1931年（昭和6年）、東海道本線彦根駅と北陸線長浜駅の間にガソリンカー運行が開始されたことを契機に、先行開業した法性寺駅（現・坂田駅）に続いて既存駅間に新設された気動車列車向けの駅であった。このため、燃料不足で気動車運行ができなくなった戦時期から戦後しばらくまで営業を休止している。1957年（昭和32年）の北陸本線交流電化の起点となり、当駅から敦賀駅へはED70形電気機関車が牽引することになった。米原駅 - 当駅間は非電化のまま残り、E10形やD50形蒸気機関車による牽引、更に後年にはディーゼル機関車による接続が行われた。そのため当駅で機関車交換を行うためホームは移設・延長され、また上下線間に2本の機関車留置線が設けられた。そのため、旅客ホームの位置が現在もずれており、千鳥式配置になっている。機関車の留置線は南北の組に分かれており、北側には交流電気機関車を、南側には米原駅までのつなぎを行う蒸気機関車を収容した。ただし、当駅には転車台は設けられず、上り列車は機関車を逆向きのまま米原駅まで向かっていた。当駅から敦賀駅までの交流電化が行われた当時は、一般の客車列車に自動扉が装備されていなかった時代で、後年のように乗降扉施錠した状態で客扱いしない「運転停車」措置を実効的に行うことはできず、機関車交換のために当駅に停車する急行列車の発車時刻も市販の時刻表に記載されていた。一方、手動扉ながら扉の一斉施錠が可能な20系を使用した特急「日本海」「つるぎ」は客扱いを行わなかった。1962年（昭和37年）に米原駅 - 当駅間が電化され、当駅南方にデッドセクションが設けられた。交直流電車や気動車で運転される特急・急行は当駅を通過したが、交直両用電気機関車は新製がなかったため、米原駅 - 当駅間のSL牽引は残り、のちにDD50形、その後DE10形ディーゼル機関車により無煙化された。当駅での機関車付け替えは1983年（昭和58年）に交直両用機のEF81形電気機関車投入による車上切り換え実施により廃止された。そのため機関車留置線も撤去され、停留所化された。ただし、ホームと上下本線の再移設は行われず、上下の開いた空間がかつてを偲ばせている。
長崎出身の江原源右衛門が、徳川家康の時代に江戸へ移り、初代長崎屋源右衛門となった。初代の頃から幕府御用達の薬種問屋であったが、享保20年（1735年）3月6日には幕府がこの商家に唐人参座を置き、幕末まで江戸での唐人参専売を行った。カピタン一行の定宿となったのは17世紀前半、初代が逝去した後のことである。以後、嘉永3年（1850年）まで定宿として使われていた（安政5年、1858年に駐日オランダ領事官が江戸へ来た際には、この商家を宿としていない）。江戸時代、日本橋一帯は幾度も大火に見舞われた。この商家もたびたび焼失し、カピタン一行が被災することも一度ならずあったが、焼失の都度オランダ商館からの援助を受け再建している。万延2年（1861年）、第11代長崎屋源右衛門は本石町から転出した。2006年（平成18年）現在、この商家の跡地にはビルが建っており遺構は無いが、中央区から区民史跡として登録されており、新日本橋駅4番出口の脇に文化財としての説明が書かれたプレートが掲げられている。
兄で大人の魁頭が死ぬと、弟の歩度根が代わって立った。鮮卑は、歩度根が指導者になってから、その部族の勢いがまた衰え、彼の次弟に当たる扶羅韓がまた別に数万の衆を擁して大人（たいじん：部族長）となった。建安12年（207年）曹操は柳城に遠征して烏丸の蹋頓単于らを斬って幽州を平定すると、歩度根，軻比能たちは護烏桓校尉閻柔を通じて朝貢し、献上品をおくった。やがて軻比能は扶羅韓を殺し、その子泄帰泥とその配下を手中に収め、歩度根と仇敵の間柄となった。黄初元年（220年）文帝が即位すると馬を献上して鮮卑王の称号を授かった。田豫が護烏桓校尉に任ぜられ、節（官位のない者を殺せる権限）を持ち、護鮮卑校尉も兼ねて、昌平に駐屯した。歩度根は使者を送って馬を献上し、文帝は歩度根に王の位を授けた。のちしばしば軻比能と戦闘を交えたが、歩度根の配下はだんだんと減り弱体となったため、その配下の一万余戸をひきいて太原郡と雁門郡とに入って安全を計った。歩度根はそのあと使者を送り、泄帰泥に誘いをかけ、泄帰泥はその部族民たちを引き連れて逃亡し、歩度根のもとに身を置いた。黄初五年（224年）になって、歩度根は朝廷に参内し献上物をささげ、手厚い賜り物を授かった。これ以後はひたすら辺境の守りに努めて、侵入略奪を行うことはなかった。青龍元年（233年）明帝のとき、軻比能は長年敵対関係にあった歩度根と和親の約束を結び、并州の支配を脱して自分のところに来るように誘った。并州刺史畢軌は武将の蘇尚，董弼を派遣し、歩度根を迎えに出た軻比能の軍を襲わせた。しかし歩度根の子が迎撃、蘇尚，董弼の首を奪った。このようにして歩度根は泄帰泥と部族民全部をひきいて軻比能の配下に身を寄せると、并州を侵して略奪をはたらき、役人や民衆を殺害し俘虜として連れ去った。帝は驍騎将軍の秦朗を征伐に向かわせた。歩度根は敗走し、軻比能に殺害された。