地球連邦軍はオデッサを奪回すべく部隊を集結しつつあった。ジオンのアジア攻略部隊がこれを迎え撃つが敗退。作戦に参加したヘンリー・ブーン大尉率いるウルフ・ガー隊は本隊を見失い、はぐれ部隊になってしまう。それは、ガルマ・ザビが戦死してから5日後の宇宙世紀0079年10月9日のことであった。ゴビ砂漠をさまようウルフ・ガー隊は連邦軍の基地を発見。食料と弾薬の補給のためにこれを奇襲する。相手の戦力は少なく、コンテナに中身が書いてあることもあり、物資の奪取は拍子抜けなほど簡単に終わる。一旦撤収したウルフ・ガー隊は、ザクとグフからなる自分達と同じようなはぐれ部隊が、先程の自分達と同じように基地へ向かっていくのを発見する。隊員は合流を提案するが、隊長の指示によりひとまず様子を見ることにする。彼はこのような砂漠の真ん中に基地があること、奪取した弾薬のコンテナに書いてあった"RX78XX"という文字、その中身がすべてモビルスーツ用であったことから、新型のモビルスーツがいる可能性が高いと説明する。一方、その連邦基地にはアルバトロス輸送中隊が駐留していた。彼らには新型モビルスーツ「RX-78XX ピクシー」をホワイトベース隊に届けるべくオデッサへ向かうという任務に就いている。しかし度重なる戦闘で、白兵戦の出来ないガンキャノンは既に4機も撃破され、残りは2機だけ。ピクシーを使えば対等に戦えるかもしれないが、長くジャブローにいて現場が分かっていない輸送隊長がそれを許可しない。そんな折にまたもや敵の姿が確認される。位置からして先ほど攻めてきた部隊ではない。この基地はジオンに囲まれている。そう悟ったボルク・クライ大尉は独断でピクシーの使用を決行。その性能は高く敵軍を瞬時に一掃し、ボルク自身もこれが量産されれば戦争があっという間に終わると驚愕する。もちろん驚愕しているのはその戦いを見物していたウルフ・ガー隊も同じである。しかし、パイロットが機体の性能に振り回されていると見切り、乗りこなす前に撃破せんと再襲撃をかける。幾度かの戦闘の末、双方生き残ったのは隊長機だけ。そして無人になった基地で一騎討ちが行われる。
アニメ『機動戦士ガンダム』のダイジェスト版といった趣になっている。ガルマが初登場した時点で、シャアにとってザビ家は父の仇だと説明が入る、ア・バオア・クーが最終目的地と明言されるといった、原作アニメを知らないプレイヤーに対する配慮（改変）も見られるが、登場人物の出会いや登場時期を大きく省いている箇所も多い。特に原作同様、物語終盤でアムロとシャアがザビ家について意見を言うシーンがあるが、肝心のザビ家についての説明が不足しており、ギレンに至っては名前すら登場しない。この事について書籍『B-CLUB』113号に掲載されたゲームデザイナーへのインタビューによれば、アニメを知らないユーザーも楽しめるように考慮した結果、劇場版の機動戦士ガンダムはテレビ版を忠実に再現しているわけではないが、テレビ版を知らなくても物語が理解できると気付き、同じように作ってみた。いうなれば、本作品はゲーム版の機動戦士ガンダムであると語っている。また、ビジュアルシーンのカメラ位置が原作とは異なるのは意図したものであり、原作のBGMが使用されていないのは、ノスタルジーだけで作品を作りたくなかったためと語っている。
白兵戦と銃攻撃の2種類があり、いくつかは敵機も使用する。特殊攻撃と通常の銃攻撃は移動前でないと使用できないが、敵機は移動後にも使用する場合がある。
本作は、テレビアニメ及び劇場用アニメ『機動戦士ガンダム』を再現した本編（全14話）と、本編をクリアすると追加されるゲームオリジナル・ストーリー「死にゆく者たちへの祈り」（全6話）がプレイ出来るようになっている。「死にゆく者たちへの祈り」では、アニメ本編でメカニックデザインを担当した大河原邦男による新規デザインのモビルスーツと、『機動戦士ガンダム0083 STARDUST MEMORY』や『機動戦士ガンダム 第08MS小隊』の川元利浩によってデザインされたキャラクターが登場し、ガンダム世界全体の幅を広げることとなった。この流れが後にゲームオリジナルストーリーガンダム作品である「機動戦士ガンダム外伝」シリーズへと繋がることになる。以降は、便宜的に本編を第1部、「死にゆく者たちへの祈り」を第2部と記述する。
自民族の国家を持たなかったことにより、600万人のユダヤ人が殺されたホロコーストの教訓から、イスラエルは「全世界に同情されながら滅亡するよりも、全世界を敵に回して戦ってでも生き残る」ということを国是にしている、とされる。その一方で、同情を利用した外交や事業といったものも行われており、それはノーマン・フィンケルスタインによってホロコースト産業と呼ばれた。イスラエルは建国直後の1949年に国際連合へ加盟している。2011年時点で、イスラエルは157の国連加盟国と外交関係を有している。残りの国連加盟35か国のうち、サウジアラビアやシリア等のイスラム圏を中心とする26か国はパレスチナ問題を理由として建国以来一度もイスラエルを国家承認していない。また、イランやキューバ等の9か国は一時期イスラエルと外交関係を有していたが2011年までに関係が断絶している。イスラエルと国交のない35か国はいずれもパレスチナ国を国家承認している。欧米諸国とは欧州連合の研究機関への参加など、良好な関係を保っている。フランスは第三次中東戦争までは最大の兵器供給国であり、核開発の協力もなされていた。ドイツとはホロコーストの記憶もあり外交関係は冷え切っていたが、ドイツの補償金と軍事支援を受け入れ、当時の西ドイツと1965年に国交を樹立している。ただし、補償金の受け取りについては反対派がデモを起こし、国会を襲撃するなど受け取りの是非について激しい論争を呼んだ。1995年には北大西洋条約機構（NATO）のパートナー諸国である「地中海対話」（Mediterranean Dialogue）の加盟国となっている。また2010年には経済協力開発機構（OECD）にも加盟している。欧州連合の研究・技術開発フレームワーク・プログラムにも参加しており、欧州原子核研究機構（CERN）には1991年からオブザーバー国として参加していたが2014年に正式にメンバー国となった。欧州分子生物学機構（EMBO）および欧州分子生物学研究所（EMBL）のメンバー国でもある。イスラエルは元来、アメリカ合衆国との関係を最重要視してきたが、イラク戦争後から「世界の警察官」としてのアメリカ合衆国の国際的影響力に陰りが出てきたと判断して、日本、中国、インド、フランスなど多方面の外交に乗り出し、中国の主導する上海協力機構（SCO）にも参加を申請している。