4世紀後半には畿内において確立したヤマト王権の影響が東国に及び、銚子塚古墳のほか静岡県の松林山古墳、長野県千曲市の森将軍塚古墳など東海・中部地方においても前方後円墳が出現し、この地域の首長の序列化が行われていたと考えられている。甲斐銚子塚古墳は後円部の三段築成や石室構造・埋葬頭位、朱の使用、葺石、埴輪などの副葬品から、中国の神仙思想に起源を持つ畿内の埋葬形態や古墳儀礼との共有性が指摘される。また、副葬品としてヤマト王権への服属の代償に分与されたとする説がある三角縁神獣鏡がみられることから、この時期に中道地域はヤマト王権に組み込まれ、新興勢力あるいは王権に服属した弥生時代以来の在地勢力による築造であると推定されている。銚子塚以後の中道地域では、丸山塚古墳や天神山古墳を経て古墳の規模は縮小している。同盟関係が指摘される岡銚子塚古墳を中心とした笛吹市八代地域でも同様に規模を縮小させており、ヤマト王権の東国中継地としての役割が低下し、丘陵地域の勢力は衰退していったと考えられている。また、東国においては主要な交通路に一定間隔で畿内型古墳が分布する傾向があり、古代甲斐国においても同盟関係をもつ連合政権の一因としてヤマト王権の中継地点になっていた可能性が考えられている。『古事記』『日本書紀』には景行天皇皇子のヤマトタケルノミコト（倭建命、日本武尊）が東征の帰路に酒折宮（甲府市酒折）へ立ち寄り、「御火焼之老人」と問答歌を交わしたという伝承がある。この酒折宮伝承の歴史的背景に関して磯貝正義・原秀三郎は、ヤマト王権により東征の論功行賞が反映されており、「御火焼之老人」は銚子塚古墳の被葬者に相当すると解釈する説があり、古代甲斐国は甲斐銚子塚古墳が築造された4世紀段階においてヤマト王権に服従したとした。一方で、酒折宮伝承は6世紀段階の甲斐国と畿内の関係を示しているとする説もある。
曽根丘陵一帯では弥生時代後期後半から古墳時代前期前半にかけての方形周溝墓が多数造営された上の平遺跡があり、この時期から甲府盆地において安定した生産力が確保できる地域であったと考えられている。このため古墳時代前期に富士山西麓（のちの中道往還）を経て東海地方から古墳文化が流入し、甲府盆地では東海系土器の特徴を有する土器やS字甕が出土しており、これは甲斐銚子塚古墳においても共通する。こうした基盤の上に、米倉山東麓には山梨県内最古の古墳で、唯一の前方後方墳でもある小平沢古墳が築かれる。なお、甲府盆地では古墳時代前期に遡る前方後方墳が小平沢古墳を唯一とし、弥生時代以来の方形周溝墓が古墳時代中期に至っても築造され続ける特徴があり、伝統的な墓制に執着した背景が指摘される。小平沢古墳に次いで甲斐銚子塚古墳に先行する大丸山古墳が築造され、伝統的な方墳の分布する東山地域において初めて前方後円墳が出現する。前方後円墳は3世紀後半に西国において出現する形態で、ヤマト王権との関わりを示す古墳とされる。なお、東山古墳群から南西に位置する金沢古墳群には天神山古墳が所在する。天神山古墳は全長132メートルで甲斐銚子塚古墳の次ぐ規模の前方後円墳で、くびれ部から出土した須恵器の年代から築造は古墳時代中期とする説がある。一方、天神山古墳の立地や、その後採集された土師器の時期の年代から大丸山古墳・甲斐銚子塚古墳に先行する古墳時代前期の築造とする説もある。
2000年11月1日、ヤクルトスワローズに入団。背番号は3。当時、フロリダ州で家と車を購入したばかりでそのローンが残っていたため、当初は「1年だけ日本で金を稼いで、（ローンを）返済したらすぐに戻る」つもりだったという。来日1年目の2001年は138試合出場、打率.280・29本塁打・88打点の好成績をマークし、チームのリーグ優勝と日本一に貢献した。当初の契約では「5番・右翼手」での出場を確約されていたが、キャンプ初日に当時右翼手のレギュラーだった稲葉篤紀の守備を見て「自分は彼（稲葉）には勝てない」と感じ、左翼手に転向した。2002年も139試合に出場し、3割近い打率を残した。一方でリーグ最多の146三振を喫した。2003年は読売ジャイアンツへ移籍したロベルト・ペタジーニに替わって4番に座り、全140試合に出場、打率.333・40本塁打・124打点の成績を収めて打点王・本塁打王・最多安打・ベストナインの各タイトルを獲得。来日3年目で初の3割達成となった。2004年8月21日の対阪神タイガース戦（明治神宮野球場）では、トレイ・ホッジスからランニング本塁打を放った。この年は故障離脱もあり、ヤクルト時代では最も少ない129試合の出場だったが打率.305、31本塁打、110打点の成績を残した。終盤には代理人の意向もあって移籍が取り沙汰されたが、本人の希望もあって残留。その際、義理の息子であるアレックス・ラミレス・ジュニアの入団が決め手となった。2005年は3割は逃したが、引き続きチームの4番打者としてチームに貢献した。2006年は26本塁打・112打点を記録するものの、636打席で四球はわずか19個と選球眼の悪さが露呈し、出塁率.289は両リーグで最低だった。2007年10月4日の対横浜ベイスターズ21回戦（明治神宮野球場）において、外国人選手・右打者としては史上初のシーズン200本安打を達成、打率も.343、安打数は最終的に204安打まで達した。また、このシーズンは打率.343、122打点をマークして、100打点、200安打、打率.300以上の「100・200・300」を同時達成しているが、これは日本プロ野球史上唯一の記録で、メジャーリーグに渡った日本人選手でも、2005年の松井秀喜（ニューヨーク・ヤンキース）が114打点、192安打、打率.305を残したのが「最接近記録」で、NPB/MLBを通じて100打点以上の経験がないイチローも到達していない。この記録は確実性と長打力に加えてケガにも強い耐久性を兼ね備えていることの証ともいえるもので、MLBで最も多く記録しているのは2130試合連続出場記録を残したルー・ゲーリッグ（ヤンキース）の8回である。シーズン終了後に球団側との契約交渉が決裂したことで退団が決まり、11月30日に自由契約公示。12月29日、読売ジャイアンツへの入団が正式に発表された。入団会見は巨人初のビデオレターによるものとなり、会見では「このチーム（巨人）に足りないものを加えに来た」とコメントした。