この日までにケネディ大統領はジャクリーン夫人に事態が容易ならざる方向に進んでいることを伝えていた。ホワイトハウス警護官で大統領夫人担当のクリント・ヒル は緊急事態に備えて大統領夫妻と打ち合わせする必要を感じていた。そしてこの10月17日にジャクリーン夫人と不測の事態が起こった場合の対応について率直に話し合うことにした。それまでにシークレットサービスは大統領の家族および政府の要人を避難させる計画を既に持っていた。そして事態が発生した直後は取り敢えずホワイトハウスの地下の核シェルターに入ることとなっていた。このことをジャクリーン夫人に伝えようとした時に、逆に大統領夫人は『核シェルターに入らなければならない時、私がどうするか、知らせておくわ』として『もし事態が変化したら、私はキャロラインとジョンJRの手をつなぎ、ホワイトハウスの南庭に行きます。そして勇敢な兵士のようにそこに立ち、全てのアメリカ人と同じく運命に立ち向かいます。』と語った。クリント・ヒルは『そうならないように神に祈りましょう。』と答えるだけであった。
17日の会議でアドレー・スティーブンソン国連大使は「平和的解決手段がすべて無駄に終わるまで空爆などはしてはなりません」と大統領に強く主張した。ここで空爆の前に事前警告の必要が議論の焦点となった。統合参謀本部のメンバーはキューバへの空爆を支持していたが、マクナマラやロバート・ケネディは海上封鎖を主張した。ジョン・マコーンCIA長官は事前通告無しの空爆には反対であった。彼はフルシチョフに24時間の猶予を与えるべきでこの手順を踏んでしかし最後通牒に応じない場合に攻撃を行うと主張した。ディーン・アチソン元国務長官はより強気で発見されたミサイルを早急に破壊するための外科手術的空爆に賛成した。ここでアインゼンハワーに電話でケネディは意見を聞いているが、前大統領はキューバにある軍事目標全体への空爆を支持した。一方スティーブンソン国連大使は、トルコにあるジュピター・ミサイルとキューバにある核ミサイルとを取り引きすることを検討するよう求めた。
このエクスコムの会議には14〜15人が集まり、主な顔ぶれはジョンソン副大統領、ラスク国務長官、ボール国務次官、マクナマラ国防長官、ギルパトリック国防次官、マコーンCIA長官、ロバート・ケネディ司法長官、ディロン財務長官、スティーヴンソン国連大使、テイラー統合参謀本部議長、マクジョージ・バンディ補佐官、オドンネル大統領特別補佐官、ソレンセン大統領顧問、アチソン元国務長官、ラヴェット元国防長官などであった。この席でケネディは直面する危険とこれに対処するあらゆる行動を即時徹底的に調査するように命じた。そして徹底した機密保持も命じた。この10月16日から13日間が歴史に深く刻まれ核戦争の寸前までいったキューバ危機の期間である。大統領顧問であったソレンセンが1965年に書いた著書「ケネディの道」の中で、この16〜19日までの96時間が午前・午後・夜間を問わず会議の連続であったという。その間に新しい空中写真の分析が進み、近距離用攻撃用ミサイルが配置された地点が6カ所に上り、中距離用ミサイル（IRBM）用の基地にするために掘られた個所が3カ所見つかった。
これらの写真は10月16日朝にCIA高官のリチャード・ヘルムズによってホワイトハウスに届けられた。ケネディ大統領は16日午前9時にマクジョージ・バンディ国家安全保障担当補佐官から報告を受けて11時45分から緊急に国家安全保障会議を招集する決定を下した。しかもこの会議にはいつものメンバーに加えて、それ以外の顔ぶれを集めたので後に国家安全保障会議執行委員会（エクスコム）と呼ばれることとなった。
2012年9月現在、定期列車は東京駅 - 新庄駅間に下り8本／上り9本、東京駅 - 山形駅間に下り8本／上り7本、山形駅 - 新庄駅間に下り1本の計16.5往復（下り17本／上り16本）が運転されている。一部の列車（定期列車では下り121・171号／上り160号）を除き、東北新幹線区間（東京駅 - 福島駅間）で「やまびこ」と併結運転を行う。上下とも1時間に1往復間隔で、東京駅 - 盛岡駅間では毎時1往復運転されている「やまびこ」とともに、宇都宮駅・郡山駅・福島駅といった沿線主要都市の短距離需要に対応している。夏季、冬季の帰省シーズンや春季、秋季の観光シーズンといった多客期には、定期列車の「つばさ」のほか、臨時の「つばさ」が東京駅 - 山形駅・新庄駅間で運転されている。この臨時の「つばさ」には、東北新幹線区間で「やまびこ」と併結運転しない列車や、途中の宇都宮駅や郡山駅に停車しない列車がある。なお、不定期列車の号数は、「やまびこ」と併結する場合は172 - 196号、単独運転の場合は72 - 96号が付番される。当初、東北新幹線区間で併結する200系「やまびこ」が8両編成だったため「つばさ」は9 - 14号車（のちに7両化されて9 - 15号車）が割り当てられていた。その後、「やまびこ」が10両化された際に11 - 17号車が割り当てられ、併結する「やまびこ」が8両編成のE4系に替わった後も11 - 17号車（9・10号車は欠番）の割り当てとなっていた。しかし、併結する「やまびこ」が10両編成のE2系に替わった後は17両編成となったため、9・10号車は欠番にならなくなった。なお、奥羽本線内で上り列車が大幅に遅れた場合、あるいは東北新幹線でダイヤが乱れた場合などは、「やまびこ」併結の「つばさ」でも東京駅 - 福島駅間で単独運転することがある。また、下り「つばさ」が奥羽本線内での運転ができない場合は、東京駅 - 福島駅間で併結してきた「やまびこ」との切り離しを行わず、そのまま「やまびこ」の終着駅である仙台駅に向かうことがある。また、「やまびこ」を併結しない臨時列車でも、同様の理由で仙台駅に向かうことがある。2012年3月17日より、E2系「やまびこ」と併結運転が開始され、愛称としては11年ぶりに「やまびこ・つばさ」が復活した。これにより東北新幹線内の最高速度が275km/hとなり、所要時間が最大で6分短縮された。