2013年までは毎年8月中旬（2014年は中止、2015年から2017年は大会自体が不開催となり同年12月に正式廃止）に、宇治駅周辺で宇治川花火大会が行われていたが、この際には通常ダイヤでは輸送力が確保できないため夕方以降最終まで全列車普通の特別ダイヤで運転され、京都駅 - 宇治駅間は上下ともに約10分間隔で運転されている。通常ダイヤでは設定されていない木津駅発着の列車も設定されていたが、現在は設定されていない。2013年夏における輸送では、奈良支所の6両編成の103系を運行に加え、日根野支所・森ノ宮支所からも編成を借り入れて多客輸送に使用した。
臨時列車として特急列車が運転されたことがある。1987年から1988年にかけて「ふれ愛紀州路」、1988年から1989年まで「しらはま」の愛称で381系電車を用いて京都駅 - 白浜駅間に関西本線・阪和貨物線（現在は廃止）・阪和線・紀勢本線経由で運転された。1998年1月6日には、奈良線の一部区間が複線化される2001年を目処に、定期列車として特急が運転されると報じられたこともあり、485系または381系を短編成に改造した3両編成で、日中に1時間1本設定され、途中の宇治駅のみに停車するか、ノンストップかにするかは検討中としていたが、この計画は中止され、その後特急列車の運転は行われていない。
京都駅 - 宇治駅間でのみ快速運転を行い、東福寺駅・六地蔵駅と宇治駅 - 奈良駅間の各駅に停車する。朝夕を中心にすべて221系の4両または6両で運転されているが、かつては103系での運用もあった。当初は平日ダイヤのみだったが、2006年3月18日のダイヤ改正から土休日ダイヤにも運転されるようになった。基本的に途中駅で普通を追い抜くことはないが、京都行きの上りは全列車宇治駅で普通電車と接続する。奈良線の区間快速は大和路線の区間快速との誤乗防止を図るため、ラインカラーが入った種別幕が使用されている。種別幕の「区間快速」の文字色についても大和路線の緑色とは異なり橙色となっている。2008年3月15日から10月17日までの期間は、221系用に新調された種別幕では奈良線区間快速用の表示が用意されておらず、大和路線同様の緑ラインカラー・緑文字の区間快速表示で運行されていた。
朝夕ラッシュ時に運転されており、朝ラッシュは上りのみ2本、夕ラッシュは下りが30分に1本・上りが1時間に1本の運転。京都駅 - 奈良駅間の途中停車駅は、東福寺駅・六地蔵駅・宇治駅・JR小倉駅・新田駅・城陽駅・玉水駅・木津駅で、全区間で快速運転を行うが、みやこ路快速が通過するJR小倉駅・新田駅にも停車し、前述のみやこ路快速と同様に大和路線の快速が停車する平城山駅は通過する。上下ともすべての列車が宇治駅で普通と緩急接続を行う。車両は全列車221系で運転され、4両または6両編成で運転されている。みやこ路快速が設定される前の2001年3月2日までの途中停車駅は、六地蔵駅・宇治駅・城陽駅・木津駅で、これに加えて正月ダイヤ時は稲荷駅と東福寺駅に停車していた。車両には117系が使用されていたが、みやこ路快速設定以後は奈良線では使用されていない。また設定当初は六地蔵駅と城陽駅を通過していた。
沿線にある京都市の伏見稲荷大社、宇治市の平等院などへの観光や、城陽市など京都府南部地域からの通勤・通学路線としての性格が強くなっている。しかし桃山駅 - 新田駅間は東側に大きく迂回する線形であり（これは奈良鉄道敷設当時、この一帯にあった巨椋池の周囲を迂回したためである）、また城陽以南は町の中心部から外れた場所を走っており、JR西日本発足後に一部区間の複線化や快速の増発などの輸送改善が図られているものの、並行する近鉄京都線とは京奈間・地域輸送ともにまだ格差がある。
『モンゴル秘史』によると、1206年にモンゴル帝国が建国された際の論功行賞において、ナヤアはかつてタルグガタイを助命したことが評価されて右翼万人隊長ボオルチュ、左翼万人隊長ムカリに次ぐ、中軍万人隊長に任ぜられたという。一方、『集史』「チンギス・カン紀」では『モンゴル秘史』とやや違って、ナヤアは「バアリン部の3つの千人隊」を統べ、左翼万人隊長ムカリの副官に任ぜられた、と記されている。いずれにせよ、ナヤアは建国直後のモンゴル帝国において最高幹部たるボオルチュ、ムカリに次ぐ高い地位を得ていたようであるが、その後の業績についてはほとんど知られていない。『集史』「バアリン部族志」によると、ナヤアは100歳を越えてもなお矍鑠としており、第二代皇帝オゴデイ・カアンの治世に「チンギス・カンが最初の妃を娶ったとき、彼の結婚式の祝宴の料理を食べたのを記憶している」と周囲に語ったというエピソードが知られている。しかし、その高い地位に反してナヤアの子孫については史料上に記載がなく、ナヤア家は早くに没落してしまったようである。これは、第四代皇帝モンケ即位直後のオゴデイ家勢力の粛正に巻き込まれてしまったためではないかと推測されている。