今作も、前作と同じく選手個人の総合力が★の数で示されている。ただし、★100以上の選手は、「グランプリ」モードおよび「名将オンライン」モードを除き、一律★99と表示される。初期データにおける収録選手は、概ね2015年2月1日現在でのNPB所属12球団の支配下登録全選手（育成枠で契約している選手を除く）が収録されている。そのため、それ以降に起きた以下の選手のトレード移籍、入退団および育成からの支配下登録は初期データでは反映されていない。今作では月に1度追加選手が配信され、能力アップデートも随時実施される。
試合設定、選手能力の確認、応援歌作成などができるモード。応援歌作成機能は、前作に比べ掛け声・太鼓のパターンが増加。表現できる音域の幅も広くなり、保存できる応援歌の曲数も520曲に拡張された。また、作成した応援歌を鳴らす条件についても詳細に設定できるようになった。選手能力確認画面では、プロ年数が「○年目」ではなく「支配下登録○年目」と表示されるようになった。
「プロ野球勝敗予想」は、実際のプロ野球の試合の勝敗を予想するクイズに挑戦できるモード。「ソフトバンクは今日の試合で何本ヒットを放つか？」など、試合における成績を予測する「未来予想クイズ」もここで回答可能。クイズに正解するとLIVEポイント(LP)がもらえ、たまったLPは、ゲームを有利に進めるためのアイテムと交換することができる。「プロ野球情報」は現実のプロ野球の結果、日程、順位などを確認できるモード。ホットプレイヤー(当日または各月に最も活躍した選手)が誰であるかの確認もここで行うことができる。2015年度シーズンが終了したので現在はプレイ不可。
新生球団のGMとなって球団経営をするモード。プレイ年数など、基本内容はプロスピ2014版と変わらないが、今作では、「助監督」としてシーズン中進行の選択時、試合での監督プレイが可能となり、チームに参加できるようになったほか、タウンマップに建設できる施設の種類が増加。
全国のプレイヤーとネット対戦できるモード。前作同様アクションプレイと監督プレイの2種類で対戦できる。今作よりオンラインアクションモードは『アクションオンライン』、オンライン監督モードは『名将オンライン』というモードとなり、『対戦』モードに吸収される形になった。名将オンラインでは今作より1球ごとに指示するルールに変更されている。また、同じ選手の選手カードも能力の高い順にSS(スーパースター)、S(スター)、N(ノーマル)に分裂し、前作まであった「スピチケット」が「LIVEポイント(LP)」に統合され廃止された。ただし、スピリーグ・スピタウンの基本的な使い方は前作と同様。また、前作同様大会も開催されるほか、上位入賞賞品である「月間ホットプレイヤーカード」も登場。2016年3月31日をもってサービス終了したためプレイは不可。
オリジナル選手を育成できるモード。育成方法は「カードチャレンジ」「対決チャレンジ」「チームチャレンジ」の3種類から選択することができる。今作では、新しく追加された特殊能力の習得も可能であるほか、育成したオリジナル選手を最大300人まで保存することが可能となった。
ホームランを何本打てるか競うモード。短時間でVPを稼ぐのに効果的。VPチャレンジでは1球目〜10球目までの間、本塁打を1本打つごとにボーナスボール(赤球)が1球与えられ、最高20球まで挑戦できる。
実戦に備え、練習できるモード。「プロスピ入門」では、投球・打撃・守備・走塁の基本操作を学ぶことができる。「トレーニング」では、投手を選んで打撃練習できるなど、より実戦向きの練習を行うことができる。
1リーグ制時代、および2リーグ制への移行後1950年から1972年までの期間は、セントラル・リーグ、パシフィック・リーグともに「最優秀勝率投手」という正式タイトルとして表彰を行なっていた。1973年からはタイトルとしての表彰対象からは外れたが、両リーグとも公式記録上の「最高勝率投手」は選出していた。2002年にパ・リーグが「最優秀投手」の名称で最高勝率投手への表彰を再開。2013年にはベストナイン選出投手を最優秀投手としていたセ・リーグも表彰対象を最高勝率投手に改め、名称がセ・パともに「勝率第一位投手賞」に変更された。実質的には最優秀投手のタイトルが廃止され、最優秀勝率投手がタイトルとして復活した形になる。1リーグ制時代は年によって試合数や完投数などを選出基準に入れている場合があり、厳密には最高勝率の投手が受賞していない年がある。2リーグ制後の選出基準は、セ・リーグが「規定投球回数に達した投手のうち、勝率が最も高い投手」、パ・リーグが1985年までセと同一、1986年以降は「シーズン13勝以上を挙げた投手のうち、勝率が最も高い投手」。このためセ・リーグでの選出者は基本的に先発中心の投手のみだが、パ・リーグでは1985年に19勝3敗の石本貴昭、1995年に15勝5敗の平井正史、1999年に14勝1敗の篠原貴行等がリリーフ勝利のみでの選出例がある。また、1998年黒木知宏の13勝9敗勝率.591は勝率トップ最低記録となっているが、この年13勝以上を挙げた投手が武田一浩13勝10敗勝率.565、西口文也13勝12敗勝率.520しかおらず、セ・リーグのルールであれば石井貴9勝3敗勝率.750がトップになっていた。逆に無敗でシーズンを終えた場合は1.000となり、そのまま不滅のリーグ記録になるとの特徴がある。なお、2018年末時点で1.000を記録しているのは景浦將、御園生崇男、間柴茂有、田中将大の4名で、セ・リーグでは例がない。2013年に勝率第一位投手賞となってからは、セ・パ両リーグとも「シーズン13勝以上を挙げた投手のうち、勝率が最も高い投手」の条件に統一している。規定投球回数はセ・パ両リーグとも条件に入っていない。