単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅。互いのホームは跨線橋で連絡している。駅の青森方から秋田港線が分岐している。2013年に開催された秋田デスティネーションキャンペーンと、それに向けて2012年に開催されたプレデスティネーションキャンペーンを見据えて、秋田を訪れる観光客を綺麗な駅舎で迎えることを目指した駅舎の整備が行われた。港町にあるモダンな外観をコンセプトとし、1926年落成の駅舎の雰囲気を生かし、外壁の一部にレンガ調の壁材を使用して洋館風としている。また待合室の腰壁に地元企業の提供による秋田杉が使用されている。直営駅（駅長・助役配置）である。管理駅として奥羽本線の上飯島駅 - 八郎潟駅間の各駅および男鹿線全駅を管理している。自動改札機（Suica非対応）・自動券売機・指定席券売機・立ち食いそば店（JR東日本東北総合サービス営業）が設置されている。2006年にみどりの窓口が廃止され、その代替として「もしもし券売機Kaeruくん」が設置されたが、2012年に営業終了し撤去、代わって指定席券売機が設置された。設置場所は旧みどりの窓口コーナー内で、待合室とは自動ドアで仕切られているほか、発券はしないが旧みどりの窓口カウンターを流用した案内カウンターに駅社員が常駐している。未整備で手狭だった駅前広場は拡張整備工事が行われ、2009年末までに駐車場やバス停などのすべての施設の供用が開始された。また、駅の東西を結ぶ歩行者・自転車専用連絡通路「港ウイロード」が駅の北側に設置されている。7月になると土崎港曳山祭りの山につける見返しの札が展示され、土崎の夏を象徴する光景となる。
トム・ノワックは保釈金支払いを請け負う会社の依頼で、保釈金を踏み倒して逃亡する被告を捕らえて検事局に引き渡すという仕事で生計を立てていた。ある日、トムは保釈金支払い会社のバディから、偽札所持で逮捕されたルー・アン・マッギンの逮捕を依頼される。トムは、彼女の夫ロイが狂信的人種差別集団の「純血団」の一員であり、純血団の犯罪に巻き込まれた彼女が口封じされる危険性があることを知り、依頼を断ろうとする。しかし、永年のパートナーであるバディの依頼を断り切れず、トムはルー・アンの姉夫婦の元に向かう。ルー・アンは、姉ダイナの元に預けていた息子に会うために姉の家を訪れるが、ダイナは家を空けるところであり、2日後に息子を引き渡すことを約束する。ルー・アンはロイのキャデラックに積んであった2万5,000ドル分の偽札を使いカジノで豪遊するが、そこにトムが現れ捕まってしまう。トムは早速、ルー・アンを検事局に連行しようとするが、彼女は偽札を警察に引き渡して罪を軽くしてもらおうと考える。二人はホテルで一夜を明かし、ルー・アンは偽札を渡して豪華な朝食をとるが、トムはその紙幣が偽札ではなく本物の紙幣であることを告げ、純血団が大金を取り戻すために彼女を狙っていることを知る。驚くルー・アンを余所に、トムは検事局に急ごうとするが、「息子に会ってから自首したい」という言葉に押され、2日間の猶予を与える。トムは電話でバディを誤魔化して時間を作るが、彼から「空いた2日間で別の逃亡者を捕まえてこい」と依頼される。トムはルー・アンを連れてカジノに向かい、標的を捕まえようとするが、直前になってルー・アンが手順を無視して車ごと立ち去ってしまい、標的に逃げられてしまう。トムは標的を走って追いかけるが、そこにルー・アンが現れ標的をはねてしまう。大喜びするルー・アンだったが、標的は車を奪い逃走を図り、トムは車に飛び乗り逃亡を阻止し、車ごとカジノに突っ込んだ標的を捕まえる。トムは廃車になった車の代わりにルー・アンのキャデラックを使用してダイナの家に向かうが、そこにはロイと純血団のウェイクロスが待ち構えていた。ウェイクロスは子供を人質に2万5,000ドルを奪い返そうとするが、隙を突いたトムに撃たれて重傷を負い、子供を連れたロイと共に逃走する。息子を奪われたルー・アンは泣き崩れ、トムは彼女の子供を取り返そうと決意する。一方、重傷を負ったウェイクロスは逃走中に死に、リーダーのアレックスはトムへの復讐を誓う。トムとルー・アンはキャデラックの中からロイの偽造証明証を発見し、製造者のリッキーZの元に向かい、純血団のアジトの情報を聞き出す。二人は近くのモーテルで一夜を過ごすが、その夜にリッキーZの家は純血団に襲撃され、二人が来たことがアレックスに知られてしまう。モーテルを出た二人はキャデラックを洗車に向かうが、そこで純血団に待ち伏せされる。逃走に成功した二人はモーテルに戻り、アレックスに情報を流したフロントを脅してアレックスに連絡を取る。トムは現金と子供を交換することを持ち掛け、アレックスも承諾して交換場所に向かう。しかし、そこには子供の代わりに爆弾が置かれており、アレックスは現金を奪い逃走するが、トムが用意した袋には現金の代わりに紙束が入っていた。トムは変装して純血団に近付き警戒を解き、翌日ルー・アンを連れて純血団のアジトに向かう。途中の検問でロイと出くわすと、それまでの行いを反省した彼が味方に付き、トムとルー・アンはアジトに乗り込み子供を取り戻す。トムはアレックスたちを引き付けている間にルー・アンを逃がそうとするが、彼女は純血団に捕まってしまい、トムも彼らに捕まってしまう。しかし、トムはルー・アンから受け取った拳銃でアレックスを人質にしてアジトから脱出する。激怒したアレックスは純血団のメンバーと合流して二人を追うが、彼らの車はキャデラックに振り切られた挙句、全ての車が横転して使い物にならなくなってしまう。無事に子供を取り戻した二人は、そのままキャデラックで検事局に向かう。