村山はかなりの負けず嫌いな性格で、将棋以外でも、特に囲碁や麻雀をやって、負けるとすごく悔しがっていた。生前、徹夜で麻雀に付き合った当時奨励会三段だった瀬川晶司は「なんて子供っぽい人だろう」と思い、「A級がそんなことを言うんじゃないでしょ」と言ったことがある。これがきっかけとなり、村山は、亡くなるまで彼と親交を持った。特に麻雀は映画の聖の青春でも語られ、ライバルの羽生は将棋と共にチェス(チェスはインド発祥で西洋はチェスで東洋の日本で独自進化したものが将棋とされ、将棋とルーツは同じでルールも近い)との二刀流であるのに対し、村山は上記の通り囲碁や麻雀など将棋とルールや先読み能力などが全く異なるボードゲームも並行して三刀流以上であった。特に麻雀は村山の死後の現在においても、囲碁将棋チャンネルにおいてチャンネル名の将棋とも囲碁とも無関係であるにもかかわらず、棋士が麻雀に挑戦して対戦するという一見邪道な番組が存在するほど人気である。さらにパソコンソフトやゲームソフトなどにおいても、将棋と共に囲碁や麻雀が抱き合わせで同じパッケージソフトに含まれて販売されることも多い。本業の将棋をおろそかにしたのではなく、並行して将棋以外でもプロで通用する水準であるほど強かった。指導棋士の加藤昌彦は、奨励会から去る時の送別会の酒席で村山から「加藤さんは負け犬ですよ」と言われたことに怒り、殴り合いの喧嘩に発展した。後に加藤は「ほぼ、あの通りです。25年前のことなんですが、何とも言えない複雑な気持ちになる。ぼくは将棋界に帰ってくるつもりはなかったし、村山君もぼくとの別れが寂しかったんでしょう」とコメントしている。
1998年春、癌の再発・転移が見つかり、「1年間休戦し療養に専念」する旨を公式発表。森は「1年休んだら弱くなるぞ」と言ったが、村山は「命のほうが大事ですから」と答え、彼は「変わったな」と思ったという。同年3月の最後の対局を5戦全勝で終えて将棋対局の場から離れ、A級復帰祝賀会が村山最後の表舞台となった。1998年版「将棋年鑑」のプロフィールでは、「今年の目標は？」との項目に「生きる」と書き残している。以降、広島大学病院の名札の無い病室でひっそりと過ごし、8月8日に死去（享年29）。名人になる夢は叶わなかった。薄れていく意識の中でも棋譜をそらんじ、「……2七銀」が最期の言葉であったという。遺志により葬儀は家族のみの密葬とし、葬儀終了後にその死が将棋界に伝えられ、大きな衝撃を与えた。日本将棋連盟は、その功績を讃えて逝去翌日の8月9日付けで九段を追贈した。また、「将棋世界」は98年10月号を「特別追悼号 さようなら、村山聖九段」と題して発行し、無冠の棋士の死を悼んだ。A級在籍のまま逝去したのは、山田道美、大山康晴に続き史上3人目である。死後、地元府中町では「村山聖杯将棋怪童戦」を、日本将棋連盟広島将棋同好会支部・中国放送・中国新聞社と共催し、顕彰に努めている。
その直後、進行性膀胱癌が見つかり、東京のアパートを引き払って地元の広島大学病院に入院。村山は「子供を作れなくなるのが嫌だから」と手術を一旦拒否したが、同じ手術をした経験のある男性と会わせて体験談を聞かせるなどして医師が説得。手術を受けることを決断させた。1997年6月16日に行われた手術は、片方の腎臓と膀胱を摘出するという8時間半の大手術であったが、休場することなく棋戦を戦い続けた。抗癌剤・放射線治療については、脳に悪影響があって将棋に支障が出ては困るという理由で拒否していた。手術後早くも復帰の意思を見せ、医者には「脱走してでも行く」と告げるまでであった。1997年7月14日、復帰第1戦となった第56期B級1組順位戦2回戦の対丸山忠久戦は、角換わり腰掛け銀の激しい展開から総手数173手という、深夜に及ぶ戦いとなる。持ち時間の残りがなくなり1分将棋となっていたところで、村山は強引に丸山の玉を詰ましにいったが詰まなかった。結果は丸山の勝ちで、33手詰めであった。しかし、病苦に耐えながら指していたとはとても思えない内容の激闘・名局として伝説化されている。この一戦では敗れたものの、1期でA級復帰を決める。同年度は、NHK杯戦でも決勝まで勝ち上がる活躍。決勝の相手は羽生であった。村山優勢で進んでいたが、最後に秒読みに追われてミス（68手目△7六角）をして優勝を逃す。しかし、局後のインタビューでは、「優勝したはずなんですが、ポカしてしまいました」と笑顔で冗談混じりに答えた。これで羽生との対戦を通算6勝7敗で終えた（休場による4月の不戦敗も含めると6勝8敗）。
ムィコラーイウは、1135号計画「ブレヴェースニク」型警備艦の19番艦ベズコリーズネンヌィイ(ロシア語:Безукоризненныйビズカリーズニェンヌィイ)として1977年5月16日付けでソ連海軍に登録された。艦名は、ロシア語で「非の打ち所のない、申し分のない」という意味の形容詞である。1978年7月12日には、工場番号第15号艦としてウクライナ共和国・ケルチのB・Ye・ブートマ記念ザリーフ造船所第15工場で起工された。1979年6月3日に進水、同年12月29日に竣工してソ連海軍に編入された。海上公試ののち、1980年3月3日付けでセヴァストーポリを母港とする黒海艦隊に編入された。1981年9月27日から10月2日にかけてはアルジェリアのジジェル、1987年3月26日から3月31日にかけてはトルコのイスタンブール、1991年8月15日から8月19日にかけてはルーマニアのコンスタンツァを訪問した。1985年6月10日から6月30日にかけては、ブルガリア海軍の警備艦とともに共同演習を行った。ソ連崩壊後はロシア海軍黒海艦隊に編入された。1994年には、高水準の錬度に対する海軍司令官賞を獲得した。1997年7月14日付けでロシア海軍を退役し、同年8月1日付けでウクライナ海軍へ編入された。南ウクライナの都市に因んでムィコラーイウと改称、艦番号はU133とされた。1997年9月8日にロシア海軍から除籍された。その後、事実上ウクライナ海軍はムィコラーイウを予備艦としてセヴァストーポリ港に係留し続けた。最終的に艦は2001年に除籍され、解体された。