現、第29代カナダ首相ジャスティン・トルドーを始め、これまで4人のカナダ首相経験者が在校、さらに7人のノーベル賞受賞者を輩出しているカナダ屈指の名門大学。また常にカナダの大学のトップ3に入っており、国際的な知名度が高い。カナダ国内で最も入学基準が厳しい大学の一つである。2011年度版のThe Times Higher Education Supplementの大学ランキングでは、元本校であったマギル大学を抜きカナダで2位、世界ではアメリカのデューク大学と並び22位にランクされた。学部別では生命科学14位、社会科学16位、理学系24位、教養学&人文学分野28位、工学系33位であった。。また2012年度版の同大学ランキングでも、カナダ国内2位、世界では30位にランクされている。また、2012年のUSニューズ&ワールド・レポートでの発表では政治学と国際関係論で国内1位、世界22位にランクされている。さらに2013年度のThe Times Higher Education Supplementの大学ランキングでは経済学が国内1位、世界では30位以内にランクされた。他にも森林科学や海洋学など、森と海に囲まれた大学という特性を利用し自然科学分野の研究でも有名。
1908年にマギル大学の分校として設立され、1915年9月30日に独立した。学生数は学部生約4万人、大学院生約1万人、のべ5万人が学ぶ西部カナダ最大の研究総合大学。校訓は「Tuum est」（ラテン語、「あなたのもの、あなた次第」の意）。
2005年、アリソンは、サメに食べられたか、左前脚（鰭）及び、左右の後脚（鰭）の計3本を全欠損している状態で発見された。発見時の体長は5 インチ（およそ12 センチメートル）だった。アリソンは保護され治療を受けたが、右前脚（鰭）だけでは左回りに回転する泳ぎしかできない状態となり、息継ぎは人が水面まで持ち上げねばならず、深い水槽での通常の生活が困難だった。2008年、カメの保護に取り組むシータートル社（Sea Turtle, Inc.）は、イルカに人工ヒレをつけた例があることを参考に、テキサス大学獣医学部及び医学部の協力を得て、アリソンの全欠損した左前脚（鰭）へ補助具を装着する試みが行ったが、欠損した鰭の基部に人工部分を支えるだけの大きさがなく、うまくいかなかった。2009年、カヌーを漕ぐ物理学を応用して、2つ目の補助具が試された。アリソンの甲羅の背中に、"ネオプレン"という合成ゴム製の、長い背びれ、又は長い舵のような補助具を取り付けたところ、尾をつけた凧が安定するように、以前よりもまっすぐ泳げるようになり、水面で息継ぎもできるようになった。ナショナルジオグラフィックは「すっかり元気を取り戻した」と伝えた。アリソンは海に戻されることはない。体重600ポンド（約270キログラム）まで育つため、身体に合わせて、補助具を定期的に取り換える必要があるからである。
デシェイの知事就任中におきたもう一つの問題は、トランシルベニア大学学長ホレス・ホリーを拒絶したことだった。ホリーが1818年に学長に就任した時から、大学は全国的に著名になり、コンスタンティン・サミュエル・ラフィネスク、ダニエル・ドレイク、チャールズ・コールドウェル、ウィリアム・T・バリー、ジェシー・ブレッドソーなど、質が高く尊敬される教授陣を惹き付けてきた。しかし、ホリーがニューイングランドのユニタリアンを信奉していることで、多くのケンタッキー人にとってはあまりにリベラルだった。多くの者がホリーを異端者だと言い、大酒飲みで賭け事好きだと非難した。競馬で時間を過ごし、家にはヌードの古典的な彫像を置いていると批判された。1824年アメリカ合衆国大統領選挙の時に、デシェイはホリー論争に引き込まれた。一般選挙ではどの候補者も過半数を制することができず、決着はアメリカ合衆国下院に持ち込まれた。デシェイとケンタッキー州議会の新裁判所派は、州選出の代議員にアンドリュー・ジャクソンに投票するよう指示したが、下院議長ヘンリー・クレイが率いた代議員団はこの指示を否定し、ジョン・クィンシー・アダムズに投票した。このことで、トランシルベニア大学理事でありホリーの支持者でもあるクレイがデシェイの政敵になった。アイザック・デシェイの裁判の後で、トランシルベニア大学の学生が大学の礼拝堂で知事を批判する演説を行ったことで、大学とホリーに対するデシェイの敵対心が悪化していった。ホリーはその演説の現場に居合わせたが、トランシルベニア大学の歴史家ジョン・D・ライト・ジュニアは、ホリーが前もってその学生の演題を知ってはおらず、それを聞いた後も内容を正すような動きがなかった、と記していた。しかし、学生が政治的にどのような立場を採ろうと、同時代の政治問題について率直に語るのを認めるのがホリーのやり方だった。ホリーが学生を制止しなかったために、州の最高行政官を無礼にも批判しているのを、それとなく認めた落ち度があるとデシェイは主張した。1825年11月、デシェイは議会に対する教書演説でトランシルベニア大学とホリーを攻撃した。大学は前年の議会で割り当てられた公的資金を賢明に利用していないと主張し、特にホリーの学長としての給与はデシェイより高いと述べた。デシェイは最後に、ホリーが指導するトランシルベニア大学はあまりにエリート主義となってきており、学費が高いために他のものには成り得ないと主張した。デシェイや議会と話すためにフランクフォートにきたホリーは、デシェイの演説のときに出席していた。ホリーはその後で、レキシントンに戻る代わりに、辞表を提出した。大学理事会でホリーに同調する理事達はもう一年学長として留まるよう説得した。ケンタッキー州の歴史家ジェイムズ・クロッターは、ホリーが辞職したことで「おそらく世界的な大学となる最大のチャンスが無くなった」と述べていた。