日本ではディズニーXD、DLife、テレビ東京系にて放送。テレビ東京系ではシーズン2のみ放送したが、他の局に比べて先行しての放送であり、本編の終了後のミニコーナーとしてヒーロー・ヴィランを紹介する『アベンジャーズ・アッセンブル シークレットファイル』が追加された。これは後にDlifeのシーズン2の放送でも使われた。テレビ東京系ではスケジュールの都合上で第37話(シーズン2 第10話)『技術の使い道』が未放映となった、Dlifeではシーズン2の全26話分を『シークレットファイル』も含めて放送している。2018年5月27日から2019年4月28日まではディズニーXDでシーズン3である『ウルトロン・レボリューション』が放送された。2019年4月28日からはディズニーXDでシーズン4である『シークレット・ウォーズ』が放送される。
学生時代に「釣魚島（尖閣諸島）還回」を主張する活動を続け、アメリカ留学時代の研究テーマも「釣魚島」の中華民国帰属を扱うなど、領土問題に関しては、非常に日本に対し批判的である。2005年6月の党主席選挙では、「釣魚島の奪回のために、日本とは一戦を交えることもいとわない」｢戦う姿勢を見せて日本を対話のテーブルにつかせるべきだ｣（2005年の沖縄近海における台湾漁船の抗議行動 参照）と主張した。党主席就任後の2005年8月には、｢南京大虐殺や尖閣諸島での日本の言動は、大陸・台湾双方の人々の心を逆なでする」「国民党は将来､尖閣諸島の問題解決に注力する。私は尖閣諸島についての専門的知識を持っている｣ と発言した。2008年11月に、尖閣諸島の領有権を主張する団体「中華保釣協会」が設立された際、祝辞を寄せている。また、2012年8月15日に発生した香港活動家尖閣諸島上陸事件の逮捕者とも、過去には交流があることが活動家側が認めている。日本による台湾統治にも厳しい評価を下しており、2005年9月高金素梅立法委員が「日本が台湾原住民を強制的に高砂義勇隊に参加させるなど原住民を迫害した」として、ニューヨーク市の国際連合本部での反日抗議活動のため、台湾を出発する際、見送りに訪れ3000米ドルの寄付を行った。2005年9月3日に、中国共産党の胡錦涛総書記が「日本が台湾を侵略占拠していた50年間、台湾同胞は絶えず反抗し、65万人が犠牲となった」と演説をした直後の2005年10月、台北二二八記念館にて「日本の台湾統治50年間で、計65万人余りの台湾人が殺害された」と演説した。2006年4月、士林にある「学務官僚遭難之碑」を問題視した。同年秋には中国国民党本部ビルに「抗日戦争勝利60周年記念」の垂れ幕を掲げた。この一連の姿勢は、2006年7月の訪日時に日本側の議員や記者の注目を集めた。また、治安面に関しても2002年1月、台北市などの風俗街スポットを紹介したガイドブック『極楽台湾』(司書房）に対して抗議を行い、買春目的容疑の日本人を逮捕するなど、売春の需要側として警戒している。一方で総統候補になってからは、従来の対日姿勢を軟化させつつある。台湾では、繋がりが深い日本を敵視するかのような言動が見られる馬の反日姿勢が批判されることもあり、総統選挙では「自分は知日派だ」と懸命にアピールする姿が見られた。南京大虐殺問題・尖閣諸島問題などの歴史認識については「許せるが、歴史は忘れない」など間接的な表現に留めている。さらに、総統候補として日本を訪問した2007年11月21日、同志社大学での講演では「19世紀、20世紀の亡霊はもう過去のことだ」「過去は白と黒以外にグレーもある」などと述べるなど、日台関係を強化する必要を強調した。2006年には、一度否定的な意見を述べた『日米安保条約』も支持するなど、歩み寄りの姿勢を示している。それでも、日本の政界やマスコミにはその真意を疑う声は根強く「反日派」疑惑の払拭に至っていない。そのほか、慰安婦問題についても「日本は謝罪すべき」との発言を繰り返している。2000年から始まった、台湾の元慰安婦による対日訴訟運動や台湾婦女救援基金会にも積極的に関わっており、2008年には元慰安婦8人と会談した。2010年12月26日には台北市文化局と台湾婦女救援基金会が主催した、従軍慰安婦対日訴訟に関する特別展でも「日本政府は歴史の過ちに対して 謝罪する責任を持つ」と発言している。2011年の東日本大震災の際は、援助隊を送り義援金を募るなど、積極的に日本を支援した。2012年の日本の尖閣諸島国有化に対しては、中華人民共和国と伴に報復措置をとり、中華民国行政院海岸巡防署の巡視船12隻と宜蘭県蘇澳鎮から出港した漁船約40隻を領海侵犯させて、日本の海上保安庁と放水合戦となり、これを「全力で漁民の安全を守った」「釣魚台が我が領土であることを世界に誇示した」と絶賛した。2013年には、尖閣諸島周辺の北緯27度以北に暫定措置水域を定めた日中漁業協定に対抗して、日本と日台漁業協定を結び、北緯27度以南の操業を日本に認めさせた。2015年、4月に台湾で発生した「産地偽装ラベル」事件に関して、日本からの全食品を対象に『産地証明添付』を義務付けるなどの規制強化策を5月15日から実施した。真相解明に向けた当局の動きが規制緩和につながる可能性がある。馬英九総統は、真相が解明され再発防止策が整えば、強化策を短期で緩和するとの姿勢を示している。当局によると、5月の強化策実施後、日本からの食品輸入量は、最初の1週間は重量で前週比約4割減少したが、その後徐々に回復し実施前の水準に戻り始めている。