書院から右手に見えるのが本堂である。本堂の正面は、書院から見て裏側にあたり、蓮華寺形灯籠として知られる2基の灯籠が佇んでいる。蓮華寺形灯籠は、「基礎は六角で蓮弁がつき、竿は丸竿で中央部が膨らむ。中台は蓮弁のある六角形で唐草文をあしらう。火袋も六角で前後に四角の穴を穿ち、笠は急勾配の長めで九段の葺地を表し、頂上に宝珠が乗る独特の形をして」おり、茶人たちに好まれたという。本寺は天台宗の寺院であるが、造営に黄檗宗僧が関わったこともあり、本堂の様式は全く黄檗宗のそれである。本堂入り口には石川丈山の筆による寺額が掲げられている。堂内中央の須弥壇には螺鈿厨子に収められた本尊・釈迦如来像が安置されている。螺鈿厨子の来歴は寺よりも古く、明朝初期の中国製のものであり、加賀藩が輸入したものであると推定される。本尊左側には上品下生印（来迎印）を結んだ阿弥陀如来像が安置されている。像本体は鎌倉時代の作であるが、台座と光背は江戸時代に作られたものである。本尊右側にも螺鈿厨子が置かれ、秘仏として不動明王が安置されている。天井には、かつて狩野探幽が描いたとされる龍の図があったが、明治期に失われ、1978年（昭和53年）に仏師の西村公朝によって復元された。
庭園の奥には水量の豊かな湧水があり、それを導いた池が庭園の中心にある。池は「水」の字の形に作られており、「水字形」と呼ばれるものである。池の右手前には舟石（ふないし）と呼ばれる石が配されている。舟石を置く庭園は稀少であるが、とりわけ蓮華寺の舟石は入舟の形をしている点でさらに珍しいものとなっている。舟石を置く庭園のほとんどでは、出舟の形があしらわれている。出舟とは、向こう岸に理想郷（浄土）を見出し、彼岸を想念させるものである。それに対し、入舟は浄土を此岸に見出す思想を表すものである。池の左前方には亀島と鶴石がある。大ぶりな岩石で組まれた亀島には、唐人帽丸形と呼ばれる石灯籠が据えられ、石橋で岸と繋げられている。その側面によりそうように立てられた立石によって鶴の姿があらわすのが、鶴石である。亀島の左後方には、蓬莱山の姿が岩組みによって築かれている。この蓬莱山には今枝重直の一代記が刻まれた石碑が建てられており、木下順庵の撰文、丈山の篆額を伝える刻銘がある。石碑の土台は、亀と麒麟の合体した姿をかたどる石組みである。古代中国の思想によれば、亀は地上の支配を、麒麟は天空の支配をそれぞれ意味するものとされ、両者の合体した姿は宇宙全体の姿となる。そうした点から、この石碑の周囲の造作は、石碑の未来永劫の存続を願うものと解される。蓬莱山の右側奥手には、亀島にあるのと同型で半分ほどの大きさの丸型灯籠が置かれ、奥行きを感じさせるための工夫がなされている。
書院は東向きに開けており、庭園を一望することが出来る。この庭園は再建期の寛文年間の作と考えられており、実蔵坊文書の記録や作庭様式から裏付けられるが、庭園の造営者の名は不明である。石川丈山もしくは小堀遠州の名が挙げられることもあるが、造営の年代には両人とも故人である。また、作風からして丈山のものではありえない。遠州は加賀藩の文化政策に関係があり、弟子筋の人物が加賀藩のために造園を行っていることから、遠州に所縁のある人物の作庭という可能性はあるが、作風が相違している。庭園は浄土宗的な形式に従い、池の対岸に浄土を描く形をとっている。こうした浄土宗的な庭園は池の周囲を巡り歩くことを想定して作庭されることから池泉回遊式と呼ばれるが、蓮華寺の庭園は規模も小さく、書院からの鑑賞を旨とした池泉鑑賞式の庭園である。
参道正面を行き当たると書院と一体化した庫裏がある。庫裏内に設けられた拝観受付から書院に入るには、まず阿弥陀三尊が安置された小部屋を通る。この部屋では、日常の宗教行事のすべてが行われている。
ミストラスに破壊と衰退がもたらされたのは、18世紀後半のことである。この頃になると、次第にペロポニソスのギリシア人は自立、あるいはさらに独立を求める傾向を強め、これに西欧・ロシアなど列強が絡んで紛争は拡大した。1770年、ロシア帝国女帝エカテリーナ2世の指令を受けたオルロフ家のグリゴリー・アレクセイ兄弟がペロポニソス半島において大規模な反乱を指導した。しかし、これは失敗に終わり、その報復としてオスマン朝のアルバニア軍団が半島全土に破壊と荒廃をもたらした。ミストラスもその例外ではなく、市街の建造物の多くが破壊され、人口も大幅に減少した。歴史の皮肉がミストラスに襲いかかる。既に衰えたミストラスにとどめを刺したのは、1821年に始まるギリシア独立戦争であった。1825年、オスマン朝アルバニア軍団の司令官イブラーヒーム・パシャ（エジプト太守ムハンマド・アリーの息子）はギリシア軍に猛攻を加え、ミストラスを占領しこれを灰燼に帰せしめた。ミストラスの都市機能はこの時、事実上終焉を迎えた。さらに、ギリシア独立後の1834年、新国王オソン1世はミストラスの「死滅都市」宣言を発し、新たにスパルタ市の建造に着手する。住民は次々にスパルタに移住し、新たな都市の建設には廃墟となったミストラス建造物の建材が再利用された。ミストラスが建設された時とは逆の事が行われたのである。なお留まっていた住民は旧来の城郭地区ではなくその外側（かつての「外市街」を含む）に新たなミストラス村を建設しそこに居住することとなった。1921年、ギリシア政府はミストラスを史跡に指定し、都市全体が博物館として保存されることが決定した。1938年からは建造物の修復・保存活動が始まっている。第2次世界大戦とそれに続くギリシア内戦の一時期、ミストラスは近隣住民の避難先、あるいは軍の拠点として使用されたが、1949年の内戦終結に伴ってパンダナサ修道院の修道女を除いて残っていた全住民が退去し(1953年)、生活空間としてのミストラスの歴史は完全に終わりを告げた。ミストラスは都市遺跡・博物館として整備され、1989年にはユネスコ世界遺産に登録されて現在に至っている。