681年（新羅神文王元年）に義湘が創建した。最初は高雲寺だったが、新羅時代末期、駕雲楼と雨華楼をつくった崔致遠の号である孤雲にちなみ、孤雲寺に改名した。高麗時代の930年（太祖13年）、雲住禅師が重修した。李氏朝鮮の時代、太宗による1407年（太宗7年）の仏教弾圧の際、存続を許された88寺院の中に孤雲寺の名前はなく、廃寺になったようである。 世宗による1424年（世宗6年）の仏教弾圧の際も、存続を許された36寺院の中に名前はなく、引き続き廃寺のままだったようである（朝鮮の仏教#李氏朝鮮時代の仏教弾圧）。1668年（顕宗9年）、克成・勝黙・徳宗によって重修された。1803年（純祖3年）の火災のあと、翌年に住持文察が重創を行った。1835年（憲宗元年）の火災のあと、大雄殿や金堂を再建した。現在の建物は1835年に再建されたものである。日本統治時代の1911年、寺刹令施行規則（7月8日付）によって、朝鮮三十本山に指定された（1924年以降は朝鮮三十一本山）。
本殿は大正6年（1917年）の造替にかかる桁行3間の銅板葺屋根の隠岐造で、海士町の有形文化財に指定されている。他に幣殿や拝殿などがある。なお、現本殿の間数は2間半四方であるが、明治初年の『神社取調帳』では3間四方となっており、かつては隠岐国一宮である水若酢神社や惣社である玉若酢命神社の本殿と同規模、もしくはそれ以上の規模であった。
村尾氏が社家として継承している。同氏がいつから勤めるようになったかは不明であるが、社殿造営などの棟札から少なくとも近世以降は継承されており、嘉吉2年の安堵状に「宇津賀左衛門尉」と見える宇津賀氏が、後に村尾を氏名としたものと見られている。
天保4年（1833年）の『隠州風土記』によると、例祭は6月11日で、他に御座替神事（9月29日）、御座入神事（10月29日）等の記載があるが、太陽暦施行後は例祭日を7月11日に改めている。また、御座替、御座入の両神事は断絶し、その記録も残されていないというが、御座替神事は島根県松江市の佐太神社のものが著名で、同神社では現在も神座の茣蓙を敷き替える神事として行われている。御座入神事は、現在も島後の神社では行われており、それは旧10月のいわゆる神在祭に参加して還御した神々に暖かく休んでもらうために、社殿の側面を茣蓙で覆うものであるという。この島後と出雲それぞれで行われるものと同じ名の神事が当神社で行われていたことは、両神事の意義を考察する上で貴重なものである。
宇受賀命（うずかのみこと）を祀る。「宇須賀宮」や「宇津賀大明神」などと称され、一貫してこの地の守護神として祀られて来た他地に見えない当神社独自の神である。神名は鎮座地「宇受賀」とも関係するものであろうが、語義不明。なお、元禄16年（1703年）の『島前村々神名記』には、祭神を「倉稲魂命（うかのみたまのみこと）」と記してあるが、これは「記紀」に載せる神名に付会させたものであろう。
日本市場の日本車においては、米国のような秋季を起点としたモデルイヤー制度は一般的ではなく、自動車検査証の記載事項の一つである和暦ベースの初度登録年月を直接引用した年式と呼ばれる表記が行われる事が多い。例えば、初度登録年月が平成3年4月の場合には、平成3年式若しくは1991年式と呼ばれることになる。なお、天皇の崩御に伴う改元が行われた年の場合には、初度登録年月の状況に応じて二つの和暦年式が混在する場合もある。近年では昭和天皇が崩御した1989年に初度登録された自動車の場合、1月1日から1月7日までに登録された車台番号のもの（実際は官庁御用始めの1月4日から7日の3日間のみしか機会がなかった）は昭和64年式となり、それ以降のものは平成元年式となるが、西暦ベースではどちらも1989年式となっていた。平成は天皇(上皇明仁)の譲位(生前退位)に伴い、2019年（平成31年）4月30日を以て令和に改元され、2019年式についても1月1日から4月30日までに初度登録される平成31年式と、5月1日以降に登録される令和元年式の二つの和暦年式が混在する事になる。明治天皇が崩御した1912年は、大正天皇の即位に伴い皇室御料車として僅かな数の自動車が日本自動車を通じて輸入された程度で、まだ日本国内に自動車自体が極僅かな数しか存在しておらず、自動車行政もナンバープレートをはじめ、まだ自家用自動車の登場を想定した法整備が十分に成されていなかったため、1912年式を巡る当時の状況については不明な点が多い。大正天皇が崩御した1926年は、ゼネラルモーターズのノックダウン生産を行う日本ゼネラル・モータース、日産自動車の前身であるダット自動車製造、前年にはフォード・モーターのノックダウン生産を行う日本フォードといった企業が日本国内に相次いで発足したばかりで、実際に日本国内で製造・組み立てられた車両(日本車)はまだあまり多くはなかった。しかし、輸入車を中心に僅かながら現存している1926年式の車両は、大正15年式とされるものや、昭和元年式とされるものが各種存在しているため、当時も現在と同じ登録日により年式の和暦表記が分かれる規定が存在していたものとみられる。