2006年12月26日から、Wiiのバーチャルコンソールで配信が開始された。ゲームの内容はSFC版に準じており、移植度は概ね良好である。ただし水色の発色が悪く蛍光色のようになっており、ドット絵の細かい描き込みが潰れてしまっている。2012年3月30日をもって配信が終了された。
バイドとの激しい戦闘から幾年が過ぎた。人類は幾度も敵勢力の侵攻を食い止めてきたが、バイドは更なる脅威として進化を遂げ、人類の前へと再び姿を現した。その進化は人類の想像を遥かに超え、バイドとの戦闘により太陽系外周警備艦隊は全滅に追いやられる。そして人類はついに決断を下す。空間座標θ3681119・銀河系中心域に存在する「マザーバイドセントラルボディ」、バイド中枢部への直接攻撃指令。それはすなわちバイドとの最終決戦を意味していた。西暦2245年（現在の公式年表では2169年に設定変更されている）、第三次バイドミッション、オペレーションコード「THE THIRD LIGHTNING」が発動。人類が持つあらゆるテクノロジーを結集させた最新鋭R戦闘機、「R-9Ø」が空間転送砲で目標へ向けて射出された。北欧神話に伝わる終末の日、「ラグナロック」の名を与えられた最強最後のR-9が今、決戦の地へと向かう。
R-9の項目も参照。本作『R-TYPE III』の自機。第三次バイドミッション(オペレーションコード-THE THIRD LIGHTNING )を完遂することを念頭に開発されたR-9直系最終型となる最新鋭の異層次元戦闘機で、コードネームは「ラグナロック」（RAGNAROK）・火星基地においてR-9Sのフレームを流用し、基礎設計段階から見直して新造された機体で、Rシリーズ内においても、類を見ない圧倒的なポテンシャルを持つ高出力戦闘機と言われている。しかし、同時に単体の機体コストが桁違いに高く量産性は一切視野に入れられていない。主な機体概要（スペック）は、他のRシリーズの追随を許さない強力な2つの波動砲の搭載、3つのフォースデバイスを制御可能とする互換型コンダクタユニット、ハイパードライブ時の余剰エネルギーを再利用可能な「ストラグル・ビット」と目標追尾が可能な「エレクトロン・ミサイル」を標準装備している。また、内部機構は、ハイパードライブジェネレーターと推進コアジェネレーター（核融合エンジン）のツインジェネレーターで構成され、零式フィードバックシステム（オーバーロードチップ）、光速次元航行ブースターが、可変冷却式セミモノコックアーマーのボディに内蔵されている。加えてコクピットには最新のサイバーインタフェース技術が取り入れられている。これだけ見れば（作中当時では）高性能な機体であるが、このような噂もある。R-9カスタムにおいては、生身の肉体では相当堪える苛酷な環境での戦闘を可能とするため、パイロットの四肢を切断してパイロットユニットに直結させたことが知られているが、特にR-9Øの場合は、パイロットユニットに少女の肉体（体内時間年齢14歳程度）に幼体固定処理を施された23歳の女性（一部の資料にはスゥ＝スラスターとある）を直結させていたというものである。この噂に対して軍は否定を続けているが、真相は明らかになっていない。また、作戦に参加したR-9Øに関しても行方がわかっていない。
1980年代後半になると、ポーランド人民共和国やハンガリー人民共和国では民主化への模索が始められ、東側社会主義国の盟主であるソビエト連邦でもミハイル・ゴルバチョフによってペレストロイカが始まっていた。しかし東ドイツ（ドイツ民主共和国）はいまだマルクス・レーニン主義的で最高指導者のエーリッヒ・ホーネッカー（ドイツ社会主義統一党書記長・国家評議会議長）は国家保安省(シュタージ)（秘密警察）を用いて国民に対する締め付けを強くしていた。分断国家である東ドイツでは「社会主義のイデオロギー」だけが国家の拠って立つアイデンティティであり、政治の民主化や市場経済の導入といった改革によって西ドイツとの差異を無くすことは、国家の存在理由の消滅を意味することを東ドイツ首脳部は知っており、東欧に押し寄せる改革の波に抗い続けていた。1988年にはソ連の雑誌さえ発禁処分にし、言論統制を強めていた。このような状況の中で、既にハンガリー社会主義労働者党の改革派が民主化を進めていたハンガリーでは、1989年5月2日に改革派のネーメト・ミクローシュ首相がオーストリアとの国境にある鉄条網の撤去に着手した。これによって鉄のカーテンに穴が開けられたのである。翌5月3日、ドイツ社会主義統一党 (SED) の政治局会議でホーネッカーは「このハンガリーの連中は、一体何をたくらんでいるんだ！」と怒鳴っていた。それが何を意味するのかホーネッカーには分かっていたからである。案の定、このニュースが東ドイツに飛び込んでくると、多くの東ドイツ市民はハンガリー・オーストリアを経由して西ドイツに行けるのではないかと考え始めた。当時の東ドイツでは、旅行は許可制で、当然西側への旅行は許可されなかったが、東側への旅行が許可される可能性は高かった。ハンガリーまでは秘密警察に睨まれることなく、合法的に国境を越えられて、ハンガリーにたどり着けば何とかオーストリア経由で西ドイツに越境できるのではないかと考え、多くの人々がハンガリーへの旅行許可書を持ってハンガリーへ向かい、そのままハンガリー・オーストリア国境も越えて西ドイツに行こうと計画して実行に移した。しかし、ハンガリー・オーストリア国境が開放されたといっても、通行を許可されるのはハンガリーのパスポートを持った者だけで、東ドイツ市民がこの通行を許可される可能性はほとんどなかった。このことは、彼らがハンガリー・オーストリア国境まで行って初めて明らかになったことであった。結果として1989年8月初め頃には、ハンガリー・オーストリア国境地帯に越境を求める東ドイツ市民が溢れるようになった。