慶応3年（1867年）大政奉還が行われると翌慶応4年（1868年）1月鳥羽・伏見の戦いが行われ、2月村山郡幕領七万四千石は庄内藩預地となり、郡代高橋省助を派遣し寒河江にも250人余りの庄内藩士が入った。高橋は幕府代官山田左金次が江戸へ出た留守中、柴橋元〆河野俊八から移管手続を受けた。しかし、奥羽鎮撫総督九条道孝が3月23日仙台に入ると、4月2日仙台から新政府軍が進攻するという報を受けて庄内藩士は撤退し、その夜薩摩・長州・仙台・天童など400名余の新政府軍が寒河江に入った（柴橋事件）。慶応3年度の年貢米を求めてのことであったが、庄内藩は最上川の船運により既に酒田へ運んだ後だった。4月5日には薩摩・長州など大半は引き上げたが仙台勢は残り、村々の入り口に仙台領と書いた標柱を建てた。その後柴橋元〆河野俊八が「羽州村山郡長岡郡司代格」に任命されたため、4月19日ごろには仙台勢も引き上げた。ところが、清川口の戦いで勝利した庄内勢が4月25日三番大隊隊長酒井兵部順孝を大将として寒河江に入り柴橋陣屋を急襲する。寒河江の村々の名主を集めて年貢米を半減して安堵し、最上川を挟んで天童勢と銃撃戦を展開した。閏4月1日になると米沢からの援軍500余名が到着、翌閏4月2日には庄内から二番大隊隊長酒井了恒率いる600余名が谷地（河北町）に到着し庄内勢は援軍を含めて総勢1500余名となった。閏4月4日早朝、酒井順孝および酒井了恒は総勢1200名を率いて最上川を渡河し天童へ進攻、奥羽鎮撫副総督澤為量を破り天童城・寺院3か所・町屋233戸を焼いた（天童の戦い）。庄内藩主は朝敵になることを恐れて即時停戦して撤退するように厳命したので、庄内勢は天童攻略に協力した村々の貧民に500俵の手当米を出して庄内へ退却した（入間森畑の戦い）。5月3日奥羽越列藩同盟が締結されると庄内勢は再び寒河江に進出し、柴橋代官所や諸寺院を占拠して郷村支配にあたった。新徴組隊士が治安維持を担ったようである。8月28日米沢藩が官軍に降伏すると庄内藩に対する包囲網は狭まり、三重から新潟を転戦してきた桑名・庄内軍が9月19日寒河江に入った。新政府軍は降伏した米沢藩を尖兵として既に山形市柏倉まで迫っており、寒河江の庄内勢は庄内へ撤退の準備を開始していた。9月20日払暁、薩摩・米沢勢の先鋒が寒河江市内に火をかけながら進入、しだいに桑名・庄内勢は後退し白岩陣ヶ峰で銃撃戦を行って幸生（寒河江市幸生）を経由して肘折（大蔵村）へと退却していった。庄内勢本隊は六十里越を退却した。この戦闘での戦死者は双方で30余名、焼失家屋は90軒ほどだったという（長岡山の戦い）。9月22日会津藩が降伏し翌日庄内藩も降伏して、東北地方での戊辰戦争は終結した。
3月5日23時20分頃、コロンバンガラ基地の日本兵は沖合で夜間水上戦闘がおこなわれ、駆逐艦1隻が大火災となり、駆逐艦1隻が大爆発するのを目撃した。連合軍艦隊の艦砲射撃を知った外南洋部隊（第八艦隊）は、村雨と峯雲に対して奇襲の実施を命じた。だが現地守備隊より「敵巡洋艦2・駆逐艦5は南方に避退」との報告があり、村雨と峯雲にショートランド泊地帰投を命じた。だが既に沈没していた2隻から応答はなく、第八艦隊はビスマルク諸島方面航空部隊所属の水上偵察機による偵察を実施する。3月6日未明、特設水上機母艦神川丸（川崎汽船、6,853トン）の水上偵察機が第68任務部隊の捜索のためクラ湾方面を飛行中、クラ湾に直径300メートルほどの油紋2つを確認し、午前には零式水上観測機2機が同じ地域を飛行して、コロンバンガラ島南端の60度7海里の地点から北の方向に幅約1,000メートル、長さ10海里にも及ぶ油帯を発見した。その頃、生存の村雨と峯雲の乗組員は泳いだり、浮遊物につかまりながらコロンバンガラ島を目指した。「赤い屋根の家」にたどり着いた乗組員は、前日夜に物資等を揚陸した地点からやってきた大発に収容され、大発はコロンバンガラ島の北端まで捜索した。また、村雨のカッターが、村雨の生存者を上陸させた後海上に引き返し、峯雲の徳納砲術長らを収容してコロンバンガラ島に上陸させた。3月6日の時点では橘司令、種子島駆逐艦長など高級将校の安否が不明だったため、その時点では生存者の中で最先任だった村雨の鹿山砲術長が第八連合特別陸戦隊に顛末を報告することになっていたが、橘司令と種子島駆逐艦長は3月7日になって相次いで救助された。その一方で、コロンバンガラ島にたどり着いた者の中には、やけどに耐えかねて海水を飲んで絶命した負傷者もいた。最後の生存者は3月8日に収容された。村雨は橘司令、種子島駆逐艦長以下134名が救助されたが、3月12日までに2名が戦病死し、3月12日の再確認では132名生存、戦死51名、行方不明52名と記録された。峯雲は徳納砲術長ら45名が救助されたのみで、駆逐艦長上杉義男中佐以下残りの乗組員210名は戦死した。ちょうど第八艦隊は第9駆逐隊司令小西要人大佐に駆逐艦5隻（朝雲〈司令駆逐艦〉、雪風、浦波、敷波、長月）によるコロンバンガラ輸送を命じており、生存者はコロンバンガラ島輸送に来た駆逐艦のうち第19駆逐隊（浦波、敷波）に分乗し、警戒艦や水上偵察機の掩護を得て3月9日未明にブイン沖に到着した。橘司令と種子島駆逐艦長は雪風に移って先にラバウルに帰還し、残る生存者も午後にはブインを発って3月10日朝にラバウルに到着した。ラバウルに帰還後、直ちに第八艦隊主宰による研究会が開かれた。前述のように第八艦隊は「敵の虚に乗じて敵艦隊を奇襲すべし」と命じていたが、実際は日本側が「虚に乗じて奇襲されていた」のであった。研究会には第八艦隊司令長官三川軍一中将、同艦隊参謀神重徳大佐、南東方面艦隊司令長官草鹿任一中将ら幕僚の面々が列席していたが、「会場内の雰囲気は研究会を通り越して査問会だった」。橘司令らが戦闘経過を報告したが、艦隊幕僚らは第一次ソロモン海戦、ルンガ沖夜戦などの勝ち戦を引き合いに出し、「夜戦には絶対負けない駆逐艦が、得意とする夜戦でやられるとは何事ぞ」と罵倒したり、レーダー射撃に理解を示そうとはしなかった。やがて、橘司令は白露型駆逐艦五月雨を新しい司令駆逐艦として五月雨に移っていき、他の村雨と峯雲の生存者も順次ラバウルを後にして新任務に就いたり、日本本土へと帰還していった。