一部にメイソンをメシア僭称者とする批判もあるものの、多くのイスラム教徒の反メイソン議論は、反ユダヤ主義や反シオニズムとリンクしている。反メイソンのムスリムによると、メイソンは、全世界のユダヤ人の利益を促進し、エルサレムに黄金のドームを破壊してのソロモン神殿の再建を推し進めるものである。また、ハマースによる1988年の抵抗運動の定義第28章の記述によると、メイソンやロータリークラブやライオンズクラブその他の謀略グループは、シオニズムの利益を図り、その指示に従っている。イスラム教徒が多数を占めている多くの国々では、管区を伴ってのメイソンリー設立は許されていないが、トルコやモロッコのような国では、グランドロッジが設置されており、マレーシア やレバノン のような国では、他国のグランドロッジ傘下の支部グランドロッジが存在する。パキスタンにおいては、1972年に当時の首相ブットーがフリーメイソンリーを追放し、そのすべての印刷物を差し押さえている。イラクは、第一次大戦後、英国の委任統治領となり、その前後には英連邦メイソン（UGLE）も進出したが、1958年のイラク革命によって、関係は逆転し、立憲君主制は廃止され、アブドルカリーム・カーシムによって、共和政が宣言された。そして、ロッジにおける会合の許可証は廃止され、その後の法律ではさらに進んで、あらゆる形での会合の禁止が導入された。その姿勢は、その後サッダーム・フセインの下で強化され、「フリーメイソンリーを含むシオニストの方針を推進する者や、シオニスト組織に関係する者」は誰であれ死刑が定められた。（ただし、ブットはその後クーデターで、フセインも米軍のイラクの自由作戦で共に拘束され、処刑されている。）
1933年、ギリシャ正教会は、フリーメイソンであることは背教行為の構成要件となると声明し、したがってそのような者は、痛悔し、メイソンリーを抜けるまで領聖できないとした。これは正教会の終始不変の見解とされている。フリーメイソンリーに対する正教会の論評は、「フリーメイソンリーはそれが神秘主義や秘密主義、あるいは理神論を信奉する秘密結社である限りにおいて、キリスト教とあらゆる点において、共存することができない。」とするカトリック教会やプロテスタントの従来の主張を支持している。正規のフリーメイソンリーは、伝統としてこれらの主張に対して、しばしば英連邦グランドロッジに連なるロッジ群の「メイソンは宗教でなく、宗教に代わるものでもない」とする以上の反論はしていない。近年では、しかしながら、こうした姿勢は変化しつつあり、多くのメイソンのウェブサイトや出版物が、これらの批判に反論している。
フリーメイソンリーの創始以来、多くの英国国教会の主教は、メイソンになってしまい、大主教ジオフリー・フィッシャーもそのような一人であった。過去において、英国国教会では国教会の教えとメイソンの実践に矛盾が生まれるとする者は少数だった。しかしながら過去何十年かにおいては、特に教会の福音的勝利のために、国教会でフリーメイソンリーに対する議論が話題に上ることもあった。現カンタベリー大主教であるローワン・ウィリアムズ博士は、メイソンの儀式に対するいくつかの懸念を持っていることを明らかにし、一方で国教会での内や外でのメイソンの犯罪行為を耐え難いとしている。一方で、2003年には、英国のメイソンリーに対して、自身がモンマス主教であった時に、キリスト教とメイソンの信条は相容れないとし、自分の管区内における上級職へのメイソンの任用を妨げたことについて、謝罪の必要性を感じているという。
カトリックの訴えとは対照的に、プロテスタントの側からの批判は、フリーメイソンが神秘主義、オカルト主義、悪魔主義であるとする見地に根ざしているようである。 たとえば、メイソンの学者アルバート・パイクは、しばしばプロテスタントによって、メイソンの権威的な立場にいる者として扱われる。しかし、パイクは博識ではあるが、公的な情報だけに依拠するなら、議論の対象になっているようフリーメイソンリーのスポークスマンではなく、さらにはこうした批判は、19世紀の合衆国で孤立していた南部のフリーメイソンリーに対する姿勢と無理解に基づいているとフリーメイソンリーによって主張されている。自由メソジスト教会の創始者であるB.T.ロバーツは、フリーメイソンリーに対する19世紀中盤における反対者であった。ロバーツは道徳的見地から、この組織に反対し、言及している。「ロッジの神は、聖書の神にあらず」ロバーツはフリーメイソンリーを神秘主義か代替宗教（宗教にとってかわろうとするもの）とし、自分の教会において、フリーメイソンの大臣を支持することがないよう推奨した。秘密結社からの自由は、自由メソジスト教会の「自由」の由来の一つでもあった。
映画のストーリーは実際の出来事に基づいているが、登場人物の名前は架空のものに変えられ、いくつかの史実はドラマに適した形に修正された 。後にクルーニーが「物語の80%は正確な真実で、シーンに描かれたことのほとんどは実際に起きたことだ」と語ったと伝えられた。しかし出来事を知る人物の証言では、美術品捜索の描写は映画の意図に合わせるため作り変えられているという。多数ある実際の証言の中からエルンスト・カルテンブルンナーの甥ミヒェル・カルテンブルンナーの証言から、オーストリアのアルトアウスゼーにある岩塩坑にはエルンスト・カルテンブルンナーの命令で美術品が実際に保管されていたが、彼は敗戦後敵の手に渡らないよう建物を破壊するヒトラーの「ネロ指令」を無視し、美術品を保護していたことが分かった。スウォンジー大学のナイジェル・ポラード博士は、映画の歴史的正確さについて5つの星の内2つだけつけた 。ポラード博士は「『ミケランジェロ・プロジェクト』は歴史の中核を描いているが、考え無しの行動はおそらく映画としての物語を形作るために必要だったのだろうが、鑑賞者は映画の終わりにMFAAという組織、そして保護された美術品についてかなり混乱するだろう。実際の組織も決して大きくなかったが（組織構成は最高で2、3ダースの士官）、映画では更に7人へと人数を減らされた：組織は5人のアメリカ人と最初に殺される1人のイギリス人士官、そして自由フランス軍の士官で構成される。映画ではモンテ・カッシーノの爆撃後（1944年2月以後）にストークスが率先して組織を設立したと描かれている。実際の起源は1942年のリビアにおけるイギリス軍の奮闘まで遡り、1943年7月に連合軍がシチリア島に侵攻したとき組織はすでに存在していた」と書いた。