後期貝塚時代の後半から晩期（本土の奈良時代 - 平安・鎌倉時代ごろ）には交易品の主体がヤコウガイに替わったと考えられている。6 - 8世紀頃の奄美大島の土盛マツノト遺跡、用見崎遺跡、小湊フワガネク遺跡遺跡からヤコウガイが大量に出土している。沖縄諸島でも久米島でヤコウガイが大量に出土している。ヤコウガイが大量に出土した遺跡は現時点で奄美大島北部と久米島を中心として偏在しており、残りは沖縄本島北端、伊江島、与那国島に点在している。久米島の遺跡からは開元通宝も同時に多く出土しており、この時代の南島交易路については様々な説がある。またヤコウガイの使途としては、大和向けに貝匙、酒盃、大和・中国向けに螺鈿細工の原料が挙げられているほか、貝肉の消費（交易は中近世以降）などである。この時期、『続日本紀』等により698年から727年にかけて大和朝廷と南島との交流が日本の史料に残っている。699年には「多褹・掖玖・菴美・度感」（種子島から徳之島までに比定）、715年には「奄美・夜久・度感・信覚・球美」（屋久島から石垣島までに比定）から来朝があったとする。
後期貝塚時代の前半（本土の弥生時代 - 古墳時代ごろ）は、ゴホウラやイモガイの貝殻を交易品とし、大和側は土器（弥生土器か）と交換していた。九州では貝殻を貝輪などの装身具に加工して使用していた。本土の弥生時代の初期に北九州で貝製腕輪が使用され、弥生時代中期に銅製腕輪の使用により一旦衰微するが、古墳時代が到来し畿内政権から古墳文化の広がりに伴い再び貝製腕輪が本土で広く使用され隆盛を見た。そして古墳時代晩期までには九州以外の本土では使用されなくなり再び衰微していく。
グスク時代より前の奄美・沖縄および先島は、後述の出土品から大和（九州）との交易が主体であったと考えられている。主要交易品は奄美以南に産出する珍しい貝殻類であった。「貝の道」の交易である。後期貝塚時代の前半はゴホウラやイモガイを交易品とし大和側は土器（弥生土器か）と取引していた。後半はヤコウガイを交易品とし、大和側はこれを螺鈿細工に加工して中国と交易していた。後述の肥前産の石鍋はヤコウガイとの取引により流入したと見られている。また、硫黄は薩南の硫黄島から産し、日本が中国に輸出していた（これに対し琉球王国では硫黄を硫黄鳥島から産した）。
安里進は、この時代の沖縄貝塚文化を「九州縄文文化の影響を受けつつ独自の経緯をたどった縄文文化」という趣旨で総括している。また、弥生時代の九州の農耕文化が沖縄諸島周辺では定着せず、漁労・採集が中心の貝塚文化が継続したとし、貝塚時代に続くグスク時代が現代琉球人と直接関連があり、中世、近世を通して現代に至るまで、文化面や集落の継続性が見られるとしている。
埴原和郎の「二重構造モデル仮説」によれば、旧石器時代から縄文時代にかけては南方系アジア（スンダランド説）から琉球弧を通って日本列島に縄文人が広がり、弥生時代以降には渡来人が本土西日本から広がる一方で北海道や琉球弧には及ばなかったため、琉球人は縄文的形質を残したとされる。更新世（洪積世）最終氷期（旧石器時代とそれ以前）に、琉球弧が大陸とある程度地続きもしくは狭い海峡を挟んで大きな列島状であったことを示唆する地質学上の研究も、埴原仮説を支持している。埴原仮説に対して形質人類学上の研究では、琉球人は形質・遺伝的には「南方系由来の縄文人」とするよりは、むしろ北方系（すなわち日本本土の縄文人や渡来系弥生人由来）の形質が優勢であるとされ、土肥直美は、琉球先史時代の人はいわゆる本土縄文人とは異なる形質を持っていることや、中近世になって琉球人が骨格上も本土大和人に近似してくることを指摘している。
沖縄貝塚時代に先行する、沖縄諸島や先島諸島における旧石器時代の遺跡等は、山下洞人（約32,000年前、前3万年頃）、港川人（約18,000年前、前1万6000年頃）、伊江島ゴヘス洞人（約2万年前）、先島ではピンザアブ洞人（約26,000年前、前2万4000年頃）や白保竿根田原洞人（約27,000年前、前2万5000年頃）などがある。その一方で、沖縄諸島では前1万年頃 - 前5000年頃の、先島では前2万年頃 - 前1世紀頃の遺跡が断絶しており、これら旧石器時代人と貝塚時代人（先島先史人）との関連が考古学的に実証されていない空白の時代がある。
嘉永3年（1850年）、旗本3500石の有馬則篤の次男として生まれる。文久2年（1862年）、下野吹上藩主有馬氏郁が死去した際、その子の邦丸が2歳という幼少のため、同族の氏弘が養子として迎えられて家督を継いだ。12月16日に従五位下・兵庫頭に叙位・任官した。元治元年（1864年）の天狗党の乱に際して、天狗党が下野大平山に侵攻したとき、足利藩と折衝を務めている。慶応4年（1868年）の戊辰戦争では新政府に恭順し、奥州に出兵した。明治2年（1869年）3月、江戸藩邸の家老が若年の氏弘を欺き、軍費や手当金で私腹を肥やしているとして、9名の藩士が家老を殺傷するという事件が起こっている。6月23日、版籍奉還により知藩事に任じられ、同時に戊辰戦争の恩賞として賞典金2000両を与えられた。明治4年（1871年）7月14日の廃藩置県で知藩事職を免官される。明治9年（1876年）12月14日、養母の鎮（瑶光院、氏郁の正室）に家督を譲って隠居し、有馬家と離縁した。明治10年（1877年）、知藩事在職中に家臣に重傷を負わせ、死に至らしめたとして拘留された。おそらくは前述の藩士による家老殺傷事件に本人も関わっていたものと推測される。翌年、事件から5年以上経ってしまっているとして処罰を免れた。有馬家の家督を継いだ鎮（瑶光院）は、明治10年（1877年）12月に筑後久留米藩主有馬頼咸の七男頼之を養子とし、家督を相続させている。