御璽及び国璽は、帝政実施に伴って新設された満州国尚書府が尚蔵し、詔書・勅書・その他の文書の用璽に関する事務を掌った（尚書府官制（康徳元年帝室令第1号）第1條）。なお、帝政初期は満洲国皇帝の溥儀自身が手元に保管して下げ渡さず、用璽も尚書府に代わって内廷（満州国皇宮内の皇帝の私的空間）の使用人が担当していたが、御璽と国璽を押し間違えたのを機会に、尚書府秘書官長が用宝（用璽）は尚書府秘書官に任せられたいと奏上して許され、以後は秘書官の一人がその都度内廷へ伺候して用璽を担当した。しかし、勲章が一度に何千人にも下賜されるようになると、大量の叙勲状（勲記）に国璽を押す必要があり、尚書府秘書官が内廷内の皇帝御居間に詰め切りとなる事態が起こったため、再度奏請を行い、毎朝、両璽（御璽及び国璽）の下げ渡しを受けて尚書府大臣室に保管し、夕方に内廷へ戻す運用に改めた。また、皇帝が地方へ出かける時は、尚書府秘書官の一人が、皮製の箱に納められた御璽・国璽を黄色い風呂敷に包んで首にかけてお供をした。
満洲帝国（満洲国）の国璽は、縦横が10cm、高さ9cmの少し緑がかった白玉製で、「滿洲帝國之寶（満洲帝国之宝）」と刻されている。国璽の背には竜の彫刻があり、持ち易いように紐が通してある。御璽・国璽を使用することを「用璽」または「用宝」と称した。
中華民国（台湾）の国璽は、国書、批准書、接受書、全権証書、領事証書、領事委任状などに使われる。印文は「中華民國之璽」（3行縦書で右側が「中華」、中央が「民國」、左側が「之璽」）と篆刻されている。玉（翡翠）製で13.3cm四方の角印、璽自体の高さは4.3cm、鈕を含む全高は10cm、重さは3.2kgで、鈕上に青天白日国章が刻まれ、寶藍色の綬（組み紐）が結ばれている。中華民国における国璽はもう1つあり、栄典之璽と呼ばれる。印文は「榮典之璽」（2行縦書で右側が「榮典」、左側が「之璽」）と篆刻されている。国家元首が栄典を授与するために使用され、勲章証書、褒揚令（褒章）等の栄典文書に使われる。羊脂玉（軟玉の最上級品）製で13.6cm四方の角印、璽自体の高さは4.6cm、鈕を含む全高は11.1cm、重さは4.3kgで、鈕上に青天白日国章が刻まれ、寶藍色の綬が結ばれている。国民政府が北伐を完成して中国全土を統一した後に製造され、国璽は民国18年（1929年）の国慶日（10月10日）から、栄典之璽は民国20年（1931年）7月1日から使用されている。国共内戦により国民政府が台湾に移った後は、台北市の総統府で保管された。直接選挙による総統選挙で中華民国総統が選出されると、新総統就任式で「印信条例」の規定に従い、立法院院長から「中華民國之璽」及び「榮典之璽」が、国家権力の象徴と政権伝承の証として総統之印と共に新総統に渡されている。
B.S.A.A.の公式では死亡となっていたが、実際は共に転落したアルバートが地面に叩きつけられ、気絶した彼女を秘密裏に回収しており、トライセルアフリカ支社でしばらくの間冷凍睡眠状態に処されていた。これまでに回収したウィルスに始祖ウィルスを加える研究は、始祖ウィルス側の毒性が強すぎるために難航していたが、彼女にt-ウィルスの抗体が出来上がっていたことが発覚。これは、かつてラクーンシティで感染したt-ウィルスが微量ながら体内で生き残っていた上、冷凍睡眠中の数年間ジルの体内に潜伏していたそれによって、非常に強力なウィルス抗体が生成されるようになっており、それを使うことで始祖ウィルスの毒性が抑えられ、ウロボロスウィルスが完成した。上記の抗体によりウィルスの実験台には使えないため、実験体としては必要なくなった。しかし、アルバートにとって彼女はクリスと同じく憎悪の対象であり、肉体を強化すると同時に精神を支配する薬物「P30」の長期投薬の実験台にされる。P30の特徴として、被験者の意識を奪うことなく自由意志を支配するという効果があり、これによりアルバートは「バイオテロを憎むジル・バレンタイン」としての意識を保たせながらバイオテロに加担させ、彼女に死よりも辛い苦しみを与えようとする。薬の副作用（身体の色素が白化し、髪の色が茶髪から金髪へと変化した）が出ながらも実験は成功し、精神は完全にアルバート達に操られてしまい、仮面を被ってエクセラ・ギオネに仕える事となる。その後はアルバートやエクセラの走狗としてバイオテロに加担させられ、抑え付けられていた意識は耐え難い苦しみを味わっていた。薬物の効果によりクリスとシェバを同時に相手してもひけを取らない身体能力を得たが、精神を操作されていたことで、クリスを認識できなくなっていた（意識はあったものの逆らえなかった）。その後、正体が露呈した直後の戦闘で、胸に取り付けられていた投薬装置をクリスたちによって引き剥がされ、自我を完全に取り戻す。クリスたちと別れた直後に起こった激しい戦闘による疲労により気を失ってしまうが、そこへ救助に来たジョッシュと出会い、トライセル施設脱出の最中に通信施設を発見し、クリスたちにアルバートの弱点である薬の事実を伝える。脱出の末、迎えに来たヘリコプターへ乗り込み、アルバートとの最終決戦を迎えていたクリスたちを救助、無事に帰還した。