2013年2月24日から2月25日にかけて行われた2013年イタリア総選挙で、フィーニ率いるFLIはSC、UDCと中道主義の政党連合「イタリアの為、モンティと共に」（Con Monti per l'Italia)に参加して出馬した。しかし下流層や農民を中心とする、MSI時代からの伝統的な支持勢力からはベルルスコーニ批判はともかく、企業中心の経済改革を進めるモンティ支持の姿勢は受け入れられなかった。中道連合の加盟政党は右派連合「中道右派連合（セントロ・デストラ）」、左派連合「共通の善（ベーネ・コムーネ）」の二大勢力の間で完全に埋没してしまい、貧困に苦しむ下流層の投票者はインターネット政党として一世を風靡したポピュリズム政党「五つ星運動」に投票した事で大きく伸び悩んだ。その中でも特にFLIは上院での得票率が僅か0.4%という惨敗に終わり、在外イタリア人による国外投票枠で辛うじて1議席を獲得した。自身も1983年から連続当選を続けてきた選挙区で初めての落選を経験する苦い結果を味わい、選挙後に敗北の責任を取って党首を辞任した。FLIはロベルト・ミーナ党首代理の下で旧・国民同盟議員と「右派の再建」を目指した協議を開始し、ローマ市長選挙に立候補した旧国民同盟議員のジャンニ・アレマンノを支持するなどの方針を採った。だが敗北とフィーニ辞任という自体を前に党の衰退は押し留められず、議員や有力党員の離脱が相次ぎ、2014年には下院・上院共に国政議席を失った状態にある。フィーニ自身も議席を失った事で政治の表舞台から一旦離れた形となったが、政界引退などは声明しておらず今後の動静は不透明である。
敗北したベルルスコーニは「ルニオーネ」内の有力政党が合流、イタリア民主党を結成した事に対抗して、「自由の家」内でも政党の統合を行うべくフォルツァ・イタリアを解散した。当初、フィーニは自由の家を構成する北部同盟やイタリア・キリスト民主主義中道連合と同じく合同計画に冷やかな態度を示し、「国民同盟が合流する事はないだろう」と発言した。一方、フィーニの党内穏健化に向けた改革とそれへの反抗は続いており、自由主義を新たな指針とする為に様々な努力が続けられていた。党章からMSIのマークを取り除こうとした際には党内から多大な批判が寄せられた。また閣僚時代にも同性愛問題や人工授精問題に関する穏健な姿勢は、キリスト的倫理観を重んじる党内右派からの厳しい批判に晒された。このような党内対立の中、常にフィーニの穏健化路線に好意的だったのがベルルスコーニであり、共に中道右派を志向する両者には新党結成の可能性が最も高く存在していた。2008年4月、一転して新党結成に合意すると宣言を出したフィーニは、まずは選挙対策としてベルルスコーニ派議員と政党連合「自由の人民」を結成、同年の総選挙で勝利を得て政権を奪還した。与党連合はフィーニを下院議長に選出した為、政治的中立の規則に従って国民同盟を一時的に離脱した。翌年、政党連合を発展的に解消させる形で政党「自由の人民」が成立した。シルヴィオ・ベルルスコーニからはローマ市長選時代から政治的盟友として信頼されており、「自由の人民」発足の際には自らの後継者となるだろうと発言した。だがベルルスコーニの度重なるスキャンダルから関係は悪化し、2010年4月の党大会で激しく罵り合う事態に発展。7月30日には約30人とともに離党し、議員グループ「イタリアの未来と自由」（FLI）を結成し、後に新党へ移行する。ベルルスコーニへ首相辞任を要求するなど批判を強め、ベルルスコーニの首相辞任後は中道グループの一員として首相となったマリオ・モンティを支えた。モンティが新たに結党した「市民の選択」（SC）、及びイタリア民主社会党を中心としたイタリア中道連合（UDC）と政治同盟を結んでモンティ政権の与党となり、改革に賛同した。
アラスカ州ノーススロープ郡アイシー岬。そこにある研究施設で、地球物理学者たちが殺し合いをし、残った一人も自殺してしまった。モルダーとスカリーは怪事件を調査するべく、ホッジ博士らとともにその研究施設に急行した。そこには科学者たちの死体が残されていた。死体を調べている最中、モルダーとベアーは犬に襲われた。スカリーは犬の皮膚に小さな黒いこぶがあることに気づくが、それを腺ペストの発症によるものだと判断した。また、スカリーは犬の皮膚の下で何かが動いているのも見つけた。犬にかまれたベアーは体調を崩し、犬と同じような黒いこぶができた。スカリーは科学者たちの死体を解剖するが、黒いこぶは見つからなかった。マーフィー博士は隕石の衝突によってできたと思われる氷のサンプルを施設内で発見した。それを分析したところ、その氷は25万年前にできたものだと分かった。ベアーが施設から離れるべきだと強く主張する一方、モルダーたちは病原菌を外の世界に持ち出してしまう可能性があると慎重な姿勢をとった。念のためにベアーの便を検査しようとしたところ、ベアーはモルダーに襲い掛かった。何かがベアーの皮膚の下を動いていた。それに気づいたホッジ博士はベアーの首の後ろから幼虫らしきものを摘出するが、その瞬間、ベアーは死んでしまった。天候の悪化とパイロットの死のために、一行は施設から離れられなくなってしまった。ベアーから摘出された幼虫らしきものはジャーに入れられた。もう一度科学者たちの死体を調べたところ、もう一匹幼虫らしきものが見つかった。モルダーはその虫が地球外生命体であると考え、生きたまま持ち帰ろうとするが、スカリーは感染拡大を防ぐために殺してしまうべきだと主張した。一行は他に感染者がいないかどうか調べるために、お互いの体をチェックした。そのとき、モルダーは犬の黒いこぶが消えていることに気が付く。モルダーは時間が経つとこぶが消えてしまうのではないかという仮説をスカリーに伝えた。その後、モルダーはマーフィー博士が冷凍庫の中でのどを切られて死んでいるのを見つける。スカリーらはモルダーが虫に寄生されマーフィー博士を殺してしまったと思い込み、モルダーを倉庫に閉じ込めてしまった。虫を調べていたスカリーは、2匹の虫が一緒にいるとお互いを殺してしまうことに気が付く。試しに、1匹の虫を感染した犬の体内に入れると、犬は回復した。スカリーが反対するにも拘らず、ホッジ博士とダ・シルヴァ博士は虫をモルダーの体内に入れようとする。まさにその時、ホッジ博士はダ・シルヴァ博士の皮膚の下で虫が動いていることに気が付く。ホッジ博士とモルダーは抵抗するダ・シルヴァ博士を押さえつけ、虫を体内に入れることに成功する。ようやく、救助隊が施設に到着した。検疫の結果ダ・シルヴァ博士は隔離され、モルダーたちは帰宅の途に就くことができた。モルダーは虫をさらに調べるべく施設に戻ろうとしたが、施設は政府によって破壊されてしまうのだった。