初見は推古8年（西暦600年）2月で、新羅に滅ぼされた任那日本府を救援するために新羅へ派遣された。このとき蘇我氏の一族である境部摩理勢（境部臣）が征討大将軍に、穂積祖足（穂積臣）が副将軍に任じられ、約1万の軍勢で新羅に出征した。境部摩理勢は名目上で、実際に出征はしていない。結果、五つの城を攻め落とし新羅を降伏させ、さらに多多羅（たたら）、素奈羅（すなら）、弗知鬼（ほちくい）、委陀（わだ）、南迦羅（ありひしのから）、阿羅々（あらら）の6つの城を攻略して、倭国（日本）への朝貢を約させた。しかし倭国の軍が帰国すると新羅は再び任那に攻め込んだ。推古10年（602年）2月、聖徳太子の弟来目皇子が征討将軍として軍2万5千を授けられ、4月に軍を率いて筑紫国に至り、島郡に屯営した。しかし、来目皇子が病を得て新羅への進軍を延期とし、そのまま来目皇子は征討を果たせぬまま推古11年（603年）2月4日、筑紫にて薨去し計画は頓挫した。推古11年（603年）4月、来目皇子の異母兄当麻皇子が征討将軍に任命される。同年7月3日、難波より出航し、7月6日に播磨に到着するが、妻の舎人皇女が明石に薨去したため、当麻皇子は朝廷に帰還し、計画は潰えた。また、上述の3度以外にも、推古31年（623年）にも新羅征討があったとされる。これは中臣國が、新羅が任那を討ったため新羅を討ち、任那を百済につけるべきだと天皇に述べたことに始まる。そこで境部雄摩侶と中臣國が大将軍に、河辺禰受、物部依網乙等、波多廣庭、近江脚身飯蓋、平群宇志、大伴某（名は不詳）、大宅軍らが副将軍に任じられ、数万の軍をひきいて朝鮮半島に渡った。すると軍の多さを聞いた新羅は降伏した。
ホンジュラスがはじめてヨーロッパ人に発見されたのは、クリストファー・コロンブスが第四次航海中の1502年7月30日にバイア諸島に到着したときだった。同年8月14日、コロンブスは現トルヒーリョ近くで米州大陸本土に上陸した。コロンブスは海岸近くの水深が深かったためそこをホンジュラス（「深さ」）に名づけた。1524年1月、エルナン・コルテスはクリストバル・デ・オリドにホンジュラスで植民地を設立するよう命じた。オリドは船数隻、兵士と入植者で合計400人以上を率いてキューバに向かい、コルテスが準備した補給を回収した。キューバ総督ディエゴ・ベラスケス・デ・クエリャルはオリドに設立した植民地を自分のものにするよう説得した。オリドは続いてホンジュラスの北部海岸に向かい、プエルト・カルバリョスの東のトリウンフォ・デ・ラ・クルスで上陸、そこに入植して総督を称した。コルテスはオリドの反乱を知ると、フランシスコ・デ・ラス・カサスを船数隻とともにホンジュラスに派遣して、オリドを追放してホンジュラスをコルテスの領地にするよう命じた。しかし、ラス・カサスはベリーズとホンジュラス沖で度重なる嵐に遭って艦隊のほとんどを失った。ラス・カサス自身の旗艦はのろのろ進みながらようやくオリドの本拠地であるトリウンフォの沖合に着いた。ラス・カサスがトリウンフォに到着した時点ではオリドの軍勢の大半がヒル・ゴンサレス・ダビラの軍勢に対処するために内陸部にいた。それでもオリドはカラベル船2隻で攻撃を開始したが、ラス・カサスは砲火で反撃、さらに分遣隊を派遣してオリドの船に乗船、拿捕しようとした。この状況に至ってはオリドが和議を提案、ラス・カサスが受け入れて自軍を上陸させなかった。しかし、その夜に激しい嵐がラス・カサス艦隊を襲い、ラス・カサスの軍勢の3分の1が失われた。その後、ラス・カサス艦隊は風雨にさらされた上に食料もない2日間を過ごした後に捕虜になった。オリドに忠誠を誓うよう強制された後、ほとんどが釈放されたが、ラス・カサスは釈放されず、後にゴンサレスもオリドの内陸部隊に捕らえられた。その後の出来事については、スペインの文献に2通りの説がある。1つはアントニオ・デ・エレーラ・イ・トルデシリャスが17世紀に書いたものであり、オリドの兵士が反乱して彼を殺害したというものだった。もう1つはベルナル・ディアス・デル・カスティリョによる『メキシコ征服記』（16世紀）であり、ラス・カサスがオリドを捕らえてナコで殺害したというものである。一方、コルテスは陸上を行軍してメキシコからホンジュラスに向かい、1525年に到着した。コルテスは現プエルト・コルテスとトルヒーリョ近くにヌエストラ・セニョーラ・デ・ラ・ナビダッド（Nuestra Señora de la Navidad）という都市を設立するよう命じ、ラス・カサスをその総督に任命した。しかし、ラス・カサスもコルテスも1525年末までにメキシコに戻り、ラス・カサスはそこでオリドの死に関係したとして逮捕され、スペインに送還された。彼は1527年にメキシコに戻ったが、翌1528年にコルテスとともにスペインに帰国した。1526年4月25日、メキシコに戻る前、コルテスはエルナンド・アリアス・デ・サアベドラをホンジュラス総督に任命、先住民に手厚く接するよう命じた。10月26日、スペイン王フェリペ1世はディエゴ・ロペス・デ・サルセド・イ・ロドリゲス（Diego López de Salcedo y Rodríguez）をホンジュラス総督に任命した。その後の10年間、植民地人が総督に反乱したり、先住民がスペイン人に反乱するなどして植民地が混乱した。サルセドは私利のためにカスティーリャ・デ・オロ総督ペドロ・アリアス・ダビラと戦った（ダビラもホンジュラスを自領にしようとした）。1528年、サルセドはペドロ・アリアスを捕らえてホンジュラスの一部を割譲させたが、フェリペ1世に却下された。サルセドが1530年に死去した後はホンジュラスが再び混乱に陥り、1536年にペドロ・デ・アルバラードが到着してようやく収まった。1537年、フランシスコ・デ・モンテーホがホンジュラス総督に任命された。その前にアルバラードが領土の分割を取り決めたが、モンテーホはホンジュラスに到着するとすぐにそれを取り消した。モンテーホの配下アロンソ・デ・カセレスはカシケのレンピラが1537年から1538年にかけて起こした先住民反乱を鎮圧した。1539年、アルバラードとモンテーホが総督位を争い、当局の目にとまった結果、モンテーホはチアパスに向かい、アルバラードはホンジュラス総督になった。アルバラードがホンジュラスを征服する途上、ホンジュラス北海岸の多くの先住民が捕らえられてスペインのカリブ海にあるプランテーションで強制労働を強いられた。しかし、スペインによるホンジュラス征服は1536年にアルバラードがシクンバ率いるティカマヤ（Ticamaya）での先住民反乱を鎮圧した後にようやく行われた。アルバラードは先住民の町を分割して、スペインのコンキスタドールにレパルティミエントとして分け与えた。1537年から1538年にかけてはグラシアス・ア・ディオス、コマヤグア、オランチョ近くで先住民反乱がおこり、うちグラシアス・ア・ディオス近くでおきた反乱はレンピラが率いたものであり、今日では彼を記念してホンジュラスの通貨単位の名前が「レンピラ」となっている。