4月1日に理化学研究所の調査委員会が最終報告を行ったが、小保方は4月7日から入院し、調査不服申し立てのために三木秀夫ら4名の弁護士からなる弁護団を雇う。4月8日に釈明記者会見を行い、「STAP細胞はあります!」「200回以上の作製にも成功しました」等と強い口調で断言するなど、不正は全く無かった事を主張したものの、通常は弁護団経由でコメントを発信しており、会見やコメントも様々な批判を受けた。入院していながら5月下旬から検証実験への助言のため、CDBに出勤していたことが報道されている。5月8日に認定された画像2点の不正によって、懲戒委員会が発足して処分が検討されていた。再現ができていないこと、論文に盗用や改ざん等の不正が見つかったこと、サンプルや公開遺伝子データの遺伝子解析が論文と矛盾したこと等から、6月に論文撤回に追い込まれた。ユニットリーダー採用試験において、研究計画書の疑義や英語セミナーを省略する等の特別扱いが発覚して逮捕の可能性も報道されたが、科学的な疑義に対する新たな予備調査が開始され、また検証実験へ小保方自身が参加することになり、6月30日に懲戒委員会は一時停止となった。予備調査を経て9月3日に本調査の委員会が設置されている。7月2日のネイチャーによるSTAP論文の撤回は海外でも多く報道され、小保方も不正事件の中心人物として大きく取り上げられた。STAP研究の検証実験や事件の真相についても注目を集める中、7月23日には過剰な取材による騒動や負傷が発生、7月27日に後に「放送倫理上の問題があった」「名誉毀損の人権侵害が認められる」として放送倫理・番組向上機構(BPO)から勧告が出ることになるSTAP研究不正事件の特集がNHKにより放送された。8月5日に笹井芳樹が自殺し小保方の精神面も心配された（詳細は笹井芳樹#自殺とその波紋を参照）。12月15日に理化学研究所に退職願いを提出、19日に承認され、21日付で退職した。12月19日に検証実験の結果が発表され、小保方も丹羽仁史らもSTAP細胞を再現できなかったことが明らかにされ、12月26日に科学的な調査結果が公表され、STAP細胞・STAP幹細胞・FI幹細胞らはことごとくES細胞などの混入であったと結論付けられた。どのようにES細胞が混入するに至ったかの実態は解明されなかったが、理化学研究所は調査終了を発表した。
博士論文の疑義については7月17日に早稲田大学の調査委員会（委員長 小林英明弁護士）が総長へ報告し、同日、小林委員長らが記者会見を実施した。早稲田大学の調査委員会は、当時、世間から荒唐無稽な主張といわれていた「取り違いによって作成初期段階の草稿が製本され、それが博士論文として大学に提出された」との小保方の主張を、真実と認定し、製本された論文は「著作権侵害行為、創作者誤認惹起行為、意味不明な記載、論旨が不明瞭な記載、Tissue誌論文との記載内容と整合性がない記載、及び論文の形式上の不備と多くの問題個所が認められた」と認定した。そのうえで、「製本された論文を前提とすれば、学位を授与すべきでなかったが、大学の審査体制の不備で、いったん、授与してしまった以上は、大学で定められている『取り消し規定』に該当しない限り、取り消しはできない。今回のケースは、その規定に該当しない」との結論を記載した報告書を作成し、早大に提出した。同日会見した鎌田薫総長は、論文取り下げや審査やり直しも含めて学内で再議論するとした。同調査委員会は、7月に公表した報告書で、小保方の製本された論文には米国立衛生研究所（NIH）のWEBサイトからの英文のコピーや画像の流用など、少なくとも26か所の問題点があり、そのうち6か所は「故意による不正」だと認定していた。2014年10月7日、早稲田大学は調査委員会の結論を受け入れず小保方の博士号を取り消すと決定した。ただし、論文の指導および審査過程にも重大な欠陥があったとし、1年程度の猶予期間が設けられ、その間に小保方が再指導・再教育を受けたうえで論文を訂正・再提出し、これが博士論文としてふさわしいものと認められた場合は学位を維持する、としていた。2015年11月2日、早稲田大学は、小保方に授与した博士号について、猶予期間が満了して、学位の取り消しが確定したと発表した。
ムハンマドの表象（ムハンマドのひょうしょう）は、イスラム世界において一筋縄ではいかない問題である。歴史を通じて、ムハンマドの人相や風体を口承や文書によって伝えることが問題になることは少なかったが、視覚的に描写することはその許容範囲について意見が一致しない。コーランにははっきりとムハンマドの肖像画を禁じているととれる箇所はないものの、いくつかのハディースがムハンマドの姿を視覚的に描写することを明確に禁じている。ムハンマドの外見について視覚的に描写することはあらゆる意味で伝統的であったとはいえないものの、ムハンマドの肖像画の存在を伝える古い文献や、外見の特徴を書き記したものが残っており、その特徴については正しいとされることが多い。ムハンマド画をはじめとしてイスラム美術における視覚表象を宗教美術として許容しうるかという問題は、学者のあいだでも意見の一致をみない。宗教的な人物でも歴史や詩歌の著作であればふつう挿絵がつくのに対し、コーランはそれがない。「文脈と意図の把握が、イスラムの絵画美術を理解するうえでは欠かせない。ムハンマド像を創り出したムスリム画家たちも、それを鑑賞したムスリム社会も、それが崇拝の対象ではないことを理解していた。たとえそれが装飾として崇拝対象の一部をなしていたとしても」。一方で、学者もこうした肖像画が「宗教的な要素」を帯びることについては認めていて、例えばイスラム社会で普遍的な信仰ではないが、ミウラージュ（昇天）を祝うためにムハンマドの肖像が利用されることもある。ムハンマドを視覚的に描写した例の多くが、顔をヴェールでおおっていか、その姿を炎として象徴的に描いている。1500年頃の有名な作品には、ムハンマドを顔も含めて描いているものもある。現代のイランという例外を除けば、ムハンマドの描写は非常に珍しい。イスラム社会のあらゆる時代、地域においても決して数は多くなく、みつかっても中世においてミニアチュールなど写本挿絵として、私蔵を前提に描かれているものにほぼ限られる。イスラム社会において公開を前提とした宗教美術の中心的であったのは、カリグラフィーである（イスラームの書法参照）。オスマントルコの時代には、ムハンマドについての文章を視覚的かつ装飾的に配置する美術のジャンルであるヒルイェが発達した。このヒルイェは肖像画としても鑑賞されうるものであった。西欧という非イスラム世界においては、ムハンマドの視覚的描写はほとんど例がない。中世においては、敵意をもって描かれることが多く、ほとんどがダンテの詩の挿絵に描かれるものであった。ルネサンスと近代初期まで時代が下ると、より中立的で、英雄として肯定的な描かれ方がされるようになった。一方で、ムハンマドの描写はムスリムから抗議を受けるようになり、インターネットの時代においては、ヨーロッパのメディアにムハンマドの風刺的な肖像画が掲載されたことが発端になり、国際的な抗議活動と論争、テロリズムに発展する事件まで起こった。