グラナダでしばしの休暇を楽しむダンデライオン一座。夏の暑い天候の最中、1人で街を散策しに出掛けたナージャは、フランシスと再会する。再会を喜ぶナージャに、フランシスはよそよそしい態度を取り続ける。そして別れの間際に、グラナダの人ごみの中に、もう1人のフランシスがいるのをナージャは見つける。「どちらのフランシスが本当のフランシスなのか？」そんな疑問を心で繰り返しながら、スペインでの公演を続けるナージャ。闘牛士ホセとフラメンコダンサーのカルメンの恋模様にも絡みながら……。そんなある日、ナージャはアップルフィールド孤児院で親友だった少女、ローズマリーと顔を合わせる。幼い頃はナージャをナイト役に据え、プリンセスになることを夢見ていたローズマリーは、今はゴンザレス男爵家のメイドとして下働きの日々を送っていた。ナージャとの再会に流石のローズマリーも喜んだが、パーティ会場にドレス姿で賓客として招かれたナージャを見て、嫉妬に燃える。これ以降、ローズマリーは、ロッソとビアンコ、ヘルマンらと手を組み、ナージャの母親探しを妨害するようになる。一座がスペインを去るころのホセの死は、今後のストーリーの暗雲を暗示するかのようである。
ヴェネツィアの篤志家カルロが怪盗黒バラに狙われる。実はカルロに横領されていた寄付金を盗み出し、貧しい人々に施す黒バラの姿に、黒バラを悪人だと思い込んでいたナージャは戸惑う。また、作中ではこの辺りからナージャの出生の秘密と、彼女を取り巻く陰謀の詳細が明らかにされる。かつてオーストリア貴族の娘コレットは、平民レイモンとの結婚を父親のプレミンジャー公爵に許されず、駆け落ち同然にしてナージャを産んだ。レイモンが事故で死んだ後、本人も重病から回復したばかりのコレットに、ナージャは死んだとプレミンジャー公爵は嘘を教え、ナージャは乳母の手でアップルフィールド孤児院に預けられたのだった。その後、放蕩息子のヘルマン（ナージャの叔父）を勘当したプレミンジャー公爵は、行方不明のナージャを探偵のロッソとビアンコに捜させていた。一方、プレミンジャー家の爵位と財産を狙うヘルマンは、ロッソとビアンコを買収し、母娘の証であるブローチをナージャから取り上げようとしていた。
ダンデライオン一座が慰問公演に訪れたレマン湖畔の孤児院で、ナージャはフランシスと再会する。孤児院のための寄金活動を行う理由を尋ねられたフランシスは、貴族にはその身分にともなう義務があるという、ノブレス・オブリッジをナージャに教える。しばしの逢瀬を楽しんだ後、ナージャはフランシスと朝日の中で初めてのキスを交わす。またナージャはそこでチロリアンダンスを子どもたちに教えた。
パリへ巡業に訪れたナージャとダンデライオン一座は、送られてきた日記を手掛かりにナージャの母親を捜し求める。おばばに連れられて使いに行った際、モンテルラン夫人の舞踏会で、ナージャは会場に紛れ込んだ怪盗黒バラと再会する。一方、ナージャはますますフランシスへの想いを強めていく。
イギリスの首都、ロンドン近郊のアップルフィールド孤児院で育った少女ナージャは、13歳の誕生日を迎えようとする頃に亡くなったと思われていた母親が実は生きていることを知らされ、母が初めての舞踏会で身に着けたドレスと母の日記帳を譲り受ける。孤児院を飛び出したナージャは、踊り子として旅芸人のダンデライオン一座に加わる。旅の途中でナージャはそのブローチを付け狙う2人組の探偵ロッソとビアンコ、ナージャが「星の瞳のナイト」と名付けたハーコート侯爵家の令息フランシス、そして世間を騒がせている仮面の怪盗黒バラと遭遇する。
本作品は放送当時（2003年）から約100年前、20世紀初頭のヨーロッパとエジプトを舞台に、主人公のナージャの母親探しの旅を物語の縦糸に据え、双子の少年フランシスとキースとの恋愛劇を横糸として絡めた意欲作として制作された。『キャンディ・キャンディ』や『はいからさんが通る』などの、1970年代の少女向け歴史大河アニメを模した作風が特徴であり、またヨーロッパを巡る母親探しの旅には「世界名作劇場」からの、フランシスとキースとの恋愛模様には少女漫画からの影響が多分に見られる。また、作中でナージャが関わるエピソードの多くは貴族と平民、資産家と貧乏人などの社会的な身分格差に関わるものである。ナージャは舞台となるヨーロッパ各地で覚えこんだチロリアンダンス、イタリアンフラッグショー、フラメンコなどのダンスや、特技の一つである歌を作中で披露する。番組途中までは冒頭で舞台となる都市名が読み上げられており、ヨーロッパ各地の風俗描写も本作品に彩りを添えている。また、大勢の美青年・美少年が登場するのも、本作品の特徴である。本作品の放送期間に合わせて、あゆみゆいが手がけた漫画版が『なかよし』に連載された。詳細は漫画の節を参照。また、サイドストーリーとしてドラマCD『明日のナージャ 音的挿話シリーズ』がある。
ヘルブルン宮殿（ヘルブルンきゅうでん、ドイツ語: Schloss Hellbrunn）は、オーストリア、ザルツブルクのモルツグ地区の南のヘルブルンと呼ばれる地域にある、噴水で有名なマニエリスム建築の城館である。歴史的な城館の一部はこんにちではザルツブルク動物園として使われている。ヘルブルン宮殿とその歴史的な庭園には、市の中心部から25系統のバスで25分ほどである。ここであなたがほのぼのとした丘陵、みずみずしい草原地帯、きらめく水の中に見るのは、ザルツブルク大司教のマルクス・シティクスが、見過ごされてきた自然の贈り物を同情からの称賛ではなく、壁で囲い劇場に飾ったものである。彼は湿地からすべて異なる泉を見出し、1613年以降の恵まれた世代に残したのである。 — Inschrift auf dem Mittelbau des Brunnens Altempsああ、何という地上の楽園であろうか! 庭園は水の迷宮、ナーイアスの戯れ、花の劇場、辺りを見渡す舞台、像の丘、カリスの美術館、理性に満ちた想像の限りが楽しい眺めになっている。何と甘い孤独であろうか! 謎めいたことに、王のみがふさわしい森である! そうした森の中では、迷宮にいる時よりも自分を見失ってしまう。表現する言葉を失ってしまうのみである。水の中にはヴェネツィアが具現化されているが、人工的な建築にはローマが要約されている。 — Domenico Ghisberti、1670年