前年12月の山陽鉄道買収に伴い、3月16日に時刻が改正される。新橋駅 - 神戸駅運行の最急行列車が所要時間を30分短縮した他、新橋駅 - 下関駅を結ぶ急行列車が再び登場した。国有化に備えた各私鉄でのダイヤ改正もあちこちで行われ、例えば1906年（明治39年）11月1日に国有化された日本鉄道ではそれに先駆けた4月16日に同鉄道初の急行列車を上野駅 - 青森駅（海岸線、後の常磐線経由）と上野駅 - 仙台駅（現在の東北本線経由）に設定し、上野駅 - 青森駅ではそれまでの各駅停車よりも2時間半速い下り19時間50分・上り19時間35分で結んだ。1907年（明治40年）4月1日に国有化された九州鉄道でも、それに先立つ1906年（明治39年）5月10日に「最大急行」と称した速達列車を門司駅（後の門司港駅） - 八代駅と門司駅 - 長崎駅にそれぞれ1往復ずつ設定している。鉄道国有法に伴う17社国有化は、1907年（明治40年）10月1日の関西鉄道・参宮鉄道を持って終了し、以後国有鉄道主導での全国一元的な輸送体制の確立が図られていくことになる。
この年5月27日・5月28日の日本海海戦で、日本の連合艦隊はロシアのバルチック艦隊に勝利し、この結果同年9月にポーツマス条約が結ばれたことで、1年におよぶ日露戦争が終結した。それに先だつ8月1日のダイヤ改正では、山陽鉄道に直通して新橋駅 - 下関駅を結ぶという画期的な長距離急行列車が新設された。しかし時期尚早であったか、僅か3ヶ月で消滅している。
この年2月10日に日露戦争が勃発し、それに伴う形で鉄道も兵員・軍需輸送を優先する「臨戦態勢」へと突入することとなった。その4日後になる2月14日実施の改正では東海道線の急行が全て各駅停車へ格下げされ、全線の所要時間は26時間余りを要するようになった。戦局の状況に応じて以後も改正が繰り返され、7月26日 - 9月23日には一時的に全区間を19時間余りで走る急行が復活している。
1900年（明治33年）4月8日に山陽鉄道が日本初の寝台車運行を開始したが、これに半年遅れた10月1日、官営鉄道東海道線の急行列車にも寝台車が連結開始された。1901年（明治34年）12月15日にはこれまた山陽鉄道（1899年5月25日）に2年半遅れて食堂車が連結開始されるなど、山陽鉄道と競い合う形で官鉄でも旅客サービスの向上が推し進められていった。そのような状況で同年1月20日に実施された改正は山陽鉄道と足並みを揃えて同時に行われ、東海道線の急行列車は昼行が上下とも全区間の所要時間を15時間とし、夜行も下りが15時間20分、上りが15時間15分と、約2時間もの速度短縮が一気にはかられている。
1897年（明治30年）11月に等級の呼び名がそれまでの上等・中等・下等から一等・二等・三等へ変わった。鉄道網の整備が進められると同時に、次第に旅客輸送に「サービス精神」も見られるようになっていったのである。この年8月1日実施の改正では東海道線に夜行急行列車が設定され、急行が2往復になった。また、新橋駅 - 横浜駅を無停車で走り38分で結ぶ短距離急行も2往復新設されている。山陽鉄道でもこの時同時に改正が行われ、急行列車の速度を大幅に向上させるとともに、それ用の客車は高速運転に適したボギー台車装備の大型車に全て置き換えられた。加えて列車給仕（列車ボーイ）を急行に乗車させるようになり、電灯を取り付けるなど、旅客サービス面も含めて全国の鉄道に先駆けた施策が次々に施されるようになった。これには瀬戸内海航路との競合があったことが一因であると言われている。官営鉄道もこれを追いかける形で同様の施策を行った。
官営鉄道初の急行列車が、この年9月1日のダイヤ改正により山陽鉄道に刺激された形で新橋駅 - 神戸駅に設定される。品川駅・横浜駅・大船駅（下りのみ）・国府津駅・沼津駅・静岡駅・浜松駅・豊橋駅・大府駅・名古屋駅・岐阜駅・大垣駅・米原駅・草津駅・馬場駅・京都駅・大阪駅・三ノ宮駅と停車駅を絞り、同区間を下りが17時間22分、上りが17時間9分と、それまでより2 - 3時間もの短縮が図られた。
大客殿は1964年春、第66世日達の代に僧俗の寄進により「法華本門大客殿」として再建された。安置本尊は御座替本尊で、大導師席の配置もほぼ同じであった。建物は当時としての最新土木建築技術により、鉄筋コンクリート5階建てで、1階はピロティー、2階は下足室、3階は5階まで吹き抜けの630畳の大広間だった。構造は鉄筋コンクリート二重シェル構造、11,500tの屋根を四隅の空洞の柱で支えるものだった。地震に対しての強度も震度8でも充分耐えられるよう設計された。大客殿は、完成した昭和39年（1964年）度の日本建築学会賞、さらに翌年、建築業協会賞及びBCS賞に輝いた。設計は後に正本堂を設計した横山公男。建設準備にあたっては、諸国より建設資材として大理石やカナダ・ヒマラヤ杉、コンクリートの砂にはガンジス河の砂を使用した。ピロティーのホール壁面には見るも勇壮な気持ちになる陶壁「鳳凰」（高さ3m、幅12m）が飾られていた。これは日本画壇の最高峰・加山又造が下絵を描き、陶芸家・加藤唐九郎が制作したという現代日本を代表する芸術家の合作だった。大客殿広場には噴水が設置され、参拝者をなごませたと言われる。その後、平成7年（1995年）1月の阪神・淡路大震災を契機に建設関係者による耐震診断が行われ、東海地震が発生した際に倒壊の危険性が大きいことを指摘され、同年9月に本尊を大講堂へ遷座、大客殿を解体し現在の客殿の建て替えに踏み切った。