甲賀白雲斉（小林重四郎）を頭領とする甲賀忍者集団・闇法師の忍者・いざないの夢助（加藤精三）が江戸の商家を次々と襲撃。治安を悪化させて幕府の評判を落とし、将軍家斉を失脚させて尾張藩から次の将軍を出そうという尾張徳川家の陰謀だった。2年前に松平定信（大宮敏）の命令で尾張藩に潜入して行方不明になっていた伊賀同心・大月五郎太（江田島隆）が瀕死の重傷を負いながらも箱根から江戸へ帰る途中の秋草に出会って闇法師の存在を知らせる。第三部に登場して秋草に右腕を義手にさせられた『伊賀十忍』の生き残り・水口幻斉（天津敏）も闇法師の助っ人として再登場。闇法師と尾張藩を陰から動かしている黒幕・闇の御隠居は、幕府政策に批判的な全国の譜代大名に呼びかけ、尾張徳川家に賛同する連判状に名を連ねさせて全国の大名が顔を揃える日光東照宮での徳川家康大法要の席上で連判状を盾に家斉の将軍退位を迫る計画を企み、密かに中山道を進む。秋草は闇の御隠居と甲賀白雲斉を追って霧の遁兵衛や周作少年らと共に中山道と尾張を舞台に『闇法師』と戦う。
天明8年（1788年）の大火で焼失した京の禁裏（御所）の再建に関する政治工作で朝廷に急接近し、さらに将軍・家斉の実家である一橋徳川家に不利な弱みも握り、家斉に将軍退位を迫って将軍職を奪取しようと目論む徳川御三家のひとつ・尾張徳川家。その不穏な動きを警戒した松平定信（大宮敏）は、尾張藩の陰謀を阻止して家斉の立場を守るため家来を引き連れて京坂巡視の旅へ出たが、尾張藩より定信暗殺の密命を帯びた百々地源九郎（勝木敏之）を頭領とする忍者集団・伊賀十忍が道中で定信の命を狙って待ち構える。秋草は霧の遁兵衛（牧冬吉）ら伊賀同心の中から選りすぐられた9人の忍者と共に定信の警護をしながら東海道を舞台に伊賀十忍と戦う。
幕府直轄の天領地である甲州の山の中に存在するとされる武田信玄の残した隠し金山と、それを勝手に採掘している何者かの存在を知った松平定信（美川洋一郎）は、隠密の田辺孫太夫（高松政雄）を調査に向かわせた。調査を終えた田辺が定信の元へ戻る寸前に甲賀忍者・名張左伝（高木二朗）に殺害され、秋草が現場を目撃する。隠し金山の管理者や背後の黒幕の探索を定信より依頼された秋草は、行方不明となった父の言いつけ通りに甲州の山奥から西念寺の呑海和尚を訪ねて江戸へ来た少年・馬場周作（大森俊介）と出会う。尾張徳川家からの指示で甲賀忍者が幕府を転覆させる軍資金を捻出するため、周作の父や甲州の民を拉致し、鉱夫として強制的に隠し金山で密かに採掘作業をさせていた。秋草と周作は甲武信ヶ岳に向かったが、甲州街道では甲賀竜四郎（友田輝）を頭領とする忍者集団・甲賀十三人衆が二人を待ち構えていた。この第二部では牧冬吉が甲賀を裏切って秋草に味方する甲賀十三人衆の忍者役で3話分に出演。第一部で用心棒や剣客役で出演した天津敏も同じく甲賀十三人衆の忍者役で3話分に出演している。
天明7年（1787年）、老中首座と将軍輔佐役の地位についた松平定信（美川洋一郎）は、幕府の財政を建て直すために目を付けた蝦夷地の資源探索を秋草に依頼。公儀隠密が蝦夷に潜入したとの報告が江戸の藩邸から入った松前藩では、幕府に別の地へ国替えをさせられると思い込んで激怒する藩主・松前志摩守道広（立松晃）が、松前藩随一の剣客で甲源一刀流の達人・鬼場陣十郎（勝木敏之）に隠密・秋草の抹殺を命じた。秋草は、無法者や悪徳商人、アイヌの凶悪な酋長などの悪人たちに虐げられている蝦夷地の開拓民や善良なアイヌ民族たちを救いながら執拗に追って来る鬼場陣十郎と戦う。この第一部は、秋草が馬を乗り回し、剣以外にも拳銃を武器として使用するほか、和人に搾取されるアイヌ民族を「白人に迫害されるインディアン」のように描き、西部劇タッチで重厚なストーリーが展開した。しかし、評判が芳しくなかったために第二部からは秋草の武器も剣のみとなり、ストーリーも忍者との対決を中心にした物へと路線変更がなされた。
ポール・サミュエルソンは、比較優位を「弁護士と秘書」の例で以下のように説明している。有能な弁護士Aは、弁護士の仕事だけでなく、タイプを打つ仕事も得意だったとする。秘書は、弁護士・タイプの仕事において、弁護士Aより不得意である。更に、秘書はタイプはそこそこできるが弁護士の仕事はほとんどできない。しかし相対的な比較として各自の弁護士の仕事の能力を基準にすれば、秘書のタイピング能力は弁護士Aより優位であると見ることができる。このような場合、弁護士Aは弁護士の仕事に特化し、秘書にタイプの仕事を任せる。それが、弁護士・タイプの仕事が最も効率よくできるからである。弁護士がタイプを打つと、弁護士報酬という機会費用を捨てることになる。弁護士がタイプを打つのは、恐ろしい機会費用がかかっていることになる。秘書がタイプを打っても、機会費用は驚くほど低い。定年退職者が、午後に映画を見る機会費用は非常に低いが、カルロス・ゴーンCEOが、1時間の映画を見る機会費用は、驚くほど高い。彼が秘書のように、お茶くみの仕事をすれば、彼が出すコーヒーは何十万円という機会費用のかかるコーヒーとなる。ビジネスマンが、混んでいる安売りスーパーのレジに並ぶのではなく、コンビニで定価の商品を買うのは、「時間」という機会費用を計算＝時間(機会費用)の浪費だと計算しているからである。主婦は時間(機会費用)が安いので、スーパーのレジに並ぶことができる。無駄な事をしない＝何がトクかを常に考える(時間でも費用でも)ことが、「比較優位」を実践していることになる。