事故の原因究明のため、岡山県警や国土交通省、厚生労働省等が捜査、調査を行っている。海上保安庁第六管区海上保安本部などが2012年2月7日から行った海底調査で、直径約20m、深さ最大5mの円柱状のくぼみの存在が明らかになった。2月9日の鹿島の調査で、くぼみがシールドマシンのほぼ真上であるとともに、マシン付近の満潮時の水深は約15m、土被りが約11.5mであることがわかった。鹿島は全員の遺体が発見された後も立坑内の資機材の撤去を行い、3月24日に完了した。岡山県警と岡山労働局、倉敷労働基準監督署は鹿島と共同で、4月13日から14日にかけ水中カメラを横坑内に潜入させ、109番目のリング（横坑の入り口から数えて109番目のセグメントリング、L=152.6m）までは原形を保っていることを確認したが、そこより先は土砂が堆積しており、シールドマシンは確認できなかった。これにより、シールドマシン内で112リングを組み立て中、何らかの原因で110、111リングが崩壊して大量の土砂や海水が流れ込み、事故が起きたと特定された。シールドトンネル施工技術安全向上協議会は7月23日の中間報告において、事故に対する見解を発表。『トンネル標準示方書―シールド工法・同解説』（土木学会）などの技術標準と照らし合わせ、セグメントの継ぎ手や厚さにおいて基準をあきらかに逸脱した事項は確認できなかったとするとともに、鹿島が韓国製の安価なRCセグメント使用によるコスト削減や工期短縮を優先したと考えられる設計や施工において、想定できていない不安定な要素が事故の誘因になったとした。記者会見で今田委員長は、特にキーセグメント（セグメント組み立て時、最後にはめるピース）とテールシールに注目していると語った。厚生労働省は、現場に残っていた未使用のセグメントの強度試験を、労働安全衛生総合研究所に依頼した。5月には鹿島へ、事故原因特定のために事故現場を何らかの方法で見られるようにすることを要請した。鹿島はシールドマシン引き揚げの工事を10月より始め、2013年7月10日より破損したセグメントを、8月24日にシールドマシンを陸上に引き揚げた。マシンに目立った損傷はなかった。鹿島は9月末までに現場の埋戻作業を終え、10月3日に竣工届を提出し、作業を終了した。シールドトンネル施工技術安全向上協議会の今田委員長は、引き揚げられたシールドマシンなどを8月29日に確認し、得られるべき資料はほとんど手に入ったことから、できるだけ早く結論を出したいと話している。
鹿島は事故に関連する費用として約30億円を特別計上したことなどを合わせ、2012年3月期の通期の業績予想を、連結ベースの当期純利益が1年前に比べて86％減の35億円、単体ベースの当期純利益を12月の予想から91億円減額し71億円の赤字になると下方修正し、4月18日に発表した。
この海底トンネルには水島港の両岸を結んで内部に複数のパイプラインを設置し、JX日鉱日石エネルギーや三菱化学などの各企業から出てくるオフガスを融通し合う予定となっていた。これは、2011年12月22日に地域活性化総合特区に指定された「ハイパー＆グリーンイノベーション水島コンビナート総合特区」における「オフガスハイウェイ水素ハイウェイ広域整備事業」の一環であったが、工事再開が困難となったことから陸上ルートなどの検討が必要となっている。
長久手町体育館に併設されていた図書室時代の蔵書は20,650冊だった。1990年度には10,600冊を購入し、1991年度には13,750冊を購入しており、図書室時代から蔵書数を約2倍に増やして図書館の開館を迎えている。開館時の蔵書数は約45,000冊であり、うち郷土資料は3,700冊、児童書は16,000冊だった。開館記念講座として児童文学者の堀尾幸平（愛知淑徳大学）が「愛知文学散歩」を、古典文学者の山田正（名古屋自由学院短期大学）が「万葉集」を行っている。1階の一角には「善意コーナー」と呼ばれる寄贈本の棚があり、このコーナーの図書を読みたい場合はカウンターを通さずに借り、読み終わったら元の場所に戻すというシステムを取っている。1994年（平成6年）6月からは雑誌の貸出を開始した。2002年（平成14年）10月には公式ウェブサイトを開設し、2003年（平成15年）4月にはインターネット上での予約サービスを開始した。2005年（平成17年）7月には広域貸出を開始し、瀬戸市、尾張旭市、日進市、豊田市、名古屋市名東区、守山区の住民も貸出が可能となった。2007年（平成19年）2月には長久手町内にある愛知医科大学図書館が周辺地域の公共図書館と共同で行う連携推進事業（通称「めりーらいん」）に参加している。愛知医科大学図書館はパスファインダーに因んでメディカルパスと名付けた小冊子を作成し、病気に関する資料やウェブサイトを紹介しているほか、市立図書館からの相談にも応じている。長久手町中央図書館のほかには瀬戸市立図書館、尾張旭市立図書館、日進市立図書館がこの連携推進事業に参加している。2009年（平成21年）4月にはフランス哲学者の本多英太郎が館長に就任。本多は長久手町に本部を置く愛知県立大学の名誉教授であり、学生部長や外国語学部長などを歴任した。それまでの館長にはいずれも長久手町職員が就任しており、本多は初の外部登用者である。同年10月からは文庫本1,500冊を集中的に購入し、2010年（平成22年）4月29日には800冊の文庫本コーナー（閉架も合わせると文庫本は計2,300冊）を新設した。2012年（平成24年）1月4日には長久手町が市制施行して長久手市となり、長久手町中央図書館は長久手市中央図書館に改称した。同年4月には公衆無線LAN（Wi-Fi）サービスを開始した。2013年度（平成25年度）には雑誌スポンサー制度を開始し、同年6月にはブックスタート事業を開始した。2015年（平成27年）5月には図書館内に喫茶店「楽歩カフェ」が開館した。この喫茶店は2009年に設立されたNPO法人楽歩が運営する障害者就労支援施設である。