ギリシャ共産党とギリシャ民主軍に対する打撃は思わぬ方向からやってきた。1949年6月、ソ連および東欧諸国はチトー率いるユーゴスラビアとの関係を断絶。ユーゴスラビアから多大な援助を受けていたギリシャ共産党はこの事件によりソ連支持派とユーゴスラビア支持派に分裂した。ギリシャ内戦で何度も繰り返されたように、味方同士の争いが生じ、このような混乱を嫌ったユーゴスラビアがユーゴ国内のギリシャ民主軍キャンプを解体、国境を閉鎖するなどギリシャ民主軍にとって環境は悪化する一方であった。ギリシャ民主軍はアルバニア国内を拠点に活動を続けたが、その勢力は目に見えて落ち込んでいった。ギリシャ軍は、8月に北部山岳地帯において攻勢を開始した。軍はギリシャ民主軍の部隊を各地で破り、9月にはギリシャ民主軍のメンバーは大部分が降伏するか、アルバニアへと逃亡していた。しかしアルバニアも国内でのギリシャ民主軍の活動を禁止し、ついに10月16日、ギリシャ民主軍の指導者ニコラオス・ザカリアディスは戦闘中止を発表した。ギリシャ内戦はこれをもって終わりを告げた。アメリカはギリシャ内戦の終結を、冷戦下における自由主義陣営の勝利であると宣言した。実際には、ソ連はゲリラ側をほとんど支援しておらず、1944年ギリシャ人民解放軍にギリシャを掌握する機会が訪れた時も、ギリシャ共産党に命令してその動きを制した。
1945年2月、同盟国の承認のもとで全ての政治勢力がヴァルギザ協定の合意に達した。この合意は、ギリシャ人民解放軍を含めた全レジスタンス・民兵組織の完全な武装放棄、政治的恩赦、政治体制に関する国民投票と速やかな総選挙を約していた。1945年4月にドイツの強制収容所から帰国したギリシャ共産党のリーダーニコラオス・ザカリアディスは「人民による民主主義が平和的な手段により成し遂げられることがギリシャ共産党の目的である」と語った。ヴァルキザ合意によってギリシャ共産党の政治的敗北は軍事的敗北を招き、ギリシャ人民解放軍の存在価値は消散した。同時期に新国軍と右翼組織は、元民族解放戦線メンバーに対してテロを仕掛けていた。約束された恩赦は包括的なものではなく、ドイツ占領期にとられた行動のいくつかが犯罪であるとされ、恩赦から除かれた。多くの元レジスタンスが武器を山に隠し、5,000名はユーゴスラビアへと向かった。ギリシャ共産党はこのような行動を認めず、闘争を再開するよう呼びかけたアリス・ヴェロウキオティスはギリシャ共産党により除名された。冷戦が始まり、多くの地域の共産党が軍事的スタンスを強めるようになると、ギリシャ共産党も政治的立場を逆転させ対決姿勢を強めるようになった。1946年2月、ギリシャ共産党は「国内状況、バルカン半島および国際的環境を考慮に入れ、君主制・ファシスト打倒の為武装闘争を再開する」ことを決定した。ギリシャ共産党は1946年の総選挙をボイコットし、選挙は王制支持派の勝利に終わった。7月の国民投票では王制支持が辛うじて過半数を獲得し、国王ゲオルギオス2世がアテネに帰還した。
広義の内戦は3つの段階に分けることができ、狭義には1946年から1949年の第三段階のみを指す。第一段階 (1942年 - 1944年) は右派レジスタンスに対する左派レジスタンスの攻撃である。第二段階(1944年)は右派レジスタンスによる政権奪取で、エジプトのカイロから帰還したギリシャ亡命政府、更にはイギリスによる支援を受けていた。第三段階（1946年 - 1949年、ギリシャ共産党では第三ラウンドと呼称した）は 騒然とした雰囲気下で行われた総選挙により樹立された中道右派政権とギリシャ共産党との争いである。 この内戦により、ギリシャ経済は疲弊した。国民の間には1970年代に至るまで続く政治的対立が生じ、それは現在でもギリシャの政治に深い影響を及ぼしている。
当初は琉球政府がダムを完成させてから日本国政府へ引き継がれる予定であったが、大雨や台風の影響などで工事が遅延したことと沖縄返還が早まったことから建設途中で引き継がれることになった。建設途中のダムが国をまたがって継承される例は珍しく、ダム建設に関する基準や慣習などの違いについて慎重な検討を行う必要があった。1971年（昭和46年）11月18日には藤城調査団が沖縄を訪れダムの継承に関する交渉を行い、翌1972年（昭和47年）2月20日には野島調査団が訪れ建設工事に関する技術的な面での調整が行われた。同年5月15日に沖縄が返還されるとともに沖縄開発庁沖縄総合事務局が発足し正式に日本国政府に引き継がれた。堤体工事の進捗はおおむね半分程度であり、このときの堤高は45.2メートル、堤体積は839,000立方メートルであった。継承に伴う問題を最小限に抑えるために、基本的な設計は当初案のままとし日本の基準に合わない部分について追加工事を施す方針で進められた。詳細な検討の結果、ダム本体については補強が加えられ治水対策としては上流洪水吐きが追加されることになった。これに加えて原石山採掘権の調整、水利権の確認などが行われた。また、集水域の民有地は借地となっていたが日本側の慣例に合わせて村に返還されることになった。1973年（昭和48年）3月31日の基本計画制定にあたり、ダムの目的が上水道専用から多目的ダムに変更されている。ダムで取水された水の輸送については海岸沿いに道路とパイプラインを建設することになっていたが、山中にトンネルを掘削する方が安価であることがわかり計画が変更された。導水路の建設は沖縄県の担当となり、1973年5月16日に着工し沖縄国際海洋博覧会に間に合うように工事が進められた。久志浄水場までの導水路は111億6千万円の工費をかけて1975年（昭和50年）6月に完成した。