2011年10月5日、膵臓腫瘍の転移による呼吸停止により妻や親族に看取られながらパロアルトの自宅で死去した。56歳没。最期の言葉は"Oh,wow"だったという。正確な死亡時刻はアップルからは公表されなかった（クックが当日に従業員宛てで送ったメールによると、「earlier today（今日早くに）」であったという）が、当局の死亡証明書を取得したロイターやCNNなどにより、現地時間（PDT）5日15時ごろ（日本時間の6日7時ごろ）と判明した。遺体は7日にパロアルトの無宗派墓地に埋葬された。死去前日（10月4日）の午前中にiPhone 4Sの正式発表が行われており、かろうじてその発表を見届けてからの死去となった。長年ライバル関係であったが30年来のよき友人でもあったビル・ゲイツをはじめとする世界中の業界関係者からその死を惜しむ声が相次ぎ、バラク・オバマアメリカ合衆国大統領も弔意を表明した。ArchiCADなどの建築CADソフトウェアを手がけるグラフィソフトでは、同年12月21日、ハンガリーの彫刻家であるErno Tothによって彫られたジョブズの銅像をブダペストのグラフィソフトパークに建立した。同社は創業期以来、商品の開発および販売面でジョブズ率いるアップルから支援を受けており、同社の本社があるグラフィソフトパークはジョブズの魂を追悼するのにもっともふさわしい場所であるという。なお、ジョブズの銅像が建てられたのは世界初である。
2000年には、それまで拒否していたCEO就任を正式に受諾。彼の貢献に対し、アップルの普通株式1,000万株のストックオプションが付与された。2001年3月、NeXTとアップルの技術を融合させ、オープンソース由来の技術を積極的に取り込んだMac OS Xを発売。Classic Mac OSの後継とした。同年、iTunesとiPodによって音楽事業に参入、音楽事業をパソコンと並ぶアップルの事業の柱にした。数千曲の音楽データを気軽に持ち歩き、スクロールホイールで手軽に楽曲を選び視聴することができるiPodは、世界中に驚きを与えると同時に多くの人々を魅了した。2007年1月9日、Macworld 初日の基調講演にてジョブズがiPhoneを発表し、アップルはNewton撤退以来9年ぶりに携帯コンピュータ事業に復帰する。iPhoneはスマートフォンを再定義する製品となり、ジョブズがCEOを退任する2011年までに、携帯電話事業はアップルの総売上高の5割を占めるまでに成長した。
NeXT社の仕事の一方で、ジョブズは1986年2月7日にルーカスフィルムのコンピュータ関連部門を1,000万ドルで買収し、ピクサーと名づけ、そのCEOの座に就いた。ピクサーの主要商品は、レンダーマンというシリコングラフィックスのIRIX上で動くレンダリングソフトであり、約10万本のセールスを記録し『ジュラシックパーク』のコンピュータグラフィックス制作でも使われた。ジョブズは、ピクサーに対してあまり口出ししなかったが、手っ取り早く利益があげられるコンテンツ作成をピクサー社のメンバーに提案した。1991年、ピクサーは、ディズニーにCGアニメーション映画作成の売り込みを行い、同年3月3日に3本の劇場用作品の契約を結んだ。この結果、4年の歳月と、70台のSGIワークステーション、117台のSUNワークステーションを使った、全編コンピュータ・グラフィックスのアニメ映画『トイ・ストーリー』が、1995年11月22日に封切られた。公開までの4年間、ジョブズはピクサーに5,000万ドルを投資しており、「こんなに金がかかるとは思っていなかった」と告白している。しかし、トイ・ストーリー公開直後に、ピクサーは株式を上場、またもジョブズは多額の資産を手に入れることになった。2006年5月5日、ディズニーはピクサーを買収し、同社はディズニーの完全子会社となった。また、ジョブズ自身も、ディズニーの個人筆頭株主（持株率約7%）になると同時に、ディズニーの役員に就任した。
1990年、スタンフォード大学にて講演を行った際、聴衆の一人であったローレン・パウエルと出会った。公演のあと、ジョブズにはミーティングがあったにもかかわらず、彼女と夕飯を食べに出かけた。1991年、二人はヨセミテ国立公園で結婚式を挙げ、9月には長男のリード・ポール・ジョブズが生まれた。
Apple Iの後継機種である「Apple II」は、1977年4月16 - 17日に開催された第1回「ウェスト・コースト・コンピュータ・フェア」で初めて発表され、その後希望小売価格1,298ドルで発売された。むき出しの基板（マザーボード）として販売されたApple Iとは大きく異なり、Apple IIは基板やキーボード、電源装置などが一体化された筐体であり、テレビ等の外部ディスプレイを接続すればすぐにコンピュータとして使用することができたほか、ディスプレイにカラー表示することが可能なのも大きな特長だった。Apple IIは1980年には10万台、1984年には200万台を超える売り上げで、莫大な利益をアップルにもたらした。1980年12月12日、アップルは新規株式公開（IPO）を行い、自動車会社フォードが1956年に行ったIPO以来最高となる資金調達額を記録した。このIPOにより、750万株を持つジョブズは約2億5,600万ドルの個人資産を手に入れた。なお、ジョブズの実家のガレージで創業したと広く信じられ、2013年の伝記映画『スティーブ・ジョブズ』などでもそのように描写されたり、死後バラク・オバマ大統領によって言及されたりしているが、ガレージという部分については2014年12月にウォズニアックが「ちょっとした作り話」「誇張されたもの」と否定している。
作品外で創作されたミノフスキー粒子関係技術のうち、ミノフスキークラフトについては早い段階で映像に反映されたが、他は『機動戦士Ζガンダム』以降も必ずしも公式な設定としては反映されていなかった。元々、『ガンダムセンチュリー』以前に出版された『機動戦士ガンダム大事典』では、ミノフスキー粒子は電波を妨害する数種類の帯電機能を持つ微小粒子を散布し、それが宇宙空間中のプラズマと融合して不安定イオン状態を作ることで、電波を反射・吸収する状態を作り上げるという設定であった。また、メガ粒子砲は重金属の粒子を磁気で加速させて発射する荷電粒子砲であり、ビーム・ライフルはそれを小型化したものと設定されていた。ビーム・サーベルはメガ粒子の束を柄から放出するものであり、ビーム攪乱幕に使われるビーム拡散粒子はミノフスキー粒子の発展型のようなものという記述もある。これらの設定はその後も消えたわけでは無く、『0083』の頃でも見られる。「Iフィールドによるビーム・バリアー」の解説は『ガンダムセンチュリー』の時点であるが、映像作品中での言及は『機動戦士ガンダム0083』が最初となる。それ以外の設定についても、現状の映像作品中で全てが言及されているわけではないが、多くは『データコレクション』のようなアニメ関連資料でも掲載されており、広く定着している。富野由悠季の小説『機動戦士Vガンダム』の本文では、アニメ版『Vガンダム』の設定と異なりビーム兵器は一貫して「重金属粒子」と記述されている。『ガンダム Gのレコンギスタ』でもビームを「重金属粒子」とする資料が見られる。