2005年、前年から監督に就任したオジー・ギーエンの下、ジャーメイン・ダイ、井口資仁、スコット・ポドセドニックといった新加入の選手がキーマンとなり、これまでの一発に頼った野球ではなく、「スモールベースボール」を標榜としたつなぎの野球を目指すこととなった。これにより本塁打数や得点は前年を下回ったものの、機動力、守備力は飛躍的に向上した。投手陣ではジョン・ガーランド、マーク・バーリーが左右のエースとしてそれぞれ18勝、16勝をあげる活躍をみせ、コントラレスも15勝と期待に応えた。チーム防御率もUSセルラー・フィールドに本拠地を移して以来、初めて3点台に乗せた。シーズンでは開幕から首位を独走、シーズン終盤でインディアンスの追い上げを受けたものの、1度も首位を明け渡すことなく、4度目の地区優勝を果たした。ディビジョンシリーズでは前年ワールドチャンピオンのレッドソックスに3連勝。続くリーグ優勝決定シリーズではロサンゼルス・エンゼルスを4勝1敗で下し、6度目のリーグ優勝を果たした。そして、46年ぶりにワールドシリーズに出場すると、ヒューストン・アストロズ（2012年まではナショナルリーグ所属）を4連勝で下し、1917年以来88年ぶり、悲願のワールドシリーズ制覇を成し遂げた。これによってレッドソックスのバンビーノの呪い（86年ぶりの優勝）、ホワイトソックスのブラックソックスの呪いと、2年続けて長年のメジャーのジンクスが解けることとなった（残ったのはシカゴ・カブスのビリー・ゴートの呪いだったが、この呪いも2016年のリーグ制覇により解かれた）。
1990年、「ビッグハート」こと、フランク・トーマスがメジャーデビューし、チームも前年の最下位から2位に浮上する。1991年には、新しいコミスキー・パーク（現:USセルラー・フィールド）が開場。1993年には、トーマスが打率.317・41本塁打・128打点という成績でMVPを獲得し、ジャック・マクダウエルが22勝でサイ・ヤング賞を獲得した。この2人の活躍により、2度目の地区優勝を果たしたが、リーグ優勝決定シリーズではトロント・ブルージェイズに2勝4敗で敗れてしまった。翌1994年には、新たに創設されたアメリカンリーグ中地区に移動となり、地区首位でシーズンを終えたが、1994年から1995年のMLBストライキによってリーグ優勝決定シリーズは開催されなかったため、ワールドシリーズ制覇はならなかった。1997年にはアルバート・ベルを獲得し、トーマスとベルによる剛腕コンビを形成した。2年間で143本塁打・502打点を記録し、他球団から非常に恐れられたが、結局2シーズン限りでコンビは解消となった。1999年には、不振のトーマスに代わって、シンシナティ・レッズから移籍したポール・コネルコや生え抜きのマグリオ・オルドニェス、カルロス・リーといった若手が台頭。しかし、この年はクリーブランド・インディアンスが地区首位を独走し、2位ながら勝率5割を切り、インディアンスに21.5ゲーム差の大差をつけられることとなった。2000年にはトーマスが復活し、打率.328・43本塁打・143打点でシルバースラッガー賞とカムバック賞を受賞。トーマスやオルドニェスらの活躍もあり、3度目の地区優勝を果たした。しかし、リーグ優勝決定シリーズではシアトル・マリナーズに3連敗を喫してしまった。その後、2002年から2004年までミネソタ・ツインズに優勝を阻まれ、3年連続で2位に甘んじた。2003年にはエステバン・ロアイザがブレイクし、防御率2.90・21勝9敗・207奪三振で最多奪三振のタイトルを獲得した。2004年シーズン途中には、そのロアイザとヤンキースのホセ・コントレラスをトレード。また、ヤクルトスワローズから高津臣吾が移籍し、抑え投手として活躍している。
平国香 　 ┣━━┓ 貞盛　 繁盛　      ┣━━━━┳━━┳━━┓　　  多気維幹　  兼忠　 維茂 　安忠　　 　 ┃　　　  ┃　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　      　┃      維良　　　　　　　　　　　　　　　　　　　    ┃  ┏━━┻━━┳━━━━┓　 多気為幹   伊佐為賢   那珂国幹　 ┃        ┃多気重幹(繁幹)　　　　為忠 　┣━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━┳━━━━┳━━━━┓多気致幹　　　　　　　　  　　　　　　　 吉田清幹  石毛政幹  常陸宗幹  小栗重義（重家）　 ┃                                      ┣━━━━┳━━━━┳━━━━┓多気直幹                                 吉田盛幹  行方忠幹  鹿島成幹   女＝源義業（常陸源氏）　   ┣━━━━┳━━━━┳━━━━┓      ┣━━━━┓        ┃  　     ┃多気義幹  下妻弘幹  東條忠幹  真壁長幹   吉田幹清  石川家幹  鹿島政幹  佐竹昌義    　┏━━┳━━┳━━┳━━┳━━━┳━━━┳━━┳━┻━┳━━━━━┓　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　高幹   武幹  光幹  宗幹  望幹  矢口幹明  秀幹  国幹   田山幹氏  馬場大掾資幹  ┣━━━━┓                                                      ┣━━┳━━┳━━┓望幹       宗幹                                                    朝幹  泰幹  親幹  長幹