飛騨牛がここまでブランド化できたのは、一頭の雄牛「安福号」の功績が大きい。安福号は1980年（昭和55年）4月1日に兵庫県美方郡村岡町（現香美町）で生まれた但馬牛である。1981年（昭和56年）6月16日に県有種雄牛として岐阜県が購入し、7月21日に、当時の上松陽助岐阜県知事により「安福号」と名付けられた。1993年（平成5年）9月28日に死亡する。繁殖母牛として使われる雌牛を含めて39,000頭余りの子ができたが、そのうち飛騨牛になったのは2割5分から3割である。子孫のうち「飛騨白清」、「白清85の3」、「広景福」が飛騨牛の種雄牛として知られている。現在も精子は凍結保存され使用されているが、安福号の遺伝子に頼りすぎたため、遺伝的な問題が発生するおそれがあった。このため遺伝子検査などの結果で判明した問題のある交配は行わないなどの指導により問題は解消されている。2008年（平成20年）までに岐阜県畜産研究所は、安福号のクローン牛を4頭誕生させた。
飛騨地方には各農家が2 - 4頭のウシを所有し、5月下旬から10月上旬は共同牧場で、他の時期は各戸で舎飼いする伝統があった。元来は肉牛でなかったが、1960年代以降、肉用としてのウシの飼育が盛んになり、2000年（平成12年）には飛騨地方の農業生産額に占める肉用牛の割合が3割を超える重要な生産品となった。
飛騨牛の飼育農家は繁殖牛農家と肥育牛農家に分かれ、2000年（平成12年）頃の統計によれば、飛騨地方において繁殖牛が約420戸で約4,000頭（1戸あたり10頭前後が標準）、肥育牛が約120戸で約6,000頭飼育されている。繫殖牛農家は企業的経営のところが多く、野菜生産などと組み合わせながら、5 - 6月から10月にかけて山地の牧場で飼育し、冬季は麓で舎飼いする（「夏山冬里」という）。山地の牧場は2002年（平成14年）時点で27か所あり、岐阜県農畜産公社、地元市町村、農業協同組合、和牛改良組合などが所有し、小規模な牧場は伝統的に利用されてきた入会地を使い、大規模な牧場は冬季にスキー場となるものもある。飛騨地方産の肥育牛は年間6,000 - 6,500頭販売され、うち8割が高山市の食肉市場で枝肉として、2割が高山市の市場で生体のまま取引される。食肉の流通は4分の3が岐阜県内で、残りは関西や北陸地方へ出荷される。
飛騨牛（ひだぎゅう、ひだうし）は、岐阜県の主に飛騨地方で肥育される黒毛和牛の牛肉である。飛騨牛は食肉になった後は、「ひだぎゅう」と呼び、食肉になる前の牛、牛を産むための母牛（繁殖牛）および父牛（種雄牛）は「ひだうし」と呼ぶ。
車内設備がユニット化され、製造工程の合理化が図られている点も、A-trainシステムの特徴の一つである。運転室および車椅子対応便所が、完全に独立したユニットとして設置された。客室内は車体に合わせてアルミニウムの無垢材を使用し、クリア塗装を施した。平床構造でステップ部も含め段差はない。床面高さは1115 mmで813系よりも10 mm低くなっている。妻壁部に収納されていた配電盤の機器類のうち、必要性の低いものは床下の配電箱に集約され点検蓋がなくなったため、貫通幅は従来車の820 mmより広がり1000 mmとなった。車両間の仕切り扉は廃されている。運転室、トイレと車内側の乗降扉は黄色に塗装されている。床面はブルーグレーを基調に四角い黒点柄と黒いストライプ状の柄を配したものになっており、汚れが目立たないようにされている。清掃を容易とするため側壁まで巻き上げられている。客室内の片側の乗降扉の上部に一行表示のLED式車内案内表示器が設置された。ただし、同系では日本語のみの表記であったのに対し、本系列では、日本語と英語による表記が交互に表示されるようになった。座席は、JR九州発足以降の新系列電車としては初の全席ロングシートであり、壁面に取り付けられている。背もたれと座布団が一人分ずつ独立した形状で、各々が取り外せるようになっている。座席下部には電気式のヒーターが設置されている。ヒーターにはセンサーが設けられ、空調装置内のマイコンにより自動で制御されている。本系列では車内収受式ワンマン運転を行うため、運賃箱、運賃表示器および整理券発行器を備えた。ワンマン機器はキハ200系に搭載されているものをベースとしているが、本系列ではバス用の流用ではなく鉄道車両用に設計の見直されたものを設置している。クハ814形にはトイレユニットが設置されている。バリアフリー対応とし、ドアの開口幅は900 mm確保されている。汚物処理装置は循環式、便器は洋式である。床上に50 Lのタンクを搭載しており、自然落下による重力式で手洗い器へ給水される。運転室ユニットは片側構造で、背面は曲面ガラスとなっている。助士側は上部が開放されており、通路寄りにワンマン運転用のミラーを設置している。その後ろにはゴミ箱が設置されている。室内の機器配置は813系をベースにしているが、運転台の主幹制御器は、同社の電車では初めてワンハンドル式が採用された。力行は5段、常用ブレーキは7段刻みで制御する。ワンマン運転を行うことから乗降促進放送を搭載し、ワンマン運転中にスイッチを押すと「ドアが閉まります、ご注意ください」という放送が2回流れる。また、ドアスイッチやマイクジャックなどワンマン運転用の機器類も収められている。乗務員支援モニタは、813系と同等のものが採用されているが、使い勝手が良くなるように改善されており、検修用画面には積算電力の設定や空ノッチ関連の表示が、車掌用の画面には空調設定画面が追加されており冷暖房の切り換えと車内の温度設定を行える。この表示は、817系および813系1000番台車以降でも踏襲されている。