『一章』でのみプレーできる。実際にフォークリフトを運転して荷物を運ぶものと、早朝の一日一回だけプレーできるフォークリフトレースの二種類。荷物運びでは運んだ荷物の数に応じて給料が支払われる。なお、このイベントの発生までは毎朝自宅の玄関で手に入る500円のみが収入源であり、その中でやりくりしなくてはならない。
ゲーム中にはゲームセンターが存在し、その筐体にお金を投入して実際にプレイすることができる。ゲームセンター内では「スペースハリアー」「ハングオン」（この2作はほぼ完全移植されたもの。なお、スペースハリアーはゲームのるつぼ、ハングオンはゴッチテクノロジーが移植を担当）「ダーツ」といったゲームがあるほか、このゲームの特徴でもあるQTEシステムをミニゲーム化した「QTEタイトル（ABXボタンを使用）」「エキサイトQTE（主に十字キー及びABXYボタン）」などがプレイできる（主に十字キー及びABXYボタンとあるのは コントローラのLRトリガーが未使用であるものの、プレイ中誤って引いてしまうことにより失敗判定を受け残数が減ることがあるため）。なお「ダーツ」においてはゲームセンター以外でもプレイ出来る施設が存在する。ゲームセンター以外の施設において「スロットマシン」であったり、イベントの進行条件を満たすことによりプレイ可能なミニゲームも存在する。加えて『シェンムーII』ではミニゲームに「アウトラン」、「アフターバーナーII」（この2作もゲームのるつぼが移植を担当し、（BGMの音色を除き）完全移植されたものとなっている）などプレイ出来るゲームが追加されている。
本作の世界は1980年代中期の横須賀、香港を資料に基づいてできる限り再現したものであるとされている。そのため、街並みは極めて現実的であり、ゲーム中にいくつか存在する施設でミニゲームをプレイすることができる。
ゲームを進めていくとプレイヤーの行く手を阻む者と対決しなくてはならなくなる箇所がある。この場合、画面下に体力ゲージが表示され、コマンド入力による対戦格闘のバトルモードに突入する。このバトルモードは、一部を除いてゲーム難易度は高くない。適当にボタン連打をしていても何度か挑戦すれば誰でもクリアーできるように調整されている。また、この対戦格闘モードでは『バーチャファイター』の技が多く収録されている。バトルモードで使える技は多く、情報収集中に手に入れた秘伝の技書を手に入れることで新しい必殺技を体得することができる。また、公園や道場、倉庫といったフリーの練習エリアで偶然入力したキー操作で新たな必殺技を我流で習得する場合もある。バトルモード用の技には熟練度が設定されており、繰り返し使い続けることで性能がアップする。防御に関しては、ボクシング的に腕や足などで敵の攻撃を受けるタイプではなく、タイミングよく防御ボタンを入力すると「受け流す」物である。
クイック・タイマー・イベント、通称QTEは情報収集中に突発的に発生するイベントシーンでボタン入力を求められるシステムである。画面中央に入力すべきボタンアイコンが点滅表示される。また、シェンムーIIでは、画面が一瞬停止し、入力すべきキーが表示される、コマンドQTEがある。入力を間違えたり、時間切れになると、ある一定の地点まで戻されて再挑戦できるか、ストーリー展開に変化が出る場合がある。
本作では街中を探索して主人公の父を殺害した宿敵の情報を集めるアドベンチャー部分と、突発的にボタン入力を求められるQTE（クイック・タイマー・イベント）、そしてバトルシーンからなる。
その作りこまれた作品世界に裏付けられた自由度の高さから新ジャンルFREE（Full Reactive Eyes Entertainment）と称している。フラグ立て式のアクションアドベンチャーゲーム。オープンワールドゲームの元祖とも呼ばれた。発売当時、膨大な量の対象物に対して何らかのアクションを取れるのは画期的なことであった。主人公芭月涼のモーションキャプチャーは涼の声優を務めた松風雅也が実際に行っている他、バトルモードのモーションキャプチャーと武術指導は日本の八極拳道場協力の下行われているなど、現実感のある演出、街をぶらつく脇役まで声のある完全フルボイス、全ての町並み、キャラクター、イベントシーンを実機ポリゴンで表現。天候が刻々と変化し、朝から夜に至るまでの時間の経過、登場キャラクター達が「生活習慣プログラム」によって日々を営む世界観は、各方面から評価された。『シェンムー』では、今日一般的に見られるような形でのQTEが導入された。鈴木裕は、「ゲームプレイと映画の融合」を提供し、「Quick Time Event」という言葉の製作者と評価されている。なお、本作の説明書では「クイック・タイマー・イベント」と呼ばれていたが、この後は「クイックタイムイベント」として、あらゆるハードやソフトで同様のシステムが取り入れられていくこととなる。
バンドの地元シアトルのラジオ局KCMUは、サウンドガーデンも含むメジャー未契約のバンドの音源が収録されたコンピレーション・テープをA&Mに送り、それがきっかけでバンドはA&Mとの契約を得た。共同プロデューサーのテリー・デイトは、過去にメタル・チャーチやフィフス・エンジェルといったヘヴィメタル・バンドの作品を手掛け、サウンドガーデンの次作『バッドモーターフィンガー』（1991年）も引き続きプロデュースしている。キム・セイルは1989年10月18日付の『シカゴ・トリビューン』紙に掲載された記事において「俺達の音楽は、ヘヴィメタルと同様キリング・ジョークやバウハウスといったイギリスのバンドからも影響を受けている」とコメントした。また、「ゲット・オン・ザ・スネーク」では9分の4拍子のリズムが取り入れられており、セイルはこの曲について「この曲では踊れないけど、それでもジワジワと迫ってくるような感じだ」と語っている。本作発表後、ヒロ・ヤマモトがバンドを脱退して復学する。ヤマモトの後任としてサウンドガーデンに参加したジェイソン・エヴァーマンによれば、バンドのロード・マネージャーはヤマモトについて「彼は生粋のパンク・ロックだった。当時はA&Mの連中とミーティングがあって、バンの中での生活は終わっていた。彼は本当に『オー、ノー、ノー、ノー! こんなの俺に合わない』って感じだったよ」と語っていたという。なお、エヴァーマンの在籍は短期間に終わり、1990年4月にはベン・シェパードが加入する。