法宣寺は山号を「大覚山」といい、創建は南北朝時代の1358年（正平13年）である。開基は大覚大僧正と伝えられ、日蓮宗大本山妙顕寺（京都市上京区）の末寺である。大覚は諱を妙実といい、日蓮宗の高僧として後光厳天皇の信頼が厚い人物であった。1358年、大覚は鞆に上陸して法華堂を建立し、この地を拠点として説法を始めた。それ以後、鞆は西国における法華布教の重要拠点となり、法宣寺は三備（備前、備中、備後）日蓮宗の重要寺院となって存続し、江戸時代には朝鮮通信使の宿所として使用されていた。法宣寺の本堂わきには、1本のクロマツの巨木が生育していた。このマツは大覚の手植えと伝えられ、その伝承が確かであれば樹齢は約630年であった。本堂の向かって左側から生え出たマツは、ほとんど本堂の前庭を覆うほどに大きく枝を広げていた。1984年（昭和59年）刊行の『日本の天然記念物5 植物III』によると、樹高こそ5メートル程度であったが、目通り幹囲は3.9メートル、根回りは5.2メートルあり、地上から1.6メートルのところで2つに分岐して北東方向と東南方向に枝を広げていて、北東方向へ伸びた枝は基部の周囲が2.76メートルあり、枝張りの長さは23.17メートルあった。南東方向へ伸びた枝は、基部の周囲が2.14メートル、長さは12.5メートルあった。この大きな枝張りから、枝葉の広がりの総面積は総面積は600平方メートルにも達していた。このマツが呈する独特の樹形が仏像などに差し掛ける装飾の「天蓋」に似ているため、「天蓋マツ」という名称で呼ばれるようになった。天蓋マツは「まれに見る名木」として評価され、1944年（昭和19年）11月7日に当時の史蹟名勝天然紀念物保存法に基づき、国の天然記念物に指定された。天蓋マツは1980年代後半まで、旺盛な樹勢を保っていた。しかし、1991年（平成3年）の夏に松くい虫の被害に遭って枯死し、1993年（平成5年）7月16日付で天然記念物の指定も解除された。法宣寺の境内には、支柱や切り株などが残されている。
次に教会が攻撃を受けたのは1704年8月であり、この時に町は、スペイン王権を主張するカール6世の側についた英蘭艦隊によって占領された。町への砲撃が始まると、ジブラルタルの女子供の殆どは数人の僧侶に先導されてこの教会へと避難した。ロージア湾に上陸したエドワード・ホイッティカ艦長の兵士たちの一部はこの教会へと向かい、女たちを捕らえ、また… 12個の銀のランプ、蝋燭建て、書見台、冠、宝石、聖杯、立ち退いた多くの家々の衣類を略奪した。そしてもはや取るものが無くなると、スペインで大いに敬われてきた彫像の頭をもぎ取り、幼いイエスを石ころの中に放り投げた。兵士たちが教会を制圧する際に銃撃戦で数人の女性が殺されたが、教会が略奪される際にそれ以上の暴行は行なわれなかった。彫像の聖母と幼いイエスの頭部は、もぎ取られた。そして残りの部分は、教会の下の岩場まで迫った海峡に投げ込まれた。しかし像は木製だったので、ジブラルタル湾の中へと浮き漂ってゆき、そこで漁師に発見された。その漁師は像をセント・マリー・ザ・クラウンズ教会の教区を担当していた司祭の Juan Romero de Figueroa (en) に届けた。彼はジブラルタルが占領された後に大多数の住人が町を離れた際にすら町の中に留まっており、届けられた像を安全のため、避難したスペイン系住人の定住地の一つとなっていたアルヘシラスに最後は持参した。クレルヴォーのベルナルドゥスに捧げられた小さな礼拝堂に像は安置され、そこは後に「エウローパの聖母マリア礼拝堂」と改名された。英蘭艦隊がジブラルタルを占領した際、（現在ジブラルタルのローマ・カトリック教会の司教座となっている）セント・マリー・ザ・クラウンズ教会を除くジブラルタルの全てのカトリック礼拝の場がそうなったように、この教会も宗教的用途を廃されて俗用に供され、軍事用に使われた。またジブラルタル包囲戦の際に大きく破損し、のち取り壊されて同じ場所に新しく建物が建てられた。1860年代はじめ、ジブラルタル代牧区を担当していた John Baptist Scandella (en) はアルヘシラスからの彫像の返還を請願した。そして最終的に、1864年に像はジブラルタルに戻った。聖母マリア教会はまだ軍の管轄下にあったため、像はエンジニア・ロード沿いに建てられた新しい礼拝堂に一時的に置かれた。この礼拝堂には、その後に教皇ピウス9世から大理石製の祭壇が寄贈された。第二次世界大戦中、像は安全のためセント・マリー・ザ・クラウンズ教会に戻された。戦後、像はまた移され、今度はエウローパ岬に最も近いサン・ジョウジフ教区教会に置かれた。かつての聖母マリア教会の場所に建てられた建物は、1961年まで国防省が所有し、油と荷造り用の箱が置かれた軍用倉庫となっていた。1928年からここは駐屯部隊の図書館として使われたが、第二次世界大戦が始まると再び倉庫にされた。1959年までには、ジブラルタルの多くの軍事施設を引き払い始めた軍当局は、ここの施設ももはや不要であると認識し、廃止することを決定した。しかしそれはなかなか実現せず、ジョン・ヒーリ司教の尽力によって、ようやく1961年10月17日に非公開の儀式を以ってジブラルタル教区に返還された。施設の修復作業は翌1962年に始まった。そして1962年9月28日に教会で多くの人々が祝福を受けたが、これは258年ぶりの出来事となった。1967年10月7日、聖母子像はサン・ジョウジフ教区教会から行列と共に遂に帰還した。1970年代初め、建物は再度改修された。聖母子像は今日も教会に安置されている。