アウクスブルクはローマ・カトリックの司教座都市であり、同時にルター派福音主義教会のアウクスブルク教会管区本部所在地である。住民の多くはカトリック信者であり、8月15日は祝日となっている。さらに8月8日のアウクスブルガー・ホーエ・フリーデンスフェストの日が、ドイツではこの街でだけ、法的な祝日とされている。このため、アウクスブルクではドイツの他の都市や地域よりも祝祭日が1日多い。アウクスブルクは4世紀から5世紀頃にはすでに司教座となっていた。738年頃にアウクスブルク司教区は更新された。1518年からマルティン・ルターの教義を信奉するものが現れ始めた。この教義は普及するばかりで、ついに1534年から1537年に宗教改革は正式に市参事会に受け容れられた。その後、市はシュマルカルデン戦争に参加し、1548年には移行期の宗教行為を制御する帝国会議がアウクスブルクで開催された（アウクスブルク仮信条協定）。7年後（1555年）のアウクスブルクの宗教和議で、両宗派は同等と認められるに至った。こうした事実やルターが滞在したことから、アウクスブルクはドイツ・ルター都市の一つとなっている。比較的強固な組織である再洗礼派は1524年にこの街での活動を始めた。1927年にアウクスブルクでアウクスブルガー殉教者教会会議とよばれる宗派を超えた会議が開催された。カトリックの住民は、かつてはマインツ大司教区の管轄下にあったアウクスブルク司教区に属していた。この都市がバイエルン支配下に移された後もしばらくはこの関係は維持された。1821年になってアウクスブルク司教区とその下部にある司祭区は、新たに創設されたミュンヘンおよびフライジング大司教区の管轄下に移された。プロテスタント信者らは、遅くともヴェストファーレン条約までには、聖アンナ教会、聖ウルリヒ教会、跣足教会、聖ヤーコプ教会を有していた。これらは市参事会の管轄下に置かれていた。アウクスブルクがバイエルンの支配下に置かれた後、これらの教会組織は最初ルター派と改革派の宗教組織を取り込んだバイエルン福音ルター派教会の一部となった。この都市は、1827年にまずバイロイト教会役員会に属す教区監督官本部所在地となり、その後上位組織は1876年からアンスバッハ教会管区、1923年からミュンヘン教会管区と変遷し、1971年からはアウクスブルク教会管区に属している。アウクスブルク教会管区は、市内の教会組織だけでなく、市外、特にアウクスブルク郡やアイヒャッハ＝フリートベルク郡の市町村の教会組織をもその管轄下に置く。1648年のヴェストファーレン条約は、アウクスブルクにとって、1548年に制定された両宗派対等の行政運営システム（最終的には役職の配分に至るまで両宗派対等とした）を確認するものであった。この対等に関する制度は1805年の陪臣化まで存続した。自由教会組織は、再洗礼派運動終結後、アウクスブルクでは19世紀から20世紀に再興した。最初はメノー派が1870年からアウクスブルクでの宗教儀式を執行した。1963年にメソジスト教会は「私的教会団体」の権利を得た。1925年頃にはミュンヘンの組織を母体団体とするバプテスト教会が活動を開始した。さらに1968年からアウクスブルクには自由福音派教会がある。宗派別の人口構成は19世紀の初めまではカトリックが60%、プロテスタントが40%であった。この比率はカトリック信者が多い周辺市町村を合併することでカトリック優位に変化し、1950年頃にはプロテスタント住民の比率は約23%まで低下した。南欧や東欧の正教会もアウクスブルクに組織がある。シリア正教会はアウクスブルクで宗教儀式を何度か行っている。アウクスブルクの約3,000人のシリア正教徒は主にトルコ南東部（トゥル・アブディン地方）やシリア出身者でイエスの言葉（アラム語、アッシリア語、シリア語）を話し、メソポタミアに先祖を持つ。これらのキリスト教徒は、その多くがトルコで差別を受け迫害された避難民たちで、1980年頃からガストアルバイター（外国人労働者）としてヨーロッパにやってきた。6,000人以上の信者を持つギリシア正教会は米軍撤退後に旧高射砲隊兵舎のゴスペル教会を購入し、守護聖人 Agios Panteleimon にちなんだ名を冠した。この他、アウクスブルクにはロシア正教ベルリンおよびドイツ主教区に属すロシア正教会もある。この組織は1930年代から存在し、現在は100人ほどの信者がいる。この他に多くのキリスト教系宗教組織が存在している。たとえば、古カトリック教会、新使徒派教会、エホバの証人などである。
2013年9月18日にインデックスの民事再生スポンサーの選定先が発表され、アトラスのゲームソフト流通に関する契約を締結しているセガが支援スポンサーになると同時に、インデックスはセガとアトラスブランドを始めとする全事業並びに海外子会社の全株式を、セガが同年9月5日に設立した100%子会社であるセガドリームに、同年11月1日に141億円で譲渡する契約を締結した。セガドリームはインデックスの有利子負債などの負債は継承しない。アトラスブランド並びにAtlus Holding Inc.とIndex Digital Media,Inc. の全株式は予定通り2013年（平成25年）11月1日付で同日にセガドリームから商号変更されたインデックス（以下新インデックス）へ譲渡された。譲渡と同時に、同時に旧インデックスから譲受した新インデックスの公式サイトからは同年10月31日以前のアトラスに関するプレスリリースは削除されたが、アトラス公式サイト（アトラスネット）における同年10月31日以前のアトラスに関する情報は残されている。制作スタッフなどの社員全員も2013年10月31日付で旧インデックスを退職し、新インデックスへ再雇用された。アトラスの制作体制並びに独立性はこれまで通り維持されている。セガはアトラスとのIP（知的財産）の相互乗り入れを実施している他、RPGに強みを持つアトラスを傘下にしたことで、これまで弱いとされたRPGも強化していく。セガの海外におけるコンシューマ事業に関しても、全世界で売上総数を想定しているアトラスの手法を取り入れた。セガサミーグループはこれまで行ってきたアトラスブランドのゲームソフト流通やセガ・ロジスティクスサービスが手掛けているアーケードマシンのメンテナンスの他にも、旧インデックスが保有していた権利を譲受したことで、アトラスブランドは完全にセガサミーグループが手掛けることになった。2013年12月1日付で、アトラスブランドの業務用アミューズメントマシンの開発・販売は後述の通りセガ本体（セガのアーケードマシン事業は2015年4月1日付でセガ・インタラクティブが承継）へ吸収されたが、コンシューマゲームやソーシャルゲームなどのアトラスブランドの開発・販売はこれまで通り継続される。2014年4月1日付で、新インデックスは会社分割を行い、「株式会社インデックス」を分割会社とした上で、「株式会社インデックス」は「株式会社アトラス」（旧：株式会社インデックス コンシューマソフトウェア局）に再度商号変更し、コンテンツ&ソリュージョン事業は承継会社となる「株式会社インデックス」（2代目、後のiXIT株式会社）として分割した。これにより、アトラスの商号が3年半ぶりに復活することになった。コピーライト表示もインデックスから、アトラスとセガホールディングス（2015年3月まではセガ）の連名に変更された。また、同時にインデックスの米国子会社である Index Digital Media,Inc. も Atlus U.S.A., Inc. に再度商号変更された。アトラスのセガサミーグループ入りに伴い、2014年以降の東京ゲームショウにおけるアトラス製品の出展は、親会社であるセガゲームスのブースで出展している。アジア地区における販売も、2016年8月から現地の代理店経由から、セガゲームス直販（販売はセガゲームスの現地子会社が担当）へ切り替えられた。