11月4日、源義経の軍が布和の関（不破の関）にまで達したことで、義仲は頼朝の軍と雌雄を決する覚悟を固める。一方、頼朝軍入京間近の報に力を得た後白河法皇は、義仲を京都から放逐するため、義仲軍と対抗できる戦力の増強を図るようになる。義仲は義経の手勢が少数であれば入京を認めると妥協案を示すが、法皇は延暦寺や園城寺の協力をとりつけて僧兵や石投の浮浪民などをかき集め、堀や柵をめぐらせ法住寺殿の武装化を計った。さらに義仲陣営の摂津源氏・美濃源氏などを味方に引き入れて、数の上では義仲軍を凌いだ。院側の武力の中心である源行家は、重大な局面であったにもかかわらず平氏追討のため京を離れていたが、圧倒的優位に立ったと判断した法皇は義仲に対して最後通牒を行う。その内容は「ただちに平氏追討のため西下せよ。院宣に背いて頼朝軍と戦うのであれば、宣旨によらず義仲一身の資格で行え。もし京都に逗留するのなら、謀反と認める」という、義仲に弁解の余地を与えない厳しいものだった。これに対して義仲は「君に背くつもりは全くない。頼朝軍が入京すれば戦わざるを得ないが、入京しないのであれば西国に下向する」と返答した。九条兼実は「義仲の申状は穏便なものであり、院中の御用心は法に過ぎ、王者の行いではない」と義仲を擁護している。義仲の返答に法皇がどう対応したのかは定かでないが、18日に後鳥羽天皇、守覚法親王、円恵法親王、天台座主・明雲が御所に入っており、義仲への武力攻撃の決意を固めたと思われる。
義仲の出陣と入れ替わるように、朝廷に頼朝の申状が届く。内容は「平家横領の神社仏寺領の本社への返還」「平家横領の院宮諸家領の本主への返還」「降伏者は斬罪にしない」と言うもので、「一々の申状、義仲等に斉しからず」と朝廷を大いに喜ばせるものであった。10月9日、法皇は頼朝を本位に復して赦免、14日には寿永二年十月宣旨を下して、東海・東山両道諸国の事実上の支配権を与える。そうとは知らぬ義仲は、西国で苦戦を続けていた。閏10月1日の水島の戦いでは平氏軍に惨敗し、有力武将の矢田義清を失う。戦線が膠着状態となる中で義仲の耳に飛び込んできたのは、頼朝の弟が大将軍となり数万の兵を率いて上洛するという情報だった。驚いた義仲は平氏との戦いを切り上げて、15日に少数の軍勢で帰京する。20日、義仲は君を怨み奉る事二ヶ条として、頼朝の上洛を促したこと、頼朝に宣旨を下したことを挙げ、「生涯の遺恨」であると後白河院に激烈な抗議をした。義仲は、頼朝追討の宣旨ないし御教書の発給、志田義広の平氏追討使への起用を要求する。義仲の敵はすでに平氏ではなく頼朝に変わっていた。19日の源氏一族の会合では法皇を奉じて関東に出陣するという案を出し、26日には興福寺の衆徒に頼朝討伐の命が下された。しかし、前者は行家、土岐光長の猛反対で潰れ、後者も衆徒が承引しなかった。義仲の指揮下にあった京中守護軍は瓦解状態であり、義仲と行家の不和も公然のものだった。
真珠湾攻撃以降の日本海軍による開戦当初の進撃と、連合軍の度重なる敗退を受けて、日本軍によるアメリカ本土空襲およびアメリカ本土への上陸計画の可能性が高いと考えられるようになった。ルーズベルト大統領は日本軍の上陸を危惧し、陸軍上層部に上陸時での阻止を打診するものの、陸軍上層部は「大規模な日本軍の上陸は避けられない」として日本軍を上陸後ロッキー山脈で、もしそれに失敗した場合は中西部のシカゴで阻止することを検討した。実際に1942年に入り、日本海軍の潜水艦によるカリフォルニア州やカナダのバンクーバー島などへのアメリカ本土砲撃が複数回にわたり行われたうえ、西海岸沿岸において通商破壊戦が繰り広げられたほか、潜水艦の搭載機によるアメリカ本土空襲が二度に渡り行われた。また戦争開始後数か月の間、アメリカ西海岸では日本軍の上陸を伝える誤報が陸軍当局にたびたび報告され、ロサンゼルスの戦いのような事件も起きた他、防空壕の整備や沿岸地区への陸軍部隊の配置が進んだほか、アメリカ西海岸やカナダ、メキシコなどでは日系人の強制収容措置が取られた。ハワイにおいてはショートの命令により、ハワイ準州知事が真珠湾攻撃直後の12月7日午後からハワイ全土に戒厳令を敷いたが、これはアメリカ史上前例のない措置であった。超現実的な状況下でオアフ島内ではデマが飛び交った。もっとも多かったのは日系人の秘密工作員に関するデマで、秘密工作員が「水道に毒を入れた」とか「青いランプで海上に向けて信号を送っていた」とか事実無根のデマではあったが、これは日系人と他のハワイ住民の中で緊張感が高まっている証拠でもあった。真珠湾の情報収集に一役買った日本のハワイ総領事館は地元民の暴動を抑止するため、警察の厳重な警備下におかれたが、同時に警察による徹底的な家宅捜索も行われた。日系人らは他の住民との対立が先鋭化する中で、カメラやラジオは没収され、日本語の語学学校は閉鎖され、日系人社会の新聞は検閲を受けた。しかし、1941年当時のハワイの人口46万人の内、3人に1人の15万人は日系人で、11万人の白人や6万5千人のハワイ人と比較しても圧倒的多数派であり、アメリカ本土のように全住民を強制収容することはハワイの機能停止を招く事にもなりかねないので、結局大規模な強制収容はなされなかった。後に日系人らは、アメリカに対する忠誠をしめすためアメリカ軍に志願し、第442連隊戦闘団などの日系人部隊が編成され、アメリカ軍兵士として卓越した働きを見せた。日本軍の上陸と占領もより緊迫性を持って議論され、ワイキキビーチには日本軍の上陸に備えて鉄条網が張り巡らされ、海岸線には土嚢を高く積んだ急造の掩体壕がいくつも造られ、市民兵が銃を構えて警戒していたハワイが占領されたときに日本軍によってハワイ内に流通する大量のアメリカドル紙幣が押収され、国際上において軍需品の決済に使われることを避けるため、ハワイ内において使用される全てのアメリカドル紙幣にスタンプが押され、ハワイが日本軍の占領下に置かれた際にはすべてが無効となる措置が取られていた。