父は本居内遠、母は藤子。紀州和歌山に生まれる。弟に歌人・音楽家の荒巻利蔭、陸軍大佐の徳田正稔がいる。父が亡くなった後は、母の教導を得て家学を修め、紀州藩が江戸に設置した藩校古学館の教授となる。明治維新後はその家系を重んぜられて、神祇官に出仕した。教部省において神道大教正に進んだほか、国学者として東京帝国大学・國學院・東京女子高等師範学校などに講師として招かれた。大正天皇の皇太子時代には東宮侍講を勤め、御歌所寄人・1906年には帝国学士院会員ともなる。また国学・和歌の興隆を願って大八洲学会を主宰した。明治24年（1891年）に三条実美が死去した際に葬儀斎主を務めた。明治42年（1909年）、業績により文学博士号を授与される。大正2年（1913年）2月15日に脳溢血のため死去。男子に恵まれず、同じ国学者の松野勇雄を婿養子に迎えたが、娘の死後、松野は本居家を去り、残された孫の長世を後嗣とした。
若年期はサッカー選手として活躍したが、膝とアキレス腱（あるいはハムストリング）の怪我により若くして引退する。1966年ドイツ体育大学ケルン卒業。1967年から指導者としてのキャリアをスタート、各国で活躍した。これにはデットマール・クラマーとの出会いが大きく影響した。同1967年12月、クラマーの紹介でサッカー大韓民国代表初の外国人コーチとなり、当時使っていたWMフォーメーションを廃止しリベロを導入したり最新のトレーニング理論を導入するなどドイツ式の近代的なサッカーを韓国代表に導入した。この頃の韓国は朴正煕政権下の不安定な状況であり、クラウツン自身も2度ドイツ大使館への避難勧告を受けている。1971年、サッカーケニア代表監督に就任する。敵対するキクユ族・ルヒヤ族・ルオ族の三大部族を代表でチームとしてプレーするようまとめなければならなかった。アフリカネイションズカップ1972予選では、サッカーエチオピア代表相手に2戦勝利を収め本大会出場を決めた。特にアウェーアディスアベバで行われた初戦では1-0で試合が進んでいたところへ観客が興奮し暴動にまで発展、自身も含めケニア代表選手が投石などで負傷した。これに対しハイレ・セラシエ1世がチームに謝罪するなど沈静化に努めている。1972年、クアラルンプールで行われた国際サッカー連盟(FIFA)コーチング・スクール（講師はクラマー）を受講し、FIFAコーチライセンスを取得する。1973年、西ドイツW杯出場を目指すサッカーカナダ代表監督に就任する。これは1976年に地元開催するモントリオールオリンピックに向けた強化の一環でもあった。1974 FIFAワールドカップ・北中米カリブ海予選に挑むも1次ラウンドで敗退する。1975年7月協会含めた国のサポート不足を嘆き辞任した。これにより1976年モントリオール五輪本大会ではコリン・モリスが監督を勤めた。1976年から再びアルゼンチンW杯出場を目指すカナダ代表監督に就任するも、1978 FIFAワールドカップ・北中米カリブ海予選では1次ラウンドを通過するも最終ラウンドでは4位に終わりW杯本大会出場は叶わなかった。1983年に来日し、日本サッカーリーグ1部のマツダSC（現サンフレッチェ広島）のコーチに就任した。これは1983年のJSLシーズンの中断期間（8月から9月）での招聘であり、マツダ初の外国人コーチでもあった。1991年、サッカーフィリピン代表監督に就任する。これは自国開催する第16回東南アジア競技大会に向けた切り札的な起用であり、準備期間は3ヶ月しかなかった。同大会においてフィリピンを同大会初にして2013年現在唯一である準決勝進出に導いた（東南アジア競技大会サッカー競技）。1993年、当時2. ブンデスリーガ昇格1年目で残留争いをしていたVfLヴォルフスブルク監督に就任する。翌1993/94シーズンには2. ブンデスリーガ中位に上げ、1995/96シーズンにはDFBポカール準優勝。ただ同シーズンでは2. ブンデスリーガ下位に低迷したことから途中解任となった。1996年3月、ブンデスリーガ下位に低迷していた1.FCカイザースラウテルン監督に就任、同シーズンのDFBポカール優勝を飾るもののリーグでは下位に低迷しチーム初の2. ブンデスリーガ降格となった。カップ戦で優勝したことにより契約延長したがリーグ戦の結果によりスケープゴートされ、オットー・レーハーゲルが監督を引き継ぐことになった。1998年にはCSスファクシアンでCAFコンフェデレーションカップ優勝。2000年11月、2. ブンデスリーガ18クラブ中15位に沈んでいた1.FSVマインツ05監督に2年契約で任命されるも、以降も下位に沈んだ。2001年2月、後述の理由により退団となった。なおこの時の選手/コーチの一人にユルゲン・クロップがおり、クラウツンが退任した次のマインツ監督にはクロップが就任している。先のスファクシアンでの成績を評価され2001年、サッカーチュニジア代表監督に就任し、2002 FIFAワールドカップ・アフリカ予選を戦うことになった。予選通過しW杯本大会出場を決めたものの、選手の招集についてサッカー連盟とのトラブルが発生し連盟側から契約を破棄され、アンリ・ミシェルが指揮をとることになった。2003年には中国U-20代表監督に就任、アジアユース準優勝、ワールドユースオランダ大会でGL1位で突破、ベスト16入りを果たした。その後も中国代表スタッフとして働き、中国で開催する2007 FIFA女子ワールドカップに向けて準備を行っていたが、健康上の理由により2007年3月に退任した。その後はドイツサッカー連盟と国際サッカー連盟のインストラクターとして活躍した。