プリュームテクトニクス仮説によれば、地学でのホットスポットとは、マントル内の上昇流（ホットプリューム）の先端が、プレートを突き抜けて地表に現れた火山活動地形とそれに起因する地面の高温現象を指す。大陸プレートよりも比重の重い海洋プレートは、沈み込み帯でマントル内へ入りスラブ（英：Slab）とよばれる。しかし、およそ深度670kmよりも深いマントルは周囲の熱と圧力に結晶構造がペロブスカイト相に遷移して密度が高くなる。するとスラブは周囲よりも比重が軽くなるためそれ以上沈み込みづらく、ここで一時滞留した（スタグナント、英：Stagnant「淀んだ」の意）スラブとなる。大量に滞留したスタグナントスラブの一部は相転移して密度が上がり、その重くなったスラブは分裂し、マントル内の下降流（メガリス、コールドプリューム）となって下部マントル内に沈んでいく。コールドプリュームの挙動が対流となり、核に近い高温のマントルが上昇に転じてホットプリュームが発生する。大規模なホットプリュームの上昇流は、地表へ達すると中央海嶺を形成して水平に拡大し、新たな海洋プレートの成因となる。しかし小規模なホットプリュームはプレートの水平動とは連動しない独立した熱源として留まることができる。これを地学でのホットスポットとよぶ。ホットスポット上のプレート上にはプレートの動きの方向に沿った火山列を形成することになり、また動きの遅いプレートでは局所的に大規模な火山を形成する。
1964年にリリースした2枚のシングルはいずれも商業的には惨敗。グループはフィリーズ・レコードを去り、ユナイテッド・アーティスツに移籍する。同年ライトがグループを脱退し、後任にはツアー中にグループと知り合ったフランセス・コリンズが加入。その年の終わりにはアルストンが脱退し、グループはトリオ編成になった。トリオ編成で"My Place", "You Can't Tie a Good Girl Down"の2曲をレコーディング。1967年に弱小レーベルのミシェル・レコードからもう1枚シングルをリリースした後グループはいったん解散した。しかしその後1971年に再結成。現在も、唯一のオリジナルメンバー・ケニーブリューを中心に、2002年加入のメルソールトゥリー・アントワネット、2005年加入のパトリシア・プリンチェット・ルイスの3人組で活動中である。
Let's Dance～の謎多いレコーディングの時期を経て、1963年には本家クリスタルズが彼女たちの名前の下レコーディングに復帰。しかし、この時点でメアリー・トーマスは結婚して他のグループに移籍。同時に、デビュー以来リードをつとめていたが元来シャイでステージに弱かったバーバラ・アルストンに代わり、"ラ・ラ"・ブルックスがリードにコンバートされた。Let's Dance～に続く6枚目のシングルは彼女たちの代表曲となる「ハイ・ロン・ロン」(Da Doo Ron Ron)。この曲も最初はダーレン・ラヴとブロッサムズによってレコーディングされたが、リリース直前になってスペクターはラヴのリードのみを"ラ・ラ"・ブルックスのものに差し替えた。曲はアメリカ、イギリス双方でトップ10ヒットとなった。続く「キッスでダウン」(Then He Kissed Me)は「ヒー・ヒット・ミー」以来、本来のクリスタルズが全員レコーディングに参加した曲となった。しかし、ヒット・シングルを量産していたにもかかわらず、ラヴとブロッサムズの一件、ロイヤリティに対する不満、またスペクターが1964年以降クリスタルズよりもザ・ロネッツに力を入れ始めたことなどにより、グループとスペクターの関係は徐々に悪化していった。
元のクロトン配水池の残骸の残る一般には解放されていない地下室は、当初機械工場として使われていた。地上階には42丁目への出入口と閉鎖中のミッド・マンハッタン図書館の書籍の仮収蔵部屋がある。地上階にはクロークルーム、仮循環図書室、新聞室、子供向け図書室がある。また、電話スペース、"ライブラリー・スクール・オフィス"と"トラベリング・ライブラリー・オフィス"もある。元々循環図書室であった出入口正面の80号室は現在バルトス・フォーラムとなっている。80号室に向かって左側にある78号室は旧新聞室で現在子供向け図書室となっている。また向かって右側の81号室は旧子供向け図書室で現在は仮循環図書室となっている。地上階の上は1階である。5番街出入口はアスター・ホールとして知られる1階のロビーに通じている。1階にはアスター・ホールより南側に画像コレクション (100号室)、雑誌閲覧室 (108号室)、ドロッド・ユダヤ部門 (111号室、旧雑誌閲覧室)、ヴィッヘンハイム・ギャラリー (112号室)、バルトス教育センターがある。北側にはミルスタイン部門 (121号室)、ミルスタイン・マイクロフォーム (119号室)、地図部門 (117号室)、ライブラリー・ショップがある。またアスター・ホール正面にゴッズマン・ホール (113号室、旧展示室)、アスター・ホールにカフェがある。また、以前は様々な管理オフィスや視覚障害者用図書室および技術室があった。2階の廊下はジル・クピン・ローズ・ギャラリーとなっており、展示会が行われている。この階には小規模な部屋が多くある。最も南にはウッドパネル、寄木張りの床、白い大理石の暖炉のあるヴィッヘンハイム役員室（206号室）がある。元々この階には館長と副館長のオフィス、スラブ、ユダヤ、オリエンタルのコレクション、科学、経済学、社会学、および公文書の収蔵された部屋があった。現在は中央階段より南側にヴィッヘンハイム役員室とハンスマン・ルーム (207号室)、北側にはコールマン・コレクション (225号室、旧科学室)、バージャー・フォーラム (227号室)、ヴェルトハイム書室 (東228号室)、アレン・ルーム（西228号室）がある。なお、東西228号室は元々1つの部屋で経済学・社会学室となっていた。また中央階段正面には西へ伸びる廊下があり、シュウイチ・ノマ閲覧室（219号室）と自習室（223号室）がある。3階の階段正面はマグロウ・ロタンダとなっている。マグロウ・ロタンダより南に伸びる廊下はプリント・ギャラリーとよばれ、プリントおよび写真の収蔵されたワラック部門の部屋（308号室）に通じている。また反対の北に伸びる廊下はストークス・ギャラリーと呼ばれ、プフォルツハイマー・コレクション（319号室）とバーグ・コレクション（320号室）に通じている。マグロウ・ロタンダの東側にはサロモン室（316号室）がある。反対の西側にはビル・ブラス公共カタログ室（315号室）があり、これを抜けるとローズ中央閲覧室（315号室）に入る。また、ローズ中央閲覧室の南側には芸術と建築に関する書籍の収蔵されたワラック部門（300号室）があり、北側にはブルック・ラッセル・アスター閲覧室（328号室）がある。地下から2階までの建物西側のスペースには収蔵庫がある。本館にはローズ中央閲覧室のほかに21の閲覧室がある。元々全閲覧室の席数の合計は1,760席で、うち768席が中央閲覧室にあった。