1823年、メキシコで革命が起き、皇帝アグスティン・デ・イトゥルビデが失脚した。メキシコ議会は中米のインテンデンシアに自己決定を許可することを議決した。同年、中米の5インテンデンシアはマヌエル・ホセ・アルセ将軍の主導で中央アメリカ連合諸州に統合、「インテンデンシア」は「州」に改名された。連邦時期の重要人物にはホンジュラス初の民主的に選出された大統領ディオニシオ・デ・エレーラ（法律家でホンジュラス初の憲法を制定した）、連邦大統領のフランシスコ・モラサン（在位：1830年 - 1834年、1835年 - 1839年。連邦派の一員）、ホセ・セシリオ・デル・バリェ（1821年9月15日の独立宣言の起草者、1823年にメキシコ外相を短期間務めた）がいる。やがて、ホンジュラスと近隣諸州の社会と経済の差異により、中米の指導者の間で激しい党派闘争がおき、中米連邦は1838年から1839年にかけて崩壊、ホンジュラスも1838年10月に連邦から脱退して独立した。モラサン将軍は連邦の維持に苦心したが失敗した。その後、ホンジュラスの外交政策は第一次世界大戦終結まで中米の再統一を目標とした。
19世紀初頭、ナポレオン・ボナパルトがスペインを占領したことによりイスパノアメリカ全体で反乱が勃発した。ヌエバ・エスパーニャ副王領では1810年から1821年まで全ての戦闘が副王領の中央、現メキシコ中部にあたる地域で行われた。1821年にヌエバ・エスパーニャ副王が首都のメキシコシティで敗北すると、独立の報せが元グアテマラ総督領のインテンデンシアを含むヌエバ・エスパーニャ全域にもたらされた。ホンジュラスは独立を既成事実として受け入れ、中米諸インテンデンシアとともにスペインからの独立を連合で宣言、1821年の中央アメリカ独立法を成立させた。独立宣言の後、ヌエバ・エスパーニャ議会はコモンウェルスを設立して、スペイン王フェルナンド7世をヌエバ・エスパーニャ皇帝に戴こうとした。このコモンウェルス構想ではスペインとヌエバ・エスパーニャが独自の法律と議会を有するとし、フェルナンド7世が即位を拒否した場合はブルボン家から君主を戴くとした。しかし、フェルナンド7世は独立を承認せず、いかなるヨーロッパ王子にもヌエバ・エスパーニャの君主を即位させないとした。議会の要請により、摂政のアグスティン・デ・イトゥルビデがヌエバ・エスパーニャ皇帝に即位、さらに議会がヌエバ・エスパーニャをメキシコに改名した。メキシコ帝国の領土は大陸部のインテンデンシア、元グアテマラ総督領を含むヌエバ・エスパーニャ本土諸県を含む。
18世紀初頭、フランスのブルボン家がハプスブルク家に代わってスペイン王に即位した。ブルボン家は即座にスペイン帝国全体で一連の改革を実施（ブルボン改革）、行政の効率化とともに植民地の守備を強化した。このうち、貴金属の税金が軽減され、当時王家が独占していた水銀の価格も下げられた。この改革により、ホンジュラスの鉱業は1730年代に復興した。スペインはさらにカリブ海岸の支配を取り戻そうとしてた。1752年、スペインはサン・フェルナンド・デ・オモア要塞を建設した。1780年、スペインは以前に対イギリス基地として使用したトルヒーヨに戻った。1780年代、スペインはイスラス・デ・ラ・バイアを再支配、ブラック・リバー地域のイギリス領の大半を奪回した。しかし、ミスキート族が抵抗したため、スペインは支配をプエルト・カバリョスとトルヒーヨの先まで広げることができなかった。1786年英西協定によりスペインのカリブ海岸に対する主権が確定した。
第1期では原作単行本第1巻から第2巻の終わり（原作#25話）までの内容が、おおむね原作に沿った形で映像化された。ただし、原作では第2巻#25話（アニメ第12話相当）から青葉たちのチームの上司として登場した葉月しずくが、アニメでは第1期第1話から主要登場人物に加わるといった変更も行われたほか、アニメで初登場した葉月の飼い猫のもずくが、アニメの放送期間中に出版された原作の連載にも登場するという逆移入も行われている。原作第2巻の最後は劇中ゲーム『フェアリーズストーリー3』の完成を祝う祝賀会までの出来事を描いており（「あらすじ」も参照）、主人公の存在がきっかけで上司の八神コウが過去の挫折を乗り越えるという、新章への導入を前にした節目となるエピソードでもあった。第1期第9話は原作者の脚本によるアニメオリジナルエピソードで、シリーズ構成を担当する志茂文彦からの申し出という形で実現した。青葉の高校時代を描いた第5巻「THE SPINOFF!」の内容にも触れつつ、原作では良いオチが思いつかずに没になったエピソードを元にしたサービス回という位置づけになっている。厳密には全編が完全なオリジナルではなく、原作単行本から4コマ1本分の内容が引用されており、具体的にはCパートの内容の一部には原作#20話の一場面が反映されている。第1期第11話は、ゲームソフトの展示会を描いた原作#20話が映像化され、劇中で主要登場人物たちが苦労して作り上げてきた劇中ゲームソフト『フェアリーズストーリー3』が完成して日の目を見るというエピソードとなっており、本編の冒頭でも通常のオープニングに代わって劇中ゲームソフトのオープニングムービーが流れる構成となっている。ムービーは本格的な映像として見せることが意図され、この回限りの主題歌が使用された。映像に登場する劇中ゲームキャラクターのデザインは、総作画監督の岡勇一が担当している。また、現実の東京ゲームショウ2016が開催される週に放送されたが、原作者の得能はこれは意図したものではなく偶然の一致であるとしている。第1期全巻購入特典のOVAは原作第3巻#28話「社員旅行前編」、#29話「社員旅行後編」の映像化となっている。