ムッソリーニは、エーゲ諸島をイタリア植民地のショーケースにしようと考え、数々の大規模な公共事業を実施した。道路やファシスト建築に基づいた建築、水道が整備された。その際、ギリシャ人労働者に強制労働させる場合もあった。現在でも、ドデカネス諸島では多くのイタリア建築を目にすることができる。また諸島では史上初めて大規模な調査が実施され、ロドス島やコス島での観光事業が活発になった。しかし、より小さな島々は政府から無視され、開発が進まなかった。
エーゲ海諸島にイタリア人を入植させる試みが行われたが、あまり成功しなかった。1936年にドデカネス諸島に居住していたイタリア人は16711人で、そのほとんどがロドス島かレロス島にいた。ロドス島やコス島のイタリア人は農業に従事して新たな農場を開いていった。一方レロス島のイタリア人は、新たに築かれた近代都市ポルトラーゴ（現レッキ）の軍に雇用された。
1923年以降、諸島の総督は軍人から文民に移行した。リベラルな外交官から初代総督に就任したマリオ・ラーゴはイタリア人やギリシャ人、トルコ人、ユダヤ人などが入り混じる複雑な民族社会の融和に取り組み、穏健な諸島民の統合を進めた。ラーゴは入植イタリア人に自治権を与え、地元のギリシャ人との結婚を奨励した。1929年、ピサ大学でドデカネス諸島民の学生への奨学金普及額が引き上げられた。これも、学生たちが帰島後にイタリア語やイタリア文化を諸島の中産階級に広めることを期待しての方策だった。ラーゴは唯一、宗教については強硬策をとった。彼はドデカネス島民の自主的な教会を建てさせることでギリシャ正教会の権威を弱めようとしたが、失敗した。イタリア本土でファシズムが台頭すると、島の若者にもバリッラ団などのファシストグループが浸透するようになり、イタリア当局の名の下で諸島のイタリア化が押し進められるようになった。法的には、イタリア領エーゲ海諸島は植民地と本土の中間(possedimento)に位置していた。そのため、島民は完全な市民権を得られず、またイタリア軍に徴兵されることもなかった。1936年にラーゴの後任として総督となったチェーザレ・マリーア・デ・ヴェッキは頑迷なファシストであり、彼の元でイタリア人化政策は急進的になっていった。教育や公共の場ではイタリア語の使用が強制され、ギリシャ語は学校では選択科目の一つに落とされた。1937年には、ファシストのシステムによるコムーネの長の直接選挙が行われた。1938年、イタリア民族法が諸島に導入されるとともに、諸島の法がイタリア本土の法と同格になった。
1912年の伊土戦争で、ドデカネス諸島はイタリアに占領された（カステロリゾ島を除く）。戦争終結後、イタリアはオスマン帝国に諸島を返還するはずだったが、講和条約の条文が曖昧だったこともあり、イタリアによる仮統治が続いた。1923年のローザンヌ条約第15条でトルコはドデカネス諸島の領有主張をすべて放棄し、ここにイタリアが諸島を正式に領有することになった。仮統治時代の諸島は「ロードス・ドデカネス」(Rodi e Dodecaneso)と呼ばれ、軍人が総督となっていた。1920年8月7日以降はドデカネス副王領(Reggente del Dodecaneso)となった。第一次世界大戦が終わるまでに、イタリアはヴェニゼロス・ティットーニ協定（1919年）とセーヴル条約（1920年）の2回にわたり、イタリアはロードス島を除く諸島をギリシャに割譲することを約していた。譲渡に備え、この時期の諸島には広範な自治権が与えられていた。しかしギリシャが希土戦争で敗北を喫したことで、この領土割譲計画は潰れた。カステロリゾ島は1915年から一時的にフランスが占領していたが、1921年にイタリアの統治下に入った。1923年、ドデカネス諸島は正式にイタリア王国に併合され、イタリア領エーゲ海諸島が成立した。イタリアは戦略的な重要性と将来の帝国建設構想の布石として、エーゲ海諸島を重視していた。レロス島やパトモス島はイタリア王国海軍の基地となった。
1904年（明治37年）、聖歌隊として発足した。1911年、片桐哲が合唱団を改革統一し、同志社グリークラブと称した。1935年（昭和10年）、創立60周年記念で、およそ3時間に及ぶ53曲から成るヘンデル作曲の「メサイア」の通し演奏を日本で初めて行った。初演会場となった栄光館（1932年完成）は、国の登録文化財となっている。英語が禁止された戦時下の1940年、神学部講師の森本芳雄が歌詞を日本語訳し、中止を逃れた。戦後の混乱期であった1946年に第3回のメサイア演奏会を実施した。1957年から1964年は人材難から中断されたが、その後復活、年の締めくくりに演奏会を行っている。1974年（昭和49年）長井賞受賞。同賞の第1号受賞者となった。その後2005年（平成17年）にも再度同賞を受賞した。同志社大学の創設者、新島襄生誕150年にあたる1993年（平成5年）には、学生、OBら約220人が新島が若き日に学んだアメリカのアーモスト大学を訪問した。2011年に開校した同志社国際学院初等部・国際部の開校式では、小椋佳作曲の校歌を披露した。全日本合唱コンクール全国大会には1948年（昭和23年）の第1回から出場していて、第10回（1957年）までに優勝3回。その後長くコンクールに出場しない時代が続いたが、2000年代に入り再度出場、6度の全国大会出場を果たしている。