2001年以降は第5次空軍編制の枠組みで大規模に一新される。この時期は地域化と集中化が推し進められた。空軍司令部は解散され北部および南部空軍集団については解散し、空軍師団は再び大型化し責任範囲が拡大した。空軍師団隷下部隊については最大空域を分担する事になる。任務支援機能の分野では集中化がなされ、連邦空軍の多くの部隊・機関は新設された戦力基盤軍と救護業務軍に移管される。2004年から連邦空軍は新時代に突入した。第73戦闘航空団ではユーロファイター戦闘機の教育飛行を開始し、MiG-29戦闘機とF-4戦闘機の更新を始める。しかし、連邦空軍は2005年に空軍第5次編制すべての事業を完結する前に、空軍第6次編制に移行する事になる。特に人員縮小については不十分とみなされた。
1990年のドイツ再統一により2つの空軍の統合という大規模な問題に直面する。国家人民軍（東ドイツ軍）将兵の編入・統合については、脅威対象の変更と財政状態を背景に人員・装備の縮減と同時に挑む事になる。連邦軍内に編入された国家人民軍将兵の処遇については軍内に異なる系統の業務体系をもって対処した。旧国家人民軍航空軍の編入・統合については、ドイツとNATOは東部連邦州の防空支援体制を統合し、その基盤的施設と武器システムはシュトラウスベルクのエッガースドルフ航空基地で編成された第5航空師団隷下に集約される。1994年にベルリン＝ガトウに師団司令部を移転し第3空軍師団に改称される。1995年に新連邦州各地に所在するドイツ連邦軍はNATOの指揮構造に結合される。いわゆる空軍第4次編制とも呼ばれるこの組織改編は、西部連邦州に所在する部隊や機関の大幅な改編も意味した。再編成の処置については指揮・管理権限の横断を含み、空軍司令部の下に空軍指揮司令部と空軍指揮支援司令部が置かれ、航空輸送集団と北部および南部空軍集団は空軍師団と同級部隊に分類される。パーシング準中距離弾道ミサイルについては段階的に破棄され、アルファジェット軽攻撃機については軍縮により1997年まで削減され続け、同機を運用していた3個戦闘爆撃航空団は解隊された。
1967年から1970年まで連邦空軍は再編成で一新する。新空軍編制で連邦空軍の指導部は見直され、新たに空軍指揮司令部を設けてこれを戦闘部隊の総軍結節とし、南部および北部空軍グループ司令部は解散され、4個空軍師団および防空師団に再編成される。空軍局の隷下には航空輸送を担当する航空輸送集団、電子情報収集や通信業務およびレーダー・指揮業務を担当する空軍業務集団、一般空軍学校および空軍教育任務を担当する空軍教育集団を従える。また、空軍局補給・部隊技術監部を母体に空軍支援集団が新編され、南部と北部の2つに分かれた空軍支援グループ司令部および空軍資材局は、連邦空軍全体の整備業務およびこれらの部隊・機関における教育に責任を負っていた。1960年代後半から1980年代にかけて様々の兵器が導入され、現在まで存続する装備体系を形成した。1968年にC-160 トランザール輸送機が納入され、1974年からマクドネル・ダグラス F-4F戦闘機が第71戦闘航空団から配備を開始し、そして1981年にパナビア トーネードIDS攻撃機が配備される。これら2種類の戦闘機はF-104戦闘機の更新として導入された。1978年にはダッソー / ドルニエ アルファジェット軽攻撃機が導入され、1985年から「戦闘機90（Jäger 90）」計画が開始され、10年後にはユーロファイター タイフーンとして結実した。防空兵器については初めはナイキ・ハーキュリーズ地対空ミサイルを導入し、1986年にパトリオット地対空ミサイルが、1987年にローランド・ミサイルシステムが導入された。
14世紀ごろ大聖堂は小さな大聖堂に取って代わる形でカトリック教会としてサムランド司教ヨハンクレアの主張で建てられた。元の小さな大聖堂はアルトシュタットという地区にあってその建物の一部分を使っている。大聖堂の建築は1333年に始まったとされる。大聖堂の建てられた土壌は沼地であったのでオークの木の柱が100本程度差し込まれた。50年の比較的早い期間で大聖堂は1380年までに大方完成した。内部のフレスコ画の作業は14世紀末まで続けられた。聖堂には14～15世紀の壁画や、 後期ゴシックの木彫や中世の記念碑など内蔵し、コルネリス・フロリス作のアルブレヒト (プロイセン公) 像はその中でも特に有名。プロイセン公アルブレヒトやその親族はこの大聖堂に埋葬された。1523年にルター派の説教がされそれから1945年までプロテスタントの教会で在り続けた。当初は2本の尖塔を持っていて1544年に2本とも火災で失われた後片方のみ再建された。1640年に時計が尖塔につけられた。1650年から図書館も大聖堂に設置された。1695年オルガンが設置される。1944年8月の第二次世界大戦中イギリス空軍の二夜わたる空襲で街は大きく破壊され大聖堂もこれによって大きく破壊された。空襲をまぬがれるために100人ほどが聖堂に避難したが多数の死者が出てしまった。終戦後ケーニヒスベルクの街はソ連に割譲されカリーニングラードと改名された。また大聖堂はながらく焼け残った廃墟のままの状態で放置されていた。1990年ごろからこれを修復しようという動きがおこりはじめ1994年には新しい尖塔がヘリコプターを使って設置され、1995年には尖塔に新しい時計が設置された。1996年から1998年にはステンドグラスや屋根の修復が行われた。尖塔に設置されている時計には4つの鐘が設けられており1時間に4回ベートーヴェンの交響曲第5番が鳴らされる。現在大聖堂はルター派とロシア正教会の2つの礼拝堂と博物館を有する。ルター派の礼拝堂は第二次世界大戦中に空襲によりこの聖堂内で亡くなった人たちのいた位置に設けられている。