1871年の廃藩置県で全国の直轄化が完成した明治政府だったが、反面、各藩の借金および士族への俸禄の支払い義務を受け継ぐことになり、家禄支給は歳出の30%以上となってしまった。政府は、赤字財政健全化のため、生産活動をせずに俸禄を受けている特権階級の士族の廃止を目的に四民平等を謳い、1873年に徴兵令、1876年に秩禄処分を行った。これで士族解体の方向が決定付けられてしまったため、士族の反乱が頻発し、西南戦争に至る。政府の西南戦争の戦費は4100万円に上り、当時の税収4800万円のほとんどを使い果たすほど莫大になった。政府は戦費調達のため不換紙幣を乱発し（→国立銀行）、インフレーションが発生した。このため、のちの大蔵卿松方正義は、増税、官営企業の払い下げ、通貨整理を行って兌換紙幣発行に漕ぎ付け、通貨の信用回復により日本が欧米列強に並ぶ近代国家になる下地が作られた。しかし、この過程で松方デフレが発生し、農民の小作化が進んで（小作農率の全国平均38%→47%）、大地主が発生した。また、小作を続けられないほど困窮した者は都市に流入し、官営企業の払い下げで発生した財閥が経営する工場で低賃金労働をさせられ、都市部の貧困層が拡大した。また、財政難となった国は、「原則国有」としていた鉄道の建設が困難になり、代わって私有資本による鉄道建設が進んだ（→日本の鉄道史）。西南戦争は、士族の特権確保という所期の目的を達成できなかったばかりか、政府の財政危機を惹起させてインフレそしてデフレをもたらし、当時の国民の多くを占める農民をも没落させ、プロレタリアートを増加させた。その一方で、一部の大地主や財閥が資本を蓄積し、その中から初期資本家が現れる契機となった。結果、資本集中により民間の大規模投資が可能になって日本の近代化を進めることになったが、貧富の格差は拡大した。
西南戦争による官軍死者は6,403人、西郷軍死者は6,765人に及んだ。この戦争では多数の負傷者を救護するために博愛社（日本赤十字社の前身）が活躍した。また、特に顕彰されたわけではないが、類似した例に熊本の医師・鳩野宗巴が、薩軍から負傷兵の治療を強要された際に、敵味方なく治療することを主張し、これを薩軍から認められ実施したことが挙げられる。宗巴の行動は戦後、利敵行為として裁判にかけられたが、結局無罪判決を下されている。当時の鹿児島県令大山綱良は官金を西郷軍に提供したかどで逮捕され、戦後に長崎で斬首された。また、元会津藩上席家老で都都古別神社（現・福島県東白川郡棚倉町）の宮司を勤めていた西郷頼母が、西郷隆盛と交遊があったため謀反を疑われ、宮司を解任されている。高知では、同年8月に挙兵を企てたとして立志社の林有造や片岡健吉らが逮捕、投獄されている（立志社の獄）。
可愛岳を突破した突囲軍は8月18日、鹿川分遺隊を粉砕し、三田井方面への進撃を決定した。その後19日には祝子川の包囲第2線を破り、翌20日に鹿川村、中川村を落として三田井へと突き進んだ。21日、突囲軍は三田井へ到着するが、ここで桐野は征討軍による包囲が極めて厳重であり、地形が非常に険しいことから突囲軍の全軍が突破することは困難であると考え、熊本城の奪取を提案するも、西郷はこれを却下し、22日深夜、突囲軍は鹿児島へ向けて南進を開始した。これに対し、西郷達による可愛岳突破に衝撃を受けていた征討軍は、横川・吉松・加治木などに配兵し、西郷達の南進を阻止しようとするが、少数精鋭であり、かつ機動力に長ける突囲軍の前に失敗に終わった。これは、西郷達の行動が始めから一定の目的に従っていたわけではなく、その時々の征討軍の弱点を突くものであり、鹿児島へ向けて出発したものの、最終的に鹿児島突入を決定したのは、米良に到着した後のことであったということも一因であった。8月24日、西郷達は七ツ山・松の平を抜け、神門に出たが、ここで別働第2旅団松浦少佐の攻撃を受けるも、何とかこれを免れ、26日には村所、28日には須木を通過し、小林に入った。同日、西郷達は小林平地からの加治木進出を図るが、南進を阻止すべく鹿児島湾、重富に上陸した第2旅団にこれを阻まれ、失敗に終わった。迂回を余儀なくされた西郷達は9月1日、征討軍の守備隊を撃破して鹿児島に潜入した。
時代背景的には、米ソデタント崩壊の直前という時期にあたる。緊張は緩和されていたとはいえ、相手陣営の軍用機が領空を侵犯し、また高度な機密情報を抱えたその機体を確保したことは、軽視できる事件ではなかった。また、ソ連軍（特殊部隊など）が「機体を取り返しに来る」や「機密保全のため破壊しに来る」との噂が広まり、函館に駐屯する北部方面隊第11師団隷下の第28普通科連隊は作戦準備にかかった。実際に、函館駐屯地で開催予定だった駐屯地祭りの展示用として用意されていた61式戦車、35mm2連装高射機関砲 L-90が基地内に搬入され、ソ連軍来襲時には戦車を先頭に完全武装の陸上自衛隊員200人が函館空港に突入、防衛戦闘を行う準備がされていた。その時国籍不明機が3機西から来て、高射砲部隊は曳光弾を発射して迎撃準備をした。不明機を視認し発射しようとする時「友軍機」という連絡が入り、発射されなかった。国籍不明機は航空自衛隊のC-1輸送機であった。発射命令は文民指導部から全く許可を受けないで行われたため、教訓をまとめた文書は全部廃棄された。海上自衛隊は大湊地方隊を主力に3隻を日本海側、2隻を太平洋側に配置して警戒に当たり、函館基地隊の掃海艇は函館港一帯の警戒、余市防備隊の魚雷艇は函館空港付近の警備に当たった。同時に大湊基地のヘリコプターは常時津軽海峡上空で警戒飛行に当たり、上空にはマクドネルF-4EJが24時間哨戒飛行を実施した。この際、海上自衛隊の竜飛警備所内に、陸上自衛隊東北方面隊の対戦車隊が集結し、64式対戦車誘導弾と60式106ミリ無反動砲を用意して、ソ連艦艇が強行侵入した場合の迎撃担当として待機していた。実際にソビエト連邦外務省からは機体の即時返還要求があり、当時の最大野党である日本社会党もこれに同調したが、アメリカ軍は航空自衛隊の協力のもとで、9月24日に外交慣例上認められている機体検査のためにMiG-25を分解し、アメリカ空軍のロッキードC-5Aギャラクシー大型輸送機に搭載して百里基地（茨城県）に移送した。機体には「函館の皆さんさようなら、大変ご迷惑をかけました」と書かれた横断幕が掲げてあった。移送の際には、ソ連軍による撃墜の可能性を考慮して、空自のF-4EJ戦闘機が函館から百里まで護衛に当たっている。機体検査の後、11月15日に機体はソ連に返還された。事件終結後、日本国政府は対処に当たった陸自に対して、同事件に関する記録を全て破棄するよう指示したが、これに対し当時の陸上幕僚長三好秀男は自らの辞意をもって抗議した。