ニューヨークを拠点とするデザイナーのジョン・キャシー（John Casey）がステージのデザインを手がける。舞台はコンテンポラリー・ロシア・アヴァンギャルドのテーマに基づいたものとなる。キャシーはかつて、ダブリンで行われた1997年大会のステージのデザインも手がけている。キャシーは「かつて1998年のモスクワでのTEFI賞でロシア人と仕事を共にした頃よりも前から、ロシア・アヴァンギャルド期の芸術、とくに建築家に着想され、ひきつけられてきた。大会の舞台のデザインには、ほぼ全てが異なる種類のLEDスクリーンで構成される、現代的なロシア・アヴァンギャルドを持ち込むことに挑戦した」と話している。キャシーはまた、「各種のLEDが集まって完成された姿を形作る。舞台の大部分は可動式であり、環形の一部を切り取った形をした数多くの曲面LEDスクリーンも全て可動式で、曲に合わせてことなる雰囲気を作り出すことができる。」とした。
大会は、前年にベオグラードで行われた2008年大会でロシアのジーマ・ビラーンが「Believe」を歌って優勝したことにより、ロシアが開催国となる。モスクワ市長は難色を示したものの、首相のウラジーミル・プーチンは直ちに、同大会がモスクワで開催されるとした。また、大会を主催するチャンネル1は、モスクワのオリンピック・スタジアムを会場とすることを提案した。この提案は欧州放送連合によって審議され、2008年9月13日に認められた。大会を監修するヴラジーミル・チュリーリン（Владимир Чурилин / Vladimir Churilin）は、会場の緊急改修が必要になるとの噂を否定し、「ユーロビジョン・ソング・コンテストのために改修をする必要はない。我々はいつでも2万5千人までの観衆を受け入れ可能だ。」と述べた。
1975年4月、ベトナム戦争は終焉を迎えようとしている。ベトナムの田舎娘だったキムは、17歳で家族を失い家を焼かれ、首都サイゴンまで逃げてくる。そこで、フランス人とベトナム人の混血の通称「エンジニア」の経営する売春宿「ドリームランド」で働くことになる。舞台裏で準備中、他の少女たちに未熟さを冷やかされる("Overture")。アメリカ海兵隊はもうすぐベトナムを離れるためベトナム人売春婦たちとパーティをする("The Heat Is on in Saigon")。米兵のクリスはパーティに嫌気がさしていたが、戦友のジョンに無理矢理連れてこられた。少女たちは海兵隊員たちの投票で「ミス・サイゴン」が決められるところである。キムの純真さにクリスは惹かれる。ジジがミス・サイゴンに選ばれ、海兵隊にアメリカに連れて帰ってほしいと頼み困らせる。少女たちはより良い生活に思いをはせる("Movie in My Mind")。ジョンのおごりで、キムの最初のお客はクリスとなる("The Transaction")。キムはシャイで気乗りしなかったが、クリスとダンスする。クリスはそれ以上何もせずに料金を支払い出て行こうとする。エンジニアはクリスがキムを気に入らなかったのかと尋ね、クリスはキムを連れて部屋に向かうことにする("The Dance")。キムの寝顔を見ながらクリスは神になぜベトナムを離れる直前に出会わせてしまったのかと尋ねる("Why, God, Why?")。キムが目覚めクリスは料金を払おうとするがキムは男性と寝たのはこれが初めてだったとして断る("This Money's Yours")。キムがまだ幼いことに気付き、クリスは共に暮らそうと語る。キムとクリスはひかれ合い、お互いを愛すようになる("Sun and Moon")。クリスはジョンに、キムと一緒にいたいため連れて行くと語る。ジョンはベトコンがもうすぐサイゴン政権をつぶすと警告するが、渋々クリスを応援する("The Telephone Song")。クリスはエンジニアにキムを連れて行きたいと語るが、エンジニアはアメリカ滞在許可証と引き換えだと語る。クリスはエンジニアに銃を突きつけ、キムの意見の方が大事だと脅す("The Deal")。少女たちはクリスとキムの結婚式を祝い("Dju Vui Vai")、ジジは本当のミス・サイゴンはキムだと語る。キムが13歳の時に両親が決めた婚約者でいとこのトゥイがキムを迎えに来る。ベトナム人民軍に所属するトゥイは白人と一緒にいるキムを見て激高する("Thuy's Arrival")。クリスとトゥイは互いに銃を持ち向き合う。キムはもう両親は亡くなったためこの婚約は無効であり、何の感情も持ち合わせていないと語る。トゥイは2人に罵声を浴びせ出て行く("What's This I Find")。クリスはベトナムを離れる時はキムを連れて行くと約束する。クリスとキムは初めて出会った夜に踊った時と同じ曲でダンスをする("Last Night of The World")。1975年4月30日、サイゴン陥落の日、クリスはキムを連れてアメリカに帰ろうとするが周囲に反対され門に残し一人で帰国する。それから3年が経った1978年、ホーチミンと名を変えたサイゴンでは解放および米軍撤退3周年のパレードが行われる("Morning of The Dragon")。トゥイは新政府のもとで高い地位に上り、部下にエンジニアを探させる。エンジニアにキムを探させ連れて来させるつもりである。キムはまだクリスを愛しており、いつかクリスが迎えに来てくれると固く信じながら貧民街に隠れている。その頃クリスは新しいアメリカ人妻エレンとベッドにおり、夢を見てキムの名を叫びながら目を覚ます。エレンとキムは地球の反対側でそれぞれがクリスとの別れを恐れる("I Still Believe")。1週間後、トゥイの部下が北部でエンジニアを見つける。共産党内部ではエンジニアは「チャン・ヴァン・ディン」と呼ばれており、エンジニアはこの3年間稲作農業をしていた。エンジニアはトゥイをキムの隠れ家に連れて行く。しかしキムはトゥイの部下が外で待っていることを知らず結婚を拒む。トゥイは部下を呼び入れキムとエンジニアを捕まえ、再教育収容所に入れると脅す。キムはクリスとの間にできた3歳の息子タムがいることを告げる。逆上したトゥイは裏切り者と呼び、タムをナイフで殺そうとする。キムはやむをえず、クリスが残していった拳銃でトゥイを射殺する("You Will Not Touch Him")。キムはタムとともに逃げ("This Is the Hour")、エンジニアにこれまでのことを話す("If You Want to Die in Bed")。エンジニアはタムの父親がアメリカ人と知り("Let Me See His Western Nose")、アメリカへ移住するダシに使えると思い2人に協力する。エンジニアはタムのおじということにして2人をタイのバンコクに連れて行くことにする。3人は他の移民たちと共に移民船に乗る("I'd Give My Life for You")。