フィッチの旗艦サラトガは、1941年12月7日の日本軍による真珠湾攻撃時はサンディエゴで整備中だったが、ウェーク島救援のために出動した。しかしながらウェーク島には日本軍が上陸したことが判明し、救援は中止された。その後1942年1月下旬にオアフ島沖で日本海軍の伊号第六潜水艦による雷撃で大破した。フィッチ少将は1942年4月3日にウィルソン・ブラウン中将とその任を交代し、以前乗り組んだレキシントンに将旗を掲げた。珊瑚海海戦でフィッチはレキシントンとヨークタウン (USS Yorktown, CV-5) から成る第17.5任務群の指揮を執る。同群はフランク・J・フレッチャー少将が指揮する任務部隊の一部であった。珊瑚海海戦は史上初の空母同士が主力として戦った海戦であった。結果として連合国軍は日本軍のポートモレスビー攻略を妨げることができたが、一方ではアメリカ海軍初の空母損失（5月8日にレキシントンが沈没）に終わった。フィッチは第17任務群の旗艦であるミネアポリス (USS Minneapolis, CA-36) に将旗を移した。フィッチはシャーマン艦長およびレキシントンのモートン・T・セリグマン艦長と共にミネアポリスの医務室に収容されたレキシントンの負傷した乗員たちを訪れた。珊瑚海海戦における功績で、フィッチは最初の殊勲章を受章した。その後フィッチは以前の旗艦であるサラトガに将官旗を移したが、サラトガを中心にして形成された任務群はミッドウェー海戦に対して到着が遅れ、参加することができなかった。アメリカ軍初の揚陸作戦がガダルカナル島で行われてから6週間後の1942年9月20日、フィッチは南太平洋軍空母部隊の司令官となる。彼はデスクワークを嫌い、戦闘地域での危険な飛行を数多く行い、計画された作戦の基礎となる敵の航空兵力の調査を行った。この活動に関して彼は空軍殊勲十字章を受章した。フィッチ隷下の南太平洋航空軍は海軍ばかりでなく陸軍、海兵隊、ニュージーランド軍航空部隊も配下に置き、南太平洋における連合軍の作戦活動に大きく貢献した。部隊の航空機は連合軍の艦隊を防護し、ソロモン諸島における日本軍との戦闘で航空援護を提供した。さらに、地上部隊の活動に不可欠な偵察任務も実行し、1942年10月の南太平洋海戦および11月の第三次ソロモン海戦で日本軍艦艇の位置を報告した。その後フィッチは初期のレーダーを使った夜間爆撃実験を監督し、写真撮影に特化した航空機を活用しての情報収集を奨励した。さらに連合軍のその領域における巧みなコーディネートが評価され、2個目の殊勲章を示すゴールド・スターを授与された。フィッチは1944年の夏にワシントンに戻り、海軍作戦部航空次長となる。彼は巧みかつ効率的に海軍の飛行組織を指示し、航空部隊の即応性と展開能力を保証するための努力を監督し、関連する補給の全てを計画した。これらの努力により彼はレジオン・オブ・メリットを受章した。
1660年、共和政が終わりチャールズ2世の王政復古がなると、ルパートはイングランドに戻り、枢密院の一員となった。騎兵を率いることはなくなったが、英蘭戦争においては海軍の指揮を執っている。1665年から始まった第二次英蘭戦争では、チャールズ2世の弟で海軍卿のヨーク公ジェームズ（後のジェームズ2世）、サンドウィッチ伯爵エドワード・モンタギューと共にイングランド海軍を率いてオランダ海軍と対戦、ローストフトの海戦ではヨーク公・サンドウィッチと協議した上で単縦陣で相対し、敵より素早く反転したことで隊列の整わないオランダ艦隊を攻撃して大勝した。翌1666年、ヨーク公に代わって海軍の指揮を執ったアルベマール公ジョージ・マンクと共同で海軍指揮を任され、6月の4日海戦では政府からの命令でフランス海軍の監視に向かったため主戦場への到着が遅れるという失態を演じたが、7月の聖ジェイムズ日の海戦はマンクと共同指揮を執りオランダ海軍に勝利した。ただし、この勝利は決定的でないため戦争は終わらず、翌1667年のオランダ海軍のイングランド奇襲（メドウェイ川襲撃）を経て、ブレダの和約で終戦に向かうことになる。1672年、フランス王ルイ14世がオランダ侵略戦争を始めると、ドーヴァーの密約でルイ14世と同盟を結んでいたチャールズ2世もオランダへ宣戦布告、第三次英蘭戦争が勃発した。海軍はヨーク公の指揮にあったが、翌1673年にヨーク公がカトリックであったため辞任に追い込まれると、ルパートが海軍卿としてイングランド海軍を率いる立場となった。オランダ侵攻軍の上陸計画を遂行する役割を命じられていたが、侵攻軍の司令官フレデリック・ションベールと対立したり、味方のフランス海軍が消極的だったことが一因で、スホーネヴェルトの海戦、テセル島の海戦で連敗してオランダ侵略は不可能となった。戦後、海軍はイングランドに収容され、オランダ侵攻軍は解散、翌1674年にチャールズ2世はウェストミンスター条約を締結してオランダと和睦した。以後は政治・軍事共に関わることはなく、科学と植民地事業に熱中した。1660年に王立協会の創立メンバーとして名を連ね、1668年にウィンザー城治安官に任命されると改築を行い狩猟とテニスに明け暮れ、後に科学実験も行った。また、フランス人探検家のピエール＝エスプリ・ラディッソンとメダール・デ・グロゼイエの北アメリカ（現在のカナダ）と北極海での探検を支援し、1670年、この地域におけるイングランドの権益を行使する国策会社ハドソン湾会社の初代総督に任命された。ハドソン湾会社はハドソン湾岸を含む広大な土地「ルパート・ランド」を所有し、この地域の独占交易権を1870年まで行使した。1682年、ロンドン・ウェストミンスターで62歳で死去、ウェストミンスター寺院のヘンリー7世礼拝堂へ埋葬された。嫡子はなく、カンバーランド公位は断絶した。愛人フランシス・バードが産んだ庶子ダドリー・バード（1666年 - 1686年）は夭折したが、別の愛人マーガレット・ヒューズとの間に生まれた庶子ルパータ・ヒューズ（1671年 - 1740年）は1695年にホイッグ党議員のエマニュエル・スクロープ・ハウと結婚した。