孝明天皇は熱心な攘夷論者であり、国政の諮問にあたる参預会議でも通商条約の破棄（破約攘夷）・海外貿易を許可した諸港の閉鎖（鎖港）が議題となった。しかし参預諸侯は元来開国的な考えを持っており、そもそも攘夷は不可能であることを認識していたため、鎖港には反対であり、かえって孝明天皇の失望を買う。この時期、一部の攘夷派を除き、すでに諸外国との条約破棄は非現実的と見なされており、「攘夷」の具体的施策は兵庫（神戸）港の開港阻止、および横浜港の鎖港を意味するようになっていた。一方、元々諸外国と条約を締結して開国を行った当事者である幕府も攘夷には反対していたが、前年の家茂上洛の際、孝明天皇から攘夷実行を約束させられており、すでに文久3年12月に不可能を承知の上で横浜鎖港の交渉のため、フランスへ外国奉行池田長発を全権とする交渉団（横浜鎖港談判使節団）を派遣していた。参預会議においても、当初横浜鎖港に難色を示していたはずの徳川慶喜が、薩摩藩の擡頭を警戒し、島津久光の主張には同調できないとして、ことさら横浜鎖港の実行を主張することになる。2月15日に行われた参預会議では、久光と慶喜がこの問題で激しく衝突した。
八月十八日の政変で京都を追放された長州藩はその後も失地回復を目指し、政治工作を続けていた。実際、当時京都には長州藩への同情論も多く、政変を主導した中川宮がかえって「恐らくは魔王の所為か、恐るべし、危むべし」と悪評を被っているほどであった。しかし孝明天皇の長州に対する逆鱗は解けず、長州派の池田茂政（備前藩主）・上杉斉憲（米沢藩主）・池田慶徳（鳥取藩主）・浅野長勲（芸州藩主）・藤堂高潔（津藩主）などは続々と京都から退いていた。長州藩は家老根来上総・井原主計らを大坂へ派遣し、たびたび長州の無罪を訴える嘆願書の提出を図るが、入京は許されなかった。しかし、12月24日に関門海峡を通過中の薩摩藩蒸気船長崎丸（幕府から借用）が、長州藩が占領していた豊前田野浦（本来は小倉藩領）砲台から砲撃され、沈没する事件が発生。これが京へ伝えられると久光は激怒し、長州へ征伐即時実行もしくは藩主父子の大坂召還などの強硬処分を主張した。これに対し、山内豊信は将軍江戸帰府の後、江戸へ呼び出す方が良いと主張して対立し、難航した。結局長州の家老を大坂へ召還して七卿の引き渡しを命じ、従わない時は征伐を実行するという方針となる。
こうして先の薩摩藩上表に基づき同大晦日に、島津久光を除く上記4人と松平容保が「朝廷参預」に任命される（久光のみ翌文久4年（1864年）正月13日に任命）。この参預の職務は二条城を会議所とし、二日おきに参内して天皇の簾前にて朝議に参加するというものであった。正月15日、将軍徳川家茂が再上洛。孝明天皇は家茂に対し、醜夷征服の策略を議すこと、参預諸侯の政治参加、公武合体方針の明確化などを求めた宸翰を下した。これを受け、2月16日参預諸侯に老中部屋への出入りが許され、正式に幕政参加が命じられた。
遠い昔、はるか彼方の銀河系で…。『スター・ウォーズ エピソード1/ファントム・メナス』より約10年後、旧態依然として腐敗による機能低下が進む銀河共和国を見限り数千の星系が離脱を表明、元ジェダイのドゥークー伯爵を中心に分離主義勢力を形成して共和国との間に緊張状態を生じていた。この事態に対して、共和国の軍隊保有の是非を問う元老院議会での投票のため惑星コルサントを訪れたパドメ・アミダラ元老院議員は爆破テロに遭遇し、パドメ自身は難を逃れたものの多数の侍従が犠牲となる。パルパティーン最高議長の計らいで、オビ＝ワン・ケノービと若きアナキン・スカイウォーカーがボディーガードをする事になり、オビ＝ワンとアナキンはパドメを狙った刺客ザム・ウェセルから彼女を守る事に成功。ザムを捕らえて口を割ろうとするや、別の刺客（ジャンゴ・フェット）にザムは殺されてしまった。オビ＝ワンはザムを殺した凶器から手掛かりを得て、惑星カミーノへ向かう。一方コルサントでは、アナキンが初の単独任務として、身を隠すため惑星ナブーへ向かうパドメを護衛するため、同行を命じられていた。ナブーの地に着き一時の平穏が訪れる中、やがてアナキンとパドメは愛しあうようになるがジェダイの掟は、誰かを愛することは執着心を生むとし、それを禁じていた。オビ＝ワンは惑星カミーノで、亡きジェダイ・マスター、サイフォ＝ディアスが10年前に極秘裏に生産を依頼していたクローン・トルーパーの大軍隊を視察する。そのクローン・トルーパーの遺伝子ホストであるジャンゴこそがザムを消した賞金稼ぎであると判断したオビ＝ワンは、ジャンゴの捕獲を試みるも反撃にあい取り逃がしてしまう。オビ＝ワンは惑星ジオノーシスへ逃亡したジャンゴを追跡するが、ジオノーシス近くの小惑星帯ではジャンゴの巧みな操船技術に完敗。すんでのところで自らの撃墜を偽装し、ジャンゴをやり過ごした。以前から母シミ・スカイウォーカーが苦しんでいる悪夢にうなされていたアナキンは、パドメの計らいで共に故郷の惑星タトゥイーンを訪れる。かつての主人ワトーから、シミは奴隷から解放され、水耕農夫ラーズの後妻となっていた事を知る。ラーズ家を訪れたアナキンだったが、そこで知らされたのはシミが盗賊タスケン・レイダーに誘拐されたという事実だった。アナキンは必死の捜索でシミを発見するが、時遅く彼女は息子の腕の中で絶命、アナキンは怒りのままにタスケンを部族ごと虐殺する。ジオノーシスに着陸したオビ＝ワンは、そこで分離主義勢力陣営のドロイド工場を発見するが、シス卿のドゥークー伯爵に捕らえられてしまう。ドゥークーはオビ＝ワンに、共和国が既にシスに乗っ取られ、元老院も多くの議員がシスの配下にあるという驚くべき事実を告げる。その上で、共に戦おうと持ちかけるがオビ＝ワンは拒否。その後アナキンとパドメはオビ＝ワンの救出に向かうが結局捕らえられ、3人揃って闘技場で怪物に処刑されることとなる。追い詰められた彼らの元に、闘技場でばれないよう変装して見守っていたメイス・ウィンドゥ率いるジェダイ軍団が救援に現れるが、ドロイド軍の圧倒的な物量の前に窮地に追い込まれる。そこへジェダイ軍団の援軍として、ヨーダ率いるクローン・トルーパーが乗り込んだ複数機のリパブリック・ガンシップが降下。これにより、クローン戦争が勃発した。