その後、ハリド・シェイク・モハメドはボジンカ計画のアメリカ国内版とも言えるアメリカ国内の東西の地区で航空機を同時に爆破する計画をアルカーイダに提案、ビン・ラーディンは当初は関心を示さなかったが、1998年末にロサンゼルスなどを対象から除外した上で最終的に計画を承認した。1999年の春から、ハリド・シェイク・モハメド、ビン・ラーディン、アルカイダの軍事部門の指導者のムハンマド・アーティフが計画を練っていった。ビン・ラーディンは資金を提供し、作戦の実行責任者としてモハメド・アタを選出、ハリド・シェイク・モハメドは技術的な細部を担当した。イスラエルのアリエル・シャロンが岩のドームを訪問、インティファーダが起こっていたことから、ビン・ラーディンは2000年中に同時多発テロをアメリカで起こすようにハリド・シェイク・モハメドをせかせたという。
ハリド・シェイク・モハメドは、パキスタンのバローチスターン州出身の両親の元でクウェートで生まれた。生年は1964年とされるが異説がある。16歳でムスリム同胞団に参加、直後にパキスタンに移った。3歳年少の甥のラムジ・ユセフ（世界貿易センター爆破事件の主犯）も同じような境遇である。ハリド・シェイク・モハメドはその後、勉学のためにアメリカに渡る。ノースカロライナ州の大学で機械工学の学位を取得するとアフガニスタンに移った。アメリカでの幾つかの屈辱的な経験がハリド・シェイク・モハメドをテロリストに向わせたとされる。アフガニスタンでは、兄弟たちとソビエト連邦のアフガニスタン侵攻にムジャーヒディーンとして戦った。そこでアブドゥル・ラスル・サイヤフと知り合う。サイヤフは当時、アフマド・シャー・マスードに近かった。1987年には発展途上国の支援をするアメリカの団体の資金援助を受けて、静岡県の建設機械メーカーで研修を受けるため3ヶ月間日本に滞在している。アフガニスタンでのソ連との戦いの後は1992年まで電子機器の会社で働き、その後、ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争にムスリム義勇兵として参加、その後、カタールの政府機関でエンジニアとして働いた。その後、世界貿易センター爆破事件やボジンカ計画を立案。ハリド・シェイク・モハメドがフィリピンに行ったのは1994年からである。カタールの合板の輸出業者としてであった。またサラエボにも赴きボスニア・ヘルツェゴビナの市民権を得ている。CIAの捕捉を恐れてパキスタンに戻り、ボジンカ計画の発覚後はカタールに移動、イエメン、マレーシア、ブラジルなどを工作活動で回り、スーダンでビン・ラーディンと会っていることが確認されている。アメリカ政府がカタール政府にハリド・シェイク・モハメドの逮捕を要請、ハリド・シェイク・モハメドはアフガニスタンに逃亡した。スーダンを追放されたビン・ラーディンもアフガニスタンに移り、ハリド・シェイク・モハメドはビン・ラーディンの指導下に入っていった。ハリド・シェイク・モハメドはチェチェンに入ろうとするが果たせず、カンダハールに戻りアルカーイダの幹部に迎え入れられた。対外宣伝を担当し、特にジェマ・イスラミアと密な関係を築いた。
祖父と祖母が農業労働者。父方の祖父は未習熟労働者で、他の人々のために土地を耕していた。父親は地主によって技術専門学校に進むことを禁じられた。ダニエレ・セーペはサン・ピエトロ・ア・マイェッラ音楽院でフルートを学び、グルッポ・オペライヨ・エ・ゼージ・ディ・ポメッリャーノと共に多岐的な活動を始め、音楽祭に参加し、録音し、公演で演奏しつつ、サクソフォーンやジャズにも興味を持つようになった。スタジオ・ミュージシャンとして、またはバンド・メンバーとして多くの音楽家のアルバムやライヴに加わるようになり、次第に頭角を現していった。
『ミュウツーの逆襲』にて、己の過ちを悟りコピーポケモンたちを連れて旅立ったミュウツーは、ピュアズロックという山の頂上に居を構え、コピーポケモンたちと共に平和に暮らしていた。しかしミュウツーは未だに「自分が誰なのか」という自問自答に答えを出せずにいた。一方、旅の途中でピュアズロックの麓に差し掛かったサトシ一行は唯一の運行バスに乗り遅れてしまい、山の麓で宿屋を営む女性ルナに出会って彼女の宿に泊めてもらうことに。その翌日、ルナからピュアズロックやピュアズロックの周辺を流れるピュア川の水についてサトシたちが話を聞いていると、ピュア川の水の調査に訪れた医学博士のペニシリーナとその助手・ドミノが一晩泊めてくれないかとルナの宿屋を訪れた。しかし川の水を調査させてほしいというペニシリーナの申し出を聞いた途端、ルナは表情を曇らせる。実は彼女は自然学者でもあり、ピュア川の水を調査する事でその近辺の自然が壊されてしまうのではないかと懸念していたのだった。その時ロケット団がサトシたちの前に現れ、ピカチュウを連れて行ってしまう。ルナやペニシリーナたちと共にロケット団の気球を追い、何とか追いついたサトシたち。ところがそのとき、一行に同行していたドミノが突然サトシたち諸共ロケット団の気球を撃ち落し、自身は小型ロケットで飛び去ってしまう。実はドミノはロケット団の団員で、サカキの命令を受けてミュウツーの行方を捜していたのだ。そしてピュアズロックの頂上にミュウツーの姿を発見したという知らせを受けたサカキはミュウツーとコピーポケモンたちを捕えるべく、ピュアズロックへと向かう。ロケット団と共にピュアズロックの頂上へ落下したピカチュウはそこでコピーのピカチュウやミュウツーと再会するが、ミュウツーはロケット団が近づいている事を察知し、コピーポケモンたちを逃がそうとする。しかしポケモンたちを完全に逃がしきれないうちにロケット団が到着、ミュウツーは取り残されたコピーポケモンたちを盾に取られ、やむなくサカキに囚われてしまう。一方、ピュアズロックの頂上にあるピュア川の源泉・クリア湖の小島に落下したサトシやルナたちはピュア川の水の秘密を突き止めたが、そこへドミノたちが現れ、サトシたちは小島に住むコピーポケモンたちと共に捕獲リングによって捕まってしまう。ミュウツーを手中に収める事に成功したサカキはクリア湖の小島に目をつけ、その島にロケット団の秘密基地を建てようとする。だが、その行動によって事態は思わぬ方向へ動き出すのだった…。