堀江幸夫の父で筆職人の利定が1911年に創業した｢堀江文海堂｣という筆や墨、硯の卸問屋を浅草で営んでいたのが祖である。その後、幸夫が後を継ぎ戦後の1946年に現在の本社所在地に移転し大日本文具株式会社を設立。当初は文具の卸売業であったが、後に自社での生産・販売を開始した。最初に生産したのは粉墨とクレヨンで、以降は他の文具も手がけるようになった。さらに文具だけにとどまらず、自社で使用する生産機器の製作していたことから、それらの生産・販売も手がけるなど、取り扱う品目を増やしていった。創業以来、「先っぽ（ペン先）の技術」「色」「敷居を下げて気軽に使える商品開発」を重点とし、サインペン、プラマン、ぺんてる筆、エフ水彩などを生み出す。長きに渡り創業者の堀江幸夫が社長を務め、後に幸夫の息子・利幸に譲ったが急死。創業家一族以外から社長が出ていたが、2002年6月に利幸の息子・堀江圭馬が当時32歳で就任。ドットイーボール、エルゴノミックス、ランスロットシリーズ、エナージェル、ローリー、ビクーニャ、ノック式マーカーなど数々の商品を開発した。2012年5月、代表取締役社長に和田優が就任。オレンズがヒットしたほか、昭和時代から発売しているスマッシュやボールぺんてるの人気が急速に広まっている。2018年3月に日本政策投資銀行傘下の投資ファンドがぺんてる株の約4割を創業家から取得して筆頭株主となり、2019年5月にはコクヨがこのファンドに出資したことにより、間接的に資本参加する形となった。2019年9月24日、投資ファンドが所有していた株式をコクヨが取得。これにより、正式にコクヨがぺんてるの筆頭株主になり、コクヨの持分法適用関連会社にもなった。
大赤斑は、南緯22°の地点にある永続性の高気圧嵐である。2012年現在で、地上での観測から、発生してから最低でも182年、恐らくは347年になる。この嵐は地球上の望遠鏡でも観測できるほど大きく、ハインリッヒ・シュワーベによって1831年に初めて記述されたが、恐らくはもっと早く、1665年から1713年の間にジョヴァンニ・カッシーニによって観測されている。1878年にCarr Walter Pritchettが開始して以来、継続的に観測、描写されている。大赤斑は、約6地球日（14木星日）の周期で反時計回りに回転している。直径は東西方向に24-40,000km、南北方向に12-14,000kmであり、地球が2、3個入る大きさである。2004年初め、大赤斑の経度方向の幅は、1世紀前の40,000kmと比べて約半分になった。現在の減少速度からすると、2040年までには円に近くなるはずだが、近隣のジェットによる歪み効果のため、円になることはないと考えられている。大赤斑がいつまで続くかや、大赤斑の形の変化が通常の変動の結果であるのかは分かっていない。カリフォルニア大学バークレー校で1996年から2006年まで行われた観測によると、この間に大赤斑の直径は、その長軸に沿って約15%小さくなった。研究チームの一員であったXylar Asay-Davisはこの研究を総括し、大赤斑は消失しないと述べた。赤外線データによって、大赤斑は周りの雲よりも冷たく、高い高度にあることが示唆された。大赤斑の雲頂は、周りの雲よりも約8km上にあると考えられている。さらに、大気の追跡により、大赤斑の反時計回りの回転は1966年まで遡り、ボイジャーのフライバイの際の映像より確認された。大赤斑は、空間的には、南端を東向きの穏やかなジェット、北端を西向きの非常に強力なジェットに囲まれている。周りのジェットの速度は約432km/hにもなるものの、内部にはほとんど流れはない。大赤斑の回転周期は、恐らく大きさの減少に伴って、時間を経る毎に減少している。2010年、これまでにない解像度で遠赤外線写真が撮影され、中央の最も赤い領域は周囲よりも3から4K暖かいことが発見された。暖かい気団は、気圧200から500ミリバールの範囲の対流圏上層に位置する。この暖かい中心領域は、恐らくは空気の弱い沈降のため、ゆっくりと時計回りに回転している。大赤斑の緯度は、観測記録が残っている期間を通じて安定しており、約1°しか変化していない。しかし、経度は常に変化している。木星は均一に自転していないため、天文学者は経度を定めるため、3つの異なる系を定義した。系IIは、緯度10°を超える部分で使われ、9h 55m 42sの大赤斑の平均回転速度を元にしたものである。これに関わらず、大赤斑は19世紀初頭から、少なくとも惑星を10周している。この速度は年によって大きく異なり、南赤道ベルトの明るさ及び南熱帯擾乱の有無と関連している。大赤斑の赤色の起源については、正確に分かっていない。実験室内での実験によって指示される理論によると、この色は複雑な有機分子、赤リン、その他の硫黄化合物によるものであると説明される。大赤斑の色相は、れんが色から淡いサーモン色までかなり変化する。最も赤い中心領域は、周りよりも若干暖かく、これは大赤斑の色が環境因子に影響されることの初めての証拠となった。大赤斑は、可視光領域で見えなくなることもあり、南赤道ベルト(SEB)に空いた隙間、赤斑孔となる。大赤斑の可視性はSEBの色相と関連しているように見え、ベルトが明るい白色の時は大赤斑は暗くなり、ベルトが暗い時は大赤斑は明るくなる傾向がある。大赤斑の明暗が変化する周期は不規則であり、1997年までの50年間で、1961年から1966年、1968年から1975年、1989年から1990年、1992年から1993年の期間に最も暗くなった。大赤斑と似たものに、2000年にカッシーニによって木星の北極付近に観測された大暗斑がある。また海王星の大気の中にも大暗斑と呼ばれる構造がある。後者は1989年にボイジャー2号によって撮影され、嵐というよりは大気の穴であると考えられている。1994年には存在しなくなったが、似たような小さな穴がより北側に表れた。