別の説ではスペイン人がこの植民地を破壊したというものがある。ロアノークよりも前の時代に、スペインは確かにサウスカロライナ海岸のシャルル砦にあったフランス植民地の痕跡を破壊した。また現在のフロリダ州ジャクソンビルにあったカロリーヌ砦の住人を虐殺した。しかし、ホワイトが植民地の消えたことを発見した時から10年後の1600年になっても、スペインはイングランドの失敗した植民地の場所を探していたという事実があるので、この説の可能性は薄い。
1つの可能性として、植民者が単純に待っていることを諦め、独力でイングランドに戻ろうとしたが、その試みの中で滅亡したというものがある。1587年にホワイト知事が出発したとき、海岸探検あるいは植民地を本土に移すために、1隻のピンネース（小型帆船）と幾隻かの小型船を残していた。
植民地全体が移動し、後に破壊されたとする説もあった。1607年にジョン・スミス船長とジェームズタウンの植民者がバージニアに入植したとき、その使命の1つはロアノークの植民者達を突き止めることだった。インディアンはスミス船長に、ジェームズタウンから50マイル (80 km) 以内の地にイングランド人のような服装をし、生活している人々について語った。ポウハタン酋長として広く知られる酋長ワフンスナコックがバージニア半島を本拠とするポウハタン連邦について語り、さらに、ジェームズタウンの開拓者が到着する直前に、ロアノークの植民者がチェスピアン族と共に住んでいたので全滅させたということも語った。チェスピアン族は現在のサウス・ハンプトンローズ東部に住んでいた部族であり、ポウハタン酋長からポウハタン連邦に加わるよう要請があったものを断っていた。現在のバージニアビーチのグレートネック・ポイントにあったチェスピアン族集落で見つかった考古学的証拠では、チェスピアン族がポウハタンとよりもカロライナ・アルゴンキン族との関係が深かったことを示唆している。ポーハタン酋長はその説を裏付けるために幾つかのイングランド製の鉄の道具を提示したと言われている。チェスピアン族の主要集落であるスキオーク集落があったとされる現在のノーフォークのスウェル・ポイント、パインビーチ地域にはインディアンの埋葬用マウンドに関する報告があるが、誰の遺体も見つかっていない。この仮説は幾らかの矛盾があり、ウィリアム・ストラチーの著書『バージニア・ブリタニカへの苦労の歴史』（1612年）に拠れば、ポーハタン族の僧侶が「チェサピーク湾から民族が興れば、ポーハタンの帝国を解体し、終わらせることになる」と警告したためにチェスピアン族は排除されたとしている。1610年5月に第三次補給船と共にバージニア植民地に到着したストラチーはロアノーク植民者のミステリーを良く承知していたが、インディアンの手で下されたチェスピアン族の運命についての記述に関連してロアノーク植民者に関する言及は無い。
2月のデルレイビーチ・オープンでの復帰を果たすと、準々決勝でジェレミー・シャルディーに勝利し、2年1ヶ月ぶりのツアー準決勝進出を果たす。準決勝でサム・クエリーに5-7, 5-7で敗れた。BNPパリバ・マスターズでは、2回戦に進出し、第6シードのトマーシュ・ベルディハと対戦し、6-7(4), 2-6で敗れた。マイアミ・オープンでも2回戦に進出するもで同国のオラシオ・セバジョスに敗れた。クレーシーズンに入ると、BMWオープンではベスト8に進出。マドリード・オープンでは1回戦で第14シードのドミニク・ティエムに7-6(5), 6-3で勝利。2回戦でジャック・ソックに敗れた。全仏オープンは芝シーズンに備えるため欠場を表明した。その芝シーズンではメルセデス・カップの準々決勝で第4シードのジル・シモンを破って準決勝進出した。ウィンブルドンでグランドスラムに復帰。1回戦でステファン・ロベールに6-1, 7-5, 6-0で勝利。2回戦では世界ランク5位のスタン・ワウリンカを3-6, 6-3, 7-6(2), 6-3で破り3回戦に進出。3回戦でリュカ・プイユに敗れた。リオ五輪のシングルスの1回戦では、前回ロンドン五輪の3位決定戦の再現となった世界ランク1位のノバク・ジョコビッチとの一戦を7-6(4), 7-6(2)で制した。その後ロンドン五輪に続き、ベスト4入りを果たす。準決勝でラファエル・ナダルに5-7, 6-4, 7-6(5)で勝利し、決勝進出。決勝でアンディ・マリーに5-7, 6-4, 2-6, 5-7で敗れ、銀メダルを獲得した。全米オープンではディエゴ・シュワルツマン、第19シードスティーブ・ジョンソン、第11シードダビド・フェレール、第8シードドミニク・ティエムに勝利し、ベスト8進出。準々決勝で第3シードスタン・ワウリンカに6-7(5), 6-4, 3-6, 2-6で敗れた。デビスカップ準決勝のイギリス戦でマリーに6-4, 5-7, 6-7(5), 6-3, 6-4で勝利し、アルゼンチンの決勝進出に貢献した。10月の上海マスターズでは1回戦でダビド・ゴフィンに敗れたが、翌週のストックホルム・オープンでは決勝でジャック・ソックを破り、2年9ヶ月ぶりのツアー優勝を果たす。スイス・インドアでは準々決勝で錦織圭に敗れた。デビスカップ決勝ではクロアチアと対戦。第1試合でイボ・カロビッチに6-4, 6-7(6), 6-3, 7-5で勝利。第3試合のダブルスでは6-7(2), 6-7(4), 3-6で敗北。あとがなくなった第4試合ではマリン・チリッチに第1,2セットを取られ追い詰められるも、そこから逆転し、6-7(4), 2-6, 7-5, 6-4, 6-3で勝利。運命の第5試合でフェデリコ・デルボニスがカロビッチに勝利し、アルゼンチンはデビスカップ初優勝を果たした。年間最終ランキングは38位となり、2度目のATPアワード・カムバック賞を受賞した。