1999年当時、『聖剣伝説 LEGEND OF MANA』発売前後のスクウェアは、『ファイナルファンタジーVIII』の記録的売り上げ（莫大な利益）と、フルCG映画版『ファイナルファンタジー』の制作費増大（莫大なコスト増）を受けて、2000年1月、同社の売れ筋である『ファイナルファンタジー』シリーズ、3Dグラフィックスのゲームソフトへの開発資源の集中投入、延いてはこれまで『聖剣伝説』などを作ってきた従業員の転属及び再配置、『聖剣伝説』シリーズに代表される2Dグラフィックスのゲームソフトの開発縮小方針を打ち出した。通称「FFシフト」と呼ばれる会社の変質は、2Dグラフィックスのゲームソフトを作ってきた亀岡の退社を決意させる。2000年2月頃、のちの会社立ち上げメンバーになる穴澤友樹、津田幸治、井上信行とともにスクウェアを退社。2Dゲームを主力とする携帯ゲーム機「ゲームボーイアドバンス」の発売を控えていた任天堂株式会社の出資によって、2000年6月30日、株式会社ブラウニーブラウンを設立。同社の代表取締役社長に就任。キャラクターデザイナー業と社長業の2足のわらじを履く。2013年2月1日、同社は1-UPスタジオ株式会社に社名変更、亀岡は同社社長を退任。
他業種の会社に勤めたあと、1991年頃、株式会社スクウェア（現・株式会社スクウェア・エニックス）に入社。スクウェアの2Dグラフィックス全盛時代の世代のコンピュータゲーム・グラフィックデザイナーである。スクウェアに入社する前、漫画家をしていた時期があり（『月刊少年マガジン』で前後編の読み切り漫画を掲載）「かめおか慎太」というペンネームを用いて活動していた。デビュー前に小学館の新人漫画家のコンテストで入選したこともある。現在も、広告用イラストのサインなどに、かめおか慎太や亀岡慎太のペンネームを使っている。『聖剣伝説2』、『聖剣伝説3』（以上イラストは結城信輝）、『聖剣伝説 LEGEND OF MANA』、『新約 聖剣伝説』、『チョコボスタリオン』、『マジカルバケーション』、『マジカルバケーション 5つの星がならぶとき』などのキャラクターデザインを担当。デザイン面以外では『MOTHER3』や『聖剣伝説 HEROES of MANA』の開発プロデュースを担当している。
中国との貿易紛争は、「ビール戦争」として地元で知られているものにつながった。2002年に台湾と中華人民共和国が同時に世界貿易機関（WTO）に加盟した。2004年の台湾の450億台湾ドル（13億米ドル）のビール市場のうち、外国のラベルはわずか18%を占めていた。台湾ビールは残りの82%を占めていた。2年後、中華人民共和国は台湾ビールの輸入を禁止した。公式な理由では、商業製品における郡名または地域名の使用を禁止する法律を引用している。しかし、中国の青島ビールをはじめ、すでに山東省の都市に指定されているような名前の中国製品があるため、台湾ではこの議論はほとんど説得力がなかった。この動きは多くの台湾人が、台湾が商標権を認めていることを否定し、中国が約束した自由貿易を阻止しようとする試みである、と解釈した。その後、中国からのビールの不買運動が起きた。国際的な報道で広く報道されたこの論争は、台湾ビールブランドの認知度の向上につながった。
大航海時代が始まり、アメリカ大陸が発見されると、航海熱が高まり、北極海を通ったアジアへの最短ルートがあると信じられるようになった。いわゆる北西航路・北東航路である。特にイギリスやフランス、オランダがこの航路探索に力を入れた。そんな中、1553年に北東航路探索中だったリチャード・チャンセラーが白海へとたどりつき、ホルモゴルイからモスクワ大公国へと到達した。これによって1555年にロンドンにおいてモスクワ会社が設立され、北極海を通じたイギリス・ロシア交易が盛んとなった。1584年に建設されたノヴォ・ホルモゴルイ（現アルハンゲリスク）がこの交易の拠点となった。1594年には、ウィレム・バレンツがノヴァヤゼムリャ島を発見した。1596年にはバレンツの3度目の探検によってスヴァールバル諸島のスピッツベルゲン島が発見されている。この島はしばらく放置されていたが、1608年にヘンリー・ハドソンが北極海探検を行った際、この島近くにホッキョククジラの大群が生息していることを報告し、以後バレンツ海ではイギリスとオランダによる捕鯨が盛んに行われるようになり、スピッツベルゲン島は捕鯨拠点として一時繁栄した。イギリスはやがて脱落し、オランダによる独占状態となったが、乱獲により1680年代以降次第に衰退していった。一方でこの時代、北東航路の最東端となっていたヤマル半島のマンガゼヤへの就航が禁じられ、これにより北東航路探索も一時下火となった。ポモールはこの後もアルハンゲリスクを中心として、ノルウェーのヴァードー、ハンメルフェスト、トロムソの３都市との間でロシアの穀物とノルウェー北部の魚を交易する、いわゆるポモール交易を行って繁栄し、19世紀には白海沿岸に、ロシア語とノルウェー語のピジン言語であるルッセノルスクが広まったが、この交易並びに言語はソヴィエト連邦の成立により終焉を迎えた。こののちはロシア人によって探検が進められていった。毛皮を求めて東進するロシア人は17世紀中盤には太平洋へと到達し、1648年にはセミョン・デジニョフがベーリング海峡を発見するものの、この発見は1世紀近く忘れ去られる。1725年から1730年までは、ヴィトゥス・ベーリングがカムチャッカやチュコト半島を探検し、ベーリング海峡を再発見した。19世紀中盤には、ヤコフ・サンニコフ、フェルディナント・フォン・ウランゲルなどの探検によって北極海沿岸の地形が判明し、1875年にはアドルフ・エリク・ノルデンショルドがヴェガ号によって北東航路の通航に成功した。1879年にはアメリカのジョージ・ワシントン・デロングがジャネット号で北極海探検に出発したもののノボシビルスク諸島沖で沈没し、デロングはじめほとんどの探検隊員が死亡したが、3年後の1882年に、北極海よりはるか南、大西洋に面するグリーンランド最南端のユリアーネハーブにジャネット号の残骸が漂着した。これは北極海中央部を東から西へと流れる海流の存在を示唆しており、この海流を念頭に、1893年から1896年まで、北極点到達を目指したフリチョフ・ナンセンによってフラム号遠征が行われた。この探検においては北極点到達はならなかったものの当時の最北到達記録を更新するとともに、この航海によって開発された探検技術はこれよりのちの探検に多大な影響を与えた。