ホームゲームでのアリーナDJは仙石幸一。ガンバ大阪と兼任しているため、日程が重なった場合はガンバ大阪を優先する。チアダンスチームはレイクスチアリーダーズ。マスコットキャラクターは漫画家の長田悠幸が応募した作品で、ビワコオオナマズがモチーフの「マグニー」である。背番号は2008年8月8日生まれで、最大マグニチュード88のエネルギーを持つことから88。試合会場に現れる他、滋賀県内の保育園、幼稚園を訪問したりもしている。
狩野祐介、荒尾岳、伊藤大司、中村功平、高橋耕陽は昨年までに複数年契約をしていたためチームに残留する。4月30日、NBAのCleveland Cavaliersでトレーナーをしており、レブロン・ジェームズなどの名選手の体のケアをしてきた中山佑介がパフォーマンススーパーバイザーに就任することを発表。5月1日、ヘンリー・ウォーカーとの契約継続を発表。5月30日アルバルク東京から齋藤拓実の期限付きでの獲得を発表。6月6日シーホース三河から狩俣昌也の獲得を発表。6月17日川崎ブレイブサンダースから谷口光貴の獲得を発表。7月29日日本代表のシェーファーアヴィ幸樹のアルバルク東京からのレンタル移籍を発表。また、今シーズンより株式会社サン・クロレラとメインオフィシャルパートナー契約を締結する。
シーズン開幕前にアジア大会日本代表に選出された佐藤卓磨が不祥事を起こしたことにより公式戦試合出場停止処分を受ける。選手層が薄くなったままシーズンに突入した。開幕節は新潟アルビレックスBBに勝利するなど調子が良いかのようにも見えたが、中盤になると勝ち星が伸びずB1全体での最下位に低迷する。11月27日には特別指定選手の中村功平、12月14日にはマーカス・ブレイクリーと契約をする。しかし、成績は上向かず、2月1日にディオール・フィッシャー、2月12日にマーカス・ブレイクリーとの契約解除を発表する。チームがオールスターブレイクに入っていた時期に新たにヘンリー・ウォーカーとアレン・ダーラムとの契約を発表する。2人の加入とともにチームは「残留力」をテーマに戦っていくことを発表。2人が加入するとチームの成績は向上する。チームの順位は徐々に回復していきシーズン残り3試合を残してB1残留が確定。このシーズンはホームゲーム総観客動員数な72,525人となり昨季から3.9%向上、クラブ史上初の1試合平均2,400人に到達した。また、3,000人以上が来場した試合も5試合あった。シーズン終了後、紺野ニズベッド翔、ガニ・ラワル、西裕太郎、二ノ宮康平、樋口倫大との契約満了を発表した。
bj league時代から使用していたロゴを刷新し、新たなロゴを使用することを7月1日発表した。昨シーズンから残った選手は小林、横江、マブンガのみで、東京エクセレンスから樋口大倫、狩野祐介、群馬クレインサンダーズから菅原洋介、富山グラウジーズから田中大地、名古屋ダイヤモンドドルフィンズ（旧三菱電機）から長谷川智伸を獲得した。7月12日狩野は滋賀レイクスターズ初の日本代表選手に選出された。シーズン途中でデイビッド・ウィーバーを契約解除して、新たにクレイグ・ブラッキンズを獲得、フリーエージェントだった並里成、アーリーエントリーで日本大学４年の高橋耕陽、練習生で日本大学卒・大津市出身の佐野太一も獲得している。シーズンが始まるとなかなか勝率を上げることができず、年末年始には11連敗するなど成績は低迷していた。東地区・中地区との交流戦を終えた時点でB1全体での勝率が最下位であり、次年度のB2降格がちらついていた。しかし、4月から急にチームは成績をあげ、4月は7勝3敗。5月は3戦全勝とするなど6連勝でシーズンを終え、21勝39敗で西地区では最下位であったものの、残留プレイオフ出場圏内の15位とは3ゲーム差をつけ17‐18年度のB1残留が決定した。シーズン終了後に遠山向人ヘッドコーチの退任を発表。後任に栃木ブレックスのアシスタントコーチだったショーン・デニスの次期ヘッドコーチ就任が発表された。なお、遠山は名古屋ダイヤモンドドルフィンズのアソシエイトヘッドコーチに就任した。観客動員数は対前年40％増の合計64,091名が来場し、一試合平均も30％増の2,136名に上昇した。ブースタークラブ会員数は2,554名、パートナー社数は過去最多の483社となった。
ブルックリンでしばらく暮らした後、シエナ27歳、ブランカ25歳で、二人はパリに戻った。シエラは友人のMatteah Baimと新バンド「メタリック・ファルコンズ（Metallic Falcons）」を結成し、「Voodoo Eros Records」（ビアンカがビジネス・パートナーのMelissa Shimkovitzと作った新レーベル）と契約した。さらにニューヨークにギャラリー兼パフォーマンス・スペースの「Voodoo Eros Museum Of Nice Items」をオープンさせ、「Red Bone Slim VS. Itself: an Exhibition of Drawings」というブランカの絵画展を開催した。2007年、ミシェル・スピノザ（Michel Spinosa）監督の映画『Anna M.』にココロージーの曲『Candyland』が使用された。2007年5月7日、バンクーバーのツアーに向かう途中、バンド・メンバーがアメリカ/カナダ国境で逮捕され、その結果、残りの北米ツアーは中止された。2008年4月29日には、アムステルダムのコンセルトヘボウ（Concertgebouw）でロイヤル・コンセルトヘボウ管弦楽団と共演。同年7月にはポーランドのオープナー・フェスティバル（Open'er Festival）でも演奏した。2008年5月13日、限定3000枚の7インチ・ピクチャー・ディスクのEPシングル『God Has a Voice, She Speaks Through Me』を同名のアルバムに先行してリリース。B面には珍しくノイズで構成された題名のない短い曲がフィーチャーされている。B面の絵は別の歌、それまでライブでのみ演奏したことのある『Hairnet Paradise』の歌詞から描いたものである。2009年6月、自主制作でEP『Coconuts, Plenty of Junk Food』をリリース。2010年5月、サブ・ポップより4thアルバム『Grey Oceans』をリリース。2013年5月、City Slangより5thアルバム『Tales of a Grass Widow』をリリース。