1994年(平成6年)3月神学校を卒業すると錦糸町にある韓国系教会『ハレルヤ東京教会』に牧師に迎えられる。1994年11月にはミッション・バラバのメンバーと北米の伝道旅行に出かける。その活動がアメリカ合衆国の日系人新聞『羅府新報』や『オークデール・リーダー』などのマスコミに取り上げられ、日本でも毎日新聞などで取り上げられる。船橋市東船橋で支教会の開拓伝道を始め、ハレルヤ所望(ソマン)教会を発足させる。ハレルヤ教会の活動が軌道に乗ると、1995年頃から開拓伝道を始め、1995年10月31日にシロアム・キリスト教会が設立され、アーサー・ホーランド、小坂忠らに按手礼を受ける。1998年3月アメリカ合衆国ワシントンD.C.のヒルトンホテルで開催された、ビル・クリントン大統領(当時)も出席する『朝食祈祷会』(英:National prayer breakfast)に出席し昼餐会でスピーチをする。2001年に劇場公開された映画『親分はイエス様』では、鈴木がモデルの一人になった。2003年には、進藤龍也(現在・[罪人の友]主イエス・キリスト教会牧師)ら元暴力団員が住みこむ。そのことがきっかけになり、もと暴力団員らが、人生をやり直すための共同生活所の『やりなおしハウス』が誕生する。2004年3月に鈴木は府中刑務所の教誨師に任命される。2008年9月にシロアム・キリスト教会は会堂を船橋市東船橋より千葉県柏市へと移転する。2009年3月にはNPO法人「人生やり直し道場」を設立し、道場長になり、2010年9月には柏市五條谷に新会堂を建設し、教会堂を移転する。現在、シロアム・キリスト教会主任牧師、「人生やりなおし道場」の道場長、ふるさと志絆塾の塾長などで幅広い活動を行っている。
1991年(平成3年)1月東京渋谷区本町の家で妻子と同居し、東京中央教会に通うようになる。1991年4月に東京中央教会の東京中央神学院に入学する。神学の学びを続けながら、6月からは生活費のために神学校同級生と共に工事現場で働くようになる。7月に『ジェリコ・ジャバン』の聖歌隊に参加する。その時、メッセンジャーだったアーサー・ホーランドと松沢秀章の影響を受けて、新宿で路傍伝道をするようになる。その時、同じく新宿で伝道をしていたアーサー・ホーランドと親しくなり、十字架行進の話が決まる。1992年春の神学校2年生の時に、半年間の休学届を出し沖縄から十字架行進を始める。北海道宗谷岬まで行き、1992年のジェリコ・ジャパンの大阪集会で十字架行進は終了する。その後、杉並区下井草のマンションに住み、建設現場に復帰し、神学校の学びを再開する。1993年(平成5年)の夏休みに韓国を訪問し、釜山から板門店まで十字架行進を行う。行進中に毎日韓国の教会で集会を開く。元従軍慰安婦などにも謝罪をする。また、夫人の実家にも訪れる。1993年の暮れに、鈴木ら7人の元ヤクザとアーサー・ホーランドと松沢秀章らが「ヤクザ・フェローシップ」という聖書研究会を始める。それが、改称しミッション・バラバという伝道団体になる。2007年まで鈴木が代表を務める。
賭博で3億の借金を負ったことで、組に迷惑をかけまいと思い組に破門状を出してもらい、フリーの博打打ちになる。組長から3000万を預けられ、抗争資金の捻出を依頼される。2度目の、懲役刑が終わって出所した直後に、大阪のコーリャン・クラブで働いていた韓国人女性(現在の鈴木夫人)に出会う。その韓国人女性が不慮の事故で、膝の皿を割り全治三カ月と診断された。しかし、彼女自身と教会のいやしの祈りにより奇跡的に回復する。この奇跡を見て、キリストの力を博打で生かそうと思い自ら教会に出席するようになる。そして、1988年(昭和63年)12月5日の教会で結婚式を挙げる。奇跡的に3億の借金を清算することができたが、1990年(平成2年)3月、他の組の親分から預かった活動資金を博打に使い込んだことから再び命を狙われる身となる。大阪から逃亡し、東京都新宿の歌舞伎町に愛人と共に潜伏するようになる。逃亡生活のストレスで不整脈、慢性疲労症候群、自律神経失調症などを患い、通院するが、自殺を考えるほどに追い詰められる。逃亡生活から9か月目の12月に近所の新大久保にある東京中央教会という韓国人系の教会に駆け込む。駆け込んで3日目の礼拝でに日本人副牧師の平塚正弘から「誰でも変わることができる」と声をかけられて回心する。すぐに、新幹線で大阪に戻り妻と再会する。
発足から2か月後、まだ組織も十分に整わない中での7月26日の第16回参議院議員通常選挙では比例区で3,617,235票 (7.73%) を獲得し、擁立した公認候補者17人のうち細川及び小池百合子・寺沢芳男・武田邦太郎の4人が当選した。1993年1月の新潟県白根市市長選では日本新党の単独推薦候補者が、自民党と日本社会党両党の推薦候補者を破って当選を果たし、地方でもその人気の高さを示した。なお、同年6月23日には党組織委員長や党総務委員長を務めた実質党ナンバー2の松崎哲久を「党員としての適格に著しく欠ける」という理由で除名するなどのトラブルもあった。いっぽう、国会では政治改革関連法案の不成立により政局が動き、宮澤内閣の内閣不信任案が成立、宮澤喜一首相は6月18日に衆議院を解散した（いわゆる嘘つき解散）。6月21日には武村正義らが自民党から離党して新党さきがけを、6月25日には羽田孜らが自民党から離党して新生党を結成した。そんな中、6月27日の1993年東京都議会議員選挙では初めての本格的な地方選に挑み、22人の公認候補者を擁立、20人が当選、推薦を含めて27人と都議会の第3勢力に躍り出た。 7月3日には新党さきがけと政策合意を締結した。また、両党間の幹部の間では将来の合併が模索され、後に一つの政党になることを発表した。7月18日の第40回衆議院議員総選挙では細川や小池百合子は参議院から衆議院に転出するなど追加公認を含めて57人を擁立、35人が当選した。なお、この中には党が公募し、それに応募した約500人の中から選ばれた2人が立候補したが、結局、枝野幸男1人が当選するに留まった。選挙後の7月19日に新党さきがけと衆院院内会派であるさきがけ日本新党を結成することを発表。52人の第5勢力となった。