一つ一つが多面体と同じ連結性を持つ3次元複合体をDNAから合成できることも実証されている。そこではDNA二重鎖が多面体の辺となり、DNAジャンクションが頂点となる。多面体の種類は立方体や八面体など数多い。初期の例では、複数のライゲーションと固相合成ステップを繰り返して連環DNA多面体を作り出しており、大きな労力を要した。研究が進むと合成がはるかに容易な多面体構造が作り出された。例としては、たった一本のDNA鎖が正しく折りたたまれて形成される八面体や、4本のDNA鎖から1ステップで生成する四面体（記事冒頭の図に示されている）がある。不規則な任意形状のナノ構造を作る場合、通常はDNAオリガミ法が用いられる。「足場」と呼ばれる天然の長い一本鎖ウィルスDNAを、コンピュータで設計された短い「ステープル」鎖によって折りたたんで望みの形状を作り出す方法である。その利点は、塩基配列が足場鎖によって事前に決定されており、ほかのほとんどのDNAナノテクノロジー技術と違って核酸鎖の純度や化学量論性を高く保つ必要がないため、設計が容易だというところにある。DNAオリガミ法はまず2次元形状で実証された。最初に作られた形状にはスマイリーフェイスや西半球の略地図、モナリザの絵などがあった。平行にした多くのDNA鎖をハニカム状に積み上げて堅固な3次元構造を作成したり、2次元面構造を折りたたんで段ボール箱のような中空の3次元的形状とすることもできる。箱状構造は刺激を受けると蓋が開いて分子貨物を露出ないし放出するようにプログラムできるため、プログラマブルな分子ケージとしての応用が見込まれる。
小さい核酸複合体に粘着末端を持たせて互いに結合させると、分子をタイルとした充填パターンを持つ大きな2次元周期格子が得られる。この種の構造で最初のものは基本タイルとしてDX複合体を使用していた。DX複合体が持つ四つの粘着末端の塩基配列をデザインすることで、複合体がユニットとなって周期的に配列し、剛性を持つ2次元DNA結晶とみなせる平坦な2次元シートを構成する仕組みだった（右図上）。ほかのモチーフを用いた2次元配列も作製されており、ホリデイ・ジャンクション菱形格子や、double-cohesionスキームによる様々なDXベースアレイなどがある。右に示す画像の上から2つはタイルベース周期格子の例を示している。2次元アレイには、そのアセンブリがある種のアルゴリズムを内包するような非周期構造を取らせることも可能である。これはDNAコンピューティングの1つの形である。粘着末端の塩基配列の選び方によっては、DX複合体はワンのタイルとなって演算処理を行えるようになる。実際に、DXアレイのアセンブリにXOR演算をエンコードすることでDNAアレイをセル・オートマトンとし、シェルピンスキーのギャスケットと呼ばれるフラクタル構造を生成させた例がある（右図上から3番目）。ほかにも、DNAアレイの構造を2進数と対応させ、アレイの成長とともに数が増加していくバイナリカウンタシステムを作った例がある。これらの結果はDNAアレイのアセンブリに計算処理が組み込めることを実証している。DXアレイから中空のナノチューブを形成することも行われている。チューブの直径は4–20 nmで、2次元格子が反って丸まったものとみられる。サイズと形状はカーボンナノチューブ (CNT) に近い。DNAナノチューブはCNTのように電気伝導性は持たない代わりに、構造を変更したり他の構造と連結することが容易である。DNAナノチューブの作製スキームはいくつもあり、曲率を持つDXタイルに格子を組ませて丸まったチューブを作る方法はその一つである。輪を描いた一本鎖をタイルとすることでチューブの周長を固定する方法もあり、そこではチューブの剛性は創発的に生じる。DNAによって3次元格子を作ることはDNAナノテクノロジーの初期から目標とされてきたが、実現は非常に難しかった。2009年になってようやく、張力と圧縮力をバランスさせるテンセグリティの概念に基づくモチーフによって実現されたことが報告された。
紹興簡易師範学校、上海復旦公学中学部を経て、1916年（民国5年）に天津北洋大学采鉱科に入学した。1919年（民国8年）の五四運動に際しては、天津学生聯合会の発起に加わり、学生代表の1人として北京政府と交渉している。このために大学から除籍されてしまい、北京大学采鉱冶金系に転入した。後にアメリカに留学し、スタンフォード大学とコロンビア大学で、やはり冶金を学んでいる。1932年（民国21年）、孫越崎は翁文灝の推薦により国民政府国防設計委員会に配属された。以後、陝西省油鉱（日本語では「油井」の意）探勘処処長、河南省焦作中福煤鉱（日本語では「炭鉱」の意）公司総工程師・総経理、湘潭煤鉱公司総経理などを歴任した。日中戦争（抗日戦争）が勃発すると中福煤鉱の大部分の設備を四川省に移送している。四川では天府・嘉陽・威遠・石燕の各煤鉱公司で総経理を務める。1940年（民国29年）1月、経済部資源委員会甘粛玉門油鉱総経理となり、「煤油大王」の異名をとることになった。1945年（民国34年）5月には、中国国民党第6期中央委員候補に選出されている。戦後の1946年（民国35年）、孫越崎は経済部東北特派員に任命され、旧満州国支配地域の工業・鉱業の会社を接収した。同年、資源委員会副委員長兼（資源委員会直属の）業務委員会主任委員に任ぜられた。1948年（民国37年）、資源委員会委員長、行政院政務委員に昇進している。翌1949年（民国38年）3月、経済部部長に任命されたが、6月に早くも辞任して香港に移る。11月には北京に向かい、中華人民共和国への参加意思を示した。1950年、中国国民党革命委員会（民革）に加入している。中華人民共和国では、孫越崎は政務院財経委員会計画局副局長、唐山開灤煤鉱総管理処副主任、国務院中外合資進出口（日本語で「輸出入」の意）管理委員会・対外経済貿易部特邀顧問、煤炭工業部顧問、中国統配煤鉱総公司顧問、民生実業公司董事長、中美国際工程公司咨詢委員会名誉主任、中国和平統一促進会会長などを務めた。民革では、河北省委主任委員、中央常務委員、第6期中央副主席、第7期中央監察委員会主席を歴任している。また、中国人民政治協商会議全国委員会委員（第2～4期）、同常務委員（第5～7期）も務めた。1995年12月9日、北京市にて病没。享年103（満102歳）。