2001年にエニックス（後のスクウェア・エニックス）『月刊少年ガンガン』にて『フラッシュ!奇面組』が連載開始（この際、タイトルロゴは変更されている）。留年直後の中学3年生から再度描き直されているが、服装や一部のキャラクターの髪型などが現代風にアレンジされるほか、ストーリーなどにおける設定変更が行われている。また、高校進学後の流れは現実より遅くなっている。しかし新沢の健康状態から休載が多く、2005年6月号を最後に連載は途絶えた。単行本もガンガンコミックスとして3巻まで刊行されたが、2005年6月号掲載の「秋はやっぱり○○の秋!?の巻」は単行本未収録となっている。
一方で、上記の『帰ってきたハイスクール!奇面組』の際に使用された原稿が丸々紛失されるというトラブルが発生し、それに対する編集者の態度に激怒した新沢は、2003年に原稿料と慰謝料合わせて610万円の損害賠償を求めて係争を起こした。なお、その紛失したといわれる原稿については掲載された各誌発行の際の印刷時に保存されていたデータから復元し、後日集英社から単行本として一括掲載されている（後述）。
1987年7月6日発売の『週刊少年ジャンプ』30号掲載分「さらば奇面組の巻」をもって、『3年奇面組』以来7年近く続いた『ハイスクール!奇面組』の連載は終了した。この最終回のラストシーンは、社会人になった唯が出勤途中で偶然（?）通りかかった零の自転車に乗せてもらっているところで、いつの間にか一応中時代に戻っていた、というものであった。そして唯の「『奇面組』は自分の空想だったのかもしれないが、彼らはきっといると信じたい」という旨のモノローグが添えられつつ、千絵と校舎の廊下を歩いているカットでストーリーが終わっているため、連載終了後に読者から「夢オチはひどい」「今までの話をなかったことにするのか」などといった抗議が多く寄せられることとなった。これに対し、新沢はのちに雑誌インタビューにて「正直、（あの最終回を）夢オチと言われるのは心外」と語っている。また、新沢は『帰ってきたハイスクール!奇面組』において、「最後は（空想なのか、正夢なのか）どっちとも取れるように描いたつもりだったんですが、悪いふうにしか取られなかった。愛蔵版の単行本では、描かないとわかりにくいかなと思って走ってくる零くんの影を描き足した」とも語っており、平成になってから発売された愛蔵版および文庫版の最終回では、ラストのコマに『3年奇面組』第1話の冒頭と同様にトンカツをくわえて廊下を駆けてくる一堂零のシルエットが加筆されている。なお、アニメ版については原作終了後の1987年9月26日まで放映された（後述の「アニメ版の終了」の項を参照）。
永禄3年（1560年）8月26日、里見義堯からの救援要請をきっかけに、謙信は越後勢8000余りを率い北条氏康を討伐するため出陣。三国峠を越え10月初旬、上野に侵攻すると沼田城を攻略、城主北条氏秀(沼田康元）を追うと、岩下城、続いて厩橋城を落とす。謙信は厩橋城を接収し関東攻めの拠点とすると那波氏の居城・那波城を攻略、更に武蔵に南下して羽生城も陥落させた。一方、北条氏康は里見義堯の久留里城を包囲していたが、上杉軍の襲来を知り河越城を経由し、9月下旬頃松山城に入る。上野・武蔵の諸将は、旧主である憲政および関白・近衛前久を奉じ、圧倒的な軍事力を見せる謙信のもとへ参集した。対して、常陸・下野の反応は鈍く、謙信は29日、龍渓寺にさらなる説得を依頼している（謙信公御年譜・上越市史218）。太田資正にも正木時茂と原胤貞の抗争の仲介を依頼した（上杉家文書）。しかし親北条氏の家老原氏の原胤貞が実権を掌握している下総の守護千葉氏の惣領千葉胤富は古河の北条氏に援軍を送り、のちに和議を申し入れて謙信の関東管領就任式に参列したものの、上杉軍に加わることはなかった。『小田原衆所領役帳』に記載された他国（伊豆・相模以外）衆からの離反が相次ぎ、北条氏の擁する古河公方の足利義氏からの諸将への要請も奏功せず、謙信の進撃の前に劣勢に立たされた氏康は、同盟する武田信玄に援軍と背後からの牽制を要請。さらには今川氏に救援を求めると、今川義元を織田信長に討ち取られた直後で混迷の中にも関わらず今川氏真は河越城等に援軍を派兵する（仏厳寺文書・小倉文書他。しかし謙信率いる遠征軍の勢いは止まらず、氏康は、松山城から小田原城へ退き、篭城策を選択する。12月初旬、上杉軍に河越城、古河御所といった重要拠点を包囲され、古河公方の足利義氏をはじめ北条方の支城では、玉縄城の北条氏繁、滝山城の北条氏照や河越城の北条氏尭も篭城に徹した。永禄4年（1561年）謙信は厩橋城で年を越した。2月になると越後に残っていた直江実綱も関東に召集された（上越史253）。そのまま上野から侵攻し、関東公方の在所である足利義氏の本拠地・古河御所を制圧、2月下旬に武蔵松山城に着き、同27日鎌倉鶴岡八幡宮に勝利の願文を捧げたのち（妙本寺文書・上越史259・260・263）、海沿いを進撃。藤沢、平塚を経由し小田原に攻め込んだ。