社伝は、奈良時代の727年（神亀4年）に地域の開発守護神として創建、慶長の初めに当地を治めていた戦国大名の佐竹義宣の寄進で社殿改築、1689年（元禄2年）に水戸藩第2代藩主徳川光圀より7斗8升の除地が供された、と伝えている。安政の頃、水戸藩士加藤寛斎は『常陸国北郡里程間数記』という水戸藩領北部の地理を図絵で記録した地誌史料を残している。この書に当時の十二所神社が、名称を"十二所明神"と、場所も現在地の西の山中に在るように記されている。1867年4月1日に村社に格付けされる。1907年4月10日に供進指定社となる。1910年4月24日夜、町内の泉町で火災が発生する。強風で拡がった火は60余戸を焼き、記録が残っている明治・大正の大子町の最大の火事となった。そしてこの火事で、この頃は街中の近くに移転していた十二所神社は、社殿、神宝の一切を焼失した。焼失の翌年には神社再建の動きが始まり、参道と大鳥居の建設が始まった。参道は1913年12月23日に整備され、これが現在もある"百段階段"である。大鳥居は1917年6月30日に落成する。社殿の再建は1916年10月頃から開始され、大子尋常高等小学校（現在のだいご小学校）の西側に1918年5月9、10日に遷座した。1917年に同じ町内に在った愛宕神社を十二所神社に合祀する。が、合祀後、町内の愛宕地区に火災が頻発したことから、愛宕山に遷座し直し、現在に至るまで十二所神社の末社として祀っている。1927年に水郡線の水戸から大子間が開通すると、その実現に携わった那珂郡東木倉村（現在の那珂市）出身の政治家根本正の功績を讃える胸像が十二所神社境内の東端に置かれた。除幕式は1930年12月7日であった。1934年9月、神社は町より、大子小学校を増築する為として移転を要請された。よって神社は敷地を明け渡し、代替え地としては小学校の直ぐ北の後山に9反（8925平方メートル）余りの土地を得て移転した。この地が2019年現在十二所神社が在る場所である。1937年3月に増築なった大子小学校の竣工祝賀式と一緒に十二所神社の遷宮式が行われた。かっての十二所神社のあった場所は、大子小学校の後身である大子町立だいご小学校の敷地となっている。根本正の胸像は、台座のみ当初と同じ場所に残っている。胸像は太平洋戦争中の金属類回収令により供出され、無い。1950年2月、1階建の社務所棟竣工。1952年6月11日、「宗教法人十二所神社」として登記する。同年から翌1953年3月にかけて拝殿の改修等を行い、4月23日正遷宮する。1959年5月、2階建1棟を建設し2階を結婚式場とした。1950年に茨城県によって定められた「茨城百景」では、百景の一つ「大子町の史跡」を構成する含有地の一つとされた。神輿神幸と屋台の曳き回しが行われる4年に1度の"御出社"の年だった2005年の春季例大祭で屋台とお囃子の競演が『大子ぶんぬき祭』と命名され広報されるようになった。以後、2009年、2013年、2017年と同名の名で広報されている。2008年に百段階段で雛飾りを行う『百段階段でひなまつり』が開催され、以後毎年開催されている。
1982年のMLBドラフト3巡目（全体59位）でニューヨーク・メッツから指名され、プロ入り。マイナーリーグでは当初先発投手であったが、1984年に肘を痛め、リリーフに転向。この頃、後の決め球となるシンカーをマスターする。1985年4月11日にメジャーデビューを果たし、当初は中継ぎとして起用されたが、シーズン中には左腕ジェシー・オロスコとのダブルストッパーに昇格。ルーキーイヤーのこの年は62試合に登板し、127回1/3を投げて6勝5敗17セーブ、防御率2.83の活躍。新人王は110盗塁のビンス・コールマンが獲得し、他にも20勝したトム・ブラウニングがいたため2位にもなれなかったが、例年ならば選ばれてもおかしくない成績であった。なお、この年2試合に先発しているが、キャリア中先発はこの2試合のみである。メッツがワールドシリーズ優勝を果たした1986年は75試合、128回を投げて14勝9敗22セーブ、防御率3.02をあげる。ボストン・レッドソックスとのワールドシリーズでは、3勝3敗で迎えた最終第7戦では勝利投手となった。1987年は序盤にヘルニアを患い、防御率4点台と苦しんだが自己最多の25セーブをあげる。しかし、セントルイス・カージナルスと地区優勝争いを繰り広げた終盤、9月11日の直接対決ではテリー・ペンドルトンに2ラン本塁打を喫し、地区優勝を逃すこととなった。1988年はオロスコがロサンゼルス・ドジャースに移籍し、ランディ・マイヤーズとのツー・プラトンとなったが、この年メッツは100勝62敗をあげて地区優勝。マクダウェルも16セーブ、そして防御率2.63と好投。しかし、有利が予想されたドジャースとのナショナルリーグチャンピオンシップシリーズでは、2勝1敗とリードして迎えた第4戦にドワイト・グッデンがマイク・ソーシアに同点本塁打を喫した後に登板。延長12回にカーク・ギブソンに決勝本塁打を喫する。シリーズは最終戦までもつれ込んだがドジャースに敗れ、ワールドシリーズ進出はならなかった。1989年は序盤からリリーフ失敗を繰り返し、1勝5敗4セーブの時点で7月18日にフアン・サミュエルとのトレードで、レニー・ダイクストラと共にフィラデルフィア・フィリーズに移籍。これは、不可解なトレードの多いメッツにおいても失敗したトレードの一つとなった。サミュエルは残りシーズン打率.228の大不振で翌シーズン再び移籍。一方、ダイクストラはリーグを代表する一番打者に成長し、マクダウェルも1989年の残りシーズンは44試合の登板で3勝3敗19セーブ、防御率1.11と活躍。翌1990年は22セーブを挙げた。1991年途中にドジャースへ移籍。1992年にはリリーフ失敗を繰り返し、6勝10敗14セーブ、防御率4.09という成績に終わる。ドジャースは1920年以降での最低勝率で、20世紀唯一の最下位に終わった。1993年以後は中継ぎでの起用が中心となり、1994年シーズン終了後にドジャースを解雇された。ドジャースで最後の2年間はメッツ時代のチームメイトであるキース・ヘルナンデスに敬意を払い、ヘルナンデスのメッツ時代の背番号「17」をつけた。他にロン・ダーリング、ボブ・オヘーダも同様のエピソードを持つ。1995年にはテキサス・レンジャーズに移籍。翌1996年にはボルチモア・オリオールズに移籍する。ここでは、メッツ時代にダブルストッパーを組んだオロスコと再びチームメイトとなった。しかし、肩を故障し8月に手術。再び解雇され、1997年はシカゴ・ホワイトソックスと契約するが、登板できないまま再度の手術を受ける。1998年もホワイトソックスのスプリングトレーニングに参加したが、シーズン開幕を前にして現役を引退した。