リムランドは、自閉症について講演（何千もの専門家グループを対象にしたものも含め）を重ね、それを世界中で起こっている問題と関連付けようとしてきている。そして、彼は膨大な数の著作を書いている。当時は自閉症アクティビストの小さな集まりの中にいたものの、彼の明確な立場はカリフォルニア州ハリウッドの近くにいる映画プロデューサーの目に留まり、リムランドは1988年の映画「レインマン」で自閉症についての主要な技術アドバイザーを務めた。息子のマークはダスティン・ホフマンのインタビューを受け、映画スターによって表現される登場人物のモデルを務めた。この映画は、自閉症に対する意識を世界的に確立するのに役立った。そしてそれはまさに、この疾患が最初に明るみに出た時なのであった。
リムランドは、自閉症の診断数がこれまでに驚くほど増加していることに注目した、最初の医療専門家であった。リムランドが早い時期に注目したこの事実は、1990年代半ばの時点で「自閉症疾患」として知られるものが認められるにつれ、予言的なものであったということが明らかになってきている。予防接種運動を取り巻く反駁者たち（多くはリムランドがその中心となっているが）の数も、互いに協力し合いながら、段階的に増加傾向にあり、しだいに起こり得る病気の範囲を拡大していっている。
医療機関は長い間リムランドの自閉症研究への貢献に疑問を持っていた。1995年、シカゴ大学教授のベネット・レベンサル(Bennet Leventhal)は、「予防接種が原因かもしれない」というリムランドの自閉症診断分野における新たな関心を「馬鹿げている」とあっさりと退けた。リムランドは、予防注射に使われるチメロサール（水銀から作られた防腐剤）が自閉症の直接原因であると信じる、少数派の研究者である。アメリカ疾病対策センター（CDC: the United States Centers for Disease Control）とアメリカ食品医薬品局（FDA: the Food and Drug Administration）は、トーマス・ヴェルシュトレーテン（Thomas Verstraeten）や他の科学者たちの研究に基づけば、チメロサールと自閉症との間には実証可能な関連性はないと断言している。医師のジャクリーン・マカンドレス（Jaquelyn McCandless）は、著書『飢えた脳を持つ子どもたち』("Children with Starving Brains")の中で、リムランドのことを自閉症の生物医学的治療における「偉大なる教父」と呼んだ。リムランドの著書『小児自閉症－行動神経理論に対するその症候群と暗示』("Infantile Autism: The syndrome and its Implications for a Neural Theory of Behavior")（1964年）は、自閉症について当時優勢だった見解（「冷蔵庫マザー」理論によって引き起こされた、情緒障害説）を、自閉症は神経発達障害であるという現在の認識に改める多くの視点を含んでおり、それらは小児科学の分野においては、信頼に足るとされている。
1988年（昭和63年）4月には本四備讃線（瀬戸大橋線）が開業し、「しおかぜ」、「南風」は岡山発着となり、島内運行の列車は新たに「いしづち」、「しまんと」となった。この瀬戸大橋線開業で「しおかぜ」と「南風」の需要は激増したため編成の増結が実施され、車両の不足分については1990年（平成2年）までの繁忙期にはJR西日本からキハ180形を最大3両借り受けて対応した。1989年（平成元年）3月、瀬戸大橋上の一部区間で減速運転が開始される一方で、瀬戸大橋線児島 - 宇多津間と土讃線多度津 - 阿波池田間の最高運転速度が120 km/hとなった。また、同時期に2000系「TSE」が営業運転を開始した。同年7月に土讃線阿波池田 - 高知間の最高運転速度が120 km/hとなり、「南風」の所要時間が約10分短縮された。1990年（平成2年）11月、「宇和海」、「あしずり」を新設し、当系列の「南風」の運用が無くなる。2000系量産車が落成し、予讃線高松 - 宇和島間の最高運転速度は120 km/h（一部は110 km/h）、土讃線高知 - 窪川間の最高運転速度は110 km/h（一部は120 km/h）となった。またこの頃から繁忙期に「しおかぜ」、「いしづち」で8両編成中4両（1両目と6 - 8両目）がキハ181形、2両がキロハ180形（2・3両目か3・4両目）という編成が見られるようになる。1991年（平成3年）11月、2000系の増備で余剰となったキハ180形2両が廃車された。キハ181系が使用される「しまんと」、「あしずり」は時刻表上では3両編成になっていたが、全ての運用でキハ180形1両の増結が実施されたため、実際には3両で運転されたことはなかった。1993年（平成5年）3月、予讃線高松 - 松山 - 伊予市間の電化完成で定期運用が無くなり、普通車のみの5両編成2本、計10両を残して廃車となった。同年10月21日から11月9日にかけて香川・徳島両県で開催された東四国国体秋季大会開催時期に臨時運用で、高徳線高松 - 徳島間「うずしお」の定期列車2往復が7両もしくは5両で運転された。この臨時運用で運転された「うずしお」がJR四国所有のキハ181系の特急列車としての最終運行であった。同年11月14日、団体列車「どんぐり号」に使用され、これがJR四国所属のキハ181系によるラストランとなった。これらの車両も国体終了後の1993年（平成5年）内に全車廃車となったが、その後トップナンバーであるキハ181-1とキハ180-1が「しなの」ゆかりの東海旅客鉄道（JR東海）に引取られ、このうちキハ181-1は佐久間レールパークに静態保存され、キハ180-1は四国色のまま美濃太田車両区にて保管されていたが、2013年（平成25年）3月に名古屋工場に陸送され解体された。さらにキハ181-1は、2011年（平成23年）3月に開館した「リニア・鉄道館」へ移設のうえ、展示されている。