三千院は天台三門跡の中でも最も歴史が古く、最澄が延暦年間（782–806年）、比叡山延暦寺を開いた時に、東塔南谷（比叡山内の地区名）の梨の大木の傍に一宇を構え、「円融房」と称したのがその起源という（梨本門跡の名はこれに由来する）。その地に貞観2年（860年）、承雲和尚が最澄自刻の薬師如来像を安置した伽藍を建て、円融院と称した。承雲はまた、比叡山の山麓の東坂本（現・大津市坂本）の梶井に円融院の里坊（山寺の僧が山下の人里に設ける住まい）を設けた。応徳3年（1086年）には梶井里に本拠を移し円徳院と称した。梶井の地名と、加持（密教の修法）に用いる井戸（加持井）があったことから、後に寺を「梶井宮」と称するようになったという。元永元年（1118年）、堀河天皇第三皇子（第四皇子とも）の最雲法親王が入寺したのが、当寺に皇室子弟が入寺した初めである。最雲法親王は大治5年（1130年）、第14世梶井門跡となった。以後、歴代の住持として皇室や摂関家の子弟が入寺し、歴史上名高い護良親王（尊雲法親王）も入寺したことがある。最雲法親王は保元元年（1156年）、天台座主（天台宗の最高の地位）に任命されたが、同じ年、比叡山の西麓の大原に梶井門跡の政所（まんどころ）が設置された。これは、大原に住みついた念仏行者を取り締まり、大原にそれ以前からあった来迎院、勝林院などの寺院を管理するために設置されたものである。
この町は、830年から850年頃のロルシュ・コデックスに「Stochertet」と記録されている。その後の史料ではシュトックシュタットは以下のように表記されている: Stockestadt（1338年）、Stocstad（1397年）、Stogstad（1403年）、Storstatt（1472年）、 Stockstatt（1579年）。シュトックシュタットの土地所有者はマインツ大司教であり、1279年にエップシュタイン家がレーエンとして代官職を得た。高次裁判権はカッツェネルンボーゲン伯またはその家臣のヴォルフスケール家がこれを行使した。土地所有者として、1487年にはエーバーバッハ修道院とマインツ聖アルバン修道院が、1519年にはロルシュ修道院が記録されている。1794年にも教会の土地の他、プファルツ選帝侯、聖アルバン修道院およびエーバーバッハ修道院が土地所有者として挙げられている。シュトックシュタットは短い間ヘッセン方伯領となった後、バーデン公領となったが、1579年にアストハイムと交換されて最終的にヘッセン領となった。ヘッセン方伯フィリップ1世は、1535年に方伯領全土で宗教改革を行っていた。シュトックシュタットでは、十分の一税の徴税権を有していたマインツ選帝侯がこれに抵抗を示した。この頃のシュトックシュタットは、かつてライン川沿いの恵まれた場所に位置することから重要な港となっていた。シュトックシュタットに駐留する川役人の監視下で漁業も重要な経済分野に発展していた。しかし三十年戦争はシュトックシュタットにも大きな苦難をもたらした。69軒あった住居のうち、1648年の終戦時に残ったのは 19軒だけであった。プファルツ継承戦争の際には、1689年にフランス軍がこの町を焼き払い、34軒の家屋と 100棟以上の付属建造物が灰燼に帰した。この町がこの被害を克服するのには、その後数十年を要した。行政上はシュトックシュタットは、1820年までアムト・ドルンベルクに属した。このアムトは1816年からヘッセン大公国のプロヴィンツ・シュタルケンブルクに属していた。1821年にヘッセン大公国にラントベツィルク制度が導入され、この町はラントラーツベツィルク・ドルンベルクに編入された。1832年にラントラーツベツィルクの統廃合が行われ、郡制度が採用された。これによりシュトックシュタットはグロース＝ゲーラウ郡に属すこととなった。さらに、1848年7月31日、ヘッセン大公国のプロヴィンツ、郡、ラントラーツベツィルクはに廃止され、レギールングスベツィルクが置かれた。しかし、1852年5月12日に再び元に戻された。この間の1848年から1852年までシュトックシュタットはレギールングスベツィルク・ダルムシュタットに属し、その後グロース＝ゲーラウ郡に戻された。その後現在に至るまでの行政改革でもこの町の所属は変わっていない。司法上は、1821年から1839年までグロースゲーラウ地方裁判所、1839年からは新たに設立されたゲルンスハイム地方裁判所、1879年以後はこれを引き継いだゲルンスハイム区裁判所がこの街を管轄した。1934年にこの区裁判所が廃止された後は、グロース＝ゲーラウ区裁判所がシュトックシュタットを管轄することとなった。19世紀初め、ライン川の蛇行部をショートカットする水路「アム・ガイヤー」が造られた。こちらの水路が本流となったことでシュトックシュタットはライン川本流から隔てられ、その経済力の大部分を喪失した。これにより住民たちは収入を失い、アメリカに移住した。当時約 800人の住民のうち約 100人がこうして流出した。1945年末にアメリカ占領地域に現在のヘッセン州が設立された際、ライン川に沿って設けられていた占領地域境界線がそのまま州境とされた。このため本来グンタースブルームに属していたライン川右岸のキューコプフはフランス占領地域に属していた町の中心部と分離され、その大部分が隣接するシュトックシュタットに編入された。