ウルシーで修理を終えた後、サン・ジャシントと僚艦は南シナ海域に入り、台湾の飛行場、カムラン湾、インドシナ、香港での艦艇攻撃を行う。第38任務部隊（ジョン・S・マケイン・シニア中将）は海上で燃料補給を行い、敵に対する威圧とルソン侵攻部隊への支援、沖縄への攻撃を継続した。続いてサン・ジャシントは第一次日本本土攻撃に参加する。1945年2月16日、17日の攻撃で艦載機は関東地方の飛行場上空で空戦を行い多数の敵機を撃墜している。これらの攻撃は硫黄島上陸支援が目的であった。その後上陸部隊への航空支援を行い、ウルシーに帰投した。九州沖での作戦活動時に、サン・ジャシントは3月18日の九州沖航空戦における空母フランクリン（USS Franklin, CV-13）の大火災を目撃している。1945年3月19日には特攻機の突入をかろうじて回避している。続くアイスバーグ作戦では、沖縄進攻に対して航空支援を行った。4月5日に500機を越える敵機が突入攻撃を行い、アメリカ軍は艦上戦闘機と高射砲で約300機を撃墜したが、多数が目標に達することとなった。サン・ジャシントの砲手は特攻機をようやく撃墜した。もう一機は艦前方50フィートの位置で撃墜された。沖縄進攻の間、サン・ジャシントもほとんど絶えず総員配置状態で地上軍を支援し、特攻機による攻撃を撃退した。4月7日にサン・ジャシントの艦載機は沖縄水上特攻部隊の一艦、駆逐艦浜風を撃沈している。その後もサン・ジャシントは、九州の特攻拠点である鹿屋基地への攻撃や沖縄地上軍への航空援護を行った。6月5日に台風に遭遇するが損害はなく、その後レイテ島で第38任務部隊に配置され日本本土への最終攻撃を行った。サン・ジャシントの艦載機は7月9日から8月15日まで北海道及び本州の各都市を攻撃し、7月10日には茨城県各地の飛行場を攻撃し、7月14日から15日にかけては根室湾など道東各地を空襲した。サン・ジャシントは終戦まで日本の沖合で作戦活動に従事し、戦争が終わると日本の戦時捕虜収容所に食料と医薬品投下も行った。
サン・ジャシントはアドミラルティ諸島マヌス島で物資補給を受けた後に沖縄攻撃に参加、上陸作戦に備えて地上基地の写真撮影を行った。洋上給油を行った後、僚艦が台湾、北ルソンおよびマニラ湾に対する攻撃を行っている間10月12日から19日まで戦闘偵察飛行を行っている。この間の10月17日にサン・ジャシントの艦載機が着陸の際に誤って機銃を艦橋に発射し、2名が死亡、24名が負傷した。この中には部隊指揮官が含まれており、レーダーに対して大きな被害が生じた。この事故にもかかわらず、サン・ジャシントは作戦行動を続けた。アメリカ軍が10月20日にフィリピン中部のレイテに上陸すると、サン・ジャシントも友軍への上空掩護を行った。この任務は10月24日の栗田健男中将率いる日本艦隊発見の報により中断される。サン・ジャシントはラルフ・F・デヴィソン少将の第38.4任務群の一艦として艦載機を投入し、エンガノ岬沖海戦で多大な戦果を上げた。10月30日に艦載機はレイテ島上空防衛を行う。その一方、サン・ジャシントは突入を試みた2機の特攻機を艦砲で撃墜している。ウルシー環礁で停泊した後マニラ湾攻撃部隊に加わり、その後グアムで航空団を交代、第45航空団を乗艦させる。しかし、1944年12月18日に任務部隊ごとコブラ台風に遭遇。サン・ジャシントは前日17日から飛行機や給油系統からガソリンを抜いたり爆弾を隔離したりと徹底的な台風対策を行ったものの、ローリングにより格納庫内の飛行機同士がぶつかり合って軽微な損傷を負う。勇敢な乗組員が転がる飛行機やその残骸を片付け、発生した小火災を消し止めた結果、サン・ジャシントは最悪の状態を脱することができた。なお、この前後にブッシュは116回の出撃を達成して本国に帰国している。
2009年（平成21年）4月に千葉県知事に就任した森田健作の選挙公約に基づき、同年8月1日から千葉県側の負担をもとにETCによる通行料を普通車800円にする社会実験が開始された。千葉県商工労働部観光課が調査している『観光客の入込動向調査の報告（平成22年観光客の入込動向について）』によれば「平成22年（2010年）と実験開始前の平成20年（2008年）の観光入込客数を比較すると安房地域で＋9.7%（＋1,078人）、君津地域で＋18.1％（＋2,426人）増加した」と報告されており、東京湾アクアラインの値下げ効果があったという見解が示されている。2010年7月の「第57回九都県市首脳会議」および2010年6月の「平成22年度定例第一回（春）関東地方知事会議」それぞれの合意に基づき、内閣府、財務省、国土交通省に対して『東京湾アクアラインの料金に関する要望』が提出された。要望書では「実験開始以降のアクアライン交通量が1.5倍 - 2.0倍の増加が見られ、首都圏の人・物の動きが活発化し、経済活性化などの効果が出始めている。そのため、首都圏の高速道路の料金体制の見直し、特に平成23年（2011年）以降も国策としてアクアラインの料金引き下げを継続すること」を挙げている。1998年（平成10年）千葉県およびUR都市機構による「金田地区土地区画整理事業（かずさアクアシティ）」が事業認可され、アクアライン着岸地である市北部の金田地区に、高速バスターミナル、商業、業務、流通、文化及びレジャーなどの施設や、多様なライフスタイルに対応した住宅地が調和した多機能複合型の都市として造成が進められた。2012年（平成24年）4月に大型ショッピングモールの三井アウトレットパーク 木更津が開業したのを皮切りに、ベイシア（2012年7月）、カインズホーム（2012年12月）、東京インテリア家具（2013年2月）と順次開業していった。また、市南西部の築地地区では2014年（平成26年）10月にはイオンモール木更津が開業し、市の商業中心地はJR木更津駅周辺から、東京湾アクアラインや館山自動車道へと接続する道路沿いのロードサイド型店舗へと変化している。