ヤラは、公式には5年間の政治活動が禁止されていたが、2005年3月、ヤラは6月19日に予定されている大統領選挙の、PRSから候補に選ばれた。最高裁は2005年5月にヤラの立候補資格を認め、その後5月15日に大統領辞任の撤回、任期終了まで職を再開すると宣言した。この宣言により国内の政治的緊張が高まったが、それほどの緊急事態には至らなかった。2日後には一部のヤラ支持者たちの集会が行われ、警察が催涙ガスを用いて解散させた。5月の終わりには、軍の発表によれば、ヤラは武装集団によって約4時間大統領公邸を占有した。公式の発表では、6月19日の投票で、ヤラは25%の得票率で、マラム・バカイ・サニャ候補、ジョアン・ヴィエイラ候補についで3位で、二次投票の参加資格を得ることはできなかった。ヤラは、実際には約38%を得票して首位であり、選挙結果は不正であると主張、現在でも自分が勝ったと主張してはいるが、平和と民主主義を優先するとして選挙結果を認めた。選挙結果の発表後、少なくとも4人のヤラ支持者が警察との衝突により死亡したと伝えられている。7月のはじめ、ヤラは二次投票においてヴィエイラ候補を支持することを表明、7月24日の投票ではヴィエイラが当選した。
2003年9月12日に選挙管理委員会は、議会選挙予定日の10月12日までに有権者登録を完了することが不可能であると発表した。これに、経済不振、政情不安さらに給料未払いの兵士の不満などが加わり、9月14日に無血クーデターが起こった。ヤラは逮捕され、自宅監禁となった。クーデターの指導者であるヴェリッシモ・コレイア・セアブラは、政権掌握の正当化として、ヤラ政府の｢無資格｣とみなした。ヤラは9月17日に公式に辞職を発表し、5年間の政治参加禁止に合意した。9月終わりにはエンリケ・ロザ主導の文民による暫定政権が発足した。2004年3月8日に次の議会選挙を前にして、ヤラは自宅監禁から解放された。3月28日の選挙ではPRSは100議席中35議席を獲得し、議会においてPAIGCに続く第二の政党となった。
クンバ・ヤラが大統領に就任した後も、実態はアンスマネ・マネが実権を握る軍事政権であった。この政府は大臣および政府高官による搾取と貧弱な金融政策に特徴付けられ、世界銀行や国際通貨基金による援助を差し止められた。ビサウ市では、停電、断水が頻発して物価上昇がすすみ、クレオール語で"Luz ka tem, iagu ka tem, arroz sta carro"(電気はない、水はない、米は高い)と歌われるラップソングが流行した。共にヴィエイラ前大統領を失脚へと追いやった反乱軍の指導者であったアンスマネ・マネ将軍との関係は悪化し、マネは2000年の11月に数人の将校の昇進を予定していたが、ヤラの示した昇進者リストは、事前にマネと合意したものとは異なるとした。ヤラによる昇進人事の撤回と、ヴェリッシモ・コレイア・セアブラ将軍の復職を求めて、マネは軍を掌握すると宣言した。戦闘が勃発し、11月30日にマネは政府軍により殺害された。ヤラは2001年に議会にて承認された新憲法を、拒否することも、公布することもしなかった。2001年12月にヤラ政府は、クーデター計画を未然に防いだと主張、対抗勢力は計画の存在を疑問視した。2002年6月に、ギニアビサウの反乱を助長しているとしてガンビア共和国を告発、ガンビアの外相はこれを否定。ヤラはガンビアに対する軍事威嚇をも行った。さらにヤラは国内の対立組織の活動家らを、政府の転覆を企てたと告発して、投獄視した。2002年11月に議会を解散。マリオ・ピレスを暫定首相に指名し、2003年2月に選挙を早期に行うことを求めた。最初は4月に予定されていた選挙は7月へ、そして10月へと幾度も延期された。ヤラが権力を保持するために選挙規定の改竄をしているとの疑惑が広がった。
アーレンの住民は元々アウクスブルク司教区に属しており、エルヴァンゲン修道院長の守護下に置かれていた。ヴュルテンベルク公の援助で1575年に宗教改革がなされた。宗教改革の試みはそれ以前にも行われたがアウクスブルク司教とエルヴァンゲン修道参事会はこれを拒否していた。宗教改革後アーレンは何世紀もの間、プロテスタント優位の街であった。ただし1628年から1632年までは三十年戦争の結果カトリックの街となった。この街は帝国都市として教会に関する事案を独自に規制する権利を有していた。聖職者、組織、聖堂の運営は市議会の直接管理下にあり、司教の機能を担っていた。市はアーレン独自の聖歌集も編纂した。ヴュルテンベルクへの移管後、1803年にアーレンは教区監督の所在地となった。監督管区教会は市教会（現在の建物は1765年から1767年に建造された）であった。この他に、1561年に建設された墓地のヨハネス教会も使われた。20世紀にアーレンの人口が増加し、マルクス教会（教会堂は1967年建造）やマルティンス教会（教会堂は1974年建造）が組織された。ウンターロムバッハ市区はアーレンの宗教改革の影響を受けたが、アーレンの支教会に留まった。1912年になって独自のクリストゥス教会が建設され、1947年に独自の教区が設けられた。ファハゼンフェルトは領主のヴェルヴァルト家およびラインローデン家によって宗教改革がなされた。ここでは1591年に教区教会が建設されたが、18世紀にカトリック信者が増加し、その後カトリック信者が多数を占めている。それ以外の現在のアーレンの市区は、宗教改革後もカトリックに留まった。ただし、ヴァッサーアルフィンゲンでは1891年に福音主義の教区が設けられ、1893年には独自の教会マグダレーネン教会が建設された。戦後にはウンターコッヘンにも独自の教区が設けられ、1960年に教会が建設された。これら4つの教会区はヴュルテンベルク福音主義州教会のアーレン教区監督管区に属している。さらに、アーレンには古敬虔主義教会組織もある。また、ユーゲント教会「ZAGG-ユーゲント教会アーレン」もマルクス教会内にあり、アーレン福音主義教会に属している。