Cisa（dea Ciza) がアウクスブルクの女神である。シュヴァーベン族によってレヒ川とヴェルタハ川の間に築かれた都市 Cisaris（後のアウクスブルク）に対するローマ人の包囲戦失敗について、1135年頃にウルスベルク修道院で制作された『Excerptum ex Gallica Historia』の傍注に記述されている。それによれば、この街は女神 Cisaの聖域にちなんで名付けられたとされている。この文書にはさらに、地区名のクリークスハーバーはグリーヒェン・アファー（ギリシアのAvar）に、ハーフェンベルクはローマの軍事長官ハベーノ（またはヘバイノ）にプファーゼーは軍事司令官フェレスにそれぞれ由来すると記述している。この12世紀のテキストは明白な重点をもった散漫な寄せ集めであり、伝承研究にとっては、アレマン時代以前の地域名にありきたりでファンタジックな解釈を施したものに過ぎない。ただし、女神 Cisa についてはヤーコプ・グリムがその著書『ドイツ神話学』で「注目すべき伝承」とはっきりと重視しており、議論の対象となっている。現在の聖ウルリヒおよび聖アフラ教会に近いキッツェンベルク付近でアレマン人によるテュール神崇拝の儀式が行われていたかどうかは、未だに学問上確定していない。アウクスブルクでは、遅くとも中世後期以降にはローマ属州時代のメドゥーサの首が、現在のウルリヒ教会に塗り込められていた。これは現在、市内のローマ博物館で見ることができる。Cisaの姿はペルラハ塔の風見に見ることができる。また、アウクスブルク聖堂の聖堂の扉の彫刻にこの女神を示唆するものがある。
1876年5月23日、埼玉県児玉郡山王堂村に、戸長であった五十嵐九十郎・シゲの三男として生まれる。生家は、利根川沿岸で江戸時代から船着き問屋を営み、名主も務めてきた家であった。父は三四郎が兵役にとられるのを嫌い、「一家の主人」には兵役免除が適用されるため、同村の石川半三郎の養子とした。東京法学院に在学中、海老名弾正の本郷教会に通ってキリスト教に接近し、卒業のころに受洗する。1901年7月に東京法学院を卒業、高等文官試験を断念し、堺利彦と花井卓蔵の斡旋で『万朝報』の発行所である朝報社に入社する。1903年11月、『万朝報』が日露反戦論から開戦論に転換したことを受けて朝報社を退社していた堺と幸徳秋水が平民社を開業すると、これに同調して朝報社を退社し平民社に合流。非戦論と社会主義を主張して週刊『平民新聞』や『直言』に多くの論説を発表した。平民社は第1次桂内閣の弾圧を受け、『平民新聞』はたびたび発売禁止となり、石川や幸徳、堺らには罰金刑や投獄が繰り返された。1905（明治38）年1月、『平民新聞』が1周年記念に『共産党宣言』を翻訳・掲載したことを契機に、幸徳らは逮捕、印刷機械等が没収され、『平民新聞』は廃刊に追い込まれた。平民社の解散以後、石川は木下尚江の誘いを受けキリスト教社会主義の立場を採る『新紀元』を創刊。この時期、田中正造と行動を共にし、足尾銅山鉱毒事件に取り組んだ。この頃『日本社会主義史』を執筆。1906（明治39）年6月、渡米から帰国した幸徳が労働者の直接行動を訴えると、石川は『新紀元』を廃刊して幸徳と合流し、翌1907（明治40）年1月に幸徳とともに『日刊・平民新聞』の刊行を強行。同紙は3ヵ月で廃刊に追い込まれた。また、日本社会党の分裂を阻止するため第2回大会で加入し、堺と並んで幹事に選出された。1910（明治43）年5月、大逆事件の際は、事件前に雑誌『世界婦人』に書いた記事により禁固・罰金刑を受けて同年7月28日まで留置されており、釈放後再び拘束され家宅捜索を受けたものの、嫌疑なしとして釈放された。翌1911（明治44）年1月18日に大審院で幸徳ら24人は死刑判決を受け、石川は処刑3日前の同月21日に東京監獄で幸徳らと面会している。1912（明治45）年に『哲人カアペンター』を翻訳出版。徳富蘆花が序文を寄せ、石川の人物について紹介した。石川は大逆事件に大きな衝撃を受け、ベルギーや中国のアナキストの支援を受けてヨーロッパに渡った。イギリス、フランス、ベルギーなどでルクリュ一家やエドワード・カーペンターなどと親交を結び、第一次世界大戦に遭遇。第一次大戦後、日本に帰国。1921（大正10）年10月、欧州行のため乗船した箱根丸で侯爵・徳川義親と知り合う。帰国後、国電田端の崖の上の長屋で暮らし、訳書『エリゼ・ルクリュ』、『社会運動史』を執筆。この頃、徳川に娘のフランス語の家庭教師として雇用される。また、自宅でもフランス語教室を開き、フォークシンガーの高田渡の父である高田豊が一時期、生徒として通っている。1923（大正12）年9月、関東大震災直後に田端警察署に拘束されたが、同署を訪れた徳川により釈放され、衰弱していたため、また東京にいると危険だとして、北海道・八雲町の徳川農場に移され、静養。翌1924年1月に帰京し、清浦内閣の頃、徳川による貴族院改革案の起草に協力した。大杉栄死後の日本のアナキズムの中心人物の一人となる。1927年（昭和2年）、共学社を設立。1929年（昭和4年）、雑誌「ディナミック」を創刊。石川は、多くのアナキストが満州事変前後に農本主義などに絡めとられていく中、満州事変を鋭く批判してアナキズムの孤塁を守った。石川は、デモクラシーを「土民生活」と翻訳し、独自の土民生活・土民思想を主張、大地に根差し、農民や協同組合による自治の生活や社会を理想としたが、権力と一線を画し下からの自治を重視した点において、農本主義とは異なるものだった。太平洋戦争中は、独自の歴史観から東洋史研究にも取り組んだ。敗戦直後に「無政府主義宣言」を書き、日本アナキスト連盟を組織。昭和天皇への共鳴と支持を主張して、左派やアナキストからの非難を受けたが、石川がもともと通常の右や左の範疇に属さない、独自の論理と思想の人間であったことを考えれば、戦中の抵抗も敗戦時の天皇支持も、石川においては一貫した独自の感性や思想に基づいたものだったといえる。養女に評論家の望月百合子がいる。