トラウトマン和平工作は太平洋戦争へ至る重大な政策の過程であったにも関わらず、日本近代史ではあまり取り扱われない事柄である。これ以降、中国側の呑めない過酷な条件により和平が出来ず、1938年1月の近衛声明（「国民政府を対手とせず」）で、2年間半近く日中関係は最悪の状態になった。しかし、1940年に行われた桐工作では条件を緩和させ、蒋介石、板垣征四郎、汪兆銘の三者が参加する大物会談に発展する和平工作になった。しかし桐工作の条件である華北への日本軍の防共駐屯は蒋介石が断固として反対し、交渉中に成立した第2次近衛内閣で陸相に就任した東條英機も日本陸軍の中国からの無条件撤退に断固として反対した。
事変の収拾に関する日本政府の基本的立場は、あくまで日中間の問題として解決し、第三国の斡旋や干渉を排除するというものであった。しかし、9月に入り、長期戦の様相となると、軍事目的の達成に応じて「第三国の好意的斡旋」を活用する和平も視野に入ってくる。まず名乗りをあげたのはイギリスであった。9月中旬、新着任のロバート・クレイギー駐日大使が仲介の可能性について広田外相に打診を行い、広田は具体的な和平条件を提示している。それは、華北の非武装地帯の設定、排日取締りと防共協力を条件に華北政権の解消と国民政府の行政容認、満州国の不問などであった。これらの条件は蒋介石に伝えられたが、国際的な圧力や制裁を期待する蒋は受諾に否定的であった。このとき国際連盟では、中国政府の提訴を受け9月中旬から日中紛争を審議中であった。
当時、ドイツは中国に軍事顧問を派遣するなど友好関係を築いていた（中独合作）。ゆえに中国権益の保護には大きな関心を抱いており、また日本の目が中国に向かって北方のソビエト連邦から逸れるのは望まざるところであったので、和平工作の仲介に乗り気であった。盧溝橋事件以降、緊迫した状態の中で第二次上海事変が勃発した。その中で日本は船津和平工作を踏襲した和平工作を行おうとした。同時期の政府の四相は首相の近衛文麿、外相の広田弘毅、陸相の杉山元、海相の米内光政であり、和平工作打ち切りの当事者である。本和平工作の特徴として、陸軍の参謀本部のトップである参謀次長多田駿中将以下が終始停戦・交渉・和平を強く主張し、政府と海軍および陸軍省らがそれを阻止し和平を打ち切るという、戦後の一般的なイメージ（陸軍悪玉論・海軍善玉論）とは逆の構造となっている。つまり日中戦争は満州事変での関東軍の暴走と違い、政府と海軍が後押ししており、必ずしも陸軍単体の「下剋上」「暴走」ではなかったと言える。
1972年10月号に『別冊少年ジャンプ』（集英社）の漫画家自伝企画の第2弾として掲載された、中沢の自伝的漫画『おれは見た』を元に、脚色を交えて『週刊少年ジャンプ』（集英社）1973年25号から連載が始まった。中沢は自分の思いを完全に伝えるため、妻を除いて専属のアシスタントを一切使わずに描き上げた。『週刊少年ジャンプ』は当時既にアンケート至上主義、すなわち読者アンケートの結果による人気番付を重視しており、アンケートによる人気番付が低い状態が続けば即打ち切りのスタイルを取っていた。人気作品が連載されている中で『はだしのゲン』は一定の人気は保っていたものの、当時の子どもへの受けはあまりよいものとは言えなかった。しかし当時のジャンプ編集長であった長野規は自らアンケート至上主義を打ち立てながらも中沢が望めば紙面を割くなどして全面的にバックアップし、1年以上の連載を続けることができていた。しかし、折しもオイルショックの紙不足によって『ジャンプ』の全体のページ数が減らされ、連載後期はたびたび休載を余儀なくされる。その後、それまで『ゲン』のサポートを続けてきた長野の栄転により、1974年39号にて連載は終了。この連載終了について、担当編集者だった山路則隆は「中沢は連載当初に予定していた所期の目的を達成できたため、一度連載を終了させた」と証言しており、中沢は『ゲン』の後はまったく路線の違うエンターテインメント作品の連載を希望していたという。中沢自身は前記のページ数減少により、描きたいことが十分描けなくなったことを連載終了の要因として挙げている。巻頭カラーは第1話のみで、アンケートで選ばれた上位10人が読み切り掲載権を獲得する1974年度のジャンプ愛読者賞では20人中13位と選に漏れた。当初、集英社は単行本の発刊を見送った。この背景について前記の山路則隆はその当時は連載漫画はよほど人気がなければ単行本化する状況にはなく、本作は連載時の人気が非常に高いとはいえなかった（ので単行本化の対象とならなかった）と述べている。中沢自身は（伝聞として）単行本化の話はあったが、上層部が「連載ならよいが単行本になると社名に傷がつく」という理由で出なかったと記している。作品として続く可能性が絶たれたかに見えた本作に、朝日新聞記者だった横田喬が「原爆について知りたい」と興味を示して中沢の自宅を訪れ、生原稿にすべて目を通した上で、記事として取り上げることになった。だが、本がなければ新聞に載せても読まれないという理由から、横田が探し出して紹介した汐文社による単行本の刊行が決まる。中沢自身は汐文社は漫画評論家の石子順からの紹介だったと記している。1975年3月18日付の朝日新聞夕刊社会面に「原爆劇画、単行本に」と題した横田の記事が掲載され、2カ月後の5月に汐文社版全4巻の単行本が刊行された。この記事と単行本により、本作は大きく注目を集めることとなる。当時「漫画は低俗なもの」とされていたにもかかわらず大江健三郎の激賞を浴び、その後『ジャンプ』の主な読者層である少年のみならず大人の間においても浸透し、ベストセラーとなる。また、これも横田の紹介により『市民』誌にて続編が連載されることとなる。なお、ジャンプ掲載分では、一時期のみ「麦っ子たち はだしのゲン戦後編」（むぎっこたち はだしのゲンせんごへん）のタイトルで掲載されていた。