建設などにかかった初期投資費用は総額2千数百億円といわれる。総合保養地域整備法（リゾート法）の適用も受けている。ハウステンボス自体の入場者は1996年度には380万人を記録したが、2001年度の入場者は292万人まで減少、2003年には、初期投資の負債2,289億円を解消できず、会社更生法の適用を申請して破綻に追い込まれた（改正会社更生法の第1号適用）。メインバンクであった都市銀行の統合合併を前に、融資先から一斉に債務処理を迫られる事態となったためである。これによって、ハウステンボスカントリークラブ ジャックニクラウスコース、ハウステンボス商事、長崎バイオパークなどの関連会社とともに、十八銀行や長崎バスなど、出資していた地元企業も経営に打撃を被っている。野村プリンシパル・ファイナンスをスポンサーとする更生計画案が認可されて以来、他テーマパーク同様、韓国や中華民国、中華人民共和国、香港等の近隣諸国からの来場者が増えた。しかし、2008年に起こった世界金融不況の影響を受けて、近隣諸国からの来場者、国内顧客共に減少し、大規模なリストラ策を発表するなど経営再建が厳しくなった。このような経営状態の悪化により、野村プリンシパル・ファイナンスは2010年3月をもって支援から手を引くことになった。2010年4月からはエイチ・アイ・エス（H.I.S.）が中心となる新たな経営再建が開始され、澤田秀雄が社長に就任した。澤田は当初旅行代理店業のH.I.S.が経営そのものに関与するのを否定的に考えており、支援はするものの経営には関与しない方針であったが、九州財界からの度重なる要請に答えて社長に就任することになった。澤田は金融機関と交渉により当時残っていた60億円の債務の8割の債権放棄を受け、残債務も九州財界から出資金で弁済し、債務ゼロの状態で経営を開始した。佐世保市から固定資産税納付額に相当する再生支援交付金を10年間受け取る約束も結んだ。2010年3月13日に西日本鉄道（西鉄）が出資に参加することを表明し、西鉄の他、九州電力、九電工、西部ガス、九州旅客鉄道（JR九州）もハウステンボスに出資することを表明した。H.I.Sの傘下に入っての事業再建を始めて初の決算で、「開業以来初の営業黒字に転換しました」と公表した。また、コスト削減や利用者増のため、2010年4月にハウステンボス敷地の南側1/3を切り離して、フリーゾーン（無料で入れる領域）とした。フリーゾーンとの境界には新たに「南門」を設けて、フリーゾーンには他企業の参入も許し、ベンチャー企業による「英語専用店舗」などのユニークな施設も建設された。また、隣接して所有していたヨットハーバーである「ハウステンボスマリーナ」を2011年4月に手放し、長崎県に譲渡した。なお、前述のフリーゾーンは2015年5月1日以降準有料化となっている。ただし当日有効のハウステンボスの入場券を持っている場合と後述するホテルヨーロッパ・フォレストヴィラ・ウォーターマークホテル長崎に宿泊する場合はフリーゾーンの入場料金は不要となる。またフリーゾーンは2015年7月18日以降ハーバーゾーンに名称変更された。最近では変なホテルに於いて、オペレーティングロボットを採用する事により、科学技術に興味を持つ若者育成に力を入れている。2018年12月3日、ハウステンボスは中国の投資会社復星集団から2割超の出資を受ける方針を表明。中国人観光客の受け入れ増なども視野に入れた提携話であったが、2019年2月に破談となっている。
2006年11月19日の沖縄県知事選挙では糸数が参議院議員を辞職して、無所属で野党統一候補として立候補。社大・民主・社民・共産・国民新・日本・自連の推薦、そうぞうの支持を受け、自民・公明が推薦した仲井眞弘多と争ったものの落選、革新勢力は8年ぶりの県政奪還は成らなかった。16年ぶりに与野党が逆転し革新勢力が多数派となった2008年6月8日の沖縄県議会議員選挙では同じ野党勢力の民主党・共産党が躍進した煽りを受ける形になり、中頭郡選挙区で喜納委員長（当時）が落選したのを始め議席数を改選前の4から2に半減させる結果に終わった。2008年11月16日の那覇市長選挙では、ふたたび野党統一候補として、元県議の平良長政を、民主・共産・社民・国民新・社大推薦、そうぞう支持で擁立したが落選している。2010年11月28日の沖縄県知事選挙では、統一候補として前宜野湾市長の伊波洋一を社民・共産・社大・国民新・新党日本推薦、そうぞう支持で擁立したが落選した。なお、この選挙で民主党は候補者を擁立できなかった。このように革新勢力の退潮に加え、党員・党友の高齢化も顕著である。さらに社民党や民主党との競合、さらに地域政党ゆえ政党助成金も受けることができないなど財政面でも苦しく、党勢の衰えが指摘されている。2010年8月の党大会では「社大党は消えてなくなったものだと言われている。地域の問題にどう取り組んでいるのか、党の活動が発信されていない」と指摘されるなど、生き残りへの課題も多い。なお、社大党が他党と共同で擁立・当選した沖縄県内の現職の首長としては、名護市長の稲嶺進などがいる。2012年沖縄県議会議員選挙では3名を公認し、8名を推薦した。6月10日の投開票の結果、現職2名に加えて前委員長が返り咲き1議席増の3名となった。2014年9月7日に県下の24市町村で行われた統一地方選挙では名護市・石垣市で党公認候補が当選した。2014年沖縄県知事選挙では当時那覇市長の翁長雄志を共産党・社民党・生活の党・県議会会派の「県民ネット」とともに支援。激しい選挙戦の末、オール沖縄が支援する翁長が自民党・次世代の党推薦の現職仲井真弘多や政党そうぞう・維新の党支援の下地幹郎らを破り当選した。翁長は現職の仲井眞に圧倒的な大差をつけての初当選だった。また翁長市長の知事選出馬に伴い同日に行われた那覇市長選挙には、当時副市長だった城間幹子を翁長同様、共産党・社民党・生活の党らとともに支援。自民・公明両党が推薦する前沖縄県副知事の与世田兼稔を大差で破り、初当選。2016年宜野湾市長選挙では元自民党沖縄県連会長の志村恵の息子で県庁職員の志村恵一郎を、翁長知事や民主党沖縄県連・共産党・社民党・生活の党とともに名護市辺野古への移設計画に反対する統一候補として擁立。宜野湾市には米軍普天間基地が所在し、この選挙での勝ち負けが辺野古移設の行く末を決める一大選挙であった。一時は辺野古移設反対を公約とした志村がリードしていたが、自公推薦の現職・佐喜眞淳市長が巻き返し、投開票の結果志村は落選。2016年沖縄県議会議員選挙では党公認候補3名が当選し、県政与党最大会派となる「社民・社大・結連合」を結成した。