在日米軍赤坂プレスセンターにはヘリポート「麻布ヘリ基地」があり、頻繁に発着陸する危険および騒音に対して、近隣住民からは返還運動も出ている。六本木トンネルの工事中、ヘリポートが縮小を余儀なくされると、1983年から都立青山公園の南側の敷地4,300m²を東京都が代替地として貸与したが、1993年トンネルが完成した後も、公園の敷地は返却されなかった。2007年1月12日代替地4,700m²の返還と緊急時や災害時のヘリポート利用を条件に同地の返還を断念することを東京都と米軍は合意した。返還される代替地は青山公園の一部として追加整備されるが、結果的にアメリカ軍は使い道の乏しい遊休地を手放す代わりに、青山公園の南側を潰してヘリポートを大幅に拡張することになった。
横田基地、厚木基地、嘉手納基地などをはじめとして、多くの基地が住宅地域の付近にあるため、付近住民らは航空機の騒音や、地域住民に対する様々な犯罪に対する不満を表明している。
沿岸警備隊は、空軍横田基地内に沿岸警備隊極東支部（U.S. Coast Guard Activities Far East）が置かれている。過去には南鳥島、硫黄島などにロラン局や通信所が置かれていた。
合同披露宴から5年後、大隈・富貴子夫妻の娘・瑠璃は4歳となった。大隈は瑠璃を溺愛し、夫婦仲も悪くなかったが、富貴子は夫に対し、ふと嫌悪感が湧き上がる瞬間があった。一方、入籍はしたものの、別居生活を続ける綱輝・美輪子夫妻。美輪子は眞澄とともに、富貴子の身を案じていた。祖母・萌子は病に倒れ、入院生活を送る日々。ある日、大隈家を訪れた綱輝は、瑠璃の姿を見て、幼い頃の自身の妹に似ていたことから、合同披露宴前夜に富貴子と愛し合った時の子ではないかと問い詰めるが、富貴子はそれを否定する。そこへ大隈が帰宅した事から、慌てて綱輝をリビングから脱出させる富貴子。ローズサロンで接客していた美輪子は、靴も穿かずに現れた綱輝の様子に驚く。別の日、瑠璃が通う幼稚園を訪れた世奈子は、一目見て瑠璃が大隈の子ではないのではと疑念を抱く。そして世奈子からその話を聞いた大隈は、還暦を過ぎてからも精力旺盛だと自負していたものの、病院で検査を受けた結果、先天的な精子無力症だと診断され、自身の子ではないと確定し愕然となる。富貴子と美輪子に裏切られた怒りから、大隈はナイフを手に『富貴長春図』の油絵を切り裂く。世奈子から瑠璃の実の父親が綱輝だと聞かされた美輪子がすぐさま富貴子の元に駆けつけると、態度が豹変した大隈から瑠璃の身の安全を守るため、瑠璃を一旦西山（瀬尾）家に預けるよう提案。怒りの収まらない大隈は、さらに甥の伸介を呼び寄せ、大隈邸に居候させる。用心棒の伸介には、富貴子の監視をさせるだけでなく、自身に代わって大隈家の血筋を遺すべく、富貴子との関係を無理矢理持たせようとする。その頃、美輪子は預かっていた瑠璃を自分で育てたくなり、別居中だった綱輝を呼び、偽装結婚の解消を申し出る。綱輝との夫婦関係までも一変した美輪子の態度に、富貴子が瑠璃を連れて帰ろうとしたところ、萌子の容態が急変したという知らせが。眞澄・瑠璃とともに、病院に駆けつけた富貴子と美輪子に、萌子は姉妹で仲良くするよう言い残し息を引き取る。別の日、瑠璃に会う為に大隈邸を訪れた杉彦は、富貴子が伸介に無理矢理関係を求められ逃げ惑う姿を目にする。姉を救いたい一心で富貴子が逃げ込んだ和室で伸介と対峙した杉彦は、投げ飛ばされた拍子に手にした床の間の模擬刀で、伸介の首筋を刺し死なせてしまう。大隈家で、警察の現場検証が行われている。杉彦は警察官からの問いかけにも応じられる状態ではなく、ただ震えるばかりであった。事情聴取に応じる大隈。その傍らで、富貴子は呆然として涙を流すばかり。事件を知った、峰靖・伊佐子が大隈家へと現れた。兄弟揃って殺人犯となってしまった事に、ショックを受ける2人。杉彦は警察へと連行されていった。世奈子から連絡を受け、大隈家へやって来た眞澄。富貴子の様子を見て驚く眞澄。富貴子は事件のショックで、精神に異常をきたしてしまったのである。大隈は、すっかり変わってしまった富貴子を持て余していた。眞澄は富貴子を引き取る事を2人に告げた。富貴子は入院する事になった。ベッドで横たわる富貴子を見て美輪子は、自身がぼたんを喪い一時精神を病んでいた時の事を振り返っていた。美輪子は綱輝と瑠璃に対し、「自分が富貴子の世話をする」と言う。『マダム・ヨナ』でワインを飲みながら、苦悩を打ち明ける大隈。世奈子は「いざとなったら 自分が世話をする」と慰めていた。その頃、吉田家は杉彦が起こした事件の影響でついに廃業寸前に至っていた。週刊誌にも過去の多摩留のストーカー殺人事件と合わせて報じられ、「殺人天ぷら店」のレッテルを貼られてしまい、店の外壁には落書きまでされていたのである。そこへ眞澄が瑠璃を連れて訪れた。血はつながっていないとはいえ、たった一人の孫娘の姿に目を細める峰靖。月日は流れ、その年の12月。綱輝は瑠璃を連れて、富貴子と美輪子が静養している富士山の見える別荘へと車を走らせていた。美輪子に出迎えられる2人。別荘に入ると、そこにはぼたんのようにしとやかな容姿・性格となった富貴子の姿が。そればかりか富貴子は娘の存在すら忘れてしまったのである。あまりの事に愕然となり、涙する綱輝。美輪子は『牡丹と薔薇』のレコードをかけ、富貴子と2人踊り始める。こうして、『牡丹と薔薇』の姉妹は、手を繋ぎながら美しい景色を眺めながら歩いたのであった。〔完〕