1998年11月5日、イギリスの科学雑誌『ネイチャー』にユージーン・A・フォスターが指導するチームからDNA鑑定の研究結果が提出された。この研究は4集団の男性のY染色体ハプログループを比較していた。トマス・ジェファーソンの祖父の子孫、トマス・ウッドソン、マディソン・ヘミングスの兄弟エストン・ヘミングス（後にエストン・ジェファーソンに改名）、およびカー兄弟の祖父ジョン・カーのものであった。研究に使われたDNAデータについては、en:Jefferson DNA dataを参照。それぞれの場合に男性は父系の子孫がいる必要があった。つまり息子の息子の息子という具合にである。上記4人の線のみにY染色体が残っていた。その結果、トマス・ジェファーソンとマーサの夫妻の直系の子孫が含まれなかった。またマディソン・ヘミングスの子孫も同様であった。これら2系統は父系の子孫が同定できなかったからである。この研究の主要な成果は、ジェファーソン家のY染色体はエストン・ヘミングス家のものと一致し、ウッドソン家とカー家のY染色体はそれぞれ異なっていることだった。父性の問題についてこれが示唆することは、ジェファーソンが父であるかについては結論を出せず、試験された他の家族についてはより明確になったことである。ジェファーソンの孫達の論点であるサリー・ヘミングスの子供たちはカー兄弟のどちらかが父親であるということは、子供たちに複数の父親が居りカー兄弟がエストン以外の父親であるのでなければ、証明できないということであった。あるいはカー兄弟が何らかの方法でその祖父と同じY染色体を持っておらず（たとえば庶出）、かつ何らかの方法でジェファーソンが父親だったということであれば考えられる、ということであった。ウッドソン家のジェファーソンの子孫であるという主張も証明されなかった。ウッドソンの子孫5人が正確を期して試験された。一方でエストン・ヘミングスは疑いもなくジェファーソン家の「1人の」子供であった。1998年以前に出版されたヘミングスの子供たちの証言の中で、マディソン・ヘミングスのものが最もDNA鑑定の結果と一致していることになった。『ネイチャー』はそれ故に、記事の表題を「ジェファーソンは奴隷の最後の子の父親だった」とした。記事の表題はその著者によって「正しくない」と表明され、ジェファーソンはエストン・ヘミングスの父親の可能性があったという手紙が『ウォールストリート・ジャーナル』に載った。DNA鑑定で、カー兄弟がエストンの父親である可能性とジェファーソンがトマス・ウッドソンの父である可能性を否定したが、ジェファーソンあるいは彼の家族の誰かがヘミングスの子供の父親であると結論付けたわけではない。以前の議論はジェファーソンかカー兄弟の一人が父親であるということに集中していたので、カー兄弟の可能性が消えれば、多くの者はジェファーソンが実の父親と思ってしまう。しかし、ジェファーソンにはランドルフという弟が1人おり、5人の息子がいた。後に『ネイチャー』に送られた一つの可能性は、ジェファーソン家の父系にある誰かが、例えば彼の父あるいは祖父が奴隷との子供の父となり、その奴隷あるいはその子孫がヘミングスの子供たちの父親になったことである。フォスター博士はこのような可能性は遺伝子学的にどれも排除できないことに同意し、ランドルフの5人の息子の一人アイシャム・ジェファーソンはエストンの父親である可能性がある証拠があると言った。しかし現在の歴史的証拠は、ジェファーソンが父親である可能性が強いとも言った。
サンタクルーズはリベラルで革新的な行動主義中心として、医療行為にマリファナの使用を認める最初期の都市となった。1992年、市民はこれを認めるメジャーAを圧倒的に承認した。また、医療マリファナのためのWo/Men's同盟の設立者、バレリー・コーラルとマイク・コーラルを麻薬取締局が逮捕したとき、州の医療マリファナ法を法廷で評価させることを申請したカリフォルニア州の都市群に入ってもいた。この裁判はマリファナ栽培者に有利に裁定された。2005年、市の市政委員会は住民が医療マリファナを手に入れることを支援する市政府部門を設立した。2006年の住民投票でメジャーKが成立し、マリファナに関する法の執行を「最下位優先事項」とした。市内には活動的な退役兵社会がある。統一退役兵評議会が政府による救済策の代替手段として、退役兵の社会復帰を進める地域に根ざしたプログラムを後援している。海外戦争の退役兵のビル・モットー第5888支部はサンタクルーズや国内の反戦・平和活動を後押ししている。退役兵記念ビルではサンタクルーズや世界中のパンク、レゲエ、ヒップホップの公演が行われている。ここはビル・モットーが後援する感謝祭やクリスマスのディナーの会場にもなる。これらディナーは第5888支部が1970年代後半に開始した。2006年の感謝祭ディナーには1,400人が集まった。非暴力のための資源センターは1976年に設立され、サンタクルーズ郡で政治的かつ社会的活動を行う非営利組織としては最古かつ中心となる組織の一つである。この組織は「非暴力による社会変革という原則を普及し、人間生活の質と人の尊厳を高めることに務める」ことに貢献している。1998年、サンタクルーズ市は非核地帯を宣言した。2003年にはサンタクルーズ市政委員会がイラク戦争を非難することではアメリカ合衆国で最初の市政委員会となった。またアメリカ合衆国パトリオット法に反対する宣言を発した。著名なフェミニズム活動家ニッキ・クラフトとアン・サイモントンがサンタクルーズ市に住んでおり、「プレイング・マンティス（カマキリ）旅団」を結成した。この集団は1980年代に「ミス（myth）カリフォルニア・ページェント」を組織化し、女性の見せ物化と美の称賛神話に反対している。ミス（myth）カリフォルニアの行事は、1920年代以来サンタクルーズ市で行われてきた「ミス・カリフォルニア」のコンテストと同時に開催されている。その抗議は食肉を纏った女性がコンテスト入口周辺に強姦された女性の血を注ぐこと等であり、9年間続けて行われた結果、コンテストはサンタクルーズ市で開催されなくなった。サイモントンは非営利集団「メディア・マッチ」を設立して運営し、女性や少数民族のメディアにおけるイメージを監視し批判している。1983年から毎年、「Take Back the Night（あの夜を取り戻せ）」の蝋燭通夜、集会、行進を開催しており、女性に対する暴力に焦点を当てて抗議している。市内にはサンタクルーズ独立メディアセンターなど多くの自前メディアプロジェクトによって表されるように、活発な独立系メディアの社会がある。海賊FMラジオ局フリー・レイディオ・サンタクルーズは10年以上活動しており、市民の様々な層から活発な参加を得ている。「インセンディオ」は英語とスペイン語を話す世界中のアナーキストと、ラテンアメリカで起こっている無政府、先住民文化、生態および社会的闘争とを繋いでいる2か国語雑誌である。また活動的な独立系情報発信源もある。