自らは殻を分泌しない動物が、貝殻を自分の殻のように使用する例もある。ヤドカリがその代表である。彼らの体は柔らかくて巻き貝の形にあったものとなっており、貝殻なしで死ぬわけではないが、裸ではあっという間に捕食者に食われる。彼らの間では体に見合った貝殻を得るのは死活問題であり、常に貝殻を巡って同類間で争いがあるらしい。中にはその表面に刺胞動物を生活させ、それが分泌する新たな殻を利用するイガグリガイのような例もある。同様な例はツノガイホシムシなど星口動物にも見られる。
貝殻の表面には多くの生物が付着するのが普通である。海では硬い表面は固着性の生物に覆われるのがごく普通であり、貝殻もその対象であるが、それだけでなく、その表面が多孔質である点など、付着に都合がよい面もある。カイウミヒドラのように、特定の生きた貝にのみ住み着く例もある。また、その表面に穴を開けて住み着く穿孔性の動物も住み着く例がある。生きた貝でなく、後述のようなヤドカリによる二次使用の際にのみ住み着く例もあり、ヤドカリと共生するイソギンチャクなどがその代表である。
貝殻の成分である炭酸カルシウムは、深海のような低温高圧の条件下では固体の形で存在出来なくなることが知られている。つまりある深さより深いところでは貝殻は融けてしまう。この深さのことを炭酸塩補償深度 (Carbonate Compensation Depth :CCD) と呼ぶ。これは海域ごとの温度やイオン濃度によって異なるが、例えば太平洋では約4000mと言われる。ところがそれ以深の海域でも貝殻を持つ貝類が発見されている例がある。例えば三陸沖の水深7300-7400mではラクハナシガイが多数生息しているのが発見された。この貝は殻がごく薄く、内部が透けて見えるほどであったという。また5500-6500mの湧水域ではナギナタシロウリガイが発見され、この貝ではしっかりした硬く厚い殻を持っていたものの、もっとも古い部分はやはり融けていたという。この貝が殻を保持し続けている仕組みは未だ不明である。
稜柱層や真珠層など様々な構造ができるのは、前述のコンキオリンと総称される基質が結晶の成長を制御しているためだと考えられている。たとえば真珠層では、結晶の上下を仕切る水平な層間基質（sheet）と左右を垂直に仕切る結晶間基質（wall）があり、稜柱層にも柱間を仕切る基質があって、それぞれが結晶化を阻害するバリアとなることで結晶の成長方向や構造を決めている。また反対に薄膜（envelope）と呼ばれるタンパクは仕切り内で結晶化を促進する働きをもつ。構造の項ではこれらの間基質をレンガを接着するモルタルにたとえたが、貝殻形成の過程では接着剤というより、むしろ製氷皿の仕切りのようにはたらき、その内側で薄膜に誘導されたカルシウムイオンと炭酸イオンとが結晶化して様々な構造が形成される。
貝殻の成長は、その外縁に新たな殻が付加されて殻が大きくなる成長と、殻の内側全体から層が付加されて厚くなる成長とに分けられ、前者は外套膜縁の上皮細胞から、後者は外套膜全体からの分泌物によって形成される。このうち前者の外套膜縁による成長は、そのままでは分泌物が外部環境の水に流失してしまうため、先端部ではまず外套幕縁の襞内で殻皮を形成し、できた殻皮と外套膜で外界から遮断された空隙をつくり、その内部をカルシウムイオンと炭酸イオンの過飽和状態の外液で満たし、既存の殻に炭酸カルシウムの結晶を付加しながら殻を成長させる。
多くの貝に棘がある。棘には、捕食者に対する防御と、殻の向きを安定させるという役割がある。棘は、成長途中に殻口縁の一部が急激に伸張してから再び閉じることで形成される。
貝殻表面の凹凸構造を彫刻と呼ぶ。線状の彫刻を肋（ろく）と呼ばれる。二枚貝の肋は、殻縁に平行な輪肋（共心円肋）と、殻頂から放射状に伸びる放射肋が代表的である。これらが共に形成され格子状となることも多い。このほか、斜めの斜肋、放射肋が分岐する分岐肋、放射肋に似るが殻縁に常に直角の直交肋などがある。巻貝の肋には、螺旋に沿った螺肋と、螺旋に垂直で貝殻全体に対し縦に伸びる縦肋がある。二枚貝の輪肋・放射肋と同様に共に形成され格子状となることも多い。
紀元後最初の千年紀までに、南アメリカの広大な熱帯雨林、山岳、平原および海岸には1,000万人が住むようになっていた。中には恒久的開拓地を形成した集団もあった。そのような集団には、チブチャ（あるいはムイスカ）、バルディビアおよびタイロナがいた。コロンビアのチブチャ、エクアドルのバルディビア、ペルーのケチュアおよびボリビアのアイマラが、南アメリカで最も重要な4つの定住型インディアン集団だった。先コロンブス期に南アメリカとポリネシアの間の南太平洋を越えて接触があったという学説は幾つかの証拠をもとに支持を受けているが、確たるものと言えるほどではない。ユウガオ（ラゲナリア・シセラリア）や甘藷（イポモエア・バタタス）など南アメリカ固有の植生が先コロンブス期のオセアニアにあったということの説明として、人間的作因による伝播があったという説がある。しかしこのような先コロンブス期接触と移動について考古学的証拠は無い。2007年に「米国科学アカデミー紀要」に掲載された論文は、先コロンブス期後期までに家禽がポリネシアを通って南アメリカに導入されたことを示すDNAや考古学的証拠を示した。これらの所見は同じ雑誌にその後に掲載された論文で批判されており、使われた年代推定に疑問を投げ掛け、別のmtDNA解析を使ってポリネシアに遺伝学的起源があることに不同意を表している。この起源と年代の問題は解決されていない。昔ポリネシア人とアメリカ人の交流が起こったかどうかはともかく、その接触による人類の遺伝子、考古学、文化あるいは言語的遺産について確認できるものは無い。