亡命政府はチェコ内に残留した抵抗勢力と連絡を取り、援助した。特にベーメン・メーレン保護領副総督ラインハルト・ハイドリヒの暗殺（エンスラポイド作戦）には深く関与したが、この事件はドイツによる報復虐殺を招く事になった。1944年8月29日のスロバキア民衆蜂起にも関与したが、この蜂起も失敗した。
1942年12月から亡命政府は積極的にソ連との相互援助条約成立を模索し始め、1943年4月に交渉が開始された。しかしイギリスはこの条約がポーランドの立場を悪くすること、戦時中の二国間同盟樹立を自粛するという英ソ合意に反するとして猛反発し、条約締結に反対した。亡命政府はイギリスとも同様の条約を結ぶことで反発を和らげようとしたが、イギリスの反応も悪く、ソ連も対英条約締結を許さなかった。イギリスとソ連の板挟みとなった亡命政府は進退窮まり、英ソ間の交渉に任せざるを得なくなった。しかし、チェコスロバキア＝ソ連相互援助条約が議題となった1943年10月のモスクワ会談（en:Moscow Conference (1943)）では、イギリス外相アンソニー・イーデンは条約締結にあっさり同意した。この態度変更にはアメリカがこの条約締結に反対する意図がないことが明らかになったことなどが理由であると見られている。12月にベネシュはモスクワを訪問し、ソ連＝チェコスロバキア友好協力相互援助条約が締結された。
ベネシュは1939年10月にポーランド亡命政府のヴワディスワフ・シコルスキ首相と会談し、対チェコスロバキア政策で強硬だった戦前とは異なる感触を得た。11月に再度ベネシュとシコルスキは会談し、チェコスロバキア・ポーランドを中心とする連邦を成立させることで合意した。1940年3月には連邦成立に向けた共同宣言を行っている。しかしイギリスによるベネシュ政権承認と独ソ戦勃発は、チェコスロバキアの国際的地位を高め、ポーランドに対してミュンヘン協定で割譲したチェスキー・チェシーンの返還を要求するなど強硬な態度を取るようになった。シコルスキはチェシーン問題を棚上げして連邦成立を優先しようとし、1942年1月19日には第二回共同宣言が取り決められた。しかしベネシュはこの宣言を評価しないなど、次第に両国間の溝は深まっていった。連邦構想破綻のきっかけは第二回宣言が行われた1942年1月、ポーランド外相エドワルド・ラチンスキ（en:Edward Bernard Raczyński）が連邦にバルト侵攻によってソビエト連邦が支配下に置いていたリトアニアを加えるべきと発言したことであった。ポーランドは連邦構想によってソビエト連邦との国境問題を有利に導こうとしていたが、対ソ接近を意図していたベネシュにとってソ連との関係悪化は歓迎できない事態であった。ベネシュはリトアニア問題での譲歩をポーランドに勧告したが、リトアニア喪失を許容できないソ連は中欧連邦反対に方針転換した。7月16日にソ連は連邦反対の意向を明確に伝達し、ベネシュも連邦構想に消極的となった。その後カティンの森事件などによるポーランド・ソ連関係の悪化により、連邦構想は自然消滅した。
食品・日用品を充実させたバラエティーストアに近い形態のドラッグストアという独自の業態の店舗を中心に出店しており、郊外型の標準的な店舗は医薬品や化粧品のような通常のドラッグストアが主力商品として扱う商品のみならず、食料品やスリッパなどの日用品、下着やエプロンなどの衣料品、掃除機やアイロン、扇風機、炊飯器、電子レンジなどの機能を絞り込んで価格を抑えた客が持ち帰れる大きさの家電製品まで取り揃えるホームセンターに近い幅広い品揃えとなっている。薬剤師が必要な第1類医薬品は扱わず、シャンプーや化粧品のような多様なブランドのある商品分野でも同一分野の商品については数種類しか扱わないことで小型の家電製品や衣料品まで揃えた幅広い品揃えを実現しながら、在庫回転率の向上と仕入れや棚割など店舗業務の効率化を両立させ、充実させた食品・日用雑貨で来店頻度を高めて同業が入り込めない過疎地を先取りし、他社との競合が少ないことを生かしてチラシ配布など販促費を大幅に抑制するなどの工夫を重ね、過疎化と高齢化が進んだ農山村が多い東北地方で商圏人口7,000人の小商圏で成立するドラッグストアとしての「小商圏バラエティ型コンビニエンスドラッグストア」という新たな業態のチェーン店構築を目指して、岩手県・宮城県の山間部や秋田県の旧町村など人口密度の低い町村部への店舗展開を進め、高シェアの獲得を目指している。盛岡市と久慈市ではセリアから仕入れた商品による100円ショップも展開しており、後者は別テナントから仕入れた生鮮食品なども取り扱っている。「Basic」ブランドでプライベートブランド (PB) 商品を生産・販売して、競合する他店との差別化と収益確保の両立を図っている。展開している商品は納豆や豆腐、ラーメンなどの食品、洗剤、トイレットペーパー・ティッシュペーパーから靴・カバンまで幅広い分野に及ぶ。こうした営業戦略の結果、2013年2月期の売上高約478億40,00万円のうち、風邪薬やドリンク剤、湿布などの医薬品だけでなくマスクや介護用紙おむつなどの衛生用品を含めたヘルスケア部門の売上高は約130億4,500万円で27.3%に留まり、売上高約195億8,100万円で40.9%を占めた食料品や酒類などの飲食物を中心としたコンビニエンスケア部門を下回ったほか、売上高約93億5,100万円で19.5%を占める化粧品や歯磨き粉、髭剃りなどのビューティケア部門を含めても全売上高の半分以下で、売上高約58億6,200万円で12.3%を占める肌着や靴下などの衣料品やティッシュペーパー、洗剤などのトイレや台所、洗濯などを含むホームケア部門と飲食料品中心のコンビニエンスケア部門をあわせた売上が過半を占める状況となっている。決済はクレジットカードやEdyにも対応している。かつては印字式ポイントカードを採用しており、現在はポイントカードを兼ねた独自のプリペイド式電子マネー「Wa!ca」（ワイカ）を店頭で発行している。