同性愛は悪魔的であるとするモスクワ市長ユーリ・ルシコフへの抗議として、ロシアの同性愛者の権利活動家ニコライ・アレクセエフ（Nikolai Alekseev）は、ロシアで大会が開かれることを、同国のLGBTの人々の権利状況をアピールするために利用した。アレクセエフは、毎年行われるモスクワのプライド・パレードであるMoscow Prideを、2009年は国際反ホモフォビアの日の前日にあたる5月16日とするつもりだと発表した。パレードは「スラヴ・ゲイ・パレード」と銘打ち、ヨーロッパの全てのスラヴ人の同性愛者の権利を広報するものとした。モスクワ市当局はパレードを「社会秩序を破壊する」として拒否した。そして、参加者には「強く」対処する、「強い措置」は全てのパレード参加者に対して取られるとする声明が発表された。ユーロビジョン決勝の日に行われたパレードでは、ニコライ・アレクセエフや、この動きが「ロシアの人々が自由ではないことを示すもの」としていた人権活動家のピーター・タッチェル（Peter Tatchell）を含む20人の参加者がモスクワ警察に逮捕された。ユーロビジョン大会のスウェーデン代表であるMalena Ernmanは抗議者を支持し、自身は同性愛者ではないものの、ファンへの支持を表明するためなら喜んで自身をゲイと呼ぶと述べた。Ernmanは、モスクワ市政府が「愛」を賞賛することを認めないのは悲しいことだと言明した。ノルウェー代表のアリャクサンドル・ルィバークもまた支持を表明し、ユーロビジョン・ソング・コンテストそのものが、大きなゲイ・パレードであるとした。
グルジアが5月12日の準決勝1に参加することが決定してから、グルジア代表を選出する国内大会が開かれた。選ばれたStefane & 3Gの楽曲「We Don't Wanna Put In」は、その歌詞がロシア首相ウラジーミル・プーチンに関する政治的暗喩を含んでいるのではないかとする理解に基づく論争が起こった。欧州放送連合は政治的暗喩を理由として、これを大会規定に反すると言明し、この楽曲を拒絶した。欧州放送連合は3月10日、グルジアでの放送を担当するグルジア公共放送（Georgian Public Broadcasting）に対し、歌詞を変更するか別の楽曲を選ぶよう求めた。グルジア公共放送は変更要求を拒み、この楽曲には政治的な示唆は含まないと反論し、欧州放送連合による拒絶はロシアからの政治的圧力によるものだとした。このようにして、3月11日にグルジア公共放送はグルジアの大会不参加を決定した。欧州放送連合はこれに対して特にコメントはしなかった。5月11日、このバンドは楽曲に政治的な含意があることを認め、その目的がモスクワでプーチンを当惑させることであったとしている。彼らは、欧州放送連合が彼らのメッセージを大会から排除したと主張した。
12号は暴風雨の中、ケネディ宇宙センターから予定通りの時刻に発射された。発射場には現職の大統領であるリチャード・ニクソン (Richard Nixon) が駆けつけていたが、これは史上初めてのことであった。発射から36.5秒後、機体を雷が直撃した。電流はロケットの排煙を伝わり、地面に放電された。機械船の燃料電池のブレーカーはこのとき誤って過負荷を検知し、三つの電池すべてと司令・機械船の機器のほとんどを遮断させた。さらに52秒後にも二度目の落雷を受け、「8ボール」式の姿勢指示器が停止してしまった。管制センターに送られてくる遠隔測定のデータは完全に混乱してしまったが、サターン5型ロケットに搭載されている自動飛行制御装置は影響を受けなかったため、ロケットは正常に飛行を続けた。燃料電池が3つとも停止したことで宇宙船は完全に緊急用電池に頼らざるを得なくなったが、これは平常時の28ボルトの電圧を発射時の75アンペアという高負荷に保たせることができるものではなかったため、インバータの一つが停止した。この電源トラブルにより計器盤のすべての警告灯が点灯してしまい、ほとんどの機器が「故障」したとの表示がされた。NASAの伝説的な古参の管制官で、宇宙船への電力や酸素の供給の監視を担当する、「鋼鉄の目を持つミサイル屋」の異名を持つジョン・アーロン (John Aaron) はこのとき、アポロ計画の初期に行われたある試験の結果をおぼえていた。その試験とは、信号調整装置 (Signal Conditioning Equipment, SCE) に電力が送られなくなった状況を再現するものであった。SCEとは、機器から送られてくる一連の信号を宇宙船の計器盤や遠隔測定の符号器に表示するため、標準の電圧に変換するものである。アーロンは「SCEを補助に切り替えろ」と無線で呼びかけた。これはSCEの電源を予備のものに切り替える操作だったが、かなり分かりづらいものであったため、飛行主任のジェラルド・グリフィン (Gerald Griffin)、宇宙船通信担当官 (Capsule communicator, CAPCOM) のジェラルド・カー (Gerald Carr)、船長のコンラッドらは、すぐにその意味を理解することができなかった。その中で司令船のいちばん右端の席に座っていた着陸船操縦士のビーンだけは、同じような状況を再現した一年前の訓練で、SCEの切り替え操作をしたことをおぼえていた。アーロンの素早い対応と、ビーンが対処方法を記憶していたことにより、緊急脱出用ロケットを作動させて飛行を中止する事態に陥るのは免れることができた。その後ビーンが燃料電池を再起動させ、遠隔測定のデータも復帰したため、発射は無事に続行した。待機軌道に乗ると、飛行士たちは遷移軌道投入のためのサターンロケット第三段S-IVBの再点火に備えて、宇宙船を念入りに点検した。落雷は結局、宇宙船には何ら深刻なダメージを与えてはいなかった。実はこのとき管制室では、落雷で司令船のパラシュート展開装置の一部が誤って点火してしまったのではないかと懸念していた。もしそうなっていたら、パラシュートを開くための爆発ボルトが作動しなくなり、司令船は太平洋に叩きつけられ三人の飛行士は間違いなく即死することになる。だがこの時点においては本当に点火したのかどうかを確かめる手段はなく、また点火していたと確認できたとしても対処の方法があるわけでもないため、管制室はこの懸念を飛行士には伝えないことに決定した。結局、パラシュートは飛行の最後に正常に展開し、飛行士たちは無事太平洋に着水した。第三段S-IVBは着陸船を切り離した後、 太陽を周回する軌道に投入されることになっていた。地上からの指令で補助推進装置に点火し、タンク内に残った燃料を放出して速度を落とし、月の後縁を通り過ぎるように軌道が変更された (アポロ宇宙船は常に前縁を通る軌道で月に接近していた)。これによって月の重力によるスイングバイ効果を受けて速度が上昇し、太陽を回る軌道に乗るはずだったのだが、このときロケットの自動飛行制御装置の中で状態ベクトルに小さなエラーが発生した。その結果、月面を通過するときの高度が予定よりも高くなりすぎてしまい、地球脱出速度に到達することができなかった。最終的にS-IVBは1969年11月18日に月を通り過ぎた後、暫定的な地球周回軌道に残ることになった。1971年に一時地球周回軌道から脱出したが、31年後の2002年には再び地球の重力にとらえられた。同年9月3日、香港出身のアマチュア天文学者楊光宇 (William Kwong Yu Yeung) によって発見され人工物であることが確認されるまでは、暫定的にJ002E3の小惑星番号が与えられていた。