2008年4月1日から政令(平成20年2月27日官報 号外第36号 11-12頁 政令第36号)で定められたもっとも新しい標榜診療科のひとつである。政令改正前は病理診断科を外部に広告することはできず、院内の支援系部門として病理科や病理検査科という名称も使われていた。医科診療報酬点数表でも第3部第2節病理学的検査は第13部に移り名称も病理診断に変更された。医療費の内容の分かる領収証では病理診断の欄が用意された。病理診断科は診療科であるので患者が希望する場合は病理診断を担当した病理医に直接意見を聞くことも可能である。
製造当初は神戸線の昇圧による改造開始まで暫くの期間があったため、当時の標準的な編成であったTc-M-T-Mc+Tc-Mcの4+2両の6両編成で登場した。1966年以降は神戸線の昇圧が近づいたこともあって、Tc-M-Mc+Tc-M-Mcの6両編成での製造に変更されるとともに、それ以前に製造された編成についても、3500形を新造して昇圧に備えた。1966年に宝塚線、翌年に神戸線で開始の7両編成運転に際しては、6両編成の3000系・3100系に2000・2021系の付随車の編入も行われ、Tc-M-T-M'c+Tc-M-M'cの構成となった。1967年（昭和42年）には、最後まで単独M車が残っていた5本が3500形を組み込んで2両ユニットに変更されて昇圧準備が完了した。1967年10月8日、神戸線の架線電圧は1500Vへ昇圧された。神戸線では翌1968年に1500V専用の5000系投入と1010系・1100系の1500V改造車の出場に伴い、宝塚線の昇圧に備えて3000系の一部が600Vに戻され、同線の昇圧実施に対応した。宝塚線の昇圧は1969年8月24日に実施され、阪急全線の架線電圧が統一された。昇圧後も神戸・宝塚線の主力車両として、特急から各駅停車に使用された。今津線においても昭和40年代後半から常に3000系4両編成2本が配置され、1977年（昭和52年）の同線の6両編成化まで使用された。1970年（昭和45年）の日本万国博覧会開催時には神戸線・宝塚線からの臨時列車として京都線、千里線へ入線した実績もある。1988年の春より、3100系は箕面線・伊丹線への転属を皮切りに支線運用が開始され、3000系も1988年（昭和63年）秋に今津線に転属した3072Fより支線運用が開始された。2000系の廃車進行により、1991年（平成3年）からは3両編成で甲陽線・今津（南）線での運用を開始した。両線の3両編成はTc車の空気圧縮機が2台搭載され、3071形として区別されている（3100系の3161も3071形に編入）。1998年秋の甲陽線・今津（南）線のワンマン化に伴う6000系の導入に伴い、両線での運用は消滅した。1996年には、3100系3156Fの4両が能勢電鉄に譲渡された。1998年8月、3100系8両編成の3150Fが4両編成2本に分割されて伊丹線に投入される際、中間の運転台整備状況の関係から3000系Tc車との交換が行われた。3100系の3151は今津線3076Fの中間のTc車3077と交換され、3077は3100系編成に転入して3077-3611-2076-3100の組成となった。3100系の宝塚本線運用は1998年に終了し、3000系は神戸本線運用が2012年に、宝塚本線運用が2014年にそれぞれ終了した。2000年代に入ってからは、スウィープファン（補助送風機）付き冷房機を持つ編成を神戸本線に、スウィープファンなしの編成を宝塚本線に集結させ、両線の3000系の仕様を統一する編成交換が行われた。その後も、宝塚線へは2編成が転属し、今津線へも1編成転属した結果、神戸線での使用編成は4編成にまで減少した。2005年より、同年1月10日に発生した武庫之荘西踏切での自動車との衝突事故（当該車両：C#3005）を受けて、本線系統の車両にATS更新と非常ブレーキの電気指令化改造工事・スタフ切替器の交換が実施された。また、走行能力向上のために速度計のデジタル表示化、CPの位置変更も実施され、2008年3月までに全編成が施工完了された。3100系でも実施されている。2011年公開の映画『阪急電車 片道15分の奇跡』では、今津線の3000系表示幕未設置車が撮影に使用され、2010年11月末より映画撮影用の臨時列車が運転された。2011年の上映に合わせてPRヘッドマークが掲出された。2011年の東日本大震災の影響による節電対策の一環として、同年7月25日から9月22日までの平日ダイヤで神戸本線の一部普通列車が8両編成から6両編成に変更され、この運用に3000系の6両編成が充当された。2014年3月ごろより、箕面線・伊丹線に所属する編成の前照灯が、従来のシールドビームからLEDに交換されている。