新潟市と沼垂町との合併。「信濃川を挟んだ二つの町は、早くから合併したほうが良い」という意見は早くからあり、1880年(明治13年)ごろにはすでに話題にあげられていた。しかし、江戸時代の湊をめぐる度重なる訴訟や、明治以降も続いた漁場をめぐる争いなどがあり、一般の人々の間には反目が残っていた。さらに、1896年(明治29年)から1897年(明治30年)には北越鉄道(信越本線)の終着駅の位置をめぐって新潟市と沼垂町は争い、鉄道施設の爆破事件まで起きていた。このため、新潟市と沼垂町の合併は、容易に実現できるものではないと考えられていた。1907年(明治40年)に沼垂町で大火があったとき、新潟市の消防ポンプが活躍したことがきっかけとなって、合併問題が日程に上がるようになった。消防の礼に沼垂町長と助役が新潟市長を訪問した際に、新潟市と沼垂町が合併して大都市を建設するということが話題となったことから、両者は、折を見て合併に向けて懇談会を開催することを約束した。
1889年(明治22年)の町村合併は、「市制」・「町村制」の施行に伴って、国から委任された行政事務を円滑に行うことができる行政能力を備えた独立の町村とすることが目的であったが、各町村の反対によりその意図を十分に果たせなかった。新潟県の町村の規模は全国的にみると小さく、300戸に満たない町村が全体の55%に達していた。就学率が上昇するにつれて学校を建てて教員を増やさなければならなかったが、財政の問題から一村で学校を設置できず、何ヶ村かで学区組合を作って学校を運営している所が多かった。こうした村々を地理条件や民情を考慮しながら、より強い大町村に変えることが必要であると考えた新潟県は、1901年(明治34年)に新潟県独自で町村合併を実施することにした。この大合併で現市域内の市町村は、1市・67町村になった。
1889年(明治22年)4月1日、「市制」の施行によって新潟区は「新潟市」となった。新潟市は「市制」を施行するにあたり、西蒲原郡関屋村古新田を合併した。関屋の人々は、「関屋と新潟は地理的にも経済的にも、そして交通上でも一体であり、新潟区が市として将来発展するためには、関屋の土地が役に立つ」と、西蒲原郡長に合併を請願した。その結果、21年12月に内務大臣から合併が許可され、1889年(明治22年)4月1日の「市制」の施行とともに合併が告示された。同じころに「町村制」が施行。町村の合併が進められ、現市域内の市町村は1市（新潟市）・123町村になった（明治の大合併）。
1878年(明治11年)7月、政府は「郡区町村編制法」を定め、大区小区制を廃止した。これによって町村が行政の単位として復活。また、狭い地域に多くの人が集まっている土地には、郡とは別に直接県の監督を受ける行政機関として「区」を置いた。新潟県は、1879年(明治12年)4月に郡区町村の区画を決定。蒲原郡は4郡となり、新津町に中蒲原郡役所、巻村に西蒲原郡役所が置かれた。新潟県では、新潟町が区に指定されて「新潟区」となり、寄居白山外新田が編入された。1887年(明治20年)には西鳥屋野島を編入し、区域を広げた。
1901年の球団創設以来、ホワイトソックスは木製の小さなサウス・サイド・パークを本拠地にしていた。1909年のシャイブ・パークの建設によって、鉄鋼とコンクリートを使って建設された球場が流行し始め「木製球場はもはや時代遅れ」という風潮が強まるなか、球団オーナーのチャールズ・コミスキーは、鉄鋼とコンクリートで造られる新球場の建設を決定。ホワイトソックスの投手エド・ウォルシュと建築家 Z . タイラー・デイビスにアメリカ各地の野球場を見学させ、新球場の構想を練らせた。そしてコミスキー自身もかつてゴミ集積所だった土地を買い取り、1910年2月10日に建設を開始させた。内野に2層のスタンドをもつ新球場は5ヶ月で完成。ホワイトソックス・パーク（White Sox Park）として7月1日に開場した。前述の通り、設計には投手のウォルシュが関わっているが、彼の影響が大きかったのか、フィールドは広めで投手に有利になっている。1926年のシーズン終了後に改修を施し、外野席を大幅に増設した。また、中堅後方にあったスコアボードも左翼・右翼両フェンスに移設され、スコアボードの跡地には客席を設置したが、こちらは「打者の視界を遮る」と不評のため、1947年に取り壊された。1959年にビル・ベックがオーナーに就任すると、様々な仕掛けが施される。中でも有名なのが「ピクニック・エリア」と「爆音スコアボード」である。「ピクニック・エリア」は左翼スタンドの下で選手と同じ目線の高さで試合が楽しめる場所であり、「爆音スコアボード」はスコアボードの上に取り付けられた風車が大きな音をたてながら回る演出である。これらは新球場にも引き続き採用されるほどの名物になった。ベックは健康を害したため1961年に球団をアリン家に売却した。新オーナーは球場名を「コミスキー・パーク」から「ホワイトソックス・パーク」に戻し、芝の維持費をカットするために内野のみを人工芝にした。しかし1975年、球団のシアトル移転を阻止するためにベックが再びオーナーになると、球場名も内野の芝も元に戻された。1980年代に入ると、球場も老朽化が目立つようになってきたため、球団は他都市への移転をちらつかせながら地元のイリノイ州とシカゴ市に新球場の建設を迫った。最終的に自治体側が折れ、新球場の建設が1989年5月7日に開始。1990年9月30日にコミスキー・パーク最後の試合が行われた。翌1991年1月、球場の取り壊しが開始。現在ではUSセルラー・フィールドの駐車場にコミスキー・パークのホームプレートが残されている。以降この球場のリニューアルを振り出しに90年代は新球場のオープンラッシュが各所で続くことになった。