鳩山邦夫法務大臣が死刑執行命令書に署名して2008年6月17日午前に東京拘置所で宮崎の死刑は執行された。45歳没。犯行動機は未解明のまま、精神鑑定も継続中であった。過去10年間における死刑確定から死刑執行までの平均は約8年であり、死刑確定から2年4か月というスピード執行となる。鳩山は法務大臣退任後の2010年末、民放テレビのインタビューで「（宮崎勤の事件は）もっとも凶悪な事犯の一つだと思うから、死刑執行すべきと思うが検討しろ」と、自身が執行手続きを指示したと述べた。2008年6月8日の秋葉原無差別殺傷事件が影響を及ぼした可能性も指摘されていたが、ジャーナリストの上杉隆は宮崎勤死刑執行は秋葉原事件とは関係ないとしている。鳩山は同年3月に執行命令をすでに出しており、秋葉原事件と関連があるとするには矛盾がある。アムネスティ・インターナショナル日本や、「死刑廃止を推進する議員連盟」など人権団体が同日、相次いで抗議を表明した。日本弁護士連合会は宮崎誠会長名で「半年あまりで13人の大量の死刑執行が行われた。政府に対し、死刑制度の存廃を含む抜本的な検討と見直しを行うまでの一定期間、執行を停止するよう重ねて強く要請する」との声明を出した。宮﨑の国選弁護人を務めた田鎖麻衣子弁護士は同日、「数か月前から再審請求の準備を進めていた。こうした事情を知りながら、死刑を執行したことに強く抗議する」との声明を発表した。5月末には鳩山邦夫法相に死刑を執行しないよう文書にて要請していたという。
宮崎勤が第1の事件を供述して以降、NHKや民放のテレビの報道・ワイドショー番組は連日、連続幼女誘拐殺人事件関連の報道を大々的に伝えた。その直前、海部俊樹が第76代内閣総理大臣に就任し、第1次海部内閣が発足したばかりだが、宮崎が第2・第3の事件の供述をしたことから、事件の経緯を検証する形で誘拐殺人事件報道を優先していた。民放各局のワイドショーは8月下旬まで、連日30分〜1時間（場合により2時間も）程度で誘拐殺人事件関連の話題を優先していたが、8月26日に礼宮文仁親王（現・秋篠宮）が川嶋紀子との婚約を発表してからは、事件報道の扱いが次第に縮小されていった。その他の影響事件当時、フジテレビで放送中のアニメ「らんま1/2」において、8月19日放送予定だった 第14話「さらわれたPちゃん 奪われたらんま」が誘拐を連想させるとして急遽放送内容を差し替え、後日放送予定だったアニメオリジナルエピソードの回を放送したが、その話の回想シーンにまだ未放送回のシーンがあったため、話がつながらない部分が発生する影響があった。また、この回は放送枠移動後に放送されたが、一部の局では打ち切られたためソフト化まで見られない地域もあった。
この事件をきっかけに、年端もいかない小児に性衝動を覚えるペドフィリア嗜好の存在が広く知られることとなり、保護者が子どもをめぐる性犯罪に対して強い恐怖感を抱くようになった。テレビの幼児番組などでも、児童（女児）の裸・下着が画面に映るのを避けるようになった。さらに、宮崎が年少のころより、動物に対して残虐な行為を行っていたという報告もあり、動物虐待行為がこれらの犯罪行為の予兆であると考える向きもある。
この事件後、1989年あたりから創作物における性的描写に規制が強まった。少年漫画などで女性の裸体を表現する場面で乳首が見えないように修正を施されたのもこのころからである。青年誌では『ANGEL』などの人気作品が連載中止となった。当時この事件の取材をしていた木村透は偏向報道があったと、「読売ウイークリー」のブログ（2005年11月21日）にて主張している（当該エントリーはすぐに削除された）。そのエントリーで木村は、民放カメラマンが部屋の隅に数十冊あった雑誌のうち、成人向け書籍を一番上に乗せて撮影するという行為があったと主張している。5,787本という膨大なビデオテープの大半は『男どアホウ甲子園』や『ドカベン』など大量のアニメ作品の録画テープが占めており、いかがわしいビデオや幼女関連のビデオ作品は44本にすぎなかった。これらテープは、そのほとんどは一般のテレビ放送を録画したものや、そのテレビ録画がマニアによってダビングされたもので、これらは文通などの形で交換されたものという話がある。当時の報道によれば、こういったマニア間でのテレビ録画したダビングビデオの交換は方々で行われていたが、宮崎はこの交換で望みのテープを入手する際に、相手への返礼が十分でなく、遅延するトラブルもあったという。また宮崎が自分の欲しい作品をどんどん入手するわりに相手の頼みはできるだけ断るという態度を取ったため、宮崎を除名したサークルもあった。またサークルのメンバーからは、宮崎は「完録マニア」（全話を録画しないと気がすまないタイプ）であり、子どもっぽいとの印象も持たれていた。
1987年の分割・民営化によるJR移行においても、なお多くの国労組合員が残っていた。国労組合員の採用率は、本州・四国99％と高く、北海道・九州で43.1 - 48%で低い（不採用者5009名のうち、4950名までが北海道・九州）。これは、JRに見切りをつけ国鉄を去った職員が予想以上で、本州・四国では国労組合員で穴埋めされたためや、国鉄当時に当局の勤務地希望調査において、過員である北海道や九州から本州への採用の打診について、国労方針の「希望調査用紙は白紙で提出」に従い、組合員が提出せず期限が失効したためである。組織は大幅に縮小したが、現在でも全国に組合員が存在する。組合員の雇用不安を無視した国労から脱退し、鉄道労連に加入した組合員はほとんどが採用された。スト権ストに対する損害賠償訴訟は、当時の亀井静香運輸大臣らの斡旋で1994年12月27日、国労会館を清算事業団に明け渡すことを条件に和解した。その後、分割・民営化容認を発表したため、これも条件だったのではないかとする説もある。「明け渡し」と言っても借地権や長年の便宜供与が存在しており、移転地を斡旋されていた。清算事業団・国労双方の顔を立てたというのが実情である。ただし、この際に国労執行部に対し国労会館の明け渡し金の名目で補償金が支払われたが、その金額や使途は明らかにされていない。また、ストライキ基金（ストライキの際にカットされる賃金補償のため組合員が積み立てた資金で他用途に流用できない規定）8億円を役職員の退職金に流用する、さらに関連会社に組合費を3億円以上流用し、回収不能になるなど、国労執行部による資金の不透明な流れも問題になっている。