1960年にはT-43を複座化した練習戦闘機としてU-43（У-43）が開発され、1961年から1962年まで工場試験および国家試験が行われた。試験成績は良好であったことから1961年からは第30工場で量産化に入り、Su-9U（Су-9У）として部隊配備された。Su-9Uは50機が生産されたとされる。Su-9Uには戦闘機型と同様の機器が搭載されており、戦闘訓練に使用された。NATOはSu-9Uに対して「メイデン」（Maiden:「処女」）というコードネームを付与した。
Su-9は、1957年から1962年の間にヴァレーリイ・パーヴロヴィチ・チュカーロフ記念ノヴォシビールスク第153工場で各種派生型を含め888機、1959年から1961年の間にモスクワ第30工場「ズナーミャ・トルダー」（「労働の旗」の意味；現在のP・デメーンチエフ記念MAPO）で量産型129機が生産された。Su-9は合わせて1000機以上が生産・配備され、防空軍の新しい主力迎撃戦闘機となった。なお、量産の開始時期が機体の完成時期よりもかなり早くなっているのは、当時のソ連のシステムによるものである。当時、ソ連では試験段階で将来の有望性が確かめられれば開発試験の完了を待たず生産体制が準備されるというのが通例で、その後の変更点は機体が生産されてから改修という形で適用されていくというのが通常のスタイルであった。他の例を挙げれば、姉妹機であるSu-7も生産開始の指示が出されたのは1956年であったのに対し開発試験が完了したのは1958年末のことであった。また、MiG-15に到っては開発が完了したのは早くても機体名称も変わったMiG-17Fになってからのことで、つまり朝鮮戦争時にはいまだ開発段階にあった機体が最前線へ投入されていたということになるのである。これが、欧米諸国に一歩たりとも遅れをとるまいとして新型装備の増備を急いだソ連のスタイルであった。
特別快速は、競合する京王線特急への対抗を目的に、国鉄時代の中野駅 - 荻窪駅間複々線化翌年の1967年（昭和42年）7月3日に運行を開始した快速の上位種別である。現在は早朝から深夜にかけて運行されており、立川から高尾方面にかけて運行されるものが中央特快、青梅線に直通するものが青梅特快と称される。中央特快の種別カラーは水色で、青梅特快の種別カラーは緑。平日の朝ラッシュの上りと夕方ラッシュの下りは運転せず、代わりに通勤特快（上り）や通勤快速（下り）が運転されている。快速よりも通過運転を行う区間が長く、中野駅 - 立川駅間でも通過運転を行い、E233系電車では下りの立川駅から先は各駅停車として案内される。かつて、平日深夜には新宿始発の中央特快が設定されており、この電車は中野駅を通過していた。2017年3月4日に改正されて週明け月曜日の6日から適用されたダイヤで、すべての中央特快が東京駅発着となり、下りは臨時ホリデー快速列車と特急列車を除く全列車が中野駅停車に統一された。中央線は国鉄で最初に「特別快速」が設定された路線であり、当時は、東京駅・神田駅・御茶ノ水駅・四ツ谷駅・新宿駅・中野駅・三鷹駅と立川駅 - 高尾駅間の各駅に停車していた。当初は1時間に3本設定され、1970年（昭和45年）10月より1時間の本数が4本に増発されたが、特快通過駅利用客から不満が発せられ1985年（昭和60年）3月14日に1時間に3本に戻された。民営化された1987年（昭和62年）4月1日時点では、特別快速は日中のみ設定されていた。1988年（昭和63年）12月1日に国分寺駅ホームが2面4線に拡張され、青梅線直通の特別快速として「青梅特快」が新設された。従来の特別快速は「中央特快」に呼称が変更され国分寺駅も停車するようになった。1993年（平成5年）4月10日のダイヤ改正からは青梅特快も国分寺駅に停車するようになり、中央特快・青梅特快の中央線内での停車駅は統一された。以降、平日・土休日ともに日中は1時間に4本前後（およそ15分間隔）運行され、おおむね中央特快3本と青梅特快1本の割合で運行されていた。2013年（平成25年）3月16日改正からは、日中1時間に平日5本・土休日6本（中央特快4本、青梅特快平日1本土休日2本）に増発された。三鷹駅、国分寺駅、上りは立川駅または豊田駅で快速に接続する（早朝・深夜の一部列車は各駅停車と接続。同時間帯の一部駅で接続はない）。多くは東京駅 - 新宿駅 - 高尾駅間の運転だが、一部列車は大月駅発着で、土休日は上下各2本が富士急行線河口湖駅発着で運転される。青梅特快は東京駅 - 青梅駅間で運転されるが、土休日は上り1本が五日市線武蔵五日市駅始発と八高線高麗川駅始発で運転し、拝島駅で連結する列車が設定されている。一部の中央特快（早朝深夜を除く大月発着または河口湖行き）は高尾駅・相模湖駅・四方津駅のいずれかで特急の通過待ちを行う。上りで遅延の場合、八王子駅・豊田駅・立川駅・中野駅で特急の待避を行う場合がある。その場合、立川駅以東で接続予定の快速は国立駅または東小金井駅で特快と特急を待避する。