21XX年。ライト博士が研究未完成なため数十年前に封印したロボット、エックスが主人公の物語。人間と、人間に近い思考回路を持つロボット「レプリロイド」が共存する世界（以前のように人間に使われるだけのロボットも存在し、そうしたロボットは「メカニロイド」と呼ばれる）。そんな世界で、人間が犯罪を犯すのと同じく、レプリロイドやメカニロイドも故障し犯罪を犯すものが現れていた。「イレギュラー」と呼ばれるそれらを速やかに破壊・抹消すべく組織された特殊機関が「イレギュラーハンター」である。ケイン博士に発見され、封印から目覚めたエックスは、この機関の第17精鋭部隊にBクラスハンターとして所属する。エックスは先輩であり親友でもある特Aクラスハンター・ゼロと共に日夜イレギュラーの排除に務めていた。だがある時、エックスたちの上官であり最強のイレギュラーハンターであるシグマが、突然人間に対して反乱を起こした。彼はレプリロイドたちに進化を促すため、さらに、以前から興味を抱いていたエックスの秘められた力を見出すために、戦いを生み出したのである。イレギュラーハンターの組織は混乱し、シグマ側に付く隊員も現れる中、エックスとゼロに出動命令が下り、2人はシグマの計画を打ち止めるための戦いを開始する。
シリーズ第1作『ロックマンX』（以下「オリジナル版」と表記）のリメイク作品。グラフィックは全て3DCGとなり、カプセルなどの配置やボスの攻撃パターンなど、ゲーム内の要素もある程度変更されている。また、ボスキャラクターとの戦闘直前での会話やアニメーションなどが追加されており、演出面も向上している。アニメーションはXEBECが制作している。ゲーム本編となるXモードをクリアすると、本作専用のOVA『The day of Σ』の鑑賞、VAVAモードの選択が可能となる。『The day of Σ』は25分近くに及ぶアニメーションで、ゲーム内では表現しきれない、エックス含むイレギュラーハンターたちの活動模様や、シグマが反乱を起こすまでの経緯が丁寧に描かれている。また、観賞後に再度Xモードをプレイすると、ボス戦前のボスキャラクターとの会話内容が一部変化する。VAVAモードの詳細は項目を参照。特典として、発売時期が近かった『ロックマンロックマン』の体験版が収録されている。
バートンは法律家で文筆家のジョン・ヒル・バートン (John Hill Burton) とカサリーン・イネスの夫妻のもとに生まれた。高校卒業後、エジンバラのブラウン・ブラザーズ社で水道技術工見習いとなり、1879年、叔父のコスモ・イネスを頼りロンドンに移った。イネスは技術事務所を営む傍ら、衛生保護協会 (Sanitary Protection Association) 事務局長を務めており、バートンは、1881年には衛生保護協会の主任技師となった。イネスは1869年から3年間、インド植民地公共事業局の技師を務めており、その間、明治政府の工部省測量司に配下の測量師3名をお雇いに推薦したことがあった。大学教育は受けておらず、とくに目ぼしい実績もなかったが、渡欧中の永井久一郎（永井荷風の父）と知り合ったことで、彼の推薦を得て、当時コレラなどの流行病の対処に苦慮していた明治政府の内務省衛生局のお雇い外国人技師として1887年（明治20年）来日。衛生局のただ一人の顧問技師として東京市の上下水道取調主任に着任するとともに、帝国大学工科大学（のちの東京大学工学部）で衛生工学の講座ももち（正式な教授ではなく特別講師的なもの）、浜野弥四郎など何人かの著名な上下水道技師を育てた。バートンの設計は、実地工事上の段階で大幅に変更せざるを得ないものではあったが、帝都上下水道の基本計画となり、東京、神戸、福岡、岡山などの上下水道の基本調査などを担当した。バートンが基本プランを作成した下関市高尾浄水場は瀧川釼二の設計により明治39年(1906年)に給水開始。以来、1世紀以上使用され、平成10年(1998年)に着水井(ちゃくすいせい)、濾過池(ろかち)、濾過池付設調節井、配水地(はいすいち)など一連の施設が登録有形文化財に登録された。下関市が頒布している災害備蓄用飲料水のボトルにはバートンの顔が印刷されている。凌雲閣の基本設計者でもある。バートンは母方の祖父が地元では名の知られた写真愛好家であったことから、カメラや写真に詳しくなった。来日前には臭化ゼラチン乾板の原理に関する著書や論文で著名であり、当時の乾板の発明を行ったロンドンの写真技術者の一人として評価された。その後、日本で写真撮影に関する本も出版した。日本の写真家小川一真らと親しい関係を結び、小川や鹿島清兵衛らについての論説をイギリスの写真誌に寄稿した。バートンは小川や鹿島のほか、菊池大麓、ウィリアム・スタージス・ビゲロー、石川巌、小倉倹司、中島精一、江崎礼二らとともに、1889年（明治22年）5月に榎本武揚を会長として設立された日本寫眞會（在留外国人や日本人富裕層のアマチュア写真家・職業写真師のための日本初の同好会）の創立メンバーとなっている。1888年の磐梯山噴火、1891年の濃尾地震という大災害に際しては、大学の依頼で被災地に赴き、惨状を撮影した。1896年、バートンは台湾総督府民政長官だった後藤新平の要請で教え子の浜野弥四郎とともに日清戦争の勝利によって日本の領土となった台湾に向かい、台湾の公衆衛生向上のための調査に当たった。台湾でよい水源地の発見に苦慮し、炎暑の中を調査中に風土病にかかり、1899年8月5日に43歳で没した。1894年に結婚した日本人妻と、別の女性との間に生まれた娘を伴って英国への帰国を準備していた目前であったため、帰国を果たせず、東京の青山霊園に葬られている。教え子の浜野は師の訃報で悲しみに暮れながらも、台湾での事業を継続。基隆水道貯水池（現・基隆市暖暖区の西勢水庫）や台北水道（現・台北市中正区）、台南水道（現・台南市山上区）などを次々と完成させていった。1919年、浜野は健康状態の悪化を理由に総督府の職務を辞し帰国することを決意すると、恩師バートンの功績を世に留めるべくその銅像を建てようと募金に奔走し、台湾総督明石元二郎にも台北水道水源地内の用地確保を申請している。3月30日に無事バートン像の除幕式を開くことができたが、戦時中に資材供出令により撤去されている。2006年には、バートン生誕150周年を記念して、バートンの実家であり、現在はエジンバラ・ネイピア大学に寄付されているクレイグ・ハウス内に記念プレートが遺族によって設置された。