1799年にワシントンが死ぬと、連邦党はその象徴であり団結させていた人物を失ったことで力が弱まった。1800年アメリカ合衆国大統領選挙では、アダムズとその仲間の連邦党候補者であるチャールズ・コーツワース・ピンクニーが、ジェファーソンとバーという民主共和党の組合せと対抗した。ハミルトンはピンクニーが大統領になるチャンスを後押しすることを期待して、アダムズの選挙運動は邪魔する方に熱心だった。結局、アダムズは選挙人選挙で65票対73票でジェファーソンに敗れた。ニューヨーク州が結果を決定づける投票となった。アダムズは民主共和党のよりましな組織と連邦党の分裂のために敗れた。さらに外国人・治安諸法を大衆が認めなかったこと、対抗馬であるジェファーソンの人気、およびアーロン・バーがニューヨーク州で効果的な政治操作工作を行ったことも結果を左右した。ニューヨーク州議会（選挙人団を選出した）はバーの政治マシンによって支配されたニューヨーク市の幾つかの区を地盤に連邦党から民主共和党へ票を移させた。1800年11月1日からアダムズの任期の最後の数ヶ月は首都ワシントンD.C.とまだ完成はしていないホワイトハウスで政務を行なった最初の大統領になった。ホワイトハウスに移り住んだ際、「この屋根の下に統治する者は、ただ誠実なる賢者のみである」という文章を書き記した。
新しい軍隊の費用を賄うために連邦議会は新しい資産税である1798年の直接税を課した。これはそのような連邦税としては最初で最後のものだった。納税者は怒り、ペンシルベニア州南東部のドイツ語を話す農夫達の間ではこれがその共和制の自由と教会に対する脅威と見て抗議し、無血ではあるがフリースの反乱が最大の抵抗となった。
軍隊の問題に関しては連邦党の中に深い亀裂が生まれた。アダムズはワシントンを新しい軍隊の指揮官に指名するしかなく、ワシントンはハミルトンをその副司令官にすることを要求した。アダムズはこれを渋々承認した。少将であるハミルトンが実質的に陸軍省を統制した。アダムズとハイ・フェデラリスト（アダムズの敵対者がこう呼ばれた）との間の亀裂が広くなった。ハイ・フェデラリストは1798年の重要法案についてアダムズに相談するのを拒んだ。彼等はアダムズの要求する防衛手段を変更し、ハミルトンが軍隊を統制することを要求し、さらにアーロン・バーのような民主共和党の重要人物に軍隊の上級職を与える必要性を否定した（アダムズは民主共和党からの支持を得るためにそれを望んだ）。ハイ・フェデラリストは大規模な常備軍を作ることで大衆に警告を与え、民主共和党の思うつぼに嵌った。彼等はアダムズとその大きな個人的追随者と疎遠にもなった。連邦党を自分達の道具とする近視眼的見方をし、国全体を纏めてフランスとの戦争に直面する必要性を無視した。アダムズは長期間マサチューセッツ州の自宅に引き籠もった。1799年2月、アダムズは外交官のウィリアム・ヴァンス・マレーを平和使節としてフランスに派遣することで国内を驚かせた。ナポレオン・ボナパルトはアメリカ合衆国の敵意が何の利益にも繋がらないことを認識し、友好的な関係を作る用意があることを伝えてきた。ワシントンがその惜別の言葉で忠告していたように、1778年の同盟条約は破棄され、アメリカ合衆国は外国との関わりで自由な立場だった。アダムズは戦争を回避したが、その過程で自分の党を分裂させた。ジョン・マーシャルを国務長官に起用し、緊急動員した軍隊を解散させた。
アダムズの任期は外交政策とフランスとの限定された海洋戦争に関する激しい議論に特徴がある。イギリスとフランスはナポレオン戦争による戦闘状態だった。ハミルトンと連邦党はイギリスの肩を持ち、ジェファーソンと民主共和党はフランスの肩を持っていた。アダムズが就任したとき、ワシントンの政策であるフランスとイギリスの戦争からは局外にあることを踏襲する必要性を認識した。事実、1795年のジェイ条約に関する激しい抗争は国を挙げての恒久的な党派抗争となり、第一次政党システムが始まって、大半の選挙はこれが焦点に争われた。フランスはアメリカをイギリスの若いパートナーだと見て、イギリスと交易するアメリカの商船を捕まえ始め、世に言う「擬似戦争」となった。どちらの国も公式に宣戦布告した訳ではなかったが、危険性は高く、連邦党は戦争に備えて国の再軍備を進め、恐らくは反戦論の民主共和党を抑えるためにも行動した。如何なる議論も始められていない前にフランスが莫大な賄賂を要求したXYZ事件の屈辱によって、フランスとの全面戦争に移る脅威が増し、フランスには友好的だったジェファーソン支持者達を当惑させた。擬似戦争と呼ばれるアメリカとフランスの宣戦布告無き海洋戦争が1798年に勃発し、格段に勢力があり強力なフランス軍による侵略の可能性が生じた。連邦党は軍隊を構築して、ワシントンをその長に戻し、ハミルトンを軍隊の指導者とした。アダムズは海軍を再構築し、USSコンスティチューションなど6隻の快速かつ強力なフリゲート艦を建造させた。これらの費用を賄うために議会は増税もした。
タイプ種Scansoriopteryx heilmanniのタイプ標本（CAGS02-IG-gausa-1/DM 607）はいくつかの点で始祖鳥に似た、孵化したてのマニラプトル類の化石である。注目すべきことに他の進歩的なマニラプトル類と異なり、寛骨臼が貫通しておらず、恥骨が前を向く「原始的状態」である。最も独特な特徴は長い第三指で、第二指のほぼ2倍の長さがある。これは第二指が最長である他の獣脚類とは異なる形状である。また、大きな第一趾を持つ点でも特異であるEpidendrosaurus ninchengensisのホロタイプであるこの属の第2の標本（IVPP V12653）もまた、幼体の標本である。この標本は部分的に関節が外れた状態であり、ほとんどの骨は3次元構造ではなく石板中の印象として保存されている。印象から比較的長い尾を持っていたことが示唆される。スカンソリオプテリクスの独特の特徴の一つは細長い第三指であり、これは手の指で最長で（第二指の2倍近い、通常獣脚類では第二指が最長）、昆虫をほじって食べる哺乳類であるアイアイの指と類推される可能性がある。また幅が広く、丸い顎も注目される。下顎には少なくとも12本の歯があり、後方のものに比べ前方のものが大きい。下顎骨は互いに癒合して可能性があり、同様の特徴は他にはオヴィラプトロサウルス類のみにみられる。尾は長く大腿骨の6-7倍の長さがあり、末端には扇状の羽毛が存在した。幼体の標本のみしか発見されておらず、成熟個体での大きさは不明である。タイプ標本は小さく、イエスズメほどの大きさの動物であった。