はじめプラハのユダヤ人は居住の自由や商業活動の自由が認められていたが、1215年の第4ラテラン公会議の影響により厳しい制限が課せられるようになり、プラハのユダヤ人はユダヤ人通り以外で暮らすことはできなくなった。ボヘミア王オタカル2世は1254年に「ユダヤ人法」 (Statuta Judaeorum) を制定した。これによりプラハのユダヤ人はキリスト教徒との接触を制限される一方、ユダヤ人共同体には行政権や裁判権などでかなりの自治権が認められた。ユダヤ教の信仰は保証され、金融業も許可された。またユダヤ人は「王庫の従属民」たる地位を確立し、国王から保護を受けた。ユダヤ人やその財産への攻撃は国王に対する攻撃と見なされ、厳重に罰せられた。こうした保護の見返りとしてプラハのユダヤ人共同体はボヘミア王にユダヤ人税を支払い、また王の求めに応じて融資を行う義務を負った。このユダヤ人法は後継のボヘミア王たちにも原則として承認され続け（ただし国王の交代ごとにユダヤ人は莫大な献金を行って保護の更新を求めねばならなかった）、18世紀にいたるまでボヘミアのユダヤ人に関する法律の基礎となった。しかしそれでも実際にはプラハのユダヤ人はたびたび迫害を受けた。
プラハにユダヤ人の存在が記録上はじめて確認されるのは960年代である。以降ユダヤ人商人がプラハ集まってきたことで10世紀末にはプラハにユダヤ人居住区が形成された。ユダヤ人居住区は第1回十字軍による破壊や大火による焼失を経て4度場所が変わった後、12世紀後半ころには今日「ヨゼフォフ」と呼ばれているヴルタヴァ川右岸の旧市街市場近くの地域に形成されることとなった。以降プラハのユダヤ人は近代までここで固まって暮らした。13世紀のヴァーツラフ1世の時代に分散的になっていたユダヤ人居住区が一つの街にまとめられていき、「ユダヤ人通り」 (Platea Judaeorum) と呼ばれる地域となった。さらに17世紀からは「プラハのゲットー」と呼ばれるようになった。そして18世紀末以降に「ヨゼフォフ」と呼ばれるようになった。1270年頃には「旧新シナゴーグ」が建設された。このシナゴーグは孤立して建てられていたため、ゲットーでしばしば発生した火災にも巻き込まれず、今日まで現存している。「旧新」と呼ばれているのはこのシナゴーグが13世紀に建てられた部分と16世紀に建てられた部分の二つから成っているためである。旧新シナゴーグは現存するヨーロッパの最古のシナゴーグと言われている。この旧新シナゴーグにはラビ・レーヴのゴーレム伝説が残る。ラビが呪文を唱えると泥人形に魂が吹き込まれてゴーレムとなり、虐げられるユダヤ人を守るために夜な夜なプラハの街で暴れまわる。使命を終えたゴーレムは泥人形に戻り、今も旧新シナゴーグの屋根裏部屋で眠っているというものである。
ヨゼフォフ (Josefov) は、チェコ共和国の首都プラハの行政区域の一つ。かつてユダヤ人のゲットーだった場所として知られ、神聖ローマ皇帝・ボヘミア王ヨーゼフ2世の名前に因んで18世紀末以降「ヨゼフォフ」と呼ばれるようになった。
朝鮮出兵においては小早川隆景率いる六番隊として渡海し、全羅道の攻略を担当。占領地の支配も行った。この間、「夏に酒を冷やす蔵まである」と朝鮮の兵糧の豊かさに驚嘆する文書を送ったり、現地の子供を集めいろはを教え、髪型を日本風に変えさせ召し使うなどの活動が散見する。戦闘にも参加しており、忠清道で決起した趙憲・霊圭らの私軍を立花宗茂とともに錦山に撃破し、両名を討ち取っている。
天正13年（1585年）1月、毛利氏が秀吉に正式に臣従する際の交渉を務めて、秀吉から賞賛された。このころすでに秀吉側近となっていた恵瓊は四国征伐後、伊予国和気郡に2万3,000石を与えられ、天正14年（1586年）の秀吉の九州征伐後は6万石に加増され、僧でありながら豊臣大名という異例の位置付となった。恵瓊本人の禄ではないが、安国寺にも天正19年（1591年）1万1,000石の寺領が与えられている。また、恵瓊は秀吉の側近も兼ねることとなり、天正13年12月7日には九州征伐に先立ち黒田孝高・宮木宗賦とともに大友氏・毛利氏の和睦締結、九州諸将への指示伝達のため九州に派遣されるなどしたほか、秀吉の命令で行なわれた検地、厳島神社の千畳閣など作事の奉行を務めている。武将としても小田原征伐に兵を率いて参陣し、天正18年（1590年）3月には脇坂安治、長宗我部元親と共に清水康英が守る下田城を攻め、1ヶ月の籠城戦の後これを陥落させている。このとき内陸の横川に対して制札を出し、水軍将兵の同地での乱暴狼藉を禁じている。
岡本義政の父義保の時代、那須の蘆野領主蘆野資泰に跡継ぎがいなかったので、資泰は義保に、義保の次男万吉に養子縁組を申し入れ、義保もこれを受諾し、いったんは養子縁組の話が成立した。しかし、資泰の家臣たちはこれに反対し、資泰の飛び地領である芳賀郡赤羽村の庄屋の娘との間に出来た庶子（男子）を跡継ぎにするべきとして、資泰はこれを受け入れ、この実子を芦野左近（蘆野資俊）と名乗らせ後継とし、岡本家との養子縁組の話を一方的に破談にしてしまう。これに激怒した義保は、岡本家と万吉の面目を立てるため、同じく男子がいなかった弟の保真の娘と万吉を結婚させてその跡継ぎとし、万吉には、義保の領地より1000石を分地して持たせ、保真の領地の1000石と合わせて2000石の江戸詰の旗本にして、資泰を見返そうとした。資泰の石高もほぼ同じくらいであった。これを保真も了解し、幕府への分地願いも出したが、それが受理される前の寛永18年（1641年）12月29日、義保が没し、この話はいったん延期となる。もっとも、この話にはそもそも無理があった。岡本家の領地は4370石であったが、岡本家には60～70人とも言われる家来がいたが、財政的にかなり苦しく、1000石も分地すれば財政的に破綻に近い状態となるのは明らかであった。そこで義保の跡を継いだ義政は、この財政事情を考え、叔父の保真がいなければこの話も破談となり、うまくやれば保真の領地である1000石を甥と叔父の関係で相続することが出来ると考え、保真の殺害を画策し実行するのである。