被告人らが立ち入った共用部分は「住居」ではなく「人の看守する邸宅」に該当するとしている点が第一審とは異なるが、住居侵入罪に該当する（構成要件に該当する）と判断している点は形式的には変わらない。その上で、第一審判決は処罰すべきほどの違法性はない（可罰的違法性がない）として住居侵入罪の成立を否定したが、控訴審は、そうした違法性も認められるとして住居侵入罪の成立を認めた（有罪とした）。まず、「政治的意見の表明という正当な動機に基づいている」という第一審の判断について、被告人らの行為が表現の自由により保護されるべきものであること、及び、表現の自由が尊重されるべきことは認めている。しかし、表現の自由を理由に他人の権利の侵害が直ちに許されるものではなく、「何人も、他人が管理する場所に無断で侵入して勝手に自己の政治的意見等を発表する権利はない」から、被告人らを住居侵入罪で処罰しても表現の自由を保障した憲法21条1項に反するものではないとした。更に、被告人らによる立入りの態様（ビラの配り方）について、第一審は「相当性の範囲を逸脱したものとはいえない」としていたが、控訴審はこれを否定した。プライバシー侵害の程度が低いことは否定しなかったものの、過去に行われていた立ち入り禁止の警告を無視し、またビラ投函の際にも対面で入居者から抗議を受けていながら後日再びビラの投函に及んでいることから、その行為が居住者の日常生活に実害をもたらさない穏当なものとは言えず、入居者等の反対を押切って敢行されたものではないともいえない、ということを根拠としている。また、被告人らのビラ投函によって生じた法益侵害の程度が極めて軽微であるとした第一審の判断も否定されている。控訴審は、ビラ投函によって、入居者らが「軽微」とはいえない不安・不快感を抱いたからこそ、立ち入り禁止の掲示等各種の対策がとられたのだと指摘する。
控訴審（東京高等裁判所平成17年12月9日判決高等裁判所刑事裁判速報集（平17）号238頁）は、第一審判決を破棄自判して、被告人らに対し、罰金20万円から10万円の刑を言い渡した（2005年12月9日、裁判長・中川武隆）。これに対し、被告人は即日上告した。
第一審（東京地方裁判所八王子支部平成16年12月16日判決判例時報1892号150頁）は、被告人らを無罪とした（2004年12月16日、裁判長・長谷川憲一）。これに対し検察官は控訴した。
同年2月27日、警視庁立川警察署は、同団体メンバー三人に対する住居侵入の容疑で事務所、自宅など6ヶ所を捜索し、書類、パソコンなどを押収し、同日、ビラを投函した上記3名は逮捕された。3名は3月19日に起訴され、5月11日に保釈されるまで75日間勾留された。勾留に際しては、接見禁止の決定がなされた。朝日新聞はこの長期間の勾留に対して異例の捜査であるとして批判している。被告人の3名は捜査機関の取調べに対し、一貫して黙秘した。
岐阜県岐阜市の米穀商の矢澤領一が「大衆娯楽の殿堂」をモットーに1948年に設立した。社名の由来は、大相撲の横綱だった双葉山。第二次世界大戦直後の出せば売れる出版ブームに乗って、編集を担当する実弟の矢澤貴一らの兄弟3人で『花形講談』を創刊。その後も、『読切傑作集』『傑作倶楽部』『小説の泉』『大衆小説』『剣豪列伝集』など、大衆読物雑誌を続々と創刊。表紙や誌名が異なっても中身と執筆陣は代わり映えせず、社長の矢澤はこれを「キャラメル戦法」と称していた。1952年から1953年にかけて、本社を岐阜市から東京都へ移転。千代田区の神田神保町を経て、新宿区神楽坂に本社を据えた。さらに1984年に同区東五軒町に新社屋を建立して移転した。1955年、新潮社が出版社系週刊誌としては初となる『週刊新潮』を創刊し、新聞社でなければ週刊誌は不可能と言われた当時の常識を打ち破った。これを受けて双葉社は、3年後の1958年に『週刊大衆』を創刊。出版社系では3番目に創刊された週刊誌となる。さらに『週刊実話特報』や『推理ストーリー』などを続いて創刊した。また『世界秘境シリーズ』や『別冊実話特報』」などの実話系・秘境路線を担当していた編集者の竹下一郎は、後に大陸書房を興している。1967年に『漫画ストーリー』の執筆陣による週刊漫画雑誌『Weekly漫画アクション』が創刊され、他社からも同1967年の少年画報社『ヤングコミック』、翌1968年の小学館『ビッグコミック』と秋田書店『プレイコミック』などが続き、青年漫画誌の創刊ラッシュとなった。先行する同系統の漫画誌『週刊漫画TIMES』（芳文社）、『漫画サンデー』（実業之日本社）、『週刊漫画ゴラク』（日本文芸社）とともに青年漫画誌を定着させた。1970年に矢澤一族は大手証券会社系の会社に双葉社を譲渡して、一族会社から脱皮する。社外から洋紙会社社長の瀬川雄章が社長に就任するが、この人事に社員が反発して経営陣と対立。混乱の中で瀬川が急死すると『漫画アクション』を創刊した清水文人が後継の社長となり、以後は双葉社の出身者が経営トップに就任するようになっている。1973年1月に『小説推理』を創刊。同誌が主催する小説推理新人賞は、大沢在昌を生んでいる。1987年から家庭用ゲーム機ファミリーコンピュータ（ファミコン）の攻略本を手がけるようになり、1980年代のファミコン全盛期には「ファミコン冒険ゲームブック」を刊行、1990年代には雑誌『ファミコン4コマ王国』を創刊し「4コマまんが王国」シリーズを刊行、2000年代には「4コマKINGDOM」シリーズを刊行するなど、数多くのゲーム系の書籍を刊行している。こうした経緯から攻略本からアンソロジーに至るゲーム系書籍全般に強みがあったが、「4コマまんが王国」の実質的終息やゲーム雑誌廃刊に伴う攻略本出版の減少などを受け、かつての勢いはなくなりつつある。またこの流れからパチンコの攻略本を出すようになり、『パチンコ攻略マガジン』の創刊に繋がった。2014年にはモンスター文庫を創刊、ライトノベルに参入している。