元暦元年（1184年）5月21日、源頼朝は源範頼・源広綱・平賀義信を国司に推挙し（『吾妻鏡』同日条）、6月5日の小除目で範頼が三河守、広綱が駿河守、義信が武蔵守に補任された（『吾妻鏡』6月20日条）。通常はこれが関東御分国の始まりとされる。2年後の『吾妻鏡』文治2年（1186年）3月13日条には、「頼朝知行の国々は、相模・武蔵・伊豆・駿河・上総・下総・信濃・越後・豊後等なり」とあり、三河が含まれていない。このため『吾妻鏡』元暦2年（1185年）4月24日条の「範頼朝臣（その身九州にあり）参河国司を辞す。その辞状、今日関東に到着す。親能これを執り進ず。よって院奏あるべし」の記述を根拠として、範頼が国司を辞任して三河は関東御分国ではなくなったと解釈されていた。しかし、範頼が元暦2年（1185年）4月以降も三河守に在任していたことを示す史料が存在し（『玉葉』同年10月2日条、11月13日条、『吉記』同年5月10日条、『吾妻鏡』文治3年5月13日条）、建久4年（1193年）に謀反の疑いをかけられた範頼が頼朝に提出した起請文の署判も「参河守源範頼」となっている（『吾妻鏡』8月2日条）。範頼は失脚直前まで三河守であった可能性が高い。なお『吾妻鏡』文治3年（1187年）5月13日条は、2年前の閑院内裏修造において、範頼が三河に割り当てられた課役を務めなかったことを頼朝が叱責した記事であるが、頼朝は範頼の国役緩怠を「二品に伝え申すの者あり」とあるように、第三者の通報によって確認している。知行国であれば知行国主に院宣などの公的伝達があるはずだが、頼朝がそれを受けていた形跡はない。これらのことから三河は関東御分国ではなく、当初から範頼が単独国務国司であったと考えるのが自然である（頼朝が推挙したにも関わらず関東御分国ではない例としては、他に平保業の河内、一条能保の讃岐、大江広元の因幡が挙げられる）。
教祖死亡後は、教祖の生前中からの側近であり、本席に定められた飯降伊蔵と後に初代真柱となる教祖の孫、中山眞之亮が教団運営の中心となった。みき死去の翌年1888年（明治21年）4月10日に東京府より神道の一派として「神道天理教会」として公認されたが、引き続き神道本局のもとに置かれていたため、教団としては独立が悲願であった。1900年（明治33年）8月から5回に及んだ請願と政府の意向に配慮した「明治教典」などの編纂を行うなど各方面で努力をした結果、1908年（明治41年）11月27日に神道本局から別派として独立し、教派神道となった。眞之亮は天理教管長に就任し、天理教教庁を設置した。しかし、悲願であった別派への独立を果たしたものの、昭和期に入っていくにつれて官憲による、いわゆる国家神道以外の宗教に対する弾圧が表面化、日中戦争勃発後は、文部省が国家非常時体制を期し、全宗教団体に対して、全面協力を依頼、天理教でも中山正善二代真柱が招請され、遂に内務省や文部省宗教局の指示により教団運営に関してさまざまな制限、改変が加えられた。主なものに、三原典の内『おふでさき』と『おさしづ』の使用を禁止（各教会から回収）し、天理教教典（明治36年編集の明治教典）のみを教義とすることや『みかぐらうた』から「よろづよ八首」、「三下り目」、「五下り目」を削除すること。泥海古記、「元初まりの話」に関する教説配布の禁止。全国各教会を通しての鉄材、金物の供出協力。天理教輸送部への満州、南方作戦の軍事物資と軍隊の輸送協力など指示された。教団側はこれらの内、特に『みかぐらうた』の改変や泥海古記の禁止などに難色を示したが、これより前に宗教界では大本事件に対する危機感から主立った宗教は諸手を上げて国家へ協力さぜるを得ない空気が流れ込んでおり、天理教でも二代真柱の中山正善が諭達第7号、第8号を相次いで公布、全教一丸となって軍部、国家へと協力するようにという指示はその後、『諭達』第14号まで出されている。諭達第8号公布日の昭和13年12月26日、教団では13名の委員からなる「革新委員会」が設置され、二代真柱列席の元に於いて内務省と文部省宗教局より指示された事項に全て従うという決定が為された。この決断を天理教内では「革新」と呼称している。以降、教団内ではかぐらづとめに於ける十柱面の着用中止。『みかぐらうた』から「よろづよ八首」、「三下り目」、「五下り目」を削除した『新修御神楽歌』の刊行、文部省の指示に則った「天理教教典衍義」の発表、『おふでさき』、『おさしづ』の引用自粛と冊子自体の回収。青年会や婦人会、教師会などを統合した天理教一宇会の結成、天理市内の「詰所」の名称使用を中止し「寮」に改め、軍関係の宿泊施設として提供。「革新教理」と称して、軍部の要請に合わせての戦争協力教理を説明する「革新講習会」の定期的な開催。全国各地に「いざ・ひのきしん隊」の結成を奨励（老若男女を問わず各地で炭坑掘りひのきしんが行われた）など、強制、自発問わずあらゆる形で戦争へ突き進む国家への協力が終戦まで続けられた。1945年（昭和20年）8月に第二次世界大戦が終戦、即日、二代真柱は終戦の詔書に関する『諭達』第15号を発布、同年10月の秋季大祭で「かぐらづとめ」「十二下り」が復元され、終戦によって政府からの干渉から完全に解放され、教祖・中山みきの教えに基づく、本来の天理教の姿に戻る宣言が二代真柱よりなされた（この動きを天理教内では「復元」と呼称している）。昭和45年（1970年）4月には、教派神道から脱退している。現在では特定政党に関与はしていない。