録音の際には、DCオフセットは録音した音の望まない特性である。これは、レコーダーに届く前の音をキャプチャする際に発生し、普通は欠陥があったり品質が低かったりする機器が原因である。このオフセットにより記録した波形の中心は0ではなく、+0.1や-0.1のような0より高いか低い値になる。これは2つの主な問題を引き起こす可能性がある。波形のベースが上に移動したことにより信号の最も大きな部分が早まってクリップされる、もしくは、聞こえない低周波のゆがみが起こる。低周波のゆがみは、最初録音した時点では聞こえないが、MP3などの圧縮され損失の大きいデジタル形式にリサンプリングされた場合、これらの破損が聞こえることがある。ゆがみを低減するために、初期のテープレコーダーにはDCテープバイアスが使用されていた。パワーを調整するために、パワー増幅器の中の真空管の制御グリッドにDCバイアスが印加される。
W型車両渡船では、車両甲板車両格納所天井を「船橋楼甲板」と称したが、本船からは「船楼甲板」の呼称となり、その船楼甲板上にW型船同様、3層の甲板室が設けられた。旅客設備を有しないため、船体中央部の煙突基部から38m程度前方に延びる小規模なものであった。最上層の航海船橋前端には、両翼を約1m舷外へ張り出し、前面中央部を頂点とする二等辺三角形の頂点を丸めた平面形状の操舵室が設置され、操舵室内には、船体中心線上に舵を取る水圧式テレモーター、その左舷側には主機室へ指令を出す電気式と鎖式のエンジンテレグラフ、船尾係船作業場へ指令を出すドッキングテレグラフとテレモーター故障時に操舵機室へ指令を出すステアリングテレグラフを一体化したスタンドが、右舷側にレーダー指示器、海図台が配置されていた。その屋上の羅針儀甲板にはレーダーポスト兼用の前部マストが立ち、頂部にはレーダースキャナーが設置された。W型船では遊歩甲板にあった無線通信室を1層上げて航海船橋に配置し、操舵室の右舷側後方に隣接させ、その左舷側には、無線機器室、電池室を配置した。これにより、操舵室と無線通信室との連携が強化され、以後建造の青函連絡船にも継承された。W型船では遊歩甲板と称した甲板室2階相当の甲板を、檜山丸型では上部船楼甲板と称し、高級船員室とその食堂を、甲板室1階相当の船楼甲板には普通船員室とその甲板部員食堂、機関部員食堂、厨房を設けたが、高級船員室は原則個室、普通船員室も一部屋4名以下とし、居住性向上が図られた。ディーゼル化により1本になった太短い煙突がこの甲板室後部の、厨房や部員食堂が集中する1階建部分の屋上に設置された。船楼甲板船首部は係船作業場で、W型船同様、蒸気往復機関駆動の揚錨機が装備され、揚錨機の両側面には揚錨機の回転軸と平行な水平軸で回転する糸巻き形のワーピングドラムも装備され、また揚錨機から船体中心線上を船首側へ延びたシャフトを介して駆動されるキャプスタンが船首端近くに設置されていたが、これはワーピングドラムの回転軸を垂直にしたものであった。着岸時には、岸壁のビットにつないだ係船索をこれらワーピングドラムやキャプスタンに巻き付け、スリップさせながら巻き込んで、船首を岸壁へ引き寄せた。船楼甲板の後ろ半分には甲板室はなく、車両甲板へ降りる小さな階段室や水密辷戸動力室、車両格納所へ外気を供給する通風筒、後部マストのほか、両舷には定員70名の軽合金製救命艇が1隻ずつ重力式ダビットに懸架されていた。船尾部は船尾係船作業場として蒸気往復機関駆動のキャプスタンが左右に1台ずつ設置されていた。なおこれら係船機械は1967年（昭和42年）5月改造就航の石狩丸（2代目）にならい、檜山丸では1969年（昭和44年）10月に、空知丸では1970年（昭和45年）1月に、船首、船尾のキャプスタンの廃止、揚錨機の遠隔操縦化ならびに、船首、船尾への遠隔操縦式の汽動式ウインチ2台ずつの新規設置が行われ、係船作業の省力化が図られた。船尾端中央の1段高い位置には、車両の積卸しを目視しながらヒーリングポンプ操作ができるポンプ操縦室が設置された。出入港時は船尾扉開放状態となるため、上げた船尾扉で視界が妨げられ、船楼甲板からは船尾全体の監視ができず、このためポンプ操縦室屋上から両翼に張り出す入渠甲板が設けられた。建造途中で船尾扉装備を断念した檜山丸でもこれは設置され、就航後も使用された。なお、「ポンプ操縦室」は船首舵の廃止された第三青函丸以降でも「後部船橋」や「後部操舵室」、「後部操縦室」などと呼ばれてきたが、青函連絡船では、この檜山丸型から「ポンプ操縦室」と呼ばれるようになった。船楼甲板の下が車両甲板で、全幅が車両格納所に充てられ、車両の積卸しをする可動橋が架かる船尾端では船内軌道は3線、中央の軌道は船尾近くで分岐し、車両甲板の大部分で4線平行のまま船首ギリギリまで敷設され、各線の船首側軌道端には自動連結器付車止めが設置された。各線の有効長（（　）内は空知丸の数値）とワム換算積載車両数は、左舷の船1番線から順次90.0m（87.8m）11両、99.0m（96.5m）12両、72.2m（72.3m）9両、90.0m（87.7m）11両で、空知丸では船尾扉装備のため船3番線以外の各線では2.2m程度短くなった。しかし、車端用の乙種緊締具の長さを短縮する改良もあり、両船ともワム換算で合計43両の積載が可能であった。とはいえ、船首フレアーが大きく船首まで車両甲板幅の広かったW型船では当時、各線に12両、13両、9両、12両の計46両、フレアーを縮小したH型船でも11両、13両、9両、11両の計44両積載できたのに比べ、少なかった。なお、車両甲板船首部分の軌道敷設できなかった三角のデッドスペース部分には中2階の船首中甲板が設置され、甲板部の倉庫として使用された。