ボルソ・デステ（1413年 - 1471年）は、1452年に皇帝フリードリヒ3世からモデナ・レッジョ公の称号を、1471年には教皇パウルス2世からフェッラーラ公の称号を授けられた（モデナとレッジョは神聖ローマ皇帝の支配下にあった一方で、フェッラーラは教会国家の領土であった）。ニッコロのもう一人の息子であったエルコレ1世（1431年 - 1505年）は、1481-82年にポレジーネのエステ家支配地域の大部分を失った。エルコレの娘達のうち、ベアトリーチェ（1475年 - 1497年）はミラノ公ルドヴィーコ・スフォルツァ、通称イル・モーロと結婚し、イザベッラ（1474年 - 1539年）はマントヴァ候フランチェスコ2世・ゴンザーガに嫁入りした。エルコレ1世の後継者アルフォンソ1世（1476年 - 1534年）は、ロドリーコ・ボルジャ（後のローマ教皇アレクサンデル6世）の私生児ルクレツィア・ボルジャの3人目の夫となった。（なお、マントヴァのゴンザーガ家に嫁いだイザベラ・デステ（イザベッラ・デステ）は、アルフォンソ1世の姉にあたる。）当時のフェラーラはルネサンスの文化が花開いた都市の1つで、宮廷には各地から文学者や芸術家などが集まった。ヴェネツィアに対抗するカンブライ同盟に加盟し、ヴェネツィアと教皇ユリウス2世の間に平和的合意が成された後にも、フランスのルイ12世と同盟関係を保った。したがって、教皇はフェッラーラ領の空位を宣言し、1510年に破門した。1526年から1527年にアルフォンソ1世は、神聖ローマ皇帝カール5世が編成した教皇クレメンス7世に対する遠征に加担することで（＝ローマ掠奪）、1530年にフェッラ―ラ公の地位を取り戻した。アルフォンソの跡を継いだエルコレ2世（1508年 - 1559年）は、フランス王ルイ12世の娘レナータと結婚した。教皇とフランスと共に、1556年にスペインと戦った。弟である枢機卿イッポーリト2世（1509年 - 1572年）は有名なヴィッラ・デステをティヴォリに建設した。
エステ家のイタリアの家系は、アルベルト・アッツォ2世のもう一人の息子であるフォルコ1世（Folco I）に由来する。フォルコ1世の継承者、オビッツォ1世（Obizzo I, 1193年歿）は神聖ローマ皇帝フリードリヒ1世と戦った。孫、アッツォ6世（1170-1212年）は第一代フェッラーラ君主（signore）となり、マントヴァとヴェローナの執政長官を兼ねた。アルドブランディーノ1世（1190年 - 1215年）（アッツォ6世の息子）は、パドヴァ人の攻撃を受けて、1213年に敗北しエステを失い、アッツォ7世（1205年 - 1264年）は1240年にフェッラーラを失った。アッツォ・ノヴェッロ7世は、1242年にフェッラーラを再征服し、その地で400人のギベリン派（皇帝派）を殺害した。エッツェリーノ3世との戦い（1255年）に勝利したことから、教皇インノケンティウス4世により「教会の擁護者」と命名された。オビッツォ2世（1293年歿）は1264年に終身フェッラーラ候に、1288年にモデナ候に、1289年にレッジョ候に任命された。フェッラーラは教皇領であったことから、エステは1332年に教皇代理となった。リナルド2世は1333年に教皇特使ベルトランド・デル・ポッジェットにより包囲されるものの、4月14日にピナッラ・アリプランディが教皇軍を敗走させた。ニッコロ3世（1384年 - 1441年）の治世下でフェッラーラはルネサンス文化の重要拠点となり、その栄華はさらに後継者たちにより引き継がれ、開花された。なかでもレオネッロ・デステ（1407年 - 1450年）はとくに注目される。
1245年から1810年まで聖ヨハネ・マルタ騎士団はラーゲ・コマンドリーの重要な支部を置いていた。現在の騎士修道会の建築群は三十年戦争の後に建設されたものである。その後、私的な経済的利用がなされた後、1999年に、リーステをその教区下に置くローマ＝カトリックのオスナブリュック司教が騎士修道会の建物を買い取り、クラウゼン/モーゼルのドミニコ会修道院「マーテル・ドロローサ」（悲しみの聖母）の修道女にこれを委託した。これ以降、ラーゲ・コマンドリーの建物はドミニコ会女子修道院「ツーム・ゲクロイツィクテン・エアレーザー」（十字架に掛けられた救い主）となった。修道院のほかに、現在のカトリック教区教会であり巡礼教会となっている1426年建造の洗礼者聖ヨハネ教会がある。その教会塔は1902年から1904年に建設された。この教会は3つのバロック祭壇や1733年に造られたゴシック様式のヴォールトなど豊かな調度を有している。この教会の最も重要な調度品は1300年頃に製作され、14世紀から崇拝されている等身大の「ラーゲの聖十字架像」である。信者らは重さ 134 kg のこの中世の十字架を現在も教会の周りで担ぎ、病人や死者のために祈りを捧げる。十字架に掛けられたキリストの頭には聖地の小石や記念品と言った様々な聖遺物が掛けられている。これらは包まれ、古いラベルがつけられている。さらに使徒アンドレアスやバルトロメウスの聖遺物が保管されているほか、殉教者聖ゲオルク、聖ペトロニラ、聖レギーナ、聖バルバラ、聖ゼバスティアン、聖マルガリタ、カンタベリー大司教トマス・ベケット、聖コルドュラの聖遺物がある。1987年の修復作業の際に、福者マリア・オイティミアの遺品の十字架が奉献された。1995年からオスナブリュック司教区とその教会区では、毎年十字架挙栄祭の祝日（9月14日）またはその後の日曜日に、司教区の巡礼「病者とともに病者のために」を行うため人々が集まってくる。オスナブリュック司教または補佐司教が教会広場でミサを執り行う。礼拝の後、司教、司祭、助祭たちはそれぞれねぎらいの祝福を贈る。