1969年1月1日にマリエンローが、1969年7月1日にはヴェーヴァーが本市に合併した。ザウアーラント/パーダーボルン法に基づき、1975年1月1日にパーダーボルン市とシュロス・ノイハウス、エルゼン、ザンデ（いずれもアムト・シュロス・ノイハウス）、ダール（アムト・キルヒボルヒェン）、ベンハウゼン、ノイエンベーケン（ともにアムト・アルテンベーケン）が合併し、新たなパーダーボルン市が成立した。同時にアムトは廃止された。
1946年に教育大学が教育アカデミーとして設立された。この大学は、1972年にパーダーボルン専門大学、ヘクスター専門大学、メシェーデ専門大学、ゾースト専門大学とともに総合専門大学に統合された。同じ年にパーダーボルン大学が設立された。1964年からカロリング朝およびオットー朝の王宮の発掘が始まった。1965年に天然ガス網が整備された。836年(聖リーボリウスの聖骸がル・マンからパーダーボルンに移された年）からすでに成立してたル・マンとの姉妹都市協定が1967年、正式に締結された。1975年に司教区博物館が設けられた。2年後に大規模な1200年祭が開催された。この他にオットー朝の王宮の復元が始まった。ここには現在王宮博物館が入居している。1981年にはパーダーハレが建設された。冷戦の間、本市はイギリス軍第33戦車旅団（装甲旅団）の駐屯地となっていた。1994年にノイハウス城で第4回ノルトライン＝ヴェストファーレン州ガーデンショーが開催された。1996年に教皇ヨハネ・パウロ2世がこの街を訪れた。1999年には、司教区の記念式典、およびカール大帝と教皇レオ3世との会談1200年式典が開催された。2001年にパーダーボルン大学のキャンパスで約2万人を集めた最大の学園パーティーが開催された際には、MTVで中継が行われた。市は、2002年に都市施設局（旧 PESAG: パーダーボルン発電所および鉄道 AG）を E.ON に売却した。2007年の「ノルトライン＝ヴェストファーレンの日」は、パーダーボルンで開催された。これが、デュッセルドルフ以外で開催された最初の機会であった。
1254年にパーダーボルンはライン都市同盟に加盟した。その1年後に司教は、その居所を一時的にノイハウスに移した。市庁舎に関する最初の文献記録は1279年に見られる。パーダーボルン司教オットー・フォン・リートベルクと市の聖堂参事会は、rathus sive pretorium から支払われる年 3マルクの税と引き替えにパンとビールに関する裁判権を委譲したというものである。1289年に大火が全市を荒廃させた。パーダーボルンは1295年にハンザ同盟の加盟者として文献に記録されている。南北（ヴィア・レギア、ブレーメン – フランクフルト）と東西（ヘルヴェーク、アーヘン – ケーニヒスベルク）の2本の重要な交易路がここで交差していた。司教ベルンハルト5世は1327年に市議会の自由な選挙を保証した。1340年、またもや大火が起こった。バルドゥイン・フォン・シュタインフルトの治世（1341年 – 1361年）に流行したペストが市の人口を減少させた。1370年に司教領主はその居所を最終的にノイハウス城に移した。武力でパーダーボルン司教区を併合しようとしていたケルン選帝侯兼大司教は、1449年にパーダーボルンおよびヘッセン方伯と平和条約を締結した。この平和は 33年間維持された。パーダーボルンは司教領で略奪行為を繰り返していたヴァルデック伯オットーに対して1474年に出兵し、その1年後にヴァルデック伯とも平和条約を締結した。
ユーストン駅の寒々とした1960年代の建築様式はまったく評判が悪く、「忌まわしい」、「黒ずんだ灰色の水平の無」、「従来の印象的な建物に対する醜悪な冒涜」、「偉大なビクトリア終着駅が旅客に与える特別な時や冒険心」のまったくない 「安っぽい魅惑」の反映、そして「ロンドン中心部における最悪の終着駅、醜くい上に使いにくい」などと酷評されている。リチャード・モリソンはタイムズ紙で次のように語った：「60年代の寒々とした標準であったとしても、ユーストン駅はロンドンにおける最も醜悪なコンクリートの箱である。装飾がまったくなく、旅客に最大の苦悩をもたらす暗い影である。そのデザインは決して製図板から離れるべきものではなかった。人間性に敵意を抱き吸血鬼のように日光を嫌うアンドロイドの殺し屋によって薄汚れた紙袋の後ろに描かれた下手くそな走り書きという印象を与える。」駅には障害者の通行が難しい箇所がある。コンコースからプラットフォームに下りる傾斜路は補助する人のいない車椅子には傾斜がきつ過ぎるし、地下鉄、タクシー乗り場、駐車場はすべて建物の中にあるが、車椅子は段差があるため通行できない。タクシー乗り場と駐車場へは建物正面にある階段でつながっている。1962年の旧駅舎の取り壊しは「イギリスにおける第二次大戦後の最大の建築物破壊行為の1つ」と考えられ、最終的には保守党のハロルド・マクミラン（Harold Macmillan）首相によって認可されたと信じられている。建物の保存を求める試みは、著名な桂冠詩人ジョン・ベチェマン（John Betjeman）を巻き込みビクトリア社会の形成を導き現代的保存活動を先導した 。新しい列車庫の低い天井は、ロンドンの19世紀の列車庫の風通しのよい様式にまったく合わせようとしなかった。しかしこのユーストン駅での損失は、1966年に同じようにイギリス国鉄によって取り壊しが検討されたゴシック様式のセント・パンクラス駅を救うこととなった。ジョン・ベチェマンによる擁護と保存運動の再燃により同駅は生き残り、2007年には大陸への高速ルートの終着駅として再整備された。ユーストン駅における駅舎の取り壊しは、1964年のニューヨーク・ペンシルベニア駅の取り壊しとよく比較される。これらの破壊は両都市の保護主義者に歴史的建築物の保存の重要性を強く認識させることとなった。