1969年の秋の東京大会において帝京商工高等学校（現・帝京大学高等学校）が準優勝し、東京都高野連も翌年の第42回大会（1970年）に推薦した。しかし、高野連の選出委員会は帝京商工の火事による資料の喪失から戦力分析が不可能との理由で帝京商工を選出しなかった。帝京商工はこれを不満として1970年2月20日に高野連を相手取り代表決定の効力停止の仮処分を大阪地方裁判所に申し立てた。これに対して東京都高野連は同校の対外試合を禁止する制裁を決定。さらにこの制裁に対して同校は東京地方裁判所に仮処分を申請するなどの泥仕合となった。この際に帝京商工側が「選抜落選や試合禁止は野球選手としての就職が不利になる」としたことから高校野球においてそのような考え方の是非について議論を巻き起こした。3月9日には対外試合禁止が撤回され、3月12日には大阪地方裁判所で申立てが却下され続いて東京地方裁判所に対する申立ても取り下げられ問題は決着した。なお第42回大会には、東京都からは東京大会優勝の日大三高と都大会4位の堀越高等学校が出場した。
第4回大会（1927年）から、主催の大阪毎日新聞社が野球の本場メジャーリーグの見学や日米親善という趣旨によりこの年から優勝校のアメリカ遠征が行われるようになった。この制度によってアメリカに遠征した優勝校は和歌山中（和歌山）、関西学院中（兵庫）、第一神港商（兵庫）、広島商（広島）の4校。アメリカ遠征は夏休みを利用して行い7月中旬から9月中旬までの長期に渡り、メジャーリーグの試合見学や地元高校との親善試合も行った。夏の大会開催中に主力選手がアメリカ遠征に行っているため、春の優勝校は控え選手で夏の大会予選を戦うことになった。その中で第4回の優勝校だった和歌山中は控え選手で夏の大会の予選を制し、全国大会に出場した。第9回大会（1932年）より、外国チームとの試合を禁止する野球統制令を政府が出したことにより、それ以降は優勝校のアメリカ遠征は中止になった。なお、春の優勝校のアメリカ遠征に関しては春の大会を主催していた毎日新聞社が朝日新聞社が主催していた夏の大会の興味をそぐ目的があったという陰謀説も存在する。
1984年・第56回大会2日目（3月27日）までは、大会の歴代優勝校の校章が描かれた白いパネルボードが外野に掲げられていた。ところがこの大会2日目の第1試合、滋賀県立高島高等学校対佐賀県立佐賀商業高等学校戦で、佐賀商業高校の中原康博が放った打球がワンバウンドしてラッキーゾーンを越えた為、本来ならばエンタイトル2塁打となるところだったが、2塁塁審がこの打球を誤ってホームランと判定した。これを受けて日本高校野球連盟はこの試合の本塁打判定を審判の誤審として謝罪した上、『打球と外野の白いパネルが被って審判が判定しづらい』ことを理由に歴代優勝校のパネル掲額についてこの日の全試合終了後直ちに廃止することを決めた為、それ以後は歴代優勝校パネルは掲示されていない。また大会名が記されたパネル（左中間・右中間）も優勝校パネルと同様の白地・黒文字だったのを、翌1985年の第57回大会以後は通常のフェンス広告と同じように緑地・白文字と変更された。更に2010年の第82回大会から、外野フェンスの広告を解禁したため、これらはバックネット裏・回転看板スペースに掲示されている。
開会式・閉会式の国歌・大会旗の掲揚・降納は、甲子園が全面改修される2007年以前は、開会式は出場校の主将、閉会式は決勝戦を戦った選手全員がバックスクリーンの回転広告版の上（三菱電機の広告看板前）に集まって行っていたが、改修以後は選手衆はバックスクリーンに移動することなく、所定位置からバックスクリーン方向の掲揚台を向いて見守る形になっている。なお第46回大会（1974年）以降、返還・表彰の演奏曲は大会オリジナルの「栄光」（永野慶作作曲）が使われることになった。
第69回大会（1997年）までは主催者の職員が司会を担当していたが、第70回記念大会（1998年）以後は、前年度の「NHK杯全国高校放送コンテスト」の全国コンクールにおいて、朗読・アナウンス部門で上位に入賞した放送部の生徒、または新卒生が2-3名程度出演する。
プンツォク・ワンギャル（チベット語: ཕུན་ཚོགས་དབང་རྒྱལ།, ワイリー方式: phun tshogs dbang rgyal, 蔵文拼音: pun tsok wang gyel, 1922年1月2日 - 2014年3月30日）は、チベット・バタン出身の革命家。中国語表記では平措汪傑、あるいは平措旺傑。通称、平汪（プンワン）。解放と言う名の中国人民解放軍によるチベット侵略への抵抗。チベット共産党の結党。大チベット構想を打ち立てる。長征中にチベット東部（カム地方）を通過した中国共産党の影響を受け『東チベット自治同盟』を結成、雲南との国境地帯で中華民国の支配に対する武装蜂起を起こした後、中国支配に抵抗した英雄として、チベット貴族支配下にあるラサで公然と反体制的な活動を行う。この時すでに中国共産党員であり、民族派的マルキストだったという。日本では、チベットに滞在した日本人、木村肥佐生の著書に登場することで知られ、木村とは親しく交流していたようである。木村は明治維新を革命モデルとしてチベットに適用するアイディアを彼に提案し、彼は明治憲法をモデルにチベットの新憲法の草案を練っていたという。1949年、保守派貴族によってインドへ追放される。帰国後、中国共産党の下部機関に組み込まれるが、文化大革命では民族主義者として弾圧を受け、18年間投獄される。文化大革命の終焉とともに政治の表舞台へ復帰し、全国人民代表大会常務委員、中央民族委員会副主任などのポストを歴任する。結果から見れば彼はチベット共産化を手助けした人物ということになるが、彼が求めていたのはチベット政治の革新であり、中国化の推進が目的ではなかったことは、明らかである。また、カム地方がチベット政府の圧政に苦しんでいたことも、彼の思想・行動と無縁ではなかったと思われる。なお、現在の彼の主張は、中国からの独立ではなく高度な地方自治を求めるものである。