年俸600ターレルの『ライン新聞』編集長職を失ったマルクスだったが、この後ルーゲから『独仏年誌』をフランスかベルギーで創刊する計画を打ち明けられ、年俸850ターレルでその共同編集長にならないかという誘いを受けた。次の職を探さねばならなかったマルクスはこれを承諾した。ルーゲ達が『独仏年誌』創刊の準備をしている間の1843年6月12日、クロイツナハにおいて25歳のマルクスは29歳の婚約者イェニーと結婚した。前ヴェストファーレン家当主ルートヴィヒは自由主義的な人物で二人の婚約に反対しなかったが、今の当主フェルディナント（イェニーの兄）は保守的な貴族主義者だったのでマルクスのことを「ユダヤのヘボ文士」「過激派の無神論者」と疎み、「そんなロクデナシと結婚して家名を汚すな」と結婚に反対した。他の親族も反対する者が多かった。だがイェニーの意思は変わらなかった。これについてマルクスは「私の婚約者は、私のために最も苦しい闘い ―天上の主とベルリンの主を崇拝する信心深い貴族的な親類どもに対する闘い― を戦ってくれた。そのためにほとんど健康も害したほどである」と述べている。
1841年4月に学位を取得した後、トリーアへ帰郷した。大学教授になる夢を実現すべく、同年7月にボンへ移り、ボン大学で教授をしていたバウアーのもとを訪れる。バウアーの紹介で知り合ったボン大学教授連と煩わしがりながらも付き合うようになった。しかしプロイセン政府による言論統制は強まっており、バウアーはすでに解任寸前の首の皮一枚だったため、マルクスとしてはバウアーの伝手は大して期待しておらず、いざという時には岳父ヴェスファーレンの伝手で大学教授になろうと思っていたようである（マルクスの学位論文の印刷用原稿にヴェストファーレンへの献辞がある）。ボンでのマルクスとバウアーは『無神論文庫』という雑誌の発行を計画したが、この計画はうまくいかなかった。二人は夏の間、ボンで無頼漢のような生活を送った。飲んだくれ、教会で大声をだして笑い、ロバでボンの街中を走りまわった。そうした無頼漢生活の極めつけが匿名のパロディー本『ヘーゲル この無神論者にして反キリスト者に対する最後の審判のラッパ（Die Posaune des jüngsten Gerichts über Hegel, den Atheisten und Antichristen）』をザクセン王国ライプツィヒで出版したことだった。その内容は、敬虔なキリスト教徒が批判するというかたちでヘーゲルの無神論と革命性を明らかにするというもので、これは基本的にバウアーが書いた物であるが、マルクスも関係しているといわれる。やがてこの本を書いたのは敬虔なキリスト教信徒ではなく無神論者バウアーと判明し、したがってその意図も明らかとなった。バウアーはすでに『共観福音書の歴史的批判』という反キリスト教著作のためにプロイセン政府からマークされていたが、そこへこのようなパロディー本を出版したことでいよいよ政府から危険視されるようになった。1842年3月にバウアーが大学で講義することは禁止された。これによってマルクスも厳しい立場に追い込まれた。マルクスのもう一つの伝手であった岳父ヴェストファーレンも同じころに死去し、マルクスの進路は大学も官職も絶望的となった。
1897年（明治30年）にベルリンで第1回ハンセン病国際会議が開かれ、「ハンセン病は感染症だから隔離する」と決められたが、その隔離については病状に応じて行う相対的隔離を原則としていた。らい患者がいることへの外国人からの苦情、日清戦争、日露戦争により軍国主義化していた政府は徴兵検査におけるハンセン病の増加に苦慮していたこと、たまたま、経済的危機におちいったハンナ・リデルを救うために1905年（明治38年）に銀行会館で会議を開いたことなどが、政府がハンセン病治療の法律を作る機運を高めた。1907年（明治40年）に「癩予防ニ関スル件（癩予防法）」がはじめて制定された。この法律のもと、全国に5か所の癩療養所を設けた。当時の設置・運営は道府県の連合により行われており、公立療養所であった。第1区（東京府 全生病院）・第2区（青森県 北部保養院）・第3区（大阪府 外島保養院）・第4区（香川県 大島療養所）・第5区（熊本県 九州療養所）の5箇所である。その療養所の所長は、内務省管轄であったこともあり、現在のように医師ではなく、警察官上がりの官僚がほとんどであった。例外的に、九州各県連合立の第5区九州癩療養所（2年後に癩を省く）では、1909年（明治42年）に医師である河村正之が初代所長に就任した。彼は医師の立場から、日本型絶対隔離政策が推進されていくことに危惧し、積極的に隔離政策に反対し、治癒後は積極的に社会復帰させるべきだ、と主張を繰り返していた人物である。暫くして他の療養所所長も医師が就任した。当時の日本の法律は、放浪患者の救済・取り締まりの意味合いが強く、家庭が裕福であると帰したり有料にしたりした。1916年（大正5年）には、療養所から患者の逃走が増加したため、法改正を行い懲戒検束規定が設けられた（懲戒検束権については別項参照）。1931年（昭和6年）には、光田健輔の尽力により2度目の改正が行われ、隔離の対象が浮浪者のみであったのを自宅療養している人にも対象を広げることになった。すなわち、感染の拡大を防ぐため全患者を療養所に強制的に入所させる政策（強制隔離政策）が主目的であった。また、この頃より国立療養所が次々に作られた。最初に作られた国立療養所は、岡山県の長島愛生園である。また、1941年（昭和16年）には、今まであった公立療養所を国立に移管した。こうして、私立療養所を除いて、国が一括して管理する体制が作られ、患者の収容が一層、強化されることになった。1941年（昭和16年）には、京都大学皮膚科特別研究室主任の小笠原登が、ハンセン病の発病を体質と関係した意見を日本らい学会で発表したところ、人に伝染する病気であると、座長から糾弾される事件も起きた。戦前から戦後にかけて、東北大学、東京大学、京都大学、大阪大学、九州大学の皮膚科において、ハンセン病の外来診療を行っていた。特に東京大学では、昭和12年から20年にかけて、ハンセン病も研究していた太田正雄（木下杢太郎）教授がいた。1930年（昭和5年）頃は、外来新来患者50名以上のうち1-2名はハンセン病患者であり、医局員が大風子油を注射していたとある。