2012年（平成24年）2月17日、全日本空輸は2013年（平成25年）4月1日を以て持株会社制へ移行する方針を発表した。持株会社の名称は「ANAホールディングス株式会社」、事業会社の名称は「全日本空輸株式会社」となり、会社分割の手法により持株会社となった。持株会社制移行に先立ち、2012年（平成24年）4月2日に事業の受け皿となる子会社としてANAホールディングス株式会社が設立され（事業譲り受け時に「全日本空輸株式会社」に社名変更）、持株会社移行の際に「全日本空輸株式会社」が「ANAホールディングス株式会社」に社名変更された。また、2012年（平成24年）4月よりそれまで使われていたレオナルド・ダ・ヴィンチのヘリコプターの絵をあしらった社章・社旗をANAロゴに変更した。2012年（平成24年）まで使用されていた社章は、ANAマイレージクラブ入会からの総飛行距離が一定数に達した際の記念品に用いられている。
2003年（平成15年）に、公式の呼称を慣れ親しまれてきた「全日空」から「ANA（エー・エヌ・エー）」へ変更・統一してイメージ転換を図り、ロゴマークも「全日空」や「All Nippon Airways」から「ANA」に変更し、グループ航空会社運航機を含めて機体塗装もロゴマーク部分を変更している（一部の機材を除く）。機体への機種名表記はこの時に消滅したが、後に導入されたボーイング787などでは機種名を表記している。グループ会社についてもほとんどが社名の「全日空」を「ANA」に変更しており、2014年（平成26年）2月現在、社名に「全日空」と付く企業は全日空商事、全日空商事デューティーフリーと全日空モーターサービスを残すのみとなっている。しかし、一般的には引き続き「全日空」と呼ばれることが多く、日本のマスメディア各社の報道などでは「全日空」の呼称が使われることが多い。また、同時期（2004年）にグループ航空会社（エアーニッポン・エアージャパン等）での運航便を「ANA」便名へ変更している。
2001年（平成13年）9月に発生したアメリカ同時多発テロ事件による世界規模での航空需要の落ち込みを受けて業績が低迷し、国土交通省の助けを受けて日本航空や日本エアシステムとともに政府系金融機関の日本政策投資銀行から無利子融資を受け、経営の再建を図ることとなった。しかし、2003年（平成15年）度と2004年（平成16年）度にもSARSの蔓延などにより再度世界規模での航空需要の落ち込みが起きたことで業績が低迷し、リストラを行うことを条件に日本政策投資銀行から合計500億円に上る無利子融資を受けた。この結果2003年（平成15年）度は黒字を計上。悲願であった復配も達成した。また2004年（平成16年）4月26日に、ボーイング社が開発しているボーイング787（開発名称7E7）を50機発注し、同機のローンチカスタマーとなった後述
下田沖事故を契機とした航空行政の転換に伴い、全日空はJALと業務提携を行うこととなり、まずは1958年（昭和33年）11月に「整備士査察業務等援助協定」を締結し、次いで1959年（昭和34年）4月には全日空の増資分のうち2億円をJALが引き受けることとし、JALからの役員の受け入れなどの業務提携を続けてゆくことになる。なお、JALは元より日本ヘリコプター輸送としての創業当時から1974年（昭和49年）までの間、株式保有率10位以内の大株主であった。
合併から約5か月後の1958年（昭和33年）8月、下田沖でダグラス DC-3の墜落事故が発生し、これによる旅客離れにより1958年（昭和33年）度には資本金の約3分の1にあたる2億287万円もの損失を計上した。また、この事故の約2週間後の8月27日に同社のDC-3型機がエンジン不調による緊急着陸を行ったため、航空局による臨時検査を受けることとなったが、2日後にはDC-3型機の安全性が確認され、運行を再開した。DC-3は第二次世界大戦をはさみ2万機以上が製造された大ヒット機であり、ANA発足当時の主力となった本格的な旅客機だった。一方でライセンス生産も各国で行われたため、操縦席の計器類の配置、操作方法、整備作業手順や一部の部品などの仕様が統一されていなかった。この仕様不統一が事故の誘因となったという見方もあり、1960年（昭和35年）春までに仕様統一作業が行われた。これにかかる費用は合併直後の全日空には重い負担となったが、この事故を契機に設立された航空安全対策懇談会の答申に基づき、国内航空に対しても国家的助成を行うべく、政府より助成された5,000万円により賄われた。
スコットランド生まれのジェイムズ・ハミルトンが所有していたハミルトン・プランテーションは、フレデリカ砦に近いガスコイン崖にある。この崖はイギリスのスループ船HMSホークの船長ジェイムズ・ガスコインにちなんで名付けられた。この崖は海洋物資の倉庫、船舶の修繕施設となり、ジョージアでは事実上初の海軍基地となった。ハミルトン・プランテーションは、長繊維のシー島綿花を生産し、オークと松の木材を出荷する活動的なプランテーションだった。このプランテーションに建てられたタビー製奴隷小屋の中で現在も2つが残っている。タビーは石灰、砂、水に牡蠣殻を混ぜたコンクリートのような材料だった。この混合物を木枠の中に入れて固めた。これらの小屋は中央を暖炉で分けられ、2つの部屋にそれぞれ1家族が入った。ガラス窓と木製の玄関ドアがあることで、この小屋に住んだ奴隷は特権的階級にあったことを示している。カッシナ庭園クラブは1932年にこれらの小屋での集会を始め、1950年には資産譲渡を受けた。この美しい歴史的な場所の所有者として、小屋の構造を注意深く修復して保存しており、多くの工作物や絵で描かれた歴史を展示している。小屋はメソジスト会議センターであるイプワース・バイ・ザ・シーに隣接してある。オグルソープ将軍の秘書だったチャールズ・ウェズリーとその有名な牧師の兄弟ジョンがメソジスト教会の設立者と考えられており、この敷地を歩いた。この資産は全てハミルトン・プランテーションの一部だった。1988年にはアメリカ合衆国内務省からアメリカ合衆国国家歴史登録財に指定された。