かつては新左翼テロリスト党派によるテロ・ゲリラ事件などが多発し、空港建設や正常な空港運用に支障をきたしていたが、隅谷団長を始めとする中立委員の努力や政府の謝罪などもあって反対派住民の移転と反対運動からの離脱も進んだ（ただし、近年においてもテロを継続している組織もあり、2008年には革労協が成田空港敷地内へ迫撃弾を撃ち込む事件を起こしている）。二期工事のうち、平行滑走路（B滑走路）については1996年には暫定滑走路を建設する案が計画され、2002年に暫定滑走路として供用開始した。この新滑走路は、反対派農家の未買収地を残したまま建設され、農家の軒先数十メートルの誘導路をジェット機が通過するという状況が続いている。また、未買収地を滑走路側に迂回して建設されたため、誘導路は「く」または「へ」の字形に屈曲しており、航空機が離着陸する時には、他の航空機の移動が制限される。2002年12月1日には、誘導路上北緯35度47分06.65秒東経140度23分26.11秒で航空機同士の接触事故が発生した。2011年、屈曲部の改良工事がされた。現在も、主に暫定滑走路延長線直下の騒音地帯にある東峰部落住民を中心とする反対派農家は、「現在の暫定滑走路建設や北伸延長を進める手法も当初からの政府のやり方と何も変わっていない」と批判し、「成田空港廃港」を頑なに主張し続けている。だが、成田周辺に数多くの空港関係者・航空関係者も暮らすようになり、「空港と地域の共生」「空港の活性化による地域経済の浮揚」と言う意見が地域の大勢として掲げられている中で、反対派はもはや完全に孤立化している状況であり、反対運動全盛期からの関係である熱心な支援者や組織によって、どうにか支えられているのが実情である。しかし、かつて積極的に支援してきた第四インター日本支部（現・JRCL）などの新左翼は沖縄の反基地運動、反原発運動に力を注いでおり、成田空港問題の取扱いや関心は総じて低い。また、反対運動初期から支援してきた国鉄千葉動力車労働組合なども近年組合員や構成員の減少に歯止めがかかっていない。反対運動全盛期から半世紀を迎え、反対派農家や支援組織の多くも運動員の高齢化などに直面している。空港予定敷地の未買収地および反対同盟内で空港建設計画以前からの地元住民は年々減少しているものの、2002年の平行滑走路（B滑走路）供用開始後も、一部の一坪共有地や団結小屋を除き、天神峰地区および東峰地区（東峰神社を含む）のB滑走路南端およびB滑走路誘導路の予定敷地が未買収のままであり、反対同盟（北原派、旧熱田派）が反対運動を行っている。支援として現地入りして農家に嫁いだ女性が20人以上いる。内心は移転に応じてもよいと考えていても、人生をかけて来た妻の手前なかなかやめられず、闘争を止めようとしても新左翼に離婚を迫られたことが、反対派農家の闘争を長引かせる要因の一つとなった。元支援女性のうちの4、5人は離婚したものの、残りは移転受け入れ等を経ながらも現在も現地で暮らしている。
グレート・バリア・リーフは、危急種や絶滅危惧種などに相当する固有種等、多くの生命にとって安住の地でもある。クジラやイルカなど30種がグレート・バリア・リーフで確認され、その中にはネズミイルカ科、ミンククジラ、ウスイロイルカ属、ザトウクジラ等も含まれる。ジュゴンの個体数も多い。ウミガメの仲間は6種類。アオウミガメ、オサガメ、タイマイ、アカウミガメ、ヒラタウミガメ、ヒメウミガメが見つかっている。アオウミガメは集団遺伝学見地から2種類に分けられ、暗礁の北部と南部にそれぞれ生育している。海草は15種あり、魚類の生息域となり、ジュゴンや亀を引き寄せる。最もよく見られる海草の属はハロフィラとウミジグサ属である。暗礁近郊の海岸線にあるマングローブや塩沼では、イリエワニが生息する。巣についての報告は無く、海洋公園では海生ワニは広範囲に生息するが、各個体は孤立気味である。サメ、アカエイ科、ガンギエイ、ギンザメ目は125種が暗礁で確認されている。軟体動物は5000種近くが確認されており、オオシャコガイや多様なウミウシ、イモガイ科などがいる。イシヨウジは49種、タツノオトシゴは9種が確認された。島部では少なくとも7種のカエルが生息する。鳥は215種、この中には22種の海鳥と32種の海岸線に棲む鳥を含み、暗礁を巣やねぐらの場にしている。その中にはシロハラウミワシやベニアジサシも見られる。ほとんどの営巣は北部または南部の島で行われ、140から170万羽が繁殖する。また、グレート・バリア・リーフの島々は知られているだけで2195種にものぼる植物の生育地となっており、固有種も3種が見つかっている。北部の島々に繁る300から350種の植物は樹木が多く、南部の200種は草本中心という傾向がある。ウィットサンデー地区は最も植生が豊かな場所で、1141種が根付く。植物の伝播には鳥が貢献している。ウミヘビ科は17種が水深50m未満の暖かい海水の領域に住み、北部よりも南部でよく見られる。世界遺産登録区域のウミヘビには固有種は見つかっておらず、絶滅の危惧も無い。魚は1500種以上が暗礁で生活し、クマノミやバラフエダイ、レッドスロートエンペラー、数種のフエダイ科やコーラルトラウトなどが知られる。49種が固まりで産卵するが、他の84種は放卵を行う。ホヤのなかまは少なくとも330種が水深1-10cmの暗礁に生存しており、外肛動物は300から500種がいる。サンゴは約71属400種。イシサンゴの仲間もウミトサカの仲間も見られる。ほとんどが配偶子で生殖する種類であり、春や夏の水温上昇や月齢、および日周期の影響を受けて配偶子を一斉に放つ行動を取る。グレート・バリア・リーフでは10月に、満月の後の週にこれらが見られ、礁の外では11月や12月に行われることもある。通常のウミトサカは36種が生息する。海草や海藻は500種が暗礁で生育し、その中には石灰質上に長さ100mにもなる群をつくり、その様子が多雨林にも比されるハリメダ13種もある。