カルデアの歴史を上手く消化したエウセビオスだったが、同様に立ちはだかったマネトの『エジプト史』には、対応に苦慮した。マネトは、エジプトの歴代31王朝について統治年数・王の名・首都を詳細に記していた。最後の王朝がアレクサンドロス大王に征服されアレクサンドリアが建設された紀元前331年から統治年数の合計を遡ると、第1王朝の創始は紀元前5268年8ヶ月となり、エウセビオスの創世紀元よりも古くなってしまう。それどころか、人間統治の時代以前には半神や死者の霊が統治する11,000年間、その前には神々が支配した13,900年間があったとしており、普遍史の概念とは大きく食い違っていた。これに対しエウセビオスは、神々の時代は一月を一年と、半神や死霊の時代は三ヶ月を一年と呼称していたと主張し、計算を経てこの期間を2206年間だったという数値を得た。これを根拠に、エジプトの先王朝統治の記録は大洪水前の時代が曲解されて伝わったものと述べ、エジプト人の始祖は聖書が示す通りミツライムだと定義した。31王朝の期間については、エウセビオスは、これらには別々の地域に同時期に並存した王朝が含まれているため、見かけ年数が多くなっていると主張し、聖書記述との矛盾は無いと説明した。ただし、『年代記』「カノン」には16王朝以降を順列で記しているのみに留まり、具体的にどの王朝が並存していたのかには触れていない。このエジプト問題は、普遍史にまつわる疑問として後世まで残った。
キリスト教成立前後の古代ギリシアやローマが認識していたアッシリアの歴史とは、ポンペイウス・トログスらが伝える、初代ニヌス王とその王妃である第二代の王セミラミスによってインドにまで進出した最初の大帝国に始まり、サルダナパールの死とともに滅亡する1200年間にわたる伝説的物語を指した。そして、このアッシリアを滅ぼし次代の広域支配を打ち立てた国がメディアだと考えていた。これは、聖書記述内容とは大きく食い違っていた。聖書が伝えるアッシリアの始祖アシュルなどローマ人は知らず、また「ダニエル書」で暗喩された4帝国が連続的に興亡するというような認識ではなかった。この問題に対し、エウセビオスは『年代記』にて、あえて聖書記述への忠実さを放棄し、「解釈」を以って組み替えている。具体的には、ローマ人のアッシリア観を採用してこれを1番目の帝国に置き換えた。この解釈によってイスラエル王国とアッシリアが並列することになり、普遍史の第2期と第3期が重なってしまった。この問題に対する論理的説明は後世に残される課題となった。
普遍史は、聖書の歴史記述が他民族のそれをも説明可能であり、これを根拠に聖書およびキリスト教の優位性を示すことを目的に成立した。したがって、天地創造や大洪水よりも古い他民族の歴史を合理的に説明する必要に迫られた。紀元前3世紀頃のヘレニズム期バビロニアで著述されたベロッソスの『バビロニア誌』解釈が、普遍史構築上の問題点となった。カルデアの歴史を伝える『バビロニア誌』では、天と海が分かれて世界が成り立ち、最初の王朝はアルロス（アロロス、Aloros）から始まり10代目のクシストロス時に大洪水があり滅んだとある。この王朝は120サロス＝432,000年間存続したとも記されており、どの聖書に基づいても天地創造と大洪水の期間よりも長かった。これに対しエウセビオスは『年代記』にて、単純にカルデア人が単位「サロス」の計算を間違えていたと切り捨てた。それどころか逆に、クシストロスが神の予告を受けて船を建造し、大洪水の際に一族や動物たちと難を逃れ、鳥を飛ばして洪水の終息を確認したところなどを取り上げて、『バビロニア誌』にある記述はノアの大洪水を示していると解説した。成立年度から見れば『バビロニア誌』の内容が『旧約聖書』に影響したと考えるのが普通だが、エウセビオスは逆にバビロニア人が歴史を伝えるにあたり事実を劣化させてしまったものとして、聖書の真実性を裏付ける材料にした。
ところで、普遍史の根幹たる聖書には聖書翻訳にある様に多くの種類がある。旧約聖書において原典とされるものでも、大きく「ヘブライ語版」「ギリシア語版」「サマリタン版」の3種類に分かれる。紀元前5世紀から4世紀にかけて纏められたと考えられる「ヘブライ語版」は最も古く成立した版と考えられ、本項で前述した家父長の年齢もこの版に拠っている。「ギリシア語版」は紀元前2世紀にエジプトのプトレマイオス2世が命じて翻訳されたもので、訳者の人数から「七十人訳聖書」とも呼ばれている。「サマリタン版」はユダヤ教の一派サマリア人が纏めたもので、「サマリア五書」とも呼ばれる。これら各聖書の「版」の間には、基本的な枠組みや出来事などに大きな差異は無い。しかし、細部の字句や家父長の年齢表記などには差異が見られ、聖書の解釈、特に聖書年代学には大きな影響を与えた。
バリャドリッド大学を退職すると日本に帰国し、母校である京都外国語大学にて2002年4月から2011年3月まで講師を非常勤で務めた。また、同じく2002年4月から2011年3月にかけて、龍谷大学においても講師を非常勤で務めた。そのほかにも、日本の幾つかの教育・研究機関に勤務した。2003年4月から2005年3月にかけては、甲賀看護専門学校において講師を非常勤で務めた。2003年10月から2004年3月にかけては、朝日大学にて講師を非常勤で務めた。同じく2003年10月から2005年9月にかけては、岐阜県立看護大学においても講師を非常勤で務めた。2004年4月から2011年3月にかけては、近畿大学においても講師を非常勤で務めた。また、スペインの教育・研究機関において働くこともあった。カスティーリャ・イ・レオン州に所在するブルゴス大学にて、2008年8月18日から8月29日まで、2009年8月17日から8月28日まで、2010年8月9日から8月20日まで、それぞれ日本語の講義を受け持った。2011年4月、静岡県立大学に採用され、国際関係学部の講師を常勤で務めることになった。国際関係学部においては、主として国際言語文化学科のヨーロッパ文化コースの講義を担当した。また、静岡県立大学の大学院においては、国際関係学研究科の講師を兼務した。国際関係学研究科においては、主として比較文化専攻の講義を担当した。