1998年に藤子プロ入社。2001年に大長編ドラえもん「のび太と翼の勇者たち」の漫画化を担当。その後も『大長編ドラえもん』の作画を続ける。2011年、別冊コロコロコミックで初の単独連載『マジト』を開始する。
2004-05シーズン、イングランド代表として出場したUEFA EUROでの怪我の影響によりシーズン序盤戦の試合は欠場を余儀なくされたが、2004年9月28日のUEFAチャンピオンズリーグ、オールド・トラッフォードでのフェネルバフチェSK戦に先発出場し、ハットトリックおよび1アシストを記録する活躍を見せてチームの勝利に貢献した。この日のゴールにより、チャンピオンズリーグの最年少ハットトリック記録を18歳と335日で更新した他、これ以後ルーニーがゴールを決めるとチームは必ず勝つというジンクスが1年4か月続いた。19歳の誕生日となる10月24日には、再び無敗記録を49試合にまで伸ばしていたアーセナルFCとのリーグ戦にてPK獲得および試合終了間際の1得点を決め、再度アーセナルの無敗記録を止めた。2005年5月21日、FAカップの決勝戦でチームはアーセナルFCを相手にPK戦で敗れるも、自身はMVPを受賞した。このシーズンはイエローカードを累計で17回提示されるなどフェアプレーの観点からは課題が残ったが、個人成績ではチーム最多の通算17得点を記録し、PFA年間最優秀若手選手賞を受賞した。2005-06シーズン、チームはリーグカップで優勝し、ルーニーは決勝戦のウィガン・アスレティックFC戦で2ゴールを挙げマン・オブ・ザ・マッチに選ばれた（また自身初のタイトル獲得となった）。プレミアリーグ終盤の4月29日、チェルシーFCとの試合でパウロ・フェレイラと接触し、右足第4中足骨ほか複数個所を骨折してシーズンを終えた。チーム最多の18ゴール、10アシストの成績を残し、2年連続でPFA年間最優秀若手選手賞を受賞した。2006-07シーズン、リーグに35試合出場し14得点13アシストを記録した。ルーニーはクリスティアーノ・ロナウドらとともに若手世代の中心選手として活躍し、世代交代の影響から数年間リーグ戦での無冠が続いていたチームに4年ぶりのリーグタイトルをもたらした。2007-08シーズン、背番号を8番から10番へ変更した。前年に続いてリーグ2連覇を達成した他、UEFAチャンピオンズリーグでは決勝戦でチェルシーFCを破り優勝を果たした。2008-09シーズンは12月に行われたFIFAクラブワールドカップのガンバ大阪戦で2ゴール、LDUキト戦で決勝ゴールを挙げるなど3得点を記録し、大会得点王とMVPを獲得した。リーグ線でもリーグ6位タイの12ゴールを挙げリーグ3連覇に貢献した。UEFAチャンピオンズリーグでは2年連続で決勝に進出したが、FCバルセロナに破れ準優勝に終わった。2009-10シーズンには開幕戦で得点を挙げ、プレミアリーグ通算100得点を達成した。またウィガン戦でもゴールを決め、ユナイテッドでの公式戦100ゴールをマークした。しかしUEFAチャンピオンズリーグ準決勝1stレグのバイエルン・ミュンヘン戦で負傷し、ファーガソン監督は完治しないまま2ndレグでもルーニーを起用。チームはアウェーゴールの差で敗退し、自身の怪我も悪化してしまった。リーグ戦では31節までに26ゴールを記録していたが、その後は1ゴールも決めることができず、得点王もチェルシーのディディエ・ドログバに譲った。2010-11シーズンは開幕から出遅れ、一時は移籍願望を表明していたものの、直後の2010年10月22日に2015年まで契約を延長した。2011年2月12日のマンチェスター・シティとのホームでのダービーマッチにて、1-1の後半33分、右からのクロスに跳び上がってのオーバーヘッドキックでゴール右隅に蹴り込んだ。ファーガソン監督は「素晴らしいゴールは他にもあったが、見事さでは並ぶものがない」と絶賛し、ルーニーも「蹴った瞬間に自分の最高の得点になると分かった」と、自画自賛した。このゴールはプレミアリーグ20周年を記念したベストゴール投票で1位に選ばれた。4月2日のウェストハム戦でハットトリックを挙げ、ユナイテッド移籍後のプレミアリーグ通算100得点を達成した。2011-12シーズンは開幕戦からゴールをあげ、3節のアーセナル戦ではFK2本とPKでハットトリックを達成し、8-2の大勝を導いた。直後のボルトン戦でもハットトリックを達成した。ルーニーはこのシーズン2009-10シーズンに記録した26ゴールを更新する自己最多の27ゴールを挙げた。2012-13シーズンのホーム最終戦のスウォンジー戦後、今シーズン限りで退団が決定したアレックス・ファーガソン監督がルーニーの移籍志願を明かした。2013-14シーズンは、新監督にデイヴィッド・モイーズが就任することが発表され、移籍の噂に拍車がかかり、多くのビッグクラブが獲得を打診するコメントを残した。しかし、最終的にクラブへの残留が決定した。2014年2月にユナイテッドとの契約を2019年6月まで延長したことを発表。2014-15シーズンからチームの主将に就任決定。移籍の噂があったがロビン・ファン・ペルシやラダメル・ファルカオが移籍して残留するかたちになった。2016年1月2日のスウォンジー戦で自身プレミアリーグ通算188得点を記録し、プレミアリーグ歴代得点ランキング2位になった。2016年1月17日に行われたリヴァプールFC戦でゴールを記録し、ユナイテッドでのリーグ戦通算ゴール数が、元アーセナルのティエリ・アンリ氏が保持していた、単一クラブでのプレミアリーグ最多ゴール記録を塗り替える快挙を達成している。同年11月24日のUEFAヨーロッパリーグ、フェイエノールト戦で欧州カップ戦通算得点を39とし、欧州の大会におけるクラブの最多得点記録を打ち立てた。2017年1月21日、プレミアリーグ第22節ストーク・シティ戦にて終了間際に、自身のクラブ通算250ゴール目となる直接FKを決め、ボビー・チャールトンの持つクラブ歴代最多得点記録249ゴールを更新した。