2000年に胃癌を発症し手術を受けるが、肝臓・脊髄にも転移し、2002年の通常国会閉会後、茅野市の自宅で自らが普及に尽力した在宅の末期処置を受けながら、同年9月1日死去。葬儀には山本義隆も参列し、友人代表として「普通の人の三倍の人生を生きた」と弔辞を述べた。晩年や葬儀の模様は鎌田實の著書『あきらめない』に詳しく紹介されている。安田講堂事件の際総長代行だった加藤一郎とは、今井らが立て籠もった安田講堂総長室の電話を通じて接触を持った縁があり、後年今井の著書の出版記念パーティーには加藤が出席して話題となった。今井の死去に際しては、加藤の実娘で民主党の同僚議員となっていた小宮山洋子も追悼文を寄せている。没後の2008年、家族の手で服役当時の日記を中心とした遺稿集『たちまち日記 今井澄 獄中日記・往復書簡・草稿』が刊行された。2009年1月には、安田講堂事件40周年を機にNHKアーカイブス特集「"あの日"から40年 安田講堂落城」がNHKで放映された。この中には事件10年後の今井の姿や2001年の葬儀の模様、没後に今井について取材された内容が含まれている。
1992年、日本社会党から参議院議員選挙・長野選挙区に立候補し当選。後に民主党に移り、1998年の参議院選挙では比例代表区から当選。参議院では決算委員長・厚生委員長を歴任。
当初は都内の医療機関に勤務したが、その後長野県に移り、1974年に茅野市の公立諏訪中央病院に赴任する。この間、1977年には安田講堂事件の判決が確定し、静岡刑務所で服役する。1978年3月に刑期を終えた後、1980年に40歳で諏訪中央病院の院長に就任。1988年に院長を鎌田實に譲る。
この小型かつ簡素な外見をした航空機の重要な装備は、非常に狭く、相当に重防御なコックピットだった。また翼根部にわずかな数の弾薬と30mmMK 108 機関砲2門を装備していた。降着装置が離陸後に投棄されることになっており、この飛行機はその後スキッドを用いて着陸した。戦時の優先事項に起因し、胴体部分は戦略物資を使わずにすませるため、全て木製構造とされた。この飛行機はまた、非熟練労働者でも短時間に製作できるよう設計されていた。この航空機はメッサーシュミット Bf109に牽引されることとなっており、連合軍爆撃機のコンバットボックスの上方で切り離された。いったん切り離された後、この機は敵の爆撃機編隊へと鋭い角度で滑空をおこなった。短い攻撃時間中にBV 40は自らの兵装を発射し、地上へと滑空して帰還した。滑空機の後方にケーブルをつけて爆弾を携行するというアイデアがいくらか考察された。エンジンを搭載せず、機の前方部分に操縦士を伏せの姿勢で配置したことで機の横断面積がより減らされており、爆撃機の銃手がBV 40に命中を加えることは難しくなった。初飛行は1944年5月に行われた。幾つかの試作機が完成したものの、戦争の終結が近づいたため、計画は年内に中止させられた。この作戦特有の他人頼りな航空機が操縦士に与える潜在的な危険性から、BV 40はしばしば特攻兵器とされているが、しかしそのような意図は存在していない。
後進の育成にも力を入れているほか、学界と政策現場との橋渡し役をも担っており、さらに日本経済新聞「経済教室」に寄稿するなど現実の政策課題に対する情報発信も行っている。藤田昌久 (京都大学名誉教授) は川口の研究について、1. 欧米の最先端の研究を踏まえた上で日本の現実を考慮した緻密な計量実証分析、2. 政策への強い関心、3. 研究者ネットワークの幅広さ、の三点を特徴として挙げている。
ツヴィングリはチューリッヒ市で達成された改革を、他のスイス諸都市にも波及させようとしたが、さらに急進的な改革を求めるグループ（後のアナバプテスト）や神学理解で溝が広がっていたルター派と対立することになった。政治的にもこの時期、スイス国内の諸州はカトリック教会支持派とプロテスタント支持派に分かれて対立姿勢を示し始めていた。もともとスイス連邦は中央集権的な連邦制度ではなく、諸州がゆるやかに統合されている政治形態であったため、チューリッヒに始まったプロテスタンティズムの波及はスイス諸州間の対立をもたらすことになった。当初、対立関係を話し合いによって解消しようという努力が行われた。カトリック側の森林五州とフリブール州の呼びかけでバーデンに当事者たちが集まり、対話を行った。ツヴィングリ自身は出席しなかったが、カトリックとプロテスタント双方の意を尽くした議論でも問題を解決することはできなかった。討論自体はカトリック側の優勢で終わったが、それとは関係なくバーゼルとベルンで改革が進められた（バーゼルに滞在していたエラスムスはカトリックから離れていく改革を受け入れられず、1529年に同地を去った）。さらに1528年に行われたベルンでの討論会では、プロテスタントの代表が集まって信仰理解について議論を行った。ツヴィングリはルター派との溝を深めたが、スイス盟約団のプロテスタント諸州による同盟「キリスト教ブルフレヒト」の結成という成果を見た。これを危ぶんだカトリック諸州とフリブールは対抗して1529年に「キリスト教連合」を結成した。武力衝突の危険性が高まったが本格的な武力衝突の危機は第一次カッペル和議によってなんとか回避された（第一次カッペル戦争）。そのころドイツのヘッセン方伯フィリップはカール5世を打倒すべくプロテスタントによる大同盟の結成を構想、ツヴィングリたちも引き入れるため、対立していたツヴィングリとルターを和解させようと考えて会談の場を提供した。1529年10月、ツヴィングリとルターの2人は不承不承ながらマールブルクで対談を行った。しかし聖餐理解において決裂し、会談は物別れに終わった。自らの力を頼むところが多かったツヴィングリは、当時チューリッヒとベルンが主導権をとってスイス全域を支配できると考えていた。しかし、同盟者を必要としないツヴィングリの態度を危惧したベルンはチューリッヒから離れた。それでもツヴィングリは意に介さず、カトリック諸州の経済封鎖を行った。