この新潟県中越地震で被災・避難した2頭の犬が、書籍が刊行されるなどして広く知られている。1頭は山古志村にいた「マリ」で、全村民が村外避難を余儀なくされたことで、マリをはじめとする犬などのペットは置き去りとなった。地震後4日目からは獣医師などがヘリで村に入り、犬や猫への給餌を開始した。マリは地震当日の朝に出産していた3匹の子犬を守りつつ16日後に救助された。しかし避難所にはペットは入れず、マリと子犬たちは一時飼い主と離れることとなった。マリの話は絵本で紹介され、2007年には『マリと子犬の物語』として映画化された。もう1頭は小国町にいた盲導犬の「クララ」で、視覚障害者の女性とともに避難所に入った。避難所での動物の受け入れについて定めたマニュアルはなかったが担当職員が許可し、避難所にいた住民も犬を受け入れた。クララは避難所に盲導犬が入った日本初の事例であり、2005年に出版された『震災にあった盲導犬クララ』で紹介された。新潟県中越地震で被災した犬は約2,000頭、猫は約3,000匹と推定されている。
地震から6年後の2010年10月までの復旧費用の総額は2,000億円以上で、内訳は道路や河川や土砂災害復旧などの公共土木施設に約1,293億円、農地や農業用施設に約341億円などである。
地震のシーンが多いテレビ番組は放送を中止または延期するなどした。たとえば、地震の2日後の10月25日に放送予定だった読売テレビ制作の『ブラック・ジャック』の第3話「Karte03：ひったくり犬」は本編に地震のシーンが多かったことから放送延期とされ、冒頭で事情を説明したうえで『Karte00：オペの順番』の再放送を行った。なお、「ひったくり犬」は2006年に放送された。また、11月4日放送予定だったテレビ東京制作の『ポケットモンスター アドバンスジェネレーション』でも地震のシーンがあったことから、新潟県の一部でテレビ東京が視聴できる地域があることも配慮して翌週（11月11日）放送予定だった回を繰り上げて放送した。なお、現在でもこの話は放送されていない。（いわゆる欠番。また、ポケモン図鑑から封印されている。）
影響は震源地周辺だけではなく、北陸新幹線や首都圏の私鉄や地下鉄も運転を見合わせたり、遅れが発生したりした。また、首都圏のJR各路線で使用する電力の半分は被災地周辺の水力発電所で賄われており、小千谷市や川西町にまたがるJR東日本保有の信濃川発電所（44万9,000キロワット）に大きな被害が発生したため、発電不能となった。このため、ほかの発電所の発電量を増やしたり、東京電力から電気を購入したりするなどして対応で凌いだ（2006年3月14日に復旧工事が終了し、通常の発電出力に戻る）。この地震では長周期地震動による被害も発生した。震源から200キロ離れた東京では有感震度は3であったが、六本木にある森タワーのエレベーター6基が緊急停止、うち2基で乗客各1名が一時閉じこめられた。原因は地震動によるワイヤの共振と見られ、うち1基では8本あるワイヤの1本がエレベータ坑側壁の金具に接触し切れていた。
農業は大きな被害を受けた。川口町や小千谷市では、地震の影響で水田が液状化したり、棚田が崩壊するなどの被害も見られた。これにより、翌年の米の耕作作業と収穫量に大きく影響した。闘牛（牛の角突き）の盛んな山古志村には多数の牛がいたが、地震発生時に牛舎が倒壊して約半数が死んだ。生き残った牛も全村民の避難時に村に置き去りとなったが、まもなく住民が余震の続く中を村に戻り、山道を移動したりヘリコプターで空輸したりするなどして数日内に全頭を救出した。山古志村では錦鯉も養殖されていたが、地震により棚池の底にひび割れができて水が失われたり、棚堤防が決壊して流失したり、土砂崩れに埋まったりするなどして約80パーセントの錦鯉が死んだ。生産者らは生き残った錦鯉を救出し、ヘリコプターにて村外へ搬出した。
その後、上杉定正の死後に家督を継いだ朝良 （道寸の従兄弟）と和睦して、台頭してきた安房国の里見氏と同盟を結んだ。同時期の明応4年（1495年）、西相模を抑えていた小田原城の大森藤頼（道寸の母方の叔父にあたる）が、駿河今川氏の軍師・伊勢宗瑞（北条早雲）によって城を奪われるという事件があった（ただし、その年次については明応5年（1496年）以後とする異説あり。また、藤頼が山内上杉家の上杉顕定に降ったため、早雲に攻撃させたという説もある）。早雲は伊豆国と小田原を本拠に、次第に独立して戦国大名化し、関東へ本格的に進出を始める。道寸は藤頼を保護してこれと争うが、早雲は山内上杉家と対抗するために明応7年（1498年）、上杉朝良・三浦道寸に対して同盟を提案する。話し合いの結果、顕定が守護職であった伊豆を二分（早雲が伊豆半島を、道寸が伊豆諸島を領有）する事で和解が成立した。その後、早雲と朝良は上杉顕定を立河原の戦いで破ったが、やがて両者は対立するようになり、必然的に扇谷上杉家傘下の三浦氏とも対立することになる。これに対して義同は永正7年（1510年）、小田原城の早雲を攻め、逆に早雲も岡崎城に攻撃を加えた。