ライバル誌だった『週刊ゴング』（2007年3月休刊）と紙面で舌戦を繰り返したことがある。特に1996年の新日本取材拒否の頃には「ゴングの記事など小学生にも書ける」という一般読者からの投稿をそのまま掲載したり、ゴング誌が取材を行わないで記事を書いているかのように匂わせるコラムが掲載、ゴング側の厳しい反論を呼ぶこととなった。また同時期には、長州力の週プロに対する批判意見を週刊ゴング1996年5月2日号にそのまま掲載した事（週プロ側曰く「ゴングは選手に喋らせたことをそのまま掲載するだけで掲載後の言葉の責任をとらない。自分達の手は決して汚そうとしない」）に端を発し、両誌面で激しいやりとりが行われた（長州へのインタビューを行ったり、週プロへの反論をゴングに書いたのは後のゴング編集長金澤克彦）。後に金澤はゴング誌における週プロへの反論の中で、「週プロは後に痛い目に遭う」と受け取れる発言を行い、金澤の発言通り山本は週プロ編集長を退任、週プロ自体の発行部数も数年間ゴングよりも下回る状態が続くことになった。ちなみに当時新日本プロレスでファイナルマッチを行なった馳浩が、近い将来全日本プロレス移籍の意思があることを初めて記事にしたのは週プロ（現編集長の佐藤正行の取材によるもの）であるが、10年以上経ってもゴング誌側は「このスクープはゴングが初めて記事にした」と譲らなかった。
山本の退社後、編集長に就任した濱部良典は専門誌（クラスマガジン）としての建て直しを図るとし、その結果、次第に山本色は払拭された。同時に後述の取材拒否も徐々に解除されていった。編集長は濱部の後、佐藤正行、本多誠と代わり、2005年にブック内マガジンとして『週刊プロレスNEXT AGE』をスタートするなど企画ページを増やした。本多の異動後は半年間、『週刊ベースボール』出身の長久保由治（取締役出版局長）でクッションを置いて、2007年4月から佐久間一彦が就任したが、インターネットによる情報の氾濫などから部数の減少傾向に歯止めをかけられず、2009年には表紙や新聞広告に「インターネットにない正しい情報載ってます」というフレーズを出していたこともあった（その後、公式ブログの開設など、インターネットと連動した動きも見せている＝外部リンク参照）。佐久間は2010年6月に退任、退社し、後任として佐藤が6年ぶりに復帰した。2017年からは長年新日本プロレス担当で『新日本プロレス Bi-monthly』編集長だった湯沢直哉が務めている。
ターザン山本こと山本隆司が2代目編集長を務めた時代は、週刊プロレスの黄金期ともいえる。雑誌の部数としても、単一競技を扱うスポーツ専門誌としては異例の60万部とも言われる部数を獲得したと言われている。しかし、山本の好き嫌いでプロレス界に圧力をかけるような記事を数々掲載した事により週プロと多くのプロレス団体の間には軋轢が生まれた。このことが後述する取材拒否の原因ともなっている。当時の同誌は「現状打破のオピニオンリーダー」を雑誌のコピーとして掲げ、表向きはファン本位の誌面を謳ったが、同誌の報道姿勢は批判がつきまとっていた。漫画家のいしかわじゅんも、こうした方針を「記事が偏向ぎみで、正しいジャーナリズムやマスコミの姿勢とは思えない」と自身の作品で批判している。これ以外にも、いしかわも関係していた『週刊プレイボーイ』のコラム欄が同誌を槍玉にあげたり、北野誠と竹内義和が『SPA!』で持っていた連載企画『なにわ通信』で前田日明を迎えての対談が行われた際、山本編集長末期の編集姿勢について「（山本に）公開討論を申し込みましょう」という話が持ちあがったこともある。また漫画家の小林よしのりは、初期の『ゴーマニズム宣言』のなかで、やはり当時の山本の姿勢を批判している。こうした批判は高まりをみせ、1996年2月から3月までにかけて新日本プロレスなどから取材拒否を受け（後述）、これを機に山本は団体の他にも週プロ読者やライバル誌であった『週刊ゴング』をも挑発するような紙面作りへと転換し、このことから販売部数を著しく減じることとなった。山本はこの責任を取る形で1996年6月に編集長を退任し、ほどなくベースボール・マガジン社からも退社した。
「（主人公やヒロインの精神年齢に対する）肉体の年齢が、ある日突然大きく狂わされる」または「肉体の年齢を飛び越える」というモチーフを多く使用している。例えば、年上の恋人と同い年になるためにタイムスリップを試みる少年を描いたデビュー作『ちょっとまってて』、桜が起こした奇跡で青年の姿に若返った老剣士が、つかの間蘇った青春を楽しむ活劇『プレイ イット アゲイン』、永遠の命をもたらす伝説の宝石を追う組織に父親を殺害された高校生が、組織の野望を砕くために二代目怪盗として活躍する『まじっく快斗』、若い娘の生気を吸い老婆に変える宇宙人の女王によってヒロインが老婆の姿にされる『YAIBA』かぐや編、名探偵として名を馳せた高校生が未完成の毒薬の作用で小学1年生相当の姿に若返り、探偵としての地位や証言能力を失った状態で正体を隠したまま組織を追うため、奇想天外な秘密道具の行使や幼馴染の父を影武者に仕立て上げる事で子供姿のまま探偵稼業を続ける『名探偵コナン』など。以前は作品が完結しないで連載・執筆を終えることもあった。しかし『名探偵コナン』の最終回のプロットは、作者自身の頭の中ですでに出来上がっていると話している。アニメーター志望であったこともあり、『剣勇伝説YAIBA』の最終回や『名探偵コナン』の劇場版では、原画や絵コンテをはじめ、ゲストキャラクターのデザインや脚本の監修など（いずれも一部）、積極的に関わっている。原画は、主にクライマックスなど、キャラクターの見せ場となるシーンを担当している。絵の特徴である眼のハイライトの入れ方のルーツは、大学1年の時にハマっていた『戦闘メカ ザブングル』のキャラの瞳。通称「ネジ目」と呼ばれる虹彩のない瞳に1本のハイライトが入ったデザインを変化させ、もっとキラキラさせたのが最初とのこと。また、光の入れ方には「目線の逆方向に入れる」という法則がある。