東浩紀は『小説トリッパー』2000年春季号において、本作が既存の純文学よりもむしろファンタジー小説や漫画、アニメ、ゲームなどのエンターテインメントにおける想像力と深いかかわりを持っていることを指摘した。東によれば、作中に登場する錬金術、ホムンクルス、巨人といった要素は、同時期にベストセラーを記録している三浦建太郎のファンタジー漫画『ベルセルク』の世界観と完全に一致するし、また作中の漢字の多用も、京極夏彦の推理小説やラルク・アン・シエルなどのポピュラー音楽、オタク系同人誌などのサブカルチャーの流れから見れば「むしろ多数派に属している」という。また大塚英志は、上記の東の評を引きつつ、本作に漂う「サブ・カル的想像力」や「既視感」を、ディティールよりもコンピュータRPG的な物語構造によるものであるとし、たとえば主人公が目的地にたどり着くために次々と村人との対話や探索などのイベントをこなしていくプロットは、テレビゲームのRPGを想起させると指摘した。そして大塚は、本作を同時代の作家たちと同じ「時代の空気」の上に成り立つものであるとしつつも、その品質は著者の学力の高さによって維持されており、本来は知的な題材であるにもかかわらずサブカルチャーに奪われていた事物を、膨大な資料や文献を収集し読みこなす学力によって文学の側が改めて奪還したものであると評している。逆に福田和也は『作家の値うち』（2000年）において、上記のような要素を「ファンタジー小説的な記号に留まっている」として、『日蝕』に100点満点中42点という低い評価を与えている。
雑誌掲載直後の時評では、作者の才能に一定の評価を示しつつも、作品の価値自体には一定の留保をつけているものが多く見られる。例えば『新潮』の『日蝕』が載った次の号の時評では、山口昌男が「その才気は疑うところがない」としながら、「前人未到の境域をこの作者が伐り拓いているかといえばそれは又別」「言葉の問題についていえば（…）特に難解な内容を押しつけているわけではないようである」と書いている。同じ時期の『群像』の創作合評では、「おもしろく読んだ」「勉強の成果はすごく出ている」（岡松和夫）「一気に読んでしまいまして、そういう意味では大変多としています」（坂上弘）と概ね好評を得ているものの「どうしても観念性とか図式性のようなものが不満として残る」（井口時男）といった意見も出された。また特に漢文を多用した文体の使用に関しては、特定の品詞をめぐるいくつかのパターンによってそれらしさを出しているものの「擬古文的な衣装を身にまとったところにとどまっている」（小森陽一）との批判が朝日新聞夕刊の文芸時評に掲載された。芥川賞選考会では、「近代小説の正統（オーソドックス）の道に自覚的に立とうとする作品」（日野啓三）「文章の様式に、積極果敢な試みを感じた」（田久保英夫）といった積極的な評価がある一方、宮本輝や三浦哲郎などは、「手の込みすぎた文章」（宮本）や「ペダントリーとも思われかねない用語」（三浦）の使用に対して留保意見をつけている。最終的に『日蝕』は満票に近い支持を得たが、石原慎太郎のみ唯一強く反対しており、選評でも「果たしてこうした手法を用いなければ現代文学は蘇生し得ないのだろうか。私は決してそうは思わない」「浅薄なコマーシャリズムがこの作者を三島由紀夫の再来などと呼ばわるのは止めておいた方がいい」と厳しい評を書いた。
大阪の道頓堀川には、川沿いの繁華街のネオンライトが川面に反射し、夜の街の賑やかさを一層盛り上げていた。ある朝、美術学校に通う邦彦が大阪の大黒橋の公園から正面に見える道頓堀川の絵を描いていた所、犬の散歩中の着物の女性・まち子と知り合う。邦彦は唯一の肉親だった母を亡くしたばかりで、1ヶ月前から同級生の父・武内がマスターをする喫茶店で住み込みで働きながら学校に通っていた。その夜武内と夕食するため小料理屋『梅の木』に訪れると店の女将をするまち子と再会し、彼女もまた身寄りがない事がわかる。帰宅中武内から武内から「道頓堀は華やかだがそこで暮らす人々は意外と寂しさを抱えているのかもしれない」と言われ、まち子のことが気になり始める。武内の息子・政夫はハスラーを目指していたが、元腕利きのハスラーで家庭を顧みず後悔して辞めた父から「ハスラーなんて“博打打ち”と同じ。やめておけ」と言われていた。父の心配をよそに政夫は関西のハスラーたちとの勝負を続けたが、ある時ハスラー時代の武内を知る・ユキと出会い、父の実力の凄さを知らされる。後日政夫は人づてに近々東京で日本一のハスラーを決める大会が開かれると聞くが、ユキから大会に出るには150万円もの軍資金が必要と告げられる。一方、邦彦とまち子は孤独な似た者同士として交流を深めて行き、その後自然な流れで異性として惹かれ合いお互いの寂しさを埋めるように男女の関係を持つ。そんな中、大会資金の工面に困った政夫は『梅の木』に訪れ“邦彦が学費を滞納し、退学を回避するには150万円必要”とまち子を騙して軍資金を手に入れ東京に旅立つ。翌日、『梅の木』の板前から話を聞いた武内は政夫の代わりにまち子に金を返すが、邦彦は会わせる顔がないと喫茶店を辞めて街を出て行ってしまう。武内は政夫を探して偶然訪れたビリヤード場で、名人ハスラーの孫であるユキと再会すると、心の中で抑えていたハスラー魂が目を覚ます。武内は政夫とハスラーとして対決することを決め、自身のハスラー時代の打ち方を知るユキに助言を受けながら、15年間のブランクで鈍ったハスラーのカンを数日かけて取り戻すことに。別の街で住み込みで働いていた邦彦はその後まち子に探し出され、「一緒に暮らして欲しい」という彼女の願いを聞き入れ彼女との同棲を決断する。武内がハスラーのカンを取り戻した頃ユキの店に邦彦が訪れ、まち子との同棲の話とこれまでの感謝の言葉を述べた直後、東京から帰郷した政夫が現れる。政夫は武内から「お前が勝てば喫茶店を売るなり好きにしていい。負けたらハスラーから足を洗え」との条件を出されて勝負を受けることに。勝負は先攻の政夫がリードするが、後攻の武内の番になると技術と心理戦でプレッシャーをかけ始め、最後は政夫の突いた球がポケットのギリギリ手前で止まり愕然とする。2人の真剣勝負を見届けた邦彦は、ユキの店を出て人で賑わう夜の道頓堀を歩き、まち子が待つアパートへ向かうのだった。