栗東に比べると労働組合運動が激しく不安定な労使関係が改善されない事も原因として挙げられることがある。美浦の労使関係の問題は今に始まったことではないが、持ち乗りや攻め専の人数や担当頭数、馬に関われる時間面の制限を引き起こし、これが馬全体の運動量の決定的な不足に繋がっているの指摘もあり、最近では競馬マスコミなどが栗東と比較する形で強く指摘するところになっている。栗東所属馬と美浦所属馬の成績に差があることが関係者やファンに知れ渡った結果、近年では有力馬主が美浦よりも栗東に良い馬を預ける傾向も見られ、さらに格差を広げる要因になっているとの指摘もある。また現場でレースに携わる当事者の声として、小島太は騎手時代に著した『競馬八方破れ言いたい放題』の中で、「関西のレースが流れが激しいことも（関西馬が強い）理由だと思う」という記述をしている。スタート直後に誰かが行くとすんなりと隊列が定まって流れが落ち着く関東の競馬に対し、関西の競馬や裏開催（小島は騎乗機会を求めて中堅以下の栗東所属の騎手が新潟競馬場や福島競馬場などに来る場合を指している）では、スタートしてからがむしゃらに主導権を握ろうとする為に流れがなかなか定まらず、レースの流れも厳しいと指摘し、それに揉まれて関西馬も強くなっているというのではないかと小島は分析していた。
美浦トレーニングセンターで飲料用にも使用されている上水道は近隣の霞ヶ浦を水源としているが、「水が悪い」と言われている。関西馬や地方競馬所属馬が美浦に滞在したり転厩してきた際に、馬に水を飲ませるのに苦労するケースがあると言われている。新陳代謝の面でも影響があるため、競走馬の飲料用水用として浄水器を設置している厩舎が多く存在する。
栗東に比べると当施設は交通アクセスが不便であるとも指摘されている。美浦は鉄道駅まで距離があり、2007年に首都圏中央連絡自動車道の阿見東ICが開通するまでは高速道路への接続も悪かった。また美浦から阪神競馬場や小倉競馬場へ行くのは不便であり、特に小倉への移動には19時間を要する。府中の東京競馬場に行くのでさえ、首都高速道路中央環状新宿線が開通するまでは東京の都心部の慢性的に激しい交通渋滞の通過を余儀なくされていた。一方、栗東から東京競馬場（府中）や新潟に行くのは便利で、遠方の福島への輸送でも新潟から磐越自動車道経由で行けば首都圏を通過する必要がない。
2013年までは毎年秋もしくは晩秋に開催され、山下公園前の紅葉したイチョウ並木（山下公園通り）をスタート地点としていた。競技は「ハーフマラソン」(1991年までは「20kmの部」)、「10kmの部」、「車椅子の部」（2009年までは10km、2011年・2012年は12.7kmで行われ、2010年・2013年は車椅子部門なし）が行われ、参加者は毎年8000人前後で推移していた。制限時間が他の大会より短く（ハーフマラソンは117分、10kmは70分）、仮装での走行は禁止されているなど、市民大会でありながら競技性が高いのが特徴であった。2013年は「第33回 横浜マラソン大会」の名称で10kmの部（制限時間80分）のみ開催された。2014年は開催されなかったが、2015年以降はコースが一新となり（詳細は後節参照）フルマラソン化された（制限時間はフルマラソン 6時間30分、10km 90分、10km車椅子 45分、2km車椅子 40分）。参加者の定員は2万5千人（申込者多数の場合は抽選）となっている。給水・給食所と応援パフォーマンス場所が一体となっており、給食所ではよくある食品のほか、神奈川県内の銘菓などを時間・提供場所を伏せ限定数提供する「ラッキー給食」を提供している（2018年大会以降は、公式HPにて「ラッキー給食」提供の企業募集を発表）。2015年・2016年は2年連続して、3月中旬に開催されていた。2017年と2018年は、2年連続で10月下旬の開催予定と公表。また、フルマラソン化以前からあった10kmの部と、10km車椅子の部は2016年大会を最後に廃止され、2017年大会から1/7フルマラソンの部（6.0278km、制限時間 80分）と1/7フルマラソン車椅子の部（6.0278km、制限時間 30分）が代わりに新設された。2019年大会は11月中旬（11月10日）に変更する事が2018年7月27日に発表された。2017年大会本番の前々日までは、「開催を前提に進めて」いた。ところが、台風22号の日本接近により「横浜マラソン本番当日、大雨及び強風圏に入ることが確実になった」ことを根拠として、実際に当日は最大風速5.6m/sであったものの、大会前日受付の最中だった10月28日の午後4時頃に、急遽大会中止を発表。なお、横浜マラソンと同じく10月29日に実施された国内のフルマラソン大会のうち、中止になったのは当大会のみである。その後、大会中止発表から3日経過後の10月31日、事後対応についての発表がなされたが、その内容は受付を完了した参加者と、未完了の参加者とで対応が異なるものであった。また、中止となった2017年大会の参加予定ランナーに対して、同マラソン組織委員会は11月1日に参加料返金に関しては一切認めないものの、翌2018年10月開催予定の優先出走権を有料（参加料全額負担）で譲与し、更に完走者に渡す筈だった記念メダルは、来年の大会で完走すれば中止分・次回分との合計2個手渡す事を発表。