老朽化した3000系の取り替えと日比谷線の車両冷房実施を目的として投入された。同線の増発も実施されたため、3000系よりも4編成多い42編成である。1980年代後半に入った当時、日比谷線は混雑が年々増加しており、それまでは駅施設やダイヤの改良で輸送力増強を行ってきたが、1988年に急きょ車両増備（新形車両を投入）による輸送力増強を実施することになった。この新形車両の製作決定から搬入の予定までは非常に短かったが、当時銀座線用の01系をベースとした東西線輸送力増強用の新形車両（現在の05系）の設計・開発が進んでいたことから、基本的な設計や機器は05系とほぼ同様なものとした。当初は3000系の車齢が30年に達する1990年（平成2年）頃に新形車両を投入することを検討していたが 、投入時期が前倒しとなった。このため、製作決定から営業運転までの期間は約10か月と短く、設計を担当する側には多くの苦労があった 。また、設計にあたっては営団内でも技術面やデザイン的に優れていた3000系を意識し、「ハイクォリティ」「アダルトセンス」をテーマにした。日比谷線が相互直通運転を行う東武伊勢崎線（東武スカイツリーライン）・日光線、および2013年（平成25年）3月15日まで相互直通運転を行っていた東急東横線に全編成が入線することが可能である。3000系では乗り入れ先の保安設備の搭載が編成によりまちまちであり、東武線のみ入線可能な編成、東横線のみ入線可能な編成、東武線・東横線の双方に入線可能な編成の3種が存在したため、これを反省点とし、全編成に東急形ATSおよび東武形ATSを搭載するほか、後に東急形ATC（ATC-P）を搭載した。東急形ATSについては、東横線（渋谷 - 菊名間）の保安装置が1997年（平成9年）3月に新ATCとなって以降は使用されなくなった。2004年に千住工場が廃止されると、鷺沼工場への入出場（詳細は後述）の際に東急大井町線において再び使用されるようになったが、同線も2008年にATC化されてからは使用されていない。現在、一部編成は東急形ATSが撤去されている。1989年（平成元年）12月20日、鉄道友の会の1989年グローリア賞を受賞した。これは01系、02系、03系、05系の各新系列車両に対しての賞である。
元禄6年（1693年）に初代藩主池田光仲が没し、因幡国法美郡奥谷村、因幡国一宮宇倍神社の北隣に被葬されたことに始まる。光仲より11代慶栄までの墓がある。なお、最後の藩主である12代慶徳の墓は多磨霊園にある。また、支藩である鹿奴藩（東館）、若桜藩（西館）藩主の墓も一部ここにある。墓所の造営と共に管理を行う施設として千岳庵が設けられた。ここは後に清源寺と改められ池田家菩提寺興禅寺の末寺となった。なお、清源寺の寺号は2代藩主綱清の法号でもある。明治初期に廃寺となり、現在は芝生広場となっている。藩主の墓は亀趺円頭墓碑と呼ばれる。高さは各々約4.6メートルである。亀趺（きふ）とは亀の形をした「趺」すなわち台座のことで、中国では貴族以上の身分に許された墓碑・記念碑の台座である。この台座は諸大名の墓碑としては、ここ鳥取藩主池田家のものが唯一である。ただし、2代藩主綱清の墓碑のみ、時の将軍であった徳川綱吉の「生類憐れみの令」に配慮し亀趺が無い。また、5代重寛の世嗣で夭折した治恕と、11代将軍家斉の十二男で8代斉稷の養嗣子となっていたが夭折した斉衆の墓碑も同様に亀趺円頭墓碑となっている。光仲の墓碑裏側には漢文で功績が刻まれている。以後の藩主は銅板に功績が刻まれ墓碑の下に埋められている。光仲が没した際の記録に、衣冠束帯の正装で木製座棺に収められ更に石棺に収められ、木棺と石棺の間に石灰と木炭を詰め込み防腐処理を施して埋葬された、とある。以後の藩主も同様に埋葬されたと考えられている。各藩主の墓前には廟門・霊廟・回廊が築かれていたが、明治以降老朽化のために撤去され現在はない。8代斉稷は当初江戸の弘福寺に被葬され遺髪のみが現在地に埋葬されていたが、大正12年（1923年）に起こった関東大震災を機に、昭和5年（1930年）に現在地に改葬された。この時、正室・側室・子など藩主一族の墓も改葬された。現在は藩主墓も含め78基の墓碑がある。鳥取池田家の特徴として正室の墓碑には実家の定紋が刻印されている。また、8代斉稷の養嗣子で夭折した斉衆の墓碑には将軍家の定紋（三葉葵）が刻印されている。江戸時代の大名家の墓制を知る上で貴重な資料として、昭和56年（1981年）10月13日に、国の史跡に指定された。同年に史跡指定された大名墓所としては和歌山県海南市の長保寺和歌山藩主徳川家墓所・山口県萩市の東光寺萩藩主毛利家墓所・北海道松前町の法幢寺松前藩主松前家墓所がある。これらは大名墓所として最初の史跡指定を受けている。