ポケモンたちが主役のダンジョンRPG「ポケモン不思議のダンジョン」シリーズの第4作目となる。人間だったはずの主人公がポケモンになり、パートナーや仲間のポケモンたちと共に、その時々で姿を変える「不思議のダンジョン」を冒険する。本編第5世代の後期に発売された作品なので、この当時のポケモンの総数が649種である。それにもかかわらず、登場ポケモンはBWを中心にわずか153種と少ない。なお、主人公として選べるのはピカチュウ・キバゴとイッシュ御三家の5種類。性別設定できるのはパートナーのみ。ここまで減った為性格判断も削除されている。ハードを3DSに移行したため3DSの機能を使用した新機軸が多数存在する。例えば、グラフィック性能が大きく進化したため、ドット絵から3Dポリゴングラフィックで描かれるようになった。フェイスイラストに加え、ポリゴンキャラのモーションによってポケモンたちの感情表現が豊かになっている。また、すれ違い通信機能を使用した「ともだちきゅうじょ」システムや3DSのカメラを使用し丸い物を撮影するとマグナゲートが出現するシステムも新機軸の1つである。
今回のストーリーはアニメ3年目冒頭のプロフェッサー・コブラとヨハン・アンデルセン等4人の留学生が入学するところから始まる。プロフェッサー・コブラは赴任早々「パートナー・デス・クロージャー・デュエル」を開催しすべての生徒にタッグを組ませデュエルをさせる事を宣言した。この冒頭イベントは共通だがタッグパートナーによりそれぞれ個別のストーリーが展開される。
収録カード数は「TACTICAL EVOLUTION」までと「GLADIATOR'S ASSAULT」の一部を収録した2889枚で4人通信対戦やミニゲームも可能となった。アニメ2年目で登場した斎王琢磨、エド・フェニックス、ティラノ剣山、3年目で登場したヨハン・アンデルセン、オースチン・オブライエン、ジム・クロコダイル・クック、アモン・ガラムが初登場。『遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX タッグフォース』で好評だった3Dアニメーションやフルボイスが引き続き採用されている。
前作より3年ぶりのリリース。また、前作に引き続きドラマタイアップである。2曲とも33作目のアルバム『転生 TEN-SEI』よりシングルカットだが、「命のリレー」は、2004年に行われた夜会 VOL.13「24時着 0時発」で披露された音源を収録。なお、このシングルには『トーキョー迷子』（1991年）以降のシングルに収録されているタイトル曲のインストゥルメンタルが収録されていない。ベストアルバム『十二単〜Singles 4〜』には表題曲・カップリングともに収録されている。
福島県双葉郡幾世橋村（現在の浪江町）出身。浪江郵便局で通信事務員として働いた後、早稲田大学高等予科で学んだ。福島新聞社で記者、主筆を務めた後、福島民友新聞社副社長を経て、1936年（昭和11年）に福島新聞社社長に就任した。また福島県会議員に4度選出され、1931年（昭和6年）からは議長を2度務めた。1937年（昭和12年）、第20回衆議院議員総選挙に出馬し、当選。1945年（昭和20年）から2年間福島市長を務めた。戦後、公職追放となり、追放中の1949年（昭和24年）に死去した。
釘本 衛雄（くぎもと もりお、1880年（明治13年）5月25日 - 1949年（昭和24年）6月23日）は、衆議院議員（立憲民政党）、福島市長。
大宝3年（703年）に中臣為恵により創祀されたと伝わる。永禄年間（1558-70年）の兵乱により社殿等を失ったが、寛政3年（1791年）には旧に復した。近在の玉林寺がかつての神宮寺であった。旧社格は村社。
社伝に、天長6年（829年）に伊香厚武が創建したとする。厚武は「大夫厚武」とも称し、伊香宿祢豊厚を祖とする伊香氏の末孫であるといい、伊香氏は中臣氏の同族なので、中臣氏の祖神である天児屋根命と伊香津臣命を奉斎したものという。しばしば野洲川の氾濫に見舞われたため、『己爾乃神社之縁由書』という1冊を残して神宝や古記録を流失している。また若一王寺という神宮寺もあり、その跡を継ぐのが近在の蓮光寺であるが、『近江輿地志略』には神社付近に伝教大師（最澄）作という仏像を安置する薬師堂があったと記すので、それが本地仏を祀っていたものと推測される。後に神祇管領の吉田家より正一位の宗源宣旨を受け、現に「正一位若一大権現」と記された神鏡を伝えている。旧社格は村社。
レベル10になり、マテリアライズテストをクリアすると習得できる。タイミングよくスキルを使用することで、連続攻撃が可能となる。コンボ中は攻撃が必中。コンボを使用すると画面にコンボゲージが表示され、ゲージの後半にある縦線2本のうち、1本を超えている状態でなおかつゲージの最後より手前のタイミングでスキルを発動すると、コンボがつながる。ちなみに2本目の縦線の上、つまりゲージが赤色のときにおすとExcellentと出て、それに近いとgood、ギリギリコンボ成功だとbad、失敗するとmissとでる。11コンボを超えると急に難易度があがる（PCの性能によってはほぼ不可能の場合がある）。コンボ中は相手の防御率・回避率がいくら高くてもすべての攻撃が必中する。またGood以上の判定の場合、そのスキルのダメージが若干増大する。15コンボを超えるとお知らせに「○○さんが○○コンボに成功しました。」と出る。次々と敵を切り替えながらコンボを使うのが長く続けるこつであるが、ボスのときなどは切り替えなくて済むので集中ができ、長いコンボがでやすい。通常時はスキルのあと、スキル発動後の余韻があるのだが、コンボの場合その部分が省略される場合がある。