頼之の失脚後、後任の管領には義将が就任し、幕府人事が斯波派に塗り替えられ、春屋妙葩も復帰した。その後、斯波派と伊予の河野氏らの圧力で義満は頼之追討令を下すが、河野通堯が頼之に返り討ちに遭ったため追討は中止、翌年には頼之を赦免している。そして、元中8年/明徳2年（1391年）に頼之の弟の頼元を管領に任命し、頼之自身もその後見として幕政の中心に復帰させていることから、この政変は頼之からの自立を望んだ義満の提唱によって起こされたものと考えられる。また斯波氏・細川氏両派の抗争を利用し、相互に牽制させて守護大名の強大化を防ぐ狙いがあったとも考えられる。一方、政変後、鎌倉公方の足利氏満は義満からの問責を受けたため、謝罪の使者として古先印元を派遣して許しを請い、5月2日に赦免を受けている。だが、翌年3月には氏満の幼少時代からの師であった義堂周信を義満が強引に京都に召し出し、義満の意向を受けた上杉憲方は氏満と周信を脅してこれを受け入れさせる有様であった。これ以後、氏満は将軍家や関東管領に対抗するために自らの勢力拡大を意図して小山氏の乱などを引き起こして関東・奥羽の有力大名を抑圧するようになり、永享の乱・享徳の乱まで続く鎌倉（古河）公方と足利将軍家及び関東管領上杉氏との対立の発端となった。義満はこの政変の後、将軍直轄の軍事力である奉公衆を整備し、元中6年/康応元年（1389年）に土岐頼康の甥康行を追討（土岐康行の乱）、元中8年/明徳2年の明徳の乱においては山名氏を討伐、応永2年（1395年）に九州探題今川了俊を罷免、応永6年（1399年）の応永の乱においては大内義弘を追討して有力守護を弱体化させ、幕府の支配体制を固めていく。
天授5年/康暦元年（1379年）に入ると、反頼之派は義満に対して頼之の排斥・討伐を要請し、近江で反頼之派に転じた佐々木高秀が挙兵した。中央進出への好機と見た鎌倉公方足利氏満がこれに呼応して軍事行動を起こそうとし、3月8日には関東管領上杉憲春が諌死する事件も起こる。それでも氏満は上杉憲方に出兵を命じるが、かねてから関東管領の地位を狙っていた憲方は伊豆まで兵を進めると密かに義満と交渉して関東管領任命の御内書を得ると直ちに鎌倉に帰還し、4月30日には氏満に迫って管領就任を認めさせた。一方、京都では4月13日に義満が義将らの圧力で高秀や頼康らを赦免すると、義将ら反頼之派は軍勢を率いて将軍邸の花の御所を包囲し、義満に頼之の罷免を迫った。そのため義満は閏4月14日に頼之を罷免、頼之は自邸を焼いて一族を連れて領国の四国へ落ち、その途上で出家した。
ベイカーは三年前にお互いサッカー好きであることからプルニエと知り合った。しかし、プルニエは薬物や酒におぼれるなどの問題があり、後に今回の事件に自分が関与していたことも認めている。ベイカーは、2002年のFIFAワールドカップが始まる前にお土産を買いに日本に行くとプルニエと彼の同伴者に話をしており、その際にアパートを借りたいと申し出ていた。4月12日、ベルギーの空港を飛び立ち、ロンドンのヒースロー空港を経由して、13日に成田空港へ到着した。ベイカーとプルニエは入国審査でいったん別れたが、荷物を受け取るコンベヤーの前で再会した。その時に、ベイカーは「君の荷物はまだ来ていないよ。これを持って列に並んでくれないか？そこを出たらまた会おう」とプルニエに言われたという。税関がベイカーの持っているスーツケースを調べたところ、幻覚誘発剤41120錠、コカイン992.5グラムが発見された。これは当時の成田空港における、最大規模の違法ドラッグ摘発事件であった。またベイカーは英語の訛りがきつかったため、それが分からなかった税関職員は、彼が「このスーツケースはプルニエのものだ」と言っていることに気付くことができなかった。一方、プルニエは税関を通過した後、警察に監視されていたが、拘留されたり取り調べをうけたりはしなかった（二日後に日本を出国している）。 ベイカーは逮捕時に、旅行の同行者であったプルニエによって、底が二重に細工された麻薬入りのスーツケースを持って税関を通るよう仕組まれた、と主張していた。 また、最初の拘留の際に日本の検察によって、睡眠を剥奪されるというひどい扱いを受け、弁護士との面会の機会も与えられず、その上、稚拙で不正確な英語で書かれた自白書にサインを強要されたとも主張した。日本では容疑者が外国人の場合には裁判所が認可した通訳によって口述された訳が自白書となり、録音やビデオによる記録は行われない。したがって、裁判の際に弁護士が自白を確かめたり、自白について争うことはできない。ベイカーは23日間、弁護士との面会もなく未熟な通訳がいるだけの状態で拘留され、最終的には警官に「これにサインをすれば家に帰ることができる」と言われ内容もわからない自白書にサインをさせられた。ベイカーは後に供述は誤りだったと主張したが、受け入れられることはなかった。日本では裁判前に容疑者からの自白を確保することに重きが置かれており、そのことは日本の高い有罪率につながっていると2007年の報告書で述べられている。 ベイカーの主張は控訴審で是認されたが、判決は11年の禁錮と300万円の罰金への減刑にとどまった。2008年春、ベイカーは残りの刑期に服するためにイギリスへと身柄を移された。