1914年（大正3年）には、光田健輔が公立癩療養所全生病院院長に就任した。園長たちは、患者懲戒検束権といって、各施設内に監房を作り所長の一存で患者を投獄できるようにした。これは自暴自棄におちいった不良患者、やくざの親分、モルヒネを要求する患者などに対処するものである。1938年（昭和13年）には、群馬県栗生楽泉園に特別病室という名の牢獄が設置された。全国から懲罰を受けるために患者が送られた。冬季にはマイナス20度という環境になり、また減食という厳罰が行われたりするなど、過酷な条件のため多数の死亡者が続出した。この特別病室は、戦後、共産党の調査団により明らかになった。その一方、ハンセン病患者が犯罪を行った場合には刑務所に入らずに療養所に収容されるのみで刑を免れることが可能であったが、これは公民としての権利がなかったことと、刑法の適用がなかったことを意味する。法務省もハンセン病患者を避けるために、なかなか刑務所を設置する方向には行かなかったが、1950年（昭和25年）に栗生楽泉園内で入所者同士の争いによる殺人事件が勃発したのをきっかけに刑務所設置への意見が高まった。殺された方も問題ある人物で、栗生楽泉園では、羊の群れの中にオオカミを放ったという表現で自衛を強調している。そしてついに1953年（昭和28年）、熊本県の菊池恵楓園に隣接して熊本刑務所菊池医療刑務支所が設置された。この際には必要最小限の条件をもとに患者懲戒検束権が認められた。
中世にはこの病気は仏罰・神罰の現れと考えられており、発症した者は非人であるという不文律があった。鎌倉時代の文献によると、患者と家族が相談し、相当の金品を添えて非人宿にひきとられ、非人長吏の統率下におかれた、とある。これにより、都市では重病者が悲田院や北山十八間戸、極楽寺などに収容された例もある。江戸時代にはこの病になると家族が患者を四国八十八ヶ所や熊本の加藤清正公祠などの霊場へ巡礼に旅立たせた。このためこれらの場所に患者が多く物乞をして定住することになった。旅費が無い場合は単に集団から追放され、死ぬまで乞食をしながら付近の霊場巡礼をしたり、患者のみで集落を成して勧進などで生活した。貧民の間に住むこともあり、その場合は差別は少なかった。横浜の乞食谷戸（こじきやと）はその一例である。患者が漁にでるとマグロがよく獲れるという迷信が各地にあり、漁業に携わる者もいた。
ハンセン病が差別されている時代、自分の家の墓に納骨されないことが普通であった。小舟での上陸時、わざわざ別の船着き場を使用していたことが記録されている。宮古島の離島、池間島のある浜は、昭和30年代に南静園に隔離されている島出身の患者の接岸地であった。マズムヌヒダガマ（悪霊浜）と言いウトルス（脅威）の地であった。周りは青々としてアダン、アザミ、ハマヒルガオが生い茂り言い知れない匂いも強烈であった。海での事故死の時も使われたこの船着き場が現在も残る。
ハンセン病療養所は閉鎖社会であり、家族から孤立している入所者が多い、という理由で、昔からボランティアの活動が盛んである。各種の慰問団がこられるが、個人的な団体から、宗教的な集団（天理教の団体が有名、清掃をされる）、囲碁将棋の指導、対局、ゲートボール、グラウンドゴルフ、野球の対戦、絵画の指導、いけばなの指導、雑誌編集の加勢など、種々ある。これらは記念事業の時に表彰されたものから集めた事例であるが、ほかにもあると思われる。ボランティアは、以前職員であったものも含む。入所者にとっては、歓迎であるが、微妙な感慨を持つ場合もあるとのことである。
1963年9月16日、シンガポールは晴れてマレーシアの一部となったが、連邦は短命に終わる。UMNOによって支配されているマレーシア政府は、シンガポールの住民の大多数を占める華人系住民の包含と、マレーシアにおける人民行動党の政治参加に懸念を抱くようになった。リーは公然とブミプトラ政策の「マレー人などの土着民を優遇するマレーシア」に反対し、人民行動党のスローガンとして「マレーシア人のためのマレーシア」を主張した（当時シンガポール島の華人系住民もマレー人も含めて「マレーシア人」であり、マレー人のみへの優遇政策を批判した）。このことから双方の関係は悪化してしまい、UMNOの中にはリーの逮捕を主張する者もいた。人種間の対立は激しさを増し、預言者ムハンマドの誕生日である1964年7月21日には、マレー人と華人系住民が激突し、23人が死亡、100人以上が負傷するといった事態も発生した。同年9月にはさらに大規模な暴動が発生し、事態の収拾を図るため双方のリーダーであるリーとラーマンがそろって公の場に姿を見せることを強いられた。食糧を含む物資の輸送に著しい困難を来すようになり、物価が劇的に上昇し、国民の生活にさらなる困難を招いた。事態の解決は絶望的な状況になり、首相であるラーマンは「中央政府への忠誠を示さなかった州政府とは、全ての関係を断ち切る」といった方針から、シンガポールをマレーシアから追放することを決定した。リーは連邦に留まろうと頑ななまでに打開策を考え続けたものの、失敗に終わった。1965年8月7日、リーはマレーシアからの分離に合意する文章に署名した。このことはマレーシアとの合併だけがシンガポールが生き残るために重要と考えていたリーにとって大きな打撃となった。そして、8月9日にシンガポールの独立を発表するテレビ中継の中で、私にとって、今は苦渋の時です。生涯、私は二つの領域の合併と統一を信じてきました。私リー・クアンユーは、自由と正義の原則、多くの人々の福祉と幸福の探求、平等な社会を築くことに基づき、本日1965年8月9日にシンガポールが永久に主権民主主義ならびに独立国家であることを宣言いたします。と国民に語り掛けた上で、シンガポールの独立を宣言した。独立自体がかつてのマレー独立運動の盟友であったラーマンからの追放宣言に等しかったこともあって、生放送の最中には、自制心を失って泣きだす場面もあった。