インディアナ大学で、彼はメラニー・ミッチェル らと共同で「高水準の知覚」の認知モデル Copycat およびいくつかのアナロジー作成と認識のモデルを制作した。Copycat プロジェクトは Metacat と Magnificat へと発展し、ホフスタッターらが取り組んでいる。Metacat の 1999年の概要はここにある（PDF形式）。  Copycat FARGitecture に基づく新しいモデルとしては、SeekWell（音楽に関するアナロジーと認知モデル）と SeqSee （数列に関するアナロジーと認知モデル）がある。ホフスタッターは、従来の学術誌よりもアイデアを本の形にまとめることを好むため、学術誌にはあまり論文を発表していない（下記にある初期の物理学関連の論文を除く）。そのため、計算機科学への多大な影響にも関わらず、王道から外れたアンダーグラウンドな印象がある。彼の業績から様々な研究プロジェクトが影響を受けたが、公式に引用されることは少ない。マーティン・ガードナーが Scientific American 誌の「数学ゲーム」というコラムをやめたとき、ホフスタッターはコラム執筆を引き継ぎ、「メタマジック・ゲーム」と題した（原題 Metamagical Themas は Mathematical Games のアナグラム。いずれも日本では日経サイエンス誌に連載された）。ここでは、ホフスタッターは「この本の書評」という自己言及の一種を発明している。書評を集めた本、というような本を作ろうとしたとして、その本自身についての評を掲載しようとすると、書評の転載元自身が自分自身である、という「たちの悪い」自己言及となる（最終原稿を読んでの書評、あるいは旧版についての書評が新版に載る、といった形で、その本自身についての書評がその本に収録されている、というような自己言及は一般的に存在する）。[it] is just a fantasy of mine. I would love to see a book consisting of nothing but a collection of reviews of it that appeared (after its publication, of course) in major newspapers and magazines. It sounds paradoxical, but it could be arranged with a lot of planning and hard work. First, a group of major journals would all have to agree to run reviews of the book by the various contributors to the book. Then all the reviewers would begin writing. But they would have to mail off their various drafts to all the other reviewers very regularly so that all the reviews could evolve together, and thus eventually reach a stable state of a kind known in physics as a "Hartree-Fock self-consistent solution". Then the book could be published, after which its reviews would come out in their respective journals, as per arrangement. — Douglas Hofstadter、Metamagical ThemasApparently, Idries Shah has attempted this, or at least something similar, with The Book of the Book (ISBN 0-900860-12-X).
東北のとある小藩。浅沼半十郎は、家老で派閥の領袖小出帯刀の引きで近習頭取に出世したが、長男の病死以来、気鬱の病にとらわれた妻杉江が悩みの種である。そんなある日、半十郎は帯刀に呼び出される。そして、帯刀の甥石橋銀次郎と共に、6年前の望月家老暗殺に関わったと思われる秘太刀「馬の骨」の伝承者を探し出すように、と命ぜられる。「馬の骨」は、不伝流矢野道場の先々代が編み出したものであったが、現道場主矢野藤蔵と立ち会った銀次郎は、藤蔵は秘太刀を伝授されていないと考える。先代時代の高弟5人のいずれかが伝授されたと考え、立会いの中でそれを見つけようとするが、矢野道場は他流試合を禁じていた。銀次郎は、高弟たちの弱みを見つけ、口止めを条件に試合を申し込もうと図る。時に大怪我を負いながらも、銀次郎は偏執的に高弟たちと試合を重ね、帯刀もそんな甥を止めようとしなかった。そこで、だんだんと半十郎は帯刀の「馬の骨」探索の意図に疑念を抱くようになる。結局、5人の高弟の誰も「馬の骨」を伝授されていないと判断した銀次郎は、帯刀の妾を連れて江戸に戻ろうとするが、帯刀が放った討手に斬られて重傷を負い、半十郎の家に逃げ込む。半十郎が、銀次郎と闘った高弟の1人北爪平九郎の屋敷に銀次郎を移動させると、銀次郎は帯刀が先代藩主をだまして望月家老を暗殺させたようだと語る。それを現藩主に気付かれると、藩主を亡き者にしようと画策して失敗し、今度は自分が暗殺されるのを恐れて、暗殺剣「馬の骨」を探し出そうとしたのだろうと言う。一方、次第に症状が軽くなった杉江は、それまで下婢のふでに任せきりだった家事や娘直江の教育にも少しずつ手を出すようになっていく。だが、半十郎に対するよそよそしい態度はなかなか改まらない。半十郎は、自分を憎むことで、心の均衡を保とうとしているのだと、一切杉江を責めずに耐えている。そんなある日、杉江が直江に小太刀を教えている時、野犬が屋敷に侵入して直江を襲う。しかし、杉江は立ちすくむばかりで、犬を追い払うことも、かまれた直江を介抱することもしなかった。半十郎は、これまでの鬱積した気持ちと共に、杉江を叱る。すると、杉江は悲しげな表情を半十郎に向ける。半十郎は後悔しながらも、夫婦の運命に対する悲しみを共有できたようにも感じる。事実、それから少しずつ杉江の半十郎に対する態度はやわらいでいく。藩主の命を受けた側用人石渡新三郎は、着々と帯刀の陰謀の証拠を集めていく。最後の仕上げに帰国した彼を、帯刀は暗殺せんとして股肱の刺客赤松織衛を送り込むが、石渡を警護していた矢野道場高弟の沖山茂兵衛を殺害し、北爪平九郎を負傷させたものの、石渡の殺害には失敗する。焦った帯刀は、彼の陰謀の生き証人である淡路屋の元番頭を殺そうと、赤松を連れてその住まいに向かう。一方、沖山の敵を討とうといきり立つ長坂権平と飯塚孫之丞を鎮めようとした半十郎は、黒ずくめの男が帯刀を刺殺する現場に遭遇する。飯塚と共に男を追った半十郎は、男が赤松を倒すのを目撃する。その男の正体に気付いた半十郎と飯塚は、このことを誰にも言わぬと誓う。気鬱の症状が軽くなった杉江は、下僕の伊助を連れ、気鬱を煩ってから初めて長男の墓参に行く。その帰り道、浪人が旅籠の息子を捕まえ、太刀を振り回して脅しているところに遭遇する。杉江は木刀を振るって浪人を撃退する。旅籠の息子を救ったことで、自分の息子を亡くした傷がいやされた杉江は、声も表情もすっかり気鬱から解放されたようだと伊助は感じる。そして伊助は、下城した半十郎にそれを報告する。