東京移住後を描く予定だった。2013年8月時点で、32ページ分の下書きなどが確認されている。主なテーマは、被爆者差別や、東京の戦災孤児と戦争の廃絶を目指すなどを予定していた。『「はだしのゲン」創作の真実』掲載の草稿は、冒頭2ページには絵があるが、以下はコマとネームのみである。内容は東京に着いたゲンが、被爆者と知られて「放射能がうつる」と言われたあと、上野で東京大空襲の被災談を語るコソ泥に全財産を盗み取られるところで終わっている。ラストでは、絵の修行のため貨物船でフランスに旅立つとされていた。
ゲンは重蔵と犬猿の仲であり、光子も当初は父親に叱られるのを恐れてゲンと交際するのをためらっていたが、隆太の一喝とゲンの想いを受けて交際を承諾、ゲンは光子との交際を始めた
だが、まもなく光子は原爆による急性白血病で死亡した
これにより軍国主義者の重蔵は自分の愚かさを知り、平和主義者へと転向、漸くゲンと和解する
ゲンの仲間の1人、ムスビは洋裁店を開くために働いていたが、ふとした夜遊びがきっかけで麻薬中毒となってしまう
麻薬中毒となったムスビは麻薬を買うために、申し訳ないと思いつつも皆で貯めたお金に手を出し、挙げ句使い果たしてしまう
お金が無くなっても（体が）麻薬を欲しがるムスビは、麻薬の売人であるバー「マドンナ」のマスターの自宅に侵入して麻薬を探しているところを見つかり、リンチに遭い死亡する
原爆で孤児となり苦難を共にしてきた大切な親友であるムスビが麻薬中毒そして金儲けの道具にされて殺されたことに隆太は怒り心頭となる
隆太は、バー「マドンナ」に乗り込み、首謀者であるマスターを射殺し、愛人である女給に重傷を負わせ、さらに麻薬売買の胴元であるヤクザを2人射殺した
そして、敵討ちを終えた隆太は自首することを決意するが、刑務所に入るのは間違いで戦争を起こした者たちこそ裁かれるべきだと叫んだゲンと勝子により反対され、東京へと向かう貨物トラックで勝子と共に逃亡する
ムスビの遺骨を自分の家の墓に納めたゲンは、その後、重蔵、天野、天野の孫の達郎に見送られ、未来に挑戦するために東京へ旅立った

物語は、広島県広島市舟入本町（現在の広島市中区舟入本町）に住む国民学校2年生の主人公・中岡元（なかおか げん “以下、ゲン”）が、当時日本と交戦していたアメリカ軍により1945年8月6日に投下された原爆で、父・大吉（だいきち）、姉・英子（えいこ）、弟・進次（しんじ）の3人を亡くしながらも、たくましく生きる姿を描く。
日本共産党はそれまで「核均衡理論」に基づいて、政治的主張が異なるアメリカ合衆国やイギリス,フランスによる核兵器の所持、開発には反対するものの、社会主義国家で政治的主張が近い中華人民共和国やソビエト連邦の核兵器は認めるという矛盾に満ちた立場を取っていた。ところが、今度は中・ソとも対立したことにより、打って変わって核兵器の全面的な禁止を訴える論調をとることとなり、「はだしのゲン」の連載は逆にその格好の宣伝材料となった。しかしその後なぜか「ゲン」は打ち切りとなる。
『市民』誌は支持基盤が磐石ではなく、1976年8月号をもって休刊。その後、日本共産党系の論壇誌である『文化評論』に連載の場を移す。
フィド（イタリア語: Fido、1941年 - 1958年6月9日）は、イタリアの犬。Fidoはイタリア語で「信頼」を意味する語から。1941年11月のある夜、トスカーナ州ボルゴ・サン・ロレンツォの煉瓦工房で働くカルロ・ソリアーニ(Carlo Soriani)は仕事帰りに自宅最寄りバス停からほど近い溝に落ちて身動きが取れなくなっていた野良犬を助け出し、家に連れて帰って治療を行った。カルロと妻はその野良犬をフィドと名付けて飼う事にした。快復したフィドは働きに出るカルロをバス停まで見送り、また夕方になるとバス停まで行き、バスから降りてくるカルロを出迎えた。フィドはこれを毎日繰り返した。1943年12月30日、ボルゴ・サン・ロレンツォは連合軍による空襲を受けた。多くの工房が破壊され、多くの死者が出た。カルロ・ソリアーニもこの時の空襲で死亡した。その日の夕方もフィドはバス停までカルロを出迎えに行ったが、カルロはバスから降りて来なかった。夜になってフィドはカルロの家に帰ったが、翌日もその翌日も、以降、フィドが死ぬまで14年間、毎日夕方になるとバス停へ出迎えに行っていた。イタリアの雑誌『Gente』と『Grand Hotel』はフィドの存命中にこのことを誌面で採り上げ、映画会社イスティトゥート・ルーチェのニュース映画にも何度か採り上げられた。1957年11月9日に、ボルゴ・サン・ロレンツォの市長はソリアーニ夫人を含む多くの市民の前でフィドに金メダルを授与した。また、アメリカの雑誌『タイム』も1957年4月にフィドについての記事を掲載している。同年内にボルゴ・サン・ロレンツォは彫刻家Salvatore Cipollaに依頼し、記念碑を作成、ボルゴ・サン・ロレンツォのダンテ広場（Piazza Dante）にフィドの像を設置した。この記念碑はマヨリカ焼きで作られたが何者かに破壊されたため、市は再度、Salvatore Cipollaに依頼し、銅像を設置した。こちらの銅像はダンテ広場に現存している。1958年6月9日、フィドはカルロを待ったまま死んだ。新聞のLa Nazioneはフィドの死を紙面に乗せ、同年6月22日にはLa Domenica del Corriere紙がフィドの物語を載せ、イタリアの漫画家ウォルター・モリーノが挿絵を添えた。フィドの遺体は、ボルゴ・サン・ロレンツォの墓地、カルロの墓の近くに埋葬された。