1540年6月10日、ノーフォーク公から叛逆罪で告発されたクロムウェルは、突然逮捕されてロンドン塔に収監され、人権喪失法により私権を剥奪された。7月9日には王とアン・オブ・クレーヴズは正式に離婚し（実際には再度の婚姻無効化が議会で承認された）、同月28日5番目の妻となるキャサリン・ハワード（かつての妃アン・ブーリンの従妹にして、ノーフォーク公の姪）と結婚した。その裏で同日、ひそかにクロムウェルが処刑されたのである。ヘンリー8世はこのかつての片腕を処刑する際に、わざと未経験の処刑人に担当させて苦痛を味わわせたという。処刑後、クロムウェルの首はかつての政敵トマス・モア同様、ロンドン市街に臨むロンドン橋に架けられた。なお、この日国王と結婚したキャサリンはわずか1年半後に処刑され、ヘンリー8世は6人目となる最後の妻キャサリン・パーを得ることとなる。
ヘンリー8世はキャサリンとの婚姻の無効化後、アン・ブーリンと再婚するが、第2王女エリザベスを儲けた後、侍女のジェーン・シーモアに心移りしてしまう。アン王妃はやがて反逆罪を着せられ、ロンドン塔で処刑され、ヘンリー8世はジェーンと3度目の結婚に臨んだ。どこまでもヘンリー8世に忠実なクロムウェルは、王によるアンの処刑およびジェーンとの婚姻を全面的に支持していた。失脚したきっかけは、1537年のジェーン王妃の早すぎる産褥死の後、王の4度目の再婚相手としてアン・オブ・クレーヴズを推したことであった。隣国との関係悪化を牽制するため、同盟国を欲したクロムウェルは、大陸各国の宮廷から新たな王妃の候補を探索させた。クロムウェルは、宮廷画家ハンス・ホルバインを欧州大陸の各国宮廷に派遣し、妃候補の肖像画を描かせたという。やがてクロムウェルは1539年、イングランドとの婚姻に重大な関心を抱いていたユーリヒ＝クレーフェ＝ベルク公ヨハン3世の娘アンナ（アン）を王に推挙することになった。しかし実際にイングランドへやってきたアンに謁見した王は、ホルバインによるアンの肖像画と実物とのあまりの違いに激怒したという。結局1540年1月6日に行われたこの結婚は半年しか持たなかった。クロムウェルに抑えられていた政敵たち（特にノーフォーク公トマス・ハワードなど）はこれを絶好の機会と捉え、クロムウェル失脚に動いた。
ヘンリー8世とクロムウェルの宗教改革は、上記の2大法令の制定に留まらなかった。やがてその情熱は修道院の解体へと注がれることになる。修道院はイングランド国内にあるにもかかわらず、国外にある教皇庁の支配下にあるという宗教上の弊害があった上に、経済的にもイングランドの富を集中保有していると見なされたためである。クロムウェルはこれら修道院の資産を王室へ移管することで、王権を強化することを進言した。1535年宗教上の国王代理（Vicegerent in Spirituals）に指名されたクロムウェルは、宗教裁判の管轄権を有し、さらにカンタベリーとヨークの教会管区を統合。さらに総監督代理（Vicar-general）となった後、1536年に小修道院の解散法を議会で通過させ、つづいて1539年には大修道院の解散法を成立させた（修道院解散）。1540年3月23日、ロンドン北東部に最後に残ったウォルサム修道院が解散を命じられ、中世以来イングランドにおいて重要な役割を担ってきた修道院は軒並み姿を消す。そのあまりの過酷さに、修道士たちはクロムウェルを「修道士の鉄槌」（malleus monachorum）と呼んだという。一連の法令で解散させられた修道院は400以上ともいわれる。それらが所有していた財産は王室経済を潤したが、ヘンリー8世によって起こされたフランスやスコットランドとの無意味な戦争の戦費決済に費やされることになる。結局、没収された修道院の土地はやがて王室の手を離れて、ジェントリ（郷紳）・都市市民層へ流出し、これらの層が成長していくきっかけとなる。さらにクロムウェル主導の下、ウェールズの合同法が議会を通過し、1536年にウェールズとイングランドが統合された。これらの功績により、1536年7月9日にはウィンブルドンのクロムウェル男爵として貴族に列せられ、さらに1539年には侍従長、1540年4月18日にはエセックス伯となっている。
（参考文献：）この騒動の後、イギリスでは13歳の少年と12歳の少女（妊娠当時は小学生）という、イギリス史上最年少の父母が2014年に話題となり（法改正により実名と写真は非公表）、これをスクープとして報じたのもAの時と同じザ・サンであったことから、Aの一件が再び話題となった。18歳になっていたAはサンのインタビューに応じ、「今は幸せかもしれないが、18歳になる頃には違う見方をしているだろう」と警鐘を鳴らした。「そのような若い年齢でセックスをしたことは、私の人生を台無しにした。」と述べて12歳当時のセックスを認めた上で、「私はGCSE（中等教育修了認定）を受けることなく学校を去らなければならなかったし、就職もかなっていない。私が父親であったとしたら、どれほどの困難を強いられていたか、想像だにできない。」「自分の子供だと思った瞬間、喜びとともに、自分の人生にどのような影響を及ぼすのかと恐れを抱いた。」と述懐した。また、「私がパブに行くと、必ず誰かが話しかけてくる。フェイスブックでは何千ものメッセージを受け取る。どこへ言っても私は人々から（13歳の父として）認識されるだろう。私は店で仕事をすることさえできない。」と現状の困難を述べた。Aの母親(47)は「Aと少女はとても親密だったが、Aがあまり女の子に関心がないように見えたことから、お互いの家に宿泊させていた。」「私は彼らがセックスをしているなんて夢にも思わなかった。彼はまだ幼く見えたし、私は彼が思春期にあることを思いもしなかった。」「Aと少女がセックスをしたのはそんなお互いの家での宿泊の中でだった。4ヶ月後、少女は彼に妊娠していると伝えた。」「私は彼らが何をしているのか知らなかったことに不安を抱いたので、それを確かめるためにDNA検査を勧めた。」と述べ、2011年に行った童貞発言を翻した。最後にAは「（2014年の少年少女に）今後何が待っているのかはわからないが、私は彼らを支えてくれる家族がいることを望んでいるし、彼らが問題に対処していけることを願っている。」と述べ、「私はあの後2人の少女と交際したが、まだ子供を持つつもりはない。それは私の人生でもっと後のことだ。」と述べた。