京都線の一般速達種別で、京都線内では特急停車駅に加えて東寺駅・竹田駅・桃山御陵前駅・大久保駅・新田辺駅・新祝園駅に停車する。奈良線や橿原線への直通運転が基本で終日、京都駅 - 近鉄奈良駅・橿原神宮前駅間のほか、朝夕時間帯には京都駅 - 天理駅間および京都発新田辺・近鉄宮津・大和西大寺行き、また平日に上り1本のみ高の原発京都行きが設定されている。近鉄宮津行きの急行は他の定期急行の停車駅に加えて興戸駅・三山木駅にも停車し、同志社大学京田辺キャンパスへの通学客の利便性を確保している。昼間時間帯と平日ダイヤの朝には地下鉄烏丸線国際会館駅 - 近鉄奈良駅間直通の急行も1時間に1往復程度運転される。昼間時間帯は1時間に京都駅 - 近鉄奈良駅間・国際会館駅 - 近鉄奈良駅間の系統がそれぞれ1本、京都駅 - 橿原神宮前駅間の系統が2本の計4本運転される。京都駅発着の急行が20分間隔で運転され、そこに地下鉄烏丸線直通急行が1本挿入される形のダイヤとなっている。地下鉄烏丸線からの直通列車も含めてすべて6両編成で運転されている。また、2003年3月の快速急行の急行への統合以降は、特急と急行の運転間隔が異なるので、地下鉄直通をのぞき大久保駅・新田辺駅・新祝園駅・高の原駅のいずれかで特急待避を行うようになった。2012年3月20日からは（地下鉄直通をのぞけば）特急と急行の運転間隔は同一に戻ったが、同様の状況が続いている。地下鉄烏丸線からの直通列車に関しては竹田駅で近鉄京都駅発着の各駅停車と接続する。急行の京都駅 - 大和西大寺駅間の標準所要時間は40分前後である。早朝・深夜の特急待避が無い列車は37 - 38分で走破する。また、昼間の新田辺駅以南では普通より急行の本数が多い。
特急は京都駅 - 近鉄奈良駅・橿原神宮前駅間に1時間に4本運転されているほか、京都駅 - 賢島駅間（2018年現在は1日下り4本・上り2本 と、「しまかぜ」の1往復週6日運行のみ）にも運転されており、京都線において昼間は10分 - 20分間隔、夕方から夜にかけては15分間隔の運転である。2018年3月17日以降、平日・土休日とも定期列車が下り30本・上り31本（「しまかぜ」除く）運転されている。京都線内では全列車が近鉄丹波橋駅、大和西大寺駅に停車し、朝9時台までの上り京都行きと15時以降の下り列車は高の原駅にも停車している。毎月26日をはじめとした、天理教月次祭が催される日には、天理駅発着の臨時特急も1往復追加される。かつては近鉄奈良駅発着列車と橿原神宮前駅発着列車の一部が京都駅 - 大和西大寺駅間で併結運転を行っていたが、2018年3月17日のダイヤ変更で全列車とも単独運転となっている。また京都駅 - 近鉄奈良駅間にアーバンライナー車両による特急が設定されていたが、2009年3月20日のダイヤ変更により同区間のアーバンライナー車両の定期運用は消滅した。
京都線では、特急・急行・準急・普通が運転されている。急行と普通の一部は竹田駅から京都市営地下鉄烏丸線に乗り入れ、近鉄奈良駅（急行のみ）・新田辺駅 - 地下鉄国際会館駅間で相互直通運転を行っている。以下に各種別の詳細を示す。
1910年（明治43年）2月28日、突如辞任した第3代神戸市長・水上浩躬の後任探しが難航した際、対応を一任された市会議長の坪田十郎の要請を受け市長に就任した。鹿島が市長となった当時、神戸市は重工業化が進み神戸港が貿易港として成長し、人口が市制開始時（1889年（明治22年））の約3倍にあたるおよそ40万人に増加するなど、新興都市として伸び盛りの時期を迎えつつあった。さらに就任後の1914年（大正3年）に第一次世界大戦が勃発すると景気が好転し、1916年（大正5年）以降神戸市の予算額は急速に増大していった。鹿島が第一に取り組んだのは神戸電気鉄道に関する問題であった。まず、市長就任直後の1910年4月に開業したものの資金難から市街電車の二期線工事に着手できずにいた同社に対して補助を行うと、次いで1913年（大正2年）に電灯電力供給事業に参入した同社と神戸電灯との合併を承認し、さらに1917年（大正6年）に路線拡張を速やかに行わない同社を滝川儀作の仲裁を仰ぎつつ買収、市街電車を市営化した（神戸市電）。市営化後、市街電車の路線は飛躍的に拡大し、都市の発展拡大を促した。教育分野では、学区の廃止を断行した。これは市内の各区に任せていた小学校の運営を市に一本化し、区の財政状況に児童の教育環境が左右される状況を解消するためのもので、神戸教育史上画期的といわれる、他の都市に先んじて行われた政策であった。鹿島はさらに300万円の公債を発行して小学校増設に乗り出した。鹿島はそのほか、人口増加に対応するために千苅に大規模な水源を設け給水力の強化を図り、また貿易量が増大し続ける神戸港の設備・防災力を強化すべく、第一期築港工事（1907年（明治40年） - 1922年（大正11年））の完成を待たずして1919年（大正8年）に第二期築港工事に着手した。築港工事においては、築港公債の直接募集を行い、資金調達に経営手腕を発揮した。1918年（大正7年）に起った米騒動の影響は神戸市にも及び、大手商社鈴木商店が焼き打ちされた。事件の要因としては生活困窮者の多さが指摘され、市会において対応が議題となった際、鹿島は公設市場を設け食料品や日用品を安く供給することを提案し、実施に移した。