PC98版とWin版では異なる点も多い。現在の公式設定であることと他の〈ガガーブトリロジー〉との整合性が高いことから、本稿では特に断りがない限りWin版に準拠する。
南北に走る巨大な大地の裂け目「ガガーブ」の西側に位置するエル・フィルディンが舞台。北西を常に濃い霧に覆われている「霧の海」、西から南にかけてを「レギオン山脈」、東側南部を「ガガーブ」北東を全てを飲み込む「混沌の渦」が現れる海によって断絶され、いずれを超える技術もないために外界とは隔絶された世界となっている。中央部には内海が存在し、陸は北東と南西の2カ所にある。国はエル・フィルディン王国1つで、北東側の陸がノトス地方とボレアス地方、内海南西の陸がデュシス地方として3地方に分けられている。
PC98版とWin版では異なる点も多い。現在の公式設定であることと他の〈ガガーブトリロジー〉との整合性が高いことから、本稿では特に断りがない限りWin版に準拠する。
PC98版同様、固定の出現場所でのランダムエンカウントとなっているが、出現するのはマップの切り替わり時ではない。前年に発売された『海の檻歌』のシステムを踏襲しているが、本作では手動での戦闘がデフォルトで『III』・『V』の様な自動戦闘は任意での切替となっている。アクションタイム・バトル（ATバトル）と名付けられた疑似リアルタイムの戦闘となっている。時間と共に減少していくATゲージがキャラクターに個別にあり、この値が0になった際に選択していた行動を実行する。ATゲージの残量に関わらず、瞬時に行動を起こすATブレイクもあるが、連続で使用することはできず、使用回数も限られている。攻撃方法には通常攻撃の他、特殊技能と魔法がある。特殊技能はキャラクター固有の技であり、技毎に使用回数が限定されている（回数は宿屋で回復）。魔法については後述。
PC98版とは打って変わり、自由度は低くなっている。パーティーのメンバーはシナリオに沿って固定、オープンシナリオは廃止され、メインとなるシナリオに沿った一本道のゲームとなった。なお、オープンシナリオの一部はイベントとしてシナリオの中に組み込まれている。全体として『III』から発展した『V』のシステムをより進化させた物となっており、〈ガガーブシリーズ〉としてある程度の統一性が見られる。PC98版とは異なり、他の《英伝シリーズ》同様にシナリオに区切りがつけられている。ただし、本作では「章」ではなく「部」によって分けられている。
セーブは宿屋もしくはテント使用時のみに可能。この他に中断機能があり、戦闘中でなければいつでもデータを保存をすることができる。ただし中断で保存したデータはゲームを再開すると自動的に消去され、再び同じデータから再開することはできない。
街にある斡旋所で請け負った仕事をこなすことによって報酬を得るサブイベント。メインシナリオからは独立しており、ゲームクリアには必ずしも行なう必要はない。オープンシナリオの発生にはパーティーメンバー、特定のオープンシナリオのクリア等の条件がある場合がある。このシステムをより発展させた、サブクエストという形で『英雄伝説VI 空の軌跡』に引き継がれている。
古武術の一つであり、現代日本の武道である剣道の母体となった。なお、「剣術」という名称については、中国では片刃の「刀」と両刃（諸刃）の「剣」が明確に別の武器であると認識されているが、日本では刀と剣の認識が混ざってしまい、「刀剣」として曖昧となってしまった。日本では中国から伝来した両刃（諸刃）の剣（つるぎ）が廃れ、蕨手刀の流れを汲む片刃の日本刀（かたな）へ完全に移行してしまったためである。「刀術」という名称もあるが、『本朝武芸小伝』など極少数の江戸時代の文献に使用されただけで、定着はしなかった。なお、日本における「刀」という言葉は中世(平安時代～戦国時代)では短刀を指し、刀剣といえば太刀のことであった。刀が刀剣(打刀・太刀)を表すようになったのは近世(安土桃山時代)からである（古代では刀を「たち」と読み、直刀を指した）。日本の剣術と世界各国の剣術を比較すると、刃長60cm以上の刀を両手で持ち、互いに盾を用いずに戦うという形式は珍しく、中世のドイツやイタリアで両手剣による剣術（ドイツ流剣術等）があるくらいである。一般通念と異なり、中世における合戦では刀剣は主要な武器であったとはいえず、飛び道具や長柄武器が優先して使われた。刀剣はそれらの予備として携帯する武器であり、状況によって手持ちの飛び道具や長柄武器とを使い分けるものだった。(従来の刀剣を大型化した大太刀や長巻は長柄武器の一種として用いられている)一方で、中世の情勢は安定していたとはいえず、平時あっても些細なもめ事から、殺傷事件や斬り合いが発生することが多発し、武士以外のあらゆる身分の人々が刀剣や短刀を携帯することは珍しくなく、刀剣は強盗や喧嘩、護身のため日常的に使われる武器という面もあった。(応仁の乱時、東軍の総大将だった細川勝元は15才の時に、逆上した遊び友達に太刀で切りつけられそうになったが剣術(兵法)を修練していたため助かったという逸話がある。)戦乱のなかった江戸時代に大きく発展したため、戦場で着用する甲冑は前提とされず、平時の服装での斬り合いを想定している形が多い。実際の戦場での斬り合いは形通りではなく、袈裟（鎖骨・頚動脈）に斬り込むことが主流であったともいわれている。また、示現流やその流れを組む剣術（薬丸自顕流等）を習得した薩摩藩士の戦いぶりにおいて、その斬殺死体のほとんどが袈裟斬りを受けて即死に至っていたともいわれる。剣術関係の人物についてはCategory:剣客を参照。