1866年のプロイセン王国によるヘッセン選帝侯領併合後、大学は飛躍を遂げ、これは市の急速な成長につながった。数十年のうちに学生数は約10倍となり、市の人口も約3倍に増加した。学生に部屋を賃貸しすることによって副収入を稼ぐ住民も少なくなかった。プロイセン併合後、この街は興隆した。中世の市壁の外に市区が成立したが、それらはいずれもラーン川左岸にあった。1900年以後、それまでもっぱら農地ばかりであったラーン川左岸の土地も購入されるようになった。初めはクラインガルテンの用地としてであったが、その後、住宅地の建設も行われた。ラーン川両岸の接続は、13世紀に架けられたヴァイデンホイザー橋、1723年に建設されたエリーザベト橋（後にバーンホーフ橋（駅前橋）とも呼ばれる）、1892年にシュッツェンプフール橋があった。さらに、3 km 離れた石橋の間に4本の木造の橋が架かっている。
マールブルクの相続に関するダルムシュタットとカッセルとの何十年にもわたる戦いは、部分的には三十年戦争とも多く関わった。この戦争で、カッセルはスウェーデン陣営、ダルムシュタットはこれと対立する皇帝側として参戦した。マールブルク市とその要塞は、1623年に一時的にティリー伯の軍勢によって占領された。この遺領をダルムシュタットに与えると定めた1627年の「ハウプト・アコルト（主要協定）」も、この争いの最終決着とはならなかった。カッセル方伯妃アマーリエ・エリーザベトは1645年にマールブルクを包囲し、ヘッセン戦争の口火を切った。この戦争は 3 年後にカッセル側の勝利で終結した。オーバーヘッセンは最終的に分割され、マールブルクはカッセル側、ビーデンコプフを含むヘッシシェ・ヒンターラントとギーセンはダルムシュタット側の所領となった。この後マールブルクの重要性はさらに低下し、地方行政都市あるいは防衛拠点の1つに過ぎなくなった。ドイツ最古の眼鏡工場の1つであるマールブルガー・アウゲンオプティカー・ウンケル（マールブルク・ウンケル眼鏡）が1708年に開業した。ナポレオン戦争の経過に伴ってマールブルク城の防衛施設は1773年から取り壊されていった。ジェローム・ボナパルトのヴェストファーレン王国において、マールブルクはヴェラ県の県庁所在地となった。それまでこの町に対して極めて強い影響力を保持していたマールブルクのドイツ騎士団もこの時期に解体された。1850年に鉄道カッセル - マールブルク線が開業され、1852年にはフランクフルト・アム・マインまで延長された（マイン＝ヴェーザー鉄道）。これによりマールブルクは、ラーン川の東岸に、市の発展に大きく影響する駅を獲得した。
城塞施設の最初の萌芽は9世紀から10世紀に遡る。マールブルクの文献上最初の記録は 1138年または 1139年になされ、「市」としては 1222年に初めて記録されている。住民は、近隣の現在はなくなったアルデンツハウゼン、ラマースバッハ、ヴァルパーツハウゼン、イーベルンハウゼン、ヴィルマンスドルフといいた集落からマールブルクに移り住んだ。空間上、城の近くにあったヴァイデンハウゼンやツァールバッハは、フォアシュタット（衛星都市）となった。しかし、テューリンゲン方伯妃エリーザベトが 1228年にマールブルクを隠居所に選んだことで、この街は重要性を獲得した。彼女は病院を建設し、そこで病人や障害者の看護に身を献げた。彼女は24歳の若さで亡くなった（1231年）のだが、現在でもマールブルクで活動した最も重要な人物である。彼女については多くの伝説が遺されている。1235年にはすでに聖女と呼ばれており、ドイツ騎士団は同じ年に彼女の墓の上にドイツで最初の純粋なゴシック教会である聖エリーザベト教会の建設を始めた。聖女の墓に詣でるためにヨーロッパ全土から巡礼がこの街を訪れ、マールブルクに都市の隆盛をもたらした。巡礼者の墓は、聖ミヒャエル礼拝堂脇にあり、ミヒェルヒェンと呼ばれている。
マールブルク周辺の最初の入植跡は、約 5万年前の旧石器時代中期のものである。ラーンベルクでも、ノイヘーフェンとダムミューレとの間でも、発掘作業はこの時代の入植地であることを示している。新石器時代についても数多くの証拠がある。時代の過渡期には、猟師や採集民が住んでいた。農耕民には肥沃な土壌を持つアメーネブルガー盆地が魅力的な基盤を提供していたのである。線帯文土器文化は、この時代の定住を示している。ダルムシュタットによれば、この地ではレッセナー文化やミヒェルスベルガー文化といった多くの文化がしばしば互いに衝突を起こしていた。青銅器時代にも文化的多重性があり、単葬墓文化、縄目文土器文化、鐘状ビーカー文化の出土品がある。この地域に墳丘墓が多いこともこれを裏付けている。こうした遺跡は、新植物園の中で見学することができる。シャンツェンコプフ近くにある三日月型の防衛施設を有する遺跡は、紀元後700年頃の集落跡である。このハイムブルクと呼ばれる集落はメロヴィング朝後期のものと考えられる。
日本では、1990年代の財政政策がクラウディングアウトを起こして民間投資を減少させたという見方もあるが、上述のマンデルフレミング効果によって金利上昇ではなく円高という形で影響が表れたことや、貯蓄超過の状態が続き国債が安定消化され続けたこともあり、目立った実質金利の上昇は起こらなかった。むしろ90年以降の財政抑制政策は「政官民癒着」にみられるモチベーションのクラウディングアウトに関わる問題や、不況による税収不足の一方で増大する社会保障費により償還資金の手当てのための借換国債の問題などが焦点となった。90年代には実質金利を高めるデフレがおきたことから、財政出動の不足が民間投資へ悪影響をもたらしているとの批判がなされた。この時期は金融機関の不良債権処理やBIS規制に対処するための強引な貸し渋り・貸し剥がし（信用収縮）が問題となっており、財政出動による有効需要拡大とマネーサプライ拡大（ヘリコプターマネーやインフレターゲット）を求める議会の要求が高まっていたものの、橋本政権の緊縮財政方針や小渕政権の大規模財政出動、2000年の日銀による金融緩和打ち切りなど経済政策が右往左往したこと（ストップゴー政策）で信用収縮は極まったとの批判がある。また、人々が合理的に将来のことを予想すると仮定すると、消費者や企業は将来の増税を想定して将来にそなえ財政支出の拡大分とほぼ等しいだけの貯蓄を増やすようになるため、結果的に総需要の増加幅は相殺され小さく留まり、財政政策は効き難くなる。特に、公的債務がある域値を超えて累積した状態では、このような将来の増税に向けての貯蓄が起こりやすくなるとの分析がある。