『伊勢市民話の旅』には、戦国のむかしな。波切には城があった。そこの殿さまに初音姫という、そりゃあ賢くてうつくしい姫がおった。（中略）ある日、澄隆は初音に、籐九郎のもとにとつぐようきつく言いきかせた。初音は嫌がった。と書かれているとおり、初音姫は澄隆の娘とされる伝承が受け入れられていることがわかる。汗かき地蔵の看板（霊汗地蔵由来）には、天文年間波切城主九鬼殿の世に兼宗と言う悪人継母と語らい、初音姫の首を討つたところ地蔵忽ち変じて姫となつたので姫は安奉其の刀痕は尊像に残つていますと書かれており、看板にある“天文”の記述が正しいとするならば、初音姫を天文21年出生の澄隆の娘とする伝承には無理が生じる。また、ここに書かれている“兼宗と言う悪人”は、『伊勢市民話の旅』に照らせば許婚の甲賀籐九郎ということになる。大王町観光協会のパンフレットには、初音姫は実在の人で、絶世の美人だったとか。その塚からはメノウや勾玉等沢山の埋蔵品が出たそうです。言い伝えでは姫の死はいかにも凄惨で、死ぬ前に「今後この里には美女が生まれないように」と言い残して井戸に身を投じたそうですとある。いずれも伝承がベースであり文献に乏しい。
波切九鬼家の娘として生まれた初音姫の美しさは、志摩国中の地頭らが競って婚姻を申し込んだほどであった。父澄隆は甲賀籐九郎に嫁がせることを決めており、そのことを初音姫に申し伝えるが、初音姫は越賀玄番允と相思相愛である旨を打ち明け、これを聞き入れなかった。状況に憤る初音姫は波切から逃げ出し、玄番允のもとへ向かおうとするも、父や籐九郎に阻まれ、牢に閉じ込められるなどした。最後には、美しく生まれた不幸を嘆きながら、井戸の底へ身を投げたという。
初音姫（はつねひめ、初根姫とも）は、戦国武将九鬼嘉隆の甥で嘉隆の先代当主であった九鬼澄隆の娘とされる人物。美しく生まれたことを悔い、非業の死を遂げたという伝承で知られ、「初音姫の墓の横に葬られたい」などと地元民から親しまれている。その塚からは多数の副葬品が見つかるなど、単なる伝承上の人物ではなく、実在の人物であることはほぼ確定している。
その後、12代目「ドッキリダービー」、13代目「超念写探偵団」といったストーリーを持たないシリーズや、悪魔VS天使シールの一部ヘッドを復刻した「伝説復刻版」を経て、「スーパービックリマン」のアニメ版の遙かな未来の物語(旧・新のアニメ設定も取り入れられている)である14代目「ビックリマン2000」の発売に至った。このシリーズの特徴は旧来の駄洒落合体の要素を引き継いでいる他、悪魔VS天使シールの初代ヘッドであるスーパーゼウスを登場させ、CGや従来に見られない豪華な素材を多用し、背景画も種族共通のものではなく、キャラ毎にメッセージ性を持たせたものとなっていること、従来「お守り」「次代」「お助け」とされた第三の種族属性を分割し、「悪魔」「天使」「聖守」（サポーター）「魔守」（フーリガン）の四つの種族属性を採用したことなどにある。さらに並行して1999年11月よりアニメの放映も始まり、悪魔VS天使シール以来のヒット作品となった。しかし、この作品は発売当初からさまざまな批判も受けた。例えば、素材が豪華となった反面、チョコレートの価格が上昇し購入しづらくなったこと、単なる聖守や魔守のシールとヘッドシールの素材の格差が完全に消滅してしまったことや、素材やイラストの差による区別が複雑で、発売地域ごとにシール材質の種類等が異なるなどの原因から完全な収集が難しいことへの批判はコレクターの間では発売当初から終了時まで常に言われていた。また、悪魔VS天使シールやスーパービックリマンのヘッドシールに見られた神々しさや威厳が消滅したという意見も多い。ともあれ、ブームは次第に沈静化し、またアニメの放映終了、『月刊コロコロコミック』での報道の打ち切りなどから、公式サイトでのWEB小説があったもののマイナーシリーズと大差のない状況におかれてしまい、第12弾をもって終了した。なお、2002年に発売された第12弾は「グランドフィナーレ」と名を打たれ、しっかり終了が告知された形となった（この弾だけで30種の新キャラと60種の復刻シール、計90種の展開だった）。なお、翌2003年には「ART Collection」としてビックリマン2000のキャラをモチーフとした新デザインシールも製作されている。2001年には「ビックリマン2000」と平行して、一大ブームとなった「悪魔VS天使シリーズ」の続編となる「超元祖ビックリマン」（「31弾完全版」と「32弾」）、及び「BM(ビックリマン) FOREVER」として復刻シリーズが発売された。31弾完全版と名付けられたのは、物語の結末がはっきり明示されなかったことと、31弾の三すくみが6セットしか無かったことからによる(ただし、31弾完全版での三すくみは9組なので、基本的に一つの弾が12組なのに対し合わせると3組多くなるが、32弾も同じく9組の構成だったため「31弾〜31弾完全版〜32弾」をまとめると24組、1弾あたり12組になる)。しかし、この「超元祖シリーズ」は、「悪魔VS天使シリーズ」監修の丹後博士が関わっていないと言われており（公式的アナウンスはされていない）、2007年に発売されたデータベースソフト『ビックリマン大事典』（ニンテンドーDS）や、2011年より始まった後述のソーシャルゲーム等では、この「超元祖」シリーズのキャラが反映されていないことが多い。この31弾完全版では、殆どが神化したキャラで構成され、物語的に補完されていなかった部分が補われ綺麗にまとまりファンも納得する終焉を迎えたかに見えた。だが翌年発売された「32弾」では新キャラが投入され、悪魔VS天使シリーズがまだ広がっていく暗示を垣間見せた。その間に、「ガッツ!シンクロX(2002年)」、「ゴースト村の何事件(2004年)」、ドッキリシールの復活といったシリーズも発売されていたのだがブームになるまでは至らなかった。2001年以降多くの復刻版などの発売もあり「ビックリマン＝悪魔VS天使シリーズ」のイメージが更に固執していく結果にも繋がった。