暗号において、理論上の安全性が実装上の安全性をそのまま意味するわけではない。量子暗号においても注意する必要がある（記事BB84を参照）。安全性の第1の問題点は、送信機、中継器、受信機それぞれにバックドアを仕掛けることができることである（中継器の電流を計測する方法で光子を測る。偏向の測定は無理だが）。第2に、「量子の傍受ができない」という理論も実装上実現できるかどうかが疑問である。第3に、鍵作成時にトラップを仕掛けることができる。ナップサック問題、離散対数問題が絶対安全か不明である（初期のナップサック暗号は簡単に破られた。NP完全問題の解読不可能性は証明されていない）。生成式などにバックドアを仕掛けることもできる。第4に、送信・受信データは量子暗号化されていないので、入手のチャンスがある。日経サイエンス増刊号では、「アーター・エカートの量子暗号（1991年考案）は、光子を送信時まで安全に保管でき、通信会社や装置メーカーによっても破られないことが証明されている」とされている。
量子鍵配布はステファン・ワイズナーの先駆的な研究により1970年に発見されていたが、後にチャールズ・ベネットとジル・ブラサールによって1984年に再発見された。このときに提案されたプロトコルがBB84である。提案された当初は非現実的であるとされたが、その後の実験技術の進歩とプロトコルの改良（誤り訂正及び安全性増幅）により、実現可能な技術とみなされるようになった。最初に提案されたBB84以外にも数多くのプロトコルが提案されている。それらは、（近似的）単一光子に基づくもの（BB84など）と、コヒーレント光、スクーズド光などの連続光を用いたものがある。いずれも、量子状態が観測によって歪む性質を用いて、盗聴者に漏洩した情報の量を見積もる。その結果に応じて安全性増幅を用いて安全な鍵を取り出す。量子鍵配布の特徴は、理論的に根拠が明らかな堅牢な安全性にある。古典力学の範囲内では、完全に安全な鍵配布、したがって秘密通信は不可能であることが知られている。それに対して、BB84などについては、（現実のシステムの不完全性を多少捨象した）理想的状況においては完全な安全性が証明されている。これは、応用上はもとより、理論的にも興味深いことであり、秘密鍵の配送可能性は、量子力学と古典力学の重要な相違点である。また、BB84などについては、各種の現実的なシステムの不完全性を考慮した安全性の証明、プロトコルの改良が進んでいる。ただし、プロトコルの中には安全性の議論が十分なされていないものも多い。下で述べるYKやY-00に関しては、応用上魅力的な諸特性をそなえるものの、安全性に関して論争が継続中である。現在までの実験では、光ファイバーを用いた場合、公称でも200キロメートル程度が伝送距離の最大であって、これでは長距離通信は不可能である。さらに劇的に通信距離を伸ばすには、量子もつれを用いた量子中継や、人工衛星を用いたシステムといった手法を導入する必要があると思われる。
翌日の社会主義統一党の政治局会議では出席者はハンガリーの対応を非難したが、ホーネッカーがまだ療養中で不在だったために結局何の対策も取られず、ハンガリーに対して何も報復することもできなかった。既に政治局員の間でも市民の流出が続いて東ドイツの存立が危うくなってきていると認識はされるようになっていたが、結局それが討議されることも無かった。そうしている間にも、東ドイツ国内では医師、電車やバスの運転手、高等教育を受けた若い労働者などが次々に出国し、東ドイツのあちこちで交通機関の運休や医療の崩壊、工場の閉鎖などの社会的混乱が起きていた。プラハの西ドイツ大使館では、9月以降毎日100人以上の東ドイツ人が柵を乗り越えて押しかけ、9月末にはその数は4000人に達していた。この熟練労働者の新たな脱出こそ社会主義統一党の正当性の主張が空虚であることを表し、東ドイツにおける共産党支配の最終的崩壊を開始させたものであった。こうした中、当時のイギリス首相マーガレット・サッチャーはミハイル・ゴルバチョフ書記長に、東側のリーダーとしてベルリンの壁崩壊を阻止するためにでき得る限りのことをするよう要請し、次のように語った。我々は統一ドイツを望まない。これは戦後の国境を変えることになってしまうことでしょう。我々は世界情勢の安定を傷つけ、我々の安全の脅威となるような発展を認めることはできない。 — マーガレット・サッチャー9月26日、療養生活から復帰したホーネッカーは政治局会議を開催したが、10月7日に予定される建国40周年記念式典の準備を指示しただけで、出国者問題には触れなかった。9月27日、ニューヨークの国連総会の合間にソ連のシェワルナゼ外相とゲンシャー西ドイツ外相及びフィッシャー東ドイツ外相が会談し、東ドイツはプラハの西ドイツ大使館の東ドイツの人々を「追放」することに合意した。東ドイツから見れば「追放」であり、西ドイツから見れば「自由への脱出」であった。9月30日、プラハの西ドイツ大使館のバルコニーに突然ゲンシャー西ドイツ外相が現れて、大使館内の敷地に野宿していた人々を前に「我々は今日皆さん方が出国できるということをお伝えするために、ここへやって来ました。」とアナウンスすると絶叫とともに人々の喜びと安堵の叫びで、大使館内は騒然として、ゲンシャー外相のその後の発言はかき消されて、誰も聞き取ることができなかった。この大きな歓喜を解き放った模様はテレビを通じて全世界に伝えられた。ただ東ドイツにとっては、10月7日に予定している建国40周年式典を前に目障りな問題を処理するだけのことであった。そしてこれが「追放」であることを示すために、わざわざチェコスロバキアから東ドイツ領内を国有鉄道の列車で通過させることを要求した。これは東ドイツ政府が威信の問題としてこだわったことであった。10月1日から数千人と見られる東ドイツの人々が列車でドレスデン、ライプツィヒを通って西ドイツに向かった。10月4日にプラハからの列車が出国が認められた人々を乗せて領内を通過した時、ドレスデン中央駅に到着した際には、それに乗ろうとするドレスデン市民と人民警察の間で衝突が発生した。東ドイツでは、大量出国の問題が深刻化するにつれて、問題の解決策を「誘導措置」と呼んだ。出国の波を阻止するのではなく制御する方向に変えて、記念式典を前に乗り切ろうとした。プラハと同じくポーランドのワルシャワでも「誘導措置」を行い、ワルシャワの西ドイツ大使館に逃れた人々をポーランド航空の特別便で「追放」した。しかしこれは国家の存立を脅かす局面でしかなかった。10月3日、東ドイツ政府はチェコスロバキアとの国境を閉鎖した。これによって、東ドイツ国民がチェコスロバキア、ハンガリー、オーストリア経由で西側へ逃れることは不可能になった。しかし出国することができなくなったため、逆に東ドイツ国民の不満は体制批判に転化していた。