事件が大々的に報道された6月以降、各地で法要、招魂祭が催され、また、遺族や婦人団体、在郷軍人団体、宗教家などが現地を訪れて、慰霊につとめた。北海道の小樽市は、樺太、シベリア方面への物資積み出し港であり、ニコラエフスクとも縁が深かった。1924年（大正13年）になって、小樽市民の総意で軍部に請願し、遭難者の遺灰払い下げの運動を起こした。ニコラエフスクで焼却された遺骨は、アレクサンドロフスクの慰霊碑に保管されていたが、これを小樽で永久保存しようということになったのである。軍からの許可が出て、市民に迎えられた遺骨は、市内浄応寺で保管された。1937年（昭和12年）になって、市内の素封家・藤山要吉が私財をなげうち、市民に呼びかけて、手宮の丘に慰霊碑や納骨堂を建てた。戦前には、毎年、尼港記念日の5月24日に法要が行われていた。第二次大戦後、小樽に進駐してきたアメリカの進駐軍から、「破壊せよ」と命令があったが、小樽市民はこれを拒んで、守り通した。尼港事件の民間人殉難者には、熊本県天草の出身者が多い。他県在住の縁者も加えると110名にのぼり、ほぼ三分の一に達する。1895年（明治28年）、天草北部の二組の夫婦が、それぞれに若い女性たちを連れてニコラエフスクへ渡り、水商売を始めた。以来、水商売に限らず、洗濯業や洋服仕立業で、家族ぐるみの移住者も増え、中には成功して、貿易業や旅館経営をする者も現れていた。小樽と同じく昭和12年、遺族たちの手によって、天草市五和町手野に、尼港事変殉難者碑が建てられている。こちらは、毎年3月12日に慰霊祭が行われ、1970年（昭和45年）には50年祭が盛大に催された。全員が犠牲となった第14師団尼港守備隊の出身地、茨城県水戸の堀原、もと練兵場のあった場所にも、尼港殉難者記念碑が建っている。戦前は、毎年かかさず慰霊祭が行われていたが、戦後は行われなくなり、記念碑が建っている場所も堀原運動公園の向かいにある小さな公園の奥であるので、碑のいわれを知る市民どころか、そもそも碑がある事すら知らない市民も増えている。その他、札幌の護国神社境内にも尼港殉難碑があるが、これは、1927年（昭和2年）、救援隊の兵士達が旧丸山村界川に建立したもので、戦後、現在地に移された。
白系ロシア人のグートマンは、日本の北樺太占領に領土欲を見て、「ロシア国民は侵略を受け入れることは決してない」と非難している。この北樺太占領に関しては、撤兵反対論者で、対外強硬論者といわれる五百木良三も、「サガレン（サハリン）占領のごときは大道商人のそれにも比すべき最もケチ臭い現金取引きで、あらずもがなのことだ」と反対し、『国辱記』で尼港事件を詳報した溝口白羊も、「人道の名を借りて侵略を行う連中といっしょにされることはお断りだ」とし、「尼港事件への寄付金には応じない富豪が、サガレンの漁業、林業、鉱業の利権獲得に夢中になっている」と批判する。1922年に尼港事件被害者とオホーツク事件被害者のための露国政変及西比利亞事変ノ為損害ヲ被リタル者ノ救恤ニ関スル法律が施行され救恤金が支払われた。しかし、救恤金額が少ないことや申請が出来なかったものなどがいたため、尼港事件時に内地にいたため難を逃れることができた島田商会の島田元太郎は、東京に事務所を設け全国の被害者の中心となって再度の救恤金運動を行い続けた。1925年、日本はソビエト・ロシアと国交を回復し、保障占領していた北樺太を返還した。しかしその交渉の過程で、尼港事件は政治的に棚上げされ、北樺太のオハ油田を中心とする石油長期利権と引きかえに、賠償は求めないことになった。1925年12月には救恤金の再給付を求める請願書が島田元太郎等によって提出されたことなどから、日本政府は、「本来はソビエトの責任で日本政府が賠償を肩代わりする理由はない」としながらも、救恤金という形で、遺族を慰撫した。
1948年（昭和23年）6月1日、大東急から京浜急行電鉄と小田急電鉄、京王帝都電鉄が分離独立することになった。このとき、東急と京急の両社は東京都大田区内のバス事業を国鉄東海道本線を境に東西に分けることにした。国鉄線の東側にあった旧大森乗合由来の路線は京浜急行の品川営業所に引き渡されることが決まり、路線を所管していた大森支所は廃止された。一方、国鉄線の西側を走っていた旧目蒲乗合由来の路線は池上駅を境に分断されていた大森駅からと工大前からの2路線が直通運転を始め、工大前と洗足池の間を微調整して、現在の大森線につながる（後述）。またほぼ同じ頃、GHQの指示を受けた東急は大森駅 - 池上駅線をベースにして東京駅八重洲口まで延長しかつ都営バスとの相互乗り入れという新たな路線を作った。これが池上線の誕生であり、現在の大田品川線につながる路線の基礎となった（後述）。1956年（昭和31年）には六郷線が開業。これは旧京浜電鉄の系列会社だった梅森蒲田自動車に端を発する路線で、国鉄線の西側を走っていたことから大東急解体時の調整で京急から東急の手に渡った形となり、実質再開に近かった。1957年（昭和31年）には初代下丸子線（蒲田駅 - 下丸子折返所）が開通する。この路線は1960年（昭和35年）のガス橋架け替え工事完成に伴い小杉駅へ延長、神奈川県川崎市まで営業エリアが伸びることとなったが、1962年（昭和37年）に川崎営業所へ移管、池上営業所は短期間で神奈川県川崎市から撤退した。1958年（昭和33年）には京急との相互乗り入れによる空港線：田園調布駅 - 大森駅 - 羽田空港間も開業し、大田区東部の東急バス路線が復活した。また、東急の他の営業所との共管路線として、大森 - 渋谷間を結ぶ渋谷線を淡島営業所と共同で運行した。しかし、これらの路線は長距離を走ることから、自動車交通量の増加に伴い定時性が低下し、1980年代に分断、廃止等の措置がとられた。この結果、池上営業所は東京都目黒区、世田谷区、渋谷区、中央区と広範囲に及んだ営業地域を失うと共に、大田区東部の京急バスエリアからも撤退、大田、品川、港の3区にまたがる現在の営業エリアにほぼ落ち着いた。1984年（昭和59年）、他の営業所と共に東京都区内バス共通回数券の運用を開始する。