『009-1』（ゼロゼロナイン・ワン）のタイトルで2006年10月よりTBS・BS-iほかにて放送された。原作と違い、主人公の同僚はそれぞれ異なる顔をしているが、それ以外の設定はほとんど差異がない。原作では、主人公の同僚は話題になるだけでほとんど活躍するシーンはないが、アニメでは下記で声優が設定されている3人が複数のエピソードで登場し活躍している（各々の能力は、コードネームの枝番部分が対応する『サイボーグ009』のキャラクターに準ずる）。なお、原作の「売り」だったサービスカットや成人向けシーンはほとんどない。世界観や生活描写は冷戦当時のものに近く、登場するメカは、往年のアンダーソン作品に登場する物とほぼ同じレトロフューチャー調のデザインである。アニメーション制作は石森エンタテインメントとクレジットされているが、実質はほぼスタジオパストラルがアニメーション制作をしている。
本作の主人公。本名はミレーヌ・ホフマン。2065年生まれの21歳。性別は女性。身長161cm、体重52kg。血液型はAB型。その身体はサイボーグ化されており、様々な特殊能力を持つ。幼い頃、ウエストブロックとイーストブロックの戦闘に巻き込まれたため両親は死亡し、弟のポールは行方不明となる。本人はウエストブロックの兵士に拾われ、ウエストブロックの諜報部員となった。両親を殺したのがどちらの兵士かわからないことが原因で、深層心理では敵を心から憎むことができないという弱点がある。ミス・ナイン（第3話）、クール・リズ（第4話）、リリー・ラム（第10話）、ミューズ（第7話）、ミレーヌ・デューク（第25話）、メリンダ・ピアス（第26話）、ヤトリーヌなど偽名を多数持つ。コードネーム「009ノn」(n：1 - 12)はミレーヌを含めて計12人で、全員同じ顔に整形している。
冷戦が続いている近未来の世界、ミレーヌ・ホフマンこと009ノ1は身体をサイボーグ化したスパイである。胸に仕込まれたマシンガンや強化された跳躍力、マヒ光線を仕込んだ指輪などを駆使し、00機関のボスの指令を遂行していく。
「ゼロゼロクノイチ」という読み方は単行本以降のものであり、書籍によっては「ダブルオー・ナイン・ワン」など複数の読み方があるが、連載開始時は「ゼロゼロナイン・ワン」となっていた（角川書店版より）。本項目名は連載版に準じ「ゼロゼロナイン・ワン」とした。なお、実写映画版では「ゼロゼロクノイチ」となっており、テレビドラマ版の主題歌では「オー・オー・ナイン・ワン」と歌われていた。
後に入力インピーダンスを高くするために入力段にFETなどを使ったアンプを組み込んだ機種が一般的になり、現在ではこのタイプが主流である。このタイプの出力側はトランスもしくは電子平衡出力となっている。この構成をアクティブ（能動）型と呼ぶ。電源は乾電池、ファンタム電源（ミキサーの平衡入力端子から得られる）、あるいは商用電源のいずれかから供給される。
初期のものではインピーダンス変換と不平衡から平衡への変換をトランスによって同時におこなう構成が用いられた。この構成では電源がいらずに構造がシンプルであることが特徴だが、入力インピーダンスをある程度以上に高くできないという難点があった。この構成をパッシブ（受動）型と呼ぶ。
奥只見ダム完成後、日本の電源開発の主軸が火力発電に移行したこともあり、水力発電開発は下火となったが、特に注目されたのが、火力発電や原子力発電との連携が可能な揚水発電であり、全国各地で大規模揚水発電所が建設されるようになった。福島県内でも例外ではなく、東北電力は1953年に運転を開始した沼沢沼発電所の老朽化を機に大規模な出力増強を計画、1982年（昭和57年）に第二沼沢発電所を只見川に完成させた。この大増強により従来 4万3,700 kW だった認可出力は 46万 kW と十倍以上に拡張され、只見川の水力発電史に新たな1ページを記した。また、電源開発は阿賀野川を利用した揚水発電所の計画を立てた。これは江戸時代の街並みを今に残す大内宿の上流に大内ダム（小野川）を建設、建設省（現・国土交通省）が建設していた大川ダム（阿賀野川）を下池として認可出力 100万 kW の下郷発電所を建設、1988年（昭和63年）に1・2号機を稼動させ、その後1991年（平成3年）増設した。また一般水力発電所の増強・新設も行われた。東北電力は阿賀野川本川に既に完成していた新郷・山郷・豊実・鹿瀬の4発電所を再開発、増強した。1973年の第二鹿瀬発電所を皮切りに1975年（昭和50年）の第二豊実発電所、1984年（昭和59年）の第二新郷発電所、1992年（平成4年）の第二山郷発電所 (22,900 kW) 、そして2002年（平成14年）には第二上野尻発電所が増設され約 18万 kW 以上の出力が増加された。一方電源開発は1999年（平成11年）より奥只見発電所の増設を実施し2003年（平成15年）に完成、一挙に 22万 kW 増強され日本最大の一般水力発電所となった。さらに1989年（平成元年）には田子倉ダムの直下流に只見ダムを建設し、1993年（平成5年）には単一ラバーダムとしては世界最大である黒谷取水ダムを完成させている。こうして阿賀野川水系は只見特定地域総合開発計画によって20ヶ所のダムと発電所が建設され、この開発により生成される電力（認可出力）は約 370万 kW という莫大なものとなり、首都圏や東北地方の電力需要に大きく貢献している。