酒田第三中学校を卒業後、上京して伊勢ヶ濱部屋に入門し、1978年3月場所で初土俵を踏んだ。以来、順調に番付を上げて行き、1980年9月場所では18歳の若さで十両に昇進した。この頃には、後の大関・北天佑と共に「北若時代」を築くことが期待されていた。当初は十両に定着できなかったが、2度目の再十両の場所であった1982年7月場所で11勝4敗の成績で十両優勝を果たすと2場所連続して勝ち越し、1983年1月場所で新入幕を果たした。その後は怪我などもあって幕内と十両とを往復する生活が長く続いたが、1988年5月場所で4度目の入幕を果たすと、速攻の四つ相撲で東前頭筆頭まで番付を上げ三役昇進を期待された。しかし、腰痛や肩の故障もあり、三役昇進は果たせずに終わった。それでも地力があったためか、その後も長く幕内の地位を維持した。1992年5月場所中に胃腸炎を患ったが無理をして出場したため、本来の相撲がまったく取れず13日目を終えて3勝10敗となり、14日目から途中休場。翌7月場所では、約4年ぶりに十両に陥落した。同場所も2勝13敗と振るわず場所後の幕下陥落の可能性が高くなり、この場所を最後に現役を引退。年寄名跡を取得できなかったこともあって、引退と同時に日本相撲協会から去った。廃業後は都内で相撲料理店、後に大阪市内でラーメン店を経営したが、大病を患い店を畳んだ。その後体調は回復し、福岡県内でビルの管理人を務めていたが、2011年10月8日に福岡市内で死去した。49歳没。
ジガバチソウは「似我蜂草」の意で、花の姿を蜂のジガバチに見立てたもの。種小名 krameri は、ベルギーの園芸家で日本植物を採集したクラメルへの献名。
日本では、北海道、本州、四国、九州に分布し、亜寒帯から暖温帯の山地の林下に生育し、まれに朽木上や岩上の苔に着生する。国外では朝鮮半島に分布する。
偽球茎は球形で緑色、枯れた鱗片に包まれ、ほとんどが地上部に出る。葉は前年の偽球茎の側方から2個が向かい合って出る。葉は広卵形で先端はやや鋭頭になり、長さ3-8cm、幅2-4cm、基部は狭くなり葉柄となる。葉の縁は縮れ、葉脈は横に走る2次脈が目立つので網目模様がはっきりする。花期は5-7月。花茎は直立し、高さ8-20cmになり、10-20個の花をつける。花は淡緑色から黒褐色まで連続的な変異があり、淡緑色のものを品種として区別する場合がある。花の基部に長さ1-1.5mmの微小な三角形の苞がある。背萼片および側萼片は線形で先端は鋭頭、長さ10-12mmになる。側花弁は糸状で反曲し、先端は鋭頭、長さ8-10mmになる。萼片と側花弁は緑色に紫褐色を帯びる。唇弁は長さ6-8mmになり、黄緑色で紫褐色の筋があり、先端は急に曲がって下垂してとがり、舷部は狭倒長楕円形になり、縁はわずかに反曲する。蕊柱は淡緑色で長さ約2mmになり、葯帽は黄色になる。
中高一貫と高入生の制服は統一されている。制服はブレザー（冬服・夏服はそれぞれ、中学生はYシャツ・半袖Yシャツ、高校生はYシャツ・半袖Yシャツ）であるが、ネクタイは紺色に統一。体操着・靴や生徒手帳もそれぞれ学年色である。
ラグビー部はかつて花園で「目黒-久我山」時代を築き、優勝5回の実績を残すなど全国の強豪であった。空手部も全国の強豪である。最近では硬式野球部も東京都大会上位に進出しており、大学野球でも｢目黒学院｣の名をよく見る。
1992年に当時メジャー最高額となる契約でニューヨーク・メッツに移籍。メッツは同時期にエディ・マレー、ビンス・コールマン、ブレット・セイバーヘイゲン（交換トレードでの獲得）とも高額契約を結ぶ。中でもマレー、ボニーヤ、ハワード・ジョンソンの三人のスイッチヒッターでクリーンナップを固めるという構想であったが、これらはメッツにとっても、またボニーヤにとっても転落の始まりであった。1991年の5位（6チーム中）からの巻き返しを図ったメッツであったが、1992年は変わらず5位。7チームとなった1993年には新球団フロリダ・マーリンズよりも下の最下位に終わった。東中西三地区に再編され、232日間に及ぶ長期ストライキのためシーズンが途中で終わった1994年こそ5チーム中3位であったが、ペイロール（年俸総額）の高い割には良い成績とは言えなかった。ボニーヤも地元記者とのトラブルもあり、成績は奮わず、1995年終盤にボルチモア・オリオールズに放出された。この1995年は28本塁打、99打点。翌1996年にも28本塁打、116打点の活躍を見せ、1997年にはかつての恩師・リーランド率いるマーリンズに移籍した。球団創設5年目のマーリンズはこの年、初のワールドシリーズ進出を果たし、クリーブランド・インディアンスを破って初の栄冠に輝いた。ボニーヤもこの年17本塁打、96打点と活躍を見せ、ワールドチャンピオンの栄誉に輝いた。しかし、マーリンズもまた深刻な財政難のため、栄冠に貢献した選手を抱えることができず、ボニーヤも翌1998年にマイク・ピアッツァらとのトレードでロサンゼルス・ドジャースに移籍（ピアッツァもすぐのちにメッツに移籍）。この年の不振もあって、1999年にはメッツに放出された。1999年にメッツはワイルドカードでプレイオフ進出を果たし、ワールドシリーズ進出を賭けてアトランタ・ブレーブスと対戦するが敗北。そのシリーズの第6戦で、途中交代したボニーヤはチームメイトのリッキー・ヘンダーソンとロッカーでトランプに興じたため、メッツを解雇された（一方のヘンダーソンにはお咎めなしであったが、ヘンダーソンも翌2000年途中にシアトル・マリナーズに放出された）。メッツとの間には契約が残っていたが、残りの590万ドルを2011年以後に支払うことで合意し、これによってボニーヤは2011年から2035年までの間に、利息を含む約3,000万ドル（正確には2,983万1,205ドル）の25分の1を毎年7月1日に手にすることとなる。2000年はそのブレーブスと契約するが、不振のため一年で解雇され、セントルイス・カージナルスでプレイした2001年を最後に引退している。ナ・リーグ在籍時に記録した247本塁打は、ナ・リーグのスイッチヒッターのレコードである。