この物語は上記の通り『宇宙海賊キャプテンハーロック』、特にテレビアニメ版を基にした後日談であり、ハーロックやアルカディア号の一部乗員については地球で別れた後の生き様についても明確に描かれている。しかし、『ハーロック』原作並びにテレビアニメ版での描写と異なる点として、作中の地球の描写や一部の登場人物の設定が挙げられる。地球については原作及びテレビアニメ版の設定では、堕落した人類が太陽系内の狭い世界だけで満足し、そこで得られる惑星ダイヤや宇宙酒（酒性岩）などの資源を浪費して繁栄を謳歌している惑星であったのに対し、本作では資源もマンパワーも失われ老人や病人、子供しか残っていない辺境の一惑星であり、人類発祥の星程度の認識しかなされていない。また、原作やアニメ版で描かれた、球体ペナントの撃ち込みやマゾーン女王ラフレシア率いる艦隊との決戦といった一連のマゾーンからの攻撃的行為の影響も作中では確認されない状態である。登場人物については原作およびテレビアニメ版で殺害された台羽博士と、マゾーンのひとりであった波野静香がマゾーンとは関係のない人物として存在している。またマゾーン戦でアルカディア号のクルーになった正も、今作においてはハーロックと面識がなく、新たに「アルカディア号のクルーとなって登場」するといった松本作品の「成長前の若者像」の象徴として登場する。台羽（台場）博士の何らかの形による喪失（既に故人であったり、作中殺害される）から息子の正がアルカディア号の乗組員となる一連の流れは、松本作品における台羽（台場）親子、特に台羽（台場）正のスターシステムの典型的な立ち位置である。
マゾーンとの戦いの後、ハーロックはミーメ、トリさんと共に地球を発ち人々の前より姿を消した。そして彼ら2人と1羽以外のアルカディア号乗組員達は地球でハーロックと別れた後にそれぞれ別の生き方を送っていた。物語は元乗組員の一人である有紀螢が独自に結成した小規模の宇宙海賊が宇宙保安局に捕らえられる場面から始まる。地球から遙か彼方の植民惑星K-12 三等惑星、通称「はきだめの星」。その星に暮らす台羽正は、徹底した管理社会、打ち捨てられた辺境という状況で荒んだ生活を送っていた。ある日の夜、正は自宅にて何者かに殺害された父とヌーと名乗る4人の死人の姿を目の当たりにする。口封じのためにヌーの一人が正の殺害を実行せんとするその時、重力サーベルの銃撃で正を救ったのはハーロックだった。「真の漢になりたければ、俺の艦に乗れ」そう言い残し、ハーロックは去っていった。
1978年にテレビ朝日系列で放送されたアニメ版『宇宙海賊キャプテンハーロック』（原作:松本零士）の続編的位置付けの作品で、前作の敵であるマゾーンとの戦いの後についての出来事が描かれている。しかし、一部の設定では細かな違いがある。監督には前述のアニメ版『宇宙海賊キャプテンハーロック』や同じく松本零士原作の劇場アニメ『銀河鉄道999』でファンの支持を得たりんたろうがあたっている。アニメーション制作は東映動画からマッドハウスに変更。松本零士による原作の漫画作品はないオリジナル作品であり、原作者の松本は、本作をりんたろう版ハーロックだと断っている。本来は、2002年6月27日からCS放送AT-Xで先行放送の予定であったが、放送直前に敵が地球を攻撃する兵器の一部にダビデの星のデザインが使われていたことに松本からクレームがつき、一時製作を中止。放送も無期延期となったものの、約1年後に製作が再開された。そのためOVAとしてDVDが販売され、その後テレビ放映されるという特殊な形式をとっている。
ポネットは母親の死がわからない。パパがいくら天国へ行ったんだよと言ってもわからない。帰ってくるものだと思い込んでるから････。ポネットはひたすら想う。ひたすら願う、ひたすら･･･ママが帰ってくるの信じて･････。
グロモフは1943年、ロシアのサラトフで生まれた。彼はサラトフ・スヴォーロフ学校（幼年学校）、キーロフ名称レニングラード高等軍事諸兵科共通指揮学校（1965年、士官学校）、その後モスクワのM.V.フルンゼ名称軍事アカデミー（1972年、陸軍大学）、及びヴォロシーロフ名称ソ連軍参謀本部アカデミー（1984年）を卒業した。士官学校卒業後、沿バルト軍管区で小隊長、中隊長として勤務。1972年、フルンゼ軍事アカデミー卒業後、北カフカーズ軍管区とトルケスタン軍管区で勤務。ソ連のアフガニスタン戦争においては、グロモフは3回の勤務経験があり（1980年1月-1982年7月、1985年-1986年、1987年-1989年）、そしてアフガニスタン駐留ソ連第40軍の最後の司令官としての2年間が最もよく知られている。グロモフはアフガニスタンに残る最後のソビエト兵として、1989年2月15日アムダリヤ川に架かる「友好の橋」を徒歩で渡り、この日をもってソ連軍のアフガニスタン撤退を完了させた。彼は東アフガニスタンのホースト市の包囲を救援する大規模作戦の後、最高の軍事賞であるソ連邦英雄金星勲章を受章している。アフガニスタン戦争後、ソ連人民代議員。1989年～1990年、キエフ軍管区司令官。1990年～1991年、内務第一次官。1991年～1992年、地上軍第一副総司令官。1991年のロシア大統領選挙において、彼は共産党により副大統領候補に選ばれた（大統領候補は、元首相ニコライ・ルイシコフ）。1992年、彼はロシア連邦の国防第一次官を務めた。1993年10月、最高会議派との対立の際、武力解決に反対し、国防省の会議への出席を拒否した。また、1994年のチェチェン紛争においても反対の立場をとった。1994年、グロモフはロシア軍を退役したが、1995年、軍事専門官として外務省に出向させられ、間もなく外務次官に任命された。1995年、彼はロシア連邦議会国家会議（下院）議員に当選し、兵器・国際安全保障小委員会委員長となった。1996年から「ロシアの地域」会派に属する。2000年1月、彼はモスクワ州知事に当選し、2003年12月に再選した。