなっている。
国際弁護士であるジョエル・コンバース(Joel Converse)は、ベトナム戦争で戦闘機のパイロットとして空を飛び、また撃墜された後には収監された北ベトナム軍の捕虜収容所から脱走した過去を持つ。彼はスイスとアメリカの二企業間合併に関する案件を解決するべく担当弁護士としてジュネーブを訪れる。ところが相手側の担当弁護士プレストン・ハリディ(Preston Halliday)が打ち合わせの電話の中でジョエルの旧友を名乗ったのである。ジョエルにとってはほとんど聞き覚えの無い名前であったが、実際に出会ってみればその正体は確かに学生時代の友人エーブリー・ファウラー(Avery Fowler)であった。ファウラーは何故偽名を名乗っているのかは明かさなかったが、コンバースは久しぶりの再開を喜び思い出話に花を咲かせた。だが、ファウラーは唐突にある秘密結社の解体をコンバースに依頼する。ファウラーはその秘密結社を流浪の政府と表現し、その指導者としてマーカス・デラベーン将軍(Marcus Delavane)の名を上げたのである。強権を振るい、被害を顧みずに訓練や装備が不十分な部隊をジャングルに送り込んでいた事から狂人マーカス(Mad Marcus)と呼ばれていたデラベーン将軍は、ベトナム戦争時にサイゴン司令部の司令官だった軍人であり、コンバースが撃墜される事になるトー渓谷への出撃を命じた張本人であった。さらにファウラーはこの再会が決して偶然ではない事、そして自分がかつてデラベーン将軍の弁護士を務めていて、その折に彼らの世界的陰謀に気づいた事をコンバースに伝える。ファウラーは「将軍達だ。彼らが戻ってくる」と小声で語る。ファウラーが言うには、世界各国の老軍人達が密かに結託し、世界征服を目論んでいるというのである。既に多くの支持者を得ている"将軍たち"の手先は、例えばアメリカでは国務省やペンタゴンにも入り込んでいるという。ファウラーはこの陰謀を阻止したいという依頼が、匿名を希望するある高名な人物によって成されたものだということを明かすが、コンバースは依頼方法があまりに疑わしく、またファウラーやその依頼人がコンバースの周辺の人間にまで密かに根回ししていた事を明かされ、手駒扱いに激怒して依頼を断ってしまう。ファウラーは一つの封筒をコンバースの元に残し、件の合併に関する会議の後にもう一度話しあおうと言って立ち去る。だが、会議室にファウラーは現れず、そのまま会議が始まってしまった。そして会議が今まさに終わろうという時、会議室の外から悲鳴が響き渡った。コンバースらが扉を開けると、血まみれになったファウラーが倒れていたのである。慌てて抱き起こしたコンバースが「何があったんだ」と尋ねると、ファウラーは"将軍たち"の組織アキテーヌ（Aquitaine）の刺客による待ち伏せを受けた事を話して息絶えてしまう。コンバースはファウラーが封筒の中に残した手がかりを元にアキテーヌを追うが、陰謀に気づき彼に協力しようとした者は次々と暗殺されてゆく。さらにコンバースはその殺人犯に仕立て上げられ、インターポルによって国際指名手配を受けてしまう。信頼しうる上司や元妻までもが彼を馬鹿馬鹿しい陰謀論に侵された狂人として扱い、自首を勧めながら彼を追うインターポルに協力する。それでも彼はデラベーン将軍たちアキテーヌに立ち向かうべくヨーロッパ中を駆けまわる。