明治時代初頭の1872年（明治5年）、西洋の政治・文化の影響もあり、ソドミーの中で男性同士の肛門性交のみを禁じる鶏姦条例が発令された(ソドミー法)。この条例名は清律(en)の㚻姦（けいかん）罪から取られ、㚻の字には音が同じ「鶏」が当てられた。翌1873年（明治6年）には「改定律例」第266条に鶏姦罪として規定し直され、違反した者は懲役刑とされた。しかし1880年（明治13年）制定の旧刑法にはこの規定は盛り込まれず、1882年（明治15年）1月1日の同法施行をもって鶏姦罪は消滅した。短い期間ではあるが、日本の歴史で唯一、男色が禁止されていた時期であった（元禄時代は衆道が日常的だった）。ただし同性愛自体が違法化されたわけではなく、薩摩藩（現在の鹿児島県）などでも男色は引き続き行われており、事実上はザル法化していた。この期間を除いて日本では同性愛行為を規制する法律は存在せず、成人の同性間の私的な性的行為は、日本国内では違法ではない。1872年（明治5年）、当時の東京などで違式註違条例布達が出され女子の断髪が禁止された。違反者は罰金が科されたため、FTMのトランスジェンダー、トランスセクシュアルは自身のセクシュアリティを表現できなかった。強姦罪は、男性器が女性器に挿入された場合のみ適用され、ゲイの加害者が男性の被害者に暴行又は脅迫を用いて肛門性交を行う、もしくはレズビアンの加害者が女性の被害者に暴行又は脅迫を用いて性行為を行ったとしても量刑が軽い強制わいせつ罪が適用された(強姦罪は3年以上の20年以下の懲役であるが、強制わいせつ罪では6ヶ月以上10年以下)。やがて2017年（平成29年）7月13日に、被害者が女性の場合のみに限定されていた強姦罪は廃止され、女性に限らず男性が被害者の場合を含む性別不問の強制性交等罪の規定が設けられた「強制性交等罪」がその役割を引き継いだ。ストーカー規制法は加害者が同性であっても適用される。
日本の刑法176条（強制わいせつ罪）の規定においては、男女ともに性的同意年齢は13歳に設定されている。しかし、都道府県などで淫行条例により成年と18歳未満との「淫行」(詳細な定義は淫行条例の項を参照)は禁止されている。また日本の売春防止法は売春における実際の性行為（または管理売春）を禁じている。同法では男女間の行為を定義しており、同性間の行為はその模倣とみられるため、同性間の売春は直接的に禁止されていない。
さらに、保守派の教育学者である高橋史朗は「国民の道徳心を低下させ、国民としての誇りとアイデンティティーを『完全に破砕』するための長期洗脳計画を研究したのがタヴィストック研究所であるが、その一つが同性愛を推奨することにあった
性役割や男らしさ・女らしさを否定する『性革命』によって、性道徳を破壊し、『女性を社会に進出させて税収を増やし、家族崩壊へと導く「男女同権運動」』を推進する戦略を考案したのである」と述べている

政党用件を満たす政党の中で、LGBTに関する公約を掲げているのは、自民党、立憲民主党、公明党、日本共産党、社会民主党 の5政党である。2003年（平成15年）7月10日には自民党と公明党（自公連立政権）により、第1次小泉第1次改造内閣（小泉純一郎首相）により、性同一性障害の人々の戸籍変更などを認める「性同一性障害者の性別の取扱いの特例に関する法律」（性同一性障害特例法）が成立された。同法は、翌2004年（平成16年）7月16日に施行された。その他政治団体では緑の党グリーンズジャパンと幸福実現党、東京・生活者ネットワークが言及しているほか、日本維新の会も、「レインボープライド愛媛」が2012年（平成24年）に行った政党アンケートで、人権問題として性的少数者らの問題に取り組んで行くことや同性結婚の導入に賛成した。ただし、日本維新の会の公約では言及していない。2014年（平成26年）には、次世代の党（当時、現在の日本のこころ）も言及したが公約では言及していない。
1988年のウィスコンシン州マディソン。写真家のベスは夫パットと2人の息子、生まれたばかりの娘の5人で幸せに暮らしていた。ある日、ベスは高校の同窓会に子供たち3人を連れて行くが、7歳の長男ヴィンセントに手をつないで待っているように言っておいた3歳の次男ベンが、ベスが目を離した隙に行方不明になる。担当のブリス刑事らの懸命な捜査にもかかわらず、ベンが見つからないまま9年の月日が流れる。家族でシカゴに移り住んだベスは、ある日、近所に住む12歳の少年サムがベンにそっくりであることに気付く。ブリス刑事らに連絡して調べてもらったところ、サムがベン本人であることが判明する。ところが、サムの父ジョージにはサムが誘拐された子であるとの認識は全くなく、サムは亡き妻の連れ子であり、しかも、5年前に自殺したジョージの妻がベスの高校時代の同級生セシルであることが分かる。その後の警察の捜査により、子供を亡くして精神を病んでいたセシルが、亡くなった自分の子と同い年のベンを9年前の同窓会で誘拐し、その後、自分の連れ子としてジョージと結婚したことが明らかになる。ベンであることが明らかになったサムはベスの家族と暮らすようになるが、9年間のブランクは埋められず、サムと家族の関係はぎこちないものとなる。そして、血の繋がりはなくても自分を深く愛して育ててくれた養父ジョージを忘れられないサムは、ベスらに隠れて家を抜け出してジョージの家で夜を過ごすようになる。そんなサムに対して、家族は一緒にいるべきとするパットは激しく怒るが、サムの幸せを心から願うジョージの愛とサムの深い苦悩を知ったベスは、サムをジョージのもとに返すべきと考えるようになり、パットの反対を押し切ってサムをジョージの家に送り届ける。ある夜、長男ヴィンセントが飲酒運転で事故を起こし、逮捕される。面会に行ったベスはベンの失踪をきっかけにヴィンセントに辛い思いをさせて来たことを詫びる。別の日、ヴィンセントの面会にやって来たサムは、幼いときの兄ヴィンセントの記憶がかすかに残っていたことを話す。ヴィンセントが釈放された後のある晩、サムが家にやって来てヴィンセントをバスケに誘う。サムはジョージと話し合い、ベスの家族と暮らすことを決めたのだ。そんなサムにヴィンセントは、自分が9年前に弟を鬱陶しがって追いやったために行方不明になったのだとずっと責任を感じていたと告白する。そんなヴィンセントにサムは、普通のことだから気にするなと言う。兄弟2人の絆が確かに結ばれたその瞬間をベスとパットは温かく見守る。