明治6年（1873年）10月18日には山梨県令・藤村紫朗が教部省に稟議（りんぎ）し、山梨県庁から「山梨郡善光寺燈籠仏を以って吉凶禍福を卜するを禁ず」の通達が出され、燈籠仏を用いた占いが禁止される。県の通達により燈籠仏の信仰は衰微し、1903年（明治36年）の佐野通正編『甲斐繁盛記』では燈籠仏を本尊の別称と記している。一方で、1897年（明治30年）に甲府市酒折に築かれた庭園「不老園」では、成否を燈籠仏によって占ったという。1919年（大正8年）には土屋操が『甲斐史蹟』において、明治39年の内務省による古社寺保存会の宝物調査で燈籠仏の開封が行われたと記している。1925年（大正14年）には山梨県立第一高等女学の校友会誌『松のしらべ』において燈籠仏の伝承が記されている。1936年（昭和11年）には土橋里木が『続甲斐昔話集』において燈籠仏の伝承を記している。土橋は同書いおいて甲州弁では頑固者の意味で「燈籠仏」が用いられたとしている。
仏像胎内の納入品は古代、平安時代後期から鎌倉時代にかけて盛んに行われ、様々なものが納入された事例が見られる。鏡の納入は、現在・京都府京都市右京区嵯峨に所在する清凉寺の本尊である釈迦如来像の事例が知られる。これは優填王思慕像（うでんおうしぼぞう）の模刻で、入宋した東大寺僧・奝然（ちょうねん）の依頼により北宋・雍熙2年（985年）に制作された。同像は像内に多数の納入品が収められていたが、その中に「線刻水月観音鏡像」が含まれる。以来、像内に鏡を納入した事例は平安後期から鎌倉時代にかけて多数見られる。鏡は古くは古墳の副葬品としても出土し、古代には寺社の鎮壇具としても用いられていることから、呪術的意味合いがあると考えられている。密教においては満月の姿を菩薩心に通じるものとして、仏像の胸部に「月輪」（がちりん）の納入が盛んに行われた。鏡もこれと同様に、仏の本体・仏の心の象徴と解釈する思想があったとする説もある。一方で、納入品は仏の魂の象徴としての意味のほかに、結縁者ゆかりの遺愛品を納入する事例もあることから、発見された和鏡納入の背景には双方の可能性が考えられているが、像内には他の納入品が見られないことから、前者の可能性が指摘される。
像内から発見された和鏡は、同形式の和鏡が直径105センチメートル前後であるこに比べて小さく、また同形式の和鏡が単圏で外縁に沿って縁取りされていることが多いのに対し、発見された和鏡は無縁・無圏であることが特徴であると指摘される。また、鏡面と鈕座の比率も同形式の和鏡と異なり、文様展開も外部で切断されている点が指摘される。このため、発見された和鏡は本来は有縁・有圏であったものが納入に際して加工された可能性が想定されているが、2007年時点では類例の所見がなく、その背景は不明。
現在の本尊は銅造阿弥陀三尊像である。これはかつての本尊の前立像であったが、この本尊が信濃善光寺に再度移されるにあたって新しく本尊とされたと伝わり、昭和48年（1973年）6月6日に重要文化財に指定された。秘仏であるが平成9年（1997年）からは7年毎に開帳が行われることとなり、現在に至る。重要文化財としてはそのほかに、文禄年間に当地を治めていた浅野長政が、それぞれ現在の甲府市中心部の光増寺と現在の韮崎市の大仏堂から移したものと伝わる木造阿弥陀三尊像2組がある。これらは明治39年（1906年）、重要文化財（当時の国宝）に指定されている。当寺は以上のほかに山梨県指定文化財4件、甲府市指定文化財8件を含む多数の文化財を所有している。これらの文化財の一部は境内に昭和57年（1982年）に建てられた宝物館で公開されている。
当時オーストリア帝国の領地であったハンガリーのペシュトに、裁判官の息子に生まれた。15歳の時、ペシュトの高校を中退して、ペシュトに住む風俗画家のヴェーバー(Henrik Weber:1818-1866) から絵を学び始めた。1854年からウィーン美術アカデミーでカール・フォン・ブラースに学んだ。友人のリーゼン＝マイヤー(Alexander von Liezen-Mayer)と友人になり、リーゼン＝マイヤーとミュンヘンに留学した。1856年にミュンヘン美術院に入学し、カール・フォン・ピロティに学び、フランツ・フォン・レンバッハを中心とする画家グループに加わり、バイエルンの山間地、アレジング（Aresing）やその周囲の地方に写生旅行を行なった。ヴァーグナーも、農民の生活を描いた風俗画や風景画を描いた。1864年から1866年の間、イタリアやスペインを旅した後、1866年にミュンヘン美術院でヘルマン・アンシュッツの助手に任じられ、1869年に美術院の教授に任じられた。そのためハンガリーの国籍を捨てることになった。ヴァーグナーの教えた学生には、ムンカーチ・ミハーイ、シニェイ・メルシェ・パール、ヴァーゴー・パール、アグハージ・ギュラらのハンガリー人画家もいた。ヴァーグナーが画家として人気が出た後、オーストリア皇后、エリーザベトの肖像画を描いた。1898年にバイエルン王冠勲章 (Verdienstorden der Bayerischen Krone)を受勲し、貴族に叙せられた。1910年に美術院を退職した。