社伝によれば、創建は奈良時代の養老年間と伝わる（養老元年という説もある）。言い伝えによれば、霊亀年間、高賀の地には光を放つ魔物が住み着いた。これを聞いた朝廷は使者を派遣し、この山の麓に21柱の神々をまつり、退魔の祈祷を行なった。すると魔物は姿を消したとされる。その後、この山は「秀でて高き故まためでたい」という意味で「高賀山」、神社を「高賀山大本神宮大行事神社」と名付けたとされる。平安時代の天暦年間、この地に妖怪さるとらへびが住み付き、村人に危害を加えているのを聞いた朝廷は、藤原高光をこの地に遣わせ、高光が妖怪を退治したと伝わる。この際に高光が高賀山大本神宮大行事神社を再建し、七昼夜妖怪退治の祈願をしたとされる。またその後、高光は高賀山麓の六ヶ所に神社（高賀六社・後述）を建立したとされている。この妖怪退治は承平3年の説もあるが、藤原高光の生誕年との矛盾があり、疑問視されている。詳しい時期は不明であるが、鎌倉時代以前、高賀神社の境内に蓮華峯寺が建立される。高賀神社と蓮華峯寺を合わせて、「西高賀山 蓮華峯寺」と称していた。1517年（永正14年）、火災により焼失するが、江戸時代に再建される。1869年（明治2年）、神仏分離令による廃仏毀釈の影響で蓮華峯寺は廃寺となる。僧侶の手で一部の仏像は持ち出され、高賀神社から約1.5km離れた観音堂に納められる。これが現在の蓮華峯寺である。
性格は極めて温厚で優しく、ユーモア感覚と愉快な気質があり、人に好かれ信頼される医師である。本来は争いを好まず臆病なところがあるが、倫理に合わないことは勇気を持って対応する。人間観察の為にまれに奇妙な行動も取るが、医師や親として倫理観が高い人格者である。宗教にも詳しく多数の宗教を、地球では「ヒンドゥー教」「チベット仏教」「キリスト教」等を学んでいる。「チベット仏教」ではチベットで2週間滞在、ラマ教の高僧から教典の教えを受け、サンピエトロ大聖堂ではミサを経験している。その他、バルカン領事館ではタル・シャナールの見学を許されている。アゴソリではの大フレアを巡礼する異星人と共に行動した。地球の中華料理が好きで、地球人の事を「かき玉スープのタマゴみたいだ」と評した。特にマダム・チャン(Madame Chang's)の店の「かき玉スープ」が好きである（第79話"Home"「ヒーローたちの帰還」）。医療室では持ち込んだたくさんの治療用の動物が飼われており、治療にこれらの動物を多用する。治療効果は先進医療に引けを取らないものの、彼の趣味によるところが大きい。それぞれに餌をやることが彼の日課となっている。
ポートフィリップとヤラ川の辺りは30000年前からその地に住むと思われる先住民族クリン (Kulin) の地であった。彼らは漁業、狩猟、採集などを行いポートフィリップの豊かな資源によって生活していた。ヨーロッパの移民により持ち込まれた病気に多くが打撃を受け、虐待、誤治療、アルコール、性病、によってクリンの人々の数は急激に減った。クリンは1870年代までに滅びてしまい、今日メルボルンに住むアボリジニーの殆どは他の地域から来た人々である。今日アボリジニーの歴史を残すものは少ない。例えばカヌーに使われた木がメルボルンクリケットグラウンドの近くにある他、ポートフィリップ沿岸にある貝塚くらいである。1798年にウェスタンポートまで行ったジョージ・バスによって、バス海峡が発見される。レディーネルソン号で1802年にジョン・マレーがポートフィリップを発見すると、マシュー・フリンダースが後に続いた。1803年にチャールズ・グリムズはヤラ川の河口を発見し、今のケイラー地区まで到達。同1803年のちに、NSW総督はフランスのバス海峡地域の占領を恐れ、デイヴィッ・コリンズ大佐を300人の囚人とともにポートフィリップ、モーニントン半島（英語: Mornington Peninsula）のソレントに送り居住地を拓かせようとするが、淡水の不足のために断念。1804年にタスマニアへ居住地を移しホバートを創る。その囚人のなかには後の開拓者、政治家のジョン・パスコー・フォークナーがいた。バス海峡の北岸はクジラ狩猟者、アザラシ狩猟者が20年ほどいた。1824年ハミルトン・ヒュームとウィリアム・ホヴェルは陸路でNSWからウェスタンポートを目指してきたが、代わりにコライオ湾に着き、良質な放牧地を発見する。10年後、タスマニアで放牧をしていたエドワード・ヘンティは後のビクトリア州西部、ポートランド（英語: Portland, Victoria）の王領地に違法で羊牧地を設立した。北タスマニアで成功していた農家ジョン・バットマンは更に放牧地を求めて1835年4月、バス海峡をポートフィリップに渡りヤラ川の河口に着く。6月8日彼の手記に、「そしてボートは広い河を上った... そして... 6マイル上流に良質でとても深い河を見つけたことを嬉しく思う。この場所は村を作るのに適している (英: This will be the place for a village.)」と書いてある。この最後の文は後にメルボルン建設憲章として採用されている。バットマンはローンセストン (Launceston) に戻りヤラに居住地を拓くための大規模な探検の準備をする。しかし同時期にその時にはローンセストンで実業家となっていたジョン・パスコ・フォークナー（英語: John Pascoe Fawkner）は同じアイディアを持っていた。フォークナーはスクーナー船エンタープライズ号を買い、移住しようとする人々とともに1835年8月にヤラ川の河口に到着し、8月30日に代理艦長を務めていたJohn Lanceyは居住地になる土地を選び、船の碇と荷物を下ろした。そのスポットはヤラ川北岸、のちのスペンサー・ストリートとキングス・ブリッジ周辺で、エンタープライズ・パークとバットマン・パークとなっている場所で、そのすぐ北東には移民博物館がある。一方でバットマンはレベッカ号で出航し、9月2日にヤラに着いたが既にフォークナーの人々がいるのに落胆し、憤慨した。2つのグループにとって十分な土地があり、10月16日フォークナーが他の居住者とともに到着すると、彼は土地を分配して、誰が最初に着いたかで論争しないことに同意した。バットマンとフォークナーは新しい町に住み、1837年3月に時の英国首相メルバーン卿にちなんで正式に "Melbourne" と名付けられるまで幾つかの仮の名前がその町に使われた。メルボルンはヤラ河岸にテントや小屋の集まりで始まったが10年もしないうちに牧畜の中心地となり、石やレンガで金融ビルが建てられた。1836年9月にはニューサウスウェールズ植民地のポートフィリップ地区の行政中心地になる。1851年7月居住者はビクトリアを独立した植民地にする運動を治め、ラ・トローブは最初の総督代理になった。数ヶ月後金がBallarat、Bendigoを初めとする植民地の各地で見つかった。続いて起こったゴールドラッシュはビクトリア、特にメルボルンを急激に変革させた。