官設鉄道江差線の終着駅として、1930年（昭和5年）10月25日に開業した。1935年（昭和10年）12月10日に江差線が湯ノ岱駅まで延伸されると同線の途中駅となり、1937年（昭和12年）10月12日の松前線開業に伴い、江差線と松前線の分岐駅となった。1980年（昭和55年）10月1日までは江差線の急行「えさし」と松前線の急行「松前」の停車駅であり、一部の列車は当駅で併結作業を行っていた。1987年（昭和62年）4月1日の国鉄分割民営化によりJR北海道に承継される。1988年（昭和63年）2月1日には松前線が廃止となったが、同年3月13日に海峡線が開業すると、当駅は東北新幹線連絡特急「はつかり」の停車駅となった。「はつかり」は2002年（平成14年）12月1日から「白鳥」「スーパー白鳥」と改称し、2008年（平成20年）3月15日からは全ての「白鳥」「スーパー白鳥」が当駅に停車するようになった。2014年（平成26年）5月12日には、江差線の当駅 - 江差駅間が廃止されたため、当駅が再び江差線の終点となった。海峡線が北海道と本州以南との広域輸送に特化した路線であることから、当駅は函館近郊および道内のローカル鉄道輸送という点でも道内最南端の終着駅となった。2016年（平成28年）3月26日には北海道新幹線の駅が設置され、新中小国信号場 - 当駅間の82.1km区間は三線軌条（標準軌1,435mm・狭軌1,067mm）による新幹線・在来線の共用区間となる。新幹線開業後、江差線の五稜郭駅 - 当駅間はJR北海道から経営分離され、第三セクター鉄道の道南いさりび鉄道へ移管された。
その後の徳島県では三木系と後藤田系が国政や徳島県政を巡って分裂、県議会の会派も別々となった。当初は、三木系の徳島県政への影響力は三木政権誕生と共に絶頂期を迎えていたが、その間に後藤田は地元の行脚で地盤を固め、1976年に行われた第34回衆議院議員総選挙で現役首相である三木の選挙区で後藤田が第2位で初当選する。自民党はこの選挙で議席を減らし、三木は責任を取って退陣する。以後、徳島においても三木系の影響力の低下が見られるようになった。1977年の徳島知事選では、現職の武市が4戦出馬を表明し、自民党に公認を申請したが、反三木派は1974年の参院選で武市が無所属の久次米を支援したことなどを理由に武市の公認に反対した。両派は党本部への公認申請を決定する県連の総務会開催をめぐって対立し、反三木派は開催延期を求めた。反三木派の県連会長の小笠も総務会開催には消極的であったが，三木派は総務会の開催を強行し、武市の公認を決め、党本部に公認するよう求めた。しかし、反三木派はこの決定に反発、対立はさらに激しさを増した。公認申請を受けた党本部も対応に苦慮しており、8月30日になって武市の公認を見送り、代わって党籍証明を出すことを妥協案として提案した。その後、最終的に福田魁夫総裁名で政治団体確認申請書が徳島県選挙管理委員会に出されたことで決着、武市の公認は見送られたものの、武市は自民党を名乗ることが可能となり、自民党から事実上支援を受けることになった。一方、武市陣営の動きに対し、反三木派の保守陣営は、社会党、公明党など革新陣営と共同で県議会に武市知事4選出馬断念勧告決議案を提出、可決され、保革連合である県政刷新議員連盟を結成する。これらの背景として、社会党選出の衆議院議員である井上普方が後藤田の甥という親戚関係でもあり、また公明党選出の衆議院議員である広沢直樹も武市不支持派であり、保革連合が促進されやすい状況であった。県政刷新議員連盟は、最終的には県議であった三木申三を擁立し、社会党は三木申三を推薦、公明党、民社党は自主投票だったものの三木申三への支持が多く、武市の対立候補となる。最終的には、武市がわずか1539票差、得票率0.4%差という僅差で三木申三を破り、4選を果たしたものの、直系の武市知事がここまで苦しい戦いを強いられたことは、三木の徳島県政への影響力の衰退を象徴していた。そして、1979年の総選挙では、三木は後藤田を得票数では上回ったものの3位当選に終わり、戦後ずっと守ってきていた衆議院選でのトップの座を明け渡す。トップ当選したのは反三木派の筆頭で、前回の総選挙で落選した秋田大助であり、2位当選も事実上の反三木派である社会党の井上普方であった。翌1980年には、三木の城代家老と呼ばれた久次米が第12回参議院議員通常選挙への不出馬・政界引退を表明（その後、久次米は死去）、後継である内藤健が自民党公認で当選する。内藤は、当初は無派閥であったが、同年12月に田中派である木曜クラブに入会する。そして、1981年の徳島知事選では三木派の県議の中にも、前回の知事選に辛勝した段階で5選出馬はないと考えていた者がいたくらいで、武市に対する多選批判は厳しかった。一方、リベンジを期す三木申三は、前回に続いて無所属で出馬。社会党、公明党、民社党から推薦を得た。結局知事選では三木申三が約3万2000票差で前回の雪辱を果たし、武市を破って初当選し武市の5選を阻止、三木武夫は直系の知事を失った。直系の知事を失った三木の徳島県政への影響力は衰退の一途を辿った一方、後藤田の影響力がより強まり、1983年には、県議会選で後藤田系が三木系を抜き最大会派となった。同年の総選挙でもロッキード事件判決の影響もある中で、後藤田が初めて三木を得票数で上回りトップ当選を果たす。1985年に、田中が病気で倒れてからも後藤田系の勢いは止まらなかった。そして、三木系が強かった徳島市でも三木系の山本潤造が徳島知事選立候補、市長選4選不出馬を表明、武市の知事時代の出納長を後継者としたが、後藤田系の三木俊治に敗れた。山本は不出馬後、徳島知事選に挑んだが三木申三が再選する。そんな中、三木は病気で倒れ、1986年の総選挙では病床から立候補するなど、衰えは明らかであった。こうした中で、1987年に三木派の県議七条明、田中派の県議山口俊一らがベテラン議員を説得し11年ぶりに自民会派が統一された。そして、翌年三木が現職議員のまま死去し、その後1993年に田中も被告人のまま死去、後藤田も1996年に政界を引退し、三角代理戦争は完全に終焉した。