南西諸島のうち薩南諸島（大隅諸島、トカラ列島、奄美群島）は異なる経緯を辿っている。まず大隅諸島は日本の古代から多禰国、のち、大隅国に編入され、日本の領域である。トカラ列島は1227年（安貞元年）には川辺氏の支配が及ぶ。一時期、臥蛇島などが日琉両属体制となる。近世には薩摩藩島津氏の直轄領となり島役と在番が置かれるが、これが琉球侵攻に伴うものかどうかははっきりしない。そして、明治期よりも前に薩摩国に編入、日本の領域となる。なお、1897年に大隅国に再編された。奄美群島は琉球王国の征服を受け支配下に入ったが（那覇世）、琉球侵攻後は薩摩藩の直轄領とされ琉球王国の支配からは分離された（大和世）。ただし名目上は琉球王国の領域とされた。奄美群島は廃藩置県により鹿児島県に、追って1879年（明治12年）4月の太政官通達により大隅国に編入され、日本の領域となった。
令制国制度の経緯としては、明治維新（江戸幕府の終焉、版籍奉還）によって、国司制度が名実ともに廃止されたため、行政区分としての令制国はそれ以降に都道府県制が完全に施行されるまでの間、過渡的な意義だけを持つこととなった。ただし、明治維新後の1869年1月19日（明治元年12月7日）に、戊辰東北戦争の処分として、布告により陸奥国（むつ）を磐城国・岩代国・陸前国（りくぜん）・陸中国（りくちゅう）・陸奥国（りくおう）の5国に、出羽国を羽前国・羽後国の2国に分割された。また戊辰箱館戦争終結直後の1869年9月20日（明治2年8月15日）、和人地および蝦夷地（北州）に北海道11か国を新たに設け、これにより五畿七道から五畿八道とした。これに対し、琉球王国の実効支配領域（沖縄本島以西と、硫黄鳥島）が、律令上や法令上、令制国に組み込まれた事は現在に至るまで一度もない。そのため「琉球国」は令制国の1つではなく、五畿八道にも含まれない。
例として琉球王国成立以前に創建されたと見られる護国寺・波上宮は（神仏分離以降）「琉球国新一宮」であるが、琉球の政体とは関係なく、沖縄県設置以降も便宜的に「琉球国…」と呼ばれている。神社を統括する宗教法人神社本庁の解釈と、政体の変更や敗戦による領土の縮小（台湾の神社参照）、あるいは律令や法令上の令制国の扱い（後述）とは直接の関係はない。
孫和・孫覇が和穆していないとの声を孫権が聞き、孫権は2人と群臣の往来を禁止するが、状況は悪化していった。以降、魯王派（孫覇派）は太子廃立の動きを強め、太子派（孫和派）はこれを防ごうとする。また孫覇は群臣の言に乗って太子廃立に自らも意欲を見せていた。群臣たちは真っ二つに割れ、孫和側には陸遜・諸葛恪・顧譚・朱拠・滕胤・朱績・丁密（丁固）・吾粲・屈晃・陳正・陳象・張純・張休・顧承・顧悌・陸胤ら、孫覇側には全琮・歩騭・孫弘・呂岱・呂拠・孫峻・全寄・呉安・孫奇・楊竺・諸葛綽らが付いた。この頃、孫和母子に不満を抱いている孫魯班は孫権が病気になったとき、孫和が妻の叔父である張休の屋敷に招かれていたことを利用し、孫権に対し「孫和は祈祷も行わずに、妻の実家で謀議を廻らしている」と讒言し、またその母の王夫人も孫権が病気であることを喜んでいると讒言した。まもなく王夫人が憂いのあまり死去すると、孫権の孫和に対する寵愛も衰えた。『呉録』の説では、楊竺がひそかに孫覇の立嫡を積極的に勧め、孫権は同意したが、密談の内容が孫和に知られていた。懼れた孫和が、陸胤を通して武昌の陸遜に助けを求めた。このため陸遜は上表して孫権を諫めた。孫権が密談の内容を漏らした者を探そうとしたところ、陸胤は孫和を庇おうとして、楊竺が密談を漏らしたと誣告した。結局楊竺は陸胤とともに収監されてしまった。楊竺は厳しい取り調べに堪え切れず自分が漏らしたと答えたため処刑されたということになっている。楊竺は陸遜に関する20条の疑惑事項を告発した。そのため孫権は陸遜に対して問責の使者を何度も送った。この前後は魯王派の讒言が激しく、太子太傅の吾粲は処刑され、顧雍の孫で陸遜の甥にあたる顧譚・顧承をはじめとして張休・姚信ら太子派の重要人物が次々に左遷（もしくは流刑）された。赤烏8年（245年）2月の陸遜の死は、これらの出来事による憤死といわれる。なお、楊竺による疑惑については、陸遜の死後、子の陸抗が全て晴らしている。翌赤烏9年（246年）9月の人事改変で全琮が右大司馬、歩騭が丞相になるにおよび、魯王派が主導権を握った。結局、孫和派はこの機会を生かしきれず再度勢力は拮抗、孫権は末子の孫亮を寵愛しだす有様であった。