『沈黙の春』が発表された直後の1960年代後半からすでにDDTなどがホルモン的作用をする可能性が指摘されていたが、一般には1997年に出版された『奪われし未来』が指摘したことから注目された。またフォム・サールらがDES（ジエチルスチルベストロール）について「低濃度でだけ」影響が現れる場合があると報告したが、従来の毒性学によれば低濃度で出た影響は「高濃度でも」見られるはずであることから、学術的にも問題視された。日本では1998年5月に環境庁（当時）が発表した「環境ホルモン戦略計画 SPEED '98」にて、「内分泌攪乱作用を有すると疑われる化学物質」67物質をリストしたことにより、強い不安感が高まり、一気にメディアに「環境ホルモン」の言葉が登場するようになった。ただし、その後に検証実験事実が蓄積されるに従い、ほとんどの物質は哺乳動物に対する有意の作用を示さないことが一部に報告されている。その知見などを踏まえ、環境省は上記リストを取り下げた。現在では、リストは単に調査研究の対象物質であり、このリストに掲載されていたことをもって環境ホルモン物質もしくは環境ホルモン疑惑物質などと言うことは根拠がなくなったとされている。定義をそのまま解釈すればホルモン類似物質である医薬品をも含むことになるが、実際には、より狭義に、環境中に意図せず存在する化学物質が体内へ取り込まれる危険性が予想される場合にのみこう呼ばれている（#環境ホルモン以外の内分泌攪乱物質を参照）。本来のホルモンと同様、非常に低濃度でも生体に悪影響を及ぼす可能性があるため、有害物質が高濃度に蓄積されて初めて問題になりうることを前提とした従来型の環境汚染の濃度基準では規制できないのではと危惧され、社会問題化した。特にヒトや動物の生殖機能は、男性（雄）も女性（雌）も、性ホルモンと呼ばれる一群のステロイドホルモンの影響を非常に強く受けて微妙な調節がなされているため、体外のホルモン類似物質の影響を受けやすいとされている。河川、湖、海岸付近など、人間社会の近くに生息する魚類、貝類などの調査により、環境水中の内分泌攪乱化学物質の影響で生殖機能や生殖器の構造に異常が生じる現象が報告されている。ただし、こうしたメス化は、化学物質の作用ではなく、下水から排出される屎尿、つまり女性の尿に含まれる女性ホルモンのせいではないかという報告もあり、現在では人間の人口が爆発的に増えたため人のもつホルモン自体が他の生物に影響をあたえたものも多く指摘されている。
内分泌攪乱物質を一般市民に分りやすく紹介するために、日本放送協会と井口泰泉（横浜市立大学教授、当時）が「環境中に存在するホルモンのような物質」という意味合いから環境ホルモンという通称を1997年11月ごろに考案した。以降、一般向け解説書や行政文書、報道記事で広く使われている。体内で合成されるというホルモンの本来の定義から外れており、実際にはホルモンとはいえないため、「環境ホルモン」はあくまでも便宜的な呼び方であるという見解が根強く示されているが、日本内分泌撹乱化学物質学会（環境ホルモン学会）は、その規約で「外因性内分泌撹乱物質（環境ホルモン）」とし、環境ホルモンを正式な通称として採用している。なお、「環境ホルモン」という言葉を作った井口は、この学会の発起人の一人であり現在副会長を務めている。エストロゲン（女性ホルモンの一種）に似た作用を誘発するものがあったことから、以前には「エストロゲン様物質」とも呼ばれていた。しかし、女性ホルモンに限定されるものではなく、広く内分泌攪乱作用に起因すると懸念される悪影響による疾病（例えば、アレルギー、子宮内膜症、不妊、乳癌、発達障害など）への因果関係の究明も環境ホルモン問題である。
澤口誠が岩手ビッグブルズに移籍、浜松から佐野吉宗を獲得する。外国人選手は総入れ替えとなる。マイケル・ガーデナー（元・高松）、ケイシー・クロフォード、ブランドン・ウォレス、デヴィン・スウィートニー、スタンリー・オシッティ（元・浜松、浜松時代の登録名は「オシティ」）と契約基本合意するが、スウィートニーは正式契約とはならず、中村ヘッドが評価したクロフォードも練習中に骨折、シーズン前に契約を解除した。スウィートニーに代えてケニー・テイラーを獲得し、開幕を迎えた。シーズン初戦の大分戦では第1戦で大勝したものの、翌日の第2戦では大敗、高さ対策のため10月19日にE・J・ドレイトンを獲得した。その後は好調に連勝を続けたが、11月6日の千葉ジェッツ戦で敗れ、連勝は5でストップ。高さに劣るハピネッツはインサイドの攻撃力を強化するため11月7日にリッキー・ウッズ（元・大分）を獲得、その煽りを受けてテイラーが契約解除となった。11月14日には負傷の経過が思わしくなかったウォレスとの契約を解除し、カーティス・テリーを獲得した。また、11月18日に練習生の石井秀生（元・浜松）と、さらに24日には同じく練習生の吉元悠と選手契約を行った。中村HCをして「マイケルのチーム」と言わしめた今季のハピネッツであったが、要所での自己中心的なプレーが改まらなかったガーデナーが12月11日の宮崎戦で肋骨を骨折、12月19日に契約解除となった。チームは12月22日にガーデナーに代わるポイントガードとしてマイカル・キアースを獲得する。前半戦から好調を維持し首位を走っていたが、12月24日の京都ハンナリーズ戦で敗れ、浜松に勝率で並ばれた。さらに、この時点での浜松との直接対決は0勝2敗と秋田が下回っていたため、秋田は東地区首位の座を浜松に明け渡した。2011-12シーズンの首位陥落はこれが初である。12月25日の試合も京都に敗れ、新潟と代わり3位に転落した。年明けの富山戦では連勝し再び首位となり、二週目に行われたオールスターには庄司が出場した。1月15日、テリーが不祥事を起こし選手契約を解除される。2月に入るとオシッティがチーム戦略に合わないと言うことで契約解除となり、代わってライオネル・グリーン、カイル・スワンストンを獲得、さらに改定新人選手契約制度で田口成浩と契約した。外国人選手が開幕時とは全く異なり、高さの無いチームとなってしまったハピネッツは後半を苦戦し、年明けは15勝15敗と五分の成績となる。全日程消化時点で東4位以上を確定、プレイオフ、イースタンカンファレンスファーストラウンド進出を決定、4月28日に新潟が埼玉に敗れたことで東3位でレギュラーシーズンを終えた。プレイオフファーストラウンドでは東6位の仙台と対戦、1戦目を落としたものの2戦目に勝利し、最終決定戦にも勝利、カンファレンスセミファイナルに進出。セミファイナルではレギュラーシーズンで4戦全敗している東2位の横浜と対戦、1戦目は大敗したが2戦目に勝利、最終決定戦で15-18で敗戦、2年目のシーズンを終えた。