悪質なユーザーには、動画再生ページの下に設けられた「不適切なコメントを通報する」というリンクから、2ちゃんねると同じスレッドフロート式の「削除依頼掲示板」にアクセスすることができ、問題のあるコメントの削除を依頼することができる。削除依頼掲示板には原則として、コメント削除などの権限を持った「ひっそり削除人」というハンドルネームのスタッフが常駐しており、削除と判断された場合、掲示板への書き込みから短時間で「対応しました」という定型の返信とともに対処される。また、この掲示板ではコメント機能以外を使った悪質行為も報告可能で、運営の判断によってコメント機能を一時的にあるいは長期的に停止される対処が行われることもある。この機能は荒らし行為ばかりでなく、「死ね」等といった誹謗中傷コメントや不適切なタグにも対応することができる。これらは掲示板上で行われている性質上、報告内容を含め全ユーザーに公開されている。また、動画の投稿者は「コメント編集」の権限を持っており、任意のコメントを非表示（事実上の削除）にすることができる。ただし、運営者による削除とは違い、コメントデータに非表示のフラグが立つだけなので、あくまで動画プレイヤー上において非表示になるだけである。そのため、一度非表示にしたコメントを元に戻したり、サーバから受け取る生のテキストデータを見ることで非表示にされたコメントの内容を参照したりすることができる。しかし、それでもユーザーが増えるにつれて動画のコメントが荒れることが多くなったのを受けて、運営は2015年10月1日、ユーザーの皆さまへと題しニコニコ活動ガイドライン策定を発表した。ニコニコ活動ガイドラインにより、誹謗中傷を初めとした運営者が運営上問題があると判断した場合も、コメントの削除が行われる場合があると発表された。
2007年4月上旬頃より、何らかの不正なツールを使った攻撃により、閲覧数やコメント数などを大幅に増やしランキングの順位を操作する行為が行われていることが発覚し、この影響により再生回数とコメントがリセットされた動画が存在する。同時期には、投稿用のURLを用いた投稿動画の異常増殖・重複投稿事件が発生しているが、これらのような不正な行為を行うとアカウント削除の対象になると運営側は警告している。
特定の言葉を含んだコメントや、特定のユーザーが書き込んだコメントを非表示にすることができる機能。表示したくない言葉、暗号化されたユーザーIDやコマンドを設定（両者の合計で最大20件、プレミアム会員は最大100件）することで、設定した言葉を含むコメント、特定のユーザーのコメントを非表示にすることができる。コメント非表示とは違い、自分が不快に思うコメントのみを非表示に出来るというメリットがある。
投稿者・利用者共に使用できる「ニコスクリプト」が搭載されている。この機能を使うことで、コメント機能を使った投票を行ったり、動画の一部に穴を空けてコメントで動かすことができるなど、コメント機能を使った遊びなどが実現できる
自分の投稿した動画に書き込まれた特定の単語を、ユーザーが任意で設定した他の単語に置換（例：「田中」→「佐藤」、「u」→「ｳｯ-ｳｯ-ｳﾏｳﾏ」など）することができる機能。
自分が投稿した動画に対し、投稿者自身が特別なコメントを付けることができる。投稿者専用コメントは通常のコメントと区別され、コメント表示数を超えても表示されなくなることがなく、表示期間を設定することも可能である。投稿者専用コメントが使われている動画は当初、プレミアム会員と動画投稿者のみが視聴できたが、現在は一般会員も視聴できる。
通常のコメントは白色の文字が動画上を右から左へと流れていく。コマンド機能を併用することで文字色や文字の大きさ・表示方法などを数種類から選び、その動画の好きな位置に自由にコメントを行うことができる。コマンドはコメント入力欄の左側にあるボックスに入力（「big」「red」「ue」など）し、位置や色といった異なる属性同士であれば併用もできる。一般会員が使える色は8色だが、プレミアム会員（有料会員。詳細は後述）はHTMLカラーコードにより全色使える。これを応用することで、コメントを利用して動画に字幕をつけることができる。また、コマンドと特殊文字（Unicode）などを複雑に組み合わせでイラストや巨大な文字が作られることもあり、これはアスキーアート（AA）にちなみ「コメントアート」（CA）と呼ばれる。CAには、アニメーション機能が付加されている場合もある。
調査の結果、1号墳は墳丘の大半を風化した花崗岩の岩盤を削りだし整形して、築造を行ない、盛り土は、ほとんどなかったものと考えられた。墳丘の西側の段と東側の溝からは円筒埴輪列が検出されている。墳丘の流失が著しい部分もあるが、段や溝、埴輪列から直径25メートルの円墳であったと推定された。葺石は認められなかったという。内部構造は、後円部直下に設けられた墓坑に組合式箱型木棺が直葬され、その主軸に直交する状態で副葬品のみを納めた副棺の痕跡が検出された。主棺の内部は攪乱されていたが硬玉製勾玉、碧玉製管玉、ガラス製丸玉、滑石製紡錘車が検出されている。また棺外の北側で14本、南側で11本の鉄製短剣が置かれていた。副棺からは短甲、衝角付冑、鉄刀、鏃、剣、鎌が検出されている。墳丘から出土した埴輪は円筒埴輪が墳丘裾部分で原位置を保った状態で69個体検出されている。朝顔形埴輪は原位置を保つものはなかったが、かなりまとまって出土している。他に家形埴輪、盾、衣笠および靱と推定される直弧文を配した破片がみられる。埴輪の他に墳丘南西裾部で須恵器の器台（2個体）、壷（8個体）、高杯（8固体）出土した。いずれも初期須恵器に属するものである。また同じ場所で土師器の高杯2個体が出土している。1号墳の築造年代の手がかりとしては出土した短甲と冑が三角板革綴の製作技法であることから5世紀前半が考えられ、須恵器が大阪府陶邑窯では最古の部類に属する窯址出土のものに類似することからも同様の年代が裏づけられる。1号墳の出土遺物は一括して大阪府の指定文化財に指定されている。