妻ルバ・ミラーとの結婚を期に野球で生計を立てようと決意したヤングは、1890年にトライステート・リーグのカントン球団に参加、15勝15敗の成績をあげた後、同じ年にクリーブランド・スパイダースと契約した。23歳の初年度は9勝7敗の成績だったが、2年目の1891年には27勝を上げ、3年目1892年には36勝12敗、リーグ最優秀防御率となる1.93を記録し、その豪腕ぶりが知られるようになった。4年目の1893年に投手－本塁間の距離が60フィート6インチに広げられるルール改訂があり、ヤングの防御率も3点台まで落ち込んだ。しかしヤングはその後も年50試合前後、投球回にして400イニング以上を毎年故障もなく投げ続けた。投手－本塁間の距離が延びた1893年でさえ34勝16敗の成績を上げ、1895年には3度目の30勝に到達し2度目の最多勝利投手となる。1896年には28勝とリーグ最多の140奪三振を記録、1897年にはノーヒッターを達成するなど、1898年までのスパイダーズ在籍時に20勝を挙げられなかったのは最初の1年目だけという活躍ぶりだった。
オハイオ州のギルモアに5人兄弟の長男として生まれた。ヤングは6学年までで学校に通うのをやめ、以降は両親の所有する農場を手伝っていたが、同じ頃に野球との出会いもあった。ヤングは父の励ましもあって農作業の合間を見てはピッチングの練習にいそしんだという。そのうちヤングは自分でチームを作ったりしながら野球の腕を上げ、1884年頃にはオハイオのセミプロチームに参加するようになっていた。
宮城県仙台市の繁華街のファッションヘルスで働く、小野崎志穂（源氏名はアンナ）が主人公。東北大学理学部大学院で土星を専門とする研究者である志穂は幼い頃に父を亡くしているので、母を地元の徳島県に残して仙台市へやってきた。そして、このファッションヘルスで働きながら、学費と生活費を稼いでいる。ある日、若い客についた志穂は突然本名で呼ばれ、驚く。本名を知っているということは、東北大学の学生に違いない。問い詰められた客は、「僕は土星人です。土星の大学の大学院博士課程にいて地球民族進化学を専門にしている」と言う。どう見ても人間にしか見えない青年の姿に、志穂は問い詰めていく。はたして青年は本当に土星人なのか。
IMF（Impossible Missions Force、不可能作戦部隊）エージェントのトレヴァー・ハナウェイはブダペストで「コバルト」というコードネームの人物に渡されるはずの秘密ファイルを奪う任務に就いていた。だが、同ファイルを狙う別組織の乱入の果てに、ハナウェイは女殺し屋のサビーヌ・モローによって殺害され、ファイルを奪われてしまう。事態収拾のため、IMFは私的にモスクワの刑務所に服役中のイーサン・ハントを、ハナウェイのチームで働いていたジェーン・カーターと、新たに現場エージェントに昇格したベンジー・ダンに脱獄させる。イーサンは、最愛のジュリアを殺され、犯人たちに復讐したのだという。IMFは「コバルト」の正体の手掛かりを手に入れるためクレムリンへの潜入任務を命じる。首尾よく進めるイーサンであったが、既に目的の資料は奪われていた上に、真犯人は痕跡を消すためにクレムリンを大きく爆破させる。爆破に巻き込まれ病院で目を覚ましたイーサンは、ロシア諜報員のアナトリー・シディロフに爆破テロの首謀者だと決め付けられ、イーサンはその場から逃亡し、IMFに救助を求める。偶然、ロシアへ来ていたIMF長官と合流したイーサンは、長官より事態の深刻さを告げられる。クレムリン爆破をアメリカの犯行と疑うロシアに対し、アメリカ政府は「ゴースト・プロトコル」を発動させIMFを解体し、政府による一切の関与を否定、長官はイーサンへ政府やIMFのバックアップ無しでの任務継続を暗に命じる。その矢先、シディロフ率いる部隊に襲撃されて長官は死亡、イーサンは分析官のウィリアム・ブラントと共に脱出する。ジェーン、ダンと合流したイーサンは、今回の黒幕がカート・ヘンドリクスという情報を得て、彼こそが「コバルト」の正体だと睨む。核戦争論者で世界的な核戦争を目論むヘンドリクスは、クレムリンより核兵器発射制御装置を盗んでおり、モローがハナウェイから奪ったファイルはその制御コードであった。ヘンドリクスとモローがその取引をドバイのブルジュ・ハリーファ・ビルで行うことを知ったイーサンのチームは、現地へ向かう。イーサンらは制御コードの奪取とヘンドリクスの行方を追うため、ヘンドリクスの使者であるウィストロムに対してはモローに、モロー側にはヘンドリクスに成り済まし、取引を成立を偽装しようとする。途中、問題が発生しながらも、取引が上手くいったと思った矢先、モローに正体を見破られ、シディロフの介入でウィストロムも逃亡してしまう。ジェーンがいったんはモローの身柄を確保するも、彼女がダンの隙を突いて逃亡しようとしたため格闘戦となり、モローは転落死してしまう。ウィストロム（実はヘンドリクス本人）を追うイーサンも途中で砂嵐に見舞われたことなどが重なり、結局取り逃がしてしまう。手掛かりを完全に失ったイーサンは、脱獄の際に共に脱出させた情報屋のボグダンの伝手で、顔の広い武器商人である彼の従兄弟に会う。武器商人を説得したイーサンは、彼からインドのメディア王ブリッジ・ナスが所有するロシアの古い軍事衛星が使われる可能性を聞き出す。インドへ飛び、ナスのパーティに潜り込んだイーサンらは、ヘンドリクスの先手を取って衛星の乗っ取りを計画する。しかし、一歩遅く、衛星はヘンドリクスに乗っ取られ、核兵器がアメリカに向かって発射されてしまう。核兵器の起爆を解除するため、イーサンは制御装置を持って逃げるヘンドリクスを追う。機械化された地下駐車場でイーサンとヘンドリクスは制御装置を巡って死闘を演じ、ヘンドリクスは起爆を確実なものとするため、追いつけないよう装置を持って高所から飛び降りる。だが、機転を利かせたイーサンは重傷を負いながらも制御装置を奪取し、ぎりぎりで起爆を停止させる。半年後、ボストンでイーサンらチームメンバーは任務の成功とIMFの再開を祝う。その最中、遠景にジュリアがおり、実はジュリアとの死別は彼女を守るためにイーサンが行った隠蔽工作だったことが明かされ、物語は終わる。