清朝は鄭氏政権時代の承天府を廃止し台湾府を設置、万年州を台湾県、鳳山の2県とし台湾府の管轄とした。鳳山県治は埤仔頭に設置され、現在の高雄市地域は鳳山県の管轄となった。1887年（光緒13年）に行政区域の改編が行われ、台湾は3府1直隸州3庁11県となったが、1894年（光緒20年）の日清戦争により清朝は台湾及び澎湖を日本に割譲するまで高雄地区は鳳山県の管轄とされた。
1683年（康熙22年）、施琅により台湾が清朝版図に帰属するようになると、同年7月、台湾は福建省の所管となり、翌年には台湾府及び鳳山、台湾、諸羅の3県が設置された。鳳山県県治は興隆荘埤子頭（左営旧城）に設置され、初代知県に楊芳声が着任すると、1684年（康熙23年）、楊芳声は興隆莊に文廟を建立し、1704年（康熙43年）には知県の宋永清により県公署及び崇聖祠を、1709年（康熙48年）には興隆里に学田90甲を設置し教育財源の確保を、翌年義学書院を文廟に隣接して建設、官学私学が盛んに行われるようになった。1719年（康熙58年）には『鳳山県志』が完成している。
1661年（永暦15年）、鄭成功がオランダ人を台湾より駆逐すると、台湾を東都と改称、承天府、天興県、万年県の一府二県を設置、軍屯制度を施行した。万年県県治は現在の高雄市左営区設置され、現在の高雄市、高雄県、屏東県及び台南県の一部地域を統括した。また当時の鄭成功軍が屯田した左営、前鎮、右昌、後勁、前鋒尾、右沖（現在の右昌）などの地名は現在でも使用されている1662年（永暦16年）、鄭成功が病没すると子の鄭経がその地位を継承した1664年（永暦18年）、鄭経は東都を東寧と改称し、天興、万年を州と改め承天府の所属に改めた1681年（永暦35年）に鄭経も病没、その地位は子の鄭克塽により継承された。1683年（永暦37年、康熙22年）、清朝は福建水師提督施琅に命じ台湾を攻撃、鄭克塽は降伏し、鄭氏政権時代は終焉を迎えることとなった。
1624年（天啓4年）、澎湖で明朝の水師に敗れたオランダ人は台湾に進出し東インド会社を組織し、台湾の統治を開始した。当時の打狗港は台湾南部の重要な漁港であり、オランダ人は打狗をTankoya、打狗港をTancoiaと称していた。オランダ宣教師ハリンタイが表した『オランダ貿易誌』の地図では打狗山を「猿山」（Ape Berg）と記録し、18世紀のヨーロッパの地図の中に散見することができる。オランダ統治時代の台湾は5つの会議区に分けられ、高雄地区は南部地方会議区に所属していた。1630年（崇禎3年）、福建省が旱魃に見舞われると明朝の招撫を受けた鄭芝龍が福建巡撫熊文燦に対し福建より移民を台湾に入植させることを建議、これが台湾への漢人移民の嚆矢となった。
明代の倭寇は活発に活動し、林道乾の後、万暦年間に水師は三度台湾に倭寇討伐軍を派遣している（1574年、1603年および1617年）。1603年（万暦31年）には沈有容将軍を派遣した際、従軍した陳第により『東番記』が表され、高雄を打狗嶼と初めて記録し、また当時の原住民の生活情況を記録している。
1967年（昭和42年）、中国の文化大革命をめぐる評価で、日本共産党内部で深刻な対立が生じ、日本共産党は党内の「親中国派」を大量に除名した。日本共産党（左派）神奈川県委員会、通称「神奈川左派」は、日本共産党を除名された同党神奈川県委員会の親中派による党派で、メンバーは日本中国友好協会神奈川県支部の幹部を兼ねていた。毛沢東思想を奉じていた河北三男、川島豪らの「警鐘」は、共産党出身の神奈川左派のメンバーを指導者として仰ぐべく同派との合流を模索し、間もなく「警鐘」の神奈川左派への合流が実現した。但し、共産党出身の神奈川左派の人数は少なく、新組織は「警鐘」の各地の支部に共産党出身の神奈川左派幹部が少人数ずつ配置されたものとなった。河北三男、川島豪ら「警鐘」の幹部は、当初は共産党出身の神奈川左派幹部らに敬意を払っていたが、間もなく彼らの指導を無視するようになった。共産党出身の神奈川左派幹部らは当時の新左翼に対して批判的であったが、元「警鐘」の河北、川島は新左翼を高く評価していた。また、河北は山口左派を中心に親中国派の結集を目指した日本共産党（左派）結成準備大会において、大隈鉄二の佐賀県左派と共に反山口派(日共革命的左派)についた。神奈川左派の元「警鐘」メンバーは、ML派を分裂させたとして同派から目の敵にされており、神奈川左派結成直前から革命左派初期に至るまで暴行・拉致監禁等の内ゲバを受けていた。共産党出身の指導部はML派に対して非暴力での対処を主張し、ML派から顔が分からなくなるほどの暴行を受けながら非暴力で拉致されたメンバーを奪還したりもした。一方で川北、川島らは暴力による報復を主張し、指導部の意向に反してML派への内ゲバを行った。