第185話 - 第198話。ドーマ編終了後、原作の最終ターンの放送に入る前に今一度、約3ヶ月に亘って放送されたアニメオリジナルストーリー。アメリカから日本に帰国するための費用が無い事に困惑する遊戯達。その頃、ドーマの策略で社名に傷がついた海馬コーポレーションは、社運を賭けて世界規模のデュエル大会「KC（海馬コーポレーション）グランプリ」を企画していた。モクバが、城之内は選手として、遊戯は優勝者とのエキシビジョンマッチの対戦相手としてこの大会に出場すれば、遊戯たちは海馬コーポレーションの配慮で帰国出来ると提案する。一方、海馬コーポレーションを陥れようとする陰謀が暗躍していた。
第145話 - 第184話。10ヶ月におよんで放送されたアニメオリジナルストーリー。このシリーズは心の闇を題材にしており、遊戯を始めに主要人物たちにアニメ独自の設定が追加されている。また、デュエルモンスターズ界(詳細は下記記載)をはじめ数々のオリジナル設定を盛り込む。ペガサス、孔雀舞、羽蛾、竜崎などの決闘者の王国編の人物達が再登場している。本シリーズから、融合モンスターが融合召喚されたターンは攻撃できないというルールはなくなり、融合召喚後も即攻撃可能となった。失われた記憶を見つける為、童実野美術館の石版の前で3枚の神のカードを翳す闇遊戯だが、封印は解かれず、逆に石版が凍結してしまった。同時に世界中でデュエルモンスターズが実体化しパニック状態となる。更に3枚の神のカードは奪われ、遊戯の前には「ドーマ」と名乗る組織の男達が現れる。遊戯は彼らの1人グリモに負ければ魂を封印される闇のデュエルを挑まれる。謎のフィールド魔法「オレイカルコスの結界」を発動するグリモを辛うじて倒した遊戯達に、ペガサスから緊急連絡が届き、一行はアメリカへと旅立つ。一方海馬は、自社株が何者かに大量に買い付けられ、会社が乗っ取られそうになっている事を知る。その買い主とは何とペガサスであった。ペガサスの元へ赴いた海馬だったが、ペガサスは先程遊戯に助けを求めていたとは思えない態度で、海馬に勝負を挑んで来た。
第98話 - 第121話。半年に亘って間に挟んだアニメオリジナルストーリー。このシリーズでは、OCGカード中心にデュエルが行われ、遊戯達のカードもストラクチャーデッキに収録されているカードが含まれている。さらに登場した新カード6枚は抽選で発送するという企画も行われた。海馬兄弟を中心とした物語が展開され、それに伴い数々のアニメオリジナル設定が追加されている。海馬剛三郎も出現した。バトルシップは最終決戦の舞台「人工島（アルカトラズ）」へ向けて進んでいたのだが、突如として海中から現れた巨大建造物によって捕捉されてしまう。そこにいた少年は「海馬乃亜」。乃亜は遊戯達を肉体を失った「BIG5（ビッグファイブ）」達が存在する仮想現実に誘い込み、「デッキマスタールール」でのデュエルを強要する。負ければ体を奪われるデュエルに、遊戯達はそれぞれ別行動で挑んでいくことになる。
この番組はBラインにて金曜日の深夜に放送された。当初は24:00～29:00の放送で、同時期に放送していたFMナイトストリートが終了すると同時に25:00～29:00の放送に縮小された。
和歌山県道801号白浜日置川自転車道線（わかやまけんどう801ごう しらはまひきがわじてんしゃどうせん）は、和歌山県西牟婁郡白浜町内を走る県道の1つで、太平洋岸自転車道を構成する自転車道の1つである。和歌山県の県道の中では自転車道は800番台となっている。
本作には12人の女性声優による各100通り、すなわち1200種類の「おにいちゃん」という台詞のみが収録されている。台詞にはシチュエーションが設定されており、「すごく照れながら」「おねだりするように」といったものから、「腕相撲をしながら」「人食い人種に遭遇」といった風変わりなものまである。本作はインディーズCDであり、発売当初は700枚の出荷であった。しかし売れ行きはメーカーの予想以上で、発売後1週間で1000枚が販売され、2008年1月現在で1万5000枚以上という、インディーズとしては異例の売り上げとなった。2008年2月14日には直接の続編となる『おにいちゃんCD Advance』が発売された。2009年6月30日放送の『森田一義アワー 笑っていいとも!』の企画で桜川ひめこが出演したことにより本CDが番組内で取り上げられた。
『宇宙鉄人キョーダイン』では、当初は回想シーンと顔だけの出演だった。特に顔だけの演技をする際、どうやって演じたらいいか非常に迷ったという。途中からはスカイゼルの中から出られるようになりアクションシーンが増えたが、学生のころに器械体操をやっていたため難なくこなすことができた。妻の伊藤めぐみとは、『特捜最前線』での共演がきっかけで結婚。長女の愛花ちさきは、『特捜最前線』第414話「少年はなぜ母を殺したか!」の撮影中に生まれたが、撮影が夜まで長引いたため、撮影後に病院まで直行している。『特捜最前線』にはレギュラー入りする以前に数回ゲスト出演している。犯人役で出演した第133話「六法全書を抱えた狼!」は、別な俳優が辞退したため回ってきた役で、台本を読んで面白いと感じたと述べている。『特捜最前線』出演中は、基本的に掛け持ちができなかったため、集中できてよかったという。また、出演中に本職の警察官から、指紋の取り方や調書の書き方を教えてもらったことがある。夏の訃報は芸能関係者に衝撃を与えた。オックスのヴォーカルだった真木ひでとは自らのブログで「田浦（夏の本名）のことは書けない……」とショックを隠さず、『特捜最前線』で長く共演した横光克彦は「彼（夏）は『もう一回、同じメンバーで（特捜最前線を）やりたいね』って言ってたのに…… ショックです」とスポーツニッポンの取材に応えて故人をしのんだ。真木同様、熱心な創価学会信者（2004年入信）であり、2007年5月20日の聖教新聞日曜版「友だちトーク2007」には二人の対談が掲載された。趣味は、アクアラング。特技は、射撃、空手。『特捜最前線』出演中にアマチュア無線の免許を取得している。