2016年5月11日には英紙『ガーディアン』が、東京五輪決定前後にあたる2013年7月と10月の2回に分け、招致委員会がシンガポールに拠点を置く「ブラック・タイディングス」社の口座に総額130万ユーロ（約1億6000万円）を送金していたと報道した。2016年5月12日には仏検察当局が東京五輪招致委員会とパパ・マッサタ・ディアック氏との間に280万シンガポールドル（約2億2000万円）の金銭授受があったことを確認したと発表した。2018年12月、フランス捜査当局は東京五輪招致をめぐる贈収賄容疑で竹田恆和JOC会長を容疑者とする捜査の開始を決定した。2019年3月、これを受けて「会長辞任は避けられない見通し」と報じられている。3月19日竹田がJOCの理事会にて、会長職を6月をもって退任することを表明した。
2019年（平成31年）2月6日、組織委員会と東京都は「交通輸送技術検討会」を開き、通常料金に上乗せ課金する「ロードプライシング」など首都高速道路の交通量を減らす議論を開始した。他にも企業などに、時差出勤や在宅勤務の要請などしてきたが、このままでは不十分と判断し、追加対策の必要性を確認した。「ナンバープレート規制」や複数人乗車車両の専用レーンを設ける「HOV（複数乗客）レーン導入」などの案もあるが、機器と人員が必要になるため、検討を重ね、今年度中にいずれかの追加対策を決める。
2014年（平成26年）6月23日に組織委員会と全国の大学・短期大学が連携協定を締結し、2020年（令和2年）の大会に向けて、オリンピック・パラリンピック教育の推進やグローバル人材の育成、各大学の特色を活かした取り組みを進めていくこととなった。課外活動の促進や特別講義の他、正課の授業としてオリンピック・パラリンピックに関する講座を開設している例 もある。
2017年5月22日、組織委員会はアンバサダーとなるマスコットキャラクターを公募することを決め発表した。公募後、候補作数点を発表し小学生による決選投票を行うとした。2017年12月7日に候補作3点が発表され、日本の小学生による投票が2018年2月22日まで行われた。2018年2月28日、最多得票を得た福岡県在住でデザイナーの谷口亮がデザインした（ア）案に決定した。名前は同年7月22日にミライトワとソメイティに決まった。
日本政府と企業は世界に五輪を通じて日本の技術力を更に認知させるとして、2016年（平成28年）には国土交通省がマラソン・競歩・自転車のコースを新たな特殊技術で舗装することで、路面温度を4.8℃下げるなどの技術開発に成功している。民間企業でも、メインスタジアムと選手村をつなぐ道路の間にある港区虎ノ門一帯を再開発するのに4000億円を出資するなど、オリンピックに関する各民間企業による投資や開発も活発になっている。そのため、東京五輪を招致したことよる日本国内への経済効果は合計32兆3000億円を超えて、190万人の新たな雇用が増加すると主張している。
ブラジル政府が過去の開催都市よりもコストカットに成功したと自負している2016年リオデジャネイロオリンピックが総額約120億ドル（約1.3兆円）であり、　2012年ロンドンオリンピックではスポーツ関連のみの費用が約140億ドル（約1.5兆円）となった。そのため、ロサンゼルス五輪以降の8回の夏季大会の総額では1位が2008年の北京オリンピックの約3.4兆円で、2012年のロンドンが約3.17兆円で2位だった。2017年5月に東京オリンピックは総費用1.39兆円だと東京都の試算で分かっている。
年料舂米（ねんりょうしょうまい）とは、日本の律令制において、諸国より毎年一定量の舂米（つきしね/つきよね）を中央に貢進させる制度、またその舂米そのもののこと。田令によれば、田租として納められた稲穀は一旦正倉として納められて正税とされたが、そのうちの一部を租を納める農民の個人負担により精米して所属する国に対して指定された時期（2-8月）に都へと運び（後に民部省式によって官による運送費の支給が定められる）、朝廷の大炊寮に貢進して京官官人の常食（月給）に充てられた。当初は田令の規定通り田租の一部が貢進されたが、田租を不動穀として備蓄する制度が始まると、国司による出納が許されていた動用正税の中から出挙が行われ、それによって得られた利息の一部を田租に替わって年料舂米にあてるようになった。正税帳や平城宮跡から発掘された木簡などによって、天平年間にはシステムとして確立されていたこと、貢進は5斗（1俵）単位で行われたこと、馬を用いて輸送する場合には1頭あたり3俵を運ぶと決められていたことが判明している。延喜式においては、畿内周辺及び沿岸諸国を中心とした22ヶ国より貢進が行われ、大炊寮に対して白米17,330斛と糯米260斛、内蔵寮に対して黒米200斛、民部省に対して黒米500斛の貢進が行われた。なお、後年において不動穀の一部を中央に貢進させる年料租舂米の制が布かれた際には主として年料舂米負担国が対象とされている。