錠剤の場合、オフロキサシンの生物学的利用能は約98%である。服用の1〜2時間後に血中濃度が最高になり、半減期は4〜5時間である。ただし、高齢者では6.4〜7.4時間に延長する。65〜80%が未変化体のまま腎臓から排泄される。肝臓（胆嚢）からも4〜8%が排泄される。
オフロキサシンを過量投与した場合の情報は限られている。現状で推奨される手当は、胃洗浄と水分補給である。血液透析や腹膜透析は効果が薄い。過量投与で中枢神経毒性、心血管毒性、腱・関節毒性、肝毒性、腎毒性、痙攣が見られるとの報告がある。また、オフロキサシン常用量でも重篤な精神病症状が発現したとの報告もある。
オフロキサシンや一部のニューキノロンは薬物代謝酵素を阻害するので、シクロスポリンやテオフィリン、ワルファリンなどの薬剤の血中濃度が上昇する。その結果、これらの薬剤による副作用リスクが増大する。オフロキサシン等をスルホニルウレア系の抗糖尿病薬と併用する場合には、血糖値を慎重に確認することが勧められる。非ステロイド系抗炎症薬を（ニュー/オールド）キノロン系抗生物質と併用するは、中枢神経刺激が増加して痙攣発作が起こり易くなる。ニューキノロンはアセノクマロール、アニシンジオン、ジクマロールの抗凝固活性を増加させる。さらに、ジヒドロキニジン、バルビツール酸系睡眠薬、キニジンなどの心血管リスクや不整脈リスクを増加させる。ステロイド系抗炎症薬を同時にまたは過去に使用していると、特に高齢者で、ニューキノロン服薬時のアキレス腱断裂のリスクが上昇する。
筋骨格系の副作用が起こるので小児への全身投与は承認されていない。ある研究では、3つの臨床試験に参加した計1,534名の若年患者（6-16歳）を治療終了後12ヶ月まで追跡調査したところ、レボフロキサシン（LVFX）を投与したこれらの患者での12ヶ月間の筋骨格系有害事象の累積発現率は3.2%で、他の抗生物質を使用した893名の1.8%よりも高い発生率であった。LVFX投与群ではこれら筋骨格系の有害事象の²⁄₃は最初の60日以内に発生しており、86%は軽度、17%は中等度で、全て長期間の後遺症なく回復した。712名の小児でLVFXとアジスロマイシンまたはセフトリアキソンの市中肺炎への有効性を比較した臨床試験の結果、LVFX群で6%の有害事象が発生し、比較群では4%であった。これらの有害事象のほとんどはLVFXとの因果関係は“無し”か“疑わしい”であった。LVFX群で2名が死亡したが、治療関連死とは考えられなかった。米国食品医薬品局（FDA）への自発報告システムには、2011年9月20日の時点で筋骨格系有害事象が39件（筋断裂5件を含む）、中枢神経系有害事象が19件（5件の痙攣を含む）報告されていた。特に2005年4月から2008年3月に掛けて報告の頻度が高かった。同期間内には11万2千名の小児患者にLVFXが処方されたと推測される。
フランス政府が焦る中、清朝は前線から撤兵を拒否。清では攘夷運動が各地で発生し、特に運動が盛んだった広東省では広州などでフランスのみならず欧州商人全体への襲撃が発生、各国が自国住民保護の為に砲艦を派遣した。清帝国との直接戦争を予期したフランスはドイツ政府に鎮遠・定遠の建造を遅らせるように要請、前線ではトンキンデルタで幾つかの新たな拠点を確保して勢力を拡大。黒旗軍との戦闘がいずれ清朝とも戦うことになると予想したが、早期にトンキン全土を併合すれば既成事実的に相手方が領有を認めるだろうと判断した。トンキンでの新たな攻勢はクールベ提督を総司令官に据え、1883年12月に1万を越す大軍がソンタイ（山西）川に向かって攻撃を開始した。 ソンタイ川の戦いは最大の激戦だった。清軍やベトナム人兵士は余り戦いの趨勢に関与せず、3,000人の黒旗軍が主力として戦い、12月14日にフランス軍の攻勢を一旦は撃退した。黒旗軍がクールベ軍の追撃に失敗する中、体勢を立て直したクールベは、大砲による援護を行いながら12月16日にソンタイ川へ二度目の突撃を敢行。同日午後5時、フランス軍外人部隊と海兵部隊の一部がソンタイ川の防衛線を突破して市内に突入、劉永福は残存軍を連れてソンタイ川後方へと撤退した。フランス軍が数百人の死傷者を出す一方、黒旗軍も半数近い兵士を失った。清軍とベトナム軍（両者が加わればフランス軍を上回る数であった）が戦いに加わらなかった事から劉永福は両国の捨駒にされたと憤慨し、以降の戦いには積極的に関わらなくなった。1884年3月、フランス軍はシャルル・テオドール・ミロー将軍をアメデ・クールベに代わる新たな総司令官にして事態の好転を図った。総戦力は2個旅団に増強された。第1旅団はセネガル総督のルイ・ブリエール・ド・リール少将、第2旅団はアルジェリアのイスラム教徒の反乱を鎮圧したオスカル・ド・ネグリエ少将が旅団長を務めた。フランス軍は作戦目標を清国広西軍が守備するバクニン（北寧）に定め、攻撃を再開した（バクニンの戦い）。今回は清軍が主体だったが、士気の低い広西軍は形だけの抵抗で撤退。両軍合わせて3万人（フランス軍1万、清軍2万）の大会戦でありながら、両者の被害は僅かに100人程度に終わっている。黒旗軍が積極的に参加せず、戦力を温存していたこともバクニン占領を容易にし、ミロー将軍はバクニンに残された幾つかのクルップ製の大砲を接収した。