島原の乱で死んだ天草四郎時貞が従者のクララお品を従え、堕天使のごとく復活した。10年ほど後、3代将軍徳川家光の時代、徳川幕府滅亡を志す四郎は鷹狩りに来ていた野心家の徳川頼宣を挑発する。彼に秘術を使って蘇らせた配下の現世に無念を抱く魔界衆荒木又右衛門、宮本武蔵、宝蔵院胤舜を差し向ける。又右衛門の襲撃を期に柳生十兵衛を始めとするお雛、伊達小三郎の柳生衆は秘術の生贄に誘拐されたおひろを追って戦いに参加する。戦いで魔界衆を破られた四郎はさらにクララお品の身体を使い徳川家康までも転生させる。
1981年版で特撮を担当した矢島信男の弟子である佛田洋が特技監督を務めた。また視覚効果統括の橋本満明は合成会社でのアルバイト時代に1981年版に携わっている。デジタル技術の向上により、1981年版では描写されなかった原作のシーンが映像化されている。原作の魔界転生をCGで再現しており、性的描写はないが女の身体が割れて魔界衆が誕生する様子が描写される。佛田は原作に寄せるというコンセプトから性的描写を構想していたが、監督の平山秀幸に却下された。転生シーンの描写案は難航し、撮影中盤以降になって決定された。クライマックスの江戸城崩壊は佛田と橋本の案により、江戸城に十字の亀裂が入るという描写になった。佛田は1981年版を担当した矢島から「前と同じことをやっても仕方ないから、今の技術で違うことを考えろ」と言われていたという。平山の江戸城を再現するという意向により、時代劇では一般的な姫路城を用いた実景ではなくミニチュアで撮影された。このほか魔界衆の目が十字架のように変わり、1981年の映画では描写されなかった「島原の乱」の合戦シーンがあり、竹田城で撮影された。十兵衛は隻眼ではなく、後に変化する。平山のイメージ案としてギュスターヴ・ドレによる『神曲』の挿絵をモチーフとした「翼の生えた天草四郎」があり、寺田克也によるイメージビジュアルなどに取り入れられている。
封切り公開初日は6月13日を予定していたが、過去の作品がヒットしていないため、1週間早めて6日の6時から6週間、「666のオーメン」と称してロードショーされた。1981年までの角川映画は配給収入が右肩下がりで前年の『復活の日』では7億円の赤字を計上しており、「角川映画そのものが第一作以来大した物がない。キャッチフレーズを使った宣伝の派手な物量的大作にしか過ぎない」と白井佳夫に言われていたが、公開するや否や東京都の東映直営映画館3館の前に朝早くから長蛇の列ができ、初日と2日目で2万5000人を動員。観客層は6対4で女性のほうが多く、従来の男性客が多くを占める東映とは異なる動員をした。初週の興行を「『魔界転生』に女性客殺到」という見出しで週刊誌は報道し、女性客を集めた直近の映画作品の例にたのきんトリオ主演の男性アイドル映画『青春グラフィティ スニーカーぶる〜す』（1981年2月公開）を挙げ、『魔界転生』と並べて配給収入を予想している。1983年4月1日フジテレビの時代劇スペシャルで、オリジナル解説VTR付きでTV初放送された。
四郎は伊豆守や霧丸を葬った天草衆の遺髪を束ねた鞭で十兵衛を襲うが、十兵衛は左手で防御して躱す
そして右手に持っていた宗矩の村正で鞭を右切り上げ、四郎の頸を左薙ぎで一刀両断
しかし四郎は自分の頭を脇に抱え、復活を予告し、哄笑と共に紅蓮の炎の中に飛んで消えていく
十兵衛はそれを見据えながら、一層燃え上がる焦熱地獄の中、ただ独り佇んでいた

東京府に生まれる。父は早稲田大学教授であり、長谷川零余子に師事した俳人加藤紫舟（本名・中庸）。1951年、早稲田大学文学部演劇科卒業。卒業後は日本テレビに勤務し、また商事会社を経営。俳句は父に教えを受けつつ、日野草城、西東三鬼、高柳重信の影響を受け、父の主宰誌『黎明』に新芸術俳句を発表。1950年に父が没してのちは『黎明』の主宰を継いだ。のちに詩を吉田一穂、西脇順三郎に師事した。昭和30年代には『俳句評論』『ユニコーン』などの前衛俳句誌にも参加した。初期の代表作に「冬の波冬の波止場に来て返す」「昼顔の見えるひるすぎぽるとがる」「天文や大食（タージ）の天の鷹を馴らし」などがあり、西欧詩に学んだ詩的実験を定型俳句で展開し、俳壇の内外で評判を得た。俳句、詩、評論の分野でさかんに発表し、1972年に文筆家として独立。江戸俳諧研究にも取り組んだ。句作も後年は江戸趣味・俳諧趣味に傾き「小細工の小俳句できて秋の暮」「俳人も小粒になりぬわらび餅」のような句を作った。澁澤龍彦や松山俊太郎、池田満寿夫など異端的文学者との交友でも知られ、澁澤が『血と薔薇』の編集長を務めていた時期には、同誌の販売促進のため澁澤を『11PM』に出演させたこともある。回想記『後方見聞録』の文庫版増訂時には、当時澁澤の妻だった矢川澄子との不倫を告白して物議をかもした。1998年、自身の単独選考による加藤郁乎賞を創設、後進の育成にも力を注いだ。2001年、『加藤郁乎俳句集成』により二十一世紀えひめ俳句賞富澤赤黄男賞受賞。2005年、『市井風流――俳林随筆』により第5回山本健吉文学賞評論部門受賞。2011年、句集『晩節』により第11回山本健吉文学賞俳句部門受賞。2012年5月16日に心不全で死去83歳没。