MUSES-C（初代「はやぶさ」）の打ち上げ以前から小天体探査フォーラムなどで後継ミッションについて非公式に検討が続けられており、「はやぶさ」打ち上げ翌年の2004年には小天体探査ワーキンググループが発足して、より詳細な検討が行われた。この当時は1機または2機の探査機をスペクトル既知の複数の小惑星に送り込む「マルチランデブー&サンプルリターン」や「ファミリーミッション」と呼ばれる大掛かりな案もあった。そして、「はやぶさ」が地球近傍小惑星イトカワの精密な科学観測を行い目覚しい成果を上げたことを受けて、JAXA宇宙科学研究本部（ISAS：現・宇宙科学研究所）内で本格的に次期小惑星探査計画が持ち上がった。はやぶさは当時、様々な故障を抱えていて地球へ帰還できる可能性は決して高くない状態にあり、アメリカ航空宇宙局 (NASA) が検討を開始したOSIRISミッションなど他国の追い上げも厳しい中、小惑星探査の分野での世界トップを維持できなくなるという危機感から、はやぶさ関係者からは後継機の早期の打ち上げが切望されていた。2007年に計画は月・惑星探査推進グループ (JSPEC) に引き継がれ、2010年から2012年の打ち上げを目標に検討が進められたものの、JAXA全体でプロジェクトを積極的に推進するとの意思統一はなされず、計画は遅々として進まなかった。2007年度の予算折衝では、「はやぶさ2」計画側は5億円を要求し、財務省や文科省も数億円程度の予算をつけることを提案したが、JAXAはこれを退け予算は5000万円に留まった。これは情報収集衛星計画やISSのきぼうの打ち上げ、運用、物資補給などの負担も従来の予算内で行っており、予算の都合から太陽系探査は後回しにされている現状を示している。
「はやぶさ」がS型小惑星である (25143) イトカワを探査したのに続いて「はやぶさ2」ではC型小惑星であるアポロ群の  (162173) リュウグウを探査対象とした。リュウグウは、現在軌道が判明している46万個の小惑星のうちスペクトル型が判明している3000個の物の中から、はやぶさクラスの推進力で探査可能でスペクトルがC型であり、タッチダウン運用が可能な自転6時間以上の対象としてほぼ唯一の候補に挙げられたためである。なお、2014年はリュウグウへ到達するために極めて望ましい打上げウィンドウ（打上げ期間）であった。次回のリュウグウへの打上げウインドウは10年後まで訪れない。はやぶさ2計画には新たな生命の起源についての新たな知見をもたらす可能性がある。アミノ酸は探査機スターダストで以前にも彗星の尾から採取されているが、はやぶさ2が目指すリュウグウはC型小惑星と呼ばれる炭素を多く含む炭素質コンドライト隕石と似た物質で出来ていると考えられる小惑星で、一部の炭素質コンドライトと同様に有機物を含有する可能性がある。地球近傍に存在する小惑星が有機物を含むことが実証されれば、これらが隕石として地球に落ち生命の起源に寄与したという仮説が成立することとなる。
世界で初めて小惑星の物質を持ち帰ることに成功した探査機「はやぶさ」の後継機で、初号機が小惑星往復に初めて挑んだ「実験機」だったのに対し、有機物や水のある小惑星を探査して生命誕生の謎を解明するという科学的成果を上げるための初の「実用機」として開発された。基本設計は初代「はやぶさ」と同一だが、「はやぶさ」の運用を通じて明らかになった問題点を解決した改良機となっている。サンプル採取方式は「はやぶさ」と同じく「タッチダウン」方式であるが、事前に爆発によって衝突体を突入させて直径数メートルのクレーターを作ることにより、深部の試料を採取できるようにした。採取した物質は耐熱カプセルに収納して、地球に持ち帰る予定である。着陸用小型ローバーの「ミネルバ2」（2-1A, 2-1B, 2-2の計3基）、およびドイツとフランスが開発した小型着陸機「マスコット」も搭載した。
2005年6月15日に発売された、SUPER BELL''Zのアルバム「The Very Best of MOTOR MAN」に名鉄空港線ミュースカイを題材にした曲が収録されている。
『我が瞑想』(Mes Rêveries)とは1757年に発表されたフランス軍人のモーリス・ド・サックスによる軍事学の著作である。1696年に生まれたサックスは晩年に病床で自らの軍事的経験をまとめるために執筆活動を進めており、1750年の彼の死後に遺稿を元に出版された。本書ではサックスの軍事思想が説明されている。サックスが本書で扱っている論点は戦争に関する戦術や軍制など多岐に渡っている。そもそも戦争は科学では捉えきれないものであり、人間の心理に根ざした複雑さを持つ。したがって本書でサックスは体系的な理論を展開せず、当時の通説となっていた戦争の原則に対する反論を述べ、自らの観察に基づいた軍事的事実を指摘している。本書の主要な論点の一つに徴兵制の問題がある。サックスは本書において、政府によって定められた義務兵役で召集した兵員を使用することの有用性を主張している。この主張には国防の主体を市民に担わせる政治的意義だけでなく、予備兵力（予備役）を恒常的に確保することを可能にする軍事的意義もあった。ただし、サックスの主張した一般兵役義務について、ベイジル・リデル＝ハートは徴兵制とは異なる制度として評価している。サックスの戦術思想で重視されたのは、戦術的な部隊機動である。サックスは戦闘力の中核は装備ではなく、機動力すなわち脚力であると考えていた。そのために、義務兵役兵への軍事教育では脚力に重点を置くべきだとしている。また、機動を円滑に進めるために、兵力の過剰な集中による部隊の大規模化は避けるべきであり、分割して迅速に運用するべきだという見解を示していた。これは師団制度の萌芽と言える。より具体的な戦術機動については、機動を実施するためには軍楽隊によって行軍中の部隊の歩調を統制し、さらに戦闘では1個大隊を横隊で一斉に前進させるのではなく、2個大隊が交互に射撃と前進を交替することが適当だとした。サックスは自らの経験を踏まえて火力戦闘と白兵戦闘の優劣を巡る議論では白兵戦闘を支持しており、攻撃前進では一度の射撃の後に射撃を交えながらの白兵突撃を行うことが効率的であると論じている。指揮官の資質については、戦争でのあらゆる出来事が本質的には人間の心理に由来することを前提に、指揮官は知性だけでなく果断と健康を兼ね備えていなければならないとした。指揮官は状況を判断して理性的な決断に基づいた簡潔な命令を発令しなければならない。このような指揮官の才能は軍事教育の成果ではなく、天性のものであるとサックスは述べている。