輸入細動脈から腎小体内部に入り込んだ血管は直後に糸球体と呼ばれる毛細血管ワナに分岐する。毛細血管は腎小体内部に直接露出しているのではない。足細胞と呼ばれるシダの葉状の細胞に表面を覆われ、足細胞間は1次突起と呼ばれる噛み合わせによって結ばれている。足細胞は球状に糸球体を取り囲んでおり、これを糸球体嚢、もしくは発見者の名にちなんでボーマン嚢と呼ぶ。原尿は足細胞同士の噛み合わせの隙間から濾過されてくる。毛細血管ワナを形成する個々の毛細血管同士は、メサンギウム細胞（糸球体内血管間膜）によって分離されている。腎小体の外葉（外面）と糸球体ワナの関係は、中身がしぼんでしまったミカンとミカンの皮のようなものだ。外葉と糸球体ワナの間には原尿で満たされた空隙、すなわち糸球体腔、もしくはボーマン腔が広がり、そのまま、尿細管につながっている。
腎小体へ流入する輸入細動脈、流出する輸出細動脈は一点に集まり、これを血管極と呼ぶ（図3）。血管極は尿細管の接続口、すなわち尿管極とちょうど逆の位置にある。血管極の両血管の間には、腎小体に入る直前の輸入細動脈側に極枕（糸球体傍細胞）が、輸出細動脈側に、メサンギウム細胞（糸球体外血管間膜）が密に集合している。両細動脈と極枕、メサンギウム細胞に接して遠位直尿細管の太い上行脚の終部が接し、腎小体側の太い上行脚の内壁には緻密斑と呼ばれる密な細胞が集まる（図4）。なお、遠位直尿細管の太い上行脚とは、腎小体から発した尿細管がヘアピン状の経路を経て戻って来た部位を呼ぶ。尿細管の末端に近い部分である。腎小体に血管極が存在する理由、各種の細胞が密に並ぶ理由は、これが糸球体へ流入・流出する血液、もしくは、濾過される原尿の量や成分を調整する一種の制御装置となっているからである。
腎小体の袋状の部分、球状の外面を構成するのは最外部の基底膜の表面にすきまなく並んだ外葉と呼ばれる一層（単層）の扁平上皮細胞である。腎小体に直結する尿細管は、同じく一層の上皮細胞からなるが、原尿から大量の物質を吸収するため、扁平上皮細胞ではなく、管の内側に向かって刷子縁を備えた立方上皮細胞である。
1987年の発足以来、新幹線・在来線ともに積極的に老朽車両の新車置き換えを進めており、東海道新幹線と在来線の定期特急列車はすべて民営化後に設計・製造された車両に統一されている。一方、普通列車・快速列車に用いられる一般型車両においても国鉄時代に投入された車両の置き換えが進んでおり、2006年度末には約8割の車両が置き換えられた。さらに、2010年から2015年にかけて313系を新製投入し、これにより国鉄から引き継いだ電車は211系0番台8両を残すのみとなり、ほぼすべてが自社形に更新された。気動車の置き換えも進められ、2014年から2015年にかけて、すべてが自社形へと更新された。2017年3月18日現在、国鉄車両の割合は0.2%である。また、将来的な新幹線車両のN700系への統一や在来線通勤・近郊型電車の313系への統一、313系とキハ25形気動車の車体設計の共通化、在来線のほとんどの車両がコーポレートカラーのオレンジを基調とした車体塗色であるなど、車両の標準化に積極的である。在来線のVVVFインバータ車は全て東芝製の制御装置を採用している。気動車のエンジンはカミンズ製を標準としており、同社インド・プネー工場またはブラジル・サンパウロ工場からの輸入製品を用いている。2008年に日本車輌製造を連結子会社化した。これ以降、JR東海の在来線車両は全て日本車輌製造で製造されている。2010年度以降、JR東海の新幹線車両は日本車輌製造と日立製作所で製造されている。JR東海のリニアモーターカー車両は日本車輌製造と三菱重工業で製造されていたが、2017年度に三菱重工業がリニアモーターカー車両の製造から撤退したため、製造は2018年度に日本車輌製造と日立製作所に変更された。なお、2011年から2012年の213系5000番台の飯田線への転用改造は全て近畿車輛で行った。新幹線車両はJR西日本に、在来線車両はJR東日本・JR西日本に乗り入れるものもある。JR以外の私鉄へ乗り入れる自社車両は、2012年4月時点で中央本線から愛知環状鉄道線に乗り入れる神領車両区の電車と、伊勢鉄道伊勢線を経由する気動車のみである。1991年3月から2012年3月までは371系が小田急小田原線に乗り入れていた。逆にJR東海のエリアには、自社車両のほか、新幹線はJR西日本、在来線特急は本州のJR東日本・JR西日本および小田急がそれぞれ所有する車両が乗り入れている。2009年に最後まで残っていた電気機関車のEF64形が廃車されたため、JR旅客6社の中で発足当初から電気機関車を1両も保有していないJR四国をのぞくと初めて保有する電気機関車が全廃された会社となった。ディーゼル機関車も民営化後に廃車が進められてDD51形やDE10形は全廃となっており、2011年度に美濃太田車両区に配置されていた除雪用のDE15形2両のうち1両がJR西日本金沢総合車両所富山支所に移籍、もう1両が廃車されたため、JR7社で唯一機関車を保有しない会社となった。JR東海のほとんどの車両は他社とは異なり、車体側面に大きなJRマークを掲出していない。JRマークは車体端に小さいオレンジ色のものが掲出されるほどにとどまっている。