投球には左右のコースの他に高さの概念があり、ピッチャー視点およびキャッチャー視点の画面で、実況パワフルプロ野球シリーズの様な三次元空間で投打を行うシステムである。投球は方向キーで投げるコースを、投球キーで投げる球種、押す時間で投げるパワーを決定する。パワーが大きいほどスタミナ消費量が増す代わりに球威のある球が投げられるが、このとき長く押し過ぎると失投となり、ど真ん中の甘い球やパスボールになってしまう。守備はマニュアル操作とオート操作が可能。打撃は方向キーでコース（縦横3×3の9コース）を絞り（パワーヒッティングに設定することも可能）、スイングキーでスイングの方法（アッパースイング、レベルスイング、ダウンスイング、バントの4種類）を決定する。走塁は方向キーで塁指定を行う。
ゲーム内の通貨である「エニー」で購入するアイテムと、課金することにより手に入る「QP」（魔球ポイント。1QP=1GP（ゲームポットポイント）=10円）で購入するアイテムがある。購入するとエニーが手に入るアイテムも存在する。能力を高める装備アイテム（エニーで購入）としてユニフォーム、スパイク、バットなどが、試合中に一定確率で能力を上げたり特殊効果が発動するアクセサリー（QPで購入）として、ゴーグル・ネックレス・ピアスなどがあるが、使用期限が設定されている。その他にも補助的なアイテムとして、投手の体力を回復するアイテムや、試合で獲得するエニー・勝点（経験値）を増加するアイテムなどがある。
カードランクごとに定められたエニーを支払うことによってレベルアップにチャレンジできる（ノーマルカードとベーシックカードはレベルアップできない）。レベルアップは最大7回まで挑戦でき、成功すればタイプに応じた能力が上昇する。失敗した場合でもカードが無くなることはないが、チャレンジ回数は消費されるため、最大レベルにするためには7回全部成功する必要がある。
選手のパラメータとして、野手はパワー・ミート・スピード・スローイング・守備、投手には体力（スタミナ）・コントロール・ストレート系球種・各変化球の球威が設定されている。野手の守備位置は選手カード1枚につき1ポジションのみ（DH含む）で、いわゆるサブポジションは設定されていない。外野のレフト・センター・ライトは区別されている。投手の適性は先発・中継・抑えの3つの設定となっている。投手の変化球は多種あるが、選手により持ち球が異なる。また、同じ球種でも選手の特徴によって軌道の異なるものもある。選手カードには他にも天候属性（晴・曇・雨・雪・無属性）が設定されており、無属性以外の選手は得意な天候で能力がアップし、相対する天候（晴と曇、雨と雪）だと能力が減少する。天候は試合中でも変化するが、雨や雪の状態が続いても試合中断・雨天中止などはない。また、ドーム球場では天候の影響はなく、無属性の選手の能力も変化しない。また、スペシャル・ブロンズ以上の選手カードには能力に応じてタイプが設定されている。野手はパワー・ミートとスピード・スローイング・守備の組み合わせの6タイプ、投手は変化球を投げるキーの6タイプとなっており、後述するレベルアップによる成長に影響する。
ユニフォームは現在の12球団のものが採用されていたが、現存しない大阪近鉄バファローズや2004年に身売りした福岡ダイエーホークス（現:福岡ソフトバンクホークス）やOB選手の所属チームのうち、親会社に変化のあったチームは現在のチーム毎にグループ分けされたチームの所属という扱いになっている。また、旧年度版のカードでは選手が球団のユニフォームを着ておらず、共通のユニフォームを着たカードとなっている。球場については日本版ではフランチャイズ球場は阪神甲子園球場のみの実装で他は架空球場だった。台湾版では東京ドームが実装されている。
2009年4月のアップデートで、プロ野球OB選手カードが追加された。この中には長嶋茂雄や江夏豊など、現役選手が実装されている1998年度より前の選手も用意されていた。
おもに関西で好まれ、蕎麦が好まれる関東ではあまり好まれないとされるが、蕎麦＝東日本、うどん＝西日本とするのは正しくない。江戸時代前期の江戸の市中においては、まだ麺類としての蕎麦（蕎麦切り）が普及しておらず、蕎麦がきなどの形で食べられていたことから、江戸でも麺類としては人気があったようである。蕎麦きりの元祖は信州そばであり（蕎麦切りの最古の記録は、天正2年（1574年）に木曽の定勝寺で落成祝いに蕎麦切りを振る舞ったというもの）、これが信州から甲州街道や中山道を通して江戸に伝えられたものとされる。蕎麦きりが普及すると、蕎麦と蕎麦屋が独自の文化を育む母体となっていったこと、脚気防止のために冷害にも強い蕎麦が好まれたことなどの理由もある。確かに、蕎麦が江戸で広がったことは事実であるが、現在の関東地方でも、武蔵野や群馬県を中心として、「武蔵野うどん」や「水沢うどん」を始めとするうどん専門店も多い。実際、2004年（平成16年）度のうどん生産量でも、1位は日本全国に向けて宣伝をしている讃岐うどんの香川県だが、2位は埼玉県であり、群馬県もベスト5に入っている。これらの地域では、二毛作による小麦栽培が盛んで、日常的な食事であり、かけうどんや付け麺（もりうどん）にして食べられることが多い。天正12年（1584年）に、大坂で「砂場」という蕎麦屋が開業した記録があるなど、近畿地方でも早い時期から蕎麦が食べられており、蕎麦きりも普及していった。近畿地方では「そば屋」よりも「うどん屋」が多いが、京都では近隣の丹波地方で蕎麦作りが盛んだったため、蕎麦文化も根付いており、専門の「そば屋」も多い上ににしんそばは京都の名物ともなっている。「出石そば」をはじめとする近畿北部の蕎麦文化は、江戸時代に信州から導入されたものだという。讃岐国を除く西日本の大部分の地域では、大阪や京都、福岡、鳴門など腰が弱めでつゆを吸いやすい、柔らかい麺が好まれている（柔肌の大阪うどんより）。また、関西では「かやくご飯（炊き込み飯で、二番出汁を有効活用したもの）」と一緒に供することも多く、うどんは吸い物の感覚として好まれている。一方、蕎麦はツユを吸わせて食べるようなものではないため、このようなつゆとの相性は良くないとされるが、関西のうどん屋や定食屋では、慣れ親しんだうどんつゆで蕎麦を提供する店も見られる。