2004年シーズンよりレックススタッドにて種牡馬となり62頭に種付けを行った。2005年にファーストクロップとなる産駒が誕生しその後32頭が血統登録された。この年は35頭に種付けを行った。2007年、アメリカ・フロリダ州のラムホールサウスに移動した。初供用年の種付料は5000ドル（当時約60万円）。7月に荒尾競馬場で行われたレースで産駒のケイウンショウリが勝利し、これが地方競馬、中央競馬通じての産駒初勝利となった。2008年、1月6日に中山競馬場で行われた3歳未勝利戦をコスモザガリアが制し、産駒が中央競馬で初勝利を挙げた。6月5日の兵庫ダービーでバンバンバンクが勝利、地方・中央通じて産駒の重賞初制覇となった。2008年にブラジルへ輸出。2012年にこの地での初年度産駒からブラジル重賞勝ち馬を送り出し、2013年には産駒によるG1制覇を成し遂げる。
僚馬アグネスタキオン（以下タキオン）が新馬勝ちを飾った翌日アグネスゴールド（以下ゴールド）も新馬戦を勝ち、2頭揃ってデビュー戦を勝ち上がる。明け3歳初戦の若駒ステークスを「イマイチの内容」（河内洋）ながら制し2連勝となったゴールドはきさらぎ賞へと駒を進める。管理調教師の長浜博之はきさらぎ賞当時「ゴールドが力を発揮できるのはマイル以下かも」と話し、きさらぎ賞優勝時にも皐月賞でのタキオンとの対決に関し明言を避けるほどゴールドの進路には慎重になっており、両馬の主戦騎手を務めた河内洋も2頭の実力を「甲乙つけがたい」と評した。続くスプリングステークスではここまで後方からの追い込みで勝ち星を重ねてきた内容から一転し、中団から差す競馬で重賞2連勝。多頭数が予想される本番皐月賞を見据え「後方一気のパターンだけでは心配、前で競馬ができるか」を課題にし挑んだ陣営を安堵させた。この勝利により長浜はゴールドの皐月賞参戦を明言。また河内がタキオン・ゴールドのどちらを選択するかは「河内に委ねる」とし、皐月賞の焦点は同厩舎・同生産者・同馬主による無敗馬同士の対決となった。しかしその勝利の翌日の3月19日、右前脚の橈骨遠位端骨折が判明しクラシック戦線から離脱。この故障により河内はタキオンへの騎乗が決定、同馬で皐月賞を制覇している。しかし、タキオンもこのレース後に左前浅屈腱炎を発症し日本ダービーへの出走を断念、その後復帰することなく現役を引退した。ゴールドは半年の休養を経て秋に復帰、一時は菊花賞を回避し天皇賞（秋）へと向かうプランもあったなか、結局菊花賞に参戦となるが成果なく敗退。河内はこの敗戦を「やっぱり距離」と振り返り、以後は中距離路線へと転進することとなった。その初戦となる鳴尾記念で3着と結果を出し「いい頃の感じに戻ってきた。これからが楽しみ。」（河内）と復活の兆しを見せたものの次走に予定していた京都金杯を右飛節に軟腫が認められたため回避し、1年以上に及ぶ長期休養に入ることとなる。当初は2003年の札幌記念で復帰予定だったが、僚馬のタキオンが引退に追い込まれた左前浅屈腱炎を発症し、現役を引退した。
公認を得られなかった久次米は無所属で立候補する意思を固め自民党を離党した。それに応呼して三木派所属の国会議員たちも久次米支援に動き出した。元々三木派の議員たちの間では、決選投票で田中を支持したのにもかかわらず第一次・第二次ともに閣僚ポストが2つしか与えられず、そのポストも三木の副総理を除けば枢要なポストではなかったことから田中への反発がくすぶっていた。そして三木もまた自分が田中から軽視されたことに憤り、三木派の会合で久次米必勝の気勢をあげた。6月6日、三木は徳島に入り6月14日の選挙公示日に向け同一選挙区での遊説としては極めて異例の1週間もの時間を徳島遊説に費やした。また、三木派所属の国会議員たちも徳島に乗り込み遊説を繰り返した。三木派の選挙活動は熾烈なもので、当初は久次米非公認の不当性を訴える内容だった演説も次第に熱を帯びはじめ、金のかかりすぎる選挙制度や金権政治への批判を行うなど暗に田中政権への批判ともとれる発言もではじめた。あまりにも激しい敵対候補への選挙活動を見かねた橋本登美三郎幹事長と江崎真澄幹事長代理が久次米の応援を自粛するよう三木派幹部の井出一太郎に申入れを行うほど事態は尖鋭化していった。徳島では公認を得られた後藤田陣営の県議が議会や県連の主要ポストを独占するに至り、久次米陣営の県議たちにとっては選挙結果が死活問題になりかねない状態にまで追い詰められてしまっていたため、久次米陣営は後藤田有利の状況から巻き返しをはかるため何振り構わない選挙活動を展開した。一方の後藤田陣営もこれに対抗する形で強引な選挙活動を展開したため、選挙後、後藤田事務所が捜索を受けた他、両陣営から数百名という前例のない規模の選挙違反者が検挙されることとなった。三木系に属する徳島県知事武市恭信は党規に反して無所属候補を応援するわけにはいかないとして、自民党を離党した上で久次米の選挙活動を行った。激しい選挙戦は投開票日の7月7日までの約1ヶ月間展開され、その過程で三木は反田中色を明確にし三木と田中の対立は避けられないものとなってしまった。そして、田中から離れた三木に福田赳夫が接近し、福田もまた選挙活動を通じて金権政治批判を展開し、後の三福連合の土台が醸成された。選挙結果は久次米が19万6210票を獲得し、15万3388票に終わった後藤田を破り久次米が議席を守り抜いた。後に後藤田はこの選挙について「あの選挙は自分の人生の最大の汚点」と述べている。