副島自身は特定の宗教や神学への信仰はないが、宗教を学問の対象として学ぶマックス・ヴェーバー流の宗教社会学を小室直樹から学ぶ。副島の神学・宗教理解（特にキリスト教）はその他にフリードリヒ・ニーチェの影響がある。副島は神道・キリスト教・儒教・仏教は性欲否定と金銭否定と教団を作ることから駄目だと論じる。その崇高な使命は偽善に転化しているとする。そしてありのままの人間像を愛する道教を賞賛している。しかしそれは偽善がないというだけで本当はイエス・キリストや仏陀の方が好きだという（副島はイスラム教も偽善がないと賞賛している）。副島のキリスト教理解の核がニーチェ・マックス・ヴェーバー、小室直樹だとすると、仏教理解は主に中村元と富永仲基の影響が大きい。副島の仏教批判は大乗仏教に向かっており仏陀以外の権威を否定し、大乗仏教はただの信仰であり本物の仏教ではないと批判している。そして輪廻を抜け出し解脱するということは当時のインドの信仰の輪（ヒンドゥー教）から抜け出すということであり、仏陀は輪廻を抜け出したのではなく輪廻など考えなくて良いというところにいったと主張している。また解脱と輪廻転生はヒンドゥー教の思想であって仏教や釈迦の思想では無いとしてそれらを否定している。それと日本の神道は中国の道教が日本的に変化したものだとも言っている。
アメリカが世界覇権国であるゆえんを明らかにするためには、そのよって立つ世界普遍価値を明らかにする必要があるとして、1995年に当時のアメリカの政治家と知識人の世界における思想的な対立を体系的に紹介し、ネオコンやグローバリズム、 リバータリアンによるアイソレーショニズムという政治的な対立を他に先駆けて紹介した。
銀行員時代アメリカ勤務を通して得た多くのアメリカ人・イギリス人の友人たちと10年以上にわたり議論を繰り返した結果、日本の学問・思想が、学問・思想における世界的普遍価値から大きく外れたものであり、しかも日本の学者・思想家が自らの利権を守るためそれを密教と化して、日本国民に大きな事実を隠してきたことを知ったとする。そのため、日本の一般民衆は、自分ですら自分が何を考えているかわからない無意識の状態になっており、その結果、日本では、政治家が育たず、国家戦略なき国家となり下がり、意識的・無意識的に、イギリス、アメリカ等その時代時代の覇権国のコントロールを受けているとする。1994年に総合法令から『政治を哲学する本』（後に後掲『決然たる政治学への道』に改題）で、アメリカこそが世界の覇権国であり、日本を含め西欧諸国ですらその属国の一つにすぎないとする属国論を提唱し、日本は、アメリカに政治、金融経済、学問・思想のすべての面で完全に敗北しており、その現実を直視することによって初めて日本固有の民族的価値を守ることができると主張した。その上で、学問・思想における世界的普遍価値に基づけば、日本は天皇を主君とする前近代的な王政国家であることは明白であるとし、明治維新について、理想に燃える下級武士が単独で近代革命を成し遂げたとする司馬遼太郎によるいわゆる司馬史観を否定し、イギリスが当時覇権を争っていたロシア帝国の勢力拡大を防ぐため、岩倉具視、坂本龍馬らのスパイを育成・使役することによって親イギリス政府を作るという世界戦略の一環であったと主張している。
1962年のキューバ危機、1963年夏のパトリックの死とそれに続くジャクリーンの不在によって、ケネディは改めて自分にとっての妻の存在の大きさを痛感した。翌年に2回目の大統領選挙を控えていたケネディは初めてジャクリーンの心に寄り添うようになったのである。夫との絆を取り戻したかに見えたジャクリーンは11月に入って、夫と共にテキサス州を遊説することになった。南部での劣勢を伝えられた大統領は、60年大統領選挙で民主党が勝ったテキサス州を確保しておきたいところから次の大統領選挙の1年前にテキサス州へ向かった。11月22日朝にフォートワースから次の目的地ダラスに向かい、昼前の11時40分にラブフィールド空港に到着した。当初は保守的なダラスの空気を心配する声もあったが、実際にダラスに入ってみるとケネディ夫妻を迎えたのはダラスの人々の熱狂的な歓迎ぶりであった。安心したケネディ夫妻は防弾ハッチの使用を拒否し、テキサス州知事ジョン・コナリー夫妻と共に大統領専用車リンカーンに乗ってダラス市内をパレードしていった。12時30分、エルム通りを走る車の中でジャクリーンの隣に座っていたケネディ大統領が2発の銃弾を受けた。ジャクリーンは突然倒れた夫の異常に気づき、車の後部トランクの上にあがった。後方にいたジャクリーンのシークレットサービス、クリント・ヒルが車に駆け上がってジャクリーンを座らせた。車はそのままパークランド・メモリアル病院に向かったが、病院に到着後に夫の体を抱きしめているジャクリーンは大統領の身体を引き離さず、クリント・ヒルが自分のスーツの上着を大統領の頭と上半身にかけて、やっと引き離して病院の救急病棟に運び入れた。病院で夫の死を覚悟したジャクリーンは司祭を呼ぶよう依頼し、ずっと夫の傍にいたいと告げて処置室に入った。やがて終油の秘蹟を受けて大統領の死亡が告げられた。午後2時15分、暗殺された大統領の遺体は棺に入れられてエアフォースワンに積み込まれ、混乱の続く機内では副大統領リンドン・ジョンソンが第36代大統領としての就任宣誓を行い、血染めの服をきたままのジャクリーンが横に同席してこれを見守った。就任宣誓を終えてすぐにエアフォースワンはワシントンに向けて飛び立った。1963年11月25日、世界が衝撃と深い悲しみの中で国葬が行われた。ホワイトハウスからセントマシューズ教会大聖堂（Cathedral of St. Matthews the Apostle）まで星条旗に覆われた棺を乗せた砲車が行進し、その後をジャクリーンとロバートとエドワードのケネディ兄弟が寄り添って歩いて教会に向かった。ミサが行われた後に大聖堂の階段下で、ジャクリーンはこの日が3歳の誕生日であった幼い息子のジョン・ジュニアに何かささやき、その直後ジョン・ジュニアは前に進み出て、砲車に載せられて墓地に牽かれていく父の棺に小さな敬礼をして父に最後の別れをした。この場面は世界中の人々の涙を誘い、長く記憶されることとなった。夫の死後まもなく（11月29日）、ジャクリーンはライフ誌のセオドア・ホワイトのインタビューを受けた。その中でジャクリーンは自分が夫と共にホワイトハウスで過ごした日々を「キャメロット」と呼んだ。キャメロットは伝説的なアーサー王の都、その王宮の呼称であり、以後ケネディ政権とそこを取り巻いた人々は「キャメロット」と称されるようになる。1963年12月6日、ジャクリーンは二人の子供と共にホワイトハウスを後にした。