終曲 ニ短調 3/4拍子 - 4/4拍子 - 2/2拍子第4楽章から休みなくつづき、緩-急-緩という、大きく三つの部分からなっている。これを序奏・ソナタ主部・コーダとする見方もできるが、「主部」の部分が前後と比較して短く、十分な発展がないうちに結尾に至るため、一般的なソナタ形式とはいえない。バスドラムの連打とチューバによる不気味な響きではじまる。第3楽章の三音動機がこれに加わり、付点リズム・順次下降の動機も姿を見せる。フルートが印象的な旋律（譜例11）を奏で、次第に高く昇っていく。全曲の白眉ともいえる美しい場面で、主題の後半には付点リズム・順次下降の動機が示される。この主題は弦に受け継がれるが、高揚したところで再びバスドラムが強打され、冒頭部分が再帰する。譜例11アレグロ・モデラートにテンポを速め、三音動機と付点リズム・順次下降の動機が現れて両者が争うように展開される。いったんテンポが落ちて、フルートの主題が出るが、再び速くなり、ここで第1楽章の不協和音が再帰し、三音動機も荒々しく付加される。ホルンと弦に第1楽章のA主題が大きく現れ、音楽は次第に静まっていく。ハープの分散和音に乗って、フルート主題をヴァイオリンが再現し、フルートも加わる。三音動機が柔らかく出ると、音楽は感動的に高まり、やがて静かになっていく。最後は嬰ヘ長調となり、名残惜しそうな響きのなかを、付点リズム・順次下降の動機がくっきりと示され、余韻のような交響曲第9番の二度下降動機（ただしここではミ-レでなくレ-ドと主音に至る）によって終わる（譜例12）。マーラーはこの結尾部分に、「君のために生き! 君のために死ぬ! アルムシ（アルマの愛称）!」と書き込んでいる。譜例12なお、このコーダ部分には嬰ヘ長調と変ロ長調の2種類のスケッチがあり、クック版を含め、ほとんどの補筆完成版は嬰ヘ長調を採用して、第1楽章と照応させている。
2月24日、クイーンフィッシュは4回目の哨戒でスポット (USS Spot, SS-413) 、シーフォックス (USS Sea Fox, SS-402) とウルフパック「ポストズ・パンツァーズ Post's Panzers」を組んで東シナ海、台湾海峡方面に向かった。「パンツァーズ」はその名を冠した2つ目の部隊であり、スポット艦長ウィリアム・S・ポスト・ジュニア中佐（アナポリス1930年組）に率いられ、途中、サイパン島で補給することになったが、クイーンフィッシュはサイパン島到着までに新しく入った乗員を艦に慣らすことにした。3月6日にサイパン島に到着し、潜水母艦フルトン (USS Fulton, AS-11) に横付けして整備ののち、3月9日に出航。この時、一通の重要な伝言、緑十字船阿波丸（日本郵船、11,249トン）の行動に関する情報が書かれた伝言がクイーンフィッシュに積まれていたが、さしたる関心は引かなかった。クイーンフィッシュは3月22日に病院船を発見したほか、空母のような艦船も含めて4月1日の日没までに5隻の敵艦船との接触があったが、いずれも攻撃には至らず乗組員の間にはイライラが募っていた。この間、スポットが搭載魚雷を全て消費し補給のため帰還、部隊の指揮はラフリン中佐が執ることとなった。4月1日22時、クイーンフィッシュのレーダーに反応があった。ラフリン中佐は戦闘配置を令し、目標を待ち構えた。クイーンフィッシュは目標から見て東北に位置し、距離を詰めて相手が対潜行動を取っているかどうか確認した。濃霧の中で目標は接近し、聴音すると重たいスクリュー音がしたので、相手は駆逐艦か護衛艦であろうと思われた。クイーンフィッシュは艦尾発射管を目標に向け、23時ごろに魚雷を発射。魚雷は全て命中し、目標が2つに割れて消え去ったのを確認した。ラフリン中佐は回頭して撃沈推定位置に移動するよう命じ、油と残骸が漂うその位置に移動すると、20名ぐらいの溺者がいた。クイーンフィッシュから浮き輪のついたロープが放り込まれたが、1名を除いて海中に消えていった。その1名、下田勘太郎が尋問で船名を問われ、「アワマル」とカタカナで書いたので関連情報を探したところ、さきの重要な伝言に関連した電文が見つかり、撃沈したのは病院船扱いの安導権をアメリカ政府によって保証されており、捕虜収容所への赤十字の救援物資を運搬していた阿波丸だったことが判明。濃霧の中、阿波丸は国際協定に従って汽笛を鳴らしながら航行していた。これを聞いたラフリン中佐は一言、「そんな馬鹿な」と言った。クイーンフィッシュの雷撃による阿波丸の撃沈は国際法違反であり、戦時中にもかかわらずアメリカ政府はその責任を認めることとなった。だが、別ルートでこのミスを知った合衆国艦隊司令長官兼海軍作戦部長のアーネスト・キング大将が太平洋艦隊のチェスター・ニミッツ司令長官に事の次第を素早く伝えるよう催促したが、ニミッツ長官はのらりくらりと返答を伸ばし伸ばしにし、18時間後にようやく返答した。ニミッツ長官はまた、太平洋艦隊潜水艦隊司令官チャールズ・A・ロックウッド中将の進言でクイーンフィッシュの帰投を意図的に遅らせることに賛成した。クイーンフィッシュは4月3日まで探索を続けたが、包みに包まれた生ゴムと中身が分からない箱を回収しただけだった。4月7日、クイーンフィッシュは哨戒期間の延長を要求したが、その返事は哨戒期間延長ではなく即時の帰投であった。クイーンフィッシュのラフリン中佐や高級幹部は腹を決め、戦闘報告をしたためた。帰投途中の4月11日、クイーンフィッシュはPB4Y-2 プライバティアの乗組員13名を救助すべく、一旦引き返した。クイーンフィッシュは荒天の中、2隻のいかだに分乗した13名を救助し、駆逐艦への移乗要求を敢えて断り、弁護のダシにしようと目論んだ。クイーンフィッシュは46日間の行動を終えてグアムのアプラ港に帰投した。出迎えたロックウッド中将はラフリン中佐に艦長の職を解き軍法会議にかけられることを告げた。ラフリン中佐は3つの罪で告訴され、命令に対する不注意ということで有罪判決を受けた。戦後、阿波丸は協定に反して軍需品を積載していたことが確認された。ラフリン中佐はその後将官まで昇進し、ラフリン中佐の後任の艦長には艦長心得として乗艦していたフランク・N・シェーマー（アナポリス1937年組）が就任した。