シーシェパードなどの過激な反捕鯨団体によって、2003年11月に捕鯨用の網が切断され、2010年9月にはいけすの網が切断される器物損壊、2011年12月には暴行事件が指摘されている。また、盗撮の被害も受け、2009年ごろのメディアによって、どのように盗撮されたかが明かされた。また、2011年9月には殺人予告の脅迫状も届いた。
NHKが、いさな組合が出演するドキュメンタリーを2011年5月22日に『NHKスペシャル クジラと生きる』を放送した。この番組は、小型捕鯨の追い込み漁や組合の加入者と家族、地域の様子や、過激な反捕鯨団体シーシェパードの妨害活動が赤裸々に語られた。『クジラと生きる』を見た和歌山県知事仁坂吉伸は「テレビを見て、挑発に乗らず耐えておられる太地の方々を見て、この人々を絶対に見棄てないぞとの決意を新たにしました。」と述べた。『クジラと生きる』については、NHKの放送番組審議会で、いさな組合などの漁業関係者への同情や、シーシェパードへの非難の意見があった。NHKでは同年7月24日にも『ETV特集 鯨の町に生きる』を放送した。民放ではテレビ朝日が同年2月にドキュメンタリーを制作した。2009年には、ドキュメンタリーフィルム『Town of Sun, the Black Tide and Whales』（邦題：『太陽と黒潮と鯨の町』）が製作された。
いさな組合は、鯨肉を、イベントへの無償提供や、小中学校へ寄付も行う。2011年6月、東日本大震災のおりに、かつて捕鯨基地のあった岩手県山田町に鯨肉の炊き出しを行った。肉はゴンドウクジラ2頭分計500キロ。現地で調理し、1500人に配った。
太地町は紀伊半島の南端近くに位置し、熊野灘と紀伊山地に囲まれた土地は狭隘で農業には適さず、また、大都市圏からのアクセスが悪く、産業の育成にも限界があり、太地町の財政は地方交付税に大きく頼る状況である。このため、漁協の年間水揚げ高の約3分の1を占める捕鯨は重要な産業となる。
いさな組合は太地町漁業協同組合の一部である。太地町漁協での捕鯨は、追い込み漁以外に、「突きん棒漁」と、「小型捕鯨」とがある。太地町漁業協同組合の年間水揚金額は約3億5,000万円であり、うち捕鯨の水揚金額が約1/3となる。
5月から8月のゴンドウ類の閑散期（休漁期）に、組合員は、漁協所有の小型沿岸捕鯨船「正和丸」の乗組員になるなど、次のようないろいろな漁業を行う。カツオけんけん釣り、ウルメイワシ、コアジ、ソウダガツオなどの棒受網漁、キンキ、ムツなどの底釣り、モジャコ漁。アワビ、トコブシなどの貝類の磯潜り、テングサ、ヒジキ採集、タコ漁。
大まかな漁期は、ゴンドウ類の漁期が9月から4月までの8ヶ月間。イルカ類の漁期が9月から2月までの6ヶ月間。ゴンドウ漁の最盛期は9月から12月。1月から3月にゴンドウ類の来遊は途切れるが、4月になると再び最盛期となる。
大学時代はジャクソンビル州立大学（アラバマ州）でプレイし、1989年のドラフト1巡目（全体27位）でヒューストン・アストロズから指名されプロ入り。1993年7月7日のパイレーツ戦でメジャーデビューを果たした。1995年にはリリーフ投手としてリーグ2位となる投球回数（99.2）および三振（96）を記録した。1996年シーズン終了後に5対5の大型トレードでデトロイト・タイガースへ移籍した。1997年にはクローザーに定着し、31セーブを挙げ、セーブ成功率は86.1%でリーグ5位だった。その後ジョーンズは1998年に28セーブ、1999年には30セーブを記録し、2000年に42セーブを記録し、最多セーブのタイトルを獲得し、1973年にジョン・ヒラーが記録した球団シーズンセーブ記録38を更新した。また、オールスターゲームに選出され1イニングを投げた。2001年7月28日にマーク・レッドマンとのトレードでミネソタ・ツインズへ移籍。2002年1月にはフリーエージェント（FA）でコロラド・ロッキーズと契約。2003年4月にはトニー賞を受賞したゲイであることをカミングアウトした野球選手を描いたミュージカル『テイク・ミー・アウト』鑑賞後に、同性愛者を差別する発言をして問題となり、後に謝罪している。このシーズンは不振のため6月30日にロッキーズを解雇され、その後ボストン・レッドソックスと契約した。シーズン終了後FAとなり2004年1月にタンパベイ・デビルレイズと契約するもののシーズン前に解雇されシンシナティ・レッズと契約、トレード期限直前にフィラデルフィア・フィリーズへトレードと移籍を繰り返した。オフにFAとなり、フロリダ・マーリンズと1年110万ドルで契約。2005年は開幕当初こそ、ジム・メシーアらと共にクローザーのギレルモ・モタに繋ぐセットアッパーの1人として見なされていた。しかし、モタの故障のため、4月下旬からクローザーに復帰すると抜群の安定感を披露。モタの復帰後もクローザーの座を守り、9月13日時点で防御率1.10をマークする活躍ぶりを見せた。終盤は打ち込まれてしまったものの、自己ベストの防御率2.10、2000年のタイガース在籍時以来の自身2度目となる40セーブをマーク。同年オフにFAとなり、デトロイト・タイガースと2年総額1100万ドルで契約した。その後も防御率こそ悪いもののセーブを着実に積み重ね、2007年9月16日には史上21人目となる通算300セーブを達成した。シーズン終了後に1年700万ドルで契約延長した。松ヤニ等による不正投球について「自分も使っている」と公言してはばからない。2002年よりスポーティング・ニューズ誌において、コラムを執筆し、2008年9月25日、そのコラム内で現役引退を表明した。