2000年12月には脱税事件により信頼関係が崩壊したとして、所属事務所でマネジメント契約を結んだエージーコミュニケーションおよび専属契約を結んだミュージックトライブに対して「契約終了の確認」とレコード会社や広告代理店などから事務所に支払われた大もとの「契約出演料明細の交付」を求め、鈴木本人と親権者である両親が東京地裁に民事訴訟を提起した（委任契約終了確認等請求事件。当時鈴木は18歳で未成年であった為）。訴訟提起後もデジタルドリームライブ・第51回NHK紅白歌合戦や鈴木あみのアイドルダウンロードショーなどの出演はこなしたものの、主演が内定していた2001年4月からのテレビドラマ「新・星の金貨」は降板し、出演者変更のため2話分短縮（放送開始繰り下げ）される事態が発生した（訴訟で「新・星の金貨」は事務所がレコード会社と勝手にオファーを受けたなどと代理人が陳述）。小室はエージー社長と懇意にしていたこともあり、小室が紆余曲折を経てエイベックスに所属するまでは音楽上の関わりあいが断たれることになった。マスメディアからは独立騒動（お家騒動）と受け止められていたが、2001年3月8日の日刊スポーツは一面で鈴木の引退危機に追い込まれていた事を報じていた。CMなどの出演契約が満了した2001年4月以降は出演契約の締結・更新など芸能活動が不可能となり、実質引退状態に追い込まれることとなった。この時点では所属契約は解除されていないため、CD・ビデオや書籍は廃盤・絶版扱いにはならず、従来通り商品の入手が可能であった。この事態を受けて、2001年3月末にファンはインターネット上でデビュー曲である『love the island』を大量に購入し、オリコンにランクインさせるという行動を呼びかけた。オリコンチャートトップ10にこそランクインしなかったものの、その活動を受けてTRUE KiSS DiSC（SMEJ）は2001年5月末に急遽ベスト・アルバム『FUN for FAN』を発売。オリコンアルバムチャート1位を記録した。また、同時にファンサイト内で鈴木の復帰を求める署名活動も実施。国内だけでなく、台湾からも多くの署名が集められた。しかしながら、SMEJとの専属実演家契約はプロミュージシャンでは慣例となっている芸能プロダクション（エージーコミュニケーション・ミュージックトライブ）を交えた三面契約で締結していた（CDのギャランティーは芸能プロダクションに支払われ、経費を差し引いてアーティストに渡される）ことから、『FUN for FAN』発売後の同年6月にSMEJに対しても所属事務所と同様の「契約終了の確認」および「実演家印税の支払い・明細の交付」を求めて新たに東京地裁へ民事訴訟を提起した（専属実演家契約終了確認等請求事件）。この訴訟では『FUN for FAN』発売はレコード会社によって勝手に行われ、売上に対する印税を受け取っていないと鈴木側は主張している（SMEJは所属事務所に支払っていると主張）。2001年7月18日、委任契約終了確認等請求事件の判決で、東京地裁（金井康雄裁判長）はエージーコミュニケーション、ミュージックトライブとの「契約終了」については鈴木側の主張を認め、「明細の開示」については認めないとした。上告しなかったことから所属事務所との契約終了については確定。法的上、歌手以外の活動は事務所から独立してフリーランスになった。しかしSMEJとの訴訟は係争中のままであり、受け入れる新たな事務所も無く、芸能活動は停止したままとなった。なお、一連の訴訟には鈴木本人は姿を見せなかった。2002年1月6日、女性週刊誌・スポーツ紙の記事で小室哲哉繋がりで吉本興業に所属し、春を目処にR and C JapanからCD発売と報じられた。2月には林裕章吉本興業社長が契約交渉を詰めている事を認めたが、4月15日の吉本新喜劇の記者会見後の取材で鈴木側の弁護士と話がつかないとして静観していると発言し、自然消滅となった。
たとえば、キノロン薬であれば10⁶個に1個が自然変異によって耐性を獲得すると言われている。この10⁶個に1個の細胞が耐性化した状態もヘテロ耐性である。このような変異が積み重なれば耐性細胞の含有率は高まるが、一般的に耐性化すると増殖は弱くなるため自然淘汰されると考えられる。しかし、抗菌薬が存在すれば、逆に増殖の弱い耐性細胞のみが生き残り（抗菌薬プレッシャー）、細胞集団全体が耐性細胞に置き換わってしまう。これが抗菌薬による耐性菌の選択になる。つまり、耐性菌が出現する場合は必ずヘテロ耐性の段階を経由している。これは、外来の耐性遺伝子を獲得して耐性化する場合も同じである。10⁶個の細胞があって、同時に全ての細胞に耐性遺伝子が入るなどあり得ない。やはり、少数の細胞に耐性遺伝子が入り込んで、それが有意に増加して耐性菌になると考えられる。当然、VISA株が存在すればヘテロVISA株が存在する。さすがに、今となってはVISA株の存在に対する否定はなりを潜めたが、ヘテロVISAへの否定はまだ続いているのが現状である。しかし、日本の一部の細菌学者（？）が躍起になって否定しても、全世界上から学会や論文として報告されている実は隠しようがない。事実、2007年のICAACや2009年のICCではヘテロVISAに対するシンポジウムまで開催され、ヘテロVISAに対するバンコマイシン(VCM)の臨床効果の低さ、ヘテロVISAの検出法が真剣に検討されている。でな何故、日本で最初に発見・報告されたヘテロVISAが日本で研究できないのか？　それはヘテロVISAの定義とヘテロVISAを否定する軽率な学者（？）に起因している。ヘテロVISAは1997年のLancetで定義された。それは10⁶個に1個以上の頻度でVISA細胞を含有する細胞集団であること、VISA細胞（コロニー）のVISAのMIC値を有すこと、さらに薬剤フリーの培地上で9日間以上にわたって安定な耐性を有すことが記載されている。しかし、この定義を使っている研究者はほとんどいない。何故ならヘテロ耐性はヘテロ耐性であり、これを定義して研究の幅を狭める必要はない。また、ヘテロVISAの否定派はヘテロVISAの検出培地に異論を唱えている。ヘテロVISAの検出培地は4μg/mLのVCM含有BHI-agarである。この培地を用いると栄養がリッチなためVCM感性の細胞も検出されてしまうという理由が根拠になっている。また、その時の接収菌量も多すぎるため、擬陽性として検出しているのみであり、実際には存在しない耐性と結論付けている。しかし、このような真の世界的研究とはかけ離れた結論のために日本はこの分野では後進国になり下がっている。それは次のLancetの論文に如実に表れている（Where has vancomycin heterogeneously resistant Staphylococcus aureus gone?　反論としてseek and ye shall find）。CDCとCLSIはヘテロVISAの検出培地として6μg/mLのVCM含有BHI-agarを、E-testを用いる場合は10倍の接収菌量を推奨している。さらに、ヘテロVISAの検出を高めるためにVCMの感受性基準を低くしたとまで明確に言い切っている。ヘテロVISAの否定派は少なくともMRSAの専門家ではない。彼らはβ-ラクタマーゼやフェロモンの専門家であってMRSAやVCMを専門に研究していない。当然、基礎研究にのみであり、そこに患者は存在していない。従ってVCMの治療効果の経年的低下を実感できていないことに大きな問題がある。さらに、耐性遺伝子が検出できなければ耐性菌とは言えないと、耐性菌に対する定義が医療従事者とは明らかに異なっている。臨床に関わる耐性菌の定義は遺伝子ではない。通常投与量で効いていた抗菌薬が効かなくなった臨床効果にほかならない。