ホウエン地方のトウカシティでジムリーダーを勤めている父と暮らすため、母子共々ジョウト地方のアサギシティからホウエン地方のミシロタウンに引っ越してきたばかりの主人公は、ポケモンに襲われているオダマキ博士を助けたことで、お礼として博士から初めてのポケモンとポケモン図鑑をもらい冒険の旅に出る。博士に頼まれたポケモン図鑑の完成を目指しながら各地のポケモンジムでバッジを集めていく過程で超古代ポケモンを狙う悪の組織マグマ団（アクア団）との対立を繰り返し、やがてグラードン（カイオーガ）と遭遇する。このグラードン（カイオーガ）の目覚めにより引き起こされた異常気象を鎮めるべく目覚めの祠でこの超古代のポケモンと対決。見事ホウエン地方の危機を救った主人公は最後のポケモンジムで8つ目のバッジを手にしポケモンリーグへと足を進める。待ち構えていた四天王との激戦を戦い抜き、最後にチャンピオンとして待っていたのはこれまで旅の道中で何度か手助けをしてくれた男ダイゴだった。
各地のマップにある特殊な木や草の塊、岩の窪みのような場所でわざ「ひみつのちから」を使うと、「ひみつきち」（秘密基地）を作ることができる。作ったばかりの状態では何もないただの空間だが、置物やぬいぐるみのようなグッズを集めると内部に設置されたパソコンを使って配置することができる。レコードを混ぜたた相手の秘密基地を訪れて中のNPCに話しかけると、交換したときの相手の手持ちポケモンを使うNPCと対戦できる。自分と同じ場所に基地を作った相手とはレコードを混ぜてもセーブデータには反映されない。
ポロックとは「きのみ」を材料に「きのみブレンダー」で作るポケモンのお菓子で、与えるとポケモンの「コンディション」と「けづや」（毛艶）の値が上昇する。ポロックには5種類の味、レベル（味の強さ）、「なめらかさ（毛艶の上がりやすさ）」があり、1つの味がするシンプルなものからすべての味がする「きんいろポロック」のようなハイレベルなものまである。「けづや」は与えられるポロックの限度を表しており、これが最大になるとポロックを与えることができなくなる。1匹のポケモンのすべてのコンディションを高めるためにはいかにレベルが高くいろいろな味が含まれ、かつ滑らかさが抑えられたポロックを作るかが重要となる。ポロック作りは通信を利用した多人数でプレイし珍しい「きのみ」をブレンダーに入れるほどレベルが高くなる傾向にある。コンディションには「かっこよさ」「うつくしさ」「かわいさ」「かしこさ」「たくましさ」の5項目が存在し、それぞれポロックの味の「からさ」「しぶさ」「あまさ」「にがさ」「すっぱさ」と対応している。また、これらの要素は性格とも関係しており、攻撃があがりやすい性格は辛さ、防御があがりやすい性格は酸っぱさ、素早さがあがりやすい性格は甘さ、特攻があがりやすい性格は渋さ、特防があがりやすい性格は苦さを好んでおり、好みの味が含まれたポロックを与えると該当するコンディションも上がりやすい傾向にある。逆も然りで、あがりにくい能力値に対応した味のポロックでは該当するコンディションも上がりにくい。「コンディション」と「けづや」についてはステータス画面で大まかだがグラフで確認できる。
ポケモンコンテストとは、ポケモンの魅力を競う競技。一次審査で選別し、残った4匹のポケモンとそのトレーナー4人が二次審査でわざを繰り出し競い合う。一次審査ではポケモンのコンディション（後述）のみによる優劣がつけられ、多数の中から選りすぐれた4匹を選出する。二次審査ではバトルと同じように順番に技を繰り出していくが、わざの直接の対象は主に審査員と観客になる。ポケモンのわざすべてにはバトルでの威力や効果のほかにコンテスト用の効果が設定されており、この効果を基にコンテストを進めていくことになる。最終的に二次審査で1位になり優勝するとポケモンにリボンがもらえ、コンテスト会場のロビーにはそのときのポケモンの絵が飾られる。コンテストのグレードはノーマル・スーパー・ハイパー・マスターにランク分けされている。ランクの高いコンテストには出場するポケモンが下位ランクの優勝リボンを付けている必要があり、いきなり上位のランクに参加することはできない。
本作で導入された、互いにポケモンを2匹同時に繰り出して戦うルール。2匹にそれぞれ命令して1ターンに自分と相手の計4匹が行動する。このルールではわざとわざの組み合わせ、特性とわざの組み合わせが戦術次第では1ターンで実現できるため、これまでにはない戦術が編み出されたり短いターンで決着がつくことも珍しくはない。シングルバトルと比較して2匹の組み合わせから生まれる戦術の多彩さやテンポのよさが特徴。相手の2匹両方に対して攻撃を加えるか、1匹に絞り集中攻撃をするか、またそれを読んでの防御的なわざ「まもる」「みきり」「みがわり」を使うかといった駆け引きの存在がある一方で、シングルバトルではありがちな防御面に優れたポケモンで持久戦に持ち込むのは難しい傾向にある。このダブルバトル導入後はこれが公式大会の標準ルールとなっている。ダブルバトルの類似ルールとして、プレイヤー4人がそれぞれ2人ずつのタッグチームを組んで戦う「マルチバトル」も存在する。『ルビー・サファイア』では通信対戦時のみの要素だが、『エメラルド』ではシナリオ中でもマルチバトルをする場面が存在する。
政府の統計によると、この政情不安において120人以上が負傷し、その大半がUDDのデモ参加者だった。少なくともUDDの抗議者1人はディンデーン区 における軍の攻撃の間に銃撃の傷を負った、ただし陸軍は、この傷口は我々の標準銃器によるものではないと主張している。UDDは、少なくとも6人のデモ隊がこの政情不安で殺され、その死体は軍によって持ち去られたと主張するが、陸軍はその主張を強く否定した。2つのUDD抗議者の死体がチャオプラヤ川に浮かんで発見され、彼らの手は背後で縛られ身体がひどく殴られていたが、警察はまだこの殺人犯が政治的動機であるのか否かを結論付けていない。2009年9月11日、政府庁が任命した政情不安の調査を担当する委員会は、群衆の統制によって死亡は起こらなかったとする報告書で、一連の案件を完了した。抗議者を批判するためにナーンローン・マーケット（ブリーラム県にある地名）の住民が現れた時、赤シャツ抗議者が1人を射殺して2人を負傷させた、とアピシット補佐のサティット・ウォンノンターイ（Satit Wongnontaey）は主張した。バンコク首都圏の管理局は、31の破損および燃やされたバスを含め、1000万バーツ（約3400万円）の財産損失を被ったと推定した。しかし、タイの観光産業連盟は、観光業界の被害が2000億バーツ（約6800億円）に達し、25万7000人の雇用が失われることになると推定した。