アメリカは1990年の時点において日本の輸出の31.5％、輸入の22.3％、そして海外における直接投資の45.9％を占める最大の貿易相手国であった。 2004年の時点において、アメリカは日本の輸出の22.7%を受け取り、輸入の14%を供給した（現在は中国に追い抜かれて20.7%に減少している）。アメリカから日本への輸出には原材料と工業製品の双方が含まれる。1990年の時点におけるアメリカからの輸入農産物は（アメリカの輸出統計によると85億ドル）、牛肉（15億ドル）、魚介類（180万ドル）、穀物（24億ドル）、大豆（88億ドル）からなる。工業製品の輸入は主として個人製品よりも機械と輸送機器のカテゴリーに属するものである。輸送機器の分野では、日本はアメリカから33億ドルの航空機やその部品を輸入した（自動車やその部品はわずか18億ドルに過ぎない）。日本からアメリカへの輸出はほとんどすべて工業製品であった。1990年、自動車の輸出は215億ドルに上り、単一のカテゴリーとしては他を引き離して最大であり、日本からアメリカへの輸出全体の24%を占めた。さらに自動車部品の輸出は107億ドルに上った。他の主要なものはオフィス機器（コンピューターを含む）で、1990年は総額で86億ドル、通信機器（41億ドル）、機械（4億5100万ドル）が続いた。1960年代中盤から、貿易収支は日本の黒字が続いている。日本のデータによると、アメリカからの黒字は1970年に3億8000万ドルに成長し、1988年には480億ドル近くに上り、1990年にはやや下がっておよそ380億ドルであった。アメリカの貿易に関するデータ（両国は輸入の輸送コストを含めているが輸出はそうでないためわずかながら異なっている）もまた1980年代の不均衡を示しており、1980年の日本の黒字は100億ドルであったのが、1987年には600億ドルとなり、1990年は不均衡がやや是正されて377億ドルに改善された。
関係の摩擦の主な原因であった貿易の問題は、日本に代わって中国がアメリカの経済の最大の脅威であると認識されるようになるのに伴い、薄れていった。一方、冷戦終了直後の安全保障関係は明確な脅威の欠如によって苦しんでいたが、ならずもの国家北朝鮮と中国の経済的、軍事的拡張が関係強化に口実を与えた。ジョージ・W・ブッシュ政権の外交政策はアメリカの国際関係の足かせになっていたが、自衛隊のイラク派遣とミサイル防衛の共同開発に見られたように、日本との安保関係はより強固になった。日本が「太平洋におけるイギリス」になりつつある、またはこの地域におけるアメリカの重要な安全保障関係にある国であるという指摘はしばしば国際的な学術における暗喩となっているが、これが真実であるという学術上の論争には議論の余地がある。2009年、日本の民主党は近年において「合意に至った安全保障上の再編計画の変化を要求するという呼びかけとともに政権を奪取し、アメリカが一方的に合意の条件を突きつけたかを主張しながらどのようにして合意に至ったか」について公開したが、アメリカのロバート・ゲイツ国防長官は「アメリカ議会はいかなる変化も望んでいない」と語った。アメリカの関係者のなかには「日本の民主党による政権運営はアメリカから乖離し、より独立した方向へと外交政策における重大な変化をもたらすかもしれない」と懸念した者もいた。2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災（東北地方太平洋沖地震とそれに伴う様々な災害）に対して、在日米軍が「トモダチ作戦 (Operation Tomodachi オペレーション・トモダチ)」という名で、災害救助・救援および復興支援を行った。また、2012年（平成24年）には、「日米桜寄贈100周年」を記念して、日米各地で様々な催しが行われた。また、「日米協会創立100周年」にあたる2017年（平成29年）には、上皇明仁・上皇后美智子および安倍晋三内閣総理大臣・安倍昭恵同夫人、ジェイソン・ハイランド駐日臨時代理大使および佐々江賢一郎駐米大使（当時）の臨席の下で4月12日に東京都千代田区・帝国ホテルで記念式典が挙行される他、様々な関連イベントが催された。
幕末期、尊皇攘夷運動が高まりを見せ、天皇・朝廷が急速に政治的権威を高めると、幕府の所在する江戸から離れた京都が政治動向の中心となった。特に幕府大老であった井伊直弼が1860年（万延元年）に暗殺（桜田門外の変）されて以降、薩摩藩・長州藩・土佐藩等雄藩が中央政界への進出をうかがうようになり、それに伴い草莽を含む尊王攘夷派がぞくぞくと京都に集まるようになった。従来の京都所司代の力のみでは過激派浪士を抑えることができなくなった幕府は、1862年（文久2年）閏8月に松平容保を新設の京都守護職に任命する。容保上洛後の京都では尊攘運動がますます激しく、尊攘急進派浪士による暗殺・脅迫が横行、朝廷においても尊攘急進派公家によって朝議が左右されるようになり、孝明天皇の意向はまったく無視されて勅旨が乱発され、幕府に破約攘夷の実行を要求し、さらに1863年（文久3）8月には天皇による攘夷親征を演出するための大和行幸が企てられた。急進派が政権を掌握した長州藩も、これらと結びつき京都における政治力を強めていた。これに対し、天皇の意を受けた会津藩と薩摩藩が結託し、実力行使により長州藩及び三条実美ら尊攘派公家を京都から追放した（八月十八日の政変）。政変後の朝廷は関白に就任した二条斉敬と中川宮朝彦親王によって主導されることになる。また、10月から12月にかけて公武合体派の島津久光（薩摩藩主の父）、松平春嶽（前福井藩主）、伊達宗城（前宇和島藩主）、一橋慶喜、山内容堂（前土佐藩主）が上洛、松平容保とともに朝廷参預に任命され、朝廷の下での雄藩の国政参画が実現した。参預会議は長州藩の処分と横浜港の鎖港をテーマとしていた。しかし、これを機に主導権を握ろうとする薩摩藩と幕府・一橋慶喜の思惑の違いが絡んで横浜鎖港をめぐって対立、1864年（元治元年）2月に山内が帰国、3月には残る全員が辞表を提出してあっけなく瓦解した。3月、一橋慶喜は将軍後見職を辞し、代わって新設された禁裏御守衛総督・摂海防禦指揮に就任した。いったん京都守護職を退いていた松平容保も復帰、容保の実弟で桑名藩主の松平定敬が京都所司代に任ぜられた。ここに「一会桑政権」の基本的な枠組みが成立し、禁門の変を経て提携を深めた3者は、孝明天皇・二条斉敬・中川宮朝彦親王の朝廷と協調して慶喜の将軍職就任に至るまでの京都における政治を主導していくことになる。