上流の道志村内では、前述のとおり横浜市の水源涵養林として森林が保全されていることもあって今も水質は良く、綺麗な渓流にしか住めないヤマメやアユなどをはじめとする様々な水棲生物の生活を支えている。一方、神奈川県内の下流部では、1955年（昭和30年）に造られた道志ダム・奥相模湖からの土砂流失や、後に進められた大規模な河川工事等による水質汚濁が見られるようになり、また沿川キャンプ場などからの排水による汚染も懸念されている。絶滅危惧II類に指定されているスナヤツメの神奈川県下最大の生息域になっているなど、清流でなければ住めない生物の生命を支えているものの、その生態系への影響が懸念されており、他の水域と同様の、ダムや護岸改修など人為的開発による環境破壊の問題をやはり抱えている。
ヘロドトスは『歴史』において、ケルケナについて以下のように記している。この国の近くには、カルタゴ人が報告するところによれば、キラウニスと呼ばれる200スタディアの非常に小さな島がある。大陸から容易に渡ることができ、島はすべてオリーブの木とブドウに覆われている。島には湖があり、その国の女性たちは、その水がめから瀝青を塗った鳥の羽でもって砂金をすくっていく。私はさてこれが事実かは知らないが、聞いた通り報告するにとどめておく。さらに言えば、私自身がザキントスの湖で瀝青をすくい上げられるのを目撃した経験からすると、この話はあるいは本当かもしれない。（…）リビアの近くの島から伝わった話が本当かもしれないというのはそのためである。もっとも古い記述はこのように、フェニキア時代にまでさかのぼる。農作物の記述を見るに、当時の気候はおそらく今よりも雨が多かったと考えられる。ローマ帝国の拡大期には、ローマ人が対岸の活動を記録するための港および見張り所として利用された。カエサルは紀元前46年、ポンペイウスとの戦いの最中に船隊の補給のため立ち寄っている。ケルケナ諸島が長きにわたり重要な家畜であるヒツジやヤギの牧草地であったことが事実とはいえ、この記述は、耕作におよそ適さない土地である今日の状態とは対照的である。紀元前195年には、ザマの戦いに敗走したハンニバルの逃亡経路としても用いられ、フェニキア王アンティオコス3世と結託する数年前にこの地に滞在している。同じくタキトゥスも『年代記』において、アウグストゥスの娘大ユリアの愛人だったセンプロニウス・グラックスを不倫のかどでケルケナに14年間追放したことを報告している。彼は最終的に島で処刑された。群島にローマ人の街が築かれたのは、おそらくこの時期であった。この街があった地はのち18世紀にはオスマン帝国によって占領され、ボルジ・ハサール要塞となる。西岸のシディ・フレジ近くのこの砦は、島に残る唯一の史跡である。ここから、海岸線が現在より2m高かった時代に用いられた塩漬けの甕や水槽の跡が見つかっている。対岸からの近さや渡航の容易さゆえに、ケルケナが本土の発展から取り残されることはいつの時代にも決してなかった。ローマ帝国下ではアフリカ属州、ヌミディア属州、ビザケーナ属州と次々に所属を変えつつ、4世紀には司教区となる。アリウス派のヴァンダル王フネリックが484年にカルタゴに召し呼んだカトリック司教、ケルキナ(Cercina)のアテニウスは、群島の最東端の島を教区として与えられた。532年には、ルスペの聖フルゲンティウスがキリスト教時代最後の修道院をエラマディアに築いている。7世紀にはマグリブ地方のイスラム化に伴って改名され現在の名前になった。ほどなくして諸島は西地中海における諸勢力の係争地となり、続く12世紀にはムワッヒド朝に征服された。1284年、アラゴン王ペドロ1世がケルケナの支配権を握り、20年間ラウリア提督ルッジェーロの治下に、その後シチリア王国、スペイン帝国の支配下に入った。最終的には、ケルケナはオスマン君主セリム1世の命を受けて1574年にシナーン・パシャに征服され、海軍基地に供された。この後、多くの島民は商船や軍船の乗組員となった。1807年初頭、フランソワ＝ルネ・ド・シャトーブリアンがケルケナ諸島で数日を過ごし、島の慣習であるシャルフィア（後述）について言及している。フランスのチュニジア保護国化を機に旅行記が書かれ、ケルケナ諸島やその島民についても記録された。叙述は当時の植民地的レイシズムに彩られてはいるものの非常に肯定的であり、ルソーの理想主義的な自然観に近しい。我々が見、学ぶことを得た東洋全域の中で、ケルケナの島民は、かの人種のもつ欠陥が最も少ない人々のように我々には見受けられた。1888年には、ケラビネ集落に初めてのフランス・アラブ人学校が開校した。1945年、チュニジア民族運動の主導者でのち初代チュニジア大統領となるハビーブ・ブルギーバが、エジプト亡命の際に島に匿われている。1946年には、ブルギーバの運動を側面から支えたチュニジア労働総同盟が、ケルケナ出身の活動家ファルハト・ハシードによって創設された。チュニジア独立の一大中央機関であるこの組織は、のちも折にふれてハビブ・アシュールやアブデッサレム・ジェラドのようなケルケナ出身の指導者に率いられることとなる。ファルハト・ハシードは彼の後継者アシュールらとともに、エル・アバシアの村出身である。この村には、群島唯一の特筆すべき産業である製塩業が1902年に開かれた。戦間期の1920年代には、ヨーロッパ34か国、特にイタリアから来た300人の労働者を雇用していた。すなわち、サンディカリズムに感化するだけの興味を引く土壌がそこにはあったのである。