2000年、第42回衆議院議員総選挙に民主党公認で奈良1区から立候補したが、自由民主党の森岡正宏に敗れ、落選した。2003年の第43回衆議院議員総選挙では奈良1区で自民党公認の高市早苗を破り、初当選。以後4期連続で小選挙区で当選している。2005年の第44回衆議院議員総選挙では、郵政民営化に反対したため自民党公認を得られず無所属で立候補した森岡正宏、自民党の公認を受けた前奈良市長の鍵田忠兵衛が奈良1区から出馬したが、馬淵が鍵田、森岡の両者を下した（鍵田は比例復活）。当選後は花斉会（野田グループ）に所属し、2008年9月の民主党代表選挙において、領袖である野田佳彦の擁立を模索。しかし、小沢一郎民主党代表（当時）の再選支持が大勢を占めていた民主党内において、野田擁立に動く馬淵の行動は積極的な支持を得られず、野田グループ内でも野田の立候補への賛否は拮抗した。結局、野田は代表選への立候補を見送り、小沢が無投票で再選を果たしたが、野田擁立をめぐる混乱の責任を取る形で馬淵は野田グループを退会した。
奈良県奈良市生まれ。東京都立上野高等学校、横浜国立大学工学部土木工学科卒業。大学卒業後、三井建設社員を経て、コンピューター関連商品製造販売会社ゼネラルに入社し、同社取締役に就任（当時、非同族では史上最年少の上場企業取締役）。その後同社北米法人最高経営責任者や、文具会社役員を務める。
今回の敵となる勢力で、反体制のテロリスト集団。英国を壊滅させる計画を実行せんと、『ガーランド・スクウェア』を占拠する。また、テロリスト組織ではあるが様々な最新兵器を保有しており、『ガーランド・スクウェア占拠事件』ではそれぞれ一台のみだが重武装の主力戦車と大型攻撃ヘリ、数機ものジャイロヘリを使用し、『グラス・マーケット地区占拠事件』では最新技術を用いた多脚ステルス戦車や、ジェットパック、屈折レーザー兵器搭載の武装クルーザーをも使用している。STFの隊員達と同様に、URDAの戦闘員達もPS2版ではデリックを除きベレー帽を着けていない等、デザインが大幅に変更されている。
『ガーランド・スクウェア占拠事件』から6か月後の2001年4月、デリック・リンチの副官であり、彼が亡き後新たなリーダーとなったジャレッド・ハンターがSTFへの復讐のため、URDAの残党を再度率いて『グラス・マーケット地区』を占拠。STFのケスラー司令官の娘メリッサを人質に取られてしまう。ケスラー司令官は再度クロード・マクガレン率いるSTF第1小隊を現場に送り込む決断をし、新たなる戦いが繰り広げられることになる。
2000年8月、イギリスの首都ロンドン郊外に、外資系電力会社『ガーランド・エレクトリック・インダストリー社』は、百貨店（デパート）の『ドライクリークプラザ』、中央広場の『ガーランドパーク』、そして同社のロンドン支社であり、最先端の技術開発の為の研究機関を設けているオフィスビル『ガーランド・テクノロジーセンター』が存在する複合型都市型施設『ガーランド・スクウェア』を設営した。ところが、オープンから2ヵ月後の2000年10月16日、ガーランド・スクウェアの全施設を、デリック・リンチが率いる、イギリス政府の反体制を掲げ外資系企業を連続して襲撃している過激派、反英国テロリスト組織『URDA(United Resistance Defense Army)』が占拠、大勢の人質を取り、多額の身代金を要求した。首都ロンドンに極めて近く、外資系の企業が経営する注目のスポットであるガーランド・スクウェアはURDAの格好の標的だったのである。これに対し、イギリス政府はテロ鎮圧のため、クロード・マクガレン率いるスコットランドヤード（ロンドン警察）の対テロ特殊部隊『Special Tactical Force （STF）』の第1小隊を現場に送り込んだ。URDAの戦闘員達を次々と殲滅し、施設を逆制圧していくクロード等STFは、ガーランド・スクウェアの地下5kmに隠された秘密、そしてURDAのリーダー、デリック・リンチの目的を知ることとなる。
タイムクライシスシリーズの外伝作品にあたり、シリーズ第2作の『タイムクライシス2』と同様の『撃って隠れる』やシーン毎の制限時間制が採用されているが、VSSEやワイルド・ドッグは登場しない。プレイヤーが使用する武器も、装弾数9発のハンドガンからシリーズ初となる装弾数40発のサブマシンガンを採用。マシンガンならではの連射と振動するガンコントローラーを用い、敵兵や障害物を薙ぎ倒したり、吹き飛ばしたりといった爽快感を重視したゲーム性となっている。今作では一発で倒れない敵が多く登場するためか、敵に体力ゲージが表示されるようになっている。2004年には日本国外（米国、欧州、韓国）向けに、『TIME CRISIS　CRISIS ZONE』というタイトルでPlayStation 2に移植されたが、日本で発売されることは無かった。ファミ通の発売予定リストに掲載されていたことがあったが、発売中止になったと思われる。
1988年にフィルムは完成し、日本では『NEMO/ニモ』のタイトルで1989年7月15日に東宝東和系で公開された。しかし、製作費を使いきり満足な宣伝が出来なかったこともあり、それまでに投じられた約55億円という資金に対して興行収入は9億円前後と芳しくなかった。肝心のアメリカ公開も、日本での失敗が響いて、ディズニーとの交渉は決裂し、ヘムデール社の配給で予定より2年遅れ（1992年7月24日）の公開を余儀なくされる。米国での新聞その他の評価は高く、579館で上映したが、まったく客が入らず、興行収益も総計137万ドル弱（約1億4000万円）という記録的な大失敗作となる。その3年後、アメリカで発売されたビデオはかろうじて200万本を売り上げるが、東京ムービーへ還元されることはなく、本作の失敗が原因で藤岡は東京ムービーから退く結果となった。2005年12月23日にバンダイビジュアル（現：バンダイナムコアーツ）から発売されたDVDには、2種のパイロットフィルム（近藤・友永版、出崎・杉野版）が特典映像として収録されている。日本版は劇場公開版・ビデオグラムともに94分だが、アメリカでは、85分に編集されて劇場公開され、VHSでの発売時も劇場公開と同じ85分だったが、DVDで発売される際に100分に再編集された。