7月30日、シリア軍のムアーウィヤとアムルは自軍の劣勢を挽回するため策を講じ、兵士の槍の穂先にコーランの紙片を掲げさせて和平を呼びかけた。これを見てイラク軍は動揺し、一部の部隊が戦闘を放棄した。アリーはこの呼びかけを敵の策略であるとして戦闘継続を命じたが、この兵士たちはアリーの本陣を取り囲んで戦闘中止を強要した。しかしこの時点では、アシュタルに率いられた大部分の部隊は依然戦いを続けていた。アリーは本陣を取り囲む兵士たちが次第に脅迫的な態度に転じるのを見て脅威を覚え、前線で指揮を取るアシュタルを呼び寄せた。そこでアシュタルと和平論者のあいだで激しい口論が起き、イラク全軍は戦闘中止に追い込まれた。アリーは和平論者に強いられてキンダ族の族長アシュアス・イブン＝カイスをシリア軍に送って彼らの行動の意味を尋ねさせたが、ムアーウィヤと協議したアシュアスはアリーの許可を得ることなく独断で和平を受け入れてしまう。その結果、両軍の停戦が成立し、後日アリー側とムアーウィヤ側の各代表者がクーファとダマスクスの中間地点で協議して、問題の正式な裁定を行なうことが決定された（ドゥーマト・アッ＝ジャンダルの和議）。この「問題」についてアリー側はウスマーン殺害者の引渡しをめぐるものと解釈したが、ムアーウィヤ側は誰がウンマの指導者として相応しいかという議論をも含むものと主張した。
7月26日（イスラーム暦2月8日）、開戦の態勢が整った。最初にイラク側から古式通りに一騎討ちが呼びかけられたが、シリア側がこれを無視したため開戦のきっかけがつかめず、その日は両軍対峙のままで終わった。翌日になって全面衝突がはじまった。イラク軍ではアリーが中央で自らメディナの騎兵部隊の指揮を取り、左翼には副将アシュタルとウマル・イブン＝ヤースィルが率いるクーファ軍、右翼にはサフル・イブン＝ハニーフとカイス・イブン＝サアドが率いるバスラ軍が展開していた。一方ムアーウィヤは護衛に囲まれて天幕の中に待機し、アムル・イブン・アル＝アースが実戦の指揮を取った。まずシリア軍のアムル・イブン・アル＝アースが重装騎兵を率いてイラク軍中央に突撃し、アリーの身近まで迫ったため、アリーは自ら剣をふるって敵兵を渡り合った。敗走しかけた兵士たちがこれを見て立ち直り、辛うじてシリア軍を撃退した。ついでイラク側のマリク・イブン・アシュタルがクーファとバスラの騎兵を率いてシリア軍に突撃し、ムアーウィヤの五重の防御陣のうち三列目にまで突入した。ここで辛うじてシリア軍がこれを撃退し、夜まで戦闘が続いた。28日には最大の激戦が展開され、アシュタルの率いる騎馬隊の攻撃によってシリア軍は大損害を出した。ついで90歳という高齢でありながらアリー軍に加わっていた著名なサハーバのアンマール・イブン＝ヤーセルとハーシム・イブン＝ウトバがシリア軍に突入して壮烈な戦死を遂げた。この事件によって両軍の将兵は大いに動揺した。その後も激しい戦いが3日間にわたって続き、次第にシリア側が劣勢となっていった。
両軍の戦いは水場の争奪からはじまった。最初ムアーウィヤは副将アムル・イブン・アル＝アースに1万の兵を預けてユーフラテス河岸を確保させており、戦場に到着したイラク軍は渇きに苦しんだ。そこでアリーはムアーウィヤに使者を送って同じムスリムとして水場を公平に使わせてくれるよう依頼したが、ムアーウィヤは明確な返答を与えずに時間を稼ぎ、水場の軍を増強した。アリーはこの事態を憂慮し、副将マリク・イブン＝アシュタルに命じて河岸の軍勢を攻撃させ、シリア軍を追い払って水場を確保した。そこで今度はムアーウィヤがアリーに水場の使用を求めたが、アリーは側近たちの反対を押し切ってこれを認めた。その結果、両軍の兵士たちのあいだで融和の雰囲気が生まれ、戦況は膠着状態となった。この間にアリーとムアーウィヤは互いに使者を交換し、相互に非難を繰り返したが、どちらも相手方に非を認めさせることはできなかった。アリーは最後に一対一の決闘で方をつけることを提案したが、これはムアーウィヤによって拒絶された。
657年5月（イスラーム暦36年12月）、アリーはイラクとヒジャーズから召集した9万の軍を率いてクーファを進発し、ティグリス川の西岸沿いに北上した。砂漠地帯を横断してイラク北部のラッカでユーフラテス川を渡り、シリア国境のスール・ルームで最初の交戦が行なわれ、イラク軍が勝利をおさめた。一方ムアーウィヤは12万のシリア軍を率いてスィッフィーンの荒野に陣を敷き、川沿いを封鎖して水の供給を確保した上でイラク軍の到着を待ち構えていた。スィッフィーンはアレッポ東方のユーフラテス川西岸に位置する。
世界を精神原理と物質原理に二分する、厳密な二元論を特徴とする（精神と肉体の二元論ではない）。精神原理としての「神我」（プルシャ, 純粋精神, 自己, アートマンとほぼ同意）と、物質原理としての「自性」（プラクリティ, 根本原質）の2つを世界の根源だと想定した。物質世界は全て自性から開展して生じ、思考器官（意）や自我意識（我慢）といった心も、精神ではなく物質であり、人間の身体の一器官にすぎないと考えられた。アーユルヴェーダに影響を与えたサーンキヤの思想に、トリ・グナ説がある。世界が展開する前の自性は、サットヴァ（純質）、ラジャス（激質）、タマス（闇質）というトリ・グナ（3つの特性）が均衡した静止状態にある。神我の観照（関心、観察）によってラジャスの活動が起こると、トリ・グナのバランスが崩れて世界が開展（流出）する。開展の過程は図の通りである。一方、神我は一切変化しない。「神我、自性、覚（大とも）、我慢、十一根（意・五知根・五作根）、五唯、五大」を合わせて「二十五諦」（二十五の原理）と呼ぶ。（「諦（Tattva）」は真理を意味する。）神我はそもそも解脱した清浄なものなので、輪廻から解脱するには、自らの神我を清めてその本性を現出させなければならない。そのためには、二十五諦を正しく理解し、ヨーガの修行を行わなければならないとされた。解脱のためのヨーガの実修は、サーンキヤ学派だけでなく、古代インド哲学・宗教のほとんどで行われていた。六派哲学のひとつヨーガ学派は、サーンキヤ学派に大きな影響を受けている。現代のアメリカや日本では、アーユルヴェーダはヨーガと共に語られることも多い（ただし現代のヨーガの多くは、ヨーガの密教版ともいうべきハタ・ヨーガの系統である）。しかし、インドで人生の四目的とされる法（ダルマ）、財（アルタ）、愛（カーマ）、解脱（モークシャ）のうち、解脱は医学の説くところではなく、アーユルヴェーダとヨーガはインドでは別々のものとみなされている。