2005年（平成17年）に提出された計画では2014年（平成26年）3月までに再建を完了する予定であったが、貸切バス台数半減、路線バスダイヤ・運賃見直し、燃費の良い車両への入れ替え、営業所の整理（この間に本社を北広島市大曲の営業所へ移転）、関連会社整理などを進めた結果、収益が改善し再建開始直後から黒字となった。2008年（平成20年）8月中に残債務を弁済し、約6年前倒して再生手続きを完了した。10数社あった関連会社は根室交通と札幌霊柩社の2社となり、北都交通トラベルサービスの自己破産申請後も北都交通の窓口として営業を続けていた大谷地バスターミナル内の旧北都交通トラベルサービス大谷地営業所は2009年（平成21年）8月20日をもって営業を終了している。資本関係は無くなったが北都交通が関連会社として設立し現存するものには、各種警備や清掃業、丘珠空港で空港警備を行う「ジーエム北都株式会社」などがある。2013年（平成25年）9月を目処に、銀嶺バスよりバス事業の譲渡を受け事業を一本化、銀嶺バスは持ち株会社「北都ホールディングス」に改組する予定であることが報じられている。同年10月に経営統合されたことが銀嶺バスのウェブサイトで告知され、銀嶺バスとして運行されてきたバスは同年10月2日より北都交通としての運行に変わっている。
景気低迷の影響を受けて不振に陥り、1992年（平成4年）のJR新千歳空港駅開業による新千歳空港連絡バスの更なる低迷、2002年（平成14年）2月1日のバス事業規制緩和による新規会社との価格競争の煽りを受けて売り上げは激減。ハイヤー利用客も減少し、さらにバブル景気時にオープンした増毛町の関連事業不振に圧迫され、2003年（平成15年）3月期には10億8,500万円の債務超過に陥った。2004年（平成16年）5月、このままだと1箇月後に経営破綻する状態となった。銀嶺バス社長は北都交通の経営を打診され、検討の結果、北都交通が止まると北海道観光への影響は計り知れず、規模が大きい事業者であるが銀嶺バスを立て直した経験があることなどを勘案し、1週間後に受諾した。2004年（平成16年）6月17日に民事再生法の適用を申請。約53億円の負債を抱えて破綻した。申請時点でバス126台、ハイヤー131台、従業員数は嘱託を含めて623名、営業拠点は7箇所であった。北都交通の資本金2億5,000万円を全額減資し、第三者割当増資に銀嶺バスが応じる方向で再建が進められることになった。同時に北都交通トラベルサービスと北都サービスは自己破産を申請している。
1970年（昭和45年）の創業20周年には、記念事業として1億円の巨費を投じて琴似町八軒（現・ダイイチ八軒店敷地）にハイヤー営業所を開設した。それまでは本社併設で、事業拡大後となっては手狭な敷地にならざるを得なかったが、5月7日に起工式を行い8月上旬に完成した。広大な敷地に温水暖房や浴室などを設け労使ともに使いやすい施設が出来上がった。その後は1972年（昭和47年）に開催された札幌オリンピック特需があったが、過ぎ去った後は過当競争に巻き込まれ、実車率にして48%程度となっている。1975年（昭和50年）5月には観光営業課を開設しハイヤーによる観光客の集客を始めた。1989年（平成元年）6月1日、太平自動車、北びしハイヤーと組み「札幌タクシー無線事業組合」を設立した。3社同一の車体カラーを導入し、同一タイプの無線装備により基地局から配車指令が出されるもので、会社の区別無く配車することによって待ち時間短縮など効率的な配車を目的とし、予約電話番号の語呂合わせから「ニコニコ無線」と呼ばれた。当時の札幌地区では珍しいシステムで、1日平均1,000 - 2,000件の利用があった。
トリテミウスの最も有名な著作は『ステガノグラフイア』（『暗号記法』『秘密記法』『秘密書法』）である。1499年ごろ執筆、死後の1606年フランクフルトにて出版（それ以前も写本が出回っており、コルネリウス・アグリッパやヨーハン・ヴァイヤーは読むことができた）、1609年に禁書目録に記載され、1900年に禁書目録より除かれた。刊本は三巻まであり、表面上、魔術を論じたもののように思われ、特に、精霊を使ってはるか遠方と通信する方法を論じたもののように読み取れる。本書は出版される前から原稿や写本を見た人々に魔術的呪文に満ちた書物との印象を与え、芳しからぬ評判を得たが、1606年に出版されてからは、魔術に無関係な暗号の方法を述べた本として擁護する人々が出始めた。17世紀のファン・カラミュエル・イ・ロプコーヴィッツやヴォルフガンク・エルネスト・ハイデルの分析によって第一・二巻の解読鍵が明らかになって以来、実際に暗号理論とステガノグラフィーに関する本として知られるようになった。そこに見られる天使や精霊の名は、便宜上使われた記号と解釈することができる。近年まで第三巻は魔術に関するものと広く信じられてきたが、今では“魔術めいた”式文もさらに別の暗号記法を内容とした秘密文であったことが証明されている。現代の暗号分野であるステガノグラフィーの呼称はこの本の題名を借りたものである。