プロ野球チーム・東京ヤクルトスワローズの応援歌となっている。1954年（昭和29年）、後に国鉄スワローズ私設応援団（ツバメ軍団）団長になる岡田正泰が、巨人側の観客席は大勢のファンで盛り上がっているのに、自分たちが座った国鉄スワローズ側は空席が目立っていた。そんな様子を見て、1人最前列に下りていき、歌唱応援を始めたのが最初である。現在は、得点の入った時および本拠地神宮球場で7回裏の攻撃前（ラッキーセブン）に、拡げたビニール傘（青や緑が多い）を振って歌っている。これも1978年（昭和53年）のヤクルト初優勝の前後に、岡田の発案によって始まったものである（なお、戦前の歌詞には燕が歌いこんであった）。前奏、間奏部分では、「くたばれ読売」が歌われている。ヤクルトファンだけでなく、ビジターチームのファンも「くたばれ読売」を歌っている。なお、2008年頃から「くたばれ読売」の使用を自粛しつつある。かつて、昭和40年代（昭和40年〈1965年〉～47年〈1972年〉）頃には、当時東京スタジアムを本拠地としていた東京オリオンズ→ロッテオリオンズ（現・千葉ロッテマリーンズ）の応援団が東京音頭を使用していたが、同球場の閉鎖に伴う撤退を境に使用されなくなった。この関係から2007年（平成19年）、千葉マリンスタジアム開催時のセ・パ交流戦・千葉ロッテ対東京ヤクルト戦において「東京音頭、譲りました。」というキャッチフレーズが付けられている。また、プロサッカークラブ・FC東京でも、2006年からの東京ヤクルトとのタイアップを受ける形で「東京音頭」が採用されている。間奏部分は野球と同様に「くたばれ読売」である。こちらで指される「読売」とは、読売サッカークラブを前身に持ち、FC東京にとって東京ダービーの相手となる東京ヴェルディのことである。
前奏は当時新橋喜代三の歌唱で流行していた「鹿児島おはら節」の前弾きを引用している。おりからの新民謡ブームで、当時は各地で次から次に新民謡が作られていた。東京音頭以前は、須坂小唄、飯坂小唄、三朝小唄、望月小唄など「～小唄」という題の唄がまことに多かったのに対して、東京音頭以降は別府音頭、高田スキー音頭など「～音頭」が増加した。この「音頭もの流行り」は新民謡の域にとどまらず、流行歌の分野においても「さくら音頭」の各社競作へとつながっていったのである。原詞の2番・5番・8番が神様などを賛美しているとされ、第二次世界大戦後の連合国軍の占領下における思想取り締まりの中で強制削除対象にされたが、もともと鹿児島県最大の祭りであるおはら祭の踊り歌である「鹿児島おはら節」の前弾きを引用しているように、東京版の祭り歌であり、寺社の祭りや盆踊りでもっとも歌われ舞われてきたものである。この曲に限らず軍歌でもないのに戦前のヒット曲というだけでGHQに目をつけられ、まったくのいいがかり理由による不当な検閲行為はほぼ全てのヒット曲に対して行われた。各所で抗議の声が高まり原曲のまま歌い続けられる曲も多かったとされる。現代において、盆踊りなどで流される『東京音頭』は、原詞の1番→3番→9番→6番→10番（ただし歌詞に若干の変更有り）の5番構成のものが主流であり、プロ野球東京ヤクルトスワローズの応援歌（後述）でもこの形式のものが採用されている。
1131年にアフォンソは首都を生地のギマランイスからコインブラに移し、コインブラを拠点としてレコンキスタを指導した。首都の移転により、ミーニョ地方の貴族の影響下から脱することができた。1135年にアルフォンソ7世は「全ヒスパニアの皇帝」を自称したが、アフォンソは皇帝の即位の式典に姿を現さなかった。1137年にトゥイでアフォンソはアルフォンソ7世と条約を結び、臣従を誓うが、両者の関係は間も無く悪化する。アフォンソはカスティーリャ＝レオンのほかに南部のイスラム勢力とも戦い、領土を広げた。1139年7月25日にオーリッケの戦いでムラービト朝に大勝を収めた後、アフォンソはポルトガル王を称した。オーリッケの勝利後、アフォンソはゲルマン人の習慣にのっとって楯の上に立ち、喜びに沸く戦場の全ての騎士から王に選出されたと伝えられている。後世、オーリッケの戦いにおいて、アフォンソが十字架上のイエス・キリストから勝利の予言を受けた建国神話が作られる。国王を称したアフォンソは独立を勝ち取るため、主君であるカスティーリャ＝レオン王国と争った。1143年、カトリック教会の仲介によってサモラ条約でポルトガルとカスティーリャ＝レオンとの和平が成立する。この条約によってカスティーリャ＝レオンへの軍事援助が条件として課せられ、ポルトガル王国の独立が承認された。皇帝を名乗るアルフォンソ7世にとって、王の称号を持つアフォンソを臣下に置くことは自身の権威を高めることにつながるため、アフォンソの称号の使用は容認できるものだった。そして、アルフォンソ7世はポルトガル王国もナバラ王国やアラゴン王国と同じようにカスティーリャ＝レオンの宗主権をある程度認めていると考えたが、アフォンソはカスティーリャ＝レオンから独立した君主として振る舞った。アフォンソはカスティーリャ＝レオンと対等の地位に立つためにローマ教皇に封臣的な従属を誓い、1145年にサモラ条約に同席した教皇の特使を通じてポルトガル領土を寄進する「封建申請書」を提出した。教皇に自身と子孫の臣従のほか、毎年4オンス（約120g）の金の寄進を約束した。しかし、この行動はアフォンソの主君にあたるアルフォンソ7世への裏切りにあたり、イベリア半島のキリスト教徒の団結を望む教皇にとって望ましいものではなかった。アルフォンソ7世は教皇ルキウス2世の寵愛を受けており、ルキウス2世はアフォンソの行動を褒めて寄進を受け取ったものの、王の称号と王国は認めなかった。