アルサメネとロミルダに責められ、アタランタは自分の嘘を認める。セルセに脅迫されたロミルダは、父の将軍が認めるならばセルセと結婚すると言ってしまう。それを物陰から聞いていたアルサメネはロミルダを非難し、ふたりの関係に亀裂が走る。セルセは将軍に向かって「ロミルダが王家の人間と結婚すること」の許可を求める。将軍は喜んで認めるが、娘の結婚相手をアルサメネだと思いこむ。セルセがアルサメネを殺すことを恐れたロミルダはアルサメネに危険を告げようとするが、ふたりは喧嘩になる。しかし将軍のところでは結婚式の準備が整っており、ふたりを見るとその場で結婚させる。そこへセルセがやってきて将軍の誤解に気づき、アルサメネにロミルダを殺すように命令するが、アマストレが割ってはいり、自分の正体をあかす。セルセはそれまでの自分の行いを謝罪し、アルサメネとロミルダの結婚を祝福する。
エルヴィーロが花屋に変装してやって来るが、アルサメネに横恋慕しているアタランタがエルヴィーロをだまして手紙を奪う。アタランタはこの手紙を自分あてのものといつわってセルセに渡し、自分とアルサメネ、セルセとロミルダが結ばれるように画策する。セルセはこの手紙をロミルダに見せるが、ロミルダの愛は変わらない。ペルシア軍はヨーロッパを攻撃するための橋を建設する。このときセルセはアルサメネに会ってアタランタと結婚するように言うが、アルサメネは自分がロミルダを愛していると主張する。その後、嵐によって橋は破壊される。アマストレは自殺しようとするが、エルヴィーロに助けられる。その後、ロミルダがセルセに誘惑されて危険な状態になるが、男装したアマストレに助けられる。
フランス風序曲の後、セルセ王は将軍アリオダテの娘のロミルダを見初める。しかしロミルダはセルセの弟のアルサメネとひそかに愛しあっていた。セルセはロミルダと結婚しようとし、それを止めようとしたアルサメネを追放する。傷心のアルサメネはロミルダへの手紙を書き、従者エルヴィーロにことづける。一方、セルセには遠い国にアマストレという婚約者があった。アマストレは危険を避けるために男に変装してセルセのもとまで旅するが、セルセが自分以外の者と結婚しようとしていると知って怒り、男装を解かないままセルセに復讐しようと考える。
ヘンデルは1710年のオペラ『リナルド』でロンドンを席巻して以来、イギリスの代表的なオペラ作家として活躍してきたが、1728年の『乞食オペラ』以来、ロンドンの聴衆は英語の通俗的なオペラを好むようになり、イタリア・オペラの人気は落ちた。1730年代にはヘンデルはライバルの貴族オペラとも戦わなければならなかった。ヘンデルは貴族オペラに対抗して『アリオダンテ』、『アルチーナ』でバレエを取り入れるなどの新基軸を打ち出したにもかかわらず成功しなかった。1737年に貴族オペラは倒産した。ヘンデルも病に倒れ、また莫大な負債を負った。病気から回復したヘンデルはキャロライン王妃の葬送アンセムを書き、オペラ『ファラモンド』と『セルセ』を書いた。『セルセ』は1737年12月26日に作曲を開始し、翌1738年2月14日に完成した。1738年4月15日にヘイマーケットの国王劇場で初演されたが、イタリア・オペラはもはや成功しなかった。同時期に上演された低俗なバーレスク『ウォントリーの竜』が1シーズンに69回も上演されるほどの盛況だったのに対し、『セルセ』はシーズン中に5回しか上演されず、ヘンデル存命中に再演されることもなかった。ヘンデルはオペラから足を洗い、オラトリオへと向かうようになっていった。
内戦発生後は議会派の財務担当者となり、王党派と戦うための民兵と新税の必要性を唱えて反対派を説いた他、オリバー・クロムウェルら各地の有力な指揮官を議会側に引き入れた。議会に対しては指導力を発揮、内戦長期化で穏健派と急進派が揉めて分裂する事態を避けるため、穏健派が提案する国王との和睦交渉を支持する一方、戦争遂行に欠かせない財政基盤の確立にも取り組み、両派をうまくなだめて分裂を抑えた。1643年に国王と議会穏健派の間で和睦交渉が開始されたが決裂する場合を見越し、3月に交渉の裏で王党派の財産没収を立法化、カトリックの脅威と陰謀を吹聴して危機感を煽り、2月から7月にかけて各州の財産評価および課税・消費税を始めとする課税の導入を推進、議会の財政基盤を確立した。この税制も王政復古で継続し近代国家イギリスを支えるシステムとなった。一方、7月にスコットランド国民盟約から同盟を打診されるとヘンリー・ベインら代表団をスコットランドへ派遣して盟約派のアーガイル侯爵アーチボルド・キャンベルらと交渉に当たらせ、自らは議会軍の指揮官エセックス伯ロバート・デヴァルーとウィリアム・ウォラーの対立を抑え、議会の分裂防止に努めた。さらに9月25日にはスコットランドとの同盟交渉に成功した（厳粛な同盟と契約）。その際、全てのイングランド人に対し、同盟の遵守を通じて議会への忠誠義務を誓約させた。これは国民大衆の議会のもとにおける一致団結を求めたものであった。だが、ピムは既に癌に冒されており、12月8日に逝去。1週間後の15日にウェストミンスター寺院に葬られた。6月にピムに先立ってハムデンもチャルグローヴ・フィールドの戦いで敗死、彼等の後を継いだベインとオリバー・シンジョン、クロムウェルがそれぞれ政治と軍事に取り組んだが、内戦に勝利するとクロムウェルが台頭、やがて革命の新たな指導者へと昇り詰めていくことになる。