大戦中の艦艇は1950年代から1960年代にかけて置き換えられたが、フィンランドの中立的な立場から東側と西側それぞれから装備を輸入することを余儀なくされた。ベイ級フリゲート（マッティ・クールキ）、2隻のダーク級高速哨戒艇（Vasama1およびVasama2）と4隻のBYMS級掃海艇は、英国から輸入された。2隻のリガ級フリゲート（ヘメンシアとウーシマー）、4隻のオーサ型ミサイル艇（Tuima級ミサイル艇）がソ連から輸入された。艦艇のうちの一部、2隻のトゥルンマー級砲艇（TurunmaaとKarjala）とヌオリ級高速砲艇は、国内で生産された。1947年に締結されたパリ条約は、フィンランド国防軍の攻撃能力に制限をもたらした。海軍の場合、艦隊はわずか10,000トン以下、人員は4500人以下に制限された。武器に関しては、魚雷、潜水艦、機雷やミサイルの装備が禁止されていた。制限は1960年代からミサイルや機雷について緩和された。魚雷についての制限は完全には守られずリガ級フリゲートには魚雷が装備されていたほか、一部の砲艦は速やかに魚雷艇に転用できる設計で建造された。ソ連の崩壊により、冷戦時代の兵力制限は無効となったが、海軍の規模は現在もほぼ同じである。
1944年9月には、ドイツに対する軍事作戦が開始された。主戦地は、北部のラップランド戦争だったが、ドイツ人もゴーグラント島を占領しようとしたが、タンネ・オスト作戦により攻撃は撃退された。戦闘中にフィンランドの魚雷艇は、いくつかのドイツの艦艇を沈めた。フィンランド海軍の最後の作戦行動は、陸海軍共同のオウルからトルニオへの上陸作戦（トルニオの戦い）だった。フィンランドの砲艦はドイツの部隊を砲撃し、対空部隊は輸送船に深刻な脅威を与えていたドイツの航空攻撃から船団を護衛した。海軍は更に、バルト海でドイツ軍のUボートを狩り、最後の機雷敷設を行った。ソビエトとの休戦後、フィンランド海軍は厳しい掃海作戦に参加するよう命じられた。1950年代まで作戦は継続され、任務に従事した隊員には多くの死傷者が発生した。
冬戦争が勃発したとき、フィンランド海軍は非武装のオーランド諸島を占領し、商船を保護するために動いた。戦争の最初の一ヶ月の間に、ソ連の艦隊とフィンランド沿岸部隊はハンコ、ウト、コイヴィストで戦った。ソ連の戦艦はハンコおよびコイヴィストで沿岸部隊の攻撃により損害を受け、戦線離脱を余儀なくされた。ソ連の主力艦を沈めるために潜水艦（VesikkoとSaukko）を使用するフィンランドの努力は失敗した。 1939年12月には氷が厚くなったが、唯一の砕氷艦はまだ動くことができた。 2隻の海防戦艦は、都市の防空を強化するためにトゥルクの港に移動して使用され、戦争の期間中そこに残った。
スウェーデン統治時代には、フィンランド湾でスウェーデンとロシア艦隊の間で多くの戦いがあった。スウェーデンの海軍基地の多くは、現代のフィンランド領内に位置し、多くの船員はフィンランド出身だった。（ en:Archipelago Fleetも参照）ロシア統治時代（1809-1917）Suomen Meriekipaasiと呼ばれたフィンランドの海軍部隊は、ロシア帝国海軍のバルチック艦隊と共に、フィンランド沿岸を防衛した。Meriekipaasiは、主に陸上任務ではあるが、クリミア戦争にも参加した。ヘルシンキのスオメンリンナの要塞の包囲中にサンタハミナ島で沿岸部隊を担ったほか、フィンランドの民族叙事詩にちなんで名付けられた蒸気フリゲート艦リューリクとカレワラを含む艦船を運用した。（これらの艦は後にロシア太平洋艦隊で活躍した）
現在の最高司令官はkari Takanen海軍少将である。フィンランド海軍は2つの管区で構成されており、そのほかに沿岸防備旅団であるウーシマー旅団が存在する。ウーシマー旅団の前身はスウェーデン王グスタフ2世アドルフによって1626年に設立されたニューランド連隊にまで遡ることができ、スウェーデン陸軍から連隊の伝統や戦闘の栄誉を現在も継承している。
1930年9月14日の総選挙に勝利したナチ党が勢いに乗じて再び一揆を起こすのではないかと話題になったが、ヒトラーは同年9月25日にライプツィヒのドイツ大審院（ナチ党運動に参加して反逆罪に問われた陸軍将校3人が裁判にかけられていた）に証人として出廷した際に「合法的手段で政権獲得を目指す」と宣言した。ゲッベルスとしては順法路線を党員に周知徹底させなければならず、次のように論じた。「憲法の枠内でいかなる政治目的の達成も可能である。そして革命的であるべきなのは目的である。方法ではない。バリケード上で戦っても目的が反動的でありえるのだ。逆に憲法の枠内で戦っても目的が革命的であることは十分可能である」。だが順法路線は革命主義者が多い突撃隊員から反発と失望を招いた。ヒトラーは突撃隊と親衛隊に共産党との街頭闘争禁止を通達したばかりか、1931年3月28日にブリューニング首相によって出されたナチス弾圧の大統領緊急令「政治的過激運動撲滅のための命令」（集会・制服の禁止や検閲、新聞発禁など）にすら順法することを宣言し、違反した党員は党を除名すると警告を発した。これに反発したシュテンネスらベルリン突撃隊は、4月1日に秘密会議を開いて順法路線に反対する決議を出すとともに翌4月2日にベルリンの党大管区本部などを襲撃した。ヒトラーはただちにベルリン大管区指導者ゲッベルスに鎮圧の全権を任せた。ゲッベルスは再びダリューゲの親衛隊部隊を動員。今度は警察の助けを借りず、独力で鎮圧することに成功した。鎮圧後、ゲッベルスは反乱に参加した突撃隊員を片っ端から除名した。追放されたシュテンネスら一派は後にオットー・シュトラッサーと共に革命的ナチスとして反ヒトラー闘争に奔走する。1931年12月12日には2年前に実業家ギュンター・クヴァントと離婚していたマクダ・クヴァントと結婚した。式にはヒトラーも出席して仲人を務めた。