同期電動機（どうきでんどうき）は、シンクロナスモーター (Synchronous motor, SM) とも呼ばれ、同期速度で回転する電動機である。加えられる交流電流が作る周囲の回転磁界によって回転子が吸引されて追従し回転する。
空気抵抗の面で有利と試算された愛知航空機製の水冷エンジンである「アツタ」を搭載した。この発動機は当時同盟関係にあったドイツのダイムラー・ベンツから購入したDB601Aをライセンス生産した物である。精密なDB601エンジンの国産化に際して、液冷エンジン生産に必要な資源物資もままならず、精密パーツの生産に必要な最新の工作機械を導入できなかったことから、原型の設計図の材質や部品精度のままでの大量生産は不可能と判定された。このため大量生産に向けて材質の変更や部品精度の低下などの設計の改変を行ったが、エンジントラブルの頻発やエンジン性能の低下を招くこととなった。一例として、冷却液について、オリジナルのDB 601Aで使用するエチレングリコールから、資源不足や物資の行き届きにくい前線での整備を考慮して、普通の水に変更したことが挙げられる。エチレングリコールに比べて沸点が低い水で置き換えただけではオーバーヒートを起こしやすいため、加圧することによって沸点を最高125℃まで引き上げたが、冷却系部品への圧力負荷による水漏れのトラブルを招き、エンジン稼働率低下の一因となった。その反面で同じくDB601Aエンジンのライセンスを購入し国産化した際にニッケルの使用禁止で部品強度の落ちていた川崎ハ四〇系に比べると、製造工程で強度低下を抑えていたアツタはハ四〇で多発したクランクシャフト折損のトラブルがなく、全体的に状態が良かったと言われる。整備面では、空冷エンジンを主に扱う日本軍整備兵が水冷エンジンの整備技術に乏しいことが、水冷型彗星の稼働率低下の大きな原因となっていた。しかし、水冷エンジンの整備に習熟した整備兵がいれば水冷型彗星の稼働率は決して低いということはなく、1944年後半以降は水冷エンジンの整備に熟練した整備員も増えており、空冷エンジンの零式艦上戦闘機の稼働率も50％を切るような状況の中で、水冷型彗星の稼働率60％以上を維持していた航空隊もいくつもあった。比較的早くから二式艦偵を運用していた第三艦隊や沖縄戦での活躍で知られる芙蓉部隊では、豊富な予備部品とアツタを熟知した整備兵をそろえる（メーカーで専門教育を受けた整備兵を教官にして自隊で教育する等）ことで、エンジントラブルは多いものの特に整備に困難を覚えることなく、空冷エンジン搭載機と遜色ない高い稼働率を達成している。特に芙蓉部隊では、指揮官の美濃部正少佐によれば、稼動率を彗星70%近くまで上昇させたと言われる。ときに、根拠は不明ながら水冷型彗星の稼働率が10％台まで悪化し、芙蓉部隊がそれを大幅に引き上げて80％としたとする主張もあるが、美濃部本人の遺稿での主張によれば、芙蓉部隊の稼働率は他部隊より10-20％高かったとしているだけである。アツタに限ると、搭載機全体の相対的な稼働率の低さはエンジン自体の問題もさることながら、既知のトラブルに対処する整備能力が講習や整備マニュアル不足により限られていた結果であると言える。当時の日本製航空機は空冷エンジンを搭載した機体がほとんどで、アツタ搭載機の機種（大量生産されたのは本機のみ）及び相対的な機数の少なさ、戦況の悪化などもあって有効な対策が行き渡ることなく終わり、液冷エンジンに関する教育をほとんど受けていない前線の整備員にとって、トラブルが多く非常に扱いづらい難エンジンとの印象があった。これは、高い稼働率を誇っていたと言われている芙蓉部隊でも同様であり、部隊の所属機数と稼働機数が明らかとなっている日で稼働率を計算すると、1945年2月17日時点では所属機数彗星8機、稼働機は3機で稼働率は37.5％、5月1日時点では彗星20機に対して、稼働機7機で稼働率は35％と日本軍全体の稼働率推定平均以下となっている。また、稼働と認定されて出撃した機でも故障により引き返す機も多く、4月中の大規模出撃では、4月16日の出撃で、彗星9機中、4機が故障で引き返すか不時着、2機が未帰還で、作戦に従事して帰還した機はわずか2機、4月28日から29日未明は、彗星14機中、6機が故障で墜落もしくは引き返し、1機が爆撃装置の故障で投弾できず、7機が作戦に従事して帰還、4月29日から30日未明は、彗星12機中、4機が故障で引き返し、1機が未帰還、7機が作戦に従事し帰還という状況であった。5月初めには、故障機の続出で十分な稼働機数を確保できなくなり、5月6日には天候が回復して出撃日和となったのにも拘わらず、終日機体整備に費やさざるを得なくなっている。一方で、芙蓉部隊と同じ夜間戦闘機型彗星を運用していた第三三二海軍航空隊は阪神地区でB-29を迎撃していたが、1945年5月に332空に着任した水木泰少尉が、2か月間でB-29を2機撃破する戦果を上げていた間、332空の7機の彗星は全く故障もせずに作戦に従事していたという。しかし、1945年7月、高い稼働率で快調に活躍していた332空の彗星は、芙蓉部隊に配置するとして海軍航空本部から全機取り上げられてしまっている。