1969年2月14日、収監先のミズーリ州スプリングフィールドの刑務所で、末期がんによる心臓発作により死亡した。あと1年の服役で恩赦出所の可能性があった。親族のみで行われた葬儀はマスコミや野次馬でごった返した。参列者には娘や息子の他、元妻アンナの姿があった。マフィア関係者は弟のマイケルのみで、駆け付けた警察やFBIは肩透かしを食らった。FBI職員は参列者を写真撮影していた。ニューヨーク・クイーンズ区のセント・ジョーンズ墓地へ埋葬された。墓地にはサルヴァトーレ・マランツァーノやジョゼフ・プロファチ、ルチアーノなどの墓があった。
ルチアーノのイタリア強制送還を境に一家を継いだコステロら首脳部は、ジェノヴェーゼの副ボス復帰を認めず、古巣のグリニッジ・ヴィレッジを統率する幹部に甘んじた。大多数の幹部はコステロに忠誠を誓い、ジェノヴェーゼ支持派は少数だったため、幹部の支持を得ようと行動を開始した。コステロが組織をほぼ自由放任に任せ自分のビジネスに没頭している間、ジェノヴェーゼは各地の縄張りを統率する幹部（ストリートボス）の間をドサ回りしてメンバーの面倒を見たり資金を用立てたりして幹部の支持を取り付けていった。1952年12月、妻アンナに離婚訴訟を起こされ、資産や収入を洗いざらい暴露されるなどジェノヴェーゼの家庭騒動がルチアーノ一家の悩みの種になった。イタリア逃亡中の財産管理や妻の保護を、信頼の厚い賭博仲間のスティーブン・フランセに託していたが、アンナはフランセと合法ビジネスをやる傍ら、それを隠れ蓑に多くの（同性を含む）愛人を作った。帰国後、夫婦喧嘩が絶えず、別居していた。裁判は妻が勝訴して、正式に離婚した。1953年6月、フランセは多数の打撲痕のある絞殺死体で発見された。収入はイタリアン・ロッテリー、組合、ナイトクラブ、賭博などで、週4万ドルを稼ぎだした。飲食業や不動産、紙パルプなど合法事業も行った。
1934年9月、賭博のシェアをめぐり揉め事を起こしたフェルディナンド・ボッチアをヒットマン2人を雇って殺害した（ボッチア仲間ウィリー・ギャロも殺そうとしたが、殺しを引き受けたアーネスト・ルポロの銃撃は失敗し、ギャロは一命を取り留めた）。一説に、カード賭博の客から15万ドルを巻き上げたが、ボッチアが自分が連れてきた客だと言って3万5千ドルを要求したため、殺したとされる。1935年、トーマス・デューイの公共の敵リストに載った。1936年6月ルチアーノの逮捕により一家の代理ボスになった。1936年11月、アメリカ国籍を取得し、翌12月にパスポートを取得した後、現金75万ドルを持ってイタリアへ逃亡した。ジェノヴェーゼの国外脱出によりフランク・コステロが一家の代理ボスになった。
1920年代後半、シチリアマフィアのジョー・マッセリアの傘下に入り、マッセリアを通じてフランク・コステロ、ラッキー・ルチアーノやジョー・アドニスらと知り合った。1930年、マッセリアとサルヴァトーレ・マランツァーノの対立が沸騰していた頃（カステランマレーゼ戦争）、ブルックリンのバスビーチで紙幣偽造を行っていた。1931年4月、マッセリアは部下に裏切られて殺害されたが、ジェノヴェーゼも殺害に加担した1人と信じられている。ニューヨークのマフィア勢力を五大ファミリーに整理したマランツァーノは、ルチアーノを旧マッセリア派のボスと認めたが、国際シンジケートを目指すルチアーノの考え方と相容れず、同年9月、ルチアーノに謀殺された。一説に、ジェノヴェーゼはルチアーノ、コステロらと共にマランツァーノの暗殺リストに載っていたとされる。ジェノヴェーゼは、ルチアーノ・ファミリーの副ボスとなった。1930年代前半、グリニッジ・ヴィレッジに確固たる地盤を築き、賭博や密輸で大富豪になった。稼ぎが増えると、オリーブオイル貿易会社を立ち上げ、合法偽装した。1931年9月、最初の妻を結核で失い、悲しみにくれて豪華な葬儀をしたが、当時の新聞にその葬式の豪華さを報じられ、「オリーブオイルやイタリア産チーズの貿易商で、2つの大型レストランの経営者」と紹介された。翌年グリニッジ・ヴィレッジのクラブにいたアンナ・ペティーロ・ヴェルノティコと再婚した。
多数の遺物と、さらには温泉そのものから、テルマエの位置に関しては疑問の余地はないが、より古代の都市であるヒメラの場所に関しては最近まで議論の対象となっていた。ヒメラの名前はヒメラ川に由来するものであるが、16-17世紀の歴史家フィリップ・クルーヴァー（ee）は、テルミニのすぐ西を流れるサン・レオナルド川がヒメラ川で、ヒメラはその左岸にあったと考え、19世紀まではそれが主流となっていた。この仮説では、住民は川の左岸から右岸に移動しただけであり、ヒメラとテルマエが同一の都市と認識されていたことを説明できる。他方で、サン・レオナルド川がヒメラ川であると仮定するには問題点もあった；ヒメラ川に関する各種のデータは、16世紀の歴史家であるトマソ・ファッツェーロ（en）が唱えたように、その河口がテルミニの東8マイルにある現在のグランデ川（en）と一致する。現在では殆どの学者がこの説を受け入れている。キケロが「新しい都市は古い都市から遠くない場所に建設された」と記載してることから、8マイルの距離は離れすぎているとは言えないし、また「同じ領域」との説明もあることから、非常に近接していた訳でもないと推定される。さらに付け加えるならば、カルタゴ人にとって自身の植民都市であるソルスやパノルムスに近い場所に新しい都市を建設する（すなわちヒメラより西側）ことが望ましかったと思われる。ファッツェーロの説は、周囲の状況からも裏付けられている。海岸沿いのトッレ・ディ・ボンフォルネッロ（グランデ川の左岸で河口近く）をヒメラとするもので、そこには何の遺跡も残ってはいなかったが、花瓶や青銅製品、また多くの墓室が発掘されていた。他方、クルーヴァーも他の歴史家も、ヒメラ川西岸の古代の遺物に気づいていなかった。