クラシック競走後、一旦は引退が発表される。11月29日、まずハリウッドパーク競馬場で引退式が行われ当日は特製のDVDとポスターが来場者に無料で配布された。12月26日にはブリーダーズカップを制したサンタアニタパーク競馬場において、ファンを前にしての「ラストラン」が披露された。クラシック競走後もゼニヤッタの調教は続けられていたが陣営はこれを「ゼニヤッタの気晴らしのため」などと語り現役続行については一貫して否定しており、2010年1月には故郷ケンタッキーへ移動し繁殖入りする予定とされていた。しかし翌2010年1月16日、シレフスを通じて2010年シーズンの現役続行が発表され、翌17日から本格的な調教を再開した。現役続行の理由について、モスは「彼女は本当のスターだ。私達は彼女が走るところを観たいんだ」と語った。2009年8戦全勝、うち牝馬として85年ぶりのプリークネスステークス優勝を含むG1競走5勝を挙げたレイチェルアレクサンドラとの争いが注目された2009年度エクリプス賞年度代表馬部門では有効投票232票のうち99票（42.7%）を獲得したものの130票（56.0%）を獲得したレイチェルアレクサンドラに及ばず、2年連続で次点となった。最優秀古牝馬部門では満票を獲得し2年連続の受賞を果たしている。
2009年はルイビルディスタフステークス (G2) から始動の予定も、馬場状態の悪化を理由に出走を取り消した。3週間後にミレイディハンデキャップ (G2) で改めて復帰。当日は重賞3連勝中の僚馬・ライフイズスウィートと人気を分け合った。レースは十数馬身離れた最後方から最終コーナーに掛けて一気に位置を上げ、直線で抜け出して勝利。同競走連覇と共に、連勝記録を10に伸ばした。次走のヴァニティーインビテーショナルハンデキャップ (G1) ではキャリア最高となる129ポンド（約58.5kg）の斤量を背負いながら、2着に2馬身半差で快勝。続くクレメント・L・ハーシュステークス (G1) では道中でスミスが終始手綱を押し通しというレース運びであったが直線で最後方大外を追い込み、先行馬を頭差捉えて勝利。12連勝・6つめのG1優勝を果たした。10月10日、ブリーダーズカップへの前哨戦としてレディーズシークレットステークスに出走。前走とは一転、直線入り口で先行勢に並び掛けるとスミスが一度も鞭を使うことなく快勝し、パーソナルエンスンに並ぶデビュー13連勝を達成した。迎えるブリーダーズカップではレディーズクラシック連覇を目指すか初めての牡馬相手となるクラシックへ向かうかが直前まで未定であったが、競走4日前にクラシックへの正式登録が発表される。当日はG1競走2連勝中のアイルランド調教馬・リップヴァンウィンクル、当年G1競走3勝のサマーバード等を抑えて1番人気に支持された。レースでは集団から置かれる形で後方2番手を進んだが、第3コーナーから進出を始めて最後の直線に入った。直線では馬場中ほどの馬群の中にいたがスミスは半ばでゼニヤッタを大外へ持ち出すと、残り100mの地点で先頭を行くジオポンティを交わして1着でゴール。ブリーダーズカップ創設26年目で初めてとなる牝馬によるクラシック制覇を達成した。馬主のモス、管理調教師のシレフスにとっても初めてのクラシック優勝であり、シレフスは前日レディーズクラシックを制したライフイズスウィートから2日連続のメイン競走制覇も達成した。
シーズン終了後、地元ハリウッドパーク競馬場の開催最終日であった11月30日には「ゼニヤッタ・デイ」と銘打ち場内でその姿を一般ファンに公開、ウイナーズサークル内でこの年の活躍を称えるセレモニーが行われた。年明けの2009年1月15日には全米サラブレッド競馬協会 (NTRA) の投票により、レディーズクラシック優勝が2008年度の「モーメント・オブ・ザ・イヤー」に選出。27日にはアメリカサラブレッド競馬の年度表彰・エクリプス賞で、最優秀古牝馬のタイトルを受賞した。年度代表馬受賞も有力視されていたが前年度代表馬・カーリンが153票を集めて2年連続の受賞となり、ゼニヤッタは69票で次点に留まった。
1998年、Jeff Spangenbergが設立。また、設立当初から任天堂の出資を受けている。出だしは順風満帆と程遠い状態でレトロスタジオは設立当初から多くのスタッフの離脱や、それに伴う開発プロジェクトの中止などで苦悩の状態にあった。そこで任天堂は長期間ストップしていた『メトロイドシリーズ』の開発を提供する。それにより、完成した『メトロイドプライム』はアメリカで高評価を受けてビッグタイトルの1つとなった。この大ヒットの背景には元から日本以上にメトロイドの人気が高かったこと、アメリカで人気の高いFPSを採用して非常に高いレベルで完成させながらも従来のメトロイドシリーズの空気や「お約束」を引きついでいったことによると思われる。田邊賢輔ら任天堂の担当者たちは、その腕前を賞賛している。なお、ゲーム・デベロッパーズ・チョイス・アワードにおいて、レトロスタジオは「Rookie Studio of the Year」、『メトロイドプライム』は「Game of the Year」及び「Excellence in Level Design」を受賞した。2002年、任天堂はレトロスタジオの全ての株式を取得して完全子会社化。2003年、任天堂米国法人のMichael Kelbaughが社長に就任。2008年4月、『メトロイドプライム』3部作が終了したことで主要メンバーが退社。これはレトロスタジオの屋台骨を揺らがしかねないもので任天堂は後に「事件」だったとまで称しており、レトロスタジオも先行き不安であったことを後に明かしている。その後、主要メンバー退社と同時期に田邊が宮本茂から提案された「しばらく続編が途絶えた『スーパードンキーコングシリーズ』の新作」をレトロスタジオに持ちかけて『ドンキーコング リターンズ』の制作を開始。2010年6月、E3にて、それまでの水面下の活動と共に『ドンキーコング リターンズ』のゲーム画像を公開。この作品の開発は、それまでの『スーパードンキーコングシリーズ』とはまったく違うジャンルとなった。12月、発売した『ドンキーコング リターンズ』は世界中で大ヒット。また、Game Developers Conference 2010にて、任天堂スタッフからも「（レトロスタジオのスタッフが）一皮剥けた」と完成度を賞賛された。2011年、『マリオカート7』の開発に関わる。その後もビッグタイトルの開発を任されている。2013年、Wii Uの開発キットを受けており、Wii U向けのプロジェクトに取り組んでいると米国任天堂社長のレジナルド・フィサメィが伝えた。2013年6月、Nintendo Direct @ E3 2013にて、『ドンキーコング トロピカルフリーズ』の開発中であること発表。2019年1月25日、任天堂が『メトロイドプライム4』の開発会社をレトロスタジオに変更することを発表。