2004年10月10日、ケニアのナイロビで開催された暫定議会がプントランド大統領のアブドゥラヒ・ユスフを新大統領に選出。この暫定議会にはソマリランド以外の全ての勢力が参加し、正式な中央政権が成立する足がかりとなるか注目された。アイディード派からはフセイン・アイディードが副首相兼内相、アト派からはアリ・アトが住宅・公共事業相、南西ソマリアからはシャティグドゥド大統領が農相として入閣し、暫定連邦政府が成立した。しかし、暫定議会の招集に応じなかったソマリランドは反発した。ユスフ大統領は2005年6月13日より、ナイロビに拠点を置くソマリア暫定連邦政府の本国帰還を開始した。アリー・ムハンマド・ゲーディ首相や閣僚らとともに、ソマリア内の治安回復と施政権獲得の機会を模索した。ソマリアは国内にはソマリランド共和国・プントランド共和国・南西ソマリアなどの「国家」や軍閥が乱立しており、さながら群雄割拠の様相を見せていた。ソマリアは元々氏族社会であるため、地域同士の対立はもちろん氏族同士での対立も頻発している。特に、ソマリランド共和国はアフリカ諸国の中でも異例なほどに安定した経済と民主主義による政治を行っていると喧伝しており、ソマリアとは別個の国家と主張している。プントランドや南西ソマリアは暫定連邦政府への協力を表明している。
国連が撤収した1995年3月、アイディード派の財政を支えた実業家アリ・アトが離脱してSNAは分裂した。アリ・アト派は8月に武装勢力13派と協力関係を樹立し、アイディード派との戦闘に突入。1996年8月、砲弾による負傷が原因でアイディード将軍が死亡すると、三男のフセイン・アイディードが後継者となった。これを機に、10月には隣国ケニアが停戦協議を持ちかけたが失敗する。1997年12月、モハメド派、アト派、アイディード派を含む武装28派がエジプトのカイロで無条件停戦などを定めた和平協定に調印、統一政府の樹立に向けて会議を開催することで合意したものの、翌1998年3月に開かれた会議で、各派の意見対立により和平合意は延期。5月に、和平合意に向けた会議を開くことを約束したが開かれず、その後は和平協定そのものが事実上無効となってしまった。同年7月、北西部の氏族の一部が自治国家プントランド共和国の樹立を宣言する。続いて隣国のエチオピアがエリトリアと国境紛争を起こすが、その余波でエチオピアが支援するラハンウェイン抵抗軍（RRA）が1999年6月に南西部の要衝バイドアを制圧した。
1992年12月、国連の国連安保理はPKO国連ソマリア活動のため、アメリカ軍を中心とする多国籍軍を派遣。続いて1993年5月、平和強制と国家建設を任務とする第2次国連ソマリア活動が展開したが、アイディード将軍は国連に対して宣戦布告、国連パキスタン軍を攻撃して24名の兵士を殺害した。これに対し、国連安保理はアイディード派幹部拘束を目的とした国際連合安全保障理事会決議837を全会一致で可決して作戦を実施した。しかし、激しい応戦に遭い初期の目標は達成したものの、18名の米国兵士とマレーシア兵士1名を失い、73名の負傷者を出した（モガディシュの戦闘）。自信をなくした米国が撤退を決定すると、主軸を失った国連活動も全て撤収する事となった。1995年3月、中央政府も無く首都も二分されたままで最後のPKO部隊が撤退し、国際社会がソマリア内戦に介入することが非常に困難であることを証明した。
1988年から反政府勢力は、諸都市を次々と勢力下に治め、1989年にはバーレ政権の支配域もモガディシュおよびベルベラなど地方都市の一部のみとなった。1991年1月に反政府勢力統一ソマリ会議（USC）が首都を制圧。バーレ大統領を追放し、暫定大統領にアリ・マフディ・ムハンマドが就任した。しかし、暫定政権発足に際し、各勢力の内部抗争が表面化し、6月には北部の旧英国領地域がソマリランド共和国として独立を宣言し、南北は再び分裂した。バーレ元大統領はナイジェリアのラゴスに亡命したが、1995年に死去した。USC内でもモハメッド・ファッラ・アイディード将軍派がモハメド大統領派と対立。アイディード派の攻撃で首都を脱出したモハメド暫定大統領は、1991年12月に国際連合に対しPKO部隊派遣を要請した。アイディード派はその後、武装勢力4派と政治組織ソマリア国民同盟（SNA）を結成、モハメド派も11派を傘下に入れ内戦が激化した。
ビアトリクスは乳母と家庭教師（ガヴァネス）によって教育され、4階の子ども部屋から階下の両親に会いに来るのは特別なときか「おやすみなさい」を言うときだけであった。親が認めない子と遊ぶことも許されないため、ビアトリクスは弟のバートラムが生まれる5歳までは、遊び相手が存在しなかった。しかしこれは当時の中流階級の家庭では特段珍しいものではなかった。良家の女児は学校へは行かず、家庭教師によって教育が行われることが一般的であり、ポターもまた例外ではなかった。一度も学校に通わなかったポターであったが、後年「学校に行かなくて良かった。行っていれば独自性が潰されてしまっていただろう」と述べており、学校に行けなかったことを後悔する節はない。少女時代は飼っているペットを観察しスケッチに残すか、他の何かの絵を描いていることが多かった。孤独で変化に乏しい毎日であったがポターは従順にそれを受け入れている。しかし、成長するにつれ抑圧された自我は吐け口を求め、15歳から31歳まで独自の暗号を使った日記に日々のことを書き綴っている。どこかに出かけた話や、誰かから聞いたジョーク、出会った人物の批評、時事問題などさまざまなことが記されており、非常に細かなところまで詳細に記されており、ポターが若い頃から鋭い観察眼を持った女性であったことがわかる。この暗号日記はポターの死後10年以上も解読されずにいたが、1958年にレズリー・リンダーが解読に成功しており、それまで不明だったポターの若いころのことが一挙に明らかになっている。日記の内容はわざわざ暗号にするほどのものではなく、なぜ暗号を使ったかについてはさまざまな考察があるが、猪熊葉子や灰島かりは、抑圧された環境で自我を形成していく上で、秘密を持つことそのものが重要だったのではないかとしている。