民主党鳩山由紀夫内閣の時代に、「日米規制改革委員会」が廃止され年次改革要望書の交換も事実上停止した。しかしその後もアメリカは、駐日アメリカ合衆国大使館サイトにおいて、「日米経済調和対話」と題し産業のいくつかの分野について『米国政府は、実行可能な範囲において、両国のシステム、規制アプローチ、その他の措置や政策の調和に向け、この共通の目標を推進する形で日本と緊密に協働することを期待する。』とする文章を掲載していた。2011年（平成23年）3月に日本側では外務省サイトにおいて、貿易の円滑化、ビジネス環境や個別案件、共通の関心を有する地域の課題等について、日本とアメリカ両国が協力し取り組むための、「日米経済調和対話」事務レベル会合の開催を発表した。
竹中平蔵郵政民営化担当大臣は2004年（平成16年）10月19日の衆議院予算委員会で小泉俊明の「（年次改革要望書を）御存じですね」という質問に対して、「（年次改革要望書の存在を）存じ上げております」と答弁した。2005年（平成17年）6月7日の衆議院郵政民営化特別委員会では、城内実の「郵政について日本政府は米国と過去1年間に何回協議をしたか」、「米国の対日要求で拒否したものはあるか」という質問に対して、竹中大臣は米国と17回協議したことを認めるも、対日要求についての具体的言及は避けた。郵政法案の審議が大詰めを迎えた2005年（平成17年）8月2日の参議院郵政民営化特別委員会で桜井充の「（年次改革要望書に）アメリカの要望として日本における郵政民営化について書かれている。（中略）国民のための改正なのか、米国の意向を受けた改正なのか分からない」という質問に対し、竹中大臣は「アメリカがそういうことを言い出す前から小泉総理は（もう十年二十年）ずっと郵政民営化を言っておられる。アメリカはどういう意図で言っておられるか私は知りませんが、これは国のためにやっております。このまあ一年二年ですね、わき目も振らず一生懸命国内の調整やっておりまして、アメリカのそういう報告書（年次改革要望書）、見たこともありません。私たちは年次改革要望書とは全く関係なく、国益のために、将来のために民営化を議論している」と述べた。
国務省にて経済・通商分野を専門に担当したジェームス・ズムワルトは、小林興起から「『年次改革要望書』を日本に突きつけ、さらにその達成 (achievement) を強く求めている張本人 (key person) の1人」と名指しで指摘されている。2006年（平成18年）4月にズムワルトは小林との対談に臨み、日本の内閣がアメリカの年次改革要望書の言いなりだとする指摘に対し、否定的な見解を示した。また、年次改革要望書を提示する理由について、ズムワルトは、日本の経済成長はアメリカにも利益を齎すと説明し、日本経済低迷の一因は規制の多さにあるため、その撤廃を年次改革要望書で求めているだけだと述べている。アメリカはあくまで「日本のしたいことを応援するスタンス」であり「小泉さんが考えていることの応援のつもりというのが基本的なスタンス」だとしている。そのうえで、年次改革要望書とは「日本の成長が最大の目標」であると説明し、日米の利害が激しく対立した日米構造協議などとは全く事情が異なると主張している。
潘周楨と彼の支持者は、ダナンなど中部ベトナムを中心とする各地で、実学教育を行う私立学校の設立を促した。東京義塾はこれに呼応して北部ベトナムで1907年3月に設立された同種の「学会」の一つである。東京義塾は有志の寄付を募って行われた慈善事業であって、近代の精神を学びたい者なら誰にでも、無料で授業を受けさせた。東京義塾の校名に入っている「義塾」は慶應義塾にならって採用した。その前にある「東京」はベトナム語でドンキン（Đông Kinh）と読み、ハノイの別名又は旧名である。14世紀末に当時の陳朝が一時的に首都をハノイからタインホアに移したことがあり、その際、旧都ハノイを東京、新都タインホアを西京と呼んだ。東京義塾の設立者らは、日本の首都、東京を連想させる校名により日本の近代化に続こうという思いを示すため、わざわざハノイの旧名を「新学」を学ぶ校名に用いた。東京義塾は運営部、教育部、出版部、広報部など、部門別に別れていた。運営は梁文干、阮瓘、阮文永、陶元普、范俊風（Phạm Tuấn Phong）、黎岱らが担った。ハノイ59番通りにあった教育部で教えた教育者としては範維遜、ズオン・バー・チャックなどがいる。東京義塾は書字文化の改革に取り組んだ。東京義塾はベトナム語を書き表す書字体系として国語（クオックグー）を推奨し、教科書や新聞を従来の漢文（古典中国語）に代えて、クオックグーで出版した。クオックグーは新しい思想や文物の表現媒体としての役割を担った。もっとも、東京義塾では漢字の使用が単に忌避されたわけではなく、近代の新思想を学ぶため、「自由」「民主主義」「権利」といった新しい概念を表す言葉として和製漢語が積極的に学ばれた。東京義塾が教授した教科としては、漢文、フランス語、国語（クオックグー）を中心に、地理、歴史、算術、図画、科学、体育があった。歴史ではフランス革命やジョージ・ワシントンの生い立ちなどが学習された。教材は手作りで、謄写版刷りの潘佩珠の著作（漢文）も使用された。潘周楨は何度も講義を行い、科挙及びそれを中心とした学術体系が時代遅れになったことを強調した。なお、西洋の新思想は日本語から直接翻訳されたわけではなく、梁啓超の日本語から近代中国語への翻訳からベトナム語へ重訳された。人名も漢字にいったん転写された後、ベトナムでの読みに変換されたため、ルソー、モンテスキュー、ヴォルテール、スチュアート・ミル、ハーバート・スペンサーがそれぞれ、Lư Thoa, Mạnh Đức Tư Cưu, Phúc Lộc Đạt Nhĩ, Ti Thoát Mân, Ti Tân Tất になった。