「魔法」はマジックポイント（MP）を消費することで使用できる攻撃方法。魔法はショップなどで入手することができ、その魔法を装備することで使用できるようになる。光の玉（セーブポイント）で自由に着脱できるので、状況に合わせた装備が可能。装備できる魔法の数は、各キャラクターの「マジックレベル」を上げることによって増えていく。「マナエッグ」は魔法の力が籠められているアイテムで、装備することで使用する魔法の効果を高める効果がある。また、マナエッグ同士の合成によってよりレベルの高いマナエッグを作り出したり、新たな魔法を生成したりすることができる。
必殺技はスペシャルポイント（SP）を消費することで使用できる各キャラクター固有の攻撃。「スペシャルレベル」を上げることで新しい必殺技を習得できる。同じ必殺技を使い続けることで熟練度が上がり、それによって攻撃力が上昇したり攻撃までの準備時間が短縮したりする。
コマンド戦闘とリアルタイム戦闘を上手く複合させ、上級者向けではあるが爽快感のある戦闘が楽しめる。また、戦闘中のアドバイスシステムは、RPGに慣れないユーザーにも分かりやすい。戦闘システムは前作までを踏襲したものだが、新たに「空中コンボ」「オーブ」の要素が取り入れられた。「空中コンボ」は、味方の攻撃などで空中に浮いた敵に対して攻撃しようとすると、攻撃が空中コンボ専用の技に変化し与えるダメージが増加するもので、味方との連携攻撃が可能になった。「オーブ」は、シナリオ内で手に入れた聖獣の力を使うことができる。ただし一度オーブを使うと、モンスターを倒して再びエネルギーを蓄えるまで使えない。
フィールドでは移動の他、これまでのシリーズにはなかった剣が使えるようになり、障害物を破壊したりモンスターを気絶させたりすることができる。敵と接触すると戦闘となるが（シンボルエンカウント）、この際、敵が気絶状態のときに接触すると、敵を挟み込むプレイヤーに有利な陣形から始まり、敵に後方から接触されると敵に挟み込まれた不利な陣形から戦闘が開始される。画面左下にはマップが表示されており、現在の位置やセーブポイントである光の玉の位置などが示されている。ただし、飛行機に乗っている間は表示されない。ダンジョン内では「Gサーチ」を実行でき、近くに宝箱があるとその場所が光って表示される。ゲームを進めると飛行機が入手でき、空を飛び回れるようになる。着陸できる場所は限られているが、街や名所などの詳しい説明を見ることができるポイントがある。
飛行機乗りに憧れる少年ユウキ。彼は飛行王シュミットという名だたる飛行機乗りに憧れ、友人のロッツと2人飛行機の制作をしていた。何度も墜落し苦心の末作った新たな飛行機で、ユウキは退屈なアンフォグの村から大陸へと飛ぼうとする。飛行は成功したが、母・ミランダにこっそり後部座席に乗られ墜落寸前となる。そのとき、何者かに追われている馬車を発見し、ユウキはそちらに眼をやった隙に再び飛行機を墜落させてしまう。そこでユウキは、神人になろうとする少女・アルフィナと出会う。彼女が大陸の街アークリフを目指そうとしていることを聞き、ユウキはミランダと共に護衛を申し出るのであった。
翌1963年のゴールデンウイーク中、虫プロダクションの求人新聞広告を見つけ、同社のアニメーター採用試験を受験。応募約500人中、採用3人という難関を突破する。本人の談によると、当然動画テストの試験はあったが、出﨑の漫画を読んだことがあった虫プロスタッフの杉井ギサブローが「こいつなら採用しても大丈夫」と強く推したことが決め手だった。杉井はその際の印象を、面接時から独特の世界、明確な作家性、映像言語を持っていたと述懐している。これにより工場勤務を辞め、9月に同社に入社。1月から放送を開始していた初の本格的連続テレビアニメ『鉄腕アトム』の第39話「赤い猫の巻」（9月24日放送）で動画デビューを果たし、第51話「子象プーラの巻」（12月17日放送）では第二原画に昇格。入社3ヵ月ほどで4人の新人スタッフを束ねるポジションを与えられるなどの大抜擢を受ける。1964年、『鉄腕アトム』第66話「スペース・バイキングの巻」（4月4日放送）で原画担当となる。同年、先輩の高木厚に誘われ、アルバイトで東京ムービー制作作品『ビッグX』の絵コンテを担当。この当時から、シナリオを読んでつまらないと感じたら、独断によるストーリー改変を行って絵コンテを描いていた。同じくアルバイト仕事を受けていた杉井らとともに高木の自宅にスタジオを作り、虫プロに通いながらアルバイトをしていたが、やがてこれが虫プロの知るところとなる。結局、杉井を代表とする有限会社アートフレッシュとして独立することが認められ、虫プロの同僚だった吉川惣司、宇田川一彦、タツノコプロの奥田誠治らとともに8月に同社に参加。同社が虫プロの下請けとして受注した『鉄腕アトム』や『悟空の大冒険』で、各話演出／作画監督を担当した。初の公式各話演出作品は1965年3月27日放送の『鉄腕アトム』第112話「サムソンの髪の毛の巻」。1967年から放送がはじまった『悟空の大冒険』では、各話演出／作画監督の作業と並行して、虫プロ商事発行の月刊誌「COM」にて同作のコミカライズ版を7回にわたって連載。この頃に虫プロ内で演出に昇格した高橋良輔は、出﨑や富野由悠季（当時は喜幸）の仕事を見て彼らの天才ぶりにショックを受け、長期にわたって挫折感の中にいたことを後に語った。1968年、出﨑が独自性を活かすには「出﨑一家」を構えた方がいいとの杉井の判断により、同社を退社してフリーとなる。1969年には劇場用映画『千夜一夜物語』で原画とストーリーボードを担当。同作の制作終盤には、逼迫する制作進行状況を助けるため構成助手としても関わった。その際にチームワークによる映画作りの面白さに目覚めたと本人は語っていた。その後、日米合作アニメ『フロスティ・ザ・スノーマン〜温かい雪だるま』の制作時に杉野昭夫と机を並べて原画を描き、直接的に互いを意識するようになる。