一部の山地では主にフランスカイガンショウ、ヨーロッパアカマツ、モンタナマツ（それぞれマツ）、セイヨウヒイラギガシ、Quercus pyrenaica、Quercus faginea（それぞれオーク）からなる斑模様の森林が形成されている。湿った斜面ではヨーロッパブナやシラカンバでさえも生育しており、そこではワラビ属やオオエゾデンダなどのシダ類も見られる。多くの山地は岩がちで草木に乏しく、低木のヒース（ブライヤ、Erica vagans、カルーナ属）、灌木のエニシダ、草状の低木であるタイム、ウシノケグサ属やコウスイガヤなどの草が生えている。緑に乏しい森や灌木林にはセイヨウネズ、Juniperus thurifera、Cytisus purgans、Erinacea anthyllis、カルーナ属などが生育している。しばしば南側斜面は北側斜面よりも乾燥し、特に夏季、長期間日照りが続くと山火事が発生することもある。乾燥したイベリア半島で湿原は一般的ではないが、イベリコ山系の標高の高い場所には湿原が形成されていることもあり、そこでは水が流れずに留まっている。オリウエラ・デル・トレメダル、ブロンチャレスの近く、「フエンテ・デル・イエーロ」と呼ばれる場所などであり、そこの標高は1,400mから1,550mある。このような湿原に生育する植物は、主にスギゴケ属、タチキジムシロ、ムシトリスミレ、セイヨウスノキ、カルーナ属、またモウセンゴケ（食虫植物）などであり、いずれもイベリコ山系より南部の西ヨーロッパでは生育していない。ビコルト山地やサンタ・クルス山地には絶滅危惧種のCentaurea pinnata（ダリヤの一種）が生育している。
イベリア山系の深刻な過疎化は野生生物にとって好ましいことであり、シロエリハゲワシのヨーロッパ最後のコロニーがこの山系に築かれている。イベリアオオカミやワシ（イヌワシ、ボネリークマタカ、ヒメクマタカ、チュウヒワシ）は人里離れた高標高の場所で比較的生息数が多い。スパニッシュアイベックス、ノロジカ、イノシシ、ヨーロッパアナグマ、ヨーロッパジャコウネコなどの哺乳類の多くはイベリコ山系の荒涼とした山地に生息している。イベリコ山系でもっともありふれた爬虫類はホウセキカナヘビ、アルジェリアカナヘビ、Psammodromus hispanicus、Podarcis muralis、Podarcis hispanicaなどであり、Chalcides chalcides、イツユビカラカネトカゲ、ヒメアシナシトカゲは比較的珍しい。イベリコ山系の山地に生息するヘビはクサリヤマカガシ、ヨーロッパヤマカガシ、モンペリエヘビ、Elaphe scalaris、Coronella girondica、Coronella austriaca、Vipera latasteiなどである。イベリコ山系全体を通じて、Rana perezi、ヨーロッパヒキガエル、ナタージャックヒキガエル、サンバガエル、マダライモリ、Lissotriton helveticusなど一部の両生類は、池や小川の中または周囲に数多く生息しており、Lissotriton helveticusなどは標高の高低や水分の多寡を問わず生息している。その他には数は少ないもののヨーロッパアマガエル、ファイアサラマンダーなどが生息しており、特に湿った森林地帯にはいまだに広く分布している。一方でイベリアトゲイモリは山岳地帯でも稀にしか発見されない。Austropotamobius pallipes（ザリガニ）を含む水生無脊椎動物や、Salaria fluviatilisやCobitis paludicaなど特定の魚類は、イベリコ山系を流れる河川の上流部に多く生息している。何本かの渓流にはマスが生息している。かつてイベリア半島中央部でとても重要な活動だった伝統的なウシの放牧は、今もこの山系の周辺の特定の村々では、乾燥した草原で生き残っている。一定数の猟師がこの山系の山地を訪れ、彼らは比較的都市部から近い山地に、特に週末に訪れる。
イベリコ山系の地質は複雑であり、均質な体系であると定義するのは困難である。種々雑多な山脈、山塊、台地、窪地で構成されており、はっきりと共通な岩石組成や全体的な構造を持たないが、山系を通じて貨幣石、石灰岩、大理石、砂岩などが一般的である。山系の中には地質学的に孤立したり、山系全体の連続性を分断している部分もあり、それらの部分は様々な標高の高原を通じて他の部分と接続している。
ハワーリジュ派の起源は、正統カリフ時代の末期に起こったイスラーム共同体内の内戦に遡る。この戦争は最終的にイスラム教の開祖ムハンマドの娘婿であるアリーと、地方の実力者であるシリア総督ムアーウィヤの間の戦いに発展するが、両者は657年のスィッフィーンの戦いにおいて妥協を結んだ。この戦争でアリーを正統なカリフと見なす側はムアーウィヤを反逆者とみなしていたが、彼らの中からアリーがムアーウィヤと妥協したことを非難する人々があらわれた。やがて彼らはアリーの居所であるイラクのクーファを退去し、アリー陣営から離脱して独自の政治勢力を形成した。「退去した者」を意味するハワーリジュの呼称はこの事件に由来している。翌658年、アリーは自陣営から離脱したハワーリジュ派とナフラワーンで戦ってこれを打ち破ったが、661年にハワーリジュ派の一員によって暗殺された。ムアーウィヤも同時に暗殺しようとしたが、こちらは失敗に終わった。アリーの死によってムアーウィヤがカリフとなりウマイヤ朝を開くと、ハワーリジュ派はこれとも激しく対立した。684年、ナーフィウ・イブン・アズラクが指導者となり、より穏健なイバード派に対してより先鋭化したハワーリジュ派のグループ（アズラク派）はバスラを占領し、イラク南部を席捲するが、ウマイヤ朝軍によってイランに追放された。アズラク派はその後も蜂起を繰り返しイラク南部に猛威をふるったが、699年にハッジャージュ・イブン・ユースフに打ち破られて壊滅的な打撃を被った。一方、穏健で、信仰隠し（タキーヤ）など政治的弾圧を逃れる手段を発展させたイバード派は、北アフリカ（マグリブ）やアラビア半島南部への布教に存続の活路を見出した。マグリブのイバード派は8世紀にルスタム朝を興し、10世紀初頭にシーア派の一派イスマーイール派のファーティマ朝に滅ぼされるまでチュニジア・トリポリタニア（リビア西部）周辺を支配した。また、オマーンではイバード派を奉ずる部族が地域の支配権を握り、18世紀には現在のオマーン国の起源であるブー・サイード朝を興した。現在、ハワーリジュ派の流れを汲む唯一の派であるイバード派は、オマーン、旧オマーン領で現タンザニア領のザンジバル、東アフリカ、リビアのトリポリタニア、チュニジア、アルジェリアに分布している。