皇帝は講和したが、フランソワとヘンリーの間の戦いは続いた。王太子アンリが軍をモントルイユに進め、ノーフォーク公の包囲を解いた。ヘンリー自身は1544年9月末にイングランドに戻り、ノーフォーク公とサフォーク公にはブローニュの防衛を命じた。しかし、今や皇帝はすでに戦争から離脱しており、皇帝からの援軍が期待できないことと、フランス軍が全軍でイングランド軍と戦えることがイングランドにとって不利であった。イングランド軍は混乱に陥り、さらに接近してくるフランス軍が5万人もいるという噂を聞くと、二人はすぐ命令に背き、4千人を残してイングランド軍の大半とともにカレーに戻った。今度はイングランド側のカレー守備軍が数で上回られ、フランス軍に包囲された。王太子アンリは誰にも邪魔されないのを見てブローニュ包囲に集中した。そして、10月9日の総攻撃が成功しそうになったが、まだ占領も終わらないうちに略奪に走ったため逆に撃退された。カレーでは和平交渉が行われたが全く進展しなかった。ヘンリーはブローニュ返還拒否とフランスのスコットランド支援禁止という2点を決して譲らなかったからである。カール5世が仲介役を務めたが、自らもヘンリー8世との不和を抱えていたため交渉をまとめることができなかった。ヘンリー8世に譲歩させるため、フランスはある行動に打って出た。イングランド上陸計画である。その準備としてノルマンディーに3万人の陸軍を集め、船400艘をル・アーヴルで待機させた。艦隊の指揮官はクロード・ダヌボーだった。1545年5月31日、フランス遠征軍がスコットランドに上陸した。7月、初代ノーサンバーランド公爵ジョン・ダドリーが艦隊を率いてフランス艦隊を攻撃したが、天候不順で失敗した。しかし、フランスもアクシデント続きであった。ダヌボーの旗艦が炎上し、その代わりの旗艦が座礁した。ともかく、7月16日に出港したフランスの大艦隊は19日にソレント海峡に入り、短期間ながらソレントの海戦を戦った。攻撃は失敗し、イングランド艦隊にほとんど損害を与えられなかった。一番大きい損失をおこしたメアリー・ローズの沈没は事故であった。21日にフランスのワイト島侵攻がおき、25日にもフランス軍がシーフォードに上陸したが、どちらも短期間で撃退され、結局フランス艦隊はブローニュの海上封鎖に戻った。ダヌボーは8月15日に最後の攻撃としてビーチー岬に上陸したがこれも短期間で撤退した。
国家元首の大統領は、主として象徴的な役割を果たすにすぎないが、立法に対する拒否権をもつ。国民の選挙によって選ばれ、任期は5年。行政府の長である首相は、議会での選出後、大統領が任命する。現在は第3代大統領のタウル・マタン・ルアクが1期目を務めている。立法府は、一院制の国民議会で、定数は、52以上65以下の範囲で法律によって定められる。現在は65。ただし、第1期のみは特例として88議席。議員は、国民の選挙によって選出され、任期は5年。2007年6月30日に行われた選挙では、東ティモール独立革命戦線（フレティリン）が21議席、東ティモール再建国民会議 (CNRT) が18議席、ティモール社会民主連合と社会民主党の統一連合が11議席、民主党が8議席、他に3つの政党・統一連合が計7議席を獲得し、東ティモール再建国民会議を中心とする反フレティリン連立政権樹立が合意された。東ティモールの政党も参照のこと。独立後のフレティリンは左派色を薄め、資本主義国との関係を重視している。独立直後の2002年7月にはポルトガル語諸国共同体に加盟している。また、インドネシアとの外交関係の安定も志向し、東南アジア諸国連合 (ASEAN) へのオブザーバー資格獲得や正式加盟も模索しているが、独立戦争以来の諸問題の解決が多く残り、経済的な格差も大きいため、まだ正式な加盟交渉には至っていない。2006年6月23日、シャナナ・グスマン大統領から辞任を求められていたアルカティリ首相が辞任を表明した。26日、アルカティリ首相は、グスマン大統領に正式に辞表を提出、受理された。首相が首都ディリ市内の公邸で辞任表明を読み上げると、市民は歓迎し、騒乱の収拾・事態正常化への期待を高めた。7月8日、グスマン大統領は、前首相の後任にノーベル平和賞受賞者のジョゼ・ラモス＝オルタ前外相兼国防相を任命した。前首相の与党のフレティリンが推したダ・シルバ農相を第一副首相に、デ・アラウジョ保健相を第二副首相に起用する。2006年7月14日、オルタ内閣の就任宣誓式が、首都ディリで行われ、同内閣が正式に発足した。14閣僚のうち6人が新任で、残りの6人は前内閣からの再任である。国防相は、オルタ首相自身が務める。オルタ首相の任期は来年5月の総選挙まで。オルタ首相は施政方針演説で、アジアの最貧国である東ティモールの経済をインフラ建設などを通じ底上げし、復興を目指すと表明した。2007年4月9日、東ティモール大統領選挙が行われた。これは、2002年独立以後初めての国政選挙となった。登録有権者数は約52万人。独立運動指導者でノーベル平和賞受賞者のラモス・オルタ首相（シャナナ・グスマン大統領（当時）に支持されている）、旧与党・東ティモール独立革命戦線（フレティリン）のフランシスコ・グテレス（通称ル・オロ）国会議長、野党・民主党のフェルナンド・ラマサ党首ら8人が立候補したが、4月18日、選挙管理委員会は過半数を得た候補がいなかったとして、1位のグテレスと2位のオルタ両候補による決選投票を実施すると発表した。得票率はそれぞれ27.89%、21.81%で、投票率は81.79%だった。5月9日、決選投票が行われ、即日開票作業が行われた。そして、ラモス・オルタが制し、5月20日に第2代大統領に就任した。2007年6月30日に行われた議会選挙では、グスマン党首率いる東ティモール再建国民会議 (CNRT) が18議席を獲得し、議会第2党に躍進。東ティモール独立革命戦線は、かろうじて第1党であったが、65議席中21議席と大幅に議席を減らした。これは前大統領シャナナ・グスマンがCNRTを結成して選挙に挑んだからにほかならない。ラモス・オルタ大統領は、与野党による挙国一致内閣を目指したが、フレティリンのマリ・アルカティリ書記長は、これに異を唱えた。一旦はその考えを受け入れたが、CNRT率いる野党連合とフレティリンは、何週間も論争を繰り返したが合意には至らなかった。これにより、ラモス・オルタ大統領は、反フレティリン野党連合（37議席）による連立政権を組閣することを決断。8月6日にグスマン党首を首相に指名し組閣を指示、8月8日にグスマンは首相に就任した。これに対して、首相は第1党から出すと定めた東ティモールの憲法に違反するとして、アルカティリが法的手段で闘うと述べ、首相就任宣誓式出席をボイコット、フレティリンはラモス・オルタ大統領の決定を非難した。そのうえ、議長もフレティリンではなく、連立を組んだ民主党のアラウジョ党首が就任した。しかし、連立政権は反フレティリンで一致しているだけで、初代大統領として国の混乱を招いた責任は免れないというグスマンへの個人批判を述べるものもいるという側面もある。連立政権はCNRT、社会民主党、民主党等4党。副首相にグテレス。外相に社会民主党幹部のダコスタ。なお、グテレスはフレティリン反主流派。議会選挙では「フレティリン改革派」を組織し、CNRT支援に回った。