一部のMicrosoftコンパイラ、特にRISCプロセッサでは、プロジェクトのデフォルトパッキング（/Zp ディレクティブ）と #pragma pack ディレクティブの間に予期しない関係がある。#pragma pack ディレクティブは、プロジェクトのデフォルトパッキングから構造体のパッキングサイズを減らすためにのみ使用できる。これにより、プロジェクトのパッキングがこれよりも小さい場合、例えば #pragma pack(8) を使用するライブラリヘッダとの相互運用性の問題が発生する。このため、プロジェクトパッキングをデフォルトの8バイト以外の値に設定すると、ライブラリヘッダで使用される #pragma pack ディレクティブが破損し、構造間のバイナリの非互換性が発生する。x86用にコンパイルする場合は、この制限はない。
1964年（昭和39年）の自民党総裁選は池田と佐藤栄作によって争われ、川島派は池田を支持した。総裁選は激戦となったが池田が制して3選された。池田は川島を副総裁に据え、椎名は第3次池田改造内閣の外務大臣に就任した。外相に就任した際はマスコミからは奇想天外人事と評され、本人も「何でこんな人事を考えやがったんだ」と外相就任に難色を示していた。この人事は前尾繁三郎の強い推薦によるものであったとされる。同年9月、池田首相が喉頭がんにより入院し、10月25日に退陣が発表された。続いて組閣された第1次佐藤内閣でも外相に留任、「日本国と大韓民国との間の基本関係に関する条約」（日韓基本条約）の締結に向けて韓国側と交渉した。日韓交渉は椎名が政界に入る前の1951年（昭和26年）から断続的に行われており、請求権問題や漁業問題では大筋で合意していた。しかし、韓国内ではこのような合意に対して野党や学生により「対日屈辱外交反対」が叫ばれており、韓国の政情不安も有って交渉は度々中断された。この頃に残された両国の問題は、日韓併合条約の有効性と韓国政府の管轄権であった。日韓併合条約については日本は昭和20年の無効を主張し、韓国は当初から違法であり無効であると主張した。また、管轄権については、日本は韓国の支配領域は北緯38度以南と主張し、韓国は朝鮮半島全域を管轄する唯一の合法正当政府であると主張した。これらについて椎名は交渉相手の李東元外務部長官へ玉虫色の合意を促すことで決着を図った。また、竹島領有権問題も議題に挙げなかった。李東元は朴正熙大統領の承諾を得たうえで椎名の提案を受け入れ、これらの問題は棚上げされた。1965年（昭和40年）2月、韓国の金浦国際空港に降り立った際に、日本の過去を「深く反省する」と声明を述べ、また当意即妙な応答でマスメディアを通じて韓国世論の沈静化に寄与し、日韓基本条約の仮調印に漕ぎ着けた。日本では椎名の訪韓に先立って、椎名に対する不信任決議案が日本社会党や民主社会党の議員から提出されていた。提出理由はこの訪韓は佐藤内閣が言明していた懸案の一括解決に反し、また、出発前の国会審議において訪韓の目的を説明せず、日本国憲法第73条違反にあたるなどとするものであったが、椎名の帰国後に決議案は否決された。椎名は請求権問題で未決定だった1億ドル以上とされた民間協力の規模を3億ドル、また漁業協力について4000万ドルと金額を定めた。4月3日、日韓両国外相は東京で請求権、漁業、在日韓国人の法的地位についての協定に仮調印した。3協定の仮調印後、日韓両国では野党や学生による反対が相次いだが、6月22日に東京で日韓基本条約及び関連協定が両国外相により正式に調印された。日韓の新聞各社は妥結内容に対する不満をそれぞれ社説に掲載した。条約の批准を巡る、いわゆる「日韓国会」では日本社会党や日本共産党などの左派政党が「朴政権は米国の傀儡」として強硬に反対していた。椎名は締結の責任者として答弁に立ったが、椎名の曖昧な答弁姿勢は批判された。11月9日、椎名に対する不信任決議案が再び提出された。提出理由は日韓両国で全く意見の一致をみない重要事項について国民に秘匿して調印を行い、アメリカ追従の外交に終始することで日本の国民的利益とアジアの平和に対して重大な障害を与え、無責任で不真面目な国会答弁をしたとされた。この不信任決議案の採決に先立って中野四郎らから答弁時間の制限を設ける動議が提出され可決された。議長の船田中は不信任決議案提出者の楢崎弥之助、西村関一、帆足計、穂積七郎、松本七郎の趣旨弁明や通告されていた質疑を制限時間超過を理由として再三中止させ、投票は翌日に延会された。翌10日、椎名に対する決議案は25票差で否決され、12日に与党による強行採決によって日韓基本条約と諸協定は衆議院で可決された。続いて参議院でも与党の強行採決により12月11日に可決され、波乱の国会は幕を閉じた。12月18日にソウルで日韓条約批准書交換式が椎名と李によって執り行われ、日韓の国交が正式に結ばれた。外相時代は、過去の日韓関係に関して社会党の戸叶里子議員から「深く反省しているとはどういう意味か」と問われ「しみじみと反省している、という意味でございます」と答弁したり、日米安保条約についての見解を問われた際に、「アメリカは日本の番犬であります」と発言し、野党議員から「大臣、そんなことを言っていいのか」と発言の訂正を促されると「番犬さまでございます」と表現した。こうしたおとぼけ・ユーモアは、本人の落語好きに由縁している。また吉田書簡問題では、この外交政策に関わった書簡を私信と位置付けて公表に反対し続けた。この様な椎名の所作により、椎名を名外相と評価する立場からも、「ものぐさ椎名」と揶揄されている。1966年（昭和41年）1月には外相としては戦後初となるソ連へ訪問し、アレクセイ・コスイギン首相やアンドレイ・グロムイコ外相と会談の末、日ソ航空協定、日ソ貿易協定に調印した。