従来の鉄道模型では、線路上の1台の車両しか制御することができなかったが、デジタル技術を取り入れることによって複数の車両を制御できるようになった。レールから供給される交流電流の間隔を変えることによって、電力だけでなく制御信号も送れるようになった。別方式のDCCも、同様の手法を用いている。メルクリンデジタルの電力は、＋22Vから-22Vで供給される。従来のメルクリンシステムは最大16Vだった。この結果、デジタルデコーダー搭載車両は、同方向に常に最大速度で走ることが出来る。従来のメルクリンデジタルでは、80台の動力車と256台の分岐器等の固定式の受信機を制御できる。1990年代にデルタシリーズが発売された。これは同じコマンドを使用するが最大4台までしか制御できない。2004年には、メルクリンシステムが発表された。これはESCUと共同で開発されスピードが従来の14段階から128段階に拡張され、動力車と分岐器のアドレスが80から16384に拡大される。セントラルステーションはシャープのLH79525に組み込みリナックスを搭載している。
神奈川県生まれ、東京都育ち。東京大学農学部農業経済学科卒業、東京大学大学院農学系研究科博士課程単位取得済修了。埼玉大学経済学部非常勤講師、社会構想研究所研究顧問、地域情報設計研究所研究顧問、財団法人国民経済研究協会研究部長・常務理事などを歴任。現在、シンクタンク・アルファ社会科学株式会社首席研究員、立教大学大学院ビジネスデザイン研究科兼任講師の他、インターネット上で「社会実情データ図録」サイトを主宰し、地域の調査等研究に従事。
国鉄のJRグループへの移行に際し、全国6つの会社に分割された旅客事業とは異なり、貨物事業は全国規模での営業を続けることとなり設立された、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（JR会社法）に拠る特殊会社である。一方で北海道旅客鉄道（JR北海道）、四国旅客鉄道（JR四国）と同様、経営基盤が弱いことから、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構国鉄清算事業本部（発足当初は日本国有鉄道清算事業団）が全株式を保有しており、現在までのところ株式上場の目途は立っていない。設立の際、JR貨物自身が第一種鉄道事業者として保有する路線は必要最小限に抑えられた。一部の貨物専用路線はJR貨物が所有しているが、両端が旅客線に接続する貨物線や、旅客化する計画のある路線、廃止が決定している路線は、その地域を管轄する旅客鉄道会社が保有することとされた。そのため、JR貨物が列車を運行する路線のほとんどは、鉄道施設を保有する旅客鉄道会社の路線や、JR路線を転換した第三セクター鉄道路線の第二種鉄道事業者となっており、それらの会社に線路使用料を払って貨物列車を運行している。旅客鉄道会社への使用料は「アボイダブルコスト」によって決められている。新幹線開業に伴う並行在来線区間の第三セクター鉄道会社への使用料は移行前に比べ上昇しており、その差分について鉄道建設・運輸施設整備支援機構から補填を受けている。貨物列車の運行については、基本的に自社の乗務員や機関車を使って行っているが、路線によっては旅客会社の乗務員や機関車で運行する場合もある。また、以前は逆にJR貨物の乗務員や機関車で旅客列車を運行する場合も多数あった。旅客会社の客車をJR貨物の機関車が牽引していた例としては客車時代の夜行急行「ちくま」の名古屋駅 - 長野駅間や、「かいもん」の門司港駅 - 西鹿児島駅間、磐越西線、筑豊本線などがある。しかし、少数の夜行寝台列車（ブルートレイン）をのぞいて、客車による定期旅客列車が消滅した後は、一部の臨時列車や車両故障時の救援で運行される程度である。なお、関門トンネルを潜る下関駅 - 門司駅間を走行する客車列車の牽引をJR九州から受託しており、同社所属の機関車EF81形400番台の2両もJR貨物の門司機関区に常駐し、この区所が唯一定期運転でJR貨物の乗務員が旅客列車に乗務する運転区所となっていたが、対九州直通客車列車の廃止以後は団体臨時列車のみの運用となっている。一方、貨物輸送量は、高速道路整備による大型トラックや、空港整備による航空機での貨物輸送の増加、さらには国鉄時代のスト権ストによる国鉄貨物への信頼失墜などの影響を受けて、年々減少を続けていた。かつて会長を務めた伊藤直彦は、日本において本来鉄道が得意とする500km以上の遠距離輸送においても鉄道貨物が衰退していった理由を幾つか列挙した際、その一つに、このストによる信頼失墜を挙げている。一旦荷主が離れた鉄道貨物の復権は容易ではなく、大阪のある大手メーカーには当時「もう二度と鉄道は使わない」とまで言われたエピソードも残っている。しかし近年は環境に負荷をかけないモーダルシフト政策や、深刻になっているトラック運転手不足問題から、鉄道貨物減少に歯止めがかかり、僅かながら増加に転じている。JR貨物では、貨物列車の増発やスピードアップ、IT-FRENS&TRACEシステムの導入、貨物駅のE&S方式への改良、M250系貨物電車の運行など、ソフト面・ハード面の充実でサービスアップを目指している。また中国の最大手海運企業である中国遠洋海運集団 (COSCO) と提携を行って、「航空機より安く、コンテナ船より速い」をコンセプトにした国際複合一貫輸送「SEA&RAILサービス」を2006年3月から開始するなど、海外への事業進出も活発である。1990年代に進んだ利用運送事業（フォワーダー）分野の規制緩和によって、顧客営業と荷主からの料金設定・収受の主体性が通運事業者をはじめとするフォワーダーに完全に移行。フォワーダーが荷主に提示する複数の輸送手段の一部分を事実上下請けの形で担うという、物流企業としては致命的ともいえる弱点・制約を抱える。JR旅客会社の施設を借り受けて、貨物列車を運行するという脆弱性と合わせ、JR貨物が今後経営安定化と株式公開を目指す上で、避けて通れない課題である。近年のモーダルシフトの推進において、JR貨物の役割は非常に重要と言える。特に鉄道輸送では、貨物1tを1km輸送する際の二酸化炭素排出量が、営業用トラックに比べて約8分の1と試算されている。