マラッカ海峡においてブギス人が活発に交易に参加しようとする限り、交易者はイスラームを奉じてマレー社会の一員となることが重視されたからであったイギリスはその後、マレー半島内部のヌグリ・スンビラン、パハン、ペラク（ペラ）、スランゴールなどスルタン領の諸国に干渉を加え、1896年にはこれら諸侯国を保護国化してクアラルンプールを首都とするマレー連合州を組織させた
1899年より始まったジョホールの鉄道敷設交渉では、アブ・バカールの後継者スルタン・イブラヒムとイギリス植民地省が対立し、このことは、イギリスがジョホールに対し攻勢を強める原因となった
マレー連合州は1909年、カリマンタン島のブルネイやマレー半島内の非連合州とともにシンガポール駐在の海峡植民地知事の管轄下に置かれてイギリス領マラヤが完成し、マレー半島北部のトルンガヌ、クランタン、クダ、プルリスの非連合州もイギリスの支配下に入った
ジョホールも非連合州であったが、ここにはイギリスの総顧問官が置かれ、王国の実権はイギリス人顧問の手にうつって、ジョホールの独立はほとんど名目的なものとなった
こうして、1909年にはイギリスによるマレー全土への支配権が確立した
一方、ラーマンによって継承されたのちも王国の体裁を維持してきたリアウ・リンガ王国も、1911年、オランダによって廃絶された
最終的に今日のインドネシアの原型をなすオランダ領東インドが完成したのは、1910年代のことである

17世紀後半から18世紀の前半にかけて、オランダの台湾における根拠地であったゼーランディア城が鄭成功によって占領されたため、オランダが日本や清国向け商品であった砂糖、樟脳、鹿皮などを東南アジアの地域内で調達しなければならなくなったこと、胡椒の供給過多によって胡椒価格が大幅に下落したこと、日本からの銀の輸入が途絶えたこと、ヨーロッパで茶やコーヒーの消費が拡大し、また、キャラコブームが起こったことなどによって、東南アジア、とくに諸島部の国際貿易活動に大きな変化が生じた。端的にいえば、東南アジア海域では銀不足もあってインド産の綿布や中国産のさまざまな商品を入手することが困難になっていったのである。これにより、中継貿易そのものが全体的に低迷し、以前のような利益が商業から得られなくなって、東南アジアにおける「商業の時代」は終わりを告げた。それは、交易に生きてきたジョホール王国にとって転機をせまるものであった。こうした状況の変化に対応する方法としては、輸入品の国産化と新しい輸出商品の開発が考えられる。上述の海産物や錫の開発などは新しい輸出商品をつくりだそうとする営為の事例といえる。いずれにせよ、こののちジョホール・リアウ王国を含めた東南アジアでは開発経済が指向されるようになった。東南アジアもまた「開発の時代」をむかえたのである。
ポルトガル、ジョホール、アチェの三者抗争が終結し、ジョホールが域内の拠点として台頭すると、マラッカ海峡にはスマトラ島内陸部のミナンカバウ人やスラウェシ島（セレベス島。現インドネシア）のブギス人が多数参入しはじめた。ミナンカバウの人びとの多くがスマトラ東岸やマレー半島に移住し、農業や商業にたずさわり、マカッサルがオランダに占領された17世紀後半にはブギス人の移住が始まった。ブギス人は航海技術に優れ、高い戦闘能力を有して傭兵としても有能であった。ジャンビとの戦争において重要な役割を果たしたのもブギス人であった。これら新規移住者たちは、当時人口が稠密であったスマトラの主要港市においては、しばしば先住民との軋轢を生んだが、比較的余裕のあるマレー半島では出身地ごとにコミュニティを形成し、スランゴール（現マレーシア・セランゴール州）、ランガット（同セランゴール州）、リンギ（同ヌグリ・スンビラン州）などの各地で集住地が形成されて定住が進んだ。ジョホール王国にとって、移住者の存在は出身地とのあいだの交易活動を促進させ、移住先には農業・鉱業開発の担い手をもたらすことにもなるので、その活動を認めた。17世紀中葉から後葉にかけて隆盛をきわめたジョホール王国であったが、王位継承をめぐる内紛やブギス人傭兵による政治介入などによって、17世紀末葉から18世紀にかけてはその繁栄にもしだいに翳りがみえるようになった。
入浴施設は石坂川の東側の狭いスペースに建てられており、2つの異なる源泉から引かれた温泉がある。老朽化していた管理棟は取り壊されて、入浴施設として使われていた2棟のうちの1棟は龍馬資料館「この世の外」に改造されている。男湯は「龍馬の湯」、女湯は「お龍の湯」の名前で、床面積155.97平方メートルである。資料館は面積77.28平方メートルで、2011年（平成23年）3月31日までは大河ドラマ『龍馬伝』の記念展示を行っている。また無料の足湯「龍馬とお龍の縁結びの足湯」が設置されている。入浴施設の北側に「坂本龍馬・お龍新婚湯治の碑」が立てられている。龍馬とお龍の像は、彫刻家楠元香代子の手による。石坂川を挟んで西側を国道223号が通っており、すぐ北側で石坂川を横断している。2010年（平成22年）の新装開業までは、国道からは温泉施設へ入る専用の「つるのゆばし」という橋が架けられていた。この橋は、下部にかつて使われた橋がそのまま残されており、その上に新たな橋が掛けなおされている二段構造であった。上の橋も、1967年の国道開通時に低い位置にあった橋を嵩上げしたものであった。2010年（平成22年）の改装にあたってこれらの橋は撤去され、新しい「塩浸温泉橋」が架けられている。