その間も両軍は互いに同数の戦車を増援させ、ついには同じ20両で対峙した。しかしケネディはリスクを冒すことは消極的であった。チェックポイント・チャーリーのような小さな検問所でのトラブルに関わっている余裕は無かったのである。この時期は彼にとって、政権内で意見が分かれ、ベルリン問題についてもドゴールともアデナウアーとも意見を異にして同盟国間での調整に苦しんでいた時期であった。ベルリンの壁が建設されてから、すぐにラスク国務長官とグロムイコ外相とが会談したことで、ドゴールはソ連の一方的な行動と脅迫をやめない限り一切の交渉は無駄であり、ベルリン問題で協議してもソ連に一層の譲歩を迫られるだけとして批判した。そしてアデナウアーは西ドイツの自由選挙に基づくドイツ統一政策とは違って、二つのドイツを認める方向にアメリカが向かっているとし、また直近に明らかになった西欧諸国への通常戦力の増強という米国の方針についても、核戦力の増強による抑止力を重視する立場からいざとなれば核兵器を使用するという決意をソ連に示さないとソ連を勢いづかせるだけである、とケネディを批判していた。一方フルシチョフはまだソ連共産党大会の期間で、壁の建設でのケネディのシグナルから米国がこれ以上の行動に出ることは無いと確信していた。コーネフ元帥の報告を聞いて、「戦争なんて起こる訳はない」と語った。そしてソ連軍戦車の撤退を米国より先に行うようにコーネフに指示した。ケネディとフルシチョフの間で水面下での交渉があったのである。10月28日、10時30分にソ連軍戦車がチェックポイント・チャーリーから引き揚げ始めた。30分後に米軍戦車も撤退を開始した。20時間近くの睨み合いであった。撤退と同時にラスク国務長官はベルリンに電報を送り、これまでの武装護衛あるいは兵士の警護による境界線通過の試みの中止、文民公務員の当分の間の東側への通行を禁止、軍人が通過する場合は全員が公用車で制服着用の義務付けを厳格に守るように指示した。そして「当該地点においてこれ以上の行動はしない。」と念を押した。これで8月にベルリンにケネディが送り込んだクレイ将軍はやがてベルリンを去った。彼は大統領に直接話が出来る代理人の立場で送り込まれたが、実際は単独行動でケネディを悩ませることが多かった。ベルリン駐在の米国外交官リチャード・スマイサーは後に「壁は東ドイツを強化ないし救済するためのもので、チェックポイント・チャーリーでの事件はある意味でゲームだった。クレイは戦車隊が到着してすぐにそれを察知し、様子を見ることにしょう、と言った。実際戦車が対峙していても緊迫した空気は無かったし、双方とも発砲する気は無かった。この事件で第三次世界大戦を始めようとは思っていなかったし、ロシアもそのつもりは無かった。」と語っている。
「増税なき財政再建」「三公社（国鉄・専売公社・電電公社）民営化」を掲げ、安定した支持率を保っていた中曽根内閣は、衆議院の解散（死んだふり解散）を行う。そして1986年7月6日の衆参同日選挙で自民党が圧勝した。この時の選挙公約を果たせという促進派からの要求に応えるかたちで、整備新幹線の凍結の閣議決定の破棄につながった。1987年11月に禅譲という形で竹下内閣が成立した。自民党三役も一新し、幹事長に安倍晋太郎、政調会長に渡辺美智雄という布陣になった。しかし、政権与党であった自民党内に整備新幹線に対する温度差を生じさせた。自民党幹事長の安倍晋太郎は整備新幹線促進の立場を明確にした。1987年12月15日、JR東日本社長の住田正二より、JR各社から整備新幹線財源問題等検討委員会の小委員会に提出した最終報告の概要説明が安倍晋太郎幹事長に対してなされた。この際、安倍晋太郎は、「全体として新幹線建設にJR各社は冷たいと言った感じだ」「キミは新幹線をつくらせたくないのか」「キミは運輸省で何をやってきたんだ。新幹線への地元住民の期待がこれだけ大きいのは、キミら運輸省が推進に一役買ってきたからじゃないか」と厳しく批判した。こうした安倍幹事長の一連の積極発言は、着工へのレールを敷くことで自民党主導の政策決定を鮮明にし、ポスト竹下を狙うため整備新幹線の早期着工を求める議員の支持を取りつけたいとの思惑があったとの指摘がある。自民党政調会長についた渡辺美智雄は、1987年12月7日、自民党本部で開かれた自民党同志会での会合で講演し、来年度予算案編成の焦点の一つである整備新幹線問題について「九州や北陸など関係地域の人たちのつけてくれという気持ちはよくわかるが、（建設するとなると）15兆とか20兆とかかるうえ、赤字の垂れ流しになるのではという問題もある。せっかく国鉄改革をやったばかりなのに、第2の国鉄をつくってどうするのかということであり、なかなか結論の出せない、やっかいな問題だ」、「新幹線は大飯くらいの嫁さんが来るようなものだ。家が潰れてしまう」と、着工に消極的な考えを示した。このように、ポスト竹下を狙う安倍晋太郎と渡辺美智雄の対立は、整備新幹線着工をめぐる問題で浮き彫りになり、前年に自民党が足並みをそろえて着工凍結の解除を迫ったときとは、大きく様相が変わっていた。一方で、1987年12月13日、運輸大臣石原慎太郎（当時）は宮崎実験線でリニアモーターカーに初めて試乗した。この時の記者会見で、「50キロなり100キロなりの実験線など、実用化に向けた予算措置をする時期に来ているのではないか」と述べ、昭和六十三年度予算案にリニア関係調査費などを盛り込む考えを明らかにした。その後、ヨーロッパで磁気浮上鉄道の開発状況の視察を行い、整備新幹線よりもリニアモーターカーの方に強い興味を持っていた。また12月23日、自民党の松永光政調会長代理は「新幹線は三十年前の、高速道路もエアポートも無かった時代の発想だ。二十一世紀はリニアの時代。整備新幹線は完成した時にはもう古いものになる。二十一世紀を考えなくてはならないのに、そうした将来計画が運輸省には何もない」（原文ママ）と発言、将来のグランドデザインなき整備新幹線着工への議論の不毛さを指摘し、暗に整備新幹線促進派を批判した。