両線の車両は国鉄時代から113系1000番台・1500番台で、全車冷房化が完了、民営化後もそのまま使用され続けていたが、ダイヤ上の最高運転速度は100kn/hで、製造以来20数年を経過していたため新型車両に置き換えられることになり、1994年（平成6年）12月3日のダイヤ改正からステンレス製車両E217系電車30両（基本編成11両×2本、付属編成4両2本）が営業運転を開始した。また、この改正から、東京駅 - 成田駅（一部は成田空港駅）間に平日のみ朝上り1本、夜下り1本の通勤快速が運行開始した（詳細は後述）。1999年（平成11年）12月4日のダイヤ改正で幕張電車区の113系1000番台・1500番台がE217系置き換えられ、同時に最高速度も100km/hから120km/hに引き上げられた。これにより、東京駅 - 千葉駅間の所要時間が平均2 - 3分短縮され、最速で38分になった。なお、113系は同年11月23日に「さよなら快速113系号」が津田沼駅 - 横須賀駅間往復の団体列車として運転された。2001年（平成13年）12月1日より湘南新宿ラインの運行が開始され、横須賀線からはデータイム（新宿駅基準で10時〜17時）に新宿駅 - 逗子駅・横須賀駅まで毎時1本運転された。使用車両は215系とE217系であった。2004年（平成16年）2月29日にATCの設備老朽化に伴い、東京トンネル（品川駅 - 錦糸町駅間）内の保安装置がATCからATS-P形への変更により、閉塞方式を車内信号閉塞式から複線自動閉塞式へそれぞれ変更した。これで、すでに東京トンネルを挟む横須賀線や総武快速線の区間ではATS-Pが導入されていたことから、保安装置の一本化が実現した。2015年（平成27年）3月14日のダイヤ改正から、特別快速が東京駅 - 内房線館山駅間で平日のみ1往復運行されたが、2017年（平成29年）3月4日のダイヤ改正をもって、登場からわずか約2年で廃止された。
一方、1936年、第一路軍の第二軍は、長白地区に根拠地を作ろうとしていた。第四師の師長・安鳳学が逮捕され投降、第二軍の軍長・王徳泰が包囲され戦死するなど、相当な犠牲を払いつつ、まずは金日成が師長を務める第六師が根拠地開拓に成功し、1937年には、一路軍の第一軍第二師と、第二軍の第四師も、長白へ根拠地を移しつつあった。もともと、1932年に東北人民革命軍を立ち上げたのは、中国共産党満州省委磐石県委だったが、その当初からの古参朝鮮人メンバーに、呉成崙（全光）、李相俊（李東光）がいた。呉成崙は第二軍の政治主任で、李相俊も第二軍にかかわっていたとみられるが、彼らは民生団事件の反省に基づき、、政治委員・魏拯民の支持を得て、朝鮮人の民族意識に訴えようと、在満韓人祖国光復会 を組織する方針を打ち出していたのである。長白への侵攻は、これに従ったもので、第六師は支持基盤の構築工作を開始し、その一環として、鴨緑江対岸の朝鮮半島内・咸鏡南道（現在は両江道）甲山郡を中心に活動していた朴金喆、朴達などの共産主義団体（のちの朝鮮労働党甲山派）と連絡をつけた。1937年6月、第六師は鴨緑江を渡り、甲山郡普天面保田里（旧名、普天堡）の襲撃（普天堡の戦い）に成功したが、これは、甲山グループの手引き、参加によって成功したものである。この事件で、金日成は朝鮮のみならず、取り締まる日本側からも共匪（共産党匪賊）として大物視されるようになり、後の北朝鮮で金日成が権力を独占する上で、有力な基盤となったともされる。前述のように、この前年から第六師は長白で根拠地作りを進めていて、それにともない、数十人規模の小隊が金日成部隊を名乗り、撫松や長白に出没して略奪を繰り返し、満州軍守備隊と衝突を重ねていた。またこの年に入ってからは甲山グループの活動も活発になり、朝鮮人富豪から金品をまきあげるなどの事件もあった。さらには、崔賢を団長とする第四師第一団が、豆満江を超えて咸鏡北道茂山に進入してもいた。したがって、すでに普天堡襲撃の前年から、朝鮮半島の新聞は「金日成部隊」の動向を伝えていた。1936年9月11日付けの毎日申報は「恵山対岸に出没する賊団は150 - 160人で、三分の一が満人他が朝鮮人であり、…官憲と同じ服装でソ連式と中国式の小・拳銃、軽機二丁、大砲一門を持つ。東北抗日聯軍系で、長白県方面に派遣されたこの部隊の首領は金日成という。これらは15〜20の掠奪班で朝鮮人部落から食料を掠奪している」　と、かなり正確とみられる情報を載せている。ちなみに、これに続いた京城日報の記事では、「匪首金一成（キム・イルソン）一党」となっていて、第六師が「キム・イルソン部隊」を名乗っていたことがわかる。1937年の5月、崔賢部隊が茂山から南下し、恵山署関内、上興慶水の高瀬組材木作業所を襲った。金品多数を略奪した上、主任の日本人一人、他に朝鮮人5人、中国人30人を拉致して対岸に逃げ延び、身代金を要求した。それに引き続いての普天堡襲撃である。普天堡は300戸あまりの村で、日本人26戸、中国人2戸をのぞいて、残りがすべて朝鮮人である。そこで無差別に金品を強奪し、役場や消防会館、郵便局、小学校などに放火して逃げ去ったわけで、衝撃を受けた取り締まり側は、金日成と崔賢に多額の賞金を懸けて手配し、朝鮮日報や東亜日報も大きく報じた。これら新聞の論調は、彼らを匪賊として非難し、被害を受けた住民に同情するものが支配的だった。この時期の朝鮮では官憲（朝鮮総督府）による検閲のために、抗日運動を肯定的に報道することは困難でもあった。東北抗日聯軍は中国共産党との連絡がとれず、ソ連の援助も得づらい状況に陥っていた。物資補給のためにしばしば日本人、朝鮮人、現地人の区別なく強奪、身代金目的の誘拐など暴力的な略奪行為も行った。また身代金目的のほか、人員を補給するためにも住民を拉致し、共産主義思想を吹き込み、人員に充てていた。物資や人員の補給手段においては匪賊と大差ないとする研究者もいる。