最近のOSは一般にGUIを持っている。多くのプロプライエタリなシステム（Windows やMac OS）はカーネルとGUIが密接に関係している。他のOSではユーザインタフェースはモジュール化されていて、任意のGUIをインストールしたり、新たなGUIを作成したりできる（Linux、FreeBSD、OpenSolaris）。Windowsでは新たなバージョンが登場するたびにGUIを変更してきた。初期のWindowsからWindows Vistaまでを比べてみると、その変化は大きいし、MacintoshのGUIは1999年のMac OS Xの登場で劇的に変化した。Macでは初期からSystem 6.0.xまでが白黒のGUIで、System 7以降もカラー化されたのみで、Mac OS 8でプラチナアピアランスが採用されても、Mac OS 9.2.2までは基本要素はほぼ変わらなかった。しかしMac OS Xになって完全に刷新され、AquaベースのGUIになった。Mac OS X v10.3以降ではメタルアピアランスが導入され、その後もバージョンアップのたびに少しずつ手が加えられている。また、Aquaとは別にX11も用意されている。Mac OS Xの前身のNEXTSTEPは様々な独創的なGUI要素で知られ、他のOSやデスクトップ環境に大きな影響を与えた。グレースケールのシステムだったころよりアルファチャンネルを備えていたのは特筆すべき点である。Linuxでは、GUIを提供するデスクトップ環境がいくつか存在する。Linuxで使えるGUIとして有名なものは、GNOMEとKDEがある。
個人が使用するコンピュータにはユーザインタフェースが必要とされる。ユーザインタフェースは必ずしもOSの一部とは限らない。通常はシェルなどのプログラムが実装しているが、人間とのやりとりが必要なプログラムは基本的にユーザインタフェースを備えている。ユーザインタフェースは、キーボードやマウスやクレジットカード読み取り機といった入力デバイスからのデータを取得するのにOSを介する必要があり、モニターやプリンターといった出力機器にプロンプトやメッセージを出力するのにもOSを介する必要がある。主なユーザインタフェースは、古くからあるキャラクタユーザインタフェース（コマンドラインインタフェース）と視覚的なグラフィカルユーザインタフェースに大別される。
OSが関係するセキュリティ機能は、ユーザーがリソースへの何らかのアクセスを行う際に前もって認証し、そのユーザーのアクセスレベルを決定し、管理者の方針に基づいてアクセスを制限することである。OSは、処理を許可すべき要求と処理すべきでない要求を識別できなければならない。一部のシステムは単にユーザー名などで要求者を識別し、それによって特権の有無を判断する。要求者を識別する過程を「認証」(authentication) と呼ぶ。ユーザー名を示さなければならないことが多く、ユーザー名に続いてパスワードも必要な場合がある。別の認証方法として、磁気カードや生体データを使った「認証」(certification) を行うこともある。ネットワーク経由に接続などの場合、認証を全く行わずにリソースにアクセスさせることもある（ネットワーク上で共有されたファイルを読む場合など）。さらに高度なセキュリティを備えたシステムでは、監査証跡 (auditing) オプションも提供している。これは、リソースへのアクセス要求を監視し記録するものである（「このファイルは誰が読もうとしたか?」など）。プログラムが何らかのリソースを要求すれば割り込みによってカーネルに制御が渡るので、そこでセキュリティの確認が可能である。プログラムがハードウェアやリソースに直接アクセスできる場合、セキュリティは確保されない。何者かがコンソールやネットワーク接続経由でログインしようとする際にもセキュリティの確保が必要である。このような要求は一般にデバイスドライバ経由でカーネルに渡され、それから必要ならアプリケーションに渡される。ログインにまつわるセキュリティは、企業や軍などで機密情報を保持しているコンピュータでは長年の課題だった。アメリカ国防総省 (DoD) はセキュリティ評価に関する基本要件を定めた標準 Trusted Computer System Evaluation Criteria (TCSEC) を策定した。TCSECはセキュリティを要求されるシステムの調達条件とされるようになったため、OSメーカーはこれを重視するようになった。
多くのOSはTCP/IPプロトコルをサポートしている。歴史的に見れば、初期のコンピュータネットワークはモデムを使って電話回線で行われていた（BSC手順など）。その後、パケット通信が使われるようになり、IBMのSNAなどの各社独自のネットワークアーキテクチャが登場した。現在では、TCP/IPを中心とした通信が主流となっている。通信プロトコルは、トランスポート層まではカーネル内モジュールとして実装し、プレゼンテーション層より上はシステムプロセスとして実装されるのが一般的である。セッション層の実装はシステムによって異なる。このようなネットワーク機能により、異なるOS間でネットワークを形成し、計算能力 (RPC)、ファイル、プリンター、スキャナーなどのリソースを共有できる。ネットワークにより、あるコンピュータのOSが遠隔のコンピュータにあるリソースをあたかも自身に直接接続されているかのように透過的に利用できる。単純な通信に始まり、分散ファイルシステム、グラフィックスやサウンドといった機能の共有まで様々な応用がある。透過的アクセスの例としては、SSHによるコマンドラインの直接使用などもある。
高校2年の女子高校生は、2006年1月中旬にインターネットチャットで知り合った男性（25歳）に映画を見ようと誘われ、釜山市内の約束した場所に出かけた。男性は暴力団員だと言い女子高校生に恐怖を与え、モーテルで強姦した。翌日の昼、妊娠を心配した女子高校生は事後避妊薬を買うため自宅近くの薬局を訪れた。薬局の従業員はよく効く薬の使用方法を説明してあげると調剤室に連れて行き、2回にわたり避妊薬を挿性するふりをして性的嫌がらせをした。その後、女子高校生は一連の悩みを打ち明ける相手をチャットで探しているうちに、ゲームセンターの従業員（25歳）と親しくなっていた。チャットを通じて優しい姿を見せたゲームセンター従業員を信じるようになり、事情を全て打ち明けた。2月10日午前4頃、直接会い相談もして慰めてあげるという優しい言葉を信じて会うことになった。相手を兄のように慕い出した彼女は、勧められた酒を飲むうちに気を失っていた。 同日午前11時頃、目を覚ますと強姦されていた上に、財布と携帯電話などの金品まで消えていた。 騙されたと気付いた彼女は、警察署に届け出るためすぐにタクシーに乗った。タクシーの運転手（35歳）に警察署へ行く理由を聞かれ、泣きながら事情を話すと運転手は慰めてくれた。しかし、酒に酔った彼女が眠りにつくと、マンションの地下駐車場にタクシーを停めて強姦した。 釜山北部警察署は3月2日、青少年保護法違反容疑などでゲームセンター従業員とタクシー運転手に対して逮捕状を請求、最初に知り合った男を指名手配した。薬局の従業員は被害者側と合意に至り、告訴が取り下げられたため釈放された。一方、被害者である女子高校生と普段から顔見知りであった知人（24歳）が、薬局の従業員から彼女が性的嫌がらせを受けた事実を知って、薬局の従業員に警察に通報すると揺すり、現金20万ウォンを脅し取っていた。同3月2日に恐喝の容疑で非拘束立件された。