2007年1月30日に閉幕したアフリカ連合(AU)首脳会議で国際平和維持部隊の派遣が決定したが、AU執行部が8000人規模の派遣を加盟53カ国に提案したものの、治安の悪化や財源問題により、応じたのは6カ国のみで、4000人程度の確保にとどまった。2月20日には安保理がAUによる平和維持活動を承認する決議案を全会一致で採択し、合わせてAU加盟国に積極的に兵・物資・装備を提供するよう求めた。エチオピア軍のモガディシュ進駐以来、武装解除に賛同しない勢力や、法廷会議残党によるテロや迫撃砲攻撃が相次ぎ、早い内から内戦再燃の可能性が示唆されていた。AUによる平和維持軍は結成されたとは言え、3月までにソマリア入りしたのはウガンダ軍1200人のみだった。他国は悪化するソマリアの治安を懸念し、年末までの増派でもウガンダ軍1600人にとどまった。国際的な足並みが乱れる中、モガディシュを中心に武装勢力が活動を活発化し、暫定政府に対する攻撃が増加した。このため、3月29日から4月1日にかけてエチオピア軍によるモガディシュの掃討作戦が行われ、市街地への空爆を伴う激しい戦闘により、1回の戦闘の死傷者数としては最多である1000人以上の死者と4300人以上の負傷者が発生、エチオピア軍もヘリを撃墜されるなどの被害を出した。　エチオピア軍侵攻から1年を迎える同年12月下旬に、ブルンジ軍がPKO部隊1700人の派遣を発表した。
アメリカは法廷会議を「アルカーイダに操られた組織」と断定しており、エチオピアの侵攻を一貫して支持し、2007年1月3日には暫定政府を支援するため、アメリカ海軍の艦隊（規模未公表）をソマリア沖に展開させた。8日（米国時間7日）には、1994年に終了したPKO以来初めて、ジブチに展開していた米軍のガンシップAC-130により、アルカーイダ構成員が潜むとしてソマリア南部を攻撃、多数を殺害した。米軍はこの中に1998年に起きた米大使館爆破事件の容疑者が含まれることを公表した。またエチオピア軍も地上から制圧して、多数を拘束した。米軍の行動に対し、9日に国連とEUは不快感を表明した。米空母『アイゼンハワー』部隊もソマリア沖へ展開しているとされ、9日にペルシャ湾で日本タンカー『最上川』と接触事故を起こした原潜『ニューポート・ニューズ』も、アイゼンハワー空母打撃部隊の所属で、ソマリアへの移動の途中であったとされている。米軍の行動に対し、エチオピアのメレス首相は10日に攻撃の抑止を求め、地上での作戦はエチオピアに任せるよう訴えた。米軍は22日にもAC-130による攻撃を行った。5月31日、法廷会議の残党が北部沿岸の村に陣地を構築しているのを米駆逐艦が発見、6月1日夜に5インチ砲による射撃で破壊した。
1994年、内戦の泥沼の中で南部にてイスラム原理主義の「イスラム法廷連合」（後にイスラム法廷会議へ改称）が結成、勢力を急速に伸ばした。法廷連合はイスラム聖職者の指導により、治安の悪化した市街地などで、イスラム法にのっとった自警団的な役割を果たす集団として国民の支持を拡大、人気と武力を持ってソマリア南部を制圧。2006年6月には、首都モガディシュを占領した。しかし、支配地ではイスラム法に則った厳格な法令を敷き、女性の権利縮小や、娯楽の禁止、公開処刑など、人権問題が目立ち、アフガニスタンのターリバーンに似た性格も持っていた。自主的に学校教育を行うなど、福祉的な一面も持つが、教育は原理主義的要素を多分に取り入れ、生徒を過激思想に染める事を意図したものであった。さらには国際テロリストであるアル・カーイダとの関与が疑われており、暫定政権を推すアメリカとの対立は避けられなくなった。法廷連合の首都制圧にもっとも危機感を抱いたのは、隣国エチオピアであった。エチオピアは北隣のエリトリアと国境問題で対立しているが、エリトリアが法廷連合を援助しているとして、非常に危機感を持っていたのである。また、エリトリアとソマリアの両国はイスラム教国であり、イスラム教徒も多いとはいえ基本的にはキリスト教国のエチオピアは、原理主義の台頭は対立の再燃をもたらす火種となることは、容易に想像できた。法廷連合が首都を制圧した6月、国連はソマリアへの武器供与を禁じる決議を採択したが、エチオピアは7月に軍地上部隊数千人を暫定政権拠点のバイドアに展開しており、国連決議を無視して暫定政権軍への武器供与を行った。アフリカ連合はたびたび撤退を求めたが、アメリカが駐留を支持した為、エチオピア軍は駐留と武器供与を続けた。
2009年は、J2のクラブ数が18になったことを受け、J1・J2入れ替え戦が廃止され、J1への昇格はJ2上位3チームの自動昇格方式となった最初のシーズンだった。18チーム3回戦総当たりとなったこの年は、C大阪、仙台、湘南、甲府の4チームが序盤から抜け出し、対戦が一巡した第17節終了時点で4位甲府と5位水戸ホーリーホック（水戸）との勝ち点差が既に6あるという「4強」状態となり、この4チームの間の順位が入れ替わりながらそのままシーズン終盤までもつれ込むことになった。湘南は一時は首位に立つものの第28節から4連敗するなど調子を落としてじりじりと順位を下げ、甲府は負けは少ないものの勝ちきれない試合も多く、第24節からの11試合で4勝4分3敗と波に乗りきれないなど、各チームとも中盤では勝ちきれない試合も多く混戦が続いたが、終盤にかけて第33節からの6戦を5勝1分けの無敗で一気に勝ち点を上積みした仙台と第36節から無敗を続けるC大阪がそれぞれ一歩抜け出す展開となった。11月8日に開催された第48節、C大阪はホームでザスパ草津（草津）に5-0と大勝して12戦無敗（9勝3分け）で勝ち点を101まで伸ばす。この時点でC大阪は甲府・湘南の勝ち点を下回る可能性がなくなり、J1昇格を自力で勝ち取った。仙台は「自身が勝利し、甲府・湘南がともに引き分け以下であれば昇格確定」という条件の中、アウェイにて4-0で水戸に勝利。甲府がアビスパ福岡（福岡）に1-2で敗戦、湘南が東京ヴェルディ（東京V）に2-2と引き分けたことで仙台の昇格も確定した。これにより、昇格残り1枠は甲府と湘南の争いになった。