ハーバード大学院における博士課程修了後に、同大学政治学部で教鞭をとっていたが、外交問題評議会への参加を通じて、同時代の外交政策にも積極的な提言をはじめる。特にキッシンジャーはアイゼンハワー政権の採用した核戦略（「大量報復戦略」）の硬直性を辛辣に批判し、のちのケネディ政権が採用する「柔軟反応戦略」のひな型ともいえる、核兵器・通常兵器の段階的な運用による制限戦争の展開を主張した。1960年代にはケネディ大統領の顧問として外交政策立案に一時的に関与することとなる。しかし、ケネディ政権で国家安全保障問題担当大統領補佐官に就任したマクジョージ・バンディがベルリン危機 (1961年)に際してドイツ問題の専門家であるキッシンジャーを遠ざけたため、１年足らずの1961年11月に辞職している。また、南ベトナム駐在大使ヘンリー・カボット・ロッジ・ジュニアの長男がハーバード大学で同僚だった関係で、大使の顧問として1965年から1966年にかけ３回サイゴンを訪問し、ベトナム戦争の現実を知った。この時キッシンジャーが国務省に行った報告が、ウィリアム・ウェストモーランド大将をベトナム派遣軍司令官から更迭する遠因になったという。また学者としてチェコスロバキアの情報機関と接触したことから、国務省が行っていた北ベトナム政府との秘密工作のひとつ（「ペンシルベニア」と呼称）と関わったが成果は上げられなかった。
1946年に復員し、ハーバード大学に入学。1950年、政治学の学士学位を取得し最優等で同大学を卒業する。引き続き同大学大学院に進学し、ウィリアム・ヤンデル・エリオットの指導のもと19世紀のヨーロッパ外交史を研究し、1952年に修士学位を、1954年にはウィーン体制についての研究で博士学位を取得する。この論文では、その後の100年間 欧州で大きな戦争が防がれた国際秩序がどのようにして作られたかが論じられている。その要因の一つとして、敗れたナポレオンのフランスに対して、メッテルニヒやカスルリーらが、懲罰よりも力の均衡の回復を重視したことを上げている。1951年には日米学生会議に参加している。大学院生時には指導教授の庇護を受け、世界各国の有望な若手指導者をハーバード大学に集めて国際情勢について講義や議論を行うサマー・セミナーの幹事役となり、国内外にその後のワシントン入りにも繋がる人脈を形成した。日本からの参加者としては、中曽根康弘などがいる。
第二次世界大戦中の1943年、大学での学業を中断してアメリカ陸軍に入隊する。陸軍ではドイツ語の能力を生かしヨーロッパ戦線の対諜報部隊軍曹として従軍した。すなわち、アレン・ダレスの部下としてOSS(後のCIA)に配属されたのである。1945年5月のヨーロッパ戦線の終戦後はかつての母国ドイツに駐留したゆえ、彼の正体が暗号名「詐欺師」というKGBの新参スパイであることがバレてしまう（キッシンジャーは後、プーチンと会談した際にこれに言及。『まともな人間はみんな情報機関からキャリアの一歩を踏み出している。私もそうだ』と語っている ）。ここで多くのドイツ軍戦犯の処遇にあたった。これにあたって、多くのユダヤ人のアメリカ陸軍兵士が戦犯への激しい憎悪をむき出しにしていた中でキッシンジャーは「報復しようとは考えなかった。彼らがどうしてこのようなことをしたのかを知りたかった」と発言している。そのKGBスパイ歴を買われ、キッシンジャーはNATOスパイ学校の教官となった。ベトナム戦争時代には国家安全保障会議に「諜報委員会」を設けて自ら議長となった。
1歳下の弟ヴァルターと共に幸福な少年時代を過ごしたが、1933年に、アドルフ・ヒトラーを党首に擁き反ユダヤ人政策を推し進めるナチ党が、多くのドイツ人の支持を受けて自由選挙の末に政権を掌握したために運命が一変した。一家は多くのドイツ人が支持した反ユダヤ人政策を嫌って1938年にアメリカ合衆国へ移住し、第二次世界大戦中の1943年に同国に帰化。なお、ドイツに残った親類はドイツ人に殺害されたとされる。親類が本当に存在したか、殺されたかの詳細は不明。移住後はジョージ・ワシントン高校に3年半通う。後半2年間は夜間クラスで、昼間は髭そり用ブラシの工場で働き、週約15ドルの賃金が一家のアパート住まいの生活を助けていた。高校卒業後は、工場で働く一方職場近くにあったニューヨーク市立大学シティカレッジ経営・行政管理学部（ニューヨーク市立大学バルーク校の前身）にもパートタイム学生として通い、特に会計学で優秀な成績を修めた。
1923年、ドイツ国のフュルトでユダヤ系ドイツ人の家庭に生まれた。本来の姓名はハインツ・アルフレート・キッシンガー（ドイツ語: Heinz Alfred Kissinger）で、姓はバート・キッシンゲンに由来する。父ルイス・キッシンガーは女子高で歴史と地理を教え、母パウラ（旧姓シュテルン）はアンスバッハ近郊ロイタースハウゼン出身の富裕な家畜業者の娘。
略称は「通準」。平日朝の上りのみ、すべて小手指発池袋行きで6本運行される。小手指駅 - 大泉学園駅間の各駅と練馬駅に停車し、急行停車駅の石神井公園駅は通過となる。副都心線の開業で一部の快速が副都心線直通へ移行したため、その接続確保のために練馬駅にも停車するようになった。ひばりヶ丘駅で急行などと待ち合わせるのも特徴である（長年、当列車が発車する2分後に急行が発車していた）。この種別の運転される時間帯は、池袋行きの準急は運転されない。有楽町線・副都心線直通のみ準急として運転される。1980年3月17日のダイヤ改正で新設。設定当初の運転区間は池袋駅 - 清瀬駅間で、1990年以降所沢駅・小手指駅へと延長されていく。かつては飯能駅発の朝の上り1本のみ、また野球開催日には所沢駅行きを延長する形で西武球場前駅行きが、さらに平日朝1本の小手指駅行きは西武秩父駅行きが運転されていた。下りについては運行開始当初は17 - 19時台に1時間4本運転され、2005年3月17日のダイヤ改正では平日朝の時間帯に、2008年6月14日のダイヤ改正では21時台までそれぞれ運転時間帯が拡大されたが、2012年6月30日のダイヤ改正で下りの通勤準急はすべて廃止となり、準急や快速に置き換えられた。路線図で示される種別カラーは青色■で、英文種別表記は「COM., SEMI EXP.」である。表示色は、旧字幕では「通勤」が白色地に緑文字、「準急」が緑色地に白文字となっており、新字幕及びフルカラーLED搭載車では青色地に白文字で通勤準急、3色LED表示機では無点灯地に緑文字で通勤準急もしくは通準と表記される。列車番号は4000番台が与えられる。