江戸では、藤沢志摩守より、彰義隊の壊滅で江戸が新政府軍の制圧下であることが聞かされ、素六も残党狩りの対象となっていることを聞かされた。四谷安住町の実家に戻った素六は、親への追求を恐れた父源吾より廃嫡とされ家督は弟善次へと引き継がれ、素六は、実家から江戸の中を転々と潜伏しつづけた。この間、阿部邦之助の仲介で榎本武揚と会い、榎本艦隊の脱走に加わるように要請されたが、素六はもはや大勢は決まり、戦闘をするときではないと応じなかった。8月に徳川家が駿河府中移封となり、徳川の家督を徳川慶喜から引き継いだ徳川家達が静岡に移ると、素六は静岡に移るため、小野三介と名を変え、8月19日無禄移住組にまぎれ、徳川家へ帰参するためアメリカ船の第一ニューヨーク号に乗り込んだが、天候が悪く外洋に出たとこで風浪のため下田に避難することとなった。素六の乗っていた第一ニューヨーク号の無縁移住組は、駿河府中藩庁の指示で、沼津、田中（藤枝市）、横須賀（大須賀町）の3グループに分けられ、素六は田中に向かったが、静岡に素六が潜伏していることを察知した政府は、拘束、引き渡しを藩庁に要求したため、藩庁に迷惑をかけないため、素六は小野三介を行方不明という形にし水野泡三郎と名を変え、中泉村竹原（長泉町）の土地の豪農大沼、長倉の両氏に匿われた。10月には、指名手配が解かれたこと藩庁からの連絡で知り、陸軍御用重立取扱に任じられた。明治元年（1868年）12月名を鋳三郎から、素六へと改めた。
慶応4年（1868年）素六27歳の時、3月に撤兵頭並、4月に昇進し撤兵頭に命じられた。すでに官軍との戦いを選ぶことは時期を失ったと思っていた素六が、戦うべしと意気まいている部下の前で官軍に従うと言えば、不忠不義と罵られ殺される恐れがあった。そのため、不本意ながら「戦」の字を大書して席を立った。素六はどちらの決定になったとしても死を覚悟し、菩提寺へ参り切腹するつもりであった。切腹前にと数学の師である近藤真琴を訪ねたが不在だったため「慷慨死に就くは易く、従容道に従うは難し」と書き記し菩提寺へと向かった。素六の置き手紙を見た近藤が駆けつけて諭したため、切腹を思いとどまる。素六は江戸から脱走した撤兵隊の部下を鎮めるため木更津へと向かった。木更津では、すでに意気盛んな兵士たちが徳川義軍府を立てていたが、作戦・防戦計画は何一つなかったため、素六は黙って見過ごすことができず、陣地の構築や、作戦行動の指揮をとることになった。官軍側参謀長が素六に降伏を進めてきた際は、部下たちの気持ちを考慮して降伏の申し出を断腸の思いで断ったとされている。市川・船橋戦争では、八幡の戦いから海神の戦闘の中で素六も弾丸で撃たれ、江原隊は壊滅した。戦いの後、従者2人と船橋の山野村に残り、鶴岡伊右衛門に匿われながら1ヶ月ほど山野村を転々とした。1ヶ月間になんとか歩けるようになり、江戸に連絡し、船橋から漁船を使い江戸に向かった。
慶応元年（1865年）5月、徳川家茂を総大将とした長州征伐の際、素六は撤兵中隊長として江戸を発った。京都では桑名藩邸の警備に就いていたが、旗本や家臣、諸般の兵に洋式練兵を教えるため、京都と大阪の間を往来し、7月には広島、備後三次を通り、島根・石見銀山の農民に歩兵操練、役人に砲兵の技術を教えた。慶応2年（1882年」7月、第14代将軍徳川家茂が大阪で亡くなり長州征伐が中止になると素六も11月に江戸に戻った。江戸に戻る道中で、読書をしなかった日は無かった。翌月12月には第15代将軍徳川慶喜警護の職務のため歩兵指図役並となり、京都へ向かった。京都滞在中に砲兵指図役頭取並に昇進した。
深津摂津守の勧めで安政6年（1859年）に講武所に入り幕臣となると頭角を顕し、文久元年（1861年）に砲術世話心得、文久2年（1862年）に砲術教授方となった。講武所で学ぶ一方で本格的に洋学を学ぶため、松代藩士蟻川賢之助の塾に寄宿した。この時期、特別警護隊としてハリスの警護や、横浜警備隊として吉田橋の警護に就いた。
千葉県浦安市に本部を置くNPO法人『ニュースタート事務局』が名付けた。引きこもりやニートの状態に置かれている若者の自宅を、同法人の職員や学生ボランティアらが直接訪問するアウトリーチ形式の自立支援策である。こうした形式での支援策自体は、NPO法人『青少年自立援助センター』や教育評論家の長田百合子が代表を務める団体などで以前から行われており、当団体が発祥というわけではない。その後、「効果が期待できるニート対策」として厚生労働省などから評価を受けると、2008年度からは全国の地域若者サポートステーションのモデル事業に採用されるに至った。強引な手法を取っているが、レンタルお姉さんの1人である川上佳美は、自著『わたしはレンタルお姉さん』において「部屋の中では幸福は見つからない、引きこもりは多少手荒なまねをしても『治療』すべきもの」と言い切り、正当性を主張している。一方、『引きこもるという情熱』や『引きこもり狩り』など、引きこもり関連の著作があり、この問題にも詳しい評論家の芹沢俊介は、現行の引きこもりやニート向け自立支援策に否定的であり、『引きこもり狩り』の中で、彼らを家から「引き出す」行為を善とする風潮を危惧し、疑問を投げかけている。芹沢は、「支援とは、支援する側の善意を押しつけるものであってはならず、支援される側を主体に、その必要性を軸になされなければならない」との見解を示し、「善意の道は地獄へ通ずる」と批判している。2007年11月に「レンタルお姉さん」は商標登録された。2006年11月22日公開の『レンタルお姉さん 欲望家政婦』というピンク映画に「レンタルお姉さん」で商標権を侵害されたとして、2009年7月、制作・配給元である新日本映像に対し配給差し止めの仮処分を東京地方裁判所に申請した。女性職員らは会見で「レンタルお姉さんの名前を地に落とした」、「このような使われ方をされると支援ができなくなる」などと訴えた。