ファラガットは南北戦争前にノーフォークに住んでいたが、知人にはアメリカ合衆国からの脱退は反逆と見なすという考えを明らかにしていた。開戦の直前にバージニア生まれの妻と共に、ニューヨーク市からすぐ郊外にある小さな町、ヘイスティングス・オン・ハドソンに移転した。北軍での就役を申し出たが、最初は海軍退役兵局での任務を与えられた。養家の兄弟であるデイビッド・ディクソン・ポーターから特殊任務の指揮を提案されたが、その標的がノーフォークになる可能性があることを知ると躊躇した。そこには友人や親戚が住んでいたので、標的が子供時代を過ごしたニューオーリンズに変更されたことを知って安心した。ファラガットは南部の生まれであり、その妻もそうだったので、海軍はファラガットの北軍に対する忠誠心をいくらか疑っていた。ポーターがファラガットの肩を持ち、ファラガットはニューオーリンズ攻撃の主要任務を担うことになった。1862年2月3日、メキシコ湾封鎖戦隊の指揮官に指名され、秘密任務を受けた。その旗艦とした大砲25門搭載蒸気艦USSハートフォードに、17隻の艦艇からなる艦隊を従え、ハンプトン・ローズを出港した。ミシシッピ川の河口に到着すると、その両岸には南軍のセントフィリップ砦とジャクソン砦があり、2つ合わせて100門以上の重砲があり、守備隊は700名がいた。ファラガットの艦隊が接近したことを知ると、南軍はニューオーリンズ港の外に16隻の砲艦艦隊を集合させた。4月18日、ファラガットはポーターの指揮する迫撃砲艦隊に2つの砦への砲撃開始を命令し、そこそこの損害を与えたが、降伏を強いるところまでは至らなかった。2日間にわたる激しい砲撃戦の後で、ファラガットはジャクソン砦とセントフィリップ砦の下を通り過ぎ、さらにシャルメット砲台の下も過ぎて、4月29日にはニューオーリンズ市と港を占領した。この戦争では決定的な出来事になった。アメリカ合衆国議会は1862年7月16日に海軍少将（リア・アドミラル）の位を創設してファラガットに与えその栄誉を称えた。この階級はそれまでのアメリカ海軍には無かった。この時までアメリカ海軍は「フラッグオフィサー」という言葉を好み、アドミラル（提督）という階級を使わないようにしていた。これはヨーロッパ諸国海軍の階級に関する伝統とは区別するためだった。この年の7月、ファラガットはミシシッピ州ヴィックスバーグを守る砲台の下も通過したが、この時は成果を挙げられなかった。間に合わせの南軍装甲艦がファラガットの38艦の戦隊を後退させた。ファラガットは好戦的な指揮官として、常に他者と協調できるわけではなかった。ポートハドソンの包囲戦では、当初の作戦が、ナサニエル・バンクス将軍指揮するメキシコ湾岸軍による陸からの陽動攻撃に支援されて、南軍の堅い要塞の下をファラガットの戦隊が通過することになっていた。行動開始は1863年3月15日午前8時と決められていた。ファラガットは3月14日に、行動開始時刻をその日の午後9時に勝手に繰り上げ、北軍陸上部隊が配置に付く前に砲台下の通過を始めさせた。北軍の協調が取られていなければ、南軍はファラガットの戦隊に攻撃を集中でき、その艦船に大きな損傷を与えた。ファラガット戦隊は後退を強いられ、2艦のみが南軍の砲台下を通過できただけだった。ファラガットは砲撃を免れた後、ポートハドソンの戦闘には参加できず、バンクス将軍は海軍の支援という利点無しに包囲を続けることになった。北軍は砦に対して2度総攻撃を掛けたが、2度とも大きな損失を出して跳ね返された。ファラガットの戦隊は分裂していたが、残った2艦でレッド川河口を封鎖することはできた。ポートハドソンとヴィックスバーグの間のミシシッピ川を効率よくパトロールするのはできなかった。ファラガットの判断がアメリカ海軍と北軍陸上部隊にとって高いものにつき、このポートハドソンでは戦争全体の中でも高い損失率を出した。7月4日にヴィックスバーグ要塞が降伏し、ポートハドソンはミシシッピ川で南軍最後の要塞となった。7月9日、南軍守備隊から降伏の意思表示があり、バンクス将軍はこれを受け入れた。アメリカ軍事史で最も長い包囲戦が終わった。ミシシッピ川を支配することは北軍戦略にとって最重要事であり、ポートハドソンの降伏によって南軍の支配地は2つに分けられてしまった。1864年8月5日、ファラガットはモービル湾の海戦で大きな勝利を挙げた。モービルは南軍にとってメキシコ湾に開いた最後の港だった。湾は多くの機雷で埋められていた。当時は係留された機雷を魚雷（トーピードウ）と呼んでいた。ファラガットはその艦隊に湾突入を命じた。偵察艦USSテクムセが機雷に触れて沈んだとき、その他の艦は後退を始めた。ファラガットはその高い指揮台から艦船が戻ってきているのが見えた。ファラガットは旗艦USSハートフォードの索具に自身の体を縛り付けていた。その旗艦の拡声器からUSSブルックリンに向かって「何があったんだ？」と叫んだ。「機雷です!」という返事が返ってきた。「機雷がなんだ!」とファラガットは叫び、「鐘4打。ドレイトン艦長、前進! ジューエット、全速!」と続けた。艦隊の大半が湾の内に入ることに成功した。ファラガットはモーガン砦とゲインズ砦の砲台からの抵抗を乗り越え、フランクリン・ブキャナン提督の戦隊を破った。1864年12月21日、エイブラハム・リンカーン大統領はファラガットを海軍中将に昇進させた。戦後の1866年7月25日には海軍大将に昇進した。最後の任務は1867年から1868年まで、スクリュー推進フリゲート艦USSフランクリンを旗艦とするヨーロッパ戦隊を指揮したことだった。ファラガットは生涯現役に留まっていた。このような海軍士官は他に6人しかいない。
トレンチは、遺跡の範囲において調査しない範囲を残しつつ一定の幅で平行に設定されたり、古墳などの調査では縦断するように設定されることがある。多く見られるのが幅2mや1mのトレンチである。近年では、油圧ショベルなどの掘削機が表土をはがすために用いられ、遺構あるいは自然にできた風倒木痕などの坑を短時間に検出することができ、限られた範囲で遺跡の状況を把握するために活用されている。一方、場合によっては遺構が全く検出されないこともある。トレンチによる試掘調査の結果は、本格的な調査を行った場合にどの範囲まで調査すべきなのか、現に調査を行っている遺跡はどのくらいの重要性をもつのか判断する材料になる。トレンチは、その位置、長さ、大きさ、設定する方向を任意に定めることができるという利点があり、狙ったところへ1本入れることにより、その遺跡の性格についての仮説の是非や調査の戦略をたてる上で大きな効果を期待できる。つまり、期待した遺構、遺物が検出される場合もあれば、全く遺構が検出されないというのも調査の戦略上大きな成果として期待できる。トレンチを用いた試掘調査は、開発業者のために遺跡の価値や遺跡の全体的な規模を判断するためのサンプル調査という意味あいで行われることが多く、遺跡の保護につながるのかという議論がある。また、トレンチの配置やトレンチによるわずかな表土除去、たとえば5％ほど表土をはがしただけで遺跡の全貌がわかるのか、遺跡を残した先人たちの活動がどのように行われたのかということがトレンチによる試掘調査によって正確に把握できるのかどうか、開発行為は、埋蔵文化財を永久に破壊する行為であり、試掘調査の精度がどれだけ信用できるかといった議論は、埋蔵文化財の保護という観点から、世界的に重大な問題であるといえる。考古学の研究において、ある仮説が誤ったものであるかどうかということさえ証明できないような重大な失敗の数がどれほどの量になるかを見積もることは困難である。しかし、発掘調査期間中に過去の先人たちの活動について相対的で限られた範囲でしかさかのぼって再現できないとはいっても、ある程度の判断の材料になりうるのは確かである。