藩の諸機関の整備に寛永年間に基礎が定まり、地方統治は城代統治が城の廃絶に伴って、代官統治へと移行していった。大目付所の下に盛岡町奉行（天和元年（1681年）以降、寺社奉行と兼務し、寺社町奉行と称した。）が置かれ、市内取締まりのため特に任命され、創設の年代は盛岡城下開市にともなって、慶長年間といわれている。　（盛岡城下）検断頭(六検断) - 町検断役 - 書留役 - 宿老役盛岡城下六検断は苗字帯刀が許され ており、通例中津川を挟んで、向い町（河南）方向に3人、川北に3人常置され、藩からの任命で任期は終身であり、町吏の最高機関として、直接町奉行の支配に属していた。
盛岡・八戸両藩の独特の行政組織としての「通制」である。領内の郷村支配のため、代官統治地区を「通（とおり）」と称しているが、藩政初期は単に方面とか、その地方を表現した言葉であったが、天和年間（1681年 - 1683年には、代官所統治区域を指した。「通」には原則として代官を置き、盛岡で藩士の中から任命し、任期を2年として2人を任用、半年交替勤務とした。その下に下役・物書を2、3人を任用した。下役は代官が地方の給人から任用し。代官は地方行政・司法・警察・租税の一切を執行する権限をもち、その経費は村高に応じて地方付加税として徴収した。
大目付は司法、警察、軍事を総轄し、勘定奉行の下に御代官、御山奉行などが配置され、代官は100石以上の本番組士。各通ごとに2人を置かれ当番非番制により、民政関係の庶務に従事していた。
天正18年（1590年）7月、秀吉より所領安堵の五カ条からなる朱印状が交付され、南部信直は領内にある家中の城館の破棄を命ぜられ、また家中の妻は、南部氏の居城下に集合を厳命されている。地方の諸城にいたものは従来の在地地主から、その城館を破却して大名城下に出仕して、不在地主という性格に変わっていった。同20年6月には、その処理を報告している。
御金奉行・御銅山吟味役・御作事奉行・万所奉行・御勝手方などに就任した。平士のうち50石以上が該当。明治2年、新番組とあわせて下士となった。
御用人・花巻城代・寺社奉行・御勘定所元締・新番組御番頭などのほか、御境奉行・代官・御船手頭・町奉行・郡奉行などに就任した。平士のうち100石以上（天保15年時点）または150石以上（明治元年時点）の者が該当した。
城内に設置されてあった出納事務所で、目付所、寺社町奉行とともに公示三役と称された職掌であった。御郡支配方、御代官方、御支配方、山林方、御土蔵方の七つの分掌となって、領内の地方行政に関わっていた。
御目付所は司法、検察等、主として治安方面を総轄し、その大目付は高知格についても検察の権があり、常時二人とされた。勘定所、寺社町奉行とともに公示三役と称されて、広汎に亘っていた。御目付所の所管には、寺社町奉行、表目付、牛馬目付、武具奉行、御境奉行などがあり、監査・検察を要するものは、目付所の管轄に置かれている。
北方警備の監督部署であった。分轄された蝦夷地の警備・下北半島から釜石浦に至る海岸の防備についての費用調達、動員計画、陣屋説定、配備計画などを行う。
伝説によれば、羊太夫は、武蔵国秩父郡（埼玉県本庄市児玉町河内（神子沢）羊山（ツジ山）には、羊太夫に関連すると伝わる採鉄鉱跡と和銅遺跡がある）で和銅を発見し、その功により藤原不比等から上野国多胡郡の郡司と藤原姓を賜り、渡来人の焼き物、養蚕など新しい技術を導入、また蝦夷ら山岳民と交易するなど、地域を大いに発展させたが、）（武蔵国高麗郡の）高麗若光の讒言により朝廷から疑いをかけられ、討伐されたとある（群馬県安中市中野谷の羊神社由来）。斎藤忠『日本古代遺跡の研究 文献編』によれば、多胡羊太夫は、蘇我氏に滅ぼされた物部守屋滅亡(587年)に連座し、上野国に流された中臣羽鳥連の末裔であるとしている。中臣羽鳥連は、その子、中臣菊連の娘が、貴種を求める上野国の地方豪族車持国子（男性）に嫁ぎ、その娘・与志古が天智天皇の采女に上がり、藤原鎌足に下賜され、藤原不比等が生まれたとしているため、多胡羊太夫の郡司就任には藤原氏の影響があったとする説もある。（吉田昌克説）　考古学者尾崎喜左雄（元群馬大学教授）は、「（伝承によれば、多胡碑のある多胡郡には）帰化人が多かったはずなのに（多胡羊太夫がいたとされる群馬県高崎市）吉井町付近にはそれを思わせる大きな古墳がないのは不思議だ」と同時代の他の地区との間に文化的差異があったことを指摘している。ただし遺物については多胡碑のほか、須恵器や上野国分寺の瓦などの焼き物と若干の銅製品、石碑、石仏が出土しているだけであり、また各地に伝わる古文書・伝承にも、時系列や情報の混乱（おそらく江戸時代に多胡碑が全国に紹介された後、羊太夫伝承が偽造された、もしくは他の民間伝承と混交したのであろう）が認められるため、モデルとなる人物がいたとしても、伝説通りに実在したかについては疑問視されている。なお、この伝説では、羊太夫は広域にわたる大規模な反乱を起こしているが、『続日本紀』にはそれに類する記録は見当たらない。吉田昌克によれば、中央集権の律令政治に勢力を持ちすぎた邪魔な地方豪族の国司や郡司を解体したことが歴史上の事実であり、羊太夫伝説で高麗若光の讒言により攻められたなどは、江戸時代に羊太夫伝説として再構成された時の単なる口実ではないかと推測している。