2011年1月、ワエルは個人的理由としてGoogleにエジプトへ戻ることを告げ、社会不安の最中にあるエジプトへの到着後、1月27日に行方不明になった。彼の家族が、アル＝アラビーヤや他の国際メディアで彼が行方不明になったと発言した。Googleもまた、彼が行方不明になったことを公式に声明した。クリス・ディボーナやハビーブ・ハッダドといった多くのブロガーが彼の居場所を探す運動を行った。2月5日、エジプトの反政府有力者であるムスタファ・エルナガーはワエル・ゴニムは、当局に拘束されているが生きており、数時間以内に釈放されると発表した。2月6日、アムネスティ・インターナショナルはエジプト当局に彼の居場所の公開と釈放を要求する声明を出した。ワエルは11日間の拘束後、2月7日に釈放された。その際に「我々は要求を止めてはならない。これは新たなる政権の出発点だ」と発言し、デモ参加者の大歓迎を受けた。ワエルは、エジプトのドリームTVで放送されているモナ・エルシャズリー司会の番組「10:00pm」に出演した。インタビューではデモ参加者を賞賛しながらも、死んだデモ参加者の名前を写真付きで司会者が読み上げた時、ワエルは悲しさのあまり号泣、カメラの映らない場所に退避したときは司会者もフォローした。また、同じインタビューでデモ参加者にムバラク退陣を自分以上に求めることを促したと発言。ムバラク政権を再度「くず」と表現した。また、エジプトのために尽くすとともに妻の実家があるアメリカ合衆国に出国することは決して無いと断言した。2月9日、ワエルはタハリール広場の群衆に対して講演を行った。反政府デモ参加者に「これは一個人のためでも政党のためでも運動のための時間でもない。『エジプトは一つ』と我々が声を挙げるための時間だ」と発言した。
1979年1月8日放送の「松山千春のオールナイトニッポン」（ゲスト：中島みゆき、さだまさし）に触発され、文章を書くことを再開する。1980年、『すばらしい日本の戦争』を第24回群像新人文学賞に応募し翌1981年、最終候補作3編のうちの1作に選ばれるが落選。『群像』6月号に掲載された選評では、瀬戸内寂聴を除く全選考委員から酷評される。このときに担当した編集者に勧められて長編小説の執筆を開始し、『さようなら、ギャングたち』を第4回群像新人長編小説賞へ応募。この年、本賞受賞作はなく、優秀作に選ばれて1981年12月号に掲載され、『海燕』1982年3月号において吉本隆明から高評価を受け、1982年10月に講談社より刊行された。1984年8月、『虹の彼方に（オーヴァー・ザ・レインボウ）』を中央公論社より刊行。1985年1月、『すばらしい日本の戦争』に手を加えた『ジョン・レノン対火星人』を角川書店より刊行し、『さようなら、ギャングたち』と合わせて初期三部作とする。1986年、山川直人監督の映画『ビリィ★ザ★キッドの新しい夜明け』の原案を担当。1987年、ジェイ・マキナニーの『ブライト・ライツ、ビッグ・シティ』を翻訳、ベストセラーとなった。1988年、『優雅で感傷的な日本野球』により第1回三島由紀夫賞を受賞。1990年の『惑星P-13の秘密』以降は1997年の『ゴーストバスターズ』まで小説の発表がなく、エッセイ、時評などを中心に執筆した。1991年、湾岸戦争への自衛隊派遣に抗議し、柄谷行人、中上健次、津島佑子、田中康夫らと共に『湾岸戦争に反対する文学者声明』を発表した。1997年より『群像』に『日本文学盛衰史』の連載を開始し、2001年5月に刊行。翌年伊藤整文学賞小説部門を受賞した（同年の評論部門は三浦雅士が『青春の終焉』（2001年9月）にて受賞している）。2001年12月、『批評空間』第3期第2号にすが秀実『「帝国」の文学―戦争と「大逆」の間』（以文叢書、2001年7月）の書評「『大逆』と明治」を発表。翌2002年1月に『批評空間』のWebサイト『Web CRITIQUE』上で高橋の書評に対するすがの批判、高橋の応答、すがの再応答が掲載されることとなった。『日本文学盛衰史』以降は朝日新聞の夕刊に連載していた『官能小説家』（朝日新聞社、2002年1月）、『すばる』にて連載していた「ミヤザワケンジ全集」をまとめた『ミヤザワケンジ・グレーテストヒッツ』（集英社、2005年4月）など文学者を題材にした小説を多く発表している2005年には親交のある批評家、加藤典洋から「言語表現法」講義の担当を受け渡される形で、明治学院大学国際学部教授に就任した。2008年、小林多喜二の『蟹工船』が再脚光を浴びたのは、同年1月9日に毎日新聞東京本社版の朝刊文化面に掲載された、高橋と雨宮処凛との対談がきっかけになったといわれる。2011年4月から2016年3月まで、朝日新聞論説面に『論壇時評』を月一回、月末に連載。2012年、『さよならクリストファー・ロビン』（新潮社、2012年4月）により第48回谷崎潤一郎賞を受賞。2019年、第70回NHK放送文化賞受賞。2018年7月現在、すばる文学賞、群像新人文学賞、野間文芸賞、中原中也賞、萩原朔太郎賞選考委員。また日本テレビ放送番組審議会委員も務める。