2月10日未明、警視庁と神奈川、三重、大阪各府県警の合同捜査本部は、SDカードの記録に他機関で照会されていないコミケ事件で使用されたコードが存在していたことから、この男性がコミケ事件に関与したとみて威力業務妨害容疑で逮捕状を請求するとともに、男性Xに対して警視庁に任意同行を求め、男性Xの自宅を訪問して家宅捜索を行った後、逮捕状を執行した。被疑者が逮捕された2013年（平成25年）2月10日付けで捜査特別報奨金対象事件の指定から外れた。以後、報道機関が男性Xの母親のもとに押しかけたため生活に支障が生じたが、警察が日用品の手配等をする一方で、「親子の縁を切る」という調書を準備して母親に署名を求めた。母親はこれに応じなかった。2月10日に威力業務妨害で逮捕した事件の勾留期限が切れる3月3日を前に、警察は、大阪府の男性Bを介して日航機事件の容疑についてハイジャック防止法違反で逮捕状をとり再逮捕する方針が示されたと報道された。これについて男性Xの弁護人は根拠なく再逮捕の予測を掻き立てたことや、威力業務妨害による立件について報じないことに対して不適当であると批判している。3月3日、警察はコミケ事件について男性Xを処分保留(勾留期限当日)として釈放し、その場で大阪府のヲタロード殺害事件に伴う偽計業務妨害と、航空機爆破予告に対するハイジャック防止法違反について逮捕した。
2012年11月12日から、遠隔操作に使われたサーバーがあるアメリカに捜査員を派遣し、FBIに捜査情報を提供するなどして協力も取り付けた。同年12月12日に「脅迫その他の方法で公務や事業活動の遂行に重大な支障を及した事件」についても対象とするように捜査特別報奨金取扱要綱を改正して、捜査特別報奨金対象事件に指定した。しかし、ネット上に残された記録を手掛かりにした捜査が行き詰っていた。1月5日の犯行声明で江の島の地域猫にピンクの首輪をつけたと表明されたことから、この首輪をつけた人物に捜査の焦点が移った。江ノ島の防犯カメラでは、地域猫に首輪をつけたとされる時間帯の2013年1月3日15時から15時15分において地域猫に首輪をつけても不自然ではない行動をしている唯一の男の映像が確認されたことや、その男がバイクで移動する映像が写っていたことから、これらの映像を手がかりに同年1月中旬には東京都内に住むIT関連会社社員が特定された。なお、警察側は早期の逮捕を指向したが、検察側はSDカードの所持等だけでは罪に問うことが出来ず時期尚早としていた。以後、一部の報道機関が男性Xをマークし、逮捕前の男性Xの様子を撮影している。
上記の観点から警察は犯人について「自作のウイルスを作成できる高いITスキル」「強い目的達成意欲」「声明文に見られる警察当局などへの挑戦的態度」を備えた「30歳代から40歳代のプログラマーなどの経験を積んだことのある東京近郊に住む男性」とプロファイルしていた。
真犯人の行為で複数の男性が、誤認逮捕・冤罪となったことについて、マスメディアのみならず、警察庁OBからも問題を指摘する声が上がっている。特に自白強要や、IPアドレスを人間の指紋と同様に取り扱っている事が、問題点として挙げられる。
遠隔操作されたPCの所有者は東京都に住む男子大学生である。神奈川県警は男性Aをこの事件の容疑者として7月2日に逮捕し、多少不審な点はあるものの男性Aの犯行であると断定して厳しく追及した。男性Aは当初は否認していたが、取り調べの過程で容疑を認め、未成年であったことから8月15日に保護観察処分（実質的な有罪扱い）となった。真犯人からの犯行声明で遠隔操作の手口が明かされたことからようやく、男性Aが犯罪予告の当事者ではないことが明らかになり、10月30日に保護観察処分取消処分となった。
少なくとも13件の犯罪予告が確認されている。当初は7件が報道され、6件は10月の犯行声明で言及されるまで報道されていなかった。また13件以外でも、犯行声明でも言及されなかった1件が真犯人による犯罪予告の可能性がある。また、一部は犯罪予告が送られてきたことに気付かなかったり、まともに取り合わなかった例もある。
意図せず犯罪予告に加担させられた少なくとも5人のPC所有者のうち、1人はウェブサイトのセキュリティーの不備をついたクロスサイトリクエストフォージェリ (CSRF) を仕掛けられた。その他の所有者は、iesys.exeを仕込まれたアプリケーションソフトをダウンロード・実行し、そのトロイを介してPCが遠隔操作された。
視聴覚プロデューサーとして、そして若年として毎日の仕事に生計を立てることに加えて、彼はまた2014年以来ラテンアメリカを見学しました。  彼は、ペルー、コロンビア、コスタリカ、アルゼンチン、エクアドル、メキシコ、ウルグアイ、チリ、ボリビアなどの国々で、大人向けのコメディーショーを発表しました。 2016年に、CNNチリの生放送のテレビインタビューで、エルバナネロはさようならを彼の胸に描かれた陰茎を見せて言った、そして彼がさよならを言う前にCNNの男性会員に教えたいと言った。
この曲から「キャリー・ザット・ウェイト」→「ジ・エンド」、アンコール・ナンバーの「ハー・マジェスティー」と続く後半のメドレーのオープニングを飾る曲である。なお、以上4曲は名義はレノン＝マッカートニーとなっているが、ポール・マッカートニーによって書かれた楽曲。この曲は、ポールが実父ジム（ジェームス・マッカートニー）の家に遊びに行った際、義妹ルースに読み聞かせていた絵本の中に「ゴールデン・スランバー」というトマス・デッカー（Thomas Dekker）作の子守唄を発見。そこから自由に手を加えて作られたものである。レコーディングは1969年7月2日に開始され、この日にポールによるピアノ、ジョージ・ハリスンによるベースギター、リンゴ・スターによるドラムスの伴奏が録音された。なお、この日のセッションでは、スコットランドでの自動車事故で負傷していたジョン・レノンは参加していない。7月31日にドラムス、ティンパニと追加のボーカル、8月15日にオーケストラがオーバーダビングされた。なお、ゴールデン・スランバー～キャリー・ザット・ウェイト～ジ・エンドの一連のメドレーは、1989年から翌年にかけて行われたポールの『ゲット・バック・ツアー』で大々的に取り上げられており、日本公演でも演奏されている。リハーサルで、ポールがこの曲を歌ったところ、涙したスタッフがいたので、取り上げることになった。正確な題名は「ゴールデン・スランバーズ」だが、日本版LP発売の際にゴールデン・スランバーと翻訳された名称が日本でそのまま通用している。武満徹の編曲作品の題名も「レノン＆マッカートニー／武満徹：ピアノのためのゴールデン・スランバー」である。