対戦毎にプレイヤーのチームをランダムに編成するシステム。例えばABvsCDでABが勝ったとしても、次はADvsBCなどになる。ロケーションの方で設定のON/OFFが可能で、3人プレイの場合も行われる（片方にはCPU操作のMSが付く）が、2人プレイの場合は設定により対戦になるか協力プレイになるか選択される。
今作のシールド防御は宇宙世紀vsシリーズの自動発動式とC.E.vsシリーズの手動発動式が機体毎に異なる（ビームシールドを装備した機体は特殊動作による手動発動、実体シールドを装備した機体は自動発動が基本）。今作は実体シールドを破壊されるとシールドを投げ捨てるモーションが加わり、多段ヒットする武装でも最後まで防ぐようになった。原則として格闘や一部の射撃、爆風はシールドガードできなくなった。ただし、ガンダム試作2号機の巨大な実体シールドに関しては爆風を防ぐことが可能。また、一部機体はシールドを破壊されると射撃攻撃が変化する機体も登場した（破壊されると使用不可能になるのは『連邦vsジオン』のギャンが初）。例外としてVガンダムのみ、腕パーツ（トップリム）がある状態でビームライフルを射撃する際、自動でビームシールドが展開される。また、これもビームシールドであるので手動発動も可能。
敵機に攻撃を加えたりダメージを受けたりすると溜まっていく「クロスオーバーゲージ」が同チームのプレイヤーとも最大まで溜まったときにLボタンを素早く2回押すと発動する必殺技のようなもの。発動後、攻撃範囲にマーカーが出現して数秒後に攻撃が発動するため、「いかに回避するか」「いかに攻撃範囲に敵機を誘うか」「クロスオーバーを利用して敵を分断できるか」などといった戦略もとられる。ちなみに、二人共、あるいはどちらか片方のゲージが溜まっていない場合、パートナーの状況（損傷拡大など）や「ちょっと待って!」といったコメントが画面下部に現れる。なお、クロスオーバーの内容は出演作品毎に異なり、自分が発動したクロスオーバーは命中すると吹き飛ぶがダメージは0である。これによる「守り」としてのクロスオーバーの使用もある。
射撃+格闘+ブーストの3ボタンを同時押しすることでアシスト機体を呼び出すシステム。各機体毎に呼び出される機体は違い、呼び出せる回数も機体毎に異なる。また撃破されて再登場するまで呼び出せる回数は回復しない。
基本的なシステムは『機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II』を踏襲しているが、新システムが多く追加されている。その代わり覚醒は削除されている。8方向レバー+4ボタンの操作体系やコストのシステムは変わらず。ブーストダッシュやチャージショット、変形できる機体（ΖΖガンダムを除く）は変形可能な点も変わっていない。
2030年、あるゲームセンターでデビルガンダムが実体化、機動戦士ガンダム vs.シリーズを一つに統合してしまう。一つの世界に集まったガンダム達はデビルガンダムを倒すために立ち上がった。
過去にアニメ化されたガンダムシリーズの16作品（除かれるのは『新機動戦記ガンダムW Endless Waltz』、『機動戦士ガンダムSEED C.E.73 STARGAZER』の2作品、およびSDガンダムシリーズ）から主要なモビルスーツ（ガンダムタイプ、その他の主要なモビルスーツ）を集め、シリーズによって異なる世界観を超越し、集結したオールスター（クロスオーバー）的作品で、これまでのvs.シリーズの集大成ともいえる内容になっている。キャッチコピーは「全機主役!! 作品の誇りを賭けて今、戦え!!」。導入告知ポスターのイラストは大河原邦男が担当。
テレビアニメ及び劇場版の歴代主題歌を、主要キャラクターがカバーするというコンセプトのアルバム。ディスクジャケットや歌詞カードなどは、本CDに参加したキャラクターたちがSDキャラで描き下ろされている。初回限定盤には、ジャケットなどに描かれたSDキャラの特製ステッカーが封入されている。演奏は、HIGH and MIGHTY COLORのMEG・SASSY・mACKAzと星村麻衣が担当している。
夜行高速バスは、1989年10月14日に新宿駅西口 - 高松駅線、1990年10月12日に日本最長の路線である新宿駅西口 - 西鉄天神バスセンター（現・西鉄天神高速バスターミナル）線「はかた号」（西日本鉄道との共同運行）を開業するなど、一時は4路線を運行していた。しかし、運用効率の悪さや、他の交通機関との競争から拡張には至らず、1996年10月1日に福岡線以外の夜行路線をグループ会社の西東京バスに移管（2003年9月から2008年9月までは、さらに同社子会社の多摩バスに移管）、さらに1999年1月18日に福岡線の運行も終了（西日本鉄道が単独で運行へ）し、一時は夜行路線から撤退した。尚車齢の若い車両は座席を4列シートに改造の上中央高速バスへ転用された。しかし、2000年代に入り、子会社の京王バス（現・京王バス東）が2003年7月18日に阪急バスと共同で新宿駅西口 - 大阪梅田線を、同年12月には神姫バスと共同で新宿駅西口 - 三ノ宮駅 - 姫路駅線を相次いで開業、2006年3月31日には、京王電鉄バスが新宿駅西口 - 仙台駅 - 石巻駅間の夜行路線を開業し、夜行バスは再開の兆しを見せている。大阪線は一旦撤退したのち（前述のとおり、西東京バス→多摩バス→西東京バスに移管）相手の会社を変えて「復活」したため、「ねじれ」を生じている。また、神戸・姫路線は神姫バスが単独で渋谷 - 三ノ宮・姫路に路線を持っていたが、ツアーバスの進出による競争激化で輸送力過剰となり結局は京王・神姫担当系統を渋谷経由に変更し統合された（もとは東急バスと共同だったが、同社が撤退したため単独化）。京王電鉄バスグループが運行する夜行路線は以下の通りである。なお、既述の通り名古屋線にも夜行便がある。