1948年、彼はヒューストンで事業を再開したが、冷戦中の米国及び同盟国間の自由貿易と経済協力を推進する努力を積極的に続けた。1963年、クレイトンが 80歳代の時、大統領ジョン・F・ケネディは輸出拡大計画と部分的核実験禁止条約に従事するよう依頼した。ジョンズ・ホプキンス大学の一部門・ポール・H・ニッツェ高等国際問題研究大学院(Paul H. Nitze School of Advanced International Studies, SAIS) の「国際経済学ウィリアム・L・クレイトン教授職 (William L. Clayton Professorship of International Economics) 」は、彼にちなんで名付けられた。1966年死去。86歳。
クレイトンは、第二次世界大戦で被災した欧州を復興させるため、アメリカの経済援助を強く支持し、1947年の「欧州復興計画（マーシャル・プラン）」立案において主要な役割を果たした。5月27日、クレイトンは覚書「欧州の危機」を提出した。クレイトンは「我々は物質的荒廃については理解していたが、経済的混乱が生産に及ぼす影響を充分計算に入れることには失敗した」として欧州の危機の根源が経済問題にあるとの認識を示し（第1項）、「（ロシアからではなく）飢餓と混乱から欧州を救うために」（第7項。強調は原文）、米国は欧州に対して「3年間にわたり毎年60乃至70億ドル相当の物資を贈与する」（第8項）必要があると主張した。この覚書は翌日開催された国務省の首脳会議で検討対象とされ、6月5日に国務長官マーシャルがハーヴァード大学で行った演説に反映された。
1944年の大統領選でローズヴェルトが4選を果たし、ハルの後任の国務長官にエドワード・ステティニアス (Edward R. Stettinius) が就任すると、クレイトンは初代経済担当国務次官補に任命され、己の信ずる自由貿易政策を推進することが可能になった。彼は暫定委員会の委員に任命され、原爆開発によって生ずると予想される問題について陸軍長官ヘンリー・L・スティムソンと大統領ハリー・S・トルーマンに助言した。さらにポツダム会議の際には米国経済代表団議長として参加し、賠償問題を交渉した。一方、ブレトン・ウッズ協定の批准に伴い、米国の対外金融政策に関する最高意志決定機関として国際通貨金融問題国家諮問会議 (National Advisory Council on International Monetary and Financial Problems, NACIMEP) が設置されたが、ここにもクレイトンが参加した。
第二次世界大戦が勃発すると、クレイトンはナチス・ドイツの勝利を阻止するためには米国が介入する必要があると主張した。クレイトンは1940年6月27日、ドイツが勝利すれば自由貿易体制が挫折すると演説した。彼の率いるアンダーソン・クレイトン商会は開戦直後、ドイツへの綿花販売中止を決定した。また彼自身は、中立法の修正を議会に要求したり、米国の戦争介入を主張する団体「センチュリー・グループ (Century Group) 」に参加した。1940年、クレイトンは連邦ローン局 (Federal Loan Administration, FLA) 長官兼復興金融公庫 (Reconstruction Finance Corporation, RFC) 長官ジョーンズ (Jesse Jones) の依頼に応じて官界に身を投じ、復興金融公庫に入った。また同年10月15日には、FLA長官代理及び輸出入銀行副総裁に任命された。ローズヴェルトがFLAを廃止し、その仕事を商務省へ移すと、クレイトンは1942年2月に商務次官補に任命された。同年10月にはRFCの海外購買機関の1つである合衆国通商会社 (United States Commercial Company, USCC) の総裁に任命された。一連の内閣改造後、クレイトンは副大統領ヘンリー・A・ウォーレスに仕えた。彼らの不一致のため、1944年1月にクレイトンは商務次官補を辞任するが、わずか1ヶ月後に戦争動員局のジェームズ・F・バーンズの下で余剰戦争資産局 (Surplus War Property Administration, SWPA) 長官として官界に戻った。
第1区:華の1区。各チームの女子のエース選手が出場。コースはやや下りで、スピード感あふれるレースが繰り広げられる。第2区:福島県の強豪校の選手が出場。主に各チームの高校生エースが担当する。2.7キロ地点に小高い山がある。残り約1キロは上り坂。第3区:フレッシュなエース級の中学生選手と経験豊富なシニアの選手が争う区間。序盤はアップダウンが激しいコース。第4区:コース全体のアップダウンが激しく、毎年順位の入れ替わりが激しい。大学生選手や実業団選手、強力な市民ランナーが多く出場。ここから繰り上げスタートとなるチームが出てくる。第5区:ほとんどのチームが準エース高校生選手を投入してくる。後半になるにつれてアップダウンが激しくなるコース。第6区:各チームのエース級あるいは準エース級の選手が出場。前半区間の中で最も距離が長く、国道4号線を北上する、直線が続くコース。中継所手前はキツい上り坂。第7区:各チームのエース級あるいは2番手中学生選手が出場。郡山市街地に入るため沿道からの声援が多い。第8区:ほとんどのチームが一斉スタートであることと短い区間のためスピードに力のある中学生が任せられることが多い区間。後半戦のスタート。第9区:大会唯一の女子中学生限定区間。最も距離が短い区間だが、アップダウンが多いため順位の入れ替わりが激しい。第10区:最も距離が長いため、各チームのエース級選手が任せられることが多い。強豪校の高校生選手や大学生選手、実業団選手が多く出場。第11区:後半戦で最もポイントとなる区間。沿道の声援が少なく、精神面と実力が強い選手が要求される。女子の準エース区間。第12区:最もアップダウンが激しいと言われているコース。第12中継所手前はキツい上り坂となっている。第13区:男子の中学生からシニア選手までと年齢層が幅広い。コースは5km未満と短いが中盤に「心臓破りの坂」がある。第14区:最後の男子中高校生・シニア限定区間。前半は長い登りが続き、後半は平坦なコース。第15区:最後の女子区間。女子中学生選手が豊富なチームはこの区間で逆転も可能。第16区:各チームの最も信頼の置ける選手が出場。前半は山を下って後半は平坦なコース。大会の締めくくり。