前作同様戦闘は1対1の対戦でブレイブ攻撃でブレイブを奪い合い、HP攻撃でブレイブを消費してダメージを与え、相手のHPを0にすれば勝利となる。本作のバトルシステムは前作のシステムを踏まえつつも本作用に一新されたシステムとして作成されており、前作から存在したEXモードに加えて新たに「EXモードと対となるシステム」としてアシストシステムが導入されている。これはアシストゲージを消費して他のキャラクターをアシストキャラとして呼び出して援護してもらうシステムであり、アシストキャラは呼び出された後、特定の攻撃を行って帰還する。アシストゲージは空振りでもいいので攻撃を行うと溜まるが、時間の経過で減っていく。また、EXモードになる事で相手のアシストゲージを一気に空にする事が出来る。アシストゲージは二本に分かれており、通常時に一本のみ使うとブレイブ攻撃を、二本同時に使うとHP攻撃を行う。ストーリーモード以外ではアシストキャラは変更可能だが攻撃技の変更は不可能である。アシストキャラの攻撃は連携に組み込めるように調整されており、アシストキャラを用いた連携には通常では攻撃を受けない激突状態の敵にも激突させた直後にアシストキャラを呼び出すかアシストキャラの攻撃で敵を地面や壁に叩き付けた際にはもう一方の攻撃を当てる事が出来る激突連携と追撃の追加効果を持ったアシストキャラの攻撃を当てた場合に発動できるプレイヤーが即座に敵の背面に回り込む追撃連携の二種類がある。また、アシストキャラの攻撃がEXモード中の相手に当たった場合は「EXブレイク」が発動しマップブレイブを全て得たうえ相手のEXモードを強制終了させる。アシストキャラが攻撃を行う前に敵の攻撃を受けたりアシストキャラの攻撃をガードされると「アシストロック」が発動し、しばらくの間アシストキャラの召喚やゲージのチャージが行えなくなる。EXモード時にアシストロックを行った場合は「アシストブレイク」となりマップブレイブを全て得た上でアシストロックを行う。また、連続攻撃を受けている最中にアシストキャラを召喚するとアシストキャラが身代わりとなって攻撃を受ける。EXゲージの新たな活用法として「EXリベンジ」がある。これは敵の攻撃を受けている最中にRボタンと□ボタンを同時に押すことで発動し敵の攻撃を弾き返し、さらに時間経過を遅くして反撃する事が可能になるシステムである。前作でも攻撃を受けている最中にEXモードに突入すれば攻撃を弾くことが出来たが、それとは異なりEXゲージが空になるためEXモードにはなれない。また、EXリベンジを受けた際にもアシストキャラを身代わりにする事は可能。これらのシステムは「今作のバトルを支える柱になる様々な面で対となる二つのシステム」として製作されており、「どちらを主軸にするかを意識しないとゲージが溜まらない様にしてEXとアシストの対立をより明確にするため」に本作ではEXゲージの上昇量が前作の半分程度まで減少している。また本作では追撃を行うと行った側のキャラクターはマップ上のEXフォースをすべて吸収する事が出来るがこれは「激突はアシストに、追撃はEXに有効」という意図が組み込まれているためである。さらに戦術に幅を持たせるためにダッシュアビリティも多数追加され、読み合いの要素を強くするために追撃のモーションも早くなっているがスタッフの間ではこれが本来の追撃のイメージだったとの事。また、本作ではプレイヤーが独自に戦闘時のオリジナルルールを作成し、ダメージの受ける量や吹き飛ばされる距離等を独自に設定する事が出来るようになっている。ストーリーモードではオリジナルルールはひずみによって有効な場合と無効な場合とがある。上記の変更以外にも様々な点が細かな部分で異なっている。
この当時、江川事件に加え、松沼博久・雅之兄弟を巡る争奪戦など、読売ジャイアンツと西武ライオンズの球団間の争いは多岐に渡り、最終的に親会社である読売グループと西武鉄道グループ（現：西武グループ）の遺恨にまで発展した。読売新聞・報知新聞、日本テレビ（日テレ）は西武鉄道グループ・西武流通グループ（後の西武セゾングループ→セゾングループ。2001年に実質的に消滅）の広告・CMを締め出し、逆に西武鉄道も駅構内ポスター・車内吊り広告から読売グループの広告を締め出している。更にこの遺恨はプロ野球中継にも波及し、新生ライオンズの西武球場における中継では、日テレは1979年5月19日に対阪急戦をデーゲームを中継しているが（解説：中村稔）、それ以降は一部年度での散発的なものにとどまった。また同時期に開局し当時から同球団と密接な関係にある地元局・テレビ埼玉（テレ玉）からは当時先発の首都圏独立UHF3局（tvk・チバテレビ・群馬テレビ）で実施していた日テレ制作の後楽園における巨人主催試合のトップ&リレーナイターのネットワークを開局直後の1979年に受けただけで翌年から打ち切る事態にまで発展した。ただし、前述の通り一部年度には日テレもデーゲームを散発的に放送したほか、その後も読売テレビ制作の近鉄・南海主催の対西武のデーゲームを、日テレがネットしなかった際にテレ玉が代わってネット受けすることがあった。なお、1991年に当時の読売の最高実力者だった務臺光雄が亡くなってからはこの遺恨も自然消滅、以降、堤義明と古くから親密である渡邉恒雄が読売の実力者となってからは両グループの関係は修復された。修復後の1996年オフ、巨人入団を熱望していた西武の清原和博内野手がFA宣言した際、堤から渡邉に直々に、「清原を獲ってやってほしい」という旨の連絡を入れている。日テレも、松坂大輔投手の登板した試合を巨人戦と二元中継したほか、2001年にBS日テレで1試合放送された。また、ビジターの地元系列局向けの中継を読売テレビ（対阪神）と福岡放送（対ソフトバンク）が制作している。また、2006年には堤の異母兄で、セゾングループの創業者かつ事件当時は西武鉄道の重役でもあった堤清二が日テレ（当時、現：日本テレビホールディングス）の社外取締役に就任していた。2013年11月に死去するまで務めた。江川のアメリカ留学中は三菱商事の現地駐在員が後見人を務めており、入団交渉しようとして門前払いされた西武は三菱商事本社に掛け合ったところ、「社員個人のプライベートには干渉できない」という対応をされたが、これに西武グループ代表者であった堤義明が激怒し、当時西武バスなど、西武鉄道グループ各社のバスが三菱自動車（当時、現：三菱ふそうトラック・バス）製であったものを、1979年度の導入分よりほぼ全車両を日産ディーゼル工業（当時、現：UDトラックス）に変更させ、西武百貨店でも三菱関連商品を全て撤去した。その際、日産ディーゼル工業製の車両に決めた理由は、同社が球団の後援企業だったためである（大宮駅発着のライオンズ観戦バスの車内広告下部には日産ディーゼル工業の広告が入っていたほか、車体の広告にも日産ディーゼル工業のものが存在した）。その後西武バスは並行していすゞ自動車製の車両も導入したため、途中からは日産ディーゼル工業製のみの導入ではなくなった。なお、西武バスとそのグループでは堤失脚後の2010年にUDトラックスでのバス製造終了を受け、三菱ふそうトラック・バス製造の車両の導入を再開している（ただし、引き続いていすゞ自動車製の車両も並行して導入している）。当時宮内巌球団社長に会い、自分の周囲の人間の顔を潰すため入団できないと説明している。また、宮内が球団や堤に対して江川に会って断られたのか、会わせてもらえなかったと言ったのかは分からないという。