協会は、政令で定めるところにより、船員保険事業に要する費用の支出に備えるため、毎事業年度末において、準備金を積み立てなければならない（第124条）。国庫は、所定の保険給付に要する費用の一部や、予算の範囲内において事務の執行に要する費用を負担する（第112条）。またこれらのほか、国庫は予算の範囲内において、船員保険事業の執行に要する費用（船員法に規定する災害補償に相当する保険給付に要する費用を除く）の一部を補助する（第113条）。
船舶所有者や被保険者資格（疾病任意継続被保険者を除く）に関する届出については、基本的に厚生年金とセットになっているため、日本年金機構（実際は各船舶所有者の所在地を管轄する年金事務所）に行わなければならない。一方、被保険者証再発行、船員保険の給付関係及び疾病任意継続被保険者に関する届出については、船舶所有者の所在地や疾病任意継続被保険者の住所地がどこであったとしても、東京にある協会の船員保険部に行わなければならない（原則郵送申請。協会の各都道府県支部では船員保険事務を取り扱っていない）。
船員保険における「船舶所有者」とは、船舶において労務の提供を受けるために船員を使用する人のことを指す。健康保険でいう「事業主」に相当するものであり、必ずしも船舶の実際の所有者（船主）と一致するわけではない。したがって、船員保険における「船舶所有者」についての規定は、船舶共有の場合には船舶管理人に、船舶貸借の場合には船舶借入人に、船舶所有者、船舶管理人及び船舶借入人以外の者が船員を使用する場合にはその者に適用する（第3条）。
船員保険は、船員又はその被扶養者の職務外の事由による疾病、負傷若しくは死亡又は出産に関して保険給付を行うとともに、労働者災害補償保険による保険給付と併せて船員の職務上の事由又は通勤による疾病、負傷、障害又は死亡に関して保険給付を行うこと等により、船員の生活の安定と福祉の向上に寄与することを目的とする（第1条）。 1939年（昭和14年）の船員保険法制定により、ほぼすべての社会保険部門（年金、医療、労災、失業）を有する船員のための総合社会保険制度として発足した。その後、種々の改正やILO条約の批准等を経て、昭和40年代半ばをピークに加入者数の減少が続き制度運営は厳しさを増したことから、職務外年金部門は1986年（昭和61年）に厚生年金へ、職務上疾病・年金及び失業部門は2010年（平成22年）に一般の労災保険と雇用保険にそれぞれ統合された（職務上疾病・年金に関する給付については、労災保険制度に相当する部分を労災保険制度から給付することとし、それではカバーできない部分については、引き続き船員保険制度から給付することとされた）。この結果、現在は医療保険部門と船員保険独自の給付のみが残っている。また2013年（平成25年）の改正により、職務上の傷病であっても労災の対象とならない場合は包括的に船員保険の対象とすることとした。保険者は全国健康保険協会（第4条1項、以下「協会」と略す）。かつては社会保険庁であったが、省庁廃止により協会が新たな運営主体となった。協会が船員保険事業について行う事業の内容については全国健康保険協会#組織を参照。
幕末の、改革に向かう胎動は肥後では具体的な形になって顕れることは無かった。明治3年（1870年）、藩所有の軍艦「龍驤」を新政府に献上するにあたり、当時の藩主・細川韶邦は「当藩は、維新への貢献が何もない」と語っている。これは、地方ゆえに中央の情報から隔絶されていたわけでは決して無い。大塩平八郎の乱の詳細が船津村（現：熊本市）地蔵講帳に記載され、ペリー来航を描いた黒船の絵が小国町役場文書から見つかっている程である。幕府が命じた相州警備では、熊本藩士が現在の横浜市本牧や相模で任に当たっている。このような世情が背景にあったのか、安政5年（1858年）8月上旬に現れた彗星に、肥後の民衆は社会の激変を予感していた。しかし、熊本藩は諸党が議論を戦わせるばかりで、藩論の一致を見なかった。鳥羽・伏見の戦い直前は佐幕派が主流だったが、徳川慶喜が敗走し追討令が下されると勤皇側の意見が強まった。しかし、大政奉還が成り明治時代に入っても藩内は議論ばかりで行動が伴わず、細川護久は嘆いたという。慶応4年/明治元年（1868年）になってやっと米田虎之助率いる500の兵が出兵して東北戦争に参戦し、維新側恭順の態度を示した。明治2年（1869年）には護久の弟・津軽承昭が婿養子として藩主を務める津軽藩を支援するため、アメリカ合衆国の船ハーマン号を雇い350人の兵を送り出したが、房総半島沖で座礁し200人以上が溺死する事件も起こった。明治新政府は人材を各藩にも求め、熊本藩からも細川護久が議定兼刑法事務総督、弟の護美が参与、江戸留守役の津田信弘が刑法事務掛、その他刑法掛に複数の藩士が任命された。これら刑法分野への多さは、宝暦の改革以後運用されていた『刑法叢書』が評価されたためである。一方で横井小楠の召し出しに熊本藩は難色を示したともいう。この情勢の中、藩論も変わらざるをえず、それまで発言力が無きに等しかった勤皇党も存在感を増し、鶴崎に勤皇党の河上彦斎を隊長とした長州の奇兵隊のような性格を持つ軍隊を組織した。