古くは金亀坊（こんきぼう）と呼ばれていた。武州都筑郡恩田村徳恩寺末。中興開山は頼満（1608年（慶長13年）没）。それ以前の開山、開基は不明である。かつての本尊は地蔵菩薩で、真言院と呼ばれていたとも言われている。観音寺縁起によると、宝暦年間（1751〜1764）に寺号が観音寺となった。現在の本尊である十一面観音については、次のような逸話が伝えられている。宝暦年間に瀬谷村中屋敷の高橋是右衛門家にあった十一面観音が、当時の宥仁和尚と是右衛門の夢枕に立ち、観音寺に奉安せよと告げたことから、境内に新しく作られた観音堂に勧請された。その後、大火によって周辺が燃えたときに観音堂のみが無事だったため、この十一面観音を本尊とし、寺号も観音寺となった。本尊の十一面観音は武相観音札所第1番。相模新西国三十三観音札所として、1759年（宝暦9年）に設けられた。薬師は武相寅年薬師の第21番霊場。享保年間（1716～1735）以降に設けられたとされる。
「カモンちゃん」が公式キャラクターとして採用されている。経済学部谷口ゼミが考案したものである。これは2008年に彦根市で開催された「井伊直弼と開国150年祭」の市民創造事業として企画されたもので、市のウェブサイト内には本学学生による「知り隊！教え隊！井伊直弼」なども開設された。2009年の卒業式より使用されている。名前の由来は彦根藩主であった井伊直弼の官位・掃部頭（かもんのかみ）から来ており、また彦根に“come on”という意味も掛けられている。「150年祭」閉幕後も地域振興に貢献することを目標として地元の行事などに参加している。
敗戦後の1949年、近江の歴史と文化の所産である滋賀師範学校と彦根高等商業学校を母体に新制大学として発足。教育学部と経済学部は旧制の伝統をそれぞれ受け継ぎ独自に発展してきた。「豊かな人間性とグローバルな視野を備えた専門性の高い職業人の養成と、創造的な学術研究への挑戦を通して、人類と社会の持続可能な発展に貢献する」という共通理念の下、環境先進県としての知見と琵琶湖という無二の資源を生かして「環境総合研究センター」を設立。教育学部・経済学部共同での特徴ある学際的研究でも成果を収めてきた。
日本初となる統計学やビッグデータを専門的に研究する学部として、2017年度に新設された。アメリカ合衆国では、主な大学に設置されている統計学部や統計学科は年々その地位を上昇させており、日本の大学界において統計（データサイエンス）学部創設を率先垂範する役割が期待されている。また総務省統計研修所の関連機関を彦根に誘致し、各企業との共同研究を進め、東日本の統計数理研究所に対する西日本の研究拠点形成を目指す。学部長には東京大学から前統計学会会長の竹村彰通を引き抜き、統計学と情報学の専門家は18-20名、領域科学におけるビッグデータ解析の専門家はクロスアポイントメント制度も利用して「最高の布陣」を実現し、1学年の定員は約100名。2016年度には先行して「データサイエンス教育研究センター」を開設。2019年度には大学院データサイエンス研究科を発足させた。
1989年のMLBドラフトでアトランタ・ブレーブスから5巡目に指名を受け入団。1992年9月12日のヒューストン・アストロズ戦でメジャーデビュー。1994年は開幕からメジャーに定着。ストライキでシーズンが打ち切られたが、打率.278・17本塁打・47打点・OPS.907を記録し、ルーキー・オブ・ザ・イヤーの投票では3位に入った。1995年は開幕から不振が続いたが、6月6日のシカゴ・カブス戦で2本塁打6打点を記録するなど一気に調子を上げ、前半戦で打率.352・長打率.641・OPS1.069の好成績。後半戦で15本塁打を記録し、規定打席不足ながら打率.310・23本塁打・70打点・出塁率.396・長打率.608・OPS1.004の大活躍で、チームの地区優勝に貢献。2003年は主砲のフィル・ネビンが開幕から肩の故障で長期離脱を余儀なくされた。そんな中、マーク・ロレッタやピッツバーグ・パイレーツからトレード移籍してきたブライアン・ジャイルズらと共に、主軸打者としてチーム唯一の20発クリアとなる21本塁打・67打点をマークし存在感を示した（ジャイルズも20本塁打を放っているが、パドレス移籍後は4本塁打しか放っていない）。2004年は投手有利な新本拠地ペトコ・パークが開場し、これまで三塁を守ってきたネビンが完全に一塁にコンバートされた影響で、不慣れな左翼を守ることとなった。そんな影響からか、11年ぶりに2桁本塁打に届かず、中軸としては物足りない成績であった。2005年もほぼ左翼手としてプレーしたが、主砲ネビンの放出やロレッタの怪我による長期離脱・ジャイルズやショーン・バロウズの不振などもあった。そんな中、チームトップの18本塁打をマークし、投手有利な球場を本拠地とするパワーレスな打線の中軸打者として、地区優勝したチームを牽引。その一方、守備ではミスが目立ち、左腕の先発投手の際にはスタメンを外された。また、5月に7本塁打を放ち、6月に打率.302をマークしていたものの、首と背中を痛めて急失速するなど不満の残るシーズンでもあった。2006年は肩の故障のため、シーズンの大半を棒に振った。復帰後はエイドリアン・ゴンザレスの台頭もあり、守備にはつかず、すべて代打としての出場であった。同年オフにFAとなり、サンフランシスコ・ジャイアンツに移籍。2007年は、右打ちのリッチ・オーリリアと共に、主に対右投手用の一塁手としてプラトン起用された。