大峯山寺は、「護持院」と称される5つの寺院が交替で維持管理に当たっている。護持院は桜本坊（金峯山修験本宗）、竹林院（単立）、東南院（金峯山修験本宗）、喜蔵院（本山修験宗）、龍泉寺（真言宗醍醐派）の5か寺である。うち龍泉寺は山上ヶ岳の麓の天川村洞川（どろがわ）に本寺があり、他の4か寺の本寺は吉野山にある。大峯山寺本堂の手前5分ほどのところにはこれら5か寺の宿坊が固まって立地している。(営業期間は、5月3日～9月21日まで)。宿坊であるので、宿泊施設1階の食堂に面して本尊が祀られており、喜蔵院には蔵王権現が、他の4宿坊には神変大菩薩が安置されている。すべての宿坊は信者だけではなく一般登山者も山小屋代わりに宿泊でき、山頂に近い立地にもかかわらず風呂があるがサービス施設でなく精進潔斎のための施設とされている。食事は精進料理であるが、量は多くなく質素な内容である。女人禁制の区域にあるため宿泊者は男性に限られる。そのため浴室の更衣室が通路や玄関から丸見えの宿坊があるなど、女性がいないことを前提とした造りが見られる。(宿坊の申し込みは護持院である5か寺へ)
大峯山寺本堂へは、吉野山からの尾根道もあるが、一般の参拝者は麓の天川村の洞川（どろがわ）から山上ヶ岳を登る。洞川からは徒歩約4時間。登山口の大峯大橋からでも片道約3時間の登山となる」母公堂を過ぎて大峯大橋の先にある「女人結界門」から先は、女人禁制の習慣が今でも守られ、女性の入山は禁止されている。日本各地のかつて女人禁制とされていた他の仏教系の霊場は今日男女の区別なく公開されているが、大峯山寺は現在も女人禁制を守っている。1,300年来の伝統を守るべきだとする意見がある一方で、女人禁制は女性に対する差別であるとして反発する動きもある。大峯大橋から大峯山寺本堂への登山道は整備され、途中にはいくつかの茶屋が設けられている。大峯大橋から一の瀬茶屋跡、一本松茶屋を経てしばらく行くと、「役行者お助け水」と称する水場がある。そこからさらに行くと洞辻（どろつじ）茶屋があり、ここで吉野山からの大峯奥駈道と合流する。その先にはダラニスケ（ダラスケ）茶屋という、麓の薬店（「陀羅尼助丸」という医薬品を製造販売している）が建てた茶屋が2ヶ所に分かれてある。茶屋はすべて登山道を覆うように建てられており、必ず建物内を通過することになる。その先には「油こぼし」「鐘掛岩」「西の覗き」などと称される鎖場の難所（表の行場）が続く。中でも「西の覗き」と称される行場は著名で、これは絶壁の縁から命綱をつけて身を乗り出し、仏の世界を垣間見ようとするものである。難所にはすべて安全な迂回路が整備されている。「西の覗き」を過ぎると後述の護持院によって運営される5軒の宿坊が建ち並び、その先に本堂が建つ。本堂裏手には鎖もない断崖絶壁で命綱もつけずに修行をする「裏の行場」がある。西の覗きは先達（案内人）によって命綱が支持され、裏の行場は先達の案内なしでの立ち入りが禁止されている。なお、大峯山寺本堂について「日本最高所にある重要文化財建造物」等と紹介されることがあるが、現在重要文化財指定の建造物で最も標高の高い地点にあるのは、富山県の立山室堂である。
ブルーレイ、ブルーレイ3D、DVDとデジタルコピーは、ウォルト・ディズニー・スタジオから、もっとも早い地域で2012年8月29日、米国では2012年9月25日、日本では2012年12月19日に発売された。プロデューサーのケヴィン・ファイギによると、ブルーレイには『アイテム47』というマーベル・ワンショット作品が入っているほか、未公開シーンが多数含まれているという。また、本作品はMarvel Cinematic Universe: Phase One – Avengers Assembledと題された、マーベル・シネマティック・ユニバースの「フェーズ・ワン」作品を全て集めた10枚組みセットにも含まれる予定である。このセットはブルーレイと同時発売の予定であったが、ディスクを収納するスーツケースにまつわる訴訟が起きたため、2013年第一四半期まで発売が延期された。英国では、ジョス・ウェドンの音声解説が取り除かれたこととフィル・コールソンが殺害されるシーンが劇場版から変更されたことに対して、一部のファンから批判が出た。ディズニーの英国支社によると、ロキとコールソンが対峙するシーンをより暴力的な表現でないようにしたのは、暴力描写に関する規定は各国で異なり、英国版では別の地域で用いられたシーンを使用したからであるという。日本版においては吹き替え版に、それまでのマーベル・シネマティック・ユニバースシリーズ作品で主要登場人物の声を担当していた声優ではなく、いわゆる“芸能人吹き替え”を採用している。主要キャストに竹中直人、宮迫博之、米倉涼子の3人が起用されたが、Blu-ray・DVDの予約が開始されると同時に、Amazon.co.jpのレビューには、吹替えに起用された3人への批判や、彼らの起用を決めた関係者への不満が殺到した。これは本作以前に担当していた声優による新録版が制作されず、劇場公開版の吹き替えのみが収録された事も影響している。しかし、ディズニーは吹き替え版の声優を続編などでも基本的に続投させているため、現在に至るまでマーベル・シネマティック・ユニバース関連作品では媒体を問わず一度起用された芸能人の出演が続いている。また、本作発売後にディズニーは映像ソフトを自社独自の「MovieNEX」として販売開始したため、本作の廉価版は発売されなかったが、続編の公開に合わせる形で「ブルーレイ+DVDセット」とほぼ同仕様でMovieNEXとして再発売された。ニールセンの調査によると、米国では発売第1週目でメディア全体の売り上げで第1位となり、総売り上げの72%を占めたブルーレイも第1位となり、DVDとブルーレイが同時発売された新作作品の新記録となった。総売上の23%を占めたのはさらに高額なブルーレイ3D入りのセットである。オリコン週間BDランキングによると、日本では発売第1週目でブルーレイとDVDの2枚組みセットが5.2万枚を売り上げ総合第1位となったほか、デジタルコピー付の3枚組みは3.6万枚で総合第5位、ブルーレイ3Dが入っている4枚組みは総合第8位となり、全3セットが10位以内に入った。ホームメディア発売開始から14週目には、売り上げは2億240万ドルとなり、総興行収入は17億1,415万7,910ドルに達した。