また、沿線には京阪神から箱館山スキー場・びわ湖バレイ・国境スキー場など京阪神地区から日帰りで行けるスキー場があり、姫路駅 - 永原駅間、和歌山駅 - 近江今津駅間で快速「スキーびわこホリデー号」を運転し、現在快速が停車していない志賀駅・比良駅にも停車していた。ホリデー号には指定席を連結しており、1998年度まで運転されていた。このほか「湖西ホリデー号」も運転されていた。
開業当初から琵琶湖や比良山系へのレジャー客輸送に臨時列車が設定されている。初期の頃は堅田駅までの定期新快速を近江今津駅まで延長するものや、朝夕の網干駅 - 大阪駅間の快速を湖西線に延長するものであった。臨時列車では夏冬に運用がない修学旅行用車（155系）を利用したものもあり、宮原電車区（現在の宮原総合運転所）に所属する車両はこの時に耐寒耐雪工事を受けている。また、新快速の敦賀駅直通にともない定期運用で4両編成化された列車の多客時の救済列車が2006年秋以降定番化しており、特にマキノ駅を最寄りとする海津大崎の花見客輸送では敦賀行きを分割する編成が本編成に先行して救済する臨時列車として運転されているが、2015年度以降は設定されていない。また観光シーズンには琵琶湖一周列車が団体貸切の形で運転されている。
普通列車の列車番号は、堅田駅・近江舞子駅発着の列車は2800番台、近江今津駅・永原駅・近江塩津駅・敦賀駅を発着する列車は1800番台として区別している。ただし、近江今津駅 - 近江塩津駅 - 敦賀駅間を運行する列車は4800番台を与えることを基本としている。敦賀駅発着の新快速・快速は近江今津駅で列車番号が変わる。事故・各種トラブルでダイヤが乱れた場合や大雪・強風などで乱れが見込まれる場合は、近江今津駅で運転を打ち切り、JR神戸線・JR京都線方面 - 近江今津駅間と近江今津駅 - 敦賀駅間とで別の編成で運転することがある。近江今津駅を発着する北陸線方面の列車と新快速および京都駅から直通する普通との間で列車番号の奇数・偶数が逆転している。
関西と北陸方面を結ぶ優等列車として、特急「サンダーバード」が湖西線を経由しており、朝夕の一部列車が堅田駅・近江今津駅に停車する。2003年10月1日から、通勤・通学定期券・回数券・昼間特割きっぷと併用して特急列車の普通車自由席に乗車できる「湖西通勤回数特急券」を発売しており、近江今津駅・堅田駅 - 京都駅・新大阪駅・大阪駅間で利用可能である。この区間ではe5489によりチケットレス特急券で普通車指定席を割安に利用することもできる。
近江今津駅を離れると一転して市街地から外れ、さらに水田地帯の中を走って行くが、近江中庄駅は無人駅で駅周辺は閑散としている。この駅はほぼ一直線上にあるため、ホームから双方向への見通しも非常に良い。次のマキノ駅は片仮名の駅として国鉄時代から有名で、かつては町名も片仮名になっていた。2005年に高島市に合併されて町名は消えてしまったが、駅名の方は片仮名書きが健在である。マキノ駅を過ぎると山々が近づき、峰山トンネル（長さ3,910m）を通過、長浜市に入り、2面4線の永原駅に着く。かつては直流電化区間の終着駅として新快速の発着もあった。現在でも永原駅で折り返す普通はまだ残っており、6両または8両編成の普通列車はこの駅までしか入線しない。駅前には長浜市役所西浅井支所がある。さらに永原を過ぎた先で国道303号をオーバークロスして、城山トンネル（長さ2,318m）を抜けていく。2006年9月までこのトンネルを抜けた北側に交直セクションがあった。その後約20mの高さの高架橋で水田地帯を越え、右手に北陸本線が寄り添い、国道8号をオーバークロスして近江塩津駅に着く。ただし同駅は通過列車主体の湖西線下り本線側にホームはない。
多摩動物公園のライオン園が一般公開された1964年5月17日、「ライオンバス」が運行開始。初代園長・林寿郎の発案で、サファリ形式の観覧は当時世界初の試みだったという。初期には「ライオン観覧車について」という説明板が園内に掲示され、特製バス（日野 BT71）についての概要・特徴が箇条書きの文章で記されていた。それによると、強化ガラス2枚の合せガラス「窓」、ライオン4頭（約1トン）が屋根に上っても充分な強度の「車体」、2両を背中合せにできる後部の「非常扉」、不燃性材料の「客席」、無線機やアンモニア銃の装備など、安全性が説明されていた。細かなスペックについては、東京公園文庫6『多摩動物公園』（中川志郎、1981年・郷学舎）p.68-71にも書かれている。1969年度には、最多の52万7095人が乗車した。1976年10月17日には、日本宝くじ協会から2代目の「ライオンバス」3台（シマウマ柄）が寄贈された。わずか2年で100万人の累計乗車人数を突破した「ライオンバス」は、1988年に1000万人を、2014年2月1日に2000万人を達成した。2016年4月から休止（発着場の耐震化工事のため）。累計乗車人数は2079万7041人に達した。