一方で、コミックマーケットには著作権者である出版社やゲームソフト関連企業などによる企業ブースの出展も増えてきており、コミケットでも販売される同人作品を調査して人材発掘を行う企業も少なくなく、また現状では著作権侵害が親告罪であることから、同人誌とそれを売る場であるコミックマーケットは事実上黙認されている。また、多くの作品を二次創作に利用されている角川グループホールディングスの角川歴彦会長が「コミケからは才能豊かなクリエーターが生まれた。出版社が著作権を独占してコミケが収縮していたら、それは生まれてこなかったかもしれない」とかつて語ったように、このような同人活動・二次創作活動が出版・メディアミックス・アニメなどサブカルチャーの各業界に対してある程度は正方向に作用していると経営陣の多くが考えていることが著作権者である企業の黙認という姿勢に繋がっているとみられる。また、すでに商業ベースで活動している「プロ」の漫画家・クリエイターが、他者の作品の二次創作物をコミックマーケットで頒布する光景も珍しくなく、互いに持ちつ持たれつの関係であるともいえる。しかし、本質的には「一人でも無許可での二次創作に反対する著作権者」がいれば、運営側が二次創作の許諾の有無をチェックすることが筋であるのも事実である。現状は、その許諾チェックの困難さを理由にしている、運営側の怠慢とも言える状況である。だが、時代情勢や著作権に対する考え方の変化、あるいは多くの人気作品の著作権（出版権）を握る企業・グループの企業活動の動向如何によっても、著作権者である企業のコミケット・二次創作物・著作権の二次利用に対する姿勢がいついかなる形で変更されるかは予測できない面があり、二次創作物とその著作権及び著作権者との関係は、コミケット自体にとってもデリケートかつセンシティブな問題であり続けていることには変わりが無い。
また、二次創作で制作されるものの中には性描写・残酷表現などが主眼となっているものが見られる。このような作品は元ネタとされた作品の内容次第では、成人向けの内容で書かれることが甚だ不本意なものである場合も見られ、同人誌はもとよりこれらが頒布されることの多いコミケットそのものまでもが問題視されている。そもそもの部分で、著作物と同人作品として頒布される二次創作物の関係については、現在に至るまで著作権者と同人界側の「相互の暗黙の了解」という形であえて曖昧なままにされ、同人側のモラルと自制に委ねられてきた部分が存在することも事実である。だがしかし、上述した事情などから、現在では二次創作の同人作品とその元ネタとなる作品の間で発生する著作権を巡る諸問題、特に著作権を所有・管理する企業との関係については、同人作品を制作したサークルの自己責任あるいはサークルと著作権者の個々の問題として単純に片づけることができる状況ではなくなっているケースがある。特に販売規模の面では、複数の大手同人サークルが参入した作品や、製作規模と販売規模の大きい著名な映像作品系などのサークルが手掛けた二次創作物では、トータルの経済で見た二次創作物の経済規模が著作権者側が黙認して放置できない程のスケールになるケースがある。これは特にアダルトゲームや深夜アニメなどではより顕著である。もっとも、準備会も漫然と放置してきたわけではなく、過去には広報誌「COMIKET PRESS」で特集したり著作権についてシンポジウムを開いて漫画批評家の夏目房之介らを招いての討論イベントも実施している。現状ではロゴの模写や日本音楽著作権協会（以下、JASRAC）管理楽曲をアレンジ・カバーして、その曲を収録したCDをJASRACに申し出せずに頒布する行為など完全に禁止された事項もあるが、それ以外は一次創作物の丸写しでもない限り二次創作であることを理由とした規制はコミケットでは行われていない。ただし、イベント終了後などに著作権者から告訴され逮捕者が発生している。
コミックマーケットは同人作品の発表・頒布の場であるが、現実を見る限りでは既存の著作物を利用しての二次創作によるものがかなりの割合を占め、その内容も非常に多岐に渡る。また人気作品では二次創作物の作品数・出展サークル数は膨大になり、特に個別の作品が単体ジャンルとして成立しジャンルコードが割り振られるほどの規模にもなれば、作品数・内容の両面において各著作権者が自力で二次創作物の全容を完全に把握することは現実的に見て不可能である。また、販売される量についても、同人側の作者の知名度や人気にもよるが、コミケットで同人作品を大規模・大量に製造・販売することによって同人活動の費用はもとより自身やスタッフの生活費やスタジオの運営費用までをも職業的に稼ぎ出す者たちが近年では多数現れるほどの経済規模となっているなど、同人自体が肥大化を続けた結果として事実上の業界化を遂げており、コミケットはこのような職業的な同人サークルも一同に集うイベントとなっている実態がある。一部の人気作家は、コミケットだけで1作で数万部単位の二次創作物を製造・販売し、その後同人ショップに流通させる者もいる。同人活動の定義として「手渡しでの販売」が原則であるが、こうなるともはや商業活動との境はないに等しい状況となっている。
以下のJavaの例は、"virtual proxy" パターンを示したものである。このプログラムは以下のように出力する。Loading    HiRes_10MB_Photo1Displaying HiRes_10MB_Photo1Loading    HiRes_10MB_Photo2Displaying HiRes_10MB_Photo2Displaying HiRes_10MB_Photo2ProxyImage クラスは、実際に必要になるまで時間のかかる画像ファイルのロードを遅延させる。ファイルが結局必要とされなかった場合、時間のかかるロードは全く行われずに済む。import java.util.*; interface Image {    public void displayImage();} class RealImage implements Image {    private String filename;    public RealImage(String filename) {         this.filename = filename;        loadImageFromDisk();    }    private void loadImageFromDisk() {        // 時間のかかる一連の操作        // ...        System.out.println("Loading   "+filename);    }    public void displayImage() { System.out.println("Displaying "+filename); }} class ProxyImage implements Image {    private String filename;    private Image image;     public ProxyImage(String filename) { this.filename = filename; }    public void displayImage() {        if (image == null) {            image = new RealImage(filename); // ロードはオンデマンドでのみ行われる        }        image.displayImage();    }} class ProxyExample {    public static void main(String[] args) {        Image image1 = new ProxyImage("HiRes_10MB_Photo1");        Image image2 = new ProxyImage("HiRes_10MB_Photo2");        Image image3 = new ProxyImage("HiRes_10MB_Photo3");              image1.displayImage(); // ロードが必要        image2.displayImage(); // ロードが必要        image2.displayImage(); // すでにロード済みなのでロード不要        // image3の画像は一度もロードされない    }}