出場チームは前回大会と同じで88チーム。昨季に比べ日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）の加盟数が2クラブ増えたため、日本フットボールリーグ（JFL）のシードチームが2から1に減少し、総理大臣杯全日本大学サッカートーナメント優勝チームに与えられていた「大学シード枠」がなくなった。Jリーグ所属全クラブのシード（2回戦からの出場）、出場全チームによるノックアウトトーナメントという基本的枠組みはこれまでと同様だが、JFLシードチームは1回戦からの出場となったほか、組み合わせ方法の決定に2つの新機軸が盛り込まれた。一つは、1回戦の組み合わせについて「同一地域内での対戦」を前提に対戦カードを組んでいたものを、全国を3つのエリア（北海道・東北・関東、北信越・東海・関西、中国・四国・九州）に分けて地域性を拡張し、対戦カードの幅を増やした点である。もう一つは、レギュレーション発表の時点ですべての対戦カードが決定していたものを、3回戦終了後に再度抽選（オープンドロー）を行い、改めて対戦カードを決定する方式となった点である。このため、4回戦（ベスト16）以降のカードは、大会前の概要発表時点では各ラウンドの日程のみが決定され、それ以外についてはすべて未定とされた。なお、前年は東日本大震災の影響で本大会出場チームの決定に一部特殊なレギュレーションが導入されたが、今回は従前通りの方式となった。今大会は、JFA公認マスコットの「はにー&どぐー」が“応援マスコット（見習い）”として起用され、会場などで配布されるクリアファイルのデザインなどに採用されることが明らかになっている。優勝チームにはAFCチャンピオンズリーグ2013への出場権が与えられた。
『ソニックマニア・プラス』の発売を記念して製作されたショートアニメ。『ソニックフォース』とアンコールモードの間のストーリーと紹介されているが実際はアンコールモードも『フォース』から帰還後の話である為、実質パラレルワールドとなっている。
ポイントマーカーを通過した時、リングを25枚以上持っていると入ることができる。『ソニック・ザ・ヘッジホッグ3』等に登場したブルースフィアをプレイでき、クリアするとメダルを手に入れられる。パーフェクトかどうかによってメダルの色が変わる。ブルースフィアオールクリア後のストーリーモードやアンコールモードではピンボールステージとなっておりアイテムを調達したりまだ合流していないキャラクターを獲得したり（アンコールモードのみ）できる。
アクトに隠された巨大リングに触れることで入ることができる。3Dステージになっており、前方のUFOに接触することでカオスエメラルドを手に入れることができる。リングが無くなるか落下すると強制終了となる。カオスエメラルドを7つ全て集めるとスーパーソニック（テイルス・ナックルズ・レイ・マイティーも可）になれるようになる。
1Pと2Pで好きなキャラクターを選び、対戦する。ゴール時リング枚数・トータルのリング枚数・スコアー・アイテムの数・所要時間の5つの項目を比較し、勝る項目が多い方が勝者となる。『プラス』では4人対戦が可能になっている。
ソニック・テイルス・ナックルズの中から好きなキャラクターを選んで12ゾーン24アクトをクリアしていくメインモード。今作にはセーブ機能が存在し、『ソニック・ザ・ヘッジホッグ3』と同様の仕様を採用している。ソニックとテイルスでプレイする場合、2Pでテイルスを操作することもできる。
アル・シャバブは元はイスラム法廷会議(ICU)の若手強硬派の集まりで、アメリカなどではICUの過激派が分裂したものとみなされている。しかし、ICUとアル・シャバブの関係はそれほど明確なものではない。アル・シャバブはICUがまだ健在の2004年の半ばに結成され、「イスラーム教の敵」と戦う戦士が集まってできたものとされる。現在ではアメリカ合衆国国務省から国務省認定外国テロ集団 (en) に指定されている。ノルウェー警察治安部隊 (en) やスウェーデン治安局 (en) からもテロ集団とされている。イスラーム教に基づく法体系シャリーアを第一の行動原則としている。例えば罪に対する罰が厳格であり、2008年10月には姦通を行ったとして13歳の少女が石打刑で処刑されたと伝えられている。（この少女は3人の男にレイプされた被害者であるとする報道もある。）また、2009年6月22日には、携帯電話を盗んだ罰として、若者4人の手足を片側ずつ切り落とすとする判決が出されたと報じられている。また、海賊行為にも批判的であり、2008年11月にハラデレ沖で起きた大型タンカーに対する身代金要求事件に関して、死刑に相当する罪だとの声明を発表している。ただしソマリア暫定連邦政府は、アル・シャバブは海賊から武器や身代金の分け前を要求していると伝えている。また、ソマリア国外のソマリ族居住地域を含めた統一運動を呼びかけている。ただしイスラーム信仰で団結している組織とも言えず、ソマリ族の複雑な部族間関係の影響もあると言われている。2009年1月にソマリア中南部からエチオピア軍が撤退したことにより、その支配地域を一気に広げたが、これにより闘争目標が失われて分裂する可能性も指摘されている。アル・シャバブのメンバー、とりわけ幹部には非ソマリア出身の外国人が入っていると言われており、ペルシャ湾岸諸国から来た者が多いと見られる。かつてのソマリア人によるイスラム勢力の活動と異なり、アル・シャバブは自爆攻撃を多用しており、これが外国からのメンバーの影響によるものとされている 。国連の2006年の報告書によると、イスラーム過激派の主な支援者は、イラン、リビア、エジプト、ペルシャ湾岸地域出身と見られている。特にエジプトはナイル川の扱いについて上流のエチオピアと対立関係にあり、ソマリア暫定連邦政府を支援するエチオピアの弱体化を狙っているものとみられる。報道でも、アル・シャバブの中心メンバーがエジプトおよびアラブ出身のジハード戦士であるとされることが多く、彼らがソマリ族に最新兵器と自爆攻撃の訓練をしていると伝えている。ソマリア国外のソマリア人でアル・シャバブを支援する人も多い。その理由として、ソマリア南部をイスラム法廷会議が支配していた時期には治安が安定しておりそれに共鳴するというものだったり、単にアル・シャバブの実態を知らなかったりといったことが挙げられている。