当初の計画では第1期・第2期の区別はなく、2004年（平成16年）度には完工予定であった。しかし埋め立て区域の地盤が想定以上に軟弱であることが判明し、工期の分割・延長と工費の増大を招いた。また、延長して2008年（平成20年）度中に完成予定だった第1期工区は2009年4月になっても工事が終わっていなかった。これに対して市民からは「第2期工区の見直しを」、「（マリンタウン21計画が）どうなっているのか全く分からない」といった疑問や否定の声が上がった。一方の木田市長はマリンタウン21を市の活性化の軸として位置付けている。
鳥羽港を中心とした開発計画で、「港と背後の陸地を一体的に整備して、市民と観光客が行き交う魅力的な集い空間の創造による海の玄関口の形成」を目指している。1994年（平成6年）に事業が始まった。一帯はみなとオアシスとして平成24年3月に登録していて、鳥羽マリンターミナルはみなとオアシスとばの中核施設である。
昭和21年（1946年）11月20日、鳥羽港を含む志摩半島広域が伊勢志摩国立公園に指定される。この頃から観光港としての鳥羽港の歴史が本格的に幕を開ける。昭和40年〜47年（1965年〜1973年）には佐田浜から中之郷にかけて大規模な埋め立てが行われ、昭和39年（1964年）には伊勢湾フェリーが就航し愛知県の伊良湖岬と結ばれ、昭和48年（1974年）7月1日には南米航路を引退したぶらじる丸が鳥羽港に係留されることになった。ぶらじる丸は平成8年（1996年）まで「鳥羽ぶらじる丸」として一般に公開され、鳥羽市のシンボルになっていた。そして昭和63年（1988年）7月9日、「三重サンベルトゾーン構想」が総合保養地域整備法（リゾート法）の適用第1号に認定され、鳥羽市においては鳥羽港を中心としたリゾート開発を行うことが決定した。これと前後する形で昭和62年（1987年）に時の鳥羽市長が年頭記者会見で「鳥羽マリンタウン21」計画を発表し、2万tクラスの旅客船が接岸できる埠頭と複合観光施設を建設することを表明した。平成6年（1994年）には三重県の事業として工事が始まり、実際に動き出した。行政主導の開発に加え、平成17年（2005年）3月には住民が中心となって計画した「カモメの散歩道」（鳥羽プロムナード）が完成した。同年度のグッドデザイン賞を受賞した鳥羽港沿岸の木製遊歩道で、新しい観光名所となっている。鳥羽マリンタウン21計画は工事の遅れがあったが、港湾整備の第1期工区は完了、平成23年（2011年）4月1日から運用開始した。その後、2009年に実施した鳥羽港改修工事について、三重県は情報公開請求を受け公文書19件を公開したが、うち12件について、一部が削除されるなど改竄が行われており、また一連の改竄が組織ぐるみで行われていたことが明らかとなっている。
遺跡の名称は、旧磯城郡纒向村に由来し、「纒向」の村名は垂仁天皇の「纒向珠城（たまき）宮」、景行天皇の「纒向日代（ひしろ）宮」より名づけられたものである。2011年（平成23年）現在で把握されている纒向遺跡の範囲は、北は烏田川、南は五味原川、東は山辺の道に接する巻野内地区、西は東田地区およびその範囲は約3km²になる。遺跡地図上では遺跡範囲はJR巻向駅を中心に東西約2km・南北約1.5kmにおよび、およそ楕円形の平面形状となって、その面積は3km²（300万m²）に達する。地勢は、東が高く西が低い。三輪山・巻向山・穴師山などの流れが巻向川に合流し、その扇状地上に遺跡が形成されている。縄文時代に土石流の流れ込みがあり被害があった事が確認されている。そのためか、遺跡からは弥生時代の集落は確認されておらず、環濠も検出されていない。銅鐸の破片や土坑が2基検出されているのみである。この遺跡より南に少し離れた所からは弥生時代中期・後期の多量の土器片が出土しており、方形周濠墓や竪穴住居なども検出されている。また、南西側からも多くの弥生時代の遺物が出土している。ただし、纒向遺跡の北溝北部下層および灰粘土層からは畿内第V様式末の弥生土器が見つかっており、「纒向編年」では「纒向1類」とされている。なお、発掘調査を担当した石野博信は、「纒向1類」の暦年代としては西暦180年から210年をあてている。纒向遺跡は弥生時代から古墳時代への転換期の様相を示す遺跡であり、邪馬台国畿内説を立証する遺跡ではないかとする研究者から、邪馬台国の最有力候補地ともされる。2011年に大型建物跡の約5メートル東側から別の大型建物跡の一部が見つかり、建物跡は造営年代が3世紀後半以降の可能性がある。ただし年代推定には技術的に誤差が大きく、また多くの遺跡は同じ場所に弥生時代のものと古墳時代のものが見つかることが多いので、纒向遺跡で３世紀の遺物が出土したからといって、箸墓古墳自体が３世紀のものとは断定できないことに注意する必要がある。石塚古墳の周濠からは吉備系の祭祀遺物である弧文円板（こもんえんばん）が出土している。ピークの過ぎた4世紀末には埴輪が出土する。飛鳥時代から奈良時代にかけては、この地域に市が発達し「大市」と呼ばれた。箸墓古墳のことを、宮内庁治定では「大市墓」というのはこのためである。奈良時代から平安時代にかけては、井戸遺構や土抗、旧河道などが検出されている。「大市」と墨書された土器も検出されている。遺構は2013年（平成25年）10月17日に「纒向遺跡」として国の史跡に指定された。