PCエンジンの市場がCD-ROM主体になっていく1992年以降になると、リリースされるゲームも多数のアニメ絵のデモの収録、有名声優の起用、美少女キャラを売りにしたソフトの比重が高くなり、前述の本誌が創刊当初から想定する対象年齢の誌面構成と、実際のPCエンジン市場のユーザー層の趣向とは徐々にズレが生じてくる。これに加え、他機種のスーパーファミコン市場の隆盛、新ゲーム雑誌の創刊ラッシュ、1994年にはPC-FX、3DO、プレイステーション、セガサターンなどの多数の次世代ゲーム機の発売を控えていたなどの状況を鑑み、小学館は新雑誌としてゲーム総合誌『ゲーム・オン!』の創刊を決定。制作は本誌の編集スタッフがそのまま移行した形となり1993年12月3日に新創刊された。これに伴い本誌は1994年3月号をもって廃刊終了が決定。創刊から約5年半で幕を閉じることとなった。しかしながら、この突然の廃刊に反感を覚えた読者も少なくなく、そうした読者はゲーム・オン!へは移行せずに他のPCエンジン専門誌『電撃PCエンジン』（現・『電撃G's magazine』）や『PC Engine FAN』などへ流出した。ちなみに、角川書店『マル勝PCエンジン』は本誌と創刊・廃刊が同日である。
本誌の創刊前のスペシャルの時から連載されていた、当時の新人アイドルをゲストに呼んでPCエンジンの新作ソフトをプレイしてもらうという芸能人紹介枠のコーナー。小川範子がゲストの回は、彼女が主演のゲーム『No･Ri･Ko』をプレイしてもらっていた。この他にも番外編として「プリンセスカフェII」が企画され、当時コナミの美人広報として人気のあった早坂妙子氏をゲストに呼び、スタジオ撮影も交えながらコナミのゲームに対するインタビューを行うという、他誌では見られないような意欲的な回もあった。
ゲーム業界のニュースやイベントリポートなどニュースリリースのコーナー。この他にも、当時ハドソンの技術本部長を務めていた中本伸一による連載の「ハイパー電脳コラム（後にHYPER BOXに改題）」など、ハード寄りな技術的話題を扱ったややテクニカルなコーナーもあり、専門用語なども小学生でもわかりやすく解説されていた。
投稿コーナーは「ニンジン倶楽部」で読者の意見などを紹介していた。読者投稿のイラストコーナー「遊楽画廊」では、別枠でカラーで掲載ページもあってか、質・量とも当時のゲーム雑誌の中では高レベルな投稿が多かったようである。これらの読者コーナーに投稿が採用されると「豪華な粗品」が送られることになっていたが、詳細は最後まで誌上では明かされていない。
2002年（平成14年）1月7日、日本の皇太子徳仁親王・同妃雅子夫妻の待望の第一子・長女の愛子内親王誕生の一連のマスメディアによる報道を『狂騒ともいうべき、異常で過剰な天皇及び天皇家への祝意・賛美の宣伝で埋め尽くされた』と評し『こうした押しつけがましい態度は許されるのか。天皇・皇太子夫妻・皇族はそれほど特別で偉い存在なのか』として今後、国会・政府・マスコミが祝意の強制・押しつけを行わないように、と抗議した。2003年（平成15年）、在日韓国人人権宣教協議会や外キ協（外登法問題と取り組む全国キリスト教連絡協議会）と「日本は朝鮮半島分断の受益国であることを認め、植民支配の歴史責任問題を一日も早く解決し、北朝鮮と日本の交渉再開、在日韓国人と朝鮮人に対する差別政策、人権弾圧を中止すべきだ」と共同宣言を発表した。2004年（平成16年）6月に、日本の国旗「日の丸」・国歌「君が代」の強制に反対する声明を発表した。2010年（平成22年）8月に同協議会靖国神社問題委員会が平和遺族会全国連絡会・政教分離の侵害を監視する全国会議と共に石原慎太郎・東京都知事（当時）の靖国神社参拝に対して、政教分離を理由に中止を求める共同声明を発表した。2010年（平成22年）8月13日に韓国キリスト教教会協議会と共同で「韓日強制併合100年　韓国・日本教会共同声明」を発表し、日韓併合条約（大日本帝国による韓国併合）の無効化と日本政府の賠償、朝鮮半島の平和統一に向けた努力等を訴えた。2011年（平成23年）8月11日、韓国・ソウル「戦争と女性の人権博物館建設」募金を開始。2015年、4月1日、韓国基督教総連合会などの連名で、軍艦島の世界遺産登録に反対する「日本の帝国支配に関連する世界文化遺産を登録する日本の試みを非難する共同声明」を発表。2016年2月17日 、慰安婦問題日韓合意に対して、白紙撤回および「① 明確で公式的な方法での謝罪、② 謝罪の証としての賠償、③ 日本政府保有資料の全面公開と更なる真相究明、④ 歴史教科書への記述と追悼事業」を、韓国だけではなく北朝鮮を含んだ全世界に向けて行うことを求める宣言を発表した。。同年8月31日には、「現政府の『札束で相手の頬を打つ』手法がここにも表れている。『少女像』に込められた被害女性たちの人生の傷がこんな方法で癒されるはずがない。それどころか益々傷を深めることになるであろう」「『和解・癒し』を実現し、未来を志向したいのであれば、まず我国が犯した罪を認め、被害者に謝罪し、神と世界の前で悔い改めて、出直すことが必要である」と撤回を求める声明を発表した。2019年10月21日、天皇即位儀礼の費用を公金から支出する事に対して「天皇制は宗教色が強い。政教分離の原則に反する」と反抗声明を出した。