この論争は福澤が『明六雑誌』の外から提起したものであった。福澤の代表作『学問のすすめ』第4篇において、学者とは官職に就くべきでなく、野にあるべきである。啓蒙の目的の一つは民衆の無気力・権力への卑屈さを克服することにあるが、それらは専制政府によってもたらされる。つまり真に啓蒙を行おうとすれば、官途にあってはできない、民間の力によって成し遂げられねばならないというのが、福澤の意見であった。そして在官学者を「恰〔あたか〕も娼妓の客に媚るが如し」と痛烈に批判したのである。これに対して加藤、森、津田、西ら在官組が反論した。ただ福澤も他の同人も基本的に官民協調論に立つことは共通しており、批判は福澤が民に比重を置きすぎているという点に加えられたに過ぎない。それでも在野精神旺盛な福澤は、明六社にあってやや異色なところがあって、他の在官啓蒙家たちに批判的な部分があった。明六社には最後まで在籍したものの、『明六雑誌』には僅か三本しか論説を発表していない。この点につき『学問のすすめ』や『文明論之概略』の執筆時期と重なるとはいえ、少なすぎると指摘する研究もある（戸沢1991）。明六社同人内の官/民をめぐる思惑のすれ違いは、やがて『明六雑誌』停刊の際に噴出することになる。
『明六雑誌』は識者同士が議論すること、そしてそれを誌上に掲載することで世論を喚起しようとした新しいメディアである。雑誌に掲載された議論については、その目論見通り様々な反響を呼び、各種新聞には多くの投書が寄せられたという。誌上における有名な論争を挙げるならば、以下のものを無視することはできない。
『明六雑誌』のこれまで述べてきたような特徴は、彼らの論説に混じって掲載された翻訳の中にその源泉を見ることができる。雑誌に掲載されたのは全156本中16本が翻訳であって、中村正直が7本を占めている。翻訳は特に初期に多く掲載された。取り上げられたのは、ベーコン、トマス・ホッブス、スペンサー、ブルンチュリ、ヘンリー・バックルなどであった。
「忠諒易直」が明治の世にあっては「無気無力」と断ぜられた背後には、人間に対する見方の変化がある。江戸時代に体制教学であった朱子学は人間の欲望充足・利害への関心に厳しい抑制を求めていた。しかし『明六雑誌』の啓蒙主義は、迷信や因習に縛られない自由で合理的な精神を追求し、欲望や利害に関し肯定的な功利主義に立つ人間像をもっていた。たとえば津田真道は「情欲論」（第34号）において情欲を「天性の自然」と肯定し、西周「人世三宝論」（第38号他）では健康と智識と並んで「富有」を宝だと述べている。
上記は制度改革について論じたものの例であるが、一方で国民の考え方、気風を変えるべきとの姿勢も顕著である。中村正直の「人民の性質を改造する説」（第30号）、西周の「国民気風論」（第32号）などにその特徴が濃厚である。たとえば後者を要約すると、日本人の気風には専制政治を甘んじて受ける「奴隷根情〔ママ〕」が見うけられ、幕末まで美点とされてきた「忠諒易直」（心根が真っ直ぐであること）は、鎖国を国是としない明治の世では「無気無力」の別名に過ぎないとまでいう。これは彼らが国民とは何かという問いをもって、西欧の書物を開く時、そこに頻出する“individual”あるいは“individuality”という語彙に触発されてのことである。現在でこそ、このことばには「個人」という訳語が定着しているが、当時は未だ定まった訳語はなかった。自由独立な権利の主体という概念がそれまでの日本には無かったためである。『明六雑誌』では「人々」・「個々人々」（以上西周）、「各個」・「人民各個」（以上西村茂樹）という訳語が当てられており、訳語に苦労したことがうかがえる。つまり彼らのいう日本人に見える「奴隷根情〔ママ〕」なるものは、“individual”（“individuality”）に照らされて浮かび上がった問題意識であった。こうした西欧を指標として日本との落差を計測する姿勢の背後には、一国の文明化・強国化の要件として国民一人 々 の知識獲得や文化程度の向上を求める単線的な発展史観があったのである。
当初、徳川家康と佐久間信盛は、武田軍の次の狙いは本城・浜松城であると考え、籠城戦に備えていた。一方の武田軍は、二俣城攻略から3日後の12月22日に二俣城を発すると、遠州平野内を西進する。これは浜名湖に突き出た庄内半島の先端に位置する堀江城（現在の浜松市西区舘山寺町）を標的とするような進軍であり、武田軍は浜松城を素通りしてその先にある三方ヶ原台地を目指しているかにみえた。これを知った家康は、一部家臣の反対を押し切って、籠城策を三方ヶ原から祝田の坂を下る武田軍を背後から襲う積極攻撃策に変更し、織田からの援軍を加えた連合軍を率いて浜松城から追撃に出た。そして同日夕刻に三方ヶ原台地に到着するが、武田軍は魚鱗の陣を敷き万全の構えで待ち構えていた。眼前にいるはずのない敵の大軍を見た家康は鶴翼の陣をとり両軍の戦闘が開始された。しかし、不利な形で戦端を開くことを余儀なくされた連合軍は武田軍に撃破され、日没までのわずか2時間ほどの会戦で連合軍は多数の武将が戦死して壊走する。武田軍の死傷者200人に対し、徳川軍は死傷者2,000人のほか、鳥居四郎左衛門、成瀬藤蔵、本多忠真、田中義綱といった有力な家臣をはじめ、先の二俣城の戦いでの恥辱を晴らそうとした中根正照、青木貞治や、家康の身代わりとなった夏目吉信、鈴木久三郎といった家臣、また織田軍の平手汎秀といった武将を失った。このように野戦に持ち込んだことを含めて、全て武田軍の狙い通りに進んだと言えるが、戦闘開始時刻が遅かったことや本多忠勝などの武将の防戦により、家康本人を討ち取ることはできなかった。