その他の団体でも「認定カウンセラー（1986年設立）」「キャリアカウンセラー（1992年同）」「学校カウンセラー（1995年同）」「学校心理士（1997年同）」「臨床発達心理士（2002年同）」などの資格認定が行われ、それぞれに活動していた。 これらの資格は、文部科学省（旧文部省）のスクールカウンセラー事業における任用規定では、スクールカウンセラーに「準ずる」者とされていた。そこでこれら資格の認定機関や学会の中には、文部科学省に対し、これらの資格取得者について正規のスクールカウンセラーとして扱ってほしい、「準ずる」という扱いを改善して欲しいと要請するものがあり、そのような団体が連合して活動しようとする機運もあったが、各団体の認定する資格が消滅してしまうのではないかという不安から話はまとまらなかった。
1990年5月に日本カウンセリング学会が「学校現場において生徒指導・教育相談・学級経営などの分野で指導者的立場から指導及び助言を行えるものが設置されるべき」という考えから、日本教育心理学会・日本進路指導学会に「学校機関における『相談指導教諭（仮称）』制度新設」を呼びかけ、両学会はこれに応じた。以来3学会が連携し、実現に向け検討を行った。1997年には文部省中学校課に「養護教諭が児童生徒の身体の擁護をつかさどるように、心の問題を担当し、また子どもたちの適応的・進路的相談指導をつかさどるもの」として「相談指導教諭（仮称）」制度の新設案を提示（1/15付）した。が、実現には至らなかった。
1986年1月、日本進路指導学会が文部省（当時）の福井謙一教育課程審議会会長宛に「学校における進路指導の充実に関する要望書」を建議した。その内容は進路指導の内容に子どもたちの進路に関する発達課題を設定し、主体的な進路選択の能力を育成することや、それら指導を推進するために全国の一定規模以上の学校に定員外専門職として児童・生徒の進路に関わるガイダンスカウンセリングを担当する進路指導主事を配当する事などであった。これらの要望の多くは日の目を見なかったが、その後の教育職員免許法の改正に際して、教職専門科目の必修科目として「生徒指導」「進路指導」「教育相談」が新設されることになり、これらの要素が学校教員に求められることが明確になった点では一定の成果が見られた。
ガイダンスカウンセラーは学校教育の場において子どもたちの学習、進路、人格・社会性、健康の面における発達を援助する教育の専門家である。資格認定を行う一般社団法人日本スクールカウンセリング推進協議会は、スクールカウンセリングを「生徒指導、教育相談、進路指導、キャリア教育、特別活動、道徳教育、特別支援教育を一つの知識体系と技法体系にまとめあげた教育方法」と定義しており、ガイダンスカウンセラーは心理相談だけでなく、学業・進路・人格形成・社会性・健康など様々な面で支援を行う者とされ、その点、文部科学省派遣のスクールカウンセラーである臨床心理士や精神科医などとは性格や守備範囲が異なる。後者が心や行動の問題に悩む人々について臨床心理学の知識・技術を用いて心理的な問題を扱う「心理臨床の専門家」であるのに対して、前者はすべての子どもたちについて学習、進路、人格・社会性、健康の面における発達を援助する「教育の専門家」といえる。2017年3月現在の有資格者は3,509名。
その後「日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約」や原発問題への対応の相違が原因となって自民党系及び民社党系勢力が脱退した（民社党系は核兵器禁止平和建設国民会議（核禁会議）を結成　自民党系の団体はなし）。1961年、原水禁7回大会は、「最初に実験を開始する政府は平和の敵、人道の敵」と決議したが、その直後の8月30日にソビエト連邦が核実験を再開した。これに対する対応をめぐって原水協は、ソ連政府にも抗議せよとする日本社会党・総評系と、抗議に反対する日本共産党とが対立した。翌1962年、8回大会の最中にソ連は再度の核実験を行い、再び昨年と同じ衝突が起り、結局大会は混乱したままに終わった。日本共産党系代表は「核戦争の根源であるアメリカ帝国主義を日本やアジアから追い出せ」と、ソ連の核実験に対する批判をしないばかりか、むしろそれを擁護したまま、反米を中心に置いた反安保・基地闘争も視野に入れた主張をした。1963年に、日本社会党・総評系グループが「いかなる国の核実験にも反対」のスローガンを旗印にして部分的核実験禁止条約の支持を要求した。当時、ソ連は中華人民共和国との関係が悪化しており、核開発で先行していたソ連は中華人民共和国の核保有を妨げたいとの思惑から、同条約の締結を推進した。これに対して日本共産党系は「地下核実験を条約によって認めることになる」として当条約に反対したにもかかわらず、同時に「社会主義国の核兵器は侵略防止のためのもので容認すべき」という主張をした。当時日本共産党は中国共産党との関係を深めていたので、中華人民共和国に配慮して同条約に反対したと言われる。このため内部対立が起き、1963年の大会は流会。共産党は、「意見の違いにかかわらず『核廃絶・核戦争阻止・被爆者救援』の三点で統一するべきだ」と主張したが、結局、社会党系グループは脱退して、1965年2月に原水爆禁止日本国民会議（原水禁）を結成。以後、原水禁世界大会も、原水協系と原水禁系の2つが別々に開催されるようになる。ただしその後、日本共産党が中ソ共産党に批判的になり、核兵器全面禁止に主張を変化させていく一方、逆に、原水禁は、日本社会党が反米・親ソ・親中・親北朝鮮の傾向を強めたため、その影響によって、ソ連や中華人民共和国の核に対し柔軟になっていく。運動開始当初、原水爆禁止運動は超党派で形成され、マスコミ各社もこぞって支援する「国民的運動」だった。しかし党派間のイデオロギーと私利私欲むき出しの争いを嫌い去っていく人が多く、結局のところ政治党派による系列団体化という結果に終わったという見方もある。