佑斗と美羽はお互いに恋心を抱く。しかし、佑斗は自身がライカンスロープの可能性があり、それが世間に露見したときのことを恐れて美羽への告白をためらう。佑斗の振る舞いに不満を感じた美羽は佑斗に詰め寄り、佑斗は恋心と恐れを告白する。美羽は男なら何があっても守れと要求し、二人は付き合い始める。佑斗は風紀班の任務中、誤認によりLの製造元に誘拐される。佑斗はLを大量に投与された後、Lを含んだ偽の合成血液を目撃する。Lの流通を止めようとする佑斗はLの製造機器を破壊するが、Lの過剰摂取により吸血鬼としても異常な力を発揮して暴走する。そこに風紀班が駆けつけて佑斗を沈静化させる。調査により、Lはライカンスロープ因子に似た物質を含むことが分かる。医者である元樹の診断により、佑斗はライカンスロープ因子を元々持っていたために急性中毒にならなかったこと、ライカンスロープ因子が濃くなったために異常な力を発揮したことが分かる。この事件により、佑斗がライカンスロープであることが分かる。検疫のために合成血液の流通を一時的に止めた結果、吸血鬼による暴動が生じる。吸血鬼達は検疫を吸血鬼排斥運動の一貫と捉えたのだった。暴動の最中、アクアエデンと本土を結ぶ橋が爆破される。これは、アクアエデンを煙たがる一部の政治家が暴動に乗じてアクアエデンを潰す計画を執行したためだった。この非常時に対し、アクアエデンの市長・小夜は全住民を脱出させることを決断する。吸血鬼達は暴動を止めて避難を始める。避難の際、瓦礫撤去のため吸血鬼は能力を行使し、それを見た人間は自ら血を差し出す。暴動を起こした吸血鬼達は、その光景を見て吸血鬼と人間の共生が可能だと判断する。萌香の調査により、アクアエデンを沈めるために巡航ミサイルが発射されたことが分かる。それを知った佑斗と美羽は巡航ミサイルを止めに動く。佑斗は風紀班から持ちだしたLを過剰に摂取し、美羽と協力して念動力により巡航ミサイルの着弾を阻止する。テロ事件の終結後、アクアエデンの崩壊を企図した政治家達はマスメディアにより糾弾される。佑斗はライカンスロープであることを友人達に告白し、受け入れられる。
1587年頃からエセックス伯ロバート・デヴァルーが女王の新たな寵臣に取り立てられると、ローリーの栄光に陰りが見え始めた。それだけでなく、1591年にローリーが秘密結婚したことが物議を醸し宮廷の立場を失った。結婚相手のエリザベス・スロックモートン（通称ベス）はローリーよりも11歳年下で、女王付きの女官の1人であり、この時3度目の妊娠中であった。翌1592年になってこの無許可の結婚が発覚すると、激怒した女王はローリーをロンドン塔に投獄、ベスを宮廷から解雇するよう命じた。しかし投獄される前に船団を率いてアゾレス諸島沖でスペイン貨物船団を捕獲、そこから得た大金が事実上保釈金になり釈放された。夫妻はお互い献身的に愛し続けており、ローリーがいない間、ベスが家庭の財産と名声を有能に守り続けていた。彼らの間にはウォルターとカリューの2人の息子がいた。続くスペイン戦争でも戦果を挙げ、1596年にはエセックス伯とエフィンガムのハワード男爵（後のノッティンガム伯爵）チャールズ・ハワードが指揮するカディス遠征で湾内のスペイン軍艦を沈め味方の上陸を援護、翌1597年のアゾレス諸島遠征では成果を挙げられない本隊を尻目に無断上陸、莫大な戦利品を奪った。この抜け駆けでエセックス伯の怒りを買ったがノッティンガム伯の仲介もあり謝罪、全体的に2つの遠征はそれほどイングランドの利益にならずエセックス伯の没落の切っ掛けにもなったが、ローリーにとっては復活のチャンスとなり、同年に国王親衛隊隊長に復帰した。こうして数年間でローリーは再び寵愛を受けるようになった。1600年から1603年にかけてローリーはジャージー島の総督を務め、この島の防衛網の近代化を行った。スペインがこの島をイングランド侵略の足掛かりにするという噂が流れ、反スペインで有能な軍人のローリーが島で侵略を防ぐ役割を与えられたのだった。彼は熱心に統治に取り組み、島の首都セント・ヘリアへの道を守る要塞を補強して「イザベラ・ベリッシマ要塞」あるいは英語で「エリザベス城」と命名したり、島に交易と栽培をもたらし財政立て直しに奔走した。一方、エセックス伯は1599年のアイルランド遠征に失敗して立場が危うくなると、1601年2月にローリーとコバム男爵ヘンリー・ブルック、ロバート・セシル（後のソールズベリー伯）を宮廷から排除するクーデターを起こしたが、早期鎮圧された後裁判にかけられて処刑された。ローリーはエセックス伯の処刑を見物していたという。この頃、エリザベス1世による王室の寵愛は復活していたものの、それは長続きしなかった。エリザベス1世は1603年に死去し、新たにスコットランド王ジェームズ6世がイングランド王ジェームズ1世に即位すると一転して投獄されたからである。ジェームズ1世に接近したセシルとノッティンガム伯がローリーを即位に反対したと讒言したこと、親スペインのジェームズ1世にとって反スペインのローリーが疎ましかったなどローリーを取り巻く環境が悪化、エリザベス1世に授与された国王親衛隊隊長など数々の地位を取り上げられた。更に同年11月17日、ローリーはウィンチェスター城のグレート・ホールにおいて、ジェームズ1世廃位の陰謀が発覚したメイン陰謀事件への関与の疑いから内乱罪で裁判を受けた。これは陰謀に参加し逮捕されていたコバム男爵が保身からローリーも陰謀に参加したと証言したことが切っ掛けで、裁判を担当したエドワード・コークによりローリーはロンドン塔に1616年まで監禁された。死刑判決を受けたが未決のまま監禁生活が長引き、ロンドン塔では比較的自由な活動が許され、書籍と召使を部屋に入れて生活、著作活動に熱中してギリシャとローマの古代史に関する本『世界の歴史 A Historie of the World』を著した。また獄中においてローリーに同情的だったジェームズ1世の王妃アンとヘンリー・フレデリック王太子など色々な来客が塔を訪問している。やがて1616年にロンドン塔から解放され、南米オリノコ川流域に黄金郷を探索すべく派遣される2度目の探検隊を指揮することになった（1595年にも1度南米探検に出かけたが目的を達成出来なかった）。探検の途中、ローリーの部下達がメンバーの1人であるローレンス・キーミスの指示の下、スペインの入植地であったサン・ソーム（San Thome）で略奪を行った。この町で最初の戦いの中、ローリーの息子ウォルターが銃弾に当たり死亡している。ローリーがイングランドに帰還した後、憤慨したスペイン大使ディエゴ・サルミエント・デ・アクーニャがジェームズ1世にローリーの死刑判決を実行するよう求めた。