元請制作作品は『空を見上げる少女の瞳に映る世界』『たまこまーけっと』を除き、アドベンチャーゲーム（Key作品）・ライトノベル・コミックなどを原作としているが、これらの作品はいずれも基本は原作に忠実であり、その上でサプライズ的な要素を付加させるといったストーリー展開を貫いていた（ただし『フルメタル・パニック! The Second Raid』では女性キャラが少なすぎるため、原作の一部男性キャラクターを女性キャラクターに変更した）。『AIR』『Kanon』『CLANNAD』は東映アニメーションもアニメ版を制作しているが、東映が独自の解釈でオリジナル要素が強いのに対し、京都アニメーションでは原作に忠実な点が評価される一因となっている。また、こうした制作会社の姿勢が、作品の前評判や人気にも繋がっているという分析もある。ストーリー以外でも、原作のCGやイラストと近い作画を制作し、Key作品においては原作に使用されている主題歌・BGMを多用している。しかし、近年はオリジナル色を打ち出したアニメが増えてきている。『けいおん!』ではオリジナルのキャラクターやストーリーで世界観を膨らませている。『中二病でも恋がしたい!』では、主人公がクラス委員に入っていたり、オリジナルキャラが登場しているなど、KAエスマ文庫を原作とした作品はかなりアレンジしたものとなっている。また、『たまこまーけっと』は初の自社制作オリジナルテレビアニメである。『甘城ブリリアントパーク』ではオリジナルキャラが登場するだけに留まらず、ストーリーも原作とは異なる展開になっている。
2019年7月18日、第1スタジオ（後節参照）で放火による火災が発生し、建物が全焼。国内の放火事件では平成以降最悪となる36名の死者（内3名は病院へ搬送後に死亡）を出し、33名が負傷、1名は無傷だった。一方で2019年7月20日から8月31日まで徳島市の書店・小山助学館本店で京アニ原画展「私たちは、いま!!特別展」が企画されており、事前に貸し出されていた原画70点は被害を免れている。尚、原画等は紙書類は殆どが焼失したがデータ化されサーバに保存されていた物は被害を免れている。サーバが置かれていた部屋は火元から遠くコンクリートで囲われていたことから被害を免れたとされる。放火事件の2日後である7月20日、社長の八田英明は甚大な被害を受けた同社の第1スタジオを取り壊す意向を明らかにした。
2009年10月2日から第1回京都アニメーション大賞を開催し、2011年にはKAエスマ文庫レーベルを立ち上げ、奨励賞のうち『中二病でも恋がしたい!』（著：虎虎、イラスト：逢坂望美）と京アニBON!での連載作品『夕焼け灯台の秘密』（著：志茂文彦、イラスト：門脇未来）を文庫本化した。2012年からは上記の京都アニメーション大賞の受賞作品を中心としたKAエスマ文庫原作・原案作品の制作が多くなり、他社の原作付きの作品は『氷菓』を最後にしばらく制作が行われなかったが、2014年に以前アニメ化している「フルメタル・パニック」シリーズでつながりのある賀東招二著・富士見書房発行のライトノベル『甘城ブリリアントパーク』のテレビアニメ制作が発表され、2014年10月から12月まで放映された。2014年10月、第19回アニメーション神戸賞において特別賞を受賞した。2016年9月、『映画 聲の形』が公開。本作は京都アニメーションとしては初となる、テレビシリーズを挟まない映画となった。
鎌倉時代以降の史料をみると、宇多河荘は宇多河東荘・上荘・下荘との呼称がみられる。その内部を区分、あるいは拡張したものと見られるが、西荘は史料でその存在が確認できず、東荘は上・下荘の区域を西と見た場合の東側の意と推察される。まず宇多河東荘についてみると、その初見は1214年（建保2年）の『平親範置文案（経俊卿記紙背文書）』で、円智（平親範）は当東荘を含む私領3ヶ所を自ら再興した出雲寺の一堂に寄進する。しかし、それは間もなく撤回されたとみられ、1250年（建長2年）には宣陽門院（後白河法皇の皇女）領とする当東荘が、吉田資経（平親範の孫）から経俊に相続され、勧修寺家に所領が渡っている。この後1275年（建治2年）には経俊から俊定に、1328年（嘉暦3年）には定資から俊実に、それぞれ勧修寺家の嫡流によって伝領されていった。なおこの宇多河東荘は、1224年（貞応3年）の『宣陽門院覲子内親王所領目録（島田文書）』や、1250年の処分状にも記載のとおり宣陽門院領（長講堂領）となっている。平親範から勧修寺家代々は宣陽門院のもとにその「給人」であったと考えられる。『角川日本地名大辞典』では、当東荘は、宇多河荘の領家：日吉社が他からの妨害を防ぐためにその一部を後白河法皇に寄進したことによって成立したものと推定されている。次に宇多河上下荘についてみると、その初見は1220年（承久2年）の『日吉社司解（民経記紙背文書）』で、小比叡社（日吉社の東宮）の社司が、皇居造営のため社領宇多川上下荘の負担免除を上申している。また1319年（元応元年）には、上下荘を示すとみられる「宇多河荘」は二宮季節神料所として小比叡社の神主が知行とある。日吉社（小比叡社）が領家的地位にあったものと推定され、平安時代後期から少なくとも160年以上にわたり、その関係が続いていることがわかる。また史料の信憑性に若干疑問はあるものの『大山寺縁起（続群書類従）』で、宇多川荘は山門（延暦寺）領として見え、領家：日吉社の上には本家として延暦寺があったと推定される。一方、地頭には、1205年（元久2年）、大原来迎院が任じられたが、このうち上荘は1270年（文永7年）の下知状によって山内首藤氏に安堵され、以後代々相伝された。大原来迎院の地頭職は下荘に限定されることとなったものと考えられる。