2006年4月21日、延暦寺にて指定暴力団山口組の歴代組長の法要を実施した。この件については事前に滋賀県警察から「組織の権力誇示と香典名目の資金集めに利用される」として法要の中止要請がなされていたが、延暦寺側は「これは単なる宗教の行事」として要請を拒絶し、その後、延暦寺内阿弥陀堂において法要式典の中では最高級とされる「特別永代回向」に最高幹部ら100名近い組員が参加し執り行われた。同寺を含め全国にある約75,000の寺が所属する財団法人全日本仏教会は、約30年前の1976年、全日本仏教徒会議において「暴力団排除」の決議を行っており、また2006年3月13日には全日本仏教会理事長である安原晃が「組織暴力団の義理かけ法要への協力を止めよう」との声明を発表した直後であった。法要後、全日本仏教会は、これらの決議及び声明を無視した延暦寺側に対して遺憾の意を表明した。後日法要が終わったのち、この式典について延暦寺法務部は報道陣に対し「次からは暴力団の法要は拒否したい」とのコメントを述べた。その後、同寺は5月18日に大津市内で「一山協議会」を開き、代表役員の執行と、6人の執行局役員全員が責任を取って総辞職した。その中で同寺は寺院関係者及び全日本仏教会への謝罪を表明しており、ホームページにおわびを掲載、宗内の約3000寺に「おわび状」を郵送している。その後同寺は、歴代組長の家族ら少人数での位牌参拝を認めていたが、各自治体で暴力団排除条例が相次いで制定されるなど、暴力団排除への社会的気運が高まってきたことなどから、2011年に同寺は山口組に対し、参拝を止めるよう伝達し、山口組もこれを了承した。
延暦寺が運営する霊園に隣接した残土処分場に、2004年以降に京都市内の建設会社の西日本開発が建設残土を大量に搬入するようになり、総量は大津市土砂条例で定められた9,900平方メートルをはるかに越えるようになった。大津市は2012年10月に当該の業者に中止命令を出すと共に、条例違反でこの業者を滋賀県警に告発したが、直後に処分地の所有者が変更され、不法投棄は継続された。土砂の崩落も相次ぐようになって負傷者も出るようになり、参拝者が危険に曝されるリスクが高まったことなどから、延暦寺と地域住民らが、滋賀県公害審査会に公害紛争処理法に基づく公害調停を申し立てることになった。この不法投棄問題で滋賀県警は、法人としての西日本開発とその男性社長を大津市土砂条例違反容疑で書類送検した。2014年7月7日に、大津市が行政代執行などで土砂崩落防止工事を実施することや、周辺の河川や水路の水質検査を2017年度まで実施することなどで調停が成立した。
1956年（昭和31年）10月11日午前3時30分に重要文化財だった大講堂から出火、同じく重要文化財であった鐘台に類焼し、これら2棟が全焼した。1987年（昭和62年）8月3日、8月4日両日、比叡山開創1200年を記念して天台座主山田恵諦の呼びかけで世界の宗教指導者が比叡山に集い、「比叡山宗教サミット」が開催された。その後も毎年8月、これを記念して比叡山で「世界宗教者平和の祈り」が行なわれている。1994年（平成6年）、延暦寺は「古都京都の文化財」の一環としてユネスコの世界遺産に登録されている。
ダウンロードによる大容量ファイルのインストールという仕組み上、不安定な回線などではデータの破損などが起こる場合もあるが、Steamにはダウンロードしたファイルをチェックする機能があり、破損部分がある場合はその箇所のみを再度ダウンロードすることが可能である。これにより、ファイルの欠落による一からの再インストール（とその際のストレス）を回避することができる。「分割ファイルシステム」（Distributed File System）という仕組みをサポートしており、一部のゲームではダウンロードが完全に完了する前にもゲームを起動することができる。ファイルの一覧を作成して必要なファイルだけを要求することによって、ファイル構造が線形で構成されているゲームの場合は、実行部分と最初の部分のダウンロードだけで起動できるようになり、ダウンロード進行中に起動を試みても何ら問題はない。しかし基本的なファイルが足りない場合はゲームの起動に失敗する。Steamに適合したゲームの場合、無圧縮のファイル形式.gcfが使用されることがある。これにより、ユーザが重要なファイルを上書きしたり、ファイル汚染を防ぐことができる（例えば、「Pure」サーバーではテクスチャやモデルの変更が不公平の元となるので禁止している）。大作ゲームなど、発売日にサーバー・回線の混雑が予想される場合を考慮し、予約購入したゲームについては暗号化されたファイルをあらかじめダウンロード（プリロード）することが可能となっている。これにより、発売日にはファイルを復号するだけで起動が可能になるため、サーバー・回線の負荷は軽減され、購入者もダウンロードの待ち時間を軽減できる。初期のバージョンではパッケージ版としてインストールしたプログラムファイルが既にある場合、ダウンロードの手間をかけずにそれをそのままSteamでも使えるようにコンバートする機能があったが、通信速度の向上等の理由により現在この機能は廃止されている（新しくライブラリにダウンロードするようになり、ライブラリフォルダに既に置かれていた場合は更新箇所のみダウンロードする）。パッケージ版を所有している人はそのCDキーを入力することにより、そのゲームがダウンロード可能になるようになっている。初めからSteamとの併用を前提に開発されたゲーム（『Warhammer 40,000: Dawn of War II』、『The Orange Box』など）はSteam上での販売に加えパッケージ版も発売されているが、導入にあたってはSteamが同時にインストールされ、プレイする際もSteamによる認証プロセスが必須となり、以降もSteamにログインしてから起動、更新が行われる（それまで一般的だったゲームの様に、プレイする際に必ずディスクをドライブに入れておく必要はない）という仕組みになっている。つまり実質的にはSteam版と全く違いはなく、キャッシュファイルをただディスクに入れて高速インストールできるようにしただけのものと言っても良い。