2004年7月1日には、本発電所を含む3原子力発電所の組織も再編した。改編前は総務、広報、品質・安全、技術、発電、第一保全、第二保全、の7部体制だったが、技術、発電、保全部を再編、技術統括部を設置、同格位で品質・安全監理の責任者としてユニット所長を設置し、その下に運転管理部、保全部を所属させた。改編の目的は「自主保安監理体制の確立」である。ユニット所長は1〜4号機、5, 6号機に各1名、合計2名配置され（従って運転管理部、保全部はそれぞれ第一、第二が存在）、運転管理や設備保全業務に関する一貫した権限を有する。
『とうでん』2002年7月号によると、経済産業省の定格熱出力一定運転に関する通達に基づき、東京電力は2002年より各原子力発電所への導入を開始した。本発電所については2003年以降、順次導入が進められた。1号機を除く各号機はそれまでの電気出力一定運転から順次切替されていった。なお、東北地方太平洋沖地震発生時運転中だった3機の内、1号機は定格出力運転中、2, 3号機は定格熱出力一定運転中であった。
応力腐食割れ対策については交換可能な部分については上述のように1980年代初頭までに手がつけられていた。一方、シュラウドは容易には交換可能ではなかったため交換出来ない状況が続いたが、上述のようにシュラウドについて応力腐食割れが進行し、1994年に2号機のシュラウドに亀裂が生じるなどのトラブルも生じてきた為、対策としてシュラウドの交換技術を1990年代に数年かけて確立し、1997年6月より1年ほどの工程で3号機にて世界初のシュラウド交換工事が実施され、その後1990年代末に各号機のシュラウド交換工事を順次実施する計画が立てられ、2000年代にかけて2, 5, 1号機も順次実施された。
本発電所の使用済燃料貯蔵施設容量は後の世代の原子力発電所に比較し小規模だったが、1990年代に貯蔵施設の増設を行って他発電所に比較しても遜色ない水準となった。
チェルノブイリ原子力発電所事故後、西側各国でも既存原子力発電所の安全性について見直し機運が高まり、事故から2ヵ月後の1986年6月、アメリカ合衆国原子力規制委員会 (NRC) 内にてMark Iのシビアアクシデント対策の検討が提唱された。1987年、米NRCはNUREG-1150という報告書を出し、確率論的安全評価手法を導入して同国の幾つかのサイトをモデルに安全評価を実施した。この中でBWRプラントに対する電源喪失リスクが高いことが指摘された。
東京電力は低成長時代への対応策として1980年6月に「80年代経営の基本路線」を定め、具体的な構想として「第3次業務機械化」を推進した。こうした状況の中、東京電力は原子力部門にて、3段階のフェーズに区切って20のサブシステムから成る原子力発電業務の総合電算化の計画（「原子力管理業務総合機械化計画」）を構想し、1985年度から3か年をかけて開発を進めることとした。当然、本発電所にもホスト用の計算機、端末が社内LANと共に導入され本店の大型ホストコンピュータと接続された。
『とうでん』1983年3月号によれば、この頃本発電所で原子炉起動方法も改善し、6号機の起動に最初に適用した。原子炉の起動当初は制御棒を段階的に引き抜いていくことで出力を上げていくが、急速に出力を上昇させた場合、ある閾値以上の出力では、その出力変化が急だと燃料を破損することがある。そのため、燃料の一部でも閾値に達したら、制御棒での操作から、出力変化の緩やかな流量操作に移行する。従来、予測計算の精度が粗く、経験の蓄積が無かった頃は制御棒を2グループに分け、1グループずつ操作していたが、計算精度の向上と経験の蓄積を元に、出力分布が平坦になるような新しい操作法を採用すれば、前述の原則に反することなく出力を上昇させられることが判明し、監視用計算機で監視しながら制御棒の引き抜き手順を変更した。これにより従来100%出力への推移に約9日かかっていたものを約5日と4日間短縮し、3,960万kWhの増加電力量を得た。この操作方法は3号機、5号機と他の号機でも採用していった。
1897年11月、美含銀行として兵庫県城崎郡香住町に設立。1932年9月、香住銀行に商号を変更。その後戦時統合によって県内の銀行統合が進展するが、香住銀は水産金融の特殊性から頑強に単独存続の必要性を訴えて、但馬地方の8行合併によって設立された全但銀行に参加せず終戦を迎えた。香住銀は戦時における損失も少なく、資本金の減資や第二封鎖預金を実施することなく、戦後の混乱期を無事に乗り越え、増資を重ねて経営基盤の充実に努めた。1953年1月、神戸銀行（現：三井住友銀行）から香住、浜坂、柴山支店が譲渡されたことを皮切りに、漸次、数店が譲渡され、1956年9月24日、但馬銀行に行名を改め、但馬地方を地盤とする銀行であることを鮮明にした。近年では阪神・播磨地区など兵庫県南部への出店も積極的に行っている。この他大阪府および京都府に支店を開設している。この内神戸支店は神戸市中央区のJR三ノ宮駅のすぐ北に自行ビルを構えている。なお、東京都や淡路島などへの出店はしていない。　キャッチフレーズは「地域とともに発展する」。2019年6月、26年ぶりにトップが交代し、倉橋基頭取が代表取締役会長に退き、後任の頭取には坪田奈津樹常務が昇格した。本店所在地である豊岡市をはじめ、但馬地方の全市町から指定金融機関を受託している。