築堤上に大きくカーブした島式ホーム2面3線を有する地上駅。ホーム2面の間の1線を両ホームで共用する。駅舎はホーム下の地下に設けられ、改札口に面して駅南北を縦貫する自由通路が設けられている。新潟駅が統括管理する業務委託駅で、駅業務はジェイアール新潟ビジネスが受託している。自動改札機では全6通路でSuica等のICカードが利用でき、このうち出場用の2通路がSuica専用となっている。改札口周辺には電光掲示による発車標、有人改札口を兼ねるみどりの窓口（営業時間 7:00 - 20:00）、自動券売機（多機能券売機1台）、指定席券売機（1台、営業時間 5:30 - 23:00）、のりこし精算機（改札内1台）の他、自動販売機などが設けられている。また改札内コンコースには待合室、トイレ、自動販売機などが設けられている。なお、ホームには発車メロディが導入されている。またバリアフリー対策として、上下各ホームにエレベーター各1基とエスカレータが上り・下り各1基のほか、改札内コンコースには誘導チャイムが設置されている。またトイレにはオストメイトに対応した多機能トイレが併設されている。自由通路（白山駅地下自由通路）は新潟市中央区建設課が管理しており、バリアフリー対策として改札口正面には触地図を備えた周辺地図が、階段付近等に誘導チャイムが設置されている。また北口側・南口側ともにエレベーターが各1基設置されている。現在の駅舎は2013年9月1日から供用が開始された。現駅舎と南北自由通路は、白山駅周辺整備事業の一環で整備された。事業着手前のホーム構造は島式ホーム1面2線（現在の下りホーム側）で、北側の駅舎と地下通路で連絡していた。その後工程の進捗に伴って2010年10月30日から地下通路を閉鎖したうえで仮設跨線橋の供用を開始し、現駅舎開業まで旧駅舎が運用された。
2013年夏までの旧駅舎には線路の南北を直接往来する手段がなく、歩行者は駅東側で越後線をアンダーパスする白山跨道橋の歩道を経由して大きく迂回せねばならなかったため、特に駅南側の利用者からは不便を訴える声が多かった。加えて新潟市は2008年春、市域内の交通円滑化を目的に策定した短中期計画「にいがた交通戦略プラン」において「越後線の利便性向上」を重点プロジェクトの一つに指定していた 。新潟市とJR東日本新潟支社では、現在進められている新潟駅付近連続立体交差事業において、新潟駅のホーム数が事業着手前の4面7線から、高架化後は3面5線に減少するのに伴って輸送力を確保するため、白山駅に上りホーム1面と上り線1線を増設し、旧上り線を中線化して上下双方のホームで挟む計2面3線へ改修する工事を行うこととなった。これに合わせて駅舎及び駅周辺も、駅利用環境の改善と交通結節機能の強化を目的に、駅舎の半地下化と南北自由通路の新設、駅前広場と周辺道路の拡張など大規模な改修が行われることになり、2008年3月から事業着手し、2010年度から各工程に本格着工した。着工当初は2012年度中の一部供用開始、2013年度中の全面竣工を予定していたが、駅前広場周辺の一部地主が立ち退きに難色を示すなどしたため計画修正を行ったのに加え、連続立体交差事業そのものも工期が遅延していることから竣工時期は1年ずつ先送りとなり、一部供用開始は2013年度中、全面竣工は2014年度中に修正された。2013年夏に上りホームと現駅舎が竣工、南北自由通路も北口側出入口付近を除く大部分が竣工。9月1日の始発列車から供用を開始し、南口が新設された。北口側は旧駅舎が支障物件となっていたため仮設出入口による暫定供用となったが、旧駅舎を同月中に撤去したうえで北口側出入口と駅前広場の施工を開始し、北口側出入口は2014年3月に竣工、南北自由通路の全面供用を開始した。その後も引き続き駅前広場の拡張などが行われ、2015年9月5日のBRT萬代橋ライン開業により路線バスの乗り入れを開始した。
伊予国越智郡今治（現愛媛県今治市) で、今治藩士・石原信順の三男として生まれた。藩校・克明館で刻苦精励して同校の助教に就任。嘉永5年（1852年）句読司となり、安政2年5月（1855年）江戸在勤となり学習館の句読司に就任。安政3年7月（1856年8月）帰藩して克明館句読司に復帰。安政4年（1857年）、学識の不足を感じ句読司を辞して京都・摂津に遊学した。安政6年3月（1859年）帰藩して句読司、素読指南、助教を歴任した。明治元年5月25日（1868年7月14日）甲府警備の参謀に発令され同年12月まで派遣された。同年3月、会計方頭取議事頭取添役兼務となり、郡政判事、藩学権大属兼助教、庶務監察課大属を歴任し、東京在勤中に廃藩置県を迎え、明治5年4月（1872年）に帰郷して旧藩事務の引継ぎを行った。石鉄県が発足するとその出仕を命ぜられたが辞退した。1873年（明治6年）愛媛県が発足し、同年5月、第七大区々長となり、以後、学区取締兼第二中学区第七大区学校事務監督、第四大区々長、学区取締兼第四大区学校事務監督などを1875年（明治8年）まで務めた。1877年（明治10年）特設県会議員に選ばれ、1878年（明治11年）12月、愛媛県に郡区町村編制法が施行され県令岩村高俊の登用で初代越智郡長に就任し、1881年（明治14年）まで在任して、以後、官職に就かなかった。1882年（明治15年）愛媛県会議員に選出され、副議長（1890年3月まで）、常置委員、地方衛生会委員、勧業諮問委員、郡徴兵参事員などを務めた。高須峯造の勧誘で立憲改進党に入党し、1890年（明治23年）7月の第1回衆議院議員総選挙で愛媛県第2区に改進党推薦で出馬して当選し、衆議院議員を1期務めた。