遥かなる未来…あるいは、遠い過去のことかもしれない。他の銀河にまで進出し、数多の植民惑星を開拓した人類であったが、異星文明との共存もついに果たせず孤独であった。いつしか衰退し始めその勢力を失いつつあった人類は、発祥の地である地球への帰還を望むようになった。しかし、宇宙に広がった人口は5000億を超え、地球に住める数は限られていたため、地球居住権を巡る争いは血みどろの大戦に発展。それは「カム・ホーム戦争」と呼ばれた。人類はこの戦争を調停する為、「ガイア・サンクション」という統治機構を生み出し、地球は【永遠の聖地として、何人たりとも立ちいることは許されない】聖域となり封印された。前に進む意欲もなく、帰れぬ故郷を遠くに仰ぎ見ながら、緩やかな”滅び”に身を浸す日々。今、人類は後悔の時代を生きていた。そんな時代に反抗し、宇宙の深淵を旅し続ける男がひとり。不滅の肉体を持ち、100年の長きに渡って連合艦への襲撃を繰り返す海賊。広域指名手配S-00999。その男の名はハーロック。
丸の内TOEI1他全国303館578スクリーンで公開され、2013年9月7日、8日の2日間で興収1億3,396万9,750円、動員9万692人（興収に占める割合は、2D上映が48.4%、3D上映が51.6%）になり映画観客動員ランキング（興行通信社調べ）で初登場第2位となった。上記の世界的な高評とは裏腹に日本での興業成績は伸び悩んでいるため、マスコミからは3千万ドル（30億円）という高額な制作費の回収を危ぶまれている。しかし、2014年1月26日にはフランスとイタリアで日本を上回る観客動員数を記録していることが報じられた。日本国内の最終興収は5億円。第37回日本アカデミー賞では優秀アニメーション作品賞、ゆうばり国際ファンタスティック映画祭2014では劇場公開アニメーション映画部門最優秀賞をそれぞれ受賞した。
監督の荒牧伸志によると、1カットを長くしたりものをゆっくり動かすなど、立体映えする演出を行ったという。また、この映画の3Dは2D-3D変換を中心に制作されており、キュー・テックとデジタルハーツ・ビジュアルが2D-3D変換を担当した。作品全体の1412カットのうち約95%がキュー・テックの担当で、その他一部の変換をデジタルハーツ・ビジュアルが担当している。ガラスや水などの屈折素材を含む変換が困難な60カットは、キュー・テックがステレオベースの設計を担当し、ステレオレンダリングされた。2D-3D変換であることについて、ある程度2D制作が進んだ後に3D化することになったからという理由はあるものの、難易度やコスト、効果的な3D映像制作を考えた時、ステレオレンダリングより2D-3D変換の方が高いコストパフォーマンスが得られるとしている。国際3D協会 ルミエール・ジャパン・アワード 2013においてグランプリを受賞し、第5回国際3D協会 3D CREATIVE ARTS AWARDSにおいて、外国アニメーション映画最優秀賞（International 3D Feature - Animated）を受賞した。また、ジャーナリストの麻倉怜士は、「これはすばらしい3Dだ」と絶賛している。
レイトレーシングレンダラー「Arnold」を国内初導入して制作された。制作当初はまだ日本に代理店がなく、ハリウッドでも導入され始めたばかりのレンダラーであった。フェイシャルキャプチャーシステム「Faceware」も日本映画では初採用である。
カブリリョの発見は当時はほとんど注目されなかったため、カブリリョの命名した地名は一つとして後世に残らなかった。しかし、現在カブリリョは最初にカリフォルニア沿岸を旅した西洋人として記憶され、多数の公園・学校・建物・道路などにカブリリョの名がつけられている。特に、アメリカ合衆国国立公園局の運営するカブリヨ・ナショナル・モニュメントはサンディエゴのポイント・ロマから湾を見おろしており、カブリリョがはじめてカリフォルニアに上陸してサンディエゴと太平洋を眺めたことを記念している。このモニュメントは実物よりも大きなカブリリョの像で、ポルトガル政府によって寄贈された。また、1935年にはポルトガル大使から米国にカブリリョをたたえる銘板が贈られている。公園内の博物館はカブリリョとその航海をテーマにしている。毎年9月にはカブリリョ・フェスティバル会社の主催で、カブリリョがサンディエゴ湾を発見したことを祝うための3日間のカブリヨ・フェスティバルが開催され、バラスト・ポイントにカブリリョが停泊する様子が再現される。9月28日はカリフォルニア州の公式の「カブリリョの日」に指定されている。北カリフォルニアのポイント・カブリロ灯台の名はカブリリョにちなんでつけられた。ロサンゼルスのサンペドロにはカブリロ海岸とカブリロ・マリン水族館がある。カブリリョにちなんでつけられた学校名にはアプトスのカブリロ・カレッジ、ロンポークのカブリロ・ハイスクール、ロングビーチのカブリロ・ハイスクールがある。ベンチュラとサンタクララには中学校が、ホーソーン、マリブ、サンディエゴ、サンペドロには小学校がある。サンタバーバラ郡ラス・クルセスから北へサンフランシスコまで走っているカリフォルニア州道1号線の一部はカブリロ・ハイウェイと呼ばれている。サンディエゴのバルボアパークにあるカブリロ橋とカブリロ高速道路（カリフォルニア州道163号線）もカブリリョにちなむ。サンディエゴ、サンフランシスコ、サンタクララ、サンペドロ、サンタバーバラ、パームデザート、トーランスにはカブリリョの名をもつ道路が存在する。「SSカブリロ」は、1914年に進水した木造蒸気船で、サンペドロ海峡を渡ってサンタカタリナ島まで行く渡し船だった。のちにアメリカ陸軍に徴発されて、第二次世界大戦中に北カリフォルニアで兵士の輸送に使われた。1992年、アメリカ合衆国郵便公社は29セントのカブリリョの記念切手を発行した。クライブ・カッスラーのオレゴンファイルシリーズの小説において、「コーポレーション」の会長でオレゴン号の持ち主の名前はフアン・カブリリョにちなんでつけられた。