高岩淡・深作欣二・日下部五朗は渡りに舟と喜んで飛びつき、松平乗道を加えて企画会議が開かれた。彼らは岡田の言う忍者映画を今更やるのはおもしろくないと考え、日下部から時代劇で『仁義なき戦い』のような陰謀と裏切りが錯綜する抗争を繰り広げる、松平からは徳川三代将軍の兄弟争いとそれぞれ提案された。家光を将軍にするために暗躍する柳生但馬守宗矩を悪の主人公に、父の下で働きながらその非情さに怒って最後には裏切る十兵衛を善の主人公にしながら、その頃の歴史上の人物が入り乱れる構成にしようと決定。ラストをどうするかで紛糾したが、日下部は「悪い奴には死んでもらうしかない」、「父に怒った十兵衛が、将軍となった家光の首を飛ばす」とアイデアを出した。こうして前代未聞の大どんでん返しの結末が出来上がり、本作の骨格が固まる。『ゴッドファーザー』の「マフィアが言うことを聞かない相手の愛馬の首を斬り、彼が起床するとベッドにその首が血まみれで包まれてる」というシーンが日下部は大好きで、『日本の首領』で既に採用していたが、物足りなく思っていた。「（宗矩にとって）最も大切なもの（家光）の首が飛ぶからおもしろい。これくらいのことをやらないと、今の客は驚かない」と日下部は考えており、言われた深作も「あれだけ魑魅魍魎が出てくると、それぐらいのエンディングでないと収まりがつかない」と述べている。本作に乗り気満々の深作欣二は劇画『ドーベルマン刑事』の映画化中、千葉真一（同作主演）と深作を表敬訪問した作者の平松伸二に「『ドーベルマン刑事』もいいんだが、この後に撮る『柳生一族の陰謀』ってのが、これまた面白くなりそうでねえ～！」と話しており、平松は「『ドーベルマン刑事』より、（本作ばかりを）熱く語っていた」と証言している。一緒に脚本を手掛けた野上龍雄や松田寛夫も「スムーズに執筆が進んだ」と深作は回想しており、徳川家光を吃音というキャラクターにしたのは野上のアイデアで、自身が吃音であることを投影させている。タイトルは岡田茂が命名した。
東映京都撮影所（以下、京撮）で久しぶりに時代劇を復活させたいと目論んでいた高岩淡は、『浪人街』の製作に頓挫。別の時代劇を検討している矢先、千葉真一は「時代劇をやりたい」と柳生十兵衛三厳を演じ、本作のベースとなる企画『裏柳生』を、深作欣二へ提出していた。深作はテレビ時代劇『必殺仕掛人』を既に演出していたが、映画でこれまで手掛けていない時代劇を撮りたいと想いがあり、日下部五朗と共に新しい時代劇映画を模索していた。そんな折、岡田茂が高岩・日下部・深作に「久々に時代劇をやろう。ヤクザ映画も行き詰ったしな。山本薩夫の『忍びの者』みたいな忍者映画を考えたらどうや？」と提案。このときのやりとりを日下部は岡田や深作とパーディーで立ち話をしていたら、「久しぶりに時代劇はどうやろ。千葉真一で忍者ものなんかどうかなあ」「単発で現代ものをやるより可能性があるかかもしれない」「いっそ『仁義なき戦い』を時代劇にしてしまえばいい」という話になり、「あれこれ企画を煮詰めていくうちに忍者ものより幅が広がり、『柳生一族の陰謀』になって動き出した」と述べている。高岩は1977年3月に岡田から「いよいよ時代劇をやろうか。『柳生十兵衛』とか、忍者ものなんかいいんじゃないか」と言われ、白土三平の『カムイ伝』なんか面白いんじゃないかと考えていたが、とにかく時代の背景を大きくしようということで進んだと、雑誌『映画時報』のインタビューで答えている。
ゲッベルスは「宣伝は精神的認識を伝える必要もなければ、おだやかだったり上品だったりする必要もない。成功に導くのがよい宣伝で、望んだ成功を外してしまうのが悪い宣伝である」「重要なのは宣伝水準ではなく、それが目的を達することである」とし、その目的は「大衆の獲得」であり、「その目的に役立つなら、どんな手段でもよいのだ」と語っている。彼は「日々の経験から効果的な手法を学んだ」としているが、彼が述べる宣伝概念にはヒトラーの『我が闘争』からの踏襲が見られる。実際彼には宣伝手法自体やその出自にこだわりはなく、「ボルシェヴィスト（ボリシェヴィキ）からは宣伝の点で、大いに学ぶところがある」と評しただけでなく、宣伝大臣として最初に映画界に伝達したことは「右翼の『戦艦ポチョムキン』を作るように」ということであった。ベルリンで宣伝活動を行っていた当時は、ベルリン市民を「群衆の集合」ととらえ、ベルリン市民の思考に合わせた奇抜で独創的な宣伝を多く行った。図案家のハンス・ヘルベルト・シュヴァイツァー（筆名・ミエルニル）はこの時期に効果的なプロパガンダプラカードを作成し、ゲッベルスから「神の恩寵」と賞賛されている。宣伝大臣となって最初の重大任務が国会の開会式であり、彼は荘重な演出を行ってヒンデンブルク大統領ら保守派をも感動させた（ポツダムの日）。さらに5月1日の「国民労働の日」祭典や非ドイツ的な図書の焚書、ベルリンオリンピックなどでは荘厳な演出をおこなったが、映画『意志の勝利』で有名な1934年のニュルンベルク党大会にはあまり熱心ではなく、日記にも記載していない。彼が専門領域と考えていたのは「映画」であり、シナリオや俳優の起用などに深く介入した。なお、「もちろん普通の国民は戦争を望まない。」に始まる、戦争遂行のためのプロパガンダ手法を端的に表した名言は、ゲッベルスではなく空軍大臣・国家元帥ヘルマン・ゲーリングの発言である。1933年、ゲッベルスはドイツが第一次世界大戦に敗北したのは、物質的な欠陥からではなく、ドイツの精神的武器が火を吹かなかったからであるとし、ラジオによるドイツ国民の精神的動員の活用を説いた。ゲッベルスは、近代技術は人々から魂を奪うが、ナチズムは技術を拒絶せず自覚的に肯定し、内面的に魂で満たし、ドイツ民族に奉仕するとし、近代の問題に英雄的に立ち向かう「鋼鉄のロマン主義」によってドイツを活気づけるとした。