C-3のバリエーションで、コンサートモデルと呼ばれるカテゴリーに属する。足鍵盤が25鍵からアメリカン・ギルド・オブ・オルガニスツ(AGO)準拠の32鍵(Cから2オクターブ上のGまで)に拡張され、ペダルドローバーの音に重ねてパイプオルガン並みの重低音を実現するために真空管式の発振器を装備した。このため、横幅は高音側が15 cmほど大きい。このモデルの筐体もC-3同様のバリエーション(初期・後期・イギリス製)がある。スピーカー内蔵タイプとしてD-100シリーズがある。中でもD-152はアビー・ロード・スタジオにも設置され、ビートルズやピンク・フロイドのレコーディングでも使用された。
B-3/C-3のバリエーションで、家庭用に作られたもの。「A」と銘打たれているが、最初の製品「モデルA」の直接発展したものではない。音源部分はB-3と同一であるが、筐体は前後幅が短縮されたスリムなものとなった。本来B-3やC-3でもビブラートユニットの小型化により前後幅の短縮は可能になっているのだが、筐体の小型化は新設計のこのモデルにおいてようやくなされた。鍵盤の蓋は省略され、B-3やC-3とは異なるタイプの譜面台を持つ。設置スペースを省くためにスピーカーとスプリングリバーブを装備。猫足の優雅な外観を持つA-102やC-3と同一筐体を使用するA-105などのバリエーションがある。前後幅の短縮ゆえ、オルガンの上に他の鍵盤楽器を載せる事が多いロックバンドではあまり使われず、内蔵スピーカーを装備しているため重く、ジャズでの使用例も少ない。そのためか、Hammond Chopの材料や、B-3の部品取り用に使われる事が多かった。現在はそのデザインが再評価されている。なお、イギリスでは需要があったようで、アメリカで1964年に生産中止となって以降も、1975年のトーンホイール廃止まで生産された。ジャズオルガニストの河合代介はスピーカーを取り外し、レスリースピーカー用のジャックを追加したものを使用している。
A.G.151年。アセムとロマリー夫妻の息子、キオ・アスノがこの世に生を享ける。そして、父のアセムは息子を一目見た後に最後の任務へと赴くが、その任務中に消息を絶つ。A.G.164年。13歳となったキオは、地球の都市オリバーノーツで、幼馴染のウェンディ・ハーツ達と平和に暮らしていた。そんな中、オリバーノーツを突如ヴェイガンのMSが襲撃する。指導者フェザール・イゼルカントによる宣戦布告がされ、地球各地でも潜伏していたヴェイガンの地上部隊が行動を開始する。キオが祖父のフリットが起動させた「ガンダムAGE-3」に搭乗し、ゼハート・ガレット率いる一隊と戦う最中、フリットはディーヴァの発進命令を出すが、フリットを疎ましく思っている基地司令のアンディ・ドレイムスは、新米士官のナトーラ・エイナスを艦長に任命するなど、問題児ばかりをディーヴァクルーに編成し出航させる。戦闘後、ディーヴァはキオやセリック・アビスのアビス隊を乗せ、ビッグリング陥落により新たに総司令部となったロストロウランへと向かう。キオはディーヴァ内で医療班長のユノア・アスノや整備士のウットビット・ガンヘイルらと出会い、ウェンディも艦に乗っていたことを知る。道中の砂漠地帯で、ヴェイガンの精鋭部隊「ファントム3」が仕掛けてくるが、キオはAGE-3の新ウェア「フォートレス」で彼らを撃退する。ディーヴァはロストロウランへと到着するも、基地はヴェイガンの降下部隊の戦火に晒されていた。キオは、情報漏洩のスパイ行為を行ってディーヴァから脱走した仲間のシャナルア・マレンを追うが、彼女は敵の攻撃からキオを庇い戦死してしまう。ゼハートは部下のレイル・ライトらを率い、プラズマ粒子爆弾を使って基地の破壊を試みるが、人海戦術とキオのXラウンダー能力により全ての爆弾は発見・排除される。そしてディーヴァは宇宙へと上がり、ゼハートの下には女性士官のフラム・ナラが新しく着任する。月のルナベースへ向かうディーヴァだが、暗礁宙域サルガッソーにてキャプテン・アッシュ率いる宇宙海賊ビシディアンに遭遇する。途中乱入してきたヴェイガンとの乱戦の末、キオはフリットからビシディアン首領が父のアセムであることを知らされるが、父を認めようとしない祖父の態度にキオは疑問を持つ。その後、アセムが残したメッセージカプセルから、一行は呪われし秘宝「EXA-DB」の存在を知るが、その最中にゼハートとザナルド・ベイハートの艦隊による挟撃を受け、キオはAGE-3の新ウェア「オービタル」で出撃するも、ザナルドに捕まってしまい、一度はフリットのAGE-1による援護で窮地を脱するが、祖父を助けるため戻った所を再度捕獲され、ヴェイガンの本拠地「セカンドムーン」へと連れ去られてしまう。フリットは苦悩の末、キオ救出をアセムらビシディアンに任せる。「セカンドムーン」にて捕虜となったキオは、イゼルカントの口から語られたヴェイガンの現状や、街中で火星圏に蔓延る死の病、「マーズレイ」に苦しむディーン・アノンとルウ・アノン兄妹と出会ったことで、これまでのヴェイガンに対する認識に疑念を抱く。キオは兄妹と親密になり、ルウのためにAGE-3の認証データと引き換えに病状抑制の薬を手に入れ、兄妹と日々を過ごすも、アセムらビシディアンの救援と時を同じくしてルウは息を引き取る。「セカンドムーン」を脱出したキオだが、その先にはイゼルカントが駆る「EXA-DB」とAGE-3の解析データを元に開発された新型機「ガンダムレギルス」が立ちはだかっていた。ザナルドの敵増援と海賊側の援軍による混戦の最中、イゼルカントはキオに「プロジェクト・エデン」の真の目的を話す。レギルスの猛攻でAGE-3は大破するが、最終的にダミーバルーンの隕石を利用したビシディアンの奇策により、キオ達は窮地を乗り切って地球圏へ帰還する。その頃、セカンドムーンでは、自らの意思で軍に志願したディーンの姿があった。