活動家のスザンヌ・シェルは2005年12月、1999年から2004年まで自身のウェブサイトの profane-justice.org をアーカイブしていたとして10万ドルの賠償を求めインターネットアーカイブを提訴した。インターネットアーカイブは2006年1月20日、カリフォルニア北部地区連邦地方裁判所にシェルの著作権を侵害していないという判決を求める確認訴訟を起こした。これに対してシェルは自身の利用規約に違反していると主張する形でインターネットアーカイブを反訴した。2007年2月13日、コロラド州連邦地方裁判所裁判官は契約違反を除き全ての反訴を退けた。インターネットアーカイブはコピー行為により著作権侵害が生じたというシェルの主張を退けることは望まなかった。2007年4月25日、インターネットアーカイブとスザンヌ・シェルは共同で和解を発表した。インターネットアーカイブは「…自身のウェブコンテンツをアーカイブされたくない人の資料をWayback Machineに入れようとは考えていない。我々はシェル氏が自身のウェブサイトに関する有効かつ法的効力のある著作権を有することを認識しており、Wayback Machineに彼女のウェブサイトのコンテンツを収集したことによって訴訟になってしまったことを遺憾に思う。」と、シェルは「私はインターネットアーカイブの目標の歴史的価値に敬意を表しており、その目標を阻害したり損害を与えるつもりはなかった。」と述べた。
2003年、Harding Earley Follmer & FraileyはWayback Machineを活用して商標問題からクライアントを弁護した。弁護士は数年前のウェブサイトの内容によって原告の主張は無効であることを論証することに成功した。原告のHealthcare Advocatesはデジタルミレニアム著作権法とコンピュータ犯罪取締法違反を含む著作権侵害を糾弾するために申し立ての相手にインターネットアーカイブを含む修正を申告した。また、Healthcare Advocatesは自身のウェブサイトにrobots.txtを導入して以降、最初の訴訟が提起された後もインターネットアーカイブはWayback Machineから自身のウェブサイトの過去のコピーを全て削除するべきなのに一部は未だに閲覧可能であると主張した。この訴訟は法廷外で解決していて、その後Wayback Machineで問題が修正された。
2002年後半、インターネットアーカイブはWayback Machineから新興宗教 サイエントロジーを批判する複数のサイトを削除した。この時サイト所有者の要求により削除した旨のエラーメッセージが表示されたが、その後実際に削除を要求したのはサイエントロジー教会 (en) の弁護士でありサイト所有者は削除を望んでいなかったことが明らかになった。
欧州では、Wayback Machineは著作権法に違反する可能性があると言われている。コンテンツの公開や複製を決めることができるのはそのコンテンツの作成者のみであり、インターネットアーカイブは作成者から削除要求が来たら削除しなければならないとされる。Wayback Machineの除外規定は公式サイトのFAQページに書かれている。
ウェブサイトのアーカイブには技術的制限があり、その結果として、訴訟相手がウェブサイトのアーカイブによってもたらされた結果を悪用することがある。この問題は基礎となるリンクが公開されていない故にエラーを含んでいる可能性がある場合において、ウェブページのスクリーンショットが問題、回答や専門家の証人の報告として提出してしまうことで悪化することもある。例として、Wayback Machineなどのアーカイブはフォームに書き込みしないゆえに、アーカイブにおいて非RESTful電子商取引データベースは含まれない。
いくつかの追加要件（例として記録保管者の正式な声明を提供）が満たされていることを条件に、米国特許商標庁や欧州特許庁は提供されたウェブページが公にアクセスできていたことを示す証拠となるインターネットアーカイブからのデータ印を承認している。これらの日付は例として特許出願審査で、ウェブページが先行技術として利用可能かどうかを決定するのに活用される。
2004年10月の訴訟である、「Telewizja Polska USA, Inc. v. Echostar Satellite」, No. 02 C 3293, 65 Fed. R. Evid. Serv. 673 (N.D. Ill. October 15, 2004)は、訴訟の当事者がWayback Machineのアーカイブを有効な証拠の典拠とした初めての裁判とされている。Telewizja PolskaはTVPポロニアのプロバイダでエコースターはディッシュ・ネットワークを運営している。裁判の手続きの前に、エコースターはTelewizja Polskaウェブサイトの過去のコンテンツの証拠になるWayback Machineのスナップショットを提出しようとしたが、Telewizja Polskaは伝聞証拠禁止の原則や認証されていない典拠であることを理由にスナップショットを採用しないように予備的申し立てを行ったが、アランダー・キーズ判事はTelewizja Polskaによる伝聞証拠禁止の原則の主張を退け、TVPの裁判での証拠としての除外を求める予備的申し立てを認めなかった。
ティノサ退艦後のダスピットは艦船局勤務を経て1944年から1946年の間は潜水群司令として、艦長職とは違う立場で潜水艦戦に関わった。第二次世界大戦終結後の1946年から1947年にはアメリカ海軍開発研究所に勤務。ノルウェー出身の探検家フィン・ロンネが率いる南極越冬隊の支援を行い、ロンネはその支援に感謝する形で南緯68度10分 西経65度45分の地点にある氷河を「ダスピット氷河」と命名した。フロリダ州キーウェストの第4潜水隊司令を経て海軍作戦部入りし、潜水艦担当部門の副主任として将来の潜水艦戦の研究に加わった。朝鮮戦争勃発後の1951年には太平洋艦隊潜水部隊にチーフスタッフとして加入するが、1952年8月30日付で重巡洋艦ロサンゼルス (USS Los Angeles, CA-135) の艦長となった。ダスピットはロサンゼルスの艦長を1953年7月22日まで務めて後任に引き継いだが、その後任はダスピットの同期であるアウターブリッジであった。1957年からは第6巡洋艦隊司令官を務め、少将に昇進した1960年の1月から9月までの9か月間は、大西洋艦隊潜水艦隊司令官を務めた。この間の2月15日から5月12日には、原子力潜水艦トライトン (USS Triton, SSRN-586) による潜航世界一周の「マゼラン作戦」が実施されている。1962年に第6海軍区司令官を務め、1965年7月16日から1967年10月31日の間に務めたバージニア州ノーフォークのアメリカ統合軍幕僚学校内の部隊司令官の職を最後に退役した。ダスピットは1979年5月19日に73歳で亡くなり、アーリントン国立墓地に埋葬されている。