16世紀になると、大航海時代のヨーロッパ勢力が香辛料貿易の利益を求めてこの地域にあらわれるようになった。1602年、オランダ東インド会社がジャワ島に進出し、オランダによる植民地化の時代が始まる。オランダ人たちは前世紀にこの地域に到達していたポルトガルや、同じ時期にやってきた競争相手のイギリスを追いやってこの地域における主導権を握り、長い時間をかけて次第に支配地を現在のインドネシアの領域全体へと拡大していった。その拠点として1619年に制圧されたのがバンテン王国の首都ジャカルタであり、オランダ人はこの町をバタヴィアと改名した。1660年よりオランダ東インド会社は、スラウェシ島のマカッサル西海岸でゴワ王国との戦争に突入し、1669年にスラウェシ島支配に関するボンガヤ条約が締結された。1665年から1667年にかけての第二次英蘭戦争で、バンダ諸島のラン島（香辛料貿易）とニューネーデルラント植民地のニューアムステルダム（毛皮貿易）の自治権とを交換して獲得し、香辛料貿易（ナツメグ、クローブ等）の独占を図った。イギリスは既に種子を持ち出しており、1815年頃からモーリシャスやグレナダなどでプランテーションを開始すると、香辛料はありふれた商品となってバンダ諸島の価値は相対的に下がっていくことになった。18世紀には3次にわたるジャワ継承戦争（第1次ジャワ継承戦争、第2次ジャワ継承戦争、第3次ジャワ継承戦争）と華僑虐殺事件によってマタラム王国が4分割されてオランダ東インド会社の保護下に組み入れられると、ジャワ島全域がその支配下に置かれた。1825年にはスルタン家のディポヌゴロがオランダへの反乱を起こすが、1830年に鎮圧されている（ジャワ戦争）。19世紀に入るとナポレオン戦争によるオランダ本国の混乱もあって一時支配力が弱まるが、オランダ東インド会社が解散されてオランダ本国による植民地直接統治が始まり、オランダ人によるプランテーション経営が広まって経済的な搾取は強まっていった。1815年5月5日、スンバワ島のタンボラ山が噴火。翌年、夏のない年と呼ばれる異常気象に見舞われた。パドリ戦争（1821年 - 1837年）。1824年に英蘭協約を締結したが、この条約がアチェ戦争（1873年-1913年）の導火線となり、オランダが勝利してスマトラ島の支配権も確立し、ポルトガル領ティモール（現東ティモール）を除き東インド諸島はすべてオランダ領とするのは20世紀に入ってからとなった。1883年8月26日、クラカタウが噴火（1883年のクラカタウの噴火）。
東南アジアの諸王朝でイスラームの受容がはじまるのは、13世紀末頃のスマトラ島北部においてであり、その中心地はパサイ王国だった。これに先だって、すでに11世紀頃にはムスリム商人の往来がはじまっており、彼らは現地の支配者層と密接な関係を築いていた。ヒンドゥー教国だったマジャパヒト王国では、その末期に王クルタウィジャヤが、チャンパからムスリムの公主を息子のブラウィジャヤの妃に迎え、また、国内ではイスラームへの改宗を容認した。15世紀にマジャパヒト王国を訪れた明の鄭和は雲南出身のムスリム中国人であった。クルタウィジャヤはムスリムの経済力に太刀打ちできず、王朝の権威は低下したがイスラーム化はしなかった。ジャワ島におけるイスラーム国家成立の歴史は、15世紀末に建国されたドゥマク王国にはじまる。ドゥマク王国は、1478年にマジャパヒト王国のブラウィジャヤ王に宗主権を認めさせた。また、ジャワ北岸のイスラム化した港市国家もマジャパヒトから離反し、内陸部に勢力をもつマジャパヒト王国は、海岸に面した良港をもつ北岸の諸国への影響力を失った。ドゥマク王国は16世紀前半にマジャパヒト王国を倒して、ジャワ島で最初のイスラーム国家になった。ジャワ島西部でも、ドゥマク王国の支援を受けたバンテン王国がイスラームを受容し、ジャワ島全域でイスラームが浸透していった。ジャワ島で活発な布教活動をおこなったのはワリ・サンガ（九聖人）といわれるスーフィー聖者たちであり、彼らはジャワ島の各地にプサントレンを作って、そこを拠点にジャワ人子弟を教育し、民衆レベルでのイスラーム浸透に積極的な役割を果たした。スマトラ島では、15世紀末にはすでに独立していたアチェ王国がイスラーム化しており、この海域での交易の中心地として発展を遂げた。また、16世紀前半には、マラッカ海峡に面するスマトラ東岸のほとんどの港市がイスラームに改宗していた。
1974年、サマーリンはニューヨーク市のスローン・ケタリング記念癌センターにおいて、世界初の骨髄移植を成功させた免疫学者でスローン・ケタリング研究所所長のロバート・A・グッドの下で移植免疫学の研究を行っていた。彼は、遺伝的に無関係の動物間の皮膚移植は、数週間特別な培地で皮膚を培養することによって成功率が高まることを示したと主張した。それが本当ならば、この研究は、移植組織の免疫学的拒絶反応を抑制するための手段として大きな意味を持っていた。しかし、彼自身や他の研究者による追試により実験結果を再現することはできなかった。彼の実験は、黒いマウス（メラニン細胞という黒色の色素細胞を有する）から白いマウス（メラニン細胞を有さない）への皮膚移植であった。しかし、メラニン細胞は時間が経つにつれて移植された組織から自然に移動し、移植当初のはっきりとした黒い斑点から灰色がかった斑点へと変化する傾向があった。追試の失敗が知れ渡るようになり、グッドはサマーリンと対応策について相談する機会を設けた。サマーリンは会談の席に移植成功のエビデンスとしたマウスを持っていった。グッドの部屋へ向かう途中、斑点が灰色になっていることに気づき、サマーリンは持っていた黒色のマーカーペンで斑点を塗って黒くした。これは後に彼自身がそのようにしたことを認めている。グッドとの会談の席でそのマウスは見せられていない。サマーリンが自分の研究室に戻った後、マウスを飼育技術者に返したときに、サマーリンがしたことが発見された。飼育技術者は斑点がアルコール綿で除去できることに気付いた。飼育技術者はサマーリンとは別の研究者に相談し、数分以内にグッドにも伝えられた。その後の調査で、サマーリンの当初の移植実験は十分に管理されていなかったこと、サマーリン研究室の他の実験は報告書や同僚に誤って伝えられていることが明らかになった。論争の中心にあるマウスは、2つの遺伝的に類似した系統を含んでおり、そのため移植に成功していた。最終的には、サマーリンの移植実験は全て捏造であったとして撤回された。サマーリンは後に、自身の欺瞞的な行動は、精神的・肉体的疲労、重い臨床的・実験的な作業の負荷、そして成果を出すことへのプレッシャーによるものだと説明した。スローン・ケタリング研究所理事長のルイス・トーマスは、サマーリンは「深刻な情緒障害」であると述べた。この事件の後サマーリンは研究所を辞職し、ルイジアナ州農村部に移り住んで開業医になったと伝えられている。この事件以降、「マウスを塗る」(painting the mice)という言葉が「研究詐欺」の意味で使われるようになっている。Joseph Hixsonは、この事件について"The Patchwork Mouse"という本を書いた。