アチェ戦争におけるムハンマド・ダウド・シャーの役割については議論が行われている。オランダの学者クリスティアン・スヌック・フルフローニェは、アチェ戦争の結果に全く寄与しておらず実態のない存在と指摘しており、「若いスルターンは即位間もなく抵抗運動のリーダーとして、国家の悲劇を分かち合う立場にいたが、彼は別の物に憧れを抱いていた。王家の伝統に忠実で、愛、酒、賭博、狩猟。そういったものを追求していた」と評価している。一方、好意的な評価としては「家臣に対して礼儀を絶やさない人物で、陽気でハンサムな王だった」というものがある。戦争中、ムハンマド・ダウド・シャーの宮廷ではオランダ軍から脱走したオランダ人兵士とアチェ人兵士を雇っており、彼らからオランダの歌を教えてもらっていた。
1897年、摂政退任後もアチェ宮廷を取り仕切っていたハーシムが死去し、1899年にはウマールが戦死した。ウマールを討ち取ったヨハネス・ファン・ヘウツはピディを攻撃し、多くのアチェ軍指導者が降伏した。1901年、オランダ軍との戦闘に敗北したムハンマド・ダウド・シャーとパンリマ・ポレム9世はガヨ山地に撤退した。ヘウツは、ゴトフリート・ファン・ダーレン大佐の国家憲兵部隊に追撃を命じたものの、捕縛に失敗している。1902年に后ガディンが捕縛され、1か月後には第二王妃ムロンと息子が捕縛された。オランダ軍はムハンマド・ダウド・シャーに対し、「1か月以内に降伏しなければ家族を処刑する」と通告した。ヘウツから身の安全を保証する言質を得たムハンマド・ダウド・シャーは、家臣たちに抵抗を続けるように命令した後、1903年1月10日にオランダ軍に降伏し、コタラジャに連行された。ヘウツは降伏文書調印式にウィルヘルミナ女王の等身大の写真を配置し、その前でムハンマド・ダウド・シャーからの降伏文書を受け取った。同年9月にはパンリマ・ポレム9世も降伏してアチェ戦争は終結したが、その後もチュ・ニャ・ディンやチュ・ニャ・ムティアなどによるゲリラ闘争は1910年まで継続した。降伏したムハンマド・ダウド・シャーに対し、オランダ政府は広大な屋敷と毎月1万2,000ギルダーの年金を与えた。しかし、1907年にオランダ政府への攻撃計画に加担したことが発覚してジャワ島に追放となり、後にアンボン島に移された。1918年にバタヴィアに居住することを許され、1939年2月6日に同地で死去し、遺体はラワマグンに埋葬された。息子トゥアンク・パジャ・イブラヒムは1982年に死去している。
ムハンマド・ダウド・シャーの元には各地のウラマー、ウレーバラン、民衆が結集してゲリラ部隊を組織し、反撃を受けたオランダ軍はコタラジャ周辺20平方キロメートルの範囲に押し留められていた。オランダ軍との主要な戦闘は、ムハンマド・ダウド・シャーから信頼を得たトゥンク・チ・ディ・ティロが指揮官として参加した。しかし、1891年に彼が暗殺された後、アチェ軍の士気は低下し、次第にオランダ軍が優勢となる。オランダ軍は現地の有力者を懐柔してアチェ軍の分裂を図った。これによりアチェ軍は追い詰められ、ムハンマド・ダウド・シャーはパンリマ・ポレム9世と共に捕縛を免れるため、北西部への逃亡を余儀なくされた。1887年にはアブドゥルマジドがオランダ軍に降伏している。ムハンマド・ダウド・シャーは西部海岸の指揮官にトゥク・ウマールを任命し、ティロ死後のオランダ軍との戦闘を指揮したが、彼は1893年にオランダ軍に降伏している。ムハンマド・ダウド・シャーはウマールに書簡を送り帰参するように命令しているが、ウマールはオランダ軍の動向をアチェ軍に伝え、1896年にオランダ軍から脱走して帰参した。
慶長12年（1607年）に徳川家康の四男で尾張清洲藩主だった松平忠吉が死去すると、旧領は家康の九男の徳川義直に与えられた。当時まだ大坂に健在だった豊臣氏が江戸へ進軍した場合のことを考えると、美濃路と伊勢路が合流する交通の要衝である濃尾平野は戦略上重要であった。しかし、当時清洲藩の藩庁が置かれていた清洲城は比較的狭く、すぐ側を五条川が流れることから氾濫の危険があり、また水攻めを受ける可能性もあった。そのため、慶長14年（1609年）に家康は、清洲城に代わる義直の居城として名古屋城の築城を決定。同年のうちに縄張と地割を行い、翌慶長15年（1610年）閏2月には諸大名を動員しての天下普請として工事に着手した。先行して工事を進めた本丸・二の丸・西の丸・御深井丸については同年12月までに堀や石垣も含めて土木工事をすべて終えて建築工事に移り、慶長17年（1612年）末頃に完成した。平行して同年1月から三の丸の造成に入っていたが、この土木工事は困難を極め、特に三の丸北東部の丘陵を削って土居を造り、余った土で土居の北の沼沢地を埋め立てる工事は、死者を出すほどの難工事となった。豊臣氏との対立が深まっていた家康は工事を急ぎ、慶長19年（1614年）7月に一部が未完成であったが工事を終えた。当初の計画では三の丸まで含めた城全体を堀で囲み塀を巡らす計画であったが、三の丸北辺の東西約4町については堀も塀もまだ築かれていなかった。翌慶長20年（1615年）の大坂夏の陣で豊臣氏が滅びると堅固な城を建てる差し迫った必要性が減少したため、工事は再開されることなく終わった。こうして名古屋城三の丸の北辺は土居のままとなった。後に御土居下と呼ばれるようになる土居の北側の沼沢地を埋め立てた地域は、当初「鶉口（うずらぐち）」と呼ばれていた。鶉口とは非常口や裏口の意味であり、築城当初から、この地域が万が一の時の脱出経路として想定されていたことが分かる。