聡明で将来を嘱望された長男ルドルフ皇太子は、保守的な父帝と対立し、1889年にマリー・ヴェッツェラ男爵令嬢とマイヤーリンクで謎の心中を遂げた（暗殺説もある）。フランツ・ヨーゼフは嘆き悲しみ、しばしば「このような悲しい日々にあっては、皇后がいかに頼りであり、また慰めであろうか」と言葉を漏らしたという。息子ルドルフに代わる皇位継承者は、その後しばらく決定されなかった。1898年、皇后エリーザベトが旅先のジュネーヴでイタリア人無政府主義者ルイジ・ルキーニに暗殺されたことは、フランツ・ヨーゼフに大きな衝撃を与えた。その突然の訃報に接した際、悲嘆のあまり「この世はどこまで余を苦しめれば気が済むのか」と泣き崩れたと伝えられている。側近のオイゲン・ケッテルルは、「それ以後の陛下は、執務時間中でも亡き皇后陛下の写真を見つめながら、物思いにふけっておられることがしばしばだった」と語っている。
即位当初のフランツ・ヨーゼフはユダヤ人の解放を拒んでいたが、1867年以降はユダヤ人の臣民としての身分を尊重するようになった。反ユダヤ主義の社会的風潮の中で、大きな資本を握るユダヤ人の権利の庇護者となったのである。1914年にユダヤ人難民をウィーンから放逐するとキリスト教社会党が政府を脅したのに対し、フランツ・ヨーゼフは追われたユダヤ人にシェーンブルン宮殿を開放するという脅しでこれに応じたと伝えられる。1895年、ウィーン市長選挙でキリスト教社会党のカール・ルエーガーは、ユダヤ人を激しく攻撃する演説をおこなって人気を獲得し、市議会での投票で過半数を得た。しかしフランツ・ヨーゼフはこれを承認せず、「余の目の黒いうちは、わが帝都の市長として彼を批准することはなかろう」と拒否し続けた。当時、市長は皇帝の任命する州の総督に承認されなければならなかった。そのため皇帝の同意を得られないルエーガーを総督は承認せず、ルエーガーは正式な市長になれなかったが、しかしいくら皇帝が拒否しても彼は繰り返し市長に選出された。この確執は3年にもわたって続き、皇帝による市民無視との印象をウィーン市民に与えた。一般市民の間では「ルエーガー万歳」の声が一段と高まり、ルエーガーは皇帝と人気を競うほどになった。1897年、5度目の選出を受けたルエーガーに対して、フランツ・ヨーゼフはついに折れて、4月16日にウィーン市長就任に同意した。4月20日にはルエーガーと謁見し、市長就任の宣誓が執り行われた。しかしこの一連の流れからフランツ・ヨーゼフは、帝国内のユダヤ人から「反ユダヤ主義の盾になって下さるわれらの庇護者」としてますます敬愛されるようになった。
一連のイタリア統一戦争の敗北、とりわけソルフェリーノの戦いに完敗したことは、オーストリア人にとって屈辱的なことであった。フランツ・ヨーゼフは侍従長グリュンネ伯爵を更迭し、内相バッハを閑職に追いやるなどして体制を一新した。職務にとどまった政府要人は皇帝ただ一人という徹底ぶりだったが、世論はなかなか収まらずに皇帝への不満が高まった。王朝そのものの威信も傷つき、コシュートを中心とするハンガリーの民族主義勢力も再び活動を開始した。戦争によって財政状態は一層悪化したため、フランツ・ヨーゼフ1世は改革を迫られた。19世紀半ばの銀行家たちは代議制議会を求めており、これがなければ外国債を募ることはできなかったのである。1860年5月31日、帝国議会が拡大され、「新絶対主義」の時代は終焉を迎えた。また1861年には、二月勅許（憲法）で自由主義的改革を一部導入することを認めざるを得なくなる。それはオーストリアを立憲君主国とするものだったが、しかしフランツ・ヨーゼフは依然として外務と軍事に関する多くの権力を保持した。急進的なハンガリー人は皇帝に権力が集中しすぎるとして反対し、その中にはさまざまな形で抵抗運動を続ける勢力もあった。そのためフランツ・ヨーゼフは怒り、軍隊を派遣してハンガリー議会を解散させた。二月勅許を発した後のオーストリアは、中央集権的な自由主義国家のようであり、ほとんどのドイツ諸国の自由主義・立憲主義的な路線に合致していた。反自由主義的なプロイセンに対抗して、自由主義的なドイツの盟主となる可能性がオーストリアには開かれていた。ドイツの中規模諸国にとってオーストリアの立憲主義的立場は最大の魅力であったにもかかわらず、フランツ・ヨーゼフは強制されない限り立憲主義を受け入れようとしなかった。1864年初頭には、公然と立憲主義を称賛したシュメアリング内相を厳しく叱責している。
モルセリは、1991年2月に1500mの世界室内記録（当時）となる3分34秒16を樹立し、その9日後には世界室内選手権を制覇している。同年の世界選手権では、大会新記録の3分32秒84で優勝し、結局1991年はアウトドアでは無敗のまま終わる。1992年バルセロナオリンピックでは、同年のシーズン当初、1000mの室内世界記録2分15秒26を樹立しており、当然、オリンピックでも優勝候補であったが、非常に遅いペースが災いして7位であった。しかし、オリンピック後の1992年9月には、1500mの世界記録3分28秒86を樹立した。翌1993年には、スティーブ・クラム（イギリス）が持っていた1マイルの世界記録を8年ぶりに更新する3分44秒39の世界新記録を樹立し、さらに、1994年には3000mで7分25秒11の世界新記録を樹立した。1995年には2000mでも4分47秒88の世界新記録を出し、その9日後には1500mで自らの世界記録を更新する3分27秒37の世界新記録を樹立した。モルセリは1996年のシーズン初めに3分29秒50を記録していた。しかし、その年に突如モロッコのヒシャム・エルゲルージが3分29秒51という好記録を出し1996年アトランタオリンピックの金メダル候補に名乗りを上げていた。モルセリにとって非常にプレッシャーがかかる中、オリンピックの決勝は比較的平均ペースで進んでゆく。しかし、決勝のラスト1周になったところで、モルセリが右足を隣の走路をふさぐような形で大きく右側にだし、エルゲルージはそれに左足を接触させ転倒する。一方、モルセリは加速してゆき、前回金メダルのフェルミン・カチョ（スペイン）をおさえ、初の、彼自身唯一となる金メダルを獲得した。