本系列の量産先行車である東京総合車両センター01編成は、2015年（平成27年）3月23日に総合車両製作所新津事業所を出場した。信越本線内で試運転を行ったのち、3月26日に越後石山駅から東京総合車両センターへ配給輸送された。3月28日に報道公開が行われ、3月30日には山手線に初めて入線し、大崎 - 新宿 - 池袋間を1往復する試運転が行われた。4月には東海道貨物線で試運転、5月からは日中の山手線での周回試運転が行われ、6月には中央本線大月までの試運転が行われた。11月29日には、びゅう旅行企画の団体臨時列車として、横須賀線の品川駅 - 横須賀駅間を往復した。これが初めて乗客を乗せての運転となった。そして、営業運転初日の11月30日は、始発駅である大崎駅で出発セレモニーが行われた後、同駅15時18分発の外回り1543Gから営業運転を開始した。
本系列で最初に落成した量産先行車・東京総合車両センター01編成の車両番号は、内回りの先頭車から順にクハE235-1+サハE235-4620+モハE235-1+モハE234-1+サハE234-1+モハE235-2+モハE234-2+サハE235-1+モハE235-3+モハE234-3+クハE234-1となっている。
10号車には、11号車寄りの扉位置を車体内方にオフセットした、サハE235形500番台または4600番台が連結されている。これは、京浜東北線と並行する田端駅 - 東京駅 - 品川駅間の内、田端駅 - 東京駅 - 田町駅間では、線路保守の都合で山手線が京浜東北線の、あるいはその逆の線路を運行することがあるが、いずれの路線も先頭車最前部の扉がオフセットされており、京浜東北線が10両編成なのに対し、山手線は11両編成であるため、車両側で調整をしないと10号車の扉の位置がホームドアとずれてしまうためである。原則として在来のE231系500番台の10号車（サハE231形4600番台）を改造して充てる方針であったが、その改造工期確保のため、第04・第05編成の10号車は新製（サハE235形500番台）された。4600番台はE231系サハE231形4600番台からの改造車で従来構造のままであり、雨どいが突出し、屋根の構造や高さも異なるほか、車内の案内表示器やデジタルサイネージ装置の位置が異なる。一方、500番台は新製車で他車と同様のsustina構体である。
台車には軸はり式軸箱支持機構を備えるボルスタレス台車である DT80（電動台車）・TR264・TR264A・TR264B（付随台車）を採用する。枕バネに空気ばねを用いるが、前後方向を柔支持、左右方向を剛支持とした異方性空気ばねを採用することで曲線通過性能を向上させている。電動台車の歯車装置は、歯車箱を分割構造としており、メンテナンス性を向上させている。軸箱と台車枠の側梁との間に取り付けられる軸ダンパは準備工事、ヨーダンパは未装備である。基礎ブレーキは、電動台車が踏面ユニットブレーキ、付随台車が踏面ユニットブレーキと車軸に装備されたディスクブレーキの併用である。先頭車前位（運転台側）に装備された TR264 にはパーキングブレーキが取り付けられており、先頭車後位（連結面側）とサハE235形は TR264B 、サハE234形には TR264A を装備する。ディスクブレーキは国際鉄道連合（UIC）規格に適合したものをJR東日本グループで製造・採用し、ライニング制輪子は脱着性の向上が図られている。E231系500番台から改造・編入されたサハE235形4600番台は、種車が装着していたTR255Aを使用している。
まず、当時の刑罰は大まかに死刑と遠島・追放などの長期にわたる放逐を行う刑、そして敲や叱りなど判決と同時にその場において執行される刑に分かれていたが、実際の恩赦の対象になりえたのは遠島・追放となった受刑者がほとんどであり、この他に未決囚や死亡した改易などの処分を受けた武士や宗門を追放されるなどの処分を受けた僧侶の名誉回復を求めるもの（ただし、処分前の資格を回復するのみで役職・禄高などが回復する訳ではない）を恩赦などを対象とした。また、一定の期間既に刑を受けている事も要件とされた。所払は11年、江戸払14年、江戸十里四方追放17年、軽追放20年、中追放23年、重追放26年、遠島29年、非人手下10年、武士や僧侶の処分取消は11年という基準が定められ、これを越える服役をして初めて資格を得たのである。なお、父の縁座によって処分を受けた子や15歳未満で刑が執行されていない幼年者への恩赦は年限に限らずに恩赦が認められた。なお、社会的に影響が小さい事件については短期でも恩赦が認められ（11年必要なケースでは6年など）、また逆に影響が大きいケースでは認められない場合があった。なお、当時の時代背景を反映して「外国人への犯罪及び外国人と組んで行った犯罪」が恩赦の対象外とされているのは特異な点であると言える。