退任時には、収入がなくなり経済的に困窮したことから大統領の年金制度が創設された。トルーマンはワシントンD.C.からミズーリ州インデペンデンスの自宅に戻った後、数多くの講演を行い、回想録を執筆した。1964年、自宅バスルームでの転倒事故で半身不随になり、大統領図書館で毎日の仕事を継続することが困難となった。1972年12月26日午前7時50分（日本時間午後10時50分）ミズーリ州カンザスシティにて死去（88歳没）した。遺体は28日に大統領図書館の庭に埋葬された。当時アメリカはベトナム戦争とウォーターゲート事件で揺れ動いていたが、トルーマンは偉大な元大統領としての評判を受けた。ポップ・グループ「シカゴ」のロバート・ラムは死を悼み、トルーマンについての歌「Harry Truman（邦題は「拝啓トルーマン大統領」）」を書いた。なお、同曲のシングルはアメリカのビルボードホット100で最高位13位を記録している。ニミッツ級航空母艦の8番艦ハリー・S・トルーマン(USS Harry S. Truman, CVN-75) はトルーマンの名に因んで命名した。
他の大統領と異なり、トルーマンはその任期中のほとんどをホワイトハウスで過ごさなかった。ホワイトハウスはその構造分析で19世紀前半の英軍による火災が原因で崩落の危険が示され、改築を行うことになり、コンクリートと鋼材を使用して基礎部分から再建された。再建で造られた新しいバルコニーは現在トルーマン・バルコニーとして知られている。ホワイトハウスの改築中、近くのブレア・ハウスがトルーマンにとってのホワイトハウスとなった。トルーマンがブレア・ハウスに滞在中の1950年11月1日午後2時過ぎに、プエルトリコの急進的なナショナリスト、グリセリオ・トレソーラとオスカー・コラッツオが大統領の暗殺を試みた。 しかし、警察官とシークレット・サービスによって阻まれ未遂に終わった。トレソーラは警察官3名を銃撃したが射殺された。銃撃を受けた警察官の1名は病院で死亡した。コラッツオは負傷したが身柄を確保され、裁判後に服役した。
2期目の就任直後にトルーマンはフェアディールの諸政策を議会に提示したが、議会多数を占める共和党や当時、人種差別に肯定的な立場だった民主党保守派には受け入れられなかった。その後の朝鮮戦争の勃発で、再び外交政策へ注力せざるを得なかった。国連軍総司令官のダグラス・マッカーサーによる仁川上陸作戦とその後の国連軍の猛攻を受けて金日成は中華人民共和国に事実上亡命して韓国に侵攻していた北朝鮮の朝鮮人民軍は壊滅的な状態であり、戦争は北朝鮮の消滅で終結するかと思われたが、中華人民共和国から義勇兵と称する中国人民志願軍の本格参戦を受けて国連軍はもとの38度線近くまで押し返された。マッカーサーは、戦況の膠着状態を打開すべく1950年11月に中国大陸への核攻撃を主張するも日本への原爆投下とは異なり、中華人民共和国との本土決戦は中ソ友好同盟相互援助条約を結んでいるソ連との核戦争を招いて第三次世界大戦が起きる可能性もあることからマッカーサーを解任した。これは後にシビリアンコントロールの模範例として称賛されることもあったが、結果的にトルーマンの支持率に大きく影響した。中華人民共和国への弱腰姿勢、朝鮮戦争の休戦協議の停滞、ベトナムのフランスからの独立運動などによる人気の低下で、再選の可能性がわずかになったことを悟ったトルーマンは次の大統領選不出馬を決定した。民主党の大統領候補はアドレー・スティーブンソンに決定した。
1948年の大統領選でトルーマンは自身の政策を「フェアディール政策」と呼び、民主党員としてルーズベルトのニューディール政策を受け継ぐ立場であることを強調した。その政策は社会保障、公民権、タフト・ハートレー法の撤廃などを内容とするものであった。トルーマンの敗北が広く予想されたが、トルーマンは猛烈にキャンペーンを行い共和党候補トマス・E・デューイを破り、真の大統領としての任期を得、大統領選挙史上で最も大きな混乱のうちの一つを切り抜けた。シカゴ・トリビューン紙は混乱した大統領選の結果を「デューイ、トルーマンを破る」との見出しで誤報した。その見出しをトルーマン本人が掲げて笑うスナップは有名である。
イギリス軍は1916年12月より攻撃前進を起こし、翌年1月8日ラファを占領。さらにエル・アリシュを占領し、シナイ半島からオスマン軍は駆逐された。勢いに乗るイギリス軍は3月に要衝ガザに攻撃を敢行した。イギリス軍はガザをほとんど包囲したにもかかわらず深く塹壕にこもるオスマン軍部隊を抜くことができず、オスマン第4軍の2個師団による反撃によって撃退されてしまった。4月、若干の増援を受けたイギリス軍は再度ガザを攻撃した。しかしオスマン軍も増援を受けており、陣地もさらに深くしていた。イギリス軍は少数の戦車も投入するもついにガザをも攻略することは叶わなかった。この失敗を受けて英エジプト遠征軍司令官はマレイからエドムンド・アレンビー（en）に代わった。アレンビーは本国に大規模な増援を要求し、大量の兵員・火砲の増加、後方体制の充実がなされた。これに加えてアレンビーは下がっていた士気を立て直しつつ遠征軍に西部戦線方式を導入し、歩兵・砲兵戦術の改善、重砲兵を統括する砲兵群の創設などの改革を断行して戦闘有効性を大幅に上げた。一方オスマン軍サイドでは、ヨーロッパに派遣していた部隊を撤収させてこれを基に電撃軍集団とその隷下の第7軍を新編成した。エンヴェルの構想では、電撃軍集団をメソポタミアに投入してバグダード攻勢を行うつもりだったが、周囲の猛反対にあったうえ軍集団司令官に就任したフォン・ファルケンハインにも反対されたため、危険度の高いガザ-ベエルシェバ線に配置された。また、パレスチナに元々いた第4軍のうちガザ方面の前線に配置されていた部隊を第8軍として新たに編成した。10月末、イギリス軍はガザに陽動攻撃を行い、ベエルシェバに真攻撃を敢行した。数々の欺瞞工作によってイギリス軍がガザに攻撃をかけると信じさせられていたオスマン軍はベエルシェバに少ない兵しか配置していなかった。早々にベエルシェバを抜いたイギリス軍は左旋回してガザの後方連絡線を脅威した。これに気付いたファルケンハインは撤退命令を出し、その後の追撃戦によって12月ついにイギリス軍はエルサレムを占領した。