古来神仏に祈願する場合、主として五穀を紙に包み奉納した。貨幣経済の進展に伴い米・雑穀よりも銭貨が増え、しかもそのまま神前に置かれたので自然発生的に銭貨を受ける賽銭箱が生まれた。戦国時代の僧侶快元の日記である『快元僧都記』によると、1540年（天文9年）に散銭櫃（さんせんびつ）なる箱が鶴岡八幡宮に置かれたという記述があり、これが賽銭箱が記録に残る日本最古のものとされる。室町時代に伊勢参宮や本山詣が庶民に広がり、賽銭を奉る風習が定着したといわれる。
参拝者は賽銭箱に金銭を投入した後、神社なら2拝2拍手1拝、寺院なら合掌し、目を閉じながら神仏への願い事やお礼を心の中で唱える。賽銭箱が存在していない地蔵や神体の前にも、時おり参拝者によって賽銭が置かれることがある。博物館に展示されている仏像、神像の前にも賽銭が置かれていることもあり、「賽銭をあげないでください」と注意書きしてある場合もある。賽銭は願いを聞いてもらう対価ではないとする説もあり、日本書紀の「罪を素戔嗚尊に負わせ、贖罪の品々を科して差し出させた」というところから自身の罪を金銭に託して祓うとする説（浄罪箱）と、賽銭箱に硬貨を入れる音で罪祓う（鈴と同じ）とする説がある。
昭和30年（1955年）、日本の外務省を訪れたユダヤ人ニシェリは、自分の命を救ってくれた「センポ・スギハラ」という外交官との面会を求めるが、応対した関満一朗から「センポ・スギハラという外交官は存在しない」と返答されてしまう。ニシェリは「必ず探し出す」と言い残し外務省を後にする。昭和9年（1934年）、満洲国外交部の一員として働く杉原千畝は、白系ロシア人のイリーナとマラットと共に、ソ連との北満鉄道譲渡交渉を有利に進めるための、諜報活動を行っていた。杉原はソ連軍が新型列車を盗み出そうとした証拠を掴むが、手を組んでいた関東軍の南川欽吾の暴走によって、マラットとソ連兵が殺害されてしまう。穏便な解決策を無下にされた杉原は、満洲国を私物化する関東軍に嫌気が差したため、満洲国外交部に辞表を提出し、日本に帰国する。帰国後、杉原は、モスクワの在ソビエト社会主義共和国連邦日本国大使館への赴任を命じられる。念願の任地への赴任を喜ぶ杉原だったが、ソ連から北満鉄道の一件を理由に、ペルソナ・ノン・グラータを発動され、入国を拒否されてしまう。落胆した杉原は、友人の菊池静男とヤケ酒を飲み菊池の家に泊まるが、そこで菊池の妹・幸子と出会い、恋に落ちる。昭和14年（1939年）、杉原は新設されたリトアニア・カウナス領事館への赴任が決定し、ソ連の動きを探るように命じられる。杉原がカウナスに赴任した直後、ソ連はナチス・ドイツと独ソ不可侵条約と締結し、ドイツはポーランド侵攻を開始した。杉原は、接触してきたポーランド人スパイのペシュと手を組み、諜報活動を開始する。杉原とペシュは収集した情報を分析し、独ソが東ヨーロッパを分割支配しようとしていることを突き止めるが、日本は明確な対策を取ろうとはしなかった。昭和15年（1940年）、ソ連軍がバルト三国を占領する。ドイツからの迫害を逃れて来たニシェリたちユダヤ人は、ドイツと同盟を結ぶソ連から逃れるため国外脱出を図るが、各国領事館はソ連軍によって次々に閉鎖され、脱出に必要な査証を受け取ることが出来なくなってしまう。そんな中、オランダ領事代理のヤンはニシェリたちに査証を発行するが、ドイツが支配する西ヨーロッパへの脱出は不可能であり、ニシェリたちは極東経由での脱出を目指し日本領事館に査証の発行を求めるが、外務省からペシュら協力者以外への査証発行を禁止されていた杉原は、ニシェリたちを無視するしかなかった。しかし、ヤンの行動や日に日に査証発行を求めるユダヤ人たちが増えていくのを見た杉原は心を動かされ、独断でユダヤ人たちへの査証発行を決断する。杉原は領事館が閉鎖され国外退去するまで査証を発行し続け、ニシェリたち多くのユダヤ人がリトアニアから脱出し、ハティクヴァを歌う。リトアニアを退去した杉原は、東プロイセン・ケーニヒスベルクに赴任する。杉原とペシュは、ドイツ軍が国境地帯に集結している事実を掴み、ドイツがソ連への侵攻を計画していることを察知し、駐ドイツ大使の大島浩に「日本がアメリカと戦争になってもドイツの支援は得られない」と忠告するが、ヒトラーに心酔する大島は、杉原の忠告をまともに取り合おうとはしなかった。独ソ戦開始後、ドイツはソ連への侵攻計画を漏らした杉原の国外退去を要求したため、ルーマニアへの赴任を命じられる。杉原は大島に対し、「アメリカと戦争すれば日本は負ける」と警告し、ルーマニアに向かう。昭和20年（1945年）、杉原はソ連軍の捕虜収容所の中で手紙を渡され、その際に日本の敗戦を知る。子供たちと共に側にいた幸子は、杉原の心情を慮り場を離れ、落ち着いたところで手紙がイリーナからの物だと知り中身を確認する。手紙には、「杉原が発行した査証によって多くのユダヤ人たちが救われ、多くの人々の人生を変えた」と書かれており、最後に「ありがとう」と結ばれていた。手紙を読み終えた杉原は涙を流す。昭和47年（1972年）、外務省を退官し貿易会社に勤務していた杉原は、任地のモスクワで、ニシェリとの再会を果たす。杉原とニシェリは、数十年振りの再会を喜び、モスクワの街を歩いていった。