皇族の沖縄訪問に際して賛否両論が巻き起こり、後の海邦国体では警戒された。昭和天皇の訪問は病のために実現できず、そのまま生涯を閉じた。しかし皇太子明仁親王は、十八万余柱が眠る摩文仁の丘で「深い悲しみと痛みを覚えます」と昭和天皇のお言葉を代読した。「これでやっと気持ちに区切りがついた」と声を詰まらせる人がいた反面、左翼系が会場での出迎えを欠席するなど、沖縄の複雑な事情をのぞかせた。集まった歓迎陣は「天皇陛下の御治癒を心からお祈り申し上げます」「天皇陛下のお言葉を心から感謝申し上げます」などと書いた横断幕を掲げた。
皇太子からの警備関係者への処罰を行わないようにとの依頼はあったものの、上述のように警備の削減や現地への事前確認の不許可を率先して行った県警側責任者である加藤昌沖縄県警察本部長は減給処分を科され、警備責任者である佐々淳行警察庁警備局警備課長は辞表を提出したものの受け取りを拒否された。佐々はその後警備課長を解任され、三重県警察本部長へ転任した。一方、県警側と共に警備の削減や現地への事前確認の不許可を率先して行った屋良朝苗沖縄県知事は公的に問責されることもなく、自ら責任を取ることもなかった。
裁判の結果、「白銀病院」テロの2人には懲役1年6ヶ月、「ひめゆりの壕」テロの2人には懲役2年6ヶ月の実刑をそれぞれに言い渡した（高裁で確定）。検察は、沖縄解放同盟準備会のそれまでの声明や機関紙、押収した文書等に「皇太子暗殺」を示唆するような表現がなく、状況証拠等も鑑みて「殺人未遂」での立件は見送った。判決文も4人の行為を「民主主義への挑戦」としたが、「皇太子夫妻の生命を脅かす害意があった」とする検察の主張は認定しなかった。
7月17日の皇太子到着当時、沖縄県警察本部は他県からの約1,000人の応援部隊を含めて3,700人の警察官による警備態勢を敷いていた。警察庁警備局警備課は当初、本土から機動隊員5000人を派遣する方針を打ち出していたが、沖縄県民やマスコミからの「過剰警備」批判を恐れたハト派の三木武夫内閣は、屋良県知事らの「警察は火炎瓶が飛ぶなどと言っておりますが、そんなことは絶対にありません」といった楽観論もあり、警備人員を大幅に削減した。沖縄県警察は、皇太子および同妃の訪問に先立ち左翼活動家に対する視察をしていたが、左翼活動家の沖縄到着を見過ごしていた他、車載無線機を盗まれるなどの失態もあった。警察庁から警備責任者として派遣されていた佐々淳行警備局警備課長は、皇太子および同妃の訪問に先立ち地下壕内の安全確認を主張したものの、沖縄県知事、沖縄県警察の担当者らに「『聖域』に土足で入るのは県民感情を逆なでする」と反対されたために実施できなかった、と自著に記している。
計画では現在の栗ノ木バイパスと、東側に並行する新潟県道5号新潟新津線を、JR線のアンダーパス部南側（現在の馬越交差点付近）から紫竹山交差点にかけての区間で道路を統合した上で、栗ノ木バイパスの路盤を全区間にわたって嵩上げする。アンダーパス部以南の区間は一部連続立体交差方式（平面拡幅高架併用型）で整備し、中央部に上下線の高架道路（ともに片側2車線）を、その両側には上下線の地表道路（ともに片側2車線）と自転車歩行者道を設ける。高架部はアンダーパス部と紫竹山ICの間を直通するため、中央区中心部からバイパスへは信号処理なしで直進可能となり、区間内には現在の笹越橋交差点付近にダイヤモンド型のインターチェンジが設置される。高架部に並行する地表部は現在の笹越橋、紫雲橋、紫竹山の各交差点で各道路と接続するのに加え、鐙地内では現在栗ノ木バイパスで分断されている都市計画道路網川原線が接続する。笹越橋交差点と鐙地内に新設される交差点の間には、上下線を連絡するUターン路が1箇所ずつ設けられる。廃止される馬越交差点に代わり、付近には横断歩道橋が設けられる。栗ノ木バイパスと新潟新津線の間を流れている栗ノ木川は道路中央部の高架下へ移設し、流路は道路横断箇所等を除き露天のままとして蓋は掛けない。また、現在矢板を使用している断面は護岸ブロックとする。紫竹山ICは新潟・亀田両バイパスと、栗ノ木バイパスの高架部のみの結節点となるため、地表部の紫竹山IC以南は亀田バイパスの水原・新津方面への直通のみとし、新潟バイパスへの流入・流出は不可能となる。そのため黒埼・曽和方面へは弁天インターチェンジから、新発田方面へは新潟新津線の紫竹跨道橋付近に新設されるハーフインターからのアクセスとなる。紫竹山ICは現在、亀田バイパス方面から新発田方面への接続は対向する本線（黒埼・亀田方面）を一時停止方式で横断してからオンランプへ合流する平面交差となっているが、この間にオンランプを増設して平面交差を解消し、全方面のランプが完全立体化される。それと合わせ、新発田方面から栗ノ木バイパス方面へのオフランプは現状の多重合流を避けるため、ランプが北側へ延伸される。紫雲橋・紫竹山両交差点付近では、市道紫鳥線と新潟新津線を直通化させるなどの改良が行われる。なお前述のJR線のアンダーパス部については冠水対策として、現在進められている新潟駅連続立体交差事業の進捗に合わせ、在来線の高架化後にバイパスの路盤を嵩上げして冠水を防ぐ工事が実施される予定である。栗ノ木道路・紫竹山道路とも全面竣工時期は未定だが、今後栗ノ木バイパス沿線では道路の移設や新設に加え栗ノ木川の流路移設などといった大規模な工事が計画されている。