改造工事は1987年3月25日に終了し、同年4月より運用を開始した。したがって、竣工当時は国鉄の車両であったが、実際の運用についたのはJR東日本となってからである。短編成の気動車である特性を生かし、新潟支社管内を中心にさまざまな線区へ運行されていたが、運行開始から1年が経とうとしていた1988年3月30日、上越線越後中里駅 - 岩原スキー場前駅間を走行中に1号車（キロ59 508）が排気管の過熱により出火し全焼した（サロンエクスプレスアルカディア火災事故）。全焼したキロ59 508は、その年のうちに廃車となり、残った2両は休車となった。当時のJR東日本会長・山下勇（1911年（明治44年） - 1994年（平成6年））は、元・三井造船会長で鉄道業界人ではなかったものの、戦前に船舶エンジンの開発に携わったことのある技術者であった。アルカディア事故の報告を受けた山下は、すぐさま事故原因の一つとおぼしいDMH17Hエンジンの設計図を取り寄せさせ、図面を見るなり「これは戦前のエンジンではないか。まだこんなエンジンを使っていたのか!?」と驚愕したという（DMH17H自体は1960年の開発ではあるが、原設計の多くはそれ以前のDMHエンジンからの改設計であり、山下がまさに現役のエンジニアであった当時のエンジンの特徴を備えていた）。同様な火災事故の発生を危惧した山下ら首脳陣は、在籍している気動車のエンジン交換の指示を行い、1992年までにDMHエンジンの置き換えが完了した。
キハ28形の車体構造には手を加えず、運転台直後の扉を閉鎖した。床下エンジンの騒音低減及び暖房の効率向上を図り、客室内は全体を200ミリ高くした。荷物棚は全て撤去した。床面は全面に絨毯を敷き、この部分を土足禁止とすることにしたため、前後の出入台部分には合計66人分の下足入れを設置した。座席はソファーを合計24席とテーブルを置いたが、これは床には固定せず、自由に配置を変更し、イベントの内容によってはフロア全体を利用することも可能にした。室内灯として天井にシャンデリア5個設置したほか、側壁部には調光可能なスポットライト2個、調光可能なブラケット灯10個、7色光マシン1台を設けた。客室の一端には売店カウンターを設け、冷蔵庫とコーヒーマシン、流し台を設置した。なお、調理設備は装備されていない。また、オーディオシステムとして車端部に37インチの大型ビデオモニターを設置したほか、カラオケ用にマイクジャックを6箇所・吊り下げ式スピーカーを4箇所に設けた。室内配色は茶色基調でまとめた。なおこの中間車の種車は1961年製のキハ28 2010（旧キハ28 10）である。新製配置は広島で、1963年には三江南線式敷駅 - 口羽駅間開通セレモニーの際の記念列車に充当されたことが記録に残っている。2013年現在、現存するキハ58系の中では最古参の車両となっている。
キハ58形の車体を先頭車端部から約7メートル分を台枠を残して切断し、展望室の構体を接合した。前面窓は「アルファコンチネンタルエクスプレス」と同様の6枚ガラス構成とした。展望室は床高さを600ミリメートル高くし、固定式の2人がけリクライニングシートを8脚設置した。このうち3脚は折りたたみ式の補助座席も設置した。展望室と一般客室の間には荷物室とビデオ装置（一般客室用）を設けた。一般客室は座席部分を175ミリ高くしたハイデッキ構造とし、回転式の2人がけリクライニングシートを2列-2列の配置でシートピッチ1160ミリで前後8列設置した。座席の肘掛にはエアチューブ式ヘッドホンとオーディオチャンネルリモコンを内蔵させた。室内配色は緑基調でまとめた。冷房装置は、展望室の直後にAU76A形集中式冷房装置1基を設置し、後位側はベース車両に設置されていたAU13A形分散式冷房装置3基をそのまま使用した。
欧風でグレードが高く、列車内でも楽しくくつろぐことにより、旅行気分を十分に満喫できる車両とすることを目標にした。車体外部塗装は、雪椿をイメージする赤・日本海を表す青・雪を連想させる白の3色を使用した。この3色は、新潟地区の115系電車にも使用されている「新潟色」と同様の色で、デザインのみ変更したものである。全車両とも、側面の窓を1段窓（上昇式）から固定窓（はめ殺し）に変更し、側面窓のカーテンは横引式に変更した。
作家の大江健三郎は、刊行年の12月に朝日新聞に寄稿した文芸時評で、児童文学における「モラリスト的にむかう態度をそなえている書き手」としていぬいとみこの『光の消えた日』とともに本作を取り上げた。この中で大江は「漫画、劇画の読み手を引きつけるあざとさ、色濃い通俗性もひきうけて、そのかわりにモラリスト的なメッセージは確実に手渡す」とこの2作を評し、「啓蒙性や通俗性によって」灰谷や芹沢光治良の作品を「排除しかねぬ」文学情況に対して、作品の独自性が逆に「批判を突きつけていよう」と記した。児童文学翻訳・研究者の清水真砂子は、1984年の著書『子どもの本の現在』において、1章をさいて灰谷を論じた（「『良心』のいきつくところ」）。清水は灰谷の文学は明らかに評価に値しながらも灰谷の｢人間に対する冷ややかなまなざしを感じ続けてきた」と前置きした上で、灰谷がふうちゃんを「けなげに、かわいく」描写する点にむしろ灰谷の「冷ややかさ」を感じると記す。その意味について清水は灰谷の他作品（「だれも知らない」）に登場する脳性麻痺の児童の例も挙げて、灰谷が｢弱者」に「よりそい」「代弁する」ことで、むしろ彼らの現在の社会的関係を固定化・強化していると指摘した。黒古一夫は2004年の『灰谷健次郎 その「文学」と「優しさ」の陥穽』において、本作を読んで「『沖縄』と『日本=ヤマト』との関係について改めて考えるきっかけを得ることは、決して悪いことではない」と一定の評価を示しながらも、本作に沖縄の米軍基地問題が希薄であること、それも含めた灰谷の沖縄観や作中の描写が沖縄の歴史や現実を十分反映していない可能性があること、沖縄差別だけを特別視して他の差別構造の放置を是認する結果につながることを批判点としてあげている。