植物園は、現代の意味では薬園から発展しており、その主な目的は医学的用途のための薬草栽培と、研究と実験で、そのような庭園には長い歴史があり、ヨーロッパでは、例えば、アリストテレス （384   BCE - 322   BCE）はアテネのLyceumに薬用庭園を持っていたといわれている。それは教育目的と植物学の研究のために活用され、彼の弟子で「植物学の父」テオプラストス によって受け継がれる が、科学史家の間でもいくつか諸説あるが、この庭は「植物」の役割について科学的に解明して植物学者や薬理学者が所属するヨーロッパで最古の植物園である痕跡があって、アントニウスキャスター、ガイウス・プリニウス・セクンドゥスらに1世紀に言及されている 。 これら古代の庭園も現代の植物園の特徴といくつか共通しているが、現代の植物園の先駆は一般的に皇帝シャルルマーニュ時代にローマ帝国の衰退後に始まった中世の修道院（789 CE）で これらはhortus含む野菜用の庭、さらに別の区画は薬用植物のために用意されていて、これはherbularis、herbularis またはhortus medicus   — より一般的にはviridariumガーデン、そしてviridariumとして知られている — または果樹園であり、シャルルマーニュ期に Capitulary de Villisが発行され、庭園づくりもおそらくその推進力を与えられたであろう。これらの多くは、ヨーロッパ大陸でしか発達していなかったがイギリスの庭園でも発見され、過去の植物導入過程が示されている。ニコラウス5世も植物学の教育を促進するために薬用植物の庭を1447年にバチカンの敷地の一部に置くが、これは1540年代において設立するパドヴァ、ピサ大学の庭園の先駆けであったが 明らかに多くの初期の植物園の設立は、医療専門職のメンバーによる扇動であった 。
それ以前となると、世界七不思議に数えられたバビロンの空中庭園があるが、これが果たして今日の理解でいうような、つまり遺伝資源収集の場としての植物園であったのかどうかは疑わしいが、西暦前2世紀からは経済的な用途や展示のために海外での特別な集会や軍事キャンペーンによって、少々なりとも獲得された植物も含め、近東のロイヤルガーデンは古代エジプト、メソポタミア、クレタ、メキシコ、中国において、知られている 。紀元前、2800年頃中国皇帝シェンヌンは、経済的または薬用価値のある植物を探して遠くの地域にコレクターを派遣 。またこうしたことが示唆されたものにメソアメリカのスペインの征服があり、これが植物園の歴史に影響を与えた。庭園としてテノチティトラン王によって確立されたネサワルコヨトル また、チャルコ（altépetl）庭園内や、他の場所でも大幅にスペイン人を感心させたのは彼らの外見だけでなく、先住民族のアステカ人がヨーロッパの古典的な世界よりもはるかに多くの薬用植物を栽培していた という事実である。薬草栽培は、中世ヨーロッパでは修道院を中心に盛んに行われた。文学的な表現は、「修道士カドフェル」のシリーズを見るとイメージしやすいだろう。中世初期の庭園でイスラムスペインの例では医師が造った11世紀ウエルタデル・レイの庭、将来の植物園に似ていたものにトレドのイブンワフィド（999から1075 CE）がある。これは後に西暦1085年のキリスト教征服まで、庭師のイブンバサール （西暦1085年）によって引き継がれた。その後、Ibn Bassalはセビリアに庭園を造成。庭のほとんどの植物はモロッコ、ペルシャ、シチリア、エジプトなどの植物探検で集められたものである。モントピーリア医学校もスペインのアラブ人医師によって設立され、西暦1250年までにフィジカルガーデンを備えていたが、この場所には1593年まで植物園の地位が与えられなかった。
各国の主要植物園の歴史を紐解くと、イギリスがパラゴムノキをブラジルからひそかに盗み出した事件など、国家的な遺伝資源の争奪戦のドラマが、植物園を舞台に繰り広げられてきた。こうした学術色の強い植物園の最古のものは、エジプトのアレクサンドリアにあったアレクサンドリア図書館に隣接して設けられていたものだと思われる。アレクサンドリアのものは、薬草として使うために、種類ごとに採集、分類して栽培されていたものだと伝えられている。用途はハーブオイル、治療など多岐にわたる。
植物園の歴史は植物学の歴史そのものと密接に関係している。16世紀と17世紀の植物園は薬用庭園であったが、植物園という考えはヨーロッパの植民地や他の遠く離れた土地からもたらされる美しく、奇妙で、新しく、時には経済的に重要な植物標本の展示が含むように変わっていく 。その後18世紀にはこれらの新しい宝物を注文しよう関連する植物標本館で従事する植物学者らによって考案された最新の植物分類システムが実証され、より多くの教育材料と化す。その後19世紀から20世紀にかけては園芸と植物学の両方の側面で実証され、専門家によるコレクションと折衷的なコレクションの組み合わせに向かう傾向をみせていく 。
『メノファントスのアプロディーテー』は、サン・グレゴーリオ・マーニョ・アル・チェリオのカマルドレセ修道院で見つかった。それには、メノファントスの署名があり、彼はギリシアの彫刻家で、見たところでは紀元前1世紀のであるらしく、彼についてそれ以外には何も知られていない。カマルドレセの共住修道士らは、クリヴォ・スカウリ（Clivo Scauri）における古代の教会と修道院を占めていたが、これは大聖グレゴリウス1世によって、彼自身の家の財産に、580年ころチェリオの丘の斜面（clivus）に創建された。10世紀までにグレゴリウスの名前は、使徒のそれに付けられていたし、使徒を彼は最後には押しのけた。彫像は、キージ家のプリンスの所有になった。ヨハン・ヨアヒム・ヴィンケルマンは『古代美術史』（第5巻第2章）においてこの彫像を記述した。同じモデルのもうひとつの彫像、『カンポ・イェミニのウェヌス』は、1792年春にラツィオの、トルヴァイアニカ近くの、カンポ・イェミニのローマのヴィラの発掘で、ほかの彫像とともに掘り出された。発掘はイングランドの、ローマの遺物の業者ロバート・ファガンによって指揮され、大英博物館のサー・コーベット・コーベット（Sir Corbet Corbet）と共同でサセックス公爵オーガスタス・フレデリック王子の援護を受けた。発見当時、イングランド人は特に『カピトリーノのウェヌス』より優れているとした。ローマでの修復ののち、ロンドンに船で送られ、サセックス公爵は兄である摂政皇太子ジョージ（後の国王ジョージ4世）にそれを与え、摂政皇太子はそれをカールトン・ハウスに設置した。彼の死後、カールトン・ハウスは取り壊されてカールトン・ハウス・テラスに建て替えられ、ウィリアム4世はこれを大英博物館に寄贈した  。 バイアで見つかったのは、パロス島大理石の2世紀のローマのコピーである。恥じらいのヴィーナス（Venus Pudica）の1ヴァージョンもまた、レプティス・マグナのハドリアヌスの浴場で見つかった。ハドリアヌスの浴場は1920年代に発掘されたし、そして『カピトリーノのウェヌス』のレプティスのコピーは、ベニート・ムッソリーニによってヨーロッパに持ち去られ、ムッソリーニはそれをナチの指導者ヘルマン・ゲーリングに与えた。彫像はベルリン近郊の彼の田園の大邸宅カリンハルのベッドルームを美しく飾った。これは1999年に最終的にリビアに返還され、現在はトリポリのジャマヒリーヤ博物館（国立考古学博物館）に所蔵されている。これ以外のヴァリアントは、同様な『タヴリーダのウェヌス』のみならず、サンクトペテルブルクのエルミタージュ美術館にある。