PCの種別はクラスによって表現されるが、複数のクラスを持つことが可能である。クラスはそれぞれレベル（当初は1レベル）を持ち、このレベルに従って「特殊能力」が使えるようになる。主要なクラスとしては、「ウォリアー」「ナイト」「デュエリスト」「シーフ」「ウィザード」「サモナー」などがある。能力値は筋力・敏捷力・知力・生命力の4つ（それぞれST・DX・IQ・HTとも表記される）で、この他に「技能」を習得している。近接戦の攻撃・射撃・防御・魔法の行使などの戦闘に関連する行為、錠前破りや細工物や難解な文書の解読などの専門的な技術、さらには力仕事や雑多な知識を思い出すなどといった誰でも行えるような事柄まで、全ての行為が「技能」によってカバーされる。実のところ、六門世界RPGのルールでは、何らかの行為の正否は能力値だけで判断されない。なお、全ての技能は能力値のどれか1つと関連付けられている。行為判定はサイコロ（6面ダイス）3つによって行う。GMがその行為に当てはまる技能を決めて、プレイヤーはサイコロを振る。結果の判定方法は第1版と第2版とで異なっている（詳細は後述）が、いずれにせよサイコロの目が小さいほど良い結果であったことになる。同じ目であれば、該当する技能のレベルが高いほど、技能に対応する能力値が大きいほど、良い結果となる。そして、結果はS・A・B・C・D・Eの6段階評価で表現される。ただし、サイコロが3つとも1か2であれば「クリティカル」、3つとも5か6であれば「ファンブル」となり、通常の判定方法は無視される。クリティカルは常にS評価、ファンブルは常にE評価（かつ必ず行為失敗）である。
モンコレTCGはプレイヤーがモンスターを召喚して戦わせるという設定で、その背景設定である異世界「六門世界」にはそのようなことを行える「召喚魔法」が存在するとされている。この召喚魔法を行使する者を「サモナー」と呼ぶ。六門世界を舞台とする本作はこれを反映し、PCをサモナーにすることができる。TCGのようにモンスターの軍勢を駆使できるわけではないが、初期のPCで1～2匹、成長したPCで最大5匹（第2版の基本ルールによる。第1版では最大14匹が可能だった）のうちから数匹を呼び出して操れるようになる。このような「召喚モンスター」によって、サモナーPCのプレイヤーは事実上複数の（しかもモンスターの特殊能力を備えた）PCを持っていることになるのである。一方、戦闘ルールはTCGを意識したとされるもので、戦場を敵・味方それぞれの前衛・後列で4つに分けたマップ上にて行われる（第1版では、これをさらに横のマスに分割していた）。戦闘の状況を再現するというよりは対戦ゲームとして上手く機能するように作られており、PCの能力や魔法、モンスターの特殊能力などもこの戦闘ルールに沿うものとなっている。
TCGの『モンスター・コレクション』（モンコレ）と同じ背景設定の「六門世界」を舞台とするTRPGである。『モンコレ』は小説やコンピュータゲームを含めたメディアミックス展開が行われており、本作もその一環を構成する。ただし、ゲームとしては完全に独立しており、プレイに際して他の製品が必要となるわけではない。元々はガープスでモンコレの世界を再現するサプリメント「ガープス・六門世界」として企画・製作が進められていたが、最終的には別の独立したTRPGとなった（ルール面でガープスを元にした名残がいくつか認められる）。サプリメントやリプレイも何冊か出版されており、TRPG専門誌Role&Rollなどでサポートされている。なお、リプレイ第1巻『召喚ムスメと地下迷宮』はルールブック発売より数ヵ月早く先行して発売されており、未完成のルールを使っていた（製品で削除されたルールを使ったプレイ、ルールの見直しを行うさまが描写されている）。
元代末の豪族・陳友諒の末裔とされる主人公は、その一党である「九世漁戸」に育てられた。ある日、彼らに関心を示した福建の人買い・三つ目にそそのかされた倭寇に村が襲われ、村人を助けようとした主人公は捕らえられ、逆に人質交換で村人80名が倭寇に引き渡される事になる。責任を感じた主人公は海の守り神・バハンの助力を得て停泊中の三つ目を人質とし、村人の返還を要求する。しかし、鬼憑きとなった倭寇が主人公を襲ってきたのを契機に、三つ目の部下・紅鶴が倭寇もろとも村人ほぼ全員を斬殺した。村人は琉球の中山王国に奴隷として売られ、数年で帰れる予定だったと知った主人公は再び自分の行動を強く後悔する。予定を変更した三つ目によって村人は倭寇とともに北朝方の鬼師に売られ、鬼の餌として殺される。鬼師たちが南朝方の島に攻め入って制圧し、主人公も餌とされようとした時に、海賊・マエカワの襲撃を受ける。バハンに決断を迫られた主人公は混乱に乗じて逃走し、半年生き延びるごとに死者を生き返らせてもらう契約をバハンと結び、マエカワたちの仲間となり「カタリベ（語り部）」の名をもらった。数ヵ月後、明の武器商人の船を襲撃した際、カタリベは警護の松浦党の隊長・直と戦って勝つが、村に残った九世漁戸が三つ目と手を組んだことを知って衝撃を受ける。また、この戦いで村上水軍の当主の娘・吏英と出会う。本拠地に戻った一行は付近をたまたま探索していた北朝の軍勢との戦闘に入り、単独行動していて海に落下したマエカワをカタリベが救出した。やがて胡蝶の日本人街でカタリベは紅鶴や九世漁戸と再開するが、彼らと別れてマエカワたちと行くことを決める。その後、カタリベはマエカワが松浦党と組んだと誤解して斬りつけ、誤って直の配下を殺してしまう。その代償としてマエカワらは松浦党と共に高麗侵攻に参加することを余儀なくされる。翌朝、カタリベに与力する村上水軍とともに高麗に向けて出航する。以上、主人公・カタリベが新たな決意と共に旅立つところで作品は終わっている。