欧州評議会の「農業目的で保持される動物の保護に関する欧州条約」加盟国35カ国では、フォアグラの生産は「すでに定着している場合を除き」、1999年に禁止された。イタリア、チェコ、デンマーク、ドイツ、ノルウェー、フィンランド、ポーランド、ルクセンブルクの各国とオーストリアの9州のうち6州では、「動物の強制給餌」自体が禁止されたことにより、フォアグラの生産は事実上、違法となった。ただし、輸入したフォアグラの販売は必ずしも禁止されていない。また、アイルランド、イギリス、スウェーデン、オランダ、スイスでも、動物保護法の解釈上、フォアグラの生産は違法とされた。フランス、スペイン、ベルギー、ギリシャ、ルーマニア、ブルガリアなどでフォアグラの生産は行われている。
今日では動物愛護や動物の権利論の高まりなどもあり、一部の国では、生産者や消費者に対する風当たりが強くなりつつある。動物愛護団体フィアープフォーテン（独：Vier Pfoten、英：Four Paws、ハンガリー：Négy Mancs Alapítvány、オーストリアが拠点）の創設者ドゥングラーは、「我々の活動で西欧のフォアグラ市場はすでに崩壊寸前だ。次の標的はハンガリーなど東欧諸国だ」と2011年に述べた。
今日、強制給餌を伴わないフォアグラ生産は前述のLa Pateria de Sousa農場以外に確認されず、市場に出回るほぼ100％のフォアグラは強制給餌が行われている。この強制給餌は動物福祉の観点から論争がおこっており、後述するように複数の国でフォアグラの強制給餌が禁止されている。2015年12月に発表された英国ケンブリッジ大学のDonald M. Broom教授と、生物学博士Irene Rochlitz博士の共著による報告書「フォアグ製造におけるアヒルの福祉」では、次のように述べている。強制給餌は、鳥の嘴、頭部、目、鼻孔、頚部および上消化管への傷害および痛みを引き起こすだけでなく、肥満を引き起こし、結果的に脚に負傷および痛みを引き起こす。さらに、アヒルが摂取しなければならない大量の高エネルギー食品は、かなりの熱ストレスを引き起こし、彼らは自分の体温を調整しようと努力して、多くの時間をあえいで（息切れして）費やす。コントロールグループと比較して、強制給餌されたアヒルは、不動、横になったまま長時間過ごす、ほとんど身づくろいしたり触れ合ったりしない、長時間の息切れなど、一連の行動変化を示している。また国際連合食糧農業機関（FAO）は2002年に次のように述べている。フォアグラのための脂肪質の肝臓の生産は、深刻な動物福祉の課題を含んでおり、そしてそれはFAOによって容認される習慣ではない。現在、欧州連合の法律は、強制給餌を生産が定着した領域にだけにとどまらせている。また、フォアグラ生産農場における鳥の死亡率は、通常の飼育に比べて10-20倍と報告されており、欧州連合の科学委員会は次のように結論付けている。フォアグラ生産における強制給餌は鳥の福祉にとって有害である強制給餌への批判に対しては、米国の Artisan Farmers Alliance（職人農民同盟）は、鴨やアヒルは（人間と違って）咽頭反射は無く、苦も無く大きな魚を呑み込めること、独立した獣医や科学者などが害が無いと考えているなどと反論している。
批判の主な矛先は、上記のような伝統的な職人技の農場や、倫理的な生産法ではなく、工場化した大規模農場に集中している。ある大きな生産農場では、数千羽のアヒルが、3羽ひとまとめの狭いケージで肥育されるが、ケージは給餌作業がしやすいよう作業者の身長に合わせて地上に設置され、床にはアヒルの糞尿と食べ残しが放置されたり、飼育数が多いため、一羽一羽の健康状態にまで手が回らないと報じられる。近年は、飼育環境を改善するための対策が取られ始め、フランスの農業・農産加工業・林業省はフォアグラ生産者に対し、3羽が少なくとも動き回ったり翼を広げたりできる大きさのケージを2016年までに採用するよう求めた。
近隣に居住していたインディアンが魚や海鳥の卵を食糧として獲得するためにカヌーで上陸を試みていたようである。ただし彼らはこの島が呪われていると信じており、定住する者は存在しなかった。1775年、スペインの海軍士官フアン・デ・アヤラが、サンフランシスコ湾を測量して海図を製作し、この島に "La Isla de los Alcatraces" と名づけた。スペイン語で「ペリカンの島」という意味である。これがやがて英語風に短縮されて "Alcatraz" となった。メキシコによるカリフォルニア統治時代の終わりころ、メキシコ政府から、ジュリアン・ワークマンという帰化メキシコ人に、島に灯台を建設する条件で島の所有権が譲渡された記録がある。米墨戦争（1846年 - 1848年）中にアメリカがカリフォルニアの支配権を得ると、ジョン・C・フレモントが、「カリフォルニア総督」としての資格でこの無人島を購入した。しかし、1850年、ミラード・フィルモア米大統領の命により、メキシコ政府の所有物はアメリカ政府に承継されたとの根拠に基づき、島は軍事目的のために取り上げられた。このため、フレモントによる島の購入は無意味になってしまい、フレモント及びその相続人から政府に対して何度も訴訟が起こされ、法的紛争は1890年代まで続いた。1848年、シエラネバダ山脈の麓で金が発見されてゴールドラッシュが始まり、サンフランシスコは多くの船が寄港する重要な地となり、灯台が至急必要になった。1850年の連邦議会予算に、アルカトラズ島を含む太平洋岸の八つの灯台建設が盛り込まれた。1852年に、島で最初の恒久的建造物となる灯台ができた。1853年には、ゼラス・B・タワー中尉が、アルカトラズ島をサンフランシスコ湾の守りとするための要塞化工事に着手した。南北戦争（1861年 - 1865年）の直前までに、86門の大砲が島を巡らすように設置された。南北戦争中は、アルカトラズ島は南部連合のサンフランシスコ湾への侵入を防ぐ役割を果たした。南北戦争が終わると、島に設置された旧式の大砲は時代遅れになってしまったため、徐々に撤去された。それに代わって、防弾壁が島を取り囲むように建てられた。内部には弾薬庫などが設けられていた。