続く主要民族はビサヤ諸島（セブ島、パナイ島、レイテ島、サマール島）を中心として、ルソン島からミンダナオ北部にかけて居住する新マレー系住民のビサヤ族である。オーストロネシア語族に属するビサヤ諸語を話し、人口は2000万を超えると推定されるが、政治的に、社会的地位は、タガログ族が圧倒的優位を占めている。但し、一言にビサヤ族と言えど、実際には多数の部族が存在している。ビサヤ族の最大の部族はセブアノ族であり、セブアノ語を話し、セブ、シキホール、ボホール島などの各島に居住し、1200万人の人口を誇る。2番目の人口を有するヒリガイノン族の人口は約700万人であり、ヒリガイノン語を話し、パナイ、西ネグロス、南ミンドロなどの各島に居住している。3番目にはワライ族であり、人口は約310万人。ワライワライ語を使用し、サマール、東レイテ、ビリランの各島に居住し、おもな生業は水田耕作による水稲栽培であるが、一部は漁労や商業にも従事している。主食は米、魚、野菜、果物である。双系親族、儀礼的親族を有する。かつてはラオンと呼ぶ至上神を信仰し、アニミズム信仰も盛んであったが、現在はほとんどキリスト教に改宗している。他にも多数の中小部族が存在している。そのため、マニラ中心の中央政府と協調関係を取りながらも、独自の文化、習慣、言語、民族性を保持している州政府が多い。
フィリピンの主要民族はタガログ族であり、ルソン島のリサール州、ラグナ州、タルラック州、ブラカン州、バターン州などに住む、タガログ語は他のフィリピン諸語と同じく、オーストロネシア語に属する。これを母語とする者は2500万人以上と推計される。16世紀後半から約300年にわたるスペイン人の支配により、タガログ族の80%以上がカトリック教徒となっている。大半が木やニッパヤシでつくった小さな高床式の家屋に住み、水稲耕作を主とする農業を営んでいるが、主要な換金作物はサトウキビとココナッツである。19世紀から20世紀初頭にかけて起こった白人（スペイン人、アメリカ人）と日本人の植民地支配に対する革命運動で、最も重要な役割を演じた民族でもある。そのため、フィリピン国民の主要な英雄や、独立後の政府の指導者多く輩出している。ルソン島にはその他にもイロカノ族（人口約810万人）、ビコラノ族（人口約540万人。ビゴール語を話す）、カパンパンガ族（約人口300万人）、パンガシナン族（約人口110万人。但し、イロカノ族との混血が進んでいる）など、他にも多数の中小部族を抱えている。
現在ではフィリピン人とは、当たり前のことであるが、フィリピンに生まれ育った土着の人々の名称である。このような考え方は19世紀半ば以降に意識され始め現在に至っている。かつては、スペイン本国生まれのスペイン人と区別して、フィリピン諸島生まれのスペイン人を指して用いられた。彼らをフィリピーノあるいはクリオーリョ、そして、土着の人々をインディオといった。また、スペイン人や中国人の移住者の男性と現地の女性との間に生まれた子どもはメスティーソと呼ばれた。この背景には、インディオやメスティーソのなかの富裕層の子弟たちが、スペインの圧政に耐え兼ね、改革や自治を求めた様々な運動があったことが考えられる。
人口が1億人を超えたフィリピンはマレー系を始めとする多民族国家である。タガログ族・ビサヤ族（セブアノ族・ヒリガイノン族・ワライ族）・イロカノ族・ビコラノ族・カパンパンガ族・パンガシナン族・モロ族（マギンダナオ族・バジャウ族・ヤカン人・タウスグ人・サマル人・en:Bangsamoro）・イヴァタン人（台湾原住民）・華人・サンボアンゲーニョ・メスティーソ・ネグリト（アエタ族・アティ族・バタク族・ママンワ族）・イゴロット族（ボントック族・イフガオ族など）・ティルライ族など。
幼いころより医書を学んだが、慶長7年（1602年）から曲直瀬玄朔の門下となり、慶長15年（1610年）には学頭となって後身への教授を行うようになった。後に玄朔から著書と共に奥義を唯一伝授され、啓迪庵の号を許された。また晩年の徳川家康に謁見している。元和4年（1618年）法眼に叙任。元和9年（1623年）徳川秀忠・家光が上洛した際にこれに仕え、家光に従って江戸に下向した。寛永2年（1625年）家光の日光社参に従った際、家光が喉を病んだ事があったが、薬を処方して平癒させている。寛永4年（1627年）からは隔年で江戸に出仕し、寛永5年（1628年）秀忠の推薦で法印に叙され、また院号を許されて啓迪院と称した。寛永10年（1633年）秀忠が病に侵された際、他の侍医が匙を投げる中でこれを平癒させた。寛永13年（1636年）徳川和子に病があった際に上洛した。この時、京都で朝鮮通信使の三使と交流があり、以後も文通を行っている。また京都所司代板倉重宗とも親しかった。寛永14年（1637年）家光の病を平癒させたため、翌年に山城国葛野郡・武蔵国都筑郡に1000石を与えられた。以後も江戸と京都を往復し、洛中では天皇の診療をする事もあった。また江戸では日本橋北に屋敷を持ち、後の玄冶店の語源となった。家督は子の玄琳が継承。著書に「灯下集」「玄冶配剤口解」「玄冶方考」「通俗医海腰舟」「傷寒衆方規矩」などがある。