フランチェスコ2世存命時代と摂政就任時代を通じて、イザベラは国政に携わっていない余暇には文芸活動に親しむことが多く、読書、手紙書き、リュート演奏などを好んでいた。イザベラはさまざまな文芸、芸術に興味を示したが、とくに音楽を愛好し、自身で新しい楽曲の制作を試みることもあった。美術作品の収集や、哲学者、詩人、画家たちの庇護にも積極的で、ティツィアーノ、ベッリーニ、レオナルド・ダ・ヴィンチら、イザベラの後援を受けた芸術家も多い。イザベラはレオナルド・ダ・ヴィンチに自身の肖像画制作を依頼していたが、レオナルドが描いたのは一枚のドローイングだけだった。イザベラはレオナルドに宛てた書簡で、夫フランチェスコ2世がこのドローイングを他人に譲ってしまったとしてレオナルドに新たな肖像画を求めたが、レオナルドがこの依頼に応えることはなかった。イザベラは自身の肖像画以外の絵画もレオナルドに依頼しているが、これらの作品もレオナルドは描いていない。イザベラはファッションでも第一人者であり、毛皮をあしらった最上質の衣服などを着用していたほか、自身で香水を調香して贈答品として使用していた。イザベラの装いはシンプルなもので、少年のような被り物と、乳首が見えそうなほどに胸元を広く開けた豪華な刺繍が施されたガウンはイタリア全土で模倣されたのみならず、フランス王宮でもフランス王ルイ12世妃アンヌ・ド・ブルターニュらが、イザベラのファッションを真似ていた。イザベラは1500年にミラノ公国でフランス王ルイ12世と会見し、マントヴァへのフランス軍の不可侵を約束させることに成功した。ルイ12世はこのときのイザベラの魅力あふれる個性と優れた知性に感銘を受けたといわれている。イザベラがルイ12世から歓待を受けていた当時のミラノ公国はフランスの占領下であり、イザベラはルイ12世にミラノ難民の保護を依頼している。戦火を逃れて難民となっていた人々のなかに、イザベラの妹ベアトリーチェの夫でミラノ公ルドヴィーコ・スフォルツァの愛人だったチェチーリア・ガッレラーニもいた。当時のルドヴィーコ・スフォルツァはフランス軍に侵攻を受けてミラノ公国からの脱出を余儀なくされていた。イザベラは「まれに見る才能と魅力を持った淑女」としてチェチーリアをルイ12世のもとに遣わしている。
イザベラはマントヴァが混乱のさなかにあったときに大きな役割を果たした。1509年にフランチェスコ2世が敵の捕虜となってヴェネツィアに幽閉されたときにはイザベラがマントヴァ全軍を掌握し、フランチェスコ2世が釈放される1512年までマントヴァを守り抜いた。同1512年には、フィレンツェとミラノ公国に関する諸問題を解決するために開催されたマントヴァ会議で議長役を務めている。統治者としてのイザベラは夫フランチェスコ2世よりも果断で有能であり、フランチェスコ2世が幽閉されていた時期にはイザベラがマントヴァ侯領を統治し、その政治的才能はフランチェスコ2世を凌いでいた。妻イザベラが自身よりも優れた政治手腕で領地を治めていたことを釈放後に聞かされたフランチェスコ2世は憤慨し、屈辱感に苛まれた。そしてこのことが両者の結婚生活を決定的に破綻させる結果となった。そしてイザベラはフランチェスコ2世に構うことなく各地へ旅行することが多くなり、1519年3月19日にフランチェスコ2世が死去するまで、イザベラの気ままな生活は続いた。フランチェスコ2世が死去すると嫡男フェデリーコがフェデリーコ2世としてマントヴァ侯位を継ぎ、イザベラは摂政としてマントヴァの統治者となった。政治的手腕に優れたイザベラはイタリア全土に大きな影響力を持つようになり、イタリアにおけるマントヴァの地位の向上に一役買うことになっていった。イザベラは自身の政治力を発揮して息子のマントヴァ侯フェデリーコ2世と神聖ローマ皇帝カール5世の伯母ジューリア・ダラゴナとの結婚をまとめるなど、マントヴァの侯国から公国への昇格に尽力した。また、イザベラは次男エルコレ (en:Ercole Gonzaga) に、枢機卿の地位を与えることにも成功している。
勅語の第二段には、爾臣民父母ニ孝ニ兄弟ニ友ニ夫婦󠄁相和シ朋友相信シ恭儉己レヲ持シ博󠄁愛衆ニ及󠄁ホシ學ヲ修メ業ヲ習󠄁ヒ以テ智能ヲ啓󠄁發シ德器ヲ成就シ進󠄁テ公󠄁益ヲ廣メ世務ヲ開キ常ニ國憲ヲ重シ國法ニ遵󠄁ヒ一旦緩󠄁急󠄁アレハ義勇󠄁公󠄁ニ奉シ以テ天壤無窮󠄁ノ皇運󠄁ヲ扶翼󠄂スヘシ是ノ如キハ獨リ朕󠄁カ忠良ノ臣民タルノミナラス又󠄂以テ爾祖先ノ遺󠄁風ヲ顯彰スルニ足ランと仰せられてあります。この一段には、始めに天皇が我等臣民に対して爾臣民と親しくお呼びかけになり、我等が常に守るべき道をお諭しになって居ります。その御趣旨によると、我等臣民たるものは父母に孝行を尽くし、兄弟姉妹仲よくし、夫婦互に分を守って睦まじくし、朋友には信義をもって交わらなければならなりません。誰に対しても身を慎んで無礼の挙動なく、常に自分を引き締めて気ままにせず、しかも広く世間の人に慈愛を及ぼすことが大切であります。また学問を修め業務を習って、知識才能を進め、徳ある有為の人となり、進んでこの智徳を活用して、公共の利益を増進し、世間に有用な業務を興すことが大切であります。また常に皇室典範・大日本帝国憲法を重んじ、その他の法令を守り、もし国に事変が起こったら、勇気を奮い一身をささげて、君国のために尽くさなければならなりません。このようにして天地と共に窮りない皇位の御盛運をお助け申し上げるのが、我等臣民の務めであります。なお以上の道をよく実行する者は、陛下の忠良な臣民であるばかりでなく、我等の祖先がのこした美風を表す者であることをお諭しになって居ります。