江戸時代の初期頃までは海産の貝類が生息していたといわれる。しかし、その後の淡水化の流れによって貝類も淡水産のものへと移行してきた。1963年の常陸川水門の竣工は淡水化を決定的にしたために汽水産のヤマトシジミは重要な漁獲種でもあったが姿を消している。また周辺の水田にはオオタニシ、ヒメタニシ、マルタニシなどが生息。比較的汚れた水域にはモノアラガイやサカマキガイ、きれいな流入河川にはカワニナなどが生息している。マシジミなどは貴重な自然の恵みとして用水路などでも採取されていた。現在の霞ヶ浦では、タンカイと呼ばれるカラスガイやイケチョウガイなどの二枚貝類は減少が著しく、諸調査によっても生息が極めて希薄となった地点も多い。イシガイ、マツカサガイなどイシガイ類が辛うじて流入河川や水通しのよい場所を中心に見られる程度である。原因は富栄養化によって生息するプランクトンが変化し、貝類の餌がなくなってしまったことや微生物による大量の有機物の分解によって酸素が消費され、湖底付近が酸欠になったことなどが考えられている。シジミについては、マシジミに代わり、タイワンシジミとおぼしきもの、中国産のシジミに酷似した淡水シジミなどが増加している（水産会社によって積極的に移入されているという見方がある）。また、一部では通称「ジャンボタニシ」といわれるスクミリンゴガイが発見されている。
霞ヶ浦周辺はため池や水田などの水辺が豊富にあったために、かつては無数のトンボが空を埋め尽くしていたという。このほかにも、周辺の水辺はゲンゴロウやマツモムシといった水棲昆虫が多く生息していたと考えられている。現在では、こうした昆虫類はだいぶ数を減らしているが、小野川周辺のヨシ原や、妙岐ノ鼻、潮来市の水郷トンボ公園などではトンボや小型の水棲昆虫がまだ多く生息している。
もともと霞ヶ浦は遠浅でプランクトンが増えやすく、海との交流もあり、生育環境や糧となる湖岸植生帯が発達していたことなどから、生産性が高く魚類や甲殻類の豊富な湖であった。こうした背景から、ワカサギやシラウオ、コイなどの魚が名産品としてもてはやされ、人間の暮らしや文化に深く結びついてきた。しかし、著しく水質が汚染され、そして近年は外来種が侵入した事により、ワカサギやシラウオ、ハゼ類（ゴロ）やテナガエビなどの漁獲は近年総じて尻すぼみになっており、かつては普通にいて、食卓もにぎわしていたはずのキンブナが姿を消すのではないかと懸念されている。また、スズキやウナギのように海との交流の産物だった魚も往年の面影はなく、現状は決して良好とはいえない。しかし2019年最近でも阿見付近でスズキが釣れた報告があり、潮位や風の影響により利根川下流から汽水が逆流している可能性が高い。タナゴ類は、産卵母貝となる二枚貝類の減少などにより、タナゴ、アカヒレタビラ、ヤリタナゴはいずれも減少が著しく、かつて多産したゼニタナゴは、ついに本水系では絶滅したものと考えられている。霞ヶ浦の淡水魚類相の風物詩でもあるタナゴ類は、今や外来種であるタイリクバラタナゴ、オオタナゴに席巻された感が強い。特に2000年頃から姿が目立ち始めたオオタナゴは近年タナゴ類の優占種ともいえる状況にまで異常繁殖し、北浦・西浦の全水域で定着している。琵琶湖からの国内移入種と思われるカネヒラは近年減少傾向である。
鳥類を特徴付ける大きな要素として霞ヶ浦自体が長い湖岸延長により多くの「水辺」を提供し、葦原などの湖岸植生帯が発達していることが挙げられる。サギ・ガン・カモ・クイナ・シギ・チドリなどの多くの鳥類がそれぞれ生息したり、渡りの途中に飛来したり、繁殖したりしている。現在の湖岸では、葦原などがだいぶ失われてしまってはいるが、それでも夏になるとオオヨシキリがさえずり、ツバメなどのねぐら入りが見ることが出来る。そして妙岐ノ鼻のように広い葦原が残っているところではサンカノゴイなどの希少なサギ類やオオセッカなどの他にあまり繁殖地が無い鳥やチュウヒといった猛禽類などの数少ない生息地になっている。また、オオヒシクイの飛来する江戸崎は関東地方に残されたガンの定期飛来地として貴重な存在といえる。
最高神祇官（さいこうじんぎかん）またはポンティフェクス・マクシムス（ラテン語: Pontifex Maximus）は、古代ローマの国家の神官職のひとつである。通常は神官団長、大神官、神官長、大神祇官長などと訳され、公の場で最高神祇官なる表記が使われることは希である。共和政ローマにおいてはすべての神官の長として神官団 (Pontifices) を監督した。閏月を決定する権限を持つ。任期は終身で、他の官職との兼任も可能。ローマには伝統的なローマ神については専任の神官が存在せず、その職は高い権威と人格を認められた一部のエリートが市民集会の投票で選出された。宗教的権威を統治機構の権威の源泉としていたローマでは、政務官として選ばれるに足る人物でなければ神官職に選ばれることはなく、また神官職の権威は、選ばれた者に政務官としてふさわしいとの権威を与えた。こうした神官職の頂点に立つポンティフェクス・マクシムスの権威は、他の官職と比べ何の権限も持たない割には非常に絶大で、神官団の中で最も権威と実績を持った高齢者が就任することが通常であった。ポンティフェクス・マクシムスにはフォルム・ロマヌムにあった公邸（レギア）が与えられた。ローマ帝政の基礎を築いたガイウス・ユリウス・カエサルは自らの政治的成功のためにポンティフェクス・マクシムスの権威を利用しようと目論み、大量の借金で行なった買収工作により異例の若さでこの神職に就任している。こののちユリウス・カエサルの権威を継承したアウグストゥスもレピドゥスの死後ポンティフェクス・マクシムスに就任し、その神聖な権威を元首政の確立に利用した。アウグストゥス以降もローマ帝国においてはローマ皇帝が兼ねるのを常としたが、3世紀以降の皇帝はポンティフェクス・マクシムスへの就任を拒むことが多くなり、その地位をローマ教皇に譲った。ポンティフェクス・マクシムスは、現在もローマ教皇の称号の一つである。