ヨーロッパ諸国の移民が現れる前にも奴隷制は存在していた。先住民族は他の種族を戦争で捕虜として捕らえ、奴隷化していた。これら捕虜の中には、例えばアステカのような種族では人身御供とされる場合もあった。スペインはカリブ海で現地の住民を奴隷化した。疫病や強制労働および無作為な殺人によって先住民人口が減少するに連れて、大規模な奴隷貿易によって輸入されるアフリカ人に置き換えられていった。18世紀までに、黒人奴隷の数が圧倒的になり、先住民の奴隷はほとんど見られなくなった。奴隷船でアメリカ大陸に送られたアフリカ人は、その故郷の海岸に住む種族が捕まえて売り払った者達が多かった。アフリカではヨーロッパ人が疫病に罹患する確率が高かったので、奴隷を捕まえる役割は現地の種族に限定された。奴隷貿易の代価はラム酒、銃および弾薬が大きなものだった。1810年頃までに30万ないし40万人の黒人奴隷がチャールストンやニューポートの港に届けられた。カリブ海の諸島、ブラジル、メキシコおよびアメリカ合衆国に輸入された奴隷の総数は1000万人ないし2800万人と見積もられている。特にイギリス領の13植民地では、アフリカ人奴隷に加えて貧しいヨーロッパ人が年季奉公として多く連れてこられた。
新世界に移民した集団の中ではローマ・カトリック教徒がまず大きなものとなった。ポルトガルやスペイン（後にはフランス）の植民地に渡るものはカトリック信仰の継続を求められた。一方、イギリスやオランダの植民地の場合は、宗教的に多様化する傾向があった。英国国教会、オランダのカルヴァン主義、イギリスのピューリタン、同じくイギリスのカトリック、スコットランドの長老派教会、フランスのユグノー、ドイツやスウェーデンのルーテル教会派、クエーカー、メノナイト、アーミッシュ、モラビア派およびユダヤ教であった。開拓者の多くの集団は宗教的迫害のない信仰の権利を求めてアメリカ大陸にやってきた。16世紀の宗教改革は西ヨーロッパのキリスト教による一体感を破壊し、非常に多くの新しい宗派を作ることになったので、政府当局から迫害を受けることがあった。イギリスでは16世紀の終わりまでに国教会の体制に疑問を投げ掛ける人が増えた。その中でも顕著な運動となったのがピューリタン運動であり、聖書には記述されていないこと（聖伝）をも重んじるカトリックの習慣が残っていることについて、国教会の「浄化」を求めた。イングランド王チャールズ1世は国王の神権を強く信じており、非国教徒を迫害した。抑圧されたピューリタンがおよそ2万人という数字になって1629年から1642年の間にニューイングランドに渡り、幾つかの植民地を築いた。17世紀の後半、新しくペンシルベニア植民地がウィリアム・ペンに与えられたが、これは国王がペンの父親に借金をしていたことの代償であった。1682年頃ペンによって植民地政府が作られ、迫害されたイギリスのクエーカー教徒の逃避場となったが、他の宗派の者も迎えられた。バプテスト、クエーカーおよびドイツやスウェーデンのプロテスタントがペンシルベニア植民地に集まった。土地が安いこと、信教の自由、さらに自分の手で生活を改善できるという魅力があり、迫害や貧窮から逃れたいという人々を惹き付けた。アメリカでは、これらの人々が共同して平和を保っていく道を作ったのでアメリカ独立戦争までのおよそ150年間は抗争の少ない時代が続いた。
行尹は延慶2年（1309年）に正五位下、延慶4年（1311年）に左兵衛権佐、文保2年（1318年）に従四位下に昇進した。しかし、それ以後20年間の動向がはっきりしない。『入木口伝抄』によると、行尹は文保のころ、籠絡されて鎌倉に没落したとある。第11代当主である兄の行房が延元2年/建武4年（1337年）3月、金ヶ崎城落城時に自刃し、世尊寺家は年若い当主を失った。そして、行尹が第12代当主となり、世尊寺家は命脈を保つことができたが、行尹がいつ鎌倉から戻ったのか、その詳細は不明である。ただし、『公卿補任』によると兄の死の翌年（1338年）1月に行尹は従四位上に昇進したとあり、20年ぶりに官位が変化している。よって、このころに行尹は京に戻り、世尊寺家の家督を継いだと考えられる。行尹は延元4年/暦応2年（1339年）1月に宮内卿、翌年4月に正四位下に昇進し、それ以後、能書活動が記録されるようになった。その記録は『園太暦』に詳しく、興国5年/康永3年（1344年）から正平3年/貞和4年（1348年）までの活動が見え、特に晩年期の活躍が著しい。例えば、「正平2年/貞和3年（1347年）9月25日、光厳上皇・広義門院が竹林院入道西園寺公衡の三十三回忌仏事を営むにあたり、菅原在成起草の願文を清書す。」などとある。興国7年/貞和2年（1346年）、従三位に至るが、能書のゆえの栄進である。宮廷で持明院統（北朝）と大覚寺統（南朝）とが対立する中、行尹は北朝に仕え、公式の書役をつとめた。南北両朝の戦塵の中に行尹の能書活動が迎えられたのである。行尹の真跡として、『七首和歌懐紙』、『五首和歌懐紙断簡』、『諸徳三礼』などが伝えられるが、確実なものは遺っていない。しかし、三条西実隆の日記『実隆公記』に、行尹の書いた伝奏番文の筆跡を称賛した記録があり、彼の筆跡が優れていたことは明らかである。行尹は兄・有能の子である行忠を養嗣子に迎えた。行忠は第13代当主となり、正二位・参議に至り、家門の面目を十二分に発揮した。