攻撃コマンドの突(刺突・破突)、斬(斬込・斬撃)、払(薙払・胴払)と防御コマンドと回避コマンドのいずれかを一度に三つ互いに提示して進行する。武技に必要なコマンドがあればそれを揃えて提示することで必殺技を発動させることもできる。例．刺突＋斬込＋薙払＝疾風　なおコマンドの優先は上から順に回復、反撃、上位攻撃、下位攻撃の4段階となっている。
文官の一騎討ちともいえる「舌戦」システムが初めて導入された。ビンゴゲームの改良版だと思えばわかりやすいだろう。お互いにコマンドを出し合い、数字が大きい方が攻撃側となる。コマンドの所持数や基本的な攻撃力は知力に影響されるので、無論知力の高い方が有利となる。数字には道理・利害・情義の3系統があり、同じ系統を盤上に一列揃えるとコンボが成立。心理バーを大幅に押し込むことが出来る。またこれとは別に集中(攻撃力上昇)・惑乱(盤上をシャッフル)・再考(コマンドの再配布)や、各武将の特技を持ち込むことで勝敗をさらに優位に展開させることも可能となっている。
1日単位で進行し、各コマンドの経過日数が定められている。施設や都市から退出したり、アイテムを一個売買するだけでも1日経過する。異例として輸送に限り日数がなぜか経過しない仕様となっている。
前作に引き続き一枚マップを採用している。都市間を移動する際に武将や軍隊がマップ上に表示される。移動中に他の武将に話したり襲撃を仕掛けアイテムを奪うことも可能。軍隊だと軍隊同士が接触することで強制的に野戦が行われる(同盟・従属は除く)。他に賊将の襲撃や賊軍の略奪、酒家の依頼事で探索などさまざま。所持アイテムに名馬があったり、軍隊が騎馬隊のみだと移動速度が上昇する。
伝説によると、ベネゼは1177年の日食の際にお告げを受けたが、誰にも相手にされず皆の物笑いの種となった。やむなく羊の世話を天使に任せ、独りで建造を始めたベネゼが最初の巨大な礎石をたった一人で肩に担ぎ上げてみせると、観衆から「奇跡だ! 奇跡だ!」との声が上がった。その後も目の見えない者や耳の聞こえない者、足の不自由な者や背中の曲がった者を次々と治癒するなど、合わせて18もの奇跡を起こしてみせた。これにより裕福な援助者たちが現れて兄弟団が結成されたことになっている。1669年の洪水で橋が流された際には、ベネゼの聖遺物も一緒に流されてしまったが、見つかった聖遺物は全く損壊していなかったという。伝説の真偽はともかくとして、古来より洋の東西を問わず「橋を架ける」という行為が実利面以上に宗教的行為と深く結び付いてきた、その好例と見ることもできる。例えば、架橋兄弟団の「架橋」に当たる pontife は高位聖職者をも意味し（le pontife romain 「ローマ教皇」）、その起源は古代ローマの神祇官まで遡ることができるのである。
体内に侵入したウイルスは、まず標的になる宿主細胞の表面に吸着する。ウイルスは、宿主細胞に吸着するまでは、表面がタンパク質でできた単なる粒子であり、自分から宿主細胞に近づくことはできない。そのため、表面吸着の機構は非常に重要である。この過程において重要な役割をするのがヘマグルチニン (HA)およびノイラミニダーゼ（NA）と呼ばれる表面タンパク質である。HAとNAはウイルスのエンベロープ（殻）に刺さった釘のような形をしているため、スパイクタンパク質と呼ばれる。HAはウイルスを構成するタンパク質の割合として最も高い40%を占め、ヘマグルチニンが破壊したり変質したりすれば、そのウイルスは感染力を失う。ウイルスが細胞に侵入できるかどうかと、ウイルスが細胞内で増殖できるかどうかは、別の問題である。そのため、ウイルスのスパイクタンパク質は、自分が増殖できる細胞にのみ吸着するようにできている。インフルエンザウイルスのヘマグルチニン (HA) はシアル酸に吸着する性質を持つが、間違った細胞に吸着した場合、ノイラミニダーゼ（NA）が吸着を断ち切って再び遊離する。細胞表面の粘液にシアル酸が含まれる場合もあるので、NAの働きは、ウイルスが細胞に接触する前に粘液に吸着してしまわないようにするためにも重要である。一方、宿主細胞の表面には糖タンパク質があり、この分子の末端がシアル酸（N-アセチルノイラミン酸）になっている箇所がある。末端部分に付いているシアル酸なので、シアル酸残基と呼ばれる。これがウイルスのレセプター（受容体）の役割を果たす。シアル酸残基の隣にはガラクトースが繋がっている。このシアル酸残基とガラクトースの結合パターンはα2→6結合とα2→3結合の2種類があることが知られている。ヒトの気道上皮細胞（つまり人の喉表面）ではα2→6結合になっており、トリの大腸上皮細胞（トリの大腸表面）ではα2→3型になっている場合が多い。このように、トリとヒトとでは細胞表面の構造が異なるため、トリインフルエンザが直接ヒトの細胞に吸着する可能性は低い。ただし、その可能性が皆無ではないため、養鶏場の作業員がトリインフルエンザに感染することもあり、一度感染すればその人の体内で増殖することも可能である。その場合でも、ヒトから別のヒトに感染する可能性はヒトインフルエンザに比べれば低いと考えられている。ブタの気道上皮細胞には、α2→3型とα2→6型の両方の糖鎖が発現しているため、ブタにはヒトとトリ両方のウイルスが同時に感染しうる。このことによって、ブタの体内ではヒトとトリ由来ウイルスの「合いの子」が生まれ、これが新型インフルエンザウイルス出現の一因になると言われる。また、ヒトの一部には遺伝的にα2→3型の糖鎖を持った人も存在することも報告されており、これが1997年以降、香港や東南アジアで発生しているトリインフルエンザのヒトへの感染の原因ではないかと考えられている。これらのヒトには直接トリ由来ウイルスが感染しうるが、大部分の（α2→6型糖鎖を持つ）ヒトの間での大流行には繋がらない。