1992年2月、ゼネラルプロダクツはワンダーフェスティバルの権利を海洋堂に委譲しガイナックスと合併した。同年9月には村濱章司、前田真宏、山口宏、樋口真嗣らが退社し、GONZOを設立した。岡田もこの年に代表取締役を辞任して退社し、澤村武伺が後任の代表取締役となった。1990年4月放映開始のテレビアニメ『ふしぎの海のナディア』（グループ・タック・世映動画共同制作）は、アニメ雑誌の表紙や巻頭特集を度々飾り、人気投票でも1位を取って同年最大の話題作となった。翌1991年発表のOVA『1982おたくのビデオ』『1985続・おたくのビデオ』は、1970年代末から1980年代前半のアニメブームを背景として活躍したDAICON FILM時代のガイナックスメンバー自身をセルフパロディした。1992年の岡田退社以降、『王立宇宙軍』の続編をうたって山賀が中心となって企画された『蒼きウル』は制作作業序盤で中断を余儀なくされ、未完に終わったが、1995年10月放映開始のテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（竜の子プロダクション共同制作）は、アニメーションの枠を乗り越えて社会現象を巻き起こし、ガイナックスは一躍脚光を浴びた。1999年、所得隠しにより5億8000万円を脱税したとして東京国税局がガイナックスと代表取締役の澤村を告発。澤村は2000年に代表取締役を辞任し退社した。
1989年からパソコン向けコンピュータゲーム制作にも乗り出し、パソコン雑誌『I/O』編集部の柏原康雄を迎え入れた。『電脳学園』シリーズ、『バトルスキンパニック』などを制作。赤井が監督とキャラクターデザインを担当した1991年の『プリンセスメーカー』シリーズは、育成シミュレーションゲームジャンルの先駆けとして大ヒットし、赤井は人気クリエイターの仲間入りを果たした。
自身の不倫問題発覚で1984年秋に上京した岡田斗司夫と、ゼネラルプロダクツおよびDAICON FILMメンバー、テレビアニメ『レンズマン』プロデューサーの井上博明によって同年12月24日、『王立宇宙軍』の制作スタジオとしてガイナックスを設立。約4分の『王立宇宙軍』パイロットフィルムを制作し、1985年4月に完成した。岡田はこのパイロットフィルムと企画書を、DAICON FILM時代に自主製作特撮映画販売でつながりのあったバンダイに持ち込んで出資を取り付け、劇場用映画『王立宇宙軍 オネアミスの翼』として制作。1987年3月に公開した。ガイナックスは『王立宇宙軍』が完成すると同時に解散する予定であったが、同作品の制作費が過大で予算超過分が同社の負債となったため、経営を継続。OVA作品『トップをねらえ!』を制作し好評だったが、同作品も制作費が過大となって負債がさらに拡大。他社の下請けや孫請けも手がけ、経営を続けざるを得なくなった。1989年から1990年にかけては、池沢さとしが「週刊プレイボーイ」に連載した漫画『ビートショット!!』『サーキットの狼II モデナの剣』をOVAで制作。また『サイレントメビウス』のゲーム化も行った。
1981年の日本SF大会「DAICON 3」のオープニングアニメーションに関わり、大阪府門真市の海洋堂の常連でもあった岡田斗司夫、武田康廣、赤井孝美、山賀博之、庵野秀明、村濱章司ら関西の学生は、その後も「DAICON FILM」として映像制作を行った。このうち、DAICON 3後に大学を中退した岡田と武田は1982年2月、大阪市天王寺区にSFグッズショップ「ゼネラルプロダクツ」を開業した。ゼネラルプロダクツはDAICON FILMと密接な関係を持ちながら活動。経営が軌道に乗ったところで岡田に山賀が「プロになる」ことを持ちかけ、ゼネラルプロダクツが岡田と山賀に200万円の活動資金を提供する形を取って1983年9月、OVA向け長編アニメーション『王立宇宙軍』の企画を開始した。
他社が自社作品のイメージを保つ為に18禁同人作品に対して厳しい姿勢を示している中、ガイナックスは自社の一般アニメ作品のキャラクターを使った『電脳学園III トップをねらえ!』『エヴァと愉快な仲間たち 脱衣補完計画!』や現存する社員を扱った『ガイナックス連続殺人事件（エロ）』といった成人向けゲームを自ら制作した。ただし、『エヴァと愉快な仲間たち 脱衣補完計画!』では『ふしぎの海のナディア』のキャラクターは対象外だった。
2014年、『新世紀エヴァンゲリオン』テレビシリーズと旧劇場版の版権が、元取締役で制作を手がけた庵野秀明が経営するアニメーション制作会社カラーに移された。両社はガイナックス時代の庵野作品の商品化について、その売り上げに応じガイナックスがカラーに使用料を払う契約を締結しており、2016年にはガイナックスが滞納した使用料1億円の支払いを求めてカラーが提訴した。2015年、『フリクリFLCL』の版権原作権をプロダクションI.Gに売却した。
鹿児島県出身。伊集院篤の息子として生まれる。1894年（明治27年）11月、海軍兵学校（21期）を卒業し、少尉候補生として「扶桑」に乗り組み日清戦争に従軍。1895年（明治28年）12月に海軍少尉任官。水雷術練習所で学んだ。1899年（明治32年）9月、海軍大尉に昇進し「笠置」分隊長に就任。以後、「大島」航海長、佐世保水雷団水雷艇隊艇長、軍令部出仕、清国南部出張、軍令部第3局局員、大本営海軍参謀などを歴任。南清および満州を偵察。1904年（明治37年）4月、第3艦隊参謀となり日露戦争に出征。1905年（明治38年）1月、海軍少佐に進級。日本海海戦などに参戦した。1905年12月、イギリス駐在に発令された。1908年（明治41年）7月、「朝日」水雷長に就任。その後、南清艦隊参謀、第3艦隊参謀、軍令部参謀を経て、1909年（明治42年）10月、海軍中佐に進級した。同年11月、軍令部参謀兼参謀本部員となり、その後、「朝日」副長、兼海軍砲術学校教官、海軍水雷学校教官、軍令部参謀などを経て、1914年（大正3年）12月、海軍大佐に昇進した。1915年（大正4年）12月、「宗谷」艦長となり、以後、「津軽」艦長、在支那公使館付武官（天津在勤）、軍令部出仕などを歴任し、1919年（大正8年）12月、海軍少将に進み軍令部参謀を兼務した。1920年（大正9年）10月、佐世保防備隊司令に就任。1922年（大正11年）8月、軍令部出仕となり、同年12月、待命となる。1923年（大正12年）3月、予備役に編入された。その後は鹿児島市長を務めた。