剣術流派においては、相打ちを極意とするところもあり、こうした傾向は江戸時代後期では特に強い。相打ちを重要視している剣術は、陰流系統の流派に多い。「皮を斬らせて肉を断つ～骨を斬らせて髄を断つ」とあるように、剣術流派における相打ちの概念とは、自分が勝って生き残る事が前提である。相打ちに見えるようで、相打ちではない場合もある（ボクシングのクロスカウンターに似た側面がある）。これはどのような達人同士であってもわずかに実力差が生じる為とされる。事例としては柳生三厳の逸話であり、映画『七人の侍』にも引用されている。
1861年1月14日（万延元年12月4日）、米国駐日公使タウンゼント・ハリスの通訳を務めていたヘンリー・ヒュースケンが攘夷派に襲われ、翌日死去した。オールコックは外国人の安全を保証できない幕府への抗議として、外交団が横浜へ引き移ることを提案したが、ハリスはこれに反対した。結局オールコックはフランス公使ギュスターヴ・デュシェーヌ・ド・ベルクールと共に、横浜へ移った。江戸へ戻ったのは1ヵ月後であったが、この頃からハリスとの関係が悪化し始めた。1861年4月下旬からモース事件の後処理のため香港に滞在した。この間にロシア軍艦対馬占領事件の報告を受け、英国東インド艦隊司令官ジェームズ・ホープと協議し、軍艦2隻を対馬に派遣して偵察を行わせた。オールコックは5月後半に長崎に到着、6月1日（4月23日）に長崎を出発、瀬戸内海および陸路を通る34日の旅行をし、7月4日（文久元年5月27日）に江戸に戻った。翌7月5日（5月28日）、イギリス公使館を攘夷派浪士14名が襲撃した。オールコックは無事であったが、一等書記官ローレンス・オリファントと長崎駐在領事ジョージ・モリソンが負傷した（第一次東禅寺事件）。これを機にイギリス水兵の公使館駐屯が認められ、イギリス艦隊の軍艦が横浜に常駐するようになった。8月13日（文久元年7月8日）、艦隊を率いてホープが来日すると、翌8月14日（7月9日）、オールコックはホープと共にイギリス艦隊の圧力による対馬のロシア軍艦退去を幕府に提案し、幕府はこれを受け入れた。9月19日（8月15日）、ロシア軍艦は対馬から退去した。この8月14日（7月9日）および翌15日（7月10日）に行われた会談は、オールコック、ホープ、オリファント（第一次東禅寺事件で負傷し帰国予定）、老中・安藤信正、若年寄・酒井忠眦に通訳を加えただけの秘密会談であった。オールコックはここで幕府権力の低下という実態を知った。1860年頃より、幕府は新潟、兵庫および江戸、大坂の開港開市延期を求めていたが、オールコックはこれを断固拒否していた。しかし、この会談の後、オールコックは開港開市延期の必要性を理解し、幕府が派遣予定の遣欧使節を強力にサポートする。オールコックは1862年5月1日から開催予定のロンドン万国博覧会に自らが収集した日本の文物を出品のほか、この遣欧使節が招待客として参加できるよう手配していたが、それに加えて自身の休暇帰国を利用して、直接英国政府に開港開市延期を訴えることとした。使節一行は1862年1月21日（文久元年12月22日）日本を立ったが、オールコックは同行せず、3月23日（文久2年2月23日）に日本を離れ、後を追った。帰国直前の3月16・17日（2月16・17日）の両日、オールコックは老中首座・久世広周と秘密会談を持ち（安藤信正は坂下門外の変で負傷）より詳しく日本の情勢を理解した。5月30日にロンドンに着き、6月6日、5年間の開港開市延期を認めるロンドン覚書が調印された。帰国中の6月19日、バス勲章を授与され、サーの称号を得た。また、この休暇中、ラザフォードは自著『大君の都』を出版する手配を終え、1863年にロンドンで出版した。この著述で、日本が美しく国民の清潔で豊かな暮らしぶりを詳述する一方で、江戸市中での体験から「ペルシャ王クセルクセスの軍隊のような大軍でも編成しないかぎり、将軍の居城のある町の中心部をたとえ占領できたとしても、広大すぎるし敵対心をもった住人のもとでは安全に確保し持ちこたえられるヨーロッパの軍人はいないだろう」と書いた上で、日本人について以下のように綴っている。彼らは偶像崇拝者であり、異教徒であり、畜生のように神を信じることなく死ぬ、呪われた永劫の罰を受ける者たちである。畜生も信仰は持たず、死後のより良い暮らしへの希望もなく、くたばっていくのだ。詩人と、思想家と、政治家と、才能に恵まれた芸術家からなる民族の一員である我々と比べて、日本人は劣等民族である。 — オールコック『大君の都』約2年の休暇の後、1864年（元治元年）春に日本に帰任したが、日本の様相は一変していた。帰国中に生麦事件とそれに対する報復としての薩英戦争が発生、長州藩による外国船砲撃のため、関門海峡は航行不能となるなど、日本国内の攘夷的傾向が強くなっていた。幕府も、攘夷派懐柔のためにヨーロッパに横浜鎖港談判使節団を派遣していた。オールコックはこれを打破しようとして、四国艦隊下関砲撃事件では主導的役割を果たすが、これを認めなかった外相ジョン・ラッセルにより帰国が命じられた。駐日公使はかつて清で彼の部下だったハリー・パークス（在任、1865 - 1883年）に引き継いだ。