推量・意志・勧誘の助動詞として「未然形＋ず・す」、「終止形＋ら・ずら」はナヤシ方言を特徴づける最大の文法要素である。推量は広い地域で「…ずら」「…ら」が用いられる。「ら」は「らむ」に由来するが、「ずら」の語源は不明である。「ずら」は用言、体言両方に用いるが、「ら」は用言のみに用いる。「雨だろう」は「雨ずら」、「赤いだろう」は「赤いずら」「赤いら」、「行くだろう」は「いくずら」「いくら」となる。長野県北信では「…ずら」は用いられず「…であらむず」が変化した「…だらず」を用いる。（「雨だらず」「行くだらず」）。静岡県富士川以東では関東要素の「…だべー」を併用し（「雨だべー」）、伊豆方言では「…だろう」を多く用いる（「雨だろう」）。近年はこれらの表現も共通語化が進んでおり、静岡県の中若年層では「…ずら」に代わって三河方面から広がった「…だらあ」が多用される。意志は「…むず（か）」が変化した形を用いる。例えば「行こうと思う」という場合、長野県で「いかずと…」や「いかっと…」、山梨県で「いかっかと…」、静岡県で「いかず（か）と…」「いかす（か）と…」「いかっ（か）と…」となる。ただし静岡県富士川以東では「…べー」を併用し（「いくべーと…」）、伊豆方言では「…う」を用いる（「いこうと…」）。勧誘は基本的には「…むず（わ/か）」が変化した形を用いる。「行こう（か）」は「いかざあ」、「いかず（か）」、「いかっ（か）」などとなる。長野県で「いかず（か）」、山梨県では「いかざあ」や変化した「いかだあ」を専ら用いる傾向がある。ただし静岡県富士川以東では「いくべー」を併用し、伊豆方言では「いこう（か）」を多く用いる。西遠州方言や南信方言では岐阜・愛知方言に特徴的な「…まいか」を用いる。（「いかまいか」）。また長野県では「いかんか」「いかねか」「いくじゃねーか」などともいう。
概ね東日本方言的特徴を有するが、岐阜県、愛知県に近い地域では西日本方言的特徴も多く認められる。東日本方言の特徴として、全地域で断定「だ」、ワ行四段動詞連用形の促音便、形容詞連用形ク接続が用いられる。西日本方言の特徴として長野県南信方言、山梨県国中方言、静岡県遠州方言で否定「ん」を用い、南信方言と新居方言では存在動詞「おる」、飯田方言と遠州方言及び駿西方言で命令「よ」を用いる。また、南信方言と諏訪上伊那北部方言、静岡県方言にはサ行イ音便があり、木曽方言では進行相と完了相の区別がある。その他の地域は東日本要素の否定「ない」、存在動詞「いる」、命令「ろ」であり、サ行イ音便及び進行相・完了相の区別はない。
アクセント体系は、言語島部分を除く全地域が東京式アクセントに属し、その中の大半は中輪東京式に分類されるが、北信地方(南端部除く)と南信地方最南端部、遠州西部に於いては外輪東京式となる。さらに湖西市や井川方言との隣接部では型の少ない東京式が用いられる。言語島の井川方言は無型アクセント、奈良田方言は特殊なアクセントである。
主電動機は373系で実績のあるC-MT66A形三相誘導電動機（出力185kW、端子電圧1,100V、電流125A、周波数86Hz、定格回転数2,525rpm）を使用し、MT比を1:1とすることで加速性能を向上させると同時に、10パーミル上り勾配での均衡速度は130km/hを確保している。MT比は編成にかかわらず固定され、3両編成には主電動機数を半分にした車両が組み込まれる。また、制御装置は373系のGTO素子に代わり、東芝製IGBT素子によるVVVFインバータ（PWM制御、1700V/1200A 1両2群・1C2M方式）が採用されている。台車は、211系の流れをくむ円錐積層ゴム式の軽量ボルスタレス台車（C-DT63A形/C-TR251形）であり、空気バネ位置に改良を加えられたほか、ヨーダンパを装備する。付随台車は1軸2ディスクブレーキを採用するとともに、踏面清掃装置を備え、踏面ブレーキを省略している。また、全軸に滑走検知装置を備えている。運転台は373系に準拠しており、貫通式であるためコンパクトにまとめられている。左手ワンハンドル式マスコン、右側にはタッチパネル式液晶モニタ装置を配備し、ボタン式のEB装置、定速制御を装備する。定速制御は一定速度以上で力行4段か5段でボタンを押すと作動する。力行は5段、ブレーキは抑速ブレーキと常用ブレーキ7段、非常ブレーキの計9段階である。ブレーキ制御は電気指令式である。回生ブレーキを主、空気ブレーキを従として、編成全体のブレーキ力を確保する「T車遅れ込め機構」を有しており、空気ブレーキの作動を抑制することで褶動（しゅうどう）部のメンテナンス軽減を図っている。また、回生ブレーキは同一き電区間内に力行車両がないと失効しやすいことから、発電ブレーキ機構を一部の番台区分に併載している。さらに、回生ブレーキが失効した場合でも、その不足分のみを空気ブレーキと発電ブレーキで補うブレンディング制御を採用しており、回生効率の向上と回生失効時における衝動の抑制を図っている。これらのシステムは373系のものを継承している。電動空気圧縮機 (CP) は、実績のあるレシプロ（ピストン）式を採用しながらも、動力源を交流電動機に変更して騒音低減を図っている。また、柔軟な運用にも配慮されており、在来車の211系、213系、311系と併結する際には、併結する系列に対して313系が性能（引張力）を合わせる設定とすることで、編成間の性能不均衡を防ぐ設計となっている。