神楽命は女子高生だが、母・神楽叶に先立たれ孤児となってしまい、母の遺言に従って、私立星皇学園に入学する。そこは、役者を養成するための専門教育をする全寮制の学校で、生徒同士が演劇で日々勝負を繰り返す「演撃」学校であった。おまけにおかしな奴の吹き溜まりでもあった。それでも編入試験に合格し（落ちたらホームレスだった）、女子寮にも入居できたが、同室のアメリカ人光里・リトルフィールドとの関係を勘違いされ、嫉妬した霧隠3姉妹に演劇による決闘を申し込まれる。霧隠たちの目的は光里を自分のものにすることだった。光里の特訓と謎のアフロヘアの女生徒、御前崎麗華の助言でなんとかこれを勝つ。これも負けたらホームレスであり、このように命の生活は毎日が綱渡り。次はコスプレ勝負が待っていた。元祖コスプレ部の花咲小梅の依頼で、コスプレ部の部長夢園ぷりんとコスプレで決闘することになり、敵の「マリュチ」（ゲーム『To Heart』のマルチのパロディ）に対し「クリャリス」（アニメ『ルパン三世 カリオストロの城』のクラリスのパロディ）で対抗する。クリャリスのコスプレ一筋11年の佐々木さんの特訓を受け、「クリャリスのコスプレをする光里・リトルフィールド」というややこしいコスプレをして勝利する。そんな時、酔っ払った女が学生食堂に乱入してきたが、それはなんと学園の理事長だった。彼女は飲み代で学園を売り払ってしまったという。そして、学園の権利書はなんと命の姉神楽忍の手にあった。命には姉がいたのだ。忍は自分を捨てた叶・命の母娘に復讐するために生きてきたが、母叶が死んでしまったことを知ると、全てがどうでもよくなり、星皇学園の教師となってしまう。そんなある日、忍と命は、母が生きているのに出会う。母が言うには、2人を捨てた理由は、育てるのに飽きたというものだった。逃げる母を2人の娘が追う。彼女等は日本各地で路上パフォーマンスを続け、「神楽演撃団」と呼ばれるようになった。彼女等の演撃は今日も続く。
ダンジョンパートでは、モンスターシンボルへの接触によって戦闘が発生する。戦闘では、行動順が訪れたキャラクターから順にフィールドを移動し、事前に設定しておいた技を使用して標的への攻撃を行うことが基本となる。攻撃は、赤い四角で表示される攻撃可能範囲に敵が存在していれば実行できる。それぞれの技には「消費AP」が設定されており、行動開始時に与えられたAPをそれぞれの技ごとに消費する必要がある。これはアイテムでも同様であり、強力なアイテムほどAPが高い。そのため、レベル・装備によっては1回何もせず待機しなければ使えないようなアイテムも存在する。APはターンが回ってくるたび上限まで回復する。APを使いきらずに行動終了した場合、通常の上限を超えてAPが回復する（回復量は超過分の25％、最終的な上限は通常の倍まで）。行動可能なAPが残っている限り、何回でも行動が可能（アイテムも同様）。ただし、APを消耗すると次にターンが回ってくるまでの待機時間が長くなってしまう。移動ではAPを消費しないが、一回の行動で移動できる距離はMOVというステータスによって決まっている。戦闘終了後、APは次の戦闘へ持ち越すことはできない。各技は連続攻撃を基本とする「ラッシュ」、一発が重い攻撃を基本とする「ハード」、ガードゲージへのダメージを重視している「ブレイク」の3カテゴリに分けられており、攻撃の2段階目、3段階目、4段階目のそれぞれにおいて、対応する○、□、△のボタンに割り振ることができる。前作と違い、習得した通常スキルはどの段階に設定することも可能。また、武器は広範囲用（縦長・横長）と狭範囲用の2種類が存在し、広範囲用武器は最初の一撃に必要となるAPが高く設定されている。最初の一撃は後述するEXフィニッシュに必要なAPにはカウントされないので、考えて使わないと攻撃力や効率がかなり落ちてしまうことになる。基本的には4段1セット（途中でAPが尽きた場合はその時点で終了）での攻撃行動となるが、特定の順番でボタンを押し、2〜4段階目で指定されたAP使用量を満たすことで、4段階目の後で追加攻撃となる「EXフィニッシュ」が発動する。また、攻撃を行ったり攻撃を受けたりすることで、SPが蓄積する。増加量は一回につきデフォルトで2、攻撃時に限ってサポート効果により4まで増える。前述のAPと同時にこのSPを消費することで、各キャラクターの特殊能力である「スキル」を使用することが可能。ただし、スキルを使用した場合はその時点で行動順が終了する。スキルが攻撃タイプの場合、その攻撃によってもSPが蓄積する。一部の必殺技クラスのスキルの場合、ボスに対して発動すると演出及びヒット数などが強化された特殊なバージョンとなる。APとは違い、SPは100までは戦闘終了後に持ち越すことが出来る。女神候補生、および守護女神は、SPが100以上蓄積している状態で「女神化」を使用することで、SP100を消費して「守護女神」に変身することが出来る。守護女神状態に変身すると「プロセッサユニット」と呼ばれる守護女神状態専用の装備が加わり能力が上がる。編集により性能を変えることも可能で同じキャラクターでも様々な戦術で戦える。また、守護女神状態では行動終了時に一定のSPを消費し、残量が不足するとその時点で女神化が解除される（任意に解除することも可能）ため、変身後はモタモタせず急いで倒すのが一番。状態異常「ウィルス」で強制的に変身が解除されることもある。なお、ネプギアのみ体部分を構成するプロセッサ「C（コア）」にテクスチャを貼り付けて任意の模様に変更することが可能。本作ではダンジョンマップ上で□を押すことで武器を振るうことができる。この振るった武器がモンスターシンボルに接触した場合、初期AP・SPが増加した状態で戦闘に突入することができる他、レベル差の大きいモンスターのシンボルは戦闘に入ることなく消滅させることもできる。ただし、この場合ドロップアイテムは一切取得できずモンスター撃破数も増えないため、クエスト達成には向かない。なお、モンスターには視界が存在し、その範囲内だと発見されて向かって来る。ただし、範囲内にいても確実に発見されるわけではない。背後から接触されてしまうと、先制攻撃を取られてしまう。パーティーメンバーのHPが0になった場合は戦闘不能となる。前作と異なり、戦闘不能は戦闘後も自動回復しない。 パーティーメンバーが全員戦闘不能となるとゲームオーバーとなる。本作ではタイトル画面に戻されるようになり、同じ戦闘をすぐにやり直すことはできなくなった。戦闘中、一部のモンスターはマジェコンヌの影響を受けて「汚染」されることがある。この状態となったモンスターは体の色が黒くなり、能力が大幅に上昇する。汚染されたモンスターが存在する場合、他のモンスターが汚染される確率も上昇する。もとに戻す方法はなく、該当モンスターを撃破するか、逃走するしかない。