川の流れが緩やかな越後平野下流部では、明治期、川蒸気船が盛んであった。しかし、1897年(明治30年)、沼垂(ぬったり)から一ノ木戸（三条市）間の鉄道が開業し、大正期に鉄道網が広がると、交通の中心は川蒸気船から鉄道に移っていった。明治30年代に新津油田の機械掘削が本格化。大正期に新津町は「石油の町」として栄えて国内最大の油田となり、新潟市・沼垂町では石油産業が発達した。信濃川下流の根本的な洪水対策である大河津分水は、江戸時代からの懸案であった。分水工事は1909年(明治42年)に国営で着工された。
1858年(安政5年)の日米修好通商条約で、開港5港の一つとして新潟湊は日本海側における開港場となった。しかし、各国は水深が浅い新潟湊の開港にすぐには同意せず、開港前に幕府は倒れることとなる。1868年(慶応4年)、新政府軍と旧幕府側との間に戊辰戦争が起こり、新潟港は旧幕府側（奥羽越列藩同盟）の補給基地となった。兵器は、外国商人が船で横浜などから運んできた。同年7月の北越戦争では、新政府軍が船団で新潟砂丘に上陸し、新潟町を制圧すると、同盟側は補給路を失い、戦局は決定的となった。同年9月、慶応から明治に改元。会津藩は降伏し、新潟町は戦災で市街地を焼失した状態で明治維新を迎えた。
江戸時代後期、新潟湊では唐物（中国製品）と俵物（北海道製品）の密輸が行われていたことから、幕府は密輸を摘発。1843年(天保14年)に新潟町を幕府領にした。初代新潟奉行の川村修就は、海岸に台場（砲台）を築くなど海防に努めた。(新潟上知)
17世紀に、堀氏・溝口氏が入封し、新潟島を中心とする西部は長岡藩領、沼垂を中心とする東部は新発田藩領になった（市域の一部は村上藩領）。この頃、信濃川と阿賀野川が合流して河口を共有するようになり、水量が豊富な新潟湊が日本海船運の拠点として発展した。
鎌倉時代以降は北条氏・佐々木氏・宇都宮氏・上杉氏など頻繁に領主が替わった。南北朝時代には南朝の影響が強く、小国政光により蒲原津城が築城され南朝方の拠点となり越後騒乱の中心となる。16世紀には信濃川河口に新潟、阿賀野川河口に沼垂（ぬったり）の地名を持つ港町が現れ、上杉謙信の支配下で栄えた。
奈良時代が始まる8世紀前半、国・郡・郷を単位とする地方制度が整った。市域は阿賀野川を境に、北が越後国沼垂郡、南が越後国蒲原郡となった。沼垂郡には沼垂郷・賀地郷など、蒲原郡には桜井郷・青海郷などがあった。また、信濃川の河口には蒲原津があった。蒲原津は越後国の国津(くにつ)（公的な港）で、人や物資の集まる交通の要衝であった。地方制度が整備されたころ、新津丘陵では須恵器や鉄の生産が始まり、信濃川左岸の低地ではサケの漁獲・加工が行われた。須恵器や鉄の生産は、地域の自給力を高めるために、国や郡の役人が主導して進めたと考えられている。サケは、税として都（朝廷）に納める越後国の特産品であった。また、海岸砂丘地帯では塩が作られた。
古墳時代前期にはヤマト王権の勢力下にあり、新津丘陵に古津八幡山古墳、角田山麓に山谷古墳、菖蒲塚古墳などが造られていった。ヤマト王権にとって越後平野は、東北地方へと勢力を拡大するための拠点地域であり、北方の文化も入り込んでいた。古墳時代の後期にヤマト王権は地方の豪族を国造に任命。市域周辺では高志深江国造が任命され、647年(大化3年)には北方の蝦夷支配の拠点として渟足柵(ぬたりのさく)を設置した。
現在の新潟市域における人々の営みの始まりは、約2万年前の旧石器時代に丘陵と山麓を中心に始まった。現在の市域の大部分はまだ海の底であった。約6000年前の縄文時代前期には平野部の砂丘に生活範囲を広げていき、弥生時代後期、新津丘陵や角田山麓に高地性集落がつくられる。新津丘陵の古津八幡山遺跡は、日本海側北端付近に位置する大規模な高地性集落であった。
熊野古道に沿う形で、紀伊半島を一周する国道42号と紀勢本線（きのくに線）が縦貫している。関西国際空港へは阪和自動車道の利用で1時間以内である。海南市街の道は走りやすいが、長峰山脈などではまだすれ違いが困難な狭い道がある。
唐の時代の中国で使われた有職文様の1つである窠紋（かもん）（「窠」は穴かんむりに果）に由来する。中国では官服の生地に並ぶ文様として用いられた。日本での木瓜紋はこの窠紋の1つを取り出した意匠になっている。中心に4弁の唐花を置き、周囲を外郭弁で囲んだものを基本としている。奈良時代以降に使用が進んだとされる。唐花と同じ方向に置いた横置きの横木瓜を通常「木瓜」といい、竪にすれば「竪木瓜（たてもっこう）」という。外郭弁の数がウリやバラ科の花弁に倣う5弁であると五瓜（ごうり・ごか）、6弁の六瓜（ろくうり・むつか）、8弁では八瓜と呼ばれる。この木瓜紋に桐紋や蝶紋、文字紋などほかの家紋を組み合わせ、「木瓜二つ引き」、「丸に木瓜」、「竪（立ち）木瓜」、「庵に木瓜」、「三方木瓜」、「四方木瓜」、「剣木瓜」など、多くの種類がある。また、五瓜の中心部を空白にしたものを「瓜輪（うりわ）」という。