隔離膜の起源について決定的な証拠がなく長年結論の出ない状態であった。2008年、オートファゴソームが小胞体の近くで形成されることが示され、オートファゴソームの小胞体起源説が強く示唆された。その後、ミトコンドリア起源説も提唱され論争が起きるが、2013年に発表された論文で、隔離膜が形成される小胞体上の箇所はミトコンドリアと小胞体の接触部位であることが示され、小胞体起源説とミトコンドリア起源説はどちらも正しいことが判明した。この結果は、小胞体とミトコンドリアという機能も由来も全く異なる2つの独立した細胞小器官が協働して第3の細胞小器官・オートファゴソームを作るという驚くべき結果であった。
大隅らが酵母でのオートファジー遺伝子の同定を行っていた当時、ヒトやマウスの全ゲノム解読DNAが行われていた。これらの成果を基にATG遺伝子のヒトやマウスのホモログが発見されていった。1998年に初の哺乳類Atg相同因子であるAtg12とAtg5が、1999年にAtg6相同因子であるBeclin1が発見された。2000年にはAtg8の哺乳類相同因子であるLC3の論文が発表された。
大隅らは出芽酵母を突然変異誘起剤で処理し、ランダムに遺伝子を傷付けることでオートファジー不能変異体の作成を試みた。5000個の突然変異体の中から１つだけ変異株が見つかり、オートファジー(Autophagy)のスペルから「apg1変異体」と名付けられた。詳しい解析より、当時役割が知られていない遺伝子に傷が付いていることが分かり「APG1遺伝子」と名付けられた。大隅らはAPG1を含め14種類のオートファジー不能変異体を同定し、それらの遺伝子解析からオートファジーに必須となる14種類の遺伝子を確定し、1993年にFEBS Lettersに論文を発表した。2003年に外国の複数のグループがAPGと同じ遺伝子を異なる名前で研究していたことが明らかとなり、オートファジー関連遺伝子の名前がATG (Autophagy)として統一された。APG1はATG1にAPG16はATG16と、大隅の付けた番号がそのまま引き継がれた。現在（2016年）では41種類のATG遺伝子が同定されている。その内、合計18個（Atg1～Atg10，Atg12～Atg14，Atg16～Atg18，Atg29，Atg31）がオートファゴソームの形成に必須の遺伝子とされている。
1992年に大隅良典らは出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）でのオートファジーを初めて観察した。液胞はリソソームと似た性質を持つ小器官で多数の加水分解酵素を内在しており、出芽酵母においては細胞体積の25%以上を占める最大のコンパートメントである。また、出芽酵母は窒素源が枯渇すると減数分裂と胞子形成を起こすが、液胞の加水分解酵素を欠損した株は胞子形成が不全になる事が知られており、液胞が栄養飢餓状態で重要な生理機能を持つことが示唆されていた。これらの事に着目した大隅らは、タンパク質分解酵素欠損株を飢餓状態にして観察した。大隅の予想は当たり、タンパク質分解酵素欠損のため分解されずに液胞に蓄積した小さな顆粒状のものがブラウン運動で激しく動き回っているのを認めた。電子顕微鏡を用いた更なる観察により次のような事が判明した。顆粒は一重膜の構造体であることが示され、オートファジックボディーと名付けられた。飢餓に応答して隔離膜が出現し、膜の伸長と共に細胞質のタンパク質などを取り囲みオートファゴソームを形成する。オートファゴソームは直ちに液胞と融合する。融合時にオートファゴソームの外側の膜と液胞の膜が融合し、オートファゴソームの内側の膜に囲まれた部分が液胞に放出され一重膜のオートファジックボディーとなる。出芽酵母で観察された、これら一連の膜動態はド・デューブの提唱したオートファジー現象そのものであった。
1953年から1955年にかけてクリスチャン・ド・デューブにより多様な加水分解酵素を含む細胞小器官としてリソソームが発見された。ド・デューブは、1963年に細胞が自身のタンパク質を小胞としてリソソームと融合し分解する現象をオートファジー、その小胞をオートファゴソームと命名した。その後、ユビキチン-プロテアソーム系によるタンパク質分解機構の解明は進むが、一方、オートファジーの分子生物学的な解明についてほとんど進展がみられなかった。これは電子顕微鏡による観察がオートファゴソームを検出する唯一の手段であったことが大きな要因であった。また、オートファジー現象を否定する論文も発表されていた。
バブル崩壊～北海道拓殖銀行の破たん以降、景気の停滞が続く「試される大地」北海道。本来、広大で美しい自然環境や地域の文化・特産品など魅力にあふれた北海道をもっと活性化させようと、札幌のイベント会社と有志のスタッフ数名により、北海道のオリジナル・ローカルヒーロープロジェクトが発足された。絶滅種エゾオオカミの力を受継いだ謎多きヒーロー「DO★カイザー」と、彼を敵視し、北海道全土をエゾシカの楽園にしようと企む「エゾシカ団」との戦いを描いたヒーローショーを、北海道内各地の観光イベントや、幼稚園・児童会館などの児童施設で展開している。企画そのものは2011年から始まったが、企画実現のための資本の確保には相応の時間を要したため、土台が固まった2014年3月に札幌中心部のエゾシカ料理試食イベントにて初お披露目を果たした。主役ヒーローのモチーフは「勇ましいヒロイックなイメージ」「絶滅種としての特別感」「絶滅危惧種を守ろうという自然環境保護のメッセージ性も盛り込める点」などからエゾオオカミを採用。ライバル役は「かつてエゾオオカミを天敵としていた点」「大量繁殖によって北海道全土の農林業や自然生態系に大きな被害が出ている点」などからエゾシカを採用している。ただし「エゾシカも北海道の土着の生物である点」「異常繁殖した原因の一端を作ったのが人間である点」「食肉として活用することで北海道の食文化発展に寄与できる展望がある点」なども考慮し、単純な悪役にはせずあえて「愛すべきライバル役」というキャラクター性を持たせた。これはキャラ設定を行う上で監修を行った一般社団法人エゾシカ協会の意向に沿った内容でもある。