1958年、フランス領スーダンはフランス共同体の中で自治国スーダン（1958年-1959年）となり、マリ連邦（1959年-1960年）を経て、1960年にフランスよりマリ共和国として独立した。しかし、アザワド地域ではマリ統治に対する抵抗運動がたびたび起こっており、主要なものとしては次の4つが挙げられる。第1次トゥアレグ抵抗運動 (1962年-1964年)、1990年から1995年にかけての抵抗運動、2007年から2009年にかけての抵抗運動、そして2012年にアザワド解放民族運動 (MNLA)とアンサル・ディーンによって起こった抵抗運動である。21世紀初頭、この地域は略奪や麻薬の密輸によって悪評が高くなる。この地域には石油やウランを含む鉱物資源を潜在的に存在していると報告された。2012年1月17日、MNLAはマリ政府に対する反乱の開始を宣言、「バマコ（マリの首都）がこの地域を別個の存在と認めない限り継続する」とした。2012年3月、MNLAとアンサル・ディーンはキダルやガオの州都を政府軍の軍事基地も含めて占領。4月1日、トンブクトゥは占領された。4月1日のトンブクトゥの奪取後、MNLAはアザワド独立を主張する領土のほとんどを実効支配した。この時、MNLAは声明で、外国にいる全てのアザワド人に対し、故郷に戻り新国家建設に参加するよう招聘した。
ヨーロッパ列強がベルリン会議においてアフリカ分割の原則を確認し合い、その結果、西経14度とチャド南西ミルトーの間、かつニジェールのセイからバロウラを結んだラインを南の限界とした部分がフランスの領土となった。アザワドは名目上フランスの領土となったが、ベルリン会議においては「有効性の原理」(principle of effectivity) が確認され、フランスに対しては割り当てられた地域において実際に権力を保持するよう要求された。例えば、植民地の地元の首長と協定を結び、政権を樹立してこの地域を経済的に活用することによって、前掲の領有権主張は決定的なものとなるのである。1893年12月15日、既に最盛期から長い時間が経っていたトンブクトゥはガストン・ボワトー中尉率いるフランス人兵士グループによって併合された。これによりフランスの植民地であるフランス領スーダン（1890年-1902年）の一部となる。フランス統治下で植民地は再編され、何度か名前が変わった。1899年にはフランス領スーダンは更に細かく分割され、アザワドはオート・セネガル・モエ・ニジェール（Haut-Sénégal et Moyen Niger - 『セネガル上部と中部ニジェール』、1899年-1902年）の一部となった。1902年にはセネガンビア・ニジェール（仏: Sénégambie et Niger、1902年-1904年）となり、1904年にはオート・セネガル・ニジェール（仏: Haut-Sénégal et Niger、1904年-1920年）と再改称。この名前は1920年に再びフランス領スーダン（1920年-1958年）の名前に戻るまで使われた。
ガオのすぐ北の村において発生したトンディビの会戦でソンガイ帝国は敗北を喫し、都市は1591年5月30日にモロッコを統治していたサアド朝のアフマド・アル＝マンスールによって派遣され、金鉱を探し求めていたジュダ・パシャに率いられた傭兵と奴隷によって占領された。彼らはアルマ人と呼ばれた。ガオが奪われたことは地域大国としてのソンガイ帝国の終わりを象徴する出来事となった。続く時代では経済的にも知的にも衰退していく。増加しつつあった大西洋貿易のルートを使ってトンブクトゥのアフリカ人奴隷、指導者や学者たちが移動していったことにより、ガオやトンブクトゥの貿易、学術的な中心としての役割が薄れていったのである。モロッコは最初のうちこそトンブクトゥとの間の交易ルートを統制していたが、やがてアルマ人との結びつきを断ち、このため多くのトンブクトゥのパシャたちによる支配は弱まっていった。トゥアレグは1737年より一時的に統治を行なう。以降、18世紀中はバンバラ族やコウンタ族など、トゥアレグのいくつかの種族が短い期間、統治もしくは占領を行った。この期間、ソンガイと混血したパシャたちの影響力は完全に消えることはなかった。
2016年6月のE3において正式名称が発表された。当初の開発期間は2、3年を予定しており、2015年もしくは2016年発売予定だったが、開発者の満足する水準に達していなかったため、当時の君島達己社長らにより、「最も完成度の高い究極のゼルダ」を目指し、またNintendo Switchの発売に合わせる目的もあり、2017年まで延期している。開発が始まったのは2013年で、開発コンセプトは「ゼルダの当たり前を見直す」。企画段階では本作の課題である「ゼルダの当たり前の見直し」から始まり、「広い世界を作ろう」「いきなりボスのところに行けるようにしよう」「何でもできるようにしたい」と実現方法を考えずに語りながら作られた。オープンワールドの採用理由について『ゼルダの伝説 スカイウォードソード』で大空と大地の境界線を探索できないという意見があったからである。また、「原点回帰」もコンセプトの1つで「初代『ゼルダの伝説』をこの時代に作ってみたら面白いものになる」という部分からオープンワールドでの開発を進めていった。開発段階では最初は2Dでマップを制作し、それを3Dに作り直すという作業を行っている。物理エンジンのHavokを使用しているが、アルゴリズムを一任せず、挙動を制御するカスタマイズを施している。グラフィックは『トワイライトプリンセス』のようなフォトリアルな方向性、『風のタクト』のようなトゥーンレンダリングの方向性の両方が模索された。フォトリアルな方向性では鳥を狩るといきなり鶏肉になるといった表現や、様々な素材を運ぶ時のコミカルな表現がそぐわないため、『風のタクト』をHD化した表現が開発チーム内で評価された。しかし、こちらの方向性では子供向けに見え、30年の歴史があるゼルダシリーズの大人のファン層に訴求しないことが懸念された。そういった試行錯誤の結果、キャラクターの頭身は上げつつも、トゥーンレンダリングを使用し、リアルに寄りすぎない絵作りが採用された。音楽は環境音を引き立たせるため、ピアノの音がメインとなっている。開発終盤では、開発者全員（300人規模）で1週間プレイし、足りない部分を探した。Wii U版とSwitch版を同時製作したことについて、ディレクターの藤林秀麿は「すごく苦労した部分もあれば、すごく簡単な部分もあった」と語っている。