大損害を被ってポメラニア戦線から撤退した「シャルルマーニュ」師団の生存者は、1945年3月中旬から4月中旬の間にドイツ北部地域で1個連隊としての再編成に着手した。これに伴ってフランソワ・アポロ武装曹長が所属する名誉中隊は「戦術学校」（Kampfschule）と名称を改め、一兵卒に至るまで戦闘継続を希望した戦術学校には再編後の「シャルルマーニュ」師団（連隊）内で最初に迷彩服が支給された。1945年4月初旬、「シャルルマーニュ」師団戦術学校隊員の1人エミール・ジラール武装伍長（W-Uscha. Émile Girard）が先のポメラニア戦線・エルゼナウの戦いで持ち場から逃げ出した（敵前逃亡した）ことを理由に軍法会議で死刑を宣告された時、フランソワ・アポロ武装曹長は戦術学校隊員から成る銃殺隊の指揮を委ねられた。そして1945年4月19日から20日にかけての夜、ドイツ北部の町村カルピン（Carpin）の墓地においてアポロはジラール武装伍長の銃殺刑を執行した。
1945年2月、フランソワ・アポロ武装曹長は第33SS所属武装擲弾兵師団「シャルルマーニュ」（33. Waffen-Grenadier-Division der SS „Charlemagne”）師団司令部直属エリート歩兵中隊「名誉中隊」（Compagnie d'Honneur）（旧称：警備・訓練中隊）の第1小隊長として東部戦線のポメラニアへ出陣した。アポロは共産主義（ソビエト連邦）と戦うためにドイツの軍隊（国防軍・武装親衛隊）へ志願入隊したフランス人「義勇兵」とは言い難い経歴の人物であったが、このポメラニア戦線では1人の軍人としての卓越した戦闘技術、部下を率いる指揮官としての素質、敵を前にして怯まない勇気を示した。2月25日午後、「シャルルマーニュ」師団司令部が置かれているエルゼナウ（Elsenau、現オルシャノボ(Olszanowo)）村へ赤軍戦車部隊（少なくとも14輌以上の敵戦車）が迫った。この時、村を防衛する師団名誉中隊の中隊長ヴィルヘルム・ヴェーバーSS中尉（SS-Ostuf. Wilhelm Weber）、第2小隊長ウジェーヌ・ヴォロ武装伍長、その他の将兵と同様に第1小隊長アポロ武装曹長は奮戦し、単独でT-34を2輌撃破するという戦果を挙げた（その後、アポロは戦闘中に負傷するも戦い続け、2度目の負傷でようやく救護所へ後送された）。
1944年9月、ドイツ陸軍・ドイツ海軍・武装親衛隊・その他の組織に所属するフランス人義勇兵の再編・統合に伴い、ドイツ海軍フランス人義勇兵は1944年9月16日付で武装親衛隊の新設のフランス人義勇兵旅団（後の第33SS所属武装擲弾兵師団「シャルルマーニュ」）へ移籍した。これによってフランソワ・アポロも武装親衛隊へ移籍し、正確な日付は不明であるがSS所属武装曹長（Waffen-Oberscharführer der SS）に任官した。SS所属武装擲弾兵旅団「シャルルマーニュ」内においてドイツ海軍出身者の配属先は特に限定されていなかったが、大多数は旅団本部通信中隊、衛生中隊、工兵中隊、そして旅団随一のエリート歩兵中隊「警備・訓練中隊」（Wach-und Ausbildungskompanie）に配属された。フランソワ・アポロ武装曹長とウジェーヌ・ヴォロ武装伍長は創設直後の警備・訓練中隊へ配属され、それぞれ1個小隊の指揮を委ねられた（アポロは第1小隊長を、ヴォロは第2小隊長を務めた）。
石見小笠原氏第2代当主の小笠原家長の子として生まれる。正和2年（1313年）、祖父・長親が死去。長親が死去した時期は、諸国の御家人たちが諸子に所領を分与して独立させる動きを見せており、長親もその死に際して所領分与を行ったと考えられ、長胤の父の家長には石見国邑智郡の河本郷と村之郷が譲られた。石見国の所領を譲られた家長は長胤と共に阿波国から石見国の村之郷に移り住み、以後約20年に渡って河本郷と村之郷の経営に当たったが、元弘3年/正慶2年（1333年）3月20日に家長が戦死したことから、長胤がその後を継いだ。建武2年（1335年）、足利尊氏と後醍醐天皇の対立が激化し、足利尊氏討伐の勅命が下ると、長胤は初め宮方（南朝）に味方した。しかし、延元元年/建武3年（1336年）に上野頼兼が石見国で募兵を行うと、長胤は募兵に応じて武家方（北朝）へと転じた。武家方に転じた長胤は、嫡男の長氏と共に石見国邇摩郡三久須での戦いで宮方の楠木氏を破る等の活躍をし、石見小笠原氏の所領を次第に拡大していった。長胤と長氏は、宮方の佐波氏や福屋氏に対抗するための支城として赤城山城を築いていたが、領地の拡大に伴い、河本郷の会下谷に温湯城を築いて居城とした。温湯城は、石見小笠原氏の元々の所領である村之郷と、新たに所領となった三原という二大穀倉地帯の中間地点に位置しており、領地支配の中心的拠点となる恒久的居城とするために、長胤の晩年にあたる興国年間（1340年-1345年）に築城されたと考えられている。興国7年/貞和2年（1346年）8月1日に死去。嫡男の長氏が後を継いだ。