1218年にチンギス・カンに征服され、モンゴル帝国の一部となる。その後、モンゴル帝国の領地が分配されるに当たり、この西遼の故地はチンギス・カンの次男チャガタイに与えられた。のちに帝国が分裂して成立するチャガタイ・ハン国の領土はほぼ西遼のそれに合致する。チャガタイ・ハン国はパミール高原をはさんで東西に分裂し、クチャの属する東側は別名モグーリスタン・ハン国と呼ばれ、モンゴルの伝統を重んじる国家であったが、一時的に西チャガタイ・ハン国から台頭したイスラム王朝のティムール朝に従属する。モグーリスタン・ハン家はこれ以降も存続したが、15世紀の前半になると、ジョチ・ウルスの流れを汲むウズベク、カザフという二大遊牧集団に圧迫され、モグーリスタンの王族や諸部族は次第に南遷してタリム盆地のオアシスに移り、かつてのチャガタイ人（西チャガタイ・ハン国）と同様に定住化・テュルク化していった。16世紀、チャガタイの末裔の王族たちはヤルカンド・ハン国を形成してタリム盆地西部のオアシスの支配者になっていたが、次第に政治の実権はイスラム神秘主義教団のホージャたちに奪われていった。1680年、タリム盆地全域がチベット仏教徒の遊牧部族ジュンガルによって支配されたため、チャガタイ家系のハンによる政権は消滅した。
12世紀、金に追われた契丹族の耶律大石がこの地へやって来て、天山ウイグル王国を服属させ、東カラハン朝を滅ぼして西遼（カラ・キタイ）を建国したが、1211年にチンギス・カンに追われたナイマン族のクチュルクによって西遼は乗っ取られた。
840年、モンゴル高原の回鶻（ウイグル帝国）が瓦解し、その一部がタリム盆地に移り住み、天山ウイグル王国（西州回鶻、高昌回鶻）を建設した。そのうち旧亀茲国の回鶻を亀茲回鶻と呼ぶが、これも天山ウイグル王国の一部である。天山ウイグル王国では仏教を信奉し、ウイグル語やウイグル文字が発展した。
640年、唐は西域の高昌国（現在のトルファン）を滅ぼすと、そこに西州都護府を設置し、西域支配を始める。唐はさらに焉耆国，亀茲国も征服すると、亀茲城に安西都護府を設置した（648年）。670年以降、チベットの吐蕃の侵攻が相次ぎ、787年には吐蕃の支配下となる。
函館本線の札幌駅 - 旭川駅間は、JR北海道を代表する基幹系統であり、国鉄時代から781系電車によるエル特急「ライラック」「ホワイトアロー」が所要1時間29 - 33分で結び、30分 - 1時間間隔で運行されていた。1987年（昭和62年）4月1日の国鉄分割民営化後、1990年（平成2年）10月30日に札幌市 - 旭川市間の高速道路が全通することから、JR北海道では高速バスやマイカーとの競争力向上のため、所要時間の短縮と増発を図ることとなった。そこで、最高速度130 km/h での運転を可能とする線路改良および新型車両の開発がなされ、1990年（平成2年）5月に完成したのが本系列である。本系列はJR北海道初の新型特急形電車であるほか、JRグループの量産型車両としては初めてVVVFインバータ制御を採用した車両である。1991年（平成3年）に通商産業省グッドデザイン商品（現・日本デザイン振興会グッドデザイン賞）に選定された。1990年（平成2年）9月1日のダイヤ改正から、エル特急「スーパーホワイトアロー」として営業運転を開始し、札幌駅 - 旭川駅間 (136.8 km) を所要1時間20分、表定速度102.6 km/h で結んだ。日中時間帯は781系を使用するエル特急「ライラック」（所要1時間30分）と各1時間間隔で運行され、両列車あわせて30分間隔での運転となり、速達化と利便性の向上に寄与した。2002年（平成14年）3月16日のダイヤ改正から、従来の781系に代わり本系列が快速「エアポート」に充当されて新千歳空港駅 - 札幌駅間を直通運転することになり、グレードアップ指定席「uシート」車両を組み込んだ編成に組み替えられた。。2007年（平成19年）10月1日のダイヤ改正からは、「スーパーホワイトアロー」と「ライラック」を統合したエル特急「スーパーカムイ」に加え、室蘭駅 - 札幌駅間のエル特急「すずらん」でも使用を開始するなど、本系列はJR北海道の都市間高速輸送の主力として使用されてきた。また、2010年（平成22年）12月4日のダイヤ改正では、2002年（平成14年）の編成組み換えの際に余剰となった2両が、津軽海峡線の特急「スーパー白鳥」の増結用編成に転用された（300番台）。2015年（平成27年）1月15日に行われたJR北海道の定例記者会見において、2019年までに785系を更新する（引退させる）方針であることが明言され、同年3月20日に公表した「安全投資と修繕に関する5年間の計画」において、当時特急「スーパー白鳥」で運用されていた789系0番台電車を2017年（平成29年）から札幌都市圏へ転用し、785系の全37両中27両を廃車とする方針が公表された。2016年（平成28年）3月26日のダイヤ改正では、北海道新幹線の開業に伴う特急「スーパー白鳥」の廃止により300番台の2両が廃車となったほか、快速「エアポート」としての新千歳空港駅 - 札幌駅間への直通運転が終了した。2017年（平成29年）3月4日のダイヤ改正では前述の789系0番台に置き換えられる形で札幌駅 - 旭川駅間の運用から撤退し、特急「すずらん」のみで使用されている。