1601年6月、教皇への従順を誓う最終誓願を立てる。これは、ロドリゲスが会士として高く評価されたというよりも、会計係の重要性のたかまりから高位の宣教師が就く必要が生まれ、ロドリゲスが誓願を立てる許可を得られたとみられている。会計係となったばかりでなく、1601年には、家康とポルトガル商人・イエズス会との直接交渉役も命ぜられ、家康の貿易代理人としてますます重要性を高めた。家康とフランシスコ会の接近に、キリシタン容認とイエズス会の地位低下の危機の予感を得たイエズス会は、1606年、日本司教セルケイラが伏見で家康の謁見を受け、翌年にはイエズス会日本副管区長パシオとともに、駿府の家康と江戸の秀忠を訪問する。どちらでも厚遇を受け、キリシタン禁制の解かれる日も遠くないことのように思われた。当時の日本副管区では、日本やポルトガルでの宣教保護から十分な資金を得られなかったため、マカオ＝長崎間の貿易仲介によって必要な資金を得ていた。貿易の不安定さによる収入の逓減と、副管区の体制が整うのに伴い増大した出費と、日本での保護者への贈答品にかかる費用によって、副管区の会計は慢性的な赤字であり、ロドリゲスは貿易によって得られる利益の拡大に力を入れていた。秀吉や家康などからの依頼による貿易代行がそれであるが、他にも生糸の価格決定への関与などへも精力的に関わった。その一方、これらの商行為や政治への関与は、強い反感と反撥をもたらした。イエズス会では、聖性を乱すとして、かねてより商行為への関与は否定的に見られており、強い制約が与えられていた。その制約が緩和され、ますます活溌になるのを見るにつけ、貿易を容認する日本管区上部にイエズス会総長や教皇からの圧力を求める声があがった。貿易は托鉢修道会からとくに強く批判され、周囲の大名は、ロドリゲスの政治介入について批判した。長崎奉行の長谷川藤広と、長崎代官の村山等安らによってロドリゲス排除が試される（但しこの試みは失敗した）など、立場が次第に危うくなっていった。1609年、ノサ・セニョーラ・ダ・グラサ (Nossa Senhora da Graça) 号（別名マードレ・デ・デウス (Madre de Deus) 号、岡本大八事件）の一件（ノサ・セニョーラ・ダ・グラサ号事件）が起ると、長谷川藤広と村山等安はふたたび誣告し、ついに1610年、家康の命により追放されてしまった。ロドリゲスは、日本にいる間に日本語文法書の執筆に取りくみ、1604年に印刷がはじめられ1608年に印刷が終結した。これが『日本文典』（Arte da Lingoa de Iapam, 日本の言語についての文法学書）である。ラテン語学における伝統的な文法体系に基づいて日本語の文法を整理しようとしたもので、イエズス会の先達の文法書を下敷きにしつつ、独自の観点でラテン語文法の枠組みを日本語に見合うように拡張もしている。ロドリゲスが多忙のなかでどのように執筆したか、また、ロドリゲスがこの文典を編むにあたって教養のある日本人が協力したと強く推察されるが、それはどんな人物であったのか、印刷になぜ遅れが出たのかということについて詳らかでないが、経済的な困窮やロドリゲスの多忙により原稿が完成していなかったかなどと考えられている。
人が泳ぎ始めた時期については資料が無くはっきりとは分かっていないが、人類は二足歩行を始めた原始時代から生活を維持していくための食物として、川や海などに棲む魚貝類の捕獲を必要としたことや、移動のための川の横断、水害からの避難、衛生のための洗身、宗教的信仰のための水浴などの機会を通して水の浮力の存在を知り、浮力を利用して泳ぐ技術を覚えたとされており、水泳は己の身体のみを使って一人で行う最も普遍的な運動の一つとして人間の生活とともに始まったとされている。地球の70%が海であり、陸地にも川や湖、池が多数存在することから、人類の誕生から生活のために水泳が必要不可欠であったことは当然と考えられる。およそ9000年前に人が泳いでいる姿を示す壁画があったといわれ、古代ギリシア時代には水泳が盛んであったことも当時の絵画や彫刻からわかる。古代ギリシア・古代ローマ時代の身体訓練では水泳が重要な科目とされており、文化人の条件としても文字が読めることと並んで水泳ができることが必要とされていた。3000年前に西南アジアにあった古代王国アッシリアの旧地から発掘されたレリーフには、兵士が泳いで川を渡っている姿が描かれている。記録としては、古代エジプトのパピルス文書（紀元前2000年）、アッシリアのニムルド出土の兵士の図（紀元前9世紀）、古代中国の荘子、列子、淮南子などがある。古代ギリシア時代の祭りであるオリュンピア大祭（古代オリンピック）が行われていた時期には、既に水泳が重要な科目として盛んに行われていたのだが、古代オリンピックの競技には採用されていなかった。はっきりとした理由は不明だが、あまりにも当たり前のように行われていたためとする説や祭りの時期になるとオリンピアの川の水が無くなって泳げなくなってしまうためとする説がある。そもそも、主に現在の陸上競技の原型となる種目が行われていたため、水泳を行うには別の場所で行わなければならないなど馴染まなかったとも考えられる。最初期の泳ぎは動物の模倣で、犬掻きや平泳ぎに似ているものであったとされている。中世においても動物の泳ぎを模倣した段階であったが、19世紀に入ってイギリスの産業革命後、スポーツの近代化とブルジョワジーが賭けレースをするようになったことを背景として泳ぎにスピードが求められるようになった。そのため泳ぎに改良が加えられていき、もっとも原始的な泳ぎの形であるとともに平泳ぎの原型となる「両手で同時に水を掻き、両足で同時に水を後方に押しやる泳ぎ」から「両手で同時に水を掻き、両足を左右に開いたのち勢いよく水を挟んで前進力を得る『蛙股（現在のウェッジキック）』」が考案され、現在の平泳ぎが完成した。これまで身体訓練や娯楽、生活の一部として世界各地で行われていた様々な運動が、19世紀の産業革命後、イギリスで起こった「スポーツの近代化」によって現在のスポーツ競技として成立していった。水泳もこの時代になると、これまでのレクリエーションとしての水泳に飽き足らなくなったイギリス上流階級の子弟を中心とする青少年たちにより学校対抗の形式で競技が始められていく。ロンドンにあるハイド・パークのサーペンタイン・レイク（池）をプールのように区切って1837年に世界初の水泳大会が行われ、1869年にロンドン水泳協会が設立された。1896年に開催された第1回オリンピックでは正式競技として採用され、現在まで一度も外されることなく行われており（第1回大会から継続して行われ続けている競技は、競泳・陸上競技・体操競技・フェンシングの4競技のみである。）、後半の陸上競技とともに前半のオリンピックにおける花形競技となっている。第1回大会の種目は自由形のみが行われ、実質平泳ぎで競われた。1900年パリオリンピックから背泳ぎが種目として加わり、自由形ではクロール泳法が登場して、1904年セントルイスオリンピックから平泳ぎは独立種目となった。1952年ヘルシンキオリンピックでは平泳ぎにおいて多数の選手がバタフライの手の掻きを用いるようになり、1956年メルボルンオリンピックからバタフライが独立種目となった。距離は当初、ヤードまたはマイルとしても実施されていたが、徐々に種目の整理がなされ、1908年ロンドンオリンピックからはメートルのみの実施となっている。また、同年、このロンドンオリンピックがきっかけとなって国際水泳連盟（FINA） が設立された。現在は、小学校や中学校で体育の授業で水泳を習っている。(クロール・平泳ぎ・背泳ぎ・バタフライ）