エル・アラメインの戦いが終ろうとしていた1942年11月、ドイツ軍が撤退した北アフリカ戦線上をP-40で飛行していたアメリカ軍のデル・カルペッパー中尉は、燃料補給のため降りたイギリス軍の燃料補給基地で、ウェーブリー少将からドイツ軍が設置した砂漠の地雷処理を任せられる。カルペッパー中尉は渋りながらも、イギリス軍のマクミラン少佐と共に地雷処理に向かったが、少佐がドイツ軍を見つけ攻撃する。しかし、ドイツ軍のパイムラーによる反撃を受け少佐の戦闘機が撃墜されてしまう。カルペッパーは少佐を助けに行くが、パイムラーが指揮するドイツ軍のシャーマン戦車がとどめを刺そうやってくる。2人は砲撃を受け、翼端が破損した上、冷却液が漏れて飛行が困難となった戦闘機に乗ってドイツ戦車から逃げ延びようとする。かくて、広大な砂漠を舞台に戦闘機対戦車の追跡劇が始まる。
希少草食動物を中心とした動物園。草食動物の飼育のために広い飼育スペースを誇り、ここにしかいない動物も多い。無柵放養式展示の動物地理学的展示（地理学展示）をとっている。
テンプレートは背景や使用できる仕掛けが異なる4つのキットとその中で3つのテンプレート、そして鍵つきのミニマリオがいるテンプレートが各キットに入った16パターンの中から選択する。使用できるテンプレートは「メインゲーム」が進行しているほど多くなり、全クリアで全てのテンプレートを使用することができる。各キットの3番目のテンプレートは通常とは異なる色の土管があらかじめ配置されている。これは途中で切れてる同じ色の土管同士で行き来ができる仕組みになっている（この分のメーター消費はカウントしない）。選択後、ステージの編集画面になり、パーツを自由に配置することができる。ステージの大きさは最大縦24マス、横32マス（一番下は床か特殊な床などの装置を配置することができる。最低でも床がなければならない）。右上のマーカーを動かせば広くすることができる（パーツの配置に合わせて自動的に最低限の大きさになる）。使用できるパーツは各キットごとに異なる。また、「メインゲーム」における「プラスモード」をクリアすることで使用できるパーツが増える。それでも全てのパーツが使用できるわけではない。ステージを名前を付けてセーブし、テストプレイでゴールドスターが取得できたら初めてWi-Fiコネクションにアップロードすることができる。
各階層に1つずつある。各階層のコースにあるミニマリオカード「M」「I」「N」「I」「M」「A」「R」「I」「O」を全て手に入れると挑戦できるようになる。チャレンジコースは他のコースより少し難しくなっている。
各階層ごとにある8つのコースをクリアすると挑戦できるようになる。タッチペンでハンドルを操作し、「SHOOT!」ボタンをタッチすることでミニマリオを発射する。ドンキーコングに6発当てるとクリアとなる。今作ではドンキーコングとの対決中にも「ミニマリオカード」が出現する。当たれば手に入れたことになる。
ステージは階層別からなり、各フロアに8つのコース、1つのチャレンジコース、1つのDKバトルのコースからなる。全部で4階層あり、全てクリアするとさらに難しい「プラスモード」が出現する。このモードではコース自体も難しい上、「スタート!」タッチ後のカウントダウン終了と共に一斉にミニマリオが動き出す。ギブアップも可能だが、クリアしていないステージの場合はマリオコインが1つ減る。
各ステージで至る所にいるミニマリオを操作し、ゴールまで誘導する。敵に当たったり、障害物に当たったりすると故障してミスとなる（1体でも故障するとミス）。さらにゴールするときは全てのミニマリオでチェインゴールをしなければならない（チェイン中のカウントダウンが0になるとミス）。ミスをすれば「マリオコイン」が1つ減り、これが無くなるとゲームオーバーとなる。しかし、ステージ中のコインを100枚集めると「マリオコイン」が1枚もらえる。ステージによっては、マリオコインがある場合もある。プレイ中は下画面でタッチ操作を主に行う。上画面にはコインやピンクブロックの所持数などの状況が表示される。十字キーやA、B、X、Yのボタンは下画面の移動で使用する。
『マリオvs.ドンキーコングシリーズ』の3作目にあたる。『マリオvs.ドンキーコング2 ミニミニ大行進!』と同様のシステムで、タッチペンを利用してミニマリオをゴールへと導く。今作では一度動いたミニマリオは止めることができない。また、仕掛けはあれば必ず利用するというルールがある。そのためプレイヤーは仕掛けを操作してミニマリオの動きを操作することになる。
東洋系の容姿の警官に扮している。2029年から1984年へ送り込まれた直後のカイル・リースのもとにパトカーで駆けつけ、彼の抹殺を図る。途中で現れたサラとT-800（守護者）に阻まれるも、彼らのアジトまで執拗に追跡する。アジトではサラと守護者に倒されたT-800（刺客）を再起動させ、自身はカイルに擬態して本物の彼とサラがいる場に現れるが、サラに足を撃たれたことで正体を見抜かれた（サラにとってはどちらを撃っても判別できるため、先にT-1000を撃ったのは偶然。そのため倒した後にカイルを憤慨させることになった）うえ、“対ターミネーター用”の罠として仕掛けられていた強酸を浴びせられ、形状を維持できなくなる。身体の各所を崩壊させつつも酸の降るエリアから脱出を図りサラを殺そうとするも、守護者によって酸の雨が降る場所へ押し戻されて完全に溶解し機能停止した。『T2』の登場機体と同様の機能のほか、機体の一部を切り離して発信機や槍状に変形させる、守護者に機能を停止させられた刺客の回路に干渉してシステムを復旧させるなど、独自の機能も披露している。カイルがタイムトラベルする前の時間軸にT-1000は存在していなかったが、守護者はT-1000の情報を保持していたためにサラも存在を認知し、上記のような対処法を事前に編み出していた。なお、サラが守護者に育てられてきた時間軸の1973年にはサラを狙った個体が存在するが、上記の個体と同一であるかは不明。