平安中期ごろ寒河江荘が成立したと考えられ、荘園主で摂政の藤原忠実により鳥羽上皇の勅宣をもって慈恩寺の大規模な再建が行われた。また、慈恩寺は後白河法皇の院宣と源頼朝の下文により山号も賜っている。鎌倉時代になると大江広元が地頭となって荘内の中心として栄えた。寒河江八幡宮は大江氏（寒河江氏）の産土神として、また寒河江荘総鎮守として勧請されたという。鎌倉時代後期から室町時代にかけて寒河江城の築城が行われ、堀を満たすために開削された二の堰により平野部の開発がすすんだ。また、寒河江城の城下町として発展した。天正12年（1584年）に、大江氏は最上義光に滅ぼされ、中世以来の寒河江城は最上氏によって維持、整備されることになった。また、最上氏は兵火によって荒廃した慈恩寺の再建も行っている。元和8年（1622年）最上氏が改易されると寒河江は天領（鳥居氏預地）となり寒河江城は破却され、寒河江城跡（楯南村南町）に役館（出張陣屋）が置かれ陣屋町として発展した。白岩は酒井忠重の所領となった。寛永13年（1636年）鳥居氏が改易されると、役館が天領を治める幕府代官陣屋（元締陣屋は尾花沢・長瀞陣屋）となり、代官の手代が寒河江領の運営を行った。寛永15年（1638年）白岩領主酒井忠重が、苛政による領民の出訴により庄内藩へ蟄居となり、白岩も天領となる。しかし、事はこれでは落着せず、白岩の百姓が山形藩主保科正之に訴えを起こし、36名が処刑されるという事件が起きている（白岩一揆）。貞享4年（1687年）寒河江陣屋は出張陣屋から元締陣屋に分離独立し、宝暦5年（1760年）頃から柴橋にも陣屋が創設され、代官による支配体制が幕末まで続いた。江戸時代には商品作物の生産も盛んに行われ、元治元年（1864年）の『最上名所名産名物番付』によると、「サラヌマノ西瓜」（現・寒河江皿沼）「白岩アラレ」（現・寒河江市白岩）などが特産品だったことがわかり、また、平野部では紅花、山間部では青苧の生産が盛んであった。同番付の名所には「白岩川ノ砂金」、「平塩ノ熊野山」（平塩熊野神社）、「慈恩寺馬ノ絵馬」（慈恩寺）、「寒河江ノ八幡宮」（寒河江八幡宮）などが見える。寒河江川は古くから砂金を産出することが知られており、河川に流れ出たものを拾い上げる形で採取が行われた。また、天和2年（1682年）に発見された幸生銅山より、銅や亜鉛が採掘された。水量の豊かな最上川と寒河江川に囲まれた寒河江市は近世、その平野部でしばしば洪水が起こり寛永21年（1644年）からの225年間で109回の水害に見舞われている。最上川地域では洪水によって蛇行した流路を直行させる方法により治水が行われ、寒河江川では約200年間で実に70回もの堤防工事が行われた。水害の頻発とともに、河川沿いでは水除け信仰も広まった。
ユーゴスラビア紛争期、コニツはサラエヴォとボスニア・ヘルツェゴビナ南部とを結ぶ連絡ルートであった。 サラエヴォ包囲時にはボスニア政府勢力がサラエヴォへ向かう必要不可欠なルートとなっていた。さらに倉庫や弾薬工場、通信施設など重要な軍事施設も含まれていた。セルビア系住民はコニツでは多数を占めておらず、セルビア人自治地域でもなかったが1992年3月、セルビア人コニツ自治体の設立を宣言している。セルビア民主党(SDS)はJNAと共同で自治体の運営や軍事組織の訓練などを行った。HDZなどのクロアチア勢力もまたコニツにおける自治などを要求したが、セルビア人同様多数派を占めておらず、1991年の国勢調査では町の人口の29%を占めるだけであった。クロアチア民主同盟の組織の一部であるヘルツェグ＝ボスナ・クロアチア人共和国などのクロアチア勢力も自らの自治を要求し1992年4月に軍事組織の設立と武装を行った。ボスニア・ヘルツェゴビナのユーゴスラビアからの独立が国際的に認められると、SDSはコニツ自治体の議会からは退き戦時議会を形成して、自治体は手に負えなくなってしまった。1992年4月20日から5月初旬まで、ボスニア政府勢力はコニツ自治体の戦略的な資産や兵器などのほとんどを掌握していたが、セルビア人勢力は外部から自治体への道路網などを押さえ効果的に補給路を断っていた。セルビア人勢力によって追われた自治体周辺のボシュニャク人難民が流入し始め、その間に町からはセルビア人によって掌握された村にセルビア系の住民が離れている。1992年5月4日にJNAとセルビア人勢力によるボラスニツァとキセラの丘からの最初の砲弾がコニツに着弾した。以後、デイトン合意に至る3年以上にわたり砲撃が続けられた。砲撃が続けられたことによって、多くの犠牲者や生活環境の堪え難い状況が生まれた。難民の増加によって、住施設や食料その他の基本的なライフラインが不足していた。慈善団体などの援助によって十分な食料は供給されるようになったが、生産設備などは破壊されてしまった。8月か9月までコニツでは国際連合難民高等弁務官事務所からの支援は待たなければならず、すべての通信手段は断たれていた。コニツ自治体にとって最優先にする目標はサラエヴォやモスタルとの交通や通信の確保で、セルビア勢力のSDS等と交渉を行ったが結果的に上手く行かず、クロアチア勢力と共同で武力行使に出る計画が立てられた。最初に標的とされた村は、ドニェ・セロ村(Donje Selo)で1992年5月20日にクロアチア勢力が侵攻している。ボスニア政府勢力の兵士はヴィニシュテ(Vinište)をツェリチ(Cerići)とビェロヴツィナ(Bjelovcina)の村へ向け通り抜けている。ツェリチが最初に砲撃を受けたのは5月22日のことで、ビェロヴィツィナもまたその時であった。旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷(ICTY)による目撃者の聞き取りによれば、セルビア系の住民が住むブラディナ村(Bradina)では5月25日の 午後遅くと夕方に砲撃が行われ、兵士が迷彩と黒の軍服で現れ建物に向け武器を向け砲撃が行われた。多くの住民が逃げ惑い、一部が村の中央に引き下がっていた。その後、5月27日と28日にクロアチア、ボスニア勢力の兵士や警察によって住民は拘束されている。一連の武力行使によって多くのセルビア系住民などが逮捕されたことやコニツ包囲に関する戦犯に対し、監禁拘束する施設が必要になり以前にユーゴスラビア人民軍の施設として使われていたチェレビチの施設が選ばれた。収容者の大半は1992年4月から12月の間に拘束された男性で、ブラディナやドニェ・セロなど周辺部の武力行使で捕われた人たちであった。5月中に他の場所の強制収容所からチェレビチ強制収容所にいくつかのグループは移され、セルビア系の収容者には暴行や拷問を受けた人、中には看守によって殺された人もいた。レイプの被害に遭った女性も二人いる。その後、ボスニア政府の決定によって1992年12月に収容所は閉鎖され残りの収容者も解放されたとされている。