2005年2月頃より体調を崩し、以後東京の総裁公邸（実質的な自宅）にて療養生活を送る。2008年10月28日、老衰のため89歳で死去。解脱名（戒名）は「實相無相光明宮弘誓通達大慈意大聖師」。教団葬に当たる「追善供養祭」が2008年12月17日に行われ、翌2009年3月1日の立教記念日に谷口雅宣が第3代総裁を継承した。
1985年6月17日に谷口雅春が死去すると、同年11月22日に生長の家総本山にて行われた「生長の家総裁法燈継承祭並びに新総裁襲任生長の家秋季式典」において、第2代生長の家総裁に就任した。同時に妻の谷口恵美子は、雅春の妻・谷口輝子より、白鳩会総裁の地位を引き継ぎ、第2代生長の家白鳩会総裁を継承。1989年より両軸体制をスタートさせ、組織面の改革を実施。1990年には、当時教団の副理事長であった二男・谷口雅宣を副総裁に指名、就任。その後1993年には「国際平和信仰運動」を旗揚げするなど、純粋信仰面を強化した教団運営を行った。
本部の機構改革により、1957年に谷口雅春が教団の総裁に就任すると、清超は教団の副総裁に就任し、以後雅春とともに全国各地の講習会での指導、各種発行雑誌への執筆などを精力的に行い、雅春を補佐した。1978年の龍宮住吉本宮落慶以後、谷口雅春・輝子夫妻が長崎へ移住した頃から、徐々に事務面での実質的な教団運営を行いはじめたとみられ、1983年には生長の家政治連合の活動を停止するなど、右翼的な色合いの強い運動の修正などを実施していく。
東京帝大卒業後、戦争の激化で軍役に就くものの、すぐ肺を病み療養のため病院に入院。そこで相部屋の上等兵より谷口雅春の『生命の實相』を見せられ、その教えに感動する。終戦後、「万教帰一」を唱える雅春は、GHQの厳しい思想統制に対して西洋の光明思想を翻訳・紹介する文筆活動を開始、その翻訳助手を募集する広告を新聞に掲載。それを見た荒地清超はすぐに上京し、谷口宅を訪問。ここで後に妻となる、雅春の一人娘である谷口恵美子と知り合う。その後、荒地清超の人間性と才能を高く評価していた雅春夫妻は、恵美子との結婚を提案する。清超は驚きながらもそれを承諾、1946年11月13日に2人は結婚し、清超は谷口家の養嗣子となる。実は心の中では清超と恵美子はひそかに互いを思いあっていたことが後に判明する。
「島の上の」核種は観測されていないため、安定の島にある核の半減期は未知である。多くの物理学者はこれらの核の半減期は比較的短く、数分から数日のオーダーであると考えている。その半減期は100年のオーダーと長く、10⁹年にもなる可能性があることを示す理論計算もある。N = 184での閉殻により、アルファ崩壊と自発核分裂の部分半減期がより長くなると予測されている。閉殻は²⁹⁸Fl付近でのより高い分裂障壁をもたらし、核分裂を強く妨げ、これによりおそらくは閉殻に影響を受けない核の分裂半減期よりも半減期が30桁も大きくなると考えられる。例えば、ダブルマジック核²⁹⁸Flは10¹⁹年オーダーの自発核分裂半減期を持つ可能性がある。これは安定化効果の限界を決めていると考えられている既知の中性子欠如同位体²⁸⁴Fl(N = 170)の半減期2.5msよりもずっと長い。未発見の同位体の中にはさらに短い半減期で核分裂を起こし、安定の島を超える超重核の存在と観測可能性を制限すると予測されるものがある（すなわち Z > 120 および N > 184。これらの核はマイクロ秒以下でアルファ崩壊もしくは自発核分裂を起こす可能性がある）。島の中心部においては、アルファ崩壊と自発核分裂の間に競合があるかもしれないが、正確な比率はモデルに強く依存する。100 ≤ Z ≤ 130の1700個の原子核のアルファ崩壊半減期が実験的・理論的アルファ崩壊Q値を用いて量子トンネルモデルで計算されており、いくつかの重い同位体については観測された半減期と一致が見られている。ベータ崩壊は島の中心と予測される場所付近、特に元素111-115の同位体で他の崩壊モードと競合すると予測されているため、最も半減期の長い同位体も同様にベータ安定線上にあると予測されている。全ての崩壊モードを考慮すると、様々なモデルにより島の中心（すなわち最長寿命の核種）の²⁹⁸Flからより低い原子番号へのシフトが示されている。この中には²⁹¹Cnと²⁹³Cnの100年半減期、²⁹⁶Cnの1000年半減期、²⁹⁴Dsの300年半減期（後者2つはN = 184の閉殻）が含まれる。これらの半減期は超重元素としては比較的長くなるが、地球上に原始的に存在するには短すぎる。原始アクニチド(²³²Th, ²³⁵U, ²³⁸U)と自発および誘導核分裂に対する安定の島の間の中間の核の不安定性は、r過程での核合成におけるそれらの生成を阻害する可能性があるが、宇宙線内で鉛に対して10⁻¹²の存在量で起こる可能性がある。最も重い超重元素の考えられる強い崩壊モードは、Dorin N. Poenaru,  R.A. Gherghescu, ワルター・グライナーによりクラスタ崩壊であることが示された。それにもかかわらず、これはZ = 122より大きいものの影響が大きく、島の中心が予測よりも高い原子番号でない限り島の中心近くの同位体の崩壊への影響を小さくすると予測されている。