毒劇物を入れたポリタンクが韓国から日本海に廃棄され、日本海沿岸の地域に漂着する問題。漂着は1999年ごろから始まり、2017年2月から3月にかけては行われた調査では約6000個以上が確認されており、新潟県では500個のポリタンクが確認された。日本政府は国際会議や外務省、環境省を通じて韓国側に抗議しており、環境省は年間50億円をかけて廃棄処理を行っている。ポリタンクに詰められている薬品は韓国のり養殖で網の洗浄用に用いられている「過酸化水素水」が多く、韓国のり養殖の市場が大きくなったことが原因であると報じられている。
韓国政府は、「自国文化の保護のため」、また「大日本帝国の韓国併合の影響で国民感情を害する」として、日本の漫画や映画、音楽などの大衆文化の韓国国内への流入を規制している。20世紀末から複数の段階に分けて日本文化規制を開放する計画が立てられたものの、まだ全面開放に至っていない。2005年初めからアニメなどごく一部を除き、日本大衆文化は徐々に開放されている。2010年9月10日に日本の歌手グループSKE48が「2010ソウルドラマアワード」授賞式で「強き者よ」「青空片想い」を日本語で歌唱を披露する姿が韓国の地上波テレビで生中継された。韓国は、2004年1月の日本大衆文化第4次開放で日本語の歌唱の放送を許可したが、放送局側で録画だけに制限していた。生中継されたのは、これが初めてである。事前に放送通信審議委員会を通した上で、放送が決定された。
19世紀に朝鮮半島から日本に流出した文化財の多くは、現在も日本の博物館や図書館に保管されている。これらの文化財を韓国に譲渡することを韓国の市民団体などが強く求めている。しかし、1965年の「文化財及び文化協力に関する日本国と大韓民国との間の協定」と日韓請求権協定において、韓国政府が1400点の文化財の返却と引き換えに、これら以外の文化財の請求権を放棄していることや、日本にある朝鮮半島の文化財が略奪されたものであることが立証できないため、日本政府は韓国政府に返還する義務はない。そのため、韓国は「日本が自主的に朝鮮半島の文化財を（北朝鮮ではなく）韓国政府に返還するべきだ」と主張している。2010年4月6日、韓国の国会議員7名が、「日韓併合100周年を迎え、日本にその反省をさせ、文化財の返還を促す」ために訪日している。韓国が返却を要求している文化財は、宮内庁が所有している朝鮮王室儀軌や東京国立博物館に寄贈されている小倉コレクション（小倉武之助収集、財団法人小倉コレクション保存会寄贈）など多岐に渡る。
日本文化の多くが韓国起源であるとする主張が一部でなされている。朝鮮民族の人物がある業界で活躍すると「朝鮮民族の優秀性が証明された」と主張する者がいる問題がある。偉業を成した日本の著名人を根拠なく朝鮮民族であり在日朝鮮・韓国人やコリアン系の同胞だと主張する「在日認定」が問題となっている。
日本の扶桑社の歴史教科書の内容について、韓国・北朝鮮や中国政府が批判している。両国の絡む歴史において最も批判が集中し、刀伊の入寇・元寇・応永の外寇・文禄・慶長の役など前近代における日朝間の軍事的衝突から、近代以降の韓国併合、第二次世界大戦や、前述の竹島問題などの解釈、教え方を巡って激烈な論争となっている。こうした批判が教科用図書検定制度において影響をもたらすことも多く、日本では「内政干渉だ」「自国の歴史を正しく学べない」と反発する声がある。また、韓国や中国では教科書の検定は原則として行われておらず（ただし1900年以降の近代史に関する高等学校の教科書は検定教科書）、歴史教育に国定教科書を用いている。歴史教科書記述が1種類であることが自国に都合の良い歴史教育をもたらしているという批判もある。
日本列島と朝鮮半島の間にある海域の国際呼称を巡る問題。1992年の第6回国連地名標準化会議で韓国と北朝鮮が該当海域の国際呼称を「日本海」から「東海」への改称を求める提議を行って以来、現在に至るまで問題が続いている。韓国側は日本海が国際的な呼称であるのは日本帝国主義の残滓と主張し、韓国呼称の東海に改称することを要請しているが、日本側は日本海が国際的な呼称であるのは18世紀末から19世紀初頭にかけてヨーロッパで確立されたものと主張し、韓国の要請を根拠のないものとして拒絶を続けている。
監督の本多猪四郎は撮影に入る前、助監督の梶田興治とともに1か月近く東京大学理学部天文学科へ通い、畑中武夫率いる畑中教室の堀源一郎に、「地球移動」という荒唐無稽な設定の科学的考証（後年における「SF考証」か「SF設定」）を依頼した。大きいとはいえ有限の質量を持つ物体であることに変わりはなく、非常に大きな力が必要ではあるが、それが必要に見合った十分な力であればニュートンの運動方程式に従って軌道は変わるため、地球の質量の概算値を元に、必要な力・運動量・エネルギーは算出できる。堀は完全に実行可能と仮定してそれらを算出したが、劇中の「月がゴラスに吸い込まれる」という描写について「月が吸い込まれた時点で地球も吸い込まれているはず」として、映画的なフィクションであることを理解したうえで「興行でこの話題が出る際には必ずこの部分は“嘘”である、との注釈を入れて欲しい」と条件を付けた。南極を砕氷船が進むシーンでの氷原は、当時最新の素材だった発泡スチロールで作られている。また、ラストの水没した東京のシーンは、ビル群のセットを荒川に持ち込んで撮影されている。ビルなどの構造物のほとんどが木製で水に浮きやすかったため、撮影中によく流された。撮影時、足を骨折していた出演者の佐原健二は降板を覚悟して監督の本多に会ったが、彼は「ケン坊（佐原）の役は誰にも代わりはできないと思っているから」と慰留し、本番でも佐原の歩くシーンを極力減らすなど配慮して撮影を乗り切った。