天保9年12月23日の夜、剣術家・井上伝兵衛が本庄に暗殺された。この暗殺の動機にも2つの説がある。『天弘録』では、貸金の取立てを井上伝兵衛に頼んだところ、それを聞きいれないどころか意見を加えられた。本庄はそれを恨んで、伝兵衛を下谷御成小路で闇討ちにして殺害したという。平出鏗二郎の『敵討』では、こちらの説を取り上げている。栗本鋤雲の『匏菴遺稿』に書かれた「鳥居甲斐陰険の噂」や、「奸物鳥居耀蔵」（森銑三著『史伝閑歩』所収）では、鳥居耀蔵が剣術の師匠である伝兵衛に内密に何事かを依頼したが、これをことわった上、逆に意見をした。鳥居はこれに怒り、また依頼したことが世間に知られるのを恐れて、本庄に伝兵衛暗殺を命じた、とされている。鳥居の依頼とは矢部定謙の暗殺で、鳥居は賢明で人望の厚い矢部定謙に近づこうとしたが、矢部は鳥居を警戒して近づけまいとしたことで、鳥居は今度は矢部を排除しようと企んだ。しかし矢部が清廉潔白でつけいる隙が無いため、暗殺をしようと井上伝兵衛に依頼したが断られた、とある（「奸物鳥居耀蔵」）。井上伝兵衛は撃剣の師として相当に名の知られた人物だったが（『匏菴遺稿』）、本庄は伝兵衛の体躯に合うような竹の箍を桶屋に作らせ、伝兵衛の不意を突いて背後からその箍を嵌めた。両手の自由を奪われた伝兵衛は、本庄に斬りつけられて絶命したという（「奸物鳥居耀蔵」）。なお、この井上伝兵衛暗殺が、後に本庄が護持院原で仇討ちされ、命を落とす原因となる（#護持院原の仇討ちの節を参照）。
鳥居の縁戚にあたる伊沢政義が長崎奉行に就任し、鳥居の意を受けて高島秋帆たち長崎の地役人たちを捕えた際には、本庄たちによる讒訴を元に取り調べが行われた。本庄の高島秋帆への恨みについては、三田尻の儒学者・荒瀬桑陽の『崎陽談叢』（防府史料第七輯、昭和38年）や、『天弘録』、『長崎犯科帳』の「福田源四郎」の項などに記録が残されている。本庄はかつて、鳥居耀蔵や水野采女などの権家に出入りし、その縁をもって長崎の地役人たちの身分昇進を取り計らおうと提案していた。しかし、高島秋帆に本庄の身持ちの悪さを理由に反対され、申し出が却下されてしまったことで、秋帆に恨みを抱いたとされる。高島秋帆たちの取り調べが続く天保14年4月に、本庄は妻子を連れて長崎にいったん帰りたいと鳥居に願い出て、80日の休暇と、路銀として10両を貸し与えられた。しかし、本庄は他の家来たちと日ごろから折合いが悪く、二度と鳥居家に仕えさせないようにしてくれという希望が出されており、また事件を取り調べている最中に長崎出身の者を家来にしているのは都合が悪いため、そのまま解雇された。本庄は鳥居の家臣・永江弾右衛門から、貸し与えた金は返却しなくともよい代わりに永の暇を申し渡され、鳥居家に帰参する時節があるかもしれぬが、それまでは江戸に出府無用との手紙を渡された。
1958年岐阜県岐阜市生まれ。国立大学法人 岐阜大学教育学部附属中学校を卒業。岐阜県立加納高等学校を卒業後、多摩美術大学美術学部グラフィックデザイン学科に進学（同級生にしりあがり寿がいた）。同大学に1年在学した後、東京藝術大学美術学部デザイン学科に再入学し、1982年に卒業。1984年、同大学大学院修士課程修了。1980年代に領域横断的、時代を映す作風で注目される。作品制作の他、身体を媒体に表現し、自己の可能性を追求し続ける。1986年シドニー・ビエンナーレ、1995 年ヴェネチア・ビエンナーレに出品。 近年では、館内の展示室だけでなく、様々な地域の人々と共同制作を行いながら、受取り手の感受する力に焦点を当てたアートプロジェクトを展開し、社会で芸術が機能する仕組みを創出する。2003年大地の芸術祭 越後妻有アートトリエンナーレにて[明後日新聞社文化事業部]を設立、同時に[明後日朝顔プロジェクト]を開始。2005年 水戸芸術館[HIBINO EXPO]、2006年岐阜県美術館[HIBINO DNA AND]、2007年金沢21世紀美術館「[ ホーム→アンド←アウェー」方式]、熊本市現代美術館[HIGO BY HIBINO]など個展を開催。2012年[種は船～航海プロジェクト]を実施。2013年 瀬戸内国際芸術祭2013にて[海底探査船美術館プロジェクト「一昨日丸」]を発表。同年・翌年（2013・14年）「六本木アートナイト」にてアーティスティックディレクターを務める。2010年より4年の1度のサッカーW杯年に合わせ、「マッチフラッグプロジェクト」を開始。2014年もブラジル大会への熱い想いを胸にワークショップを実施し、スタジアムをスポーツとアートの交流の場とした。1995年から1999年まで東京藝術大学美術学部デザイン学科助教授、1999年から2007年まで東京藝術大学美術学部先端芸術表現科助教授/准教授を経て2007年10月より教授、2016年より美術学部長に就任。現在、日本サッカー協会社会貢献委員長。2015年4月1日より、岐阜県美術館の館長に就任した。