ゴジラVSシリーズ第3弾。主要襲撃地点は、丹沢山地、横浜市横浜みなとみらい21、名古屋市。公開当時の開業直前の横浜ランドマークタワーが破壊されるシーンがあった。丹沢でのゴジラ迎撃戦でメーサー攻撃機が初登場し、大規模な戦闘が繰り広げられる。ファミリー層向けの対策として、人間ドラマは拓也と雅子の夫婦の復縁の物語を軸に展開し、観客の反応も良好であった。別所の主演も女性向け雑誌で特集が組まれるなど話題となった。また、平成ゴジラシリーズで初めて自然破壊を題材に取り上げ、「環境破壊」と「家族愛」をテーマとしている。同時に人類誕生以前の文明や地球の意志によって生み出された怪獣などファンタジー要素も本格的に取り入れた。作品にはモスラと常にセットで登場してきた小美人も登場。本作では先住民の末裔コスモスという名で、演じるのは今村恵子（第3回東宝シンデレラコンテスト・グランプリ）と大沢さやか（同・審査員特別賞）。映画出演後の一時期、今村・大沢の2人はアイドルユニット「コスモス」としても活動している。前作に引き続き土橋竜三が登場した他、三枝未希も登場するが、他の登場作品に比べて出番は少ない。また自衛隊の各幕僚長らも前作に引き続き黒部進らが演じている。オープニングの嵐のシーンは一部『モスラ対ゴジラ』の映像を流用している。このオープニングの特撮の撮影日（7月2日）に、ティム・バートンが特撮の川北組を表敬訪問している。バトラが眠っている氷塊が溶けるシーンに『ノストラダムスの大予言』の映像の一カットが使われている。アメリカでは長い間『モスラ対ゴジラ』が“Godzilla vs. Mothra”のタイトルだったため、差別化を図るため本作のタイトルは“Godzilla and Mothra: The Battle for Earth”となった。作曲家の本多俊之が自衛隊員役で特別出演している。大河原孝夫によると、本多が伊福部昭とゴジラ映画の大ファンだったことから依頼されてのことだという。ラストのモスラ着陸シーンの舞台は大黒埠頭、横浜スタジアムなど検討されたが、脚本では羽田空港になった。結局許可が下りず、立川飛行場（立川駐屯地）で撮影は行われた。インファント島のロケは奄美大島で行われ、地主の好意で地滑りのカットなどが撮影できたという。吊り橋のカットは、福島県の飯坂で撮影された。オープニングの隕石、ゴジラのシミュレーション画像のCG製作はナムコ社による。ナムコとのタイアップにより、ナムコ・ワンダーエッグにて『モスラ』の公開日である7月30日にエキストラを一般公募しての撮影が行われた。
開業当時の本店は塚本町54番邸に所在していたが、業務の拡大により手狭になったため、1913年（大正2年）12月に本川橋西詰めの塚本町61番邸に竣工した2代目本店（現・中区堺町）に移転した。2代目本店は白御影石も使用した煉瓦造り2階建ての洋館で、設計者・施工者はともに不明であるが、本川橋西詰めの交差点に正面玄関のアーチを向けて立地し、その上に小さなドームを載せてコーナーが盛り上がるような構成をとっていた。この建物は古くからの問屋街であったこの界隈において、本川橋のトラスとともに異彩を放っていたといわれる。1920年の藝備銀行の新立合併にともないこの店舗は同行の塚本町支店となった。しかし1945年（昭和20年）8月6日の原爆被災によって、爆心地から至近（480m）の位置にあったこの建物は、わずかに玄関アーチと外壁の一部だけを残して壊滅し、出勤途上の職員3名も犠牲となった。そして同日をもって塚本町支店は廃止され、その業務は同行の本店営業部に引き継がれた。店舗の残骸は少なくとも同年11月頃まで放置されていたが、その後時期は不明ながら撤去されたため現存しない。
北海道大学の長谷川英祐が進化生物学の見地から詳しく研究し、一般向けの解説書を出している。それによると、働くアリと働かないアリの差は「腰の重さ」、専門的に言うと「反応閾値」によるという。アリの前に仕事が現れた時、まず最も閾値の低い（腰の軽い）アリが働き始め、次の仕事が現れた時には次に閾値の低いアリが働く、と言う形で、仕事の分担がなされている。仕事が増えたり、最初から働いていたアリが疲れて休むなどして仕事が回ってくると、それまで仕事をしていなかった反応閾値の高い（腰の重い）アリが代わりに働きだす。「疲労」というものが存在する以上、一見サボっているように見えるアリの存在が、コロニーの存続に大きな役割を果たしている。仮に全てアリが同じ反応閾値だと、すべてのアリが同時に働き始め、短期的には仕事の能率が上がるが、結果として全てのアリが同時に疲れて休むため、長期的には仕事が滞ってコロニーが存続できなくなることがコンピュータシミュレーションの結果から確認されている。閾値によっては一生ほとんど働かない結果となるアリもいるが、そのようなアリがいる一見非効率なシステムがコロニーの存続には必要だという。一方、閾値に関係なく本当に一生ずっと働かないアリもいる。これをフリーライダー（ただ乗り）、またはコミュニティをだまして寄生するのでチーターと言う。アミメアリ(女王アリがおらず働きアリが産卵も行なう)のフリーライダーは働かずに産卵だけ行い、フリーライダーの子アリもフリーライダーなので、フリーライダーがいるコロニーはフリーライダーが増えて滅びるが、滅びたコロニーの跡地に新たに健全なコロニーが形成される。フリーライダーは別のコロニーに分散するので、アリの社会全体ではフリーライダーの数が一定に保たれている。フリーライダーの感染力が弱すぎるとフリーライダーは1つのコロニーと一緒に滅びて存在しなくなり、逆にフリーライダーの感染力が強すぎるとアリ世界のすべてのコロニーにフリーライダーが進出してアリが絶滅してしまうが、そのつり合いがとれているので、働くアリもフリーライダーアリも絶滅せずに存続している。すべてのコロニーにフリーライダーが感染してしまわない理由は、アリの社会が複雑であること、専門的に言うと「構造化されている」ことが理由だという。ここで言う「アリ」は「人間」に、「アリのコロニー」は会社や組織など「人間のコミュニティ」にたとえられる。ここで言うサボっているのを言いかえれば、予備部隊（交代部隊）や独立要因に当てはまる。なお、微生物以外の高等生物ではヒトだけに存在すると思われていた「公共財ジレンマ」（フリーライダー問題）がアリ社会にも存在したことは、琉球大学の辻和希らが2013年に発見したもので（フリーライダーを養うために過労死する働きアリも発見された）、フリーライダーが進化生物学的にどういう意味があるのか、なぜフリーライダーアリがいるにもかかわらずアミメアリの共同が維持されているのかは現在も研究中。