19世紀と20世紀の大半を通じて、トマス・ジェファーソンの伝記作者たちは、ジェファーソンが奴隷によって子供たちの父親になったという話については、それに触れたとしても斥けてきた。通常、キャレンダーの告発は政治的な動機が強く調べるに値しないと片付け、マディソン・ヘミングスの出版された備忘録は有名な父親を主張することでその位置付けを持ち上げようとしただけだと切り捨てた。歴史家のウィンスロップ・ジョーダンは、その初期アメリカの人種問題に関する記念碑的著作『White Over Black』（1968年）の中で、ヘミングスとジェファーソンの関係をありそうなことで考慮に値すると取り上げ、ジェファーソンがモンティチェロにいると毎回サリー・ヘミングスが妊娠したと書いた。1974年に出たフォーン・ブローディによるジェファーソンの伝記では、ヘミングスの家族とヘミングスの妊娠したタイミングに関する追加証拠を集めたが、ブローディの心理学的アプローチに対しては強く反対する批評家がいる。デュマス・マローン、ダグラス・アデール、バージニアス・ダブニーなどの著者は、ブローディの議論に反論し、カー兄弟に関するジェファーソンの家族の証言を指摘している。バーバラ・チェイス＝リボーの小説『サリー・ヘミングス』、スティーヴ・エリクソンの小説『Xのアーチ』、マーチャント＝アイボリーの映画『ジェファソン・イン・パリ』のようなこの関係を扱ったフィクションの世界では、多くの読者（観客）を集め、多くの者を納得させたが、主流となる歴史家の多くは、ジェファーソンがいかなる奴隷とも性的関係があった可能性は薄いと主張し続けている。しかし1997年、法律学教授アネット・ゴードン＝リードは、議論や入手可能な証拠を検討した結果を『トマス・ジェファーソンとサリー・ヘミングス：アメリカの議論』として出版した。ゴードン＝リードは多くの歴史家たちがマディソン・ヘミングスの声明に対する賛否の証拠を評価するためにいかに二重基準を用いてきたかを指摘した。例えば、ヘミングスの彼の父親に関する声明は信頼できない口承と決めつけたが、ジェファーソン家に伝わった話は互いに矛盾したところがあり、文書による記録とも矛盾しているにもかかわらず信頼に値するとしている。歴史家たちはサリーの父親がジョン・ウェイルズであるという声明をほとんど具体的でない証拠に基づいて認めており、サリーの子供たちについてはさらに多くの証拠を要求している。DNA鑑定に従えば、アイラー・ロバート・コーツのような彼女の分析に対する批判者は、ウッドソン家が、ジェファーソンは彼らの先祖トマス・ウッドソンの父であるという大変強い口承を維持しているとも言うだろうが、それは鑑定の結果嘘だとわかった。ゴードン＝リードはマディソン・ヘミングスの主張を証明した文書記録を議論しているのではなく、歴史家達がそれを不公平に斥けていることのみを挙げていた。ヘミングスの子供たちの父親については、その答えはDNA鑑定を通じてより証拠を検討して出てくるものと書いた。
トマス・ジェファーソン自身は公にはこの問題についてコメントすることがなかったが、その発言は間接的な否定と解釈されてきた。例えば、ジェファーソンは異人種間結婚に対する反対意見を公衆の前で「彼ら（黒人）の他の色との混血は、この国を愛する者、人間の性格の優秀さを愛する者は誰も無意識に認めようとはしない退廃を生むことになる」と述べた。海軍長官ロバート・スミスに宛てた1805年7月1日付けの私的書簡では、ジェファーソンは連邦党の新聞で書かれた「告発」を全て否定し、ただし、1つだけ結婚する前に隣人のベッツィ・ウォーカーとの情事があったことは認め、ウォーカーの告発は「私に対する申し立ての中で唯一事実に基づくものだ」と言った。ジェファーソンは1806年にウィリアム・デュアンに宛てて、「私が恐れたり偽装したりするような事実は金輪際無い。しかし、秘密の中傷はそれが秘密だから武器を取り上げることはできない」と書いた。後に1816年、ジェファーソンはジョージ・ローガンに宛てて、大衆の注意が増えている事柄を否定し、「私は自分で半分罪があるように思うべきかも知れない。新聞の嘘に対する反論を見下したように書くか、私からの注釈で尊敬を引き出すかだ」と書いた。1826年、ジェファーソンはヘンリー・リーに宛てて、「私が恐れるか全世界に知られないで欲しいというような真実は存在しない」と書いた。
池袋 - 渋谷間の地方鉄道敷設免許は、同じ第13号線の和光市 - 成増間の申請とともに1975年9月2日に認可申請をしていた。しかし、翌1976年8月11日に和光市 - 成増間の敷設免許は交付されたが、池袋 - 渋谷間の地方鉄道敷設免許の交付は保留となり、以来は免許申請中状態が続いていた。その後、政府は長引く不況への景気回復策として1998年11月に緊急経済対策を策定し、翌月に補正予算の編成を行った。そして、地下鉄13号線については整備による地域経済の活性化、雇用の拡大などによる景気回復に有効である、との理由から建設予算の確保に至った。この補正予算の編成に合わせ、当時の帝都高速度交通営団（営団地下鉄）は池袋・新宿・渋谷といった3大副都心への重要なアクセス、JR山手線・埼京線に対する混雑緩和へ寄与するなど、建設によるメリットが大きいことから地下鉄13号線の建設を進めることを決定した。このため、1975年以来申請中であった地方鉄道敷設免許→改正により第1種鉄道事業免許の追加申請を1998年12月17日に実施した。そして、1999年1月25日に池袋 - 渋谷間の第1種鉄道事業免許を取得した。その後、各種手続きを経た2001年6月15日に同区間の建設が開始された（2004年4月1日に営団が民営化され建設は東京地下鉄に継承）。また、同時に有楽町線新線部分に千川駅と要町駅を設置する工事も着工された（将来の駅設置に向け、有楽町線新線開業時から千川・要町両駅では準備工事がなされていた）。池袋 - 渋谷間の建設に当たっては、営団地下鉄が1951年の丸ノ内線建設を施工して以来、半世紀にわたり培ってきた地下鉄建設技術を集結させた上、各種の新技術を採用した。このことから「環境負荷低減への積極的な取り組み」「建設コストの削減」「建設工事に関する沿道とのコンセンサス形成」の3点に重点を置いて建設を行った。本区間で新設した7駅のうち、雑司が谷駅と西早稲田駅は駅シールド工法で建設されており、それ以外の駅は開削工法で建設されている。東新宿駅は急行待避線を設置する関係で2段構造の駅としている。また、新宿三丁目駅構内には渋谷方からの折り返し用の引き上げ線が設置されている。本区間の建設にあたっては計10台のシールドマシンが使用された。駅間は池袋駅 - 新宿三丁目間が単線シールド構造、新宿三丁目 - 渋谷間は複線シールド構造を採用している。このうち、明治神宮前 - 渋谷間の複線シールドには新たに開発した複合円形複線シールドを採用した。このトンネルは従来の丸形シールドトンネルよりも上下方向に圧縮した楕円形の断面とし、土砂掘削量の削減やトンネル下部に使用するコンクリート材を減少させ、従来のシールドトンネルと同等のコストに抑えている。2007年1月24日、13号線の路線名を「副都心線」とすることが発表された。合わせて建設中の正式な駅名も発表し、池袋駅側から順に雑司が谷（雑司ヶ谷）、西早稲田、東新宿（新宿七丁目）、新宿三丁目、北参道（新千駄ヶ谷）、明治神宮前とした（カッコ内はそれまでの仮称）。