その後、天正10年（1582年）3月、武田氏が滅亡すると牧野城の存在意義が薄れ、天正18年（1590年）に廃城となった。明治維新を迎えると、元将軍の徳川慶喜が駿府に配されると慶喜を慕って随従した旧幕臣たちが、自活のために荒廃していた牧野城周辺に移住して開墾し主に茶畑とした。現在も城址一帯は茶畑となっているが、比較的保存状態が良く、大掛かりな堀や曲輪などが残っている。昭和29年（1954年）3月26日、城跡の一部が静岡県の史跡に指定され、発掘調査を経て昭和50年（1975年）11月25日には国の史跡に指定、平成14年（2002年）12月19日には一部区域が追加指定を受けている 。現在の史跡指定地は、南北約580m、東西約1,450m、約11万3千m²に及んでいる。平成29年（2017年）4月6日、「続日本100名城」（146番）に選定された。
その後も勝頼は遠江への攻勢を強め、天正2年（1574年）には主要拠点であった高天神城も武田氏の手中としている。ところが天正3年（1575年）5月、長篠の戦いで武田軍が織田徳川連合軍に大敗した。徳川家康は直ちに反攻に転じて三河・遠江の武田氏の各拠点の攻略に乗り出し、諏訪原城にも攻撃をしかけた。1ヶ月余りの攻防戦が繰り広げられたが、城主今福浄閑斎が討死し、残った城兵は夜半に紛れて田中城に逃亡して落城した。徳川氏が奪取した日時は、天正3年8月（日付は異同あり）とされる。攻略後、徳川氏はこの城を拠点に武田勝頼軍の動向を監視・牽制を続け、殊に高天神城への大井川沿いの補給路を封じたことで戦いを有利に導いた。また徳川氏は武田氏の縄張りをそのまま引き継いだが、この時期に堀や丸馬出しを更に増強、大手曲輪なども築き、より東海道に近接した縄張りになったと考えられている。
永禄12年（1569年）、駿河・遠江を領していた今川氏が武田氏と徳川氏に挟撃され滅亡し、駿河は武田氏に、遠江は徳川氏の所領となった。しかし、間もなく両氏は争うようになり、元亀2年（1571年）に武田氏当主・武田信玄は遠江南東部の高天神城を攻撃した。このときは落城させることができず撤退したが、翌元亀3年（1572年）には徳川氏に大攻勢をかけ、二俣城などの諸城を落城させ、さらに本拠地・浜松城から討って出た徳川氏当主・徳川家康を三方ヶ原の戦いで破った。翌元亀4年4月（1573年5月）、信玄は病死するものの、跡目を継いだ武田勝頼も遠江の獲得を目論んだ。天正元年（1573年）の諏訪原城の築城もその一環であり、普請奉行馬場信春、その補佐を武田信豊に命じ、東海道沿いの牧之原台地上に城を築かせたという。ただし、このことを記す史料が『甲陽軍鑑』など後代に成立した史料のため、築城者については確定できないものの、この時期の築城は間違いないと考えられている（『武徳編年集成』には永禄12年（1569年）に「金谷城」を築城したとあるが、この城が諏訪原城と同一かどうかは断定できない）。信玄後期から勝頼期に建設された城郭の特徴である、台地の突端部を利用し戦闘正面を限定させる構造となっている。甲州流築城術の特徴である丸馬出及び三日月堀が3ないし5箇所あり、枡形虎口などの遺構も残る。城の三方は台地の断崖となっており、前面の巨大な空堀がこの断崖へと続いている。小山城と共に、大井川西岸の防衛線及び高天神城への補給線を確保する重要な拠点となった。
武田軍が遠江（徳川領）攻略の出城として築城し、天正3年（1575年）には武田氏と徳川氏で激しい戦いが繰り広げられたが、同年8月落城、徳川氏の城となる。
1780年に批准され、その大半はアダムズが起草したマサチューセッツ憲法は、アダムズの政治と社会に関する見解と密接に結びついて政府を構築していた。この憲法は特別の委員会で起草され、人民によって批准されたことでは最初の憲法だった。また両院制の議会、明白で他とは異なる行政府（拒否権が行使できるが、行政委員会によって拘束される）および独立した司法府があることでも最初のものだった。アダムズはロンドンに居た1787年に『アメリカ合衆国政府について憲法の擁護』と題する著作を出版した。この中でテュルゴーなどヨーロッパの著作家が国家政府の枠組みに関する悪意について書いていることを批判した。テュルゴーは貴族制を欠く国は両院制議会を持つ必要が無いと主張していた。共和制政府は「あらゆる権限を一極に、国の中心に」集めるものと考えた。アダムズはその著書で「裕福で、生まれが良く、有能な者であれば、上院で他の者とは別に置かれるべきであり、それで他の者が下院を支配することを妨げる」と提案した。歴史家のウッドは、合衆国憲法が批准される時までにアダムズは知性上不適切になっていたと主張した。この時までにアメリカの政治思想は、10年以上にわたる活発で探求的な議論と経験に基づく圧力を形成することで変化し、政府を社会的財産の鏡として理解する古典的政治概念を棄てていた。アメリカの新しい人民主権の考え方は人民全体を領域内における権力の唯一の所有者として見ていた。政府のあらゆる役人は人民の権力のほんの一部を限られた時間のみで享受する。アダムズはこの概念を見失っており、古い政治観に固執し続けていることを示している。しかしウッドはアダムズによる「共和国」の特別な定義と人民によって批准された憲法への支持を見落としている。また抑制と均衡についてのアダムズの信念も過小評価している。アダムズは「権力は権力に対抗し利益は利益に対抗しなければならない」と記しており、この考え方は後にジェームズ・マディソンの有名な『ザ・フェデラリスト』第51編で、新憲法下で連邦政府各府の権力を説明する際に、「大望は大望に対抗させるようにしなければならない」という文章で再現された。アダムズはその知的活動域の中で「抑制と均衡」という概念を他の誰よりも持っていた。