この様に、死後間もなく不可解な証拠隠滅や情報操作が行われた上に、ヨハネ・パウロ1世によるバチカン銀行の改革と自らの追放を恐れていたマルチンクス大司教が、普段は早朝に起床することがないにも関わらず、なぜか当日午前6時45分に教皇の寝室近辺にいたこともあり、ヴィヨ国務長官やマルチンクス大司教、そしてマルチンクス大司教と関係の深かった「ロッジP2」のジェッリ代表、さらにこの2人と関係の深いアンブロシアーノ銀行のカルヴィ頭取らによる謀殺説が囁かれることになった。このほかにもこれらの人物と近い関係にあったマフィアによる暗殺説もあり、マフィアとバチカン、イタリア政界の関係を扱った1989年公開のアメリカ映画「ゴッドファーザーPARTIII」のプロットは、この教皇の謀殺説をもとにしている。また、2006年に発表され世界的ベストセラーとなったポルトガル人作家ルイス・ミゲル・ローシャによるミステリ小説「P2」（新潮社刊・原題 O Ultimo Papa ）は、この教皇謀殺と秘密結社「ロッジP2」との関連をテーマにしたものである。
上記のような改革を表明したことが、多くのバチカン内の改革派と信者からの支持と喝采（そして対象者とその利害関係者からの抵抗と非難）を受けたにも関わらず、ヨハネ・パウロ1世は、教皇在位わずか33日目の1978年9月28日の午前4時45分にバチカン内の自室で遺体となって発見された。わずか33日の教皇在位は、20世紀に入ってから最短の在位記録となった。
就任後間もなくバチカン銀行の不透明な財政についての改革を表明し、実際に、かつてカトーリカ・デル・ベーネト銀行の売却で暗闘し、その後も「ロッジP2」のリーチオ・ジェッリ代表を含むメンバーや、マフィアなどと深い関係を持ち汚職を続けていただけでなく、贋造公債の発注がFBIの捜査対象になるなど、その言動が国際的にも問題視されていたマルチンクス総裁の更迭を決めていた。また、マルチンクス総裁以外にも、ジャン=マリー・ヴィヨ国務長官をはじめとするバチカン銀行の汚職に関係するバチカン内部の関係者の更迭を死去直前に決定し、その更迭者リストの内容をめぐって様々な噂が流れていた。
ヨハネ・パウロ1世は、避妊についての禁令を解くつもりでもあった。9月23日日曜日、ローマ司教の職権によりサン・ピエトロ大聖堂を受け継いだヨハネ・パウロ1世は、共産主義の市長と握手を交わし、ミサの後、教会の真の宝である貧しい人々のためには尽力するが、悪人に対しては教皇の教権を憚ることなく行使すると宣言した。アメリカの幾つかのプロテスタント教会とは既に接触を持っていた。教皇に選出される直前、アメリカ議会代表団を歓迎し、避妊について女性の排卵期について語った後「どうして妊娠しない期間を、24日から28日にすると罪になるのか、私には理解できません」と述べた。そして、パウロ6世による旧来の産児制限反対を再確認する回勅『人間の生命について〔フマナエ・ウィタエ〕』は誤りだったと口にしていた。「神からの贈り物である子供が出来ないようにする行為は罪である」とするそれまでの主流派に反して、「本当に子供を望んでいる女性のみが妊娠すべきである」との避妊擁護の考えを持っていた。
ヨハネ・パウロ1世は様々な意味で型破りな教皇であった。複合名を初めて採用したことを皮切りに、虚飾的な事柄に対して非常に改革的に臨み、例えば、教皇演説の中で、これまでの教皇が伝統的に自らを「朕」と呼んでいたのを初めて「私」に変えた他、豪華な教皇戴冠式や教皇冠も拒否した。教皇用の輿の使用も拒否したが、これは周囲の圧力で使わざるを得なかった。さらに、難解な宗教用語やラテン語を多用していた表現を、ジュール・ヴェルヌやピノキオなどを引用した、一般人にも理解しやすい平坦な表現へと改めたが、「威厳を損なう」などとして保守派からは反感を買うこととなった。また、中南米やアフリカ諸国の聖職者をバチカンの要職につけた他、中南米やアフリカ諸国の貧困や独裁体制下で苦悩する民衆への同情を示し、アルゼンチンで行われていた「汚い戦争」を進めていたホルヘ・ラファエル・ビデラ大統領（上記の「ロッジP2」は同大統領を支援していた」）が戴冠式に訪れた際には、直接的な表現でアルゼンチンの現状を非難した。
身長160センチメートルの中学2年生・上場優一（かんば ゆういち）は、学年のマドンナである青田恵子の生着替えを盗撮すべく、バレー部の仲間たちの協力の下、教室の窓から宙吊りになって女子の更衣部屋を覗く。しかし、意に反して身長181センチメートルの幼馴染・富士山牧央（ふじやま まきお）の生着替えを目撃したことで、その衝撃映像が頭から離れなくなってしまう。青田の盗撮が失敗に終わった同日の放課後、上場のスマホを富士山が拾ったことがキッカケで2人は一緒に下校することになる。そこへ通り掛かった親子連れの幼児が富士山を見るなり「大きい」と一言。日頃「大きい」ことをからかう者に容赦無い富士山が幼児に手を上げてしまうのでは、と上場は危惧するが、富士山は予想に反して満面の笑顔で幼児におどけてみせる。その姿に再び衝撃を受けた上場は、気持ちが前のめりになった勢いで富士山に交際を申し込む。すると、意外にも富士山はOKする。しかし「付き合う」と言っても何をしたらいいかよくわかっていない2人。気恥ずかしさから「友達にバレないように」しつつ、こっそりとメモ書きで会話したり、離れた場所で待ち合わせたり、さり気なく手を繋いだりしながら、思春期独特の距離感での交際が進んでいく。