日進は文永8年（1271年）下総国東葛飾郡大柏村（現・千葉県市川市北東部）で曽谷次郎兵衛尉教信の次男として生まれた。父の曽谷教信は同郡八幡庄曽谷郷（現・市川市曽谷）の領主で幕府に仕えていた役人だったとされる。多くの宗門史跡を遺した日通の見解を記した「御書略注」や「玉沢手鑑草稿」では、日進の父・曽谷教信は皇后宮大進清原真人行清の子孫・大野右衛門大夫清原政清の子で、政清は日蓮の母の兄と著されている。つまり日進は日蓮の母方の従兄弟に当たる曽谷教信の子であったという。日進の祖父・大野政清は念仏信者で、父の曽谷教信は祖父に背いて従兄弟の日蓮に帰依し、入道後は法蓮日禮と称して日蓮を支援をしたとされる。また曽谷教信の弟で日進の叔父にあたる大進阿闍梨が建治年間（1275年ー1278年）中に没した為、その号であった大進公・大進院・三位公・大進阿闍梨を日進が受け継いだという。
日進の出生を下総の曽谷氏とする記載は「御書略注」と「玉沢手鑑草稿」にみられ、いずれも日通の考証である。「御書略注」は嘉永元年（1848年）玉沢妙法華寺41世日桓の下で修業した境達院日順が、日通の「祖書証義論」を抜粋して和訳した日蓮の伝記である。日蓮の遺文を年代順に抽出編集し、日蓮の家系の考証から遊学、立教開宗から入滅までの事跡に加え、日蓮滅後の教団初期の動向についても詳しく著されている。また「玉沢手鑑草稿」は日通の晩年の著述で、近世初頭の日昭門流、身延門流の幕府への接近の背景を知る好資料である。玉沢妙法華寺の日昭以下歴代貫主の略伝、日通に至るまでの玉沢諸堂の沿革、宝物等で構成されている。現在、妙法華寺塔頭の覚林院24世日鎮が文政5年（1822年）に書き写した写本が伝えられている。
境持院日通は、日蓮の本弟子で六老僧の筆頭・日昭が開山した静岡県三島市の経王山妙法華寺（玉沢妙法華寺とも称す）の33世である。元禄15年（1702年）下総郡香取郡に生まれ、安永5年（1776年）に没した。日通は日蓮及び門下檀越の史伝に通じ、その著書は幅広い引用から詳細な考証を行ったものとされる。しかし一方で従来の所伝と異なる部分もある事から批判もあり、典拠の資料に乏しい箇所がみられるとの指摘もある。日通著述の「祖書目録」は日蓮の書を年代順に構成し直した最初のものである。また「祖書証義論」は日蓮の遺文を直接の資料として初めて記述された伝記で、日蓮や弟子及び法孫の事を年代順に構成し解説している。他の著述に「玉沢手鑑草稿」「本化血脈図解」「本述弁証論」等がある。
日進の出生について「日蓮宗事典」は「日進」の項目で下総の曽谷氏の出とする一方、「日向門流」「三位房」の項目では甲斐の安倍氏の出と著している。また「身延山史」は「第5節 進善二公と身延」に甲斐の安部氏の出、「第6説 進善両公伝」では下総の曽谷氏の出と著し、更に備考に玉沢妙法華寺33世日通の見解として3説を記載している。日通は数多くの宗門史蹟を遺した僧で、3説の中から下総の曽谷氏の出を正説としている。
日進は出生地と父親にも諸説あり、甲斐国の安部氏、上総国の高橋氏、下総国の曾谷氏の3説がみられる。甲斐国は甲州とも称し現在の山梨県、上総国は現在の千葉県中部、下総国は現在の千葉県北部、茨城県南西部、埼玉県東部、東京都東部を占めた大国である。日進は甲斐の安部氏説では身延山久遠寺の支院・竹之房を創始した日元の子で久遠寺4世日善の兄とされ、上総の高橋氏説では六老僧・日向から藻原寺を託された日秀の弟とされる。また下総の曽谷説では日進は日蓮の母方の従兄弟の子とされている。
室町時代の文明元年（1469年）に甲斐国守護・武田信昌を開祖として創建される。戦国期に小山田信有（出羽守）が寺領を寄進し、中興開山となる。三世住職の融山宗祝（ゆうざんそうしゅく）は曹洞宗雲岫派の僧で、鷹岳宗俊の弟子となり紫衣と「一道光円」の禅師号を賜った。六世の笑伝宗咄（しょうでんそうせつ）も鷹岳宗俊の弟子で、天正10年（1582年）に紫衣と「恵光」の禅師号を賜っている。江戸期の元和4年（1618年）に諸堂が焼失し、鳥居成次により七堂伽藍が再建される。小山田信有（出羽守、契山存心）の肖像や鎌倉末・南北朝期の釈迦三尊十六善神像、鳥居成次の寄進した狩野光信周辺の絵師により描かれたと考えられている龍虎梅竹図屏風などが伝来する。戦国期の小山田氏当主は初代信有（越中守）、二代信有（出羽守）、三代信有（弥三郎）、四代信茂がおり、長生寺に伝来する小山田信有画像は初代信有に比定されていたが、『高野山引導院過去帳』に拠れば二代信有の法名は「長生寺殿契山存心大禅定門」で、画像の修補銘には「契山存心」と記されていることから、画像は二代信有であると考えられている。画像は髪際が後退し、髭には白髪が混じり初老の風貌として描かれている。