メタ・ファルスの世界は滅亡に瀕していた。僅かに残された土地は崩落の危機にあり、新たな土地を生み出すための詩魔法メタファリカは「神」と呼ばれる存在によって使用を禁止されている。人々はこの世界を離れる術を持たず、その上でI.P.D.感染症と呼ばれる奇病にも苦しめられている。I.P.D.感染症患者として連れ去られた生き別れの妹を探すルカと、メタファリカを謳うことができるとされる特別な御子クローシェは、神聖政府軍によるクーデターの際、共通の知人である大鐘堂の騎士クロアを介して知り合ったことをきっかけに、世界を救う手段の違いから対立する大鐘堂と神聖政府軍の戦いに身を投じていく。両勢力の計画がそれぞれ非人道的な犠牲を必要としていることが明らかになる中、あくまでメタファリカの実現に希望を見出すルカとクローシェは、時には敵対しつつも協力し、メタファリカが禁じられている真の理由と、「神」と呼ばれている存在の正体、そして二人の間に秘められた因縁へと迫っていく。
レーヴァテイルや詩魔法が存在することは変わらないが、前作で登場した「ソル・シエール」とは異なる新たな世界「メタ・ファルス」が舞台である。しかしながら、「メタ・ファルス」も「ソル・シエール」と同じ星に存在するため、一部前作のキャラクターも登場する。
前作『アルトネリコ 世界の終わりで詩い続ける少女』の続編として開発されたアルトネリコシリーズの第2作目。前作と世界観などを共有している。本作では「本当に人と理解し合うとはどういう事なんだろう」という問いをテーマとして掲げており、前作にもあった主人公とヒロインというパートナー同士の絆のみならず、仲間同士の絆や家族の絆をゲームシステム、ストーリーの両面から描くことが意図されている。本作では登場人物同士、特にルカとクローシェという二人のヒロインが互いの感情を激しくぶつけ合う場面が多く描かれ、そのことがファンの間でも大きな話題になったが、これは綺麗事や上辺の気持ちだけでは説得力のある深い絆は語れないという意図に基づいた作劇であり、行き過ぎではあったかも知れないが必要な表現であったとされる。前作で人気を博した、架空の言語「ヒュムノス語」を用いた劇中歌は、前作の路線を踏襲して「神々しい」曲が志向されており。また「魅力的で艶っぽい」とも評されるキャラクターたちや、前作でも描かれた「微妙にアブノーマルな世界」や設定などもより深く掘り下げることが試みられている。キャラクターデザインは前作と同じく凪良を、主題歌もまた前作に引き続き志方あきこを起用。予約特典は『アルトネリコ2 Official Visual Book』で、アルトネリコ2のイラストや設定が掲載されている。なお、本作においては、前作での初稿シナリオ全没の反動もあってか、製作期間に恵まれていたこともあって、インフェルスフィアの細部を除き、それ以外は全て本作ディレクターである土屋暁が手がけている。それ故に説明不足の部分もあるが、全体として統一感のある仕上がりとなっており、後にアルトネリコ3発売後にニコニコ動画で2010年4月3日20：00～21：10に生放送された『アルトネリコ ファン感謝祭～PHASE3～in ニコニコ生放送』内で行われたアンケートでは第2位に大差をつけて1位という結果となるなど、シリーズのファンには高く評価されている。
義行の子満頼は、九州の南朝方を平定した今川了俊の後任として九州探題に任命されている。満頼は無難にその職を勤めたが、その子義俊の時に少弐満貞と戦って敗退して以降、渋川氏は衰退する。このころ北部九州においては、振るわない渋川氏に代わって九州の幕府領代官を務める大内氏が少弐氏を駆逐して勢力を広げていた。義俊は筑後に引退したとされるが、子の義鏡は探題職を譲られず、畿内に戻った。九州を離れた義鏡の系統は、帰京すると吉良氏・石橋氏とともに将軍家身内の高家（御一家）として重く遇せられた。義鏡は8代将軍足利義政の信任を受け、享徳の乱を鎮めるため関東に派遣され、新たに鎌倉公方に任じられた足利政知（義政の弟）を奉じて鎌倉を目指したが、政情不安のため政知の鎌倉入りには失敗し、伊豆に留まらざるをえなかった（堀越公方）。義鏡は自身の子である義廉を三管領筆頭の斯波氏の養子に送りこみ（斯波義廉）、その軍事力を動員することが可能となった。こうして幕府から正式に認められた鎌倉公方（堀越公方）の執事にして三管領筆頭家当主の実父となった義鏡は相当の権勢を誇ったが、後にこれに反発する扇谷上杉家との抗争に敗れ失脚する。また、義鏡の長期の転戦は渋川氏の京都での影響力を減退させ、永正年間を最後に京都から渋川氏は姿を消すことになる。義鏡の失脚後は子（養子とも）の渋川義尭が継ぎ、武蔵国蕨郷（現在の埼玉県蕨市周辺か）の蕨城を拠点として、関東の諸勢力と対抗した。後に蕨渋川氏は、扇谷上杉家を下した後北条氏の傘下におさまることになる。義尭の子渋川義基は後北条氏麾下の蕨城主として活躍したが、国府台合戦で里見氏に討たれて滅亡、蕨渋川氏の一族郎党は四散し、その多くが帰農したとされる。ところが、その里見氏の文書に正木憲時が反乱を起こした際に安房国岡本城にいた「渋川相模守」が憲時の誘いで離反したとする記述があり、反対に後北条氏の文書には本来であれば同族の吉良氏と同様の待遇・格式が見込まれる筈の渋川氏に関する記述がないことから、後北条氏に蕨城を奪われた後、同氏に従わずに里見氏を頼ったとする説も出されている。また、義行の子である渋川義長（満持）の系統も義鏡よりも先だって関東に下った形跡がみられ、後世の関東には複数の系統の渋川氏が存在したと考えられている。また、義俊の弟渋川氏重は九州探題職在任中の兄を援け、子孫は肥前国に残り加々良氏と名を変えて戦国大名龍造寺氏や木村氏らに仕えた。