エストニアでは戦前の約4,300人のユダヤ人の内、ナチの侵攻までに963人が迫害されている。およそ500人と推定されるユダヤ人がソビエトによって他のエストニア人とともにシベリアに国外追放された。ナチの占領期間には約1万人と推定されるユダヤ人がエストニアで殺されたが、彼らは予め東欧の別の地域からエストニアのキャンプに追放されていた。人道に対する罪について7人のエストニア人、ラルフ・ゲレッツ (Ralf Gerrets)、アイン＝アーヴィン・メレ (Ain-Ervin Mere)、ヤーン・ヴィーク (Jaan Viik)、ユハン・ユリステ (Juhan Jüriste)、カール・リンナス (Karl Linnas)、アレクサンダー・ラーク (Aleksander Laak) およびアーヴィン・ヴィクス (Ervin Viks) の裁判が行われた。エストニアの独立回復以後、人道に対する罪を対象とするエストニアの国際調査委員会が設立されている。
ソ連はフィンランドにも同様の協定への調印を要求したがフィンランドは拒否し、1939年11月30日、ソ連はフィンランドに侵攻し、冬戦争が勃発した。この侵攻は国際連盟によって違法なものと判断され、12月14日にソ連を国際連盟から除名する。この戦争は1940年3月13日に終り、フィンランドとソ連はモスクワ平和条約に調印した。フィンランドは首都ヘルシンキに次ぐ第2の都市ヴィープリを含む産業の中心部も併せてカレリアのほとんど全て(全部で領土の10%近く)を譲渡することを強制された。軍隊と残っていた住民は、新しい国境の内側に急いで避難している。フィンランドの全人口の12%に相当した42万2千人のカレリア住民が家を失った。フィンランドはバレンツ海のリバチー半島（英語:Rybachy Peninsula、フィンランド語:Kalastajasaarento）のフィンランドの領域であったサッラ (Salla) の一部に加えてフィンランド湾のスールサーリなど4つの島も譲渡しなくてはならなかった。最終的にハンコ半島は30年間海軍基地としてソ連に貸与された。1941年6月、フィンランドとソ連は継続戦争で交戦を再開する。
1939年8月24日早朝、ソビエト連邦とドイツは期間10年の独ソ不可侵条約に調印した。この条約には1945年のドイツ敗戦後になってから初めて明かされる秘密議定書が含まれていた。その条項によるとヨーロッパの北部と東部の国々がドイツとソビエトの「勢力圏」に分割されていた。北部ではフィンランド、エストニア、およびラトビアはソビエトの勢力圏に割り当てられていた。ポーランドについてはナレフ川、ヴィスワ川、サン川の東側地域はソビエト、西側地域はドイツが占領することになっていた。東プロイセンに隣接するリトアニアは当初ドイツの勢力圏となる予定だったが、1939年9月に合意された次の秘密議定書（ドイツ・ソビエト境界友好条約）ではリトアニアの大部分はソ連に割り当てられた。秘密条項により、リトアニアは戦間期にはポーランドに支配されていた、かつての首都ヴィリニュスを取り戻した。
以前はロシア帝国の領土であったバルト海のフィンランド、エストニア、ラトビアおよびリトアニアの4カ国は第一次世界大戦後、エストニア、ラトビアおよびリトアニアの独立戦争を経て1920年までに各国の国境を確定した（参照:タルトゥ条約、ラトビア・ソビエト・リガ平和条約、ソビエト・リトアニア平和条約 (en)）。1924年、リトアニア、ラトビアおよびエストニアは、最終的な侵略者に対する相互防衛協定に調印。10年後には、スターリン指導下のソ連は、1944年までこれらのバルト三国を攻撃しないことを誓約した。
末広 - 毛馬内（2代）間の工事は岩盤掘鑿の難工事や物価高騰により大幅に遅れていたが、1920年（大正9年）7月に開業した。毛馬内駅は十和田湖への玄関口となり観光客でにぎわった。そして十和田湖までの経路上にある大湯温泉が十和田湖観光の拠点となっていたことから支線を計画し同年8月に鹿角郡錦木村-同郡大湯村間の免許状が下付された。一方花輪町から小坂町への薪炭、木材等の輸送が盛んであったことから錦木村 - 小坂町間の鉄道を計画した。これに対し小坂鉄道も小坂-毛馬内間の鉄道敷設免許申請をしたため競願となったものの秋田鉄道に1917年（大正6年）4月に免許状が下付された。しかしいずれも実現しなかった。1922年（大正11年）に100万円の増資をすると藤沢喜士太が菊池に継ぐ大株主となった。そして藤沢が取締役に就任すると。岩口多喜次良、渡辺彦右衛門は役員から退き、佐藤竜治、藤沢喜士太（東京）、藤田謙一、安場保健（東京）、根岸耕一（東京）、関善次郎（秋田県酒造業）、鈴木一郎（尾去沢鉱山長）らが役員となった。1923年（大正12年）11月10日 毛馬内-陸中花輪間が開業する。終点となった陸中花輪停車場は設置場所において花輪町内で論争となっていたが地元負担金15万円のうち6万円を出した尾去沢鉱山の要望により現在地となった。この全線開業は秋田鉄道創業10年目のことであり、祝賀会を開催する予定であったが関東大震災のため延期となった。秋田鉄道の収入をみると貨物収入の依存度が高く、尾去沢鉱山や沿線の鉱山の消長に左右された。大正8年上期の貨車収入の減少は沿線鉱山の事業縮小、休山によるものであった。大正時代の鉱業をみると当初は第一次世界大戦勃発により銅価が高騰し休山中の鉱山も復活するなど急激に発展していた。しかし戦後の不況により金属鉱業は打撃を受けた。特に軍需性の高い銅、鉄は他の商品を上回る価格の下落を見た。その上最新技術の導入によりコストをさげた低価格のアメリカ銅が登場すると日本産の銅は海外市場を失ったばかりではなく日本は銅輸出国から輸入国に転じ、国内市場をも脅かされるようになった。これに対し古河、藤田、久原、三菱は産銅カルテルを結成、銅関税引き上げ運動を起こした、そして銅関税の引き上げの実現と鉱山の合理化、さらに関東大震災による特需により、ようやく銅市況は持ち直すこととなった。