北海道大学の学生の吉野航一によると、沖縄県農林水産部はEMの効果について否定的な報告をしているが、商工労働部産業政策課と県教育委員会では科学的に有用な資材であると認識していた。沖縄県の大田昌秀知事と稲嶺惠一知事は、EMを沖縄発の有望な技術として期待した。沖縄の経済発展を希求する県上層部にとって、EMへの科学的評価が政策における重要な判断材料ではなかった。国政レベルにおいても、EMへの批判的な検証を行なうことなく、比嘉が語るEMの「科学」に沖縄の経済発展の希望が見出されていた。沖縄本島中部にあった具志川市（現うるま市）で、EM推進派の市長と反市長派市民団体の対立があった。監査請求では行政側によるEMの科学的有効性の立証責任は問われず、裁判ではたとえ科学的な立証がなくてもEMに期待した政策判断は行政が持つ不可侵の聖域として認められた。サイエンス・ライター片瀬久美子（批判側であり中立な立場ではない）は、EMの河川に及ぼす影響を検討した自治体の報告をまとめている。EMの水質浄化に否定的な広島県・福島県・茨城県に対し、EM関連企業・団体が行った抗議内容も公開されている。
山形大学理学部物質生命化学科准教授の天羽優子は、「環境教育の教材としてのEMはニセ科学であり、教育で使うには不適切であることは明らかである」「大人がEMを使うことを自らの判断で行うのであればそれは自由だが、教材を自分で選ぶことができない児童や生徒に使用させるのは大変良くないこと」と主張しており、2015年の夏頃から、Change.orgという署名募集サイトで「小中学校におけるEMの利用を止めてほしい」という署名活動を行った。天羽は、この署名活動によって、「EMによる環境浄化は、面倒な文献調査をしなくても、文部科学省の通知で注意喚起されている教材にあてはまるという判断がしやすくなったと考える」と述べている。
NPO法人環境学習ネットワーク(EL-net)は「EMを使用した環境教育に取り組んでいる方々などに活動しやすい体制を整える登録制度」として「環境学習アドバイザー」の資格を導入した。平成26年度（2014年）から、特定非営利活動法人地球環境共生ネットワーク(U-net)新規事業として研修会が開始された。EM関係者を環境アドバイザーとして環境教育や勉強会に派遣する自治体もあり、福島県いわき市、和歌山県が派遣する環境学習アドバイザーには「EMぼかしを使った肥料作り」の指導を行う者がいる。千葉の生ごみ資源化アドバイザーにも「EMぼかし作り」を専門とするアドバイザーがおり、千葉市では公開講座として「生ごみ処理～EMぼかしづくり～」を実施している。
2009年は新たにIJFが導入した世界ランキング制度がスタートした。最初の大会となった2月のグランドスラム・パリ（旧フランス国際）で第3シードの中村は1回戦で07年世界選手権覇者石俊杰を破るなど順調に勝ち上がり、3回戦で第6シードの宿敵・西田と対戦。前年の講道館杯と同様、厳しい組み手で西田に柔道をさせず、指導2で優勢勝ち。ところが準決勝で地元フランスの伏兵オードリー・ラリッツァに隅返で敗れて、今大会4年連続で3位に終わった。続くグランプリ・ハンブルク（旧ドイツ国際）。中村は1回戦から体落、横四方固、GS小外刈（有効）、崩袈裟固（技有）と積極的な柔道で決勝に進出した。決勝では中国の何紅梅をGSの末に大内刈で降し優勝。この大会の1回戦で負傷棄権した西田に差をつけ、大会終了時点で世界ランキング2位となった。2009年世界選手権の最終選考試合となった4月の全日本選抜柔道体重別選手権。中村は1回戦、準決勝と相手に付け入る隙を与えず1本勝ちで決勝へ。ライバル西田と通算4度目の対決となった決勝戦。中村は小内刈で西田を腹這いにさせるなど優勢に試合を進めたが、両者ポイントなく延長戦へ。ところが延長戦に入ると西田が小内で反撃し中村はペースを取り戻せないまま試合終了。判定は延長戦で主導権を握った西田に旗3本で中村は優勝を逃した。しかし、直接対決が僅差だったため、世界選手権代表に選ばれたのは世界ランキング上位の中村だった。世界選手権の前哨戦となる5月のグランドスラム・モスクワ。中村は初戦から順調に勝ち上がり、決勝で世界ランク1位のナタリア・クジュティナと対戦して指導2で優勢勝ち。グランドスラム初優勝を果たして弾みをつけた。6月の全日本実業柔道団体対抗大会では1勝1分けでチームは2位だった。ところが7月、スペインでの代表強化合宿で左ひざ前十字靭帯を損傷。全治5～6週間と診断され世界選手権を前に試練に見舞われた。同年8月27日の世界柔道選手権において中村は安定した試合運びで勝ち上がり、準々決勝ではGS指導で、準決勝は指導による反則勝ちで決勝戦に進出した。決勝戦では傷めている左足から繰り出した大外刈で、ベルモイに技ありの優勢勝ち。この階級で楢崎教子以来、10年ぶりの世界王座を獲得。世界ランキング1位に躍り出るとともに2段に昇段した。優勝後のインタビューでは、「(オリンピックでの敗戦は)世界選手権で勝ったといっても解消できない。オリンピックで負けたのだから、オリンピックでしか返せないと思います」と語った。世界選手権優勝で講道館杯を免除された中村は12月のグランドスラム・東京で、その講道館杯を制した西田と準々決勝で対戦した。中村の厳しい組み手に西田は自分の柔道ができず、中村が有効で優勢勝すると、その後も順調に勝ち進み決勝ではスロベニアのペトラ・ナレクスを崩上四方固で破って優勝を飾った。