前作『ゴジラ・エビラ・モスラ 南海の大決闘』に続き、南海の島が舞台となっている。本編は福田純監督、特撮は有川貞昌監督と、前作に続き若手起用がなされ、本編ではグアム島ロケが敢行されて話題となった。本作で初めてゴジラの子供ミニラが登場するため、「ゴジラはオスなのかメスなのか」が話題となった。当時の宣伝材料では、「パパゴジラ」と表記されている。また、監督の福田純は「この作品のゴジラはオスです」とコメントしている。ミニラの登場についてプロデューサーの田中友幸は「苦し紛れに考えだした」と述べている。有川貞昌は「あとで聞いた話」として、「私が二代目の特技監督に決まって、それでゴジラにも息子を、というアイデアが出た」と述べている。また、クランク・アップ後にミニラ役の小人のマーチャンから記念に電気カミソリを贈られ、「今でも使っていて、使うたびに良き時代が思い出されます」と語っている。「バヤリース」と「パンアメリカン航空」がタイアップしている。本作はゴジラ映画初の海外ロケが行われ、主要なキャストもロケ地のグアムに渡って撮影が行われた。ただし楠見博士役の高島忠夫のみグアムには行かず、代わりに現地で雇った高島に似た中国とフィリピンのハーフの人物を代役として撮影している。後年、高島は自身が飛行機が苦手であったため海外ロケを断ったと明かしている。高島の妻の分のチケットも用意するという田中プロデューサーの説得にも「女房が乗ろうが僕は飛行機には乗らない」とかたくなに拒絶し、田中プロデューサーや共演者からも批判されたという。
1994年に、トリノが所蔵する『トリノ＝ミラノ時祷書』を忠実に再現した複製画が、詳細な注釈つきで980部出版された。また、フランス国立図書館が所蔵する『ベリー公のいとも美しき聖母時祷書』の複製画が制作されており、ルーヴル美術館が所蔵する『トリノ時祷書』の一部の複製画も、トリノで焼失したページの写真とともに制作されている。フランス人美術史家ポール・デュリューが1902年に出版したモノグラフも、オリジナルのネガフィルムから新たに起こされた写真と美術史家シャトレの序文が追加されて、1967年に再版された。しかしながらこのモノグラフの写真の質とオリジナルの再現度合いについては、初版分も再版分も非難されることが多い。
1992年、エクシングの業務用通信カラオケシステムJOYSOUND（JS-1）が発売された。CDやLDを使ったカラオケシステムよりも新曲を迅速に入荷可能でなおかつ低コストで運用出来ることから、業務用カラオケシステムの主流は通信カラオケに移ろうとしていた。そして第一興商も通信カラオケシステム「DAM」の開発に乗り出すが、完成・発売までには時間がかかり、その間に顧客がJOYSOUNDに流れるのではないかという懸念があった。そこで、居酒屋やパブ・スナックといった「ナイト市場」において歌われる事の多い「専属楽曲」の重要性に着目した第一興商は、専属楽曲のJOYSOUNDへの配信を食い止めるべく、専属楽曲を保有する大手レコード会社8社に対してJOYSOUNDを運用するエクシングへの専属楽曲開放承認を1〜3年程度遅らせるよう要請、レコード会社側もそれに応じた。その結果エクシングに対して専属楽曲の開放が承認され始めたのは、1994年4月の初代DAM「DAM-6400」発売から1年以上経った1995年7月からで、全曲開放には1997年1月までかかった。その間にナイト市場ではDAMやBeMAX'S（パイオニア・日光堂・東映ビデオ）など専属楽曲を制限なく歌える機種が広く普及し、専属楽曲の開放が遅れたJOYSOUNDは事実上ナイト市場から締め出された。こうしてJOYSOUNDは1997年、発売以来堅持してきた業界シェア首位の座をDAMに明け渡した。その後カラオケボックスなどの「デイ市場」も制したDAMは、1997年から現在まで一度も陥落することなく業界シェア首位を堅持している。2001年、第一興商はレコード会社2社（日本クラウン・徳間ジャパン）を立て続けに子会社化した。当時第一興商は、エクシング及びブラザー工業（エクシングの親会社）と特許侵害をめぐって係争中で、11月にエクシング・ブラザー側から和解案が示された。しかし第一興商側は和解案を拒否し、エクシングの事業を徹底的に妨害する方針を固めた。まずエクシングに対して、日本クラウン及び徳間ジャパンが保有する専属楽曲計67曲の開放を同年12月中で打ち切ると通告（契約更新拒否）。その後、第一興商の子会社・販売会社等の営業担当者をJOYSOUND設置店に出向かわせて、開放打ち切りとなる専属楽曲を設置されているJOYSOUND機器で実際に演奏し、「これらの楽曲は非許諾のもので違反であり、今後演奏出来なくなる」と説明しDAMへの設置替えをさせたり、卸売業者に2社の専属楽曲リストを配布して、今後エクシングにこれらの楽曲使用を一切許諾しない意向を伝えるなどしたとされる。エクシングからの告発を受けて、2002年10月に公正取引委員会が第一興商本社へ立入検査を実施すると、第一興商は事実を否定しながらも、再びエクシングに対する2社の専属楽曲開放を承認した。なお問題の発端となった特許侵害係争は、東京地方裁判所が2002年9月27日にエクシング・ブラザー側の請求を棄却し決着している。このような経緯を踏まえて、2003年10月31日には公正取引委員会が独占禁止法違反（不公正な取引方法）で第一興商に排除勧告を出したが、11月10日に第一興商側が不応諾すると発表したため、12月5日に公正取引委員会は審判開始決定をした。2009年2月16日に審判審決が行われ、「一連の行為は独占禁止法違反（不公正な取引方法）だが、当該行為は既に無くなっており再発の恐れも認められない」として、排除命令など格別の措置を命じないことを決定。第一興商側も「主張が相当程度認められた」としてこの審決を受け入れたことで、前述2件の問題については解決したとみられる。しかしエクシングは2010年1月に「UGA」などを持つ業界2位のBMBを買収して同年7月に合併し（とりわけナイト市場の）シェア拡大を狙っており、両社の競争状態は続いている。