家系は戸田氏の一門、田原戸田家の嫡流である。寛永16年（1639年）9月、子供の無い伯父の田原藩主戸田忠能の養子となった（実父の跡は弟忠時が継ぎ、のちに加増を受けて足利藩主となる）。正保4年（1647年）8月21日、忠能の死により家督を継いだ。万治元年（1658年）閏12月27日、従五位下伊賀守に叙任して翌年、はじめて城地に赴いた。寛文4年（1664年）5月、肥後富岡藩（天草藩）に転封となり1万石を加増、富岡城に赴任したが、寛文10年（1670年）、城の必要性を疑問視し、領民の負担を軽減するため三の丸を陣屋として残して本丸・二の丸を破却した。寛文11年（1671年）には奏者番となり、寺社奉行を兼ねた。同年に転封を命ぜられ、相模、下総、武蔵、常陸に領地を移された。延宝4年（1676年）、京都所司代に補任し、従四位下侍従に進み、越前守に改めた。さらに1万石の加増を受け、領地を畿内に移される。天和元年（1681年）7月、河内にて1万石の加増があった。同年11月15日、老中に列し、武蔵岩槻藩主に転封された。岩槻藩主時代は領内笹山村（蓮田市笹山）に溜井落し堀を造ったといい、忠昌の受領名・山城守からとって「山城堀」と呼ばれるようになったという。天和3年（1683年）正月、下総佐倉藩に転じて1万石の加増を受けた。貞享元年（1684年）8月28日、大老堀田正俊が従叔父で若年寄だった稲葉正休に声をかけられ、不意に殺害された。この時、「石見（稲葉の官名）乱心」の声を聞いた老中たちが駆けつけ、大久保忠朝、阿部正武、次いで忠昌が正休を斬った。元禄7年（1694年）、河内志紀、若江、丹北3郡のうちにて1万石の加増を受けて7万1000石を領した。清廉潔白にして才智仁愛に富んでいたという。元禄12年（1699年）9月10日、老中在職のうちに没した。享年68。江戸牛込松源寺に葬られ、以後同寺をもって田原戸田家の菩提寺としたという。正室は秋元富朝の娘で、長男の秋元喬知は富朝の養子となり甲斐谷村藩を継承した。戸田家の家督は次男の忠真が継いだ。後に兄弟は相次いで老中に就任した。なお、のちに忠真の子孫からも秋元喬求、秋元興朝が秋元家の養子に入っている。赤穂事件に関与した高田郡兵衛は元々小笠原長重の家臣であったが、その後浪人し、忠昌の口利きで播磨赤穂藩主浅野長矩に仕えたという。
1770年代までに、キリスト教が優勢ないくつかの国において、無神論が否定を要求する危険な告発に遭うことはなくなっていき、公然と認められる立場へと発展していった。古典時代以来初めて公然と神の存在が否定され無神論が認められたのはポール＝アンリ・ティリ・ドルバック(1723年–1789年)の1770年に書かれた著作『自然の体系』でのことである。ドルバックはパリの社会的な人物で、ドゥニ・ディドロ、ジャン＝ジャック・ルソー、デイヴィッド・ヒューム、アダム・スミス、ベンジャミン・フランクリンといった当時の知的な著名人が広く訪れる有名なサロンを開いていた。それにもかかわらず、彼の著作は偽名で出版され、公には禁書とされ焚書された。理性の祭典は一種の宗教であり、ジャック・ルネ・エベールやピエール・ガスパール・ショーメット、彼らの支持者たちがフランス革命期に考案した無神論をもとにしている。理性の祭典は理神論者のマクシミリアン・ロベスピエールによって止めさせられた。彼は最高存在の祭典を挙行した。どちらの祭典も革命期フランスの脱キリスト教化の産物であり、恐怖政治の一翼を担っていた。「理性の祭典」ははっきりとは分からないがおそらく1792-94年(第一革命~第三革命期)に発展し、その後九月虐殺が起こった。その頃の革命政府は内憂外患に苛まれていた。パリのいくつかの教会、例えばル・マレー地区のサン・パウル教会やサン・ルイ教会は理性崇拝の寺院へと宗旨替えをさせられた。1793年5月には教会が閉鎖され、11月24日はカトリックのミサが禁止された。理性の祭典は謝肉祭のパレードの一環として行われ、教会があさり回られ、イコノクラスムが行われ、その中で宗教や王室を表すものが削り取られた。また、キリスト教の殉教者を「革命の殉教者」に挿げ替える儀式も行われた。これらの儀式の初期の実演はパリの外の「アン・プロヴァンス」で、特にエベール主義者たちによって行われたが、さらに過激なものとして「Fête de la Liberté」(自由の祝祭)がノートルダム大聖堂で1793年11月10日(ブリュメール20日)に行われた。この祝祭はピエール・ガスパール・ショーメットによって考案・計画されたものであった。自由の祭典は理性の女神と言う形で戯画化された若い女性を中心に据えていた。『プリーストリー博士の哲学的不信心者への手紙にたいする回答』(1782年)という小冊子はイギリスで最初に刊行された無神論宣言とされる(密かかつ曖昧に無神論者の著作と区別されてイングランドで最初のものだとまことしやかに語られる)。他にはよく知られていない人物「ウィリアム・ハモン」(おそらく偽名)がこの著作に編集者として前書き・後書きに署名しており、匿名の本文はリヴァプールの自然哲学者でプリーストリーの知己のマシュー・ターナー(d. 1788?)によるものとされている。無神論史家のデイヴィッド・バーマンがターナーの著作であるという説を強く推しているのだが、彼は他に著者と考えられる人物を二人挙げてもいる。