12回目の神々の争いにおいて、コスモスは自らを犠牲にしてでも戦士達を戦いの輪廻から解き放つため、自らの力をクリスタルとして戦士達に与える。一方、カオスに仕える者達は次元の扉と呼ばれる場所から戦士達に酷似した人形「イミテーション」を見つけそれを戦力に取りこむ。コスモスの戦士の一人ライトニングは、カオスの戦士ガーランドから「イミテーションに倒された戦士は復活する事が出来ず、完全に消滅してしまう」という事を告げられる。イミテーションの事をコスモスに聞くためにコスモスの元に戻ろうとしたライトニングだがその道中で仲間とはぐれ、さらにコスモスの戦士カインが他の戦士を倒している事を知る。単身コスモスの元に辿り着いたライトニングは、そこにいたウォーリア・オブ・ライトからカインと自身の真意、そして神々の戦いが繰り返されてきた事を知る。ウォーリア・オブ・ライトはこの戦いに敗北し、次の戦いに望みを託そうとしていた。カインがコスモスの戦士を倒していたのはイミテーションの犠牲になるのを防ぐためであった。だがライトニングは現時点での敗北を拒否し、イミテーションの発生元を叩いた上での敗北も次への希望となるとして戦いを続ける道を選ぶ。その場で合流したラグナ、ヴァン、ユウナも彼女に賛同し、ラグナが掴んでいた情報を元に次元の扉へと向かう。道中でカイン、そして彼に助けられたティファと合流したライトニング達は遂に次元の扉を見つけ出し、破壊に成功する。だが既にコスモスの元に向かっていたイミテーションの大群は、ウォーリア・オブ・ライトを退けコスモスの元へと迫っていた。コスモスは生存している戦士達を守るため、世界の安定のために使っていた力を解き放って自ら敗北を選ぶ。そして12回目の戦いは終わり、浄化を受けた戦士達は新たな戦いへと望む。だが神々の力の均等は崩れ、世界は混沌の力に飲みこまれていた。
幾多の時の間、繰り返されてきた調和の神コスモスと混沌の神カオスによる神々の争い。二対の神に召喚された戦士達は元いた世界の記憶を失い、自らを召喚した神に仕えて神々の争いに参戦しなければならない。そして勝敗が決まると戦士達は浄化と呼ばれる処置によって戦いの記憶を失い、そしてまた戦いは繰り返され、神々の争いは決して終わる事は無かった。
色による分類ではピンク系と赤系と緑系に大別される。ピンク系トマトの果実はピンク色を呈し、赤系トマトの果実は濃い赤やオレンジ色を呈する。日本ではピンク系トマト（‘桃’系）が生食用として広く人気を博し、赤系トマトはもっぱら加工用とされた。しかし近年になって赤系トマトには、抗酸化作用を持つとされる成分リコピンが多量に含まれていることから、利用が見直されている。その他に白、黄、緑色、褐色、複色で縞模様のものがある。果実にはゼリー状物質が満たされているが、一部の品種ではピーマンのように中空である。他に、実が細長いイタリアントマトや、実が極めて小ぶりで凹凸の少ないミニトマトがある。葉の形は、ニンジン葉（葉の切れ込みが特に深い）やジャガイモ葉（切れ込みが少なく、浅い）の葉を付ける品種では、トマトと気づかれない事も多い。世界では多くの品種が赤系トマトであるが、国産の品種は生食用として栽培されるものはピンク系のものが殆どであり、加工用品種、台木用品種やミニトマトに赤系のものが見られる。世界では、8,000種を超える品種があるとされ、日本では120種を超えるトマトが品種登録されている（農林水産省、2008年5月時点）。これは、野菜類の登録品種数の中でも、目立って多い。一方で一代雑種のF1品種は登録されないことが多く、桃太郎などの有名な品種の登録はない。世界には日本で流通しているピンク系トマトの桃太郎に代表される桃色、丸型のトマト以外のトマトが非常に多く、むしろ、桃色以外の品種の方が圧倒的に多い。これらの品種を栽培する愛好家が増えているようである。本来、皮の色が黄色いため果肉と合わさって赤色に見えるのが赤系トマト、皮が透明の場合は桃色系トマトとなる。他にも、黒、緑、白、オレンジ、黄色、2色混合などのカラーバリエーションがある。また、形も日本では見られない、プリーツと呼ばれるヒダが大きく入ったものが数多くあったり、トマトソースにするための細長い形の品種も各色揃ったりしている。これらの品種でトマトソースやジュースを作ると、何色もトマトソースを作ることが可能である。世界のトマトの味は、日本の大玉品種のように甘さに重点を置いたものばかりではない。旨味、香り、酸味、食感、見た目を楽しませてくれる品種が数多く存在する。また、これらの品種は固定種であり、自家採種可能であり、代々種を引き継いで育種することができる。果実の大きさによる分類では大玉トマト（200 g以上）、ミニトマト（20 - 30 g）、中玉（ミディ）トマト（前2者の中間）、に分類される。ただし、栽培方法によって果重は変化するため、品種とは関係ない分類である。もっとも、それぞれの果実の大きさに適した品種というものは存在し、例えばミニトマトに適した品種としてパキーノ地方原産のパキーノトマト（チェリートマト）も生産されている。マイクロトマトと称して流通しているのはSolanum pimpinellifoliumであり、Solanum lycopersicum（Lycopersicon esculentum）とは別種である。水を極力与えず高糖度化をはかると、大玉に適した品種であっても、果実が小さくなる。小さく甘みの強いフルーツトマトとは、高糖度化をはかったトマトのことであり、品種名を示すものではない。例えばフルーツトマトの代表的なものに高知県高知市一宮（いっく）地区の徳谷トマトがある。これは一宮地区の、特に徳谷地区の塩分を含む土壌で、あえて成長を遅く、実が小ぶりになるように栽培し、糖度を高めたものを指す。つまり地域と栽培法に由来する命名であり、特定のトマトの品種を指しての命名ではない。この地区で糖度が高くなるように栽培されたトマトは、品種に関係無く全てが徳谷トマトとなる。また、塩トマトは、熊本県八代地域の干拓地など塩分の多い土壌で育成されたトマトのうち、特別に糖度が高いものを指す。品種は主に「桃太郎」であるが、特に品種が指定されている訳ではない。