当時は戦時であり、なし崩し的に大統領の権限は拡大しており、トルーマンは大統領就任まで核開発計画について知らされていなかったと伝えられている
トルーマンは大統領就任後24時間以内に、この戦時秘密計画について初めて知らされたという
(とはいえ、まったく無知であったわけではないようで、『トルーマン委員会』と呼ばれた上院国家防衛調査委員会において、莫大な戦費が使われていることを知り、調査活動に出たがスティムソン軍事長官の要請を受けて中止したという
)確実に動作するプルトニウム兵器を作るのは難しかったので、事前に核実験の実施が望まれた
トルーマンは、すぐ後に控えた戦後のヨーロッパ情勢を決定する会談を有利に進めるため、その前に核実験の結果を知りたいと望んでいた
1945年7月16日、ニューメキシコ州アラモゴード北の砂漠で、ガジェットと名付けられた原爆を用いてトリニティ実験というコードネームを付けられた人類最初の核実験が実施された
原爆はTNT換算で約19ktものエネルギーを放出した
これは当時までに使用されたあらゆる兵器の威力を上回るものであった
実験成功のニュースは直ちにトルーマン大統領へ届けられた
トルーマンは、科学者たちや軍上層部の日本への原爆使用方法についての意見を総合し、最終的に日本の都市へ原爆を投下することを決定した
一部には、原爆をデモンストレーション用として無人の地区に使用するべきとの意見もあったが、大部分は人の住む都市で実際に原爆が兵器として使われることを望んだ
これには、日本政府に対して抗戦の意図を挫くために強力なメッセージを送り、特に日本本土に対しての上陸作戦を不要にすることによって、米軍将兵の犠牲を減らすという軍事的な動機に基づくものであったとされる
もし本土への上陸が行われれば、米軍将兵の死傷者は50万人を超えるとされており、また日本側にも同数以上の犠牲者が出ると想定されたので、トルーマンは「原爆の投下は戦争を短縮し、何百万もの生命を救った ("We have used it in order to shorten the agony of war, in order to save the lives of thousands and thousands of young Americans.")」と主張している
1945年5月10日ロスアラモス内のオッペンハイマーの執務室で、8月初めに使用予定の2発の原子爆弾の投下目標として、次の4都市がはじめて選定された
それは、京都、広島、横浜、小倉である
最終的には、広島と長崎がターゲットに選ばれ、1945年8月6日に広島へウラン型原爆のリトルボーイが、3日後にプルトニウム型のファットマンが長崎へ投下された
犠牲者については諸説あるが、2発の原爆で計20万人程度が亡くなったとされている
日本に対する原爆の使用が不可避であったのかには議論があるが、ソ連への示威行為であったとの指摘もある

1985年11月23日午後8時05分（現地時間）、ギリシャのアテネからエジプトのカイロに向かっていたエジプト航空648便（ボーイング737、機体記号SU-AYH、乗員乗客103人）が、離陸から10分後に重武装した国際テロ組織「アブ・ニダル」のメンバー3人（5人または6人との説もある）にハイジャックされ、当時、アブ・ニダルを支援していたリビアに向かうよう機長に要求した。ハイジャックの目的は、中東問題に対するエジプト政府の姿勢に抗議するためであった。なお、ハイジャックされた機体はおよそ一ヶ月前にアキレ・ラウロ号事件のとばっちりでNATO軍基地に強制着陸させられたのと同一の機であった。犯人グループは乗客からパスポートを取り上げ国籍のチェックを始めた。そしてその時に乗客に紛れていたエジプト航空の航空保安員が、拳銃で犯人制圧を試みて銃撃戦となったが、射殺された。犯人側も1名が死亡したと見られ、ほかに乗客2人が負傷した。銃弾で旅客機外壁に穴が開いたため、急減圧が発生、巡航高度を10000フィートにしなければならなくなった。その後なんとか機体を水平飛行に戻すことに成功したが、低空飛行を余儀なくされた結果、648便は燃料不足を生じた。早急に着陸の必要に迫られた648便は、現在地点から着陸が可能な国はマルタ以外に無く、機長はルカ空港の航空管制官に緊急着陸の許可を要請。だが、テロ事件の経験が無かったマルタ政府は受け入れを拒否、さらに648便が着陸出来ないように誘導灯の照明を消した。しかし燃料が残り僅かだった為機長は暗闇の中での強行着陸を決行し無事にルカ空港への着陸を成功させた。着陸後機体はマルタの警備隊によって包囲された。犯人グループとの交渉の為、空港にマルタ政府の担当者が駆けつけ交渉が始まり、負傷者2名と女性の一部13人が解放されたが、犯人グループのリビアへ向かう燃料補給の要求、そして直ちに給油に応じなければ15分ごとに人質を射殺すると告げたがこれをマルタ政府は単なる脅しと判断し人質全員を解放しなければ給油には応じられないと回答した。主犯格のオマル・レザック（en:Omar Rezaq）がイスラエル人とアメリカ人の乗客を選んで乗降口に連れ出し銃撃、3人を射殺し2人を負傷させた。24日午後、エジプトから緊急出動したエジプト軍特殊部隊の第777戦闘部隊が、C-130輸送機でルカ空港に進出した。 だが、特殊部隊は犯人側の顔や人数など殆どの情報を持っていなかった。事件発生から25時間後にエジプトの特殊部隊が貨物室に爆薬を仕掛け爆破しそれを合図に強行突入し、犯人との銃撃戦の末にハイジャック機を奪還した。機長が犯人の1人を殴り倒すなど、乗員も機内から協力した。しかし、この銃撃戦で乗客57名が死亡し34人が負傷する大惨事となった。犯行グループが投げた手榴弾3発が客室で爆発し、機体にも引火して火災発生、さらに突入用煙幕で視界が悪いなかでの銃撃戦となったことなどから人質の犠牲が増えた。犯人グループの3人のうち2人は死亡したが、主犯格のレザックは重傷で発見された。機体は数時間にわたって燃え続け、全損となった。