本作には隠し要素として、「オペレーションバトル」というモードがある。これはタカラから発売された「バトルチップゲート」と呼ばれる玩具をGBAに接続することで出現する。バトルチップゲートをGBAに接続すると、タイトル画面に「オペレーションバトル」という選択項目が出てくるので、それを選べばよい。このモードは通常のバトルとは違い、ロックマンは自動で動く。プレイヤーが指定できるのは敵との間合いとバスターやシールドを出すタイミングだけである。プレイヤーは実際にバトルチップゲートにバトルチップをタイミングよく差し込むことでロックマンにバトルチップを転送し、バトルを行う。オペレーションバトルにはCPUと戦う1人プレイと、通信ケーブルを使って友達と通信対戦できる2人プレイがある。本作以降に発売されたロックマンエグゼ5、ロックマンエグゼ6にもオペレーションバトルが存在する。それぞれで行うには、各作品ごとに発売されているバトルチップゲートを使う必要がある。エグゼ5のバトルチップゲートは「プログレスチップゲート」、エグゼ6のバトルチップゲートは「ビーストリンクゲート」と呼称される。なお、それぞれのバトルチップゲートには互換性はないので、エグゼ4のバトルチップゲートを使ってエグゼ5でオペレーションバトルをするといったことは不可能である。
一度でもクリアした後は、つづきから始めるときに「セーブしたところから始める」か、「データを持ち越して最初から始める」かを選ぶことが出来る。そして2周目以降はスタート画面の「つづきから」の表記が「～周目のつづきから」という表記になり、各トーナメントの対戦相手が変化し、ウイルスも周を重ねるごとに強くなる（3周目まで）。同様に3周目まで青色と紫色のミステリーデータの中身も変わるが、前の周で取得していなかったミステリーデータの中身はそのままになっている。また、全てのソウルを入手するには最低でも3周する必要がある（1周目で3つ、2周目で2つ、3周目で1つは確定）。1周目にどのソウルを入手できるかは、厳密には決まっていない。そのため、例えば1周目にブルースソウルが入手できる者も、3周してやっと入手できる者もいる。ただし、レッドサンのガッツソウル、ブルームーンのアクアソウルは必ず1周目で手に入る。このような周回制は、以降のロックマンエグゼシリーズには採用されていない。
ソウルユニゾンは、バトルした相手のソウルが共鳴することによって、ロックマンが得ることの出来る新たな力である。ソウルを獲得すると、PET画面のロックマン画面にそのナビのマークが表示されるようになり、戦闘時にそのソウルにユニゾンする事が可能になる。各ソウルには対応するチップの系統が存在する。ソウルユニゾンするには変身したいソウルに対応する系統のバトルチップをカスタム画面から1枚選んで「生贄」とし、ユニゾンコマンドを選べばよい。するとチップがユニゾンチップに変化し、選択した順番にかかわらず選択済みのバトルチップ欄の最上部に移動する。その後OKボタンを押してカスタム画面を閉じ、戦闘が開始すると自動的にソウルユニゾンが発動する。発動時にはマヒやのけぞりなど状態異常を強制的に解除し立ち状態となる。ソウルユニゾンするとロックマンはそのソウルのナビに似た姿に変身し、ソウルごとに異なった能力が付加される。なお、各ソウルの持つチャージショットの威力は固定されており、ロックマンのステータスの影響を受けない。
WWW（ワールドスリー）との戦いから5ヶ月、光熱斗は6年生となった。科学省の「ウィルス研究室」の尽力により、召喚したウィルスとネットナビがより長くネットバトルで共闘できる技術が広まった。小惑星が地球に衝突し、地球に甚大な被害を及ぼそうとしていた。世界中から科学者達が招集される事が決定された中、世界でも有名な科学者である熱斗の父・裕一郎は久しぶりに息子達と買い物に出掛けていた…。
2010年11月14日、柳田は広島市での国政報告会で大阪地検特捜部主任検事証拠改ざん事件などに言及し「皆さんも、何で柳田さんが法相と理解に苦しんでいるんじゃないかと思うが、一番理解できなかったのは私です。私は、この20年近い間、実は法務関係は1回も触れたことはない」「法務大臣とは良いですね。二つ覚えときゃ良いんですから。 個別の事案についてはお答えを差し控えますと、これが良いんです。 わからなかったらこれを言う。で、後は法と証拠に基づいて適切にやっております。この二つなんです。まあ、何回使ったことか」などと発言した。この発言について自民党の河井克行は、11月16日の衆議院法務委員会で「法相という職を汚している発言」として謝罪と撤回を要求。審議が止まったため柳田が「委員会の審議では真摯な答弁を心掛けたい」と陳謝し再開した。11月17日、柳田は国会軽視ととられる発言をしたとして仙谷官房長官から厳重注意を受け、「謹んでお受けしました」と答えた。また同日の参議院予算委員会でも思慮が足りなかったと陳謝した。柳田はその後も法相続投に強い意欲を示していたが、11月22日午前に首相官邸で菅直人首相に辞表を提出した。就任当初から死刑執行に前向きではあったが、死刑執行起案書を受け取ることなく退任した。法相は仙谷が兼務。
アントン・チェーホフはロシア文学の中で、あるいは世界文学史でも有数の巧みな小説作家である。チェーホフは短編小説により、19世紀末にロシア文学史の流れに革命を起こしたといえる。当時ロシアの文壇では長編こそが小説であるという風潮が強く、チェーホフのように第一線で短編小説を絶えず発表した書き手はいなかった。しばしばフランスのギ・ド・モーパッサンとも比較されるが、伏線を計算して配置するプロットに技巧を凝らした小説にはあまり関心をもたなかったとされる。モーパッサンが出来事に焦点を当てたのに対し、チェーホフは人物に目を注いだといえるかもしれない。典型的なチェーホフの物語は外的な筋をほとんど持たない。その中心は登場人物たちの内面にあり、会話の端や細かな言葉、ト書きに注目するほかない。しばしば語られることではあるが、チェーホフの小説や劇においては何も起こらない。あるいはロシア人研究者チュダコーフが指摘するように、「何かが起こっても、何も起こらない」。チェーホフが内面のドラマを展開させる独自の手法をもっていたことは疑いようもないだろう。小説だけでなく、チェーホフは最晩年の作品である戯曲『かもめ』、『三人姉妹』、『ワーニャ伯父さん』、『桜の園』の作者として、伝統的な戯曲と対極を成す新たな領域を切り開いた劇作家でもある。これらの作品の与えたインパクトの多くは、例えば『かもめ』の終幕に代表される巧みなアンチクライマックス（遁辞法）による。演劇革命を起した。一に、主人公という考え方を舞台から追放した。二に主題という偉そうなものと絶縁した。三に筋立ての作り方を変えた。