業者向け受注会用の映像が存在し、『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー』のLD・DVDに特典として収録されている。約16分、開発中のゲーム画面とアニメ版の画面を併用し、本放送のナレーションと同じく政宗一成が解説する。音楽、敵の名称、ステージ構成など内容が製品と異なっている。この映像では、ゲームで87年夏公開のザ・ムービーの上映にさきがけていち早くコンボイの死の謎を解く、という紹介になっており、ザ・ムービーの公開予定自体はあったことがうかがえる。ゲームのパッケージに書いてある英題は「MYSTERY OF COMVOY」だが、コンボイの正しい表記は「CONVOY」であり誤っている。なお、海外で紹介される際は正しい表記の「MYSTERY OF CONVOY」とされることが多いが、誤記である「COMVOY」のままの場合や、「MYSTERY OF OPTIMUS PRIME」と翻訳された表記も見られる。ゲームセンターCX - 本番組メイン企画「有野の挑戦・特別編」と題したDVD-BOX1の特典映像として、MCの有野晋哉が攻略に挑戦するもその高難易度で失敗している。最終的に当時のAPである東島真一郎が徹夜で約18時間が費やされクリアする。テレビアニメ『どっきりドクター』の第14話で、登場人物がプレイしているゲームのゲームオーバー音として、本作のステージ開始時の効果音が使われている。2009年、玩具展開『トランスフォーマー オルタニティ』シリーズ「メガトロン ダイヤモンドブラック」の取扱説明書に、本作を強く意識した設定とコミックが掲載された。これによるとこのゲームもまた複数存在するトランスフォーマー世界のひとつ(2005年ごろの出来事)であり、原作と乖離したゲーム内容もオルタニティの世界からの干渉のためだったとされている。
全10面で、縦スクロールと横スクロールの二種類のステージがある。自機はロボット形態とトレーラー形態にトランスフォーム（変形）できる。トレーラー形態は姿勢が低くなるが、射撃が正面に撃てず、真上と、前下方へのショットになり、ジャンプが出来なくなる。ロボット形態とトレーラー形態で特性が全く異なっており、縦スクロールのステージなどでは変形を駆使する場面が増える。基本的に敵や敵の弾に触れると一撃で死ぬ。1万点で自機が1機増え、以降2万点毎に1機増える。ゲームをクリアするとエンディングメッセージ表示の後にステージ1に戻る。このとき各ステージに登場する「R」「O」「D」「I」「M」「U」「S」のマークを取りクリアしていると、自機がロディマスコンボイに変化する。外見以外に変化（赤色）はないが、クリア時のメッセージが変化する。
本作は3つの時代を舞台にしており、ウルトラマグナスが瀕死のコンボイからスクランブルシティの指揮官に任命されマトリックスを託された映画『トランスフォーマー ザ・ムービー』（1986年）の時代を起点として、タイムトンネルで過去に当たる『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー』（1985年 - 1986年）や、未来に当たる『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー2010』（1986年 - 1987年）の時代に移動しながらデストロンと戦う。初代と『2010』の間のエピソードである『ザ・ムービー』はサイバトロン総司令官・コンボイが戦死し、総司令官交代劇が描かれた重要なエピソードであるが、諸般の事情により日本では初代『トランスフォーマー』と『2010』の間の時期に公開されなかった。そのため、日本ではコンボイが誰に殺されたのか、コンボイに代わる次のニューヒーローが誰なのかが謎となっていた。そこでこの謎を補完すべく、「君の手でコンボイの死の謎を解け!」という触れ込みで販売されたのがこのゲームであり、製品の発売と前後して「コンボイが死んだキャンペーン」なるものが行われ、TVCMも大量に流れた。なお本作副題が示す謎の内の1つについては、発売の前月から総司令官ロディマスコンボイが登場する『2010』が放映開始している。2008年6月10日より、Wiiのバーチャルコンソールのソフトとして配信されている。ファミコン版ではゲーム開始時やボス撃破時等、後にポケモンショックで問題となる2色の点滅に酷似した表現が頻繁に使用されているが、バーチャルコンソール版は点滅表現が修正され、点滅の頻度が下げられている。2014年、『キュートランスフォーマー』の展開に合わせ、本作をモチーフとしたスマートフォンアプリとそれを基にしたテレビアニメ『キュートランスフォーマー 帰ってきたコンボイの謎』が展開した。
三方を海に囲まれ中国ほどの大河を持たない朝鮮半島では、古い時代から海上交通の比重が高く、沿岸部では海の船上生活に慣れた海民が活躍した。最初の統一王朝新羅の時代には、清海鎮大使張保皐が中国・日本まで股にかけた東アジアの大海上勢力を築きあげた。第二の統一王朝高麗は半島の南北から租税の米穀を首都の開城に廻送するために海上ルートを利用し、また北方勢力に攻められたときには海を活用した。13世紀には、高麗はモンゴル帝国の攻撃を避けるために首都を江華島に移して数十年にわたる抗戦を続けた。モンゴルの元朝に服属した後は、属国としてその日本征討に多大な負担を払って水軍の将兵や船舶を提供するように命令され、多くを失った。日本沿岸で発見された元寇の船のほとんどは高麗船であった。14世紀後半になると、高麗も中国と同じように倭寇の入寇を受けるようになり、しばしば多大な被害を受けた。倭寇は数百艘からなる船団をなして半島沿岸部の諸都市を焼き、高麗の海船を襲って人と米を略奪した。倭寇は高麗正規軍とほぼ互角の戦力を有していたが、高麗は中国から賜った火薬を使用することで倭寇を追い込んでいき、李成桂が倭寇の首領阿只抜都を討伐したことで前期倭寇は壊滅した。高麗は水軍の兵力を維持するために元の千戸制・明の衛所制にならい、沿海の諸州郡の水上生活になれた住民を3戸に1戸の割合で水軍に編入し、水兵を拠出しなかった戸には免税の代償に兵士の家族の扶養を義務付ける水軍万戸の制をしいた。高麗にとってかわった李氏朝鮮もこの制を引き継ぎ沿海部に水軍万戸を設定、それを統制する役所として水軍万戸府をおいた。また、朝鮮は行政区画である道ごとに水使（水軍節度使）を置き、各道の水軍を統括させた。特に日本に面する南方に位置し、道内に複雑な多島海域を有する全羅道と慶尚道の2道にはそれぞれ左右2員の水使が置かれた。道内の水軍万戸はそれぞれ15万戸と多かったが、海上交通の治安維持が目的であり、日本の室町幕府の衰退によって再度活発化した後期倭寇（主に中国人からなる）に対することしか念頭になかった。1592年に始まる日本軍の侵攻（壬辰/丁酉倭乱、文禄・慶長の役）で、朝鮮水軍は当初、壊滅状態に陥ったが、全羅左水使李舜臣が自ら建造を命じたと言われる亀甲船を2〜3隻含む数十隻の艦艇を率いて反撃。日本軍に大きな被害を与えた。