西暦2012年12月、東京。夕日が差し込む教室で、美嶋遙と神名綾人は2人だけで話をしていた。そこに、1人の女生徒、朝比奈浩子が入ってくる。彼女は手に持った手紙を隠し、去っていった。その直後、帰省するため家族と東京を離れた遙の目の前で、信じられない光景が展開していた。東京が、“木星”絶対障壁の半球に覆われていく。予期せぬ綾人との別れに、遙は絶叫する。その3年後、東京。綾人が、そして全く変わらない何もかもがそこにあった。そこでは、東京以外の地球全土が滅亡したことになっていた。綾人は遙のことを忘れられずにいたが、その記憶も薄れつつあった。そんなある日、東京が謎の敵の空襲を受ける。破壊されていく街をさまよう綾人は、その中で遙の幻を見た。それに導かれるように、彼は1人の女性、紫東遙と出会う。そこから、何かが再び動き出す。
懸案であった機関不調は1942年（昭和17年）4月に横須賀海軍工廠で実施された改造により、ようやく全力発揮が可能となった。4月18日のドーリットル空襲では、横須賀で入渠中（建造中）の本艦および大和型戦艦3番艦110号艦（信濃）は被害を受けず、空母改造作業中の潜水母艦大鯨《龍鳳》にB-25が投下した爆弾1発が命中した。4月30日、軍艦3隻（瑞穂、高雄、摩耶）の行動予定が決定。同日、第10駆逐隊（巻雲、風雲）が横須賀を出港し、水上機母艦（飛行艇母艦）秋津洲が横須賀に到着する。5月1日正午過ぎ、「瑞穂」は横須賀を出発して桂島泊地（瀬戸内海）へ向かう。午後4時、第四戦隊（高雄、摩耶）も横須賀を出港して桂島泊地へ向かう。柱島へ単独回航途中の同日午後11時頃、本艦は米潜水艦ドラム（USS Drum, SS-228）から雷撃された。被雷地点は御前崎の220度40浬。魚雷は瑞穂左舷機械室と発電機室の中間に1本命中し、大火災が発生、被雷数分後には左傾斜20度以上となった。瑞穂被雷の報を受け、本艦より約4時間遅れで横須賀から瀬戸内海へ回航中だった高雄型重巡洋艦2隻（高雄、摩耶）が瑞穂遭難現場に急行、5月2日午前0時30分に到着した。2隻搭載の零式水上偵察機が遭難現場に派遣され、対潜警戒に従事した。「瑞穂」では注水作業で艦の傾斜復元に努めて、火災も鎮火見込みのため曳航も検討されたが、浸水は止まらず、浮力をうしなって艦は危機に瀕した。午前3時30分、総員退去が命じられる。「高雄」が人員や瑞穂艦載艇の救助を行い、「摩耶」が周辺海面を警戒した。午前4時16分、第四戦隊（高雄、摩耶）の乗員が敬礼する中、本艦は艦尾から沈没していった。これが太平洋戦争における日本の「軍艦」戦没第1号となり、また1914年（大正3年）10月18日に撃沈された防護巡洋艦「高千穂」以来28年ぶりの「撃沈された軍艦」となった。同日午後、昭和天皇は永野修身軍令部総長より瑞穂沈没の奏上を受ける。天皇は「初めて大きな艦がやられたね」と述べた。連合艦隊参謀長宇垣纏少将は、主要艦船回航の際、出来るだけ護衛艦をつけるよう通達。同時に、連合艦隊は駆逐隊・航空隊・内戦部隊による本州南岸の対潜掃蕩を命じた（詳細後述）。また横須賀鎮守府は米軍潜水艦の活動について、以下の戦訓をまとめた。（一）多少速力ヲ有スル船ト雖モ裸ニテ敵潜伏在海面ヲ通過スルハ危険ナリ　瑞穂ノ如キハ多少敵ヲ下算セル憾アリ（中略）（五）我ガ國ノ對潜方策ハ著シク時代遅レナリ將来萬難ヲ排シテ急速ニ進歩セシメザルベカラズ　前月及今月ノ如ク敵潜ニ因ル被害大ナル時ハ忽ニシテ船腹不足ヲ來スコト必然ナリ — 横須賀鎮守府司令部、自昭和十七年五月一日至昭和十七年五月三十一日　横須賀鎮守府戰時日誌戦闘詳報による救助者（准士官以上45名《艦長含む》、下士官兵557名、傭人5名）、未収容者/戦死者（准士官以上7名、下士官兵94名）、負傷者（重傷17名、軽傷14名）。だが同艦に三等整備兵曹として（沈没前日に昇進）乗り組んでいたエッセイストの小林孝裕は、実数の戦死者は、報告のその三倍程度はあったと推測している。その後、四戦隊（高雄、摩耶）に便乗した瑞穂生存者は横須賀に到着。一時館山海軍航空隊に収容された。横須賀海軍病院に収容された負傷者の中には、死亡した者もいたという。瑞穂沈没の速報を受けて、第6駆逐隊や第9駆逐隊（夏雲、朝雲、峯雲）が第四戦隊（摩耶、高雄）の護衛および、敵潜水艦（ドラム）掃蕩のために派遣された。上記駆逐隊以外にも、横須賀鎮守府麾下の海面防備隊や航空部隊、駆逐艦複数隻（澤風、朧、沖風）に対しても対潜掃蕩作戦への参加が下令されていた。だが米潜水艦を捕捉することはできず、5月2日に宇山丸（興国産業、5,014トン）、5月4日には金剛山丸（伊勢湾部隊指揮官座乗）が撃沈されている（いずれも米潜水艦トラウトによる）。5月20日、「瑞穂」は艦艇類別等級表の水上機母艦の項目から削除された。また珊瑚海海戦で撃沈された空母祥鳳と同日附で軍艦籍から除籍。本艦除籍の報告を受けた昭和天皇は、「瑞穂は良き名だったが、沈没したから再び艦の名前には名づけられぬな」と語ったという。「瑞穂」はミッドウェー島攻略を目指すミッドウェー作戦に参加予定だったが、本艦喪失により第十一航空戦隊は「千歳」1隻となった。そこで5月20日附（瑞穂除籍と同日）で特設水上機母艦神川丸が、代艦として編入された。第十一航空戦隊（千歳、神川丸）は、駆逐艦早潮（第15駆逐隊）・第35号哨戒艇〔旧駆逐艦蔦〕・海軍陸戦隊1個小隊をもって『航空隊』を編成、ミッドウェー作戦に参加する。同海戦後の6月25日、瑞穂残務処理事務所は撤去された。