日露戦争のときも、陸軍大臣が麦飯推進派の寺内正毅であり（ちなみに陸軍出身の桂太郎内閣総理大臣も麦飯推進派）、麦飯給与を主張する軍医部長がいたにもかかわらず、大本営陸軍部が「勅令」として指示した戦時兵食は、日清戦争と同じ白米飯（精白米6合）であった。その理由として輸送の制約が挙げられ、陸軍は兵員と兵器と弾薬などを送るのが精一杯で、食糧について必要限度の白米を送るのがやっとであった（近代地上戦での想定補給量の一例）。さらに「麦は虫がつきやすい、変敗しやすい、味が悪い、輸送が困難などの反対論がつよく」、その上、脚気予防（理屈）とは別のもの（情）もあったとされる。白米飯は庶民憧れのご馳走であり、麦飯は貧民の食事として蔑（さげす）まれていた世情を無視できず、部隊長の多くも死地に行かせる兵士に白米を食べさせたいという心情があった。しかし戦地では、1904年（明治37年）5月頃から脚気が増え始め、気温の上昇とともに猛烈な勢いで増加した。このため、8月から軍の一部で麦飯が給与され、翌年3月10日に寺内陸軍大臣の「出征部隊麦飯喫食ノ訓令」が発せられ、精米4合と挽割麦2合が給与されることとなった。また国内で、脚気患者の大量発生と軍医不足という悲惨な状況が知られ始めると、陸軍衛生部さらに大本営の野戦衛生長官で満州軍総兵站監部の総軍医部長、小池正直（陸軍省医務局長）に対する批判が高まった。戦後も、小池が陸軍軍医トップの医務局長を辞任するまで、『医海時報』に陸軍批判の投稿が続いた。陸軍省編『明治三十七八年戦役陸軍衛生史』第二巻統計、陸軍一等軍医正・西村文雄編著『軍医の観たる日露戦争』によれば、国外での動員兵数999,868人のうち、戦死46.423人 (4.6%)、戦傷153,623人 (15.4%)、戦地入院251,185人 (25.1%)（ただし、資料によって病気の統計値が異なる）。戦地入院のうち、脚気が110,751人 (44.1%) を占めており、在隊の脚気患者140,931人（概数）を併せると、戦地で25万人強の脚気患者が発生した（なお兵種別に戦地入院の脚気発生率を見ると、歩兵1.88%、騎兵0.98%、砲兵1.46%、工兵1.96%、輜重兵1.83%、非戦闘員の補助輸卒5.32%であり、「軍夫」と呼ばれていた補助輸卒の数値が著しく高い（1904年（明治37年）2月〜翌年4月）。患者数も補助輸卒は、歩兵の41.013人に次いで30,559人と多く、過酷な条件の下任務に就いていた）。入院脚気患者のうち、27,468人（死亡5,711人、事故21,757人）が死亡したと見られる（戦死者中にも脚気患者がいたものと推測される）。
1885年（明治18年）7月にインブリー一家は1年9か月の休暇を終えて日本に戻り、元の住まいの築地居留地一六番の宣教師館に落ち着いた。1887年（明治20年）1月19日に東京府より、東京一致神学校、東京一致英和学校、英和予備校を統合した一大カレッジとなる明治学院の設置の認可が下りた。インブリーは学院設立の最も重要な会計委員を務め、専門学部と邦語神学部の教授に就任して新約聖書注解と教会政治を担当した。日本基督一致教会と日本組合基督教会合同の機運が高まると、インブリーは合併草案の作成委員長および「日本連合基督教会」草案細条目編成委員長として2年間にわたる両派の合同実現の運動を主導したが、新島襄らが教会合同に強い反対を示したことから組合教会内の反対勢力の意見が強まり、1889年（明治22年）5月に両教会の合同は不成立の結論に達した。日本基督一致教会は合同の可能性がなくなると、憲法草案作成委員長インブリーが日本人教職者を指導して従来のミッション主導による教会政治体制から日本人のキリスト教会独自の教会憲法作成に動き出した。1890年（明治23年）12月3日と4日に開催された一致教会第6回大会では新憲法が採択され、同時に教会の名称を日本基督教会と改めた。この時に採択されたインブリーが起草した信仰告白文は長く影響力を保ち続け、1953年（昭和28年）の「日本基督教会信仰の告白」や1954年（昭和29年）の「日本基督教団信仰告白」も同じような形式で制定されている。インブリーは今後の教勢拡張は外国人宣教師の手に委ねるのではなく、日本人キリスト者自らが行うべきだと考えた。彼は日本に派遣される際に海外伝道局から与えられた宣教師としての全ての使命を果たしたことを実感し、成長する息子たちの教育という理由も重なり、日本における奉仕に終止符を打ってアメリカ本国に帰国することを決意した。1893年（明治26年）4月29日に一家4人はオーシャニック号に乗って横浜の港を後にした。アメリカに戻った一家はニュージャージー州ローレンスビルにあるローレンスビル・スクールの教員住宅に落ち着き、帰国後のインブリーはそこから各地の長老会議に呼ばれて講演や説教を行い、母校のプリンストン神学校で連続講義の講師を依頼されたり、伝道局会議に出席したりと多忙な日々を送った。田村直臣が1893年の再渡米に際し、英文で出版した『日本の花嫁』はキリスト教から見た日本の結婚制度や家庭における女性の地位の低さについて書かれたものであるが、国粋主義の風潮が急激に高まる日本の各新聞・雑誌からその内容が繰り返し非難され、ついには所属する日本基督教会も弾劾裁判を開いて1894年（明治27年）7月6日に彼の牧師の資格を剥奪するという判決を下した。インブリーはこの裁判に先立ちコメントを裁判に提出したいと依頼状を送ってきた田村に対し、1894年5月14日付けで「この著書は刺激的ではあるけれども、日本を侮辱する意図のもとに、あるいは記述の内容が偽りであることを承知の上で書かれたとは思っていない」とアメリカから返事を書いて田村の著作に理解を示している。息子のマルコムとチャールズの二人がそれぞれ17歳と15歳に成長し、希望するプリンストン大学への進学に目処がついてきたことから、インブリーは再び日本を訪れる決心をした。