文化大革命終了後、中国大陸の宗教活動は回復した。1981年3月に佘山天主堂は上海教区に返還された。1981年5月24日、山頂の大殿で5千人が参加した復興荘厳ミサが挙行され、1984年までの大修理が始まり、1985年に再度の祝別式が行われた。復興の初め、元は鐘楼の頂上にあった聖母が幼子イエズスを抱いた銅像はどこに行ったかわからなかったので、臨時に鉄製の十字架を用いて鐘楼の上に備え付けた。2000年に上海教区は信徒の寄付を募り、再び頂上の「進教之佑聖母托小耶稣」の銅像を戻した。4月18日、金魯賢協働司教は佘山山頂の聖母像を祝福し、5月1日に盛大な聖母を迎える典礼と山頂の聖母大聖堂でミサ聖祭が行われた。 1982年、佘山の南麓にカトリック聖職者を養成する大神学校である佘山神学校が創立された。5月の巡礼期間には、神学生たちは中山堂に受付を設置し、信徒に教理や聖歌を教えている。
1966年の文化大革命中に、大殿は深刻な破壊に遭い、鐘楼の頂上の聖母が幼きイエズスを抱いた銅像やステンドグラス、および14体の受難像とイエスがゲッセマネの園で祈る像は全て「四旧」と見做されて打ち砕かれた。
1942年9月12日、中国がまさに日中戦争の困難にある最中に、ローマ教皇ピオ12世は佘山教堂を二級バシリカ (minor Basilica) に指定した。これで極東で初の教皇が指定したバシリカとなった。1946年5月8日、ローマ教皇庁は佘山に一つの特典を与え、佘山の聖母 (Our Lady of Zose) に戴冠式を行うことを許した。南京大司教于斌と上海司教恵済良は「進教之佑聖母托小耶稣像」に戴冠式を挙行し、参加した信徒は1万人余りにも達した。1947年5月18日、教皇庁の新任教皇大使リベリ大司教は代表全国の中国カトリック教徒を代表して再度の奉献をし、「中国を聖母に奉献する誦」を朗読した。
1924年、初の在華教皇使節であるチェルソ・コスタンティーニ（中: 剛恒毅）大司教は上海で全国中国司教会議を開催し、6月12日は会議の閉幕日であったが、全国の中国司教を率いて中国を聖母に奉献する厳粛な典礼を挙行した。次の日も15名の司教を率いて佘山に赴き、再度中国を聖母に奉献した。中国第1回天主教公会議の推進を受け、1925年4月24日、佘山山頂の大聖堂を取り壊して立て直しを始め、ポルトガル人神父の葉肇昌が設計と施工の責任を負い、姚宗李司教は基礎となる場所を祝福した。建築期間は十年もの長さにも及び、1935年11月16日にやっと峻工して、当時の司教であった恵済良が祝別ミサを主司式した。葉肇昌は工程管理に非常に厳格で、杭を岩石上に打っても施工時に規定と符合しなければ工事の手直しを求め、積み上げも決まった品質で決まった量であり、それと合わなければ倒して再度積み重ねるようにした。
2002年（平成14年）2月22日 21時30分頃、福岡県宗像市のJR九州鹿児島本線海老津 - 教育大前駅間で、門司港発荒尾行き下り普通列車がイノシシに衝突し状況確認で停止中、無閉塞運転で進行してきた後続の門司港発荒木行き下り快速列車が追突し、134名が重軽傷を負った（811系PM2編成+813系R101編成 ← 813系R008編成+同R231編成 という形）。後続の快速列車の運転士は停止信号を確認して駅間で停車、1分後に規定通りに15km/h以下での無閉塞運転を開始した。その際に先行の普通列車に対して現示された中継信号機の進行現示を、自列車に対するものと誤認して無閉塞運転中の15km/h超過禁止規則に反して加速し、カーブの奥で停車していた先行列車に直前で気付いて非常ブレーキを扱ったが間に合わなかった。先行列車と指令との交信内容はトンネルなどのため後続車には届いてなかったとされている。直接の事故原因は運転士のミスであるが、対策として中継信号を誤認しやすい信号機の移設、問題点として無線の通じない区間の存在と、運転士の判断だけで前進が可能な運転規則について、JR東海の類似事故の教訓が活かされていないことの2つが大臣や国会から指摘された。このため国土交通省鉄道局の指示により、運転士の判断で無閉塞運転を行っている28事業者は同年5月までに通信手段の確保を待って「運転指令の指示を受け、無閉塞運転を開始する」方式（JR東日本では「閉塞指示運転」と呼ぶ。通達上は「無閉塞運転」開始方法の自主的改善を各社が行った扱い）に変更した。破損状況の調査結果（全車両の両端部分がまんべんなく破損しており、結果として全車両が廃車となった）から、衝突時の車両の安全性向上に関する取組みの強化が指示された。なお、廃車になったうちクハ810-2の運転台は九州鉄道記念館の運転シミュレータに転用されている。