テンプル騎士団にまつわる伝説は多い。伝説の多くはテンプル騎士団の最初の本部が置かれたエルサレム神殿とのつながりから生まれたものである。代表的なのが、彼らはエルサレム神殿の跡地から聖杯を、あるいは聖櫃を、あるいはイエスが架けられた十字架を発見したなどというものである。また、多くの団体が自らの出自をテンプル騎士団と結びつけることで、その神秘性を高めようとしてきた歴史もある。著名なものはフリーメーソンで、彼らは19世紀に入ってから神殿の図が入った紋章を使い始め、自らのルーツをテンプル騎士団と結び付けようとした。代表的な伝説は、騎士団がロバート・ブルース支配下のスコットランドで存続したというもので、ここからスコットランド儀礼のフリーメーソン団やフランスを中心とするジャコバイト系フリーメーソン団、諸々のオカルト系フリーメーソン団が生まれた。現在も『ダ・ヴィンチ・コード』など多くのフィクション作品において、テンプル騎士団の神秘的なイメージは利用されつづけている。
テンプル騎士団については、19世紀に至るまで彼らの異端という汚名は晴らされることがなく、無批判に受け入れられていた。しかし1813年にフランスのレイヌアールが初めてこれに疑義を呈した。最終的に1907年にドイツの歴史学者ハインリヒ・フィンケが「彼らの罪状は事実無根で、フィリップ4世が資産狙いで壊滅させた」ことを明らかにした。現代のカトリック教会の公式見解では、テンプル騎士団に対する異端の疑いは完全な冤罪であり、裁判はフランス王の意図を含んだ不公正なものであったとしている。また、ヴィエンヌ公会議で教皇がテンプル騎士団の禁止を決定したことも、当時の社会からの批判に流されたものであったと結論づけている。2007年10月12日にローマ教皇庁は、テンプル騎士団の裁判資料である『テンプル騎士団弾劾の過程』（Processus Contra Templarios ）を公開・頒布した。
テンプル騎士団の経済的な発展とは裏腹に、1187年までに中東情勢は悪化の一途をたどっていた。当時の総長ジェラール・ド・リデフォールは宿敵サラーフッディーンとの数次にわたる戦いに敗北するだけでなく、自らが捕虜となるという致命的な失態を演じた。これは投降よりは死を選ぶという騎士団の勇名に泥を塗ることになった。ジェラールは一度は解放されたが、再び捕虜となって斬首されたため、ヨーロッパでのテンプル騎士団の威信は落ちた。1291年、レヴァントにおける最後の十字軍国家であったエルサレム王国のアッコンがマムルーク朝アシュラフ・ハリールにより陥落すると、キリスト勢力は完全に聖地周辺の足がかりを失うことになった。軍事活動がなくなっては存続できない他の騎士団が存亡をかけて新たな目標を見つけていく中で、特権と財産に守られていたテンプル騎士団には危機感がなく、スペインでのムスリム勢力との小競り合いを除けば、ほとんどすべての軍事活動を停止するようになっていた。
軍事組織としての表の顔に加えて持っていたテンプル騎士団のもう一つの顔が、財務機関としてのものであった。もともと入会者たちは、この世の栄華を捨てる証として個人の私有財産を会に寄贈して共有しており、この慣習はほかの修道会でも行われていた。会の活動目的が聖地守護と軍事活動であっても実際に前線で戦うのは会員の数％にすぎなかった。ほとんどの会員は軍事活動そのものより、それを支援するための兵站および経済的基盤の構築にあたった。巡礼者に対しては、現金を持ったまま巡礼の道を移動する事により起るリスクを防ぐため、自己宛為替手形（lettre de change）の発行等の銀行機関のようなサービスも行った。また現在で言う預金通帳のような書類（bon de dépôt）もテンプル騎士団のイノヴェーションだと言われている。このように多くの寄進を集めたことによって12世紀から13世紀にかけてテンプル騎士団は莫大な資産をつくり、それによって欧州から中東にいたる広い地域に多くの土地を保有した。そこに教会と城砦を築き、ブドウ畑や農園を作り、やがて自前の艦隊まで持ち、最盛期にはキプロス島全島すら所有していた。パリにあった支部はフランス王国の非公式な国庫といえるほどの規模になり、たびたびフランス王に対する経済援助を行っている。1146年にはルイ7世の命により王国の国庫は正式にテンプル騎士団に預けられ、この体制はフィリップ4世の統治時代（後述）まで続く事となる。
江戸時代末期、地球は「天人（あまんと）」と呼ばれる宇宙人の襲来を受ける。まもなく地球人と天人との間に十数年にも及ぶ攘夷戦争が勃発、数多くの侍たちが攘夷志士として天人との戦争に参加したが、天人の強大な力の前に弱腰になった江戸幕府は、天人の侵略をあっさりと受け入れ開国してしまう。そして幕府は天人による傀儡政権となり、天人達が我が物顔で江戸の街を闊歩するようになった。一方で国・主君のために天人と戦った攘夷志士達は弾圧の対象となり、他の侍達もその多くが廃刀令によって刀を失い、力を奪われていった。天人の襲来から20年後、剣術道場の跡取りである志村新八は剣術を生かす道も無く、意に沿わないアルバイトで姉である志村妙と生計を立てていた。そんな新八の前に風変わりな一人の侍が現れる。無気力な外見だが未だに変わらない侍魂を持った青年、その名も坂田銀時。銀時の男気に惹かれた新八は、侍の魂を学ぶために彼の営業する万事屋で働き出す。やがて万事屋には、戦闘種族である夜兎族の少女の神楽や巨大犬の定春が転がり込んでくる。そして万事屋として江戸のあらゆる依頼事に首を突っ込む銀時達は、江戸の治安を預かる警察組織・真選組や、かつて銀時が攘夷志士として天人と戦った頃の盟友であった桂小太郎・坂本辰馬・高杉晋助、神楽の父であるエイリアンハンター・星海坊主など、様々な人間達と関わり合っていく事になる。