ポニー・エクスプレスはアメリカ合衆国の中央部と北部の郵便ルートが使えることを証明したが、その会社はこの経路で郵便を配達する契約を得られなかった。その契約は南部の連邦議員に覚えが良いバーターフィールド・オーバーランド・メイル駅馬車ラインを引き継いだジェレミー・デハットに1861年3月に与えられた。ホラデイがその駅馬車のためにポニー・エクスプレスの駅を引き継いだ。その契約が与えられた直後に南北戦争が始まり、駅馬車の運行も止められた。1861年3月からポニー・エクスプレスはソルトレイクシティとサクラメントの間のみで運行された。最初の大陸横断電信線がソルトレイクシティにまで達し、オマハとサクラメントの間を繋いだ日から2日後の1861年10月26日、ポニー・エクスプレスはその運行の閉鎖を発表した。他の電信線が経路上の地点を結び、東海岸と西海岸の他の都市を結んだ。ポニー・エクスプレスは9万ドルを売り上げたが、20万ドルの損失を出した。南北戦争が終わった後の1866年、ホラデイはポニー・エクスプレスの資産とバーターフィールド駅馬車の名残を150万ドルでウェルズ・ファーゴに売却した。
ワマン・ポマの出生地および出生年については諸説あり、祖父及び両親の出身地にあたるチンチャイスユ（クスコ北部）のワヌコ・エル・ビエホであるとする説やクンティスユ（クスコ西部）ルカナス地方のサン・クリストバル・デ・ソンドンド村であるとする説などが有力視されている。また出生年については、ポスナンスキーの唱えたフランシスコ・ピサロのインカ帝国征服以前（1526年）とするもの、ルデーニャ・デ・ラ・ベガの唱えた征服後（1534年）とするもの、レブシゲルの唱えた1545年とする説など様々な説があるが、ワマン・ポマ自身は1615年の自身の書簡で自分のことを「齢80の老人」などと記述している。現在は1979年にアントニオ・パディーリャ・ベンデスーが発表した1550年説が最も有力となっている。自身の家系について、ワマン・ポマは次のように語っている。父方の祖父ワマン・チャバはインカ帝国成立以前にチンチャイスユを統治していたヤロビルカ家の君主であり、インカ王トゥパック・インカ・ユパンキと和平同盟を締結し、インカのチリ・キト方面征服に貢献した人物であったという。そして父親ワマン・マルキはインカ王ワスカルの副官としてインカ帝国に仕え、フランシスコ・ピサロがトゥンベスに上陸した際にインカ側の代表としてスペイン人を出迎えた人物であるとしている。ただしこれらの出自について、は自著『新しい記録と良き統治』に言及されているのみであり、同時代の他の記録からはこれらの事実は確認されていない。『新しい記録と良き統治』内では随所に父親あるいは祖父の功績が主張されており、研究者の中にはこれらの記述は自身の高貴さを際立たせる為の演出あるいは捏造であると指摘する者もいる。ワマン・ポマは幼年時代は出生地と考えられているサン・クリストバル・デ・ソンドンド村で過ごしていたが、一時期クスコへ移住し、1562年頃にワマンガ市へと移った。それから1571年まで巡察使クリストバル・デ・アルボルノスの秘書としてインディオの改宗状況の調査の旅へ帯同し、ワマンガ地方を転々とした。この旅は各地のアンデスで暮らす人々の生活や習慣と触れる機会となった。その後再びクスコへ戻り、インカ皇族や教会関係者に仕えることでスペイン語をはじめとする様々な知識教養を吸収した。1582年頃に再びアルボルノスの秘書としてリマを訪れ、翌年同地で開催されたリマ教会会議の議事翻訳作業に従事するなど、どちらかといえばスペイン征服側の協力者の立場として過ごしていた。1590年後半、ワマン・ポマの父親、ワマン・マルキがこの程死去するが、マルキが所有していた土地が財産継承者であるポマの不在を理由にスペイン人ドミンゴ・ヤウレスに明け渡されるという事件が発生した。これに対しポマは1597年に土地の所有権と受益権の返還を求める訴訟を起こしたが、これに敗訴。1600年12月、虚言を弄し、土地を搾取しようとしたとしてポマに対し鞭打ち200回、2年間のワマンガ市追放及び罰金200ペソの支払いが言い渡された。この時の事をポマは作品上で「本来、インディオの権益を守るべき立場にあるはずの地方官吏はその役割を果たそうとしていない」として激しく非難している。この事件をきっかけとしてポマはスペイン人支配下でインディオがどれほどもがき苦しんでいるかを後世に伝える為、これらの出来事を体験し、記録する為に放浪の旅に出ることを決意した。その後ポマはカストロビレイナ、ナスカ、イカ、ピスコ、カニェテなどを歴訪し、リマへ向かう。そしてリマでしばらくの間滞在し、スペイン語を解さないインディオ達の権利を守る為に働いたとしている。数年後、ポマは生地であるサン・クリストバル・デ・ソンドンド村へ戻るが、「みすぼらしさ故に家族や親族ですら自分を気付かなかった」ような状態であった。このため村の住民からは歓迎されず、結局長く滞在する事無くこの地を去っている。さらに放浪の旅を続け、1614年に当時滞在していたルカナス・アンダマルカス地方を発ち、再びリマへ向かう。これは地方での惨状を綴った手稿をスペイン副王へ直接手渡し、インディオに対する保護を訴える事を目的としたものであったが、リマでは副王に面会すら叶わず、1616年に他界した。結局この書簡は1615年にサンティアゴ・デ・チアポからフェリペ3世宛てに送付されたが、これにフェリペ3世が目を通したかどうかは定かではなく、日の目を見るまで3世紀以上を待たねばならなかった。