葬儀の日取りは「12月6日説」と「12月7日説」の2つがある。遺体はウィーン郊外のサンクト・マルクス墓地の共同墓穴に埋葬された。誰も霊柩馬車に同行することを許されなかったため、実際に埋葬された位置は不明である。没後100年の1891年、中央墓地（ベートーヴェン、シューベルト、ブラームスら著名音楽家が多数眠る墓地）に当時サンクト・マルクス墓地にあった「モーツァルトの墓とされるもの」が記念碑として移動した際、またもや位置が分からなくなってしまった。現在サンクト・マルクス墓地にある「モーツァルトの墓とされるもの」は、移転後に墓地の看守が打ち捨てられた他人の墓の一部などを拾い集めて適当な場所に適当に作ったものである。なお、サンクト・マルクス墓地は1874年に新たな中央墓地が建設されたことをもって新規の受け入れを停止している。ヨハン・シュトラウス2世の弟ヨーゼフ・シュトラウスも最初はここに埋葬されていた（1909年に中央墓地に移設）。現在、国際モーツァルテウム財団（ザルツブルク）にはモーツァルトのものとされる頭蓋骨が保管されている。頭蓋骨に記された由来によれば、埋葬後10年目にモーツァルトを埋葬した墓地は再利用のため整理され、遺骨は散逸し、頭蓋骨だけが保管され、以来複数の所有者の手を経て1902年に同財団によって収蔵された。遺骨の真贋についてはその存在が知られた当初から否定的な見方が多いが、2004年にウィーン医科大学の研究チームがモーツァルトの父・レオポルドほか親族の遺骨の発掘許可を得て、問題の頭蓋骨とのDNA鑑定を行った。検査の結果、頭蓋骨は伯母、姪の遺骨のいずれとも縁戚関係を認められなかったものの、伯母と姪とされる遺骨同士もまた縁戚関係にないことが判明し、遺骨をめぐる謎は解決されなかった。
症状としては全身の浮腫と高熱であったという。ウィーン市の公式記録では「急性粟粒疹熱」とされる。実際の死因は「リューマチ性炎症熱」であったと考えられている。リューマチには幼少期の度重なる旅行生活のなかで罹患したとされている。また、医者が死の直前に行った瀉血が症状を悪化させたとも言われる。モーツァルトは1791年7月に、自分がアクア・トファーナ（別名ナポリ水とも呼ばれた亜砒酸が主要成分の水溶液で、当時の美顔、美白薬だが毒としても有名だった）で毒殺されかけていると考え、それを妻に伝えている。実際、妻の手紙に「私を嫉妬する敵がポーク・カツレツに毒を入れ、その毒が体中を回り、体が膨れ、体全体が痛み苦しい」とまでもらしていたと言う。当時は遺体のむくみが毒殺の証拠だと考えられており、モーツァルトの遺体がひどくむくんでおり、それによって後述の、サリエリに関する噂が一気に広まった。また、死後ウィーンの新聞は「毒殺されたのではないか」と報じた。1820年ごろになると、ウィーンでは「ロッシーニを担ぐイタリア派とウェーバーを担ぐドイツ派の論争・対立の中でサリエリがモーツァルトを毒殺した」という噂が流行した。サリエリは重度の抑うつ症となり、自分の喉を切ろうとして、数多くの背任をまた非難されることになった。この噂にサリエリは1825年に死ぬまで悩まされた。
妻・コンスタンツェとの間に4男2女をもうけたが、そのうち成人したのは、カール・トーマスとフランツ・クサーヴァーだけで、残りの4人は乳幼児のうちに死亡している。フランツは職業音楽家となり、「モーツァルト2世」を名乗った。成人した2人の男子はどちらも子を残さなかったため、モーツァルトの直系の子孫はいない。
中部夏時間14時09分、当該機はステープルトン国際空港を離陸した。副操縦士の操縦により、予定の巡航高度37,000フィート（約11,300メートル）まで平常通り上昇した。オートパイロットが作動され、指示対気速度270ノット（約時速500キロメートル）に飛行速度を維持するモードが使用された。飛行計画ではマッハ数0.83で巡航することになっていた。離陸から約1時間7分後の15時16分10秒、大きな爆発音が発生し続いて機体が激しく振動し始めた。乗員はエンジン計器を点検し、尾部にある第2エンジンに異常が発生したと特定した。ただちにオートパイロットが解除され、機長の指示でエンジン停止時のチェックリストが開始された。リストの最初の項目はエンジン停止であったが、第2エンジンのスロットルが動かなくなっていた。次の項目は燃料の供給停止だったが、燃料レバーも動かなくなっていた。ここで航空機関士が防火バルブを閉じるよう提案し、ようやく第2エンジンを停止できた。異常発生からここまで約14秒だった。さらにチェックリストを続ける中で、航空機関士は機体の3系統あるすべての油圧系統の圧力計と油量系がいずれもゼロを指していることに気づいた。副操縦士は、機体が右旋回で降下しており制御不能であると報告した。機長が操縦を交代して機体が操縦操作に反応しないことを確認した。機長は左翼にある第1エンジンの推力を減らし、機体は左右の水平を取り戻し始めた。機長は、風力駆動の発電機を展開した。この発電機から予備の油圧ポンプに給電される仕組みだったが、ポンプのスイッチを入れても油圧は回復しなかった。この時点で3系統ある油圧系統が全て機能しなくなっていた。事故後の調査で明らかになることだが、第2エンジンの破損により3系統あるすべての油圧配管が切断されたためであった。15時20分、乗員はミネアポリスの航空路交通管制センター (Air Route Traffic Control Center) に無線連絡し、緊急援助と最も近い飛行場への進路誘導を要請した。この時、管制センターは、デモイン国際空港へ向かうことを提案した。デモインはアイオワ州の州都で、デンバーとシカゴを結ぶ線上にあたる。15時22分、管制官は乗員にUAL232便がスーシティの方角へ飛行していると知らせた。そして、管制官はスーシティに向かうか尋ね、乗員はそうすると回答した。UAL232便がスーシティのスー・ゲートウェイ空港に針路をとるよう、航空交通管制のレーダー誘導が始まった。この間の15時21分、乗員は、ユナイテッド航空の運航管理部門にACARS（航空機と地上を結ぶ文字データを中心とした無線データ通信システム）でメッセージを送信した。そして無線交信を要請し、2分後に交信に成功した。15時25分、乗員は運航管理部門との交信において同航空の整備施設に直ちに繋いでほしいと要請し、同時に救難信号の「メーデー」を発信した。