しかし、隆信の宗家相続に対し、宗家の重鎮・土橋栄益が、豊後国守護職・大友宗麟の支持を得て、反旗を翻す。天文20年（1532年）、ときに大内義隆が家臣陶晴賢によって討たれた直後で、後ろ盾を失った隆信は筑後国に亡命する災難に遭う。2年後、隆信は復権することになるが、このときも、鍋島清房と尾張守兼清が、佐賀平野南部の土豪・地侍らと連携し、隠密に隆信帰還の準備を進めた。隆信は筑後国を出発し、海路、肥前国佐嘉郡河副郷に上陸した。河副郷には、他の土豪・地侍とともに石井和泉守忠清が一族を率いて参陣し、そのまま佐賀城に向けて進発した。途中、敵方である高木氏や八戸氏に占拠されていた居城・飯盛城において、石井三河守義昌・次郎兵衛忠晴父子が指揮する一隊が奮戦して、城を奪還。さらに進撃を続け、遂には佐賀城を回復した。さらに、隆信は小田政光が拠る蓮池城に攻め込み、石井三河守忠朝が敵方の勇将・江口源世入道を一騎討ちで戦いを挑み、これを討ち取るなど、石井氏は隆信復権に多大な功績を挙げた。
龍造寺家兼の没後、家兼の遺言によって、当時僧籍にあった曾孫・円月（後の龍造寺隆信）が家督を相続した。当初、隆信の家督相続には、家臣団の中にも異論があったものの、石井兄弟の末弟・石井尾張守兼清が隆信擁立に主導的な役割を果たした。兼清は、家兼の遺言を奉じ、当時、隆信が出家していた水ヶ江城下の宝琳院に一隊を率いて参上した。隆信の還俗を渋る住職を説き伏せ、そのまま隆信を奉じて、水ヶ江城内の兼清の屋敷に迎えた。兼清は、隆信の還俗・元服の儀式の一切を取り仕切り、隆信の家督相続を実現させたのであった。その後、隆信は、中国探題で大宰大弐の大内義隆の後見を得て、龍造寺氏の宗家筋の村中龍造寺氏をも相続することになる。
石井氏は、石井駿河守忠義の5人の男子がそれぞれ独立し、一家を立て、嫡男家（和泉守家）・二男家（石見守家）・三男家（三河守家）・四男家（駿河守家）・五男家（尾張守家）まで連なった。いわゆる石井五家である。この5人の兄弟が率いた武士団を、人は石井党、石井一党、石井一門と呼び、戦場では精強な武士団として名を馳せた。また、後世に至るまで、一族の団結は揺るぎなく、それは、明治維新まで続いた。
石井式部大輔越後守忠國の嫡男・ 式部大輔忠保の代には、本拠地を小城千葉城下の「石井屋敷」から領地である佐嘉郡与賀庄飯盛村に移し、村内の飯盛城に入って、城内に居館を構えた。これが契機となって、水ヶ江城主・龍造寺氏、隣村本庄村の土豪・鍋島氏と地縁・血縁による繋がりを生じ、戦国時代に石井氏が飛躍する足掛かりを築くことになった。また、一族を挙げて、飯盛村を中心に開墾を進め、佐賀平野南部の肥沃な穀倉地帯にある飯盛村一帯と、今津や相応津といった有明海に通じる津（河港）を支配し、豊かな財力と武力を築いた。その頃、主家である千葉氏は内紛によりかつての威勢を失い 、佐賀平野南部に割拠する土豪・地侍に、旗頭としてその支持を得た国人・龍造寺氏が台頭してくる。忠保の嫡男・駿河守忠義の頃には、水ヶ江城主の龍造寺康家・家兼父子との連携を深めていった。鍋島氏とともに龍造寺氏を盟主に擁して、後に戦国大名・龍造寺氏の家臣団の中核をなす「水ヶ江譜代」を形成することになる。
石井式部大輔越後守忠國の父は、下総国の武士・石井左京太夫忠家といい、合戦で討死したため、忠國は、親族の肥前国小城郡主・千葉胤紹を頼り、肥前国に移住した。胤紹は忠國を優遇し、大宰府安楽寺留守職・小鳥居信光の娘を正室に娶せて、副将に抜擢したという。さらに、千葉氏より肥前国佐嘉郡与賀郷飯盛村に領地を与えられ、永享元年（1429年）、その地に菩提寺・本善寺を建立した。忠國は、千葉胤紹の横死後は、その甥、幼君・千葉教胤に仕え、家老をつとめた。
室町幕府幕臣・和田惟政の嫡男として生まれる。元亀2年（1571年）8月、父と共に出陣し、28日に摂津郡山にて池田知正・荒木村重らの軍勢と戦ったが、先陣を務めた父が戦死すると後備で控えていた惟長は弔い合戦どころか慌てて逃げ帰ってしまい、諸将の信頼を失った（『耶蘇通信』）。同3年（1572年）4月、交野城救援のために出陣し、足利義昭の部将として織田信長勢と共闘している（『兼見卿記』）。しかし、この頃から15代将軍・足利義昭と信長の対立がはじまり、家臣団の中でもどちらに付くか意見が対立しだしたため、疑心暗鬼に陥ったのか、叔父で後見役であった和田惟増を殺害し（『耶蘇通信』）、自身は信長に対する忠節の意を申し入れている（『細川家文書』）。元亀4年（1573年）には、家中で信望を集めつつあった高山友照・右近親子の暗殺を計画。会議と称して高山親子を誘い出したが、計画は既に高山親子に露見していたため、両者の付添い人を交えての激しい斬り合いとなった。この戦闘で惟長は深手を負ったが、右近もまた重傷を負ったため、その場から伏見まで逃亡したが、3月11日の時点で致命傷のため生存は難しいと目されていた（『兼見卿記』）。その数日後に死去したとされる（『ルイス・フロイス書簡』、『陰徳太平記』巻51）。