8月18日、オディンガ候補は最高裁に対して選挙結果の不服申し立てを行った。オディンガ候補とムシオカ候補の連盟で提出された文書では、前述の投票における問題点に加え、大臣3名がケニヤッタ候補を応援するキャンペーンを行いその費用を公費で賄う選挙法違反を犯したなど、投票以前でも不正があったと主張した。これに対し、ケニヤッタ候補の弁護団は不正を否定し、選挙を無効にするほどのミスはなかったと主張した。また、IEBCもハッキングを否定するなどして不服申し立ては無効だと主張した。申し立て提出後のNASA側は抗議運動の準備を支持者に呼びかけるなど、司法による解決には大して期待していない様子だった。一方、与党側は最高裁が判決を下す以前の8月31日に国会を開会した。不服申し立ての判決の最終期限は9月8日であり、それ以前に国会を開会したことで野党は強く反発した。9月1日、最高裁は大統領選挙そのものを無効とし、ケニヤッタ候補の再選も無効とする判決を下した。この判決はアフリカ史上初めて司法判断により大統領選そのものを無効とした判例となり、国内だけでなく『CNN』や『BBC』などの国際メディアでも驚くべき判決として報じられた。
野党勢力の強い地域では抗議行動が発生した。オディンガらが記者会見を行った8月9日、会見直後にナイロビの低所得者向け住宅が立ち並ぶ地域で小規模な混乱が発生し、マザレでは警官の銃撃により2名が死亡した。また、オディンガ候補の出身州である旧ニャンザ州でも抗議行動が発生し、キシイでは治安担当官の発砲により1名が死亡した。ケニヤッタ大統領の再選が公表された8月11日以降も抗議行動は継続した。8月12日にはマザレで自宅バルコニーにいた10歳の少女が警察の発砲による流れ弾で死亡し、『ザ・スタンダード』や『ザ・スター』などの国内新聞によって大きく報道されるなど、野党勢力の強い地域では抗議行動に伴い死傷者が発生した。だが、このような混乱は野党支持地域である旧ニャンザ州、旧西部州、旧コースト州などに限られており、与党の強い旧中央州や旧リフトバレー州など他の地域にまで拡大することはなかった。
愛称は、主に「さっしー」や柏木由紀が付けた「さしこ」。また昇格当初には緑色が好きだったことから、平嶋夏海に「みどりーの」と名付けられた。選抜曲の振り等はDVD等を見ながら覚えている。ただそのままでは左右反転して覚えてしまうため、振りは絵に描き起こし、それも見ながら覚えている。また立ち位置等はプリントアウトした歌詞に書いて覚えている。「RIVER」や「ポニーテールとシュシュ」は全ポジションをこなせ（どのポジションでも入れるようにするため）、他の曲の直前の代役でもしっかり覚えてくるためスタッフの信頼が厚い。第1回選抜総選挙からランクインし第5回で1位になるまで毎回順位を上げ続けた（第6回ではランクダウンした）。キャプテンの高橋みなみが不在の際のチームA公演では、まとめ役を任されていた。戸賀崎智信が握手会の評判の高いメンバーの一人として名前を挙げている。AKB48に入った際は、仲の良かった友人には話してから上京した（AKB48に入ることは告げてはいない）。それから2年半、『週刊プレイボーイ』の撮影で訪れるまで一度も大分に帰らなかった。『AKB48 チームB 4th Stage「アイドルの夜明け」』公演の自己紹介でのキャッチフレーズは「私の性格って、白いですか? それとも黒いですか? 私の性格は限りなく白に近い灰色。大分県出身、指原莉乃です」。その前は「あなたのハートを指しちゃうぞ。さっしーこと指原莉乃です」。『AKB48 チームA 6th Stage「目撃者」』公演では「勢いだけはある女 あなたの心の指原クオリティー 覚醒! 大分県出身 指原莉乃です!」。2011年10月26日の夜公演から「さしこのクセにがいつのまにかクセになる〜!! 大分県出身 指原莉乃です」となっている。体力モノ・恐怖体験モノの企画が苦手で、すぐに臆病風に吹かれてしまうことから、メンバーや共演者から「へたれ」と言われたことがあった。それ以降、アイドルオタクのイメージから、へたれのイメージへと変化し、「へたれクイーン」とまで言われており、いわゆるAKB48きっての「イジられキャラ」。峯岸みなみによると、高橋みなみに唯一イジられるキャラである。小野晴香（元SKE48）は、母校の大分市立王子中学校の先輩で兄の同級生であり、矢方美紀（SKE48・チームS）は中学校のクラスメイトである。大家志津香（福岡県出身）、北原里英（元NGT48、愛知県出身）、元研究生の冨田麻友（香川県出身）・中西優香（元SKE48、愛知県出身）とは、上京してから約1か月間共に生活した間柄で、指原を含めたこの5人、特に冨田以外の2011年時点において芸能活動を行っていた4人を「旧地方組」、また大家、北原、指原本人の3人に小森美果（愛知県出身）と横山由依（京都府出身）を加えた5人を「地方組」と呼んでいた。多田愛佳を溺愛して「サシハラスメント」と呼ばれるセクハラ行為をしていた。ブログのタイトル「指原クオリティー」を名付けたのは柏木由紀である。同ブログで「さしこ杯」という企画を開催している。2010年当時、AKB48のセンターになる野望を持っていたが、秋元康からは、おしゃべりであることから「アイドル向きじゃない」と言われ、放送作家転向を勧められていた。一方で、2012年1月2日の『新春TV放談2012』（NHK総合）では、秋元康は「指原莉乃推し」と語った。倉持明日香と柏木由紀のものまねが得意。『別冊 宝島AKB48推し!』（宝島社）で山下剛一（『週刊ヤングジャンプ』編集長）、AKB48メンバーの中田ちさとと対談している。