ミュンスターでは、1724年にすでに運河の建設が始まっていた。このミュンステルシャー運河と呼ばれる運河は、オランダの運河網に接続し、北海に達するはずであった。しかしこの運河は、クレメンスハーフェン（ノイエンキルヒェン）まで、後にマックスハーフェン（ヴェトリンゲン）までしか建設されず、1840年まで使われていた。その以降は技術的埋蔵文化財として保護されており、マックス＝クレメンス運河と呼ばれている。北海の港エムデンと大規模な内陸港ドルトムントとを結ぶドルトムント＝エムス運河 (DEK) がミュンスターを通っている。この運河は、長さ 26 km にわたって市内を通っている。この運河は貨物輸送用であり、旅客交通は観光船を除き航行できない。市の北端、DEKの里程 71.495 km 地点に堰がある。この施設の高低差は 6.2 m である。この施設は3つの閘室で構成されている。2004年から2014年にかけて 1億4000万ユーロをかけて新しく造り直された。古い閘室 I（1898年建造）と II（1913年建造）は、高性能モデルに交換された。閘室 III は1926年から運用を続けている。2016年には、荷物を載積した貨物船11,986隻、載積しない貨物船2,887隻がミュンスターの堰を通過した。上りと下りの船舶数はほぼバランスが取れている。ミュンスターの内陸港は重要性が低下し、その大部分が閉鎖されている。2010年に寄港した貨物を積載した貨物船は 71隻だけであった。1990年の 662隻から約 90 % も減少したことになる。かつて港にあった企業の土地や建物は新たな用途に転用されている。芸術家が住み着き新たな価値が付与されて、急速に増加する飲食店によりレジャー地区が形成された。早くに大部分が閉鎖された港の北側のクレティーフ埠頭でこうした転換がなされたのに対して、南部はまだ工業が主体である。その間にある港自体は、マリーナに改築されることになった。アー湖では「ゾラーリス」という船を使ってアルヴェッター動物園への路線運行がなされている。
隣接するグレーヴェン市にミュンスター/オスナブリュック国際空港がある。この空港からは、ドイツ国内およびいくつかのヨーロッパの国々への路線便の他に、様々なリゾート地へのチャーター便が存在している。2015年、約822,000人の利用客があった。もう一つの飛行場が、ミュンスター＝ヴォルベック市区の北東、テルクテ市の市域内にある、交通飛行場に分類されるミュンスター＝テルクテ飛行場である。個人および企業の通常の飛行の他、ミュンスターの3つの航空クラブがここを拠点にしている。
プロメナーデリング内側の内市街には、歩行者に高い優先度が与えられている。特に、かつての市場通りであるプリンツィパルマルクト、ロッゲンマルク、ザルツ通り、ルドゲリ通りで顕著である。ここでは、一部の定められた条件に合致する車両だけが通行可能である。たとえば、タクシー、路線バス、納入配達車輌などである。内市街の主要ショッピング街はほぼ歩行者によって占められている。この他の、個人車両の通行が許されている市街中心部の道路の多くは、一方通行や右左折の制限などの特別な規則がある。さらに歩行者のための横断補助手段があるなど、道路の主眼は歩行者に向けられている。
1954年の路面電車廃止、1968年のトロリーバス運行停止以後、ミュンスター市施設局によって運営されている公共旅客交通は、乗合バスだけである。ミュンスターは、市内鉄道交通網を持たない最大の都市である。本市ではレギオナルバーンの駅（周辺には、ミュンスター・ツェントルム・ノルトと市区部の駅がある）が利用できるだけである。バス交通は、信号式優先路線や分離されたバスレーンによって優先通行がなされている。本市は、ミュンスターラント交通協会に属している。ミュンスターにおける高い自転車利用率は、同規模の他の都市に比べて公共交通機関に対する需要が高くないことに結びついている。しかしながら、市の交通政策によって、地域を超えて重要な商業都市として、またミュンスターで働く通勤者のために十分な駐車施設を設ける必要がある。買い物客や通勤客にとっては自動車での乗り入れが便利である。このため、ここでは環境問題の優先性をなおざりにして、個人の自動車交通が拡大している。ドイツやその他の国の同規模の都市で導入あるいは運用されているように、ミュンスターの市内交通に鉄道網を再び採用する予定はない。急速に発展したギーフェンベック市区は鉄道路線沿いではなく、道路が通じているだけである。
日和見的な捕食者である。餌は主に遊泳性から底生の硬骨魚で、マグロ・サバ・イワシ・ボラ・ハタ・フエダイ科・ムロアジ属・イスズミ科・ハマギギ科・ウナギ・ハダカイワシ・カワハギ科・モンガラカワハギ科・ハリセンボンが含まれる。イカ・カイダコ・ワタリガニ科なども食べる可能性があり、化石記録からはクジラの死骸を漁ることも推測される。複数個体が連携して効率よく狩りをすることも知られる。その一例として、太平洋で、小魚の群れを取り囲んで密な塊とし（ベイト・ボール）、これを水面に追い詰めて群れ全体を捕食することが記録されている。捕食時には、その塊に突入し、顎を開いたまま通り抜けて顎の端で獲物を引っ掛ける。複数個体が一度に突入することはあるが、各攻撃は独立して行われる。フロリダとバハマでの研究から、本種は音、特に10–20 Hzの低周波音や不規則なパルスに敏感であることが示された。実験では、これらの音は数百mの距離から本種を惹き寄せた。この音は鳥やイルカが獲物を捕食するときの音に似ており、自然下では獲物の存在を意味するものと考えられる。これらの研究では、音の振幅や特性が変化した場合、それが別の捕食者によるものであるかどうかに関わりなく、本種は反転して離れていくことも示された。繰り返し音の変化に暴露することで馴化を起こして近づいてくるようになるが、より大胆なヨゴレと比べ、これにかかる時間は長い。咬合力は、2mの個体で890Nと測定されている。本種はマグロに強く引き寄せられる。ガーナではほぼ全てのマグロの群れが後方に本種を伴っており、東太平洋では捕えたマグロやその漁具を破壊するため、漁業者から"net-eating shark"と呼ばれる。本種とハンドウイルカが同じ群れを獲物として競合することがあり、イルカが食べられる分は本種が食べる分だけ減少する。サメの数が多い場合、イルカは群れの辺縁に留まり、サメの捕食行動による偶発的な傷害を避ける傾向にある。逆にイルカが十分に多い場合、獲物の群れから本種は追い払われる。どちらが勝利したかにかかわらず、この2種の捕食者はお互いに対して明白な攻撃行動に及ぶことはない。