しかし、戦略的意味として見たときのコンパス作戦は完全な勝利では無かった。イタリアは依然としてリビアの大部分を支配し、これを対処する軍事力を保有していた。北アフリカにおける枢軸国の足掛かりは、この状況が続く限り潜在的脅威としてエジプトとスエズ運河に残ると思われた。この点を理解していたオコーナーはウェーヴェルに対し、イタリアへとどめを刺すためにトリポリ制圧の許可を促している。ウェーヴェルは当時キレナイカ軍政府総督だった ヘンリー・メイトランド・ウィルソン中将と合意し、第13軍団は進軍を再開した。しかし、オコーナーの新たな攻勢は短期間で終わることとなった。彼の軍団がベダ・フォムの南西に位置するエル・アゲイラに到着したとき、ウィンストン・チャーチル首相がその進軍の中止を命じたからである。ちょうどこの頃、枢軸国がギリシャで戦闘を繰り広げており、ウェーヴェルはこれに反抗するため出来る限り速やかに実働可能なすべての軍を送るよう命じられた。彼は第6オーストラリア師団を第7機甲師団の一部や大部分の補給、航空支援とともに引き抜いたが、これが最終的に作戦を運命付けることとなった。第13軍団の司令官を離職したオコーナーは、1941年2月にエジプト駐留軍司令部最高司令官に任じられた。間もなく、イギリスにとってさらに悪い状況へ陥ることになる。1941年3月までに、ヒトラーはリビアのイタリア軍を支援するためエルヴィン・ロンメル将軍率いるドイツアフリカ軍団を送り込んできた。ウェーヴェルとオコーナーは、狡猾で機知に富み、大胆不敵にして「砂漠のキツネ」とあだ名された指揮官のもとにある強敵と直面した。ロンメルはやや時間を置き、3月31日から攻勢を開始した。経験の浅い第2機甲師団は完膚なきまで打ち負かされた。4月2日、ウェーヴェルは当時キレナイカのイギリス本国と英連邦軍司令官を務めていたフィリップ・ニーム中将（ウィルソンは連合軍のギリシャ遠征軍司令官に異動している）と問題の検討を行った。連絡を受けたオコーナーは翌日カイロより至ったが、一般的事情へ精通していないとしてニームの指揮を拒否している。しかし、彼から助言を得ることには同意した。4月6日、オコーナーとニームはマラウアからティミミに後退した最高司令部へ向かっていたが、その最中マルツバ付近でドイツの捕虜となった。
1920年にキャンバリー参謀大学へ入学。オコーナーはそれ以外にも、戦間期の1921年から1924年までジョン・フレデリック・チャールズ・フラーの指揮下にあった試験旅団（或いは第5歩兵旅団）の旅団副官を務めている。この旅団は歩兵や砲兵とともに、戦車や航空機を総合的に運用するための方法や手順などを試験するための部隊である。1924年2月、オコーナーは副官としてキャメロニアン・スコットランド・ライフル連隊に着任した。副官自体は1925年まで務めている。その後、1927年までサンドハースト王立陸軍大学の中隊長を、1927年10月から1930年1月までキャンバリー参謀大学の指導教官を務めた。翌月以降、オコーナーは再びキャメロニアン・スコットランド・ライフル連隊第1大隊に戻り、エジプトへ、次いで1931年から1932年までインドのラクナウへ赴いた。1932年4月から1935年1月まで一般幕僚として戦争省に入省。同年、ロンドンの王立国防大学に入学した。1936年4月にオコーナーは大佐へ昇進し、北西インドを拠点としていたペシャーワル旅団の指揮を執るためさらに臨時准将に任じられた。1938年9月には少将へ昇進し、イギリス委任統治領パレスチナの第7歩兵師団司令長官に就任。イェルサレムの軍政府長官としての責任を負った。彼のパレスチナでの活躍は至急報で伝えられた。第二次世界大戦が勃発する直前である1939年8月、第7歩兵師団はエジプト・マルサ・マトルーフの要塞へ移動した。オコーナーは、リビアとの国境に置かれていた大規模なイタリア第10軍による攻撃の可能性に触れ、この地域を防衛することに懸念を示していた。その年の11月、第7歩兵師団は第6歩兵師団として再編されている。
業務用の初代『ヴァンパイア』（以下、初代）の発売当時と、業務用『ヴァンパイア ハンター』（以下、『ハンター』）の発売以降では大きく設定が変更されている。業務用の初代では、恐竜を絶滅に追い込み、その時代に終止符を打ったキラーマシーンという設定。異星人によって「地球上の全生物の抹殺」をプログラムされ、その目的で製造されたフォボスたちだが、後の地殻変動でその全てが地中深くで眠っていた。パイロンの来襲の影響によって起動した一体が、かつてのプログラムを実行するため動き出す。業務用『ハンター』以降では、究極の番人として古代マヤ人によって作られたという設定に変わり、「中央アメリカを邪悪な者から守る」というプログラムの元、来襲したパイロンの存在を感じ取り起動、メキシコのテオティワカン遺跡から飛び立つ……と、いったものになっている。そのエンディングでは、遺跡に戻って自己修復の後、眠っていた多くの同型機と共に新しい主を求めて宇宙へ飛び立っていく。なお、業務用『ハンター』以降に発売されたPlayStation版初代の取扱説明書では変更後の設定が記載されており、『ヴァンパイア ダークストーカーズコレクション』（以下『ダクコレ』と表記）収録の初代でフォボスをプレイヤーが使用した場合も、『ハンター』同様パイロンの抹殺を目的とした個体も存在することがエンディングで明らかにされている。また、『ALL ABOUT ヴァンパイア』によれば、フォボスの製作技術を古代マヤ人に伝えたのは異星人という推測が記されている。マヤで発掘された遺跡の中には6万5千年前のものも混在しており、古代マヤ人は太古から存在した超科学文明の産物を利用したにすぎないという考察もある。『セイヴァー2』と家庭用『セイヴァー』では、遺跡に迷い込んだ古代マヤ人の血を引く少年セシルを守るために起動したという設定。家庭用『セイヴァー』のエンディングでは、最後の戦いの後に壊れてしまうが、「少年を守る」という命令コードが持続していたことで多数の同型機が起動、全ての生命体を保護対象と敵とに区分し始める。なお、家庭用『セイヴァー』では、パイロンがフォボスの創造主であることを示唆する発言をしている。外見は遮光器土偶に似た頭部を持つ黄金色のロボット。肩部は巨大な球形をしており、手はミトンのような親指以外がつながった手の構造をしている。体表の装甲は液体金属なのか、フォボスの動きにあわせて様々な形に変形することが出来る。ロボットのため、自我が乏しく、プログラムどおり動くマシンそのものというキャラクターに設定されている。そのため、勝利後の台詞も平仮名の部分を全て片仮名に変えた文体で喋り、『セイヴァー』以降は文頭に「》」という記号がつけられている。ホームステージは、『ハンター』まではアステカの遺跡内部。バックで巨大なフォボスが動いており、更に後方には何体ものフォボスが収納されている。『セイヴァー』以降は設定されてはいないが、『ハンター2』では必ず中ボスとしてパイロンの直前に出現するので「IRON HORSE, IRON TERROR」に登場する。『NAMCO x CAPCOM』では、ザベルによって量産化され、彼の手下として登場する。複数体も存在するという設定に基づき、ザコ敵扱いで登場する。