第二次世界大戦は小笠原の生態系に悪影響を及ぼした。最も深刻な影響を蒙ったのが激戦地となった硫黄島で、硫黄島の戦いによって保護林に指定されていた玉名山学術保護林は全滅した。また父島、母島にも多くの守備隊が駐屯した。多くの兵士が駐屯したため、父島、母島では陣地構築などのために自然環境の破壊が進んだ。また食糧不足に陥った守備隊は若芽がキャベツのような味がして食用となったノヤシを伐採したため、ノヤシは激減してしまった。そして父島、母島では空襲に遭い森林が焼かれるといった被害も発生した。
18世紀に入り、北太平洋が捕鯨の一大拠点となったことにより、小笠原諸島近海にもアメリカ、イギリスなどの捕鯨船が多く出没するようになった。そのような中、1826年から1828年にかけて、父島の二見港で沈没したイギリス船ウイリアム号の乗組員2名が父島に居住した。1830年6月、ハワイからの移住民30名が父島に上陸し、定住生活を開始した。移住民たちは父島の開墾を行い、トウモロコシやジャガイモなどの栽培や牧畜、そしてウミガメの捕獲などの漁業を営み、当時北太平洋で操業していた捕鯨船が父島に寄港する際に生産物を販売して生計を営んだ。1830年代から1850年代にかけて、父島のかなりの部分に開墾地が広まり、母島にわずかな住民が居住を開始したのみで本格的な開発はまだ行われなかった。この時期、生態系に大きな影響をもたらしたと考えられるのがヤギやブタなどの放牧である。放牧は父島のみならず弟島など周辺の島々にも広がり、放牧した家畜はやがて野生化し、捕食者がいない小笠原諸島では数が増えて生態系に悪影響をもたらすようになった。
小笠原諸島でも、現在人間の活動による生態系の破壊が大きな問題となっている。北硫黄島にある今から約2000年前のものと考えられている石野遺跡など、有史以前にも小笠原諸島に居住した人間が存在したと推定されているが、基本的には無人島であった時期が長かったものと考えられ、人間による生態系の破壊が始まったのは19世紀以降のことと考えられている。
小笠原諸島では開発等によってこれまで多くの生物の絶滅が確認されている。まず鳥類については、絶滅種としてはオガサワラカラスバト、オガサワラガビチョウ、オガサワラマシコの3種、絶滅亜種はハシブトゴイ、マミジロクイナ、ムコジマメグロの3種で、合計6種の絶滅種、亜種が確認されている。これはこれまで日本で絶滅した鳥類の種、亜種が14種とされているため、絶滅種、亜種の約4割が小笠原諸島の種となる。絶滅した鳥類は全て20世紀前半までに姿を消しており、これは1830年に始まった小笠原諸島開発の影響によるものと考えられている。また鳥類より目立たないものの、原生林の開発などに伴い、約20種の貴重な陸産貝類も絶滅したことが確認されている。父島、母島などでは明治時代からの開拓で原生林が切り開かれ、また1990年代以降は外来種の肉食性プラナリアであるニューギニアヤリガタリクウズムシが、父島で盛んに陸産貝類を捕食していることが明らかになっており、陸産貝類の減少に拍車がかかっている。
小笠原諸島には陸棲のフナムシなど、ワラジムシ目の土壌生物にも貴重な種が見られる。フナムシではオガサワラフナムシ、アシナガフナムシの二種の固有種があり、特に母島の乳房山周辺のみに生息するオガサワラフナムシは、ヒキガエルに捕食されている可能性が指摘されており、生息が危ぶまれている。また父島、兄島には未記載種のフナムシが生息している可能性が高い。またカニムシ目についても6種の固有種が確認されているが、中でも世界最大のカニムシとされるテナガカニムシは、テナガカニムシ属の他種はアフリカのマダガスカルとコンゴに生息するという極めて極端な隔離分布をしており、極めて貴重な種であるとされるが、現在テナガカニムシは主に兄島のごく限られた場所でしか確認されていない。
事件に関与したとして、第4病院の岩波院長をはじめ病院の軍医官、衛生兵、警備隊長ら19人が起訴され、被告19人のうち、岩波院長に絞首刑、他の18人全員に終身刑・有期刑の判決が下された。1月事件で「生体実験」を行ったとされた軍医官4人のうち1人は戦死しており、1人は裁判への出頭要請を受けた後に自宅で自殺、1人は司法取引に応じて裁判で検察側の証人として証言し、3日にわたり弁護側の反対尋問を受け退廷した後、自殺した。残る1人となった岩波院長は、第41警備隊の診療所の病棟で行った「生体実験」は死亡した軍医官3人が独断で行ったもので、自分は同行し、検査方法について助言した後、別の用事がありその場を離れた、第4病院での死体の解剖を手伝い、1人の頭部を切断して他の3つの頭蓋骨とあわせて日本の軍医学校へ送ったが死因は知らなかった、として「生体実験」への関与を否定した。また「爆風実験」についても関知しなかった、とした。他方で7月事件については自らの責任を全面的に認めた。判決では、1月事件の「爆風実験」への岩波院長の関与について検察側の立証不十分とされたが、その他の「生体実験」および7月事件については有罪とされ、岩波院長に絞首刑、他の被告18人全員に10 - 20年の量刑が言い渡された。岩波院長が事件の首謀者として責任を負ったため、第四艦隊司令部が病院の「生体実験」や捕虜の処断を承認した責任が裁判で追及されることはなかった。裁判後に作成された裁判報告記録も、岩波院長が積極的に事件の責任を負ったため、死刑を1名に抑えることができた、と評価している。