小嶋泉との共同研究により、非可換ゲージ理論（ヤン＝ミルズ場の理論）の共変正準量子論において物理的状態を選び出す条件（九後・小嶋の補助条件）を見出し、物理的S行列のユニタリー性に対する明快な証明を与えた。その際、非物理的状態の寄与がゲージ場の縦波・スカラー状態、およびゴースト・反ゴースト状態の四つで互いに相殺すること（九後・小嶋のカルテット機構）を発見した。さらに、カルテット機構に基づいて、QCDにおけるカラー閉じ込めの十分条件（九後・小嶋の閉じ込め条件）を提唱した。その他、畑浩之と共同で、有限温度系への拡張、横波状態を含まない純ゲージ理論におけるパリジ (G.Parisi)・ソーラス (N.Sourlas) 機構による閉じ込めなど、また、BRS対称性の巾零性に基づいた一般的ゲージ固定法の提唱（上原正三と共同）、反対称テンソルゲージ場の共変量子化とU(1)問題への応用（畑、太田信義と共同）などがある。なお、ゴースト場のエルミート性に関する正しい理解は九後・小嶋によって与えられた。その他、九後・小嶋形式の誕生に至る経緯については、基礎物理学研究所の研究会「場の理論2004」の報告や、雑誌「数理科学」2010年6月号の連載記事「物理の道しるべ」に詳しい。
本作で正綱の宿敵として登場する北条家の伊豆水軍に関する記述の多くが、当地伊豆の小学校教諭、永岡治が記した『伊豆水軍物語』(1982年、中公新書)と重なっており、原典として依拠していたものと思われる。
未完に終わった本作だが、文庫本刊行に合わせた縄田一男の解説に、隆が生前に残した構想メモが紹介されている。メモによれば、本作最後に名前が出るウィリアム・アダムスとの邂逅から大船禁止令、慶長使節と経て大坂の陣での忠勝と、西廻り航路でメキシコ、あるいはヨーロッパを目指した正綱という構想があったと推測できる。
武田水軍の将として、後に徳川家康に仕え御召船奉行として活躍する向井正綱、忠勝親子を描いた物語である。時は天正七年（1579年）、駿河国持船城城主・向井正重の息子、正綱は武田と徳川の係争地として緊張が続いていた持船城を抜け出し、釣りをすべく沖に船を出していた。やがて見事な黒鯛がかかり、長時間の攻防の末釣り上げることができたが、格闘を終えた正綱の目に飛び込んできたのは、徳川の総攻撃によって炎上する持船城の煙であった。殲滅戦となったこの戦いで正重と義兄の正勝は討死し、戦に間に合わなかった正綱は唯一生き残った「海坊主」こと野尻久兵衛に落ち延びるよう諭され、落涙する…。清水港に戻り、「魚釣り侍」なる汚名を被り、形見の狭い思いをしている家族を背に尚も茫洋とした態度のまま沖に船を走らす正綱だが、その腹には迫り来る北条水軍の本拠地、重須への決死の奇襲攻撃があった。船を黒く塗り、三好軍兵衛ら雇い入れた老いた「いくさ人」たちと乗り込んだ正綱たちを待ち構えていたのは、圧倒的な威容を誇る北条水軍の安宅船艦隊であった。出港前に祝言を上げた長谷川長久の娘・久との約束を胸に正綱たちの死闘が繰り広げられる。やがて、武田家が滅びた後、本多重次と出会い、仇敵であった徳川家に仕えることを決意した正綱は北条水軍や九鬼水軍との戦いで徳川水軍の勇将として名を高めることになる。その間に、久との間に生まれた忠太郎（忠勝）が元服し、連合軍による小田原攻めから親子そろっての参陣となる。
レ・リー・ヘイスリップ（ヘップ・ティ・リー）は、抗仏戦争中にベトナム中部の、当時キ・ラと呼ばれた農村に生まれる。穏やかな美しい村であったが、この村が南北ベトナムの国境線付近であったためこの村の人々と彼女の人生は否応なく戦争に巻き込まれていった。彼女がベトコン側の見張りをしていて、ベトナム共和国政府軍兵士の進行をベトコン側に通報したため、ベトナム共和国政府軍に逮捕・拷問される。家族の働きかけによって釈放されるが、そのことでベトコンにスパイと疑われ、二人のベトコン兵士にレイプされる。そして、村人からも疑いの目をかけられるようになり、彼女は村を離れなければならなくなった。彼女と母親はサイゴンで、アインという金持ちの屋敷で雇われることになった。そのうちにレ・リーはハンサムな主人アインに惹かれ恋心を抱くようになり、彼の子を妊娠してしまう。アインの妻に妊娠したことを知られ、レ・リーと母親は故郷近くの街ダナンに追い返されることになった。母親は商売がうまくいかず故郷の村に帰ってしまうが、帰ることのできない彼女は生まれた子供と困窮しながらも米軍のゴミ収拾場で働きはじめ、ついには米軍兵相手に売春をしてしまう。後に韓国軍のカジノの職を得て生活は安定し、アメリカ海兵隊の射撃隊軍曹スティーヴ・バトラー（トミー・リー・ジョーンズ）と出会う。彼女は過去の不運な恋愛経験などから、最初は彼に冷たくするがスティーヴは彼女の心を解きほぐしていく。二人は結婚し新しい家庭を持つことになったが、日に日に戦況は悪化し、終にはベトナム共和国政府が崩壊してしまう。スティーヴが戦場へ向かったため、二人は離ればなれになってしまうが、後に再会する。そして二人はベトナムを去り、アメリカに行く。人生を共に歩み始め、レ・リーは夫の反対を押し切って始めた商売が軌道に乗り、アメリカ社会に適応するが、スティーヴは、特殊部隊で過ごした殺戮の日々の記憶とアメリカでの仕事がうまくいかないことから次第に心を蝕まれてゆく。そんなスティーヴとレ・リーとの間には溝ができ、ついには離婚してしまう。さらに海兵隊をクビになり、結婚生活も仕事も失ったことになったスティーヴは絶望する。レ・リーは僧侶と話し合い、スティーヴを赦しやり直す気になるが、スティーヴが子供を連れ去ってしまう。レ・リーはスティーヴに戻ってくれるよう必死に語りかけるが、スティーヴは自殺してしまう。悲劇から何年もが過ぎ、レ・リーは息子らを連れてベトナムに戻り、再び故郷の地に立つ。