新燃岳噴火の影響でしばらく登山禁止となっていたが、2012年7月15日より解禁された。標高は韓国岳より低いが急な斜面と石が大量に転がっているため、霧島連山中登山するのに最も苦労する。また、馬の背付近では御鉢火口縁がそのまま登山道になっており、特に風の強い日などは火口へ滑落する危険が大きい。これらの理由から、登山にはトレッキングポールを持参するのが望ましい。御鉢、新燃岳など霧島山系の火山活動の状況によっては入山が規制される場合があるので、気象庁の噴火警報・予報、鹿児島県霧島市の防災情報等を事前に確認しておく必要がある。
火山活動が繰り返されているため土壌が貧弱であり、特に有史以降も活発に活動している御鉢に近い西側は荒れ地または草原となっている。北側及び東側は標高400-700 mにかけてイスノキとウラジロガシ、700-1,000 mにかけてコガクウツギとミズナラ、1,000-1,500 mにかけてキリシマヒゴタイとニシキウツギの林となっている。標高1,000 m以上の荒れ地にはミヤマキリシマやマイヅルソウが見られる。南側山腹は標高900 m付近までスギ、ヒノキ、アカマツの人工林が多く、北側山腹も標高800 m付近まで植林が進んでいる。東側山腹から御池にかけて広がるイチイガシの林は植林されたものと考えられている。
更新世の安山岩で構成された比較的新しい火山である。山頂は溶岩ドームをなし、火口が塞がっている。一方、御鉢は直径東西約550 m、深さ約200 mの火口があり、1913年にも噴火を起こした。二ツ石は浸食が進み、火口の地形がほとんど残っていない。東麓にある火山湖の御池（みいけ）周辺はヤイロチョウ、ブッポウソウなどの野鳥が飛来する。
典型的な成層火山であり、西部に活火山である御鉢（おはち）、東部に二ツ石の寄生火山を従えた美しい山容を示し、山体は霧島錦江湾国立公園に指定されている。行政境界が入り組んでおり、宮崎県小林市、西諸県郡高原町、都城市の境界部に、鹿児島県霧島市（旧姶良郡霧島町）が御鉢西斜面、火口内縁部分として割って入り込む形となっており、北斜面は小林市、南斜面は都城市に属する。なお、御鉢西斜面内凹縁線とそれに繋がる御鉢火口内縁線そのものが、宮崎・鹿児島両県の県境となっている。山頂部は宮崎県西諸県郡高原町に属する。霧島連峰の第一峰である韓国岳が山塊中の一峰であるのに比べ、高千穂峰は都城盆地他平野部から直接望まれ、都城盆地にしばしば発生する雲海に対し山頂部が島に見えることから霧島の名の由来ともなったとされる。天孫降臨神話の地とされており、山頂にある青銅製の天逆鉾が、霧島東神社（きりしまひがしじんじゃ）の御神体（社宝）として崇められている。
航空機は1927年（昭和2年）度に一度搭載し、1930年（昭和5年）度より常時、一四式水上偵察機を1機搭載した。射出機は搭載されず、デリックで水上に降ろして運用していた。1940年（昭和15年）ころには九四式水上偵察機を搭載していたらしい。8cm高角砲2基は1940年（昭和15年）ころ25mm機銃連装2基と交換された。大戦中の機銃増備は明らかでないが艦橋前に25mm機銃連装2基、その他同単装機銃10挺を増備していたとされる。また21号電探が前部マストのトップに装備された。
明治3年（1870年）7月、東京府少属・運上所掛となるが10月に辞任。明治4年（1871年）2月、山東直砥と共に英学校「北門社」の設立に関わる。同年7月、仙台藩知事伊達宗敦に呼び戻され、仙台県中学校英学所（辛未館）の英学教師となる。同校は翌明治5年（1872年）に中学北校に改組されるが、同年10月に廃校となった。なお、辛未館での教え子に英語学者の斎藤秀三郎がいる。同年11月、神奈川県10等出仕、修文館教師。明治9年（1876年）神奈川県を辞し、警視庁雇外国掛。明治14年（1881年）警視属。明治16年（1883年）警視庁記録課長。明治17年（1884年）4等警視・警視庁沿革史編纂委員長。明治18年（1885年）「南洋公会設立大意」を起草、植民による南進論を提唱した。明治19年（1886年）2月、警視庁を非職となる。明治20年（1887年）、逓信大臣榎本武揚に建白書を提出し、明治丸を借り受けて硫黄島探検航海に赴く。この航海には、東京府知事高崎五六や、府に鳥島拝借と同島への定期航路の願書を出していた玉置半右衛門、依岡省三なども同行した。この航海が1891年（明治24年）の火山列島の日本領編入のきっかけとなったとされる。明治23年（1890年）、南洋貿易会社「恒信社」を設立した。明治32年（1899年）、再び南洋諸島を航海し、足尾銅山鉱毒事件の被害農民をオランダ領東インドの未開拓の島嶼に入植させることを提案した。明治36年（1903年）小石川の富田鐵之助邸を訪問中に急逝。墓所は谷中霊園。横尾東作の旧蔵資料229点は、2012年に子孫から国立国会図書館憲政資料室に寄贈され、「横尾東作関係文書」として公開されている。