Scientific Reports は、論文掲載料に基づくビジネスモデルで成立しており、概念上PLOS ONE と似た、メガジャーナルとみなされている。本誌の編集委員会は委員数千人と規模が非常に大きい。査読モデルとして、受理される論文は「方法論と分析が科学的に正当で、技術的にしっかりとしていなければなら」ず、査読者は論文を「自身の感じる重要性やインパクトで評価していない」ことを確実にする必要がある、という2点の規準を採用しているが、この手法は疑問視されている。リトラクション・ウォッチが伝えるところによれば、複製・改竄された画像を含む2016年の論文が査読で看過されなかったことも非難を招いた。最終的にこの論文は、2016年6月に撤回された。 編集者のマーク・マスリン (Mark Maslin) は、追加料金を支払うことで生物学論文の査読を優先的に行う試験プログラムを導入したことで、辞任に追い込まれた。このプログラムは、1か月間続いた。
本誌のすべての掲載論文は、Chemical Abstracts Service、Science Citation Indexで抄録と索引を作成、Index Medicus、MEDLINE、PubMedでは一部の論文の抄録と索引を掲載している。Journal Citation Reports によれば、本誌の2018年のインパクトファクターは4.525である。
2011年8月4日、横浜市が育鵬社版の歴史・公民教科書を採択した。複数の市民団体や日本共産党、韓国民団などが「戦争を賛美し、日本国憲法を敵視している」などとして育鵬社版・自由社版の教科書の不採択を求める運動や請願を活発に行う中で、記名投票による教科書採択の結果、育鵬社版の教科書が採択された。横浜市教育委員会委員長の今田忠彦は、「勇気を持って答えを出した」「多くの辞任要求を出され、誹謗中傷を受けた。子供のためという美名のもとのイデオロギー闘争だ」と、採択終了後の記者会見で述べた。定例会後、不採択を求めて約11万1000人分の署名を市教委に提出した市民団体「横浜教科書採択連絡会」のメンバーは「教育委員の思想信条で子どもたちの教科書が決められた」と批判した。なお、育鵬社の教科書を支持した委員は6人中4人で、4人は全員、前市長の中田宏が任命した委員であった。新市長の林文子が任命した委員である奥山千鶴子は「教科書は歴史書ではない。解釈がはっきりしないものが多いと学習の妨げになる。歴史認識が極端でないことが大切。国民主権、基本的人権の尊重、平和主義という日本国憲法の基本がきちんと書かれていることを重視したい」、同じく林が任命した委員の山田巧（市教育長）は「横浜の子どもの学習実態を見れば、歴史観というよりも基本的な知識や概念の習得が大切だ。頭の中を整理しやすいことや、わかりやすさを求めるべきだ。歴史書が好きな人はたくさんいるが、それと教科書は分けて考えた方がよい」として、他社の教科書を支持した。この教科書について、育鵬社の教科書を批判する戸塚区の区民団体が「全国で反対され評価の低い」「高校受験・大学受験も不安」「市教育委員会の採択過程にも疑問」などと批判している。。
G大阪と神戸の関西からの降格組が、終始昇格争いをリードする展開となった。神戸は開幕3連勝、開幕後10試合で8勝1分け1敗とスタートダッシュに成功。第2節から第15節まで首位をキープし、序盤戦の上位争いを引っ張った。G大阪は序盤こそ10試合で5勝5分けと若干もたついたものの、第14節から6連勝を記録するなど徐々に調子を上げ、第15節でシーズン初の首位に浮上。以降は両チームとも大きく取りこぼすことなく勝ち点を積み重ね、一度も3位以下に落ちることなく早々に自動昇格圏を固めた。G大阪は第35節で首位の座を神戸に明け渡したものの、39節の勝利で奪還、同時に3試合を残して1年でのJ1復帰が決定。神戸も続く第40節で、敗れたものの3位京都の敗戦により昇格を決めた。最後の1枠をかけたプレーオフ圏争いは多くのチームが終盤まで可能性を残す混戦となったが、J1経験組の山形や東京V、序盤の好調を維持できなかった栃木や岡山などがまず脱落。残りのチームが団子状態で争う中、第32節から38節まで7連勝を記録した京都が一歩抜け出し、第41節に1試合を残して3位の座を確保した。残る4位から6位までの3つの座に対し、序盤から常に上位を争ってきた長崎と千葉、後半に入り猛追してきた徳島、札幌、松本の計5チームが可能性を残す状況で最終節を迎えた。最終節、4位長崎と6位徳島の直接対決は徳島が制し、勝てばプレーオフ圏が決まる7位の札幌は北九州に痛恨の引き分け。8位松本は愛媛に勝利したものの、5位の千葉が鳥取に2点を先行されながらロスタイムに追いつく劇的な展開で、起死回生の勝ち点1を確保。この結果、プレーオフ圏は3位京都、4位徳島、5位千葉、6位長崎で確定。J参入1年目の長崎は、第13節で一時は2位にまで浮上するなど新規参入チームの成績記録を大幅に更新し、いきなりのプレーオフ進出を果たした。一方の下位争いでは、前年からの経営難に苦しむ岐阜が開幕から大苦戦し、第1節から第18節まで最下位に低迷。これに加え、第19節に最下位に転落した群馬や、富山、北九州、熊本などが残留争いに巻き込まれることになったが、第29節に監督を交代した鳥取が、以降最終節まで未勝利（5分け9敗）と完全に裏目に出る形となり、第34節で最下位に転落。そのまま抜け出せすことが出来ず、第41節で最下位が確定した。その後JFLで2位となった讃岐がJ2ライセンスを認められたことにより、入れ替え戦への出場が決まった。またこのシーズンは先述した岐阜のほか、福岡に資金ショート寸前まで陥る経営危機が発覚。栃木も債務超過解消のため運営方針見直しを表明する など、クラブライセンス制度の本格運用開始を控え、緊縮財政を取るチームが目立った。