1946年10月16日に入った深夜に死刑囚10人（自殺したゲーリング除く）の死刑が執行された。ザイス＝インクヴァルトは死刑囚の中で最後に処刑された人物であった。最期の言葉は「この刑執行が、第二次世界大戦の悲劇の最終章であること、そしてこの大戦の教訓がこれから引き出されるよう、諸国民の平和と理解が成就せんことを希望します。私はドイツを信じます」自殺したゲーリングを含めてカルテンブルンナーら11人の遺体は、アメリカ軍のカメラマンによって撮影された。撮影後、木箱に入れられ、アメリカ軍の軍用トラックでミュンヘン郊外の墓地の火葬場へ運ばれ、そこで焼かれた。遺骨はイーザル川の支流コンヴェンツ川に流された。彼の下でオランダのファシズム政党オランダ国家社会主義運動(NSB)の党首だったアントン・ミュッセルトも、ハーグで銃殺刑に処せられ、オランダ親衛隊及び警察高級指導者を務めたハンス・ラウターもスヘフェニンゲンで銃殺に処せられた。
戦争末期の1945年4月30日に自殺したヒトラーの政治的遺書により、外務大臣に指定された。しかし戦争末期の混乱期の任命であったため、実際に外相の職務を執ったわけではない。大統領に指名されたカール・デーニッツはヒトラーの遺書の閣僚人事を無視し、5月2日にルートヴィヒ・シュヴェリン・フォン・クロージクを首相代行（筆頭閣僚）とする臨時政府（フレンスブルク政府）を発足させ、フォン・クロージクに外相を兼務させている。ただザイス＝インクヴァルトはデーニッツと会合を持ち、ドイツ軍の焦土作戦を中止させるためにデーニッツから5月8日までオランダ国家弁務官に在任することを認められた。その直後にドイツは連合国に降伏し、Uボートで国外に逃亡しようとしたがカナダ軍に拿捕された。
1939年9月1日、ドイツ軍のポーランド侵攻によって第二次世界大戦が開戦した。ポーランドを占領したドイツは占領地の統治機構としてポーランド総督府を設置した。ザイス＝インクヴァルトは、1939年10月12日にポーランド総督府副総督(Vertreter des Generalgouverneurs)に任じられた。総督ハンス・フランクのもとでポーランドのユダヤ人をゲットーに移送する政策に関与していた。
ザイス＝インクヴァルトは、そのままオーストリア首相職に代わってオストマルク州国家代理官に就任し、1939年4月30日までこの地位に留まっている。1938年3月15日にはハインリヒ・ヒムラーより名誉隊員として親衛隊に迎え入れられ、親衛隊中将位を与えられた。1941年4月20日に親衛隊大将に昇進している。ドイツに併合された後、ザイス＝インクヴァルトは早速オーストリアのユダヤ富裕層から財産没収を開始した。ユダヤ系国際財閥ロスチャイルド家・ウィーン分家当主ルイ・ナタニエル・フォン・ロートシルト男爵もこの際に警察に逮捕された。ゲシュタポは保釈金としてオーストリア・ロスチャイルド家が所有する全ての財産と土地を要求し、ルイはこれに応じた。当時「史上最高額の身代金」と呼ばれた。保釈後ルイはアメリカへ亡命し、戦後もウィーンに戻らなかった。そのためザーロモン・マイアー・フォン・ロートシルト以来のウィーン・ロスチャイルド家はこれをもって滅びてしまった。1938年10月4日から5日にかけて党ウィーン大管区指導者ヨーゼフ・ビュルケルと連携してウィーンで地域的な反ユダヤ主義暴動を組織した。この暴動で2000人のユダヤ人が警察に逮捕された。ユダヤ人にもはやオーストリアに自分の居場所はないことを悟らせ、彼らの国外退去を促すのが目的だった。オストマルク州国家代理官を退任した後の1939年5月からはヒトラー内閣に無任所相として入閣している。
6世紀の仏教伝来以来、日本では神道と仏教は、併存と対立を繰り返してきたが、大化の改新以後は平和的な併存に定まった。平安時代に天台・真言の二宗が確立すると、神仏は単なる併存でなく、混ざり合う神仏習合が始まった。神道は「古道」とも称され、仏教やキリスト教のように戒律や教義を説く教典がなく、素朴な精霊信仰の形態を維持し続けている数少ない宗教のひとつであり、「神道神学」が形成されにくいものであった。このため、神仏習合は、結果的にはその教理面では仏教理論によって古来の神々を説明するような事態になっていった（→寺社縁起譚、中世神話の成立）。江戸時代に賀茂真淵は『国意考』などで古道の存在を訴え、その薫陶を得た本居宣長は大著『古事記伝』を完成し、その巻1にある「直毘霊（なおびのみたま）」で、記紀からみいだされた「神の道」を示して、日本固有の神道の復活を目指す復古神道の成立に大いなる貢献をなした。平田篤胤は本居宣長の書に啓発され、古代史を明らかにし、皇道の正当性を天下に示すなど、復古神道の形成に大きな役割を果たした。また、幽冥界・霊魂など、霊界に関わる研究で著名な成果をあげ、法華宗や密教、キリスト教、道教などの他宗教を参照した「平田派国学」を大成させた。この平田派国学の流れから後に、本田親徳、川面凡児その他の、「古神道系」宗教家が多く誕生してくる。その後、明治になると、明治政府に入った平田派国学者らは、神仏分離と神道国教化を推進した。また、同じ明治の本田親徳や、本田の弟子の長沢雄楯、またその系譜に連なる出口王仁三郎らは、人間の心は根源神の分霊である「直霊」（なおひ）が「荒魂」、「和魂」、「奇魂」、「幸魂」の4つの魂を統御するという日本古来の「一霊四魂」説を体系化した。