ムハンマド・アリーが総督に就任した当時、政治の混迷が続いていたエジプトの経済状態は著しく悪く、総督府の財政状態は極めて不健全であった。フランス軍の撤退後、3人の総督およびマムルーク指導者が軍隊への給料遅配あるいはそれを避けるために課した重税に対する反発から失脚しており、財政再建はムハンマド・アリーにとって権力を維持するための最優先課題のひとつであった。ムハンマド・アリーは歳入を確保すべく、農地に関する税制の改革に取り組んだ。それまでエジプトには数多くの免税地が存在し、課税対象農地については徴税請負人やその代理人が徴税を担当していた。税収の6割近くはこれら介在者の手に渡っており、さらに様々な名目の税金が不定期に徴収されていた。ムハンマド・アリーは免税地を削減し、20以上あった課税理由をハラージュに一本化し、政府の官吏が定期的に直接徴税を行うよう制度を改めた。税率は農地測量の結果に基づいて決定された。1810年から下エジプトで、1813年から上エジプトで測量が開始されている。既得権益を抱える徴税請負人たちの抵抗もあったが、農地全体の3分の2を管理下に置いていたマムルークの排除に成功したことで改革を進めることが可能となった。税制改革の結果、徴税効率が向上し税収は増加した。
第二次エジプト・トルコ戦争に敗北し、降伏交渉が完了したのは1841年6月のことであった。エジプトは領土の多くを失い、最盛期に15万以上の規模を誇った軍隊は1万8000万に削減され、海軍艦艇の建造および将軍以上の軍人の任命にはオスマン帝国の承認を得なければならなくなり、主要生産品の政府独占および専売制は廃止され、定率の関税、および治外法権を認めさせられるなど国力は大きく衰退した。その一方、オスマン帝国の宗主権のもとムハンマド・アリー家のエジプトおよびスーダンにおける総督職の世襲が認められ、エジプトは形式的には引き続きオスマン帝国の統治下に置かれるものの、実質的には本国政府から独立した行政権を行使できるようになった。山口直彦は、これをもって正式にムハンマド・アリー朝が成立したとする。
1839年4月、肺結核のため死に瀕していたマフムト2世はオスマン帝国軍8万をシリアに侵攻させた。ムハンマド・アリーは当初ヨーロッパ諸国の介入を警戒しイブラーヒーム・パシャに自制するよう命じていたがやがて迎撃に転じた。6月24日、イブラーヒーム・パシャ率いるエジプト軍は現在のトルコ共和国ガズィアンテプ付近でオスマン帝国軍を撃破し、1万4000人を捕虜にした。さらにマフムト2世が7月1日に病死し、アブデュルメジト1世が跡を継いだ直後の7月7日、オスマン帝国海軍大提督アフメット・フェウズィ・パシャ（アフマッド・ムシル）が指揮下の全艦隊を率いてムハンマド・アリーに降伏した。確執のあるヒュスレヴ・パシャがアブデュルメジト1世のもと新宰相に就任したことを、アフメット・フェウズィ・パシャが嫌ったのが原因の一つと言われている。窮地に立たされたオスマン帝国はムハンマド・アリーに対し、全支配地域における統治権の世襲を認める構えを見せた。
シリアには伝統的に宗教間宗派間の対立が激しく、紛争が絶えなかった。また封建的領主が幅を利かせ、地方行政の担い手が入札によって決められていたこともあって政治・行政の秩序は大いに乱れていた。さらに辺境地域では砂漠地帯の遊牧部族やワッハーブ派が治安を乱し、治外法権をもつヨーロッパ諸国の商人や領事は特権を悪用して私腹を肥やし、税秩序を乱していた。ムハンマド・アリーはシリア社会の腐敗を是正しようと、シリア総督に就任したイブラーヒーム・パシャを通じ、強力な軍事警察力を背景とした武断的改革を実行しようとした。その結果地租収入が適正化の兆しを見せるなど改革は行政分野において一定の成果を収めたが、軍事力強化のために行われた戦時臨時税の徴収や労働力の徴用・食料の徴発は反発を招いた。さらにキリスト教徒やユダヤ教徒の地位を向上させようとしたことに対し、イスラム宗教界は激しく反発した。イブラーヒームがアラブ人を重用しようとしたことも、アラブ人と同視されることを嫌うシリア人の反感を買った。シリア人はムハンマド・アリーに対し面従腹背したに過ぎなかった。さらにイブラーヒームが強圧的な徴兵制を実施しようとしたことは、ローマ帝国の統治下にあった頃より兵役に就かず傭兵に頼ってきたシリア人の拒絶を招いただけでなく、人道的な観点からヨーロッパ諸国の反発を招いた。1838年、イスラム教ドゥルーズ派による大規模な反乱が起こるとオスマン帝国はこれに乗じる動きを見せ、反乱を煽った。
日輪山観音院南光寺と号す。鎌倉時代に弘法大師がこの地に巡錫され、行基菩薩作の白衣観音菩薩を本尊として開創されたといわれている。建武2年（1335年）7月22日、大塔宮護良親王に仕えた南の御方が入山したとされる。南の御方は、護良親王が鎌倉薬師谷御所で足利直義により非業の死を遂げた後、皇子を産み新田家を頼って阿左美の地に庵を結び、終生、南光比丘尼として親王の菩提を弔うことに捧げた人といわれる。その後、慶長（1596年 - 1615年）年間、永真大徳により中興開山、慶安2年（1649年）、良源の時に徳川家光より領地御朱印21石4斗を給せられ、高野山龍光院末中本寺の格式を得、末寺1ヶ寺を有して現在に至る。本尊の胎蔵界大日如来は大仏師の備前法橋、朝安の作と伝えられ、本堂内にはその他に不動明王、薬師如来、阿弥陀如来、金剛界大日如来、真言六観音、愛染明王などが安置されている。山内の一角には、元禄（1688年 - 1704年）期に阿左美村村中講の人々により厄除け、疫病退散の守護仏として寄進された笠懸疣取地蔵尊が祀られている。その側には、安政の六地蔵尊の石仏も祀られている。