本作では基本的にはリアルタイム制で進行し、戦争時のみターン制となる。プレイヤーが選んだ好漢が放浪中の場合はまずは要塞を構える必要がある。放浪中は「地域移動」と「旗揚げ」しか選択できず、仲間を集めつつ要塞を構えるのに適した場所を探すこととなる。前作と異なり既に勢力の存在する場所では旗揚げはできない。要塞を構えたらまずは周りに施設を建設したり配下を登用したりして、要塞を発展させる必要がある。最初は食糧確保のため「田畑」や「漁場」を作っていくこととなる。さらに施設は建てるだけではなく、その施設で配下を働かせる必要もある。後述のように職業により施設建設の可否や働かせる際の適性が異なる。住民が増え、要塞が賑わってくると、その証として「民家」が増えてくる。すると次第に「人気」も上がっていくこととなる。また並行して軍備を整え、他勢力を攻める準備も行う必要がある。要塞の人口が増えたり、猛獣退治を行ったり、戦争に勝利したりすることで「人気」を上げていき、1000に達すると討伐の勅令が降りることとなる。
1871年（明治4年）に廃藩置県が実施され陸軍が置かれ大阪鎮台の管轄下になった。さらに1873年（明治6年）の廃城令によって日本の城の多くがもはや不要であるとして破却された。姫路城は競売に付され、城下の米田町に住む金物商の神戸清次郎（かんべ せいじろう）が23円50銭（現在の貨幣価値に換算して約十万円）で落札した。落札の際、酒井忠邦城主より東屋敷庭前に据え置かれた芥田匠作の雪見灯籠を購得し、これを1892年（明治25年）に歩兵第10連隊本部へ寄贈した際に「撮歴縁起」書と銀杯を拝受した。陸軍省と協力して城の永久保存をするために落札したという説と、城の古鉄または瓦を売るのが目的であったという説の2つがあるが、後者の説では、瓦を一般家屋に転用するには城の瓦は大きく重いことや解体費用が掛かりすぎるとの理由で結局そのままにされ、権利も消失した。その後1927年（昭和2年）5月末、その息子である神戸清吉が、姫路城の所有権を主張して訴訟を起こそうとしたと報じた新聞があったが、別の新聞が後日取材したところでは提訴する意思がないことを述べており、また同記事で1874年（明治7年）に買い受けた後に陸軍省に買い上げてもらったとしている。城跡は陣地として好適な場所であったことから陸軍の部隊は城跡に配置される例が多く、姫路城でも1874年（明治7年）に三の丸を中心に歩兵第10連隊が設置され、この際本城などの三の丸の建物や武蔵野御殿、向屋敷などの数多くの建物が取り壊された。さらに1882年（明治15年）には失火で備前丸を焼失した。1896年（明治29年）には姫路城南西に歩兵第39連隊が設置された。この頃の建物は第10師団兵器庫（1905年（明治38年）-1913年（大正2年）。現在の市立美術館）、第10師団師団長官舎（1924年（大正13年）。現在の淳心会本部）、旧逓信省姫路電信局（1930年（昭和5年）。後のNTT西日本兵庫支店姫路2号館、現在の姫路モノリス）などが残っている。中曲輪南東部（射楯兵主神社周辺）には第8旅団司令部や偕行社が置かれた。1873年（明治6年）から1876年（明治9年）にかけて東部外堀の東半分が埋め立てられ、生野銀山と飾磨津を結ぶ生野鉱山寮馬車道が整備された。一方で、明治時代初頭の大変革が一段落付いた1877年（明治10年）頃には、日本の城郭を保存しようという動きが見られるようになった。この頃の姫路城は、屋根は傾いて草が生え、壁や石垣は崩れたまま放置されているような状態だった。明治10年12月、陸軍少佐の飛鳥井雅古（飛鳥井家）が陸軍中将の西郷従道に宛てて「姫路城天守修繕之義ニ付伺」を提出し承認されている。また、陸軍において建築・修繕を担当していた中村重遠工兵大佐は、1878年（明治11年）に陸軍卿山縣有朋に名古屋城および姫路城の保存を太政官に上申するよう願い出て、ようやく姫路城の修復は第一歩を踏み出した。姫路城の菱の門内側には中村大佐の顕彰碑が残る。1879年（明治12年）に行われた大天守の地階を補強支柱工事の文書が残っている。だが、肝心の予算はなかなか下りず、陸軍の予算からどうにか捻出された保存費は要求額の半分にも満たないものであった。これによってどうにか応急的な修理を施したもののなおも腐朽は進む一方であり、1908年（明治41年）には市民による白鷺城保存期成同盟の結成や城下各地の有志達の衆議院への陳情によってようやく1910年（明治43年）、国費9万3千円が支給されて「明治の大修理」が行われた。工事は1910年（明治43年）7月10日から1911年（明治44年）7月15日に行われ、修理個所は、大天守・東小天守・西小天守・乾小天守・はの渡櫓・ろの渡櫓・いの渡櫓・にの渡櫓・台所・水の四門・水の五門・水の六門が対象となった。