このゲームではプレイ開始時にアミューズメントモード (Amusement Mode)、フィーリングモード (Feeling Mode)、オンリーワンモード (Only One Mode) という3種類のゲームモードから1つを選択する。アミューズメントモードはゲーム中に各ヒロインの好感度や現在地がアイコンによって表示されるという初心者向けのモード、フィーリングモードはそれらの表示のないモードで一般的な恋愛アドベンチャーゲームと同様。オンリーワンモードは開始時に5人のうちから1人のヒロインを選択し、そのヒロインの攻略ルートに自動的に進むモードである。オンリーワンモードでは他の2つのモードにはない演出や各ヒロインのボーカルソングなども登場する。なおこのモードは1人のヒロインにしか使用することができず、別のヒロインを選択するためにはセーブファイルを削除するかゲームを一度アンインストールする必要がある。『@HoneyComing RoyalSweet』の初回特典『HoneyComing re：coming』ではオンリーワンモードのかわりにイッチョクセンモード（一直線 Mode）が追加された。主な概要はオンリーワンモードと変わらないが何度でも使用することが可能。
ある日、月島の宝石店へ怪盗キッドがダイヤを盗みに入るが、本物のキッドである黒羽快斗はその様子を「誰だあいつ」と怪訝そうにうかがっていた。コナンはスケボーに乗ってキッドを追跡するが、あと一歩のところで突如現れた何者かにスケボーを真っ二つにされ、取り逃がしてしまう。その手口から、コナンはルパン一味の石川五ェ門が斬鉄剣でスケボーを切断した事や、キッドがルパン三世の変装であった事に気付く。一方、追跡を振り切ったルパンはアラン・スミシーという謎の男に連絡を取る。不二子を人質に取られたルパンは、テストとしてキッドに変装して盗みをさせられていたのだ。翌日、コナンは少年探偵団と阿笠博士の家に居た。コナンがルパンの日本滞在理由を思案していた時、テレビで海外の人気アイドル・エミリオが来日したというニュースが流れ、少年探偵団はエミリオに釘付けになるが、そのニュース映像にかつてヴェスパニア王国の事件捜査でコナンと手を組んだルパン一味の次元大介の姿を見付けたコナンは、ルパン一味が何かを企んでいると睨む。同じ頃、米花町の銀行の金庫で厳重に保管されている宝石「チェリーサファイア」を頂くという、ルパンからの予告状が警察へ届き、万全の態勢を敷いて待ち構える銭形と佐藤、高木だったが、ルパンにまんまと出し抜かれ、町を滅茶苦茶にされた挙句チェリーサファイアを奪われてしまった。その頃、鈴木財閥の情報力を駆使し、園子はエミリオの宿泊するホテルを突き止め、蘭、コナン、そしてクラウディア目当ての小五郎は突き止めた園子と共にホテルへ押し掛けるが、4人はそこでエミリオの日本公演が何者かによって脅迫されている事を知る。コナンは1人、次元の目的を探ろうと調べていると、ホテルから抜け出したエミリオと一緒に行動しているという連絡を蘭から受ける。エミリオ達がいるベルツリータワーに到着したコナンと次元は、蘭達が危機的状況に陥っている事に気付く。2人の機転で無事に助けられホテルに戻ったエミリオはクラウディアから厳しい叱責を受けるが、ベルツリータワーでの一件を通じて、気持ちを切り替え、ライブへの意欲を見せる。その頃、単独でルパンのアジトを突き止める事に成功した少年探偵団はアジトに乗り込むが、あっさりと五ェ門に一服盛られて眠らされてしまう。眠らされた探偵団達は不二子によって阿笠博士の家へ返されるが、代わりに拉致同然に同行させられた灰原は、豪華なホテルで下にも置かない待遇を受け、浴室で永遠の若さを叶えるという薬アポトキシンに関する情報を求められる。ライブ前日、スタッフ達は本番への準備に大忙しの中、クラウディアは1人、エミリオがまだ無名だった頃に思いを馳せる。その頃、チェリーサファイア捜索を続けていた銭形達は、ルチアーノが小物のマフィアと密輸業者という顔を持ち、彼が日本で何らかの取引を計画している事を知るが、情報を得てもルパンの目的は不明のままライブ当日を迎えてしまう。クラウディアからの情報によって、アラン・スミシーなる人物とルチアーノが接触するだろう事を予想して銭形達は網を張るが、裏をかかれライブ会場から抜け出されてしまう。同じ頃、独自にルパンを追っていたコナンは「ある場所」へ向かっていた。アランとルチアーノの取引が行われる場所である羽田空港旧整備地区では、アランとルチアーノが互いに挨拶を済ませるが、ルチアーノの条件がチェリーサファイアではないと知り、アランは動揺する。その瞬間、ルパンが現れ、更にFBIを引き連れたコナンも登場し、混戦模様となる中、ルパンを狙う銃口からルパンを庇った事でコナンが負傷してアランの人質となってしまい、チェリーサファイアとコナンの双方を手に入れたアランは飛行機で逃走を図る。遅れてやって来た不二子の助けを借りてアラン達の乗る飛行機に飛び移ったルパンはコナンと合流し、2人はタッグを組む事になった。ルチアーノの暴挙により墜落の危機に陥った飛行機は辛うじて体勢を立て直す事には成功したものの、パイロットは死亡し、アランも瀕死の状態になっていた。飛行機の応急操縦と機器の修理をしながら真実が語られるが、ヴェスパニア鉱石を表沙汰にしたくないヴェスパニアとジランバより日本へ「航空機撃墜要請」がなされており、防空司令部より2人が乗る飛行機の撃墜命令が出されていた。最初の攻撃は辛くも回避したものの、回避手段のチャフも撃ち尽くして絶体絶命の状態に陥ってしまい、最後の手段として、ヴェスパニア鉱石から作ったチェリーサファイアを使って危機を脱する作戦を決行する。機体損傷によって極限まで追い詰められた2人だったが、コナンの機転とルパンの操縦技術によって作戦は成功し、攻撃は回避できたものの、飛行機も含め真相は全て海の中へと沈んでしまった。後日、目的の一つであるヴェスパニア鉱石が他国に渡る事を阻止する事には成功したものの、奪還自体には失敗してしまったルパンは、手ぶらで帰るわけにはいかないと美術館に潜入し、お宝を頂こうとするが、そのお宝は勝手に名を騙った仕返しで既にキッドに盗まれた後であり、更に銭形や服部らに現場に踏み込まれ、這う這うの体で逃げ出したところで物語は終わる。