中世において、聖堂に続く主要な入り口の一つが、ポルタ・スペキオサ（Porta Speciosa, 華麗な門）だった。回廊から聖堂へと繋がるその門は、13世紀に精巧に作り上げられたものである。マーチャーシュ王の治世にあたる1472年に、今日の回廊が作られた。礎石の一つに残る碑銘からすれば、その工事は1486年に終わったようである。工事はおそらくヴィシェグラードの王立土木工房（the Visegrád Royal Workshop of Construction）の職人たちによって指揮された。回廊に囲まれた小さな中庭は、パラディスム（Paradisum, 楽園）とも呼ばれており、聖書の描く楽園の地上での模倣を隠喩的に表現したものである。中世にはここでハーブが育てられていた。
初期ゴシック様式の傑作であるパンノンハルマの修道院付属聖堂は、13世紀初頭、ウロス大修道院長（Abbot Uros）の時代に建てられたもので、おそらく1224年に献堂されたものである。バシリカ西端地下の調査での発見されたものは11世紀に遡る。バシリカで現在見ることが出来る最古の区画は、南の側廊の壁である。12世紀に遡るその壁は、ダヴィド大修道院長（Abbot Dávid）の時代に当たる1137年に献堂された2つ目の聖堂の名残である。聖具室での発掘調査によって、2つの閉じ込められた門が発見された。その一つは、おそらくはダヴィド大修道院長時代の聖堂の北の入り口に当っていたもので、もう一つはウロス大修道院長時代の聖堂の入り口だったものだろう。聖餐台と内陣の間の地下からは、おそらくはウロス大修道院長のものと思われる墓も見つかっている。聖堂はマーチャーシュ王の時代に拡張された。今日の内陣の天井、側廊の東端、聖ベネディクトゥス礼拝堂などもそのときのものである。オスマン帝国に支配されていたときに調度品のほとんどは破壊された。その支配の後の最も重要な修繕は、1720年代にBenedek Sajghó大修道院長のもとで行われたものである。聖堂の大改修の最後に当たるのは1860年代のFerenc Stornoによるもので、この時に中心の聖餐台、説教壇、天井のフレスコ画、聖マルティヌスを描いた上段のステンドグラスなどが加えられた。
禁煙それ自体は歴史的に古く、1575年にメキシコで禁煙条例が出され、メキシコの教会またスペインのカリブ植民地で禁煙が命じられた。またオスマン帝国でも1633年、喫煙を禁止した。同時期に欧州でも喫煙者を教会から破門すべきかどうか議論された。16世紀後半にはオーストリアやバヴァリアで、また1723年ベルリンで、1742年ケーニヒスベルクで禁煙条例が出された。こうした禁煙条例は、1848年の革命で廃止された。国民規模で行われた禁煙運動はナチスによって行われた。ナチスは大学、郵便局、軍用医院などが禁煙にされた。第二次世界大戦後から現在にいたる禁煙運動は主にアメリカ合衆国からはじまっている。日本では、煙草の伝来した1605年（慶長10年）頃より喫煙習慣がひろまった。当初は薬として喫煙されていた。「当代記」慶長十三年十月の条に此二三ヶ年以前より、たばこと云もの、南蛮船に来朝して、日本の上下専レ之、諸病為レ此平愈と云々とある。林羅山は煙癖があったと見えて、佗波古（たばこ）希施婁（きせる）に関する文章を執筆している。「莨※文」では拙者、性癖有レ時吸レ之、若而人欲レ停レ之未レ能、聊因循至レ今、唯暫代レ酒当レ茶而已歟と記し、酒の代わりとしている。幕府は、失火の原因となり、煙草の植附けは田畑を荒すなど弊害あるものとして、慶長十四年七月、たばこを禁止した。「タバコ法度之事、弥（いよいよ）被レ禁ト云々、火事其外ツイエアル故也。」穂積陳重はこれを日本における禁煙法令の初めとしている。慶長十七年八月、幕府は、耶蘇教、屠牛に関する禁令とともに、煙草に関する禁令を出した。一、たばこ吸事被二禁断一訖、然上は、商賣之者迄も、於レ有二見付輩一者（は）、双方之家財を可レ被レ下、若（もし）又於二路次一就二見付一者、たばこ並売主を其在所に押置可二言上一、則付たる馬荷物以下、改出すものに可レ被レ下事。附、於二何地一も、たばこ不レ可レ作事。右之趣御領内江 急度可レ被二相触一候、此旨被二仰出一者也、仍如レ件。慶長十七年八月六日こののちも幕府はしばしば喫煙および煙草耕作の禁令を出したが、その頃の落首に、きかぬもの、たばこ法度に銭法度、玉のみこゑにけんたくのいしやというものがあり、完全に統制されていたわけではなかった。慶長の幕府の喫煙禁止令に応じて薩摩の島津藩でも禁煙が命令された。薩摩ははやくより南蛮との貿易をはじめており、喫煙風習もひろがっていた。文之は「南浦文集」で次のような喫煙と頽廃に関する詩を残している。風俗常憂頽敗※ 人人左衽拍二其肩一逸居飽食坐終日 飲二此無名野草煙一島津藩の禁煙令については、「崎陽古今物語」に記事がある。竜伯様（島津義久）惟新様（島津義弘）至二御代に一、日本国中、天下よりたばこ御禁制に被二仰渡一、御国許（くにもと）之儀は、弥（いよいよ）稠敷（きびしく）被二仰渡一候由候処に、令（せしめ）二違背一密々呑申者共有レ之、後には相知、皆死罪に為レ被二仰渡一由候云々これによれば、島津藩では喫煙者を死刑に処していた。しかし、抑止力はなかったとはみえ、同書、前掲文の続きに、執着深き者共は、やにをほそき竹きせるに詰（つめ）、紙帳を釣り、其内にて密々呑為申者共も、方々為有レ之由候とあり、さらに後年、薩摩煙草は名産物になった。