波木井南部氏の奥州の勤王勢力は甲斐を本拠に奥州の糠部で鎮守府将軍の北畠顕家、北畠顕信に従い活躍した。鎌倉幕府が崩壊して後醍醐天皇による「建武の新政」が始まると、元弘3年（1334年）8月、奥州鎮撫を目的とした義良親王（後の後村上天皇）を奉じた北畠顕家に従い、南部師行は伊達行朝・結城宗広・葛西貞清らと共に奥羽に下向する。元弘（1335年）4年7月、京から下向、北条時行が主導した中先代の乱を8月に平定した足利高氏が鎌倉に入ると、護良親王はすでに足利直義に殺害されていた。高氏は自ら征夷大将軍を名乗り、建武政権から与えられた新田氏の所領を乱の平定の恩賞にするなどして、新田氏と足利氏の対立が始まる。建武2年（1335年）11月8日、宣旨を受けた義貞は節度使として刀を賜るとその軍勢は足利尊氏の討伐に京を発っした。南部氏一族の分裂はさらに続き、11月の矢作川の戦いから伊勢南部氏が従う直義軍は義重が参陣する尊良親王・新田義貞の尊氏追討軍を迎え撃ったが敗れた。賊軍となることを恐れていた尊氏の箱根・竹ノ下の戦いへの出陣で追討軍を破った足利氏の軍勢は京に向かうが、これを聞いた後醍醐帝は供奉の者と比叡山に入り、奥州からの軍勢を待った。山崎の合戦などで再び足利勢を迎えうった新田氏らの軍勢を破ると、尊氏ら足利氏の軍勢は京都に入った。
鎌倉時代末期には、南部氏一族は幕府側と討幕側に分かれた。鎌倉幕府打倒未遂事件の1つの「元弘の乱」が起きた1331年（元弘）元年には、波木井南部氏の家祖・南部実長の子、二代目実継は護良親王・尊良親王両親王とともに河内の赤坂城で戦うが親王とともに捕らえられ、実継は京の六条河原で最初に斬首されている。新田義貞の鎌倉攻めでは、三戸南部氏の南部右馬頭茂時や南部孫二郎、南部太郎らは鎌倉幕府についた。だが、甲斐南部氏の南部義行の嫡子、義重や、南部時長・奥州の南部政長らは倒幕軍の新田氏の軍勢と鎌倉に向かい、時長は北条一門伊具土佐孫七を討ち取る等武名を挙げている。鎌倉幕府の滅亡の際に、南部氏宗家は2代・実光の頃から南部長継までに、南部師行の父、南部政行が工藤氏に入るなどして、鎌倉幕府の命で奥州に地盤を張っていた同族を頼り、奥州に向かった。
源義光の玄孫の光行は甲斐国南部の河内地方にあたる巨摩郡南部牧（現在の山梨県南巨摩郡南部町）に住んでいたことから南部氏と称したが、平安時代末期の奥州合戦の頃に奥州糠部（現在の青森県から岩手県にかけての地域）の地に土着したという。また『奥南旧指録』によれば、承久元年（1219年）の暮れに南部光行が家族と家臣を連れて由比ヶ浜から出航し、糠部に至ったという。初代・光行の奥羽入部の日が12月30日で、正月への準備不足のため、やむなく12月を特に大の月として1日延ばし、正月2日をもって元旦としたという故事に由来する「南部の私大（わたくしだい）」が入部以来の伝統行事であったが、南部重直の代に不合理だとして正規の元旦に戻した。光行には6人の息子がおり、長男の行朝は庶子のため一戸氏の祖となり、次男の実光は後の宗家三戸南部氏の祖となり、三男の実長は波木井南部氏や根城南部氏の祖となり、四男の朝清は七戸氏の祖、五男の宗清は四戸氏の祖、六男の行連は九戸氏の祖、にそれぞれなった。なお、光行の兄・小笠原長清は巨摩郡小笠原荘に住み、小笠原氏の祖となっている。『吾妻鏡』によると、光行、実光、南部時実の三代が将軍家随兵として記されているが、弘文元年（1261年）および同 3年の実光、時実は北条時頼の御内人扱いであった。これは本領の南部領が得宗領の駿河国富士郡と隣接し、また宝治合戦（三浦氏の乱）後に、糠部郡総地頭職が得宗領となったことによるものであった。
出世作は、後掲『請求権概念の生成と展開』（創文社、1979年）であるが、その内容は以下の通りである。日本民法にはわずかに「請求権」という文言を使用する条文があるが、その定義規定はなく、一般には「請求することができる」と規定されているのに過ぎないのが通常であり、そのことが原因で請求権の概念は多義的に用いられ混乱していた。そのような状況下で当時通説的見解とされていた我妻栄は、対人的な請求権である債権と異なり、物権が物に対する支配権にすぎないにもかかわらず、物権を侵害する人に対し物権的請求権に基づき侵害行為を止めるように請求できるのは、請求権の発生原因である物権に排他性があるからであるとした上で、請求権とは債権および物権的請求権に共通して人に対する行為請求権である点に本質があるとし、債権が請求権の発生原因であるときの請求権は、物権的請求権の場合と異なり、債権の本体的な機能に伴う一作用として発現するとしていた。これに対し、奥田は、ローマ古典法に由来するアクチオの概念の下で、実体法上の権利と訴権が明確に区別されず、民法と民事訴訟法の体系が分化していなかったドイツ民法学において、ベルンハルト・ヴィントシャイトがそれを克服して請求権概念を中心とした体系を確立していった歴史を紹介した上で、日本民法における請求権概念を精密に分析して、我妻が説くような債権の論理的効力・権能としての「請求権」のほか、債権と全く同じ意味で使用される請求権、給付訴訟の訴訟物としての「請求権」、給付訴訟の請求内容を特定する手段としての「請求権」があるとして論理的に区別をし、これらの請求権と債権との関係およびその特徴を実体法および訴訟法の両面から明らかにした。奥田は、後に請求権の概念を更に純化し、債務不履行と不法行為の請求権競合問題について、民事訴訟法学における訴訟物論の新訴訟物理論・訴訟法説の問題提起を受けて、債務不履行や不法行為に基づく権利義務は、具体的な生活の次元で侵害される権利義務の認識根拠であって、単に観念的な法律効果を有するにすぎず、具体的な生活の次元で侵害される権利義務に対応する実在する請求権はただ一つであるとして新実体法説（のうち、請求権二重構造説）の提唱した 。