被害者Sは、加害者に拉致監禁され出社が不可能であった最中に「会社施設およびその敷地内において、窃盗、暴行、脅迫、その他これに類する行為をしたとき（従業員就業規則第85条第6項）」という理由で、退職金不支給の諭旨退職処分を受けている。事件の詳細（欠勤していた理由）が判明してからも日産側は処分の撤回をせず、工場側も遺族に対する謝罪はおろか追悼の言葉さえ出さなかった。このあまりにも無体な仕打ちに被害者の父親は、日産への憤りを募らせた。実際Sが勤めていた工場の従業員の中には、彼に対する処分を批判する者もいた。だが、批判した従業員は直後に不当な配置転換等の処分を受けたり、退職を強要された者もいたという。Sの父親は、長年、地元企業である日産自動車の自動車を乗り継いでいた。特に、Sが日産に就職した際には「うちの息子が作っている」と、愛車・ローレルを誇らしげに語っていたという。しかし、国家賠償訴訟を開始した直後、ローレルを手離したという。
Sの両親のたび重なる訴えにもかかわらず、捜査を行おうとしなかった栃木県警に対して、事件発覚後、世論から厳しい非難が寄せられた。今回の捜査怠慢の原因については「主犯格Aの父親が当時、栃木県警 警部補（2000年7月に辞職）であったことから、身内の不祥事を隠蔽しようとしたのではないか」という説がある。実際石橋署の警察官が「警察官だ」と名乗った経緯についても、裏でAらに警察が動いている事を察知させる為だったのではとも言われる。更に、Dが自首の為にわざわざ数100km離れた東京の警察署まで出向いた理由についても、石橋署はおろか同じ栃木県内の警察署に自首した場合、口封じに殺される恐れがあったのではとの見方もある。ジャーナリストの黒木昭雄は「SとBが勤めていた日産自動車が社員の不祥事を隠すために、警察官出身の社員（著書に因れば、退職前には警視の地位、警察署長に匹敵するクラスに居た者としている）を通じて、栃木県警に事件の隠蔽を働きかけたのではないか」という説も発表している。また、全国的に見て1人の警察官がカバーする人口が多い栃木県警の実態や少年犯罪に関する手続きが複雑なことなど、警察を取り巻く環境を問題にする意見もある。初期報道ではSは「元暴走族」と報道され、「元暴走族同士の仲間割れ」とされていた。しかしSは非常に真面目で温厚な性格として知られており、暴走族との接点は皆無だった。桶川ストーカー殺人事件で警察が被害者の服装をことさら扇情的に（ミニスカートやブランドバッグなど）発表し、間違った世論を植えつけたと批判されたことと類似したものを感じさせる。このことも合わせて、上述の黒木はマスコミを使っての印象操作は、警察の常套手段かもしれないと批判している。Aの父親は息子の判決確定後、賠償金の減額を要求するためにSの自宅を訪れ、これをSの両親に「賠償の減額を認めてもらうまで何度でも来る」と毎日訪れて謝罪は一切しなかったという。
自首によって事件解決のきっかけをつくったDは酌量が認められ少年院送致となった。A・B・Cも事件当時、未成年だったが、東京家庭裁判所は刑事処分相当として逆送し、宇都宮地方検察庁は殺人・死体遺棄罪でAらを起訴した。Sの遺族は強盗殺人罪で起訴するよう宇都宮検察審査会に陳述書を提出したが、棄却されている。2000年6月1日、宇都宮地方裁判所は、「犯行は計画的で凶悪。極めて自己中心的で酌量の余地は全くない」としてA・Bに求刑通り無期懲役、Cに求刑通り懲役5～10年の判決を下した。Aは控訴したが、2001年1月29日、東京高等裁判所は控訴を棄却。その後、上告申し立て期限が切れ、Aの判決が確定した。Aは裁判中、リンチの際のSの様子を見てどう思ったかと言う質問に「楽しかった」と発言。また、一時は「死刑を覚悟している」と発言しておきながらその後「S君の分まで長生きしたいというのが正直な気持ち」と発言を覆した。
医学界からは、この映画がミスリーディングであり虚偽的であるとの批判が多く集まった。マウントサイナイ医科大学産婦人科教授のリチャード・バーコウィッツは、この映画が「事実と異なりミスリーディングでありフェアではない」と述べている。イェール医科大学のジョン・ホビンズも「専門的にはいかさま」の部類で、ひとを欺くために特殊効果を駆使しているという。ホビンズが指摘するのは、映画において初めのうちは超音波の映像がゆっくりと流されていたのに、手術用具が胎内に挿入されるや「胎児がおびえてのたうちまわる」印象を与えるために、映像のテンポがスピードアップするからである。また「叫び」というタイトルにもホビンズは疑問符をつける。「胎児はほとんどの時間を口を開けたまま過ごす」ことを考えれば、この映画の「叫び」もその延長である可能性があるし、作中のぼやけた超音波画像上で「口」だとされている部分も、実際には胎児のあごと胸のあいだの空間ともみなせる。ヴァージニア大学小児科の学科長であるエドワード・マイヤーは、12週の時点では、胎児の脳は痛みを感じるほど十分には発達していないと証言している。ニューヨーク病院の小児神経科の長であるハート・ピータースンもやはり「12週の胎児が不快を感じるという考えは誤りだ」と述べている。胎児の発達に関する専門家は、ナサンソンが映画において強調したのとは反対に、胎児が危険を感じたり、何かを目的とした動きをすることはないと主張している。ジョンズ・ホプキンス医科大学の神経生物学者デイビット・ボディアンは、12週目の胎児が痛みを感じるということに医学的な証拠はなく、手術道具のような外部からの刺激に対して胎児が反射的な動きをする可能性があるだけだと述べている。超音波映像や胎児のモデルの大きさについてもミスリーディングであり、作中ではまるで臨月のような大きさで胎児が表現されていたが、実際には12週の胎児の身長は5センチにも満たない。同じくジョンズ・ホプキンス医科大学のジェニファー・ニービルも、胎児が痛みにたじろぎ、逃げようとしているとナサンソンが語っていた動きは「完全に反射運動」であり、ナサンソンは吸引カテーテルを登場させると同時に映画のテンポをあげ、胎児の意図的な行動であるかのように見せようとしていると指摘している。バージニア・コモンウェルス大学病院のフェイ・レッドワインは「医者であれば誰でも、中絶を受けていない胎児による同じような画像をみせることができる」と述べている。