ヘイローの爆発で半壊して宇宙を漂流するドーンの中でコールドスリープに着いたマスターチーフは、コルタナの呼びかける声に目を覚ます。コヴナント戦争が終結してから4年が経過していた。コールドスリープポッドから飛び起きたマスターチーフは、コルタナが入るチップを抜き取って状況を確認するため観測デッキへと向かう。そこで滅んだか人類と休戦したはずのコヴナントの艦隊とドーンを引き寄せるダイソン球「レクイエム」を目撃したのであった。レクイエムへと墜落した後、コルタナの異常に気づき問い詰める。彼女は稼動から8年経過しており、ランパンシー状態を迎え、最終的には「死」を迎えることを知るのだった。コルタナを治すためにも地球へ帰還するべく、コヴナント船の奪取を目的に探索を開始する。そこでビーコンを感知して救助に向かってきたインフィニティからの微弱な電波を拾うも、妨害電波によってふさがれ、さらにプロメシアンと呼ばれるレクイエム固有のフォアランナーマシンの襲撃を受けた。チーフとコルタナは妨害電波の発信源を特定して惑星の中心部にある通信装置と思われる球体にアクセスし妨害電波の元を排除することに成功する。しかしそれは自身を解放させるための、レクイエムに収監されていたフォアランナー「ダイダクト」の罠だった。コールドスリープ装置「クリプタム」の中より復活したダイダクトはチーフを排除しようとするも何とか脱出に成功する。しかし奮闘も空しく救助に来たはずのインフィニティも墜落することになった。ラスキー中佐や新たなスパルタン部隊らと合流を果たし、フォアランナーとコヴナントの連合を排除、それからレクイエムから脱出するための強行突破作戦に参加、成功させた。
未完成のヘイローに向かったチーフは、フォワード・オントゥ・ドーン（以下”ドーン”）によって別ルートで乗り込んできたアービターと合流し、ヘイローを起動する。しかしこの段階での起動は、ヘイローにとって想像以上の負担であった。再び崩壊するヘイローからドーンへ戻って脱出しようとするが、崩壊スピードがあまりにも速くなかなか思うようにいかない。二人は何とかドーンに乗り込んだが、チーフは搭載している荷物で足止めを食らい、アービターがドーンを操縦することになる。ヘイローから離陸して間もなくドーンは地球へ向けて緊急ワープを行うが、ヘイローの爆発にぎりぎり間に合わず、船体後部が爆発に巻き込まれて千切れてしまい、アービターが乗ったドーンの前部のみが地球へと帰還する。この決死の作戦でコヴナント軍は壊滅し、フラッドも滅びた。すべての戦いは終わったものの、チーフは任務中死亡の扱いとされる。
遺跡の上空にできたワームホールは確かに、銀河系に7つ配置されているすべてのHALOを遠隔操作できるアークへ繋がっていた。ここはヘイローを建造する機能もある母艦のような場所でもあり、第1作目で失ってしまったHALO04がまさに建造されている最中であった。コルタナは「未完成のヘイローを起動すればその影響は限定的で、アークに集結しているコヴナントたちだけを葬り去ることが可能」だということをチーフに伝えたかったのである。グレイヴマインドが操るハイチャリティもポータルへ到着し、一網打尽とする作戦の場が整った。チーフはハイチャリティに残ったコルタナを助けるため、一旦アークを離れてハイチャリティへと向かう。ハイチャリティの汚染はひどく進んでおり、周囲は肉塊だらけとなっていた。コルタナとの再開を果たしたとき、コルタナは懐かしいものをチーフに見せる。第一作でずっと持っていたままであったヘイロー04の起動インデックスであった。これでヘイローを起動すればすべての戦いを終わらせることができる。チーフはハイチャリティのジェネレータを自爆させてから脱出した。
1989年3月3日、モスクワのクレムリン宮殿で民主化を進めていたハンガリーのネーメト首相とゴルバチョフ書記長が会談した。この時にネーメトが切り出したのが、ハンガリーとオーストリアの国境300キロに及ぶ有刺鉄線の撤去であった。ハンガリーでは鉄のカーテンが綻び始めていた。この国境柵は長きに渡って腐食し、低圧電流を流す鉄条網は故障が多く、国境警備隊の悩みであった。その維持費がハンガリーの財政に重くのしかかり、しかもネーメトはゴルバチョフに「その有用性は尽き、違法に西側に脱出しようとする東ドイツとルーマニアの市民を押しとどめるだけに役立っている」とその理由を説明した。鉄のカーテンがソ連の強大さを示すシンボルであった時代はすでに去っていた。しかもハンガリーは言論の自由が保障され、前年の1988年には国外旅行が自由化されて、1989年頃には年間600万人が外国（主として西側）に行き、外国から年間2500万人が訪れていた。オーストリア国境での違法越境はハンガリー人は年間わずか10人で、外国人（主に東ドイツとルーマニア）が200～250人に達していた。その維持に難渋し国境柵の改修だけで国家予算を上回るものに、もはやハンガリーは負担できないとして「こんな目的のために、この金は使わないと決めた」と述べた。ゴルバチョフは「我々は窓を開きつつあるのだ」と暗黙の了解と受け取れるものであった。5月2日、ハンガリーはオーストリアとの国境線の鉄条網を撤去した。ホーネッカーはフィッシャー外相をモスクワに派遣してハンガリーの行動を非難した。しかしソ連のシェワルナゼ外相はフィッシャー外相に「それは東ドイツとハンガリーの問題です。我々は何もできない」とさらりと答えた。東ドイツにとっては東ドイツ市民を閉じ込めておくために鉄のカーテンが重要であり、そのためにハンガリーは国境柵の負担を強いられていたのである。このハンガリーの国境柵の撤去は東ドイツの指導者自身にとって本能的に脅威と感じていた。そしてゴルバチョフの対応を見て、ホーネッカー政権の中にもモスクワはもはや我々を守ってはくれないと考える動きが出始めた。ポーランドは党の外からの改革で「下からの大衆的圧力」があったが、ハンガリーは「上からの革命」で党の内からの改革であった。そしてハンガリーでの1989年の民主化の動きは、この年に複数政党による自由選挙が行われたことに際立った特色があるが、もう一つの特色としてこのハンガリーの改革が東ドイツの社会主義統一党体制の崩壊に決定的な役割を果たしたことが挙げられる。