天草の「異宗」吟味に踏み切るきっかけとなったのは、享和3年（1803年）末に起こった2件の牛の屠畜事件で、今富村の虎右衛門・伊八・広蔵・彦七・太平次が吟味の際に詳しく取り調べられている。吟味の際に、信徒たちは「異宗」の祭礼で四足または二足の動物の肉を用いると答えており、その肉には牛肉か入手できなければ魚肉を使っていたという。天草崩れの7年後の文化9年（1812年）にも、牛肉食をしたとして「異宗回心者」の高浜村の重作が吟味を受けている。庄屋・大庄屋による取り調べでは「異宗」との関係が疑われたが、そうなると信徒が改心したことで消滅したはずの「異宗」がまだ存在していることになり、再吟味を始めなければならなくなる。そのため、牛肉食は現代でいうところのハンセン病治療のための「薬喰（くすりぐい）」だったとして「異宗」とは無関係と島原藩に報告している。
大江村と今富村の吟味調書には、彼ら信徒の組織には上組・下組という2つの組織があったという証言がある。上組・下組の暦法に若干の違いがある一方で、大江村・今富村の上組、大江村・今富村の下組の暦法が、それぞれほぼ同じであることが天草崩れの吟味調書に記されている。このことから、上組・下組は複数の村に存在していたが、これは村ごとに独立した上組・下組があったのではなく、上組と下組それぞれがいくつもの村にまたがる組織であったと考えられている。ただし、崎津村と高浜村の組織については史料が存在せず、また上組・下組がどのようにして区分けされたのか、なぜ暦法がそれぞれで違うのかということも史料が無いため、詳細は不明である。組織の内実は不明であるものの、他の地域の潜伏キリシタンたちと同様、天草にも信仰共同体としての組織が存在していたことは確かで、その組織の存在が長期にキリシタンたちが集団的に潜伏することを可能とする条件になっていた。
摘発があった翌3年（1806年）の8月、幕府側は、彼らは「異宗信仰者」であって「切支丹」ではなく、「宗門心得違い」であると認定した。最終的に、被疑者に対して、改めて踏み絵をさせた上で「異宗」回心の誓約に押印させることで赦免した。この措置は、「事件の拡大回避」や「反発による一揆への警戒」「対応遅延の隠蔽」、または当時の奇怪な魔力を持つ怪しげなイメージになっていたキリシタン像と体制に従順な潜伏キリシタンたちの姿が乖離していたことから、彼らの信仰を幕藩制国家の異端としてのキリシタンではなく幕藩制秩序を従来通り維持するために「異宗」として位置づけたことなどが理由とされる。事件後、「異宗」を改宗して許された者は「異宗回心者」と呼ばれた。彼らの中には、明治時代に教会の指導のもとにキリスト教徒になった者も少なくなかった。
1805年（文化2年）3月に大江村、崎津村、今富村、高浜村（天草下島西目筋の村々）に対して検挙がおこなわれ、5000人以上のキリシタンがいることが判明した。村社会の中でキリシタン探索を主導したのは今富村（天草市河浦町）の庄屋・上田演五右衛門（うえだ えんごえもん）であった。享和元年（1801年）、今富村の庄屋・大崎吉五郎が死亡した後、同年9月に演五右衛門の実兄で高浜村の庄屋を務める上田宜珍（うえだ ぎちん）が今富村の庄屋を兼帯し、演五右衛門が今富村の庄屋に就任したのは翌2年12月だった。これまで今富村の庄屋は大崎氏が務めていたが、吉五郎の子・幾太郎がまだ幼少だったため演五右衛門が庄屋となった。しかし、この庄屋交代は「異宗」の探索を進めようとする島原藩の意向によるもので、演五右衛門は村内を探索してその結果を詳しく島原藩に報告した。同時期に、長崎奉行から長崎町年行事の末次忠助を通じて島原藩用達商人・島原屋早太（はやた）に問い合わせがあったようだという噂がもたらされたことで、奉行の肥田頼常と成瀬正定が天草の「異宗」について興味を示していることを島原藩は知る。奉行の方から「異宗」問題を指摘され、仕置不行届をとがめられる前に、島原藩は文化元年（1804年）10月に天草の「異宗」の存在を認めて、今後の吟味方針について幕府に伺いを立てている。
ケン・マッキントッシュとその楽団 (Ken Mackintosh and His Orchestra)（歌はザ・マクパイズ (The Mackpies)）による録音は、1954年8月7日にロンドンで行なわれた。この盤はEMIのHis Master's Voice レーベルからカタログ番号#10698でリリースされた。イギリスのドゥーワップ・リバイバリストであるダーツ (Darts) は、1970年代末に「シュブーン」を、ゆったりとしてテンポで録音した。この録音は、1980年に英国チャートで48位まで上昇した、このグループにとって最後のチャート入りのヒットとなったシングル盤にB面に収められた。「シュブーン」を最も数多く録音したグループは、おそらく、ハーヴァード大学の男声アカペラ・グループであるハーヴァード・ディン・アンド・トニックス (Harvard Din & Tonics) で、彼らは13枚のアルバムのうち12枚に、この曲を録音し直して収録している。1979年に最初に録音した、クルー・カッツのスタイルを模した演奏が評判となったので、彼らは自分たちを象徴する持ち歌として「シュブーン」をすべてのコンサートで取り上げるようになり、米国内外におけるツアーで、同大学出身者みんなをステージに上げてこの曲を演奏するようになっている。フリートウッズ (the Fleetwoods) もこの曲のカバーを発表している。子ども向けのエンターテナーとして知られるシャロン・ロイス・アンド・ブラム (Sharon, Lois & Bram) は、1995年のアルバム『Let's Dance!』で、この曲をカバーしている。ウォトキン・テューダー・ジョーンズ (Watkin Tudor Jones) は、2001年のアルバム『Memoirs Of A Clone』で、この曲をカバーしている。イギリスのドゥーワップ・グループ、ジ・オーヴァートーンズ (the Overtones) は、2010年のアルバム『Good Ol' Fashioned Love』で、この曲をカバーしている。日本では、シャネルズ（後のラッツ&スター）がカバーし、1980年5月21日に発売されたアルバム「Mr.ブラック」に収録された。