マッキンリーは1796年8月21日にウィルミントンで死に、そこの長老派教会墓地に埋葬された。遺骸は1922年にウィルミントン&ブランディワイン墓地に移葬された。サウスパーク・ドライブとノース・アダムズ・ストリートが交差する近くの墓地に墓碑が置かれている。マッキンリーは外国で生まれた唯一のデラウェア知事であった。アルスター・スコッチでありニューキャッスル郡の出身であったが、独立の問題では中庸でありイギリスとの開戦を躊躇と後悔の念で見ていた。このことでその職が大衆に支持され特にケント郡やサセックス郡で広く受け入れられた。ジョージ・リードは政治的盟友であり助言者であり、マッキンリーが最初に知事に選ばれるのを支持する側に回った。それ故にトマス・マッキーンとその同調者はその対抗者であった。ジェイムズ・ティルトンのような熱心な革命論者はマッキンリーのことを「ジョージ・リードの背中に当てる当て布」とよび、「老女」とも言った。マッキンリーは耐え忍ぶことになった長い囚われの生活について、常にトマス・マッキーンを非難していた。デラウェア大学のジョン・マッキンリー研究所はマッキンリーに因んで名付けられた。ジョン・マッキンリーの肖像画は知られていない。
マッキンリーは釈放された後、医業に復帰しウィルミントンでの公的活動を続けた。再び政治的な役職に就くことは無かった。大陸会議の代議員指名は拒否し、1783年2月の知事選挙では敗れた。1789年のデラウェア医学会設立を支援し、1783年まではニューアーク・アカデミー評議員会のメンバー、1794年から1796年の死までは評議員長を務めた。ニューアークのアカデミーはデラウェア大学に発展した。マッキンリーは学校の教師の給与を寄付し、多くの学生が教育を受ける援助をしたと知られている。
18世紀のデラウェアの政治は「コート党」と「カウンティ党」という緩やかな党派に分かれていた。多数派のコート党（王党派）は一般に米国聖公会員であり、ケント郡とサセックス郡で強く、植民地の領主政府と協力してイギリスの政府との和解に賛成していた。少数派のカウンティ党（独立派）は大半がアルスター・スコッツであり、ニューキャッスル郡に多く、直ぐにでもイギリスからの独立を主張する者達であった。マッキンリーは住民の多数の者およびデラウェア議会の多数派と同様にコート党とその中庸的な政策に親しんだ。しかし、マッキンリーにはアルスター・スコッツという背景があり、長老派教会では著名な人物だったので、カウンティ党に親しむ人々にも受け入れられた。マッキンリーは1757年にニューキャッスル郡の保安官に選ばれ、1758年から1776年の間でウィルミントンの町長を1期3年の任期を4期務めた。1771年/72年の会期から1775年/76年の会期までデラウェア下流3郡の議会にニューキャッスル郡選出の議員も務めた。アメリカ独立戦争に向かう出来事の中で1773年10月にはデラウェア通信委員会のメンバーになり、1774年11月まで委員長だった。一方でニューキャッスル郡民兵隊の准将でもあった。デラウェア下流3郡の議会が1776年6月15日にイギリス政府からの離別を宣言した時、議会が会期中でない時のために新しい独立邦を動かす安全委員会を作った。その委員会は各郡から5名ずつの委員が指名された。マッキンリーもニューキャッスル郡のメンバーの一人であり、委員会の議長に選出された。更に、1776年10月に最初のデラウェア邦議会議員を選出した時、マッキンリーは再び1776年/77年会期の議院に選ばれ、またその議長になった。
なお、天台宗の三諦偈による中道の解釈はナーガールジュナの原意を得ていないとする議論もある。中観派においては、中または中道という概念が重要な位置を占めているが、『中論』において中道という語は第24章の第18詩に1回出てくるのみである。どんな縁起でも、それをわれわれは空と説く。それは仮に設けられたものであって、それはすなわち中道である。 — ナーガールジュナ『中論』第24章第18詩これをクマーラジーヴァは、「衆因縁生の法、我即ち是れ無なりと説く。亦た是れ仮名（けみょう）と為す。亦た是れ中道の義なり」と訳したが、中国ではこれが後に多少変更されて、因縁所生の法、我即ち是れ空なりと説く。亦た是れ仮名と為す。亦た是れ中道の義なり — という文句にして一般に伝えられている。この詩句（変更後のもの）は中国の天台宗の祖とされる慧文禅師によって注意された。天台宗では、この詩句は空・仮・中の三諦を示すものとされ、三諦偈と呼ばれるようになった。中村元によれば、三諦偈の趣旨とは、因縁によって生ぜられたもの（因縁所生法）は空である。これは確かに真理であるが、しかしわれわれは空という特殊な原理を考えてはならない。空というのも仮名であり、空を実体視してはならない。故に空をさらに空じたところの境地に中道が現れる。因縁によって生ぜられた事物を空ずるから非有であり、その空をも空ずるから非空であり、このようにして「非有非空の中道」が成立する。すなわち中道は二重の否定を意味する。 — ということであり、中国以来、ほぼこのように伝統的に解釈されてきたという。その解釈がナーガールジュナの原意を得ているかどうかについて、中村元は『中論』の原文とチャンドラキールティの註釈などを用いて検討し、結論としては、インドの緒註釈によってこの『中論』第24章第18詩の原意を探るならば、この詩句は縁起・空・仮名・中道という4つの概念が同趣意のものであるということを説いたにほかならず、天台宗や三論宗が後世の中国で説いたように「空をさらに空じた境地に中道が現れる」と考えたのではなかったことが明らかであるとしている。