化学分野でコンタミネーションとは、想定しているもの以外の化学物質の混入をいう。化学実験では様々な試薬や器具を用いるが、試薬の純度が低かったり、器具をよく洗浄していなかったりするとコンタミネーションが生じる。コンタミネーションの影響はスペクトルの正体不明のピークや収率の大幅な低下など、通常は負の結果をもたらすことが多い。が、ごく稀には新規な化学反応の発見などのセレンディピティにつながることもある（反応容器のわずかな汚れが予期せぬ触媒として働いた例がある）。
分子生物学分野では、既存の生物に外来遺伝子を導入したり、その生物が持つ遺伝子を潰したりした遺伝子組換え生物を作出して実験に用いることがある。これらの人為的に作り出された生物は、本来、自然環境には存在しないものであるため、これらが周囲の環境に漏出した場合、生態系に悪影響を与える可能性が考えられる。これを遺伝子組換え生物による遺伝子汚染と呼ぶ。このような事態を避けるため、遺伝子組換え実験は、用いる対象の病原性の有無などに関わらず、管理区域内で正しく行われなければならないが、万一実験中の誤操作によって実験室や実験者が汚染されると、それを介して管理区域外に汚染が広がる危険性があるため、注意が必要である。また、特に遺伝子組換え作物の場合には、受粉による遺伝子汚染が問題視されており、この問題を解決するため繁殖能力を持たない作物のみを用いるなどの対策が行われている。詳細については遺伝子組換え作物、遺伝子汚染の項も参照のこと。
RNaseはRNAを分解する働きを持った酵素である。その本来の役割は、生物が細胞内でDNAからタンパク質を作り出す過程で一時的に必要になるmRNAについて、その役目が済んだ時点で分解することだと考えられている。RNAをin vitro（試験管内）で扱う実験では、RNaseが試料中に混入すると、実験中にRNAの分解が起こってしまい、正しい結果を得ることができない。RNaseはすべての生物に存在しているが、いずれも熱などに対して非常に安定で破壊されにくく、雑菌混入を防ぐために行われるオートクレーブ滅菌（約120℃2気圧15分）処理でも、器具や溶液中のRNaseを完全に除くことはできない。このためRNAを扱う実験では通常の滅菌処理、無菌操作以外に、RNaseを失活させ、その混入を防ぐことが要求される。RNA実験に用いる水は、あらかじめジエチルピロカーボネート(DEPC)で処理することでRNaseを破壊し、その後、DEPCの毒性を除くために所要時間経過後、オートクレーブ処理して用いる。
分子生物学分野でもまた、遺伝子組換え実験のためにさまざまな生物材料を用いるため、上記した生物学全般の問題である、雑菌混入やバイオハザードがコンタミネーションとして問題となる。このため、基本的な対処法は生物学分野のものと共通であるが、この他に分子生物学特有の問題としてRNaseのコンタミネーションや、遺伝子組換え生物による遺伝子汚染が挙げられる。
この他、リンパ球などの免疫担当細胞を培養する実験では、エンドトキシン（内毒素）が実験に用いる水にコンタミしている場合に問題になる場合がある。エンドトキシンは細菌の細胞壁に由来する成分であり、免疫担当細胞の一部にはエンドトキシンと反応して分化してしまうものがあり、これが実験結果に影響するためである。これらの実験では特に純度の高い純水を用いる必要がある。
ヒトに対する病原体や、あるいはヒトには病原性がないものの環境に広まると重大な被害を及ぼしかねない、動物や植物に対する病原体を扱うとき、これらの実験材料を実験中に誤ってこぼしたり、実験者に付着した場合もまた、一種のコンタミネーションに相当し、これは特にバイオハザードと呼ばれる。詳細はバイオハザードの項を参照のこと。
生物学分野では、特に細胞や微生物などを人工的に培養するときの、雑菌混入のことをコンタミネーションと呼ぶことが多い。また、ヒトや環境生物に対して病原性を持つ細菌やウイルスなどで、実験室や実験者が汚染された場合にもコンタミネーションと呼ぶことがある。ただし、後者については、特にバイオハザードという呼び方で区別されることも多い。
哺乳類の全身に分布する汗腺は、基本的にはアポクリン腺様式で、脂質やタンパク質などを多く含む乳白色の分泌物を皮膚上に分泌する。この分泌物は皮膚の常在細菌の作用で分解して臭いを発することにより、社会的、あるいは性的な個体間関係を取り結ぶ、フェロモンとして機能している。しかし、ヒトでは例外的に全身にエクリン腺様式の汗腺が発達して体温調節の機能を担っており、アポクリン腺様式の汗腺は皮膚の限られた場所に集中して分布する。そのため、ヒトのアポクリン腺様式の汗腺をエクリン腺様式の全身の汗腺（小汗腺）から区別して、特に大汗腺（だいかんせん、英: large sudoriferous gland）と呼ぶ。汗の成分は発汗の原因によって変わってくるが、苦痛などのストレスを受けて出るいわゆる脂汗はこの汗が多く含まれており、脂汗の言葉が示すように、粘度も高くなっている。大汗腺の発生は表皮性毛嚢に由来しており、毛穴に開口することが多い。分布する位置により、腋の下にある腋窩腺、外耳道にある耳道腺、乳首の周辺の乳輪腺、肛門近辺の肛門周囲腺、瞼にある睫毛腺、鼻にある鼻翼汗腺などに分けられる。日本社会に代表されるモンゴロイド人種が多数派となる社会のように、腋窩腺分泌物に由来する臭いが弱い個体が大多数を占める人間集団では臭いの強い個体が社会的に忌避され、強いストレス下におかれることがある。そうした臭いの強い個体の形質を腋臭症（わきが）と呼び、疾患として扱われている。