1643年、ゲルハルトはヴィッテンベルク大学での学びを終え、ベルリンへ向かった。当時のベルリンは30年戦争とペスト、天然痘と赤痢によって人口を半分以上減らしていた（戦争前1万2千人が終戦時5千人になった）。ベルリンにおいてゲルハルトはベルリン上級地方裁判所吏員のアンドレアス・ベルトホルト家において家庭教師の職を得た。家主の娘との結婚式に際して、ゲルハルトは頌歌の詞を作った。 戦争体験は作詞におけるモティーフになり、さらにゲルハルトは神学的主題を歌詞に加えた。同時に彼は同時代に生きる人々に新しい勇気と希望を与えた。1657年から1667年まで牧師としてベルリン・ニコライ教会に奉職していた時、霊的な癒しによって職責を果たした。ニコライ教会には1622年以来ヨハン・クリューガーがカントールとして働いており、1640年に最初の賛美歌集Praxis pietatis melica, 『歌による敬虔の修練』を出版していた。このニコライ教会でゲルハルトとヨハン・クリューガーは協同作業を始めた。1647年にクリューガーは自身の賛美歌集を新たに出版した。ゲルハルトもこの新しい賛美歌集に18篇の歌詞を提供している。この賛美歌集は好評で、1653年には53版になった。さらに、ゲルハルトは当時のルター派福音主義教会のベルリン地区長ペトルス・フェアーと親交を結んだ。
1628年1月2日、ゲルハルトはヴィッテンベルク大学神学部と哲学部に入学を許可された。すでに彼は実家とギムナジウム等でマルチィン・ルターの教えに取り組んでいた。ヴィッテンベルク大学で彼はルター派正統主義の著名な神学者たち、さらにアウグスト・ブフナーのような詩作家から教えを受けた。そこで学と知己を得たことで、ゲルハルトは敬虔さと詩作を重ね合わせることになり、後に彼の作った賛美歌に影響をもたらすことになった。 修学時の金銭的援助としてヴィッテンベルク市区教会牧師で地区長補佐であったアウグスト・フライシュハウアーから家庭教師の職を提供され、ゲルハルトはその牧師館に住み込んだ。当時のヴィッテンベルクには30年戦争のため多くの避難民が押し寄せていた。さらに1636/37年においてペストが大流行した。当地の教会はペストによる犠牲者名簿を作成している。1637年4月7日、パウル・ゲルハルトの出生地周辺がスウェーデン軍によって完全に破壊された。1637年11月7日、ゲルハルトの兄クリスチャンが亡くなっている。ヴィッテンベルクでの様々な経験はパウル・ゲルハルトに大きな影響を与えた。1642年4月26日、そこでハンブルクの教授の息子の文学修士合格を祝うために、最初の機会詩をゲルハルトは書いた。
1622年4月からパウル・ゲルハルトはライプツィヒ近郊のグリンマにあるギムナジウムに通った。彼の兄も通ったギムナジウムであり、ザクセン選帝侯領の牧師と官僚を多く輩出した名門校であった。そこでは、ルター派正統主義の神学者レオンハルト・フッターの著作『Compendium』(神学概論)が主要なテクストとして使われており、その内容がゲルハルトの神学的理解に影響を与えている。さらに、そのギムナジウムで中世の学芸とされていた自由七科 の文法学、修辞学、論理学、算術、幾何、天文学、音楽と詩学を学んだ。彼はこの学校を期待通りの成果を得て卒業している。修了証書には勤勉さ、従順さ、才能に秀でていると書き記されていた。終了試験に合格した3日後の1627年12月15日にパウル・ゲルハルトはこのザクセン選帝侯領のギムナジウムを離れ、大学に入学するためにヴィッテンベルクに旅立った。
近江国出身と伝わる。織田氏の家臣・丹羽長秀の家臣として幼年から近侍し、たびたび戦功を立てる。織田信長の死後、清洲会議以降は織田家四宿老合議のうえ、京奉行の一人となった。また、時期は不明だが若狭国国吉城主も務めている。天正11年（1583年）の賤ヶ岳の戦いでは、陥落寸前の賤ヶ岳砦に援軍に行こうとする主君・長秀を、重臣・坂井直政と共に諫めた。しかし長秀は「直政は老巧の者だから自重せよと言うのはわかる。だが正吉は若いくせになぜそのようなことを言うのか」と叱ったという（『武家事紀』）。その後、丹羽軍は賤ヶ岳の友軍を助け、正吉はこの戦の活躍によって7600石に加増された。長秀の死後、丹羽氏は度重なる減封によって没落し、村上頼勝、溝口秀勝、太田牛一、長束正家、上田重安、戸田勝成など多くの重臣が去るなかで正吉は丹羽家を離れず、長秀の跡を継いだ子・丹羽長重に付き従った。やがて小田原征伐などの功により丹羽氏が加賀国小松12万5千石に加増されると、正吉は家老として1万石を領した。慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いの際、西軍についた丹羽氏は東軍の前田利長の軍勢に奇襲をしかける（浅井畷の戦い）。このとき丹羽軍の大将は正吉で、殿軍の長連龍に対して大きな戦果を挙げた。戦後、主家が他の西軍の大名と同じく改易されると、正吉は結城秀康に見出され1万石で仕官するが、後に退去した。その後は京で死去したとも、丹羽氏が大名として復帰した際に息子と共に再仕官したともいわれる。没年は丹羽家譜では慶長8年（1603年）、江口家系図では寛永8年（1631年）とされている。後述の白河での逸話を考えると、主君の丹羽長重が白河に移封されたのが寛永4年（1627年）であるため、この頃までは生存していたとも考えられる。