本症患者の診断後平均生存期間は5年から10年である。主たる死因は感染症33%、白血化19%、心不全12%、脳血管障害11%の順である。予後不良因子としては(1)Hb 10g/dL未満の貧血、(2)発熱・発汗・体重減少などの症状の持続、(3)末梢血に1%以上の芽球の出現、(4)男性であることが挙げらるが、これらの予後不良因子を1つ以下しか有さない症例の10年生存率は84%、2つ以上有する症例では31%と報告されている。白血病への転化率は30%以下であるが転化した場合は予後不良である。
根本的な治療は骨髄移植などの同種造血幹細胞移植であるが、本症患者の平均年齢は高く、同種造血幹細胞移植の適応になりうる患者は少ない。また、若い患者であっても予後不良因子の少ない患者には適応しない(予後不良因子については次節を参照のこと)。そのため、治療は合併症の管理が主体となる。貧血対策など血液所見の改善や脾腫の対策にはステロイドや化学療法(ハイドレア、エトポシドなど)も用いられるが、蛋白同化ホルモン(タナゾール)、メルファランやサリドマイドも有効であるとの報告がある。貧血や血小板減少が高度であれば輸血も行われる。巨脾や脾梗塞による症状が強ければ、脾摘や脾臓への放射線治療もある。ただし脾摘や脾臓への放射線治療は貧血を増悪させる可能性がある。JAK2V617F変異融合遺伝子をターゲットとした創薬が研究され、JAK1/JAK2を標的とするチロシンキナーゼ阻害剤であるルキソリチニブが、原発性骨髄線維症に対する治療薬として2014年認可されている。
1893年（明治26年）3月に高師を卒業した道明は、4月より高師附属学校（現・筑波大学附属中学校・高等学校）の助教諭兼訓導に着任した。この間、鳩山一郎が生徒として入学し、指導している。博物科出身でありながら博物学の授業を受け持つのは稀で、ほとんど「体操の先生」として奉職した。着任早々、6月から歩兵第1連隊に入営して6週間の兵役を務め、教員復帰後は兵式教練の教官も務めた。この年、道明は政子と結婚している。なお道明卒業直後に嘉納治五郎が高師の校長に就任し、志願者が希望学科を選べるようにしたほか、道明が受けた森有礼以来の軍隊式教育色を排除するなどの改革を推進した。1896年（明治29年）4月2日、創立したばかりの奈良県尋常中学校畝傍分校（現・奈良県立畝傍高等学校）に赴任し、教諭兼舎監となった。その年の9月30日には全校生徒を引き連れて金剛山への登山に出掛けたが、麓の名柄（現・御所市名柄）に着いた時点で生徒が疲労困憊しているのを発見した。道明は生徒が朝食に茶粥しか食べていないことを知り、保護者に朝食と弁当の栄養改善を訴えた。畝傍分校が畝傍中学校に昇格した1899年（明治32年）には初代校長に就任し、引き続き舎監も務めた。道明校長は修身と体操の教師を務め、毎月遠足や登山を実施し、放課後には教師らとテニス、生徒と器械体操や野球をするという生活を送った。そんなところから、自然発生的に「体操校長」と呼ばれ親しまれた。1900年（明治33年）、兵庫県の視学官で高師の先輩であった小森慶助の招きに応じて兵庫県姫路中学校（現・兵庫県立姫路西高等学校）に転任し、校長に就任した。この間、姫路中に和辻哲郎が入学している。姫路中では学校の更生を託され、野球を禁止してサッカーや体操を奨励し、生徒が楽しみにしていた修学旅行を廃止して軍隊式の行軍に変更、吹雪の夢前川を渡河する訓練や雨中行軍・雨中運動会を断行するなど「体操校長」の名をより強化した。行軍は生徒から不評で事前に発表すると欠席率が高まることから、抜き打ちで実施していた。和辻は「わたくしの中学が見る見るうちに兵式体操で有名な学校に化してしまった」と表現している。こうした道明の教育は卒業生や元教員、保護者らの反発を受けることとなり、生徒から授業のストライキ（同盟休校）をされたこともあった。しかし時は日露戦争（1904年=明治37年）に向かい挙国一致が求められたため、体操校長の方針は次第に受け入れられ、戦争に動員された教師陣に代わって道明自らが陣頭指揮を執った。腕っぷしの強い生徒は道明に手懐けられて号令係となり、上級生が下級生に鉄拳制裁を加えるという旧習は消滅していった。1905年（明治38年）春には文部大臣・久保田譲が来校し、道明を激励した。この頃、道明は姫路の練兵場で鍛錬する兵士を眺め、その貧相な体格を何とかせねばと思うようになっていた。こうした折に欧米留学の候補生に選ばれ、1905年（明治38年）11月21日に正式採用となった。採用日には、久保田大臣から直接訓示を受けるという異例の対応があり、国家のために任務を全うしようという強い決意が芽生えた。欧米留学が決まった道明は、和辻哲郎たちが受けていた英語の授業に参加して語学の勉強をしたといい、和辻は「そういうことが極めて無邪気にできる人であった」と記している。