2008年4月以降、東京女子医科大学の隣に設置された『先端生命医科学センター (TWIns)』に研究室を構える。文部科学省私立大学学術研究高度化推進事業（早稲田大学ハイテク・リサーチセンター）やグローバルCOEプログラム『実践的化学知』教育研究拠点（生体機能部門）のメンバーとなり、多くの大学院生、研究員、共同研究先と医・理・工融合研究を推進している。2014年1月、常田研究室出身の小保方晴子（理化学研究所ユニットリーダー）が新型万能細胞STAP細胞を発表する。常田も取材に応じて小保方をたたえており、自身が早稲田大学AO入試で面接官をした時や彼女が実験をしていた時の様子を語っていた。しかし、Natureに掲載された論文や博士論文について文章盗用や画像転用の疑惑が生じる。更に副査のバカンティ教授が論文を読んでいないことまで明らかになり、早稲田大学が小保方の博士論文に関する調査委員会を設置する事態に発展。文章盗用の疑惑は常田研究室や理工学学術院の他の博士論文にも波及し、早稲田大学はこの問題についても調査を開始、先進理工学研究科全ての博士論文を調査することになった。7月17日には小保方博士論文の調査結果が発表され、常田ら指導教員の責任も厳しく指摘された。この報告では、常田が十分な指導を行えていなかったことも指摘されている。
千葉大学の研究生、理化学研究所基礎科学特別研究員を経て、1996年に早稲田大学理工学部応用化学科に平田彰の元で講師として着任。平田・常田研究室として、排水処理等の研究に取り組み、同分野ではトップクラスの研究室となる。21世紀COEプログラム『実践的ナノ化学教育拠点』のメンバーにもなっている。2006年には教授に昇進し、大学の再編に伴い2007年には先進理工学部 生命医科学科（先進理工学研究科 生命医科学専攻）へ異動する。東大時代に尊敬していた先生の影響で、10年ごとに新しい研究テーマを立ち上げ、研究室が活気を持つように配慮している。複合微生物やバイオフィルムの数理モデル、シミュレーションに関する研究も行っている。
1575年12月30日（天正3年11月28日）、尾張国および美濃国は、織田信長より正式に家督を譲られた嫡男織田信忠に扼されることになる。なお、それからまもなくの1576年1月27日（天正3年12月27日）、知多郡を支配下に置き、織田信長・松平元康の間を取り持って清洲同盟を成立させた立役者でもあった水野信元が讒言を受け、織田信長の命により松平元康に誅殺されるという不可解な事件が起きている。やがて1582年6月21日（天正10年6月2日）に起きた本能寺の変により、信忠は二条城において奮戦するも最後に自刃して果て、水野氏を離れ織田信忠の家臣となっていた中山勝時も、このとき信忠に殉じている。明智光秀の反乱を短期間に抑えた羽柴秀吉は7月16日（旧暦6月27日）に柴田勝家・丹羽長秀・池田恒興と共に清洲会議を催し、この席で信長の次男織田信雄の尾張国相続が決定される（美濃国は信長の三男織田信孝が相続）。織田信雄は初め秀吉に与し、柴田勝家に呼応した異母弟の信孝を討つなどして領国を広げたが（尾張国・伊勢国・伊賀国）、次第に秀吉と対立、小牧・長久手の戦い（1584年（天正12年））の結果としてこれに服属するも、小田原征伐（1590年（天正18年））の論功行賞でなされた国替えの命令を拒否したことにより改易され、ここに織田信雄の尾張国支配も終止符が打たれることになる。信雄追放によって新たに尾張国に封ぜられたのは、秀吉の甥にあたる豊臣秀次である。ただし秀次は1592年2月11日（天正19年12月28日）に秀吉から関白職を譲り受けて常に在京することになり、尾張国の実質的な支配は秀次の父である三好吉房があたっていたとされる。豊臣秀頼の誕生を機に秀次との関係に微妙な緊張が走り出した1593年（文禄2年）頃から、秀吉は鷹狩りを名目として尾張国の監察に赴いたり、奉行を派遣して実地調査を行わせるようになるが。その目的は秀次の失政を追及することにあり、後の秀次事件（1595年（文禄4年））が引き起こされるための布石のひとつともなっている。この秀次事件によって豊臣秀次は自刃、三好吉房も流罪となり、尾張国はいったん秀吉が掌握した後、清洲城を与えられた福島正則の支配下に入ることになる。この福島正則執政期の尾張国は、旧秀次領を没収して引き継いだ秀吉直轄領（豊臣氏蔵入地）、福島正則領、黒田城主一柳直盛領・犬山城主石川光吉領などが入り組んでおり、洞迫間村一帯を含む知多郡・愛知郡南部は福島正則預かりの秀吉直轄領であったとみられる。秀吉の死後勃発した関ヶ原の戦いはさらに諸大名の変動を引き起こし、東軍に与した福島正則は安芸広島49万8,000石の領主に栄転、一柳直盛も伊勢神戸城主として加増転封（3万5,000石→5万石）、西軍に与した石川光吉はその領地を没収されるなどした結果、福島正則が去った清洲城には徳川家康の四男であった松平忠吉が入城、忠吉の家老であった冨永忠兼と小笠原吉次がそれぞれ黒田城主と犬山城主に封じられている。ただしかつての秀吉直轄領であった知多郡などでは、土着の水野氏や千賀氏に対して徳川家康から領地を分与されていることから、松平忠吉の支配に属さず徳川家康直轄地（徳川氏蔵入地）であったとみられる。