中学生の井上鉄（いのうえ てつ）は、肉屋へのお使いとレコード針を買うための外出途中に同年代の少女・白戸依（しらと より）に出会った。彼女は自分の家に幽霊が出ると怯えており、半信半疑のまま依の家を訪れた鉄だったが、家の中を歩き回るうち、二人は男の幽霊に出会って衝撃を受ける。幽霊の残した「あれはどこにあるんだ?」との言葉から、二人は前日から行方不明の依の父親との関連性があると見て、父親の研究室のある倉庫に出掛ける。だが、今度はそこでやはり何かを捜す女の幽霊に出会い、ショックで気を失ってしまった依を残し、幽霊を追いかけた鉄は次元の穴からパラレルワールド（別次元の並行世界）に迷い込んでしまう。それは鉄たちの町そっくりであったが、公園の水飲み場が断水し、母に頼まれたお使いで精肉店に寄っても商品を売って貰えない異世界であった。不審者とみなされて秘密機関の黒崎（くろさき）に捕まりそうになった鉄を助けたのは、同じく、こちらの世界へ迷い込んでしまった赤川二郎（あかがわ じろう）であった。目を覚ました依も鉄や父親を倉庫内で捜索するうちに、次元の穴をくぐり抜けてしまい、並行世界で鉄と二郎に合流した。鉄と依が迷い込んだパラレルワールドは資源が枯渇した世界で、エネルギーや物資が統制された独裁政治下にあり、市民は本部なる秘密機関に監視されていた。幽霊とされていたのは、その並行世界で建造された次元跳躍装置によって送り込まれた尖兵だったのだが、異世界人を完全な形で別次元に送れず、幽霊のような不明瞭な姿としてしか実体化出来ない完成度の低い代物であった。依の父・白戸博士は次元跳躍装置を研究しており、不完全な装置を完璧な物にするため、黒崎らに目を付けられた博士はパラレルワールドに拉致されてしまったのだった。二人は捕われていた依の父親に再会することが出来た。森田千鶴子（もりた ちずこ）の一家に匿われながら同じ境遇の二郎、島田春男（しまだ はるお）とともに元の世界に戻る術を探るうち、彼らは白戸博士が隠していた次元跳躍装置を入手する。しかし、それは黒崎達が必死に探し出そうとしているものであった。黒崎ら本部による追跡の輪は徐々に狭まっていき、一度は博士の次元跳躍装置で元の町へ帰還した鉄と依は、再び並行世界に舞い戻り、白戸博士を助け出して一緒に元の町へ帰ろうと画策するが、始めに二郎が、続いて鉄と依もついに捕らえられてしまう。実は仲間と信じていた千鶴子と春男が本部の回し者だったのだ！そしてついに本部の恐るべき企みが明らかになる。博士の次元跳躍装置を手に入れて完璧な次元トンネルを完成させ、この街の住民を鉄たちの町にひそかに移住させて住人を入れ替え、町すべてを乗っ取る次元侵略を企んでいたのだ。囚われの身となった鉄たちは本部の陰謀を阻止し、そして、元の世界に戻ることが出来るのだろうか…。
光瀬龍の小説『その花を見るな!』と『消えた町』の2作品を基に制作された。登場人物の名前は『その花を見るな！』を機軸としている。本作のマスターテープはNHKに現存していない。放送当時、家庭用ビデオで録画された映像を元にDVDが発売されているが、第2話は音声のみの収録となっている。
福井 - 大阪なんば線は、昭和末期からの高速バスブームの折り、福井県に本拠を置く主要乗合バス事業者が平成初期より順次運行を開始した大都市連絡路線のひとつ。大阪市の中心部にある難波と、福井県の当時人口上位4市、一部はその先の観光宿泊地である芦原温泉を直通することとなった。それまでこの区間の公共交通需要を独占していた、国鉄民営化から間もないJR西日本は、湖西線経由で営業キロ190.9 km であるが、従来の485・489系車両を使用する特急列車・雷鳥の最高速度を130 km/h に引き上げるとともに停車時間を見直すことで表定速度を大幅に向上させ、特に京都駅 - 福井駅の約150 km 区間をノンストップ運転のスーパー雷鳥を1989年（平成元年）に運行開始、大阪駅 - 福井駅では所要2時間の大台を切ることとなった。対して高速バスなんば線は、琵琶湖の東側にある米原ジャンクションを経由するため大きく迂回し、約235 km となる。こちらは最高速度100 km/h（北陸自動車道が約半分の区間で80 km/h、名神高速道路が滋賀県の山沿い区間や大阪府の大半で 80 - 70 km/h、阪神高速道路は 60 - 50 km/h）であったため、JR特急のほぼ2倍の時間を要した。当時は慢性的な渋滞を起こしていた名神高速を走行するため定時性が確保できなかったことや、大阪側の難波は、大阪市営地下鉄を除くと奈良県・和歌山県方面の鉄道路線しかなく、兵庫県方面へは不便で、京都市や大阪府下でも人口の多い北摂地域（大阪市以外）を素通りしていたこと、さらになんば高速バスターミナル自体の条件の致命的な不便さも災いして思惑通りの集客ができず、北陸道特急バス名古屋 - 福井線、及び夜行バス福井 - 東京線（のちに愛称が付き、今のドリーム福井号）が増車・増便の好況を呈するのとは裏腹に、短期間のうちに撤退を余儀なくされた。2007年（平成19年）に運行を開始した福井 - 大阪梅田線は、福井市と大阪隣接市の間が、なんば線と同様に北陸道 - 名神高速の経路で、大阪府内の僅かな短縮に留まっているものの、名神高速の車線増や京滋バイパスの完成、新名神高速道路の部分開通によって混雑度が様変わりしつつあり、定時性を確保しやすくなってきている。また、経路上の京都府・大阪府北摂地域、新大阪駅、大阪駅近くに停車し、大阪市内や特定路線沿線だけでなく、京阪神大都市圏、あるいはそれ以上の広範囲の集客を見込んだ設定である。梅田からは敦賀まで約2時間40分、福井まで3時間30分のダイヤとなった。しかし、JR西日本もその間に、走行性能と居住性を向上させた特急形車両681・683系を使用したサンダーバードの投入で、大阪 - 福井が最短1時間46分、さらには681・683系と同じ130km/h運転が可能な近郊形電車223系による料金不要の新快速を大阪（その先神戸・姫路方面）から福井県嶺南地方の拠点駅である敦賀駅まで直接乗り入れて大阪 - 敦賀が約2時間となっており、本路線とのライバルとなっている。そのため、本路線はその存在、及び安価に座席を確保できる利点をいかに浸透させるかが課題となっている。なお、2008年（平成20年）11月より、敦賀と京都・大阪間は値引きが行われ（下記沿革参照）、これにより、大阪駅・敦賀駅間のJR普通運賃を下回るようになった。