1197年、テムジンとオン・カンの同盟軍はメルキトに対し遠征した。この戦いでメルキトの一氏族がセレンガ川付近のモナチャという地方で敗れたので、テムジンはこの先勝によって得た戦利品をことごとくオン・カンに手渡した。この援助によって窮境から立ち直ったオン・カンは翌年（1198年）、テムジンに相談することなく、新たにメルキトを遠征するに足りる兵力を集めることができた。オン・カンはメルキトをブウラ・ケエルの地で破り、トクトアの子のトクズ・ベキを殺し、その一子チラウン、弟のクドを捕え、その家族と家畜を奪ったが、テムジンにはこれらの戦利品を何も分配しなかった。この侵略によってトクトアはセレンガ川のかなたの地方、バイカル湖の東側にあるバルグジン・トグムの地方へ逃亡した。トクトアはすでに2人の弟、クトとオルチャンをタイチウト氏族のもとへ派遣し、自分のために兵を挙げるよう乞うていたが、ようやくタイチウト氏族の有力な首領、アンクゥ・アクチュウ，クリル，クドダル，タルグタイ・キリルトクらは大砂漠の中に集合した。オン・カンとテムジンは1200年の春、サアリ平原で会見し、タイチウト氏族を攻撃することに一致し、これを破った。クドダルとタルグタイは追撃を受けて、ウレンウト・トラスという地で捕えられて殺された。タルグタイを殺したのはスルドス氏族のソルカン・シラの子チラウンであった。この戦争の張本人であるアンクゥ・アクチュウはトクトアの両弟と一緒にバルグジンへ逃げ込み、クリルはナイマン部族のもとへ難を避けた。テムジンは女真領土の境界に臨むチェケチェルで越冬した。この地で冬をすごしたのち、テムジンは自分に対し連合して攻めてきた諸部の首領たちを攻撃したが、それらの首領とはメルキト族のアラク・ウドル，タイチウト氏族のキルカン・タイシ，タタル部族のチャクルとカルバカルらで、すべて勇気と野心には恐るべきものがあった。テムジンはこれらをダラン・ネムルゲス平野で攻めて勝ち、その所有物を略奪した。モンゴル族の支配権を手に入れようと熱望していた首領たちは少なくなかった。この競争者はキヤト・ジュルキン氏族の王公サチャ、ジャディラト氏族の首長ジャムカ、テムジンの弟ジュウチ・カサル、アラク・ウドルであったが、最後にその競争相手の中で最も有能で最も幸福であったテムジンは自分の弟（ジュウチ・カサル）を除くすべてをついに倒した。
トクトアは父の偉業を継ぐ形で、メルキトの勢力をモンゴル諸部族やケレイト、さらに東方のコンギラト部族になどにも自らの影響力をおよぼそうと努めていた。『集史』「メルキト部族誌」ではメルキト部族について、「軍勢も多数あり戦争にあっても力強い強大な部族であった」と述べている。また『集史』ではトクトアに対してケレイトのオン・カンやナイマンのタヤン・カン、グチュルク・カンなどと並び「メルキト部族の帝王（パーディシャー）」と呼び、かれの地位を「王位（パーディシャーヒー）」とさえ呼んでいる。
諏訪に伝わる入諏神話は、土着の氏族が外来侵入勢力に降伏して統治権を委譲した出来事に基づいていると考えられている。諏訪上社の神長官（じんちょうかん）を務めてきた守矢氏はかつて諏訪・上伊那を中心とするミシャグジ祭政を統括した氏族であったと考えられている。守矢氏がミシャグジ奉斎を「専らの役」とし、諏訪の各郷村のミシャグジ信仰は守矢氏の手に握られていたと思われる。しかし、守矢氏が諏訪に進入してきた勢力（のちの神氏）との覇権争いに敗れた後、祭政権の交代が行われ、大祝（おおほうり）と呼ばれる幼い現人神を中心とする新しい体制が生まれた。この大祝は、諏訪明神（建御名方神）の「御正体」（いわば身代わり）とされ、生き神として信仰の対象となった。この新しい体制の中で、大祝を祀る祭司・神長（かんのおさ）の位置に置かれた守矢氏は、古来の神ミシャグジを立てて、大祝の即位を執行し、祭事を司った。こうして大祝と守矢一体の祭政が確立した。諏訪に進入した神氏を稲作技術をもたらした出雲系民族（弥生人）とする説や、三輪氏系統に属する一族とする説、大和朝廷に仕える馬飼集団の金刺氏（科野国造家の一派）とする説がある。三輪氏系統の説においてはその侵入時期は諸説あるものの、概ね顕著な龍蛇信仰、本殿を持たない神社、神話における出雲や三輪との関係性、須羽君・神人部などの氏姓を根拠とするものである。馬飼集団の説においては、金刺氏が伊那郡から天竜川を北上して諏訪に進入したのは6世紀後半（古墳時代後期）だとされているが、異論もある。そもそも南信側には皇祖神などを祀る古く規模の大きな神社が存在せず、国造に関する伝承や神社も存在しない。飯田古墳群の成立も5世紀代と遅く、諏訪氏（洲羽国造）との婚姻関係や崇神天皇時代の国造任命とする記事とのズレ、龍蛇信仰を伴う合理的な説明がなされていない。それに対し北信は4世紀代から埴科古墳群など畿内との関わりが深い前方後円墳が多数築造され、崇神天皇の時代と符合する。また北信には生島足島神社など皇室に所縁のある古社が存在し、科野大宮社など国造に関する伝説も存在する。なおこの時代には横穴式石室の古墳が5世紀から6世紀中頃まで続いた在地型の周溝墓（いわゆるフネ古墳型古墳）に取って代わるが、これは金刺氏の影響だと考えられる。また、『信重解状』「御神宝物事」に見られる、「大明神が天降った時に真澄の鏡（銅鏡）・八栄の鈴・唐鞍・轡を持ってきた」という伝承が、諏訪に横穴石室古墳文化と飼馬技術を持ってきた人々の姿を表しているとも解釈されている。