52期以降の経験者。太字はタイトル獲得。趙治勲、柳時熏、加藤正夫、楊嘉源、片岡聡、林海峰、彦坂直人、小松英樹、趙善津、小林覚、王立誠、王銘琬、山田規三生、石田章、大竹英雄、結城聡、大矢浩一、羽根直樹、張栩、宮沢吾朗、小林光一、山下敬吾、依田紀基、三村智保、高尾紳路、蘇耀国、潘善琪、溝上知親、中小野田智己、武宮正樹、井山裕太、瀬戸大樹、河野臨、黄翊祖、今村俊也、伊田篤史、余正麒、一力遼、本木克弥、三谷哲也、芝野虎丸、安斎伸彰
しかし第44期には武宮の天敵・趙治勲が登場し、4-0のストレートで本因坊を奪取した。翌年からは小林光一が3年連続で挑戦権を握るが、趙はそれぞれ1-3、0-2、0-3からの大逆転勝利で防衛を果たし、小林の大三冠達成を寸前で阻止した。この3年連続決戦は長く続いた両雄の角逐の頂点、さらには現代囲碁史のハイライトともいわれている。趙はその後も山城宏、片岡聡、柳時熏、さらに加藤正夫の二度の挑戦を退け、連覇を重ねた。高川の記録を破る10期目には王立誠を挑戦者に迎えるが、趙は珍しく「絶対に今回は勝つ」と宣言した上で王を撃破、前人未踏の10連覇を達成した。これは囲碁のあらゆるタイトルの最長連覇記録として、2019年現在も破られていない。
1961年、10年前に橋本に逆転負けを喫して以来挑戦権に縁のなかった坂田栄男がついに登場する。41歳の坂田は積年の鬱憤を晴らすように4-1で本因坊を奪取、ここに坂田時代が幕を開けた。1963年には名人も奪取、秀哉以来の「本因坊名人」が誕生した。この時期坂田は圧倒的強さを発揮し、高川の2度のリターンマッチも粉砕、山部俊郎・藤沢秀行もストレートで降している。1963年から67年にかけては挑戦手合17連勝という大記録を達成し、満天下にその実力を見せつけた。7連覇を果たした坂田のタイトルを奪ったのは、新鋭林海峰だった。すでに坂田から名人位を奪っていた林は、2度目の挑戦となった1968年の第23期、フルセットの激闘の末坂田から本因坊を奪い取る。林はここに本因坊名人となり、覇者は交代した。
1948年の第5期には関西在住の橋本宇太郎が挑戦者として登場し、4-0のストレートで本因坊を奪取する。しかしこの時期関西地区の棋士は関東への反発が高まっており、さらにこの年から「本因坊戦を一期一年とする」という発表がなされた。この発表は橋本の就位に合わせ、しかも橋本に何の断りもなくなされたことから、ついに関西棋士の反感が爆発した。この結果、1950年に橋本を総帥として関西棋院は独立を宣言することとなった。橋本から本因坊を剥奪せよとの声もあった中、日本棋院は新鋭・坂田栄男を挑戦者として送り込んだ。満天下の注目の中、坂田は3-1と橋本を追い込むが「首を洗ってきました」と開き直った橋本は残りを3連勝し、逆転で防衛を果たした。このきっかけとなった第5局の対局が山梨県の昇仙峡でなされたことから「昇仙峡の逆転劇」と呼ばれる。この時橋本が敗れていれば、関西棋院は崩壊していたと見る者も多い。
当初は、東京日日新聞及び大阪毎日新聞主催で、のち二社が合併して毎日新聞社主催となる。1934年（昭和9年）、東京日日新聞学芸部長の阿部眞之助が囲碁及び将棋の「実力名人戦」を企画し、1935年に将棋の名人戦が開始。囲碁は本因坊秀哉の意向もあり本因坊戦とされ、1936に秀哉は日本棋院に本因坊の名跡を譲渡。阿部の部下の黒崎貞治郎が担当して本因坊戦は1939年（昭和14年）に開始することになった（本因坊戦が開始する前の東日及び大毎は「全日本囲棋選手権大会」及び本因坊秀哉の引退碁を掲載していた）。最後の世襲本因坊二十一世本因坊秀哉名人の、本因坊の名は棋界随一の実力者が名乗るべきものであるという思いから、選手権制による本因坊戦「本因坊名跡争奪・全日本専門棋士選手権大手合」が行われることになった。囲碁におけるタイトル制度はこれが始まりであり、以後に始まる多くの棋戦のモデルとなった。なお、女流戦にも女流本因坊戦がある。
元は長沢勘五郎という名で越中国湯山城代・長沢光国の小姓だったが、永禄12年（1569年）に光国が上杉謙信に降った際に、謙信に召し出され長沢道如斎義風と名乗った。のちに越後三条の町奉行を任され、謙信死後の御館の乱では上杉景勝に従い、義兄・五十公野治長（後の新発田重家）と共に加地秀綱の加地城や神余親綱の三条城を攻略する。天正8年（1580年）、新発田長敦が急死し、治長が新発田重家と称し新発田氏を継ぐと、代わりに五十公野氏を継いで五十公野道如斎信宗と名乗った。天正9年（1581年）、義兄・重家が恩賞への不満から上杉景勝に反旗を翻すと重家に従う。天正15年（1587年）、藤田信吉率いる景勝勢に五十公野城を囲まれ、籠城中に家老の河瀬次太夫や近習の渋谷氏などが信吉に調略されて寝返るなどしたため、10月13日に落城、信宗も討ち死にを遂げた。