ビサイド・キーリカ・ジョゼの寺院から魔物が出たという情報が飛び込んできた。ジョゼ寺院の魔物はマキナ派が抗戦しているとのことなので、それ以外の2カ所から魔物討伐を始めることにした一行だったが、ビサイド寺院ではヴァルファーレ、キーリカ寺院ではイフリートと、ここでも召喚獣が襲いかかってくる。両寺院の魔物を制圧すると、ジョゼ寺院で戦っていたギップルが姿を消すという事件が発生する（ちなみに、この時にベベルの地下に行くと密会する3人を見ることができる上、3人の秘密に関わるスフィアも入手可能）。ジョゼ寺院ではマキナと融合したイクシオンと戦うことになるが、倒した後祈り子の間に空いた穴を調べている内にユウナがイクシオンによって穴の中に落とされる（ここでストーリー展開に重要な意味を持つイベントが発生するが、そのためにはグアドサラムでイベントをこなす必要がある）。
キーリカ寺院でかすめ取ったスフィアには、1000年前に作られた機械兵器ヴェグナガンが映っていた。その危険さを感じ取ったカモメ団は、このスフィアをどちらかの組織に渡すことにする（新エボン党と青年同盟のどちらに渡すかを選択可能で、一部イベントに影響する）。スフィアを渡して戻ると、ザナルカンドで拾ったスフィアの破片が盗まれており、替わりにルブラン一味からのメッセージが入ったスフィアが置かれていた。ジョゼ街道・ビーカネル砂漠のオアシス・ガガゼト山で一味の戦闘服を手に入れた一行は、グアドサラムにある一味のアジトに潜入する。様々な仕掛けを解除し発見したスフィア（ちなみにザナルカンド遺跡で手に入れたスフィアと、ルブラン達が持っていたスフィアの破片が合わさった物である）には、ヴェグナガンがベベルの地下にあるという事実が映っていた。それを破壊するためにベベルの地下に潜入するが、奥でユウナ達が見つけたのは、かつて共に戦った召喚獣の1人バハムートであった……。なぜ消滅したはずの召喚獣が現われたのか? そして何故ユウナ達に襲いかかったのか? 謎を残したままストーリーはLv3に続く。
ビサイド島に戻ってきたユウナ。一夜を過ごした後、ワッカが島の洞窟に向かう。彼は幼い頃に亡くした両親の秘密を求めて、亡き弟チャップが隠したスフィアを探していた。しかし洞窟にあったスフィアはワッカが探していた物ではなかった。今や観光地と化したザナルカンドの遺跡にもスフィアの反応があった。ユウナ達は遺跡の奥からスフィアを手に入れるが、そのスフィアは割れていた。上記の2つのスフィアを手に入れた後、今度はキーリカ寺院にもスフィア反応が出る。新エボン党と青年同盟の争いの元であったスフィアをカモメ団がかすめ取り、次の段階へ進む。
本セクションは実際にはストーリーレベル1の部分であるが、強制進行の冒頭ミッションを便宜上レベル0として扱う。ユウナ達が持っていたリザルトプレートが奪われた。それを取り戻すべくユウナたちはルカにやって来たが、ルカは偽物のユウナのコンサートで賑わっていた。リュックとパインは強引にコンサートに乱入する。逃げるニセユウナを追いかけている内にルブランの部下であるウノーとサノーに包囲されるが、そこに本物のユウナが現われ、ユウナに化けていたルブランも正体を現す。バトルの末、ユウナ達はリザルトプレートを取り戻し、飛空艇に引き上げる。その後、ガガゼト山の頂上にある遺跡でスフィアの反応が出る。ユウナ達は調査のために山に降りるが、そこにルブラン達も来ていた。一戦交えた後煙玉で逃げたルブラン達であったが、アクシデント（ルブラン達が逃走した後カウントダウンが行われるが、その制限時間以内に頂上にたどり着けたかどうかで2種類の展開がある）により頂上にあるスフィアはユウナ達の手に渡る。
『FFVIIインター』（オープニングのみ）と『FFIX』では裏技として存在したもの。今回は、ムービー中にスタートボタンを押した時点で、スキップする方法が表示されるのでわかりやすくなった。スキップできないムービーもある。短時間クリアを目指すユーザーには朗報ではあったが、ムービー分のコンプリート率が入らないというペナルティも付加されている。
各イベントごとに値が設定されており、特定のセリフを聞くことで習得することができる。コンプリート率によってエンディングが異なり、エンディングの時点でコンプリート率が100%以上に達した場合のみ、本当のエンディングを見ることができる。強くてニューゲームで始めても稼いだデータを引き継げる代わりに、重複での取得はできないようになっている。
七代将軍・徳川家継が幼くして急死し、急遽、次代の将軍を決めなければならなくなった。その候補として上がったのは、尾州侯・徳川継友と紀州侯・徳川吉宗の二人。勢力は拮抗していて、とうとう幕閣の評定で次代を決めることになった。さて、その最終日・大評定の朝…尾州侯が駕籠で登城する途中、遠くから鍛冶屋が槌を打つ音が聞こえてきた。【トンテンカン、トンテンカン…】尾州侯の耳には、その音が『テンカトル、テンカトル』と聞こえる。「これは瑞兆である」と大喜びの尾州侯。大評定の席では、少しでも貫禄を出そうとこんな事をいってみる。「余は徳薄く、将軍の任ではない」すぐ飛びついてはあまりに露骨なので、一度辞退してみせ、周りの者に無理やり薦められる形で「嫌々ながら」引き受けるというセコイ算段だ。ところが、ライバルの紀州侯も、質問されると「余は徳薄くして…」とまったく同じことを言う。『どうなっているのか？』と、尾州侯が首を傾げた、そのとき…！「しかしながら…かほどまでに乞われて固持するのは、御三家の身として責任上心苦しい。しからば天下万人のため…」自分が言うつもりだった台詞をそっくりそのまま使われ、あえなくその場で次期将軍は紀州侯に決まってしまった。意気消沈の尾州侯。帰りに同じ所を通りかかると、また鍛冶屋が槌を打つ音が聞こえてきた。【テンカトル、テンカトル…】「なるほど。紀州の奴、あそこで一度引き受けておいて、後になって『私の分ではない』と余に引き受けさせようとする算段だな…」そう思い、ほくそ笑む尾州侯。ところが、親方が焼けた鉄に水をさすと…。【キィ…シューゥ！】