「萌え」という言葉の由来や発祥時期には諸説があるが、1990年前後から使われ始めたともいわれる。1992年に放送が開始された、武内直子の漫画を原作とする女児向けテレビアニメ『美少女戦士セーラームーン』シリーズは、放送当時の少女だけではなく男性のアニメファンたちを魅了した。「萌え」の語源を巡る諸説の中には、『セーラームーン』第3期（1994年）の登場人物である土萠ほたるの名前を由来とする説もあり、土萠ほたるの儚げな印象や不幸な境遇、および健気さは「萌え」の対象にもなった。1990年のテレビアニメ『ふしぎの海のナディア』を、「萌えアニメ」という言葉が定着する以前に放送された、そうした作品のルーツの一つに挙げる意見もある。同作を手がけたのは、かつてOVAブームで成功を収めたガイナックスで、後に彼らは1995年のテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』を手がけることになる。ヒット作となった『エヴァンゲリオン』は少年少女が過酷な戦いに身を置くシリアスな作風の作品であったが、登場人物の人気から萌えブームを決定づけることにもなり、同作に影響されて「萌え」を意識したアニメが数多く作られた。
アニメなどの娯楽に熱中する人物を「おたく」と呼ぶようになったのは1980年代半ば頃といわれる。魔法少女アニメは代表的な少女向けのアニメジャンルだが、1982年の『魔法のプリンセスミンキーモモ』や1983年の『魔法の天使クリィミーマミ』は成人男性にも好評を博し、この頃から「アニメの美少女キャラクターにのめり込むおたく」の存在が認知されはじめる。1980年代には家庭用ビデオデッキの普及に伴うOVAのブームがあり、映像ソフトを購入してアニメを見るようなマニア層に向けて、露出度の高いコスチュームをまとった美少女キャラクターが活躍するアニメ作品が多く作られ、OVAブームの初期を牽引した。
美少女を題材にした作品はアニメに限らず、映画や演劇といった分野にも古くから普遍的に存在する。男性が女性を求めるのは原理的なものであり、「萌えアニメ」の隆盛によってそれが顕著にはなっているものの、こうした作品は「萌え」や「おたく」という俗語が誕生する以前から作られており珍しいものではなかった。例えば1958年に公開された『白蛇伝』は、日本では初となるカラー長編のアニメ映画であるが、精神科医の斎藤環は、この作品に既に観客を惹きつけるセクシャリティの表現が含まれていたことを指摘している。後に数々のアニメ映画を手がけることになる宮崎駿は、公開当時に『白蛇伝』を鑑賞し、同作に対して愛憎半ばする感情を抱くことになるが、斎藤はこうした感情を、アニメキャラクターに対する「萌え」であると分析している。
評定所御詮議懸りによる郡上一揆の吟味ではまず幕府役人の吟味が先行したが、宝暦8年（1758年）7月の吟味開始直後から事件に関係した大勢の郡上藩役人、農民らが江戸に出頭を命じられ、江戸へと向かった。郡上から江戸に向かった農民は総勢309人に及んだとの記録も残っている。また江戸に潜伏していた駕籠訴人の切立村喜四郎、前谷村定次郎は、宝暦8年8月26日（1758年9月27日）に、切立村吉十郎、前谷村吉郎治とともに御詮議懸り依田正次の邸に駆け込み訴えを行い、そのまま入牢となった。評定所御詮議懸りによる吟味は、以前の駕籠訴吟味の時とはうって変わって農民たちに厳しいものとなった。郡上藩役人、農民、そして石徹白騒動の関係者に対する吟味は、幕府役人に対する判決言い渡しが終了した宝暦8年10月29日（1758年11月29日）以降、集中的に進められた。吟味ではまず農民が新たに開発していた切添田畑の有無について確認した上で検見取を正当化し、続いて一揆の組織や首謀者について厳しく追及した。拷問を含む厳しい取調べによっても農民たちはなかなか口を割らなかったが、宝暦8年11月3日（1758年12月3日）には、駕籠訴、箱訴人を厳しく取り調べた結果、一揆勢の指導者が判明した。藩主金森頼錦以下、郡上藩役人らの吟味も進められた。金森頼錦への尋問は、郡上藩の年貢徴収法改正に対して幕府役人である美濃代官が介入した件についてどのような関与を行ったかと、気良村甚助の違法な処刑、そして石徹白騒動の処理についてであった。吟味の最中、宝暦8年9月26日（1758年10月27日）に金森頼錦は松平遠江守に預かり処分を受けた。そして郡上藩士の多くが江戸に呼び出されている状況が続いているとして、宝暦8年10月2日（1758年11月2日）には彦根藩に対して治安維持を目的とした郡上への出兵が命じられた。宝暦8年（1758年）11月以降、厳しい尋問によって病人、そして牢死者が続出することになる。宝暦8年12月末の判決言い渡しまでに、駕籠訴人の切立村喜四郎を始め名が明らかである農民だけで16名が牢死した。また切立村喜四郎の遺体は取り捨て扱いとされた。厳しい取調べは農民ばかりではなく郡上藩役人らにも及び、郡上藩の検見取採用時に活躍した黒崎佐一右衛門も牢死した。また幕府高官から農民に至るまでの大勢の人々を連日のように取調べることは、評定所御詮議懸りにとっても負担が大きかったようで、御詮議懸りの勘定奉行菅沼定秀は宝暦8年12月11日（1759年1月9日）、評定所で体調不良を訴えて退席し、宝暦8年12月24日（1759年1月22日）に死去する。そして厳しい尋問が続く中、吟味が大詰めとなった宝暦8年（1758年）12月には、駕籠訴人、箱訴人、そして一揆の指導者から「公儀を恐れず」という発言が飛び出し、評定所御詮議懸りは更なる厳しい取調べを命じることになった。