2000年の後半、新しく設立されたトマス・ジェファーソン遺産協会が「ジェファーソン＝ヘミングス学会委員会」を創立して、父親の問題を検証した。2001年4月12日、委員会は565ページに上る報告書を発行した。それは財団の報告書よりはるかに長かったが、多くのページはトマス・ジェファーソン財団が検証した証拠の照査に充てられていた。学会委員会の大半の結論は、「ジェファーソン＝ヘミングスの主張は決して証明できない」ということであった。委員の個々の結論は「告発に付いて極めて懐疑的」から「それはほとんど確実に嘘であるという確信」まで幅があった。多数意見では、最も可能性がある結論として、トマス・ジェファーソンの弟ランドルフ・ジェファーソンがエストンの父親であるということである。この可能性は19世紀にジェファーソンの孫やその他の者が挙げてはいなかった。1988年にランドルフ・ジェファーソンとサリー・ヘミングスの関係を最初に公にしたのは、7年間ジェファーソンの研究をした劇作家のカリン・トラウトであった。その夫で生物学者のトマス・トラウトは学会委員会のメンバーになった。当時のバージニアには可能性のある25名の男性ジェファーソンが住んでおり、そのうちの8人はモンティチェロかその近くに住んでいたということである。学会委員会の結論にただ一人不同意の者ポール・ラーエは、「トマス・ジェファーソンがエストン・ヘミングスの父であることよりももっと可能性があるもの」を考慮したと書いた。また「私の知らないことが1つあり、それは大変ひどいことだ。ジェファーソンは奴隷所有者とその関係者がその力を悪用する性向について表明した嫌悪感にもかかわらず、自分でもそのような虐待に関わるか、彼の広い意味での家族のメンバーの1人あるいはそれ以上に加担して虐待に寛容であったことだ」と付け加えた。この委員会の議長であった歴史家のロバート・ターナーはジェファーソンとヘミングスの性的関係の証拠は、ビル・クリントンの弾劾を取り巻く政治的雰囲気のゆえに「急いで発表」されたことを示唆した。
2000年1月、モンティチェロを所有し運営しているトマス・ジェファーソン財団の専門家集団が、『ネイチャー』誌の発行直後に始まった議論に関する研究を出版した。彼らがほぼ口を揃えて報告するのは、「父親は絶対的な確率で特定できないが、我々の得た最善の証拠で推計できるのは、トマス・ジェファーソンとサリー・ヘミングスが何度も関係を持って、サリー・ヘミングスの子供として知られる者のうちの1人あるいは全部を生んだという可能性が極めて強いことである」と述べた。委員会の一人ホワイト・ウォレンボーンは意見を異にしており、「歴史的な証拠は確認することもサリー・ヘミングスの子供たちの誰かの父親を反証するためには基本的に不十分である」と述べた。ウォレンボーンは委員会が証拠を検証し始める前に「既に結論に達していた」とし、委員会の議長はウォレンボーンの不同意を他のメンバーに示そうともしなかったと主張した。委員会は、ジェファーソンの弟ランドルフがエストンを妊娠した頃に訪れていた可能性があり、ハリエットとエストンの妊娠のころにランドルフの息子の少なくとも2人が訪れていたという証拠もあると注釈した。『ウィリアム&メアリー・クォータリー』は委員会メンバーの一人フレーザー・ニーマンによって行われた確率的分析を出版し、ジェファーソンがモンティチェロを訪れた時とヘミングスが妊娠した時の関係について、その相関がかなり高いと結論付けた。マディソン・ヘミングスは、その関係はフランスで始まり、ヘミングスは彼らの子供たちが解放されるという「取り決め」をした後、初めてアメリカに帰ったと主張したが、モンティチェロの財団は、ジェファーソンは彼女の子供たちの父親であるように思われるが、その関係がパリで始まったとか、1790年にアメリカに戻ったときにその子供が死んだとかいったことの証拠は見出せなかった。
『ネイチャー』の記事に続いて、議論は成長を続けており、2000年と2001年にジェファーソンとヘミングスの申し立てについて2つの研究成果が報告された。どちらの研究も広範な資料を基にしており、科学的なまた歴史的な議論でその結論に達している。
ルイストンを訪れた最初のヨーロッパ人は1803年デイビッド・トンプソン遠征隊のメンバーだった。トンプソンはイギリス領北アメリカ（現在のカナダ）のハドソン湾会社のために毛皮交易基地を設立できる場所を探しており、アイダホでは初の白人入植地となるマッケンジー・ポストを設立した。しかしこの地域にいたネズ・パース族インディアンの男達はビーバーを罠で捕らえるのが女達の仕事と考え、部族全体が回遊性であり、女達は既に十分に捕らえたと考えたので、この基地は失敗することになった。1805年10月にはルイス・クラーク探検隊がこの地域を訪れた。後にルイストンの町となる場所にはネズ・パース族インディアンの集落があった。ルイスとクラークは1806年の太平洋からの帰り道でもこの地域を通過した。ルイストンの町はメリウェザー・ルイスと、ビクター・トレビットの故郷であるメイン州ルイストンの両方に因んで名付けられたが、住民はトレビットがそのアイディアを提唱した理由を知らなかった。トレビットは単に「ルイス・クラーク探検隊の日誌」でこの町がある渓谷について述べていると語っただけだった。ルイストンの町は、その北東にあるピアースの近くで1860年に始まったゴールドラッシュの流れで、1861年に設立された。現在のアイダホ州では最初の新聞である「ザ・ルイストン・テラー」紙は1862年にワシントン準州に属していたルイストンの町で発行を始め、1892年9月には現在ある「ザ・ルイストン・モーニング・トリビューン」と合併した。1863年、ルイストンは新設されたアイダホ準州の州都になった。ルイストンの初期3人の白人入植者の一人であるトマス・J・ビールがルイストン・トリビューンの最初の記事の多くを執筆しており、89歳で無くなるまで執筆を続けた。ルイストンの準州都としての位置付けは短命に終わった。アイダホ北部でのゴールドラッシュが鎮まり、南西部のアイダホシティを中心とする地域で新しい鉱山ブームが加熱し、アイダホシティは1860年代半ばに太平洋岸北西部で最大の人口を抱える都市となった。1864年12月7日に州都をボイシに移す議案がアイダホ準州議会により可決された。これは準州議会が合法で始まる6週間前のことであり、地理的境界に関する訴訟で、準州最高裁判所の判決が1票差で割れた後のことだった。ボイシは1866年に準州都となった。この変更はアイダホ北部では大変不人気であり、裁判所命令に違背するものだった。準州知事のケレイブ・ライアンと準州州務長官が密かに州章、文書および動産を持ち出し、当時の準州都ルイストンから逃亡した。ライアンは川を下ってオレゴン州ポートランドに行ったが、この旅の間に蒸気船の船室から動産を盗まれたとされている。準州州務長官は南のボイシに向けて出発し、きっと起こると見られていた大衆の暴動を避けた。アイダホ北部の人々は、1889年、ルイストンの北30マイル (48 km) のモスコーにアイダホ大学ができることで幾らか宥められた。1893年には州立師範学校ルイストン校、現在のルイス・クラーク州立カレッジが設立された。また南部のツインフォールズには別の師範学校が設立されたが、現在はなくなっている。ルイストンでは1862年にアイダホ初の公立学校が開校された。それ以来、ルイストン独立教育学区はアイダホ州の第1教育学区となっている（ボイシでは1865年に学校が作られ、第2教育学区となっている）。