日本認知心理学会（にほんにんちしんりがっかい、英文名称：The Japanese Society for Cognitive Psychology）は、認知心理学の基礎的・応用的研究の発展を促進し、同時にその学術的成果を社会に還元することによって、広く社会に貢献することを目的として創立された学術団体。2010年6月時点の会員数は約800名。機関誌「認知心理学研究」を年に2回発刊し、毎年全国規模の学術研究大会を開催している。
一方で数々の暴力事件も起こっており、1986年にはいじめによる死亡事故が起きている。1997年には、上級生が暴力を加えて重傷を負わせ、2001年には日常的に上級生が下級生をバットで殴るなどのいじめが原因とされる暴行事件で半年間にわたる活動停止処分を受けている。さらに、被害者の家族に訴えられて裁判沙汰になった。その他の部内の規律として、OBで漫画家のなきぼくろは、「女を見るのは禁止」という規律が存在していたと語っている。。2008年も暴力事件が起こり、藤原弘介監督（当時）が辞任。後任として河野有道が監督に復帰したが、2011年には部員の部内暴力と喫煙で1ヶ月の対外試合禁止になった。2013年4月9日には、高野連・西岡宏堂審議委員長より2013年2月23日午後10時頃、2年生4人が、1年生1人を寮内にて殴る蹴るの暴行を加えたため救急車が出動し、病院送りにしたことが明らかにされた（学年は共に事件当時）。これにより日本学生野球協会審査室会議にて2013年2月24日から8月23日までの6ヶ月間の対外試合禁止処分が決まった。河野監督は2001年の活動停止処分を受けた際の監督でもあった（2001年辞任後2008年復帰）がその後退任し、4月16日付でPL教団職員に異動した。教団はかつては名門野球部を広告塔として最大限に支援していた（特に第2代教祖の御木徳近は、野球好きで知られていた）が、度重なる不祥事や教団内の運営体制の変化により次第にトラブル続きの野球部に対して厳しい態度で臨むようになり、野球部の体質改善を積極的に行った。まず、野球部専用の寮であった「研志寮」が2001年のいじめ問題発覚後に「閉鎖的な野球部寮に問題がある」と言う理由で2002年3月末限りで廃止され、同年4月以降は野球部員も一般生徒と同じ寮で生活している。また全寮制の廃止もあり、通学可能な地域に居住している部員は自宅から通学している。研志寮の建物は、PL学園小学校の「小学SC寮」に転用され改装された。また、社会情勢や教育環境の変化から教団の学校運営方針が「スポーツ選手の育成強化」から「在校生徒の学力向上重視」に変更になったため、かつて行われてきた有能者を見つけるための外部スカウト制度やスカウトによる推薦入学や特待生の制度も寮の廃止と同時期に全て廃止され、一般入試で合格した在校生が入部する一般的な部活に変更された。毎年恒例となっていた夏季と冬季の合宿制度も全て廃止され、大きな問題となっていた上級生の「説教」制度も一切禁止された。練習時間も大幅に短縮され、それ以外の時間帯の練習は特別な事情や教団・学校の承認が無い限り一切禁止とした。さらに学力維持と向上のため、年間成績や定期テストなどで一定の成績に満たない部員は約1ヶ月間練習禁止処分にして補習を受けさせるようにしたほか、1週間に1回全員での教団講話の拝聴を義務付けた。部活関係者以外の野球部OBとの接触やOBの学校訪問も一切禁止とした。上級生と下級生が同部屋で生活し、下級生が上級生の雑用等をこなす野球部独自の「付き人制度」も教団や保護者、一般生徒などから生徒間の行き過ぎたプライバシー等の侵害や厳しすぎる上下関係による不祥事を問題視されるようになったため、2013年6月より部活の雑用（食事作り、掃除、洗濯、買い出しなど）は全て寮関係者や教団ボランティアのスタッフが行うように変更され、下級生の雑用を一切禁止とした。同年秋には「付き人制度」そのものが廃止され、全部員が一般生徒と同じ待遇となり野球部の伝統とされてきた厳しい上下関係や規律も大幅に改善され緩和された。後継監督候補には複数のOBが浮上しているが、学校・教団側はかねてから野球部OBの多くが卒業後には教団への信仰から距離を置いていることに不満を持っており、野球部OBが監督に就任する条件の1つとして教団への熱心な信仰を求めているが、学校・教団側の要望に該当する野球部OBがいないことから、2013年秋大会から常勤の監督が不在という状況が長期化していた。練習ではOBのコーチがいるものの、OBのコーチの指導はノッカーとしてのみ認められている（このOBは学校側から監督昇格は認められていない）。このため公式戦では野球未経験の正井一真校長が登録上の監督に就任し、ユニフォームを着てベンチ入りしているが、試合の中で決断を下せる大人が不在となっており、作戦や選手交代を選手同士で決めていた。2014年10月には監督不在により十分な指導ができないことを理由に、入学を希望する中学3年生の新入部員の受け入れ停止を決定した。2015年3月16日、同年4月1日付の人事異動で正井校長が校長職から校外の教団施設への転任が決定し、同時に野球部の監督を退任することが発表された。新たな校長には元野球部長で河野有道前監督と共に甲子園出場経験のある草野裕樹が就任し、野球部の監督も兼任することとなった。卒業生の一人である清原は、テレビ出演した時にPLの暴力は伝統であると語っている。