のちの第一次中東戦争であるイスラエル独立戦争の気運が高まるとともに、イルグンはアラブという共通の敵に対抗するためハガナー、レヒ（Lehi）などと共闘することになる。彼らの主な戦場はヤッフォでの戦いやヨルダン軍によるエルサレムユダヤ人居住区包囲などであった。1948年4月の9日、イルグン、レヒはパレスチナ人の住むデイル・ヤシーン村（Deir Yassin）を敵の軍事拠点があるという理由で襲撃し、多数のパレスチナ人死者を出した（デイル・ヤシーン事件）。そして同年5月14日、イスラエル独立宣言の後6月1日、ベギンはベン＝グリオン率いる暫定政府に対してイルグンを解散し、5月28日の政令4号によって正式に新しく創設されたイスラエル国防軍（IDF）に統合する協定に一度はサインをした。しかし、新しく出来たIDFに対して反発するメンバーは自分たちのチャーターした輸送船「アルタレナ号」を使って政府に秘密で武器の輸送を行っていた。協定に従えばすべての武器はIDFが管轄しなければならないため、政府は彼らに対して武器の引渡しを要求した。ベギンはこれに反発したが、ベン＝グリオンは国家としての威信を果たすため軍に船を攻撃するよう指示し、テルアヴィヴの湾岸でイルグンメンバーとIDFが衝突することになる（Altalena Affair）。結局アルタレナ号はIDFの砲撃を受け撃沈し、以降イルグンは政府の指揮下に置かれる事となった。このときのイルグンの行動について後にベギンは衝突が内戦化するのを避けるため、自分がメンバーに反撃しないよう命令したと語っている。また、政府のアルタレナ号への攻撃については正義に反する行為だったとも評している。しかし、シュチェチン生まれでイギリスに難民として渡り、アルタレナにベギンと共に乗船していたジョン・アルトマンの回想によれば、ベギンは興奮した様子で「この船と一緒に沈みたい」と口走っていたが、船長はこの船はあくまで浮かべておくのだとベギンを説得し、船長はベギンを文字通り海中に投げ込んだという。その後も船内で爆発が続き、煙が立ちこめ、金属の甲板が熱くなり足をやけどしそうになったため全員が海中に飛び込み、岸に向かって泳いだと語っている。
1939年の9月、ナチスドイツによるポーランド侵攻を受けてベギンは人口の40％をユダヤ人が占め、YIVOが置かれているリトアニア共和国のビリニュスに亡命する。しかし1940年6月、リトアニアはすぐにソ連軍に侵攻され、多くのユダヤ人とポーランド人（当時のビリニュスの人口はほとんどがポーランド人で占められていた）が連行された。1940年9月20日、ベギンは『イギリス帝国主義の扇動』を理由に8年の禁固刑を言い渡され、強制収容所に送られた。1941年の6月にはロシア北部のペチョラの強制労働収容所へ移り、1942年の5月まで過ごした。ベギンの手記「White Nights」にはこのペチョラでの尋問や生活の体験が描かれている。1941年の7月、ドイツ軍によるソ連軍攻撃（バルバロッサ作戦）の後にポーランドとソ連のあいだで交わされたシコルスキ＝マイスキー協定（Sikorski-Mayski Agreement）がロンドンで採択されると強制収容されていたポーランド人やユダヤ人が解放され、その中にはベギンも含まれていた。シコルスキ＝マイスキー協定によってソ連領内につくられた東部ポーランド軍のヴワディスワフ・アンデルスの部隊（Army of Anders）への入軍を経て、1942年の8月にソ連から離れ、ペルシア回廊を経由してパレスチナに到着したベギンは、そこで再びバタルの委員メンバーになることと、イルグンに入隊することを要望された。だがヴワディスワフ・アンデルスに軍人としての宣誓を誓い、通訳の仕事も努めていた彼は最初この申し出を断った。しかし、ベギンの退団が認められたためベギンはイルグンに入隊することになる。これにはイルグン側のポーランドに対する何らかの干渉があったとする説もある。ベギンの家族は1941年6月、他のブレスト・リトフスクにいた約5000人のユダヤ人同様ナチスにより捕らえられ、父親は収容所に送られることも無く射殺、もしくは川に沈められた。また母親と兄のヘルツルもホロコーストにより殺害されたという。
AIDS流行の最初期、アメリカ疾病予防管理センター (CDC) のウィリアム・ダロウらのチームは、「ペイシェント・ゼロ」から伝染が起きたというシナリオを考えていた。発表された疫学研究は、「ペイシェント・ゼロ」がどのようにヒト免疫不全ウイルス (HIV)を複数のパートナーへ感染させたか、そして彼らがさらに別人に感染させ、このウイルスがどれだけのスピードで全世界に広がったかを示すものだった (Auerbach et al., 1984)。CDCは、カナダ人のガエタン・デュガがヨーロッパからアメリカへウイルスを持ち込んだキャリアで、有料発展場で別の男性へ感染を広げたと特定した。ジャーナリストのランディ・シルツはダロウの発見に基づいてペイシェント・ゼロに関して書き、1987年に発行した著書『そしてエイズは蔓延した』の中で、デュガこそがペイシェント・ゼロだと特定した。シルツの著書に拠れば、客室乗務員だったデュガは北アメリカの複数の都市で乱交を行っていたという。デュガはゲイ男性間のHIV感染を広めた人物として、長年「マス・スプレッダー」（英: "mass spreader"）と中傷された。4年後、ダロウは研究のメソッドと、シルツが結論に至った過程を批判するに至った。2007年に投稿された論文では、遺伝子解析に基づき、現在北アメリカで流行しているHIVの系列は、アフリカからハイチを辿って1969年頃にアメリカへ入ったものと推定され、そのソースは1人の移民だったと結論付けられている。しかしながら、ミズーリ州セントルイスでAIDS合併症により1969年に死亡したロバート・レイフォードは、1966年以前にHIV感染したと考えられており、北アメリカのHIV系列最初期のキャリアとされている。これにより、デュガが北アメリカにHIVをもたらしたという汚名は晴らされることになった。現在「ペイシェント・ゼロ」の単語は、感染症アウトブレイクが起こった際の初患者や、コンピューター・ウイルスの初感染例を指す言葉としてメディアで使われるほか、より広い意味では、広範な影響を及ぼす企画や行動の源泉を指す言葉としても用いられる。ロンドン衛生学・熱帯医学大学院の感染症疫学者であるデイヴィッド・ヘイマンは、ペイシェント・ゼロを見つける重要性について問われ、「ペイシェント・ゼロを見つけることが重要な例もあるが、それは患者がまだ生きていて病気を蔓延させている時に限る。大概の場合、特に病気の大きなアウトブレイクの場合、そういうことは必要無い」と述べている。