空の玄関が集中するニューヨークを謎の感染症が席巻した1999年。病理主任を10年以上務める獣医病理学者トレーシー・マクナマラは8月の初め頃より動物園の周辺だけでも40羽以上のカラスの死骸を発見し、天候の変化に対する順応性に優れたカラスの異変に不安を抱いた。その後、アメリカ大陸固有のチリフラミンゴ、白頭ワシ、南米ヒメ鵜等々が相次いで感染症で絶命する事件が起きた。鳥達の検死解剖を行ったマクナマラは影響を受けていないのは外来種だと気づき、アメリカにとって未知のウイルスが原因だと思われるので調べて欲しいと「アメリカ疾病予防管理センター（CDC）」に連絡を取るが、CDCは自分達の出した「感染症の正体は"セントルイス脳炎"である」という結論を過信するCDCはブロンクス動物園の鳥達が死んだのはそちらの不手際だと罵って電話を切ってしまう。激怒したマクナマラは動物医療では最先端を行く「国立獣医学研究所」にフラミンゴと誤って手に針を刺してしまい発症した同僚の血液サンプルを送り、更には本来なら民間のケースはタッチしない「アメリカ陸軍伝染病医学研究所」に勤務する友人により陸軍で検査して貰えることになった。やがて真の脳炎の元凶であるウイルスを検出し、改めてCDCの関連研究機関で遺伝子配列の解析が行われ、最初の患者が倒れてから5週間後の9月23日に「ウエストナイルウイルス」による"ウエストナイル熱"であることが判明した。
1985年7月29日、24歳の動物飼育員ロビン・シルバーマンがボランティアと2頭のシベリアトラの包囲を行っていたところ、トラが彼を殺した。なぜシルバーマンが包囲を行ったかは不明である。動物園の学芸員は、彼の過ちを指摘したが、シルバーマンの家族は、動物園側の欠陥を疑った。これは、動物園で開園以来最初の惨事である。
ブロンクス動物園では、2006年8月、ユキヒョウの子供、レオを繁殖計画に入れることに合意し、ニュースとなった。生後13ヶ月の子供は、パキスタンのナルター・バレーで、地滑りによる泥に巻き込まれた。これにより、子供の母親は死んだ。パキスタンの動物保護者が子供と、その雌の兄弟を見つけたが、雌は1週間後に栄養失調により死亡した。子供は、パキスタン政府へ引き渡された。パキスタンで繁殖も計画されたが、ユキヒョウ用のリハビリセンターがなく、政府はブロンクス動物園に任せることを決定した。ヒョウは、アメリカの協力により、ナルター・バレーでのリハビリセンターの建築と共に、誕生した場所へかえされる予定である。2010年1月、動物園は遺棄された4匹のクマの赤ちゃんを収容することを決定した。野生動物保護協会では、クマの母親は、泥流により死亡したのではないかと推測している。4匹の赤ちゃんは、新しいすみかでも健康で元気である。2010年2月、ブロンクス動物園にキハンシ・スプレー・ヒキガエルの「保証地域」が置かれた。この生物は、タンザニアに生息していた。
スワルトクランスは、スタルクフォンテインから西南西1.2 kmほどの場所にある。ロバート・ブルームとその助手ジョン・ロビンソンは1948年11月に、スタルクフォンテインとクロムドライに加えて、スワルトクランスの発掘作業を開始した。まもなく出土した臼歯のついた頑丈な下顎骨について、ブルームは新種とみなして「パラントロプス・クラシデンス」と命名した（現在ではパラントロプス・ロブストゥスと見るのが一般的）。さらに、1949年にはまったく別種の化石人骨が出土し、ブルームは「テラントロプス・カペンシス」と命名した。これはのちに、ロビンソンによってホモ・エレクトゥスと同定しなおされ、実際、それかホモ・ハビリスと同一視されているが、ヒト属がアウストラロピテクス属と同じ時代に生存していたことが確認された最初の例であった。なお、スワルトクランスの化石は断片的なものばかりで、首から下の骨の出土例はまれである。これに関する研究は、ダートの「骨歯角文化」説（後述）の否定材料のひとつになった。1951年にブルームが没し、ロビンソンもその出土品群の整理に終われるようになると、スワルトクランスの発掘作業は中断された。1966年に発掘作業を再開したチャールズ・ブレインは、いくつかの重要な業績を上げた。ひとつめは、スワルトクランスの成り立ちを復元し、5層に分類した地層のおおよその年代を特定したことである。彼によれば、スワルトクランス第1層はおよそ180万年前から150万年前、第2層と第3層はおよそ150万年前から100万年前で、第4層と第5層はそれよりも新しい。かなり幅のある推定になるのは、南アフリカの化石出土地帯が石灰岩で、保存状態の良好な化石も出る反面、鍾乳洞の天井崩落やそこに落ち込んだ堆積物の重なりなどが非常に複雑な地層を形成していることが一因である。また、火山が近くにないため、東アフリカの化石出土地帯で一般的な、火山灰をアルゴン-アルゴン法にかけるという信頼性の高い手法も使えない分、狭く絞り込んだ年代推定が難しいのである。ブレインのもうひとつの業績は、第1層・第2層と違い、第3層には火の使用痕があることを突き止めた点である。彼は第3層から出土する獣の骨に、野火で焼けた場合と異なる例が270点あることを認識し、さらにそれらが、人の手を介さずに死んだ骨だとしたら不自然な形で分布していることを根拠に挙げた。第3層からはヒト属の骨は出土していないが、それより下層でヒト属の出土例があることから、火の管理をしたのはヒト属だったと推測されている。これは、ヒトによる火の使用が確実視できる最古の例である。なお、スワルトクランスではシロアリを食べるときなどに使ったのではないかと考えられている尖った先端を持つ骨角器も見つかっている。これは、後述するドリモレンでも出土した。