不動産事業（賃貸事業とマンション管理事業）や輸入石炭・石油の仕入販売、石炭などの船舶輸送も手がける。三井グループの企業である（三井系企業から構成される月曜会の会員企業）。かつての社名は太平洋炭礦で、北海道釧路市において石炭の採掘を行っていた釧路が創業地である。2002年（平成14年）1月30日まで釧路市で石炭の採掘を行っていた太平洋炭礦（2代目）は1970年（昭和45年）11月1日に太平洋興発が石炭事業を分離して設立したものである。分離後も当社の関連会社として石炭の採掘事業を担う形となっていて、当社が独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構及び日本政策投資銀行からの借入金に対して債務保証をしていたため、返済の原資となる資産の評価見直しに伴って2006年（平成18年）3月期に債務保証損失引当金が約11.24億円増加するなど当社に大きな影響を与える関連会社であった。また、閉山後に釧路炭鉱の石炭の採掘事業を継承した釧路コールマインと2006年（平成18年）3月期で約30.86億円の取引を行っており、年間売上高の約11.0%を占める最大の取引先となっていた。
登場怪獣はゴジラ、ミニラ、ガバラ、カマキラス。過去の映像の流用でクモンガ、アンギラス、ゴロザウルス、マンダ、エビラ、大ワシ。これらは一郎少年の夢の中における想像の産物として登場する。劇場ポスターはイラストで怪獣たちを描いたものだが、このなかにはアンギラス、マンダ、大ワシが含まれていない。検討用台本第一稿での登場怪獣はタイトルの3怪獣とクモンガ、ラドン、大ダコであったが、監督の本多猪四郎が所持していた台本にはラドンと大ダコの出番をカットしてエビラに変更する旨が書かれており、決定版となった第二稿ではラドンの役割がカマキラス、大ダコがエビラになっている。ラドンは本編に名前のみが登場した。ゴジラ作品で唯一、怪獣の存在しない現実世界を舞台としている。当時社会的な話題を呼んでいた「公害問題」や「鍵っ子」「児童誘拐」をテーマに据えているが、公害問題についてはほんの少し会話で触れる程度であり、次回作『ゴジラ対ヘドラ』で本格的に取り上げられた。邦画の斜陽化による東宝本社の深刻な営業不振は、翌1970年（昭和45年）に制作部門の縮小・解体、リストラを招いた。怪獣路線は1968年8月の『怪獣総進撃』を集大成として中止されるはずであったが、『怪獣総進撃』が前作の『ゴジラの息子』の観客動員数を10万人上回る成績を上げたことや、『緯度0大作戦』をはじめとする1969年8月の興行収入が前年を大幅に下回ったこともあり、急遽ゴジラシリーズの再開を決定した。しかし、本作から「東宝チャンピオンまつり」という興行形態の一編に組み込まれ、以後のゴジラシリーズは黄金期の3分の1から4分の1という低予算での製作体制となっていった。シリーズでは唯一、手間のかかるプール撮影が行われていない。特撮シーンの約半分は『ゴジラ・エビラ・モスラ 南海の大決闘』や『怪獣島の決戦 ゴジラの息子』等の作品の映像を流用しているが、これは企画書の段階で決定していたものであり、この予算的な都合に加えて当時の円谷英二をはじめ有川貞昌ら円谷組が大阪万博の映像製作にかかりきりであったため、従来のように本編班と特撮班とに分けず、特撮演出も本編の本多猪四郎が兼任して一班体制で制作されている。こうした経緯から円谷英二は制作に関与していないが、「監修」とクレジットされている。円谷は本作公開の約1か月後にあたる1970年1月25日に死去し、同年3月1日をもって東宝は「特殊技術課」を廃止。特殊技術スタッフは新設された「映像事業部」へと吸収され、映画特撮以外の映像制作に当たるようになっていった。「東宝チャンピオンまつり」の第1回冬興行作品である本作以後、東宝は年1作の新作ゴジラ映画と過去の特撮作品のリバイバルをメインにし、テレビアニメなどを組み合わせた番組を春・夏・冬休みの子供向け興行として続けていくこととなる。本作に次ぐ翌1970年（昭和45年）3月1日の「チャンピオンまつり」春興行では、『キングコング対ゴジラ』（本多猪四郎監督、1962年〈昭和37年〉）をメインに番組が組まれたが、この際に経費を省くため、オリジナルのネガフィルムを再編集し、短縮版として上映する処置がされた。以後、『モスラ対ゴジラ』、『三大怪獣 地球最大の決戦』、『怪獣大戦争』など、「チャンピオンまつり」興行のたびにこれらの過去作品のオリジナル原版フィルムが裁断され、再編集されていく慣習となっていったのである。本作で登場した怪獣島の設定は、「チャンピオンまつり」興行の中、『地球攻撃命令 ゴジラ対ガイガン』（福田純監督、1972年〈昭和47年〉）以降、主役怪獣ゴジラの住処として劇中設定に組み込まれることとなった。パンアメリカン航空がタイアップしている。機関士・三木健吉役の佐原健二は、撮影で実際に機関車を運転している。11月30日には、晴海国際スケートリンクに佐原健二、中真千子、ゴジラ、ミニラ、ガバラが映画のPRに登場した。着ぐるみは本編に使われたもので、スーツアクターも同一である。1990年のアメリカ映画『48時間PART2/帰って来たふたり』などで知られる脚本家のジョン・ファサーノは、いじめられっ子だった幼少時に本作を見たことがきっかけで、いじめっ子に立ち向かうようになったという。