日清戦争後、1897年（明治30年）開業の日本勧業銀行、1900年（明治33年）には農工銀行、北海道拓殖銀行、1902年（明治35年）には日本興業銀行と、特殊銀行の設立が行われ、国立銀行の普通銀行への転換がすすめられるなど、貨幣・金融制度の整備が著しい進展を見せた。一方で急激な膨張による反動も強く、早川千吉郎は工業育成主義から各製糸所・紡績所の売却、芝浦製作所の分離、有価証券・地所の処分などを実施、徹底した採算主義にもとづく商業銀行への転換をおこなった。日露戦争後は日本興業銀行の活躍による外資導入、南満州鉄道株式会社などが刺激材料となって、再び企業熱が勃興し、東株（東京証券取引所）は三倍もの値をつけ、日本経済が飛躍的に発展する中で、三井銀行も大きな力を蓄えた。外国の事情をレポートした林健は、ロスチャイルドやモルガン等に習った組織改革、三井銀行を株式会社組織にすることを提案。1909年（明治42年）に三井同族会は三井合名となった。当時、力のあった5つの銀行は三井銀行、第一銀行、三菱銀行、住友銀行、安田銀行の順で、貸出金・預金高における三井の額は実に三菱の二倍であった。
明治20年代前半までに設立されていた銀行、三井銀行、安田銀行、第一銀行、十五銀行などは公金預金に依存しており、その優位性を保っていたのが実情であり、反面、特定個人や会社に対する不良貸出も多く、業態はまことに不安定であった。そのような実情のもとで、政府はようやく1893年（明治26年）に銀行条例を公布し施行した。問題は貸付業務の制約と兼業の禁止が規定されていなかったことで、「諸銀行の中には、日銀より引出したる資金を、一個人に向いて比較的高利に貸付け、其差金の収益のみを以て目的とするもの」（日本銀行沿革提要）すら出てきたというのが実情であった。中上川彦次郎は三井の改革に着手し「三井家仮評議会」を設置、中井三平（中井三郎兵衛 (3代)）、益田孝、三野村利助、今井友五郎、渋沢栄一など共に不良貸付の整理を断行。次いで官金取扱の辞退、業務組織の整備、有能な人材登用、工業の育成に着手。日清戦争後のブーム期には、「三井銀行は日本の銀行なればなり。天下の銀行なればなり。」と述べるほど強大であった。中上川は銀行の経営について当初はフィナンシングハウス的なものを考え、その後、企業の育成と銀行業が両立することを認めるに至った。
三野村利左衛門の病死についで三井銀行を襲った衝撃は、日本銀行の設立と官金取引業務の縮小であった。すなわち1881年（明治14年）松方正義が大蔵卿に就任し幣制整理とインフレーションの収束に着手したが、その中核をなしたのは日本銀行の創立であった。そして国庫金取引は日銀の重要業務の一つと定められ、これまで三井が行ってきた為替方は全廃されることになった。また日銀創立に際し、三井銀行の総長代理副長三野村利助が同行理事に任命された。そして三井は消極主義になって節約をはかり、貸出金の回収に努めた。その結果1883年（明治16年）から17年にかけての民間預金は1000余円減の横ばい、官金預かり高は94万余円の激減に対して、所有公債証書時価は74万余円と相当の増加を示した。
家政改革を進め官金取引業務と府県為替方の拡充に努めた三井は、小野組・島田組の破産後も難局を乗り切る。1875年（明治8年）3月、三井組を「三井バンク」と改称し、三井八郎右衛門高福らを発起人とし、創立出願を東京府知事あてに提出した。当時の銀行条例では国立銀行以外に「銀行」と称することを禁止していたが、国立銀行が第一・第二・第四・第五の四行に留まっていたことなどから抜本的改正を余儀なくされ、1876年（明治9年）、駿河町三井洋館に日本最初の私立銀行が設立された。各地に店舗を展開し、分店をランク付けした。一等は大阪、二等は西京、横浜、神戸である。三井銀行は地租の納税窓口を担当していたため、1876年（明治9年）に地租改正反対を訴える伊勢暴動の際には、三重県の松阪と山田（現・伊勢市）の店舗や取締の自宅を焼き討ちにされた。四日市でも攻撃目標とされたが、何とか放火を阻止した。
三郡変成帯を含め、西日本には変成岩の大きな分布帯が4つあることが知られていた。これは北から順に、富山から飛騨地方、福井を経て山陰地方の日本海沖に連なる飛騨変成帯、三郡変成帯、長野県南部から愛知、三重、奈良、瀬戸内地方・北四国から九州中部に連なる領家変成帯と、そのすぐ南に平行する三波川変成帯である。飛騨変成帯と三郡変成帯は秋吉造山運動で形成され、領家変成帯と三波川変成帯はより新しい佐川造山運動で形成されたと考えられていた。一般に、鉱物は生成する際の圧力と温度の組み合わせによって、中に含まれる結晶の構造や化学組成が変わるので、岩石に含有される鉱物や結晶構造を調べることで、その岩石がどのような環境で生成されたかを推測することができる。変成岩の場合、「高温・低圧」下でできたものと、「低温・高圧下」でできたものに大別される。飛騨変成帯と領家変成帯は低圧高温型、三郡変成帯と三波川変成帯は高圧低温型の変成帯である。高温低圧型の変成岩は火山のマグマ溜まり付近で形成され、低温高圧型の変成岩はプレート境界で生成されると考えられている。こうした学説は1940年代から提唱されるようになったが、その後に出てきたプレートテクトニクス仮説の後押しをすることになり、1970年代まで、日本内外で一般的に支持されてきた。一方、実際の三郡帯の分布や形成年代の同定に関しては定まらない部分もあった。放射年代測定の技術が確立されると、1980年代から1990年代には従来の三郡帯は3つの変成帯に区別されるようになった。この説では、蓮華帯（三郡蓮華帯）、周防帯、智頭帯の3区分がある。 さらに2000年代になると、蓮華帯と周防帯の2区分が提唱されるようになった。これにしたがうと、西日本の広域変成帯は飛騨、蓮華、周防、領家、三波川の5帯が並走しているということになる。これらは約1億年おきにこの地域が高圧化におかれたことを示唆しており、日本列島が1億年周期で海嶺沈下と造山運動を繰り返してきたことの証左になると考えられている。しかし、いまだ不明な点が多い。