車内内張りにはベージュ系の色を採用し、床材は01系よりも明るい色の茶色とクリーム色で2色フットライン入りのものとした。当初は床に主電動機点検蓋（トラップドア）があったが、第20編成よりメンテナンスが軽減された主電動機の三相交流化に伴い省略された。側窓は車端部が2連窓、ドア間が3連窓で、いずれも開閉可能な下降窓である。車内側の窓枠は1・2次車がアルミ製であったが、3次車からはFRP製に変更された。なお、丸ノ内線には地上走行区間があるが、ロール式カーテンは設置していない。2009年時点での座席モケットは全車両が赤系色で総柄プリント品のバケットシートである。1人分の掛け幅は5次車までが440mm、6次車からは450mmに拡大されたほか、袖仕切上部のパイプにモケットが巻かれたものとなった。優先席部は同柄で、青色の表地である。なお、当初の1 - 5次車は赤色の区分柄入りで非バケットタイプ（3次車からバケットタイプ）であったが、後年に前述した6次車以降と同じものへ交換が実施された。客用ドアは在来車両より100mm広い1,400mmに拡大し、ラッシュ時の乗降をスムーズにするようにしている。車内側も化粧板仕上げであり、ドアガラスは2次車までは単板ガラス、3次車以降では複層ガラスが採用された。連結面は各車に貫通扉が設置されており、妻面には窓が設置されている（一部、冷房装置の配電盤があるために窓がない箇所もある）。座席端の袖仕切りは荷棚の端と一体になったもので、形状は01系のものに似ているがそれよりも丸みを帯びている。荷棚はステンレス線を格子状にスポット溶接したものである。つり革は白色の三角形であり、線路方向は全長に渡って、枕木方向はドア付近上部に設置している。2006年（平成18年）初頭頃からは優先席部分のつり革がオレンジ色のものに交換されている。車椅子スペースは5次車から設置が開始され、車内に2か所ずつ設けた。さらに非常通報器は警報式から乗務員との相互通話可能な対話式のものへ変更された。のちにワンマン運転への対応のため、全車両が対話式へ交換されている。連結面間貫通路は6次車からは車椅子での通行を考慮して800mm幅から870mm幅に拡幅された。2007年（平成19年）頃から、車内号車札・非常通報装置・非常用ドアコック・消火器の表記類を10000系と同じ蓄光性シールへの交換が実施されている。
丸ノ内線ではかつて駅冷房に加えトンネル冷房を実施していたため、初期に落成した2次車までは01系初期編成と同様に非冷房車として落成したが、1990年（平成2年）夏より銀座線と並行して丸ノ内線も車両冷房を導入することが決定され、3次車からは新製時より薄型集約分散式冷房装置を搭載している。非冷房車である2次車までも1990年（平成2年）7月 - 1996年（平成8年）6月までに冷房装置搭載改造を実施した。冷房改造車は側面上部に通風口を塞いだ跡があり、新製冷房車とは判別は容易である。冷房装置は三菱電機製のCU-766形で、1基当たりの能力は16.3kW (14,000kcal/h) であり、これを車端部の屋根に埋め込む形で1両あたり2基を設置している。非冷房車は落成当初の車内の天井が高く、外気循環形の軸流送風機「ファンデリア」が各車6台設けられていた。冷房車として落成した3次車からは平天井構造とされ、天井に冷房用ダクト・吹き出し口・補助送風機としてはラインデリアが設けられた。非冷房車も後の冷房改造時に同様の構造へと改造された。なお、当初から乗客へのサービスとして暖房装置を搭載しているが、本系列は丸ノ内線では初めての暖房装置搭載車両でもある。
2009年8月に開催された豊田国際ユースサッカー大会に出場し、2試合で2得点を記録。準優勝に貢献し、MIP賞を受賞した。2010年1月に開催されたコパ・チーバスに出場。グループリーグ最終戦では2得点を決め、逆転での決勝トーナメント進出に貢献。決勝のU-18メキシコ戦では唯一の得点を決めた。日本は1対2で敗れたものの、準優勝という過去最高の成績を残した。2011年10月に開催されたAFC U-19選手権予選に出場。第1戦のグアム戦では1人で8得点を決めるなど活躍した。2012年11月に開催された本大会でもエースとして期待されたが、グループリーグから4試合無得点に終わり、日本も3大会連続でFIFA U-20ワールドカップへの切符を逃すことになった。2012年6月に開催されたAFC U-22アジアカップ予選に出場。第4戦のインドネシア戦では4得点を決めるなど、本大会出場に貢献した。本大会である、2014年1月に開催されたAFC U-22アジアカップに出場するU-21日本代表にも招集を打診されたが、ヤングボーイズでのスタメン争いのため、クラブのキャンプに参加したいと断った。日本はベスト8で敗退している。2015年3月27日からリオデジャネイロオリンピックアジア1次予選を兼ねるAFC U-23選手権2016予選を戦うU-22日本代表に招集された。ヤングボーイズの要望により、3試合中2試合の出場のみという条件付きでの招集となったが、年齢制限が始まった92年バルセロナ五輪以降、1次予選から海外組が出場するのは南野拓実と共に初めてのこととなった。第1戦のマカオ戦は出場を回避し、第2戦のベトナム戦と第3戦のマレーシア戦に出場。第3戦のマレーシア戦では、安在和樹のクロスをヘディングで叩き込み、日本の最終予選進出を決める決勝ゴールを挙げた。2016年1月12日からリオデジャネイロオリンピックアジア最終予選を兼ねるAFC U-23選手権2016本大会に臨むU-23日本代表に招集された。海外組の久保は１次予選以来の招集となったが、久保が不在な間の練習試合でチームは結果を残せておらず、監督の手倉森誠は「この年代のストライカーが誰かと言ったら久保の名前が挙がる。他の選手も久保に期待をすると思う」と期待を寄せた。 グループリーグでは第2戦のタイ戦で途中出場から2ゴールを記録。決勝トーナメント準決勝のイラク戦では旧友である原川力とのアベック弾で「ドーハの歓喜」を起こし、五輪本選出場を決めると、決勝の韓国戦はスタメンフル出場で日本のアジア制覇に貢献。大会を通して安定したパフォーマンスを見せ、チームで唯一となる全6試合に出場。チームで最多の3ゴールを記録した。リオデジャネイロオリンピック本大会のメンバーにも選出されていた が、UEFAチャンピオンズリーグ 2016-17 予選を戦っているBSCヤングボーイズ側の事情（同僚FWであるアレクサンデル・ゲルントの負傷離脱）で大会直前にクラブが招集を拒否、出場辞退となった。