歴史的仮名遣いはいろは47字の体系で決められている。実際、少なくとも11世紀末-12世紀初頭頃には文字の区別として47字の区別があった。しかし一方、音韻の区別として47音の区別をする音韻体系であったのは、10世紀後半頃の比較的短い期間に過ぎない。それ以前はもっと多くの区別があったことがわかっている。石塚龍麿は『仮名遣奥山路』（『仮字用格奥能山路』、かなづかいおくのやまじ、かなづかいおくのやまみち）を著し（1798序）、上代文献にはエに2種類あること、そしてキやコ、ヌなど十数個の仮名にもそれぞれ2種類の使い分けがあることを発見した。しかし宣長がその意義を認めなかったこともあり、出版はなされず、長く忘れられていた。大正に入り橋本進吉が「国語仮名遣史上の一発見　石塚龍麿の仮名遣奥山路について」という論文を発表し、龍麿の研究が再評価された。この万葉仮名の使い分けは以後「上代特殊仮名遣」と呼ばれるようになった。なおヌに2種類あったのではなく、その片方はノの一種であってノに2種類あったのだと考えられるようになった。奥村栄実（てるざね）は『古言衣延弁』（こげんええべん）を著し（1829序、没後1891刊）、延喜・天暦（901-957）以前はア行のエとヤ行のエに区別のあったことを示した。そして仮名遣いとしてア行のエを「衣」、ヤ行のエを「江」を元にした仮名を主張した。一方ア行のイとヤ行のイ、ア行のウとワ行のウの区別をする説も当時あったのだが、実際はその区別のないことをも論じた。栄実の仮名遣いもまた一般に知られなかったが、明治に入って大矢透が栄実の正しいことを論証し（『古言衣延弁証補』1907年、1932年単行本刊）、擬古文を書く際には仮名を区別すべきことを述べた。しかしこれもまた明治期の「歴史的仮名遣い」には影響を与えず、一部の学者の間で知られるに留まった。契沖仮名遣いが「古代に復する」のであれば、これら十数個の音節を仮名遣いとして区別しなければならないはずとの考えもある。
「現代かなづかい」は、当時歴史的仮名遣いを使っていた人々に向けて作られたものである。そのため、歴史的仮名遣いを知っていなければわからないものとなっていた。例えば「氷」「通る」「遠い」「大きい」などは「オに発音されるほは、おと書く」のような表現が取られ、オ列長音とは見なされなかった。そこで1986年の「現代仮名遣い」は、歴史的仮名遣いの知識を前提としないように整備されたが、規範そのものは基本的に改められず、「こおり」「とおる」といった仮名遣いも「慣習を尊重した表記」として残った。
1946年の「現代かなづかい」では、「表音式」とは謳っていないものの、「現代語音」に基づくとされた。これに対して、現代語でも方言差や個人差があったりするし、現代語の発音がまだ十分に明確になっていないと論じられることがある（例えば前者は山田孝雄、時枝誠記など。後者は山田、岩淵悦太郎など）。しかし仮名遣いを決める際には方言や個人差は考慮しなくてもよく、また標準的な音韻の確定していない語彙は少数にとどまるとされる（江湖山）。
漢語以外の語彙が日本語の中に流入すると、その表記が問題となる。大航海時代以来、そして文明開化以来、多くの外来語が日本語の語彙として仮名表記されてきたが、その仮名遣いの基準は20世紀末まで持ち越された。国語審議会は1991年に「外来語の表記」を答申、同年告示された。その特徴は、1語に複数の表記を認める、緩やかな「よりどころ」であった。
和語と漢語で異なった表記が行われることがある。和語の仮名遣いには歴史的仮名遣いを用い、漢語の仮名遣い（字音仮名遣い）には表音式仮名遣いが主張されることが少なくない（例えば福田）。「棒引き仮名遣い」においても、長音符「ー」は和語には適用されず漢語のみである。「現代仮名遣い」では和語と漢語を区別しない
醤の歴史は紀元前8世紀頃の古代中国に遡る。醤の文字は周王朝の『周礼』という文献にも記載されている。後の紀元前5世紀頃の『論語』にも孔子が醤を用いる食習慣を持っていたことが記されている。初期の醤は現代における塩辛に近いものだったと考えられている。日本では、縄文時代後期遺跡から弥生時代中期にかけての住居跡から、獣肉・魚・貝類をはじめとする食材が、塩蔵と自然発酵によって醤と同様の状態となった遺物として発掘されている。5世紀頃の黒豆を用いた醤の作り方が、現存する中国最古の農業書『斉民要術』の中に詳細に述べられており、醤の作り方が同時期に日本にも伝来したと考えられている。古代になると、701年(大宝元年)の大宝律令に官職名として「主醤」（ひしおのつかさ）という記載が現れる。なおこの官職は、宮中の食事を取り扱う大膳職にて醤を専門に扱う一部署であった。主醤が扱ったものには、当時「未醤」（みさう・みしゃう）と書いた（現代の）味噌も含まれていた。このことから味噌も醤の仲間とされていたことがわかる。醤の日本語の訓読みである「ひしお」の用例は平安時代の903年(延喜3年)に遡る。同年の『和名抄』（日本最古の辞書）において、醤の和名に「比之保」（ひしほ）が当てられている。また927年(延長5年)に公布された『延喜式』には、醤の醸造例が記され、「京の東市に醤を売る店51軒、西市に未醤を売る店32軒」との旨の記述もある。さらに1116年(承久4年)の太政大臣藤原忠通の年賀の献立を記した『類聚雑要抄』（るいじゅうぞうようしょう）には、具体的な図による描写も現われ、そこには塩、酒、酢とともに小皿に入れられたものが『四種器』（よぐさもの）と記されている。なお、室町時代に醤は「漿醤」となって、それに「シヤウユ」との訓読みが当てられた。現代の日本の醤油の原型は、味噌の液体部分だけを絞ったたまり醤油である。江戸時代に現代の醤油の製法が確立している。