その後、スパルタとテバイとの間に戦争が勃発し、アゲシラオス2世は紀元前378年とその翌年の二回に亘ってボイオティアに進行したが、病気によって次の5年は休息を取った。紀元前371年のレウクトラの戦いで名将エパメイノンダス率いるボイオティア軍にアゲシラオス2世の共同統治者クレオンブロトス1世率いるペロポネソス同盟軍が敗れ、スパルタはギリシアの覇権を失った。その後のエパメイノンダスの度重なるペロポネソス侵攻、隷属民らの反乱や陰謀に対して城壁を持たぬスパルタを守ったのはアゲシラオス2世だった。クセノポンによれば、軍資金を得るためにアゲシラオス2世は紀元前362年にキオスの支配者アリオバルザネスのペルシア王に対する反乱を助けた。エパメイノンダスの第四次ペロポネソス侵攻にて起こったマンティネアの戦い（紀元前362年）でついにアゲシラオス2世率いるスパルタ・アテナイ連合軍はエパメイノンダスを戦死させるに至る。この戦いは結果だけ見ればボイオティア軍の勝利であったが、エパメイノンダスを失ったテバイはギリシアの覇権を維持できなくなったことを考えればアゲシラオス2世は「試合に負けて勝負に勝った」と言える。ちなみに、マンティネイアの戦いはスパルタ、テーバイの双方が勝利宣言を行っている。レウクトラ以降スパルタは再びギリシアの覇権を取り戻すことも国力を回復することもなかったが、アゲシラオス2世はスパルタの再建に尽力した。紀元前361年、アゲシラオス2世はスパルタの逼迫した財政を立て直すべくエジプトに向かい、王ネクタネボ2世が王位につくのを助け、220タラントを受け取った。その帰路にてアゲシラオス2世はキュレナイカで客死した。84歳であった。彼の遺体は蝋を塗って保存され、スパルタに輸送され、そこで葬られた。次の王位には子のアルキダモス3世が上った。
パウサニアスによれば、智謀に長け、反スパルタであるティトラウステスはアゲシラオス2世をアジアから追い出すために一計を案じた。彼はロドス人のティモクラテスなる者をギリシアに送り、強大化するスパルタに警戒心を抱いていたアテナイ、アルゴス、テバイ、コリントスといった諸国の有力者に賄賂を渡し、対スパルタ戦争を始めさせた。コリントス戦争（紀元前395年-紀元前387年）である。紀元前394年、ギリシア本土で起こった戦争のためにアゲシラオス2世はスパルタ本国に呼び戻された。彼はアビュドスからヘレスポントスを渡り、トラキア、マケドニアを経てギリシア中心部に到り、8月14日にコロネイアの戦いでアゲシラオスを迎え撃たんとしたアテナイ、ボイオティア、その他同盟軍を破った。ペロポネソス半島への途上デルポイで彼は引退した。しかし、その直後にスパルタはクニドスの海戦でアテナイ・ペルシア連合艦隊に大敗を喫し、アゲシラオス2世は再び剣を取った。翌紀元前393年、アゲシラオス2世はアルゴスを荒らし、翌年にはコリントス領に侵攻し、レカイオンとピレウスを占領し、成功裏に終わらせた。しかし紀元前391年のレカイオンの戦い で1モラのスパルタ重装歩兵部隊がイピクラテス率いるアテナイの軽装歩兵部隊に敗れ、アゲシラオス2世の成功は相殺された。紀元前389年に彼は反スパルタ同盟側と同盟を結んでいたアカルナニアに侵攻し、それを破った。そして2年後の紀元前387年にアンタルキダスの和約（大王の和約とも）によって戦争は終結した。この時アゲシラオス2世がテバイの代表エパメイノンダスに「テバイ人は（その時テバイに服属していた）ボイオティア人が個々で条約を結ぶのを許すのか」と問うた時、エパメイノンダスはアゲシラオス2世に「スパルタがペリオイコイに市ごとに条約を結ぶのを許さないうちは許さない」と言い返すなど、この時スパルタとテバイの対立は深刻なレベルに達していた。
京都市に加え、大津市にも本社を置き、両府県の主読紙として定着している。準ブロック紙としての性格を持っている。朝刊・夕刊（京都府北部・滋賀県北部は朝刊のみ）を発行し、発行部数は朝刊45万5,763部、夕刊20万2,187部（2016年4月）。2006年4月には、新聞事業を編集・経営、事業・販売・広告、制作に3分社化する「グループ経営」に移行し、新たな新聞経営の形態として業界の注目を浴びる。新聞販売と広告営業・イベント企画などの事業は京都新聞社本社から分社化された株式会社京都新聞COM（きょうとしんぶんコム）が、新聞印刷事業は株式会社京都新聞印刷（きょうとしんぶんいんさつ）がそれぞれ行っている。グループ経営としては2002年に読売新聞が読売新聞グループ本社のもとに再編・分社化を導入しているが、東京、大阪、西部など地域ごとの分社であり、京都新聞のように1地域の新聞発行を業務単位で分社する試みは初めてのことである。野中広務、谷垣禎一、伊吹文明などの地元選出議員が政府・与党の要職についていた際には東京での取材に人員と紙面を割いた。京都には歴史的な文化財が多く存在し、また多数の大学が設置されている特性から、歴史・文化関係の記事や大学の記事が多い。また、仏教各宗派の現状をまとめた記事や連載なども厚く、ほかの地方紙とは趣きが異なる。1面コラムのタイトルは「凡語」（ぼんご）。京都府、滋賀県以外にも大阪府（京阪本線の淀屋橋・天満橋・枚方市・樟葉の各駅と、阪急京都線の高槻市駅、ホワイティうめだ内の売店、三島郡島本町の一部など）や奈良県（近鉄京都線の高の原駅の売店）で販売されている。なお、滋賀県ではブロック紙の中日新聞と販売エリアが重なっているが、中日新聞は彦根市など県東部を中心にシェアが高く、大津市など県西部では京都新聞のシェアが高い。2005年に純県域紙のみんなの滋賀新聞が一時期発行されたものの、過去に京都新聞の系列新聞として滋賀日日新聞が存在した名残もあり、事実上滋賀県の県域紙としての位置づけもなしている。