2017年のケニアの国政選挙は独立してから12回目、民主化してから6回目にあたる。このときの大統領選挙では8人が大統領に立候補したが、現職大統領のウフル・ケニヤッタと元首相で野党側のライラ・オディンガが有力候補となっていた。投票は8月8日に行われたが、2013年の選挙から導入された新しいシステムでの集計作業中に混乱が発生した。投票翌日の8月9日、野党側は選挙結果の速報値がクラッキングにより操作されていると批判し、複数の地域で抗議行動が行われて死傷者が出る事態に発展した。だが、野党側から繰り返し抗議があったにもかかわらず、8月11日にケニヤッタ候補が過半数の票を獲得して再選したと発表された。ジュビリー党が勝利したのは大統領選だけではなく、上院選、下院選、カウンティ知事選でも単独与党となっていたものの、野党側は不正があったとして選挙結果を認めず、野党の勢力が強い地域では抗議行動が続くことになった。8月16日、オディンガ候補は大統領選挙の運営に多数の不備、不正があると厳しく批判し、司法を通じた不服申し立てを行うと発表、8月18日に実行した。9月1日、ケニアの最高裁判所は大統領選挙そのものを無効とし、ケニヤッタ候補の再選も無効とする判決を下した。この判決はアフリカ史上初めて司法判断により大統領選そのものを無効とした判例となり、世界的に報道されることになった。再選挙は10月26日に行われたが、野党候補のオディンガがボイコットしてケニヤッタ候補が再選した。野党側は再び選挙結果に異議を唱えたが、最高裁は11月20日に野党の申し立てを棄却しケニヤッタ大統領の再選が確定した。
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2012年4月14日に第1編成（13001F）が運用開始し、同年7月13日には4両編成5本がそろい、2600系4両編成は宇治線の定期運用から離脱した。2013年6月1日から宇治線でワンマン運転が開始されたことにより、13000系は10000系と共通運用となったため、交野線に入線する機会も増えている。支線運用時は種別及び行先は自動更新される。2014年3月末より2次車の13006Fが運用を開始し、更に同年5月30日より本線用の13021F（7両編成）が運用を開始した。7両編成は全編成が中間車3両を外した4両編成で運用可能であり、またそれを考慮して本線用でありながらワンマン運転機能を有していることから、2015年7月23日には13021Fが宇治線で、翌24日には交野線で0番台と同様の4両編成として運用された。なお、2600系2623F（4両編成）が2015年7月をもって廃車となり、4両編成は基本的に10000系と13000系の2形式に統一された。4両編成の予備車が少ないため、検査などで車両が不足する場合は13000系の本線用7両編成から一時的に中間車を外した4両編成で運用される。7両編成のため原則特急運用に充当されることはないが、2017年頃から行楽シーズンの臨時列車で7両編成の臨時特急が運転されることがあり、この臨時特急には本系列が積極的に充当されている。また8000系が2016年から2017年にかけてプレミアムカー改造のため7両編成で運用されていた時期には、8000系の運用の状況によって7両編成が定期運用の特急に代走で運用されることがあった。2017年7月18日には、車両検査の都合上、13025Fが4両編成化されると同時に、13024Fが13025Fから外された中間車の13775号車を組み込み、本系列としては初めて8両貫通編成となって、翌日から運用についた。8月13日に一旦7両編成に戻されたが、同月21日に再び13775号車を組み込み本系列2度目の貫通8両編成となった。9月中旬には7両編成に戻された。2018年1月29日には、4両編成になっていた13022Fの中間車の13772号車を組み込んで、13023Fが本系列では3度目の貫通8両編成になった。ただし、9月には組み込まれる中間車が13772号車から再び4両編成となった13025Fの中間車である13775号車に変更された(同時に4両編成だった13022Fは7両編成に戻された)。同年4月9日には4両編成となった13025Fの中間車の13775号車を組み込んで13024Fが再び貫通8両編成になった。本系列では4度目。なお、この組成は翌日で終了した。同年11月4日には約9ヶ月に渡り貫通8両編成だった13023Fが7両編成に戻され、13022Fにそれまで13023Fの中間車だった13775号車を入れ替わる形で組み込み、本系列では5度目の貫通8両編成となった。現在も運用中である。8両編成となった13000系は6000系などと共通運用するため、日中時間帯以外の特急や深夜急行など7両編成では見られない種別での運用も見られる。尚、試運転時に13002Fと13003Fとの4両編成を2本繋いだ8両編成を組成したことがある。