2015年春及び2016年春は新入部員を募集しない方針をとり、2016年2月の時点で2年生部員12人のみが所属していた。2016年2月、野球部長を兼任する草野校長が同年春に定年退職となるため、同校事務職員の川上祐一が野球部長に就任した。野球部員の募集再開時期は未定となっており、2016年夏の全国高等学校野球選手権大会での現役部員の引退をもってひとまず休部することが決定。2016年7月15日、第98回全国高校野球選手権大阪大会でPL学園は3年生部員のみの12人（記録員を含む）で臨み東大阪大学柏原高等学校に6対7で敗れ、この試合をもって野球部はいったん休部となった。2016年休部時点での最後の甲子園出場は2009年の夏であり、創部からの通算成績は、春のセンバツには20回出場して優勝3回（81年、82年、87年）、夏の選手権大会には17回出場して優勝4回（78年、83年、85年、87年）、春夏通算96勝となっている。1982年には史上2校目の春連覇、1987年には史上4校目の春夏連覇を達成した。2017年3月29日、PL学園側から大阪府高等学校野球連盟に対して脱退届が提出され、大阪府連盟は同日これを受理した。PL学園側では今回の脱退について「平成29年度より本校の部員募集再開が決定するまでの間、大阪府高等学校野球連盟に非加盟とする形である」と説明している。
硬式野球部は1956年（昭和31年）創部。6年目の1962年、甲子園初出場を果たす。1970年代後半からは甲子園の大阪府代表の常連校7校（私学7強）のうちの1校となり、1977年（昭和52年）の3年生から2001年（平成13年）の3年生までは25学年連続でプロ選手を輩出し1985年（昭和60年）の夏の大会では全国大会で現在唯一の毎回得点を達成している（スコアはこちら掲載）。また、1978年の全国高等学校野球選手権大会では、準決勝の中京戦、および決勝の高知商戦において、土壇場の9回裏から大逆転劇を見せ、「9回裏の奇跡」「逆転のPL」の異名をとることとなった。「神に依る野球」「世界平和のための野球」を標語（公式HPより）に、甲子園全国大会では人文字での応援（カラーカード<色画用紙>やメガホン・ポンポン等を使用）が有名である。かつての野球部は完全外部スカウト制でリトルシニアやボーイズリーグで優秀な成績を修め、学校のスカウトマンにスカウトされた者だけが入部することが許された部活で、在校生からの一般入部は一切受け付けていなかった。このスカウト制度は後述のいじめ問題発覚後に野球部専用寮と共に廃止され、以降は部員募集停止までの間、逆に入学後に在校生が入部する一般的な部活になっていた。
母体であるパーフェクト リバティー教団は「人生は芸術である」という教義を掲げている。そのため自己表現を重視することが奨励され、野球を始めとしたスポーツにも力が入れられている。特に後述の通り硬式野球部が有名である他、軟式野球部、バトン部、剣道部などが全国大会レベルで活躍している。かつてゴルフ部は、男子が1980年、第1回全国高等学校ゴルフ選手権大会で優勝し、翌年の第2回全国高等学校ゴルフ選手権大会も優勝しており、高村博美（賞金女王1回）、中島千尋（ツアー通算4勝）、谷口徹（賞金王2回）ほか数多くのプロゴルファーを輩出した（2001年に廃部）。
クイズコーナー。オープニングは、マイケル・ジャクソンの「BAD」のイントロ部分の後に志村の「なんだろな!」の掛け声に観客が「なんでもねぇよ!」と返してから、進行役の3人（志村けん・田代まさし・松本典子。松本卒業後は、渡辺美奈代が務めた）が登場し、最後は音楽に合わせて一礼。解答者は基本的に、石野陽子・渡辺美奈代（松本卒業前）・桑野信義にゲストを加えた4人。ただし、回によってはゲストや出題側に回った桑野（後述）の代わりに、松本や田代が解答側になる事もあった。田代まさしが解答者のときは田代のみわざと紹介し忘れたり、柴田恭兵のものまねをさせるなどしていた。クイズの内容は、ドッキリを仕掛けてそのリアクションを当てるクイズ、ある曲のイメージ映像を見て曲名を当てるクイズ、方言の意味を当てるクイズ、合唱団5人が別々の歌を歌い、5人が歌っていた曲が何かを当てるクイズがあった。なお歌当てクイズの時は、桑野信義が合唱団5人のうちの一人として出ていた。出題されたあと、ゲストは司会者に質問してヒントを探っていく。一通り質問が終わったら、志村が「残り10秒です!」と質問を締め切って、ゲストに解答を書かせる。このラスト10秒の間、シンキングタイムのBGM に合わせて、進行役が両腕を前後に動かし、最後のチャイムの音に合わせて股間を突き出すダンスをしていた。初期は松本が恥ずかしがり、ダンスをしなかったこともある。クイズの正解者には、週替わりの賞品 が贈られた。中盤からは赤・青のボックスを用意、ダイヤモンドと毬栗というように賞品にランク付けがされている。正解者はボックスを指名して中の賞品を獲得。指名されなかった賞品は会場の客に抽選でプレゼントされた。正解者多数の場合はジャンケン。正解者なしの場合は司会者が箱を選んで会場プレゼントを決定した。