近年はIT化推進により、税務署への提出をインターネット（e-Tax）や光ディスク等により行うことができる。また、受給者への交付においても、受給者の承諾を得て電磁的方式により提供することができるようになった（所得税法第226条第4項）。
天正6年10月、摂津における石山本願寺討伐の要であった荒木村重の離反によって（有岡城の戦い）、信長の対石山本願寺戦略に重大な狂いを見せた。同時に、三木合戦で羽柴秀吉が三木城を攻めていたが、毛利氏が摂津に上陸して三木城に兵糧を運び込む恐れも出てきた。これを機に信長は朝廷を動かして、本願寺と毛利氏との和解を試みた。11月4日、朝廷は信長の希望を受け入れて、正親町天皇が本願寺の顕如と毛利輝元に対し、信長と講和するよう勅命を下した。朝廷から本願寺に勅使が派遣されたが、顕如は毛利氏の賛同がないと応じられないとして勅命を拒否したため、交渉は決裂した。これを受けて、信長は毛利氏への勅使も派遣を検討した。しかし、その直後、織田水軍が第二次木津川口海戦において毛利水軍に大勝し、11月24日に茨木城が開城すると、信長は急遽朝廷へと使者を飛ばし、毛利氏への勅使派遣を中止させ、和平交渉を取りやめた。その後、信長は村重攻略を進め、また村重の反乱自体が周辺の織田方武将の呼応を伴わなかったため、反乱自体は長期にわたったものの、石山本願寺攻略への影響は最小限に留まった。第二次木津川口海戦での毛利水軍敗退を受けて、本願寺は将来の弾薬や食料の欠乏を恐れ始めた他、天正7年（1579年）10月には有岡城が陥落し、三木城の情勢もすこぶる悪くなっていたこともあり、12月、ついに恒久的な和議を検討するようになり、密かに朝廷に先年の和解話のやり直しの希望を伝えた。その動きを期待していた信長側でも再度、朝廷に講和の仲介を働きかけていた。そして、翌天正8年（1580年）1月、三木城が落城した。そのような状況の中で3月1日、朝廷は本願寺へ勧修寺晴豊と庭田重保を勅使として遣わして年寄衆の意向を質し、本願寺は和議を推し進めることで合意した。また、信長も別箇に開戦の経緯を知る近衛前久を派遣して本願寺側との妥協点を探った。以上の経緯から「勅命講和」という方式での和議を提案したのは信長側であったが、実際の講和申し入れは本願寺側からあったものと言える。閏3月7日、本願寺は信長に誓紙の筆本を提出し、信長と本願寺は3度目の講和を果たした。条件は顕如ら門徒の大坂退城など以下の通り。　　覚一　惣赦免事一　天王寺北城先近衛殿人数入替、大坂退城候刻、大子塚をも引取、今度使衆を可入置事一　人質為気仕可遣之事一　往還末寺如先々事一　加州二郡（江沼・能美）、大坂退城以後、於無如在者可返付事一　月切者七月盆前可究事一　花熊・尼崎、大坂退城之刻可渡事　　三月十七日　朱印（信長）（「本願寺史」本願寺史料研究所編纂　浄土真宗本願寺派＜西本願寺＞発行）この他『信長公記』には退城の期限は7月20日だったと書かれている。また、講和条約に署名したのは顕如の3人の側近下間頼廉・下間頼龍・下間仲孝だった。4月9日、顕如は石山本願寺を嫡子で新門跡の教如に渡し、紀伊鷺森御坊に退去した。しかし雑賀や淡路の門徒は石山に届けられる兵糧で妻子を養っていたため、この地を離れるとたちまち窮乏してしまうと不安を募らせ、信長に抵抗を続けるべきと教如に具申し、教如もこれに同調した。故に、顕如が石山を去った後も石山は信長に抵抗する教如勢が占拠し続けた。7月2日、顕如は3人の使者を遣わして信長に御礼を行い、信長もそれに合わせて顕如に御礼を行った。これと前後して荒木村重が花隈城の戦いに破れ去るなどの情勢悪化や近衛前久の再度の説得工作によって石山の受け渡しを教如派も受け入れて雑賀に退去し、8月2日に石山は信長のものとなった。が、引き渡し直後に石山本願寺は出火し、三日三晩燃え続けた火は石山本願寺を完全に焼き尽くした。『信長公記』では松明の火が風で燃え移ったとされている。『多門院日記』には、「退去を快しとしなかった教如方が火を付けた」と噂されたとある。8月、佐久間信盛は信長から折檻状を突きつけられて織田家から追放されたが、理由の1つに石山本願寺を包囲するだけで積極的に戦を仕掛けなかったことを挙げている。また信長と石山本願寺の交渉の影には森成利（森蘭丸）の母の妙向尼がいた。妙向尼は和睦成立に奔走し、本願寺の危機を救った。森成利を通じて情報を得た妙向尼は信長と直接、面会し、直談判をして信長の石山本願寺の追撃を断念させた。信長は当時、本願寺との和睦に際して「金山城下に浄土真宗の寺院を建立、子息（妙向尼の子）の一人を出家」させることを条件に和睦を提示した。