特定のアミノ酸配列に対して、存在しうる安定な高次構造が複数存在するにもかかわらず、生体内では特定の遺伝子から特定の機能を持つ高次構造をとったタンパク質が合成できるかは、必ずしも明らかではない。クリスチャン・アンフィンセンの実験などで判明した多くのタンパク質が変性した後にもその高次構造の再生が可能なことから、一次構造それ自体が、高次構造のかなりの部分を決めていることは疑いがなく、これは「アンフィンセンのドグマ」と呼ばれる。しかし、先のタンパク質の再生は数時間かかる操作（実際には、二次構造の畳み込みはかなり迅速に起こっていて、三次構造の確定に時間がかかるらしい）であるのに対し、生体内でのタンパク質の合成は数十秒から一分で完了する。さらに、発見された「アンフィンセンのドグマ」に反する事例からも、タンパク質分子を高速に畳み込み、正しい高次構造へと導く因子の存在が考えられている（例：タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、プロリンシストランスイソメラーゼ、分子シャペロン）。また、生体内では間違った立体構造をしているタンパク質はそのタンパク質のLysのアミノ基にポリユビキチンが共有結合で結合した後に、プロテアソームによって分解される。タンパク質は周囲の環境の変化によりその高次構造を変化させ、その機能を変えることができる。タンパク質である酵素は、その触媒する反応の速度を条件に応じて変化させることができる。
タンパク質の機能は上記の三次構造・四次構造（立体構造）によって決定される。これは、同じアミノ酸の配列からなるタンパク質でも、立体構造（畳まれ方）によって機能が変わるということである。たとえばBSEの原因となるプリオンは、正常なプリオンとは立体構造が違うだけである。なお、多くのタンパク質では、熱や圧力を加えたり、溶液の pH 値を変える、変性剤を加えるなどの操作により二次以上の高次構造が変化し、その機能（活性）を失う。これをタンパク質の変性という。変性したタンパク質においては、疎水結合、水素結合、イオン結合の多くが破壊され、全体にランダムな構造が増加したペプチド鎖の緩んだ状態になることが知られている。タンパク質の変性は、かつて不可逆な過程であると考えられてきたが、現在では多くのタンパク質において、変性は可逆的な過程である事が確認されている。なお、変性したタンパク質を元の高次構造に戻す操作をタンパク質の再生という。タンパク質の再生は、原理としては、畳み込まれたペプチド鎖を一旦完全にほどき、数時間かけてゆっくりと畳み込むよう条件を細かく調整・変化させることで行われている。
生体のタンパク質を構成するアミノ酸は20種類あるが、それが3つ連結したペプチドだけでも約20³=8,000通りの組み合わせがあり得る。タンパク質については、その種類は数千万種と言われる。生物の遺伝子（ゲノム）から作られるタンパク質ひとそろいのセットは、プロテオームと呼ばれるが、ヒトゲノムの塩基配列解読が終わった今、プロテオームの解析（プロテオミクス）が盛んに進められている。
タンパク質の立体構造は、そのアミノ酸配列（一次構造）により決定されていると考えられている（Anfinsenのドグマ）。また、二次以上の高次構造は、いずれも一次構造で決定されるアミノ酸配列を反映している。例えば Glu、Ala、Leu が連続するとαヘリックス構造をとりやすい。Ile、Val、Metはβシート構造をとりやすい。また各構造の継ぎ目の鋭角なターンの部分には Gly、Pro、Asn が置かれる、などの例がある。さらに、疎水性アミノ酸残基同士は引き合い（疎水結合）、Cys 同士はジスルフィド結合を形成して高次構造を安定化させる。
元禄8年(1695年)、家格宿老の戸村処風（通称：一学、第3代藩主・佐竹義処より1字を賜い初め処易（すみやす）を名乗る）の三男として出生。母は真崎隆紀（通称：兵庫、第2代藩主・佐竹義隆より1字を賜う）の娘。初め、公命で多賀谷家の養子になった次兄・格重（ただしげ、第4代藩主・佐竹義格より1字を賜う）の名跡を相続して戸村家分家の当主になったが、後に同じく公命により多賀谷家の家督（次兄・格重の跡目）を相続する（尚、戸村一学家の名跡は戸村義連（十太夫、戸村義国の子）の子が相続した）。この時に、第5代藩主・佐竹義峯より1字を拝領されて峯経と名乗る。享保14年(1729年)に義峯の命で久保田藩家老に就任。俳諧や連歌、茶道を好む風流人で奥義会得のために家臣・愛沢氏を上京させて千宗佐の門に学ばせたり、享保17年(1732年)、檜山屋敷に稲津祇空を招いて、東常縁、宗祇系の古今伝授を受けている。また、京都宇治より茶の種を取り寄せて自家用の茶畑を作らせたがこれが檜山茶の始めとされる。元文年中刊行の武鑑に出羽久保田藩の家老として「多賀谷左兵衛」の名が見える。なお、同僚に今宮大学が見える。実子は娘（梅津内蔵丞室）のみで跡取りとなる男子がなく、はじめ戸村義見（十太夫、義連の孫）の次男・峯家（みねいえ、彦太郎）を養子にしていたが早世したために峯家の実弟である峯章（みねあき、将監）を養子とする。延享2年(1745年)に家老を辞職し、峯章に家督を譲り、通称を下総と改名して隠居。檜山屋敷に閑居した。宝暦9年7月15日（1759年8月7日）死去。墓所は多宝院。