2010年5月から2012年4月に発売された雑誌『ミステリーボニータ』『月刊プリンセス』『プリンセスGOLD』の3誌の読者プレゼントで当選者数を実際より多く表示していたとして、2013年8月20日、消費者庁から景品表示法違反（有利誤認）に基づく措置命令を受けた。中には、「リボン型ヘアクリップ」のように50人当選としながら3人しか発送していなかったり「ニンテンドーDS Lite」や「全国百貨店共通商品券1万円分」のように複数の読者に当たると表示しながら一つも発送していない景品もあり、誌上に掲載する当選者名に架空の人物名も使っていた。読者プレゼントの水増しを同法違反で処分するのは初めて。秋田書店側は「企業から提供されていた懸賞品が不景気で減少したため、アンケートに大勢答えてもらおうと2005年頃から水増ししていた」と説明し、不正を訴えた女性社員が担当する以前から不正が行われていたことを認めた。一方で秋田書店は、景品担当業務を4年にわたり担当し今回の不正を訴えた女性社員に対して、「プレゼントを窃取した」と主張して、2011年9月から傷病休職に入っていた同社員に対し、休職中の2012年2月29日に解雇通知を送り懲戒解雇していた。女性社員は「罪をなすりつけられた」として冤罪を主張し、解雇撤回を求め提訴。2013年8月21日付の毎日新聞の報道では、取材に対し「解雇と不正は別問題」としてコメントを控えた。その一方、同日付で同社は社告を発し「解雇の理由は賞品をほしいままに不法に窃取したこと」、同社員の休職は「業務上ではなく私傷病」とした。当初社告において、毎日新聞の記事について「弊社への取材も一切おこなわれず一方的に元社員の言い分を掲載したものであり、また、書かれている内容と弊社の認識とは大きな隔たりがあり、とうてい容認することができません。」と主張していたが、記事内には取材に対し秋田書店が「解雇と不正は別問題だと考えるため、コメントは差し控える」と対応したことが書かれていた。毎日新聞からの指摘を受け後日社告は訂正された。元社員は陳述書において「秋田書店は8年以上水増し行為をしていた」「2007年の入社後すぐに先輩から不正行為を引継ぎ口外を禁止された」「編集長と会社に強要され4年半続けさせられた」「編集長に不正行為停止を訴えても無視され続けた」「過重労働と報復としてのパワーハラスメントに苛まれた」「休職中、一方的に懲戒解雇され、且つ元社員がずっと抗議していた不正水増しの罪をなすりつけられた」「消費者庁に指摘を受けた以外の雑誌でも水増しが横行していた」「元社員が休職した後にも不正が続けられた。」等を主張している。2015年10月28日、元社員との和解が成立した。和解内容は、懲戒解雇が消費者庁への通報を原因とするものでないことを相互に確認する、合意退職したことを互いに確認する、ホームページに掲載した2013年8月21日付け社告を削除する、秋田書店側が元社員に解決金120万円を支払う、和解条項に定めるもののほか何らの債権債務のないことを確認し今後民事上刑事上の責任を問わないことを相互に約束する、訴訟費用は各自の負担とするといった条件である。なおパワーハラスメントや罪をなすりつけられたかどうかの認定については和解条項には反映されていなかった。
9世紀、空海の弟子・宗叡が武蔵国貝塚（今の千代田区麹町・紀尾井町あたり）に建立した光明寺が増上寺の前身だという。その後、室町時代の明徳4年（1393年）、浄土宗第八祖酉誉聖聡（ゆうよしょうそう）の時、真言宗から浄土宗に改宗し、寺号も増上寺と改めた。この聖聡が、実質上の開基といえる。開基聖聡の弟子には、松平氏宗家第三代松平信光開基の信光明寺開山釋誉存冏（そんげい）や、松平氏宗家第四代松平親忠開基の大恩寺開山了暁（りょうぎょう）慶善がいた。また松平親忠の第四子で、浄土宗総本山知恩院25世の超誉存牛や、徳川将軍家菩提寺大樹寺開山の勢誉愚底（せいよぐてい）はいずれも聖聡の孫弟子であり、中世から松平氏や徳川氏とのつながりが深かった。中世以降、徳川家の菩提寺となるまでの歴史は必ずしも明らかでないが、通説では天正18年（1590年）、徳川家康が江戸入府の折、たまたま増上寺の前を通りかかり、源誉存応上人と対面したのが菩提寺となるきっかけだったという。貝塚から、一時日比谷へ移った増上寺は、江戸城の拡張に伴い、慶長3年（1598年）、家康によって現在地の芝へ移された。風水学的には、寛永寺を江戸の鬼門である上野に配し、裏鬼門の芝の抑えに増上寺を移したものと考えられる。また、徳川家の菩提寺であるとともに、檀林（学問所及び養成所）がおかれ、関東十八檀林の筆頭となった。なお、延宝8年（1680年）6月26日に行われた将軍徳川家綱の法要の際、奉行の一人で志摩国鳥羽藩主内藤忠勝が、同じ奉行の一人で丹後国宮津藩主永井尚長に斬りつけるという刃傷事件を起こしている（芝増上寺の刃傷事件）。なおテレビドラマ『水戸黄門・第17部』においては、この一件が水戸光圀の旅立ちのきっかけとして描かれている（光圀の諸国漫遊はフィクション）。また元禄14年（1701年）3月に江戸下向した勅使が増上寺を参詣するのをめぐって畳替えをしなければならないところ、高家の吉良義央が勅使饗応役の浅野長矩に畳替えの必要性を教えず、これが3月14日の殿中刃傷の引き金になったという挿話が文学作品『忠臣蔵』で有名である。畳替えの件が史実であるかは不明。なお、長矩は内藤忠勝の甥である。明治維新直後には、神道国教化政策の下、半官半民の神仏共同教導職養成機関である大教院の本部となり、大教院神殿が置かれた。参道には、通常は神社に建てられる鳥居が置かれた。のち明治7年（1874年）1月1日、排仏主義者により放火される。徳川幕府の崩壊、明治維新後の神仏分離の影響により規模は縮小し、境内の広範囲が芝公園となる。太平洋戦争中の空襲によって徳川家霊廟、五重塔をはじめとした遺構を失う大きな被害を受けた。東京タワーの建設時、増上寺は墓地の一部を土地として提供している。なお、この付近の町名（芝大門）や地下鉄の駅名（大門駅）に使われている「大門」（だいもん）とは、増上寺の旧総門のことを指す。現在の大門は昭和12年に東京市が市民の寄付を募って改築したコンクリート造のものである。（詳しくは後述）