倭姫の命は天照大神を祀る宮を定めるため、数国を経たのち現在地に伊勢神宮を創建し、祭祀や神職の制度を定め、神道の基礎を作ったと伝えられるが、明治以前は倭姫命を祀る神社は作られなかった。明治20年ころより宇治山田町（現在の伊勢市中心部）の住民を中心に、倭姫命を祀る神社を創立すべきという声が高まった。宇治山田町は1906年（明治39年）に市制を施行し宇治山田市となり、市長が先頭にたち倭姫命を祀る神社の創立の許可を1912年（大正元年）に国会に請願し、1919年（大正8年）に帝国議会で創立の予算が可決され、1921年（大正10年）1月4日には内宮別宮としての創立が決定し、1923年（大正12年）11月5日、外宮と内宮の中間に近い倉田山にて鎮座祭が執り行われ創立された。1945年（昭和20年）の宇治山田空襲では、2月15日に付近で焼夷弾による火災が発生、7月29日に宿衛屋が焼失したが、本殿は無事であった。
倉田山に隣接する間の山（あいのやま）に尾上御陵（おべごりょう）と呼ばれる小さな古墳がある。この尾上御陵を倭姫命の陵墓とする伝承にちなみ、御陵のある常明寺門前町は1868年（明治元年）に倭町（やまとまち）と改称した。尾上御陵は円墳とする説と前方後円墳とする説がある。宇治山田町民を中心に1886年（明治19年）に、民家から発生した火災の神宮への延焼を防止するなどを目的とする財団法人神苑会が結成され、神苑の美観と清浄を確保するなどの活動を行なっていた。神苑会は1891年（明治24年）に外宮前に日本最古の産業博物館である神宮農業館を創設した。神宮農業館は1905年（明治38年）に倉田山に移築された。明治天皇の行幸で神宮へ参拝するための道路の整備が問題とされ、自動車が通行できる道路が倉田山を経由して作られることになった。この道路は1910年（明治43年）に竣工し、御幸通りと名付けられた。1911年（明治44年）には神苑会による、ヴェルサイユ宮殿を模した前庭を持つ神宮徴古館が完成した。神宮徴古館には貴賓室が設けられ、大正天皇などの休息に使用された。1882年（明治15年）に内宮近くに創立された神宮皇學館（現在の皇學館大学）が1919年（大正8年）に移転するなど、文教地区としての倉田山開発が進んだ。付近に尾上御陵があることもあり、倭姫宮は倉田山の一角を開削して作られることになった。尾上御陵は倭姫宮創建後の1928年（昭和3年）10月に倭姫命御陵墓参考地に指定され、宮内庁に管理されている。
1885年7月8日、ホルシュタインのプレーツ(Preetz)に生まれる。プレーツの中学校を卒業した後、キールの高校へ進み1905年にアビトゥーア試験に合格。以後テュービンゲン大学、マールブルク大学、ミュンヘン大学、キール大学で医学を学び、1915年に博士号を取得した。1912年から1919年まではドイツ帝国海軍に軍医将校として勤務。この間に潜水艦医務局(Sanitätswesen der U-Boote)の設置に関与している。ヴィルヘルムスハーフェンの造船所にて医務室付医師として勤務していたが、1919年以降は故郷プレーツに戻り1934年まで開業医として務めた。1926年7月7日、国家社会主義ドイツ労働者党(NSDAP)に入党（党員番号39,913）し、また1933年11月5日には親衛隊に入隊（隊員番号207,954）を果たしている。1934年、彼は臨時に国軍省付予備海軍士官(Ersatz-See-Offizier)として大ベルリンの病院にて1年間勤務した。1937年2月1日、フリードリヒ・カール・デルミーツェルの後任として親衛隊髑髏部隊の指揮官となる。テオドール・アイケが親衛隊髑髏部隊長兼強制収容所総監(Inspekteur der Konzentrationslager)に就任すると、ゲンツケンは医師長(leitenden Arztes)に就任した。彼が担う任務は収容者らの治療で、各収容所付医師らは医師長たるゲンツケンに対して毎月収容者のうち傷病者らの数や病院棟の状況などを報告する義務があった。この報告に基いて各収容所への医薬品・衛生物資の供給が行われていたが、ゲンツケンはあえて要求を下回る量の供給しか行わなかったという。またゲンツケンは断種法である「遺伝病子孫予防法」(Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses)に基いて各収容所に強制不妊手術を行うように命じている。ヴュルツブルクの精神科医ヴェルナー・ハイデはゲンツケンの要請を受けて収容者に対する不妊処置の法的正当性を説く報告書を作成し、遺伝健康裁判所に提出している。1939年秋から1940年まで、ゲンツケンは髑髏師団の衛生部に勤務した。1940年4月から敗戦までは武装親衛隊衛生部長官を務めると共に強制収容所収容者に対する各種の人体実験の責任者であった。ブーヘンヴァルト強制収容所にて腸チフス治療実験を行っていた医師エルヴィン・ディン＝シューラーとは個人的な面識があったという。なお、1943年までに親衛隊中将(Gruppenführer)及び武装親衛隊中将(Generalleutnant der Waffen-SS)に昇進を果たしている。戦後、医者裁判にて裁かれる。1947年8月20日、終身刑を宣告される。後に懲役20年に減刑。1954年4月17日、ランツベルク刑務所から釈放される。