2000年に民事再生法に基づく再生手続開始を申し立て経営破綻した株式会社そごう、および、そごうグループ（新千葉そごう、柏そごう、横浜そごう、大宮そごう、川口そごう、八王子そごう、千葉そごう、西神そごう、廣島そごう、廣島そごう新館、呉そごう、徳島そごうの地域子会社）12社（以下、再生13社）を再建するにあたり、株式会社そごうは西武百貨店元社長の和田繁明を特別顧問に迎え入れた（のちに社長となる）。この結果、事実上西武百貨店の支援を受けることとなったが、西武百貨店の傘下に入った訳ではなかった。経営再建にあたり、まず、再生13社を兄弟会社の関係とするべく、再生13社を直接の完全子会社として傘下に収めるための会社が必要となり、休眠会社を活用することとなった。それが後に「株式会社ミレニアムリテイリング」となる「株式会社十合」である。2001年2月に十合が再生13社を買収、また、西武百貨店と包括的業務提携（資本提携ではない）を行うことで、西武百貨店の経営手法を経営再建に役立てることとなった。この時点で十合は、形式上も実態も、再生13社に対しての「持株会社」ではあったが、経営統合ではなく経営再建が目的だった経緯などから、一般的には「受け皿会社」と表現された。なお、「持株会社」と表現されるようになったのは、西武百貨店を子会社化し社名を十合からミレニアムリテイリングに変更した2003年6月前後からである。経営再建は順調に進み、2002年に段階的に、十合の傘下において株式会社そごう（同年2月に株式会社横浜そごうから商号変更）を存続会社として再生13社が合併した。そして2003年1月、そごうは、計画よりも2年前倒しで再生手続を終結することができた。
大久保長安は、家康にサイエンスの兵器を披露する。「戦車」は数十名の伊賀忍者を一方的に蹂躙し、新兵器を持ったおなご衆は伊賀の精鋭をあっさりとしりぞける。長安の佐渡行きに際して、服部半蔵は伊賀忍者五人衆を護衛に任命するも、長安は「武芸者は要らぬ。身辺警護は新兵器を持ったおなご衆で十分」と言い、伊賀者は不本意ながら遊軍としてついていく。旅の巡礼者である朱鷺は、長安が兄の仇と言い、無頼漢の六文銭に自分を護衛してくれと頼む。六文銭は朱鷺に惚れたと依頼を承諾し、朱鷺は長安を殺してくれたら抱かせてやると言う。長安と敵対するということは、伊賀忍者と妖花親衛隊を相手にするということである。六文銭は遊郭の女を抱こうとするも朱鷺は嫉妬し、ならば六文銭は長安の妾を犯してやろうとする。また長安は朱鷺を捕らえて女精酒にしようとする。朱鷺の素性は大阪、豊臣真田のくノ一である。だが六文銭は彼女には御し切れず、勝手に行動しては事態を引っかき回す。
くノ一と無頼漢の二人組が、佐渡の帝王大久保長安を狙う。長安は科学兵器を用いる5人の愛妾と、忍法を用いる5人の伊賀忍者に護衛されている。大久保長安が強烈な悪役キャラクターとして描かれている。長安の時代を先取りしすぎた科学力は魔術の域に達しており、思想は300年先を行っている。鍛練して継承させて、死ねばあっさり失われる名人芸忍法を、大久保長安は否定し、体系整理した知識・サイエンスの価値を強調する。このテーマには山田風太郎の戦争体験と戦争観が現れており、地の文にて唐突にマリアナ海戦を引き合いに出し、ゼロ戦のエースが死んだら次戦の物量戦で大敗したという事実に触れる。新書版解説の荒俣宏は、忍者を否定する長安一派こそが新時代の忍者なのであると解説し、また戦後ニッポンの成長を「科学忍者隊」と評する。江戸時代初期に時代不相応な西洋科学を取り込むというスチームパンク的な要素が強い。その一方で忍法はロー・テクノロジーになってしまっている。特に本作の忍者の技能の特徴として、「武術」という側面が強いことが挙げられる。他作品に顕著にみられるような、荒唐無稽なエロ忍法ではない。これらの忍法を駆使する伊賀忍者たちは、挫折から修練して超人技を身につけた者たちである。この点は続編の『忍法封印いま破る』の甲賀忍者たちの魔術的忍法とは対照的。シリーズにおいても、伊賀鍔隠れの谷の掘り下げがある数少ない作品であることも特徴である。特に象潟杖兵衛の回想にて、鍔隠れの長老と血統操作について言及される。ただし『甲賀忍法帖』（舞台設定1614年）と年代は近いが、『銀河』『封印』の伊賀忍者と『甲賀』の伊賀忍者の特徴が異なるので、直接の続編であるとはならない。
パストレインのジャーナル・スクエア駅はハドソン・アンド・マンハッタン鉄道サミット・アベニュー駅として1912年4月14日に開業した。現在はジャーナル・スクエア-33丁目線の2系統の起終点になっている。ホーム階は島式ホーム2面4線で、内側の2線にジャーナル・スクエア-33丁目線、外側の2線にニューアーク-ワールド・トレード・センター線の列車が停車する。
風光明媚な三河湾に沿って走る路線で、沿線には形原温泉、西浦温泉、吉良温泉、愛知こどもの国など温泉地やレジャー施設があり、潮干狩りや海水浴など季節のレジャーも楽しむことができる。そのため、かつては犬山線や知多新線と並ぶ観光路線として脚光を浴び、多数の本線直通特急が運転されていたが、レジャーの多様化や意識の変化による三河湾観光の衰退に伴い、通勤路線へと変貌していった。2008年6月29日のダイヤ改正で西尾線との直通列車が消滅し、現在は線内折り返しのワンマン運転のみとなっている。このように利用者数の激減や国道247号など並行道路の整備状態が良好なこともあり、存続問題が浮上している（後述の存続問題の節を参照）。運賃計算区分はB（運賃計算に用いる距離は営業キロの1.15倍）。『鉄道要覧』による起点は吉良吉田駅だが、列車運行および旅客案内、列車番号の設定においては、蒲郡駅から吉良吉田駅へ向かう列車が下り、逆方向が上りとなっている。また、キロポストは三河線からの数字を受け継いでおり、知立駅からの距離の表示となっている（三河線碧南 - 吉良吉田間廃止後もそのまま）。全線が東海地震の防災対策強化地域に含まれており、東海地震に関する警戒宣言が発令された場合、列車の運行が休止されることになっている。2011年2月11日にサービスを開始したICカード「manaca」は、蒲郡線三河鳥羽駅 - 蒲郡駅間では導入されなかったため、吉良吉田駅を含まない利用はできない（#ワンマン運転を参照）。manaca導入に伴い、2012年2月29日限りで回数券（普通回数乗車券、時差回数乗車券、土・休日割引回数乗車券）が廃止されたが、蒲郡線各駅相互間には2012年3月1日から「蒲郡線 回数きっぷ10」という回数券が販売されている。