1930年、朝鮮共産党再建同盟を組織して。1932年、蒋介石の援助で朝鮮革命幹部学校を中国・南京市郊外の善祠廟（江寧区湯山）に設置し、革命要員募集と養成を行なった。1935年、金奎植らの米州韓人独立党を吸収し朝鮮民族革命党を再結成するも、趙素昻、池青天の脱退など間もなく分裂。1937年、金元鳳は、一時的に安楽な生活を送れるようになった。当時動向を把握していた朝鮮総督府特務機関の報告によれば、金元鳳は自家用車を所有しており、臨時政府よりは張学良一派から多くの資金を受けていたとされる。1937年7月10日、中華民国政府の招きにより、中国高官の会議場である南徴西郊の廬山を訪れる。廬山には金九などが来ており、中国政府側代表者は日本を相手取り統一戦線を結成すべきだと説得した。帰還する前、中国政府代表者から、使命を完遂するのに必要な巨額の資金援助を受けた。1937年11月2日、朝鮮民族革命党と独立運動家の金山らの朝鮮民族解放同盟、鄭華岩らの朝鮮アナーキスト連盟を統合し、朝鮮民族前線連盟を編成。1938年10月には、訓練を重ねた青年たちを糾合して、中国・漢口から、朝鮮民族前線連盟傘下の抗日軍事組織・朝鮮義勇隊を組織・編成。司令官に就任した。部隊員には元革命党員のほか、のちには朝鮮民族前衛同盟党員らも編入した。しかし義勇隊の多くが、八路軍が集結している中国西北地域に移動し、義勇隊司令官である金元鳳の指揮下から離脱したため、金の影響力は急速に衰えた。社会主義系列の独立運動のために、右派である金九とは対立した。1939年、韓国独立党との統合が検討されたが、日の目を見ることはなかった。民族革命党の一部からは、既存の団体と連帯することには賛成するが既存の組織を解体して新党を結成することには賛成できないとの反発を呼び起こした。1944年5月、戦闘の後遺症で妻の朴次貞が死去。
御母衣ダムを語る上で欠かせないエピソードとして「荘川桜」の移植事業がある。「御母衣ダム絶対反対期成同盟死守会」解散式の後、高碕は水没予定地を「死守会」書記長・若山芳枝らと共に歩いていた。光輪寺に差し掛かった時、樹齢400年以上に及ぶアズマヒガンザクラ（エドヒガン）に目が留まった。見事なその枝振りを見た高碕は同行していた電源開発社員にサクラの保護を要請。さらに当時サクラ研究の第1人者として「桜博士」とあだ名されていた笹部新太郎にサクラの移植を依頼した。湖底に沈む予定の光輪寺のサクラ（重量約35トン）と照蓮寺のサクラ（重量約38トン）を200メートル上の山腹に引き上げ、約1,500メートル移動させるという前例がなく途方もない依頼に当初笹部は断ろうとしたが、高碕の熱意に折れてこの事業の総指揮を執ることとなった。1960年（昭和35年）、高碕と笹部は愛知県豊橋市の造園業者・庭正造園の丹羽政光の助力を得て本格的な移植作業に取り掛かった。だが移植方法を巡って笹部と丹羽の意見が対立した。サクラは外傷に弱い樹木であり、少々の枝折れ等で簡単に立ち枯れするようなデリケートな植物であった。このためサクラに精通する笹部は枝も根も伐採せずに移植することを主張したが、丹羽はあまりにも巨木であるため伐採なしの移動は不可能として真っ向から対立した。その後丹羽は根などを計測するが、多くの根が張っていることと若い根が予想以上に多かったことから職人としての長年の経験と勘に基づき、笹部が不在の際に独断で枝・根の伐採を行い移植を開始した。移植作業はダム本体工事を担当する間組も共同で実施、ブルドーザーやクレーンなど大型機械を駆使して慎重に吊り上げ、国道156号沿いの湖岸予定地に1960年12月24日に移植が完了した。根も枝も幹も伐採され無残な姿を晒した2本の老木を目の当たりにした笹部は、あまりのことに愕然としたといわれる。総責任者であった笹部には水没予定地の住民や植物学者、果てはマスコミに至るまで全国各地から非難の声が寄せられたという。笹部も後日談で「移植に失敗したら、桜研究から完全に身を引く覚悟であった」と回想していた。だが、翌1961年の春、サクラは移植場所に根付く「活着」に成功し蕾を付けた。明くる1962年（昭和37年）には移植された老木の傍に水没記念碑が建立され、500名の旧住民と高碕・笹部が集まった。この時高碕は「計画発表以来移転を余儀なくされる住民の皆様の幸せを願いながらダム事業を進めてきました。皆様の犠牲は国づくりに大きく役立っております」という旨の挨拶を行い、途中感極まって涙したと笹部は後に記している。さらに移植から10年後の1970年（昭和45年）春、2本の老木は満開の花を咲かせ、11年に及ぶ荘川桜の移植事業は成功に終わった。高碕と丹羽はすでに亡くなっていたが、笹部や水没地の元住民は桜の移植場所に集合し、事業の成功を喜び合った。その後も水没地の元住民が毎年春に集まり、高度経済成長の礎として湖底に没した故郷をしのんだ。この荘川桜移植事業は世界でも前例がないものであり、「世界植物史上の奇跡」とまでいわれた。サクラは建設当時副総裁として補償交渉に携わった第4代総裁の藤井崇治によって「荘川桜」と命名された。これには1964年（昭和39年）、笹部が受け取った高碕からの手紙の中に「桜の名前を取り決めておきたい」という文言があったというエピソードがあって、それが契機となっている。この手紙が高碕の絶筆となっており、病床にあっても桜を思う高碕の気持ちを窺い知ることができる。1966年（昭和41年）12月13日には岐阜県の天然記念物に指定されている。荘川桜は現在でも電源開発が保守・管理を直轄で実施しており、実際の手入れは現在も一貫して庭正造園が手掛けている。荘川桜はその後移植前よりもさらに枝葉を伸ばしているが、「死守会」書記長であった若山が荘川桜のすぐ傍らに二世を植樹、さらに全国各地にも荘川桜二世が移植され花を咲かせている。例年4月下旬からゴールデンウィーク頃が見頃であり、春の飛騨高山祭りと共に飛騨地方に春を告げる風物詩にもなっている。水上勉はこの荘川桜の顛末を『桜守』という小説に著した。ダム付近を通る国道156号で運行されていた国鉄バス名金急行線の車掌であった佐藤良二は、丹羽から荘川桜の移植前から活着後までの全てを写真で記録することを依頼された。開花した荘川桜に感動した佐藤は「太平洋と日本海をサクラで結ぼう」運動を行った。このエピソードは1994年（平成6年）には映画化、2009年（平成21年）にはテレビドラマ化もされた。この運動によって桜が植えられた街道沿いを走る「さくら道国際ネイチャーラン」などのスポーツ行事が行われている。