一方、パトリオットPAC-3システムは既に実戦配備が開始されており、2003年のイラク戦争でも使用された。基本的には、従来高射部隊によって使用されてきたパトリオットミサイル・システムをベースとしてはいるが、ミサイル本体が直撃することによる目標撃破を主眼として新規開発されたPAC-3ミサイルを主用し、また、射撃指揮装置もリンク 16に対応するなど改修されている。ただし、対弾道ミサイル攻撃においては射程が20kmと短く（対航空機射程は80km超）、迎撃可能範囲が小さいという問題が指摘されている。また、射程の短さに伴って交戦機会が少ない。また終末速度が極めて高速になる大陸間弾道ミサイル（ICBM）や潜水艦発射弾道ミサイル（SLBM）には対応できないものとみられている。PAC-3による防護範囲は、速度がマッハ6強（2km/秒）程度となる短距離弾道ミサイル（SRBM）に対しては、発射機より左右に各35km、前に40km、後に10kmの扇状の範囲（ギターのピックの形状・フットプリント）を迎撃できるが（PAC-2GEM＋の能力が大きい）、ノドンなど、日本において直面する可能性の高い準中距離弾道ミサイル（MRBM）攻撃（速度マッハ10=3.7km/秒）程度では、半径20kmの扇状の範囲にまで縮小する。ちなみにこの広さは市ヶ谷を起点として東京23区西部境界程度迄の広さ程度で、1個高射群に2個の発射機（即応弾各16基）、無線指揮車（無線によるリモートランチは30キロ圏程度可能）により部隊分割使用で最大8個までの首都圏近郊の高射部隊の発射機の内、埼玉からと、千葉からの展開で、市ヶ谷,朝霞,習志野の三点をもって首都枢要部をカバーできる能力に相当する。湾岸戦争以来の開発の継続により、弾頭の改良、管制ソフトウエアのバグフィックス・アップデート、ロケット本体の新型化による高機動性の確保、即応弾の4倍増化、短射程を補うリンクシステムによる広域分散配置での要撃覆域の広域化を実現させ、イラク戦争時の実戦使用の戦訓をもってほぼ仕様内での能力を確保することに成功した。なお、PAC-3は直撃を旨とするものの、225グラムペレット24個と高性能炸薬も搭載しており、弾道弾の撃墜の可能性を高めるとともに、生物・化学兵器の無力化を狙っている。
2000年には三塁手の江藤智が巨人に移籍し、開幕前のキャンプからは江藤の穴埋めとして三塁手に取り組んだが、同年4月8日の対阪神戦で一塁まで走った際に左足膝裏の肉離れを起こし、全治3週間と診断された
5月3日には一軍に復帰したものの、症状が酷かったので、7月24日の精密検査で左足の筋力が右足の筋力の約半分まで落ちていることが分かり、自身初の出場登録抹消を受けて後半戦は欠場した
8月には同じく故障した前田智徳や緒方と一緒に戦列を離れ、アメリカ合衆国のピッツバーグに渡ってリハビリテーションに専念した
同年はプロ入り後最低の打率.240、2本塁打、1盗塁に終わっている
2001年、野村が戦列を離れている間に、遊撃手は東出輝裕、三塁手は新井貴浩がそれぞれレギュラーの座を獲得したため、野村は二塁手に転向し、そのレギュラーの座を木村拓也と争うことになった
開幕前のキャンプ中の2月8日に守備練習で左太腿を痛めてオープン戦は2試合の出場になり、開幕戦は初めて不出場となった
同じ二塁手のエディ・ディアスが打撃好調だった一方、緒方の故障で新井が右翼手に回り、5月9日以降に野村は再び三塁手のレギュラーの座をつかんでいる
2002年4月末に右太腿を痛めて約1ヶ月間の二軍生活が続き、後半は代打や守備固めで主に起用され、出場試合数が100試合を切ると同時に打率も.211と低迷したが、遊撃手のライバルである東出にも守備面などで積極的にアドバイスを送っていた
2003年3月29日の対ヤクルト戦で守備の際に左内腹斜筋に全治3週間の挫傷を負い、4月2日に出場選手登録を抹消された
シーズン終盤には右太腿痛もあって、戦列を離れることが長くなり、オフには野球協約の上限を上回る33％減の1億円で契約を更改した
なお、同年7月に山本浩二の監督続行が決まった際には、オーナーの松田元が次期監督候補が野村であることを明言している
2004年1月に黒田博樹と一緒にアメリカ合衆国のアリゾナで自主トレーニングを行い、怪我の防止のためのインナーマッスル強化や股関節の柔軟性向上などに取り組んだが、6月19日の対ヤクルト戦で三塁ゴロを処理した際に右膝を痛めて出場選手登録を抹消されるなど、同年も怪我に泣いた
年末には現状維持で契約を更改している
2005年は、年齢的な衰えと守備の負担軽減のために一塁手にも挑戦し始め、開幕前のキャンプの紅白試合では捕手も務めた
同年の1月から記録達成に向けて、周囲の期待が高まっていた
5月には故郷の大分県佐伯市内の某所6ヶ所やそごう広島店にカウントダウンボードが設置され、6月に入ると、広島ガスのインフォメーションプラザで入団からの軌跡を辿る写真展が開催された
残り4本で迎えた6月21日からの地元6連戦では大分県佐伯市の大手前公園で250インチの野外スクリーンにより、パブリックビューイングが行われている
6月23日の対ヤクルト戦（広島市民球場 ）の4回裏に川島亮から通算2000本安打を達成、東都大学野球出身選手では史上初
これを記念して、広島県から県民栄誉賞が贈られた他、広島電鉄が記念のパセオカードを発行している
それ以降は代打の切り札としての出場が多くなり、9月16日に同年限りでの現役引退を表明した
シーズン最終戦である10月12日の対横浜ベイスターズ戦が引退試合となり、満員の観客に野村の背番号の「7」が入ったポスターが配布された
引退試合では1番・遊撃手として先発出場したが、試合の途中からは大学で守った経験がある中堅手に回った
引退セレモニーのスピーチで、「今日集まってる子供たち、野球はいいもんだぞ
野球は楽しいぞ！」という言葉を残した
なお、球団事務所からはこの背番号「7」を永久欠番とすることを打診されたが、野村自身が断り、背番号「7」にふさわしい選手が現れるまでの永久欠番預かりになっていた
その結果、2013年から堂林翔太が背番号「7」を引き継ぐことになった
また、球団事務所の幹部は2009年の新球場オープンに合わせて、野村を監督として招聘する方針をこの時点で打ち出していた