本級の副砲には新設計の「1926年型 Mark XXII 15.2 cm（50口径）速射砲」を採用し、弩級戦艦からの設計で初になる砲塔に収め、連装砲塔型式とした。この砲は重量45.36kgの砲弾を最大仰角45度で23,590mまで届かせることができた。俯仰能力は仰角60度、俯角5度で、旋回角度は舷側方向を0度として前後100度である。砲身の俯仰・砲塔の旋回・砲弾の揚弾・装填は主に水圧で行われ、補助に人力を必要とした。発射速度は毎分5発である。配置は煙突から後部マストの間の舷側甲板上に配置され、片舷3基ずつ計6基が搭載された。3つの砲塔のうち中央部砲塔だけが高められたピラミッド配置により舷側方向へは3基6門を指向でき、首尾線方向には左右併せて4基8門を指向できるとされたが、実際は艦首方向には中央部砲塔が上部構造物に遮られるために実質的に2基4門で、艦尾方向にも後檣等が邪魔をするので2基4門程度であった。この副砲の対水上戦闘力は非常に優れていたが、対空戦闘能力は褒められたものではなく、本級の実質的な対空戦闘は対空レーダーと対空機銃でカバーされていた。他に、対空兵装として「Mark VIII 12cm（40口径）高角砲」を単装砲架で、艦橋と煙突の間に片舷2基ずつと艦尾甲板に片舷1基ずつの計6基を分散配置している。この砲は34.5kgの砲弾を仰角45度で14,780m、22.7kgの対空榴弾を最大仰角90度で高度9,750mまで到達させることができた。俯仰能力は仰角90度、俯角5度で、旋回角度は360度旋回できた。発射速度は毎分8～12発だった。近接対空用として第一次世界大戦時から用いられている「4cm（39口径）ポンポン砲」を装備した。また対艦攻撃用に艦首水面下に62.2cm水中魚雷発射管を片舷1基ずつ計2基装備し、艦首発射管室に12本を予備とした。
CPUは386DXから486DX2までの32ビット外部バス対応CPUが搭載されている。これらは原則的に各機種出荷時点でのPC-9801型番各機種よりも上位の仕様のものが選択されており、特に386DX搭載機種ではPC-9801型番各機種にないフロントサイドバス(FSB)33MHz駆動のモデルが提供され、これに合わせて1次キャッシュメモリ（非同期SRAM）64KBを標準搭載していたことが特筆される。また、余裕のある電源、底面まで塗装が施された丁寧なつくりの筐体、特殊なコネクタなどに特徴がある。「ノーマルモード」と「ハイレゾモード」を切り替えるスイッチがあり、「ノーマルモード」では多くのPC-9800シリーズ用ソフトウェアが動作する。「ハイレゾモード」の下ではE²GCやAGDCと呼ばれる新コントローラの固有機能により、高解像度のグラフィックを高速に描画することが可能であり、CADユーザーなどに支持された。拡張スロットには各スロットにEバスとCバスのコネクタが並んでおり、これをまとめてNESAバスと呼んだ。Cバスのコネクタは従来機と同様の位置にあり、その上に重なる形でEバスコネクタが配されている。そのため、Eバス用の拡張ボード先端は、基板とコネクタが ＿|￣ という形状をなしている。こうした構造により、互換性は限定されているものの、Cバスボードも使用することができる。拡張ボードを装着したり、取り外した際には「リファレンスディスク」と呼ばれるFDによる再設定が必要になる。NESAバス対応ボードのみを搭載した場合にはINT(IRQ)の割り込み方式をレベル割り込み方式に設定することでIRQの共有が（理論上は無制限に）可能となるが、Cバスボードを使用する場合には従来通りエッジ割り込み方式とせねばならず、この場合はIRQの共有は不可能である。ただし、エッジ割り込み方式を選択し、かつリファレンスディスクにより各ボードが必要とする各種リソースを正しく登録した状態の下では、H98はノーマルモードのPC-9801シリーズ互換機として極めて正しい動作を行う。NESA-FOの下での設定・登録作業の煩雑さ故に、拡張ボードを拡張スロットに挿せばほぼそれだけでそれらのボードの機能を享受できるという状況に慣れきっていた一般ユーザーの大半には誤解されていたが、ソフトウェアの動作互換性という観点に立てば、むしろ後継のPC-9821シリーズよりも忠実なPC-9801/PC-98（ハイレゾモード）シリーズ互換機であるとさえ言える。また、本シリーズを特徴づけるものの一つに、専用アナログRGBコネクタがある。当時ワークステーションで一般に用いられていた13W3と称するアナログRGBコネクタの影響下で開発されたと見られるこのコネクタは、別名を複合29ピンコネクタとも称し、RGBの映像信号を3本の超小型同軸コネクタと26ピンハーフピッチアンフェノールコネクタを1つのD-SUBタイプのコネクタの枠内に一体化した、特殊な構造を備えている。このコネクタは単純にアナログRGB映像信号を伝達するだけではなく、ディスプレイからの電源オン指令信号による本体の起動や、ディスプレイへのキーボードの接続、それに本体内蔵スピーカーの音声出力をディスプレイ内蔵スピーカーから出力するための音声信号端子をサポートする、極めて多機能なものである。もっとも、上述した各機能はごく一部の長残光タイプ専用ディスプレイでのみサポートされており、通常のマルチスキャンディスプレイへ接続するためのPC-H98-U03などの信号変換アダプタやナナオP4Aのような変換ケーブルを使用する場合には、これらの拡張機能は一切使用できない。