はじめ国防軍はSSを「アスファルト兵士」と呼んで馬鹿にしていたが、次第に看過できなくなり、SSを敵視して圧力をかけてくるようになった。特に陸軍総司令官ヴェルナー・フォン・フリッチュ上級大将がSS特務部隊の勢力拡大について頻繁にヒトラーに抗議をしていた。国防軍は特務部隊については国防軍兵役免除相当と認めていたが、SS髑髏部隊とSS士官学校については兵役免除相当とする事を拒否し続けた。マスコミを通じての特務部隊の隊員募集も国防軍から禁止されていた。1937年10月には国防軍の圧力でSS国境警備隊も解散させられた。SS師団の創設という約束も毎年先延ばしにされていた。しかし1938年2月4日に国防相ブロンベルク元帥と陸軍総司令官フリッチュ上級大将はSSや空軍総司令官ゲーリング上級大将の策動でスキャンダルを理由にして解任された（ブロンベルク＝フリッチュ解任事件）。ヒトラー自らが国防相を兼務し、国防省は国防軍最高司令部(OKW)に改組され、その長官にはヒトラーの「イエスマン」ヴィルヘルム・カイテル砲兵大将が就任し、また陸軍総司令官には同じくヒトラーに恭順的なヴァルター・フォン・ブラウヒッチュ砲兵大将が就任した。さらに粛清人事が行われ、ナチ党に非協力的だった16人の将軍たちが強制退役させられた。とはいえ国防軍を掌握したヒトラーがSSに肩入れするようになったわけでもなく、引き続き国防軍とSSの対立は続いた。ヒトラーに従順なカイテルでさえSSによる軍事介入の阻止が自分の任務と心得ていた。
SSのこの「功績」により1934年7月26日にヒトラーはSSをSAから正式に独立させた。1934年8月1日にパウル・フォン・ヒンデンブルク大統領が死去し、全ドイツ軍はただちにヒトラーに忠誠宣誓を行った。これによりSSも国軍も同じ人物に忠誠を誓うことになったのだが、ヒトラーは軍部を信じていなかったので、SSの軍隊化を急いだ。ヒトラーは「国軍こそがドイツ唯一の武装の担い手であり、SSの武装化は例外に過ぎない」ことを強調しつつ、SSの武装化を国軍に認めさせようとした。これを受けて国防相ヴェルナー・フォン・ブロンベルク上級大将は9月24日に3個歩兵連隊、1個通信大隊からなるSS特務部隊(SS-VT)の設置を認めるに至った。しかして親衛隊全国指導者ハインリヒ・ヒムラーは政治予備隊とライプシュタンダルテを統合してSS特務部隊を創設した。特務部隊への勤務は兵役に同等と定められた。すなわち特務部隊隊員には給与支給帳（Soldbuch）と軍歴手帳（Wehrpaß）の所持が認められ、兵員給料や軍人恩給の対象となった。なおこれ以降、特務部隊以外のSS隊員は一般SS（Allgemeine SS）と呼ばれるようになった。1935年3月16日にヒトラーは国会においてヴェルサイユ条約のドイツ軍備制限条項（あらゆる近代兵器の保有や徴兵制の導入、参謀本部の設置などを禁じる内容）の破棄を宣言した。そして陸軍と海軍の増強、空軍の再建、徴兵制の導入を宣言した。また併せてSS師団の創設も宣言した。しかしSSの師団編成には軍の反発が根強かったため、結局1939年の開戦後までSS師団は編成されなかった。
1933年1月30日のナチ党の政権掌握後に武装SSの前身となる武装強化されたSS部隊が出現するようになった。一つはアドルフ・ヒトラーの警護部隊である「ライプシュタンダルテ・SS・アドルフ・ヒトラー（Leibstandarte SS Adolf Hitler、略称LSSAH）」。二つ目は「SS政治予備隊（SS-Politische Bereitschaft）」。3つ目は強制収容所（KZ）の警備を行う「SS髑髏部隊（SS-Totenkopfverbände、略称SS-TV）」である。このうちSS政治予備隊とライプシュタンダルテがSS特務部隊の前身であった。特に政治予備隊が直接の前身である。髑髏部隊はテオドール・アイケの下にSS特務部隊とは別の発展を遂げたSS武装部隊であり、戦時中になってようやく武装SSとして特務部隊と合同することとなった。親衛隊全国指導者ハインリヒ・ヒムラーは、総統アドルフ・ヒトラーのイニシアチブで創設された最初の武装強化されたSS部隊ライプシュタンダルテに触発され、1933年春にハンブルク、ドレスデン、ミュンヘン、エルヴァンゲン(de)、アロルゼン(de)などに政治予備隊を創設した。政治予備隊は左翼の内乱準備を粉砕するという名目で組織され、補助警察（プロイセン州内相ヘルマン・ゲーリングが突撃隊（以下SA）や親衛隊から組織させた警察）の特別コマンドとして武装強化が正当化され、一般の警察より強力な火力を持ち、またかなり自動車化されていた。政治予備隊はまもなく全ドイツに配置されるようになった。1934年6月初頭の長いナイフの夜事件において国軍と対立していたSA幹部は粛清された。この粛清を主導したのはSSであり、政治予備隊、ライプシュタンダルテ、髑髏部隊といったSSの武装部隊は粛清の実行部隊として活動した。
1925年11月15日、同志社大学構内の掲示板に軍事教育反対運動のビラが貼られているのが見つかった。京都府警察部特高課はこれを好機とみて、京都帝大・同志社大などの社研会員の自宅・下宿などを急襲、家宅捜索および学生33名を検束した。しかし川端署の刑事が京大寄宿舎に大学側に無断であがりこみ、本人不在、立会人不在の家宅捜索を行ったため、京大当局の抗議に遭い府知事が陳謝した。ほどなくして学生らは全員が釈放された。しかしその後、司法省を中心に本格的検挙に向けて態勢が立て直され、翌1926年1月15日には東京検事局の平田勲らが指揮を執り、記事報道を差し止めた上で各府県警察部特高課を動員して以後4ヶ月にわたって全国的な社研会員の検挙が行われた。同時に社研に関係があると見なされた京大の河上肇、同大の山本宣治・河野密、関学の河上丈太郎・新明正道ら教員に対しても家宅捜索が行われた（このうち山本は捜索を理由に同大を免職となった）。検挙された学生のうち38名が治安維持法および出版法違反・不敬罪により起訴された。京都地裁による1927年5月の第1審判決では出版法違反および不敬罪については特赦となったが、治安維持法違反については是枝恭二（東大文）ら4名の禁固1年を筆頭に37名が有罪となった。弁護人と検察は共に控訴し、その後の三・一五事件の影響で公判は紆余曲折の経緯をたどり、1929年12月の大阪控訴院判決では18名に対し懲役7年以下とより厳しい量刑となった。そして1930年5月、大審院による上告棄却で有罪が確定した。