은총이 가득하신 마리아님 기뻐하소서     주님께서 함께 계시니 여인 중에 복되시며     태중의 아들 예수님 또한 복되시나이다     천주의 성모 마리아님 이제와 저희 죽을 때에     저희 죄인을 위하여 빌어 주소서.    아멘.
萬福瑪利亞，滿被聖寵者，    主與爾偕焉，女中爾為讚美，    爾胎子耶穌，並為讚美。    天主聖母瑪利亞，為我等罪人，    今祈天主，及我等死候。    阿門。
萬福馬利亞，你充滿聖寵，    主與你同在，你在婦女中受讚頌，    你的親生子耶穌同受讚頌。    天主聖母馬利亞，    求你現在和我們臨終時，    為我們罪人祈求天主。    阿們。
Ave Maria, cheia de graça,    o Senhor é convosco.    Bendita sois vós entre as mulheres,    e bendito é o fruto do vosso ventre, Jesus.    Santa Maria, Mãe de Deus,    rogai por nós, pecadores,    agora e na hora da nossa morte.    Amém.
Dios te salve María, llena eres de gracia,    el Señor es contigo;     bendita tú eres entre todas las mujeres,    y bendito es el fruto de tu vientre, Jesús.    Santa María, Madre de Dios    ruega por nosotros, pecadores,    ahora y en la hora de nuestra muerte.    Amén.
Ave, o Maria, piena di grazia,    il Signore è con te.    Tu sei benedetta fra le donne    e benedetto è il frutto del tuo seno, Gesù.    Santa Maria, Madre di Dio,    prega per noi peccatori,    adesso e nell'ora della nostra morte.    Amen.
Gegrüßet seist du, Maria, voll der Gnade,    der Herr ist mit dir.    Du bist gebenedeit unter den Frauen,    und gebenedeit ist die Frucht deines Leibes, Jesus.    Heilige Maria, Mutter Gottes,    bitte für uns Sünder    jetzt und in der Stunde unseres Todes.    Amen.
島式ホーム2面4線を持つ停車場で、待避設備を備えた高架駅になっている。改札口は地上に2か所ある。バリアフリー化工事が完成し、2007年3月12日よりホームエレベーター（直角2方向型）、多機能トイレ、電光掲示板が使用され始めた。この工事で、地上にホームエレベーター用の自動改札機（車椅子対応）とのりこし精算機のみの改札口が新しく設置された。改札口から踊り場（中2階）へ階段が1本通じていて、その踊り場から各ホームへ階段が1本ずつ通じている。また、その踊り場には自動販売機が設置されている。堅田駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託する業務委託駅で、みどりの窓口が設置されている。ICOCA利用可能駅（相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照）。西口には1992年（平成4年）4月1日に仰木太鼓の記念碑が設置された。東口広場に1996年（平成8年）8月6日に完成した噴水は、愛称が公募され、同年9月11日に「琴のしらべ」と名付けられた。2008年（平成20年）3月15日、駅名改称と同じ日に足湯「六角足湯」が設置された。また、この駅の近江今津方面側には第四雄琴トンネル、京都方面側には第三雄琴トンネルがあり、駅の両側をトンネルではさまれている。