1641年、スペインはカルタヘナから艦隊を派遣して、イングランドのプロヴィデンス島植民地を破壊した（スペインによるプロヴィデンス植民地占領）。これにより、ホンジュラス海岸に近いイングランドの基地が破壊されたが、同時期に奴隷反乱がおこり、奴隷たちは乗っていた船を乗っ取って、グラシアス・ア・ディオス岬で船を破壊した。上陸した奴隷たちはミスキート族の歓迎を受け、一世代後には混血のミスキート・サンボ人というグループになり、1715年にミスキート王国の指導者になった。一方、1655年にはイングランドがジャマイカに侵攻、続いて海岸で同盟者を探した。イングランド人の目はミスキート族に留まり、1687年にはミスキート王ジェレミー1世がジャマイカを訪れた。この時期には多くのヨーロッパ人がホンジュラスに移民してきた。1699年の記録からは1人家族、ミスキートの大家族、スペイン人の集落、海賊のアジトが海岸に点在していることがうかがえる。イギリスは1740年に同地域を保護領と定めたが、この決定の後も強く支配したわけではなかった。イギリスによる植民は特にイスラス・デ・ラ・バイアで行われ、イギリスとミスキート族の同盟に現地民の支持もあったため、スペインも簡単に支配することができず、海賊にとってはいい隠れ家になった。
スペインはホンジュラス南部地域の征服を進めていたが、北部のカリブ海岸ではそれほど進んでいなかった。北部海岸では西部のプエルト・カバリョスなどの町が創設された。鉱物などの輸出品物が大西洋海岸からホンジュラスを通って太平洋海岸にあるこれらの町に運ばれ、続いて海運でスペインに運ばれた。また北西部内陸ではナコやサン・ペドロ・スーラなどの町が創設された。北東部のタグスガルパ地域ではスペインによる征服への抵抗が続き、16世紀中は武力で、それが失敗した後の17から18世紀では宣教士の教えに抵抗した。北部海岸や近隣のニカラグアではミスキート族がその一部であり、民主的で公平的であったが王を擁していたためミスキート王国と呼ばれる。スペイン当局にとって頭痛の種だったのは、薄く支配していたに過ぎなかったホンジュラス北部におけるイギリスの活動である。イギリス人の活動は16世紀から19世紀まで続き、初期にはヨーロッパ人海賊がたびたびホンジュラスのカリブ海岸の村に襲撃した。例えば、プロヴィデンス島植民地を支配していたプロヴィデンス島会社は度々ホンジュラスを襲撃しており、ホンジュラス海岸のおそらくグラシアス・ア・ディオス岬近くに集落を維持していた。1638年頃、ミスキート王がイングランドを訪れ、イングランド王国と同盟を締結した。1643年、イングランドの遠征隊がホンジュラスの主要港口であるトルヒーヨ市を破壊した。
鉱業の最初の中心地はグアテマラとの国境近く、グラシアスの周辺だった。1538年には大量の金を産出したが、1540年代初期には中心地が東のグアヤペ川流域に移り、金のほかには銀も産出するようになった。これによりグラシアスは急速に衰退、代わりにコマヤグアがホンジュラス植民地の中心地になった。鉱業が労働者を大量に要したため、先住民のさらなる反乱につながり、先住民人口が急激に減少するようになった。結果的にはアフリカ奴隷がホンジュラスに導入され、1545年には2千人ほどに膨れ上がった。ほかにはサン・ペドロ・スーラやトルヒーリョ港の近くにも金鉱が発見された。鉱業は1560年に衰退をはじめ、ホンジュラスの重要性もそれに従い低減した。1569年初に新しい銀鉱が発見されたため経済が短期間回復、テグシガルパが建設されてコマヤグアの重要性を脅かすほどになった。しかし、銀鉱業の発展が1584年に頂点に達した後は経済衰退が再び訪れた。ホンジュラスにおける鉱業は資金も労働力も不足した上に地形の問題もあったため発展が阻害され、銀の産出に必要な水銀も希少だった。
レンピラの反乱が敗れ、スペイン人の間の争乱も少なくなったことは、ホンジュラスにおける定住者の増加、並びに経済活動の活発化につながった。1540年代末には王立グアテマラ・アウディエンシアの首都が1544年にグラシアスに定められたことから、発展と繁栄に向かうとされたが、このことはグアテマラやエルサルバドルにおける不満につながり、1549年には首都がアンティグア・グアテマラに移転された。ホンジュラスは1821年までグアテマラ総督領の1県に甘んじることになった。
富津市で漁師の家庭に生まれる。小学校3年生の時に肋骨にカリエスが見つかって摘出手術を行ない、回復のため父親の勧めで野球を始めた。優れた野球の才能を見せて6年生の頃から中学の練習にも参加し、天羽中学に進むと投手で四番打者を務めている。複数の高校野球部から誘いを受け、木更津中央高校に進学。高校でも1年生の秋からエースで四番となる。1972年夏の甲子園県予選では2回戦で成東高の鈴木孝政投手と投げ合い、4-5で惜敗。3年生の1973年6月には来日したハワイ高校選抜との交流試合のため編成された千葉県選抜チームで四番を務め、このチームでは掛布雅之が三番となっている。同年夏の県予選準々決勝で、掛布が四番打者であった習志野高と対戦、延長11回に1-2xでサヨナラ勝ち。しかし決勝ではエース土屋正勝を擁する銚子商と延長12回の熱戦の末、7-9で敗れ、甲子園出場を逸する。高校卒業後は亜細亜大学に進学。東都大学リーグでは、駒大の全盛期であり、優勝には届かなかった。1年生の1974年春季からリーグ戦に登板、2年生の秋季リーグまでに5試合の登板を経験したが、3年春に矢野祐弘監督の勧めで三塁手に転向。直後の1976年春季リーグで四番を務め、打率.442で首位打者を獲得している。リーグ通算56試合出場、181打数60安打、打率.331、6本塁打、31打点。ベストナイン3回（三塁手2回、遊撃手1回）受賞。1977年には第6回日米大学野球選手権大会日本代表に選出され、ここでも四番を任された。大学同期に矢野隆司（熊谷組）、高橋周司（日本鋼管福山）両投手がいる。ヤクルトをはじめ多くの球団から1977年のドラフト会議での1位指名を約束されていたが、実際には日本ハムから2位指名を受ける形となった。約束を反故にされたことに対して野球部監督の矢野が激しく怒ったものの、古屋自身がプロ入りを望んでいたこともあって入団が決まった。