当初は小説作品が多い。ただSM小説の多くはアンダーグラウンド（アングラ）作品であり、変名や偽名を用いて発表されることが多く作者不詳のものも多い。その中で有名な古典は『O嬢の物語』である。日本では「奇譚クラブ」、「風俗奇譚」（後に「SMファンタジア」に改名）、「あまとりあ」、「SMキング」などのSM専門誌があり、多くの作品が発表されてきた。前述の団鬼六の『花と蛇』シリーズ、『家畜人ヤプー』などの他、千草忠夫、由紀かほる、綺羅光などが挙げられる。映画では日活ロマンポルノの1シリーズに団鬼六作品の映画化(『花と蛇』シリーズなど)があり、谷ナオミなどSM映画専門の女優（SMの女王）が生まれた。SMものというジャンル分けもされている。アダルトビデオでは80年代に発売された菊池エリの『シスターL』シリーズや黒木香の『SMっぽいの好き』もある。アダルトゲームではSM専門ソフトハウスと自称したPILの『SEEK』が調教シミュレーションゲームである。アダルトコミックではSMに用いられるアイテムが小道具となることから、多くの作品がSM的な要素を取り入れている。著名な漫画家で言えば『家畜人ヤプー』のコミカライズを石ノ森章太郎（シュガー佐藤）、江川達也が行っている。お笑い番組でのコント・漫才やギャグ漫画・ギャグアニメのモチーフとしてもSMが使われる。ハイヒール、鞭、ロウソクなどがステレオタイプなイメージとして視覚的にキャッチーであるため、多用されている。
海外の作家ではマルキ・ド・サドが小説作品（『悪徳の栄え』、『ソドム百二十日』など）を発表し、またSM行為を実践し投獄されている。日本においては、推理小説家の江戸川乱歩はいくつかの作品中でSMを描いた。名探偵・明智小五郎の初登場作である『D坂の殺人事件』にもSMプレイについての記述がある。また谷崎潤一郎も『少年』などの作でSMを描いている。『痴人の愛』『瘋癲老人日記』等もマゾヒズム性の作品である。谷崎は、夫人にあてた手紙などにも本人のマゾヒズムの傾向がある。沼正三の「家畜人ヤプー」もある。またSMの大御所的官能小説家としては『花と蛇』の作者の団鬼六がいる。また画家の伊藤晴雨は数多くの責め絵と呼ばれる春画を残した。また、これらの性行為の延長ないしプレイとしてのSMを描く文学とは別に、冒険小説や教養小説において登場人物が不条理な危機に陥ったりする局面に、サディズム、マゾヒズムの要素を指摘する論考が中島梓らによって行われている。
福島県三春町にある臨済宗妙心寺派福聚寺の長男として生まれる。カトリック系の三春幼稚園、地元の小中学校を経て福島県立安積高等学校卒業。この間モルモン教、統一教会、天理教などに触れる。小学校3年の頃、いずれ来たるべき「死」を想って毎晩のように泣いた。また中学3年で罹った日本脳炎のため、3日間の昏睡状態を経験。意識不明中の妄想の記憶と、あとで聞かされた行動などから、あらためて「死」について考えた。高校時代は毎年家出。高三のとき出逢った哲学者星清から後の出家への動機付けを得た。18歳で上京、予備校を経て慶應義塾大学文学部中国文学科で現代演劇を専攻。在学中にイスラム教、ものみの塔に触れ、また山梨県向嶽寺などで坐禅を組み始める。この頃、小説も書き始め、同人誌「いんぐ」に参加。台湾、輔仁大学華語研究所に私費留学。学生であることを偽り様々な職種を体験。卒業をまえに「第一広告」「共同通信社」の募集要項を取り寄せるが結局試験は受けず、川口市のゴミ焼却場に勤めながら小説を書くがどうにもならず。この間引越6回。他にナイトクラブのフロアマネージャー、英語教材販売などの職を転々とする。1983年、27歳の冬、京都の佐保田鶴治のヨガ道場を訪ね、指導を受ける。3月27日、京都嵐山の天龍寺専門道場に入門し、平田精耕老師の許で参禅。3年弱で退山。神戸、山梨などを行脚してから帰郷。1988年4月、実家である福島県三春町福聚寺副住職、妙心寺派教化委員に就任。1991年12月結婚。2000年、新人賞・同人誌などを経ず、投稿した作品「水の舳先」が『新潮』10月号に掲載され芥川賞候補作となる。2001年、「中陰の花」で第125回芥川賞を受賞。2007年、柳澤桂子との往復書簡「般若心経　いのちの対話」で文藝春秋読者賞を受賞。2008年2月より福聚寺第35世住職。また妙心寺派現代宗学委員。福島県警通訳。福島県立医大病院、経営審議会委員。2009年4月より京都・花園大学文学部仏教学科客員教授。妙心寺派宗門文化章を受章。2010年、『アブラクサスの祭』が、映画化（出演・スネオヘアー、ともさかりえ、小林薫ほか）され公開。2011年4月、東日本大震災復興構想会議委員に選出される。同月から、新潟薬科大学客員教授（応用生命科学部）。6月、映画『無常素描』に出演。2011年9月より、東日本大震災被災青少年支援のための「たまきはる福島基金」理事長。2012年6月より、京都大学こころの未来研究センター連携委員。また震災後立ち上げた三春実生プロジェクト副代表。8月、第46回仏教伝道文化賞、沼田奨励賞を受賞。10月より、鈴木大拙館アンバサダー。2014年、『光の山』により芸術選奨文部科学大臣賞受賞。2015年、『東天紅』が第41回川端康成文学賞最終候補作となる。