オーガスタが青島で通常の訓練を行っていた頃、中国と日本の政治的関係は次第に険悪なものとなっていった。中国側は軍事面で押されていると感じていた中華民国総統蒋介石は軍備改革を宣言した。1937年7月7日、盧溝橋事件をきっかけに両国は事実上の戦争状態に入った。日本軍は中国北部を席巻し、北京に迫ろうとしていた。ヤーネル大将は事態を鑑み日本およびウラジオストクへの親善航海を中止する予定だったが、後者はとりあえず撤回された。オーガスタは4隻の駆逐艦とともに7月24日に出港し、28日にウラジオストクに到着。オーガスタは、1922年以来初めてウラジオストクを訪問したアメリカ海軍艦艇となった。乗組員は8月1日まで訪問を楽しんだ。青島と煙台を経て上海に向かう途中、戦局は第二次上海事変の段階に入りつつあった。ヤーネルは上海共同租界の防衛を決意し、8月13日朝に共同租界近くに停泊することとした。途中で台風に遭遇し、また日本海軍艦艇を追い越しつつ目的地に到着した。8月14日、国民党軍機による空襲があり、租界に誤爆したほか、オーガスタの艦首至近にも投下してきた。オーガスタは誤爆を防ぐため、3つの砲塔の上に星条旗を描いて中立であることをアピールした。8月18日、オーガスタは外灘に移動し、1938年1月までそこに停泊した。その間にも国民党軍機が空襲を繰り返し、ヤーネル大将はオーガスタの避難をルーズベルト大統領に進言したが、このプランは却下された。そんな中、オーガスタの乗組員は合間を縫って戦争を観察し、そのデータを元に作成した機密文書をワシントンに送って、将来対決するであろう日本海軍の能力について報告することを忘れなかった。12月12日に発生したパナイ号事件では、オーガスタはパナイの乗組員を救助し、彼らはクリスマスをオーガスタの艦上で過ごした。1938年1月6日、オーガスタは恒例のフィリピン回航に向かったが、ヤーネル大将は砲艦外交の関係上、イサベルとともに上海に残った。オーガスタは上海に戻ると、青島、煙台、秦皇島を訪問し、12月27日にフィリピンに向かったが、ヤーネル大将は今回も上海に残った。オーガスタは1939年4月に上海に戻った。7月25日、ヤーネル大将はアジア艦隊司令長官の座をトーマス・C・ハート大将に譲った。第二次世界大戦が勃発した後も、オーガスタは上海とフィリピンの間を往復した。オーガスタは1940年11月22日にアジア艦隊旗艦をヒューストンに譲った。帰途、オーガスタはハワイの北方海域における日本のタンカーの動向を調査した。オーガスタは北緯35度線と西経165度線の交点付近で調査したが、悪天候の影響でうまくいかなかったものの、「この方面での洋上給油は現実的ではない」と結論付け報告した。オーガスタは12月10日にロングビーチに到着し、メア・アイランド海軍造船所にてオーバーホールに入った。
1989年（昭和64年）1月7日、父・昭和天皇の崩御を受け、直ちに歴代3位の年長となる55歳で第125代天皇に即位（現行の皇室典範により、「践祚〈せんそ〉」と「即位〈そくい〉」が統合されたため、従前の「践祚」に相当）。同日、皇位継承の儀式（剣璽等承継の儀）を執り行い、翌8日、元号法に基づき「’’’平成’’’」（読み：へいせい）に改元した。9日に執り行われた即位後朝見の儀では「国民とともに日本国憲法を守り、国運の一層の進展と世界の平和、人類福祉の増進を切に希望してやみません」との「おことば」を発した。諒闇が明けた1990年（平成2年）の即位の礼に際して、京都御所（京都府京都市上京区）から皇居（東京都千代田区）へ高御座が運ばれるなど大掛かりな準備が行われ、同年11月12日に即位礼正殿の儀が執り行われた。祖父の大正天皇・父の昭和天皇とも即位の礼を京都御所で挙行しており、関東の地で即位した初めての天皇となる。同日、即位の礼祝賀御列の儀としてオープンカーでのパレードが行われ、皇居から赤坂御所までの4.7kmの道のりを、約12万人の市民が埋め尽くし平成時代の天皇と皇后を祝福した。同年11月22日・23日、皇居内で大嘗祭が執り行われた。1992年（平成4年）10月、中華人民共和国政府の招待で同国を訪問する。日中関係史で中国大陸に渡ったのは歴代天皇で初の出来事であり、生前の昭和天皇が希望していたことであったが、当時の中国外交部長（外務大臣）だった銭其シンは回顧録で「天皇訪中は六四天安門事件での西側諸国の対中制裁の突破口という側面もあった」と明かしている。1999年（平成11年）に即位10周年を迎え、同年11月20日に御即位十年をお祝いする国民祭典が開催され、同日夜には二重橋で祝賀の声に応えた。この折に、宮内庁は即位10年記録集『道』を刊行している。1993年（平成5年）には、父の昭和天皇が叶えられなかった沖縄県行幸を自身の在位中で果たした。この折には皇后美智子とともに、予定になかったひめゆり学徒隊の慰霊碑への訪問を行った。2003年（平成15年）までに、47都道府県の全てを巡幸している。2009年（平成21年）11月12日、政府主催の御在位二十年記念式典・民間主催の御即位二十年をお祝いする国民祭典が執り行われた。2009年（平成21年）12月15日、習近平中華人民共和国副主席（後の中国最高指導者）と会見。この会見の申請が、慣例の1か月前を切って行われたことから騒動となり、羽毛田信吾・宮内庁長官が記者会見で政府・民主党政権・鳩山由紀夫内閣を批判する発言を行った（天皇特例会見）。2011年（平成23年）3月16日、東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）の発生とそれに伴う被害に鑑み、国民および被災者に対し異例のビデオメッセージを放送した。