現在の日蓮宗宗制では寺院は祖山、霊跡寺院、由緒寺院、一般寺院に分けられている。江戸時代の本末制度に始まる寺格は昭和16年の本末解体で消滅し実態はないが、日蓮宗宗制では総本山・大本山・本山の称号を用いることができると規定されている。祖山は日蓮の遺言に従い遺骨が埋葬された祖廟がある身延山久遠寺（日蓮棲神の霊山とされる）で、貫首を法主と称する。霊跡寺院は日蓮一代の重要な事跡、由緒寺院は宗門史上顕著な沿革のある寺院で、住職(法律上の代表役員)を貫首と称する。祖山、霊跡寺院、由緒寺院は「日蓮宗全国本山会」を組織している。総裁は身延山久遠寺内野日總法主、会長は北野立本寺上田日瑞貫首、事務局長は堺妙國寺岡部日聡貫首。本山妙教寺は平成21年7月に一般寺院として日蓮宗に帰一したが、客員として長らく日蓮宗全国本山会に参加している為、その他本山としてあげておく。
身延山久遠寺を総本山とし、宗務院を池上本門寺(東京都大田区池上)に置く日蓮系諸宗派中の最大宗派。中世期に成立していた門流の多くと、思想的潮流の相当部分を包含する。祖山1(総本山)、霊跡寺院14(大本山7、本山7)、由緒寺院42(本山42)、寺院数5,200か寺、直系信徒330万人。なお、日什門流・日興門流は、門流に所属する寺院の一部が日蓮宗に帰属している。詳細は日蓮宗什師会・興統法縁会を参照。
大正期の統合運動は、「学林」（＝僧侶の養成機関）問題により一致派の日蓮宗が離脱し、また勝劣派による統合も6宗派の個々の自律性を残すものであったが、1939年(昭和14年)4月､宗教団体を戦争協力させることを目的として制定された｢宗教団体法｣ は、"統合運動"の様相を一変させることとなる。この法律は仏教・神道・キリスト教の各宗教に対し、教団を国家権力下に管理するため宗派合同を求めるものであり、そして1940年(昭和15年)9月、同法第5条 を根拠として、政府は神道・仏教・キリスト教の各宗教界代表を招集。1941年(昭和16年)3月末日までに各宗派の自主的合同を終えるよう通達した｡この通達を受け、1940年(昭和15年)12月、本門法華宗・法華宗・日蓮宗・本妙法華宗・顕本法華宗・本門宗・不受不施派・講門派 の日蓮門下八派が出席する門下合同準備会の第一回委員会 (委員長は日蓮宗の柴田一能) が開かれる。委員会は合同に賛成し、宗名・教義・本尊は特別委員会で決めることとなった。その後、3カ月間で、教義や管長推戴について比較的似通った主張をする宗派で合同する方向にまとまる。特別委員の苅谷日任が本迹問題から合同に反対したこともあって八派全ての合同はならず、1941年(昭和16年)3月、日蓮宗第37宗会は、日蓮宗・顕本法華宗・本門宗が各教団解散の上で対等合併する三派合同を承認し、宗名を日蓮宗とすることが決められた。
1875年(明治8年) 3月､ 日蓮宗一致派は、派名を廃し単称日蓮宗とする名称変更を、政府へ請願する｡ 同門他派を踏まえ一度は却下されるも、再三の働きかけにより､ 1876年 (明治9年) 2月、政府はこれを承認した。
2005年6月、アフガニスタン山岳地帯。現地の武装集団を率いるターリバーンの幹部の排除・殺害を目的としたアメリカ軍のレッド・ウィング作戦のため、アメリカ海軍特殊部隊ネイビー・シールズのマイケル・マーフィー大尉ら4名の兵士はヘリコプターからロープで険しい山岳地帯に降り立つ。彼ら偵察チームの目的は現地を偵察して無線連絡、味方の攻撃チームを誘導し、可能であれば目標を殺害すること。しかし徒歩で目標地点に到達した彼らは、思いがけず山中で山羊飼いの3名の現地人と接触してしまう。拘束した3名をどう処置するか、電波状態が悪く前線基地との連絡が取れない中、止むを得ず彼らは作戦を中止し、ターリバーンとの交戦を覚悟の上で3名の現地人を解放する。それから1時間とたたないうちに彼らは山中で100名を超えるターリバーン兵に囲まれ、交戦状態に陥る。精鋭部隊であるシールズの4名は徹底的に戦うが、元来の任務が偵察のため、手にした武器は小火器のみ。数に勝りライフルや機関銃、RPG擲弾筒で武装するターリバーン側の猛烈な攻撃の前に次々に被弾、負傷し、時には仲間を背負って逃げ、時には断崖から転がり落ちるように飛び降りて、後退に後退を重ねることを余儀なくされる。この交戦でマイケル大尉ら偵察チームの3名が死亡。衛星電話で決死の連絡を試みた大尉が救援を要請することに成功し、味方のシールの救援部隊がチヌークヘリで現地に到着する。しかし護衛のアパッチヘリが別地域で作戦を行っている部隊の救援に出動してしまっており、護衛抜きで単機ホバリングしていたチヌークヘリはターリバーン側のRPGで迎撃され、降下寸前の救出チームもろとも撃墜されてしまう。深手を負い、たった一人生き残ったマーカス・ラトレル一等兵曹は、現地人の親子に救われ、彼らの村に匿われる。後を追って来たターリバーンはラトレルを広場に引き出して処刑しようとするが、村人らは数世紀にわたり守られてきた部族の掟である「パシュトゥーンワーリ」に従ってラトレルを守ることを決め、ターリバーンを追い返す。救援を求めるため、一人の村人がラトレルが書いた地図を手にアメリカ軍基地へ徒歩で向かう間、村は多数のターリバーン兵士からの猛烈な攻撃に晒される。村の中で混戦が繰り広げられる中、ようやくアメリカ軍の救援部隊が攻撃ヘリなどを伴い到着する。たった一人の生き残り、ラトレルはヘリで基地へ搬送され、緊急手術の結果ようやく一命を取り留めたのだった。