惑星SR-388のメトロイド殲滅の任務を銀河連邦から受けたサムスは、クイーンメトロイドを殲滅した後に発見した卵から孵化し刷り込みによって自分を親だと思ったメトロイド最後の生き残り・ベビーメトロイドを持ち帰っていた。銀河連邦の宇宙科学アカデミーに持ち込まれたベビーメトロイドは、その生態構造を研究されることとなった。その研究の結果、メトロイドが持つ優れたエネルギー特性は人類にとって非常に有効であること、さらにメトロイドが本来、平和的活用を目的として創りだされた人工生命体である可能性があると報告された。その後もメトロイドの平和研究は進められ、銀河に平和と秩序が戻ってきたと思われ、サムスも気ままなハンター稼業に戻っていた。だがそんなある日、サムスに宇宙科学アカデミーから緊急事態の連絡が届く。アカデミーに到着したサムスが見たものは、何者かに襲われ壊滅した研究施設と無残に殺害された研究所員たち。そしてベビーメトロイドの姿もなかった。廃墟の奥に気配を感じたサムスはアカデミーを進み、ベビーメトロイドを発見する。しかし、闇の中からサムスとの戦いで壊滅したはずの宇宙海賊の最高司令官リドリーが姿を現した。サムスの健闘むなしくリドリーはベビーメトロイドを奪い逃走し、サムスは命からがらアカデミーを脱出する。宇宙海賊と惑星ゼーベスの再建を知ったサムスは、再び惑星ゼーベスへ向かうことを決意する。宇宙の未来を賭け、メトロイドをめぐるサムスと宇宙海賊の最後の戦いが始まる。
オープニングデモにて「METROID 3」と銘打っている。時系列としては、前作『メトロイドII RETURN OF SAMUS』の後の話である。前作から追加されたシステムに、マップ機能がある。これにより、シリーズの特徴である迷路ともいえるステージマップを把握できるようになった。マップコンピュータと呼ばれる機械から、マップのダウンロードを行う事でステージマップの大部分が把握できるようになる。マップ内はブロック単位で細かく区分けされており、一度通ったところが塗りつぶされるように記憶されていく。エネルギー及びミサイル全回復ポイントは、本作から一定地点にある機械から補給する形となっている。また、装備アイテムの切り替えが可能になった。前作までは、違う種類のビームを持ち運べなかったが、本作では装備品として切り替えて使用できる。後のシリーズでも使用されるようになった追加装備品として、チャージビーム、パワーボム、スーパーミサイル、スピードブースター、グラビティスーツ、グラップリングビームがある。初代と同様に複数のエリアが相互で繋がったステージ構成になっており、エリアボスが大幅に追加されている。ゲーム全体の内容は、初代メトロイドを発展させたものである。以後のシリーズでも本作のBGMのアレンジが登場し、設定も本作で誕生したものを基準としている。『大乱闘スマッシュブラザーズX』では名作トライアルというモードで本作の体験版が収録されている。また、Wii、Wii U、Newニンテンドー3DSにてバーチャルコンソールが配信されているほか、2017年10月5日発売のスーパーファミコン復刻版『ニンテンドークラシックミニ スーパーファミコン』、2019年9月6日配信開始の『スーパーファミコン Nintendo Switch Online』（Nintendo Switchのオンラインサービス特典ソフト）に本作が収録されている。
1972年秋にさらなる再編成が実施される。第136補給大隊は旅団から離脱し、第5装甲師団直轄の補給大隊となる。この内、第3中隊と第4中隊はそれぞれ第130整備中隊と第130補給中隊として旅団直轄部隊として残った。ゲオルク・レーバー連邦国防大臣は1972年に旅団を訪問する。本旅団は最初に訪問した陸軍旅団であり、1978年に連邦国防大臣の離任に際し陸軍を代表して第13装甲擲弾兵旅団は送別の部隊パレードに参加する。
1723年の1年間で、ラル神父とアカディアのアベナキ同盟は、現在のメインに当たるニューイングランド植民地に14の襲撃を仕掛けた。1723年4月19日、フォルマスが襲撃され、襲撃したアベナキ兵はチャブという軍曹をハーメン大尉と間違えて殺した。同じ4月19日、スカボロでも襲撃が起きた。ロジャー・ディーリング率いる駐屯隊の兵たちの兵舎が襲われ、大尉であるハモンドと兵士7人が殺された。また、大人3人と、ディーリングの子供3人が捕虜として連れ去られた。同じ1723年の5月には、インディアンたちはバーウィックで2人を殺し、ウェルズでも1人を殺した。また、ヨークに向かう途中で2人を殺した。その年の夏、ノリッジウォック族と、同盟関係にあるサンフランソワのインディアン250人が、ラル神父に扇動されて再びアロウシックを攻撃した。彼らは37軒の民家を燃やし、300頭の牛を殺した。住民40人が駐屯兵の兵舎へ逃げ込んだが、子供が1人行方不明になった。同じ年の8月と9月には、メインのサコとニューハンプシャーのドーヴァーが襲われた。大尉のヒース大尉と、2人のモホーク兵を含む13人の兵士が、30人のインディアン部隊と交戦した。インディアン部隊は2人が殺され、残りは撃退された。また、ニューイングランド軍は1人が戦死し、2人が負傷した。10月にはマウントデザート島が奇襲され、海から陸上に戻ろうとしていた、大尉のコグスウェルと乗組員が連れ去られた、ほぼ同じころ、スミスとベイリーという2人の男がポーポイズ岬で殺された。一人はヴォーン諸島、もう一人は、古い礼拝堂からそう遠くない海岸で殺された。1723年の12月25日、60人のインディアンがセントジョージ砦を攻撃して、ここを30日間包囲した。しかし指揮官のケネディ大尉は、ウエストブルック大佐が到着するまで持ちこたえ、敵を敗走させた。1723年から1724年の冬、マサチューセッツはメインの境界に3000人以上の兵を配備したまた、ラルの首に賞金を懸けた。メインの辺境地帯に、インディアンたちが仕掛けた襲撃はかなり功を奏しており、1724年の春、ダマーは自軍に、砦に撤退するように命令した。