法務省は1989年8月4日、法務省権管第280号通達において、「糾弾会は同和問題の啓発に適さない」と解放同盟の「糾弾権」を否定した。
部落解放同盟の内部にもこの木下挨拶状を差別と認めない支部があったが、それらの支部は順次排除された。まず、大阪府連は1969年6月29日の大会で堺市、東大阪市蛇草支部らの代議員権を剥奪。ついで両支部長を除名した。1969年9月には、府連は堺支部の19名の支部執行委員の除名を強行。10月には蛇草支部に対しても幹部4名を統制処分にかけ、さらに年末にかけて堺市、東大阪市蛇草、羽曳野市、箕面市の4支部を組織排除。東大阪市荒本、高槻市、富田林市などの支部活動家の除名をおこない、約1000名の同盟員が組織から排除された。
1969年4月19日、金井清・岡野寛二・玉石藤四郎の3教諭が解同矢田支部長ならびに同書記長ら4人（泉海節一・戸田政義・西岡智・上田卓三）を逮捕監禁・強要未遂罪で刑事告訴した（矢田刑事事件）。共産党は告訴とともに組織をあげて解放同盟を「暴力集団」と非難する文書の配布をはじめ、解放同盟との敵対は決定的なものになる。5月6日から5月11日にかけて、4回にわたり、木下・金井・玉石の自宅付近に部落解放同盟の署名入りで「部落民を暴力団視する差別教師◯◯を糾弾する」「差別共産党員◯◯を糾弾する」といったステッカーが貼りめぐらされた。1970年6月17日、大阪地検がこのうち2名（泉海節一・戸田政義）を監禁罪で起訴。1971年2月10日、大阪地裁で公判が始まった。大阪地裁の傍聴席を埋めつくした部落解放同盟からの動員部隊は、被害者の証言に対して「差別者、嘘つけ!」などの野次と怒号を飛ばしたが、判事も訴訟指揮をとらず、検事も抗議せず、法廷は無法地帯と化したと伝えられる。この後、挨拶状を差別文書と位置づけていた大阪市教育委員会は、再三の教委の指導を拒み続けた木下たち11名の教員を左遷し、強制研修を命令。1973年7月17日、木下たち8名はこの処分の取消と損害賠償を求めて大阪市を提訴した（矢田民事事件）。
日本共産党衆院議員の三谷秀治は、全解連の生みの親の一人である和島為太郎の伝記の中で、日本共産党地区委員長の台詞を借り、矢田事件の背景を次のように記している。「党から除名された志賀義雄に追従した反党分子などが市教組の執行部におります。反党分子は矢田中学にもおります。『解同』府連にもおります。かれらは組合内の党員や活動家に攻撃をかけ、市教組の役員から自覚的な活動家を一掃するために『差別文書』事件をデッチ上げたのです。（略）この攻撃を組織したのは解放同盟のなかの反共反党分子と市教組のなかの反共反党分子です。形の上では『解同』府連や市教組執行委員会に対するたたかいになっておりますが、それはかれらが教組や府連という機関を握り、組織の名においてわが党の活動家や民主的な教師を攻撃しているからで、内容においては反共反党分子とのたたかいといえます」
サンフランシスコ講和条約の発効にともない公職追放解除となるやいなや、その1952年4月に「自主憲法制定」、「自主軍備確立」、「自主外交展開」をスローガンに掲げた日本再建連盟を設立し、会長に就任した。1953年（昭和28年）、日本再建連盟の選挙大敗により日本社会党に入党しようと三輪寿壮に働きかけるも党内の反対が激しく入党はできず、自由党に入党、公認候補として衆議院選挙に当選して吉田から憲法調査会会長に任じられて自主憲法制定を目指すも、1954年（昭和29年）に吉田の「軽武装、対米協調」路線に反発したため自由党を除名された。岸は「真の日本独立を実現するためには、先ず保守合同で政局を安定させて、その勢いで政治的には「民族の魂が表現された憲法」を造って、自主防衛すべく、経済的にはこの狭いところに八千五百万人という人口を如何に養っていくために自立せねばいけないのである。経済自立とは、特需は外国からの援助によるものではなく、輸出産業を振興して国際収支が均衡を得るようにならねばらならない」と日本再建について述べた。11月に鳩山一郎と共に日本民主党を結成し幹事長に就任。かねて二大政党制を標榜していた岸は、鳩山一郎や三木武吉らと共に、自由党と民主党の保守合同を主導。1955年（昭和30年）10月には左右両派に分裂していた日本社会党が再び合同したため、これに対抗して11月に新たに結成された、自由民主党の初代幹事長に就任した。かくして「55年体制」が始まる。なお、岸は1955年8月、鳩山政権の幹事長として重光葵外相の訪米に随行し、ジョン・フォスター・ダレス国務長官と重光の会談にも同席している。ここで重光は安保条約の対等化を提起し、米軍を撤退させることや、日本のアメリカ防衛などについて提案したが、ダレスは日本国憲法の存在や防衛力の脆弱性を理由に非現実的と強い調子で拒絶、岸はこのことに大きな衝撃を受け、以後安保条約の改正を政権獲得時の重要課題として意識し、そのための周到な準備を練り上げていくことになる。