1998年1月26日土曜日に警察はイェーナで極右勢力とものと目される7軒の住居とガレージを家宅捜索したとき、イェーナのロベダにある「浄化装置ガレージ協会」の第5・第6ガレージも捜査対象であった。当局はベアーテ・チェーペが借りていた第6ガレージで爆弾製造装置を押収した。ウーヴェ・ベーンハルトは最初から捜査に居合わせたが、8時半から9時のあいだに自分の車で逃走した。この捜査で、4個の完成しているが信管のないパイプ爆弾と合計1.4キロのTNTが押収された。爆薬として合計で38キログラムのTNTが見つかっている。これらは、旧東ドイツ国家人民軍の地下武器庫第22統括陣営から盗んできたものであった。ガレージでは、「トルコの豚野郎（Türkenschwein）」についての悪口が描かれたフロッピーディスクも発見された。「泥豚のアリ、俺たちはおまえが嫌いだ」とも書かれていた。後に、ツヴィッカウの家の瓦礫にハードディスクが埋まっていて、「消えろ、アリ」という信奉者のビデオの断片が見つかった。パイプ爆弾は、2003年に時効と訴訟手続の中止により、処分された。当時捜査に関わっていた刑事のマリオ・メルツァーは、2013年4月のレポート・ミュンヘンの放送で次のように伝えている。「当時、自分は捜査で邪魔を受けて」いて、それについて何度も憲法擁護庁の上司に苦情を伝えていた。当時のチューリンゲン郷土保全運動のリーダーは擁護庁の雇われスパイであったので、「擁護庁の監視下で」爆弾の調書が作られた。ガレージ捜査のときに憲法擁護庁が、スパイであるティノ・ブラントを守るために、3人のNSUメンバーを「意図的に逃した」のではないかという疑いもその放送で起こった。チューリンゲン州刑事局の首脳部は、レポート・ミュンヘンの番組に対して捜査の詳細情報を提供しないようメルツァーに命じている。しかしメルツァーは、すでに何度もNSU調査委員会に情報提供をしていたにも関わらずである。メルツァー刑事は、家宅捜査の日に別の事件に当たらなければならず、ウーヴェ・ベーンハルトは検問を受けずに逃走できた。メルツァーは、再度抗議したが、その後に移動となった。彼は憲法擁護庁の行動が「ミステリー以上にミステリアスだった」としている。まだ逮捕状が出る前に、ムントロース、ベーンハルト、チェーペは潜伏した。1998年1月28日にゲーラ検察局は、3人の逮捕状を出した。不明なのは、どの程度当局は、その後3人の滞在場所に関する情報をどの程度掴んでいたのかということである。NPD党員であるダヴィッド・ペーターアイト（David Petereit）の家宅捜査時に、NSUは「ドイツ国民の自由を守る戦いにおいて新しい政治的力」を具体化するということが書かれた2002年の手紙が出てきた。トォーステン（Thorsten）・Wによると、その手紙は500ユーロ札の入った封筒で送られていたものであった。後に捜査員は、10件のアドレス帳も発見した。そのなかには、「ドイツ法律事務所」、「国民的政治犯とその支持者のための扶助組織」、刊行物「Foiersturm」、「国家とヨーロッパ」、「北欧新聞」、「兵士（Der Landser）」など、極右組織や雑誌などが含まれていた。
死の灰による電離放射線への曝露による主要な長期的健康被害は甲状腺癌、他の癌腫瘍、および白血病のリスク増大である。放射線被曝とその後の癌リスクとの関係は"よく理解され、最も定量化された、あらゆる一般的な環境における人間に対する発癌性との関係を示している"とアメリカ国立癌研究所の報告書は記している。米国では男性は女性よりも22%も癌の件数が多いが、放射線による発がんの影響については男性よりも女性の方がずっと高い。近年の全米研究評議会とアメリカ合衆国環境保護庁の両方で実施された研究によれば、女性は男性に比べ放射線誘発癌への感受性が以前に考えられていたよりもはるかに高いことが確認された。放射線感受性の高い乳房、卵巣、甲状腺などの女性に特定の器官がこの違いをもたらすと推定されている。アメリカ合衆国環境保護庁の1999年の連邦指針報告書 No. 13 (FGR-13) 「放射性核種への環境曝露のための癌のリスク係数」 (英: Cancer Risk Coefficients for Environmental Exposure to Radionuclides PDF) では、女性は男性より48%も高い放射性核種に関連した癌の死亡リスクを有すると著者達は結論付けている。放射線誘発癌の性別に基づく差のさらなる証拠は、2006年の全米研究評議会によるBEIR VII報告書として知られている「低線量電離放射線被曝による健康リスク」 (英: Biological Effects of Ionizing Radiation-VII Health Risks from Exposure to Low Levels of Ionizing Radiation PDF)(概要の和訳) に掲載され、放射線被ばくに起因するリスクは女性が男性を37.5%上回っていることが発見された。癌の死亡率とは別に癌の発症率を考えると男女による差はさらに大きくなる。同じレベルの放射線被ばくを受けた場合に女性が癌を発症する可能性は、アメリカ合衆国環境保護庁の報告書は男性よりも58%多いと推定する一方で、BEIR VII委員会は52%高くなると結論づけた。男女のリスクの差は特定の臓器について比較するとさらに大きくなる。両方の報告書は共に乳癌、卵巣、肺、大腸、および甲状腺の組織が女性において放射線の影響を受けやすいことを示している。例えばFGR 13は女性の甲状腺癌の発生率の比は男性に対し2.14倍であると推定しているのに対し、BEIR VIIの調査結果は女性は放射線により誘発される甲状腺癌は4.76倍とさらに脆弱であることを示唆している。乳房に対する環境によるリスクへの懸念が高まる中で、BEIR VII報告書が「放射線は乳癌に対し他のリスク因子と相乗的に作用する可能性がある」および「 PCBやダイオキシン類のような内分泌を乱す化学物質が放射線と組み合わされると、単独で作用する場合よりもリスクを増加させる可能性を高める」ことを示唆する調査報告から引用したことは興味深い。それに関連する懸念は、放射性物質は母乳を通過する可能性があることで、風下住民の女性達の中には自分の子供に母乳を与えることに消極的になってしまうのも無理はない。乳児が摂取する放射性物質の量を減らすことは重要な予防策であるが、それにより女性達は自分の健康のための予防措置を取ることを不可能にしてしまう。たとえば母乳を与えることは乳癌発症のリスクを減らすことができるという報告が幾つか知られている。授乳を控えることによって風下住民の女性の乳癌発生リスクはさらに上昇する。