1872年から1877年までは、日本の官設鉄道の建築師長（エドモンド・モレルの後任）として日本に滞在した。イギリス人助手等と共に日本に広大な鉄道システムを築き上げ、110km余りの鉄道網を完成、運行可能な状態にした。ボイルは政府の命で東西両京を結ぶ幹線としての中山道幹線の調査をおこない、中山道への敷設を前提とした報告を提出している。1874年には、イギリス電気学会に加入した。離日後の1882年、イギリス土木学会に日本の六郷川橋梁に関して論文を発表している（Proc. Inst. C.E. lxviii. 216）。
1853年、東インド鉄道の県技術者に任命された。当初パトナに駐在し、そこからアラー、シャハーバード に派遣された。インド大反乱勃発の際に名誉ある活躍を果たす。1857年7月末になる頃、アラーから約40km離れたダナプールの宿営地にいた地元兵が反乱を起こし脱走すると、ボイルは自宅と同じ敷地にあった2階建1.5坪の一軒家を要塞化し、反乱に堪えるため食糧を供給した。7月26日には、ヨーロッパ人16名、シク教徒約5名がここに避難したが、翌朝反乱軍がソン川を渡りアラーを占拠し、家も包囲された。しかし、シク教徒等の勇気と忠誠に支えられ、住民等は8月2日まで約3000人を相手に家を守り切ることに成功し、同日ブクサールからヴィンセント・エア少佐率いる援軍が接近すると、反乱軍は撤退し、家は包囲から解放された。その結果、ボイルはエア軍の佐官に任命され、通信や橋の復旧に従事することとなった。数日後、馬に蹴られ仕事を行えなくなる。一応の快復を見ると、コルカタに召喚されたが、蒸気船リバーバード号でガンジス川を下る途中、シュンドルボンで座礁した。療養のためペナン、シンガポールへ船旅に出た後、1858年初頭にアラーに戻った。かかる働きに対し、暴動勲章とアラー近くの土地を与えられた。1868年、インド鉄道会社を離れ、インド公共事業局 の一級技官になるが、間もなく個人的事情によりイングランドに呼び戻された。1869年、インドの星勲章を叙勲された。この間、1854年1月10日にイギリス土木学会の準会員、1860年2月14日に正規会員となった。
1822年3月14日、ダブリンのヴィカーズ・アームストロング・ボイル（Vicars Armstrong Boyle）の三男として同市に生まれた。ヴィカーズ・ボイルは17世紀に北アイルランドに移住したエアシャー州ケルバーンのボイル家分家筋の末裔である。母は同市デヴィッド・コートニー (David Courtney) の長女ソフィア (Sophia) 。私立学校を卒業し、三角法によるアイルランドの測量に2年間従事した後、チャールズ・ブラッカー・ヴィグノルズに師事した。契約満了後、アイルランドの鉄道敷設に携わった。当初はウィリアム・ダーガンの助手として、ベルファスト・アーマー線、ダブリン・ドロヘダ線に投入された。1845年、ジョン・ベンジャミン・マクニール卿の下で、グレート・サザン鉄道、グレート・ノーザン鉄道の調査及び一部敷設を行い、1846年から1847年にかけてロングフォード・スライゴ線の主任技術者に就任した。1852年秋、ジョージ・ウィラビー・ヘマンズ（George Willoughby Hemans、女流詩人の息子）の主任助手としてスペインで鉄道、水道の敷設に当たった。
旧港とも呼ばれる。港の最深部に位置しており、かつては定期船や貨物船のほとんどが使用していたが、現在はまれに工事用の作業船やフローティングドックが使用する程度である。将来的には埋め立てられる予定となっている。その前提で地盤改良工事（海底に砂を流し込む）が行われた影響により水深が減少している区域があり、碇泊の制限がある。地区の奥まったところに漁船の船溜まりがある。
旧幕臣上田絅二（けいじ）の長男として1874年（明治7年）、東京築地に生まれる。絅二は昌平黌教授をつとめた儒学者の乙骨耐軒の次男で、英学者で沼津兵学校教授の乙骨太郎乙は伯父（耐軒の長男）、その子で音楽評論家の乙骨三郎は従兄弟に当たる。静岡尋常中学、私立東京英語学校、および第一高等学校を経て、1897年（明治30年）東京帝国大学英文科卒。講師小泉八雲から「英語を以て自己を表現する事のできる一万人中唯一人の日本人学生である」とその才質を絶賛されたという。卒業後、東京高等師範学校教授、東大講師（八雲の後任）。第一高等学校在学中、田口卯吉邸に寄寓しており、平田禿木を通じて北村透谷・島崎藤村らの『文学界』同人となり、東大在学中、第一期『帝国文学』の創刊（1895年（明治28年1月））にかかわる。1902年（明治35年）6月、主宰誌の『芸苑』と廃刊になっていた森鴎外の主宰誌『めざまし草』とを合併し、『芸文』を創刊（その後、出版社とのトラブルで廃刊したものの、10月に後身の『万年艸』を創刊）。その後、鴎外とは家族ぐるみで交際した。明治大学で教鞭を執っていたが、1908年（明治41年）欧州へ留学。帰国後、京都帝国大学教授となる。この頃、「マント事件」によって一高を退学し京都帝大に進学していた菊池寛が上田に師事した。1910年（明治43年）2月15日、慶應義塾大学文学科顧問に就任。1916年（大正5年）7月9日、尿毒症のため東京市芝区白金三光町（現・東京都港区白金）の自宅で急逝。享年41。戒名は含章院敏誉柳邨居士（森鴎外の撰）。