1870年代末からアフリカ系アメリカ人はレコンストラクションの間に得ていた多くの公民権を失い、次第に人種差別を受けるようになった。リンチや人種暴動など差別主義者による暴力が増し、南部州におけるアフリカ系アメリカ人の生活水準が著しく後退した。1877年妥協の後で成立したジム・クロウ法、およびクー・クラックス・クランの勃興が社会不安の重要な要因になった。1879年には既に中西部に向けての脱出を決心した者が多く、第一次世界大戦前に始まった大移住の間にこの動きが激しくなった。顔を黒く塗った白人によるミンストレル・ショーのような演し物はステレオタイプの人種差別主義者を再現した（有名な俳優としては、サム・ルーカス（1850年-1916年）がおり、ハリエット・ビーチャー・ストウの『アンクル・トムの小屋』の戯曲でアンクル・トムの役を演じた最初の黒人だった）。1896年、合衆国最高裁判所は「プレッシー対ファーガソン事件」判決で、人種分離と「分離すれども平等」原理を支持して、アメリカ合衆国憲法修正第14条と同第15条を実質的に無効にした。D・W・グリフィスの1915年の映画『國民の創生』はクー・クラックス・クランの2度目の勃興を世に広め、「科学的人種差別」理論が以前の差別主義者の偏見や白人至上主義の提唱者に新しく正当性を与えた。19世紀に白人が他の全てに対して優れているという概念が科学的思考の主流になった。かくして素人の人類学者かつ優生学者で、ニューヨーク動物学協会の会長であるマディソン・グラントは、1906年にニューヨーク市のブロンクス動物園でコンゴ・ピグミー族のオタ・ベンガを猿やその他の動物と共に展示した。グラントの命令で動物園の支配人はオタ・ベンガをオランウータンと同じ檻に入れて「失われた環」と表示し、進化論の中でオタ・ベンガのようなアフリカ人はヨーロッパ人よりも猿に近いという仮説を演出した。
1840年から1920年の間に、前例になく多様な移民の波がアメリカ合衆国に到着し、総数は約3,700万人に上った。彼らは様々な地域から来ていた。ドイツ人600万人、アイルランド人450万人、イタリア人475万人、イングランド、スコットランドおよびウェールズ合わせて420万人、オーストリア＝ハンガリー帝国から420万人、スカンディナヴィアから230万人、ロシア人330万人（大半がユダヤ人、およびポーランド人とリトアニア人カトリック教徒）だった。大半の者はニューヨーク港を通って入国し、1892年からはエリス島の移民ステーションからとなったが、様々な民族集団が異なる場所に入った。ニューヨークなど東海岸の大都市はユダヤ人、アイルランド人およびイタリア人が多く固まり、ドイツや中央ヨーロッパの出身者は中西部に移動して工業や鉱業で職を得た。同時に100万人のフランス系カナダ人がカナダからニューイングランドへ移民した。移民は貧窮や宗教的脅威によってその母国から押し出され、また仕事の機会や親族との繋がりでアメリカに惹き付けられた。彼らは経済的機会を見出し（安定した工場労働者あるいは耕作可能な農地での農業という形で）、あるいはアイルランドのジャガイモ飢饉のような危機から逃げて来ていた。宗教あるいは政治的迫害から逃れてきた者も多かった。特に19世紀後半ではザクセン州（ドイツ）からの保守的ルーテル教会員や、ロシアとオーストリア＝ハンガリー帝国からのユダヤ人が顕著だった。政治的な抑圧や徴兵制度も、アメリカ合衆国でのより良い生活を求めた大量移民の理由になっていた。移民の大半が歓迎された一方でアジアからの移民はそうではなかった。鉄道建設のために多くの中国人が西海岸に到着したが、ヨーロッパからの移民とは異なり、全く異なる文化の一部と見られた。カリフォルニア州など西部で激しい反中国人暴動が起こった後で、連邦政府は1882年に中国人排除法を成立させた。1907年の非公式合意により、紳士協定で日本人の移民も止められた（排日）。一時的にアメリカ合衆国に留まり母国に戻る移民もいたが、そういう者は比較的羽振りが良くなるような蓄えができていた。しかし、大半の者はその母国を出たまま、新世界でより良い生活を得られることを期待してアメリカ合衆国に留まった。このときの自由と資産形成の願望が「アメリカン・ドリーム」という有名な言葉で表された。
都市化（都市の急成長）は工業化（工場と鉄道の成長）や農業の拡大と歩調を合わせた。都市の急成長でヨーロッパ、フランス系カナダ人および中国人の莫大な移民も可能になった。
元治元年7月19日（1864年8月20日）の禁門の変において長州軍が完敗し、8月上旬には下関で四国艦隊砲撃があって長州藩在国勢力も壊滅的状況に陥ったことによって、政局は再び急展開の様相を示した。長州藩は「朝敵」となって征討の対象となり、筑波勢に対する幕府・諸藩連合軍の攻撃も激しさを加えた。それを受けて国許の秋田では、吉田松陰の知己でもあり、平田派を支持していた勤王派の渋江厚光が国家老の職を罷免された。久保田藩では、朝廷より元治元年冬の京都警衛を命じられており、小川亀雄ら藩内の勤王派は速やかな上洛を建白したが、一方では7月下旬以降、幕府から水戸天狗党の乱に対処するために警衛人数を引き連れて江戸に出府せよとも命じられていて、その対応に苦慮していた。藩主佐竹義堯はまずは江戸に出て、様子をみて上京許可を得ることとしたが、幕府は義堯に上京許可をあたえなかった。江戸滞府中、再び幕府の武威が確立されていくことを感じ取った義堯は藩内の尊王派を一斉に処罰した。平田延胤は献上方罷免・遠慮処分に処せられ、片岡鎌之進、鈴木三郎太郎、青柳忠治、遠藤源生、富岡寅之助、豊間源之進、井口糺は上京供奉罷免のうえ国許への帰還を命じられ、小川亀雄、髙瀨権平、村瀬佐一郎、布施銀平らはそれぞれの役を免じられている。江戸と国許の勤王派は弾圧された。久保田藩内には、それでもなお平田派に対する警戒心を隠さない佐幕・保守の人も少なくなかったが、元治元年から翌年にかけて全国諸藩に共通して吹き荒れた政治反動の嵐のなかでは、むしろ久保田藩の処罰は他藩にくらべて穏やかなものだったといわれる。延胤も従来どおり、学問や読書にいそしむことができたのである。幕末期にあって藩論の分裂がつづいた久保田藩であったが、慶応3年（1867年）12月9日、王政復古の大号令が出るにおよんで小野岡義礼・吉川忠安ら藩内の勤王派が台頭した。江戸に滞在していた佐竹義堯は王政復古の号令が発せられたことを知るや、ただちにいったん国許に引き上げて状況を見きわめようとし、そのための京都工作に本学頭取の平田銕胤をあて、彼に対し、12月20日に藩主建白をたずさえて上京するよう命じた。一方、延胤に対しては3年前の遠慮処分を解き、やはり12月10日付で本学教授に任命したうえで、みずからの帰国に随伴させた。延胤は、平元貞治・金大之進らは先に藩主の上洛を妨げた張本人であり、斬奸するほかないと訴え、家老のひとり戸村義效（のちに白石会議に参加して奥羽越列藩同盟の盟約に調印）もまた保守派であるとして批判している。戊辰戦争では延胤は一貫して討幕・勤王・反同盟の立場に立った。