以前と同様、Cray-3 は部品を実装した回路基板を複数集積した「モジュール」で構成されている。高密度実装するため、ガリウムヒ素のチップはパッケージングされず、4"x4" の基板に直接金でボンディングされた。そして、チップを挟み込むようにもう1枚の基板が最初の基板と結合される。このサブモジュールを4枚重ねたものをさらに前後左右に並べて接続し、3次元回路を構成している。Cray-3 では、4層のサブモジュールを4個×4個の形で並べたものを1つのモジュールとした（モジュールの大きさは 16"x16"x.75"）。このような高度な実装を行っても、1990年代初期の標準から見れば実装密度は低く、1立方インチ当たり100ゲート程度にしかならない。最近のCPUでは、1平方インチ当たり数百万ゲートであり、3次元回路への移行はまだ行われていない。1つのプロセッサは、このモジュールを32個集積して、大量のより線対で相互接続したものである。そのモジュール群はアルミニウムのシャーシに納められる。この状態を「ブリック」と呼ぶ。冷却のため、ブリックは Cray-2 と同じフロリナート (Fluorinert) の液に浸される。4プロセッサシステムで、88kWの電力を消費する。4プロセッサシステム全体の大きさは、高さと奥行きが約20インチで、幅が2フィート強であった。筐体は3フィート×3フィート×4フィートで、プロセッサが一番上に置かれ、その下にメモリ、さらに一番下に電源装置と冷却装置が置かれる。全体として Cray-3 は Cray-2 よりもかなり小型化され、他のスーパーコンピュータに比較しても小さかった。基本サイクルは 2.11 ns または 474 MHz で、各プロセッサの性能は 0.948 GFLOPS、全体では 15.17 GFLOPS の性能であった。高性能化の決め手は高速メモリアクセスであり、各プロセッサのメモリ帯域幅は最大 8 GB/s であった。
設計は1980年代後半にコロラドスプリングスにあるクレイの新しい研究所で開始された。クレイは管理上のわずらわしさから逃れるために本社からこちらに移っていた。なお、この研究所は Cray-2 設計当時にボルダーに設立したクレイ・ラボラトリーズとは異なる。クレイは、さらなる高速化をいつも3つの改良を同時に行うことで実現しようとした。それは、計算機構を増やしてシステムの並列性を増大させること、より稠密に実装することで信号の遅延を抑えること、より高速な部品を使ってクロック周波数を上げることである。Cray-2 では、画期的な集積回路の3次元実装システムを導入することで高密度実装を実現したが、そこには改善の余地があった。しかし、目標としていた10倍の性能向上を実現するには、それだけでは足りなかった。Cray-2 では、4.1 ns（244 MHz）でシリコントランジスタの速度限界に迫っており、せいぜい2倍程度までしか性能改善の余地はなかった。クレイは、Cray-2 でガリウムヒ素を使うつもりだった。ガリウムヒ素はスイッチング速度が速いだけでなく、エネルギー消費が少ないため発熱も少なくて済む。当時はガリウムヒ素の製造技術がスーパーコンピュータに使えるレベルではなかったので実現しなかったが、1980年代中頃には状況が変わり、クレイは迷わずそれを選択した。最終的にガリウムヒ素集積回路メーカーである GigaBit Logic に投資し、同社をチップ供給業者とした。これは極めて危険な賭けだった。テクノロジがうまくいかなかった場合、プロジェクトの失敗が避けられないものとなる。Cray-2 は大成功というわけではなく、Cray Y-MP 開発の真っ最中であったため、クレイ・リサーチの経営陣は Cray-3 開発の優先順位を下げる決断をした。クレイにとって、これは初めての出来事ではなく、彼が自分の会社を設立するきっかけも同じような経緯であった。結果として、NCARを主たる顧客とするクレイ・コンピュータ社を新たに設立することになった。
ピオリア生まれ。両親は音楽家。少年時代からクラシックピアノを習う傍ら、スライドギターも独習し、高校時代はビートルズのコピーバンドも組んでいた。ピオリア市の母校ウッドラフ高では父親が音楽活動の傍ら教師を務めていた。この高校と代表曲懐かしき恋人の歌(Same Old Lang Syne)に登場する食料品店とを結ぶ通りが後にフォーゲルバーグ・パークウェイと改名された。卒業後、大学で美術を学びながら、地元のコーヒー・ハウスなどで音楽活動を開始。ここで後に名マネージャーとして知られることになるアーヴィン・エイゾフと知り合い、彼とともにカリフォルニア州、次いでテネシー州ナッシュビルへと移る。同地でスタジオ・ミュージシャンとして、イーグルスなど同世代の数多くのミュージシャンと共演したことが、その後の彼の音楽性に大きな影響を与えることになる。1972年に最初のアルバム『Home Free』を発表したが、セールスは振るわなかった。だが、2年後の74年にイーグルスのギタリスト、ジョー・ウォルシュのプロデュースによって発表した2作目『Souvenir』がヒットし、ミュージシャンとしての地歩を固める。その後も『Captured Angel』、『Phoenix』、『The Innocent Age』などの作品が商業的な成功を収めるとともに、その音楽的完成度の高さも注目を集めた。ジェイムス・テイラーなどの60年代フォークを基盤としながらも、ギター、キーボード、コーラスなど全て一人でこなし、それらを多重録音によって表現するスタイルは、「一人CSN&Y」とも呼ばれた。80年代半ば以降は、社会的テーマを扱った『Windows And Walls』、ブルーグラスの影響を感じさせる『High Country Snows』などを発表し、大ヒットには恵まれなかったものの着実な活動を続けた。1984年発表のアルバム『Windows and Walls』には実際のアリゾナの事件を取り扱った『Tucson Arizona』が含まれるなど、難しい社会問題を作品にした曲も数多く作曲している。2007年12月16日、数年間の闘病生活の後、前立腺癌によって死去。イリノイ州では、誕生日8月13日をダン・フォーゲルバーグ・デーとすることが2015年に議会で決まった。