カシュガルを掌握したコーカンドの軍人ヤクブ・ベクは、ヤルカンド・ホータン・クチャ・ウルムチの勢力を順次征服し、1870年には天山以南の地域（タリム盆地）をほぼ支配下に置いた。1875年、清朝は左宗棠を新疆遠征の総司令に任命すると、まずウルムチを占領し、1877年4月にはウルムチから天山南路への関門であるダバンチェンの峠でヤークーブの勢力に大打撃を与えた。その約一ヶ月後、ヤークーブ・ベクはコルラにおいて急死（服毒自殺説有）し、その国家はあっけなく瓦解した。清朝は改めて新疆を統治すべく、今までの旗人軍政官ではなく、漢人官僚にその統治を委ね、1884年に省制を施行し、1886年までに検地を完了させた。イリ将軍は名目的存在となり、ウルムチに駐屯する新疆巡撫が最高権力者となった。
1862年春、四川から陝西に侵入しようとした太平天国軍に備えるために動員された回民（ホイミン：漢語を話すムスリム）の団練（民間武装組織）が漢人の団練と衝突した事件をきっかけに、渭水盆地の全域は漢・回の相互殺戮に巻き込まれた。「洗回」と称する、平穏を保っていた回民に対する虐殺事件があちこちで発生し、逆に回民側が、洗回が来るという噂を流して先に蜂起した場合もあった。これら、回民の反乱は翌年（1863年）に甘粛、その翌年（1864年）に新疆へと飛び火した。1864年6月、クチャの回民が一部の現地ムスリムと協同して官署を襲撃したのをきっかけに、反乱はごく短期間のうちに新疆全土におよんだ。イリの恵遠城とカシュガルの満城の籠城はやや長期に及んだが、各地の駐屯軍は数カ月もしないうちに壊滅した。クチャの蜂起者たちはトゥグルク・ティムール・ハーンを改宗させた聖者の子孫であると信じられていたラーシディーン・ホージャをハーンに推戴した。彼は霊的能力を宣伝し、教団組織を動員して人員と物資を集め、他のオアシスへの遠征軍を組織した。その軍勢は東のハミから西のヤルカンドまで遠征したが、これらの地方を完全に掌握するには至らなかった。
1755年、清の乾隆帝はモンゴル軍と満州軍を動員した大軍をジュンガルに進軍させ、わずか100日でタリム盆地に逃げ込んだダワチを捕獲し、ジュンガル帝国を滅ぼした。清朝は1759年、ジュンガルの旧地を「新たな境域」という意味で「新疆」と名付け、その版図に加えた。新疆の最高権力者は総統伊犁等処将軍（略して伊犁将軍）といい、代々宗室を含む満州族の有力者のみが任命され、イリ河畔の恵遠城に常駐した。
WOWOW版では6話まではほぼ原作に沿った設定とエピソードで進行していたが、7話以降はアニメオリジナルのエピソードが多くなった。そして18話でリシアンサス・ネリネ・プリムラの三人が稟の恋の対象から外れ、原作の「友人との確執といったどろどろした人間関係を排除」というコンセプトを否定した、稟と幼馴染で身近な存在の芙蓉楓と、光陽学園時代からの先輩で親しい間柄の時雨亜沙との三角関係に急展開させた物語の影響で多数の反響を呼んだ。特に2005年11月24日に放送された19話のシーン（楓が過去の事件から情緒不安定に陥り、虚ろな瞳で空っぽの鍋をお玉でかき回す後に『空鍋(からなべ』と呼ばれるシーンである）で異常な盛り上がりを見せた。当時はTwitterなど手軽に制作会社サイドとやりとりが出来る物がなく、アニメ公式サイトにも問い合わせなどメールを送る項目がなかったためNavelオフィシャルウェブのBBSは多数の閲覧者が批判コメントを集中的に寄せる事となり内容の多くは楓の人格を変更した事に対する批判コメントが多数を占めていた。楓役の声優の後藤邑子の個人サイトにも大量の反響メールが届いたことから、後藤は放送から3日後の11月27日に緊急コメントをブログに掲載、「こういうシーンを演じられた事は嬉しく思うが、怖い以上に痛々しかった。楓を許して欲しい。」と、声を演じた感想を述べている（コメント全文）。Navelのインターネットラジオ『ねぶら』においても12月12日の22回目放送で（本編では比較的お調子者だった）緑葉樹役の荻原秀樹は、テレビアニメ版19話について大量の反響があった事を前置きした上で、「19話を見て寝られなくなった」「プリムラ役のひと美さんが『（19話の）収録の時怖かった、（オンエアされた）画像を見て本当に怖かった』と言っていた」とコメントした。また、「（もう一方の当事者亜沙役の）伊藤美紀さんをゲストに呼んで欲しい」という要望メールが殺到した事を受けて、12月26日の24回目放送で急遽実現された。伊藤は「リシアンサスかネリネとエンディングになると思っていたので、自分の演じる地味な亜沙が主役格になるとは思わなかった」と述べている。制作サイドから亜沙がメインに選ばれた理由は語られてないが原作の人気投票で亜沙が一位をとっている事があり、それだけの理由でメインヒロインを降格させて亜沙が選ばれたのではとまた反響を呼んだ。『SHUFFLE! MEMORIES』では1話が丸々稟役の杉田智和の朗読になった事と、声優が杉田他一部重なっている事から「稟が『涼宮ハルヒの憂鬱』のキョンのようだ」と評された（12話「番外編」で同作のパロディも登場する）。WOWOW版で反響を呼んだ楓のシーンが7話で再度放送されるに至り、生みの親の西又葵は2007年2月22日にNavelオフィシャルウェブのスタッフ日記と個人のブログで「原作とは観点が違うとは思うけど、（テレビアニメの）楓を見ていて辛く正直泣いてしまった」「楓には幸せになって欲しい、幸せな表情の楓が書けたらいいな」とコメントを寄せ、翌日笑顔の楓の書き下ろしイラストを掲載した。（コメント全文、Navelオフィシャルウェブ掲載分は現在消滅）やや重い印象が一変したのが12話の番外編で、『ねぶら』2007年4月3日の90回配信分で、「声優陣はこの回で爆笑した」とのコメントが出た。