家康への忠臣として描かれる忠吉であるが、苦難の時代に異常なほど財を蓄えていたのは忠吉が「ワタリ（渡り）」（各地へ物品を買い求め売り捌く商工業者）だったためではないかと推測されている。『永禄一揆由来』では「分際宜き買人」とあり、『三州一向宗乱記』では「農商を業とする富裕の者」とあり、鳥居家はかなりの経済力を持っていたようだ。鳥居家は三河碧海郡を居としており、ここは矢作川の水運で栄えた水陸交通の要衝のため、船や馬などの経済活動でかなりの富を蓄えていたと考えられている。
伝説の「大破壊」により文明の荒廃した近未来。大破壊を引き起こした元凶であり人類抹殺を遂行する巨大電子頭脳“ノア”はひとりのハンターによって破壊され、その脅威は去ったかに見えた。しかし、ノアは自己保存のため「ノア意識覚醒プログラム」を破壊不能の超合金シェル「ノア・シード」に残していた・・・。
前作のLOVEマシーンやレンズ兵器同様、4つのパーツの組み合わせで効果の変わる戦車用大砲で、通称オデン砲。組み合わせによっては属性攻撃や全体攻撃などの強力な兵器となるが、ゲームを再開すると初期の組み合わせに戻ってしまうバグがある。また、すべてのパーツをそろえることが出来ない。のちにメタルマックス4 月光のディーヴァのヤキトリ砲に発想が受け継がれた。
戦闘はターン制を採用。SFC作品と同様のサイドビューで、前作で導入された「敵の位置・状態」もなくなった。戦車戦ではPC1人につき1台を操縦していたものが、1台の戦車に2人乗り、それぞれが別の兵器で攻撃するように変更されている。また、「装甲タイル」がなくなり、パーツごとに耐久度が設定された。耐久度は攻撃を受けるたびに減ってゆき、0の状態でさらに攻撃を受けるとパーツが破損してしまうことがある。破損状態も細分化され、前作までの「破損」にあたる「小破」「中破」と、「大破」にあたる「大破」「鉄くず同然」に分けられた。大破以上の状態になるとそのパーツは使用不能である。「武器の攻撃範囲」には「扇形」「貫通」「範囲」「敵二体」が追加された。「攻撃の属性」の一部可視化が行われ、「火炎」「冷気」「電気」「音波」「ガス」「光線（ビーム）」は敵も味方も強いか苦手かがわかるようになった。前作までの「シャシー改造」の他に、「シャシーのタイプ」を変更できるようになった。タイプを変更することで強力な固定兵器が追加されることもあるが、元に戻すことはできない。「シャシー特性」は、「身かわし走行」「耐熱仕様」など、前作までは車載道具によって実現していた能力の一部をシャシーに付加したものである。
最終的に仲間になるキャラクターは4人と1匹。プレイヤーパーティについては、「ハンター・メカニック・ソルジャー（+犬）」の3人旅が基本であったものが、「ハンター・誰か・犬」による2人と1匹に変更された。NPCが誰かの代わり入ったり、犬の代わりに戦闘に参加することもある。職業も「料理人」「ハッカー」が追加された。前作に引き続き、キャラクターは特技を使うことができる。今回はお金ではなく回数制限により使用回数が決まっている。覚え方も特技仙人に教わるのではなくレベルアップである。
操作にはニンテンドーDSの特徴であるタッチスクリーン入力を全面的に採用（フルタッチペンオペレーション）。キャラクターを移動させるときは目的地をタッチ、メニューを開くときはメニューボタンをタッチ、戦闘では攻撃する相手をタッチと、十字キーやABボタンなどは一切使わない。ほとんどの場面において、一般のゲームではキーを1回押して済む動作でも、本作では複数回タッチペンによる操作が恒常的に要求される仕様となっている。ワールドマップの移動方法も変更された。前作までは現在地から目的地へ行くルートは特に指定されず、関門がなければその目的地を飛ばして進むことも可能だったが、本作では目的地間のルートは指定されており、決められた条件（ある場所へ行く、情報を聞く）を満たさないと次の目的地もルートも表示されない。
従来の据え置き機から携帯機にプラットフォームが変更されたのにあわせて、システム面が多数変更されている。総じて不評だったため、メタルマックス3では本作のシステムの大半が搭載を見送られた。
3．…　d5　4．Qa4　Nf6　5．Nxe5　Bd6　6．Nxc6　bc　7．d3　0-0　8．Be2　Re8　9．Bg5　h6　10．Bxf6　Qxf6　11．Nd2黒の3手目では他に3．…　f5や3．…　Nf6と指す手もある。白の4手目で4．edと指すのは、4．…　Qxd5　5．d4　Bf5　6．de　Qxd1+　7．Kxd1　0-0-0+と進行し黒が良い。黒の4手目では他に4．…　f6や4．…　Bd7と指す手もある。4．…　f6は1899年に指されたチゴリン対ホシップのゲームで白のチゴリンが指した手である。その試合では5手目以降、5．Bb5　Nge7　6．ed　Qxd5　7．0-0　Bd7　8．d4　e4?　9．Nfd2　Ng6　10．Bc4　Qa5　11．Qb3　f5　12．Bf7+　Ke7　13．Nc4　Qa6　14．Bg5+　Kxf7　15．Nd6#となり、黒はチェックメイトされた。この手順中白の7手目では7．d4も良い手で、以下7．…　Bd7　8．Be3と進行する。黒の8手目では8．…　a6が最善手で、黒の12手目でも12．…　Kd8の方が良い手である。