バダフシャーン州はイスラム協会の幹部のブルハーヌッディーン・ラッバーニーの出身地であり、アフマド・シャー・マスードの出身地にも隣接していた為、イスラム協会の拠点の1つだった。ラッバーニーは1993年にカーブルでアフガニスタン・イスラーム国の大統領に就任したが、すぐに内戦が始まった。1996年にターリバーンはカーブルを占領し、1997年から1998年にかけて近隣のクンドゥーズ州やバルフ州、バグラーン州の州都を次々と占領した。バダフシャーン州でもイスラム聖職者の反乱が起きたので、ラッバーニーはタジキスタンに亡命した。1998年の2月と5月にはマグニチュード5.8とマグニチュード6.6の地震が発生し、バダフシャーン州やタハール州を中心に数千人の住民が死亡した。バダフシャーン州ではその後も2002年から2011年までの約10年間で、3回の中規模地震と1回の大規模地震が発生している。無人の山中で地震が発生し被害が無い事も多いが、2002年3月のアフガニスタン北部地震（Mw7.4）ではバダフシャーン州やタハール州で300戸の住宅が被害を被った。
1979年には、ムジャーヒディーンと侵攻したソ連軍の交戦の中心となった。1980年、ファイザーバードはソ連軍によって攻略され、以降ソ連の主要な防衛拠点となった。
13世紀後半、中国に向かう途中のマルコ・ポーロがバダフシャーン州を訪れた。その頃のバダフシャーンは巴達哈傷と呼ばれており、タジキスタンのゴルノ・バダフシャン自治州と合わせて4面12行程の広大な王国があったと言う。住民は独自の言語を持ち、獣皮の服を着て羊を飼っていた。王はアレクサンダー大王とダリウス王の娘の子孫であり、「ズルカーネイン」の称号を名乗って居たと言う。街は防御に適した高地にあり、寒さは厳しいものの頂上部の広大な台地には草木が生い茂り、水や魚や鳥が豊富で良質な小麦が採れ、良馬を産出し、かつてはブケパロスの子孫が居たという伝説もあった。その他に碧玉や群青、銀・銅・鉛なども産出し、特にバラス紅玉（Badakhshi Ruby）は国王が独占的に採掘していた。空気が綺麗で硫黄泉もあったので、マルコポーロは1年間滞在して病気を治したと言う。
古代のインダス文明はメソポアミア・ハラッパー路を通じて、金などの貴金属や木材をメソポタミア文明に輸出していた。ガンダーラの首都はパキスタンのタキシラにあり、ジャララバードからクナール川沿いの渓谷をチトラルまで登ってバダフシャーン州のコクチャ川に至り、川沿いの渓谷を下ってタハール州に入りパンジ川に達する古道は、ヒンドゥークシュ山脈を越えてアムダリヤ川に達する重要な街道の1つだった。またこの街道沿いにはラピスラズリを産出するサリ・サング鉱山があり、メソポタミア文明に対する重要な輸出品の1つとなっていた。
バダフシャーン州は北海道の半分ほどの面積を持つ州である。パミール高原の外縁部やヒンドゥークシュ山脈に位置し、パンジ川とコクチャ川の２つの流域がある。パンジ川はワハーン回廊から西へ流れ出て、途中で北へ大きく向きを変える。州の北部はパンジ川に沿って逆U字型をしている。流域にはタジキスタンのイシュカシムやホログ、ダルワーズ（Darwaz）、バダフシャーン州のクワハーン（Khwahan）などの町があるが、険しい山脈の間を縫って進む。一方、パミール高原のすぐ南にはヒンドゥークシュ山脈があり、Kuh-e Bandaka山（6812メートル）のような険しい高山が西へ向かって続いている。コクチャ川は州南部のクラン・ワ・ムンジャン郡の辺りの標高5000メートルを越える険しい山脈から流れ出すが、すぐに標高を落として州の中央を北へ向かって流れていく。その後コクチャ川はジュルム（Jurm）やバハーラク（Baharak）の辺りで西に向きを変えて、州都ファイザバードの辺りを頂点とした逆U字型で流れ、キシム（Kishim）の町がある比較的大きな盆地に出る。Kishimから西に進むとタハール州の州都タールカーンがあり、そのまま北西に進んでパンジ川に合流する。
バダフシャーン州からタジキスタンの南西部にかけての一帯は、かつてバダフシャーンと呼ばれていた。またファイザーバードの前に首都があったBaharakによるという説がある。
荘園制がくずれ、地方の政治に一定の責任をもつという意味での領主層の誕生は戦国時代にはじまる。それは、守護大名とは異なり戦国大名が基本的には現地に居住したこと、また、それぞれ分国法と呼ばれる法令を公布し、通用させたこと、さらに、それぞれの大名が鉱山開発や農業用水の整備など殖産興業と富国強兵を目指したことに端的にあらわれている。戦国時代には、大名を君主として土地そのものを媒介とする主従関係が発達し、これが江戸時代の地方知行制のもととなっていった。戦国時代を終息させた農民出身の豊臣秀吉は、1582年（天正10年）に太閤検地を開始し、1つの土地に数人のもの者が権利をもつ、複雑な土地所有関係を整理し、土地制度を一新させた。ここに荘園制度を完全に崩壊し、石高制による近世的土地所有を実現し、農民には耕作権を認めるとともに年貢を納める義務を負わせるとともに、大名には所領をあてがうとともに、改易や国替を可能とした。秀吉はまた、1588年に刀狩を実施して、百姓身分から帯刀権を奪い、武器使用を規制して兵農分離を完成させたいっぽうで、近世的な武士身分を創出した。武士は、苗字帯刀を許され、城下町に住まわせることとした。これに前後して武士の間では家紋の研究が流行している。江戸時代の封建領主としては、幕府の徳川将軍家をはじめとして、藩を単位とする1万石以上の大名、1万石未満だが将軍御目見の特権を有する旗本、御目見の特権のない御家人、また石高の高い大名の上級家臣があった。江戸初期には、大名は一定の土地を有力武士（給人）にあたえる地方知行制がとられていたが、給人が勝手に年貢を徴収することもあったため、大名は自ら治める支配領域を拡大し、1690年頃には俸禄制度が一般的となった。これ以後、知行制度をのこす藩の数は全体の17％となった。その知行制度も、明治維新後の廃藩置県によって中央政府が任命した府知事・県令の派遣によって終わり、武士の特権も廃刀令と秩禄処分によって完全に廃止された。