この作品で用いられているのは換字式暗号であり、暗号の方式もその解読方法（頻度分析）もポー自身が開発したわけではない。しかし「黄金虫」が発表された19世紀の当時においては、多くの人にとっては暗号法は神秘的なもののように捉えられており、暗号の解読はほとんど超自然的な能力だと考えられていた。この作品に先立つ1840年に、ポーはフィラデルフィアの雑誌『アレクサンダーズ・ウィークリー・メッセンジャー』において暗号に関する記事を書き、その際にこの方式で書かれた暗号であればどんなものでも解いてみせると高言した。ポーの言によれば、この試みは非常に反響を起こし、同雑誌宛てに全国各地から手紙が押し寄せたが、ポーはそのほとんど全てを解読したという。1841年7月にポーは「暗号論」を『グレアムズ・マガジン』に掲載し、暗号の歴史を辿るとともに上記の経緯についても記している。「黄金虫」に使われている暗号の解読法自体は、「暗号論」で説明されたものとほとんど同じである。物語に登場する「黄金虫」の新種は現実に存在するものではなく、作中で述べられているこの昆虫の特徴は物語の舞台となった地域に生息する二種類の昆虫の特徴を組み合わせて作られている。一つはカミキリムシの一種Callichroma splendidumで、黄金色の頭部を持っており、胴体にもわずかに黄金色をしている。骸骨の眼窩を思わせる黒い大きな斑点を持つものはコメツキムシ科のAlaus oculatusである。 アフリカ人の従者ジュピターの描写は、近代的な観点からはしばしば人種的偏見にもとづくステレオタイプとして批判されている。ポーはかつて自分が雑誌で書評を受け持ったことのあるロバート・モンゴメリ・バードの『シェパード・リー』（1836年）からこの人物像を着想したらしい。当時のアメリカ合衆国においてフィクションに黒人を登場させること自体は珍しくなかったが、この作品のジュピターのように台詞を持つことは稀であった。研究者によれば、作中のジュピターの訛りは物語の舞台となった地方における黒人のそれとは似ておらず、あるいはガラ人の言葉遣いを参考にしたのではないかとしている。ポーは軍人時代の1827年11月から1828年12月にかけてサリバン島西端のモルトリー要塞に駐屯しており、この時の自分の体験を生かして「黄金虫」の舞台を描いている。サリバン島はまたポーがキャプテン・キッドの伝承を初めて聞いた土地でもあった。ポーとの縁にちなんで、サリバン島にはポーの名を冠した図書館が建てられている。またポーは「軽気球夢譚」「長方形の箱」でもこの地域を扱っている。
村雨と峯雲の一方的な喪失は、次のような憶測を生み出した。当時、アメリカの潜水艦グランパス (USS Grampus, SS-207) が2月11日にブリスベンを出撃して以降、僚艦グレイバック (USS Grayback, SS-208) とともにソロモン諸島方面で行動していたが、ついに哨戒から帰らなかった。海戦のあった3月5日夜、グレイバックはベラ湾近海でグランパスと思しき潜水艦を発見する。それから間もなくして、グレイバックに「ギゾ海峡の方向に高速で航行する2隻の駆逐艦を迎え撃て」との指令が入る。その3時間後、グレイバックはコロンバンガラ島の南端越しに発砲炎や閃光を見る。その発砲炎や閃光の正体は分からなかったが、グランパスに関わっているものだと判断してベラ湾での哨戒を続けた。やがてグレイバックも、3月6日夜に哨区の移動を命じられてベラ湾を去った。「2隻の駆逐艦」を村雨と峯雲、「発砲炎や閃光」を夜戦によるものとするならば、グレイバックはビラ・スタンモーア夜戦の一部始終をコロンバンガラ島越しに観察していたことになる。話はここから飛躍する。要約すれば、「村雨と峯雲はグランパスに出くわして撃沈したが、直後に第68任務部隊に攻撃されて沈没した」という論法となった。グランパスの喪失認定に関する1943年3月29日付文書では、「3月5日から6日にかけての夜に、2隻の日本の駆逐艦がブラケット水道でグランパスを撃沈し、翌日大きな油膜が確認された」とあり、またフェーイーは日記の中で、「二隻の日本の軍艦が味方の潜水艦を沈めて港に戻ってきたことを、このとき、僕たちは知らなかった」と記しており、海戦直後からこの手の話が伝えられていたと考えられる。これに加え、グレイバックが爆雷攻撃のような音を聴取していない事から、「沈めたとすれば水上で浮上状態を砲撃された」という尾ひれまでついた。しかし、村雨が3月5日16時にブイン沖を出撃して21時30分にデビル島泊地に到着し、揚陸作業を終えて22時30分に出港してコロンバンガラ島東岸を北上、23時過ぎに第68任務部隊の攻撃を受けて沈没するまで、戦闘行為を行ったのは前述のように第68任務部隊に対して反撃を行った時のみであった。グランパスの喪失認定に関する文書での「大きな油膜」も、おそらくは神川丸機などが3月6日未明から午前にかけて確認した油紋や油帯を指す。このことから、第九五八海軍航空隊の2機の零式水上偵察機が2月19日15時40分にグランパスの哨戒海域であった南緯05度04分 東経152度18分の地点で潜水艦を爆撃し、直撃弾1発を与えて沈没を報告していることを引き合いに出して、この2月19日の攻撃こそがグランパスの最期であるという説も提示されている。しかしながら、各種記述ともグランパスの喪失原因に結びつけて断定できるほどの材料がそろっていないのも事実であり、グランパスの喪失は現時点では謎とせざるを得なかった。