大運河撤回の代わりに、李明博政権は「グリーン・ニューディール政策」を名目に、「4大河川整備事業」（4大河川再生事業）を2008年から2012年にかけて実施した。これは漢江、洛東江、錦江、栄山江の4大河川を浚渫して、環境に配慮した堰を多数建設し、河川の貯水量増大と生態系復元を図るほか、老朽堤防の補修、ダム建設、河川沿いの自転車道整備などの付随事業も行い、観光や文化の振興も行うことを名分としていた。2008年12月29日に洛東江地区の着工式を皮切りに、2012年4月22日まで22兆ウォンの予算を投入して推進されたが、野党、環境保護団体、宗教団体、メディア、国民の間からは、環境破壊や水質汚染が著しい、防災効果がなく雇用対策としても効果がない、政府の他の事業予算を圧迫する上に拙速な事業だという批判が多く挙がっていた。李明博大統領の任期後の2013年の監査院調査結果では、実際には大運河構想の再推進を念頭に置いて行われた事業だということが明らかになっている。この事業の負債の元金は8兆ウォン（約8073億円）に上る。これの30%を韓国政府が、70%を水資源公社が返済する。この返済を実現するため、韓国政府は2016年から2031年までの16年間、毎年3400億ウォン（約343億1000万円）ほどを水資源公社に支援する事になっているが、これに韓国の野党と環境運動連合は強く反対している。
2008年6月19日、李明博は特別記者会見で「国民が反対すれば大運河事業を推進しない」と事実上の撤回を表明し、国土海洋部も大運河事業準備団の解体を決定した。李明博は、2009年6月29日、「韓半島大運河事業を任期内には進めない」と宣言し、「国民が反対すれば、しない」という「条件付き放棄」から「完全な放棄」へと、さらに一歩踏み込んだ発言を行った。
朝鮮半島大運河には反対意見が多く出されている。特に、京釜運河の建設だけで15兆-16兆ウォン（約1兆7560億-1兆8730億円）とも言われる莫大な建設費の財源と、費用対効果の問題である。2007年6月4日の韓国水資源公社、国土研究院、韓国建設技術研究院が行なった調査の結果も「収益性がない」としており、この構想自体に疑問を投げかけている。最大の目的である物流においても、ソウルから釜山まで19個の閘門を通過しなければならない京釜運河が輸送路としてまともに機能するかどうか、妥当性が疑問視されている。さらに、生態環境破壊の危険性とともに、国民の3分の2が飲料水や生活用水を依存している漢江と洛東江の上水源の汚染に対する懸念も伴う。また、2008年1月5日には、京釜運河の予定地だけで、170カ所余の文化遺跡が点在している事が判明している。その中には韓国の国宝まで含まれている。
しかしながら、社家側の史料では、祈祷はことごとく社家の役割であるとし、本願の役割は否定されている。これは、近世になって経済的再建を果たしつつあった社家の反撃により、本願の地位が否定され、社内の地位から排除されていった動きと関連するものである。近世に入ってからの熊野三山本願所に生じた大きな変化としてまず指摘されるのは、新宮庵主と当山派修験道の大寺院である飯道寺梅本院との兼帯に関して出された、延宝3年（1675年）の幕府の覚書である。従来の研究は、この覚書を本願と修験道との兼帯の禁止と捉え、修験道からの離脱を強いられたことにより、熊野山伏・熊野比丘尼への統制と願物の徴収が滞り、本願の衰退の契機となったと考えてきた。しかしながら、延宝の覚書の第二条にあるように、幕府が本来問題としたのは本願所住職と熊野先達としての梅本院住職との兼帯であって、修験道を禁止したわけではない。むしろ、元禄9年（1696年）の幕府覚書が明言する通り、本願が配下の山伏・比丘尼を支配する力は何ら否定されていないばかりか、兼帯禁止の後も新宮庵主は熊野先達号と比丘尼大姉号の免許権を維持し続けていた。こうした点から、延宝3年の覚書が本願の衰退にどの程度の影響をもったのかは、議論の余地がある。本願の本来の職分である造営役についても変化が見られる。近世社寺の勧進活動は幕府の許可制になっていたが、熊野三山の本願もその例外ではなかった。例えば享保6年（1721年）には幕府より新宮・那智に対し勧進許可が出されているが、本願所史料には勧進許可状は伝わっていない。このことから、幕府は社家に造営を統轄させたと考えられているが、これは造営・修造に関する一切を本願が掌握してきた近世以前のありかたとは大きく相違する。また、同じ享保6年には造営の運営に関し、社家と本願の間で相論が生じている。本願は、造営に関する会合から本願を排除しようとしたとして社家を訴え、幕府寺社奉行所は、本願の実績を踏まえて、社家と本願が共同で造営に当たるよう仲裁したが、社家はあくまで本願を社家の下位にあるものとして扱った上で会合への参加を認めた。この後、元文元年（1736年）に幕府からの寄付三千両を元手とする貸付事業で造営料を捻出することになり、さらにその運用が紀州藩と社家に掌握されたことにより、造営の主役としての本願の役割は完全に後退することになった。前述のように、社家側の認識によれば、本願はあくまで造営役に過ぎない。そのため、早い時期のものでは寛文年間（1661年 - 1672年）頃から、年中行事と祈祷に関する本願の役割を低めようとする社家の側からの反撃が見られるものの、なかなか成果を見なかった。17世紀半ば以降、社家は本願排除の動きをいっそう活発化させたが、その背景にあったと見られるのは、紀州藩主徳川頼宣の神道重視の政策である。徳川頼宣は、吉川神道を主唱した吉川惟足を紀伊に招請（寛文3年〈1663年〉）して藩内での神仏分離を進めただけでなく、惟足を熊野三山に派遣し、年中行事について指導するよう命じている。その具体的内容は明らかになっていないが、同様に惟足を招請した会津藩主の保科正之が神仏分離と寺院の抑圧を進めたことに見られるように、社家が本願を排除する上での思想の確立に大きな意義をもったであろうことは想像に難くない。本願が寺社内において地位を確立する基礎であった造営・修造および勧進という経済的役割を社家は奪っただけでなく、思想面や政策面においても幕府や藩からの後ろ盾を得て、本願を排除する動きはいっそう活発化してゆく。