ムナカタのパーティー会場から拉致されたコバヤシにナミコシは昔話を語って聞かせる。中学時代のナミコシはクラスの不良たちからいじめに遭い、担任教師はそれを見て見ぬふりし、家では父親から虐待を受けていた。そんなナミコシが唯一、心を落ち着かせる場所は、アケチに守られ、暗黒星の算出に集中していられる図書館だった。しかし、不良たちはアケチが登校していない日を狙って、執拗にナミコシをいびり、相変わらず担任教師は見て見ぬふりを続け、ナミコシの両親はナミコシを心配して家まで訪ねてきたアケチを罵り、門前払いする。ある日、ナミコシは不良たちがアケチに対して報復を計画していると聞き、復讐を開始する。暗黒星を使い、事故に見せかけて不良グループ・担任教師・ナミコシの両親の全てを抹殺した。しかし、ナミコシが暗黒星を発動させたことを知ったアケチは「暗黒星には作者を死に至らしめる欠陥がある」と言って、これ以上の暗黒星の研究を中止するよう忠告する。しかし、ナミコシは「アケチが自分を拒絶した」と感じた。以後、ナミコシは暗黒星を使って事件を起こし続け、世間はいつしか事件の首謀者として二十面相の存在を作り上げ、二十面相の影に恐れおののくようになった。そして、ミナミの協力を得て、ナミコシは自らの焼身自殺を偽装し、さらにわざと自分のデータを流すことによって、初代二十面相を伝説の存在とすることに成功する。以後、二十面相の模倣犯が次々と現れるようになった。一方、ナミコシは暗黒星のアップデートを続けていた。アケチが解析した暗黒星はアップデート前のものであり、ナミコシは既に暗黒星をさらに進化させていた。全てを聞き終えたコバヤシは「つまり法則の最後のピースとして僕の命が必要なんですね」と呟く。その頃、東京では二十面相に扮した者達による暴動が発生していた。
アケチはナミコシが完成させた数式「暗黒星」を解くことが出来ず苦慮していた。ある行動がもたらす波紋をすべて解析する暗黒星を解くことが出来れば、これから起こる事件も事前に予測できるはずだった。アケチはコバヤシとハシバの協力を得て数式の解析に乗り出す。二十面相の崇拝者の間でアケチの存在がクローズアップされていることを知ったコバヤシは暗黒星の解析にはアケチの要素を加える必要があるのではないかと提案する。コバヤシの助言通り、アケチの要素を加えたところ、暗黒星は解析された。その直後、二十面相の後継者を名乗る人物から「1週間以内に事件を起こすので解決してみろ」という挑戦の電話がかかる。暗黒星解析に熱中するあまり学校に登校しなくなったコバヤシを心配して、ハシバはコバヤシに登校を促すが、コバヤシはハシバを認識出来なくなり始めていた。数日後、脳外科の権威・ムナカタリュウイチロウの功績を称えるパーティーが開かれる。ムナカタのスピーチの最中に突然、ムナカタがかつて患者の手術に非管理の硬膜を使用し、患者を不治の病にして、自殺に追い込んだという旧悪を暴露する映像が流される。その患者こそ、検視官・ミナミの弟であり、ミナミは弟の復讐のために二十面相となったのだった。アケチはミナミの犯行を事前に予測し、ミナミが非管理の硬膜を仕込んだ料理を普通の料理にすり替えていた。だが、ミナミは「こうなることはわかっていた」と哄笑する。その直後、死亡したはずのナミコシが焼身自殺した場所で復活したことを写す映像が流され、驚愕したアケチはナミコシがかつて焼身自殺した場所へと向かう。アケチがナミコシの所に向かっている間に、ムナカタは落下したシャンデリアの下敷きとなって死亡した。初代二十面相・ナミコシの復活の動画は瞬く間に日本全土に広がる。ミナミの狙いはナミコシの復活を演出することだった。
アメリカ軍の受けた被害は戦艦などの艦船と飛行場などに集中し、その被害の大きさに比べて、艦船乗組員の多くは上陸していたため人的被害は大きくなかった。乗艦を失った乗組員の多くは、新たに建造された空母へと配置転換された。追加的な攻撃もなされなかったため、乾ドックなど港湾施設の損害も少なかった。これは沈んだ戦艦の再生など被害からの復旧の助けとなった。大本営海軍報道部は、アメリカ戦艦5隻撃沈・3隻大破修理不能と大本営発表を行った。だが沈んだ戦艦8隻のうち6隻は後に引き揚げられ修理され復帰しており、最終的にアメリカ軍が失った戦艦は、アリゾナとオクラホマの2隻であった。太平洋戦争中この時以外でアメリカ戦艦の喪失はない。空母エンタープライズ・レキシントンは真珠湾外で航空機輸送任務に従事していたため無傷であり、残る空母のサラトガ・ホーネット・ヨークタウン・ワスプ・レンジャーは西海岸または大西洋配置で日本軍が撃沈できる可能性は皆無であり、これらの空母はその後の作戦において大きな力を発揮した。また、給油艦ネオショーや重油タンクといった補給設備は奇襲攻撃の対象とはならなかった。これについて、日本軍の攻撃不足であったとする批判が持ち上がることがあり、特に450万バレルの重油タンクを攻撃しなかったことが槍玉に挙げられることが多い。ただし「450万バレル（トン数になおすと60万t）」という貯蓄量は、1930年代の時点でアメリカ海軍省がおこなった総石油消費量試算で、「太平洋艦隊は戦闘時で1カ月あたり50万トンの燃料を消費する」という結果が出ているのと、その後アメリカ海軍は対日本戦を意識して強化され保有艦数も増えていること、さらにアメリカの豊富な石油資源（1940年のアメリカの石油保有数は19,500億kL）とアメリカ軍の輸送能力を考慮に入れればそれほど大きな量ではない上に、そもそも非常に燃え辛い性質である重油がタンクに貯蔵された状態で多少の爆撃を受けた程度で爆発炎上するとは考えにくく、少数精鋭の航空機をすべて艦隊攻撃に回す他ない奇襲計画自体の余裕のなさを考え合わせれば、タンクを攻撃してもしなくても同じような状況だったと言える。また、日本海軍でも空襲に備え燃料は地下に貯蓄されていたため、「地表のタンクは囮である」と攻撃隊が判断し、あくまで主目標である艦隊への攻撃に集中するという判断に至ったとしても批判の対象とするには厳し過ぎる。当初からアメリカの国力差から、日本軍は短期決戦を想定していたが、攻撃目標に含まれていた主力空母2隻を撃沈できなかったことは緒戦でアメリカ軍が持ちこたえる原動力となり、日本軍の短期決戦戦略が頓挫する一因となった。もっとも大本営海軍報道部は日本軍潜水艦が「エンタープライズ」を不確実ながら沈めたと発表した。翌年3月7日のニューギニア沖海戦でも、日本軍は空母「レキシントン」を攻撃して大損害を与えたものの、エンタープライズ型空母1隻撃沈を発表している。マーシャル・ギルバート諸島機動空襲やドーリットル空襲など一撃離脱を行うアメリカ海軍機動部隊は日本軍にとって悩ましい存在であり、これを一挙に撃滅すべく山本長官と連合艦隊司令部はミッドウェー作戦を発動することになった。