B-3などの上位機種では、上下の鍵盤の左端に白黒反転カラーの鍵盤が装備されているが、これはドローバーで生成した音色およびプリセットの選択スイッチになっていて、押し込むと下がったままになる。上下鍵盤用にそれぞれ2セットずつ装備されたドローバーの音色はBおよびA♯のスイッチで選択できる。2つ以上のスイッチを同時に押すと、両方を組み合わせた音色になる(例: 88 8000 000+00 8444 200=88 8444 200)。Cスイッチはキャンセルキーで、これを押すと選択されていたスイッチは解放され、音が出なくなる。なお、前述したパーカッションは上鍵盤のBスイッチの音色にだけ作動する。また、右手で鍵盤を押さえておいて、左手でCスイッチを押しながら残りのプリセットキーをランダムに押す事で倍音構成を次々に変化させる特殊奏法がある。なお、L-100など安価なスピネットタイプでは鍵盤上に舌のように突き出たスイッチ群の中にプリセットを選択する機能が割り当てられている(プリセットは下鍵盤に1つか2つ、上鍵盤に4つ。パーカッションは上鍵盤でドローバー音色を選んだ際に有効になる)。
BV/CV以降のコンソール型ハモンドオルガンでは、スキャナービブラートという機構を採用している。コイルのタップ切替による位相変調方式で、円筒の中をプロペラのようなパーツが回転し、周囲に設けられた16個のコイル・タップを切り替えて位相遅れを変更し、周期的に音程を上下させる。B-2/C-2以降のモデルでは、ビブラートを上下の鍵盤それぞれに独立してon/offを設定できる。ビブラート音と原音を混ぜることでコーラス効果も作ることができ、それぞれ3段階の深さがセットされている。なお、L-100などの廉価版（スピネット型）では電子回路（フェイズシフター）を用いたビブラートユニットが装備されているが、音の厚みは劣る。ちなみに最初の製品「モデルA」ではトレモロを内蔵していた。次に開発された「モデルBC」では大型のコーラスジェネレーターが内蔵されていた（モデルBCのコーラス無しのモデルがBキャビネットを使用した最初の製品「モデルAB」である）。
1985年のMLBドラフトでピッツバーグ・パイレーツから1巡目（全体6位）に指名を受け入団。同年はA級で7月の月間MVPに選出されるなど打率.299・13本塁打を記録。1986年はAAA級で打率.311・7本塁打・出塁率.435の好成績を挙げ、メジャー昇格を果たす。5月30日のロサンゼルス・ドジャース戦に「1番・センター」として先発出場しメジャーデビュー。16本塁打・48打点・36盗塁・65四球はいずれもリーグの新人選手で最高だったが、キャリアワーストの打率.223・102三振に終わる。2年目での慌ただしい昇格と、与えられた背番号が敬愛するメイズと同じ24でなかったことが成績の低下を招いたとして、球団に不満を訴えた。ルーキー・オブ・ザ・イヤーの投票では6位に入る。1987年は希望通り背番号を24に変更。開幕直前にアンディ・バンスライクの移籍に伴いレフトへコンバートされる。バンスライクとの左中間コンビはフィールドの外では良好な関係を築くことはなかったが、試合では連携を見せ広い守備範囲をカバーした。同年は25本塁打・59打点・32盗塁の成績。1988年は打率.283・24本塁打を記録。1989年は打率.248・19本塁打・58打点とやや不本意だったが、リーグ2位の14補殺を記録した。シーズン終了後にドジャースのジェフ・ハミルトン、ジョン・ウェッテランドとの1対2の交換トレードの噂が流れるが球団は否定し、結局トレードが行われることはなかった。1990年は前半戦で打率.340・15本塁打・24盗塁の好成績で、オールスターゲームに初選出される。後半戦は打率.261ながら18本塁打・28盗塁を記録し、シーズン通算で打率.301・33本塁打・114打点、リーグ3位の52盗塁、リーグトップの長打率.565の成績で史上2人目の30本塁打50盗塁を達成するなどチームの11年ぶりの地区優勝に大きく貢献。シンシナティ・レッズとのリーグチャンピオンシップシリーズでは打率.167と振るわず、チームは2勝4敗で敗退した。MVPの投票ではチームメイトのボビー・ボニーヤを抑えて初受賞し、シルバースラッガー賞・ゴールドグラブ賞も獲得した。1991年は打率.292・25本塁打・116打点・107四球、リーグトップの出塁率.410を記録し、チームは地区連覇を果たす。アトランタ・ブレーブスとのリーグチャンピオンシップシリーズでは打率.148、本塁打・打点共に0とまたも振るわず、チームは3勝4敗で敗退した。MVPの投票では首位打者を獲得したテリー・ペンドルトンに次ぐ2位に入り、2年連続でシルバースラッガー賞・ゴールドグラブ賞を受賞した。1992年は打率.311・34本塁打・103打点・39盗塁、いずれもリーグトップの109得点・127四球・出塁率.456・長打率.624・OPS.1.080・32敬遠を記録して2度目の30本塁打30盗塁を達成し、チームは地区3連覇。前年に続きブレーブスと対戦したリーグチャンピオンシップシリーズでは第6戦でポストシーズン初本塁打を放ち3勝3敗のタイに戻す。最終第7戦は2-0とリードして9回裏を迎えたが、1点差に迫られた後の2死満塁からフランシスコ・カブレラ（後オリックス）に逆転サヨナラタイムリーを打たれて敗退。打球を処理しサヨナラのホームインを阻止しようとレフトから本塁へ送球するが及ばず、試合終了後に呆然としている姿をテレビカメラに写されている。2度目のMVPを受賞するが、ボンズ以外にもダグ・ドレイベック等主力選手の年俸が高騰し、再契約は難しいとの見方が出ていた。オフにフリーエージェントとなった。