近鉄奈良線で使用される自社車両が京都線でも使用されるほか、京都市営地下鉄烏丸線10系の乗り入れ運用もある（主に新田辺駅以北折り返しの普通で運用。昼間時は近鉄奈良駅直通急行運用もあり）。近鉄京都発着の列車で、地下鉄線対応の3200系・3220系を含む6両単独編成は近鉄宮津駅以南発着の普通をのぞき、すべての種別にて運用されている（狛田駅・山田川駅および橿原線内の普通のみの停車駅のホーム有効長が4両分までしかないため）。また、5800系や5820系といったL/Cカーは京都線・橿原線・天理線運用とそれに関連する運用の場合は座席は常時ロングシートの状態で運転される。2012年までは3000系も京都線系統を中心に使用されており、これ以外にも奈良・京都・橿原線系統以外の一般車両が運用された珍しい例として、地下鉄直通運転開始前の一時期、名古屋線から転属したモ1650形（抑速ブレーキ非装備、2700mm幅車体）が8000系・8400系の増結用に使用されたことがあった。
大晦日から元旦にかけての終夜運転は、京都から伊勢方面・橿原神宮前・近鉄奈良への特急を各系統合わせて30 - 60分間隔で運転しているほか、京都駅 - 新田辺駅・大和西大寺駅間に普通を15 - 30分間隔で運転する形態となっている。時刻については近鉄の公式ホームページでも紹介されている。
同志社の京田辺キャンパス、同志社女子大学京田辺キャンパス開校日に運転される。朝方は京都発（9:31発）新田辺行き急行1本が近鉄宮津行きに延長され、新田辺から各駅に停まる（ただし天理教月次祭等開催時は天理行き急行となり興戸・三山木・近鉄宮津の3駅を通過する）。夕方は近鉄宮津発新田辺行き各駅停車が5本運転される（15:18、16:24、16:39、16:53、18:24発）。その一部は新田辺から定期運転の京都行き準急や国際会館行き各駅停車へ変更され運転される。
新田辺・宮津・西大寺の各車庫へ出入庫するための回送列車が運行されている。一部は京都市営地下鉄車両の回送列車もある。特に、近鉄奈良・大和西大寺方面の回送列車の一部は、近鉄宮津駅 - 大和西大寺駅間のみであるが、奈良線快速急行の折り返しで8・10両編成で運転されている。
1998年から京都駅 - 近鉄奈良駅間で日中に1時間あたり2本設定された。竹田駅・近鉄丹波橋駅・大和西大寺駅・新大宮駅（2000年から）に停車し、竹田駅で国際会館駅発着の急行と接続して速達性の向上を図った（当時の日中は1時間あたり京都発着の快速急行と急行が2本ずつ、国際会館発着の急行が2本）が、利用は芳しくなく誤乗も多かったため、2003年春のダイヤ変更で廃止され急行に格下げされた。以降、日中の竹田駅 - 大和西大寺駅間の急行が1時間あたり6本となり、2012年3月19日まで続いた。定期列車が設定される前にも1988年のなら・シルクロード博覧会などの際にも臨時に運転されていたことがある（日中1時間に1本の運転。停車駅は近鉄丹波橋駅・大和西大寺駅で、2002年以降の特急と同じであった）。
宝積寺は、山城国（京都府）と摂津国（大阪府）の境に位置し、古くから交通・軍事上の要地であった天王山（270m）の南側山腹にあり、寺伝では神亀元年（724年）、聖武天皇の勅願により行基が建立したと伝える。行基は奈良時代に架橋、灌漑などの社会事業を行い、多くの寺を建てた僧である。行基は神亀2年（725年）、淀川に「山崎橋」（山崎－橋本間）を架けている。また、『行基年譜』によれば、行基は天平3年（731年）、乙訓郡山崎に「山崎院」を建立している。天王山の南側山麓に位置する大山崎町大山崎上ノ田の遺跡が「山崎院」跡に比定されており、ここからは日本でも最古級の壁画断片などが出土している。以上のことから、天王山周辺は行基にゆかりの深い地であることは確かで、宝積寺は「山崎院」の後身と考える説もある。宝積寺は貞永元年（1232年）の火災で焼失しており、現存する仏像等はこれ以降のものである。それ以前の寺史はあまり明らかでないが、長徳年間（995年－999年）、寂昭が中興したという。寂昭は俗名を大江定基といい、『今昔物語集』所収の説話で知られる。それによれば、彼は三河守として任国に赴任していた時に最愛の女性を亡くし、世をはかなんで出家したという。11世紀末から12世紀初めの成立と思われる『続本朝往生伝』（大江匡房著）には早くも当寺の通称である「宝寺」の名が見える。また、藤原定家の日記『明月記』には建仁2年（1202年）に彼が宝積寺を訪れたことが記されている。天正10年（1582年）、天王山が羽柴秀吉と明智光秀が戦った山崎の戦いの舞台となり、その際宝積寺には秀吉の本陣が置かれた。直後秀吉により天王山に建設された「山崎城」にも取り込まれ、このため城は「宝寺城」とも呼ばれた。元治元年（1864年）には禁門の変で尊皇攘夷派の真木保臣を始めとする十七烈士らの陣地が置かれた。大正4年（1915年）には夏目漱石が当地を訪れた。漱石は、宝積寺の隣地に実業家・加賀正太郎が建設中であった山荘（現・アサヒビール大山崎山荘美術館）を訪れ、「宝寺の隣に住んで桜哉」の句を詠んだ。