愛知県と岐阜県に有名中学・高校受験専門予備校「名進研」を35校展開している。本社ビルである名進研ビルには名進研名駅校のほか貸会議室や貸ホール（名進研ホール）を備える。また、グループの学校法人名進研学園がキッズランド幼稚園をかつて運営(開園より5年で閉園)しており、2012年（平成24年）4月5日には、東海地方で初となる学習塾が運営する小学校「名進研小学校」を開校した。その設立の際の出資を指定暴力団山口組弘道会の資金源とされる風俗店グループ側が約束したと代表者はコメントしている。
2014年4月よりデータハウスの鵜野義嗣社長が運営している静岡県伊東市の博物館『まぼろし博覧会』内に常設展示「村崎百郎館」が開設された。この施設では村崎が生前集めた数多くのゴミなどが展示されている。また村崎が集めた膨大な蔵書類は森園によって一部が明治大学図書館に寄贈された。村崎の死後、森園の周辺では不可解な心霊現象が度々起こり、7回忌にあたる2016年7月23日には村崎が生前使っていたノートパソコンに村崎の目のような模様が浮かんでいたという。森園はこの出来事を切っ掛けに事件前後の状況を漫画化した実録エッセイ漫画『私の夫はある日突然殺された』を2017年に発表し、電子書籍配信サイト『めちゃコミック』『Renta!』より配信中である。
2010年7月23日午後5時頃、村崎は読者を名乗る32歳の男性に東京都練馬区羽沢の自宅で48ヶ所を滅多刺しにされ殺害された。自ら警察に通報して逮捕された容疑者は精神病により通院中で、精神鑑定の結果、統合失調症と診断され不起訴となった。練馬警察署の調べによると、当初犯人は根本敬を殺害する予定だったが根本が不在だったため、標的を変更して『電波系』（太田出版）の共同執筆者であった村崎の自宅に向かったという。なお犯行時に妻の森園みるくは食事に出かけており、難を逃れている。不可解なことに事件の一週間前から村崎は「もう俺殺されるから。きちがいに。電話も盗聴されてるから」「俺はこの部屋でキチガイに包丁で殺される、ごめん」と森園や周囲の人間に語るなど自身の死を予言しており、それまで全く興味のなかった生命保険にも事件直前に加入していたことが後に判明している。また村崎が死の直前まで使っていた仕事用のパソコンには「ミズの中からさざ波を立てて移動しながら浮かび上がる十字架のイエス像」という文章が遺されていたという。事件報道で本名が「黒田一郎」であることや、実際は北海道出身で、最終学歴は明治大学文学部卒業であり、ペヨトル工房に勤務していたことが公になった。ちなみに『危ない1号』第2巻の著者紹介では、黒田一郎と村崎百郎の両名が別々に記載されており、この中で黒田は「61年、北海道生まれ、編集者兼ライター。芸術や文学の中の、極めて特殊な分野の編集を長年地道に行ってきた。性格は温厚で人当たりも良く『誠実編集』をモットーにコツコツとまじめに働くタイプ」と紹介されているのに対し、村崎は「61年、シベリア生まれ。工員兼ライター。鬼畜系にして、数千チャンネルの電波を受信する電波系のキ○ガイ」と紹介されていた。
日本育英会、財団法人日本国際教育協会、財団法人内外学生センター、財団法人国際学友会、財団法人関西国際学友会が合併し、2004年（平成16年）4月1日に設立された。本部を神奈川県横浜市緑区長津田町の東京工業大学すずかけ台キャンパス内に置く。なお本部には「支部総括室」のみが所属し、その他の部署は東京都内にある。具体的には、旧日本育英会から引き継いだ日本人向け奨学金事業が育英会本部のあった新宿区市谷本村町の市谷事務所、旧日本国際教育協会から引き継いだ留学生事業の大半と旧内外学生センターから引き継いだ学生生活事業は江東区青海の東京国際交流館にある青海事務所、そして留学生事業の一部が旧日本国際教育協会本部のあった目黒区駒場の駒場事務所と分かれている。また、旧国際学友会から引き継いだ東京日本語教育センターが東京都新宿区北新宿に、旧関西国際学友会から引き継いだ大阪日本語教育センターが大阪府大阪市天王寺区上本町の旧大阪外国語大学跡地に設置されている。さらに、北海道から九州にかけて日本各地に地方ブロック支部を置いている。事業費を対象とした日本学生支援機構への寄付金は、税法上、特定公益増進法人への寄付金となる。また、学費の貸与を目的とした当該法人への寄付金は、指定寄付金とされ課税対象外となる。発足以前の団体が個別に行ってきた日本人学生への奨学金貸与事業、留学生に対する奨学金の給付事業や学生生活調査などの学生支援事業を総合的に実施する機関とされている。業務は、内外学生への日常業務としての支援の他、機構独自の講演会や育英友の会との留学生・奨学生地域交流集会共催などがある。旧日本育英会時代からの積年の課題となっているのが、奨学金の返還滞納問題である。民間金融機関などと違い無担保であること、学生本人が債務者であることや奨学生採用決定時に将来の弁済能力は考慮に入れていない。2000年代に入り、奨学金予算は急激な予算拡大をしており、予算の膨張を背景にした安易な貸し付けが横行している側面も指摘されている。そのため、毎年、予算の縮小が求められている。平成26年度奨学金の返還者に関する属性調査結果において、「だれに奨学金の申請を勧められたか」との質問に対し、「本人または親が主体的に申請した者に比べて、学校の先生等の勧めにより申請をした者が延滞となる傾向があることがうかがえる。」との調査結果がでたことからも高等学校における進路指導の在り方が問われている。