2011年1月21日、ソマリア北東に1,300キロのインド洋上にて、ソマリアの海賊に乗っ取られていた韓国籍のケミカルタンカーの人質救出作戦を実施。海賊8人を射殺、5人を拘束し、タンカー船員21人全員を救出した。人質と韓国海軍側に死者はなかったこの作戦の過程で人質の船長は海賊の放ったAK47の弾三発、特殊部隊の放ったピストルの9ミリ弾かMP5の消音弾とみられる弾一発が当たり、海賊の弾が大腸や肝臓のある腹部を貫通して、これが生死にかかわる傷となった。特殊部隊の弾は船長の右脇から摘出され、右脇に負った銃創から15センチほど切開してうみを取り除いた後、炎症を起こして壊死した組織を切除する手術が行われた。特殊部隊の放った弾丸は直接当たったものではなく、壁か床を跳ねて当たった跳弾であった。人質救出作戦実行前、韓国軍は在韓米軍に協力要請をしているが、それに対する米軍関係者の第一声は「コメントのしようがない」であり、続けて韓国政府が決定を下したのならもちろん支援するが、海賊と人質が分離されていない状況での救出作戦はリスクが大きすぎるため作戦の実行は簡単には勧められない、とその趣旨を述べた。一方、韓国側でも李明博大統領は最終的な作戦実行指示を出す前に人命被害発生の可能性について尋ねると韓国軍関係者は一人二人の犠牲は甘受すべきかもしれないと答えている。また、安全保障関係部処の高官は、より多くの犠牲者が発生する事態を想定して、実際そうなった場合に備えて「国民向け声明」をあらかじめ準備していたともされる。この作戦を支援したオマーン海軍のライシ司令官は「韓国海軍特殊部隊は電光石火のごとく、一人の犠牲者も出さず完璧に作戦を遂行し、見事に成功した。本当に勇敢で優秀な部隊だと感じた」「韓国は自国の海軍特殊部隊を誇りに思うべきだ」、などと賞賛した。オマーンの英字日刊紙「マスカット・デイリー」は1面トップで人質救出作戦を「韓国の特殊部隊要員は、非常に珍しく大胆な『急襲』を展開、海賊8人を射殺、船員21人を救出した」と報じた。アメリカのヘリテージ研究所のブルース・クリンガー専任研究員は米軍事専門誌「DoD Buzz」に1月24日に寄せた寄稿文で、「今回の作戦は“ブラボーズール（Bravo Zulu 成功した作戦を意味する米海軍の俗語）”という賛辞を聞くに値する」と述べ、クリンガー研究員は、韓国が公海上で初めての軍事作戦を、それもかなり難度の高い作戦を成功的に遂行したと評価した。 彼は韓国海軍特殊部隊に賛辞を贈るだけではなく、危険な作戦の実行を決断した李明博大統領も認められると述べた。日本の軍事雑誌SATマガジンにおいて、飯柴智亮は完璧な作戦と賞賛している。
同月22日夕方、玉木代表と自由党の小沢一郎共同代表が東京都内のホテルで会談し、両党の合流へ向けての方針に合意したことが伝えられた。これを受けて、翌23日に行われた総務会では合流に向けての具体的な交渉を玉木に一任した。同月24日、玉木・小沢両代表の会談で衆参両院での統一会派結成に向けて、合意した。一時は参院での第一会派に躍り出るも、同日24日に立憲側が社民党との統一会派結成に合意。これにより、参院での議員数が「国民+自由」「立憲+社民」の両統一会派でそれぞれ27人となるため、慣例により立憲が再び参院第一会派を握ることになる。さらに、同日には藤田幸久参議院議員が国民民主党に離党届を、立憲民主党に入党届をそれぞれ提出した。2月25日に、アントニオ猪木参議院議員が会派入りし28人となり、一時的に参院第一会派に返り咲くが、3月6日に藤田を除籍し、翌7日に会派の移動を届け出たため再び野党第2会派となった。4月の第19回統一地方選挙では、前半戦においては立憲民主党が改選前を約3割上回る議席を獲得したのに対し、国民民主党は伸び悩んだ。玉木は4月10日に記者会見を行い、国民民主党の党籍を持つ無所属候補も含めると道府県議選では177人の立候補者に対し135人が当選したと明らかにし、「当選率は2015年の民主党よりも高い比率となった。厳しい中で、なんとか踏ん張ったのかなという気がする」とコメントした一方、立憲・国民両党の合計議席が前回の旧民主党の獲得議席を下回っていることから、「旧民主（系の勢力）で足して減っていることが本質的問題だ」と指摘した。4月26日未明に両院議員総会を開き、採決の結果、賛成多数で自由党との合併を了承した。なお、この採決では階猛・近藤和也・大野元裕・足立信也の4名の衆参両院議員が合併に反対した。自由党が解党し、国民民主党に合流する形をとり、党名や政策は国民民主党のものを継承する。同日、合併手続きを行い、山本太郎を除く6人の自由党衆参両院議員は国民民主党に入党し、自由党は総務省に解散を届け出た。5月11日、自由党との合流に反対していた階が党岩手県連の会合で離党する意向を表明。同党岩手県連代表の黄川田徹前衆議院議員と県連副幹事長の高橋但馬県議も離党を表明した。その後も離党の動きは続き、同20日には大野が離党の意向を表明。26日までに岩手県連では階ら3名に加え、新たに5名の地方議員が離党届を提出し、同日受理された。29日には党総務会で階の離党届が受理され、また、山井和則国対委員長代行も離党を検討していることが明らかとなった。大野、山井はその後離党届を提出。大野の届け出は6月25日に受理されたが、山井は参院選後の7月24日に除籍処分となった。