甲状腺機能低下症では顕性でも潜在性（TSH高値のみ）でも認知機能の障害が認められる。脳内グルコース代謝を評価した検討では帯状回や扁桃核、海馬など感情、集中力、記憶障害などに関連する部位の活動低下が認められレボチロキシンの投与で血流が回復したという報告がある。しかし高齢者の潜在性甲状腺機能低下症では認知機能の改善のためレボチロキシンを投与するメリットは明らかになっていない。甲状腺機能低下症による認知機能障害は常識、言語、動作など全般的な低下であり特徴はない。
極めて稀であるが死亡率は25〜65%であり早期のICU管理が望まれる緊急疾患である。粘液水腫性昏睡の診断基準（3次案）によると粘液水腫性昏睡（myxedema coma）とは甲状腺機能低下症（原発性または中枢性）が基礎にあり、重度で長期にわたる甲状腺ホルモンの欠乏に由来するあるいはさらに何かの誘因（薬剤や感染症など）により惹起された低体温・呼吸不全・循環不全などが中枢神経系の機能障害をきたす病態である。正しい治療が行われないと生命にかかわると定義されている。脳血管障害やその他の代謝性脳症などを鑑別するが粘液水腫性昏睡を疑った場合は遅滞なく甲状腺ホルモンを測定し結果を待たずに治療を開始する。。欧米では甲状腺ホルモンの静注製剤が販売され標準的に使用されているが日本では発売されてないため経鼻胃管から投与することが多い。投与量は以前は大量投与が推奨されていたが2012年現在では少量から中等量を推奨する場合が多い。低ナトリウム血症や低血糖を伴う場合は副腎不全の有無の鑑別も必要である。副腎不全がなかったとしても相対的副腎不全の可能性があるのでヒドロコルチゾンを100〜300mgの静注を行い、以後8時間毎に100mgの追加投与を行う。低体温のため発熱など感染徴候がマスクされてしまうため感染症が否定されるまで広域スペクトラムの抗菌薬投与を躊躇しない。
後天性の甲状腺機能低下症の神経症状としてはこわばり感、筋痙攣、痛みを伴う筋肉の機能障害のほか、手根管症候群やその他の紋扼性症候群がひろく認められる。記憶力と集中力の低下も認められる。また腱反射の弛緩相の遅延と偽性筋強直が認められる。まれな神経障害としては可逆性の小脳性運動失調症、認知機能低下、精神病、粘液水腫性昏睡が知られている。先天性甲状腺機能低下症（クレチン症）では精神運動発達遅延や小脳失調が知られている。
自己免疫性甲状腺疾患が臓器特異的自己免疫疾患であるのに対して膠原病は臓器非特異的自己免疫性疾患である。代表的な膠原病としてSLE、関節リウマチ、シェーグレン症候群、多発筋炎、皮膚筋炎、全身性硬化症などがある。膠原病にも自己免疫性甲状腺疾患を合併することが多いがその頻度は報告によって異なる。
自己免疫性甲状腺疾患は1型糖尿病に合併する他の自己免疫性疾患のうち最も頻度が高い疾患である。1型糖尿病のうち抗TSH受容体抗体は17.9%、抗Tg抗体は39.3%、抗TPO抗体は44.6%で陽性という報告もある。また1型糖尿病に自己免疫性甲状腺疾患を合併した場合は多腺性自己免疫症候群の定義を満たす。
自己免疫疾患の成因はまだ十分に解明されていないが、同一個人に複数の自己免疫性疾患が出現したり、同一家族への自己免疫疾患の集積性がみられたりすることは自己免疫性疾患の成因に共通のメカニズムが存在することを示唆し、遺伝的素因が関与していることが知られている。自己免疫疾患は他の自己免疫疾患を合併することが多く、特に自己免疫性甲状腺疾患以外の例えば膠原病や重症筋無力症といった自己免疫疾患では、頻度の高い自己免疫性甲状腺疾患の合併の検索を行うことは非常に重要である。逆に自己免疫性甲状腺疾患の患者がその他の免疫疾患を合併している可能性は高くない。
ランゴバルド人が内陸部を制圧したため、東ローマ帝国の勢力は諸公国（ローマ公国、ヴェネツィア公国、カラブリア公国、ナポリ公国、ペルージャ公国、ペンタポリス公国、テマ・ルカニアなど）が押さえる海岸の諸都市に限られた。これらの帝国領の政治的・軍事的な長であるラヴェンナ総督は、コンスタンティノープルにいる皇帝の代理に相当する地位であった。その直接の統治領域はアペニン山脈の東側を覆っていた。その他の帝国領はドゥクスやマギストリ・ミリトゥムがより強い権威を持っていた。とはいえ、少なくとも名目上は、イタリア半島全体がラヴェンナ総督府の管轄とされていた。同じ帝国領でも、シチリア島は独自の政府がおかれ、またコルシカ島やサルディーニャ島はアフリカ総督府が統括した。パヴィーアを首都としたランゴバルド王国は、ピエモンテ、ロンバルディア、ヴェネツィア本土（ヴェネツィア島を除く大陸部）、トスカーナ、カンパニア内陸部を押さえ、640年にはリグリアからも帝国の勢力を駆逐した。ナポリやカラブリアの帝国領もベネヴェント公国によって少しずつ削られていき、ローマでは教皇が実質的な支配者となっていた。教皇とラヴェンナ総督は、対立と協力を繰り返した。教皇はローマにおける帝国への不満緩和に利用される一方で、教皇やローマ元老院は、自分たちを支配している総督を外部からの介入者として疎んでいた。総督府の歴史は、皇帝による集権的主権のもとでの統治からヨーロッパ封建制への過渡期にあたっていた。コンスタンティノープルの皇帝の努力にもかかわらず、総督などの中央に結び付けられていた役人は次第に世襲的、血族的になり、地域の土地所有者、支配者に変質していった。またランゴバルド人に対する防衛戦力供給のために、最初は正規の帝国軍に付随するだけだった領内からの徴募兵が、次第に中央から独立した常備軍の様相を呈するようになった。こうした軍隊はラヴェンナ以外でもイタリア各地の帝国領都市でみられ、中世イタリア都市国家の市民軍の先駆となった。