本車は日本において初めて、設計および試作段階から、民間企業（三菱重工業（1934年（昭和9年）から。開発開始時は三菱航空機））によって開発された戦車である。九五式軽戦車の開発のそもそもの契機は、関東軍による機械化実験部隊（後の独立混成第1旅団）の編成計画とされる。開発開始前年の1930年（昭和5年）に研究用にヴィッカース 6トン戦車E型 Type A（双砲塔型）1輌を輸入し、1931年（昭和6年）9月に千葉の陸軍歩兵学校が関東軍の要望を基に｢歩兵戦闘用軽戦車｣の研究要望案を提出、1931年（昭和6年）から開発が始まった。1932年（昭和7年）に陸軍技術本部に軽戦車開発の要望の具体的な概要が提示されたが、満州事変の一環として熱河作戦（1933年（昭和8年）2月23日～5月31日）が行われたことを受け、「機動戦車」の開発要請が出された。同年6月に設計開始、9月までに設計完了、試作車1輌の製造が発注され、翌1934年（昭和9年）6月に最初の試作車（試作1号車、第一次試作車）が完成した。この試作1号車には車体側面のバルジと車長展望塔と砲塔後部機関銃が付いておらず、砲塔上面に横開き式のハッチが設けられ、誘導輪（アイドラーホイール）に歯（スプロケット）が付いていた。試作1号車は千葉県の富津射場などでの射撃試験、碓氷峠など関東平野各地で走行距離710kmの運行試験が行われた。最大速度は43km/hを発揮したが、重量が7.5tを超過したため軽量化されることになった。1934年（昭和9年）10月に重量を1t減らした改修型試作車が製造され、翌1935年（昭和10年）11月に、車体側面のバルジと、前後に開くハッチを持った車長展望塔が追加された、第二次試作車が3輌完成した。この間、騎兵・戦車部隊での各種試験が行われた。12月16日に「試製6t戦車」は「九五式軽戦車」として仮制式化（仮制定）された。翌1936年（昭和11年）11月に量産車と同じく砲塔後部に機関銃が追加された増加試作車が完成し、満州で寒冷地試験が行われた後、制式採用された。生産は1936年（昭和11年）から始まり、1943年（昭和18年）9月の生産終了までに、生産数は三菱重工業の自社工場（大井、丸子）で約半数弱、その他、相模陸軍造兵廠、日立製作所、新潟鐵工所、神戸製鋼所、小倉陸軍造兵廠などで残りの約半数強。
主に複々線区間で通過運転を行い、そのほかの区間は各駅に停車する。停車駅は淀屋橋駅、北浜駅、天満橋駅、京橋駅、（守口市駅）および、萱島駅 - 出町柳駅と中之島線内の各駅。平日朝ラッシュ時の下りは守口市駅を通過する「通勤準急」として運転し、それ以外は守口市駅に停車する「準急」としてほぼ終日運転され、守口市駅で普通に接続している。平日朝・夕ラッシュ時の一部で中之島駅発着の列車が運転されるが、それ以外は淀屋橋駅発着となる。このほか枚方市駅・樟葉駅・淀駅発着の区間運転列車が設定されている。中書島駅 - 七条駅間の急行通過駅が7両編成までの対応のため、京阪間通しの列車はすべて7両編成での運転であり、区間運転の列車には8両編成の運転（3000系での運用もあり）もある。京橋駅で中之島駅発着の普通と相互接続する列車がある。それらを乗り継ぐことによって、淀屋橋駅発着の普通を補完している。2003年9月のダイヤ改定で昼間時間帯（2008年10月のダイヤ改定ではさらに夕方以降の列車も）の京阪間通しの急行が事実上特急に格上げされたために、枚方公園以西の急行停車駅では急行の、萱島以東の各駅では普通の代替的な役割をそれぞれ担っている。このため日中においては、例えば2008年10月のダイヤ改定までは香里園駅で特急を待避していたところを、上りは淀屋橋駅出発後枚方市駅まで、下りは枚方市駅出発後淀屋橋駅までそれぞれ、後続の特急から逃げ切るダイヤに再度戻された。2009年9月のダイヤ改定により、平日の16時以降は大阪方面で萱島駅の準急と区間急行の接続ができなくなり、例えば萱島駅で乗り換えて準急通過駅へ向かう場合は、萱島発の普通を待つ必要がある。また夕方以降の列車は京都側での区間列車（出町柳駅・三条駅 - 淀駅・一部は樟葉駅）と樟葉駅折り返しの準急列車が統合されたものであり、中書島駅 - 樟葉駅間の速達列車の通過駅（淀駅・橋本駅）でも利便性が向上している。なお、前述の香里園駅での特急の通過待避は2016年3月19日以後のダイヤ改定で復活している。各駅停車区間における特急（2008年10月改定からは快速急行も）との緩急接続は、基本的に枚方市駅（2016年3月19日以後の日中は樟葉駅）・丹波橋駅・三条駅の3駅で行っている。ラッシュ時には枚方市駅で緩急接続を行う列車や、萱島駅や香里園駅、淀駅や龍谷大前深草駅で快速特急・特急などの通過待ちを行う列車、香里園駅や枚方市駅で快速急行や急行に接続する列車もある。種別幕の地色は青である。6000系登場以前は白地に青字であった。また、方向板を使用していた時は丸板で白地に青文字で準急（行き先は黒字）と書かれたものを使っていた（天満橋駅発着列車は黄色地に青文字で準急）。