2007年9月、学長選挙学内意向投票では工学部の小山清人が378票で1位、医学部、地域教育文化学部が推した文部科学省前事務次官の結城章夫が355票で2位となった。しかし、意向投票の翌日に行われた学長選考会議の結果、14票中10票を集めた結城章夫が学長に就任した。学長就任に際しては、全国初の事務次官天下り学長と注目を集め、学長選挙の不明朗な経緯も含めて新聞に批判的な記事が掲載された。事務次官在任中に山形大学関係者と接触したことは、天下りを制限した国家公務員法に抵触する可能性も指摘された。また、山形大学学長選考規則は現職の国家公務員には学長候補者の資格がないと明記しているが、この点も瑕疵があったのではとの指摘もなされた。しかし、9月に結城学長下で発足した新理事会には、天下り反対派であった小山、中島勇喜（農学部）も加わり、全学体制が敷かれた。そして、学長就任後4ヶ月を経た頃には、教職員からの評価は早くも急上昇したと報じられている。とはいえ、上意下達や、研究費を削ってハコモノに巨費を投じる学内運営には、不満がくすぶり続けている。2014年3月末をもって結城は山形大学学長を退任。2014年4月1日より小山清人が山形大学学長に就任した。
2001年の「国立の教員養成系大学・学部の在り方に関する懇談会」で少子化を見据え教員養成系大学・学部の再編が要請された。山形大学でも宮城教育大学、福島大学教育学部と再編統合の協議が行われ、山大は「教育学部の主たる教員養成を宮城教育大学にゆだねる」との提案を行った。しかし、この提案は「教育県山形」を謳う県民挙げての反対運動にあって頓挫。大学側は「教員養成機能を残した学部」への改組に踏み切り、2004年に教育学部は地域教育文化学部へと改組され、3学科の1つ地域教育学科だけが教員養成を中心に行うことになった。しかし、これを契機として、県、市、大学が一体となった建設的な取り組みが始まり、数多くの副産物も生まれた。たとえば、教職大学院の設置に向けた検討が早くから県民の意思によって行われ、また、存続運動の中心的な役割を担った「山形大学教育学部を存続・支援する会」や「存続を求める関係団体連絡協議会議」などに寄せられた資金や県と市からの財政支援を基にして「やまがた教育振興財団」が設立された。財団は奨学金貸与事業などを進めている。
2001年5月、工学部が1997年度以降5年間の入試において、計428人の本来合格であるべきであった受験生をセンター試験の傾斜配点集計ミスが原因で誤って不合格にしていたことが発覚した。このため大学はそれらの受験生に謝罪し、合格とした。工学部への年度途中入学を認めたのはもちろん、過去の受験生で他大学に入学してしまっていた場合には希望に応じて編入を認め、さらに浪人や他大学入学に伴う学費を負担するなど、数億円に及ぶ救済措置を行った。当時、文部科学省が進めていた「遠山プラン」を背景として噂されていた「大学解体の危機」に対して、「山形大学アクションプラン」を教員と職員が一体となって作成し乗り切った。なお、この事件を発端に他大学でも類似のミスが続々と発覚し、個別の大学を単位とした入試制度のあり方自体を問う議論へと発展した。また、これを受け大手予備校（河合塾など）は、大学・短大からの入試問題作成委託を公言し、大きな反響を呼んだ。
地元からは旧大宮通（きゅうおおみやどおり）、紫竹街道（しちくかいどう）の名で親しまれている。北は西賀茂蟹ヶ坂町南側を、南は建勲通をそれぞれ起終点とする。大宮地域以南では、一筋東を大宮通（新大宮通）が並行して通っている。これは、昭和初期以降に実施された土地区画整理事業によって、延伸されたものである。かつての大宮通は紫野地域で突き当たっており、その周辺は大宮頭（おおみやがしら、ややみやかしら）と呼ばれていたこの先は、やや北西に曲がって北へ延びる小路があり、雲林院や大徳寺門前を経て洛外へ抜けていたという。この小路が、現在の大徳寺通とほぼ重なっており、旧大宮通（かつての大宮通）と称される由縁となっている。賀茂の社（上賀茂神社）、果ては江文峠を経由して大原、鯖街道に通じる主要道として、往来で賑わっていたという。1637年の『寛永十四年洛中絵図』には、今宮通と交差する十字路から北へ延びる道が描かれ、その両隣には「町屋」と記されている。玄以通との交差点を約50m北に進んだ紫竹下竹殿町内には三叉路があり、1842年（天保13年）に設置された標石が残されている。ここには「左、にしがも神光院岩屋道　右、上賀茂貴布祢くらま道」と刻まれており、左へ進めば神光院を経て雲ケ畑へ、右へ進めば上賀茂を経て貴船・鞍馬へ通じる旨が記されている。この三叉路は、『寛永十四年洛中絵図』にも描かれており、洛外へ通じる道として利用されていた。今日のような住宅街を貫く生活道路として整備されたのは、上述の土地区画整理事業の進展による。1929年（昭和4年）の測量図を見ると、区画整理が完了し、整然と住宅地が並んでいる様子が見て取れる。閑静な住宅地を縦断しており、全線を通じて交通量は比較的少ない。待鳳小学校周辺では、平日の登校時において、自動車通行が制限される。今宮通以南で、伝統的な佇まいの古民家や京町家が各所に残されている一方、御薗橋通以北では宅地化が進展するも、今なお田園風景が随所にみられる。