1894年から翌1895年にかけて清と日本との間で行われた日清戦争にも清は敗退した。これは洋務運動の失敗を意味するものであった。この戦争の結果、伊藤博文・陸奥宗光の日本と李鴻章を代表とする清朝との間で下関条約が結ばれ、清は台湾を日本へ割譲した他、李氏朝鮮の独立を認めた。これにより、中国の歴代王朝が長年続けてきた冊封体制が崩壊した。その後、清朝は改革を進めようとしたものの、沿岸地域を租借地とされるなどのイギリス・フランス・ロシア・ドイツ・アメリカ合衆国・日本による半植民地化の動きは止まらなかった。
18世紀が終わるまでには、清とヨーロッパとの貿易はイギリスがほぼ独占していた。但し、当時イギリスの物産で中国に売れるものはほとんどなく、逆に中国の安いお茶はイギリスの労働者階級を中心に大きな需要があったこともあり、イギリスは貿易赤字に苦しんだ。そこで、イギリスは麻薬であるアヘンを中国に輸出し始めた。結果、イギリスは大幅な貿易黒字に転じ、中国にはアヘン中毒者が蔓延した。この蔓延を重く見た清朝政府は、1839年に林則徐に命じてアヘン貿易を取り締まらせた。しかし、これに反発したイギリス政府は清に対して翌1840年宣戦布告した。アヘン戦争と呼ばれるこの戦争では、工業化をとげ、近代兵器を持っていたイギリス軍が勝利した。これ以降、イギリスを初めとするヨーロッパの列強は清に対し、治外法権の承認、関税自主権の喪失、片務的最恵国待遇の承認、開港、租借地の設置といった不平等条約を締結させ、中国の半植民地化が進んだ。また、不平等条約締結の過程で清は、外満州やトルキスタン、香港島・九龍半島、マカオ等の自国支配地域を列強に割譲させられた。国内的には、太平天国の乱などの反乱もしばしば起きた。これに対し、同治帝（在位1861年 - 1875年）の治世の下で、ヨーロッパの技術の取り入れ（洋務運動）が行われた。
17世紀後半から18世紀にかけて、康熙帝・雍正帝・乾隆帝という3人の賢帝の下で、清朝の支配領域は中国本土と中国東北地方・モンゴルのほかに、台湾・東トルキスタン・チベットにまで及んだ。この清の支配領域が大幅に広がった時期は、『四庫全書』の編纂など文化事業も盛んになった。しかし、これは学者をこのような事業に動員して、異民族支配に反抗する暇をなくそうとした面もあった。
17世紀初頭には、満州でヌルハチが満州族を統一した。その子のホンタイジは満州と蒙古を征服し、1636年には蒙古人から元朝の玉璽を譲られ、清朝を建国した。李自成が明を滅ぼすと、清朝の軍隊は万里の長城を越えて中国本土へ進出し、李自成の軍隊を打ち破り旧明の遺臣を取り込みながら中国全土を支配下に置いた。
明の滅亡後、明の皇帝一族と遺臣によって南明が華中・華南で立てられたが、華北から南進してきた清朝によって短期間で滅ぼされた。南明の滅亡後も鄭成功が台湾で東寧王国を建てて清朝に抵抗したが、こちらも短命に終わった。
また、皇帝による贅沢や多額の軍事費用の負担は民衆に重税となって圧し掛かってきた。これに対し、各地で反乱がおき、その中で頭角をあらわした李自成が1644年に明を滅ぼした。
明代の後期には、メキシコや日本から大量の銀が中国に流入し、貨幣として基本的に銀が使われるようになった。そのため、政府も一条鞭法と呼ばれる税を銀で払わせる税法を始めた。また、清朝に入ると、人頭税を廃止し土地課税のみとする地丁銀制が始まった。また明清両代ともに商品経済が盛んになり、農業生産も向上した。中国南部沿岸には、倭寇と呼ばれる海上の無法者たちが襲撃を重ねていた。これは、海禁政策で貿易が自由にできなくなっていたためである。倭寇とモンゴルを併称して「北虜南倭」というが、北虜南倭は明を強く苦しめた。
神崎が接触したマフィアのボスで武器商人のジュゼッペ・ファリーナは武器販売の拡大計画の一環として地上空母を建造。試験運用と運用データ収集のためにアスラン王国内へ密かに潜入していた。地上空母の運用試験相手となったのは正規軍のヘリ基地、エリア85。シンやグレッグらはエリア85への協力するよう派遣されるが、その任務の最中にシンは地上空母からの対空ミサイルに撃墜され、両脚を負傷して捕虜となる。シンの消息を探るため同じく飛行中に撃墜されたミッキーと共に脱出するが、二人はジュゼッペのかけた二重の罠に陥っていた。アスランに帰国したサキは核兵器をも搭載可能なB-1爆撃機と共に欧州で情報を掴んだ地上空母との戦いに臨む。シンは回復を待って戦線に復帰。砂漠に自在に姿を隠す地上空母の脅威はエリア88を脅かす。マッコイの入手した熱源トレーサーで地上空母探索に当たるシンは地上空母の最終兵器で地中ミサイル「グランドスラム」を探知する。刻一刻と迫るグランドスラム着弾。シンたちはあらゆる手段で阻止作戦を行うが流砂に乗って基地付近で停止したグランドスラム誘爆のため、エリア88は深刻な被害を被る。王都に向けて放たれたグランドスラム対応のためサキを乗せて飛ぶシンは、サキからギリシャ訓練基地への転属を命じられる。だが、サキへの恩義と間近に迫るグランドスラムの脅威からアスランを救うためシンは残って戦うことを選択する。皮肉にも涼子がアスランを訪れていた。二発目のグランドスラムは不慮の事故で失われ、それを大がかりな陽動としてエリア88が占拠される。仲間たちと共に地上空母撃沈に出撃するシン。だが、一連の戦いで多くの戦友が失われ、部隊としての機能を失ったエリア88はギリシャ訓練基地での再編を余儀なくされる。