東京大学総長を会長とする財団法人。正確には附属機関ではなく独立採算制を執る独立した機関であるが、東京大学本郷キャンパス内に事務所があることや東京大学関係者の書籍を発行することを目的としているため、本節にまとめた。主に学術書や大学の講義で使う教科書などを出している。
各学部、大学院各研究科が運営・管理している組織。各組織は教育および研究課題別に組織されており、学部附属が教育組織・実習組織、センターが大学院研究科毎の研究室に相当する組織。研究課題や共同研究によっては、学外からの利用も可能。
東京大学では、学部入学者全員が教養学部へ一旦所属し、2年間の教養学部前期課程を経て、進学選択により各学部学科へ進学する制度を採用している。なお、教養学部においては、学部専門教育組織としての後期課程、そして大学院研究科として総合文化研究科もある。
大学院修了者数の累計は修士号102,949人、博士号36,322人（2019年3月31日現在）である。論文博士の取得者数は29,681人（2019年3月31日時点）である。
三菱UFJニコスと提携し、同窓生向けのクレジットカードを発行していた（現在は廃止）。黒を基調にした一般カードとゴールドカードが存在した。付加機能としては総合図書館の入館証を兼ねていた（2011年以降発行者は利用不可）。
東京大学内の大学生協や購買部などでは、商標登録された図形商標および The University of Tokyo 名を入れた商品なども販売している。報道各社では東大ブランドと使うときには、こちらの商品以外のものにも使われる場合がある。大学公認の商品の場合には、図形商標および The University of Tokyo 名が入った商品が大学公認のものである。なお、校章の入ったものは、学生証、本部出版物などに限られている。
大学評価の世界的指標の一つである、クアクアレリ・シモンズによる「QS世界大学ランキング 2020」（2019年）では世界22位で、過去11年間の最高位を更新した。評価指標別では、Academic Reputation（学術関係者からの世評）で満点を達成した世界の8校のうちの一つであり、アジアでは唯一である。Employer Reputation（雇用者からの世評）では世界第16位等を獲得した。研究パフォーマンスにおける上位100位以内に日本の大学が入らなかったのは初めてのことである。またタイムズ・ハイアー・エデュケーションによる『THE世界大学ランキング 2020』（2019年）では世界第36位、アジア第5位（同誌の世界大学名声ランキングでは第11位）である。タイムズ・ハイヤー・エデュケーションがベネッセと連携して日本の大学の評価を発表している『世界大学ランキング日本版2019』では京都大学に次ぎ僅差で2位だった。
現在、東京大学は一層の国際化推進を図り、国際化推進計画を進行させている。国立大学法人になって以降、積極的な改革を行っている。商標登録などのブランド力向上の施策（#シンボルマークを参照）、知的財産権移転に関する関連団体の設立、任期付講師の積極的な外部からの登用などである。また、教育というサービスを提供する観点から、学内にレストランやコンビニエンスストアなど外部テナントの誘致を進めてきた。本郷キャンパスにはスターバックスやサブウェイ、ローソンなどが店舗を構えており、医学部教育研究棟にはイタリアンレストランが入るなど、アメリカ合衆国の大学のように小売・飲食店舗を誘致している。
2018年10月9日時点、東京大学が学位を授与したノーベル賞受賞者は11名おり（英語版）、そのうち東京大学が学士の学位を授与した卒業生は8名、博士の学位を授与した者は7名（うち4名は東京大学で学士号も取得）となっている。
上述した通り、リベラル・アーツ教育を重視しているのが東京大学の教育の大きな特徴である。教養学部前期課程において教養教育科目が開講されており、その実施には東京大学の全ての学部・研究科・研究所が参加している。主に担当する教養学部では、各大学1件ずつしか応募できない特色ある大学教育支援プログラムに「教養教育と大学院先端研究との創造的連携の推進」で応募したことが、大学として教養教育を重視していることの現れであるとしている。
2016年に「豊前神楽」の名称で国の重要無形民俗文化財に指定された神楽の一つ。中津市蛎瀬の八坂神社に伝わる豊前系の岩戸神楽で、豊前岩戸神楽蛎瀬神盛会が保護団体となっており、33番の演目を伝承している。神楽の演目としては里神楽に分類され、内容的には伊勢流、出雲流の動作も見受けられるが駈仙（ミサキ）神楽、求菩提山の修験道の技を取り入れたものを中心としている豊前系の神楽である。八幡古表神社（福岡県吉富町）の先祖である熊谷房重が口伝により息子房義に書かせた豊前岩戸神楽の文献によると求菩提山にまつわる「松会」の指導者であり信奉者でもあった。求菩提山に地理的にも近い豊前一帯は、山伏の修験道の中心でもありその傘下にあった八幡古表神社宮司熊谷房重が「松会」を取り入れた神楽の手法（三十三座と火伏せの業）現在の湯立て神楽を当時の神楽方、横松芳太郎らに伝授し現在に至る。通常の神社奉納の際には式神楽と呼ばれる壱番神楽、花神楽、手房神楽、駈仙神楽、弓正護、地割神楽、岩戸神楽は必ず舞う規則となっており式神楽の地割神楽終了より氏子が奉納するあげ神楽の奉納が可能となる。このあげ神楽と呼ばれるものは、氏子個人が奉納料を添えて神楽の舞を通じ神に厄払い、諸々の祈願等を願う意味合いを持つ。