1545年にドミニコ会によって近くのオコシンゴに教会が建てられた。17世紀の終わりに修道士ハシント・ガリドがはじめてトニナの記録を残した。1808年にルクセンブルク出身のギヨーム・デュペーがトニナを訪れた。1920年代にデンマークのフランス・ブロムとアメリカ合衆国のオリバー・ラ・ファージによる最初の科学的な調査結果が出版された。1972年から1980年まで、フランスのメキシコ考古学調査団が発掘を行った。1978年以降、フアン・ヤデウン率いるメキシコの国立考古学歴史研究所(INAH)によって発掘と修復が行われている。
トニナでは古典期前期の建築の上に古典期後期の建築が建てられているため、今のところ6世紀より前の歴史についてはわからない。687年にパレンケに攻撃されて敗れたが、688年にキニチ・バークナル・チャークが即位すると外征を繰りかえし、東のラカンドン地方にも勢力を伸ばした。パレンケと覇を争い、711年にはパレンケを破ってその王を捕えた。9世紀にはいると他のマヤの都市と同様に衰退したが、辺境に位置していたためか、比較的おそくまで残った。10.4.0.0.0（909年）の長期暦の日付を記した石碑が残るが、これはマヤの長期暦でもっとも遅い日付である。その後も100年ほどは人が住んでいたかもしれない。フアン・ヤデウンはトルテカの特徴を持つ9世紀の墓を発掘し、中央メキシコ人に占領されたという説を述べている。
マヤ遺跡の多くが平地であるのに対し、トニナは急斜面上に7層からなるテラスを設けており、その上に建てられた多数の建物の眺めは壮観である。一番下に大きな神殿と球戯場がある。遺物は数が多く、『マヤ神聖文字碑文集成』には250種類ほどがあるとしているが、現在も発見され続けている。捕虜を描いた多数の像や、祭祀の奉納に使われた円板状のモニュメントなどがある。第5層からは奇怪な彫刻を施した漆喰のフリーズが発見された。2015年、トニナのアクロポリスの下にあるのはそれまで考えられていたような自然の丘ではなく、74メートルの高さを持つ巨大なピラミッドであることがわかったと発表された。
二次発酵を経て、完全な堆肥となった堆肥原料は、トロンメルなどで粗大な異物を除去し、袋詰めにされて製品化される。この工程は、多くが全自動化されている。水分が多い場合は乾燥処理が行われる施設もある。
一次発酵で、ほとんどの易分解性有機物が分解される。二次発酵は、完熟度を高めるための発酵である。この過程を経ることにより、作物の生育障害のない良質な堆肥が出来上がる。堆肥化方法は、一次発酵で使用された攪拌方法の中から選択される。二次発酵では一次発酵よりも反応が小さいため、攪拌の割合や通気量は一次発酵のそれよりも格段に小さくなる。
堆積方式の堆肥施設は、一般的に堆肥舎と呼ばれる。主に家畜糞に使用される。構造は、堆肥原料を雨除けの屋根と隔壁で覆ったという単純な構造である。攪拌にはショベルローダーなどを利用する。堆肥舎型は反応速度が遅いため、堆肥舎の床部分に通気機能を追加した堆肥舎もみられる。また、この方式は悪臭が外に拡散しやすいため、民家などが周りにある場所では適用が難しい。機械的な装置をあまり要しないため、とても安価である。
一次発酵では、堆肥原料中の易分解性有機物を分解することを目的としている。同時に、条件を整えれば、一次発酵中は温度が60℃以上まで上昇することから、堆肥原料中の雑草種子や病原菌の不活性化、水分の蒸発促進を行い衛生的な堆肥化を作ることも、この段階の目的である。アメリカ環境保護庁では、雑草種子や病原菌の不活性化に60℃以上を三日以上維持することが求められている。一次発酵を促すためには、堆肥原料中に酸素を送り込むことが肝要である。そのため、堆肥化施設では攪拌機能や通気機能もしくは両方を備えている。また、一般的に家畜糞には、乾物重量中およそ40％が易分解性有機物が含まれている。
堆肥化とは堆肥を作ることであり、その定義は「生物系廃棄物をあるコントロールされた条件下で、取り扱い易く、貯蔵性良くそして環境に害を及ぼすことなく安全に土壌還元可能な状態まで微生物分解すること」である (Goluke, 1977) 。あるコントロールされた条件下とは、堆肥化を行う微生物にとって有意な環境を人為的に作ることを意味している。また、有機物分解が不完全な状態では肥料として様々な問題を持つ。これらの問題が起こらなくなるまで人為的に分解を進めることが堆肥化である。堆肥化処理施設で行われる分解も、家庭菜園などで行われる堆肥化と基本的には同じ原理である。主に酸素の供給、水分（含水率）の調節が不可欠となる。詳しい堆肥化の原理は、堆肥化の項目を参照。
『河内名所図会』等に見える伝承によれば、推古天皇30年（622年）に聖徳太子が死去した後に出家した三人の侍女、善信（俗名月益、蘇我馬子の娘）・禅蔵（俗名日益、小野妹子の娘）・恵善（俗名玉照、物部守屋の娘）により、聖徳太子廟がある叡福寺の門前にその塔頭として法楽寺の寺号で創建されたといい、聖徳太子作の阿弥陀如来像を本尊として遺髪を納めたと伝わる。以上の縁起から、日本最古の尼寺であるともいう。ただし、『日本書紀』によれば、善信尼は司馬達等の娘、恵善尼は錦織壺の娘で、出家したのは敏達天皇13年（584年）であり、日本最古の尼寺は飛鳥の豊浦寺である。江戸時代初期の寛永16年（1639年）、衰退し荒廃していた寺を蓮誉寿正尼が中興し、名称は西方院と改められた。