金融市場の実証研究の進展と共に計量経済学における時系列分析の手法も発達してきた。特に金融に関連する時系列データに対する統計手法を研究する学問を金融計量経済学(英: financial econometrics)と言う。主要な成果としてロバート・エングルとクライヴ・グレンジャーによる共和分(英: cointegration)分析、ロバート・エングルによるARCHモデル、ARCHモデルの発展形としてのGARCHモデルや確率的ボラティリティモデル、ジェームス・ハミルトンによるマルコフ・スイッチングモデルなどがある。また日中のティックデータなどの高頻度データの解析法として高頻度時系列分析も発展している。特にロバート・エングルとクライヴ・グレンジャーは2003年のノーベル経済学賞を受賞している。
2007年からの世界金融危機は金融経済学においても大きなインパクトを残した。金融危機後の金融経済学の学問的な潮流の変化として、今までは無視されがちであった実体経済や金融仲介機関の影響を加味した研究が増加している。例としてMarkus Brunnermeier とLasse Heje Pedersen による金融仲介機関のバランスシート効果が金融商品の流動性やファンドの資金の枯渇を招くという理論的研究などがある。
超過ボラティリティパズル(英: excess volatility puzzle)とは金融商品の価格変動がそのファンダメンタルズの価値の変動に比べて激しいという問題である。ロバート・シラーによる一連の研究により広く知られるようになった。金融経済学の標準的な理論においては価格変動の分散はファンダメンタルズの分散より小さくなることが知られている。そこでロバート・シラーは1981年の論文において事後的に配当から株式のファンダメンタルズの価値とその分散を計算し、実際の株式の分散と比較した。するとファンダメンタルズの分散に比べ価格変動の分散は著しく大きく、統計的に有意であることが示された。この問題もエクイティ・プレミアム・パズル同様に未解決問題である。
エクイティ・プレミアム・パズル(英: equity premium puzzle)とは実際の市場で観測される株式のリスクプレミアムが新古典派経済学の標準的なモデルにおけるリスクへの対価で正当化され得る範囲より大きいという問題のことである。Rajnish Mehraとエドワード・プレスコットが1985年に発表した論文により広く知られるようになった。エクイティ・プレミアム・パズルは新古典派経済学のあらゆる分野で広く用いられる相対的危険回避度一定(CRRA)型効用関数を用いた場合に生じる。経済主体のリスクへの相対的な忌避度を表す相対的危険回避度は様々な研究より10以下が妥当であるとされているが、CRRA型効用関数において相対的危険回避度を10として株式のリスクプレミアムを計算すると1.4%となる。これは1889年から1978年にかけての米国株式のリスクプレミアムの平均が6.18％であることを考えると著しく小さい。この問題を説明する為に様々な理論モデルが提案されているが、統一的な説明がなされていない未解決問題である。新古典派経済学における資産価格モデルの実証的問題点を明らかにしたその他の研究として、一般化モーメント法(英: generalized method of moments, GMM)と呼ばれる計量経済学の手法を用いてCCAPMの実証を行いCCAPMを統計的に棄却したラース・ハンセンとKenneth Singletonの研究やリスクフリーレートパズル(英: risk-free rate puzzle)を唱えたPhilippe Weil の研究、ラース・ハンセンとRavi Jagannathanによって導かれたハンセン＝ジャガナサン境界(英: Hansen-Jagannathan bound)についての研究などがある。資産価格の実証研究への貢献により、ラース・ハンセンは2013年のノーベル経済学賞を受賞している。
スプリンターズステークスのあと、サクラバクシンオーは脚部不安を生じて休養に入る。翌1993年の春シーズンは全休し、10月になりオープン特別競走・オータムスプリントステークスで復帰。得意の1200メートルにもかかわらず2番人気の評価だったが、道中5～6番手追走から直線で抜け出すという新境地を見せ、復帰戦を勝利で飾った。続くアイルランドトロフィーでは1600メートル、重馬場と実績のない条件が重なり、結果も4着と敗れる。しかし前年勝利したキャピタルステークスでは、道中3番手を進んでの落ち着いたレース運びから直線で抜け出し、1分21秒2と前年同様の好タイムで勝利した。12月19日、前年6着のスプリンターズステークスに出走。前年の2着馬で、当年マイル戦の安田記念、中距離戦の天皇賞（秋）を制し、「三階級制覇」がかかるヤマニンゼファーが1番人気、サクラバクシンオーは前年度優勝馬のニシノフラワーを抑えての2番人気に推された。スタートが切られるとサクラバクシンオーは先行する2頭を見ながらの3番手を進み、ヤマニンゼファーがその直後を追走。前半600メートルは33秒2と例年に比べれば緩いペースとなり、最後の直線で抜け出したサクラバクシンオーはヤマニンゼファーを突き放し、2馬身半差をつけてGI初制覇を果たした。これはサクラユタカオー産駒のGI初制覇ともなった。競走8日前、バクシンオーの馬主であり、小島が父とも慕っていた全演植が死去しており、小島は競走後のインタビューにおいて「寝ても覚めてもオヤジのことばかり考えていた。絶対に勝たなくちゃいけない、絶対に負けられないと思っていた。これまでの騎手人生で最高の仕事ができた。オヤジにありがとうと言いたい」と語った。またバクシンオーについては「一本調子の逃げしかできなかった馬が、前走では好位で折り合う、以前とは見違えるようなレースができた。脚元の弱かった馬がビシビシ調教をやれるようになったし、馬自身が本当に成長している」と述べ、また境も「まさに本格化したといっても過言ではない」と述べた。当年はこれでシーズンを終える。翌年1月に発表された年度表彰・JRA賞では、最優秀短距離馬部門で総数171票のうち77票を集めたが、87票を集めたヤマニンゼファーに及ばず次点となった。