F1引退後は、2004年よりオペルチームからドイツツーリングカー選手権（DTM）に参戦。苦戦が続いていたが、2005年第4戦ブルノで初の表彰台（3位）を獲得した。オペルのDTM撤退に伴い2006年はアウディに移籍。最終戦のホッケンハイムで初のポール・ポジションを獲得するが、決勝レースはチームメイトとの接触もありリタイアした。結局、DTM3シーズンで未勝利に終わり、アウディに対しては「チームからのサポートが得られない」として同年限りで離脱した。移籍先は決まっておらず、このまま引退する可能性もあったが、公式ファンクラブのサイトで、2008年以降のレース復帰に向けて意欲を示すコメントを出した。そのコメント通り、2008年に「HHF Project」と銘打ち、私財を投じてグンペルト・アポロをハイブリッド化し、ドミニク・シュワガーらとともに同マシンでニュルブルクリンク24時間レースに出走した。また、ル・マン24時間レースには「アストンマーティン・レーシング」からスポット参戦した。同年にスタートしたスピードカー・シリーズにもスポット参戦し、翌年はフルシーズンを戦った。2010年レーシングドライバーからの引退を表明したが、2011年に「ADAC GT Masters」でレースに復帰。2012年も引き続き同シリーズに参戦し、コルベットZ06.R GT3を駆る。招待の形でレースに出場することもあり、2012年3月にはF1オーストラリアGPのサポートレースとして開かれたポルシェ・カレラカップ オーストラリアにゲスト参戦している。
翌2002年にはアロウズへ移籍し、2度のポイント獲得など光る走りを見せるが、第12戦ドイツGP終了後にチームが撤退することとなり、またしてもシートを失うこととなる。第16戦アメリカGPでは、翌2003年からの復帰が発表されていたザウバーよりスポット参戦した（危険走行によりフェリペ・マッサがペナルティを受けることとなっていた為その回避として起用されたもの）。2003年、7シーズンぶりに復帰を果たしたザウバーチームでは、第15戦のアメリカGPにて表彰台（3位）を獲得するなどの活躍を見せた。しかし、ついにこの年をもってF1世界から完全に引退することになった。
翌1999年に移籍したジョーダンはF3000時代の旧知のチームで、マシンも常に表彰台を争える速さと信頼性を備えており、戦える環境が揃っていた。予選、決勝共にエースドライバーの元チャンピオンのヒルを凌駕し（予選14勝2敗、決勝13勝2敗1分、ポイント54対7）、シーズン中優勝2回・ポールポジション1回を獲得し、終盤までチャンピオン争いに食い込む活躍を見せた。雨中の乱戦となったフランスGPでは、巧みな燃費走行とピット戦略でワールドチャンピオンのミカ・ハッキネンを破って勝利を挙げた。イタリアGPでもフロントローから自身初のドライコンディションでの勝利を挙げ2勝目（通算3勝目）。シリーズランキングはハッキネン、アーバインに次ぐ3位。しかし、この年をピークにジョーダンは低迷し、新加入のヤルノ・トゥルーリによりフレンツェンの立場も微妙になっていった。ついに2001年ドイツGPを前に、シーズン途中にも関わらず突如チームから解雇され、地元ドイツGPを走れずに終わった。その後、ジャン・アレジと入れ替わる形でプロストへ移籍することになり、ハンガリーGPから残りのレースに参戦した。当時のプロストチームは資金が底をついていたため、フレンツェンは無給であったが、参戦チーム中唯一パワーステアリングを持たないAP04で奮戦し、ベルギーGPでは予選4位を獲得して周囲を驚かせる。この移籍劇の裏についてははっきりとした報道はなされていない。一説として上がるのはフレンツェンが開発が進まないジョーダンのマシンに業を煮やし自費でパーツの改良を願い出てエディ・ジョーダンと揉めたと言う説がある。また、ジョーダンが翌2002年からホンダエンジンを搭載するにあたり、「ホンダとの契約条項に、佐藤琢磨を乗せる事があったため、フレンツェンを解雇せざるをえなくなった」とエディ・ジョーダンが語った事もある。数年後にはフレンツェンがジョーダン時代の契約金未払いに関してジョーダンを相手に裁判を起こし、勝訴している。
1854年3月末にドイツへ旅行に行き、4月1日にハノーファーを再訪する。ハノーファーでの演奏会をはじめとして、ドイツ各地で行った演奏会は立て続けに成功し、気を良くしたベルリオーズはパリに戻ったのち、以前作曲した『エジプトへの逃避』（H.128）を転用する形として、3部からなるオラトリオ『キリストの幼時』（H.130,Op.25）を5年がかりで完成させた。12月10日に初演されると聴衆から拍手を受け、大成功に終わる。1855年の4月、長らく初演の機会を得られなかった『テ・デウム』がパリ万博において、ベルリオーズの指揮によって初演された。1856年、5月3日に没したアドルフ・アダンの後任として、フランス学士院会員に選ばれ、これにより収入が増え、生活も安定する。またこの頃にヴァイマルを訪問しており、同地で滞在していた際、フランツ・リストと同棲していたその伴侶ザイン・ヴィトゲンシュタイン侯爵夫人と面会する。ヴィトゲンシュタインから『アエネーイス』を題材としたグランドオペラ『トロイアの人々』の作曲を勧め、先のフランス学士院会員に選ばれたことを機に創作意欲を復活させ、同年5月5日に台本を自ら執筆し、僅か2か月足らずで完成させる。腸神経痛に悩まされつつも作曲を続け、一気呵成に1858年の4月12日に2年かけて完成させる。しかし全5幕というあまり長大なオペラ『トロイアの人々』は、初演の機会が得られないままであった。1860年の夏にバーデン＝バーデンで開催される音楽祭に赴き、この地で新しく建設される劇場のために支配人のエドゥアール・ベナツェから委嘱を受け、2幕のオペラ『ベアトリスとベネディクト』（H.138）を作曲する。シェイクスピアの戯曲『空騒ぎ』に基づくが、ベルリオーズ自身がフランス語の台本を執筆している。一時中断もあったが、1862年2月に完成させ、同年8月9日にバーデン＝バーデンの新劇場で初演が行われている。『ベアトリスとベネディクト』が初演される2か月前の1862年6月14日、後妻マリー・レシオが心臓麻痺のためこの世を去る。彼の目の前でのことだった。遺体はモンマルトル墓地に埋葬される。ベルリオーズに残された家族は船員となった息子ルイだけとなった。1863年、苦労の末『トロイアの人々』がオペラ座で第2部のみが初演されたが、生前に第1部と全曲が上演されることはなかった。全曲上演は1890年まで待たなければならなかった。そして長らく続けていた評論活動を止めてしまう。60歳を迎えた1864年、作曲の筆を折り長い作曲活動を終えるのであった。以降は一人でアパートに住み続けることとなる。また『回想録』を1865年1月1日付で終え、印刷にまわした（ただし、没後出版される）。