攻撃に関してはノーマルアタック、ヘビーアタックの2種類が存在し、それぞれ3段階まで出す事が出来る。『PSU』と同様、攻撃中に方向転換する事も出来る。EXアタックは廃止され、武器に付属しているエレメントは攻撃時に武器ごとに定められた確率で発動する。攻撃力倍増系攻撃は確実に発生し、HPを減少させて高威力の攻撃を発動するものに関しては『PSO』のように対数関数的にHP消費量が減少し、攻撃を受けたりしない限り絶対にゼロにはならないものからHPがゼロになって死亡するようになったため注意が必要である。更に、緊急回避というアクションが今作から追加された。高速な前転を行い、一瞬の無敵時間を発生させ窮地を逃れる事が出来るが、直後の硬直もあるため使いどころを誤るとかえって不利になってしまう。
ファンタシースターZEROでは、アクションパレットに必要なアクションを登録してゲームを進める。テクニックに関してはPSOのようにショートカットウィンドウから発動する事は出来ず、アクションパレットに登録していないと発動すら出来ないため6種類しかないアクションパレットに何を入れるかが重要な戦略となる。通常アイテムやトラップ、武器変更に関しては直接選択メニューを表示できるショートカットが用意されているが、メニュー表示中は一切動くことができないため使いこなすには多少の慣れが必要である。
ニンテンドーDS本体とファンタシースターZEROを人数分持ち寄ることで、育てたキャラクターを集結させて4人まで同時にゲームをプレイすることができる。基本的にはWi-Fiモードの「フレンドとあそぶ」モードと同様にプレイ可能で、マルチプレイ専用クエスト・ビジュアルチャット・ロビーアクションが可能である。ゲーム開始時は親機となるプレイヤーが募集をかけ（部屋をつくり）、そこに子機となるプレイヤーが接続するという形式をとっている。親機となったプレイヤーはリーダーとなり、プレイするクエストおよびフィールドを選択する権利が与えられる。ただし親機の接続が切れると強制的に子機もゲームのプレイを中断させられてしまうので注意が必要である。なお、この場合もゲーム中断時にセーブするかどうかの確認が行われるので、すでに取得した経験値やアイテムが失われることはない。
ストーリーモードでNPCと冒険する場合、作戦によって指令を出す事が可能である。ヒールオーダー、アタックシフトなどがあり、回復・補助重視、攻撃重視などNPCの武器や行動などが変わる。またこれらをビジュアルチャットのショートカットの様編集することも可能である。
『PSO』、『PSU』のオフラインモードに相当。メインストーリークエストを攻略することによって、進めるエリアが増えていく。攻略済みエリアは何度でも攻略する事が出来、メインではないクエストも同様である。一部オフラインでしか選択できない・出現しないエリアも存在する。難易度はノーマル、ハード、スーパーハード3種類存在し、ハードモードはノーマルのメインクエストをクリアすることによって、スーパーハードは一部イベントクエストを除く全てのハードモードクエストをクリアすることによって到達可能である。
クエストにはストーリーモードにおけるメインクエストと、何度でも選択できるクエストが存在する。前者は各キャラクター一度しかプレイ出来ないのに対し、後者は何度でもプレイできる。後者のクエストには一部特殊なエリアを除いて各エリア2種類ずつ存在し、片方はエリア半分しかないものである。これはボスと手っ取り早く戦いたい場合や、前後半によって出現する敵の種類が変わるものでそこの敵から出るレアアイテムを狙っている場合などに有効である。ただしこのクエストではエリアの中継地点に出現する特殊エリアが出現しない。
1911年11月18日、ドイツのハンブルク・スドの南米航路客船カップ・フィニステレとしてハンブルクのブローム・ウント・フォス社で竣工。12月2日よりハンブルク〜ブエノスアイレス間に就航した。1914年8月、第一次世界大戦の影響で係船され、ドイツ敗戦後の1919年4月にはアメリカ海軍の軍隊輸送船となった。同年末にはイギリスに、さらに翌1920年7月には賠償船として日本政府へ引き渡された。1921年より東洋汽船に運航が委託され、大洋丸としてサンフランシスコ航路に就航する。要請が空振りに終わった後の、高橋是清内閣閣僚の懇願に東洋汽船社長淺野総一郎が折れて、本船を受諾したとされる。東洋汽船に引き渡されて大洋丸と命名された本船は煙突を切り詰め、デッドウエイト・バラストを増加するなどの改修工事を施された。1926年に東洋汽船の旅客船部門が日本郵船に吸収されると、本船も日本郵船の運航となった。1929年5月4日には大蔵省より130万円で払い下げられ、正式に日本郵船の所有となった。1932年のロサンゼルスオリンピックでは陸上競技、女子競泳・男女飛込・水球、漕艇などの日本代表や競技役員など選手団本隊が搭乗した。6月30日に出港。三等客室に仮設十畳敷レスリング場を設置し、乗客の厚意でプールは競泳女子チームの練習用に提供され、松澤初穂女子主将や前畑秀子などの代表選手が使用した。また古い大洋丸を避け、漕艇競技のボートといった用具は浅間丸に積み込まれた。1939年10月、国策会社の東亜海運へ移管され上海航路に転配される。サンフランシスコ航路は日米関係の悪化により減便され、1941年7月には休航となり、他の北米航路も8月に途絶えた。大洋丸もその一隻として10月20日神戸港から横浜港（10月21日出航）を経由し、アメリカ合衆国のハワイ州ホノルルを往復した（11月1日到着、5日に復航、17日横浜帰港）。往航搭乗者は引揚げ外国人301名、復航は日本人帰国者447名であった。太平洋戦争開戦後は日本陸軍の輸送船となった。しかし1942年5月5日、民間人を含む1360名、物資2300tを乗せ宇品港を出港。他4隻と特設砲艦1隻の船団を組み、9ノットでシンガポールに向けて航行中、5月8日午後8時40分頃に長崎県の男女群島に近い北緯30度45分 東経127度40分の東シナ海でアメリカの潜水艦グレナディアー（SS-210）等による雷撃で浸水し、約55分後に沈没した。この大洋丸の沈没で南方作戦占領地のインフラ整備に召集された鐘淵紡績、小野田セメント、三菱商事、住友商事、三井物産などの営業マンや、台湾烏山頭ダムの八田與一をはじめとした技術者ら乗客、軍属、船員他817名が殉難した。海底に眠る船体が2018年に発見された。