太古の昔、地上に降り注いだゲッター線。その未知なるエネルギーは現在、早乙女研究所において新エネルギー源として研究されていた。しかしゲッター線はそれを苦手とする恐竜帝国のハチュウ人類に破壊対象として狙われていた。ゲッター線の研究を守るには恐竜帝国と戦うほか道はない。早乙女研究所を率いる早乙女博士はハチュウ人類の弱点であるゲッター線をエネルギーとするスーパーロボットを開発した。だが、あまりに過激な性能のためパイロットに凄まじい負荷の掛かる機体であり常人ではこれを操縦できない。早乙女博士は、まず空手の全国大会に殴り込んで大暴れし、たったひとりで大勢の選手たちを倒して去って行った凄腕の空手家・流竜馬を、その次に革命を目指して学校の一部を支配していた学生運動家の神隼人の2名をスカウトし、来たるべき恐竜帝国の侵略に備えた。そして、幾度かの戦いのすえ志願してゲッターロボに乗り込んだ柔道家の巴武蔵を3人目に据えて、果てしない防衛戦を繰り返すのだった。そんな戦いの中、基地の自爆に巻き込まれ竜馬が行方知れずとなる。竜馬は百鬼帝国に捕らわれており、鬼への改造手術を受けていたが、かろうじて脱出するも記憶を失っていた。この為、恐竜帝国の進撃に対してゲッターロボには武藏一人が乗り込み出撃、エネルギー全開で戦いを挑む。ゲッターロボ本体ががその出力に耐え切れず、溶け始め、最後は自爆してしまう。また、この戦闘中に竜馬をかばい、ミチルは死亡、もしくは瀕死の重傷を負う。ゲッターロボの自爆を目撃した竜馬は武藏の名を叫び、記憶を取り戻す。恐竜帝国はゲッターロボのいなくなった地上を征服するために帝王ゴール自ら出撃する。しかし、早乙女研究所ではすでに新ゲッターロボが完成していた。武藏は新ゲッターロボ完成の為の時間稼ぎの為にロボと自身を使ったことが明かされる。この新ゲッターを使ってゴールを罠にはめ、恐怖のどん底に陥れる。ゴールは新ゲッターから恐竜帝国に逃げ込み、地下で再び眠りに付こうとする。しかし、恐竜帝国は百鬼帝国の攻撃をうけ、すでにマグマ層に逃げ込んでいた。この為、ゴールはゲッターロボによって死を迎えるべく追いかけてきたゲッタードラゴンに対して特攻をかけるが、百鬼ロボによって串刺しにされる。それに怒ったゲッターロボは百鬼ロボを粉砕し、百鬼帝国との戦いを決意する。かくして新ゲッターロボと百鬼帝国との戦いの幕が開く。【以後サンデーコミックス】そんな中、太古のメカが発掘される。発掘チームは百鬼帝国に襲われるが。頭部のみを早乙女研究所に運び込む。この頭部を胴体が追いかけて来て取り戻す。完全体となったウザーラに対してゲッターロボは戦いを挑むがなすすべなく、負けてしまう。しかし、ウザーラの中には病原菌によって死滅しかけていた古代人が眠っていた。病原菌に耐性のある現代人の身体を自分たちの身体にしようと考え、テストケースとしてとらえていた隼人の脳を取り出そうとするが、そこに百鬼帝国が乗り込んでくる。古代人たちは隼人たちにウザーラを託し敵をとってくれるように頼む。ウザーラの力により宇宙へ百鬼帝国を放り出し、シャインスパークによりとどめを刺し、ウザーラに別れを告げる。
1942年2月21日、プリンツ・オイゲンと重巡洋艦アドミラル・シェーア、駆逐艦リヒャルト・バイツェン、パウル・ヤコビ、ヘルマン・シェーマン、フリードリヒ・インはノルウェーへ向かった。Grimstadfjordに短時間立ち寄り、それからトロンハイムへ向かった。2日後、Trondheimsfjord沖を航行中にイギリス潜水艦トライデントがプリンツ・オイゲンを雷撃。艦尾に命中した魚雷によりプリンツ・オイゲンは大きな損害を受け操艦不能に陥った。プリンツ・オイゲンはLofjordへと曳航され、そこで数ヶ月にわたって修理が行われた。艦尾はすべて切り取られ、板で覆われて手動の舵が備え付けられた。5月16日、プリンツ・オイゲンは自力でドイツへ向け出発した。キールへの航海中、イギリスの爆撃機19機と雷撃機27機がプリンツ・オイゲンを攻撃したが命中弾は無かった。10月まで修理のため戦列をはなれ、10月27日に公試を開始した。それから2ヶ月間はバルト海での訓練に費やされた。1943年1月初め、ドイツ海軍はノルウェーに展開する部隊への増援としてプリンツ・オイゲンにノルウェーへ戻るよう命じた。1月中に2度プリンツ・オイゲンはシャルンホルストとともにノルウェーへ向かおうとしたが、イギリス軍機に発見されたため引き返した。ノルウェーへの移動が不可能であることがあきらかとなると、プリンツ・オイゲンは練習艦隊に配属された。9ヶ月間、プリンツ・オイゲンはバルト海で士官候補生の訓練に使用された。東部戦線においてソ連軍がドイツ軍を押し戻し始めると、プリンツ・オイゲンを砲術支援艦とする必要が生じた。そのため、1943年10月1日にプリンツ・オイゲンは戦闘任務に復帰した。1944年6月、プリンツ・オイゲンと重巡洋艦リュッツオウ、第6駆逐隊は第2任務部隊を編成し、それは後にティーレ任務部隊（Thiele Task Force）と改称された。8月19・20日、プリンツ・オイゲンはリガ湾に入り、トゥクムスを砲撃した。4隻の駆逐艦がプリンツ・オイゲンの搭載機Ar 196とともにそれを援護した。プリンツ・オイゲンによる砲撃はソ連軍の撃退に効果があった。9月初め、プリンツ・オイゲンは要塞島、ゴーグラント島攻略作戦を支援したが、作戦は失敗に終わった。それからプリンツ・オイゲンはゴーテンハーフェンに戻り、フィンランドから脱出するドイツ軍を運ぶ船団を護衛した。6隻の貨物船からなる船団は9月15日にボスニア湾から出発し、第2任務部隊の全戦力がそれを護衛した。スウェーデン軍の航空機と駆逐艦が船団を追跡したが、妨害はしなかった。翌月、プリンツ・オイゲンは砲撃支援任務に戻った。10月11・12日、クールラント橋頭堡・メーメルのドイツ軍に対する支援砲撃を実施。2日間にわたる砲撃で約700発の主砲弾を発射した。弾薬の補給後、再び砲撃に戻り、14日と15日にさらに主砲弾370発を発射した。ゴーテンハーフェンへの帰投途中の10月15日にプリンツ・オイゲンはヘル北方で軽巡洋艦ライプツィヒに衝突し、ライプツィヒの乗員19人が死亡。この事故は濃霧により発生した。ライプツィヒは危うく分断されるところであり、2隻は14時間繋がったままであった。プリンツ・オイゲンはゴーテンハーフェンへ送られ、そこで1ヶ月にわたって修理が行われた。ライプツィヒも応急修理を受け、翌1945年には何とか自力航行が可能になるまで回復した。11月20・21日、プリンツ・オイゲンはソルベ半島のドイツ軍支援のため、主砲弾約800発を発射した。1月中旬、プリンツ・オイゲンはザームラントのソ連軍砲撃に派遣された（ケーニヒスベルクの戦い）。プリンツ・オイゲンはケーニヒスベルクへ進撃するクランツのソ連軍に対して主砲弾870発以上を発射した。この時点でプリンツ・オイゲンは主砲の弾薬を使い果たしていたが、軍需品の欠乏のため3月まで港にとどまり、それからゴーテンハーフェンやダンツィヒ、ヘラ周辺のソ連軍に対して砲撃を行った。4月8日、プリンツ・オイゲンはリュッツオウとともにスヴィーネミュンデへ向かった。4月13日、34機のアブロ ランカスター爆撃機が港内の2隻を攻撃。だが、この日は厚い雲のため攻撃は失敗した。2日後に再び攻撃が行われ、リュッツオウが撃沈された。それから、プリンツ・オイゲンはコペンハーゲンへ向かい、4月20日に到着。5月7日に退役し、翌日イギリス海軍に引き渡された。