火星の大気には、太陽系の他の天体と比べて希ガスのアルゴンがかなり多く含まれる。二酸化炭素とは異なり、大気中のアルゴンは凝固せず、そのため大気中のアルゴンの合計量は一定である。しかし、場所ごとの相対的な存在比は、二酸化炭素が大気中から出入りするために変化しうる。最近の人工衛星のデータから、秋になると南極周辺の大気中のアルゴンの濃度が増加し、春になると減少することが示されている。
火星の大気の主要な組成は二酸化炭素である。両極は、その半球の冬の期間は常に暗く、大気中の二酸化炭素の25%程度は固体の二酸化炭素（ドライアイス）になって極冠を形成している。夏になって極が再び日光に晒されると、二酸化炭素の氷は昇華して再び大気中に戻る。この過程は、年間の大気圧の変動と極周辺の大気組成に寄与している。
1864年、ウィリアム・ドーズは「惑星の赤い色は、大気のどんな特徴からも発生しない。最も赤さが深い地点は常に大気が最も薄い中心付近であるという事実からも、これは完全に証明されたように見える」と記述している。1860年代から1870年代の分光学的観測により、火星の大気は地球の大気と似ていると信じられるようになった。しかし、1894年にウィリアム・キャンベルによって行われたスペクトル分析その他の定量分析により、火星は様々な面で、ほとんど存在しない月の大気に似ていることが示唆された。1926年、リック天文台のウィリアム・ハモンド・ライトの写真観測により、ドナルド・メンゼルは火星の大気の定量的な証拠を発見した。
基本部分は前作の記事ファンタシースターユニバース#ネットワークモードを参照。ネットワークモードは旧作(=イルミナスの野望未購入)のユーザーと共生する形でプレーすることができる。なお、旧作のプレイヤーは一部の武器やアイテム、NPCが見えない状態になる、新たに追加された新マップに進入することは不可能などの制約が発生する。ゲームシステムもイルミナスと比べて一部制限される。ネットワークモードでは新たなストーリーミッションとして「エピソード3」が配信されている。これは本作のストーリーモードであるエピソード2からそのまま継続して展開される後編である。
前作の主人公・イーサン・ウェーバーの活躍によって、レンヴォルト・マガシは死亡し、HIVEは封印された。平和を取り戻したかのように平穏な日々が続いたが、『ヒューマン原理主義』を唱えてヒューマン以外の種族を根絶やしにせんとする者たちが集う秘密結社『イルミナス』の出現によって各地でテロが繰り返され、人々の秩序と安定に再び不穏な空気が流れ始めた。そんな中、英雄だったはずのイーサン・ウェーバーが突如としてガーディアンズ総裁暗殺未遂の罪で指名手配される。その背後に見え隠れする『イルミナス』の影。グラール太陽系に再び混沌が巻き起こらんとする中、一人のガーディアンズ志望者（主人公）が間もなく研修を終えようとしていた。正式採用まで残すは実地研修のみとなっていた主人公の教官として就いたのは、腕は確かだが粗暴で口の悪いビーストの女教官「ライア・マルチネス」。主人公と教官のライアはガーディアンズから指示された実地研修先で記憶を失った少女と遭遇、保護する。しかしその直後、暗殺未遂容疑で逃亡中のイーサン・ウェーバーと遭遇。記憶を失った少女の身柄を執拗に要求するイーサン一行であったが、その場は互いに引かず、イーサンは再び逃亡してしまう…。
本作のストーリーモードは前作ファンタシースターユニバースのネットワークモードで配信されていた「エピソード2」をオフラインモード用に再編集したものである。基本的なストーリー展開はネットワークモードで配信されていた物と相違無いが、ほとんどのイベントシーンがフルボイスになっていたり、前作ネットワークモードと比べて全体的なゲームバランスが変更されている。また、仕様的には本作発売当時のネットワークモードよりも機能的に若干劣る面も見られる。専用のプレイヤーキャラがおらず、自分で作成したキャラが主人公となるため本作に「エクストラモード」は存在しないが、代わりに旧作の「エクストラモード」のデータを引き継いでストーリーモードをプレーする事ができる。ある程度前作のエクストラモードでキャラクターが成長しているデータがあれば有利にゲームを進めることも可能である。
本作は『ファンタシースターユニバース』(PSU) の続編。前作とは主人公が違い、プレイヤーは新米ガーディアンとしてガーディアンズの女教官ライア・マルチネスと共にグラール太陽系を駆け回る。前シリーズ・『ファンタシースターオンライン』(PSO) の舞台であった惑星「ラグオル」も登場する予定。武器の新カテゴリ、新ステージの追加、新モンスターの追加など様々な要素が追加される。前作では交流に栄えていた都市が廃墟と化している等、前作までの世界に変化が見られる。2007年4月5日から4月26日まで、ネットワークトライアル(クローズドβテスト)が開催された。キャッチコピーは「RPG、新生。」
中国の歴史書に室韋の一部族として「蒙兀室韋」、「蒙瓦部」という漢字名で記されたのがモンゴルの初出である。11世紀になると、「萌古国」という表記で『遼史』に登場し、遼帝国に朝貢していた。このころのモンゴル部族はバイカル湖畔に住んであおり、そのころの指導者はトンビナイ・セチェンと考えられる。1125年、女真族の金帝国が遼帝国を滅ぼした頃、モンゴル国の初代カンとなったのはトンビナイ・セチェンの子カブル・カンであった。彼は金朝に朝貢した際に罪を犯したり、タタル部族と抗争したりしたため、次のアンバガイ・カンの時にその恨みが返って来て、アンバガイ・カンは金朝に処刑された。その後を継いだクトラ・カンはアンバガイ・カンの仇を討つべく、モンゴル諸氏族を率いて金朝に攻め入り、敵軍を破って多数の略奪品を持ち帰った。これによって彼はモンゴルの吟遊詩人が熱愛する英雄となった。クトラ・カンの後、モンゴルのカンは空位となり、代わってクトラ・カンの甥にあたるイェスゲイ・バアトルがキヤン氏族とニルン諸氏族をとりまとめた。