永禄7年（1564年）三好家当主・長慶が死去して若き三好義継が跡を継ぐと、宗厳が仕える松永久秀と三好家の重臣・三好三人衆等との間に対立が生じ、やがて三好家中を二分した争いになる。三人衆は当主・義継を擁立し、宗厳の元主家である筒井順慶をはじめとする大和の国人の多くが三人衆と結ぶなど久秀は孤立するが、宗厳は久秀方に留まった。その後も久秀と三人衆の戦いは久秀の劣勢で推移するが、永禄10年（1567年）2月、三好家当主・三好義継が三人衆への不満から出奔し、久秀に味方したことで久秀はかろうじて復活を遂げる。膠着する戦況を打開するため、久秀が当時急速に台頭してきた織田信長の上洛を画策すると、宗厳もこれに協力し、同年の8月21日には信長からの書状で、自身の通路安全のために奔走するように指示を受け、続く28日には信長の重臣佐久間信盛から、信長の上洛が延引していることについて弁明を受けとっている。この頃の宗厳は松永氏の弱体化によって、与力として半ば独立する状態となっていたと見られ、信長から直接書状を受け取っているほか、久秀の嫡男・松永久通を取次として久秀の主君である三好義継から直接感状を受けている。同年12月、信長より書状を受け「自分（信長）は間もなく 足利義昭に従い上洛する。自分は必ず久秀親子を見放さないので、久秀親子と連携するように」と命じられる。この書状は同じ内容のものが興福寺在陣衆、岡因播守、多田四郎、瓶原七人衆中、椿井一郎にも送られており、このうち興福寺在陣衆宛ては柳生家に保管されている。このことから、この頃の宗厳は久秀の軍事的基盤の一人として、興福寺に陣取る軍勢を率いていたと見られる。
永禄6年（1563年）宗厳36歳の時、新陰流流祖として名高い兵法家・上泉信綱とその門弟の一行が上洛の途上で奈良に立ち寄ると、信綱を訪ねてその門弟となる。入門の経緯について、宗厳の曾孫・柳生利方は『新陰流兵法由来』に残しており、当初宗厳は信綱との試合を望んだものの、信綱は先に弟子の鈴木意伯と立ち合うようにいい、宗厳は「さらば」と何度か試合したが、自分より二寸短い竹刀を操る意伯に惨敗したとある。ただし、この試合の内容には異説もあり、江戸時代中期に著された『武功雑記』では宗厳の立合いの相手を同じく信綱の弟子の疋田豊五郎としており、また利方の子孫である柳生厳長は『正伝新陰流』で、門弟ではなく信綱直々に宗厳の相手を務めたとしている。いずれにしろ信綱が編み出した新陰流に完敗した宗厳は、己の未熟さを悟って即座に弟子入りし、信綱を柳生庄に招いてその剣を学んだ。翌永禄7年（1564年）、信綱は「無刀取り」の公案を宗厳に託して柳生庄を離れ、当初の目的だった京にのぼる。永禄8年4月に再び信綱が意伯と共に柳生庄を訪れると、宗厳は信綱に自ら工夫した無刀取りを披露して信綱より『一国一人印可』を授かり、さらに翌永禄9年（1565年）には三度柳生庄を訪れた信綱より『新影流目録』を与えられたという。
1836年7月30日、イタリアのリヴォルノに生まれる。中国で外交官としての経験を積んだ後、1859年にガウワーはラザフォード・オールコックと共に日本に向かい、江戸東禅寺の英国公使館に勤務した。1861年6月1日から7月4日にかけて、ガウワーはオールコックと共に長崎から江戸まで陸路を旅した。他の同行者はジョージ・モリソン、チャールズ・ワーグマン、オランダ総領事のデ・ウィットであった。江戸到着の翌日、第一次東禅寺事件が発生したが、ガウワーは難を逃れた。1863年には長州五傑の出国を手助けし、同年薩英戦争にも参加している。1864年には長崎領事代理となった。1865年末、当時の英国領事ヴァイス（Francis Howard Vyse）の命令で、箱館駐在の英国領事館員によるアイヌ人骨盗掘事件が起きた。目的は人類学研究の資料とすることであったが、アイヌ人たちはこれを箱館奉行所に訴えた。箱館奉行小出秀実の強硬な態度のため、英国公使ハリー・パークスはヴァイスを解任し、ガウワーを箱館領事に任命した。ガウワーは1866年2月22日に着任し、盗掘した領事館員を処罰、さらにアイヌに陳謝の意を表し、諸霊のために祭事を執行するとともに、一分銀千枚を慰謝料として被害アイヌの関係者に分配し、別に出訴費用として一分銀424枚を支払い、落部村分についてはひとまず落着をみた。その後、英国に送られた人骨も返還され、事件は解決した。箱館領事の後、1867年から長崎の領事を務め、1873年に兵庫・大阪領事となり、1876年に退官した。長い間、ガウワーもしくはウォルター・ウッドバリー（Walter B. Woodbury）のいずれかが、ネグレッティ&ザンブラ社（Negretti and Zambra）の特派員として、1857年から1860年にかけて中国および日本の写真撮影を行ったと信じられていたが、現在ではその人物はピエール・ロシエであったことが判明している。ライデン大学の写真コレクションにロシエの署名があるガウワーの肖像写真がある。ガウワーとロシエは1859年に長崎から江戸まで、サンプソン号で同船している。1899年1月15日、62歳で死亡した。なお、箱館赴任の際、兄で鉱山技師であるエラスムス・ガウワー（Erasmus H. M. Gower）を伴った。エラスムスは幕府に雇用され、茅沼炭鉱の再開発を行っている。