汚物が放つ悪臭が遮るもの無く便所に立ち込めてしまう。また常に汚物を人家の近くに貯留するため、蛆・ハエの発生源になるなど衛生上の問題がある。従前は未使用時には便器にカバーをかぶせ、悪臭が便所内にこもらないようにすることが多かったが、近年では簡易水洗の普及により悪臭が個室内にこもらないようにすることができるようになり、また汚物と生活空間を分離することができ、衛生面で向上した。東京や大阪などの大都市以外の下水道が発達していない地区で、1970年代あたりまで多く使われていたが、人糞の肥料としての価値（下肥）の低下と、公衆衛生上の問題、さらに下水道の整備や、浄化槽の設置により、地方でも減少している。かつての汲み取り式便所では、大便が落下したときに飛沫が跳ね返ってくることもあった。これが俗に「お釣りがくる」と言われる状態である。これは便槽として使用されていた甕と便器の間に十分な空間が確保されていなかったことと、防水が不十分であったため雨天時に雨水が便槽内に混入してしまっていた事が原因とされる。台風や河川氾濫による洪水で家屋に浸水が発生した場合、汲み取り式便所に大量の水が流れ込んであふれ、汚物が街に流出するケースもある。1959年の伊勢湾台風による洪水発生地域では、し尿があふれ出して混入した水が長期間引かず、著しい不衛生状態となり病気が蔓延した。無論、下水道であっても、処理能力を超える洪水が発生した場合は類似のケースも考えられるが、汲み取り式便所のほうが深刻な被害となる。
便所の床下の腰壁に汲み取り口は設けられ、「けんどん」の木製の、のちに鉄製の蓋が付けられた。改良便所では、便槽の上面に地面とすれすれに設け、これに蓋をした。外部からガなどが侵入することもあり、また蓋のすき間から寒風の吹き入れなどの欠点もあり、その大きさは人体が通り得ないものがよく、蓋は密閉し得るものがよいとされた。
また、便槽に貯留された汚物は、定期的に便槽から取り出す必要がある。古くは柄の長い柄杓を用いて汚物を汲み取り、農業の肥料として使用された。「汲み取り式」と呼ばれる所以である。戦後はバキュームカーで回収するのが一般的となり、1本=36ℓとして料金が課せられる。
蛆などの害虫や悪臭を防ぐために便槽に殺虫剤や消臭剤を投入することがある。古くは蛆殺しとしてハエドクソウやレンゲツツジ、ハナヒリノキ等の植物や樟脳油が用いられたが、後にクレゾールやオルトジクロロベンゼン、有機リン系を成分にした殺蛆剤が使われるようになった。
厚生省式改良便所を参考に、便槽と便器の間にU字管（トラップ）を設けてある構造の汲み取り式便所である。便器の直下に臭突へ分岐する管があり、そこからヒーターや換気扇（脱臭扇）を経て臭気を排出するため直下式便槽より臭気が少なく、それが無臭トイレの名前の由来となっている。前澤化成工業が製造したのを皮切りに積水化学工業・日立化成・ハマネツ・東亞合成・信越ポリマー・ネポン・永大産業・クボタ・大建工業・松下電工（現パナソニック電工→パナソニック）など化学・建材メーカーなどからも発売されたが、地方でも水洗化されるようになると需要は減少していくとともに、一部のメーカーでは生産から撤退している。U字管（トラップ）に便が溜まると詰まる場合があるので、時折便器などから水を入れて詰まりを解消する必要がある。そのため直下式より汲み取る量が多くなる。なお無臭便槽を使ったまま改造（リフォーム）などで簡易水洗便器が備え付けられる場合も少なくないが、当然便槽に溜まる水量が多くなるためバキュームカーの汲み取り回数が増えることになる。ただし臭突から殆どの臭気が排出されるため便所内が快適になる場合が多い。洋式便器では水洗と同様、暖房便座や温水洗浄便座が装備される場合が多い。
侍が、お花という若い娘に呼びとめられる。娘は、現在江戸で女中奉公をしているが、故郷の母親が身体を悪くしたとのこと。「心配をしているところへこの手紙が届きました。お恥ずかしい話ですが字を読めません。どうかこの手紙をお読みいただきたいのです」という頼みだった。手紙に目を通した侍は、「ああ残念だ。手遅れであるぞ。口惜しい、無念だ」と泣きはじめる。てっきり母親が死んだものと思ったお花も泣き出してしまった。そこへ通りかかったのが焼き塩を売って歩くお爺さん。若い男女が泣いているのを見た爺さんは、なさぬ仲の二人が前途を悲観、無分別なことをするのではと心配して、これまた泣きながら二人を諭しはじめた。三人が泣いているのを見た野次馬たちも、それぞれ勝手なことを想像しては言い合っていると、はからずもお花の知り合いがやってきた。お花からわけを聞いたこの男が手紙を読んでみると、お花の母親の病気はすっかり癒ったと書いてある。それどころか、お花の許婚も年季が明け、のれん分けしてもらって商売をはじめるので、お花と夫婦になりたいから早く帰ってこいというめでたい知らせであることがわかった。それを聞いたお花は大喜び。だが、侍はまだ泣いていた。そのわけを訊くと、「武士は腕さえ立てばいいと思い、学問にはまるで目を向けなかった。いま往来で『手紙を読んでくれ』と頼まれたが、読み書きの出来ぬ悲しさ。しかし、いまとなっては手遅れだ。残念だ、と泣いておったのだ」と言った。いっぽう思い違いをして間に入った焼き塩売りの爺さんは、照れ隠しからこういった。「何しろ私は、すぐに涙が出るたちでしてな。商売もそうでして、泣ァきィ塩ォォォ・・・・・・」