しかし、義綱中心の大名専制支配に反発した長続連、遊佐続光、八代俊盛などの重臣が永禄9年（1566年）にクーデターを起こして義続・義綱父子らを追放した（永禄九年の政変）。このため、義綱らは縁戚関係にあった六角氏の領地である近江国坂本に亡命した。永禄11年（1568年）7月7日から10月26日の間に､義綱から義胤に改名をしている（『自養録紙背文書』）。能登奪回を目指す義綱らは、六角氏の支援と上杉謙信や神保長職らの連携により、永禄11年（1568年）に能登に侵攻したが、失敗して敗退した。その後も復権するために画策するが叶わなかった。当主の地位を奪回すべく奔走していた永禄9年から同12年にかけて、医道奥儀相伝を基礎とする義綱と曲直瀬道三の交流が確認される。この背景には能登畠山氏の歴代当主が文化を尊び、医道に深い関心を持っていたことと、義綱が中風の治療を希望していたことが挙げられる。後に豊臣秀吉の家臣になったという史料もあるが定かではない。義綱は文禄2年（1593年）12月21日に近江国伊香郡（余呉町）の余吾浦で死去した。
弘治元年（1555年）、重臣たちの政治合議組織で大名権力を傀儡化させた「畠山七人衆」を崩壊させるため、中心人物である温井総貞を義続・義綱父子らは暗殺した。この暗殺事件をきっかけに温井氏と、温井氏と親しい三宅氏が加賀一向一揆を味方につけ大規模な反乱を起こし、一時は外浦を占領された（弘治の内乱）。しかし、この内乱も永禄3年（1560年）頃までには義綱方が鎮圧した。この内乱の過程で義綱方は士気が高まり、大名専制支配を確立した。この内乱が終息した永禄3年（1560年）から永禄9年（1566年）の時期は、末期の能登畠山家にしては安定した時期と言える。能登国内での家臣たちの戦争や内乱は起こらなかった。また、将軍家への贈答を永禄4年（1561年）に再開したり、気多社の造営を朝廷の許可を得て実行している。さらに、永禄5年（1562年）には上杉謙信に攻められた神保長職に仲介を頼まれ争いを調停し合意させるなど、外交活動が活発化している。また、同じ年には正親町天皇の勅許を奉じて能登一宮の再建にあたり、自らも朝廷や幕府を介して銭7千疋という多額の寄進を行っている。
第8代当主・畠山義続の子として生まれる。天文21年（1551年）、父・義続が前年に起きた能登天文の内乱での責任を取って隠居したことで、義綱は家督を譲られ継承した。しかし、義綱政権の初期では、義続が後見人となっていたため、義綱の主体的な行動は弘治元年（1555年）まであまりみられない。
ホルヴェクという街にあるHolbæk B&Iでキャリアをスタート、17歳でプロデビューを果たす。弱小クラブの一員ではあったが、19歳以下のデンマーク代表に選ばれるなどで若い頃から注目を浴びていた。しかしチームが財政難のためにトライアルを経てFCコペンハーゲンへと売り渡される。FCコペンハーゲンでは移籍初年度のリーグ優勝に貢献するなどチームの核となり大活躍、一躍デンマークのスターになる。さらに、この年のUEFAカップでの活躍を認められシャルケ04へと籍を移す。シャルケ04でもコペンハーゲン時代同様チームの中心へと成長、デンマーク最優秀選手に選出されるなどさらなるステップアップを見せた。2006年冬にはビジャレアルとの4年契約を結び移籍が決まっていたが、夏に更に良い待遇を提示したACミランに移籍することを発表。双方の主張が入り乱れて移籍問題が発生し物議を醸す結果となった。このため、表向きにはミランのフィットネステストに失格したことにより両チームが獲得を見送るという形で決着した。また、当時のミランにはCL以来犬猿の仲であるジェンナーロ・ガットゥーゾとカカが在籍していたことからミランが獲得をためらったともされている。その後、セビージャFCへと移籍した。2007-08シーズン終了後、セビージャのチームメイト、セイドゥ・ケイタ、ダニエウ・アウヴェスと共にスペインのFCバルセロナへの移籍が噂されていたが、一転イタリアのユヴェントスに975万ユーロの移籍金で移籍した。2008-09シーズン前のプレシーズンマッチでは評価が上々だったポウルセンではあるが、いざシーズンに入ると良いパフォーマンスを見せられなくなり、出場機会も激減した。 そのためシーズン終了後、ポウルセンはギリシャやトルコのクラブへ放出されそうになった。 しかし、本人が頑なに拒んで（本人はプレー機会のため移籍も考慮していたが、妻が生活レベルが低下する国を嫌ったという）ユヴェントスに残留することとなった。その身代わりとして活躍はしていたが怪我がちなクリスティアーノ・ザネッティがフィオレンティーナに放出され、クラブの取捨選択が議論の的となった。 ただ、ポウルセンは我がままを通しただけというわけではなく、一時的に戦力外通告されても練習に真摯に取り組む姿勢をクラブ側が評価したという面もある。2010年8月12日、リヴァプールFCに移籍した。移籍金は547.5万ユーロ（後にユヴェントスにはアルベルト・アクィラーニが移籍しており実質的なトレードとなった）。ロイ・ホジソン監督の下ではレギュラーとして活躍したが、ケニー・ダルグリッシュ監督が就任したころには、若手のジェイ・スピーリングに定位置を奪われていた。2011年8月31日、フランスのエヴィアン・トノン・ガイヤールFCに移籍した。なおこの移籍でフロリン・ラドチョウ以来2人目となる、ヨーロッパ主要5リーグすべてのリーグでプレーする選手となった。2012年8月22日、オランダのアヤックス・アムステルダムに2年契約で移籍した。2014年6月30日、契約満了によりアヤックスを退団。2014年9月30日、14年ぶりにFCコペンハーゲンに復帰したが、シーズン終了後に退団。2016年12月30日、代理人であるヨルン・ボネッセンがデンマーク紙『エクストラ・ブラデット』の取材に対し、現役引退を表明していたことが明らかとなった。