個人戦は同盟国以外の他家武将に辻斬りした場合、他家武将や城の門番から攻撃された場合、そして剣術道場で師事、稽古をする場合に行われる。他家武将から攻撃され交渉の余地がある時は、「追い払う」「命乞い」「金を出す」「逃げる」「戦う」といった選択肢が出て戦わずにすむこともあるが、それ以外の場合はすぐに戦いに突入する。画面上に攻撃バーが表示され、その中にオレンジ色（Windows版の場合）の部分、「攻撃ゾーン」がある。「攻撃」コマンドを選び、さらに攻撃レベルを選択すると攻撃ラインが移動し始め、攻撃ゾーンに止めると敵にダメージを与えられる（失敗した時もまれにダメージが与えられることがある）。攻撃方法は「確実に狙う」「鋭く振る」「急所を斬る」「一撃必殺」があり、この順にバーの移動速度が速く、また攻撃ゾーンに止めた場合のダメージが大きい。「急所を斬る」は「剣術」レベル1以上、「一撃必殺」はレベル3で出現する。攻撃ゾーンは中央に狭く、その両側に少し間隔を空けてやや広くの合計3箇所存在する。中央は「強力」と名付けられており、幅が狭く止めにくいが止めると大ダメージを与えられる。両側の部分は「通常」で、止めやすいがダメージは低い。「剣術」レベル2以上だとバー中央（「強力」の中央でもある）に細く、白い線が表示される。ここに止めると致命的なダメージを与えられる。防御に専念したり、特殊攻撃をしたり、途中で逃走することもできる（剣術道場での修行時除く）。防御に専念するとそのターンの防御力が2倍になる。特殊攻撃は「剣術」技能があれば「威圧」が、「乱波」技能があれば「目つぶし」が、「弁舌」技能があれば「挑発」が可能になる。また逃走した場合には成功するとは限らず、捕まることもある。また同行者がいる場合には代わりに戦ってもらうこともできる。任意のタイミングで交代も可能で、同行者が戦闘中の場合は攻撃バーを操作する前にクリックすることで自分と交代できる。個人戦は通常は決着がつくまで行われるが、道場での修業の際には10ターンが経過することでも終了する。
能力値は「内政」「外交」「統率」「武力」「魅力」だが、前作の「野心」も隠しとして存在する。前作同様最高値は100である。技能は「弁舌」「築城」「算用」「礼法」「茶道」「剣術」「軍学」「騎馬」「鉄砲」「乱波」の10個で、前作から再構成が行われた。本作よりレベルは技能に応じたアイコンマークとなり、前作のレベルA-Dではなく0-3の4段階で表されるようになった。
初代の評定に出席し主命をこなしていく以外は何をするのも自由なシステムをほぼそのまま継承しており、評定が毎月初めに行われることや辻斬りが可能な点、場合に応じて謀反が可能なことなどは変わらない。一方で前作では可能だった大名居城にて姫の居室に潜入することや、大名を辻斬りすることなどは本作ではできない。舞台は前作に存在しなかった「四国」・「九州」・「東北地方」までと全国規模に拡大した。陸続きでない「四国」・「九州」へ渡るには町にいる船頭を使う必要がある。また前作の秀吉のみならず柴田勝家や明智光秀、および新武将でのプレイも可能となった。また、本作では織田家以外にも伊達・北条・上杉・武田・徳川・長宗我部・毛利・島津の各家にも仕官することができる。しかし足利家など、それ以外の大名家には仕官出来ない。公家や僧侶など武将以外の人物も多彩となっている。新田開発時に15パズルを行うなど、「主命の種類によりミニゲームを行う要素」は本作から登場し、以後、ミニゲームの種類が増えていく。また、初代で信長は秀吉が主命に失敗するなどして信頼度が低下すると、秀吉を問答無用で手討ちにしたり（PC-98版ではそのシーンが克明に表示される）、朝廷工作で成果を挙げられないと「お前には失望した、もう2度と戻ってこなくていい」と忍者から伝令を受けたりするが、本作では信頼度が下がっても「解雇だけは勘弁してやる、次やったら承知せんぞ」といった台詞だけになり、描写に変化が見られる。PlayStation版やセガサターン版ではWindows版ではドット絵で描かれていたグラフィックが一部ポリゴンが用いられるようになり、戦闘時には陣形や特殊戦術の要素が存在する。
得意とするレパートリーはモーツァルトやシベリウスの協奏曲、パガニーニの『24のカプリース』全曲およびその他の協奏曲、ベートーヴェンやフランクのヴァイオリンソナタ。またエルガーのヴァイオリンソナタやシマノフスキのヴァイオリン曲集など、珍しいレパートリーの開拓にも意欲的。
佐々（さざ）・小佐々（こさざ）の両町は長崎県の北部、北松浦半島の西南部に位置する。明治時代から昭和時代中期にかけて北松炭田の産炭地として隆盛を誇り、最盛期には両町合わせて3万を越える人口規模があった。しかし高度経済成長期のエネルギー革命に伴い、地内に多数存在した炭鉱は昭和40年代までにすべて閉山。炭田地域一帯は急激な過疎化が進んだ。以降、佐々町は隣接する佐世保市のベッドタウンとして新たな田園都市づくりを目指し、土地改良事業や企業誘致など多様な政策を打ち出した結果、人口が緩やかに回復している。小佐々町は主産業のひとつである漁業や、日本一の生産量を誇るいりこの製造を始めとした食品加工業のほか、九十九島や神崎鼻といった景勝地がある事から観光業にも力を入れているが、人口減少が続いており、過疎地域に指定されている。2町は1889年（明治22年）4月1日、長崎県において市制・町村制が施行された際、近世までの藩政村であった佐々村と市瀬村の2村が合併して佐々村に、小佐々村は単独で村制を施行して小佐々村となり、それぞれ地方公共団体として発足した（いわゆる明治の大合併）。以降、1941年（昭和16年）1月1日に佐々村が町制を施行して佐々町に、1950年（昭和25年）5月3日に小佐々村が町制を施行して小佐々町となった。2町とも明治の大合併から100年以上の間、一度も市町村合併を経験していない。佐々町・小佐々町合併協議会は、任意合併協議会を経て2002年（平成14年）11月1日に法定合併協議会の設置を告示し、12月9日に第1回の協議会が行われた。協議会は17回行われ、両町の合併日は2005年（平成17年）4月1日とし、合併方式は「新設合併」、人口は約2万人、面積62.21km²。字の区域及びその名称は現行の免のままとし、町役場は本庁を佐々町役場に、支所を小佐々町役場に置くとする事等が決定していた。合併後の町名は公募の中から委員による投票で決定するとしたが、決定した新町名を巡る混乱を起因に合併協議が決裂し、『日本の本土最西端の町』及び長崎県の市町村では初となるひらがな町名の誕生は幻となった。