体長59-63mmになると鱗が全身に形成され稚魚は翌年4月-5月頃に5-10cm程度になり、川を遡上するが、この頃から体に色がつき、さらに歯の形が岩の上の藻類を食べるのに適した櫛（くし）のような形に変化する。川の上流から中流域にたどり着いた幼魚は水生昆虫なども食べるが、石に付着する藍藻類および珪藻類（バイオフィルム）を主食とするようになる。アユが岩石表面の藻類をこそげ取ると岩の上に紡錘形の独特の食べ痕が残り、これを特に「はみあと（食み跡）」という。アユを川辺から観察すると、藻類を食べるためにしばしば岩石に頭をこすりつけるような動作を行うので他の魚と区別できる。多くの若魚は群れをつくるが、特に体が大きくなった何割かの若魚はえさの藻類が多い場所を独占して縄張りを作るようになる。一般には、縄張りを持つようになったアユは黄色みを帯びることで知られている。特にヒレの縁や胸にできる黄色斑は縄張りをもつアユのシンボルとされている。アユの視覚は黄色を強く認識し、それによって各個体の争いを回避していると考えられている。縄張りは1尾のアユにつき約1m四方ほどで、この縄張り内に入った他の個体には体当たりなどの激しい攻撃を加える。この性質を利用してアユを掛けるのが「友釣り」で、釣り人たちが10m近い釣竿を静かに構えてアユを釣る姿は日本の夏の風物詩である。夏の頃、若魚では灰緑色だった体色が、秋に性成熟すると「さびあゆ」と呼ばれる橙と黒の独特の婚姻色へ変化する。成魚は産卵のため下流域への降河を開始するが、この行動を示すものを指して「落ちあゆ」という呼称もある。産卵を終えたアユは1年間の短い一生を終えるが、広島県太田川、静岡県柿田川などの一部の河川やダムの上流部では生き延びて越冬する個体もいる。太田川での調査結果からは、越年アユは全て雌である。また、再成熟しての産卵は行われないと考えられている。
仔魚は数日のうちに海あるいは河口域に流下し春の遡上に備える。海水耐性を備えているが、海水の塩分濃度の低い場所を選ぶため、河口から4kmを越えない範囲を回遊する。餌はカイアシ類などのプランクトンを捕食して成長する。稚魚期に必要な海底の形質は砂利や砂で、海底が泥の場所では生育しない。全長約10 mm程度から砂浜海岸や河口域の浅所に集まるが、この頃から既にスイカやキュウリに似た香りがある。この独特の香りは、アユの体内の不飽和脂肪酸が酵素によって分解されたときの匂いであり、アユ体内の脂肪酸は餌飼料の影響を受けることから、育ち方によって香りが異なることになる。香り成分は主に2,6-ノナジエナールであり、2-ノネナール・3,6-ノナジエン-1-オールも関与している。稚魚期には、プランクトンや小型水生昆虫、落下昆虫を捕食する。
水温15℃から20℃で2週間ほどすると孵化する。孵化した仔魚はシロウオのように透明で、心臓やうきぶくろなどが透けて見える。孵化後の仔魚は全長約6mmで卵黄嚢を持つ。
アユの成魚は川で生活し、川で産卵するが、生活史の3分の1程度を占める仔稚魚期には海で生活する。このような回遊は「両側回遊」（りょうそくかいゆう）と呼ばれる。ただし、河口域の環境によっては、河口域にも仔稚魚の成育場が形成される場合もある。
Xiujuan et al., 2005 により、新亜種として記載された。大韓民国から中華人民共和国、ベトナム国境地帯にかけての海岸に生息する。
正確な生年は不明であるが、1920年（大正9年）前後、父の都賀清司が東京府東京市（現在の東京都）で活動しているころに生まれる。姉の都賀静子は、1912年（明治45年）5月18日に同市本郷区駒込坂下町（現在の文京区千駄木2丁目あるいは3丁目）で生まれている。1923年（大正12年）9月1日に起きた関東大震災のため、都賀一家は関西に移り、同年12月までには、父は兵庫県西宮市甲陽園にあった東亜キネマ甲陽撮影所に入社している。1924年（大正13年）7月、東亜キネマは、牧野省三率いるマキノ映画製作所を吸収合併したが、1925年（大正14年）6月には、牧野が再度独立、御室撮影所を開いてマキノ・プロダクションを設立、父・清司および姉・静子は、東亜キネマからマキノへ移籍した。このとき、母の都賀かつも入社し、結髪係となる。記録に残る、一司の最初のクレジットは、1926年（大正15年）5月14日に公開された『人生親爺となる勿れ』（監督・主演中根龍太郎）で、中根龍太郎・鳥羽恵美子の演じる主人公夫妻の子ども役として、姉・静子とともに出演している。同年11月7日に公開された『天狗になった話』（監督曾根純三）では、「小さい鬼」の役で主演している。1929年（昭和4年）7月25日、牧野省三が亡くなり、同年9月にマキノ正博を核とした新体制が発表になると、都賀父子は、嵐冠三郎、荒木忍、南光明、根岸東一郎、谷崎十郎、阪東三右衛門らとともに「俳優部男優」に、姉の静子は「俳優部女優」にそれぞれ名を連ねた。その後、新体制下のマキノ・プロダクションは財政が悪化し、1931年（昭和6年）6月、同社解散により退社した。記録に残る同社での最後の出演作は、1930年（昭和5年）12月5日に公開された『やきもち合戦』（監督三上良二）であった。都賀一家は、東活映画社に移籍していたが、翌1932年（昭和7年）2月には、高村正次と立花良介が御室撮影所に設立した正映マキノキネマに参加、同社は同年4月には解散しており、父子ともに出演歴は見当たらない。同年、高村正次らが同所に設立した宝塚キネマ興行に親子3人で移籍したが、同社も1934年（昭和9年）2月には解散に追い込まれている。同社の最後は、給料遅配が4か月続き、解散時には50銭しか渡されなかったという。1933年（昭和8年）12月20日に公開された、護国映画製作の『血戦千穂川』（監督稲葉蛟児）が記録に残る最後の出演作であり、父の清司は、1935年（昭和10年）8月29日に公開された、第一映画社製作、松竹キネマ配給によるトーキー『お嬢お吉』（監督高島達之助・溝口健二）に出演した記録が最後であり、姉の静子も、同年1月10日に公開された日活京都撮影所作品、『維新三剣士』（監督辻吉朗）に出演した後、出演記録が途絶えている。母・かつは、1938年（昭和13年）6月15日に公開された『花ちりぬ』（監督石田民三）にクレジットされたのが最後であり、戦後、映画界に復帰する姉の静子以外、都賀一家は映画界から姿を消した。