明治政府の策定しようとした歴史的仮名遣いは、必ずしも受け入れられたわけではなかった。もっと発音通りにして記憶の負担を軽くしようという反対論も根強かった。実際、国定教科書において明治37年度-42年度（1904-09年度）の6年間、俗に「棒引き仮名遣い」と呼ばれるものが行われた。これは字音の長音を発音通りに長音符「ー」で統一的に表記するものであった。例えば「ホントー　デス　カ」「ききょーもさいてゐます」のようなものである。大正13年（1924年）、臨時国語調査会の総会において、表音式の「仮名遣改定案」が可決された。拗音の「ゃ・ゅ・ょ」や促音の「っ」を右下に小さく書くほか、例外なく「じ・ず」に統一し、「通る」「遠い」も「トウる」「トウい」にし、「言う」を「ユう」とするなど、急進的なものであった。しかし山田孝雄や芥川龍之介、与謝野晶子、橋本進吉などの反対論があり、日の目を見なかった。その後も修正案が作られ、第二次世界大戦を迎える。
元禄時代になって国学が興るとともに、契沖が奈良時代から平安時代中期の文献を元に『和字正濫抄』（わじしょうらんしょう）を著した（1695年刊）。契沖は徹底的に文献に基づく実証的な研究を行った。そこで、定家仮名遣いが上代の文献とは相違することを突き止め、「濫れを正す」とした。契沖の仮名遣いはすぐに受け入れられたわけではなかった。 橘成員は『倭字古今通例全書』を著して契沖の仮名遣いとは異なる、定家仮名遣いに近い仮名遣いを示した。契沖はこれを自著に対する批判と受け取り、『和字正濫通妨抄』で感情的な反論をしたがこれはついに出版されなかった。契沖仮名遣いで用いられる仮名の体系は、いろは47文字の体系で解釈するものである。つまりア行のエとヤ行のエの区別や上代特殊仮名遣の区別などは採用されなかった。また契沖は五十音図を作成したが、「を」をア行に、「お」をワ行に宛ててしまった。これは後に本居宣長によって、現在と同じような位置に訂正された。江戸時代中期には契沖仮名遣いを継承する国学者が現れた。楫取魚彦（かとりなひこ）の『古言梯』（こげんてい、ふることのかけはし、1768年ごろから刊）、そして本居宣長の『字音仮字用格』（じおんかなづかい、もじごえのかなづかい、1776刊）である。宣長は、中国の漢字音を整理した『韻鏡』なども利用して、日本漢字音の仮名遣いを体系的に整理した。その結果、万葉仮名の「お」「を」がそれぞれア行、ワ行に属することが明らかになった。しかし、韻尾の -n と -m の区別を廃して一律に「-ム」としてしまった。これが誤りであることは後述する。その他にも後代に賛成を得られなかった点は少なくないが、字音仮名遣い研究の基礎となった。そのほか白井広蔭『音韻仮字用例』（おんいんかなようれい、1860刊）などもある。契沖仮名遣いは、和歌・和文や国学の著作の著述に用いられたが、日常の俗文をも規制するものではなかった。宣長も俗文を作文する際には当時一般の仮名の用い方をしている。
松本市西郊を走り、沿線の通勤・通学および上高地などへの観光の足となっている。終点の新島々駅にはバスターミナルが設けられ、上高地・乗鞍方面などへのバスが発着し観光客や登山者の拠点となっている。1921年（大正10年）、筑摩鉄道により「島々線」として松本駅から新村駅まで開業。翌1922年（大正11年）、島々駅まで延伸し、社名を筑摩電気鉄道に変更。1932年（昭和7年）には社名を松本電気鉄道に変更し、「松本電鉄島々線」と呼ばれた。1955年（昭和30年）より島々線を「上高地線」と改めたが、その後も長らく島々線の名称も使われた。1983年（昭和58年）の台風10号による土砂崩れで線路が埋まり、新島々駅 - 島々駅間が廃止された。2010年（平成22年）3月30日に東筑摩郡波田町が松本市に編入され、以後全線が松本市内を走る路線となった。乗客減少が続き予断を許さない経営状態が続いていたが、2007年（平成19年）12月、松本電気鉄道が属するアルピコグループが債務超過に陥り経営破綻。松本電気鉄道についても上高地線の設備更新費用の捻出が困難となり、単独での事業継続を断念した。2008年（平成20年）以降アルピコグループの経営再建が行われ、鉄道事業については継続を表明。松本電気鉄道の経営体制の見直しが図られ、2011年（平成23年）4月1日、松本電気鉄道がグループ内の川中島バス・諏訪バスの2社を吸収合併する形で鉄道・路線バス事業を統合し、社名を「アルピコ交通株式会社」に変更した。アルピコ交通への社名変更後も引き続き「松本電鉄上高地線」の名称が併用されており、アルピコ交通自体が「松本電鉄上高地線」と公称しているほか、駅案内表示・駅や車内での案内放送等も「アルピコ交通」の社名は使わずに大半が従来通りの「松本電鉄線」「松本電鉄上高地線」の名称を用いている。路線維持のため行政からの支援を受けており、また地域住民団体等による存続運動も行われている。