2013年5月、日本維新の会に所属していた桜内文城前衆院議員が、吉見の著書『従軍慰安婦』について「これは既に捏造であるということが、いろんな証拠によって明らかだ」と発言した件で、名誉を傷付けられたとして1200万円の損害賠償などを求めた訴訟を起こしたが、2016年1月20日に東京地裁は、「公益に関わる問題についての論評の範囲内であり、違法性はない」として請求を棄却し、最高裁判所に対する上告も棄却された。
アジア女性基金の設立には「慰安婦への賠償金は政府予算が使われない」という方針を批判し、参加を拒否した。吉見はアジア女性基金について「慰安婦への賠償金は政府予算ではなく民間からの募金で行われ、政府予算は医療費支援などに使われた。しかし、慰安婦への賠償金は政府予算で行い、民間からの募金で医療費支援などを行うべきであった。政府は被害者の望んでいる救済を考えるのではなく、日本国の責任として被害者にどのように償うのかを考えるべきである」とアジア女性基金の取り組みを批判している。
日本以外の戦時売春宿については「軍が率先してこのような制度をつくり、維持・管理していったのは、確認される限り、日本軍とドイツ軍しかありません」「これまでの研究では、第二次世界大戦時において日本軍「慰安婦」制度のような国家による組織的な性奴隷制を有していたのは、日本とナチス・ドイツだけであった。」「当時、当初から公娼制のなかったアメリカや、イギリスなどのように公娼制を廃止していた国が多く、将兵が民間の売春宿を利用することはあったとしても、軍が組織的に管理運営することは許されなかった国々が多かった。」「諸外国の軍人による性暴力もあったが、それは「慰安婦」制度とは別のものであり、それらを混同させて、日本軍「慰安婦」制度を免罪することはできない。」。（ただし、2007年3月31日、ニューヨーク・タイムズでオオニシ・ノリミツからの慰安婦問題に関する質問に対しては「国家による組織的な売春システムを運営したのは日本のみであり、ナチスドイツによる強制収容所売春宿や国防軍売春宿、米軍向け韓国慰安所などは、国家による組織的な売春システムではなく、利用する兵士がいた売春宿に過ぎない」と回答している。）。吉見の主張に対して、池田信夫は、ナチスドイツにおける国営売春施設があったことや、ソ連や英連邦軍にも軍用売春施設があったこと、また戦後の日本でRAAと呼ばれる米軍用の売春施設が設置されたことを示し、吉見の発言は嘘であると批判している。
吉見は日韓基本条約を「請求権問題を整理した条約」と定義し、日本が植民地支配の責任問題を認めていない不完全な内容と評価している。そのため、日韓基本条約の第3条「日韓の請求権の問題についても完全かつ最終的に解決されている」によって、慰安婦問題が解決されていないのは論理的に明らかだが、日本人はこの点に対する認識がとても不足していると主張している。
朝鮮や台湾において、日本軍が奴隷狩りのような強制連行（「狭義の強制」）をしたという資料がないことは認めており、自身もそのような主張をしたことはないと述べているが、河野談話の「朝鮮半島は日本の統治下にあって、その(慰安婦)募集・輸送・管理も甘言と強圧など全体的に本人の意志に反してなされた」という箇所を「甘言は刑法で言えば‘誘拐’、強圧は‘略取’に該当する。」と解釈して「日本軍が業者を人身売買犯として逮捕し、被害者である女性を故郷へ送り返さなければならないが、そのような例は一件もない。結局、慰安所は軍の施設であるから軍は誘拐、略取という犯罪の主犯、業者は従犯になる。」と結論付け、国家の法的責任を避けようとしても避けられないと主張している。また、「狭義の強制」がないことは「国外移送目的略奪罪」に該当しないだけであり、「日本政府に責任なし」という結論にはならないとし、「軍が徴募の指示をしていれば、軍が最高責任者である」と日本軍に責任があると主張している。
19世紀中葉に入り、欧米列強との接触が飛躍的に増えると、列強各国に対する他者意識の裏返しとしての「日本」・「日本人」意識がさらに強まり、ほぼ現代の「日本」・「日本人」意識と一致するまでに至った。大航海時代以降、アジア各国が欧米列強の植民地とされる中で日本が独立を長く保ったことは、後の国民国家意識にそのまま繋がる民族・国民意識の醸成をもたらし、結果として明治維新以降の近代国家建設がスムーズに行われる基礎となった。1853年に起きたアメリカ合衆国のマシュー・ペリーによる黒船来航以来、江戸幕府は「開国」政策に転換したが、不平等条約による経済危機や尊王攘夷による討幕運動に抗しきれず、1867年（慶応3年）に大政奉還を行って自ら幕を下ろした。1868年以降、明治天皇を戴きながら長州藩や薩摩藩出身の中下級武士が実権を掌握した新政府の元で明治維新が遂行され、近代化・欧米化路線による国民国家の建設を急速に進めた。同時に近隣国と国境の確定を行い、1875年に樺太全域をロシア領とする代わりに占守島以南の千島列島全域を日本領とし（樺太・千島交換条約）、1876年に小笠原諸島の領有を宣言 し、また、琉球処分を行うとともに1885年に大東諸島、1895年に尖閣諸島を編入し、南西諸島方面の実効的な支配を確立した。ここに一旦、近代国家としての日本国の領域が確定した。