2007年8月に、同年7月にリリースした腕相撲ゲーム『腕魂』でプレイしていた3人が骨折する事故が発生し、旧社は『腕魂』150台を自主回収した他、クレーンゲーム機である「トリプルキャッチャー」シリーズの電源スイッチから出火する事故も発生した。「トリプルキャッチャー」シリーズのサポートはインデックス（旧社）の民事再生手続申請後の2013年6月29日に終了したが、電源スイッチの交換に関してのみセガ・ロジスティクスサービスにて引き続き行っている。2009年4月22日には、旧社が当時運営していたムー大陸戸塚店（横浜市）に4人組の強盗が押し入り、売上金約300万円、メダル預りシステムに登録されていた顧客情報が入ったUSBメモリとフロッピーディスクが奪われ、個人情報約1500件が流出するという事件が発生した。アトラスは顧客に謝罪し、後に犯人は逮捕されている。ムー大陸戸塚店はNEWSへ運営移管後、2013年9月に閉店した。
旧社は、同年10月に兄弟会社であったインデックスと共にインデックス・ホールディングスに吸収合併されると同時に解散し消滅した。アトラスはインデックスのブランドとして存続する事になった。2012年2月にセガ（後のセガゲームス）とゲームソフトの流通に関する契約を締結した。インデックスは、旧社を吸収合併直後に、取引銀行であった日本振興銀行の経営破綻により経営が悪化。旧社時代からの子会社であったロッソインデックス株式の一部売却などを行ったが、旧社を吸収合併後した後の2011年8月期並びに2012年8月期の決算において、2期連続の最終赤字となり、かつ純資産においても債務超過に陥った（2011年8月期並びに2012年8月期の有価証券報告書には資産超過と記載した虚偽の有価証券報告書を提出しており、後の破産手続開始の際に債務超過が発覚した）。2013年6月27日に民事再生手続を申請し、同年7月5日に民事再生手続開始決定を受け、同年9月18日に民事再生スポンサーとなったセガに同年11月1日付でアトラスブランドを譲渡することを発表した（後述）。なお、2011年8月期並びに2012年8月期の正確な決算は未発表である。インデックス（旧社）は、セガにアトラスブランドを譲渡して5か月後の2014年4月30日に民事再生手続廃止決定を受け、同年5月に会長と社長が金融商品取引法違反（有価証券報告書の虚偽記載）で逮捕され、同年7月31日に破産手続開始決定を受けた。その後インデックス（旧社）は2016年8月3日に破産手続結了決定を受け、法人格が消滅した。
シェアウェアが始まったのは1980年代前半である。世界初のシェアウェア作者は、アンドリュー・フリューゲルマンやジム・クノップとされる。フリューゲルマンは「フリーウェア」という言葉を造語した人物として知られている。しかし、実際にはフリーウェアではなく、現在でいう所のシェアウェアとしてソフトウェアを配布した。1981年、フリューゲルマンは通信ソフト「PC-Talk」を開発。ソフトウェアを気に入り継続使用する場合は 25 $ 寄付するよう求めた。ほぼ同時期にクノップもデータベースソフトウェア「Easy-File」を開発。開発費の分担の為、メーリングリストへの参加と引き換えに 10 $ の寄付を願った。1982年、フリューゲルマンとクノップは連絡を取り合い、意気投合した。寄付の値段を 25 $ とすること。ドキュメントに互いのプログラムを紹介すること。「Easy-File」を「PC-File」に改称することを取り決め、この形態を普及させようとした。フリューゲルマンは「フリーウェア」 (Freeware) と言う商標登録も行った。そのためか、当時はシェアウェアとフリーウェアとを区別することは無く、一括してフリーウェアと呼ばれる事が多かった。シェアウェアという言葉を初めて使ったのは、ジェイ・ルーカス (Jay Lucas) である。1983年、InfoWorld誌のライターだったルーカスは、担当するコラムでシェアウェアを「無料かわずかの金額で提供されるソフトウェア」と説明した。同年、ボブ・ウォレス (Bob Wallace) は InfoWorld 誌を参考に、世界で初めてシェアウェアと銘打ってソフトウェアを配布した。ワードプロセッサ「PC-Write」は寄付金の一部を紹介料としてユーザーに還元する独特のライセンス形態をとっており、売り上げを共有するという意味が込められていた。シェアウェアという概念が明確化し、フリーウェアと区別されるようになったのは、1984年の「Softalk-PC」誌の読者投票からである。1984年、ネルソン・フォード (Nelson Ford) は Softalk-PC 誌で「利用者が気に入った場合のみに料金を支払うソフトウェア」を紹介しようとしていた。しかし、名称に困った。フリーウェアの商標はフリューゲルマンが保有していた。また、フリーウェアは適切な名称とはいえなかった。「無料」を連想し、無料のサポートや著作権の放棄と誤解された。フォードは Softalk-PC 誌上でコンテストを開催し、名称を広く募った。優勝したのは「シェアウェア」だった。「使用者が開発費を負担するソフトウェア」という意味が込められていた。フォードは PsL (Public Software Library) 社を設立。シェアウェアをフロッピーディスクに入れて通信販売を行う、シェアウェア・ディスクベンダとして成功を収めた。またシェアウェア・プロフェッショナル協会 (Association of Shareware Professionals) の設立に関わった。品質についてのルール整備などを行い、シェアウェア産業の保護に努めた。それと共にシェアウェアという名称も一般に広まった。1990年代前半になると、Microsoft Office のようなメーカー製の低価格ビジネスソフトが発売され、ワードプロセッサのようなシェアウェアの人気は落ち込んだ。一方、WinZip のようなユーティリティソフトや Apogee Software 社の DOOM のようなゲームソフトは人気を博した。DOOM は一部シナリオを無料試用させるシェアウェア方式を採用した。