1928年（民国17年）に北伐が完了すると、李石曽は国立北平大学（北京大学の改称）と国立北平師範大学（現在の北京師範大学）で校長に任ぜられた。同年10月には故宮博物院参事となる。翌年、国民政府で建設委員会委員と大学委員会委員に任ぜられ、さらに国立北平研究院が成立すると、院長となった。1930年（民国19年）に中原大戦が勃発すると、李は張学良の下に赴いて蒋介石に味方するよう説得し、これに成功している。1931年（民国20年）、李石曽は北平大学校長の職を退くが、同年に北平文化指導委員会副委員長、国民党中央政治会議委員に任命された。満州事変勃発後の国民政府各派による大同団結に際し、李は各派の斡旋に奔走している。1934年（民国23年）1月、建設委員会常務委員に昇進した。日中戦争が勃発すると、李石曽はそれまでに蓄積した対外人脈を生かして、欧米や香港を歴訪し、国民政府の正統性を高めるための外交に尽力している。
1914年、李石曽は蔡元培らとフランスで「留法西南維持会」を、翌1915年には「勤工倹学会」・「華法教育会」を結成し、本格的に勤工倹学運動を開始した。1916年、雑誌『旅欧』を創刊している。翌年12月に帰国し、国立北京大学の招聘を受けて生物学と社会学の教授を務めた。1919年（民国8年）には、中国側で「留法勤工倹学会」を組織し、翌1920年（民国9年）に北京で私立中法大学を創設して董事長となっている。同年中には再びフランスへ赴き、呉敬恒らとリヨン中法大学を創設し、1923年には李が理事長兼校長代理を務めた。1924年（民国13年）1月、李石曽は中国国民党第1期中央監察委員に選出され、以後第6期まで連続してこの地位に選ばれた。同年11月、対ロシア（ソビエト連邦）庚子賠償（義和団事件賠償）委員会中国委員代理を務める。翌年、国民党中央政治委員会委員に任命された。孫文（孫中山）死後、党内での李は反共右派の立場をとったが、西山会議派には与していない。1926年（民国15年）、段祺瑞による学生デモ弾圧事件（「三・一八惨案」）が発生すると、段からデモ首謀者の1人として指名手配を受けてしまう。そのため、南下して国民政府に合流し、教育行政委員会委員などを務めた。
初めは旧学を学んでいたが、1902年（光緒28年）、出使法国大臣（フランス公使）に就任した孫宝琦に随従してフランスに赴く。まず農業学校で学び、卒業後にルイ・パスツール大学とパリ大学で生物学を専攻した。このとき、ジャン＝バティスト・ラマルクの進化論とピョートル・クロポトキンの相互扶助論（無政府主義）に傾倒している。1906年、李石曽は張静江（張人傑）らと共に「世界社」を結成し、週刊誌『新世紀』を刊行して無政府主義の宣伝に努めた。また同年8月に、張の紹介で中国同盟会に加入している。1909年、パリで豆腐の会社を設立し、「素食」（菜食主義）も提唱した。1911年に帰国し、黄復生らと天津で京津同盟会を組織し、機関紙『民意報』を刊行した。中華民国成立後の1912年（民国元年）には、呉敬恒（呉稚暉）・蔡元培らと共に「進徳会」を、さらに唐紹儀・宋教仁らと「社会改良会」を結成している。また、北京で「留法倹学会」と留法予備学校を組織し、フランス留学のためのインフラ整備に尽力した。その一方で、袁世凱の革命派弾圧に反感を覚え、一時は暗殺団を組織するなどしたとされる。翌年、第二革命（二次革命）が失敗すると、再び欧州へ留学している。
事件当時に記録された京都貴族の日記、その他の文献史料によれば、事件の経過は『吾妻鏡』の記述と異なっている。藤原定家の日記『明月記』によると建仁3年（1203年）9月7日に鎌倉からの使者が到着して、頼家が1日に死去したと報じ、朝廷に実朝の将軍就任要請をした事が記されており、同様の記録が近衛家実の『猪隈関白記』、白川伯王家業資王の『業資王記』などにも見られる。頼家が死んだものとして実朝の将軍就任を要請する使者が京都に到着した9月7日は、頼家が出家させられた当日である。鎌倉から京までの使者の進行速度からすれば、使者は9月1日か2日に鎌倉を出発しており、まさに比企一族が滅ぼされた前後である。使者が送られた時点で頼家・一幡・比企能員の殺害が予定されていたものと考えられる。また事件当日に時政邸を警護した小代行平の子孫が記した置文の『小代文書』には比企能員が単身・平服で時政邸を訪れた事が記されている。『吾妻鏡』で頼家与党として処罰されたとされている中野能成は、比企氏が滅ぼされた2日後の9月4日の日付で「比企能員の非法のため、所領を濫妨されたそうだが、特別処遇を与える」という時政による所領安堵の書状が『市河文書』に残されている。時政の子北条時房は頼家の近習であり、この能成とは深い関係があった。慈円の『愚管抄』によれば、頼家は大江広元の屋敷に滞在中に病が重くなったので自分から出家し、あとは全て子の一幡に譲ろうとした。これでは比企能員の全盛時代になると恐れた時政が能員を呼び出して謀殺し、同時に一幡を殺そうと軍勢を差し向けた。一幡はようやく母が抱いて逃げ延びたが、残る一族は皆討たれた。やがて回復した頼家はこれを聞いて激怒、太刀を手に立ち上がったが、政子がこれを押さえ付け、修禅寺に押し込めてしまった。11月になって一幡は捕らえられ、北条義時の手勢に刺し殺されたという。