ルビの表記は ｜と《》によって表現される。ルビを《》で囲んだり｜でルビのかかる文字列を特定するのは、視覚障碍者読書支援協会（BBA）の原文入力ルールに合わせたものである。青空｜文庫《ぶんこ》とあれば、「ぶんこ」というルビが「文庫」についていることを示す。本日は晴天《せいてん》なり。のように、仮名と漢字の間に｜が入る場合は｜を省略することも出来る。｜ブルースカイ《青空》のように、仮名にルビを強制的に振る時に使用することもある。
テキストファイルを青空文庫に収録する際にテキストファイルが従わなければならない書式のことを青空文庫形式という。青空文庫形式は、テキストファイルとして多くの環境で読む事ができるように規格化されている。できる限り底本の忠実な再現を目指しているが、改行や挿絵などの情報は原則として含まれない。青空文庫形式に対応しているテキストビューアやテキストエディタもあり、ルビや傍点などの再現も可能である。また、これらのテキストビューアでは本来の青空文庫形式に含まれない挿絵の情報を挿入したり、縦書き表示にしたりすることも可能であり、テキストを読みやすくするための様々な機能が用意されている。これらのソフトウェアに関しては有料・無料問わず色々なものがある。
青空文庫はボランティアで運営されており、閲覧は無料。開始当初サーバーはボイジャー (企業)から提供された。1998年から1999年にかけて富田らが作業ルールとマニュアルを決めた。入力と校正はボランティアによって行われる。入力は底本を見ながらの手入力かスキャナーとOCRを使う方法で行われる。作品を入力する「入力者」と入力された作品を校正する「校正者」とは別々のボランティアが担当する。入力者が入力を完了したファイルは「点検グループ」が青空文庫の注記形式に沿っているかチェックして校正可能な状態に整える。その後、校正者が校正を申請すると、点検グループが校正するファイルを校正者に送り、校正者が校正を完了するとファイルが校正履歴と共に点検グループに送り返される。最後に、点検グループが送られたファイルと校正履歴をチェックし、作品の公開日を設定して青空文庫の新着情報のページで公開される。2013年8月に創設者の一人である富田が亡くなったことを機に、青空文庫への継続的な支援を目的とした「本の未来基金」が設立された。しかし2015年現在はエンジニアが不在の状態でのサーバ運用を余儀なくされており、サーバ自体も老朽化が問題になっている。このため同年5月に「『Code for 青空文庫』アイデアソン」が開催され、今後のシステム運用についての意見交換が行われた。その後同イベントを母体に、システム管理やコード改修などを行う「aozorahack」プロジェクトが立ち上がっている。
寺伝によれば、森成利の母・妙向尼の発願によって建立された。妙向尼は元亀9年（1570年）に始まった織田信長と石山本願寺との争い（石山戦争）の和睦成立に奔走し、本願寺の危機を救った人物である。信長は当時、本願寺との和睦に際して「金山城下に浄土真宗の寺院を建立、子息（妙向尼の子）の一人を出家」させることを条件に提示した。妙願寺はその事情の下に、妙向尼の末子・森忠政を僧形として金山城下に建立されたのである。しかし、天正10年（1582年）に起きた本能寺の変により、妙向尼の子息である森成利（蘭丸）・森長隆（坊丸）・森長氏（力丸）が信長と共に討死し、同12年（1584年）には小牧・長久手の戦いで二男森長可が戦死してしまった為、ただ一人残った忠政が森氏の世継ぎとして金山城を継ぐこととなった。そこで妙願寺は、蘭丸の姉・碧松院と関成政（一宮城主）との間に生まれた竹若丸を森家の代わりとして出家得度（法名・了向）させ、初代住職とした。本能寺の変により信長が討死したとはいえ、信長との約束を忠実に守りたいという妙向尼の思いが竹若丸の出家に繋がったのである。（但し、これは寺伝によるものであり、他の史料に確認がみられるものではない。）慶長8年（1603年）、森忠政が美作全域18万6,500石を入封され、津山に城の造営を始めると、了向も忠政に従い、元和3年（1617年）に津山に妙願寺が落成された。これが津山妙願寺である。2代目住職の紹向は、木下勝俊・うめ（蘭丸の姉）夫妻の養子である。関ヶ原の戦いで伏見城の守備を任されていた勝俊は、敵軍が進攻してくる直前に伏見城を退却するという不首尾を起こし、勝俊は領国を没収された。それが原因となって妻のうめと離縁したのであるが、紹向も妙願寺へと移り住職を継承した。3代目住職の順恵は森忠政の孫清光院を室に迎えた。こうして妙願寺は藩主との縁を保ちながらも世襲により受け継がれた。本願寺では、妙向尼100回忌までの年忌法要を宗主自らにより自主的に執り行われていたという記録が記されている。このことからも本願寺を救済した妙向尼の功績の大きさを知ることができる。元和7年（1617年）本願寺12代宗主准如上人より妙願寺2代紹向に「妙向尼画像」が贈られているが、これは現在、岡山県指定重要文化財として保存されている。 元禄11年（1698年）に妙願寺は東派（真宗大谷派）へと転派し、「院家寺」となった。享保12年（1727年）には「輪番」ともなった。平成17年（2005年）、津山城跡に完成された備中櫓二階壁面の鶴の丸の文様は、妙願寺庫裡の襖にある鶴の紋の文様が建造時の森家時代をイメージさせるという理由で、格の高い部屋の復元に取り入れられたものである。（ただし、これは近代のデザインであり、往時のオリジナルとは異なる。）