1939年8月、ドイツとソ連の間で独ソ不可侵条約が締結され、リトアニアはドイツ、ラトビアとエストニアはソ連の勢力圏となることが合意された。そしてこの条約により、ラトビアとエストニアに住むバルト・ドイツ人のドイツ勢力圏への再移住が取り決められた。バルト・ドイツ人の新たな移住先は、主にヴァルテラント帝国大管区やポーランド総督府領とされた。これらはいずれもドイツがポーランド侵攻の結果獲得した領土である。再移住は1939年から始まり、1940年初めの時点でラトビアから約51,000人、エストニアから約13,700人が再移住した。1940年8月にバルト諸国がソ連に併合された後、1941年3月にラトビアから約10,500人、エストニアから約7,000人が再移住した。独ソ戦がドイツ劣勢となり、バルト諸国地域にソ連赤軍が迫った1944年末から1945年にかけて、多くのバルト・ドイツ人は西方へ避難を開始した。避難は主に海路を用いて行われたが、1945年1月30日には多くの避難民を乗せたヴィルヘルム・グストロフ号がソ連の潜水艦に撃沈され、9400人あまりの犠牲者を出した。
1917年にドイツとソ連がブレスト＝リトフスク条約を締結した後、ドイツ帝国は占拠領地をオーバー・オスト（Ober Ost ドイツ軍東部全軍最高司令官)のもと統治した。しかしドイツ帝国が第一次世界大戦に敗戦し、ポーランド第二共和国が独立すると、東プロイセンがポーランド回廊によって分断される飛び地となった。1917年にロシア革命によってロシア帝国が崩壊すると、バルト・ドイツ人貴族と亡命ロシア貴族はオーバー・オスト（ドイツ軍東部全軍最高司令官）をもとにしたドイツ軍とバルト連合公国（大リヴォニア公国）を構想したが、ドイツ帝国の敗北とバルト諸国の民族自決によるエストニア・ラトビアの独立により構想は頓挫し、バルト・ドイツ人による中世以来のバルト地域での主導権は喪失することとなった。
ポーツマス条約によって日本領となった南樺太には、1913年（大正2年）の樺太守備隊廃止以来、日本軍は常駐しておらず、軽武装の国境警察隊が国境警備を担当していた。しかし、1939年（昭和14年）5月に至り、対ソ連の防備のため樺太混成旅団が設置された。その後、第7師団（北海道駐屯）の改編や関東軍特種演習に伴い次第に駐屯兵力が増強された。太平洋戦争中盤になると、従来はソ連を仮想敵としていた南樺太の戦備も、対アメリカ戦重視に方針が転換された。北樺太侵攻作戦は放棄されて、専守防衛型となった。北方軍司令官の樋口季一郎中将は、対ソ国境陣地を重視せず、主にアメリカ軍上陸に備えた南部の防備強化を指導した。本土決戦が想定され始めた1945年（昭和20年）2月には駐屯部隊の大部分を再編成して第88師団が創設されたが、その主力は南部地区に置かれた。予備役（在郷軍人）主体の予備戦力の整備も進められ、1944年（昭和19年）5月に特設警備隊である特設警備大隊3個・特設警備中隊8個・特設警備工兵隊3個、1945年3月には地区特設警備隊9個が各地に設置された。このほか、国民義勇戦闘隊の組織も準備されていた。地区特設警備隊や国民義勇戦闘隊は、日中戦争での中国共産党軍にならい遊撃戦を行うことが期待されており、3月下旬に7700人が2日間の召集訓練を受けたほか、7月以降には陸軍中野学校出身者による教育が多少実施された。約40万人の一般住民については北海道への緊急疎開が予定され、大津敏男樺太庁長官と第88師団参謀長の鈴木康大佐、豊原駐在海軍武官の黒木剛一少将による3者協定が締結されていた。樺太庁長官を責任者として陸海軍は船舶提供などの協力をするという内容であったが、実態は腹案の域を出ず、3人以外には極秘とされて組織的な事前打ち合わせは無かった。一方、ソ連の指導者ヨシフ・スターリンは、南樺太の奪還を狙っていた。ソ連の対日参戦を密約した1945年2月のヤルタ会談において、ソ連は南樺太占領を参戦後に予定する作戦の第一として挙げ、実際にヤルタ協定には「南樺太のソ連への返還」が盛り込まれた。当時、ソ連は北海道北部（留萌・釧路以北）の軍事占領も計画しており、南樺太は北海道侵攻の拠点としてすぐさま使用される予定であった。南樺太攻略担当には、北樺太に主力を置く第2極東戦線の第16軍（司令官：L・G・チェレミソフ（Л. Г. Черемисов）少将）が充てられた。もっとも、7月28日に通達された実際の作戦計画では、樺太・千島方面の攻略は満州方面に劣後した順位となっており、発動時期は戦況に応じて調整されることになっていた。現場では日本軍守備隊に関する情報を把握できないでおり、南樺太に日本軍戦車が配備されていないことすらも知らなかった。南樺太および千島列島への進攻に関してはソ連海軍、特に太平洋艦隊は艦艇不足であった。このため事前にレンドリースの一環としてアラスカにおいてアメリカとソ連の合同で艦艇の貸与と乗組員の訓練を行うフラ計画が実行された。日ソ間には日ソ中立条約が存在し、1945年（昭和20年）8月時点でも有効期間内であったが、ソ連の対日参戦は実施されることになった。なお、同年5月頃、日本はソ連を仲介者とした連合国との和平交渉を模索しており、その中でソ連への報酬として南樺太の返還も検討されていた。（日ソ中立条約との関係については日ソ中立条約及びソ連対日宣戦布告を参照）ソ連軍侵攻前の樺太での戦闘としてはアメリカ潜水艦の活動があり、日本商船が攻撃されたり、海豹島などが砲撃を受けていた。7月23日には、アメリカ潜水艦「バーブ」から少数の水兵が密かに上陸して、樺太東線の線路を爆破している。