ワイルド・ウィーゼル搭乗員の非公式の合言葉は、YGBSM (You Gotta Be Shittin' Me) である。これは、元B-52 EWOのワイルド・ウィーゼルEWOがその任務がいかに過酷かということを最初に知ったときに発した最初の言葉であったという。彼らの戦闘旅行に出かける前に、「ウィーゼル・カレッジ」（ネリス空軍基地訓練プログラム）を修了した一部のクルーが、模擬結婚式に参加したほど任務はとても危険で、多くのチームワークを必要とした。三沢基地駐留の第35戦闘航空団のテイルコード「WW」は、そのワイルド・ウィーゼルの伝統に由来する。軍事作戦のワイルド・ウィーゼルのコンセプトの最も有名な用兵のうちの1つは、コールサイン「ファイアーバード 01〜05」を用いた5機のF-105Gであり、これらの航空機は1970年11月21日の早朝に行われたソン・テイ捕虜救出作戦に対する支援を行った。5機のうち1機はSA-2地対空ミサイルで撃墜されたが、搭乗員は問題なく脱出し、襲撃に参加したHH-53「スーパージョリー」ヘリコプターで無事に救出された。ワイルド・ウィーゼルが護衛していた襲撃兵力の航空機で敵の攻撃によって失われたものはなかった。
スタンダードARMより小さい（AGM-45よりはやや大きい）弾体でありながら長大な射程と高性能ブロードバンド・シーカーを持つAGM-88 HARMが1985年に開発され、2007年現在に至るまで改良を続けられている。AGM-88をレーダー警戒装置（RWR）の代わりとして使うこともあるほどその探知性能は優れているが、本来の目的のためにその性能を十分に発揮するにはF-4Gに搭載されていたAN/APR-47 ELSのような高度な電子装置を必要とする。ただ、AN/ALR-47は非常に高価で機器も大きく、これを現在のワイルド・ウィーゼルに搭載するのはコストの増大を招くため、より安価で運用に堪える程度の性能を持つ電子装置（アメリカ空軍のHTS、同海軍のTAS）が開発されている。また、ミサイル自体もスタンダードARMより高価であり、電子装置を含めてコスト削減が重要な課題となっている。
本作は、バンダイナムコゲームス（現・バンダイナムコエンターテインメント）の鵜之澤伸副社長が、レベルファイブ社長でゲームクリエイターである日野晃博に100万本売れるガンダムゲームを作らないかと打診したところ、日野からTVアニメの企画段階から参加させて欲しいと返され、サンライズのプロデューサーを紹介した事が始まりである。本作の想定視聴対象が若年層まで幅広く取られているのは、2011年の放送時点でガンダムシリーズのファンが高年齢化し、子供の間で『ガンダム』の認知度が低くなっているという状況を危機と捉えたための方針でもある。事実、サンライズの宮河恭夫常務は、2009年にガンダム30周年を記念して実物大ガンダムを建てたイベントで、参加したファンの多くが父親世代となった事に強く危機感を持ち、子供のファン層育成に強い決意を示している。これは、若者の車離れに危機感を募らせ、『FUN TO DRIVE,AGAIN』（『ReBORN』）のコピーを掲げるトヨタ自動車と似た状況と言える。また同時期に旧来のファン向けに展開されていた『機動戦士ガンダムUC』と差別化する意図でもあった。毎日放送のプロデューサーである丸山博雄はこうした意図を「子供向け」ではなく「もっと子供にも見てもらいたい」というコンセプトであるとし、本作をガンダムシリーズの入門編として見てもらえることを期待した企画であったと説明している。日野が本作のシリーズ構成として起用された理由は「幅広い世代に見てもらえる作品」というコンセプトを掲げる上で、アニメ業界以外でそのようなテーマを掲げて取り組んでいる人材を取り入れるためであった。また、本作が放送される2011年は映像ソフトの記録媒体がDVDからBlu-ray Discに移行する過渡期で買い控えの風潮もあったことから、映像ソフトよりも関連ゲームソフトの売り上げが重要視されていた。日野は仕事を引き受ける条件として、新たなガンダムを企画段階から参加させてくれるようにという条件を提示し、サンライズもこれを受け入れた。2008年にはすでに日野の手によって雛形となる企画書が出来上がり、外部企業が企画段階から参入するのは、ガンダム史上初めてのこととなった。「100年に渡る3世代の物語」という骨子は、この時の日野の提案によるものである。一方、謎めいた敵勢力といった新機軸の設定は監督の山口晋が提案したものであり、どちらかというと日野はガンダムシリーズの第1作『機動戦士ガンダム』の枠組みに沿った保守的な作風を意識していたという。結果的に本作では、スペースコロニーでの宇宙生活や宇宙戦争といった、ガンダムシリーズとしてはオーソドックスな世界設定が構築されることになる。日野は、ガンダムシリーズ第1作とその直接的な続編で監督を務めた富野由悠季と過去に対談した経験から、ガンダムが支持された理由を「すべての人の中にある女々しさを描くことである」と解釈し、それを年少の視聴者に伝えるように務めたという。当初の企画書に書かれたストーリーは、ゲームのシナリオのように出来事を羅列した構成となっていたため、その点は改善を要した。設定やストーリーについては主要スタッフ間でも、時間をかけて詳細な打ち合わせが行われた。本作の特徴の一つとなった、従来のガンダムとは異なる極端にディフォルメされたキャラデザインは、子供向けを意識した日野の提案によるものであった。また日野はストーリー構成に当たり、本作の大半の話で脚本を自ら担当した他、週1回5 - 6時間かけて開くシナリオ会議にも毎週出席し、企画書には星印付きで「必須セリフ」を書き込み、少しの省略も加筆も許さないなど、非常に熱心に関わっていた。一方、監督の山口は作品全体の監督に徹していたため、絵コンテや演出として関わったのは第1・2話とオープニング映像に留まっており、今までのガンダムシリーズ作品の監督と比べて自ら演出に関わる事が少なかった。放送終了後のインタビューで、日野は本作について企画段階では1年半（6クール）続けるという案もあった事を明かした。これは本作でエグゼクティブプロデューサーを務めていた、サンライズの宮河恭夫からの提案であったという。監督の山口は、本作の大きな特徴の一つであったAGEビルダーが、作中にあまり登場しなかった原因として、3世代主人公であったためストーリーをこなすのが精一杯となり、全体的に尺が足りなくなってしまった事を理由に上げている。また日野は本作について「ファンの反応を意識するあまり、振り切ることができなかった」と述べている。なお、放送終了後に制作が発表された特別編である『機動戦士ガンダムAGE MEMORY OF EDEN』では一部スタッフがTVシリーズから変更されており、監督はTVシリーズの演出を担当した綿田慎也が新たに務める（TVシリーズの監督である山口は演出協力として関わっている）。構成と脚本には木村暢が就任し、日野はストーリー監修へと異動する。