慶応2年（1866年）末に15代将軍に就任した徳川慶喜は、兵庫開港をめぐる問題を解決すべく、朝廷工作を行う。それに対し、諸侯会議路線の推進を図った薩摩藩の主導により、翌年5月13日島津久光・山内豊信・伊達宗城・松平慶永を集めて国事を議論する四侯会議が設けられた。いわば参預会議の再現である。しかし今度は逆に久光が長州の寛典を主張、慶喜が断固兵庫開港を優先するという、参預会議と逆の展開となった。薩摩藩の意図を見抜いた慶喜が佐幕派公卿を味方につけ、徹夜の朝議で条約勅許を強引にもぎとったため、四侯会議も短期間で崩壊。以後、薩摩藩は倒幕へ向けて舵を切ることとなる。
徳川慶喜は3月25日に将軍後見職を辞し、朝廷から新設の禁裏御守衛総督（摂海防禦指揮を兼任）に任ぜられ、二条城において江戸の幕府から距離を置き、独自の行動をとるようになった。この後慶喜は、松平容保および京都所司代となった松平定敬（桑名藩主）とともに、江戸の幕府中央とは半ば独立した勢力を構築するようになる（一会桑政権）。なお、フランス派遣の幕府使節は予想通り交渉不調で帰国、独断でパリ約定を結んだ池田長発や田辺太一ら使節団は処罰されるが、その後幕府も一会桑も横浜鎖港を積極的に推進することはなかった。一方、島津久光主導による薩摩藩の幕府改革路線も参預会議の崩壊によって頓挫し、以後同藩は幕府より朝廷への支持に傾斜していく。同年の禁門の変の後には、倒幕も見据えて幕府弱体化を企図し、雄藩連合路線で政治運動を行っていくことになった。
長州問題でもはかばかしい結果が出ない上、横浜鎖港問題では参預間とくに徳川慶喜と島津久光との対立が激化したため、参預会議体制は早くも行き詰まった。この成り行きを懸念した中川宮が、2月16日参預諸侯を自邸に招いて酒席を設けたが、泥酔した徳川慶喜が中川宮に対し島津久光・松平慶永・伊達宗城を指さして「この3人は天下の大愚物・大奸物であり、後見職たる自分と一緒にしないでほしい」と暴論を吐いたため、機嫌を損ねた久光は完全に参預会議を見限り、幕府への協調姿勢を諦める。松平慶永や小松帯刀（薩摩藩家老）が仲裁にあたるが、慶喜は幕府老中らとも対立をはじめ、老中水野忠精（山形藩主）は「参予会議は天下の害物、むしろ廃するにしかず」とまで述べるようになった。こうして、ほとんど何の実績もあげられぬまま、参預会議は瓦解した。2月25日いち早く山内豊信が京都を退去し、3月9日には慶喜が参預を辞職。続いて他の参預も相次いで辞任した。
文久元年5月28日（1861年7月5日）、水戸藩脱藩の攘夷派浪士14名がイギリス公使ラザフォード・オールコックらを襲撃した事件。文久元年5月、イギリス公使オールコックは長崎から江戸へ向かう際、幕府が警備上の問題から海路での移動を勧めたのに対し、条約で定める国内旅行権を強硬に主張して陸路で江戸へ旅し、5月27日にはイギリス公使館が置かれていた江戸高輪東禅寺に入った。この行動に対し、尊攘派の志士らは「夷狄である外人男性に神州日本が穢された」と憤激した。水戸藩脱藩の攘夷派浪士・有賀半弥ら14名は、5月24日に常陸国玉造湊を出航し、東禅寺門前の浜に上陸すると、品川宿の妓楼「虎屋」で決別の盃を交わした後、5月28日午後10時頃、東禅寺のイギリス公使館内に侵入し、オールコック公使らを襲撃した。外国奉行配下で公使館の警備に就いていた旗本や郡山藩士・西尾藩士らが応戦し、邸の内外で攘夷派浪士と戦闘し、双方が死傷者を出した（警備兵2名、浪士側3名が死亡）。オールコックは危うく難を逃れたが、書記官ローレンス・オリファントと長崎駐在領事ジョージ・モリソンが負傷した。両名はその後帰国している。攘夷派浪士は公使らの殺害に失敗し逃走、有賀半弥、小堀寅吉、古川主馬之介の3名がその場で討取られ、榊鉞三郎が現場で捕縛された（旗本・生駒親敬に預けられた後、12月に斬首）。逃げた浪士も、「虎屋」で包囲され、中村貞吉、山崎信之介の2名は切腹、石井金四郎は捕えられ、旗本・山名義済に預けられた後に処刑。前木新八郎も逃げ切れず切腹している。浪士らはいずれも襲撃の趣意書を携帯しており、それには「尊攘の大義のため」実行した旨が記されていた。逃走した黒沢五郎、高畑総次郎はその後、坂下門外の変に参加し闘死した。岡見留次郎は西国に逃走し天誅組の変に参加、敗走後捕えられ斬首された。木村幸之助、森半蔵ら、その他の浪士たちも逃亡の末切腹・獄死及び斬首され、明治時代まで生き延びたのは渡辺剛蔵、矢沢金之助と、襲撃に参加せず、逃走・捕縛後に明治維新により特赦された堀江芳之助のみであった。事件後、オールコックは江戸幕府に対し厳重に抗議し、イギリス水兵の公使館駐屯の承認、日本側警備兵の増強、賠償金1万ドルの支払いという条件で事件は解決をみた。しかし、この交渉に基づき品川御殿山に建設中であった公使館は、翌年12月に高杉晋作らによって放火されている（英国公使館焼き討ち事件）。事件以前、オールコックは幕府が警備を口実として自分達を監視していると思っていたが、攘夷運動の熾烈さを強く認識することとなった。彼は著書で「警備兵は浪士と戦わなかった」と記しているが、実際には警備兵はその責務を果たしている。事件当時、外国方として東禅寺にいた福地桜痴は目撃した事件の概要を記録している（『史談会速記録』）。後日、浪士らを撃退した警備の武士ら48名に対し褒賞が下された。