京都産業大学理学部卒業。1982年にナムコ（後のバンダイナムコエンターテインメント）入社。最初に手がけた作品は『パックランド』。1986年に『プロ野球ファミリースタジアム』（ファミスタ）を発売し、ミリオンセラーに。その後、『ファミスタシリーズ』のほか、『Jリーグサッカー プライムゴール』などを手がけ、2001年3月退社。2002年コーエーに入社。歴史ゲームやそれに関連するイベントの企画を手掛けていた。2010年7月コーエー退社。2012年より東京工科大学メディア学部特任准教授に就任。2017年に退任。2018年より「遊びと学び研究所」を設立し、ゲーミフィケーションデザイナーとして活動。
高田渡の主治医でもあった彼は、2009年4月4日の「高田渡生誕会60」（追悼ライブ）で渡へのレクイエムとして書き、演奏した「君こそは友」を、元「五つの赤い風船」の長野たかしや、京都、関西を中心としたミュージシャン等38人と共に、「君こそは友」一曲15パターンのCDを制作した。藤村直樹は以前から引退の時期が来れば、紛争地域で死んでゆく子供たちを少しでも救う医療活動に参加したいと考えていたが、健康問題もあり、ままならず、パレスチナ・ガザ地区の子供たちが、銃弾や爆弾のみでなく、飢えや伝染病でつぎつぎ死んでいっていることを知り、このCDの売り上げの一部をワクチンを送るためのチャリティーCDと位置付け活動を開始した。2010年4月27日、敗血症のため死去。享年63（満62歳）。CDサンプル試聴
後期高齢者医療制度の施行を前にした2006年末から2007年上半期にかけて、小泉改革下の医療・介護の崩壊について調査するために半年間、医師の仕事を休業。医療機関や介護施設を訪問して、現状を把握し、2007年、楽曲「老人は国会突入を目指す」を作詞・作曲（補作・長野隆）。8分9秒のCDをつくり、発売記念関西ツアー・ライブを敢行。2008年5月18日、発売したが、放送禁止歌になる。最近では2009年4月「高田渡生誕会」にも出演。中川五郎、中川イサト、ひがしのひとし、中島光一、高石ともやらと親交がある。勝木徹芳、古川豪、小室等、小室ゆい、長野隆らと京都市内でライブを開催。ギター、ボーカルの他、オートハープも演奏する。
1999年7月10日、高石ともや、高田渡、豊田勇造、中川五郎、中山ラビ、中川イサト、遠藤賢司ら往年のフォークキャンプ参加者に呼びかけて、京都市の円山公園音楽堂で「京都フォークキャンプコンサート」を開く。2003年8月、ひがしのひとし・古川豪・宮里ひろし・中川五郎・オクノ修などとオムニバスアルバムのフォークパルチザン『瓶の中の球体』、同年10月、「町工場のブルース」の過去の音源を収録したオムニバス・アルバム「関西フォークの歴史 1966-1974 (1) 」がリリースされる。2004年2月、ひがしのひとし、小暮はならのサポートを受けて、紙ジャケット仕様のファーストアルバム「逃避行 - めりけんじゃっぷの放浪綺譚」、2006年11月、初期作品を集めた『アーリーデイズ - 藤村直樹メモワール』をリリース。医師の仕事をこなしながら、「ウイークエンド・シンガー」を自称し、週末、祝日を利用して、ライブ活動を開始。
ドイツ哲学者由良哲次の長男として京都市北白川に生まれる。「君美」の由来は、新井白石の諱たる君美（きんみ）に因む。母清子は東京高等師範学校教授で、哲次の恩師である吉田彌平の次女。出生当時、父哲次はハンブルク大学に在職中だったエルンスト・カッシーラーのもとに留学中だった。1931年、哲次は日本に帰国し、1932年、一家で東京市小石川区林町（現在の東京都文京区千石）に転居。君美は病弱のため男友達の輪に入れず、幼少時より父の書斎を始めとして内外の書物に親しんで育つ。東京高等師範学校附属小学校（現・筑波大学附属小学校）から東京高等師範学校附属中学校（現・筑波大学附属中学校・高等学校）を経て旧制成蹊高等学校尋常科に編入。1945年、旧制成蹊高等学校高等科理科に進学。敗戦に伴って文科に転ずる。小学生時代にはバートン版『アラビアン・ナイト』（日夏耿之介訳）や江戸川乱歩に始まり、高垣眸、南洋一郎、押川春浪、『プルターク英雄伝』（鶴見祐輔訳）などを愛読した。中学では合唱部に入っており、音楽教師のコレクションしていたゴシック・ロマンスの古書を大量に借りて読み、『有朋堂文庫』や『日本名著全集』で古典に親しんだ他、甲冑の研究、縄文土器の発掘に熱中した。その後英語に関心を強め、高校では工場動員の合間にシェリー、ポー、スコットなどを原語で読み、呉茂一、平井呈一にも私淑し、後に深い交流を持った。1946年にホノル・アルシーノの筆名で『想ひ出の聲の森』という私家版の詩集を作成している。1949年、東京大学受験に失敗して学習院大学文政学部哲学科に入学。大学4年の時にマイケル・マイヤアのエッセイ「シドニー・キイズについて」の翻訳を『詩学』誌に掲載。1952年に卒業し、学習院大学英文学科に学士入学。1954年に英文学科を卒業し、慶應義塾大学大学院に進学し、教授だった西脇順三郎の指導でコールリッジを専攻。大学院の同級に多田智満子や安東伸介、横山貞子がいた。