周辺は高岡市中心部から南へ約1.5kmの地点に位置し、新幹線北側は店舗や住宅地が、南側は水田が広がる。北口には送迎用交通広場が、またその広場には、北口のシンボルとして新高岡駅の北側にある国宝瑞龍寺より高岡市に寄贈された、瑞龍寺の大茶堂北側にあった、高さ4m超、重さ約9トンの六角型石灯籠が設置されている。南口には、送迎、公共交通用の交通広場、カフェのある公園、交番が整備された。また駅周辺には、有料、無料を含め約800台収容の駐車場が設けられている。城端線の線路を跨いだ先に送迎用の西口広場が設置されており、上記の跨線橋を使って城端線駅及び北陸新幹線駅に向かう形となる。所在地の高岡市では、駅前広場など駅周辺の環境整備と、市中心部をはじめとする周辺地域とのアクセス環境向上について各種施策を進めており、2017年1月24日には、南口駅前に新高岡駅初のホテルが開業した。
在来線（城端線）ホームは新幹線ホーム西側の地平部、駅舎に接する南側に単式ホーム1面1線を設置した地上駅であり、ホームにはのりば番号等の表記はない。改札口はないが、ベンチ付の待合室が設けられている。また城端線を跨ぎ西口広場へ向かうエレベーター付の自由通路（跨線橋）がある。在来線の新高岡駅は無人駅扱いであり、乗車の際は車内で整理券を受け取った上で、降車時に整理券と一緒に料金を支払う形になる。しかし上記のみどりの券売機であらかじめ乗車券を購入することも可能である。2016年2月27日から現金専用の券売機が設置され、在来線ホーム上で券売機での乗車券購入が可能となった（クレジットカード決済が必要な場合及び領収証が必要な場合はこれまで通りみどりの券売機で購入する必要がある）。接近時の警報音は、開業当初は踏切音と同じだったが、現在は行き先を知らせるアナウンスの後にメロディが鳴る形式に変更されている。
トップバッターでは、「アニメソング名曲メドレー」の1曲目として宇野ゆう子×AKB48のコラボレーションで「サザエさん」が披露された。大トリでは、司会である森高千里がスペシャルメドレーの3曲目として「ハエ男」が披露された。また、それぞれトップバッター・大トリは初めての担当である。第2夜のステージの最多出演者は山崎育三郎であり、5曲に参加していた。番組序盤では、今回の目玉となるスペシャル企画「アニメソング名曲メドレー」の前編をPart1として『サザエさん』『ポケットモンスター』『ONE PIECE』『ちびまる子ちゃん』といった各アニメ作品の主題歌を歌唱している本家アーティストとジャニーズグループ・AKB48グループ・坂道シリーズなどのコラボレーションのスペシャルメドレーで披露された。番組のオープニング前に行われた。番組前半では、もう一つの目玉となるスペシャル企画「ミュージカル名曲メドレー」の前編として『オペラ座の怪人』『RENT』『美女と野獣』といった各作品の主題歌や挿入歌を出演アーティスト同士のカバー・コラボレーションのスペシャルメドレーで披露された。また、広島県出身のロックミュージシャン同士の世良公則と吉川晃司のコラボレーションによる「銃爪」「KISSに撃たれて眠りたい」、加藤一二三とモーニング娘。'17による異色コラボレーション、きゃりーぱみゅぱみゅのユニバーサル・スタジオ・ジャパンのギネス世界記録のイリュージョン・クリスマスツリーや巨大なプロジェクションマッピングでのスペシャルメドレーが披露された。番組中盤では、「ミュージカル名曲メドレー」の後編として『ミス・サイゴン』『モーツァルト!』『レ・ミゼラブル』といった各作品の主題歌や挿入歌を出演アーティスト同士のカバー・コラボレーションのスペシャルメドレーで披露された。また、「ディズニー映画名曲メドレー」として『アナと雪の女王』『リトル・マーメイド』『アラジン』といった各作品の主題歌や挿入歌を出演アーティスト同士のカバー・コラボレーションのスペシャルメドレーが披露された。さらに、T.M.Revolutionとアキラ100%による異色コラボレーションが披露された。番組後半では、「アニメソング名曲メドレー」の後編をPart2として『新世紀エヴァンゲリオン』『ドラゴンボールZ』『ドラゴンボールGT』『けものフレンズ』『キテレツ大百科』『忍たま乱太郎』『モンスターハンター ストーリーズ RIDE ON』『涼宮ハルヒの憂鬱』『ラブライブ!サンシャイン!!』といった各アニメ作品の主題歌を歌唱している本家アーティストとジャニーズグループ・AKB48グループ・坂道シリーズなどのコラボレーションやカバーのスペシャルメドレーで披露された。また、モーニング娘。1期メンバーが1999年の福田明日香のグループ卒業以来の18年ぶりに集結してインディーズデビュー曲「愛の種」をモーニング娘。結成20周年記念として披露された。番組終盤では、X JAPANのToshIとゴールデンボンバーの鬼龍院翔の新旧ヴィジュアル系バンド・ボーカル同士のインパクトコラボレーション、荻野目洋子とフェアリーズの同じ所属事務所同士の先輩後輩コラボレーション、福山雅治と森高千里のそれぞれのスペシャルメドレーが披露された。また、「アニメソング名曲メドレー」を盛り上げる特別ツイート企画として、『FNS歌謡祭』に初出演で同企画にも参加しているどうぶつビスケッツ×PPPのFNS歌謡祭オリジナル写真を投稿者全員にリプライされて、番組放送中にTwitterで「#FNS歌謡祭フォト」と付けて番組やどうぶつビスケッツ×PPPへのメッセージをつぶやくことで誰でもお宝写真をプレゼントされる企画が実施された。写真の種類は全部で11種類あった。ちなみに、第2夜ではLUNA SEAの真矢&モーニング娘。1期メンバーの石黒彩、山崎育三郎&モーニング娘。1期メンバーの安倍なつみ、井上芳雄&知念里奈という3組の夫婦が揃って番組に出演していた。第2夜では、ジャニーズ事務所からはHey! Say! JUMP、Kis-My-Ft2、Sexy Zone、ジャニーズWESTの4組が出演した。出演アーティストは全57組で、全77曲中29曲がコラボレーション（共演）で披露された。なお、E-girlsは11人体制としては初の『FNS歌謡祭』の出演となった。また、モーニング娘。'17は同年12月11日に工藤遥がグループを卒業して13人体制として初の音楽番組及び『FNS歌謡祭』の出演となった。