一方で、運行開始直後より、「田町ルート」「赤坂ルート」沿線以外の地区においても、運行の要望が生じていた。区の運行するバスなら一部の地域に限定せず、他の地域にも運行すべきという理由である。これを受けて港区では、2006年（平成18年）に区内全体の交通政策を考えるべく検討会を発足させ、2007年（平成19年）に実施した区民アンケートの結果を踏まえて、2008年（平成20年）に新規路線について検討することになった。折りしも、2006年（平成18年）からは港区の区役所改革に伴い、5地区の支所を総合支所とすることで、区役所の機能を分担する政策を進めていた。このため、新規路線についてはそれらの総合支所の担当する地区ごとに交通網を構築する方向性となり、公共交通が不便であったり、坂が多い地区、また人口が増加傾向にある芝浦港南地域のアクセス向上などの対策として、5路線の運行について計画が進められた。しかし、元の2路線については廃止された路線バスの代替手段という一面もあったのに対し、新設する5路線については沿線住民のアクセス向上が主目的であることから、必ずしも先行2路線並みの利用者数を確保できるかは予測できなかった。このため、当面は2年間の実証運行とし、収支率40パーセント以上であれば本格運行に移行、もし収支率が40パーセントに達しなければ実証運行を1年延長した上で対策を検討することとなった。2010年（平成22年）3月24日より5路線の運行を開始したが、これらの5路線については直接運行費用に関しても港区が財政負担を行うことになったが、車内のLCD案内表示器の広告において、区政の案内にとどまらず沿線企業の広告も受け付けることとし、広告収入によって補填額を抑制する方法が採用された。
2004年（平成16年）10月より「田町ルート」と「赤坂ルート」の2路線にて運行を開始した。免許上は一般路線であり、富士急行グループとしては初の都区内での一般路線となった。当初は小規模な需要という観点から、小型のマイクロバスを使用することになった。2004年（平成16年）度の累計利用者数は半年間で30万3千人となっていたが、翌2005年度には83万人を超え、年度を経るごとに利用者数が増加していった結果、2008年（平成20年）度には118万人を輸送した。しかし、これは利用者からは「いつも混雑している」という不満や、「利用者を区民に限定するべき」という意見が生じる結果にもなった。そこで、2008年（平成20年）度には中型バスの導入が行なわれた。
ブラバムはスタート勝負を制し、レースをリードした。2位には2台を抜いてジャンドビアンが付けた。しかしながらジャンドビアンはロータスのアイルランドに抜かれ、アイルランドが2位になる。ブルックスは2番手スタートであったが、ギアボックスのトラブルで、1周でエンジントラブルのためにリタイアしたリヴェントロウに続いて2周目でリタイアした。ダン・ガーニーも4周目にエンジントラブルでリタイアした。アイルランドが13周目にクラッシュし、ブラバムはそのリードを広げていった。フィル・ヒルが2位に浮上し、次の周回でブラバムに接近したが、ブラバムはリードを守った。一方でエンジントラブルは続いた。ボニエが14周目、デイは16周目にエンジントラブルでリタイアした。中団ではブリストウとメレスが6位争いを繰り広げた。「マルメディ」でブリストウはラインを外してメレスへのアタックを試みた。車はコースを外れてコースバリアに激突、バリアは鋭利な刃物となってブリストウの首は切断された。ブリストウは1960年に死亡した2人目のドライバーであった。1人目はノンタイトル戦のシルバーストンのプラクティスで死亡したハリー・シェルであった。ブリストウの事故後、メレスはチームメイトのトリップス同様トランスミッションのトラブルでリタイアした。ブリストウの事故から5周後の24周目に、アラン・ステイシーの頭に鳥が衝突、ステイシーは「マスタ」でコントロールを失い土手に激突、ブリストウ同様に車から投げ出された。ステイシーのロータスは炎上した。ステイシーは死亡し、本グランプリ2件目の死亡事故となった。コースに残ったのはわずか7台であった。ブラバムはフィル・ヒルとマクラーレンを従えてレースをリードし続けた。フィル・ヒルのフェラーリは燃料ラインを損傷し、ピットで修理する。これによってマクラーレンが2位に浮上し、グラハム・ヒルが3位となった。ブラバムはチームメイトのマクラーレンに1分以上の差を付けて優勝した。ブラバムは前戦に続いて連勝となり、ポールポジションからスタートして全ラップをリードして優勝するというグランドスラムを達成した。アイルランドとフィル・ヒルは共にファステストラップを記録、アイルランドにとってはキャリア唯一の記録となった。3位を走行していたグラハム・ヒルは35周目にエンジントラブルでストップした。規則ではゴールが認められるためにはフィニッシュラインを超えなければならなかった。グラハム・ヒルはラインを超えることができず、ジャンドビアンが3位となった。これはジャンドビアンにとって初の表彰台となった。フィル・ヒルが4位に入り、クラークは5位に入って初のポイントを獲得した。ビアンキはトップから8周遅れの6位となり、初のポイントを獲得した。マクラーレンがドライバーズランキングをリードし、2位に浮上したブラバムと4ポイント差であった。コンストラクターズランキングではクーパーがロータスに対して13ポイント差を付け、3位のフェラーリはロータスに2ポイント差と迫った。ブラバムもクーパーも、このサーキットで優勝したのはこれが唯一であった。多くの深刻な事故が発生し、オーガナイザーは車が速すぎてあまりにも危険だという結論に達した。これは次シーズンにエンジン排気量を1.5リットルに制限するという規制につながった。死亡したブリストウとステイシーに対して、授賞式で1分間の黙祷が行われた。