氏子・崇敬者の側としては、反対集会を開くこともあったが、主として大きな運動もできず、合祀によって廃された神社の祭神が祟りを起こしたなどと語る形でしか不満を示すことはできなかった。とはいうものの、この合祀政策は、博物学者・民俗学者で粘菌の研究で知られる南方熊楠ら知識人が言論によって強い反対を示した。南方は、合祀によって①敬神思想を弱める、②民の和融を妨げる、③地方を衰微する、④民の慰安を奪い、人情を薄くし、風俗を害する、⑤愛国心を損なう、⑥土地の治安と利益に大害がある、⑦史跡と古伝を滅却する、⑧天然風景と天然記念物を亡滅すると批判した。こうした反対運動によって次第に収束して、帝国議会での答弁などを通して、1910年（明治43年）以降には急激な合祀は一応収まった。しかし、時既に遅く、この合祀政策が残した爪跡は大きく、多数の祭礼習俗が消えてしまい、宗教的信仰心に損傷を与える結果となった。
神社合祀政策は1906年（明治39年）の第1次西園寺内閣において、内務大臣・原敬によって出された勅令によって進められ、当初は地域の実情に合わせかなりの幅を持たせたものであった。だが、第2次桂内閣の内務大臣平田東助がこの訓令を強固に推し進めることを厳命したため、全国で1914年（大正3年）までに約20万社あった神社の7万社が取り壊された。特に合祀政策が甚だしかったのは三重県で、県下全神社のおよそ9割が廃されることとなった。和歌山県や愛媛県もそれについで合祀政策が進められた。しかし、この政策を進めるのは知事の裁量に任されたため、その実行の程度は地域差が出るものとなり、京都府では1割程度ですんだ。この官僚的合理主義に基づいた神社合祀政策は、必ずしも氏子崇敬者の意に即して行なわれなかった。当然のことながら、生活集落と行政区画は一致するとは限らず、ところによっては合祀で氏神が居住地からはほど遠い場所に移されて、氏子が氏神参拝に行くことができなくなった地域もある。合祀を拒んだ神社もあったが、所によってはなかば強制的に合祀が行なわれた。
神社合祀の目的は、神社の数を減らし残った神社に経費を集中させることで一定基準以上の設備・財産を備えさせ、神社の威厳を保たせて、神社の継続的経営を確立させることにあった。また、教派神道は宗教として認めるが、神社は宗教ではなく「国家の宗祀」であるという明治政府の国家原則（宗・政・祭体制）に従って、地方公共団体から府県社以下神社に公費の供進を実現させるために、財政が負担できるまでに神社の数を減らすことにもあった。この政策は内務省神社局が主導したが、同省地方局の関与もあったらしい。というのも、地方局は合祀の目的の一つである地方公共団体からの府県社以下神社への公費供進を認めるのを地方公共団体にさらなる財政負担を求めるものとして消極的だったが、それを認める代わりに地方自治政策の一環としての神社中心説を神社合祀政策に盛り込んだのであった。神社中心説とは地方の自治は神社を中心に行なわれるべきだという考えのことで、これにより合祀政策に一町村一神社の基準が当てはめられることとなった。神社の氏子区域と行政区画を一致させることで、町村唯一の神社を地域活動の中心にさせようとしたのである。
1980年代には全盛だった親衛隊も、時代が平成に変わり、とりわけ1990年代に入ると終焉を迎える。連合・同盟の抗争が更に激化、白鳥事件、ribbonの日比谷野外音楽堂ライブ終了後の大乱闘、その後の幹部を始めとする主要メンバー達の親衛隊離脱が衰退の要因とされている。しかし実際のところは、1990年代からは音楽が多様化したことによってバンドブームやそれに続くビーイング・小室ブームに代表されるように、日本の音楽ムーブメントがJ-POPの全盛期を迎え、それに伴うアイドル冬の時代の影響で隊員も減り、さらに公開歌番組や大規模なコンサートなどもほとんど姿を消し、“親衛隊”としての活動場所・存在価値がなくなっていたのが原因である。また激しい上意下達の環境を嫌い個人主義を好むという時代環境の変化や、アイドルファンのイメージがそれまでの親衛隊に象徴される「硬派」「青春」といった比較的健康的なものから「根暗なオタク趣味」というネガティブなものに取って代わったことが決定的な打撃となり（同時期の宮崎勤事件や宅八郎の登場が強く影響したとされている）、世間的にもアイドルファン＝「ダサい」「カッコ悪い」「気持ち悪い」というイメージが定着してしまい、隊員が一気に激減した。1994年頃には連合全体で100人にも満たなくなっていた。その後も幹部の生き残りメンバー数名が立て直しを図るが、Melody ・桜っ子クラブらの活動を最後に、1995年頃には連合・同盟両者とも完全に姿を消し、長い親衛隊の歴史に幕を下ろした。連合解散後もなおヒット曲を世に出し続けた中山美穂、酒井法子の親衛隊が単独で活動を続けたはいたが、1997年頃には自然消滅の形となっている。1990年代末期以降、荻野目洋子と同じくライジングプロダクション所属のSPEEDやモーニング娘。、AKB48などのファン周辺で親衛隊と類似した集団が多数存在しているが、往年の親衛隊連合・同盟とは全く違う物であり、何の関係、つながりもない団体である。ただし個々の親衛隊OB等が現場を仕切る光景は娘。やチェキッ娘、一部のアイドル声優（椎名へきるなど）などでも見られた。