延暦寺の武力は年を追うごとに強まり、強大な権力で院政を行った白河法皇ですら「賀茂河の水、双六の賽、山法師、是ぞわが心にかなわぬもの」と言っている。山は当時、一般的には比叡山のことであり、山法師とは延暦寺の僧兵のことである。つまり、強大な権力を持ってしても制御できないものと例えられたのである。延暦寺は自らの意に沿わぬことが起こると、僧兵たちが神輿（当時は神仏混交であり、神と仏は同一であった）を奉じて強訴するという手段で、時の権力者に対し自らの主張を通していた。また、祇園社（現在の八坂神社）は当初は興福寺の配下であったが、10世紀末の抗争により延暦寺がその末寺とした。同時期、北野社も延暦寺の配下に入っていた。1070年には祇園社は鴨川の西岸の広大の地域を「境内」として認められ、朝廷権力からの「不入権」を承認された。このように、延暦寺はその権威に伴う武力があり、また物資の流通を握ることによる財力も持っており、時の権力者を無視できる一種の独立国のような状態（近年はその状態を「寺社勢力」と呼ぶ）であった。延暦寺の僧兵の力は奈良興福寺と並び称せられ、南都北嶺と恐れられた。延暦寺の勢力は貴族に取って代わる力をつけた武家政権をも脅かした。従来、後白河法皇による平氏政権打倒の企てと考えられていた鹿ケ谷の陰謀の一因として、後白河法皇が仏罰を危惧して渋る平清盛に延暦寺攻撃を命じたために、清盛がこれを回避するために命令に加担した院近臣を捕らえたとする説（下向井龍彦・河内祥輔説）が唱えられ、建久2年（1191年）には、延暦寺の大衆が鎌倉幕府創業の功臣・佐々木定綱の処罰を朝廷及び源頼朝に要求し、最終的に頼朝がこれに屈服して定綱が配流されるという事件が起きている（建久二年の強訴）。
延暦25年（806年）、日本天台宗の開宗が正式に許可されるが、仏教者としての最澄が生涯かけて果たせなかった念願は、比叡山に大乗戒壇を設立することであった。大乗戒壇を設立するとは、すなわち、奈良の旧仏教から完全に独立して、延暦寺において独自に僧を養成することができるようにしようということである。最澄の説く天台の思想は「一向大乗」すなわち、すべての者が菩薩であり、成仏（悟りを開く）することができるというもので、奈良の旧仏教の思想とは相容れなかった。当時の日本では僧の地位は国家資格であり、国家公認の僧となるための儀式を行う「戒壇」は日本に3箇所（奈良・東大寺、筑紫・観世音寺、下野・薬師寺）しか存在しなかったため、天台宗が独自に僧の養成をすることはできなかったのである。最澄は自らの仏教理念を示した『山家学生式』（さんげがくしょうしき）の中で、比叡山で得度（出家）した者は12年間山を下りずに籠山修行に専念させ、修行の終わった者はその適性に応じて、比叡山で後進の指導に当たらせ、あるいは日本各地で仏教界のリーダーとして活動させたいと主張した。だが、最澄の主張は、奈良の旧仏教（南都）から非常に激しい反発を受けた。南都からの反発に対し、最澄は『顕戒論』により反論し、各地で活動しながら大乗戒壇設立を訴え続けた。大乗戒壇の設立は、822年、最澄の死後7日目にしてようやく許可され、このことが重要なきっかけとなって、後に、延暦寺は日本仏教の中心的地位に就くこととなる。823年、比叡山寺は「延暦寺」の勅額を授かった。延暦寺は徐々に仏教教学における権威となり、南都に対するものとして、北嶺と呼ばれることとなった。なお、最澄の死後、義信が最初の天台座主になった。
比叡山は『古事記』にもその名が見える山で、古代から山岳信仰の山であったと思われ、東麓の坂本にある日吉大社には、比叡山の地主神である大山咋神が祀られている。
中世ヨーロッパの人々は、神がこの世の全てを創造したと考えていた。神が創造した直後の時代が最も理想的で良い時代であり、時代が下るにつれてだんだん理想から遠ざかっていき、良いものが歪められて悪いものへと変わるという世界観を持っていた。しかし、人間の良心と倫理観、そして古くから伝えられてきた決まり（慣習法）の中には、神が創造した直後の最も良い時代の残滓が依然として残されていると考えられていた。そのため、法の制定が新しければ新しいほどその法は悪法ということになり、こうした悪法は、より神に近い時代の産物である古い法律や決まりの前には破られると考えられたのである。これは、当時の成文法が慣習法の延長に過ぎなかったという事情が背景にあった。ただし、新しい法や制度がその原則のために作られることを全く妨げられるわけではなく、君主などの立法権力が「法是正」（Rechtsbesserung）であると称してあくまでも忘れ去られていた古き法を復活させることを名目として事実上の新法を定める論理も存在していた。また、時代が下るが、「革命」という言葉の英語・ドイツ語表現であるRevolution が元は回転を意味する言葉であったというのも、革命は堕落していく未来への進行ではなく、清らかであった過去への復帰のために行うものであると考えられていたことによる。もっとも、近年の研究において中世ヨーロッパにおいてこの概念が確立したのは、ケルンが想定していた古代ゲルマンや中世初期ではなく、領邦国家の再編を経て新しいラント法が形成された13世紀（中世後期）以後であったと考えられている。この再編の過程で支配者である君侯とラントの構成員である騎士などの領主や農民たちの間の均衡の上に慣習法を修正したラント法が形成され、これが「古き良き法」として容認され、それが侵害された場合には、ラントの構成員にはフェーデや反抗権の行使を含めたラント法に基づいた権利を回復する権利を持っていると考えられた影響が大きい。スイスの盟約者同盟やドイツ農民戦争も権力側からの「古き良き法」の侵害に対する法と権利の回復を旗印に掲げていた。「古き良き法」の概念は17世紀・18世紀に至っても中央集権を進める絶対王政とこれに反抗して「古き良き法」で擁護された自由や特権を守ろうとする人々との間で摩擦が生じ、市民革命へも影響を与えることとなった。