学術以外での用法では定義が曖昧で意味が統一されていないという側面がある。懐疑的立場をとる安井至は、通常の化学でイオンは水溶液中の荷電粒子だが、大気電気学でのイオンの定義とは異なっているため、マイナスイオンを負の空気イオンとし、水溶液中には存在しないという立場をとるとしている。
2003年には、家電メーカー13社は「空気中の原子や分子が電子を得てマイナスに帯電したもの」というほぼ共通した定義を回答している。回答した13社（社名は当時）は、松下電器産業、松下電工、三洋電機、三洋エアコンディショナーズ、日立ホーム・アンド・ライフ・ソリューション、富士通ゼネラル、東芝コンシューマーマーケティング、東芝キャリア、三菱電機、シャープ、コロナ、タイガー魔法瓶、象印マホービンである。
『科学大事典第2版』では、大気中の負の電荷を帯びた分子の集合体であるとされている。国内の物理学分野では、陰イオンの意味で「マイナスイオン」が使われる例があり、例えば独立行政法人理化学研究所の分子動力学研究において「プラスイオン」、「マイナスイオン」という用語が用いられているほか、日本学術振興会総合研究連絡会議透明酸化物光・電子材料第166委員会でも結晶中のナノ構造に関連して「マイナスイオン」が用いられている。1985年の通商産業省の先端技術の紹介文献において、水溶液中のイオンの状態をあらわす用法としても用いられたことがある。科学技術用語としては負イオンが正しい用法である。
『大気電気学概論』では、健康問題との混同を避けるために以下のような記述がある。大気電気学では負イオン (negative ion) と呼ぶが、健康問題に関係するときはマイナスイオンと呼んでいるので、以下、この呼び方をする。また、正イオン (positive ion) のことをプラスイオンと呼ぶ。 — 日本大気電気学会編『大気電気学概論』コロナ社、2003年3月、初版、144頁。大気イオン自体は大気電気学分野の科学用語である。負の大気イオンの英名はnegative air ionsである。国内でマイナスイオン研究の主導的立場にある研究者らや、他の日本人研究者たちは、国内の学会において、負の大気イオンをマイナスイオンと呼んで生体・生物学的影響に関する研究発表を行っている（後述）。『空気マイナスイオン応用事典』では1996年以降の研究論文の題にマイナスイオンという言葉が登場する。1937年の医学書『内科診療の実際』に「大気イオン療法」の項では、Aeroanionの訳語として「空気陰イオン」と記されている。
禁門の変を理由に幕府は、第一次長州征伐（7月24日）を決行。同時期に英米仏蘭4か国艦隊の反撃に遭い、上陸され砲台を占拠された（四国艦隊下関砲撃事件）（8月5日）。同14日、長州藩は4国艦隊と講和5条件を結ぶ。その後、高杉晋作、木戸孝允らが藩政を掌握した。禁門の変での長州朝敵化に幕府の権威回復と錯覚し、1864年（元治元年）9月1日、参勤交代の制を1862年の改正（閏8月22日3年に1回出府などに緩和）以前に戻す。9月11日、大坂の宿舎で、西郷と勝が会合した。西郷は、勝から「共和政治」（雄藩諸侯の合議制による連合政権）について聞き、感心する。1865年（元治2年）5月16日、将軍江戸を出立し、閏5月22日に入京・参内、同25日大坂城に入城した。同年9月15日、将軍は大阪を発ち同月16日入京し、長州追討の勅許を奏請した。このような情勢下、1866年（慶応2年）1月21日、薩摩、長州ら政争を繰り返していた西国雄藩は坂本龍馬、中岡慎太郎の周旋により、西郷と桂との間で口頭の抗幕同盟が密約（薩長同盟）された。1866年（慶応2年）6月7日、幕府は第二次長州征伐を決行するが、高杉晋作の組織した奇兵隊などの士庶民混成軍の活躍に阻まれ、また、総指揮者である将軍・徳川家茂が7月20日に大坂城で病没するなどもあり、8月21日、将軍死去のため征長停止の沙汰書が出され、9月2日に幕長休戦を協定する。12月25日、天皇が疱瘡のため36歳で没する。諡（おくりな）を孝明天皇と定められた。折から幕法に反して京都に藩邸を置く諸大名を制御できず、京都の治安維持さえ独力でおぼつかない江戸幕府と、幕藩体制の根幹である「武士」の武力に対する信頼とその権威は、この敗北によって急速になくなっていった。薩長は、土佐藩、肥前藩をも巻き込み、開国以来の違勅条約に対する反対論と外国人排撃を主張、実行に移そうとする「攘夷」を、国学の進展などにより江戸時代後期から広がっていた国家元首問題としての尊王論とを結びつけ、「尊王攘夷」を旗頭に「倒幕」の世論を形成していった。14代将軍・家茂が没してから約4か月後の1866年（慶応2年）12月5日、将軍宣下式が挙行され、慶喜が15代将軍となった。この期間を「将軍空位期」と呼ぶ。慶喜は、早速幕府人事の改革に取り組み、若年寄りや老中などの幕閣を責任分担する制度に改めた。また、仏国駐日公使ロッシュの助言を参照し幕軍体制の近代化、外交権の掌握などを行った。一方、国内状況では、この年（1866年（慶応2年））、全国的に農民一揆・打ちこわしなど未曾有に多発・激化した。