ウィーン大学の生理学研究室で神経学者として神経伝達の実験・研究をしたのち、精神医学の臨床医となったジークムント・フロイトは、人間の心的過程の中には自我では意識できない領域があり、それは幼少期からの周囲の道徳的規範の影響下で、その道徳的規範と相違する意識内容が抑圧されることで形成される（無意識領域へ追いやられる）ものとした。フロイトは、無意識の存在を仮定した上で、当時の精神の病気の一部（ヒステリーなど）は、その患者の自我と相違する無意識（抑圧された内容）を原因として生じる内的体験であるとし、抑圧を解放させることで治癒すると主張した。そして、その本人の内省行為などですら取得できない無意識の内容を把握するため、催眠などを通して夢の体裁で語らせ、その夢の内容（独: trauma、トラウマ）を無意識の内容として解釈することで患者の無意識内容を把握する方法（夢判断）を編み出し、精神分析学（psychoanalysis）を創始した。
ジークムント・フロイトは現象学的な内的体験（主観的体験）をうまく整合的に解釈するため、人間には意識化できない心的領域である無意識領域が存在するとして精神分析学を創始した。フロイトの無意識は教育などで後天的に形成される意識化できない領域であるが、一方ユングはそれに加えて、先天的に人間が普遍的に共有して保有するどうやっても意識化できない領域も存在するとした。
日常的に流れて行く意識のなかでは、様々な「意識の対象」が存在している。この現在の意識の対象は、現前している感覚・意味・感情等のパターンであるが、また、滞りのない自然な、「気づくことなく」想起されている記憶の内容が、その対象である。「意識」という言葉自体が、「覚醒意識がある」、「何かに気づいている」という通常の意味以外に、主体が意識している「対象の総体」が存在している「領域」の意味を持っている。何かを「意識している」、または、何かに「気づく」とは、対象が、「意識の領域」に入って来ること、意識に昇って来ることを意味するとも言える。人間は一生のなかで、膨大な量の記憶を大脳の生理学的な機構に刻む。そのなかで、再度、記憶として意識に再生されるものもあるが、大部分の記憶は、再生されないで、大脳の記憶の貯蔵機構のなかで維持されている。このような膨大な記憶は、個々ばらばらに孤島の集団のように存在しているのではなく、連想が記憶の想起を促進することから明らかなように、感覚的あるいは意味的・感情的に、連関構造やグループ構造を持っている。そして、このような構造のなかで記憶に刻まれている限りは、いかなる記憶であっても、再生、想起される可能性は完全なゼロではないことになる。人の一生にあって、再度、想起される可能性がゼロではないにしても、事実上、一生涯において二度と「意識の領域」に昇って来ない、膨大な量の記憶が存在する。主観的に眺めるとき、一生涯で、二度と想起されないこのような記憶は、「意識の外の領域」に存在すると表現するのが妥当である。「意識の外」と言っても、科学的には、大脳の神経細胞ネットワークのどこかに刻まれているのであり、「意識の外」とは、主観にとって、現象的に「意識でない領域」に、膨大な記憶が存在するという意味である。このような、「意識でない領域」が、無意識の第二の意味となる。
主人公・鈴木晴奈はごく普通の高校生。ある日、晴奈は自分が高校に入学したのは周囲に流されたからで、自分の意志ではないと気づき、高校に通う意味を見失ってしまう。その日を境に高校に行かなくなった晴奈は、徐々にクラブに通うようになり、昼夜逆転の生活を続けるように。そんな毎日の中、晴奈は1人の男・塚本成也に出会う。 この出会いが2人の運命の出会いだった。2人は何度か逢瀬を重ね、「好き」と冗談で言える関係を経て、ついに恋人同士になった。だが成也は、晴奈を束縛するようになった。晴奈が友人と会うことも良しとしないその束縛ぶりは異常であった。その行為は、成也が患っている記憶を少しずつ失っていく病気への不安感が原因であったのだが、そんなことを知らない晴奈は度を越した束縛ぶりに怒りが爆発し、とうとう別れを決意してしまう。数日後、成也が別の女性といるのを見てしまった晴奈は、目が合ったのに自分に気づかない成也に大きなショックを受ける。しかし、ある日成也の親友・聡が成也が病気であるという事実を晴奈に暴露してしまう。同時に、成也はまだ晴奈のことが好きであるということも。事実を知った晴奈は成也のところへ行き「もう一度付き合ってほしい」と告白するが、病気のことを気にする成也に「俺はやめとけ」と言われてしまう。晴奈は諦めずに何度もアプローチを繰り返し、ついに成也がその決意に心を動かされ、2人は再び結ばれることとなった。だが成也の病状はだんだんひどくなっていくばかり。医師から「施設に行ったほうがいい」と言われて、最初は反対していた成也もついに施設に入る事となった。その日から晴奈は成也にあうために毎日施設に通う日々を送っていた。そんなある日、成也は医師から夏休みをもらい、久しぶりに2人は施設の外で会えることになった。遊園地にお祭り、限られた夏休みを2人は思う存分満喫した。そして夏休み最終日、晴奈と成也は海に向かう。海を楽しんだ2人だが、帰る頃になって晴奈が成也から貰ったネックレスを落としたことに気付く。晴奈は探そうとするが、成也に「明日来て探そう」と言われしぶしぶ家に帰ることに。 次の日、晴奈が目を覚ますと一緒に寝ていたはずの成也が隣にいない。その代わりに晴奈の大好きなテディベアがベッドに置いてあった。嫌な予感を感じた晴奈は飛び起き、携帯を確認すると、そこには聡と成也の母からの無数の着信が…。