入団前の怪我でシーズン当初をリハビリに費やすが、2010年9月5日に行われた第90回天皇杯2回戦の鹿屋体育大学戦で2得点を挙げ、公式戦初ゴールを記録。2011年、シーズン開幕前に背番号を24から前年までヴィトール・ジュニオールが着用していた「11」に変更。5月3日のJ1リーグ第9節・ジュビロ磐田戦で途中出場してリーグ戦初ゴールを挙げてチームの勝利に貢献すると一気にブレイク、年間12得点をマークした。第9節磐田戦の決勝ゴール、第11節・セレッソ大阪戦の勝ち越しゴール、第17節・清水エスパルス戦の決勝ゴール、第18節・鹿島アントラーズ戦の同点ゴール、第5節の柏レイソル戦（東北地方太平洋沖地震の被害による日程の順延）の追加点など、途中出場して試合の結果を左右する重要なゴールを、味方による供給からワンタッチで決めることが多かった。2012年シーズン途中に就任した監督・風間八宏のもと着実に力をつけ、2014年シーズンには再び二桁得点を挙げた。2015年シーズンは怪我に苦しむが、2016年、大久保嘉人とともに2トップの一角として得点を量産、7月30日、2ndステージ第6節の湘南ベルマーレ戦ではクラブ新記録となる6試合連続得点を挙げ、8月6日に行われた2ndステージ第7節の甲府戦でも得点を挙げてJリーグ記録にあと1得点と迫ったが、続く第8節のサガン鳥栖では得点を挙げられず、連続得点は7でストップした。11月26日、Jリーグの複数クラブからオファーを受けていたが、自身のブログで残留することが発表された。2017年、前年までキャプテンを務めていた中村憲剛に代わってキャプテンに就任。2月25日、大宮アルディージャとの開幕戦では4年連続となる開幕戦ゴールを決めて勝利に貢献した。5月30日、ACL決勝トーナメント1回戦の2回戦ではムアントン・ユナイテッドFCに1得点2アシストの活躍でベスト8進出に貢献した。11月29日、第33節の浦和戦では決勝ゴールを決め、首位・鹿島との勝ち点差を2にするとともに、得点ランキングトップの杉本健勇（C大阪）に2ゴール差に迫り、チームの逆転優勝と得点王に望みを繋いだ。12月2日、最終節の大宮戦ではプロ入り後初のハットトリックを挙げてクラブ史上初のリーグ優勝に貢献したと共に、C大阪の最終節のアルビレックス新潟戦で無得点に終わった杉本を追い抜き自身初の得点王に輝いた。5日に開催されたJリーグアウォーズでは得点王に加えベストイレブン、そしてMVPに選出され”個人三冠”を達成した。2019年7月14日、第19節のFC東京戦では史上14人目となるJ1通算100点目となるゴールを決めた。
1993年に毎日放送（MBS）野球解説者・スポーツニッポン野球評論家を務めた。1994年、仰木彬監督に請われてオリックス・ブルーウェーブの一軍打撃コーチに就任し、1995年はリーグ優勝、1996年は2連覇、日本一になり、その後は一軍総合コーチ、二軍監督を務めた。「佐藤和弘」や「鈴木一朗」の登録名を「パンチ」・「イチロー」と変更するように考案したのは、新井であるという。2002年は日本放送協会（NHK）解説者・デイリースポーツ評論家を務め、2003年より2年間は福岡ダイエーホークスで一軍打撃コーチを務め、村松有人、川崎宗則らを育て強力打線を作り上げ、2003年のリーグ優勝、日本一に貢献した。2005年、仰木監督の下でオリックス・バファローズで一軍チーフ兼打撃コーチに就任し、ヘッドコーチ格として仰木監督を支えた。2006年オフに成績不振の責任を取る形で辞任。2007年から福岡ソフトバンクホークスの一軍打撃コーチを務めたが打撃陣の成績が低迷したため2008年に解任される。2010年よりオリックスで二軍監督を務める。2012年より打撃コーチ兼任となる。同年10月6日にコーチ解任が発表され、10月19日、広島東洋カープの一軍打撃コーチに就任。丸佳浩・菊池涼介・松山竜平を育てた。広島コーチ時代の2013年には、6月14日の対北海道日本ハムファイターズ戦（札幌ドーム）試合前練習のティー打撃で、フレッド・ルイスが放った打球がトスを上げていた新井の額に直撃。救急搬送された病院の診察で、前額部の挫創や頭蓋骨の骨折が判明した。当初の診断では全治4週間だった が、その後の検査で異常が見られなかったことから、同月22日の対東京ヤクルトスワローズ戦（マツダスタジアム）で現場へ復帰。以降も一軍で打撃指導を続けた。2015年に打線の低迷 などからチームがレギュラーシーズン最終戦でクライマックスシリーズへの進出を逃したため、その責任を取る格好で球団へ辞意を申し入れたところ、球団は同年10月9日に新井の辞任を発表した。ちなみに、辞意を明らかにした際には、「昨年まで（の野村謙二郎監督の下で）は楽しくやることができた。今季は（後任の緒方孝市）監督から代打の相談もほぼなかった。若い選手には頑張って欲しい」というコメントが報じられている。広島の一軍打撃コーチ退任後の2015年11月には、プロ野球経験者による学生野球の指導に必要な学生野球資格の回復に向けて、研修会を受講。2016年2月2日付で日本学生野球協会から資格回復の適性認定を受けたため、高校野球や大学野球も指導できるようになった。2016年からNHKBS のメジャーリーグ中継の解説者 (地上波にも出演) に復帰し、J SPORTSのオリックス戦の解説者にも出演。