日本が第二次世界大戦で敗れた年の1945年（昭和20年）12月15日、GHQの神道指令により奉安殿は廃止が決定。同月22日、文部省次官名による実施要領の発令、さらに1946年（昭和21年）6月29日付文部省次官通牒によって、全国の奉安殿を小学校から全面撤去する具体的な指示が出た。御真影は焼却されたほか、建物の多くは解体された。しかし、中央からの指示は「解体」や「破却」ではなくあくまでも「撤去」であるとして、移設や小学校の敷地から切り離すことで解体を免れた奉安殿が、21世紀の現在でもなお全国各地に存在している。使用用途は、神社の倉庫など地域の共同利用施設などで、北海道では1991年の時点で36棟が残存していた。また沖縄の旧美里尋常高等小学校の奉安殿は半壊状態ながら、「戦争遺跡」として文化財に登録されている。戦前に建築された古い校舎・講堂を持つ学校では、校舎内に設けられた「奉安庫」が残る所もある。また、旧南樺太であるロシア連邦サハリン州はGHQによる統治が行われなかったため、サハリン州立郷土博物館など、奉安殿が各地に残存している。
1937年にプロ選手として契約したのはニューヨーク・ヤンキースだったが、1939年のマイナーリーグドラフトでレッズに移籍し、メジャーに昇格したのは1941年だった。1948年にようやくレッズの正外野手として1シーズンを過ごしたが、翌年にはシカゴ・カブスへ移籍することになる。カブス移籍後のサウアーは長打力を発揮するようになり、1950年から1952年にかけて3年連続で30本塁打を記録する。1950年8月28日には、1試合で3本塁打を打ったこともあった。1952年には37本塁打と121打点を挙げ、ナショナルリーグの打撃二冠を獲得、この年の最優秀選手に選出される。当時不振が続いていたカブスにあってサウアーは人気者となり、ファンからは『リグレー・フィールド市長』というニックネームまで付けられた。噛みタバコを愛用していたこともあり、サウアーがホームランを放った後レフトの守備につくと、スタンドから噛みタバコが渡されることもあったという。カブス在籍時のサウアーは、1950,1952,1954年の3度にわたって30本塁打・100打点の成績を残したが、1954年のオフにカブスとの契約がこじれ、チームを離れた。その後カージナルスやジャイアンツに所属し、1959年シーズンを最後に引退する。指導者としては、引退後1979年に3週間ほどジャイアンツのコーチを勤めた経歴があるだけである。2001年にカリフォルニア州で死去。
旧暦12月22日になると、諏訪郡の郷民が奉仕して神原（前宮）の一部に建築した御室（みむろ）と呼ばれる広大な竪穴建物に大祝、神長以下神職が参籠して穴巣始（あなすはじめ）と呼ばれる儀式を始める。『諏方大明神画詞』（1356年成立）には以下のように書かれている。十二月廿二日、一の御祭。大祝以下の神官、所末戸社に詣づ。行列例の如し、饗膳の儀又常の如し。同日御室入、大穴を掘て、其内に柱を立て、棟を高め萱を葺きて、軒の垂木をささへたり。今日、第一の御体を入奉る。大祝以下神官参籠す。（中略）同廿九日、大夜明・大巳祭。又御体三所を入れ奉る。其の儀式おそれあるによりて、是を委くせず。冬は穴にすみける神代の昔は、誠かくこそありけめ。 — 『諏方大明神画詞』「祭第七 冬」『年代神事次第旧記』（室町初期成立）によると御室には柱4本、桁2本、梁2本がある。田中基の計算によると24畳分の菅畳が用意されたため、広さはそれ以上ということになる。中には「萩組の座」というものがあり、神長による祭事の覚え書きである『年代神事次第旧記』（室町初期成立）には御室本体の用材とは別に「東の角、南の角、棟木、東西の桁、囲い」とあることから、御室の中に設けられる仮小屋と考えられる。「うだつ」とも呼ばれるこの構造物には大祝、神長、神使（おこう）しか入ることができなかった。破風には葦で壁体を作り、そこにミシャグジを祀ったという記録もあるが、このあたりの記述が混乱しているため、これは御室自体の破風を指すのか、「萩組の座」の破風を指すのか不明である。ミシャグジの依り代も剣先板と呼ばれる板（後述）なのか、八ヶ岳西麓にある神野（こうや、禁足地とされた上社の神聖な狩り場）から切り出された笹なのか、それとも別のものなのかよくわからない。22日の祭事の時に御室に入れられる「第一の御体」とは、祭事に関する部分が所々改変されている神長本『画詞』から、ミシャグジであることが明らかにされている。また「御体三所」は、『旧記』から「そそう神」と称する神霊（後述）で、23日の神事の項に「例式小へひ入」とあることから3つの蛇体であることが分かる。小蛇に麻と紙をからめて立てられるが、これは注連縄に紙をつけ、大幣に麻を垂らすのと同じで、蛇形に神格を付着するためである。『旧記』によると、24日の夜（大巳祭）にはミシャグジを依り憑けた「御笹」が「萩組の座」の左より、「御正体」（上記の3体の小蛇）がその右より搬入される。「萩組の座」に安置された笹は「うだつの御左口神」とも呼ばれ、3月丑日までに御室の中に位置する。大小の蛇形も同様で、3月まで御室に納められていた。「萩組の座」の中で何が行われたのかははっきりしないが、大祝が笹を持ちながら唱え言をしたようである。25日の大夜明祭にはハンノキの枝で出来た長さ5丈5尺（約16m）、太さ1尺5寸（70cm）の蛇体3体と「又折（またおり）」と呼ばれるものが御室に入れられる。「御身体」または「ムサテ」と呼ばれるこの蛇形も「そそう神」であるという。すなわち、大小の蛇体が各々3体ずつ2日間を隔てて入れられている。田中基はこれについて、小蛇が大蛇に急成長することで神霊であることを示した儀式的表現であると述べている。蛇形が御室の中に安置されるのは3月卯の日までである。