1933年の帝国議会選挙で、国家社会主義ドイツ労働党 (NSDAP) は32.3%の票を獲得した。3月9日の「バイエルン国家革命」の開始により、アウクスブルクでは政敵に対するテロが始まった。1929年に選出された市議会は1933年3月末に解散され、3月5日の帝国議会選挙の結果に基づいて（ただしドイツ共産党 (KPD)を除いた形で）市議会の議席が割り当てられた。市政のすべての委員会から締め出されたドイツ社会民主党 (SPD) はNSDAPの市議らによる圧力を受けて5月に市議会を去り、7月5日にはバイエルン人民党 (BVP) の議員もこれに続いた。ドイツ国家人民党 (DNVP) の議員はNSDAPに協力を誓った。4月28日の市議会で第2市長でSPD所属のフリードリヒ・アッカーマンは名目上辞任をし、それ以前に委任を取り付けていたヨーゼフ・マイアー (NSDAP) が新たに第2市長に就任した。7月31日には上級市長のオットー・ボール (BVP) が解任され、8月3日に開催された市議会はエドムント・シュテックレ (NSDAP) を後任とした。こうしてこの街におけるナチスの権力掌握は完了した。これ以前の3月9日にはすでに共産主義活動家が「保護検束」（すなわち拘禁）された。逮捕は初め共産主義者や社会民主主義者に対して行われていたが、やがてユダヤ人やBVP議員などのNSDAPの政敵らにも及ぶようになった。1934年4月30日のゼンガーハレ（現在のヴィッテルスバッハ公園内）の火災はその逮捕の波を助長させた。1933年新たに成立したドイツ帝国はバイエルンを6つの大管区に分割した。アウクスブルクはシュヴァーベン大管区の首都となった。1938年11月のユダヤ人排斥運動では11月10日にハルダー通りのシナゴーグが放火され、ユダヤ人の商店や私邸が襲撃された。1985年にシナゴーグは長い修復作業を終えて再開され、一部はユダヤ博物館に利用されている。ハウンシュテッター通りのユダヤ人墓地にはユダヤ人犠牲者のための追悼碑が建てられている。ビーボ・ヴァーガーをはじめとするレジスタンス運動の闘士や、SPDの州議会議員クレメンス・ヘックらがナチス時代に殺害されている。第二次世界大戦中は、軍需産業の分散化政策に基づき、飛行機製造のメッサーシュミットAG がアウクスブルクに造られ、周辺地域にはダッハウ強制収容所の外部収容所が多く設けられた。クリークスハーバー地区では、現在のウルマー通り沿いの産業公園の場所に女子収容所が造られ、500人のハンガリー系ユダヤ人が収容されていた。ハウンシュテッテン地区では、インニンガー通りの旧砂利採取場付近に2,700人を収容する男子収容所が建設された。この収容所が空爆により破壊された後、プファーゼーの空軍兵舎の場所に新しい収容所が設けられた。ガプリンゲン地区にも1,000人を収容する施設があり、ホールガウにも収容所が設けられていた。235人の収容者が親衛隊に殺害されたか、あるいは劣悪な生活環境に耐えられず亡くなり、西墓地に埋葬された。ここには3つの記念板が掲げられている。2,000人の収容者は1945年の春にプファーゼー兵舎からクリンマハ（現在はシュヴァープミュンヘンの一部）へ死の行進が行われ、多くが命を落とした。アウクスブルクは第二次世界大戦中、空爆により甚大な被害を受けた。メッサーシュミットやMANといった重要な軍需企業があったため、連合軍の空爆目標になったのである。アウクスブルクは10回以上の空爆を受け、このうち2回は大きな被害をもたらした。1942年4月17日の攻撃ではMANのU-ボートのエンジン生産が、1944年2月25日から26日の攻撃ではメッサーシュミットの工場と南ドイツの鉄道の分岐点となっていた中央駅が破壊された。1945年4月28日にアメリカ軍の第7軍の部隊が抵抗を受けることなくアウクスブルクに入り、多くの兵舎や基地をこの街に築いた。これらは最後の部隊が撤退した1998年になって初めて完全に返還された。
海軍の兵食改革（洋食＋麦飯）に否定的な陸軍は、日清戦争時に勅令で「戦時陸軍給与規則」を公布し、戦時兵食として「1日に精米6合（白米900g）、肉・魚150g、野菜類150g、漬物類56g」を基準とする日本食を採用した（1894年（明治27年）7月31日）。ただし、大本営陸軍部で野戦衛生長官を務める石黒忠悳（陸軍省医務局長）の米飯過信・副食軽視が災いの大もとであった。戦時兵食の内容が決められたものの、軍の輸送能力が低いこともあり、しばしば兵站が滞った。特に緒戦の朝鮮半島では、食料の現地調達と補給に苦しみ、平壌攻略戦では野津道貫第五師団長以下が黒粟などを口にする状況であった。黄海海戦後、1894年（明治27年）10月下旬から遼東半島に上陸した第二軍の一部で脚気患者が出ると、経験的に夏の脚気多発が知られている中、事態を憂慮した土岐頼徳第二軍軍医部長が麦飯給与の稟議を提出した（1895年（明治28年）2月15日）。しかし、その「稟議は施行せらるる筈（はず）なりしも、新作戦上海運すこぶる頻繁なる等、種々の困難陸続発起し、ついに実行の運（はこび）に至らさりしは、最も遺憾とする所なり」と、結局のところ麦飯は給与されなかった。その困難の一つは、森林太郎（鴎外）第二軍兵站部軍医部長が反対したとされる（もっとも上記の通り勅令の「戦時陸軍給与規則」に麦はなく、また戦時兵食を変更する権限は野戦衛生長官にあり、当時の戦時衛生勤務令では、土岐のような軍の軍医部長は「戦況上……野戦衛生長官ト連絡ヲ絶ツ時」だけ、同長官と同じ職務権限が与えられた）。下関条約（日清講和条約）調印後の台湾平定（乙未戦争）では、高温という脚気が発生しやすい条件の下、内地から白米が十分に送られても副食が貧弱であったため、脚気が流行した。しかも、1895年（明治28年）9月18日付けの『時事新報』で、石神亨海軍軍医が同紙に掲載されていた石黒の談話文「脚気をせん滅するのは、はなはだ困難である」（9月6日付け）を批判し、さらに11月3日と5日付けの同紙には、斎藤有記海軍軍医による陸軍衛生当局を批判する文が掲載された。両名とも、麦飯を給与しない陸軍衛生当局を厳しく批判していた。しかし、11月に「台湾戍兵（じゅへい）の衛生について意見」という石黒の意見書が陸軍中枢に提出されており、同書で石黒は兵食の基本（白米飯）を変えてはならないとした。そうした結果、かつて遼東半島で麦飯給与に動いた土岐が台湾に着任し（1896年（明治29年）1月16日）、独断で麦飯給与に踏み切るまで、脚気の流行が鎮まる兆候がなかった。ただし、その越権行為は明白な軍規違反であり、土岐（陸軍軍医総監・序列第三位）は帰京（即日休職）を命じられ、5年後そのまま予備役に編入された（軍法会議などで公になると、石黒（同・序列第一位）の統率責任と軍規違反の経緯などが問われかねなかった）。