2001年7月、ICTYはクロアチア政府に対して、ゴトヴィナとラヒム・アデミを逮捕するようにとの起訴状を発行した。起訴状によると、ゴトヴィナにはクロアチアのセルビア人への犯罪行為に対して、指揮官としての責任と個人としての責任の両方があるとされている。彼の部隊が人道に対する罪や戦時国際法における交戦法規違反行為を犯したともされている。嵐作戦の間、200,000から250,000人のセルビア人が追放され、少なくとも150人が殺害されたと見られている。ゴトヴィナの部隊は発砲、放火、刺殺、セルビア人達が二度と戻ることが出来ないように彼らの住居の多くを破壊した容疑が科されている。この起訴状はすぐに論争を呼ぶものとなった。政府がICTYへの協力を決定したため、ゴトヴィナ支持の人々は強く抗議し、テニス選手のゴラン・イワニセビッチといった著名人も二人の引渡しに反対するキャンペーンに参加した。その後ラヒム・アデミは任意投降したがゴトヴィナは拒否、逃亡生活を余儀なくされる。4年の間、ゴトヴィナはアメリカやEUから自首するようにとの圧力を掛けられていたが逃亡生活を送った。2005年9月、BBCはゴトヴィナがクロアチアかボスニア沿岸のフランシスコ会修道院に潜伏していると報道した。当時、ゴトヴィナはクロアチア政府の一部や軍、更にはカトリック教会からも援助を受けていると考えられていた。同じ月、ICTYのカルラ・デル・ポンテは、ゴトヴィナを保護しているとしてバチカンを公に非難したが、バチカン側はこれを否定した。クロアチア以外の国々もゴトヴィナを追跡し、国際刑事警察機構から令状も出された。アメリカ政府はゴトヴィナ逮捕に5百万ドルの懸賞をかけた。イギリスやオランダ等は、ゴトヴィナ逮捕がクロアチアのEU加盟交渉開始の条件の一つであるとした。クロアチア政府はこれに対し、政府側もゴトヴィナの居場所をつかんでおらず、すでに海外に逃亡したのではないか、また逮捕には最大限の努力を払っていると語った。EU加盟交渉は2005年3月17日に始まる予定であったが、前述の理由で延期された。トルコとの加盟交渉の停止に伴い、結局10月に再び交渉が始まった。ICTYは同時期、クロアチア政府はICTYに全面的に協力していると公表したが、詳細は語られなかった。
ゴトヴィナは1991年6月にクロアチアに戻り、Croatian National Guard (ZNG)を組織した。従軍経験を生かしたゴトヴィナは優秀な司令官となった。彼はスラヴォニアやノヴァ・グラディシュカで戦い、すぐに頭角を現してゆく。1992年にクロアチア軍が組織された際には大佐（Colonel）よりも上の准将（brigadir。現在はNATOの基準に合わせ、廃止されている）に昇進した。ゴドヴィナはヤンコ・ボベトコ（Janko Bobetko）やアント・ロソ（Anto Roso）と共にダルマチア地方を奪還し、1994年には少将の地位まで昇進した。スプリトの general-pukovnik 及び commanding officer としてゴトヴィナは、セルビア人のラトコ・ムラディッチ率いる部隊からリヴノやトミスラヴグラード（Tomislavgrad）を守る作戦など、いくつかの重要な軍事作戦を指揮した。また、クロアチア紛争の嵐作戦を指揮しクライナ・セルビア人共和国の首都とされていたクニンを包囲し、3日で占領した（この時に少なくとも150人が殺害されたと見られている）。ゴトヴィナはすぐにミストラル作戦においてクロアチア軍とクロアチア防衛評議会（Hrvatsko Vijeće Obrane, HVO）からなる共同軍の指揮官に任命された。このため、クロアチアではゴドヴィナを英雄と見る向きも多い。翌年、Army Inspectorate のチーフとなるが、クロアチアの新聞 Nacional に軍事クーデターを起こそうとしていると報道され、2002年に解任されている。新聞社のリポーター、イヴォ・プカニッチ（Ivo Pukanić）は、Army Inspectorate の関係者たちはIRA暫定派やETAといったテロリストグループに武器を供給していると告発したが、証明はされていない。
3月に「エクストラダメージケア」・「シルキースムースケア」・「エクストラボリューム」の洗い流さないトリートメントの改良を行い、コンディショナー同様にヒスチジンを配合した風呂上がりに使用する夜用のミルクタイプ「ディープリペアミルク」と、スタイリング前に使用する朝用のミストタイプ「トリートメントウォーター」を発売した。これにより、「エクストラダメージケア」の専用アイテム（バージンシャインヘアマスク、集中補修オイル、濃厚トリートメントプログラム）を除き、「エクストラダメージケア」・「シルキースムースケア」・「エクストラボリューム」の各ラインナップが統一されることとなった。4月に紺のパッケージデザインの期間限定品「デイリーモイスチャートリートメント」を発売。ヒスチジンを通常の洗い流すトリートメントよりも2倍配合し、ハイドラダメージ補修成分を配合。香りはフルーティフローラルの香りとしている。単品では300g入りの大容量サイズのみの設定だが、シャンプー・コンディショナーのポンプサイズとトリートメントをセットにした「3ステップシステムパック」では半分量の150gがセットされる。9月に「エクストラダメージケア」と「シルキースムースケア」のコンディショナーの改良を行い「トリートメントコンディショナー」に改名するとともに、各ラインの「デイリー補修トリートメント」も世界中で発売されている「パンテーン」の中で最も多くのコンディショニング成分を配合した製品としてリニューアル。リニューアルに伴って内容量を減容した（トリートメントコンディショナー ポンプ:450g→400g、つめかえ用:300g→240g、つめかえ用特大:600g→490g、つめかえ用超特大:880g→730g　デイリー補修トリートメント 通常サイズ:180g(エクストラダメージケア・シルキースムースケア)/170g(エクストラボリューム)→150g、特大サイズ:330g(エクストラダメージケア・シルキースムースケア)/310g(エクストラボリューム)→300g）。併せて、各ラインのシャンプーと「エクストラボリューム」のコンディショナーのパッケージデザインをリニューアルした（パッケージリニューアル品の内容量は据え置き）。11月には、40度の温水の中に入れて3分間温めてから使用する1回1本使いきりタイプの洗い流すトリートメント「『温ケア』濃厚トリートメント集中プログラム」を期間限定で発売（単品は5本入り）。なお、「エクストラダメージケア」の限定パッケージ品（シャンプー・トリートメントコンディショナー）と「『温ケア』濃厚トリートメント集中プログラム」1本の計3点をセットした「ウィンターレスキュープログラム」も限定発売された。