崇峻天皇の第三王子である能除太子が三本足の霊烏に導かれ、羽黒山の阿古谷で聖観音菩薩の霊験を得て開山したとされる。中世にはその垂迹神が羽黒山大権現と呼ばれるようになった。明治の神仏分離によって仏教色が廃され、正史の記録に残る蜂子皇子の開山とされるようになったが、江戸時代初期の『羽黒山縁起』には蜂子皇子の名はない。
羽黒権現（はぐろごんげん）は出羽国羽黒山の山岳信仰と修験道に基づく神仏習合の神である。本地垂迹説に基づき聖観音菩薩を本地仏として「権」（かり）の姿で現れた垂迹神とされた。羽黒大権現や羽黒山大権現とも呼ばれた。出羽三所大権現の一つである。羽黒山大権現・月山大権現・湯殿山大権現は古くは羽黒三山（あるいは羽州三山）と総称され、大峯山や彦山と並ぶ修験道の道場として栄えた。羽黒山頂の羽黒山寂光寺大堂（金堂）には三山の本地仏（聖観音菩薩・阿弥陀如来・大日如来）が安置されていた。慶應4年（1868）の「神仏判然令」によって権現号が禁止され、仏像は廃棄されるか、末寺などに移された。手向の黄金堂にある仏像はその名残である。大堂は三神合祭殿と改められ、月山と湯殿山は冬期の参拝が困難であることから、三山の神を合祭している。現在は、出羽神社、月山神社、湯殿山神社を総称して、出羽三山神社と呼ぶ。しかし、出羽三山は昭和10年代に登場した新しい呼称である。神仏分離・廃仏毀釈によって、三山信仰は大変貌を遂げた。各地に残る羽黒神社は、かつての羽黒権現である。
1980年代まで、堀之内の中央商店街は、かなりの活況を呈していたが、道が狭く駐車場もほとんどなく、モータリゼーションには対応できず、現在では郊外にできた大型スーパーなどに客を取られてしまっている。警察署や病院なども郊外に移転したが、市役所は現在でも堀之内にある。
8世紀初頭のウマイヤ朝の将軍クタイバ・イブン・ムスリムの征服後にマー・ワラー・アンナフルのイスラーム化が本格的に進展し、イスラーム化と並行して近世ペルシア語が広まっていった。この地域は13世紀にモンゴル人に侵されるまでイスラム文化の一中心地であり続ける。651年にサーサーン朝を滅ぼしたアラブ人の軍隊は653年にホラーサーン地方を征服し、654年に初めてマー・ワラー・アンナフルに現れる。略奪、貢納の徴収を目的とするアラブ人の侵入が繰り返された後、705年からクタイバによって実施された中央アジア征服をきっかけに、マー・ワラー・アンナフルのアラブ支配・イスラーム化が始まった。クタイバによってブハラ、サマルカンドなどの都市にモスク（寺院）が建立され、遠征に従軍したアラブ兵の移住と征服地の住民のイスラームへの改宗が推進されたといわれている。クタイバの死後、715年から737年までの間、マー・ワラー・アンナフルは突騎施によって占領される。マー・ワラー・アンナフルの支配権を巡って毎年のように続くウマイヤ軍とソグド諸国・突騎施連合軍の戦争から逃れるため、多くのソグド人が東方に避難した。739年にウマイヤ朝のホラーサーン総督ナスル・イブン・サイヤールはシル川の河畔で突騎施の指導者莫賀達汗を捕らえ、ソグド諸国と和平を締結し、マー・ワラー・アンナフルの奪回に成功した。ウマイヤ朝のカリフ・ヒシャームの治世にソグド人の反乱が鎮圧され、アラブのマー・ワラー・アンナフル支配は確固たるものになる。そして、751年にアッバース朝がタラス河畔の戦いで高仙芝の率いる唐軍に勝利を収め、中央アジアにおける唐の勢力は大きく後退した。アッバース朝のカリフ・マアムーンの奪権に貢献したサーマーン朝は、マアムーンの委任を受けてマー・ワラー・アンナフルからホラーサーンにまたがる領域を支配した。サーマーン朝の元では、イラン文化の復興が推進される。サーマーン朝は東方から進出してきたテュルク系のカラハン朝に滅ぼされ、サマルカンドやブハラはカラハン朝の王族たちによって統治された。10世紀末から11世紀にかけてカザフスタンからシル川までの地域に居住していたテュルク系遊牧民族のオグズがシル川を越えて南下し、テュルク系民族の移動はマー・ワラー・アンナフルでの「トルキスタン」成立の契機となる。パミール高原西部のテュルク化はすでに6世紀後半の西突厥の時代から始まっており、8世紀初頭のムグ文書にはテュルクの言葉に由来する定住民の人名や地名が確認できる。カラハン朝の時代からマー・ワラー・アンナフルは天山ウイグル王国が支配する「東トルキスタン」に対する「西トルキスタン」と化し、支配者の言語としてテュルク諸語が浸透していった。イランに移動したオグズの一団がセルジューク朝を建国した後、マー・ワラー・アンナフルはテュルク・イスラム圏の東方地域を形成していた。ティムールが台頭する14世紀までに、この地域のテュルク化はほぼ完了していたとされている。カラハン朝は13世紀初頭、ホラズム・シャー朝のアラーウッディーン・ムハンマドによって滅ぼされ、サマルカンドは一時ホラズム・シャー朝の首都になった。しかし、程なく1219年、モンゴル高原から勃興したチンギス・カン率いるモンゴル帝国によってマー・ワラー・アンナフル全域は侵攻を受け、サマルカンドやブハラなどの諸都市はモンゴル帝国軍の攻撃によって破壊され、あるいは降伏後に城壁が破却されるなどした。モンゴルの侵入はマー・ワラー・アンナフルの経済に多大な打撃を与え、後述するティムール朝の時代に入ってかつての繁栄を回復する。