一週間後の4月13日、スパルタクス団創設者の一人であるロシア出身のユダヤ人革命家オイゲン・レヴィーネ率いる共産主義者が革命を起こし、政権を奪取された（バイエルン・レーテ共和国）。レヴィーネは「プロレタリア独裁を打ち立てた」と宣言し、10日間ゼネストを宣言した。モスクワのボリシェビキ政権はバイエルンの共産主義政権を革命の拠点になりうるとして高く評価した。この間4月16日に当時のヒトラーがレーテ代表代理に選ばれており、フライコールに捕えられてから連隊の告発委員会に参加し、カール・マイヤーによって反ボリシェヴィキ講習のあとドイツ労働者党におくりこまれる。4月30日、ルイトポルト・ギムナジウムにおいて「赤軍独裁」を宣言した23歳の水兵エグルホーファーが、トゥーレ協会会員を含む人質8人と政府軍兵士2人を拷問の果てに白軍への報復として処刑した。捕虜殺害の報によって反革命軍は奮い立ち、ミュンヘン市街戦が展開して、死者660人に達した。レヴィーネは捕らえられ、7月5日に処刑され、バイエルン革命は終焉した。1919年5月11日、フォン・メール少将指揮下バイエルン軍第四集団が編成され、バンベルクに避難していたバイエルン政府組織に代わって無政府状態となっていたミュンヘンに軍政を敷いた。
共産主義者はこの混乱に乗じて共産主義政権の樹立を目論むが、4月6日に無政府主義者のグスタフ・ランダウアー、独立社会民主党員の劇作家のエルンスト・トラーらが革命を起こした。トラー政権には自由貨幣の提唱者であるシルビオ・ゲゼルが金融担当大臣として入閣していた。文学青年の集まりであった新政権は体制を維持できなかった。
バイエルン王国では共産主義者がソビエト体制を構築しようとして内戦状態となり、またアイスナー首相はユダヤ人であったので右派の「匕首伝説」の筋書きの通りとなった。1918年11月7日、首都ミュンヘンで独立社会民主党のユダヤ人クルト・アイスナーが共和政府樹立を宣言した。同日、ミュンヘンのデモ隊が軍駐屯地に向かったが、軍は無抵抗であった。軍の支援がなかったドイツの帝政は崩壊した。革命が成立した要因には、戦局の悪化による厭戦感情と、オーストリアの降伏によりバイエルンが戦場となることへの危機感があった。11月7日夜、療養中のバイエルン王ヴィッテルスバッハ家のルートヴィヒ3世一族は逃亡した。アイスナーはレーテを国制の基礎に置こうとしたが、中産階級をレーテに取り込もうとしたためプロレタリア独裁が実現できないとして共産主義者から「疑似レーテ共和国」と批判された。また、社会民主党などからの議会の設置要求を拒否できず、1月12日に選挙を実施した。その結果、独立社会民主党は180議席中3議席に留まった。さらにアイスナーが世界大戦の端緒となったオーストリアのセルビアへの最後通牒にドイツが共謀していたという公文書を公開すると、国家への背信であるとしてアイスナー暫定首相は1919年2月21日にトゥーレ協会会員のユダヤ系のアルコ・ファーライ伯爵に暗殺された。アイスナー暫定首相の暗殺後、バイエルンは無政府状態となった。
前作のトラの手術の一件から「動物の言葉が解る医者」として認知されたジョン・ドリトルは、動物と人間の医者を掛け持ちする多忙な日々を送っていた。そんなジョンの家庭も以前とは少し変わり、次女のマヤは父親の遺伝を信じ、ひたすら愛犬のラッキーとの会話をしようと試みていた。一方で長女シャリースは父親の特殊な能力を知って以来動物嫌いになり、家族との触れ合いを一切拒絶し続けるようになった。そんなシャリースは、お得意先のピザの配達人のエリックと恋に落ちていた。それを嫌がったジョンはシャリースの誕生パーティーを自宅で開くが、シャリースはそのパーティーにエリックを招き、ジョンは彼女を子供扱いした挙句、用意したケーキがネズミの悪戯のせいで台無しになってしまい、彼女を怒らせてしまう。ジョンは仲直りするために海外旅行を提案するが、その日の夜にビーバーが訪れ、「山に来てアライグマのジョーイに会って欲しい」と依頼される。翌朝、ジョンは山に向かいジョーイと面会し、彼から「土地開発による森林伐採から山を救ってほしい」と依頼される。ジョンは弁護士である妻リサに相談し、政府を相手に裁判を起こす。しかし、土地開発を担当する企業から相手にされず裁判は終了するが、リサは絶滅寸前で人間の手に飼われているクマのオスを野生に返し、同種の野生のクマのメスと交尾させて種を存続させることを提案し、ダフ判事は1か月間の猶予期間を与える。ジョンは早速その飼われているクマがいるサーカスを訪れるが、クマのアーチーは人間社会での生活に馴染んでしまい、野生の知識は全く持ち合わせていなかった。ジョンは無理やりアーチーを山に連れ出してメスのエヴァに会わせるが、彼女は野性味を感じさせないアーチーに全く興味を持たなかった。ジョンはアーチーを野生のクマにするため特訓するが、アーチーは期待に応えられずに山の動物たちからも見放されてしまう。一方、ジョンもリサやシャリースとの関係が上手くいかずに悩んでいた。ジョンは二人きりの時間を作ってリサとの関係を修復し、一方のアーチーもエヴァに恋をしたため、ジョンの特訓を真剣に受けるようになり、彼女から次第に認められるようになる。これを知った開発企業の社長ジョゼフ・ポッターはジョンに取引を持ち掛けて森林伐採を進めようとするが、ジョンに取引を断られてしまう。一方、エヴァには別種のクマの恋人がいることが発覚する。「頭が悪くても頼り甲斐のあるオスの方が良い」と言われたアーチーは奮起し、何匹ものクマを死に追いやった崖の先にあるハチミツを取ろうと試み、見事成功させる。その姿を見たエヴァはアーチーをパートナーに選び、二匹はじゃれ合うが、アーチーはポッターの部下に麻酔銃を撃たれ、「町に降りて民家を襲った」として警察に捕獲されてしまう。事件が報道されると、ダフ判事は猶予の取り消しを決定する。ジョンとリサは動物たちから真相を聞き出して裁判所に訴えるが、証人が動物だと知った裁判所は訴えを却下し、アーチーをメキシコのサーカスに引き渡すように命令する。ジョンはアーチーのいる檻に向かい彼を励ますが、そこにシャリースが現れアーチーと話し出す。シャリースは父親と同様に動物と話が出来るようになったことを語り、ジョンと和解する。ジョンはアーチーを助け出すため、山の動物たちに協力を依頼して開発企業を襲撃し、さらに呼応した競走馬やペットの動物たちも一斉にストライキを始める。慌てたポッターはジョンに連絡を取り、ジョンは動物たちと話し合うように提案する。話し合いの結果、ポッターは山の伐採を取り止め、アーチーも解放される。山に戻ったアーチーはエヴァと結ばれ、三匹の子グマを産む。