『Deus Ex』から20年後の2072年、シカゴにあるTarsus Academyがテロリストによる攻撃を受け、その際用いられたナノマシン起爆装置によってシカゴの町は完全に崩壊した。 訓練生アレックス・デントンを含む生存者たちはやむを得ずSeattle本部へ避難する。ところが、彼らがSeattleへ到着してしばらくすると、Seattle本部もまた何者かによって襲撃されてしまう。そして、アレックスはTarsusやそれに関わる他の組織の秘密を探ることにし、それらの組織にかかわりあうことになった。
『Invisible War』ではインターフェースは使いやすく一新された。新しいインターフェースでは、メニューの列を出してゲームプレイを中断させる代わりに、網膜上のオーバーレイとして情報を表示する形に統合されている。これはAlexの眼に組み込まれたナノデバイスによる表示を表現したものなので、画面の上に丸みを帯びたデザインで常時表示される。このオーバーレイは、現在選択しているアイテムや、使用しているアイテムなどを円形に並べた形で表示するほか、選択している武器、選択しているbiomodアビリティ、biomodのためのエネルギー残量、体力、明るさ、方向を表示する。もう一つの違いは、全てのアイテムがインベントリのスロットを一つだけ消費するようになったという点。これにより、新しいアイテムを入手するたびにゲームを中断してジグソーパズルを解く必要はなくなった。 また、死体や気絶した人間からアイテムを入手するときのポップアップは廃止され、キャラクターは意識を失うと所持品を全て床に落とすようになった。これによって『Deus Ex』で見られた、要るものと一緒に要らないものまで拾ってしまうという問題が解決されている。
『Invisible War』では、壮大で深いストーリーによるゲーム進行などの、前作Deus Exで見られたゲームプレイの特徴がほぼそのまま残されている。プレイヤーは自分の好みにしたがって、自由に戦闘スタイルを選べるが、戦闘を重視せずに直接対決や暴力の行使を避けて進むというスタイルを選択することもできる。『Invisible War』ではより自由なゲームプレイが可能になった。プレイヤーは達成すべき目的をどんな順番でこなしてもいいし、途中で新しい目的を発生させても構わない。 また、キャラクター生成時のオプションはより簡素化され、性別や肌の色、難易度の選択のみになった。性別はわずかにストーリー進行に影響を与えるが、基本的には単に外見を選択するためのオプションになっている。Ion Stormは一作目のストーリー進行の形を洗練することに焦点を当てた開発を行い、プレイヤーがより自由にストーリーを選択できるようにするために、ストーリーの収束点の多くをストーリー選択の場面に置き換えた。これによってプレイヤーは特定の組織のために戦えるようになり、その選択から新しいストーリーが展開するようになった。また、ゲーム中のいくつかの時点では、プレイヤーはどの組織のために戦うのかを必ず選択しなければならない。 ゲームの序盤で登場する組織は二つだけだが、その後より多くの組織と接触することになり、組織への協力を要請される。 それぞれの組織からの依頼は平行して進めることが可能なので、それぞれの依頼の内容を比較してから達成する依頼を選ぶこともできる。また、依頼を達成した時点で組織へ協力したことになるため、達成困難な依頼を諦めて別の依頼に切り替えるようなことも気軽に行える。
本作は、前作『Deus Ex』の20年後の世界を描いており、プレイヤーはプレイヤーはTarsus Academyの訓練生、アレックス・デントンとして行動し、世界を大きく変えようと企む組織の存在とかかわりあいながら物語を進めることとなる。 世界観は前作の3つのエンディングのその後を合わせたようなものになっており、本作の主人公も、前作の主人公に関連した設定となっている。
クリスティは、飛行家リンドバーグの息子が誘拐され、殺された事件（リンドバーグ愛児誘拐事件）に着想を得て、この物語を書いたとされている。茅野美ど里は、別に実在したオリエント急行の立ち往生とこの事件を組み合わせたあたりにクリスティの才能が出ている、としている。
1947年に釈放され、図書および楽器販売の修業を行い、楽器販売会社に就職する。しかし間もなくドイツ再軍備の機運が高まり、デメジエールもそれに参画することになった。1950年12月、デメジエールにブランク機関（西ドイツ国防省の前身）への就職を勧める戦友からの手紙が届いた。翌年から1955年まで、デメジエールはブランク機関で文民として働いた。1951年2月から、パリで行われていた欧州防衛共同体の締結交渉に軍事顧問として参加。しかしフランスが西ドイツの同格での参加に難色を示し、交渉が暗礁に乗り上げると、さらに上級職のハンス・シュパイデル元中将に職を譲ってボンに戻った。ブランク機関では外国の軍事代表との折衝や国際防衛問題研究に従事した。1955年5月にドイツ連邦軍が創設されると、デメジエールは11月に大佐に任官し国防省で部長に就任。連邦軍司令部での地域防衛統制に関わる事務を担当し、ドイツ連邦軍に北大西洋条約機構加盟国の機動軍としての役割と、国土防衛軍としての役割を折衷させる上で必要な組織を構築した。1956年12月に少将に昇進し、1958年から第1擲弾兵師団A1戦闘群（のち第2装甲旅団）司令官に就任、旅団編成の実験的運用に従事し、のちドイツ連邦軍全体に拡大した。1959年4月、第1装甲擲弾兵師団と改名した同師団の師団長代行に就任。1960年、内面指導センター長に就任し、市民としての兵士の権利の統制上の問題にあたった。1962年4月にハンブルクの連邦軍指揮幕僚大学校長となり、同年8月に少将に昇進。校長として陸海空三軍に共通する教育過程を導入した。1964年に中将に昇進し、10月に陸軍総監に就任した。陸軍は下士官・士官の不足に悩まされていたため、就役義務期間を15年に延長し、下士官が士官に昇進出来る道を開くなどの措置をとった。当時兵力30万人だった陸軍に、レオパルト1型戦車を導入し、またカイ＝ウヴェ・フォン・ハッセル国防相に135機の輸送ヘリコプター導入を申請し、空中機動性を高めた。