再びこの構想が持ち上がったのは、1584年にイヴァン4世が、1586年にポーランド王ステファン・バートリが死んだ後であった。新たなツァーリとなったフョードル1世はポーランド王位に強い関心を示し、1587年にポーランドへ使節を派遣した。リトアニア人にはフョードルへの支持が広がったが、ポーランド人は彼にカトリックへの改宗やクラクフへの移住といった実質不可能な要求を突き付けた。ロシア側も金銭的な選挙活動を怠るなど積極性に欠け、結局スウェーデン・ヴァーサ家からジグムント3世がポーランド王となった。1598年にフョードル1世が没するとジグムント3世は逆にロシア帝位を狙ったが、彼の外交使節がモスクワに到達した頃にはすでにボリス・ゴドゥノフが新たなツァーリに選出されていた。ボリス・ゴドゥノフは有能な君主だったが在位を通じてその正統性を疑われ続け、偽ドミトリー1世の出現とボリスの病死によってロシアは動乱時代（スムータ）に突入した。これと裏表のような関係で勃発したのがロシア・ポーランド戦争であった。ポーランドは初期には偽ドミトリー1世を支援したが短期間の成功に終わり、次いでジグムント3世の皇子ヴワディスワフ（後のポーランド王ヴワディスワフ4世）をツァーリに推し立てようとして全面的にロシアの内乱に介入した。数々の僭帝や泡沫の中で彼は簡単にモスクワに入ることができたが、交渉が停滞し正式な戴冠ができないうちに全国会議が推戴したミハイル・ロマノフに敗れ、撤退を余儀なくされた。
最初に三国合同が提議されたのは、16世紀にポーランド国王ジグムント2世アウグストが没してヤギェウォ朝が断絶し、国王自由選挙が実質的に始まった際である。ロシアのイヴァン4世は、マグナートの勢力伸長に反対するポーランドの下級・中級貴族にかなりの支援をつぎ込み、有力な候補となっていた。ポーランド空位時代の間に2回にわたりポーランドの外交使節がモスクワを訪れ協議を行ったが、リヴォニア戦争以来の両国間の敵対関係や「ロシアの位を他のヨーロッパ諸国と同等に下げるつもりも、ポーランドに王冠を乞うこともない」というイヴァン4世の方針もあって失敗に終わった。それでもなおポーランド国内ではイヴァン4世を国王に求める声は強かったが、1574年にポーランドを訪れたロシア使節がポーランド王位について交渉する命令も権限も与えられていなかった。こうしたロシアの態度に失望した一人であるヤン・シェラコフスキーはセイムにおいて「モスクワ大公は最も国王にふさわしい人物であろうが、彼が沈黙を貫くゆえに、我々は彼を忘れなければならず、また再び彼に求めるようなこともするべきではない。」と演説した。結局1576年にトランシルヴァニア公バートリ・イシュトヴァーンがステファン・バートリとしてポーランド王に即位し、ポーランドとロシアとの合同は一旦立ち消えとなった。
8月20日に古巣であり、また恩師バクスターがこの年から9年ぶりに監督に復帰していた神戸にコーチとして復帰した。しかしその4日後にバクスターが家庭の事情で帰国することになった。当初はヘッドコーチのペドロが昇格する予定だったが、ペドロの持つライセンスがJリーグ監督に必要な要件を満たしていないとされたため、急遽松田の昇格が決まった。ただし、松田は以前神戸で監督を務めたことがあるとはいえチームに合流してまだ半月であることから、実際の指揮は当初の予定通りペドロが執り、松田はアシスタントコーチ的な役割を担うこととなった。松田の「コーチ」としての肩書はわずか2週間であった。柏や横浜FCと激しくJ1昇格を争う中での急な指揮官交代ではあったが、松田自身バクスターの下で働いていた時期が長いことからチームに大きな変化はなく、この時点でのチームの調子の良さを引き継いで順調に勝ち点を積み重ね、第47節時点では首位に立っていた。しかし、続く柏・横浜FCとの直接対決に連敗するなど最後の5試合で1勝もできず、結局3位でシーズンを終えてJ1・J2入れ替え戦に回ることになった。ここで実際の指揮を執ってきたペドロは休養となり（事実上更迭）、入れ替え戦では松田が指揮を執ることになった。入れ替え戦の相手は、奇しくも松田がこの年の途中まで率い、多くの選手を手塩にかけて育てた福岡であった。加えて松田解任後に就任した福岡の監督は2002年に、松田が神戸監督を引き継いだ川勝、という因縁含みの状況の中、この年からホーム&アウェー方式の大会にアウェーゴール方式（2試合終わって同点の場合、アウェーでの得点が多いチームを勝ちとする）が導入されたことに狙いをつけた松田は「ホームでの第1戦を無失点に抑え、アウェーでの第2戦で勝負をかける」という作戦に出た。この作戦は見事に功を奏し、2試合とも引き分けだったが（第1戦0-0、第2戦1-1）、アウェーゴールの差で神戸はJ1復帰を決めた。松田を含めて2007年の監督をどうするか決めかねていたフロントもこの結果を見て松田の続投を決めた。なお神戸を昇格させたことで、松田は1999年のJリーグ2部化以降初の「J1昇格を2度経験した監督」で、しかも2年続けての昇格で、1年目に昇格させたチーム（福岡）を2年目には自分が降格させたことになる。J1復帰1年目の2007年は、開幕から中の下程度の順位でなかなか波に乗れない状態が続いた。その中で6月、チームの象徴的存在だったMF三浦淳宏の起用法をめぐり、三浦と松田が対立。三浦が松田を批判し、チームから10日間の謹慎処分を受ける。さらに三浦が主将返上、退団を示唆、結果三浦は横浜FCに移籍した。しかしこのようなゴタゴタの中でも、大久保嘉人やレアンドロの活躍によりチームは上昇、目標としていた一ケタ順位に届かなかったものの、10位と健闘した。2008年は5位以内を目標に攻撃的チーム作りを図っていたが、序盤のレアンドロの故障でチームは一時低迷し、残留争いに参加。しかし終盤以降は建て直し、27節大宮戦以降、優勝を争っていた浦和、大分を連続で完封するなど、クラブ史上最高の5連勝を挙げた。この結果により一時は2009年の契約更新が確約されていたが、5連勝後に大量失点の試合が続いたことから一転、クラブ幹部は松田の解任を決める。突然続投の約束を反故にされた松田は当初クラブを激しく批判したが、最終的には和解し、2年半指揮した神戸に別れを告げた。