側面化粧板は白色、床はフローリングとしている。ただし、サハ885形100番台および300番台（いずれも3号車）の化粧板はダークグレーである。本系列では883系に設けられていた客室中央部のセンターブースは廃止され、代わりにデッキの面積を拡大し、車端部にコモンスペースを設けた。コモンスペースには縦長の窓が設けられている。仕切扉には、車両間の半透明ガラス扉、普通客室とデッキを仕切る上部透明／下部半透明のガラス扉、グリーン客室とデッキを仕切る木製扉の3種類があり、全て自動扉であるが、木製扉は手でセンサに触れなければ開かない。これらのうち、ガラス扉は乗務員室からの操作による一括開閉が可能である。また車両間の扉は、一方の扉の開閉と連動して他方の扉も開閉する。LED式案内表示器は、客室端部（仕切扉上部）に天井から吊るす形で設置されている。LEDの大きさや配置は883系に準じ、左側から禁煙表示灯、号車番号表示、座席種別表示（グリーン車：グリーンマーク、普通車指定席：緑色で「指」、普通自由席：橙色で「自」）、スクロール式情報表示（8文字分で、当初は「見えるラジオ」を利用したニュース配信も行われていたが、現在は、乗客への注意喚起や特別企画乗車券等の自社広告、ソニックのみ別府駅到着直前に「湯の街別府の案内」が流れている。）、携帯電話使用禁止表示、トイレ使用中表示となっている。なお、スクロール式情報表示での英数字表示は通常は全角だが、「見えるラジオ」のニュース配信では半角である。また、6号車に指定席と自由席が混在していた時期（2003 - 2007年）は、通常の座席種別表示は使用されず、「指/自」と表記されたプレートが当該部分に貼付されていた。各車両一部座席を撤去し、787系のように大型の荷物を置くことができる荷物スペースを設置している。
座席は全席リクライニングシートで、普通席・グリーン席ともに本皮革張りとしている。これにより構造上、座席背面にテーブルを設置することができないため、側面窓の窓かまちを設けることで小物を置くスペースの確保を図っている。また、ヘッドレスト背面にはチケットホルダーが設置されている。座席の本革は、商品価値を損なわない程度の微細な傷などが入ったもの（いわゆるアウトレット品）を用いている。そのため、製造コストは通常の座席と大差はない。なお、運転席はレカロ社製の特注品である。しかし本革張りの座席を好まない乗客もいるため、各編成の4号車から6号車の座席が順次モケットに変更されることとなっており、2012年にSM2編成で実施された。グリーン席の座席はすべて1人掛け座席となっているが、中央のC列の座席を片側に寄せてD列席と隣接させることで1+2列配列並みの配置としている（席番配置はA+CD）。また座席背面のフットレストが省略された。A列の壁面とC・D列の中間部に折りたたみ式の木製テーブルを設置している。定員は12名で、883系より1列分少なくなっている。普通席は一般的な2+2列配置の座席で、座席の前後間隔は883系に比べて20mm短い980mmとなった。普通席では中ひじ掛けに収納式の木製テーブルを設置している（画像でも解るが手前には2つ設置されている。これは、座席を回転させた際にテーブルの位置がずれてしまう為の対策である）。
当該学位は主に四年制大学の工学部や理工学部系統の学部学科で取得が可能である。日本国内での工学分野の学士号は比較的古く、工部大学校の卒業生には第1等及第した場合には工学士の称号が授けられ、第2等は試験を課し合格した場合に授けられる制度が定められていた。後に一等学士(The degree of Master of Engineering)から五等学士までの学位が制定され、成績の程度に応じてそれぞれの等級の学位が与えられていた。1887年（明治20年）の帝国大学令発布により、学士号は学位から称号へと移行。工部大学校も東京大学工芸学部と合併により帝国大学工科大学となり、東京帝国大学工学部の前身となった。またこの帝国大学令発布以後、全国に帝国大学が設立され、工学部を置く大学も拡大していった。1920年（大正7年）には大学令が発布され、私立専門学校令に基づく専門学校であった私立大学も正式に大学として認められた。これに伴い、早稲田大学が従前の理工科を理工学部へと移行するなどし、私立大学でも工学士号が授与されるようになった。第2次世界大戦の終戦後、1947年（昭和22年）、学士は学校教育法に基づく称号となり、大学も新制大学に移行。1956年には文部省により大学設置基準が定められ、工学士も29種ある学士号の一つと定められた。その後、1991年に学校教育法はじめ学位規則が改正され、学士号は再び学位として位置づけられるとともに、それまで「○学士」と専攻分野を先頭に冠していた名称を改め「学士（○○）」と専攻分野を括弧で付記する表記に変更され、工学士の称号は学士（工学）の学位に移行。この制度改正に伴い、従前の制度で授与されていた工学士の称号については学校教育法附則にて学位と看做されることとなった。 また、これまで通り4年制大学の工学部などを卒業する場合に授与されるほか、新たに創設された独立行政法人大学評価・学位授与機構でも、高等専門学校等の専攻科（いわゆる学士課程）を修了し所定の学修を修めた者などに対して審査を行い、4年制大学卒業と同等の水準にあると認められる場合に学士（工学）の学位を授与する道が開かれた。