1967年（昭和42年）2月の市議会で、霞ヶ浦海岸を埋め立てて第3四日市コンビナートを誘致する議案が、九鬼のリーダーシップで保守系議員の賛成により強行採決された。同年12月25日の市議会で九鬼は、公害訴訟企業の三菱油化四日市事業所の総務部長加藤寛嗣を四日市市の助役に選任する議案を提出した。加藤は三重県知事田中覚の従兄弟であった。四日市公害訴訟では、四日市市などの行政は被告となっていなかったが、市は四日市コンビナート企業と同様に、塩浜病院に入院する原告患者側と敵対して戦う意思を表明した。1968年（昭和43年）9月30日に住民と企業の対話集会があり、公害対策のための住民・企業の対話をうたい文句に「四日市地域公害防止対策協議会」の第1回総会が四日市商工会議所のホールで開催された。同協議会は会長が田中知事、副会長が九鬼であった。記者会見で九鬼は「四日市公害訴訟を取り下げて、公害防止協議会での話し合いによる解決を望む」と発言した。1972年（昭和47年）7月の四日市コンビナート企業6社の民事責任を認めた四日市公害訴訟の判決時には、四日市の行政責任を認めて塩浜地区民など市南部の住民に謝罪した。この間、1971年（昭和46年）に霞ヶ浦緑地公園に霞ヶ浦緑地由来碑を建立した。
四日市のさらなる工業化を目指して、九鬼は第2コンビナート（午起地区）の建設を、公害による反対運動がある中で強行した。また、四日市港と共存して四日市港埠頭と兼務する第3コンビナート（霞ヶ浦地区）を建設計画を立案し、法人税や固定資産税の増加を目指して四日市コンビナートに進出した石油化学系企業を税制面で優遇した。九鬼は大気汚染を出していた石油化学企業や財界の味方につき、四日市ぜんそくは一般的な病気で、千葉県の東京湾沿岸のコンビナート・神奈川県の川崎市コンビナート・岡山県の水島コンビナートでも喘息になるはずで、水俣病やイタイイタイ病のように明確な原因物質が特定されたわけもなく、日本中によくある病気であり、本当に四日市コンビナート企業が原因なのか、他に原因があるのではないかと主張した。そして、市の小中学校でのマスク使用を中止したり、公害対策に真剣に取り組む姿勢を示さなかった。そのため、革新政党や環境運動家によって、公害患者をいじめる悪い市長、無責任市長と批判され、「公害市長」としての悪評が広がった。九鬼は四日市市長として、四日市ぜんそくで自殺者を出した責任を問われた。最初の自殺者は、1966年（昭和41年）7月10日に自宅で死亡した、当時76歳の男性であった。男性は大協石油四日市製油所に隣接する稲葉町に住んでおり、遺書には「死ねば楽になれる」と記されていた。1966年（昭和41年）7月14日、四日市公害対策協議会の主催で男性の追悼市民大会が開催され、患者を守る会副会長の60歳の男性が、自殺した男性の遺影を持って、静かなデモが行われた。それから1年後の1967年（昭和42年）6月13日、その60歳の男性が、自宅に隣接する菓子工場で自殺した。自殺10日前の日記には、「午後5時過ぎよりスモッグがひどい。亜硫酸がすのため咳がやまず。弁当を作って早々に我が家を飛び出す。ああ残念。家にいたくてもさびしい所に行かなければならぬ。くやしい。九鬼市長ぜんそくやってみろ。公害の影響で死にたくない」と記されていた。「四日市に公害はない」「一般的な病気である」とする九鬼市長の公害責任が問われることになった。
青森県八戸市三日町の呉服屋「丸三」の三男として生まれる。 青森県立八戸高等学校へ進学し、八戸高校の籠球部時代に「はやぶさの哲」と呼ばれた（当時の遠征の様子を『笹舟日記』に残している）。1949年に高校を卒業して早稲田大学政治経済学部経済学科へ進学したが、1950年に次兄失踪のため、休学して父の郷里の金田一村湯田（現在の二戸市）に帰郷、八戸市立白銀中学校で助教諭として体育と英語を教える。やがて小説を書き始め、1953年に早稲田大学第一文学部フランス文学科へ再入学する。在学中の1955年（昭和30年）新潮社の同人雑誌賞を受ける。卒業後は作家活動に入り、1961年（昭和36年）『忍ぶ川』で芥川賞を受賞した。前半生の陰鬱さが作風に表れながらも、南部地方らしい男女の情緒の描き出し方に一定の評価を得た。1963年、NHK連続テレビ小説『繭子ひとり』の原作を書き、1971年に刊行した児童文学『ユタとふしぎな仲間たち』も、NHK少年ドラマシリーズになり、劇団四季によってミュージカル化されて何度も上演されている。1976年『拳銃と十五の短編』で野間文芸賞を受賞し、文壇的地位を確立する。不幸な女性、故郷青森の風土を背景とした貧しい人々を描き、『おろおろ草紙』では江戸時代の東北の飢饉を描き、『白夜を旅する人々』では、一家に遺伝する病気を描いた。また川端康成文学賞受賞の短編「じねんじょ」「みのむし」を含む「短編集モザイク」シリーズも、こうした素材をリリシズムをもって描く作風で知られる。『少年讃歌』では天正遣欧使節を描いて新境地を開いた。自選全集全13巻がある。1984年から2003年の年度末まで芥川賞選考委員を務めた。逸話としては綿矢りさの『蹴りたい背中』について、当時の選考委員である石原慎太郎と共に懐疑的な意見を示している。1988年、日本芸術院会員。やまなし文学賞選考委員を務めた。また高校の先輩である松下正寿の母や、同じ青森県出身である太宰治亡き後の晩年の生活を送る井伏鱒二と親交があった。2010年8月29日、鬱血性心不全のため東京都文京区の病院で死去（満79歳没）。戒名は香玄院文苑哲秀居士である。