関東馬低迷の最大の要因として「坂路コース」問題が挙げられる。1985年に栗東トレーニングセンターに坂路コースが設置された。調教ノウハウの確立と共に、坂路で鍛えられた関西馬たちが東京・中山など東日本開催の競馬で活躍したことで、坂路コースが競走馬の強化に効果があると言われるようになった。そのため、美浦の厩舎関係者もその効果を求め、坂路コース設置を要望し始めた。しかし、美浦トレセンは関東平野東部のほとんど平坦な土地に立地していたこともあり、そのまま坂路コースを設置できるような自然の丘や地形がなかった。また、開場から10年超を経て敷地内や周辺地の利用・開発が進められており、ほぼ直線の坂路コースを設置する空間もなかった。大規模な工事が必要になることから、JRAはこの要望について「検討中」としながらも、実際には消極的な姿勢を数年間に渡って取り続けた。当時は折しもオグリキャップと当時台頭した武豊に牽引された中央競馬ブームの真っ只中であり、JRAにとっては座していても売り上げが伸びてゆく時代であった。しかし1990年代に入り、美浦所属馬の不振が競馬マスコミやスポーツ新聞などにより幾度となくクローズアップされる様になると、その原因として栗東にしかない坂路コースが象徴的存在となった。1993年に南コース側の一角に坂路コースが完成し、2004年には坂路コースの改修と拡張が行われた。しかし、栗東の坂路コースと比べれば勾配の規模が小さいのは相変わらずで、民間の大手牧場や育成牧場が設置した坂路コースにも美浦トレセンの坂路コースを大きく凌駕する規模のものが現れている。坂路コースは主に競走馬の足腰に筋肉とパワーを付けさせる目的で用いられることが多いが、実際、パワーが重要視されるダート戦における東西の不均衡の差は著しく、たとえば2010年・2011年にJRAで開催されたダート重賞全17戦の優勝馬の東西の比率を見ると、いずれも美浦所属馬1勝に対して栗東所属馬16勝という状態であり、特にJRA所属馬の出走頭数が限られる地方競馬開催のダートグレード競走では、層が厚く獲得賞金順でも上位に立つ栗東所属馬の前に美浦所属馬が悉く除外対象となり出走できない状況も多々見られる。この様に、ダート戦線においては上位クラスになるほど栗東トレセンの優位性が際立つ状況になっている。この様に、坂路コースは設置されたとはいえ、設置までの8年もの時間差とコース規模の差が美浦と栗東の格差を固定化させたと指摘する競馬関係者や競馬マスコミは多く、20年以上も水をあけられたままの結果となっている。しかし、美浦トレセンの坂路のさらなる拡張や勾配の拡大といった手法は、土地利用面の問題から限界で事実上不可能であるともされる。
1988年以降、美浦トレーニングセンターの所属馬（関東馬）は栗東トレーニングセンターの所属馬（関西馬）に勝利数と獲得賞金額の両面で大きく水を開けられた。この状況を天気予報（気圧配置）に使われる言葉になぞらえて「西高東低」と言われることがある。
1978年4月10日に開場し、両競馬場の厩舎群および多くの競馬関係者とその家族を当地に集約移転させた。1993年、南コース側の一角に坂路コースが完成。2004年、坂路コースの改修と拡張が行われた。2007年11月16日にニューポリトラックによる調教コースを導入。南馬場Cコースの外柵（ラチ）側を約5メートル拡張し、幅員25メートルの外側15メートル部分に設置する工事が行われた。総工費は材料費を含め約9億円になった。2008年には開設30周年を迎え、祝賀会が4月21日にトレーニングセンター内の厚生会館で行われた。2018年2月、JRAは美浦トレセンの大規模改造に着手することで合意した。
1949年（昭和24年）1月26日の早朝、金堂に火災が発生した。当日の東京日日新聞および報知新聞の報道によれば、午前5時頃に住職の佐伯定胤が朝の勤行を行った際には異状がなかったが、午前7時20分頃に出火し、午前9時前後に鎮火。原因については、公式には壁画模写の画家が使っていた電気座布団から出火したとされているが、模写に使用した蛍光灯用の電熱器が火元とする説、放火説などがあり真相は不明である。出火当時、金堂は前述のように半解体されており、天井より上の上層部分と裳階部分の部材は解体済みだったため難をまぬがれた。また、内部に安置されていた釈迦三尊像等の仏像も大講堂、大宝蔵殿等に移座されていたため無事だったが、壁画は蒸し焼き状態になり、初層の柱、頭貫、組物なども表面が黒こげになってしまった。なお、法隆寺金堂壁画についてはしばしば「焼失した」と表現されているが、後述のように、オリジナルの壁画は黒こげになったとはいえ現存しているので、「焼損した」とするのが妥当である。焼損した壁画はアクリル樹脂と尿素樹脂を注入し硬化され、1954年（昭和29年）10月から翌年3月にかけて再組み立てされ、寺内の食堂（じきどう）東側に建設された収蔵庫に収められた。（東京国立博物館法隆寺宝物館に移転保存する計画もあったが、信仰上の理由などもあり結局法隆寺に残された。）この収蔵庫には焼け焦げた壁画と柱などの部材が従前の配置のままに置かれているが、保存上の理由から一般には公開されていない。金堂は、解体中で難をまぬがれた部材は再利用し、焼損した初層軸部の部材は新材で復元したうえで、1954年（昭和29年）竣工した。火災後の壁画は、色彩がほとんど失われ、輪郭線がかろうじて残ってネガフィルムのような状態になっている。使用された絵具の内、弁柄のみは火災後も化学変化を起こさずに残存しており、輪郭線も弁柄で描き起こされていたため残っている。壁画のうち、1号大壁、10号大壁などは焼損後も比較的図様が残っており、12号壁の十一面観音像は全体の図様や衣の文様なども鮮明に残っている。一方、壁画中の最高傑作といわれた6号壁の阿弥陀浄土図は甚大な被害を受けている。中尊の阿弥陀如来像の顔のあった部分には消火ホースを通すための穴が開き、この部分の図様は完全に失われている。向かって右の脇侍像（観音菩薩）は、世界文化遺産切手の図案にもなった著名なものだったが、顔の部分の絵具はほとんど失われている。大小壁上部の山中で修行する羅漢図は焼失したが模写が残る。これらの焼損壁画は通常は一切公開されていないが、法隆寺の世界遺産登録を記念し、1994年（平成6年）11月1日から11月23日にかけて、抽選で当選した人にのみ特別公開された。また毎年7月下旬に行われる法隆寺夏季大学の参加者には特別伽藍見学として公開されている。焼損した壁画と焼け残った内陣小壁の飛天図は1958年（昭和33年）2月8日、「金堂外陣旧壁画（土壁）12面」「金堂内陣旧壁画（土壁）20面」として重要文化財に指定された。