1990年（平成2年）9月に朝ラッシュ時の乗降時間を短縮するために編成の両端の2両 1・2・7・8号車を5扉車とした試作車の第09編成が製造された。これは日比谷線では駅出入口がホームの前後にある場合が多いためで、乗客の集中する位置に組み込むことで乗降時間の短縮を図るものである。外観は3扉車に準じているが、車両の構造上から客用ドアは全て1,300mm幅、車端部の窓以外が戸袋窓（固定式）とされたので、長時間停車時の換気を考慮して屋根上に強制換気装置を2台搭載している。扉間の座席は3人掛けとなり、座席定員は減少しているが立席定員は増加した。5扉車の戸袋部の窓枠はクリーム色に着色されたFRP製で、カーテンはレールがなく、下側の金具に引っ掛けて使用するものである。ただし、車端部の窓枠は3扉車と同じ構造だが、クリーム色に着色されている。なお、編成中の3扉車の窓枠は従来と同じくアルミの無塗装品（シルバー）である。5扉車では2扉（第2・4番目の扉）を締め切りにすることも可能で、締め切り中は車外の扉横と車内の扉上部に「このドアは開きません」と表記したメッセージが点灯する。また、締め切り対応扉は車内側の化粧板色が通常のベージュ色ではなく薄緑色とされている。この5扉車編成の先頭車正面には「5DOORS」と表記したマークを掲出している。新製当初はこの「5DOORS」マークは非常扉窓の下部に貼られていた。その後、視認性向上のために現在東京メトロ「ハートM」マークが貼られている位置に変更された。さらにその後、東京メトロへの移行時に同位置に「ハートM」マークを貼り付けすることから、非常扉上部に変更された。このほか、日比谷線内の各駅に設置されている乗車位置標識は、5扉車のみが該当する標識に「5DOORS」と表記したマークが入る。試作した第09編成において朝ラッシュ時の効果が認められ、本格的に量産された。第28編成までは5扉車で落成したが、ラッシュ時の必要本数の20本に達し、第29編成以降はオール3扉車に戻った。なお、5扉車は朝ラッシュピーク時の北千住発車の列車に入る。なお、当初は、東武線内では整列乗車が乱れるという理由から5扉のうち2扉を締め切って運行していた。しかし、1993年（平成5年）2月末に試験的に全扉の使用を開始し、翌3月から本格的に全扉を使用する運用にした経緯がある。同時期に東武鉄道も乗り入れ車20000系の5扉車バージョンである20050系を投入した（1992年（平成4年）12月運転開始）。なお、かつて乗り入れていた東急1000系には5扉車は製造されなかった。JR東日本のE231系の6扉車とは異なり、ラッシュ時でも座席の収納は行われなかった。2018年10月1日に第12編成が廃車されたのをもって全廃となった。
オットー・ヴァッカー（Otto Wacker, 1898年 - 1970年）は、ドイツの画商であり、フィンセント・ファン・ゴッホの絵画の贋作販売に関与した人物である。オットー・ヴァッカーは、1925年画商となり、絵画取引界での信頼を確立していった。そのような中、弟で画家・絵画修復家のレオンハルト・ヴァッカーにゴッホの贋作を制作させたものと思われる。ヴァッカーは、これらの絵画の来歴について、あるロシア人がこれらの絵画をスイスに非合法に持ち込んだが、ソビエト連邦の親族からの報復を避けるためにその名前を明かすことができないと説明し、ゴッホ作品の専門家であるジャコブ＝バート・ド・ラ・ファイユ、ブレンマー (Hendrik P. Bremmer)、ユリウス・マイヤー＝グラーフェ、ローゼンハーゲン (Hans Rosenhagen) らもこれを信じて、真作を保証する鑑定書を書いた。複数の画廊がこれらの作品を購入した。ヴァッカー画廊作品は、1928年1月、ド・ラ・ファイユのカタログ発刊に合わせてベルリンのパウル・カッシーラーによって企画された展覧会に出展されることとなった。ヴァッカー画廊から最後の4作品が展覧会に届けられた時、責任者のグレーテ・リング (Grete Ring) とヴァルター・ファイルヘンフェルト (Walter Feilchenfeldt) が、偽作であることに気づいた。そしてこれらのキャンバスはヴァッカー画廊に戻された。更なる調査により、ヴァッカーに由来する33作品に贋作の疑いがあることが分かった。1928年12月、Matthiesen画廊は、ドイツ画商協会の支援を受けてヴァッカーに対する訴訟を提起した。ド・ラ・ファイユは、従前の意見を変え、1930年刊行の『偽のゴッホ作品』においてこれらの作品を挙げた。ヴァッカーに対する裁判は1932年4月6日から行われた。画家ゴッホの甥フィンセント・ウィレム・ファン・ゴッホが出廷し、一家の記録には作品を購入したロシア人は現れないことを証言した。一方、ド・ラ・ファイユは、再度意見を変え、一連の作品のうち5点は真作であるとの意見を述べた。裁判において、どの絵が真作であるかについて、様々な専門家の意見が出されたが、完全な一致には至らなかった。ブレンマーは少なくとも9点が真作であるとし、マイヤー＝グラーフェは当初の鑑定書の誤りを認めた。ローゼンハーゲンは、14点は美術価値に劣るものの真作であるとした。しかし、オランダの絵画修復家ミンハー・デ・ヴィルト (A M de Wild) が、これらの絵画に用いられている絵具がゴッホの用いたものと異なることを発見した。同じく絵画修復家のヴェールテ (Kurt Wehlte) は、X線解析により、技法が異なることを指摘した。後に、そもそもフランス製のキャンバスではなかったことも判明した。1932年4月19日、ヴァッカーは詐欺罪で起訴され、控訴を経て、禁錮19か月、罰金30ライヒスマルクの有罪判決を受けた。第2次世界大戦後、ヴァッカーは東ベルリンに居住し、絵画取引の世界を去った。問題となった作品の一部は行方が知られていないが、今日、ヴァッカー由来作品の中で真作は1点もなかったということで専門家の意見は一致している。