9月1日、ガジョンは9回目の哨戒でマリアナ諸島方面に向かった。9月16日、グアムアプラ港口を哨戒中のガジョンは、発見した赤城丸（日本郵船、7,366トン）級貨物船に対して3度にわたって魚雷を4本ずつ発射するが、命中しなかった。ロタ島沖に移動した翌9月17日にも、小型哨戒艇と浮上砲戦を交える。9月21日からはサイパン島周辺で哨戒を続け、サイパン島と日本本土との交通路を警戒した。9月27日夜、ガジョンは北緯15度12分 東経145度40分のサイパン島ガラパン沖で赤城丸級貨物船に対して魚雷を4本発射したが、回避される。翌9月28日14時22分、ガジョンは北緯15度17分 東経145度39分のサイパン島北方で3921船団を発見し、貨客船泰安丸（日本郵船、3,158トン）に向けて魚雷を4本発射、うち3本が命中してこれを撃沈した。翌9月29日には北緯15度37分 東経145度52分の地点で4926船団を発見して魚雷を4本発射し、特設運送艦山東丸（大連汽船、3,266トン）を撃破した。ガジョンはこの哨戒で魚雷を早く使い切った。10月6日、ガジョンは37日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投した。10月31日、ガジョンは10回目の哨戒で東シナ海に向かった。11月13日、北緯28度29分 東経129度29分の奄美大島北西海域で輸送船を発見し、最初の攻撃で魚雷を4本発射するも命中しなかった。二度目の攻撃で再び魚雷を4本発射し、これも命中しなかった。11月23日3時30分、ガジョンは北緯28度38分 東経122度05分の舟山群島小魚山島近海で南下するヒ21船団を発見。まず海防艦若宮に向けて魚雷を6本発射。1本が命中し若宮は2つに折れて轟沈。その様子は、「真珠湾攻撃で爆発を起こしたショー (USS Shaw, DD-373) のようであった」と記録されている。若宮を屠ったガジョンは、間髪入れず貨客船熱河丸（大阪商船、6,784トン）に魚雷を2本命中させ、さらにタンカー一洋丸（浅野物産、5,106トン）と海軍徴傭応急タンカー五洋丸（五洋商船、8,469トン）にも損傷を与えた。5時20分ごろに入り、熱河丸に対して魚雷を3本発射し、2本を命中させて撃沈した。11月27日には、北緯29度32分 東経140度28分の地点で2隻の輸送船と2隻の駆潜艇からなる輸送船団を発見し、浮上砲戦を行った。12月11日、ガジョンは41日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。
1967年。ザイールのモターバ川流域で内戦に参加していた傭兵部隊に原因不明の出血熱が流行し、多数の死者を出した。調査の為に現地を訪れたアメリカ陸軍は想像以上の感染に驚き、感染者の血液を採取した後、隠蔽のため部隊のキャンプを燃料気化爆弾の投下で壊滅させる。時は流れ、モターバ川流域の小さな村で未知のウイルスによる出血熱が発生する。兵士を伝染病等から守る“医学防衛”を任務とするアメリカ陸軍所属の研究機関「アメリカ陸軍感染症医学研究所（United States Army Medical Research Institute of Infectious Diseases：USAMRIID（ユーサムリッド））」のLEVEL4（最高警戒度）研究チームを率いるサム・ダニエルズ軍医大佐がビリー・フォード准将の命令で現地に赴くも時既に遅く、村の医師と村から離れて暮らしていた祈祷師を除いて村は全滅状態となっていた。空気感染は無いとしながらも、ダニエルズはウイルスの致死率の高さと感染者を死に至らしめるスピードの早さに危機感を抱き、軍上層部と「アメリカ疾病予防管理センター(The Centers for Disease Control and Prevention：CDC)」に勤務する元妻のロビー・キーオに警戒通達の発令を要請するが、双方から却下されてしまう。喧嘩別れしたロビーはともかく、軍上層部の反応にダニエルズは不審を抱く。そんな折、アフリカから1匹のサルがアメリカに密輸入された。密売人のジンボはカリフォルニア州沿岸の田舎町シーダー・クリークのペットショップに売りつけようとするが失敗し、持て余したサルを森に放す。その後、サルを輸送している最中に飲んでいた水を顔にかけられたジンボと、彼とキスをしたジンボの恋人アリス、サルに腕を引っかかれたペットショップの店長ルディーらが次々とモターバ熱を発症し死亡する。更に、不注意でルディーの血液を浴びた血液検査技師ヘンリーが恋人と町の映画館へ行ったのを機に、飛沫感染によって「アウトブレイク（爆発的な感染）」が始まってしまう。上層部のドナルド・マクリントック少将とフォード准将は、この伝染病が以前モターバ川流域で派生した伝染病と同じであることに気づく。かつて患者を救うどころか抹殺して持ち帰った血液は、マクリントックの指示によって、医師でもあるフォードも絡んで密かに細菌兵器として保管されており、血清も作られていた。正義感の強いダニエルズに細菌兵器の存在を知られる事を恐れて彼を今回の伝染病対策から外したフォード達だが、人命優先のダニエルズは命令を無視して密かに部下と共にシーダー・クリークへ飛び、ロビー率いるCDCのチームと協力して治療法の研究と感染ルートの特定を進める。その最中、宿主のサルが食べていたバナナを盗み食いして感染した別のサルが、軍から運び込まれた医薬品によって回復する。ダニエルズは既に血清が作られていたことと細菌兵器にされたモターバ・ウイルスの存在に気がつくが、空気感染するウイルスに変異した伝染病には血清が効かなかった。更に調査を進めると、空気感染しないアフリカン・モターバも変異して空気感染するようになったヤンキー・モターバも、共にアメリカに持ち込まれた宿主が保菌しているという結論に行きつく。その矢先、ダニエルズの友人でもあるケイシー・シュラー少佐が不慮の事故で感染・死亡して、ロビーも彼から採血する際に偶然注射針で指を刺し感染してしまう。彼女が発症する前に血清を完成させようと奔走するダニエルズは、部下のソルト少佐と2人で陸軍のヘリを盗み、感染源の調査を続ける。一方、マクリントックは細菌兵器の存在を隠し通すために策謀を巡らせ、モターバ川流域で傭兵部隊のキャンプを焼き払った時のように、燃料気化爆弾を搭載した爆撃機を差し向ける。宿主であるサルが森に逃がされた事も突き止めたダニエルズらは、軍からの追っ手を振り切りつつサルを捕獲、アフリカン・モターバ用の血清をベースとして、ヤンキー・モターバ用の血清を合成する。ロビーへの臨床試験も成功し、治療の目処が立ったが、爆撃機はもう目前まで迫っていた。ダニエルズとソルトはヘリで爆撃機の進路を阻みつつ、無線通信で爆撃機の操縦士に作戦中止を懇願するも、最終的には爆弾が投下される。あわや住民達も新しい血清も灰燼に帰するかに思われたが、爆弾はシーダー・クリークから大きく逸れ、沖合で炸裂する。操縦士達は歪んだ軍命に従うよりも人命を救うことを選び、風で流されたように見せかけて狙いを外したのだ。そして、フォードも人間として行動することを選択しマクリントックを逮捕、ダニエルズは快方に向かうロビーと共に新たな人生を踏み出すのであった。