鳥巣では、3月10日に薩軍がこの地の守備を始めてから4月15日に撤退するまでの間、征討軍との間に熾烈な争いが繰り広げられた。まず3月30日の明け方に近衛の2隊が二手に分かれて隈府に攻め入ってきた。始めは人数不足で不利な状況だった薩軍であったが、そのうち伊東隊による応援もあり、どうにか征討軍を敗退させることができた。4月5日、第3旅団は鳥巣に攻撃をしかけ、薩軍の平野隊と神宮司隊が守備している真ん中に攻め入った。虚を衝かれた両隊はたちまち敗走した。これを聞いた薩軍の野村忍介は植木にいた隊を引き連れて鳥巣に向かい、挽回しようと奮戦するが、結局、この日一日では決着はつかず、7日に征討軍がこの地にいったん見切りをつけ、古閑を先に攻略しようとしたことにより、一時的に休戦状態になった。一方古閑では、平野隊・重久隊の必死の抗戦により征討軍はやむなく撤退してしまった。薩軍は勇戦し、4月9日、再び隈府に攻め入った征討軍を撃退したが、弾丸・武器の不足によりこれ以上の戦闘を不可能と考え、赤星坂へ撤退した。10日から13日にかけて征討軍による鳥巣の再攻略が始まり、薩軍もこれに対して勇ましく応戦したが、いよいよ武器が尽きてしまった上に、鳥巣撤退命令が下されたため、この地をあとに大津に向かった。
3月23日に征討軍は植木・木留を攻撃し、一進一退の陣地戦に突入した。24日にも征討軍は再び木留を攻撃し、25日には植木に柵塁を設け、攻撃の主力を木留に移した。30日、征討軍主力は三ノ岳の熊本隊を攻撃し、4月1日には半高山、吉次峠を占領した。2日、征討軍は木留をも占領し、薩軍は辺田野に後退し、辺田野・木留の集落は炎上した。5日には征討軍本営にて軍議が開かれた。8日、辺田野方面は激戦となり、征討軍は荻迫の柿木台場を占領した。12日に薩軍は最後の反撃をしたが、15日、植木・木留・熊本方面より撤退し、城南方面へ退いた。これを追って征討軍は大進撃を開始した。
官軍は田原坂防衛線突破のため、3月9日横平山の攻略にとりかかった。ここは半高山から張り出す支脈の一つで、ここを抑えれば二俣台地の右翼を防衛し、かつ薩軍の長大な防衛線の中央に突出して攻略の足掛かりにある場所であった。しかし攻撃は地形を存分に利用した薩軍の激しい銃撃と抜刀白兵戦に手も足も出ず、征討軍は薩軍の抜刀白兵戦への早急な対処を迫られることになった。薩軍の抜刀攻撃に対抗するため、征討軍は3月13日、植木口警視隊（編成は下記）の中から剣術に秀でた警察官を選抜して抜刀隊を編成した。3月14日、征討軍は田原坂攻撃を開始し抜刀隊も投入される。抜刀隊はたちまち3つの堡塁を奪うが後続が続かなかったので薩軍の反撃を受け後退した。しかし、抜刀隊が薩軍と対等に戦えることが分かった。のちにこの時の抜刀隊の功を称えて軍歌『抜刀隊』が作られた。征討軍は3月15日、横平山攻撃に抜刀隊50名を加え猛攻をかける。彼らは薩軍の守備を破り、ついに横平山（那智山）を占領した。この日初めて征討軍は、薩軍の防衛線に割って入ることに成功したのである。16日は、戦線整理のために休戦した。17日、官軍は西側からと正面からの攻撃を開始した。しかし、地形を生かした薩軍にあと一歩及ばず、田原坂の防衛線を破ることはできなかった。この間、3月4日からの征討軍の戦死者は約2,000名、負傷者も2,000名に上った。
青森県弘前市に、武将明石全登の末裔で津軽藩士だった父明石永吉、母ともの次男として生まれる。5歳のときに、親戚の藤田正三郎の養子となり、藤田姓を名乗る。東奥義塾を中退、1891年（明治24年）に上京し、東京・神田駿河台の明治法律学校（現在の明治大学）に入学する。法学博士・熊野敬三の書生になる。同学を卒業し、大蔵省（現在の財務省）に入省する。1901年（明治34年）に大蔵省を辞し、翌1902年（明治35年）、「天狗煙草」で知られる岩谷松平の岩谷商会の支配人となる。岩谷の個人商店だった岩谷商会を会社組織化し、専務理事となった。1904年（明治37年）の専売制実施の際、政府による同社の買収金額を莫大なものとした。1909年（明治42年）5月に東洋製塩に入社、取締役となり再建に尽力、翌1910年（明治43年）には同社を台湾塩業と改称し、専務取締役に就任し、鈴木商店顧問となった。1912年（大正元年）9月10日、映画会社4社統合による日活設立の音頭をとり、のちに同社の社長となるほか、堤康次郎に招かれ千ヶ滝遊園地（1917年）、箱根土地（1920年、後のコクド、現在はプリンスホテルに合併）の社長に就任、東京毛織専務取締役、広島瓦斯電軌（現広島電鉄・広島ガス）社長、そのほか、多くの会社の代表や取締役を歴任、育英事業を手がけるべく、東京に藤田育英社を創立する。1926年（大正15年）、53歳のとき、藤山雷太、指田義雄に次いで東京商業会議所の第3代会頭となる。1928年（昭和3年）、55歳のとき、日本商工会議所の初代会頭に就任、同年4月4日、勅撰を受け貴族院議員となる。また、国際労働会議に資本家代表として出席している。同年、八千代生命保険の小原達明が帝国火災保険の社長を退陣、藤田がかわって社長に就任している。1929年（昭和4年）11月6日、売勲事件で賞勲局総裁天岡直嘉に5,000円を贈ったとして召喚収容されるが、即日釈放される。1935年（昭和10年）9月28日、大審院で上告が棄却され、藤田に懲役3月（執行猶予3年）の判決が確定する。同年10月4日、貴族院を除名となり、政界を引退する。1946年（昭和21年）3月12日に死去。満73歳没。