神慈秀明会の方針変更の兆しは、1995年から徐々に現れていた。1996年にMIHO MUSEUMが開館する際、館長に予定されていた梅原猛より、「母体がこの状態では館長には就任できない」という通告があり、この時に小山弘子会長が、それまでの過激な布教献金体制への見直しをおこない、1997年から新体制として会の方針を一新した。それ以後は、過激な布教、献金活動は沈静化した。新体制発足時の1997年1月号の会報に、教団幹部から教団トップの小山弘子会長に対しての謝罪文が掲載された（信者に向けての謝罪文ではない）。夏休みを利用して日本中で布教活動を一斉に展開する#夏期布教、#カレッジ、エリート会と言った勉強会、拠点に合宿して布教をする自己放棄など、旧体制時代の神慈秀明会を特徴づけていたさまざまな活動や企画が1997年で一挙に中止、禁止された。新体制となったことで、旧体制時に末端信者に行ってきた指導は誤りであったと気づいて反省し、自主退職した教師職員がわずかだが存在した。また、新体制に伴い、教団の人事が一新した。各部の部長職は、それまで布教経験や信仰年数が長いものが選抜される傾向があったが、それに限らない選抜が行われるようになった。
旧体制時代とは、人救いの名の下に神慈秀明会全体が、数の目標達成に邁進していた時代であった。旧体制時代における主な年間目標とは、参拝（大祭などへの参拝人数）、布教（年間の入信者）、献金（本部神殿や美術館建設のための資金）であった。旧体制時代、神慈秀明会の信者数は爆発的に増大し、文部省文化庁発表で最大44万人が報告されている。この時代は、大規模な建設と、その資金とするための献金の推進が活発であった。教団は施設建設のため献金を膨大に集め、豪華な神殿（推定金額150億円）や美術館（推定金額、建築費500億円、美術品購入費500億円）などの建築を実現した。無理な入信数や献金額を掲げたため、職場、学業を放棄しての布教活動や、無理な借金をしてまでの献金活動などが、「自己放棄」という名の教義の元、容認されており、実際に一部の支部で大規模に行われていた。駅前や大学施設などでの公的施設でも街頭布教が活発に行われたため、公的施設の管理法人とのトラブルも多発した。そんな旧体制の活動は、活動の現場においては、信者は、家族や会社、学校などとの間に様々なトラブルなどを起こしがちだったが、新聞や雑誌にそれらの活動が取り上げられて大々的に社会問題化することは、結果的に起こらなかった。そのため、当時の信者は、旧体制の活動が社会との間になんらかの問題を起こしがちであるとの認識を持っていなかった。しかし、実際には、家族などからの苦情が本部に集中していたことを、1996年末、小山弘子会長が、講話という形で初めて公にし、明らかにした。この講話において、神慈秀明会は、旧体制の活動の問題を公に認めた。
神慈秀明会では、1997年に活動方針の体制を一新した。1997年から現在までを新体制と呼ぶ。それ以前、立教の1970年から1996年末までを旧体制と呼ぶ。神慈秀明会は、新旧体制下において、活動内容や教団内の風潮、価値観などが全く異なっている。したがって神慈秀明会を客観的に理解するためには、旧体制と新体制の差異を知る必要がある。
流祖観阿弥清次（1333年〜1384年）は山田猿楽の美濃大夫に養子入りした何某の三男で、結崎座の大夫（「棟梁の仕手」）となった。それまで式三番など神事猿楽を中心としていた結崎座を猿楽中心の座へと改め、中年以降は次第に猿楽の名手として大和以外でもその芸が認められるようになった。特に1374年ごろに行われた洛中今熊野の勧進能において足利義満に認められ、以後貴顕の庇護のもと近畿を中心に流勢をのばした。二世世阿弥元清（1363年？〜1443年）はその美貌によって幼時より足利義満・二条良基・佐々木道誉らの庇護を受け、和歌・連歌をはじめとする上流の教養を身につけて成長した。父観阿弥の没後は、観世座の新大夫として近江猿楽の犬王らと人気を争い、それまで物まね中心であった猿楽能に田楽能における歌舞の要素を取りいれていわゆる歌舞能を完成させた。足利義持の代となると、義持の後援した田楽の名手増阿弥と人気を争う一方で、『高砂』『忠度』『清経』『西行桜』『井筒』『江口』『桜川』『蘆刈』『融』『砧』『恋重荷』などの能を新作し、『風姿花伝』『至花道』『花鏡』といった能楽論を執筆して、実演・実作・理論の諸方面で能楽の大成につとめた。世阿弥は1422年ごろの出家と前後して、大夫を長男観世元雅（？〜1432年）に譲った。元雅は世阿弥が『夢跡一紙』で「子ながらもたぐひなき達人」と評したほどの名手で、『隅田川』『弱法師』『歌占』『盛久』など能作においても優れていた。しかし義持の没後、世阿弥の甥音阿弥（観世元重）を後援する足利義教が将軍に就任すると、仙洞御所での演能の中止（1429年）や醍醐寺清滝宮の楽頭職を音阿弥と交代させられるなどさまざまな圧迫が世阿弥・元雅親子に加えられ（国史大辞典）、1432年に元雅が客死した翌年には音阿弥が観世大夫を襲う（現在では音阿弥を三世とする）。晩年の世阿弥は『拾玉得花』を女婿金春禅竹に相伝し、聞書『申楽談義』を残すなどなお意欲的に活動したが、1434年、義教の命によって佐渡に配流され、ここに観世座は完全に音阿弥の掌握するところとなった。