車内内装は基本的に05系13次車をベースにしたものとなっているが、インテリアカラーを変更した。側面方向の化粧板はライトグレー系を、妻面壁は木目調のものを採用し、袖仕切は明るいパープル色とした。座席モケットは濃い青色のモケットで、1人分の掛け幅は460mmとしている。ワイドドアの関係上、ドア間は先頭車の乗務員室直後は5人掛け、それ以外は6人掛け、車端部は2人掛けの配置となっている。6人掛け座席部にはスタンションポール（握り棒）を1本設置する。車椅子スペースは編成中の2号車と9号車に設置する。優先席部においては座席モケットを明るい青色とし、この場所の袖仕切握り棒はオレンジ色の着色品を使用しており、またつり革は一般席用の灰色品ではなく、オレンジ色品を使用している。さらにつり革高さは一般席の1,680mmから1,580mmに低下させているほか、優先席を意識して各車端部の荷棚高さは一般席の1,750mmから1,700mmとして使いやすさの向上を図っている。客用ドアは室内側も化粧板仕上げで、全てのドア開口幅はワイドドアとした1,800mmである。ドアエンジンは従来からの空気圧式であり、閉扉後一定時間戸閉力を弱める「戸閉力弱め機構」を設置する。バリアフリーとしてドアの開閉動作と乗降促進ボタン操作時に赤く点滅する「ドア開閉表示灯」を設置するほか、出入口部の床面には黄色の出入口識別表示板を設置している。ドアチャイムについても10000系などと同じ3打式になった。冷房装置は三菱電機製集中式の稼働率制御方式（ON/OFF制御方式・CU768A形）で、容量は58.14kW（50,000kcal/h）である。装置は従来の05系13次車と同等であるが、本系列では駅構内での温度上昇を防ぐために駅部においては空調装置からの廃熱を抑制する機能を追加している。
車体は05系13次車同様のアルミ合金製とし、構体接合に摩擦攪拌接合 (FSW) を用いたオールダブルスキン構造を採用している。特に車体材料は廃車時におけるリサイクル性の向上を図るため、アルミ合金材質の統一（単一合金化）を図っている。バリアフリーの観点から床面高さは1,140mmに抑えることでホームとの段差は縮小させている。さらに車体隅柱は強化したダブルスキン構造の三角形断面とし、屋根構体から台枠まで貫通させることで車体強度の向上を図り、万が一の衝突事故時の安全性を向上させている。なお、ワイドドア車は側面開口部が大きいため、車体強度の低下が懸念されることから、側構体の肉厚化を図るなどして従来車両と同等の車体強度を確保させた。車体前面は05系8次車以降と同様の縦曲線をベースとしたものだが、前面窓下部を黒色でまとめ、灯具周辺はフラットとした。前灯と尾灯は10000系と同様の鍵穴形状とし、それを横型に配置したものとなっている。車両前面においては貫通路柱と側面部分をアルミ部材からの三次元削り出し加工で製作し、台枠と屋根構体と強固に接合することで強度の向上を図っている 。下部には排障器を設置する。側面のラインカラー（カラーリング）は一新し、上部に水色と紺色・白色の3色ラインを、下部は車体には水色を、ドア部には紺色を配置してこれらの接合部はグラデーション状に処理している。側面見つけは同様の05系ワイドドア車に近いが、乗務員室直後も含めて全てのドア幅が1,800mmとなっている点が異なる。このために先頭車は中間車よりも52cm長くなっている。ワイドドアの構造上、ドア間の側窓は開閉可能な1枚窓だけとなるため、戸袋窓を設置している。また、側面車両番号表記は車体下部に配置している。2代前の5000系と同じく、先頭部に編成番号が記載されている。(下2ケタ+50)
リビアは1973年からシドラ湾（シルテ湾）は自国領海と主張し、ベンガジとミスラタを結んだ線を領海の境界とした。これに対し、アメリカ合衆国は、その主張は広すぎるために認められないとし、広すぎる部分については公海であり航行の自由が認められるとした。その上で、リビアに対する圧力・挑発もかねて、リビアの主張する境界線内も含む海域で空母機動部隊による艦隊演習を行った。これにより、1981年のシドラ湾事件が発生していたが、1989年にもアメリカ海軍は同様に演習を行った。1989年1月4日に、ジョン・F・ケネディを基幹とする空母機動部隊は、リビアの北約130kmのクレタ島南部にあった。VA-75とVMFA(AW)-533のA-6E攻撃機が訓練を行い、これにVF-14とVF-32から2機ずつのF-14A戦闘機が護衛を兼ねた戦闘空中哨戒（CAP）を行っていた。VF-32所属の2機のF-14A（コールサイン「AC207」機体No.159619 ジョセフ・バーナード・コネリー中佐、レオ・F・エンライト中佐　「AC201」機体No.159473 ハーモン・C・クックIII大尉、スティーブン・パトリック・コリンズ少佐）が南に向かっていたとき、VAW-126のE-2C早期警戒機がリビア東部トブルク近郊からリビア軍のMiG-23戦闘機2機が離陸したことを通知した。VF-14の2機がA-6編隊の護衛についていたため、VF-32の2機は南に約117.5km離れた地点でMiG-23を捕捉し、無線で警告を発した。MiG-23は高度約8,000ftまで降下し、F-14Aとすれ違った。F-14AはMiG-23から反転して離れたが、MiG-23は4度も接近を繰り返した。VF-32のパイロットはAN/AXX-1TVカメラセットでMiG-23が武装していることを確認し、空母のCDCはMiG-23の行動が敵対行動であるとして撃墜を許可した。MiG-23との距離が約32km以内になったとき、F-14AがAIM-7を発射したが、設定の間違っていたことに起因する誘導の失敗となり、2発目のAIM-7も約7秒後に発射されたが再び失敗に終わっている。MiG-23の反撃を警戒して2機のF-14Aはいったん距離をとり、しばらくしてから合流した。MiG-23まで約6.4kmと接近したとき、F-14AがAIM-7を発射し、1機を撃墜した。もう一方のF-14Aも残るMiG-23の背後につき、2.8kmの距離からAIM-9を発射して撃墜した。リビア軍のパイロットは脱出したが、救助は確認されていない。アメリカ軍に損害はなかった。