他方で、ローマ・カトリックに対して、その「独善的、官僚制的、排外主義的体質」を認め公然と「文化帝国主義」と批判していたイリイチに対して、ボストンのクッシング枢機卿とメキシコ司教会議はイリイチの追放活動を展開。これに対して、スペルマン枢機卿やクエルナバカの司教メンデス・アルセオはイリイチを擁護し、1960年代末にバチカンと大西洋をまたぐ大論争が展開されることになった。このなかで、CIAによる報告も受けたバチカンはイリイチを呼び出し、地下奥深くで覆面の神の使いによる異端審問さながらの質問を浴びせるも、イリイチはこの質問状を公開したことから、バチカンの怒りは頂点に達した。第2バチカン公会議にも関与したイリイチであったが、こうして1969年に司祭の資格を放棄し教会活動を去ることになった。そしてイリイチは、この頃から脱学校論を提唱し、先進国による開発援助などを批判する思想家として広く知られるようになり、数多くのオルタナティブな思想を展開し、やがてペンシルベニア州立大学などで教鞭をとるなど幅広く活躍した。『技術社会』で先駆的な技術文明批判を展開したフランスのプロテスタント思想家、ジャック・エリュール（1912年 - 1994年）との交流も、特筆に値する。エリュールの没後に開かれたあるシンポジウムで、イリイチはエリュールに対する賛辞を捧げている。
1956年、アメリカでの活動が認められると、当時30歳のイリイチは、プエルトリコのカトリック大学の副学長に任じられる。しかし、南米での解放の神学などの運動に共感を抱き、リベラル・カトリックとしての活動を始める。1950年代末には、プエルトリコでのキリスト教の党結成に反対したり、後にメキシコに移ると、1961年には当地のモレロス州クエルナバカに国際文化形成センター (CIF) を設立し、法皇命の宣教師派遣を食い止めようとする運動を展開するなど、バチカンに対して批判的な姿勢を見せるようになる。当時のイリイチは、カミロ・シエンフェゴス、エルデル・カマラと並ぶ三大ラディカル者と称されていた。同センターの活動は順調に続き、1967年に、ラテンアメリカと産業制度を研究する場「国際文化情報センター」 (CIDOC) へと改組された。このセンターでは、日本からも山本哲士が参加するなど、世界的な知の交流が行なわれた。センターは1976年に閉鎖したが、その後も、メキシコ人スタッフが設立したクエルナバカ・ランゲージ・スクールでイリイチのセミナーは続けられた。
1926年、父親はクロアチア貴族の末裔、母親はセファルディム系のユダヤ人という家庭に生まれた。外交官であった父親の任地や祖母のいるウィーンなどを幼い頃から転々とし、マルチリンガルな環境で育つ。第二次世界大戦中はユダヤ系であることを隠すために身分証を偽造しフィレンツェで化学を、ローマのグレゴリアン大学で哲学と神学を、戦後はザルツブルクで歴史を学び、カトリックの神父となる。1950年頃に研究のために立ち寄ったニューヨークでプエルトリコ人のスラムに遭遇し、ニューヨーク司教に願い出てプエルトリコ人街の教会の神父として赴任（1951年）。当時、アメリカ最下層で暮らすマイノリティの人々のために奔走する。
1986年11月17日、パリ発ケプラヴィーク、アンカレッジ経由東京-成田行JAL1628便、日本航空のボーイング747-246F貨物機が、アメリカアラスカ州のフェアバンクス上空の高度約10,000メートルを飛行中に、両端にライトを点灯させた巨大な母船型UFOに遭遇した（ただし、「母船型」と言っているのは機長だけで、副操縦士は「光は見たが、機長の言うような形には見えなかった」と証言している）。同機機長によると、UFOは自機の大きさの3～4倍にも匹敵する巨大な球形で、1時間弱の間、旋回して逃れようとした同機と併走するように移動し、機内の気象レーダーにもはっきりと写ったが、なぜか雲のような透明状のものとしてレーダー上では写っていたとのことである（金属製の物体なら赤く映るがUFOの像は緑の中であった）。このUFOについては、アメリカ連邦航空局(FAA)のアンカレッジ空港の地上レーダーとアメリカ軍のエレメンドルフ空軍基地レーダー局でも該当する物体は捕捉されなかった。後述のキャラハン氏のみが地上レーダーで捕捉されていたと証言している(なお、実際はゴーストだったが、レーダーに別のコンタクトがあったのは事実のようである)。地上レーダーで確認できなかったことから、管制局から「調査のため空軍機の飛行を依頼するか」との提案があったが、機長は当該提案を断った（なお、通信記録にこのような会話は無いと言われている）。この提案を断ったことについては、後に機長自身による「非常に高度に発達した飛行機に対して、あるいは宇宙船に対して行動を取った場合に、彼らはものすごい技術を持っていますんでね。"なんか変なことでもされたんでは申し訳ない"という気持ちがありますもんで、即座に断りました」という発言があった。その後、JAL1628便がアラスカ行きのユナイテッド航空機と行き違ったところ、UFOは反転して今度はユナイテッド機の追尾を始め、同機がアラスカに着陸すると何処かに消失した。なお、ユナイテッド航空機はUFOらしきものは見ていない。また、あまり話題にならなかったが、UFO騒ぎを聞きつけた空軍のC-130輸送機が現場に接近しており、日航機は視認したがUFOらしき物体は確認ではなかったとのことである。なお、このUFO目撃事件については、「航空機の安全運航に影響がある」とされたことから、アンカレッジ着陸後、FAAによって機長の事情聴取が行われ、機長については酩酊などの可能性がないことが報告されている。この事件の1ヶ月前に、日本航空の機長が見たとされる同じUFOがブラジルのサンパウロ上空に現れ、大勢の人に目撃されている。