アメリカ合衆国では、電子メールだけでなく郵便を利用したダイレクトメールや電話勧誘販売に対するオプトアウト登録システムが国家（連邦政府）によって始められており、電子メールでは、メールサーバに多大な負荷を掛けるようなスパム送信者への罰則強化が進められている。スパム送信元国は、ブラジル、インド、大韓民国の順に多い。2012年7月-9月、情報セキュリティ会社の米ソフォス社の調査によれば、スパム送信元国はインド16.1%、イタリア9.4%、米国6.5%である。一方、大陸で見るとアジア48.7%、ヨーロッパ28.2%、南米10.2%であった。
スパムメール防止技術で特に大きな問題となるものとして誤検知(フォールスポジティブ)がある。スパムメール防止でのフォールスポジティブとは、スパムメールでないメールがスパムメールと判定されたり、善良な企業のIPアドレスがスパムメール送信者のアドレスとして登録されたり認識されることを意味する。フォールスポジティブが発生すると重要なメールが紛失することになるので大きな損失に繫がる可能性がある。フィルタリング技術は、スパムの検出率の向上以上にフォールスポジティブを限りなく小さくするようにされているのが一般的である。
ほかの動画配信・共有サイトと同様に、ニコニコ動画にアップロードされているアニメ、ミュージカルライブ、テレビCM、テレビ番組などは、ほとんどの動画が著作権者に無断でアップロードされたものである。利用規約では著作権侵害になるファイルのアップロードを禁止している。権利者（個人、法人、法定代理人含む）から権利を侵害されているとの申し立てがあれば、審査し削除するとしている。その他肖像権などの権利侵害もこれに準ずる姿勢を取っている。性的描写を含むアダルトコンテンツは閲覧者の判断で報告できるが、著作権に関しては権利者からの申し立てのみ受け付け、無関係な個人や企業が代理となる申し立てでは削除されない。連続アニメーション作品の本編や連続ドラマ作品の本編や邦画を含む映画などのアップロードに迅速に対処するため、著作権侵害動画の削除（報告）ツールを法人向けに提供している（2007年6月10日前後より、権利侵害とみなされ削除された動画の削除告知は専用のものが表示されている）。削除は「権利を侵害された者」による報告のみ受け付けている。いわば「権利を侵害された者の自助努力」に任せる方法として、一部のコンテンツ制作者がこうした運営の手法をラジオ等で強烈な批判を成したこともあった。2007年10月1日には権利保護を強化する方針を発表、権利者との対話を強化し、権利保護システムや監視体制の強化、利用者への啓発活動に取り組むとした。ニコニコ動画 (SP1) 開始直後の2008年3月11日には、ニワンゴがNHKやキー局に対し、著作権侵害をしている既存の放送番組動画を削除し、監視体制を強めて今後再投稿されても直ちに削除する、との宣言を行った。著作権保護体制の強化により、インディーズバンドによるオリジナル曲のPVやライブ映像を、本人（著作権者）がアップロードしたにもかかわらず、運営側が権利侵害と誤認し削除してしまったことがあった。2008年7月5日より、権利者の申し立てにより動画が削除された場合、削除を申し立てた法人・団体の名前が明記され。なお、権利者が個人の場合は「個人」と表記される。2008年3月25日にJASRACのシンポジウム「動画共有サイトに代表される新たな流通と著作権」では、当時のドワンゴ会長（2017年12月時点ではCTO）の川上量生は「著作者が望まないものであれば、コンテンツの丸上げであろうと、2次利用のマッシュアップだろうと削除する。YouTubeのように、動画IDのようなものを作って自動検知するようなシステムも開発している」と述べ、更に「完璧にやるのは不可能で、現実的な解を模索中。個々の権利者と話し合いながら、できるだけ多くの人が納得するような削除ルールを考えていきたい」と述べているために誤った削除も認めている。2008年4月1日に日本音楽著作権協会 (JASRAC) と楽曲の使用についての包括契約を締結し、「JASRACが管理する曲」を演奏したり歌ったりした動画を（合法的に）アップロードできるようになった。ただし、アップロードが認められるのは「自分で演奏、または演奏しながら歌ったりした動画作品」であり、CDやDVDのカラオケトラック（音源）をそのまま使用した場合は包括契約の対象外となり、著作権侵害とされるので、打ち込みしたものを歌うなどの対策が必要となる。2008年7月2日には、社団法人日本映画製作者連盟、有限責任中間法人日本動画協会、社団法人日本映像ソフト協会の3団体からの要請を受けていたニワンゴがこれらの団体と協議し、ニワンゴから「これら3団体の会員各社の著作権を侵害する動画はMAD動画も含み速やかに削除する」ことが提案され、3団体が申し入れ書を受領したことが親会社ドワンゴより発表された。ただし、近年では著作物を使用しない「手描きMAD」と呼ばれるタイプの動画も存在しており、「MAD」という線引き自体が曖昧な側面もある。2010年10月28日のニコニコ大会議において角川グループの角川歴彦会長はニコニコ動画内のMAD動画について、「すべてのものを認めるわけではないが、アニメ作品に対する愛のあるMADコンテンツについてはできる限り容認していく」という旨の発言をVTRおよび会場内でされた。例外として2011年7月4日 より太郎の楽曲「男女」が「多くの人に聴いてもらいたい」という太郎本人の意向でニコニコでの原盤使用が許諾された。2013年8月10日、ニュースサイト「エコーニュース」において、上場企業であるドワンゴ社がニコニコ動画を使って著作権法違反であるまとめサイトの契約斡旋を行っているとしてコンプライアンスとまとめサイトに関する質問状を送っているが、ドワンゴ社、ニワンゴ社は質問に対する回答は期限を過ぎてもしていない。