1990年代、丸善の経営が悪化し、東証一部上場の同社株式は仕手株となった。1999年、プリンストン債事件に巻き込まれ、56億円もの多額の特別損失を計上した。2004年9月、旧・日本橋店に代わる基幹店「丸の内本店」を丸の内オアゾに出店、日本橋店は一旦閉店して建て替えを実施する。2005年8月3日、経済産業省に提出した産業再生法に基づく事業再構築計画が認定され、登録免許税の軽減措置を受けることとなった。翌8月4日に、大和証券SMBCプリンシパル・インベストメンツから1000億円の出資を受け、同社が21.66%の筆頭株主となり、再構築計画を実施することとなる。2007年8月3日、大日本印刷(DNP)と資本・業務提携。同月10日の大和証券SMBCプリンシパル・インベストメンツからの株式譲渡、2008年5月13日と8月20日の第三者割当増資を経て、大日本印刷の子会社となる。2009年9月、大日本印刷のプレスリリースにより、同社出資の下で、丸善株式会社、株式会社図書館流通センター、株式会社ジュンク堂書店の3社が経営統合する方針である旨を公表。2010年2月1日、丸善と図書館流通センターが事業持株会社 「CHIグループ株式会社」を設立し、株式移転を行い経営統合した。これにより丸善は上場廃止となり、代わりにCHIグループが新規上場した。2010年8月、店舗運営部門を分社し「丸善書店株式会社」を設立。2011年2月、ジュンク堂書店と丸善書店がCHIグループの子会社となる。出版事業部を分社化して「丸善出版株式会社」を設立し、同日付でCHIグループの完全子会社へ移行した。2011年5月、CHIグループが「丸善CHIホールディングス株式会社」に商号変更。2015年2月、丸善書店がジュンク堂書店を吸収合併し、商号を「株式会社丸善ジュンク堂書店」に変更した。2016年2月1日、丸善株式会社が雄松堂書店を吸収合併し、商号を「丸善雄松堂株式会社」に変更した。
創業は、明治2年1月1日（1869年2月11日）。創業時の社名は「丸屋商社」その登記簿に、代表者として「丸屋善八」という架空の人物を記載したことから丸善の名が生まれることになった。最初の店舗である日本橋店は「丸屋善八店（英名Z.P.Maruya & Co.Ltd.）」を名乗る。創業者は福澤諭吉の門人・早矢仕有的（はやしゆうてき）である。和田垣謙三によればこの屋号は早矢仕が福沢と相談の上選定したものであり、元は「球善（まるぜん）」であり、球（たま）は地球を意味し、洋書を輸入販売することは知識を世界に求めることであるとの意味が込められているという。設立当初から、世襲が基本だった当時の商習慣を廃し、所有と経営を分離するなど、事実上日本初の近代的会社として知られる。丸善は近代日本における西洋の文化・学術紹介に貢献し、その紹介する商品によって培われた気風は「丸善文化」と呼ばれ、多くの文化人に愛された。また書店のみならず、学術情報から服飾・高級文具・建築まで幅広く手がけており、創業時よりの商社的性質が現在も残る。1947年には司忠が社長に就任してワンマン独裁宣言を行った。
韓国人は請求権問題で日本政府に補償と謝罪を求め続けてきたが、2009年8月14日、ソウル行政裁判所は、大韓民国外交通商部が裁判所に提出した1965年当時の書面に「日本に動員された被害者（未払い賃金）供託金は請求権協定を通じ、日本から無償で受け取った3億ドルに含まれているとみるべきで、日本政府に請求権を行使するのは難しい」と記述されていることを明らかにした。韓国政府は、日韓基本条約締結時からこの付随協定の内容を韓国民に伏せており、韓国政府の公式見解が明らかにされたのはこの時が初めてである。1965年当時の韓国政府は日韓請求権協定の中に朝鮮半島出身労働者の不払い賃金が対価も含まれると判断していたのである。2009年8月14日以降、韓国メディアはこれに対し、朝鮮半島出身労働者は日韓両政府に補償・謝罪・日韓交渉を求めなければならないということが明らかになったと報道している。条約締結以前の1946年、日本政府は日本企業に対して朝鮮人に対する未払い額を供託所に供託するよう指示を行っている。2009年8月現在、日本に供託形態で保管されたままとなっている韓国・朝鮮人への不払い賃金額は、強制動員労務者2億1500万円、軍人・軍属9100万円などで総額3億600万円となっているが、現在の日本は1965年の請求権協定により完全かつ最終的に解決したとしている。2010年3月15日、李明博大統領の時、韓国政府は慰安婦、サハリン残留韓国人、韓国人原爆被害者については対象外だとして「日本政府の法的責任を追及し、誠意ある措置を取るよう促している」とした。これに対して日本政府は、同年3月17日、「財産及び請求権に関する問題の解決並びに経済協力に関する日本国と大韓民国との間の協定により、両国間における請求権は、完全かつ最終的に解決されている」という見解を発表した。2012年5月24日、韓国では、第二次世界大戦の際に労働者として徴用された韓国人9名が三菱重工と新日本製鉄に対して損害賠償を請求した訴訟の上告審において、大法院が『個人の請求権は消滅していない』との判断を下し、原審に差し戻した。これは、韓国司法によってそれまでの日韓請求権協定に関する日本政府との見解および韓国政府の見解が却下されたことを意味している。（詳細は徴用工訴訟問題を参照）2013年8月6日、日本共産党の笠井亮議員により、小和田恒元外務省事務次官（本協定締結の1965年当時、外務省条約局法規課員）が、『対立する問題は可能なすべての外交交渉により解決すべき』という趣旨の文書『解説・日韓条約』をまとめていたことが判明している。この『解説・日韓条約』は、「何が『紛争』に当たるか」の問いに対して「ある問題について明らかに対立する見解を持するという事態が生じたとき」と明記しており、また、紛争の発生時期については「何らの制限も付されていない」とし、「今後、生じることのあるすべての紛争が対象になるべき」だと説明している。その上で、日韓間で紛争が生じた場合は、「まず外交上の経路を通じて解決するため、可能なすべての努力を試みなければならないことはいうまでもない」と解説しており、しんぶん赤旗は日本政府の立場と明らかに違う内容で注目されるとしている。