Pandora FMS は、さまざまなシステムやアプリケーションを監視するモニタリングツールである。FMS とは、Flexible Monitoring System の略を表している。Linux や UNIX システムで動作し、さまざまなビジネスシステムの状態の監視ができる。ハードウエア、ソフトウエア、アプリケーションそして、もちろんオペレーティングシステムの監視ができる。 監視可能なシステムとしては、Linux や UNIX だけでなく、Windows やネットワーク機器も対象となる。Linux、UNIX、Windowsには、専用のエージェントソフトもある。Pandora FMS は、ネットワークインターフェイスのダウンや、ウェブサイトの応答劣化、稼働中アプリケーションのメモリリークによる動作不調を気づかせてくれることもできる。システム障害発生時にメールの送信や、任意の処理の自動実行ができる。Pandora FMS はまた、システムの状態が正しいかどうかを確認するだけの監視ツールではなく、数ヵ月にわたってさまざまなシステムの値(数値および文字)を保存し、数値をグラフ表示することもできる。
製造初年度となる2006年度は、1次車として6両編成1本と2両編成2本の合計10両が新造された。10月上旬より順次尼崎車庫に搬入され、報道陣向けに公開された。当初は2006年度中に営業運転を開始する予定であったが、11月のプレスリリースの時点で「2007年春以降に営業運転開始」と、当初予定からずれ込む旨の発表があった。2007年度末までに20両を新造し、開業までの3年間に合計約70両を投入すると発表されていた。台車の安全性確認に時間がかかったため、車籍編入は新年度以降となり、1201Fが2007年6月4日に、1501Fと1502Fが6月8日に竣工となった。搬入以降は夜間に試運転が行われていたが、6月には日中の本線試運転が開始された。同年9月までに山陽姫路駅にも試運転で入線した。9月26日深夜には武庫川線で2両編成の試運転が実施された。2007年9月には試乗会が行われは同年9月13日に報道陣向けに、同年9月17日に一般向けに開催された。2007年10月5日から営業運転を開始し、梅田駅では出発式が開催された。6両編成は当初は梅田駅 - 須磨浦公園駅間のみの運用であったが、2007年11月26日に山陽電鉄の東二見車庫へ回送、2008年1月21日に直通特急として初めて山陽姫路駅に入線した。増結用の2両編成は2本併結の4両編成で西大阪線の運用に充当されていた。2009年1月23日から新線区間の試運転を兼ねて本系列と9000系の6両編成に変更されたため、4両編成は尼崎駅構内での増解結訓練に使用されることとなった。2008年3 - 4月には、1202F・1203Fの6両編成2本および1503F - 1506Fの2両編成4本の計20両が増備された。1000系は阪神なんば線開業を控えて順次増備が進められた。。阪神なんば線開業を翌年に控えた2008年より、1000系の近鉄奈良線内での試運転が開始された。同年4月上旬、1503F + 1504Fが阪神なんば線のPRラッピングとヘッドマーク装着を施した後に近鉄高安検修センター（高安検車区）に陸送で搬入され、5月20日より大和西大寺駅 - 東花園駅間（一部は東生駒駅 - 東花園駅間）で試運転を開始した。同時期には近鉄直通改造工事を受けた9000系9201Fも近鉄線に搬入され、6月より1000系と同じ区間で試運転を開始している。8月23日には、西大寺検車区にて1000系の撮影会と試乗会が行われた。撮影会では近鉄9020系の相互直通PRラッピング車と並べられ、撮影会終了後は西大寺検車区→東花園駅→大和西大寺駅での行程で試乗会が実施された。2009年1月11日深夜、1503F+1504Fは9000系6両編成と併結した10両編成となり、近鉄の大和西大寺から阪神の尼崎まで回送された。1503F+1504Fは同月17日より西大阪線の運用に復帰している。2009年3月20日に阪神なんば線が開業し、1000系は近鉄への直通運転を開始した。三宮駅 - 近鉄奈良駅間の快速急行を中心に、尼崎駅 - 奈良駅間の急行・準急・区間準急・普通での運用もある（近鉄線内完結も含む）。本線系では直通特急や須磨浦公園駅までの特急、区間特急や急行などで運用される。2両編成の増結車は快速急行での尼崎駅解結運用が主体であるが、3ユニットを連結した6両編成での運用も可能で、運用上の都合による代走や、阪神甲子園球場での野球開催時の臨時特急などでの運用実績がある。2009年3月20日時点で、基本編成である6両編成10本 (1201F - 1210F) と増結編成である2両編成9本 (1501F - 1509F) 、合わせて78両が在籍し、阪神の車両系列としては、8000系に次ぐ両数となった。2009年度は6両編成1本 (1211F) 、また2011年度にも6両編成2本（1212F・1213F）が製作された。総数は当初予定を上回り、2011年6月時点では6両編成13本と2両編成9本、合わせて96両が在籍している。1000系の増備による代替として、7801形、8901形、2000系がそれぞれ全車廃車となった。このうち、8901形は西大阪線延伸を見据えて製造された3801形を種車とする車両であったが、阪神なんば線開業目前の2009年2月に廃車となった。訪日外国人客への対応として、2019年3月20日より阪神なんば線の列車にの多言語の車内自動放送が導入されることとなった。阪神なんば線で運転される1000系・9000系と阪神乗り入れの近鉄車が対象で、7時 - 20時を基本として、車掌のタブレット端末により自動放送を実施する。過去に「きんてつ鉄道まつり」で本系列が展示されたことがあり、その際は五位堂検修車庫への回送のため通常は走行しない近鉄大阪線を走行している。