登録検査機関は、行政（国及び地方自治体）に代わり、中立かつ公正な立場で、法２５条、法２６条第１項から第３項及び法２８条第４項に基づく検査を行う法人である。申請の受付、審査等の登録に関する事務は、厚生労働省の地方支分部局である地方厚生局において行っている（法第３１条）。手数料の額は、２０万２６００円であり（施行令第１０条）、この他に登録免許税が課せられる。厚生労働大臣は、基準に適合する申請を受けた場合、登録しなければならない（法第３３条）。旧制度（指定検査機関制度）においては、厚生労働大臣は必ず指定を行わなければならないということではなかったが、登録制になり、基準に適合する者であれば、行政の裁量の余地なく登録が可能であるとされる。
食品を輸入するには、輸入の都度、食品等輸入届出書を提出しなければならない（法第27条）。届出先は、輸入手続きを行う税関と同じ検疫所である。ただし、原塩、コプラ、食用油脂の製造に用いる動物性又は植物性原料油脂、粗糖、粗留アルコール、糖みつ、麦芽、ホップは、届出を要しない（規則第32条）。
「総合衛生管理製造過程」も参照HACCPに基づく衛生管理を経て製造又は加工された食品について、厚生労働大臣により承認が与えられる（法第１３条）。承認可能な品目は、法第１１条に基づく製造基準（加工基準）の定められた食品のうち、乳、乳製品、清涼飲料水、食肉製品、魚肉練り製品、容器包装詰加圧加熱殺菌食品に限定されている（施行令第１条）。承認を受けた製造方法（加工方法）については、例えば、殺菌条件等が製造基準（加工基準）を満たさなくても、法律に適合するものとみなされる（法第１３条第６項）。
すべての農薬等に対して、一律基準（0.01ppm）を超えて残留する食品については、原則として販売禁止とする制度である（法第11条第3項）。ただし、個別に残留基準が設定されている場合は、その基準により規制する。なお、『農薬等』には食品中に残留する農薬のほか、残留する動物用医薬品、飼料添加物も含まれる。
厚生労働大臣は、公衆衛生の観点から食品中の残留基準や製造・加工の基準を定めることができる（法第11条）。基準に合わない食品は、販売等してはならない（法同条第2項）。なお、基準設定に際しては、薬事・食品衛生審議会の意見が聴かれ、専門家による議論の結果が反映される。法文中の、食品の成分の『規格』とは、微生物や添加物等のいわゆる残留基準のことであり、『基準』とは、製造方法や保存方法についての基準のことである。両者を合わせて、『規格基準』と称されることが多い。
輸入肉・食肉製品については、輸出国の政府機関によって発行された衛生事項を記載した証明書を添付したものでなければ、輸入ができない（法第9条第2項）。この衛生証明書は、法第27条に基づく輸入届出の際に、検疫所への提出が求められる。証明されるべき内容は、前項と同じ（患畜の肉や食肉製品でないこと）である。なお、アメリカ合衆国、オーストラリア、ニュージーランドからの輸入の場合には、紙の書類ではなく、オンライン（FAINS）による送信が認められている。
疾病にかかり又は異常のある獣畜や家きんの肉・臓器・骨など、へい死した獣畜や家きんの肉・臓器・骨などは、販売等してはならない（法第9条）。家畜伝染病予防法に規定する法定伝染病・届出伝染病など、患畜の肉は一切食用にすることができず、と畜場法・食鳥処理の事業の規制及び食鳥検査に関する法律と併せて、厳格な規制が行われている。獣畜とは牛、馬、豚、めん羊、山羊、水牛をいい、家きんとは鶏、あひる、七面鳥をいう。なお、獣畜が不慮の災害により即死した場合（例えば、トラックや汽車にはねられて即死した場合）において、と畜検査員（獣医師）が人の健康を損なうおそれがなく飲食に適すると認めたときには、販売等することは差し支えない。
2007年2月、「爆笑問題の検索ちゃん」(テレビ朝日)で伊集院光にマンガ『鋼の錬金術師』をしつこく薦め、その事を伊集院がラジオ番組でその態度を「ウザい」と批判し、それを受けネットユーザーの批判がネット上で湧き上がった。2011年2月3日、南海キャンディーズの山里亮太がパーソナリティを務めるラジオ番組『山里亮太の不毛な議論』（TBSラジオ）にて、山里が『リンカーン』（TBS）にて「ある先輩芸人」にいじめを受けていたことを暴露した。実名は伏せての説明であったが、最後に「品川さ…」と言ってしまったため、ネットユーザーの批判がネット上で湧き上がった。これを受けて品川は自身のTwitterで「僕からしたら、『そんなこと言ってねえよ』です。山里がどういうつもりで喋ったのか分かりません」と反論したものの、「にしても、ちょっとTwitterでその手のtweetが多いので、Twitterをやめようと思います」「山里が悪いということではありません。山里と直接話す前にここで知っちゃって、それに対して腹を立てた自分が嫌なだけです」と理由を説明し、同日午後にツイッターのアカウントごと削除する事態に発展した。その後、同月9日に品川は加藤浩次などの口添えで山里と直接面会し、山里から涙ながらの謝罪を受けた。同月10日放送の『山里亮太の不毛な議論』番組冒頭で山里は謝罪をし、品川自身もサプライズゲスト（山里には事前に知らせなかった）として番組に出演した。山里が言われたという品川の言葉について、本人は「覚えていない」として発言の撤回を強要しようとしたが、山里が折れなかったために結局「自分なら言いそう」と半ば認め、「俺としては、愛情表現。それが俺の場合は愛情表現が下手くそって言う」と釈明した。品川は同日夜に、山里の発言後からラジオ出演に至るまでの詳細な経緯や所感を自身のブログで説明した。