ダンゴウオ上科 Cyclopteroidea は2科35属362種で構成される。腹鰭がある場合は喉の位置にあり、吸盤状に変形している。ほとんどの種類は側線を欠き、鰓の開口部は小さい。
トクビレ科 Agonidae (Poacher) は6亜科22属47種で構成される。北太平洋を中心に分布し、一部の種類は北極海にも進出する。浮き袋をもたない底生性魚類の一群で、最大長は30cmほど。沿岸から1,000m以深の深海にまで幅広く分布する。体は細長く、硬い骨板に覆われる。各鰭の鰭条は分枝しない。背鰭は2つあることが多く、前半部は棘条のみで構成される。腹鰭は1棘2軟条で、臀鰭は軟条のみ。
カジカ亜目 Cottoidei はカジカ上科・ダンゴウオ上科の2上科の下、11科149属756種で構成される。淡水から海溝の深部まで、多様な生息範囲をもつグループである。本亜目の単系統性および内部の類縁関係は多くの研究者によって否定されており、カジカ類全体をスズキ目ゲンゲ亜目と並置する見解もあるなど、その位置付けはなお流動的である。コメーポルス科・アビュッソコットゥス科の2科はバイカル湖（ロシア）に固有で、独自の種分化を遂げたグループである。両科すべてをカジカ科カジカ属に含める見解もある。
コチ亜目 Platycephaloidei は5科38属226種で構成される。大きくホウボウ類とコチ類に分けられ、前者は全世界の温暖な海に、後者はインド洋・太平洋を中心に分布する。いずれも底生性の魚類であり、砂泥中に潜り込んで生活する種類も知られる。ホウボウ科およびキホウボウ科はかつてカサゴ亜目に所属していたが、現在では本亜目に含められている。形態のよく似たネズミゴチ（Repomucenus curvicorni）はスズキ目ネズッポ亜目に属し、カサゴ目の魚類ではない。体は細長く、頭部は平たく縦扁する。背鰭は通常2つあり、腹鰭は幅広い。
フサカサゴ科 Scorpaenidae は8亜科56属418種で構成される。世界中の温暖な海域を中心に分布するが、インド洋・太平洋に特に多い。メバル・クロソイ・カサゴ・アコウダイ・キチジ・メヌケなど、多数の水産重要種が含まれる。ほとんどの種類で体内受精による繁殖を行い、メバルの仲間は多くが卵胎生である。一部の種類では卵が風船状のゼラチン膜によって包まれ、カリフォルニアカサゴ（カリフォルニアスコーピオンフィッシュ、学名：Scorpaena guttata）は直径20cmに及ぶ卵風船を形成することが報告されている。体はやや左右に平べったく側扁する。頭部に多数の突起やトゲをもち、複雑な形状の皮弁を備えるものも多い。鰓蓋骨および前鰓蓋骨にはそれぞれ1－2本、3－5本のトゲをもつ。眼下骨棚は前鰓蓋骨と頑丈に固定されることが多い。鱗は櫛鱗で、もたない種類もある。背鰭は通常1つで、多くの場合切れ込みをもつ。背鰭・臀鰭・腹鰭はそれぞれ11-17本、1-3本、1本の鋭い棘条をもち、しばしば毒腺と連続する。胸鰭は大きく発達する。ヒメキチジ属など一部の属では浮き袋を欠く。
カサゴ亜目 Scorpaenoidei は6科82属473種で構成される。鮮やかな色彩をもつ観賞魚、漁業資源となる食用魚、また強力な毒をもつ危険な魚類まで多様な種類が含まれる大きなグループである。Ishida（1994）による11科の体系、あるいはImamuraによる20科の体系など、本亜目をさらに細分化した分類体系がいくつか提示されているが、Nelson（2006）での採用は見送られている。
セミホウボウ亜目 Dactylopteroidei は1科2属7種を含む。本亜目の位置付けに関しては議論があり、独立の「セミホウボウ目」としてカサゴ目の後に設置する見解や、スズキ目キツネアマダイ科との類縁関係を示す報告などがある。
大学院に関しては、1953年に新制大学院が設置された当初は数物系研究科、化学系研究科、生物系研究科といった部局横断的な研究科が設置され、理学部の各学科に対応した大学院課程は3研究科に分散して置かれていたが、1965年には理学系研究科など各学部に対応した研究科に再編された。理学系研究科は1992年から1993年にかけて大学院重点化された（情報科学専攻、物理学専攻、天文学専攻、地球惑星物理学専攻、化学専攻、生物化学専攻、動物学専攻、植物学専攻、人類学専攻、地質学専攻、鉱物学専攻、地理学専攻の12専攻）。大学院重点化については当初は、学部を大学院に統合する大学院重点化（「理学院計画」と呼ばれる）を計画していたが、制度面で困難が生じたため、最終的には（現在のように）大学院部局化による大学院重点化を行うこととなった。また、この大学院重点化と同時に、従来理学系研究科に属していた数学専攻は数理科学研究科数理科学専攻へ移行した。1995年には動物学専攻、植物学専攻、人類学専攻の3専攻が統合されて生物科学専攻となり、2000年には地球惑星物理学専攻、地質学専攻、鉱物学専攻、地理学専攻の4専攻が統合されて地球惑星科学専攻となった。2001年には情報科学専攻が情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻へ移行。2014年に生物科学専攻と生物化学専攻が統合し生物科学専攻となり、現在の5専攻体制となった。