事件の翌年にあたる2013年に、関東連合の元幹部にあたる柴田が事件の背景を詳細に記したノンフィクション書籍『いびつな絆 関東連合の真実』が宝島社より出版された。ベストセラーとなったこの書は事件の容疑者2名の初公判にも多大な影響を与えたという。2014年には事件の加害者側（関東連合）と本来の標的側の双方と長年にわたり近しい関係にあった瓜田純士が事件の背景についてを記した、『遺書 関東連合崩壊の真実と、ある兄弟の絆』が太田出版より出版された。容疑者のうちの1名にあたる石元が事件についてを拘留中に記した『反証 六本木クラブ襲撃事件「逮捕からの700日」』も双葉社より同年に出版されている。
取り調べに対し被疑者の一部が人違いであったと供述。背景として、関東連合OBらの証言によれば、2008年に主犯格の誕生日にあたる3月16日、ある男性が東京・西新宿の路上で襲撃を受ける事件が発生。金属バットで武装した集団によるその襲撃で死亡するに至ったその男性は関東連合の関係者で、グループOBは対立グループを率いる元暴力団幹部を犯人とみなし行方を追っており、その幹部と被害者の特徴が似ていたことから被疑者らが勘違いして襲撃を計画した疑いが持たれた。ライターの鈴木智彦が週刊文春2013年1月号誌上でいち早くこの人違い説を発表。逮捕された関東連合OBのうち数名は逮捕前の任意事情聴取の段階で人違いによる襲撃であったことを示唆する供述を行っており、捜査本部も捜査の過程で人違いによる犯行と断定するに至った。この元暴力団幹部は少年時代、西新宿で撲殺された男と同じギャング集団（関東連合ともつながりを有するジャックス）に兄と一緒に所属していた人物であった。柴田の記すところによると、事件以前より、関東連合に敵対視され、その行方を執拗に追われながらも唯一、関東連合に制圧されない勢力を築き率いていたのがこの兄弟であった。その敵対関係は事件に至るまで10年以上にわたって継続していたもので、件の西新宿の事件はもとより、東京都内の各所で暴力事件を伴う衝突を繰り返していた。日本人と東南アジア系のハーフと言われるこの兄弟の弟は山口組極心連合会系暴力団を破門となった人物で、短髪に浅黒い肌、はっきりとした目鼻立ち、屈強な体格、そして当時の怪我が原因となっての片足を引きずるような歩き方、という外観的特徴が当時フラワーの従業員であった人物に伝えられており、被害者の男性も当時怪我で片足を引きずっていたことがこのたびの人違いを生む要因となった。
この事件では合計19名に逮捕状が出るに至った。事件の首謀者とされる人物を除く18名が2013年までに逮捕されている。起訴状によれば、現場となったクラブに実際に押し入ったのは9名で、直接手を下したのはそのうち6名。現場で実行犯となった人物の証言によれば、19名中、関東連合の元メンバーは主犯格と石元とその人物を含む5名。19名中ほとんどの者は関東連合の元メンバーではなかった。警察当局の当初からの見立てでは、この事件の加害側関係者には暴力団の山口組系弘道会や山口組系山健組に籍を置く関東連合の関係者らが含まれていた。その点から警察当局が注目したのが、同じ山口組でも異なる系列の組員さえ動かす主犯格の関東連合内外に対する権勢であったという（主犯格自身は暴力団には所属していなかった）。主犯格は、中学時代は学年トップで高校は首席で入学した優等生だったものの、暴力的な性格から異端扱いされていた。対立相手を完膚なきまでに叩きのめすことからインターネット上やメディアの中で「残虐王子」と呼ばれており、また「ジェノサイド」と称して襲撃した先で「（標的と）違うかも」と思いながらも無差別に人に襲いかかるなど、本事件につながる一面もあった。
ジョージ・アレグザンダー・マクファーレンは1813年3月2日にロンドンで生まれた。父親は舞踏教師、劇作家、ジャーナリストのジョージ・マクファーレン（George Macfarren）で、母親はエリザベス・マクファーレン（Elizabeth Macfarren, 旧姓 Jackson）であった。7歳の時、父が舞踏教師をしていたイーリングのニコラス博士が経営していた学校に送られた。ここでの数多くの同窓生にはジョン・ヘンリー・ニューマンやトマス・ヘンリー・ハクスリーがいる。虚弱体質で視力の弱かったマクファーレンは、拡大印刷版の聖書を渡されており、他の書物を読む際は非常に度の強い眼鏡を使わねばならなかった。彼は目の治療を行うために、1823年に学校を退学した。治療の甲斐もむなしく、マクファーレンの視力は衰え続けていき、1860年には完全に視力を失ってしまった。しかしながら、視力を失ったにもかかわらず彼の創作には大きな影響は生じなかった。彼は作曲活動において、盲目となったことで生じる不都合を代筆者を雇うことで克服したのである。代筆者の中には作曲家のオリヴェリア・プレスコットがいる。1844年9月27日、マクファーレンはリューベック生まれのクラリーナ・タリア・アンドレ（Clarina Thalia Andrae）と結婚した。彼女はオペラのコントラルト、ピアニストであり、その後ナタリア・マクファーレン（Natalia -）（1827年 - 1916年）として知られるようになる。彼女は王立音楽アカデミーで研鑽を積んだのち、歌手、歌唱指導者または作家としても成功し、翻訳家としては多くのドイツ語の詩や歌曲、オペラの台本を英語に翻訳した。彼女はまた、ピアノ曲を作曲もした。ジョージの弟のウォルター（1826年 - 1905年）はピアニスト、作曲家、王立音楽アカデミーの教授であった。他の兄弟のジョンの妻であるエマ・マリア・マクファーレンもピアニストそして作曲家として活躍した。マクファーレンは「慢性的な気管支炎と弱い心臓に苦しみ」ながらも、仕事の予定を減らすことは拒否した。彼はハンプステッド墓地に眠っている。