1996年の春頃から新党さきがけの党名を発案した簗瀬進や簗瀬の宇都宮高校の後輩で中選挙区時代からのライバルで同じく栃木1区出馬予定の新進党幹部船田元と新党構想を打ち上げる。船田との新党作りは挫折したが、さきがけを離党し、横路、簗瀬、菅直人、弟の邦夫と共に旧民主党を結党し、菅直人と党共同代表になる。結成の際、自民党時代からの盟友であった武村正義を、住専問題などで世論から厳しい追及を受けていたことから熟考の末に切り捨てた。この「排除の論理」は「友愛」と共にこの年の新語・流行語大賞に選ばれた。第41回衆議院議員総選挙（北海道9区・旧民主党公認）4期目当選。1997年、民主党幹事長就任。
1993年6月18日、政治改革を巡り自民党を離党。1993年、武村正義らと新党さきがけを結成。1993年6月21日、新党さきがけ代表幹事・事務局長に就任。第40回衆議院議員総選挙（旧北海道4区・さきがけ公認）3期目当選後、非自民・非共産連立政権で成立した細川護熙内閣では内閣官房副長官（政務）に就任し、新党さきがけ代表の武村官房長官、代表代行の田中秀征首相特別補佐、日本新党代表幹事で、のちに、新党さきがけに移籍する荒井聰とともに細川内閣を支えた。日本社会党委員長村山富市を首班とする自社さ連立政権では、さきがけ初代代表幹事園田博之の内閣官房副長官就任にともない、後任の幹事長として政権を支えた。1994年秋、北海道経済界や保守陣営から翌春の新人対決の1995年北海道知事選挙に再度出馬がとりざたされ本人も乗り気だったが、村山と武村と井出正一の説得で断念。佐藤静雄の当時の所属政党自由連合と自民党の共同推薦候補伊東秀子を平和・市民代表田英夫らと共に支持や支援したが横路後継で新進党と日本社会党の推薦候補の前副知事堀達也に敗北した。1995年7月、第17回参議院議員通常選挙で新党さきがけ代表幹事として山中あき子を北海道選挙区で擁立を画策したが、山中は辞退した。
1986年の第38回衆議院議員総選挙で、自民党公認・田中派新人候補として、祖父の代からの地盤であった北海道旧4区から出馬した。鳩山事務所側は、「立候補の直接のきっかけは三枝三郎（福田派）の引退がきっかけ」と主張している。初の選挙スローガンは研究者の経歴をアピールした「政治を科学する」であった。得票数では同じ自民党の高橋辰夫（福田派）に次いで2番目の得票数で当選した。小選挙区になった1996年以降は、鳩山家が開拓した地域は鳩山の選挙区から外れた（中選挙区時代のライバルで民社党出身小平忠正が選出されている北海道10区内の栗山町）。なお、地方区分の選挙区自体は祖父と重複していないため、祖父の地盤を世襲していないと扱われた。弟・邦夫に遅れること10年での政界入りだったが、豊富な資金、祖父以来の人脈や名門出身の毛並みの良さに支えられ、短期間で頭角を現し、1990年代の政界再編期に、一躍中心的存在となっていく。1987年7月、田中派を離脱し竹下登を領袖とする経世会旗揚げに参加。1988年には同期当選組を中心とした派閥横断的な政策集団として、のちの新党さきがけの母体となる「ユートピア政治研究会」を結成。リクルート事件に揺れる党内にあって、自民党の巨額の政治資金の実態を明らかにして反響を呼び、1990年代の「政治改革」運動の萌芽となった。1990年、第39回衆議院議員総選挙（旧北海道4区・自民党公認）2期目当選。1991年北海道知事選挙で横路孝弘北海道知事への対抗馬に名前が挙がったが固辞した。
同局はTBS系列に属するため、基本的にTBS系列の番組をネットしている。しかし、民放2局地域のため、日本テレビ系列を除く各系列の番組も時差ネットを行っている。そのため、TBS系列局の中では情報番組が比較的少ないことがこれまでの特徴であったが、2009年4月よりこれまでネットされていなかった『サンデージャポン』と『サタデーずばッと』のネットが開始されたことである程度は解消された（それでも、『Nスタ』第一部など一部未ネットの番組も一部存在する）。山梨県内のケーブルテレビはテレビ朝日、テレビ東京、フジテレビ、MXテレビ、テレビ神奈川が視聴可能であるが、テレビ山梨のキー局であるTBSと山梨放送のキー局であるNTVの再送信は実施されていない。なお、ゴールデン・プライムタイムは、一部のミニ番組と月曜19時と水曜19・20時台のローカル枠（一時期『水曜ノンフィクション』を同時ネットした）を除き全時間帯でTBS系列の番組をネットしている。同局で放送されたローカル番組『ウッティ発!』（2009年8月5日 - 2014年9月10日）では、2009年8月に放送されたドキュメンタリー作品「わだつみのこえよ永遠に」が、TBS系列で2009年に制作された自社制作番組の中から、最も優れた作品に贈られるJNNネットワーク大賞を受賞。受賞後の2010年3月に同じ時間枠で再放送されたほか、TBS系列全局で放送。また日本で最も権威のあるといわれている第6回日本放送文化大賞でも関東・甲信越・静岡地区で最優秀賞を獲得。2010年11月の全国審査に進む。更に2012年8月22日に放送された「アンニョンハセヨ!ワタシ桑ノ再生請負人」が2013年の日本民間放送連盟賞青少年向け部門優秀賞を受賞した。アノンシスト賞においては2012年1月25日に放送された「孤高の三絃師」で小田切いくみアナウンサーが受賞。2011年9月21日放送の「新体操ボーイズ　〜汗と涙と努力の日々〜」が2012年日本民間放送連盟賞特別表彰部門「青少年向け番組部門」において優秀賞を受賞。2011年4月に放送の「一枚の写真〜左手一本のシュート〜」は、2011年日本民間放送連盟賞特別表彰部門「青少年向け番組部門」で最優秀賞等良質な番組を制作している。