ユンガーは、ヴァイマール共和国時代、兵力10万人に制限された国軍に歩兵少尉として残り、カール＝ハインリヒ・フォン・シュテュルプナーゲル大尉の部隊でカップ一揆鎮圧に出動。白兵戦指揮の卓越さから次代のドイツ軍のための新しい歩兵操典の作成に加わる。そのまま軍に残っていたならば、第二次世界大戦期は陸軍少将か中将になっていたと言われるも、1923年に軍を退官。ミュンヘン大学で生物学者・哲学者のハンス・ドリーシュに師事し、生物学（動物学）及び哲学を学んで、ナポリの動物研究所の研究員となった。こうして職業的に動物学や昆虫学の研究に携わっていた時期だけでなく、昆虫採集や研究の活動はユンガーの終生の趣味、仕事となる。1925年にウィーンで出会ったグレータ・フォン・ヤインゼンと結婚し、二人の子を得た。大戦後、ユンガーは市民生活に溶け込むはずもなく彼はそのまま国軍に入ったが政治に対する国軍の無縁な態度とその旧態依然たる反動保守的な性格に嫌気がさして1923年には辞職し、定職をもたぬ自由な文筆生活に入り鉄兜団に接近する。この団体には新旧世代の対立があり、ユンガーはゼルテやデュスターベルクやエアハルトらの合法路線を批判して革命戦術を叫ぶ若い世代の声を代弁し、青年将校用の機関紙別冊の「軍旗(Standarte)」や「アルミーニウス(Arminius)」を発行する。また、「シル義勇団」や「青年民族同志団(Jungnationaler Bund)」や「青年プロイセン同志団」等の民族革命派に関係して少数エリートによる革命的前衛の立場を説いたり、旧前線兵士と青年運動家たちとの統一戦線結成を呼びかけていた。また、1927年秋、知り合った民族ボルシェヴィストのエルンスト・ニーキッシュ (Ernst Niekisch)の雑誌「抵抗(Widerstand)」にも関係している。義勇軍エアハルト旅団やコンスルなどの機関紙の編集に従事すると共に数多くの論考を載せ、若い世代の保守革命、革命的ナショナリズムの思想的指導者とされ、ヴォルフ・ディーター・ミューラーからは「ドイツ魂の最高司令部」と評された。第一次世界大戦を「総動員」の戦いとして総括し、『労働者――支配と形態』(Der Arbeiter. Herrschaft und Gestalt, 1932) において全体的世界の展望を示す。時代の衝撃と受け止められたこの書は「民族ボルシェヴィズムのカテキズム」と目され、ナチス体制を予告するものとされ、また、この時期のマルティン・ハイデッガーに決定的な影響を与えた。ユンガーの読者にはナチス幹部も少なくなかったが、ナチ党の出馬願いや第三帝国の文化アカデミーへの参加を頑に拒むなどナチスとは一線を画し、『大理石の断崖の上で』(Auf den Marmorklippen) に見られるようにあくまで反ナチあるいは非ナチに徹した。
大正10年（1921年）頃、朝基は手がけた事業の失敗もあり、出稼ぎのため上阪することになる。大正11年（1922年）11月、たまたま遊びに出かけていた京都で、ボクシング対柔道の興行試合を目にして飛び入りで参戦し、相手の外国人ボクサーを一撃のもとに倒す。当時52歳であった。この試合の模様が、日本出版史上、初めて百万部を突破したといわれる国民的雑誌『キング 大正14年9月号』（大日本雄辯會講談社）に掲載されると、本部朝基の武名と沖縄県発祥の武術・唐手の存在は、一躍全国に知られることになった。大正12年（1923年）には、兵庫県の御影師範学校（現・神戸大学）や御影警察署において、唐手試演を行った。またこの頃、大阪市に唐手術普及会を結成した。この会には、山田辰雄（日本拳法空手道）らが入門している。大正15年（1926年）には、空手史上初となる組手に関する著書『沖繩拳法　唐手術 組手編』を出版した。この書で発表された12本の約束組手、いわゆる朝基十二本組手は、現存する最古の約束組手のシリーズであり、空手の組手は文献上これ以上遡ることはできない、貴重なものである。昭和2年（1927年）、朝基は上京して唐手の指導に当たるようになった。東京では、船越義珍の門弟でもあった小西康裕（後に神道自然流を開く）が中心となり、本部朝基後援会が結成された。朝基は東洋大学の唐手部初代師範や鉄道省の唐手師範などを務めた。昭和4年（1929年）には、同じく船越門下の大塚博紀（後に和道流を開く）が朝基のもとを訪れ、師事している。大塚は後年、「ともかく本部さんは文句なく強い人という印象です」と述懐した。また、この頃、東京小石川原町（現・文京区白山）に空手道場「大道館」を設立した。ここには長嶺将真（松林流）も訪れて、朝基に師事している。昭和7年（1932年）、朝基は二冊目の著書『私の唐手術』を出版した。この書は、戦前少部数刷られ、戦後長らく行方不明であったが、近年発見されて復刻された。朝基が得意としたナイファンチの全挙動写真とその分解が掲載されており、近年のナイファンチ再評価につながった。またこの頃、東洋フェザー級チャンピオンだった不世出のボクサー・ピストン堀口が大道館を訪れた。朝基は堀口に「遠慮無く掛かってきなさい」と言うと、ドテラを着たまま、堀口のパンチをすべて捌いてみせ、入身して堀口の眉間スレスレに拳を突いてみせた。堀口は「駄目だ、全然歯が立たない、参りました」と一礼して、構えを解いた。朝基はこの時六十歳を過ぎていた。朝基はナイファンチを重視したため、この型しか知らないと揶揄されるほどであったが、実際には、ナイファンチの他にパッサイやセイサンなども教えていた。また、糸洲安恒からピンアンの原型に当たるチャンナンを教わっている。他に朝基は白熊という型を創作した（白熊がチャンナンとの説もある）。大塚によれば、本部はどの型の用法や分解を質問しても即座に答えることができたというので、実際には、一通りの型には精通していたと思われる。