岐阜FCは2008年シーズン終了後にJリーグより公式試合安定開催基金から5,000万円の融資を受けた（ザスパ草津に次いで2例目）。さらに2009年6月24日、入場者数が当初の予想より大幅に下回っていることと、このままの状況が推移すれば当初の予想興行収入である1億円を下回り、公式試合安定開催基金より借入した5,000万円の融資を返済した後、選手やスタッフに給与の支払いができなくなるほど資金が底を突く可能性があると発表、存続を願う地元ファンや企業から2,800万円を集めて何とかしのぎ、2009年に「公式試合安定開催基金」から融資を受けている5,000万円の返済期限の延期をJリーグに申し入れ た後、2010年4月16日、公式試合安定開催基金から融資を受けていた5,000万円を返済 し、同年には単年度黒字を計上した。
FC岐阜はJリーグ準加盟時に「経営状況の改善」が付帯事項に掲げられる（前述）など、経営問題を抱えながらのクラブ運営を行っていた。2007年にはJリーグ経営諮問委員会でクラブを運営する株式会社岐阜フットボールクラブ（岐阜FC）の経営状態が指摘されたことを受け、同年10月に岐阜市内の製菓会社社長を理事長とする「FC岐阜個人持株会」を設立し、1口5万円での出資募集を開始。しかし、個人持株会も大口スポンサーとはなりえず、2008年のシーズン終了時には3億366万円の累積赤字と1億4,616万円の債務超過となった。
ホームスタジアムは岐阜メモリアルセンター長良川競技場（以下、長良川競技場）である。なお、過去のホームゲーム開催スタジアムは「当項目」を参照のこと。2010年は第67回国民体育大会（ぎふ清流国体）による長良川競技場の改修工事により岐阜メモリアルセンター長良川球技メドウ（以下「長良川球」）でホームゲームを15試合開催した。なお、シーズン前は一部の試合を愛知県一宮市の光明寺公園球技場を使用する予定もあった が、全て長良川球で開催された。なお、Jリーグは近隣にJリーグ基準を満たしたスタジアムが無いことを理由として長良川球と光明寺での開催を特例で認めたとしている。
戸塚体制2年目。1月、今西和男がゼネラルマネージャー（GM）に就任。2月20日、申請していたJリーグ準加盟はJリーグの理事会で常勤役員1名、常勤スタッフ2名の確保という条項を満たしておらず継続審議。3月の再審議で準加盟が承認されたが、「経営基盤の強化」の条件付で8月末までの経営の改善が求められた。クラブは9月に正式な準加盟承認を目指すとしたが、Jリーグがそれを見送り、12月まで猶予となった。リーグ戦は、6月21日（第17節）から戸塚に代わって松永英機が監督に就任。12月2日のアルテ高崎戦に勝利して、シーズン3位に入り、Jリーグ加盟条件のリーグ戦4位以内が確定。12月3日のJリーグ臨時理事会で2008年のJリーグ加盟が承認され、J2昇格が決定した。なお、東海3県では名古屋についで2クラブ目のJリーグクラブとなった。
2001年4月、国民体育大会に向けて強化する目的で岐阜県サッカー協会により創設。2002年、岐阜経済大学が中心となって地域に根ざした総合スポーツクラブの実現を目指して設立され、特定非営利活動法人（NPO法人）スティックルバックスポーツクラブ（SSC）が運営母体となった。SSCはまず陸上競技部門とサッカー部門、2004年からラグビー部門を設立（サッカー部門の監督に西濃運輸サッカー部元監督の勝野正之が就任）。サッカー部門のトップチームはJリーグ加盟を目指すため、運営会社となる株式会社岐阜フットボールクラブ（岐阜FC）を2006年8月30日に設立した。初代代表に岐阜経済大学教授、鈴木誠が就任。これに伴いSSCのサッカー部門の育成普及事業を岐阜FCに移管、SSCは名称を「NPO法人FC岐阜スティックルバック」に変更した。
運営会社は株式会社岐阜フットボールクラブであり、2007年3月にJリーグ準加盟クラブとして承認され、2008年にJリーグへ加盟した。チームカラーやエンブレムなどは岐阜県花である「レンゲソウ」と「木曽三川」をモチーフとして、赤は情熱、青は知性、緑は調和をそれぞれ表している。ホームスタジアムは、岐阜メモリアルセンター長良川競技場、練習場は岐阜メモリアルセンター長良川球技メドウや岐阜市北西部運動公園などである（詳細は#スタジアム・練習場を参照）。なお、2013年4月28日から第67回国民体育大会（ぎふ清流国体）のマスコットの「ミナモ」が、また2014年3月21日より日本一ソフトウェアのマスコット「プリニー」がそれぞれ期限付きで応援マスコットとなっている。その後、2017年7月22日、公式マスコットキャラクター「ギッフィー」のデザインを発表。同年10月1日のホームゲームで着ぐるみがお披露目となった。
コンステレーション-X（英語: Constellation-X Observatory）とはNASAが計画していたX線宇宙望遠鏡のミッションコンセプトであり、2008年に、ESAとJAXAの計画していたX線望遠鏡と計画を統合してInternational X-ray Observatory (IXO)を開発する方針に変更された。X線宇宙物理学に超巨大ブラックホールやその効果、ブラックホール周囲を周回する天体の引きずり込まれる時の事象の地平面等の新たな窓を開く事が見込まれていた。これまでは動画で観測することはできなかったが、コンステレーション-XではX線のドップラー効果による波長偏移を観測する装置を搭載する事で天体がブラックホールに吸い込まれる様子を動画で観測でき一般相対性理論を証明できるとした。コンステレーション-Xはブラックホールの調査のみならず、宇宙物理学の全ての分野に衝撃を与える事が見込まれた。ブラックホールの調査は一般相対性理論の貴重な証明する試験として使用されるが、コンステレーション-Xは暗黒エネルギーと暗黒物質の調査も行い、試験では物質がブラックホールに引きずり込まれる様子を測定する予定であった。コンステレーション-XはこれまでのどのX線望遠鏡よりも大きく高分解能のX線分光計を備え、低エネルギー用と高エネルギー用のX線望遠鏡による100eVから40keVの広範囲における観測が予定されていた。