東地中海世界のキリスト教は新約聖書の頃にその起源を有するギリシア語典礼を保持するとともに、聖像崇敬を独自の仕方で発展させていった（この反動が聖像破壊運動となる）。当初は腰ほどの高さであった聖職者と一般信徒の間の区切り、イコノスタシスは、やがて教会の床から天井までをさえぎる壮麗な聖画の集まりへと発展し、その配列についての神学また聖像の描き方についての神学および技法上の進展がみられた。一方、7世紀にイスラム教がアラビア半島で生まれ、急速に拡大してイスラム帝国を築いた。これは単性論論争で分裂していた東方諸教会にとって大きな痛手となった。7世紀前半にはシリア地方、パレスチナ、エジプトがイスラム帝国の版図となる。これらの地域の単性論信者はコンスタンティノポリス中心とする東方教会の正統から抑圧されていたので、むしろイスラム帝国を解放者として歓迎した。イスラム帝国治下のキリスト教徒は、一定の人権を保障され、異端とされた諸派に関してはビザンティン帝国治下よりも安全な生活と信仰をも保障されたのである。しかし同時に彼らはイスラーム世界における異教徒の隷属民（ズィンミー）としてムスリムの下位に置かれ、ハラージュ（地租）・ジズヤ（非改宗者に課せられる税）を徴収されるなど一定の差別と抑圧の元に置かれた。また、支配者によってはとりわけ厳しい迫害を行い、強制改宗を行ったこともあった。このためこの地方ではキリスト教徒が徐々にではあるがイスラム教に改宗していった。しかしこれはダマスカスのウマイヤモスクの建設時期に見られるように数世紀をかけたゆっくりとした変化であって、同じ土地にかつて存在した古典古代の神殿がキリスト教徒の破壊を受けたり、アレクサンドリアのムセイオンがキリスト教徒による略奪・虐殺にあったのに比べれば、比較的平和的であったとされる。638年にはムスリムによりエルサレムが征服された。ウマル1世は征服後エルサレムに入り、エルサレムがイスラム共同体の管理に入ったことを宣言するとともに、エルサレム総主教ソフロニオスと会談して、聖地におけるキリスト教徒がイスラームに屈服しその優越性を認める限りに於いて、ズィンミーとして一定程度の人権を保障することを約束するウマル憲章を発布した。この段落の主要参考文献：イスラム教徒からはキリスト教の聖像使用に対して批判があり、これに影響された東ローマ帝国の知識人の間に8世紀には聖像破壊主義がおこった。これは帝国を二分する争いとなり、さらに東ローマ皇帝が聖像破壊主義を支持したことにより、東ローマ帝国とローマ教皇の間に疎遠を生ずることにつながった。この時、東ローマ帝国で皇帝による聖像破壊に対して民衆・修道士達から猛烈な反対運動が起こり、致命者も出た。聖像擁護の論陣を張ったダマスコのヨハンネス（イオアン）は正教会に於いて現代も篤い崇敬の対象となっている。最終的に、第3コンスタンティノポリス公会議において聖像崇敬が教義として確立され、聖像破壊論争は終結した。
外野スタンド裏手のバックスクリーン周辺に立つ7本のクスノキの巨樹群は球場のシンボルとなっている。大きいものは幹囲12m、樹高28m、樹齢約1000年で、全国のクスノキの中でも最大級である。小さいものでも幹囲7m、樹高20m、樹齢約400年。これだけの巨樹が群生しているのは珍しく、1924年（大正13年）12月9日、国の天然記念物に指定された。クスノキ群は国と熊本県および熊本市が定めた「熊本城の管理に関する取扱要領」に基づき、県が直接管理を担当している。前述の通り、球場の所在地にはかつて藤崎八旛宮があったが、1877年の西南戦争で社殿を焼失して移転した。跡地が軍用地となった後も、元々神木として鎮守の森にあったクスノキはそのまま残され、球場が建設される際には既に天然記念物に指定されていたため伐採されることなく、外野スタンドはクスノキ群に接する形で配置され、根幹を保護するため根元の周囲にフェンスが設けられた。このフェンスは1964年、幹の穴に入った来場者が起こした失火騒ぎを契機に高さ2.2mまで嵩上げされ、フェンス上部には有刺鉄線が張られた。左翼側に立つクスノキの枝はスタンド左中間上空を覆うようにせり出しており、晴天時にはスタンドの観客に心地良い木陰を演出している。球場が小高いところに位置しているため周囲から良く目立ち、森の都・熊本の象徴のようになっている。合志市に所在する森林総合研究所九州育種場では貴重な林木遺伝資源として小枝を採取し、クスノキ群の種の保存に取り組んでいる。2008年頃には7本のうち1本に細菌感染によるとみられる枝枯れが発生したが、県が2010年に枯れ枝の剪定や土壌改良、抗生剤の注入などの措置を行い、立ち枯れは免れている。この枝枯れが発生した同時期には球場周辺の住民を中心に、クスノキ群の保護活動を行うとともに観光資源としての活用を目指す「熊本城藤崎台千年クスノキ群顕彰保存会」が結成されている。この保存会などの提唱により、市民や観光客がより憩える空間を演出するため、県は2008年秋から2011年秋にかけて根幹周囲に設置していた有刺鉄線付きのフェンスを撤去し、代わりに市民がイヌツゲを植栽して木柵とロープで囲い直す景観回復が実施された。なお、左翼側の枝の一部がフィールド内に約1.5mせり出しているが、天然記念物に指定された樹木は許可なく剪定できないため、プロ野球公式戦では打球が枝や幹に接触してフィールドへ跳ね返った場合はボールインプレイ（試合続行球）として、打球が枝や幹に挟まった場合は本塁打として扱っている。また高校野球公式戦では、打球が枝や幹に接触した場合は本塁打として扱っている。