2019年9月、第四回の大統領選挙が実施された。同月、クンドゥーズ市を襲撃したターリバーンがバグラン・クンドゥーズ間の高速で戦闘を継続し、戦闘や空爆の巻き添えで市民に被害が出て、排除するまでに12日間を要した。10月、治安軍はアフガニスタン北部で大規模な作戦を実施し、シャハブッディンなどを攻撃した。同月、ヒズベ・イスラミ・ヘクマティアル派の地元指揮官が私的な金銭トラブルで隣人を殺害した。
2009年8月、第二回の大統領選挙が実施された。バグラーン州ではアブドラ・アブドラ元外相が最多得票（約57％）を得た。2010年3月、バグラニ・ジャディード郡でヒズベ・イスラミ・ヘクマティアル派（HIG）の部隊がターリバーンと交戦した。HIGはターリバーンと同盟関係にあり、2009年にはクンドゥーズ州の７郡中5郡を紛争状態に陥れ、バグラーン州ではバグラニ・ジャディード郡とブルカ郡を共同支配していた。しかし同盟は決裂し、戦闘に敗北したHIG部隊はアフガニスタン政府に降伏した。HIGはチェチェンやウズベキスタン、タジキスタンなどから兵士を集めており、アフガニスタン北部に3000～4000人の兵力がある。またアルカイーダに訓練されたサウジアラビアやイエメンの兵士も居る。降伏した部隊の指揮官は元は裕福なビジネスマンで、西洋の攻撃や猥褻な文化や民主主義の押し付けに反発して闘争に加わった。9月、第二回の下院選挙と州議会選挙が行われたが、戦争は更に激しくなりISAFや民間人の死傷者が急増した。2012年6月、州の北部で連続して地震が発生し地すべりにより多数の死傷者が出た。2013年7月、ディ・サラー郡で地元のイスラム教の司祭が女性外出禁止令・化粧品禁止令（ファトワー）を布告し、布告を実行しようとした市長が化粧品店の店主に射殺されるという事件が起きた。
2004年10月、第一回の大統領選挙が実施され、バグラーン州ではユーヌス・カーヌーニー（約39％）が最多得票を得た。同月、地方復興チーム（PRT）としてオランダ軍が州都に展開した。2005年5月、国際治安支援部隊（ISAF）がアフガニスタン東部で活動を開始した。9月、第一回の下院選挙が行われた。2006年10月、バグラーン州の担当が交代となり、オランダ軍に代わってハンガリー国防軍が州都に展開した。2007年11月、砂糖工場の式典で自爆テロがあり、下院議員など数十人の市民が死亡した。
バグラーン州では2002年から2012年までの約10年間で、3回の中規模地震が発生している。2002年3月のアフガニスタン北部地震（Mw6.1）では、ナリーン郡の1500戸が全半壊して1000人以上が死亡し、数百人が負傷した。
1989年にソ連軍がアフガニスタンから撤退してもカブールの共産党政権はなんとか持ちこたえていたが、1991年にソビエト連邦が崩壊すると民兵の間に動揺が走った。1992年、サイイド・マンスールは共産党政権を裏切ってラシッド・ドスタムと共に自立し、カブールの共産党政権を倒したがすぐに内戦が始まった。1994年3月、イスラム協会軍がカブールとタジキスタンの間の輸送路を確保するためにバグラーン州に侵攻して、ヒンジャーン郡やドーシー郡を占領した。イスマーイール派教団は、1995年から1996年頃にバグラーンからプレ・フムリーに州都を移した。1998年8月、ターリバーンはラシッド・ドスタムの根拠地であるマザーリ・シャリーフを陥落させ、パンジシール渓谷を包囲するためにバグラーン州に侵攻して、州都プレ・フムリーを占領した。
2016年11月2日に大田泰示、公文克彦との交換トレードで石川慎吾と共に読売ジャイアンツへ移籍し、同日に巨人、日本ハム両球団より発表された。これまで使用していた背番号34は金田正一の永久欠番のため使用できず、21となった。チームには同姓の吉川大幾が居り、またルーキーで吉川尚輝が入団したことから、スコアボードなどでは「吉川光」と表記される。2017年は開幕から先発ローテーションに入ったが、4月13日の広島東洋カープ戦に先発すると1回1/3を投げて4失点と乱調で、4月17日に一軍登録を抹消された。5月24日に一軍登録されると同日の阪神タイガース戦では5回に阪神の鳥谷敬に対して頭部（顔面の右側部分）へのデッドボールを起こして負傷させ、自身2度目の危険球退場となった。その後は、先発で勝ち星がないまま中継ぎへと回り7月に左肩痛のため二軍落ちした。一軍再昇格後の9月13日の阪神戦（甲子園）で先発し6回無失点で移籍初白星をマークした。シーズンでは12試合の登板で1勝3敗・防御率5.87を記録した。2018年も開幕から先発ローテーションに入りし、4月25日の中日ドラゴンズ戦に先発（5回2失点）してシーズン初勝利を挙げ、セ・リーグ全6球団から白星を挙げた。また、この試合では巨人は63年ぶりに1試合20得点を入れた。シーズンでは先発と中継ぎを兼任し6勝を記録した。2019年は背番号を47に変更し左のセットアッパーとして期待されたが9試合で防御率9.95と散々な成績に終わる。巨人での最後の登板となった6月5日の楽天戦では、同点の8回裏に登板したが1球もストライクがとれず四球を与え即降板となった。