2002年、タニノギムレットが日本ダービーを制し、雄三は父・信夫と二代に渡るダービーオーナー・ブリーダーとなった。GI級競走の優勝はタニノチカラ以来28年ぶりの出来事であった。同馬は日本ダービーの後に屈腱炎を発症して引退し、種牡馬となった。2007年、タニノギムレットの娘であるカントリー牧場生産馬・ウオッカが、牝馬として64年ぶりとなる日本ダービー制覇を達成。父娘による初めての日本ダービー優勝であり、同時にカントリー牧場は当時史上最多タイとなる日本ダービー4勝目を挙げた。その後ウオッカは天皇賞（秋）、2度の安田記念、日本調教牝馬として初のジャパンカップ優勝など計7つのGI級競走を制覇し、2008年・2009年と牝馬として史上初となる2年連続の年度代表馬に選出された。2010年にはビッグウィークが菊花賞に優勝、牧場は開業47年目にしてクラシック三冠競走完全制覇を果たした。2011年にはウオッカが史上29頭目、牝馬では4頭目のJRA顕彰馬に選出されている。
跡を継いだ雄三は、繋養牝馬の数を続々と増やしていったが、タニノチカラが出た後からカントリー牧場の成績は急速に落ち込み、1974年に3位であったランキングは、1980年には97位まで下落した。谷水親子と協力関係にあった調教師の戸山為夫は、馬が増えたことによって牧場の土壌が痩せ、栄養価に乏しい牧草を食べて育つ馬がトレーニングに耐えられなくなったことを不振の要因として挙げており、馬の数を減らすよう雄三に進言したが、当時は聞き入れられなかったとしている。また雄三も後年、無計画に馬の数を増やしたことについて「大失敗をしでかした」と語っている。生産牝馬を競走馬として使った後、みな牧場に戻したことで繋養馬の血統が似通ったものになっていったこと、繋養牝馬の多くに交配したタニノムーティエが、種牡馬としては失敗に終わったことも、不振の要因であった。ただし、低迷期にあっても重賞勝ち馬は散発的に出しており、雄三は「言われるほど悪くなかったが、先代の時代が華やかすぎた」と語っている。改革のきっかけを作ったのは、戸山の師匠・武田文吾であった。武田は牧場を訪れた際、繋養馬がみな放牧地の外にある草を食べようとしている様子を見て取り、「草に味も栄養もなく不味いからだ。馬にかわいそうなことをしてはだめだ」と雄三を諫めた。これを受けて雄三も翻意し、土壌改良と繋養牝馬の整理が始められた。このとき他場に放出された牝馬には、後にカツラギエース、ラビットボールの母となったタニノベンチャがいる。1991年には静内町豊畑に新たに繁殖用途専用の分場を設置。繁殖牝馬の数は18以上に増やせないよう、馬房数を限定した厩舎が設営された。牝馬の数を抑えたことで、種牡馬の種付け料に割ける予算が増え、その質が上げることができるという効果もあった。
2020東京五輪で使用予定で、当初は2019ラグビーW杯も行われる予定だった日本の新国立競技場の彼女のデザイン案は、2012年11月に国際コンペにて選ばれた。なお、最初はコンペへの参加に消極的だったとも言われる。その後、設計責任を負わないデザイン監修者として監修料13億円で施主の日本スポーツ振興センター（JSC）と契約し、設計自体は日本の設計者が担当していった。流線形が注目された一方で、巨大さが景観を損ね、建設費も莫大過ぎるとして、一部アスリートも含め各方面から批判が噴出していった。2013年11月に約25％縮小するも、年間維持費は約41億円に上るともいわれた。ただし、規模は施主のJSCが定めた応募条件であり、決して彼女に非は無いともいわれた。2015年10月に着工予定だったものの、同年7月17日、安倍晋三首相は建設計画の白紙撤回を決断。都倉俊一を座長とする、「有識者会議」の下部組織である「施設利活用（文化）グループ」には、NHKの石原真もメンバーに加わっており、当日の『NHKニュース7』での岩田明子記者の解説など、「内閣不支持率が支持率を上回った結果（の動き）」という見方もあった。彼女のデザインを推したコンペ審査委員長の安藤忠雄は前日の会見で、建設費まで視野に入れる義務はなかったし、2,520億円（7月7日の最終試算額）に驚いたと述べていた。、7月28日にザハ事務所は、建設費高騰を「デザインそのもの」が原因とした菅義偉官房長官の見解等への反論声明を改めて発表。また、鉄骨ボックス構造でない低コストの新案にて、建設に関与し続けたいアピールもした。その後、2013年の時点で小規模案への変更提案を検討していたことも明かし、特徴でもある2本のキールアーチの有用性も示した約23分間の解説動画と91枚のPDF資料を公表した。再コンペには日建設計と組んで参加する計画だったが、今回は「デザインビルド方式」で、組む施工者が見つからず応募（9月18日締切）を断念した。隈研吾のA案採用が決定した12月22日には、座席などの内部が「我々のデザインに驚くほど似ている」とコメントし、知的財産権を主張した（もう一方のB案で敗れた伊東豊雄も柱割りなどの類似性を指摘した）。年明けの1月14日にザハ事務所は、監修料の未納分を支払う代わりに著作権を譲るようというJSCからの要請を断り、書面を送付して著作権交渉を求めたことを明かした。彼女の最初案は、スロープが首都高や線路をまたぐスケールだったが、縮小後の案には、ダイナミズムの低下（槇文彦）、亀のような鈍重な姿（旧知の磯崎新）との声があった。一方で、竹中工務店出身の吉田研介や「ザハ流の3次元設計」を高評価する藤村龍至らの建築家や、作家の岩崎夏海や経済アナリストの森永卓郎やタレントのDAIGOなど、惜しむ意見もあった。リカルド・トッサーニは、日本の建築家による木造建築を想起させる新デザイン（A案・B案）を「妥協案」と評し、ザハ案のほうが未来への方向性が見られたとコメントした。なお、NHKが2015年8月に単独インタビューを実現したが、多忙のため、ほぼ事務所のジム・ヘベリンがマスコミ対応などをしてきた。