日本の実業家、前澤友作の依頼で製作されたモデル。カラーは760LHのようなパープルで、リアフェンダーにスパッツが装着されている。2016年12月2日、千葉県・幕張で大破した後、修復された。
760ファンタズマ（760Fantasma ）。香港の顧客が所有していたFが事故で大破したため修復され、PS同様760にアップグレードされたモデル。ファンタズマはイタリア語で亡霊を意味する。
764パッシオーネ（764Passione ）は、760RSとほぼ同じ構造のモデル。760LH同様にトランスミッションはMT。フロントにはトリコローリと同じようなペイントが施されている。パッシオーネはイタリア語で情熱を意味する。日本にデリバリーされた。
チリの実業家に依頼され制作されたモデル。元々は「750」として制作されたが、オーダーがキャンセルされたため改めて760RSとして完成した。ボディーカラーはクリア塗装でカーボン地になっており、最高出力は760馬力。ル・マンプロトタイプのようなシャークフィンを持つ。
アブソリュート（Absolute ）は香港の顧客の依頼でチンクエをベースに製作されたモデル。ボディカラーはカーボン地のままで、センターにイタリア国旗をモチーフとしたストライプがペイントされている。香港での走行基準に合わせるために右ハンドル仕様となっている。
カタール王室のサーニー家が依頼し、チンクエ・ロードスターをベースに製作されたモデル。ボディは全体的にターコイズブルーに塗装されている。ウノ(UNO ）はイタリア語で1を意味する。
イギリスの実業家であるピーター・セイウェル（Peter Saywell ）がパガーニに依頼し、Fをベースに製作されたモデル。パドルシフトや新設計のエキゾーストパイプを装備している。現在は760仕様車にアップグレードされており、ボディカラーもホワイトからHH同様のブルーに変更されている。
2012年に公開されたゾンダR EVO をもとに5台限定で市販されたモデル。最高出力はR EVOより30馬力多い800馬力となり、DRSが搭載された。日本円で約2億9000万円。
2012年のグッドウッド・フェスティバル・オブ・スピードで公開されたRを進化させたモデル。最高出力はRより20馬力多い770馬力。カナードが追加され、リアウィングは2段になっている。Rではブラックだったボディカラーがホワイトを基調とする2色になっている。
2010年のジュネーブモーターショーで公開。イタリア空軍のアクロバット飛行チーム「フレッチェ・トリコローリ」創立50周年を記念して製作された限定モデル。最高出力670馬力。ボディは専用のクリアブルーのフレッチェトリコローリと同様のストライプが施され、ヘッドライト下部には発光ダイオードのポジショニングライトが組み込まれている。後に2台が追加製作された。売り上げの一部はフレッチェトリコローリに寄付された。
香港のパガーニ・ディーラーであるSPSの要望により生産された5台限定モデルで、2009年のジュネーヴショーで発表された。チンクエはイタリア語で5を意味する。Fをベースとしながらも、随所にRで得られたデザインやノウハウが取り込まれている。カーボンやチタン、マグネシウムを使用して軽量化を図っている。乾燥重量1,210㎏。AMG製678馬力エンジンを搭載し、パドルシフトを装備している。0-100km/h加速は3.4秒。ルーフやリアフェンダー上にはRと同じくエアインテークが、またリアディフューザーも装備されている。1台はオラチオ・パガーニ自身が所有し、残る4台はSPSに納車された。
2009年から発売が開始されたサーキット走行専用車。15台限定で生産された。レース用のメルセデス・ベンツ・CLK-GTRのユニットをベースにしたメルセデス・ベンツ・AMG製M120型V12、750馬力エンジンを搭載し、パーツの90%を新開発した。トランスミッションはパドルシフト付の6速シーケンシャルAT。ゾンダシリーズでは初のパドルシフトである。全長4,886mm、全幅2,014mm、高さ1,141mm、ホイールベース2,785mm、乾燥重量1,070kg、0－100km/h加速は2.7秒以下、最高速度は350km/h。2010年6月30日、ニュルブルクリンクで6分47秒50の当時の最速記録を達成した。
C12Sをベースにしたレース車両。ル・マン24時間レースの他アメリカン・ル・マン・シリーズなどにプライベーターチームからスポット参戦したが、目立った結果を出せずに終わっている。最高出力600馬力、重量1,100kg。0-100km/h加速は3.3秒。
AMGによってチューンされたM120型7.0リットルV型12気筒、550馬力エンジンを搭載。2000年から2002年まで製造された。0-100km/h加速は3.7秒。
負けず嫌いの性格からかピッチ内では勝負にこだわり、時に相手と一触即発の雰囲気を醸し出してチームメイトに諫められることもある。しかしピッチを離れるとマイペースではあるものの探求心や好奇心は旺盛で、礼儀正しい性格であるという。ファンサービスには定評があり、特に子供には優しい。星稜高校在学中は、一年後輩の本田圭佑に敬語をなしにするというルールを作られタメ口で呼ばれた（本田が卒業後は先輩には敬語に戻った）。星稜高校の恩師・河崎護からは「トヨ」と呼ばれている。「トヨグバ」のニックネームは日本人離れした体型とパワフルなプレースタイルから、コートジボワール代表のディディエ・ドログバをもじって山形時代のコーチが名付けたもの。鈴木大輔、柿谷曜一朗など日本代表のチームメイトからは「トヨくん」と呼ばれている。鳥栖移籍後は濃いピンクのマウスガードを着けてプレーしており、豊田のトレードマークともなっている。これは鳥栖の歯科医院で作ってもらった特注品である。日本代表初招集にあたって日本代表バージョンの紅白のマウスガードを作成した。