宇宙暦801年/新帝国暦3年6月13日～3日間。ハイネセン・ポリスで発生した爆破炎上事件。後日判明した犯人の名前から、一般的な俗称として広まった。13日20時に、脳腫瘍で市内の病院に入院していたアドリアン・ルビンスキーが、自ら生命維持装置を外して死に至った。その途端、地下で大規模な爆発が発生、旧同盟の最高評議会ビルが崩壊したのを始め多くのビルが倒壊した。同時に市内各処で火災が発生し、3日間に渡って炎上が続いた。市街地の30パーセントが焼失し、死者及び行方不明者は5000人をこえた。また、仮設大本営が置かれていた国立美術館も火災をまぬがれず、ビッテンフェルト達が避難を嫌がるラインハルトを無理やり救出したが、美術品の搬出には全く関心を示さなかったため、その後、メックリンガーから暗に非難された。一方、オーベルシュタインが憲兵隊に不審人物を検挙させたが、その中にドミニク・サン・ピエールがいたため尋問を始めた。ドミニクは、この事件がルビンスキーによるラインハルトの殺害を狙ったテロである事を白状し、事件の真相が明白になった。
5月末、亡命者900名を乗せた民間宇宙船ニュー・センチュリー号がイゼルローン回廊に入る直前、動力部に異常が発生して救援信号を発した。信号は両軍を呼び寄せ、結果として戦闘が開始された。当初はイゼルローン軍約2,000隻と、それより少ない帝国軍の警備部隊との小競り合いで始まったが、ドロイゼン艦隊数千隻が援軍に駆けつけ、一方のイゼルローン軍も要塞に援軍を求めた。戦闘開始2時間後にドロイゼンは戦略的価値を見出せない事を悟って艦隊を撤退させたが、イゼルローン軍が反転撤退出来ないように追撃の姿勢を解かなかったため、イゼルローン軍はその場に留まらざるをえなかった。一方、ハイネセンに駐留していた帝国本隊にこの戦いが報告され、ラインハルトは自ら進発する事を宣言した。
宇宙暦801年/新帝国暦3年5月29日～6月1日。民間宇宙船ニュー・センチュリー号に端を発する遭遇戦によって始まったイゼルローン革命軍と帝国軍本隊との戦闘。物語上の帝国側対共和主義者という図式の戦いはこれが最後となる。この戦いの後、イゼルローン共和政府とローエングラム王朝との間で和平交渉が行われ、イゼルローン要塞の明け渡しやバーラト星系の自治などが合意に至った。また、帝国側の主人公ラインハルトの生涯最後の戦いでもある。
宇宙暦801年/新帝国暦3年5月17日～18日。憲兵隊による地球教の活動根拠地の制圧。柊館事件で逮捕した地球教徒に対し、憲兵隊は自白剤を使った尋問を行い、フェザーンでの活動根拠地がエフライム街40番地にある事、ヒルダと皇子のいるフェザーン医科大学付属病院の襲撃を企てていることを突き止めた。ケスラーが率いる武装憲兵10個中隊が包囲し、17日22時に戦闘が開始され、18日1時30分に戦闘が終了した。ケスラーいわく「美の一分子もない」死闘の果て、地球教徒224名のうち死亡221名（うち29名が服毒自殺）、重傷3名。憲兵隊側も27名の死亡者を出している。
宇宙暦800年/新帝国暦2年4月20日～5月18日。ヤン一党（エル・ファシル革命予備軍）と帝国軍の戦い。ヤン・ウェンリー最後の戦いであり、ラインハルトが一度に動員した戦力としては最大級のものとなった。元よりこの戦いは、言ってみればラインハルトの私戦の性格が強いものであった。あえて多大な犠牲を払ってイゼルローン要塞を攻略する意味は無く、回廊の出入り口を封鎖しておけば、ヤン一党はいずれ衰退を余儀なくされる。あくまでヤンと勝負してみたいというラインハルトの欲求こそが、戦いの最大の動機であった。ロイエンタール、ミッターマイヤーともにこの戦いにラインハルトが親征することに反対しており、ヒルダに至っては面と向かってラインハルトに反対の意を表明していた。しかしラインハルトは、それを承知で戦いに臨んだ。4月20日の時点で、ヤン一党の兵力は艦艇28,800隻（うち3割近くが修理や整備を必要とする傷物とされている。実戦参加した隻数は記述が無いが、OVAではメックリンガー艦隊を牽制するに当たって2万隻以上を投入して、ナレーションがヤン艦隊のほぼ全軍と解説している）/将兵254万7400人。ヤンは流浪時に乗艦としたユリシーズをそのまま旗艦とし、ヒューベリオンはメルカッツが乗艦とした。アッテンボローはマサソイト、フィッシャーはシヴァ、マリノは引き続きムフウエセを乗艦にしている。
2012年4月21日、UFC 145の王座防衛戦で元チームメイトのラシャド・エヴァンスと対戦。肘打ちでエヴァンスをぐらつかせるなど終始圧倒して3-0の5R判定勝ち。3度目の王座防衛に成功した。2012年8月8日、NIKEとスポンサー契約を結んだ。2012年8月24日、一週間後のUFC 151で対戦する予定であったダン・ヘンダーソンが負傷欠場することが決まったため、UFCはジョーンズに代わりにチェール・ソネンとの対戦を打診したが、ジョーンズは新たな挑戦者に対し一週間では準備期間が短く十分な準備ができないことを理由にこれを拒否、その結果メインイベントを失ったUFC 151は大会中止となった。その後、UFC 152でリョート・マチダと対戦予定となるが、マチダは短い準備期間での対戦となるためにオファーを拒否。UFCはマウリシオ・ショーグンらに対戦を打診したが同じく準備期間の短さから拒否され、最終的に近年一階級下のミドル級で戦っていたビクトー・ベウフォートがライトヘビー級に階級を上げて同大会でジョーンズと対戦することとなった。2012年9月22日、UFC 152の王座防衛戦でビクトー・ベウフォートと対戦。1Rに腕ひしぎ十字固めを極められピンチに陥るも、脱出してからは終始優勢に立ち、4Rにアメリカーナ・アームロックを極め一本勝ち。4度目の王座防衛に成功し、サブミッション・オブ・ザ・ナイトを受賞した。