オランダ東インド会社の東インド総部バタヴィアで、クーンはマカオ遠征に8隻からなる艦隊を組織した。さらに途中オランダ船と遭遇した場合、拿捕して遠征艦隊に加える命令を出した。上陸軍の兵士は厳選され、アジア人兵士の比率は通常より下げられた（当時の植民地軍は先導に現地人を雇用するのが通例であった）。クーンは遠征隊に満足し、本国のデン・ハーグの総部に向けた手紙で「このような宏大な遠征」に自ら参加できなかったことを悔いた、と書いた。本国の総部はそう思わず、すでに多くの戦争をしたとしてクーンに待つよう命令した。しかし、コルネリス・レイエルセン率いる艦隊はこの命令が発される前の1622年4月10日にすでに出発してしまったのであった。遠征の最終的な目標は中国沿岸にオランダの拠点を確保し、中国に貿易を強制させることだったので、レイエルセンにはマカオを攻撃しないという選択肢もあり、その場合は代わりに澎湖で築城する計画だった。6月8日、艦隊は薪と水の補給にカムラン湾に入り、そこでインドシナ半島のはずれで遭遇したオランダ船4隻を艦隊に組み入れ、また船1隻をマニラの海上封鎖の（イングランド＝オランダ連合艦隊の）任務についているウィレム・ヤンスゾーンに援軍として派遣した。このため、2日後に艦隊がカムラン湾を出たときには艦隊は11隻になった。数日後、シャム籍のジャンク船が通りかかった。このジャンク船にはシャム人28人と日本人20人が乗っていたが、日本人たちはオランダ人の遠征に参加したいと申し出て許された。これで上陸軍は約600人になり、中には日本人、マレー人、バンダ諸島の人もいた。遠征の前、クーンはヤンスゾーンにマニラ封鎖の船を数隻遠征隊に派遣するよう命令した。そのため、5月29日以降、オランダ船2隻とイングランド船2隻はマカオの外で待っていた。合流待ちの間、この4隻の船はマカオの海上交通を妨害しようとしたが、ポルトガル船の拿捕には失敗した。ポルトガルの日本への航海船隊の司令官ロポ・サルメント・デ・カルヴァーリョが大急ぎでジャンク船7隻を銃で武装させ、護衛につかせたからであった。遠征艦隊は6月21日にマカオ近海に到着、先に到着した船と合流した。イングランド船は海戦への参加を許されたが上陸や戦利品の獲得は許可されなかったので、イングランド船の艦長は戦闘への参加を拒否した。このため、レイエルセンの指揮下には船13隻、1,300人（うち上陸軍800人）があった。
ペルーに探検にやってきたあるイギリス人探検家は、そこで知性のあるクマの夫婦に遭遇する。探検家はクマたちと意気投合し、「いつかロンドンを訪ねてきなさい」と約束を交わして帰国する。40年後、クマの夫婦は年をとりロンドンへ行くことは叶わなかったが、彼らの甥は夫婦から話を聞き、ロンドンへの憧れを抱いていた。ある日、彼らの住む土地に大地震が発生し、叔父パストゥーゾが死んでしまう。叔母ルーシーは"老クマホーム"への入居を決め、甥クマは彼女に勧められ、新しい家を求めて探検家のいるロンドンに向かう。しかし、ロンドンに着いたクマは誰からも相手にされず夜のパディントン駅で途方に暮れてしまう。そこに旅行から帰ってきたブラウン一家が通りかかり、母親であるメアリーはひとりぼっちのクマに声をかける。彼女はクマに、駅の名前を取って"パディントン"と名付け家に招待し、彼が自分の住処を見つけられるまで家に住まわせてあげることにした。しかし、都会の暮らしに慣れていないパディントンはさっそく騒動を引き起こしてしまい、一家の主ヘンリーから煙たがられてしまう。パディントンは探検家の行方を探すために、メアリーの協力で骨董品店を営むサミュエルの元を訪れる。その途中、パディントンは店を出ていく客が財布を落としたのを目撃し、財布を渡そうと客を追いかける。パディントンは街中で騒ぎを起こしながらも客に追いつくが、なんと客の正体はスリの常習犯だったため、その場で警察に逮捕される。彼は一躍街のヒーローとなり、ブラウン一家の娘ジュディや息子ジョナサンからも慕われるようになる。同じころ、パディントンの噂を聞いた自然史博物館のミリセントは、彼を剥製にしようと行方を探し始める。サミュエルの協力で、探検家が地理学者協会の一員だと知らされたパディントンは、ヘンリーと共に協会を訪れるが、「ペルーを探検した協会員は存在しない」と返答される。二人は協会に忍び込み資料を探し、探検家の情報を見付け出す。パディントンは記録映像を見て、探検家の名前が「モンゴメリー・クライド」だと知る。そのころ、ブラウン一家の隣人カリーからパディントンのことを聞き出したミリセントは、彼を利用してパディントンを監視させる。彼女は一家の留守を狙いパディントンを誘拐しようとするが失敗し、撤退する。パディントンは連れ去られそうになったことをブラウン一家に話すが、信じてもらえず厄介者扱いされてしまう。ショックを受けたパディントンは家を飛び出し、一人でクライドを探し始める。パディントンは名前を頼りにクライドを探し回り、ついに彼の家を発見する。ところが出てきたのは、なんと彼の娘であるミリセントであった。パディントンは彼女に捕まってしまい、自然史博物館へと連れていかれる。その現場を目撃したカリーはヘンリーに連絡し、事実を知ったブラウン一家はパディントンを助けるために自然史博物館に向かう。博物館に到着したミリセントは、「父がクマを捕獲して剥製にすることを拒んだために地理学者協会を追放され、そのために巻き添えになった自分は極貧生活を強いられた」と語り、パディントンを剥製にしようとする。しかし間一髪ヘンリーに助けられたパディントンは屋上に逃げてブラウン一家と合流するが、ミリセントに追いつかれてしまう。彼はハトを利用してミリセントを撃退し、和解したブラウン一家の元で再び暮らし始める。