ピッグス湾事件の7カ月後の1961年11月、ケネディは軍事作戦とは別に隠密作戦の検討を始め、その特別グループを編成した。そしてカストロ打倒計画を立てる中心人物としてエドワード・ランスデール空軍少将 を作戦立案者に指名し、政権の総力を挙げてカストロ政権打倒を目指す「マングース作戦」（Operation MONGOOSE）を極秘裏に開始した。ただし軍事訓練を施した亡命キューバ人をキューバ本土に派遣して破壊活動を実施させ、再度のキューバ侵攻作戦の計画立案を進めたのではなく、ランズデールが国防総省で検討を加えたのは破壊工作・経済的妨害・心理戦などからなる計画で隠密行動が主であり、その中にはカストロ暗殺計画もあり、1962年10月までにカストロ政権を転覆させるというものであった。今日、ケネディ政権がどこまで本気でこのマングース作戦を実行するつもりであったかは不明である。アメリカ軍によるキューバ侵攻作戦という大がかりな計画ではなく隠密にカストロを暗殺するものであったという見解と、一方では当時CIAはすでにカストロ体制が予想以上に強く隠密作戦だけで体制を転覆させられると考える者はなく、大規模な軍事行動が必要であるとの考えから軍事作戦の基本計画を練っていたという見解がある。「マングース作戦」は徐々に速度を上げて進捗し、キューバでミサイル基地が発見された時の1962年10月15日にも作戦が予定されていたが急遽中止となった。それは奇しくもキューバへのミサイル配備計画とほとんど時期を一にするものであった。
ピッグズ湾事件から2カ月の6月3～4日にオーストリアの首都ウイーンで、ケネディ大統領とフルシチョフ首相は最初で最後の首脳会談に臨んだ。この会談でケネディが持論であった大国同士の『誤算』が戦争を引き起こすことについて話すと、フルシチョフはキューバ問題について「バチスタを支持したことがキューバ国民の怒りがアメリカに向かっている理由です。キューバ上陸作戦はキューバの革命勢力とカストロの地位を強めただけである。わずか600万人のキューバがアメリカにとって脅威ですか？アメリカは他国の国内問題に介入する先例を作ってしまった。この状況は誤算を引き起こすことになる」と語り、ケネディはキューバの状況に関して判断ミスがありピッグス湾事件は誤りであったことを認め、両者は『誤算を生む可能性を排除すること』に同意した。この時、ケネディは「私は政策判断をする場合に、ソ連が次に世界でどう動くかに基づいて下さなければならない。これはあなたがアメリカの動きに関して判断しなければならない場合と同様である。故にこの会談をこれらの判断により大きな正確さをもたらすのに役立つものとしたい」とフルシチョフに語り、そしてフルシチョフは「危険はアメリカが革命の原因を誤解した時にのみ起こるものだ」と切り返した。
同年4月には早くもソ連のタンカーがキューバの港に到着し、さらに6月には、キューバ政府によりユナイテッド・フルーツやチェース・マンハッタン銀行、ファースト・ナショナル・シティ銀行をはじめとするアメリカ合衆国の政府や企業、国民が所有する全てのキューバ国内の資産の完全国有化を開始するとともに、穏健的なルフォ・ロペス大蔵大臣の更迭（その後アメリカに亡命）など、キューバとアメリカの対立は決定的なものとなった。さらに9月にアメリカ政府は、アメリカ国内にあるすべてのキューバ資産を差し押さえるとともに、キューバに経済および軍事援助を行った国に対する制裁を規定する法案を可決した。同月下旬にカストロは自ら国連本部で開催される国連総会に出席すべくニューヨーク市を訪問したものの、これに対してアメリカ政府はキューバ代表団のマンハッタン島外への外出を禁止し、さらに宿泊予定のシェルボーン・ホテルはキューバ代表団に対して膨大な額の「補償金」の支払いを要求するなど、嫌がらせともいえるような対応を取った。なおその後ハーレムにある安ホテルに移動したカストロは、ホテルを訪問したフルシチョフやガマール・アブドゥル＝ナーセル、マルコムXなどと会談し、さらに26日には国連総会において4時間29分に渡る長時間の演説を行いキューバ革命の意義を自画自賛するとともにアメリカを非難した。アイゼンハワー政権は更なる対抗策としてキューバの最大の産業である砂糖の輸入停止措置を取る形で禁輸措置に踏み切り、1961年1月3日にはキューバに対して国交断絶を通告した。この間、大量のキューバからの避難民がフロリダ州マイアミに集まり、その数は10万人に達した。
ポツダム緊急勅令と同日に制定された昭和二十年勅令第五百四十二号（「ポツダム」宣言ノ受諾ニ伴ヒ発スル命令ニ関スル件）施行ニ関スル件（昭和20年勅令第543号）によれば、その形式は勅令（いわゆるポツダム勅令）・閣令・省令の3種とされ、連合国司令官の要求事項に係る指令に必要な場合は懲役・禁錮・罰金などの罰則を課すとしている。昭和22年（1947年）5月3日の日本国憲法施行以後は政令（いわゆるポツダム政令）・総理府令・法務府令と省令の形式に変更された。なお閣令・省令については、昭和20年9月22日の閣議了解「昭和二十年勅令第五百四十二号（「ポツダム」宣言ノ受諾ニ伴ヒ発スル命令ニ関スル件）ニ基ク閣令及省令ノ件」により閣議了解を事前（緊急の場合は事後報告）に行うとされた。前述のようにポツダム命令の根拠となるポツダム緊急勅令は、法令番号としては通常の勅令と同じ番号付けをされ公布時の上諭まで参照しなければ判別できないが、これはポツダム命令一般についても同様であり、法令番号において通常の命令とポツダム命令は区別されておらず、上諭（勅令の場合）制定文（政令、省令等）に「昭和二十年勅令第五百四十二号ポツダム宣言の受諾に伴い発する命令に関する件に基」という文言があるかどうかを確認しないと判別できない。更に一部改正の場合はこの文言を欠く事例がある。例えば死産の届出に関する規程は、昭和21年厚生省令第42号として制定された際は「昭和二十年勅令第五百四十二号（「ポツダム｣宣言ノ受諾ニ伴ヒ命令ヲ発スル件）に基づき死産の届出に関する規程を次のように定める」とあったが、昭和22年2月1日厚生省令第4号による改正では「昭和二十一年九月厚生省令第四十二号（死産の届出に関する規程）の一部を次のように改正する」となっている。被改正法令がポツダム命令であるかないかを確認するしかない。なお、公布の際にこの文言を欠いていた重要物資在庫緊急調査令（昭和23年3月27日政令第65号)について最高裁判所大法廷は「罰則を設けた政令を公布するに当つてその根拠を示さなかつたとしても、それだけでは直ちにその政令を無効であるとする二一とはできない。その効力如何は、罰則を設けることができる実質上の根拠があつたかどうかによるのである」として「本件政令第六五号は、その実質において「昭和二〇年勅令第五四二号ボツダム宣言の受諾に伴い発する命令に関する件」に基くものであるから」として形式的にポツダム宣言の受諾に伴い発する命令に関する件に基がなくてもポツダム命令であることがあると認めている。