戦争の初めの1年間で、ヤマシー族は殺されたり奴隷にされたりして、その人口の約4分の1を失った。残った者は、17世紀に本拠地としていた南のアルタマハ川へ移動した。しかし、そこでも安全とは言えず、間もなく逃亡を始めた。ヤマシー族は部族として常に多民族の混交であり、戦争後は幾つかの派に分かれていった。残った者の3分の1はローワー・クリーク族の所に定住することを選び、結果的にクリーク族同盟の一部となった。残りの大半はアパラチコラ族の避難民と合流し、1715年夏にフロリダのセントオーガスティンの近くに移住した。サウスカロライナとヤマシー族個々に和平の試みが何度か行われたが、紛争状態はその後何十年も続いた。スペイン領フロリダのヤマシー族はその内に病気や他の原因で勢力を弱めた。残った者はセミノール・インディアンの一部となった。ヤマシー戦争後は、様々な原始クリーク族、マスコギ語族が結びつきを強めた。オーチェス・クリーク族がアパラチコラ族、アパラチー族、ヤマシー族やその他の残存勢力と一緒になって、チャタフーチー川の辺りを再占領した。これはヨーロッパ人にとっては、新しいインディアンの特定を必要とし、また新しい名称も必要となった。スペイン人にとっては、それは17世紀の「アパラチコラ植民地」の再生であった。イギリス人には、ローワー・クリークという呼び方が一般になった。カトーバ族は北部のいわゆるピードモント諸族の残党を多く吸収した。チェロー族、コンガリー族、サンティー族、ピーディ族、ワックスホー族、ウォーターリー族、ワッカモー族、およびウィニャー族などである。これら部族はその後も比較的独立した形に留まってはいた。タスカローラ族が北のイロコイ族に加わることで去った後は、ヤマシー戦争の中から生まれたカトーバ同盟がピードモント地区で最も強力なインディアンとなった。1716年、カトーバ族がサウスカロライナと和平を結んだ1年後、サンティー族やワックスホー族が数名の開拓者を殺した。サウスカロライナ政府はカトーバ族に、「彼らを襲って撲滅する」ことを求め、カトーバ族は実行した。生き残ったサンティー族とワックスホー族の者は奴隷にされるか「養子」にされるかで、カトーバ族に吸収された。チェロー族はその後も敵対的な姿勢を続けた。
ヤマシー戦争は、その後数年掛かって植民地領主を放擲することになった。1720年代に領主の植民地から王室の植民地（イギリスが国として経営する植民地）への移行が進められた。これには9年間を要したが、1729年、サウスカロライナとノースカロライナは公式に王室の植民地となった。サウスカロライナはヤマシー戦争の前から領主の植民地経営に不満を持っていたが、1715年の戦争の初めの段階で一度その転換要求が萎み、その後にまた大きくなっていた。ヤマシー戦争はジョージアの植民地設立にも影響した。ジョージア植民地設立には他の要因もあるが、ヤマシー族の撤退なくしてそれは有り得なかった。ヤマシー族の少数ながら残存した者がジョージアでヤマクロー族となった。ジェイムズ・オグルソープはジョージアの首都としてサバンナを建設する場所を得るためにヤマクロー族と交渉した。
この戦争には、多くのインディアン部族がその関わり方も様々に変化しながら関わったので、はっきりした終戦というものがない。ある見方では主要な危機は1,2ヶ月の間に終わったという。カロライナ植民地領主は決定的な危機は最初の数週間だったと信じていた。戦争を終わらせたのは1716年初めのチェロキー族との同盟締結時点だったと言うものもいる。1717年遅くにクリーク族やその他のマスコギ語族と平和条約が結ばれた。しかし、ある部族は和平に同意せず、武装を続けた。ヤマシー族とアパラチコラ族は南部に移住したが1720年代になってもサウスカロライナの開拓地を襲うことを止めなかった。辺境の安全確保が課題として残された。
年頭のハイネケン・オープンで優勝。全豪オープンでは第8シードに選ばれ準々決勝まで進出するが、第2シードのロジャー・フェデラーに3-6, 0-6, 0-6と完敗した。全仏オープンでは、4大大会で初めての準決勝に進出し再びフェデラーと対戦。完敗した全豪オープンとは異なり、6-3, 6-7, 6-2, 1-6, 4-6のフルセットの激戦にて惜敗。王者フェデラーとの実力差は接近しており、次回を期待される一戦となった。8月のレッグ・メーソン・テニス・クラシック大会で優勝し、この大会2連覇を達成。続くカナダ・マスターズ大会ではマスターズの大会で初めて決勝に進出するが、アンディ・マリーに7-6, 6-7, 1-6でフルセットで敗退した。この時の疲労が大きかったため、続くシンシナティ・マスターズは欠場した。その後に開催された 全米オープンでは順調に勝ち進み、準決勝でラファエル・ナダルを6-2, 6-2, 6-2で下し、グランドスラム大会で初めての決勝に進出する。決勝戦の対戦相手は全米オープン6連覇を狙うフェデラーであった。試合はフルセットに及び、3-6, 7-6(5), 4-6, 7-6(4), 6-2のスコアで、それまで6連敗していたフェデラーに対して初勝利し、見事、優勝を手にした。デルポトロは同じグランドスラムの大会でフェデラーとナダルの両方に勝利した最初の選手となり、20歳11か月での優勝は史上5番目に若く、アルゼンチン男子選手としては1977年のギリェルモ・ビラス以来32年ぶりの全米優勝者となった。また前年に続き出場した ATPワールドツアー・ファイナルでは、ラウンドロビンを突破し、準決勝でロビン・セーデリングを6–7(1), 6–3, 7–6(3)で下し決勝に進出。決勝戦ではニコライ・ダビデンコに3–6, 4–6で敗れ準優勝となった。2009年は、2005年以降4年に渡って時代を代表してきたフェデラー/ナダル2強に対して、次世代No.1を目指す若手選手達(2008年全豪オープン優勝 ジョコビッチ、2009年全仏オープン準優勝 セーデリング、2009年全米オープン優勝デルポトロ、2009年最終戦優勝 ダビデンコ、2008年全米オープン準優勝マリー)が台頭、競り始めた年であるが、当時デルポトロは、この若手の中で最も実績をあげ、 ジョコビッチ/マリー以上に期待された年となった。