1943年には広告部意匠係に所属する正社員となったが、独創性を必要とされない仕事内容で、また身分制度的で実力を評価されない職場環境であり、『半生の記』ではこの時期を「概して退屈」「空虚」と記している。そのような中、清張の楽しみの一つは、図案家仲間との交流であった。仲間と共に年に一回、ポスターの展示会を開き、東京から有名なデザイナーを呼んで審査してもらっていた。もう一つの楽しみは、北九州の遺跡めぐりであった。当時清張の職場の隣席に浅野という校正係がおり、浅野は収集した石器や土器の破片を取り出して清張に見せ、考古学者・森本六爾の話をして聞かせたという。浅野の影響から、休日には各地の遺跡を訪ね歩いた。やがて教育召集のため、久留米第56師団歩兵第148連隊に入隊、陸軍衛生二等兵として3ヶ月の軍務に服した。その後、1944年6月、臨時召集の令状が届いた。この時は、久留米第86師団歩兵第187連隊に入隊、直ちに歩兵第78連隊補充隊への転属を命じられるが、これはニューギニアへ補充のために送られる部隊であった。補充隊は朝鮮に渡り、7月4日に竜山に到着、同地に駐屯となった。その後、戦況の変化から同部隊のニューギニア行きは中止となったため、清張は中隊付きの衛生兵として医務室勤務となり、軍医の傍らでカルテを書いたり、薬品係に渡す薬剤の名前を書き入れたりする作業に従事した。12月に陸軍衛生一等兵となる。1945年3月、歩兵第292連隊第6中隊に編入され、4月には歩兵第429連隊に転属した。所属は変わっても衛生兵としての任務は変わらなかった。5月、第150師団軍医部勤務となり、全羅北道井邑に移り、6月に衛生上等兵に進級、終戦を同地で迎えた。
1931年に印刷所が潰れ、約2年ぶりに高崎印刷所に戻ったが、博多の嶋井オフセット印刷所（正確には嶋井精華堂印刷所。博多三傑の一人、島井宗室の末裔が経営）で半年間見習いとなった。ポスターの図案を習うつもりだったものの、文字もデザインの一つだからという理由で、もっぱら文字を書かされていた。書を清張に教えたのは、能書家で俳誌「万燈」の主宰者でもあった江口竹亭であった。後の作品中に覗われる俳句趣味・能書家の下地がここで培われた。その後みたび高崎印刷所に復帰、ようやく一人前の職人として認められた。その頃から広告図案が重視されるようになり、嶋井精華堂で学んだ技術が役立った。1936年11月、佐賀県人・内田ナヲと見合い結婚。ナヲが裁縫を習いに通っていた近所の寺の住職の紹介であった。高崎印刷所の主人が死去し経営状態が悪化、勤めを続けながら自宅で版下書きのアルバイトをした。将来に不安を感じ、1937年2月に印刷所を退職、自営の版下職人となった。この頃、朝日新聞西部支社（現・西部本社）が門司から小倉に社屋を移転し、最新設備による印刷を開始する旨の社告が載った。版下の需要が増えると見込んだ清張は、支社長の原田棟一郎に版下画工として使ってほしいと手紙を書き、下請け契約を得ることに成功した。1939年に広告部の嘱託、1940年には常勤の嘱託となった。なお1938年に長女、1940年に長男、1942年に次男が誕生している。
5世紀半以降、東ローマ皇帝は教会の問題でますます困難な仕事に直面するようになっていた。一つには、あらゆる方面の急進主義者たちがキリストの性質に関する聖書の教義を擁護し、分派間の教義上の相違をつなぐためのカルケドン公会議の信条によって常に拒絶されていると感じていた。コンスタンディヌーポリ総主教フラヴィアノスへのローマ教皇レオ1世の教書は東方では悪魔の仕業であると考えられており、そのため誰もローマの教会について聞くことを望まなかった。しかしながら、皇帝はコンスタンティノポリスとローマとの統一を維持する政策を持っており、そしてこれは彼らがカルケドンで定められた線を歪めないことによってのみ可能であった。加えて、カルケドンによって動揺し不満を抱くようになっていた東方の諸派を抑制し、そして静めることを必要としていた。この問題は、東方で異議を唱えている反カルケドン派が数の上でもそして知的な能力でも共にカルケドン派に勝っていたので、いっそう難しいと分かった。両派の目標の不一致から緊張は増しており、ローマと西方を選択した者は東方を放棄しなくてはならず、そして逆もまた同様であった。ユスティニアヌスは518年に彼の叔父が即位するとすぐに教会の国政術の論争の場に入り、483年からローマと東ローマの間に普及していた単性論の教会分裂を終わらせた。至高の教会権威としてローマ司教座を認めることは、彼の西方政策の基礎であり続けた。東方の多くの人々にとって、それは不愉快なことではあったが、それにもかかわらずユスティニアヌスはシルウェリウスやウィギリウスのようなローマ教皇に対して専制的なスタンスをとるために彼自身は完全に自由であると感じられた。教会の教義上の派閥に妥協を受け入れさせることはできなかったが、彼の和解のための誠実な努力は教会の主要組織から賛同を得させた。Theopaschite論争（スキティ派が出した妥協案の公式）での彼の態度がその合図だった。当初、彼は文字上の粗探しになっているとする意見だった。しかしながら、次第にユスティニアヌスは問題となっている信条が正統であるかに見えただけでなく、単性論に対する融和的な手段たり得るかと理解するようになり、そして彼は533年にカルケドン派と単性論派との宗教会議を行う努力をしたが、無駄に終わった。553年3月15日の宗教勅令で再びユスティニアヌスは妥協へ動き、教皇ヨハネス2世が帝国の宗派を正統信仰であると認めたと彼自ら祝福している。彼は最初に単性論の主教と修道士に厳しい迫害をしかけ、そしてそれによって広い地域の住民に敵意を持たせた深刻な大失敗を彼は最終的に矯正した。彼の不変の目標は単性論を味方に引き入れ、それでもなおカルケドン信条を放棄しないことだった。宮廷の多くの人々に対して、彼は十分に成功しなかった。特に皇后テオドラは単性論が無制限に受け入れられることを望んだであろう。三章問題の非難（第2コンスタンティノポリス公会議参照）でユスティニアヌスは東方と西方を満足させようとしたが、どちらも満足させられなかった。教皇は非難に同意したものの、西方の人々は皇帝がカルケドン布告と相反する行いをしたと信じた。多くの使節が東方でユスティニアヌスに服従して現れたが、多くの特に単性論者たちは不満なままだった。晩年の彼は神学の問題にさらに献身したために、更に苦しめられた。