ビートルズとしての初訪日以降も、ヨーコと頻繁に訪日した。アルバム「ジョンの魂」発表直後の1971年1月13日から21日に訪日した際、同作品への俳句の影響を示唆し、日本語で「しぶいアルバム」と表現している。また、2人で歌舞伎隅田川を観劇し、感涙したという。その際に歌舞伎役者中村歌右衛門の楽屋を訪れたことが縁となり、ジョンは1975年に行われた歌右衛門の英国公演を支援している。1977年から1979年には、ヨーコ、ショーンと毎年訪日し、東京や京都、小野家の別荘がある軽井沢で夏を過ごした（合計約9か月）。軽井沢では万平ホテルの旧館2階にも宿泊し、ホテル内の記念館にはジョンのサインを始め、欲しがったといわれるピアノなどが収められている。日本人の知己としては、ビートルズとして訪日時にともにインタビューを受けた加山雄三（初対面で、いきなりジョンが加山の後ろから目隠しをして加山を驚かせた）、ニューヨークのジョン夫妻のもとで過ごした時期のある横尾忠則、訪日時に食事をともにした内田裕也・樹木希林夫妻、シンコーミュージック（当時）の星加ルミ子らが挙げられる。また、音楽評論家の湯川れい子とジョン夫妻の交流は広く知られ、1980年12月5日にも、FM東京のラジオインタビューを受けている。写真家の篠山紀信は、アルバム「ダブル・ファンタジー」「ミルク・アンド・ハニー」のカバー写真を撮影している。日本での売り上げで、シングルでは「マザー」「イマジン」「スターティング・オーヴァー」「ラヴ」が上位を占める。アルバムは「イマジン」のほかもオリコン総合チャートで「ジョンの魂」が5位、「マインド・ゲームズ」が6位、「ダブル・ファンタジー」が2位（単日では1位）、「ミルク・アンド・ハニー」が3位と洋楽アーティストの中でも有数の人気を誇っている。シングルとアルバムの合計で、オリコン誌では210万枚以上に達している。来日時には頻繁に妻のヨーコと靖国神社を訪れ参拝していた。
三段円塔は人間円塔の基本形であり、難易度があまり高くないのでしばしば披露される。よく見られる形態は基底部6人、二階3人、頂上1人、即ち6 + 3 + 1の10人構造である。この形態は安定性がよく各構成員の重量負担が比較的小さいので、21世紀の現代の一般的な若者の体力でも日曜日のみの練習を一ヵ月半も続ければ満足できる完成度が得られる。他に5 + 3 + 1、4 + 2 + 1、3 + 2 + 1の構造もあるが、これらを実現するには厳しい体つくりが要求される。三段円塔は組み立て形態の違いから、標準式とブラジル式の二種の主要な構造形式に分類できる。標準式三段円塔は日本、マレーシア、フィリピン、アメリカなど世界各地で披露されている。香港の三段円塔は標準型に似るが、最下段の構造が多少異なる。一階にあたる最下部の6人は両足の裏を地面につけて深く座り、右腕を回し1人あけた隣のメンバーの左手をとる。二階の3人は最下部の右肩に乗り、隣の構成員のひじをつかむ。頂上のメンバーは二階の2人の肩の上に足を乗せ、残った1人の上に両手を乗せる。組み立てが完成すると、下位から上位にむかって順番に立ち上がっていく。二階の各構成員に2人の補助がつく。補助を含めた全人員は16人である。立ち上がるときには、二階は一階の2人と補助の2人、計4人に持ち上げられる。一階は両足の力で上位の階を担ぎ上げて、背骨が垂直になるまで立ち上がる。ブラジル式三段円塔は1984年に披露されたブラジル式四段円塔の縮小版であり、現在に至るまでブラジルで広く用いられている。標準型と比べると構造的に堅牢で直径が小さく、力を円塔の中心点に集中できるので壊れにくい。二階の構成員の前倒し角が小さく姿勢が垂直に近いため、クリープ効果がほとんど現れない。最下段は通常6人であるが、5人で行われる場合もあった。最下段の演技者は右足を前に出し、左足を後ろに引き、左足と右ひざで塔全体の重さを支えてすわる。両膝は直角に曲げ、背骨を垂直な位置に据える。右腕を回し2人あけた隣のメンバーの左手をとる。二階の3人は最下部の右肩に乗り、右腕を回し1人あけた隣のメンバーの左手をとり、額を接触させて三角形構造を作る。頂上は二階の2人の肩の上にそれぞれの足を乗せ、残った1人の上にある二階の腕を両手でつかむ。組み立てが完成すると、下位から上位にむかって順番に立ち上がっていく。起立中、最下段は背骨を常に垂直位置に保つ。塔の高さは5 m弱である。この形式の三段円塔では二階と三階各人に1人ずつの補助がつく。補助を含めた構成員は計14人となる。補助は、組み立て時は梯子となり、塔が立ち上がる時には塔の構成員の荷重負担軽減の役割を負う。最下段の立ち上がりは、基本的に右足7割左足3割の力をかけ、背骨が垂直な姿勢を保ちつつ、3秒以内の短時間で行う。ブラジル式では一階の肩が高いので、二階以上の組み立てに補助が必須となる。また、一階の起立速度が速いので、全段同時瞬間直立が標準型より難しい。21世紀には標準型を含めて全段同時瞬間直立はほとんど行われていなかったが、2010年11月にはブラジルのニテロイのチームが、また2013年7月にはリオデジャネイロのチームが、ブラジル式三段円塔の全段同時瞬間直立を披露した。特殊な形態では1998年および2012年にリオデジャネイロで披露された4 ＋ 2 ＋ 1構造の塔がある。形態は円筒型ではなく四角錐であり、細くて美しい外観である。最下段の四人全員が前方を向くので、観客から見て迫力がある。補助を含めて計10人で組み立てることができるが、12人で組み立てると四方の支柱に斜めの補助が立つことになり、大変美しい。この形式の塔は現在リオではTorre de Gajokai（牙城会式三段円筒）と呼ばれている。この形式の塔では、全段瞬間直立は困難である。1998年の演技では2本の帆船のマストをこの形式の三段円塔で作り、頂上のメンバーが帆を保持したまま起立歩行前進した。構成員には高度な訓練を必要とする。とりわけ、二段目と頂上の三人は高度の平衡感覚が必要であり、それを発揮するには最下段二列の前後の距離が重要となる。さらに特殊な形態では、マレーシアの三段平面塔がある。この塔は3 + 2 + 1構造であり補助を4人必要とする。実現にはきわめて高度な肉体訓練と高い平衡安定性を必要とするので、マレーシア以外では披露されたことがない。標準式、ブラジル式では、塔の構成員は胸を張り背骨を垂直に伸ばし直立姿勢をとる。背骨を曲げ尻を後ろに突き出すと姿勢が垂直ではなくなり、塔の重さのすべてがその1人にのしかかり組み立ては崩壊する。他方、日本の学校の運動会で披露される三段円塔はこれらとは逆に構成員全員が腰を直角に近い角度に折りまげ、前屈姿勢で行うものが多い。この形式では塔の直径が大きくなり逆に高さは低くなるので、崩壊した時にけが人が出にくくなる。落下時の衝撃は高さに比例し、頭部を打ち付けて開頭手術を行った児童生徒が耳鳴りを伴う難聴を患った事例がある。