幕末、人吉藩は新宮行蔵らが教える山鹿流兵法が主流だったが、幕府の講武所で世話役を務めていた松本了一郎が洋式兵制を持ち込み、両者の対立が激化した。文久2年（1862年）、城下の火災で武具類が焼失したことを期に松本らが藩の武装を洋式へ切り替えるよう主張したが、藩主・相良頼基は許可しなかった。慶応元年（1865年）、洋式派が頑なな頼基を廃する計画を立てているとの噂が流れ、藩は山鹿流派に松本らを討たせた。これは丑歳騒動と呼ばれ、洋式派に同情が寄せられた。藩は武装の再整備に一部洋式を取り入れたが、慶応3年には次代の趨勢に乗り洋式兵制へ全面的に切り替えた。この際、人吉藩は指導を薩摩藩から受けたが、その影響によって公武合体から倒幕への傾斜が強まっていった。
日本史において一般に近世とは織田信長の上洛を起点とするが、肥後では豊臣秀吉の九州統一をはじまりとしている。天正15年（1587年）3月、大軍を率いた秀吉が九州に入ると、後は文字通り破竹の勢いで南下した。4月11日には肥後南関、16日には隈本城、19日には八代城、26日には水俣城に至った。5月8日には出水で島津義久を、次いで島津義弘・新納忠元を降伏させると踵を返し、6月2日には隈本へ舞い戻った。すると秀吉は肥後の国人52人に本領安堵の書状を発すると同時に、佐々成政に肥後一国を与えた。同7日には小早川隆景に筑前・筑後を、黒田孝高に豊前六郡を与え、九州の国割りを終えると大坂への帰路についた。
これらの都市に代表される交易がもたらしたひとつの結実は、阿蘇氏本拠であった矢部町（現、山都町）の地で発見された。1973年（昭和48年）、県教育委員会は熊本県立矢部高等学校敷地を調査し、建物および庭園跡を発掘した。さらに、黄金の延板、白磁・青磁・染付・三彩・緑釉等の陶磁器などが出土した。これらのほとんどは輸入品であり、この遺跡が阿蘇氏本拠の「浜の館」であったと同定されている。出土品21点は「肥後阿蘇氏浜御所跡出土品」として国の重要文化財に指定されている。
阿蘇氏の内部紛争である馬門原の戦い（別名、幕の平合戦　場所：山都町杉木付近）に菊池重朝が介入して破れてから、菊池氏の支配域減少と指導性低下は顕著だった。家督を継いだ重朝の子・能運は直臣の反抗に遭い、文亀元年（1501年）島原に亡命、一族は合議の末宇土為光を守護に据えた。2年後能運は阿蘇氏や相良氏らと連携し、天草氏らの支援も取り付けて隈府奪回に成功したが、戦傷が元で翌年死去した。能運には子がおらず、相続争いが勃発した。その後、阿蘇氏は矢部を拠点に勢力を拡大。隆盛を極めていく。
日本の戦国時代は明応の政変（1493年）あるいは応仁の乱（1467年）を始期とするが、肥後国では菊池能運が死去した永正元年（1504年）に始まるとされる。
菊池氏は、その初代・菊池則隆が、刀伊の入寇において大宰権帥藤原隆家の配下で活躍した藤原系の郎党・政則（蔵規）を父に持つとされる。当時、九州の有力豪族は権威を保持拡大するために大宰府との接触を持ったが、菊池氏もこの例に則していた。ただし、太宰小弐・対馬守に任命された政則に対し、則隆やその子・政隆（西郷太郎）は郡司家系列の「肥後国住人」ともされていた事から、両者には必ずしも血筋の繋がりあったとは限らず、本来は主従関係にあったともする考えもある。
平安時代後期、日本各地で武士が勃興し勢力を確立してゆく。これは肥後国においても同様に見られ、有力な武士団が形成された。しかし、いずれも肥後一国を支配下に置く「一国棟梁」に至った者は生まれず、これは豊臣秀吉の登場を待たなければならなかった。肥後を代表する武士団は菊池・阿蘇の両氏であり、緑川流域の木原氏や諸島部の天草氏、人吉や球磨川流域に拠した関東下向系の相良氏、戦国時代に名を馳せた隈部氏なども知られている。肥後に限らず九州の武士は府官すなわち大宰府に所属する仕官を源流とするものが多く、刀伊の入寇時に戦いに当たった諸氏の記録に名が見られる。
アニメ版、ドラマ版で人気を呼んだ『アダムス・ファミリー』の初の映画化である。監督には本作がデビュー作であるバリー・ソネンフェルドが抜擢された。巨額の制作費が投じられ、当時最新のCG技術や早回しが使われ、箱から飛び出して活発に動き回るハンドや、一家のアクロバットシーンなど描かれている。当時のアメコミ界は「リアルな世界観」に移行する時期にあたっており、本作もその影響下にある。全編がゴシック様式で描かれ、アダムス家の内部をはじめ地下の大空間、墓地、舞踏会場等、現実とフィクションの間を狙ったような画面作りが特徴。またキャスティングに難行したが最終的に、ゴメス役に『蜘蛛女のキス』でゴールデングローブ賞のノミネートを受けたラウル・ジュリアがキャスティングされ、本作のファンであると公言してたクリストファー・ロイドがフェスター役に、ハード・ウェイで注目を集めたクリスティーナ・リッチがウェンズデー役にキャスティングされた。また本編にはドラマ版で登場したゲストキャラクター達がパーティシーンで大量に登場する。