本部：〒529-1814 滋賀県甲賀市信楽町田代 ヰカキ353-8-2上記が正式な住所だが、団体としては信楽町以下を「神苑2」という通称で表記している。国から認められている訳ではないが、郵便物などは一応届く。なお、信者らが称する「本部」とは、滋賀県信楽町の神苑の事を指す。神慈秀明会の登記上および実務上の本部は、京都府京都市左京区鹿ケ谷下宮ノ前町20の神慈秀明会京都支部内にある。これは世界救世教から離脱を行った当時には現在の京都支部を本部として申請し、京都府知事から承認を得ているからである。黄島支所：〒701-4302 岡山県瀬戸内市牛窓町牛窓黄島全域を所有しており、定期航路はない。貝殻をイメージした黄島神殿などの建物がある。日本国内の支部:札幌・東京・千葉・名古屋・滋賀・京都・奈良・豊中・神崎・玉手山・西宮・神戸・本山・姫路・福山・広島・高知・福岡・熊本(但し、神戸・本山の2支部は神戸総合支部として同一建物内に存在する。また滋賀は守山研修所という本部の建物と合同の建物となっている)日本国内の出張所:旭川・青森・秋田・仙台・水戸・さいたま・八王子・横浜・さがみ・宇都宮・松本・新潟・富山・金沢・岐阜・静岡・浜松・豊橋・豊田・交野・日根野・須磨・岡山・米子・松江・呉・徳山・山口・高松・徳島・松山・小倉・長崎・宮崎日本国内の集会所・センター:山形・福島・日立・足立・高崎・甲府・所沢・三重・鳥取・佐賀・鹿児島・沖縄※上記は本部直轄の拠点であるが、上記拠点に属する参拝、集会を行うセンターが存在する。
参拝所は、本部以下、その規模により、支所、支部、出張所、集会所、グループ、と分類される。グループ以外は責任者として本部公認の教師が常駐し管理される。参拝所は、日本全国で、最大時100カ所を越えていた。
神慈秀明会ではおひかりと呼ばれるお守りを授かることで入信（にゅうしん）する。入信すると信者となり、第三講（新入信者会）と呼ばれる本部参拝によって本信者となる。入信していない人は未信者と呼ぶ。なお、くもり信者とは、退会した信者のことではなく、不熱心で活動に参加しない信者や、教団に批判的な姿勢をとる信者のことをさす名称である。信者は、青年部（未婚の若い男女）、学生部（中・高校生）、ジュニア部（幼児、小学生）、男子部（既婚の男性、または若くない男性）に所属する。青年部は、さらに大学生部と、成人部（大学生ではない若い男女）に分けられる。なお、既婚の女性が所属する部（婦人部など）は、なぜか存在せず、一般と呼ばれ、部としてはあつかわれなかった。信者数は、現在は公称44万となっている。また、参考までに、1970年の独立当時の信者数は、1万人強だったと言われている。
役職には、教師（資格者）、助教師、世話人、準世話人がある。世話人とは、一定の信者を導く事でなれる。導いた信者をグループ化し、信仰的な世話をする。助教師は、複数の世話人を統括する。教師は複数の助教師を統括したり、参拝所の運営をしており、階層的な組織を構成する。教師の役職はすべて本部の職員で、一部の助教師も職員の者がいる。また、教師にも階位が3段階あり、支部長、拠点長などと呼ばれる。
2015年12月には、ムスリム系夫妻がカリフォルニア州サンバーナディーノ郡で福祉施設を銃撃し14人を殺害した事件の後、「当局が（テロの）全容を把握するまで当面の間ムスリムの入国を完全に禁止するよう」提案した。メディアはこれを「ムスリム入国禁止発言」と伝え、世界的に波紋が広がり、イスラム世界はトランプ・ブランドの商品を回収するなど激しく反発した。この発言を巡っては、アラブの大富豪として知られるサウジアラビアのアルワリード・ビン・タラール王子が「おまえは共和党だけでなく全米の恥だ。おまえは決して勝てないから大統領選から撤退しろ」“You are a disgrace not only to the GOP but to all America. Withdraw from the U.S. Presidential race as you will never win."と、Twitterで攻撃して話題になった。これに対してトランプは「まぬけ王子のアルワリード・タラルの望みは、我がアメリカの政治家をパパのお金で操縦することだ。私が当選したら出来ないがね。」“Dopey Prince Alwaleed Talal wants to control our U.S. politicians with daddy’s money. Can’t do it when I get elected."とツイートし返して注目を集めた。その後も様々な「問題発言」が取り上げられていたが、2016年3月当時も、共和党の指名候補争いでトップの支持率を保っていた。2016年1月19日、2008年大統領選挙で共和党の副大統領候補だったサラ・ペイリン元アラスカ州知事から支持を表明された。2月27日、大統領選挙から撤退したニュージャージー州知事クリス・クリスティから共和党指名争いにおける支持を得る。3月2日、スーパー・チューズデーの日、共和党の安全保障専門家たちが「トランプの大統領就任を阻止するために精力的に取り組むと誓う」とする連名の公開書簡を発表した。この書簡にはロバート・ゼーリック前世界銀行総裁、マイケル・チャートフ元国土安全保障長官、ドブ・ザケイム元会計検査担当国防次官など120人以上が署名している。トランプ人気の強さが明らかになるに連れて、トランプの集会を訪れる抗議者も増えている。特にシカゴで予定されていた3月11日の選挙集会では、移民に関する発言に反発した黒人やヒスパニック系の反トランプ派数百人が現れ、会場となっていたアリーナの５区画を占拠した。既に会場にはトランプの演説を聞くために8500～1万人の聴衆が集まっていたが、抗議者と支持者の間で殴り合いも起き、トランプ陣営は「安全上の懸念」を理由として集会の中止を発表した。同日、4日に共和党指名争いから撤退した元神経外科医のベン・カーソンから大統領候補としての支持を受けた。