ダーウィン的科学の観点からは、言語様のコミュニケーションが自然下で進化してくる上で第一の障害となるのは機械論的なものではない。むしろ、記号―音もしくは他の知覚できる形式と、それに対する意味との恣意的な結びつけ―が信頼できない、間違っているであろうものだという事実こそが第一の障害である。諺にもある通り、「言うは易し」なのである。信頼度の問題は、ダーウィン、ミュラー、その他の初期の進化論者には認識されていなかった。動物の音声によるシグナルは大抵の場合本質的に信頼できる。ネコがのどを鳴らすとき、シグナルはその猫の満足している状態を直接に表している。それを信じることができるのは、ネコが正直な傾向があるからではなく、ネコには偽ってその音を出すことが不可能だからである。霊長類の音声的な鳴き声はネコの鳴き声よりは操作可能かもしれないが、やはり同じ理由により信頼できる―というのはそれらが偽りがたいものだからである。霊長類の社会的知能は「マキャヴェリアン」―つまり、利己的で道徳的な良心の呵責にとらわれない。サルや類人猿はしばしば他のサルや類人猿をだますが、同時に、敵に騙されないように常に用心している。逆説的だが、まさに霊長類の騙されまいとする用心こそが彼らにおいて言語的なものに連なる情報伝達の体系の進化を阻んでいる。ここで言語の発展が不可能になるのは、騙されないようにする最良の方法は直ちに証明できるものを除いてシグナルを無視することだからである。こういった用心をされると言葉は情報伝達の用をなさない。言葉によってだますことは容易である。言葉が嘘であったということがしばしば起これば、聞き手は言葉を無視することで対応しようとする。言語が働くためには話し手が一般的には誠実だと聞き手が信頼していなければならない。言語に特有の性質として「ずらされた指示」がある。これは現在知覚している状況とは違う話題を指示できるということを指している。この性質のために発話は直近の「今」「ここ」に縛られない。このため、言語は普通ではないレベルの信頼を前提とする。このため言語の起源の理論は、他の動物ができていないとみられるやり方でヒトは何故お互いに信頼するようになれたのかを説明しなければならない(シグナル理論を参照)。
2007年にネアンデルタール人の舌骨が発見されたことで、ネアンデルタール人は解剖学的に現生人類と同じだけの音声を発する能力があるという説が唱えられるようになった。舌下神経は舌下神経管を通って舌の運動を制御しており、その大きさが言語能力を表しているとされる。30万年以上前に生きていたヒト科動物の舌下神経管はヒトよりもチンパンジーのそれにより近かった。しかし、ネアンデルタール人は解剖学的にはしゃべる能力があったとはいうものの、現生人類と全く同じ程度の言語を有していたかについては2004年にリチャード・G・クラインが疑問を呈している。彼の疑問は昔の人類の化石記録と石器一式に基づいている。ホモ・ハビリスの出現後2百万年の間ヒト科動物の石器技術はごくわずかしか変化しなかった。古い石器を広範にわたって研究しているクラインは、昔の人類の粗製石器一式は機能に基づいて分類することができないと述べ、ネアンデルタール人は石器の最終的な形態にほとんど関心を持たなかったようだと報告している。ネアンデルタール人は身体の方は言葉を発するのに十分なほど発達した器官を持っていても脳の方は現生人類のように言葉を話すのに要求されるレベルの複雑さに達していなかったであろうとクラインは主張している。ネアンデルタール人の文化的・技術的洗練の程度の問題は今なお論争の的になっている。
ホモ・ハイデルベルゲンシスはホモ・エルガステルと非常に近縁であった(移住した子孫である可能性が高い)。ホモ・エルガステルは声を出した初めてのヒト科動物とされ、この点に関して継承した文化をホモ・ハイデルベルゲンシスが発展させてより洗練されたものにしており、原始的な形の記号言語を発展させた可能性がある。
本形式の目的は、東海道・山陽本線系統など主要幹線において列車単位を上げ、輸送力増強を達成することである。量産車登場当時の1992年秋から1,300t列車への充当が、1,600t列車に関しては地上設備の増強後に充当が予定され、本形式を当初計画に沿って運用するため、変電所の増設など電力供給設備の増強が検討された。しかし景気後退下で貨物輸送量が伸び悩み、設備を保有する旅客会社との調整も合意に至らず、変電設備の改良は実施を見送られた。このため、本形式は定格出力での運用は過剰性能となり、運用出力（≒機関車の受電電流）をEF66形と同程度の15ノッチ相当に制限して運用された。山陽本線においては、2002年（平成14年）から開始された国庫補助による鉄道貨物輸送力増強事業が2006年（平成18年）に完了した。これは輸送の隘路となっていた同区間の電力供給能力を強化する他、線内の各貨物駅の荷役方式を改善するものであったが、この事業により運転可能な列車重量が1,200tから1,300tに拡大された。これを受け、2007年3月18日のダイヤ改正から同区間で1,300t列車の運転が開始され、本形式も当該運用には重点的に充当された。本形式は、全21両が1999年4月1日付で新鶴見機関区から吹田機関区に転属した。車両検査は、新鶴見区所属時代である1998年度までは大宮車両所、吹田区転属後は広島車両所で実施されており、1999年から2001年にかけて初全検、2006年から2010年にかけて二全検を施工している。初全検では塗料の品質向上を理由に塗装工程が省略されたが、二全検にあわせてEF210形に準じた外部塗装の灰色基調配色への変更が逐次実施され、2009年4月22日に出場した2号機を最後に全車両の塗色変更が完了した。また特筆されるものとして、2001年1月には1号機が阪神・淡路大震災の神戸復興記念事業の一環として、車体にイラストを施した「ラッピング機関車」として運用されたことがある。イラストはルーマニア出身の画家であるアレキサンドラ・ニキータによるもので、ポートタワーと震災によって犠牲となった少女をモチーフとしたひまわりの絵画と、「神戸からありがとう」のメッセージがあしらわれたものとなっていた。同車は約1年間にわたり、特別に用意されたヘッドマークを装備し、通常運用に充当された。量産車トップナンバーである1号機は2008年に復旧工事が見送られて部品取り車として広島車両所に留置されていたが、2011年度に廃車、2013年1月に解体されている。主要部品確保が困難であることから三全検は見送られ、検査切れの車両から運用離脱していくこととなった。2016年3月のダイヤ改正で定期運用は大阪貨物ターミナル駅以西のみとなり関東圏への定期運用乗り入れはこのダイヤ改正をもって消滅した。そして2018年3月ダイヤ改正で定期運用を終了し吹田機関区のEF66形やEF210形の代走運用のみとなっている。2017年3月1日時点では2・4-7・10・17-20の10両が吹田機関区に配置されている。2019年3月28日をもって全車が運用から離脱した。最終運行は18号機の幡生操車場〜吹田貨物ターミナル駅間での運用であった。