イタリアのトスカーナの渓谷地帯ヴァルディキアーナ (en:Valdichiana) には、『モナ・リザ』の背景に描かれているのは、当地の風景であるという昔からの伝承がある。2011年に出版された専門誌『カルトグラフィカ (Cartographica) にも、『モナ・リザ』の背景とヴァルディキアーナの地形が合致する部分があるという記事が掲載された。
レオナルドの死後、『モナ・リザ』の画面両端が切り落とされたのではないかという根強い説がある。これは、初期に模写された何点かの絵画作品の画面両端に柱が描かれており、現在の『モナ・リザ』には、柱の基部しか存在していないためである。しかしながらマーティン・ケンプ (en:Martin Kemp (art historian)) のように、『モナ・リザ』の画面両端は切り落とされてはおらず、模写に描かれている柱は単に付け加えられただけだとする美術史家もいる。2004年から2005年にかけて、各国の39名の専門家によって綿密な科学的調査が『モナ・リザ』に実施され、模写に見られる柱は模写の制作者に付け加えられたというケンプらの説が支持されるようになった。このときの調査で、額縁に隠れた『モナ・リザ』の上下左右の端には「余白」部分があることが判明している。この余白部分には下塗りに用いるジェッソ (en:gesso) が塗布されており、一部顔料も残っている。『モナ・リザ』制作当初から存在する余白であり、両端が切り落とされた結果生じた余白ではないと考えられている。
学術的な保全、記録、調査を受けた後の2005年4月6日に、『モナ・リザ』は「国家の間」に展示場所が移された。この展示室で、温度、湿度などが制御された専用の収納場所に、防弾ガラスに守られて公開されている。『モナ・リザ』を収蔵するためのサル・デ・ゼタの改築には、日本テレビが資金を提供した。毎年およそ600万人の観客が、『モナ・リザ』を見るためにルーヴル美術館を訪れている。木炭と石墨の、レオナルドが描いたといわれる『モナ・リザ』の習作がニューヨークのハイド・コレクション (en:The Hyde Collection) に所蔵されている。
記録に残っている『モナ・リザ』に対する、最初のかつもっとも大規模な修復が実施されたのは1809年のことである。このときの蒸留アルコールによる洗浄、ワニスの塗り直し、加筆など一連の修復作業の指揮を執ったのは、当時ナポレオン美術館と改名されていたルーヴル美術館の絵画修復責任者ジャン＝マリー・フストゥルだった。1906年に、ルーヴル美術館の修復担当者ウジェーヌ・ドゥニザールが、ポプラ板のひび割れによって荒れた画肌部分に水彩顔料で修復加筆を行っている。また、ドゥニザールは、古い額縁では隠れていた画面端部分のワニスの修復も行っている。盗難に遭っていた『モナ・リザ』がルーヴル美術館に戻された1913年にも、ドゥニザールが修復作業の責任者に任命された。このときドゥニザールは特殊な溶剤を使用しない洗浄作業を指示し、顔料が欠落していた箇所に対して、水彩顔料によるわずかな加筆で修復作業を終えている。1952年には、画面背景部分を覆っていたワニス層の表面を滑らかにする修復が行われた。1956年に観客によって酸が浴びせられたときにはジャン＝ガブリエル・グーリナが修復を担当し、損害を受けた『モナ・リザ』の左腕部分を水彩顔料で修復加筆している。
『モナ・リザ』が制作されて以来、500年以上が経過しているが、1952年に開催された美術品に関する国際会議で「この絵画（『モナ・リザ』のこと）の保存状態は極めて良好である」とされている。これは過去に様々な修復が入っていることにも一因がある。1933年にマダム・ド・ジロンドが、初期の修復者たちが細部にわたるまで「細心の注意を払って」修復作業にあたった痕跡が見られるとしている。16世紀の終わりまでには、画肌保護のために表面に塗布されていたワニスが劣化し、画面全体が黒ずんで見えていたが、1809年に大胆な修復が実施された。このときの修復作業では、画肌最上部のワニス層が除去されており、修復洗浄の結果画面全体に往時の明るさが取り戻されている。『モナ・リザ』は過去の歴史を通じて、非常に適切に保管されてきた作品である。支持体に使用されているポプラ板の反りがキュレータたちの「ちょっとした悩み」になっていたが、2004年から2005年に実施された修復では、将来の『モナ・リザ』の状態も問題ないだろうといわれている。
父の胤氏は伊達氏との戦いで討死し、その死後、叔父の水谷胤清に養育された。成人後は相馬氏の主力として出陣し、活躍した。1600年（慶長5年）の関ヶ原の戦いの直前に、東軍に味方していた伊達政宗が中立の相馬領を通過して帰国しようとした際、相馬氏家中では「長年の宿敵である政宗を討って恨みを晴らすべきだ」という声が高まった。これに対して父を伊達氏との戦いで失っていた胤重であったが、「相馬氏は代々騙し討ちのような事はしてこなかった」として反対論を述べた。主君の相馬義胤もこの意見を採用し、胤重は伊達政宗の使者である原田宗資と会談して、政宗の領内通過に便宜を図った。このとき政宗が宿を取った北標葉郷川添邑涼ヶ森（双葉郡浪江町）の華光院は現在、正西寺が建っている。戦後、主家の相馬氏は改易されかけたが、政宗は胤重の恩義に報いる意味をこめて、相馬氏への便宜を図ったと言われている。また、胤重は1601年（慶長6年）には伊達勢との連携による上杉領への侵攻を進言し、実行に移したが敗北を喫した（月夜畑の戦）。この一件もあり、相馬氏は改易を免れた。