1867年、クリフォードは法律の実務から引退し、ボストン・アンド・プロビデンス鉄道の社長になった.。その社長である間に、ボストンのパークスクエアに新しい終着駅を建設した。1849年にブラウン大学から法学博士号を受けており、1853年にはアマースト大学とハーバード大学からも受けた。ハーバード大学監督委員会の議長を数年間務めた。南北戦争後、ジョージ・ピーボディからピーボディ教育財団信託委員に指名され、戦後の南部で教育資源を建設する慈善事業を行った。その後駐ロシア大使や駐オスマン帝国大使などヨーロッパの多くの外交官任務を提案されたが、これらは辞退した。1873年と1875年、衰える健康を改善するために温かい気候の地に旅した。1875年、クリフォードは漁業に関してイギリスとの1871年ワシントン条約を実行する外交任務に指名された。しかし、中立の第三者委員を選出する困難さのために遅れが生じ、その任務に就くことはできなかった。クリフォードは短期間心臓病で寝込んだ後、1876年1月2日にニューベッドフォードの自宅で死んだ。同市のルーラル墓地に埋葬された。クリフォードのギリシャ復古調邸宅は現在もニューベッドフォードのオーチャード通りに立っており、郡道歴史地区の一角になっている。
1859年、マサチューセッツ州は200年来続いていたロードアイランド州との境界問題の最終段階と考えられるもので、クリフォードをフィリップスの支援を行う者として雇用した。フィリップスとクリフォードは1861年1月にワシントンD.C.に旅し、アメリカ合衆国最高裁判所に出廷した。当時は、南部と北部の間の緊張関係が異常なほど高まっているときであり、アメリカ合衆国司法長官エドウィン・スタントンが、ワシントンは反乱軍に攻撃されるかもしれないという懸念を表明した。2人がマサチューセッツ州知事ジョン・アルビオン・アンドルーに送った手紙は、アンドルーをして南北戦争のために志願兵の組織化を始めさせる警告の１つとなった。クリフォードはホイッグ党の他の保守派と同様に、政治的に奴隷制度廃止運動には反対していた。元奴隷のフレデリック・ダグラスから「奴隷制度擁護派」であり、「ブリストル郡で最も貴族的な紳士」と表現されていた。しかし、一旦南北戦争が勃発すると北軍を支持し、マサチューセッツ州が戦争に参加することを支持した。1862年、共和党に反対して反奴隷制度廃止党を結成する呼びかけに応じた。その「人民党」は主に1860年の北部支持立憲連合党を支持した人々によって結成され、エイブラハム・リンカーン大統領の奴隷解放宣言予告が9月に発せられたために、注目を集めることができなかった。クリフォードは同年の選挙で州上院議員に選ばれ、その議長を務めた。クリフォードは1864年のリンカーン再選を支持した。1868年には大統領選挙人に選ばれ、ユリシーズ・グラントに1票を投じた。1865年、クリフォードは元アメリカ連合国大統領ジェファーソン・デイヴィスを告発するための特別委員の1人に選ばれた。デイヴィスは反逆罪で告発されたが、4年間にわたる政治と法の論争の後で、様々な理由により告訴は取り下げられた。クリフォードは、1866年にバージニア州でデイヴィスを告発する難しさに関する論争に参加し、基本的に陪審員の意見を固めない限り、ある意味で戦争の結果をひっくり返すことになるバージニア陪審員の臆病な結論に至ることになったと述べた。クリフォードは1866年7月にその任務を辞した。
計画は、開始から最後の軌道飛行までを数えると22ヶ月遅れた。また12の元請と75の下請け、さらに約7,200の孫請け企業と契約し、従業した人数は200万を数えた。1969年にNASAが行った試算によれば、費用は総額で3億9,260万ドル (インフレ率を換算すれば17億3,000万ドル) におよび、その内訳は宇宙船開発費が1億3,530万ドル、発射機開発費が8,290万ドル、運営費が4,930万ドル、宇宙船追跡の運用および装置が7,190万ドル、施設費が5,320万ドルであった。マーキュリーは、今日ではアメリカ初の有人宇宙飛行計画として記念されている。ソビエトとの宇宙開発競争に勝利することこそできなかったものの、国威を発揚し、また後続のジェミニ、アポロ、スカイラブ計画などに対しては先駆者として科学的成功を収めた。1950年代の段階では科学者の中には有人宇宙飛行の実現性を信じていない者もいて、ジョン・F・ケネディが大統領に選出されるまで、彼を含む多くの者は計画に疑念を抱いていた。フリーダム7の発射数ヶ月前、ケネディは大統領として、社会にとって大きな成功を収めるものとしてマーキュリー計画を支持することを選んだ。結局アメリカ大衆の大多数も有人宇宙飛行を支持し、数週間以内にケネディは、1960年代の終わりまでに人間を月に着陸させかつ安全に地球に帰還させる計画を発表した。飛行した6人のパイロットは勲章を受け パレードで行進し、また2名はアメリカ合衆国議会合同会議に招かれ演説した。女性を除外した飛行士の選考基準を受け、独自に飛行士を選ぶ民間のプロジェクトも立ち上がった。そこでは13名の女性飛行士が選ばれ、彼女たちはマーキュリー計画で男性飛行士が受けたテストをすべてクリアし、メディアによってマーキュリー13と命名された。このような努力にも関わらず、NASAは1978年にスペースシャトル計画で新たに飛行士を選出するまで女性飛行士を誕生させなかった。1964年、ケープ・カナベラルの第14発射施設の近くで、計画のシンボルと数字の7を組み合わせた金属製の記念碑が除幕された。1962年、アメリカ合衆国郵便公社はMA6の飛行を称え、マーキュリー記念切手を発行した。有人宇宙飛行を描いた切手が発行されるのはこれが初めてのことであった。この切手は1962年2月20日、アメリカ初の有人地球周回飛行が行われたその当日、フロリダ州ケープ・カナベラルで発売された。2011年5月4日、郵便公社は計画初の有人飛行フリーダム7の50周年の記念切手を発行した。映像表現においては、同計画は1979年のトム・ウルフの小説『ライトスタッフ』を元に1983年に製作された同名の映画で描写されている。2011年2月25日、世界最大の技術専門家協会であるIEEE (Institute of Electrical and Electronic Engineers, アイ・トリプル・イー、『電気電子技術者協会』の意) はマクドネル社の後継企業であるボーイングに、マーキュリー宇宙船を開発した功績により「Milestone Award for important inventions (重要発明品記念賞)」を授与した。