前作と異なり、主人公はブリンクスではなく、プレイヤーが作成するエディットキャラクターたちが主役となっている。本作は「時間操作」を使うタイムスイーパー（ネコ）側だけでなく、「空間操作」を使うタムタム団（ブタ）側も操作することになり、それぞれのエディットキャラクターを操って2つの視点でストーリーを進めていく。最初はタイムスイーパー側でストーリーが始まるが、ストーリーが進むと自動的にタムタム団側に視点が移り、そちらのストーリーを進めることになる。また、単純な面クリア型アクションだった前作とは違い、本作は特定のミッション（指令）をこなしていくというゲーム性に変わっている。さらにストーリーモードでは2人同時協力プレイ (co-op) も可能になり、最大4人まで対戦可能なVS.モードも搭載している（Xbox Liveには非対応）。架空言語を使用していた前作と異なり、本作のボイスは英語になった。本作は単品発売としてだけでなく、同時発売の「Xboxプラチナパック 3」本体に同梱された4本のソフトのひとつとして、既に発売されていたテニスゲーム『トップスピン』、FPS『Halo』、レースゲーム『Project Gotham Racing 2』とともに付属していた。2007年7月13日からは、Xbox 360の初代 Xbox ゲーム互換性アップデートにより、ハードディスクドライブを利用してXbox 360上でもプレイが可能になった。
第1作『ブリンクス・ザ・タイムスイーパー』は、マイクロソフトのゲーム機「Xbox」の隠し玉として、2002年のE3で発表された。本作の主人公であるブリンクスは、任天堂のマリオ、セガのソニックなどのような、親しみやすい新たなXboxのマスコットキャラクターを目指して製作された（Xboxには既に代表的なキャラクターとして『Halo』シリーズのマスターチーフがいたが、彼はマスコットと呼ぶにはシリアスすぎた）。さらに、日本ではナインティナインをCMに起用した。
ボスステージを除く各ステージには、ネコの形をしたメダルが3個または4個隠されており、その総数は全部で80個となる。1ステージ内には金、銀、赤の3種類（あるいは、これらに青を加えた4種類）が1個ずつ存在し、赤＜青＜銀＜金の順で入手難易度が高い。通常のルートから外れた位置に設置されている場合が多く、中には一度クリアした後に再び戻り、時間操作や特殊な掃除機を駆使しないと発見できないものもある。一度でも入手したメダルは記録され、ステージを入り直すことで再度発見はできるものの、既に入手していたものは「ダブリ」となり合計数には加算されない。入手枚数に応じて、おまけムービーやギャラリー、強力な掃除機の購入などができるようになる。
各ラウンドのステージ1をクリアすると、マップの中間にショップが出現し、それまでに集めたお金で様々なアイテムを購入できる。ショップで使うためのお金は各ステージ内で入手できる（単位：G）。お金はタイムクリスタルと同じ形状をしているが、全て金色のクリスタルとなっており、大きさや形状によって価値が異なる。ステージ内に落ちていたり、スロットや宝箱から入手したり、ボスを倒したりすると出現する。また、ステージをクリアしたときに余っていたガラクタはクリア時に自動的に換金され、レベルが高いものや貴重なガラクタほど価値が高い。ショップでは、タイムボウルなどのパワーアップアイテム、爆弾などの弾丸として使えるガラクタ、ウェア（服）、そして新たな掃除機などが購入できる。掃除機やウェアなどの装備品は手持ちのものを買い換えることになり、新たな装備を入手すると古い装備は消えてしまう。掃除機には1 - 3までのレベルがあり、基本的にレベルが高いものほど大きなガラクタを吸い込むことが可能になるが、中には炎や水を吸い取れるなどの特殊効果を持った「レベル1+」や「レベル2+」の掃除機も存在するため、レベル3を購入した方が一概に良いとは限らない。タイムボウルなどの強化系アイテムは、そのショップで一度購入すると売り切れとなり、以降は買うことができない。このため、最大値まで強化する場合は各ラウンドのショップで1個ずつ買う必要がある。また、掃除機とウェアは現在持っているものと同じ物は購入できない。リトライハートと弾丸系アイテムのみまとめ買いが可能で、まとめて買うと2個目からは3割引される。ただし、最大ストック数を超えて買うことはできない。
第十代天皇の御間城入彦（ミマキイリヒコ、崇神天皇）については3世紀から4世紀初めにかけて実在した大王と捉える見方が少なくない。御間城入彦は大彦命を北陸道に、武渟川別を東海道に、吉備津彦を西道に、丹波道主命を丹波（山陰道）に将軍として遣わし、従わないものを討伐させた（四道将軍）。また初めて戸口を調査して課役を科した。天下平穏となり御肇国天皇（ハツクニシラススメラミコト）と称えられる。この頃、朝鮮半島南端の任那（加羅）から蘇那曷叱知が派遣されたという。第十一代天皇の活目入彦（イクメイリヒコ、垂仁天皇）は諸国に多くの池溝を開いて農業を盛んにした。相撲や埴輪の起源もこの頃とされている。第十二代天皇の大足彦（オオタラシヒコ、景行天皇）は大規模な征服事業を行った。日本書紀によると大足彦は自ら九州に遠征して土蜘蛛や熊襲を征伐した。子の日本武尊（ヤマトタケル）の伝説的な活躍もよく知られ熊襲征伐に続いて東の蝦夷討伐も行った。しかし日本武尊は皇位を継ぐことなく遠征中に早世してしまう。第十三代天皇の稚足彦（ワカタラシヒコ、成務天皇）は地方行政機構の整備を図った。諸国に命じて行政区画である国郡（くにこおり）・県邑（あがたむら）を定め、それぞれに造長（くにのみやつこ）・稲置（いなぎ）等を任命した。さらに山河をもって国県を定めた。これは古事記序文でも触れられている。第十四代天皇の足仲彦（タラシナカツヒコ、仲哀天皇）は日本武尊の子であり父と同様に熊襲征伐を行った。しかし道半ばで崩御してしまう。天皇の遺志を継いだ皇后の気長足姫尊（オキナガタラシヒメ、神功皇后）は熊襲を完全に屈服させ、続いて海を渡って朝鮮半島へも侵攻した。朝鮮半島南部の百済、新羅は日本へ朝貢するようになり高句麗の好太王碑にも「倭（日本）が百済・加羅・新羅を破り臣民にしてしまった」とある。