国会は、「国権の最高機関」であって、「唯一の立法機関」とされている（日本国憲法第41条）。また、「唯一の立法機関」と定められたことから、国会中心立法の原則と国会単独立法の原則が導かれる。国会中心立法の原則とは、国会による立法以外の実質的意味の立法は、憲法に特別の定めがある場合を除き許されないという原則である。その例外には、議院規則制定権（日本国憲法第58条2項）や最高裁判所規則制定権（日本国憲法第77条）がある。内閣が定める政令は、個別具体的な委任による立法のみが許される。国会単独立法の原則とは、国会による立法は、国会以外の機関の参与を必要とせずに成立する原則をいう。その例外としては、日本国憲法第95条の地方自治特別法がある。内閣の法案提出権は、国会の審議採決を妨げず、また、72条に議案提出権が定められているため、許されると解される。
1947年（昭和22年）に施行された日本国憲法は、アメリカに倣った厳格な三権分立と、イギリスや大正デモクラシー期の議院内閣制を折衷した三権分立制を採っている。また、天皇は「日本国の象徴であり日本国民統合の象徴」（日本国憲法第1条）とされ、「国政に関する権能を有しない」（日本国憲法第4条1項）ものとされた。天皇の「国事」に関するすべての行為（国事行為）には、内閣の「助言と承認」を必要とし、内閣がその責任を負うこととされた（日本国憲法第3条）。一方で、日本国憲法が三権分立を規定していないという解釈も成り立つというのが通説となっており、その場合は「国権の最高機関」である立法優位の一元的構造と理解されている。
1890年（明治23年）、大日本帝国憲法が施行され、帝国議会の成立と裁判所構成法の制定により、日本にも一応権力分立の体制が整う。しかし、すべての権力（統治権）は天皇が総攬し（大日本帝国憲法第4条）、立法権は帝国議会の協賛を以て天皇が行使し（大日本帝国憲法第37条）、司法権は天皇の名に於て裁判所が行使し（大日本帝国憲法第57条）、行政権は国務大臣の輔弼により天皇が行使する（大日本帝国憲法第55条）、不完全な権力分立制だった。立法権は、帝国議会の協賛を経ずとも、緊急命令（大日本帝国憲法第8条）と独立命令（大日本帝国憲法第9条）によっても行使された。後年には軍部が統帥権と軍部大臣現役武官制を梃子に、他の三権から遊離して増長し、暴走する事態ともなった。ただし、明治憲法下の司法権の独立については制度上も実際上も比較的実現されていたとされる。なお、大日本帝国憲法においては、行政庁の処分の違法性を争う裁判（行政裁判）の管轄は、司法裁判所にはなく、行政庁の系列にある行政裁判所の管轄に属していた。この根拠については、伊藤博文著の『憲法義解』によると、「行政権もまた司法権からの独立を要する」ことに基づくとされている。これに対して、江藤新平は明治初頭に「司法権もまた行政権からの独立を要する」もので、行政裁判といえども行政が裁判に関るのは司法権の独立に対する侵害であるという論理を主張している。
糞尿輸送を行った事業者は、公式の記録に残る限りでは民営鉄道ばかりで、国有鉄道で行われたという直接的な記録は『日本国有鉄道百年史』をはじめとして公式の記録類の中に見出すことは出来ない。ただし一方で、各種規程には糞尿輸送に関する規定が長く存在したことが確認されている。古くは1892年5月7日に制定された「肥料運搬規約及人糞取扱手続」中で、「人糞運搬取扱心得」として特約書を書かせること、専用貨物扱にすること、運搬後は生石灰を用いて貨車内を洗浄することなどが定められている。その後本手続は1924年3月制定の「級外品第六種中汚穢ナル物運送取扱手続」まで引き継がれ、1926年には国有鉄道貨物運送取扱細則に第139-149条として含められている。規程内容はより詳細となり、専用貨車（有蓋車を使用することとされていた）の両側面に「○○駅間肥料専用車」と記載した木札を取り付けることや、屎尿の運賃については5級運賃の2倍とし、さらに専用1車あたりの月額最低運賃を8円とすることなども定められた。1930年には貨物運送規則第59条補則7に引き継がれて鉄側有蓋車も専用使用が可能になるなど改訂を加え、その後長く運用されている。実際の輸送数量については不明だが、少なくとも規程上は対応が成されており、一定の輸送需要があったことをうかがわせる。なお、糞尿は一貫して級外品扱いであったため、国有鉄道の資料では輸送品目の「肥料」欄に含まれることは通常ない。ちなみに国有鉄道は、1944年4月に東京都から要請を受けた際にこれを蹴っている。また当時国有鉄道を運営していた運輸通信省の牛島辰弥監理課課長（のち帝都高速度交通営団総裁）が、西武鉄道が糞尿輸送を引き受けたという話を聞きつけて社長の堤康次郎の許を訪れ、「東京都からどんなに頼まれても、電車が糞尿を運ぶのは、第一、現行法規に許されておりません」と抗議し、さらには「あなたの方で運びだしたら、省線でも同じようにやれといわれます。人間や普通貨物すら制限している時代に、糞尿などどうして運んでおられますか」と国有鉄道に累が及ぶのを恐れたという。このような発言を民営鉄道の監督部署の責任者がした理由としては、糞尿は貨物専用列車で輸送することが定められており、旅客用車両に積載あるいは併結ができないこと、また軍需物資の輸送需要が多く貨車不足が深刻であった戦時下で、専用貨車を使用する糞尿輸送は貨車の運用効率の低下をまねくことなどが考えられる。いずれにしても、西武鉄道などのように専用設備や専用構造の貨車まで用意しての大規模な糞尿輸送は、国有鉄道では行われた記録がない。なお、戦争末期か終戦直後、国有鉄道が貨車に「汚物車」（称号「ヲ」）という車種を作り、「ヲキ1形」なる車両を製造して糞尿輸送を行ったという説が一部で存在するが、そのような車種や形式、また輸送の事実は『日本国有鉄道百年史』にも掲載されておらず、公式には一切確認の取れていない説である。