神羅屋敷についたヴィンセントは、ルクレツィアと出会った時の事を思い出し、調査を進める中で彼女の幻と出会う。ルクレツィアはオメガについてある程度語り、「オメガレポート」を託した後、ヴィンセントに謝罪の言葉を残してその場から消えた。オメガレポートを手に入れたヴィンセントは、謎の地下研究室に辿り着き、フラッシュバックを起こす。直後にロッソが現れ、DGの首領「純白の帝王ヴァイス」がオメガを欲している事と彼女自身の残虐な夢を知る。ヴィンセントが銃口を向けた途端に、ロッソは姿を消し、研究室を出た先で襲ってきた「ブラックウィドー」を破壊するが、その直後にロッソに不意をつかれて、ヴィンセントは体内にあったエンシェントマテリアを奪われ、カオスが暴走し始める。止めを刺されかけるも、偶然ニブルヘイムを調査していたユフィに救われて難を逃れる。
ヴィンセントはWRO研究室で治療を受けている中、祠の中央でルクレツィアがヴィンセントに何かを伝えようとしている夢と、まだ自分の知らない真実の夢を見ていた。気がついた時、そばにいたシャルアからこれまでの事情を聞き、その原因であるカオスがルクレツィアの研究である事実を知る。ヴィンセントはリーブとシャルアにエッジでのロッソとの出来事を話し、それを聞いてシャルアは以前神羅の資料室で読み上げた断片の内容を語り、全てはルクレツィアに繋がると推測する。その直後にDGが襲撃し、ヴィンセントはすぐにWROの援護に向かい、DGを撃退した先のフロアでシャルアがシェルクの気配に気づき、彼女がシャルアの探していた妹である事が発覚する。シャルアは説得するがシェルクは冷たく突き放し、攻撃を仕掛けられるも駆けつけたリーブの機転によりシェルクを眠らせ、保護する事に成功する。その直後にアスールが襲い掛かり、ヴィンセントとリーブは場所を変えてアスールと交戦し、アスールは意味深な言葉を残してその場に倒れる。その後、ヴィンセントは真実を突き止めるためにニブルヘイムに向かった。
エッジについたヴィンセントはWROの科学者シャルア・ルーイと出会う。最初は警戒する二人だったが、互いの素性を確認して警戒を解く。ヴィンセントはシャルアから今のエッジの状況を聞き、探し物があると言って去ろうとする彼女に何を探しているのかを尋ね、彼女は「私の命」と答えてその場を去った。エッジを探るヴィンセントは瀕死状態の隊員から町外れの倉庫に人が集められている事を聞き、DGに襲われた少年から倉庫の場所を教えられた後、少年から両親の仇打ちを託される。倉庫に待ち受けていたDGを撃退した後、倉庫の外にいたツヴィエートの一人「朱のロッソ」に遭遇する。「オメガ」という名を聞き、エンシェントマテリアを要求された後、ロッソに攻撃されてしまう。その瞬間、ヴィンセントの中のカオスが暴走し、その強大な力によりロッソは退いたが、体力を消耗したヴィンセントはその場で意識を失い、駆けつけたシャルアによってWRO本部に運ばれる。
ネグロス島は植民地時代以来、砂糖栽培で繁栄したが、一方で単一栽培（モノカルチャー）化と貧富の格差が進んでいた。わずかな大地主は豪邸での生活を謳歌する一方、農民の多くが平野部のプランテーションに雇われる農業労働者となっていた。1985年、砂糖の国際的な取引価格が暴落したことでネグロス島の砂糖産業は打撃を受け、地主の破産、プランテーションの放棄、農園労働者の解雇が相次いだ。自分の土地をもって農業を営む農民と異なり、農園主に雇われて働くことで日銭を稼ぐ農園労働者は、地主が砂糖栽培を放棄すると同時に失業者となり一切の収入の道を絶たれるため、ネグロス島全土に急速な勢いで飢餓が広がっていった。やがてユニセフがネグロス島の児童十数万人が親の失業のため餓死の危機にあるとアピールし、日本でも日本ネグロス・キャンペーン委員会などのNGOが発足して飢餓救済のための活動を開始する事態に陥った。砂糖価格の低下から飢餓に至った遠因としては、植民地時代から続いてきたアメリカとの特恵的関税貿易（フィリピン産粗糖は無関税でアメリカに輸出されていた）が1974年に打ち切られたのちに新しい砂糖の買い手を見つけるのに手間取ったことが上げられる。1970年代以降、EC（当時）やオーストラリア、タイなどにおける甜菜糖や、欧米、日本などの先進国における代替甘味料（サッカリン、コーンスターチを原料とする異性化糖など）の生産が増加しており、オイルショックの影響から各国とも自国産業の保護を優先していたためフィリピン産粗糖の需要は激減していたのである。また、農園主は毎年新しく畑を耕して施肥をしてからサトウキビの苗を植えつけるなどの仕事を開始するにあたり、国立銀行から融資を受ける必要があるが、砂糖危機が生じた1985年ごろはマルコス独裁政権の末期（1983年のベニグノ・アキノ暗殺から1986年の民主化＝エドゥサ革命のあいだ）にあたり、政治経済が不安定であったため銀行からの融資に対する利子が急騰したことも、農園主が砂糖栽培を放棄した一因である。また1970年代以降、こうした貧富の差の大きさから新人民軍（NPA）に身を投じる者が多く、彼らゲリラによる武力攻撃や誘拐が相次いだ。国軍は大規模な対NPA軍事作戦を行い内戦状態となったが、山間部の農村は双方の戦闘と国軍による掃討で破壊され多くの難民が出る惨状を呈した。1990年代半ば以降NPAはほぼ壊滅したが内戦の後遺症は残り、村へ帰れない難民も多い。政府は1988年以降包括的農地改革法を制定し、ゲリラの原因となる土地所有の問題を根本的に解決するため農地の強制収用や配分をしようとしたが、地主の抵抗が強いため収用・配分目標は達成できておらず、農地の多く、特に輸出のためのプランテーションは依然私有地である。2000年代国際砂糖市場やネグロス経済は回復したが、島内の貧富の差は根強く残っている。2012年2月6日、東部の沖を震源としたマグニチュード6.9の地震が発生し、多数の死者が出た。