応仁の乱後は、日明貿易の日本における主導権は、細川氏や大内氏を中心とする九州や西日本の大名、堺や博多の商人に移っていった。大内氏は宝徳年間の遣明船から博多商人と協力して、天文年間には遣明船を2回送った。大内氏の船には博多商人の神屋主計や河上杢左衛門をはじめとして、堺や薩摩の人物も乗っていた。大内氏と細川氏のあいだでは貿易の主導権をめぐって寧波の乱が起き、遣明船の中断も招いた。肥後の相良氏は琉球に船を送っていた他に、宮原銀山の発見で費用を調達して天文年間に2回遣明船を送った。豊後の大友氏は、明からの制限で宝徳の遣明船以降は直接参加ができず、正式な勘合がない私的な貿易船を送った。のちに大友晴房（大内義長）が大内氏を継いだことで、再び遣明船に参加した。寧波の乱による貿易の中断は、倭寇の一因にもなった。大名による遣明船の中には明に入貢を許可されなかった船もあり、その場合は警備の手薄な中国沿岸で私貿易を行なった。明の公式な立場からは、これらは密貿易であり倭寇的行為と見なされた。大内氏は、室町幕府が明から受けた日本国王の金印の模造品も作っていた。明ではこうした偽使の対策として、中国沿岸の密貿易者を取り締まった。公式の勘合貿易は、大内氏の滅亡によって断絶したとされるが、それ以降も複数の大名が遣明船を派遣した。古代から安濃津、坊津と並んで日本三津と呼ばれた交易港の博多は明、朝鮮、琉球、東南アジアで商人が活動していたが、少弐、大友氏、大内氏の紛争に巻き込まれて荒廃し、九州各地に建設された唐人町や長崎、豊後府中へと貿易が移っていった。
11世紀から高麗と貿易が続いており、貿易のために日本から高麗へと渡ったのは、対馬の人間がもっとも多かった。日本は真珠、刀剣、水銀、柑橘類などを輸出し、日本船は年1回渡航した。一方で、13世紀前半に朝鮮半島における倭寇の略奪が京都にも伝えられるようになる。李氏朝鮮は倭寇の懐柔策を行い、降伏して定住する投化倭人が現れる。朝鮮の官職を持って貿易も許された受職倭人、港に住む恒居倭人、日本の豪族の使者で使走船に乗る使走倭人などもいた。商人としては興利倭人がおり、商船は興利倭船と呼ばれた。興利倭人が急増したため、対馬、壱岐、九州の諸大名の渡航許可書が義務とされた。日朝貿易は大きく分けると、(1)使節による進上と回賜、(2)官僚による公貿易、(3)商人同士の私貿易の3種類があった。公式の交流は(1)だが、取引額は(2)と(3)が大部分を占めた。(2)は公定価格で(3)は市場価格にあたり、価格の変動によっていずれが得になるかが常に注目された。日本が入港できる場所は、太宗の時代には富山浦と乃而浦で、世宗の時代に塩浦が加わって三浦とも呼ばれた。
モンゴル人王朝の元は、南宋を滅ぼしたのちにベトナムや日本にも進出を計画した。近隣諸国との関係が悪化する中でも民間や地方では交易が続けられて、日本との間でも日元貿易が行われた。とくに江南地方は経済拡大が続いていたこともあり、その規模は拡大した。元は高麗を介して日本に朝貢を求めるが日本が拒否したため、文永の役と弘安の役が起き、元寇と呼ばれた。ただし、元は日本との貿易を戦争中も許可しており、元寇ののちも貿易は続いた。日本からは砂金、硫黄や工芸品などが輸出され、元は銅銭、陶磁器、書物などを輸出した。仏教僧の移動が活発で、貿易船に乗って日本、高麗、元を往来した。鎌倉幕府も、寺院や鎌倉大仏の造営費のために寺社造営料唐船と呼ばれる勧進船を派遣した。のちに韓国の新安郡で発見された沈没船も、寺社造営料唐船だった。また、元は北方ではサハリンやアムール川をめぐってアイヌと紛争をしたのちに朝貢を受けている（後述）。
ノーザン線のホームは、1900年2月にシティ・アンド・サウス・ロンドン鉄道（C&SLR） により、「ムーアゲート・ストリート (Moorgate Street) 駅」として、テムズ川の南のストックウェル駅から路線の北の終点として開業した。この路線は翌年さらに北のエンジェル駅へと延伸された。初代のC&SLRの駅舎はムーアゲートの西側に残り、駅の上のオフィスはこの鉄道の本部として建設された。これらの列車は現在の7・8番線に発着する。このホームのすぐ上にはナショナル・レールノーザン・シティ線ホームの9・10番線があり、現在はファースト・キャピタル・コネクトにより運行されている（かつてはWest Anglia Great Northernにより運行）。ノーザン・シティ線のホームは、1904年2月にグレート・ノーザン・アンド・シティ鉄道（GN&CR） がフィンズベリー・パーク駅まで運行するために開業した。GN&CRによる当初の想定は、本線の列車をフィンズベリー・パークのグレート・ノーザン鉄道のホームから直接シティに乗り入れさせることであり、そのためトンネルは本線の列車を収容可能な直径で建設された。1934年から1975年までは、ノーザン・シティ線は地下鉄ノーザン線のCity or Highbury支線として運行されていた。1975年にノーザン・シティ線がロンドン地下鉄からイギリス国鉄へ移管され、イースト・コースト本線へ直通運転（ムーアゲート駅からワイデンド・ラインズおよびヨーク・ロード・カーブ/ホテル・カーブを経由してイースト・コースト本線の郊外の駅へ運行）が開始された。1975年2月28日、ノーザン・シティ線の移管直前に、南行きの列車がホームをオーバーランしてトンネルの壁に衝突し、43人の死者が出る、平時では地下鉄の歴史で2番目大きな惨事が起きた。安全性の改良は、それ以来「Moorgate Control」として知られる序論 (introduction) を含んでいる（ムーアゲート事故を参照）。ナショナル・レールの発車案内板では、以前のテムズリンク列車の略号 (the code) はMOGであり、以前のWAGN列車の略号はZMGである。両方がそれぞれの列車の完全な発車案内板を表示する。