人気サークルがコミケ限定で頒布する同人誌を入手する為に、（徹夜組を含む）一般参加者より早く会場へ入場できるサークルチケットを入手することを目的にサークル参加する者がいる（この中には徹夜組や転売屋も存在する）。サークル参加の落選率の上昇に繋がるなどの理由から問題視されるようになっている。
コミックマーケットの開催に合わせ周辺の店舗では品揃えを参加者が必要とする商品に特化したり、従業員を接客に長けた者で固めるなどの特別対応をとる店がある。開催期間中のローソン国際展示場駅前店の様子は2015年のドキュメント72時間（夏コミ！ “日本一”のコンビニで）で放送された。東京ビッグサイト駅最寄りのカフェ・ベローチェ有明店では、1999年ごろから開催期間中は店長クラスの熟練者を通常の4倍配置する特別シフトとしている。
参加者の著しい増加につれて一般参加者の入場待機列が長大になるなど、コミケットの大量の参加者とその輸送・流動を巡っては、周辺地域に及ぼす環境面や安全面や交通への影響が大きく、開催継続に際してのリスク要因となっている。
2020年東京オリンピック・パラリンピックの開催が決定し、東京ビッグサイトが大会期間中はプレスセンターとして2020年9月のパラリンピック閉幕まで全館使われる計画で、コミケを始めとする各種展示会・イベントが会場として使用不可能となる見通しである。計画では、2019年4月からプレスセンターと国際放送センターの準備のため一部施設（東展示棟・東新展示棟）、2020年4月からは全館が占有される予定である。また、東京ビッグサイトに次ぐ規模となる幕張メッセもフェンシングなどの会場になる予定のため、東京ビッグサイトとほぼ同時期に五輪関係でパラリンピック終了まで長期占領されてしまうので、関東地方での代替開催も微妙な情勢となっている。東京オリンピック組織委員会は「最終的な占有開始時期は国際オリンピック委員会と協議中」としている。交渉の結果、2018年と2019年は夏季・冬季とも従来通り開催予定とし、2020年は夏季開催を春の大型連休中に前倒しして開催（冬季は通常通り）することを決定している。コミックマーケット94終了後の2018年8月12日、準備会は2019年開催予定のコミックマーケット96・97について、史上初の4日間開催であることを決定した。また前述の通り東展示棟が使用できないため、西展示棟と新たに建設される南展示棟・青海展示棟で行われる。なお、東京オリンピック開催に伴って会場が狭くなり、企業ブースが減少し、広告も減ってしまう一方で、開催日数が4日となり、会場数も2つに増加することにより、経費が増大したのと、コミケ参加者とそうでない一般人とを判別するため、2019年8月開催予定のコミックマーケット96(C96)と2019年12月開催予定のコミックマーケット97(C97)について、入場料の有料化（リストバンドを購入する方式）を検討していることが、2018年11月3日付けの「コミケットアピール95」において、示された。
2000年代後半以降は子連れの参加者も目立ってきているが、会場内の混雑状況は子供にとっては過酷な環境である。にもかかわらず、コミックマーケットカタログには「迷子札」をつけるように指示をしているだけであり、参加者各自の判断に任されている状況である。これは参加者の中に、子連れ参加について賛成派と反対派の双方が存在するためであり、かつ「運営ルールに違反しない限り一人でも多くの参加者を受け入れる」というコミックマーケットの理念上、子連れ参加者を受け入れないわけにはいかないためである。しかし、授乳した赤ちゃんから吐瀉物を吐かれて自分の服が汚された、サークル参加している母親が赤ちゃんを椅子に置き去りにして買い物に出かけた、などの子連れ参加特有の問題も発生している。コミックマーケット準備会は会場近辺の託児所の紹介も行っているが、最終的には「親ばかりが楽しむのではなく、子供も一緒に楽しむ、無理しない形できちんと準備、計画を立てて訪れて欲しい」と結んでいる。
ハイデガーは、アリストテレスの存在論について、《なぜという問い》をしているのではなくて、《存在のしかた》に焦点を当てていると述べ、アリストテレスの形而上学やそれを継承したヨーロッパの形而上学は全て「存在忘却」だと批判した。そしてハイデガーは、それを乗り越えるためには「Sein 存在（あること）」と「Seiende 存在者（あるもの）」について考えなければならない、とした（ontologische Differenz）。これは「存在（ある）」は、存在者として現れることにより、それ自体を隠蔽するという逆説的事態が起きていることを自覚することであり、真理がAnwesen（現前）であるとすれば、真理は隠蔽（など）の非真理と必然的に結びついていることを自覚ことである、とする。かくして「存在（ある）」とは「真理・非真理」（真理であり、同時に非真理であるもの）であり、Abgrund（深淵）、Nichts（無）、Ereignis（呼び求め）、Zeit-Spiel-Raum（時間・戯れ・空間）だ、とハイデガーは言った。マルティン・ハイデッガー以降、「基礎的存在論」と呼ばれる哲学の一分野が大きく取り上げられるようになった。自然科学は「ものが存在する」の「もの」すなわち「存在者」の方を問い、「存在すること」そのことは問わない。しかし、ハイデッガーなどは、まさに「存在すること」そのことを問うたといえる。この問題を最初に定式化したのは、遡れば古代ギリシアのパルメニデスであった。一方、ハイデッガーやパルメニデスにおける「存在」と、東洋的な「絶対無」との関連を指摘する声もある。代表的な論者は井筒俊彦である。存在も絶対無も突き詰めれば同じ事柄をいっており、それが世界ありかたの根源的な次元である、と考えられている。ここでいわれている絶対無は単なる非-存在(Non-being)ではなく、無でありながらも、存在と無の対立を超えてそれらを包摂するような「存在者を生じさせるもの」である（無の項目を参照されたし）。