2002年11月2日に桜美林大学の学園祭に出演した際にステージ上で下半身を露出し、公然わいせつ罪容疑で警視庁町田警察署から書類送検された。相方の加藤も公然わいせつ補助容疑で書類送検。山本と加藤は吉本興業から厳重注意を受け、当時出演中だったNHK教育テレビジョン（現・Eテレ）『天才てれびくんワイド』を降板した。2003年6月10日、FLASHに山本と交際していたというホステスの女性（当時23歳）が山本から「オレの名前に傷がつく」などと人工妊娠中絶を求められたと告発するインタビュー記事が掲載された。吉本興業は掲載前夜の6月9日、マスコミ各社に「交際並びに妊娠の事実と、双方の条件面での同意・承諾をもって中絶の事実を確認しております」とコメントするファクシミリを送った。山本は「たびたび、お騒がせして申し訳ありません。今回の件では何を言っても言い訳になってしまうので、批判を率直に受け止めて、これからの人生に生かしていきたいと思います」とコメントした。2006年7月17日、7月16日深夜に10代の少女に対して飲酒行為と性的暴行に及んだとして、少女が被害届を北海道警察函館西警察署に提出した。山本は警察署から任意聴取を受け、直後に吉本興業から専属マネジメント契約の解除を通告された。7月18日に吉本興業は文書で「本日、弊社は、極楽とんぼ山本圭一の専属芸能家契約の解除をいたしました。その理由は、山本において未成年者との飲酒行為及び淫らな行為があったためです」とのコメントを発表した。
高校卒業後上京し、天宮良が在籍していた当時日本一有名なショーパブだった「タップチップス」の面接に合格して修行したが病気になり一度広島に戻る、20歳の時再び上京し有名になりたいと「東京ヴォードヴィルショー」の面接を受け再び合格して在籍、ここで加藤と出会い加藤の本名が“浩二”と聞き運命的なものを感じて コンビを組む。1989年、月謝の滞納が続き金銭的に苦しいと思っていた所、雑誌の切り抜きに“吉本興業、東京進出! 新規芸人募集!”の広告記事が目に付いて、これに飛び付き加藤とともに吉本興業入りし「極楽とんぼ」を結成。1994年に開場した銀座7丁目劇場の最古参メンバーとして『新しい波』、『とぶくすり』などの深夜バラエティに出演し、東京吉本の土台を作ったと評される。ロンブー淳を始め、銀座7丁目劇場出身者を中心に慕う芸人が多いのはこの理由といわれる。『新しい波』のディレクターだった片岡飛鳥（現・バラエティ制作センター企画担当部長、『めちゃ×2イケてるッ!』企画統括）に舞台で見出され、前記、めちゃイケの前身『とぶくすり』出演でブレイクした。その後、様々なバラエティ番組でお笑いタレントとして活躍する一方、映画『黄泉がえり』『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』、テレビドラマ『ナースマン』『独身3!!』等で俳優としても活躍していた。2005年1月、自身の野球熱（#野球活動を参照）が興じて、タレントの萩本欽一が設立した社会人野球チーム茨城ゴールデンゴールズ（以下、茨城GG）に選手として入団。登録名は「やまもと 圭壱」。2006年6月、芸名を「圭壱」から本名の「圭一」へと改名。
東京で生まれ、3歳で広島県広島市南区仁保に転居する。圭一という名前は母親がファンだという俳優山本圭から採られた。広島大学附属東雲小学校から広島市立仁保中学校に進み、高校は私立広島県瀬戸内高等学校へ進学、野球部に入部したが20日間のみの在籍だったという。野球部を退部後サッカー部に移籍し数ヶ月籍を置いた後に、当時同郷で「ブレイクダンスの神様」と言われた風見しんごらが流行らせたブレイクダンスに夢中になり、広島平和記念公園等で踊り観光客の注目を浴びた。
源泉は紅葉渓とその支流加星渓の合流点から500メートル離れた崖下にある。無色透明の硫酸塩泉で泉温は61度前後。phは6.5。
大阪で生まれ、生後3ヶ月から広島県広島市安佐南区川内で育つ。「竜」という名前は、坂本竜馬が好きだった母が付けた。広島市立川内小学校を経て広島市立城南中学校2年の時に東京に引越す。綾瀬はるかは小中学の後輩。小学校時は薬師丸ひろ子のファンで、『ねらわれた学園』（大林宣彦監督）を観たことがきっかけで、原作の眉村卓の小説に没頭した。他に星新一もよく読み、高校まではSF小説の大ファンだった。東京都立富士高等学校時代に、映画『ターミネーター』を観て映画への気持ちが高じ進学先には、当時テレビなどマスコミ関係の出身者が多いと聞いた早稲田大学政治経済学部を選ぶ。歴史に興味を持ったのは大学時代、「自分の名前の元ネタの人の小説でも読むか」と司馬遼太郎の『竜馬がゆく』を手にしたのが切っ掛け。大学卒業後、番組制作会社泉放送制作に就職。『愛していると言ってくれ』、『理想の結婚』など様々なドラマのADを経験したが、現場のスピード感に馴染めず3年で退職。当初から脚本家を志しシナリオコンクールに応募した。その後は繊維・ファッション業界専門の新聞社に転職。2003年（平成15年）12月、業界紙記者のかたわら執筆したオリジナル脚本『忍ぶの城』で第29回城戸賞を受賞する。2007年（平成19年）11月、『忍ぶの城』を自ら小説化、『のぼうの城』として出版。明瞭で痛快にテンポよく進む時代物で、従来とはテイストが異なる"ニューウェーブ時代小説"の旗手として脚光を浴びる。同作は、翌2008年7月、第139回直木賞候補作に選ばれた。2009年（平成21年）、『忍びの国』で第30回吉川英治文学新人賞候補。2012年（平成24年）和田自ら脚本を担当した『のぼうの城』が映画化され公開。2014年（平成26年）、小学生のころ家族で訪れた因島で知った村上水軍を題材にした『村上海賊の娘』で第35回吉川英治文学新人賞と2014年本屋大賞、第8回親鸞賞を受賞、第27回山本周五郎賞の候補作となる。2017年夏に、『忍びの国』が大野智（嵐）主演で映画化。