2006年（平成18年）に、アニメ制作会社「株式会社カラー」を設立し、それまで名を連ねていたガイナックスの取締役から退いている。新スタジオでの第一作目は、2007年（平成19年）9月1日に全国主要映画館にて封切りされた『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』四部作の1つ『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』であった。2009年（平成21年）6月27日には『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』、2012年（平成24年）11月17日に『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』を全国主要映画館にて封切りした。完結編として『シン・エヴァンゲリオン劇場版:||』が予定されている。2011年（平成23年）に平野勝之監督の『監督失格』を実写初プロデュース作品として手掛けた。2013年（平成25年）には、宮崎駿の長編アニメーション映画『風立ちぬ』の主人公・堀越二郎役で声優デビューした。2014年（平成26年）に第27回東京国際映画祭の企画で「庵野秀明の世界」が開催。学生時代からの映像作品がTOHOシネマズ日本橋で上映、トークセッションも開催された。2015年（平成27年）4月1日、2016年に公開予定の「ゴジラシリーズ」新作で、脚本と総監督を務めることが発表された。2015年秋から撮影開始し、2016年7月29日に『シン・ゴジラ』のタイトルで公開された。2017年（平成29年）5月8日、NPO法人『アニメ特撮アーカイブ機構』を設立し、代表を務める。
2002年（平成14年）3月26日に、共通の知人である貞本義行による紹介が縁で知り合った、漫画家の安野モヨコと結婚。4月28日に「ダブルアンノの結婚を祝う会」と称した結婚披露宴パーティーが行われ、新夫側の主賓に宮崎駿、新婦側の主賓に桜沢エリカがそれぞれスピーチを行った。庵野自身は安野の『ハッピーマニア』等を読んでおり、高く評価していた。偶然にも姓の読みは双方とも「あんの」であるため、「Wアンノ」と話題になり、安野モヨコ自身も奇しくも本名が「アンノ」と非常に珍しい名字となった。安野の漫画作品『監督不行届』で結婚生活が描写されている。作中での呼び名は「カントク（庵野）」「ロンパース、モヨ（安野）」。また、結婚を機に安野によりダイエットをし、体脂肪率40%越えから180cm73kg体脂肪率22%まで減量に成功。身の回りにも無頓着で、充分な収入がありながら風呂の壊れたアパートに住んでいたため、結婚前は1年間風呂に入らなかったり、洗濯もせずに服はボロくなるまで着用し、汚れたら捨てていたが、安野により4・5日おきに着替え、1日おきに入浴するようになった。
『新世紀エヴァンゲリオン』制作終了後、実写方面への進出（『ラブ&ポップ』『式日』『キューティーハニー』）を経て、それ以降のアニメ作品では、いわゆる「実写畑の声優・つまり俳優」を起用することが多くなる。これは「職業声優の限界」を感じ、新しい可能性を模索するためだという。幾原邦彦の紹介で舞台にも非常に惹かれているが、まだ取り組めないので映画を作ることにした、とインタビューに答えている。
上京し、劇場アニメ『風の谷のナウシカ』、『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』やOVA『メガゾーン23』等の商業作品に参加し、メカや爆発シーン等のエフェクトアニメーションを手がける。『風の谷のナウシカ』では、採用時に持参した大量の原画が宮崎駿に評価され、難しいとされるクライマックスの巨神兵登場のシーン担当に抜擢された。この時、人物も描くよう監督から指示されるも、出来が悪かったため監督本人に頼んだというエピソードがある。この頃から原画・動画一筋でやっていくのは無理だと考え、監督・演出の仕事をメインに切り替える。ちなみに、パンフレットに記載されている「巨神兵の呪いを受けて腹を壊したA氏」は庵野の事である。なお、師匠として、宮崎及び『超時空要塞マクロス』の板野一郎の名前を挙げており、特に宮崎からは監督としての仕事の進め方等を学んだという。また、『機動戦士ガンダム』の富野由悠季らも含め、アニメーション界を代表する作家の仕事に参加できたことをとてもラッキーだったと語っている。その後、DAICON FILMを母体とするガイナックスの初作品『王立宇宙軍 オネアミスの翼』には「スペシャルエフェクトアーティスト」という肩書きで参加。クライマックスシーンでは、戦闘・ロケット発射シーンは絵コンテから作画までほとんどを1人でこなした。セルを1コマに9枚重ね、3秒間でセル枚数が250枚にも上るカットもあるという。当時、戦車やミサイルなどに極限のリアリティを追求しており、手当たり次第に軍事関係の資料に目を通し、自衛隊にも体験入隊している。
幼い頃よりアニメや特撮、そして大規模建造物等に夢中でよく絵を描いていたという。また、漫画少年でもあり、中学生の頃は特に少女漫画を大量に読んでいた。山口県立宇部高等学校での高校生時代には、美術部で部長を務めるほどの画力を有していた。アマチュア映像制作グループ「グループSHADO」にも所属し、自主制作の映像作品『ナカムライダー』が、文化祭で上映された。
チンギス・カンに仕えたビチクチ長、シラ・オグルの息子として生まれた。幼い頃からチンギス・カンの末子トゥルイに仕え、そのケシク(親衛隊)に所属していたという。トゥルイの長子モンケが第4代皇帝(カーン)に即位すると、ジャライル部出身でジャルグチを務めるモンケセルとともにモンケの最側近として国政を取り仕切った。モンケの即位の際、『元史』では「中書右丞相」、『世界征服者史』では「ワジールの長」に任ぜられたと記されているが、これはブルガイが「ウルグ・ビチクチ(大ビチクチ)」の地位にあったことを各征服地域の文脈で意訳したものである。なお、『元史』によるとこの時トゥルイ家の投下領である真定の束鹿に食邑を与えられたという『元史』巻134列伝21也先不花伝，「也先不花、蒙古怯烈氏……昔剌斡忽勒早世、其子孛魯歓幼事睿宗、入宿衛。憲宗即位、与蒙哥撒児密賛謀議、拝中書右丞相、遂專国政。賜真定之束鹿為其食邑」。1256年、モンケが南宋親征に出発すると、ブルガイはアラムダールとともにカラコルムの統治を委ねられたモンケの末弟アリク・ブケの補佐に任ぜられた。1259年、モンケが遠征先で急死するとブルガイはアラムダールとともにカラコルムでアリク・ブケを推戴し、開平府でカーンを自称したクビライ勢力との間で内戦を起こすこととなった。最終的にアリク・ブケ派は敗れ、ブルガイはアリク・ブケ派の首魁として1264年に処刑された。