本作の単行本第1巻発売を記念して行なわれた、報道各社によるLINK・SAVAN・宵野・『UJ』担当編集・『J+』担当編集への囲み取材によれば、彼らは以下のように答えている。LINKは、『UJ』側から『無印』第1話の出張掲載を依頼された際に『無印』の新規の話も提案されたことがきっかけで「『無印』の構造の需要がまだあるのでは」「まだまだハーレムを描き足りない」という気持ちに至り、元々ファンタジーが好きで挑戦してみたかったうえ、世界観の関係で出しにくい女剣士や修道女、エルフを登場させられることから、「ファンタジー×ハーレム」を提案してダークファンタジーとした。タイトルに「ファンタジア」をつけて新シリーズとしたことについては、『仮面ライダー』や『プリキュア』などのシリーズを例に挙げ、さまざまなヒロインが登場する終末という設定にキャラクターや時代、ユニバースこそ違うものの、読者が得られる喜びは『無印』と同じであると思っている。なお、喫茶店「ルノアール」にてSAVANや『UJ』担当編集と行なう打ち合わせでは、「ここの尻はこうするべきだ」「巨乳キャラにしよう」などと妄想を爆発させているという。SAVANは、以前から『無印』を読んでいたこともあって驚くと共に不安もあったが嬉しく、第1話の高クオリティは宵野に「『無印』が食われるのでは」「世界観が違ってよかった」と焦られ、賞賛されている。また、以前にファンタジー作品を描いていた経験からファンタジーは好きだったうえにもっとうまくなりたい気持ちがあり、「ファンタジーとハーレムが一緒になった漫画があったらな」と思っていたところに依頼されて引き受けたことから、本作には自分の夢が詰まっている。なお、SAVANが以前に『ヤングジャンプ』で描いていた経験から、彼には『UJ』担当編集も注目していたそうである。
ウェンヌと共にターニャを救い、瘴気の影響の大きさを知ったアルクのもとへ女性が救いを求めて現れた頃、ダンジョンではセリーヌとジョアンナが転移の罠に遭ってコカトリスに苦戦させられるが、討伐に成功する。一方、アルクとウェンヌはフェンリルの群れによる窮地を女将軍のキャシアに救われるも彼女の率いる兵団に捕らえられ、瘴気が男性だけを蝕むことを明かされる。尋問に反発して一夜の収監を強要されたアルクたちのもとへはラティが現れ、彼にマハトの蓄積を確認したうえで一息分の力についての情報を与えて立ち去り、続いて現れたターニャがサスカッチによるキャシアの窮地を伝える。アルクはキャシアのもとへ駆けつけるが、サスカッチに雪魔法で彼女ごと雪の室内へ閉じ込められる。そのまま凍らされそうな窮地に際し、アルクは自分の血をキャシアへ与えようとする。
冒険者ギルドにてセリーヌが女魔導師のジョアンナを紹介されていた頃、ナーガラ家ではアルクの父が余命半年であることや、彼の病因は北方のゴーチェ大公国のプラムであることが判明し、アルクには大伯父のアルゲスから召集がかかる。セリーヌがジョアンナにとあるダンジョンへの同行を依頼された頃、アルクはマハトの暴走を防ぐためにラティを抱く。アルクはウェンヌと共に北方へ出発し、セリーヌとジョアンナは魔導書店にてとある魔導書を購入する。宿屋にてセリーヌがジョアンナからダンジョンの詳細を聞かされた頃、野営中のアルクたちは夜盗たちからゴーチェの現状を知る。セリーヌとジョアンナが経験値や資金を稼ぐ一方、アルクとウェンヌはオークたちに襲われた少女のターニャのもとへ駆けつける。
アルクの叔父のトゥートは謀反を目論む。アルクはセリーヌにメイドのウェンヌと剣で勝負するよう命じたうえ、自分を慕う彼女の身体でマハトを試す。セリーヌは憤慨しながら勝負に出るが、マハトの影響を受けたウェンヌに完敗する。まもなく、ナーガラはトゥートに侵攻される。アルクはウェンヌと共に一旦は城を脱出するも戻ったところを彼女の同僚たちを人質としたトゥートに拘束されるが、彼はアルクの部下だった秘書のティアに刺される。驚愕したトゥートをアルクは討ち取り、改めてナーガラの掌握を誓う。一方、アルクのもとを去ったセリーヌは酒場にて給仕娘の窮地を救い、とある人物との面会を依頼される。アルクはナーガラの統治に注力するが、マハトの暴走を経てウェンヌを強姦してしまい、我に返って驚愕する。
「人を喰う巨人」については、小学生のころに偶然視聴した特撮映画『フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ』の影響を受け、諫山が受けたトラウマの1つになっている。また、同時期に読んだ少年漫画『地獄先生ぬ〜べ〜』に登場する画霊「人食いモナリザ」にも影響を受けるなど、これらの作品が巨人を着想するに至る要素となった。諫山は初投稿以降、装置類などを変更した複数のバージョンを制作・投稿しているが、「人を喰う巨人」というコンセプトには変更がない。作中に散見される戦闘シーンでは、諫山の怪獣・巨大ヒーロー好きもあって特撮テイストが多く盛り込まれているほか、格闘技好きも大きく反映されており、格闘技に実際に存在する技や、特定の選手をイメージしてデザインした巨人・攻撃の方法などが作中に登場している（実例は#巨人を参照）。また、諫山にはウルトラマンに格闘技をさせたいという考えもあったという。なお、読み切り版時では巨人が記号的なモンスターであったが、諫山は後日行なわれた新人賞の授賞式にて少年マガジン編集部編集長の森田浩章から「巨人をもっと怖く」との助言を受けていた。そこで、自身がネットカフェでのアルバイト中に経験した、「泥酔して何を考えているかまったくわからないのに知恵はある客」とのやりとりで感じた「意思疎通のできない人間」への恐怖体験を参考にし、記号的に牙や角などを付けるのではなく巨人の表情を喜怒哀楽のどれか1つに限定させることで、巨人から恐怖感や不気味さを生み出すことに成功した。巨人の「食べ物である人間を食しておきながら栄養として吸収しない」という行為については、「後付けである」としながらも菓子研究家の福田里香が提唱する、フィクション作品におけるフード理論に基づいている。福田によるフード理論には「善人は食べ物を美味そうに食べる」「正体不明人物は食べ物を食べない」「悪人は食べ物を粗末に扱う」という3原則があり、これをTBSラジオの『ライムスター宇多丸のウィークエンド・シャッフル』にて聞いた諫山は「なるほど」と納得した。そこで「巨人はお腹いっぱいになったら吐き出す」という設定を追加し、第2巻でのミカサ回想シーンにおいては「食べるという行為の元は戦いだ」と改めて感じながら描写したという。ユミルなどの一部の設定は北欧神話がベースである。また長江俊和は「ソニー」「ビーン」の2体の巨人の名前はスコットランドに伝わる殺人鬼ソニー・ビーンの伝説から採られたものではないかと考察している。