インディアン代理人のクロード・ド・ロリミエは西のオスウェガッチーに行った。そこではイギリス軍第8歩兵連隊のジョージ・フォースターが指揮する1個中隊がプレゼンタシオン砦に駐屯していた。ロリミエはインディアンの戦士を徴兵してモントリオール市の西から大陸軍に攻撃を掛けることを提案した。これにフォースターも同意し、ロリミエはセントレジスに行って、アクウェサスンから100名のモホーク族インディアンを徴兵した。この動きに関する情報によって大陸軍はシーダーズの防御を固めることになった。5月初旬、ナイアガラ砦でロイヤリストのジョン・バトラー大尉が、主にイロコイ連邦に属する6部族からの数百名のインディアンと会合を開いた。バトラーの目的はそれらインディアンが1775年に行った中立の誓約を破らせることだった。バトラーは経験を積んだインディアン代理人であり、インディアンに酒を飲ませ、戦闘の話を持ちかけた。結局セネカ族、カユガ族およびオノンダガ族の戦士50名以上をイギリス側につくよう説得し、さらに西部の地域からも幾らかの戦士を募った。歴史家達はこれら徴兵に応じた者達がシーダーズの戦いに参戦したか確認出来ていないが、その可能性は薄いと考えられる。歴史家のスタンレー（Stanley (1973)）は、参戦したインディアンは遠くガナノクまで徴兵に行っていたロリミエが徴兵した者に限られとの意見である。ランクトット（Lanctot (1967)）とスミス（Smith）は戦闘に参加した者の具体的部族を特定していない.。ロリミエと共にモントリオールを離れた毛皮交易業者の一人であるジェイムズ・スタンレー・ゴッダードはさらに西まで進んだが、結局ケベックを占領している大陸軍に反抗するインディアン部隊を起ち上げられなかった。ゴッダードは6月にミチリマキナック砦に到着し、そこのイギリス軍指揮官であるアレント・ドペイスターがグリーンベイ近くのメノミニー族とウィネバゴ族インディアンを徴兵するためにゴッダードを派遣した。これと同時にドペイスターは地元のインディアン通訳ジョセフ・エインスを、砦に近いインディアン部族から徴兵するために派遣した。これらの者に徴兵されたインディアンは、大陸軍がモントリオール市を離れる前に到着することはなかった。
タイコンデロガ砦に居たときにアーノルドもアレンも、守りが薄いイギリス領ケベックを占領するアイディアを大陸会議に提案していた。7月にフィリップ・スカイラー少将がシャンプレーン湖を通ってカナダに侵攻する作戦を立てる任務を与えられた。その目的はニューヨーク北部を攻撃できる重要な基地からイギリス軍を追い払うことだった。スカイラーはこの遠征隊を率いるつもりだったが、8月下旬に出発した遠征行の初期に病気になり、リチャード・モントゴメリー将軍がその部隊の指揮官となった。アーノルドは別働隊の提案をした。これはメーンのケネベック川を遡り、ショーディエール川を下ってケベック市に至るというものだった。モントリオールとケベック市を手に入れれば、カナダのフランス語を話す開拓者達がイギリスに対する革命に加わってくれるものとアーノルドは信じていた。ジョージ・ワシントン将軍とスカイラーがこの案を承認し、アーノルドをケベック市攻撃隊の大陸軍大佐に任命した。9月19日、1,100名の部隊がマサチューセッツのニューベリー港を出港し、9月22日、メーンのガーディナーストンに到着した。そこではリューベン・コルバーン少佐に前もって200隻の平底船を造るよう手配していた。これらの船はケネベック川とデッド川を遡り、ショーディール川を下ってケベック市に至る軍隊を運ぶためのものだった。デッド川上流から分水界を超えてショーディール川上流までは、陸路で船を運んでいく長い道のりがあった。悪天候、不正確な地図、川の流れの速さおよび兵士がボート操作に不慣れだったことが組み合わされて、物資が多く失われ、300名が脱落し、また200名以上が死んだ。遠征行で残った600名は11月にセントローレンス川に着いた時までに飢えのためにまた減っていた。イギリス軍はアーノルドの接近を察知しており、セントローレンス川の南岸にあった水上の乗り物（ボート、船、砲艦など）の大半を破壊していた。フリゲート艦リザード（搭載大砲数26門）とスループ船ハンター（搭載大砲数16門）の2隻の軍艦が渡河を阻止するために常に哨戒していた。それにも拘わらず、アーノルドは十分な量の船を購入し11月11日にケベック市のある対岸に渡った。しかしそこでケベックを占領するには彼の部隊の勢力が不足していることに気付き、援軍を頼むためにモントゴメリー准将に伝令を発した。一方、リチャード・モントゴメリー准将は8月下旬に約1,700名の兵士を連れてタイコンデロガ砦から北に発進した。彼はセントジョンズ砦の包囲戦に成功した後、11月13日にモントリオールを占領した。モントゴメリーが12月早々にアーノルドの部隊と合流し、総勢で約950名となった。彼らは12月31日にケベック市を攻撃した。しかし、カナダの総督でイギリス軍の指揮官だったガイ・カールトンによって、大陸軍は惨敗を喫した。モントゴメリーは襲撃を率いているときに戦死し、残った一人の士官（ドナルド・キャンベル大佐）が撤退を命令した。モントゴメリーの部隊はケベック市の壁に近付くこともできなかった。市の反対側にいたアーノルドの部隊は孤立することになった。この戦闘の初期段階でアーノルドは足を負傷した。大陸軍の中では最も敢闘したと言えるダニエル・モーガンのライフル銃部隊が市内に突入したが、結局は追い詰められて降伏した。他にも多くの者が戦死または負傷し、何百もの者が捕虜となった。アーノルドの指揮下に残ったのは350名ほどになり、無益なケベック市の包囲を続けた。このときにケベック市まで到着できた功績により、1月に准将に昇進されていたことを知った。またモントゴメリーに付いて来ていたジョン・ブラウン（この時は少佐）と諍いになった。ブラウンはモントゴメリーから昇進を約束していたらしく、それをアーノルドに請求した。アーノルドはタイコンデロガで受けた侮辱をまだ覚えていたのでその昇進を拒否し、ブラウンは直ぐに直接大陸会議に申請した。アーノルドはこのことを自分の権威に対する脅威と取り、ブラウンとさらにはイーストンを違法にイギリス軍士官の袋を略奪したとして告発した。イーストンもモントゴメリーがモントリオールを占領した時には従軍していたが、このときは南に戻っていた。ブラウンがその汚名を雪ぐために軍法会議を要求したとき、アーノルドは間接的な手段を使うことでこの二人にさらに追い討ちを掛けてやろうとしてこの要求を拒んだ（結局ブラウンはアーノルドの告発に対して審問されることはなかった）。アーノルドはデイビッド・ウースター准将の援軍が到着した1776年の春までケベック市の包囲を続けた。指揮を交代したアーノルドはモントリオールに行って、そこの軍隊指揮を執った。