枯死に対する「過失の有無」、それによる「損害賠償の算定」は、第一審の甲府地方裁判所での判決から別個のものとして審議が進められていた。大審院判決に到るまでの審議は、あくまでも松樹の枯死に対する「過失の有無」を争ったものであって、具体的な「損害賠償額の算定」についての審議は行われなかった。この節では、信玄公旗掛松枯死に対する損害賠償額決定についての審議過程から当裁判が終結するまでの流れを解説する。
甲府地方裁判所民事部において、原告勝訴の判決が下されたのは、翌1918年（大正7年）1月31日であった。判決は裁判長東亀五郎、判事大庭良平・高橋方雄によって行われた。ただし、ここでの勝訴は、老松枯死の原因が鉄道院側にあるとする訴訟原因についてのみであって、損害賠償額の具体的な算定については、後日の判決に持ち越された。したがって甲府地方裁判所でのこの判決は中間判決にあたる。以下、甲府地方裁判所による中間判決の全文を示す。なお、原文は縦書きであることに留意。引用準拠著作権法第13条。主文は、「原告ノ本訴請求ノ原因ハ正当ナリ」、として原告清水の訴えを認めたものであった。続く理由は要約すると、煤煙が樹木を枯死させることは予見できたことで、松樹の近くで汽車を走らせるためには、松樹の生存を維持する相当の施設を要すべきであるのに、保全の措置をとらず枯死させたることは鉄道院側に過失があることは当然であり、これによって生じた損害を賠償する義務があることを認める。よって原告の請求の原因は正当である。また、鉄道線路に汽車を走らせる事は鉄道事業者の正当な権利であり、その権利行使に伴う煤煙の発散は必然の結果であるとは言えども、これによって他人の権利を侵害することは法の認許するところではない。老松を枯死させたことは、権利の内容を超えた権利の行為である、とするものであった。判決翌日の山梨日日新聞（同年2月1日付）では、『旗掛松事件の中間判決』・『原告有利の判決』として大きく取り上げられ、「原告の請求は理由ありと認むとの中間判決あり、更に損害の程度其他については追って原被双方よりの立証に依って裁判を進行し賠償金額を決定する筈」と、前例の無い論点が争われた判決を報じた。本判決文で注目されたのは、理由中にある、「…他人ノ権利ヲ侵害スルコトハ法ノ認許セザル所ナレバ、松樹ヲ枯死セシメタルコトハ則チ権利ノ内容ヲ超逸シタル其権利行為ナリ…」、の文節であった。ここでは直接的に「権利濫用」とは表現されていない。だが、「枯死させたことは権利の内容を超逸した権利行為である」とした、この第一審判決理由が、この後続いていく控訴審判決全体に影響を与えていくこととなった。甲府地方裁判所での敗訴判決を受けた国（鉄道院）は、即座に東京控訴院（現在の東京高等裁判所）へ控訴した。
ワイマラナーは、体高がオス59-70cm（理想は62〜67）、メス57-65cm（理想は59〜63）、体重がオス30〜40kg、メス25〜35kgの大型犬である。上品で優美かつ強健な体格が求められる。また、光り輝くシルバー・グレーの単色の毛色を特色とし、グレー・ゴースト（灰色の影）やシルバー・ゴーストとも呼ばれる。また琥珀色か青みのある灰色の眼の色も独特である。ワイマラナーのボディは筋肉質で引き締まっており、脚が長い。被毛は短毛と長毛がある。短毛種の被毛は、非常に短く、滑らかで手触りがよく、手入れに苦労がない。ロングヘアー種は絹のような被毛を持ち、耳や尾に飾り毛がある。ロングヘアは遺伝的には劣性であるため、両親ともにロングヘアの遺伝子を持つ場合にのみ、ロングヘアの仔犬が生まれる可能性がある。2015年現在、FCIを含むほとんどのケネルクラブで、ロングヘアーの個体が認められているが、アメリカン・ケネルクラブでは失格とされている。アメリカのユナイテッド・ケネルクラブでは2010年以降、ロングヘアーも認められている。短毛種も長毛種も、毛色はマウスグレイからシルバーグレイの単色である。アメリカンケネルクラブのスタンダードでは、胸部の微少なホワイトのマーキングは許容されるが、ブルー、ブラックの被毛は許容されない。夏期には日焼けにより茶色くなりやすいが、冬期になると再び銀色の輝きを取り戻す。この毛色は劣性遺伝子の影響による。頭部は強固だが先細りで長く、高貴な印象を与える。耳は適度な長さの垂れ耳で、ロングヘアー種は耳が長い毛に覆われている。目は小さく、瞳の色は明るいアンバー、ブルー・グレイ、グレイのいずれかである。この眼の色からは、ハンガリー原産のビズラと非常に近い犬種ではないかと考えられている。歯はシザーズ・バイト（鋏状咬合）。ただし0.15cm(1/16")以上の不整合は不可である。耳の内側、口唇部分は繊毛あるいは無毛で、その皮膚の色も鮮やかなピンクであることが望ましい。尾は本来は長いが、短毛種は1/3程度（生後2日目に4cm、成犬時に15cm）に断尾される。ロングヘアー種は、優美な飾り毛が好まれるため、断尾しない。ただし、現代では動物愛護の観点から、またヨーロッパでは断尾を違法とする国もあるため、誕生後も断尾しない場合も多い。アメリカンケネルクラブのスタンダードでは断尾していないものはペナルティの対象とされるが、ザ・ケネルクラブ（英）やジャパンケネルクラブなどのスタンダードでは断尾していないものも認められる。脚には水かきがあり、場合によっては生後に狼爪（足の親指）が除去される。