戸田氏教は事件を江戸幕府に届け、7月の終わりには、江戸の築地御坊の輪番（江戸在住の本山の役僧）が寺社奉行・脇坂安董の役宅へ呼び出され、事情聴取された。幕府は従来、寺社に対して教義や宗門の紛争などは黙認する方針だったが、事態が一向一揆に似た不穏な状況に向かったため介入せざるを得なくなった。脇坂安董は1802年（享和2年）11月、本願寺派本山に対し警告書を突き付けたため、本山は事態を収拾しようとして三業安心派の学林と対立するようになる。翌年の1803年（享和3年）1月、三業安心派の僧侶や門徒が本山に押し寄せ、安心（往生）に関わる権限を学林へ一任するよう強要し、槍を持って門主の室近くへ侵入する事件が起きた。諸国の古義派の門徒はこれを全国に訴え、幾度も公開討論を申し込んだり、門主の権限回復を求めたが、本山はこれを黙殺した。同年2月に古義派は智洞の能化解任を求め、大瀛とそれを支持する石見の履善（りぜん）、京都の春貞（しゅんてい）、河内の道隠などが上洛して、本山に論戦を挑んだことで京都は騒然とした。学林は本山の休講措置を無視して安居講会を開こうとして古義・新義の2派が対立したため、本山はこの処置に窮して京都所司代に訴え、所司代により同年4月、京都二条城で大瀛・道隠と智洞の討論が行われることとなった。さらに所司代は、5月に智洞や大瀛をはじめ、騒動に関わった40人余りに入牢を命じ、翌1804年（文化元年）1月、幕府は智洞・道隠・大瀛らを江戸に護送し、両派と本願寺役人、越中からも闡郁と義霜とを江戸に召喚し、寺社奉行所で討論させた。5月に古義派の大瀛が築地本願寺で客死し、翌年には智洞も獄中で死去し、その他の者も遠島に処せられた。
三業帰命説をめぐる論争は各地で巻き起こり、とりわけ信仰に関わる問題であることから門徒の間に動揺が走った。1801年（享和元年）には示威行動に出る門徒も現れ、京都所司代から内々で注意を受ける事態になる。大瀛は同年5月に『横超直道金剛錍』を刊行したが、発禁処分となった。本山は混乱するだけで事態を収拾することができず、翌年1月には美濃国大垣藩の門徒の百姓たちが一揆の出で立ちで本山に詰め掛けようと河原に集結する事件が起こった。これを受け、大垣藩主・戸田氏教は百姓たちの動揺を静めるため、本山に対して宗旨を整えて門徒の不安を一掃するように要請した。しかし、何ら手段が講じられないまま7月に入ると、大垣藩の門徒は再び集まり、代官に鎮圧された。
大阪では、最初に天満のメリヤス屋に奉公に入るが3日で飛び出し、次に写真の台紙屋に1年半住み込み丁稚となったが病に罹り辞め、暫く長兄宅の2階で静養していた。少しは足しにと釣に通うと、大阪瓦斯社員の人と仲良くなりその人を介して1905年（明治38年）工事人夫として採用されることになった。大阪瓦斯の工事で初めてエンジンと出会った。ガスエンジンであったが、エンジンの取り扱いを任されるようになった。ガス工事に慣れたところ、大阪瓦斯にゴム管を納めている会社に立ち寄ったところ表面がひび割れ大阪瓦斯から引き取りを断られたゴム管が大量にあり、販売を頼まれ工事仲間と共にかつての工事先を回り販売をし、結果的によく売れ終いには在庫全てを引き受けた。この経験から1万円貯めるには商売を行うしかないと決意した。1906年（明治39年）ガス管でひと儲けしたことから大阪瓦斯を退社し、翌年20歳になる年に兄の家も出自分で長屋を借り、偶にガス工事を請け負いつつゴム管ガス器具販売で独立し、1年で千円近く稼ぐ事が出来た。郷里から妹を呼び寄せたところ、長兄も子供一人を残して兄嫁が亡くなったため孫吉の家で一緒に暮らし仕事も共にすることになった。徐々に中古エンジンの修理・販売が仕事の多くを占めるようになり、1912年（明治45年）25歳になる年に、大阪市北区茶屋町に70坪の土地を借り、工員も7〜8人雇い『山岡発動機工作所』と言う修理工場を開いた。この間、独立して仕事を起こしたことから兵役も免除された。この頃大阪では水力発電所が建設され、ガス発電・ガスエンジンから電気モーターの時代に変わりつつあり、幾つかのガスエンジン関連会社が倒産したり、不要となったガスエンジンが市場に安く出回ったりしていた。孫吉は、これを好機と捕え動力用電気送電が行われていない地域やガス会社も無い地域に目を付け、市中の中古ガスエンジンを安く手に入れ修理し新品同様に直したり吸入式ガスエンジン（ガス発生装置をセットにしたエンジン）に改造したりして、電気送電が無い所にはガスエンジンを、ガス会社自体が無い所には吸入式ガスエンジンを販売し、大儲けをすることができた。第一次世界大戦が勃発すると更にガスエンジンの需要は増し、大戦が終結した1918年（大正7年）31歳の時に、孫吉は1万円どころか30万円以上の利益を上げていた。大戦終結後、不況となりガスエンジンも全く売れなくなったことから、一旦商売にけじめを付け、故郷へ帰ることとした。この間孫吉は、1915年（大正4年）28歳の時に、近所の薬屋の娘の世話で土肥淑乃を娶り、赤ん坊の長男がいた。家族で3ヵ月程故郷で遊び、その後大阪に戻ったが仕事は開店休業の状態が続いた。