1942年、モリソンは、友人で当時大統領だったフランクリン・ルーズベルトと会い、海軍部内の視点から描いた第二次世界大戦に関するアメリカ海軍戦史の執筆と、そのための自らの従軍を提案した。ルーズベルトとフランク・ノックス海軍長官は、この提案を受け入れることにした。1942年5月5日、モリソンは少佐としてアメリカ海軍予備員（en）に登録されると同時に招集された。モリソンの提案した戦史は、“en:History of United States Naval Operations in World War II”（『第二次世界大戦におけるアメリカ海軍作戦全史』）として実現し、戦後の1947年から1962年にかけて全15巻が公刊された。同書は、戦略および戦術面に加え科学技術や人事まで網羅した内容で、イギリスの軍事史家のジョン・キーガン（en）によると第二次世界大戦に関する最高の文献であると評される。第3巻の“The Rising Sun in the Pacific”（1948年、『太平洋に昇る太陽』）は、1949年のバンクロフト賞受賞作となった。1945年12月15日、モリソンは海軍大佐に昇進した。1951年8月1日には軍務の実績を称えられて海軍少将に昇進のうえ、海軍予備員を名誉退役した。モリソンは、海軍在役中の1946年に刊行した“History as a Literary Art: An Appeal to Young Historians”の中で、優れた作品は経験と調査の相乗効果から生まれるものだとして、次のように語っている。アメリカの歴史家たちは事実を伝えようと熱望し、真摯に真実を語ろうとする一方で、これまでその仕事の文学性には無神経であった。彼らは、歴史叙述に宿る芸術性を忘れてしまっているのだ。（American historians, in their eagerness to present facts and their laudable concern to tell the truth, have neglected the literary aspects of their craft. They have forgotten that there is an art of writing history.）
モリソンは、ハーバードでの博士論文をもとに、1913年、最初の公刊著作となるハリソン・グレイ・オーティスについての伝記“The Life and Letters of Harrison Gray Otis, Federalist, 1765–1848”を出版した。1915年には、ハーバード大学に専任講師の職を得て戻った。第一次世界大戦の間、モリソンはアメリカ陸軍の一兵士として従軍した。また、1919年6月17日まで、講和会議におけるバルチック委員会のアメリカ代表を務めた。1922年から1925年の間、モリソンは、オックスフォード大学でアメリカ史のハームスワース記念教授（仮訳：Harmsworth Professor of American History）の地位に、アメリカ人としては史上初めて就任した。1925年にはハーバード大学へ再び戻り、教授となった。この時期のモリソンの主な研究対象の一つはニューイングランドの歴史で、1921年には“The Maritime History of Massachusetts, 1783-1860”を著していた。1930年代には、“Builders of the Bay Colony: A Gallery of Our Intellectual Ancestors”（1930年）、“The Founding of Harvard College”（1935年）、“Harvard College in the Seventeenth Century”（1936年）、“Three Centuries of Harvard: 1636–1936”（1936年）および“The Puritan Pronaos”（1936年）など、ハーバード大学及びニューイングランドについての一連の著作を発表している。なお、彼は後年にも再びニューイングランド史に取り組んでおり、“The Ropemakers of Plymouth”（1950年）や“The Story of the 'Old Colony' of New Plymouth”（1956年）を執筆、1952年には編集者として“Of Plymouth Plantation, 1620–1647”の復刻にも携わった。1940年、モリソンは、後のコロンブスに関する成功作の先駆け的な歴史書“Portuguese Voyages to America in the Fifteenth Century”を刊行した。1941年には、ハーバード大学でアメリカ史のジョナサン・トランブル記念教授（仮訳：Jonathan Trumbull Professor of American History）に選ばれた。モリソンは、帆船による航海に新しく関心を向けるようになった。そして、彼の学識に、コロンブスが訪れたと思われる場所へ実際に航海した体験を加え、成果として発表した“Admiral of the Ocean Sea”（1942年）は、1943年のピューリッツァー賞に輝いた。
グリーンランド語の音韻論は一連の同化現象によって他のイヌイット語から音韻論的に区別される。グリーンランド語の音韻論は子音連結を許すが、2つの異なる子音からなる連結はその前者が /r/ でないかぎり許されない。連結の第1子音はつねに第2子音に同化しており、結果として二重子音となる。二重化した /tt/ は [ts] と発音され ⟨ts⟩ と書かれる。二重化した /ll/ は [ɬː] と発音される。二重化した /ɡɡ/ は [çː] と発音される。二重化した /ʁʁ/ は [χː] と発音される。二重化した /vv/ は [fː] と発音され ⟨ff⟩ と書かれる。/v/ は /r/ の後では [f] とも発音されそう書かれる。こうした同化の意味するところは、もっともよく知られたイヌクティトゥット語の単語のひとつである iglu（「家」）がグリーンランド語では illu であり、イヌクティトゥット語の /ɡl/ という子音連結が同化して無声歯茎側面摩擦音になるということである。そして Inuktitut という単語それじたい、カラーリット語に移されると Inuttut となる。古グリーンランド語 (Old Greenlandic) の二重母音 /au/ は同化して /aa/ となっている。子音 /v/ は /u/ と /i/ または /a/ とにはさまれるとき消失している。これはつまり -va または -vi で始まる接辞は /u/ に終わる語幹に接尾されるとき [v] のない形をとるということである。現代グリーンランド語の母音 /i/ は、エスキモー・アレウト祖語 (Proto-Eskimo–Aleut) の母音 *i と *ɪ との歴史的融合の結果である。第4の母音〔*ɪ のこと〕は古グリーンランド語ではまだ存在していたことがハンス・エーイェゼ (Hans Egede) によって証言されている。現代の西グリーンランド語では本来あったこの2つの母音の差異は特定の環境において形態音韻論的に識別されうるのみである。本来 *ɪ であった母音はべつの母音に先行するときには [a] という変種をもち、特定の接尾辞の前では消失することがある。子音連結の同化が発生するその度合は、現在でも二重化しない若干の子音連結を許している極地エスキモー語（イヌクトゥン語）を、西ならびに東グリーンランド語から分離する重要な方言的特徴である。東グリーンランド語（トゥヌミート語）はたとえば [ɬː] から [tː] へのように、いくつかの二重子音を移行させている。トゥヌミート語ではたとえば、カラーリット語なら Illoqqortoormiut になるであろう町の名前が Ittoqqortoormiit となっている。