麻原は教団が保有するMi-17ヘリコプターでサリン噴霧などのテロを行うことを構想しており、岐部はアメリカに派遣されヘリコプターの免許を取得。また、ラジコンヘリの操縦も任されたが、実機とのレバー操作の違いに戸惑い、訓練中に大破させてしまった。これに激怒した村井秀夫によって、事実上の降格処分を受ける。1994年6月、防衛庁長官に任命される。『防衛庁』の表向きの仕事は”毒ガス攻撃”を防ぐため全国の教団施設に設置されていた空気清浄機「コスモクリーナー」の保守・管理だったが、裏では屈強な男性信者を従え教祖の護衛を務める『親衛隊』の役割を担った。
1990年2月3日、第39回衆議院議員総選挙に真理党公認で当時の旧東京10区から立候補。得票数139票で落選。この際、オウムとしては珍しく選挙に立候補するかどうかを幹部による多数決で決めることとなった。結果は10:2で賛成派が勝利、反対したのは上祐史浩と岐部の2人だった。岐部はこの頃から教団の変化に「違和感」を覚え始めたという。「祖父が政治家で、ドロドロしたところを嫌悪してきたので、教団がそういう俗の世界に入ることに反対だった」、岐部は教団の宗教法人申請にも反対していた。選挙後は、福岡支部長や東京本部長をつとめ、信者拡大などの活動を指揮した。
学生時代から交際していた恋人が『オウム神仙の会』のヨガ道場に通いはじめ、その後入信する。恋人を脱会させようと道場に同伴し信者らと接するうちに岐部自身も傾倒していった。1986年9月、恋人に勧められて『オウム神仙の会』に入信。デザイン会社の同僚には「やがて地球滅亡の日が来る。その時に備えて世界に超能力者を育てているんだ」と語った。1987年1月、セミナーにて初めて麻原彰晃と対面。麻原が掲げた3つの救済(①人々を病苦から解放する、②この世の幸福をもたらす、③悟り・解脱へと導く)に感銘を受ける。ほどなくして、『ボーディーサットヴァの会』の前身である青年部に参加し、その活動に没頭していった。1987年6月、グラフィックデザイナーの道を捨て出家。入信後は教団出版物の装丁などデザイン関係を担当する。教団のアニメーション制作にも携わった。カメラマンとしても優れており、麻原の空中浮揚写真は岐部が撮影したもの。1988年10月20日、麻原により『クンダリニー・ヨーガ』を成就したと認定。マハーカッサパのホーリーネームを授かる。水戸支部長に就任。土谷正実の指導を担当する。
1872年（明治5年）に、佐野孫右衛門によりアトサヌプリ山麓の硫黄山で硫黄採掘が始まり、1886年（明治19年）に、北海道開拓使の方針に基づき、前年に開設された釧路集治監の囚人使役により開始された。佐野孫右衛門が亡き後は函館の山田銀行に譲渡され、さらに1887年（明治20年）に融資を受けていた安田善次郎に譲渡された。当時の運搬は当初は仁多（弟子屈）まで馬搬、仁多より川船を乗り継いで釧路まで下ったが、後に標茶まで馬搬になり、標茶から湧比別（後の五十石）まで50石船で、湧比別から釧路は100石船で運搬した。標茶に大規模な精錬所が建設され、1887年（明治20年）4月より輸送のために硫黄鉱山専用鉄道の敷設が釧網本線標茶駅付近から跡佐登の24マイル余りの区間で開始され、同年12月に開通した。この建設も囚人使役で行われ、現在のような重機もない状況で、僅か7か月で建設している。さらにその後1889年（明治22年）に2マイル余り延長し、後年の釧路鉄道開業時と同じ総延長約43.2km（26マイル67チェーン）に達した。また、標茶から釧路港まで釧路川の24キロメートルを浚渫し、前述の50石や100石船を小型蒸気船で牽引して積出港の釧路港まで輸送した。標茶から釧路港まで線路を敷設しなかったのは、間に釧路湿原が広がり、技術的に難しかったことが主な理由である。採掘高は7万5千石に達していたが、過酷な鉱山労働で死亡者が続出、逃亡を図る囚人が斬殺されるなどの惨状を知った集治監の教誨師・原胤昭が、典獄・大井上輝前に進言したことにより陰惨な事実が表面化。安田善次郎との契約を破棄、1888年に囚人を引き揚げ、鉱山は労働力確保に事欠く状況に陥っている。その後、沿線に開拓民が増えたことから、無賃の一般旅客なども行うことになった。1891年（明治24年）に釧路鉄道（本社：東京日本橋の安田銀行本店。資本金20万円）が設立された。1892年（明治25年）内務省から鉄道布設免許状と、補助金2万円を受けて同年9月8日から運営された。徐々に硫黄の自然湧出量と生産量とが合わなくなり、また旧山田銀行への貸付分が回収されたため山田銀行社主に硫黄鉱山を返還し、1896年（明治29年）7月28日に安田の鉱山としては休止した（その後硫黄鉱山は1931年に別資本により操業を再開し、戦中戦後の休止を挟んで1970年まで操業した）。硫黄鉱山の専用鉄道から私設鉄道に転換したとはいえ、運輸収入の大半は硫黄輸送が占め、開拓民による旅客輸送はごくわずかで、採算が取れなくなり、8月1日には休止届を提出し運行休止、事実上の廃線となった。1897年（明治30年）10月31日に、北海道鉄道敷設法の建設予定路線と重なることもあり、釧路鉄道と政府の間で19万9千円で買収契約締結し会社を解散した。1929年（昭和4年）8月15日、休止から33年後に開業した釧網本線標茶駅 - 弟子屈駅（現・摩周駅）間25.3kmのうち16.8kmに路盤が転用されている。