2005年、ナターシャ・カンディッチ（Nataša Kandić）率いる人道主義法センター（the Humanitarian Law Center）は、戦争犯罪検察庁に対して、クロアチア・スラヴォニア地方東部のアンティン（Antin）で1991年8月に起こった虐殺について調査を求めた。生存者は、ヴォイスラヴ・シェシェリ率いる義勇軍の構成員が虐殺を行ったと話し、その中でニコリッチについて言及した。ニコリッチは自身のユーゴスラビア紛争への関与について話しており、そのことがこうした主張につながったと見られる。ニコリッチは、シェシェリによって「スラヴォニアにおいて、セルビア人のための模範的な戦い方を示した」として「チェトニック指導者」の称号を与えられている。ニコリッチがアンティンで民間人の虐殺に関与したとの疑いは、国民議会議員のジャルコ・コラチ（Žarko Korać）によって取り上げられ、コラチは2005年7月にラジオ・フリー・ヨーロッパのインタビューでアンティンの虐殺に関して言及した。同じ月に、政府通信局の長官を務めたヴラディミル・ポポヴィッチ（Vladimir Popović）はB92の番組「Insajder」でのインタビューに応じ、ニコリッチの嫌疑について、元国家保安庁長官のヨヴィツァ・スタニシッチから聞いたと話している。人権活動家のナターシャ・カンディッチ（Nataša Kandić）は公開書簡で、ニコリッチがアンティンに住む老人らへの虐殺に関与した証拠を持っていると記した。ニコリッチは、虐殺があったとされる時期にアンティンにいたことは否定しなかったものの、このとき同地で民間人の殺害はなかったとし、また自身は一発の弾丸も放っていないと述べた。カンディッチが「1991年にニコリッチによってアンティンの住民が死傷した」と発言したことに関して、2005年9月12日にニコリッチはカンディッチを告訴した。セルビア急進党は、カンディッチの組織が反セルビア主義を広めているとして非難した。クロアチアの内務大臣は、アンティンでのニコリッチの犯罪行為に関する情報はないとの声明を発表した。カンディッチは謝罪を拒否したため、ニコリッチはカンディッチを名誉毀損で訴追した。2009年2月、裁判所は、カンディッチは自身の発言の証拠を示せなかったとしてニコリッチの訴えを認め、ニコリッチがカンディッチに対して賠償を請求する権利を認めた。
2008年9月6日、ニコリッチは唐突にセルビア急進党を離党した。セルビアのメディアは、欧州連合加盟をめぐるニコリッチと他の急進党幹部、特に旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷によってデン・ハーグに拘束されているヴォイスラヴ・シェシェリとの立場の違いについて報じた。ニコリッチは、他の一部の急進党の議員とともに議会内会派・「進め、セルビアよ（Napred Srbijo）」を設立した。ニコリッチは会見で、「古いセルビア急進党はもはや存在しない」と話した。2008年9月11日、ヴォイスラヴ・シェシェリは拘置所内から急進党員に対して手紙を宛てた。その中で、ニコリッチとその同調者を「裏切り者、西側諸国のあやつり人形でありエージェントだ」と呼び、党員に対して「セルビア民族主義、反グローバリズム、親ロシア主義」の立場への忠実を求めた。9月12日、ニコリッチとその同調者は急進党から除名された。これに対してニコリッチは、新しく政党を立ち上げると発表した。10月24日、新党の名前は「セルビア進歩党」とし、第1回の大会を10月21日に開催するとした。
XEmacsの主要な開発者の中には、XEmacsとGNU Emacsとの分断を公言する者もいる。例えば、Stephen Turnbullの両側からの議論の要旨。XEmacsとGNU Emacsとの主な相違点の1つとしては、著作権譲渡の見解が異なることが挙げられる。FSFはGPL侵害に対してコードを守れるようにするために著作権譲渡が必要であるとしているが、XEmacsの開発者は著作権譲渡がないことで、主要な企業が関与することが可能になると主張している。これは企業がコードのライセンスを発行できる場合でも株主の信認義務を気にした慎重な態度のため、企業がコードを全て譲渡してもよいという許可を得るのに苦労するかもしれないためである。FSFは、XEmacsとGNU Emacsとのマージを試みたり、それぞれのクロス開発を行うにあたって事前に著作権を譲渡されたため、ほとんどのXEmacsコードの著作権を保持している。XEmacsコードの新しい要素がGNU Emacsに加わるかどうかは、FSFにコードを譲渡する寄稿者個人がそれをしたいかどうかに依存することが多い。XEmacsかGNU Emacsのどちらか一方に組み込まれた新しい機能は、遅かれ早かれ他方にも組み込まれることが普通である。さらに開発者の多くはXEmacsプロジェクトおよびGNU Emacsプロジェクトの両方に寄与している。XEmacsプロジェクトはGNU Emacs APIとの互換性を維持する方針である。その例として、XEmacsはネイティブ部分の機能を媒介するオーバーレイを実装する互換レイヤーを提供する。XEmacsの開発者は、特にLispレベルでGNU Emacsと互換性のあるコードを維持するよう努力している。XEmacsの開発は遅くなってきている。最も新しいstableのバージョン21.4.22は2009年1月にリリースされた。XEmacsにはGNU Emacsから多くのコードが組み込まれているが、GNU Emacsには以前はXEmacsにしかなかった機能の多くが実装されてきている。これにより、ユーザーの中にはXEmacsの死を宣言し、XEmacsの開発者はXEmacsの代わりにGNU Emacsへ貢献するよう主張する者もいる。GnusやDiredといった主要なパッケージの多くはXEmacsとGNU Emacsの両方で動作するよう開発されていたが、Gnusの主要な開発者はXEmacsのサポートを中止した他の類似のパッケージを引用して、メインのEmacsトランクの中にGnusのツリーを移動し、XEmacsと互換性のあるコードを削除するつもりであることをアナウンスした。2015年12月、XEmacsプロジェクトのメンテナであるStephen J. Turnbullは、XEmacsプロジェクトは開発者の減少とGNU Emacsの進化により、将来のGNU Emacsとの互換性に関しては「分岐点にある」というメッセージをXEmacs開発リストに投稿した。将来の方向として、開発を完全に終了する、現在バージョンのGNU Emacsから新しいフォークを作成する、または誰かが将来開発を再開したい場合に備えてXEmacsプロジェクトをメンテナンスモードにするなどの選択肢が提示された。そして貢献者個々人からウェブサイトと開発リソースのサポートを最小限提供するという約束を取り付け、最後の選択肢であるXEmacsプロジェクトのメンテナンスモード化が決定した。