彼の著書 "History of Freedom of Thought"において彼は以下のように述べる。一部の人々は我々がそれが間違っていることを証明できない限り、神学的教義を拒否することは正当化されないという。しかし、立証責任は否定するものに課せられているのではない...。もしもシリウスの周囲を周回するとある惑星の人種は騾馬であり、彼らは英語を喋り、優生学を論じるのに時を費やしていると言われたならば、あなたがそれを反証することは不可能である。だが、その主張の中に信じるべき何物が存在しているだろうか？十分な頻度でその主張が繰り返されれば、その強力な暗示によってそれを受け入れる準備ができている人もいるのだろう。
ジョン・バグネル・ベリーのキャリアは、彼の思考プロセスの進化と、彼が歴史の規則（the discipline of history）を「科学（science）」とみなしていたことを示している。1902年、ケンブリッジで近代史の欽定講座担当教授（Regius Professor）としての就任講演において、彼は歴史を「文学（literature）」の1ジャンルではなく「科学（science）」であると宣言した。彼は以下のように述べている。私は皆さんに歴史が文学の1ジャンルではないことを理解していただこうと思います。歴史的事実は、地質学や天文学的事実のように文芸のための材料を提供可能です。明瞭な理由から、それらは自然科学よりも遥かに容易に芸術表現に導入されています。ですが、人間社会のストーリーに文学のドレスを着せるのはもはや歴史家としてのつとめではありません。天文学者のつとめが芸術的な星々の物語を提供するものではないという以上にそうなのです。ベリーの講演は歴史は文学の1分野ではないという主張を守り続けた。このことは歴史的事実を巡る議論における歴史学者たちの物語り（narrative）の必要性についての疑問を投げかけた。そして「物語り（narrative）は必要か？」という本質的な疑問を誘起している。しかしベリーは彼の「科学」をレオポルト・フォン・ランケの科学思想および、彼が叫びその思想を有名にしたドイツ語のフレーズ「発生した通りに歴史を伝える」または、「Ich will nur sagen wie es eigentlich gewesen ist.（私はただ実際にどのようにことが起きたかのみを言いたい。）」と比較することで説明した。ベリーの講演中の最終的な見解は彼が以前に発言した「...彼女（歴史）はそれ自体単純な科学なのであり、それ以下でもそれ以上でもない。」と主張する揺るぎ無いフレーズで繰り返されている。
古代ギリシアから19世紀のローマ教皇にまで及ぶベリーの著作活動は学術的であると同時に一般にもアクセスしやすいものである。歴史哲学に関する彼の二つの著作はヴィクトリア時代の進歩と合理主義の理想を解明した。これらは彼のより具象的な歴史記述を補強するものであった。彼はまたエドワード・ギボン以降の英語圏の歴史家たちによってほとんど無視されていたビザンツ帝国の歴史研究（彼はそれをローマ史であるとみなし、はっきりとそう呼んでいた）の再興を主導した。彼は1911年にブリタニカ百科事典第11版に寄稿し、また彼自身が項目として立項された。1919年、フランク・アドコックおよび、S. A. コックとともに、The Cambridge Ancient Historyを編纂した。
1と2から、世界は事実の総体であり、ということは成立している事態の総体のことであることになる。そして事態とは、名前が組み合わされてできる論理的な関係のことであると定義される。例えば、「花が咲く」という事態は、現実であることも現実でないこともある。世界はこのうち現実に成り立っている事態の総体である。命題は、この際に、その事態が、現実に成立しているかどうか（すなわちその真偽）を告げる。つまり、真理関数である、というのは、その真偽を宣言するということである。要素命題が、それ自身の真理関数であるということは、「花が咲いている」という要素命題は、「花が咲いている、ということが真である、現実である」を同時に意味している、ということである。つまり、要素命題は、それ自身の真偽の値を持ち、要素命題からなる複合的な命題は、それを構成している要素命題の真偽から一義的に、論理的な計算によって定まる。こうして、『論考』は、現実世界の対象について、その間にどのような関係が成立しているかどうかについての真偽の知識を与えない命題は、意味を持たない、ナンセンスな命題であると述べる。したがって、自然科学こそが、すぐれて有意味な言明を与えるわけである。これが、『論考』の遂行する従来の哲学、形而上学批判である。このパースペクティブにおいては、哲学的命題は、『論考』自体も含めて（『論考』の諸命題もまた、現実の諸対象と、その間に成り立っている事態について記述しているわけではない）、矛盾しているがゆえに意義を持たないか、指示対象を持ち得ないゆえに無意味な命題であることが明らかになる。「上り終えた梯子は捨て去られねばならない」哲学に残されているのは、『論考』自身のように、そのこと自体を示すことだけとなる。こうした観点からは、自我・意志・倫理・価値・神等は、それについての命題がどのようなものであれ、世界内の事実についての記述ではありえないがゆえに、意味を持たない命題であり、語りえない事柄に属するとされる。たとえば、価値や主体や自我は世界内の存在ではなく、世界の記述のパースペクティブのことであるから、それがいかなるものであろうと、そのことによって、世界内の事実、対象の間の関係が変化するわけではない。同様に、実在論と独我論との完全な一致も主張される。どちらの観点を取ろうと、言明される事実は同一だからである。なお、『論考』が、要素命題を、名辞を含みつつも、それ以上分析できない単位としたことは、フレーゲの文脈原理を受け継いでいる。また、語の意味を、その外延的な現実世界における指示対象によって定義し、主観的思想内容による定義を排除しようとしている点では、バートランド・ラッセルの系譜の議論を引き継ぎ、その後のやはりあくまでも外延的な指示の理論として展開する、分析哲学の意味理論の傾向を確固たるものとしたといえる。