逮捕された工作員・李光洙（イ・グァンス）の証言から、空軍基地の偵察を目的に工作員を上陸させたという。しかし、偵察局の大物幹部（偵察局海事部長）が同乗していたことや、押収された火器類があまりに重装備であったことから、それ以外の目的もあるのではという疑いは根強い。韓国にも土台人（協力者）がおり、潜伏中の工作員と共に「地下党」を構築しているのではないかと推測する向きもある。
掃討作戦は、11月7日に掃討作戦終了が宣言されるまでの49日間に及んだ。射殺された工作員の所持品のカメラから現像された写真には、有事の際に北朝鮮の攻撃目標となりうる橋の写真が写っていた。これは、彼らは逃亡中の身でありながら偵察任務を遂行しつつあったということになり、北朝鮮の特殊部隊が有する能力の高さを証明するものといえよう。残る工作員1名は行方不明で、現在もこの人物の行方・生死などは判明していない。韓国在住の土台人に合流し匿われたか、北朝鮮に独力で帰還した可能性もある。
乗組員上陸から約2時間後の9月18日未明、海岸沿いの道路を走行していたタクシー運転手らが潜水艦を発見・通報したため事件は発覚した。発覚1時間後、韓国軍は対スパイ浸透要領である「珍島犬警報」に基づく非常呼集（珍島犬1号）を発令、江陵市北方を中心に掃討作戦を開始する。金泳三大統領は、翌日「武装ゲリラによる許しがたい武力挑発」と断定、強硬な立場を表明する。
工作任務を帯びた北朝鮮のサンオ型潜水艦は、1996年9月13日未明にウォンサン近郊の海軍基地を出航すると、すぐに潜望鏡深度に潜航してシュノーケルを使い南下した。潜水艦は、軍事境界線を越える際にはエンジンを停止してシュノーケルを下ろし、バッテリーに動力源を移行、深度約150メートルを数ノットの微速で隠密裏に越境した。その頃、周辺海域では韓国海軍による警備が行われていたが、ソナーや対潜哨戒機に気づかれることはなかった。越境の数時間後、潜水艦はシュノーケルを出してエンジンに点火し、潜望鏡深度で南下を続けた。そして、9月15日に江陵市の人目につきにくい海岸に到着した。この海岸は、山深い太白山脈が海に迫る地形に道路が走っている。付近には民家もまばらであり、上陸した工作員は直ちに山野に隠れることができる好条件を備えていた。そして、潜入の目的とされる土台人への埋没連絡と、軍事施設の写真偵察という工作任務を行う工作員3名を艦首のエアロック室から海中に放し、泳いで上陸させた。その後、沖に出て潜望鏡による海上偵察を行いながら工作員の帰還を待った。しかし、9月17日に工作員を回収するために海岸に接近したところ波に押し流されたために座礁した。潜水艦内では数時間に渡る離礁作業を実施したが、スクリューを破損したため脱出は絶望的となった。潜水艦艦長は、艦の放棄を決定し、総員を離艦させた。艦長は、爆薬をリモコンによる遠隔操作で爆発させて艦内の機材や機密文書等を爆破処分し、証拠を隠滅しようとしたが、効果は不十分に終わった。後日、潜水艦の船体を含め、処分できなかった千点を超える物品が証拠として押収されている。乗組員は、泳いで海岸に上陸。やむなく近隣の山野に潜伏せざるを得なくなった。
天正14年（1586年）、秀吉の九州征伐に嫡男の信親とともに従軍し、島津氏の圧迫に苦しむ大友氏の救援に向かう。しかし、12月の戸次川の戦いで四国勢の軍監・仙石秀久の独断により、島津軍の策にはまって敗走し、信親は討死した。元親は信親の死を知って自害しようとしたが家臣の諌めで伊予国の日振島に落ち延びた。天正16年（1588年）、本拠地を大高坂城へ移転する。その後に起こった家督継承問題では、次男の香川親和や三男の津野親忠ではなく、四男の盛親に家督を譲ることを決定する。その際、反対派の家臣であり一門でもある比江山親興・吉良親実などを粛清し、盛親への家督相続を強行している。天正17年（1589年）ころに、羽柴の名字を与えられている。天正18年（1590年）の小田原征伐では長宗我部水軍を率いて参加し、後北条氏の下田城を攻め、さらに小田原城包囲に参加した。天正19年（1591年）1月、浦戸湾に迷い込んだ体長9尋の鯨を数十隻の船団と100人余の人夫でもって大坂城内へ丸ごと持ち込み、秀吉や大坂の町人を大いに驚かせた。年末頃には本拠を浦戸城へ移転する。通説では洪水の多い大高坂城を元親が嫌ったからとされているが、近年では浦戸城は朝鮮出兵に備えた軍事拠点として築かれたもので、将来的には大高坂城を本拠に戻すことを前提に引き続き整備が進められていたとする指摘もされている。また朝鮮出兵がなくとも行政機構整備は行われたとする指摘もある｡文禄元年（1592年）から朝鮮出兵（文禄・慶長の役）にも従軍する。豊臣政権は諸大名の石高に応じて軍役人数を課したが、長宗我部の軍役は3,000人で固定され、水軍としての軍事力を期待されていた。慶長元年（1596年）にはサン＝フェリペ号事件に対処し、秀吉によるキリスト教迫害の引き金を作った。領内では検地を行い、慶長2年（1597年）3月に盛親と共に分国法である『長宗我部元親百箇条』を制定する。