森喜朗が三塚の後継会長となった1998年末に、かつての清和会にちなんで清和政策研究会へと改称した。2000年に森が首相に就任、福田以来の総裁派閥となった。森は派閥を一時的に離脱したため、小泉純一郎が2000年4月から清和政策研究会会長に就任し森内閣を支えた。派閥を継承した森は同じく発言力を増しつつあった小泉と組み、混乱していた派内を掌握した。ただし、森内閣は基本的には小渕前内閣の骨格を継承しており、村上正邦や青木幹雄といった前内閣を支えた他派閥の実力者に依存する政権であった。なお、小泉が会長を務めていた期間も呼称は森派のままであった。森の退陣後に小泉が首相に就任、森は派閥の会長に復帰した。小泉は派閥を恒久的に離脱したため、会長総裁分離が定着した。小泉は最大派閥であった橋本派を「抵抗勢力」と名指しする中、参議院の協力を得て、非主流派を反主流派に移行させなかった。その結果、2005年の衆議院選挙で党内第一派閥へと躍り出て、「清和会支配」に移行した。2006年、小泉総裁退任に伴う自民党総裁選挙では有力候補として同じ森派の安倍晋三・福田康夫が挙がった。森派はかつて安倍・福田の父親が率いた派閥であることも注目され、2人が立候補すれば森派の分裂も予想されたものの、福田が不出馬を宣言したため派閥分裂の危機は回避され、9月に安倍が総裁に選出された。
三塚派に移行してからは、森グループと、急速に派内での発言力を増していた亀井グループとの対立が激しくなる。1994年11月、自民党の下野に伴い呼び掛けられた派閥解消で、清和会は解散し、派閥に代わり結成が認められた政策集団として21世紀を考える会・新政策研究会を結成した。三塚は同会の会長にそのまま留任した。1998年、森グループ主導により、三塚派の独自候補として小泉純一郎の自民党総裁選出馬を決定したことに亀井グループが反発。異議を唱えるが押し切られ、総裁選後に森が党幹事長に就任したことで派の分裂が決定的となる。同年9月に亀井グループは三塚派を離脱した。その後、12月に森が三塚から派閥を継承する。
安倍晋太郎が会長であった際、派閥内の三塚博・加藤六月・塩川正十郎・森喜朗の4人の実力者を称して安倍派四天王と呼び、竹下派七奉行と比較された。安倍はポスト中曽根を逃したものの竹下内閣では幹事長として主流派入りし、ポスト竹下の最右翼と見なされていたが、リクルート事件のダメージを受けたまま病に倒れた。その後、安倍の後継会長を三塚・加藤が争い（この抗争は両者の名を取って「三六戦争」と呼ばれる）、森の支持を得た三塚が1991年6月、清和会会長に就任した。同年、三塚は総裁選に出馬するが、加藤がこれに反し、竹下派の推す宮澤喜一支持を表明した。そのため加藤は同年10月に三塚派を除名され、政眞会を結成、のちに自民党も離脱することとなる。加藤の離脱後、三塚を支持した森、塩川、小泉、玉澤徳一郎、中川秀直などと、加藤を支持したものの清和会に残った亀井静香、平沼赳夫、中川昭一、尾身幸次、町村信孝などとの間にしこりが残ったといわれている。
最初の大規模な工事は2003年（平成15年）9月27日の夕方から翌28日朝までの予定で行われ、三鷹駅 - 国分寺駅間の上り線を仮線に切り替えた。27日は予定通り進んだが、翌28日朝になってから武蔵小金井駅で配線ミス（配線図そのものに誤りがあったり、つなぎ間違えやつなぎ忘れがあった。）でポイントが作動しないことにより運行再開できない状態が続き、終了予定時刻を8時間近く遅れた13時52分に国分寺発の列車から運行を再開した。JR東日本は運行再開までバス代行の運行時間を延長するよう各バス会社に要請したが、人員不足などを理由に1時間の延長で代行バスは終了し、同区間から立川・新宿方面への確実な移動手段がなくなったため大混乱となった。この前代未聞の事象に各種メディアは、「同社が関連会社に工事を丸投げして監督責任を怠っていたこと」「東海旅客鉄道（JR東海）が東海道新幹線品川駅工事の時に事前に工事リハーサルを行ったなどの例に比して、これだけの大規模な工事をぶっつけ本番で一挙に行う半ば無謀な計画であったこと」などと批判し、9月28日にJR東日本は記者会見を行ったが、その中で「もっとバスを借りられるように手配すべきであったが、ここまでの事態は予想できなかった。しかし、すべての乗客をそもそもバスに振り替えるのは無理。バス輸送は補完的なもので、隣接する私鉄に回って、と前からお願いしていた」と発言した。この仮線への切り替えにより、踏切の幅が広がって渡りきれないなどのケースや（翌2004年の7月と11月に行われた仮線への切替工事により、仮線切替前の横断距離に戻ったほか、2007年7月1日と2009年1月11日の下り線高架化により遮断時間・横断距離が短縮されている）、踏切の遮断時間が増えたため、国土交通省の指示によりJR東日本は歩行者・自転車用に架道橋を設置したりした。この後に実施された三鷹駅 - 国分寺駅間下り線の仮線化工事に際しては、切替工事に対するリスク管理のため、切替区間を分割して実施された。以降実施された切替工事に関してもリスク管理の徹底が図られ、すべて予定時間内に完了している。