三戸に根拠を置いた系統は三戸南部氏と呼ばれる。三戸南部氏の系譜は明確ではないが、南北朝時代に奥州に下向した南部氏の一族と見られている。三戸南部氏は鎌倉時代にこの地に下向した南部氏の宗家と従来は考えられてきたが、上述の通り根城南部氏が当初は南部氏宗家に位置付けられていたと近年では推定されている。三戸南部氏は南北朝時代には北朝を支持していたが、いつごろ南部氏の宗家としての地位を築いたのかは分かっていない。このような一族内の主従関係が曖昧な状況に終止符が打たれたのは、豊臣秀吉によるいわゆる「天下統一」事業により三戸南部氏当主である南部信直が、津軽為信に押領された津軽三郡以外の所領を安堵され、また津軽氏へ与えられた津軽地方の代替地として和賀郡、稗貫郡が与えられたころである。近世大名としては同族連合を否定し、有力一族も家臣として宗家への服属を求められた。南部一族の有力勢力のうち、八戸政栄は根城南部氏が三戸南部氏の「付庸」であることを認めたが、九戸政実は逆に反発して三戸南部氏側と激しく対立する。秀吉は九戸政実を近世的秩序である「豊臣の平和」への反逆者として全力で討伐して九戸氏は滅ぼされ（九戸政実の乱）、全国的にも近世秩序を再確認する契機にもなった。その後、三戸南部家は居城を三戸から盛岡に移し、根城南部氏に対しては遠野への知行替を行った。三戸南部氏は大浦氏以外の南部諸氏を家臣化することに成功し、宗家としての地位を確立した。
南部氏は多くの支族を抱えていたが、その中で南部師行は南部氏としては記録上初めて、南北朝時代に北畠顕家に従って奥州に下向した。師行は糠部の八戸の地に根城（現在の青森県八戸市根城）と呼ばれる、従前に工藤氏の拠っていた城を接収し、居城とした。師行が一時、工藤氏を称していたとの説もある。南部師行の子孫は八戸氏を称し、一般には根城南部氏と呼ばれる。従来、根城南部氏は南部氏の有力な分家として見られてきたが、近年の研究では根城南部氏が当初は南部氏の宗家に位置付けられていたと推定されている。いずれにしても、根城南部氏は南朝を支持していたために南朝の衰退に伴って14世紀半ばからは次第に力を弱めたが、17世紀前半までは下北地方などを領有し、南部氏のなかでも比較的大きな勢力を有していた。根城南部氏の当主とされている南部信長が上洛して武田信虎（武田信玄の父）の世話になって室町幕府の第13代将軍足利義輝に拝謁したという記録の存在も指摘されている。元和3年（1617年）には所領のうち下北地方を、幕藩体制下で宗家としての地位を確固たるものにした三戸南部氏（盛岡南部氏）によって接収され、寛永4年（1627年）に遠野（現在の岩手県遠野市）に移される。これ以後の根城南部氏は遠野南部氏と呼ばれ、江戸時代を通じ盛岡藩の世襲筆頭家臣であり、中野氏、北氏と共に南部家中で代々家老を務める「御三家」の一つとして続いた。文政元年（1818年）には南部藩の家格昇進を祝って北氏、南氏、中野氏、東氏とともに嫡子嫡孫まで南部の称号を許され、南部姓へ戻っている。なお遠野南部氏が、日蓮に帰依し身延（現在の山梨県南巨摩郡身延町）の地を寄進したとされる南部実長（波木井実長）の子孫を称するようになるのは、江戸時代後期になってからである。
根城南部氏も場合によっては三戸南部氏とほぼ同格の存在として見なされることがあり、戦国時代には九戸氏も南部氏一族の有力者として幕府に認知されていた。少なくとも室町時代から安土桃山時代にかけての南部氏には、宗家と呼べるような確固たる権力を所持する家が存在しない同族連合の状況であった。
国境などを巡って対立が続く中華人民共和国やパキスタンとは、前首相であるアタル・ビハーリー・ヴァージペーイーの対話路線を継続している。中国とはヴァージペーイーが示した戦略的パートナー関係の構築を目指し、首脳同士の交流も盛んに行っている。2005年にはパキスタンとともに中国が主導する上海協力機構にオブザーバー加盟し、同年に国務院総理の温家宝、2007年には国家主席の胡錦濤がそれぞれインドを訪問し、2008年には逆にシンが中国を訪問し、同じBRICSとして積極的な経済交流も行って中国はインド第2の貿易相手国となった。また、パキスタンとは2004年2月から開始された「複合的対話」を継続し関係正常化を目指している。しかし2008年のムンバイ同時多発テロが発生した後、シンはパキスタンがテロに関与していると不信感を示し、パキスタンによるテロ対策が関係改善の条件だと発言するなど、関係正常化には至っていない。アメリカ合衆国とは関係強化を図っており、2007年7月に米印原子力協力を妥結している。2005年7月に訪米した際にアメリカ合衆国大統領（当時）のジョージ・W・ブッシュとの共同声明でこの取り決めを発表し、翌2006年にブッシュが訪印した時に合意した。この取り決めは2008年8月に国際原子力機関（IAEA）理事会によって承認されたが、前述のように、承認に至るまでシンは連立与党内の反発を受けることになった。日本とも関係強化を目指しており、2006年12月中旬の来日の際に衆議院で演説を行い、今回の訪日がパートナーシップ構想を具体化するためであると言明した。また、この演説では「戦後、パール判事の下した信念に基づく判断は、今日に至っても日本で記憶されています」とも語り、8世紀に来日したインドの僧侶ボディセナ（菩提僊那）の時代から現代に至るまでのインドと日本両国の関係に触れている。この訪問は、日本とインドの首相が相互訪問を行うきっかけとなった。さらに2008年10月の来日では、内閣総理大臣（当時）の麻生太郎との共同声明においてパートナーシップ構想の再確認を行い、安全保障協力についての共同宣言を発表した。2009年12月に内閣総理大臣（当時）の鳩山由紀夫が訪印した際には、安全保障協力を促進するための行動計画を策定した。