2代目フィットがベースとなったエントリークラスのステーションワゴンであり、エアウェイブの実質的な後継車に当たる。フィットと同様、燃料タンクを前席下に配置したセンタータンクレイアウトを採用した。ワゴンとしての機能を付加するために、Cピラー以降のリヤオーバーハングが大幅に延長されているが、ホイールベースはフィットと同一の2,500mmである。外観デザインのバランスを考え、フロント周りが北米仕様フィットと同一のパーツで延長され、サイドドアはガラスやサッシも含めてフィットと共用することで、コストの増大を極力抑えている。ラゲッジ容量は、ガソリンエンジン仕様の場合は床上496L+床下94Lの計590L（FF仕様）を有しているが、ハイブリッド仕様の場合は床下にバッテリーを搭載するため、床上496L+床下21Lの計517Lとガソリン車に対し減少している。パワートレーンは、フィットと同様にガソリンエンジン（フィット シャトル、型式：FFがGG7、4WDがGG8）とハイブリッド（フィット シャトル ハイブリッド、同：GP2）が設定されているが、ガソリンエンジン仕様については1.5Lエンジンのみが設定される。駆動方式は、FFの他 ガソリンエンジン仕様には4WDも設定され、トランスミッションは、FF仕様にはトルクコンバータ付きCVTが組合わされ、4WD仕様には5速ATが組合わされる。ハイブリッド仕様については、Honda IMAシステムを搭載し、システムを構成するエンジンはLDA型 1.3L 直列4気筒 SOHC i-VTEC i-DSIエンジンが搭載され、2代目インサイトやフィットハイブリッド同様にi-VTECは可変シリンダーシステム（VCM）としてのみ機能する。このVCMにより全気筒を休止させることでモータのみでの走行も可能となっている。ハイブリッド仕様は、モーター走行時は電力消費を抑えるために燃料ポンプや点火システムなどを停止し、モーター走行時間を長くした。ガソリンエンジン仕様はテールゲートスポイラーやボディ底面に空力パーツ、フロントバンパー形状の見直し、さらに両者ともにエンジン内部の摩擦、ブレーキの回転抵抗の軽減をしたことによって、JC08モード燃費でガソリンエンジン仕様は、FF車で18.8km/L（「15X」の16インチアルミホイール装着車は18.0km/L）、4WD車で14.6km/L、ハイブリッド車は25.2km/L（「HYBRID-C」のみ26.2km/L）の優れた低燃費を実現しており、ハイブリッド車は全車「平成27年度燃費基準+20%」を、ガソリンエンジン仕様のFF車（「15X」の16インチアルミホイール装着車を除く）は「平成27年度燃費基準」をそれぞれ達成している。エアウェイブに採用された以降 各車に順次適用が拡大している 「スカイルーフ」も、同様にメーカーオプションとして設定されている。2008年以降発売される地球環境を意識した車両を、ホンダでは「Honda Green Machine」と称し、フィットシャトルハイブリッドは「グリーンマシーン5号」である。なお、先代のエアウェイブにはそれをベースにしたライトバン（パートナー）が存在していたが、本モデルをベースとしたものは存在しなかった。
1944年1月から1945年1月生産。武装を機首にホ5 20mm機関砲2門(弾数各120発)、翼内に12.7mm機関砲2門とした型。輸入マウザー砲を全て使用した後も20mm機関砲の搭載が望まれたため、ようやく実用化の成ったホ103の拡大版である国産20mm機関砲(ホ5 二式二十粍固定機関砲)を搭載した。弾丸の威力はマウザー砲に及ぶものではなかったが、全長が短いため機首に搭載でき、命中率はあがった。和泉(1994)p.39では発射速度と初速は遜色なかったものの、故障は多かったとしている。1943年11月頃、杉山元元帥が川崎の岐阜工場を訪れ20mm機関砲の搭載を要請したとする資料もある。渡辺(2006)は、ホ5の搭載に関し、重量物を重心に近づけて機動性を確保し、また命中精度を確保する観点から(翼は捩れるなどするため命中率が劣る))、サイズの大きなマウザー砲では望めなかった機首に搭載したとしている。しかし他の文献では、本来マウザー砲と同様に翼内装備としたかったものが翼内に収まりきらず、やむを得ず半年をかけてホ5用の同調装置を開発し、機首に搭載したとされている。この同調装置とは、プロペラ圏内に装備された機関銃を発砲するに際し、自機のプロペラに弾頭が命中しないよう、プロペラが安全な位置にある時にだけ発射機構を機械的に連結する装置である。航空機黎明時代にはプロペラを強化し、多少弾丸が当たってもこれを弾き飛ばすなどしていたが、機銃が強力になるとこの方法は廃れた。20mm機関砲弾では弾頭内部の炸薬によりプロペラが吹き飛ぶ威力があった。20mm弾薬は海軍も危険としてプロペラ圏内への機関砲装備を容認しなかったし、世界的にも稀な部類ではある。1942年6月5日には土井により、翼厚の関係上主翼への搭載は不可能で、この部分の翼厚を100mm程度に再設計する必要があるとの報告がなされている。再設計と生産設備の転換自体は1週間で完了できる比較的容易なものであった。武装変更に伴い機首の20cmの延長、榴弾の信管過敏による暴発対策で機首上面外板を厚いものに変更、これにより機体重心が前進したため後部にバラストを搭載し、主翼を4cm前方に移動している。また、胴体内タンクを95リットルで復活させた。このため燃料搭載量は595リットルとなった。翼内から機首への大口径機関砲搭載位置の変更は、命中率向上と重量物の機体重心近くへの移設による旋回性能向上につながるものだが、実際は改造による自重にして約250kgの重量増加により飛行性能全般が低下している。高度6000mでの最高速度は590km/hから560km/hへ、上昇力は5000mまで5分31秒から7分程度へと低下している。なお、351機目から増槽架を100kg爆弾搭載可能なものにしたとする文献もある。本型は機体に大改修を加えているため当初「三式戦闘機一型改(キ61-I改)」と称されたが、のちに「三式戦闘機一型丁(キ61-I 丁)」となった。計画では機体番号4001から4900までの900機の生産であったが、後継の二型が間に合わず、機体番号5354機までが生産された。生産機数は1,358機、または1,354機と最多である。なお、「首無し」の機体は後述するハ140搭載の二型のものが有名だが、ハ40の徹底的な改良という要因により供給が不足し、I型についても1944年秋から首無しの機体が増えており、11月には最大の190機を数えていた。