梅澤は本人尋問で、「手榴弾を防衛隊員に配ったことも、住民にわたすことも許可していなかった」と証言する。一方で木崎軍曹が手榴弾を交付したことについて、「木崎軍曹が住民の身の上を心配して行ったのではないか」と供述する。慶良間諸島は沖縄本島などと連絡が遮断されていたから、食料や武器の補給が困難な状況にあったと認められ、装備品の殺傷能力を検討すると手榴弾は極めて貴重な武器であったと認められる。そうした状況で、戦隊長である梅澤の了解なしに、木崎軍曹が（住民の）身の上を心配して手榴弾を交付したというのは不自然であり、貧しい装備しか持たない部隊の戦隊長である梅澤が、（武器を散逸させるという）部下の行動を全く知らなかったというのは不自然である。よって、梅澤作成の陳述書と証言は信用性に疑問が残る。
「集団自決」体験者らの体験談は、いずれも自身の実体験に基づく話として具体性、迫真性、信用性を有すると認められる。赤松大尉は、防衛隊員であった国民学校の大城徳安訓導が、数回部隊を離れたため、敵と通謀する恐れがあるとして処刑している。日本軍の情報が漏洩することを恐れて自決命令を発したことがありえることは、容易に想像できる。第三戦隊に属していた皆本義博証人が、部隊にとって大変貴重な武器であった手榴弾を住民に交付したことについて「おそらく戦隊長の了解なしに勝手にやるようなばかな兵隊はいなかったと思います」と証言していることは、その手榴弾が集団自決に使用されている以上、赤松大尉が集団自決に関与していることは強く推認される。沖縄県で集団自決が発生したすべての場所に日本軍が駐屯し、駐屯しなかった渡嘉敷村の前島では集団自決は発生しなかったことを考えると、集団自決は日本軍が深く関わったものと認めるのが相当である。渡嘉敷島では赤松大尉を頂点とする上位下達の組織であったと認められ、渡嘉敷島での集団自決に赤松大尉が関与したことは十分に推認できる。
大阪地裁は2008年3月28日、「実態の調査には、既に時聞の壁が存することから司法的な限界がある」、「『鉄の暴風』『秘録沖縄戦史』『沖縄戦史』等には、その取材源等は明示されておらず、その作者が死亡しているような書籍については、その取材源等を確認することは困難であり、本訴の提起が遅延した原告らには時間の壁があり、原告らに不利益な側面を有しているといわざるを得ない」、「裁判所は事実の存否の解明それ自体が目的ではなく、損害賠償請求等の要件（真実と信じるに相当の理由があったかどうか等）へのあてはめを立証責任を踏まえて判断」と前置きした上で、「自決命令を発したことを直ちに真実と断定できないとしても、（下記の判断ように）合理的資料若しくは根拠があり、被告が当時『真実と信じるに相当の理由はあった』」と判断し、原告の請求を棄却した。
沖縄戦の集団自決について、岩波書店発行の書物『沖縄ノート』（著者：大江健三郎　発行：1970年）、『太平洋戦争』（著者：家永三郎　発行：1968年　文庫本として2002年に発行）及び『沖縄問題二十年』（著者：中野好夫、新崎盛暉　発行：1965年）で書いた内容が、当時の座間味島での日本軍指揮官梅澤裕（うめざわゆたか）および渡嘉敷島での指揮官赤松嘉次（あかまつよしつぐ）が住民に自決を強いたと記述し名誉を傷つけたとして、梅澤裕および赤松秀一（赤松の弟）が、名誉毀損による損害賠償、出版差し止め、謝罪広告の掲載を求めて訴訟を起こした。2005年8月大阪地方裁判所に提訴され、2008年3月28日に第一審判決となった。判決では、「自決命令それ自体まで認定することには躊躇を禁じ得ない 」とする一方、「大江の記述には合理的な根拠があり、本件各書籍の発行時に大江健三郎等は（命令をしたことを）真実と信じる相当の理由があったと言える」として、名誉棄損の成立を否定し、原告の請求を棄却した。原告側は判決を不服として控訴したが、大阪高裁も2008年10月31日に地裁判決を支持して控訴を棄却し、原告側はただちに最高裁に上告した。2011年4月21日、最高裁第一小法廷は上告を棄却。原告側の主張は却下された。
当時は旅客機にブラックボックス（コックピットボイスレコーダーとフライトデータレコーダー）を搭載していなかったこともあり、事故調査委員会は墜落原因を特定することが出来なかった。調査報告書は、速度計の誤読あるいは故障等の推測原因を検討した上で、パイロットのミスを示唆している。当初、松山便ではフォッカー F27「フレンドシップ」を使用する予定だったが、機体のやりくりがつかず予約客が多かったために大型のYS-11へ機体が変更されていた。その結果、事故機の機長は当初の予定に入っていなかった運行の為に操縦桿を握ったことから過労気味であったとされている。そのため着陸復航を余儀なくされたと言うものである。また機械の構造欠陥や故障が発生した痕跡が発見されず、操縦席の風防に着いた水滴もしくは計器の誤読のために操縦ミスをした可能性も指摘されたが、これは操作手順に幾分遅れがあったためである。事故原因については様々な憶測が出たものの、最終的な判断は出せなかった。事故機の機体の95%が回収され、この事故調査では様々な面で検証が行われた。機長の操縦席に副操縦士の鼻毛が付着していたため、副操縦士が機長席に座っていた疑惑があったが、大阪で機長が機長席に座っていたことを整備士が目撃していたことから、墜落時の衝撃で副操縦士の顔面が機長席の計器に激突していたと断定された。また運行乗務員の遺体の血液からアルコール反応があったため、飲酒していた疑惑もあったが、後に条件さえ揃えば死亡後血液がアルコール発酵することが科学的に証明されたため、この飲酒疑惑は無いと判断された。柳田邦男によれば、航空局の楢林壽一主席飛行審査官は、片方のプロペラ（イギリス･ダウティ・ロートル社製）がエンジン本体から大きく離れたところで発見されたので、事故機のエンジンの一つが停止もしくはプロペラが破損脱落したために、上昇姿勢が維持出来なくなり墜落したと主張したが、採用されなかったという。