運転開始時はダイヤ編成上の都合により、岩本町駅では本線である1番線・4番線を各駅停車が待避し、中線を急行が制限速度35km/h以下で通過していた。しかし、2000年の改正時に森下駅の停車時間を捻出するため、中線で各駅停車が待避し、急行は1・4番線を通過するように変更された。この結果、所要時間を増やさずに停車駅を1駅増やすことに成功した（ダイヤが乱れている時は現在でも中線を通過することがある）。駅通過時は原則として55km/h以下で通過する。瑞江駅では、1面2線の島式ホームの外側の壁を隔てた通過線を75km/h以下で通過する（東急田園都市線桜新町駅と似た構造である。ただし、桜新町駅は2層構造になっている）。
1997年12月24日から運転を開始した。当初は新宿線内のみを平日日中のみ運転していたが、2001年（平成13年）3月27日のダイヤ改正からは土休日日中の運転を開始した。東京の地下鉄での速達列車の運転は東京地下鉄東西線の快速についで2例目で、かつ全線にわたり通過駅の設定があるのは初めてのことである（東西線は西船橋駅 - 東陽町駅間でのみ快速運転）。当時、新宿線の利用客数はJR総武線や東西線と比較して大きな差があったため、急行運転の実施により競争力を強化して旅客需要の喚起と利便性向上を図ったものである。
2018年2月22日のダイヤ改正以降、行き先は終着駅を表示し、種別は都営新宿線内の種別（各駅停車・急行）と京王線内の種別（各駅停車・快速・区間急行）を新宿駅で切り替える形で運用されている。
多くの列車が新宿駅（新線新宿駅）から先京王新線に直通する（日中は1時間あたり12本中9本が京王新線に直通、残りの3本が新宿駅折り返しで20分間隔）。このうち約7割がその先京王線と相模原線の橋本駅まで、約3割が笹塚駅発着での相互直通運転を実施している。新宿駅 - 本八幡駅間の全区間にわたって急行運転を行っている（列車種別の節を参照）。日中は20分サイクルに笹塚駅発着の急行が1本、橋本駅発着の各停（京王線内では区間急行または快速）が2本（岩本町または瑞江で急行通過待ち）、新宿駅折り返しの各停が1本（急行の通過待ちはなく、新宿駅で急行に接続）が走るパターンダイヤとなっている。また、平日夕方ラッシュ時や土曜・休日の早朝には調布駅から相模原線に入らずに高尾線高尾山口駅（うち土曜・休日の2本は全区間急行）まで直通する列車がある。なお、2006年から2011年にかけては動物園線多摩動物公園駅への直通列車も運行されていた。かつては京王八王子駅発の岩本町駅行きの列車もあったが、これは京王八王子駅から岩本町駅行きとして運行するものの、桜上水駅で都営地下鉄の車両と車両交換されて岩本町駅まで運行していた（桜上水駅で車両交換するのは京王八王子駅 - 桜上水駅間で運用されていた京王7000系に都営線の乗り入れ設備がないため）列車なので、直通運転されていたわけではない。なお、2018年2月22日のダイヤ改正で、本八幡駅 - 京王八王子駅間を直通運転する列車が新たに1往復設定された。
1924年(大正13年) 2月10日 平岩愃保が自宅朝谷小山荘で最初の集会を行う。1928年(昭和3年) 教会名称が朝谷教会となる。1933年(昭和8年) 7月8日 平岩愃保牧師永眠。1933年(昭和8年) 松本卓夫牧師就任。1934年(昭和9年) 松本卓夫牧師離任。大村勇牧師就任。1934年(昭和9年)2月11日 日本メソヂスト教会へ加入し、「日本メソヂスト 朝谷教会」となる。 1935年(昭和10年)3月 教会名称「朝谷教会」を「阿佐ヶ谷教会」に改称。1937年(昭和12年) 大村勇牧師離任。気賀重躬牧師就任。1937年(昭和12年)5月8日 野方町講義所設立。1939年(昭和14年) 気賀重躬牧師離任。伊藤平次郎牧師就任。1940年(昭和15年) 伊藤平次郎牧師離任。大村勇牧師就任。1941年(昭和16年)3月16日 石神井教会合併。1941年(昭和16年)6月24日 日本基督教団の成立に伴い、「日本基督教団 阿佐ヶ谷教会」となる。また野方町講義所は「日本基督教団 野方町教会」となる。1975年(昭和50年) 大村勇牧師引退。名誉牧師となる。大宮溥牧師就任。1954年(昭和29年)11月28日 会堂献堂。1957年(昭和32年)3月10日 石神井伝道所(後の日本基督教団 石神井教会)発足。1958年(昭和33年)2月9日 石神井伝道所を石神井教会とすることが決定。1958年(昭和33年)6月8日 石神井伝道所献堂式。1959年(昭和34年)4月12日 石神井教会 設立式。1965年(昭和40年)6月27日 教育会館竣工。1966年(昭和41年)3月 教育会館完成。1985年(昭和60年)11月24日 新会堂献堂。2002年(平成13年) 大宮溥牧師離任。大村栄牧師就任。