四国平定の結果、豊臣政権によって「国分（くにわけ）」がおこなわれた。長宗我部氏は土佐一国を安堵され豊臣政権に繰り込まれ、元親の三男の津野親忠が人質となった。その他の3国は没収され、阿波に正勝の子の蜂須賀家政（一部に赤松則房）、讃岐に仙石秀久（聖通寺城）、うち山田郡2万石に十河存保（十河城）、伊予に小早川隆景（一部に小早川秀包、安国寺恵瓊、来島通総、得居通幸）が封じられた。また淡路は脇坂安治が津名郡3万石（洲本城）、加藤嘉明が津名・三原郡1万5000石（志知城）に封じられた。こうして、伊予には毛利旗下の大名、讃岐・阿波・淡路には豊臣系の大名が配されることとなった。豊臣政権による天正13年の大規模国替えにより、検地と動員に代表される近世的統治が始まると各地で膨大な数の中世城郭が破却・整理されるとともに織豊系城郭が誕生していった。四国を含む環瀬戸内海では播磨国明石城（高山右近）・室津城（小西行長）、淡路国洲本城（脇坂安治）・志知城（加藤嘉明）、阿波国徳島城（蜂須賀家政）、讃岐国聖通寺城（仙石秀久）、伊予国湊山城（小早川隆景）などが築城・修築され、豊臣政権による九州征伐への準備が進められた。
宇喜多秀家率いる備前・美作の兵に加えて播磨から蜂須賀正勝・黒田孝高、さらに仙石秀久が加わり計2万3000（1万5000とも）の軍が屋島に上陸した。秀家等はまず200の長宗我部軍が守る喜岡城（当時の高松城）を攻略して高松頼邑を討ち取り、香西城・牟礼城を攻略した。しかし、戸波親武の守る植田城の守りの堅さを見てとった孝高はこれを放置して阿波攻撃を優先することを主張したため、他の諸将もこれに同意して大坂越えより阿波に入り、秀長軍との合流を図った。この転進について山本は「元親の防衛策は早くも失敗したのである」と述べている。
秀吉はたびたび背後を長宗我部氏に脅かされたため、四国出兵を考えるようになった。秀吉・元親とも当初は交渉による和解を模索したが、領土配分を巡る対立を解消できず、交渉は決裂した。『長元記』によると、元親は秀吉に進物を贈って和解を試みたが、秀吉は讃岐・伊予の返納を命じた。元親は伊予一国を返還することで妥協を見出さんとするも秀吉は認めず、交渉は決裂した。一方『小早川文書』によると、一度は阿波・讃岐の返還、伊予・土佐の安堵という条件が成立したが、その後ご破算になったとされる。この案は天正11年に検討されたとされる案と同じとみられているが、当時と異なり毛利氏が長宗我部氏と対立して秀吉の従属下にあった中、長宗我部氏と毛利氏の間の調整が上手く行かなかったことが原因とみられている。さらに秀吉も自分に従おうとしない元親に業を煮やして毛利氏に伊予・土佐を与えることを示唆したり、それが毛利氏の勢力を強くし過ぎると考えると今度は土佐一国は長宗我部氏に安堵する方向に修正したりと、方針を二転三転変更させた。そのため秀吉と長宗我部・毛利両家との交渉はまとまらず、最終的には秀吉が求める讃岐・阿波の返還と毛利氏が求める伊予の割譲を軍事的に実現させる方向に向かわせることになったとみられる。
秀吉による四国攻めが始まる以前、元親が四国統一を達成していたかについては統一は完成していたとするのが通説である。しかしながら統一は完成していないとする研究者も複数おり、見解は分かれている。
信長の時代には毛利氏との関係は対決基調であったが、毛利輝元は天正11年の賤ヶ岳の戦いののち、祝勝の品を届けて秀吉に接近し、叔父（ただし輝元より年少）にあたる小早川元総（のちの毛利秀包）や従兄弟の吉川経言（のちの広家）を差し出して秀吉との同盟関係に転じた。元総は秀吉より「秀」の字を賜り、小牧・長久手の戦闘にも秀吉勢として参加した。天正13年3月の紀州攻めでは、輝元は秀吉の命令により小早川隆景率いる毛利水軍を送っているので、この頃毛利氏は明確に秀吉の軍事行動に動員される服属大名となった。
1943年7月9日、クルスク方面において、ステップ軍管区（第27軍、第47軍、第53軍、第5航空軍）の改称により設置された。事後、第4親衛軍、第5親衛軍、第7親衛軍、第37軍、第46軍、第57軍、第69軍、第5親衛戦車軍が配属された。戦線部隊は、中央戦線とヴォロネジ戦線の背後に展開し、最高司令部スタフカ予備となった。攻勢転移の際には、オリョール、並びにベルゴロド・ハリコフ方面で行動するものとされた。1943年7月19日夜、ステップ戦線部隊は、スタフカの命令によりベルゴロド・ハリコフ方面に投入され、ヴォロネジ戦線の部隊と共に退却する敵を追撃し、7月23日までに敵をクルスク攻撃の発起点まで押し戻した。8月攻勢時、ベルゴロド・ハリコフ戦略作戦に参加。戦線部隊は、敵の縦深防衛線を突破し、8月5日にベルゴロド、8月23日にハリコフを解放した。8月末～9月初め、戦果拡張のため、左岸ウクライナで攻勢を展開し、ドニエプルの戦いに参加した。ポルタワ、クレメンチュグ、クラスノグラード、ヴェルフニェドニエプロフスク方面で活動しつつ、ドイツ第8軍と第1装甲軍を撃破し、9月末までにドニエプル川に進出した。戦線部隊は、ドニエプル川を強行渡河し、右岸に橋頭堡を確立した。10月前半、クレメンチュグ南方で橋頭堡を拡張し、10月15日、攻勢に転移した。ピャチハトカ、クリヴォイ・ログ方面で活動しつつ、ドニエプル右岸の敵防衛線を突破し、他戦線と協同で敵の東部防衛線を粉砕した。1943年10月20日、10月16日付スタフカの命令に基づき、ステップ戦線は、第2ウクライナ戦線に改称された。