組織を凍らせ、冷凍機に据えられたミクロトームであるクリオスタットで切片を作る方法がある。この際組織は固定されていても、未固定でもよい。凍結切片はスライドガラス上に載せられ、異なる組織との差異を際立たせるため、染色を行うこともある。固定されていない凍結切片は、組織や細胞内での酵素局在を調べる研究に利用できる。抗体を用いた蛍光抗体法（免疫蛍光法とも）などの処理を行うためには、組織の固定が必要である。凍結切片法は、手術中に患者の腫瘍が悪性か判断する際にも用いられる。
光学顕微鏡用の切片には、ミクロトームに据えられたスティールナイフが用いられ、4μm程度の厚さに切られた組織はスライドガラス上に載せられる。透過型電子顕微鏡用には、ダイヤモンドナイフ付きのウルトラミクロトームが使われ、直径3mmの銅製グリッドに載せる、50nmの切片が切り出される。薄切された試料には適切な染色が施される。切片は、組織を様々な方向に切って作られる。組織の病理学評価には、垂直切片（組織表面と垂直に切断し、横断面を作る）を使うことが一般的である。組織の水平切片（もしくは横断切片）は、毛穴や毛嚢脂腺の評価に用いられる。水平接線切片は、モース手術やCCPDMAの際に利用される。
組織の脱水・洗浄・包埋剤の浸透が終わったところで、包埋過程に移る。この過程の間、組織資料は、硬化する液性包埋剤（寒天、ゼラチン、蝋など）と共に鋳型に入れられる。パラフィン・ワックスの場合は冷やすことで、エポキシ樹脂の場合は熱することで硬化する。アクリル樹脂は、熱、紫外線、化学触媒などで重合する。組織試料入りの固化したブロックは、次に薄片化される。ホルマリン固定・パラフィン包埋組織（英: Formalin-fixed paraffin-embedded tissues; FFPE tissues）は、室温で保存してもほとんど変化せず、固定後はDNAやRNAなどの核酸も劣化から守られるため、ホルマリン固定・パラフィン包埋組織は医学の歴史的学習（組織学実習など）において重要である。包埋には、冷凍し固定していない組織を、水を元にした保存液に漬ける方法もある。冷凍前の組織を、液性包埋剤と共に鋳型に入れ、固化したブロックを作るために冷凍させる。この場合液性包埋剤には、グリコール水溶液、OCT (Optimal cutting temperature compound) 、TBS、クリオゲル（英: Cryogel）、樹脂などが用いられる。
組織処理の目的は、組織から水分を取り除き、薄片加工できるように組織を固体化させる物質で置き換えることである。生物組織を薄片にするためには、堅い基質で支持されることが必要である。光学顕微鏡用の薄片は5μm、電子顕微鏡用の薄片は80〜100nmのものが一般的である。光学顕微鏡用の切片には、パラフィンが最もよく使われる。パラフィンは生物組織の主成分である水と混じり合わないため、水分は処理の段階で最初に取り除かれる必要がある。濃度の異なる複数のエタノール溶液槽に入れられることで、試料の脱水が行われる（水槽のエタノール濃度は、次第に高くなる）。次にキシレンなどの疎水性洗浄液でアルコールが取り除かれる。最後に溶かしたパラフィン・ワックスが組織に浸透され、キシレンと置き換わる。パラフィン・ワックスは、電子顕微鏡用の切片を作る硬質としては不十分である。このため、代わりに樹脂が用いられる。エポキシ樹脂が最もよく利用されるが、特に免疫染色が必要な箇所ではアクリル樹脂も利用される。樹脂で包埋された組織の極薄切片 (0.35μm〜5μm) は光学顕微鏡用にも用いられる。エポキシ樹脂・アクリル樹脂の大半は水と混じり合わないが、これは組織の脱水に必要なもので、この脱水過程ではエタノールが併用されることが多い。
凍結切片法は、クリオスタットと呼ばれる冷凍機を用い、組織標本を急速に固定・標本化する技術である。この方法は、がんの切除手術後によく用いられ、がんが確実に切除できたか判断する迅速診断を可能にしている。
古川沼は気仙川が広田湾に注ぐ付近に発達した幅約200－300メートルの砂州によって、広田湾の一部が閉塞されて形成された潟湖である。古川沼の北西部からは陸前高田の平野部と市街地を南北に縦断するように流れる二級河川の川原川が流入し、東部からは小泉川が流入し、更に高田下水路、長砂下水路という二本の下水路も古川沼に流入していた 。また気仙川の堤防が現在のような形に整備される以前は、洪水時に気仙川が古川沼に流入していた記録も残っている。古川沼の西側から気仙川河口付近に繋がる水路があり、かつては潮の干満によって水路から海水が流入していた。近世になって陸前高田市の平野部に広がる水田の塩害を防ぐため、海水の流入を制限する水門が設けられたが、海水の流入そのものを止めたわけではなかった。海水の流入が見られた1970年代以前の古川沼は比較的水質が良く、シジミが生息し湖水浴も行なわれていた。しかしチリ地震津波によって大きな被害を受けた後、古川沼から海への水路に設けられた鉄製のゲートが閉じられることにより海水の流入が止まり、陸前高田市街地から生活排水の流入が続いたこともあって、古川沼は激しい水質汚染に見舞われるようになった。汚染が激しくなった古川沼の浄化を図るため様々な努力が重ねられた結果、水質の改善が見られるようになったが、平成23年（2011年）3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震に伴う大津波によって、広田湾と古川沼を隔てていた砂州の多くが消滅し、古川沼は海の一部となってしまった。