ベルギーのブリュッセル（南駅）からルクセンブルク市、フランスのメス、ストラスブール、ミュールーズなどを経由しスイスのバーゼルに至る。1日2往復のユーロシティが運行されている。かつての国際寝台車会社のプルマン列車「エーデルヴァイス」の経路の一部であり、TEE時代にもエーデルヴァイス、イリスが走っていた。イリスはTEE時代と同じ列車名、ほぼ同じ区間で運行されている稀な例の一つである。
ユーロシティの利用には運賃のほか特急料金が必要である。ただしユーレイルパスなどの鉄道パスは特急料金分も含んでいる。座席の指定にはこのほか指定料金が必要である。ポーランドにおいてはユーロシティは全車指定席となっており予約が必須である。イタリア発着のユーロシティとベルリン - ワルシャワ間の「ベルリン-ワルシャワエクスプレス」は包括運賃制度を採用しており、予約が必須であり切符の購入時期などによって料金が変わる。
1987年のユーロシティ発足当時は、フランスとスイスを結ぶ国際TGVもユーロシティの一部として位置づけられていた。しかし1992年に運行を始めたドイツ・スイス間のICEはユーロシティとはされず、二国間のユーロシティを置き換えていった。TGVについても1995年に運行を始めたパリ - ブリュッセル系統などはユーロシティとはされず、これを引き継いだタリスもユーロシティとは別の種別である。ただし1996年運行開始のフランス・イタリア間のTGV（2000年より「アルテシア」のブランド名を使用）はユーロシティとされ、2010年現在においても"EuroCity Artesia"と表記されることがある。このほか1996年からスイス・イタリア間で運行を始めた振り子式車両ペンドリーノ使用のチザルピーノもユーロシティとは別に位置づけられていた。ただし同様にペンドリーノで運行されていたチェコ・オーストリア間やスロベニア・イタリア間の列車（いずれも2010年現在は廃止）はユーロシティであった。また、2008年にオーストリアで導入されたレイルジェットも周辺国との間のユーロシティを置き換えつつある。また、一部区間がTGVで置き換えられて区間が短縮されるとともにユーロシティから格下げされたカタラン・タルゴのような例もある。これらの影響で、西ヨーロッパからはユーロシティが姿を消しつつある。2010年時点では、ユーロシティの残っているのは中欧諸国のほかは高速化から取り残された系統が主になっている。すでにイギリス、スペイン、オランダにはユーロシティが存在せず、フランスでは東部の一部に残るのみである。
ユーロシティは発足時には一つの系統につき1から数往復程度の運行であったが、後には国境を挟む主要区間で2時間間隔などの等間隔ダイヤを導入する例も現れ、例えばアムステルダム - ケルン間のユーロシティは1991年夏から2時間間隔となった。一方でサービスが簡素化され、食堂車が廃止されて車内販売のみとなった列車も存在する。また、2000年代に入ると列車名のないユーロシティも現れた。例えばパリ - フランクフルト・アム・マイン系統では2003年にユーロシティから列車名が外された。TEE以来の伝統を持つ列車名も多くが消滅した。
2000年から2006年にかけてはスギ花粉米を食品として製品化することを念頭に研究開発されていた。2005年には農業生物資源研究所の高木英典らによって、Cry j1とCry j2のタンパク質自体を発現させたマウス用スギ花粉症緩和米の効果を実証する論文が公表され、Cry j1とCry j2のタンパク質を発現している米を食べているマウスにおいては、スギアレルゲン特異的な免疫グロブリン IgE、IgGやインターロイキン IL-4,5,10,13やヒスタミンの血中濃度が有意に低下しており、また、スギ花粉によるくしゃみの回数も減少していた。2008年に農林水産省が立ち上げた「アグリヘルスプロジェクト」として農業生物資源研究所、東京大学医科学研究所、東京慈恵会医科大学などの共同研究によりヒト用スギ花粉症緩和米の開発が進められた。また、厚生労働省がスギ花粉米を医薬品として取り扱うべきという見解を示したことから、このプロジェクトではスギ花粉米を医薬品として実現することを目標に、医薬品医療機器総合機構の薬事戦略相談制度を利用して計画が進められた。このプロジェクトの中で、7Crpペプチドを含むスギ花粉ペプチド含有米が開発され、生物多様性への影響評価や経口摂取による安全性試験が行われた。これらの試験はカルタヘナ法に基づく栽培の認可を受け、交雑防止等の措置を行った上で行われた。安全性試験の結果、遺伝毒性試験、長期毒性試験、生殖発生毒性試験において供試されたマウスやサルなどに異常は見られず、また抗体産生性確認試験によってマウスとサルでは7Crpに対する抗体は産生されず、7Crp自体はアレルゲンとならないとする結果が得られた。2013年から2014年にかけて慈恵医科大学で行われた臨床試験では、30人のスギ花粉症患者に炊飯加工した80gのスギ花粉米とプラセボ米を24週間摂取させた。その結果、副作用はなくT細胞の増殖反応の抑制も確認できたが、鼻水やくしゃみなどの症状の改善については統計学的に効果があるとは言えなかった。アグリヘルスプロジェクトは2014年で終了し、2016年からはオープンイノベーションによる実用化を進める方針に転換した。この方針に基づき、スギ花粉米の実用化に向けた研究計画を公募し、大阪はびきの医療センターと東京慈恵会医科大学の研究計画が採択され、再度それぞれ臨床研究が行われている。2018年1月に農林水産省と経済産業省が共同で設置した「農業と生物機能の高度活用による新価値創造に関する研究会」が取りまとめた提言書の中で、スギ花粉米は「生物機能の高度活用による新価値創造の先行事例となりうることから、その実用化に向けて、農林水産省等の関係府省や関係機関は具体的な取組を早急に行うべき」と言及されている。