絵は可愛らしいがグロテスクな表現があったり一部の表現が差別、暴力を想起させている。またマジックマッシュルームやLSDといった違法な薬物も作品中にたびたび登場する。ねこぢる作品の多くは猫であるにゃーことにゃっ太が主人公として描かれた。にゃーことにゃっ太は子供であり、姉弟である。主婦の母と、工場勤務でアルコール使用障害の父を持つ。にゃーこは喋れるが、にゃっ太は猫の鳴き声でしか喋れないという設定。唯一の例外として、初登場回の「かぶとむしの巻」では、にゃっ太が普通に喋る姿が見られる。
『月刊漫画ガロ』1990年6月号より「山野一＋ねこぢるし」の共同名義で連載開始。ねこぢるのデビュー作であり初の連載作品。山野一にとっては前作『四丁目の夕日』以来4年ぶりとなる『ガロ』連載作品である。長期休載や青林堂の内紛分裂、ねこぢるの自殺など紆余曲折を経て、最終的に『ガロ』2002年10月号（休刊号）まで連載された。この連作の元にもなったデビュー作は「子猫がうどん屋で睾丸を取られて死ぬ」というだけの内容である。初出時はそのまま無修正だったのが、単行本化の際に伏字にするなどの処置が取られている。青林堂版をもとに文藝春秋から再発された新装版では差別的と判断される語句や表現が全面的に削除されている。18歳の時に押しかけ女房のような形で山野一と結婚したねこぢるは、暇をもてあまして「奇妙なタコのようなネコの絵」を画用紙に描いていた。その絵をモチーフに山野は、ねこぢるの夢のメモからストーリーを書き起こし「読める漫画」にまで再構成する役割を担った（そのため初出時は山野一が原作者としてクレジットされている）。二人には「極めて微妙」な役割分担があり、外部の人間をアシスタントとして入れることが出来なかったため、山野一がねこぢるの「唯一の共同創作者」であった。ねこぢる逝去後、山野一が単独で執筆した『ねこぢるうどん』は単行本化の際に元祖と区別するため『ねこぢるyうどん』として全3巻が青林堂から刊行された。
会長不在の状態が続いたが、第3次小泉改造内閣が成立した4日後の2005年11月4日、会長に津島雄二が就任。2003年9月の自民党総裁選以来、派内で続いている衆院と参院のわだかまりの解消が大きな課題であった。また、衆議院幹部の多くが、1993年以降の政界再編の中で離党後に復党した「出戻り」（ほとんどが小沢一郎率いる新進党からである）や「外様」議員（鳩山邦夫（2010年に2度目の離党）・笹川堯・石破茂・船田元など）となり、生え抜きは額賀などの少数派となった。会長の津島も元は旧宮澤派出身の出戻り組であった。もともと経世会分裂とその後の嘘つき解散において、船田元・鳩山邦夫などの将来を担うと目された議員が離党ないし派閥離脱し（その後大半が復党したが、鳩山邦夫は再度自民党を離党、船田元は落選した）、"NYKK"の一人といわれた中村喜四郎（現在は無所属）がゼネコン汚職事件で失脚するなど、人材が不足する中で藤井孝男・鈴木宗男・額賀福志郎が「御三家」とみなされるようになった。しかし、鈴木が2002年に不祥事で失脚し、離党と橋本派離脱を余儀なくされたほか、藤井も2005年の郵政政局で離党・落選した（藤井は2007年の参院選で当選し、復党と同時に再入会をしたが、2010年に再離党し新党たちあがれ日本を結成）。このため最後まで残った額賀福志郎を総理総裁候補として育ててゆく方向であるという見方が強くなったが、久間章生や青木幹雄が総裁選のたびに額賀擁立に賛同しないなど、自他共に認める総理総裁候補とは言い難い状況であった。また、鳩山邦夫は派閥復帰後も麻生太郎の盟友として活動し、派としての行動の統一がとれなかった。さらに、郵政造反組で復党した議員の多くが他派閥に移籍するか無派閥となっており、世話する幹部が不在となった。2007年の第21回参議院議員通常選挙では、片山虎之助参議院幹事長をはじめ、武見敬三厚生労働副大臣、青木幹雄参議院議員会長の地元島根県選出の景山俊太郎など、議員立候補者が次々に落選し、参議院においても町村派に次ぐ第2派閥に後退した。2008年の福田康夫総裁の辞意表明を受けた自民党総裁選で、麻生太郎や与謝野馨に支持表明する派閥幹部が出る中、若手や中堅を中心に石破茂を擁立し、石破が総裁選に立候補したが5位で敗れた。総裁選後、鳩山邦夫を中心にした戸井田徹、吉川貴盛、馬渡龍治、田村憲久、河井克行の通称「鳩山5人組」も分派行動をとり始めた。鳩山が総務大臣を更迭された際には、集団離脱が懸念された（第45回衆院選で戸井田、吉川、馬渡は落選）。2009年7月19日、会長の津島雄二が第45回衆議院議員総選挙の直前になって不出馬・政界引退を表明した。同選挙で自民党は結党以来初となる衆議院第一党の座を明け渡す大敗北を喫し、平成研も改選前の45議席から1/3以下となる14議席へ勢力を激減させた。