1963年11月22日のケネディ暗殺2日後の11月24日、J・エドガー・フーヴァーFBI長官がカッツェンバックを訪れ、オズワルドが暗殺事件の犯人であると断定したと伝えた。暗殺事件の3日後、カッツェンバックはジョンソン大統領の特別顧問ウィリアム・D・モイヤーにメモを送っている。その中で彼は次のように述べている。「大衆に、オズワルドが暗殺者であること、まだ捕まっていない彼の共犯者はいないこと、彼は(もし彼が逮捕後にジャック・ルビーに射殺されていなかったとしても)裁判で有罪を宣告されていただろうことを納得させなければならない。オズワルドの動機に関する推測は断ち切らねばならない。(中略)残念ながらオズワルドにまつわる事実は(彼が暗殺者であるとするには)あまりにも適切であり、あまりにも明らかである。(マルキシスト、キューバ、ロシア人の妻など)(中略)我々には好ましくない形の大衆の噂や議会の公聴会を阻止する材料が必要である。」また、フーヴァーはジョンソンの側近に次のようなメモを送っている。このメモは上院チャーチ委員会によって明らかにされ、同委員会報告書33ページで確認されている。「オズワルドが真の暗殺者であるということを大衆に納得させるため、何らかの発表をせねばならないと私は考える。カッツェンバック氏も同様の考えである。」これらのメモは政府が暗殺事件の真相隠蔽を画策していたことを最もよく示す公的文書となっている。カッツェンバックとフーヴァーはウォレン委員会の設立に主要な働きをした。1964年3月にロバート・F・ケネディが司法長官を辞任すると、カッツェンバックは司法長官代行となり、1965年から正式に司法長官となった。彼はトンキン湾決議によりジョンソン大統領には米軍をヴェトナムに派遣する権利があると主張し、ヴェトナム戦争のエスカレーションに積極的な役割を果たした。後に彼は交渉による戦争の解決を主張した。1966年、カッツェンバックは国務次官となった。1968年1月にプエブロ号事件が起こると、彼は国務次官として北朝鮮との交渉にあたった。ヴェトナム戦争の戦線拡大を阻止するため、軍事行動ではなく外交による解決を目指して粘り強く交渉を続けたが、北朝鮮側の強硬姿勢のため難航した。結局アメリカの諜報活動を認める屈辱的な謝罪文に署名することでようやく人質を解放することに成功した。1969年、彼は国防次官を辞任し民間に戻った。
1961年、カッツェンバックはケネディ政権下で司法次官補となり、1962年からは司法副長官となった。1962年10月のキューバ危機の際には海上封鎖に伴う法的措置に関して大きな役割を果たした。またその2ヵ月後にはピッグス湾事件によりカストロに捕らえられた捕虜の釈放を求める交渉団の一員として活動した。そのほかにもケネディ政権中の功績として、南部地域の大学における人種差別撤廃のために動いたことが挙げられる。1963年、アラバマ州知事ジョージ・ウォレスが二人の黒人学生ジェームズ・フッドとヴィヴィアン・マローンの入学を阻止するために、アラバマ大学周辺を州兵で固めて自ら大学の門の前に立ちはだかったとき、カッツェンバックは司法省幹部として二人の黒人学生に付き添い、二人の入学を認めるよう求める大統領布告を読み上げて二人の入学を認めさせた。
作品も制作時期のわかるものはきわめて少ないが、29歳前後と35歳前後の2回、伊勢地方に滞在したことがわかっている。1回目の伊勢滞在時には、その人柄と出生年を示す逸話が残る。津から二里ほど離れた黒田村の浄光寺に1年ほど滞在していたが、絵を描こうともせず、毎日本堂に行っては昼寝ばかりしていた。ある日、蕭白は朝食もとらずに本堂に籠っていたが、いつものことと放っておいた。ところが、昼になっても夜になっても出てこないので不思議に思って本堂へ行ってみると、その内陣の左右の壁面に「十六羅漢」の図、欄間には「葡萄」の図が描いてあり、蕭白の姿はどこにもなかった。その画には「宝暦九曾我氏三十歳筆」と落款があり、宝暦9年（1759年）に30歳であることが確定した。なお、これらの作品は現存していない。『群仙図』、『旧永島家襖絵』などの代表作は2回目の伊勢滞在時に描かれたものと考えられている。また、33歳時と38歳時には、播磨に滞在していた。安永元年（1772年）頃から亡くなるまでは京都に居を構えた。7歳年上の南画家池大雅と親しく、蕎麦を食べに大雅の家を訪ねたが、話し合っているうちに蕎麦の事を忘れて夜になってしまった。帰る際、大雅が提灯を持たせてあげたいが、家にはそれが無いと済まなそうに言うと、蕭白は円灯に蝋燭を灯し平然と帰って行ったという逸話が残る。反対に円山応挙には思うところがあったらしく、蕭白はある時戯れに「画が欲しいなら自分に頼み、絵図が欲しいなら円山主水（応挙）が良いだろう」と語ったという。安永4年（1774年）刊行の『平安人物志』には、20人中15番目に載っており、住所は京都上京と記されている。安永6年（1777年）息子が夭折、蕭白も4年後に亡くなる。法名「一輝蕭白居士」。一族と同様に興聖寺に葬られたが、蕭白の絵を好んだ人々が建て、富岡鉄斎が銘を揮毫した墓も残っている。弟子に、画名と作風からその可能性が高い曾我蕭月。また、横山華山や世古鶴皐、神原鳳章斎のように蕭白の画風を慕った幾人かの絵師が知られている。