「男気」、「メンチビーム」、「啖呵合戦」など、基本的なシステムは前作『喧嘩番長』を継承している。本作から、RPGなどの経験値と同様のレベルアップシステムとして「漢の器」という新システムが採用された。漢の器を上げることで喧嘩魂というポイントを取得し、そのポイントをステータスに振り分けることでステータスアップができる。また、習得できる喧嘩技は320種類を越え、プレイヤー好みのカスタマイズが可能となっている。ストーリーは大まかに分けて「極東連合編」と「東関狂走連合編」に分かれており、序盤の行動によってどちらに分岐するかが決定される。ストーリー自体もRPG的要素が強い内容となっており、プレイヤーの行動や選択肢などでエンディングも様々に分岐する。その他、隠し要素なども用意されている。「東関狂走連合編」に分岐すると体力ゲージなどのデザインや戦闘BGMが変わる他、男気が上下する条件が変更される。バイクも搭乗可能になった。前作では各地域に区分けされていたマップが一つのフィールドに統合され、シームレス化を実現。その結果、マップの広さは前作の約5倍と拡大し、要望が強かったバイクの使用が可能となったことでプレイヤーの行動範囲も広がっている。最初から乗れるというわけではなく、鮫島免許センターという免許センターに行き、免許を取得しないとバイクには乗れない。免許取得のためには金が必要。種類は自転車、アメリカン、レプリカ、配達用原付などがある。乗車中は蹴り（バイクに乗りながら）、ウィリー、ドリフト（アクセルターン）、二ケツ（二人乗り）、気合い走りなどもできる。しかし蹴りや、人を轢くなどすると警察に追われ、バイクも壊れる。ガソリンスタンドはマップ上に複数存在し、1件1件値段が違う。バイクショップも数件マップ上にある。そこでバイクからパーツ、ヘルメットが買える。買ったものは、家のガレージで確認・変更することができる。改造しすぎるとシャバくなって警察も黙ってはいない。バイクは奪うこともできるがそれも犯罪となる。交通ルールもリアルに再現されており、ルールに反した運転をすればすぐに警察に追われたり男気が下がってしまう為、自由かつ無茶な運転が許されないのも特徴である。例としては、ヘルメット着用義務違反、速度超過、通行禁止違反、消音機不備、整備不良、信号無視などがある。そういった違反も画面中央の下にアイコン表示されている。また、今作から時間経過の概念が登場した。ゲーム中はイベント中や建物の中に入っている時を除いて時間が流れており、時間帯によってイベントの発生状態や街を歩くNPCが変化したりする。ストーリーも基本的に「○日後に○○のイベントが起こる」といった具合に時間を跨いでイベントが進行する形となる。24時間通して行動が可能だが、深夜にもなれば店や駅も閉まるので行動に制限が掛かる。自宅で寝ると時間を進める事が出来、寝た時間に応じて体力が回復する。
2月10日、バヤは3回目の哨戒で南シナ海に向かった。3月4日、バヤは北緯12度52分 東経109度30分のインドシナ半島バレラ岬沖で輸送船団を発見した。これは南号作戦参加のヒ98船団で、タンカー2隻と海防艦4隻で構成されていた。バヤはタンカー2隻を一挙に撃沈すべく船団右後方から魚雷を発射。2本は良栄丸（日東汽船、10,016トン）に向かっていったが回避され、陸岸に命中して爆発。残り4本はぱれんばん丸（三菱汽船、5,236トン）の機関部と船体中央部に全て命中、ぱれんばん丸は大爆発を起こし炎上し、船尾が海底に着いた状態で轟沈した。バヤはこの後も同海域で哨戒を続け、3月21日には 北緯11度18分 東経108度57分の地点で南号作戦参加のヒ88i 船団を発見。折から飛来したB-25の大群と呼応して船団を攻撃し、バヤは特設駆潜艇開南丸（台湾総督府、524トン）を撃沈した。この時、護衛の第9号駆潜艇が反撃し、爆雷を21発投下してバヤを深度81メートルの位置まで吹き飛ばした。バヤのジャイロコンパスは狂い始め各種バルブが緩んだが、致命傷を受けずに済んだ。3月27日、バヤは46日間の行動を終えてスービック湾に帰投した。4月20日、バヤは4回目の哨戒で南シナ海、タイランド湾およびジャワ海方面に向かった。5月2日、バヤはタイランド湾にタンカー1隻と護衛艦3隻で構成された船団を発見したことを、付近にいた僚艦ラガート (USS Lagarto, SS-371) に伝えた。バヤはラガートともに船団を攻撃したが、護衛艦の反撃で撃退された。バヤとラガートは会合し、翌5月3日の日の出頃に改めて攻撃することとした上で、バヤが船団から距離を置いて追跡し、ラガートが潜航しながら船団の懐に入り込む戦法が採用された。バヤは5月3日から4日にかけて何度も船団に接近して攻撃を仕掛けたが、反撃のために一指も触ることが出来なかった。おまけに、ラガートとは3日の交信を最後に音信不通となっており、後日ラガートは喪失を宣告された。バヤは南下して獲物を求め、5月13日に南緯06度31分 東経111度19分の地点で小船団を攻撃し、タンカー洋制丸（拿捕船、元オランダ船ヨセイット/飯野海運委託、2,594トン）を撃沈した。5月18日、バヤは28日間の行動を終えてフリーマントルに帰投した。6月14日、バヤは5回目の哨戒でジャワ海および南シナ海方面に向かった。7月16日、バヤは南緯05度48分 東経115度53分の地点で、この時点でこの方面に残された数少ない日本艦艇である水雷艇雁を撃沈した。7月31日、バヤは41日間の行動を終えてスービック湾に帰投した。