FC東京からの2年ぶりの再オファーに熱意を感じ、2017年に同クラブへ完全移籍。3月18日、第4節の川崎フロンターレ戦では古巣からゴールを奪って移籍後初得点を決めた。シーズン半ばに監督・篠田善之が解任されると、新監督の安間貴義の元ではシャドーとしてプレーする機会が増えた。この起用について安間は「ラストパスを出せるのが嘉人しかいない」 と語っている。最終的にJ1リーグ戦28試合出場、8得点を記録した。
ブンデスリーガ・VfLヴォルフスブルクのフェリックス・マガト監督の強い希望により、2009年1月に同クラブへ完全移籍。移籍金交渉は難航したが、移籍を望んだ本人の意向に添う形で、神戸側が最終的に譲歩し、推定2億5000万円で合意。オーバーヘッドシュートを放った事が理由でマガトの怒りを買ってベンチ入りメンバーから外されるという経験もしたが、ドイツのサッカーに慣れるに従い、相手選手に体をぶつけられても倒れることなくドリブルで進めるまでになった。この経験について大久保自身は取材に対し、「試合に出れなくて、まぁ、いいや、って思ったら、もう終わりよ。（中略）サッカー選手をやっている以上は、出たい、出たい、って感じで練習もするやん」というコメントを残している。2008-09年度シーズンにおいて、長谷部誠と共にクラブ史上初となるドイツ国内主要サッカー大会 初優勝達成を経験したが、大久保自身は、ポジションの重なるグラフィッチやエディン・ジェコが好調で彼ら大柄な選手に合わせたサッカーが展開されていたこともあって、出場機会は乏しかった。自身を評価するマガトの退任とワールドカップ出場を見据え、1シーズンでの移籍を決断。
2007年1月、急遽ヴィッセル神戸からのオファーが報じられ、移籍金3億円 で同クラブへ完全移籍。同年は三浦淳宏の負傷もあり、松田浩監督に自ら進言して左ウイングバックでプレー。このコンバートによって「チームのことを考えてプレーできるようになった」と述懐している。主将にも就任し、精神面・技術面でチームを牽引。リーグ戦では14得点をあげた。2007年8月にはカメルーンとの国際親善試合で約1年10カ月ぶりに日本代表に復帰。10月に行われたエジプトとの親善試合で1試合2得点を挙げ、国際Aマッチ出場21試合目、初選出から4年越しでの初ゴールを記録した。以後、2010年のワールドカップを目指す日本代表の主力に定着。2008年開催のオリンピックには選出されなかった（後述）。2008年は、開幕前のワールドカップ予選・タイ戦で貴重な勝ち越しゴールをあげる活躍もあったが、同時に右ひざ半月板損傷を負った。3月のワールドカップ予選選出も危ぶまれたものの、2節川崎戦で戦列復帰し、1ゴール2アシストの活躍を見せ、代表追加招集が発表された。6月のオマーン戦で、相手GKアリ・アル・ハブシと接触した際、アル・ハブシを蹴り一発退場を受け、残りの予選3試合は出場停止処分となった。また、反町康治率いる北京オリンピックにOA枠での選出の噂もあったが、破談している（後述）。チームにおいては、より多くのボールを受けるべく、シーズン当初のFWから再び左MFへポジションを変更し牽引。2年連続の二けた得点を達成した。
2006年6月、セレッソ大阪へ復帰。低迷するチームを救うべく登録直後から出場を続けたものの6戦無得点。復帰後7戦目の京都パープルサンガ戦で2得点を挙げ、その後はチームと共に復調を見せたが、最終順位は17位となり、J2へ降格した（個人記録は21試合出場6得点）。
交響曲第5番は、しばしば対象と対立の作品として解釈されてきた。ニールセンはルードヴィッヒ・ドレリスへの言葉の中で、「闇と光の分割、善と悪との戦い」について、また「悪夢と行動」との対立について語っている。 彼は、ヒューゴー・ゼーリグマンに対してはこの交響曲の中の、心の「静」と「動」について語っている。交響曲第5番の主題は（ニールセンによりそうであることが確認されているが）戦争交響曲である交響曲第4番「不滅」と同様に戦いに直面して生き残るということである。交響曲第5番の効果はより有機的で人間的であり、創造的要素と破壊的要素の衝突である。著名な指揮者であるサイモン・ラトルは、第4番より第5番のほうがニールセンの戦争交響曲にふさわしいと述べている。最初に第1楽章のアダージョ・ノン・トロッポの部分で現れる悪のモチーフは、テンポ・ジュストの部分から材料を借りている。ニールセンはキエルフとのインタビューで、自分はこの交響曲を作曲しているときは、第一次世界大戦の影響を意識していなかったと述べているが、「皆、戦争を経験して、心が戦争と同じになっていた。」と付け加えている。実際、「暗黒の中の静かな力、敏速な力」というモットーが鉛筆書きのスコア原稿の裏表紙に書いてある。ニールセンはこのモットーの中で、第5番の2つの楽章とその内部にある対照について要約したのかも知れない。ニールセンはまた、交響曲第5番の第1楽章の「悪」のモチーフの存在についてドレリスに対する文章の中でも次のように書いている。 「―そして、「悪」のモチーフが木管と弦で割って入る。そしてドラムはますます怒り、攻撃的になる。しかし、自然のテーマが金管で平和に純粋に育っていく。ついに悪が敗北しなければならなくなり、最後の逆襲をしたあとに逃げ出す。そしてその後の部分で慰めに満ちた長調でソロのクラリネットが静かな（無為の、思考のない）自然を表現して、この長大な牧歌の楽章を終える。」この交響曲にニールセンは標題をつけることを避けた、彼はこの交響曲の根本的な考えを、『決してありのままの出来事の、生の記述ではない』と述べている。また、別の解釈としては、この交響曲に効果的に使われている軍隊調の小太鼓の用法は少年時代のニールセンが家の貧しさのために軍楽隊に入って音楽への渇望を癒していたころの小太鼓の音に対する、成人後の遠い懐旧の念であるとも解釈されている。