Sup35pのC末端には、翻訳終結活性をつかさどる領域（Cドメイン）がある。一方、N末端領域にはアミロイド形成の原因となる領域がある（Nドメイン）。Sup35pの真ん中には「Mドメイン」と呼ばれる中間領域があるが、その機能は不明である。スーザン・リンドキストは、NドメインやMドメインの機能を調べるためにNやMを含まないSup35p変異体を発現する株を構築した。Sup35pは201アミノ酸から成る蛋白質である。CドメインにはPQGGYQQ-YNという5回完全（＋1回不完全）オリゴペプチド反復配列がある。この遺伝子の改変変異体を用いた実験によれば、このリピートの反復回数が増えると、[PSI+]の発生が促進されるという。実際、この反復配列を2回追加した変異株においては、[psi-]から[PSI+]の変換が5,000倍促進された。PMN2という優性的変異体では、2回目反復配列内のグリシンがアスパラギン酸に置換されており、[PSI+]が維持不能になる表現型を引き起こす。Nドメインには43%という高い割合で、グルタミンとアスパラギンが含まれている。通常の酵母の蛋白質ではこれらのアミノ酸がたったの9％しか含まれていないことを考えると、この数値は非常に高い。Nドメインは114アミノ酸から成り、プリオン形成領域（PrD）という名前が充てられている。Sup35pの過剰発現は[PSI+]の発生を引き起こす。NMドメインおよびCドメインは、ともにSup45pとの結合部位を有している。また、Sup35pはSup45pと結合するため、[PSI+]の細胞ではSup45pの蛋白質もSup35pと同様に凝集する。
近年出版された一部の学術論文において、[PSI+]と[psi-]（非プリオン状態）の変換が行われることが、進化で有利に働くかもしれないという報告がなされている。しかし、これについては論争中である。スーザン・リンドキストは同一遺伝型をもつ酵母の集団が、Sup35pのプリオンを有しているかどうかで、異なる表現型を呈することを示した。リンドキストの実験では、異なる遺伝背景をもつ7種類の酵母株の[PSI+]と[psi-]株を用意し、さまざまなストレス条件下で生育させた。ある場合では[PSI+]でより速い成長を呈し、また別の場合では[psi-]においてより速い成長を呈した。リンドキストは、[PSI+]が進化キャパシターとしての働きを有し、ストレス発生時に潜在的な遺伝変異を創りだすことにより、自然選択における順応が促進されるのではないかと提唱した。この遺伝変異は終止コドン以外でも起き、[PSI+]の時にはin-frame lossが比較的高い確率で起こることも示されている。数理モデルを用いた研究に拠ると、[PSI+]はこの機能のために進化してきた可能性があるという。
Sup35pがプリオンの形で伝播することが、1994年にリード・ウィックナーによって示された。この理由から、Sup35pは活発に研究が行われている蛋白質である。酵母細胞がプリオン型のSup35pを有するとき、これがもたらす表現型を[PSI+]という。Sup35pは[PSI+]の細胞において、娘細胞に伝播可能なアミロイドの状態で存在する。これにより細胞内で可溶性で機能性のあるSup35pの量が減少し、ナンセンス抑圧（翻訳における終止コドンの読み飛ばし）が発生する。Sup35pの遺伝子は過剰発現時に、[PSI+]表現型の発生が誘導することが知られている。
Sup35pは、出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）で翻訳に用いられるポリペプチド鎖解離因子（eRF3）である。eRF1（酵母での名称はSup45）と共に翻訳終結複合体を形成する。この複合体はリボソームが終止コドンに達すると、合成されたばかりのポリペプチド鎖を認識して解離する。eRF1が終止コドンを認識するのに対し、eRF3はポリペプチド鎖の解離をGTP加水分解により助ける。Sup35pの機能が部分的に失われると、ナンセンス抑圧とよばれる現象が起こる。これは、終止コドンが読み飛ばされ、カルボキシル端側が異常に伸長した蛋白質の合成が起きる現象である。Sup35pの完全な機能喪失は致死である。
工業製品（自動車、製造機器など）を分解し、その内部構造や動作原理を探るリバースエンジニアリング自体は、原則的には「合法」行為であり、市販品などの秘密保持契約なしで合法的に入手できる製品・文献・情報について、リバースエンジニアリングを行うことに問題はない。ただし、解析行為によって得た中身そのものについての情報にもとづき、実装をそのまま真似したクローンを作って商業製品とすることには問題がある。従って、解析部門と開発部門を分ける「クリーンルーム手法」により、解析結果の「外側からの情報」だけを元に、再実装を行う。知的財産権の概念が広まるまではリバースエンジニアリングによるコピー品が公然と販売されていたが、次第に訴訟が起こされるようになり一部の設計を変更することで回避する手段が執られるようになった。ソフトウェア（コンピュータプログラム）は著作権の保護を受けるものとされている（日本の著作権法では第10条1項9号）。そのうえで、米国判例上はリバースエンジニアリングはフェアユースの保護の範囲であるとされているが、たとえば日本などにはフェアユースがない。日本ではリバースエンジニアリングは「違法」だと主張する向きもあったが、一例としては、中古ソフト撲滅運動など、BSAと並びプロプライエタリソフトウェア業界側の強硬な最右翼の一角であったACCSが、マルウェア被害などに対し（自分達がその攻撃の矢面に立たされ、手酷い被害を受けた結果として）マルウェアの解析が必要という現実を認識した結果、例えばアンチウイルスソフトを開発するためのコンピュータウイルスの解析を目的としたリバースエンジニアリングも違法となってしまう、といった見解を示すようになった。現在の日本法での扱いは、著作権の権利制限のひとつとしてリバースエンジニアリングの適法化が検討され答申が出ている、という段階である。特に、プロプライエタリソフトウェアに関しては、法ではなくライセンスあるいは契約の下で、逆アセンブルなどのリバースエンジニアリングでソースコードの抽出などを禁止する旨が書かれていることがほとんどだが、そのような条項は独占禁止法の見地からも問題があるとも言われている。バージョン管理システムのBitKeeperは当初開発会社の厚意によりオープンソースやフリーソフトウェアのプロジェクトであれば無償利用できたが、機能制約や商用ツールであることに対してコミュニティからは不満の声が上がった。さらにアンドリュー・トリジェルが無償版には提供されていない機能をフリーソフトウェアで開発したことが会社に発覚し、無償版の提供が停止された。移行先としてオープンソースのシステムであるGitが開発され大きなシェアを得ることとなった。