大正7年（1918年）7月23日から始まった米騒動の際は、米を買い占めているというデマが原因で鈴木商店の焼打ちに発展する。この時、直吉の首に10万円の賞金が掛けられたといわれている（鈴木商店焼打ちをテーマにした小説が城山三郎『鼠』で「鈴木＝悪徳商社」という認識に対し、綿密な取材で反ばくした経済小説の傑作）。この際に、直吉は外国産米を輸入しようと奔走しており、濡れ衣であったが一切の弁明を行わなかった。しかし、この態度が一層の誤解を生む原因ともなった。第一次世界大戦後の反動で株価、工業製品価格、船舶運賃が軒並み下落。ワシントン軍縮会議の影響で日本海軍の艦船の建造が中止された影響も受けた。株式を上場せずに銀行からの借り入れのみで、運転資金をまかなっていた鈴木商店は大きな打撃を受ける。鈴木商店の資本金1億3000万円に対し、借入金が10億円を超えていた。大正12年（1923年）9月1日、関東大震災が発生すると政府は震災手形割引損失補償令を公布。これは震災前に銀行が割り引いた手形のうち、決済不能になった損失を日本銀行が補填するというものであった。この制度成立には、直吉から政治家への働きかけがあったといわれている。鈴木商店と台湾銀行はこの制度を利用し、損失の穴埋めを行う。政府も黙認の態度をとっていた。昭和2年（1927年）3月、金融恐慌が起こるとコール市場に資本を頼っていた台湾銀行は、最大の貸し手である三井銀行の資本引き揚げにより追い詰められ、鈴木商店への新規融資を打ち切りを通告。三井物産や三菱商事のように系列銀行を持たなかったため資金調達が不能となり4月5日、鈴木商店は事業停止・清算に追い込まれた。高畑誠一らは鈴木商店の商社部門を引継ぎ日本商業（のち日商、現在の双日の源流企業の一つ）として再出発したが、直吉は高畑らとは別に主家である鈴木家の再興を図って昭和6年（1931年）に太陽曹達の取締役に就任。後に太陽産業と名称を変えて、一時は神戸製鋼所などの20社以上を系列に持った。台湾銀行の担保に取られていた帝人株を買戻したが、これに関連した汚職の疑惑が持ち上がった（帝人事件）。晩年まで北海道や南洋での開発事業を進めようとしていた。
月面のルナマックス銀河系刑務所から、隻腕のボグロダイト星人である凶悪犯のボリスが脱獄した。ボリスは地球に降り立ち、かつて片腕を失い逮捕される原因となったエージェントKを過去に遡って殺害するため、タイム・マシーンを持つ電気店経営の男と接触を図った。一方、エージェントJとKの二人は地球の平和を守るため日々奔走していた。ある日、エイリアンが人間の内臓を食っているとの通報を受け、現場の中華料理店に向かう。エイリアンの経営する店の厨房でボリスの好物であった宇宙エビを発見、ボリスが脱獄したことを知る。突然、二人は店内でエイリアンの襲撃を受ける。激しい攻防の中、Kはボリスと再会、ボリスは「お前は過去で死ぬ」という言葉を残し姿を消すのだった。一方的に突き放したKの態度が腑に落ちないJは本部に戻りデータベースで1969年に起こった出来事を調べ、「1969年7月16日、フロリダ州ケープ・カナベラルにてエージェントKがボリスを逮捕」「その際、ボグロダイト星人を殲滅する武器を入手した」という情報を得るものの、それ以上は機密扱いされていた。その晩Kは電話でJに『後悔』や『秘密』といった謎めいた事を話すが、それ以上何も語る気のないKに落胆したJは電話を切る。しかし、その電話を最後にKは一切の痕跡を残さずに忽然と消えてしまう。翌日、MIB本部に出勤したJはKのことを誰も覚えていないことに混乱する。他界したエージェントZに代わり着任したエージェントOとJは、ボリスの歴史改変により、Kが40年前に死亡したことになっていることに気付く。しかも、1969年にボグロダイト対策にKが備え付けたアークネットも失われ、ボグロダイトは地球侵攻を開始していた。Jは歴史を修正するため、電気店経営の男を訪ね、ボリスと同じ装置でKが殺される前日の1969年7月15日にタイムトラベルする。ボリスを探してコニーアイランドを訪れたJは、そこで29歳の若い時代のエージェントKに出会う。当初はまるで信用されなかったJであるが、やがてKからの信頼を得て、ともに手がかりを探すことに。ボウリング場、さらにアンディ・ウォーホルのスタジオ“The Factory”を訪れ、そこでアークネットと予知能力をもつ宇宙人・グリフィンと出会う。グリフィンの母星はボグロダイトに滅ぼされており、地球が同じ運命を辿らないよう警告される。JとKはシェイ・スタジアムでグリフィンからアークネットを手渡され、6時間後に発射されるアポロ11号に取り付けるよう指示を受ける。ケープ・カナベラルに到着した3人は不審者として軍隊に拘束されるが、グリフィンの予知能力を垣間見た大佐によって解放される。JとKはロケット発射台で、それぞれ現在のボリスと1969年のボリスと格闘する。Jはタイムジャンプマシンを使った奇策によって結果的には無傷で現在のボリスを発射台から叩き落す。Kは1969年のボリスの片腕を打ち抜いて発射台から落とし、アークネットをロケットに取り付けることに成功する。アークネットは宇宙空間で展開され、現在のボリスは落下先でロケットの噴射に巻き込まれ焼死する。発射台から戻ってきたKを大佐が出迎えるが、1969年のボリスによる不意打ちで大佐は斃れてしまう。Kに銃口を向けられたボリスは自分を逮捕する様挑発するが、今回の騒動を経たKは改変前と異なりボリスを撃ち殺した。そして、車両から大佐の息子・ジェームズが父親を探して降りてくる。大佐の死を知らせたくないKはニューラライザーでジェームズの記憶を操作し、彼の父親は英雄だと伝える。元の時間に帰るタイミングを逸していたJは事の顛末を見届けていたが、その幼いジェームズこそがかつての自分である事に気付き、Kが消失した夜に彼が言い残した『後悔』と『秘密』の正体を知る。元の時間に戻ってきたJはKと食堂で合い、宇宙が知らない秘密と遠い昔の昨日の話をして席を立つ。そこで別席にいたグリフィンが、Kがチップを払わないと地球が大変なことになると観客に警告するが、Kがチップを置きに戻ってくると、地球に向かっていた小惑星が間一髪、軌道周回中の人工衛星に衝突。グリフィン以外の誰も知らない所で地球は無事救われる。