判決に関して、朝日新聞は「判決は医療界の常識に沿ったものであり、納得できる。検察にとっても、これ以上争う意味はあるまい。控訴をすべきではない」「今回の件では、捜査するにしても、医師を逮捕、起訴したことに無理があったのではないか」、読売新聞は「そもそも、医師を逮捕までする必要があったのだろうか。疑問を禁じ得ない」、産経新聞は「大野病院事件はカルテの改竄や技量もないのに高度な医療を施した医療過誤事件とは違った。それでも警察の捜査は医師の裁量にまで踏み込んで過失責任の罪を問うた」と警察と検察を直接的に批判し、無罪判決が出たことを明確に支持しただけでなく、間接的にではあるが遺族側の言動を批判する見解を示している。医療界や一般世論においても、無罪判決が出たことへの喜びと安堵の意を表する一方で、当事件は「事実上の冤罪事件」であるとして、一貫して医師側の過失を煽り立て続けたうえ、無罪が確定した後も主要マスコミの中で唯一起訴姿勢を擁護する論調を張った毎日新聞の報道姿勢と、警察・検察の言動を批判する声（後述参照）があがった。また、2007年1月に行われた初公判で検察側の首脳が「なんであんなものを起訴したんだ」と語ったことや、法廷において被告側の弁護団から「逃亡や証拠隠滅の恐れがないのに、逮捕するのは行きすぎだ」と批判されていたことが明らかになっている。
2006年3月10日、福島地方検察庁は、本件医師を業務上過失致死と医師法違反の罪で福島地方裁判所に起訴した。福島地方検察庁次席検事（当時）の片岡康夫は「大量出血は予見できたはずで、無理に胎盤を剥がすべきではなかった」と起訴した理由を述べた。また、片岡は、「女性は医師を信頼していたのに麻酔で何も分からないまま亡くなった。この事実は軽視できない」と被害者感情にも触れている。検察は裁判において禁固1年、罰金10万円を求刑した。
福島県の調査委員会の報告書がきっかけで、マスメディアにより『医療ミス』と大きく報道され、警察が捜査に動くことになる。2006年2月18日、福島県警察は手術を執刀した本件医師を「業務上過失致死」と「医師法に定める異状死の届出義務違反の疑い」で逮捕された。逮捕の2、3日前、医師は警察に「家宅捜査に入るから自宅待機するように」告げられた。捜査の後、警察への同行を求められ、警察署の取調室に入ったところで逮捕令状が読み上げられた。この逮捕については、「事前に警察からの情報を得たマスメディアが押しかけた中での逮捕となり、手錠をかけられた医師の姿が全国に報道される結果となった」というような噂話が広く流布されたが、本人自身が語った初公判後の記者会見で明確に否定された。
翌2005年1月に病院設置者である福島県が「医療事故調査委員会」を設置し、同年3月22日に調査結果を報告している。※県立大野病院医療事故調査委員会　報告書　平成17年3月22日　に基づき記載
価格・搭乗率競争の一方で、（ANAから譲り受ける形でのF)事業拡大にも力を入れている。ANAが運航していた北海道内各地発着のローカル路線を実質的に譲り受ける形での路線開設（名目上はADOの新規就航）に注力しており、2008年11月より新千歳 - 仙台線、2009年4月より新潟線、同年11月には福島・富山・小松線と、東北・北陸への路線を相次いで開設した。2010年10月の羽田空港発着枠拡大時には、ADOには新たに4往復分（うち1往復分は新千歳線への充当不可）の発着枠が与えられ、残る3往復分の発着枠を使用して帯広線を2011年3月27日より開設した。2013年3月31日には、CAT III B未対応で釧路便に2往復で開設した。2008年11月12日には就航開始からの総利用者数が1,000万人を突破するとともに、同年12月20日に就航10周年を迎え、各種キャンペーンが実施された。また、この節目に合わせて、2009年4月より制服のリニューアルや、ベア・ドゥ特別塗装機の導入が行われた。2010年12月に発表された中期経営戦略によると、2013年度までに最大15機体制とし、新千歳空港発着の新規路線就航、国内・国際チャーター便就航などの検討が記されている。この一環およびANAから譲り受け使用中のボーイング737-500の後継機種として、ボーイング737-700を2012年秋から2014年にかけて9機導入することを2011年5月に発表し、2012年10月28日より運航を開始した。また、機体塗装は新デザインとなる。2011年3月11日発生の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）の影響で、就航地である仙台空港が3週間余り閉鎖された。これに伴う代替手段および交通インフラの提供として、未就航地である山形 - 新千歳線を臨時便扱いで一時的に運航するとともに、仙台空港の機能一部回復に合わせて臨時便扱いで仙台空港との路線も再開した。2012年10月1日には、社名（商号）を北海道国際航空株式会社から株式会社AIRDO、英語社名をHokkaido International Airlines Co.,Ltd.からAIRDO Co.,Ltd.にそれぞれ変更した。チャーター便の運航については予てから検討されていた（後述）が、2012年11月23日に初めて運航された。JTB北海道の主催旅行として企画され、往路は帯広空港から長崎空港へ、復路は同月25日に逆方向へ運航している。2013年3月には新千歳 - 岡山線、同年6月には新千歳 - 神戸線が就航し、定期路線での西日本進出を果たした。2014年11月下旬には新千歳 - 台北間で同社初の国際チャーター便が運航された。2015年10月より、初就航となる愛知県名古屋（中部国際空港線)及び広島県（広島空港線）に定期路線を開設し、中部国際空港には従前ANAが運航していた函館 - 名古屋線を実質的に移管する形で就航した。