FC版『がんばれゴエモン2』に引き続いて2人同時プレイが可能。「ふたりであそぶ」を選択するか、1Pプレイ中に2プレイヤー側のAボタンを押して途中参加することで二人で遊べるようになる。どちらか一方がゲームオーバーになっても、残ったプレイヤーの残数が2以上であればそれを使って復活できるが、その時点までに習得した術を除いて所持金やアイテムは全て無くなる。また、『2』では武器およびアイテムのパワーアップ効果が双方で共有となっていたが、本作では各自独立しており、ダメージを受けてももう片方のプレイヤーに影響することはない。拠点エリア、ボスエリアでは、たぬきくんの場面で1人で進むか2人で進むかを選択できる。1人を選択した場合、片方のプレイヤーは待機状態となり、Aボタンによる途中参加で復帰が可能。また、上記2つのエリア限定で、伏せた一方に残りの一方がジャンプして重なると、攻撃と移動を分担できる「おんぶ」状態となる。なお、タイトル画面で2プレイヤー側のコントローラーで「ひとりであそぶ」を選択すると、エビス丸での1人プレイが可能。
本作のセーブはパスワード方式で、計31文字のひらがなで成り立つ（2人プレイ時は文字数は若干増える）。また、旅日記をつけた際の情報は一時的にバックアップされており、リセットボタンを押すかゲームオーバーになった際に「つづきから」の項目より「旅日記をつけたところから」を選択すると、保存済みのパスワードで再開するか否かをたずねられ、入力を省略して直前のデータで継続プレイできる。一時バックアップされた旅日記の情報は、電源を切るか、新しく旅日記をつけ直すことで消滅する。これによりゲーム終了時以外のタイミングでメモを取る手間を省けるように配慮されているが、この点についてはゲームの説明書およびバーチャルコンソールのゲーム解説でも未記載である。また、ゲームオーバー時にゲーム終了を選んだ場合、6文字の簡易パスワードが表示されこれを使うと「前の旅の終わりから」の扱いとなる。
キャラクター共通の初期数値は体力は8、残機数は3（表示上は2機）。体力は「金の招き猫」の入手で最大16まで、残機数は迷路屋（残機数が一定以上だと準備中で入店不可）の景品で「大入袋」を入手するか、「1あっぷ」の購入で増加できる（表示数は4機まで）。体力に関しては次のステージへの持ち越しはできない。ライフが0になる、穴に落ちる、制限時間切れで残りプレイヤーが1減り、残数が無くなるとゲームオーバーとなる。町エリアでのミス時はその場で復活し、拠点エリア及びボスエリアでのミス時はでスタート地点にある「たぬきくん」からの再開となる。中間地点に存在するアイテム「これぞうくん」取得時に限りコンティニュー画面に移行し、「たぬきくん」からの再開か「これぞうくん」からの再開かを任意で選択する。また、「これぞうくん」はステージの長さに応じて複数個用意されており、コンティニュー時に再開位置を任意で選べるようになっている。例外として2P同時プレイ時に限りその場で空中飛行の術の状態で復活する。ゲームオーバー時にコンティニューを選択した場合、旅日記を付けていた場合に限りコンテニュー項目に「旅日記をつけたところから」が追加され、パスワードをつけた地点からそのままやり直せる。つけていなかった場合は「前の旅の終わりから」となり、すべてのパワーアップ・所持金・アイテムが初期化された状態でゲームオーバーになったステージの冒頭からやり直しとなる。武器のレベルは「招き猫」の入手で1段階ずつ変化し、最大で3段階まで変化する。ダメージを受けるなどすると1段階減る。最大までパワーアップしている時に招き猫を入手すると10両が加算される。共通サブウェポンとして「かんしゃく玉（爆弾・最大30発まで）」があり、店舗での購入もしくは迷路屋での入手によって使えるようになる。
アクションゲーム系列のシリーズ作品としては、ファミリーコンピュータ（FC）版『がんばれゴエモン2』（1989年）より2年ぶりの新作となる。FC版の本編シリーズのシステムを踏襲しつつ、ハードにあわせた様々な変更点・追加要素が施された他、外伝RPGシリーズからみられるようになった、和風情緒溢れる世界観に近代文明的要素をプラスした独特な世界観が踏襲され、後のシリーズの作風の原典となった。
1922年（大正11年）には五階校舎が小学校としての役割を終えた。1919年（大正8年）の静岡県議会で静岡県立見付中学校（現・静岡県立磐田南高等学校）の設立が決定されると、1922年4月1日から7月までの約3か月間のみ、暫定的に五階校舎で見付中学校の授業が行われた。7月には現在地に新築された校舎に移転している。8月には五階校舎が大日本見付連武館という名称となり、見付尋常高等小学校の柔道部が稽古場として使用した。大日本見付連武館は1925年（大正14年）3月に廃止されている。1925年には私立見付高等裁縫女学校が五階校舎を利用することとなった。1927年（昭和2年）4月には町立見付高等裁縫女学校に改称、1935年（昭和10年）4月には見付町立高等裁縫女子青年学校に改称している。1937年（昭和14年）9月には旧見付高等女学校校舎に移転した。1939年（昭和14年）9月から1943年（昭和18年）3月までの期間、磐田郡中遠教育会による准教員養成所が五階校舎を利用した。太平洋戦争中には公民館的な集会施設としても利用された。1945年（昭和20年）1月には浜松陸軍病院見付臨時分院となり、同年春頃からこの建物内で負傷兵士や戦災者の治療が行われた。戦後の1946年（昭和21年）5月には国民健康保険組合立磐田病院となったが、1952年（昭和27年）3月には中泉に移転し、磐田市立磐田病院となっている。1953年（昭和28年）9月には磐田市立郷土資料館となり、1955年（昭和30年）12月28日には博物館相当施設に指定された。1957年（昭和32年）5月13日には静岡県指定文化財となり、1969年4月12日には建物に学校の敷地を含めた土地が磐田文庫とともに国の史跡に指定された。密接な関係を有する磐田文庫と旧見付学校の建物が移築されることなく現存していることは価値が高いとされる。1992年（平成4年）1月には磐田市立郷土資料館から磐田市旧見付学校に改称した。