第1・第2事件以外の被疑者を訴追すべきか否かについては、カンボジア側と国際側の検察官の間で意見が分かれた。国際側検察官ロバート・ペティットが、クメール・ルージュ政権下の犯罪の包括的解明につながるとして訴追を主張したのに対し、カンボジア側検察官は、国民和解の必要性などを理由として訴追に反対した。内部規則71条による共同検察官意見不一致の場合の手続に従い、共同検察官は公判前裁判部に裁定を申し立てた。しかし、公判前裁判部では裁定に必要な多数（判事4名以上）を満たさず、内部規則71条4項(c)の規定により、一方の検察官（この場合国際検察官）の請求した司法捜査開始の申立てが維持されることとなった。こうして、2009年9月7日、国際側検察官から共同捜査判事に対し5人の被疑者に対する司法捜査開始の申立てが行われた。これが第3事件と第4事件とに分割された。被疑者の氏名は公開されていない。第3・第4事件については、2009年9月、フン・セン首相が訴追への反対を公言し、また、2010年6月には共同捜査判事間の意見の不一致が報じられた。国際側捜査判事がブルンクに交代した後の2011年4月29日、共同捜査判事は、共同検察官に対し、第3事件について捜査の終了を通知した。一方、ケイリー国際側検察官は、ブルンク捜査判事の第3事件についての捜査が不十分であり、現地検証を含めた捜査を続行すべきである旨述べ、両者の対立が明らかになった。NGO等からは、ブルンク捜査判事は、第3・第4事案の訴追を望まないカンボジア政府の意向に迎合して不起訴に終わらせようとしているのではないかとの批判が巻き起こった（後述#政治介入への批判）。第4事件については共同捜査判事の捜査が継続中である。
カンボジア特別法廷の建物は、首都プノンペンの市街から16kmほどはずれにある。傍聴席は482席あり、外交官、メディア、一般傍聴人が傍聴できるようになっている。建物はカンボジア政府がその費用で提供することとされている。特別法廷の公式言語はクメール語とされ、公式作業言語はクメール語、英語、フランス語とされている。審理の際には、英語、クメール語、フランス語の同時通訳が提供されている。
協定や特別法廷設置法には、裁判手続への被害者の参加については定めがなかった。しかし、内部規則の制定過程で、NGOの活動等を受けて、2006年11月の草案から被害者参加制度や被害者を支援する部署に関する規定が盛り込まれ、2007年6月の内部規則採択で正式に実現した。2008年2月の審理で、国際刑事法に関わる法廷としては初めてとなる被害者参加が実現した。特別法廷の管轄に属する犯罪の被害者は、共同検察官に対し陳情を行うことができ、共同検察官はそうした被害者の利益を考慮に入れて訴追を開始するか否かを判断する。また、被害者は、民事当事者 (Civil Party) として裁判手続に参加することができるとともに、「集合的かつ精神的（非金銭的）補償措置」を求めることができる。このような被害者参加の制度は、協定に謳われている、正義の実現や国民和解という特別法廷の目的から見て重要な意義を有すると考えられている。同時に、30年以上救済を求める手段が与えられなかった被害者にとって、司法的救済が可能となる初めての機会でもある。事務局には、被害者支援部 (Victims Support Section) が設置されている。被害者支援部は、被害者による申立てや公判への出席を支援したり、代理人となる弁護士の名簿を提供したりするなどの活動を行っている。
事務局に弁護支援部 (Defence Support Section) が設けられており、被告人に弁護人の選任について支援し、弁護人に対して費用の支払を含め法的・行政的な支援を提供する。
裁判部、共同捜査判事、検察局の行う事務全般を支えるため、事務局が置かれている。カンボジア政府の任命する事務局長と、国連事務総長が任命する事務局次長が全体を統括する。
カンボジア特別法廷は、旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷 (ICTY)、ルワンダ国際戦犯法廷 (ICTR)、国際刑事裁判所 (ICC) のような国際法廷と異なり、カンボジア国内裁判所の特別部として設置されている点に特色がある。同時に、国連との協定により、判事・検事その他のスタッフに、カンボジア人だけでなく国連の任命する外国人が当てられ、また、カンボジア国内法だけでなく国際法も適用される。こうした特徴から、「混合法廷」(hybrid tribunal) と呼ばれる。
火の神であると同様に農業や家畜、家族を守る守護神ともされる。竈神、久那土神とも呼ばれることがある。一般にはかまどや炉のそばの神棚に幣束や神札を祀るが、祀り方の形態は地方によって様々である。東北地方では仙台藩領の北部（宮城県北部から岩手県南部）では、竈近くの柱にカマ神やカマ男と呼ばれる粘土または木製の面を出入口や屋外に向けて祀る。新築する際に家を建てた大工が余った材料で掘るもので、憤怒の形相をしており陶片で歯を付けたりアワビの貝殻を目に埋め込んでいるのが特徴。信越地方では釜神といって、約1尺の木人形2体が神体であり、鹿児島県では人形風の紙の御幣を祀っている。竈近くの柱や棚に幣束や神札を納めて祀ったり、炉の自在鉤や五徳を神体とする地方もある。島根県安来市につたわる安来節も火男を象徴しているということが言われている。沖縄、奄美群島ではヒヌカン(火の神）といって、家の守護神として人々には身近な神である。日本の仏教における尊像・三宝荒神は、かまど神として祀られることで知られる。これは、清浄を尊んで不浄を排する神ということから、火の神に繋がったと考えられている。また近畿地方や中国地方では、陰陽道の神・土公神がかまど神として祀られ、季節ごとに春はかまど、夏は門、秋は井戸、冬は庭へ移動すると考えられている。神道では三宝荒神ではなく、竈三柱神（稀に三本荒神）を祀る。竈三柱神はオキツヒコ（奥津日子神）・オキツヒメ（奥津比売命）・カグツチ（軻遇突智、火産霊）とされる。オキツヒコ・オキツヒメが竈の神で、カグツチ（ホムスビ）が火の神である。住居空間では竈は座敷などと比べて暗いイメージがあることから、影や裏側の領域、霊界（他界）と現世との境界を構成する場所とし、かまど神を両界の媒介、秩序の更新といった役割を持つ両義的な神とする考え方もある。また、性格の激しい神ともいわれ、この神は粗末に扱うと罰が当たる、かまどに乗ると怒るなど、人に祟りをおよぼすとの伝承もある。今川貞世や今川仲秋は静岡市葵区にある奥津彦神社を深く信仰した。