宇宙暦798年/帝国暦489年10月9日～翌年1月19日。ラグナロック作戦中の陽動として行われた戦闘。しかしロイエンタールが指揮する帝国軍三個艦隊約3万6000隻はヤンをイゼルローンに拘束し、今後の策を立てる余裕を与えぬために、ルッツ曰く「嫌がらせの攻撃」、ロイエンタール曰く「あらゆる布石を惜しまない」、陽動といえども手を抜かぬ攻勢をかけた。最初の戦闘では、ヤンは旗艦ヒューベリオンを囮とすることで帝国軍の突出を誘い、その隙にローゼンリッターがロイエンタールの旗艦トリスタンへの突入に成功、シェーンコップとロイエンタールとの一騎討ちに至った。その後も戦闘は断続的に続き、レンネンカンプがアッテンボローの罠にかかって3割（約2000隻）の損害を出した。12月9日にロイエンタールは援軍の要請（に見せかけたフェザーン侵攻作戦の開始要請）をラインハルトに上申した。フェザーンが占領された後の1月19日に、ヤンが放棄したイゼルローン要塞にロイエンタールが無血で進駐。本戦闘は終了した。なお、ロイエンタールはヤン艦隊の追撃を進言したベルゲングリューンに対し、「野に獣がいなくなれば猟犬は無用になる。だから猟犬は獣を狩りつくすのを避ける…（「狡兎死して走狗煮らる」）」という、極めて意味深な返答をして却下している。
宇宙暦798年/帝国暦489年1月。イゼルローン駐留艦隊の内、アッテンボロー少将が率いる2,200隻の分艦隊が、回廊の帝国領方面を哨戒している最中に、ケンプ艦隊の分艦隊であるアイヘンドルフ艦隊1,630～1,790隻（OVA版において艦内放送で告知された推定艦艇数の最小値～最大値）と遭遇し、戦闘状態に突入した。アッテンボローの分艦隊は兵士の多くが補充されたばかりの新兵であり、その中に、軍曹待遇に昇進してスパルタニアンの搭乗資格を得たばかりのユリアン・ミンツも含まれる。原作ではアッテンボローの初登場の場面である。アイヘンドルフ艦隊は当初ヤン艦隊の名前を恐れて積極的な攻勢を躊躇ったが、8～9時間後、相手の多くが素人であると気づき攻勢に転じようとした。しかし前後してヤン艦隊のほぼ全軍1万隻以上（OVA版でのラインハルトへの報告では帝国軍の10倍の戦力）が援軍に駆けつけたため、急遽撤退に転じた。ヤンは帝国軍が戦意を失って逃走したため、無用な流血を避けるためと元来の性格のため追撃戦は行われなかった。シェーンコップは、これを「戦わずして勝つ」と評した。ユリアン・ミンツは軍曹待遇で初陣となったこの戦いでワルキューレ3機撃墜と巡航艦1隻を完全破壊し、曹長待遇に昇進した。
宇宙暦797年8月。惑星ハイネセンで発生したヤン艦隊の進攻。ヤンが考案した作戦で「アルテミスの首飾り」を破壊して救国軍事会議を無力化し、降伏に至らしめた戦い。バーラト星系第6惑星シリューナガルから1立方キロメートル/10億トンの氷塊を1ダース切り出してバサード・ラム・ジェット・エンジンを装着、光速に近い速度まで加速、相対性理論に添って重量を増した氷塊をアルテミスの首飾りに衝突させ破壊するという戦法が採られた。救国軍事会議メンバーの戦意を挫く心理的・政治的効果を狙い、また、元々アルテミスの首飾りの存在が首都星の傲慢の原因であると見做していたヤンは全ての衛星の破壊を命じたが、これは後に査問会に呼びつけられる口実の一つとなった。
宇宙暦797年5月18日。ルグランジュ中将の第11艦隊とヤン艦隊の戦い。相手の位置の把握に成功したヤンが先手を取って（原作においては第11艦隊が艦隊を2分した所を見はからって）右側面から艦隊中央部を攻撃し、亀裂が生じた箇所にグエン・バン・ヒューの分艦隊が突入。第11艦隊は2つに分断された（原作では元より2分していたので、さらに4分した事になる）。この分断されたストークスの前方部隊を本隊から引き離す役目は、原作ではフィッシャーが、OVAではアッテンボローが担当する。ルグランジュ艦隊の（原作では4分、OVAでは2分割された）本隊は、数的に優勢なヤン艦隊の大部分に包囲されて集中攻撃を受けた。8時間に渡る消耗戦の末、戦力のほとんどを失ったルグランジュはヤンに最後のメッセージを送った後ピストル自殺。おびき寄せられていた前方部隊も降伏を拒否して全滅した。第11艦隊は勝敗が決した後も降伏を拒否して自滅そのものの交戦を続けたために、戦略上意味のない損害をヤン艦隊は被ることとなり、また同盟に残された数少ない艦船も無意味に喪失した。
かつての伝説の花魁・鈴蘭が老いた今も待ち続ける客を探す銀時達は、その客が先代将軍・徳川定々であるという情報を掴み江戸城へと乗り込む。しかし殿中で銀時達は定々の罠に嵌まり、将軍暗殺未遂の罪を着せられて牢に捕らえられてしまう。そこで銀時達は鈴蘭の本当の想い人が誰であるのかを知らされ、真選組の手引きにより脱獄し鈴蘭の無念を晴らすために大量の護衛達を退け定々の元に向かうが、その前には暗殺組織・天照院奈落とその頭目・朧が立ちはだかる。かつての師・吉田松陽の怨敵である定々と朧を前に追い詰められる銀時達だったが、真選組と見廻組の協力を始めとして将軍・徳川茂々の命により江戸中の全ての警察組織が定々の敵に回ったことにより形成が逆転。天導衆の元に身を逃れようとする定々に対し、茂々は天導衆の介入を制するべく自らも将軍の座を辞すことを宣言し、定々は過去の数々の謀略を暴かれたことにより失脚し投獄され、後に銀時と同じく松陽の弟子であった高杉の手によって暗殺される。一方の茂々は天導衆により自分達に敵対する一橋派を封じるために将軍職の続投を命じられるが、その裏で繰り広げられる天導衆と一橋派の本格的な対立に巻き込まれていくこととなる。