2018年7月8日、アルジェリア代表監督への復帰で合意したと報じられたが、同年7月20日にアルジェリアサッカー連盟会長が同監督との契約交渉が破談したことを認めた。名誉毀損と謝罪広告を求める訴訟の弁論準備手続きが9月25日、東京地裁で行われた。下記FCナントのシーズン中に担当弁護士に連絡し「言うべきことは主張した。争いはもうやめたい」としてこの訴訟を取り下げた。
2015年3月12日、日本サッカー協会の要請を受諾して日本代表監督に年俸200万ドル(約２億7000万円)で就任。代表監督への就任は3ヵ国目、公用語がフランス語ではない国は初めてとなった。2017年8月にはアジア最終予選を1位で通過、2018 FIFAワールドカップの出場権を獲得した。
2011年6月、アルジェリア代表監督に就任。アフリカで重要視されているアフリカネイションズカップ(アフリカ代表王者を決める大陸選手権)では、2012年大会予選D組4チーム中3位で予選敗退で本大会出場できず、2013年大会は予選は突破したものの本大会グループリーグD組で最下位で敗退と同大会で立て続けに結果を残せず、解任危機に陥った。同時期に並行して行われていた2014年ブラジルＷ杯アフリカ2次予選H組は首位で快進撃を続けていたので辛うじて解任されなかった。2013年11月19日、2014年ブラジルＷ杯アフリカ最終予選最終戦で予選突破を決め、2014年ブラジルＷ杯出場を決めた。ブラジルＷ杯本大会メンバーは、アフリカ最終予選最終戦メンバーから当時19歳のMFナビル・ベンタレブ、イングランド2部リーグのレスター所属の当時無名の攻撃的MFリヤド・マフレズなど5名を抜擢し、入れ替えた。約1年半前の2013年アフリカネーションズカップメンバーからでは、約半数の12名の選手が入れ替わっていた。ブラジルＷ杯グループリーグＨ組では、初戦でベルギーに1-2で逆転負けしたものの、第2戦は韓国に4-2で勝利し、第3戦のロシアと1-1で引き分けてグループリーグを2位で突破し、アルジェリア史上初のベスト16入りを果たした。続く決勝トーナメント1回戦では優勝候補で実際にこの大会で優勝したドイツと対戦し、堅守と縦への鋭い攻撃で、ドイツを苦しめた。正規の90分では0-0で決着がつかず、延長戦に突入した。延長戦では2失点し、最後まで諦めることなく１点を返したものの、1-2で敗れた。ハリルホジッチは、この時点でも高く評価されていたが、ドイツが優勝した後は、そのドイツを最も苦しめたのが、アルジェリア代表であったことから、世界的にさらに高い評価を受けるようになった。帰国したアルジェリア代表をアルジェリアの首相が出迎え、同国首都アルジェで凱旋パレードが行われた。同代表監督継続を示されたが、固辞した。以降、アルジェリア国民は、ハリルホジッチを英雄視し、アルジェリア代表が苦境に陥る度に、ハリル待望論が出るようになった｛実際に、サポーターが代表戦中にハリルホジッチの名前を称えながら連呼したり、同監督の日本代表監督解任後にオファーを出したりしている(日本代表監督解任後の項で後述)｝。
バラク（Barak）やヘター（Hettar）とともに、ガリオン（Garion）の《アルダーの珠》探索の旅の仲間に加わる。そんな中でも商売を忘れることはなく、ガリオンにも手伝いをさせていたほどである。ガリオンにドラスニアの『指言葉』を教えたのも彼である。一方、世界中で様々なトラブルを巻き起こしていたのも事実である。コトゥでは女密偵兼娼婦のベスラ（Bethra）に暗殺されそうになったり、以前トルネドラのスパイから偽の訴訟を起こされて兵士と口論になった際、誤ってクトル・マーゴスの王タウル・ウルガス（Taur Urgas）の長男を殺してしまったことでタウル・ウルガスから恨みをかって、暗殺組織ダガシのコルドッチ（Kordoch、ファルドー農園にやってきたブリル（Brill）の正体）に捕まり、囚われの身となってしまったりする。このとき、壁抜けが得意なウルゴ人の仲間レルグ（Relg）に助けてもらうのだが、そのせいで閉所恐怖症が悪化してしまう。以降、レルグが得意技を使うときは背を向けるようになってしまった。クトル・マーゴスのラク・クトルにあるクトゥーチク（Ctuchik）の居所でコルドッチを倒し、クトゥーチクとの死闘でベルガラスが昏倒し、ポルガラが彼の看病に当たらなければならなくなったとき、ガリオンに自分たちに指示するよう命じた。リヴァの王位に就いたガリオンことベルガリオン（Belgarion）がトラク（Torak）を倒すため旅に出ようとした際、最強の魔術師ベルガラスとともに、トラクの眠るクトル・ミシュラクへ行くメンバーに選ばれる。この場面で彼がいかに重要なキャラクターの一人であることが痛切にわかる。ガリオン、ベルガラスとともにクトル・ミシュラクを目指している最中、様々な出来事に遭遇する。ヤーブレックからガール・オグ・ナドラクの国王ドロスタ・レク・タン（Drosta lek Thun）に引き合わされ、ドラスニアとの同盟のメッセージを伝えてもらうよう依頼されたり（この仕事はヤーブレックが引き受けることになった）、悪魔崇拝の強いモリンド人の土地に入った際は、夢見師としてたくましい想像力を発揮させて『悪魔アグリンジャ（Agrinja）』の特徴を語り、それをモリンド人たちに見せなければならないベルガラスを困らせた。トラクとの戦いが終わってからは、スパイとしてアンガラク諸国を回り、その情勢をガリオンに伝えた。そのとき仲間のヘターがガリオンの母方の従姉妹アダーラ（Adara）と結婚することも伝えている。また、ナドラク人の商人ヤーブレックとパートナーとなり、世界的な商業組織を作り上げる計画も打ち明ける。