ネット上では試して良かったという声が多数挙がっているものの、その反面、コーヒー浣腸のやり過ぎによる電解質異常や、挿入時の直腸粘膜損傷に起因する敗血症で副作用、すなわち感染、大腸炎、多菌性の胃腸炎、心不全を起こしたとされる海外での死亡例の報告もある。コーヒー浣腸による電解質異常は重篤ならば死に至る。コーヒーの注入があまりに急速だったり、熱すぎたりすると、直腸穿孔ややけどを起こしうる。市販のキットにて行なう際には自己責任にて行うように記載されている。
コーヒー浣腸は、ガン予防効果があるとも言われるが、確認はされていない。肥満や便秘の治療に試みられる事もある。信者はカフェインが結腸から吸収され、腫瘍の代謝産物を「デトックスする」、慢性の偏頭痛に効果があるなどと主張する。
文久2年（1862年）、安藤らが失脚した後に松平春嶽・一橋慶喜ら一橋派が島津久光（斉彬の異母弟）の台頭で復帰、文久の改革でそれぞれ政事総裁職・将軍後見職に就任した。それに伴い海舟も7月5日に軍艦操練所頭取として海軍に復帰し、閏8月17日に軍艦奉行並に就任。これに先立ち一翁も7月4日に御側御用取次として復帰、海舟は一翁および春嶽とその顧問横井小楠を提携相手として手を組み、彼らが主張する公議政体論（諸侯の政治参加を呼びかけ、幕府と共同で政治を行う主張）の支持者となりその実現に向け動き出すことになる。早速軍艦奉行並就任から3日後の閏8月20日に幕府海軍の強化策を話し合う会議が開かれ、意見を披露した。海舟がいない間海軍は木村が安房館山藩主稲葉正巳の下で改革案を練り上げ、この会議で軍艦総数を370隻以上、乗組員総数6万人を集め全国6ヶ所に軍艦を配置する一大構想をぶち上げたが、海舟は500年かかっても無理だと反対して地方からの人材登用・育成論を語り、木村の案を事実上廃棄へ追い込んだ。反対の根拠は諸侯に金だけ出させ、幕府だけ軍事力強化に走る構想が公議政体論と合わず、諸侯と幕府が協力するだけでなく海軍も互いに手を取り合い強化すべきとする小楠の意見を参考にして人材登用論を発表したのだった。一方、14代将軍徳川家茂の上洛が取り沙汰されると、6月に費用節約の観点から海路上洛を書いた建白書を一翁を通して提出したが却下された。代わりに手付金5000ドルでイギリス船ジンキーを試乗して気に入り、15万ドルで購入したジンキーを順動丸と改名し上洛用に運用することが出来たが、11月5日に一翁が左遷され23日に罷免（朝廷からの攘夷催促に反対し政権返上を口にしたのが慶喜に嫌われたためとされる）、小楠も12月19日に刺客に襲われた事件で京都へ行けなくなり、同志を2人失う痛手を被った海舟は幕府首脳を順動丸で大坂へ移送する役目を負い、12月17日に老中格小笠原長行を乗せて品川を出発、24日に大坂へ到着し滞在、長行に兵庫で海軍操練所建造を提案しつつ海岸線調査を行い、年を越した文久3年（1863年）1月13日に兵庫を出航、16日に品川へ戻った。この間に坂本龍馬の名前が海舟の12月29日付の日記に出るが、両者のそれ以前の交流は不明である。2月、将軍の海路上洛が陸路上洛に変更され落胆するも、同月13日に江戸を出発した家茂の後を追う形で24日に順動丸で海路上洛、2日後の26日に大坂で投錨して先回りした（家茂一行は3月4日に上洛）。そこで砲台設置を命じられていたため検分に務め、4月23日に京都から大坂へ下った家茂を出迎え、順動丸に乗せて神戸まで航行した。神戸は碇が砂に噛みやすく水深も比較的深く大きな船も入れる天然の良港であるので、神戸港を日本の中枢港湾（欧米との貿易拠点）にすべしとの提案を大阪湾巡回を案内しつつ家茂にしている。家茂にこの提案を受け入れさせる一方、海舟は同行していた公家の姉小路公知も抱き込み、27日の幕府の命令で神戸海軍操練所設立許可が下り、年3000両の援助金も約束、操練所とは別に海舟の私塾も作ってよいと達しも出た。操練所はすぐには作れないため私塾の方が先に始動、薩摩や土佐藩の荒くれ者や脱藩者が塾生となり出入りしたが、海舟は官僚らしくない闊達さで彼らを受け容れた。後に神戸は東洋最大の港湾へと発展していくが、それを見越していた海舟は付近の住民に土地の買占めを勧めたりもしている。海舟自身も土地を買っていたが、後に幕府に取り上げられてしまっている。5月9日には朝廷からの命令を通した幕府から製鉄所の設立も命じられ（姉小路公知が朝廷説得に動いたとされる）、海軍強化に大きく前進していった。しかし政局も動乱が相次ぎ、まず3月から上洛していた家茂が朝廷に攘夷実行を迫られ、これに反対して政権返上を主張した春嶽が3月21日に無断で京都を離れてしまった。続いて姉小路が5月20日に何者かに暗殺され（朔平門外の変）、海舟は提携相手を2人も失い、度々幕閣に攘夷を主張しても受け入れられず、戦争のきっかけに考えていた生麦事件も幕府が賠償金をイギリスに支払い事態収拾されたため、政治的に不利になっていった。