2005年8月19日の公判で、検察側・弁護側の双方が意見を述べ合う最終弁論が開かれ、初公判から10年2か月の長期間に及んだ、事実審が結審した。検察側は、「何ら落ち度のない4人の若者に、激しい集団暴行を加え、犯行を隠すために次々と殺害した、自己中心的な犯行で、結果はあまりにも悲惨で重大。木曽川事件は殺人罪が成立する。3被告人の役割に差はなく、死刑以外に選択肢はない」として、改めて3人全員への死刑適用を求めた。弁護側は、KMの弁護人が量刑不当を訴え、KAの弁護人は「従属的な役割だった」と述べ、3事件のうち2事件の殺意を否認した。HMの弁護人は、大阪事件への関与、木曽川事件・長良川事件の殺意を、それぞれ否定した。その上で、弁護側は「（各被告人の事件での主体的役割を否定し）『死刑や無期懲役は重すぎる』、（一連の犯行について殺意や計画性を否定し）『未成年者の未熟な集団が引き起こした最悪の結果』」と、それぞれ主張した上で、「十分に反省している」として、有期懲役刑を求めた。
2003年6月30日、木曽川事件の被害者Bの司法解剖を行った医師が、検察側証人として出廷し「第一審判決ではBの死因は特定できず、遺棄と死亡の因果関係も立証できないとされたが、暴行の態様から、死因は検察側の主張通り硬膜下血腫で、遺棄により死期が早まった可能性が高い」と証言した。控訴審公判は計36回開かれ、長良川事件の被害者Cの遺族夫妻は、高齢の身を押して、ほぼ全てを傍聴した。2005年（平成17年）3月15日の公判で、Cの父親は、被害者遺族の代表として、意見陳述した。父親は、それまでに1ヶ月かけて練った原稿を、意見陳述の場で読み上げ、「貴様らは生きて償いたいと言っている。ぜひ聞かせてほしい。具体的にどのような償いをしようとしているのか。私はまだ聞いていない」、「私は貴様らが社会に出てくるのを望んでいない」などと、3人に対して憤りを隠さずに訴えた。この日、初公判から約10年にわたった事実審の証拠調べが終わった。
2003年（平成15年）5月26日、名古屋高裁（川原誠裁判長）で、控訴審初公判が開かれた。第一審で傷害致死と認定された木曽川事件について、検察側は「Bを激しい暴行の末に雑木林内に遺棄した結果、頭内の出血が促されて死期が早められたのは明らか」として、殺人罪の適用を求めた。その上で検察側は、2人を無期懲役とした、第一審判決の量刑について、「KAは主体的・積極的に集団暴行に関与しており、HMもあらかじめ凶器を準備し、実行行為にも積極的に加わった。量刑は著しく軽く不当で、矯正はもはや不可能」と主張し、改めて第一審の求刑通り、3人全員への死刑を求めた。KMの弁護人は、死刑制度違憲論も展開した上で、「長良川事件で被害者から金品を奪った行為は、暴行とは別の機会に行われており、強盗殺人罪は成立しない。一連の暴行は、居合わせた女性を巡る対抗意識や、互いに虚勢を張る『強気の論理』が原因であり、KMには殺意もなかったため、傷害致死罪とされるべきである。『KMが主犯』という話は、KMに反感を持った事件関係者らが、自己弁解のために作り上げたもので、主犯ではなく、3人の罪責に差はない」と主張した。KAの弁護人は、「形式上兄貴とされていたが、KMに追随しており、殺意もなかった」と、HM側は「長良川事件は連続した金品喝取の後の集団リンチであり、強盗あるいは恐喝と、傷害致死あるいは殺人と、2つの犯行に分かれる」「大阪事件では最初に首を絞めるふりをしただけで、すぐにその場から離れており、殺害の実行行為や共謀は成立しない」「他の被告人の手下に過ぎない」と、それぞれ強調した。3被告人側は、いずれも長良川事件の強盗殺人罪を否定した上で、「社会的適応能力がなく、即成的な未成年の集団による犯行や、少年特有の心理を事実認定・量刑に反映させるべき」と主張し、矯正可能と訴えた。
甲府盆地から埼玉県秩父市方面へ向かう国道140号（通称雁坂みち）千野々宮交差点から、山梨県道210号杣口塩山線（通称クリスタルライン）を乙女高原方向に登って行くと、琴川の谷間を挟んだ右（北東）側の山腹に1本のシダレザクラの巨木が見えてくる。この木が乙ヶ妻のシダレザクラである。乙ヶ妻集落の民家の間を抜けた小高い草地の丘は、地元では「山の上」と呼んでおり、その頂部（標高約680メートル）に生育する乙ヶ妻のシダレザクラは、根回り4.6メートル、目通り3.8メートル、樹高8.7メートル、枝張りは東西に8.5メートル、南北に8メートルに達する巨大なもので、推定樹齢は約150年-200年ほどであり、1976年（昭和51年）3月30日に、当時の牧丘町によって町の天然記念物に指定され、今日では合併後の山梨市の天然記念物となっている。なおこのサクラを含めた一帯は同地に在住する個人の所有地であるが、一般に開放されており自由に見学することができる。開花期は例年4月上旬から中旬で、近年では夜間のライトアップも行われている。この高台には秋葉さん、天神宮などの祠があり、乙ヶ妻の住民はこの広場で花見の宴会を行う。乙ヶ妻のシダレザクラのある旧牧丘町は、総面積のおよそ80パーセントが山地で占められ、古くから人々の住む平地、丘陵地は笛吹川およびその支流の中小河川に沿った限られた位置に集落が発達した。乙ヶ妻はいわゆる字名であり、今日の住居表示では山梨市牧丘町室伏に含まれる。乙ヶ妻（おっかづま）の地名表記は古くは『甲斐国志』に旧室伏村、奥勝間（おっかっま）と記載されており、今日の乙ヶ妻は奥勝間から変化した当て字と考えられている。勝間とは、家の奥隅にある部屋のことで、琴川上流部に位置する地形的なものから「奥地にある勝間」との意味合いから、奥勝間と呼ばれるようになった地名と考えられている。