1960年、ノンフィクション『日本の黒い霧』の連載がはじまる。『日本の黒い霧』は『文藝春秋』の1960年1月号から連載され、第二次世界大戦終結以後、1945年から1952年までの7年間に日本で起こった10の諸事件（下山事件、もく星号墜落事故、白鳥事件、ラストヴォロフ事件、ゾルゲ事件、鹿地事件、松川事件など）に対する清張の推論とその背景が論じられた。同書は連載中から大きな反響を呼び、「黒い霧」は流行語になった。当時はまだノンフィクションが一般的に読まれる時代ではなく、同ジャンル隆盛のもととなった作品の一つとされている。また、『日本の黒い霧』は、すでに連載中から様々に議論を引き起こした。大岡昇平と論争を行った（後述）。この後清張は、実際の歴史を題材にするにあたって、小説の形式をとったもの（『小説東京帝国大学』など）、評論として書いたもの（『北一輝論』など）、小説ではあるが作中に論文を組み込んでいるもの、等々、様々なスタイルでの記述を試みていく。清張によると、「最初、これ（『日本の黒い霧』）を発表するとき、私は自分が小説家であるという立場を考え、「小説」として書くつもりであった」。1961年、前年度の高額納税者番付で作家部門の1位に。以降13回1位。杉並区高井戸に転居。直木賞選考委員を務める。『わるいやつら』『砂の器』『けものみち』『天保図録』を発表。
1959年、帝銀事件を題材にして『小説帝銀事件』を発表。帝銀事件は当時すでに最高裁で被告に死刑の判決が下されており、裁判は終わっていた。それを踏まえて改めて事件を「推理」することは、裁判批判を意味した。ただし当時は裁判批判が高まった時期であり、清張が特殊であったわけではない。松川事件に対しては、作家の広津和郎が裁判批判を書き、宇野浩二は「世にも不思議な物語」（『文藝春秋』1953年10月号掲載）を執筆、清張も広津を支援するなどの活動を続けた。下山事件に関しては、清張は広津や南原繁元東京帝大総長とともに「下山事件研究会」を結成、「推理は推理、真実の追及は別になければならない」として真相究明を訴え続けた。1959年、『小説帝銀事件』で第16回文藝春秋読者賞。
以後作家活動に専念することになる。1956年9月に日本文芸家協会会員。1955年から『張込み』で推理小説を書き始め、1957年短編集『顔』が第10回日本探偵作家クラブ賞（現・日本推理作家協会賞）を受賞、同年から雑誌『旅』に『点と線』を連載する。翌年刊行され、『眼の壁』とともにベストセラーとなった。「清張以前」「清張以後」という言葉も出て、「清張ブーム」が起こった。その後も執筆量は衰えず、、『ゼロの焦点』『かげろう絵図』『黒い画集』『歪んだ複写』などを上梓。執筆量の限界に挑んだ。清張の多作は同時代の作家にとっても驚きであり、種々の憶測も呼んだ。作家の平林たい子は韓国の雑誌『思想界』1962年8月号に「朝から晩まで書いているんですけど、何人かの秘書を使って資料を集めてこさせて、その資料で書くだけですからね。松本と言えば人間ではなく「タイプライター」です」と発言した。これに対し清張は「事務処理をする手伝いの人が一人いるのみで、事実に反する」と反論している。しかしのち、書痙となり、以後口述筆記をさせ、それに加筆するという形になった。
この日、侯景は豫章王蕭棟を迎えて皇帝に即位させた。太極前殿に昇り、天下に大赦し、天正元年と改元した。侯景は使者を派遣して南海王蕭大臨を呉郡で、南郡王蕭大連を姑孰で、安陸王蕭大春を会稽で、新興王蕭大荘を京口で殺害させた。侯景は劉神茂を司空とし、徐洪を平南将軍とし、秦晃之・王曄・李賢明・徐永・徐珍国・宋長宝・尹思合をあわせて儀同三司とした。侯景は哀太子蕭大器の妃を郭元建に賜ったが、郭元建は「どうして皇太子妃が人の妾に下ることがあろうか」と言って、会おうとしなかった。10月壬寅夜、侯景は衛尉の彭儁や王脩纂に酒を持たせて簡文帝に献上し、簡文帝が泥酔して寝入ったところを大量の土嚢を積んで圧死させた。この月、侯景の司空東道行台の劉神茂や儀同の尹思合・劉帰義・王曄、雲麾将軍の桑乾王元頵らが東陽に拠って湘東王蕭繹に帰順した。蕭繹はそのまま元頵と別将の李占と趙恵朗を建徳江口に拠らせた。尹思合は侯景の新安郡太守の元義を拘束して、その兵を奪った。張彪が永嘉郡を攻撃し、永嘉郡太守の秦遠が張彪に降った。11月、侯景は趙伯超を東道行台とし、銭塘に駐屯させた。儀同の田遷や謝答仁らに東方の劉神茂を攻撃させた。郭元建を太尉・北行台のまま南兗州刺史とした。侯景は自ら九錫の礼を加え、丞相以下の百官を置いた。南兗州刺史の侯子鑑により白麞が献上され、建康では白鼠が捕られて献上されるなど、瑞祥が演出された。侯景の亡き祖父に大将軍を、亡父に丞相の位が追贈された。自ら冕官を加え、天子の旌旗を建て、馬や車や舞楽など皇帝の礼式を整えた。侯景は蕭棟の詔により帝位を自分に譲らせた。禅譲の儀式を旧制にのっとっておこなったものの、侯景はゆえなく剣を取り落とし、ウサギが目の前を横切っては消え失せ、白虹が日を貫くなど、不吉なことが続いた。侯景は太極前殿に昇り、天下に大赦し、太始元年と改元した。蕭棟を淮陰王に封じて、監省に幽閉した。梁律を漢律とし、左民尚書を改めて殿中尚書とし、五兵尚書を七兵尚書とし、直殿主帥を直寝とした。左僕射の王偉が（儒教に即して）皇帝の祖先の廟として七廟を立てるべきと進言したところ、侯景は「先祖のことは覚えていないが、父の名なら標だ」と答えたため、人々はみなひそかにこれを笑った。12月、謝答仁や李慶らが建徳にいたり、元頵や李占の柵を攻撃して破った。元頵と李占を捕らえて侯景のもとに送った。侯景は元頵らの手足を切り落とすと、日が経ってからふたりは死んだ。