ポツダム宣言（第4・6・10条）と日本の降伏文書に基づき、戦後に日本国憲法が制定され、政治の場から神国思想を排除するために、政教分離原則の厳格化と信教の自由の導入が行われ、日本社会の表舞台から神国思想は衰微した。しかし、網野善彦は、神武天皇の即位日を建国記念日（建国記念の日）に選び、そういった「虚構」を無視したまま国旗・国歌法が成立したとして、戦前の日の丸と君が代と異なるものではないと主張した。また2000年5月15日、森喜朗首相による「日本は天皇を中心とした神の国」発言が報道され問題となった（神の国発言）。また、現在において韓国における檀君神話の歴史教育は、戦前の日本と同じ排外思想や過度のナショナリズムに繋がっており、神国的思想は日本だけにとどまっていない。
明治維新後は、神道の国教化は断念され大日本帝国憲法に信教の自由が記載されたが、全ての権利・自由に「法律の定める範囲で」「臣民の義務に背かない限り」という留保が為され、更に政府は神道は宗教ではなく（神道非宗教説）、国家の祭祀であり臣民に義務があるとして国民に強制した（国家神道）。これは国家を支える理念的思想となるとともに、欧化・近代化路線に対抗する国粋主義と結びつき、日本の帝国主義・軍国主義路線の膨張、覇権主義による植民地の拡大とともに、国内外の非氏子民衆を抑圧する思想へと転化して行った。日露戦争勝利以後、日中戦争・太平洋戦争でその動きは最高潮に達し、ミッドウェー海戦で大敗してからも「神州不滅」の主張の元に玉砕・神風特攻隊・本土決戦論などの、“臣民全て滅びようとも天皇一族とその神たる証しの三種の神器だけは厳然と残らねば・残されねばならない、そして最後には日本が勝つのだ”という思想が横行し、多くの生命が失われた。大戦末期、例え敗北が目に見えても、民衆の中には“いずれ神風が吹いて、敵艦隊をまとめて沈めてくれる”と本気で考えていた者が多くいたという。
江戸時代には儒教や仏教などの外来思想に批判的な立場から古典や神道を研究する国学が盛んになり、荷田春満、賀茂真淵、本居宣長らの研究を経て、平田篤胤によって復古神道が確立されると、従来の神仏習合的な神国思想から仏教・儒教的要素を廃し、古代へ回帰した神国思想が広く受け入れられるようになった。しかし、それが幕末の黒船来航などの外的圧力の増大とともに攘夷論へと発展し、尊王攘夷運動が展開されて、やがて江戸幕府滅亡へと繋がった。
中世以降の紛争の激化や社会の流動化の中、法の下での平和を実現する統一権力が求められた。こうした情勢において、本地垂迹説・神仏習合に基づいた中世的神国思想は、人々に正しい道を教える道徳的・超越的権威としての天道を説いた、儒教的な天道思想の影響を受けたものへと変化していった。戦国時代においては、このような考えに基づき地上に平和をもたらす者が、「国主」の資格を持つ者であるとみなされるようになった。戦国大名は、自らを神仏になぞらえるなど、神国思想を領国統治のイデオロギーとしたのである。豊臣秀吉が発布した1587年のバテレン追放令の第1条「日本ハ神国たる処きりしたん国より邪法を授候儀　太以不可然候事（日本は神国である。それなのに、キリシタンの国より邪法を広めたことは、大いに許されない）。」におけるように、日本が「神国」である、と強調されたことが、キリシタン禁教・弾圧の理論的根拠となった。なおこの時期、古来からある寺社が権門領主として支配権を維持していた令制国の大和国を指して「神国」とも呼んだ。
南朝の北畠親房は、『神皇正統記』において、「大日本は神国である」とし、親房は天照大神の正統な末裔である天皇によって日本という国家が維持されているという主張を簡潔に述べて、後世に影響を与えた。
2012年、リビアのベンガジは世界で最も危険な場所のひとつに指定されていた。米国はベンガジにCIAが秘密裏に設置しているアネックス(The Annex)だけを残し、民間軍事請負業者のチーム「GRS(グローバル・レスポンス・スタッフ)」がCIA職員を保護している。CIAチーフのボブはGRSの行動を制約する。ジャックは友人のロンがチーフを務めるアネックスのGRSにアメリカから赴任してくる。各国は過激派の攻撃を恐れ、多くはベンガジから職員を退去させている。しかし、米国のクリストファー・スティーブンス大使らが市内に赴任してくる。大使館と比べ警備の手薄な領事館に滞在し、わずか5人の護衛に加え、地元のリビア人民兵を雇う。アメリカ同時多発テロ事件から11年目の夜、アンサール・アル＝シャリーアの武装集団によって在外公館が攻撃されてしまう。GRSチームは大使救出を志願するが、アネックスとGRSは存在を秘匿されており、ボブは一貫して待機を強く命じる。ついに領事館は制圧・放火され、リビア人民兵は逃げだし、セーフルームに隠れていた大使らまでにも脅威が迫る。我慢の限界に達したGRSチームは命令に背き領事館へ向かう。だがGRSチームは大使を見つけられずにアネックスに退却し、追ってきた敵はアネックスに迫る。CIAは機密文書を破壊し、GRSチームはアネックスに立てこもり、助けを求める。トリポリからGRSの援護が到着して退去準備を始めるが、敵は迫撃砲攻撃を始めてロンは死に多くが負傷する。GRSの味方のリビア人部隊"リビアの盾"が到着してアネックスは守られる。だが大使は死亡している。生存者たちと4人の遺体は帰国する。GRSの生存者たちは叙勲され、引退して家族と暮らす。