アクションゲームに類されるほかの多くのゲームと同様、プレーヤーが主人公ミッキーの操作を担当し、敵を倒したりパズルを解きながら道を進み、レベルを攻略していく。大半の敵キャラクターはジャンプで踏みつけたりビー玉を投げつけることによって倒すことができる。レベルによっては攻略のために短時間に頻繁にジャンプすることを要求される。（例として、崩れていく塔から逃れるシーンが挙げられる）。
主人公・スタンは誕生日にデンバー水族館に連れて行ってもらい、ドルフィン・エンカウンター（イルカとの触れ合い）を体験する。しかし、いざイルカとの触れ合いが始まるという時に、日本人が大挙して来襲、すべてのイルカを虐殺してしまう。日本人の行動は徐々にエスカレートし、「ファック・ユー・ホエール！」「イクラー！」などと叫びながら、アメリカ各地に出現してイルカ・鯨・鯱などの海洋哺乳類を虐殺、しまいにはアメリカンフットボールチームのマイアミ・ドルフィンズのメンバーまで虐殺する。ニュースではこの問題について首相に対するインタビューも行われているが、首相はイルカと鯨に激しい憎しみを見せ、「ファック・ユー・ホエール！ファック・ユー・ドルフィン！」と叫んで中指を立てる。その夜、「日本人のせいでひどい誕生日になってしまったな」とスタンを慰める父親に、スタンは「なぜ日本人はイルカや鯨を殺すの？」と質問する。スタンの父親は「我々まともな人と違って、日本人はイルカや鯨が好きじゃないんだ」と答え、スタンがイルカの死体と撮影した記念写真を手渡す。スタンは日本人を止めるため行動を起こすことを決意、カイルやカートマンを誘うが、カイルには「日本人は昔から鯨を食べている、異文化の人々がやることに口出しするべきじゃない」とたしなめられ、カートマンに至っては「I do not care about stupid ass whales!」（直訳：バカみたいなケツの穴鯨にはまったく興味がない）とスタンを罵る。気落ちするスタンだったが、バターズからシー・シェパードの存在を知らされ、参加を決意。この時点で、シー・シェパードを扱ったテレビ番組「Whale Wars」が放送されており、スタンもシー・シェパードの一員として番組の収録に立ち会うことになる。しかし、いざ日本の捕鯨船に対したシー・シェパードの面々は、自分で自分を殴って「身を挺して鯨を守っている」と自己満足したり、捕鯨船に対して「臭い瓶」（stinky bottles）を投げ、「奴らを臭くしてやった」と無邪気に喜んでいるだけ。スタンが撃沈を提案しても、リーダーのポール・ワトソンは「それは違法だ」と言って却下してしまう。直後、捕鯨船の反撃に遭い、ポールは無意味に死亡する。「我々は抗議団体ではない、海賊だ」と自称しながら積極的攻撃を行わないシー・シェパードにしびれを切らしたスタンは、独断で小型の信号拳銃を探し出し、捕鯨船の燃料タンクを狙撃して爆沈させてしまう。スタンは船長に就任、テレビ番組も大人気を博すようになる。スタン率いるシー・シェパードが過激な活動をすればするほどマスコミは盛り上がり、スタンは一躍英雄となる。しかし、マスコミにとって、シー・シェパードはあくまで「リアリティーショーの人気者」に過ぎなかった。ラリー・キング・ライブに出演すると、「あなたがリアリティー番組に出演するためのモチベーションは何ですか？」など無意味な質問をされる上、メンバーもテレビに出演できたことに無邪気に喜ぶだけ。怒ったスタンは途中降板して任務に戻ってしまうが、番組は『The Real Whale Wars』（真の鯨戦争）とタイトルを過激に改めてますますヒートアップする。任務のさなか、カートマンとケニーが現れ、鯨を守りたいと申し出る。テレビ目当てであることを見抜いたスタンは拒否するが、二人は強引に抗議船に乗船してしまう。そのまま抗議活動に向かうスタンたちだったが、シー・シェパードの人気に嫉妬し、自分たちの番組の人気がなくなったと怒る『Crab Wars』のカニ漁船と番組スタッフが、スタンと彼が率いるシー・シェパードの抗議船に対する妨害活動に出る。スタンとシー・シェパードは対策が練れずに困り果てていたが、そこに数頭の鯨が現れ、船の周囲をアピールするように泳いだ後、カニ漁船を連れ去ってしまう。「鯨たちは誰が自分の味方か知っているんだ！」とスタンたちは喜んだが、その直後日本の零戦の編隊が現れ、「ブザーイ！」の絶叫と共に神風特攻で周囲の鯨を殺してしまう。スタンたちは驚き慌てるがなす術なく、抗議船も特攻攻撃により撃沈され、シー・シェパードのメンバーは全員死亡する。スタン、カートマン、ケニーの三名は辛うじて生き残ったものの捕まってしまい、日本の監獄に収容される。日本の監獄で、スタンは「アキヒトさま」と言われる人物に会う。スタンは彼に捕鯨をやめるよう訴えるが、アキヒトは「君にそのようなことを言う権利はない。我々が真実を教えよう」と語り、広島の原爆記念館に三人を連れて行く。アキヒトは、原爆の被害や後遺症の悲惨さを一通り説明した後、日本人はこの事件を許すことはできないと語る。さらに、アキヒトはこの原爆を投下したのがイルカと鯨だったとし、証拠としてエノラ・ゲイ操縦席に座るイルカと鯨の写真を見せる。「イルカや鯨に対する激しい憎悪が虐殺に繋がっており、彼らを絶滅させるまで日本人は戦うのだ」と説明するアキヒト。あまりのことにショックを隠せないスタンが、その写真をどこで手に入れたのかと聞くと、アキヒトは「爆撃の翌日にアメリカ政府がくれたのだ。だから日本はその翌日アメリカ政府と仲直りし、戦争を終えたのだ」と答えた。思わず真実を語ろうとするスタンだが、カートマンが制止し「こいつらは原爆を落とした奴らを絶滅させるつもりなんだぞ！」と耳打ち。自らがアメリカ人であり、日本政府に逮捕されている身として、スタンは一瞬ためらいつつも一計を案じ、アメリカに残るカイルに電話をする。カイルは素早く合成写真を作り、日本へ送る。改めて鳩山由紀夫やアキヒトと会見したスタンたち三人は、「真実の証拠写真」として、カイルが合成した写真を手渡す。そこには、エノラ・ゲイを操縦する鶏と牛の姿が写っていた。これを見た鳩山やアキヒトらは激怒、「イルカや鯨はスケープゴートだったんだ！」と叫ぶ。やがて、イルカや鯨に代わり、全米各地で日本人が鶏と牛を虐殺するようになる。その様子をきょとんと見守るスタンに、父が一言。「よかったな、息子よ。これで日本人もまともになった。俺たちと同じだな」