法人である株式会社が意思決定をし、行為をするには、自然人や会議体による意思決定・行為が必要である。そのような自然人や会議体を会社の機関という。株式会社にどのような機関を置き、各機関にどのような権限を配分するか（機関設計）は、各国の法制、各会社の選択によって異なるが、所有と経営が分離した株式会社では、取締役会が経営を行う一方、取締役の選任など株主全員による意思決定を行うために株主総会が開かれるのが典型的である。このほか、監査役や会計監査人などの機関が置かれることもある。なお、本店・支店や、部・課といった会社の内部組織は、機関とは異なる。どのような機関設計を行うかは、コーポレート・ガバナンス（企業統治、後述）にとって中心的な意味を持つ。
アメリカでは株式会社を表すため、会社名の後にInc.をつける。アメリカのコーポレーションは、設立人 (incorporator) が基本定款(articles of incorporationやcertificate of incorporation) を手数料とともに州務長官等の州の機関に提出することによって設立される。設立人は出資者でなくてもよく、弁護士などが設立人となることも多い。基本定款には、コーポレーションの名称、存続期間（通常は「永久」）、目的（通常は「すべての適法な事業」）、発行可能株式数、登録事務所、取締役の人数（州によって設立時取締役 (initial directors) の氏名）、設立人の氏名、住所等が記載される。一方、発起人 (promoter) は、自ら出資したり、他の出資者を募ったりして資金を調達し、また各種の設立準備行為を行う役割を担う。かつてはすべての州に最低資本金（1,000ドルとするのが最も典型的であった）の制度があったが、現在では、ほとんどの州で廃止されている。設立人又は設立時取締役が最初に開く会合（又はそれに代わる書面による合意）で、株式引受けの申込みに対する承諾、株式の発行、取締役・執行役員の選任、その他事業を始めるための契約の承認、附属定款 (bylaws) の承認などが行われる。
日本での株式会社の設立方法には、発起人（ほっきにん）が全額出資する発起設立と、発起人が一部を出資し、残りの株式を引き受ける者を募集する募集設立の2種類ある。いずれの場合も、発起人が、株式会社の目的、商号、本店所在地、設立に際しての出資額、発起人の氏名（名称）・住所等を記載した定款を作成する。発起人及び募集設立の場合の引受人は、引き受けた株式についてその全額の出資を履行しなければならない。そして、本店所在地において設立の登記をすることによって株式会社が成立する。専門職として、明治5年に司法書士が創設され、株式会社の設立などの業務を行う。旧商法の下では、株式会社の設立に際して最低1000万円の資本金を必要とする規制があったが、2003年（平成15年）2月の新事業創出促進法の一部改正で一定の条件で資本金1円で会社設立が可能となる「最低資本金規制特例制度」が制定された後、2006年（平成18年）5月の会社法の施行に伴い、最低資本金制度は廃止された。持分会社も、社員となろうとする者が定款を作成し、本店所在地で設立の登記をすることによって成立する。
アメリカでは、1897年から1903年にかけて会社の合併が進み、今まで鉄道分野に限られていた大企業が、他の産業分野にも出現するようになった。こうして、「ビッグ・ツー」、「ビッグ・スリー」、「ビッグ・フォー」といった巨大企業が多くの産業で形成されるようになった。
会社において、株主は直接経営を行わず、経営者（取締役会など）に経営権を集中することを、所有と経営の分離といい、これは多数の株主を有する大企業では普遍的に見られる特質である。このような傾向は、歴史的に会社が大規模化し、多くの株主から資金を集めなければならなくなった結果、株主が直接経営を行うことが難しくなり、専門的経営者に経営が委ねられるようになったことによる。アメリカでは20世紀初めころから所有と経営の分離が進んだ。また、所有と経営を分離することにより、会社と取引をしようとする第三者にとっては、誰が権限を有するかが分かりやすいという利点もある。各国とも、株主による投票で取締役が選ばれ、その取締役で構成される取締役会 (board of directors) が、経営上の意思決定及び業務執行の監督を行うというのが典型的な制度である。一方、日々の業務執行は、日本では代表取締役、アメリカでは執行役員 (officer) が行うのが通常である。
出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）はモデル真核生物であり、そのヘテロクロマチンは詳しく研究されている。出芽酵母のゲノムのほとんどはユークロマチンとして特徴づけられるが、なかには稀にしか転写されないDNA領域が存在する。接合型遺伝子座（HMLおよびHMR）、リボソームRNAをコードするリボソームDNA、そしてサブテロメア領域がこれにあたる。分裂酵母（Schizosaccharomyces pombe）は、出芽酵母とは異なる機構によってセントロメア近傍のヘテロクロマチンを構築する。この領域における遺伝子サイレンシングはRNAi経路の因子に依存する。二本鎖RNAが一連の段階を経て遺伝子サイレンシングをもたらすと信じられている。分裂酵母では、RNAi経路の2つの複合体、すなわちRITS（the RNAi-induced transcriptional gene silencing）とRDRC（the RNA-directed RNA polymerase complex）が、ヘテロクロマチンの確立、拡張、および維持に関わる。これらの複合体はヘテロクロマチン形成の場にsiRNA依存的に局在する。RNAポリメラーゼIIが、RITSとRDRC、およびヘテロクロマチン形成に必要な他の構成因子を呼び込むためのプラットフォームとして機能する転写産物を合成する。 RNAiと、エキソソーム複合体依存的なRNA分解過程がヘテロクロマチンによる遺伝子サイレンシングに貢献する。分裂酵母におけるこれらの機構はおそらく他の真核生物においても存在する。 RevCenと呼ばれる大きなRNA構造もまた、ヘテロクロマチン形成を仲介するsiRNAの生産に関与することが指摘されている。