『縄文少年ヨギ』は『週刊パワァコミック』（双葉社）1976年1月9日号から8月12日号まで連載。主人公の少年「ヨギ」が縄文時代を舞台に家族や村を救うために様々な冒険をする物語。現代の考古学で知られる縄文人とは異なるが、飢えや死と常に向き合う原始社会の人々が生き生きと描かれている。1967年に『週刊少年サンデー』（小学館）で発表した短編作品『最初の米（よみのくに）』を下敷きにして『縄文少年ヨギ』を制作したと言われており、両作品には縄文時代という舞台設定や、「ヨギ」という名前の少年が登場するなど共通点が幾つか存在する。漫画家の高室弓生によると本作品の発表時は考古学の情報量が少なく、当時の水木は考古資料のほかに戦中・戦後を過ごしたラバウルの現地人との生活の思い出を加え、縄文時代の物語を作り出したのではないかと推測しており、立命館大学講師の田中聡も水木がニューギニアで親しんだ原住民と、本作品におけるドングリ村の民の描写はほとんど重なっていると指摘している。単行本は長年に渡り幾つかの出版社から刊行されているが、未収録作品が存在するものが多い。最初の単行本は1976年11月に双葉社のパワァコミックスから全17話中の10話構成で刊行。その後、小学館の入門百科シリーズ（1985年）、中央公論新社の水木しげる作品集（1990年）、嶋中書店のアイランド・コミックスPrimo（2005年）、中央公論新社のChukoコミックLite（2008年）と刊行されるが、いずれも13話目に当たる「空中大レース」の回が収録されておらず、全話収録された単行本はちくま文庫（1992年）、マガジン・ファイブの愛蔵版（2007年）、水木しげる漫画大全集（2014年）のみ。
8月26日、頼朝に赦免を求める泰衡の書状が届いたが、頼朝はこれを無視して、9月2日には岩手郡厨河（現盛岡市厨川）へ向けて進軍を開始する。厨河柵はかつて前九年の役で源頼義が安倍貞任らを討った地であり、頼朝はその佳例に倣い、厨河柵での泰衡討伐を望んだのである。泰衡は奥地に逃亡し糠部郡から夷狄島（北海道）への渡航も企てたが、3日に比内郡贄柵で郎従の河田次郎に殺害された。4日、頼朝は陣岡に布陣して北陸道軍と合流した。軍勢の総数は「二十八万四千騎」に達したという。泰衡の首級は6日に陣岡の頼朝へ届けられた。頼朝は河田次郎を八虐の罪に値するとして斬罪に処し、前九年の役で祖先の源頼義が安倍貞任の首を晒した故事に倣って泰衡の首を晒した。7日、泰衡の郎従である由利維平が捕らえられる。その勇敢な態度から頼朝は維平と会い、「泰衡は奥州に威勢を振るっており、刑を加えるのは難儀に思っていたが、立派な郎従がいなかったために、河田次郎一人に誅された。両国を治め十七万騎を率いながら、二十日程で一族皆滅びた。言うに足らない事だ」と告げた。維平は「故左馬頭殿（源義朝）は、海道十五箇国を治められたが、平治の乱で一日も支えられず零落し、数万騎の主であったが、長田忠致に誅されました。今と昔で優劣があるでしょうか。泰衡は僅か両国の勇士を率い、数十日も頼朝殿を悩ませました。不覚とたやすくは判断できないでしょう」と答えた。頼朝は答えを返さず対面を終えると、畠山重忠に維平を預け、芳情の施しを命じた。9日、京都の一条能保から7月19日付の泰衡追討宣旨が陣岡の頼朝の下へ届いた。12日、頼朝は陣岡を出て厨河柵に入る。15日、樋爪館を放棄して北走していた樋爪俊衡（樋爪太郎俊衡入道）とその弟・樋爪季衡（樋爪五郎季衡、本吉季衡）が降伏のために厨河柵に来る。そこには俊衡の3人の息子（師衡（太郎、太田冠者、号大国御達）、兼衡（樋爪次郎、樋爪次郎（二郎）兼衡、樋爪次郎（二郎）義衡）、忠衡（河北冠者））、季衡の息子・経衡（新田冠者）の姿もあった。また、『吾妻鏡』や『平泉志』には景衡という人物も登場し、伊豆国へ配流になっているが、具体的な系譜関係は不明である。18日、秀衡の四男で泰衡の弟の一人（四弟）・高衡が下河辺行平を通じて降伏し捕虜となった（高衡は秀衡の6人の息子かつ奥州合戦に参戦した3人の秀衡の息子（国衡、泰衡、高衡）の中で唯一生き延びた人物となったが、12年後の建仁の乱の首謀者の一味に加わり、討ち取られた）。19日まで逗留して降人の赦免や本領安堵などの処理を行った。平泉に戻った頼朝は奥州支配体制を固めるため、22日に葛西清重を奥州総奉行に任命し、28日に鎌倉へ向けて帰還した。しかし鎌倉の支配に対する現地の豪族の反感は根強く、文治5年（1189年）12月に泰衡の家臣であった大河兼任が主君の仇と称して挙兵し鎌倉軍を悩ませた（大河兼任の乱）。この反乱は翌年3月に鎮圧され、約10年にわたる争乱が終息し、武家政権確立に向けた準備がほぼ整うことになる。