デカルト的な二元論は、近・現代の自然科学の哲学的な基礎を作ったが、同時に自然科学が発展するにつれ、徐々に支持されなくなっていった。機械論が普及するにつれ、この世界で生起している現象はすべて力学で説明できるはず、とする考えが自然科学者らの間で広く受け入れられてゆき、デカルト的な二元論は理論的に難がある、と考えられるようになっていった。デカルトは「松果体において、物質と精神が相互作用する」としたのである。しかし仮にこうした相互作用があるとするならば、脳において力学の説明していないことが起きている、としなければならなくなる。この相互作用の問題は、デカルトが理論を提出した当初にすでに指摘されていたが、力学が発展し機械論的な見解が普及していくなかで、大きな問題点とされてゆくようになった。ガリレイ・ニュートン以後に発展した機械論的世界観と整合性を持たない、と考えられたからである。（その後の歴史を辿ると、機械論は、力学の自然科学内部での位置づけが低下したり、全体論や有機体論からの批判によって難点が露呈し不人気となってしまったが）そのかわり、現代では物理主義を採用して、その立場からデカルトの説の難点を指摘する人もいる。実体二元論で問題となるのは、ひとつにはデカルトの考え方はカテゴリーミステイクではないか、という点である。またひとつには因果と関わる問題である。物質と精神を完全に別の二つの実体とすると、両者の間の関係を考える必要が出てくる。また「精神が物質に命令を与える」とする考え方は、1980年代に行われた自発的な運動にともなう準備電位の前後関係に関する実験結果を見ると説得力を失う。
2007年6月に千葉ロッテマリーンズのボビー・バレンタイン監督が、アイランドリーグの1チームを買収して2軍選手を育成する構想を表明した。報道を受けてIBLJ社長の鍵山誠は提携のためにNPB7球団と提案を含む接触をおこなった事実を明らかにし、「買収も提案の一つ」とこれを肯定したが、ロッテ球団の瀬戸山隆三球団社長は直後に買収の話を否定した。その後、ロッテ球団は同年10月1日のプロ野球実行委員会で、徳島に育成選手5〜8名を派遣する構想を明らかにした。実行委員会では結論を保留し、決定は次回以降に持ち越しとなった。この構想に対しては、社会人野球側から「育成選手制度の本来の趣旨と異なる」との指摘が出て、NPB内のほかアマチュア野球側とも調整が必要な状況となった。また、他の一部の球団からは「（イースタン・リーグの混成チームである）フューチャーズの活用が先ではないか」といった意見が出たため、2007年11月6日のプロ野球実行委員会でも継続審議となった。ロッテの瀬戸山隆三球団社長は育成選手を獲得した上で実現に向けて努力を続けるとコメントした。ロッテはこの構想に沿って11月11日に公開のトライアウトを実施し、アイランドリーグからも複数の選手が参加した。そして、11月19日のドラフト会議でリーグ出身者3名（高知2名、徳島1名）を含む5名を育成選手枠で指名した。その後この構想について進展は見られず、2007年に指名された育成選手のうち支配下登録されていなかった4名（うち2名がアイランドリーグ出身）が2009年のシーズン終了後に戦力外通告を受けた。2011年シーズンを前に、福岡ソフトバンクホークスが新たに創設する3軍との公式戦を日程に組み込む方向で調整が進められていると一部で報じられたが、1月20日のプロ野球実行委員会で承認を得ることができず、2011年の公式戦実施は見送られることになった。ただし、定期交流戦として各チームが前後期各4試合ずつを実施することになった。この定期交流戦には「ソフトバンク杯」の冠称がつけられている。交流戦は2012年以降も実施され、前記の通り勝敗がレギュラーシーズンの成績に反映する形に変更された。前記の通り、2016年度からは新たに読売ジャイアンツ3軍との交流戦を1シーズンにつき各チーム2 - 4試合実施している。2012年3月1日のプロ野球実行委員会にて、各球団の育成選手を当リーグとベースボール・チャレンジ・リーグに、派遣選手の給与をNPB球団側が負担する形で認めることが承認された。独立リーグ側は1球団あたり最大5人まで受け入れが可能で、シーズン途中からの派遣受け入れや派遣選手の交代も可能な条件となっている。これに基づき、2012年のシーズンは広島東洋カープから徳島に2人、香川に1人の育成選手が派遣された。広島からの派遣は2014年まで継続し、2013年はリーグ各チームに1人ずつが派遣されたが、2014年は愛媛のみが2人を受け入れた。2014年までに派遣された8人（永川光浩が2年連続で派遣されたため、各年度の合計より1人少ない）の中で池ノ内亮介と辻空、中村亘佑の3人が広島復帰後に支配下登録となり（辻は復帰から2年目、中村は4年目のシーズンで昇格。復帰年に昇格した池ノ内は2015年に、中村は2017年、辻は2018年にそれぞれ戦力外通告）、残る5人は復帰年または翌年に戦力外通告を受けている。2015年のシーズンは広島からの派遣がなくなり、中日ドラゴンズが初めて香川に川崎貴弘を派遣した。2016年は、中日が前年に続いて香川に岸本淳希を派遣したほか、広島が2年ぶりに松浦耕大と木村聡司を愛媛に派遣した。岸本は復帰後のオフに支配下登録となり、池ノ内以来の「復帰年に支配下昇格」を果たしている。2017年は制度発足以来初めて開幕時点で派遣選手が登録されなかったが、7月7日に中日の浜田智博が香川にシーズン終了まで派遣されることが発表された。2018年シーズンは制度導入後初めて派遣者が登録されず、2019年も派遣者登録なしに終わった。