メモリアドレス a は、a が n バイトの倍数（n は2の累乗）であるときに、「n バイトアライメント」と呼ばれる。この場合、バイトはメモリアクセスの最小単位である。つまり、各メモリアドレスは異なるバイトを指定する。二進数で表現した場合、n バイトアライメントされたアドレスの下位の桁は、最小で log₂(n) 桁がゼロになる。「b ビットアライメント」は、「b/8 バイトアライメント」とも表現できる（例えば、64ビットアライメントは8バイトアライメント）。アクセスされるデータが n バイト長であり、データアドレスが n バイトアライメントされている場合、メモリアクセスは「アラインされている」(aligned)という。メモリアクセスがアライメントされていない場合は、「アラインされていない」(misaligned)という。定義上、バイトメモリアクセスは常にアラインされている。n バイト長のプリミティブ・データを参照するメモリポインタは、nバイトアライメントされたアドレスのみを含むことが許可されていれば、「アラインされている」という。データ集合体（構造体または配列）を参照するメモリポインタは、集合体内の各プリミティブデータがアラインされている場合かつその場合にのみ、アラインされている。上記の定義は、各プリミティブデータが2の累乗バイトの長さであると仮定している。これが当てはまらない場合（x86の80ビット浮動小数点の場合など）、コンテキストはデータがアラインされているとみなされる条件に影響する。構造体は、スタックに静的なサイズで、またはヒープ上に動的なサイズで格納できる。
同年、夏休みも終わった9月15日海軍の二年現役に服役することになった。海軍省に集合すると、軍服を渡されて敬礼の訓練を受け、翌15日には約百名の医官と共に横須賀の砲術学校に送られた。10月15日には築地軍医学校で教育を受け、医官約百名は実戦部隊に配属された。薬剤官十名は日米開戦の詔勅を正装して築地で聞く。翌年1月15日連合艦隊司令部付の命を受け、岩井は呉に寄港していた旗艦「長門」の長官山本五十六大将に伺候した。勤務を命じられた「陸奥」に向かうランチから、一本煙突の戦艦を見たが、これが艤装中「大和」であった。間もなく大和は連合艦隊に加わり、長官旗は「大和」に移された。月末「大和」の主砲の試射が行なわれ、「陸奥」は標的の曳艦となった。5万m遠方から発射後1分足らず、陸奥から500m離れた標的艦が砲弾による数本の水柱に包まれた。5月に退艦して佐世保海軍病院勤務となり、食品検査、艦船への医療品の補給が任務だった。1943年9月に第4艦隊（トラック島）に配属となり、追浜からサイパン経由でトラック島、夏島の病院に着任した。病院は南方向きの建物で、屋根には赤十字の標識があった。病室はガダルカナルの引き揚げの痩せた患者であふれ、2，3ヶ月後トラック島は大空襲を受け、脱出した山本長官は戦死、岩井は戦況ただならぬものを感じた。翌年の4月にパラオに分院を建設するため、病院船高砂丸で、重症患者、日赤看護婦20名と共にパラオに向かった。環礁の入口で触雷、大音響とともに電気が消え、船内は真っ暗になって、船体に穴が空き、船は刻々傾きはじめた。残る推力で浅瀬に乗り上げ沈没を免れた。患者と看護婦はボートで無名の小島に移したが、直射日光下、水を求める患者に椰子の水をふくませた。多くの患者が息を引き取っていった。パラオ島では洞窟に病院を作るべく民間の家具を買いつけに歩いたが、毎日の爆撃で仕事は思うに任せず、岩井はデング熱に罹り、最悪の状態となった。気力で2週間を切り抜けて、7月に開院してトラック島に帰ることになったが、サイパンの攻撃が始まって便がなくなり、岩井は病院船氷川丸でトラック島に向かった。トラック島に帰着すると、岩井はマンゴ拾いやバナナの手入れ、リーフを焼いて生石灰を作り、海水とコプラで石鹸を作った。これが評判となり、司令部は補給部隊を山の中に編成した。兵器に詳しい山末少佐は煙幕発煙筒からクロルスルホン酸、水際攻撃砲弾からは金属ナトリウムを取り出し、また黒色火薬を水をはった盥の中で棒で突き硫黄と炭素を残し硝石の溶液を作った。冷蔵庫からアンモニア等化学薬品を揃え、二人で階級無視の部隊で半田づけ用の塩酸、石鹸のほか澱粉と前述の炭素末を練り、木片につけ、濃硫酸につけて発火させる原始的なマッチをつくり、バナナの葉を苛性ソーダにつけて繊維をとり、芭蕉布まで作って、今様ロビンソン・クルーソーの生活が始まった。主食は甘薯であったが、スコールによってカリ分が洗い流された土地に硝石を肥料としてまいたので、収穫は他部隊の倍となった。蛋白源としては壜に爆薬を詰め、水銀とＮａアルコールで合成した雷汞を用いて作った雷管をつけて、水中に投げ込み浮き上がった魚を収穫した。おかげで終戦までこの部隊には一人の栄養失調者もでなかった。ある日、沈船から大砲を山の岩穴に配置したが射表通りでは命中率が悪いとの話を司令部で聞き、水平か水平を基準とした備付けの射表は修正を必要とした。岩井は放物線の計算として補正表を作成し、また山末とともに爆弾を岩窟から水際に飛ばす装置を作り恩賜の煙草を賜った。1945年（昭和20年）8月特殊爆弾によって、広島が攻撃されたとの報を受け山末は原爆の原理を岩井に解説した。1945年（昭和20年）8月20日終戦の詔勅を聞き、兵に伝えるように命令された。兵士に「武力で敗れたが文で勝つことを考えよう」と訓話した。兵員大部分は敗戦を予想していたのか兵士には大した動揺はなかったが、本職の軍人の方が落ち込んでいた。終戦後1週間もしないうちに米軍が武装解除に現われた。病院には医官が来て米軍の捕虜を引き取り、スルファミン等緊急に必要な薬品を供給した。病院から武器の整理を道路の補修作業に人が駆り出された。昼食には箱詰め貯蔵食が支給された。食料の不十分なトラック島は、人減らしのため応召の人から早々と日本への送還が始まった。岩井は12月13日米軍のLSTに四百人の軍属と乗船する。英会話の理解が出来たのは岩井一人であったので、航行中の責任者に使命された。船長は若い大尉の本職の軍人だったが、直接監督していた中尉殿は招集された大学院生で、話し合っている中に「義務を終えて早く大学に帰りたい」等と意気の合った会話が弾んだ。12月27日浦賀入港、復員の手続きを終えると、前日、岩井の帰還の通知を受けた父が控室に待っていた。父も朝鮮から10月に着の身着のまま引き揚げたばかりだった。