戦国時代に入ると、内ヶ島氏は領地を私物化して鉱山経営で財を成し、本城の帰雲城の他に向牧戸城、萩町城、新淵城など多くの支城を持つ戦国大名へと成長した。度々姉小路頼綱や上杉謙信などの侵攻を受けるが、撃退に成功している。佐々成政が越中国に本拠を構えるようになると、氏理は織田信長率いる織田氏、そしてその配下の成政に従った。魚津城の戦いでは魚津城を織田軍と共に陥落させている。しかし、本能寺の変で信長が明智光秀に殺害されると、停戦して飛騨に引き返した。小牧・長久手の戦いでは成政に属して越中に出陣したが、留守中に豊臣秀吉の命で金森長近が白川郷に侵攻してきた。長近は尾上氏綱の守る向牧戸城を落とそうとするものの落とせず、懐柔してやっと寝返らせた。これによって領民は金森軍に寝返り、帰雲城も占拠された。この報を聞いた氏理は急ぎ引き返すが既に遅く、氏理は秀吉に降伏した。しかし、内ヶ島氏の鉱山経営の技術を重要と見なした秀吉は所領を少し削っただけで内ヶ島氏の領地経営を許した。
永正3年（1506年）、越後国の守護代・長尾能景が越中一向一揆を討伐するため出陣したが、神保慶宗の裏切で討死した。跡を継いだ長尾為景は神保氏と一向一揆を敵視し、永正17年（1520年）越中に侵攻。為景は新庄城に籠城した神保慶宗を討ち取った。越中を制圧した為景がさらに加賀国に侵攻すると予測した本願寺は、越中の情勢を分析するため、雅氏に上洛を求めた。これに応じた雅氏は、大永元年（1521年）に上洛した。その間に本願寺が予測した通り、越中国内の一揆勢は長尾・畠山氏連合軍によって次々に制圧された。さらに為景は加賀侵攻の勢いを見せたため、照蓮寺に対して出陣が命じられた。照蓮寺はかねて内ヶ島雅氏と打ち合わせた通り連合し、雅氏の弟・内ヶ島兵衛大夫を大将として出陣した。専光寺軍と合流して越中で越年した内ヶ島勢は、為景に落されていた多胡城を奪回しようとした。大永2年（1522年）2月、一向一揆と多胡城を守る畠山軍との間で激戦が展開されたが、戦いは一揆軍の敗北に終わった。照蓮寺・内ヶ島連合軍は壊滅し、内ヶ島兵衛大夫も討死した。翌年、本願寺と能登畠山氏との間に和睦がなった。天文8年（1539年）に近隣勢力との争いから三木氏とともに美濃国の郡上郡に侵攻しているが、美濃守護である土岐頼芸と隣国の近江守護六角定頼がこの動きの背後に本願寺がいると疑って本願寺の法主・証如に抗議を行う事態になっている。証如は内ヶ島氏は本願寺の被官ではないとしつつも、現地の門徒が守護権力に迫害される事態を恐れて内ヶ島氏に撤兵を命じている。
富井 健（とみい たけし、1957年-）は、キリスト教再建主義の神学者、教役者。北海道帯広市に生まれる。9歳の時にバプテスト教会で浸礼によるバプテスマを受ける。1976年札幌南高等学校卒業。1977年7月17日、聖書キリスト教会に転入会。聖書キリスト教会の学生会の会長となる。1982年東京外国語大学卒業。1983年レニングラード大学ロシア語課程を修了。1988年尾山令仁師が校長を務める東京神学校を卒業し、聖書キリスト教会の牧師となる。神学校の2年目に最初の再建主義者ラッシュドゥーニーの「Institutes of Biblical Law (聖書律法綱要)」をアメリカで購入し、神学校の卒論の参考とした。再建主義の宣教師ラルフ・A・スミスを知り、スミスが設立した福音総合研究所で聖書律法綱要の読書会に参加する。福音派の聖書キリスト教会は再建主義の立場を危険な教えであるとし、これを認めなかったため、また、同教会内に倫理的な問題が発生し、分裂が起きるという混乱の前に1990年、聖書キリスト教会の牧師を辞任し、スミスが牧会する三鷹福音教会に転入会したが、後に教会との神学的見解の違いから脱会している。2001年に、月刊誌「ハーザー」誌上で、前千年王国説、患難前携挙説の奥山実牧師と論争する。またネット上で救世軍士官の山谷真大尉と論争した。ミレニアムに再建主義の論文、翻訳を発表し、インターネットで再建主義運動を展開しているが、教会での牧師としての働きはしていない。「ハーザー」で2002年7月（97号）から続いた「死後に救いのチャンスはあるのか?」と題する特集で、久保有政師らのセカンドチャンスに対し、「死後に救いのチャンスはあるのか」（97号）、「死後のセカンドチャンス-肯定論への反論-」（2002年9月（99号））とする反対論をよせている。スカル・アンド・ボーンズや日ユ同祖論などにも触れる。学校教育よりも、学校にいかせないホームスクーリング教育が聖書的な教育手段であると自身のサイトであるミレニアムで主張している。【追記】その理由として、”ポスト・ミレで教育し続けるならば、あなたの子孫は、地上を支配する。強大な権力を資力を持つ家系になる。（ミレニアム「これから3代後がどうなっているかは、われわれの責任である」より抜粋）”と説明している。※支配とは、創世記の神よる「地を従えよ」という命令と、またマタイの福音書28章、イエスによる「すべての国民を弟子とせよ」との命令を指していると思われる。日ユ同祖論に関しては慎重かつ詳細にわたり現在も活発な調査を続けており、その成果はミレニアムのサイト内において常時に公開されている。このほか、歯に衣着せぬ鋭い指摘は神学やキリスト教のみにとどまらず教育、政治、宗教など多岐にわたる。