初電と終電に品川駅 - 久里浜駅発着があり、その他下り東京発大船・逗子・久里浜行き、上り久里浜・逗子発東京行きがあるが、平日は本数はわずかである（土休日は日中に1時間に1本程度東京駅折り返し列車が存在する）。なお、東京駅終着の列車の大半は、東京駅で始発の総武快速線列車に連絡する。鎌倉車両センターからの出区を兼ねた大船発逗子・横須賀・久里浜行きが合計6本設定されている。また、深夜には久里浜・逗子発大船行きもあるが、そのうち平日の逗子発大船行きは湘南新宿ラインの列車で運用されている。逗子駅 - 久里浜駅間のみの運行もあるが、以前は横須賀駅 - 久里浜駅間であった。運行車両は付属編成（4両編成）を使用、上下とも8時台から16・17時台までの運行で、日中時間帯は前述のように1時間2本運行されている。その他西大井駅・武蔵小杉駅 - 戸塚駅（東海道線系統は大船駅では東海道線ホームに発着）・逗子駅間で湘南新宿ラインが運行され、横須賀線系統は線路上にある駅すべてに停車する普通列車、東海道線系統は西大井駅・新川崎駅・保土ケ谷駅・東戸塚駅を通過する快速または特別快速である。宇都宮線・高崎線の種別と一致しない場合、上りは大崎駅、下りは大宮駅で変更する。日中は1時間に4本（横須賀線系統と東海道線系統がそれぞれ2本）が運行される。線内列車を含め、ダイヤ設定上はいわゆる列車ダイヤであり、すべての停車駅で採時を行う。また、定期列車として特急スーパービュー踊り子が、臨時列車として特急日光・草津、快速ぶらり横浜・鎌倉号・ホリデー快速鎌倉などが運行される。年末年始の終夜運転としては、品川駅 - 逗子駅・横須賀駅間の横須賀線電車が60分間隔程度、宇都宮駅・小山駅・大宮駅 - 新宿駅 - 西大井駅 - 大船駅・逗子駅間の湘南新宿ライン宇都宮線直通列車が60分間隔程度で運転され、西大井駅 - 大船駅間は合わせて30分間隔程度の本数で運転される。
総武快速線・成田線経由で成田空港駅まで運行される空港アクセス特急である。横浜駅・大船駅発着列車は、東京駅 - 大船駅間で横須賀線電車の線路を走行している。2014年3月から2016年12月まで、土曜・休日のみ横須賀駅まで臨時列車として延長運転していた。なお、大船駅以南の途中停車駅は北鎌倉駅・鎌倉駅・逗子駅であった。
サブフライトシステムとしての最初の機体は、『機動戦士ガンダム』に登場する「要撃爆撃機 ドダイYS」だとされている。ザクやグフなど、飛行能力を持たない、地上での移動に制限を受けるモビルスーツを搭載して輸送するのに使われた。また『ガンダム』本編の第23話ではグフを搭載して対地攻撃を行っており、以後のガンダムシリーズではサブフライトシステムは輸送よりも正面戦闘に多用されている。テレビシリーズでは、ドダイYS登場以前の第15話で、小型偵察機ルッグンが主翼に自分より巨大なザクをぶら下げて離れ小島まで飛行するシーンがある。また、同じくテレビシリーズのみに登場したGファイターはガンダムを支援する専用の大型戦闘機であるが、機体上部にガンダムを乗せて飛行したこともあり、地球連邦軍における、サブフライトシステムの先駆けと見ることもできる。ただしこのシーンは、Gファイターのサイズが設定より大きく描かれている（設定上はガンダムとそう変わらない幅）。これら一年戦争当時の機体は、いずれも有人操縦だった。その後、プラモデル用企画『MS-X』にてスキウレ、スクートなどの移動砲台や、Gアーマーを発展させたガンキャリーなど、後のサブフライトシステムの範疇に収まる何種類かのオプション兵装が用意された。グリプス戦役（『機動戦士Ζガンダム』）の頃にはサブフライトシステムはほぼ一般化し、モビルスーツを用いた戦術の一端を担う存在として成熟している。大気圏内用のドダイ改、ベースジャバー、フライングアーマー、宇宙用のゲター、シャクルズ（サブフライトシステムというよりは増速用ブースターとする見方もある）の他、エゥーゴ所属のTMS・Ζガンダムがウェイブライダー形態でモビルスーツを搭載し、大気圏突入を敢行した事例も見られた（この時は百式を搭載した。後の第一次ネオ・ジオン抗争でもキュベレイMk-IIを搭載している）。また、モビルスーツ側からのSFSの操縦が可能となり、以降の時代ではほぼ無人で運用されるが、有人での操縦も可能なようにコクピットが設置されている機体や、MSの代わりに大型コンテナを搭載した有人輸送機型も存在している。アニメ『機動戦士ガンダムΖΖ』放映中に掲載開始された小説『ガイア・ギア』は宇宙世紀0200年代を舞台としており、モビルスーツに代わって「マン・マシーン」と呼ばれる兵器が登場、戦場の主役になっている。本作ではサブフライトシステムは登場しない。ガウッサは単独での飛行能力を持っているかどうかは不明だが、「ロングドライユニット」を装備して戦闘空域での航続距離を伸ばしている。第二次ネオ・ジオン抗争（『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』）の頃になると、ベースジャバーやシャクルズのようなサブフライトシステムに対する総称として、「下駄（ゲタ）」という愛称がパイロットの間に広まっているという描写が登場する。語源は日本の履物である下駄にあるらしいが、そのことを知らずにそう呼んでいるパイロットが大半であるとされる。劇中ではベースジャバーをミサイルのように質量兵器として敵にぶつける戦法が披露された。また、後年の『機動戦士ガンダムUC』でも同様に、宇宙用のベースジャバー（89式ベースジャバー）を「ゲタ」という通称で呼んでいる描写が登場する。小説版『ガンダムUC』には「エルキャック（LCAC）」と呼ばれるエア・クッション型揚陸艇が水上・陸上両用型のサブフライトシステムとして登場している。ザンスカール戦争（『機動戦士Vガンダム』）で登場したアインラッドとツインラッドは、攻防の両面で能力を発揮する上、地形を問わずに運用できるという優秀な兵器であった。戦闘中に敵に奪われることがあったため、背中から伸びたアームの先にアインラッドを取り付け、非使用時には折り畳んで持ち運べるようにしたモビルスーツも開発されている。この時代には、ビームローターやミノフスキーフライトシステム等の普及により、モビルスーツ単独での飛行能力も既に実用レベルにまで達していたが、リガ・ミリティア側では従来型のサブフライトシステムの延長線上の機体であるセッターが運用されている。一方『Vガンダム』より続く未来の宇宙世紀0220年代を舞台とした作品『G-SAVIOUR』では、ゲームソフト版において大気圏内の描写がなされ、ゲームシステム上では地上戦のみが行われているが、設定では一部の機体が腰部分に専用のユニットを装着することで長時間の飛行を行えるとされる他、イベント中に空中を飛行する艦船から直接モビルスーツが問題なく飛び立って発進したり、撤退の際にモビルスーツがそのまま飛び去っていく描写などがあり、モビルスーツ単体の飛行能力も向上していることが窺える。そのためか、従来のサブフライトシステムに相当するような機体は特に登場しない。宇宙世紀の延長線上にある「リギルド・センチュリー」の世界を舞台とした作品『ガンダム Gのレコンギスタ』では、依然モビルスーツが高い飛行能力を持つ一方で、戦場への輸送や連携攻撃にサブフライトシステムが多用されている。各陣営のいずれもが有人機で、武装も施され、輸送機も兼ねているために比較的広いキャビンを持つ機体もある。なお、サブフライトシステム1機にモビルスーツ2機が搭乗することも可能である。