18代菊池兼朝は必ずしも室町幕府に忠実ではなかったが、これまで守護であった阿蘇氏が阿蘇郡にしか勢力が及んでいない実情をみた室町幕府は兼朝を肥後守護職に任じた。次の19代菊池持朝の時代には大内氏とともに室町幕府に反抗的な少弐氏・大友氏と戦い、大友氏が持っていた筑後守護職を与えられた。ところが、20代菊池為邦の代に大友氏が幕府から罪を許されて筑後を大友氏と菊地氏の半国守護にすることになると、これに反発した為邦は大友氏と戦い、今度は幕府の怒りを買った菊地氏が筑後守護職を奪われてしまった。一方、菊池氏の本国である肥後でも阿蘇郡は前守護である阿蘇氏が阿蘇大宮司の立場を利用して同郡を掌握しており、菊池氏の勢力は小国地方に浸透したのみであった。球磨郡と芦北郡も鎌倉初期からの領主である相良氏が掌握しており、内乱時に菊池氏の安堵を得ることはあっても原則的には自立した存在であった。そして、八代郡を支配していた名和氏も菊池氏とは長年南朝方としてともに闘ってきた間柄で菊池氏とともに室町幕府に従った後も自立した存在であり続けた（宇土郡を支配する宇土氏が滅亡すると、同郡も併合している）。菊池氏が守護として確実に支配できた地域は天草郡と「国中」と称された7郡（玉名・山本・山鹿・菊池・飽田・託磨・益城各郡）および筑後守護時代に影響下に入った筑後の一部地域に限られており、それも後述の内紛によって縮小していくことになる。
菊池氏は、1019年（寛仁3年）の刀伊の入寇に戦功のあった大宰権帥藤原隆家の孫とされる藤原則隆が肥後国に下向して土着したとして藤原姓（藤原北家）を自称し、各種系図もこれに沿った内容となっているが、1959年（昭和34年）志方正和は公家が残した日記や『源氏物語』を研究した結果、藤原隆家の後裔とするのは仮冒であり、藤原隆家の下で大宰少弐であった則隆の父藤原政則について、肥後国住人と記述されていることをもって、政則と則隆の代1070年ごろ菊池周辺に土着したとする説を発表、この説が現在まで有力とされている。その出自については、太田亮による代々大宰府官を務めた紀姓の地方豪族とする説、鈴木真年による百済王族出身の渡来人である鬼室福信の後裔とする説、さらには、狗奴国の官・狗古智卑狗（菊池彦） 後裔説、古代鞠智（くくち:山の麓の谷から平野へ出る口）族後裔説、源経基の後裔とする源姓説、など多様な説がある。近年、政則の初名に「基定」と記された系図と由緒が公表され、これを隆家の五男・基定 (肥前守従五位下) であるとする新説と共に、則隆には、従五位下右近将監「則忠」、従五位下武部少輔「則宗」、従五位下肥前守「武重」という3人の弟がいたことが分かった。
1886年9月26日、千葉県長狭郡細野村（現・鴨川市）に生まれた。父弥一30歳、母きく19歳の長男。家業は中位の自作農。1900年、吉尾村高等小学校を卒業し、直ちに母校の代用教員に採用された。旧制千葉師範学校進学を希望したが果たされなかった。1901年4月、千葉町（現千葉市）の千葉県教育会教員講習所に入所して10月に卒業した。小学校准訓導の資格を得た。1902年2月、安房郡田原村の竹平校に奉職して、生家から朝夕往復60町ばかりの道を通った。月給は7円、校長は理解のある漢人幸政であった。その後安川文時に師事し、1905年に彼から「千樫」の号を授かる。萬朝報、心の花、日本などに作歌を投じた。正岡子規の風を慕い、のち上京して伊藤左千夫に敬慕師事する。斎藤茂吉、島木赤彦、中村憲吉と共に歌誌「アララギ」を支える。1913年6月、本所区緑町滝澤方から同区南二葉町3-20の石井方に移り、しばらくして本所区南二葉町23に転居する。これを機にアララギ発行所が左千夫方より千樫方に移り「アララギ」の編集を担当する。しかし千樫の編集発行はルーズで停滞しがちであり、廃刊目前にまで追いやってしまう。同年7月30日、師左千夫が脳溢血により50歳にて急逝。以後は長野から上京してきた赤彦に編集の実権を譲り、歌壇を制覇してゆくアララギ派の中心的歌人として多くの秀歌を残した。1921年、若くから知っていたアララギの女流歌人・原阿佐緒が同じくアララギ派の歌人石原純と不貞問題を起こす。このとき千樫が阿佐緒を擁護する態度をとったことからアララギと疎遠になり始め、やがて脱会。北原白秋、土岐善麿、石原純、折口信夫、木下利玄らとともに歌誌「日光」の主要同人となった。1926年6月、「青垣会」を結成。会員は千樫を中心に相坂一郎、安田稔郎、大熊長次郎、信夫美和、安川三郎、鈴木杏村、石塚栄之助、石渡茂樹、三ヶ島葭子、水町京子、北見志保子、橋本徳寿ら。1927年初めに「青垣」創刊の話が起こるが、8月11日夕刻に容態が急変、駆け付けた斎藤茂吉に後事を託す。午後10時30分、肺結核と心臓衰弱のため麻布区青山南（現・港区南青山）の自宅で臨終。享年42、満40年10ヶ月余の生涯を終える。戒名は顕密院千樫道慧居士。没後、同年11月門人らによって「青垣」が創刊され、長沢美津、岡部文夫らが参加した。墓は伝通院にあり、近くには佐藤春夫夫妻の墓がある。