室町時代に特に栄えた公家の日野家の分流で、公家の名門である。幕末には、柳原光愛の次女柳原愛子が明治天皇の女官となり、大正天皇を出産した。愛子は和歌の名手としても知られている。また柳原前光の妹の柳原白蓮も大正時代の有名な歌人である。現在その敷地は、国民公園京都御苑の中にある京都迎賓館の敷地の一部となっており、今出川キャンパスから程近い場所にある。
新島襄によって1876年（明治9年）に京都御苑内の元公家屋敷（大正天皇の生母の実家の旧柳原邸）内に設立された女子塾（後の同志社女学校）を前身とする。新島は女子教育の重要性を当時より認識しており、これが女子大設立の理由となった（当時の同志社英学校は男子学生のみを対象としていた）。新島襄、妻 新島八重、米国人宣教師A・J・スタークウェザーらが設立に関わったとされる。
リベラル・アーツを教育の柱に据えており、大学の英称も「Doshisha Women's College of Liberal Arts（略称：D.W.C.L.A.）」とした。専門分野の研究はもちろん、他学科科目も履修可能な柔軟なカリキュラム構成をとっており、幅広い教養を身につけ社会で活躍できる女性の育成をめざしている。近年では管理栄養士、薬剤師、小学校教員採用試験においても、全国トップクラスの合格率を誇っている。2009年度から学芸学部英語英文学科と日本語日本文学科を表象文化学部として改組し、京都御所に隣接する今出川キャンパスに移転した。今出川キャンパスの周囲には宮家の一つである桂宮家本邸（桂離宮は別邸）跡や尼門跡寺院である大聖寺門跡・三時知恩寺門跡・光照院門跡など数多くの旧跡が残り、気軽に公家文化に触れることが出来る環境である。
1949年2月17日制定の『同志社女子大学学則』では、「キリスト教主義」を基本に、「国際主義」、「リベラル・アーツ」を教育理念として定めている。
1876年に設立された女子塾を起源とする。1949年に、それまでの専門学校を母体に設置されたプロテスタント系の女子大学で、6学部11学科4研究科の構成である。キャンパスは、京都郊外の関西学研都市エリア内に広大な敷地を持つ京田辺キャンパスと、京都市の中心部に位置する今出川キャンパスの2ヶ所ある。今出川キャンパスの敷地は京都御所の北どなりに位置し、明治時代初期までは伏見宮家（皇族）と二条家（五摂家の一つ）の邸宅が建っていた由緒ある土地柄である。
門川小学校の通学区域には以下の区域が指定されている。南町、南ヶ丘、上町、本町、東栄町、西栄町、宮ヶ原、竹名、旭町、尾末東、後向、中尾、下納屋、上納屋
1988年9月22日、静岡県富士宮市の富士山総本部道場2階において『百日修行』と称する『立位礼拝』の修行中に、在家信者Mが突如大声を上げ騒ぎ道場内を走り回るなどの錯乱状態となる。その場に居合わせた岡﨑が、Mの奇行を村井秀夫を通して麻原に報告したところ頭部に水を掛けて冷やすよう指示される。医師と元自衛官の出家信者2人が指示通り道場1階女子用浴室において、Mの頭部に水を掛け、その顔面を浴槽の水に浸けるなどしたが、そのうちＭが脱力状態となり意識不明に陥った。驚いた2人が岡﨑、村井、新實智光、早川紀代秀らに知らせ、Ｍにまだ脈が残っていたことから、隣の広い男子用浴室に移し交代で人工呼吸を施すなど救命処置を行った。駆け付けた麻原も自己のエネルギー注入儀式を行うが、Mは意識が戻ることなくそのまま死亡した。当時、教団は国内外に支部を設立、富士山総本部には道場を建設し教団の組織拡大を図っていた。また、教団の宗教法人化に向け、東京都知事に対し教団規則の認証を申請するための事前準備の折衝を東京都との間で行っていた。Mの件が表沙汰になれば、組織拡大および宗教法人化に打撃を被ると考えた麻原は、松本知子や石井久子、村井、早川、岡﨑らに対し「このことを届け出るか。しかし、せっかく教団の勢いの出ている時だし、公になれば救済計画も大幅に遅れるなあ。ここはどうだろうか、内々に処理した方がいいのじゃないか」と述べ、Mの遺体の処理に関し意見を求めた。これに対し松本知子は「分からないでできるならば、その方がいい」と消極的ながら同意し、石井は「絶対に公表しない方がいい」と積極的な意見を述べた。その後、関わった者たちが集められ、同様に意見を求められたが、麻原に異を唱える者はいなかった。麻原は、Mの遺体を他の出家信者に見つからないように『護摩壇』で焼却することを指示。村井、早川、岡﨑らは、翌朝、道場南側敷地内に耐火煉瓦を積み護摩壇を造った上で、Mの遺体をステンレス製ドラム缶内に入れ、Tらに道場1階から運ばせた。これを護摩壇上部に据え付け後、その下部付近に薪を積み、麻原の指示により岡﨑が点火し二昼夜かけて焼却した。遺体の焼却には、麻原と石井も立ち会った。この際、麻原は「いよいよヴァジラヤーナを実践せよ、というシヴァ神の示唆だな」と呟いたという。燃え残ったＭの遺骨は麻原の命令で、道場1階において、村井、早川、岡﨑らが金槌で叩いて砕き、更に石井ら古参女性幹部がすり鉢ですり潰した上で、早川と岡﨑が山梨県西八代郡上九一色村内の精進湖に捨てた。当時は末端の弟子から大師まで1日16時間、五体投地の極限修行を続けている最中だった。この事件には、わかっているだけで20数名の信者が関わった。