ドクターに拡張プログラムとして組み込まれたヴォイジャー独自の機能。何らかの理由で人間のクルーが全員退避しなければならない状況において起動され、艦の指揮を任される。ECHは膨大な戦術データベースを参照して適切な指揮をすることができる他、艦の修理もすることができる。ECHはVOY124話「幻の指揮官」において提案がされ、VOY162話「人間改造惑星クアラ・前編」において初運用された。プログラム起動にはジェインウェイ艦長の指令コードによる起動のほか、EMHが自分自身で機動することもできる（VOY170話「偽りのクルー」）。またEMHがECHとなると、制服の色が科学部門の緑から指令部門の赤へと変化するが、階級章はない。
当艦は就航当時最新鋭技術だった緊急用医療ホログラム（通称「ドクター」）を搭載している。これはルイス・ジマーマン博士が開発をした高度な医療用ホログラムで、数多くの文明の医学知識や医療技術がプログラムされており、医療室内のホロエミッタにより投影される。EMHは通常のホログラム同様、光子とフォースフィールドで構成された物理的な体を持ち、本物の医者と変わらない仕事をすることができる。当艦はデルタ宇宙域に飛ばされた際の船体ダメージにより医療部員全員が死亡してしまったため、このEMHなしに生還は考えられなかったと言っても過言ではない。EMHは本来人間の医者の代理を務める短期間運用（1500時間）ホログラムドクターであったが、デルタ宇宙域に孤立し、長期的運用を余儀なくされた。当初、ドクターは短期間運用を想定した代用ドクターである自分には荷が重すぎる、どうしていいか分からないと悩んでいたが、医療助手のケスの助けを借りて徐々に人間性を高めていく。またベラナ・トレス中尉らの手によってそのホロマトリックスに数々の拡張プログラムが追加され、結果として彼はユーモアにあふれ、絵画やオペラを愛する「医療主任・ドクター」の地位を確立していった。また最終的にはクルーが全員退避するような緊急事態における艦の指揮機能「緊急指令ホログラム（ECH）」も得るようになる。なおドクターはホロエミッタのある医療室かホロデッキのみ活動可能であった。しかしVOY51話「29世紀からの警告・後編」において、29世紀の超小型のホロエミッタである「モバイルエミッタ」を入手し、以後は船外にすら出ることができるようになった。またEMHは宇宙艦隊指折りのホロエンジニアが何年もかけ高度にプログラムされたホロマトリックスを持つ。そのため普通のホロキャラクターを作るように簡単に作成することはできない。トム・パリス中尉とハリー・キム少尉はEMHを作ろうとしたが、医学知識がホロマトリックスに入りきらず失敗している。アルファ宇宙域においてはバージョンアップされた新型EMHも続々登場している。DS9 114話「ジュリアンの秘密」（VOYでは59話あたりの時期）ではルイス・ジマーマン博士はEMH-Mark2のモデルにDS9のドクターであるジュリアン・ベシア大尉を使おうとしたが、諸事情により結局採用はされなかった。その後VOY82話「プロメテウスの灯を求めて」でベシアがモデルではないEMH-Mark2が登場、VOY144話「ジマーマン博士の屈辱」ではEMH-Mark4まであることが示唆されている。
純粋な金属水銀は、他の重金属と同様に、蓄積されることによって毒性を発揮する。皮膚からはゆっくりと吸収されるが、消化器からの吸収はより遅い。蒸気を吸入すると肺から容易に取り込まれる。呼吸器系から蒸気として吸収すると毒性が強いものの、他の経路からの場合ではそれほどでもないとされる。金属水銀は吸収されることなく消化器系を通過することもあるとされ、歴史的には腸の障害を機械的に除去するために用いられたこともあった。今日では毒性がよく知られているため、そのようなことは行われない。水銀の化合物は単体の水銀よりもはるかに高い毒性を持つことが知られ、水銀を含む有機化合物では特に顕著である。例えば、ジメチル水銀は千分の1ミリリットルの量でも死に至る神経毒である。水銀は中枢神経・内分泌器・腎臓などの器官に障害をもたらし、口腔・歯茎・歯にも損傷を与える。高濃度の、もしくは低濃度であっても長時間水銀の蒸気にさらされると、脳に障害を受け、最終的には死に至る。水銀およびその化合物は、特に胎児や幼児に対して有毒である。妊娠した女性が水銀に被曝した場合、発声障害を持った子供が生まれることがある（水俣病を参照）。摂取が止まれば、水銀中毒のうちいくつかの症状は、専用の療法を用いるか、あるいは自然に排出されることによって回復することが可能である。しかしながら、重度または長期間にわたる被曝からは、特に胎児や乳児・小児の場合、回復できない。ジメチル水銀など毒性の高い化合物にさらされると、数時間に満たないうちに死亡することもある。小児が水銀に被曝した場合、神経系に重い影響を与え、神経鞘の正常な成長を妨げる。水銀は髄鞘を構成するタンパク質に障害を与えるという研究結果が示されている。小児の水銀中毒は自閉症的兆候の原因となることが疑われているが、この件に関する査読を経た研究論文はいまだ発表されておらず、医療関係者の間でも疑いの域にとどまっている。また、自閉症関連団体は、自閉症の症状が誕生した時点からあらわれていることを示す証拠が示されていることから、この説を乱暴すぎるものととらえている。水銀およびその化合物に中毒した人間・動物はしばしば唾液を過剰に分泌する症状を示す。これは水銀流涎 (mercurial ptyalism) と呼ばれる。水銀を含む保存料であるチメロサールは、1930年代から変質を防ぐ目的でワクチンにごく少量が添加されていた。これに伴う悪影響は、アレルギー症状を除いてこれまでのところ何ら示されていない。しかしながら、アメリカ小児科学会 (American Academy of Pediatrics) などの団体は、予防措置としてチメロサールの使用を控えるよう勧告している。今日では、数種のインフルエンザワクチンを除き、アメリカ合衆国で使われている12種類の感染症用小児用ワクチンにチメロサールは使われていない。