2003年11月にアストン・ヴィラFCからブラックバーン・ローヴァーズFCに期限付き移籍し、ブラッド・フリーデルの控えGKを務めた。翌年1月6日には3年半の契約で完全移籍することが決定した。移籍金は15万ポンドで、出場試合数とブラックバーンの順位によって上乗せされる条項が含まれている。カーディフ・シティFC退団後の2010年8月9日、セント・ジョンストンFCに2年契約で加入しスコティッシュ・プレミアリーグにプレーの場を移した。2013年1月にハート・オブ・ミドロシアンFCとの契約を解除しフリーとなるが、同年6月にIFKマリエハムンへ加入し母国に復帰。半年間プレーし、同年末を以て現役引退を表明した。
戦後の堀は、陸上自衛隊を陸将補で退官した後、郷里の奈良県吉野郡西吉野村に戻り、大阪の大学でドイツ語を講じ、戦争中のことについては一切口にしなかった。堀が回想録 『大本営参謀の情報戦記』 を公刊する直接的な動機となったのは、1986年（昭和61年）に、ある雑誌の座談会（堀は出席せず）で「台湾沖航空戦の過大戦果を戒めた堀の電報を、大本営陸軍部作戦課が握り潰したからだ」と発言したのがきっかけに堀が戦時中に携わった情報の仕事への各方面の注目が高まり、日本の敗因を情報の見地から解明しては、と勧めを受けたためである。1984年（昭和59年）春から、戦史研究家の保阪正康が堀への取材活動を始めたことも影響した。従って太平洋戦争（大東亜戦争）の回想録としては遅い1989年（平成元年）に上梓されている。なお、保阪が堀に最初に取材を申し込んだ所、堀から面会を断る手紙を受け取ったが、保阪は逆に取材意欲を燃やしてアポなしで堀宅を訪問した。その後、保阪が何度も訪問を重ねてから堀はようやく口を開き、信頼関係が出来てからは奈良や東京でしばしば会うようになった。ただし、堀は、同じ陸軍出身者の近藤が取材した際には快く会っている。
戦後、1954年（昭和29年）に陸上自衛隊に入隊。吉田茂首相の軍事ブレーンとして、自衛隊の創設に大きな力を有した辰巳栄一陸軍中将の「情報の分野で働くように」という勧めに応じたものだった。陸上幕僚監部第二部国外班長に就任、1959年（昭和34年）10月24日から初代駐西ドイツ大使館防衛駐在官（駐在武官に相当）に就任し、キューバ危機をヨーロッパで体験した。ラインの軍需物資輸送の情勢判断から米ソ開戦せずとの判断を東京に逸早く打電した。1963年（昭和38年）10月末には統合幕僚会議第二室（防衛省情報本部の前身）室長に就任する。防衛庁内の雰囲気に納得できず、1967年（昭和42年）3月、陸将補で退官。1974年（昭和49年）から大阪学院大学ドイツ語講師となる。1991年（平成3年）4月から郷里の西吉野村の村長を務め、名産吉野柿の普及に力を入れた。二期目在職中の1995年（平成7年）6月5日、ガンのために死去、享年82。
10月27日から第14方面軍作戦参謀、1945年（昭和20年）2月1日からは再び大本営陸軍部第2部第6課（米国班）参謀を歴任し、終戦後の9月に陸軍省軍務局課員、10月に予備役編入（最終階級は陸軍中佐）。郷里の奈良県吉野郡西吉野村に帰り、健在であった父の堀丈夫中将と共に農耕に従事。
オリンピアをグループに収めた後、2010年からパチスロの発売は途絶えていたが、2018年の「南国育ち〜蝶々ver〜」（アムテックスブランド）から発売を再開した。
2012年1月4日、レッスルキングダムVIのセミファイナルに登場し、内藤がファン時代に憧れた選手の一人である武藤敬司と対戦した。しかし持ち味を発揮できず、最後は武藤のムーンサルトプレスに敗れたが試合後のコメントで内藤は、「武藤がすごいのは幻想」と言い切り、今年の目標を「武藤ができた、棚橋もできた、29歳でのIWGPヘビー級ベルト（戴冠）」と掲げた。2月12日、THE NEW BEGINNINGにて昨年より抗争を繰り広げた中邑からシングル初勝利を収めると、棚橋を打ち破りIWGPヘビー級王座に戴冠したオカダ・カズチカの前に姿を現し同王座へ挑戦を表明。3月4日後楽園大会で、内藤は新日本プロレス創立40周年記念興行と銘打たれた興行のメインイベントにてオカダと対戦したが、レインメーカーに敗れる。その後も内藤は年頭に掲げた「20代でのIWGP王座戴冠」を目指すため、次期挑戦者の棚橋を差し置いてIWGP王者のオカダに喰らいかかり、挑戦権の強奪を企てるも未遂に終わった。8月7日、仙台サンプラザホール大会にてG1公式リーグ戦のルーシュ戦でジャーマン・スープレックスを着地した際に古傷の右膝靭帯を痛めてしまい、試合に敗れた内藤は担架で運ばれた。右膝を負傷してからも試合には出場し続けたが本調子には程遠く、10月8日、KING OF PRO-WRESTLINGにて対戦した高橋にレフェリーストップ負けを喫すると、試合後に高橋から右膝を椅子で殴打され戦線離脱し長期欠場となった。11月15日、SHIBUYA-AXにて自ら提唱したNEVER無差別級王座の初代王者決定トーナメントが開催され、欠場中の内藤はリング上からの挨拶だけで留まった。