1995年阪神大震災や地下鉄サリン事件で対応にもたついた村山内閣の与党が統一地方選挙・参議院選挙で敗北すると、9月の自民党総裁選で橋本通産大臣が新総裁に選出され、12月新進党党首選で小沢幹事長が新党首にそれぞれ選出された。1996年1月村山首相が退陣すると、首班指名で橋本総裁（衆288、参158）が、小沢党首（衆168、参69）を押さえて首相に選出され、橋本内閣が発足。3月、与野党大激突となった住専処理法案を巡って新進党はピケ戦術を張るなど抵抗する。最終的に橋本－小沢両党首を中心とする「一龍会談」を行い事態打開を協議、翌4月住専法案が成立する。また、小沢が金融特別委員会にて加藤紘一自民幹事長のヤミ献金問題による証人喚問を要求すると、与党は創価学会池田大作名誉会長の証人喚問を要求するなど半ば泥仕合の様相を見せ、結局加藤幹事長ならび創価学会秋谷栄之助会長（宗教法人特別委員会）の参考人招致で合意した。10月衆院選で新進党小沢党首は一気に政権奪取に動くが、自民党橋本総裁（首相）は、『新進党は、創価学会に支配されている』や『新進党＝創価学会』など新進党や創価学会のネガティブキャンペーンをはり、結果は自民党は善戦し政権維持、新進党は現有議席割れの敗北であった。
1991年の東京都知事選挙で党本部の公認候補（公明党・民社党相乗り）が党都連の推す現職鈴木俊一知事に敗れ小沢は幹事長を辞任し、竹下派ナンバーツーの会長代行に就任。また橋本も証券・金融不祥事と富士銀行の不正融資事件に元秘書が関わっていた責任を取って大蔵大臣を引責辞任した。同年10月には海部首相が退陣表明。後継首相を決める総裁選では渡邉美智雄・三塚博・宮沢喜一の3派閥領袖を竹下派事務所に呼びつけ、小沢による口頭試問を行い、竹下派は宮沢推薦を決定。宮沢首相を誕生させる。1992年6月PKO関連法案国会通過の後に東京佐川急便事件が発覚し、竹下派会長だった金丸副総裁が議員辞職に追い込まれると、竹下派会長の跡目を巡って橋本と小沢の抗争が激化。橋本は同期の小渕恵三元幹事長を、小沢はこれまた同期の羽田孜蔵相をそれぞれ領袖候補に推して争ったが、後継は小渕に決まった。小沢は羽田ら44人を率いて経世会から脱会し改革フォーラム21を結成、竹下派は分裂する。その後、内閣改造で宮沢首相は小渕派厚遇・羽田派冷遇の人事を行い、翌年の不信任造反に繋がる。
1985年竹下登が創政会を立ち上げる（＝田中派分裂）と、田中元首相が娘眞紀子を通して竹下系議員を門前払いにした。後に田中家は小沢だけ門前払いを解いたのに対し、橋本は最後まで許さなかった。1988年リクルート事件の発覚で翌年に竹下首相が退陣し、後継首相に宇野宗佑外相が決定すると、宇野の下で橋本を幹事長に就任させ参院選を乗り切ろうとしたが、選挙結果は惨敗。開票時に橋本が「チクショー」と呟くシーンが話題となった。しかし不人気の宇野に代わり全国を遊説して回った橋本の人気は高く、ポスト宇野と囁かれたが、橋本の女性スキャンダルなどの理由で竹下派内に反対論が噴出し橋本擁立は流れる。結局、後継首相には河本派の海部俊樹が決まり、小沢は七奉行最年少ながら竹下派会長の金丸信の強い後押しで幹事長に大抜擢、橋本は大蔵大臣に就任した。この頃から「一龍戦争」が取り沙汰されるようになる。派内では橋本は竹下に、小沢は金丸に近かったことから、竹下・金丸の代理戦争という側面もあった。
退官直後、日本食肉協議会の会長である関谷俊作から「農水行政の経験からの助言をいただきたい。2月ごろから嘱託に就任してほしい」と要請されるも、これを辞退した。2004年、農協共済総合研究所の理事長に就任した。また、全国米穀取引・価格形成センターの会長にも就任した。2005年から2008年にはチェコ駐箚特命全権大使を務めた。大使在任中の2005年は「日EU市民交流年」にあたることから、鬼太鼓座の和太鼓公演、力士を招いた相撲イベント「Japonske Sumo v Praze」、雅楽・舞楽・声明の公演「創造する伝統2005」などを手掛け、日本文化の紹介に努めた。また、長年に渡りチェコで日本文化を紹介してきた東洋学者のヴィェンツェスラヴァ・ハドリチコヴァーの功績を讃えるため、叙勲に向けて奔走した。ハドリチコヴァーの旭日小綬章受章に際しては「両国関係の緊密化を象徴するようなこと」とする祝意を述べた。また、2007年は日チェコ国交回復50周年にあたることから、大統領ヴァーツラフ・クラウスらが来日するなど要人往来も相次いだが。また、アジア13か国の在チェコ大使館が協力し、合同で各国の文化を紹介するイベント「Many Colours of Asia」を初めて開催した。また、日本とチェコとの間で駐在員を派遣する企業、および、個人の社会保険料の負担軽減を図るため、2007年6月よりチェコの労働社会省との間で交渉を開始した。最終的に、労働社会大臣を兼務する副首相ペトル・ネチャスとの間で「社会保障に関する日本国とチェコ共和国との間の協定」の締結にこぎつけた。なお、大使退任後、再び農協共済総合研究所の理事長となった。