2006年7月3日、任命を受けたカンボジア側・国際側双方の裁判官らの宣誓式がプノンペン王宮で行われるとともに、共同検察官による予備捜査が始まって、特別法廷は運営を開始した。同月、最初の司法官会議が開かれ、内部規則（Internal Rules）を定めることを決定した。特別法廷の手続は、基本的には国連との協定、特別法廷設置法、カンボジアの刑事訴訟法に従って行われるが、特別法廷に特殊な部分、国内法が国際基準に合致していない部分などがあったことから、内部規則によって補充する必要があったためである。しかし、司法官内部のカンボジア側と国連側の対立があり、またカンボジア政府の介入も取り沙汰されて長引き、同年11月に原案が公開されてパブリックコメント手続を経たが、2007年6月12日にようやく採択された。一方、こうして裁判が遅延している間にも、被疑者の1人と目されていた身柄拘束中のタ・モクは2006年7月21日病死した。2007年7月18日、共同検察官が、身柄拘束中であったカン・ケク・イウのほか、ヌオン・チア、キュー・サムファン、イエン・サリ、イエン・シリトの計5名について司法捜査開始の申立てを行い、同年11月までにヌオン・チア以下4名も逮捕・勾留されたことにより、裁判手続は本格的に始動した。イエン・サリは公判中の2013年3月14日に87歳で死去、イエン・シリトも認知症で裁判が停止されたまま2015年8月22日に83歳で死去。2013年当時、残る3名のうちカン・ケク・イウの裁判が第1事件として最高審に係属中、残り2名の裁判が第2事件として係属中であり、共に高齢であることから、公判維持が難しくなっているとされた。2017年現在、3名のうちカン・ケク・イウの裁判が終了。残る2人は人道に対する罪において終身刑が確定した一方、「ジェノサイドの罪」に関しては、2017年現在も裁判が続いている。このほか、追加の被疑者（氏名不開示）についても第3事件、第4事件として捜査が進行中である。（詳細は後記#裁判手続の推移参照）。
閃緑岩の一種で、斜長石を主成分とした無色鉱物の部分と、角閃石や黒雲母などから成る有色鉱物が交互に晶出して同心円状もしくは放射状の構造を呈したものを球状閃緑岩（きゅうじょうせんりょくがん、ball diorite）と呼ぶ。球状閃緑岩の日本での産出は稀である。宮城県白石市で産出されたものは菊面石とも呼ばれ、1923年（大正12年）3月7日に国の天然記念物に指定されている。江戸時代の奇石収集家・本草学者である木内石亭が記した「雲根志」（うんこんし）には「ナンダモンダ」という名で記載されている。
石英を含むものは石英閃緑岩（せきえいせんりょくがん、quartz diorite）と呼び厳密には区別するが、ほとんどの閃緑岩は石英を含み、石英を含まない純粋な閃緑岩はまず産出しない。
攻城戦は野戦での戦闘モードはなく、敵と隣接した場合も含め常に戦術モードで進行する。城門を開けて攻め込む以外にも、城壁や坂を登って進軍することもできる。使える計略は野戦の場合より多くなっており、例えば敵総大将を挑発しておびき出し、労せずして城を落とすことも可能になっている。夜襲も可能で、成功すると通常よりも大きい損害を与えられる。ただし、城の耐久度が高いと損害の幅は減る。
野戦となるのは敵部隊にマップ上でぶつかった際や、それから攻城戦で守備側に援軍が来た際である。野戦は戦術モードと戦闘モードがあり、戦術モードでは備単位で、戦闘モードでは組単位で行動することとなる。主人公の所属する備が敵の備と接触するまでは戦術モードで、接触すると戦闘モードになる。戦術モードでは移動する以外にも、兵士を鼓舞することや伏兵や擬兵などの計略を使うこともできる。自分が総大将の際は配下に命令を出せる。逆に総大将でない時は攻略命令を出されるが、必ずしも指示に従わず自分の思い通りに動かすこともできる。これは攻城戦の場合も同様である。戦闘モードに入ると、時間の経過とともに右下の「行動ポイントゲージ」が溜まっていき、必要に応じて進行を止めてコマンドを出す。ポイントゲージは6まであり、全て溜まると自動的に進行が止まる。移動するにはポイントが2以上、通常攻撃には4以上必要で、大きく動くほどポイントを消費する。鉄砲攻撃や騎馬突撃に必要なポイントは各技能により異なる。また自分が備大将か総大将の際には配下の組に命令を出せる。命令にはポイントは必要なく、任意のタイミングで命令できる。また一部の武将から教えてもらえる特殊戦術や陣形（PlayStation版の場合）を野戦では使うことができる。
各サイドは、地球と月の各ラグランジュポイントを中心とした楕円に近い軌道に設置されており、建造順に番号が振られている。初期設定では地球を挟んだ反対側の月軌道上に配置されたルナツー側のラグランジュポイントを含めた6点に1サイドずつが配置されていたが、現在ではルナツーはサイド7と共にL₃点付近に配置され、その他のサイドも月とのラグランジュポイントに存在する設定となっている。『機動戦士ガンダム』とそれ以降の作品では一部のサイドの場所と番号が変更されているが、それは一年戦争後のコロニー再生計画の結果によるものとされている。作品にもよるが、1つのサイドで1億〜20億人程度の人口を持つとされる。また劇場版『機動戦士ガンダムIII めぐりあい宇宙編』では、サイド3の総人口が1億5000万人と語られている。しかし、ラポート社の『機動戦士ガンダム 宇宙世紀vol.1 歴史編』などの設定資料では、1つのサイドで10億人、サイド3、5のみ20億人とする説が取られている。漫画『機動戦士ガンダム THE ORIGIN』では、1つのサイドで1億2000万人前後の人口とされている。このためか本作では地球環境の悪化に歯止めが掛からず、地球上に大量の難民が発生しており、巨額の費用をかけてスペースコロニーを建造するよりも、砂漠地帯やツンドラ地帯を開発し、人が住める環境を作る方が良いのではないのかという意見も一部に出ている。初期設定では、スペースコロニーは全長32キロメートル、直径6.3キロメートルの円筒の中に3,600万人を収容。その1台を1バンチとし、1サイドは36〜40バンチ、合計13億人が居住するとしている。各サイドの愛称は初期設定からすでに使用されており、サイド7のみ「トア」から「ノア」に変更されている。漫画『機動戦士ガンダム ギレン暗殺計画』では、サイド3の居住用コロニーが約40基、1基当りの収容人口を約1,000万人としているが、一年戦争時は出兵・疎開により人口は3分の1以下に減少した結果、戦争末期の12月の総人口は1億5000万人になっているとされている。その他のサイドについてはいくつのコロニーがあるのかは不明。宇宙における生活拠点はサイドや月以外にも、独自の軌道を取るコロニーや宇宙要塞等が存在している。また、ラグランジュポイント付近にはしばしば戦乱で破壊されたコロニーの残骸などのスペースデブリが集積して暗礁宙域が形成され、反地球連邦勢力の拠点となることもあった。