1980年代半ばからプロデューサーとしても活躍しており、ジョージ・ハリスン、リンゴ・スター、ポール・マッカートニー（共同プロデュース／以上、元ビートルズ）、デイヴ・エドモンズ、トム・ペティ、ロイ・オービソン、デル・シャノンなどを手掛けている。1988年から覆面スーパーバンドトラヴェリング・ウィルベリーズ（Traveling Wilburys）に在籍。ウィルベリーズでも、サウンド・プロデューサー的な役割を果たしていた。1995年から1996年にかけて発売されたビートルズのアンソロジー・プロジェクトでは、協同プロデューサーとして念願の「ビートルズとの共演」を果たした。
1990年代末、ジェフ・リンは新作に向け制作に着手する。2000年、独自のメンバー編成によるELO名義で再始動する。過去にベヴ・ベヴァンとバンド名使用の問題で協議した件があったが、ベヴが引退した時期と重なり、あまり問題視されなかった。旧メンバーからは、リチャード・タンディーが参加した。2001年、ELO名義として15年ぶりの12thアルバム『Zoom』を発表。活動自体は当年度のみの短期間で終了する。2012年、完全再録したコンピレーション『Mr. Blue Sky』をリリース。2013年に『Zoom』期のライブアルバムをリリースし、翌2014年から「Jeff Lynne's ELO」名義でライブ活動を再開。2015年、14年ぶりのスタジオアルバム『Alone In The Universe』を発表。2016年、2005年にリリースしたコンピレーション『All Over The World』が11年越しで、9thアルバム『Time』以来35年ぶりに全英1位を獲得。2017年、ジェフ・リン体制としては37年ぶりの北米ツアーを開催。ELOが『ロックの殿堂』入り。対象メンバーはジェフ・リン、ベヴ・ベヴァン、ロイ・ウッド、リチャード・タンディの4名が選出された。2019年、4年ぶりのスタジオアルバム『From Out Of Nowhere』を発表。
2000年に「ELO Part II」が解散した後も、所属メンバーのミック・カミンスキーやルイス・クラーク、ケリー・グロウカットらは、「The Orchestra」の名前で活動を継続する。2001年にはアルバム『NO REWIND』をリリース。その後もELO往年のヒット曲演奏を主体に、ライブ活動を続けている。2008年、ライブアルバム『The Orchestra Live』をリリース。2009年、「ELO Part II」からのデビュー20周年を記念したコンピレーションアルバム『Anthology - 20 Years and Counting...』をリリース。同年2月、ケリー・グロウカットが死去。
1988年、ベヴ・ベヴァンはELO再興を望み、ジェフ・リンやロイ・ウッドに打診。断られたベヴは単独で企画を進める。1989年、ニューヨークでジム・スタインマン プロデュースの下、ジョン・ペインをヴォーカルに据える予定で作品の制作を開始。当初はELO名義で活動しようとしたが、名称権利を有する一人のジェフは難色を示す。打開策として、Part IIを追加した「Electric Light Orchestra Part II」という名で合意した。しかしその間、スタインマンとの相違もあって計画が暗礁に乗り上げ、ジョン・ペインは正式加入前に離脱。プログレッシブ・ロックバンド「エイジア」の参加に向かう。プロデューサーも交代して再度仕切り直し、1stアルバム『ELECTRIC LIGHT ORCHESTRA PART TWO』がリリースされたのは、翌1990年であった。ELO全盛期の旧メンバーであるミック・カミンスキー、2ndアルバム『MOMENT OF TRUTH』からはルイス・クラークやケリー・グロウカットも参加するなど、オーケストラ・サウンドとロックバンドを合わせた、1970年代のELOサウンドの再現を目ざした。しかしジェフ・リン不在のELOは如何ともしがたく、アルバム・シングル共に新作が全米・全英でチャートインを記録する事はなかった。ライブでは往年のヒット曲を演奏し、オーストラリアやロシアで生オーケストラと共演したライブアルバムを発表している。1999年11月に最後のライブを開催し、翌2000年にバンドは解散。リーダー ベヴ・ベヴァンは引退した。後にベヴは復帰し、かつての母体「ザ・ムーブ」の再興を目指した。
史上最多の18回のゴールドグラブ賞に輝き、卓越した守備能力も特筆されるべき彼の特徴である。ただし走者に対するクイックや牽制などは、打者に対する投球術とは裏腹に、無関心と呼べるほど注意を払わない。これは「盗塁を許しても、点に結びつくケースは17%に過ぎない」（本人談）という統計的事実から来るものである（具体的な根拠はマダックス本人も話していないため、不明である）。しかし、盗塁に無関心な姿勢をイチローに利用されてしまったこともある。ブレーブス時代の2003年6月15日、マリナーズとのインターリーグのことである。初回に先頭のイチローに内野安打を許し二盗された後、悪送球で三塁へ進まれ味方のタイムリーで1点。3回の打席でも内野安打を許したあと二盗、三盗と連続で盗塁され内野ゴロの間に一点を取られ結果的に2-1でマダックスは敗戦投手となってしまった。試合後になって記者の「打ち取っていれば、たとえそれがヒットになっても、打たれたという気はしないものか？」という質問に対し、「あれで気分が良くなったと思うか？ 冗談じゃない！ そんな風に考えられるはずはないじゃないか」と返したという。ゴールドグラブ賞は監督やコーチの投票で選ばれるため、連続受賞選手の中には、守備力が落ちているのに名前やイメージで選ばれるケースが少なくない。しかし2007年のマダックスの補殺数はリーグトップの51で、40歳を過ぎても優れた守備力を誇っていたことの証明である。平均的な投手の補殺数は15から20程度と言われており、平均的な守備力しか持ち合わせていなければ2007年の防御率(4.14)は5点台であったと推測され、自身の投手成績に守備力は大きく影響している。