元文4年5月19日（ロシア暦1739年6月18日）、仙台藩領の陸奥国本吉郡気仙沼で異国船の目撃情報があった。さらに4日後の23日に牡鹿半島沖の仙台湾に浮かぶ網地島にも2隻の異国船が出現した。これが上記のシュパンベルク船隊である。25日にははぐれていたガブリイル号と合流し、陸奥国亘理郡荒浜で3隻が目撃されている。また同日には仙台藩領から遠く離れた公議御料（幕府直轄領）安房国長狭郡天津村（現千葉県鴨川市）にも異国船が現れた。これは別行動をとっていたナデジダ号であった。ロシア船員はそれぞれ上陸し、住民との間で銀貨と野菜や魚、タバコなどを交換した。同月28日には伊豆国賀茂郡下田でも異国船が目撃された。その後ロシア船団は北緯33度30分まで南下し（紀伊半島潮岬に該当する）、ボリシェレツクへ帰投した。別働隊のウォールトン船も8月21日（日本では7月21日）にオホーツクへ到着。シュパンベルク隊による日本探検はひとまず終了した。この間の両国接触に関しては、ロシア側の航海日誌に詳細な記述が残され、また日本側の史料としては当時の雑説をまとめた『元文世説雑録』に収められている。日本側では来航した異国船に対して、従来吉宗が定めていた強硬手段をとらず、まずその正体を探ることを優先した。幕府は異国船が去った後、現地住民が船員から入手した銀貨・紙札（トランプのカード）を長崎出島のカピタン（オランダ商館長）に照会した。その結果、紙札は賭け事に用いるカルタであること、および銀貨がロシア帝国の通貨であることが確認され、先の黒船がロシアによるものであることが判明した。これが日本政府がロシア帝国の存在を公的に認識した初例であり、後の嘉永年間にそれまでの外交文書をまとめた書である『通航一覧』（林健・復斎兄弟などの編纂）では「魯西亜国の事、我国において初めて聞こえしは元文四年乙未、房州奥州の瀕海へムスコウビヤ（モスクワ）の船往来し、土民へ銀銭を与へしを以て初とすべきか」とある。
犯罪組織が若い女性を多数さらい監禁する倉庫内で、その組織を探る一人の少女が構成員に追及される。そこへ現れた彼女の執事は、十数名の敵を一人であっさりと殺害して彼女を救いだす。銃で撃たれても全く傷つかないこの男・セバスチャンの正体は悪魔で、彼の主人である幻蜂伯爵家の若き当主・清玄こと男装した少女の汐璃が幼い頃両親を目の前で殺害されたとき以来、死の際にその魂を食らうことと引き換えに契約を結び仕えている。映画の舞台となる2020年では、世界は西側と東側に別れ、西側を治める女王は東側某国の幻蜂家に命じて公にできないさまざまな事件を「処理」しており、彼らは当局に正体不明の「女王の番犬」として警戒されている。清玄は女王の命により、セバスチャンと共に大使館員が次々にミイラ化した遺体で発見されるという怪事件を追いつつ、いつか両親の敵を討つことを願っている。警察の捜査資料を手に入れ、裏のルートでミイラ遺体を調べた二人は、被害者が死の前に製薬会社社長・九条新兵主催のドラッグパーティーに出席していた事実をつかむ。清玄は叔母・若槻華恵の伝手を頼り、メイドのリンとそのパーティーに潜入するが、九条に目的を見抜かれ捕らえられる。清玄はその場で、ドラッグを求める客たちにミイラ化して死に至る毒物「ネクローシス」を吸入させ、その解毒剤に群がるさまを楽しむ九条の姿を見る。だが九条は殺され、清玄たちはその場から逃げだす。清玄たちはミイラ事件の目的がこのネクローシスを使って権力を支配するテロの前哨戦であることを確信する。ミイラ化事件は世間で悪魔の仕業と恐れられており、予定される大規模な悪魔払いのミサでテロが行われる可能性があった。二人は犯人と目される武器商人・篠崎洋造を追う。しかし篠崎が殺害されスケープゴートに過ぎないことを知った清玄はその刺客たちに襲われる。自分を守って傷を負ったリンをセバスチャンに託した清玄は、華恵とミサの会場へ向かう。華恵は突然豹変して清玄を脅し、会場近くで大量のネクローシスを拡散させる時限爆破装置を仕掛ける。清玄を救いに現れたセバスチャンは華恵が九条に不老不死の薬を生産させ、その副産物として出来たネクローシスをテロに利用していることを指摘し、華恵の執事・明石と対決する。清玄はネクローシスのカプセルを一粒割り華恵と共に毒に蝕まれるが、その行動と連携するセバスチャンに明石を倒させることに成功する。逆上した華恵は、自分が清玄の父の前妻だったが、幻蜂家の生業に関連して襲撃され流産し不妊となったために、後継ぎを求める父が華恵と別れ姉（清玄の母）と結婚したこと、それを恨んで反西側の犯罪組織による清玄の両親殺害を手引きし、不死の肉体を得て生き続けることで清玄から幻蜂家を奪おうとしていたことを暴露する。そして黒幕犯罪組織の正体を知らないと言い、清玄はショックを受ける。セバスチャンに欺かれさらにネクローシスを服用した華恵は、急激にミイラ化し肉体を消滅させ死ぬ。その後、爆破を防ぎ人々を救うため命がけで装置を運び出す清玄をセバスチャンは冷ややかに見つめるが、彼女が自力で装置を解除し倒れたあと、解毒剤を口移しで飲ませて救う。一連の事件を追う警察外事局には問題のネクローシスが「悪魔の正体」として届けられ、それを前にした局長は、黒幕組織の紋章で手紙を封印する。屋敷に戻った清玄は、自分も含めた人間に対する失望を語る。セバスチャンは眠る彼女にその命が尽きるまで側にいることを誓い、映画は幕を閉じる。