全国各地の小学校・中学校では、夏休みの登校日などに「平和学習教育時間」が設けられているところもあるが、アニメ版「ゲン」はその時に鑑賞する原爆アニメの定番となっていた。特に、「平和教育」の盛んな広島市では、他機関からのフィルムのレンタルによる上映を含めると実に多くの小中学校でゲンが上映されていた。しかし、原爆投下時の熱線や爆風で老人や乳児を含む市民が犠牲となる描写が余りにも残虐なため、トラウマになったという者も多い。そもそも児童にグロテスクな表現を見せることが教育上よいものかとも懸念されており、児童が「平和教育」自体に拒否感を持つに至った事例も報告されている。そのためこのアニメを学校で強制的に鑑賞させることに否定的な意見を持つも多い。現在では描写がよりソフトな「トビウオのぼうやはびょうきです」などの方が好まれる傾向にある（教育現場における「ゲン」の受容に関しては『「はだしのゲン」がいた風景』第五章に詳しい）。中沢啓治本人は「はだしのゲンのアニメ映画を見たことでトラウマを植え付け、それによって原爆に対して嫌悪感を持ってくれればいい」という旨を語っているほか、自伝でも「泣き叫んだ子供達、ありがとう 君たちは原爆の本当の真実を知ってくれたのだ!」と語っており、原爆によるショックを受けることが原爆の悲惨さ、真実を知ることになるというスタンスである。また、この意見に対しては映画監督のジェームズ・キャメロンも、本作に影響を受け2009年から企画が進行中の広島・長崎の原爆をテーマとした映画『JIGOKU』（仮題）での被爆による殺戮表現を、たとえ目を覆いたくなる映像になろうと、真実から目を背けずに描きたい旨を語っている。
単行本の出版にも紆余曲折があり、当初の連載元である集英社からは、長い間単行本化されなかった。作者の中沢は「週刊誌は1週間で店頭から消えるが、単行本化すれば後まで残る」として、後々の抗議を恐れたためと生前に述べている。ただし、担当編集者だった山路則隆は前記の通り、（連載終了当時は）単行本化するだけの人気がなかったためとしている。『ジャンプ』連載にもかかわらず、ジャンプ・コミックス版がないのはそのためである。ただし、『ジャンプ』掲載分は、まず1977年に集英社漫画文庫に収録され（集英社漫画文庫版）、さらに2005年にはコンビニ向けの集英社ジャンプリミックスシリーズでも発売されており（SHUEISHA JUMP REMIX版。2005年以降も、複数回にわたり再刊されている）、2014年にはJUMP REMIX版の再刊に合わせ、この続きにあたる部分が中央公論新社より、ChukoコミックLite Special版として『はだしのゲン 第二部』のタイトルで刊行された。全編を収録対象とした単行本は、1975年に汐文社より刊行が開始された（汐文社版）。他に市民社版、翠楊社版、ほるぷ出版版、中公文庫コミック版もある。2013年現在、汐文社版、汐文社愛蔵版、ほるぷ出版版、中公愛蔵版、中公文庫コミック版が発売中である。さらに中公文庫コミック版を元にした電子書籍版もある。上記の通り、集英社漫画文庫版、およびSHUEISHA JUMP REMIX版は『ジャンプ』連載時の内容のみ、ChukoコミックLite Special版はそれ以降の内容のみで構成されており、汐文社版以外は一部の差別用語とされる単語を削除している。
天智天皇による志賀宮（近江宮）創建の際、宮中の守護神として祀られたといわれる。神亀元年（724年）、聖武天皇の夢に天照大神が現れ、「琵琶湖に小島があり、そこは弁才天（弁財天）の聖地であるから寺院を建立せよ」との神託があったので、行基を勅使として竹生島に遣わし寺院（宝厳寺）を開基させたという。また、天平3年（731年）に聖武天皇が参拝し社前に天忍穂耳命・大己貴命を祀ったといわれるほか、行基は弁才天の像を彫刻して本尊としたと伝わる。『帝王編年記』天平神護元年（765年）の記事によれば、藤原仲麻呂の乱平定に神助があったとして従五位上を授けられたという。『日本三代実録』元慶3年（879年）2月29日条には「筑夫嶋神社」の記載があるほか、平安時代中期の『延喜式神名帳』では「近江国浅井郡 都久夫須麻神社」と記載され、式内小社に列した。平安時代末からは弁才天が祀られ、弁才天を本地仏として「竹生島権現」「竹生島弁才天社」と称されるようになった。現在も「日本三大弁才天」の1つに数えられており、中でも当社は「日本最古の弁才天」「弁才天の発祥地」ともいわれる。宝厳寺との習合状態は江戸時代まで続いた。慶長7年（1602年）、豊臣秀頼が片桐且元を普請奉行として豊国廟の一部を移築したといい、現在の本殿や宝厳寺の唐門が残っている。明治に入り、明治新政府は神仏分離令を出した。これに基づき大津県庁は宝厳寺を廃寺にして神社とし、『延喜式神名帳』に見える「都久夫須麻神社」と称するよう命じた。ただし、日本全国の崇敬者の強い要望により宝厳寺の廃寺は免れて寺院と神社の両方が並存することとなった。明治7年（1874年）に都久夫須麻神社と宝厳寺の境界が決められ、明治16年（1883年）に両者の財産が区別された。以降、都久夫須麻神社と宝厳寺は別の法人となっているが、今日でも都久夫須麻神社の本殿と宝厳寺の観音堂は舟廊下で直接連絡しており、両者は不可分のものとなっている。