2015年5月19日、日本学生野球協会は理事会でIPBLと覚書を締結して「学生野球資格を持たない者との交流に関する規則」を改正し、同年6月1日よりIPBL所属リーグの選手が協会加盟校野球部に対して、交流戦（高等学校を除く）や母校施設での練習、講習会等をおこなうことが可能となった。2015年8月には、プロ出身者に対する「学生野球資格」取得講習会に機構傘下球団出身者の参加が可能となり、リーグ出身者が指導者になる条件が緩和された。
2014年11月、社会人野球を統括する日本野球連盟は独立リーグについての取扱要領を改訂したが、その中で独立リーグを退団した選手のクラブチームへの競技者登録の制限期間（1年間）を、当機構所属リーグの選手に限って適用対象外とした。
四国アイランドリーグplusとベースボール・チャレンジ・リーグの2リーグによる合同組織として設立された。それ以前には、この2リーグによる連絡組織「独立リーグ連絡協議会」が任意団体（権利能力なき社団）として2010年から存在していたが、法人格を持たないことから、社会人野球や学生野球といったアマチュア野球団体に対して責任ある交渉団体が求められていた。このため、約1年の準備期間を経て、一般社団法人として設立された。この背景として、日本学生野球憲章改正に伴う元プロのアマチュア資格取得緩和の協議に、独立リーグが関われなかったことが契機になったという指摘がなされている。機構はアマチュア野球団体との交流に加え、海外の野球組織間を結ぶ機能を持つこともめざしている。なお、日本に存在するもう一つの独立リーグである関西独立リーグ（旧・BASEBALL FIRST LEAGUE）は加盟していない。
ミシシッピ川の氾濫原は、本流と多くの支流から供給される栄養源によって、植生と野生生物が豊富にある歴史があった。ヨーロッパ人がアメリカ大陸に渡って来るよりもかなり前には、チョクトー族やチカソー族インディアンが、ミシシッピ・デルタの低地と現在のミシシッピ州中央部全体を領土にしていた。西暦950年頃から土盛りマウンドを築いたミシシッピ文化など、数千年前からこの地域に住んでいた先住民の子孫だった。19世紀、アメリカ合衆国南東部の文明化五部族が、アメリカ合衆国のヨーロッパ系アメリカ人による領土への侵食を受けるようになった。アメリカ合衆国政府からの圧力の下で、1830年、チョクトー族の酋長グリーンウッド・レフロアとその他の指導者が、ダンシング・ラビット・クリーク条約に調印し、インディアン準州、現在のオクラホマ州南東部の土地と引き換えに、彼らの残っていた領土の大半をアメリカ合衆国に譲渡した。アメリカ合衆国政府はヨーロッパ系アメリカ人への販売と入植のために得られた土地を開放した。レフロアは条約に署名して部族の土地を渡した決断を後悔するようになり、1843年、「私の部族によって（条約で）得られた利益は、私が期待する権利があったもの、あるいは彼らが公正に権利を得られたものとは決して等しくはない、と残念ながら言うしかない」と語った。ヤズー川岸で最初のヨーロッパ系アメリカ人開拓地は、1834年にジョン・ウィリアムズが設立した交易基地であり、ウィリアムズ・ランディングと呼ばれた。この開拓地は、ヤズー川の3マイル (5 km) 上流にポイント・レフロアと呼ばれるグリーンウッド・レフロア大佐の上陸点と競合した。ポイント・レフロアには多くの設立済み開拓地とを繋ぐ全天候型有料道路があった。この競合関係は、タイタス・ハワードが、東の丘陵部への道を町民が維持することと引き換えに土地を寄付したときに終わった。1844年、町は「グリーンウッド」という名で法人化された。この名はグリーンウッド・レフロア酋長から採られた。市が設立されたのは綿花に対する国際的な需要が高い時であり、その成功はミシシッピ・デルタの中心にあるという戦略的な位置に基づいていた。沖積平野の東端にあることと、タラハチー川とヤズー川に跨っていることが重要だった。市は綿花の主要市場であるニューオーリンズ、ヴィックスバーグ、メンフィス、セントルイスに出荷する地点として機能した。アッパー・サウスから数多い奴隷がミシシッピ州の労働力として連れて来られた。綿花栽培がこの南東部の新しい領土に広がるにつれて、労働需要を満たすためにディープサウスに移動させられた奴隷は100万人以上に達した。グリーンウッドは綿花プランテーションにおける奴隷労働と商品の積み出しに基づいて繁栄を続け、それが南北戦争の後半まで続いた。1865年に南北戦争が終わり、その後にレコンストラクション時代が続き、労働市場は自由労働者のものに変わった。ミシシッピ州はまだ開発の進んでいないフロンティアであり、多くの解放奴隷は他人のために働くことを止めた。19世紀後半、多くの黒人はデルタの低地で土地を開墾して自分の農園を所有するようになった。戦争の混乱と労働環境の変化によって綿花の生産は当初減少し、以前は繁栄していた市の経済を減速させた。1880年代、地域に鉄道が開通しで市を再活性化させた。線路がヤズー川に近く、グリーンウッドの中心街を通り、市場への輸送期間を短縮した。グリーンウッドは再度、綿花の主要な出荷場所として浮上した。ヤズー川に接する中心街のフロント通りは綿花に関連する事業で占められ、コットン・ローという綽名がついた。グリーンウッドはこのまま1940年代まで繁栄を続けたが、20世紀初期のワタミゾウムシの蔓延で綿花生産は打撃を受けていた。ヤズー川に架かる橋には長年、「世界最大の内陸長繊維綿花市場」という看板が架かっていた。綿糸産業は20世紀の第二次世界大戦以前にほとんど機械化され、数多い小作農はいらなくなった。20世紀後半からミシシッピ州の農夫は綿花に代わってトウモロコシや大豆を換金作物にするようになった。繊維製造産業は海外に出て行き、新しい穀物には競争力ある価格が付き、それらは家畜の飼料として使われた。グリーンウッドのグランド大通りはかつて、アメリカ商工会議所やガーデンクラブス・オブ・アメリカから、国内で最も美しい通り10傑の1つに挙げられていた。グリーンウッド庭園クラブの創立会員であるサリー・ハンフリーズ・グウィンがグランド大通りの街路樹に1,000本のオークを植えた。1950年、グウィンはアメリカ独立戦争の娘たち全国会議から、街路樹保存の働きを認められ、表彰を受けた。