1986年（昭和61年）4月1日に国鉄高森線立野駅 - 高森駅間17.7 kmが第三セクター南阿蘇鉄道に移管されることに伴い、MT-2000形3両が新潟鐵工所で製造された。移管にあたっては、熊本県の出資が得られず、沿線自治体が資本金1億円の99.5 %を出資した。開業時は19本の列車が設定されたが、1989年（平成元年）8月に中松駅に行き違い設備が設置されるまでは途中行き違い設備がなかったためラッシュ時に2両編成が運転される以外は1両のみが使用されていた。1998年（平成10年）から2000年（平成12年）にかけて空転防止のため台車を2軸駆動のものに交換する工事が行われ、2002年（平成14年）には外部塗装が変更されている。2011年（平成23年）3月12日の九州新幹線全線開業を期に阿蘇地域全体で開催された「阿蘇ゆるっと博」にあわせ、2011年（平成23年）3月12日から2012年（平成24年）3月末まで、全車に「阿蘇ゆるっと博」をイメージしたイラストがラッピングされた。2016年（平成28年）4月16日に発生した 熊本地震により南阿蘇鉄道も被害を受け全線が運休したが、同年7月31日から中松駅 - 高森駅間で運行を再開している。2017年（平成29年）4月15日からは1両が熊本地震復興支援のため、小学館の雑誌に連載する漫画家117人のイラストをあしらった「マンガよせがきトレイン」となり、同年7月22日にはもう1両が追加され、2両とも同年11月30日まで運転された。
2002年（平成14年）3月31日付で、全車に対して車体の改修と、外部塗装の変更が行われ、白をベースに赤を強調したものとなった。
暖房装置はエンジン排熱を利用した温風式である。冷房装置は能力25.6 kW（22,000 kcal/h）のDDL2VS423Xが設置された。
5歳時は1月のサンパスカルハンデキャップ（G2・D8.5F）から始動。相手には3歳時に2回負けているタイツがいたが、すでにプレシジョニストとは大きな差が開いており、1.3倍の圧倒的な支持を受けて、2着ベアミニマムに4 1/2馬身差を付けての楽勝。次走は初参戦となるサンタアニタハンデキャップ（G1・D10F)。プレシジョニストが126ポンドのトップハンデで2.2倍の1番人気。実に7回目の対戦となるグレイントンが122ポンドで同馬主のダハールとのカップリングで4倍の2番人気。レースは最低人気のヘラトが逃げ、プレシジョニストは2番手追走。しかし直線でグレイントンに抜かれ6着に完敗。次のサンバーナーディノハンデでグレイントンと8度目の対戦となったが、ここでは首差でグレイントンに勝利。グレイントンはこのレースを最後に引退、プレシジョニストとの対戦成績は4勝4敗の5分で終わった。次走は前年に敗れていたカリフォルニアンステークス。1.5倍の1番人気に応えて5番人気のスーパーダイアモンドに半馬身差で勝利。しかし次のハリウッド金杯ではスーパーダイアモンドに逆襲されて3着に敗退。ここで東海岸のモンマスパーク競馬場に遠征してフィリップH・アイズリンハンデキャップ（G1・D9F)に出走。ここまでG1競走7勝のレディーズシークレットが1番人気、プレシジョニストは125ポンドのトップハンデで2.7倍の2番人気。3番人気にこの年のチャールズHストラブS2着馬のルーアートがいた。レースは逃げるレディーズシークレットに対して2番手で追走するが、直線でルーアートに差し切られて2 1/4身差の2着に敗北。続けて2週間後のサラトガ競馬場のウッドワードステークス（G1・D9F）に出走。プレシジョニストは126ポンドのトップハンデで2.2倍の1番人気。レディーズシークレットとルーアートのカップリングが2番人気。レースは逃げるレディーズシークレットを2番手で追いかけ、直線で一気に突き放してレディーズシークレットに4 3/4身を付けて圧勝、G1競走6勝目を挙げた。ウッドワードステークスの後に主戦のクリス・マッキャロンが落馬により負傷。次走のマールボロカップハンデキャップ（G1・D10F)はジョン・ヴェラスケスが騎乗して2.2倍の1番人気で挑むものの最後方から追い込んできた2番人気ターコマンに1 1/2身差を付けられての2着に敗北。その後は目標をBCクラシックに定め、この年にブリーダーズカップが行われるサンタアニタ競馬場のヤンキーヴァローハンデ（LS・D9F)を前哨戦に選び、前走でターコマンに騎乗していたゲイリー・スティーブンスを鞍上に4 1/2身差つけての楽勝。そして本番のBCクラシックを迎える。1番人気はパット・デイを乗せたターコマン、プレシジョニストは再びスティーブンスを乗せて2.7倍で僅差の2番人気。大きく離れた3番人気に鉄の女トリプティク、前年のサンタアニタダービー勝ち馬でプレシジョニストが勝ったこの年のカリフォルニアンステークス3着馬スカイウォーカー (競走馬)が4番人気だった。レースは9番人気ヘラトが逃げ、プレシジョニストとスカイウォーカーが2番手で追走。速い仕掛けからスカイウォーカーが先頭に立ち、プレシジョニストは追いかけるが差を詰められず。ターコマンが直線で追い込んでくるが時すでに遅し。プレシジョニストは2 1/2身差を付けられての3着に敗退した。