陸軍は、240,616人を動員（戦時編制）し、そのうち174,017人 (72.3%) が国外動員であった。また、文官など6,495人、物資の運搬に従事する軍夫10万人以上（153,974人という数字もある）の非戦闘員も動員した。ちなみに、総病死者20,159人で、うち脚気以外の病死者が16,095人 (79.8%) であった（陸軍省医務局編『明治二十七八年役陸軍衛生事蹟』）。その他の戦死者数には、戦死1,132人・戦傷死285人・変死177人（ただし10万人以上、雇用された軍夫を含まず）など、さまざまな数字がある。多数の病死者が出たように、衛生状態が悪いこともあって戦地で伝染病がはやり、また広島大本営で参謀総長の有栖川宮熾仁親王が腸チフスを発症したり、出征部隊の凱旋によってコレラが大流行したりするなど、国内も安全とはいえなかった（日本のコレラ死亡者数は、1894年314人、1895年40,241人、1896年908人と推移し、とりわけ1895年の死亡者数は日清戦争の戦没者数を大幅に上回った）。特に台湾では、暑い季節にゲリラ戦に巻き込まれたため、伝染病が蔓延し、1895年（明治28年）10月28日、近衛師団長の北白川宮能久親王がマラリアで陣没し、山根信成近衛第二旅団長も戦病死したほどであった。なお、台湾での惨状を伝える報道等は途中からなくなっており、石黒にとっても陸軍中枢にとっても、国内が戦勝気分に浸っている中、隠蔽したい出来事であった。上記の『明治二十七八年役陸軍衛生事蹟』によれば、陸軍の脚気患者は、日清戦争とその後の台湾平定を併せて41,431人（脚気以外を含む総患者284,526人。凍傷も少なくなかった）、脚気死亡者4,064人（うち朝鮮142人、清国1,565人、台湾2,104人、内地253人）であった。このように陸軍で脚気が流行したにもかかわらず、衛生の総責任者である石黒は、長州閥のトップ山県有朋や薩摩閥のトップ大山巌、また児玉源太郎などと懇意で、明確な形で責任をとることがなく、陸軍軍医の人事権をもつトップの医務局長を辞任した後も、予備役に編入されても陸軍軍医部（後年、陸軍衛生部に改称）に隠然たる影響力をもった。
1993年11月22日に設立され、1994年1月20日にドーハ - アンマン線で運航を開始した。当社は元々王族の一族が所有者であったが、CEOのアクバル・アル＝バーキル (أكبر الباكر; ’akbar al-bāker, Akbar Al Baker) による新しい経営チームによって1997年4月に新しく設立された。資本はカタール政府（50%）及び民間投資家（50%）によって所有されている。ここ10年で、毎年35%の成長率でネットワークを広げている。2005年3月31日、ドーハ - 大阪/関西線就航。2007年に行われたドバイ航空ショーにおいて、カタール石油、シェル石油、エアバス、ロールス・ロイス、カタール・サイエンス&テクノロジー・パークの5社と提携し、天然ガス由来液体燃料を開発することを決定した。これが実現すれば、カタール航空が世界で最初に天然ガス由来の燃料で飛行機を飛ばす航空会社になると示唆した。炭酸ガスの排出を大幅に削減し、地球温暖化の抑制を貢献できる利点があるとしている。2007年、カタール航空は80機のA350や30機のボーイング787など、160億ドルにも及ぶ機材を発注した。また、今後数年で200機以上総額300億ドルに及ぶ機材発注を行う予定である。2008年、12月時点で平均機体年齢が3.2年と世界で最も新しい機材を使用している。2010年4月25日、ドーハ - 東京/成田線就航。当初は関西国際空港経由で運航していたが、2012年10月28日より直行便化された。2012年10月8日、ワンワールドへ加盟するとの発表が出された。2013年9月9日、 ワンワールドへ10月30日から加盟を正式発表。これを記念して、ワンワールド塗装をまとったボーイング777-300ER（機体番号：A7-BAA）のお披露目も行なわれた。2014年5月27日の発着便から、ドーハの発着空港をドーハ国際空港からハマド国際空港に移転した。2014年6月18日、ドーハ - 東京/羽田線就航。2014年9月17日、購入していた超大型機であるエアバスA380が引き渡されたが、今後は退役する見込みとなっている。2014年12月22日、エアバスA350の最初の1機がエアバスから引き渡され、2015年1月15日からドーハ - フランクフルト線で運航を開始した。2016年1月12日、ドーハ - 関西線を週7便から週5便に減便、同年3月31日、ドーハ - 関西線を運休。2017年2月5日よりドーハ - オークランド線を就航。17時間30分の世界最長フライトとなる。2017年6月5日、一部のイスラム諸国（サウジアラビア、アラブ首長国連邦・バーレーン・エジプト・イエメン・モルディブなど）がカタールと国交断絶を表明したこと（カタール外交危機）により、対象国との運航便は運航停止され運休扱いとなったほか、サウジアラビア・エジプト・バーレーン・アラブ首長国連邦に関しては領空通過も禁止された。このため、北アフリカ向けの便については、イランやトルコ上空から地中海上空に、またサブサハラアフリカ向けの便については、オマーン上空からアデン湾上空に抜けるなど、アラビア半島を大きく迂回する形で飛行するようになっている。2020年4月6日よりドーハ - 関西線を運航再開予定。