胸郭は、側面の胸壁と底面の横隔膜で構成され、前面の胸骨と背面の脊柱に連結した肋骨で全体が囲まれている。呼吸には、肋骨の間ある外肋間筋も関与する。これが収縮すると肋骨全体が持ち上がり、胸膜の内容積が高まる。逆に弛緩すると肋骨が畳まれて胸骨と脊柱間が狭まり、胸膜の空間が絞られる。横隔膜の動きも呼吸を作り出し、弛緩した状態では胸郭側に膨らみを持つが、収縮すると平に近くなり、胸郭下部を広げる。呼吸では、これら外肋間筋と横隔膜の収縮・弛緩によって起こされ、前者を胸式呼吸、後者を複式呼吸（横隔膜呼吸）と言うが、通常の呼吸ではこの2つの運動が共同して行われている。胸膜の内部（胸腔）は常時陰圧された状態にある。胸郭の呼吸運動によって胸腔は、呼息時には-2~-4cmH₂O、吸息時には-6~-7cmH₂O、の内圧状態（胸腔内圧）を持つ。これに対して、外気と通じている肺胞や気管の内部は外気圧と等しい。そのため、肺は胸郭を取り巻く筋力によって、組織が本来持つ弾性（収縮性）に逆らい常に引き伸ばされた状態に置かれている。
ヒトは2つの肺胞を持ち、それぞれは円錐を縦に割ったような形状で、断面を向かい合わせながら間に心臓を覆う縦隔を挟み、胸腔の容量約80%を占める。成人では呼気に紛れた塵粒子が沈着するため淡灰黒色に見える。上端は鎖骨の上2~3cmに及び、下端は横隔膜に接する。心臓がある位置にはくぼみがあり、心臓がやや左に傾いているため左肺は重さ約500g・容量は約1000mlと、右肺の約600g・約1200mlよりも小さい。肺にある裂によって肺葉単位に分ける場合も、右肺は上・中・下葉の3分割となるのに対し、左肺は上・下葉の2つとなる。計5本に枝分かれする気管支は、それぞれこの肺葉に対応する。気管は肺の中で区域気管支まで枝分かれするが、これらは重なっておらず、肺の中に展開する血管も同様に個別の領域に限定される。これを肺区域と言い、肺がんなどで切除をする場合にはこの区域単位で行われる。区域内で気管支はさらに別れ、軟骨構造がなくなって最終的に終末細気管支となる。この部分に肺胞が付着しており、内部を走る毛細血管とガス交換を行う。これは血液空気関門という。2つの肺胞はそれぞれ2重の胸膜で覆われている。内側は肺胸膜、外側は壁側胸膜と言い、どちらも漿膜である。肺胸膜の内側は漿液による胸膜内液が満ちている。
喉頭の下部を覆う輪状軟骨から下に、第6頚骨の位置で接続し垂直に下がる管が気管である。長さ11~13cm、直径約2cmで、管路は馬蹄形の気管軟骨が約20個連続し、軟骨がない後面には平滑筋と粘膜による膜性壁からつくられる。胸腔の第5胸椎部分、心臓背面付近で気管は二股に別れ左右2本の気管支となる。この2本は形状がやや異なり、右気管支は太く短い上、傾斜角が小さい。それに対し左気管支は長く細い形状で、傾斜角が大きい。この差があるため、誤って気管に入り込んだ異物は右気管支側に行きやすい。肺の中に入った気管支は、右は3本、左は2本に枝分かれし、さらに2~4本の区域気管支へと分かれる。最終的に20~23回もの枝分かれを行い、気管支樹という小さな管になる。
鼻腔の奥で繋がる咽頭は、口腔から食物を食道に運ぶ消化器の役割を兼ねる。この摂食と呼吸の両運動はそれぞれの器官が秩序的に働き混乱が起こらないようになっている。これは嚥下反射と呼ばれる。咽頭に続き、喉頭蓋から始まる漏斗状管が喉頭である。喉頭は軟骨構造で囲まれ、靭帯や小さな筋肉で繋がっている。嚥下時にこれら軟骨組織が上方に動き、喉頭蓋が閉まって食物が呼吸器官に入り込まないようになっている。喉頭内軟骨の被裂軟骨と甲状軟骨に挟まれた場所に声帯がある。これは声帯靭帯と声帯筋が粘膜に包まれ、喉頭側壁に作る一対のひだである。声帯はV字型であり、間に声帯裂という空隙を持つ。被裂軟骨には複雑な筋があり、この収縮で軟骨を傾けて声帯を押し、声帯裂の開き具合を微妙に調整しながら声を出す。
クーンは、大学準備学校（College-preparatory school; カレッジ＝プレパラトリー・スクール）のロヨラ・ブレイクフィールド校を卒業ののち、ロヨラ大学に進学し、1995年5月、計算機科学の学位を首席(summa cum laude)で得て卒業した。クーンは、シンシナティ大学大学院の計算機科学科に入学した。大学院の指導教官は、ジョン・フランコ(John Franco)だった。クーンは論文作成のため学生奨学金をUSENIXより授与されていた。彼の論文は、Java仮想マシンにPerlを移植することを一例として、フリーソフトウェアによる言語との動的な相互運用性をどのように確保するかということを取りあげたものだった。ラリー・ウォールはクーンの査読委員(Thesis committee)を務めている。クーンの論文は、スタックベースの仮想機械をPerlで利用する場合に際し様々な問題があることを明らかにしたが、のちにこの発見がParrot仮想機械プロジェクト立ち上げの根拠の一部になっている。クーンは、Perl6 RFC(Request for Comments)プロセスにおける活発な参加者であり、同プロセスにおけるPerl6のライセンシングに関する筆頭委員(head of perl6-licensing committee)だった。彼は、ライセンスに関するプロセスに提案された全てのRFCの著作者である。クーンは、在学中の1998年から1999年にかけて、ウォルナット・ヒルズ・ハイ・スクールの計算機科学に関する大学単位認可プログラム（Advanced Placement, AP）において教鞭をふるっている。彼はこのプログラムにて、生徒に独力でGNU/Linuxベースのラボを構築するよう指導している。クーンは大学院在学中にフリーソフトウェア財団にボランティアとして多く関わっており、2000年1月には、リチャード・ストールマンの補佐として非常勤で雇用されている。この間、クーンが職務を遂行する様子がメーリングリストにて見られる。FSFにおけるクーンの業務において、初期には、彼はFSFのライセンスリストページの作成と管理を提案し、ライセンスの氾濫に関する問題を提起していた。クーンはまたこの間、Cincinnati Linux User Groupの初期からの活発なメンバーであり、1998年には理事(Board of Directors)を務めており、 多数のプレゼンテーションを残している。