1905年（明治38年）1月1日、旅順要塞の降伏にともない、日本海軍に捕獲された。5月25日、日本海軍は本艦の浮揚作業を開始する。9月22日、浮揚成功。9月24日、日本海軍に編入され「肥前」と命名される。佐世保鎮守府籍。なお、明治天皇に奏聞した候補艦名に「土佐」があった。10月25日、鹵獲艦2隻（肥前《旧レトヴィザン》、周防《旧ポピエダ》）は一等戦艦に類別された。11月19日、3隻（肥前、鎮遠、子日）は旅順港を出発する。11月27日、佐世保に到着し、肥前は修理に着手した。12月12日、日本海軍は艦艇類別等級表を改定した。戦艦の等級廃止にともない、日本海軍保有の9隻（富士、敷島、朝日、三笠、石見、相模、丹後、肥前、周防）が『戦艦』に類別される。本艦は戦艦「肥前」となった。1908年（明治41年）11月、佐世保工廠における修理が完了した。なお、レトヴィザンが日本陸軍の28cm榴弾砲の曲射砲撃を受け、旅順港内に着底した際に受けた破口は応急処置により埋められたものの、内地に回航してから船体の本格修理を行う際に数々の改良が加えられた。鹵獲ロシア戦艦（石見、肥前、丹後、周防、相模、壱岐、見島）の中で、アメリカ製造の本艦は性能もよく、機関部の電化等技術的にも参考になる点が多かったという。ただし肥前修理中の1906年（明治39年）12月、イギリス海軍のドレッドノート（弩級戦艦）が竣工したため、本艦は二線級戦力となっている。外観上の特徴としては前後のミリタリー・マストを簡素な単脚式のマストへと改造し、吸排気2重構造の3本煙突をイギリス式の簡素な物へと3本とも交換されるなど軽量化された。主砲は、砲架のみロシア時代のものを使用し、砲身は安式（アームストロング）12インチ砲に換装されたという。副砲はロシア艦時代のままとして、艦上構造物の簡素化に伴い兵装の多くをイギリス式に換装された。7.5cm速射砲は「アームストロング 7.6cm（40口径）砲」14基、4.7cm機砲は山内式4.7cm速射砲4基へと更新され、搭載数の減少に伴って開口部は閉鎖された。魚雷兵装も38.1cm水上魚雷発射管は全撤去され、水中魚雷発射管は38.1cmから45.7cmへと大口径化されて単装2門を装備した。
2011年（平成23年）1月22日午後1時過ぎ、水平社博物館前の路上でXによる抗議街宣が行われた。その際にXは拡声器を用いて以下のような怒号を上げた。「なぜここでこうやってマイクを持って叫んでるかといいますと、この目の前にある穢多博物館ですか、非人博物館ですか、水平社博物館ですか、なんかねえ、よく分からんこの博物館」「強制連行された女性の中には、慰安婦イコール性奴隷として軍隊に従属させられ、性的奉仕を強いられた人もいましたと、こういったことも書かれておりますねえ」「慰安婦イコール性奴隷と言っているんですよ、こいつらはバカタレ。文句あったら出てこい、穢多ども。慰安婦。性奴隷。これねえ、すごい人権侵害ですよ、これ。性風俗産業ね。自分が性風俗産業で働くのが大好きだと、これが天職だと、喜んで働いている女性に対して人権侵害なんですよ、これ」「この水平社博物館、ド穢多どもはですねえ、慰安婦イコール性奴隷だと、こういったこと言ってるんですよ。文句あったら出てこいよ、穢多ども。ね、ここなんですか、ド穢多の発祥の地、なんかそういう聖地らしいですね。」「穢多やら非人やらいうたら、大勢集まって糾弾集会やら昔やっとったん違うんですか。出てこい、穢多ども。何人か聞いとるやろ、穢多ども、ここは穢多しかいない、穢多の聖地やと聞いとるぞ。出てこい、穢多ども、おまえらなあ、ほんまに日本中でなめたマネさらしやがって」「ここでそういうことやったら、なんか大勢人間がね、集まってきて囲まれて、なんか大変なことになるということをね、ちょっと事前に聞いてね。あまり、こう、平穏に街宣ができるとはちょっと思ってなかったので、あまり何を言うか考えてこなかったんですけど」「いい加減出てきたらどうだ、穢多ども。ねえ、穢多、非人、非人。非人とは、人間じゃないと書くんですよ。おまえら人間なのかほんとうに」「穢多とは穢れが多いと書きます。穢れた、穢れた、卑しい連中、文句あったらねえ、いつでも来い。」 — X、奈良地方裁判所平成23年（ワ）第686号 平成24年6月25日民事部判決・判決文本文より抜粋Xの発言は博物館職員にとっても初めて耳にするレベルの激烈なものだったが、予め警察から「彼らは相手の反応を引き出すことを目的にしているので、挑発に乗ってはいけない」と注意されていたため、路上に出てXを制止するなどの対応は取らなかった。Xは1時間ほど街宣を続け、博物館内に入って職員と口論を交わした後に現場を去った。なお当日は在特会を中心とする関西の行動する保守関連の市民団体の連合体の「チーム関西」のメンバーがカメラマンとして同伴しており、当日中に上記発言を含む街宣の様子を映した動画が動画投稿サイト「YouTube」にアップロードされた。