多くの場合、別々の巣から来たアリ同士は敵対的である。しかしアリによっては融合コロニー性 (unicoloniality) と呼ばれる性質があり、別の巣の働きアリ同士が相互に行き来する。敵対しない複数の巣の集まりをスーパーコロニー (supercolony) と呼び、同じ種のアリであっても別々のスーパーコロニーの個体同士は敵対的な行動を示す。1つのスーパーコロニーの縄張りは必ずしも連続した領域とは限らない。2000年まで、日本の北海道石狩市の石狩浜にあるスーパーコロニーが世界最大とされていた。そのスーパーコロニーは、約2.7km²の領域に地下通路で相互に連結された45,000の巣があり、3億600万の働きアリと100万の女王アリが生息していると見積もられていた。2000年、南ヨーロッパでアルゼンチンアリのスーパーコロニーが多数発見された（研究が公表されたのは2002年）。地中海から大西洋にかけての6,004kmの海岸線の33カ所のアリの集団を調査したところ、30カ所は数百万の巣と数十億の働きアリで1つのスーパーコロニーを形成しており、残る3カ所は別のスーパーコロニーを形成して点在していた。この研究者らは、外来のアリであったためにボトルネック効果で遺伝的多様性が失われたためというだけでは、この規模の融合コロニー性を説明できないと主張している。2009年、日本、中国、カリフォルニア、ヨーロッパのアルゼンチンアリのスーパーコロニーが、実際には1つの「メガコロニー (megacolony)」に属している証拠が示された。2004年には、オーストラリアのメルボルン近郊で約100kmに渡るスーパーコロニーが発見されている。
三方を山に囲まれ一方は海岸から近いという厳しい地形と、冬季は季節風や吹雪が吹き付ける環境であることから、完成3年後には早くも塗装作業が必要となり、5年後からは腐食した部品の交換が始められた。常時保守（塗装による腐食防止と劣化した小部品の交換などの補修）が必要であったため1917年（大正6年）から1965年（昭和40年）まで「鉄橋守」「橋守」「橋守工」と呼称される工事工手が常駐して維持管理を行っていた。この作業は『繕いケレン』（つくろいケレン）と呼ばれた。ケレンはクリーンがなまったものではないかとされている。鉄橋守は合計5人で、最初の2人は橋の塗料を供給した日本ペイントの社員が国鉄に雇われたもので、後の3人は地元余部からの採用であった。第8号橋脚と第9号橋脚の間、鉄橋直下にはかつて橋守が詰めて作業用具などを保管する橋守詰所が置かれていた。また東側の東下谷トンネル入口には見張番所の小屋が存在していた。錆を防ぐために用いられる塗装は年月とともに劣化し、塗膜に開いた穴から水分や塩分が侵入して鋼材を腐食するとともに、さらに塗膜の劣化を進行させる。繕いケレンではこうした塗膜の異常を早期発見し、その周辺の塗膜をトンカチ、スクレイパー、ウェスなどの工具で取り除いた上で、塗装をやり直すことで鋼材の腐食を防止していた。しかし、第二次世界大戦中は資材不足や混乱した状況から保守が不十分となり老朽化が進んだ。終戦とともに、備蓄されていた錆止めペイントが一度に1,000缶支給され、橋守のみならず本区からの応援担当者もかけつけて、どうにか橋の腐食進行を食い止めた。1950年代中盤から1970年代中盤にかけて計3次にわたる大規模修繕長期計画が実施された。まず1957年度（昭和32年度）から1964年度（昭和39年度）まで第1次5か年計画が実施され、線路方向水平材と副垂直材の取り替え410本を実施した。1963年度（昭和38年度）からは第2次5か年計画を実施し、斜材の山形鋼取り替えを行った。さらに1964年度（昭和39年度）からは線路直角方向水平部材の取り替えも始められた。1968年度（昭和43年度）から第3次修繕8か年計画が開始され、水平材と斜材の全交換が1976年（昭和51年）までかけて実施された。2次部材はすべて交換され、建設当初からの部品が残されているのは橋桁と、橋脚の主塔（垂直方向で桁を支えている柱）のみとなった。この取り替えにより、それまで溝形鋼や山形鋼で構成されていた水平材と斜材は、H形鋼に変更された。また塗料も防錆効果の高いものへの切り替えが進められ、当初の油性のものから塩基性クロム酸鉛やフタル酸樹脂塗料、さらには塩化ゴム系の塗料へと進歩してきた。鉄橋守が置かれなくなった後も、潮風が吹きつける橋脚には防錆処理をするため4 - 5年に1度の周期で塗装作業が行われてきた。鉄道塗装（後に建設塗装工業と改称）が請け負って、1チーム20人ほどの作業班を作って、春から秋にかけての時期に足場・上下移動式足場・作業用ゴンドラなどを使用して塗装作業が繰り返されてきた。こうした保守作業の結果、橋梁架け替えの検討に際して行われた健全性調査では、もっとも重要な主脚で断面欠損が最大で 12.5 % に留まり、基礎の状況も良好で、健全な状態であることが確認されていた。阪神・淡路大震災後の耐震基準に対しても、アンカーボルトの増設で満たすことができると判断されていた。この厳しい環境を逆に利用し、鉄道総合技術研究所（鉄道総研）・JR西日本・日本鉄鋼連盟橋梁用鋼材研究会の共同研究で鋼材暴露試験が2003年から3年間にわたり行われ、旧橋梁の各部にワッペン試験片が貼り付けられ経過観察された。保守経費の負担について、晩年は支柱・リベットが著しく腐食している（特に第4号橋脚）など橋梁構成部品の劣化が進行しており、2006年時点において年単位で約2300万円の修繕費が必要と余部鉄橋利活用検討会で試算されていた。