1945年1月23日、ガヴィナは5回目の哨戒でパンパニト (USS Pampanito, SS-383) 、ベクーナ (USS Becuna, SS-319) 、ブレニー (USS Blenny, SS-324) とウルフパックを構成し南シナ海に向かった。2月6日、ガヴィナはパンパニトの報告で近辺に獲物があることを知り、予想進路上で待機した。翌2月7日、ガヴィナは北緯06度58分 東経106度08分の地点で南号作戦のヒ88D船団が北上してくるのを発見し、4時54分ごろに魚雷を6本発射してタンカー大暁丸（大阪商船、6,892トン）に3本を命中させ大暁丸を撃沈し、その他「4,000トン級輸送船を撃破した」と判定された。同じ日の夜には北緯06度33分 東経104度31分の地点で護衛艦に向けて魚雷を1本だけ発射したが、回避された。翌日ガヴィナはパンパニトに、返礼代わりに獲物があることを知らせ、パンパニトはこれによって輸送船永福丸（日本郵船、3,520トン）を撃沈することができた。ガヴィナ自身は2月20日朝に北緯11度55分 東経109度20分のインドシナ半島パダラン岬沖で、これも南号作戦参加船団であるヒ90船団を発見。魚雷を4本発射し、タンカー永洋丸（日本油槽船、8,673トン）の右舷側に命中させてこれを撃沈したが、直後から7時間にわたって、哨戒機と護衛艦に98発もの爆雷や対潜爆弾を投下され、ガヴィナは深度40メートルの海底でじっとしてる他はなかった。しかし、幸運にも大きな被害を受けなかった。3月5日、ガヴィナは42日間の行動を終えてスービック湾に帰投した。3月21日、ガヴィナは6回目の哨戒でロック (USS Rock, SS-274) およびコビア (USS Cobia, SS-245) 、ブレニーとウルフパックを構成し南シナ海に向かった。このころには哨戒海域に日本の船舶の姿はほとんどなく、3月27日に北緯11度33分 東経109度10分の地点で遠方に輸送船団を発見したのと、4月5日に北緯10度26分 東経110度42分の地点で病院船高砂丸（大阪商船、9,315トン）を発見したぐらいだった。ほかに、3月28日にB-25の乗員5名を救助した。しかし、この哨戒での攻撃の機会は一度もなかった。5月8日、ガヴィナは48日間の行動を終えて真珠湾に帰投。ガヴィナは西海岸に回航されてオーバーホールに入った。オーバーホール終了後、8月6日に真珠湾に向かったが、途中で終戦を迎えて引き返し、メア・アイランド海軍造船所にて現役のまま保管された。
6月20日、ガヴィナは2回目の哨戒でパラオ方面に向かった。7月3日13時24分ごろ、ガヴィナは北緯08度02分 東経131度36分の地点でセパ01船団を発見する。駆潜艇2隻と海防艦2隻を伴った輸送船多摩丸（日本郵船、3,052トン）で構成されたセパ01船団に対し、ガヴィナは攻撃可能位置に入るため追跡を行い、翌7月4日3時48分に北緯07度50分 東経133度40分のパラオ西水道入口140キロ地点にいたったところで魚雷を4本発射。このうち1本が多摩丸の左舷側に命中し、多摩丸は3時59分に沈没した。ガヴィナは攻撃後に3時間潜航を続け、18発の爆雷および8発の対潜爆弾を投じられたが全て回避した。6時43分に浮上して改めて戦果を確認した。この前後、ガヴィナは7月2日から21日までヤップ島近海で救助任務に従事し、撃墜されたB-25パイロットを12名救助し、マヌス島ゼーアドラー湾でパイロットを降ろした。7月31日、ガヴィナは42日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。
8月8日、アルゴノートは2回目の哨戒でギルバート諸島方面に向かった。8月に入り、ソロモン諸島方面ではアメリカ軍がガダルカナル島上陸を手始めに本格反攻作戦に入ったので、その目そらしとして防備が手薄なギルバート諸島への奇襲が立案された。作戦は太平洋艦隊司令長官チェスター・ニミッツ大将からアルゴノートおよびノーチラスに対して命じられ、アルゴノートとノーチラスはマキン環礁に222名の海兵隊を奇襲上陸させることとなった。2隻の潜水艦には第2襲撃大隊、A中隊およびB中隊を乗艦させ、アルゴノートには部隊指揮官エヴァンズ・F・カールソン海兵中佐が、ノーチラスには奇襲作戦指揮官ジョン・M・ヘインズ海軍中佐がそれぞれ乗り込んでマキン島に向かった。航海は厳しく、ほとんどの海兵隊員が船酔いした。ノーチラスが8月16日早朝にマキン環礁沖の会合点に到着したのに続いて、アルゴノートも夜に会合点に到着し、8月17日3時30分、海兵隊は16隻のゴムボートに分乗して上陸を開始した。彼らのゴムボートは水浸しとなり、ほとんどの船外機が沈んでしまった。海兵隊は日本軍の背後に上陸する予定だったものが、多くは正面に上陸してしまった。それでも日本軍は約70名と少数かつ無警戒であったため、かろうじてカールソン隊は日本軍の反撃を撃退することができた。カールソン海兵中佐は航空機の飛来と住民情報で日本の増援部隊がやってくると判断して17日中の撤退を開始。しかし、荒天と隊員の疲労で撤退はままならず、7隻のゴムボートおよび100名弱の隊員がアルゴノートとノーチラスにたどり着いただけであり、アルゴノートとノーチラスは島の隊員に激励の信号を送るのみであった。島に残ったカールソン海兵中佐は状況に観念して、一時降伏の用意をする珍事もあったが、8月18日の真夜中までに日本軍守備隊がすでに壊滅していることが判明した。安心したカールソン隊は島内の無線局や燃料、その他の物資を破壊し、作戦目的の一つである重要資料の捜索をしたが大きな成果は得られなかった。日本軍の目をそらす狙いも失敗に終わった。部隊の戦死者・行方不明者は30名だった。はぐれた9名の隊員を除く隊員は残存のゴムボートを使ってマキン環礁を脱出し、アルゴノートとノーチラスに収容された。8月26日、アルゴノートは18日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。アルゴノートは9月3日から9日までオーシャン島に対する特別任務に従事し、その後は11月13日まで整備が行われた。9月22日、アルゴノートは APS-1 （輸送潜水艦）へ艦種変更される。アルゴノートは公式には SS-166 の船体番号を与えられなかった。しかしその船体番号はアルゴノートの栄誉をたたえて他の艦に使われなかった。11月24日、アルゴノートは真珠湾を出港。その道中でミリ環礁とオーシャン島の偵察を行い、オーシャン島に対しては偵察の後で6インチ砲による艦砲射撃を行った。12月9日、アルゴノートはエスピリトゥサント島に入港した。