1980年代前半、町人もので数多くの秀品をものする（『時雨みち』『霜の朝』『龍を見た男』などの短篇集に所収）一方で、大衆小説の本道ともいうべき娯楽色の強いシリーズもの（短篇連作）を次々と生みだす。刊行年によって挙げると、1980年に町人ものの『橋ものがたり』、捕物帳の『霧の果て－神谷玄次郎捕物控』、獄医立花登ものの第一作となる『春秋の檻－獄医立花登手控え』、『用心棒日月抄』の第二部『孤剣』、翌1981年にはユーモア色を生かした『隠し剣孤影抄』『隠し剣秋風抄』と立花登ものの第二作『風雪の檻』、1982年には同じく『愛憎の檻』、1983年には『用心棒日月抄』の系統を生かした『よろずや平四郎活人剣』、立花登第三作『人間の檻』、『用心棒日月抄』の第三作『刺客』などがある。1984年以降になると、こうしたシリーズもののほかに綿密な構成による長篇が登場し、物語性のつよい傑作が相次いで発表・刊行されるようになる。すでに1980年に唯一の伝奇小説『闇の傀儡師』、1982年に江戸のハードボイルドを狙ったといわれる彫師伊之助ものの第二作『漆黒の霧の中で－彫師伊之助捕物覚え』が上梓されているが、1984年には江戸を舞台にした恋愛小説『海鳴り』、1985年には武家青春小説とお家騒動ものの系譜の集大成ともいえる『風の果て』と伊之助もの第三作『ささやく河』が刊行され、いずれも高い人気を得た。1992年6月に、文藝春秋で『藤沢周平全集』を刊行開始した（全23巻、1994年4月完結）。
妻の没後は、郷里から呼び寄せた母、長女との三人暮らしとなり、目の悪い母を看病しつつ育児を行い、編集長の激務の傍ら５年独身で過ごす。再婚話は中々まとまらなかった。1969年、高澤和子と再婚。長女とあわせて三人家族となり、疲労困憊していた家事から解放され、週末は小説執筆に専念できるようになった。1970年に東久留米市に引っ越しをし、翌年1971年、ついに 『溟い海』が第38回オール讀物新人賞を受賞。直木賞候補となり、翌年『暗殺の年輪』で第69回直木賞。記者仲間や大社らに祝われ、編集長の傍ら新進の時代小説作家として認められるようになる。この年最初の作品集『暗殺の年輪』を文藝春秋より刊行し、翌1974年には日本食品経済社を退社して、本格的な作家生活に入る。この頃の自分の心境を、藤沢はこう述べている。「三十代のおしまいごろから四十代のはじめにかけて、私はかなりしつこい鬱屈をかかえて暮らしていた。鬱屈といっても仕事や世の中に対する不満といったものではなく、まったく私的なものだったが、私はそれを通して世の中に絶望し、またそういう自分自身にも愛想をつかしていた。（中略）（そういう鬱屈の解消方法が）私の場合は小説を書く作業につながった。「溟い海」は、そんなぐあいで出来上がった小説である。」—（「溟い海」の背景）「私自身当時の小説を読み返すと、少少苦痛を感じるほどに暗い仕上がりのものが多い。男女の愛は別離で終わるし、武士が死んで物語が終わるというふうだった。ハッピーエンドが書けなかった。」—（転機の作物）初期には自ら述べるように暗く重い作風であり、地味な作家であったが、1976年刊行の『竹光始末』、同年連載の『用心棒日月抄』のあたりから作風が変り、綿密な描写と美しい抒情性のうえにユーモアの彩りが濃厚となってきた。藤沢は、これについて「『用心棒日月抄』あたりからユーモアの要素が入り込んできた。北国風のユーモアが目覚めたということだったかも知れない」（転機の作物、要約）と述べている。
文化14年（1817年）8月4日に家督を相続して小普請となる。書院番を務めた後、天保8年（1837年）1月11日に使番、天保15年（1844年）9月10日に目付となる。嘉永2年（1849年）12月24日、堺奉行に就任し、嘉永5年（1852年）5月19日に大坂西町奉行となり、安政元年（1854年）5月20日まで務める。安政2年（1855年）8月9日、勘定奉行となり、安政5年（1858年）に江戸北町奉行となった。大老井伊直弼の政策下で起こった、いわゆる「安政の大獄」では五手掛（他は寺社奉行松平宗秀、勘定奉行池田頼方、大目付久貝正典、目付神保長興）の一員として裁断に関与する。文久2年（1862年）6月5日に一橋家家老、同年8月24日に講武所奉行となりこれを1か月務める。さらに同年閏8月25日に西丸留守居となった。しかし、遡る安政7年（1860年）3月3日、いわゆる桜田門外の変において井伊直弼が殺害された後、反井伊派が台頭し、文久2年（1862年）5月、勅命を受け一橋慶喜が将軍後見職に、松平春嶽が政事総裁職に就任した。この体制は井伊直弼時代の政治を否定し、大獄で幽閉されていた者の釈放や井伊家に対する減封などの施策と共に、弾圧の取調べをした者に対する処罰を行った。穆清もまた安政の大獄の際の責任者の一人として、飯泉喜内の処断に関して不備があったという理由で同年11月23日に免職となり、隠居・差控を命じられた。元治2年（1865年）1月20日に再び講武所奉行となり、慶応2年（1866年）11月17日に免職された。明治2年（1869年）5月22日に死去。