1978年4月28日、アフガニスタン共和国で四月革命が起こって社会主義体制に移行し、アフガニスタン民主共和国が誕生したことをきっかけとして、ムジャーヒディーン（イスラム義勇兵）が蜂起し、アフガニスタン紛争が始まった。1979年2月にイラン革命が勃発し、11月にイランアメリカ大使館人質事件が起こると、ソ連のブレジネフはアフガニスタンやソ連国内へイスラム原理主義が飛び火することを恐れ、12月24日にアフガニスタンへ軍事侵攻を開始した。アメリカ中央情報局 (CIA)はパキスタン経由でムジャーヒディーンを支援した為、アフガニスタンへのパキスタンの影響力が大きくなるきっかけを与えた。アメリカがスティンガーミサイルを非公式にムジャーヒディーンへ供与したことは、ソ連の対ゲリラ戦を効果的に苦しめ、後にソ連を撤退に追い込んだ。その一方で、戦後には武器が大量に残され、ムジャーヒディーンからタリバーン政権が誕生し、さらにはアルカーイダが誕生した。1988年8月17日、ムハンマド・ズィヤー・ウル・ハク大統領が飛行機墜落事故で急死した。同年10月31日には国際連合アフガニスタン・パキスタン仲介ミッションが活動を開始し、12月2日にはズルフィカール・アリー・ブットーの娘であるベーナズィール・ブットーが、イスラム諸国初の女性首相に選出された。1989年にイギリス連邦に再加盟を果たしたが、1990年8月6日にクーデターでブットー首相が解任された。1993年、ベーナズィール・ブットーが首相に復帰したが、1996年11月5日に汚職や不正蓄財を理由に職を追われた。1998年5月11日と13日、インドのヴァージペーイー政権がコードネーム『Shakti』を実施した。これに対抗して5月28日と5月30日にナワーズ・シャリーフ首相兼国防大臣がパキスタンによる初の核実験を実施・成功させた。これに対し、日米がインド・パキスタン両国へ経済制裁を課した。1999年5月、インドとのカシミール領有権をめぐる国境紛争がカルギル紛争に発展し、核兵器の実戦使用が懸念された。
1947年8月14日 イギリス領インド帝国から独立し、イギリス国王を元首に頂くドミニオン（英連邦王国パキスタン）となる。1947年 第一次印パ戦争（1947年10月21日 - 1948年12月31日）。1951年10月16日、en:Liaquat Ali Khan首相が暗殺される。1956年、共和制移行。1958年の軍事クーデタで（en:1958 Pakistani coup d'état）、アイユーブ・ハーン（Ayub Khan）の独裁政権が誕生。第二次印パ戦争（1965年8月 - 9月23日）。1970年11月、東パキスタンがボーラ・サイクロンによる被害を受け、被災地への政府対応に対する批判が高まり、第三次印パ戦争（1971年12月3日 - 12月16日）に発展して、東パキスタンがバングラデシュとして分離独立した。1972年、イギリス連邦脱退。パキスタン人民党の初代党首だったズルフィカール・アリー・ブットーは大統領や首相を歴任した。1975年、バングラデシュ大統領のムジブル・ラフマンが暗殺される。1977年7月5日にムハンマド・ズィヤー・ウル・ハクのクーデターによりズルフィカール・アリー・ブットーが職を追われ、後に処刑された。
19世紀には英領インドとしてインドと同一の政府の下に置かれており、独立運動も本来は同一のものであった。しかし、独立運動の中でイスラム教徒とヒンドゥー教徒との対立が深まり、イスラム教徒地域を「パキスタン」として独立させる構想が浮上した。これを避けるための努力は独立寸前までなされたものの、最終的にはヒンドゥー教徒地域がインド、イスラム教徒地域がパキスタンとして分離独立をすることとなった。しかしこのとき、インド東部がイスラム多数派地域の東ベンガル州としてパキスタンに組み込まれ、1955年に東パキスタンとなったものの、遠く離れた両地域を宗教のみで統一しておくことは困難であり、やがて東パキスタンはバングラデシュとして分離独立の道を歩むこととなった。
正式名称は、اسلامی جمہوریہ پاکِستان（ウルドゥー語；ラテン文字転写（一例）は、Islāmī Jumhūrī-ye Pākistān。イスラーミー・ジュムフーリーイェ・パーキスターン）。公式の英語表記は Islamic Republic of Pakistan。通称は Pakistan。日本語の表記はパキスタン・イスラム共和国。通称はパキスタン。漢字による当て字は巴基斯坦。かつてはパキスタン回教共和国という表記も見られた。国名「パキスタン」は、ペルシア語起源の言葉で「清浄な国」を意味するパーキスターン（پاکستان Pākistān、「パーク」がペルシア語で「清浄な」を意味する。〜イスターンについてはスターン」を参照）に由来するとともに、パキスタンを構成する五大地域であるパンジャーブのP、カイバル・パクトゥンクワ州（旧・北西辺境州）に住むアフガーン人のA、カシミールのK、シンドのS、バローチスターンのTANを表すともされる。パキスタンの名は、英領インドの独立運動の中でムハンマド・アリー・ジンナーらが提唱したムスリム（イスラム教徒）多数地域の分離独立要求において、将来樹立されるべき国家の名として採用され、1947年の独立とともに正式な国名となった。
ティモール島は16世紀にポルトガルによって植民地化された。その後オランダが進出し、一時はポルトガルがこれを撃退したが、1859年に西ティモールとソロール島をオランダに割譲したことで、ティモール島は東西に分割された（リスボン条約）。この境界については1893年にポルトガルとオランダ間で細部の改正が行われ、1904年にポルトガル=オランダ条約（1908年批准）で国境を直線的分断し、1913年（または1914年）に確定した。1911年から翌年にかけて収奪の厳しさに耐えかねてリウライ（マヌファヒ小国王）のドン・ドンボアベントゥラが反乱を起こした。戦死者3424人、負傷者1万2567人を出した。さらに、1959年にピケケ県知事誘拐・蜂起事件が亡命インドネシア人と東ティモール人らによって引き起こされた。150人の死者が出たとの説もある。ポルトガルが中立を守った第二次世界大戦時には、当初はオランダ軍とオーストラリア軍が保護占領し、ティモール島の戦いの後オランダ領東インド地域と合わせて日本軍が占領したが、日本の敗戦によりオーストラリア軍の進駐を経てポルトガル総督府の支配が復活し、1949年にインドネシアの一部として西ティモールの独立が確定した後もポルトガルによる支配が継続した。これに対し、人口の中で圧倒的多数を占める地元住民は独立志向を強めたが、アントニオ・サラザール首相などの「エスタド・ノヴォ体制」により抑圧された。1974年にポルトガルで左派を中心としたカーネーション革命が起こり、植民地の維持を強く主張した従来の保守独裁体制が崩壊すると、東ティモールでも独立への動きが加速し、反植民地主義のティモール社会民主協会（ASDT、9月に東ティモール独立革命戦線FRETILIN（フレティリン）と改称）が即時完全独立を要求、ポルトガルとの関係維持のティモール民主同盟 (UDT)、インドネシアとの統合を主張するアポデディの三つが政党として旗揚げした。この動きは、東ティモールの領有権を主張し、反共主義を国是とするインドネシアのスハルト政権にとっては容認できず、反フレティリンの右派勢力を通じた介入を強化した。