批評的な学者の主張によれば、イエスの兄弟ヤコブはキリスト教共同体の最長老格として、エルサレムで使徒会議を主宰し、異邦人への文化適合を重視するアンティオキア教会と、律法の厳格な遵守を重視するエルサレム教会の間の激しい対立を仲介し、妥協案を提示して解決を図った。その内容は、異邦人改宗者は「しめ殺した動物、血、偶像礼拝、不品行」を忌避すれば、割礼を含む他の律法の遵守は免除されるというものである。この妥協案成立以降、エルサレム教会とアンティオキア教会はそれぞれ別個に管区を設置し、相手の管区に対しては干渉や越権行為を行わないこととした。パウロの用語で「自分の割り当てられた範囲内で誇る」と言われる管区の独立性と自治性は、その後設置されたアレクサンドリア、コンスタンティノープル、ローマの各管区の在り方を基礎付ける原則となり、さらに、古代教会における教区裁治権の前提となった。正教会では今もこの主教区の自治と独立を互いに尊重保持している。
批評的な学者は、エルサレム教会とアンティオキア教会が「対立」していたと主張する。エルサレム教会は、禁欲主義の下に財産を共有して生活をする一種の修道的な教団で、布教活動、ましてエルサレムを離れての活動には積極的でなかったと推測される。しかし、ユダヤ教主流派による迫害を契機に各地に離散したヘレニスト（ヘレニスタイ：ギリシア語使用者）が精力的な伝道を展開し、ユダヤ人のみならず異邦人の改宗者が多数加わり、アンティオキア教会が設立されて、一定の力を持ち始めるようになると、エルサレム教会側も黙っては見過ごせず、対外的な活動を余儀なくされたと思われる。批評的な学者は、かならずしもヘレニストではないと思われる新約聖書筆者もギリシア語で著述しているのはこのためであると主張している。当初エルサレム教会の最高指導者であったペトロは、他の使徒とともに逮捕された。代わりに指導者になったのが、イエスの兄弟または親戚と考えられている「主の兄弟」ヤコブである。
十二使徒はイエス・キリストによって使徒として任命されていたと聖書に書かれてあり、教会の信仰、立場、伝承は、自らの始点の一つをエルサレム教会での「聖霊降臨」におく。これがキリスト教の立場である。一方、批評的な学者によれば、「キリスト教」の発生時を決定するのは難しい。今日の学問は、イエス自身ユダヤ教と分離する意識はなかったと想定している。イエスはキリスト教の基盤を用意した人物であり、教会の直接の起源は、イエスの死後、その復活を目撃したとされる使徒の下に集った共同体と推定される。聖書に批評的な立場の学問では、初期の教団がどの時点でユダヤ教と独立な宗教としての「キリスト教」の自覚をもった時点について、多くの者はエルサレム神殿崩壊の後と推定する。当時はイエス自身の活動も含めて、ユダヤ教の一派とみなされていたと推定され、この見地から、当時の教会を「ユダヤ教ナザレ派」と呼ぶこともある。この最初期にすでに複数のキリスト教集団が存在していたことが、パウロ書簡などから確認できる。そこで指導的立場にあったのは、イエスの直接の弟子と親族を指導者として形成されたエルサレム教会であった。
ノストラダムスの『予言集』に対する最初の批判といえるものは、アントワーヌ・クイヤールのパロディ本『パヴィヨン・レ・ロリ殿の予言集』（パリ、1556年）だった。クイヤールは、1560年にはキリスト教的世界観に従って予言全般を批判している。17世紀になるとピエール・ガッサンディやクロード・フランソワ・メネストリエらが理性的な立場から批判を加えた。信奉者ではあったものの、「ルーヴィカンの隠者」ことジャン・ル・ルーも、重要な貢献を行っている。彼は『ノストラダムスの鍵』（1710年）にて、ノストラダムスの文体が、フランシスクス・シルウィウスの著書『雄弁術論』（1528年）を参考にしたラテン語の統語論に則ったものであることを初めて指摘した（『雄弁術論』を実際に参照したかどうかはともかく、ラテン語の統語論を用いたことは現代の実証的な論者たちにも支持されている）。ノストラダムスの詩の内容それ自体に即して批判を展開したのは、1724年に『メルキュール・ド・フランス』紙に匿名で発表された「ミシェル・ノストラダムスの人物と書き物に関する批判的書簡」である。この中では、ノストラダムスの予言には過去の歴史的事件などを出典としてかかれたものであるとして、20篇以上の詩が解釈されていた。19世紀になると書誌学者のフランソワ・ビュジェが、200ページを超える大部の論文の中で、アンリ2世の死を予言したとされる百詩篇第1巻35番について、史実と整合していないことに触れている。20世紀半ばには、ノストラダムスの実証的伝記研究で多くの貢献を行った郷土史家エドガール・ルロワによって、ノストラダムスの詩に、幼いころに過ごしたサン＝レミの情景が織り込まれている可能性が示唆された。1961年には、エドガー・レオニが大著『ノストラダムス 生涯と文学』をものし、百詩篇全編に注釈をつける中で、過去のスタンダードとされてきた解釈の多くに疑問を投げかけた。例えば、1656年の注釈書で展開された「刑吏の名がクレルペーヌ」という解釈については、現地の古文書館に問い合わせ、実証性に乏しいことを指摘している。また、20世紀の解釈者のなかで有名な解釈に、ヒトラーやフランコが具体的に名指しで予言されているというものがあるが、これらはいずれも地名に過ぎない可能性を指摘した。その後、エヴリット・ブライラー、ルイ・シュロッセらも、16世紀フランスという歴史的文脈において、同時代や過去の事件をモチーフにした可能性を指摘した。ひとつの転機となったのは、神話学者ジョルジュ・デュメジルの指摘である。彼は『予言集』にティトゥス・リウィウスの『ローマ建国史』から借用されたモチーフがあることを初めて指摘した。これ以降、『予言集』と古代ローマ史の関連については、オタワ大学教授ピエール・ブランダムール、オート＝アルザス大学准教授ジル・ポリジらが、さらに検討を行った。