1986年2月22日に起きた「エドゥサ革命」（二月革命、ピープル・パワー革命）で、民衆の不満が高まったためにマルコス政権は崩壊し、現在のフィリピン第四共和国体制が成立した。この革命は同年2月22日の国軍改革派将校の決起から25日のコリーアキノ政権樹立に至る4日間の出来事であった。民主化を求める市民が、マニラ首都圏の中心部でデモや集会、座り込みや兵士に花束を渡す行動を起こした。その模様をリアルタイムで、多くのテレビカメラの放列が世界中に生放送した。これらマスメディアの報道が心理的圧力となり、フィリピン共和国軍は市民に銃を発砲出来無かった。マルコスとイメルダはアメリカ合衆国のハワイ州に亡命した。新人民軍による三井物産マニラ支店長誘拐事件（1986年11月15日 - 1987年3月31日）が発生。第二次世界大戦後の冷戦期間中のフィリピンは、同じく西側諸国に属すこととなった日本と同様に、極東アジアにおけるアメリカの重要な拠点となり、米軍に基地を提供していたが、1990年代初頭の冷戦終結を受けた米軍のアジア駐留軍縮小、およびピナトゥボ山の噴火に伴う基地機能の低下、フィリピン国内のナショナリズムの高揚、フィリピン共和国憲法改正により、在比米軍は軍備を沖縄に集約し、フィリピンから撤退した。
1965年より反共産主義を唱えるフェルディナンド・マルコス大統領がマルコス独裁国家体制を築いた。アメリカ合衆国からの支持を得たマルコス政権は、20年に渡る開発独裁政権となり、イメルダ・マルコス大統領夫人をはじめとする取り巻きによって、私物化され腐敗した政権に対して、中華人民共和国やソビエト連邦からの支援を受けたモロ民族解放戦線や再建共産党の新人民軍 (NPA) による武装蜂起が発生した。
1945年の日本敗戦に伴い、独立を失いアメリカの植民地に戻ることを余儀なくされることとなったが、1946年のマニラ条約で、フィリピン・コモンウェルスの組織を引き継ぎ、戦前から約束されていたフィリピン第三共和国が再独立した。冷戦下では地主支配（アシエンダ）打倒を訴える共産系のフクバラハップが勢力を拡大し、ルソン島ではゲリラ戦争が続いたが、1950年代中に共産ゲリラはアメリカからの全面的な支援を受けたラモン・マグサイサイの手によって一度壊滅した。その後、親米政権によって農地改革が行われたものの、実効性には乏しいものとなった。
第二次世界大戦中の1941年12月に、アメリカ合衆国軍との間に開戦した日本軍が、アメリカ合衆国軍を放逐しマニラ市に上陸した。アメリカ合衆国陸軍司令官のダグラス・マッカーサーはオーストラリアに撤退し、日本陸軍は1942年の上半期中にフィリピン全土を占領した。アメリカは1935年にはフィリピンの独立を約束していたので、日本も1943年5月に御前会議でフィリピン（フィリピン行政委員会）とビルマを独立させた。1943年10月14日、ホセ・ラウレルを大統領とするフィリピン第二共和国が成立した。しかしアメリカは日本の傀儡政権であるとしこれを認めなかった。その後ラウレルは日本との協力関係を築きフィリピン政府の運営を進めた。日本の敗戦が濃厚になると1944年12月8日に親日義勇隊のマカピリが設立されベニグノ・ラモスなどが参加し、戦闘に加わった。また、アメリカの援助を受けて結成された反日ゲリラ組織のユサフェ・ゲリラと共産系のフクバラハップが各地で抗日ゲリラ戦争を行った。その後1944年末に米軍が反攻上陸すると、フィリピン・コモンウェルスが再び権力を握った。第二次世界大戦によって110万人のフィリピン人が犠牲となり、マニラに20棟あった16世紀から17世紀にかけて建立されたバロック様式の教会は、米軍の攻撃により2つを残して破壊された。
だがKDU-ČSLは二大政党である市民民主党、チェコ社会民主党 (ČSSD) の双方と手を組めるキャスティング・ボートを握る中間的な政治的位置にいるため、議席・得票以上に大きな影響力を持てる状態にある。また他党と比べて汚職などのスキャンダルが少ないことも有利に働いている。2002年には中道・自由主義政党の 自由連合-民主連合 と政党連合を組んで下院総選挙を戦った。選挙後は初めて社会民主党と連立政権を組んだ。2006年の下院総選挙では市民民主党が勝利したため、今度は同党および緑の党で3党連立を組んだ。2009年5月、ツィリル・スヴォボダが党首に選出されたが、左派色が強まることに反発した前党首ミロスラフ・カロウセクが離党し、中道右派政党「TOP 09」を結成したため、党は分裂状態に陥った。そして2010年5月の総選挙では得票率4.39%に留まり、議席獲得に必要な5%条項を突破できず、下院における全議席を失う結果となり、スヴォボダは党首を辞任した。同年10月に行われた上院選挙では改選された27議席中2議席を得た。2011年11月、新たな党首にビロブラデックを選出2012年10月の上院選挙では1議席を獲得、同時に行われた地方議会選挙（13県議会の議員を選出）では5.8％の得票で42議席を獲得。首相であるイジー・ルスノク（6月に首相を辞任したペトル・ネチャスの後任）の信任案が否決された事を理由として2013年10月に行われた下院選挙では5%条項を若干上回る6.78%の支持を得て14議席を獲得、下院での議席を3年半ぶりに回復した。