次は公文書類である。それらは政所などの役所に保管されていたものもあろうが、その文を書いた事務官僚の下書きが、あるいは得宗家の寄合での決定が、政所や問注所の執事の家に伝えられて『吾妻鏡』の編纂時に利用されたと思われる。寛喜4年（1232年）12月5日条に、北条泰時が「所処に散在」してしまった大江広元時代の記録を集めさせ、広元の孫の長井泰秀に送ったとあり、その記事自体が、長井泰秀の家に保管されていた記録が『吾妻鏡』に利用されたであろうことを物語っている。頼朝将軍記に多数見られる朝廷からの院宣などもそこに含まれていたと思われる。文治元年（1185年）12月6日条にある「院奏の折紙状」は『玉葉』が情報源とも見られていたが、平田俊春はこれを詳細に検討して、幕府政所にあった案文に拠ったのであろうと推定し、以降それが定説となっている。
地頭・御家人、寺社などから、訴訟の証拠や由緒として提出されたと思われる文書である。しかし訴訟の証拠書類だろうと思われるものの中には、明らかに偽文書と思われるものが混じっている。元久2年（1205年）閏7月29日条にある河野通信に与えたとされる三代将軍源実朝の御教書はその代表例である。それらのことから幕府の中に保管されていた文書は実はほとんど無く、後世に提出された書類から採録したものがかなりの量に及ぶだろうと推測される。有力御家人の伝承の項で触れた建久3年（1192年）8月5日条などは千葉氏の家伝と思われる。
吾妻鏡の原資料の全体像について際だった研究を行ったのは、大正時代の八代国治と最近では五味文彦である。五味文彦は『吾妻鏡』の原史料として3つの類型「幕府事務官僚の日記・筆録」「後に提出された文書」「幕府中枢に残る公文書類」が浮かび上がるとする。ここでは説明の都合上「後に提出された文書」「幕府中枢に残る公文書類」に「京系の記録」を追加して先に説明し、最後に将軍記毎に「幕府事務官僚の日記・筆録」を見ていく。
仁治2年（1241年）11月29日条と翌30日条にはこう書かれている。有力御家人の三浦氏と小山氏との間で、ささいなことからあわや一戦にという事件が起った。北条経時は、この事件で一応理のある三浦氏を助勢しようと、配下の者を武装させて差し向けた。それに対して経時の弟の北条時頼は、酒の場での喧嘩だからと静観していた。二人の祖父である北条泰時は「各々将来御後見の器なり」、つまり二人とも将来執権になろうという者であるのに、兄の経時は「諸御家人の事に対し、爭か好悪を存ぜんか。所為太だ軽骨（軽率）なり、暫く前に来るべからず」と怒った。一方、弟の時頼には「斟酌頗る大儀に似たり。追って優賞有るべし」と褒めて領地を与えたというのである。時頼が15歳のときである。兄の北条経時は、祖父泰時の後を継いで19歳で第4代執権となるが、4年後に弟北条時頼に執権を譲り出家、その直後に死亡する。そして『吾妻鏡』は、そもそも時頼の方が優れていて、泰時の眼鏡にも適っていたのだと言っている。
「自我来黄州。已過三寒食。（私が黄州にやってきてから三度目の寒食節が過ぎた。）」の句で始まる一首目は、「臥聞海棠花。泥汚燕支雪。（横たわって海棠の花にそそぐ雨音を聞き、臙脂色の花びらの清らかさがむなしく泥にまみれるさまを思いやる。）」に代表されるように、思索的、空想的である。これに対して、「春江欲入戸。雨勢来不已。（春の長江は水かさを増して戸口に迫り、雨の勢いはおさまりそうにない。）」の句で始まる二首目は、「空包煮寒菜。破竈焼湿葦。那知是寒食。（人気のない台所で粗末な野菜を煮ようと、こわれたかまどに湿った葦の葉をくべる。今日が寒食節とは知らなかった。）」や「也擬哭塗窮。死灰吹不起。（行きづまって道なきを慟哭しようにも、冷え切った灰は吹いても燃え立たない。）」に代表されるように、観察的、具体的である。2首あわせて120文字が16行にわたって書かれているが、後半にいくに従い、文字が太く、かつ大きくなるのが特徴であり、蘇軾の感情の高ぶりを見てとれる。とりわけ「破竈焼湿葦」の句の「破竈」の文字と「也擬哭塗窮」の句の「哭塗窮」の文字がは極めて大きいのが印象的である。なお、「春江欲入戸。雨勢来不已。（春の長江は水かさを増して戸口に迫り、雨の勢いはおさまりそうにない。）」については、2015年（平成27年）9月10日の鬼怒川決壊を報じた11日付けの朝日新聞朝刊「天声人語」の書き出しとなった。蘇軾の詩の後には、蘇軾の弟子でもあり友人でもある黄庭堅による跋文がある。黄は、そこで、「東坡此詩太白似。猶恐太白有未到処。（この詩は李白に似ているが、李白もこの域には達していない）」とまで激賞している。この跋文もまた高い評価を受けている。