コックピット内艤装にはHOTAS概念を採用している。操縦桿は左右に7度ずつ、手前に9度、奥に13度可動し、一般的な操縦で使う「通常レベル」と精密な火器操作を行う「低レベル」の2種類の感度に切り替えられる。また、内蔵するトルクモーターによりパイロットがシステム上出来ない操作を行うことのないように制限する。スロットルレバーには14の機能操作を集約しており、グリップ部のポインティング・スティックで多機能ディスプレイ（MFD）に表示されるカーソルを操作する。ヒューズ社とエリクソン社共同開発の250×280 mm回析型HUD（D-HUD）、及び、A/B型では127×152 mmモノクロ・ブラウン管のEP-17Mk.1/2、C/D型では158×211 mmカラー液晶ディスプレイ（LCD）のEP-17Mk.3/4を搭載する。HUD下のメインモード選択・機体状態表示装置のボタンを押すだけで戦闘、攻撃、偵察の各任務に適した飛行モードを選択できる。パイロットの加速度耐性を向上させる為に射出座席は27度後ろに傾けて取り付けられ、搭載されたマーチンベイカー社製Mk.10L Sタイプ（S10LS）射出座席はロケットモーターにより射出後0.19秒の間に18 - 20Gで加速。点火から0.25秒後にはキャノピーを破壊して外に飛び出し、2秒後には機体から約70 m離れる高度0、速度0からの脱出能力を発揮する。複座のB/D型では前席射出時の燃焼炎や破片への対処のために前後席の間のキャノピー枠からエアバッグを展張する。
冷戦期のスウェーデンはノルディックバランスに則った軍事的中立政策路線により、国防は独力での専守防衛が前提であった。このため戦闘機は地理的に近接しているソ連軍などの仮想敵からの先制攻撃への高い抗堪性が必要とされた。最終的な要求としては、国内各地の山をえぐり貫いて作ったシェルターへ分散配備し、北ヨーロッパのような寒冷地の冬期の作戦にも対応できるよう、雪に覆われた長さ800 m、幅17 mの高速道路の直線区間に離着陸できることが求められた。このため短距離で離着陸（STOL）できる能力と狭いシェルターや高速道路脇の臨時作業場などの充分な設備のない場所での整備、そこから短時間で再出撃を実現する高い整備性が最重要とされた。一方で、同世代を上回る格闘戦能力、長大な航続距離、当時すでに主流だったステルス性の考慮などは予算の兼ね合いで妥協、ネットワーク中心の戦いへの対応は後のアップデートにより実現させることになった。開発に合わせ1980年代前半から「基地90（sv:Bas 90）」と称する飛行場の分散計画が推進され、一部の新規高速道路は代替滑走路を前提として建設された。これらの道路は長さ800 m・幅17 mの直線区間を必ず有しており、直線区間には給油所や駐機場となるスペースが併せて整備された。この種の短距離滑走路は国際的活動に対応するため離着陸訓練にも利用されていたが、このような運用思想がかえってコストを押し上げる要因となってきたことから、2004年に高速道路の使用を廃止したが、2015年からは訓練を再開した。
機体のサイズからの分類は軽戦闘機、用途からの分類はマルチロール機（多目的戦闘機）であり、スウェーデン語のJakt（戦闘）、Attack（攻撃）、Spaning（偵察）の略称に始まるJAS 39の機種番号通り、制空戦闘・対地攻撃・偵察などを過不足なくこなす。また、多目的機にありがちな機体の大型化・開発費上昇と相反して、スウェーデンの国防ニーズと予算の兼ね合いから航続距離やステルス性などの一部性能を妥協することにより、運用体系における高いコストパフォーマンスを実現している。公式サイトではネットワーク中心の戦い、多彩な作戦に対応する能力、低いライフサイクルコストをバランス良くまとめた機体であるとしている。
天文18年（1549年）6月の江口の戦いに敗れた細川晴元は京都へ退却すると、室町幕府13代将軍足利義輝とその父で大御所足利義晴を連れて京都から逃げ出し、近江守護六角定頼を頼り琵琶湖西岸の坂本へ移動した。代わって晴元に勝利した元家臣の三好長慶が7月に上洛、将軍を失った幕府に代わり京都の行政を取り仕切るようになり、危機感を募らせた義晴は京都復帰を計画し、10月18日に京都郊外の東山にある慈照寺（銀閣寺）の裏山に中尾城の建設を始めた。翌天文19年（1550年）5月4日に義晴は病死したが、子の義輝も打倒長慶を誓い6月9日に晴元と共に中尾城へ入城、7月8日に東山の麓の吉田・浄土寺・北白川へ出兵した。14日、三好長逸・長逸の子三好長虎（弓介）・十河一存ら1万8000人の三好軍が上洛、幕府軍も応戦して市街戦となった。しかし、主力の晴元は吉田に、援軍の六角軍は北白川に留まり動かなかったため、足軽100人だけが出撃して小規模な戦闘に終わった（東山の戦い）。この時、長虎の与力1人が幕府軍の鉄砲に当たり死んだ話を公家の山科言継が聞きつけ、日記に書いた記録が日本初の鉄砲使用例とされている。市街戦は小規模な戦闘で両軍の主力がそれぞれ大山崎、中尾城へ引き上げたためさほど進展は見られず、10月20日に三好軍が再度上洛、東山の幕府軍と交戦、これも小規模な戦いであった。しかし、11月に入ると長慶は積極的な攻勢に踏み切り、11月19日に中尾城麓の聖護院・北白川・鹿ヶ谷・田中などを放火して威圧、近江への派兵も企て20日に松永長頼を近江へ向かわせ、大津・松本周辺を放火させた。敵が琵琶湖周辺に進出したため後方を脅かされることを恐れた義輝は撤退を決断、21日に中尾城を焼いて坂本、次いで坂本から北の堅田へ逃れた。中尾城は2日後の23日に三好軍が入り破却された。義輝が近江へ撤退したため、長慶は当面京都の安全を確保できたが、天文20年（1551年）3月になると2度の暗殺未遂事件に遭遇し、またそれに乗じた幕府軍の京都襲撃が起こり、再び長慶は防衛戦に向かわねばならなくなった。