現在のヨセミテ国立公園の区域は、先カンブリア時代と古生代初期には非活動的大陸縁辺部にまたがるように位置していた。大陸部から流れ出した土砂が浅い水に積もって堆積物が形成された。この堆積岩はその後変成作用を受けて変成岩となった。ファラロン・プレートの北アメリカプレートへの沈み込み帯から発する熱により、デボン紀後期からペルム紀にかけて、原始北アメリカ大陸の西海岸に火山の島弧が生じた。これらの岩石は、後のジュラ紀のマグマ活動により貫入を受け、この時地中にシエラネバダ・バソリスの原型ができた。一方、従来の岩石は、更にその後隆起と浸食が進んだことにより、現在では95%が失われている。最初の広域的な深成岩の貫入は、2億1000万年前ころ（三畳紀後期）に始まり、2億1000万年前ころ（ジュラ紀）まで続いた。同じころ、ネバダ造山運動によりネバダの山脈（古代シエラネバダとも言われる）が4600メートルの高さまで隆起した。これによってシエラネバダ・バソリスの形成が進み、組成上ほぼ花崗岩といってよい岩石が、地下9.7キロメートルのところに生じた。2回目の大きな深成岩形成は、白亜紀中のおよそ1億2000万年前から8000万年前までの間に起きた。これはセヴィア造山運動の一部である。2000万年前（新生代）から、500万年前までの間、カスケード山脈の現在は活動を休止した火山が噴火し、大量の火山性物質を降らせ、ヨセミテ地域より北方の地域を覆った。500万年前以降も、モノ湖やロング・バレーなど、現在の公園域の東方で火山活動は続いた。
ヨセミテでは、草地への過度の放牧（特に羊）や、ジャイアントセコイアの伐採が見られるようになり、ミューアは保護を更に推し進める必要があると考えた。彼は、センチュリー・マガジン誌の編集者ロバート・U・ジョンソンなど、ヨセミテを訪れた有力者に、この地を連邦政府の保護下に置くべきだと説いた。ミューアとジョンソンは連邦議会へのロビー活動を行い、それが実って1890年10月1日にヨセミテ国立公園が設立された。ただし、ヨセミテ渓谷とマリポサ・グローブについてはカリフォルニア州の管理下に残った。また、ミューアは、ヨセミテの高地での放牧を事実上禁止するよう、地方政府の説得にも尽力した。ヨセミテ国立公園は、1891年5月19日、アメリカ陸軍第4騎兵連隊の管轄下に入り、同連隊がワウォナにキャンプを設けた。しかし、軍には、カリフォルニア州が管轄するヨセミテ渓谷とマリポサ・グローブの環境悪化について介入する権限がなかった。ミューアと、彼が創設したシエラクラブは、州が管理しているヨセミテ渓谷とマリポサ・グローブを連邦政府のヨセミテ国立公園に統合するよう、政府や有力者へのロビー活動を続けた。1903年5月、セオドア・ルーズベルト大統領がグレイシャー・ポイント近くでミューアとともに3日間のキャンプを行った。この時、ミューアは大統領にヨセミテ渓谷とマリポサ・グローブをカリフォルニア州から連邦政府へ移管させるよう説いた。そして、1906年、両地域を連邦政府に移管・統合する法律が成立し、大統領はこれに署名した。
観光名所化が進むにつれて、ガレン・クラークやジョン・コネス上院議員らは、乱開発を懸念してこの地域の保護を訴え始めた。法案が連邦議会の両院を通過し、エイブラハム・リンカーン大統領が1864年6月30日これに署名したことで、ヨセミテ・グラントが設立された。これは、連邦政府が保護と公共利用のために公園を指定した最初の例であり、後にイエローストーンが最初の国立公園として設立された際にも先例となった。ヨセミテ渓谷とマリポサ・グローブは、カリフォルニア州に州立公園として譲渡され、2年後に理事会が組織された。ガレン・クラークは、理事会からヨセミテ・グラントの初代管理者に任命されたが、クラークも理事らもホームステッド法に基づく入植者（その1人がハッチングズであった）を立ち退かせる権限は持っていなかった。この問題は、1875年にホームステッド法による占有権が無効になるまで解決しなかった。1880年、クラークと現職理事らは更迭され、ハッチングズが新しい管理者となった。公園へのアクセスや、ヨセミテ渓谷内での滞在環境はかなり改善した。1869年に大陸横断鉄道が完成してから、観光客の数は大きく増えたが、公園まで長い時間馬に乗らなければいけないのが障害であった。1870年代中頃、3本の馬車道が整備されたことにより、ヨセミテ渓谷への行き来の便は大幅に改善した。スコットランド生まれの博物学者ジョン・ミューアが書いたこの土地についての論文は、社会の科学的関心を引いた。彼は、当時の通説に反対して、ヨセミテ渓谷の地形が氷河によって形成されたことを理論化した最初の人物の1人である。
2009年9月22日、国際連合教育科学文化機関（UNESCO）の事務局長に選出された。パリで行われた選挙では、他に9人の候補者がいたが、5回目の投票で最終的にエジプトのファールーク・ホスニー（Farouk Hosny）に対して31対27で勝利し、局長に指名された。選挙前はホスニーの勝利が予想されていたが、彼に対してはノーベル賞受賞者のエリ・ヴィーゼルらから、反イスラエル的であるとの批判があった。しかし、ボコヴァもまたブルガリア人民共和国時代でのブルガリア共産党党員としての経歴から批判されていた。2009年10月より、日本の松浦晃一郎より事務局長の地位を引き継ぎ、4年間の任期を任されることとなる。ボコヴァは東ヨーロッパ出身、女性として初の事務局長となる。ISILのイラクやシリアでの文化遺産破壊を文化浄化と非難し、Unite4Heritageのキャンペーンを立ち上げる活動などを行ってる。ユネスコ事務局長就任中の2015年に「南京大虐殺文書」の「世界記憶遺産」への登録を認め、また同年北京で行われた中国人民抗日戦争・世界反ファシズム戦争勝利70周年記念式典にも出席していたことから、ユネスコの政治利用と批判を受けた。また、国家間で見解が異なる係争中の資料を非公開で密室審議することへの批判も起きた。2017年5月には中国政府が国策に掲げて北京で行われた一帯一路国際協力サミットフォーラムにも出席した。2016年に任じられる次期国際連合事務総長候補に名乗り出ており、ブルガリア政府から推薦を受けるも落選した。2017年11月、ユネスコ事務局長を退任。後任には同じく女性のオードレ・アズレが就任した。