日蓮の葬送や百カ日忌法要にも参列しなかった日向と日蓮の墓所を守ってきた日興の教義的見解の相違は次第に顕著になってきた。地頭の波木井実長は日興よりもむしろ日向の意見に従うようになり、日興の再三にわたる警告も無視するようになった。日向の影響下に波木井実長が行った行為を日興は問題視し、このまま身延に在住していたのでは日蓮の教義を保持することはできなくなるとの危機感を強めた。日興が問題視した実長の行為とは、①釈迦の仏像を造立して本尊としようとしたこと、②日蓮が禁止した神社参詣を行ったこと、③念仏の石塔などの謗法に供養したことである（日興「原殿御返事」『日蓮宗宗学全書』第2巻170頁）。結局、実長の姿勢が改まる可能性がないことを見極めた日興は、正応2年（1289年）の春、日目・日秀らの門下とともに身延を離れた。その心境を波木井一族の門下に対して述べた「原殿御返事」では、日興を除く日蓮の弟子たちについて「師敵対」と断じ、日興のみが日蓮の正しい教義を保持しているとの自覚を明示している（「御弟子悉く師敵対せられ候いぬ。日興一人、本師の正義を存じて本懐を遂げ候べき仁に相当たって覚え候えば、本意忘るること無くて候」）。
弘安6年（1283年）1月、日蓮の直弟子らは身延山で日蓮の百カ日忌法要を行ったが、その折に六老僧を含む門下が日蓮の墓所を月番交代で守護することが定められた。門下が墓所を月番交代で守ることは日蓮の遺言であり、日興の真筆が現存する「墓所可守番帳事」が「宗祖御遷化記録」の末尾に加えられている（「墓所可守番帳事」には日昭・日朗・日興・日持の直筆の署名がある）。しかし、墓所の月番守護は形だけ定められたのみで、実際には行われなかった。弘安7年（1284）10月、日興は身延山において日蓮の三回忌法要を行った（日興「美作房御返事」『日蓮宗宗学全書』第2巻145頁）、日精「家中抄」『富士宗学要集』第5巻227頁）。この時期、身延山は日興が別当となって運営されたと考えられる。日興は他の直弟子らが墓所の月番を守らないのを遺憾としていたので、弘安8年（1285年）、六老僧の一人である日向が身延に登山してきたことを歓迎し、日向を学頭職に補任した（日興「原殿御返事」『日蓮宗宗学全書』第2巻171頁、大石寺『富士年表』54頁）。
日蓮は、弘安5年（1282年）9月8日、常陸国（現在の茨城県）の温泉を目指して身延の地を発した。その旅程には日興のほか、波木井一族の子弟が随行した。しかし、日蓮の衰弱は進み、9月18日に武蔵国荏原郡（現在の東京都大田区）にある池上宗仲・宗長兄弟の館に到着したが、その先に進むことは不可能となった。池上に着いた日蓮は波木井実長に対して書簡を発したが、衰弱のため筆を執ることができず、随行していた日興が日蓮の口述を筆録した（「波木井殿御報」）。10月8日、日蓮は、日昭・日朗・日興・日向・日頂・日持の6人を本弟子と定めた（日興「宗祖御遷化記録」『日蓮宗宗学全書』第2巻102頁、『富士宗学要集』第8巻2頁）。日蓮は、10月13日、滞在していた池上兄弟の館で入滅し、翌日、葬送と荼毘が行われた。10月16日、日興は「宗祖御遷化記録」を記し、日蓮の葬儀の次第を詳しく記録に残している（日興の真筆が現存する）。なお日蓮正宗では、入滅に先立って日蓮は、日蓮一代の法義を全て日興に付嘱したとする「一期弘法付属書」と、日興を身延山久遠寺の別当と定めたとする「身延山付属書」を日興に与えたという。ただし日興門流以外の門流は、この両書を後世の偽作として否定している。
紀元前2000年紀に入ると、アッシリア史が具体的に姿を現し始める。この時代のアッシュールは、まだ都市国家の一つに過ぎなかったが、アッシリア商人は交易活動を広く行い交易先の各地の都市に隣接して商業植民市カールム（港湾区）を作ったことで知られる。またその他にも、ワバラトゥムと呼ばれる居留区を作り、北メソポタミア一帯をその商圏とした。国家制度の点では、アッシュル市が極めて重要な意味を持った。この頃には既にアッシュルの神格化は完全に進んでおり、この都市名を記述する時には神を意味する限定詞ディンギルが付された他、地名を意味する限定詞キが付された場合や、限定詞無しの場合でも、同じようにアッシュル神を指した。そして、アッシュル市ではアールムと呼ばれる市民会の決定が重要視され、その決定は遠くアナトリア半島などの商業拠点にも伝えられていたが、そのアールムの議長を務める役職として、リンム職がエリシュム1世によって初めて設けられ、アッシリア政治制度の根幹が完成された。この時代のアッシリア王は、その称号としてアッシュルの副王を名乗っており、神格化された国土アッシュルと人間との関係を祭礼によって仲介することで市の繁栄を保障する役割を負った。また王は同時に商人達の統率者であり、監督官（ワクルム、新アッシリア時代にはウクル）と言う称号を用いて司法権を行使し商業上のトラブルを治めた。政治史的には、紀元前1813年にアッシリアを征服して王となったアムル人、シャムシ・アダド1世の存在が極めて重要である。彼はアッシリアにシュバト・エンリル市を築き、そこを拠点にオリエント最大の王国を築きあげたほか、バビロニア風の王権概念を持ち込んで自らを「世界の王」と称した。またアッシリア王名表が初めて編纂され、その王統譜が整理された。だが、彼の後継者達はその巨大な王国を維持することが出来ず、王の称号もアッシュルの副王に戻り、世界の王を称する者は古アッシリア時代を通じて現れなかった。紀元前1750年頃以降の時代は、文献史料も見つかっておらず、中アッシリア時代に入るまでの歴史は殆ど明らかになっていない。アナトリア諸都市に設けられたカールムなどの商業拠点もヒッタイトの台頭によって破壊されたと考えられており、この時代の終わりとともに戦火によって廃絶している。