1940年（昭和15年）5月1日、2隻（摂津、矢風）は連合艦隊に編入された。同年10月11日、横浜港沖で行われた紀元二千六百年特別観艦式では、矢風と揃って第二列に配置された。1941年（昭和16年）12月8日の太平洋戦争開戦後も特に日本周辺から離れることはなく呉を母港として過ごした。1944年（昭和19年）2月1日、城英一郎大佐は連合艦隊司令部附となり、瀬戸内海西部の摂津で操艦の訓練を積んだ。2月15日、城大佐は正式に空母千代田艦長に任命され、千代田に着任した。同年3月1日、摂津は第一航空艦隊附属となり、瀬戸内海で訓練に従事した。1945年（昭和20年）7月24日、摂津はアメリカ軍機による呉軍港空襲を受け大破する。着底し、そのまま終戦を迎えた。1945年11月20日、除籍。
その後1939年（昭和14年）から1940年（昭和15年）にかけて第二次改造工事を実施した。重巡クラスの砲撃訓練、及び航空機の雷・爆撃訓練を航空機側のみならず操艦側の回避訓練にも使用可能なように、防御をさらに強化した。軍縮条約によって取り外していた舷側装甲を復活する。また航空攻撃に対応して、艦上部構造物や水平面の防御を強化した。すなわち10キロ演習爆弾の高度6000メートルからの投下、30キロ演習爆弾の高度4000メートルからの投下、射距離22000メートルからの20センチ演習砲による砲撃、射距離5000メートルからの14センチ演習砲による砲撃などに耐えられるようにした。回避操船訓練のため速力が求められるため、休止していた第2ボイラーを戦艦金剛の陸揚罐と換装する。第2煙突を復活させ速力は17.4ノットに向上した。艦橋安全区画からの着弾観測の妨げにならないよう、第一煙突の高さが短縮された。砲撃訓練時、乗組員は摂津より退艦する（無人状態）。爆撃訓練時、乗組員は摂津防禦区画に退避して操艦する。この訓練は、爆撃回避行動の訓練も兼ねた。これらの改装により航空機部隊の練度や艦長の操艦技術向上に繋がり、戦果向上の一助となる。一例として、摂津艦長時代に航空攻撃回避術を研究、後の捷一号作戦で第四航空戦隊司令官として、激しい米軍機の攻撃から指揮下の「日向」「伊勢」を無事生還させた松田千秋が特に有名である。なお摂津及び「矢風」を初めとする標的艦やそれに従事する艦には、煙突部分に算盤玉のようなキャップが装着された。これは砲弾や爆弾が開口部から進入し、機関を破壊するのを防止するための装甲化された覆いである。排煙はキャップと開口部の隙間から出るようになっていた。
1936年（昭和11年）に摂津の無線操縦爆撃標的艦への改造が決まり、呉海軍工廠において1937年（昭和12年）1月から約半年間をかけて改造がおこなわれた。本格的な無人操縦装置を取り付ける。すなわち駆逐艦矢風を操縦船とし、10キロ演習用爆弾の高度4000メートルからの投下に耐えられるよう甲板・艦橋・煙突等の防御を強化した。標的艦への改造にあたり、機関部に大きな変化があった。主機は直結式タービン2基2軸25,000馬力のままだが、宮原式混燃ボイラ16基の大部分を撤去する。かわりに呂号艦本式重油専燃ボイラー4基を搭載、このうち2つに自動燃焼装置を装備した。ボイラーの減少により、3本あった煙突のうち第2煙突を撤去した。残った2つのボイラーを換装し少しでも速力低下を防いだが、速力は20ノットから16ノットに低下した。「摂津」の遠隔操作命令は針路管制14種、速度管制8種、煙幕展開などその他15種の合計37種があった。1939年（昭和14年）11月15日、日本海軍は有事を想定した艦隊編制を実施する。当時の軍令部は、翌年3月頃から摂津と矢風を連合艦隊に加える予定であった。
1917年、聖書学院の修養生であった時に、きよめが分からなくなり、大島行きの船にのり、大島で無人のぼろ小屋に住みながら自殺をしようと考えた。大島で伝道をしていた日本ホーリネス教会伝道者である安部千太郎の使いが、安部の命により羽後を安部のもとに連れて行った。安部に村はずれの共同墓地に連れて行かれそこで安部より自我に死ぬということを教えられ、きよめを悟った。その時、「賛美歌もって主に仕えよ」という御声を聞いて音楽伝道への献身を志した。その後、復学し聖書学院を卒業する。1918年に日本ホーリネス教会の牧師になる。1919年10月より姫路で開かれた山陽修養会で、父の恩師ルーベン・トーレーの説教を聞きに行った時、トーレーから勧められて、ロサンゼルス聖書学院（現在の、バイオラ大学）に留学することになり、トーレーと同じサイベリヤ丸で渡米した。1919年ロサンゼルス聖書学院の合唱隊に参加してメサイアを歌う。1920年にアメリカで東洋宣教会・北米ホーリネス教会の牧師になる。父・重治が渡米した際に、シカゴの教会で共にメサイアの演奏を聞く。父・重治はメサイアに深い感銘を受け、それがホーリネス・リバイバルの原動力になる。1921年4月、中田重治は羽後に、ムーディにとってのアイラ・サンキーのようになって欲しくてシカゴ音楽専門学校で音楽を学ばせた。父・重治も同伴していた。1921年9月、帰国途上ロサンゼルスの北米ホーリネス教会の最初の受洗式に出席した後、父と共に帰国。1923年にホーリネス運動のために編集されたリヴァイヴァル聖歌を出版する。1927年8月28日、アメリカのインディアナ州ワイノナで今井朝子（後の中田あさ）と結婚して、1928年6月11日には長女純が誕生する。