江戸時代が終わった後の頃という時代設定である。忍びの里の幻龍衆に所属している、修行を好まないが生まれ付いての才能だけで世渡りをし、町へでかけて遊んでばかりのくノ一 楓に、忍びの里の長、幻龍斎から任務（忍務という）が下される。幻龍斎の兄、黒龍斎より水上レースで「忍びの里を賭けて勝負せよ」という挑戦が来たのでこれに応じるべく出陣せよというものであった。生来の面倒くさがりで、やる気も出ないが、忍務とあらば仕方もない。勝利のためには伝説のオタマン（大型のオタマジャクシの形態をした生物）を捕獲し、それに騎乗してレースに参加するのがよいとのことである。とはいえ、その生物は伝説の名を冠するほどの存在であり、捕獲には優れた五感が必要とのことから、まずはその五感を鍛えるために賢人の里へ修行に向かう。一人で行くのもなんなので妹分の颯月と忍犬の柴忍も巻き添えに引き連れ、賢人の里へ到着するとそこには「ちょっと天然」入った大賢人の美命を長として、配下に5人のそれぞれ五感を極めた娘たちがいた。賢人たちが修行と捕獲を手伝ってくれるということになり、なんとか伝説のオタマン捕獲に成功する。そして黒龍斎の配下たちを相手に水上レースがスタートした。コースの先に待ち受けるものは……？
2009年に発売された5号機のパチスロ『忍魂』は、「アシスト・リプレイ・タイム」 (ART) と、BIG BONUSおよびREGULAR BONUSのボーナスゲームを搭載していた。この特徴は2013年のパチスロ『忍魂弐 ～烈火ノ章～』にも受け継がれていた。この『忍魂』シリーズの特徴のひとつである ART は『忍魂弐 ～烈火ノ章～』に先駆けて2013年1月に発売されたパチンコ『CR忍魂』でも採用された。ただし、このパチンコでいう ART は同じ ART という略号ながら「アディショナル・ラウンド・タイム」の略であり、パチスロのそれとは別物で（パチスロのように明確なゲーム数がないので）一定時間分、電チュー開放により出玉を獲得できる仕様となっていた。本機はこれら『忍魂』シリーズのヒロイン、楓を主人公に据えたスピンオフ機である。出玉の契機は「激走ノ刻（後述）」を基本としており、これは（先述の）「 ARTを彷彿とさせる」と評されている。もっとも本機は公式では ART 表記は用いられていない(大都技研 2014a)。
『CR楓魂』（しーあーるかえでだましい）は、2014年3月に大都技研から発売されたパチンコ機。導入は3月31日。大当たり後は盤面右の電チューで出玉を増やすタイプ。公式では「ライトミドルタイプ」に分類され、フルスペックよりは甘めということになっている。一方で爆発力もあり一撃10,000発も可能とされる。後述の『ステージ』節のモード遷移に見られるように内部的には複雑だが、大当たり後は普通に右打ちしているだけでもよい。
2013年2月28日のPS Vita版サービス開始に伴い実装されたイベント。公式サイトにおいて告知された時間に、アークスロビーのショップエリアにあるステージ広場にて、NPC歌手のミニライブが開催されるというもの。ミニライブは1ステージにつき1曲、約5分程度。ライブ中は、キャラクターがステージ付近にいる場合のみ、「ライブカメラ視点」への切り替えが可能となる。また、ライブ時にロビーにいたキャラクター全員に時限ボーナスが付与される、ライブ開始から30分後には必ず緊急クエストが発生する（ため、ユーザーには事実上の緊急クエスト予告と見做されている）という特徴がある。また、2014年9月10日にアンコール機能が追加され、チャット発言による「アンコール」が一定数に達するとアンコール曲が流れるようになった。ライブ曲は、NPCアイドル歌手「クーナ」のJ-POP曲『Our Fighting』、およびバラード曲『永遠のencore』。2014年9月10日には和風ロック調『終わりなき物語』とアンコール曲『Our Fighting（MIYABIver.）』が実装された。また初音ミクと巡音ルカのデュエットによるスペシャルコラボライブが、2014年7月23日〜8月27日にかけて開催された。同ライブ曲の『Living Universe』は、過去のシリーズ作品『PSPo2』の主題歌。また、ミクとルカのモデルは『Project DIVA』のものを流用している。2015年7月22日には新たに、プレイヤー参加型ライブイベント「アークスダンスフェス」が実装。ショップエリアのモニュメントがライブステージとなり、これにアクセスすることでプレイヤーキャラクターもステージに立ちライブ中に自動でダンスするというもの。またライブ中に所定のタイミングでキーやボタンを押すことで、花火や紙吹雪といったエフェクトが増加するという音楽ゲーム的な要素も取り入れられている。ダンスフェス曲は、NPC「光吉猛修」の『We're ARKS!』、およびNPC「桃井はるこ」「榎本温子」「会一太郎」の『レアドロ☆KOI☆恋!』。ダンスの振付は両曲ともパパイヤ鈴木によるもの。また各NPCはいずれも同名の実在人物をモデルとしている。2016年8月10日には新たに、地球親善大使に就任した小林幸子のステージライブが実装された。ライブ曲はオリジナル新曲「ヨーコソ・アークス」。また、アンコール曲は「千本桜 (曲)」である。2017年6月14日には新たに、クーナの新曲である『Cosmic twinkle star』、およびエピソード4エンディングテーマ『光の果て』のライブが実装された。上記のアークスダンスフェスのように、ショップエリアのモニュメントがライブステージとなり、これにアクセスすることでプレイヤーキャラクターもステージに立ちライブ中に自動でダンスする。2018年6月には期間限定のコラボライブとして「ペルソナ3～ダンシングムーンナイト（P3D)」「ペルソナ5～ダンシングスターナイト（P5D)」からそれぞれ1曲ずつ双方のキャラクター達がダンスを披露するライブが開催された。このライブではクラブベルベット（ペルソナシリーズに登場するベルベットルームがダンスフロアに変化した部屋）をはじめ、リズムゲームで使用されるフォントやSE、ダンスを披露するキャラクターのモデルはATLUSペルソナチームからの提供によるもの。またキャラクターモデルやダンスモーションについてはP3D・P5Dゲーム本編の物をそのまま使用することが出来なかったため、PSO2側の調整が行われている。コラボライブ実装に伴い、再現衣装やヘアスタイル、アクセサリナリーなどが入手可能なコラボスクラッチが配信された