ミッションモードの補足的な役割を持つ1人用のプレイモード。プレイヤーは主人公ジョアンナ・ダークを操ってキャリントン協会ビルの中を散策し、各部屋で射撃訓練やデバイスの使用練習、簡単な戦闘訓練、ホバーバイクの試乗などを行うことができる。資料室としての面も持ち合わせており、マップ内に設置されたいくつかのノートパソコンにアクセスすることで、ミッションモードの登場キャラクターやストーリー背景などの情報を閲覧することができる。キャリントン協会ビルはミッションモードの舞台にもなっているが、このモードでは戦闘に関する動作が制限されている。
2人でプレイする場合のプレイモード。ソロ・ミッションと同じ内容を、それぞれ主人公ジョアンナ・ダークとその任務遂行を阻む敵キャラクターの視点でプレイする。ジョアンナを操るプレイヤーはソロ・ミッションと同様の任務を達成することで、敵キャラクターを操るプレイヤーはジョアンナを倒すことで、それぞれこのゲームの勝者となる。プレイヤーが操作する敵キャラクターは何度倒されても別の位置で復活し、その体力や攻撃力はミッションの難易度に依存する。また、任意で自死できる「自殺薬」というアイテムを常備している。何度も復活を繰り返すと、最終的にはジョアンナ側のスタート地点から素手の状態で復活するようになる。
1〜2人でプレイする場合のプレイモード。ソロ・ミッションと同じ内容を2人のプレイヤーが協力してプレイする。ソロ・ミッション同様、それぞれの難易度についてクリアしたことを示す星印が表示されるが、協力ミッションでのクリア記録はソロ・ミッションのそれには反映されない。1人でのプレイも可能で、その場合は味方NPCがプレイヤーに同行する。コンバットシミュレータ同様、味方シミュラントに対しては簡単な命令を出すことができる。
前作との最も大きな違いは「シミュラント」と呼ばれる自律型のNPCをゲームに加えられるようになったことである。シミュラントは最大で8体まで追加することができ、プレイヤーキャラクターと合わせることで最大12体のキャラクターによる対戦を可能としている。この要素の追加により、前作同様の対人対戦のほか、シミュラントを相手にしたプレイヤー1人での対戦や、プレイヤー全員でチームを組んでのシミュラントとの対戦などといった遊び方が可能となった。シミュラントは「ノーマルタイプ」と「スペシャルタイプ」という2つの設定の組み合わせによってその能力が決定される。「ノーマルタイプ」は能力の低い方から順に「新人」、「弱」、「並」、「強」、「激」、「闇」という6つの段階でおおよその強さを決定し、「スペシャルタイプ」は「ノーマルタイプ」で設定した強さに追加する形で「神風タイプ」や「爆発タイプ」などの傾向、性質を決定する。ただし「スペシャルタイプ」は強いて設定する必要は無い。チームメイトとなったシミュラントに対しては簡単な命令を出すことができる。
あらかじめ設定された条件の下でシミュラントと戦うゲーム。全部で30種類のステージが用意されており、クリアしたステージの数によって対戦で使用できるルールやアリーナ、ウェポンなどが増えていく。前半は難易度が低く、対戦ルールを覚えるのに適した設定となっているが、終盤に近付くにつれて難易度が上がっていき、28以降はすべて闇タイプとの戦闘となる。
本作には全部で16種類の対戦用アリーナが存在する。前作に比べて縦横に入り組んだ複雑な構造のものが多く、落下するとゲームオーバーとなる奈落や、エレベーター、上下に動くパネルなどのギミックも組み込まれている。
1〜4人でプレイする場合の主なプレイモード。前作における「対戦モード」に相当し、対戦用アリーナの中で、プレイヤー同士、またはプレイヤーとシミュラントの混合で対戦を行う。ルールやオプション、アリーナなど、複数の要素の組み合わせによって幅広い遊び方が可能となっている。
1人でプレイする場合の主なプレイモード。プレイヤーは主人公ジョアンナ・ダークを操り、次々と与えられる任務を遂行していく。すべてのミッションには、簡単な方から順に「エージェント」、「アドバンスト」、「パーフェクト」という3つの難易度が設けられており、それによって任務の内容や敵の強さ、体力、命中率、敵の落とした銃から得られる弾の数などが変化する。ミッションをクリアした場合、それぞれの難易度についてクリアしたことを示す星印が表示される。スペシャルミッション以外のすべてのミッションを「パーフェクト」でクリアすると、敵の体力、強さ、命中力をプレイヤーが設定できる「スペシャル」が新たな難易度として出現する。ミッションの中には「ターゲットタイム」というものが設定されているものがあり、それを達成することで「チート」と呼ばれるオプションが追加されていく。ただしチートを使用した場合はステージをクリアしたことにはならず、これにより出されたベストタイムなども記録されない。
ストーリーや登場キャラクターに関連性は無いが、開発チームやゲームエンジンを受け継いでいることから1997年に発売された『ゴールデンアイ 007』の次回作と位置づけられており、2005年には、本作の主人公ジョアンナ・ダークが一人前のエージェントとなるまでの過程を描いた続編『パーフェクトダーク ゼロ』がXbox 360のローンチタイトルとしてリリースされた。北米ではゲームボーイカラーでも関連作品がリリースされている。版権はすべてレア社が所有している（レア社は2002年にマイクロソフト社によって買収された）。
本作品に変身ベルトは存在しないが、ベルト玩具が主要商品であることには変わりなく、和太鼓とバチをモチーフにしたDX音撃棒セットが発売された。当初の予定ではエレクトリックパーツを仕込んだバチでたたくと音が鳴る仕組みだったが、安全性や耐久性の面でバンダイの設計品質基準を充たせず断念。音源はバックル部分に移され、ベルトから外して太鼓とするギミックになった。だが今度は、太鼓をどこに取り付けるのかが問題となり、最終的に魔化魍につける形となった。太鼓は知名度の高い品物ではあるものの、子どもの憧れにはならなかった。開発者の森安信二は「音そのものに面白さが要求されていたのだと気付きました」「正直、楽器は難しいですね」と述懐している。ギター型のDX音撃弦セットは比較的人気があったが、これはモチーフの格好良さの影響だろうと森安は判断している。平面的な円盤から立体的な動物へと変形するディスクアニマルの玩具は、2005年度グッドデザイン賞を受賞している。デザインはプレックス社の菊地和浩によるもの。