利根川下流に位置し、現在「水郷」と呼ばれている地域は、江戸時代から舟運が盛んで、明治に入ってからも通運丸などの船が利根川を航行していた。横利根川にも多くの汽船、客船、農船が入ってきていた。1910年（明治43年）刊行の『利根川汽船航路案内』では、東京や銚子から横利根川を通って霞ヶ浦あるいは北浦に向かう経路が合わせて5航路記されている。1914年（大正3年）には年間61,915艘、1日平均169艘の船が横利根川を通過した。一方、この地域は度重なる洪水にも悩まされていた。通常、横利根川は霞ヶ浦の方向から利根川に向かって流れる川であるが、横利根川と利根川の合流地点では利根川の川幅が狭まっていることもあって、大雨で利根川の水位が上がると川の水は利根川から横利根川に逆流し、横利根川および霞ヶ浦周辺の町村は氾濫によって大きな被害を受けていた。
船で利根川と横利根川を行き来する際に、水位を調整する。例として、利根川から横利根川に向かう場合を考える。閘室の水位が利根川の水位と同じであれば、横利根川側の門扉が閉まり、利根川側の門扉が開いた状態にして船は閘室に入り、利根川側の門扉を閉める。利根川の水位が横利根川の水位より高い場合は大扉を使用し、利根川の水位の方が低い場合は小扉を使用する。門扉の開閉はラックバー（ラック棒）が使われている。閘門建造時は手動で門扉を開閉させていたが、現在は電動化されており、操作盤を使って開閉させている。なお、閘室の水位が利根川の水位と異なっている場合は、閘室に入る前に利根川側、横利根川側の両門扉を閉めてから、注水または排水して、閘室の水位と利根川の水位を等しくさせる必要がある。閘室へと入船後、利根川と横利根川の水位に差がある場合は、閘室内から排水、または閘室へと注水することによって水位が横利根川と等しくなるように調整する。ただし現在では両側の水位差はほとんど無い。水位調整後、横利根川側の門扉を開けて船は閘室から出る。
その後、小浜藩には武蔵川越藩10万石の藩主だった酒井忠勝が若狭・越前敦賀郡・近江・安房の合計11万3500石に加増転封されて小浜藩に入る。寛永13年（1636年）には下野国内においてさらに1万石を加増され、合計12万3500石を領する、譜代有数の大身大名となる（近畿では彦根藩井伊家に次ぐ）。忠勝は土井利勝らと並ぶ、江戸幕府初期の有名な老中・大老を歴任した人物である。将軍徳川家光より、忠勝は若狭一国の国持大名とされた。譜代大名で国持の格式となったのは忠勝ただ一人である。家光の忠勝に対する感謝の大きさが窺がわれる。しかし国持待遇は忠勝一代で終わった。忠勝の後、その家督は四男の酒井忠直が継ぎ、嫡男の酒井忠朝は廃嫡された。忠直は寛文8年（1668年）、兄の子である酒井忠国に1万石を分与し、安房勝山藩が成立する。天和2年（1682年）には忠直の次男に越前敦賀郡と近江高島郡のうちで1万石を分与して越前敦賀藩（後期敦賀藩、鞠山藩）が成立する。また同時に五男・酒井忠根にも3000石が分与され独立した旗本となったため、小浜藩の所領は縮小して10万3500石となった。藩政においては、初代藩主・忠勝は町奉行や代官を設置し、さらに税制の確立にも尽力して藩の支配体制を固めた。しかし享保20年（1735年）に小浜一帯を大洪水が襲って藩内に大被害をもたらした。しかもそれに連鎖するように飢饉も相次いで、領民は大いに苦しんだ。このため、小浜藩の領民は協力して藩主に窮状を訴えたが、聞き入られなかったため、明和7年（1770年）に百姓一揆が起こった。藩は何とか財政難打開を図ったが、天保7年（1836年）には藩に冷害による飢饉が襲い、遂に財政は火の車となった。第12代藩主・並びに第14代（最後）の藩主となった酒井忠義は、幕末期の京都所司代として有名な人物である。忠義は井伊直弼に協力して安政の大獄を積極的に京都で推し進め、和宮降嫁や公武合体、武田耕雲斎率いる天狗党の乱鎮圧などで活躍した。慶応4年（1868年）の戊辰戦争で、酒井忠氏は幕府側に与して新政府軍と戦ったが、敗れて降伏した。その後、小浜藩は新政府より北陸道鎮撫使の先鋒を命じられ、奥羽まで転戦した。明治2年（1869年）の版籍奉還で酒井忠禄（忠義の再任後の名前）は小浜藩知事となり、明治3年（1870年）9月に鞠山藩と合併し鞠山藩知事酒井忠経が小浜藩知事となる。明治4年（1871年）7月の廃藩置県で小浜県となる。同年11月には敦賀県となり、明治9年（1876年）に滋賀県に編入され、明治14年（1881年）には福井県に編入された。なお、『解体新書』で有名な蘭方医杉田玄白は、この小浜藩の藩医であった。杉田の名前を冠した杉田玄白記念公立小浜病院が、小浜城跡近くに設立されている。