沖縄県出身。沖縄県立那覇西高等学校、徳山大学経済学部卒業。大学時代はサッカー部のフォワードで、第61回全日本大学サッカー選手権大会にも登録メンバー入り。2015年からアナウンサーなどの仕事をしている。
手掌頤反射 (しゅしょうおとがいはんしゃ) は、ヒトの原始反射の一つで、母指球 (親指のつけねのふくらみ) を刺激すると、オトガイ筋の収縮が見られる現象。前頭葉解放徴候 (正常成人では前頭葉の働きによって抑制されているが、何らかの理由で前頭葉に障害が生じ、抑制が外れた状態になると出現する徴候) のひとつでもある。1920年、ハンガリーのマリネスコ (en)とRadoviciが、若年の筋萎縮性側索硬化症患者について初めて報告した。これにちなみ、Marinesco-Radovici徴候とも呼ばれる。
一年目の1998年は一軍で18試合に出場したが、二年目の1999年は一軍出場なし。2000年から試合終盤の守備固め・代走、またはレギュラーとして出場機会を増やしていく。2001年から全試合出場し、2番遊撃手としてレギュラーに定着した。2002年には初のベストナインを受賞、オフに背番号を6に変更。2004年には選手会長に就任し、チームの柱としてリーグ優勝に貢献した。また、自身2度目となるベストナイン（以降、2007年までに4年連続）、自身初の打率3割、ゴールデングラブ賞を受賞した。2005年には規定打席到達者中12球団トップの得点圏打率を残す。国際大会での日本代表経験は、2001年に台湾で開催されたIBAFワールドカップ（4位）を皮切りに、2002年キューバで開催されたIBAFインターコンチネンタルカップ（準々決勝リーグ敗退）出場。2003年アテネオリンピック予選を兼ねたアジア野球選手権では長嶋ジャパンの一員として優勝し、2007年の北京オリンピック予選では2大会連続での本戦出場権獲得。一方で、2006年および2009年のワールド・ベースボール・クラシック（WBC）ではメンバーに入らなかった。2008年8月3日にFA権を取得するも、その日の中日スポーツ朝刊で残留を宣言、12月16日に球団史上最長の5年契約を結ぶ。オフの12月22日、テレビ朝日アナウンサー河野明子と結婚した。2009年の初めグアムに自主トレに行った際に目の腫れや痛みを訴え、帰国後の医師による診断で上皮角膜ヘルペスによるものだと判明した。肩の故障もあり二塁手にコンバートされる予定であったが、井端本人の調整が目の不調により遅れたことに加え、代わって遊撃手を務める予定であった荒木雅博が開幕直前に足を痛めたことで見送られた。調整は遅れていたもののシーズンでは主に1番打者として全試合に出場し、4年ぶりに打率3割を達成。12月3日には社団法人日本プロ野球選手会の理事長に就任した（2013年12月に退任）。2010年は予定通り二塁手にコンバート、またチーム方針により6番の打順を任されることが多かった。6月5日の対ロッテ戦で、1500本安打を達成した。6月11日に登録抹消。7月15日に一度一軍復帰するも、途中出場3試合のみで7月25日に再び登録抹消。復帰は10月2日の最終戦になった。離脱の理由は眼病によるもので、ボールがぼやけて見える不調が生じこの年は144試合中53試合しか出場できなかった。長期離脱により2000年以来の規定打席未到達、前年まで6年連続で受賞していたゴールデングラブ賞も逃し、二塁のレギュラーポジションも堂上直倫に明け渡した。11月26日には減額制限一杯となる40パーセントダウン（3億円→1億8千万円・推定）で契約更改。治療を続けていた目に回復の兆しが見られず痛みが続いていたため、このシーズンには引退も考えていた。2011年は再び2番打者として起用される。7月26日、第一子となる長男が誕生する。打撃面ではプロ入り後で最低の成績に終わった。9月1日にはNPBから反ドーピング規則違反の処分を受けるが、これは目の治療のために使用していた薬物の許可期限切れに伴う継続申請を怠っていた中日球団の過失によるところが大きいと認定され、最も軽いけん責処分となっている。2012年、開幕戦から6番打者として起用されていたが、シーズン中盤からは5番を務めた。守備面では再び遊撃手に戻り、荒木も元の二塁手に再コンバートされた。最終的に打率.284を残し、3年ぶりにゴールデングラブ賞を受賞した。オフの11月6日に、「侍ジャパンマッチ2012「日本代表 VS キューバ代表」」の日本代表が発表され代表入りした。12月4日に、第3回WBC日本代表候補選手34人が発表され候補入りした。2013年2月20日に第3回WBC日本代表選手28人に選出された。背番号は「3」だった。ブラジル戦で同点打、台湾戦では9回二死から同点打を放ち、打率.556と決勝ラウンドに進出した全選手の中で最も高い打率を記録した。指名打者としても出場し、東京ラウンドのMVPを獲得、大会ベストナインの指名打者部門にも選出された。特に2次ラウンドの台湾戦の同点適時打については「一生忘れない」と語った。シーズン公式戦では100試合出場で打率.236、1本塁打、シーズン後は年俸減額限度額を越える大幅減俸の提示を受け、秋季キャンプには1人だけ不参加、11月4日に球団が来季の契約を結ばないと発表された。