2016年2月1日、世界保健機関は、映画やドラマの喫煙シーンが未成年者・若者の喫煙を導入したとの調査結果と共に、各国政府にそれらのレイティングを、R18(成人向け)指定するよう、勧告した。これに対し、ネット世論を中心に激しい反発が生じたが、そもそも日本政府にはこの勧告に従う義務はない。
それに対して、愛煙家の団体である「喫煙文化研究会」（すぎやまこういち代表）は、2013年（平成25年）8月15日に、映画に対するプレスリリースを発表し、昭和10年代の喫煙率についての公式データが無いが、昭和25年のデータでは、男性の84.5％は喫煙者であり、映画の描写は極自然な事で一般的な描写であると指摘。国際条約との優位性に於いては、現在「憲法優位説」が通説となっており、たばこ規制枠組み条約より、表現の自由を定めた日本国憲法が上位であると指摘し、表現の自由に対する要望は意味を成さない、と指摘し、喫煙者と非喫煙者が、共生出来る『分煙社会を実現すべき』だ、と云うステートメントを発表した。
禁煙推進NPO団体である「NPO法人日本禁煙学会」は、2013年（平成25年）8月12日に、スタジオジブリに対する『要望書』を提出。映画はたばこ規制枠組み条約13条違反だと批判。教室での喫煙場面、職場で上司を含め職員の多くが喫煙している場面、高級リゾートホテルのレストラン内での喫煙場面などの登場を批判、特に、肺結核で療養中の妻の手を握りながらの喫煙描写は問題であり、この場面でタバコが使われなくてはならなかったのか？他の方法でも十分表現できた筈だ、と批判。また、大学生が「タバコくれ」とは、未成年者の喫煙を助長し、日本の法律である「未成年者喫煙禁止法」にも抵触するおそれがある、と批判した。しかし、これはスタジオジブリを誹謗中傷するものではなく、法令遵守した映画制作を願う、と云うステートメントを発表した。
堀越二郎の長男は、映画版を観た感想として、実際には本庄より二郎は年下なので「さん付け」で呼んでいたはず、といった史実と異なる点が気になったものの、関東大震災のシーンあたりから引き込まれ、別れのシーンでは涙が止まらなかったと高く評価している。主人公については「いちずさ、気性、生きざまが美しく、その子供としてすごくうれしかった」と語っている。さらに「父は必ずしも零戦は好きではなかった」と指摘し「宮崎監督がすごいのは『九試』完成までで、零戦を描いていないこと」だと評している。なお、「零戦は好きではなかった」という理由について、堀越の長男は、設計時の要求水準の高さ、テストパイロットの殉職、神風特別攻撃隊での使用など、二郎にとって零式艦上戦闘機には、辛い思い出が多かったことを挙げている。
菜穂子を演じた瀧本美織は当初『かぐや姫の物語』のオーディションに参加していて、最終選考には残ったものの落選。それからしばらく経って『風立ちぬ』のオーディションを受けたところ、高畑勲が宮崎駿に瀧本を推薦して、菜穂子役に決まった後で瀧本はそれを知ることになる。一方で『かぐや姫』の主演は朝倉あきに決定しており、奇しくもNHKの連続テレビ小説『てっぱん』で親友同士を演じた二人が、それぞれ宮崎・高畑作品のヒロインを務めることになった。
星の自転が止まり砂漠と氷河で覆われた地で少数の人々が暮らす、名もない世界へと辿り着いていたライは、その地でランキンという老人に拾われ、退屈かつ平穏な日々を暮らしていた。しかし、ランキンもまたヴァグランツであり、自分の意思では自由にシフトを行えない出来損ないのヴァグランツ「ビオサバール」であるライをテストしていたのだ。一方、自分と同様のビオサバールである少女ペレイラと出会ったライは彼女と心を通わすが、ライを追ってテレスもこの地へと辿り着いていた。テレスは、ライがビオサバールであることを知ると、ビオサバールの存在を認めないというヴァグランツの掟に従い、彼を殺そうとする。テレスの情け容赦無い攻撃によってペレイラとランキンは命を落とすが、死闘の中でライのヴァグランツとしての資質が覚醒。戦う理由の無くなったテレスはライを抱き締め、涙を流す。和解の後、テレスはライが元いた世界に彼と共に向かうが、ヴァグランツの一派である「バーデンサルサ」は彼らに警告する。ライがいた世界の周辺は、巨大なコンピュータネットワークが隣接する世界の自己と繋がることで複数の世界に跨る超知性が誕生しつつあり、世界に属さない異分子であるヴァグランツを排除しようとしていると。だが、その世界には全ての汎世界の中心に至る「賢者の道」の入り口が存在するとされ、テレスの真の目的も賢者の道の捜索であった。間もなく独断でバーデンサルサを離れたテレスは、一人でライの世界を目指す。ライはテレスを追うが、それはバーデンサルサの思惑の内であり、彼らは囮にされていたのだった。ライの世界に極めて近い資質を持つある世界で、「ビュスレン企業連合」と「アムラック連邦」の二大勢力の戦争が進行しつつある中、ビュスレンの囚われになったテレスを救うべくローランというハッカーに扮したライは、アムラック軍に潜り込むとアムラック連邦の最終手段である地球外移民作戦を支援するが、その一方では調整神「アコルディウス」と名乗る超知性が人工頭脳「フォーヴ」を通じ、遂に覚醒する。「未知への野心が人を滅ぼす」と告げるアコルディウスに対し、ライは「たとえ人を殺してでも未知の中に真実を追い求めるのが人間だ」と反論。その言葉に心動かされた人々がアコルディウスに対して果敢に戦いを挑む中、移民船団は地球から旅立っていく。そして、ライとテレスの長い旅が始まる。