神奈川県箱根町の箱根火山地下浅部では、本震の揺れが継続中であった14時49分から50分にかけてM3.8 - 4.2の地震が4回立て続けに発生し、本震の地震動と重なって局地的に最大で震度6弱の揺れを観測したことが、神奈川県温泉地学研究所が独自に設置した地震計の地震波解析で判明した。震源は駒ケ岳・大涌谷の深さ2 - 6 km地点、M4規模であったため強い揺れは0.5秒程であった。箱根の断層が本震の影響を受けやすい向きであったために、本震による長周期の地震動（表面波）に誘発されたものとみられている。この地震は箱根に本震の表面波が到達した頃から発生しており、本震の地震波に伴う地盤の動的応力変化によって発生した動的な誘発地震と考えられている。また、京都大学防災研究所の宮沢理稔が行った、気象庁や研究機関など日本各地約1500箇所の地震計のデータから本震や余震による直接の地震波を取り除く手法による解析では、本震後約15分間に関東から伊豆諸島、四国、九州までの広い範囲で約80 - 100回以上、M5未満の誘発地震が発生していたことが判明した。以前より活動が活発な飛騨や北伊豆で顕著に増加した。さらに誘発地震は本震の震源域から南西方向に秒速3.1 - 3.3 kmで広がっており、これは表面波の伝達速度と一致する。本震のLg波 Rg波などの表面波により起励され、「火山近傍」「プレート境界付近」「近年の規模の大きな地震が発生した余震域」などの地震が起きやすい地域で誘発されたとみられていて、動的誘発作用（ダイナミックトリガリング）によるものと推察されている。動的誘発作用が広がっていく過程が確認されたのは初めてとされる。
この地震では震源域から離れたところでも被害地震（遠隔誘発地震）が発生している。これらも大きな視点では、一連の地震活動の中に含まれると考えられており、震源域で発生する余震と区別して「誘発地震」や「広義の余震」と呼ばれている。複数の専門家が、本地震によって東日本を中心に地殻変動や応力の変化が生じ、地震の発生が促進された地域があるとの見解を発表している。
一連の余震は、本震の震源域に当たる岩手県沖から茨城県沖までの幅約200 km・長さ約500 kmの範囲と、そこに隣接する海溝軸の東側（海溝外縁隆起帯=アウターライズ）を震源としている。多くは本震と同種の「海溝型地震」（プレート境界地震）であるが、震源域西側の地殻の浅い所では「内陸地殻内地震」（内陸直下型地震：大陸プレート内地震）、震源域西側の地殻の深い所では「スラブ内地震」（深発地震：海洋プレート内地震の一種）、海溝軸東側では「アウターライズ地震」（海洋プレート内地震の一種）も発生している。特に日本海溝東側の海溝外縁隆起帯（アウターライズ）では本震による地殻変動の影響で、余震が発生した場合に後述のようにより規模が大きくなる可能性が高まったことも指摘されている。このほか、次節で述べるように震源域から数百kmも離れた所でM6以上の比較的大きな地震が多数発生しており、巨大地震による地殻変動の影響が考えられることもこの地震で特徴的とされる。
プレートの相対的平均速度から期待される相対変位量から実際の相対変位量を引いた値が、すべり欠損と呼ばれるが、宮城県沖ではこのすべり欠損が蓄積し続けていたと考えられる。つまり、歪みの蓄積量に対し地震による放出量が不足し、放出されない歪みが蓄積され続けていた。実際の観測データで見ると2003年と2005年に相次いで宮城県沖地震が発生したが2003年と2005年の放出量は1978年より少なく、一部の研究者は注視していた。また、海溝軸付近で約50 mの最大滑り量を観測しているが、松澤はプレート間の相対滑り込み速度は年間8 cm程度であることを考えると、約600年分のすべり欠損が一回の地震で解消されたことになるとしている。
北海道大学教授の日置幸介によるGEONET（GPSの連続観測網）の公開データを用いた調査では、地上局とGPS局を結ぶ経路がちょうど震源域上空の電離層における最大電子密度高度約300 kmと交差する局において電離層全電子数 (TEC) の変化を推定した結果、電子密度の増大が地震発生の約40分前から発生しており、これを地図面に投影すると20分前から地域の特定ができることが分かり、1994年北海道東方沖地震や2010年チリ地震でも確認されたことから「巨大地震の直前予知には有望な手法」だとしている。また、電気通信大学名誉教授の早川正士は、アメリカ・ワシントン州ジム・クリークの超長波局NLKが250キロワットで送出している24.8kHzビーコンの、東京調布での夜間継続観測において、地震発生約5日前の3月5日と3月6日電離層に振幅が小さくなる異常があったとしている。
基本的には駅構内に設置され、自社主催国内旅行商品（「びゅう」「TYO」）や自社後援海外旅行商品（「びゅうワールド」）の販売を行っている。また、旅行販売代理業として、ANAセールス（国内海外）、ビッグホリデー、ジャルパック（国内海外）、「ルックJTB」などのJTB系海外旅行各社、近畿日本ツーリストグループ（海外）、日本旅行（海外）などの商品も取り扱っている。ただし「ぷらっとこだまエコノミープラン」を含めジェイアール東海ツアーズ主催の各種商品は取り扱っていない。なお、「みどりの窓口」と同等にJR券の購入も可能であるほか、旅行代理店として航空会社の発券端末を設置し、JAL・ANA系航空会社の航空券の発行も可能であったが、2011年に一部の店舗を除き国内航空券の取り扱いを中止した。（JAL/ANA系の航空機利用のパックツアーは取り扱っている）1990年代にビッグホリデーとの業務提携により、同社と契約している中小の旅行代理店へ「びゅう国内旅行商品」の販売取次を行っている。また、2007年秋頃まではビッグホリデー子会社のコミュニティネットワーク取扱いのコンサートチケットの販売を「チケットびゅう」の名称で行っていた。1998年の「JR東日本アートセンターJR東日本アートセンター四季劇場［春］・JR東日本アートセンター四季劇場［秋］」こけら落とし公演より、劇団四季東京公演のチケットを、びゅうプラザで発売している。2007年度までは「JR東日本四季劇場予約センター」で電話予約をし、びゅうプラザで購入・受け渡しする制度が主流であったが、2008年4月より制度改定により、電話ではクレジットカード決済による自宅配送になった。JR東日本の専用座席枠で販売しているため、劇団四季の直販や他のプレイガイドで売切の場合でもJR東日本分では僅かに残っている場合が多い。なお、東京地区の四季専用劇場以外の公演（全国公演・名古屋・京都・大阪・福岡）は取扱いがない。一部支社では「びゅうプラザ」のほかに国内旅行のみ取り扱う「駅旅行センター」（実質的に国内旅行のみ取り扱う「びゅうプラザ」と同じ）や「駅営業センター」（駅扱いで国内旅行を取り扱う）などを設置している。首都圏の一部支社では法人向け営業窓口として「提携販売センター」を設置しているが、JR券については個人での利用も可能である。