人工呼吸器のウィーニングの開始基準は急性呼吸不全と慢性呼吸不全では全く異なる。ウィーニングを開始し、呼吸器、循環器系のモニタリングを行い異常が認められれば直ちにウィーニングを中止し、もとの人工呼吸器の設定に戻す。ウィーニング開始基準を満たし、ウィーニングを開始したらSIMV、PSVが可能ならば、SIMVを4～6回/minでPSVを2～3cmH2O程度まで徐々に下げていく（殆ど自発呼吸でわずかにプレッシャーサポートで補助している状態にする）。その後SIMVをオフとしPSVを2～3cmH2OかつPEEP3cmH2Oとなったら人工呼吸器をオフとする。Tピースに変更し咳反射、意識レベル、呼吸循環モニターに問題がなければ抜管ができる。
ベクロニウム（マスキュラックス）を用いる場合が多い。マスキュラックス10mgを蒸留水10mlで溶解し1mg/mlとして使用する場合が多い。マスキュラックスは0.08mg/Kgが初回使用量となるため5mg程度から使用し、効果を見て8～10mg程度使用する場合もある。それ以外にはマスキュラックス2mgとサクシン（スキサメトニウム）50mgを併用し静注するという方法もある。
レペタン2A（0.4mg/4ml）を生理食塩水で50mlとし2ml/hで開始。体動を認めたら2mlフラッシュする。強オピオイドを利用した場合は弱オピオイドを併用すると効果が減少するため注意が必要である。但し、これはアゴニストとパーシャルアゴニストを併用した時の現象であるため鎮痛効果は同一レセプターに作用していれば弱オピオイドと強オピオイドの中間となる。体動の原因が鎮静不足か鎮痛不足かによってフラッシュする薬物は変わってくるため、他の処方との整合性を図るべきである。
呼吸困難、呼吸不全による緊急挿管の場合、フルストマックでの挿管となることが多く、甲状軟骨圧迫法を用いることが多い。静脈麻酔薬、オピオイドといった薬物を用いて、鎮痛、鎮静、筋弛緩を得る。以下に代表的な処方、人工呼吸器の設定を示す。
第一に気道確保と酸素投与を行う。意識障害など他の挿管の適応があれば、躊躇なく挿管をする。酸素投与でSpO2が90%台となるようにする。酸素投与、気道確保ができたら、呼吸困難の原因精査を行う。診断の目星があれば、それに対する治療を行う。これによって挿管を回避できることもある。特に重要なのは上気道閉塞を否定することである。治療への反応をみて、挿管を回避できるのか、できないのかを判定する。回避できなければこの時点で気管内挿管を行う。回避できるのであれば酸素マスク、あるいはBIPAPにて経過観察とする。挿管の目安としては、酸素マスクにてSpO2<90%（酸素解離曲線でSpO2 90%はPaO2 60mmHgに相当する）ならば挿管とするのが一般的である。これ以下では末梢細胞への酸素供給が不足し嫌気的代謝となる可能性がある。血液ガス分析で代謝性アシドーシスとなっていれば、すでに末梢の酸素不足が起こっている可能性がある。
上位運動ニューロンによる入力は、大脳皮質および脳幹の神経核から来る。軟質骨上位運動ニューロンは骨髄脊髄路と呼ばれる。ブロードマンの脳地図の4野（一次運動野）、6野（運動前野）、1-3野（体性感覚野）および5野（頭頂葉体性感覚連合野）に始まり、内包の膝および後脚を通って大脳脚、橋から延髄の錐体に至る。ここで運動ニューロンの軸索のうち約85%が対側に交叉し、脊髄の外側皮質脊髄路を下行する。残りの約15%のニューロンは同側の前皮質脊髄路を下行する。その名と異なって、中心前回（一次運動野）第V層のベッツ細胞（巨大錐体細胞）に始まる上位運動ニューロンは数の上では少数であり、ヒト以外の霊長類では60%以上の上位運動ニューロンが運動前野から起始していることが明らかになっている。脳幹からは4つの運動伝導路が上位運動ニューロンを出している。赤核脊髄路（中脳の赤核より）、前庭脊髄路（橋延髄境界にある外側前庭核より）、視蓋脊髄路（中脳の上丘より）、網様体脊髄路（橋および延髄の網様体からそれぞれ）の4つである。赤核脊髄路は側索（皮質脊髄路のすぐ前方）を、その他の運動路は前索を下行する。下位運動ニューロンの機能は、外側皮質脊髄路および前皮質脊髄路の二つで異なっている。外側皮質脊髄路の上位運動ニューロンの軸索は、脊髄前角のうち背外側 (DL) 下位運動ニューロンとシナプスを形成する。DLニューロンは四肢遠位の巧緻運動を支配する。四肢に関係するので、DLニューロンは脊髄のうち頸膨大および腰膨大の灰白質にのみ存在する。外側皮質脊髄路は延髄錐体で交叉した後は、脊髄では交叉しない。一方前皮質脊髄路の上位運動ニューロンは、大脳皮質と同側の脊髄前索を下行し、その軸索は同側の脊髄前角のうち腹内側 (VM) 下位運動ニューロンとシナプスを形成するか、あるいは白前交連で対側に交叉した後、その高位の髄節内にあるVM下位運動ニューロンとシナプスを形成する。脳幹に始まる赤核脊髄路、視蓋脊髄路および前庭脊髄路の上位運動ニューロンも同側の脊髄前索を下行するが、これらのニューロンは交叉を行わず、同側の脊髄前角にあるVMニューロンとシナプスを形成する。VM下位運動ニューロンは、体幹の大きな姿勢筋（脊柱起立筋など）を支配する。VM下位運動ニューロンはDLニューロンと異なり、脊髄のすべての高位の前角内に見られる。