デザインを担当したカトキハジメによれば、胸部のミノフスキードライブユニットをVの字に見立て、背中から光の生えたようなデザインを提案したという。また、V2ガンダムという名前は準備段階の仮称であったが、そのまま本採用となった。なお、アサルトパーツとバスターパーツは、V2ガンダムの企画当初から存在していたものではなく、ガンダム本体のデザイン校了後に番組のてこ入れがあり、急遽プラモデルのために書き起こされたものである。小説版『機動戦士Vガンダム』にはV2ガンダムは登場しない（後述）。目次に戻る
V2ガンダムの最大の特徴として、ミノフスキードライブの出力上昇とともに背部に出現する「光の翼」がある。これはドライブユニットに封じ込めきれなかったミノフスキー粒子が放出されたものであり、荷電粒子ビームとして振る舞う性質を持つ。この状態は、そのまま巨大なビーム・サーベルとしても機能し、最大1キロのビーム帯を発生させる事すら可能としている。また、ミノフスキードライブは展開時に磁場帯をも発生させているため、接近すれば電子機器に対する影響が発生。逆に光の翼そのものがIフィールドによる干渉を受けるリスクも存在する。尚、この光の翼は両腕のビーム・シールド発生装置でコントロールする事も可能で、翼を取り込み機体全体を覆う強固な防御壁としても利用できる。ただし、光の翼はある程度は意図的に生じさせることも可能だが、現象としては制御不能であり、そのため光の翼は青色やピンク色をはじめ様々な色や形状が報告されている。
荊たちは引き続き捜索活動を続けるが、そこにコッペリオンの探検係の一員で、二年生の円谷真奈が姿を現す。彼女は体内で核分裂を行い、桁外れの超能力を発揮し荊たちを攻撃する。実は小津姉妹の任務はコッペリオンの失敗作を処分することであり、真奈もその対象であった。その後、二年生のコッペリオンは特有の血液型を有し、全員が欠陥品である事実が明かされる。荊たちは生存者を求めて新都銀行地下に潜入するが、そこで巨大な実験動物キメラの襲撃を受け逃亡する。そこへ真奈が現れると深作葵がこれに共鳴し、荊ともども都庁ビルに連れ去られてしまう。そして、ここで探検係の二年生、市川迷砂が登場する。真奈は迷砂に「この人（荊）を失うとダークマターが安定を失う」と呟く。更に人形の姿を借りたDr.コッペリウスが現れ、コッペリオンの開発者が自分であることが語られる。覚醒した葵は真奈を吹き飛ばしビルを脱出するが、迷砂がこれを追い素粒子分解・結合能力を披露する。その時、セミ型のVTOL機が出現し、荊たちは救出される。一行は渋谷の地下へ進む。そこは元は政府専用のシェルターで樹木や川の流れる環境が整備されていた。今は大正ロマン風の建物が並んでおり、生存者の避難民が生活している。一方、三島教頭は、Dr.コッペリウスを調査していることが発覚し、逮捕されてしまう。そして官房長官の鴎外正宗から、荊にDr.コッペリウスを捕えるよう命令が告げられた。調査の結果、Dr.コッペリウスは名古屋の科学研究所にいることが判明したものの、VTOL機に乗り込み東京へと逃れてしまう。葵は迷砂に捕らわれてしまったため、荊たちが奪還作戦を開始、六本木ヒルズに突入する。そこで、黒澤遥人の正体がDr.コッペリウスのクローン人間であることが判明する。荊は屋上から落下してしまうが、セミ型のVTOL機に救われる。そのパイロットは死んだと思われていた黒澤遥人であった。彼は極めて高い再生能力を有し、元の姿で復活したのである。しかし葵はDrコッペリウスに拐われてしまう。小津姉妹に捕らわれプラズマ装置に閉じ込められた真奈は「もうすぐ核戦争が始まります。それは今日」と告げる。一方、遥人たちは葵を救出するべく探索を行い、アジトの東京大学に潜入する。しかし葵は別の人格「守護天使イザナミ」として覚醒してしまう。そのイザナミをDr.コッペリウスは薬で操るのであった。そこへイエローケーキ社所有の恐竜型ロボット「フォッシロイド」が襲来し、イザナミや遥人たちに襲いかかる。また、京都では国際会議が開催されており、Dr.コッペリウスによってコッペリオンの存在が明らかになってしまう。Dr.コッペリウスと鴎外は互いに対決姿勢を顕にする。イザナミ状態だった葵は元の彼女に復帰し、フォッシロイドを粉砕する。そこへ真奈が現れ、葵を巡って迷砂と戦いを繰り広げ迷砂は逃亡する。そんな折、東京上空に鴎外が搭乗する飛行船が出現し、葵の連行を求める。鴎外は新興国には原発を売り込み、先進国にはコッペリオンを売り込むことを画策していた。渋谷の地下シェルターへ戻った荊たちは今度はシェルターの放射能漏れ修復に乗り出さなくてはならなくなる。Dr.コッペリウスはシェルターに葵たちが潜伏していることを知り潜入するが捕らわれてしまう。小津詩音は政府の三教授に捕らわれてしまう。詩音救助のため、遥人は三教授の葵引き渡しの要求を受諾する。真奈は今や荊たちの側に付き、葵の超能力発現のためのトレーニングを急遽実行。こうして葵は三教授の飛行船内に乗り込んでいく。葵は大暴れし、詩音を救出するが、二人して船外から落下してしまう。そこへ真奈が現れ、無事救出される。政府は無人戦闘機を東京に送り込み、先進各国もコッペリオンの完成体である葵獲得のため、続々とフォッシロイドを投入してきていた。そして三島教頭はシェルター住民救出のため、密かに潜水艦の派遣さらにクーデター起こすことを決断する。シェルター住民たちは、フォッシロイドに対抗して原発封印作業用の人型ロボット「エドン零式」を組み立てる。真奈は一旦迷砂のもとに戻るが、彼女はもはやDr.コッペリウスの操り人形と化していた。そしてエドン零式の起動と住民の脱出が開始される。だが、発電所で火災が発生し、遥人が修復に赴き発電機能は回復するが、高熱で体が燃え荊たちと連絡が取れなくなってしまう。