一方輸送隊は0050、揚陸作業を完了した。日進輸送隊はラッセル諸島西側を通過して戦闘海域を離脱。この時、日進輸送隊から駆逐艦4隻（朝雲、夏雲、白雪、叢雲）が分派される。第11駆逐隊第1小隊（白雪、叢雲）は古鷹救援を、第9駆逐隊（朝雲、夏雲）は衣笠と合流して米艦隊の撃滅を、それぞれ下令された。これをボイシから発進した水上偵察機が発見、連絡を受けたガダルカナル島ヘンダーソン基地から攻撃隊が発進する。古鷹は既に沈没しており、生存者救出後、引き揚げが遅れた2隻（白雪、叢雲）はニュージョージア島沖で米軍機約20機の波状攻撃を受けて叢雲が大破炎上、航行不能となった。第9駆逐隊（朝雲、夏雲）は叢雲の航行不能を知り救援のためかけつけたが、ドーントレス11機の空襲により夏雲は至近弾複数発を受ける。浸水が進み、佐藤康夫司令は夏雲乗組員を朝雲に収容した。夏雲は14時27分に沈没、塚本艦長以下19名が戦死した。また第11駆逐隊司令杉野修一大佐は叢雲生存者を乗艦（白雪）に収容した。残存2隻（朝雲、白雪）は叢雲を放棄して一旦避退したが、救援のためガ島へ進撃中の増援部隊（川内、由良、時雨、白露、天霧）等と合流したのち、夜陰に乗じて叢雲の元に戻る。叢雲の曳航を試みたものの手の施し様がなく、叢雲は白雪によって雷撃処分された。
戦闘開始前、吹雪は青葉の前方を進んでいたが2146にアメリカ艦隊が砲撃を開始した直後、青葉の右反転に従って同じく右反転を行っていた。だがこの時、吹雪はアメリカ艦隊に最も近い距離に接近していたため、サンフランシスコから1,400ヤード（約1,300m）の至近距離による砲撃を受け、その後アメリカ艦隊の集中砲火を浴びた。アメリカ軍側の記録では2153に爆発炎上して轟沈したという記録がある。一方で日本軍側の記録では、2153に青葉の左140度500mの距離を同航中に敵艦からの砲撃を受け火災発生、2213に大火災となって大爆発を起こし沈没したという記録が残っている。これについて軍事史研究家の大塚好古が、2151からアメリカ艦隊が射撃を再開した以降の記録と比べるとサンフランシスコ、ボイシ、ヘレナの射撃記録に該当する記録があることから、吹雪の沈没時の状況は日本側の記録が実際の状況に近いのではと考察している。
一方、ガダルカナル島へ向かっていた日本艦隊は道中大規模なスコールに遭遇し、之字運動（ジグザグ運動）を中止した。この時まだ戦闘配置命令は出ておらず、「煙草盆引け」が出たにすぎなかった。2133、日本艦隊はスコールを抜けてサボ島西10海里の地点に達する。そしてガダルカナル島飛行場を砲撃するため戦闘配置についた2143、青葉の見張員がガダルカナル島手前に「左十五度、艦影3、針路南西、距離100（1万m）」と報告した。これに対し哨戒長（この時点で青葉水雷長）は輸送隊（日進、千歳）と判断、第六戦隊司令部も同判断だった。この時、基地航空隊（第十一航空艦隊）の索敵機や先行した輸送隊からは敵に関する報告はなく、発見した艦影の中に輸送隊日進などに類似した艦影があったため味方である可能性が生じていた。また輸送隊の針路が目的地とは違う南西に向かっているという問題もあったが、何らかの都合で針路が変わった可能性も考えられた。これらの理由もあって、五藤少将は同士討ちを懸念したとされる。哨戒長を青葉航海長に交代後、五藤少将は味方識別信号（オルジス信号）を送るよう命じる。すぐさま「ワレアオバ」の発光信号（指向性発光信号）が送られたが、目標から応答はなかった。数分後、青葉見張り員が更に約7,000mの距離で「前方の艦影は敵艦」と報告する。しかし上記の疑念を持っていた五藤少将は艦隊を直進させつつ、2145頃に「左10度、味方識別10秒」を下令、敵味方確認の為に発光信号で確認を取らせた。一方で目標が敵である場合に備え、砲撃戦となった際に同航戦を行うため右回頭を命じた。直後、艦橋最右端の18センチ双眼鏡を覗いていた掌航海長は最初に「味方」と報告、続いて「敵」と報告を修正した。この報告を聞き、青葉艦長久宗米次郎大佐は総員配置命令を出した。
上述のような背景を抱えつつ、監視組織の具体化の過程で問題となったのは、人選と業務の実施要領であった。人選の候補としては、警官、官吏、宣教師、民航パイロット、植民地巡視官、椰子プランテーション経営者などが挙げられた。実施要領の作成で問題となったのは連絡手段であるが、これは離島への通信であるので、100kmから200kmの通信距離が要求され、電波伝搬特性を勘案し、電離層反射が使える中波の無線機（形式名称：Type 3B）が選定された。通信方式は電話ではなく電信を主とした。なお、実際の通達距離は電話で最大400マイル、電信で最大600マイルとの結論が出されている。第二次世界大戦当時でも沿岸監視で使用する用途の中波無線機となるとバッテリーなどがかさばって非常に重く、運搬には12～13人ほどの要員が必要であった為、一つの班はこの人数が基準となった。この無線機を調達する為国策会社（Amalgamated Wireless Australia）が設立され、ポートモレスビー、ラバウルを基本的な拠点とし、そこから支所を雨後の竹の子のように開設していった。なお、通信内容は平文ではなく簡単な乱数表による暗号化がなされている。暗号化の余裕が無い時には「以前、警察署長をしていたことのある背の高いクリスチャン」と言ったような、地域住民のみが知るローカルなヒントを用いて秘匿する試みもなされた。オーストラリアの沿岸監視機関はエリック・フェルドオーストラリア海軍少佐に指揮され、豪北タウンズビルに拠点を置いた。同市には陸海軍の統合方面司令部(Combined Operational Intelligence Center)があり、情報部門も陸海軍統合運用であったという。フェルドは1939年9月21日に着任し、組織化と各班への無線機の基配備は1940年8月までになされた。政府は当初予算の計上を渋ったが、欧州の戦火拡大を見て姿勢を変化させた。フェルドは職務熱心だったので、要員の候補者の大半と面接したと言う。なお、フェルドは選任に当たってラジオ、無線機の所有者を優先した。8月の時点では、島伝いに拠点が連続的に配置され、豪雨時以外は昼間はほぼカバーすることが可能となった。また、海軍の情報将校がポートモレスビー、ラバウル、ツラギ、ニュージョージア島のヴィラの4箇所に配置され、中間の組織として各拠点とモレスビー、タウンズビルへの情報吸い上げの中で取捨選別の役割を果たさせた。なお、各拠点には3～6か月分の食料を集積し、兵站対策とした。