江戸時代後期、最盛期の寛永寺は寺域30万5千余坪、寺領11,790石を有し、子院は36か院に及んだ（現存するのは19か院）。現在の上野公園のほぼ全域が寛永寺の旧境内である。最盛期には、今の上野公園の2倍の面積の寺地を有していたというから、その規模の大きさが想像できる。たとえば、現在の東京国立博物館の敷地は寛永寺本坊跡であり、博物館南側の大噴水広場は、根本中堂のあったところである。上野の山は、幕末の慶応4年（1868年）、彰義隊の戦（上野戦争）の戦場となったことから、根本中堂をはじめ、主要な堂宇はこの時焼失し、壊滅的打撃を受けた。明治維新後、境内地は没収され、輪王寺宮は還俗、明治6年（1873年）には旧境内地が公園用地に指定されるなどして寺は廃止状態に追い込まれるが、明治8年（1875年）に再発足。もと子院の1つの大慈院があった場所に川越の喜多院（天海が住していた寺）の本地堂を移築して本堂（中堂）とし、ようやく復興したものの、寺の規模は大幅に縮小した。第二次世界大戦の空襲では、当時残っていた徳川家霊廟の建物の大部分が焼失した。上野戦争で焼け残り、第二次世界大戦の戦災もまぬがれたいくつかの古建築は、上野公園内の各所に点在している。
寛永20年（1643年）、天海が没した後、弟子の毘沙門堂門跡・公海が2世貫主として入山する。その後を継いで3世貫主となったのは、後水尾天皇第3皇子の守澄法親王である。法親王は承応3年（1654年）、寛永寺貫主となり、日光山主を兼ね、翌明暦元年（1655年）には天台座主を兼ねることとなった。以後、幕末の15世公現入道親王（北白川宮能久親王）に至るまで、皇子または天皇の猶子が寛永寺の貫主を務めた。貫主は「輪王寺宮」と尊称され、水戸・尾張・紀州の徳川御三家と並ぶ格式と絶大な宗教的権威をもっていた。歴代輪王寺宮は、一部例外もあるが、原則として天台座主を兼務し、東叡山・日光山・比叡山の3山を管掌することから「三山管領宮」とも呼ばれた。東国に皇族を常駐させることで、西国で皇室を戴いて倒幕勢力が決起した際には、関東では輪王寺宮を「天皇」として擁立し、気学における四神相応の土地相とし、徳川家を一方的な「朝敵」とさせない為の安全装置だったという説もある（「奥羽越列藩同盟」、「北白川宮能久親王（東武皇帝）」参照）。
近世を通じ、寛永寺は徳川将軍家はもとより諸大名の帰依を受け、大いに栄えた。ただし、創建当初の寛永寺は徳川家の祈祷寺ではあったが、菩提寺という位置づけではなかった。徳川家の菩提寺は2代将軍秀忠の眠る、芝の増上寺（浄土宗寺院）だったのである。しかし、3代将軍家光は天海に大いに帰依し、自分の葬儀は寛永寺に行わせ、遺骸は家康の廟がある日光へ移すようにと遺言した。その後、4代家綱、5代綱吉の廟は上野に営まれ、寛永寺は増上寺とともに徳川家の菩提寺となった。当然、増上寺側からは反発があったが、6代将軍家宣の廟が増上寺に造営されて以降、歴代将軍の墓所は寛永寺と増上寺に交替で造営することが慣例となり、幕末まで続いた。また、吉宗以降は幕府財政倹約のため、寛永寺の門の数が削減されている。
コロンビアの民間航空当局やコロンビア空軍が調査を開始した。残骸の調査のため空港は閉鎖され、空港の再開は翌日の6時頃になると見込まれた。8250便が悪天候により墜落したと報じられたが、空港では嵐の報告はなかった。METARの情報によると、事故当時に東北東から6ノット (11 km/h)の風が吹いており、滑走路は湿っていたが視程は良好だった。バレロ大佐は、機体が激しい雷雨の中着陸したと述べた。事故翌日の乗客の証言によると、客室乗務員は着陸に備えており、機体は突然墜落した。パイロットは事故後に、管制官へ緊急事態を報告しなかった。事故原因についてはいくつかの矛盾した報告があり、マイクロバーストへの遭遇後、または落雷後に着陸復航を行おうとし、墜落したというものだった。パイロットは機体に落雷があったと話しており、当局は落雷についてコメントしていなかったが、調査により落雷がなかったことが証明された。機体への落雷が直接原因となった墜落事故は1971年以降発生していない。グスタボ・ロハス・ピニージャ国際空港には、ウインドシアを観測するドップラー・レーダーなどの設備が無かった。コックピットボイスレコーダーとフライトデータレコーダーは事故現場から回収された。残骸の散乱具合から、調査官は機体が空中で分解したのではなく、地表との衝突により破壊されたと結論付けた。アメリカの国家運輸安全委員会（NTSB）は、機体の製造国の代表として調査チームに加わった。事故からおよそ1年後の2011年7月15日に民間航空安全保障理事会（Security Council of Aeronáutica Civil）は、パイロットが自身の操縦技術を過信し進入を続けた結果、グライドスロープを下回って降下し、墜落したと結論付けた。パイロット達は、機体が通常より高い位置を飛行しているというブラックホール現象に陥っていた。また、パイロットのトレーニングの見直しが推奨された。民間航空安全保障理事会のカルロス・シルヴァは、調査の目的は責任の追求ではなく、将来に発生しうる航空事故の防止が目的であると述べた。