ヨウ素はデンプンの指示薬として使われる化学物質である。溶液にデンプンとヨウ素があると、強烈な暗い青色のデンプン・ヨウ素複合体が出現する。デンプンは殆どの植物細胞に共通の物質であり、薄いヨウ素溶液が細胞に存在するデンプンを染める。グラム染色として知られる、微生物学の技術にヨウ素は使われている。ルゴール液 (IKI)は、細胞核をはっきり見えるようにするために使え、茶色の溶液がデンプンの存在で黒く変わる。
Hoechst 33258とHoechst 33342は近縁の蛍光色素である。DNAと結合して強い蛍光を放つが透過光の元では見えない。この二つの化合物は機能が非常に似通っている。
ヘマトキシリン（英語：haematoxylin [英], hematoxylin [米]）は核を青紫または茶色に染色し、媒染剤（英語：mordant）が必要である。組織学で共通して使われる方法の一つであるヘマトキシリン・エオシン染色においてエオシンと共にいつも使用される。ヘマトキシリン色素で核を静紫色に、エオシン色素で細胞質を赤黄色に染色することで、ホルマリン固定パラフィン包埋された組織の薄切標本を染色する方法が、全世界的に普及している。光学顕微鏡（英語：light microscope）を用いた組織学的研究や、病理診断などで最も一般的に用いられている染色法であり、染色法の頭文字をとってHE染色（エイチ・イー染色）とも略称される。またヘマトキシリン染色は免疫組織化学（同義語：免疫染色）を行った後の核染色（対比染色とほぼ同意）にも広く用いられる。
フクシン (fuchsine) はコラーゲン、平滑筋、ミトコンドリアなどの染色へ使う事ができる。これはよくマッソン・トリクロームの一部として使用される。フクシンは塩基性と酸性が存在し、PAS反応には塩基性フクシンが用いられる。
臭化エチジウム (ethidium bromide) はDNAに挿入されて、赤橙色の蛍光を放つ。しかしこれは健康な細胞を染めることはできず、膜の透過性の高い、アポトーシスの最終段階にある細胞を検出するのに使われる。結果的に、臭化エチジウムは細胞群の中のアポトーシスとゲル電気泳動でのDNAの位置を示すマーカーとして使われる。
エオシン（eosin）はヘマトキシンの対比染色に最もよく用いられ、細胞質、細胞膜、一部の細胞外構造をピンクや赤に染める。これは赤血球には強い赤色を与える。エオシンはグラム染色の対比染色や他の多くの手順にも使う事ができる。二つの非常に近縁な化合物がエオシンと呼ばれている。よく使われているのはエオシンY（eosin yellowish, eosin Y ws）で、非常に薄く黄色がかった種類である。もうひとつのエオシンがエオシンB（eosin bluishまたはimperial red）で、非常に幽かに青みがかった種類である。二つの染料には互換性があり、どちらを使うかは好みと伝統の問題である。
DAPIは蛍光性のDNAと結合する核染色で、紫外線に励起されて強い青の蛍光を出す。DAPIは通常の透過顕微鏡では見る事が出来ない。生きた細胞と固定された細胞で使用できる。
クマシーブルー（Coomassie blue、またはCoomassie brilliant blue, CBB）はタンパク質を非特異的に強い青に染める。R-250とG-250の二種類がよく用いられる。R-250は各種の電気泳動後、タンパク質の位置を検出するのに用いられる。簡便なタンパク質染色法であるため多用されるが、感度は銀染色よりも大幅に劣る。G-250はタンパク質と結合すると色が赤から青に変化するため、差スペクトルからタンパク質を定量することにも用いられる（Bradford法）。
染色に用いられる色素（染色剤、染色薬）にはさまざまなものが知られている。これらは、それぞれ細胞や組織の異なった部分に反応・集中し、それらの性質の違いは特定の部位を明らかにする事に役立つ。よく知られている染色剤を下へ示した。特に断わりがない場合、その色素はすべて固定された細胞と組織に使用され、生体色素である（生きている生物へ使うのに適している）ことは記述した。
フタバスズキリュウの化石は1968年（昭和43年）に、福島県いわき市大久町入間沢の大久川河岸で露出していた双葉層群玉山層入間沢部層（いりまざわぶそう）の Inoceramus amakusensis 帯から、当時高校生だった鈴木直によって発見された。この頃、各大陸に比べて面積が小さい日本列島では、首長竜や恐竜など中生代の大型爬虫類の化石が発見されることはないと考えられていた。フタバスズキリュウの発見により、こうした定説が覆され、専門家やアマチュア研究者による化石発掘が各地で盛んになった。フタバスズキリュウは、他のエラスモサウルス科の種に比べて目と鼻の間がより離れていることや、脛骨が長いこと、鎖骨と間鎖骨の接合部分の形状などが識別点（他の種や属などと区別される特徴）であるとされる。フタバスズキリュウが発掘された際、付近から大量のサメの歯が発見され、一部は骨に刺さっていた。このことから、このフタバスズキリュウはサメに襲われた、あるいは死体にサメが群がったものと考えられている。日本テレビのテレビ番組『ザ!鉄腕!DASH!!』の「恐竜発掘プロジェクト」による発掘がこのフタバスズキリュウが発見された現場のすぐ近くで行われ、実際に首長竜の化石が発見されている。なお、フタバスズキリュウとそれに続く巨大アンモナイトの発見によりいわき市北部には標本業者や学生が押し寄せるようになり、無秩序な発掘が問題化した。