調査の過程で芦生奥山は演習林最適地との評価をつけられたほか、行政側においても、広大かつ地理的条件の悪い芦生奥山の管理は、部落有林の村有財産への統一後には知井村の手に余ることが予想されたことから、京都府では京都帝大の持つステータスを考慮して、北桑田郡長の陣頭指揮の下、芦生奥山への演習林誘致に向けた斡旋を進めていった
ここに大学側、行政側の動きが合致したことから芦生奥山が演習林として決定され、1921年4月4日に大学側と土地所有者（代表：知井村長）との間で99年間の地上権設定契約が締結され、ここに京都帝国大学芦生演習林が誕生した

この項では当研究林が発足するまで（第1期）、演習林発足から昭和戦前期まで（第2期）、昭和戦後（1970年代まで）期（第3期）、それ以降現在に至る歴史(第4期)に分けて紹介する。
当研究林全体が日本海側気候と太平洋側気候の移行帯に属しており、年間を通じて降水量が多い。事務所構内の年平均気温は11.7℃、降水量は2,353mmで、京都市内に比べると平均気温で3-4℃低く 、降水量は約1.6倍である。標高が事務所構内より約300m上昇する東部の長治谷（標高640m）では、事務所構内に比べて年平均気温が約2℃低く、降水量も400-600mm程度多くなる。また、豪雪地帯としても知られており、事務所構内の積雪深は1m前後、長治谷では2mを超える。その年の気候にもよるが、初雪は11月に降り、4月に入っても雪が舞うこともある。12月以降に降った雪は根雪となることが多く、長治谷をはじめ林内の多くの地域が12月から4月初めまで根雪に閉ざされてしまう。
当研究林の所在地は、京都市内中心部から北北東に約35km離れた福井・滋賀両県と接する京都府北東部の由良川源流域である。南部および南東部は京都市左京区の広河原および久多地区に、北東部は滋賀県高島市の朽木地区に、北部は福井県おおい町の名田庄地区にそれぞれ接している。地形は、当研究林が丹波高地東端部にあることから標高が高く、三国岳 (959m) を最高地点に、傘峠 (935m) や小野村割岳 (931.7m) など標高900m以上の地点が南部から東部にかけて点在し、標高600-800mの部分が全体の約2/3を占める。標高は西に向かって低くなり、研究林事務所では356m、最低地点では355mである。また、林内を由良川の源流がU字形に流れ、谷筋には大小の河谷が由良川源流に注ぎ込んでおり、全体的には丹波高地の各所で見られる準平原状の地形であるが、斜面部の傾斜は30〜40度と比較的急峻である。地質は丹波帯と呼ばれる中・古生層に属する砂岩や泥岩（頁岩）の基盤岩に東西に延びるチャート層を挟む、堆積岩で形成されたものであるが、チャートが卓越する場所では急崖や滝が形成されている。土質は大部分が褐色森林土であるが、標高800m以上の稜線部には局所的にポドゾル土壌が認められる。
設立翌年の1866年には日本支店を横浜に設立し、その後神戸、大阪、長崎にも次々に支店を開設した。日本政府の貿易金融政策の顧問業務を担い、大阪造幣局における金銀通貨の造幣にも協力した。横浜正金銀行（後の東京銀行→東京三菱銀行→三菱東京UFJ銀行）がその体制を作る際には、香港上海銀行がモデルとなったし、香港上海銀行も支援した。もっとも、横浜と神戸の支店は洋銀券を発行していたこともあって明治政府との関係は良くなかった。しかし、明治政府が依存していたオリエンタル・バンクが歴史の表舞台から退場すると一層積極的に関与した。1898年、親ドイツの英下院議員ベレスフォード（Lord Charles Beresford）が満州の実情をふまえて「門戸開放」をめぐる日英米独同盟論を展開した。翌年に彼は、外国人によってリードされる財務局を中国政府の金融顧問として設立するなどの金融改革を提案した。この1899年に清朝が造幣局を設立するとき、香港上海銀行は横浜正金銀行をともない総理衙門へ連盟状を提出した。そこでは造幣局の創設から運営まで両行が顧問となることの他、機械の導入、技師の派遣、条例作成の助言が提案された。これは一度拒否されたが、イギリス代理公使バックス・アイアンサイド（Henry Bax-Ironside）の発議により改めて提出された。この経済関係は日英同盟のたたき台になったものと考えられている。香港上海銀行は日露戦争用の借款募集を五度も取り扱い、当時ロンドン支店長であったユーウェン・キャメロン（デーヴィッド・キャメロン）は日本銀行の高橋是清副総裁から真っ先に公債を引き受けた。それらはクーン・ローブのジェイコブ・シフやパンミュア・ゴードン投資銀行も引受けた。このとき香港上海銀行は利付手形買入額を大きく増やした。一方、清やシャムなどの外債発行にも関わった。清は鉄道・電信事業および下関条約・義和団の乱で生じた賠償債務で募集額を増大させていた。もっとも、下関条約賠償金に充当される外債は、独亜銀行と協定の上、共同して引受けざるをえなかった。独亜銀行は1889年に創立。資本金500万上海両。これを5000株として、以下に保有株数を添えて株主を記す。Direction der Disconto-Gesellschaft (805), Generaldirektion der Seehandlungs-Sozietät (175), Deutsche Bank (555), Bankhaus S. Bleichröder (555), Berliner Handels-Gesellschaft (470), Darmstädter Bank (310), Robert Warschauer (310), Mendelssohn & Co. (310), Jacob S.H. Stern (470), M. A. von Rothschild & Söhne (310), Norddeutsche Bank (380), Sal. Oppenheim (175), Bayerische Hypotheken- und Wechsel-Bank (175)