『日本書紀』巻第十九によると、欽明天皇26年5月（565年）に高麗（高句麗）の人、頭霧唎耶陛（ずむりやへ）らが筑紫国にやってきて、山背国にとどめ置かれた、という。また、同31年4月（570年）には、越国の人である江渟臣裙代（えぬ の おみ もしろ）が「高麗の使節が暴風と波に苦しんで迷って港が分からなくなり、水に流されるままに漂流して、岸にたどりついています。道君（＝地方豪族)が隠匿していますので、私が報告します」と奏上した。天皇は自身の徳が遍く行き渡っているものと喜び、その月のうちに、東漢直糠児（やまとのあや の あたい あらこ）・葛城直難波（かずらき の あたい なにわ）を派遣して、その高句麗の使節を迎えた。5月に膳臣傾子（かしわで の おみ かたぶこ）を越に派遣して、饗応した。7月に使節は近江国に来た。同月中に許勢臣猿（こせ の おみ さる）と吉士赤鳩（きし の あかはと）に命じて、難波津から出発して、船を佐々波山（今の逢坂山）に引き上げさせて、使節を近江の北の山（琵琶湖北岸）に迎えさせた。山背国の相楽郡（さがらのこおり）に用意してあった館（むろつみ）に引き入れて、東漢坂上直子麻呂（やまとのあや の さかのうえ の こまろ）・錦部首大石（にしこり の おびと おおいし）を遣わして護衛させ、館で饗応させた。同32年（571年）、春が過ぎようとしていたが、使節は天皇の病気のためか、高句麗の献上物や書状を奏上することができずにいた（同月、新羅に坂田耳子郎君が派遣され、任那が滅んだ事情を確認している）。任那日本府再建を遺言して、天皇は崩御した。以下は、『書紀』巻第二十の内容になる。翌年5月（572年）、即位したばかりの敏達天皇は押坂彦人大兄皇子と蘇我馬子大臣に、前年の高句麗の使節のことを尋ね、使節によってもたらされた貢ぎ物を検査・記録して、都へ送らせた。さらに高句麗の国書を大臣に授けられ、3日かかっても誰も解決できなかったのを、船史（ふねのふひと)の祖先である王辰爾（おうじんに）のみが読み解いた。6月、高句麗の大使は副使たちに、越の道君が天皇だと詐称したために、国の調の一部を渡してしまったことを責め、国王に報告すると脅された。口封じのため、副使たちは大使を賊の仕業に見せかけて殺害した。接客役の東漢坂上直子麻呂は、翌朝取り調べを行ったが、副使たちは「大使は天皇から妻を賜りましたが、大使は受け入れなかったので、礼儀に反すると私たちが天皇のために殺しました」と嘘をついた。大使の亡骸は礼式をもって葬られた。7月に使節たちはかえっていった。というような出来事があった上での、以下の記述である。
主人公は情報科学系学科に通っており、ストーリーもOSやネットワークといった情報技術を軸に展開されていくことになる。主人公が通う街は、大学を中心に構成された学園都市であり、また政府の事業指定を受けて一般家庭にまで高速ネットワークが整備された高度情報化都市でもある。主人公が通う生川大学は架空の学校であり、所在地の生川市も同様である。ただガイドブック中では、製作スタッフが生川市のモデルは名古屋市であると明言している。また製作にあたってもシナリオライターが、作家で名古屋大学助教授の森博嗣の著書を参考にしたと言っていることから、生川大学のモデルも名大であると考えられる。
飛鳥寺の伽藍は、往時は塔（五重塔）を中心とし、その北に中金堂、塔の東西に東金堂・西金堂が建つ、一塔三金堂式伽藍配置という方式の伽藍の配置がされていた。これらの1塔、3金堂を回廊が囲み、回廊の南正面に中門があった。講堂は回廊外の北側にあった。四天王寺式伽藍配置では講堂の左右に回廊が取り付くのに対し、飛鳥寺では仏の空間である回廊内の聖域と、僧の研鑚や生活の場である講堂その他の建物を明確に区切っていたことが窺われる。中門のすぐ南には南門があった。回廊外の西側には西門があったことも発掘調査で判明している。塔跡は、壇上積基壇（切石を組み立てた、格の高い基壇）、階段、周囲の石敷、地下式の心礎などが残っていたが、心礎以外の礎石は残っていなかった。心礎は地下2.7メートルに据えられ、中央の四角い孔の東壁に舎利納入孔が設けられていた。舎利容器は建久7年（1196年）の火災後に取り出されて再埋納されており、当初の舎利容器は残っていないが、発掘調査時に玉類、金環、金銀延板、挂甲、刀子などが出土した。出土品からは、この寺が古墳時代と飛鳥時代の境界に位置することが窺える。中金堂跡は、壇上積基壇跡が残るが、基壇上の礎石は残っていなかった。『護国寺本諸寺縁起集』によれば、中金堂は「三間四面 二階 在裳階」の建物で、身舎（内陣）の柱間が正面3間、側面2間、その周囲に庇（外陣）が廻り（建物の外側から見ると正面5間、側面4間）、重層の建物であったとみられる。裳階（もこし、本来の屋根の下に設けた屋根）は当初からあったものかどうか不明である。東西金堂跡の基壇は下成（かせい）基壇上に玉石を並べた上成（じょうせい）基壇を築いた二重基壇で、塔・中金堂の壇上積基壇よりは格の下がるものである。二重基壇のうち上成基壇の礎石は失われ、下成基壇には小礎石が並んでいた。この小礎石がどのように用いられたかは不明であるが、深い軒の出を支えるための小柱が並んでいたものと推定される。中門は礎石の残りがよく、正面3間、奥行3間で、法隆寺中門のような重層の門であったと推定される。奥行が深い（3間）のが上代寺院の中門の特色である。南門も礎石の残りがよく、正面3間、奥行2間で、切妻造の八脚門であったと推定される。昭和52年（1977年）の調査で、寺域北限の掘立柱塀と石組の溝が検出された。昭和57年（1982年）の調査では、寺域北側を区切る塀が南方に折れ曲がる地点、すなわち、寺域の北東隅が確認された。この結果、飛鳥寺の寺域は従来推定されていたより広く、南北が324メートルに達することが分かった。東西の幅については、寺域北端の塀の長さは約210メートルであるが、この塀の東端は南方へ直角に折れるのではなく、南東方向へ鈍角に折れており、寺域は南側がやや広い台形状になっている。主要伽藍はこの寺地の中央ではなく南東寄りに建てられており、寺域の東部と北部にはさまざまな附属建物が存在したと推定される。