2000年7月の九州・沖縄サミットにおいて、日本は議長国として開発途上国の感染症問題を主要議題の一つとして取り上げ、日本の政府開発援助で2000年度から2004年度までの5年間に総額30億ドルを目途とする包括的な感染症対策支援を行う「沖縄感染症対策イニシアティブ (IDI)」を発表した。このIDIにおける感染症対策の主な方針は、1) 途上国の主体的取り組み（オーナーシップ）の強化、2) 人材育成、3) 市民社会組織、援助国、国際機関との連携、4) 南南協力、5) コミュニティ・レベルでの公衆衛生の推進、の5項目である。日本がこの感染症問題への取り組みの重要性を国際社会に訴えたことが契機となって、広く国際社会一般の関心が喚起され、 2001年の国連エイズ特別総会やジェノバサミットでの議論を経て、2002年には、「世界エイズ・結核・マラリア対策基金：The Global Fund to fight AIDS, Tuberculosis and Malaria」の設立に至った。
1997年、デンバーで開催されたG8サミットで、当時の橋本龍太郎首相は寄生虫症の国際的対策の重要性を訴えた。翌年のバーミンガムサミットでは、この提言が「感染症及び寄生虫症に関する相互協力を強化し、これからの分野における世界保健機関の努力を支援すること」とコミュニケに盛り込まれ、世界は21世紀に向けた国際寄生虫戦略を、国際政治上の最も高いコミットを受けて展開してゆくこととなった。この提唱を「橋本イニシアチブ」と呼ぶ。現在まで、独立行政法人国際協力機構(JICA) を通し、タイ・マヒドン大学、ケニア・ケニア中央医学研究所、ガーナ・野口記念研究所に寄生虫対策の拠点「Centres of International Parasite Control: CIPACs」が開設され、人材開発プロジェクトを中心とした寄生虫対策が拠点周辺諸国を含めて展開されている。
このようにグローバル・ヘルスには、現在かつてない規模の資金が集まり、MDGs の達成に向けて努力されているが、一方で、MDGs によって特定の取り組みを対象に巨額の資金が流れることによる弊害も指摘されるようになった。2007年1月・2月号のフォーリン・アフェアーズに掲載されたローリー・ギャレットによる論文「The Challenge of Global Health」は、特定の疾患に注力した垂直的プログラム（vertical program、すなわち選択的PHC）に多額の資金が投入されることにより人材の移動が起こり、基礎的な公衆衛生を担う優秀な人材が欠乏する状況を招いていることを指摘した。この論文の発表以降、これまで積極的に行われてきた垂直的アプローチのあり方を見直す動きが活発化し、感染症対策や予防接種といった垂直的プログラムを保健システムの強化といった水平的プログラム (horizontal program) に統合していく必要性が論じられるようになった。アルマ・アタ宣言から30年、再び選択的PHCと包括的PHCのあり方を巡る議論が活発化しているのである。
その後1990年代に入ると、東西冷戦が終結し、世界には、ヒト、モノ、サービス、カネが国境を超えて往来するグローバリゼーションの波が一気に押し寄せた。新自由主義的なワシントン・コンセンサスに基づくグローバリゼーションの進行は、結果的に富の偏在を招き、国家間、国内の経済的格差の拡大を生み出した。途上国の保健医療人材が国外に流出する頭脳流出も大きな課題として取り沙汰されるようになり、SARSやH5N1亜型インフルエンザなどの新興・再興感染症が容易に国境を超えて広がるリスクが増大していた。また、気候変動により、旱魃や洪水が頻発したり、地球温暖化に伴う疾病構造の変化が起こりつつある。こうした国境の枠を超えた健康課題は、もはやこれまでの「国際保健」の枠組み、つまり「富んだ国が貧しい国を支援する」という構造では対応できないものになってきた。2000年代に入り、こうした変化に対応しうる新たなパラダイムとして「グローバル・ヘルス (Global Health)」が提唱されるようになった。
2003年7月31日にスコット・プロクターと共にロビン・ベンチュラとのトレードでニューヨーク・ヤンキースへ移籍し、傘下のAAA級コロンバス・クリッパーズへ配属された。ここでは、16試合に出場し、打率.302・2本塁打・8打点・3盗塁を記録した。2004年は、スプリングトレーニングで打率.385・2本塁打・9打点と好成績を記録し、開幕をメジャーで迎えた。4月12日のシカゴ・ホワイトソックス戦では、2本塁打、5打点を記録しダイビングキャッチを披露するなど活躍し、ヤンキースの勝利に貢献した。この日勝利投手となったマイク・ムッシーナは通算200勝を達成した。しかし、ケニー・ロフトンがDLから復帰するとマイナーに降格した。その後は、メジャーとマイナーを行き来する。この年のアメリカンリーグディビジョンシリーズとこの年のアメリカンリーグチャンピオンシップシリーズのロースターには登録され、代打や代走として起用された。最終的に、メジャーでは、55試合の出場で、打率.151・2本塁打・7打点・2盗塁に終わる。マイナーでは、AAA級コロンバスで33試合に出場し、打率.276・1本塁打・15打点・3盗塁を記録した。2005年は前年同様に、開幕をメジャーで迎えた。しかし、成績不振で7月8日にAAA級コロンバスへ降格した。8月18日にメジャーに昇格した。この際昇格した時には、背番号が「19」だった。これは、マイナーでプレーしている最中に新加入したアル・ライターが背番号「18」だったための措置だった。最終的にこの年は、メジャーでは、76試合に出場し、打率.276・1本塁打・6打点・4盗塁を記録した。マイナーでは、AAA級コロンバスで42試合に出場し、打率.231・4本塁打・22打点・2盗塁を記録した。オフには、ゼネラルマネージャー(GM)のブライアン・キャッシュマンがクロスビーが正中堅手としてプレーする事を示唆したが、12月20日にヤンキースのライバルであるボストン・レッドソックスからジョニー・デイモンが4年総額5,200万ドルでの移籍してきたため、その可能性は無くなった。また、背番号もこのデーモンが「18」を背負うため、またしても「18」は復帰とはならなかった。2006年は、開幕ロースター入りした。しかし、5月中旬から6月にかけてDL入りした。その後、メジャーに昇格した。しかし、65試合に出場で、打率.207・1本塁打・6打点・4盗塁と不振だったため、8月4日に、DFAとなった。8月9日にウェーバー公示されたが、AAA級コロンバスへ降格した。その後、メジャーに昇格する事は無かった。オフに、フリーエージェント(FA)となった。