島式ホーム1面2線を有する地上駅で、橋上駅舎を持つ。旧駅舎の老朽化とバリアフリー化のため、2011年（平成23年）10月から建て替え工事が行われ、2013年（平成25年）3月に、エスカレーター5基、エレベーター3基を備えた新駅舎が竣工した。このうち東西両出入り口には、エレベーター、エスカレーター上下方向のすべてが完備されているが、改札内の駅舎とホームをつなぐ箇所には、エレベーターと昇りエスカレーターのみが設置されていて下りエスカレーターは省略されている。また改札正面の自由通路には足元までの大きなガラス窓が設置され、開放感のあるデザインになっている。現駅舎は旧駅舎を使用中のまま新たに建設された関係上、旧駅舎とは位置がほとんど重複しないよう微妙にずれて建てられている。本体は旧駅舎より福生寄りに建てられていて、東口が線路から離れた場所にあるのも、旧駅舎の東口階段を避けてその外側に新たに建設されたためである。3代目駅舎時代の骨組みには一部古レールが使われていたが、現在もその一部がホーム中央部に残存している。JR東日本ステーションサービスが業務を受託する業務委託駅で、拝島駅が当駅を管理している。駅舎内には自動券売機3台（内1台は多機能券売機）と自動改札機3台、自動精算機1台が設置されている。終電後の時間帯は改札全体と自動券売機部分を覆うシャッターが下りるが、自由通路（延長79.7m、有効幅員3.4-7.1m）は福生市市道のため夜間も通行でき、エレベーター、エスカレーターも終日使用できる。初電から朝6時半まで有人改札の窓口はシャッターが下りていて、自動券売機も使用できず乗車駅証明書発行機を利用する。また上記を含め初電から終電まで1日7回、合計6時間11分にわたり駅員の休憩のため有人改札通路の窓口はシャッターが下りるが、通路の自動ドアは当然ながら自動開閉し、通路脇には集札箱も設置されている。駅員休憩時間には室内に駅員がいても対応はできないので、精算機で不可能な精算等は自動ドア利用の上、後日申し出るようにとの趣旨の案内がある。また2019年3月ダイヤ改正時よりホーム上の発車予定時刻表が撤去された。これは次発、次々発の列車はホームや改札の電光表示板を見れば分かるためであるが、改札口外側の時刻表は撤去されていない。
1962年（昭和37年）に制定の「ばい煙の排出の規制等に関する法律（ばい煙規制法）」が、日本で最初の大気汚染防止に関する法律である。ばい煙規制法は、石炭の燃焼による煤塵（ばいじん）の規制には、効果を発揮した。しかし、規制によって社会における主要な使用燃料が石炭から石油に移行すると、硫黄酸化物の排出量が増え、対応しきれなくなってきた。また、自動車排出ガスの規制が含まれていなかったことも大きな問題であった。そこで、1968年（昭和43年）にばい煙規制法を根本的に見直し、制定されたのが、大気汚染防止法である。しかし、この大気汚染防止法においても大気汚染の改善は見られず、深刻な公害問題に発展した。そこで、1970年（昭和45年）にいわゆる公害国会と呼ばれる第64回国会において、公害問題の早急な改善と汚染の防止を徹底するため、公害関係法令の抜本的整備が行われた。この時の大気汚染防止法の大幅な改正が、現在の原型である。この改正での主な特徴は、都道府県による上乗せ規制を設けられるようになったこと、違反に対して直罰を科せるようになったこと、排出規制が地域限定を廃止して全国に拡大したこと、などがあげられる。特に、地方自治体の権限を強化したことは、国の制度の整備に先駆けて地方自治体が行っていた公害対策に効果的な役割を果たすこととなった。1972年（昭和47年）には、水質汚濁防止法とともに、無過失責任にもとづく損害賠償の規定が導入された。1989年（平成元年）には、粉じんのうち石綿他の人の健康に係る被害を生ずるおそれのある物質を特定粉じんとし、これに伴い、特定粉じんを発生する施設を特定粉じん発生施設とした上で、特定粉じんの規制措置を設けた。（規制は1989年から施行。）1996年（平成8年）には、吹付け石綿が使用された建築物の解体等の作業を特定粉じん排出等作業に指定し、これに係る規制措置を設けたほか、有害大気汚染物質に係る対策、指定物質排出施設に係る規制措置、自動車排出ガスに係る許容限度の設定対象となる自動車に原動機付自転車を追加などを行うとともに、法の目的に、1)建築物の解体等に伴う粉じんの排出等を規制すること、及び2)有害大気汚染物質対策の実施を推進すること、を追加した。（特定粉じん排出等作業に関する規制は1997年から施行。）2004年（平成16年）には、浮遊粒子状物質（SPM）及び光化学オキシダントによる大気汚染の防止を図るため、揮発性有機化合物（VOC）を規制するための改正が行われた（規制は2006年（平成18年）から施行）。2006年（平成18年）には、石綿の飛散等による人の健康又は生活環境に係る被害を防止するため、従前から規制対象だった石綿を飛散させる原因となる建築材料が使用された建築物の解体等に加え、石綿を飛散させる原因となる建築材料しようされた工作物の解体等の作業についても特定粉じん排出等作業の規制対象とする改正が行われた。2010年（平成22年）には、一部の事業者において、「ばい煙量等」の測定結果の記録の改ざん等の事案が相次ぐとともに、排出基準の継続的な不適合事案も発覚したことを受け、都道府県知事が発動するばい煙排出者に対する改善命令等の要件から被害要件（人の健康又は生活環境に係る被害を生ずると認めること）を撤廃するとともに、事業者の責務に関する規定の創設、罰則の強化に関する改正が行われた。（事業者の責務に関する規定は2010年（平成22年）、その他は2011年（平成23年）から施行）。2013年（平成25年）には、建築物等に石綿が使用されているかどうかを事前に十分調査せず、石綿の飛散防止措置をとらなかったため、解体作業等において石綿が飛散したと推測される事例が生じていることや、工事の発注者が石綿の飛散防止措置の必要性を十分に認識せず、工事施工者に対し施工を求めること等により、工事施工者において十分な対応が採られないこと等が問題となっている点などを踏まえ、特定粉じん排出等作業の実施の届出義務者を特定工事を施工しようとする者から特定工事の発注者（又は自ら施工する者）に変更するとともに、解体等工事に係る調査及び説明等、発注者の配慮として工事費用への配慮の明確化などに関する改正が行われた。（2014年（平成26年）から施行）。2015年（平成27年）にも、水銀等の排出規制に関する改正が行われた。