この街にとって重要な一連の会社設立が19世紀になされた。1856年にはすでにこの街は鉄道網で結ばれていた。1868年にプロイセン王ヴィルヘルム1世はプロイセン王立ミュンデン林業アカデミーを設立した。この学校は伝統的な林業大学に発展し、ハン・ミュンデンをドイツ全土ならびに国際的に知らしめた。1870年には森林植物園が開園した。このアカデミーは1922年に Forstliche Hochschule （林業単科大学）と改名され、1939年にゲオルク・アウグスト大学ゲッティンゲンに林学部として編入された。この学部は1970年/71年にゲッティンゲンに移転した。1855年から1972年までミュンデンは当時のミュンデン郡の郡庁所在地であった。ミュンデン郡は1973年1月1日にゲッティンゲン郡に編入された。カウフンゲンの森、特にクライナー・シュタインベルクでは、何世紀もの間、玄武岩や褐炭が採掘されていた。これは、コーレン通りや、1894年から1931年まではシュタインベルク索道を使ってハン・ミュンデンに運ばれた。1909年2月初め、1909年ヴェラ川洪水が旧市街のかなりの部分を水浸しにした。1911年6月16日、パーセヴァル飛行船 PL5が、ハン・ミュンデンでガスを抜く作業中に火災で破壊された。
三十年戦争の際、この街は1626年6月9日（グレゴリオ暦）「血の聖霊降臨祭」に、何日にもわたる砲撃の末、ティリー伯の軍勢に占領され、住民の大部分が殺害された。七年戦争では、1757年から1762年までフランス軍に占領された。1776年、ミュンデンで約 2万人の兵士が船に乗った。この兵士はヘッセン＝カッセル方伯フリードリヒ2世がハノーファー選帝侯でイギリス王ジョージ3世に貸し出した兵士であった。彼らはアメリカ独立戦争でアメリカ軍と戦った。この兵士の帰還は1783年11月にミュンデン経由でなされたが、帰還したのはかろうじて半数に届く程度であった。
1247年にミュンデンは市場開催権を授けられた。これはこの街に大きな発展をもたらした。1823年までミュンデンの市場開催権は廃止されなかった。16世紀にミュンデンは、水運によって、特にテューリンゲンの産品を運ぶため、ブレーメンまでの間で最も重要な商業都市となった。取引され、ヴェーザー川を運ばれた産品は、当時は重要な青の染料であったウォード、ガラス、繊維製品や、テューリンゲンからの木材で造った筏や穀物であった。北海からは、ニシンやその他の魚がヴェーザー川を遡って運ばれた。中世から一時期、ハン・ミュンデンでは、クヴェステンベルクの南斜面でブドウ栽培が行われた。このワインは「クヴェステンベルガー」と名付けられた。1390年の史料には、クヴェステンベルクガーは素晴らしく良質のワインと記述されている。このワインの質は1545年のブラウンシュヴァイク＝カレンベルク＝ゲッティンゲン侯エーリヒ2世とジドーニー・フォン・ザクセンとの結婚に関して、26フーダー（古い容量の単位で2頭立ての馬車1台分が1フーダー）のフランケンワインの他に2フーダーの1540年産のクヴェステンベルクガーが記録されている。1525年のカレンベルク＝ゲッティンゲン侯エーリヒ1世との結婚の際に、エリーザベト・フォン・ブランデンブルクはミュンデンを老後保障分として得ていた。エリーザベトは早くから宗教改革の理念に触れ、宗教改革家アントン・コルヴィヌスをミュンデンに招いた。1540年から1545年まで彼女は、エーリヒ1世の未亡人として、未成年の息子エーリヒ2世の摂政として、アウクスブルクの宗教和議以前からプロテスタント思想を導入したのであった。
大和路快速の下り列車（大阪方面）の行き先は「大阪行き」であるが、大阪駅に到着すると、そのまま京橋駅・鶴橋駅経由天王寺行きとなって大阪環状線を一周する。このため、車両の行き先表示は「大阪環状線」となっている。ただし、車内では「大阪（方面）行き」と放送されており、大阪到着前に「大阪から環状線外回り、京橋・鶴橋方面天王寺行きとなります」と放送されている。大和路快速上り列車（奈良・加茂方面）の行き先は、始発である天王寺駅の環状線ホームのみ「普通 環状」と表示されており、寺田町駅からは「大和路快速」に表示が変わる。2015年3月14日路線記号の導入にあわせて、大阪環状線行きの列車は赤色のラインカラーに大阪環状線の路線記号 O を表示した種別幕が、奈良方面行きの列車は、緑色のラインカラーに大和路線の路線記号 Q を表示した種別幕が使用されている。運行開始直後は「大和路快速 加茂」行きの表示であったが、1999年5月10日から「奈良方面」という表示が加えられ、運転開始から2002年頃までは寺田町駅 - （鶴橋駅・京橋駅） - 大阪駅間も「大和路快速 奈良方面加茂」、始発の天王寺駅環状線ホームでは「大和路快速 大阪環状線」の表示であった。それ以降、天王寺駅 → 京橋駅 → 大阪駅間は、列車の表示は「普通 奈良方面加茂」、駅や車内では「大阪まで普通、大阪から大和路快速の加茂行」と表示するようになっていた。なお、奈良方面から大阪行きの大和路快速に関しては、1990年ごろより加茂駅・奈良駅 → 大阪駅間が「大和路快速 大阪環状線」で運転し、大阪駅からは「普通 天王寺」の表示にするというスタイルが定着していた。2008年3月15日のダイヤ改正からは、関空快速・紀州路快速の環状線内停車駅が大和路快速と共通化されたこともあり、始発の天王寺駅環状線ホームを除き、「大和路快速」の方向幕を表示する運行開始当初のパターンに戻った。また、環状線外回りとなる大阪駅 → 京橋駅 → 天王寺駅間でも、「大和路快速 天王寺」の表示になった。2018年10月28日のダイヤ改正からは、大阪駅→京橋駅→天王寺駅間は、再び「普通 天王寺」の表示となり、同区間は普通としての運転となっている。奈良方面行きの列車は、今まで通り天王寺駅では「普通　大阪環状線」の表示となり、寺田町駅からは「大和路快速　奈良」または「大和路快速　加茂」に変わる。