寛保3年（1743年）7月、四男・久村（宗村）に家督を譲って隠居し、袖ヶ崎の下屋敷に移った。宝暦元年12月24日（1752年2月8日）死去。享年72。
一方で役職の整理を進め、享保11年（1726年）に屋敷奉行と兵具奉行を兼務とし、普請奉行を廃止して、その配下の普請方を出入司の直轄とした。また、享保14年（1729年）には郡奉行を8人から4人に減員し、享保16年（1731年）には龍ヶ崎奉行を廃して職務を郡奉行の兼役とした。これと並行して享保12年（1727年）に仙台領産の銅を使用することを条件に、幕府の許可を得て銅銭（寛永通宝）を石巻で鋳造し、それを領内で流通させることで利潤を得た。また、買米仕法を再編強化し、農民から余剰米を強制的に供出させ江戸に廻漕して換金した。18世紀初めから中頃にかけての江戸市中に出回った米のほとんどが、仙台産であったと言われているほどである。享保17年（1732年）、西国で享保の大飢饉が発生すると、この年奥州は豊作であったため、大量の米を江戸に送って売りさばき50万両を超える収益を上げた。このため藩財政は一気に好転し、ようやく単年度での黒字を実現できるようになった。
こうした状況を少しでも改善するため、享保10年（1725年）年頭には寛永以来実施されなかった領内総検地「大改」を行なうことを表明した。これは、耕地所有者の異動・新田の隠田化・普請や荒れ地化による耕地面積の変化などを正常化することで土地制度の根本的立て直しと年貢増徴を目指したものであった。しかし、隠田が不作時に年貢負担の不足分を補う機能を果たしていること、一門など上級家臣のみならず中・下級家臣に対しても地方知行制が行なわれていた仙台藩においては下級給人や陪臣が知行地の一部を直接耕作することで家計を維持していることから、「保国寺」名義の意見書に代表される一門層をはじめとする家臣側の反発が強く、半年後に事実上中止となり、翌年には検地の担当者であった出入司の岩淵安次・木戸有延が責任を取らされる形で処罰されている。以後、仙台藩においては、領内総検地が実施されないまま幕末を迎えることになる。
宝永元年（1704年）5月21日、吉村は藩主となって初めて仙台に入ったが、この時点で仙台藩の財政は綱村の浪費と乱脈政治によって完全に破綻しており、吉村はただちにその建て直しに取り組まねばならなかった。まず対応を迫られたのが、綱村押込の直接の原因となった藩札の後始末である。宝永2年（1705年）1月に藩札の発行を停止したものの、既に出回っている藩札を回収するためにはその代価となる正金を用意しなければならず、翌宝永3年（1706年）9月には、このままでは参勤交代の免除を幕府に願い出る他ないとして知行高30石以上の藩士に対して手伝金の供出を命じ、年貢の半額を物納するか石高に応じた額の銭を納めるかを選択させた。こうして10月に藩札の通用がようやく停止したが、この年の仙台藩の赤字額は単年度で12万3000両にも達した。このように吉村襲封当初の仙台藩の財政状態は、綱村が残した莫大な負債に加えて、その尻拭いに要する費用がさらに赤字を雪だるま式に増幅させるという悪循環に陥っており、また財政再建の最中にあっても正徳元年（1711年）11月には幕府から命じられた日光東照宮普請のため、さらに江戸・京都の商人から7万3700両の追加借入を余儀なくされるなど、極めて厳しいものであった。
ミッションスクールとしてキリスト教による全人教育を行っている。学校の標語は、第2代院長D.B.シュネーダーが聖書より引用し、制定した「LIFE LIGHT LOVE」（3L精神）。また「地の塩、世の光」として社会に貢献する人であれ、との人格教育を行っている。中学校入学者は地元の富裕層や祖父代からの東北学院出身者の子弟が入学することが多い。高等学校は中学校内部進学者と高校受験による新規入学者の比率が半々である。特待生制度、準特待生制度があり、通年の定期試験の成績で3位以内でかつ平均点が90点以上の者は特待生とされ学費が全額免除される。さらに、平均点85点以上の者も準特待生とされ図書券が進呈される（6位まで）。また、卒業生の総代（首席卒業者）は進学クラスの最優秀生徒が選ばれる慣行となっている。その他、アメリカ・オレゴン州方面の海外研修制度も用意されている。以前は50名の定員に60名を超える希望者があり、選抜テストを行なって参加者を決めていたが、ここ10年以上は参加者が激減し、在校中に複数回参加できるよう規定を改めても毎年12〜15名の参加者にとどまっている。かつての校舎は仙台市都心部の一番町に位置し、仙台駅より徒歩10分と交通至便であったが、都市計画により用地を市道へ供出したため、敷地面積は狭かった。そこで、2005年4月に宮城野区小鶴にキャンパスを移転した。なお、跡地はのちに仙台トラストシティとして再開発された。現在の校舎は東京ドーム約2個分の敷地面積に、冷暖房完備の校舎・礼拝堂、屋内練習場付きの野球場、人工芝のサッカー場、全天候型陸上競技トラック、テニスコートなどがある。一方で交通に関しては仙台駅から仙石線で約10分の小鶴新田駅からさらに徒歩10分ほどの距離となった。