インドにイスラム教が伝えられたことで、アーユルヴェーダにはユナニ医学の要素が加わった。逆にユナニ医学には、多くのアーユルヴェーダ薬物が取り入れられている。ユナニ医学はイスラーム勢力の拡大で広がり、ムガル帝国時代にその勢力は最高潮に達した。アーユルヴェーダとユナニ医学は、理論的に近いものがあり、対立するよりむしろ共存し、互いの知識・技術を取り入れあったようである。一般に、イスラム教徒が支配する都市部や宮廷、富裕層ではユナニ医学が中心となり、アーユルヴェーダは衰退したが、ヒンズー教徒が住む周辺部、貧しい人々の間で命脈を保っていた。アーユルヴェーダ復古主義者の間では、ユナニ医学は西洋医学と共に、アーユルヴェーダ没落の原因であるといわれるが、実際にはユナニ医学がアーユルヴェーダを生きながらえさせたと考えられている。多民族・多宗教社会であるインドでは、現代医学、アーユルヴェーダ以外に、ユナニ医学、シッダ医学など様々な伝統医学・民俗療法が現在も行われている。
インドにおいて、正しい論証方法・論理学は古くから研究され、『チャラカ・サンヒター』でも、医師の心得として「論議の道」が44項目にわたって分類・検討されている。ニヤーヤ学派の世界観は、その多くをヴァイシェーシカ学派に拠っており、独自性は論証方法の研究にある。インドの論理学は認識論と密接な関係にあり、ニヤーヤ学派も「正しい認識とはいかにあるべきか」をメインテーマとし、「直接知覚」「推論」「類比」「信頼できる人の教示・証言」の4つの認識方法を提示した。また、他者との論争において、推論は「主張（宗）」「理由（因）」「実例（喩）」「適合（合）」「結論（結）」の「五分作法」にしたがって立証されなければならないと考えた。論争では、それぞれが五分作法にしたがって論議・検討し、ある事柄が妥当だと確定した場合、真実が知られたといえる、とされた。
ヴァイシェーシカ学派は、この世界が複数の構成要素（原子）から形成されているとする「アーランバ・ヴァーダ」（積集説）を代表する学派である。根本経典は、『チャラカ・サンヒター』と近い時代に成立したと考えられている。この学派では、「実体（実）・属性（徳）・運動（業）・普遍（同）・特殊（異）・内属（和合）」の6つのパダールタ（六句義、六原理、6つの範疇）を想定して世界を分析・解明しようとした。実体は、「四大と虚空、時間、方角、アートマン（我）、マナス（意）」からなり、四元素は直接知覚することのできない原子（極微）からなると考えた。原子が2つ以上結合して複合体となり、知覚できるものとなるが、これらの複合体は無常であり、破壊され変化する。パダールタは、さまざまな範疇を設定して詳細に分析され、世界の説明が試みられたが、こういった分析方法は『チャラカ・サンヒター』でも用いられている。
4世紀にマガダ国から起こったグプタ朝の元で、世情は安定し豊かなインドの古典文化が花開いた。バラモン教（ばらもん教、婆羅門教, ヒンドゥー教の前身となる古代インドの宗教）が国教とされ、サンスクリット語が公用語として用いられた。（なお「バラモン教」は近代にヨーロッパ人がつけた造語で、元々バラモン教全体を指す呼称はなかった。）古来より伝わるバラモン教学が整備され、さまざまな学問の系統が確立し、スートラ（根本経典）がまとめられた。インドの学問のほとんどは、輪廻からの解脱を目的とし、宗教と哲学がほとんど区別できない点に特徴がある。この時代の正統バラモン教の哲学学派には6系統があり、六派哲学と呼ばれた。サーンキヤ学派、ヴァイシェーシカ学派、ニヤーヤ学派は六派哲学に数えられる。
ウパニシャッド（奥義書）は、広義のヴェーダ文献の最後を構成する書物である。主なウパニシャッドだけでも13あり、紀元前500年前後の数百年間に成立したと考えられている。全ていずれかのヴェーダに属するとされ、ヴェーダ聖典を伝承する各学派によって伝えられた。その基本思想は、多様で変化し続けるこの現象世界には、唯一の不変な実体（ブラフマン、梵）が本質として存在し、それが個人の本質（アートマン、我）と同じであるという「梵我一如」である。ブラフマンは客観的、中性の原理であり、それに対しアートマンは主体的・人格的な原理である。アートマンは元々「息」「気息」を意味し、転じて「生気」「身体」「自身」「自我」「自己」「霊魂」などを意味するようになった。ウパニシャッド哲学の全思想は、すべて梵我一如の概念の周辺で展開する。
この地では紀元前5000年から6000年ごろに人が住み着いた。この年代に作られた黒曜石の石器、青銅器、陶器などが出土している。その後、紀元前1980年に街並みが建設され、ウラルトゥ王アルギシュティ1世はこの地にArgishtikhiniliという要塞を建てた。紀元前331年にアケメネス朝からアルメニアがオロンティド朝として独立すると、アルマヴィルはその首都に選ばれた。この地ではギルガメシュに関する叙事詩をエラム語で綴ったアケメネス朝時代の粘土板が出土しているほか、詩人ヘーシオドスやエウリピデスの詩を刻んだコイネーの碑も見つかっている。歴史家モヴセス・ホレナツィによると、アルメニア王国の最初の首都はアルマヴィルであった（しかし、地理的観点から見ると最初の首都はヴァンだった）。彼は紀元前149年ごろ、ヴァガルシャク王がアルマヴィルにパルティアの植民地を築いたこと、そしてこの地に宗教施設を建てたことなどの伝承を受け継いでいた。また、彼は紀元前90年から紀元前36年にかけて王位に就いていたティグラネス2世がクレオパトラ7世への復讐のため、パレスチナに遠征団を派遣し多くのユダヤ人を捕虜にし、この地で開拓に従事させたとも述べている。ユダヤ人らの開拓地はその後、現在のトルコ国境付近の村、イェルヴァンダシャトに移ったが、アルタクシアス1世の時代に再びアルマヴィルになった。紀元360年代にはペルシャ王シャープール2世がアルタシャトから3万人のアルメニア人と多くのユダヤ人を引きつれこの地に攻め入った。そのうち、後者はティグラネス王によってパレスチナから連行されてきた者たちだった。この攻撃により、街は無惨なまでに破壊された。645年にアラブに占領されるまで、アルマヴィルはセレウコス朝、アルサケス朝パルティア、アルメニア王国、ローマ帝国、サーサーン朝、ビザンティン帝国など多くの勢力から影響を受けた。