史上初の本格的GUIを備えたとして知られるAltoだが、特に“Alto OS”と呼ばれる専用のGUI OSがあったわけではない。PARC内外ではAlto向けに、互いに見た目や操作の異なる多数のGUI環境・GUIアプリが開発されていた。その中で特に先行し、後続に多岐に渡る影響を及ぼしたのがケイらの暫定ダイナブック、すなわちSmalltalk環境で、実際、MacやWin、そしてUNIXのGUI環境の起源に関する記述でAltoが引き合いに出された場合、それは当時のSmalltalk環境を意味していることが多い。言及者がSmalltalkを単なるプログラミング言語として狭く捉えていたり、その誕生の歴史的経緯（コンセプトとしての「ダイナブック」、暫定環境としての「Smalltalk」、暫定ハードとしての「Alto」の相互関係）をよく調べずに書いたあいまいな記述が世に氾濫しているため、さも“Alto OS”のようなものが存在するかのような誤ったイメージが定着してしまった。ケイはプログラミングもするが、主だってはアイデアパーソンである。Altoの製作にはチャック・サッカーという天才エンジニアの、Smalltalk開発にはダン・インガルス、アデル・ゴールドバーグを筆頭とした天才プログラマらの関与が不可欠であり、ケイがすべてを（短期間で）実現したかのような記述は原則として誤り。短期間であることがことさらに強調されることが多いのは、Alto初号機の製作期間が仲間うちの“賭け”の対象となっていて、実際それが約3か月強で成し遂げられたこと、あるいはケイの「オブジェクトへのメッセージ送信」というアイデアをダン・インガルスがわずか数日で実装してみせたこと（これが、Smalltalkのプロトタイプとなった。ちなみに、この時に使われたのはBASIC）を混同しているものと思われる。
ケイはしばしば、コンピュータ革命は非常に新しく、よいアイデアが全て一般に実装されているわけではないということを論じている。OOPSLA 1997 での講演やチューリング賞受賞記念講演（タイトルは "The Computer Revolution Hasn't Happened Yet"）では、Sketchpad、Simula、Smalltalk での自身の経験や商用ソフトウェアの肥大化したコードについて論じている。2006年8月31日、アメリカ国立科学財団 (NSF) への提案書が採用され、Viewpoints Research Institute に数年間資金が提供された。提案書のタイトルは "Steps Toward the Reinvention of Programming: A compact and Practical Model of Personal Computing as a Self-exploratorium"（プログラミング再発明へのステップ: Self-exploratorium としてのパーソナルコンピューティングのコンパクトで実用的なモデル）である。ケイがやろうとしていることの意味は、バークレーにあるインテルの研究所で行ったセミナーの要約からうかがい知ることができる。今日では、商用ソフトウェアや多くのオープンソースのソフトウェアは数億行のソースコードの固まりでできている。その機能をカバーできる理解可能な最小の設計なら、どれだけのコード量にできるだろうか？ 100万行？ 20万行？ 10万行？ 2万行？」
2005年11月に開催された世界情報社会サミットで、MITはアラン・ケイも開発に関与した新たな OLPC XO-1 を発表した（発表時は100ドルノートPCとして有名になった）。ケイのダイナブック構想に基づき、ケイの友人であるニコラス・ネグロポンテがプロジェクトを推進した。ケイもそのコンピュータの開発に関わり、主に Squeak と eToys を教育ソフトウェアとして搭載することに注力した。
2001年、SqueakのeToysアーキテクチャにおいてインタフェース基盤の限界が見えてきた。ケイのHPでのグループで働いていた Andreas Raab は "script process" の定義を提案し、いくつかの一般的課題に対処するデフォルトのスケジューリング機構を考案した。その結果、Squeak のユーザインタフェースをさらに進化させた新たなユーザインタフェースが Tweak が誕生した。その基盤となるオブジェクトシステムはクラスベースだが、ユーザーがプログラミングする際にはプロトタイプベースのように動作する。
1995年12月、アップルコンピュータに所属していたケイは、多数の協力者と共に Squeak をオープンソースプロジェクトとして立ち上げ、その後も継続して関わっている。Squeak は、Smalltalkを拡張し、当時非公開で限られた人間しか参加できなかった「ダイナブックプロジェクト」を、広く世界に人材を求める“開かれた”プロジェクトとして再開されたものだと考えることもできる。Squeak及びその上に実現された非開発者向けビジュアルスクリプティング環境「Squeak eToys (SqueakToys)」、次世代3D-GUIを模索する仮想コンピュータ環境「Croquet」の開発指導にあたる。
1984年から、ケイはアップルコンピュータのフェローとなった（1997年に、スティーブ・ジョブズが研究部門Advanced Technology Groupを解散するまで。なお、ジョブスにピクサー買収を強く勧めたのも、彼である）。その後 Walt Disney Imagineering でフェローを務めた（ディズニーがフェロー制度をやめるまで）。2001年、子どもの教育と関連するソフトウェア開発を目的とする非営利組織 Viewpoints Research Institute を創設。その後、Applied Minds（Walt Disney Imagineering の退職者が設立した会社）で働いた後、ヒューレット・パッカードにシニアフェローとして迎えられたが、2005年6月20日に Advanced Software Research Team が解散になると同時に退職した。現在は、Viewpoints Research Institute を主宰。 また2002年〜2005年、IPA未踏ソフトウェア創造事業のプロジェクトマネージャ。2011年秋、ニューヨーク大学 Interactive Telecommunications Program (ITP) でITPの研究員である Nancy Hechinger と共に "Powerful Ideas: Useful Tools to Understand the World" と題したクラスを教えた。このクラスの目標は、伝統的な丸暗記的教育を廃し根本的かつ強力な概念に基づいた教育/学習の新形態を考案することだった。
半透明の多いシーンを扱うことの多いCM業界ではV-Rayが使われてきたが、映画においても、V-RayやArnoldなどの物理ベースのモダンレイトレーサを実装したパストレースレンダラが普及していった。2006年、Side Effectsは、マイクロポリゴンレンダラーであったMantraにパストレーシング対応エンジンを追加して、Houdini 9をリリースした。2009年8月、Chaos GroupがV-Ray for Mayaの正式版をリリースし、V-Rayは映画業界にも使われるようになった。2010年、Autodeskは3ds Max 2011のサブスクリプションにiray (正確にはmental rayのirayモード)を付属し、2011年、それを3ds Max 2012に搭載した。2011年、Blender 2.60にはYafaRayが搭載されず、Blender 2.61で新たなパストレーシングレンダラーであるCyclesが搭載された。2013年、DNA Researchは3Delight 11でPath Tracingモードを導入し、それを標準とした。2014年、Solid AngleはMaya用のArnoldの一般販売を開始した。2014年、PixarはRenderManに物理ベースのモダンレイトレーサであるRISモードを導入し、同時に価格の値下げを行った。2016年、AutodeskはArnoldの開発元であるSolid Angleを買収し、同年、mental rayの代わりにArnoldを搭載してMaya 2017をリリースした。同年、PixarはReyesスキャンラインレンダリングを廃止した。2017年、Autodeskは、Mayaと同様に、mental rayを外しArnoldを搭載して3ds Max 2018をリリースした。