社伝では、景行天皇53年に天皇が日本武尊ゆかりの地を巡幸した際、9月20日に天皇が当地に着き日本武尊の霊を奉斎したのが創建という。また、天皇は当社に神体として草薙剣を奉納したが、この草薙剣が朱鳥元年（686年）に天武天皇の勅命により熱田神宮に移されたとも伝えている。また社伝では、当社は古くは清水区草薙1丁目の「天皇原（てんのうばら）」と称される地に鎮座したという。現在地への遷座時期は明らかでないが、一説に天正18年（1590年）の造営時とする。歴史考証の上では、前述の通り当社の創建にはヤマトタケル伝説が大きく関係するとされる。静岡市一帯には、大規模古墳として葵区の谷津山古墳（全長110メートル）や清水区の三池平古墳（全長65メートル）が残るが、これらの古墳を築いた勢力の服属が伝説成立の背景にあると推測される。なお、当地の首長古墳は「清水区庵原や谷津山丘陵（前期：4世紀代）→瀬名丘陵（中期：5世紀代）→有度山北麓（後期：6世紀代）」と変遷したと推測されるが、これらのうち清水区庵原付近に久佐奈岐神社が、有度山北麓に当社が鎮座する。また、「クサナギ」の名を焼畑系地名に由来するとする説もある。その中で、伝説の中でヤマトタケルが向火をつける様も野焼きの延焼防止としてよく知られる手法であることも併せて指摘され、先行する焼畑系地名に基いてヤマトタケルの火難伝説が成立したと推測される。ヤマトタケル伝説の成立以前の当社については、山の神として焼畑作物を与える神であったとも、谷部にあることから水の神であったとも考えられている。
津波により直接・間接的に被害を受けた施設、住宅、生活基盤等の復興の他、将来の災害を見越した各種防災設備が構築された。復興に投入された費用は約927億円にのぼる。なお、災害後に190億円を超える災害義援金が集まり、災害復興、災害対策、各種見舞金等に充てられた（檜山広域行政組合ウェブページより）。また、東日本海フェリー所属の「第五ひやま」が救援物資をピストン輸送した。
この地震では、津波火災も発生した。青苗地区では、津波襲来直後に9件の火災が発生し、北東からの風速10 m近い風にあおられ、瞬く間に燃え広がった。出火原因は分かっていないが、奥尻消防署の調べによると、午後10時40分ごろ、青苗北部の旅館がある一角から出火。さらに、午前0時30分ごろにも漁業協同組合の倉庫や食堂が多くあるあたりから出火したという。延焼が進むにつれ、プロパンガスのボンベや暖房用の燃料タンクが爆発を繰り返した。さらに、津波による漂流物が消火活動を阻み、手のつけられない状態となった。そのため、消防団は破壊消防を実施し、延焼の拡大を食い止めた。その結果、青苗1区の17棟だけは焼失を免れた。それ以外は火災により焼失したか、津波により流出している。鎮火に至ったのは、最初の出火から約11時間後で、延焼面積は約5 ha、焼失は192棟に及んだ。火災を直接の原因とする死者はなかった。
ヒトの尻は、大きな筋肉があることにより自ずと盛り上がりを見せるものであるが、それ以外にも、座位の際に関節や神経等を保護するクッションとなり、体重による苦痛を感じないよう脂肪が多く付いている。女性は、思春期開始から発達し始める乳房に比べて尻の発達し始めが遅く、初潮の1年以上前までは骨盤が前傾（女児型）しており、ウエストサイズとヒップサイズの差が小さく、男性と性差が殆ど見られない（骨盤の形状が生まれつき性差があるため、初潮の1年以上前でも尻に若干の性差はある）が、初潮を挟む前後1年間になると骨盤が前傾から直立傾向（女児型から女性成人型）に転換し始め、骨盤が開き、骨盤の幅・高さ・奥行きともに男性を大きく上回る上に、脂肪の沈殿によって、尻が後方へ突き出すようになって盛り上がることでウエストサイズとヒップサイズの差が大きくなり初め、初潮の1年後以降では骨盤が直立傾向（女性成人型）となり、ウエストにくびれが生じて、尻から殿溝にかけてボリュームが生じ、ウエストサイズとヒップサイズの差がさらに大きくなって尻がより強調されるようになるため、乳房と並ぶ重要な身体的魅力（セックスアピール）を発揮する部位となる。高齢になると、まずヒップの下部がたわむ。次にヒップの頂点が下がりウエスト周辺が無くなり四角い形になる。最後にヒップが内側に流れて股関節付近がそげる（個人差が大きく40代でも変化が無い人がいる一方で20代から変化し始める人もいる）。類人猿をふくめたサルの類においても同様であるが、ヒトのような皮下脂肪ではなく、尻だこと呼ばれる皮膚の発達したものによって大きく盛り上がるものがある。役割としてはちょうど座布団を備えているようなものであり、これによって岩や木の枝などの上に長時間座って過ごすことができる。ヒトにおけるペンだこのように、接触刺激が継続することによってできるものではなく、尻だこは生まれつき備わっている。メスにおいては、四足歩行体形をとった際に尻の中央に外性器を示す。また、尻が赤く腫れ上がる（皮下の血管が透けて見える）ことがある。これは交尾の準備ができたことをアピールする、すなわちオスをひきつける効果を外性器とともに担っていると考えられている。もともとメスのセックスアピールを発揮するのは、外性器とその周辺の尻の役目だったが、ヒトは直立して生活するようになり、尻および外性器がオス（男性）の目に付きにくくなった。そのため、尻の代替として思春期開始時から発達する2つの乳房のふくらみがよく発達したとの考えもある。これは他の哺乳類においては、ヒトほど盛り上がった乳房を持つものがない、また乳房の膨らみは授乳機能には直接の関係がないことを説明するものである。しかし、これは証明されたものではない。ただし、ゲラダヒヒという猿のメスは、胸が性器周辺を模したと考えられるつくりになっている。ゲラダヒヒは座って過ごすことが多く、尻および尻の中央にある外性器を見せることが少ないため、その代わりとして胸に身体的自己擬態としての外性器のコピーを持ったと考えられる。このコピーは本物の外性器と同様、いわゆる「さかり」がついたときに色が変化し、オスにそれをアピールする。このようなことから、ヒトであっても女性の胸が尻のコピーであるということは充分に考えられることではある。ヒトの場合、女性器のコピーは唇として発達したとの考えもある。これも乳房同様、他の動物には見られないことなどが理由となっている。少なくとも文化的にはそう考えられることが多い。臀部の発達した欧米の若い女性などが、尻（腰）を左右に振るように歩くことがしばしば見られる。セクシーさのアピールとしての行動であるが、多かれ少なかれ臀部の筋肉の自然な動きでもある。しかし、臀部の筋肉の障害などによってもこうした動揺性痺歩行がみられる場合もある（トレンデレンブルグ歩行）。