制作サイドによると、初期のトリックは、天樹、金成がそれぞれ考えたもの、編集部を含めた全員で考えたもの、推理小説から流用したものがあったという。流用に関しては、『週刊文春』1997年8月7日第30号に初期のエピソード（「オペラ座館殺人事件」、「異人館村殺人事件」､「魔術列車殺人事件」など）に過去のミステリ作品からのトリック流用を指摘された。この質問に対して編集部は「ミステリー作品は昔からトリックの流用が行われており問題はない」旨の回答を行った。「異人館村殺人事件」のトリックは島田荘司の『占星術殺人事件』の模倣だとして、島田から同号上にて「この問題は民事訴訟に発展する」というタイトルの寄稿文にて批判と抗議を受けた。内容は「作家に使用の許可を取るべきが正当」、「無断で使用してしまおうというゲリラ的発想」、「無断での映像化などはやめて欲しい」という旨のもの（講談社文庫 「21世紀本格宣言」に再録）。島田に使用の許可を取ってトリックを使用している作家もいる。その後、抗議を受けた「異人館村殺人事件」については単行本や公式ガイドブックなどで出典明記と注意書きがされており、ドラマ版のソフトでは問題指摘後に欠番となったほか、アニメ化も行われていない。また、スピンオフ漫画「犯人たちの事件簿」でも本事件の犯人のみ登場していない。連載当初は「週刊連載のミステリー漫画」自体が初の試みだったため、試行錯誤の連続でトリックの流用が多かったが、ファイル3「雪夜叉伝説殺人事件」で用いたメイントリックが評判となり、ファイル4「学園七不思議殺人事件」以降はオリジナルのトリックを用いた制作スタイルが確立したという（ただし厳密に言うならば、上記のようにミステリー作品のトリックはある程度出尽くしているという事情もあり、過去作に偶然、ある程度は似たようなトリックがあったというケースはあるだろうが意図的な過去作からの流用はやめたという意味）。このため作者は「（ミステリーマニアの人は）4巻くらいから読んでいただくと面白いと思います。最初はちょっといろいろありまして（笑）」と述べている。
File1の「オペラ座館殺人事件」から『週刊少年マガジン』誌上で行われていた企画。FILEシリーズおよびCaseシリーズ（1 - 3）、新シリーズにおいて、読者が犯人・主要なトリックの推理を解決編の前の週に講談社に送り、当たった人の中から抽選で賞品が貰える。正答率は平均10 - 15%程度であったが、Case3「天草財宝伝説殺人事件」では、犯人を含む完全な真相を推理できた応募者が全応募者5,324名の中でわずか3名だけだった。
各話の事件発生後から真相直前の回の冒頭に表示される事件関係者のリスト。FILE1からFILE4までは死亡者のパネルが消えるようになっていたがFILE5以降からは死亡者が黒く塗り潰されるようになっている。「秘宝島殺人事件」、「飛騨からくり屋敷殺人事件」、「タロット山荘殺人事件」、「剣持警部の殺人」は死亡者が発生しても黒く塗りつぶされていない。「速水玲香誘拐殺人事件」とCaseシリーズおよび「黒魔術殺人事件」、「錬金術殺人事件」では容疑者リストは表示されなかった。また、「吸血鬼伝説殺人事件」では初めてカラーで表示されている。一と美雪を除いて、警察官であってもリストアップされるが、再登場キャラクターはリストから除外される。また、「獄門塾殺人事件」ではリストが初めて登場した時点で多数の犠牲者が出ており、これらは除外され、生存している人物のみがリストアップされていた。また、レギュラーキャラクターである村上草太がリストアップされるなど、先述した初期のパネルによく似たタイプとなっている。
ストーリー中、幽霊や妖怪、呪いといったオカルトが何らかの形で事件にかかわってきたり、あるいは犯人がそれらになぞらえることがある。事件のトリックや謎解きに超自然的なガジェットが用いられることはないものの、中には実際にそれらが存在すること自体は否定されない場合もある。
師範学校を卒業後、19歳にして昌文小学校（現在の田原小学校）の校長に就任するが、後に東京帝国大学に入学、卒業して医師資格を得、千葉県布佐町（現・我孫子市）に住む。20歳で家督を継ぎ、近くの村出身の女性と結婚したが離婚した。原因はひとえに「小さな家」のためであった。最も長命だった弟の柳田國男は、晩年に口述筆記の回想記『故郷七十年』において、「長兄は二十歳で近村から嫁をもらった。しかし私の家は二夫婦住めない家だった。母がきつい、しっかりした人だったから、まして同じ家に二夫婦住んでうまくいくわけがない。『天に二日なし』の語があるように、当時の嫁姑の争いは姑の勝ちだ。わづか一年ばかりの生活で兄嫁は逃げて帰ってしまった」。またこのことで、「この家の小ささ、という運命から、私の民俗学への志も源を発したといってもよい」とも述べ、國男の学問にも大きな影を落とした。回想記『故郷七十年』ではまた、「昔は娘が婿をとっても必ず主人夫婦とは別の所に寝たものである。襖を隔てて寝息までききとれる同じ家に若夫婦を住まわせた私の親たちも無謀であったし、仲人をした村の物わかりのいい人々も乱暴であった」、「これは私の家の歴史を語るのではなく、古い制度の変遷の無造作、どう変更すべきかを考えなかった、平たくいえば民俗学のなさを物語っているわけである」とも述べている。傷心の鼎は、23歳で上京し東京帝国大学（東京大学）医学部別科に入学、4年後卒業し、翌年に茨城県布川町徳満寺で開業する。開業前には茨城の旧家から嫁をもらい2度目の結婚をするが離婚し、出戻った妻は実家からも追い出されて溜池に入水自殺したと伝えられる。鼎は当時千葉県検見川で医院を開業していた海老原精一の代診をしていたが、1882年に海老原の岳父の医師・小川東作が亡くなったことから、海老原の進言で布川の小川邸の敷地内の離れに転居し、済衆医院を開業した（現在は「柳田國男記念公苑資料館」）。このため経済的に余裕のできた鼎は、弟の國男、静雄、両親を引き取った。國男は学者の家系であるこの小川家の土蔵に納められた、多くの書物を乱読し、日本民俗学の手引書的な著作となった、赤松宗旦『利根川図志』（國男が校訂し岩波文庫、初版1938年）などもこの土蔵で見聞したと伝えられる。後年は、千葉県会議員、布佐町長、千葉県医師会長などを歴任した。郷土の名士として地方自治に大きな貢献を行ったが、國男は『故郷七十年』で、「一生を酒を唯一の慰めにして、他郷に居る寂しさを逃れてゐたのが兄の境遇であった」と回想している。あるとき、貞明皇后に松岡兄弟の話題を提供した者があり、その際うっかり「あそこは4人兄弟がありまして、それぞれが何か仕事をしております」と話したところ、皇后が「もう1人、上のが田舎にいるはずだ」というのを、鼎は聞き「それでもう本望」と涙をこぼし喜んだとも述べている。