3月9日、2015年4月にも再稼動を否定する仮処分決定があった高浜原子力発電所3号機と4号機について「福島の原発事故を踏まえた事故対策や緊急時の対応方法に危惧すべき点があるのに、関西電力は十分に説明していない」として運転の停止を命じる仮処分が大津地方裁判所で出された。運転中の原発が停止されたのは今回が初。官房長官の菅は「国は当事者ではなく、あくまでも仮の処分であることから、当事者である関西電力が今後の対応を決める。国としても注視していきたい」と語った。
2015年11月19日、環境省は宮城県内で予定していた東京電力福島第一原発事故で放出された放射性物質を含む指定廃棄物の長期管理施設建設のための調査の年内実施を断念した。2016年3月3日、汚染水対策の凍土壁について原子力規制委員会は海側の地盤を先に凍らせる計画を了承した。
うるま市の会社員の女性が行方不明になった事件で、5月19日に米軍属の男が逮捕された。女性の遺体は雑木林で発見された。首相の安倍と沖縄県知事の翁長との会談もおこなわれ、翁長は「米軍基地があるが故の犯罪だ。強く抗議する」と述べた。この事件により、日米地位協定の改定や基地縮小を求める声などがあがった。6月5日に行なわれた沖縄県議選では、この事件の影響から自民党、公明党が苦戦し、翁長の県政与党が議席を上積みした。
2015年10月13日、沖縄県知事の翁長雄志は米軍普天間飛行場（沖縄県宜野湾市）の移設計画をめぐる沖縄県名護市辺野古の埋め立て承認を取り消した。国は知事に代わって承認する代執行の手続を開始し、国土交通大臣の石井啓一は10月28日に是正勧告を知事に出した。11月17日、国土交通大臣は移設先となる辺野古の埋め立て承認取り消し処分を撤回する代執行に向けた手続に入るため沖縄県知事に対し福岡高等裁判所那覇支部に提訴した。2016年3月3日、移設をめぐる訴訟で県との和解が成立し、7日には埋め立て承認を取り消した処分を是正するよう沖縄県知事の翁長雄志に指示した。31日の米国大統領バラク・オバマとの会談では、日本政府と沖縄県の和解について米国側から懸念が示され、首相の安倍は和解の狙いを「急がば回れだ」と説明。この会談について、沖縄県知事の翁長雄志は「円満解決に向けた協議を行うとの和解条項の趣旨にもとり、和解の精神を軽んじている」と批判した。7月21日、政府は沖縄県に対し新たな訴訟を22日に起こす方針であることを伝え、沖縄県知事の翁長は「真摯な協議が行われるよう配慮を求めていただけに、非常に残念であります」とコメントした。
安倍内閣は財務省との対立がたびたび表面化している。軽減税率問題では財務省が公明党側に低所得者が加工食品を購入する頻度が高いというデータをあえて示して公明党をけしかけ、財務省と共同戦線を張る自民党税制調査会側には「生鮮食品」（所要財源は年3400億円）までしか財源がないと主張して両党の協議が暗礁に乗り上げるように工作していたが、官邸が公明党側を後押ししたため失敗した。また、安倍政権での税収増は消費税率引き上げを除いても7-8兆円あるとみられることから財源として使うことを経済財政諮問会議側が提案しているのに対して財務省側は抵抗しており、政府関係者は「そもそも財務省は、この問題で議論する気すらないだろう」と指摘している。安倍は訪米の際の昼食会で「財務省の試算は信用ならない」と述べるなど以前から財務省との間に溝があり、官房長官の菅も軽減税率問題の際に財務省幹部に対して「官邸への出入り禁止」を通告している。
システムの多くは前作のものを引き継いでおり、ガンズフォーハイヤーシステムとファングフォーハイヤーシステム(人や動物を傭兵として雇うシステム)は今回も健在で、キャラクターは戦闘支援のために生存者と動物を雇うことができる。プレイヤーは「プロスペリティ」と呼ばれるコミュニティを本拠地とし、敵対する「ハイウェイマン」からの襲撃を防ぎながら、機能を強化していく必要がある。プロスペリティを強化することで、武器やビークルのアップグレードやプレイヤーの体力増加、ホープカウンティ内の資材類の位置図取得などの効果を得ることができ、ストーリーの進行にも必要となる。文明崩壊後という世界観に合わせて、今作ではクラフト要素が特に強化されており、各地に残された廃材類もとい資材を集めることがゲーム進行の大きな鍵となっている。各種武器や車両といったアイテムは一部を除いてショップで購入できたが、今作ではかつての通貨が使用できないために通貨で既製品を購入するのではなく、物資を集めて、プレイヤー自らが製作するというシステムとなっている。武器類は崩壊前に存在した武器をあり合せのパーツで即席補修したものが多く、ボウガンに丸鋸を装填して高速で射出する「ブレードランチャー」など斬新な武器が数多く登場する。集められる物資は用途によって異なり、「エタノール」はプロスペリティの強化に必要となり、「炭素繊維」や「チタン」、「スプリング」などは武器やビークル作成に必須材料となる。前作同様にホープカウンティ各地に点在する「ハイウェイマン」の野営地や前哨基地を襲撃し解放することができる。新たな要素として、これらの前哨基地は一度クリアするとそのままにしておくか、奪還されるかを選択することができる。「奪還される」を選ぶとより高い難易度で再度基地を攻略することになるが、より多くのエタノールを得ることができる。ただし攻略に失敗すると基地の解放の難易度は高いままになる。今作で追加された完全なる新要素として "探検"と呼ばれるモードがあり、プレイヤーは全米各地に点在するハイウェイマンの物資集積所などに移動して、より多くのリソースやパッケージを探すことができる。また、探検はオンラインで他のプレイヤーと攻略することが可能。基地の攻略や探検は再プレイできるなど、以前の作品と比較するとクリア後のリプレイ性が強化されている。