2008年9月22日晩から23日明け方にかけて東京都の妊婦の容体が急変し、受け入れ先が見つからなかった事件に関連して、経済産業大臣として、「政治の立場で申し上げるなら、何よりも医者のモラルの問題だと思いますよ。忙しいだの、人が足りないだのというのは言い訳にすぎない」という見解を表明した。
グリーンピア南紀（和歌山県）の跡地開発をめぐり、所有する那智勝浦町に中華人民共和国のリゾート会社「香港BOAO」を紹介したのは、地元政界に強い影響力を持つ二階だと報じられている。跡地は賃貸後の2015年に無料で業者へ譲渡されるという異例の契約となっており、地元で批判が高まっている。グリーンピア跡地の大半が公募で請負先を決めている中では異例だった。その後、資金難を理由に開発計画を先延ばしをしようとしたペーパーカンパニーとも報じられた香港BOAOに対し、那智勝浦町議会は債務不履行を理由に契約解除を決めた。だが、違約金などで長引く可能性があり、そもそもこのような会社を紹介し、圧力をかけた二階に対する疑問の声は地元ですら多いという。香港BOAO側も那智勝浦町長も二階に紹介を受けたと証言しており、自分は関係ないとする二階の態度に疑問がもたれている。
選択的夫婦別姓制度導入の是非について、2014年の調査で「どちらとも言えない」と回答していたが、2017年の調査ではどちらかと言えば賛成、としている。
他国に比べ整備率の低い核シェルターの必要性を安全保障面から訴えており、2017年12月には国土強靭化推進本部で「国民の生命をあらゆる角度から守っていくことが最大の責務」と述べて地下シェルター建設の検討を本格検討した。
野党時代の自民党で設立された国土強靱化総合調査会（現・国土強靭化推進本部）の会長を2011年10月の発足当初から務めて民主党政権の掲げた「コンクリートから人へ」に対して「コンクリートが人を守った」と反論してるように党内でも代表的な積極財政論者とされている。ある政府関係者は、「二階氏はスピードとボリュームのある財政出動で、デフレ脱却を目指している」と評している。2016年、安倍晋三首相は翌年4月に予定していた消費税率10%への引き上げの延期を表明したが、二階は早い段階から増税を延期するように首相に求めていた。2017年8月に、当選2回の衆院議員29人による「日本の未来を考える勉強会」から消費増税凍結を求める提言書を渡された際は、二階は「どんどん発信してほしい」と歓迎した。拙速な基礎的財政収支（プライマリーバランス）の黒字化には、「そもそもの財政規律目標である『債務残高の対国内総生産（GDP）比の改善』の障害だ」として反対の立場を取り、日本経済復活の会の会長小野盛司は「正論」と評価している。
2008年8月28日、民主党議員らが改革クラブ（現：新党改革）を旗揚げしたが、以前より二階が切り崩し工作を行ったことが功を奏したとする報道もある。
2006年10月9日に北朝鮮が核実験を行ったが、二階はあらかじめ6日に「週末に北朝鮮が核実験をもしも行ったら、世界で唯一の被爆国である日本は、強い抗議声明を国民総意として世界に発信しなければならない。そのためには、与野党の国会対策責任者がその準備をしておかねばならない。土日祝日だからといって危機管理の対応が疎かになってはならん。いざという時には休日であっても集まって、本会議を開く準備をしておこう!!」と各党の国対委員長のもとに出向き頭を下げて要請していた。その結果、翌10月10日に核実験への非難決議を全会一致で採択させることができたという。
馳浩によると、「その人脈と調整力と勝負カンの鋭さと気配りは、衆目の一致するところ」であるという。同じく馳によると、2005年の郵政国会では、民主党の筆頭理事（＝中井洽）の弱みを利用し、中井の顔を立てる形で採決に協力させた。
北朝鮮による拉致問題等に関する特別委員会は、衆議院と参議院に置かれている特別委員会である。北朝鮮による拉致問題等に関する特別委員会が国会に最初に置かれたのは、衆議院が2004年11月30日（第161回国会　2004年10月12日召集）、参議院が2004年6月2日（第159回国会 2004年1月19日召集）である。現在まですべての国会で設置されている。北朝鮮による拉致問題等に関する特別委員会は、北朝鮮による拉致等に関する諸問題を調査し、その対策樹立を目的に設置されている。委員の選任は、すべて議長の指名によって行われる（衆議院規則37条・参議院規則30条1項）。実際には、各議院運営委員会において、各会派の議席数に応じて各委員会の委員の員数も配分され、個別の人事は配分された員数の範囲内で各会派によって行われる。委員長は、委員の互選（国会法45条）で選任されると定められているが、投票によらないで動議によって選出されることがほとんどである。委員長の選挙は年長者が主催することになっている（衆議院規則101条・参議院規則80条）。事前に各会派間で協議された特別委員長各会派割当てと会派申出の候補者に基づいておこなわれる。なお、委員長に事故があった場合は理事が職務を行うことになっている（衆議院規則38条2項・参議院規則31条3項）。理事の選任は委員の互選（衆議院規則38条1項・参議院規則31条）となっているが、委員会設置以来すべて委員長の指名により行われている。理事の員数および各会派割当ては議院運営委員会で決定した基準により、選挙など会派の構成が大きく変わった際に見直される。