旧ロシア帝国領内における混乱から、ドイツなど強国がウクライナ問題へ干渉することは不可避であると予想された。ロシアの生命線であったウクライナの喪失を阻止するため、ボリシェヴィキは早急なる講和条約の締結に迫られた。ロシアと中央同盟国との和平交渉は12月22日、ボリシェヴィキ政府と同盟国側との休戦の1週間後にブレスト＝リトフスクにおいて始められた。レフ・トロツキー外相を代表とする交渉団は、まず初めにベラルーシとポーランドの国境の画定を議題とした。中央同盟国側の代表は、ドイツのマックス・ホフマンであった。これに、エーリヒ・ルーデンドルフやトルコのリヒャルト・フォン・キュールマン（de:Richard von Kühlmann）、オーストリア＝ハンガリーのオットカル・チェルニン（de:Ottokar Czernin）らが加わっていた。しかし、ロシア側が「賠償金や領土併合なしの和平」を要求し、交渉はすぐに頓挫した。12月25日にはハルキウにてボリシェヴィキ派のウクライナ人民共和国の成立が宣言され、ウクライナにおけるボリシェヴィキの新たな拠点となった。同日、ロシアの赤軍はウクライナ領内への侵攻を開始、1月初旬までの間に東ウクライナの大半の地域を占領した。ウクライナ側の守りは、ボリシェヴィキのプロパガンダ工作とスパイによる武装蜂起などによって脆くも崩れ去った。一方、中央ラーダはウセーヴォロド・ホルボーヴィチ首相を長とする代表団をブレストへ送った。交渉団は、ムィコーラ・レヴィーツィクィイ、ムィコーラ・リュブィーンシクィイ、ムィハーイロ・ポーロズ、オレクサーンドル・セウリュークら政府の重役によってなっていた。1月1日にブレストへ到着した交渉団は、ロシアとは別に中央同盟国側との交渉を開始した。
1587年（天正15年）豊臣秀吉の九州平定に際して、宗氏は事前に豊臣政権への臣従を決め、本領安堵された。1590年（天正18年）には、宗義智が従四位下侍従・対馬守に任ぜられ、以後、宗氏の当主にあたえられる官位の慣例となった。秀吉の朝鮮出兵（文禄・慶長の役）では、出兵に先立つ1591年（天正19年）、厳原には古代の金石城の背後に清水山城が、上対馬の大浦には撃方山城が築かれて中継基地となった。対馬からは宗義智が5,000人を動員した。義智率いる対馬勢は一番隊から九番隊に編成された派遣軍のなかでも最先鋒部隊にあたる小西行長の一番隊に配属された。1592年（文禄元年）義智らは全ての日本軍の先陣となって渡海し、朝鮮軍や明軍と戦い、釜山、漢城（現韓国首都ソウル）、平壌（現北朝鮮首都）を次々と攻略した。義智は、戦闘だけでなく行長とともに日本側の外交を担当する役割も担っており、行長とともに常に講和を画策していた。30万の軍隊がここを中継地として渡海したため、対馬ではたちまち食糧が底をつき、駐留する兵士が鶏・犬・猫などを住民から奪う禁令が出されたという。なお、対馬には小西行長着用の兜が伝えられている。義智は、1600年（慶長5年）の関ヶ原の戦いでは西軍に加わって、みずからは伏見城攻撃に参加し、大津城攻めや関ヶ原本戦では家臣を派遣して参陣した。西軍敗北後は徳川家康から許され、以後代々徳川氏に臣属し、李氏朝鮮に対する外交窓口としての役割を担うこととなる。こうして江戸時代を通じて宗氏が対馬府中藩（通称対馬藩）の藩主を務め、城下町は対馬府中（厳原）につくられた。1609年（慶長14年）には己酉約条（慶長条約）が締結され、釜山には倭館が再建された。倭館は、長崎出島の25倍におよぶ約10万坪の土地に設けられ、500人から1,000人におよぶ対馬藩士・対馬島民が居留して貿易が行われた。2代藩主宗義成の代には、1615年（元和元年）に大坂の役に徳川方として参加した。その後、義成と対馬藩家老柳川調興とのあいだに柳川一件が起こっているが、1635年（寛永12年）、3代将軍徳川家光によって裁可され、調興敗訴となった。1637年（寛永14年）から翌年にかけては島原の乱に幕府側として参加した。佐須鉱山を再掘したのも義成の時代であった。対馬藩は、参勤交代制度に基づき、3年に1度、江戸の征夷大将軍に出仕することとされ、江戸に藩邸を構え、厳原との間を藩主自らが大勢の家臣を率い、盛大な大名行列を仕立てて往来した。外交面では鎖国体制のなか、朝鮮通信使を迎えるなど日朝外交の仲介者としての役割を果たした。また、日朝それぞれの中央権力から釜山の倭館において出貿易を許されていた。現在の釜山市は対馬の人びとによってつくられた草梁の町から発展したものである。柳川一件以来、日朝外交の体制が整備され、府中の以酊庵（いていあん）に京都五山の禅僧が輪番で赴任して外交文書を管掌する「以酊庵輪番制」が確立するなど幕府の統制も強化された。1663年（寛文3年）には、対馬藩により5基の船着き場が造成されており、現在「お船江跡」という遺構として当時のつくりのまま保存されている。寛文元年 1661年　仁位郡検地が実施された。対馬藩は10万石の格付けであるが、山がちで平野の少ない対馬では米4,500石、麦15,000石程度の収穫であり、藩収入は朝鮮との交易によるものであった。作付面積のうち最も多いのは畑で、それに次ぐのは「木庭（こば）」とよばれる焼畑であり、検地では「木庭」も百姓持高に加えられた。また、石高制に代わって間高制という特別の生産単位が採用された。17世紀後半は、日朝貿易と銀山の隆盛から対馬藩はおおいに栄え、雨森芳洲や陶山鈍翁（訥庵）、松浦霞沼などの人材も輩出した。往時の宗氏の繁栄のようすは、菩提寺万松院のみならず、海神神社や和多都美神社の壮麗さが今日に伝えている。1685年（貞享2年）には、藩主宗義真が府中に「小学校」と名づけた学校を建て、家臣の子弟の教育をおこなった。これが、日本で「小学校」の名のつく施設の最初であるという。18世紀初めには陶山鈍翁の尽力で10年近い歳月をかけて「猪鹿追詰（いじかおいつめ）」がおこなわれた。それにより、当時は焼畑耕作の害獣であったイノシシは絶滅している。以後、宗氏は改易もなく明治維新まで断絶することなく続き、明治維新後は伯爵となり華族に列した。14世紀後半から江戸時代にかけて、対馬の宗氏は一貫して日本の中央権力に服属してきたが、中世の一時期には朝鮮王朝から官職を与えられ、特殊な役割を果たしてきたことも事実である。高橋公明は、これを「対馬の境界性」と表現している。