これまで幼虫時の餌として使われてきたのは自然下で幼虫が生息していた朽ち木や同種の木を粉砕したマットが主流であったが、1992年頃、キノコ栽培業者の研究により粉末化した材木にキノコ類の菌糸を成長させた菌糸ビンが開発、商品化された事により飼育のハードルが下がり幼虫飼育が普及、オオクワガタの大型個体の生育が可能になった。この方法はオオクワガタ以外にも応用されさまざまな研究により菌糸ビンは進化しながら普及していく。
2008年11月12日にマット・ホリデイとのトレードで、ヒューストン・ストリート、グレッグ・スミスらと共にコロラド・ロッキーズへ移籍した。2009年6月5日にAAA級コロラドスプリングス・スカイソックスからメジャーへ昇格。昇格時点で打率.339・10本塁打・59打点を記録し、打点はマイナーリーグ最高だった。メジャーでは打率が2割前後で推移し、前半戦終了時、ダン・オダウドGMはジム・トレーシー監督にゴンザレスをマイナー降格させる意向であることを伝えたが、トレーシーはゴンザレスをメジャーで起用し続けた。そして、後半戦は打率.320、12本塁打、24打点を記録。2010年は、年間通じてメジャーリーグでプレー。本拠地で打率.380、7月31日の試合ではサイクルヒットを記録するなど好調を維持。最終的に打率.336・34本塁打・117打点・26盗塁という打撃成績を記録し、自身初の首位打者のタイトルを獲得した。また、本塁打はリーグ4位、打点はリーグ2位であり、セントルイス・カージナルスのアルバート・プホルス（打率リーグ6位・本塁打リーグ1位・打点リーグ1位）、シンシナティ・レッズのジョーイ・ボット（打率リーグ2位・本塁打リーグ3位・打点リーグ3位）と共にシーズン終盤まで三冠王争いを繰り広げた。また、シーズンMVP投票では3位にランクインし、選手間で選ぶプレイヤーズ・チョイスでは、2010年度のMVPに選出された。また、ゴールドグラブ賞とシルバースラッガー賞を同時に受賞した。2011年、前年に引き続き外野3ポジションをまんべんなく守り、127試合に出場。前年に記録した打率.300、30本塁打、100打点のラインには届かなかったものの、打率.295・26本塁打・92打点・OPS0.889・20盗塁という好成績を記録。2年連続で、「20 - 20 (20本塁打・20盗塁)」の同時達成をクリアした。守備面では左翼手で61試合、右翼手で34試合、中堅手で30試合に守りに就いた。全ポジションでDRSは平均以上 (+) を記録した。2012年、それまでのシーズンとは異なり左翼に定着した。135試合に出場し、2年ぶりの3割超えとなる打率.303、22本塁打、85打点・OPS0.881・20盗塁という成績を残した。「20 - 20」を3年連続で同時達成した。また、自身初となるオールスターのメンバーに選出された。守備面では、2010年以来2年ぶりのゴールドグラブ賞を受賞したが、数字は守備率.982（4失策）、DRS-13と芳しくない内容だった。2013年開幕前の3月に開催された第3回ワールド・ベースボール・クラシック(WBC)のベネズエラ代表に選出された。シーズンでは右手中指の負傷の影響もあり、出場試合数は前年を下回る110試合に留まり、規定打席にも届かなかったが、2年連続で3割超えとなる打率.302・26本塁打・70打点・OPS0.958・21盗塁という好成績をマーク。OPSと盗塁は自己2位、本塁打は自己2位タイ、4年連続での「20 - 20」を記録するなど、好調を維持した。守備でも前年とは打って変わって好調を維持し、DRS+10を記録して2年連続・3度目のゴールドグラブ賞を受賞した。2014年1月10日に腹部に痛みを生じて急性虫垂炎の切除手術を受けた。この年は故障で長期離脱し、メジャーデビュー以来自己最低の70試合出場に留まった。それに伴い成績も大幅に低下し、打率.238・11本塁打・38打点・3盗塁という内容に終わった。守備では、2012 - 2013年の2年間は左翼しか守らなかったが、3年ぶりに右翼の守備にも就いた。2015年は故障に苦しんだ昨年から一転して自己最多の153試合に出場を果たし、3年振りに規定打席をクリア。打率.271・40本塁打（リーグ3位）、97打点（同7位）の成績を記録した。本塁打を自身初の40本の大台に乗せ、チームメイトのノーラン・アレナドと40本塁打コンビを形成した。そのうち35本を右投手から荒稼ぎするなど右腕相手には滅法強かったものの、左投手相手には打率1割台と苦戦した。また以前は規定打席に到達した年はコンスタントに20盗塁以上を決めていたが、同年は失敗こそ無かったものの2盗塁に留まった。2016年オフの12月5日に第4回WBCのベネズエラ代表に選出され、2大会連続2度目の選出を果たした。2017年開幕前に選出されていた第4回WBCに参加。この年は打率.262、14本塁打と成績を落としてしまったが、シーズン前半は睡眠障害に悩まされていたという。オフの11月2日にFAとなった。2018年3月12日、ロッキーズと1年500万ドル＋出来高（出来高の条件を満たした場合、最大で800万ドル）で再契約した。オフに再びFAとなった。