2011年5月14日には上級相のゴー・チョクトンと、二人同時に閣僚ポストから退く意向を表明した。（今回の選挙で）われわれは新しい政治的状況を知るに至り、そしてそれがどのように未来に影響を与えるか考慮しました。われわれはシンガポールの発展に貢献しました。複雑で難しい状況の中、シンガポールをさらに前進させる若者たちの時代がやって来たのです。首相や彼を支える若い世代のリーダーは、新鮮でクリーンな基盤を持つべきです。若い世代は、汚職がなくしかも実力主義（知的エリート階級の）の政府を持つこと、加えて高い生活水準を享受すること以外にも、自分自身に影響を及ぼす決定により多く携わりたいと願っています。重要な分岐点となる今回の選挙の後、 私たちは、内閣を去る決意をしました。そして、完璧に若返った内閣に、未来のシンガポールを形作りつつあるこの若い世代と前進してもらうことにしました。しかし、この若い内閣たちは古い世代のためにも存在していることを忘れてはいけません。この古い世代は、シンガポールに貢献してきたのであり、十分に省みられなければなりません。 —  リー・クアンユー、ゴー・チョクトン共同辞任声明 日本語訳肺炎のため2015年2月15日から入院。その後、感染症により容体が悪化したことが同年3月17日に報じられた。2015年3月23日、シンガポール首相府より死去したことが発表された。91歳没。没後、日本国政府より桐花大綬章が追贈された。
マハティール・ビン・モハマドが次期マレーシア首相に就任することが確実となった1978年に、リーはデヴァン・ナイル大統領（当時）を通じて、マハティールにシンガポールを訪問するよう促した。以降も両者は親密な関係を築くようになり、ともに西洋の価値観と対決するアジア的価値観を唱えたことでもこの仲は注目された。マハティールは民主行動党の華人のリーダーとのつながりを絶つようリーに要求し、引き換えにマハティールはマレーシアにおけるシンガポール人の情勢に干渉しないと約束した。1981年12月に、マハティールは国内を一つの時間帯に統一するため、マレー半島の標準時を変更し（マレーシア標準時）、リーもこれに同調した。マハティールとの関係は1982年以降非常に良いものとなった。
1960年代後期には、シンガポールの増大する人口が、発展中の経済に負担をかける可能性があるとして、「子供は2人まで」という家族計画を推奨するキャンペーンを展開し、子供のいる夫婦からは不妊手術が受けられるように主張する声が多く上がった。ほかにも、大卒女性の出産を推奨するなどの優生思想に基づく選別的な教育制度を実践した。回顧録では「多民族社会では、ある民族の知能指数 (IQ) が他よりも低いというベルカーブ仮説は動かしがたい現実だったからです」と主張している。
中国国民党が汚職によって中国大陸で信頼を失ったことをよく認識していたリーは、自身が共産主義者たちと戦った経験から、清廉な政治体制を貫かなければならないと強く認識するようになった。汚職調査局 (CPIB) を設置して、逮捕の実行、捜査、告発者との連携、容疑者に対する銀行口座や所得税申告の調査など、局に多大な権限を付与する法律を導入した。リーの支援により、調査局はどのような事件に対しても捜査を行う権限が与えられており、実際に数人の大臣が逮捕されている。
リーは、ビジネスや行政、異なる人種間における共通語として、植民地時代の遺産である英語（イギリス英語）を使用し続けた。一方で華語（標準中国語＝マンダリン）・マレー語・タミル語も公用語として公認した。公立学校における授業では、英語が使用されているが、同時に生徒自身の民族語を習得するための授業も行われている。しかし、この様な言語政策は、奇妙な英語である「シングリッシュ」が使われる素地にもなった。1979年からは、華人系住民を対象とした華語普及運動（講華語運動、Speak Mandarin Campaign）を開始した。これにより放送では基本的に全ての番組で華語が使われるようになった。この結果、華語以外の中国語方言の伝承が妨げられ、現在では若い世代の大部分は方言を流暢に話すことができず、祖父母の世代の人間と会話をする際に若干の困難を伴うことがある。
1738年、ウィリアム・ホートン少佐がジョージア植民地の信託機関からジェキル島の土地を払い下げられた。ホートンは1743年に自家を建てた。このホートン邸は州内でも最古クラスの現存するタビー製構造物である。ホートンはジェイムズ・オグルソープ将軍の上級副官の一人であり、近くのセントシモンズ島にあったフレデリカ砦の守備隊を指揮していた。ホートンは島で農耕を行い、フレデリカ砦の食料となる農産物を生産した。その中にはジョージアで初めてのビールとなるホップや大麦もあった。ホートンはその土地に倉庫を追加し、それが現在も残っている。その醸造所が道路を下った所にあり、セントシモンズ島のフレデリカ砦の兵士や開拓者にビールを供給した。今日、ジョージアで初の醸造所のトビー製廃墟はデュビノン・クリークにほとんど落ちかかろうとしている。この場所にはデュビノン家の墓地もある。デュビノン家は1790年から1886年まで島を所有し、1790年から1800年代半ばまで、この家に入っていた。その墓地では、1800年代後半にジェキル島をジェキル島クラブに売却したジョン・ユージン・デュビノンの墓もある。ホートン邸はジョージアでも最古クラスの建物であり、アメリカ合衆国国家歴史登録財に指定されている。この史跡の保存作業が国立公園局からセイブ・アメリカズ・トレジャー補助金によって可能になった。ジョージア州歴史保存信託から保存の優秀賞を受賞した。ホートン邸史跡は一般公開されている。