神日本磐余彦（カムヤマトイワレビコ）、後の神武天皇は東に美しい国があると聞いて東征に出た。日向を出発し筑紫（北九州）へ向かい宇佐、安芸国（広島県）、吉備国（岡山県）、浪速国（大阪市）を経て河内国草香邑（大阪府東大阪市）へ至る。河内国北部にあたる現在の大阪府東部は古代には河内湖という湖であり、ここまで船で来ることができた。さらに生駒山を超えて大和国へ入ったが、大和国の指導者長髄彦の抵抗にあって撤退を余儀なくされた。紀伊半島を回っている間に新宮市付近で嵐にあって船は大破、磐余彦は三人の兄をすべて失う。北上を余儀なくされた一行は熊野地方の豪族を下しながら大和国に再侵攻した。その途中では病を薙ぎ払う神剣布都御魂、神の使いである八咫烏などの助けがあったという。最終的に長髄彦を殺して、大和国の征服に成功した磐余彦は橿原宮で初代天皇として即位する（神武天皇）。しかしその後の天皇については八代にわたって具体的な実績の記録がなく初期天皇の実在は疑われている（欠史八代を参照）。なお神武天皇が実在したなら弥生時代後期のため当時瀬戸内海に多数あった高地性集落を海から見ながら東征したことになる。
はるか昔、葦原中国と呼ばれた地上を統治するために天上（高天原）から天照大神の孫である天饒石国饒石天津彦火瓊瓊杵尊（あめにぎしくににぎしあまつひこひこほのににぎのみこと）が日向国（南九州）へ降臨したと言われる。瓊瓊杵尊が山の神の娘である鹿葦津姫を娶って生まれた子が海幸彦と山幸彦である。山幸彦が海の神の娘である豊玉姫を娶って生まれた子が彦波瀲武鸕鶿草葺不合尊（なぎさたけうがやふきあえずのみこと）である。鸕鶿草葺不合尊の子が神日本磐余彦尊（かむやまといわれひこ）、後に神武天皇と呼ばれる初代天皇である。こうして天と山と海の神の血を引く存在が生まれたとされる。
崇神天皇を3世紀中ごろの大王だとしてさらに遡ると歴史学的な証明は困難になる。大規模な埋葬文化の無い弥生時代末期になるため考古学的な考証に耐えうる陵墓も無くなる。日本書紀や古事記でも初代神武天皇から十代崇神天皇の間の八代については系譜しか記録がないため実在性が乏しい（欠史八代）。それでも敢えて年代を想定してみると神武天皇から崇神天皇は十代に渡って親子間での皇位継承なので神武天皇即位は前1世紀ごろになる。ただし先代旧事本紀の地祇本紀、天孫本紀に書かれた豪族の系図からは神武天皇から崇神天皇までおよそ7～8世代ということが示唆されている。これを考慮に入れるならば神武天皇即位は1世紀ごろとなる。後漢の光武帝から倭奴国に金印（漢委奴国王印？）が授けられた頃である。いずれにしても神武天皇は一世紀前後の人物ということになる。あくまでも実在すればということであり神話的色彩が強い神武天皇は伝説的人物とみなされるのが一般的である。なお日本書紀の年代では神武天皇即位は紀元前660年であり明治時代になって神武天皇即位紀元（皇紀）の元年とされた。戦時中の1940年（昭和15年）には紀元二千六百年記念行事が催され国威発揚に利用された。
応神天皇を4世紀後半の人物としてさらに遡ると、その5世代前にあたる崇神天皇即位は3世紀中ごろとなる。古墳時代の開始期であり天皇陵が大規模な前方後円墳に治定されるのも崇神天皇以降である。崇神天皇、垂仁天皇、景行天皇、成務天皇の陵に治定される行燈山古墳、宝来山古墳、渋谷向山古墳、佐紀石塚山古墳は考古学的にも3世紀後半から4世紀前半の築造である。また3世紀中ごろは前述したように邪馬台国の卑弥呼の時代であり、崇神天皇期の巫女である倭迹迹日百襲姫命を卑弥呼と同一視する説が根強い。百襲姫の墓に治定される箸墓古墳は卑弥呼の死期と重なる3世紀中頃の築造とされ卑弥呼の墓との説がある。その近くにある纒向遺跡もまた邪馬台国の中心地として有力視される。なお日本書紀の年代を機械的に当てはめれば崇神天皇即位は紀元前97年である。
近隣諸国とは、建国直後から何度か戦争状態となり敵対関係だったが、1979年にエジプトと1994年にヨルダンと平和条約を結んでいる。しかし2006年のレバノン侵攻の際に行われたエジプトの世論調査ではイスラエルを敵性国家とみなす意見が92%にも上った。イスラエルが「脅威」としてあげる国ではイランがある。イランとは核兵器開発問題、ヒズボラおよびハマースを支援している国家として強い警戒を示し、国連事務総長にイランの国連除名を要求したこともある。また、イラン大統領のマフムード・アフマディーネジャードは、ホロコーストを認めない発言をするなどイスラエルに強硬な姿勢を示していた。ただし、2009年には外相のアヴィグドール・リーベルマンは、パキスタンおよびアフガニスタンをイランよりも戦略的脅威と見ているとの発言を行った。アフガニスタンではガザ侵攻の際、「イスラエルに死を」という声を上げ、イスラエルとの戦闘を望む多くの若者が集まった。シリア・レバノンも紛争当事国であり、関係修復には至っていない。2006年、レバノン首相のフアード・シニオラはレバノン侵攻を受けてイスラエルとの国交樹立はありえないと発言した。またシリア内戦時にはヒズボラへの武器輸送や、シリアにおけるイランの伸長を阻むためイスラエルはシリアに空爆を行っている一方で、イスラム過激派の影響力拡大や混乱の波及を警戒し、アサド政権崩壊を企図した本格的な介入は行っていない。一方で、近年ではイランに対抗するためアラブ諸国との関係改善を図る動きもあり、2018年10月26日にはオマーンを首相が公式訪問。また同月にはアラブ首長国連邦に閣僚を派遣するなど、水面下での動きもみられる。