舞台はアメリカ。本編から遡ること20年前、突如として発生した謎の寄生菌によって人類は絶滅の危機に瀕する。寄生菌のパンデミックにより文明が衰退していく中、都市は自然に飲み込まれ、荒廃した。人々は奇跡的に感染を逃れた「隔離地域」で暮らす。そこでは軍がすべての決定を下し人々を管理する。そして「治安の維持」という名目の下で感染が見つかった人や、窃盗や配給カードの偽造で捕まった人は処刑される。隔離された街から一歩外に出ると、いたるところで寄生菌に侵された「感染者」たちが蠢いている。彼らの形状は感染の進行度合いによって異なり、生存者を攻撃して感染を広げようとする。また、他の生存者たちの中には他人を脅かし攻撃することで資源を得ようとしている輩もいる。このゲームで本当に恐ろしいのは、感染者ではなく理性を失った人間であるとされている。作中でも、ジョエルの知り合いであるビルが「感染者は（人間と違って）行動が予測できる」などと語っている。
ある日突然謎の寄生菌のパンデミックが発生し、世界は荒廃していった。パンデミックから20年後、ブラックマーケットでの取引を生業とする主人公ジョエルは、武器取引を巡るトラブルに巻き込まれたことをきっかけに負傷した反乱軍の女リーダー・マーリーンから運び屋の仕事を頼まれる。その“荷”とはエリーというこの世界を救う鍵をにぎる14歳の少女。しかし受取先の反乱軍のメンバーは全滅。ジョエルは相棒も失い荒廃したアメリカを少女と二人で旅をして行く事になる。行く手には「感染者」の他、生き残るためには手段を選ばない略奪者たちとの戦いが待っていた。一方で様々な方法で生き残ってきた人々との出会いは彼らの旅に新たな希望と絶望をもたらす。旅の合間に発生する戦闘はサバイバルそのもの。人間の文明活動がとまった街は崩壊し水浸しになり緑が生い茂る。残酷であるが美しくもある。そんな中を絶望的な旅を続けていく二人。決して正義の味方ではないジョエルは敵に容赦はしない。自らの身を守り生き延びるには、殺し、奪わなければならない。エリーも自分の運命を呪いながらも戦い続ける。ジョエルとエリーは時に反発し合いながらも互いのピンチを助け合い、親子以上の信頼関係を築いていく。だが旅の終末に待っていたのは過酷な現実だった。反乱軍の元へと送り届けたが、反乱軍の目的はエリーを使ってワクチンを生成することであり、そのためにエリーは犠牲となって命を落とすということが判明する。ジョエルはエリーの手術を阻止するために反乱軍の病院を襲撃、マーリーンを射殺してエリーを取り戻す。二人はあてのない旅へと戻り、物語は幕を下ろす。
今作の世界観は、「菌類が種別を越えて寄生したらどうなる？」という問いかけからスタートしたといい、感染者のコンセプトは、昆虫に寄生し、養分を吸い取った後にキノコとして地上に発芽する冬虫夏草の生態からインスピレーションを受けたという。また、既存のゲーム作品より映画からの影響が強く、特にジョエル・コーエン、イーサン・コーエン監督のアカデミー賞受賞作、『ノーカントリー』を参考にしたという。他にはアルフォンソ・キュアロン監督の『トゥモロー・ワールド』（原題: Children of Men、人類の子供たち）や、ジョン・ヒルコート監督の『ザ・ロード』、テレビドラマ『ウォーキング・デッド』も参考にしている。
1643年、ルイ13世の死によって、ルイ14世がわずか5歳（4歳という説もあり）で即位、大后アンヌ・ドートリッシュが摂政、ジュール・マザランが実質宰相の座に着く。マザランはリシュリューの政策を継承し、貴族層と対抗、三十年戦争継続のための重税を課したため、貴族と民衆のいっそうの反発を買った。当時は売官制によって、民衆のうち富裕層が法服貴族として増加していた。法服貴族はパリ高等法院にも基盤を持ち、結果、民衆と貴族勢力が結合し宮廷と対立する背景となった。また、アンヌ・ドートリッシュがスペイン人、マザランがイタリア人であったことも反乱の一因といわれている。その後、イギリスで起こった清教徒革命も影響を与えた。1648年8月、マザランが高等法院のメンバーを逮捕したことをきっかけに、当初は民衆と法服貴族が蜂起。反乱軍はパリを包囲し、王宮内の当時10歳のルイ14世の寝室まで侵入。ルイ14世は寝たふりをして難を逃れたとされているが、翌1649年1月にルイ14世とマザランはパリを一時退去、サン＝ジェルマン＝アン＝レーへ避難せざるを得なくなった。ルイ14世の幼い時のこの体験が、後のヴェルサイユ遷都につながったといわれている。反乱軍はコンティ公アルマンを大将に推したが、コンティ公の兄で王党派のコンデ公ルイ2世の軍がパリを逆包囲して3月に一旦鎮圧するが、衆望を集めたコンデ公がマザランと対立して1650年1月にコンデ公が逮捕されると、憤慨した一族がブルゴーニュ・ノルマンディーなどで挙兵して国王軍が反乱鎮圧に出動、騒ぎが収まらないまま翌1651年2月にコンデ公は釈放、マザランはドイツへ亡命した。コンデ公はパリで権勢を振るい、反乱軍に加わってからは大貴族も含めた反乱に拡大した。しかし、反乱側は諸階層の利害の対立から内部分裂による自滅の道を歩み、コンデ公は9月にボルドーへ退去、地方に反乱を呼びかけると同時にスペインの援軍とも合流、宮廷もパリからポワチエに移動してパリは反乱軍に制圧された。1652年1月に亡命先からマザランが帰国、続いてテュレンヌ元帥とも合流を果たし国王軍の指揮をテュレンヌに委ねた。コンデ公は4月にスペイン軍と共にボルドーからパリを目指して北上し、テュレンヌと交戦しながらパリへ入城、7月にパリ郊外へ出てフォーブール・サン・タントワーヌの戦いで国王軍と激突した。戦闘はパリからアンヌ・マリー・ルイーズ・ドルレアンの迎撃で国王軍が怯んだ隙を付いてコンデ公がパリに撤退したため決着は着かなかったが、決定的な戦果を出せず反乱軍の期待に応えられないコンデ公は次第に孤立、8月にマザランが自主的に再度亡命したこともあってパリに国王帰還を望む雰囲気が出来上がっていった。そして10月にコンデ公がパリから脱出、入れ替わるようにルイ14世らが帰還し、11月にテュレンヌの追撃でコンデ公はスペイン領ネーデルラントへ亡命、1653年2月にマザランがパリへ戻り7月にボルドーが国王軍に鎮圧され反乱は終息した。以後フランスは貴族勢力の打倒により絶対王政へ進むことになる。