パーダーボルン地方のいくつかの入植地跡は、旧石器時代末、氷河期の終焉に伴う氷河の後退期にまで遡る。中石器時代の野営地からの多くの出土品、大規模な土塁、新石器時代の箱形石棺墓の他に、青銅器時代の墳丘墓や遅くともローマ時代以前の鉄器時代の居住地跡が出土している。ローマ時代には、パーダーボルンは西ゲルマン人の入植地域に属しており、何世紀にもわたって様々な部族が支配した。ローマ軍のアンレッペン基地が西に数 kmの場所にあった。この基地は、紀元後4年に建設され、トイトブルクの戦いの敗戦の結果、わずか数年で放棄された。この基地があった時代にはマルサー族とケルスカー族が支配していた。両部族はともにトイトブルクの戦いに参加した。この基地がリッペ川に沿った最も東のローマ軍基地であった可能性は低く、この他にまだ発見されていない基地がパーダーボルン周辺のリッペ川やパーダー川の水源地域（すなわちアンレッペン基地の東）に埋もれているはずだという仮説が何度も唱えられている。市の西部、現在の市中心部とヴェーヴァー市区との間にあるバルホルナー・フェルト、アルメ川沿いのヘルヴェークとフラランクフルター・ヴェーク（ヴィア・レギア）との交差点に中世の大規模な手工業者集落バルホルンが、少なくともキリスト生誕の頃までは存在していた。300年から600年の民族移動時代に、わずかな例外を除いて、集落の継続性は断ち切られ、パーダーボルン地域のゲルマン人入植地のいくつかは廃村となった。
基本条例に基づく公的な区分の他に、政治的な意味がなく、多くの場合は明確な境界もないまま固有の名称が与えられた地域区分がある。これらは地域的なアイデンティティに刷り込まれている: インネンシュタット（内市街）、タレ、シュタットハイデ、アウフ・デム・デーレン、カウケンベルク、アウフ・デア・リート、ゴルトグルント、ジュートシュタット、リーメーケフィーアテル、ヴィルヘルムスヘーエ、リヒテンフェルデ、アン・デン・フィッシュタイヒェン、ベルリナー・リング、エルゼン・バーンホーフ、ゲッセルン、ネストハウゼン、ゼンネラーガー、マストブーフ。
基本条例第3条によれば、本市は、パーダーボルン＝ベンハウゼン、パーダーボルン＝ダール、パーダーボルン＝エルゼン、パーダーボルン＝マリエンロー、パーダーボルン＝ノイエンベーケン、パーダーボルン＝シュロス・ノイハウス/ザンデ、パーダーボルン＝ヴェーヴァーの7つの管区 (Stadtbezirk) に分けられる。シュロス・ノイハウス/ザンデ管区とエルゼン管区では、市議会議員から住民選挙により管区委員会が選出される。これ以外の管区では市議会が管区代表を選出する。さらにシュロス・ノイハウス/ザンデ管区とエルゼン管区には、それぞれ管区運営組織が設けられている。管区委員会と管区代表は、議会において各市区の立場を代表しており、進行中の行政課題の中止動議を提案することもできる。基本条例によれば、どの管区もパーダーボルンの「中核市区」ではない。中核市区は管区に属さない地域であり、1969年以前の市域に相当する。
パーダーボルンには、北から時計回りに以下の市町村が隣接している: ヘーフェルホーフ、バート・リップシュプリンゲ、アルテンベーケン、リヒテナウ、ボルヒェン、ザルツコッテン、デルブリュック（いずれもパーダーボルン郡）。最寄りの大都市は、ビーレフェルト、ゲッティンゲン、カッセル、ハムである。
パーダーボルンは、ヴェストファーレン盆地の南東角に位置する。ここから南と東に向かってパーダーボルン高地へ上る勾配の麓にあたる。市の東側には、トイトブルクの森/エッゲ山地自然公園の一部であるエッゲ山地がそびえる。市は、パーダー川水源地域に位置している。ここには約 200のカルスト水源からの湧水で形成された池がいくつかある。ここは初期の入植者にとって魅力的な場所であり、奇蹟の地あるいは聖域として崇拝されていた。現在その傍らに大聖堂が建てられている。パーダー川は長さ 4 km の極めて短い川である。この川は、パーダーボルンのシュロス・ノイハウス市区でリッペ川に合流する。同じ地点でアルメ川もリッペ川に合流している。多くの小川がパーダーボルン周辺を潤しており、市内には数多くの湖が存在する。市内の最高地点はノイエンベーケン地区の海抜 347 m の地点 (北緯51度44分10.2秒東経08度53分31.1秒)、最低地点はザンデの 94 m の地点 (北緯51度45分23.9秒東経08度38分38.4秒) である。
幇間の茂八（繁八）はある日、芸者衆らとともに贔屓客の商家の若旦那に連れられて屋形船に乗り、木津川から船で沖へ出て魚釣りをすることになった。若旦那が「一番大きい魚（うお）ォ釣ったもんには、その寸法だけカネをやる。1寸につき1円の祝儀じゃ」と宣言したため、茂八は張り切るあまり、自分の鼻に釣り針を引っかけてしまう。痛がる茂八は「わたい、背（＝身長）が5尺3寸ですさかい、53円」と若旦那に言ってせびるが、相手にされない。そのうち、茂八は頭蓋骨を釣り上げてしまう。茂八は気味悪く感じ、川に投げ捨てようとするが、若旦那にいさめられ、「寺に持って行て、回向（えこう＝供養）してやるのがええ」と金銭を渡されて帰される。茂八は一度は金を自分のものにしようと考えるが、結局寺へ行くことにする。その夜、男の家に若い美しい女がたずねて来る。女は「自分はご供養していただいた骨の主で、お礼にまいりました」と話し、自殺した自分の身の上を語って聞かせ、「お寝間のお伽（とぎ）させていただきます」と、茂八に寄り添う。茂八と女の様子を壁越しにのぞき見していた隣の男は、翌日、茂八から事情を聞いて、興奮した様子で大川へ駆けつける。男が釣れた魚を捨ててしまうので、船頭はいぶかしがる。そのうち、男は中州のアシの間から骨を見つけ、大喜びで寺へ持って行く。夜になって、男が自分好みの女が来るのを強く期待しながら待っていると、大男が現れる。大男は「京の三条河原で処刑されて大川に骸（むくろ）をさらし、やんぬるかな、と嘆く折、ありがたや今日のご回向。御礼に、閨中（けいちゅう）のお伽つかまつらん（＝寝床を共にいたしましょう）」と大声で叫ぶ。男が驚いて「誰だ」と聞くと、大男は「石川五右衛門」と答える。男はうなずきながら、「なるほど、やっぱりカマに縁がある（五右衛門の処刑法といわれる釜茹でと、オカマをかけた地口）」。