普天間基地移設問題や、政治資金問題が表面化したこともあり、支持率は低下。4月の核安全保障サミットではオバマ大統領との会談を再三要請するも拒否される。2010年6月2日に鳩山は民主党両院議員総会で 「国民が聞く耳を持たなくなった」と述べ、民主党代表および内閣総理大臣からの職を退くと表明した。同日、記者会から要請されていた首相退陣の記者会見は行わないと通知した。これは異例とされている。2010年6月8日、内閣総理大臣退任。のち、辞任した翌6月9日に芳賀大輔が再び政策秘書に就任したことが判明した。2010年6月15日には 首相の時期を振り返り、提言した新しい公共が一人歩みはじめた、裸踊りをさせてもらった、伝播力が必ず社会を大きく動かすとTwitterで感謝の意を表した。同21日、J-WAVEの番組で総理在任中の発言にブレがあったと指摘され、ぶら下がり会見で同じような質問をされたが同じ答えでは失礼と思い少しずつ変化をつけたと釈明した。
普天間飛行場移設先について「県外移設に県民の気持ちが一つならば、最低でも県外の方向で、我々も積極的に行動を起こさなければならない。」と述べ、沖縄県外移設へ前向きな姿勢を示した。しかし県外移設に関しては、アメリカ合衆国連邦政府は『機密漏洩』として、強烈な反感を買った。2010年4月13日、ワーキングディナーでのアメリカ合衆国大統領バラク・オバマとの約10分間の意見交換について、ワシントン・ポストのコラムニスト、アル・カメン (Al Kamen) は自身のコラム "In the Loop" で「ルーピー（loopy: 間抜けな）日本国内閣総理大臣」と揶揄した。この呼称はその後も使われ、イギリスのガーディアン紙でも報じられた。県外移設問題については、2010年（平成22年）5月4日に「学べば学ぶにつけて、（アメリカ海兵隊の各部隊が）連携し抑止力を維持していることが分かった」として、最終的には県外移設問題を先送りすることとなった。鳩山は、県外移設は民主党マニフェストではないとしたが、事実上の公約であったとして田中秀征は「当時、この鳩山代表発言に関して民主党内から大きな反論も議論もなかった。どう考えても、［最低でも県外］は政権の公約である。」と述べ、当時党幹事長だった細野豪志も「昨年の衆院選前に県外と言った鳩山代表の下で選挙を戦った。私は党の公約と受け取っている」と語っている。琉球新報は公約撤回として批判した。日本経済新聞は普天間基地移設の失敗を「罪万死に値する失政」と評した。
2009年5月16日、小沢一郎代表の辞任を受け、党幹事長を辞職。同日に行われた党代表選挙で岡田克也を破り、代表に返り咲いた。2009年6月、党議拘束が外された臓器移植法改正法案の採決に関し、「脳死は人の死」とする案（A案）を、小沢一郎や菅直人、岡田克也などほかの民主党幹部が賛成するなか、反対票を投じた。
1998年、民主党を再編結成。幹事長代理に就任。1999年2月26日の千葉市内での講演では、「あと数分とか数秒で日本を攻撃するミサイルが発射されるという状況が自明のとき、撃たれるままで手をこまねいていなければならないかというと、必ずしも憲法ではそうではない。自衛のために行動することは禁止されていないと理解している」と憲法上では先制攻撃が許される場合もありうるとの見方を示した。1999年4月の札幌市長選挙では、民主党は現職桂信雄を推薦していたが、民主党を離党した中尾則幸を応援。しかし党からは一切処分を受けなかった。
台湾独立運動の起源は、日清戦争後の日本による台湾出兵（牡丹社事件に関する台湾出兵とは別）にまでさかのぼる。しかし、この時に宣言された「台湾民主国独立宣言」（後述）は、真に台湾を独立させることを意図したというよりは、台湾を日本へ渡さないための清朝側の工作という側面が強かった。日本統治時代の台湾独立運動にも、大きな盛り上がりは見られず、日本帝国の一植民地としての自治権強化の運動や、大日本帝国憲法を台湾にも施行して日本内地の住民並に参政権を獲得する運動などが主流となった（参政権は属地主義だったので、戦前は日本内地在住の台湾人にのみ選挙・被選挙権があった）。1945年の日本敗戦後も台湾独立運動は起こらず、中華民国への「祖国復帰」を多くの台湾人が大きな抵抗もなく受け入れたが、実際に中華民国による統治が始まると、台湾人の多くは腐敗した国民政府に失望し、台湾人と「中国人」の違いを次第に自覚するようになった。戦後の台湾独立運動は、このような出発点に立ち、中華民国体制を克服し、大陸の中華人民共和国による支配をも拒絶する運動、即ち「中国人」ではなく「台湾人」として生きるための運動として展開されている。現在の台湾独立派の最も有力な理論は、「台湾は日本が敗戦によって台湾を放棄した時点で国際法上の独立を果たしており（中華民国が台湾を領有するという国際条約は存在しない）、戦後の台湾には台湾共和国と亡命中華民国が並存しているとしている」というものである（以上は民主進歩党の立場。李登輝の国民党時代の理論は別）。そして、その上で中華民国の政治体制を変革することを目標としている。この運動は、泛緑連盟によって支持されているが、一方で中華民国の中国再統一を志す泛藍連盟による強い反発を受けている。台北政府が中華民国体制からの正式な独立宣言をした場合、「一つの中国」を主張してきた中華人民共和国は台湾を回収する根拠を失うため、同国は「武力解放」を明言して台湾への圧力を続けている。アメリカや日本の政府は、大規模な戦乱を恐れ、「台湾独立」に慎重な立場を取っているが、これらの国々の政府や民間に親台湾派が存在する。