延宝8年（1680年）5月に将軍徳川家綱が死去、霊廟を東叡山寛永寺のなかに造営することとなったため、寛永寺は山内の塔頭4ヵ院の地をこれに充当し、代地を別に賜わっている。そのおり了翁は、代地のうち余った所に経蔵と学問所の建立を御法事総奉行大久保忠朝に願い出ている。また、稲葉正則の助力により、明版続蔵大蔵経1万巻余と外典5千巻余を入手し、瑞聖寺に寄進している。なお、翌年には、了翁と同年生まれでともに隠元に学んだ鉄眼道光が黄檗版大蔵経6,923巻を刻刊している。天和2年（1682年）には、天和の大火いわゆる「八百屋お七の火事」により、買い集めていた書籍14,000巻を失ったが、それでもなお被災者に青銅1,100余枚の私財を分け与え、棄て児数十名を養い、1,000両で薬店を再建し、1,200両で勧学寮を完工させ、台風で倒壊した日蓮宗の法恩寺を再建するなど自ら救済活動に奔走した。天和3年（1683年）、前年の火災の被災民のため約1,300両もの義捐金を供出したほか、餅を配ったり、迷子の親を探したり、焼死者を埋葬したりと献身的な活動をつづけた。この年はまた関西では飢饉が起こっているが、ここでも銭1,100余貫、黄金1,000両を施して救済に手をさしのべた。当時の江戸の人々はこうした了翁を「如来様」と呼んで敬慕したという。
寛文10年（1670年）、錦袋円の売上金3,000両をもとに、300両で宿願の大蔵経（天海版大蔵経6,323巻）を購入した。さらに輪王寺宮初代の守澄法親王の許可を得て、不忍池に小島（「経堂島」）を築き、そこに2階建の経堂を建てて大蔵経を納めた。その後、京都の東福寺塔頭普門院に行き、聖一国師円爾の像を礼拝し、座元を務めた。また、号を了然より了翁に改めた。寛文11年（1671年）、水面に近い位置に建てられた経堂を上部に移築し、広く内外の典籍を蒐集、識者の披閲に供し、堂内に如定将来の三聖像を安置した。また、伊勢の安養寺の門前に施薬館を建てたほか、京都の泉涌寺の門前にも施薬所を設置して、5万5千袋余に及ぶ錦袋円を処方した。寛文12年（1672年）には棄児十数人の養育をはじめている。また、同年、上野寛永寺のなかに勧学寮を建立し、教学の専任となった。並立した文庫6棟には和漢の書籍を収蔵し、僧侶ばかりではなく、一般にも公開した。これは、日本初の一般公開図書館であったばかりでなく、閲覧者のなかで貧困の者や遠来の者には飯粥や宿を与えるという画期的な教育文化施設であった。勧学寮で寮生に与えられた食事は質素なものであったが、おかずとしては、了翁が考案したといわれる漬物が出された。大根、なす、きゅうりなど野菜の切れ端の残り物をよく干して漬物にしたもので、輪王寺宮がこれを美味とし「福神漬」と命名、巷間に広まったとされる。勧学寮ではまた、経済的に窮乏している者に対しては授業料が免除された。なお、延宝2年（1674年）には江戸芝白金の瑞聖寺にも経蔵を建て大蔵経を完置したほか、約5,000巻の漢籍を納めた。こうした功績が認められ、延宝6年（1678年）、了翁には台、密、禅の兼学の法印が、上州の長楽寺において授けられている。
御子左家の嫡男として生まれた為家は、元久2年（1205年）に母方の祖父・藤原実宗邸で元服を行い、伯父・西園寺公経の猶子となる。若い頃は蹴鞠に熱中し、その縁で同好の順徳天皇に目を掛けられるようになった。ところが承久3年（1221年）の承久の乱の戦後処理で順徳院が佐渡に配流されると、その供奉者の一人として院から同行を希望された為家は掌を返すようにこれを辞退している（『承久記』ほか）。なおこの為家以後、その嫡流の二条家は和歌と共に鞠道においても重きをなし、飛鳥井流に並ぶ御子左流を形成した。承久の乱後、 倒幕勢力が一層された朝廷では鎌倉方と親しかった養父・西園寺公経が実権を握ったが、このことが為家に廟堂における順調な昇進をもたらした。嘉禄2年（1226年）に参議として公卿に列すると、嘉禎2年（1236年）に権中納言、仁治2年（1241年）には、父・定家を越える権大納言にまで昇った。為家は後嵯峨院歌壇の中心的な歌人としても活躍。「宝治百首」に参加し、建長3年（1251年）には『続後撰和歌集』を単独で撰進している。康元元年（1256年）に出家して、融覚、また静真と号した。文永2年（1265年）には後嵯峨院から再び勅撰集の撰進を下名されたが、3年後院は何を思ったのか反御子左流の急先鋒と目されていた九条基家・衣笠家良・六条行家・真観（葉室光俊）の4名を新たに撰者に加えたため撰進作業は大混乱をきたし、憤懣やるかたない為家は匙を投げて以後は専ら嫡男・為氏にその仕事を任せてしまった。こうしてできた『続古今和歌集』は歌風の調和が取れず、多種多様にして統一性を欠く歌集となってしまった。晩年は『十六夜日記』を記した阿仏尼と同棲して儲けた一子・為相を溺愛した。死後これが遺領相続問題に発展、その結果御子左家は嫡流の二条家と庶流の京極家・冷泉家に分裂するに至った。