繁殖期は初春 - 夏で、2月下旬 - 3月下旬に1回目の発情を迎えて4月中旬 - 8月に出産するが、時には夏に発情する個体もいる。出産回数はその年の繁殖期に1, 2回で、通常は1回。妊娠期間は不明で1回の出産の新生子数は2 - 5匹、もしくは2 - 6匹で多くの場合は3匹である。子育てはメスだけで行うが、母子と成体オスが同居する場合もあり、ムササビなどと違い他のオスに対しての攻撃性はほとんどない。幼獣は生後約10週目に親離れし、翌年には繁殖が可能となる。
本種は飛膜を開いて高所から低所へ滑空して移動し、最長で約50m（メートル）にわたり滑空することができるほか、尾を方向舵として使用することにより滑空中の旋回を可能としており、きりもみ・上昇もできる。本種はまず垂直な樹幹を鋭い鉤爪で駆け登り、樹上近くに到達すると周囲の様子を窺いながら目標の樹木を目指してジャンプし、両手足をいっぱいに伸ばして飛膜を広げ滑空する。そして四肢を微妙に動かし、飛膜を使って揚力を調整しながら下降気味に飛翔し、目的の樹木手前でわずかに上昇して樹面にしがみつく。無風の時は高木から飛び降りて滑空する一方、追い風がある場合は追い風に乗り、向かい風の場合はゆっくりと飛行する。離木位置と着木位置の高低差が大きければ滑空可能距離が長くなり、着地した樹木からはさらに次の樹木へと移動することができる。本種は滅多に地上に下りず積雪期に足跡を残さないほか、滑空することで樹木間の移動時間を短縮することで食事に費やす時間を多く取ることができる。その姿は白い布が飛んでいくように見えることから「空飛ぶハンカチ」と喩えられる。
市街地・農耕地に生息するエゾモモンガの天敵はクロテン・エゾフクロウ・ハイタカ・ネコ（飼い猫・野良猫とも）などである。またシマフクロウ・クマタカなど希少な猛禽類もエゾモモンガを餌とする。本種は天敵が多い一方で攻撃力を有さず、天敵に見つからないよう常に周囲を警戒し、樹上では自分の体が天敵に見つからないよう注意している。本種は天敵に気づくとそれが立ち去るまで気づかれないようにじっとして動かないが、時にはその時間が1 - 2時間におよぶ場合もある。寿命は飼育個体では4 - 5年だが野生個体では3年未満が多い。
本種は滑空するための飛膜を持っており、飛膜は頬後部 - 前肢まで、前肢から体側に沿って後肢まで、後肢から尾の付け根まである。前肢の手首の先には飛膜を支える硬い軟骨（長さ約4cm）が伸びており、飛膜もこの軟骨に沿って広がっている。尾長はオス・メスともほぼ同じで約10cm（尾率＝体長に対する尾の比率：52.3% - 72%）。尾の断面は扁平で、滑空時は方向舵の役目を果たす。
食事規定についてほとんど書かれていない出エジプト記において、数少ない食物規定の記述の一つは、野獣によって引き裂かれた肉を食べることの禁止である(出エジプト記22:30)。申命記では、自然死した生き物の消費を完全に禁じており、他者に譲ることも、売ることさえも禁じている(申命記14;21)。エゼキエル書では、自然に死んだにせよ、他の獣に殺されたにせよ、動物に関するルールは僧侶の判断のみに依存し(エゼキエル書4:14)、そのルールは僧侶のためにだけあると暗示している(エゼキエル書44:31)。古代のラビは、この記述が一般のユダヤ人には適用も支持もされないことについて、「預言者エリヤが、いつの日かこの厄介な一節を説明したまう。」と言及している(メナホット45a)。伝統的なユダヤ教の考えでは、全ての食用肉はユダヤの法に沿って屠殺された動物のものでなければならないとしている。厳密なガイドラインによると、一回で正確に喉を切り、出血により絶命させなければならないので、その深さは、両側の頸動脈、頸静脈、迷走神経、気管、食道を断つ程度、位置は、喉頭蓋より高くなく、気管の中に繊毛が生えている位置より低くない場所でなければならない。正統派ユダヤではこの屠殺方法が苦しみを与えず、早く確実であるとしているが、多くの動物愛護運動家からは、残酷であり、必ずしもこの方法で動物は即座に意識を失っておらず、禁止すべきであると言われている。引き裂きを避け、切り込みを完璧にするために、屠殺は、毎回事前に欠けやくぼみなどの異常がないことが確認された大きなカミソリ型ナイフを用いて、訓練された職人が行う。もしも異常が発見された場合、または切り込みが浅すぎた場合は、その肉はカーシェールとはみなされない。ラビは屠殺人(ユダヤ教ではショーヘートとして知られている)に敬虔な信者であると共に、安息日(シャバット)を順守することを求める。比較的小さな集落では、ショーヘートはその集落、またはその地域のシナゴーグのラビであることが多いが、大きな屠殺場では専門職のショーヘートを雇っている。タルムードとそれ以後のユダヤの権威者たちはまた、病気で死にかけているにもかかわらず屠殺された動物の肉の消費を禁じている。これは食べる人の健康の懸念からではなく、野獣により引き裂かれた動物と自然死した動物の食肉を禁ずるルールの延長である。病気の動物を食べることを禁じる、タルムードによる禁止命令を遵守するため、正統派では、通常屠殺された死体をすぐさま完全に検査するよう求められている。伝統的には70のチェック項目がある。例えば、肺の検査では炎症によって生じた可能性がある傷跡がないかが調べられる。全ての検査に合格すると、イディッシュ語で「滑らかな」を意味するglatt גלאַטと名付けられる。ユダヤ式の屠殺を禁じるような動物虐待禁止法がある国での妥協案として、動物を気絶させ、流血している間の苦しみを軽減させる方法がある。しかしながら、電気ショックで意識を朦朧とさせる方法を使った場合、市場でカシュルートな肉として受け入れられないことがある。