学生自治会の事業は、主に学生の自発的な活動により、学校生活の充実や改善向上をはかる活動、部活動などの課外活動を支援する活動、学校行事への協力に関する活動、ボランティア活動などを行う。1969年の中央教育審議会答申では、学生自治会について「大学当局と交渉する特別な地位をもっている」と指摘している。
学生自治会の全体に必要な事務は、執行委員会などの執行機関が行う。大学祭実行委員会は学生自治会の中におかれることも多く、学校における学園祭、文化祭などの企画、実施を行う。学校から大学祭などの企画に要する物品の支給・貸与などの支援を受けている場合が多い。大学祭などの運営費は、学校から補助を受けることがある一方、学生が独自に集金するなどして集める場合もある。文化・体育・レクリエーション・福利厚生などの諸活動を行う団体（体育会や文化会、各部なども含まれる）については、学生自治会に包括する場合と、学生自治会とは独立した団体になっている場合がある。
学生自治会によっては、代表制の議会や学生投票のみが設置され、学生大会は設置されていない場合もある。これ以外にも、代議員会・自治委員会・学生評議会・中央委員会などの学生大会等に次ぐ議決機関をおいている学生自治会もある。
学生大会は、学生自治会の最高議決機関であり、1969年の中央教育審議会答申では、全学生の意思を代表する決議を行うとされている。学生大会は、全学生が構成員であり出席義務があることから、学校側がその点に配慮して授業を休講とする場合もあるが、授業時間外に行なうことを原則としている場合もある。個別の名称としては「学生総会」などの場合もある。
学生自治会では、構成者（会員）から入会金や会費を集めている。入会費は0円から数千円、会費は一年当たり数百円から数千円であることが多い。通常は全会員が同一金額を負担することになるが、経済事情などにより免減を認める学生自治会もある。学校の事務局が学生自治会に代わって学生自治会費を学生から代理徴収し、学校の事務局が集めた学生自治会費を学生自治会に渡す学校がある。また、以前は代理徴収していたものの、自治会費が使途不明になるなどの事情があったとして中止した学校もある。2015年の学校法人への調査では、回答した910校の大学・短期大学・高等専門学校の中で、学生自治会費を学校が代理徴収していると回答したのは513校である。学校が代理徴収することについては、法律上の問題を指摘する見解も見られる。国立大学では、1980年代までに学生自治会費の代理徴収制度は廃止されている。学校が代理徴収を行わない場合については、学内の他団体と協力して会費納入をお願いする事例が見られる。このような場合においては、（経済的事情などで会費納入の義務を免除されていないにもかかわらず）会費を納めていない学生に対しては、自治会費を納めた学生と比較して会員としての自治に関わるための権利が制限されるとしている学生自治会もある。なお、大学から学生自治会と認められていない団体が学生自治会名で会費納入をお願いする事例においては、大学側から公認団体ではない趣旨の説明とともに「学生自治会費」を支払う必要はない旨を広報している場合もある。
大学卒業後、海軍航空技術廠に入廠。海軍技術士官となる。1941年12月太平洋戦争が勃発。三木は戦時中に陸上爆撃機銀河、ロケット特攻機桜花などの機体設計を担当している。1944年（昭和19年）6月前後、大田正一少尉が航空技術廠長和田操中将に特攻兵器桜花を提案した。三木によれば、和田はもう決めた様子で、大田は「自分が乗っていく」と言うため、研究に協力したという。もっとも、戦中のインタビューで三木は「ドイツのV一号に呼応してわがロケット兵器の研究もまた全力をあげて行われていた。しかしV一号の目標は地上の間であるが、わが目標は空母、戦艦、輸送船の海上の点である。目標に対して一発必中の成果を上げるためにはV一号のごとく無人機では到底不可能である。どうしても人力を借りねばならない。だが、人の力を借りれば必中と同時に必死である。ここに悩みがあった。この悩みを解決したのが大田正一中尉(当時少尉)である。『 V一号に人間が乗ってゆくことだ。まず自分が乗ってゆく』と、烈々の至情を吐露して肉弾ロケット機『神雷』（桜花）を各方面に説き回った。」と語っている（必死であることに悩みがあったなら、悩みの解決は必死の有人化ではないという矛盾もある）。三木は山名正夫技術中佐とともに研究の協力を開始。三木や山名は東大に講師としても出入りしていた。空技廠は、風洞実験装置が有り、民間飛行工場の指導も行い、出入りのある愛知航空機にも桜花研究の協力を要請している。1944年（昭和19年）8月16日、軍上層部も桜花の研究を認めて、研究試作を下命、航空技術廠に任務を課した。三木は主担当者となった。設計には、山名正夫技術中佐、服部六郎技術少佐等も参加した。1945年5月28日桜花の初戦果を発表した新聞で生みの親として三木忠直技術少佐は「自分が設計したあのロケット機でこれら勇士たちが神去りませしとは」と感激一入、「必死ではなく決死必中の兵器を心に誓った。大田少尉が案を持参したから設計、製作した。神雷（桜花）の成功は岡村司令はじめ関係者一致のたまもの」と語った。