天文10年（1541年）、毛利元就の攻撃で安芸武田氏が滅亡すると、家臣に連れられて脱出し、安芸の安国寺（不動院）に入って出家した。その後、京都の東福寺に入り、竺雲恵心の弟子となる。恵心は毛利隆元と親交があったため、これがきっかけとなり毛利氏と関係を持つこととなった。僧としては天正2年（1574年）に安芸安国寺の住持となり、後に東福寺、南禅寺の住持にもなり、中央禅林最高の位にもついた。慶長4年（1599年）には建仁寺の再興にも尽力している。このほか方丈寺、霊仙寺といった寺院を再興し、大内義隆が建立した凌雲寺仏殿を安国寺に移築するなどした。
出自が安芸武田氏の一族であることは確定しているが、生年・父親には諸説があり、前者は天文6年(1537年）とも天文8年(1539年）ともいわれる。また後者については武田信重（光広）を父とする説と、信重の父である伴繁清を父とする説とが存在する。
もともとこの土地は、明治から大正期の実業家（京都電燈などの創業者）で政治家としても活躍した田中源太郎（1853年 - 1922年）が所有していた。田中が当地に構えた庵に三条実美（明治政府の太政大臣）が「喜鶴亭」という命名をおこなった。田中の死後、この土地は京都電燈重役の個人別荘となった。現在みられる建物と庭園は、大正末期から昭和にかけて造営されたものである。数寄屋造りの建物は中村外二が手掛け、自然を借景とした庭園は佐野藤右衛門一統によるものとされる。京都電燈は、現在の叡山電鉄叡山本線や叡山ケーブルを開設し、これらの鉄道・軌道事業は1942年設立の京福電気鉄道に引き継がれた。別荘も京福電気鉄道の所有となり、高級料理旅館「喜鶴亭」として営業していた。料理旅館が廃業することとなり、光明寺が買収。本堂を設置し、光明寺より寺宝を移して、2005年に寺院に改められた。「喜鶴亭」の名は茶室に受け継がれている。
鈴虫の飼育は先代住職が鈴虫の音色に禅の悟りの境地を感じて開始したとされるが、年中の飼育は卵や成虫の温度管理の試行錯誤の成果とされる。1977年に隣接する人気寺院である西芳寺（苔寺）が、苔庭を守るために拝観人数を大幅に絞った完全予約制に移行すると、苔寺の参拝者の「おこぼれ」拝観者が多かった華厳寺は、寺宝などがあまりないこともあり、拝観者の大幅な落ち込みが予想された。それに前後して積極的な拝観者招致策が始まることになる。今では鈴虫の数は季節によっての増減はあるが約一万匹が常に成虫の状態である。今では鈴虫説法でも有名になり、ホームページ上での悩み事相談などがあることもあり、特に女性に人気の寺院となっている。大広間の入場定員がある約30分の鈴虫説法があるため、シーズンの週末などはかなりの入場待ち時間が発生する。寺では公式ホームページで混雑予想を発表している。
享保8年（1723年）、鳳潭によって創建される。鳳潭は学僧として知られ、華厳宗の復興を志して当寺を創建した。慶応4年（1868年）、慶厳が入寺して臨済宗に改められた。寺の所在地はかつての最福寺の旧地である。最福寺は平安時代末期、源義家の後裔の延朗上人によって建立されたもので、現在も華厳寺の東方に「谷ヶ堂」という小堂が最福寺の旧跡として残されている。
小沢一郎はかつて民主党代表選挙に出馬した際の演説で、この作品を引き合いに出してタンクレディの台詞 「変らずに生きてゆくためには、自分が変らねばならない」という言葉を引用、「自分は変る」とアピールし、剛腕・壊し屋というイメージを一新するスローガンとした逸話が知られる。
康熙年間末期には粉彩という新技法が開発された。これは西洋の七宝の技法を磁器に応用したもので、石英の粉末と鉛を混ぜたものを基礎に、さまざまな色料を用いて絵画的な図様を器面に描くことができるようになった。白色についても、従来の白の素地に透明釉を掛ける方法ではなく、白色顔料による不透明な白色を得ることができるようになった。粉彩と同様の技法を用いたものに琺瑯彩と呼ばれるものがある。粉彩と琺瑯彩は基本的には同じ技法であるが、粉彩が整形、焼成から上絵付けまで一貫して景徳鎮で行ったものであるのに対し、琺瑯彩は景徳鎮で作った磁胎に、内務府造弁処という役所に属する琺瑯作という官営工房で絵付けを施したものである。琺瑯作での絵付けには宮廷画家も動員され、中国絵画が磁器の器面に再現されることとなった。琺瑯作では、初期の作品には素焼き（無釉）の磁胎の上に直接絵付けをしていた。これは、透明釉の釉上に琺瑯彩で絵付けをする技術がまだ開発されていなかったためである。雍正年間の作品では技術の進歩により、透明釉の上に絵付けが施されている。琺瑯作の作品が小品の碗、皿を主とするのに対し、景徳鎮窯で作られた粉彩では大型の瓶なども作られている。また、景徳鎮の粉彩では、一つの器に従来の五彩の顔料と粉彩の顔料がともに使われるが、琺瑯作の作品ではそうしたことはほとんどない。五彩を「硬彩」と呼ぶのに対し、粉彩は「軟彩」あるいは「洋彩」と呼ばれた。