就航以来、清涼飲料水（ミニペットボトル5種・パックジュース）、機内誌、紙おしぼりなどに加え、菓子（飴やチョコレート、おかき）を機内で無償提供していた。2005年10月12日発表の「第二の創業」と位置づけられた経営方針転換により、2006年2月1日から大幅な運賃値下げを実施。サービスの簡素化が行われた。機内サービスは、ブランケットと幼児向け絵本の貸出、自社時刻表の配布、機内誌の配布、希望者への紙おしぼり配布に限定し、飲料や茶菓の提供、新聞、雑誌の貸出などは全て廃止された。その後、機内で有料無料を問わず飲料が全く提供されない状況への対応として、那覇線での試験販売の後、2007年2月1日より100円のソフトドリンク・ミニペットボトル7種・キリン「のどごし生」と300円の神戸ワイン赤・白の機内販売を開始、2015年時点のサービススタイルへつながっている。2017年7月現在、ソフトドリンクおよびアルコール類の機内販売が行われている。ペットボトル入りのソフトドリンクやコーヒー、スープ類は全品100円。アルコール類はおつまみ付きで500円以内（2016年2月現在）と、シンプルかつ廉価な価格設定となっている。また一部の路線限定ではあるがネスカフェコーヒーの無料サービスを復活させるなどしている。2017年10月からはネスレ日本と提携し、全路線でオリジナルデザイン「キットカット」を無料、「ネスカフェ フラジール」を1杯100円（税込）で販売販売し、最前列席「足のばシート」の6席を対象に、タブレットを貸し出し。一部路線で「ネスカフェ」を無料提供している。
リーグ発足前のIBLJの構想では各県庁所在地にフランチャイズを置き、リーグ戦は主にナイトゲームで開催する予定だったが、四国内の球場の実状が明らかになると、この構想は見直しを余儀なくされた。リーグ発足当時、四国内でプロ野球公式戦のナイトゲームを開催できる球場は、愛媛県の松山中央公園野球場（坊っちゃんスタジアム）と香川県の香川県営野球場（現・レクザムスタジアム）の2か所しかなかった。当時の徳島県内の硬式野球場のナイター設備は軟式野球用の照度で、硬式野球に適した明るさではなかった。高知県内にいたってはナイター設備のある硬式野球場は1か所もなかった。また、これらの球場はアマチュア野球が頻繁に使用しており、球場の確保にあたってはアマチュア野球の関連団体との交渉が必要となった。そこでIBLJは各県の事情を考慮して、リーグ戦開催球場の確保に務めた。1年目の2005年度リーグ戦では、高知県内での開催球場は8か所に分散してデーゲームを、徳島県内では主に夕方に開始し試合途中から照明を入れるトワイライトゲームを、愛媛県と香川県では主にナイトゲームを開催した。2006年度リーグ戦は徳島県内の開催球場のうち、鳴門球場では主にナイトゲームを行った。しかし、地元ファンからは「夏場のデーゲームは観戦に不向き」「仕事の関係でナイトゲームしか観戦できない」といった声があった。また照度が暗い球場で試合を行う場合、選手のプレーに影響が出るほか、打球の行方がわかりにくいためファウルボールが観客に当たる恐れがある。そのため、2005年のシーズン中に地元ファンが中心となって、高知ではナイター設備の新設、徳島ではナイター設備の照度改善の、それぞれの署名活動が行われた。その後、徳島県では阿南市に硬式野球用のナイター設備を完備した徳島県南部健康運動公園野球場（アグリあなんスタジアム）が2007年5月に完成し、徳島インディゴソックスが主催試合を行っている。2007年度は5試合（うちナイトゲーム1試合）が開催され、2008年度はホームゲーム40試合の半数以上に当たる23試合が開催された。これにより徳島の照明設備については解決をみた。ただし、その後観客動員等の理由で2012年以降は蔵本球場をメインのホーム球場に変えている。蔵本球場では照明設備の理由から2013年のシーズンまで試合開始時刻を17時としていたが、2014年シーズンの日程からは18時に変更された。一方、高知については地元自治体の財政事情などからナイター設備の設置が長らく具体化せず、ナイターが開催できないことが観客動員、ひいては運営に大きな影響を与えているという見方も強かった。高知球団では2007年11月より、10万人を目標に照明設備設置を求める再度の署名活動を行った。2009年3月30日、高知県の尾崎正直知事は記者会見で高知市内の野球場への照明設備設置を求める県議会超党派の「スポーツ振興議員連盟」の要請に対し、「前向きに進むということで考え始めなければならない。迷っている段階ではなくなったのではないか」と述べて、設置に向けて高知市などと協議する考えを明らかにした。これを受けて高知市は同年4月22日に「野球場照明設備建設検討委員会」を発足させた。委員会は同年11月に、高知県立春野運動公園野球場を照明設置の第一候補とすることを決定した。その後、2010年8月の県と市の連携会議で、高知市野球場にナイター設備を2012年春に設置することで合意した。設置工事は2011年におこなわれ、2012年より高知でもナイターの開催が可能となった。これによって、発足から8年目にして全球団でナイター運営可能な環境が整った。なお、香川県営野球場は漁業関係者への配慮から、ライト側の照明1基につき現在のところ点灯しない状態で試合を行っている。これについては特に改善を求めるような動きは公には出ていない。2008年から2010年までリーグ戦をおこなった九州のチームについては、長崎はメイン球場である佐世保野球場、福岡は小郡市野球場・北九州市民球場、2011年のみ加入した三重は津球場公園内野球場など、いずれもナイトゲーム可能な球場を確保した上での参加だった。