第32回大会が開催された1956年の12月11日、箱根町の国道1号線・宮ノ下界隈に於いて駅伝練習（試走）を行っていた専修大学の学生、小山国夫が交通事故に遭い、死亡した。事故当時、小山は前記国道1号線を駆け下りていたところだったという。ちなみに小山は、前記第32回大会に専修大学の第7区走者としてエントリー、1時間13分35秒のタイムで第9位という成績を残していた。事故から2年余り経過した1959年3月5日、宮ノ下観光協会の手により、小山に対する鎮魂の意を込めた当駅伝35回記念碑が建立された。その記念碑は宮ノ下交差点から元箱根方向に約300m上ったところの右手、箱根神社宮ノ下別院付近に存在し、裏面には小山の母親による鎮魂の句が刻み込まれている。なおコースに於ける事前試走については、現在、安全上の理由から当駅伝の主催者・関東学連により禁止されている。しかし実際には、箱根山中を試走する箱根駅伝出場ランナーとおぼしき姿が散見されている。
走者によっては、たすきを次走者へ渡したあと、コースへお辞儀をする選手がいる。これは箱根駅伝へ出場でき、無事に走れたことへの感謝を示す行為で戦前から行われている習慣である。従来は個人的な行為であり、チーム全体としては行われてこなかったが、第85回（2009年）に東洋大学が優勝した際、前年に元部員による不祥事があったにもかかわらず関係者の配慮などで出場できたこと、そして沿道で暖かい声援を送ってくれた全ての観衆へのお礼として自粛した胴上げのかわりに行われた。東洋大学は第86回（2010年）、第88回（2012年）に総合優勝した際も胴上げの前にまずコースに向かって監督・コーチ・選手全員で御礼をした後に胴上げをしている。
ユニフォームが白地に紫（藤色）のラインが入った駒澤大学と、紺色の順天堂大学が激しい優勝争いを繰り広げていた2000年前後に使われていた言葉。第75回（1999年）から第84回（2008年）までは、亜細亜大学が優勝した第82回（2006年）を除き、駒澤大学、順天堂大学のいずれかが制している。
大会を支えているのは関東学連に加盟している加盟校である。創設以来の学生主体を現在も守り、沿道の走路員スタッフとして学生が起用されている。箱根駅伝に出場するチームで選手や付き添い以外の部員、予選会で落選したチームの選手のほかにも1年生を多数スタッフとして送り込んでくる大学、トラック&フィールドも抱える大所帯の大学からも多数のスタッフが派遣される（過去には末續慎吾、為末大なども走路員としてスタッフに加わった。また、第89回（2013年）の往路はディーン元気が3区の茅ヶ崎で早大選手に水を渡す係として加わった）。このことからも分かるように、箱根駅伝は実は単に長距離選手だけで行われているのではなく、多くの裏方に支えられている。その裏方とは種目は違えど、一緒に汗を流すチームメイトでもある。
第78回までは陸上自衛隊が担当。陸自撤退後の第76回からは三菱自動車が運営車両を提供していたが、リコール隠し騒動の影響で第79回（2003年）をもって撤退。第80回（2004年）から第86回（2010年）まではホンダが運営車両を提供した。 第89回（2013年）まではホンダが車両提供契約を締結していたが、第87回（2011年）から第93回（2017年）までトヨタが運営車両全て（医務車と一部の車両を除いてハイブリッドカー）を提供している。
表彰（優勝校・入賞校・区間賞・金栗四三杯等）は「閉会式」の会場で行われるが、往路優勝の表彰については芦ノ湖の特設会場の「往路表彰式」で行われる。閉会式は1月3日の大会終了後によみうり大手町ホールで行われている。
主砲としては、あやなみ型以来の50口径76mm連装速射砲が踏襲されているが、前期型では従来通りの57式であったのに対し、後期型では制式化版の68式とされた。また主砲射撃指揮装置（GFCS）としては、アメリカ製最新式のMk.56を初搭載した。これはXバンドのMk.35レーダーを備え、自動追尾・盲目射撃が可能な高性能の機種であり、はるかぜ型（28DD）で一度装備を要求したものの、アメリカ側に認められずに断念されたという経緯がある。なお後部の副GFCSは、あやなみ型と同じMk.63とされているが、国産の風防覆が付加されている。ただし、アスロックによる対潜攻撃中は、Mk.56はこちらの管制（ロケットの追尾など）に用いられ、対空射撃は手動のMk.63のみとなり、経空脅威対処能力の低下が課題とされた。後期型では、主・副GFCSともに、自動追尾・盲目射撃可能な国産の72式射撃指揮装置1型B（FCS-1B）として統一されたことで、この課題が解決された。対潜兵器としては、きたかみ型で導入されたスウェーデン製のM/50 375mm対潜ロケット砲をライセンス生産した71式ボフォース・ロケット・ランチャー、うみたか型駆潜艇およびみずとり型駆潜艇の後期建造艇（36PC）で導入された68式3連装短魚雷発射管が搭載されたのに加えて、より長射程のアスロック対潜ミサイルとその8連装発射機を護衛艦として初搭載している。その発射機は中部甲板、予備弾庫は後部上部構造物に設置されており、艦首尾方向で相当の射界の制約があることが指摘されていたが、当時、攻撃の際には複数艦で敵潜を包囲し、各艦がソナー探知を維持しつつ円運動しながら攻撃するという「サーキュラー・アタック」と呼ばれる手法が採用されていたことから、用兵者の強い不満には至らなかった。またこれらを管制する水中攻撃指揮装置（UBFCS）としては、前期型ではアメリカ製のMk.114が、後期型では国産のSFCS-4が搭載されている。