オーバーテクノロジーで開発された時空変動レーダー「サイクロプス」が、南太平洋のマヤン島近海でASS-1と似た反応を示す謎の物体AFOS（エイフォス）を発見。ハスフォード教授一派の学説で「プロトカルチャー」と呼ばれる太古の異星人が地球を訪れた際の遺物と推察され、新たなオーバーテクノロジー発見が期待された。これを狙う反統合同盟と統合軍のあいだで激しい争奪戦が行われ、その中でプロトカルチャーが人類創生に深く関与していたことが明らかとなる。最終的にAFOSが眠りから目覚めて暴走したため両軍痛み分けに終わるが、この事件はプロトカルチャーに関する特秘事項として公式記録上長く封印されることになった。この戦闘では両軍とも開発が進んだ対巨人戦闘システムのプロトタイプを先行投入し、デストロイドやバトロイドの運用テストという意味も持つことになる。反統合同盟軍は実戦的な可変戦闘機SV-51を開発し、統合軍は対抗手段としてVF-1バルキリーの試作型VF-0フェニックスを急遽投入。ここに史上初の可変戦闘機同士の戦闘が展開される。劣勢の反統合同盟側が実用化に先駆けた背景には、対巨人戦闘システムの開発に手間取る軍事産業が意図的にオーバーテクノロジーを漏洩し、両軍の兵器を交戦させ実戦データの回収を目論んだという裏事情があった。なお、戦闘記録同様これらの兵器も長く非公式の扱いを受けることになる。
2007年1月、ロシアの反統合勢力の降伏により長き戦乱に一応の決着がみられた。人類はようやく果たされた世界統一を祝ったが、一方で、長すぎる骨肉の争いにより戦争の起因である異星人の脅威は忘れ去られていた。戦時下で修復スケジュールが大幅に遅れたSDF-1は2年後の2009年2月にようやく完成し、「マクロス」と命名されるが、その扱いは軍内部でも民間レベルでも以前ほど期待されたものではなくなっていた。戦争中20代、30代の士官が戦死したため、マクロスの乗員には選抜訓練を受けたとはいえ多くの10代の若者が含まれていた。なお、大規模な戦闘が終わったため年表上で統合戦争は終結しているものの、反統合同盟軍残存兵力との局地戦は以後も続けられた。『マクロス ゼロ』で描かれるマヤン島攻防戦（後述）は終戦1年後の2008年の出来事である。2009年のマクロス進宙時も同様の状況で、南アタリア島周辺には反統合ゲリラへの警戒態勢が布かれていた。異星人ゼントラーディ軍との開戦後、統合軍はその事実を伏せるため「南アタリア島は反統合ゲリラの奇襲攻撃をうけ住民は全滅した」との偽情報を流している。
開戦4年後の2005年になると、SDF-1やSDF-2、グランドキャノンシリーズといった大規模プロジェクトにかかる莫大な軍事費から世界経済は恐慌に陥り、社会にも厭戦ムードが蔓延した。情勢不安を利して反統合同盟は各地で攻勢をかけ、消耗戦で統合軍側の損失も増大した。とくにテロリストが宇宙駆逐艦を乗っ取り火星サラ基地からの撤収船団を襲撃した事件では約3,500名の有能な士官が失われ、徐々に10代の若年兵まで戦場に狩り出されるようになった。このほか、統合政府代表ハーラン・J・ニーベンの暗殺、オーストラリアで建設中のグランドキャノン2号機の爆破などゲリラ攻撃は手段を選ばず過激化し、統合軍も対異星人用に開発した核兵器（反応兵器）の実戦使用をもって断固たる措置をとった。
統合政府発足直前の2000年7月（2001年1月、2001年5月とも）、世界各地で紛争や内乱が勃発。以後、各地の反体制組織のネットワークは「反統合同盟」と呼ばれ、軍事的に圧倒的優位な統合軍に執拗なゲリラ攻撃を仕掛けた。戦局は長期化し、オーバーテクノロジーの優位を活かす統合軍に対し、反統合同盟もその秘密を奪わんと南アタリア島で修復中のSDF-1をたびたび襲った（第一 - 第三次南アタリア島防衛戦）。この戦闘では統合軍極東方面軍の司令官、早瀬隆司准将（早瀬未沙の父親）が前線指揮を執り侵攻部隊を撃退。准将はこれらの軍功が認められ、のちに統合軍総司令部の最高幹部（提督）にまで昇進する。
作品世界内における2000年7月（2001年1月、2001年5月とも）から2007年1月（『マクロス ゼロ』以降の設定では2008年11月または12月）まで、地球統一を目指す体制（地球統合政府）と抵抗勢力（反統合同盟）のあいだで行われたとされる。世界各地で続いた紛争・内乱の総称であり、いわゆる第三次世界大戦ではないが、旧時代と新時代の観念が衝突した動乱期として位置づけられている。この戦争から2年後（『マクロス ゼロ』以降の設定では翌年）、地球と異星人ゼントラーディ人のあいだに第一次星間大戦が勃発する。
1877年（明治10年）に西南戦争が起こると、大河平の士族は西郷隆盛の薩軍に参加、14代隆芳の嫡子鷹丸もこれに加わったが、戦傷により帰郷し大河平の別邸（本邸は鹿児島）に妻子と共に在った。そこへ、小林に本営を置いた薩軍より、官軍が大河平にまで侵入すれば不利となるため、大河平の村々を焼くよう鷹丸へ指示が下る。鷹丸はこれに応じ、5月4日の夜半に60余村を焼亡させた。ところが、飯野越えを守備していた大河平臣下の川野通貫・清藤泰助らはこれを聞いておらず、6月13日の敗戦の折に大河平へ戻ると、灰燼と化した村々に驚愕し鷹丸らを追いかけて襲撃、鷹丸らは鍋倉の親戚の家へと逃れる。二日後、その鷹丸の元へ鷹丸の妻子がやってくると、川野らは鷹丸とその妻子ならびに従者の悉くを刺殺した（うち、鷹丸の次女と三女、及びセツという従者の三名は無事に逃れる）。鹿児島の本邸でこれを聞き知った隆芳は鷹丸の仇討ちと称して、また、川野らが6月17日に官軍に投降していたことから薩軍は大河平士族の官軍への内通を疑い、大河平士族の拿捕を敢行した。また、士族の妻子も捕えられ、宮崎へ送られるとそこで処断された。西南戦争終結後、隆芳は鷹丸を殺害した者達を告訴、密かに逃亡していた川野を除く全員が逮捕されたが、清藤は収監中に脱獄した。1879年（明治12年）、首謀者二人を欠いたまま下された判決は懲役1年というもので、隆芳はこれを不服として上告、また私財を投じて川野と清藤の捜索を行った。うち、川野は高鍋の山中に潜んでいるところを発見され引き渡される。そして1881年（明治14年）、川野には三度の裁判の末に死刑が宣告された。