前日にソ連船のタンカー1隻を停船させたが、何もせず他のタンカーとともに通過させた。東ドイツの客船も何もなく通過させた。そしてこの日の未明にレバノン船籍でパナマ人の船主のソ連がチャーターした貨物船を停船させて乗船して臨検に及んだ。ケネディは必要になるまでソ連船の航行を妨害しないつもりだが、アメリカが本気であることをどこかで示すためにソ連にチャーターされた中立国の船舶に対して乗船臨検することを優先させた。この時は問題なしとして通過を許可した。この間に続々とソ連船がUターンしているとの情報が入ってきた。
10月25日の緊急国連安全保障理事会で、アドレイ・スティーヴンソン国連大使がそれまで極秘で公開していなかった航空写真を用いてソ連のゾーリン国連大使と対決し、劇的な効果を収めた。アドレー・スティーブンソンは、ソ連の代表団にミサイルをキューバに設置しているのか尋ね、ゾーリンが「そんなものは存在しない」と否定した後、それを反証する決定的な写真を見せて以下のやり取りとなった。スティーヴンソン「通訳は必要ないでしょう。イエスかノーでお答え下さい（ Don't wait for the translation, answer 'yes' or 'no'! ）」ゾーリン「私はアメリカの法廷に立たされているのではない」スティーヴンソン「あなたは今、世界世論の法廷に立たされているのです」ゾーリン「そんな検事のような質問をされてもお答えすることはできない」スティーヴンソン「地獄が凍りつくまで回答をお待ちしますよ（ I am prepared to wait for my answer until Hell freezes over. ）」この駆け引きで、ソ連がキューバにミサイルを配備していることを世界中に知らしめることに成功した。
フルシチョフは、事態が深刻化する中で自らの姿勢を見直すようになっていた。ミサイルや他の兵器をキューバに送ってもカストロ体制の防衛強化にならず、逆に今やアメリカから侵攻される危険が大きくなった。ここでアメリカが今後キューバへの侵攻を行わない確約をする代わりにミサイル基地を撤去することを申し出ることを党中央委員会幹部会に提案した。これであれば当初のアナディル作戦の目標は無となるが、少なくともキューバの安全を確保できて、まずまずの成果であると言えるとして、賛成が多く了承されたが、この取引に応じる用意があるとの合図を送るのはしばらく控えることにした。
この日、ウ・タント国連事務総長代行は米ソ両国に、数週間は両国とも対決姿勢を緩める措置をとり、ソ連はキューバへの兵器輸送を一時停止すること、アメリカはキューバへの海上封鎖（隔離）を一時停止することとし、そのうえでミサイル基地建設も停止されればその貢献は大きいとして仲介することを提案した。これに対してフルシチョフは前向きに受け入れたがミサイル基地建設停止は同意しなかった。ケネディはミサイル基地建設を中止するのであれば隔離を停止すると表明した。この国連の仲介の下での予備的交渉には両国も同意した。この停止措置の提案は3日後の劇的展開で実質的なものにはならなかったが、フルシチョフにとっては出口での口実を得たことになった。つまり、アメリカの違法な要求ではなく、国連の要請に応じてということで体面を保つ口実であった。
1869年、版籍奉還により松本藩主は松本藩知事に就任。この藩知事戸田光則は、水戸学や平田派国学を信奉していたことと、新政府への阿りから、激しい廃仏毀釈を行った。この結果、藩内180か寺の内140か寺が破壊された。このうち天台宗、真言宗の寺院はほぼ全てであったのに対し、浄土真宗は23か寺中僅か3か寺が破壊されたのみであった。これは、正行寺住職を中心とした反対運動によるものである。1871年8月29日、廃藩置県により松本藩は松本県になった。その後11月に伊那県、高遠県、高島県、飯田県、名古屋県の信濃国分、高山県（飛騨国）と合併して、筑摩県（松本が県庁所在地）が成立。鹿児島から権令永山盛輝が入り、教育を奨励したため、学校の数が人口の割りに多かったとされる（これが1970年代ころまで、教育県として知られることにつながった）。しかし、1876年には、筑摩県庁の焼失により、長野県に編入された。全国の城が新時代到来により破却されていく中で、松本城でも競売の話が持ち上がったが、市川量造ら地元有力者により買い戻された。資金の調達のために松本城内で博覧会が開かれたこともあった。このころ松本町は女鳥羽川をはさんで北深志町と南深志町に分立した。また開智学校の開闢もこのころである。明治中期から末期には自由民権運動や普通選挙期成運動が高揚した。1889年、町村制施行により松本町が発足。1897年、内務省へ市制施行を申し出ようとしたが県議会が否決。松本騒擾事件も内務省に市制施行申請を却下される原因となった。市制施行は10年後の1907年に持ち越された。1902年には国鉄松本駅が開業した。大正時代には自由教育運動が高揚し、それに対する弾圧として川井訓導事件が発生した。長野県編入後、県庁所在地の長野市にないものを誘致した結果、1914年日本銀行松本支店が開業。金融、証券関係の企業が集まるようになる。1919年松本高等学校 (旧制)が開校。1928年、松本商業学校（現：松商学園）野球部が甲子園で優勝。第二次世界大戦中の1940年ごろから、大手企業の工場が疎開し始める。南松本の宮田製作所は、その中でも大きなもので3000人以上の従業員を雇用していた。中山や里山辺には地下軍事工場が作られ、朝鮮人労働者や中国紅軍の捕虜が動員された。しかし大規模な戦災は免れたため、貴重な文化財が今日も残っている。※明治期に起きた他地域とのいざこざについては「地域間関係」も参照のこと。