内郭と外郭の堀は土橋が掛けられ、城門に通じた。本丸の一部にしか石垣はなく、他は土塁で周囲を囲んでいた。天守はなく、本丸北西の三階櫓を代用としていた。城門は17棟あり、大手から本丸に通じる間に、大手門、桜門、二之門、冠木門、九間門が存在した。九間門は本丸正門であり、冠木門はその付属である。裏門に塩門、門、不明門（あかずのもん）、太鼓門があり、また外郭に町口門、坂口門、千手口門、高橋口門、長町口門、神田口門、四郎丸口門、今朝白口門が存在した。太鼓門見通しおよび千手口門見通しは積雪を測量する場所とされた。中心部の本丸から南西の方向に二の丸が延び、北の方向に三の丸があった。後に三の丸には城外にあった馬場が移設され、馬術や弓術の藩主への御覧が三の丸において行われていた。また、三の丸は太鼓門見通し及び千手口門見通しと同様に積雪を測量する場所とされ、この他に下場札前と御厩が積雪を測量する場所とされ、三尺積雪すると除雪させた。
西に信濃川があり、南北と東を東山山地に源流がある赤川（現在の柿川）が三方を囲むように流れ、信濃川と合流している。北に広大な沼であった八丁沖を天然の守りにしていた。ただし、守備側は天領であった小千谷との境にある朝日山、榎峠を確保することが必須条件で、攻守ともにこの南方高地を制圧した側が城を手にすると言われていた。
堀直寄は長岡城の縄張りを「苧引形兜城（おびきがたかぶとじょう）」と呼び、また長岡城は信濃川と栖吉川が周囲を囲むように自然の外郭を形成し、さらに城の東側の江筋より水を引いて幾重にも堀を巡らしていたために「八文字の浮島城」ともいった。
戊辰戦争（北越戦争）によって長岡城が失われた後、跡地は「遊覧場」と呼ばれ一種の公園の役目を果たしていたが、鉄道敷設の際、停車場設置の候補地となり1898年（明治31年）、本丸跡の東部分に長岡駅が開業した。二の丸跡には1902年に宝田石油本社が建てられ、この頃まで二の丸内濠が残っていたが、宝田石油本社の移転後、この地を長岡市に寄付し長岡市公会堂が建設され（1926年）、内濠はなくなった。二の丸跡はその後、長岡市公会堂（1926年）、長岡市厚生会館（1958年）と移り変わり、2012年からは長岡市役所本庁舎などを擁する複合交流施設「長岡市シティホールプラザアオーレ長岡」となっている。このように長岡城の遺構は失われ、長岡城本丸跡の史跡案内標柱（長岡駅大手口）や長岡城址の碑（アオーレ長岡隣り）、そして城内町、「大手口」など地名・名称に面影が残るのみである。
1868年、戊辰戦争（北越戦争）により長岡城はほぼ焼失した。焼け残ったのは、本丸の九間門橋・三階隅櫓・坤隅の櫓・かご部屋と二の丸の南櫓、そして千手口門だけであった。しかし、それらも士族の救済や阪之上小学校の教育費に充てるため売却された。
享保13年3月27日（1728年）に起こった俗に「三蔵火事」と称される大火事で本丸から外曲輪にいたる城郭全てが全焼し、城の再建は幕府から7,000両借用して行われ、宝暦4年（1754年）までかかった。また、天保15年10月14日（1844年）の俊治火事では城門2つ、城塀324間が延焼している。また先述のとおり水害対策が長岡城建設の理由であったが、洪水で城内まで浸水することが5回あった。寛文11年（1671年）と延宝2年（1674年）に浸水しており、天明元年（1781年）と寛政元年（1789年）の洪水では2回とも城内まで8から9尺（単純計算で約2.4mから2.7m）浸水した。この他、文政11年11月12日（1829年12月18日）の三条地震では本丸を初め、役所、門、塀、柵など、ほとんどが大破し、翌年の大風で城内破損35箇所ほどの被害を受けている。
1616年、今度は松平忠輝が大坂の役における不始末から除封されると、6年前の騒動の一方の元凶であった堀直寄が8万石をもって蔵王に入封した。直寄は蔵王堂城が信濃川に面して洪水に弱いことから、その南にあって信濃川からやや離れた長岡（現長岡駅周辺）に新たに築城、城下町を移して長岡藩を立藩した。直寄は2年後の1618年には越後村上に移され、かわって譜代大名牧野忠成が6万2000石をもって入封する。牧野氏は堀氏ら外様大名の多い越後を中央部において抑える役割を委ねられ、1620年には1万石を加増、さらに1625年に新墾田2000石を表高に加えて7万4000石となった。
時は2077年。「マジカルTV」では大ヒットした前作に気を良くし、続編となる特撮ヒーロー番組「超忍者隊イナズマ!! SPARK」を制作することになった。その作品で主役を務める新人女優・つばめは、父である編成局長・三島のコネによりキャスティングされた上、演技も致命的にダメ。さらに、困っている人を見るとほっとけない性分で、いつも現場を引っかき回してばかりな状況に倉田宮とジュンは頭を抱えていた。ジュンはつばめを呼び出し、テレポートルームで説教をしていたが、ジュンがその場を離れたわずかの間に、ふとしたアクシデントでつばめはタイムテレポートしてしまう。江戸時代にやってきたつばめは、そこでどこか憂いを持つ忍者・ハヤテに出会い、彼に興味を抱く。一方、大名殺しを追っていた先代イナズマ・細松と寒吉の前に鎧武者が現れるが、彼らこそハヤテの亡き姉・ハヤブサの仇で、地球侵略を企む宇宙人だった。何とかハヤテの力になろうとするつばめだったが、先代イナズマは宇宙人の手に落ち、ハヤテは宇宙人と刺し違える覚悟で単身円盤に乗り込んだ。果たしてつばめはこの危機を救えるのか。