2017-2018シーズンを前に、2017年6月1日にトヨタ自動車 に入社した。ショートに『四季  協奏曲第4番 「冬」 』、フリーは2季ぶりに『トゥーランドット』を使用することを自身の公式サイトで発表した。初戦のベルガモで開催されるロンバルディア杯に出場。ショート・フリー・トータルスコアの全てで自己ベストを更新。フリーでは実戦で初めて4回転サルコーを成功させるなど5度の4回転ジャンプを全て着氷し、2連覇を達成した。グランプリシリーズ初戦のスケートカナダで優勝。フランス杯ではインフルエンザの発症によって休養を余儀なくされ体調不良の中、2位となる。昨季のプランタン杯から5戦続いていた300点超えは5大会連続で途絶えたが、12月の地元・名古屋市で開催されるグランプリファイナルの出場を決めた。グランプリファイナルのショートは3回転アクセルを転倒しながら100点越えで2位（101.51点）。フリーでは今季初戦のロンバルディア杯で成功させた4回転サルコーを2大会ぶりに投入して成功させたものの、冒頭の4回転ループと後半の4回転トーループを失敗。SP1位だったネイサン・チェンにも多くのミスがあり、FS1位（184.50点）となったが、総合では0.5点の僅差で2位。グランプリファイナル3季連続となる表彰台で自身の最高位。演技中には気付けなかったが、規定の範囲内であと1回ジャンプすることによりチェンの得点を上回ることは可能だった。全日本選手権では2連覇を達成し、オリンピック代表に初選出された。四大陸選手権ではこのシーズン苦しむ4回転トーループを修正し、フリー後半で二本決め、オリンピック前最後の実戦で2位となった。
四大陸選手権では、SPで史上4人目となる100点台をマークすると、FSでは試合で初挑戦となる4回転ループに成功し、フリップ、トーループもまとめ、自身初の3種類4本の4回転ジャンプを着氷に成功したが、トリプルアクセル2本とも失敗。総合では自己ベストの288.05点を出したが、さらにミスの少なかったネイサン・チェン、羽生結弦には届かなかったものの総合3位。ISUの選手権大会では初の表彰台となった。2週連戦となる札幌冬季アジア大会ではSP2位発進。フリーで188.84点、合計281.27点で逆転優勝を飾る。。3月にはルクセンブルクで行われたプランタン杯に出場。主要国際大会でないため、非公認記録になるがSPで104.31点でトップに立ち自己ベストを4.03点上回るスタート。続くフリーでは、冒頭の4回転ループで転倒したが、その後はほぼミスのない演技で199.37点で1位となり、合計303.68点で優勝した。続いてヘルシンキで開催された世界選手権に出場。ショートでは、全てのジャンプを成功し、自己最高となる104.86点で四大陸選手権で出した自己ベストを4.58点更新。冒頭の4回転フリップ、続く4回転－3回転の連続トーループは出来栄え評価で1点以上の加点を得た。首位のハビエル・フェルナンデスとは4.19点差の2位となる。逆転をかけたフリーは冒頭の4回転ループを着氷させて勢いをつけ、4回転フリップへとつなげた。続く3回転ルッツでバランスを崩したがその後に響かせることもなく滑りきったり、フリーでは214.45点となった。トータルスコアはシーズンベストとなる319.31点。合計では自己ベストを31.26点も更新。その結果、準優勝を飾り銀メダルを獲得。世界選手権で初めて表彰台に登った。また、同大会は翌年の平昌オリンピックの代表枠を決定する大会でもあり、この結果を受け、同大会に出場した羽生結弦との合計ポイントは3ポイントという出場国最高のポイントに。平昌オリンピックの最大代表枠3枠の獲得に大きく貢献を果たした。シーズン最終戦の世界国別対抗戦ではSP1位とFS2位を獲得しチーム日本の優勝に貢献した。総合得点では男子シングル全選手の最高得点となる302.02を獲得した。このシーズンで出場した全試合での表彰台を制覇しシーズンを終えた。
2016-17シーズン、初戦のロンバルディア杯で優勝。ジャパンオープンでは、参考記録ながら200点に近い198.55点をマーク。チーム日本の優勝に貢献した。スケートアメリカでは、FSで3度の4回転ジャンプを成功させ優勝した。ロステレコム杯では2位となり、2年連続のグランプリファイナル進出を決めた。グランプリファイナルでは、ショートプログラムでは時差調整に苦しみ4位発進も、フリースケーティングでパーソナルベストを更新し2年連続の3位となる。全日本選手権では初優勝を飾る。その結果、世界選手権、四大陸選手権、アジア冬季競技大会の代表に決まった。
1892年、ニューヨーク市立大学がシェパードに法学修士号を贈り、オマハ大学が法学博士号を贈った。1893年1月11日、シカゴ万国博覧会の下院委員会で、日曜日すなわち安息日は博覧会を開かないよう、委員を説得するための演説を行った。1891年9月7日、シェパード自身は博覧会の間の6か月間、オーディトリアム・ホテルで委員会のために16室を予約するために25,000ドル（$65.8万 現在価値）を遣った。シェパードは1893年3月24日午後にマンハッタンの自宅で思いがけなく死んだ。2人の医師がシェパードから膀胱結石を取り除こうとしていた。午後12時45分にエーテルを処方した。数分間、シェパードは反応しないように見えた。その後まもなく顔色が変わり始め、呼吸と脈が衰えた。エーテルの投与が止められたが、手術を継続するために十分なエーテルがまだ与えられていなかった。シェパードの容体が再度悪化し始めた。医師たちは食物か吐しゃ物が気管あるいは気管支を閉塞させているのではないかと疑った。医師たちは続いて酸素を投与して、一時的に良くなったが、午後4時、脈が着実に弱くなり、意識を失い、午後4時10分に死んだ。死因は肺水腫であり、肺のうっ血だった。エーテルの投与後は死因不明だった。シェパードはモラビア墓地の一族廟に埋葬された最初のヴァンダービルト一族だった。1894年11月17日、娘の一人、妻、その兄弟であるジョージ・ヴァンダービルトが、シェパードと娘のフローレンスの遺骸を新しいシェパード家の墓に移葬するのを監督した。シェパードの財産には10万ドルのタルスス・アメリカン・カレッジ基金、不動産85万ドルと動産50万ドルがあり、合計135万ドルだった（$3556万 現在価値）。その遺志により金と土地は妻、子供たち、弟のオーガスタス、宗教組織に分けられた。ニューヨーク市立大学やニューヨーク大学のエリオット・F・シェパード奨学金など多くの奨学金や懸賞の資金を残し、弁護士アーロン・J・ヴァンダーポールの図書館からニューヨーク大学法学校に膨大な量の蔵書を寄付した。シカゴの出版者ホレス・オドノヒューの妻が、シェパードの訃報を4日後に読んで聞かせたとき、オドノヒューは剃刀を取り上げて喉を切った。その自殺は当初衝動によるものと考えられたが、後にオドノヒューがシカゴの出版社に大きな負債を追っていたのが理由らしいと分かった。