1987年（昭和62年）、国鉄の分割・民営化により国鉄豊橋駅の旅客営業はJR東海に、貨物営業はJR貨物に継承された。豊橋駅のJR発足後の大きな事業として、駅ビルの再度の改築がある。JR東海は会社発足当時から、1970年の建築から20数年を経て陳腐化した駅ビルのリニューアルを計画していた。豊橋市側でも東西自由通路を整備し駅周辺の活性化を図る計画があり、1990年（平成2年）にJR東海と市は駅ビルリニューアル・自由通路整備等の推進で合意、東西自由通路・橋上駅舎・東口駅前広場の整備と駅ビル増改築からなる「豊橋駅総合開発事業」が進められることになった。1994年（平成6年）に本体工事に着手、市政90周年に合わせた1996年（平成8年）、まず第1段階として自由通路と橋上駅舎が完成。第2段階として1997年（平成9年）までに商業施設とホテルからなる駅ビルが開業した。駅ビルは既存ビルに2層増築して5階建てのビルとし、その線路側に13階建てのホテル棟を新築して延べ床面積を従来の4倍にあたる約40,000m²とした。東口駅前広場の整備は1998年（平成10年）に完成。約5,000m²のペデストリアンデッキが整備され、デッキ下の1階部分にはバス・タクシー・路面電車といった公共交通機関のターミナル機能が集約された。このうち路面電車については軌道が約150m延伸され、駅に直結する形となった。続いて2004年（平成16年）から、東口南側の地域において再開発事業が開始された。駅近くにありながら東海道本線と豊橋鉄道渥美線に挟まれているため低未利用地だった（それまで駐車場として使用されていた）貨物駅・操車場跡地を再開発する事業である。2008年（平成20年）3月に新豊橋駅との乗り換え距離を短縮する南口自由連絡通路が整備され、6月に渥美線新豊橋駅の移設が完成、低未利用地の活用と渥美線との乗り換え利便性向上が達成された。
1953年（昭和28年）、東海道本線の電化区間が豊橋駅を経て名古屋駅まで到達した。これにあわせて東京駅と大阪駅を結ぶ特急「はと」が豊橋駅への停車を開始した。一方名鉄は1948年（昭和23年）、名岐線と豊橋線を一体化して豊橋駅と新岐阜駅（岐阜県岐阜市、現・名鉄岐阜駅）を結ぶ「名古屋本線」と改称した。伴って豊橋と岐阜を結ぶ直通列車の運転が開始。1964年（昭和39年）10月1日、東海道新幹線が東京駅から新大阪駅まで開通。このとき、豊橋駅にも新幹線の駅が新設された。新幹線駅が建設された豊橋駅西口は鉄筋コンクリート造2階建ての橋上駅舎に改築された。その後新幹線の開通と東三河地域の工業開発により乗降客数のさらなる増加が見込まれ、駅舎の改築が開始。改築に先立ち、初代民衆駅2階にあった「豊栄百貨店」は1968年（昭和43年）に駅東口に新ビルを建て地下1階・地上7階建ての「シャルマン豊栄」として移転した。しかし2年後に火災が発生、営業を休止している。1970年（昭和45年）、完成された新駅舎は、地下1階・地上3階建て、鉄筋コンクリート造の駅ビルとして開業した。駅ビル「豊橋ステーションビル」は100余りの店舗が入居する商業施設を兼ねており、運営会社として豊橋市も出資する豊橋ステーションビル株式会社が設立された。また、駅ビル建設と平行して市は駅前の整備にも着手。駅前の混雑解消と歩行者・車両の分離を図り、1976年（昭和51年）までに東口コンコースと駅前街区などを結ぶ地下道と、西口と東口を結ぶ東西連絡地下道からなる、総延長約700mの地下道を完成させた。
5・16軍事クーデターで政権を奪取した朴正熙は、軍の統制に細かく配慮した。元将軍たちにはたっぷりと生活費を補助して不満を宥めた。予備役将軍は大使、国営企業長などに天下りさせた。退役した将校らを行政府、国営企業などに配置した。若手将校に対しては4年制の正規陸軍士官学校を卒業した第11期生のうち、嶺南出身の全斗煥、盧泰愚などに特に目をかけ、腹心に育てた。全斗煥は、朴正熙大統領の黙認のもと、陸士卒業生のうち主として嶺南出身の優秀な将校を糾合して私組織「ハナフェ」を結成した。ハナフェは朴政権の軍部内親衛グループとなる。ハナフェ・メンバーは互いに気脈を通じて首都警備司令部、保安司令部、特戦司令部、大統領警護室、西部戦線の各師団など要職を仲間同士でたらい回しした。1973年の尹必鏞事件で尹将軍と近かったハナフェ・メンバーは退役処分となり、ハナフェ内の全斗煥の地位が高まった。1979年10月26日に朴正熙大統領が暗殺され、同年12月6日に崔圭夏が大統領に選出されると、同年12月12日晩に全斗煥を中心としたハナフェは粛軍クーデターを決行した。粛軍クーデター後、軍首脳はハナフェで固められた。全斗煥は、朴正熙による1961年のクーデターのシナリオそっくりになぞり、まずお手盛りで9か月の間に中将、大将と2階級昇進した。次に1980年5月17日、学生デモを口実に非常戒厳令を拡大し、これに抵抗する光州市民の民主化決起を武力で鎮圧した（光州事件）。更にリーダーである全斗煥は1980年8月27日に第11代大統領に就任した。全斗煥は、大統領後継者に同じくハナフェ・メンバーである盧泰愚を選び、盧泰愚は1987年12月16日の大統領選挙において当選し、翌1988年2月25日に第13代大統領として就任した。盧泰愚は嶺南軍閥の幕引き役となったとされる。1993年2月に大統領に就任した金泳三はクーデターを予防するためにまず軍閥解体に着手し、ハナフェは解体されてメンバーは昇級から外され、姿を消したとされる。