2005年が散々な結果に終わったフェラーリは、2006年に見事な復活を遂げた。開幕戦でミハエルがポールポジションを獲得。これはアイルトン・セナの記録に並ぶ65回目のポールポジションだった。決勝ではピットストップでルノーのフェルナンド・アロンソに交わされるまでトップを走行した。しかし第2,3戦は一転して失速。ブリヂストンの新型タイヤをうまく使いこなせていなかった。ヨーロッパラウンドに入ると、フェラーリは息を吹き返した。第4,5戦を連勝で飾った。これでタイトル争いに絡んできたが、その後はしばらくアロンソの後塵を拝することとなった。状況が一転したのは第10戦アメリカGPである。このレースを圧倒的な速さで制したミハエルは3連勝でアロンソに追いつく。その後若干離されるも第15戦イタリアGPでアロンソがリタイヤするのを尻目にミハエルが優勝。そして同時に2006年シーズンでの引退を発表した。次戦中国GPでついにポイントリーダーの座を奪い、タイトル争いで主導権を握ったかに見えたが、第17戦日本GPでまさかのリタイヤ。最終戦も予選での燃料タンクのトラブル、決勝でのタイヤパンクなど最悪の状況に陥るも、他車より1秒速いラップタイムを刻み、最後尾から4位入賞。引退レースでとても印象に残るレースを披露した。一方、この年フェラーリに加入したマッサは序盤は苦戦するが、第5戦ヨーロッパGPで初の表彰台を獲得するとアメリカGP、ドイツGPでミハエルに次ぐ2位フィニッシュ。そしてトルコGPで自身はじめてのポールポジションを獲得すると決勝でも逃げ切り、自身初優勝を成し遂げた。母国グランプリである最終戦ブラジルGPでも優勝。3度のポールポジション、2度の優勝で最終的にドライバーズランキング3位となった。
248F1は、2.4リッターV8エンジンを搭載したF1マシン、から取られた。2005年シーズンにおいてタイトルをついに失ったフェラーリは、2006年に向けてもう一度レギュレーションを読み返し、効率よくダウンフォースを発生できるような車体を生み出すことに専念した。また、F2005で使った特徴的なフロントウイング（小形のウイングがメインエレメント前方についている）を廃止し、翼端版からノーズへと繋がるアッパーエレメント（ブリッジウイング）を導入した。また、ディフューザーを再設計したことにより、トップコンテンダーに復活した。開幕戦ではリアウイングが風圧によって変形し、ドラッグを減らすフレキシブル構造ではないかと話題になった。第2戦マレーシアGPではブリッジウィングの基部が動くような映像が車載カメラに捉えられた。レギュレーション変更を受けて開発されたTipo056エンジンは、2005年から2006年のオフにかけてF2004に搭載してテストされた。シーズン開幕後すぐの第1,2戦で新型V8エンジンTipo056にピストンにクラックが入る問題が生じた。これはヨーロッパラウンドに入る直前に解消された。タイトル争いも終盤になった第16戦中国GPに大幅な改良を加えたTipo056のCスペックエンジンを投入。中国GPはシューマッハが制したが、次の第17戦日本GPでエンジンブローに見舞われた。シーズン終盤に再びエンジンの信頼性に苦しむこととなった。
過去にはウッディー・ウッドペッカー（1987年10月1日から。秋田が森林県であることにちなんだという）、鉄腕アトム（1999年から）などをマスコットキャラクターに採用した。2014年7月にオリジナルキャラクターである「みみより一家」が登場し、広告やLINEスタンプなどで使用されていた。2018年2月1日からは従来の鉄腕アトムに代わり、「みみより一家」のデザインによる通帳やキャッシュカードの発行を始めた。
天皇賞後は放牧に出され、9月初頭に帰厩。秋緒戦のオールカマーでは1番人気に支持されたが、道中で後続を大きく離して逃げたツインターボを捉えられず、勝った同馬から6馬身弱の差で3着となる。春秋連覇を目指した天皇賞では再度1番人気となったが6着と敗れ、以後ジャパンカップ、有馬記念も14着、8着と大敗した。飯塚は当時の状態について「見た目は普通、というか、春とほとんど変わらないデキなんだが……。どこか足りないというか、本当じゃない。調教も走るし、内臓だってまるで悪いところはない。そうなると、精神的な原因ということを考えたが、それがなにかわからない。そういう状態が、このシーズンずっと続いた」と述べている。翌1994年の初戦は、関西の競馬場が合っているのではないかという飯塚の考えにより、西下して阪神競馬場で行われた京都記念に臨んだ。結果は前年の菊花賞馬ビワハヤヒデの5着となったが、的場によると「直線の動きは一瞬あれっ、というところがあり、もうひと追いすれば伸びる予感があった。長いスランプだったけど、ここらあたりがトンネルの出口かとも思った」という。京都記念の後には状態の向上が見られ始め、関東に戻っての日経賞では最後の直線で先頭に立ち、差し込んできたステージチャンプにハナ差の2着と、復活の兆しを見せた。この後は連覇が懸かる天皇賞（春）を目標に、関西馬の調教拠点である栗東トレーニングセンターに入り調教が積まれたが、天皇賞の前週である4月16日の調教中、3歳時に骨折した右前管骨に再び故障を発生する。3歳時とは異なり競走生命を危ぶまれる重傷で、この時点で引退が検討され、種牡馬となる道が模索された。しかし長距離競走以外の実績に乏しかった点や、小柄な馬体が敬遠され受け入れ先が見つからず、現役続行が決定する。その後はユートピア牧場に移動して療養。復帰は翌春になると見込まれていたが、予想より回復が早く、10月末に帰厩を果たした。2ヶ月後には復帰戦の有馬記念を迎えた。この年史上5頭目のクラシック三冠を達成したナリタブライアン、当時最強牝馬と評されていたヒシアマゾンに続く3着となった。しかし1995年の年明け2戦ではいずれも1番人気に推されたが、それぞれ60kg、59kgという斤量も響き、いずれも6着と敗れた。