幡ヶ谷の起源は定かではないが、村の氏神である氷川神社と、そこから伸びる国分寺道・中幡ヶ谷道周辺に集落が形成されたのが村の始まりであると考えられる。「幡ヶ谷」の名前が古文書に初めて現れたのは戦国時代、後北条氏が関東一円を掌握した時期の小田原分限帳であるという。その後、後北条氏が滅びて関東八カ国が徳川家康の領国となり、つづいて江戸幕府が開かれるに当たり幡ヶ谷はその大部分が幕府の直轄地となって、そのまま明治を迎えた。旧版地図等によると、甲州街道沿いを中心に古くから集落が形成されていた。江戸時代末期には幡ヶ谷は豊島郡に属し、豊島郡幡ヶ谷村と称していたが、1878年（明治11年）に豊島郡の一部をもって南豊島郡が設立されるに及んで南豊島郡幡ヶ谷村となった。その頃から幡ヶ谷村は南隣の代々木村と連合して役場や学校を設けるなど関係を深めていたが、1888年（明治21年）に市制・町村制が公布、施行されるに及んで、翌1889年（明治22年）に正式に合併して代々幡村となり、1915年（大正4年）に町制を施行して代々幡町となった。1914年頃の幡ヶ谷地域内の京王線開通ならびに1923年（大正12年）の関東大震災を契機に宅地化が進んだ。町制施行以前に南豊島郡はすでに東多摩郡と合併して豊多摩郡となっていたので、幡ヶ谷地域は東京府豊多摩郡代々幡町大字幡ヶ谷と呼ばれ、地域内に幡ヶ谷本村・下町（現在の本町が該当）、中幡ヶ谷・原町（現在の幡ヶ谷が該当）、笹塚の5つの小字を有した。昭和初年まで幡ヶ谷地域では農業が広く行われており、通行人が狸に化かされた怪談話が伝わるほど人気の少ない淋しい地域だった。
広義の幡ヶ谷地域は渋谷区の北部に位置し、現在の町名では北東から西南へ向けて順に、本町・幡ヶ谷・笹塚が該当する。地域の北部は中野区南台および弥生町に、東部は新宿区西新宿に、南部は渋谷区初台、西原、およびその西の世田谷区北沢に接し、西部は杉並区方南に接する。幡ヶ谷地域は旧幡ヶ谷村の村社である氷川神社（本町5丁目に所在）を共通の氏神とし、秋の大祭には全域から山車が集まる。地形は武蔵野台地上の平坦な部分が大半を占めるが、地域北部の本町4丁目から幡ヶ谷3丁目、笹塚3丁目にかけては、現在暗渠化されている神田川の支流（和泉川）に沿って浅い谷になっており、明治期までは湿地帯をなして中幡ヶ谷田圃と呼ばれる水田が作られていた。また地域の南縁にほぼ沿って玉川上水が流れていたが、現在は笹塚駅の近辺の一部を除いて暗渠化され、緑道（公園）として整備されている。地域内は住宅街としての利用が中心であるが、甲州街道沿いや山手通り沿い、中野通り沿いには企業のビルなどが目立つ。地域内には不動通り商店街、六号通り商店街や十号通り商店街などの商店街も形成されており商業地としての利用も活発である。東部の本町は新宿副都心に接し、その地にはオペラシティに隣接して新国立劇場がある。
1082年（永保2年）に源義家が後三年の役から帰る途中、小笠原窪（現在の本町付近）にて白旗を洗い、檜に掲げて祝宴を行ったことに由来するとされる。
平西王として雲南に割拠した呉三桂、平南王の尚可喜、靖南王の耿仲明は三藩と称され、強大な軍閥として清の従属国というよりはほぼ独立国として君臨していた（ここでいう三藩とは明朝再興のため擁立された南明の福王、唐王、桂王などの前三藩とは別に後三藩と称される）。三藩は領内の官吏任命権をもち、軍事、行政面で北京の朝廷と完全に一線を画していた。特に呉三桂は清から毎年莫大な軍事費を支給され、チベットとの貿易や鉱山開発、銅銭の私鋳などにより巨利を得ていた。こうした三藩の隆盛を苦々しく思っていた康熙帝は三藩を抑えた中国全土の直接支配を目論んでいた。康熙12年（1673年）、尚可喜が故郷の遼東への帰郷と子の尚之信への藩王継承を申し出たが、それに対する康熙帝の答えは尚可喜の帰郷は許すが藩の廃止を要求するものだった。藩王の世襲を当然と考えていた呉三桂及び耿精忠（耿仲明の孫）は驚き、すぐに清に藩の廃止策の撤廃を請求した。康熙帝の答えは変わらず、ここへ来て呉三桂は清への従属をやめて独立の意思を表明、周を建国して、後に天下都招討兵馬大元帥を自称して清の領内への侵攻を開始した。当初は呉三桂の周軍の快進撃が続き、尚之信や耿精忠や陝西提督王輔臣、広西将軍孫延齢が清に背き、台湾の鄭経も反乱に呼応した。しかし三藩や他の有力者が造反したといってもその足並みは揃わず、呉三桂の掲げる「女真族を追い出し漢民族の国を建てる」という大義も、自身が女のために清軍を引き入れたという風説、明の末裔である桂王を殺したという悪評を考慮すると極めて色褪せたものに過ぎず、決して民衆の支持を得られなかった。一時は長江以南を制圧した周軍も、漢人が主力となった清軍の反撃に遭い、康熙15年（1676年）に尚之信が、康熙16年（1677年）に耿精忠が清に降伏し呉三桂は孤立していった。