成長したクローンは遺伝子のホストであるジャンゴ・フェットとまったく同一の容貌・体型を持ち、幼少期から成人するまでの間に様々な軍事訓練を施されている。しかし、遺伝子に調整が加えられており、生産性向上のため通常の人間の2倍の速度で成長、また、脳にはコントロールチップが埋め込まれ反乱を起こさぬよう独立心や自我を極端に抑制されて作られている。それゆえ、どのような命令にも疑うことなく従う。また知力にも優れ、通常のドロイドとは比べ物にならないほど優れた状況判断力を持っている。クローン・トルーパーは皆、全くの無個性であると考えられがちだが、自我を抑えられて作られていても人間であることに変わりないため、後述されている通り従順性に捉われない柔軟な思考を旨とし、それぞれ任務に応じて特別な訓練を受けた兵員も少数ながら生産された。この一部の指揮官クラスの兵士たちは、より自我の操作が緩やかに設定されているため、個別の訓練や戦闘経験などを通して生じたであろう能力や思考における明らかな個体差が見て取れる。また、それぞれ愛称で呼ばれ、個体の識別を目的とはしながらも、独自に髪型を変えている者も存在する。また一般のクローン・トルーパーでも、独自の名前を持つ者や装甲服をカスタマイズする者が現れたり、ときにはジョークを飛ばし、仲間で互いに庇い合うことさえある。更に戦争が長期化した結果、各地の戦場を渡り歩き様々な経験を積んだクローンが出現することとなり、中には戦功を上げて昇進した者（CT-65/91-6210、通称デヴィス）や失態を演じて降格された者（CT-55/11-9009、通称ジャイガラー）、戦闘ストレス反応やPTSD、重度の外傷等が原因で非戦闘部門に配属替えになった個体も存在する。さらに『スター・ウォーズ/クローン・ウォーズ』では敵に内通して情報を流したり、兵士としての責務に疑問を感じ軍を脱走した個体が存在する。共和国とジェダイ騎士団のためにと製造されたはずのクローン軍であったが、それを依頼したサイフォ＝ディアスをドゥークー伯爵（ダース・ティラナス）が殺害して依頼を横取りしてしまった時点で、すべてはシスの暗黒卿の壮大な計画の手中にあった。パルパティーン最高議長の秘密裏の要望でクローン兵には緊急時に最高議長の“声”を最優先の指令として実行するようにプログラムされた「バイオ・チップ」が製造段階で頭部に埋め込まれていた。これは、パルパティーンの正体がシスの暗黒卿ダース・シディアスであることを知らないカミーノの人々が共和国最高議長のためならばと依頼を了承したためである。このバイオ・チップを内蔵されているクローン・トルーパーたちは、大戦の終結時にダース・シディアスの発令した、ジェダイの大粛正「オーダー66」に忠実に従い、銀河に散らばり大戦で疲弊していたジェダイたちの壊滅に貢献した。その後シディアスはこの粛正の理由を、ジェダイが大戦に乗じて銀河を支配しようと謀反を起こしたためと偽り、共和国制を廃止し新たに自身を皇帝とする銀河帝国を樹立、帝国の支配体制下で、クローン・トルーパーは帝国軍のストームトルーパーとして再編された。その後、『スター・ウォーズ エピソード4/新たなる希望』の5年前には皇帝の命令によりすべてのクローン・トルーパーは退役している。
正式に軍団番号が与えられたのは1862年7月22日であるが、第9軍団の組織自体は1862年2月のアンブローズ・バーンサイドによるノースカロライナ遠征に遡る。6月にノースカロライナ遠征が北軍の勝利で終了すると、バージニア州ニューポートニューズにおいて、ノースカロライナ遠征に参加したバーンサイドの2個師団とアイザック・スティーブンス准将の師団を中核とし、3個師団に編成の第9軍団が組織された。師団長は、スティーブンス、ジェシー・リー・リノ少将及びジョン・パーク（John G. Parke）少将であった。第9軍団はポトマック軍に所属していたが、ニューポートニューズに短期間滞在した後、ジョン・ポープ少将のバージニア軍を補強するよう命令を受け、8月28日-30日の第二次ブルランの戦いに参戦した。これが第9軍団にとって初めての戦闘であったが、スティーブンスとリノの2個師団のみが参加し、その戦力は12個連隊、2個砲兵中隊で兵力は5,000人以下であった。バーンサイドが不在であったため、リノが代理の軍団長を務めた。第二次ブルランの戦いでの損害は、戦死204人、戦傷1,000人、行方不明319人の合計1,523人であった。いくつかの連隊は南軍の激しい砲火にさらされ、第28マサチューセッツ連隊は234人の損害を出している。その後第9軍団はポトマック軍のメリーランド方面作戦に加わった。バーンサイドはポトマック軍右翼の司令官として第1軍団と第9軍団を指揮したため、リノが引き続き第9軍団の司令官を務めた。スティーブンスは9月1日のシャンティリーの戦いで戦死しており、スティーブンスに代わって第1師団長にはオーランド・ウィルコックス（Orlando B. Willcox）が就任し、第2師団長はサミュエル・スタージス（Samuel D. Sturgis）、第3師団長はアイザック・ロッドマン（Isaac P. Rodman）が任じられた。メリーランド方面作戦中は、ジェイコブ・ドルソン・コックスのクナーウ師団が一時的に所属した。また、いくつかの連隊も追加され、4個師団の戦力は29個連隊、5個砲兵中隊、総人員13,819人（非戦闘員含む）であった。1862年9月14日のサウス山の戦いは、ほぼバーンサイドのポトマック軍右翼のみが戦った。サウス山の戦いは北軍の勝利に終わったが、第9軍団は戦死157人、戦傷691人、行方不明41人の合計889人の損害を出した。第1軍団の損害もほぼ同程度であった。リノはこの戦いで戦死し。コックスがその後を引き継いだ。9月17日にはアンティータムの戦いが発生、北軍が勝利し南軍のメリーランド侵攻は終わった。この戦いでは両軍共に大損害を受けたが、第9軍団は約8500名の実働人員に対し、戦死438人、戦傷1,796人、行方不明115人の合計2,349人の損害を受けた。第3師団長のロッドマンも瀕死の重傷を負った。コックスの師団は、この戦役の後にバージニアに戻った。この師団はサウス山とアンティータムで輝かしい勇気を示していた。コックスは軍団を去り、ウィルコックスが軍団長となった。ウィルコックスの後任の第1師団長にはウィリアム・バーンズ（William Wallace Burns）が就任した。ロッドマンの後任の第3師団長にはジョージ・ゲッティ（George W. Getty）が就任した。1862年11月5日、バーンサイドはポトマック軍の司令官に任命され、アメリカ連合国の首都リッチモンドを目指し南下した。12月11日 - 12月15日のフレデリックスバーグの戦いでは、第9軍団は第2軍団と右翼大師団（Right Grand Division）を構成し、エドウィン・サムナー少将がその指揮をとった。第9軍団の兵力は31個連隊、5個砲兵中隊であったが、フレデリックスバーグでは戦死111人、戦傷1,067人、行方不明152人、合計1,330人の損害を受けた。北軍は敗北し、北へ引き上げた。この戦いの後しばらくして、ジョン・セジウィックが軍団長となり、ウィルコックスは師団長に戻った。