オックスフォード大学に学んだイングランドの神学者ウィクリフは、イングランド議会と教皇庁の課税権を巡る論争で、議会を擁護した。ウィクリフはやがて教皇の聖職叙任権も批判し、さらに教会財産の没収を主張したため、教会に異端審問にかけられた。しかし、ウィクリフを支持するジョン王子やロンドン市民の側から圧力が加えられ、ウィクリフは解放された。こののちウィクリフは教義の批判に進み、教会の教えも聖書に根拠がなければ認められないとして、聖職者独身制、聖餐の化体、告解などを批判、さらに人間の救済は教会でなく、神の恩寵、それに対する個人の信仰だけによると主張した。またウィクリフは聖書の英語訳を行い、特権的な身分の言葉であったラテン語による普遍世界から地域国家の民衆とむすびついていくことに貢献した。ウィクリフの支持者はロラード派（あるいはロラーズ、"Lollards"）といい、1381年のワット・タイラーの乱において理論的指導者となったジョン・ボールはウィクリフの思想を説教していた。1401年に議会で異端者を火刑に処すことを認める法が成立し、異端運動の弾圧は本格化した。一方1402年にロラード派の下級貴族が反乱を企て（オールドカースルの乱）1431年にはロラード派の大規模な反乱ジャック・シャープの乱が起こった。その後ロラーズは弾圧され、1415年のコンスタンツ公会議ですでに死んでいたウィクリフがフスとともに異端とされ、ウィクリフの死体が掘り起こされて焼き捨てられた。
1324年に皇帝ルートヴィヒ4世と教皇ヨハネス22世の間の論争で皇帝が破門された。フランチェスコ派の聖職者パドヴァのマルシリウスが『平和の擁護者』を発表すると、教会から破門され、皇帝の庇護を受けた。この著作でマルシリウスは、現実の社会を規制するのは人定法(lex humana)のみであり、またその法の対象は外的な行為に対してのみであって、内面には関わらないとする。また、宗教は来世にしか制裁手段をもたず、現世は世俗権力が支配するとする。このような人定法の有効性は人民 (populs)がそれを立てたことに置かれる。したがって支配者は人民に責任を負っており、また法の決定も人民が行う。この場合、マルシリウスは大衆の叡智の方が、専門家の知識よりも誤りがないと主張した。さらにマルシリウスは聖職者を共同体の部分にすぎないとして、世俗社会は自律したものであり、教会は世俗の事柄については国家（civitas)に従うべきであるとする。さらに、教皇権とヒエラルキアは人為的な制度であって、教皇と聖職者は霊的に平等であるとし、教皇よりも公会議こそ権威を持つと主張した。このマルシリウスの主張は公会議主義の有力な根拠となった。
宗教改革は思想史的に言えば、突然に起こったものではなく、宗教改革諸派の思想は基本的に前代のさまざまな異端思想や人文主義思想と共通する点が多い。したがって宗教改革は思想面での革新性を示したというよりは、むしろ中世を通して堆積してきた政治状況に注意すべき点があるといえる。国家と宗教の関係についていえば、これらの思想はこの問題を直接的に扱い、論じているものが多い。宗教改革を巡る政治状況については後述するが、ここでは思想史的背景から宗教改革の前思想ともいうべき様々な思想傾向を概観する。
マキャヴェッリは『君主論』でイタリア人の堕落の原因を教皇庁にあるとする。教皇庁が堕落し、まじめな信仰を破壊しているどころか、権力政治の主体になっているとして決定的に批判した。また傭兵でなく、古代ローマのような国民軍によって国防しなければならないとする。このようなことから、マキャベリは世俗君主が自己の権勢statoを拡大することに期待して、政治の問題を、君主がいかにしてstatoを獲得し維持し拡大していくかという問題として論じていった。マキャベリの現実主義においては、人間は理性によって規律されるのでなく、情念によって動く。秩序というものも作為されたものであり、人間が徹底的に状況や運命のなかで眺められることになる。1559年、このようなマキャベリの教説を収めた書物は教皇庁によって禁書処分となった。その後、マキャベリの教説は、絶対主義の時代に通俗化され、国家理性（レゾン・デタ）という観念を生み出したが、悪についてそれがstatoのために必要であるとはいわずに、公共福祉のために必要であるとしたが、ここには政治と倫理、権力と道徳との緊張もなく、マキャベリの教説の歪曲といってよいものであった。しかし、マキャベリの教説はフランシス・ベーコン、ジェームズ・ハリントン、スピノザ、モンテスキュー、ルソー、フィヒテ、ヘーゲル、レーニンらによって評価されていった。
ハーバード・シロシビン計画 (Harvard Psilocybin Project) は、ティモシー・リアリーとリチャード・アルパートによる一連の心理学の実験である。この計画の創設メンバーは、オルダス・ハクスリー、ハーバード大学でのリアリーの上司のデイビッド・マクレランド、フランク・バロン、ラルフ・メツナー、メスカリンの計画に取り組んでいた2人の大学院生から成り立っていた。実験は1960年中に開始され、1962年3月に、ハーバード・パーソナリティ研究センターの教授らが、内部会議で実験の正当性と安全性に懸念を提起するまで継続された。こうした懸念が学内新聞の The Harvard Crimson （英語） に掲載され、公式な実験は打ち切られ、マサチューセッツ州保健局による検査には合格せず、リチャードとアルパートは解雇された。リアリーとアルパートによる実験は、彼らの個人的な発見と幻覚剤の擁護の一環であった。シロシビンや他の幻覚剤の使用は、再犯を減らすためのコンコード刑務所実験のように学術的に開かれたものから、頻繁な個人的な使用までに及んでいた。マーシュ礼拝堂の実験はこの計画の活動の例であり、リアリーによる監督の元、ハーバード神学校の大学院生によって実行された。ボストン地域の神学院生は、薬物が深遠な宗教的な体験を促すかを確かめるために設計された研究の一部として、シロシビンを投与され、10人中9人がそのような体験を報告した。実験におけるリアリーの積極的な参加と、ランダル・ラアッコ牧師（当時の神学生）への影響は、BBCの映像の一部にて描かれている。当時は、メスカリンとペヨーテ・サボテンだけが違法であった。LSDとシロシビンが違法とされるまで5年がかかった。リアリーとアルパートがハーバード大学に対して挑戦的になるまで、学術的な人気者であったし、幻覚剤の使用に関しての彼らによる擁護が、彼らを1960年代の対抗文化初期の重要人物にしたのであった。ヒューストン・スミスの最後の作品『知覚の扉を清める』 (Cleansing the Doors of Perception) には、ハーバード計画が、エンセオジェニック（幻覚剤に神聖さを込めた意味）な物質の気づきを真剣に、誠実に、慎重に提起することを目的とした、1960年代初期の活動だと記されている。スミスが参加したサブグループのメンバーにはリアリーは載せられていなかった。