その後、1995年の国籍法改定によって、国籍取得のための居住要件は2+1年から5+1年に延長された。ロシア系政治家やロシア政府は、この延長をロシア人の国籍取得を妨げるものと批判したが、実際には大半のロシア人がこの要件を満たしていた。むしろこの改定の主眼は、居住要件を他の欧州諸国と横並びにすることであった。他方、この改定では民族エストニア人（19世紀にシベリアなどへ移住した人々の子孫など）に対しても新たにエストニア語の能力試験が課されることとなった。これら言語的にロシア化した民族エストニア人に対する措置にあるように、エストニアのネイション意識は民族単位から言語単位へと比重を移しつつあった。他方、この言語能力試験はロシア人にとっても難易度が高く、同時期の調査ではロシア人の57パーセントが、帰化を申請しない理由に試験への落第を挙げている。また、可能ならば帰化したいと考える者が7割、子供を帰化させたいと考える者が8割に達する一方で、政府は不法滞在者のうち2万4000人とロシア国籍者の2万5000人に対しても社会保障を支給していたため、これもロシア人の帰化努力を阻害したとされる。また、1995年11月2日に国連自由権規約人権委員会が決定した所見においても、エストニア語能力を帰化要件とする点や、旧体制において行った宣誓が自動的に行政職への採用拒否事項となる点が憂慮されていた。そして、行政職にロシア人・ロシア語話者が採用されにくく、ロシア人がエストニアで差別なく公的サービスを受けることができない現実が指摘された。また同委員会は、1993年に復活した「少数民族文化自治法」(et) の適用制限の厳しさや、長期永住者に対する結社の自由の制限について指摘し、自由権規約第27条に基づくエストニア国内法の修正を強く勧告した。当初、ロシア人の国外退去を企図して制定された国籍法と外国人法であったが、彼らの多くは失業により合法的収入の要件を満たすことができなかったため、それらの法は不法滞在者を増やすだけの結果に終わった。在タリン・OSCE代表部によれば、1995年4月から1997年1月までの間に、1995年国籍法に基づいて帰化した人数は4282人。そのほとんどがエストニア人を親として出生した子供または孤児であった。
1991年9月9日に政府が最高会議に提出した国籍法案は、1938年国籍法を基にしつつも、エストニア出身者・60歳以上の者・25年以上エストニアに居住する者に対し、（1992年1月1日までに国籍申請を行った場合に限り）国籍取得の優遇を認める内容であった。エストニア会議は、これを国民への裏切りであると激しく批判し、最高会議の側も、ロシア人への人権侵害を避けなければエストニアは欧米諸国から孤立する、と反論した。しかし結局は、最高会議はゼロ・オプションが親露売国的であるとの世論に屈し、11月6日に1938年国籍法の回復を決議。父系血統主義についてのみ「欧州の基準に適合させるため」父母両系へと変更したが、1940年6月17日以降の移住者についてはやはり「非・国民」と決定した。これによって、成人人口の約40パーセントに当たる45万5000人が一切の法的地位を喪失し、無国籍状態に追いやられた（ただし、無国籍者が保持するソ連パスポートの有効性も即座には否定されなかったため、彼らの日常生活には激変は生じなかった）。こうしてエストニアは、ラトビアとともに旧ソ連諸国のうちでゼロ・オプションを拒否する強硬姿勢を取った2か国の一つとなった。この対抗措置として、同月末にロシア最高会議は、在外ロシア人から申請があった場合には自動的にロシア国籍を付与する法律を採択した。1992年2月26日には国籍法の運用法が制定され、国籍申請に要する2年の居住期間（+1年の待機期間）を1990年3月30日から起算することが定められた。これには、運用法の発効とほぼ同時に居住期間が満期になるという申請者に有利な面もあったが、年内に実施される国民投票・議会選挙・大統領選挙のいずれからも申請者が排除されるという面もあった。また、他国の諜報機関やソ連軍での勤務歴のある者の申請も認められず、加えて合法的な収入を申請要件としたため、市場経済への移行期に失業した多数のロシア人も対象から外された。
2011年の東北地方太平洋沖地震は、日本海溝の三陸沖から茨城県沖までの南北500km、東西200kmの震源域において、最大滑り量約20mの規模で3つの断層が極めて短時間のうちに連動して破壊されたことにより、日本における観測史上最大の規模Mw9.0となり、地震調査研究推進本部が想定していた固有地震域である「三陸沖中部」、「宮城県沖」、「三陸沖南部海溝寄り」、「福島県沖」、「茨城県沖」、および「三陸沖北部から房総沖の海溝寄り」の6つの震源域を包括する超巨大地震となった。T.レイ (1982) らのアスペリティモデルでは、日本海溝は「カテゴリ3」に属し、この沈み込み帯では各セグメントに複数の小さいアスペリティが存在し、それらがあるときは個別に滑り、時として複数のアスペリティが同時に動くとされたが、複数のセグメントが連動して巨大地震になることは殆どないとされていた。しかし、この日本海溝沿いで発生した本地震は複数のセグメントにまたがる巨大地震であり、従来のアスペリティモデルに囚われていたことが本地震を想定できなかった一因ともされる。また本地震では3ヶ所の大すべり域が確認されるが、断層滑り分布から従来想定されていた宮城県沖、福島県沖など個別のアスペリティは見い出せないとしている。なお、この地震では離れた地域における誘発地震も発生している。この地域では過去にも同様の規模の地震が発生した可能性が指摘されており、869年の貞観地震は岩手県沖から福島県沖、あるいは茨城県沖の震源域をもつ連動型巨大地震であったと推定されている。これは福島県と宮城県沿岸で従来発見されていた津波堆積物が岩手県沿岸でも発見されたことなどが根拠となっている。1793年の寛政地震は、推定される震度分布から宮城県沖地震の一つとされているが、三陸海岸で1978年宮城県沖地震を上回る2-5m程度の津波があったと推定され、地震調査研究推進本部が想定する「宮城県沖」の震源域に加えて、その海溝寄りの「三陸沖南部海溝寄り」の震源域も連動した地震と評価されている。しかし、この地震の震源域には諸説あり、1897年の地震に似ているとする説、あるいは震源域の拡がりが東北地方太平洋沖地震に似ておりM8.5-8.6程度になるとも考えられている。