ポーランド戦後、特務部隊の特務師団とは別に髑髏部隊から髑髏師団、さらに秩序警察から警察官が抽出されて警察師団が編成された。これらSS傘下の武装勢力を合わせて「武装SS」と呼ぶようになった（親衛隊の命令書に「武装SS」の語が初めて登場したのは1939年10月29日）。1939年11月末にヒムラーが公式に3個師団、14個髑髏連隊、2SS士官学校から成る武装SSの発足を宣言した。1940年3月8日には国防軍最高司令部(OKW)も武装SSを承認した。1940年6月にはSS特務部隊総監府は武装SS司令部(Kommandoamt-Waffen SS)と名称を変え、SS本部からの独立が許可された。さらに1940年8月15日には武装SS司令部とSS本部の兵員補充以外の部門が統合されてSS作戦本部が創設された。以降の歴史については武装親衛隊の項目を参照のこと。
ポーランド戦後、SS特務部隊は師団編成のためにただちにドイツへ帰還した。1939年10月10日にライプシュタンダルテを除くSS特務部隊は師団として編成され、ここにSS特務師団が誕生した。パウル・ハウサーが師団長に就任した。この頃、ポーランド戦においてSS砲兵連隊の隊員がユダヤ人を無法に銃殺したとして陸軍はこのSS隊員を軍規違反で軍法会議にかけた。ヒムラーはこれに激怒し、軍からSS隊員の裁判権を奪ってほしいとヒトラーに要請するようになった。ヒトラーはこれを許可し、1939年10月17日に国防閣僚会議布告としてSS特務部隊員の裁判権はSS全国指導者の助言に基づいて総統が任命した裁判官から成るSS特別裁判所にあると定め、国防軍の裁判権からSS特務部隊を解放した。なおも特務部隊には国防軍の軍規に従う事が義務付けられてはいたが、もはや軍の軍法会議で裁かれることは無くなった。
1936年3月のラインラント進駐にライプシュタンダルテが国防軍に従軍している。1938年3月11日のオーストリア進駐（オーストリア併合）にもライプシュタンダルテの一個自動車大隊が陸軍第16軍隷下で従軍した。1938年10月のズデーテン進駐（ズデーテン併合）にはライプシュタンダルテのみならず「ドイッチュラント」連隊と「ゲルマニア」連隊、また髑髏部隊の「オーバーバイエルン」連隊も従軍した。このズデーテン進駐の際の教訓からSS特務部隊の自動車化が急速にすすめられ、1939年3月のチェコスロバキア併合の際にはSS特務部隊の4個連隊が従軍したが、陸軍の機械化師団に遅れることなくプラハに進駐できた。
国防軍からの統制要求もあってヒトラーは1938年8月17日に秘密総統布告を出した。これはSS特務部隊と国防軍の役割の区分を図るとともにSS特務部隊を恒久的戦力として認めるものであった。この中でヒトラーは特務部隊について「国防軍の一部でも警察の一部でもなく、私の意のままに動く独立した武装部隊である」と定義した。また「SSは基本的に政治組織であって武装はしないが、SS特務部隊、SS士官学校、SS髑髏部隊は内政に特別な任務を負っており、また戦時には陸軍の指揮下に戦時動員されるので武装・訓練・編成を施す必要がある」とした。これによりこれまで軍事組織と認められていなかったSS士官学校とSS髑髏部隊も軍事組織として認められることとなった。またSS特務部隊は常備部隊でありながら予備部隊を持っていなかったが、これについても「戦時にはSS髑髏部隊の特定の部隊をイデオロギーに適合する予備部隊としてSS特務部隊へ移籍させる」と定められた。特務部隊の指揮権については戦時の戦場への出動の場合は陸軍に、平時の治安出動の場合は親衛隊全国指導者兼ドイツ警察長官（ハインリヒ・ヒムラー）にあるとされた。平時には国防軍とSS特務部隊に組織上の繋がりはないとされ、これまで軍と揉めてきた特務部隊の人員確保の問題について裁可権はヒトラーにある事が確認された。
生存者は中国共産党軍への徴兵、シベリア抑留などさまざまな運命を辿ったが、通化事件以降、中共は方針を転換し、宥和的な態度をとり、夏には帰国の許可を与えられるものもあった。関東軍第二航空軍第四錬成飛行隊のうち、航空技術をもたない100名余りの隊員は部隊から離され炭鉱や兵器工場に送られた。篠塚良雄は竜泉ホテルで共産軍に逮捕されたが包囲された際に熱病にかかり、9月まで意識を失っており回復後は人民解放軍に入隊し、1953年に撫順戦犯管理所に送られたと述べている。帰国後は撫順の奇蹟を受け継ぐ会などで731部隊の証言を行っている。1946年末に中華民国政府軍が通化を奪還すると事件犠牲者の慰霊祭が行われた。1947年には中国共産党軍が通化を再び占領した。事件の生存者の1人だった中山菊松は通化遺族会を設立し、日本政府や国会に対して陳情活動を始めるなど全国的な運動を展開した。1954年には川内通化県副県長の妻とともに、大野伴睦らの仲介で川崎秀二厚生大臣に対し、遺族援護法を通化事件犠牲者にも適用することを嘆願し、認められた。通化遺族会は1955年以降、毎年2月3日に靖国神社で慰霊祭を行っている。共産軍の勝利に貢献した前田光繁は日本に帰国後、日中友好会理事を務めるなどし、2005年には北京で開かれた「中国人民抗日戦争・世界反ファシズム戦争勝利60周年記念」に出席し、胡錦濤主席の統治を称えるとともに日中関係の友好的発展のために努めることを表明している。林弥一郎は日中平和友好会を創設し会長を務めた。