2010年（平成22年）におこった口蹄疫の問題に関して宮崎県の検証委員会は2011年（平成23年）1月18日に、複数の牛に発熱やよだれや潰瘍などの症状を確認したが県が聞き取り調査を実施するまで通報しなかった、獣医師がすべきところを一般従業員による家畜への投薬が日常的におこなわれていたという家畜伝染病予防法に違反している不適切な対応があったとして指導を行う方針を固め、2011年（平成23年）3月3日に、症状の通報が遅れたなどとして文書で厳重注意し、3月17日までに改善計画を提出するよう指導している。これに対して安愚楽牧場は「真摯に受け止め、改善策をさらに進めたい」とコメントした。2010年（平成22年）4月24日に異常を家畜保健衛生所へ通報し、宮崎県で7例目扱いになって牛725頭が殺処分された川南町の安愚楽牧場・児湯牧場に対し、宮崎県の検証委は、通報前の4月8日には食欲不振の牛が確認されていたことや、通報した際、既に半数程度の牛が発症していたことを指摘し、「農場は4月9日以降に感染がまん延状態になった」と述べ、安愚楽牧場が口蹄疫感染の初発になった可能性にも言及している。これについて地元紙は、『川南町の安愚楽牧場・児湯牧場が、都農町の第1例発表である2010年（平成22年）4月21日の約2週間前である4月はじめ、口蹄疫の疑いのある牛を発見したにもかかわらず約1ヶ月間も事実を隠ぺいしており、700頭の牛のうち多くが同じような症状になったこと』『上層部が、4月10日頃に「胃腸薬でも飲ませておけ」と約200頭分の胃腸薬を注文し牛に飲ませ、その後、今度は口蹄疫に利くかもしれないとペニシリン系の薬を大量発注して牛に接種し、さらには都農町の第一種感染の一報の後、胃腸薬とペニシリン系の薬を大量発注した領収書がなくなっていたこと』『当時、都農町で発生した口蹄疫感染牛の一報が伝わっていた4月20日に、そのうちの一頭が死亡し、上層部が21日に死体をトラックに載せ西都市の自社牧場へ移動させ、牛を西都市で死んだことにして業者に引き取らせようと画策し、同時にコンピュータ内のデータを4月16日死亡と改ざんしたこと』『口蹄疫の死体は家畜防疫員の許可を受けなければ、他の場所に移し、損傷し、解体してはならないという家畜伝染病予防法の禁止事項があるにもかかわらず、4月18日頃、川南町の第7牧場から口蹄疫感染の疑いのある牛5頭を10tトラックに載せ、えびの市の預託農家に向かい、そこでさらに10頭を載せて県外へ出荷しており、その10日後にあたる4月28日、えびの市の安愚楽牧場の預託農家から感染牛が出ているが、牛の潜伏期である6日～7日から計算して、ほぼ一致することから、これも安愚楽牧場が原因だった可能性があると関係者が証言していること』『えびの市で感染牛が発見された当時、えびの市は搬出制限の区域外にあったが、えびの市で感染牛が出たのは全て安愚楽牧場の預託農家であり、これについて農林水産省が「移動規制を敷く以前に牛の移動があったのが感染原因では」と述べたこと』などを報道しており、口蹄疫が発生したとき別の安愚楽牧場の農場にいた元従業員の男性も「当時の経営はかなりずさんだった」「上司は口蹄疫が疑われる症状を見つけても隠そうとしていた。投薬もやっていいと会社から言われていたので、疑問を持たず当たり前にやっていた」と述べている。
最初の共同体は、1841年にトゥアラティン渓谷に到着したデヴィッド・ヒル、アイザイア・ケルシー、リチャード・ウィリアムズらによって設立され、翌1842年に更に6人の開拓者が到着した。当初、この地域はイースト・トゥアラティン・プレーンズやコロンビアという名称で通っていたが、ヒルがワシントン郡に土地請求の一部を売却した1850年に、ヒルへの敬意を表して「ヒルズボロ」（Hillsborough）と命名された。1850年2月5日、オレゴン準州議会の選任委員によって郡庁所在地に制定された。街区となる土地の売却の後、200ドルがヒルに支払われるはずだったが、彼は売却の直後に死亡してしまい、寡婦のルシンダがその金を受け取った。その後、町名の綴りがヒルズボロ（Hillsboro）に簡略化された。1853年、ヒルズボロで最初の学校を開くため丸太小屋が建造され、1954年に開校された。早くも1867年には川船が交通機関として運航され、外輪船ヤムヒルがトゥアラティン川で稼動した。1871年、オレゴン＝カリフォルニア鉄道がこの地域まで延びたが、ヒルズボロが鉄道連絡の引き換えに鉄道会社に土地を譲らなかったため、鉄道はヒルズボロの町のすぐ南に敷かれた。ヒルズボロは1876年に法人化された。1876年12月8日に初代市長としてA・ルーリングが就任し、1年間の任期を務めた。後の著名なヒルズボロ市長に、下院議員のトーマス・H・タン（1882年、1886年）、上院議員のウィリアム・D・ヘア（1885年）がいる。1908年9月30日、オレゴン電気鉄道がヒルズボロとポートランドを都市間送電線で接続した。1923年、市は憲章を刷新し、市支配人型（council-manager form）の議会形態を採用、これにより、6人から構成される市議会と非常勤の市長が主要な行政を行い、日常的な都市経営を市支配人が執行するようになった。1852年、郡議会を収めるために煉瓦造りの建築物が建造され、1873年には新たに煉瓦造りの郡庁舎が建造された。1891年、郡庁舎は改築され時計台が増築された。1912年には郡庁舎に別館が付設された。1928年、新たに後継となる郡庁舎が建築された。1928年に建築されたこの郡庁舎の最後の大きな改築は1972年に行われ、ジャスティス・サービス・ビルディングが竣工し、既設の建物に組み込まれた。ヒルズボロの最初の消防署は、1880年に評議員会（現在の市議会）によって設立された梯子車の会社だった。市は1911年に初めて下水道を敷設したが、その後に下水処理場が初めて追加されたのは1936年になってからである。1913年、最初の水道システムが敷かれた。1914年12月、カーネギー市立図書館が同市で最初の図書館として開館した。1921年から1952年まで、世界に2番目に高いラジオ放送等がヒルズボロ市の南側に建っていたが、1952年に撤去された。1972年、ヒルズボロ市議会は戸別勧誘を禁止する条例を可決したが、1988年、オレゴン州最高裁判所によって違憲であるという判決を受けた。同裁判所は、多くのオレゴン州法のテストケースとして認められたある事件において、ヒルズボロの戸別勧誘禁止条例をあまりにも広義的すぎると判断した。1980年、インテルの最初の工場の建築工事がヒルズボロで始まった。インテルのジョンズ・ファーム・キャンパスが空港の隣に完成し、それに続いてホーソン・ファーム・キャンパス、最後に1994年にロンラー・エーカー・キャンパスが完成した。1998年、トライメットはMAXライトレールをヒルズボロまで延長させた。2005年、新しい市役所が竣工した。