伏見城は大きな地震に見舞われたが火災は起きなかったようで、櫓や殿舎の木材などが再利用可能で、｢十四日、伏見山山頂に御縄張仰せ付けられ、奉行衆罷り超す｣(『当代記』)とあり地震が起きた2日後、同年閏7月15日には木幡山伏見城の作事が着手されている。本丸が完成したのは同年10月10日であった。『城と秀吉』によると、「こうしたスピードは、建設資材のかなりの部分が再利用されたからこそ可能だったものと思われる」とし再利用による築城の速さを指摘している。ただ作事に先立ち大規模な普請（土木工事）が必要だから、この早さにはそれ以前に木幡山移転計画があり、普請がすでに始まっていて作事も着手されていたとの推測も可能で、実際、文禄3年1月の日付を持つ木幡山城の縄張り図も残る。慶長2年（1597年）5月には天守閣と殿舎が、更に同年10月には茶亭が完成した。築城が終わった伏見城は、本丸の西北に天守閣があり、西方に二の丸、北東部に松の丸、南東部に名護屋丸、曲輪下には三の丸、山里丸等の曲輪を配し、出丸部分を加えると12の曲輪が存在した。『城と秀吉』では「名護屋城の縄張りに類似しており、これが秀吉好みの曲輪配置だったのではなかろうか」としており、伏見城と名護屋城の類似性について指摘している。この時期伏見城の築城と並行して、名護屋城の築城、方広寺の大仏殿建設、大坂城の三の丸と惣構え、そして聚楽第の破却等が行われていた。この事に対して『秀吉の城』によると「土木工事に費やした労力と財力は想像をはるかに超える莫大なものであったろう」とし、この時に豊臣秀吉が費やした普請について評価している。慶長2年（1597年）5月に天守閣が建設された時に豊臣秀吉が移ってくる。「五日大雨、伏見御城殿守ノ丸へ昨日御移徒」（『義演准后日記』）と登城の様子が伺える。豊臣秀吉は大坂城と伏見城を行き来していたが、晩年は伏見城で過ごすことが多かった。豊臣秀頼と五大老に後事を託し、翌慶長3年（1598年）8月18日伏見城で没した。在城期間は4年であった。
伏見城の原形ともいえる施設は豊臣秀吉が1591年（天正19年）に関白の位と京都における政庁聚楽第を豊臣秀次に譲った際に、自らの隠居所として伏見の地に築いた屋敷である。この屋敷は文禄元年（1592年）8月11日に秀吉が平安時代より観月の名所と知られる指月周辺を散策して同月17日に場所を決定し、20日には着工が決められた。次いで8月24日に区画割りが開始され、9月3日には建設が始まるなど、工事は急いで進められた。また、同年12月に秀吉が文禄の役で名護屋城在陣中に利休好みの趣向で造らせるよう指示を出している。この際、聚楽城下から多くの町民が移住したと考えられ、現在も「聚楽町」「朱雀町」「神泉苑町」などの地名が伏見地区に遺る。「伏見城の築城は、はじめから秀吉が豪壮華麗な城として築こうとしていたと考えるのは早計である。当初の計画では、あくまでも隠居として、屋敷構にするつもりだったと思われている」とあるように、当初は城というより邸宅としての性格が強かったと考えられている。隠居屋敷は1593年（文禄2年）9月には伊達政宗との対面や徳川家康・前田利家との茶会に用いられるなど、概ね完成したと思われる。
若くして会稽郡の督郵となった。会稽太守は鍾離意を賢い人物とみなして、県の事務を任せるようになった。38年（建武14年）、会稽郡で疫病が大流行し、鍾離意は自分の親を避難させると、自ら領内に医薬を給付して回った。孝廉に察挙され、2回転任して、大司徒侯覇の府に召し出された。鍾離意は光武帝の命を受け、部下を連れて河内郡に向かうこととなった。ときに冬の寒さのため、一行は進むことができなくなった。途中の弘農郡に立ち寄ると、鍾離意は弘農郡の属県に冬用の旅着を作らせた。県は仕方なくこれを与えたが、このことを上書して光武帝に報告した。光武帝は上奏を聞いて侯覇に会うと、「君が使っている掾は本当の良吏である」と述べた。鍾離意が任務を果たして洛陽に帰ると、病のため免官された。後に瑕丘県令に任じられた。49年（建武25年）、堂邑県令に転任した。明帝が即位すると、鍾離意は洛陽に召還されて尚書となった。ときに交阯太守の張恢が大金を不正に隠匿したため、召還されて処刑された。その財産は没収されて大司農に納入され、明帝の命により群臣に分け与えられた。鍾離意は美玉を賜ることとなったが、受け取ろうとしなかった。明帝がその理由を訊ねると、鍾離意は「孔子は喉が渇いても盗泉の水を飲むことに耐えられず、曾参は勝母の閭で車を引き返したと臣は聞いています。その名称を憎んだためです。私も不正で穢れた宝に拝礼しようとは思いません」と答えた。鍾離意は尚書僕射に転じた。明帝はしばしば広成苑に幸し、遊楽や狩猟を楽しんだが、そのたびごとに鍾離意は帝を諫めた。60年（永平3年）夏、旱害が起こった。ときに洛陽の北宮の工事を始めていたため、鍾離意はこれを取りやめるよう明帝を諫めた。明帝は鍾離意の忠義を知りつつも、その諫言を疎ましく思い、魯国の相として出向させた。後に徳陽殿が落成し、百官を集めて宴会を催すと、明帝は「鍾離尚書がもし洛陽にいたら、この宮殿は立てられなかったろう」と述べた。鍾離意は長らく病を患い、在官のまま死去した。