JISキーボードにおいて、かな入力モードで「N」「T」「T」とタイプすると「み」「か」「か」と入力される事に由来する。転じて電話料金を意味することもあった。パソコン通信のユーザーは、初期のインターネット接続の主要なユーザーでもあり、そのままインターネットスラングにもなった。パソコン通信サービスが始まった1980年代から、インターネットが一般化した1990年代において、一般ユーザーのパソコン通信やインターネットへの接続手段はダイヤルアップ接続に限られていた。また、当時パソコン通信のアクセスラインはNTTの独占であり、いわゆる競合他社が事実上存在しなかったことで、諸外国と比較しても高額な通信料を支払う必要があった。そのため、長時間の接続を行うネットユーザーにとって、NTTからの料金請求は恐怖の代名詞であり、NTTから郵送される請求書を「みかかからのラブレター」と形容したり、「今月は繋ぎ過ぎでみかかが怖い」などといった表現が多く用いられていた。その後、1995年（平成7年）に「テレホーダイ」が誕生し、2000年頃から一般向けの高速・定額制の接続サービスが普及したことで、みかかが電話料金を指して使われることは殆ど無くなったが、2010年代以降も、2ちゃんねるの一部のスレッドでは、単にNTTやNTT系列の企業を指す言葉として使われる事があるほか、NTT東日本の子会社であるNTTスポーツコミュニティ株式会社が運営するプロサッカークラブである「大宮アルディージャ」を指すスラングにもなっている。同様に、パソコン通信全盛期に日本国内におけるパソコンの実質上の標準機PC-9800シリーズを販売していた日本電気に対しては、「みいそ（NEC）」という隠語が用いられていた。この様に元々はインターネットユーザーの間で生まれた言葉ではあるが、現在ではNTTが主に「ニコニコ超会議」などのイベントで「みかか」を公式で使用する場合がある。
科学の世界に着目し、毎週6つのテーマの中から選び、ネプチューンによる科学実験や科学者が発明したロボットなどを紹介する。2007年9月25日をもって終了（CBCでも最終回のみ同時ネット）。その後、2007年9月22日にゴールデンタイムでの2時間スペシャルが全国放送された。深夜番組ながらも本格的に科学・化学について解説していたが、下ネタやくだらないものも挟まれた内容であった。またゴールデン番組では解説しないうんちや地球上には欠かせないがグロテスクすぎて放送しにくい生き物や、遺体の進み方などを取り上げる貴重な番組だった。
企画書にある「あいまいになってしまった世の中」、「あいまいなくせに、侵食し喰い尽くそうとする世の中」の縮図として設定されたのが、湯屋という舞台である。湯屋の勤務形態は夜型だが、スタジオジブリもまた夜型の企業であり、企業組織としての湯屋はスタジオジブリそのものがモデルになっている。宮崎もスタッフに「湯屋はジブリと同じだ」と説明し、ジブリ社内は「10歳の少女には魑魅魍魎の世界に見える」と語った。たとえば、湯婆婆はときどき湯屋から外出してどこか知れぬところへ飛んで行くが、この行動には、会議・出張などで頻繁にジブリからいなくなる鈴木敏夫のイメージが重ねられている。インタビューによれば、宮崎はペルーの少年労働を扱ったドキュメンタリー番組を見たことがあり、子供が労働することが当然である世界の現状を忘れたくなかったので、過酷な環境下で少女が労働を強いられるストーリーを執筆したと説明している。町山智浩・柳下毅一郎は「湯屋は遊郭である」と指摘し、作品スタッフの舘野仁美（動画チェック）も同様の発言をしている。宮崎自身は、千尋が迷いこむ不思議な世界のイメージを伝える文脈で、学生時代に新宿の赤線地帯付近を通りかかったときに見た「赤いライトの光景」についてスタッフに説明したという。また、雑誌「プレミア日本版」2001年9月号のインタビューでも同様の発言があり、子供のころにはまだ残っていた新宿の「赤いランタン」に触れたうえで、「日本はすべて風俗営業みたいな社会になっている」「いまの世界として描くには何がふさわしいかといえば、それは風俗営業だと思う」と語っている。湯屋に大浴場がなく、個室に区切られていることについて質問されたときには、「いかがわしいこと」をするためであろうと答えている。かつての日本の湯屋では、湯女による垢すりや性的行為が一般的に行われていた。そして、鈴木の述懐によれば、企画の原点には鈴木と宮崎の間で交わされた「キャバクラ」についての会話があった。その内容はこうである。鈴木にキャバクラ好きの知人がいた。この知人から聞いた話では、キャバクラで働く女性には、もともとコミュニケーションがうまくできないひとも多い。客としてくる男性も同じようなものである。つまりキャバクラは、コミュニケーションを学ぶ場なのである。異性と会話せざるを得ない環境に放り込まれて働いているうちに、元気を取り戻していく（という従業員もいる）。鈴木によれば、宮崎はこの談話をヒントにして湯屋の物語を構想した。すなわち、千尋が湯屋で神々に接待していくうちに、生きる力を取り戻していくというストーリーである。「神仏混淆の湯治場」という発想は、「霜月祭」がもとになっている。この祭りは「十二月に神々を招いて湯を浴びさせる」というもので、様々な仮面を被った人々が多種多様な神々を演じて舞う神事である。鈴木と宮崎はNHKドキュメンタリー『ふるさとの伝承』でこの祭りを知り、着想を得た。霜月祭は、長野県下伊那郡天龍村に伝わる「天龍村の霜月神楽」や長野県飯田市の遠山郷（旧南信濃村、旧上村）に伝わる「遠山の霜月祭」など、長野・愛知・静岡の県境にまたがる地域の各地で行われている。また、静岡県静岡市の「清沢神楽」や静岡県御殿場市の「湯立神楽」、愛知県北設楽郡の「花祭り」など「釜で湯を沸かして掛け踊る」という湯立神楽の祭事は、日本各地で行われている。1994年春頃、宮崎は自宅付近を流れるドブ川を観察する。川の中では、ユスリカの幼虫が大量発生して、汚濁した水の中で懸命に生きていた。宮崎はその様子を見て「今後の人間の運命」を感じる経験をした。後に宮崎は地元有志とドブ川を掃除し、そのときの経験が汚れた河の神の内部から自転車などを引き出すシーンとして活かされた。その後も川掃除は宮崎の習慣になっており、2016年に一般市民が制作したドキュメンタリー作品では、宮崎が川掃除などの地域の清掃活動に取り組む様子が収められている。