1432年にハンガリー人貴族の娘シラージ・エルジェーベトと結婚した。フニャディはラースローとマーチャーシュの2人の息子をもうける。ラースロー5世が没した後、1457年にラースローはツィレイ・ウルリク殺害への関与を疑われ、反フニャディ派によって処刑された。1458年1月20日にマーチャーシュが新たなハンガリー王に選出された。マーチャーシュ1世の即位後、シラージ・エルジェーベトの弟（マーチャーシュにとっての叔父）であるシラージ・ミハーイがハンガリー王国の摂政となった。また、エステルゴム大司教であるオラー・ミクローシュ（ニコラウス・オラフス）は、フニャディの甥にあたる。ワラキア公ヴラド3世（ウラド・ドラキュラ）はワラキアを追われた時期、マーチャーシュ1世（前出の次男・マーチャーシュ）により軟禁されたが、その間にマーチャーシュ1世の妹、すなわちフニャディ・ヤーノシュの娘と結婚し、カトリックに改宗している。
フニャディは次男のマーチャーシュ1世とともにハンガリーの国民的英雄とみなされ、オスマン帝国の脅威からの守護者として称賛されている。非マジャル人の出身であるフニャディはハンガリー的な精神とハンガリー貴族の思考を受容することに努めたが、自身の出自を忘れ去ることは無かった。ハンガリーの大貴族たちから敵視され、時には王からも恐れられた。しかし、配下の兵士とハンガリーの中小貴族、そして民衆からは敬愛され、オスマン帝国の皇帝（スルターン）はフニャディに対してハンガリー王以上に敬意を払っていた。ハンガリーが外圧と内訌に苦しみ、国王が名目だけの存在となる中でフニャディは苦難に立ち向かい、死後も民族的英雄として称賛された。「ハンガリー第二の国歌」といわれる「訓辞」（Szózat）の歌詞には、フニャディの名前が現れる。ルーマニア史においても、フニャディは重要な役割を果たした。1442年以降、フニャディはワラキア公国とモルドヴァ公国に大きな影響力を持つようになった。ルーマニア人に属する血統とトランシルヴァニア公（ルーマニアの一地域であるトランシルヴァニアは、フニャディの存命中はハンガリー王国に属していた）の地位により、ルーマニアの国民的英雄として記憶されている。フニャディの死後、ルーマニアではワラキア公ヴラド3世が彼の立場を継承してオスマン帝国への抗戦を展開する。15世紀当時のセルビア・クロアチアにおいてはフニャディはハンガリー人としてみなされて「Ugrin Janko」「Janko the Hungarian」と呼ばれていたが後世にはフニャディをセルビアの生まれとする叙情詩（英語版）が成立した。ブルガリアの民間伝承では、フニャディの活躍は叙情詩の英雄であるYankul(a) Voivoda（英語版）に投影され、Yankul(a) Voivodaはフニャディの甥であるセーケイ・タマーシュをモデルにしたと思われる架空の英雄Sekula Detentseと行動を共にしている。これまで西ヨーロッパ諸国がハンガリーに抱いていた「野蛮」という偏見はフニャディがオスマン帝国から挙げた戦果によって覆され、ハンガリーはヨーロッパのキリスト教世界から「全ヨーロッパの守護者」と見なされるようになる。フランスの年代記作家・外交官のフィリップ・ド・コミーヌはフニャディについて、「長い間ハンガリー王国を支え、オスマン帝国に対してたびたび勝利を収めた、勇敢かつ慎重な「ワラキアの白い騎士」」と記した。教皇カリストゥス3世はフニャディを「過去3世紀に生まれた中でもっとも偉大な男」と賛美した。そして、毎日の正午に鐘を鳴らして信徒を集めてベオグラードで勝利を収めた「キリスト教世界の守護者」フニャディに祈りを奉げるよう、ヨーロッパの全ての教会に命じた。正午に鐘を鳴らす後世の教会の習慣は、ベオグラードの勝利を記念したカリストゥス3世の命令に始まると考えられている。
主人公であるアレックス（アレキサンドラ・ロイヴァス）は、突然の祖父の謎めいた死に疑問を抱き、ロードアイランドにある祖父の邸宅の調査を開始する。間もなく彼女は書斎の奥に隠し部屋を見つけ、そこで様々な奇妙な物体とともに人間の皮膚と骨で装丁された1冊の書、「エターナルダークネスの書」を発見する。その書を読み始めた彼女は、まず紀元前26年のローマ帝国兵、パイアス・オーガスタスの不思議な体験を知ることになる。パイアスは従軍中にペルシャで謎の声に導かれ、地下遺跡へやってくる。そこで彼は不思議な3つの秘宝を見つけ、その1つを手に取る。すると秘宝の力で彼は不死の魔術師へと変貌し、手にした秘宝の主であるエンシャントの手下（あるいは奴隷）となったのである。秘宝の主である3体のエンシャントは、太古の時代により強大な4体目のエンシャント「死神」マントロクによって封印されていたが、マントロクはパイアスによって魔法の杭を打たれ瀕死とされてしまい、その間にパイアスは自分の主であるエンシャントを現実世界へ召喚しようと様々な活動をしてゆく。プレイヤーが新たな書のページを発見するごとに、アレックスはその他の選ばれし者達についての体験を知ってゆくことになる。二千年に渡って様々な時代、場所に存在する彼らは、各々がエターナルダークネスの書を手にし、パイアスやエンシャントの手先と関わってゆく。彼らの多くは不幸な運命に直面することになるが、時代を越えて協力し合い、三つの残されたエンシャントの秘宝を「光の集まる場所」ロイヴァス邸へと集めることに成功する。また、アレックスの祖先によって、ロイヴァス邸の地下にはかつて太古の人々が建造した「エンガの遺跡」が存在することが明らかにされる。しかし遺跡はエンシャントの手先によって破壊され、彼らの巣食う魔の都へと変貌していた。アレックスの祖父エドワードは祖先の導きに従い、エンガの遺跡全体をパワーサークルとして強力なスペルを発動することの出来る装置を発見し、それを用いることでエンガの遺跡を解放した。そしてアレックスもまたその装置を用い、集められた3つの秘宝の力を加えることでパイアスの主であるエンシャントを打ち倒すことの出来るエンシャントを自ら召喚する。召喚したエンシャントによってパイアスの主は打ち倒され、アレックス自身と選ばれし者達によってパイアスもまた倒される。しかしアレックスは、皮肉にも自身の召喚したエンシャントにより世界が滅ぼされる未来のビジョンを見てしまう。アレックスは愕然とするが、そこで祖父エドワードの助けにより、エンシェントを召喚する際に作ったスペルの1つを入れ替えることで強力な従属スペルを作り出す。その結果、エンシャントを再度封印することに成功し、世界はエンシャントの脅威から救われたのである。