装備武器については独自のシステムが採用されている。ボスキャラクターはエックスモードと変わらないが、ボスを倒した時にはヴァヴァの武器（作中では「兵装」と呼ばれる）を入手する。武器は腕部・肩部・脚部の3種類が存在し、ステージ開始前に予め各種1つずつ選択して装備する形となっており、ステージ中で武器を変更することはできない。1体のボスから1つの特殊武器を入手するエックスとは異なり、ヴァヴァは倒したボスの組み合わせによって複数の武器を入手することも可能となっている。武器にはそれぞれ装備する際の制限として「コスト」が設けられており、コストの合計値が、設定された「コスト上限」を上回る組み合わせの装備はできない。コスト上限はボスを一体倒して武器選択が可能になった時点で11、以後ステージクリア毎に3ずつ上昇していき、選択ステージを全てクリアした時点で最大の32となる。それ以降のステージでは増加しないが、1度ゲームクリアした後は上限がなくなり、自由な組み合わせで武器を装備できる。使用には（初期装備でも）エックスの特殊武器のように武器エネルギーを消費する。またヴァヴァは装備武器全てで武器エネルギーを共用しており、エネルギーを使い切った時はすべての武器が使用不可となる。ただしエネルギーは徐々にではあるが自然に回復するほか、武器エネルギーを取ることでより急速な回復が可能。
VAVAモードでは、エックスモードがヴァヴァの視点（平行世界もしくはIFの物語という位置づけ）で展開される。ステージ構成、ゲームの進行方法などの基本内容は変わらないが、敵の配置や一部ボスが変更されていたり、ボス戦前でも専用の会話が存在するなどの差別化が図られている。
ヴィクトリアは3か月前にベルリンに引っ越してきたスペイン人の若い女性。カフェで働き始めたが、まだこの地で誰とも知り合いになれずにいた。ドイツ語が話せないため、周囲とは英語を使うしかなかった。彼女がクラブで朝の4時まで飲んで踊った後、外に出ると騒いでいる4人組の男たちに出会う。彼らはゾンヌ、ボクサー、ブリンカー、フースと名乗った。彼らは夜の散歩に彼女を誘い、彼女は警戒しつつも付き合うことにする。彼らは深夜営業の店でアルコールを盗み、アパートの屋上で飲酒やマリファナに興じる。そこでボクサーは、傷害事件で刑務所にいたことをヴィクトリアに明かす。ヴィクトリアはカフェの開店時間のために帰らなければならず、ゾンヌに送ってもらう。帰り際、ボクサーはゾンヌに早く戻ってくるよう念を押した。彼らは今夜大事な予定があるようだった。ヴィクトリアとゾンヌがカフェに着くと、二人は一服のために店内に入る。ゾンヌがピアノに気づくと、適当に弾いてみせる。今度はゾンヌがヴィクトリアに演奏をリクエストすると、彼女はメフィスト・ワルツを披露する。ゾンヌが深く感動していると、ヴィクトリアは、自分がコンサートピアニストを目指して音楽学科に通っていたものの、実力が足りず挫折したことを明かす。まもなくして、ひどく興奮した状態のボクサーが慌ててやって来て、ゾンヌにすぐに出てこいと要求する。直後、カフェの前で、4人は他人の車を盗んで運転しようとし始める。しかしひどく酔っていたフースが意識を失い、店内に戻ってくる。絶望的な表情のボクサーは、ヴィクトリアにフースの代役を頼もうとゾンヌに提案する。ゾンヌは最初は反対していたが、折れてヴィクトリアに依頼する。彼はヴィクトリアに、ボクサーが自身の服役中にギャングのアンディの保護を受けていたことを明かし、今となってはアンディの依頼を断れない状況だと説明する。そして今夜、アンディはボクサーに、3人の仲間を連れて自分のもとに来るよう要求していたのだった。誰もその目的は知らなかったが、ヴィクトリアはゾンヌたちを助けようとフースの代役を引き受ける。フースを車の後ろに横たえ、ヴィクトリアはゾンヌ、ボクサー、ブリンカーを乗せてアンディや武装した男たちの待つ駐車場まで運転する。アンディは4人に、今から銀行から50,000ユーロを盗み出すよう要求する。アンディは10,000ユーロを自身の取り分とし、残りの金額を彼らに残すという。アンディはヴィクトリアを人質に彼らを脅迫し、要求を飲ませる。アンディは彼らに銃の武装や強盗の予行練習をさせ、戦意高揚のためにドラッグを強いる。ヴィクトリアが銀行へ運転する間、ブリンカーはパニック発作を起こすが、他のメンバーが彼を落ち着かせる。ボクサーは、ヴィクトリアを巻き込んでいることや友人にパニック発作を起こさせていることに罪を感じ、一人で銀行に行こうとするが、ヴィクトリアを含め仲間が彼を止める。銀行に着くと、男3人は車を降りて強盗を始める。その間ヴィクトリアが車をエンストさせるトラブルはあったものの、強盗自体はスムーズに進む。4人は車を路地に停めてクラブに戻ると、ドラッグの影響もあり、強盗の成功を祝って騒ぐ。ゾンヌとヴィクトリアはキスをし始め、ブリンカーとボクサーは服を脱いで踊り出す。外に出ると、彼らは意識を失ったフースを車に残してきたことを思い出す。路地の車に戻ろうとすると、車の周りに警察が駆け付けている光景を目撃する。彼らはパニックになりながら逃げ出すが、警察に見つかる。彼らと銃撃戦になり、ブリンカーが被弾する。ボクサーはゾンヌとヴィクトリアに、金を持って逃げろと頼み、自身は警察に向かっていく。ゾンヌとヴィクトリアはアパートに忍び込み、その一室で若いカップルを人質に取る。部屋に赤ん坊がいることに気づくと、ゾンヌたちは服を着替え、泣き叫ぶ母親を尻目に赤ん坊を連れてアパートを飛び出す。すぐに警察に見つかるが、アパートに住む赤ん坊を連れた若い夫婦のふりをすることで彼らの警戒の目をくぐり抜ける。彼らはアパートの母親に誓った通りにカフェの前に赤ん坊を残し、タクシーを拾い近くのホテルに入る。ヴィクトリアがフロントで部屋を手配していると、待っているゾンヌは苦しみを堪え始める。部屋に向かう道で、ヴィクトリアはゾンヌが撃たれていることに気づく。彼をホテルのベッドに寝かせると、彼はテレビをつける。ニュースで、ボクサーが銃撃戦で死亡し、ブリンカーも病院に運ばれ死亡したことが報じられている。ヴィクトリアはゾンヌが激しく出血していること気づき、救急車を呼ぶ。救急車を待つ間、ゾンヌはヴィクトリアに手を握られながら息を引き取る。ヴィクトリアは慟哭する。しばらくして彼女は気を取り直すと、床に置かれた金を手に取り、ホテルを出る。朝日を浴びながら通りを歩く彼女の姿で、映画はワンカットを閉じる。