その後、弁慶は義経の忠実な家来として活躍し、平家討伐に功名を立てる。兄の源頼朝と対立した義経が京を落ちるのに同行。山伏に姿を変えた苦難の逃避行で、弁慶は智謀と怪力で義経一行を助ける。一行は加賀国安宅の関で、富樫介（能の『安宅』では富樫の何某（なにがし）、歌舞伎の『勧進帳』では富樫左衛門。富樫泰家に比定される）に見咎められる。弁慶は偽の勧進帳を読み上げ、疑われた義経を自らの金剛杖で打ち据える。富樫は弁慶の嘘を見破りながら、その心情を思ってあえて騙された振りをして通し、義経一行は無事に関を越える。義経一行は、奥州平泉にたどり着き、藤原秀衡のもとへ身を寄せる。だが秀衡が死ぬと、子の藤原泰衡は頼朝による再三の圧力に屈し父の遺言を破り、義経主従を衣川館に襲った（衣川の戦い）。多数の敵勢を相手に弁慶は、義経を守って堂の入口に立って薙刀を振るって孤軍奮闘するも、雨の様な敵の矢を身体に受けて立ったまま絶命し、その最期は「弁慶の立往生」と後世に語り継がれた。なお、義経主従は衣川館では死なず、平泉を脱して奥州の北端や蝦夷地へ逃れたとする、いわゆる「義経北行伝説」にも、弁慶に関するエピソードは数多く登場する。
織田信長の弟で茶人として有名な織田有楽斎（長益）は、関ヶ原の戦いでは東軍に与して戦功を挙げたが、その後は豊臣秀頼の大叔父に当たるということから豊臣氏の家臣となっていた。ただし、これには徳川氏の間諜として豊臣氏に潜り込んでいたという説もある。しかし大坂冬の陣では豊臣氏に与していたため、豊臣氏滅亡後に徳川氏に釈明する意思を表すために、有楽斎は3万石の所領のうち、1万石を自分の隠居料（味舌藩）に、残りの1万石ずつをそれぞれ四男の長政と五男の尚長に分与して相続させた。この四男・長政の系統が芝村藩、五男・尚長の系統が柳本藩としてそれぞれ存続することとなる。藩政の基礎は初代藩主・長政の頃に固められた。第4代藩主・織田長清の頃には長清自身が優れた文化人であったことも影響して藩校・遷喬館が設立され、藩士に文武が奨励され、さらに長清によって織田氏や信長の記録である『織田真記』15巻が編纂されるなど、芝村藩は全盛期を迎えた。長清は陣屋を戒重から岩田に移そうと願い出て宝永元年（1704年）4月11日に認められたが、しかし長清の治世末期頃から財政悪化が表面化し、実現しなかった。正徳3年（1713年）9月27日に岩田村を芝村に改めたのち、実際に陣屋が芝村（桜井市織田・現在の市立織田小学校）に移転したのは、第7代藩主・織田輔宜の代である延享2年（1745年）閏12月12日のことである。ちなみに長清以来の歴代藩主が陣屋の移転にこだわったのは、戒重が年貢収納に不便な土地だったのに対し、芝村（岩田村）が藩領の中心地で何かと便利だったためである。ちなみに第7代藩主・輔宜の頃から幕命によって幕府領の預かりを任されるようになった。延享3年（1746年）には預かり地が9万石近くに達し、第8代藩主・織田長教の代になると9万3430石を任されるようになった。つまり、大半は預かり地であるが芝村藩領は10万石以上になったのである。さらに預かり地の統治を任されていた杉浦弥左衛門や吉田千左衛門らの預かり地における統治もある程度成功を収めたため、幕府から厚く賞賛されるに至った。しかし宝暦3年（1753年）末、杉浦や吉田らが行なった年貢増徴政策に対して預かり地における百姓一揆が頻発し、遂には百姓たちが芝村藩を批判して預かり地の所替えを要求するに至った。これを芝村騒動という。幕府はこの騒動を鎮圧したが、寛政6年（1794年）に預かり地における芝村藩の役人による不正が発覚し、幕命により藩主・長教をはじめとする要人が処罰され、預かり地も全て召し上げられるに至った。藩内においても長教の時代から藩財政の窮乏化が深刻化し、明和5年（1768年）末には年貢減免を求める強訴が発生する。これに対して藩では藩札の発行や家臣の知行借り上げ、御用金の調達などによる藩政改革が試みられたが、あまり効果はなく、安政6年（1859年）には藩の借金は銀2693貫という莫大なものになったと言われている。幕末期、最後の藩主である織田長易は天誅組追捕の功績を挙げている。しかし明治維新頃から幕府より離れて新政府側に与し、維新後は高取藩と共に大和国内における御料の取締りを命じられた。明治2年（1869年）の版籍奉還で長易は藩知事となり、同4年（1871年）の廃藩置県で芝村藩は廃藩となった。藩領のうち、摂津国島下郡における領地は大阪府、大和山辺郡と式上郡は奈良県にそれぞれ編入された。代々の墓所は桜井市内にある慶田寺であり、有楽斎の分骨の墓標もある。なお、織田氏の諸藩では他に、織田信雄の系統で天童藩、柏原藩が、有楽斎の系統では上述の柳本藩が、明治維新まで存続した。有楽斎の系統は他に野村藩が存在したが、江戸時代初期に除封、無嗣断絶している。