当駅におけるJR線への乗り換え案内では『JR総武快速線はのりかえ』と、路線名までアナウンス（表示）する。他に路線名まで案内されるのは明治神宮前駅、北千住駅、高田馬場駅などのみで、その他の駅では基本的には『JR線』としか案内しない。因みに、英語の案内・表示では『JR Sobu-kaisoku Line』となる。なお、半蔵門線ホームでの乗り換え案内放送では2000年代初頭まで銀座線しか放送しておらず、現在でも市販の地図に掲載されている路線図では、三越前・新日本橋（JR総武快速線）両駅が乗り換え扱いになっていないものもいくつかある。
2018年7月27日より銀座線ホームで、同年9月8日より半蔵門線ホームで発車メロディの使用を開始した。ともに曲は民謡「お江戸日本橋」である。メロディの制作はスイッチで、1番線と4番線のバージョンは福嶋尚哉、2番線と3番線のバージョンは塩塚博が編曲を担当した。
銀座線・半蔵門線のいずれも島式ホーム1面2線を有する地下駅。両線は改札外連絡となり、乗り換えるためには一旦改札を出場し、「夢ロード」と呼ばれる連絡通路を経由する。東京メトロが公表している乗り換え時間の目安は5分となっている。2013年に連絡通路の拡幅工事が完成し、従来の倍以上の幅員となった。銀座線の駅と新日本橋駅の位置はそれほど離れていないが、新日本橋駅が地下深くにあるため、乗り換え時間の目安は4分である。また、半蔵門線の駅と新日本橋駅は銀座線の駅を挟んで反対側にあり、両駅の乗り換え時間の目安は10分とされている。トイレは従来半蔵門線の改札内に2か所設置されていたが、2007年4月に銀座線中央改札外コンコースにオストメイト対応設備やベビーシートを設けた多機能トイレや幼児専用トイレが新設された。なお、半蔵門線側の押上側改札口内のトイレには多機能トイレが併設されている。銀座線の浅草寄りには非常用の片渡り線が設けられている。半蔵門線は1989年の開業時から1990年の水天宮前駅延伸までの間、現在の4番線を下車専用ホームとしていったん押上方面に引き上げた後、3番線に折り返して始発電車として発車していた。現在は折り返し設備は撤去されて折り返しは不可能である。当駅は、「日本橋駅務管区 三越前地域」として近隣の駅を管理している。
日本では2006年3月まで地方財政法の定めにより、地方債発行には総務大臣（旧自治大臣）または都道府県知事の許可が必要であった（地方債許可制度。ただし2006年4月からは、財政難の自治体を除き、国と地方自治体が事前協議したうえ、地方自治体の判断により発行する地方債協議制度へ移行）。一時的に税収が不足したときや、会計制度上財政が逼迫しやすい会計年度末に少額・短期間採られることは多い緊急措置的手段として、国や都道府県などが出資する基金を運営する団体や銀行・信用金庫など融機関から「一時借入金」として受けることは認められている。ヤミ起債は、この緊急手段を利用して、他関係との資金のキャッチボールを繰り返し、実質的に借り換え継続することによって長期の借り入れをすることで許可又は同意の必要な地方債の起債を回避することである。地方自治体がこのスキームを恒常的に扱う場合、自転車操業状態に陥ることがある。また、このような一時借入金によるヤミ起債は地方債とは異なり、会計年度末にはいったん精算されることから、実質公債費比率に反映されないため、財政状況の実態が外部からは把握が難しいという難点がある。2006年に夕張市が財政再建団体になった時に恒常的にヤミ起債をしていたことが広く報道されて、一般的に知られるようになった。
ヤミ起債（ヤミきさい）とは、地方自治体が長期の償還期限を定めた借り入れ契約を総務大臣（旧自治大臣）や都道府県知事の許可を得ずに締結すること。
十月革命以前、ペトローヴィッチは帝政ロシアのモギリョフ県（グベールニヤ）のクリモヴィチ（Klimovichy）郡（ウエズド）のシュテットルだった。それは歴史的にはベラルーシの土地であり、ロシア帝国の北西地方（Krai）の一部だった。その人口は、半ばユダヤ人であり、半ばベラルーシ人であった。街には教会とシナゴーグがあり、それぞれに学校が付属していた。アシモフの記憶によれば、その地にはポグロムは一度もなかった。その二つのコミュニティには誠意ある事業提携、さらに友好関係さえもあった。アシモフは、非ユダヤ人が少なくとも一度は、当地のシナゴーグに友好的な訪問をしたことがあるとも報告している。ロシア皇帝ニコライ1世（在位：1825年 - 1855年）はあるとき、大ロシア、またはロシア本土でユダヤ教徒居住区外に住まうすべてのユダヤ人の排除を命じた。しかし、富裕で強力なロシア地主は国境の両側に多くの土地を所有しており、国境標を不法に西からシュテットルの東に移動して、ペトローヴィッチのユダヤ人コミュニティを「民族浄化」から救った。こうして彼はこの街の住民の半数を多くの苦難から救い、彼らの才能や技能を失わずに済んだ。ペトローヴィッチは小麦売買の重要なハブであって、ユダヤ人小麦商人は正直さと手際のよさで尊敬されていた。ペトローヴィッチは数十年間はベラルーシの一部となった。第一次世界大戦とロシア革命、それに市民戦争が終わった後、街は再びロシアの一部となったが、ユダヤ人がどこに住もうとそれを禁止するものはなかった。1941年には、ペトローヴィッチはドイツ陸軍に占領された。そのとき逃げおおせなかったその地のユダヤ人住民は殺された。ソビエト時代の間、集落はロシア・ソビエト連邦社会主義共和国（RSFSR）のゴメリ県に短期間属したが、その後はRSFSRのスモレンスク州に移り、人口は著しく減少した。