松前地では、中世から修験者などが土着し、世襲で神職を務めるようになった。福山城では、城の鎮護守として神明社（後の松前八幡宮）を建立し、その宮司は代々「白鳥氏」を名乗った。白鳥家は松前藩から国中社頭御役に任じられるとともに、神祗管領吉田家を通じて朝廷の官位を得て松前地の神職の長となった。白鳥家に関して現存する古文書は少ないが、歴代の宮司による『白鳥氏日記』には天明8年（1788年）から文久2年（1862年）の様子が記されている。神明社を筆頭に、松前城下で特に有力な神社を総して「松前七社」と称した。松前七社は宝暦年間に描かれた『松前江差屏風』にも描かれている。松前地では白鳥氏のもとで神職や神事が整えられ、松前神楽に代表される神事の体系が制度化された。一方、蝦夷地の各地で「自然発生的に」登場した海・水神を祀る祠はこうした体系の外側にあった。
豪族の中から台頭した蠣崎氏によって道南で松前藩が成立した。蠣崎季広が天正10年（1582年）に創建した神明社は、明治期に周辺の多数の小神社を合祀して徳山大神宮となった。松前藩では寺社町奉行を置いて宗教統制を行った。江戸期には松前藩を通じて蝦夷地各地へ和人が入るようになり、松前城下を除いても蝦夷地には140の堂社があった。※ここで言う「堂社」には、現在は神社とみなされるものと、そうでないものが含まれている。前者には八幡社や恵比須堂、稲荷社などが該当する。後者には観音堂や地蔵堂、薬師堂などがある。これらを明確に区別することは難しい。たとえば函館の湯の川温泉にあった薬師堂は現在は湯倉神社となっている。
早くから海産物を目当てに蝦夷地へ往来していた和人の中には、沿岸部に番屋を設けたり土着した者もいた。江戸時代の中期には松前藩が場所請負人や運上屋を制度化した。道南を中心に、沿岸部には彼らによって祀られた海神・水神や漁獲・商売の神仏を奉斎する神社が分布している。こうした神社は、どこかの神社から分霊や勧請によって創建されたというよりは、自然発生的な小祠が発展したものだと考えられている。主なものは、恵美須堂、弁天社、金比羅社、厳島社、綿津見社などである。
いちおう、蝦夷地は安東氏の管領ということになっていたが、実際には色々な豪族が土着して館（砦）を構えていた。彼らはその館に神社を建て、これを館神と称していた。館神では武神である八幡大菩薩・八幡神を祀った。このような神社は道南に多い。江戸時代の中頃からは蝦夷地へのロシア人の関与が幕府の懸案となった。幕府は箱館奉行所を設けた上で蝦夷地の一部を公儀御料（幕府直轄領）とし、東北地方の諸藩に警固を命じた。こうして北海道の僻地のあちこちに到着した警固の武士によって建立された神社は、その多くが武神として八幡神を祀り、のちに八幡神社となった。
道南（＝旧和人地＝旧開地）では遅くとも中世には和人によって神社が創建されていたと考えられている。これらの神社の多くは道南の漁業拠点に集中し、神道や密教が混淆して山岳信仰や岬信仰が主体的だった。これらの神社は松前神楽などに象徴される独自の文化を擁し、後の北海道開拓時代に新たに創建された神社とは一線を画すことになる。
天保4年（1833年）に従五位上に叙されて、同10年（1839年）に元服して従五位上・大膳大夫。同13年（1842年）に陰陽頭となる。嘉永2年（1849年）に右兵衛佐を兼ねる。安政2年（1855年）には正四位下となり、安政5年（1858年）の廷臣八十八卿列参事件に参加する。同年12月1日に行われた江戸幕府14代将軍・徳川家茂の就任式に際して侍従高倉永祜と共に勅使として江戸城に派遣されている。翌年には民部卿に転じて、元治元年（1864年）には従三位となった。明治元年（1868年）民部卿を辞任。明治維新によって江戸幕府が崩壊すると、新政府に働きかけて旧幕府の天文方を廃止に追い込んで、編暦・頒暦といった暦の権限のみならず、測量・天文などの管轄権を陰陽寮が掌握する事に成功する。当時の新政府の中においては、富国強兵や殖産興業に直接繋がらないとみなされた天文学や暦法に関する関心が極端に低かったのである。更に洋学者の間で高まりつつあった太陽暦導入に反対して、天保暦を改暦して太陰太陽暦の継続を図るように提案したものの、今度は逆に新政府の関心の低さが災いして、改暦は見送られる事になった。晴雄はなおも改暦を要求したが、病に倒れ43歳で死去した。墓所は京都梅小路梅林寺にある。後を継いだ嫡男・和丸（後の土御門晴榮）はまだ幼く、更に新政府にも天文や測量は科学の礎でありまた陸海軍の円滑な運営にも欠かせないという正確な認識が広まると共に、それらが古い陰陽寮に縛られる事への危惧や、非科学的な陰陽道が日本の近代科学導入の障害になる事が指摘されるようになり、新政府は晴雄の死の翌年の明治3年（1870年）、陰陽寮を解体した。また暦法は、明治5年（1872年）末に太陽暦であるグレゴリオ暦に移行された。