二百年前の標本でも十分に見られるものがあり、長野県の旧諏訪高島藩士・渋江民右衛門古伴が1719年に採取したものは、採取場所や採取年月日が明らかなものとして日本最古であり、保存状態もきわめてよく、収蔵する諏訪市博物館で不定期に公開されている。また、細部は分かりにくいものの、湯で戻せば一応原型に戻る。しかし常に乾燥状態を保ち、またタバコシバンムシ、紙魚、コナダニ、コナチャタテムシ等の微小昆虫が入り込まないようにする工夫が必要である。これを怠ると、ボロボロにされてしまう。湿気を吸収した場合は、カビが生えることもある。専門的な施設では、ヒ素を台紙面に塗るなどの方法が使われる。大きな施設では定期的に燻蒸する場合もある。
両面にビニールが貼っていないタイプのシート乾燥材を使えば、小さな物ならばスライスせずに作成できる。しかしキノコは乾燥させると乾燥剤と同じような性質を持ち、湿気を強く吸収して再び柔らかくなってしまう。密閉性が高いプラスチック容器に強力乾燥剤と一緒にして入れなければ、長期保存はできない。
葉などが落ちてしまう場合。元気な枝を取ってきても、押さえているうちにバラバラとこぼれてしまう。落ちたものを拾い集めて添付することはできるが、それでは原型を留めない。特にツガなどの針葉樹は無残な姿になる。この現象は、植物が自ら葉の根元に離層を形成するためであり、それらを絶ってしまえば起きないから、採集したものを熱湯や薬剤で処理すると止められるとも言われる。しかし種類によってはその処理の時点で葉を落とす。同様にこぼれ落ちやすいものに、熟した痩果や種子など、元々外れやすいようになっている構造がある。それらはこぼれて無くならないよう、拾い集めて小さな紙包みなどに収納して保存する。標本を台紙に添付する場合には、同じ台紙の片隅に張っておく。
もう一つ、標本になりにくいものに多肉植物や着生植物がある。これらは水分を多く含むだけでなく、それを逃がさない構造を持っているので、少々のことでは乾燥されてくれない。某植物学教室でセッコクを標本にしようと紙に挟んで乾燥機にかけ、一週間後に開けて見ると中で花を咲かせていた、という伝説がある。マングローブ植物も乾燥しない。いくら乾かそうとしても葉の水分を保ったままで枯れて行き、しまいには葉肉が腐敗してからクチクラが壊れてあふれ出し、回りの標本を巻き添えにする。サボテンなどになると、これはもうスライスして乾かすことになる。煮沸かホルマリンによって殺してから乾燥する方法もとられる。
逆に柔らかすぎるのもやっかいで、水草、海草などは新聞紙に張り付いて固まってしまう。そういうものはあらかじめ台紙の上に広げて、台紙ごと新聞紙に挟んで乾燥させるなどの対応をとる。
植物採集にあるとおり、植物の構造には単位としてのシュートが繰り返されているというパターンがある。標本はこれを少なくとも一つ含むべきである。従って、これがやたら大きいものは、切り捨てて省略することが困難となり、標本は非常に大きいものにならざるを得ない。その典型がバショウ科とヤシ科である。これらはともに一枚の葉が数メートルに達する上、花序や果実も非常に大きく、花や果実の揃った標本を作ると一点で10kgを越えることがある。しかも乾燥させづらい。そのため採集者泣かせで知られ、一枚の葉の一部のみを標本とする例もある。そのために標本研究が進まない側面があるという。
折り曲げる。細い茎が新聞紙の長さの数倍ある、という場合には、数回折り曲げて収納する。折り方はできるだけ急角度でWやNの字の形に折った方が人為的に折り曲げたものとしてわかりやすい。小さい角度で折ったり、ゆるく曲げるようにすると全体の形を見誤りやすくなる。できるだけつながりが分かりやすいように配置するのがこつ。部分的にカットする。一応枝に数枚の葉があればその特徴が見て取れるから、邪魔な枝や葉を切る。この時根元から切り取らないのが元の形を残すので良い。しかし、葉一枚すら大きすぎるものもある。それも部分的に切ることがある。たとえばシダ類の葉は、たいてい左右がほぼ同型だから、例えば左側の羽片を半ばからカットしても全体の形を見誤ることは無いだろう、ということで切り捨ててしまう。あえて全部を収めるなら、切り分けるしかない。葉と花がともに大きい場合など、とにかく一枚に収まる部分に切り分けて、通し番号か何かで同一のものであることを示しつつ別々に標本にする。切り捨てるよりはこの方がよい。
この期においてはマスコット的な役割を前面に出されている。そのことから、非常に俗っぽく「親父」らしい面が多く見られるようになった。第4シリーズ以降の少々過保護な言動に加えて、肥満を気にして様々なトレーニングを試す（蓄音機をルームランナーとして使用するなど）、花火の爆音で気絶（7話。その直後鬼太郎を救うため、命懸けで地獄の炎を借りたことで克服した模様）、お笑い番組を少しズレたセンスで楽しみ駄洒落を連発する（11話）などである。流行に割と敏感で、ミーハーな所も時折見せる。15話では自転車を欲しがる鬼太郎のためにバイトして自転車を買ってあげた（ただし鬼太郎は自転車に乗れていない）。2話で猫娘を鬼太郎の嫁にと考えている発言をしているが、その直後に親子して彼女にかなり失礼なことを言っており、どこまで真剣か疑わしいが、結婚するのは自分ではなく鬼太郎だということを自覚しており、妖怪には人間とは比べ物にならないほど長い寿命があるのだから、無理強いするつもりはない。5作の設定を取り入れた漫画「妖怪千物語」四巻では、猫娘の料理を高く評価しているが、その料理を貶してたたき落としたねずみ男にバケツの水をぶっかけたり彼が逃げ去った後でも化け猫顔で唸りながらコマの枠線に噛みついたりしている猫娘を見て、目玉おやじは鬼太郎の髪の中に避難し「将来は鬼嫁」と言っており、鬼太郎も苦笑しながら同意している。終了翌年に田の中が死去したため、彼が演じる目玉おやじはこれが最後となった。