2001年（平成13年）4月16日午前1:00頃、高師駅構内の車両基地が放火と思われる火災で焼失した。1800系電車が3本留置されていたが、このうち1801Fのモ1801とモ1811の2両が焼けて解体された。このため、部品取り用の先頭車2両を営業用として整備して、焼けたモ1801とモ1811の車籍が付けられた。ク2801は無傷だったためそのまま使用されている。この火災の影響で車両区内が停電し、1809Fの営業運転開始が遅れた。運用は7本でやりくりしていかなければならず、車両不足が発生した。2008年7月に上田電鉄から7200系2両が譲渡されてモ1860とク2810となった。残りの部品取り用の先頭車両を整備してモ1810とした。上田電鉄での車番はモハ7251-クハ7551であった。クハ7551は側面方向幕があったが、上田電鉄（当時は上田交通）入線時に撤去されている。豊橋鉄道入線時には軌条塗油器つきのパイオニア台車だったがTS-815型に交換され、軌条塗油器も撤去された。これにより3両編成×10本の陣容となり車両不足は解消した。
雲穴が閉じ、再びクラウディアに平和が戻った。ザード、ロナード、ヴァイス、ハント、ラナはテーゼ委員会の陰謀を暴くため調査をするためエルディアへ、魔獣化から解放されたニアはレイナスと共にバーデルゼンの街にいた。しかし再び『アルネウスの光』が雲を切り裂き、魔獣を引き連れてテーゼ委員会とエルディア軍が攻め入る。それを受けてカイゼルシュルト、セントミラ、ルセムルクなど各国が大艦隊を組んで応戦する。テーゼ委員会がクラウディアへ攻め入る真の目的と、それに絡むザードの出生に隠された秘密が明かされる。三部作完結編。クラウディア侵攻の司令官を担うのはテーゼ委員会の紅一点・エイジア。彼女はセントミラの要塞兵器ソラリスを奪取し大艦隊に反撃を行っていた。レイナス、ニア、ライ、ドモラ、レイラの5名は決死の特攻によりソラリスへの侵入を果たす。激戦の末エイジアを討ち滅ぼすが、彼女は要塞を落下させレイナスたちを道連れにする。一方、ザード、ラナ、ロナード、ヴァイスはエルディア軍の状況を探るためエルディアに赴いていた。ハントも同行していたがアウルとの戦いで受けた傷が原因で戦闘不能となっていた。そこへクラウディアから巨大な物体が落ちてきたと知り、調査のため現地へ向かう。そこにいたのは大地に投げ出されるようにして倒れていたレイナスとニアだった。ライ、ドモラ、レイラの安否は確認できないままレイナスたちはザード一行と合流。カイゼルシュルトを壊滅状態に追い込んだ新兵器「アルネウスの光」を破壊するべく「アルネウス対空防御基地」へと乗り込む。テーゼ委員会最後の一人にしてリーダー格カートンと遭遇。レイナスを圧倒する強さを見せつけたが、駆けつけたエリオルによって妨害を受けたカートンは撤退。アルネウスの光を使用不能にした一行は、カートンが待つエルディアの首都「ティエント」へ向かう。アルペイトケイブで倒れていたライを保護し、密かに復活を果たしていたフューゼを撃破。そしてティエントへ通じる地下通路でドモラと合流し、ティエント司令塔前で復活したハント、レイラの両名と合流。仲間たちの絆の力にはカートンも及ばず敗北を喫する。そこへ現れたエリオルの手によってカートンはトドメを刺され死亡。まるで別人の豹変したエリオルは真実を語る。実はエリオルは魔植ウイルスへと身を変えた「アーテクト」なる人物に憑依されていた。今まではエリオルの振りをしてレイナスたちを騙し、カートンたちと潰し合いをさせていたに過ぎなかった。漁夫の利を得たアーテクトはクラウディアへと渡り、空への復讐を始めた。クラウディアへと戻ったザードたちはアーテクトの友人であり、ザードの先祖である「バジアン」の研究施設を訪れていた。そこで一行はアーテクトの正体を知る。アーテクトもまた天才科学者の一人だったが、世間はバジアンの方を評価していた。バジアンは親友を慰めたが、アーテクトが宿す狂気はそれを「見下している」と受け取ってしまう。こうして殺人ウイルスを生み出したアーテクトは、バジアンの妻セリエスを殺害。バジアンはセリエスを生き返らせるべく装置を開発するが、それもアーテクトに奪われてしまう。こうして装置によって殺人ウイルスを強化した「魔植ウイルス」が生み出されることとなってしまう。無数の魔獣を率いて世間に復讐を開始。クラウディア全土に戦争を仕掛けた。しかし突如大陸が割れ、雲の下へと落下。これが後にエルディアと呼ばれるようになった。バジアンの亡霊から真実を知り、ザードは「セリエスの涙」という弾丸を託される。これはザードの持つ銃でのみ使うことが可能で、魔植ウイルスを浄化する力を持っていた。エリオルに憑依したアーテクトは魔植ウイルスそのものと化している。これを破り力を託されたザードは全てを終わらせるべく、アーテクトの研究施設「グランドエイジ」へと乗り込む。施設の奥にてザードたちはアーテクトと対峙。けしかけられた魔獣を打ち破ると、バジアンの亡霊が現れアーテクトを説得する。親友の言葉の前に狂気が晴れかけたその時、一瞬の隙をついてザードの銃弾がアーテクトに撃ち込まれた。セリエスの涙の浄化作用によって苦しむアーテクトは暴走を起こし、狂気と負の感情を宿した無数の顔を持つ魔獣へと変貌する。長きに渡る狂気と世界への復讐心もザードたちが築き上げた絆の前には及ばず敗れ去り、アーテクトは消滅。セリエスの涙の力はクラウディア中へと広がり魔獣たちは浄化されていった。救い出されたエリオルとザードは空の向こうにアーテクトとバジアンの姿を見つける。友情を取り戻した二人は澄んだ空と同じように優しさに満ちていた。