ブレッド・アローズ率いる第202特務小隊、通称「レガルド小隊」が中心の物語。舞台は宇宙が主なものとなる。主人公の名前が元から決まっているのは、今作品が初（変更は可能）。第1作の「グレン小隊」、アニメ版の「リップス小隊」、漫画版の「ロイナーデ小隊」等も登場する。敵キャラクターでは1作目のフォルセア、グリュウ、BTのユイ、マイ、コバルト小隊のダンが登場する。時間軸としては聖暦21年、すなわちアルサレア戦役の頃のようだが、前作と比較すると矛盾する部分も多くあり、詳細は不明なままとなっている。カスタマイズシステムが大幅に変更された。アイテム入手が資金使用やシナリオクリアでなくPFを使っての開発になった。この作品のみ設定資料や攻略本が存在しない。
機甲兵団 J-PHOENIX本編に追加要素を加えたXBOX版。PFにJ-アイン、J-バビロスが追加されている。追加要素のメインであるEXモードはアルサレア戦役が終結した聖暦23年が舞台で、アルサレアのとある小隊（設定はダグオンが指令を勤める基地に所属する小隊のみで、キャラクターの設定は一切無い）がダグオンからの指令で行動するというもので、3機のPFを個別にカスタマイズでき、それぞれを途中で交代しながら戦う事ができる。
コバルトリーダー率いる「コバルト小隊」が中心のストーリー。アルサレア戦役終結後の聖暦24年、フィアッツァ大陸北方に位置するGエリアが舞台となる。ターン制、時間の概念を加えたSLG形式のシステムとなった。カスタマイズシステムも改善されている。仲間の数が全作品の中で最も多い。グレン小隊のキースやアイリも途中から参戦する。コンビネーションバーストの数も増加した。コンバート要素は無いが、裏技でキャラクターのフェイス（キース、アイリ、サリア、ユイ、マイに限る）を前作の物に変更できる。
『J-PHOENIX』の本編の中の話で強奪された新型機を追うグレン小隊の活躍を描いた作品。Jアームドやシンザン等の新型PFや、新キャラクターであるユイ、マイら「双子の悪魔」が登場する。コンビネーション・バースト（CB）と呼ばれる仲間との連携攻撃を導入。序章編、本編をコンバートすると本編エンディング後のストーリーや隠しPFなどが入手できる。
『機甲兵団 J-PHOENIX』の本編。聖暦21年のグレン将軍暗殺から、聖暦23年のアルサレア戦役終結までの物語を描く。主人公はグレンリーダー（名前は任意変更可能）で、彼の率いるグレン小隊を中心に物語は進行する。メールシステムや、ミッション中のオンボイスによるキャラクターの会話など、ストーリー性を重視した作りになっているのが特徴。
『機甲兵団 J-PHOENIX』の体験版のような作品。本編の1 - 3話をプレイすることができ、ストーリーモード以外に「対戦モード」や「百機切りモード」が存在する。又、設定資料やキャラクター紹介・本編の主題歌（フルコーラス）などが聞ける資料館的なものもある。この序章篇のデータは本編にコンバートすることができる。グレンリーダー率いる「グレン小隊」が中心のストーリー。
『機甲兵団 J-PHOENIX』（きこうへいだん ジェイフェニックス）は、2001年から2004年にかけて発売されたタカラの対戦ロボットアクションゲーム。自分の操るロボット（パンツァーフレーム = PF）をパーツを組み合わせてカスタマイズしてミッションをクリアする。ゲームシステムの点でアーマード・コアシリーズと非常に似通っているが、キャラクターを多数配することや、メカデザイナーに大河原邦男を起用すること、特定機体構成時にボーナス的要素を設けることなどによって、差別化を図っている。
「はじまりは、シケた営業だった…」ある日、ある地方の古びた旅館女美臼（めびうす）に営業でやってきたジャルジャルの二人（後藤淳平、福徳秀介）。ステージまでの暇つぶしに館内をうろつく福徳が途中、オーナーともめている男を目撃し目が合う。睨まれビビる福徳。自室に戻ってからケータイが圏外な事に驚いたりファンにサインなど描いたりする。何も無い旅館に辟易し少ない観客にもテンションガタ落ちだが渋々二回目のステージに立つ。十数人程度の観客を前にコントしていたが突然銃声が響き後藤が血まみれになって倒れる。先ほどオーナーと揉めていた男が猟銃を持って現れたのだ。観客やオーナーなど次々と射殺していく男。最後に残った福徳に「お前、さっき笑ったな」と恨みの言葉をぶつけ構えた猟銃の引き金を引く。撃たれ意識が遠のく福徳。しばらくして意識が戻り福徳が目を開けると元の部屋だった。射殺事件は夢だったのかと安心してさっき書いたサインを再び書く。そしてまたさっき立ったはずのステージに立つ。そこへまた現れた猟銃男。同じように観客やオーナーらを射殺していく男。そして再び福徳に発砲し射殺する。しかしまたもや自室で目を覚ます福徳。ステージに立ち男に射殺される事を何度も繰り返していく福徳。男から逃れるために隠れる場所をあちこち変えるがどうしても見つかってしまう。やけになって撃たれる前に自分から飛び降り自殺までしてしまう。運命から逃れられないと達観したのか、会得するまで数年かかる腹話術や猿回しを転生を重ねる間に熟練させ披露し相方らを驚かせる。さらには旅館の料理長や客のおじいさんの秘密など聞き出したり、女性客を寝とったりして先の短い人生を謳歌するようになる。そんなある日、旅館で働いている女性木下とその妹あかりから声をかけられる。ファンだと告白しサインをねだるあかりの笑顔に心動かされた福徳はなんとかこの二人だけでも救えないものかと考えるようになる。転生を繰り返し何度目かのステージ。今回こそはと思い立った福徳は突然客いじりを始める。風呂であった老人、料理長や仲居らから聞き出した秘密を暴露して必死に笑いを取っていく。少なかった観客が笑い声に惹かれて次々と集まって増えてくる。パトロール中の警官さえその場に残り笑っている。ついには自分たちを狙ってきた猟銃男さえいじって笑いを取る始末。観客の多さとまだ居残っている警官に尻尾を巻いて退散する猟銃男。笑いで凶行を未然に防いだ福徳。悲しい転生＝メビウスの輪から抜け出したと理解した瞬間、心の底から叫ぶ。「メビウス抜けたーーーーっ！」