ギルモアの注意はワグナー砦に向かった。このときまでにギルモアの部隊は南軍工作物に十分近くなっており、歩兵が行動できた。8月21日、ジョージ・B・ダンディ大佐がニューヨーク第100歩兵連隊を率い、ワグナー砦の射撃壕に殺到した。ニューヨーク兵は素早く暫定哨戒線を確立したが、短命に終わった。ハーグッド将軍が反撃を命令し、ダンディ隊を排撃した。ダンディの攻撃後に、南軍の工兵が射撃壕の強化を始め、北軍に再度攻撃をさせて損失を出させることを期待していた。その工作が完成する前に、ギルモアがアルフレッド・H・テリー師団長に射撃壕を占領するよう命令した。テリーはトマス・G・スティーブンソン准将の旅団からマサチューセッツ第24歩兵連隊に、攻撃を先導するよう備えさせた。これを支援したのがニューハンプシャー第3歩兵連隊だった。マサチューセッツ第24歩兵連隊の各員はショベルを2つずつ装備し、占領した射撃壕を即座に造りなおした。8月25日夜、スティーブンソン将軍が、レクア砲からの援護の中を自ら攻撃を率いた。この攻撃はノースカロライナ第61歩兵連隊を圧倒し、その多くが降伏した。砦の指揮官ジョージ・P・ハリソン大佐が大砲による反撃を命令したが、射撃壕が既に新しい包囲戦に変わっていた。9月5日、ギルモアとダールグレン提督がワグナー砦に対して36時間の激しい砲撃を加え、残っていた守備隊の100名を殺した。
ギルモアは塹壕を掘り進めていく難しさがあったものの、8月半ばまでにその攻城砲をサムター砦の射程内に据え付けることができた。8月17日、砲撃を開始し、最初の日に1,000発近い砲弾を放った。8月23日、砦の工作物が瓦礫に変わり、ボーリガードはできるだけ多くの砦の大砲を外させた。ギルモアは陸軍省に宛てて、「サムター砦は形がなくなり、無害な廃墟の塊となっている」と電報を打った。しかし、サムター砦砲撃はその後も12月31日まで続くことになった。
8月2日、北軍の工兵がチャールストン市に対して直接砲撃するために、より内陸で砲台の建設を始めた。8月17日までに、大型砲台に武装する用意ができていた。チャールズ・セルマー中尉がメイン第11歩兵連隊の分遣隊と共に呼びつけられ、現在は「湿地のエンジェル」と呼ばれる200ポンド・パロット砲を据え付けた。8月21日、ギルモアはボーリガードに最後通告を送り、ワグナー砦とサムター砦を放棄しないとチャールストン市を砲撃すると伝えた。翌日になってもその返事は無く、「湿地のエンジェル」の第一弾がチャールストン市のセントマイケル教会尖塔を標的にして放たれた。8月22日、南軍砲台が湿地のエンジェルを黙らせようとしたが無駄だった。ボーリガードは、ギルモアが文民のいる市内に大砲を向け、市民に脱出する機会を与えなかったことで、ギルモアのことを軽蔑した。ギルモアは1日の休戦猶予を与えたが、チャールストンが補給物資の保管所として、合法的に軍事的な標的になるという事実を伝える機会もあった。砲撃は再開されたが、湿地のエンジェルが26発放ったところで破裂し、この作戦の間代替品は届かなかった。この南北戦争で市民が軍事目的の標的にされたのは最初のことになった。
モリス島は湿地が多かったが、北軍はワグナー砦に対抗するために強力な砲台を建設した。これら砲台は戦死した指揮官の名前が付けられることが多かった。例えば、ストロング、レイノルズ、カーニー、ウィードと付けられた。その他にもローズクランズやミードなど高官の名前が付けられた。ワグナー砦の中では海に面した10インチ・コロンビヤード砲1門と陸に面した大砲数門が悪い条件にあった。ローレンス・M・カイト大佐が南軍守備隊を指揮している間に、ジェームズ島にある南軍砲台と協調するために、西壁の上に信号所を設立していた。カイトの後任であるジョンソン・ハーグッド将軍は狙撃兵と陸に向いた大砲数門をうまく活用し、北軍の砦に対する包囲工作を邪魔していた。南軍はその大砲と防空壕を保護していたが、北軍海軍の砲撃に対しては無力であり、結局北軍の塹壕工作を遅らせただけだった。
副砲は軽巡洋艦エミール・ベルタン（ラ・ガリソニエール級軽巡洋艦）にも採用された1935年型 15.2cm（55口径）砲を採用した。性能は重量54～58.8 kgの砲弾を最大仰角45度で26,960 mまで届かせることが出来るこの砲を3連装砲塔に収めた。俯仰能力は仰角75度、俯角8.5度で、装填角度は俯角5度から仰角15度の間である。旋回角度は船体首尾線方向を0度として中央部砲塔が左右175度、舷側砲塔は左右150度の旋回角度を持つ、主砲身の俯仰・砲塔の旋回・砲弾の揚弾・装填は主に電力で行われ、補助に人力を必要とした。発射速度は毎分5～8発である。高射砲は同じく新設計の1930年型 10cm（50口径）高角砲を採用した。13.5kgの砲弾を仰角45度で15,900 m、14.2kgの対空榴弾を最大仰角80度で高度10,000mまで到達できた。旋回と俯仰は電動と人力で行われ、左右方向に80度旋回でき、俯仰は仰角80度、俯角10度であった。発射速度は毎分10発だった。これを船体中央部に間隔を空けて片舷6基12門を搭載する。他に高角砲の射界をカバーする役割として計画時に1925年型オチキス37mm（50口径）機関砲を連装砲架で16基32門、1929年型13.2mm（50口径）機銃を4連装砲架で16基装備する計画であった。