在来線駅舎は2014年10月19日、新幹線駅舎は2015年3月14日に、それぞれ運用が開始された。信越本線の新線への切り替え工事は同年10月18日夜から翌10月19日早朝の間に実施し、同日の始発から在来線駅の営業を開始し、前述のとおり新幹線開業までの間は引き続き「脇野田駅」として営業していた。また上越市は移設に合わせ、新幹線・在来線両駅舎2階の改札口に面する東西自由通路「脇野田通り」と、西口駅前広場の供用を同日から開始した。移設完了時点では東口側の駅前広場は未整備だったが、2015年3月13日から車両乗り入れ等の暫定供用が開始され、引き続き旧線施設の撤去などの施工が進められている。なお旧駅舎の撤去作業は同年11月5日から7日にかけて、旧駅舎付近の長谷川八郎顕彰碑や記念植樹などを東西の駅前広場内へ移設・移植する作業は駅移設後から11月にかけて、それぞれ実施された。東口側に面する新幹線駅舎のデザイン原案は「『さくらと雪の平原』 - 心地よい軽やかさと繊細さ」で、鉄道建設・運輸施設整備支援機構が2010年（平成22年）6月に上越市から要請を受けて作成し、同年10月25日に提示した3案のデザインから、市の諮問機関が同年11月29日に選定した「A案」を基に設計されたもので、外装部は高田公園に舞う桜と高田平野の雪景色をテーマにデザインされ、白を基調とした外壁には風に舞う桜の花びらを模した、桜色のパネルが曲線的に配置されている。また新幹線・在来線両駅舎と自由通路の内装は「和モダン」をテーマにデザインされており、天井や壁面などの内装部材には越後杉などの県内産木材が使用されている。
当駅にはJR東日本・JR西日本の北陸新幹線と、えちごトキめき鉄道の妙高はねうまラインの2路線が乗り入れている。北陸新幹線は当駅がJR東日本とJR西日本の管理境界駅となっている（駅施設の管理はJR東日本新潟支社が受託している。詳細は後述）。一方、在来線については駅舎竣工当時から半年間はJR東日本（信越本線）の妙高高原駅 - 直江津駅間の脇野田駅であったが、北陸新幹線の開業に併せて上越妙高駅に改称し、JR東日本から経営分離され、えちごトキめき鉄道へ移管された。新たな路線名称は「妙高はねうまライン」に改称された。北陸新幹線の定期列車のうち、「はくたか」計15往復の全列車が当駅に停車する。上り（長野・東京方面）の定期列車はいずれも金沢駅始発で、当駅の上り始発列車は7時台となることから利便性確保のため、当駅始発・長野駅終着の上り臨時「はくたか」が通年運転の臨時列車として平日朝に1本設定され、長野駅で後続の「かがやき」への乗り換えが可能となっている。新幹線延伸開業時のダイヤにおける主要駅間の所要時間は、当駅 - 東京駅間が最速で1時間46分、当駅 - 金沢駅間が各駅停車で1時間3分となっている。また妙高はねうまラインでは新幹線との接続を考慮したダイヤが編成され、加えて新幹線と信越本線の柏崎駅・長岡駅方面との接続列車として、新潟駅 - 当駅・新井駅間の特急「しらゆき」5往復と新潟駅 - 新井駅間の快速列車（愛称なし）2往復が新設された。
当駅は上越市南部にあり、市内の高田市街地と妙高市市街地のほぼ中間に位置する。北陸新幹線の開業に合わせて在来線（信越本線）の移設が進められ、2014年（平成26年）10月19日から旧駅舎西側120mの地点に建設された現在の橋上駅舎の運用が開始され、2015年（平成27年）3月14日には同新幹線の長野駅 - 金沢駅間が延伸開業し、新幹線駅舎の運用が開始された。また同日付で信越本線が並行在来線としてJR東日本から経営分離され、第三セクター鉄道のえちごトキめき鉄道へ移管し、駅名を脇野田駅（わきのだえき）から上越妙高駅に改称した。
5月1日、西園正都を鞍上に新潟開催の未出走戦でデビュー。当日は1番人気に推されると、2着に9馬身差を付けて初戦勝利を挙げた。約3カ月後の足立山特別（500万下条件戦）では武豊が手綱を執り、ここも8馬身差で圧勝。2戦の内容に「（春の牝馬二冠を制した）ベガの三冠を阻む馬」との声も上がり、同馬の主戦騎手を務める武も「キャリア1戦の上に休養明けでこれだけのレースができるんだから、能力が違う」「秋にはベガのライバルになるかも」と評した。しかし牝馬三冠最終戦のエリザベス女王杯見据えて出走した秋分特別（900万下条件戦）では、調整過程で発熱や蕁麻疹を生じ順調でなかったことや、競走当日に発情を起こしたこともあり、生涯最低の5着と敗れた。エリザベス女王杯出走に向けて獲得賞金加算の必要があったことから、10月16日には2クラスの格上挑戦となる重賞の府中牝馬ステークスに出走。角田晃一を背に当日4番人気の支持を受けると、好位追走から直線で余裕をもって抜けだし、キャリア4戦目での重賞初勝利を挙げた。これで名実共にエリザベス女王杯への有力馬となったが、勝った3戦はいずれも1600メートル近辺の距離で、唯一の敗戦は2000メートルでのものだったことから、女王杯の2400メートルという距離を不安視する見方もあった。11月14日のエリザベス女王杯では、距離不安もあり5番人気の評価だった。レースでは中団追走から最後の直線で一時先頭に立ったが、直後に9番人気のホクトベガに内側からかわされ、同馬に1馬身半差の2着と敗れた。騎乗した角田は「抜け出したときは勝てると思ったんですが、ホクトベガはノーマークでした」と語った。年末には武豊騎乗で阪神牝馬特別を制し、重賞2勝目を挙げてシーズンを終えた。