前述のとおり、巻貝の鰓下腺から出た分泌液が染料の原料とされた。この分泌物は、巻貝が外敵を退けるときに分泌する、強烈な臭いを持つ粘液であるが、この粘液が酸化されると鮮やかな紫色を発色することにより、染料として使われるようになった。なお、この色素は現在、臭化化合物の6,6'-ジブロモインディゴであることが分かっている（インディゴを参照）。巻貝1個から採取できる粘液は微量であるため、服1着の染色には巻貝数千から数万個を必要とした。中世の地中海では染色目的による巻貝の乱獲が進み、大航海時代に入る頃には巻貝が激減し、貝による紫染色は廃れていった。一方、マヤ文明のあったユカタン半島地方の西、現在のメキシコ南部のオアハカ地方でも、別種の巻貝の分泌液を染料とする同様の染色が伝統的に行われている。ここでは巻貝から分泌液を採取した後巻貝を海に戻したため、巻貝の個体数はあまり減っておらず、現在でもこの染色法は行われている。
ムラサキの根は紫根（しこん）と呼ばれ、これを乾燥して粉末状にした上で湯に溶かして色素を抽出し、生地に灰汁による媒染を数十回施してようやく染物が完成する。紫根の持つ紫色の色素は、この植物から名を取ってシコニン (Shikonin) と命名されている。もともとムラサキが栽培困難なうえ、染色に手間暇がかかるため、紫根による染物は高価である。なお、紫根は傷の殺菌作用などを持つために、漢方では生薬としても利用されている。
紫色およびその類縁色（特に赤紫）の色素を持つ天然の色材の中には、染料や食品の着色料などに利用されるものに以下のものがある。これらの中には、溶液のpHによって大きく変色する性質があるために、pH指示薬として利用されているものもある。
「紫色」を指すことがあり、しばしばパープル (purple) に代わって、基本色としての紫を指す単語として使われる。なお、アイザック・ニュートンの定義による虹の7色のうち、最も短波長側の色である紫は英語では"violet"であり、"purple"ではない。この"violet"は本来スミレを意味する単語であり、菫色（すみれいろ）と訳すのが正確である。パープルは赤味の強い紫（マゼンタ）なのに対し、バイオレットは青味の強い紫であり、日本語の江戸紫に似ている。
「紫色」の英語に相当する語句が"purple"である。もともとこの単語は、巻貝の一種"purpura"（ラテン語、プールプラ）に由来する。この巻貝の出す分泌液が染色の原料とされ、結果としてできた色もpurpuraと呼ばれた。この染色法を発明したのは現代のイスラエルやレバノンの地域に住んでいた古代のカナーン人であるといわれる。巻貝1個から出る分泌液はわずかであったため、この染色布が貴重なものであり、ローマ帝国の頃より西洋では高貴な身分の者が身に着けていた。この染色によって彩られた紫は若干赤みがかっていたようである。詳しくは貝紫色を参照。また、英語の"purple"は、紅みがかった紫を指す語で、日本で言う所の京紫である。また、"purple"は、紫と紅の両義を含める場合がある。例えば、怒って顔を紅くする様相を、英語では"turn purple with rage"と表現する。細菌学においても、"purple" は「紫」ではなく "red"（紅）を指す。紅色細菌 (purple bacteria) などの例がある。
「ムラサキ」はもともと紫草という植物の和名であり、この植物の根（紫根）を染料にしたことから、これにより染色された色も「ムラサキ」と呼ぶようになった。この名称自体は、ムラサキが群生する植物であるため、『群（むら）』+『咲き』と呼ばれるようになったとされる。古来この色は気品の高く神秘的な色と見られた。また紫草の栽培が当時の技術では困難だったために珍重され、古代中国（漢代以降 - 時代が下ると黄色に変った）、律令時代の日本などでは、紫は高位を表す色とされ、主に皇族やそれに連なる者にしか使用を許されなかった。『枕草子』の冒頭、「少し明りてむらさきだちたる雲の細くたなびきたる」という箇所は『紫色の雲』という意味と、『群がって咲く（ムラサキの）花のような』という両方の意味があるともされる。なお、ムラサキの花は白色である。
「紫」の原義は色の「むらさき」、あるいは一説に、紫色に染めた絹だという。この漢字で草本の「むらさき」を意味するのは国訓であり、本来は「紫草」の形でしかその意味はない。なお漢籍に書かれた「紫草」は別種だという説もあるが、現代中国語では「むらさき」と同種である。
人類の共通祖先はアフリカに存在したとする仮説は19世紀では進化論で有名なチャールズ・ダーウィンが主張していたことで知られていた。アフリカ単一起源説と対立する説に、ジャワ原人・北京原人・ネアンデルタール人などがおよそ150万年前には各地域で現生人類（ホモ・サピエンス・サピエンス）に進化していったとする多地域進化説がある。ただし、多地域進化説も時間を十分さかのぼってヒト科の祖を200万年前のホモ・ハビリスに代表される種が東アフリカで誕生した、という点で意見は一致しており、この二説の相違点は「現生人類の祖先はいつアフリカから出発したか」でもある。そのため両者を「新しい出アフリカ説」「古い出アフリカ説」と呼ぶ。現在では先行したと考えられるホモ・エルガステル、ホモ・エレクトスが7万5000年前のトバ事変により始まった最終氷期で絶滅し、その後にアフリカを出たホモ・サピエンスを現世人類の祖とする説が有力になっている。ホモ・サピエンスはネアンデルタール人（約2万数千年前に絶滅）とともに約47万年前の共通の祖先から分化したと考えられ、その後の進出の過程は、ハプログループの分類によって精力的に研究されている。ただし、もはやゲノムの差異はわずかであり、化石人骨から得られる外見上の差異をもって種を分類しているため、以降の分化が「いつ」おきたのか、ユーラシア大陸各地で先人類と置き換わったのが「いつ」であるかの端成分的な断定は、先住の旧人や新人の混血のため生物学的な種としては明確にならない可能性がある。