2000年9月から2001年6月にかけて朝日新聞夕刊で連載された高橋源一郎の小説『官能小説家』には、本作に言及する場面がある。劇中の朝日新聞で連載されている設定の劇中小説上に登場する朝日新聞で、『官能小説家』という題の劇中小説の連載を手がけている設定の登場人物タカハシゲンイチロウは、見ず知らずの相手からかかってきた電話で「平野啓一郎の『日蝕』」の感想を求められるが、タカハシはこれを作家生命に関わる人生の罠であると考え動揺する。タカハシは読者に対して、この作品を褒めたりけなしたりすることの危うさや愚かさを競馬に例えてひとしきり力説した後、電話の相手に対し、間違い電話を装ってその場を切り抜けようと試みる。
2000年3月、作家の佐藤亜紀は自身のウェブサイトにおいて、『日蝕』が1993年の自著『鏡の影』の「ぱくり」であることを示唆する文章を発表し 、月刊誌の『噂の眞相』2000年6月号および8月号がゴシップ記事としてこれを取り上げた。佐藤が主張するところによれば、1998年に芥川賞候補作となった『日蝕』と、中世ヨーロッパを舞台にした「異端とされる知識を探求する僧侶が、答えを得た瞬間にその意味を見失うという鮮烈なプロット」をもった『鏡の影』が読み比べられないように、同年に新潮社が後者を絶版にしたというのである。また佐藤はブレヒト『ガリレイの生涯』などの作品をいくつか挙げ、「異端な探求もの」というジャンルがすでにほぼ確立されたものであり、数年前に国内の同じ出版社からだされている自身の作品を平野が『日蝕』を書く上で読んでいないはずがない、という主張もしている。一方で平野は自身のブログにて「（「鏡の影は）1行も読んだことがない」として疑惑を否定しており、佐藤の主張が妄想に根ざしており客観的な根拠が欠如していることを指摘し、『鏡の影』が絶版になったのも単に売れなくなったからであろうと主張している。作家の山之口洋はこの疑惑をやや否定的にみる形で若干の「検証」をし、細部においていくつか造形が似ていることを指摘しているが、両者の目指す方向性自体がかなり違うと述べている。平野は、佐藤の主張が『噂の眞相』1誌を除いて概ねマスコミから無視されていたことから、強い不快感を覚えつつも法的手段を用いて佐藤に反論することはしなかったと述懐している。この疑惑を機に佐藤亜紀は自身の作品全ての版権を新潮社から引き上げたが、新潮社による公式な声明などは出されていない。
日本の公文書においては、古くから符・牒などが用いられていた。しかし、後に複雑な手続を避けるようになり、下文や奉書などを作成して伝達する方式が用いられた。また、申次（奏者）と呼ばれる連絡役を置いて、上位者と下位者の介在させることも行われた。近世では、豊臣秀吉が朱印状をもって諸大名への意思伝達の表明手段として、その具体的な内容を直接に記さず、石田三成で代表される奉行人の名前を記して（具体的には「猶石田治部少輔可申候也」と記して「朱印状の添付」がされ、指名された奉行人による奉書（この場合では、石田三成が該当する）により、具体的な内容が伝えられる方式が採られた（五奉行）。また全国平定の以前では、従属している大名を「取次」として未だに臣従していない大名との連絡役に当たらせ（例えば、徳川家康を取次として北条氏と交渉を行い、毛利輝元を取次として九州諸大名との交渉を行った）、全国平定後から、それを奉行人にと一元化した。奉行人は、単なる命令伝達者として存在するのではなく、「（一）大名が中央の意向を理解しつつ、その方針に忠実な行動を取るように監視・指導することや、（ニ）反対に政治的・軍事的困難に陥った大名を手助けして、中央に対する取り成しを行うこと」も重大な任務であった。豊臣政権に代わった徳川家康の徳川幕府では、これまでの方針を徹底させ、将軍による朱印状・黒印状・御内書では、形式的な文言の記述に留められ、具体的な内容の全てを老中（年寄）作成の奉書で介するようになった。また老中は、豊臣政権における奉行人の職掌継承者であり、「大名の御用（将軍からの命令）・訴訟（将軍への申請）」などの全てを老中に通す形式で行われた。この方針は、後世になるほど徹底され、知行宛行や私的な贈物、謝礼などの例外を除いて、全てを老中の奉書をもって『上意』とした。もっとも老中の権限拡大により、老中自体の地位が高まって政治的な主体となる頃には、将軍と老中そのものに対する仲介者が必要となったが、側用人・御側御用取次を新たに設置して連絡者にあたらせた。しかし、国政の重要事項に関しては、依然として老中が直接取次の職務を担っており、その可否についてを側用人・御側御用取次が、「自身による取次が適切か否か」という判断のもとに決められていた傾向にある（老中には、その己に対して取次の役割における是非を判断する権限がなかった）。加えて側用人・御側御用取次には、「元から将軍の意向を代理する者」との役割があったため、老中が彼らに厚礼を表する意味で遠慮することも多かった。一方、大名や御目見得以上の旗本には、「将軍へ直接に拝謁して言葉を賜ることが許されており、将軍から直接に言葉を受けることもあったが、それが必要最低限の内容だった」ことは、徳川家治による発言の控えとして作成された『御意之振』（徳川記念財団所蔵）から判明している。もっとも、それらは公式の場においてのことであり、私的な場において将軍が発言することとは別とされている。