自民党への復党後、旧保守新党の議員らで新しい波（二階グループ）を結成して会長に就任。2004年9月、自民党総務局長に任命される。以後、自民党が下野する2009年までほぼ一貫して政府や党の要職の座につけ、政界再編期の離党・出戻り組の中では異例な存在であった。2005年5月、内閣総理大臣小泉純一郎の意向により、自民党総務局長を兼任しながら衆議院郵政民営化法案を審議する特別委員会の委員長に就任する。郵政国会では郵政民営化法案の衆院通過に尽力した上、その後の郵政解散による第44回衆議院議員総選挙では選挙責任者の総務局長として候補者擁立などに奔走し、自民党圧勝の功労者となった。この大勝利をきっかけに総務局長の地位が見直され、地位向上が行われるようにもなった。またこれによって、比例当選議員が中心ではあるものの二階派の議員数が増加することになり、二階が一定の政治的影響力を持つことになった。
2000年4月、自由党の政策が実現されないとして連立解消を主張する小沢ら連立離脱派と袂を分かち、野田毅や扇千景ら連立残留派とともに保守党を結成する。自公保連立政権に参加し、小渕内閣を引き継いだ第1次森内閣で運輸大臣兼北海道開発長官に留任した。同年7月、保守党国会対策委員長に就任。2001年、保守党党首の扇が野田に党首の座を譲ったことから、保守党幹事長に就任した。2002年、保守党の後継政党である保守新党でも幹事長に就任したが、2003年11月9日の第43回衆議院議員総選挙で保守新党は代表の熊谷弘が落選するなど惨敗し、自民党に吸収された。かくして二階は約10年ぶりに自民党へ復党することになる。
細川・羽田政権後、新進党にも参加し、「明日の内閣」の運輸・交通部門と建設・国土部門の大臣などを務める。小沢側近として小沢の党首選出にも尽力した。1996年10月20日、第41回衆議院議員総選挙で新設された和歌山3区から立候補し、自民党（清和研）の現職野田実を破り5連続当選を果たす（野田は比例復活したが、後に連座制を適用されて失職した）。1998年、新進党分党後も小沢側近として自由党結党に参加した。
1993年、宮沢内閣不信任決議案に賛成して自由民主党を離党、小沢らと共に新生党結成に参加した。総選挙後に発足した細川内閣で再び運輸政務次官に就任する。細川内閣での政務次官時代は社会党の運輸大臣伊藤茂を差し置いて「影の運輸大臣」と呼ばれた。
1983年12月18日、旧和歌山2区から自由民主党公認（田中派）で第37回衆議院議員総選挙に立候補する。5万3611票を獲得し、2位で当選を果たした。以後、現在まで連続当選を続けている。田中角栄に対する配慮と、師・遠藤三郎がかつて藤山派に属していたために江崎真澄に近いことから竹下派結成には参加しなかったが、その後、奥田敬和ら中間派が竹下派に参加したことを契機に自身も参加した。第39回衆議院議員総選挙が行われた直後の1990年2月、第2次海部内閣で運輸政務次官に就任。1992年の竹下派分裂時は小沢一郎に同調し、羽田派に参加する。
法学士号を取得して卒業後、静岡県選出の衆議院議員で建設大臣を務めた遠藤三郎の秘書となる。遠藤の死後、和歌山県に戻り、1975年4月13日に和歌山県議会議員選挙に立候補して当選し、連続2期務めた。
1939年2月、和歌山県御坊市新町に生まれる。父親の俊太郎は和歌山県議会議員だった。父は仕事が忙しく、父と一緒に遊んだ経験がなかった。母・菊枝は医師古久保良輔の娘で、当時まだ珍しかった女性医師だった。稲原小学校に入学し、終戦後、御坊小学校に転入した。御坊中学校に進学した二階はある時、外郭団体の主催する弁論大会のメンバーに選ばれ、部落差別問題を主題にした島崎藤村の社会小説『破戒』を引用し、人権問題について演説した。和歌山県立日高高等学校を経て中央大学法学部政治学科に進学する。
とある田舎町の教会に赴任してきた神父「ルード」。彼は過去のある出来事から強く教会に憎悪を抱いており、教会の名を落とすため、わざと神父という職につき、「魔女狩り」と称して多くの女性を犯してきた。新しい町でいつものようにルードは魔女狩りを始める。
2004年に、カナダ西部のブリティッシュ・コロンビア州に位置する田舎町「"ミッション"」にて、フェイバーとレイ・ブルの二人が中心となり「"Faber"」という名のバンドを結成。その後、地元でのライブ活動を行う内に、その卓越したライティングセンスや、ずば抜けたメロディセンス等に注目が集まり、着実に人気を獲得していく。最終的に、メジャーレーベルのユニバーサル・レコードから誘いが掛かり、契約を結ぶことに成功。その後、バンド名を「"Faber Drive"」へ変更した。そして、2007年5月15日に1stアルバム「Seven Second Surgery」をリリースする。プロデューサーにヒンダーのデビューアルバムを大ヒットへ導いたブライアン・ホウス (Brian Howes) を迎えて作成された力作となっており、各方面から高い評価を獲得。特に米大手の音楽専門サイト「All Music」からは、5点満点中4.5点という高得点をマークした。また、このアルバムからのシングルがいずれもカナダでヒットを記録しており、カナダ最大の音楽の祭典「Juno award2008」においては、「NEW GROUP OF THE YEAR 」にノミネートされている。しかし、2008年に入りレイ・ブルとデイヴィッド・ヒンスリーの二人がバンドから脱退。しばらくは、残った二人で活動を行っていた。2009年に入ると、ジョーダン・プリケットとアンドリュー・ストリコの二人を正式メンバーに迎え入れる。その後、アメリカのテレビドラマ「カイルXY」の2009年1月に放映されたエピソード3.01に出演を果たす。また、1stアルバムに収録されている「"Killin' Me"」と「"Summer Fades to Fall"」の二曲が同ドラマ内にて使用された。そして、2009年11月10日には、2ndアルバム「Can't Keep A Secret」をリリース。このアルバムからの1stシングル「"G-Get Up and Dance"」は、カナダでプラチナムディスクを獲得するヒットを記録しており、彼らの中で最も売れた楽曲となっている。