アイデアファクトリーでの初めての仕事は『厄痛 呪いのゲーム』のパッケージデザインであり、プロデューサーになった後もロゴなどのデザインを手掛けた。また、『新天魔界 ジェネレーション オブ カオスV』までの公式Webのデザインも手掛けていた。PlayStation 3用ゲームの開発が始まった際、桑名真吾や佐藤嘉晃をはじめとするプロデューサーたちからゲーム制作を通じてプロデュースの方法を学んだ。2017年10月1日、コンパイルハートの取締役社長に就任した。
子どものころから絵を描くことが好きで、その延長で物を作ることが好きだった。その一方、スポーツを苦手としていたものの、サッカーは好きだった。ゲームにも親しみがあり、F1好きの父親と『F1レース』を楽しんだほか、『マリオブラザーズ』も遊んだ。10代前半の頃、親の購入したPC-8801を通じてパソコンゲームに親しみ、『ザナドゥ』や『ロマンシア』、『ウィザードリィ』といったファンタジーRPGを楽しんだ。高校時代はゲームから距離を置き、バンド活動などをする傍ら絵を描き続けていた。絵が好きだったことからデザイン事務所に就職したものの、仕事に物足りなさを感じ、デザイン事務所を辞める。その後はゲームセンターでアルバイトをしていたが、ある日偶然見た初代PlayStationのテレビCMに惹かれ、ゲーム業界への就職を考え始める。奇抜な作品を作りたいという思いから、『厄 友情談疑』を製作したアイデアファクトリーにデザイナーとして入社した。
かつて私立の女子校で同級生だった、詩文、満希子、ネリ、美波の4人。高校卒業後、長年会うこともなかった4人だが、ニューヨークで暮らしていた美波が、元彼の河野とフェリー事故で亡くなる。そのニュースを見た満希子は2人の不倫関係に思い至り、残された3人の人生が再び動き始める。淫乱さ、狡猾さ、醜さを持つ女たちの生々しい現実をどこかあっけらかんと描いた物語。
2年目の2002年、大島康徳監督（当時）に打撃を買われ、開幕戦で金子誠を押しのけ二塁手で先発出場し、一軍に定着。奈良原浩や金子と併用されて87試合に出場し、7本塁打を打った。2003年は春先に故障で出遅れ規定打席には届かなかったが、主に一塁手・三塁手として自身初の打率3割、14本塁打、8盗塁を記録。シーズン終盤には4番も任された。2004年は、4月は5番、5・6月は6番、7・8月は8番、9月は坪井智哉や新庄剛志に代わって2番と打順が一定しない中で、前半戦は不振も後半戦持ち直して打率.285、9本塁打を打ち、初めて規定打席に到達した。パ・リーグ・プレーオフ第1ステージ（西武ライオンズ戦）・第3戦（10月3日）で西武の先発投手が左腕の帆足和幸だったためスターティングメンバーから外され、その事に納得が行かずロッカーで暴れていた木元を新庄剛志が「良い場面で絶対にお前に回してやる。だから準備はしてろよ」と励ました。その試合に木元は途中出場し、9回表にクローザーの豊田清から同点2ラン本塁打を放った。「あの時に励まされたから打てた。つーさん（新庄）には感謝の気持ちで一杯です」と語っている。この年女優の前原絵理（現在は前原エリに改名）と結婚。その後一部の新聞紙上で前原とは別居状態と報道され、離婚に至ったのかは発表されていないが、2007年のプロ野球選手名鑑では独身と記載された。2005年は主に二塁手として出場し、前半戦は小笠原道大らが不振にあえぐ中、5番または2番を打って打線を引っ張り、打率3割を越える活躍でオールスターにも選出された。後半戦は失速したものの、本塁打は前年の9本から18本に倍増し、自己最高の打撃成績を残した。肩の故障歴からスローイングに難があるものの、二塁守備ではわずか4失策と向上が見られた。一方で三振は108から138（同僚のフェルナンド・セギノールに次ぐリーグ2位）に増加。チーム全体でも1151三振を喫し、チーム三振数のプロ野球記録を作る一因となった。オフに地元商工会での激励会に出席した際、「何故ファイターズを逆指名したか」とのインタビューに対し「すぐレギュラーが取れそうな球団だったので」と返答している。なお後のトレードの際も、逆指名で入ったのにトレードされてショックかと質問されて、「地元に帰れるし、請われて行くのですからむしろ嬉しい」と答えている。2006年は二塁手に新外国人ホセ・マシーアスが加入、小笠原が三塁から一塁に再コンバートされ、木元は三塁手として出場するも腰痛の影響もあって極度の打撃不振に陥り、守備でも精彩を欠いた。7月末の函館遠征の頃に二軍落ち、そのまま日本シリーズ終了まで再昇格できずに終わった。アジアシリーズでは三塁、一塁として全4試合に出場した。同僚のセギノールは自身のパスポートの有効期限切れにより、日本に入国できず出場できなかったため自宅のテレビで観戦していたが、その際木元を見て「新しい三塁手を取ったのか？」と発言している（この年、木元は中盤以降二軍だったものの、セギノールと木元は入団以来3年間チームメイトであり、冗談だったのか本気だったのかは不明）。2007年シーズンにはFAで巨人へ移籍した小笠原の穴を埋める選手として期待され、開幕カードでも5番一塁手で出場したが、前年以上の打撃不振に苦しみ4月14日の二軍降格まで開幕戦での1安打しか打てなかった。5月26日に一軍に再び昇格しスタメン起用され、その試合の最初の打席で開幕戦以来のヒットを打ったものの、以後は代打、代走としてしか起用されなかった。6月28日に歌藤達夫、萩原淳との交換トレードで清水章夫とともにオリックスへ移籍。