作中のBGMは伊藤賢治が担当。ゲーム発売当時の1991年にゲームオリジナル音源を収録した『オリジナルサウンドトラック』、オーケストラでアレンジされたアレンジバージョン『想いは調べにのせて』の2枚のCDが発売された。NTT出版より1995年8月25日、『サウンドコレクションズ』とタイトルされたサウンドトラックが発売されている。2004年10月1日に再発売された。これは1991年当時に発売された、先述の2枚のCDの内容を1枚のCDにまとめたものである。Track.01-07までは服部隆之がオーケストレーションしたアレンジバージョン（「『想いは調べにのせて』の内容に相当）を、Track.08以降はゲームオリジナル音源を収録。
内容自体は原作GB版や携帯電話版をベースにしているが、ひらがなを漢字にする、現在の倫理基準に合わせて語句を変えるといった変更があるほか、GB版では容量の問題などから省略された演出を再現している。これまでとは違いグラフィックは新たに3D化されている。元々は2Dでの移植も検討されていたが、スマートフォンでのタッチ操作は3Dの方がやりやすいことや、『聖剣伝説4』や『聖剣伝説 RISE of MANA』でシリーズが3Dに移行していることから議論になり、『聖剣伝説2』や『聖剣伝説3』もリメイクするのなら3Dがいいのではないかという話になったという。3Dグラフィックの『聖剣伝説 RISE of MANA』の素材も生かせ、『2』や『3』のリメイクを行いやすくなるだろうという狙いもあった。欧米版でのタイトルは『Adventures of Mana』と改題されており、『ファイナルファンタジー』シリーズ扱いではなくなっている。GBA版『新約 聖剣伝説』の要素については、『聖剣伝説』と『新約』を別物と考えるユーザーが多いことから取り入れられていない。ただし、一部のBGMには『新約』で追加された箇所が反映されている楽曲があったり、システムは異なるがリングコマンドが本作にも採用されているなど、共通する部分もある。PlayStation 4版も予定されているが、細かい調整が必要なため後の発売になる。
2006年8月16日に、携帯電話のSoftBank 3G端末用S!アプリとして本作のリメイク作品『聖剣伝説 -ファイナルファンタジー外伝-』が配信された。『新約 聖剣伝説』とは違い原作ゲームボーイ版からの変更点は少なく、当時のイメージを元に再現した移植になっているが、モノクロだった画面はフルカラーで作り直されている。2006年8月30日には、SoftBank 3G 905SH用S!アプリも配信開始。2006年11月6日からはFOMA903i向けメガiアプリとしても登場した。2007年2月5日からはEZアプリとしても配信開始。EZアプリの対応端末は、WIN BREW対応端末。2011年3月3日をもって『聖剣伝説モバイル』のサイトサービスが終了したことに伴い、一時期配信停止していたが、その後2011年5月18日にiアプリ版とS!アプリ版が、翌日の19日にはEZアプリ版が『スクエニMOBILE』で配信再開した。それ以降は対応機種の更新は停止している。なお、体験版と製品版で同じファイルを使用しており、起動毎に購入情報の認証を行う事で製品版として機能する。キャラクターデザインはHACCANが担当し、絵柄はかなり異なるが下記の3Dリメイク版でも10年振りに再び担当している。
主人公は、グランス公国で奴隷剣士としてモンスターと戦う日々を過ごしていた。次々と仲間の奴隷戦士たちが戦いで倒れていく中で、主人公は隙を見てモンスターの出入り口から脱出する。脱出には成功した主人公だったが、城の近くにある滝の見える崖の上でシャドウナイトとジュリアスの密談を偶然盗み聞きしてしまい、そこを見られて滝壷に落とされて気を失ってしまう。目を覚ました主人公は見知らぬ土地をさまよい、モンスターに襲われているヒロインを助ける。彼女はボガードという男を探しているらしく、目的のない主人公はヒロインを連れてボガードを探す。こうして、主人公は大きな運命の波に飲まれていく。
こうして衰退してしまったこのアルモニカは、熟練したガラス吹き師であり音楽家であるゲアハルト・B・フィンケンバイナー（Gerhard B. Finkenbeiner）によって1984年に復興された。30年の実験の後、マサチューセッツ州のウォルサムで生産開始され、G.Finkenbeiner社は現在も、NASA等から受注した高純度なガラス製品の生産をする本業のかたわら、プライベートな余暇を捧げて副業的に、手作りにてこの楽器を少量だけ制作している貴重な工房として世界的に知られている。フィンケンバイナーの亡き後は、トーマス・ヘッション（Thomas Hession）が後継者として、家族でG.Finkenbeiner社を運営している。1台の制作に1年以上を要するほどガラスの制作加工は非常に難しく、低音の大きなガラスは、たった1枚で30～40万円もするほど制作に時間と手間が必要という。注文は音域を指定してから制作開始され、値段は音域の広さによって主に決まる。高音のみでの音域の狭い楽器は90万円ほどから、低音までの大型の楽器では1000万円近くにもなり、古い楽器はガラスの欠損があっても数千万円もし、博物館が所有する貴重な楽器資料となっているため一般に流通していない。ちなみに、G.Finkenbeiner社の楽器では鉛中毒を警戒して鉛やその化合物類は添加されず、高純度の無機ガラスによって製作されている。（参考：二酸化ケイ素・石英・ガラス）アルモニカのひとつの欠点に音量の乏しさが認められたが、現代においては、必要に応じてマイクによる音量の増幅もなされ得るようになった。但し、クラシック音楽の一般的な演奏会などにおいては、やはりこの楽器にマイクが使われることはほとんどない。