その男は、孫達の乳母が日本人で、私たちと一緒にいることを知っていました
彼は、私に言いました
『ばば様、お前さまもつらいだろうが、日本人のうばさんに今すぐ出てってもらった方がいい』　そして、彼女の方を向くと、言いました
『さあ、出て行きな』　すがり付くすべもなく、彼女は外に出ました
そして、裏庭から通りへ、突き出されました
彼女はそこで殺されました」I.I.ミハイリク（会計係）「日本人居留民は、日本軍の攻撃には参画していなかった
これは、知っているパルチザンから聞いたのだが、他にも彼らが逮捕した日本人についても話してくれた
例えば、床屋の森とパン屋の百合野は、寝ていたベッドから裸のまま連行された
森は、『何故、私たちを殺すのか？　私たちは敵じゃない
ロシア人市民がそうであるように、もう長い間、あなた達と一緒に暮らしているし、一緒に仕事もしている』と言って、何とか助けてくれと懇願した
しかし、何の効果もなく、彼らは殺された
女、子供でさえも殺された
私は、腕に子供を抱えた女性達が、通りを連れて行かれるのを目撃した、彼女たちは、足を取られては、雪の上で転んでいた
そのたびに、早く立て、と銃尾で小突かれていた
彼女たちは、民兵隊の営舎に連行されて行った」
パルチザンによる日本居留民の虐殺について、『西伯利出兵史要』は、次のように述べている。「敵は、わが軍の攻撃を撃退するや、直ちに市内の日本居留門を襲ってその全部を虐殺し、その家産を奪った。屈強の男だけというならまだしもの事、なんら抵抗力なき老若婦女もことごとく虐殺せられたのである。はなはだしきに至っては、小児なぞ投げ殺されたものもあるとの事で、その残忍凶悪ほとんど類を見ないのである。かくて彼らの魔手をのがれ幸に兵営に遁るるを得たものは400有余名の居留民中わずかに13名にすぎないのである」これに対して原暉之は、「たしかに三月の戦闘時点で尼港日本人居留民の一部が略奪されたり殺されたりしたことは否定できない」としながら、全体としては、軍隊と行動をともにしての戦死と敗戦の過程での集団自決が多かったのではないか、と憶測する。原が、その根拠としているのは、主に以下の三点である。まず、現地入りした外務省の花岡止朗書記官の、6月22日付け内田外相宛報告に、「当地居留民ハ今春3月12日事件ノ際領事及軍隊ト行動ヲ共ニシ大部分戦死」と書かれていること。次に、救援隊の多門大佐が、ニコラエフスクを脱出してサハリンに現れたアメリカ人毛皮商人から、「脱出するとき、知り合いの日本人を誘ったが断られた。日本人はみな一団となって日本軍とともに抵抗する決心をして、知り合いの日本人も島田商店に立てこもった。憲兵隊の宿営も全焼したが、居留民も兵士と共に火中に身を投じた」というような話を聞き、5月6日付で参謀本部に報告していること。最後は、領事館の二人の海軍大佐が自決したともいわれ、また石田領事が妻子を道連れに自決したのではないかと推測されること、である。原暉之が理解を見せるソ連側言い分の基本には、日本軍決起の要因と同じく、トリャピーツィンとニーナ・レベデワ連名の宣伝電文がある。「日本軍の主力部隊は、日本領事館、兵舎、守衛隊本部に集結された。さらに、本隊から切り離されてしまった兵士達は、日本人が居住していた全ての家屋で籠城した。日本人居留民の全員が武装し、攻撃に参加していた」と、彼らは各地に打電していたのである。トリャピーツィンとニーナ・レベデワは、仲間割れによって処刑されるが、そのときの人民裁判の罪状に、日本人居留民の虐殺は含まれていない。
ナイマン族の君主イナンチュ・ビルゲ・ブク・カンの死後、その2子タイ・ブカとその弟ブイルクは父の愛妾を取り合って不和となり、部族を分裂させた。タイ・ブカは父の帳殿と平原地方を保持し、弟のブイルクは自分とのつながりの深い数部族を率いて、アルタイ山脈に近い、キジル・バシュの山地に退いた。タイ・ブカは金朝の皇帝から貰った「タイ・ワン（大王）」という称号を帯びていたが、モンゴル人がこれを「タヤン」と発音したので、「タヤン・カン（太陽汗）」と呼ばれた。タヤン・カンはモンゴル族の首長テムジン（後のチンギス・カン）の隆々たる勢力を見て、オングト族の王アラクシュ・テギンへ使節を派遣し、森の王テムジンに対して共闘しようと請うた。しかし、アラクシュ・テギンはこの申し出をテムジンに通報した。1204年春、テムジンはクリルタイ（大集会）を招集してナイマン侵攻を決定し、秋を待ってナイマン領土に侵攻した。タヤン・カンはアルタイ山から出発し、カンガイ山（ハンガイ山脈）の麓にその本陣を置いた。タヤン・カンの軍旗のもとには、メルキト王のトクトア・ベキ、ケレイト首領のアリン・タイシ、オイラト王のクドカ・ベキ、ジャジラト氏の首領ジャムカ、その他ドルベン、タタル、カタキン、サルジウトといった諸部族が集結した。両軍がわずかの距離に接近した時、ナイマン軍は敵の陣営から痩せた馬が出てきたのを見て、モンゴルの騎兵が悪い状態にあると判断し、タヤン・カンは軍をゆっくり背進させ、敵を疲労させようとしたが、将の一人コリ・スベチ(Qori Sübeči)が「先代（イナンチュ・ビルゲ・ブク・カン）は決して自分の背はおろか、馬の尻も敵に見せたことはなかった」と諫言したため、その計画をとりやめた。対陣中、ジャジラト氏族のジャムカはモンゴル軍の隊列をみて「敵は今、かつてないほど良好な状態にある」と言い、戦場から離れてしまう。同じ日、両軍はやや広々とした渓谷において戦闘を開始し、日の沈むころになってナイマン軍は遂に逃走し始めた。タヤン・カンは全身に負傷を受けて、ある高地の上に退却した。彼の重臣たちは彼を鼓舞しようと努め、コリ・スベチは彼の妻妾たち、特に寵姫グルベスが盛装して待っていると叫んだが、その効果はなく、出血のため衰弱したタヤン・カンは地上に倒れたまま動かなかった。その後、降伏を拒んだコリ・スベチらは玉砕を決意し、モンゴル軍に突入してことごとく戦死した。