1323年8月12日、オレシェク要塞において、スウェーデン・ノヴゴロド間で最初の国境確定条約(ru)が結ばれた（条約名は地名に拠り、ロシア語準拠でオレシェク条約、スウェーデン語準拠でNöteborg条約）。この条約は締結に先立ち、恒久の和平条約とうたわれていたが、結果的には一時的な和平条約となった。しかしフィンランドでは、この国境線条約の成立によって一定的なスウェーデン＝フィンランドの成立と見做される。この条約は、スウェーデンのフィンランド沿岸部の支配権と、ノヴゴロドのバルト海への出口の進出を保証していた。また、ハンザ同盟を中心とするドイツ人商人の通行の安全確保を目的とするものでもあった。1328年以前から、スウェーデンは、条約によりノヴゴロドに帰属していたカレリア地峡東部の住民への支配権の掌握に動き出していた。1337年に、カレリア人(ru)がノヴゴロドに対して蜂起した際には、スウェーデン王マグヌス4世は反乱軍を支援する軍を送った。スウェーデン軍はしばらくの間コレラ要塞(ru)を占拠し、対するノヴゴロド軍は翌年にヴィボルグを包囲した。その後まもなくして休戦協定が結ばれた。休戦の10年後、マグヌス4世はノヴゴロドにローマ教皇の権威を認めることを求めた。『ノヴゴロド第一年代記(ru)』、『ノヴゴロド第四年代記(ru)』によると、マグヌス4世はノヴゴロド人に、自身の哲学（カトリック神学）の討議への参加を求め、論戦で宗教的紛争の勝利を得ようとしたとされる。それに対し、ノヴゴロド大主教ヴァシリー(ru)は、ノヴゴロドの上流層やポサードニクと協議し、「彼我の信仰において、何れがよりよき信仰であるか知りたいならば、討議に我ら僧正を派遣せよ。我らはギリシャより信仰を得た者（ビザンツ伝来の正教徒）である。」と述べたと記されている。この応答を知ったマグヌス4世は、1348年に軍勢を揚陸させ、8月にはオレシェクを占領した(ru)。しかし秋には、ノヴゴロド軍はひそかにヴォルホフ川経由で船団を送り、オレシェクに停泊中のスウェーデンの軍艦を急襲して撃破した。翌1349年2月、ノヴゴロド軍はオレシェクを奪還した。1350年、マグヌス4世は再度攻撃を仕掛けたが不首尾に終わった。また、同年北欧ではペストが広がり、マグヌス4世の軍事行動は終結した。
この時期のスウェーデンとノヴゴロドの関係の確証に足る史料はわずかであるが、その史料により、スウェーデンとノヴゴロドの間の武力紛争が開始されていたことは明らかである。『ノヴゴロド第一年代記(ru)』の1142年の頁には、スウェーデン軍がバルト海域で3艘の商船からなるノヴゴロドの商隊を攻撃し、150人のノヴゴロド人が殺害されたことが記されている。また、3艘のシュネーカ(ru)（11 - 14世紀のスカンジナビアの兵船）が消失したことも併記されており、この出来事が、史料上における、スウェーデンとノヴゴロドの最初の武力衝突とみなされている。また1164年には、スウェーデンの大艦隊がラドガに迫ったが、ノヴゴロドから漕ぎつけたノヴゴロド公スヴャトスラフ、ポサードニク・ザハリーの船団に撃破され、43艘を失った。一方、12世紀間には、ノヴゴロド人とそれに協力的なカレリア人(ru)とによって、スウェーデン領に対して海賊的襲撃を行う一団が組織されていた。伝説では、1191年にノヴゴロド人とカレリア人が、スウェーデンに対する海外遠征を行い、フィンランドのオーボを占領したというものがある。ただしスウェーデン、ノヴゴロドの年代記ともにこれに関する言及はない。また、この時期の海賊的行為の一つとして、1187年にスウェーデンの都市Sigtuna(ru)が、何者かの略奪を受けている(ru)。伝説の中には、ノヴゴロドの聖ソフィア大聖堂に設置されているシグトゥーナの扉(ru)は、この遠征の戦利品としてノヴゴロドに運ばれたものであるというものがある。ただし、ノヴゴロドの史料上には、この襲撃に関する言及は一切見られず、いかに都市が破壊・略奪されたかという詳しい史料もまたない。スウェーデンの史料は、これを「異教徒の襲撃」とのみ記しており、14世紀初期の『エーリク年代記(ru)』のみが、この襲撃をカレリア人によるものと記している。いずれにせよ、この後の1188年に、スウェーデン人がスカンディナヴィア沿岸の、ドイツ人がゴットランド島のノヴゴロド人を攻撃しており、ノヴゴロド側は海上貿易の中断を強いられている。また、スウェーデンの年代記には、12世紀末に、ヤルル(ru)のJon(en)が9年に渡り、ノヴゴロドやイングリア沿岸との戦いを指揮していたという記述があるが、ルーシの史料からは同様の事象は確認できない。最終的には、この種の（詳細は不確かであるものの、）軍事衝突を受けて、1195年にノヴゴロド、スウェーデン、ドイツ間において協定条約が結ばれた。すなわち、ノヴゴロド人、ドイツ人、ゴットランド島民間の相互の自由な来訪を保障するものである。
郡の新設の時代、マールブルクは1929年に郡独立市となり、同時にオッカースハウゼンが合併した。1933年3月5日の国会選挙で、NSDAPは新しい市の選挙区で 57.6 %（全国平均は 43.9 %）を獲得した。DNVPは 11.1 %、SPDは 13.5%、Zentrumは 5.8 %、KPDは 4.8 %、DVPは 3.6 % であった。この結果に基づき、国家社会主義者は、強制的同一化によって市のあらゆる団体や組織に対して厳しく対処し、ケンプフラーゼンで焚書を行ったりした。それにもかかわらず、その翌年に副首相フランツ・フォン・パーペンは大学でマールブルク演説として知られる演説を行った。これは、ナチスの包括的な権力要求に対する最後の公式な批判演説であった。1938年、マールブルクのシナゴーグが突撃隊によって破壊された。市内のユダヤ人は1942年までにその全員が逃亡するか、強制収容所に送致されるかのいずれかであった。マールブルクは第二次世界大戦をほぼ無傷で切り抜けた。ただし、中央駅だけは敵の空爆攻撃対象となり、ラーンベルクには現在も数多くの爆撃跡のクレーターが遺っている。中央駅は重要な鉄道分岐点として狙い撃ちされたのであった。1945年2月22日の爆撃で駅は甚大な被害を受けた。このため、バーンホーフフィールテル（駅周辺街区）には古い建物だけでなく、新しく造られた家屋もあるのが特徴である。大学の化学研究所、病院の多くの建物（特に眼科と外科）、オルテンベルクの騎馬ホールも破壊された。1945年3月28日の午後遅くにアメリカ陸軍第1軍第7機甲師団の先頭がマールブルクに達し、その翌日に戦闘なくこの街を占領した。この師団は、レーマーゲンからヴェスターヴァルトを超えて（その進軍ルートは現在の連邦道 B255号線に相当する）侵攻してきた。1945年1月頃、パウル・フォン・ヒンデンブルクとその妻ゲルトルート、およびプロイセン王のフリードリヒ2世（フリードリヒ大王）とフリードリヒ・ヴィルヘルム1世（軍人王）の遺体を、近づきつつあった赤軍から護るため、防衛軍はその棺をテューリンゲンの岩塩坑に運んだ。テューリンゲンの多くを占領したアメリカ軍は、この名高い人物の遺体をマールブルクに運び、ヒンデンブルクとその妻は聖エリーザベト教会北塔礼拝堂に最終的に安置された。フリードリヒ・ヴィルヘルム1世の棺は、現在、ポツダムのフリードリヒ皇帝廟に、フリードリヒ2世はサンスーシ宮殿の廟所に安置されている。マールブルクは、ドイツの他の中規模都市と同様、多くの難民を受け容れた。この頃からマールブルクには多くの中小企業が成立した。