主人公を陣形から外した「控え」状態にすると、主人公が「コマンダー」として指揮を担当する。大まかな戦法を指示し、それに従って他のメンバーが自動で行動する。戦闘中でも陣形の変更が可能となり、毎ターン HP が自動で少量回復するほか、一部を除いた状態異常も治る。主人公は装備していないアイテムを自由に使える「バックパック」での援護も可能。また、複数のメンバーが一度に動いて攻撃する陣形技が使用できる。技をベースにした「合体技」や、術をベースにした「合成術」があり、各陣形にそれぞれ陣形技が割り当てられている。合体技は通常の技と同じく閃いて覚える必要がある（基本技として使用できる場合は例外）。複数の陣形に対応した陣形技は、一度閃けば対応する陣形全てで使える。ただし「バックパック」を使ったターンは、陣形技を選ぶことはできず、基本的な攻撃や陣形技を自動的に使う。それぞれの合体技・合成術には、必要な「武器・術の系統」が設定されており、それらを所持・修得したキャラ同士を、特定のポジションに配置することで使用可能。合成術は、キャラクターが習得している術系統によって発動する術が違う「スペルフュージョン」、ダンジョンから奥義書の入手が必要な「上位の合成術」に大別される。陣形技の場合、技・術問わず、発動にはターンごとに蓄積される「陣形専用のWP」を消費する（達人効果の影響は受けない）。攻撃性能自体は、通常の行動と同じように「基本的な性能」を持つほか、それに加えて参加人数による補正がかけられている。ただしサガシリーズの中では珍しく、ダメージの上限が9999までであり、これは陣形技でも変わっておらず、本来の性能を発揮しきれない場合が多々ある。
戦闘で扱う武具を含めた各種アイテムは、1種類あたり99個まで所持できるがパーティが一度に所持できるアイテムの種類には制限があり、オーバーした分は「倉庫」に預けて保管できる。倉庫には種類ごとに武具は各9個まで・その他のアイテムは各99個まで預けられる。また、倉庫に預けられるアイテムの種類には制限は無い。
宝箱を開ける・一部の敵を倒す・所持品を売却するなどの手段で入手でき、各種店舗にて武具及びアイテムの購入や、船での移動代に使うことができる。本作内での通貨単位は「オーラム」と呼ばれ、手持ちの最大値は10000であり、超過すると「銀行」に自動的に預けられる（戦闘で入手した場合は超過分が預け入れられず、捨てられる）。銀行は町施設の一種として存在し、「引き出すこと」はできるが任意に「預け入れること」はできない。一部、銀行を利用できない主人公もいる（後述）。
地域間の移動はマップを選択・指定する方式で、「世界全体のマップ」「地域ごとの小マップ」に分かれている。船で新地域に行ったり、街などで情報収集をすると、マップに地名が書き込まれ、基本的には以降自由に行き来できる。物語を進めると世界地図自体が広がり、より多くの地域に行ける。フィールド（町やダンジョンを含む）では、方向キーで上下左右への移動が可能（斜め方向への移動は原則不可能）。特定のボタンを押しながらの移動はダッシュとなり、移動速度は上がるが、ダンジョンでは敵の姿を視認しにくくなり、その状態で戦闘に突入すると不利になる（後述）。また、町などの原則戦闘が発生しないフィールドでは、特定のボタンを押すと屋内にいる場合は屋外へ、屋外にいる場合は「地域ごとの小マップ」に簡易移動する機能がある。
こうして、他機種への移行を潔しとしない、コアなMSXユーザーを主対象とする形で、完全に新作ソフトが発売されなくなり、ライバル誌MSXマガジンが1992年に休刊した後も、発行は続けられた。読者を確保するため、定期購読も開始した。だが、MSXユーザーの減少には歯止めがかからず、定期購読者の人数も確保できなくなり、休刊が決定する。このころ、最後のMSXマシンであるFS-A1GTも生産中止。裏表紙は松下製MSXの広告が定番だったが、1994年6-7月情報号からは松下製ワープロの広告に切り替わった。この広告変更について、編集長の北根は翌1994年8月号の編集後記にて、生産中止になったことの示唆と「それでもMSXの部隊だったワープロ事業部がMSXではないけれど、こうして広告を引き続いて入れてくれているのは……。松下電器さんは多くは語らない。我々は、だからその気持ちや心意気をよくよくかみしめたいと思う。」と異例のコメントを寄せている。1994年10月号にて、出版界では異例ともいえる、休刊の事前予告を行った。この異例の休刊予告は、後述のパソコン通信化のアイデアともども、発行人の山森尚の発案であることが誌面で語られている。このとき一年（6号）という区切りが予告された。これは、3号前の1994年4月号から募っていた定期購読の申し込み単位と同じであり、即時休刊した場合に返金処理が発生することとの兼ね合いもあったことが窺い知れる。この終末までのカウントダウンは、結果として読者である残存MSXユーザーに対して「休刊後」に向けての覚悟や気持ちの整理を促すこととなり、欄外に設けられた読者からのひとことコーナー「Mファンにいいたい放題！」では編集部への謝意が多数寄せられた。雑誌媒体にこだわらず存続を模索するアイデアの一つとして、有料会員制のパソコン通信化する是非を問うアンケートを1995年2月号で行った。しかし、その結果は、半数が「参加したいがモデムがない」と回答するなど、パソコンユーザーとしては低年齢かつエントリーユーザーの多いMSXユーザーの傾向が浮き彫りとなり、事業化は不可能と判断された。なお、同じアンケートによる読者の年齢分布によると、そのピークは18歳となっている。そして事前予告どおり、1995年8月号（7月発売）をもって休刊となった。最終号の公称部数は8000部である。最終号の各投稿作品コーナーでは通常の倍以上の作品が掲載された。最終号での掲載に間に合わせるべく投稿が殺到し、投稿数も通常の3倍以上となった。また前号と合わせて同人サークルの自己PRスペースが設けられ、商業誌に頼らずユーザー自身の手でアマチュア活動を続けていくよう促された。一方で、何らかの形で作品発表の場を残していくための模索も休刊カウントダウンに並行して進められており、1995年4月号では手持ちのプログラム開発環境やゲーム機も含めた所持マシンについて問うアンケートが実施された。その結果は、姉妹誌のPC Engine FAN誌に場を移し、MSXやPC-9801でPCエンジンのクロス開発が可能な簡易開発キット「でべろBOX」の発表という形で結実した。