地震発生から津波到達まで50分間の時間があったにもかかわらず、最高責任者の校長が不在であったため判断指揮系統が不明確なまま、すぐに避難行動をせず校庭に児童を座らせて点呼を取る、避難先についてその場で議論を始めるなど学校側の対応を疑問視する声が相次いだ。普段から避難に関する教育を徹底し児童らだけの自主的避難により99.8％が無事だった釜石の全小中学校や   、地震直後より全員高台に避難させ、在校児童が全員無事だった石巻市立門脇小学校とは対照的である。宮城県が2004年3月に策定した第3次地震被害想定調査による津波浸水域予測図では、津波は海岸から最大で3km程度内陸に入るとされ、大川小学校には津波は到達しないとされていた。そのため大川小自体が避難先とされていたケースもあり、実際に地震の直後高齢者を含む近所の住民が大川小学校に避難してきた。石巻市教育委員会は2010年2月、各校に津波に対応するマニュアル策定を指示していたが、被災後の議論で教育委員会は、学校の危機管理マニュアルに津波を想定した2次避難先が明記されていなかった点で責任があると認め、父母らに謝罪している。2011年4月9日の説明会で、無事だった教諭が、裏山に「倒木があった」と証言した。同年6月4日夜の説明会で、石巻市教育委員会は、前述の証言を「倒木があったように見えた」と訂正し、裏山へ避難しなかった理由を、津波が校庭まで来ると想定していなかった事に加え、余震による山崩れや倒木の恐れがあったためと説明した。避難が遅れた理由には保護者や避難住民への対応を挙げた。震災時の議論の詳細は明確にならなかった。謝罪はあったが、学校も教育委員会も責任に言及しなかった。
2016年3月、石巻市は被災した大川小学校の旧校舎を存置という形で、全体を震災遺構として保存することとなった。遺族の中には「校舎を見たくない」という意見もあるため、周辺を公園化して、植栽などで校舎を囲むことが検討されている。2018年5月には国連事務総長特別代表（防災担当）の水鳥真美が視察に訪れた。石巻市は2019年度より4億5000万円をかけて公園整備を実施し、周囲に桜を植林するほか、展示スペースのある管理棟や、芝生広場・花壇・慰霊碑などを整備・設置する。2020年度末（2021年3月末）までの完成を目指すとしている。
難を逃れた児童22名は新学期より、約10km離れた石巻市立飯野川第一小学校（現・石巻市立飯野川小学校）へ通学していたが、2014年からは石巻市立二俣小学校敷地内の仮設校舎に移転している。当初は校舎も新たに建て直す予定であったが、のちに児童数減少のため前述の通り二俣小へ統合することになった。その大川小には、犠牲者を慰霊するために制作された母子像が設置され、2011年10月23日に除幕式が行われた。
児童らが県道に出た直後、堤防を乗り越えた巨大な津波が児童の列を前方からのみ込んだ。列の後方にいた教諭と数人の児童は向きを変えて裏山を駆け上がり、一部は助かったが、迫りくる津波を目撃して腰を抜かし、地面に座り込んで避難できない児童も居た。家族が車で迎えに出向き、独自に避難した児童は助かった。避難先として選定した三角地帯も標高不足で津波に呑み込まれており、避難が完了していても被害は避けられなかった。避難先の北上川堤防付近の標高は6〜7mであったが、予想津波高は15時14分には当初の6mから10mに変更されていた。当時得られた情報から想定を超える規模の津波の到達を予見できたか否かは、後に起こされた民事訴訟で争点となった。
熊野三山本願所（くまのさんざんほんがんじょ）は、15世紀末以降における熊野三山（熊野本宮、熊野新宮、熊野那智）の造営・修造のための勧進を担った組織の総称である。熊野三山を含めて、日本に於ける古代から中世前半にかけての寺社の造営は、寺社領経営のような恒常的財源、幕府や朝廷などからの一時的な造営料所の寄進、あるいは公権力からの臨時の保護によって行われていた。しかしながら、熊野三山では、これらの財源はすべて15世紀半ばまでに実効性を失った（→#前史）。それらに替わる財源を確保し、熊野三山の造営・修造に寄与したのが、15世紀後半以降に成立した熊野三山本願所で、類似する他の寺社の本願所と比べて際立って規模が大きく、一山ごとに独自の性格を持っていた（→#熊野三山本願所の成立）。熊野三山本願所は、各地に送り出した一部の熊野山伏・熊野比丘尼が募った勧進奉加を熊野へ送り届けさせること、また、熊野への巡礼者からの散銭を得ることを通じて財源を調達し、堂舎の建立・再興・修復を行う造営役としての役目を果たした。近世初期には新宮を首座として熊野本願九ヶ寺と称する本願仲間を形成し、連携して職務の遂行にあたった（→#活動と組織）。15世紀後半以降、本願所は造営・修造を担う組織として機能していたが、熊野三山では本来衆徒が独占していた社寺の縁起や仏事・神事といった社役にも深く関与する様になり、三山の運営に大きな役割を担うようになっていった。しかしながら、他の寺社と同じく本願と社家の間には緊張関係があった。17世紀以降には、造営・修造と社役との聖俗両面における本願の役割を否定し、社内における主導権を奪い返そうとする社家と、一山に於ける地位を守ろうとする本願との間で相論が繰り返された。18世紀半ばには、近世以降の社家の経済的再建と江戸幕府・紀州藩の宗教統制を背景にした社家の反撃により、本願の退勢は決定付けられるに至った。しかしながら、単なる造営役を越えて年中行事や祈祷に関する役目を担っていた本願を、社家は完全に排除することは出来ず、明治の神仏分離まで存続した（→#衰退と終焉）。