1990年9月30日の越中詩郎とのエキシビション・マッチで復帰。リングネームを「藤波辰巳」から「藤波辰爾」へ改名。この頃、プロレス界での部屋別制度を提唱、「ドラゴンボンバーズ」を結成（メンバーは越中、獣神サンダー・ライガー、飯塚孝之、ブラック・キャット、南海龍、ワイリー・テイラー）したが、軌道に乗ることはなかった。同年12月26日、浜松アリーナで長州を破りIWGPヘビー級王者になった。翌1991年3月21日、東京ドームでリック・フレアーをグラウンド・コブラで破りNWA世界ヘビー級王者となったが、WCW側からのクレームもあり正式なNWA世界王者とカウントされるかどうかは議論が分かれていた。ただしNWAの公式サイトには、歴代チャンピオンとして藤波の名前がある。また、後にWWE殿堂入りした際、WWEから「元NWA世界ヘビー級王者」として紹介され、WCWを買収したWWEから王座戴冠の事実を追認される形になった。本人はフレアー戦でベルトを奪取していなければWWE殿堂入りは無かったかもしれないと後に2017年のインタビューで振り返っている。1992年7月11日、オーストリアのグラーツにてボブ・オートン・ジュニアを破り、オットー・ワンツ主宰のキャッチ・レスリング・アソシエーションが認定するCWAインターコンチネンタル・ヘビー級王座を獲得。1993年8月7日、両国国技館で馳浩を破りG1 CLIMAX優勝。その年1月から参戦し、新日勢を連破していた天龍源一郎と9月26日大阪城ホールで初対決。セコンドの馳の介入にクレームを付ける天龍の虚をついてグラウンド・コブラで勝利した。1994年4月4日、広島グリーンアリーナで橋本真也のIWGPヘビー級王座に挑戦。橋本の爆殺キックで蹴りまくられながらも逆転のグラウンド・コブラで王座を奪取。1995年以降、闘魂三銃士の台頭もあり、藤波は徐々に第一戦から退くようになる。1995年10月27日、クラシックなプロ・レスリングを復活させるため独立興行「無我」を旗揚げ。イギリスのビリー・ライレージムと提携。1998年4月4日の猪木引退・東京ドーム興行で佐々木健介を数年ぶりに見せるジャーマン・スープレックスで破りIWGPヘビー級王座を獲得。師の引退に花を添えた。
1989年6月22日、ビッグバン・ベイダーとのシングルマッチで腰を負傷。椎間板ヘルニアで1年3か月間に及ぶ長期欠場となった。その間、帝拳ジムでボクシングの練習にも取り組んだ。当時のプロレス界では興業ポスターに掲載されている選手は欠場が許されず、もし欠場したら会社側がプロモーターからの値引きに応じなければならなかったため、これが原因で腰の負傷が悪化したと本人は振り返っている。また、飛龍革命で散々揉めた猪木が自分の都合で選挙活動に藤波を借り出したことなども、本人は後に苦笑いしながら振り返っている。ヘルニアは酷い時になるとほぼ寝たきりになるほど悪化。正確には、立った状態から寝床に付く行為もできないほど痛みが甚だしかったため、ソファーの一番柔らかいところにそっと腰を掛けて夜はそこで毛布を寝ていたという。痛みで意識がもうろうとしていた時が睡眠時間であったというほど睡眠にも障害が出るほどであり、数m先のトイレに行くのにも夫人の力を借りざるを得なかった。その状態が半年ほど続いたため、このときについて本人は自伝に「自殺を考えるほどであった」と記述している。その痛みは、最終的に筋肉を鍛え直すリハビリで克服しており、それを行ってから2ヶ月で復活したことについては本人も「本当に信じられない」と驚いていた。
1988年4月22日、沖縄県立奥武山公園体育館で、いつまでもメインを張り続け後進に譲ろうとしない猪木に対して、自らの前髪を切って現状改革を訴える。この行動は前年に天龍源一郎が全日本プロレスで起こした天龍革命に対して「飛龍革命」と呼ばれたが、反権力的な長州の維新、天龍の革命と比べて体制側に属する藤波の革命についてのファンの支持はもう一つで、前記2者に比べるとプロレス史には（ネタとしてはともかく）残らず、尻すぼみの結果となった。5月8日、有明コロシアムでIWGPヘビー級王座をビッグバン・ベイダーとの王座決定戦の末に獲得。8月8日には、猪木が挑戦者として藤波に挑む形で、横浜文化体育館でIWGPヘビー級の防衛戦を行い、60分フルタイムの名勝負の末引き分ける。試合後、猪木が藤波の腰にIWGPのベルトを巻いた。以後、新日本プロレスのエースとなり、10月15日にアメリカのオレゴン州ポートランドにてザ・グラップラーからNWAパシフィック・ノースウエスト・ヘビー級王座を、12月9日には後楽園ホールでケリー・フォン・エリックからWCWA世界ヘビー級王座を奪取し、日米に渡る三冠王となった（後に両王座は返上）。これと同時期に、IWGPヘビー級のベルトを携えてアメリカなどを転戦、海外でもIWGPヘビー級王座の防衛戦を行っている（当時、猪木が提唱していた「世界戦略」に対して、「藤波流世界戦略」とも呼ばれた）。
2005年に現代ユニコーンズの指名を受けて入団した。デビューした最初の打席は呉昇桓の前に三振であり、この年の出場はこの一打席だけだった。2007年に兵役のため尚武と契約し入団した。しかし彼が軍服務をしている最中に現代ユニコーンズは解散し、新球団のソウル・ヒーローズが誕生した。2008年に彼が除隊された後はソウル・ヒーローズに所属した。2009年以降は李崇勇、趙重槿、張英錫のバックアップとなる控えファーストでの出場を続けた。そんな中、2011年にLGツインズから強打の一塁手である朴炳鎬がトレードで移籍してくると、呉在一は活躍の場を失い斗山ベアーズに李性烈と交換でトレードされた。新天地で迎えた2012年7月9日、トレード後の翌日にいきなり一軍登録され、同日のハンファ・イーグルス戦に指名打者で先発出場した。この日は安打こそなかったものの犠牲フライで打点1を記録した。同年はポストシーズンに出場し、翌年は韓国シリーズにも出場した。2015年9月12日のロッテ・ジャイアンツ戦ではプロ入り初の満塁ホームランを朴世雄から放った。2016年は打率3割台、120安打、27本塁打、92打点とキャリアハイの成績を記録した。 2016シーズン後には1塁手ゴールデングラブ賞の候補に上がったが、NCダイノスのエリック・テイムズに敗れて受賞はできなかった。2017年のプレーオフでは、NCダイノス相手に4打席連続本塁打および9打点という驚異的な偉業を達成し、プレーオフMVPを受賞した。ポストシーズンでの4打席連続本塁打は彼が初めてであり打点最高記録も更新した。2019年7月7日のSKワイバーンズ戦では、12回裏に河載勲からサヨナラホームランを放った。チームがこの試合に勝利したことで、斗山監督の金太亨は監督通算400勝を達成した。同年の韓国シリーズ1次戦では9回裏1アウト満塁で打席入りし、古巣であるキウム（ネクセンから改称）のリリーフエースで、彼にとって現代時代からの同僚でもあった呉周原からセンターにさよならタイムリーヒットを放った。韓国シリーズでのさよなら勝利は通算9回目である。