ある日、アメリカ政府に一本のビデオテープが送られてくる。そこには主要三都市に核爆弾を仕掛けたという、テロリストからの犯行声明が収録されていた。すぐにテロの首謀者であるイスラム系アメリカ人で、元デルタフォース隊員のスティーブン・アーサー・ヤンガーは身柄を拘束されるが、彼は爆弾を仕掛けた場所を決して吐こうとはしなかった。FBIのテロ対策チームを率いるヘレン・ブロディ捜査官は、すぐにヤンガーの尋問を開始するが、そこへCIAの尋問スペシャリストを名乗るHという謎の男が現れる。Hは恐ろしい拷問も辞さない非人道的なやり方で尋問を開始し、そんな彼にヘレンは強く反発するのだった。そんな中、ついに爆弾による犠牲者が出てしまう。
日本の本土防空の基本案が初めて具体的に成文化されたのは1921年9月の「陸海軍航空任務分担協定」であり、1923年の「航空機以外ノ防空機関ヲ以テスル帝国重要地点陸海軍防空任務分担協定」であった。内容は、陸軍が重要都市、工業地帯を主体とする国土全般を受け持ち、海軍は軍港、要港や主な港湾など関係施設に対する局地防空を担当する。基本的には終戦までこの方針が保たれている。陸軍は早くも1922年に東京、大阪に防衛司令部を置き、高射砲や照空灯部隊を指揮させる要地防衛部隊の編制を定めた。しかし、防空司令部が置かれるのは戦時のみで範囲も東京、大阪近辺のみ、他は各師団の管轄にゆだねるものだった。後に範囲は拡大され、1937年の日中戦争勃発で、防衛司令部は常設部隊に変わった。戦時の動員で戦力を強化する予定ではあったが、当時の常備高射砲部隊は七個中隊、二八門で、さらに航空部隊は付属しておらず、必要な時に一部を要地防衛に参加させる予定であった。海軍の陸上担当区域は限られ、本土近海の防衛が主だが、鎮守府を中心に本土を4つの区に分けており、戦力は旧式艦が当てられ、防空は基地航空兵力を用いる決まりだが、戦時には大半が進攻作戦で不在になる体制だった。1937年4月5日に防空法が制定されており、改正を重ね、防空壕の建設や空襲時には疎開などの民間防衛が実施された。1942年夏頃から陸軍の防空組織は強化され始めた。4月下旬、朝鮮軍管区にも防空実施が命じられ、本土全域防空体制に移行する。5月に第一航空軍が新設され、続いて、第十八飛行団司令部、第十九飛行団司令部が設けられ、12月には防空戦闘機隊はすべて三個中隊を持ち、また司偵隊も専属の中隊に規模が大きくなり、防空の三個飛行団の合計は270機に増強されていた。8月には陸軍飛行学校も数機の戦闘機で防空に参加する体制になり、高射砲も強化され、装備砲数は4.5倍の増加が決定した。従来、旧式化した九七式戦闘機を主力としていたが、4月から「屠龍」の配備を促進した。海軍の内戦部隊所属の航空戦力は各鎮守府、警備府直属の航空隊だけであったが、1943年1月第五十航空戦隊が新設され、内戦部隊に協力することになり、内地に帰還中の航空戦隊も錬成のかたわら哨戒、索敵に当たった。海軍は支那事変の経験から邀撃機の必要性を1938年頃から感じており、これが局地戦闘機の開発につながり、1939年9月に「雷電」の開発が始まり、後に「紫電」の開発も始まったが、局地戦闘機の開発は遅れ、1943年半ばに使用できた戦闘機は、従来の零式艦上戦闘機だけであった。北九州被爆とサイパン陥落を受けた日本は防空組織を大型化した。1944年7月17日、陸軍は防衛総司令官の隷下戦力を三個飛行師団に増強。海軍では初の防空戦闘機部隊の「第三〇二海軍航空隊」と、内戦部隊に所属する呉航空隊、佐世保航空隊のうちの戦闘機隊を、作戦時に限って防衛総司令官の指揮下に入れるように定めた。部分的にではあるが、防空において初めて陸海の指揮系統が一元化した。B-29が北九州に来襲したことで対策が急務となった。高高度を飛行するB-29の迎撃には高高度戦闘機が必要であり、陸軍では2000馬力エンジンの「疾風」が1945年に入ってから使用されるようになったが、高高度性能は他機より良い程度で依然厳しい状態だった。そこで高高度性能を持つ百式司偵を武装し、これも防空に使用した。夜間邀撃は従来の昼夜兼任から「屠龍」などによる専任部隊が設けられた。海軍では、零戦はカタログ値では1万メートル以上上がれるが、実際は陸軍機と同様に高高度では活動が困難であった。局地戦闘機は、「雷電」も最初は高高度性能が厳しかったが、プロペラの改善で高度1万メートルを可能にし、「紫電」は空戦性能に優れていたので対戦闘機に回された。しかし護衛のP-51は高度1万メートルでも運動性が低下せず安定して703 km/hを発揮することから、護衛戦闘機を振り切る高速な局地戦闘機として震電の開発が行われたが間に合わなかった。1944年には軍防空、民防空の強化充実が図られ、「東京航空要塞」が確立されていたとする主張もある。しかし、敵の大規模な空襲に対し、首都近辺では高射砲の砲弾不足も見られた。大戦後期に新型の高射算定具や要地防空用に電波標定機（陸軍開発の射撃レーダー）・防空指揮通信機・特種指揮電話機などが配備されていたため、射撃精度は従来より向上していたが、高射砲も性能不足・門数不足・電波標定機不足によりドイツのような強力な迎撃を行うことは難しかった。重高射砲である五式十五糎高射砲も開発されたが、2門が製造され末期に配備されたにとどまる。先進兵器の開発も進められ、ドイツの技術供与でロケット戦闘機「秋水」や陸軍のジェット戦闘機キ201「火龍」、ビームライディング地対空誘導弾奮龍の試作や計画がされたが終戦に間に合わなかった。対空砲火の不足によりP-51が爆撃機を離れ機銃掃射で飛行場を襲撃することも増えたため、航空機や飛行場を様々な手段で隠す手法が用いられた。滑走路を畦道や水田に偽装したり、普段は車輪を付けた住宅の張りぼてや樹木を滑走路に置き離着陸時に動かすなどの手法が考案されたが、これらは偵察写真で判明しておりあまり効果が無かった。