10世紀以降、カトリック教会内に信徒活動という新しい形の運動が生まれた。その中には村落内の信心会のようなものから始まって、やがては周辺地域をまきこむ大規模な運動に進展したものもあった。それは一般信徒たちが初めて自発的に、真にキリスト教的な生活を目指した運動であった。その背景には、当時広く流布した終末思想や、妻帯（ニコライズム）や聖職売買（シモニア）などが横行していた聖職者たちへの批判がこめられていた。そのうち、11世紀に盛んになったカタリ派と12世紀に現れたワルドー派は異端のレッテルを貼られて弾圧を受けることになる。ワルドー派は「リヨンの貧者」と名乗り、創始者ワルドーがイエスのような清貧の生活を目指して始めた信徒運動であった。彼らは自分たちで福音の精神を学んで説教を行い、信徒による説教の許可をもとめて第3ラテラン公会議に代表を送ったが認められず、やがて異端とされることになった。不思議なことに同じ時期に、同じ清貧の精神で人々に説教を行っていたある青年の活動は教皇のお墨付きを得ることになった。彼こそがアッシジのフランチェスコであり、これがフランシスコ会の起源である。同じ頃、やはり説教を使命とする一群の人々が現れ、教皇の認可を受けてドミニコ会が生まれた。12世紀以降、西欧の王室や権力者たちは中央集権化を推し進め、その一環として地域に割拠する勢力の制圧を図った。このような行動はしばしば宗教的正当性の名目を借りて行われた。その代表的なものが南仏におけるアルビジョア十字軍の活動である。カトリック教会にとっても増え続けるカタリ派やワルドー派といった異端への対策が急務となっており、ここに世俗の王権との利害が一致した。こうして教皇庁が任命した審問官が各地に赴いて裁判を行い、世俗の権力がそれをひきとって処罰するという異端審問が盛んに行われるようになった。宗教界の権威者が裁き、世俗の支配者がこれを処罰するというシステムを共同で生み出したのは教皇グレゴリウス9世と皇帝フリードリヒ2世であった。この時期の異端審問を後のスペイン異端審問やローマでの異端審問と区別して「中世異端審問」という。カタリ派とワルドー派の殲滅を目的に始められた異端審問は、同派が活発だった北イタリアと南フランスを中心に行われた。このシステムは欧州各地へ輸出されたが、北欧、ドイツ、イングランドなどではほとんど行われることはなかった。このように12世紀から13世紀にかけて行われた中世異端審問は後世の人々が想像していたほど大規模なものではなかったことが研究によって明らかになっている。例えばもっとも有名な異端審問官ベルナール・ギー（仏：Bernard Gui、羅：ベルナルドゥス・グイドーニス、Bernardus Guidonis）は16年にわたってその職についていたが、在職中に扱った多くの審問のうち、死刑を宣告したのは40件にすぎなかった。
この項の主要参考文献：14・15世紀の東ローマ帝国は上記の通り世俗的には様々な憂き目にあっていたが、正教会には新たな修道精神の勃興が起きていた。東ローマ帝国のアトス山の修道院においては、静寂主義とも訳されるヘシュカスムが、グレゴリオス・パラマスにより14世紀に体系化が完成された（なおこの時、ヘシュカスムを巡ってグレゴリオス・パラマスと対立、論争したバルラアムは、論争に敗れ東ローマ帝国を追放されたのち、ローマカトリック教会に迎えられて司教となった）。ルーシにもそれまで少なく無い数の修道院があったが、東ローマ帝国の静寂主義の影響と修道熱の高まりも受けて14・15世紀には特に修道運動が活発化し、荒野修道院運動が起こっていた。後にロシア正教会最大の修道院、至聖三者聖セルギイ大修道院に発展する修道院が、ラドネジの聖セルギイによって1345年に創始された。14・15世紀の、東ローマ帝国およびルーシの修道士達の足跡は、後代、正教会全体に大きな影響を及ぼすものとなった。当時ルーシで活躍したイコン画家であり修道士でもあったアンドレイ・ルブリョフのイコン『至聖三者』は、正教会のみならずカトリック教会でも使用される事があり、この時代、キリスト教会全体に与えた正教会の精神的影響は無視出来ない。
コミッショナーのフォード・フリックは、両リーグオーナー会議で7年の任期でコミッショナーの職に再任されると、この時期に緊急に取り組むべき課題となっていた新人選手の契約金の高騰問題について打開策を検討していた。1947年に決めた第一次ボーナス規制は契約金6,000ドル以上の選手は1年間ファームチームにいてメジャーに昇格できなければ翌年のトレード会議での選抜の対象となる、とするものであったが効果なく1950年に廃止。1952年に4,000ドル以上の契約金を得た選手は入団後にメジャー25名のメンバーに2年間連続して加えなければならない、とする第二次ボーナス規則を定めたが、これも効果なくもはや廃止することで新しい制度を作ることになった。そこで契約金の高騰を防ぐための手段として新たにマイナーリーグ選手の公開選抜(ドラフト)を提議しフォード・フリックは制限なしの選抜制度を提案した。ところが議会の下院から「大リーグの球団が1人の選手をマイナーリーグに置いてその身柄を拘束できるのは7年とし、そのうち前半の4年は選抜を受けないようにすること」とする主張が出て、議論百出の結果、パシフィックコーストリーグ（この当時はAAA級に位置付けされていない）と他のAAA級・AA級は4年以上、A級で3年以上、B級・C級・D級は2年以上在籍する選手を対象に選抜することで、1957年12月のオーナー会議で正式に採択されてマイナーリーグのドラフト会議の設置が決まった。この時には大リーグ球団が選抜する場合の選手の代価は所属するリーグのクラス（AAA級～D級）に関係なく一人当たり2万5,000ドルとし、1つの球団が選抜する選手の数は無制限とすることも決まった。しかし翌1958年には1年目のシーズン終了後からドラフト会議の対象となり、その代価は大リーグ球団が選抜する場合は一人当たり1万5,000ドル、3A級の場合は7,500ドル、2A級の場合は6,000ドル、A級の場合は4,000ドル、B～C級の場合は3,000ドルとすることに改正された。このマイナーリーグのドラフトの始まりは7年後にメジャーリーグにも影響を与えた。なお1957年12月のオーナー会議で大リーグ選手協会からそのシーズンの6月15日まで大リーグの支配下選手名簿の載った選手の最低年俸は従来の6,000ドルから7,000ドルにするという要求があり、この増額要求を認め、またトレードに際して移動費ほかの増額も決められて、翌年2月のオーナー会議で新しい選手の年金プランも承認された。高額の契約金を得て入団する選手をボーナスプレーヤーと呼ばれたが、しかし1958年に全米大学運動協会が調査したところ1948年から10年間でボーナスプレーヤーとしてプロ入りした大学生47名のうち、この年現在でメジャーリーグに在籍する者は13名、マイナーリーグに在籍する者は13名で、残る22名はすでに野球を離れていた。