2009年4月1日から、経費削減のため運航乗務員、客室乗務員、地上職員の制服を廃止。ポロシャツやウインドブレーカーの着用に切り替えている。日本の航空会社では制服廃止は過去に例がないが、アメリカやスイスなどの一部の航空会社ではすでに実施されている。2014年にはエアバスA330型機の就航に合わせてキャンペーンとしてミニスカート制服を採用した。この制服はA330型機で運航される便の乗務員のみがキャンペーン期間のみ着用するもので、終了後は通常のウインドブレーカー・ポロシャツ着用に復帰した。2016年11月12日より、女性スカイアテンダント用がワンピース、シャツ、ベストスタイルにスカートまたはパンツを組み合わたもので、ジャケットと2種類のスカーフを共通アイテムとして着用。男性スカイアテンダント用はジャケットにシャツと2種類のネクタイとベスト、同色のボトムスの組み合わせの新制服となった。この制服は社内からデザイン案を募集、スカイアテンダントを中心としたプロジェクトチームによる絞り込みや各空港でのヒアリングを経て決定したもの。最終的なデザインと機能面の監修はユナイテッドアローズが行なっているものの、ベースとなる部分はすべて社員が関わるなど独自性にこだわったものとなっている。
いずれもGECAS、ILFCなどのいずれかの会社からのリース機材である。日本航空や全日本空輸などの競合他社も多数のリース機を運航しており、航空業界で運航機材のファイナンス・リース、オペレーティング・リースは珍しいことではない。ただし日本航空などでは新造機の発注・受領は自社で行い、受領後リース会社の名義にしているのに対し、スカイマークは自社での発注・受領を行っていない点が異なっている。スカイマーク保有機の登録（レジ）番号登録の下1桁部分 のアルファベットは、概ねアルファベット順となっている。ただしアルファベットの"I"（アイ）・"O"（オー）・"S"（エス）は、それぞれ数字 の"1"（ワン）・"0"（ゼロ）・"5"（ファイブ）に似て使えないため、用いられず、なおJA737A - JA737G（ソラシドエア）およびJA737J（日本航空）とJA330C（個人所有）は、すでに使用されているため用いることができないこともあり一廻りJA737Zまで導入後はJA73NAからN～をアルファベット順で登録使用している。
1998年6月1日、広深線の電化が完成し、新たに最高時速200kmの「新時速」車体傾斜式車輛が導入された。新時速列車の列車番号には高速列車を示す「“G（高）”」の字がつけられ、九龍～広州東間の所要時間は最短で90分となった。同年8月28日、香港の九広鉄路公司（1983年2月1日に公社化）はKtt列車を導入した。Kttは両端の電気機関車はスイス製、機関車の間に挟まれた2階建て客車は日本の近畿車輛製で、食堂車と荷物車の連結はないが、特等車が連結されアテンダントによるスナックの無料提供がある。Kttは運行開始当初は1日1往復であったが、2019年現在では1日3往復運行されている。1999年6月28日、広九直通列車は3往復増発された。2001年6月13日、広深鉄路株式会社と香港九広鉄路公司は、九龍～東莞間で金曜日、土曜日、日曜日に限って運行される「假日直通車」の共同運行を開始した。「假日直通車」の列車番号はT823/818次とされ、サービスについては他の広九直通列車と同等とされた。2002年12月25日から、假日直通車は週末だけでなく、火曜日から日曜日まで運行されることになり、毎週6日間運行された。2003年6月29日に「中国本土・香港経済連携緊密化取決め」（CEPA）が実施され、広九直通列車は2003年6月28日から10月20日にかけて3往復増発された。この際、九龍～東莞間で運行されていた列車も2003年6月30日に広州東まで延長され、毎日運行となった。さらに2004年4月18日、広九直通列車は新たに2往復増発された。この時の増発によって、広九直通列車の1日の運行本数が12往復となり、ほぼ1時間に1本のペースで運行されるようになった。そしてこの年、運行再開25年にして広九直通列車の旅客輸送人数は4500万人に達した。2008年12月21日、香港MTR（2007年12月、香港MTRは九広鉄路公司を吸収合併）は広九直通列車のダイヤ改正を行った。この際、広深線内での最高速度を160km/hから140km/hに引き下げたため、列車の所要時間が増加した。2010年10月22日には、台湾の著名な作家である李敖が広州から九龍までT815次列車に乗車した。李敖はサービスの高さに歓心し、「我風に乗って帰り去らんと欲す、ただ心に称（かな）えば広鉄有り（我欲乘風歸去、只有廣鐵稱心）」と、蘇軾の水調歌頭をもじった漢詩を詠んだ。2010年10月、広九直通列車は1979年4月の運行再開以来、6250万人の旅客を輸送した。広州鉄路集団公司の統計によると、運行再開初期の旅客のほとんどは外国人および海外華僑や香港、マカオ、台湾からの旅客であったが、2010年には旅客の半分以上が中国本土からの観光客やビジネスマンとなっており、30年間で広九直通列車の客層は大きく変化していることがわかる。2012年12月21日、広九直通列車で18年間使用されてきた25Z系客車が、すべて新型の25T系客車に置き換えられ、同時に広九直通列車の乗務員の制服もリニューアルされた。ただし、路線の設計上の原因から列車の最高速度は140km/hのままとされた。2013年、広九直通列車は1年間に430万人の旅客を輸送した。2014年2月1日（旧暦1月2日）には、1日に14600人の旅客を輸送する最高記録を打ち立てた。2018年、広深港高速鉄道が開通したことによる乗客減少により、肇慶発着系統の廃止、一部の減便が行われた。