1769年にリスボン証券取引所(Bolsa de Valores de Lisboa)の前身であるAssembleia dos Homens de Negócioが、リスボンのダウンタウンにあるコメルシオ広場で開場した。1891年にはポルトガル第2の都市・ポルトにてポルト証券取引所(Bolsa de Valores do Porto)が創設された。1974年4月25日のカーネーション革命の後、ポルトガル救国臨時政府の革命によって、リスボン・ポルト両証券取引所は閉鎖に追い込まれた (2年後の1976年に両証券取引所は再開されている)。ユーロネクスト・リスボンは2002年に、Bolsa de Valores de Lisboa e Porto(BVLP)の株がユーロネクストによって獲得され、ポルトガルの取引がパン・ヨーロッパの取引に併合されたことに伴い、発足した。BVLPはポルトガル証券取引所であり、1990年代にリスボン商品取引所とポルトデリバティブ取引協会の構造改革により出来た物である。2001年末の時点では、BVLPの正規の市場に65の会社が上場し、961億ユーロもの時価総額を計上していた。2001年の1月～12月の間では、470万もの先物取引及びオプション取引がBVLP市場で行われた。2007年にユーロネクストとNYSEグループの合併の後、ユーロネクスト・リスボンはNYSEユーロネクストに組み込まれたが、2013年にIntercontinental Exchange Inc.による買収に伴い同社は消滅、2014年にIntercontinental Exchange Inc.がユーロネクストの全株式を売却したため、以降はユーロネクストによる運営に戻っている。
2012-13シーズンは前シーズン攻撃的なサッカーでカターニアを躍進させたヴィンチェンツォ・モンテッラを新監督に迎えた。ナスタシッチ、ガンベリーニ、ベーラミを放出した一方、レンタルバックを含め15人もの補強を敢行。フアン・クアドラード、ボルハ・バレロ、ゴンサロ・ロドリゲス、アルベルト・アクィラーニ、ダビド・ピサーロ、ステファン・サヴィッチら新加入の選手が多く主力を担った。冬の移籍市場ではジュゼッペ・ロッシも獲得している。シーズンではピサーロ、バレーロ、アクイラーニらを中心とした攻撃的なポゼッションサッカーを展開。ヨヴェティッチ、リャイッチらの活躍もあり、得点数リーグ1位のナポリと1点差の72得点を記録。最終的にはチャンピオンズリーグ出場権は逃したが4位に入り、ヨーロッパリーグ出場権を獲得した。2013-14シーズンはエースのヨヴェティッチがマンチェスター・シティFCに移籍、リャイッチもASローマに移籍。しかしマラガからホアキン・サンチェス、ACミランからマッシモ・アンブロジーニ、バイエルン・ミュンヘンからマリオ・ゴメス、パレルモからヨシップ・イリチッチら有力選手を獲得。新加入のマリオ・ゴメスの活躍が期待されていたが早々に故障。代わりにジュゼッペ・ロッシが開幕から前半戦はセリエＡ得点ランキングで首位を走るなど際立った活躍を見せた。ロッシは2014年初に故障したもののクアドラードなどの活躍でチームも好調を保ち、リーグ戦は前年と同じ4位で終わってヨーロッパリーグ出場権を獲得。コッパ・イタリアは決勝でSSCナポリに敗れて準優勝、ヨーロッパリーグはラウンド16でユヴェントスFCに敗れてベスト16で終わった。シーズン途中にマンチェスター・ユナイテッドFCからアンデルソン、ACミランからアレッサンドロ・マトリをどちらも期限付き移籍で獲得（シーズン終了後に復帰）。2014-15シーズン開幕前、アンブロジーニが契約満了につき引退、ラファウ・ヴォルスキがFCバーリ1908へ期限付き移籍。ムニル・エル・ハムダウィが期限付き移籍していたマラガCFから復帰。チェルシーFC（2013-14シーズンはセビージャFCに期限付き移籍）からマルコ・マリン、マンチェスター・シティからマイカ・リチャーズが期限付き移籍で加入。ミラン・バデリがハンブルガーSVから完全移籍。と例年に比べて動きの少ないオフシーズンとなった。開幕前の練習中にロッシがまたしても故障してシーズン全ての離脱となる。これを初めとして攻撃陣に負傷者が非常に多く、前半戦は中位をさまようこととなる。冬の市場でFWの穴を埋めるために広州恒大からアレッサンドロ・ディアマンティ、アルベルト・ジラルディーノをどちらも期限付きで獲得。クアドラードがチェルシーFCへ移籍したが、同じチェルシーからエジプト代表モハメド・サラーを期限付きで獲得。加入直後はサラーが出色の活躍を見せたものの元イタリア代表の二人は期待に応えられず苦戦が続いたが、上位が落ちてきたこともあって最終戦で去年と同じ4位に滑り込み、EL出場権を獲得した。しかしチーム得点王がイリチッチの8点、2位タイの7点の中にDFのゴンサロ・ロドリゲスがいるという攻撃陣の不甲斐なさが目立ったシーズンとなった。ヨーロッパリーグは準決勝で前年度優勝（この大会でも優勝している）のセビージャFCに敗れてベスト4、コッパ・イタリアも準決勝でユヴェントスに敗れてベスト4に終わった。シーズン終了後に意見の相違などからモンテッラ監督を解任。スイス王者FCバーゼル監督であったパウロ・ソウザが新監督に就任。。2015-16シーズン、GKでは正GKのネトがユベントスへ、ロサーティはペルージャ・カルチョへ移籍し、クリスティアーノ・ルパテッリは引退した。DFではマイカ・リチャーズはマンチェスター・シティへ復帰。ステファン・サヴィッチがマリオ・スアレスとの交換トレードの形でアトレティコ・マドリードへ、ミケーレ・カンポレーゼはエンポリへ移籍。MFではモハメド・サラーがチェルシー復帰（のちにローマに期限付き移籍）、ホアキン・サンチェスとフアン・マヌエル・バルガスがレアル・ベティスへ、アルベルト・アクィラーニがスポルティングCPへ移籍。FWではマリオ・ゴメスがベシクタシュJKへ移籍した。これに代わってFWニコラ・カリニッチ、ジョアン・ベルドゥ、DFダヴィデ・アストーリ、ジウベルト・ジュニオール、GKルイージ・セーペなどを獲得し、多数の選手の入れ替えが行われた。チームはシーズン開幕から好調を維持し、第7節でアタランタを3-0で下し約16年ぶりにリーグ首位に立った。しかし第13節でエンポリと引き分け首位を明け渡すと徐々に調子を落とし、2016年1月からの23試合では僅か7勝と大苦戦。結局この年もCL出場権を得たユーベ、ローマ、ナポリの3チームからは1つも勝ち星を得ることができず、5位でシーズンを終えることとなった。カップ戦においてはコパ・イタリア初戦でカルピに、ELは決勝T一回戦でトッテナムに敗れ、大会を後にした。またシーズン終了後にはチームに11年間在籍しキャプテンを務めたマヌエル・パスクアルが契約満了により退団、後にエンポリに加入した。2017-18シーズンはゴンサロ・ロドリゲス、フェデリコ・ベルナルデスキ、ヨシップ・イリチッチ、チプリアン・タタルシャヌ、マティアス・ベシーノ、ボルハ・バレロら主力が多く退団した。2018年3月4日キャプテンのダヴィデ・アストーリが遠征先ウーディネのホテルで心臓発作により急死した。