一般的に、研究者の性質や能力によって、観測対象に偏りが生じ、その偏りのために結論が偏る。例えば、目の粗い網で魚を取ると、大きな魚しか取れず、目を細かくすると小さな魚も取れる。このように、測定方法をどう選択するかで、ある湖の魚の種類と数を測定した結果はバイアスがかかる。偏りを生じない測定方法を用いても、観測対象の選択が偏っていると、バイアスがかかる。二重盲検法でも、従属変数、対象（何を入れ、何を除くかという選択の基準に依存）、サンプルの大きさ、統計的手法、不適切なコントロール（対照）などでバイアスをかけることができる。助成金バイアスでは、この特性を利用して、研究資金を提供してくれた組織（企業）に都合の良い結果が得られるように、観測対象や測定方法を選択する。臨床研究では、医薬品が有効と思われた特定の治験対象患者だけを残して、何度も繰り返し試験し、都合の良い結果が出た場合だけを発表するサブグループ解析という手法もある。
一般的に、研究で、有意な結果が得られた場合とそうでない場合、どちらが論文として採択されるかと考えると、研究論文には新規性が要求されるので、有意な結果の方が採択されやすい。したがって、収集した論文で、効果が「有意」か「有意でないか」を集計し、論文数が多いほうが正しいと判断すると、「有意だ」という結果になりやすい傾向（バイアス）がある。医薬品の有効性を試験する研究では、「効果がない」という結果より、「効果がある」という論文のほうが採択されやすい。助成金バイアスでは、この一般的な出版バイアスに便乗し、資金を提供してくれた人・組織（企業）に都合の良い論文を意図的に、より多く発表する。研究倫理違反である。
前もって決めた結論を支持する研究方法・データを選択し、支持に否定的な研究方法・データを除外する。例えば、タバコ産業は、受動喫煙が健康に及ぼす影響では最も小さい数値見つけて公表する。企業は、研究者を雇用する時、機密保持の契約書に署名することを研究者に要求する。それによって研究者は、どんな研究結果がでても企業に報告する義務を負う一方、社外で自由に発表できる権利を放棄させられる。企業は、この契約書で、企業に不都合な研究結果を抑え、都合の良い研究結果を発表することができる。実際、製薬企業が資金提供した研究結果は、製薬企業に都合の良い研究結果になっているという実証データがある。
一般的に、研究成果の発表（学術出版、論文、書籍など）やレポート（調査や研究等の報告書）に、データねつ造や改ざんなどの科学における不正行為が生じる。これらの不正行為は、まれである。助成金バイアスでは、資金を提供してくれた人・組織（企業）に都合の良いように意図的に、データねつ造や改ざんがされる。明らかな研究倫理違反である。場合によると、犯罪になる。
明治時代に入ると、活字による印刷本文の発行が始まった。当初は江戸時代に発行された刊本をそのまま活字化するだけであったが、次第に、より古く、より原本に近いと考えられる本文を求めるようになり、「首書源氏物語」の本文と「源氏物語湖月抄」の本文とではどちらが優れているのかといった議論を経て、1914年（大正3年）に『首書源氏物語』を底本にした校訂本である『源氏物語』が有朋堂文庫から出版され、広く普及した。やがて、明治末年ごろから学問的な本文研究の努力が本格的に始まった。多くの学者の努力によって、「大島本」などの「青表紙」系統の写本や、当時はすでに失われてしまったと考えられていた「河内本」系統の写本など多くの古写本が発見され、学問的な比較作業が行われた。その結果は池田亀鑑により『校異源氏物語』および『源氏物語大成 校異編』に結実した。池田は集められた多くの写本を「青表紙本系」と「河内本系」の2つに分け、それに属さない写本を「別本」として1つにまとめ、3種類の系統に分けた。古注の中などで言及されており、言葉だけは広く知られていた「青表紙本」と呼ばれる写本のグループと、「河内本」と呼ばれる写本のグループが本当に存在することはこの時代になって初めて明らかになったということができる。この3分類法はいろいろな別の分野での研究結果とも一致すると考えられたこともあって、説得力のある見解として広く受け入れられるようになった。池田は、それぞれの写本をどの分類に入れるかを決めるにあたっては、それぞれの写本の奥書（その写本がどのような写本からいつ誰によってどのように写されたのかといったことを記してある部分）の内容など、それぞれの写本の外形的なものを重視した。このような歴史的経緯や写本を外形的な特徴に基づいて分類することが、本文そのものの内容の分類として正しい、妥当なものであるのかどうか、そもそも「青表紙本」や「河内本」が成立したのは事実であるとしても、本文の系統としてそのような区分を立てることが妥当なのかどうかについての検討をすることもなかった点には注意を払う必要がある。このように、その後の研究によって、この3分類法はいろいろと問題点も指摘されるようになってはいるが、現時点でも一応は有効なものとされている。これらの3分類を見直すべきだとする見解としては、阿部秋生による「奥書に基づいて写本を青表紙本、河内本などと分類することが妥当なのかどうかは、本文そのものを比較しそういう本文群が存在することが明らかになったあとで初めていえることであって、その手続きを経ることなく奥書に基づいて写本を分類することは、本文そのものを比較するための作業の前段階の仮の作業以上の意味を持ち得ない」、あるいは、「もし、青表紙本がそれ以前に存在したどれかひとつの本文を忠実に伝えたのであれば、河内本が新しく作られた混成本文であるのに対し、青表紙本とは別本の中のひとつであり、源氏物語の本文系統は、青表紙本・河内本・別本の3分類で考えるべきではなく、別本と河内本の2分類で考えるべきである」といったものがある。