マールブルクでは、中世に初めてユダヤ教組織が現れる。多くのユダヤ人が住んでいたのが、14世紀前半のユーデンガッセであった。14世紀と16世紀に迫害にあった後、20世紀になるまでにユダヤ人組織は 500人以上の構成員を擁するまでに成長していた。国家社会主義時代の初期にはすでに多くのユダヤ人が移転した。マールブルクに残った 77人のユダヤ人は1941年から1942年にかけてリガまたはテレージエンシュタットに移送され、絶滅収容所に収監され、殺害された。1980年代に新たなユダヤ人組織が創設された。2005年11月26日にリービヒ通りに新しいシナゴーグが完成した。2006年の時点でこの組織には約 350人が属していた。2010年11月28日にこのユダヤ人組織は、絶滅以降初めて新しいモーゼ五書を奉納した。
マールブルクの8つの教会組織はクールヘッセン＝ヴァルデックのプロテスタント教会に属している。この教会には9つの教会堂があり、その中には既述の聖エリーザベト教会や大学教会が含まれる。3つのローマ・カトリック教会組織はフルダ司教区に属している。自由教会や自由教会風の教団は19世紀からマールブルクにあった。1840年代に創設され、ドイツで最も古いバプテスト教会の1つである福音派自由教会 (EFG) はその1つである。その組織の中心が1957年に完成したウーファー教会である。この教会は1958年から学生宿舎も有している。他の自由教会としては、福音派メソジスト教会、自由福音派教会、ブリューダーベヴェーグング（兄弟会）、セブンスデー・アドベンチスト教会、自由教会プフィングストゲマインデ同盟 (BEP) に属すプフィングストゲマインデがある。クリストゥス＝トレフ・マールブルクはエキュメニズムの教団である。この教団では、自由教会的教義に、プロテスタント地方教会やカトリックのフェアアントヴォルトリヒェが混ざり合っている。全体としてみれば、この教団はプロテスタント教会の一部であり、"TGG" ネットワークを介してドイツ福音教会に組み込まれている。マールブルクにも、Jesus Freaks のグループや、Anskar-Kirche、Pilgermission St. Chrischona がある。いわゆるアルトコンフェッシオネレ教会系では、独立福音派ルター教会があるだけである。この他のマールブルクのキリスト教系宗教組織は、カトリック使徒教会、新使徒教会、アントロポゾフィーに基づくキリスト教会がある。
マールブルクの宗教上の重要性は、1235年のエリーザベト・フォン・テューリンゲンの列聖と聖エリーザベト教会の建設によって始まった。マールブルクは、ローマやサンチャゴ・デ・コンポステラと並んで、当時ヨーロッパで最も重要な巡礼地の1つであった。フィリップ寛大侯が支持し、遂行した宗教改革と、これに関連した現存する世界最古のプロテスタント大学の建設が続いた。大学によって広い宗教的多様性が生まれ、これは現在のこの街にも見られる。721年に聖ボニファティウスはアメーネブルク城の麓に小さな修道院や新しい教会を建造した。あるいは、これはアイルランド＝スコットランド宣教師が建てた古い教会を建て替えたのかもしれない。しかしマールブルクに市固有の教区が設けられたのは1227年になってからであった。地元の教区はそれまではオーバーヴァイマルの聖母教会の支部教会であった。聖エリーザベトの死後、ドイツ騎士団が病院を引き継ぎ、彼女の栄誉を讃えて聖エリーザベト教会を建造した。この街の宗教改革以前の宗教生活はカトリック一色であった。これは共住修道士会（「クーゲルヘルン」）、アウグスチノ会やフランチェスコ会（跣足修道会）といった数多くの修道会の存在によって裏付けられる。宗教改革に伴い、方伯フィリップ寛大侯はプロテスタントの教義を受け容れ、カトリックの信仰を禁止した。カトリックの教師がマールブルクに再び立ち入ることが許されたのは、1788年になってからであった。
1931年1月1日にオッカースハウゼンがマールブルクに合併した。ヘッセン州の地域再編では、1974年7月1日からマールブルクはマールブルク郡、ビーデンコプフ郡と合併して新しい郡マールブルク＝ビーデンコプフ郡となった。同時にバウアーバッハ、カペル、キリアックスヴァイマル、ディルシュハウゼン、エルンハウゼン、ギンゼルドルフ、ギッセルベルク、ハダムスハウゼン、ヘルマースハウゼン、シュレック、ヴェールスハウゼン、ミヒェルバッハ、マールバッハ、モイシュト、ヴェールダがマールブルクの地区として合併した。
ダービーのあと、大騒動が起きた。勝者のベンドアに対し、替え玉疑惑が浮上したのである。ウェストミンスター公爵の牧場にいた時代のベンドアを担当していた男が、死の床で、ベンドアとタドキャスター(Tadcaster)という馬が入れ替わっていた事を告白していた、という事実が明るみに出た。これが本当であれば、ベンドアの全出走履歴は無効となる。この騒動は1844年に起きたランニングレイン事件（不正を行って4歳馬を出走させて優勝した事件）以来、競馬における最大のスキャンダルだと言われている。この話に拠ると、ベンドアとタドキャスターは見た目がそっくりで、牧場時代からしばしば取り違えが起きていた。最後に牧場から調教師のもとへ届けられる際に、取り違えたまま送り出してしまったのだという。10日間に及ぶ関係者への聞き取り調査が行われた。当時は牧場の記録もしっかり残っておらず、すべて関係者の記憶による証言に基いていた。結局、この異議は却下された。例の告白をした男は、ウェストミンスター公爵の牧場をクビになっており、その腹いせにデタラメを言ったのだ、ということになった。こうして公式にベンドアの優勝が確定した。2011年に、ケンブリッジ大学の遺伝子学の調査チームによる検証が行われた。イギリスの各地には、18世紀の競走馬エクリプスをはじめ、様々な名馬の遺骨が残されており、これらから採取したDNAと現代の血統書の突き合わせが行われた。この結果、18世紀に遡るジェネラルスタッドブックなどの血統書は、「思っていた以上に」正確であることが確認された。しかし、ベンドアの遺骨から得られたDNA調査によって、ベンドアとタドキャスターは確かに入れ替わっていたことが裏付けられた。