6月1日、スポットは3回目の哨戒で日本近海に向かった。この哨戒は本州沖での6月23日までの救助配備任務が主なものとなった。続いて東シナ海と黄海を偵察し、7月9日には北緯38度18分 東経124度03分の地点で砲撃により2隻のジャンクを撃沈した。7月18日、スポットは40日間の行動を終えてサイパン島に帰投。翌日ハワイに向けて出航した。スポットは拡張オーバーホールのため7月29日に真珠湾に到着し、終戦時も作業中であった。
12月4日、スポットは最初の哨戒でバラオ (USS Balao, SS-285) と共に東シナ海および黄海方面に向かった。2隻は途中アイスフィッシュ (USS Icefish, SS-367) と合流し、12月15日にサイパン島に到着した。その2日後、ウルフパックは哨戒海域に向けて出航。1945年1月7日、スポットは北緯31度20分 東経123度04分の地点で2隻のトロール船を艦載砲で撃沈した。4日後の1月11日にも砲撃により小型の輸送船を破壊する。13日には北緯29度55分 東経123度00分の上海沖で2隻のトロール船を艦載砲で撃沈し、翌日も2隻の35トン級のトロール船を撃沈する戦果を挙げた。1月18日から19日にかけての夜に行われたエリオット諸島での掃討でスポットは貨物船およびタンカーを撃破した。朝鮮半島西方でスポットは小型船を観測し、最後の魚雷3本を発射した。しかし全弾が目標を外れる。残るは20ミリ砲弾1,300発のみであった。スポットは800ヤード（約700メートル）の距離まで接近し、砲撃を開始した。敵船は体当たりを試みたもの失敗した。敵船は沈黙したものの、沈没することはなかった。スポットは1時間待機し、続いて7名から成る部隊を編成、敵船に移乗し爆破および機密資料の捜索に向かった。移乗からおよそ10分後、船は放棄され船尾から沈み始め、日本兵1名が捕虜として確保された。1月30日、スポットは55日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。修理および訓練が行われた。
スポットは1943年8月24日にカリフォルニア州ヴァレーホのメア・アイランド海軍造船所で起工した。1944年5月19日にA・A・ジーゼルマン夫人によって命名、進水し、1944年8月3日に艦長ウィリアム・S・ポスト・ジュニア中佐（アナポリス1930年組）の指揮下就役する。メア・アイランドでの艤装は9月18日に完了し、スポットは整調のためサンディエゴに移動した。ドック作業後スポットはハワイに向けて出航、11月14日に真珠湾に到着した。
ペンサコーラはエスピリトゥサント島に帰投した後、カールトン・H・ライト少将の第67任務部隊に加わった。11月29日、第67任務部隊は出撃し、「東京急行」を封じるべくガダルカナル島沖に急行した。11月30日が終わろうとするその少し前、田中頼三少将率いる第二水雷戦隊の一隊がサボ島の西南方からアイアンボトム・サウンドに進入。第67任務部隊はレンゴ水道からヘンダーソン飛行場寄りのコースで進入した。ルンガ沖夜戦は、互いの部隊が相手を探知したことから始まった。第二水雷戦隊がペンサコーラなどの巡洋艦隊を射程圏内に入れつつあったその時、味方駆逐艦部隊は先制攻撃で魚雷を発射した。以後、飛び交う曳光弾や砲の閃光などが闇夜を明るく照らし出し、第67任務部隊の攻撃は相手警戒隊の駆逐艦高波を爆発炎上させた。瀕死の高波に気を取られている最中、巡洋艦隊に日本の魚雷が襲い掛かった。まずミネアポリス (USS Minneapolis, CA-36) には魚雷が2本命中し艦首を吹き飛ばしたが、ミネアポリスは何とか持ちこたえて戦い続けた。ミネアポリスの後方を進んでいたニューオーリンズ (USS New Orleans, CA-32) も魚雷の射線に飛び込み、艦首に魚雷が命中してミネアポリス同様に鼻先を失った。ペンサコーラは損傷したミネアポリス、ニューオーリンズ両艦を避けるべく左に舵を切った。しかし、両艦からの火災によってペンサコーラの艦影が浮かび上がり、ペンサコーラは第二水雷戦隊の格好の目標となった。発射された18本の魚雷のうち、1本が後部マスト直下の左舷側に命中し、機械室が浸水。砲塔のうち3基が使用不能となった。さらに、破れた燃料タンクから流出した油が後部マストを中心にペンサコーラの艦後部を炎上させ、第三砲塔等の弾薬庫も過熱により砲弾が炸裂する有様だった。その間、後続の軽巡洋艦ホノルル (USS Honolulu, CL-48) は30ノットの速力で相手から離れ無事だったが、巡洋艦隊の殿艦ノーザンプトン (USS Northampton, CA-26) は魚雷が2本命中し、ペンサコーラが被った以上の大被害を受けて沈没した。ペンサコーラは乗組員の懸命な努力と巧みなダメージコントロールで艦を保ち、第三砲塔から発する火勢も弱くなったペンサコーラは、炎上しながらツラギに帰投。最終的に消火されたのは、魚雷命中から実に12時間後のことであった。ペンサコーラは海戦で7名の幹部と118名の乗組員が戦死し、1名の幹部と67名の乗組員が負傷した。ペンサコーラはツラギの一角に日本軍の目を避けるためのカモフラージュされつつ応急修理を行い、当面の航行可能な状態に回復してからエスピリトゥサント島に向かい、12月6日に到着後は工作艦ヴェスタル (USS Vestal, AR-4) の手により応急修理が続けられた。1943年1月7日、ペンサコーラは出港してサモア経由で真珠湾に向かい、1月27日に到着した。ペンサコーラは真珠湾で本格的な修理が行われ、レーダーの更新と40ミリ機関砲の設置が行われた。