村山等安、末次平蔵らの屋敷地だった屋敷（2065坪）が勝山町にあり、それを引継ぐ形で以後の代官・高木家が代官所として使用した。代官所には手付や元締手代・手代が置かれ、他にも御船頭2人、御武具御用物蔵預5人、御米蔵預12人がいた。また、水主、御用物方、郷村庄屋、能役者、能太夫などが代官に付属した。天保2年（1831年）ごろは、手付4人、元締手代1人、平手代10人、書役1人が置かれた。そのうちの手付1人、平手代1人、書役1人は、天草の富岡陣屋詰であった。長崎警備御用役の黒田藩士、鍋島藩士の詰める間もあった。
天正16年（1588年）に長崎の代官となった鍋島直茂の職務は、物成などの収納・秀吉の御用物の購入・長崎およびその近隣地域の警備と海外貿易の取り締まりであった。一方、村山等安は長崎の外町の統治を任されていた。秀吉に納める地子25貫以外は己の収入とし、貿易で得た利益を加えて莫大な資産を貯えた。
秀吉の死後、長崎は関ヶ原の戦いを経て最高権力者となった徳川家康の直轄領となった。慶長9年（1604年）に、等安は家康に謁見し、改めて長崎の代官を勤めることを許された。その後も等安は貿易により財を蓄えたが、末次平蔵の訴えにより、キリシタンの擁護と大坂の豊臣方に内通した嫌疑で元和5年（1619年）江戸で斬首。彼の一族も長崎において処刑された。村山に代わって末次平蔵政直が長崎代官となり、以後4代に渡って代官職を務めるが、延宝4年（1676年）に密貿易が発覚し、4代茂朝とその一族や関係者は処罰された。末次家の処罰後、代官職は長崎の町年寄が代行した。元文4年（1739年）、長崎町年寄の高木作右衛門忠与（忠與）が、長崎の近郊の幕府領3000石の代官に任命され、以後は高木家の世襲となった。
長崎で朱印船貿易により財をなした出自不明の商人・村山等安が、文禄元年（1592年）に秀吉に謁見し、長崎の地子銀25貫を納入させる代わりに、御免地（地子御免除の特別地域）以外の直轄地の支配を任された。
豊臣秀吉は、天正16年（1588年）4月2日に鍋島直茂を長崎の代官に任命した。同年6月には寺沢広高と藤堂高虎が奉行に任命され、長崎へ派遣された。代官の鍋島が長崎の地を常時監視する役目を負い、寺沢と藤堂は海外貿易での秀吉のための買物係と貿易の監視のために派遣され、取り引きが終わった後は大坂へ帰還した。文禄元年（1592年）には、朝鮮へ出兵した鍋島に代わり寺沢広高を代官に任命した。ただし、寺沢は多忙のため、家老など配下の者を派遣し、長崎の統治を代行させていた。江戸時代初期の長崎奉行の役務は貿易品の購入が主であり、交易が終われば江戸に戻っていた。この時期も長崎に派遣された奉行は海外の品の購入が主な職務で、長崎の統治は長崎代官が担っていた。ただし、長崎の地誌類の多くは、初代長崎奉行は文禄元年に代官に就任した寺沢としている。
豊臣政権時代の長崎の代官には、豊臣秀吉により任命された代官と、地租を免除された町以外を支配した長崎地下人の代官とがいた。江戸時代になってから、長崎代官は引き続き御免地以外の地を支配し、御免地を長崎奉行が支配した。豊臣政権期の鍋島直茂や寺沢広高だけでなく、江戸時代初期の長崎奉行小笠原一庵や長谷川藤広も長崎代官と呼ばれることがあったが、寛永年代に入ってからは「長崎奉行」と呼称されることが多くなり、島原の乱後に就任した馬場利重のころから長崎奉行という呼び方に統一され、寛永18年（1641年）以降は奉行が長崎代官と呼ばれることはなくなった。その反対に秀吉が派遣した代官が長崎奉行と呼ばれることもあった。
当時、新聞記者の間で政治家の話題が出たときは、呼び捨てにするか愛称で呼ぶのが普通だったが、新聞記者の間でも河上は人格者として知られており、誰もが河上のことを「河上さん」とさん付けで呼んだというエピソードが残っている。また、河上は学者出身らしく、遊説の合間に外国の新聞や雑誌に目を通し、常に政策の勉強を怠らなかったといわれている。河上が死去したとき、旧制第一高等学校以来の友人である賀屋興宣は追悼文の中で理想、信念、信仰、正義、熱情、純情、善意等の言葉で河上のことを評した。（以上のエピソードは石川真澄 著 『人物戦後政治』 岩波書店、1997年、ISBN 4-00-023314-9、151〜152頁より）
九十九王子の中には五体王子（ごたいおうじ）と呼ばれる王子があり、他とは格式を異にするとされる。これらは一般に、熊野の主神の御子神ないし眷属神として三山に祀られる神々のなかでも、五所王子と呼ばれる神々（若一王子・禅師宮・聖宮・児宮・子守宮）を祀る神社であり、三山から勧請したものと考えられている。これら五体王子では、舞・白拍子・神楽・猿楽などが行われており、芸能的性格が強いと一応は言えるが、これらは他の王子でも行われており、顕著な特徴とは言えない。なお、五大王子と書くのは誤りである。いずれの王子を五体王子に数えるかは解釈の相違があり、修明門院参詣記では籾井（樫井）・藤代・稲葉根の3社を挙げるが、後鳥羽院参詣記は藤代王子のみが該当し、稲葉根王子がこれに準じるとしているが、他の列挙例もあって一貫しない。現在では、藤代王子・切目王子・稲葉根王子・滝尻王子・発心門王子の5社とするのが一般的である。