東京地検特捜部は、1989年、政界・文部省・労働省・NTTの4ルートで江副浩正リクルート社元会長（リクルート社創業者）ら贈賄側と藤波孝生元官房長官ら収賄側計12人を起訴、全員の有罪が確定した。だが、政界は自民党では藤波、そして公明党の池田克也議員が在宅起訴されただけで、他は3政治家秘書等4人が略式起訴されたに留まり、中曽根や竹下をはじめ大物政治家は立件されなかった。10月19日に東京地検特捜部はリクルート本社、コスモス社、コスモス社社長室長自宅を家宅捜索した。10月26日に東京地検特捜部は東洋信託銀行証券代行部を家宅捜索しコスモス社の株主名簿等を押収した。10月29日に藤波元官房長官、真藤恒NTT会長、高石邦男前文部事務次官、加藤孝前労働事務次官へのコスモス株譲渡が発覚した。11月10日に東京地検特捜部は捜査開始を宣言し、コスモス社社長室長を贈賄申込罪で起訴した。11月15日に江副は衆議院リクルート問題調査特別委員会にコスモス株譲渡者全リスト提出し11月21日に衆議院リクルート問題調査特別委員会において、江副、高石前文部次官、加藤前労働次官が証人喚問された。12月9日に宮沢蔵相が、12月12日に真藤NTT会長が辞任した。12月27日に竹下首相は内閣改造を実施した。12月30日に長谷川峻法務大臣もリクルートからの献金が発覚し辞任した。1989年（平成元年）1月24日に原田憲経済企画庁長官が、リクルートが政治資金パーティー券を購入していたことがわかり辞任した。2月12日におこなわれた参議院福岡補欠選挙において社会党の新人渕上貞雄が自民党候補に圧勝した。2月13日に検察首脳会議が開催された。同日に東京地検特捜部は江副前会長、ファーストファイナンス前副社長、NTT元取締役2人をNTT法違反（贈収賄）容疑で逮捕した。2月21日に元労働省課長（ノンキャリアで加藤の側近）を贈収賄容疑で逮捕した。3月6日に真藤前会長がNTT法違反（贈収賄）で逮捕された。3月8日に加藤前次官とリクルート社元社長室長が贈収賄容疑で逮捕された。3月28日に高石前次官が贈収賄容疑で逮捕された。同日に真藤前会長、加藤前次官らが起訴された。事件の捜査を主導した佐渡賢一によるとリクルートから5000万円借りていたことは分かっていたため、青木伊平竹下登在東京秘書を聴取したところ事務所の出納記録を持参されて単純な金の貸し借りだったため、「事件性無し、シロ」と上層部と青木に伝えた。青木から念のため公表すべきか相談されたため、あなた達の判断と返答したことから竹下首相側は公表しなかった。しかし、その後朝日新聞がこの借金話を報道して世論が沸き、それにより4月25日に竹下首相は、首相退陣表明した。翌日の4月26日に青木伊平元竹下登在東京秘書が自殺した。5月15日に検察首脳会議が開催された。5月22日に東京地検特捜部は、藤波元長官と池田克也元衆議院議員を受託収賄罪で在宅起訴した。5月25日に衆議院予算委員会は、中曽根前首相を証人喚問した。5月29日に東京地検特捜部は、宮沢前蔵相秘書を含む議員秘書4人を、政治資金規正法違反で略式起訴し、同日捜査終結宣言をおこなった。6月3日に竹下内閣は総辞職した。
モルツィン伯は経済的に苦しい状況になり、ハイドンは解雇されてしまったが、すぐに1761年、西部ハンガリー有数の大貴族、エステルハージ家の副楽長という仕事を得た。エステルハージ家の当主パウル・アントン公はハイドンが雇用されて1年もたたずに没し、ハイドンはその弟のニコラウス公に仕えることになった。当時のエステルハージ家の楽団は全員で14人しかいなかったが（楽長・副楽長を除く）、ハイドンは楽団の拡充につとめるとともに副楽長時代に約26曲の交響曲を作曲した。中でも三部作「朝・昼・夕」（交響曲第6-8番）や「ホルン信号」の愛称で知られる交響曲第31番などはこの時期に作曲された。なお、1763年に父が没し、ハイドンは弟のヨハンを引き取っている。ヨハンはエステルハージ家でテノール歌手をつとめた。老齢だった楽長のグレゴール・ヨーゼフ・ヴェルナー（Gregor Joseph Werner）が1766年に死去した後、ハイドンは楽長に昇進した。エステルハージ家の邸宅はハンガリー西部のアイゼンシュタット（現在はオーストリアのブルゲンラント州の州都）にあったが、ニコラウス公はノイジードル湖近くに豪華なエステルハーザ（ Eszterháza、現在はハンガリーのフェルテード）を建設し、1760年代後半から冬を除く一年の大部分をここですごすようになった。ハイドンを含む楽員もそれに合わせてエステルハーザに住む必要があった。エステルハーザにはオペラ劇場とマリオネット劇場が落成したが、オペラ歌手との契約や新作の作曲、マリオネット劇ほかの劇音楽の作曲もハイドンの仕事だった。彼は30年近くもの間エステルハージ家で働き、数多くの作品を作曲した。1760年代後半から1770年代はじめにかけて、ハイドンは短調を多用し、実験的ともいえる多彩な技法を駆使する一時期があり、20世紀はじめの音楽学者ヴィゼヴァ(Téodor de Wyzewa)は1772年にハイドンの「（ロマン的）危機」があったと考えた。後に時期を広げて1768-1773年ごろをハイドンの「シュトゥルム・ウント・ドラング」期と呼ぶようになった。交響曲26、35、38-52（40番を除く）、58、59、65番や、作品9、17、20の弦楽四重奏曲（中でも作品20の太陽四重奏曲は短調の曲を2曲含み、最終楽章にフーガを用いるなど対位法的に複雑な性質を持つ）、ピアノソナタ Hob.XVI/20（ランドンの33番）などがこの時代に属する。1770年代後半になるとより簡明な作風に変化した。1780年ごろにはエステルハージ家の外でもハイドンの人気は上がり、徐々にエステルハージ家以外のために書いた曲の比率が増していった。この時期にはロシア四重奏曲（1781年）、チェロ協奏曲第2番（1783年）、ピアノ協奏曲第11番（1784年出版）などの重要な作品がまとめて書かれた。またハイドンはウィーンのアルタリア社やロンドンのフォースター社などと契約を結んで楽譜を出版した。1785年から翌年にかけてはフランスからの注文でパリ交響曲（交響曲82番 - 87番）を作曲したが、これはエステルハージ家以外の楽団のために書かれた最初の交響曲だった。1785年にはスペインからの注文によって、管弦楽曲（後に弦楽四重奏曲やオラトリオに編曲）『十字架上のキリストの最後の7つの言葉』が作曲された。1781年頃、ハイドンはモーツァルトと親しくなった。この二人は互いの技量に尊敬を抱き、モーツァルトが1791年に死去するまで友情は変わらず続いた。モーツァルトは1782年から1785年にかけて、6つの弦楽四重奏曲（ハイドン・セット）を作曲し、ハイドンに献呈している。また後にハイドンは、モーツァルトの遺児（カール・トーマス・モーツァルト）の進学（音楽留学）の世話をしている。