駅名等検討部会では2013年夏、上越市在住者を対象に、駅舎の東口と西口、自由通路の名称案の公募を実施した。その結果、東口には仮称の「東口」のほかに「上越口」「高田口」「高田公園口」「脇野田口」など9種類、西口には仮称の「西口」のほかに「妙高口」「妙高山口」「妙高高原・西口」など7種類、自由通路には「謙信通り」「釜蓋遺跡通り」「さくら通り」「レルヒ通り」「脇野田通り」など13種類の候補が寄せられた。部会ではこれを基に選考を進め、在来線の駅名が決定したのを受けて開催された同年11月8日の第16回部会において、東口・西口はそれぞれ仮称のまま「東口」「西口」、自由通路は「脇野田通り」とする案をまとめ、市に答申した。東西口名は括弧書きで地名を入れるなどの意見もあったが、来訪者の利便性に配慮して方角の名称に集約し「看板表記などで地名や行き先などに工夫を加える」という付帯意見を添える方針が採用された。また自由通路名については駅移設に伴い廃止される脇野田駅の名を残したいとの意見が大勢を占めた。なお検討部会は駅名、東西口および自由通路の名称に関し、同日まで開いた合計16回の部会を経て、全ての活動を終了した。
一方、えちごトキめき鉄道は新幹線駅の名称が決定したのを受け、運営継承後の在来線駅の名称の検討を進め、同社の嶋津忠裕社長は同年9月6日に開かれた地元住民との意見交換会で「新幹線と在来線の駅名が同一でないと利用者の混乱を招く」と述べた上で、駅名を同一にする考えを示した。同社はその後検討を経て同年10月31日、在来線駅の名称を新幹線駅と同一の「上越妙高駅」とする旨を発表した。
駅名決定に際し、田中会長は「仮称の駅と正式駅名では与えるインパクトが違う
新幹線開業への臨場感が高まり、特に観光業界はPR強化の絶好機だ
駅名決定を取り組みの推進力としたい」、村山秀幸上越市長は「よかった
100年先も愛されるよう、地元と訪れた人が一緒になって大事にしていきたい
（『妙高』が付いたことに関しては）地域が一体となってPRできる」、入村妙高市長もコメントで「全国的に通用する『妙高』が入ったことは大変喜ばしい
観光面での広域連携がますます必要となる」と、いずれも歓迎の意向を示した
一方、高倉委員は記者会見を開き「市民の声がJRに届かず残念」としながら「『妙高』が名称に反映されたことは、運動の影響があったのかと思っている」と述べた
その後、新幹線駅舎では同年9月から11月上旬にかけ、東西の壁面に駅名標を設置する工事が行われた

西口側には遺跡や教育施設・公園・駐車場・レンタカー会社が所在する。このうち窯蓋遺跡は、西口から約200mの場所に所在する。2005年（平成17年）、新駅周辺の土地区画整理事業の試掘調査で出土した弥生時代後期の遺跡。近隣に所在する斐太遺跡、吹上遺跡と合わせ、2008年（平成20年）7月に「斐太遺跡群」として国の史跡に指定された。新幹線駅近隣で大規模な遺跡が出土した例は少なく、上越市では「『弥生のムラ』コミュニティパーク事業」の一環として敷地内の整備を進め、新幹線開業1か月後の2015年4月16日から、遺跡公園とガイダンス施設の運用を開始した。
ヴィスワ作戦の前後を含めると、ポーランドにおける住民の強制移住は、3つの段階を経て行われた。第1段階は、第二次世界大戦の終結の際に生じた。ポーランドとウクライナ・ソビエト社会主義共和国の間で、住民の交換が行われ、ポーランドとソ連の新たな国境の東側に住んでいたポーランド人がポーランドに移送され(およそ210万人とされる)、国境の西側に住んでいたウクライナ人は、1944年9月から1946年4月にかけて、ソ連体制下のウクライナへ送られた(およそ45万人)。一部のウクライナ人とレムコ人は、1944年から1945年にかけて、程度の差はあれ、ある程度まで自発的にポーランド南東部を離れた(およそ20万人)。ポーランドとソ連の間では、1944年9月9日と1945年8月16日に双務協定が締結され、その結果、レムコ人とウクライナ人と合わせて、およそ40万人がウクライナへ移送され、30万人が生まれ育ったポーランド領内に何とか留まることになった。残留した人々は、ポドラシェ県など、かつてルシン人の居住地域であったところに住んでいた。第2段階は、1947年にヴィスワ作戦によってもたらされた。ポーランド南東部に残留していたウクライナ人とルシン人は、西部・北部領土(回復領)へ強制的に再定住させられた。ポーランド西部への移送は1947年4月28日から7月31日までの間に行われ、13万人から14万人がポーランド国内での再定住を強いられた。ウクライナ人とポーランド人の強制移住の第3段階は、1951年、ポーランドとソ連の間で、サン川上流部とベルツ(pl:Bełz、en:Belz)付近について、国境線の修正が行われた際に生じた。ポーランドは、プシェムィシルより南、サン川より東の地域を獲得し、ウクライナ/ソ連は、それまでポーランド領だったベルツとその西側を獲得して、両国は住民を交換した。(en:1951 Polish–Soviet territorial exchange 参照)