山下は永井隆のモットーであった「如己愛人」を「ここ長崎では、医師としての原点はヒポクラテスの誓い以上に「如己愛人」の精神にあると考えられています」と書いていた。2011年8月8日-8月12日に長崎大学医学部で開催された『永井隆博士没後60年企画展』について「長崎大学の特徴である原研施設が大切にしてきた永井隆精神の一端に触れ、本企画の趣旨をご理解の上、ひとりひとりの行動規範に『如己愛人』の心を基本とする『献身』を忘れないで欲しいと心から念願します」と述べている。2012年8月6日の創造性の育成塾の講義で山下は、「最後にぜひ君達に伝えたい。魔法の火や頭脳や命とともに、魔法の心が必要。皆、祈るでしょう。永井隆に学べばこの魔法の心ということを知ることができると思う」と語った。
2013年2月4日、長崎大学から将来の学長候補として復帰の要望が出されていたこともあり、山下が休職中の長崎大大学院医歯薬学総合研究科教授に復帰し、福島県立医科大学では常勤職ではなく非常勤職で副学長を務めることが明らかになった。4月1日、山下は長崎大学に復職して同大学副学長となった。また、同日には長崎大原爆後障害医療研究所が開所した。4月2日には記者会見し、「福島の住民は、長期の避難生活による生活習慣病や低線量被曝にさらされており、大変な状況は今も続いている。専門家や市民が寄り添い支援を強化していきたい」、「低線量被曝の研究に力を入れるとともに、被曝医療を専門とする医師や看護師の育成に努めたい」と述べた。また、福島県立医科大学副学長は非常勤で続け、放射線リスク管理アドバイザーも続けることが報じられた。「福島原発告訴団」の告訴については「健康の権利を阻害している訳でも、避難する方々を阻止した訳でもない。怒り、不平不満は受けるが対応が間違っているとは思わない」と反論した。
1996年8月に招待されて、台湾大学病院第七講堂で母親とともに講演した。2001年11月、台連の銭林慧君に招待されて台湾を訪問した山下らは前総統李登輝の自宅で約90分会談し、山下は再度日本を訪問して長崎県を見学するように招待し、李が環境の影響を受けるので、（日本訪問が）順調に成功するかどうかさらに努力が必要であると表明すると、山下はそれに対してお詫びの意を示し、これが完全に日本政府が設けた制限であると認めた。また、2004年から2006年まで山下がWPO本部で本部環境健康局放射線専門科学官を務めた時、台湾に対しても多くの協力を行ったとされる。
ベラルーシではミンスクの聖シモン・聖エレーナ教会と関りを持ち、同国を代表する詩人であるリホール・パラドゥーリンとも交流し、北海道大学スラブ研究センターのロシア文学研究者である越野剛助教に紹介してパラドゥーリンによる詩の和訳が出版された。パラドゥーリンは『長崎の鐘』を題材にした詩を詠っているが、これは山下に捧げられている。
フィクションにおける「神戸の長吉」は、義理人情に殉じたヒーロー吉良の二吉に比して、戦闘時に隠れていた「卑怯者」「憶病者」として描かれるが、これは史実とは異なり、三代目神田伯山の創作である。郷土史家・堀文次が1935年（昭和10年）から伊勢新聞等に発表、史実を明らかにした研究は、長谷川伸、村上元三といった清水次郎長周辺の物語に興味を持った作家に少なからず影響を与えたという。荒神山に関する堀の研究は、1963年（昭和38年）に上梓した『郷土史料 荒神山物語』にまとめられた。長吉は史実では仁吉よりも25歳、次郎長と比較しても6歳も年長であり、荒神山の時点では満52歳前後であるが、「荒神山の喧嘩」を描く映画では、気の弱い青年に描かれる。松田定次が監督した『次郎長一家』（脚本比佐芳武、1938年）では、次郎長に公開時満36歳の月形龍之介、仁吉に同じく満32歳の沢村国太郎に対し、長吉を演じた市川正二郎は、同作公開時には満25歳であった。同じく松田が戦後監督した『勢揃い東海道』（脚本高岩肇、1963年）では、次郎長に満59歳の片岡千恵蔵、仁吉に満33歳の大川橋蔵、長吉に満23歳の河原崎長一郎を配した。『勢揃い東海道』では青年に描かれた長吉の母親・お松も登場し、公開時満55歳の松浦築枝が演じているが、史実では長吉はむしろこの母の年齢に近い。八尋不二がオリジナル脚本を書いた『二十九人の喧嘩状』（監督安田公義、1957年）、『次郎長富士』（監督森一生、1959年）では、長吉は仁吉の「弟分」と明確に位置づけられており、仁吉はいずれもそれぞれ公開時満25歳・満27歳の市川雷蔵であるのに対し、長吉にはそれぞれ満25歳の林成年、満27歳の舟木洋一が配されている。マキノ雅弘の代表作とされる映画『次郎長三国志』（東宝、1952年 - 1954年）、『次郎長三国志』（東映、1963年 - 1965年）の2つのシリーズでは、東宝版では荒神山がクライマックスになっているのに対して、東映版では『次郎長三国志 甲州路殴り込み』（1965年）で終わっており、荒神山のくだりは描かれていない。東宝版の最終篇『次郎長三国志 第九部 荒神山』（脚本橋本忍、1954年）では、仁吉を同作の公開時満37歳の若原雅夫、長吉を同じく満37歳の千秋実が演じている。同作では荒神山が「神戸の長吉が親の代から譲られた繩張だった」という設定である。映画『次郎長三国志』は、村上元三の同名の小説を原作にしており、第1章『桶屋の鬼吉』に始まり、『東海遊侠伝』を書いた天田愚庵を描く第22章『天田五郞』、講談『名も高き富士の山本』を創作した三代目神田伯山を描く第23章『神田伯山』で終わる、全23章で構成される同作において、長吉を描く『神戸の長吉』は第21章『吉良の仁吉』の手前の第20章に当たる