2016年1月6日に伊賀市の岡本市長が口頭で「新入生の募集の停止」を求めたがウィッツは拒否し、3月4日に伊賀市は「新入生の募集の即時停止」や「卒業見込みの生徒への再履修の実施」など5項目の行政指導文書を出し、同年3月7日に再履修が必要な単位不足の生徒に対して卒業証書や卒業証明書を発行しないように伊賀市教育委員会が指導した。3月11日にウィッツは「行政指導に従い再履修を実施する」と伊賀市教育委員会に改善計画書をメールで提出し、25日に伊賀市がウィッツに「未履修の生徒への再履修を確実に実施する」ことや「生徒50人に対し1人以上の教員を早急に配置する」ことなどと行政指導をした。文部科学省は卒業見込み者への配慮から、特例の「仮卒業」とした上で再履修により伊賀市が委員会を設置して卒業資格を認定するよう指導し、伊賀市は3月27日から29日まで伊賀市立崇広中学校で再履修の授業を実施し、計27人が参加して19人について完了したとして、4月15日に伊賀市の認定委員会が卒業資格を認定し、要した費用670万円は閉校時点で未払のまま残った。このほかの再履修授業は東京都国立市のNHK学園で2016年3月29日から31日まで実施して3人が参加したほか、9月2日まで実施された。再履修授業実施費用の未払いについて株式会社ウィッツは請求に応じないことから、伊賀市は2017年5月15日付で「法的手段も検討せざるを得ない」と督促状を送付すると、ウィッツは「新年度入学生の募集停止による授業料の大幅な減収などの損害を被ったとして損害賠償請求訴訟をする方針」と反論している。教育委員会の指導後も、再履修が必要な単位不足の生徒に卒業証書や卒業証明書の発行を続けていたことが4月に発覚し、改善計画書で全日制と通信制を合わせて常勤教員20人としていた教員数が同年8月15日時点で常勤10人と非常勤6人の合計16人に留まり、9月9日時点で卒業見込み者397人中113人が再履修を終えていないなど問題は解消しなかった。8月2日に、文部科学省と内閣府は構造改革特区法に基づいて初めて、改善を促す「措置要求」を伊賀市に出した。
リポートの添削やテストの採点、面接指導などは法律で伊賀市の教育特区内で行うことが義務付けられており、伊賀市外の支援教室は教育特区の対象外で分校に該当せず、これらの指導を伊賀市外の支援教室などで行っていたことから、学校教育法違反の疑いがあると指摘された
初期段階より稲作が中心であり、畑作中心の黄河文明との違いからどちらの農耕も独自の経緯で発展したものと見られる。長江文明の発見から稲（ジャポニカ米）の原産が長江中流域とほぼ確定され、稲作の発祥もここと見られる。日本の稲作もここが源流と見られる。中流域の屈家嶺文化（くつかれいぶんか、紀元前3000年? - 紀元前2500年?）・下流域の良渚文化（りょうしょぶんか、紀元前3300年? - 紀元前2200年?）の時代を最盛期として、後は衰退し、中流域では黄河流域の二里頭文化が移植されている。黄河流域の人々により征服された結果と考えられ、黄帝と神農や蚩尤の対立などの伝説は、黄河文明と長江文明の勢力争いに元があると考えられる。河姆渡遺跡からは玉で作られた玉器や漆器などが発見されており、また呉城文化（紀元前1400年? - 紀元前1000年?）からは磁器が発見されている。中国文化の重要な一翼を担うこれらの文物の源流がここから出たのではないかとする説もある。これらが後の楚・呉・越に繋がったと考えられるが、どのような流れをたどって繋がるのかは未だ解らない。本格的な発掘が始まってより30年ほどしか経っておらず、発見されたものの量に対して研究が追いついていないのが現状である。四川盆地では長らく文明の発見が無かったが、1986年に四川省広漢市の三星堆遺跡（さんせいたいいせき）から大量の青銅器などが見つかり、一気に注目されるようになった。四川は地形的に他の地域と途絶しており、そこで発見された文明は黄河・長江とも異質な文明を発展させていた。そこで四川文明と分類されることもある。三星堆の特徴として怪異な面が多数発掘されることがあり、青銅の人像の顔に被せられた黄金面も発掘された。古代にあったとされる蜀の国だと考えられる。この蜀国は『史記』ではほとんど登場せず、まだ中華文明の視野の外の地域であった。唯一、秦の恵文王の紀元前316年に司馬錯によって滅ぼされて、秦の版図に入ったことが記される。なお、蜀地域の地域史書である『華陽国志』ではこの古代蜀についての詳しい記述があったが、黄河文明中心史観の時代にあってはこれらの文献は想像の産物だと思われていた。しかし、三星堆遺跡の発見で一躍現実味を帯びたものとなった。2004年現在、長江文明・四川文明とも体系化された文字は見つかっていない。ただし、文字様の記号は見つかっており、その年代は紀元前2000年から紀元前600年とされている。現在出土している最古の甲骨文字が紀元前1300年くらい（武丁期）のものなので、これが文字だとすれば甲骨文字に先んじた文字ということになる。