ここではロシア正教会と、ギリシャも含めたバルカン半島における正教会の、近現代史の一部概要のみを記す。ピョートル大帝以降のロマノフ朝の西欧型近代化政策により、ロシア正教会は国家の保護に入ると共に国家の強力な統制を受ける事となった。1721年にはモスクワ総主教座が廃止される。このような統制下でも、18世紀後半にはアトス山から正教修道精神の復興が起きた事も影響し、ロシア正教会の修道精神はなお盛んであった。この頃の著名な修道士にサロフの聖セラフィムなどがいる。西方教会の影響を脱し正教の伝統的な精神を復興する事が企図された、正教聖師父の信仰を伝える書『フィロカリア』が1792年に出版されると、1793年には教会スラヴ語に翻訳され、ロシア正教会の精神的な再生に寄与した。20世紀になると共産主義革命によってロシア正教は大きな打撃を受け厳しい状況を耐え忍ぶことになった。弾圧の程度は時期により強弱はあったものの、恒常的に教会は強力な弾圧の下にあった。聖堂外で司祭が祭服を着用して儀礼を行う事は許されず、墓地で正教会の司祭が埋葬の祈りを行う事すらも禁じられていた。それでもロシア正教会は一定の存在力を示し続け、1961年には世界教会協議会に加入した。ソ連崩壊後は、急速に勢力を回復している。オスマン帝国の支配下にあった地域にあった正教会はコンスタンディヌーポリ総主教庁の管轄下にあったが、1830年にギリシャが王国として独立した事に伴い、ギリシャ正教会はコンスタンディヌーポリ総主教庁から1850年にアテネ大主教を首座とする独立教会としての地位の承認を得た。オスマン帝国の支配下にあったバルカン半島地域がナショナリズムの勃興によって独立国家群を形成していくなか、紆余曲折を経つつ、ブルガリア正教会、ルーマニア正教会、セルビア正教会などが独立教会としての組織を整えていく事になった。これらの教会もバルカン半島における共産主義政権のもとで辛酸をなめた事、共産主義政権の崩壊後に復活を遂げつつあることはロシア正教会と同様である。現在、正教会には9つの総主教座がある。その中ではロシア正教会が最大の信徒数を抱えており、教会に通う信徒数が3000万 - 4000万人、洗礼を受けた信徒数は約1億人ともされる。このほかの総主教座ではルーマニア正教会の1500万人、セルビア正教会（地域としては旧ユーゴスラビア圏内等）の800万人、ブルガリア正教会の600万人なども抱え、地盤の深さを示している。
宗教改革後の啓蒙時代に入ると、神による啓示を基礎に置いた従来のキリスト教のあり方に疑問が出されるようになる。人格神を否定する理神論から始まり、啓蒙期以降は神を論じることの無意味さを説いた不可知論、汎神論、あるいは無神論など、それまでのキリスト教神学に収まりきらない思想が展開される。そして、フランス革命などの市民革命によって西ヨーロッパ社会が大きく脱教会化され、民衆のキリスト教離れが進行した。マルクスは「聖書は神聖だが、宗教はアヘン」とする共産主義を標榜し、原始キリスト教と同様の共有を理想に掲げ、キリスト教と競合する社会運動として現れる。キリスト教が社会に対してその影響力を大きく減じていくことになる中で、各宗派がいかに展開してきたかを以下に概観する。
上手くいけばノーベル化学賞を受賞できたかもしれないと言われた天才科学者セス・ブランドルは、「隣り合う2つのポッドの片方に収めた物体を細胞レベルで分解し、もう片方へ送った後、元の状態に再構築する」という物質転送機「テレポッド」を開発中。無機物の転送実験には成功していたセスだが、有機物では失敗が続いていた。ある日、自分を取材した記者であり後に恋人となるヴェロニカの助言を得たセスは、それをヒントに改良を重ね、遂に生物の転送に成功。しかし、ヴェロニカと彼女の上司で元恋人のステイシスとの関係に嫉妬し泥酔したセスは、その勢いで自らの身体を実験台とした転送を行う。転送直後は何一つ不具合はなく、むしろ転送前より強靭となった事で成功を収めたかに見えたこの実験だったが、その後セスの身体に数々の異変が発生。調査の結果、実験時に彼の入った転送ポッドに1匹のハエがまぎれ込んでおり、再構築にあたって、遺伝子レベルでセスとハエが融合したことが判明した。異常な身体能力を得ると共に肉体は変貌し、爪は剥がれ、髪が抜け、耳が剥がれ、溶解液を吐くようになり、歯や性器までも抜け落ち、日ごとに人間ではなくなっていくセス。それでも彼の身を案じるヴェロニカだが自身の妊娠が発覚、彼女の胎内に宿ったセスとの子供もハエの遺伝子を受け継いでいる可能性があると知る。ヴェロニカは「妊娠したが堕胎する」とセスに伝えに行くが、そのあまりの無残な姿と「昆虫は残忍で、同情も妥協もない。君を傷付けることが怖い」という彼の言葉に対し、堕胎を伝えられないままステイシスの助けを得て堕胎手術に臨む。しかし思考までハエと化しつつあるセスがそれを妨害し、彼女に出産を迫る。ヴェロニカが「恐ろしくてとてもできない」と断ると、セスは彼女を研究所へ連れ去る。一方、ステイシスはショットガンを用意して研究所へ忍び込んだが、セスに手足を溶かされ気を失う。セスは、完全な人間に戻ることを諦め、“人間に近い生物”になるべく「テレポッドを使ったヴェロニカ及び胎児との融合」を画策する。しかしヴェロニカの抵抗により下顎が剥がれ、それを皮切りに、かろうじて形を保っていたセスの肉体を突き破り完全なハエ人間ブランドルフライが羽化する。ブランドルフライはヴェロニカをポッドへ押し込み、自身ももう1つのポッドに入るが、意識を取り戻したステイシスがヴェロニカのポッドのケーブルを破壊する。ブランドルフライがガラスを破って外へ出ようとしたところで、装置のタイマーが作動。ポッドの部品と異常な融合を果たす。もはや這うようにしか動けなくなったブランドルフライにヴェロニカは銃口を向けるが、それでもセスを愛しているヴェロニカは撃てずに泣き崩れる。ブランドルフライは銃口をつかみ、自身の頭部へ向ける。ヴェロニカは躊躇するが、彼の願いを受け入れ、これに応える。