勝舞、れく太、エスメラルダ、キュースマンの一行は途中で散り散りとなり、勝舞は何とかエジプトへ到着。そして、現地で出会ったデュエリストのホルス、ジェドと共に「楽園」と呼ばれている場所へ向かう。しかし、それは天帝トトがデュエルマスターを捕まえるための罠だった。勝舞はトトにデュエルを挑むも敗北し、敗北後に勝舞はれく太、エスメラルダ、キュースマンと再会。ジェドとホルスもトトによって強制的にデュエルさせられる。そんな中、れく太が偶然持っていた勝利のカードを勝舞は受け取り、それを使い新たなデッキを組み始める。ジェドに勝利したデュエルマスター・ホルスは、現れたザキラに捕えられる。勝舞は再びトトに挑み、エスメラルダはザキラと闘う。それぞれ勝舞とザキラが勝利するが、そこに現れたルートの協力でホルスとエスメラルダとトーイは救出され、勝舞達は日本へ向かう。
ザキラに敗れた勝舞は、さらに強くなるためスペインへ旅立つ。スペインで、死んだと聞かされていた父・勝利と再会。黒城とも再会しつつデュエルに敗北後、勝舞は地獄の特訓を開始。その頃ザキラはデュエルマスターのトーイを倒し、デュエルマスターの居場所を見つけ出し、アフターR（レボリューション）を各国に派遣する。修行中の勝舞と黒城の元にも、ザキラの送り込んだリッチ&シズカが襲い掛かるが、勝舞と黒城はこれを撃退。勝舞は次なるデュエルマスターを探すためにエジプトに向かう。直後、洗脳された白凰（ホワイト）が勝利の元にやってきて、デュエル中に呪いに倒れた勝利を倒す。
バトルアリーナで勝舞は不亞幽を倒し日本一のデュエリストになったが、決勝戦終了後、ボルメテウス・ホワイト・ドラゴンの覚醒と同時に、不亞幽の兄であるザキラが登場する。勝舞達は、幽が兄・ザキラに利用され悪事を働いていたことを知る。ザキラのやり方に激怒した勝舞はザキラの後を追いデュエルをするが、ザキラの圧倒的な力の前に敗北寸前に追い詰められる。そこへDr.ルートが登場し、ザキラは白凰の記憶を奪い逃走。勝舞とれく太は、白凰の記憶を取り戻すために旅に出る。
デュエルの神殿での修行を終えた勝舞は、赤ちゃんデュエリストのジョージと出会う。厳しい修行に耐えられないというジョージの話を聞いた勝舞は、ジョージの師匠のDr.ルートに挑むが敗北。勝舞は瀕死になり、Dr.ルートの手術を受けるも、自分の未熟さと敗北の恐さを知り、デュエルができなくなってしまう。しかし、白凰とジョージの言葉がその恐怖心を打ち砕く。その後は勝舞もDr.ルートのもとで、白凰やミミらと共に修行を開始する。月日は流れ、勝舞は白凰、ミミ、ジョージと共にバトルアリーナに参加。トーナメント出場を果たしたのは、勝舞、白凰、ミミ、黒城などの他に、バケツマン、不亞幽といった謎のデュエリストもいた。
日比谷公園には多くの樹木や四季折々の花々が園内に生育し、都会におけるオアシス的存在として多くの人々が訪れている。公園敷地のほとんどは江戸時代には大名屋敷地で、肥前佐賀藩鍋島家などが8家が屋敷を構えていた場所であった。明治維新によってこの地にあった屋敷は取り払われ、跡地は陸軍の練兵場として使われていた。練兵場は1892年（明治25年）に廃止され、1903年（明治36年）には本多静六の設計によって日本で初めての近代的西洋公園となる日比谷公園が開園した。「首かけイチョウ」と呼ばれるこの木は、日比谷公園の開園とともにこの地で創業したレストラン「松本楼」のテラス前にそびえ立っている。樹高は約20メートル、幹回りは約6.5メートルを測り、主幹は途中から2本に分かれて多くの枝葉を茂らせている。樹齢は推定で400年以上とされ、徳川家が江戸に本拠地を移した1590年代ごろに植えられたものと推定される。かつてこの木は、現在の日比谷交差点付近に生育していた。1901年（明治34年）、市区改正設計によって日比谷通りの拡幅工事が実施されることになり、この木は伐採されることになった。すでに払い下げ代金として49円が東京市に納付されていたため、伐採は時間の問題であった。その挽場に、たまたま出合わせたのが本多静六であった。本多はこの木の窮状を放置しておけず、東京市参事会議長星亨に面会を申し込んだ。本多は伐採中止を強く主張し、移植については自分が引き受けると申し出た。星は本多の主張に対して容易に許可を与えなかったが、本多は「一尺大のハンコを押して保証する」となおも食い下がり、星が「そんなハンコだけでは駄目だ」と返すと本多が「では私の首をかけよう」とまで発言した。星は本多の主張を受け入れて、この木の伐採を中止させた。そして納付済みの払い下げ代金は返却し、さらに移植費460円を支出して本多に移植を任せた。調査と準備については本多が担当したが、移植を請け負う業者がなかなか見つからなかった。4番目に声をかけた業者が、ようやく仕事を引き受けることになった。業者はまず木の生育場所から移植予定の場所までレールを敷設し、距離にすると約4丁（450メートル）を25日間かけて移動させた。この逸話から、「首かけイチョウ」と呼ばれるようになった。その後この木は日比谷公園内に根づき、移植前に切り詰められた主幹も高さを元通り回復するまでに成長した。しかし、1971年（昭和46年）11月19日、沖縄返還協定批准反対全国統一行動にあわせて過激派組織の投げた火炎ビンの被害を受けて松本楼が全焼した際に類焼し、黒焦げ状態に陥った。それでもこの木はイチョウの特性である耐火性を発揮して蘇り、翌年春には新芽を吹き出して生命力の強さを見せた。この木は2019年（平成31年）の時点では天然記念物等の指定を受けていないが、周囲はよく整備されている。日比谷公園内ではもっとも幹周の太い木であり、公園を代表する樹木として人々にも親しまれている。東京都心での「パワースポット」としても知られ、近くには日比谷公園開園時の面影をよく残すといわれるイチョウ並木も生育している。