今から約2000年から400年前、柴山は周囲を生みに囲まれ、遠浅の地形を形成しており、当時の高雄地区にはマカット族が集落を形成していた。1944年に小川尚義はは、マカット族為シラヤ族の支族であり、平埔族に属していると発表した。原居は鳳山地方から淡水渓（高屏渓）流域であり、その部落は高雄一帯の山岳部及び河岸に分布し、柴山、覆鼎金、桃子園、打狗港一帯が主居住地であったが、後に屏東平原の山麓地帯（現在の屏東県新埤郷、内埔郷、高樹郷一帯）、恒春、退台東方面に進出したと述べている。『台湾府志』では「鳳山八社」の記述があり、マカット族の有力な集落として放索、阿猴、塔楼、加藤、武洛、力力、上淡水、下淡水の8社群の名称が記録されている。またこれらの居住地はパイワン族の居住地に隣接しているため、パイワン族との密接な交流があったものと考えられている。当時の高雄地区は潟湖が広がり豊富な魚介類が棲息したことから漁労採取による生活様式が誕生し、その不用物を廃棄、堆積したものが今日貝塚となって発見されている。貝塚からは動物骨格や貝殻以外に、多くの土器の破片が発掘されている。16世紀から17世紀になるとマカット族は中国や日本の倭寇の攻撃を受けるようになり、倭寇の侵入を防止するために住居の周囲に竹林を設けるようになった。竹林は防御以外に衣食住にも影響を与え、当時の高雄地区には竹林が広がっていた。その「竹林」を表す平埔語の「Takou」が閩南語により「打狗」と翻訳され、それが高雄の旧称である打狗の由来となっている。
龍泉寺遺跡は高雄寿山東側斜面の比較的に平坦な地域に位置し、高雄地区の先史文化の遺物が最も豊富に分布する遺跡である。龍泉寺遺跡は今から約400年から2000年前の蔦松文化に属している。多くの貝塚が分布しているのが特徴であり、「小渓貝塚」と総称されている。
左営旧城遺跡は左営旧城南門の北側、半屏山西南端と蓮池潭西北岸の間に位置する遺跡。遺跡からは赤褐色的籠目紋、魚紋、方格紋などの土器のほか、左営貝塚と称される貝塚も発見されている。その文化は大湖文化類型及び清代の漢文化に属している。
桃子園貝塚は北柴山西北の旧桃子園集落の海岸に位置し、高雄市で最初に発見された遺跡である。遺跡からは土器、石器などの遺物が出土し、貝塚及び棺廓墓葬跡も出土している。出土地層は牛稠子文化から大湖文化層にかけてであり、農業、漁業、狩猟を複合させた生活様式であったと推測されている
高雄地区で最も古い遺跡は約4700年から5200年前のものである。現在発見された遺跡は多くが古高雄湾周辺の丘陵上に位置し、寿山遺跡、龍泉寺遺跡、桃子園遺跡、左営旧城遺跡、左営遺跡、後勁遺跡、覆鼎金遺跡、鳳鼻頭などが発見されている。その中でも左営旧城遺跡からは漢人系の土師器と須恵器が発見され、漢人文化との関連性が強い遺跡として注目されている。それらの遺跡により推測される先史文化は大坌坑文化、牛稠子文化、大湖文化、蔦松文化、漢文化に分類され、龍泉寺遺跡は推定される年代と文献に記録されるマカタウ族の活動時期と重複し、その両者が相当に関連している可能性が指摘されている。現在発見されている遺跡は何れも開発により破壊されているものが多いが、龍泉寺遺跡は比較的完全な状態で発見されており、また鳳鼻頭遺跡や左営旧城遺跡の一部も保存状態が良好である。遺跡から出土した遺物により、当時の古高雄湾は潟湖の状態であり、狩猟採取を中心とした生活様式であったと推測されている、しかし斧や鋤の形状の遺物も出土しており、併せて農業も行われていたとも考えられている。
真核生物と古細菌の関係にも論争がある。真核生物と古細菌は基本的な遺伝の仕組みを共有しており、この2つの生物は細菌よりも密接に関係している。問題となるのは、真核生物はどの古細菌から進化したのか不明な点であった。16S-rRNAは、古細菌が多様化するよりもはるか以前に古細菌と真核生物は分岐したため、特に真核生物に近い古細菌はいないという系統樹を描き出したが、EF-1/EF-2（伸長因子）を使った解析では、クレン古細菌と真核生物が単系統となる系統樹を描き出した。標準的な説（3ドメイン説）では、真核生物と古細菌はそれぞれが単系統であり、互いに姉妹群であるという説を採用している。ただし、3ドメイン説の提唱者であるウーズは、3ドメインが分かれる前は遺伝の仕組みが成立していない生物であったとしており（プロゲノート説）、古細菌（または古細菌に近い生物）から真核生物が進化したわけでは無いとしていた。もう一つの有力な説は、クレン古細菌に近い生物から真核生物が進化したとする2分岐説である。これは1984年にレイクが提唱したエオサイト説を原型とし、3ドメイン説よりも古いものである。山岸らも系統樹がどちらであるにせよ、地球上の生物を細菌とアーキア（Crenarchaeota、Euryarchaeota及びUrkaryotes）の2つに分けるべきと主張した。2010年以降、クレン古細菌や近縁な古細菌からアクチンやESCRT、ユビキチン、チューブリンなど真核生物様の遺伝子が発見されたこと、更に2015年以降ロキ古細菌をはじめとしたアスガルド古細菌が発見され、この古い説が見直されている。この他にも、前述（#細菌との関係）の「ネオムラ説」、RNAを基盤とするクロノサイトという生物に古細菌と細菌が合体した「ABC仮説」、古細菌にウイルスが感染して真核生物になった「細胞核ウイルス起源説」などが提案されている。