淡水域にのみ出現する。特に、ある程度標高の高い湿原などに多い。低地の池にも見られるが、水量の少ない池よりもある程度水量や水質が安定した大型の湖沼を好む。このような分布を踏まえ、灰色藻の培養を行う場合には腐葉土や泥炭を煮出した抽出液を培地に添加すると良い。
1月3日、生産・所有者であるクリストファー・チェナリーが死亡した。資産のほとんどは牧場と競走馬だけだったが、相続税の総額は600万ドル程度になると見込まれた。相続人にはそれだけの現金資産が無いため、繁殖牝馬や土地を残して牧場を続けていくためには、競走馬を売り払って納税の原資を捻出するほかなかった。競走馬の評価額のほとんどは前年の二冠馬リヴァリッジとセクレタリアトが占めていたが、シーズン後半に調子を崩したリヴァリッジよりは、将来性のあるセクレタリアトの種付権を売却するほうが有利だろうということで、チェナリーの遺産管財人はセクレタリアトの売却を決定した。その価値は500万ドルから700万ドルと見積もられたが、1口20万ドルの大台に乗ると売れ行きが心配だとの判断もあった。結局19万ドル×32株、総額608万ドル（約18億700万円）のシンジケートが売りに出され、3日で完売した。これは英三冠馬ニジンスキーが付けた544万ドルを上回るものだったが、セクレタリアトのシンジケートを主導したセス・ハンコックはのちに「買い手からすれば盗んだも同然の安値で、総額1500万ドルの価値はあった」と述懐している。原田俊治『新・世界の名馬』によると、石油王のネルソン・バンカー・ハントが「19万ドルは高すぎる」と言ったとしている。『ホース・トレーダーズ』によれば、23歳のセス・ハンコックは旧来の保守的な考えにとらわれず、実際に優秀な繁殖牝馬を揃えられる相手を選んで種付権を売っており、購入を希望しても断られた者もいた、と記している（なおスティーヴン・クリストによる『ホース・トレーダーズ』では、「シンジケート参加を断った大物」の中にバンカー・ハントの名前は無い）。優先的に購入を持ちかけられた者の多くはシンジケートに参加した。セクレタリアトの重さはこの当時の純金価値よりも高額だった事から、タイム誌の表紙を飾ったときの純金馬というキャッチフレーズになった。実際は金額をセクレタリアトの体重で割ると1オンスが325ドルとなり、当時の純金1オンスの価格（約100ドル）の3倍に当たることから、「ゴールドより高い馬」としても大きく報道された。このシンジケートの株購入者の中には、社台グループの吉田善哉も名を連ねている。この間暖かいフロリダで過ごし、3月ニューヨークに戻った。ケンタッキーダービーの前哨戦であるウッドメモリアルステークスで3着に敗退するも、それ以外は全勝で、ゴーサムステークスはレコードタイムだった。ケンタッキーダービーは、最後方から徐々に進出し最後の直線で抜け出すと、ノーザンダンサーの持つレコードを0.6秒更新する1分59秒4のレコードでまず一冠を獲得した、このレコードは30年以上経つ現在でもケンタッキーダービーのレコードである。2冠目のプリークネスステークスも最後方から早め先頭でシャムに2馬身半差をつけ楽勝。タイムは最初1分55秒と発表され、後に1分54秒4と訂正された。当時ピムリコ競馬場の計測器が故障しており、どちらも手動計測値である。さらに、デイリーレーシングフォームは別の手動計測員による1分53秒4のタイムを発表した。レース後従来のレコードタイムを上回っている事が確かめられ、そのため幾つかの成績表では、公式タイムとは別にレコードタイムとなる1分53秒4が載せられている。2012年6月19日、メリーランド州競馬委員会は最新のビデオ技術による映像などに基づく修正の結果、現在に至るまでの史上最高記録1分53秒0だったと結論付けた。史上9頭目のアメリカ三冠を達成したベルモントステークスは、セクレタリアトのベストレースで、ベルモントパーク競馬場には6万7千人の観客が詰め掛けていた。レースはセクレタリアトの独擅場となった。珍しく逃げの戦法を取ったセクレタリアトに、前二冠で連続2着となっていた対抗のシャムが唯一ついて行こうとしたが早めに力尽き後退、その他の馬たちもまったく付いていけず、直線入り口ですでに10-20馬身差、ゴールしたときは2着のトワイスアプリンスに31馬身もの差をつけてしまった。タイムは2分24秒0、従来のレコードを2.6秒短縮する大レコードで、40年以上経過した2015年現在でもダート12ハロンの世界レコードである。セクレタリアトの他に2分24秒台を記録した馬はおらず（25秒台もいない、26秒台もわずか7頭）、もはや更新不可能といわれることも多い。また、2400m-2分24秒という時計も然ることながら、自らが逃げて作り出した通過ラップタイム（400m:23秒6－800m:46秒2－1200m:1分9秒2－1600m:1分34秒2－2000m:1分59秒）も驚異的である。400mの通過タイムを除き、800m以降の到達タイムは、いまだにベルモントステークスのレコードタイムとなっている。さらにベルモントステークスの2日後、雑誌『タイム』の表紙を飾り特集が組まれた。これにより競馬に興味のない一般層にも名前が知られる事となった。セクレタリアトはその後も走り続け、熱発等で2度の敗戦を経験するも、ベルモントステークスの次走アーリントン招待ステークスも9馬身差、芝のレースにも挑戦し、初戦は初代ビッグレッド、マンノウォーを記念したマンノウォーステークスに出走し5馬身差レコード、芝でも変わらない強さを見せ付けた。引退レースでカナダに遠征したカナディアンインターナショナルチャンピオンシップステークスも圧勝し、2歳時に続いて3歳時も年度代表馬に選出された。