拳銃押収事件の捏造疑惑や、裏金造りの実態を追う『スクープスペシャル総力取材・警察の闇』（テレビ朝日）が2003年11月23日に放送された。北海道警裏金事件においてその実態を詳細に供述した元釧路方面本部長原田宏二は、1993年4月、道警防犯部に銃器対策室が発足したときの防犯部長であった。稲葉は旭川中央署、防犯部などで部下になったことがある。原田は、捜査協力員であるSの運用システム作成を指示し、釧路方面本部長に転出後の1993年秋に完成した。このシステムは、稲葉の逮捕とともに形骸化する。しかし、銃器対策室の捜査費は裏金に回され、捜査員は協力員への謝礼の多くを自費で賄っていたとされる。原田は稲葉事件について、捜査協力員への金や管理の問題が稲葉を追い込み、パンクしたのが原因であり、組織の問題が背景にあるのに無視され、個人的事件にされた、と述べている。原田は当初、稲葉事件の背景に捜査費が裏金化していた実態があったことを証言しようと、初公判前の2002年10月頃に稲葉の弁護士に申し出た。しかし2003年1月初め、道警監察官室の幹部から出廷を取りやめるよう働きかけられ、最後は自ら出廷を断念したが、そのときの思いが、2004年2月10日の記者会見における北海道警組織ぐるみの裏金の実態証言につながった。原田は3月4日の道議会総務委員会における参考人質疑で、捜査費や捜査用報償費が幹部交際費に使われて現場に回らず、捜査協力員への運用費を自費で賄わなくなったことが、稲葉事件の背景にある、と述べた。稲葉は2011年9月に刑期を終え出所し、10月に『恥さらし 北海道警 悪徳刑事の告白』を講談社から出版し、インタビュー等にも応じている。著書やインタビューでは、稲葉が公判の最終陳述で語った2000年4月頃の泳がせ捜査についても詳細に語っているが、函館税関はその事実を否定し、道警はコメントを控えると回答している。
道警は2002年12月27日に内部調査が終了したとして幕引きを計っていたが、2003年2月13日の公判における稲葉の供述で対応に追われることとなった。道警は14日、偽装摘発を知っていたと名指しされた当時の上司3名である、札幌西署長（1989年当時北見署刑事防犯担当次長）、道本暴力団対策課長（1993年当時銃器対策室長）、道本薬物対策課長（1998年当時銃器対策課次席）への聴取を行った。3人はいずれも現職警視であり、12月には道本薬物対策課長のみ道警本部長注意という軽い処分を受けていたが、他の2人は処分から外れていた。2月19日の定例道議会における一般質問でU道警本部長は、元上司3名を含む関係者へ聴取して再度確認したところ、そのような事実は把握されなかったと答弁し、稲葉が証言した組織ぐるみのやらせ捜査を否定する調査結果を明らかにし、以後の再調査は行わないと明言した。道警は再発防止策の一環として、稲葉が所属していた銃器対策課や薬物対策課、捜査四課などの組織犯罪捜査に携わってきたベテラン刑事20数人を、3月31日及び4月1日付の定期人事異動で一斉に捜査現場から外した。組織犯罪捜査10年以上もしくは同じ課の在籍7年以上が対象の、機械的な振り分けであった。
2012年2月24日、加害者とされる同級生3人とその保護者および大津市を相手に、遺族は約7720万円の損害賠償請求を大津地方裁判所に提訴した（大津地方裁判所平成24年(ワ)第121号 損害賠償請求事件）。これに対して大津市は当初争う姿勢を示したが、事実関係が明らかになると態度を変えて、和解に向けて交渉する意向を越直美市長が示した。一方大津市教育委員会の教育長は、和解の意向は市長の独自判断であり、教育委員会としては従来通り｢いじめと自殺との関連性は判断できない｣とし、市の判断は受け入れ難いとした。その一方で外部の調査機関の判断があれば結果は真摯に受け止めるとも述べた。加害者側とされた保護者は、事実誤認があるとして同校の校門でビラ配りを行うとともに、自殺は被害者宅の家庭環境が原因であるとした。2013年1月30日、遺族側は、学校がいじめを認識しながら、市教育委員会や学校の指導マニュアルに沿って対応しなかったとして、市の過失を訴える書面を大津地裁に提出した。2015年3月17日、大津地裁は大津市が設置した第三者委員会の報告書に基づき、いじめの存在を認定した。また生徒が自殺企図の意向を事前に漏らしていたことも指摘し、「学校や教委は適切に措置していれば自殺を防げた」と判断した。これを元に、大津市側の安全配慮義務違反を認め、支払い済みの見舞金2800万に加えて和解金1300万円を支払い、学校や市教委が謝罪するとの内容の和解勧告が提示され、大津市と遺族側との合意が成立した。加害者とされる生徒との裁判は分離され、審議継続される。2019年2月19日、大津地裁は同級生3人のうち2人に対して、約3758万円の支払いを命じる判決を言い渡した。他の1名に関しては、一体的となっていじめに加担したとは言えないという理由から、損害賠償及び管理責任を認めない判決となった。。