自由フランスはBBCや独自の放送局からフランス国内のフランス人に対独レジスタンスを呼びかけ、フランス国内軍（en:French Forces of the Interior）による諜報・妨害作戦を行った。主な傘下組織にはマキなどがある。武装組織である自由フランス軍は、イギリスからの軍事物資の支援を受けて北アフリカやシリアなどで連合軍の作戦に参加した。1940年9月には最初の軍事作戦としてダカール沖海戦に参加したが失敗した。10月27日にはコンゴのブラザヴィルで「海外領土防衛協議会」設置を宣言し、海外植民地の結集を図った。フランスの植民地のうち、フェリックス・エブエ（en:Félix Éboué）が総督であった仏領赤道アフリカとフランス領カメルーン（en）、南太平洋のニューカレドニアとフランス領ポリネシアはこれに応じた。この際ド・ゴールはヴィシー政府を違憲であると批難し、新しい政府が戦争を指導しなければならないと宣言した。イギリスはこの協議会を翌1941年1月6日に承認したが、いまだ自由フランスを政府として承認してはいなかった。6月8日にはイギリスと自由フランスはエクスポーター作戦(Operation Exporter)を発動してシリアへ侵攻した。このシリア・レバノン戦役（en:Syria-Lebanon Campaign）の結果、フランス委任統治領シリアと大レバノンを占領下に置いた。レバノンは1943年11月8日、シリアは1944年1月1日に独立を宣言し、連合国に加わった。独ソ戦が始まると自由フランスはソビエト連邦に外交攻勢を掛け、関係を深めた。9月24日に自由フランスは国民委員会を「内閣に相当するもの」と宣言した。9月26日にはソ連がド・ゴールを承認し、10月16日以降、ロンドンにあった他の連合国亡命政府は次々に国民委員会を承認した。11月26日にはイギリスも「連合諸国の原理の支持のために『自由フランス』に参加する全ての自由なフランス人の代表」として承認した。またアメリカも自由フランスを「レンドリース法」の事実上の対象として武器援助を開始した。
メルセルケビール海戦などでフランス人の間に反英感情が高まったこともあり、当初は在外フランス人の間でも自由フランス支持の動きは鈍かった。7月の時点で自由フランスの指揮下にあったフランス軍人は7000名に過ぎなかった。さらにアルジェリア、仏領西アフリカ（セネガル等）、マダガスカル、マルティニク、グアドループ、仏領ギアナ、シリア、レバノン等はヴィシー政府影響下、または中立に留まり、ヴィシー政権（とドイツ政府）の黙認の下1940年に日本軍が進駐した仏領インドシナも同様であった。また連合国を含む諸外国におけるド・ゴールの知名度は皆無に等しく、自由フランスに関する動きはほとんど見られなかった。
1940年のドイツ軍の侵攻によるパリ陥落後の6月17日にイギリスのロンドンに亡命した前国防次官シャルル・ド・ゴール将軍は、6月18日にはイギリスの公共放送BBCを通じて歴史的な演説(en:Appeal of 18 June)を行い、国内外のフランス人に対独抵抗運動（レジスタンス）を呼びかけた。6月21日にフィリップ・ペタン率いるフランス政府はドイツに休戦を申し入れ、フランス南部を統治するヴィシー政権となった。6月23日、ド・ゴールは自らを代表とし、フランスの正統な政治的権威を持つ組織として「フランス国民委員会」（fr:Comité national français）を設置。委員会はイギリス国内にいるフランス人の指揮権・支配権を持つものと宣言した。同日、ウィンストン・チャーチル率いるイギリスはヴィシー政権の承認を拒否するとともに、同委員会設置を支持した。6月28日にはコミュニケを発表し、ド・ゴールを「連合諸国の理念の防衛のために彼に合流する全ての自由なフランス人（Français libre）の主席」として承認した。ド・ゴールは政府の独立性を高めるため、イギリスからの資金援助はフランスの負債とし、将来返済するものと取り決めた。
2010年3月28日。湾岸署は3日後の新湾岸署の開署にむけて、刑事課強行犯係の係長・警部補となった青島俊作の指揮の下、引越しの準備で騒然となっていた。引っ越し作業の最中、管内でバスジャック事件とネットワークで管理された金庫がクラッキングでこじ開けられた銀行強盗事件が立て続けに発生。青島やすみれがそれぞれ現場に急行するが、どちらも「何も盗られていない」という妙な共通点があった。その矢先、引っ越し業者の人材派遣登録スタッフに扮した若者達に、引っ越し中とはいえなぜか警備されていない新湾岸署の武器庫から拳銃を3丁盗まれてしまう。やがて盗まれた拳銃によって射殺された遺体が発見され、青島は所轄と本庁の調整役（サーバントリーダー）の鳥飼誠一管理補佐官とコンビを組むことに。真下の後任の交渉課課長となった小池は、被害者がプレイしていたオンラインゲームを通じて犯人に接触。そこで犯人は、かつて青島が逮捕した犯罪者9名を解放させることを要求。それが飲めなければ盗んだ拳銃でさらなる無差別殺人を行うと宣言する。一方、警察庁では官僚達が会議室で事件の対策にあたることになるが、その中には警察庁長官官房審議官となっていた室井慎次がいた。あくまでテロに屈せず、現場を信じることにこだわる室井だったが、利害のみが交差する政治の場で正義と犠牲の狭間の選択を迫られる。一方、青島は健康診断を担当した病院の医師から胸部に腫瘍が発見された可能性があることを伝えられ、気力を失ってしまう。後に誤診だったことが明らかになり、青島の暴走を懸念する神田署長らに黙殺されるが、和久平八郎の甥でもある新人刑事・和久伸次郎が持っていた「和久ノート」に記された教えに初心を思い出した青島は再び「死ぬ気で」事件へと立ち向かっていく。犯人の真の目的が明らかになる中、犯人の策によって新湾岸署が封鎖され、すみれや真下ら署員達は、引っ越し業者と共に要塞となった建物の中に閉じ込められてしまう。さらに犯人は署内に設置した毒ガスを散布すると宣告した。そして青島の「命がけの捜査」は、唯一解放された犯罪者で、事件を背後で動かしていた日向真奈美と再び一対一での対決へと展開することになる。