抜歯を行うことによって、偶発症が発生することがある。偶発症の中には、歯科医師の力量や注意の不足によるものもあれば、患者本人の不注意によるものもあるが、注意しても避けられないものも多い。しかし、どのような状況が発生しても対応する判断力が歯科医師には必要とされる。抜歯の偶発症でもっとも知られるものは、三叉神経や顔面神経の麻痺である。たとえば、下顎の歯、特に下顎第三大臼歯では、根尖部のすぐ近くを三叉神経第三枝である下顎神経の枝の下歯槽神経が走行している。抜歯時に歯根がこの下歯槽神経を圧迫し、傷つけるという事がある。これにより口唇等にしびれが長期にわたり残ることがある。一方、レントゲン上では歯根と神経とに十分な距離があり、暴力的抜歯、過度な抜歯窩掻爬といった過失が認められないにもかかわらず、ある意味不可避的に神経麻痺が生じることもある。下顎第三大臼歯の抜歯で、もっとも恐ろしい偶発症は、翼突下顎隙に抜去した歯牙が迷入することであり、口腔底に感染源を押し込むことになり、しばしば重篤な感染が生じる。また、迷入歯牙を摘出するためには，全身麻酔下で外部からの切開を必要とすることが多い。この他、上顎の歯が、上顎骨の上顎洞に迷入することや、抜歯後に止血しにくいことや、いったん止血した後に再び出血すること（後出血）等がある。軽度の血友病などの血液疾患がこのことにより発覚することもある。またどの歯においても起こり得るものとして抜く前に歯根が入っていた穴が塞がらず開いたままになり歯槽骨が露出するドライソケットがある。
タカ派であり、介入主義的な傾向を持つ。ブッシュ大統領の「自由と民主主義の価値観を世界に広める」「全ての独裁の打倒」といった主張を支持し、いわゆるネオコンの外交思想と通ずる部分も多い。現実に、同勢力の論客であるウィリアム・クリストルやジョン・ボルトンは、マケイン支持を表明し、ロバート・ケーガンは大統領選の際に外交顧問を務めた。ただし、中東の民主化に関しては、ブッシュ政権が同盟国として重視したサウジアラビアなどの絶対王政も転覆させて、初めて成立するとも考えている。イラク戦争については「フセイン独裁打倒」という点から支持、2002年にはジョー・リーバーマンらと共に、イラクへの武力行使を可能とする決議を提出した。具体的なイラク政策においては、ドナルド・ラムズフェルド前国防長官を「米国史上最悪の国防長官」として強く非難したことがあるが、これは「少数精鋭・ハイテク兵器至上主義戦争論」に対し向けられたもので、マケインは一貫してイラク平定には数十万人の兵力が不可欠と主張し続けており、2007年の増派も強く支持した（後述）。兵力増強については、アメリカ軍とりわけアメリカ陸軍が開戦前から主張しながら、ラムズフェルドにことごとく退けられてきた経緯があり、ブッシュ政権初期の際に陸軍参謀長を務めていたエリック・シンセキは兵力増強を巡るラムズフェルドとの対立から、その職を辞している。このほか中東に関しては、イスラエルを強く支持し、イランの核問題を巡っては、CBSに出演した際、最終手段として限定的空爆も排除すべきでないとしている。また、親イスラエル派でもあり、中東におけるイスラエルの軍事的優位の維持やイスラエル軍によるパレスチナ内での軍事作戦を支持しており、「エルサレムはイスラエルの不可分の首都」と東西エルサレム分割案にも反対している。中東訪問の際もイスラエルに配慮して、パレスチナ自治区は訪れなかった。しかし、この訪問の際に「イラクのアルカーイダは、イランを拠点にイラクへ出撃している」「イランがアル＝カーイダを支援している」「ターリバーンはシーア派過激派」などと、事実と異なる発言をしている。介入主義的傾向は東アジアに対しても向けられる。マケインはプーチン大統領のロシアに対する最も厳しい批判者として知られ、その言論弾圧・政敵の排除や覇権主義的な外交を非難、G8の一員としての資格にも疑問を向け、ロシアを外す代わりに、インドとブラジルをメンバーに加えるべきだとしている。ミャンマーの軍事政権への支援を巡っては、軍政に対する小規模でも経済支援を続ける、日本国政府の川口順子外務大臣（当時）を名指しで糾弾した。また対北朝鮮外交の強硬派であり、食糧支援や大韓民国の太陽政策を厳しく批判したこともある。ウクライナではオレンジ革命を支援した（この動きを支援した同じ名前のNGOの代表であった。現在も中枢にいる）。また、コソヴォ独立運動の熱心な支援者でもあり、コソヴォ独立を承認しないロシアとセルビアを強く非難していた。また、1999年にCTBT批准の是非が米国上院で議論となると、ジェシー・ヘルムズと共に当時対応に慎重だったトレント・ロット院内総務を説得、否決への流れを作る。他方で自身の捕虜としての経験もあり、捕虜や囚人の人権問題に最も熱心に取り組む議員として知られている。対テロ戦争を巡ってアブグレイブ刑務所などで問題化した、捕虜・囚人の拷問・虐待問題を厳しく批判し、「敵に対する態度こそ、アメリカ自身の姿をはっきりと描き出す」（“What America does to its enemies defines America itself.”)との態度のもと、グアンタナモ米軍基地を含む収容所で、囚人への非人道的扱いを禁止する法案修正などを主導し、グアンタナモの閉鎖も主張した。マケインは同盟国を中心とした民主主義国家との連携を重視し、2008年大統領選に向けた外交構想において、それを「民主国家連盟」という概念の元に提示した（フォーリン・アフェアーズ2007年11-12月）。2008年大統領選の有力候補のうちでは、比較的日本に対する人脈や関心が強いと言われており、そのアジア政策の作成には海軍兵学校の後輩にあたるリチャード・アーミテージが関わっている。前述の構想における、日米同盟の強化、拉致問題を含む北朝鮮の人権問題への関心、日本の国連安保理常任理事国入りへの賛意、「価値観外交」「自由と繁栄の弧」への言及などにそれが現れている。こうした対日関係を重視する政策については、日本国政府関係者などに、現ブッシュ政権との継続性という観点から望ましいとする見解が多いが、集団的自衛権問題を始め、安全保障協力における対日要求も強まることも指摘された。