カントは、デカルト的な主観/客観の二項対立図式を前提としつつ、現象と物自体を厳密に区別したのであるが、ヘーゲルによって完成を見たドイツ観念論は、理性によって現象と物自体の区別を乗り越えるような形で発展した。ヘーゲルによれば、カントの認識論は、認識の限界を認識するという循環論法的な議論であって、それはあたかも水に入る前に水泳を習うようなものである。カントの反省哲学の過ちは、二項対立図式を静的で固定なものと考えたところにあり、反省とは「見る自分」と「見られる自分」を区別することから始まるが、自己意識の構造から判明するように、両者が同一であることを「自分」は知っている。彼は、これを「区別のない区別」と呼び、無限という動的な観点を入れれば、見る自分/見られる自分、主観/客観という二項対立図式構造そのものが消滅するとした上で、それは、神が自身を分裂させて、本質を現象させて自己認識を達成することによってその分裂から自分を取り戻し同一性を回復する過程で成し遂げられるとした。このようなヘーゲルの存在論は、弁証法という論理学を基礎に、認識論とネオプラトニズムを統合するというべきものであるが、ヘーゲルの死後、ヘーゲル学派は分裂・対立を繰り返して崩壊し、かえって哲学の危機の時代を招いた。
カントもまたヴォルフと同様に存在論を自身の哲学大系に組み込んでいるが、ヴォルフと異なるのは、存在論を「人間のアプリオリな認識の諸原理・諸要素の哲学」（先験哲学）と説き、存在者を悟性で分析する次元から、対象のアプリオリな「認識」の次元へと転換した点にある。すなわち、存在論の定立は自明なものではなく、そもそも人間の有限な認識によって存在論的認識が可能であるか否かを、批判によって確定することが先決条件であるとしたのである。彼は、純粋理性のアンチノミー（二律背反）のうちの一つとして、世界の第一原因と神の存在証明を挙げ、ライプニッツ＝ヴォルフ学派の形而上学、その背後にあるアリストテレス＝トマス・アクィナス的な神学そのものを批判したのである。このカントの批判哲学によって、ショーペンハウアーが「『純粋理性批判』は存在論を分析知論に変えてしまった」と指摘したように、哲学の中心は認識論に置かれることになる。
存在論を初めて哲学体系に組み入れたのは、18世紀ドイツのクリスティアン・ヴォルフである。彼は、ライプニッツの表象概念を基礎にした体系的な形而上学を構築したので、彼とその後継者の哲学は「ライプニッツ＝ヴォルフ学派」といわれることがある。彼の学問体系は、哲学を理論的哲学と実践的哲学とに分け、前者を「形而上学」と呼び、この形而上学を構成するものとして、存在論、合理的心理学、宇宙論、合理的神学を掲げた。このなかで存在論は「存在者が存在するかぎりにおいての存在者一般の学」であり、優越した特殊な存在者（神や魂）を扱う特殊形而上学（合理的心理学、宇宙論、合理的神学）に「先立つ」一般形而上学として位置づけられた。このようにして、ライプニッツにおいては、神の存在証明、つまり神学と分かち難く結びついていた存在論を分離し、哲学を神学から独立させたのである。
鎌倉時代以降の禅宗の流入は、特に精進料理の発達に寄与した。平安時代までの日本料理は魚鳥を用いる反面、味が薄く調理後に調味料を用いて各自調製するなど、未発達な部分も多かった。それに比べて禅宗の精進料理は、菜食であるが、味がしっかりとしており、身体を酷使して塩分を欲する武士や庶民にも満足のいく濃度の味付けがなされていた。味噌やすり鉢といった調味料や調理器具、あるいは根菜類の煮しめといった調理技法は、日本料理そのものに取り入れられることになる。また、豆腐、氷（高野）豆腐（凍豆腐）、コンニャク、浜納豆（塩辛納豆ともいう）、ひじきといった食材も、精進料理の必須材料として持ち込まれたと考えられる。禅宗のうち曹洞宗では、開祖の道元禅師が宋に仏教を学びに渡った時、阿育王山の老典座との出会いから、料理を含めて日常の行いそれ自体がすでに仏道の実践であるという弁道修行の本質を知ったことから、料理すること、食事を取ることは特に重要視されている。道元が帰国後書いたのが、『典座教訓』（てんぞきょうくん）と『赴粥飯法』（ふしゅくはんぽう）で、ここから永平寺流の精進料理が生まれたという。永平寺では料理を支度することが重要な修行のひとつであり、庫院（調理場）の責任者である典座は、重役の一員に数えられている。江戸時代には、料理屋でも寺院の下請けで仕出したり、仏教活動とは無関係に文人墨客向けに調製することが多くなっていた。京都大徳寺の精進料理は前者、飛騨高山の精進料理は後者の典型的なケースであり、いずれも分離していった懐石料理の手法を再び取り入れたりして、寺院のそれとはやや異なる風雅なものを生み出している。精進料理はすでに記してきた通り、日本料理にも影響を与えて成長を促してきた。永平寺式の精進料理は、室町時代から江戸時代前期にかけて普及した本膳料理に通じる。また、懐石料理は精進料理から派生したものである。現在でこそ、（同音異義の会席料理との混同もあり）豪華なものとなっているが、当初は質素で季節の味を盛り込んだものであり、精進料理の精神が活かされたものであった。普茶料理は、中国料理の調理法が日本風にアレンジされながらも伝来し、けんちん汁、のっぺい汁、葛粉を利用した煮物や炒め物、揚げ煮といった料理や調理法が普及した。これら以外としては、点心の風習がある。これは室町時代に中国から伝わった風習で、軽食として饅頭・羊羹・うどん・素麺などが供された。当初は公家や武士が中心だったこの風習は、やがて庶民にも広がり、現在の昼食につながっていった。野菜を使用する天ぷらは「精進揚げ」などとも呼ぶ（精進上げとは異なる）。