しばしば異端審問の一部として語られることが多い魔女狩りであるが、実際にはその時期・地域ともに異端審問と重なる部分がほとんどないことがわかっている。というのも異端審問が盛んに行われたのは12世紀から13世紀の南フランスおよび北イタリアであったが、魔女狩りは16世紀から17世紀にかけてドイツ、フランス、イングランド、スコットランドなどで起こっているからである。魔女狩りは本来、農民や一般市民の間で私刑のかたちで行われていたが、15世紀の終わりになって魔法を用いるものは悪魔と契約していると考えが広まったことで聖俗両権力者たちも迫害に乗り出すようになった。魔女狩りが行われた理由や急速に衰退した理由については多くの説が提示されているが、確実とされるものはまだない。19世紀には金銭目的、あるいはひそかに生き残っていた古代宗教への弾圧といった説も出されたが、現在では受け入れられていない。魔女狩りはカトリック・プロテスタントを問わず行われたが、ヨーロッパ全域で長期にわたって起こったわけではなく、実際には特定の地域で、特定の時期に集中して発生したことがわかっている。また異端審問所が魔女狩りを推し進めたという言い方も不正確で、15世紀の終わりに設立されて16世紀に盛んに活動したスペイン異端審問では魔女は審議の対象にならず、同じく16世紀にローマに教皇庁直属の異端審問所が設けられたにもかかわらず、イタリアではほとんど魔女狩りは起こらなかった。魔女狩りは中世というよりはむしろ近世初期に突如として沸騰した社会現象であった。かつて魔女狩りでは数百万人が虐殺されたといわれた時期もあったが、現代の歴史家たちの研究によって全期間を通じての犠牲者数は多くて四万人と見積もられている。
叙任権闘争以降、カトリック教会の中で教皇権は世俗の王権を超越する権威であるという認識が強まった。教会法のエキスパートであり、政治家として有能だった教皇インノケンティウス3世は欧州諸王家とたくみに駆け引きし、名実ともに教皇権の優越性を示すことに成功した。しかし、フランスやイングランドなどで王権が伸張すると、この教皇権の優越という概念をめぐって教皇庁と激しい争いが行われるようになった。具体的には教会財産の所有権の問題や聖職者裁判権、司教任命権などが争われた。この状況の中で教皇の顧問団であるはずの枢機卿会は出身（もしくは結びつきの強い）国家の利益の代弁者のようになっていき、互いに国益を優先して争うことで混乱し、教皇庁の権威を低下させていった。枢機卿団内の争いで優位にたったのはフランスだった。フィリップ4世は枢機卿団によって教皇庁をコントロールすることに成功、ついにはフランス出身の教皇クレメンス5世を出すに至った。王の意を受けた教皇はフランス以外の枢機卿団の反対を無視して教皇庁をフランスのアヴィニョンに移転。古代、ユダヤ人が強制的にバビロンへ移されたバビロン捕囚にならい、これは「アヴィニョン捕囚」であると非難された。教皇庁がアヴィニョンに居座ったことでローマに残っていた枢機卿団は独自の教皇を立て、その正統性を主張するに至った。ここに2人の「正統」教皇が現れるという事態になった。事態を収拾しようとピサで開かれた教会会議は、ローマとアヴィニョンの2人の教皇の廃位を宣言して、新しい教皇ヨハネス23世を選出したが、2人が廃位を認めず、それぞれの支持者を集めたため、3人の教皇が立つという異常な事態になった。このような前例のない混乱の中で、教皇の権威は低下し、聖職者たちの中に公会議こそが教会の至上決定権を持つべきであるという考え方が強まった。これが公会議主義である。その中心人物であった神学者ジャン・ジェルソンは神聖ローマ皇帝ジギスムントの後ろ盾を得て、3教皇問題の解決を狙ったコンスタンツ公会議の開催にこぎつけた。この背景には、教会政治に強い影響力を持ったフランス王へのジギスムントの対抗心もあった。この公会議においてついに3人の教皇を退位させることに成功し、マルティヌス5世教皇を選出した。また、教会の抜本的な改革の必要も叫ばれており、コンスタンツ公会議も教会改革の実施を宣言して閉会した。しかし、コンスタンツ公会議の宣言した教会改革は結局行われず、公会議によって教会を変えていくという理想も失われていくことが結果的に宗教改革の伏線となっていく。
新ヘッドコーチとして元メキシコ代表監督のジョゼップ・クラロスが就任する。選手は藤江建典、菅澤紀行が岩手に移籍、高橋憲一が引退、安藤誓哉がアルバルク東京へレンタル移籍となる。スタッフではジョー・クックACが山形のエグゼクティブコーチとなった。日本人の加入選手は高畠佳介が島根から、徳永林太郎が香川から、小野寺祥太が岩手から、佐藤浩貴が茨城から加入した。外国人選手はレオ・ライオンズとの継続契約を早々に結び、ラベネルとは契約満了、モリソンは三遠に移籍した。新外国人はカディーム・コールビー、ナイジェル・スパイクスとの契約が成立し、ラインナップが確定したと思われたが、ライオンズが7月31日に引退を表明、契約が解除となり、トアーリン・フィッツパトリックとの契約合意が発表された。9月に行われた東北アーリーカップでは準決勝で岩手に勝利、決勝は山形に勝利し、第1回の勝者となった。開幕戦は熊本と対戦、2連勝を飾る。その後勝ち星を重ね12連勝を記録する。11月5日の福島戦で今シーズン初の敗戦を喫したが、その後も勝利を続ける。11月末に第93回天皇杯・第84回皇后杯 全日本バスケットボール選手権大会3次ラウンドで富山と対戦、85-83で勝利し、翌日川崎と対戦、67-84で敗戦、チーム初の天皇杯は3次ラウンド敗退となった。レギュラーシーズン後半に入り佐藤浩貴が左アキレス腱断裂のため12月22日にインジュアリーリスト入りする。また、トアーリン・フィッツパトリックとの契約を解除し、船山裕士とクリス・カヨールが加入した。12月27日には特別指定選手として保岡龍斗が加入した。チームは12月24日の福島戦で敗戦後再び連勝を重ね、4月1日に福岡に敗れるまで22連勝を記録した。2月6日、大塚勇人が西宮より期限付移籍で加入する。3月25日、群馬戦でB2東地区優勝が決定した。4月15日、熊本戦で徳永林太郎が左膝前十字靭帯を断裂する。5月6日に信州戦で勝利し54勝6敗でレギュラーシーズンを終えた。プレーオフはワイルドカード1位の熊本と対戦。レギュラーシーズンでは4戦全勝であったものの、初戦は第1クォーターからリードを許し、前半を終えた時点で14点差を付けられる。第3クォーターから反撃し第4クォーターでようやく逆転、85-81で辛くも勝利した。第2戦は4909人の観客を集めクラブ史上最多を記録した。試合は序盤から大差を付け99-65で勝利、決勝へ進出すると共に1年でのB1復帰を決定した。決勝は福岡と対戦、1戦目は83-69で勝利し、2戦目は73-82で敗北、優勝決定は第3戦にもつれ込んだ。第3戦は前半を1点リードしたが後半で逆転され敗北、B2準優勝に終わった。