カタルーニャ地方のミゲル・トーレス社は、個人所有のワイン生産者としては世界最大の生産量を誇る。ミゲル・トーレス社はスペイン最大のDO認定ワイン生産者であり、商品を140か国以上に輸出している。ミゲル・トーレス社はカタルーニャ州のペネデスを拠点としているが、チリの中央渓谷、アメリカ合衆国・カリフォルニア州にもワイナリーを持つ。プリオラートではアルバロ・パラシオス、ルネ・バルビエのクロス・モガドール社などが知られている。1877年にリオハに設立されたロペス・デ・エレディアは現在でも家族経営を続けており、現存する家族経営の生産者としてはリオハ最古である。650ヘクタールのブドウ畑から年間8,000キロリットルのワインを生産するファウスティーノ社は、リオハ産ワインの輸出量の4割を占める、リオハ最大規模のワイン生産者である。20世紀半ばに事業を急拡大し、リオハのほかにラ・マンチャなどにも進出している。1879年に設立されたCVNE（クネ）社もリオハ最大規模のワイン生産者であり、2004年にはフェリペ皇太子とレティシアの結婚式で「インペリアル1994」が使用された。リベラ・デル・ドゥエロのベガ・シシリア社は、長らく「スペイン唯一の高級酒」と呼ばれた「ウニコ」を生産している。同じくリベラ・デル・ドゥエロのドミニオ・デ・ピングス社の「ピングス」はスペイン最高値で有名である。カバの大部分はフレシネ社、コドルニウ社、カステル・ブランチ社（フレシネ社傘下）の大手3社が生産しており、フレシネ社はスパークリングワイン生産者としては世界最大である。フレシネ社を中心とするグループはカバの約7割、コドルニウ社はカバの約2割を生産しており、いずれも世界各地にワイナリーを持っている。ゴンサレス・ビアス社は最大規模のシェリー生産者であり、「ティオ・ペペ」はフィノの代名詞といえる銘柄である。1772年創業のオズボーン社は現存する世界最古のワイン生産者のひとつであり、オズボーンの雄牛の看板でも知られる。
従来のアトリエシリーズは主人公の最初にいる街にアトリエを拠点として構え、そこから周囲の地域に素材の採集に出かけ、アトリエに帰って調合をするという流れだった。本作では特定の拠点を持たず、旅先でテントを立てて、そこに一時的なアトリエを構えることになる(次作にはこのようなシステムは採用されていない)。また、雪原では防寒具を着たり、高温の地域では薄着になったりと、主人公の衣装を変更できる。又、今作では4作ぶりにアトリエに入っただけではパラメータが全快しなくなった。仲間を加える際はこれまた4作ぶりに仲間に直接話しかけなければならなくなった。その後も「アーシャのアトリエ」までのように仲間に会う毎に話しかけなければならない。ただ、パーティーメンバーを幾人か待機させて置く事も可能(当初は一人まで、公認試験合格後、ソフィーとプラフタが加入した後は三人まで)。尚、リアーネ、ソフィー、プラフタとは別れる事は出来ない(別れる為のコマンドは選択肢に表示されるが、選択しても拒否される)。武器は今作ではシリーズで初めて、フィリス以外は二つまで装備可能になった。二つ以上装備していると、スキルコマンドの「サブ武器」メニューからその武器専用のスキルを選んで使用可能。又、使用アイテムは前作では一人につき五つまでと装備数が決まっていたが、今作では「シャリーのアトリエ」以来二作ぶりに専用の装備システムが導入され、そこにアイテムを装備可能になった。装備さえしていれば各キャラがそれを使用可能(ただし錬金術師以外のキャラは使用アイテムに制限がある)。更に今回はそれまでの「装備枠」の概念は無く、1マスにつき1つ装備が可能になっており(このマスはゲーム中で経験を積むと増えていく)、利便性は向上した。アイテムの使用回数補充の機能も健在で、今作には前作でその役割を担っていたコルネリアは登場しないが、公認試験に合格しソフィー達をパーティーメンバーに加えた後にソフィーからコルネリアを模した人形が渡され、それを使うとアイテム補充が可能になる。仕組みは彼女の好物でもあったミルクを渡すと、アイテムを使用後にアトリエに入った後に自動で回数が全快(但しミルクを渡す以前までに消費した使用数は含まない)するというもの。ただしミルクが切れると補充はされなくなる。ミルクは通常の方法では入手出来ない為、店で購入するしかない。調合システムは前作『ソフィーのアトリエ』と同様だが、新たに乗り物などを作る「超弩級調合」が追加される。又、黄昏シリーズのように錬金レベルが一定になっていなければ調合が行えなくなっている。前作は期限が無かったが、本作ではエルトナの街から自由に外出できる様になる条件を達成するまでには一年間の期限があり（錬金術を覚えた以降、最初に街の外に出るために30日以内に目標を達成する条件もある）、その目標をクリアすると無期限にプレイできるようになる。又、クリア後のエンディング分岐、クリアデータ引継ぎの要素が復活し、二作ぶりに周回プレイが可能になっている。各エンディングを選択した場合のスタッフクレジットの際には、当初は前作同様スキップは出来なかったが、アップデートにより実装された。又、今回のトゥルーエンドはある程度グランドエンディングを解禁する事が開放条件だが、別に全てのグランドエンディングを開放しなくても開放される。戦闘のシステムはターン制であった前作と異なり、従来のように一人一人に攻撃・回復技を入力して行動させる物に戻った。これにより再び作戦を立てやすくなった。「アーシャのアトリエ」以降に定着していた、必ず最後に倒さねばならない「ラストボス」が「メルルのアトリエ」以来、5作ぶりに廃止となった。又追加のパーティーメンバー、水着コスチュームの有料配信が2作ぶりに復活。しかも追加パーティーキャラはシリーズで初めて、本編完成時点では本編未収録だったキャラクターである。更に初めて専用のエンディングが用意された。前作ではビデオクリップを保存すると左下に白地に著作権表記が表示されていたが、今作ではクリップを保存しても表示されなくなった。