イタリアの検察当局は4人の海兵隊員をイタリアの司法で訴追することを望んだが、イタリアの裁判所は事件の司法権はNATO条約の規定によってアメリカにあると判断した。当初は機に搭乗していた4人全ての訴追が検討されたが、最終的にはパイロットであった海兵隊大尉のリチャード・J・アシュビーとその航法士ジョゼフ・シュワイツァー大尉のみが20人の非故意故殺と過失致死容疑で裁判にかけられることになった。アシュビーの裁判はノースカロライナ州のラジューン海兵隊基地において開始された。裁判において、携帯していた航法地図にケーブルが記載されておらず、またEA-6Bは軍の規定よりもやや速く、また著しく低い高度を飛行していたことがあきらかとなった。当時の規定最低高度は2,000フィート (610 m)であったが、パイロットは事故当時1,000フィート (300 m)を飛行していると考えていたと主張した。実際にはケーブルは高度360フィート (110 m)で切断されている。パイロットはまた機体の高度計が適切に機能しておらず、また速度規定についても知らなかったと述べた。1999年3月に裁判長は無罪判決を言い渡した。これを受けてシュワイツァーについての起訴も取り下げられた。
以下は遺伝子の研究から、九州以北の日本本土の住民と南西諸島（奄美群島以南）の住民との比較のため参考として記するものである。ただし、遺伝的な近さと遠さは民族概念と一致するものではない（日本人、ユダヤ人も参考のこと）。九州以北の本土の住民とは同じ祖先をもつことが最近の遺伝子の研究で明らかになっている。また、中国南部及び東南アジアの集団とは地理的には近く昔から活発な交易がおこなわれていたため九州以北の日本本土住民と違いその影響があったと考えられていたが、遺伝子の研究から中国や台湾の集団とはかなり離れていることが判明している。九州以北の日本本土住民との近縁性と共にそれを介して北海道のアイヌ民族との近縁性も指摘されている。父系遺伝子Y染色体ハプログループD1a2を持つのは世界で本土日本、アイヌ民族、沖縄だけであり、お隣の台湾や中国、韓国には全く見られない。むしろ中国、台湾とは非常に離れている。世界的にも珍しいY染色体ハプログループD1a2系統を日本人では30%～40%、アイヌでは90%、沖縄本島では50％もの人が所持しており、日本本土との関係は切っても切り離せない。高宮広士が、沖縄の島々に人間が適応できたのは縄文中期後半から後期以降であるために、10世紀から12世紀頃に農耕をする人々が九州から沖縄に移住したと指摘するように、考古学などの研究も含めて南西諸島の住民の先祖は、九州南部から比較的新しい時期（10世紀前後）に南下して定住したものが主体であると推測され、それまで居住していた奄美・沖縄諸島と先島諸島の2グループの先住民に取って代わったと考えられている。これらのことから九州以北とは遺伝的・人類学的にみても明瞭な境界線を引くことは難しい。政治的な人種論に対する批判として指摘されることは、日本列島の住民は複数の人種の混血であり、その混血度は地域によって異なることである（沖縄県民を含めた日本人は他国に比べれば混血度は少ないとされる）。これら以外にも記録や史跡から、中国大陸方面からの移民の子孫や、15世紀の大交易時代の名残からフィリピン系、スペイン系との混血などのルーツを持つ住民も存在し、またアメリカ合衆国による沖縄統治時代に生まれたアメリカ系との混血も多い。2008年に理化学研究所ゲノム医科学研究センターが、日本全国（含沖縄県、除中国四国地方）7000人のゲノム中にある14万箇所の一塩基多型を統計的に解析したところ、ゲノムの特徴の点で7000人分の標本は「本土クラスタ」と「琉球クラスタ」に明確に分かれることがわかった。特に3番染色体の組織適合抗原（HLA）の遺伝子に大きなちがいがみられ、ゲノム医科学研究センターは、その違いの原因が両人類集団のいずれかが過去に経験した何らかの感染症の有無ではないかと推測した。さらに2012年ごろには、日本列島人類集団遺伝学コンソーシアムが、北海道平取町在住、沖縄在住、東京在住、北京在住の漢族、イバダン在住のヨルバ族、ユタ州在住の西欧系といった複数の人類集団にそれぞれ属する人々のゲノム、100万箇所の一塩基多型を統計的に解析したところ、アイヌ人からみると琉球人が遺伝的にもっとも近縁であり、両者の中間に位置する本土人は、琉球人に次いでアイヌ人に近いことが示された。また、本土人からみると琉球人が遺伝的にもっとも近縁であり、日本列島人（アイヌ人、琉球人、本土人）は、現在の東アジア大陸部の主要な30の人類集団とは異なる遺伝的構成であることも示された。琉球弧を含む日本列島人のルーツを説明する仮説としては、ベルツなどが提唱した「もともと縄文系の人々が住んでいたところに、弥生人が後から大陸経由でやってきたが、沖縄や北海道（アイヌ）の人々は本土の人々とあまり交流がなかったために異なる集団となった」とする二重構造説が存在するが、21世紀前半に比較的新しい研究手法を用いてなされた研究によるこれらの結果も、二重構造説と矛盾しない。2014年9月17日、琉球大学大学院の研究グループが、琉球列島（沖縄本島だけでなく、八重山・宮古地方も含む）の人々の遺伝情報を広範に分析した結果、台湾や大陸の集団とは直接の遺伝的つながりはなく、日本本土に由来する事がわかったとモレキュラーバイオロジーアンドエボリューションに発表した。また、いわゆる琉球民族にはATLのレトロウイルス（HTLV-1）が日本列島内でも高頻度で観察される事から、縄文人の血が濃く残っていると考えられる。2018年に国立遺伝学研究所が発表した核DNA分析における遺伝子研究による民族の遺伝的分布において、アイヌ・本土・沖縄は共に父系を縄文人に持つ同一円内と判明し、他の東アジアとは別種であることが確認された。