能力値(攻撃力、守備力、および素早さ)アップの魔法やアイテムを使った場合、戦闘中の場合は、戦闘が終了すれば能力値アップは解除されるが、これらの魔法やアイテムは何故か移動中にも使用可能になっており、それを繰り返し使えば能力値の上限まで値を上げた状態で戦闘に臨むことが可能となってしまう。この方法で上昇した値は戦闘が終了しても持続し、レベルが上下するか装備を変更するまで続いた。素早さについては一度上げた能力値は何をしても戻らなかった。このバグのため、恒久的に攻撃力や守備力を上げる方法が存在しない。そのようなアイテムを作ろうとしても「一時的に上昇するアイテム」と見なされ、前述のバグのような仕様になってしまう。要するに、ドラクエで言う「力の種」「守りの種」といったアイテムを作成することが不可能である。ゲーム作成者はこのバグに対処するため、能力値アップ魔法を作らない方法を取ったり、このバグがあることを前提にしそれを戦闘でゲームが詰まった時の救済措置とするなどの方法を取った。フリーゲーム「赤のクロニクル」など後者を採用した作品ではこのバグを利用した技のことを「ドーピング」などと呼んだ。
ゲーム内に乗り物として、カヌー、船、飛行船を登場させることが可能である。それぞれグラフィックの変更により別の乗り物のように見せることも可能である。例えばコンテストパーク受賞作品「パンダとウサギ」では飛行船を気球のグラフィックにしていた。カヌーと船はいずれも海や川といった水に関する地形を通行可能であるが、それぞれ通行可能な地形が異なる。カヌーは浅瀬を、船は深海を通れるが、もう一方は出来ない、という具合である。これらの乗り物タイプはイベントにも指定可能である。例えばイベントタイプを船にした場合、通行可能な地形が船と同様になる。この機能を利用すれば、RPGツクール2000のように上下左右の方向ごとに通行判定の指定が出来ない本ツクールでも似たことが実現可能になる。例えばコンテストパーク受賞作品の「ムーンホイッスル」では、建物の屋上の地形タイプを海とし、屋上に出る際に主人公のイベントタイプを船に変更している。こうすることにより通常の地形からは屋上に入れず、屋上に出たときは通常の地形におりることも出来ないようになっている。
パーティー、能力値(パラメータ)や魔法、アイテムなど数々のゲーム内要素に関して、RPGツクール95には他のツクールと比較して多くの独特の仕様がある。 本項目では、他のツクールの利用者および本ツクールで作られた作品のプレイヤーが特に留意すべき点を列挙する。
セーブを行うとファイルダイアログが開き、セーブファイルの名前の入力が求められる。このため、名前を変えて任意の数のセーブファイルを作成することが出来る反面、同じ名前を入力するとセーブが上書きされてしまうことから特に注意が必要である。特に、別のRPGツクール95作品ともセーブファイルは共用であり、あるゲームで作成したセーブファイルを別のゲームで読み込むということも可能であり、当然この場合ゲームは正常に作動しないため、どのゲームのセーブファイルなのかをプレイヤー側がきちんと管理する必要があるなどの問題点がある。
作成したゲームをプレイ開始するには、フォルダにあるGame.exeを実行すれば良い。しかしながら、フォルダにあるファイル数が膨大な数になりやすく、このファイルを探すのに苦労することがある。これは、ゲーム内の音楽などの素材やイベントのファイルが全て同じフォルダに置かれるうえ、イベントのファイルはゲーム内の一つのイベントごとに一つが作成されるため、普通の作品でも数百、長編では数千以上にも及ぶ数のファイルが作成されるためである。このイベントのファイルの仕様は、廉価版RPGツクール95 Value!では改善され、一つのマップごとに一つのファイルが作成される形式になった。
RPGツクール2000以降で必要となるRTP(ランタイムパッケージ、要は共通データ集)は不要である。これは、RTPという概念自体がRPGツクール2000で初めて作られた概念であり、RPGツクール95時代には存在しなかったゆえである。しかし、RPGツクール2000以降からツクール作品を遊び始めたプレイヤーが「RPGツクール95作品を遊ぶためのRTPを探しているが見つからない」という誤解を持つことが少なくない。(RPGツクール95 RTPというものは存在せず、そのような物がインストールされていなくても遊べる)
作成したゲームをプレイするために特別なランタイムは不要である。 (DirectX 3.0以降が必須であるが、Windows98以降ではOSにあらかじめ搭載されているバージョンで事足りる)
廉価版のRPGツクール95 Value!が発売されており、Windows XPでの動作保証(Homeのみ動作保証)はこちらのみである。Windows 2000およびWindows Vista以降でも動作するとの報告はあるが、公式ではいずれも動作保証されていないことになっている。廉価版でない方は、Windows XP以降で起動すると「このシステムはWindows NTでは動作しません」と表示され、強制終了してしまう。また、配布されているパッチも廉価版用であり、これを当てることもできない。
ある問題 A の各問題例を、別の問題 B の問題例に決定性チューリングマシンを用いて多項式時間で変換して答が同じにできるとき、「A は B に多項式時間変換可能である」といい、  と書く。 ただしここでの変換は A の入力内容に依存してはならない。つまり A という問題の全パターンが B に変換できなければいけない。この概念は計算理論において問題の「難しさ」の度合いを測る上でよく使われる。 A が B に多項式時間還元可能である場合、B を解くアルゴリズムがあれば、それを応用して A も解ける（この逆は成り立たない）。つまり B は A と同等かそれより難しいと結論できる。また、 かつ  である場合、A と B は多項式時間同値であると言い、 と書く。このとき A と B は同等の難しさを持つ。多項式時間還元は重要で広く使われている。何故なら重要な問題同士を互いに変換できる程度には強力で、かつ、NPまたはco-NPに属する問題を P に属する問題に還元することはできそうにない程度には非力だからである。NP完全、PSPACE完全、EXPTIME完全などの標準的な定義には、この還元可能性の概念を用いることが多い。しかしながら、多項式時間還元はクラス P の中で用いるには不適当である。何故なら P に属する如何なる問題も、P に属する他の殆ど全ての問題に（多対一還元でもチューリング還元でも）多項式時間帰着できるからである。従って、P の中に存在するクラス（例えばNL、NC や P 自身）については、代わりに対数領域還元が用いられる。