永禄7年（1564年）4月、武田信玄と手を結んで越後へ攻め込んだ蘆名盛氏軍を撃破。その間に信玄に信濃国水内郡の野尻城を攻略されたが奪還し、8月には輝虎は信玄と川中島で再び対峙した（第五次川中島の戦い）。しかし信玄が本陣を塩崎城に置いて輝虎との決戦を避けたため、60日に及ぶ対峙の末に越後に軍を引き、決着は着かなかった。これ以降、輝虎と信玄が川中島で相見えることはない。川中島の戦いにおいて、信濃守護を兼ねる信玄の使命である信濃統一を頓挫させ、信玄の越後国侵攻を阻止することに成功した。一方で領土的には信濃の北辺を掌握したのみで、村上氏・高梨氏らの旧領を回復することはできなかった。10月、佐野昌綱が再び北条方へ寝返ったため唐沢山城を攻撃し、降伏させると人質をとって帰国した。
この間に景虎は、上杉憲政の要請もあって鎌倉府の鶴岡八幡宮において永禄4年（1561年）閏3月16日、山内上杉家の家督と関東管領職を相続、名を上杉政虎（うえすぎ まさとら）と改めた。もともと上杉家は足利宗家の外戚として名門の地位にあり、関東管領職はその縁で代々任じられてきた役職であった。長尾家は上杉家の家臣筋であり、しかも上杉家の本姓が藤原氏なのに対して長尾家は桓武平氏であった。就任の許可は13代将軍足利義輝から直々に貰い関東管領職の就任式の際には、柿崎景家と斎藤朝信が太刀持ちを務めた。ただし、『藩翰譜』によると、政虎自身が上杉頼成の男系子孫であるという記述がある。『応仁武鑑』や『萩原家譜案』にも、上杉頼成の男子（長尾藤景）が長尾氏へ入嗣した旨が記されている。しかし、他の系図では上杉家から養子を迎えたのは下総に分家した長尾であって、越後長尾氏には直接関係無いとする系図がほとんど（景為あるいは景能の流れ）である。実際の血統が繋がっていなくとも、長尾家も佐竹家と同じく上杉家からの養子を迎えた家系ということになる。なお、山内上杉家では、室町時代後期に関東管領が天皇の綸旨にて任じられた事がある経緯から、関東管領職が朝廷の官職と同一とみなされて上杉顕定以降の関東管領は朝廷から任官を受けたり官途名を名乗る事は無く仮名を名乗り続け、関東管領前に任官を受けたり官途名を名乗っていた者は以降の官位を受けずに就任前の名乗りを続けていた（公式には官職名や官途名が優先されるため）。謙信が関東管領就任以降に官位を受けずに「弾正少弼」のままでいたのはその慣例に従ったとみられている（先例として顕定の前任者で管領就任後も兵部少輔を称し続けた上杉房顕がいる）。
公判はジョゼフ・カントリーを裁判長に据えて、1979年5月8日から6週間続いた。ソープは自分の弁護のためジョージ・カーマンを雇い、事件はカーマンが初めて担当する注目の裁判となった。カーマンはすぐに、ソープが無罪になれば、新聞社からベッセルに支払われる金銭が半額になる契約だったと暴露し、ベッセルが有罪判決を強く望む立場にあったとして、彼の証言の信用性を大きく貶めた。5月22日にカーマンは、スコットの反対尋問で「1961年の段階で、ソープに同性愛傾向があると知っていましたか？」と尋ねた。依頼者であるソープの性指向を遠回しに認めたことになるが、これはソープの性生活の証人が呼ばれるのを避けるための戦略であった。それでもやはり、カーマンはソープとスコットの肉体関係には確固な証拠が無いと主張し、カーマンはスコットのことを「この常習的な嘘つき、社会的上昇を狙った居候」（英: "this inveterate liar, social climber and scrounger"）と切り捨てた。公判付託決定手続で起訴状に関する証拠が数週間にわたって提出された後、6月7日から弁護が始まった。ディーキンは、ホームズにニュートンを紹介したのは自分だが、脅迫者に対処するための人選だと考えており、殺人の共謀については一切知らなかったと証言した。ディーキンは公判で証言した唯一の被告で、ソープらは証人も立てず沈黙を貫いたが、これはベッセルやスコット、ニュートンの証言では起訴が成立しないと考えてのことだった。スコット側と弁護側弁護士から閉会宣言が出された後、6月18日に判事は説示を始めた。ソープの輝かしい公的記録を強調しながら、彼はスコット側の主要証人に対して容赦無い非難を浴びせかけた。ベッセルは「ペテン師」（英: "humbug"）で、スコットは詐欺師・すねかじり・不平たらし・他人にたかる厄介者だとされたが、スコットについては「しかし勿論、彼が真実を話している可能性もある」（英: "but of course he could still be telling the truth."）とした。ニュートンは「この一件からできるだけ甘い汁を吸おうとした」（英: "determined to milk the case as hard as he can."）と評された。6月20日、評決のため陪審員団が退席し、2日後に公判を再開して、4人の被告全員に完全無罪を宣告した。短い公式声明の中で、ソープは評決を「完全な無罪証明」（英: "a complete vindication"）と考えていることを明かした。スコットは結果に「驚かない」（英: "unsurprised"）と述べたが、判事が裁判官席という安全な場所から、自分の性格を非難したことにはうろたえたとした。2014年12月に英国放送協会 (BBC) が放送した調査ドキュメンタリー番組で、アンティーク銃火器の収集家であるデニス・ミーアン（英: Dennis Meighan）は、匿名の古参自由党員から、スコットを殺すため13,500ポンドで雇われたと明かした。彼は代わりに仕事を協力者だったニュートンに譲り、彼に武器を調達してやったと述べている。ミーアンは1975年に当局へ声明を渡したが、ソープに関する言及を全て除かれ、警察によって完全にねじ曲げられてしまったと述べている。ミーアンはその後の公判でも、証人として呼ばれることは無かった。ミーアンは「あれはもみ消しで、何の疑問も無いが、自分には好都合だった」(英: "It was a cover-up, no question, but it suited me fine"）と述べている。