発酵させるに当たり、ブドウの果実には自然酵母（野生酵母）が取り付いており、さらに、果汁中には酵母が利用可能なブドウ糖が含まれているため、果汁が外に出ることで自然にアルコール発酵が始まる。伝統的な製法では酵母には手を加えない自然発酵が主流であったが、現在では、安定した発酵をさせるため、特別に培養した酵母を使用した酒母として添加し、それ以外の菌を作用させない方法がとられる。更に、ブドウ産地が高温で酸に乏しいブドウとなる場合は、酸を多く生じる酵母を用いる。その後、場合によっては糖（果糖、ぶどう糖など）が添加される。この後、赤なら約20〜30℃、白なら15〜18℃に保ち、数日から数十日かけて発酵させた（これを「主発酵」と呼ぶ）後に、圧搾によって液体成分を搾り出す。目的の発酵度合い(糖の残り具合)になった所で、温度を下げ発酵を停止させることもある。発酵の際の温度が20℃を越えると微香成分が失われるため、低温で長期間の発酵を行う場合もある。一緒に仕込んだ果皮や種が、アルコール発酵中に発生する二酸化炭素（炭酸ガス）により浮き上がり、好気的な微生物の作用を受けやすくなるため、ピジャージあるいは撹拌や循環により固形分が常に液体に浸った状態を維持する。酵母による発酵の成果として十分に発酵した場合、糖度計による計測糖度の約1/2の値のエタノールと二酸化炭素が生成される。目的の発酵度合いになったところで、液体と固形分を分離する。この時、圧力をかけずに自然と流れ出た液体が「フリーランワイン」で、高級ワインの原料として使用される。一方、残った固形分を圧縮し搾った液体が「プレスワイン」である。「フリーラン」「プレス」は別々に二次発酵から瓶詰めを行うが、プレスワインはブレンド用のワイン原料として利用されるほか、一部ではフリーランと混合され、各々が特徴を持ったワインに仕上がる。なお、酵母によるアルコール発酵で作り出せる酒のアルコール度数には限界が存在する。これはエタノールが、ある一定濃度以上になってしまうと、酵母がそのエタノールによって死滅してしまうためである。この上限濃度は酵母の菌株によって異なっており、だいたい16%〜20%であると言われる。この上限濃度を超えると、酵母は自身の生産したエタノールにより死滅してしまう。したがって、シャンパンのように瓶内二次発酵を行いたい場合は、この濃度に達していない必要がある。なお、酒精強化ワインの場合は、ここで高濃度のエタノール（蒸留酒）を添加することによって、酵母が死滅するようにエタノールの濃度を上げてしまうため、酵母によって消費されなかったブドウ糖などが多く残るために、一般的に甘口に仕上がる。
醸造するには、まず葡萄を収穫しなければならない。葡萄の収穫は糖度が14〜26度程度になったところで、鋏または機械で行う。収穫時期をいつにするかということもまたワインの味を決める重要な要素で、単純に糖度が高いだけでは酸とのバランスが悪い仕上がりになる。この際に病気の腐敗果や生育が悪いものは、必要以上に酸をもたらすため取り除く。この過程を選果という。伝統的なワインの製造（発酵）方法は、ブドウの芯（果梗）を取り除き（除梗：じょこう）、実の皮を破る（破砕）。産地によっては、ワインにより強い渋みを付けるため果梗を混ぜる場合がある。スペイン、イタリアの農村では収穫期には伝統的に村人総出で、素足で体重を掛けて搾汁する光景が見られる。最近のワイン工場ではステンレス製の除梗破砕機を使用し搾汁する。多くのワイン専用品種では収穫した果実重量の55〜65%程度の果汁が得られ、大粒生食用品種の巨峰等では80〜85%程度の果汁を得る。この次に赤ワインの場合は、果皮や果肉の混ざったままの状態で醗酵させる。白ワインの場合は、圧搾機にかけて果汁を搾り出した（搾汁）後、果汁のみを醗酵させる。ただし、一部の白ワインではスキンコンタクト法と言い「破砕した果実と果汁を1〜24時間接触させた後に搾汁する」方法も取られる。このように、白ワインは醗酵させる前に果皮や果肉は捨てられるのが一般的であるものの、種子についてはグレープシードオイル（葡萄種油、食用油）の原料として利用される。ロゼワインの場合は、概要の節で述べたように様々な製法があって、この工程はそれぞれの製法によって異なっている。なお、ワインの渋みとなるタンニンは果梗や果皮或いは種子に由来し、タンニンはエタノールによって溶出する。したがって、果汁のみを醗酵させる白ワインにはタンニンが少ない。
時代設定は西暦2455年。舞台は日本で、ヒロ・ミヤモトと呼ばれる宮本茂をモチーフにした男が、剣術道場を開いて日々練習をしているところから始まる。世の中は荒廃し、致死率の高いMMPウイルスが貧困層に蔓延している（富裕層はワクチンによって助かっている）暗黒時代。ヒロは銃器の扱いや物理学、哲学に長けていたが、なぜかこの遠未来に剣術道場を開いている。そこへ一人の老人、トシロウ・エビハラと名乗る男が現れる。彼は、今世界で流行っているMMPウイルスのワクチンを完成させたのは自分の一族だと言うのだが、実際この世界でウイルスに対抗するワクチンを作ったのはカゲ・ミシマということになっており、それが理由で政権を握っている。トシロウが言うには、一時は自分がその功が認められ、富と名声を得、その資金を伝説の宝刀“大刀”の発掘に費やし発見することに成功したという。その大刀には時空を超えて旅をすることが出来るという秘めた能力を持っており、エビハラ一族にとっては魅力的なものであった。しかし、ある日のこと。その大刀がカゲ・ミシマによって盗まれ、その刀に秘められた能力を悪用し、昔に戻ってワクチンを開発したように見せかけ、それによってエビハラ一族は富と名声を失い、現在に至っているという。そして現在、トシロウはそのウイルスに感染し、死を待つ身となってしまった。そしてその一切を聞かされた娘、ミキコ・エビハラは怒りを露にし、単身カゲ・ミシマの基地に行き、復讐をしようとしたがあえなく拘束され、今も監禁されているという。そこでトシロウは、あらゆる能力に長けているヒロに、ミキコを救出し大刀を奪い返して欲しいと懇願する。しかしその後、トシロウはやってきた謀反者に暗殺されてしまう。ヒロはその遺志を継ぎ、単身カゲ・ミシマの要塞に赴くことにした。大刀のことについては日本の戦国時代にまで遡る。戦国時代、ミシマ・オオサカという戦国武将が強大な勢力を誇っていた。他の勢力は対抗するのを避け、唯一楯突くのはエビハラ・インシロウと呼ばれる武将だけであった。それに憤慨したオオサカは名鍛冶師、ミヤモト・ウサギと呼ばれるヒロ・ミヤモトの先祖に刀を作ることを要請する。ウサギはそれを承諾し、伝説の宝刀である大刀を作り上げる。しかし、最初からあまりオオサカに肯定的でなかったウサギは、遂にオオサカを裏切り、オオサカと対立するインシロウに大刀を託し、オオサカの打倒を懇願する。インシロウは二つ返事で承諾し、ウサギから託された刀を駆使し、オオサカの打倒に成功する。しかしインシロウは、その刀の持つ強大な力に魅了され、本来ならばウサギに返すと約束したはずなのだがそれを破り返却しなかった。これに怒りを覚えたウサギは、インシロウから強引に大刀を取り返し、それを火山の中に投げ入れた。その後、ウサギはインシロウに殺された。