1946年（昭和21年）1月29日、連合国軍総司令部 (GHQ) はSCAPIN - 677を発令して日本本土と北緯30度以南の南西諸島の行政分離を行うと発表し、1948年（昭和23年）10月にはそれまで沖縄の長期保有について反対意見を持っていた米国務省も沖縄の保有を認めたため、「米国の対日政策に関する勧告に対する国家安全保障会議の諸勧告 (NSC/2, 3)」により米軍の沖縄恒久保持、基地の開発の方針がトルーマン大統領により承認された。1951年（昭和26年）9月8日に調印され、翌1952年（昭和27年）4月28日に発効された日本国との平和条約（サンフランシスコ平和条約）の第3条には、アメリカ合衆国から国際連合への提案があった場合、北緯29度線以南の南西諸島をアメリカ合衆国の信託統治下に置くことに日本国が同意することが規定されたが、その後国連への提案はなされなかったため、日本は奄美諸島および琉球列島に対する主権（潜在的主権）を保持し続けることができた。当初、1950年（昭和25年）11月4日に奄美群島、沖縄諸島、宮古諸島、八重山諸島を四分割しそれぞれ群島政府を設置した。しかし同年9月に住民により選出された知事と議員らが日本復帰を公言した。その結果に不快感を示した軍政府は、翌年の1951年（昭和26年）4月1日に琉球臨時中央政府を設立し、群島政府の権限は大幅に削減され、そして1952年（昭和27年）4月1日に群島政府が廃止され琉球政府が創設された。また軍政府は1950年（昭和25年）12月15日に琉球列島米国民政府（USCAR：ユースカー、以下民政府と略す）と改称した。琉球政府は、立法院と裁判所と共に三権の一つとなったが、琉球政府により制定された法令の執行の停止、琉球政府の長である行政主席は民政府により任命されるなど常に民政府は絶対的な権力を持っていた。なお、トカラ列島は1952年（昭和27年）2月10日、奄美群島は1953年（昭和28年）12月25日に日本に返還された。奄美群島返還時、朝鮮戦争終結交渉から帰途日本に立ち寄ったダレス国務長官は「少しはやいクリスマスプレゼント」と称し奄美群島返還を発表した。この発表を受けダレスが羽田空港から出発しようとしたとき、群集から感謝の声が上がり、また、奄美群島の再統合に関する法案が12月24日に衆参両院を通過し、その際参議院が「感謝」の、衆議院が「祝辞」の決議を為し、時の総理吉田茂が「クリスマスプレゼントありがとう」との私信をダレスに送った。しかし、奄美群島から沖縄本島へ労働に来ていた人々は「日本人」と言うこととなり、パスポートの所持が必要となった上、公職からの追放が行われるなど、いくつかの副作用がもたらされた。
営団地下鉄ではトップナンバーに位置する3001号車を東西線の5000系トップナンバー車5001号車と共に保存する計画をしており、廃車時期を最後まで先延ばししていた。 しかし、長野電鉄へ譲渡した車両のうち1両が踏切事故により大破したため、急遽代替車が必要となった。当時、SUミンデン式FS510形台車を使用した先頭車は全くなく、アルストム式FS336台車をはく3001・3002号車だけが残されていた。このため、最終的にはこれら2両も譲渡することが決定され、揺れ枕取り付け改造を実施の上、流用したFS510台車を取り付けて同社に譲渡された。前述した理由から、東西線5001号車は1991年（平成3年）3月の除籍後も行徳検車区（現・深川検車区行徳分室）で解体せずに保管をしていたが、3001号車の譲渡決定後の1994年（平成6年）2月に解体処分された。前述したとおり3001号車（ただし、鉄道ファン誌2008年7月号では3001・3002号車と記載）は計画変更で長野電鉄へ譲渡されたが、「長野電鉄で運用を終了する際には、営団地下鉄側に一報を入れる」という約束が付けられていた 。その後、2006年（平成18年）になり、長野電鉄では8500系（元東急8500系）への置き換えによって一部編成が冷房改造を施工せずに廃車する方針とされ、同社から3000系が引退するとの報告を受け、東京地下鉄側が「技術伝承」のために動態保存していくこととなった。このため、3001・3002号車は2007年（平成19年）1月19日 - 21日に保存のため、屋代線の屋代駅から千代田線綾瀬検車区まで甲種車両輸送された。同検車区の敷地内にある綾瀬工場に収容された2両は、製造時に近い姿に復元することになった。復元にあたっては検車区の若手整備士9人を集め、ベテランプロジェクトメンバーの下、復元作業を行っていくこととなった。復元作業は2007年3月から2007年11月にかけて3期に分けて実施された。内容は長野電鉄ワンマン運転機器や社紋・赤帯の撤去、台車や連結器の点検、車体各部の補修など多岐にわたった。そして営団時代の前面方向幕・側窓上の団章「Sマーク」も再現された。同年12月15日の「綾瀬車両基地見学会&車両撮影会」では、東京地下鉄になってから初めて一般公開が行われ、自力で検車区内を移動する様子も披露された。車内には3000系の歴史を記載したポスターが掲出されていた。2009年（平成21年）12月5日に同じく綾瀬車両基地で行われた「スマイルフェスタ」でも公開された。尚、車内は前回の時とは違って、普段使用されている中吊り広告（同年11月27日にオープンしたエソラ池袋など、自社の広告のみ）が掲出されていた。その後も綾瀬イベントで毎年姿を見せていたが、2015年9月に本来の古巣とも言える千住検車区に移動。以後は一度も公開されていない。