しかしこのような官印の規定は、律令制の弛緩とともに中央省庁や国府などの律令行政機関が支配力を失ったことにより、次第に崩れていった。さらにそこにとどめを刺したのが花押の登場であった。元々律令制時代より、公文書は官印を捺しただけでなく、その官庁の役人がこれに連署することによって公文書の効力が発生するうえで必要な条件とされていた。その署名がだんだんくずれて草書体になっていったものが書判、すなわち花押であり、平安時代前半には既にその原初形態がみられる。それが急速に発達し、権威を失った官印に取って代わることになった。結果、古代末期には官印はまったく廃れ、院政期に「二合体」（「頼」のへんと「朝」のつくりを合わせて「頼朝」をあらわすなどの方法）という新しい書判の形式が現れると、これ以降花押の使用が一般化することになるのである。その後も公的証明に印が使われなかったわけではなく、南宋からの渡日僧が用いた「号印」という印が存在する。建長寺の道隆は「蘭渓」の印文を、円覚寺の祖元は「無学」の印文を用いた例がある。この号印は、のちに五山の僧たちの間で一般化された。またこの号印の影響が武家に及び、戦国時代の武将たちが公用印として「黒印」や「朱印」と呼ばれる印章を使った。ただしこれらは「官印」には含まれないため、日本の官印の系譜は中世初頭には完全に途絶していることになる。
中国の影響を強く受けて文化や行政の諸制度が発達した古代の日本においても、律令制の移入とともに官印の制度が行われていた。日本に現存する印章の最古は上述の「漢委奴國王印」であるが、これは漢代の中国で作られたものであり、実際に使用されたかどうかも不明である。これを除けば現実に使用された印章として確認される最古は奈良時代のものであり、ここから日本の官印の歴史も始まっている。
北宋以降も制度に変遷はあったものの、官印を支給する制度は変わらず、最後の清の時代まで続いた。しかし北宋以降、官印は文字の装飾化が進み、だんだん文字を読ませるための印というよりも単に官吏の権威を現す道具となって行く。それを象徴するのが九畳篆の採用である。九畳篆は印篆の画を引き伸ばして幾重にも曲げた装飾書体で、これで印にみっしりと字を刻まれてしまうと、細線が並んでいるようにしか見えなくなるのである。清代になると九畳篆だけでなく、そのほかの装飾書体や漢字以外の文字・文様も積極的に取り入れられ、もはや印文がごちゃごちゃとして読めないという、印としては形骸化した存在となっていった。そして宣統3年（1911年）、辛亥革命による中華民国の成立により、王朝国家としての中国は終焉する。ここに官印は制度ごと廃止され、春秋時代以降2500年近くにもわたる長い歴史に終止符を打つことになったのであった。
隋とそれに続く唐の時代には、律令制の確立により中央集権制は磐石のものとなった。ただし官印の制度は整理され、それまで行われていた官吏全員への印の支給を廃止し、役所への支給のみに制限することになった。隋・唐の官印の文字は、角ばった印篆から一転し、小篆の曲線を優美にうねるような曲線に変えた独特の装飾書体が用いられた。また紙のさらなる普及により、印はすべて見やすい朱文となった。大きさも方2寸と非常に大きく、印自体の厚さも薄くなり鈕も巨大化するなど、漢印と比べるとその雰囲気は様変わりしている。この時代の形式を「唐印」と呼ぶ。
凡例　太線は実子、細線は養子を示す。また、太字は田辺藩主歴代・数字は襲封順を表す。（牛久保六騎牧野家）　     　 　　　 　　定成（山城守）　　　　　　　　　　　 ┃　　　　    康成（半右衛門）　　 ┃ 　　　　　　　　　 　　　　　　　    信成（内匠・関宿藩主）   村越吉勝　　　　　 ┣━━━┳━━━━━━━┓│　1親成   2富成           村越直成（村越吉勝へ養子）　　　　　　　　             ┃　　　　　                           3英成（村越家より養子）　　　　　　                             ┃                           4明成　　　　　　　　　　　　             ┃　　　　　　　　　　　　　           5惟成　　　  　             ┏━━╋━━┓　　　　  　            則成　福成6宣成　　　　　　　 　            ┏━━┫　　　　　　　　           7以成　允成　　　　　　　　　　　             ┃　　　　　　　　　　　　　           8節成　　　　　　　　　　　　　　　　             ┃　　　　　　　　　　　　　           9誠成　　　　　　　　　　　　　　　             ┃　　　　　　　　　　　　　　　　　　          10弼成