中世に鎮座地の周辺地域で勢力を有していた豊田氏の初代領主である豊田将基が、京都の賀茂別雷神社から分霊を勧請して創建した。承平元年（931年）のことである。由緒として以下のような話が伝わっている。前九年の役で豊田将基が源義家に随伴して清原武衡の討伐に臨んだ際に、阿武隈川を渡れずに苦労した。その時、後冷泉天皇から勅許された金色の龍旗から龍が飛び出し、橋のように川に横たわった。将基らは一族を率いて龍の上を渡って敵陣に切り込み、武功を揚げて従五位下下総守副将軍の地位を得た。そこで金色の龍旗を神体として神社を建立し、金の旗から別名「金村神社」と呼ばれるようになった。それ以来長きにわたって上郷の地にあったが、神社について記録した文献は数少ない。寛政12年（1800年）作の『上郷村明細帳』では、「水の祠」として建立していたと書かれており、『豊里の歴史』は、豊田氏が滅亡し、多賀谷氏が治める時代になると社殿が荒廃し、水の祠として残ったものと推察している。その後『上郷村明細帳』は、村民が社殿を造立し、寛文10年（1670年）の検地の際に曽根五郎左衛門が現在の社地を賜って遷座した、と記述している。江戸時代には神仏習合のため、境内に明光院の別当が置かれていた。別当職は豊田氏が権勢を振るっていたうちは豊田氏一族または重臣が務め、神社の管理もしていたと見られる。文化12年（1815年）、竹垣直温の頌徳碑（しょうとくひ）が境内に建立される。江戸時代後期になると参道沿いの約250mにわたって鳥居前町が形成され、1960年代まで続いた。明治時代になると廃仏毀釈によって明光院が廃寺となり、神社から仏教色が除かれた。1980年（昭和55年）3月27日に当時の豊里町が拝殿など計3棟を「金村別雷神社（拝殿，神楽殿，回廊）」として町指定文化財に指定、つくば市の市制施行に伴い市指定文化財となる。1991年（平成3年）1月25日には茨城県が本殿など計2棟を「金村別雷神社本殿（附棟札1枚）・本殿覆屋」として県指定文化財となった。
時代は明治となり、1871年（明治4年）に廃藩置県によって福岡藩は福岡県となる。1872年に福岡県は32区に分けられ、城下町福岡は第一区、町人町博多は第二区とされた。そののち32区は16区に再編成され、福岡は第一大区、博多は第二大区となった。1876年には16区は9区に再々編成され、福岡と博多を統合して第一大区とされた。1878年には郡区町村編制法施行によって福博は福岡区となった。1889年4月1日「市制及び町村制」の公布により博多・福岡に於いて市制を施行しようとする際、市名を「博多市」とするか「福岡市」とするか、博多と福岡の間で大論争が巻き起った。4月1日時点での人口は博多25677人、福岡20410人、東中洲ほか四字1530人であった。「福岡市と博多市を分離独立するべき」など極端な論調まで飛び出すもののまとまらず、翌年3月、県令により博多・福岡をまとめて1つの市として発足させることとなり、市名を「福岡」とすることになった。議場は東中洲の「共進会館」に置かれた。福岡市としての発足のさいに仲裁案として同年に開通することになった九州鉄道の駅名を「博多駅」とすることによって県は議論の決着を図ろうとした。博多駅の立地は現在の地下鉄祇園駅付近であって博多の辺縁に位置した。福岡市境の農耕地だったため駅舎建設が容易であり、また小倉・熊本方面へ鉄道を結ぶに好都合であったと考えられる。しかし駅名による決着に納得のいかない博多側の議員が翌1890年に市名を「博多市」と改名する案を提出。議員数は博多側17人・福岡側13人（出席議員は博多側15人、福岡側12人（うち1人は議長））であったが軟禁等妨害工作もあってか票は13対13の同数に割れ、旧福岡藩士であった不破国雄議長も議長席を降りて一議員として投票したが、再び13対13となり、最終的には不破国雄議長に代わって議長席に着いていた議長代理者により「変更せず」とされ否決された。よって市町村制度下において「博多市」という市が存在したことは過去においても一度もない。その後も度々市名変更の議論が巻き起こったものの、現在まで市と（市の玄関と言う意味で中心となる）駅とで名前が異なる状態が続いている。またこの混乱当時、旧福岡藩士中心だった玄洋社壮士たちは「福岡市」を支持して反対工作を展開した。1896年には博多電灯（後の九州電灯鉄道）が発足。同社が東中洲に発電所を建設して1898年より供給を開始したことで、岩田屋呉服店（のちの岩田屋）など博多の商店で電灯が点された。また1898年には同じく東中洲に福岡電話交換局が設置された。1910年には福博電気軌道、翌年には博多電気軌道が路面電車を福岡市内に開業した（後の西鉄福岡市内線）。明治の川上音二郎を筆頭に、博多は文化の街として多くの人間を輩出した。1934年（昭和9年）に開店した喫茶店「ブラジレイロ」が文学サロンとなり、火野葦平、夢野久作、原田種夫らが足を運んだ。また1925年（大正14年）には当時の福岡市内で初の百貨店である福岡玉屋が開業するなど商業の街としても急速に発展した。太平洋戦争末期の1945年6月19日の福岡大空襲により博多・福岡は焼夷弾により被災。およそ2時間の爆撃により焦土と化し、この空襲により福岡市内で死者902人・行方不明者244人・負傷者1078人の被害を出した。博多の町も被害甚大で、同年の博多祇園山笠は中止となる。1962年に施行された住居表示に関する法律により1950年代後半以降福岡市でも順次住居表示が実施されていったが、博多の旧来からの町名が数多く失われる結果となった。このことは「町名町界整理」と呼ばれ、博多祇園山笠の運営をおこなう「流」や、流を構成する町々に多大な混乱を引き起こした。その結果、流の再編がなされて現状へと至る。また、町名に関しては町名の統廃合を実施しつつできるだけ単独の町名を採用することにして対処をすることとなった。その結果、御供所町や祇園町などにおいて本来のエリアより範囲が拡大した町が複数誕生した。1963年、博多駅が現在の位置へと南東約600mに移転。併せて駅周辺地区の区画整理事業が行われる。明治に行政上から消失した博多の地名は、福岡市が政令市に昇格した1972年4月1日に「博多区」としてその名称を復活させた。これに伴い博多駅周辺の地名が「福岡市博多区博多駅前」「博多駅東」「博多駅南」となる。