調査会の発足式が開かれる直前の1908年（明治41年）6月22日、森（委員長）と青山・北里（臨時委員）の3人は、来日中の世界的な細菌学者ロベルト・コッホ（1905年ノーベル生理学・医学賞受賞）と帝国ホテルで会っていた。脚気に詳しくないと前置きをしたコッホから、東南アジアで流行するベリベリを研究せよ等の研究法を助言された。調査会の発足後、早速バタビア（ジャカルタ）付近の現地調査が行われ、「動物実験とヒトの食餌試験」という新手法が日本に導入されるきっかけになった。1908年、都築甚之助（陸軍軍医）・宮本叔（東京帝大）・柴山五郎作（伝染病研究所）の3委員が派遣されたものの（9月27日〜11月28日まで滞在）、現地では白米を止めて熟米と緑豆などを食べるようになっており、また1903年のアチェ戦争（スマトラ島）終結もあってベリベリの入院患者がほとんどいなかった。それでも現地調査の結果、ベリベリと日本の脚気が同じものであることが明らかにされた。しかし、伝染病説の証拠（脚気菌）が見つからず、食物原因説に傾くこともなく、歯切れの悪い曖昧な原因論を報告した。ちなみに帰国後の3委員は、宮本と柴山が上司の青山・北里（臨時委員）とともに伝染病説を支持し続け、都築が栄養欠乏説に転換した。
陸軍から多数の犠牲者が出たものの、日露戦争が終わると、世論も医学界も脚気問題への関心が急速に薄れてしまう。世の関心は、凱旋将兵の歓迎行事に、医学界の関心は、「医師法改正法案」問題に移っていた。『医海時評』が脚気問題を取り上げ続けて孤軍奮闘する中（ときには火に油を注ぐようにして陸海軍の対立をあおった）、1908年（明治41年）、脚気の原因解明を目的とした調査会が陸軍省に設置された（同年5月30日に勅令139号「臨時脚気病調査会官制」が公布され、7月4日陸軍大臣官邸で発足式）。当時、陸軍大臣であった寺内正毅の伝記によると、発案者は陸軍省医務局長に就任してまもない森林太郎（ただし日清戦争のとき、石黒野戦衛生長官に同調）で、寺内自身も熱心に活動したという。その臨時脚気病調査会は、文部省（学術研究を所管）と内務省（衛生問題を所管）から横槍が入ったものの、陸軍大臣の監督する国家機関として、多額の陸軍費がつぎ込まれた。発足当初の調査会は、会長（森・医務局長）と幹事（大西亀次郎医務局衛生課長）、委員17名、臨時委員2名（青山胤通東京帝国大学医科大学長、北里柴三郎伝染病研究所長）の計21名で構成された。委員17名の所属を見ると、いち早く麦飯を採用していた海軍から2名の軍医が参加したほか、伝染病研究所3名、陸軍軍医6名、京都帝大1名、東京帝大3名、医師2名（日本医史学の大家富士川游・医学博士岡田栄吉）であった。研究の成果は、陸軍省第一会議室などで開かれる総会（委員会）で、定期的に発表された。
6月18日、第十一水雷戦隊の駆逐艦2隻（清霜、松）は十一水雷旗艦の長良型軽巡洋艦1番艦長良とともに横須賀に向かった。横須賀に到着後、小笠原諸島に対する「伊号作戦」に加わり、軽巡2隻（多摩、木曾）、駆逐艦2隻（清霜、皐月）として第二輸送隊を構成し、父島到着後は硫黄島行きの第四輸送隊を構成した。硫黄島への輸送任務を終えた後、僚艦2隻（皐月、夕月）とともに東京行きの第3628船団を護衛する予定であったが、船団の速力が7ノットと遅い事や船団および3隻（清霜、皐月、夕月）が空襲を受けた事により、護衛を取りやめて横須賀に帰投した。7月中旬の第十一水雷戦隊は、長良、高雄型重巡洋艦4番艦摩耶、香取型練習巡洋艦2番艦鹿島、駆逐艦（清霜、竹、朝雲、浦風、冬月）という艦艇で沖縄方面への輸送作戦「ろ号作戦」を実施する。出撃時の輸送部隊は、高間少将（十一水戦司令官）直率の主隊（長良、摩耶、鹿島）と冬月艦長指揮の警戒隊（冬月、清霜、竹、朝雲、浦風）という編制である。なお清霜は夕雲型、浦風は陽炎型（不知火型）、朝雲は朝潮型（満潮型）駆逐艦だが、十一水戦司令部は3隻とも『浦風型駆逐艦』と分類している。7月15日、ろ号輸送部隊（長良、摩耶、鹿島、冬月、清霜、朝雲、浦風、竹）は中津湾を出港。17日に沖縄島南東部中城湾へ到着後、先行した第二輸送隊（摩耶、朝雲、浦風）と第三輸送隊（冬月、清霜、竹）に分離、第三輸送隊は南大東島への緊急輸送を行った。宮古島に向かった第二輸送隊（摩耶、朝雲、浦風）は内地に帰投せず、そのままリンガ泊地へ向かった。第三輸送部隊は任務を終えて18日夜中城湾帰投。19日、5隻（長良、鹿島、冬月、清霜、竹）は沖縄を出発。翌日の内地帰投をもって『ろ号輸送部隊』は解散した。8月10日、駆逐艦2隻（清霜、竹）は呉を出撃。馬公を経由し、8月16日にマニラに到着、パラオに対する輸送作戦を行ったが8月18日、軽巡名取がアメリカの潜水艦ハードヘッド (USS Hardhead, SS-365)の雷撃で撃沈され、基地航空隊および駆逐艦3隻（清霜、竹、浦波）はそれぞれ名取沈没現場に派遣されて捜索を行うが手掛かりを得られず、20日になり清霜はパラオ輸送任務についた。竹はパラオ諸島で座礁した駆逐艦五月雨（第27駆逐隊）の救援に向かった。8月15日、日本海軍は夕雲型駆逐艦3隻（早霜、秋霜、清霜）により第二駆逐隊を編制した。駆逐隊司令は、吹雪型駆逐艦綾波艦長や陽炎型駆逐艦11番艦浦風初代艦長等を歴任した白石長義大佐。第二水雷戦隊（司令官早川幹夫少将・海兵44期）に編入された。太平洋戦争における二代目の第二駆逐隊である。太平洋戦争開戦時の第二駆逐隊は白露型駆逐艦4隻（村雨、夕立、春雨、五月雨）で編制されていたが、夕立・村雨の沈没、春雨長期修理により1943年（昭和18年）7月1日附で解隊されていた。