パナマシティは、1519年8月15日にペドロ・アリアス・デ・アビラにより建設されたことから始まる。昔も今もこの都市は、地峡を利用した国際貿易と金融業で繁栄している。かつては、南米ペルーへの探検と、黄金や銀をスペインへ運ぶための拠点であった。1671年1月28日には、1400人の海賊を率いてやってきたイギリス人のヘンリー・モーガンが都市を攻撃、黄金を略奪後、火を使い破壊した。このときの遺跡はパナマ・ビエホと呼ばれ、今日では国内有数の観光名所となっている。ヘンリー・モーガンによる破壊の後、1673年に町は全て約11km西南のカスコ・ビエホに移転した。1848年にカリフォルニアで金が発見され、地峡を渡りアメリカ西海岸へ行く人々が増加した。金の発見の前年、パナマ鉄道会社が設立されたが、1855年まで運行はなかった。1848年から1869年の間に、約375,000人が大西洋から太平洋へ、約225,000人が太平洋から大西洋へ、地峡を利用して渡った。この移動がパナマシティを再び繁栄へ導いた。交通量の増大がパナマ運河建設へと向かわせ、フランス人技師フェルディナン・ド・レセップス主導で1880年1月1日に建設を開始したが、工事の技術的問題と資金調達の両面で難航し、1889年に計画を放棄した。しかし計画は頓挫したわけでなく、1902年、アメリカ合衆国が連邦議会でパナマ地峡に運河を建設することを決定した。1903年から工事を始め、3億ドル以上の資金を投入し、1914年8月15日に開通した。パナマ運河の建設は、パナマシティのインフラ整備を促進した（例:市内全域への上水道付設）。
バブル経済が崩壊し、1990年代を通じて全国的な不況感が漂うような状況となり、「失われた10年」と呼ばれる時期を日本は経験した。1990年代末から、特に小泉純一郎政権（金融担当相：竹中平蔵）下で不良債権の処理が進められると、企業はこぞってリストラ（人員削減）を行い、自己の収益性の高い部門のみに特化する傾向が顕著になった。大店法の改正により、郊外大規模店が自社内流通（中抜き流通）と価格破壊を行ったため、卸売流通業者が次々と倒産する事態となり、卸売流通拠点として繁栄してきた支店経済都市は大打撃を受けた。加えて、バブル経済崩壊を機に、地方都市を中心に支店の集約が行われるようになり、撤退に追い込まれた地方都市では中心街の空洞化が進むようになる。そしてテナントが全く入らなくなって事実上閉鎖する空きビルが乱発、路線価下落だけではなく、空きビルでの治安悪化も深刻化しているという。
バブル景気となると、実業部門での収益の他に、土地を担保とした金融部門が企業の収益の柱となり始めた。東京は地価が最も高く、「東京23区の全ての土地代でアメリカ合衆国全土が買える」と言われた程であったため、多くの企業が東京に本社を移すようになり、東京の支店経済の面は薄れて「本社集中都市」となっていった。この時期、特に大阪に本社を置いていた企業は、東京本社と大阪本社の「2本社体制」と呼ばれる会社組織になったが、実質的に本社の東京移転である例が多かった。バブル期には、このような本社の東京集中が生じたため、他の都市は支店経済都市の面が強くなっていき、元々の本社所在地の空洞化が進んだ。しかし、経済全般では、消費経済が極限に達し、地方都市でもその空洞化を全く感じることなくバブルを謳歌した。
寺伝ではインドのアショーカ王（阿育王）が投げた8万4千の鉄塔のうちの一つがこの地に落ちたとする。奈良時代の天平年間（729年～749年）に聖武天皇の勅願によって行基が開いたとされる。弘法大師（空海）も修行をしたとされている。平安時代末期に高野山の僧・阿観（あかん）が住すると、後白河上皇と妹の八条院の篤い帰依を受けた他、治承4年（1180年）には地元の武士である源貞弘から土地を寄進されるなどし、金堂・御影堂などを建立し、再興した。八条院の帰依を受けたほか、八条院の侍女大弐局（浄覚尼）と妹の六条局（覚阿尼）が阿観の弟子となり、二代続けて院主となるなどし、女性の参詣ができたため、「女人高野」と呼ばれて有名となった。鎌倉時代末期には100近い塔頭があり、後醍醐天皇と近しい関係を築き、南北朝時代には観心寺と共に南朝方の一大拠点となった。延元元年/建武3年（1336年）10月1日には後醍醐天皇によって勅願寺とされた。また、この時の綸旨には「皇統の長久を祈るべし」とあるが、数百通ある後醍醐天皇の綸旨の中でこのような文言が書かれた綸旨は他にはない。また、室町幕府に追われた後醍醐天皇の護持僧である文観をかくまっている。正平9年/文和3年（1354年）3月には大和国賀名生から北朝の光厳上皇・光明上皇・崇光上皇・廃太子直仁親王を当寺に移動させると観蔵院をその行宮とし、10月には後村上天皇自身も到来し、摩尼院を行宮として食堂を政庁天野殿（あまのでん）とするなどして南朝の本拠地とした。正平10年/文和4年（1355年）には光明上皇を京都に返し、正平12年/延文2年（1357年）2月には光厳上皇・崇光上皇・直仁親王も京都に返された。そして正平14年/延文4年（1359年）12月には後村上天皇も観心寺に移った。正平15年/延文5年（1360年）には北朝の畠山氏の攻撃を受けて40余りの塔頭が焼失する。さらに、文中2年/応安6年（1373年）には、和平に反対する長慶天皇が行在所としていた当寺に、和平派ゆえに北朝に寝返った楠木正儀があえて攻撃を加え、天皇を当寺から除かせて、しばらくの間占領する事件も起きた。その後は戦火に遭うこともなく、室町時代の永享4年（1432年）頃からは銘酒天野酒を販売して収入源にしたりし、永正11年（1514年）には依然として塔頭が70もあって威勢を誇り、江戸時代末期には307石の寺領があった。しかし、明治時代となって廃仏毀釈のためもあり、塔頭は減少し、現在では摩尼院、観蔵院、吉祥院を残すのみである。それでも、主要伽藍などが戦火に掛からなかったので貴重な文化財が数多く残されている。