慶応3年12月14日（1868年1月8日）、新遊撃隊に改称されたが、12月25日（1月19日）、見廻組に名称を戻し戊辰戦争に参加、慶応4年1月3日の鳥羽・伏見の戦いにおいて、鳥羽街道での先鋒として薩摩藩兵らと交戦するが、銃を装備していなかった先頭の見廻組は苦戦し、他の幕府軍と共に退却する。6日、橋本付近での戦闘に参加するが、戦闘を指揮していた佐々木只三郎が重傷を負った。大阪へ敗走後は、徳川慶喜が大阪城を脱し、江戸へ向かったため、旧幕軍は抗戦を断念。旧幕軍のうち、諸藩兵は国元へ、幕臣と会津藩兵は負傷兵を中心に富士山丸と順道丸に乗船となり江戸へ向かった。ただ見廻組の多くの隊士は他の旧幕兵と共に陸路で紀州に向かい、紀伊半島で船便を調達し江戸へ帰還した。慶応4年3月18日（1868年4月10日）、狙撃隊に改称された。5月に新政府は徳川家達を駿河国府中（静岡市）の城主として、徳川家の移封処分を決定した。見廻組隊士の多くは駿河移住は認められず、小普請入り、いわゆる解雇となり狙撃隊は解隊された。しかし今井信郎などの隊士は解隊後も戦闘を継続。戊辰戦争の箱館戦争（五稜郭の戦い）で降伏した。
大政奉還後、相模組与頭の佐々木只三郎が坂本龍馬を討殺する為に今井信郎、渡辺吉太郎、渡辺篤、桂早之助、世良敏朗、高橋安次郎の6人を選抜する。『坂本龍馬大事典』という図書では、暗殺者に佐々木只三郎、渡辺篤、今井信郎、桂早之助、渡辺吉太郎、高橋安次郎、桜井大三郎、土肥仲蔵の8名が紹介されている。また今井信郎の口上では、佐々木只三郎、今井信郎、桂早之助、渡辺吉太郎、高橋安次郎、桜井大三郎、土肥仲蔵の7名があげられている。慶応3年11月15日、近江屋で坂本龍馬と中岡慎太郎の殺害に成功する(近江屋事件)。当初は、新選組の犯行と考えられたが、物証はなく、明治3年（1870年）に元見廻組の今井信郎が自供したことによって、見廻組の犯行と認められた。龍馬殺害の動機として、慶應2年（1866年）1月、寺田屋事件（寺田屋遭難事件）の際、龍馬が拳銃を使い、捕り方を射殺し逃走した。その犯行の件で龍馬を捕らえるためだった。龍馬殺害は見廻組の公務執行であり職務遂行であったとされている。
河畔砂丘は堤防の拡幅などにより破壊されることが多く、現存するものの多くは、愛知県、岐阜県、木曽川流域、祖父江砂丘などや、群馬県と埼玉県の利根川流域のみとなっており、これらも宅地開発や、容易に砂礫を採取出来ることから本来の地形を留めているものはほとんど無い。加須市にある会の川砂丘（志多見砂丘）は日本に残る河畔砂丘の中で最大級のものであり、1956年（昭和31年）に加須市の名勝に指定され保護されている。
砂丘は風により運ばれた砂が堆積することにより形成される地形であるが、日本では鳥取砂丘、中田島砂丘など海岸部に形成されるものが大半である。砂丘を形成維持するために必要となる、安定した砂の供給源を持たない植生の豊かな日本の内陸部で砂丘が形成されるのは河畔砂丘のみで、河原から吹き上げられた砂が、蛇行した河川の凸部の風下側に堆積することにより形成されるものである。したがって河畔砂丘は、砂を含んだ河原が広い、ある程度規模の大きな河川の流れる平坦地（氾濫原）という限定された条件がなければ形成されない。低地にある微高地という点で自然堤防と類似する地形である。
河畔砂丘（かはんさきゅう）とは、砂床河川の中・下流域の流路に沿って形成される砂丘である。乾燥地帯の砂床がある地域では内陸部に砂丘が形成されることは（砂漠など）珍しいことではないが、日本のような湿潤な気候条件下で内陸部に砂丘が形成されるのは河畔砂丘のみである。日本では木曽川、最上川、利根川それぞれ3河川の流域及び旧河道周辺にのみ存在する珍しい地形である。
経営危機の原因として放漫な経営が挙げられることがあるが、後述のクラブ経営収支を見てもわかるとおり当時の営業費用は2億から3億円とJ2でも最低レベルの予算で運営しており、実際に事務処理では極力裏紙を使い回す、練習場を設けず市内の広場などを回り練習する、義務付けられているユースチームの設立を保留するなど限界まで経費削減を行っている。しかし大企業の少ない土地柄と営業能力の不備によりスポンサー不足に悩まされ、参入前年の1998年についていたユニフォームスポンサーもJ参入時に撤退、2000年秋まで約1年半もの間ユニフォームスポンサーがつかない状況が続いた。これが影響し、営業収入が営業費用を上回ることはなく赤字が積み重なり、結果として経営危機に陥ってしまった。営業能力が乏しかった原因として、経営陣が経営や営業とは無縁のいわば「素人」で固められたこと挙げられる。例えば当時の社長である深澤孟雄は元高校教師であり、会社の経営や営業に関しては知識も経験も皆無であった。また甲府クラブOBであり、監督として高校サッカー選手権で数々の実績を挙げていた横森巧もプロ化に推進した1人であり、「J2に参戦しないと山梨のサッカーは沈没してしまう」と山梨県に強く訴えたが、「（Jリーグ）入ったはいいが、経営については非常に悩んだ」と経営の難しさについて述べている。結果甲府クラブのOBや県サッカー関係者がプロ化を目指し法人設立などそれらが達成したものの、経営の難しさから手を引いて社長の深澤に押し付けた状態となり、深澤や当時の山梨県サッカー協会会長などが私財を担保にするなど収益を捻出したが、アマチュアと違い支出が大幅に掛かるプロチームでは埋められるものではなかった。なお、これに関連しエンブレムおよび商標をクラブ所有ではなくチーム名改称時の会長個人の所有とし、法人化の際商標権および営業権を譲渡する代わりに使用料を払っていたことからその後の商標権問題に発展することとなる。