1952年3月21日金曜日、セーナーナーヤカは公邸のあるテンプル・ツリーから少し離れたゴール・フェイス・グリーンへ日課の乗馬をしに行った。彼は愛馬チトラに乗っており、数名の騎馬警官と警視総監のサー・リチャード・アルウィハレなどが随伴していた。そして、馬の足並みが駆け足からギャロップに変わったその時、突如としてセーナーナーヤカが落馬した。脳卒中の発作だと考えられている。彼は病院へ搬送され、そこで32時間の間意識を失っていた。彼は、セイロンの上級外科医であり、世界保健機関の医療ミッションの一環としてセイロンを訪れていたマニトバ大学教授チームであるM・V・Pピーリス医師によって治療された。神経外科医のサー・ヒュー・カーンズ医師をセイロンへ派遣するため、英国首相ウィンストン・チャーチルは、イギリス空軍ヘイスティングスを出動させた。しかし、3人の医師と2人の看護師を加えたイギリス空軍機が離陸に向けてタキシングをしていた時、彼らは病状が悪化しており手遅れだという知らせを受けた。さらに、インドとパキスタンから2人の脳神経外科医がコロンボに到着したが、それも手遅れだった。セーナーナーヤカは、1952年3月22日午後3時30分に死亡した。 彼の遺体はテンプル・ツリーで安置されたのち、翌朝国会議事堂へ運び込まれた。そして、その死を悼む50万以上の人々が国会議事堂を訪れた。彼の国葬はコロンボで行われ、約3万2千人が参列した。
首相在任初期、セーナーナーヤカは多くの左翼政党からの反対と批判に直面した。また彼は就任後すぐに、内閣の最有力メンバーの1人であり、党内最大派閥のリーダーであるソロモン・バンダラナイケと対立に直面した。バンダラナイケが自分の政党シンハラ・マハ・サバ党を率いてUNPに加入した1947年当時、セーナーナーヤカはじきに政界を引退してバンダラナイケに政権を引き継ぐと思われていた。しかし、セーナーナーヤカが一向に引退しようとしないのに加え、1951年に彼が採った強硬的な民族主義政策に対してバンダラナイケが反発、バンダラナイケは内閣を辞職した上でシンハラ・マハ・サバ党を解散し、新たにスリランカ自由党（SLFP）を設立した。対してセーナーナーヤカは、バンダラナイケが掲げていた保健政策および地方自治体政策を引き継ぎ、その後の数ヶ月間議会の休憩に対抗した。
セーナーナーヤカ政権はセイロン独立後の外交政策を発展させ、諸外国との国交を樹立した。最初にコモンウェルスの会員資格を取得した上で他加盟国との外交関係を確立し、続いてアメリカ、日本との国交を樹立した。また1950年1月にはイギリス連邦外相会議をコロンボで主催し、コロンボ・プランを設立した。 植民地時代、セイロンは小規模な義勇軍のみ保有し防衛はイギリス軍が行なっていたが、セーナーナーヤカは陸軍法（1949）海軍法（1950）空軍法（1951）を導入してスリランカ軍を創設した。セイロンは独立の際にイギリスと安全保障協定を結んでいたため、イギリス軍はセイロン領内の基地を引き続き保有し、スリランカ軍はイギリス軍から訓練と武装の支援を得た。
1948年に導入したセイロン市民権法により70万人以上のタミル人が市民権を剥奪され、無国籍となった。この法案は、セイロン・インディアン会議、シンハラ人左翼政党、全セイロン・タミル会議によって議会で激しい反対を受けた。
セーナーナーヤカは大胆に人口を分散させる計画を立て、ガル・オヤ計画によって25万人以上を移転させた。さらに農業・土地大臣在職中に始めた農地政策を拡大し、息子のダッドリー・セーナーナーヤカがそれを引き継いだ。また第二次大戦中に急速に拡大した人口と食料不足に直面して、自給自足のために地元の食料生産を増やすことを目指した。アヌラーダプラ、ポロンナルワなどの歴史的に重要な遺跡の改修も同時期に行われた。また、エネルギーに関しては国内での水力発電の拡大を提案した。
首相就任後、セーナーナーヤカは独立国家に必要な機関を設立する手続きを開始した。ほとんどの機関が存在していたが、貿易、防衛、外交に関しては引き続きイギリスに依存していた。彼は騎士の称号を辞退したが、イギリスとの良好な関係を維持し、1950年にはセイロン人として初めて枢密顧問官に任命された。
本籍青森県。日本郵船社員・藤田未類二の長男として横浜で生まれる。横浜一中卒を経て、1921年（大正10年）7月、陸軍士官学校（33期）を卒業。同年10月、砲兵少尉に任官し野戦重砲兵第2連隊付となる。1924年（大正13年）10月、砲兵中尉に昇進。1925年（大正14年）5月、兵科を航空兵科に転じ航空兵中尉に任官し所沢陸軍飛行学校付となる。1926年（大正15年）1月、第21期操縦学生となり操縦訓練を受ける。同年12月、飛行第5連隊付に発令。所沢飛行学校付を経て、1930年（昭和5年）8月、航空兵大尉に進級し所沢飛行学校教官に就任。1932年（昭和7年）3月、飛行第5連隊中隊長に発令され、翌月、満州に出征。1933年（昭和8年）7月、その戦功により個人感状を受けた。1934年（昭和9年）8月、陸軍航空本部技術部付（立川支部）に異動。1935年（昭和10年）2月から1939年（昭和14年）1月まで東京帝国大学航空研究所嘱託を兼務。1935年8月、陸軍航空技術研究所員に移る。1937年（昭和12年）8月、航空兵少佐に昇進。1938年（昭和13年）5月、航研機を操縦し周回航続距離世界記録を樹立した。日中戦争に出征し、1939年2月、華中で戦死し航空兵中佐に特進した。清沢洌の『暗黒日記』では、なぜか海軍中佐と勘違いされている。