「萌え」というスラングが指し示す対象は幅広く、架空の人物やアイドルに対してのみならず、「工場萌え」のように人間の姿をしていないものに対して用いられることもある。もっとも、「萌え」というスラングが用いられ始めた当初は、主に美少女キャラクターに対する表現であり、「萌えアニメ」とは、おおむね魅力的な女性キャラクターが大勢登場する作品の形容に用いられる。全く女性キャラクターが登場しない作品が「逆萌えアニメ」などと形容された例もある。一方で美少女キャラクターを物語の中心に据えているにもかかわらず「萌えアニメではない」とされる作品もあり、また女児向けの作品は、大勢の女性キャラクターが活躍する作品であっても「萌えアニメ」に含めるか否かで判断が分かれる。「萌え」には軽い性的な要素が含まれることがあり、「萌えアニメ」が、「美少女やおっぱいがたくさん出てくるアニメ」というイメージで語られることもある。深夜帯の萌えアニメではしばしば海水浴や温泉を題材にしたエピソードや、コマ送りしなければ確認できないようなパンチラ、性的なハプニングをほのめかす演出など、時にはテレビの放送コードに迫ることもある性的描写が用いられ、その辺りまでが「萌え」描写の範疇であるとされる。一方、エロティックな描写は必ずしも萌えの必要要素ではないとし、逆に過剰すぎる性的描写は「萌え」ではないものと見なしたり、「萌エロ」などと呼ばれて区別する意見もある。深夜アニメの中にはあざとい性描写のために規制にかけられる作品もあるが、このようにテレビアニメとして放送できないようなものは「エロ」「萌エロ」に分類される。一方で、エロと萌えは同一視されることもあるため、女性キャラクターの可愛らしさを売りにしつつもエロティックな要素がほとんど見られない作品を「萌えアニメ」と位置づけるかどうかは、使用者によって意見が分かれることもある。
「萌えアニメ」はアニメの類型の一つである。2004年7月には「もはや1ジャンルとして確立したといえる」と紹介されたほか、2005年頃には深夜帯での萌えアニメの増加が実感されるようになった。2009年時点では、関東圏で放送されている深夜アニメの半数以上は萌えアニメで占められた。「萌え」は主として微細な要素に求められることが多く、制作の側からは、そうした点を守らなければならないという点で縛りのあるジャンルであるとも言われる。具体的には登場人物の容姿（アホ毛といった外見特徴や、キャラクターデザインが萌え絵の範疇に入るなど）や、仕草や性格などの設定であったり、キャラクター同士の人間関係といったことが重視される。萌えアニメではこのような設定から外れた自由な描写が忌避される半面、魅力的なキャラクターデザインと特定の属性描写などを多発するエピソードが重視され、物語のバランスやリアリティなどはあまり重要視されないこともある。ストーリー性の薄さをキャラクターの魅力で十分に補えている作品が高く評価される一方、売れ筋の萌え要素を寄せ集めただけのような作品が数多く作られてはすぐに忘れ去られていくという状況もある。実のところ萌えアニメはマーケティングの方法論が通用しにくく、仕掛け人が広告戦略やブランドイメージで流行を生み出そうとしても成功しないことが多いとされる。
萌えアニメ（もえアニメ）とは、アニメのジャンルの一つであり、ストーリーよりもキャラクターを重視し、個性の異なる複数のキャラクターたちの魅力で作品を牽引し、視聴者の萌えを刺激するようなアニメを指す。かわいらしい女性キャラクターが登場するなど、「萌え」を刺激されるアニメ全般を指す。ただし、「萌え」という語の定義は千差万別であり、この用語の意味するところは使用者の主観に依拠している。よって、この用語の定義は極めて曖昧である。
2004年7月7日、警察庁長官狙撃事件において岐部に酷似した人間が狙撃犯の逃走ルートとは反対方向である警察署の前を自転車で通ったとする複数の目撃証言から、狙撃役の逃走を支援するダミー役を果たしていた疑いが強いと警察に判断され、殺人未遂容疑で逮捕されたが否認。証拠不十分で7月28日に釈放され、9月17日に不起訴となった。
TXN系列局及び地上波で同時ネットを実施しているぎふチャン・びわ湖放送・テレビ和歌山の放送開始時刻は、第1期と同じ21:00から22:48のままである。第1期は1ヶ月に1回程度『いい旅・夢気分』の3時間（又は2時間）特番などで番組自体が休止となっていた。しかし再開以降2011年10月から2013年2月までの間、2011年10月19日（『懐かしの昭和メロディ』）、2011年11月23日、2012年3月21日、2012年10月10日、2012年11月21日、2013年3月20日（『いい旅・夢気分3時間スペシャル』）、2012年3月14日（『向田邦子ドラマスペシャル蛇蠍のごと』）、2012年3月28日（『世界卓球2012』）、2012年4月25日（『感動シネマ特別企画「毎日かあさん」』）、2012年8月8日（『ロンドンオリンピック2012中継』）、2012年9月5日（『「アウトレイジ　ビヨンド」公開記念シネマスペシャル「アウトレイジ」』）、2012年9月12日（『ドラマスペシャル　親父がくれた秘密～下荒井５兄弟の帰郷～』）、2012年12月5日（『激録・警察密着24時!!』）、2013年1月2日（『新春ワイド時代劇 白虎隊〜敗れざる者たち　』）、2013年1月16日（『真相解明!久米宏スペシャル第５弾・実は日本人はデフレが大好きだった!』）のわずか15回の休止にとどまり、ほぼ毎週休まず新作を放送し続けていた。2013年3月以降は第1期と同様1ヶ月に1回程度『いい旅・夢気分』→『にっぽん!いい旅』などの3時間（又は2時間）特番などで番組自体が休止となっている。2014年春の改編で、2001年10月から12年半続いた水曜19時台のアニメ枠が終了し、2014年4月から音楽バラエティ番組『THEカラオケ★バトル』になったため、『にっぽん!いい旅』の2時間特番は18:57 - 20:49枠で放送されるようになったため、『にっぽん!いい旅』の特番での休止は減っている。2012年4月1日より、制作に係わりながら放送していなかったBSジャパンが時差放送で再開したが、各作品の放送順序は地上波のそれと必ずしも一致していない。また、CM・番宣などを合算した放送枠の尺長が地上波では第1期(及びドラマ番組としての旧水曜シアター9)と同じ108分となっているのに対し、BSジャパンでは地上波よりも約7分長い115分となっている(第2期 - )。タイムCM枠の定着が進まず、番組が事実上ノンスポンサード化する中、本編とは無関係なパーティシペーション(PT)で穴埋めせざるを得ない状況が続いている事に加え、後者には通販系を中心に尺が1分以上あるスポットCMが少なくない為である。2015年1月以降、BSでの新作の放送は滞りがちとなっており、旧作の再放送が2時間繰り上げ（19時 - ）で実施されたり、これまで再放送枠と位置づけられていた「傑作ミステリー」枠(日曜12時 - )に新作が割り振られる週もあるなど、枠そのものが流動化している。