水質制御をほとんど行わず、大量の農薬を使用していることで大気汚染が引き起こされている。塩分や塵を含んだ砂嵐、綿花栽培における農薬や枯葉剤の大量散布は地域の大気汚染の深刻化を招いている。都市部では、工場や自動車の排気ガスが大気汚染の原因となっている。国内の工場の内、大気汚染防止フィルター装置を設けている工場は半分以下に過ぎず、フィルター装置を設けている工場でも規模の問題から完全に汚染を防げているわけではない。加えて、フィルター装置は高い割合で欠陥がある、もしくは稼働していない疑いが持たれている。タシュケント、フェルガナ、アルマリクにおける大気汚染のデータによると、これら3つの都市では二酸化窒素などの大気汚染物質が推奨される濃度を越えて検出されている。化石燃料の使用や産業廃棄物、冶金などにより鉛、ニッケル、亜鉛、銅、水銀、マンガンといった重金属による汚染も検出されている。特にタシュケント州やアルマリク・メタラージカル・プラントのあるアルマリク周辺では非常に高い重金属汚染が進んでいることが報告されている。1990年代なかば、カザフスタンを除く中央アジアの国々の約60％を占めていたウズベキスタンの工業製品にもまた、大気中の有害物質が含まれていた。自動車は比較的普及率が低いため、自動車の排気ガスによる汚染は都市部であるタシュケントやフェルガナだけの問題となっている。
綿花栽培においては大量の化学肥料が使用されており、非効率的な灌漑システムや排水システムの脆弱さも相まって土壌の塩化や土壌における化学物質や重金属の汚染が進んでいる。ソビエト連邦崩壊後の政策はより環境に対し問題を引き起こすこととなった。1990年代前半、化学肥料や殺虫剤の平均使用量は1ヘクタールあたり20～25kgであり、ソビエト連邦時代の平均使用量1ヘクタールあたり3kgから大幅に増加した。結果として、土壌を通し河川の水は化学物質の汚染が進んだ。工場排水もまたウズベキスタンの水質汚濁に拍車をかけた。アムダリヤ川では、フェノール類や石油精製の廃棄物質の含有量が健康に害を及ぼす域にまで達している。1989年、トルクメン・ソビエト社会主義共和国の保健省は、アムダリヤ川へ工業排水や農業排水が捨てられていると述べていた。アムダリヤ川の水質調査を行った1995年の専門家による調査では水質汚染がさらに進行していた。1990年代前半、環境汚染を制御するための投資の約60％が水質汚染関連のプロジェクトに対して行われたが、国内の半分の市と4分の1の町村にしか下水道がない状態である。共同井戸などの水道施設は健康の基準をクリアしていない。大規模な水質汚染は飲料水の減少を招き、汚染された農業排水や農業用の用水路の水、アムダリヤ川自体の水をろ過などの処理を行わず直接飲まなければならない事態に陥っている。報告によると、ウズベキスタン国内を流れる地下水の大部分が重金属汚染、化学物質汚染されている状態にある。ウズベキスタン環境省の公式発表では、人口の約半分が地下水が著しく汚染された地域に居住していると試算している。ウズベキスタン政府の報告書では、1995年当時国内の8,000の工業製品製作企業の内たった230しか汚染防止基準を遵守している企業がなかった。
科学的な野生動物管理がアメリカで初めて提唱された1930年代から数十年間、世界中ではなおも乱獲される野生動物もいれば、手厚く保護される野生動物も存在した。さらに、持続的な野生動物の利用を前提とした「保全」や「管理」と、原生自然に生きる野生動物を人間の利用から守る「保護」や「保存」が対立するようになり始めた。自然保護団体シエラクラブの創設者であるジョン・ミューアは精神主義や神秘主義のもと野生動物の「保存」を推し進めた。ときに情緒的で感情論に終始する場合もある「保護」を避ける動きもあり、1948年には当時の国際自然保護連合は組織名をIUPN（International Union for Protection of Nature）からIUCN（International Union for Conservation of Nature and Natural Resources）へ改称した。一方で、野生動物管理の試みは必ずしも成功しているというわけではなかった。相変わらず狩猟動物だけを対象とした管理が横行し、狩猟動物を捕食する動物や人間に害を与える動物、狩猟動物として魅力の高い動物を優先的に殺した結果、シカ類などの一部の野生動物は個体数を爆発的に増やし、アメリカバイソンやオオカミなどは絶滅が危惧されるまでに数を減らした。こうした狩猟者の利益しか考えていない未成熟な野生動物管理に対して、人間中心的な功利主義と捉えて批判する声が上がった。野生動物管理学の提唱者であるレオポルドでさえも1949年に出版した晩年の著書『Sand County Almanac』にて「野生動物の数を人間が管理できるという傲慢な考え方は間違っていた」と述べ、この時点での野生動物管理の失敗を象徴するものとなった。しかし、レオポルドは野生動物管理を完全に否定したわけでなく、共同体として敬意を払う土地倫理の思想を生み出し、倫理観をともなった新たな管理を期待したのであった。1970年代には提唱されたディープエコロジーでは人間の利益に縛られた野生動物管理はシャローエコロジーとされ、改善が強く求められた。レオポルドが提起した倫理観は野生動物管理に欠けていた要素のひとつであり、この思想はのちに環境倫理学へと発展し、野生動物管理を含む自然保護活動に大きな影響を与えた。また、この倫理は自然の権利、さらには動物の権利という新しい思想を生み出すこととなり、野生動物管理と激しく対立することになった。動物の権利主義者は野生動物に苦痛を与えたり、殺したり、捕獲・管理する行為を一切認めず、動物の解放を目指してより過激な行動をとるものも現れた。例として、1970年～1980年代に続々設立された動物解放戦線やアースファースト!、シーシェパードといった組織は野生動物管理に関係する組織や人間も攻撃対象とし、破壊活動や暴力的手段をとった。こうした野生動物管理への反対活動は現代でも続いている。