三一の二乗に移譲したアフランシ・シャアによって、ズィー・機関は終息を宣言された。そして、アフランシは古い殻を忘れる為、組織名と艦名の変更に着手する。改名案として大天使「メタトロン」と同じ数字である全能神「シャダイ」を挙げたが、メンム・ケイレン艦長により「シャダイでは尊大すぎる」として、組織名はメタトロン機関に、三一の二乗の戦艦部分をマザー・メタトロンと改名した。
メタトロンは、宇宙に「三十一」と呼ぶ基地（ベース）を3つ持ち、それぞれ「三十一の一乗」、「三十一の二乗」、「三十一の三乗」という暗号名をつけて呼んでいる。ヘブライ語では、全能の神シャダイは「三一四」という数字になる。天使メタトロンは、シャダイと同じだけの力を持っているから敬われる対象になる。ズィー・機関は、「三一四」の略号の「三一」を使って、その数字に一乗、二乗、三乗と乗数を付けて違う基地（ベース）を表していた。何故そのような暗号を使うかといえば、イスラムが神という単語を書くことを禁じているように、神聖な言葉を捨てるかもしれない神に書くのは畏れ多いという考えから来ているのだと、ウル・ウリアンは推察していた。
小説版『ガイア・ギア』におけるメタトロンの改名前の名前、ラジオドラマ版には登場しない。劇中ではズィー・機関(オーガニゼーション)とも呼ばれる。この組織の名称の由来は、ズゥイ・ジオンを志したコード・ネームであり、シャアがジオン公国消滅後に父親のジオン・ズム・ダイクンの志を遂げようとして起こした秘密結社ネオ・ジオンとは、関係をもたせようとは思ってないとミランダ・ハウの口から語られた。
メタトロンは、反地球連邦政府運動の組織。人類全体を管理運営する地球連邦政府の内部腐敗を指弾し、疲弊した地球を『聖域』にして、人間を下ろすなと語ってきた。スペース・コロニー開拓時代の尖兵になった人々が糾合して、組織が成立した。そんな廃物利用に似た成立を持つ組織だが、スペース・コロニー時代では、膨大な資材と資産を外宇宙（この場合の外宇宙とは、地球の軌道の外、月軌道の外という程度の意味である。）に浮遊させていた。組織の中枢で働く人々は、かつてシャア・アズナブルが語った絶対理想に共感する人々である。その細部をいえば、シャアの遺伝子といわれるものを再生した「シャア・コンテニュー・オペレーション」を実践したグループである。彼等は歴史に語られる反乱分子のジオン公国とは関係がなく、純粋にシャアの意思を再現して、次の良き世紀を構築する夢に取り憑かれた人々とも言える。そんな彼等、組織のトップの老人達は、宇宙世紀200年台にはメタトロン活動の専従者となって生活をしており、保守的になってしまっていた。メタトロンの構成要員はかつてスペース・コロニー時代の初期に、スペース・コロニーの独立を画策したジオン公国の信奉者達、それ以外の主義者や組織の信奉者がいる。そんな体制だから、派閥が芽生え、保守の温床となるのは組織の通癖なのである。ラジオ・ドラマ版のみ、ヨーロッパ方面に展開するメタトロンの一組織としてユーロ・メタトロンが登場する。。マン・マシーンは所持しておらず、保有している艦艇ヴァルキュリャで普段は諜報活動などに従事しているようである。作中では本隊が地球降下した後に合流し、補給活動や整備に活躍した。
テリー・ボガードの義弟。テリー同様、捨て子であったがジェフ・ボガードに養子として育てられた。そのテリーには一度も勝てないでいる。2人は兄弟として育ちながらも格闘スタイルは異なり、兄のテリーはマーシャルアーツ+喧嘩殺法なのに対して、弟のアンディは骨法を使う。これはテリーに体格で差をつけられていることが理由で別のスタイルを探した結果、日本の骨法に辿り着いたという。『リアルバウト餓狼伝説スペシャル ファンブック』のストーリー解説では、テリーと共にタン・フー・ルーに師事していた頃、体格差もあって実力が伸び悩んでいたアンディを心配したタンが後述の不知火半蔵に相談し、アンディを気に入った半蔵が日本へ誘った、とされている。骨法の師は『餓狼伝説2』（以下『餓狼2』と表記）から登場した不知火舞の祖父・不知火半蔵であり、その縁で舞とは恋人同士になった。彼女に執拗に結婚を迫られるが、アンディは「自分は未熟で修行中の身、結婚なんてまだ早い」と考えているため、未だに進展がなく、その求道的な考えが舞をヤキモキさせる一つの要因となっている。『餓狼2』の時点で師匠の半蔵が死去。『餓狼伝説3』（以下『餓狼3』と表記）と『リアルバウト餓狼伝説』（以下『RB餓狼』と表記）では忍者のようなスタイルになり、『餓狼3』以後は必殺技が不知火の焔を纏うようになった。これは、不知火流を継承するに際し、不知火流忍術は舞、忍術から派生した不知火流体術はアンディがそれぞれ継承者となったためであり、不知火流体術には派生元である忍術の名残があるからとされる。『餓狼3』のエンディングではギース・ハワードと戦った際に無理をしたらしく、吐血している。『餓狼 MARK OF THE WOLVES』にはアンディ自身はプレイヤーキャラクターとしては登場していないが、弟子の北斗丸のエンディングで姿を見せる。『リアルバウト餓狼伝説スペシャル 』（以下『RBS』と表記）で隠しキャラクターとして登場したEXアンディ・ボガードは、他のEXキャラクターと違いアンディ本人ではなく、アンディの影であると当人が語っている。また彼の弁によれば、「不知火流には光と影が常に存在する」という。一人称は基本的に「僕」だが、『餓狼3』など一部の作品（一人称が定められる以前）では「私」または「俺」になっている。またテリーの事も「兄さん」、または「兄貴」と呼んでいる。キャラクターのモデルは俳優のアンディ・ガルシア。