1995年7月17日にメジャーデビュー。すぐさま先発に定着し、9勝2敗を記録した。当時のイズリングハウゼンは、ほぼ同時期にデビューしたポール・ウィルソンやビル・パルシファーとともにメディアから「新世代の三銃士」（「ジェネレーションK」）と評され、大いに期待される存在だった。1996年は3人揃って不調。イズリングハウゼン自身も肩や肘、手首の相次ぐ故障に苦しみ、故障者リスト入りを繰り返した。
1992年5月に外野手として入団、入団後投手に転向する。1993年の夏に投手コーチからひじや肩に負担のかからないカーブの投げ方を学んだ。1995年にメッツの最優秀マイナー選手、インターナショナルリーグ最優秀選手に選出された。
自身の出生地でもある香港を3度訪問しており、董建華行政長官は「香港の迎賓館」である礼賓府に馬を招いた。董長官は、返還前に海外へ移住した香港人が戻って来ていること、外資系企業の投資も増えていることなどを理由に挙げて「一国二制度は成功している」と説明し、友好的な態度をアピールした。4日間の滞在中、容姿端麗な馬がホテル周辺を早朝ジョギングする姿が話題となり、「香港にも市民の選んだ市長を」とあこがれる傾向も見られた。ところが、2005年1月には入境を拒否された。馬は香港大学での講演を要請されて香港訪問を申請したものの、特区政府はビザを発給しなかった。当時、全国人民代表大会の開幕を目前に中央政府は「反分裂国家法」の制定準備を進めていた。この法律には台湾独立を封じる狙いがあり、馬がこれに反対する論説を発表したため、中央政府の不評を買って香港入境を差し止められたと推測されたが、このとき特区政府は子細を明らかにせず、あいまいな態度が非難を浴びた。総統選挙中の2008年3月18日、チベットで発生した大規模暴動について中国当局を批判し、自らが総統に当選した際には北京オリンピックをボイコットする可能性を示唆した。また党綱領から「統一」の文字を削除して「台湾」の文字を新しく盛り込み、党規約に「台湾主体」を明記している。一方で、北京オリンピックの開会式への当時の国民党主席呉伯雄の出席を認め、チベットのダライ・ラマ14世が台湾訪問の意向を示したところ拒否するなど、中国への一定の配慮は維持している。更に総統選挙に向けて懸案事項である経済問題の重視を打ち出し、経済上重要な存在である中国との間に欧州連合（EU）加盟国同士並みに関税、資金、労働力の自由流通を目指す「両岸共同市場」を提唱した。総統就任後の2008年12月15日には、中国との間で「三通」を実現させた。学生には奨学金の返還を求めない措置を講ずると言い、旅行業者には三通（中台間の通信、通商、通航の直接開放）で空と海の直行便を定期化し、年間360万の中国人観光客を呼び込んで商売を繁盛させると呼びかけた。同年12月23日には中国からジャイアントパンダの團團（オス）と圓圓（メス）が台北市立動物園に寄贈された。2010年には、中華人民共和国と事実上の自由貿易協定である両岸経済協力枠組協議(ECFA)を締結した。2012年には国民党中央委員会に中国共産党第十八回全国代表大会へ初めて祝電を打たせ、習近平が総書記（中国最高指導者の役職）に選出された際は馬自ら異例の祝電をおくった。こうしたバランス路線から、総統選挙では「三不」（台中統一・台湾独立・武力行使のいずれも行わない）をスローガンに掲げていた。しかし、総統に就任した後には「統一という選択肢を排除するものではない」と発言した事もある。馬は二・二八事件の犠牲者との「和解」をアピールする一方、二・二八事件に関与した蒋介石の再評価も進めており、陳水扁前総統は「蒋介石は台湾人を弾圧した独裁者」と批判し、蒋介石をたたえた「中正記念堂」の名称を変更したが、馬は政権交代後すぐに元に戻すことを決めており、二・二八事件の犠牲者遺族から不信感を抱かれている。2014年3月18日、海峡両岸サービス貿易協定に反対する大学生が立法院を占拠する事件『ひまわり学生運動』が発生。300人ほどの学生が立法院の議場を占拠し、立法院の周りにも数千人から数万人の支持者が集まった。大学生たちは協定の審議やり直しと馬英九との公開討論を求めているが、馬英九政権は応じていない。2015年11月7日午後3時過ぎ（現地時間）、シンガポールのシャングリ・ラ・ホテル・シンガポールで馬は中国共産党の習近平総書記と1945年の蒋介石・毛沢東による重慶会談以来の首脳会談を行った。中華民国と中華人民共和国はお互いに自らが中国で唯一の合法政府だとの立場を取るため、「両岸の指導者」同士として会談を行った。馬と習は「国家主席」、「総書記」と「総統」の肩書を使わず、日本語で「さん」を意味する「先生」（xian sheng）と呼び合った。首脳会談では、中国と台湾が不可分の領土であるという「一つの中国」の原則を確認し、交流を拡大することなどで一致した。 台湾海峡情勢を安定させるため、当局間のホットラインを開設することも合意した。一方、同日、総統府前では中台首脳会談に抗議する市民のデモが行われた。2016年3月、民進党の政権復帰が決まったことを受けて中華人民共和国はそれまで見送ってきたガンビアとの国交を樹立した。民進党の陳水扁前政権に対しては6カ国も台湾と国交断絶させたのに対して国民党政権になると中華人民共和国は馬の掲げる外交休兵に配慮して中華民国と断交する国はそれまでなかった。