ワープロソフトで独自のフォーマットを使用して保存したファイルを、別のワープロソフトやテキストファイルしか読み込むことができないアプリケーションで開いた場合に文字化けが発生する。ワープロソフトによってはバージョンが異なるだけで文字化けを起こすこともある。文書ファイルでないファイルをワープロソフトなどで開こうとした場合にも理解できない文字列として表示され、これも文字化けに含めることもある。
Shift_JISを内部コードに利用するアプリケーションでは、エスケープシーケンスの取得の仕方に一工夫必要である。ところがそれがなされていないため問題となる場合がある。海外のアプリケーションの日本語対応時に特に現出しやすい。Shift_JISにおいて、2バイト目が0x5c（日本の円記号、ASCIIではバックスラッシュ）となる文字（「申」「能」「表」など、俗に言う「ダメ文字」）の場合、2バイト目の0x5cがエスケープを意味する制御文字として動作することがあり、正しく表示できなくなる場合がある。
2バイト文字などを想定せずに設計したソフトウェア、通信機能では、文字の長さに制約があり、2バイト文字で表現した場合に、タグ、エスケープシーケンス、拡張符号などの挿入により、制限で指定している文字列の長さより短い状態で文字切れすることがある。また、この文字切れが2バイト文字の1バイト目で終了している場合には、それ以降の文字表現が文字化けすることがある。
ファイル名、フォルダ名などで、ソフトウェアでは2バイト文字を使うと文字化けすることがある。これは、特定の機能が、1バイト文字を想定した設計になっている場合か、2バイト文字であっても特定の文字集合だけを想定した設計になっている場合である。
1バイト文字と2バイト文字を同時に表示しようとするシステムでは、前から後ろへの検索においては、1バイトと2バイトの違いが確認できる。後ろから前への検索においては、1バイトと2バイトの違いが確認できる文字コードと確認できない文字コードがある。そのため、タグ付き文字列の場合には、これらの処理の違いを確認できるような文字コード、文字フォントに対するタグをつけることがある。エスケープシーケンスも、ここではエンコーディングに分類する。
文字コードによっては漢字の表現できる範囲、表示できる他の言語の文字など違いがある。そのため、特定の文字コードで表現できていた文字列を、他の文字コードで表現しようとすると、対応処理の誤り、対応する文字が存在しないことなどから、文字を表現できない。
1バイト文字だけを表示しようとするシステム、2バイト文字だけを表示しようとするシステム、国際規格に対応するすべての文字を表示しようとするシステムなど、どの大きさの文字コードが表現できるかの違いが存在する。
ソフトウェアやハードウェアの不具合 (trouble)、文字コードの違い、エンコーディングとデコーディングの不一致、文字フォントの違いなどが原因となる。パソコン通信の時代は、ハードウェア上の文字化けが頻発した。インターネットの普及後は、運用系（オペレーティングシステム）、ブラウザ等ソフトウェアに起因する文字化けがある。
ユーザーは「S-VHSで録画したビデオテープを再生すると、画面全体に白い横引きノイズが発生し続ける。製品の初期不良なら販売店で新品と交換してもらう。原因を調べて欲しい」という要求を行った。これに対して東芝側がユーザーの了解なしに改修を加えたことが問題の発端である。当初、ユーザー側は東芝のサービス子会社に修理依頼をかけたが、サービス子会社からの「製品交換が必要になった場合のために販売店経由で修理依頼をかけ直してほしい」という指示に従い、購入した販売店経由で東芝のサービス部門に修理依頼をし直した。そして、ユーザーの自宅を訪れた東芝のサービスマンによって、白いノイズが連続的に発生していることと、サービスマンが持参した東芝製の旧型VHSビデオデッキ（S-VHS簡易再生機能付）では当該ビデオテープを再生してもノイズが出ないことを確認していた。後になって、この無断改修について、東芝の関係者はある雑誌の取材に対して「10万円相当のカスタマイズを加えた」など、過剰に手厚いと思われる対応をしたとほのめかしたが、実際にはユーザー側がホームページ上で公開した改修個所の画像で、数百円の部品をはんだ付けで追加しただけであることが明らかとなった。また、その修理状況も雑なものであった。さらに、東芝側は当該のユーザー自身には「画質をソフトにする改修を行った」とか「旧型機種と同等の回路に変更した」など、明確に説明していなかった。東芝のサービスマンが最初に訪問修理に訪れた時、比較用に持って来ていた旧型機ではノイズが発生しなかったのも事実である。「原因を知らせてもらえないまま無断で改修された」というクレームを行った同ユーザーに対して、東芝側が顧客に対する内容とは思えない不適切な発言をするなど、いささか常識の範疇を逸脱した様子がマスメディアによって報じられた。なお東芝側はこの問題に関して、同社製品の売上減少という事態を重く見て、担当者が不適切な発言を行った事に対する公式謝罪を副社長自らが行っている。問題の暴言は法務部渉外監理室と呼ばれる部署で発せられた。この渉外監理室は東芝が1997年に総会屋への利益供与で摘発されたことを教訓とし、総会屋対策として設置されたものである。部署の性格上、警察・検察OBが多く在籍しており、暴言を発したのもそういう人物といわれている。当時東芝のビデオ事業はシンガポールにあった子会社、東芝ビデオプロダクツの日本法人、東芝ビデオプロダクツジャパン株式会社（東芝から見れば孫会社。現在は東芝ビデオプロダクツ共に清算済み）が行っていた。同社は東芝本社ビル内に本社があったため、同社にかかってきた電話を東芝本社の渉外監理室に回すのは容易だった。同ユーザーは最初同社にかけたところ、渉外監理室に回され、そこでいきなり相手（暴言の主とは別人。電話を回された際に「渉外監理室の××と申します」と名乗っている）から怒鳴られ、「あなたでは話にならないから他の人と代わってください」と申し出たことで暴言の主に代わる際に録音を始めたのである。