9月19日、テッリーニ将軍らの葬儀が行われ、ギリシャ政府は「ギリシャ軍最上層部の謝罪」「被害者の葬儀へのギリシャ政府閣僚の出席」「軍艦のイタリア国旗への敬礼」「軍葬の礼」の4条件を履行した。9月22日には第一回の捜査報告書が委員会に送られ、9月25日と9月26日に報告書を審査した委員会は「事件が純粋な政治的理由によって発生したこと」「ギリシャ政府の捜査に怠慢があったが、これは故意かは不明」「捜査困難のため犯人逮捕に至らない」と判定し、捜査に怠慢があったことを理由とし、罰金の性格を持つ賠償金5千万リラの支払いを全会一致で可決し、ギリシャ政府に伝達した。当初この裁定にイギリス代表が反対したため、イタリアの対英感情は悪化した。9月29日、ギリシャ政府は捜査に怠慢があったという認定を否定し、また賠償金が多額であるうえ先例がないとして抗議し、この事例を国際司法裁判所に提議することを申し入れた。イタリアの世論は賠償獲得を大きな戦果として受け止め、ケルキラ島占領を決定したムッソリーニを称えた9月27日にはイタリア軍がケルキラ島をギリシャ政府官憲に引き渡した。9月29日にはスイス国立銀行から5千万リラがイタリア政府に引き渡された。イタリア政府は賠償獲得は利益目的ではないと声明し、賠償金のうち1千万リラをギリシャ国内に避難したアルメニア難民（アルメニア人のディアスポラ）救援のためにマルタ騎士団に寄贈し、さらに200万リラを砲撃で死傷したギリシャ人の家族に贈与するとした。
この問題は国際連盟でも取り上げられ、事件は二国間問題から国際問題へと変化した。9月4日、イタリアは脱退をちらつかせて国際連盟の関与を拒否した。9月7日、大使会議はイギリス・フランス・日本の代表から構成される審査委員会を設置し、この問題を処理することとなった。日本は国境劃定委員会に参加していなかったため、審査委員会への参加を回避しようとした。しかしイタリア側はベルギー代表の参加が自国に不利になると拒絶した。また、イタリアは自国の代表を委員長にしようと工作したが英仏に拒否され、結局第三者的立場にある日本の参加が求められた。連合国大使会議の石井菊次郎大使はフランス大使館付武官の渋谷伊之彦大佐を委員長として推薦した。国際連盟理事会ではイタリアの横暴な態度に対する批判が高まったが、フランス代表は様子見を決め込み、ブラジル代表はイタリアを支持した。9月6日大使会議は「在アテネ英仏伊代表者に対するギリシャ最高軍憲の謝罪」「被害者の葬儀をアテネのカトリック寺院で、閣僚出席の元で行う」「葬儀後、入港した英仏伊三国軍艦に対して二十一発の礼砲を撃つ」「犠牲者の遺骸を乗せる軍艦に対して礼を払う」「ギリシャ政府は捜査と犯人処罰にあらゆる措置を執ることを約束する」「英仏伊日四国委員会がギリシャ政府の捜査を監督する。捜査の必要性によってはアルバニア領内への立ち入りやアルバニア官憲の協力も許可する」「ギリシャ政府は大使会議の承認を得た委員会報告書に基づいて、国際司法裁判所が決定した賠償金を支払う。支払いの保証として、ギリシャ政府はスイス国立銀行に5千万リラを供託する」という新たな7条件を策定し、ギリシャ政府もこれを了承した。これにより、9月10日に大使会議は、捜査開始から5日後の段階で委員会が「ギリシャ政府が捜査にあらゆる措置を執る」という第五条件が達成されたと認めた際にはイタリア政府に通告し、ケルキラ島撤退に関する声明を行うという決定を行った。また第五条件が達成されない場合には、英仏伊三国による新たな制裁案をケルキラ島占領に変わって行うこととされた。
ハルトゥームの解放後6か月経って、ムハンマド・アフマドはチフスにより亡くなった。彼の遺体はウンム・ドゥルマーンに埋葬された。アル＝マフディーは自らに死が訪れる時に備えて、代理となる者を3人、選んでいた。これは神の預言者ムハンマド・アブドゥッラーフの故事にならったものである。ところがそのせいで混乱が長く続くことになった。3人がそれぞれ、出身地域の人々の支持を受けて相争うことになったからである。混乱はアブダッラーヒ・イブン・ムハンマドがアラビア語を話しサヘルに住む人々、バカーラ人の支援を受けて圧倒的に優勢になるまで続いた。「ハリーファ」（後継者）と呼ばれたアブダッラーヒは、マフディーヤからムハンマド・アフマドの家族や古参の弟子たちを粛清した。ハリーファ・アブダッラーヒは、ジハードを通してマフディーヤを拡大するというムハンマド・アフマドの構想の実現に傾注した。しかしこのジハードは、事実上隣接する諸邦との関係の悪化を招いた。一例を挙げると、ハリーファ・アブダッラーヒは、エチオピア皇帝ヨハンネス4世から提案されたヨーロッパ人と対抗するための同盟を断った。エチオピア人の多数派はムスリムでないため、彼の目には同盟の価値が低いと映った結果であった。それどころか、1887年にはアンサール60,000人に命じてエチオピアに侵攻させた。アンサールたちは首都ゴンダールにまで至り、捕虜と戦利品を得た。ハリーファ・アブダッラーヒは、すべてのエチオピア人がイスラームに改宗しないかぎり、敵対関係を終わらせたりエチオピアと平和交渉をしたりすることを拒否するとした。1889年3月にヨハンネス4世は、エチオピア皇帝（ナグーサ・ナガースト）個人の名において軍に命令し、スーダンへの反撃をさせた。カッラーバートまで進軍したが、ヨハンネス4世が戦死し、エチオピア軍は降伏した。ハリーファ・アブダッラーヒは1898年にキッチナー将軍率いるイギリス軍により最終的に打ち負かされる。ムハンマド・アフマドの墓は信奉者の聖地となるのを防ぐために破壊され、彼の頭蓋骨はキッチナーが戦利品として手に入れる一方、残りの遺骨はナイル川に投げ入れられた。頭蓋骨はのちにワーディー・ハルファーに埋められたと言われている。墓は最終的に再建された。