5月8日、辺見・河野主一郎・平野・淵辺はそれぞれ雷撃隊・破竹隊・常山隊・鵬翼隊の4個隊を率いて神瀬箙瀬方面に向かった。征討軍との戦闘は9日に始まったが、15日には、破竹隊の赤塚源太郎以下1個中隊が征討軍に降るという事件が起きた。これより神瀬周辺での両軍の攻防は一進一退しながら6月頃まで続いた。
4月13日、別働第2旅団の山川浩中佐は緑川の中洲にいたが、友軍の川尻突入を見て機逸すべからずと考え、兵を分けて自ら撰抜隊を率いて熊本城目指して突入、翌14日16時頃遂に城下に達した。城中皆が救援部隊の到着に喜んだが、後に山川中佐は作戦を無視した独断専行を譴責されたといわれる。13日夜、二本木の薩軍本営にいた西郷は、川尻が攻撃されたことを受け、村田新八、池上四郎と共に木山方面に移動した。薩軍も熊本城の包囲を解き14日に木山方面に撤退し、北方の植木・木留・鳥巣方面の諸隊4000名も続々と撤退を開始。城南方面の立田山南麓の新南部村付近に集結した。こうして2月22日以来50余日に渡り奮戦した薩軍の戦線は全面崩壊し、薩軍は熊本城東方の白川と木山川一帯の扇状台地に新たに戦線を構築するも、袋小路に追い詰められてしまった
この頃、薩軍は田原方面での戦闘の激化に伴って兵力が不足してきたため、桐野の命で淵辺群平・別府晋介・辺見十郎太らが鹿児島に戻って新たな兵力の徴集にあたった。3月25日、26日の両日で1500名ほどを徴兵し9番10番大隊を編成したものの、衝背軍が八代に上陸し、宇土から川尻へと迫っていたため、この兵力は熊本にいる薩軍との合流ができなかった。31日に協同隊の宮崎八郎が来着し、桐野からの指示を受け人吉から下って、衝背軍の兵站基地となっていた八代を攻撃し、衝背軍の退路を断って孤立させるという作戦の下で行動することになった。4月4日、人吉から球磨川に沿い、或いは舟で下って八代南郊に出た薩軍は、まず坂本村の衝背軍（別働第2旅団の1個中隊）を攻撃して敗走させたのを皮切りとして、5、6日と勝利を収め、八代に迫ったが、7、8日の衝背軍の反撃によって八代に至ることができず、再び坂本付近まで押し戻された。4月11日、再び薩軍は八代を攻撃。疲労もあって衝背軍が一時敗退したが、13日に援軍が投入され、薩軍・衝背軍共に引かず、4月17日までこの状態が続いた。17日、1個大隊に薩軍の右翼を付かせる作戦が成功して衝背軍が有利となり、薩軍は敗走した。この間の萩原堤での戦いのとき協同隊の宮崎八郎が戦死し、別府晋介が足に重傷を負った。
父親については全く不明であるが、久秀の母親は史料に名前が見えている。三好長慶と東寺が相論の裁許の交渉を行っている際、久秀はその仲介をしていた。東寺は安井宗運という人物と契約していたが、この宗運の書状の中に、久秀の母親が病であり、堺で療養していること、それを長慶も心配していること、久秀の母のもとに赴いて薬を与えたこと、投薬は奏功して久秀の母親は快方へ向かっていることなどが記されている。弘治2年（1556年）のことである。多聞院日記によれば、久秀の母親はこの後も堺で暮らし、永禄11年（1568年）に84歳と言う長寿をもって逝去したという。妻は二人確認される。一人は「言継卿記」に登場する。今村慶満に押領された言継がその回復の為に久秀との交渉をする中で、取次を言継から頼まれている。名前は不明だが「松永女房」と呼ばれている。もう一人は広橋保子であり、公卿・広橋国光の妹である。一条兼冬の妻であったが、彼と死別したあと久秀に嫁いだ。保子は永禄7年（1564年）3月に死去している。子供は、久秀が「松民」に宛てた書状によると「久通ニ兄弟もなく」とあり、松永久通一人しか確認できない。ただし、『多聞院日記』によると信貴山城落城前の10月1日に松永金吾（久通）が楊本城で殺害されたとあり、信貴山城で自刃した「松永父子」の息子は久通と別人である可能性がある。弟の松永長頼は、その軍事的才能により久秀よりも早く三好家中で頭角を現し、当初は出頭人である弟の名声の影に久秀の名は隠れた状態であった。長頼の子はキリシタンの内藤如安である。仔細不明ながらもう一人、弟が存在した可能性がある。以下、佐賀藩士である馬渡俊継が正徳年間に著した『北肥戦誌（九州治乱記）』の記述であるが、肥前国與賀の蜜蔵寺へ空圓という旅の僧が現れ、龍造寺隆信はその者を招いて法談を聞くとこれに帰依し、引き留めて光照寺の住職とした。この空圓、自らの生国と俗姓を語らなかったのであるが、天正5年（1577年）に隆信が千々石直員を攻めた際に龍造寺勢の本陣に来訪し、その陣が崩壊し掛けると自ら長刀を取って、「我は龍造寺與賀・光照寺が寺僧・空圓。実は松永弾正が弟なるぞ。出家とて侮るなかれ」と述べ、敵を四方八方に追い散らして討ち死にしたと記述される。