先代理事長が死亡し、その後を継いだ新理事長「山形ファウスト」の経営戦略によって、共学校へと転換された元男子校「寺通学園」に3人の女教師「ティーゲル」「ルクス」「パンター」が赴任し、3人の女生徒「ライム」「チェリー」「ブラッドベリー」が転校してきた。学園の教員・生徒ともに、それが新理事長の方針ということもあり概ねの人員が方針転換に賛成を唱え彼女らを歓迎していた。しかし、そんな学園の状況に真っ向から歯向かう一人の男子生徒がいた。それが「寺通学園の番長」間宮小樽である。小樽は6人を追い出すために、真っ向から理事長らにぶつかり、そして転校してきた女生徒と対決する事に。結果は惨敗、小樽は大きくメンツを潰し学園での立場がなくなってしまう。だが小樽の行動は転校してきた3人の少女たちの「心」をつかみ彼女らを強く引き付けた。しかし小樽は自身の矜持とケジメのために彼女らの好意を受けるわけにはいかないと突っぱねる。ところが、そんな彼女らと小樽を嘲笑うかのように寺通学園ではファウスト理事長の元、とんでもない陰謀が画策されていた。他ならぬ、その陰謀のために危機に立たされるライムたちの姿を前に、小樽は「男」として彼女らを守るため、真なる「寺通学園の番長」として立ち上がるのである。
角川mini文庫より出された『SMガールズ セイバーマリオネットJ』の番外編。全2巻。1997年発刊。上述した原作小説やテレビアニメとは異なり『セイバーマリオネットJ』のキャラクターたちが、かつて男子校でありながら共学転換へ踏み切った高校「寺通学園」を舞台に、その共学化の裏で仕組まれていた陰謀と対峙する物語。番外編ということもありキャラクターは共通しているが、彼らの持っている設定や状況が本編となる『セイバーマリオネットJ』とは全く異なっているのが特徴。第1巻『激闘編』の冒頭にて「小樽の夢」である可能性や、あるいは「（本作における）過去の地球（ないしははるか未来のテラツー）においてよく似たキャラクターによって繰り広げられたかもしれない事」である可能性を匂わせる（確定はされていない）文章が記されており、原典『セイバーマリオネットJ』に対しては一種のパラレルワールドと捉えられる内容と言える。
正式タイトルは『セイバーマリオネットJ-RPG ぼくだけのアリシア』。富士見書房のゲーム関連情報文庫レーベル『富士見ドラゴンブック』より出された『セイバーマリオネットJ』の世界観を舞台・モチーフとしたテーブルトークRPG（以下、TRPG）。制作は原作者であるあかほりの監修の元「あかほりさとる事務所ゲームシステム専門班 Studio PACCHI」が担当している。イラスト担当はERI、主要なデータの制作には川崎ヒロユキ脚本研究所の高山克彦が協力している。製作の背景には、もともと原作者のあかほり自身が『ダンジョンズ&ドラゴンズ』の初期ユーザーとしてTRPGに触れ、のちに『ローズ・トゥ・ロード』においてはゲームマスターとしてプレイするほどのヘビープレイヤーであった事があり、そのため常々より「いつか自分の作品をTRPGにしてみたい」という腹案を抱いていた事による。そのような中で富士見書房がMAGIUSを手掛けたことを聞きつけたあかほりは、ドラゴンマガジン編集部へ押しかけて「『セイバーJ』のTRPGを作らせてくれ」と直訴。編集部側の「誰が作るのか」という疑問に、あかほりは「自分で作る！」と宣言した後、自身の事務所のメンバーを招集して「ゲームシステム専門班 Studio PACCHI」を結成させて制作に乗り出したものである。1995年9月30日初版発行。ISBN 4-8291-4305-3
『セイバーマリオネットJ』テレビシリーズ最終作で、1998年10月6日から1999年3月30日までテレビ東京系列で放送された。前作『セイバーマリオネットJ』のビデオ販売が好調のため制作された。1話から13話はジャポネス、14話から25話は西安が舞台である。26話はビデオソフトだけに収録された後日談である。女性復活達成後、それまで「女性を模したもの」であるマリオネットの存続意義の揺らぐ中、小樽への恋心を確たるものにしたライム、チェリー、ブラッドベリーの「3人で一人」であることへの疑念、人間でないことへの葛藤などが描かれている。最終回は3人が人間として転生する（3人は爆発に巻き込まれて亡くなり、その時3人の性格が地上に送信され、それを元にして遺伝子が作られた）という衝撃的な結末であった。
テレビシリーズ『セイバーマリオネットJ』の好評を受けて制作されたOVAシリーズ。副題は「Program26 プラズマティック・クライシス」で全巻を通じた話がテレビシリーズの第26話目としての扱いとなる。当時としては珍しいデジタル制作を導入した。第一部と共通するキャラクターと声優に入替などは無かったが、収録時にパンター役の井上喜久子が産休に入ったため篠原恵美が代役を務めた。ストーリー的には後述の『J to X』につながっている。
『セイバーマリオネットJ』という題名で1996年10月1日から1997年3月25日までテレビ東京系列で放送された。全25話。『SMガールズ セイバーマリオネット』（J,RおよびZ）を「あくまで原作として捉えて作った（再構成した）作品」というスタンスであり、あかほり及びねぎしが一切アニメ制作に関わらなかった事から、本来の作名に付される『SMガールズ』の枕名がつかなかった。この事が冒頭に記した逆転現象の原因となる。
大阪大空襲の民間人被災者とその遺族らが2008年12月8日に、国は旧軍人・軍属には援護制度を整備しているのに対し、民間人被災者については何ら援護せず放置してきており、日本国憲法第14条法のもとの平等に違反するとして、国による被害の放置は違法だとして、1人当たり1,100万円の損害賠償と謝罪などを求め、大阪地裁に集団で訴訟を起こした。第二次世界大戦中の日本への空襲を巡り被災者から訴訟が起こされるのは、2007年3月に東京地裁に起こされた東京大空襲を巡る訴訟に次ぎ2例目。2011年12月7日に同地裁は、「軍人・軍属らとの補償の差は国会の裁量で講じられており、明らかに不合理とは言えない」として、原告の請求を棄却した。2013年1月16日に大阪高裁の控訴判決は国民の受忍限度で棄却され、最高裁に上告。2014年9月16日までに最高裁は上告を棄却、原告側の敗訴が確定した。決定は11日付。これらは原告の敗訴ではあるが、大阪空襲訴訟・弁護団では、判決文中には「逃げずに火を消せ」とする防空法や「空襲は恐るるに足りず」とする情報統制によって国民が危険な状況に置かれたことなど、詳細な認定がされていると評している。