シングルプレーヤーに転向することを宣言した中西は、本隊を離脱し反体制派へ移り、一匹狼となって海賊（パイレーツ）を名乗って暴れる。短期間ながらウルティモ・ドラゴンとタッグを結成、その後は蝶野のチームに合流し、ニュー・ジュラシック・パワーズとしてスコット・ノートンともタッグを結成。短期間で野人→海賊→ソルジャーへとギミックチェンジを繰り返した。2005年からは、同じくレスリング出身であり中西と犬猿の仲である永田、ケンドー・カシン、藤田和之とチーム・ジャパンを結成、翌年の新日本のユークス子会社化に伴う猪木事務所との提携解消による藤田の離脱まで活動した。2006年5月31日、ZERO1-MAXでのタッグマッチで大森隆男との試合後、中西は大森の実力を認め握手を求めた。一方、大森も中西の実力を認め握手を交わしタッグチーム、ワイルド・チャイルドを結成。6月24日、ディファ有明大会でNWAインターコンチネンタルタッグ王座を保持する佐藤耕平 & 崔領二と対戦。合体技・ワシントン条約で大森が崔から勝利を収めて同王座を奪取、7月17日、新日本月寒グリーンドーム大会ではIWGPタッグ王座も奪取するなど、団体の垣根を超えたタッグチームとして活躍した。
2000年3月28日に永田、ブライアン・ジョンストン、吉江豊、福田雅一と共に格闘集団G-EGGSを結成。本隊内の独立した軍団として、蝶野正洋が率いるTEAM 2000と抗争を展開した。中西はこの頃に「P-4M」というメッセージを発信し、「問題（Problem）」に「耐える（Put up）」ことにより「願いが叶う（Possible）」ことを「約束される（Promise）」という4つのPから成るもので、これを意味する手のポーズを披露していた。その後、中西は6月の日本武道館大会で佐々木健介の保持するIWGPヘビー級王座に挑戦、同年G1では決勝まで進出するに至るもののいずれも敗北を喫した。G1閉幕後、自らの問題を再確認すべく9月シリーズの全興行にてシングル8番勝負を敢行し、見事全勝を収めた。2001年7月20日、札幌ドーム大会にてPRIDEのゲーリー・グッドリッジと対戦。グッドリッジのパンチをまともに浴びてしまいTKO負けを喫し惨敗した。打撃技修得を目標に過酷な練習を重ね、9月16日の名古屋レインボーホール大会にて再びグッドリッジと対戦し、フロントスリーパーで勝利を収めた。2002年2月、フロリダ州タンパのカール・ゴッチと対面し、ゴッチの得意技であるジャーマン・スープレックスを伝授され、3月17日愛知県体育館にてジャイアント・シンをジャーマンでピンフォール勝ちを収める快挙を遂げた。4月には吉江と共にプロレスリング・ノアに参戦しGHCタッグ王座に挑戦、10月東京ドーム大会では新日本 vs 外敵軍のシングル7番勝負のトリでボブ・サップと対戦。12月には西村修、吉江とのトリオでトライアスロン・サバイバーに出場し、決勝戦で永田 & マイク・バートン & ジム・スティールと対戦。永田からジャーマン・スープレックス・ホールドで勝利を収め優勝を果たした。2003年6月29日、FEG主催の「K-1 BEAST II」でK-1ルールに初挑戦。同じくK-1初参戦であり、アマチュア相撲出身のTOAと対戦するが、TOAの1R右フックでKO負けを喫した。
1996年9月に凱旋帰国。1997年に小島聡とのタッグ、ブル・パワーズとしてIWGPタッグ王座を獲得するなど小細工なしの直線的なパワーファイトでタッグ戦線を中心に活躍。一方でG1 CLIMAXに1回戦敗退で終えるなど、シングルでの戦績は不振に陥っていたが、1999年のG1では公式リーグ戦をトップで通過して決勝トーナメントに進出。準決勝戦で橋本真也を下し、決勝戦で武藤敬司からアルゼンチン・バックブリーカーで勝利を収め初優勝を果たし、第三世代として初の栄冠を手にした。その後、同世代の永田裕志と共にIWGPタッグ王座に2度目の戴冠を果たすと、同じく同世代のテンコジ（天山広吉 & 小島聡）と抗争に明け暮れ、幾度となくタイトルマッチで対戦していった。
全3シリーズで第3シリーズは1997年3月30日に終了。3シリーズ通じての番組メインテーマ曲はコナミ矩形波倶楽部による書き下ろし曲「HOPE」、番組前半はナビゲータ國府田マリ子によるお便り・トークコーナー、後半はラジオドラマという番組構成が主である。キャラクターの設定を流用していたため誤解されることが多いが、『出たな!!ツインビー』や『Pop'nツインビー』のゲーム内の音声は、本作品の声優とは関係が無い。『出たな!!ツインビー』でデザインされたShuzilow.HAによるキャラクターたちが登場する。本作品より前は登場キャラクターに特に名前は設定されていなかったが、ラジオドラマでは機体名とパイロットの名前を区別する必要があることから、ライト、パステルといった名前が全シリーズ通してのドラマパートの脚本を担当した井出安軌らによって設定され定着、同時に世界観も形成されていった。後にゲーム自体にも本作品の設定を取り入れ『ツインビー レインボーベルアドベンチャー』では主人公のキャラクター名こそまだツインビー、ウインビー、グインビーのままでキャラクターと戦闘機との名称の区別の無いままであったが本作の敵役でもあったワルモン博士とザコビーがゲームでも敵役として登場することとなった。『ツインビー対戦ぱずるだま』以降はキャラクター名もツインビー、ウインビー、グインビーからライト、パステル、ミントと戦闘機のツインビー、ウインビー、グインビーと区別されるようになった。後年には本作品の世界観をベースにした『ツインビーヤッホー!』や『ツインビーRPG』等のゲームも発表されている。それまでのコナミにはシューティングゲームが中心のアーケードゲームメーカーという印象があったが、当時コナミはキングレコード内に自社レーベルを持っていたこともありメディアミックスに対し積極的でその一環でパステルことウインビーをヴァーチャルアイドルとして売り出す「ウインビー国民的アイドル化計画」をはじめとする企画を打ち立てた。本作である「ツインビーPARADISE」も「ウインビー国民的アイドル化計画」のメディアミックスの一部であり。大きな反響と新たな利益をもたらしたことで以降の同社のメディアミックス戦略の方向性を方向付けた。このコナミのメディアミックス路線はその後の作品である『ときめきメモリアル』にも踏襲され、より一層の発展を見せた。第1シリーズは、後にアニラジ界の中心人物として一時代を築くことになるおたっきぃ佐々木のディレクターデビュー作でもある。