日米欧の各地では、ディーゼル自動車に対する環境規制が行われている。国際海事機関（IMO）は海洋汚染防止条約付属書VI（MARPOL73/78 ANNEX VI）を1997年に採択し、批准国が定数に達すると発効するという手順で、2000年からSOₓの規制を発効し始め、定期的に規制を強化する方針である。NOₓについては全海域に適用される2005年に発効した第一次規制、2011年に発効した第二次規制に続き、2016年にはECA（排出規制海域）だけに極端に厳しい第三次規制が掛けられる予定である。
ディーゼル燃料に硫黄が残留していると排気に有害な硫黄酸化物 (SOₓ) が含まれる。また硫黄は酸化力が大きいので排気浄化用の酸化触媒や還元触媒とも先に反応して無効にしてしまう。そのため自動車用エンジンへの対応はもっぱら燃料の脱硫に頼っている。従来、欧州の軽油が低硫黄分の北海産原油から作られるのに対し、日本の軽油は高硫黄分の中東産原油から作られるため低硫黄化が難しいと言われていた。しかし日本の脱硫に関しても2004年末、自動車排出ガス規制に関連する「自動車燃料品質規制値」の変更が行われ、軽油に含まれる硫黄の許容限界は、従来の0.01%質量以下から0.005%質量以下へと改められ、欧州と同じ時期に同じレベルに低減している (PDF) 。硫黄分には燃料ポンプに対して潤滑作用があるため、脱硫後の燃料油には燃料ポンプ保護のため潤滑剤が添加される。大型舶用エンジンには3%ほどの硫黄分の多い粗悪な燃料が使われるため海水スクラバー装置（排ガス中に含まれるSOxを海水に吸収剤させる排煙脱硫装置）などの後処理で排気からSOₓを除去しようとしている。湿式スクラバーの後段でNOₓ低減触媒も使えるようになるが、排気温度が低下しすぎているので難しい。2012年現在、欧州で排気温を下げすぎない乾式スクラバーと#SCRの組み合わせが開発中である。
ディーゼルエンジンの排気ガスの発がん性について、WHOの下部機関である国際がん研究機関（IARC）は長らく「グループ2Aの発がん性」＝「人に対する発がん性がおそらく（probably）ある」としてきたが、2012年6月、アメリカ国立がん研究所／国立労働安全衛生研究所の大規模疫学調査から、最高の危険度を示す「グループ1」＝「人に対する発がん性がある」と格上げした。
ガソリンエンジンより熱効率の高いディーゼルエンジンは、CO₂の発生量では環境への負荷が少なくて済む。しかしPMやNOₓの発生量はガソリンエンジンより大量で問題を含んでいる。気体だけを燃やす予混合燃焼と異なり、燃料を液滴のまま燃やす噴霧燃焼の原理上、液滴の燃え残りとして、PMや黒煙を発生しやすいことが欠点である。またディーゼルエンジンはガソリンエンジンよりも高温高圧で、余分に空気を取り込む内燃機関なので、窒素酸化物 (NOₓ)の生成量も多くなってしまう。ディーゼル機関の低負荷時の空燃比は30:1から60:1もの希薄に見えるが、均一予混合燃焼ではないので、低温燃焼によるNOx低下は無い。むしろディーゼル機関は液滴付近の空気だけを消費する不均一な拡散燃焼のため、燃焼温度が高いまま多量の余剰空気を加熱し、行程あたり高負荷時よりも大量のNOxを生成する。ディーゼル機関は排気も酸素過多となるので、ガソリン機関で多用されている排気浄化用の三元触媒を使えない。三元触媒は理論空燃比ので運転する場合に炭化水素 (HC)・窒素酸化物 (NOx)・一酸化炭素 (CO) を同時に浄化できる。
インドでは古くからディーゼル二輪車が生産、販売されていた（例：富士重工業製の井戸ポンプ用ディーゼルエンジンを搭載したエンフィールド＝ロビン・D-R400D）。近年、イギリス陸軍がカワサキ製オフロードバイクにディーゼルエンジンを搭載し運用開始した。これにより陸軍車両燃料の軽油への統一化を完了した。同様の車輛が、HDT M1030-M2 JP8(680cc)として市販されている。
定置型の内燃力発電やポンプなどの動力。水上船舶、潜水艦などの舶用動力。トラックやバスといった大型自動車や、戦車のような軍用車両、建設機械、農業機械などの大型特殊自動車ディーゼル機関車や気動車などの鉄道車両に使用される。発電、ポンプなどはディーゼルが主流であるが、排ガス規制によるLPG、CNGなどのガス燃料の制限がある場合は電気点火のガスエンジンまたはディーゼル燃料で点火するガスエンジンとなる。
ロシアの法務省は、エホバの証人を「過激主義団体の一つである」と認定し、布教活動および集会を禁じる措置を行っている。エホバの証人が配布したある小冊子に、作家レフ・トルストイの言葉が引用され、ロシア正教会の教理が「迷信で呪術的」と記載されていたのを司法省が問題視したという。法務省はこれに先立ち、同団体内での「過激主義的な行動」の兆候をつかんだと発表していた。ロシア政府は「憎悪を煽り、市民の人間としての尊厳を軽んじている」と非難、訴状には「この団体は国家を尊重せず、あらゆる市民的な結びつきを弱らせ、国の安全を破壊する」と記されていた。エホバの証人側はロシア​連邦​最高​裁判​所に撤回を求める裁判を起こしたが、最高裁は法務省側の主張を支持し、エホバの証人は2017年4月よりロシア国内の活動を禁止されている。この弾圧に対し、国際宗教自由委員会（USCIRF）の議長でイエズス会の司祭トーマス・J・リースは「ロシア政府の今回の措置は、同国内でのエホバの証人の法的存在を抹消することを目的としているようだ。USCIRFは、この平和的な宗教団体に対する弾圧を止めるよう、ロシア政府に要請する」と声明を発表した。なお、他にもモルモン教、セブンスデー・アドベンチスト教会などロシア国内にある他の宗教的少数派も同様、近年ロシアの過激活動対策法の対象団体となっている。