第2事件の被告人4名は、2011年6月の公判開始時点で、79歳（イエン・シリト、キュー・サムファン）から85歳（イエン・サリ）までと、いずれも高齢である上、いずれも健康問題を抱えているとされる。裁判には数年間かかると予想され、その間にイエン夫妻が死去、残る被告人が存命の間に裁判終了まで漕ぎ着けられるかも懸念事項となっている。
フン・セン首相は、前述（#特別法廷設立の経緯）のように、特別法廷発足前から、訴追対象者を広げることには否定的であったが、2009年9月、第3・第4事件の司法捜査が開始すると、第1・第2事件以外の追加訴追は再び内戦を招くとして改めて反対を表明した。同首相は、国際側の判事や検事が、カンボジアで問題を生じさせるよう本国政府から指示を受けているのだとも発言した。これに対しては、同首相自身が初期のクメール・ルージュに所属していた経歴があり、同首相の政治的盟友にクメール・ルージュの元メンバーが多いため、彼らを守ろうとしているのだとの批判がされている。さらに、2010年10月、プノンペンを訪問した潘基文事務総長との会談においても、同首相は、追加訴追は認められないと述べた。2011年4月、共同捜査判事が第3事件の捜査終結を通告したのを機に、国連は第3事件を訴追させない方針を固め共同捜査判事にその旨指示したのではないかとの報道がされ、議論が再燃した。これに対し、国連側は、同年6月14日、共同捜査判事に対してそのような指示はしておらず、特別法廷はカンボジア政府、国連、ドナー国、市民団体のいずれからも独立であるとの声明を発表したが、カンボジア政府の政治介入に対する疑念や批判は続いている。
2007年2月14日、NGO「オープン・ソサエティ・ジャスティス・イニシアティヴ」により、特別法廷のキックバック汚職疑惑が指摘され、大きな問題となった。これによれば、判事を含むカンボジア側職員が、採用された見返りに、特別法廷から受け取る給与の一定割合をカンボジア政府の採用担当者に対して支払っているとされ、法廷の独立性にも疑問が投げかけられた。2008年6月、複数のカンボジア人スタッフがキックバックの事実を認め、これらのスタッフからの通報が国連事務局内部監査部 (OIOS) に送付された。OIOSは調査を開始し、同年9月、その調査結果をカンボジア政府に送付した。その内容は公表されていないが、報道によれば、事務局長セアン・ヴィソット自身がキックバック金を集約していたとされている。カンボジア政府からは公式に対応はなく、また同事務局長は同年11月健康問題を理由に休暇に入った。また、これと並行して、汚職防止対策をめぐってもカンボジア政府と国連との間で交渉が行われたが、カンボジア側職員からの内部通報はカンボジア政府に対して行わせることを主張するカンボジア政府と、萎縮効果を懸念する国連側との間で交渉は難航し、より根本的な問題として特別法廷内における国内側職員と国連側職員の相互不信も指摘された。最終的に、2009年8月11日、カンボジア政府と国連は、職員からの内部通報を秘密を守りながら受理する機関として独立カウンセラーを設置することとし、その地位にカンボジア会計検査院長Uth Chhornを指名することを合意した。
2万年前、現在の宮津湾にあたる一帯は完全な陸地であった。そのため陳活雄らによると、野田川など河川からの流出土砂の堆積を考えなければ、7,000年前までは天橋立の原型すらなかった。一方、天橋立の基礎部分には砂でなく石か岩があるという説もある。その後、6,000年前の縄文時代に海面が上昇し、海底に砂州が形成され始めた。およそ2,200年前に発生した地震によって大量の土砂が宮津湾に流入し、ちょうど海面が低くなった時であったため海面上に現れた。小谷聖史は3,000年前に海面低下によって現れたとするが、砂州は砂嘴が伸びてできるものであり、海面低下のみを理由とする場合はその後の前進・発達が説明できない。ただ小谷の指摘は、天橋立がいつから形成され始めたかを説明するためには海面変動を考慮しなければならないことを示した点で注目された。例えば2004年の新潟県中越地震や2008年の岩手・宮城内陸地震では、土砂崩れによって川がせき止められる例が多発した。形成された天然ダム（土砂ダム）は、現代においては決壊を未然に防ぐ措置を講じることもできるが、決壊した場合は大規模な土石流となって水と土砂が流下することとなる。有井弘之は、傘松付近を流れる真名井川などで発生した土石流によって供給された土砂が、阿蘇海方面へ運搬された可能性を指摘する。真名井川は現在は阿蘇海へ注いでいるが、2004年度の調査によって元は宮津湾に流入していたと考えられている。ただし、真名井川などからの流入量だけでは天橋立を形成するには足りないため、さらに北方に大きな供給地が存在した可能性がある。丹後半島東部には兵庫県北部から京都府与謝郡伊根町にわたって延びる山田断層が存在し、宮津市北部から伊根町にかけては地滑り地形が集中している。その一つ、宮津市北部の世屋川流域では、中流域の松尾集落付近に川と隣接した地滑り地形が見られる。有井によると周囲の地形から、かつて宮津市北部を震源とする地震によって地滑りが発生し、これが世屋川をせき止め、やがて土石流となって宮津湾に流れ込んだとされる。阿蘇海周辺におけるボーリング調査の結果、2,200年前に阿蘇海の汽水化が進んだと判明した。地震・地滑り・土石流はこの頃に発生し、砂州が大きくなって宮津湾と阿蘇海を分離した。