裁判が続いていた2007年5月2日、国民党中央常務委員会は馬英九を総統候補として指名する意向を固めた。党内でも裁判中という事から賛否を分けたが、国民党主席も争った王金平立法院長が辞退した為に馬英九指名が選択された。6月23日の党大会で正式に国民党の総統候補として公認され、副総統候補には当初王金平を指名したが政治路線が折り合わず、最終的に蕭万長元行政院長を指名している。2008年1月12日、総統選挙の前哨戦とされる第七回中華民国立法委員選挙では、二審で無罪を勝ち取った馬英九率いる国民党が経済政策の失敗を問われた民進党に圧勝し、単独過半数を確保した。総統選挙では、民進党の謝長廷陣営は1977年に取得したグリーンカードの所持、馬英九の一族による政治献疑惑、黒社会との関係などを主張するネガティブキャンペーンを展開した。対する馬英九陣営は「ロングステイ」と銘打って台湾各地の農村地帯を訪れて回り、外省人ながら台湾語による会話を行ったり、客家として客家語による演説を行うなど有権者と直接触れ合う機会を増やす事で対応した。同年3月22日に総統選挙が実施され、謝長廷の544万5239票（41.55%）に対し756万8724票（58.45%）を獲得して馬英九の当選が決定した。2008年5月20日、馬英九は第12代中華民国総統に就任、これにより中華民国史上初めて野党となっていた国民党は8年ぶりに政権を奪還した。中国側は馬英九当選を歓迎しつつも、短距離ミサイルの増設など硬軟織り交ぜた姿勢を示した。
1998年の台北市長選に国民党公認候補として出馬。多くの票を獲得して当時の現職・陳水扁（民主進歩党公認・前総統）を破り当選した。2002年に再選され、2006年12月の任期満了まで同職に留まった。台北市長時代は台北市全域の無線LANの整備、下水道整備の普及、スポーツ施設整備などのインフラ整備に力を注いだ。また、士林官邸、七海官邸、孫運璿旧邸、李国鼎旧邸、嚴家淦旧邸、錢穆旧邸などの文化財保護事業に力を注いだ。また国民党主席の連戦が辞任を表明すると、党内の高い期待を背景に2005年7月16日に行われた国民党主席選挙に出馬（二回目の党員による直接選挙だが、対立候補が出たのは初めてであった）して、37万5056票を獲得、対抗馬の王金平立法院長（14万3268票を獲得）に大差をつけて第4代国民党主席に選出された。党主席兼任後2005年末の23県市長選挙では国民党が14、親国民党系も含めると17ポストを獲得するなど地滑り的な勝利を得た。国民党内では若手政治家の筆頭となった馬英九を次期総統選挙で候補に立てる意見が高まったが、出馬意思を表明した2007年2月13日に台北市長時代の首長特別支出費の一部支出について横領容疑で起訴される事件が発生した。これを受けて馬英九は党への影響を避ける為に国民党主席を辞任したが、裁判については争う姿勢を示した。一審の台北地裁（同年8月17日）では無罪判決が下され、同年12月28日の二審（台湾高裁）でも無罪判決が下された。二審までの無罪判決を受け、馬英九は2008年1月3日に起訴した検察官を不当な政治妨害を行ったとして告訴した。2008年4月24日、台湾の最高裁が検察の上告を棄却したことにより馬英九の無罪が確定した。
『貝殻』が文学賞を取り、日本と華北の政界から集中砲火を浴びる。『貝殻』は内容的に「大東亜」的ではないことから日本から非難を浴びさせられ、「日本と接触」した事実だけで自国から色眼鏡で見られるという進退窮まる状況にいた。当時の受賞後の袁犀は以前よりも収入を得るようになったが、家庭問題で喧嘩が絶えない他、身体的健康の悪化や「大東亜文学賞」獲得の罪悪感からくる精神的ダメージは彼を悩まし続けた。そうした状況を後の袁犀はこう振り返る。「・・・身体が悪い、肺病そして喘息も私の精神を悪くする原因であった。また、秘密の監視も受けていた。道中を歩く際、誰も私に目をくれず、他人を巻き沿いにしてしまうことを恐れて、私から挨拶するのも億劫になっていた。そうした重圧の中、内心の痛みは生活上の痛みの何千万倍にも及んだ。私はただひたすら書いた。趣味から書く一方で、純粋の文学的精神活動は私に自分、そして環境のことを忘れさせてくれる。当時は純粋に文学中の状態に浸っていた。・・・」こうした苦痛の状況を少しでも緩和するために、袁犀は本も濫読していた。中国語で買えない新書は日本語で読み、分からなくとも強引に読みきろうとした。フランスやロシアの多くの小説は日本語で読んだ。また、古代インドのシッダールタについての小説を書くために仏典や古書も読む。インド的な苦行者の姿に自分を重ねていた。しかしながら、書いている途中にヘルマン・ヘッセの『シッダールタ』を読み、書くのを諦める。佐藤原三は袁犀をこう説得した。「釈迦について書くのはもっと歳いってからにした方が良い。二十三、四歳はサッカーをする年頃だ！」この時の袁犀はまだ23歳であった。24歳の時、『塩』と『凍りついた海』をそれぞれ『中国文学』と『中国公論』で発表。続いて短編小説『暗春』、『絶色』、『赤ドレス』を書き上げる。夏に華北作家協会が彼の短編小説集『森林の寂寞』を出版。（1939年5月から1943年7月の短編小説が収められている。）この年、第三次大東亜文学者大会から大会参加への招待状がきたが、身体の不自由を口実に辞退した。『貝殻』の続編『面紗』を書き上げ、新民出版社で出版。休む暇なく、三編の短編小説を書き上げる。文昌書店で『時間』を出版。7月に『創作季刊』の編集で、ライターの姚錦と出会う。27歳の時、農民の偉大な土地改革運動を反映させた『網と土地と魚』と『馬の歴史』を書き上げるが、初めて筆名問題にぶつかる。『東北文学』の一人の編集者が、「袁犀」は満州国政権（偽満）で使われていた筆名だから変えた方が良いと助言する。そこで、馬双翼に筆名を変える。偽満作家のリストに「袁犀」が載っていた。10月中にずっと会いたかった作家蕭軍と知り合う。11月新陽区に移動後、カール・リープクネヒトの発言を目にしたことを機に、正式に筆名を李克異（中国語のリープクネヒトは李卜克内西）に変える。この筆名には非無産階級の思想を克服するという意味が込められている。