津山線と因美線には、1962年から急行「砂丘」が陰陽連絡を使命とする列車として運行されていた。1972年の山陽新幹線岡山開業後は、新幹線と連絡することで速達効果を発揮し、特に広島と鳥取を結ぶ手段としては芸備線・木次線経由の急行「ちどり」よりも所要時間が短くなった。1988年から広島と鳥取を結ぶ高速バスが運行開始されると、西日本旅客鉄道（JR西日本）では対抗上「ひかり&砂丘」という企画乗車券も発売した。急行「砂丘」は智頭急行が開通すると、智頭急行経由の特急「いなば」に置き換えられ、2009年には急行「つやま」が廃止。以後同区間（但し智頭以北は除く）では優等列車が運行されなくなっている。
智頭線ルートの路線は、1922年には既に計画されており、1966年に着工したが、その後国鉄再建の波の中で建設が凍結されていた。1987年に第三セクター鉄道智頭急行として開業することになり、工事は再開、1994年に開業した。高規格化工事により特急列車を130km/hで高速走行させており、それまでの津山線や姫新線を経由するよりも所要時間は格段に短縮された。また唯一、京阪神と山陰とを直通する短絡路線であることから、鳥取駅以東で特急が激減した山陰本線の代替路線としての役割も担う。但し、智頭線の普通列車の営業成績は芳しくない。
姫新線と因美線には、1960年から陰陽連絡を使命とする優等列車として準急「みささ」が運行されていた。1966年には急行に格上げされ、1968年には列車名が「伯耆」に変更された。列車名は1975年に再び「みささ」に戻されるが、同年に国鉄バスの中国高速線が開業すると、安くて速い上に大阪に直行する高速バスに乗客が転移、1985年には1往復だけに減便され、1989年に急行は廃止された。国鉄高速バスによって姫新線が陰陽連絡路線としての使命を奪われたことは、国鉄内部でも大変な問題となり、この後分割民営化直前まで国鉄の高速バス展開は凍結されることになる。
播但線は兵庫県内の姫路駅と和田山駅を結ぶ路線である。姫路市などの兵庫県播磨地方は「山陽地方」の語源となった山陽道に含まれ、かつてはこの路線も大阪・神戸・姫路と鳥取県方面を結ぶ役割を果たしていたが、1994年の智頭急行（後述）の開業によりその座を奪われ、今では主に兵庫県内の南北連絡線としての役割を担う。
鉄道においては、古くから陰陽連絡路線としての使命を持つ路線が存在し、優等列車の運行も行われていた。しかし、国鉄の経営悪化によって路線の近代化がほとんど出来なかったことから、1975年以降の高速道路・一般道路の整備に伴い、高速化などの対応を余儀なくされ、対応できない路線については、陰陽連絡の使命を失っていくことになった。
国土開発幹線自動車道・高速自動車国道として、姫路鳥取線、岡山米子線、尾道松江線、広島浜田線の4路線が中国横断自動車道となっている。なお、営業路線名としては中国自動車道を境として南北で異なる名称となっている。
1968年、アマチュア無線機器販売を開始。かつては社団局（コールサインはJA1ZSB）も開設していた。1977年、Apple IIの販売を開始。以後、PC-8000シリーズなどのパソコン販売を続けていた。パソコンの発売にあたって、女性従業員を大量に採用し、「マイコンガール」と命名し、店員が全て女性で構成されている「ツクモ7号店」を開店。これ以前に、秋葉原で大規模に女性従業員が活躍した事例はなく、当時は画期的な試みだった。1980年頃までがアマチュア無線機器販売のピークで、その後はパソコンの販売が主体となった。1990年代には秋葉原パソコン販売四天王の一つとして認知されるに至った。1991年、大規模小売店舗法の改正にあわせ、ツクモパソコン本店（現在のツクモパソコン本店1）を開店。開店時は法施行直前だった。同時期に、当時19歳だった東宝芸能のアイドル女優、越智静香をイメージガールに起用し、広告展開を図った。イメージガールのプロデュースにあたったのは、後に映画プロデューサーとなる小滝祥平。小滝のアイディアにより、大規模小売店舗法が施行された後に店舗スペースとして利用するために空けていた地下フロアにて、越智静香の歌とトークのイベントを行った。これより以前、他社を含む秋葉原のビルのどのフロアにも、このようなイベントを行える空間は存在していなかった。これが、秋葉原の店舗フロアで行われた事実上初のアイドルイベントである。二代目イメージガールは生田智子を起用した。1997年、創業者・鈴木勇（当時・代表取締役会長）が死去。2002年から2007年までは石丸電気と資本・業務提携した。2007年、万世店、5号店を閉店し、アマチュア無線機器の取扱いを中止した。2008年10月30日に、民事再生手続開始の申し立てを行い、事実上の倒産。負債総額は約110億円だった。バブル期の不動産取得や業務拡大に伴う借入金が主原因としている。同年11月5日、民事再生手続の開始決定がなされた。2008年11月21日、NECリース株式会社が在庫商品に対して担保権を実行し、商品を借金のカタとして引き上げてしまったため、一時休業に追い込まれる。同月26日に営業再開。なお、高田馬場店、町田店、梅田店は、同年12月末から営業規模を縮小し、町田店、梅田店は2009年1月22日、高田馬場店は2009年1月15日閉店した。2009年1月6日、ヤマダ電機へ事業譲渡することで基本合意し、同年3月10日に、ヤマダ電機が新設した子会社株式会社Project Whiteに事業譲渡された。なお、事業譲渡の準備のため、3月8日から13日まで完全休業した。倒産からProject Whiteに移管されるまでの間に2回休業している。2009年6月9日、九十九電機株式会社は株主総会で会社解散を決議。同日、解散して清算手続に移行。2012年1月25日、九十九電機株式会社の清算結了。