2006年4月15日、ヤンキースと契約を結んだ。契約後は傘下のAAA級コロンバス・クリッパーズでプレー。105試合に出場し、バッティング面では打率.260・19本塁打・66打点という成績を残したが、結局メジャーに昇格する事なく、8月16日に解雇された。
1994年は1軍出場はなかった。1995年はプロ入り初出場を果たし、4試合に出場して2安打を放った。1996年はプロ3年目にしてレギュラー二塁手となり、打率.261、パシフィック・リーグ最多の38犠打を記録し、その年のパ・リーグ新人王に選ばれた。同年のセントラル・リーグの新人王は、同じ常総学院のOBでもある仁志敏久だった。1997年は1試合2発を含む自身初の2桁本塁打（12本）、打率.277を記録。この年はオリックス・大島公一に1票差でゴールデングラブ賞受賞を逃すも、翌1998年、1999年と2年連続でゴールデングラブ賞を受賞した。1998年は前年とそれほど変わらない成績だったが打点26と得点圏では課題を残した。ただし三振数は前年から大きく減らした。1999年は成績そのものは前年同様変わらなかったが、プロ入り初の全試合出場を果たした。2000年はこれまでの成績を下回り打率.231と低迷した。2001年は前年より打率を上げ、2年ぶりの全試合出場を果たした。2002年はそれまで正遊撃手だった田中幸雄が三塁手にコンバートされたのに伴い、遊撃手にコンバートされた。また、兄貴分として慕っていた片岡篤史が阪神タイガースへ移籍したため、片岡が着用していた背番号8を受け継いだ。この年は打撃好調で打率.285の成績を残した。2003年は不振に陥り打率.244で100安打にも満たなかった。2004年シーズン途中の8月に開催されたアテネオリンピックには、チームメイトの小笠原道大と共に日本代表に選出された。しかしシーズンではこの年も100安打に到達することなくシーズンを終えた。2005年は監督のトレイ・ヒルマンに出塁率の低さを指摘され、新外国人のエリック・アルモンテに遊撃手のレギュラーの座を奪われて開幕二軍スタートとなるも、アルモンテの不振によって5月に一軍昇格し、レギュラーに復帰した。シーズンオフに、札幌グランドホテル開催された選手ディナーショーに出演しファン層拡大に努めた。2006年は日本ハム選手会の会長に就任。主に9番打者として活躍し、リーグ優勝、日本一を達成。中日との日本シリーズ第2戦では1対2とリードされた7回表、山本昌から逆転打を放ち、その裏では1死一、二塁のピンチで代打・立浪和義の三遊間の難しいあたりを好捕し、二塁封殺を取る活躍を見せ、お立ち台に上がった。第5戦では0対1とリードされた5回裏、川上憲伸から巧妙なスクイズバントを決め、同点に追いつく活躍を見せた。この年のパ・リーグプレーオフからはリストバンドを浅葱色のものに変更。2007年は主将に就任。シーズン序盤は打線全体の低調ぶりと相反して金子の打撃は好調だったためクリーンナップを打つこともあったが、主に九番を打った。打率.243（リーグ最下位）ながら得点圏打率は.285で、チーム3位の53打点を記録した。中日との日本シリーズでは第1戦、7回までセギノールのホームラン1安打で抑えていた川上からセンター前ヒットを放つ。2008年は開幕から打撃不振でケガもあり絶不調に陥る。9月以後持ち直すも打率・本塁打数は前年をも下回った。同年オフに同じ遊撃手の二岡智宏がトレードで日本ハムに移籍したことについて、対抗心こそ見せないが「自分らしく」と、マイペースな意気込みを語った。2009年は選手会長の座を後輩の田中賢介に、主将の座も稲葉篤紀にそれぞれ譲ることになった。4月には7日の対千葉ロッテマリーンズ戦から15日の対オリックス・バファローズ戦にかけて、日本プロ野球新記録となる7試合連続二塁打を放った事と、月間打率.423が評価されてパ・リーグ月間MVPに野手部門で選ばれた。最終的に、1997年以来の2桁本塁打と、キャリア初の打率3割を記録した。自身3度目となるゴールデングラブ賞を受賞、過去の2度は二塁手部門で、遊撃手部門としての受賞は初。これらの好成績が評価され、12月10日には球団との交渉の結果、自身初めての1億円越えとなる1億3500万円（推定）の年俸で来季の契約を更改した。なお、金子の初めての1億円越えは17年目のことであり、球団史上最も遅い記録だった。2010年は開幕を一軍で迎えたが、痛めていた両足のアキレスけん痛や股関節痛で二軍降格。その後一軍復帰するも右内側腓腹筋の筋挫傷（2度＝中等度）で二軍落ちした。その後の出場は1度もないままシーズンを終えた。2011年は故障への配慮から飯山裕志、今浪隆博らと併用され、一度も二軍落ちせずシーズンを乗り切ったが、打撃成績・守備成績ともに下降した。2012年も怪我の影響で戦線離脱はあったが、3年ぶりに100試合以上の出場を記録した。しかし、打率は2割台前半に低迷し、1995年以来の本塁打0本に終わった。2013年は故障の影響と、若手選手の中島卓也やオリックス・バファローズからトレード移籍してきた大引啓次の台頭もあり、一軍定着後では最低の32試合出場に留まった。打撃面では56打席で18三振を喫し本塁打0本打率2割に低迷し、守備でも2002年以来となる二塁手を主に努めたが、二塁での守備率は.927と低い数字で、攻守に精彩を欠くシーズンとなった。2014年は若手選手の台頭から前年よりさらに出場機会を減らしたことで、9月27日に現役引退を表明した。