誘導加熱を基本原理としているため当然であるが、電磁波（主に商用周波数帯および数十kHz帯の交番磁界）が発生する。一部の研究者などによる測定では、利用時に周辺にて電磁波を測定すると、国際的な電磁波の制限のガイドラインを超えることがあるという指摘がある。今のところIH程度の電磁波では健康への安全性・危険性は証明されていないが、一部の消費者団体などが安全性を問題視し始めており、その主張を扱った書籍も出版されている。それに対し、電力会社、メーカーや日本電機工業会(JEMA)では、安全である旨の主張を行っている。また、電気毛布やホットカーペット、携帯電話のように同等・あるいはそれ以上の電磁波を発生されている可能性があるにもかかわらず、長時間継続して人体に密着させて使用するものと異なり、人体に密着させるものではなく、かつ一部の商用利用の利用者以外は長時間継続的に使用するものではないため、危険性をそれほど気にする必要はないとの意見もある。
電磁調理器は交番磁界を生成しているため、電磁波を発生している。鉄の鍋を使用しているときより、オールメタルタイプでアルミや銅の鍋を使用しているときの方が、交番磁界の周波数は高い。一部ペースメーカー、植え込み型除細動器(ICD)の誤作動や、腕・手への金属装着部への加熱の危険性が指摘されているが、具体的な立証はされていない。なお、装着者に対しては、IH炊飯器の保温中の状態を含めて、作動中は植え込み部位に近づけない、身体に異常を生じた場合は機器から離れ、回復しない場合は医師の診察を受けるよう、注意喚起がなされている。なお、電磁波環境は、X線などの電離放射線以外は特殊健康診断の対象ではない。
燃焼式は火災や地震などの際、燃料漏洩による被害拡大や二次災害が予測される。これに対し電磁調理器や電気抵抗式ヒーターが使用する商用電源は有事の際には直ちに遮断することができ、災害発生時の安全性については優位と言える。反面、プロパンガス用のガスコンロが災害発生後、安全が確認され次第直ちに復旧が可能であるのに対して、電磁調理器はインフラストラクチャー破壊によって商用電力が遮断されると、電圧等が合う発電機でもない限り使用することができず、給電設備の復旧を待たなければならない。停電は豪雪や台風などによっても発生するため、プロパンガス地域では停電を嫌ってガステーブルを使用する家庭もある。
屋内における加熱器具としての電磁調理器は、電気抵抗式ヒーターと同様に燃焼ガスを生じないため換気が最小限に押さえられる利点がある。更に、電磁調理器では廃熱が少ないため、冷房のための空調エネルギー消費を削減することができる。ガスコンロの場合は、原理的に屋内使用時には換気が必要となる。ガスコンロでは、燃焼により室内の酸素を消費すること、燃焼により水蒸気と二酸化炭素と窒素酸化物と付臭剤に由来する硫黄酸化物やPM2.5に由来する臭気や不快感が発生すること、そして、不完全燃焼を防止するためである。そして、換気を行なうと、屋内空調の冷気や暖気も排出されるため、換気により厨房または建物のエネルギー消費が増大しかねない。ただし、電磁調理器であっても、食材が発したもの（水蒸気・油煙など）は排気が必要となる。また、電磁調理器は油分や水蒸気が広範囲に拡散して、周囲に油が付着しやすい場合がある。これは、燃焼ガスが生じない電磁調理器では、調理時の上昇気流が弱く、上昇気流を利用した換気がしにくい事と関係している。その場合、排気ファンの能力を高める対策が必要となることがある。もちろん、その能力を利用すれば、換気により排気（室外へ出す）するには、給気（または吸気 室内に入れる）が必要となり、上記メリットが期待ほどとならないことがある。ちなみに、ガスコンロでは燃焼ガスのドラフト効果もあり、排気捕捉率が高く（排気と油分などが一緒になってすぐに換気扇まで昇っていく）周囲が汚れにくい。
上述したTTFLループの概日制御に加えて、Bmal1転写はBmal1のプロモータに含まれる、レチノイン酸関連オーファン受容体応答領域結合サイト(RORE)によっても制御される。CLOCK-BMAL1ヘテロ二量体は、Rev-ErbやROR遺伝子のプロモータ領域に存在するE-boxにも結合し、REV-ERBやRORタンパク質の転写翻訳を促進する。REV-ERBαやRORタンパク質は、セカンダリーフィードバックループを介し、競合してBmal1プロモータ内のREV-ERB/ROR応答領域に結合し、BMAL1発現を制御する。同じファミリー内の他の核受容体（NR1D2(Rev-erbβ);NR1F2(ROR-β);NR1F3(ROR-γ)）も、Bmal1転写活性に同じように作用する。複数のBMAL1の翻訳後修飾はCLOCK/BMAL1のフィードバックループを指示する。BMAL1はリン酸化によってユビキチン化、分解の標的となる。BMAL1のアセチル化はCRY1をリクルートし、CLOCK/BMAL1のトランス活性化を抑制する。 小型のSUMO3によるBMAL1のSUMO化は、核でのBMAL1のユビキチン化の合図となる。これによって、CLOCK/BMAL1ヘテロ二量体のトランス活性化が誘発される。 CLOCK/BMAL1のトランス活性 は、カゼインキナーゼ1εによるリン酸化によって亢進され、MAPKによるリン酸化によって抑制される。 CK2αによるリン酸化はBMAL1の細胞内局在を制御し、  GSK3Bによるリン酸化はBMAL1の安定性をコントロールし、リン酸化を誘発する。