公光が夢を見はじめると、美しい女人が紅の袴を召して現れる。その女人は二条の后であると名乗り、この世への執着ゆえにここに戻ってきたのですと告げる。そして乞われるままに伊勢物語のことを語り始める。二条后は、この物語で「武蔵野の若草を焼かないで欲しい、そこには若草のような夫と私が籠っているから」と、武蔵野で歌を詠んだことになっているが、それは本当は春日野のことであると言った。そして二条后の兄の基経の霊が現れると、その夫とは業平であり、后を取り返したのは基経で、物語で「鬼一口」と書かれている鬼も基経であり、鬼の姿でその時の物語を再現しようと言った。后は誰も恨むことはありませんが、昔兄に追われて業平とともに武蔵野へ逃げたのですと言う。基経は武蔵野に果てずとも恋路には限りがあり、いつまでも身を忍ばせることなどできぬと言った。后は、では昔のように武蔵塚の内に逃げ込み隠れましょうと言った。基経は、ここまで姿が見えていたが暗くなって見えなくなったと言い、野に火をとぼし焼き狩りのごとく探すと一つの塚があった。そこが怪しいと思い奥に入ると、そこに后と業平を見つける。業平は生前の物語を語りながら、それも今となっては恥ずかしいと言い、基経も、后が業平を慕っていたことは恥ずかしいことだと言う。業平は宇津の山を越え隅田川に着いたと言うが、基経は武蔵野とは本当は春日野であったのだと言い、后を取り返して帰った。夜も明けると、そこは武蔵野でも春日野でもなく、雲林院の花のもとであり、基経や后の姿も夢のように消えていたのだった。
前半はほぼ同じであるが、後半が大きく異なっている。古作は二条后の霊と藤原基経の霊が現れ、兄弟愛の妄執を描いた執心男物とされる。対して現行の雲林院は業平だけが登場し、旧懐しながら舞を舞う美男物である。また、現行曲はワキツレとアイが登場する間狂言があるが、古作の世阿弥自筆本にはワキツレとアイが登場しない。おそらく雲林院の原形にも登場しなかったのであろうと推測されている。
現行の雲林院は、室町時代にはあまり上演されなかったと見られ、1593年の徳川家康の所演が知られるのみである。江戸時代は観世・宝生流の所演曲となり、後期になると金剛・喜多流も演じるようになる。金春流だけは1992年になって所演曲としている。古作の雲林院は金剛権守が薪能で演じ、喜阿弥が謡ったとされることから南北朝時代の作品と言われているが、室町時代の初期に廃曲になったとも言われている。1982年に法政大学能楽研究所によって、世阿弥自筆本より復活上演された。以降も観世流の一部によって上演されている。
古作の雲林院は、伊勢物語の主に2・6・9・12・65・123段に、当時の伊勢物語の古注釈の素材を用い、新たな物語として作られている。それを改作した現行の雲林院も、同じく伊勢物語の古注釈をもとに作られている。
元となる古作の雲林院も改作された雲林院も作者不明だが、金春禅竹の『歌舞髄脳記』に出てくる『雲林院』は改作された『雲林院』とみられ、また、それが初見とされること。さらに禅竹作の『小塩』と内容が類似することから、禅竹を改作者とする説もある。
1881年、旧幕臣、英学者で沼津兵学校教授の父太郎乙と母つきの間に東京府牛込区牛込横寺町（現・東京都新宿区横寺町）で生まれる。太郎乙には5男5女（うち長男と四男は幼い頃に亡くなっている）がおり、三郎はその三男であった。弟に、英文学者の乙骨五郎がいる。また祖父は儒学者の乙骨耐軒である。また母つきは杉田玄白の曾孫に当たる。詩人・翻訳家の上田敏は従兄弟（上田の父・絅二は耐軒の次男）。1898年、第一高等学校一部文科に入学、ピアノやオルガンに親しんだ。卒業後の1901年には東京帝国大学文科大学哲学科に入学、日本の音楽レベルを向上させるべく、歌劇研究を行う「ワグネル会」を結成。同会は1903年に日本で初めて歌劇を上演したが、その演目であった『オルフォイス』（グルック作曲『オルフェオとエウリディーチェ』）の、ドイツ語版からの翻訳は乙骨が石倉小三郎、近藤朔風（逸五郎）などと協力して手がけた。演奏面は東京音楽学校の学生が中心となり、やはり沼津兵学校教授だった渡部温の息子渡部康三が、兄の渡部朔から貰った資金を活用した。出演者には三浦環（当時は柴田環）もおり、ケーベル博士等から指導を受けた。1904年9月、大学院に進学し美学を専攻。大学院修了後、楽友社の雑誌『音楽』（『音楽之友』から改題）に寄稿を始め、西欧音楽の普及、紹介に努めた。1907年には東京音楽学校のドイツ語教師嘱託として勤務、翌年教授となる。西洋音楽の紹介にも力を入れ、近藤逸五郎が編纂した『独唱名曲集』にはモーツァルトの『すみれ』やシューベルトの『死と乙女』などといった歌曲の訳詞を収めた。また『日本百科大辞典』（三省堂）の編纂にも参加し、主に西洋音楽に関する項を執筆した。1910年、母つきが逝去。同年10月に福地金次郎の娘千代と結婚し、翌年長女みちが誕生。同じく1911年には國學院大學の講師に就任。また文部省の小学唱歌編纂委員として参加し、『尋常小学唱歌』の出版に関わった。そこに収録された唱歌の内、『日の丸の旗』『浦島太郎』『汽車』『池の鯉』などの作詞を手がけている。1912年に父太郎乙が逝去。1911年頃から『西洋音楽史』の執筆を依頼され、執筆を続けていたが、体調が優れなくなり大学も休みがちとなった。肺結核を患い、1929年頃から体調は悪化、國學院大學を退官することとなった。その後も療養を続けていたが、1934年9月19日に永眠。享年53。遺された『西洋音楽史』は、それまでにも執筆を手伝っていた遺弟の太田太郎や高橋均夫妻の手によって完成され、死後の1935年に上梓された。