手術室で使用する手洗い水は、かつては滅菌水が使用されていたが、現在は、適切に管理された水道水でよいとされている。管理された水道水とは水道法で「遊里残留塩素濃度0.1mg/L以上、1mLの検水で形成される一般細菌集落数が100以下で、大腸菌が検出されない」水であるが、ここではエンドトキシンなどは管理の対象となっていない。また、水道水でよいとする基準は、必ずしも手洗いで用いるシンクや蛇口の清潔を意味するものではない。
わが国には手術室の適切な広さに関して、確立された基準はない。手術室は広ければよいとの錯覚を起こしやすいが、広すぎる手術室は未使用部分の清潔度管理が不十分となりやすいことには注意が必要である。米国建築学会は、一般的な手術では最低37.16m²が必要で、心臓手術、整形外科手術、脳神経外科手術（多くの機器を要する手術）では少なくとも約55.74m²が必要としている。ただし、手術室の必要な広さは、術式や手術で使用される機器とともに変遷していくものであり、この基準ではCTやMRIを設置した特殊な手術室は想定されていない。
手術室では、天井からの間接照明に、直接照明として無影灯が使用される。日本医療福祉設備協会の基準では、手術室は医療スタッフ側の作業的要素の強い「診療・検査部門」に分類され、医療スタッフの作業効率を高める設定となっている。わが国では、手術室は全般で1,000ルクス（lx）、術野は10,000～100,000ルクスが推奨されており、これは一般病室の100ルクス、枕元300ルクスに比べるとはるかに明るい基準である。腹腔鏡下手術などでは、術野の視認性を保つため、室内の照明は暗くして腹壁外部からの光を抑制する。また、最近、無影灯や天井照明の蛍光灯にLEDが使用される傾向にあるが、LED光は青色系統の光を含み術野の赤色の再現性が低いことが指摘されている。
温度管理は患者の体温管理、感染制御などの観点から重要である。一般手術室の温度は22～24～26℃、湿度45～50～60％が推奨されている。心臓外科手術の場合は代謝を制御するために室温はやや低く、逆に小児や新生児が関与する手術ではやや高く設定することが好ましいとされているが、絶対的な基準ではない。
手術室では、清潔な環境を保つため、一定の換気回数が推奨されている。換気により室内の空気がHEPAフィルタを介した清潔な空気と入れ替わるため、換気すればするほど室内の清潔度は上がることになる。通常の手術室では35～45回/時が、バイオクリーン手術室では120～200回/時の換気回数が推奨されている。しかしながら、過度の換気は設備の負担になり、送気による患者体温の低下、室内騒音などが発生する。
ドアの開閉により、廊下など外部から不潔な空気が清潔度の高い手術室内に入り込まないよう、室内圧は15Pa以上の陽圧に保たれている。そのため手術室には微差圧ダンパ（レリーフダンパ）が装着されている。例外として、手術室で空気感染予防策を行う場合（結核菌保菌者の手術など）は、手術室内部の汚染された空気が外部に漏れ出ないように室内を陰圧にする。この場合、手術終了後も一定期間（通常1時間程度）換気が行われる。
『生書』第一巻・第二巻によれば、その教義はおおよそ以下の内容である。なお、『生書』は、人が日々生きる上で、指針としての具体的かつ生きた働きをする書という意味で、教祖によって命名されたとのことである。『聖書』とはたまたま読みが同じであるだけで、まったく関係はない。“教祖の肚（はら）に、宇宙絶対神が天降り、教祖・北村サヨの口を通して、人類に神の教えを授けた。その神の目的は、倫理が乱れた人の世を神の世にすること、すなわち、地上神の国建設である。人生の目的は、心の掃除をして魂を磨き、神様に少しでも近い存在になることである。すなわち、日々刻々と心に浮かぶ邪念を打ち払い、自分の自我と悪癖（わるぐせ）・欠点を神に反省懺悔して真人間になろうとすることが、生きる目的である。よって、「しんこう」とはただ信じ仰ぐのではなく、神に行く「神行」と理解すべきである。悪霊（救われていない霊。霊界の地獄にいる霊、および、幽霊や地縛霊）や邪神の作用で、悩みや喧嘩や戦争が起きたり、ひどくなったりしている。また、人は、前世、先祖、自分の半生による因縁因果によって、様々な出来事に遭遇する。中には、厳しい運命に直面する人もいる。宇宙絶対神は、神の国建設の妨げとなる悪霊を済度し悪因縁を切る祈りを人類に授けることとなった。人が、真に神に帰依し、利己的な願いのためではなく、世界平和・神の国建設のために、その祈りを祈るときに、宇宙絶対神は法力をくださる。人間は、惜しい、欲しい、憎い、かわいい、好いた、好かれたの六つの魂でできているので、これらを清浄にして、反省しては懺悔することが大切である。六魂とは、食欲・物欲など、物に関する「惜しい」、逆に求める「欲しい」、人を「憎い」と思ったり、逆に好感を持つ「かわいい」、異性に対して「好いた（好きだ）」あるいは「好かれた（い）」のことであり、人の日常生活ではこの六つの魂がいろいろと働いている。これらを禁欲して捨てきるのではなく、見ても、聞いても、不清浄な邪念を起こさないレベルまで、魂を磨くことが大切である。この六魂清浄について、「欲望を捨てよということですか」と質問されて、教祖は次のように答えている。「捨てきれとは言わない。清浄にしろと言うのよ。金もない者が飲みたい飲みたい思うたら、女房に隠れてでも飲む。･･････それが悪いと言うのよ」。