1943年（昭和18年）8月20日、呂百型潜水艦6隻で第五十一潜水隊が新編され、9月1日に同隊司令に就任する。この艦級は小型の二等潜水艦で、防御的性格である。9月1日時点で第五十一潜水隊には呂100、呂101、呂103、呂104、呂105、呂106、呂108、呂109の8隻があり、各潜水艦長の階級は大尉、年齢は二十歳代で、経験は浅かった。呂101は9月15日に撃沈されている。加藤は整備中の呂104、呂108を除いた各艦を率いてラバウルに進出し、南東方面艦隊（草鹿任一司令長官）の指揮下で作戦行動に入る。直属上官は第七潜水戦隊司令官の大和田昇少将である。しかし1944年（昭和19年）2月17日のトラック島空襲により、日本海軍の一大根拠地であったトラック基地所在の艦船、航空機は壊滅的打撃を受け、第五一潜水隊は先遣部隊に編入された。呂106、呂108は甲潜水部隊に加わり、米機動部隊の迎撃に出撃し、呂104、呂105、呂106、呂109は潜水艦輸送に従事。作戦輸送は13回行われ、うち12回で成功を収める。呂104はいったん日本へ帰還し、呂117が編入された。
千代田はミッドウェー海戦に出撃しているが、加藤が乗艦していたかは不明である。1942年（昭和17年）6月には第六潜水隊司令に補されたが、2月弱で第三十三潜水隊司令に移る。この部隊は呂六十型潜水艦の3隻、呂63、呂64、呂68からなり、ミッドウェー海戦後のアリューシャン方面の守備を固めるため、日本の北方を担当する第五艦隊に編入されていた。加藤はキスカ島方面の守備にあたる。麾下の潜水艦は、呂64が、ナザン湾口攻撃に参加したが、9月15日に行われた米軍の空襲で、呂63、呂68は損傷を受け、潜水隊は呉鎮守府部隊に編入となり、練習艦となった。
同年11月、岩佐直治、秋枝三郎が第一期講習員として発令され、千代田乗組みとなる。翌月には加藤も千代田乗組みを命じられた。甲標的乗員の訓練は千代田艦長の原田覚が責任者であったが、加藤は訓練指導官として講習員の直接指導を行った。第一期訓練は1941年（昭和16年）3月に実施され、加藤は4月から呉海軍工廠附を兼任し、また同月に松尾敬宇、酒巻和男、伴勝久ら士官、下士官計22名が第二期講習員に発令された。甲標的乗員に対する訓練は呉海軍工廠における座学、潜水学校における机上襲撃演習、基礎訓練、母船からの発進訓練、碇泊艦襲撃訓練と難度を高めていった。初期の洋上訓練は、殉職者が生まれても不思議ではない困難な様相であった。しかし8月には航行艦襲撃訓練に移り、18日には実際の魚雷発射は行っていないものの成功を収めた。9月には応用訓練に入り、夜間における港湾進入、脱出にも成功している。乗員たちは研究会を開いて研鑽を積んでいたが、日米戦争が現実のものとなった場合、甲標的が投入されるべき艦隊決戦が生起するのかが問題となった。岩佐は加藤に港湾進入攻撃について相談し、そのうえで原田に対し意見具申を行った。原田は甲標的の洋上襲撃に疑問を抱いており、岩佐の計画案を具体化し、また有泉龍之助の賛同を得る。こうして甲標的による真珠湾攻撃計画が連合艦隊司令部に上申された。ただしこの経緯については疑問点も指摘されている。11月15日、特別攻撃隊として真珠湾攻撃に参戦することとなった10名の乗員は千代田を退艦。12月8日の攻撃で酒巻和男は捕虜となり、他の9名は戦死して九軍神とされた。加藤は出撃に際し、甲標的の搭載、発進試験などの指導を行っている。
アレクサンデル・クファシニェフスキ大統領政権下 (1995-2005)、1997年から2000年までイェジ・ブゼク内閣 (1997-2001) の外相を務め、特にポーランドの北大西洋条約機構 (NATO) および欧州連合 (EU) 加盟に尽力した。1998年、欧州安全保障協力機構 (OSCE) の議長に就任。カール大帝賞を受賞。2000年12月に外務省賓客として来日し、河野洋平外相と会談。早稲田大学から名誉博士号を授与された。ポーランドの欧州連合加盟後の2004年に自由連合から欧州議会議員に選出された。さらに議長候補に推されたが、ゲレメクの得票208票に対してスペインのジョセップ・ボレルが388票の絶対多数を獲得した。ポーランドでは1997年に、公職に就く者が1944年7月22日から1990年5月10日までの期間の国家保安機関における活動もしくは勤務またはそれらの機関と協力したか否かについて、国民記憶機構への声明の提出を義務づける「浄化法」が成立し、以後、その定義・対象が拡大され、とりわけ、2007年に成立した改正法（情報開示法）では約70万人を浄化対象者とし、新たに対象とされたジャーナリストや知識人を中心に厳しい批判と市民的不服従の動きが広がっていた。2007年、ゲレメクが情報開示法に基づく浄化声明の提出を重ねて拒否し、国家選挙委員会が声明の不提出は欧州議会議員の地位の喪失をもたらすという態度を示したために、欧州各国でゲレメクを支持する声が上がった。ハンス＝ゲルト・ペテリング欧州議会議長にゲレメクの地位喪失の通知を提出したポーランドのルドヴィク・ドルン下院議長は、「状況は私にとっては明らかだが、このように国際的な反響を呼んだ以上、すべて法に従って行われたことを誰にも疑われないような対応が必要である」とし、ペテリング議長と非公開の会談を行った。ゲレメクは、この情報開示法は「民主主義の欧州では受け入れ難い」、「現行のままでは道徳規則に違反し、言論・報道の自由、報道機関の独立性、大学の自治を脅かす」と説明した。ドイツのマルティン・シュルツ議員は、人権侵害国の欧州理事会での投票権の剥奪について定めたニース条約第6条・第7条に言及した。5月11日、ポーランドの憲法法廷は浄化法改正法をその大部分において違憲とした。2006年、アンリ・リーベンの遺志を継いでスイス、ローザンヌ大学内欧州ジャン・モネ財団の代表に就任した。欧州ジャン・モネ財団は欧州統合の父ジャン・モネが設立した学術機関であり、モネをはじめとし欧州統合に尽力した人々の個人文書を管理している。