これまでのシリーズ本編作品はニンテンドー3DS向けに3作品が発売され、当初は前作の『さよなら! ハコボーイ!』で「三部作完結編」とされていたが、本作はそれから約2年ぶりの新作となる。本作は、ハコ（箱）を出す能力を持つ正方形のキャラクター・キュービィまたはキューシィを操作する従来システム同様の「ひとり旅 編」のほか、キュービィ、キューシィ2体を共に操作する2人同時プレイ対応の「ふたり旅 編」、体が長方形のキャラクター・キューディを操作する「たてなが 編」の3編で構成され、シリーズ最多となる270ステージが収録されている。
清浄（しょうじょう）は、10⁻²¹（10垓分の1）であることを示す漢字文化圏における数の単位である。「清」(せい)と「浄」(じょう)の2つに分ける場合もある。虚空の1/10に当たる。現実には使われない。朱世傑『算学啓蒙』、程大位『算法統宗』、『御製数理精蘊』などの載せる最小の数の単位である。メートル法のSI接頭辞ではゼプト (z) に相当するが、現在の中国では音訳して「仄(zè)」（中国）または「介(jiè)」（台湾）と呼ぶ。なお、清浄という言葉には、「清らか」「（仏語で）煩悩などがなく心清らかなこと」などの意味がある。
バインシレ層またはバヤンシレ層（-そう）は、モンゴルの Burkhant に位置する後期白亜紀の地層。正確な時代は定かでなく、2つの仮説が存在する。1つは他の層との比較に基づいて、バインシレ層の動物相が9300万年前から8000万年前にあたるチューロニアンからカンパニアン前期に対応するらしいとされている。しかしながら、古地磁気を用いた年代測定ではバインシレ層がサントニアンの後期までしか続かず、9800万年前から8300万年前にあたるセノマニアンからサントニアンまでである可能性が浮上している。バインシレ層の動物相は中国の二连达布苏層に類似する。バインシレ層は同じくモンゴルのジャドフタ層やバルン・ゴヨト層よりも古く、その下には1億年前から9000万年前の間に噴出した玄武岩層が存在する。これ以降モンゴルで噴火活動は発生していない。
室町期には守護による一円支配（守護領国制）が強まっていき、名主の権限は弱まっていった。戦国期に入ると、戦国大名による強固な領国支配（大名領国制）が布かれるようになり、一層、名主の権限は薄まっていった。そして、太閤検地によって名主という地位・権限は実質的に消滅することとなる。しかし、室町期以来、村落自治が根付いていたこともあって、江戸幕府及び諸大名は、村落にある程度の自治を付与する民政を選択した。村落には指導的な立場として村役人・庄屋がおかれ、旧名主層がその役に就くことも多かった。特に東日本では村落の指導的立場を名主と称する習わしが残り、多くの地域で村役人の筆頭が名主（なぬし）と呼ばれた。また、当時の北海道や樺太で名主に相当する役職に乙名（おとな）があり、蝦夷（アイヌ）の有力者が松前藩や箱館奉行の行う撫育政策（オムシャ）で任命され、藩や奉行の掟書きを住民に伝達したり、住民や労働力を把握し宗門人別改帳の作成や漁労（夫役）などへの動員に当たった。
名主（みょうしゅ）は、日本の古代末期から中世日本にかけて、公領・荘園領主から名田の経営を請け負うとともに、領主への貢納（年貢・公事・夫役）の責務を担った階層である。近世（江戸時代）において、名主（なぬし）は村役人の呼び名の一つとなった。（詳細は庄屋を参照。）
4号車は定員に含まれないフリースペース（遊車）として、屋外にいるような雰囲気が味わえることをねらった。床敷物は緑色とし、芝生のイメージとしている。最大の特徴は、車内の一角に玉砂利を敷き、庭石・灯籠・竹垣を配したミニ日本庭園を設置したことで、日本の鉄道車両で車内に日本庭園が設けられるのはこれが初めてである。日本庭園の部分には、幅1.8メートル・高さ1.2メートルの大窓を配し、車窓を庭園の借景とする演出としている。庭園の傍らには緋毛氈をかけた床机を2つ配している。ミニ庭園の側の車端部には売店を設置したが、朱色の壁とすることで茶店や小料理屋のイメージとした。また、床机側の車端部には2メートル四方の舞台を設けた。外観上では、側面の塗り分けが他車と異なっており、側面中央部は他車と正反対のぶどう色ベースに白帯の塗り分けとなっている。また、冷房装置が1台撤去された。
大阪でたこ焼き屋を営む須藤哲也はごく平凡な青年だったが、ひょんな事から興津俊信と知り合う。興津は三興コーポレーションという会社を営む実業家だが、裏社会とも通じる影のフィクサー。彼との付き合いで思わぬ大金を得た哲也は、恋人の熊倉智世と共に「トモアンドテツ」という会社を立ち上げる。しかし、クルーザーに投資して詐欺に引っかかり、全てを失ってしまう。一方、哲也の兄嫁である須藤雅美は平凡な生活に嫌気が差し、葵信託銀行部長の盛田武治と部下の宮野マリアの口車に乗って土地や絵画取引にのめり込み、大金を手にする。そのころ失意の哲也は興津の助言で絵画取引の会社を興し、バブルの時代の流れに打って出ようとしていた。それらの裏で興津俊信は、明和銀行頭取の娘、栗原綾乃に接近。巨大な土地開発プロジェクトで明和銀行から資金を引き出す事に成功する。一方で相棒の下浦雄高と共に栗原頭取のライバルである国枝専務にも接近、リゾート開発会社社長・山形荘一郎を通じて海外のリゾート開発へも明和銀行を引き込んでいく。実は興津は栗原頭取とは過去に遺恨があり、一連の動きは明和銀行を潰すための策略の一環だった。