大部分の菌糸は基質上を這い、あるいは潜り、周辺の基質を分解吸収している。しかし、それ以外の目的のために分化した菌糸もある。特に生殖にかかわる部分が分化する例が多く、それらは別の名で呼ばれることもある。それらに対する一般の菌糸は、栄養菌糸（潜入菌糸、基底菌糸、基生菌糸）と呼ばれる。普通の場合、菌糸は基質中かその表面を成長するが、基質を離れて空中へ伸び出す場合もあり、それが生殖等に関わらない場合、これを気中菌糸（または気菌糸）という。また、気中菌糸が先端で基質に附着し、そこに菌糸を伸ばすような場合、これを特に匍匐菌糸ということもある。他に栄養関係のものでは、寄生菌が宿主に附着させる付着器(appresproim)、宿主内部に侵入させる吸器(haustorium)などもある。
寒天培地のような均質な基質上では、当初の菌糸の成長は各方向に一様であるが、次第に中心から外へ向かう方向に向きが定まる傾向がある。結果として、菌糸体は円形（立体的には球形）の形を取り、先端から一定距離に胞子形成を生じて同心円の形になることが多い。これは野外でも往々にして起きることで、草原や芝生などでキノコが輪の形に生じる現象が見られる。これを菌輪といい、西洋では妖精の踊った跡であるとの伝承がある。
菌糸はその先端部で新たな細胞壁が作られて、先へ伸びることで成長する。菌糸の成長部分より後方では、細胞質内に液胞があって、それが次第に拡大成長するので、これが原形質を前方へ押し出す力になっているとの説もある。菌糸先端部のすぐ後方では、小胞体で細胞壁の成分が合成され、この成分は小胞の形で前方へ押し出され、新しい細胞壁の形成に使われる。それらの後方にはミトコンドリアが多数見られ、その活動が菌糸の成長に結びついているとされる。特に規則的な隔壁を持つ菌糸の場合、先端部に光学顕微鏡では暗色に見える先端小体(Spitzenkröper)があり、先端成長と強く結びついていることが知られる。これは多数の小胞やその他の構造が集まったもので、その働きについてはまだ十分にはわかっていない。多細胞の菌糸では、菌糸先端がある程度成長した後に、その後方で核分裂を生じて新たな隔壁が作られる。菌糸の成長は、温度によって大きく変わるが、菌群によっても異なる。分枝が生じる場合、菌糸先端のやや後方から新たな先端を生じて枝分かれができるものが多い。先端部が2叉分枝をする例は少なく、ツボカビ門のカワリミズカビなどに見られる程度である。また、同種の菌糸が接触した場合にそこで融合が起こることも知られている。
古い菌糸の部分は、先端からの距離に応じて活動やその成分が異なっていることが知られている。細胞壁の内側には細胞質があるが、ほとんどは細胞壁に面する部分に集まり、中央には液胞がある。菌糸が古くなるにつれて液胞は大きくなり、最終的には細胞は空胞化する。
菌類においては、栄養体の核相は単相である例が多い。したがって、菌糸には単相の核のみを含む。それらは有性生殖時に何らかの形で接合すると、融合した核はほぼその場で減数分裂を行い、単相に戻る。しかし、子嚢菌と担子菌では細胞の融合後に核が融合せず、一つの細胞に2つの核を含んだ状態を維持しながら菌糸が成長する。これを二核菌糸、あるいは二次菌糸と言う。これは子嚢菌では子実体の中でごくわずかに見られるが、担子菌ではむしろこの状態が普通であり、キノコを構成する菌糸はすべてこれである。これらの菌糸では、隔壁の部分に特殊なかすがい連結(clamp connection)と言う構造が出来る(出来ない場合もある)。
菌糸の細胞壁の主要な構成成分は多糖類である。ほとんどの菌類に於いては、その大部分はキチンである。他にキトサンやβ-グルカンを同時に含んでいるものが多い。それらは繊維状となり、層をなしているのが普通である。
菌糸は基本的には多細胞的なものであるが、菌糸を細胞に区切る隔壁があるものとないものがある。隔壁が全くないか、所々にのみ形成される場合、菌糸の内容は仕切りがなくて多数の核を含む原形質からなる多核体の構造となる。ツボカビ門のサヤミドロモドキ目や接合菌門のケカビ目などにそのようなものが見られる。子嚢菌類や担子菌類では菌糸には規則的に隔壁があって、菌糸は細胞に分かれているが、実際にはその間に連絡があり、多核体的な面が強い。
時代設定は江戸時代の天保初年。主人公は、動物専門の医者・新九郎。江戸は内藤新宿にある「えんま長屋」に、引っ越してきて「生き物一切医療仕り候　金魚、小鳥より牛、馬まで　但し人間お断り」という看板を掲げ住む。正義感の持ち主であり、関係した事柄（事件）などに関連する悪人共を、長屋の住人と共に退治していく。第1話「砂塵の町に来た男」の番組冒頭では、ドラマでの設定場所、時代設定での「天保初年」との比較で、現代の（撮影当時の）新宿の風景（ヘリコプターでの新宿の高層ビル群の空撮、新宿駅山手線ホーム、歩行者天国、歌舞伎町一番街、靖国通りの車の通行風景など）が流された（これらの映像は吉岡晋也のナレーションでも解説された）。第2話「えん魔がくれた千両箱」では時代劇（特にひばり映画を含む）、および任侠映画の巨匠沢島忠が、親友である錦之介の依頼によって監督している。主人公の新九郎の悪を成敗する時の決め台詞は特にないが、オープニングでは毎回必ず「てめえら、寝てる場合じゃねぇんだ！」と言っていた（本編では第14話で刀舟そのままに「てめえら人間じゃねえや！叩っ斬ってやる！」と言っている）。ゲストに、大友柳太朗、中村嘉葎雄、西郷輝彦、加藤嘉、石橋蓮司、橋爪功、波乃久里子、長谷川明男など豪華な顔ぶれが出演している。また、前々作「破れ傘刀舟悪人狩り」にレギュラーで出演していた江波杏子（第16話）や真夏竜（第17話）も、前々作とは異なった役でゲスト出演していた。