もと臨済宗で、1226年に宗祖栄西により創建されたと伝わる。現在の高島台から幸ヶ谷公園（権現山）にかけて続いていた丘の上にあり、東海道と神奈川湊を見下ろす交通の要衝にあることから、戦国時代には隣接して権現山城・青木城が造られた。1510年、一帯が上杉氏と上田政盛との権現山合戦の戦場となったため荒廃したが、1532年に曹洞宗の寺として再興された。江戸時代になると周辺は神奈川宿として栄えた。幕末の横浜開港時には、横浜港が一望できることから、アメリカ領事館となった。当時山門はペンキで白く塗装され、この山門は後も震災・戦災を免れて現存している。生麦事件では負傷者（ウッドソープ・クラークとウィリアム・マーシャル）が逃げ込み治療を受けた。東側の権現山は神奈川台場の建設のため削られた。さらに明治時代の鉄道建設により寺の東側に切通しが作られ、この際に東海道も分断されたため、門前近くに青木橋が架けられた。さらに第二京浜建設の際にも寺域が削られた。
元々は儒教の研究をしていたが、体格がよく柔道の強豪であった彼は兵隊に取られることが確実であり、生死の問題に行き当たって老荘思想および道教の研究を始めた。太平洋戦争中は戦場での苦痛を和らげようとして石油ランプの下で『荘子』を読み、復員後は高校の教師を務めながら『荘子』の翻訳を行った。当時としては非常に特異な研究分野だったため、1960年代に日本を訪問したある中国の大物学者から「道教のようなくだらないものを国立大学教授が研究するとは何事か、あんなものは迷信に過ぎない」といわれたこともあったと後年回想している。日本の道教研究史上において、福永光司が、その第一人者として位置づけられるのは、1974年4月より1979年3月に至る5年間にわたって、東京大学文学部中国哲学中国文学第三講座において、「老荘・道教」をテーマとして講じたという点に尽きる。日本の道教研究は、戦前から本場の中国や欧米に全く引けをとらない水準にあり、諸外国に先んじ1950年に、日本で道教学会が設立され、また戦前より小柳司気太、福井康順、吉岡義豊らの優れた道教研究者が輩出されて来た。その流れの中で真の意味で道教学・道教研究が東洋学、中国哲学史、中国仏教史の研究から独立したことを端的に表したのが上記の講座であり、実際その門下より坂出祥伸など数多くの道教研究者が出て多彩な活躍を行い、今日の活気ある道教研究を導いたと言える。道教、中国思想に関する著作を多数残しており、特に『荘子』の訳が知られている。また、道教と日本古代史とのかかわりについても熱心に研究を続けていた。晩年は故郷である中津市に帰省し、講演活動を軸に活躍した。同郷の五木寛之と交流があり、共著も出している。
宝暦4年7月20日（1754年9月6日）の郡上藩からの検見法言い渡しに始まった一揆は、その後幕府代官である笠松陣屋の介入があり、江戸藩邸への出訴、藩主実弟の井上家への追訴を行うも郡上藩側の弾圧を受け、宝暦5年11月26日（1755年12月28日）には老中酒井忠寄への駕籠訴を行い、ようやく訴状が受理され吟味が開始された。しかし審理は停止状態となり、駕籠訴から2年あまりが経過しても判決はなされなかった。駕籠訴の判決が下されない中、一揆勢は2度の追訴を行ったが訴状は受理されず、ここに目安箱への箱訴を行うことに決した。当時、江戸には郡上一揆の一揆勢とともに、同じ郡上藩の預地であった石徹白で続いていた石徹白騒動の関係者も滞在していた。郡上一揆の一揆勢と石徹白騒動の関係者は情報交換を行い、その中で石徹白騒動の関係者から、郡上藩主金森頼錦は縁戚関係を利用して訴訟を握りつぶしているとの情報に接し、もはや将軍が自ら訴状の内容を確認する目安箱への箱訴を決行するしかないと判断したとの資料もある。宝暦8年4月2日（1758年5月8日）、江戸に滞在していた郡上一揆勢のうち歩岐島村治衛門、二日町村伝兵衛、市島村孫兵衛、東俣村太郎衛門の4名と、訴訟実行の人員として派遣された向鷲見村弥十郎、剣村藤次郎の2名の計6名が、目安箱に訴状を投函する箱訴を決行した。箱訴の決行は江戸に潜伏中の駕籠訴人切立村喜四郎、前谷村定次郎が中心となって進められたと考えられるが、両名とも公式には村預けの処分中であったため訴人に名を連ねることはなかった。訴状にはこれまでの一揆の経過を説明する中で、歩岐島騒動や気良村甚助の処刑などの藩側の不当な弾圧を指摘し、改めて吟味と訴訟の裁決を願う内容であった。また訴状の他に歩岐島騒動での一揆勢負傷者35名の名前と負傷状況を記したリストが添えられた。後の評定所での吟味において、35名のうち33名が江戸に呼び出され、厳しい尋問によって十数名が牢死し、生存者も所払いの判決を言い渡されることになる。箱訴は宝暦8年4月2日（1758年5月8日）に続き、宝暦8年4月11日（1758年5月17日）には初回と同様の内容で2度目の箱訴を行った。結局2度目の箱訴が受理され、訴人の6名は町奉行の依田政次に呼び出され、訴状が受理され吟味が行われることを告げられた上で、6名の訴人に宿預けが言い渡された。