つくタクからつくバスか路線バスに乗り継ぐ（またはその逆）場合は2つ目の交通手段の運賃が上限200円になる。ただしつくタクは同一地区内利用のみが割引対象となる。また路線バスは市内利用のみ割引対象となり、さらに市内利用であってもJRバス関東が運行する路線は割引対象外となる。利用するには1つ目の交通手段において降車時に乗継券をもらう必要がある。なお、つくタクから路線バスへ乗り継ぐ場合に限り、小人割引・高齢者割引・障害者割引と併用可能である。
つくタクの利用券はつくタク車内および市内の利用券取扱店舗で販売しており、つくタクの利用客はあらかじめ利用券を購入する必要がある。利用券には50円券と100円券の2種類が存在し、各20枚綴り（3000円）の販売も行っている。なお、つくタク車内では50円券と100円券20枚ずつのセット販売のみ行っている。利用券取扱店舗の一覧はつくば市商工会のサイトで確認できる。
同一地区内の利用は一律300円。共通ポイントまで利用する場合は桜地区・谷田部地区からが300円、その他の地区からが1300円となっている。逆も同じ。先述のようにつくタクは現金による運賃の支払いには対応しておらず、利用者は専用の利用券により支払わなければならない。
桜地区および谷田部地区のうち、つくば駅周辺または研究学園駅周辺のエリアは中心地区と呼ばれ、2014年（平成26年）3月末までは中心地区内の全ての乗降場は市内の全地区から行き来可能であった。中心地区を利用する場合は地区の境界を跨ぐ毎に運賃が1000円加算されるという方式を採っていたため、中心地区内でも桜側と谷田部側のどちらを利用するかで運賃が異なる場合があった。2014年（平成26年）3月末の時点で中心地区には22の乗降場所（桜側が13、谷田部側が9）が存在した。2014年（平成26年）4月以降はこのうち7か所の乗降場が共通ポイントとして設定され、引き続きどの地区からでも行き来できる。一方残りの15か所の乗降場は同一地区内でしか行き来できなくなった。
つくタクの運行には乗降ポイント固定型（セミデマンド方式）を採用している。すなわち特定の路線やダイヤグラムを持たないが乗降場所は定められており、利用客の予約に合わせて柔軟に運行経路・時刻を設定するという形を採っている。運行時刻は平日の9時から17時までで、土休日・祝日は運行しない。つくタクの運行に際しては、市内を5つの地区（筑波地区・桜地区・谷田部地区・茎崎地区および大穂・豊里地区）に分けており、運行範囲は基本的に地区内のみである（例外等詳しくは#利用可能な範囲を参照）。つくタクを利用する流れは以下のようになる。まず電話かFAXで予約する。予約時刻までに乗車場所に向かい、車両が来たら乗車する。他の利用客と乗合しながら目的地に向かい、予約した降車場所で降車する。なお運賃の支払いに現金は利用できず、利用者はあらかじめ購入した専用の利用券で支払う必要がある。また、あらかじめ自宅利用登録をすることにより、自宅前からつくタクを利用することもできる。登録するにはつくば市役所で配布されている書類に必要事項を記載の上、つくば市商工会に直接申し込むか郵送する必要がある（いずれも手数料が必要）。
トラベルライターのキャッシュ・ピーターズは美術館の作品の多くに共通する6つの特徴を分類している。まずMOBAのアーティストたちは手や足を描くことができず、人物の腕をカンバスの外にのばしたり、長袖で隠したり足であれば状況にふさわしくない履き物でごまかしてしまう。2番目にピーターズはレンブラントや風景画の巨匠ターナーといった「目を瞑っていても絵が描ける」芸術家と比較して、MOBAのアーティストはおそらく目を瞑って描いていると指摘している。例えば空はよく青以外の色で塗られているし、植物相も実在する草木を参照せず自由に作り出され、動物も背景に比して小さすぎるため何という種類の動物であるかを認識することは不可能である。第3に彼らの透視図法には一貫性がなく、絵によっては使われなかったりするし、単一の作品内でも不整合を生じることがある。第4の特徴はMOBAのアーティストが的確に鼻を描くことに困難を感じているように見えるということだ。彼によれば、あまりに何度も鼻に挑戦するために、絵が重ね重ね塗り直されたかのように作品が立体的になっているというのだ。5番目の特徴は、バッドアートの作者は「ミクスト・メディア」（混合手法）を好むということだ。自信がないときの彼らは本物の羽や髪の毛、光る素材をとにかく作品にくっつける。最後にピーターズが示唆しているのは、アーティストは自分の作品がよくないことはわかっているのだが、画面のなかに猿かプードルでも入れておけばましになると思っているらしいということである。2008年の後半から、MOBAは一部の作品のタイトルと解説を一般人に任せるという実験を行っている。キュレーションの仕事をするスタッフによれば、作品にはあまりに難解なものもあるので、単に芸術的な説明では十分ではない。つまり「解釈」されねばならない 。「ゲストによる解釈展」("Guest Interpretator's Collection")はMOBAの来館者が心をつかまれた作品について書いたエッセイを解説に採用するという一種の招待状だった。コンテストでは二ヶ月ごとに最も良かった分析が決定され、採用された。ボストン大学の教授は次のような思索を発表している。「コレクションそのものに匹敵するほど、美術館の立地もまたおぞましいもの（アブジェクト）へのこだわりと、周縁化された文化の力、その強度への信頼を示している。家に帰る途中でトイレ用洗剤を買っていくのだったということも私は思い出した」。