愛媛県伊予郡松前町出身。小学生の時に大阪市内へ転居。大阪府立阿倍野高等学校卒業。西南学院大学中退。中学生、高校生の頃はバスケットボールをやっていた。幼少のころは航空機のパイロットに憧れ、航空大学校への入学を目指すが、皮肉にも勉強のし過ぎで視力が低下。航空大学校の身体検査基準を満たさなくなり、パイロットの夢を断念。芸能界に目を向けるようになった。ただ「元々メカには弱い」と話していたこともある。いくつかの小劇団を渡り歩いた後、1974年、文学座附属演劇研究所に入所し、1975年卒業。同年10月からはテレビドラマ『太陽にほえろ!』（NTV）に田口刑事（= “ボン”）役でレギュラー出演し、一躍人気者となる。1979年　「太陽にほえろ!」を降板、殉職のシーンは森の石松からインスパイアーされたものとのこと。1986年からは、児童演劇活動を広く行い、影絵劇団「かしの樹」主宰をはじめ、子どもの情操教育に力を注いできた。近年は自身がメディアに出演する形での活動はほとんど行っておらず、もっぱら地球と人間の幸せを考え、平和を構築する公益財団法人「地球友の会」の代表理事、国連環境計画（UNEP)の普及活動を行う一般社団法人「日本UNEP協会」の事務局長としての顔が中心。その後の目立ったメディア出演は、『太陽にほえろ! 1979 DVD-BOX II』（2008年発売）収録特典のアンソロジーメイキングや、BS朝日『極上空間』の石原裕次郎没後25年特別編（2012年6月9日放送）のみとなっている。2019年2月、初めての著書『「あの世」が教えてくれた人生の歩き方』（サンマーク出版）を上梓。出生から「太陽にほえろ！」時代のエピソード、そして現在の生き方に至るまでの興味深いストーリーとなっている。メルマガ【宮内淳の「先祖が教えてくれる人生の歩き方～「あの世」と「この世」と宇宙の真実の姿～】も配信中。また、公益財団法人「地球友の会」において10月1日を「和の日」として登録したことを契機として、「和の日実行委員会」を立ち上げ、日本の伝統文化の普及を通して和の精神を世界に広める活動に力を入れている。
ヒルズボロ高校時代はレスリングで、イリノイ州王者に2度なり、オールアメリカンに選出された。東イリノイ大学でもレスリングを続け、オールアメリカンに選ばれた。パット・ミレティッチの指導を受け1998年に総合格闘技デビュー。1999年5月29日、初参戦となった修斗で郷野聡寛と対戦し、判定勝ちを収めた。1999年9月24日、UFC初参戦となったUFC 22でヴァレリ・イグナトフと対戦し、判定勝ちを収めた。2000年12月にデニス・ホールマンに敗れてからしばらくの間はUFCからのオファーが途絶えるが、日本のリングスなどで実績を重ねた。2001年11月2日、UFC 34でカーロス・ニュートンのウェルター級王座に挑戦。ニュートンの三角絞めをリフトした際に失神してしまうが、そのままニュートンをスラムでマットに落として失神させた。両者が失神する事態となったが、裁定はヒューズのKO勝ちとなり王座獲得に成功した。2002年3月22日には、UFC 36のUFC世界ウェルター級タイトルマッチで挑戦者の桜井"マッハ"速人にTKO勝ちし、初防衛に成功。2002年7月13日、UFC 38のUFC世界ウェルター級タイトルマッチで挑戦者のカーロス・ニュートンと再戦し、王座の2度目の防衛に成功。2002年11月22日、UFC 40のUFC世界ウェルター級タイトルマッチで挑戦者のギル・カスティーリョと対戦し、王座の3度目の防衛に成功。2003年4月25日、UFC 42のUFC世界ウェルター級タイトルマッチで挑戦者のショーン・シャークと対戦し、王座の4度目の防衛に成功。2003年11月21日、UFC 45のUFC世界ウェルター級タイトルマッチで挑戦者のフランク・トリッグと対戦し、王座の5度目の防衛に成功。2004年1月31日、UFC 46のUFC世界ウェルター級タイトルマッチでライト級から転向した挑戦者のBJ・ペンにチョークスリーパーで一本負けを喫し王座陥落した。2004年10月22日、UFC 50のUFC世界ウェルター級王座決定戦でジョルジュ・サンピエールと対戦し、腕ひしぎ十字固めで一本勝ちを収め王座獲得に成功した。2005年4月16日、UFC 52のUFC世界ウェルター級タイトルマッチで挑戦者のフランク・トリッグを大逆転劇で破り、王座の初防衛に成功した。2005年8月から11月にかけて放送されたリアリティ番組「The Ultimate Fighter」のシーズン2でリッチ・フランクリンと共にコーチを務めた。2006年5月27日、UFC 60でホイス・グレイシーと175ポンド契約のキャッチウェイトで対戦し、バックマウントからのパウンドでTKO勝ち。この試合のPPV件数は60万件を突破した。2006年9月23日、UFC 63の王座防衛戦でBJ・ペンとのリベンジマッチを行い、TKOで勝ちを収め王座防衛に成功。ファイト・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2006年11月18日、UFC 65の王座防衛戦でジョルジュ・サンピエールと再戦し、TKO負けを喫し王座陥落した。2007年9月から「The Ultimate Fighter」のシーズン6ではマット・セラと共にそれぞれのチームのコーチを務めた。同年、自らのチームH.I.T.(Hughes Intensive Training)スクワッドを立ち上げるため、長年在籍したミレティッチMAを脱退した。2007年12月29日、UFC 79でUFC世界ウェルター級王者マット・セラへの挑戦が予定されていたが、セラの負傷により同級暫定王座決定戦でジョルジュ・サンピエールと再戦し、腕ひしぎ十字固めで一本負けを喫し王座獲得に失敗した。2008年には自伝「Made in America」を出版しベストセラーとなる。2008年6月7日、UFC 85でチアゴ・アウベスと対戦し、2Rに跳び膝蹴りでダウンしパウンドでTKO負け。この試合はアウベスの4ポンドの体重超過により、175ポンドのキャッチウェイトバウトとして行われた。2009年5月23日、UFC 98でマット・セラと対戦し、3-0の判定勝ち。ファイト・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2010年4月10日、アブダビで開催されたUFC 112ではヘンゾ・グレイシーと対戦。3Rにローキックで数度のダウンを奪い、試合終了間際にはジャブ・ワンツーのコンビネーションでダウンさせ、TKO勝ちを収めた。2010年8月7日、UFC 117でヒカルド・アルメイダと対戦し、変形アナコンダチョークで一本勝ち。サブミッション・オブ・ザ・ナイトを受賞した。2010年11月20日、UFC 123でBJ・ペンと対戦し、開始21秒右ストレートからのパウンドでKO負けを喫した。ペンとのラバーマッチであったが、対戦成績は1勝2敗となった。2011年9月24日、UFC 135でジョシュ・コスチェックと対戦し、パウンドでKO負けを喫した。2013年1月24日に引退を表明し、ズッファの選手育成兼管理部長に就任した。2017年6月16日、アメリカ・イリノイ州レイモンドでトラックを運転中、列車と接触事故を起こし頭部に重傷を負った。