『神速のゲノセクト ミュウツー覚醒』では別個体のミュウツーが登場。「覚醒」と称してメガミュウツーYへのメガシンカを行い、ゲノセクト集団の制止・説得に動く。声は特別出演の高島礼子が担当。
劇場版ポケットモンスターは長編だけでも2019年までに22作が公開されたが、そのうちリメイクを含めて3作がタイトルに「ミュウツー」の名を冠している。劇場版のタイトルに新ポケモンの名前が使われるケースは珍しくないが、時期の異なる複数の映画において同じポケモンが繰り返しタイトルの一部になるケースは稀で、この時点でミュウツーの他には短編映画におけるピカチュウくらいしか例が無い。
スマートフォン用アプリ「Pokémon GO」では2017年8月14日に横浜スタジアムにて開催された「ポケモンGOスタジアム」の先行実装を経て、「EXレイド」で解禁された。その後2018年9月からは伝説レイドで一般登場。
初代『ポケモンスタジアム』でのミュウツーはプレイヤーが使えないポケモンだったが、3Dデータは収録されており、図鑑などで閲覧できた。『ポケモンスタジアム2』ではセンターを大きく飾るパッケージポケモンとなった。作中では「ミュウツーを倒せ」という最終ステージがあり、ゲームのラスボスにあたる存在であった。同作のCMにおいては、女性が「やっぱりミュウツーよね」と発言し周囲の子供が唖然とする演出が存在し、攻略本においてはその台詞がキャッチコピーのごとく頻繁に使われた。『ポケモンスタジアム金銀』でも同じように、事実上の最終ボスの一角を担った。同作でのラストバトルにあたる「ライバルをたおせ」では、同作のパッケージを飾るルギア・ホウオウと共に、ミュウツーを含めた3体が相手の手持ちとなっている。
『ポッ拳 POKKÉN TOURNAMENT』ではミュウツーに「黒共鳴石」が侵食した「ダークミュウツー」と、「黒共鳴石」が外れたミュウツーの2体がバトルポケモンとして参戦している。ダークミュウツーは自身のHPを豪快に削りながら相手を攻めるキャラで、共鳴バーストでメガダークミュウツーXに進化する。その共鳴バーストの為に必要な共鳴ゲージ量が最も少ないクラスである事も強み。反面、「ミュウツー」の方はポケモンわざを使うたびに自身の共鳴ゲージを消費する上に、全キャラクターで最も共鳴バーストの為にゲージが必要でダークミュウツーの4倍の量を必要とする。そういったハンデを持つものの、基本性能の高さで闘う強力なポケモンである。
シリーズ第1作目『大乱闘スマッシュブラザーズ』では一切登場していないが、開発段階ではプレイヤーキャラクターの候補として挙がっていた。『大乱闘スマッシュブラザーズDX』では隠しプレイヤーキャラクターとして初登場。声は劇場版などと同じく市村正親が担当しており、劇場版を意識した台詞を喋る。『大乱闘スマッシュブラザーズX』では、不参加ながら観賞用フィギュアの一つとして登場。『大乱闘スマッシュブラザーズ for Nintendo 3DS / Wii U』ではダウンロードコンテンツによる追加キャラクターとして参戦することが2014年10月24日に発表され、2015年4月15日に両機種購入者特典としての無料配信、4月28日からは有料配信がなされている。「最後の切りふだ」は、メガミュウツーYにメガシンカした後に前方に「サイコブレイク」を放つ。声は藤原啓治が担当。『大乱闘スマッシュブラザーズ SPECIAL』にも参戦。エスパーを意識したキャラ設定がなされ、常時「ねんりき」によって浮いていて、よく滑る（アイテムは直接持たずに浮かして所持）。ふんわりとしたモーションで、トリッキーな動きがしやすく、復帰力も高い。が、プリンにも相当する軽さが欠点で、ヘタに動くと場外へ簡単に吹っ飛ばされてしまう。一方で地上での攻撃力は高いものが多く、特に「シャドーボール」は各キャラクターの飛び道具中でも絶大な威力を誇る（同時に牽制にも利用できる）。投げ技の威力が高いのも特徴で、上投げ・後ろ投げで相手を場外へ吹っ飛ばすことも可能。相手を吹き飛ばすまでは時間がかかるが、一度吹き飛ばしてしまえば戦況を有利に持ってゆけるキャラクターである。
ウィン＝エドワーズは1906年、イギリス北部のリーズに生まれる。父カノンはリーズのグラマー・スクールの校長を務めた。幼い頃から父譲りの自然史への興味、特に植物への深い興味を持っていた。ラグビー校を経てオックスフォード大学動物学部へ進学すると、海洋生物へ興味を広げた。大学卒業後、プリマスの海洋生物研究所に仕事を見つけ、甲殻類と魚類の研究を行った。空いた時間にプリマス地方のムクドリの分布を入念に調べ、これが彼にとって鳥類を本格的に調査した初めての経験となった。2年間のプリマス勤務の後、ブリストル大学へ準講師として在籍するが、わずか数ヶ月後にはモントリオールのマギル大学へ招聘された。マギル大学には1930年から1946年までの16年間在籍した。マギル大学では海洋生物の種の地理的分布（沿岸生、近海生、遠海生生物の分布）と、淡水魚、高山植物、および北部ラブラドール地方の海鳥の研究を行った。また個人的にオオミズナギドリの渡りの追跡調査を行い、この功績によってボストン自然史学会からウォーカー賞を受賞した。高山植物の調査の功績で二度目のウォーカー賞を受賞し、カナダ王立協会の会員に選出された。1946年にイギリスに戻り、アバディーン大学の動物学教授となった。彼はここに退職までの28年間在籍し、動物学部をヨーロッパ有数の大きな研究機関へと成長させた。またフィールドワークに関する広い経験が買われ、政府系機関で後にイギリスの環境調査の中心的団体となる自然環境調査委員会の委員長を務めた。退職前の数年間はアバディーン大学の副学長を務めている。1974年のアバディーン大学退職後も近郊に住み、野鳥研究などを行った。1997年にアバディーンで死去し、同地に葬られた。享年80。息子ヒュー・ウィン＝エドワーズは地理学者。孫娘のキャサリン・E・ウィン＝エドワーズは動物行動学者でげっ歯類などの社会行動を研究している。