当時の長安の情勢は、唐の衰退も相まって騒然としていた。治安も悪化、不審火も相次いでいた。その長安の街を夜半に発ったが（曼荼羅や膨大な経巻を無事に持ち帰るため）、夜にもかかわらず多くの長安住人の送別を受けた。送別人の多くは、唐高官の仏教徒李元佐のほか、僧侶及び円仁の長安暮らしを支えた長安在留の新羅人たちが主であった。餞けとして絹12丈（30m余）を贈ってくれた新羅人もいた（845年(会昌5年)5月15日）。歩くこと107日間、山東半島の新羅人の町・赤山まで歩いて戻った。この際、新羅人の唐役人にして張宝高の部下の将・張詠が円仁のために唐政府の公金で帰国船を建造してくれたが、密告に遭い、この船では帰れなくなる。「円仁が無事生きている」という情報は日本に伝わっていたらしく、比叡山から弟子の性海が円仁を迎えに唐にやってきて、師と再会を遂げる。楚州の新羅人約語（通訳のこと）劉慎言に帰国の便船探しを頼み（彼は新羅語・唐語・日本語を操れるトライリンガルであった）、彼の見つけた新羅商人金珍の貿易船に便乗して帰国する。円仁は劉慎言に沙金弐両と大坂腰帯を贈っている。朝鮮半島沿岸を進みながらの90日間の船旅であった。新羅船は小型だが高速で堅牢であることに驚いている。博多津に到着し、鴻臚館に入った（『行記』承和14年（847年）9月19日条）。日本政府は円仁を無事連れ帰ってきた金珍ら新羅商人に十分に報酬を報いるように太政官符を発し、ここで9年6ヶ月に及んだ日記『入唐求法巡礼行記』（全4巻）の記述を終えている（『行記』承和14年（847年）12月14日条）。54歳。最澄や空海が日本へ搬入しなかった経典やその後の新訳経典を意識的に集めて持ち帰り、日本の密教の発展に寄与した。この9年6ヶ月に及ぶ求法の旅の間、書き綴った日記が『入唐求法巡礼行記』で、これは日本人による最初の本格的旅行記であり、時の皇帝、武宗による仏教弾圧である会昌の廃仏の様子を生々しく伝えるものとして歴史資料としても高く評価され、特にエドウィン・O・ライシャワーの研究により日本でも著名になり、欧米でも知られるようになる。
津守氏は主として外交関係で活躍した一族で、『日本書紀』巻第十九では、欽明天皇の時代の遣百済使の己麻奴跪（こまなこ）、巻第二十四には遣高句麗使の大海の名前が見える。『書紀』巻第二十六、及びその中に引用された『伊吉博徳書』・『難波吉士男人書』（なにわのきしおひとがふみ）に拠ると、斉明天皇5年（659年）に遣唐大使坂合部石布（さかいべ の いわしき）と共に、遣唐副使に任命され、江南路をとって航行した。石布の船は逆風に遭い、南海に流され、石布自身は漂着した島の民によって殺され、残された乗組員（東漢長阿利麻（やまとのあやの なが の ありま）・坂合部稲積（さかいべ の いなつみ）ら5人）が島人の船を奪い出航、括州に到着し、洛陽まで辿り着くことができた。一方、吉祥の船は東北の風にのって9月16日の夜半に無事越州の会稽県須岸山（しゅがんざん、現在の舟山郡島の須岸島）に着き、余姚県（現在の浙江省余姚）に上陸して、閏10月1日に越州、現在の浙江省紹興）に到着。駅馬に乗って長安に入京した。そこから東京（洛陽）の都へ行き、天子（皇帝）高宗との謁見を許されている。この時に蝦夷の男女2名を皇帝に献上しており、この時の問答は当時の蝦夷の生活について記述された貴重な記録となっている。『難波吉士男人書』に拠れば、蝦夷人の他に、白鹿の皮1つ、弓3つ、箭（や）80を献上している。この時、蝦夷を献上したことは、『新唐書』「日本伝」にも明年（あくるとし）、〔日本の〕使者、蝦姨人（えぞひと）と偕（とも）に〔唐に〕朝（てう）す。とある。ただし、斉明天皇が崩御し天智天皇の即位後のこととして記されている。同年11月1日、唐朝の冬至の儀に参列し、朝（まう）ける諸蕃（くにぐに）の中に、倭（やまと）の客（まらうと）、最（もと）も勝（すぐ）れたりと賞讃された。ところがその後、出火騷ぎや讒言があり、吉祥らは流罪に処せられるところであったが伊吉博徳の釈明により罪を免ぜられた。しかし、「国家（くに）、来（きた）らむ年に、必ず海東（わたのひがし＝朝鮮半島）の政（まつりごと）有らむ。汝（いまし）倭の客、東（ひむがし）に帰ること得ざれ」（わが国は来年必ず海東のまつりごとをするだろう〔朝鮮と戦争をするだろう〕。お前達日本の客も、東へ帰ることが許されない）訳：宇治谷孟とされ、西京（長安）へ留め置かれて幽閉され、苦しんだと伝わる。斉明天皇6年8月（660年）の百済国の滅亡により、9月12日に解放され、19日に西京を出発した。10月19日に東京（洛陽）で先に遭難した別船の遣唐使の乗員と再会。11月1日に捕虜となった百済の王族・貴族ら50人（『旧唐書』では58人）が唐の朝廷に護送されるのを目撃している。24日、東京を出発した。翌年（661年）、越州から出航したが途中耽羅島に漂着。耽羅国王子阿波伎（あわぎ）らを連れて帰国した、と伝わる。この時のことを、『書紀』本文は、耽羅（たむら）、始めて王子（せしむ）阿波伎（あはぎ）等（ら）を遣（まだ）して貢調（みつきたてまつ）ると記述している。『書紀』・『伊吉博徳書』などの記述はここまでだが、『善隣国宝記』に引用された『海外国記』によると、664年（麟徳元年、天智天皇3年5月）、百済の鎮将劉仁願により、朝散大夫の郭務悰らが派遣された際に、9月に伊吉博徳・智弁らとともに筑紫大宰の言葉を伝えている。吉祥が渡唐の直前に記したとされる神社の伝承が、『住吉大社神代記』の原資料とされた。