かつてのグラン＝パルスの名残で、広大な最後の自然に覆われている第4の大陸“ウィルダネス”。この地域の人々は自給自足の生活を営んでいるが、豊かな大自然とは裏腹に混沌の動きも活発である。また、この地では“ヴァルハラの天使”が世界の終焉と共に現れ、選ばれし者を混沌の出ずる処へ導くと言われている。
第3の大陸にある享楽の都市“ユスナーン”は、終末へ向かう世界の中でも活気と華やかさのある街である。物資が供給され人々は何不自由なく暮らす一方で、貧富の差も生まれている。スノウが太守を務める。
砂漠に覆われた第2の大陸“デッド・デューン”。この地域では財宝を狙ってトレジャーハンターが活動している。また、この地にある遺跡には“聖宝”が眠ると言われている。
第1の大陸にある“光都ルクセリオ”は神・ブーニベルゼを崇める宗教都市で、ゴシックやメタリックを基調としながら街にはアートなどが散りばめられている。また、暗黒街というスラムのような街も存在する。“闇の集団”が解放者を狙っている。
混沌（カオス）の海に浮かび、滅びへと向かう本作の世界。文化背景の異なる4つの大陸から構成され、各大陸はモノレールにより接続されている。ライトニングは4つの大陸を移動しながら解放者としての役目を果たしていく。
世界の余命が尽きてしまった場合や本作をクリアした場合に、ライトニングの戦闘能力やウェア・武器・防具などの装具品（一部除く）、アイテム（だいじなものを除く）、バトルスコアなどを引き継いで周回プレイ（強くてニューゲーム）をすることが可能である（クエストの達成状況、魔物の生息状況などは引き継がれない）。また、クリア後には「ハードモード」の解禁や武器・防具の改造などが可能となる。
本作では世界の終末が迫っており、プレイヤーは限られた時間の中で目的を果たしていくこととなる。なお、世界の余命（終末までの時間）は人々の魂を解放することで生じる輝力により、箱舟に帰還した際に増やすことが可能である（世界の寿命は結果として、最大13日まで引き伸ばすことが可能）。一方、世界の時も常に変化しており、時間帯によって行動範囲やクエストの発生、出現モンスターなどが異なる。
モンスター（魔物）をある一定数倒す（各モンスターにより数が決まっている）ことで最後の一体となる「ラストワン」が出現する。ラストワンは通常のモンスターより強く、倒すと特別なアイテムを獲得することもできる。また、ラストワンを倒すことでそのモンスターは「絶滅」となり、以降の通常移動時に出現しなくなる。
本作では各大陸における「メインクエスト」の他に、「サイドクエスト」や「祈りのキャンバス」の依頼（クエスト）を解いていくこととなる。クエストをクリアすることにより人々の魂を解放（救済）することが可能で、これにより戦闘能力の向上（バトルで敵を倒すことによる戦闘能力の変化は存在しない）や後述の「世界の余命」とも深く関わってくる。なお、サイドクエストの中には時間制限があるものや時間帯によって受けられないもの、あるクエストをクリアすると受けられないものなどもある。
GPを消費することで様々な「GPアビリティ」を使用できる。バトル内でのGPアビリティには体力（HP）を回復できる「ケアルガ」や特技技の「オーバークロック」、バトルから逃走できる「エスケープ」などがある。一方、通常移動時のGPアビリティには特定の場所へ瞬時に移動できる「テレポ」や時の流れを少しだけ止めることができる「クロノスタシス」などがある。なお、GPはバトルで勝利したりクエストをクリアすること、あるいは一日が終わって箱舟に帰還することで回復可能である。
本作では前作までのパラダイムシフトやオプティマに代わるもので、「ウェア」（衣装）が採用されている。本作のバトルはライトニングのみを操作することから、様々なタイプのウェア（3種類セット可能）を素早く切り替えることで敵の攻撃や弱点などに対処することとなる。なお、ウェアは全部で80種類以上存在し、切り替えることでバトル時におけるグラフィックなども実際に変化する。また、戦闘能力とは無関係であるものの、ウェアは好みのカラーに変更可能で、さらに「デコレーション」により装飾することもできる。
本作の開始時には「イージーモード」と「ノーマルモード」が選択可能である（途中で変更不可）。モードの選択によって、バトルから逃走（エスケープ）した際の時間経過ペナルティの有無や通常移動時（フィールド）における体力回復の有無、敵の強さ、GPの消費量などに違いがあり、クリアすると「ハードモード」が追加される。
これらの別々の目的で開発された管理ツール群を統一するため、IBMは前述のTivoliのTivoli IT DirectorをベースにしたNetfinity Director with UM Servicesを新製品として開発することを決め、Netfinity Manager,UMS,RDMはこの新製品へ統合されることとなった。これがIBM Systems Directorに繋がる直接の原型となっている。Netfinity ManagerとUMSの機能の中で、クライアントPCとサーバに共通して必要となる管理機能はNetfinity Director with UM Services本体で提供されており、サーバのみで必要になる管理機能とクライアントPCのみで必要になる管理機能はそれぞれ、Netfinity Director with UM Servicesへのアドオンソフトウェア（UM SERVER EXTENSIONS/ UM DESKTOP EXTENSIONS/ RDM(Remote Deployment Manager))として提供され、利用者は管理対象となる環境や要件に応じて、必要とする管理機能を選択できるようになった。Netfinity Director with UM Servicesが発表された当初(1999年)はライセンスキー変更のみで日本チボリシステムズが提供するTivoli IT Directorへのアップグレードが可能であることなど、Tivoli社からTivoli IT Directorからソフトウェア配布機能などを省略したサブセットの提供を受け、同製品にIBMサーバ/IBM PC/Thinkpadの管理機能を追加した製品であった。しかし、まもなくTivoli社はワークグループ管理製品に関しての戦略を転換し,2000年にはTivoli IT Directorの製品開発と提供を終息したため、IBMが製品を引き継ぐ形で開発と提供を行っていた。