1866年6月1日にオーストリアがガスタイン条約に違反してシュレースヴィヒ・ホルシュタイン問題を連邦議会に委ねたことで普墺両国は最終的に決裂した。ビスマルクはこれを「挑発行動」と批判し、6月9日にもシュレースヴィヒ総督マントイフェル率いるプロイセン軍をホルシュタインへ進駐させた（戦闘は無し）。オーストリアは6月11日に「ドイツ内部の安全と連邦加盟国の権利を守るため」の連邦軍動員案を提出し、6月14日にはその修正案が大多数の中小邦国の支持を得て決議された。結局のところ、ドイツ連邦における影響力は最後までオーストリアの方が上だったことになる。ビスマルクはプロイセンの軍事的威圧を直接に受ける隣国ザクセンやハノーファーさえ寝返らせることはできなかった。プロイセン側に付いたのは北ドイツ・中部ドイツの小邦国だけだった。連邦軍動員決議を受けて連邦議会プロイセン公使カール・フリードリヒ・フォン・サヴィニーはビスマルクからの事前の指示通り、本動議は連邦規約に違反した宣戦布告に等しいこと、したがって連邦規約は消滅して拘束力もなくなったと理解していること、プロイセンは自らの連邦改革案に賛成してくれたドイツ諸国とともに新たな連邦を形成することを宣言し、ドイツ連邦から脱退した。これをもって事実上の開戦となった。
ロシア帝国支配下ポーランドでは1863年1月からロシアの支配に抵抗するポーランド人の蜂起が発生しており、ヨーロッパ中の自由主義者はこれを民族自決運動と看做して共感を寄せていた。しかしビスマルクはプロイセンのポーランド支配地域への波及阻止や露仏の接近阻止という観点から国王副官アルフェンスレーベン将軍をペテルブルクへ派遣し、2月8日に普露両国が蜂起鎮圧の追撃にあたってお互い国境越境を許し合うというアルフェンスレーベン協定を締結させた。オーストリアもポーランドに支配地域を持っており、過去2回（1830年と1848年）のポーランド蜂起では普露と共同して鎮圧した。しかし今回は普露と険悪な関係になっていたため、共同歩調を取らなかった。この神聖同盟の足並みの乱れは、自由主義的なフランス皇帝ナポレオン3世とイギリス首相パーマストン子爵の介入を招いた。彼らは国際会議を開催してロシアにポーランド民族主義への一定の譲歩を迫るつもりだったが、ビスマルクとロシア外相ゴルチャコフがそろって国際会議に反対し、英仏の足並みもそろわなかったので国際会議開催は阻止された。しかしこの件でプロイセンは自由主義者から目の敵にされるようになり、これまで小ドイツ主義の立場をとってきた自由主義者からも小ドイツ主義に疑問が呈されるようになった。対するオーストリアは普露と距離を置いたことを英仏や自由主義者から高く評価されて威信を回復し、ドイツ問題で優位に立つようになった。
ビスマルクの政敵である進歩党議員レオノール・ライヒェンハイムが所有するヴェステギアースドルフの工場で労働者の不満の声が高まると、ビスマルクはその工場で働く織り工の代表者3名が1864年5月6日に国王の引見を受けられるよう手はずを整えた。織り工たちは国王に「生存が不可能なレベルにまで賃金が切り下げられている」と訴え、それに対して国王は可能な限りの法的救済を講じることを約した。5月9日にはビスマルク自身も織り工たちと会見し、彼らに金を渡す代わりに労働者の仲間内で進歩党やその指導者である工場主をもっと攻撃するよう仕向けたと見られる。ライヒェンハイムは賃金値上げ要求や国王への直訴に関与した織り工ら13名を解雇した。これに対してビスマルクは解雇された13名の織り工を保護し、彼らにヴェステギアースドルフ生産組合を結成させた。労働者の生産組合はラッサールがかねてから提唱していた制度であり、労働者の自由な同盟と国家の援助によって労働者階級を企業体（生産組合）にし、生産を掌握させ、労働者が賃金のみならず、営業収益ももらえるようにする制度だった。ビスマルクにとってこれは実験であったが、生産組合を監督していた郡長と織り工たちの対立、商業的観点の無さなどにより失敗に終わった。生産組合を諦めたビスマルクはついで労働者の団結権保護に乗り出した。1866年2月に団結権を禁じる規定の一部廃止を盛り込んだ法案を議会に提出したが、衆議院の反発に遭い、普墺戦争の勃発による議会の審議中断で流産した。最終的にこの法案はビスマルクが衆議院を掌握した普墺戦争後の1869年に成立している。
長年の議論の末、2000年にブータン政府とネパール政府は、ネパールの難民キャンプに居住する特定のブータン人を帰還させることで合意した。しかしながら、合意の趣旨には、一部の難民キャンプの住人は、難民の地位を獲得する以前は、ブータン国民でもなければ住民ですらなかったという見解も含まれていた。更に、ブータン政府は、ブータン人民党 (BPP) や ブータン国家民主党 (BNDP)といった、ネパールのローツァンパコミュニティ内における多数の政治団体を、テロリスト集団や反政府集団とみなしていた。その上、かつて難民たちがブータン国内で所有していた土地や資産は、ブータン政府推奨のもとで政府関係者や軍人を含むガロップ族らにより乗っ取られていた。2001年3月に帰還に適格なブータン難民の審査がネパールの難民キャンプで開始された。実際の帰還は1年以内に行われると見られていた。しかしながら、その進捗は10年あまり中断している。2003年にブータンの審査チームがジャパで襲撃を受け負傷し、結果として更なる審査の遅れをもたらした。2011年の時点で、クドゥナバリ難民キャンプの難民のみが帰還を認められ、その数は200人以上にのぼる。しかしながら、実際にはブータン難民は1人も帰還を果たしていない。2011年4月、ブータン政府とネパール政府は再び会談を開いたものの、UNHCRはブータン政府が帰還者に対して完全な市民権とその他の人権を与えることを拒否することを考慮に入れ、第三国定住の実現に取り組み続けた。2011年7月の時点で、ブータン政府とネパール政府は少なくとも15回の二者協議を行っていたが、現実的な解決策を得ることは無かった。ブータン国営メディアはブータン政府はネパールとの継続的な対話をすべきとの主張を繰り返したが、それがかえって第三国定住への引き金となった。ネパール政府についても、ブータン難民を自国民とは捉えていなかった。アメリカ合衆国国務省は、難民キャンプ内の指導者に、概して帰還の見込みが薄いにも拘らず、偽の情報や脅迫によって再定住を妨害しようとする意図があることを明らかにした。