1964年10月に、トンネルを掘って57人が西へ逃れた。計画したのは西側の冒険家で工科大学の学生も含めて組織的に行われ、西からトンネルを掘り、東側では西の連絡員が手引きした大掛かりな脱出作戦であった。場所はベルナウ通りを挟んで西側のパン屋の地下室から3m下へ掘り、そこから145m進んで、ベルナウ通りの向こう側のある家の裏庭の今にも倒壊しそうな屋外トイレまで半年をかけて掘った。穴の縦はおおよそ70cmで、掘り出した土は西側のパン屋の部屋に積み上げていった。連絡員の間では同年の東京オリンピックにかけて「トーキョー作戦」と呼ばれた。1人は入口の見張りとして東側に合法的に入り東側の国境警備隊の動きを見張った。そして西側の連絡員が暗号電報を使って連絡を取り合い、越境を希望する者を探し、トンネルの入口付近の家に案内し、西側から双眼鏡で監視して尾行されていないことを確認してから無線で東側の家の中にいる者に連絡してドアを開けて家の中に入れた(この時の合言葉はトーキョーであった)。そして裏庭から屋外トイレに行き、便器を取り外して下のトンネルに入り、およそ11分から30分かけて西側のパン屋の地下室に達した。時間がかかったのは途中で水が深くなって息をするのが難しい地点があったことと、トンネルに入った人々は一様に恐ろしさに震え、泣き出す女性もいて、無遊状態無遊状態になって足取りが覚束ない人もいたからであった。それだけに脱出した後は激しい感情の波が押し寄せたとされている。こうして10月3日に28人、4日に29人が西ベルリンに逃れた。内訳は男性23人、女性31人、子供3人であった。しかし5日朝にシュタージに発見されて、裏庭で撃ち合いとなり東側兵士が1人撃たれて死亡したが、西側の4人はトンネル入口のトイレから下へ通じ、そのまま西へ戻ることが出来た。この直後に東ドイツ政府は東西間の境界付近の保安活動は国家保安省(シュタージ)のみで行うことを決めた。この作戦行動は後に助かった57人から「トンネル57」として最も有名なトンネル脱出劇となった。
ヘンリー・キッシンジャーはその著書「外交」の中で、このベルリン問題について、「フルシチョフが東ドイツとの平和条約を断念し、ベルリンの壁の成功が個別の平和条約を不要にしたと宣言したことで、ベルリン危機は終わった。」と述べた。そして「危機を通じて序盤に鮮やかな動きを見せた後に、相手が進退窮まって投了するのを待つチェスの棋士のように振る舞った。しかし外交記録を読むと、交渉で数多の選択肢が示されて論じられ暗示されているのにそれを少しも利用しなかったことは理解しがたいことだ。」「結局フルシチョフは自分が何度も最終期限を設定しながら何もせず、西側同盟国を交渉に巻き込ませた数々の選択肢についても何もしなかった。3年間の最後通牒と血も凍る脅迫（1958年の自由都市宣言と1961年ウイーン会談におけるケネディへの最後通牒）の後でフルシチョフの成功はベルリンの壁を作ったことだが、これは結局、ソ連のベルリン政策の失敗を象徴するものとなった。」「フルシチョフは自ら作り出した絡み合った罠に自らはまり込んでしまった。」としてベルリン危機は翌年秋に起こったキューバ危機とともに冷戦の転換点となったとのべている。この壁建設は結局1958年の最後通牒から大きく後退し、西側に対決するものでなく、東ドイツ人の利益に対立するものであった。そしてこの時は西側は知らなかったが、東側陣営での中ソ対立で中国との関係が悪化していたことが一定程度西側への態度を軟化させていた、とも見られている。この1年後の1962年10月に、キューバにソ連が密かに核ミサイル基地を建設しようとしていたことを発見した米国はキューバを海上封鎖してソ連にミサイル基地撤去を迫り、核戦争の一歩手前まで行ったがうまく回避しソ連のミサイル基地撤去を勝ち取った。
オーストリアではドイツ人・非ドイツ人問わず反プロイセン論調が支配的になっていた。オーストリア政府もガスタイン協定を結んだにもかかわらず、その後徐々にプロイセンとの連携路線から離れ、中小邦国の支持を取り戻すことを目指すようになった。それが表面化したのが、1866年1月23日にオーストリア当局の許可の下、アルトナでアウグステンブルク公派の集会が開催されたことだった。ビスマルクはこれを「ガスタイン協定を撤回させようとする運動へのオーストリア当局の加担」と批判し、もしオーストリアがそれを止めないなら「あらゆる政策」を辞さない旨を伝達した。しかしいまやオーストリアも徹底抗戦の構えであり、2月21日に皇帝出席の下に開催されたオーストリア閣議はプロイセンに一切の譲歩を行わないことを決定した。プロイセン側も2月28日に御前会議を開催したが、皇太子を除く全員が対墺開戦不可避の認識を示した。またイタリアやフランスと協定を結ぶことを目指すことが確認された。ビスマルクはこの席上で改めてドイツ・ナショナリズムのためにオーストリアを打倒する意思を示した。イタリアではイタリア統一戦争の結果、1861年にサルデーニャが母体となってイタリア統一国家イタリア王国が誕生していたが、いまだローマ周辺の教皇領とオーストリア領ヴェネトがイタリア統一の課題として残されていた。ヴェネト領有権を餌にイタリアを味方に引き入れ、1866年4月8日にはナポレオン3世の了解のもとに普伊秘密協定を結んでイタリア参戦の約束を取りつけた。またドイツ中の自由主義・民主主義・ナショナリズムの支持を得るべく、普伊協定締結の翌日の1866年4月9日にドイツ連邦議会に対して普通・直接・平等選挙によるドイツ国民議会を創設することを提案した。オーストリアが反対するのは分かりきっていたので、それによって「民族に背を向けるオーストリア」「民族のために戦うプロイセン」を自由主義者に印象付けようとした。4月25日にオーストリア政府はプロイセン政府に対してガスタイン協定を破棄し両公国のことはドイツ連邦議会に委ねるべきと提案した。もちろん連邦議会にかければアウグステンブルク公独立公国が可決されるし、プロイセンがそれを認めない事は明らかなので、これは事実上の宣戦布告だった。緊迫する情勢の中の5月7日にビスマルクは革命家カール・ブリントの養子でテューリンゲン大学学生フェルディナント・コーエン＝ブリントに狙撃される暗殺未遂を受けた。ビスマルクはこの暗殺未遂事件をもロシアの取り込みに利用し、自分は革命勢力から命を狙われるほどの熱心な君主主義者であることがロシア皇帝の耳に入るようにするよう駐ロシア大使ハインリヒ・フォン・レーデルン伯爵に命じている（ビスマルクが普通選挙によるドイツ国民議会を提案したという話を聞いたロシア皇帝は、彼を革命主義者ではと疑うようになっていた）。他方でロシア皇帝に知られたら今度こそ革命主義者と疑われるであろう交渉、すなわち亡命中の反墺ハンガリー革命家との交渉にもあたった。一方ナポレオン3世は開戦直前の6月12日にオーストリアとの間に墺仏秘密協定を締結した。これはフランスが中立を守る代償としてオーストリア勝利後にはオーストリア領ヴェネトの領有権をフランスを介してイタリアに渡すことを約定したものだった（フランスから条件を付けてイタリアに渡すことでフランスがイタリア統一をコントロールできる）。またこの際にオーストリアは口頭でだが、バイエルンやヴュルテンベルクなどライン諸邦国がかつてのライン同盟に類似した新ドイツ連邦を作り、フランスと近しい関係になることに反対しないことを約した。ナポレオン3世はプロイセンが不利と見ていたのでプロイセンからは事前の秘密協定を取らず、プロイセンが危機に陥ったのを待ってそれ以上の要求を行うつもりだったと見られる。ナポレオン3世の企みを阻止するためにはフランスが介入する余地のない素早い軍事的成功が必要であった。