アイヌと和人との交易は、16世紀に蠣崎氏のもとに独占される。蠣崎氏は夷狄の商舶往還の法度を制定し、松前に改姓して家康の許可を受けて、松前藩以外の和人とアイヌの交易を禁じた。北海道は道南の和人地とアイヌが住む蝦夷地に分けられて、松前藩の家臣は商場でアイヌと取り引きできる商場知行制を行なった。17世前半の北海道は金の採掘や砂金の採取が盛んになり、当時のアイヌ総人口2万4千人を超える3万人以上の和人が各地から集まった。また、西廻航路を通る北前船によって魚介類や材木などの産物も送られた。商場知行制では松前藩が品物の交換レートを決定し、商場の和人が増加したためにアイヌの不満を呼び、シャクシャインの戦いが起きる。長崎貿易向けの産物として干鮑と煎海鼠が松前藩の管理下で推進され、アイヌも和人の米、酒、鉄製品へ依存するようになる。18世紀には商人が商場を運営する場所請負制となり、和人がアイヌに労働をさせた。千島アイヌは、北海道本島のアイヌと沈黙交易を行なっていた。樺太アイヌは、山丹人とも呼ばれる大陸のニヴフやウリチと貿易を行い、山丹交易とも呼ばれた。山丹側は清に朝貢をして得た絹織物や大陸の産物を輸出し、アイヌはクロテンをはじめとする毛皮や幕府から得た鉄製品を輸出した。松前藩はアイヌに鍋やヤスリなどの鉄製品を支払って清の物産を入手して、清の絹織物は蝦夷錦と呼ばれて珍重され、松前藩は幕府への献上品や諸大名への贈り物とした。
秀吉による文禄・慶長の役ののち、家康は明との関係修復のために琉球王国に仲介を求める。琉球の尚寧王は家康を警戒したため、薩摩藩の島津忠恒は琉球への出兵を検討する。家康は日明貿易の復活を目的として出兵を許可したが、島津氏は琉球の領有化のための出兵を目的とした。これには、当時の島津氏の財政が逼迫していた点も関係していた。明から冊封使の夏子陽が琉球に来た際、薩摩藩は明に対しては領内への商船渡航を求め、琉球に対しては明商船の中継を求めた。琉球は薩摩藩の要求にもとづいて、商船の琉球渡航や、三十六姓の再派遣を明に求めた。しかし明は三十六姓の再派遣には応じたものの、日本を警戒して商船は許可せず、朝貢も2年1回から10年1回に減らされた。こうして琉球は薩摩藩の要求に沿うことが不可能となり、薩摩軍は琉球侵攻をした。その後の琉球は、徳川の幕藩体制に含まれつつ、明との朝貢を維持する。商品作物として砂糖やウコンを大坂へ輸出して、その利益を朝貢へ投資した。サトウキビの栽培と製糖美術は尚豊の時代に中国から導入し、琉球から奄美群島へと伝わり、奄美群島の砂糖は薩摩藩の財源になった。
16世紀になると三浦の乱や倭寇の影響で日朝関係は悪化し、貿易も減少した。倭館は豊臣秀吉による文禄・慶長の役が起きたため閉鎖され、江戸幕府になってからの己酉約条で、朝鮮王朝と対馬の宗氏との貿易が再開された。江戸幕府の成立後は、対馬藩が幕府の許可のもとで貿易を行なった。朝鮮は日本との正式な国交がある通信国となり、貿易に加えて外交使節である朝鮮通信使も行われた。釜山には日本人が生活する倭館が建設され、敷地は10万坪、人口は400人から500人ほどだった。朝鮮は中国産の生糸や、薬用として重宝された高麗人参を輸出して、日本は慶長丁銀で購入した。やがて日本は銀の不足によって、銀の含有率を低くした銀貨を用いるようになる。朝鮮では含有率が低い銀貨の受け取りを拒否して高麗人参の輸出が中止となり、幕府は対策として高麗人参専用の銀貨である人参代往古銀を発行した。
弓を体の正面に構えそのまま正面に打起こした後（正面打起し）、大三を経て引分ける。 正面打起しを行うのは小笠原流と同様であるが、大三を取るという点では一線を画する。 また本多流は四つガケを用いるとされることもあるが、実際には三つガケを用いる射手も多い。 とはいえ流祖利實を始めとして、多くの本多流射手が四つガケを好んで使用している。利實の著作によると幕末の江戸ではすでに多くの武士が正面打起しを行なっており、自身も幼少時に修業を始めた時から正面打起しに慣れていたということである。しかし竹林派の伝書には左方に弓構えをすると書かれており、『徳川吉宗の時代に小笠原に対して旗本の指南を命じられたため、騎射・礼射の弓構えを的前でも行なうようになったのであろう』『要前（戦場の歩射）では左方に構えなければならず、小笠原でもずっと以前はそうしていたと思う。馬上では正面に構える方が都合が良いが、的前ではどちらにも一得一失があり、たいした違いは無い』と考察している。実際に小笠原流の蟇目の儀等で斜面に打起す場合がある。これらのことを踏まえても日置流系の射術書に正面打起しを著述したのは利實が最初であり、利實が「竹林派に正面打起しを取り入れた」と言える。利實の高弟らは当時「新射法」と呼ばれたこうした射法が姿勢の左右均衡を計り身体健康に適ったものであると唱え、かくして本多流は瞬く間に隆盛を極めるに至った。 その一方で他流派の射手からは「本多の出っ尻帆掛け舟」などと本多流の射法を揶揄する文言が聞かれたのもまた事実である。利實の没後、本多流を継承・研究するため利實の門弟らによって生弓会が発足した。 現在の本多流射法は利實の射法を元として、生弓会によって徐々に確立されていったものであると言える。