修験道の祖と言われる役小角は文武天皇3年（699年）、朝廷より訴追を受け、熊野本宮に隠れていたが伊豆大島に配流された（続日本紀）。社伝によれば、この際、義学・義玄・義真・寿玄・芳玄ら5人の弟子達を中心に熊野本宮大社の御神体を捧持したとされる。彼らは3年にわたり各地を放浪し、役小角が赦免となった大宝元年（701年）3月、神託を得て現在の地に紀州熊野本宮を遷座したとされる。天平12年（740年）聖武天皇が児島一円を熊野神社の社領として寄進した。天平宝字5年（761年）には紀州熊野と同様の社殿（十二社権現宮）を整え、付近の木見に新宮を、山村に那智宮（現・由加神社本宮、蓮台寺）を建て新熊野三山とした。熊野神社と修験道の寺院が一体となった神仏習合の形態を取る宗教施設として栄えたが、平安時代中期以降は衰微した。承久3年（1221年）承久の乱が勃発し、敗れて隠岐に遠島となった後鳥羽上皇に連座して、上皇の第4皇子頼仁親王が児島に配流となった。頼仁親王は衰退していた熊野神社と寺院を再興し、以後、南北朝の頃まで繁栄した。室町時代になり応仁の乱が勃発すると、この地も戦乱に巻き込まれ応仁3年（1469年）には細川勝元方に加担した覚王院円海を中心とした兵により新熊野は焼き討ちにあい、ほぼ全焼した。明応元年（1492年）より焼き払われた建造物の再建が開始された。現在、国の重要文化財に指定されている第二殿はこの時造営されたものである。現在見られる第二殿を除く社殿は正保4年（1647年）に池田光政によって造営された。明治時代になると神仏分離令により、十二社権現は熊野神社となり他の寺院（五流尊瀧院）は天台宗寺院となった。平成15年（2003年）9月、明和5年（1768年）建造の拝殿（修験道では「長床」と呼ぶ）を失火により全焼。平成19年（2007年）10月に再建した。
信長の家臣であった太田牛一は、天正7年1月『安土日記』に村井貞勝による天主に関しての記述を次のように引用して記している。御殿守ハ七重、悉黒漆也。御絵所皆金也。高サ十六間々中。天正五丁丑八月廿四日柱立、同霜月三日屋上葺合候。上一重、三間四方。御座敷之内皆金。外輪ニ欄干有。柱ハ金也。狭間戸鉄黒漆也。三皇五帝、孔門十哲、商山四皓、七賢、狩野永徳ニかゝせられ。二重目。八角。四間ほと有。外柱は朱、内柱皆金也。釈門十大御弟子等かゝせられ、釈尊御説法之所。御縁輪ニハ餓鬼共ニ鬼どもをかゝせられ、御縁輪のはた板ニハしやちほこひれうかゝせられ候。かうらんきほし有。三重目、御絵ハなし。南北の破風に四畳半之御座敷両方在之、こやの段と申也。四重目、西十二間ニ岩ニ色々の木を被遊、則岩之間と申候。次西八畳敷ニ龍虎之戦有。南十二間、竹之色々被遊、竹間と申候。次十二間、松計を色々被遊候。東八畳敷、桐ニ鳳凰。次八畳敷、きよゆう耳をあらへは、そうほ牛を牽き帰る所、両人之出たる古郷之躰。次御小座敷七畳敷、でい計也。御絵ハなし。北十二畳敷、是ニ御絵ハなし。次十二畳敷此内西二間之所ニてまりの木を被遊候。次八畳敷、庭子之景気也。御鷹之間と申候。五重目、十二畳敷御絵有、花鳥之間と申也。別ニ一段四畳敷き御座之間有、同花鳥之御絵有。次南八畳敷賢人間、へうたんより駒の出たる所有。東麝香之間八畳敷き。十二畳、御門之上。次八畳敷、ろとうびんと申仙人杖なけ捨てたる所。北廿畳敷、駒之牧之御絵。絵のふりたる所、是ふえつの図と申。次十二畳敷、せい王母の御絵有。西御絵ハなし。御縁二段ひろ縁なり。廿四畳敷之御物置の御なんと有。口ニ八てう敷き之御座敷在之。六重目、十二畳敷、墨絵ニ梅之御絵を被遊候。同間内御書院有。是ニ遠寺晩鐘景気被書、まへに盆山被置也。次四てう敷、雉の子を愛する所、御棚ニ鳩計かゝせられ、又十二てう敷に鵝をかゝせられ鵝之間と申也。又其次八畳敷唐之儒者達をかゝせられ、南又十二てう敷、又八てう敷、東十二畳敷、御縁六てう敷、次三てう敷、其次八てう敷御膳を拵申所、又其次八畳敷御膳拵申所、六てう敷御南戸、又六畳敷、何も御絵所金也。北之方御土蔵有。其次御座敷廿六畳敷御なんと也。西六てう敷、次十七てう敷、又其次十畳敷、御なんとの数七ツ。此下ニ金燈爐つらせられ候。七重目。以上、柱数二百四本。本柱長さ八間、本柱ふとさ一尺五寸四方、六尺四方、一尺三寸四方木。狭間戸数六十余有。何れも鉄ニ而黒漆也。ほかに、バチカンへ送られた屏風に描かれたとする安土城天主の一部と見られている建物をフィリップス・バン・ウインゲがスケッチしたものが残っている。また、加賀藩大工に伝わる「天守指図」等があり、それを安土城天主の平面設計図であるとし、内部には階層を貫く吹き抜けが造られ、地階に仏塔があったなどとする復元案（内藤昌案など）もある。