本系列では、近鉄特急車として初めてトイレ・洗面室を併設しない出入台にもデッキを設けた。このため客室と出入台はすべて仕切り扉で分離され居住性が向上した。座席は12200系と同様の偏心回転式簡易リクライニングシートを採用し、モケットはマロンレッド（オレンジ系の色調）のリーズド・ストライプとした。ほか、灰皿の大型化も図られた。シートピッチは12200系と同一の980mmである。化粧板は12000系以降の木目調から、明るいパールカラーのあじろ模様（網目模様）となり、カーテンはオレンジ系のロイヤルライン、床材はそれまでのタイル張りの市松模様を改め、ディープブラウンをベースとして摩耗の多い通路中央部にはベージュのストライプを3本入れて、通路部分のみの張り替えを容易にした（のちに内装の色は在来車にも波及）。荷棚は、12200系までの網式からアルミ押出し材式に変更となり、表面に化粧板と同じ色のプラスチックシートを貼って客室全体の色調を統一した。冷房装置の吹き出し口の形状は連続スリット式に変更され、それに伴って照明カバーの形状はそれまでの逆三角形式を改め、吹き出し口パネルの断面に沿うフラットな形状に変わった。車内放送用スピーカーはスリット内にビルトインされている。また、このパネル表面には冷暖房の運転モードを切り替える押しボタンが内蔵されている。デッキと客室の仕切りには「奈良大和路」（長谷寺のぼたん、奈良興福寺の五重塔、奈良の鹿、吉野の桜）・「伊勢志摩」（伊勢神宮内宮正殿、大王埼灯台、はまゆう）のイラストがプリントされている。デッキとの仕切りドアは、ブロンズカラーの全面強化ガラスとなり、こげ茶色の横縞模様を入れた。トイレは12200系では和式と洋式の組み合わせであったが、当時は利用の少なかった洋式をやめて、和式と男性用小便器の組み合わせに変更した。洗面所はデッキに設けられ、そのデザインは12200系と同一とされた。また、デッキには引き出し式のビニールクロス張りの補助座席（2人掛）を設置した。車内販売準備室はモ12450形に設けられ、当系列より給湯装置が設けられた。また、デッキ乗降扉付近の床は、折戸可動範囲の床色を変えて注意を促している。
12400系はあくまでも12200系の増備車であるため、信頼性のある床下機器関係では小修正にとどめられた。性能面では12200系に引き続き、三菱電機製の出力180kWの主電動機が採用され、33‰上り勾配においても均衡速度100km/hを確保している。台車は電動車は近畿車輛製KD-71Fを、付随車は近畿車輛製KD-71Gを採用した。改良内容は空気ばねのパンク時の警報装置が新開発の検知装置になったことである。電動発電機と空気圧縮機は12200系と同様の機種が2両に1台ずつ（付随車）に搭載される。C-1000形電動空気圧縮機の採用は特急車としては当該系列をもって最後となり、30000系以後はC-2000形に変更された。両先頭車の正面床下には当初、10100系との併結も考慮してジャンパ線受が装備されていたが、用途がなかったためにのちに撤去されている。屋上機器関係では、東芝製の4,500kcal/hの冷房装置を1両につき6台取り付け、その他にロスナイ（換気装置）を各車2台ずつ設置して、これを連続した一体のクーラーキセに収めた（従来は分散型のクーラーキセ）。集電装置は、12200系と同一の東洋電機製造PT-4203F菱形パンタグラフをMc、M車に各車2台ずつ搭載するが、近鉄特急の新製車として菱形パンタグラフを採用するのは当該系列が最後となった。
主に飛行機の装甲部、エンジン、燃料タンク等を貫通破壊することを目的とする。弾丸の中径は7.85mm、長さは35mmで弾尾は狭窄されており、黄銅製の被甲と、至硬鋼もしくはこれに類する特殊鋼製の弾身からなる。弾丸が鋼板に命中すると被甲の頭部は圧壊して後方に跳ね返り、弾身が鋼板を貫通する。使用する薬莢、装薬、雷管は八九式普通実包と同様である。弾丸の重量は10.5g、装薬量は3g、実包全体の重量は24.4gであった。各国の代表的な特殊鋼板に対する貫通距離の限界は、鋼板の厚さ4mmならば1,200m、5mmならば1,000m、6mmならば900m、7mmならば800m、8mmならば700m、9mmならば600m、10mmならば300m、12mmならば200mであった。燃料の漏出を防止する目的で、燃料タンクの周りにコルクやゴム等を張ったものに対する射撃の結果は、コルク張りのものに対しては貫通により完全に破壊され明瞭に漏孔を形成した。一方ゴム張りのものに対しては、射入口は収縮して小孔となり燃料の漏出はやや困難であったが、射出口のゴム壁は燃料タンクの壁と共に表面に開き燃料は容易に流出した。以上は比較的近距離で弾丸エネルギーの大きい場合における結果であるが、距離が大きくなり弾丸の速度が減少したときは、被甲が燃料タンクの壁と防護壁との中間に介在することになり、しかもその底部にある小孔が大きく広がる関係上、恰好の漏孔を形成する。4mm級鋼板の後ろに飛行機用エンジンを置き距離100m付近から射撃すると、弾丸はエンジンの要部を貫通して完膚無きまでに破壊することができる。鋼心実包を連続発射すると被甲が銃腔面に付着し命中精度が低下する傾向があるが、普通実包を少数発射することで容易に被甲を除去することができるので、実用上差し支え無いとされた。1925年（大正14年）5月から1928年（昭和3年）2月までの間の4回の試験により研究を完了し、1930年（昭和5年）8月に八九式普通実包と共に仮制式制定が上申された。1933年（昭和8年）12月に名称統一のため、名称が八九式徹甲実包へと変更された。弾種識別および防湿のため、雷管の周りに黒色のセラックワニスを塗布した。