ストーリーに沿って物語を進めて行く本作のメインモードである。前作には無かったワールドマップが新たに作成され、コスモスの戦士達は闇に閉ざされた世界を廻りながらカオスの軍勢と戦い物語を進めて行く。マップを移動するキャラクターは「パーティー」を組んで移動し、プレイヤーが操作するキャラはマップ上に全身で表示される。それ以外のキャラはアシストキャラとして画面下に顔アイコンで表示されて行動を共にする事となり、そのメンバーは物語の展開によって固定される場合と任意で選択できる場合とがある。マップ上には宝箱や敵、黒い石、ショップ、本作のダンジョンとなるひずみ、意思の力、テレポストーンが配置されており、敵に対してはこちらから攻撃を仕掛けるか敵の攻撃を受けるかすると戦闘に移行し、テレポストーンは触れる事で違うマップに行く事が出来る。意思の力、黒い石はマップ上に点在しており、攻撃を加えると破壊する事ができ、意思の力は四つ破壊する事でダンジョンで使用可能になるスキルを得る事が出来、黒い石は破壊する事で新たなムーブポイントが出現する。ワールドマップは「かつて街があった世界」として作成されているため街は登場せず、ショップはモーグリが経営する「モーグリショップ」という形で登場する。なお前作同様のGILを消費してアイテムを購入するショップもモーグリショップとは別に残されている。ワールドマップは前作のリメイク部分にも登場する。ワールドマップだけでなく前作同様のチェス盤状のステージもひずみとして残されているが前作にあったDPは廃止され敵や宝箱等の障害物が無い限り自由に移動できるようになっている。ひずみ内では前作のDP追加と同様に条件を満たせばKP（クポ）と呼ばれる通貨を貯める事が出来、モーグリショップでこれを消費する事でアイテム、召喚獣、スキル等が購入できる。各ひずみにはボーナスラインが設定されており、そのラインより低いレベルで挑めばボーナスとしてより多くのKPを獲得出来、反対にラインより高いレベルで挑んだ場合はその分だけKPがマイナスされる。ワールドマップの形は「見て回りたくなる物を」という提案から見た目にも拘って作られており、若干の相違点はあるものの初代『FF』のワールドマップと同一の形になっている。プロログスのストーリーモードは本編の序章として四連戦を勝ち抜くようになっており、2D会話時の画面でイベントが進行するというプロログスオリジナルの演出もある。このストーリーは「四連戦で行くというアイデアはあったが展開上イミテーションが出せない上に会話を淡泊にする訳にも行かなかったためこのような形式になった」との事。
竹本義太夫から竹本座の座本（興行責任者）の地位を譲り受けた初代竹田出雲は、座本としてだけではなく浄瑠璃作者も志し、近松門左衛門によればそのもとで十年以上にわたって指導を受けたという。そして浄瑠璃作者として初めて世に名を出したのがこの『大塔宮曦鎧』であった。ただしこれは松田和吉（文耕堂）との合作で、本文も近松の添削を受けている。なお初段「無礼講の段」で土岐蔵人頼員と村上義光が「つわもの萬歳」と称して萬歳を踊るが、この萬歳の詞章に徳川幕府を揶揄したところがあり、これを当時「智略の萬歳」と称して一枚刷りにしたものが出され巷間で持てはやされたが、その筋より版行禁止を申し渡されている。本作は「太平記／綱目」と角書きにある通り『太平記』を題材とし、後醍醐天皇の皇子大塔宮護良親王の事跡を脚色したものであるが、全体を通して作中で大きく扱われているのは六波羅の老武士斎藤太郎左衛門である。四段目では戸野の兵衛が狂乱を見せ、それがじつはせがれ大弥太を含めた敵を欺き、大塔宮を助けるためのものであったことが明かされるが、太郎左衛門のほうが兵衛よりも相当に複雑な性格の人物であるといえる。原作の浄瑠璃を読むと斎藤太郎左衛門は、一見武骨な頑固親父ともいうべき人物である。三段目の「六波羅館」で駿河守範貞に誉められても喜ぶことなく、三位の局のことを聞かされてばかばかしいと帰ろうとし、局を連れて来るよう命じられても「もし三位の局、首引き抜いて参れなどとの御用は、何時にても仰せ付けられ」といって相手にしない。いかにあるじとして仕える者のいうことでも、くだらない用にれっきとした武士を使うなという態度である。しかし武骨一辺倒というわけでもなく、花園との口論では局が送った燈籠や浴衣について、和歌などを引きながらその本意を説明するという教養のあるところも見せている。二段目口の「斎藤館」（この場は「陣太鼓」とも称される）では、朝廷側に寝返るよう訴える早咲に太郎左衛門は「今鎌倉の悪逆おごり、神明仏陀の怒りの矢先憎しみの矛先、目にこそ見えね八方に迫る」と、いったんは六波羅を含めた鎌倉側の非を認める。かといって「返り忠の悪名を長き世に残すべきか」、すなわち朝廷の側に味方すれば、鎌倉の側からは「裏切り者」と罵られることになる。それは武士として受け入れられることではないと、太郎左衛門は婿や娘と袂を分かつことになり、婿の土岐蔵人頼員は自害してしまう。しかし太郎左衛門は、早咲が力若とともに自害しようとするのをその手から力若をもぎ取り、「父母は兎も角もこのせがれは我が孫、養育して人となし、まことの武士の子を育つる手本を見せん」といって孫の命を助け、保元の乱の源為義と源義朝親子の例を引き、早咲に親子の情に流されるなと諌めつつ、「婿や娘を憐れみて、この斎藤が泣く声はうぬらが耳には入るまいぞ」と睨むその目に涙を浮かべる。本心では娘や婿と敵対などしたくない、だがたとえ仕えている側に非があろうとそれを簡単に裏切ることはできない、それが武士の道である。この太郎左衛門の姿勢は、五段目のその最期にまで貫かれることになるのである。本作の三段目は『身替り音頭』とも通称され後にまで残り、盆踊りが出てくるところから古くは夏芝居の演目として取り上げられていたが、現在ではほぼ上演の機会を得ない。歌舞伎では昭和40年（1965年）9月歌舞伎座での上演が最後となっており、このときの役割は斎藤太郎左衛門が三代目實川延若、花園が六代目中村歌右衛門、永井右馬頭が十七代目市村羽左衛門であった。もっとも大正のころにはすでに、東京ではあまり出ない演目となっていたようである。