ゴトヴィナの最初の結婚はコロンビア人ジャーナリストの Ximena とであった。その後1994年にクロアチア人リポーターの Vesna Karuza との間に娘をもうけるが、結婚はしていない。二度目の結婚はクロアチア軍大佐の Dunja Zloić とであり、1997年に息子が生まれている。
2005年12月7日、ゴトヴィナはスペイン・カナリア諸島テネリフェのプラヤ・デ・ラス・アメリカスでスペイン警察により逮捕された。ゴトヴィナは Kristijan Horvatという偽名のパスポートを使用していた。パスポートにはアルゼンチン、チリ、ロシア、中国、チェコ、タヒチといった国々のスタンプが押されていた。また、12,000ユーロの現金が部屋で発見された。ゴトヴィナはすぐにマドリッドに送還され、ハーグのICTYへの送還まで留まることになった。スペイン警察はその後、クロアチアの諜報機関の助けを得て、ゴトヴィナを逮捕前の数日間追跡していたことを明らかにした。2005年12月10日、ゴトヴィナはハーグに送還され、12日にICTYに現れた。彼は起訴状にある7つの容疑すべてに関して無罪を主張した。ゴトヴィナの弁護士によると、ゴトヴィナは自身のことを、訴因に書かれているような人間ではないと語った。クロアチアのメディアは、クロアチア政府はゴトヴィナの弁護費用を援助しないが、個人資産の凍結は行わないと報道した。2006年の終わり、ゴトヴィナの件は同じく嵐作戦に携わったイヴァン・チェルマク（Ivan Čermak）とムラデン・マルカチュ（Mladen Markač）と共に扱われることになった。公判は2007年5月開始予定であった。その後、弁護士間での不一致のため、無期限に延期されていたが、2008年3月に公判は開始された。2011年、初級審により懲役24年の判決を受けるが、翌2012年に控訴審により無罪とされ、釈放された。
クロアチア国内では、ゴトヴィナに対する評価は二分している。多くの国民は英雄と見ており、戦争時に犯罪行為はなかったとしている。しかし、国としての繁栄は一人の男を守る事よりもEUに参加できるかにかかっているとか、同じくICTYに起訴されていたアデミは自首投降したのに、なぜゴトヴィナはしないのかとの声もあった。ゴトヴィナは徐々にクロアチア文化の中で偶像視されるようになっていった。右派の思想で知られているクロアチアの著名なミュージシャン、マルコ・ペルコヴィッチ・トンプソン（Marko Perković）や ミロスラヴ・シュコロ（Miroslav Škoro）はゴトヴィナへの賞賛を暗示させるような歌を作り、両方とも国内で大ヒットした。また、2001年にクロアチアの著述家ネラド・イヴァンコヴィッチ（Nenad Ivanković）は『Ratnik - pustolov i general (jedna biografija) (Warrior - adventurer and general (a biography))』という題名のゴトヴィナの伝記を執筆した。映画監督のデヤン・ショラク（Dejan Šorak）はICTYとゴトヴィナをテーマにしたブラックコメディ『Dva igrača s klupe』を制作した。ゴトヴィナはスペイン領で逮捕されたが、それに伴い抗議行動が起こった。2005年12月11日には退役軍人達により集会が組織され、40,000（ロイターによる）から 70,000（クロアチアのメディアによる）の人々が集まった。スプリトでも逮捕に反対する集会が行われ、退任した司令官達も参加した。
熱帯から亜熱帯にかけての海洋に生息し、主に水深の浅い沿岸域に生息する。これは主な食物である海草や海藻が生育可能であることによる。幼体は外洋の表層に浮遊する藻類などに隠れて生活し、甲長30センチメートルまで成長すると沿岸域へ侵入しそこで生活するようになると考えられている。水温が一時的に20℃まで低下する程度であればある程度の低温にも耐性があると考えられ、日本では冬季でも伊豆半島沖で採食を行っている。一方でフロリダでは1977 - 1986年に海水温が8℃まで低下した年が5回あり、342頭の衰弱個体や死亡個体が出た例もある。陸上では左右の前肢・左右の後肢を揃えて移動するが、斜面や危険を感じた時は前肢と後肢を交互（右前肢と左後肢、左前肢と右後肢）に動かして移動することもある。食性はほぼ植物食で、アマモ・ウミヒルモ・リュウキュウスガモなどの海草を食べるが、キクヒオドシ・ツノマタなどの藻類も食べる。クラゲ、サルパ、海綿動物、魚卵などの動物質を食べることもある。日本では九州以北では藻類、南西諸島では海草と海藻を食べる。一方で飼育下では魚類やイカなどの動物質や配合飼料を食べることも多く、主に植物質を食べるのは遊泳している獲物を捕食するのが難しいためと考えられている。繁殖様式は卵生。産卵地の近くにある海洋で交尾を行う。熱帯域では周年産卵するが、緯度が上がると産卵は主に初夏の3か月に限定される。マレーシアでは周年繁殖（主に8 - 10月）、ハワイ諸島では4月中旬から6月上旬、小笠原諸島では4月下旬から8月中旬（主に6月中旬から7月中旬）、屋久島では5月中旬から8月下旬に産卵する。夜間に主に砂浜にあるアダンやモンパノキなどの低木の下に穴を掘り、日本では5 - 8月に1回に80 - 150個の卵を数回（小笠原では平均4回）に分けて産む。産卵巣はまず前肢で姿勢安定用に全身が隠れるほどの深い窪み（ボディーピット、ピット）を掘る。その中に後肢を使って深い穴を掘る。卵は45 - 70日で孵化する。生後20 - 25年で性成熟すると考えられているが、飼育下では栄養価の高い配合飼料を用いたためか生後8年で産卵を行った個体もいる。