グリーンハウスはゴルフ場のクラブハウスとして建設されたが、再三にわたる使用目的の変更を経て、建物の様相も少なからず変化している。1階部分については間仕切り壁や浴場が設けられ、2階部分は前述のようにラウンジにあった暖炉が撤去され、バーカウンターも撤去されている。また2階へ上がる階段の装飾性に富む鉄製の手すりも変更されている。そして建物外部の装飾についても、当初の装飾的な鉄製のバルコニー、外階段の手すりが変更され、バルコネットに至っては撤去されている。2階西側バルコニーにあった噴水もまた撤去されている。このようにグリーンハウスは建物の各所で建築当初の姿から変更が加えられていて、また老朽化が進行して雨漏りなどが発生しているが、基本的には建築当時の様相をよくとどめており、十分に修復可能な状態であると判断されている。戦前に日本で建設されたゴルフ場のクラブハウスは、グリーンハウス以外には1932年に完成した、ウィリアム・メレル・ヴォーリズ設計の神戸ゴルフ倶楽部クラブハウスしか残っていない。その上、現存するスパニッシュ様式の建築では関東地方最大級のものであり、著名な建築家アントニン・レーモンド設計の希少なスパニッシュ建築であるなど、グリーンハウスは貴重な昭和戦前期の建築物であると評価されている。
薬師の少女アーシャ・アルトゥールは天涯孤独の身であった。最後の家族であった妹のニオは3年前、アーシャに頼まれて近所の遺跡へと薬草採取へと出かけたまま失踪し、行方不明となっていた。アーシャはニオの墓を建てて彼女を弔い、失意の彼女を支えてくれた知人に対しては表向き明るく振る舞い、亡き祖父の家業を継いで薬師として生計を立てていたが、心の内ではニオを死んだものとは割り切りきれない思いや、自分がニオをお使いに行かせてしまったことに対する悔恨を引きずり続けていた。ところがニオが行方不明になってからちょうど3年目の日、墓参りのつもりでニオの失踪現場を訪れていたアーシャは、不可思議な光を放つ花畑に浮かぶニオの幻影を目撃する。偶然この地域を訪れていてその場に居合わせ、一部始終を目撃した錬金術士のキースグリフ・ヘーゼルダインは、それが錬金術による事象であることを見抜き、ニオの生存を示唆する。アーシャに錬金術士としての素養があることを見て取ったキースグリフは、ニオを助けて欲しいというアーシャの懇願を拒絶しつつも、真理は他人ではなく自分の力で探し出すべきだという持論を語り、錬金術と光る花について学ぶよう助言する。キースグリフの見立てでは、ニオを助けられる期限は残り3年。アーシャは、錬金術を理解するため、そしてニオを助けるために旅立つことを決意する。アーシャは知人の紹介により有力者の支援を受け、城塞都市フィルツベルクで自分のアトリエを持つ。また、道中や街でそれまでになかった数の友人を持つようになる。アーシャはニオのことや、友人と楽しく過ごしたこと、錬金術を学んだことなどの大切な思い出を日記に書きとめていく。手がかりを求めて遺跡などを探索するなかで、アーシャは何度かニオの幻影と出会う。ニオは少し言葉を交わしただけで消えてしまうが、そのあとには必ず普通には見られない光る花が周囲に残されていた。光る花について調査するために、古代文明の知識が保存された図書館「弐番館」を訪問したアーシャは、そこで文献上の光る花「百年に一度咲く花」「雨を待つ花」「陽を避けて咲く花」のことを知る。キースグリフは当初、自分に利がないということでアーシャを助けることを拒否していたが、しだいに真理に近づいていくアーシャに、師としての助言を与えていく。アーシャは旅をして光る花を集め、キースグリフの指導を得て光る花に含まれている香料の成分を分析し、それが古代に繁栄していた錬金術の遺跡のシステムによって、情報伝達の媒体として用いられているものであり、ニオが古代の遺跡にとらわれていることを突き止める。キースグリフは古代文明による自然破壊の跡や巨大兵器をアーシャに示し、ニオをとらえた遺跡もそうした悪意の存在であろうと憶測する。プレイヤーが真相に迫る一連のサブストーリーを達成していない場合はキースグリフの憶測を覆す根拠は見つからず、ニオが捕らわれてしまった理由やシステムの目的には踏み込まない形の結末となるが、サブストーリーを進めた場合、アーシャはキースグリフの考えに異を唱え、遺跡の目的を理解しようとする。この場合、アーシャは冒険の末に辿り着いた古代のアトリエで発見した資料から、キースグリフと共に弐番館の奥に秘匿されていた秘密を解き明かし、ニオが活動中の遺跡「壱番館」の管理システムによって、人類の滅亡後も種を保存し、世界を存続させるための標本として保護されていたという真相を知る。アーシャは暴走していた遺跡の管理システム「イグドラシル」を破壊してニオを取り戻すが、自分の行いが正しかったか確信を持てず、古代文明の善意の遺産を無為にしたことに心を痛める。アーシャとニオの二人は家に帰り、ここで本編は一区切りとなる。この後も期限の3年が過ぎるまでゲームは続き、ニオを連れて旅に出ることができる。また本編と並行して、アーシャが旅の中で知り合い、ニオの救出に力を貸してくれた友人たちのサイドエピソードが挿入されるが、ニオを取り戻した後にはそれぞれのエピソードの結末が語られる。なおアーシャがニオを自力で救出できないまま3年が経過した場合はバッドエンドとなるが、その場合もニオはキースグリフによって救出される。いずれにせよグッドエンドであれば友人と共に、バッドエンドであれば自分の無力さを痛感したことを糧に、その後のアーシャが錬金術士として大成したという結末が語られるが、アーシャがニオを救出する過程で得た人脈と錬金術の技術によって何を成したかによって、選択できるエンディングの幅が広がる。