コバノフホモロジーの第一の応用は、ヤコフ・ラスムッセンにより与えられた。彼はコバノフホモロジーを使い、s-不変量を定義し、この結び目の整数に値を持つ不変量は、スライス種数を有限とし、ミルナー予想を証明することができた。2010年には、クロンハイマー(Peter B. Kronheimer)とムロフカ(Tomasz Mrowka)は、コバノフホモロジーが、自明な結び目か否かを識別することを証明した。カテゴリ化された理論は、カテゴリ化されていない理論よりも多くの情報を持ってる。従って、コバノフホモロジーが自明な結び目か否かを識別するからといって、ジョーンズ多項式が自明な結び目か否かを識別するとは限らない。
コバノフホモロジーでもっとも興味を持たれている側面の一つに、完全系列が形式的に3次元多様体のフレアーホモロジーの完全系列に似ていることである。さらに、ゲージ理論やその類似を使い示すことでのみ、結果を再現することがある。ヤコフ・ラスムッセン(Jacob Rasmussen)のクロンハイマーとムロフカの定理の別の新しい証明があり、これはミルナー予想の証明である（以下を参照のこと）。予想であるが、コバノフホモロジーをピーター・オズバス(Peter Ozsváth)とゾルタン・ザボー(Zoltán Szabó)のフレアーホモロジーに関係づけるスペクトル系列がある（ダンフィールド他の2005年も参照）。別のスペクトル系列 (オズバス-ザボー 2005) は、コバノフホモロジーの変形を結び目に沿った分岐した二重被覆のヒーガードフレアーホモロジーと関係づける。三番目 (ブルーム 2009) は、分岐した二重被覆のモノポールフレアーホモロジーの変形に（コバノフホモロジーが）収束するという結果もある。コバノフホモロジーはリー代数 sl₂ の表現論に関係する。ミハイル・コバノフとレフ・ロザンスキーはすべての n に対して slₙ に付随するコホモロジー論を定義した。2003年にカサリーナ・ストロッペル(Catharina Stroppel)は、コバノフホモロジーをすべての n について slₙ へ一般化されたタングル（レシェーティキン-トゥラエフ不変量のカテゴリ化されたバージョン）の不変量に関係付けた。ポール・ザイデル(Paul Seidel)とイワン・スミス(Ivan Smith)は、ラグランジアン交叉フレアーホモロジーを使い、単一の次数付き結び目ホモロジー論を構成しました。そこでは、単一次数付きのコバノフホモロジーは同型であろうと予想されている。シプリアン・マノレスク(Ciprian Manolescu)は、この構成を単純化し、どうするとザイデル-スミス不変量(Seidel-Smith invariant)の彼のバージョンを元にして鎖複体からのジョーンズ多項式を再現できるかを示した。
結び目もしくは絡み目 L を表現する図形 D に、コバノフ括弧 [D]、これは次数付きベクトル空間の鎖複体、を割り当てる。すると、ジョーンズ多項式の構成の中でのカウフマン括弧の類似物となる。次に、[D] を（次数付きベクトル空間の中の）一連の次数シフトと（鎖複体の中の）高さシフトにより正規化して、新しい複体 C(D) を得る。この複体のホモロジーは L の不変量であることが分かり、その次数付きオイラー標数は L のジョーンズ多項式であることが分かる。
2005年、ライヴを中心に本格始動。スペイン・バルセロナで開催された世界最大規模の音楽フェスティバル〈SONAR 2005〉のステージに出演し、 11月にはイアン・ブラウンのイギリスツアーのオープニングアクトとして全英7カ所に出演した。2006年1月には、オーストラリア最大の音楽フェスティバルである〈ビッグ・デイ・アウト〉にインターナショナルアクトとして出演。6月〈SONAR 2006〉にも再び出演。
アダルトゲーム業界のクリエイターについては、後に他の様々な分野でクリエイターとしてシーンに登場するケースが見られる。原画担当の場合には漫画家やイラストレーター・アニメーターに、シナリオライターの場合はライトノベルやジュブナイルポルノの小説家、雑誌や書籍のライター、あるいはアニメの脚本家などといった文筆業に転業したり、転業を試みた、また完全に転業しなくともこれら分野で仕事をするケースは多々見られる。特に商業出版でもライトノベルやメディアミックス情報誌など青年層以下を対象とした分野の出版物に登場するクリエイターには、現在ではアダルトゲームの業界を僅かにでも経験した人物がさして珍しいものではなくなっている。これらについては、転業先の業種にもよるが、メディアミックス・ライトノベル関係の仕事などを足掛かりにしてノンアダルト作品主体へとクリエイター活動の軸足を移していく者、異業種で改めて下からキャリアを積む者、元々他業界での実績がある人物で実質的にはその業界への復帰である者など様々であり、筆名をアダルトゲームで用いた当初の名義から一変させている人物や（一例：むらやまたかひろ、はちまん）、他ジャンルであらためて登場して以降は表向きにはアダルトゲーム業界・アダルト関連業界とは全く無縁になる人物も珍しくないが、かなりの割合でいわゆる萌え産業の範疇にその身を置くことになる（一例：アニメーション監督の新海誠。minoriのOP映像を製作していた。）（クリエイターとして転職しつつ萌え産業の範疇から脱出した稀有な例としては、ゲームシナリオライター経験者で最終的に直木賞作家となった山田桜丸（現：桜庭一樹）が存在する）。その一方、商業ベースでの表現活動について回る様々な制約や規制を嫌った者や、あるいはゲーム産業よりも日程管理・版権管理がより厳しい商業出版やアニメの業界に適応ができなかった者、何らかの事情で商業ベースでの新たなビジネスチャンスに恵まれなかった者、元々から同人の分野で大々的に活動しておりそちらで高い知名度・人気・販売力を持っている者などには、メジャーシーンの商業作品からは一線を画した同人の世界に実質的な職業活動の活路を求めるケースも少なくない。その中にはアダルトゲーム業界で得た知名度も活かして短期間で大手同人サークルとなり、コミックマーケットなどの同人イベントに参加して同人誌・同人ソフトを大々的に販売したり、複数の同人ショップに卸しての委託販売を手掛けている者も見られる。近年では同人ショップの拡大などにより大手同人サークルの作品の販売規模が大規模化し、予算規模や販売量において小規模な商業ブランドに比肩する事実上の商業化を遂げたものも現れており、原画担当などには外注として商業ブランドと同人サークルの作品を両方手掛ける者も多い。