カプコンとSNKのキャラクターが競演した、チームバトル型の対戦型格闘ゲーム『カプコン バーサス エス・エヌ・ケイ ミレニアムファイト 2000』の続編。キャラクターの強さを決めるレシオシステムの仕様変更、『ストリートファイター』シリーズと『ザ・キング・オブ・ファイターズ』シリーズを中心に、オリジナルコンボ、ブロッキング、怒りゲージ、ジャストディフェンスなどの多彩なシステムを輸入。また前作に登場した33人のキャラクターに加えて『私立ジャスティス学園』『月華の剣士』などのより様々なゲームからの新キャラクターが登場し、総勢50人近くのキャラクターが登場するなど、前作から大幅にボリュームアップした。稼動初期にはカプコン公式の大会も開催されており、また対戦型格闘ゲームの全国大会「闘劇」の種目としても2回選ばれている。また、e-sportsの種目にも選出されている。稼動から間もなく家庭用ゲーム機にも移植され、初期に発売されたドリームキャスト版、PlayStation 2版では、異なるハード間でも対戦可能なナローバンド回線によるインターネット対戦を搭載しており、両ハード共に20万本ほどのヒットを達成している。アーケード版の稼動より数年経ってからもニンテンドーゲームキューブとXboxに移植された。本作はカプコンの対戦型格闘ゲームの集大成として製作されており、事実上の最終作であることが示唆されている。本作をもって『ストリートファイターII』以降毎年製作されていたカプコン製の業務用対戦型格闘ゲームは一旦の終結を迎え、次作は2004年の『カプコンファイティングジャム』、VS.シリーズに至っては2008年の『タツノコ VS. CAPCOM CROSS GENERATION OF HEROES』まで途絶えることになった。
S.H.I.E.L.D.はニコラス・ジョセフ・フューリーによって第二次世界大戦後に創設されたが、フューリーはアイデアを捨て、合衆国政府はこんな機関の成立を推進しないだろうと感じて隔離された機関に草案を残したままにした。しかしこの頃の不特定の時点で国際連合をベースにした国際グループがフューリーの与り知らぬ所でアイデアを掘り起こした。彼は事務局長（機関のNo.2）に起用されるまでS.H.I.E.L.D.の存在を知らなかった。通常はニック・フューリー事務局長によって（ただし彼は彼も正体を知らない12名からなる評議会に指示を仰いでいる。）率いられているこの団体はしばしば外見上軍事的な組織として運営され、当初はアメリカ合衆国の傘下の団体として描かれていた。その後、S.H.I.E.L.D.は国連の管理下にあるという描写がなされ、国連総会の決議によって巨大な技術的リソースを自由に使え、加盟国に任務遂行のために入国する法律制定が存在することになった。しかし、S.H.I.E.L.D.は国連ではなくアメリカ合衆国の管理下にあるというおそらく組織の架空の歴史を把握していない筆者による食い違った描写もある。例えば、アストニッシング・X-メン3号ではニック・フューリーはS.H.I.E.L.D.が虐殺事件に対して活動しないことについてアメリカ合衆国の国土で発生した事件ではないからと説明している。ゴジラがアメリカ合衆国をぶらつき大西洋に消えるまで、S.H.I.E.L.D.は下位組織としてゴジラを捕獲するためのゴジラスカッドを結成した。このユニットはダムダム・デュガンによって率いられ、レッドローニンと呼ばれる巨大ロボやベヒーモスとして知られているヘリキャリアの小型版を使用した。S.H.I.E.L.D.独自の技術革新の一つ、LMD（Life Model Decoy）は、差し迫った殺害の危機において人々の代替となる極めて生物に近いアンドロイドであり、二つの大きな激変の発端となっている。一つ目はスーパーヴィラン・スコーピオが技術を盗み、ゾディアックと呼ばれるヴィランのチームの二代目を作り出したことである。もう一つはデルタイツといういくつかのLMDが知性を獲得し、主要メンバー達に成り代わって潜入し、フューリーが対峙するはめになったことである。この事件により、オリジナルの組織は解散に追い込まれ、同じ略称の別のタスクフォースに置き換えられた。ミニシリーズ・シークレットウォーでのラトベリアでの悲惨な非公認の任務によって、フューリーは事実上長官の座を退き、彼の逮捕に国際的な懸賞金がかけられることになった。彼の最初の後継者は彼の親しい仲間からではなく、S.H.I.E.L.D.のヒエラルキーにとって正体不明の新参者マリア・ヒルだった。ヒルと合衆国大統領の間の会話を筆記したものによると彼女が長官の座についたのはフューリーに忠実な者たちを職から遠ざけ、スーパーヒーローコミュニティへの関わりを最小限にしようとする国連のコンセンサスがあったためである。大統領は合衆国民であるヒルにS.H.I.E.L.D.は国連に公認された組織だが、まずアメリカ合衆国に忠実であることを求めた。合衆国超人登録法可決とそれに伴うスーパーヒーロー達のシビル・ウォーでは、S.H.I.E.L.D.が諜報員として施行を請負い、登録したスーパーヒーローの味方をした為にS.H.I.E.L.D.とスーパーヒーローコミュニティの間にさらなる政治的・倫理的軋轢を生み出た。紛争の終結に向け、ヒルは自分が失敗するような意図を伴って長官にさせられていたと結論し、自分は長官代理となりトニー・スタークに後任を頼んだ。スタークは任命を受け入れ、超人シビル・ウォーの締めくくりとして長官となり、イニシアチヴのシリーズを引き受け、アイアンマンアーマーのデザインをモチーフにした金と赤のヘリキャリアの建造や被雇用者の投書箱の構築などに取り組んだ。S.H.I.E.L.D.をスタークインダストリーの子会社として扱うことに関して非難されながらも、組織の合理化とモラルの向上に成功した。S.H.I.E.L.D.は国際的な超人テロの波と戦い、2つの国際的な事件によってスターク長官はもう少しで逮捕される所だったが、その影にマンダリンがいることが明らかにし、病原体エクストリミスを使った大量殺戮を止めた。自在に姿を変える宇宙民族スクラル人シークレットインベージョンが始まったとき、スクラルのウイルスによりヘリキャリアは無力化され、バミューダトライアングルに取り残された。この時点でスクラルは既にかなり多くのS.H.I.E.L.D.のエージェントと入れ替わっており、高い地位にいたダムダムデュガンも例外ではなかった。侵略が撃退されるとブッシュ大統領はS.H.I.E.L.D.の解体を決定し、50州のイニシアチブとアベンジャーズをノーマン・オズボーンの管理下におかれたサンダーボルツイニシアチブに置き換えた。オズボーンはS.H.I.E.L.D.をかつてのS.H.I.E.L.D.やHYDRAと同じくサンダーボルツの忠実な構成員で構成されたH.A.M.M.E.R.と呼ばれる新たな組織に改編する機会を得た。サンダーボルツはその過程で公式に解散された。彼はサンダーボルツを自分だけのための闇の軍事作戦部隊に改編した。その一方、H.A.M.M.E.R.は最新にして唯一政府がスポンサーになったアヴェンジャーズ『ダークアヴェンジャーズ』を運営している。侵略の後、ニック・フューリーはS.H.I.E.L.D.自体が表面上は最初期からテロリスト集団HYDRAのコントロール下にあること突き止めた。