続いて午前5時13分頃、大泊からの疎開者約3,400名を乗せ小樽へ向っていた特設砲艦第二号新興丸（2,700トン）が留萌沖北西33キロの海上で、ソ連の潜水艦L-19からの魚雷を右舷船倉に受け縦約5m・横約10mの穴が開いた。さらにこの直後に浮上した潜水艦により銃撃を受けたため、やむなくこれに応戦した。同艦は1941年（昭和16年）に海軍に徴用され特設砲艦として宗谷海峡付近で機雷敷設の任務に就いていた艦であるため、12センチ砲2門と25mm対空機銃の装備があった。この攻撃によって、第二号新興丸は船体に大きな損害を受けたが機関に異常はなかったため最寄りの留萌港に入港した。船内で確認された遺体は229体。行方不明者も含めると400名近くが犠牲となった。事件後、第二号新興丸は修理・改装され1966年（昭和41年）まで国内で商船として使用され、その後パナマに売却された。
1945年（昭和20年）8月20日、疎開船の1隻である逓信省の海底ケーブル敷設船小笠原丸（1,456トン）が疎開者1,500名ほどを乗せて大泊から稚内に渡った。日本に到着した事や機雷の危険がある事から下船するよう勧めがあったが、列車の混雑などを理由に約600名の乗客と約100名の船員・軍人を乗せて小樽に向った。その途中の8月22日午前4時20分頃、増毛沖の海上でソ連潜水艦L-12の雷撃により撃沈された。乗員乗客638名が死亡し、生存者は61名だった。なお、資料によっては死者は641人、生存者は62人とされることもある。
1945年（昭和20年）8月15日に、大日本帝国政府はポツダム宣言を受諾し、降伏文書への調印意思を連合国へ通達、翌日には各軍への停戦命令の布告及び武装解除を行った。これに対応しイギリス軍やアメリカ軍は即座に戦闘行為を停止した。日本軍の樺太守備部隊はまだ停戦命令を受けず、ソ連軍と戦いを続けた。ソ連軍の攻撃から避難させるため、大津敏男樺太庁長官は長官命令で婦女子や老人を優先的に本土に送還させるため大泊港の小笠原丸、第二号新興丸、泰東丸に分乗させ本土に引き揚げさせようとした。
三船殉難事件（さんせんじゅんなんじけん）は、第二次世界大戦末期の1945年（昭和20年）8月22日、北海道留萌沖の海上で樺太からの疎開者を主体とする日本の緊急疎開船3隻（小笠原丸、第二号新興丸、泰東丸）がソ連軍の潜水艦（Ⅼ-12号･L-19号）からの攻撃を受け、小笠原丸と泰東丸が沈没して1,708名以上が犠牲となった事件を指す。三船遭難事件とも呼ばれる。
在京FM局のうちJ-WAVEとNHK東京FMの2局が東京タワーからの送信所移転を申請、2011年2月3日に変更許可が下り、2012年4月23日よりFM本放送を開始した。同時にNHK-FM放送を使用したVICSの文字多重放送についても道路交通情報通信システムセンターが申請を行い、前2局と共に変更許可を得ている。東京タワーでの放送時の空中線電力は10kWだったが、高所設置に伴うスピルオーバーを防ぐため、東京スカイツリーでの空中線電力は3割減の7kWに減力されている。ただし送信点高が東京タワーよりも遥かに高くなった事（地上高540m）とERPが逆に約3割増の57kWで送信されているため、実質的な受信可能エリアは広くなっている。一方、InterFMならびに放送大学ラジオ（JOUD-FM）、TOKYO FMは従来通り東京タワーから送信され、東京スカイツリーからは送信されない（放送大学ラジオ（JOUD-FM）は2018年10月30日で廃止）。このうち、TOKYO FMは2013年2月11日に送信用アンテナをアナログテレビ放送終了で空いた地上高333mの東京タワー頂上部に移転しており、これによりスカイツリーから送信している2局と同等以上の出力（空中線電力10kW、ERP125kW）で送信が可能となっている。InterFMも2015年6月30日より周波数を変更した上で従来より高所にアンテナを設置して送信を開始している。また、東京タワーのNHK-FMの送信設備は予備用として残されている。移転初日には、J-WAVEとNHK-FMが天望デッキから移転記念特番を放送した。またスカイツリー開業初日には、J-WAVEとニッポン放送が共同で東京ソラマチにあるサテライトスタジオ、TOKYO SKYTREE TOWN STUDIOから放送した。なおニッポン放送は同日朝に同スタジオから放送しており（垣花正 あなたとハッピー!の番組内）、オンエア自体はニッポン放送が先となる。2014年9月3日にはTBSラジオ&コミュニケーションズ（現・TBSラジオ）、文化放送、ニッポン放送の関東広域AMラジオ3社に対し、FM補完中継局の予備免許が付与された。全国としては3番目、関東地方では初の免許付与となるAM放送のFM補完中継局で、3社共同でスカイツリーにアンテナを設置し、2015年10月5日より試験放送を実施、落成検査・本免許交付を経て、同年12月7日13時より本放送を開始、同日には天望デッキから3局合同の記念特番の放送を行った。開局後は災害発生時にAM親局送信所での放送継続が困難となった場合の対策や、都心部の難聴取・雑音等の解消を目的として、AMとのサイマル放送が行われる。