2014年11月にA380の違約金や燃料費の高騰などによる経営の悪化を改善するため、A330運航の羽田発着の幹線を中心に日本航空（JAL）へ業務提携を要請していることを明らかにした。しかし、JALは会社更生に伴って2016年度まで路線計画や投資計画が国土交通省航空局の監視下にあり（8.10ペーパー）、国交相が許可するか不透明なうえ、スカイマークが大幅な赤字を抱えていること、またスカイマーク側が独立経営を望んでいることから、JALによる直接出資は行われず共同運航（コードシェア）程度の提携に留まるものとみられていた。その後、国土交通省はスカイマークがJALのみに業務提携を要請したことに対して「公的資金で再生したJALだけに路線を拡大させるわけにはいかない」として難色を示し、5年間に限って3社（スカイマーク、JAL、全日本空輸）で共同運航させる意向を示した。スカイマークはJALのみとのコードシェアを、ANAはJAL抜きでのコードシェアを望んでいたが、結果的にスカイマーク側は国交省の意向を受け入れ、2015年夏ダイヤを目途に羽田空港発着のスカイマーク便においてJAL、ANAと3社で共同運航を実施する方向で協議することが決定した。共同運航によってスカイマークが提供する座席の20%が国内大手2社に提供される見込みである。なお、「共同運航」と称されてはいるが、スカイマークの座席の一部をJAL、ANAが自社便名を付与して販売するのみであり、運航乗務員の融通や整備の共同実施などは実施されない（詳細はコードシェア便を参照）。なお、2014年のJALへの業務提携についての国土交通省の反対は、スカイマークから国土交通省への事前連絡、いわゆる「仁義を切る」ことを軽んじたからではないかという見方もされている。スカイマークの記者会見は2014年11月21日に行われたが、この日は衆議院解散と第47回衆議院議員総選挙の発表の日でもあった。議員にとっての大イベントど同日開催となることについて、事前連絡が無かったため、国土交通省とその背後に存在する族議員を反感を買い、理由を付けられて反対したのではないかという見方が存在している。
2012年3月30日、厚生労働省は、繰り返しの指導にかかわらず障害者の雇用状況に改善が見られないとして、平成23年度特別指導対象企業となっていたスカイマーク株式会社の企業名を障害者雇用促進法第47条に基づき公表した。その後の厚生労働省による企業名公表を前提とする指導により、平成24年度からは該当企業となっていない。
2005年から2007年にかけ、夏季限定で深夜・早朝便の運航を実施した他、2010年 - 2012年に就航していた羽田 - 北九州線と、2011年に一時期就航していた羽田 - 中部線は深夜帯のみの運航となっている。日本で他に深夜・早朝時間帯に国内線定期便を運航するのはスターフライヤーの羽田 - 北九州線のみである。
1980年4月21日、北見市の奥州金子一家小林四代目・花田章が奥州金子一家四代目の座を同門の者に譲り、三代目山口組若頭補佐・加茂田重政の舎弟となった。花田章は、札幌市内に、加茂田組北海道支部・花田組の事務所を開くことになった。加茂田組北海道支部の事務所開きは、同年5月21日に行われることに決まった。5月10日、北海道のテキヤ・博徒組織からなる親睦団体・北海道同行会の臨時執行部会が札幌市の源清田新谷本家二代目・新谷通朗の自宅で開かれた。越路家宗家二代目・本郷清や鍛冶屋宗家二代目・阿波喜作、札幌市内の病院に入院中だった誠友会・石間春夫会長らが出席した。石間春夫は「山口組を北海道には入れない」と主張した。北海道同行会は、加茂田組の北海道入りを阻止することを決定した。5月18日、北海道同行会は、加茂田組組員が加茂田組北海道支部の事務所開きに出席することを察知したうえで、32団体の組員約800名を千歳空港に動員した。石間春夫は誠友会200名を動員した。5月20日、北海道警察署は警官800人を千歳空港に配置し、厳戒態勢を敷いた。兵庫県警は加茂田組若頭・飯田時麿が加茂田組組員200名を連れて大阪国際空港発全日空771便で千歳空港に向かったとの情報を北海道警察に伝えた。北海道同行会の構成員800名は警官隊によって千歳空港内の駐車場に閉じ込められた。午前9時55分、飯田時麿ら加茂田組組員200名が千歳空港に到着。警官隊は、加茂田組組員を囲んで、一般客と分離し、第5ゲート裏の中庭に移動させ、ボディチェックを行った。北海道警察捜査4課長が飯田にこのまま大阪に帰るように説得したが、飯田時麿は捜査4課長の説得に応じなかった。加茂田組組員は、4台のバスに分乗し、宿泊予定先だった後志支庁虻田郡留寿都村のリゾートホテル「大和ルスツスキー場・高原ホテル」に向かった。北海道同行会は加茂田組の跡を追おうとしたが、パトカーに阻止された。北海道同行会800名は翌日早朝に「高原ホテル」前に集合することを決め千歳空港から引き揚げ、札幌市内に入った。5月21日早朝、「高原ホテル」前に北海道同行会加盟組織の組員が集結。8時頃までに「高原ホテル」前に集まった北海道同行会の人数は約800名、「高原ホテル」を取り囲む北海道同行会の車の数は約100台となった。北海道警察は、警官500人と機動隊200人と装甲車13台を「高原ホテル」に動員した。北海道警察は飯田時麿に対し、加茂田組北海道支部の事務所開きを中止を要請し、北海道同行会に対し解散を要請した。午前10時前、「高原ホテル」から500メートル離れた北海道警察の検問所で、加茂田組北海道支部花田組組員が機動隊の職務質問を受けた。このとき、高原ホテルにいた加茂田組組員が、ホテルから出ようとした。北海道同行会は、加茂田組組員に対して投石を開始した。加茂田組組員は、「高原ホテル」にあった灰皿や盆を投げ返し反撃しようとした。機動隊が両者の間に割り込み、加茂田組組員を「高原ホテル」内に押し込んだ。北海道警察は、飯田時麿に「札幌市内に入れば、検挙も辞さない。即時大阪に帰るように」と警告した。午後、飯田時麿は北海道警察の要請を受け入れ、加茂田組北海道支部の事務所開きへの出席を断念した。北海道警察の警備課長は、北海道同行会に「飯田時麿が加茂田組北海道支部の事務所開きへの出席を断念したこと」を伝え、解散を要請した。北海道同行会は「加茂田組が帰阪するのを確認してから、解散する」と返答した。加茂田組は、バスに分乗して、千歳空港に向かった。北海道同行会は、加茂田組のバスを追跡した。午後6時、飯田時麿ら加茂田組組員は、札幌発大阪行き全日空780便に乗って帰阪した。ただちに北海道同行会は解散した。