12番のりばの博多方右手には、引き上げ線の構造物から分岐する形で鹿児島本線へのアプローチ線が建設されており、12番のりばの反対のホームに入線できる構造になっている。これはかつて当駅 - 博多駅間が開業していなかった頃、リレーつばめが前述のアプローチ線を介して入線し、当時の「つばめ」と対面方式で接続を取っていた。この当時、アプローチ線から入線できるホームは11番のりばとされていた。構造物そのものは複線規格で建設されているが、上り線部分にはかつて新幹線下り本線から分岐する形で標準軌の線路が、下り線相当部分には鹿児島本線上り線に接続する狭軌の線路が敷設されていた経緯があり（現在は撤去されている）、アプローチ線としては単線である。このアプローチ線は旧11番のりばに入った先に引上線2線を持っていた。九州新幹線工事誌によると、この設備は保線用に建設したものを、部分開業時に暫定的に営業用として使用していたもので、博多 - 新八代間が開業した後は予定通り保線専用となっている。従って、このアプローチ線も保線基地から先は新幹線特例法の対象となる。リレーつばめが発着していた旧11番のりばを下り待避線とし、上り線にも待避線を新設して島式2面4線に改装する計画がある。九州新幹線西九州ルートで導入予定のフリーゲージトレインの走行試験のため、新幹線線路と在来線の線路の間で軌間変更を行う軌間変換装置が設置される予定である。このアプローチ線・在来線対面接続ホームは前述の理由のため、専ら「リレーつばめ」号に充当された787系が入線していたが、九州新幹線部分開業の際の試乗会の際、試乗会アクセス列車として近郊系電車の811系と813系が連結して入線している実績がある。
九州新幹線の部分開業当時、新幹線は当駅の南側で上下線が合流し、全ての列車が12番のりば（全線開業の際もナンバリングは変更されていない）に入線、特急「リレーつばめ」は現在保守線となっている12番のりばの向かい側の乗り場を使用して前述の対面接続を行っていた。この関係で当時は新水俣駅方に上下線を合流・分岐させるためのY字型分岐器が設置されていた。2011年3月12日の九州新幹線全線開業により、起点駅だった当駅は九州新幹線の途中駅となるため、新たに上り本線として現在の11番のりばの使用を開始、全ての列車が発着していた当駅にも通過列車が設定されることとなった。現在の11番のりばは全線開業前まで営業列車は使用しておらず、新水俣駅方では線路も繋がっていなかった。このため、新たに11番のりばへ続く分岐が前述のY字型分岐器に追加される形で設置された。しかし、新幹線と「リレーつばめ」の対面接続は全線開業の前日最終列車まで行われていたため改修工事などは行われず、Y字型分岐器の遺構が残ったまま全線開業を迎えた。これにより、全線開業直後は通過列車においても速度制限が行われ、全線開業前のY字型分岐器を通過する制限速度まで速度を落として当駅を通過していた。その後、不要となったこれらの分岐は2011年中にすべて撤去され、通過列車の速度制限が解除された。2012年3月17日のダイヤ改正より速度制限解除に伴うダイヤの補正が行われ、通過列車の高速通過を開始した。これによって、当駅を通過する列車の所要時間がおよそ2分短縮された。
新幹線・在来線ともに同一事業者でありながらそれぞれ別個の駅舎が設置され、近接しているものの両線の乗換改札口は設置されていない。新幹線駅は直営駅で、みどりの窓口および自動券売機、自動改札機が設置されている。ホームは相対式ホーム2面2線を有する高架駅である。在来線駅はJR九州サービスサポートによる業務委託駅であり、相対式ホーム2面2線を有する地上駅で橋上駅舎を備える。鹿児島方、博多方ともに渡り線があるほか、博多方には肥薩おれんじ鉄道から乗り入れる車両のための折り返し用の留置線（引き上げ線）がある。また、肥薩線（朝の当駅止まり折り返し回送列車1本）、おれんじ鉄道の一部の列車（昼1本、夜2本の普通列車出水行きと夜の当駅止まりのおれんじ食堂折り返し回送列車1本）は上り熊本方面ホームから鹿児島方の渡り線を使用してそのまま鹿児島方面に折り返す。2012年12月1日よりICカード「SUGOCA」の供用を開始しており、ICカード専用簡易改札機を設置している。自動券売機も設置されている。在来線ホームの高さは電車用となっているが、肥薩線からの乗り入れ列車は気動車であるため、通常とは逆にホームよりも列車の乗降口（ステップ）の方が低くなる。そのため、乗降客に注意を促す看板が構内に設けられている。
音楽の歴史には、ある神話が永く存在した。それは『ナブッコ』第3幕のコーラス曲「行け、我が想いよ (Va, pensiero)」が、オーストリアが支配力を及ぼしたイタリア国土に含まれていたミラノを歌ったものという話であり、観客は追放される奴隷の悲嘆に触れて国家主義的熱狂にかられ、当時の政府から厳しく禁止されていたアンコールを求め、このような行動は非常に意味深いものだったという。「行け、我が想いよ」は第2のイタリア国歌とまで言われる。しかし近年の研究はその立場を取っていない。アンコールは事実としても、これは「行け、我が想いよ」ではなく、ヘブライ人奴隷が同胞の救いを神に感謝し歌う「賛美歌 (Immenso Jehova)」 を求めたとしている。このような新しい観点が提示され、ヴェルディをイタリア統一運動の中で音楽を通して先導したという見方は強調されなくなった。その一方で、リハーサルの時に劇場の労働者たちは「行け、我が想いよ」が流れるとその手を止めて、音楽が終わるとともに拍手喝采した。その頃は、ピウス9世が政治犯釈放の恩赦を下したことから、『エルナーニ』のコーラス部に登場する人物の名が「カルロ (Carlo)」から「ピオ (Pio)」に変更されたことに関連して、1846年夏に始まった「ヴェルディの音楽が、イタリアの国家主義的な政治活動と連動したと確認される事象」の拡大期にあった。後年、ヴェルディは「国民の父」と呼ばれた。しかしこれは、彼のオペラが国威を発揚させたためではなく、キリスト教の倫理や理性では御せないイタリア人の情を表現したためと解釈される。ヴェルディは1861年に国会議員となるが、これはカヴールの要請によるもので、文化行政に取り組んだ時期もあったが、カヴールが亡くなると興味を失った。1874年には上院議員となるも、政治に関わることはなかった。