2011年（平成23年）8月22日、水平社博物館を運営する財団法人水平社博物館はXの街宣によって社会的・精神的被害を被ったとして、Xに対して1000万円の慰謝料を求める民事訴訟を奈良地裁に提起した。Xは「穢多・非人は蔑称ではないから不当な差別をしたことにはならない」「挑発的な言動はしておらず、単に水平社博物館の歴史認識の誤りを指摘したに過ぎない」などと主張して請求棄却を求めたが、奈良地裁は2012年（平成24年）6月25日、「穢多・非人が不当な差別文言であることは公知の事実であり、Xの言動は水平社博物館に対する名誉毀損にあたる。またXの言動は水平社博物館の設立目的及び活動状況等を否定するものであり、生じた損害は相当大きなものであると言わざるを得ない」として、Xに慰謝料150万円を支払うよう命じた。原告・被告ともに控訴しなかったため、そのまま判決は確定した。
Xは「水平社博物館の展示によって先祖を『人攫い』『強姦魔』と捏造され心が傷ついた」「解放同盟が自分を差別者と批判し、糾弾闘争をほのめかしたことで精神的苦痛を受けた」などと主張し、2011年（平成23年）3月中に奈良地方法務局への人権侵犯被害申告を行ったが、大阪法務局は「具体的な被害が生じたとは認められず、また歴史認識を巡る問題を当局で扱うのは適切でない」として6月7日付で救済手続不開始の決定を下した。また5月30日発行の解放新聞に掲載された京都地方法務局との交渉内容を報告する記事に「『在特会』にみられるような差別行為とネット発信については『深刻化しており、プロバイダーに削除要請しているが、根本的な規制を考えていかねばならない』との考えを示した」との記載があったことから、6月14日、X・在特会京都支部長のA・チーム関西代表のBなど5名が同法務局を訪れ、上記発言者の氏名・役職などを明らかにするよう要求したが拒否されている。なおXが副会長を務める在特会では、街宣はX個人が行ったもので当会は無関係であると解放同盟に抗議する一方で、「博物館の展示は、我々の祖先に対する人権侵害」との見解を示し、当事件に関するXの報告や主張を公式サイト上に掲載するなどXに協力する姿勢を見せた。他方で、Xと共闘関係にあった行動する保守の市民活動家の中には今回の事件でのXの言動を批判する者も見られた。チーム関西のまとめ役の一人としてXと共に京都事件に参加し、起訴猶予処分を受けた50代後半の男性は、「解放同盟の左翼的価値観に抗議することと『エッタ』を連呼することの違いを全くわかっていない」とXへの失望を露にした。また同じく京都事件に団体として関与した別の行動する保守系の市民団体「主権回復を目指す会」は、「解放同盟の歴史捏造を糾弾するのに『穢多』などの用語を用いる必要はなく、社会的にも許されない。Xの発言を擁護する勢力と当会とは今後一線を画さざるを得ない」との声明文を発表した。
水平社博物館を後援する解放同盟は2011年（平成23年）3月7日発行の機関紙「解放新聞」でこの事件について触れ、差別事件として奈良地方法務局に申立を行うとともに、解放同盟奈良県連が主体となってXへの糾弾闘争を行うとの方針を表明した。ただ実際には特に糾弾会などは開かれず、後述する民事訴訟が起こされたのみであった。この対応について元部落解放同盟中央書記次長の西岡智は「今の解放同盟はただのお人よし集団と見られても仕方ない」と批判している。
NHKラジオ第1では毎年夏休みに『夏休み子ども科学電話相談』と題した理科の教養相談番組を25年以上にわたり実施したが、それの派生番組といえるものである。番組では毎回全国の小学生・中学生を中心にリスナーから理科・科学・自然にまつわる素朴な疑問・質問をメールや電話で募集し、それを専門家が答えるというものである。番組は「ラボラジ研究所」という架空の組織を舞台とする。本来であれば2011年4月の本格開始に先駆け、2011年3月12日にパイロット版「気になる科学 ラボラジオ～身近な科学を分かりやすく解説～」と題したものを15時5分 - 16時55分に放送する予定だったが、東日本での大地震・大津波警報に伴う特別編成実施に伴い、放送中止（延期もなかった）となった。2011年度は毎月最終土曜9:05頃 - 10:55（最終週以外の『カケダセ!』に該当する時間）に放送された。また、7月の最終週はこの番組の基素材『子ども科学電話相談』（地域により全国高等学校野球選手権大会の地方予選大会中継）が放送されるため、「ラボラジオ」としては放送休止となった。2012年度以降、週末の21 - 23時台に『wktkラヂオ学園』という若者向け番組を新設することによる整理・統合によって、土曜9・10時台での放送は終了するが、毎月一回、主に祝日（祝日の無い月は日曜日）の10・11時台に放送される。2013年は4月・5月の放送後、6月以後は休止されており、再開についての告知がなされていない。これについて、中村幸司は番組ブログで、「今年（2013年）5月以後、放送予定の記載がなく、空白のままです。いわば"冬眠状態"に入っています。実は主任研究員の私・中村はNHK解説員となりました。これまではラジオセンターのニュースデスクとして番組を担当していましたが、状況が変わり、次回の予定が書けないままになっています。"冬眠状態"がいつまで続くか（番組がいつ再開するか）は不明です」と、中村の配置転換（解説員栄転）による事情で、放送が事実上無期休業の状態となっていることを示唆した。