貝殻はボレイといい、焼成してから粉砕した粉は『日本薬局方』に「ボレイ」および「ボレイ末」として記載の生薬である。ボレイの歴史は古く梁の陶弘景が『神農本草経』を修訂した『神農本草経集注』に収載されている。現在市販されているものはマガキの左殻が普通である。「ボレイ末」は炭酸カルシウム (CaCO₃) が主成分で、リン酸塩、他マグネシウム、アルミニウム、ケイ酸塩、酸化鉄などを含有する。処方例として、安中散、桂枝加竜骨牡蛎湯、柴胡加竜骨牡蛎湯などに使われる。また、農薬として、長期的に使用すると除草効果（雑草の根張りが悪くなる）があるとされる。薬理作用として、かき肉には血糖低下（カキ身エキス）、免疫増強作用（中性多糖類）、牡蛎制酸などの作用があるとされる。薬用以外には天然炭酸カルシウムとして、あるいは1000℃程度に焼成するとカキ灰などとも呼ばれる酸化カルシウム (CaO) が主成分のものとなるので、消しゴムの添加剤などの工業用や食品添加物、砂糖精製用助剤などに利用することも行われている。
産卵期にはカキは精巣と卵巣が非常に増大し、食用とはならない。一般にカキとして認識されているマガキの場合は、グリコーゲン含量が増える秋 - 冬にかけてが旬とされており、英名に「R」のつかない月、すなわちMay, June, July, Augustの5、6、7、8月は産卵期であり食用には適さないとされている。ただし、春から夏に旬を迎えるイワガキと呼ばれる種類のカキもあり、それぞれ養殖も盛んであることからマガキに限らないならば通年食べることができる。また、産地によっては、水温などの条件により旬が変わることもある。本来は冬が旬であるが、大型で夏でも生殖巣が発達しない「3倍体牡蠣」も開発され、市場に出ている。イギリスで開催されるカキのお祭り（Whitstable Oyster Festival）に使われるカキもイギリスで養殖された日本のマガキで、開催されるのも夏である。カキの養殖により通年カキが手に入るため「R」のつかない月は、カキを食べないという習慣は英語圏で消えつつある。
貝毒は貝が捕食する海水中の有毒プランクトンを蓄積したものである。対策として、生育海水中の植物プランクトンの種類および貝に含まれる毒が定期的に検査されている（参照：マウスユニット）。有毒プランクトンの発生し易い時期は3月から5月。広島県立総合技術研究所の研究によれば、濾過海水中で一定期間飼育することで、毒の量を規制値以下に減毒できるとしている。
食用としての歴史は非常に長く、世界中で食され、人類が親しんできた貝の一つである。グリコーゲンのほか、必須アミノ酸をすべて含む。タンパク質やカルシウム、亜鉛などのミネラル類をはじめ、さまざまな栄養素が多量に含まれるため、「海のミルク」と呼ばれる。カキフライのような揚げものや、鍋物の具にして食べたり、新鮮なものは網焼きや生で食す。
カキの中でもマガキ属(Crassosrea)は世界的に食用目的での養殖が最も多い二枚貝である。主な養殖方法は海中にぶら下げる方法（筏垂下）とある程度育った貝を海底に撒く方法（地蒔き）があり、古代ローマ時代は地蒔きによる方法で行われたが、現在の日本では海中にぶら下げる方法が主流となっている。現在の養殖の方法は、カキの幼生が浮遊し始める夏の初めにホタテの貝殻を海中に吊るすと幼生が貝殻に付着するので、後は餌が豊富な場所に放っておくだけというものである。野生のものは餌が少ない波消しブロックや磯などに付着するため、総じて養殖物の方が身が大きくて味も良い。欧米では種ガキを原盤（フランス語ではクペール）という網状の円盤で採取するが、ある程度大きくなるとそれから外して網籠に入れて干満の差が大きい場所の棚に置くか干潟にばら撒いて育成する。この方式はホタテガイで種ガキを海中につけっぱなしにしておく日本の方式よりも身が大きくなりやすい。（カキ養殖に関しては（英語版）en:Oyster farmingも参照のこと）天然イワガキでは岩盤やコンクリート製波消しブロックなどの人工構造物に付着した貝を漁獲することもあるが、貝の産卵最盛期を過ぎた後に海中の岩盤やブロックの表面を清掃する事で稚貝の付着を増加させ漁獲量を増加させる方法も行われる。カキの餌となる植物プランクトンを増やすため、栄養塩が湾に流れ込む川の上流の植林なども行われている。
篠田夏生（堂本剛）は両親の事故死で自転車店を継ぎ、耳の不自由な高校生の弟・純（小栗旬）と妹の知佳（池脇千鶴）の面倒を見ている。夏生の趣味はダイビングで、週末には純と連れだってよく海に出かけては潜っている。高校3年生の純は4歳の時の事故が原因で耳に障害があるが、補聴器を使えば日常生活には何の支障もなく成績は優秀。教師を目指している。高校2年生の知佳は、篠田家の家事全般を切り盛りするしっかり者で、夏生や純のことをいつも気にかける優しい女の子。実は純の幼なじみの末次弘人（今井翼）とこっそり付き合っている。 ある日、公園で自転車に乗れない男の子に乗り方を教えていた夏生は、信用金庫に勤務する片瀬ユキ（広末涼子）に怪我をさせてしまう。夏生はユキの手当てをするうち、彼女の勤める信用金庫が自分の取引先だと気付く。夏生の店は改装したばかりで、借金を抱えていた。ユキは新人で、営業回りをしているところだった。5歳で心筋拡大症と診断され、以来この病気と闘っている。2歳で母を亡くして以来刑事の父・正吾（角野卓造）と2人暮らしをしており、自分を心配しながら激務についている父を気遣いつつ、したいことを我慢して無理をせず生きてきたが、夏生との出逢いによって徐々に屈託のない人柄にひかれ、ユキは徐々に生き方を変えていくことになる。 純はメールで知り合った『ユキ』と会うことになったが、隠していた耳の障害のことでなじられ傷つく。そのことを知った夏生は激怒、ユキの所にどなり込みにいくが…。