上記のようなメリットも大きい反面、作品自体が盛り上がらなければそのまま終息してしまう事例も多い。巡礼の対象となっている場所は視覚的区別の見られない施設や建物が多く、一般の住宅や学校などの施設が近隣に含まれている場合もあり、事情を知らない地元住民に不安を与えるなどして日常生活の妨げ・迷惑になる可能性がある。特にアニメ作品（特に地上波民放やCS放送の深夜アニメ）の場合、実写作品と異なり出演者が参加するロケ撮影が行われることはないうえ、舞台となる地元局や自治体・商工会などによる宣伝が行われないこともあるため認識も低く、先の施設事情も含め『地元がいつの間にかアニメで使用されている』とみなされることもある。またテレビ番組が巡礼のきっかけになった場合、その多くは放送期間3か月（1クール）から1年間程度なので、そのテレビ番組の人気が一過性のブームである場合は、急増した巡礼者（観光客）の受け入れ態勢が整った頃にはブームが過ぎ去り、対象となった場所は混乱や負担が残るだけに終わることもある。後述する「アニ玉祭」主催者側も、これらの点を指摘している。またこれはフィルムツーリズムにおいても同様のことは起こりうるが、巡礼者が（作品と事情を知らない地元住民から見て）不審者とみなされるような奇怪と見られる行動をすることがあり、中にはマナー違反や明らかな違法行為に出る者もいる。例として、前述した『涼宮ハルヒシリーズ』の原作者の出身校で、主人公らが通う学校のモデルとされる兵庫県西宮市の県立高校の敷地に侵入し、落書きをする者がいたり、アニメ『Free!』のモデル地とされる鳥取県岩美町の荒砂神社に落書きをされているのが見つかり、インターネット上で批判が殺到する事態となっている。こうした事情・理由から作品によっては、発行元・製作者が「聖地巡礼の自粛」を呼びかけた例もある。もっとも、このような違法行為・マナー違反の問題については、漫画・アニメなどの舞台地とされる地域に限らず全ての観光地においても起こりうることではある（「マスツーリズムの弊害と批判」も参照）。
美術家であり批評家でもある黒瀬陽平は、アニメ製作の際に現実の風景をトレースする手法について「この手法を用いると、アニメという虚構空間の中に現実空間の風景がそのまま入り込むことになり、齟齬を生じさせることになるが、そのようなぎこちなさこそが作品にリアリティを与える」ということを、美術史家のアビ・ヴァールブルクが提唱した「情念定型」という概念を駆使して説明している。文芸評論家の福嶋亮大は、前述したようにもともとあった土地に「謂れ」を付加するだけで聖地化されることに注目し、聖地巡礼は現実の「いま」（正史）に対してなんらかの架空の起源（偽史）を与える偽史的想像力のひとつだと論じている。評論家の宇野常寛は、ゼロ年代の日本の現代社会において、デジタル技術でいうところの「仮想現実（VR）から拡張現実（AR）へ」というテーゼと同様の流れが文化空間でも進行しているとし、その一例としてアニメの聖地巡礼ブームを挙げている。つまり、緻密に設計された虚構世界へ消費者を没入させるタイプのものから、物語性を後退させた空気系へとトレンドが変遷したのに従い、「虚構」の作用が「異世界へ接続すること」ではなく「現実世界を読み替えること」に変化しているのだと考えられる。批評家の村上裕一は、（前述の黒瀬や福嶋の論考などを受けて）「現実と虚構の狭間」に存在するのが聖地であり、それを虚構に射影すれば「風景」になり現実に射影すれば「巡礼」になると整理している。このように考えれば、もともと土地と結びつけて論じられはじめた聖地巡礼という概念はより広い範囲に一般化することが可能となる。例えばアニメ『涼宮ハルヒの憂鬱』でのエンディングテーマ曲の振り付けを実際に踊ることが流行した事例（ダンス=身体の聖地化）や、アニメ『けいおん!』のヒットに伴い作中に登場するギター（ギブソン・レスポールなど）が現実で売り上げを伸ばした事例なども広義の聖地巡礼的な現象といえる。
宗教において重要な意味を持つ聖地に赴く行為（＝巡礼）から転じて、ドラマや映画、漫画・アニメ・小説などの舞台となった土地や、登場人物（キャラクター）の名前の由来地や同名地、スポーツなどの名勝負が行われた競技場など、ファンにとって思い入れのある場所が（比喩的に）「聖地」と呼ばれるようになった。こうした「聖地」を実際に訪れ、憧れや興奮に思いを馳せることを「巡礼」と呼ぶようになった。文学・漫画・アニメ等の著作物をもとにした観光は、「聖地巡礼」「巡礼」以外に「コンテンツツーリズム」とも称される。また、映画などでは「聖地巡礼」「巡礼」以外に「舞台探訪」「ロケ地巡り」「フィルムツーリズム」との呼称も使用されている。日本の内閣府も日本発のアニメーション作品や漫画作品がクールジャパンのコンテンツとして、日本以外のファンを数多く獲得していることに着目。「聖地巡礼」を「アニメツーリズム」と呼んで、訪日観光客増加への施策、「聖地」から周辺の地域資源への誘致や消費の喚起を目的として事業の推進を行っている。他に、人気のスポーツ選手、例えば羽生結弦選手の「聖地巡礼」も興隆しており、「聖地」の1つである出身地の仙台市が観光PRとして利用している。
2014年1月17日にセガ（当時、現：セガ・インタラクティブ）のアーケード筐体『APM（ALL.Net P-ras MULTI）』の宣伝担当としてニコニコ生放送公式番組電人☆ゲッチャ!に初出演。翌週よりゲッチャ内のコーナー「APMチャンネル」に7月31日まで毎週出演。11月20日にゲッチャに再出演。12月25日放送回まで「超・APMチャンネル」で「超・宇野」として毎週出演。2015年1月29日より「元祖・APMチャンネル」で「元祖・宇野」として4月23日放送回まで毎週出演。最終回には宇野が卒業生代表として答辞を読み上げた。11月12日にゲッチャにゲスト出演し次週よりAPMチャンネルが復活することを告知した。その際に視聴者アンケートが行われ、9択の中から約半数の支持を受けコーナー名が「うのなま」と決定し以降「カリスマ・宇野」として毎週出演。2016年3月31日放送回をもって終了。7月7日より「かえってきたうのなま」と題し、APM宣伝コーナーの復活と共にゲッチャに出演復帰。同コーナーにおいて、「うのバンド　さいたまスーパーアリーナへの道」と題しCDデビューを目標に東京アナウンス学院へ通いボイストレーニングを受けた。その際に指導を受けたヒルマ弘が作詞を、michitomo作曲で自身初のオリジナル曲「NOとは言えなくて　愛の戦士」を制作、12月22日放送のゲッチャにてPVと共に初披露。また、11月12日開催の東京アナウンス学院の芸能バラエティ科歌手コースのイベント「ねこぱんち」にも出演。2017年4月13日より「すぃーとうのなま」（媒体によってはsweetうのなまとの表記もあり）のコーナー名にてゲッチャのAPM宣伝コーナーが復活。前シーズンで作った自身の曲をアニソンにするべく、自身が主演のアニメを東放学園映画専門学校の協力にて制作。自身の曲が主題歌の『まじかる☆KAORUN』、およびPVの『ありふれた群青』を制作するも、両編ともモブとして特別出演する程度に収まった。