20世紀に入ると、清朝はモンゴルに対する行政改革をおこない、仏教僧侶の優遇をなくし、蒙地保護政策・漢人入蒙禁止令をやめてモンゴリアへの漢人入植をうながした。これによって内モンゴルの牧地が減少したため、外モンゴルのハルハではこの対蒙新政策に反発し、反清・反漢感情が高まっていった。1911年12月29日、ハルハの王公たちはチベット出身のジェブツンダンバ8世を皇帝（ハーン）に推戴して清からの独立を宣言した。それまでボグド・ゲゲーン（お聖人さま）と呼ばれていたジェブツンダンバ8世はこれ以降、ボグド・ハーンと呼ばれるようになる。よってこの政権をボグド・ハーン政権と呼ぶが、国号はあくまでモンゴル国であった。ボグド・ハーン政権は1924年にモンゴル人民共和国に代わり、1992年に現在のモンゴル国となっていく。
属民の返還をめぐってハルハの左右翼で内紛が起きたため、1686年、清の康熙帝はダライ・ラマ5世の名代ガンデン大僧院座主の立会いのもと、トシェート・ハーンとジャサクト・ハーンを招集して会盟を開いた。ところが、トシェート・ハーンが属民の半分しか返還しなかったため、翌年（1687年）、ジャサクト・ハーンのチェングン（成袞）はオイラトのジュンガル部長ガルダンに援助を求めようとジュンガル部へ向かった。これを知ったトシェート・ハーンはチェングンを追跡して殺し、ついでにジュンガルと交戦してガルダンの弟も殺した。1688年春、ジュンガルのガルダン・ハーンは3万の兵を率いてハンガイ山脈を越え、トシェート・ハーンの軍を破った。ガルダンは軍を2手に分け、一隊は仏教寺院エルデニ・ジョーを攻め、一隊はケルレン川に進んでハルハ左翼のチェチェン・ハーンの遊牧地を略奪した。これによってハルハ部は大敗北を喫し、算を乱した数10万の属民はゴビ砂漠の南（内モンゴル）に逃げて清の保護を求めた。後にハルハ全土がハルハ王家の統治下になった際には、清朝皇帝から爵位を授けられる形でハルハ統治を行うことになる。
17世紀、ロシア帝国はシベリアに進出し、東へ領土を広げた。その際、周辺の諸部族から毛皮などの貢納品を集めるため、河岸に砦もしくは要塞（オストログ）と呼ばれる冬営地を建設していった。一旦は清によって黒竜江（アムール川）一帯から駆逐されたロシア人であったが（清露国境紛争）、バイカル湖の東の地（ザバイカリエ）からモンゴルに侵入し、再び黒竜江地域にやって来てネルチンスク要塞（1654年）、ダウリヤ行政区（1656年）、セレンギンスク（1665年）、ウダの冬営地（後のウェルフネウジンスク）（1666年）を建設した。ザバイカリエにはハルハの貢納民であるブリヤート人やエヴェンキ人が住んでいたが、ロシア人の進出によって彼らがロシア側の貢納民となったため、ハルハの領主たちは何度もロシアに抗議した。抗議が通じなかったハルハ左翼のトシェート・ハーンらは1681年から1682年にかけてザバイカリエに攻め込み、ネルチンスクに迫った。1685年、清がアルバジン攻撃を開始すると、モンゴルの部隊がセレンギンスクとウジンスクを包囲した。ハルハの大軍は1688年に再びセレンギンスクとウジンスクを包囲したが、モンゴル軍の完敗に終わった。
1635年、ハルハ左翼の中で最も東にあったチェチェン・ハーンが清に初めて友好使節を派遣した。これに続き左翼宗主のトシェート・ハーンも1637年に通好し始めた。こうしてハルハの領主たちは独立を保ちつつも、清との関係を持ったため、1655年には左右翼4名ずつ計8名の領主が清朝からジャサク（旗長）に任命された。ハルハの領主たちは清の支配下に入ったわけでなく、朝貢部族（＝同盟国）扱いだったため、清側から「外ジャサク」と呼ばれた。
19世紀の後半にはいくつかの異なる記述法や記号が用いられたが、現在の形式は1911年の論文誌 Astronomische Nachrichten (AN) に最初に登場した。小惑星の発見報告を受理すると AN が新しい番号を割り当て、その新天体の軌道が計算されると正式名が命名されるという方法だった。最初、仮符号は発見年と発見順を示す英字（I は使わない。また代わりに J が不使用とされる場合もあった）からなっていた。この方式では、(333) バーデニアは 1892 A、(163) エリゴネは 1892 B などと仮符号が付けられた。しかし1893年になると小惑星の発見数が増加したため、発見年の後ろのアルファベットを2個にするように命名法を修正せざるを得なくなった。すなわち、AA, AB, ... AZ, BA という順番で英字が用いられるようになった。この2個の英字の系列は年が変わっても初めに戻らない方式だった。つまり、1893 AP の次は 1894 AQ という具合だった。1916年にこの英字は ZZ に達した。これに続く符号として3文字の命名法は使われず、次の小惑星は AA に戻って 1916 AA と命名された。写真乾板で撮影が行なわれてから、その乾板の上で実際に小惑星が発見されるまでにはかなりの時間がかかる場合がある（フェーベの発見を参照のこと）。また、実際に発見されてから発見報告が（遠隔地の天文台から）中央機関に送られるまでにも時間がかかることがある。そのため、発見報告を時系列順に並べ替える必要が生じることとなった。現在でも、新天体の発見日時は画像が撮影された日時に基づいており、画像の中から新天体を見つけた日時にはよらないとされている。上記の2文字を用いる仮符号システムでは、一度仮符号が与えられた発見について後の年になってから発見順を判断するのは一般に難しい。この問題を避けるために考えられた方法はいささか不恰好なもので、発見年と小文字のアルファベットを使う、昔の彗星の仮符号と同様の命名方式だった。例えば、1915 a（彗星の昔の仮符号 1915a と区別するため、発見年とアルファベットの間には空白が入ることに注意）や 1917 b といった具合である。1914年には発見年とギリシャ文字を合わせる形式も加えて用いられえた。