寛文5年（1665年）、36歳となった了翁は黄檗山萬福寺を下り、寺塔の建立と蔵経の奉納の誓願を立て、そのための募金の旅に出、畿内を発して奥羽地方から関東に及び、多くの人々から喜捨をうけた。江戸では旗本の松平孝石邸に滞泊していたが、そのとき指灯の旧痕が再び痛み出した。一心に観世音菩薩を念じて平癒を祈ったある日、了翁は霊夢をみたという。それは、長崎興福寺を開いた明の高僧黙子如定が夢枕に現れ、霊薬の製法を与えるという夢だった。そのとおり薬を調整して患部に塗ると間もなく指痛は鎮まった。その後、羅切の痛みが再発したときも、如定の霊薬により平癒した。また、飲用すると心身爽快になったといわれる。この妙薬を人々に施せば功徳があると考えた了翁は、浅草の観世音菩薩に祈念し、籤を3度ひいて「錦袋円（きんたいえん）」と名づけた。薬の効能は素晴らしいもので、傷病に苦しむ多くの人を救ったとされる。錦袋円は、江戸上野の不忍池のほとり（現池之端仲町）に構えられた店舗でも売られた。甥の大助に経営を任せたところ、これが評判を呼んで飛ぶように売れ、江戸土産にまでなり、寛文10年（1670年）には金3,000両を蓄えるまでに至った。「勧学里坊（勧学屋）」と名付けられた薬舗の看板は、水戸光圀の直筆の文字を左甚五郎が彫ったものともいわれており、『江戸名所図会』にも「池之端錦袋円店舗の景」が描かれている。
その後も了翁の修道生活は続き、長崎に赴き即非如一に参禅したりした。その姿勢はきわめて真剣なもので、寛文2年（1662年）にはついに「愛欲の源」であり学道の妨げであるとしてカミソリで自らの男根を断った（羅切）。梵網経の持戒を保ち、日課として十万八千仏の礼拝行を100日間続けた時のことであった。同年、その苦しみのため高泉性潡禅師にともなわれて有馬温泉（兵庫県神戸市）で療養している。摂津の勝尾寺では、左手の小指を砕き燃灯する燃指行を行い、観音菩薩に祈願している。翌寛文3年（1663年）には長谷寺（奈良県桜井市）、伊勢神宮（三重県伊勢市）、多賀大社（滋賀県多賀町）にも祈願している。さらに同年、了翁は京都清水寺に参籠中、「指灯」の難行を行った。それは、左手の指を砕いて油布で覆い、それを堂の格子に結びつけて火をつけ、右手には線香を持って般若心経21巻を読誦するという荒行であった。このとき了翁34歳、左手はこの荒行によって焼き切られてしまった。この頃の了翁は、苦行のかたわら義浄の『南海寄帰内法伝』、玄奘の『大唐西域記』を読み、天竺に入って経論を集めた中国の高僧の偉業を偲んで、大蔵経蔵建立と内外の図書聚集の大願成就の決心をいよいよ固くしたとされている。
承応3年（1654年）、同学の僧より明の高僧隠元隆琦が来日する話を聞いて肥前国長崎に赴き、崇福寺で道者超元に参禅したのち、同年7月、興福寺（長崎県長崎市）に滞留中の隠元を訪ね、入門を許された。ところが間もなく大病に冒されたため、療養のため佐賀を経て翌承応4年江戸に向い、さらに郷里の八幡村に戻って父のもとで加療に努めた。神仏に対して病魔に身を捨しても本望との願を立てた結果、数日でようやく全快したので再び摂津嶋上（大阪府高槻市）の普門寺にあった隠元に私淑して求道に励み、明暦2年（1656年）、隠元が山城国宇治に黄檗山萬福寺（京都府宇治市）を開くにあたって尽力した。
1938年2月(旧暦1月)、日本海軍は中国本土爆撃用の飛行場適地を探して蓮塘湾から三灶島に上陸したが、このときは住民に危害を加えることなく、いったんは横琴島方面に退却した。しかし1938年4月(旧暦3月)、海軍陸戦隊6,000人を満載した上陸用舟艇が再び三灶島に上陸、大規模な掃討作戦を展開。三灶島を占領し、中国本土爆撃用の秘密飛行場(第六航空基地)を建設した。そもそも三灶島は貧しい半農半漁の島で、国民党統治時代には、現在の珠海空港に沿った「五保」(5つの村落)と、島中央部にひろがる平野部にある「十三保」(13の村落)で構成されていた。1940年から二次にわたり、沖縄から「軍属」として、農業移民100家族、約400人が入植した。これら農業移民の子弟のための興亜第一国民学校(現中興小学)が開校したほか、日本軍に帰順した海岸沿いの島民向けの興亜第二国民学校(現海澄小学)が開校し、日本人、台湾人軍属らが教壇に立ち、卒業生を出していた。このほか、島中心部には神社(現三灶鎮政府庁舎敷地内)があったほか、興亜第二国民学校近くにも鳥居のある祠があった。現在では戦後の埋め立て工事によって大陸と地続きになっている。広東省珠海市金湾区三灶鎮。国内空港である珠海金湾空港があり、北京、上海など一日20便あまりが発着している。現地は珠江三角州の河口部に立地し、豊富な土地、水資源に恵まれているうえ、航空、海運、陸上輸送の要衝に有り、隣接する横琴島とともに工場誘致が進み、台湾、日本など海外資本の工場が進出しており、珠海経済特区有数の工場地帯となった。隣接する横琴島、さらにその隣のマカオともども、中国第四の大河珠江が運ぶ川砂でしだいに海が埋まり、陸地面積が広がるという宿命にあり、戦後進んだ埋め立てと相まって、往時の原地形は著しく失われている。三灶島も現在は橋梁で他の地区と結ばれ、拱北、香洲など珠海市中心部とは、高速道に匹敵する快適な道路で結ばれており、自動車で約40分から1時間の行程である。