インカ文明の集団墳墓では、しばしば頭骨に大きな穴の開いた物が発見されるため、古代インカ帝国では（神秘主義的な）頭部穿孔が流行していたとする者もある。中には「穴の開いている個所が同じ」であるとして精神外科（ロボトミー）の施術によるオーパーツだと主張する者すらいる。しかし実際には、当時の鉄の存在を知らなかった南アメリカでの戦争の様式が「石を投げあい、棍棒で打ち合う」というもので、特に棍棒にいたっては、石を加工して作った打撃ハンマー（中央に穴の開いた星状の石が先端にはめ込まれている）で、頭に当たれば頭蓋骨骨折を起こす物だった。このため兵士や戦闘に巻き込まれた民衆達は、絶えず頭蓋骨骨折等の負傷を受ける危険にさらされ、これによって頭骨骨折の治療技術が発達したと現代の考古学では考えられている。頭骨が骨折する程に強い打撃を受けた場合、骨の下の硬膜下にあるクモ膜の血管が切れて血腫と呼ばれる血の塊ができる。これは急性硬膜下血腫と呼ばれ、早急に頭骨に穿孔して固まる前の血を排出させないと、脳を圧迫して意識を失い、最終的には死にいたる。また早期治療が行われないと、予後が非常に悪い事もあるため、現代医療でもしばしば行われる治療であり、疑似科学や神秘主義的な頭部穿孔とは全く別の、現代医学と同様の理由に基く物である（むろん、頭部穿孔が治療法としては適切ではない傷病に、頭部穿孔が行われた事もあるだろうが、当時の医学的水準の問題である）。インカでは、薬物であるコカインの原料として知られるコカが栽培されており、その葉は滋養強壮や傷の麻酔に利用されていた。これを使って古代インカの脳外科医らは苦痛に患者が暴れる心配もなく、患者の頭部を切開、脳を傷つける恐れのある頭骨の破片を取り除いて縫合する事が出来た。またインカ帝国は押並べて高山地帯の寒冷地に都市が集中していた事もあり、周辺の雑菌も比較的少なかったために、感染症を起こす率も低かったという。これら頭蓋骨骨折治療を受けた患者は、その頭蓋骨の分析から、平均して数年から十数年程度は生き長らえていたという説もあり、当時の平均寿命が30～40歳だったことを考えても、まずまず天寿を全うしたといえよう。このような理由により、前出の「オーパーツだ」とする主張は成り立たない。兵士同士の戦闘行為の最中における負傷なら、顔の前面から前頭部分に負傷が集中しやすい。これがたまたま現代のロボトミー手術と同じ個所に穴があるからといって、同じ個所から器具を挿入して、脳に何等かの処置を行ったとは限らない。別の個所に対しても、同じように施述した痕跡もみつかっている。なお当時の手術用具には、頭皮を切開したり頭骨を穿孔ないし切削するための器具は残るものの、脳に対して何等かの処置をほどこすための器具は発見されていないことも、考古学がロボトミー説に対して否定的な理由として挙げられる。なおインカ文明とは別となるプレ・インカやメソアメリカ（中南米）の民族文化としては頭蓋変形も見られるが、これはやや別の話である。
菅江真澄は、1806年（文化3年）に能代南部の長崎にて三頭沼を見て絵と記録を残している。小島のように岸辺から出ているのは五月雨大明神と言う。五月雨大明神は9月10日がお祭りの日で、大行院という修験が神事を司る稲作の神社である。ところが、この沼の魚は大体が片目だそうだ。神の使いとして漁をしない慣わしだが、この春藩主佐竹義和が来られたおりは、1尺5寸ばかりの鮒、 2尺あまりのセグロ（カタクチイワシ）を捕って神前に捧げた。 — 菅江真澄『浦の笛滝』現在は周辺が住宅地になっていて、小島のように突き出ていた五月雨大明神（竜神様）は陸地に囲まれ、北部だけが沼に面している。「三輪家文書」によれば、1716年（享保元年）に三輪太郎右衛門が久保田回しの材木を請け負い、浅内谷地を通し大川村（三種町、旧八竜町）へ回送したとの記録が残されている。「能代木山方以来覚」によると「浅内沼と八郎潟の間堀切に成功し、加えて長崎沼と大川（坊ヶ崎川、現在の悪土川）の間に運河を掘らなければならない。特に浅内沼と米代川の間は、赤沼、長崎沼橋下から大川まで1150間（2070 m）の堀切に成功して、首尾良く木材を運送している」と記している。三輪太郎右衛門はさらに借銀して、600石積みの船を作っている。この運河は砂丘地の飛砂の影響をまともに受け、1年に1、2度は砂上げをする必要があった。1875年（明治8年）、小坂鉱山の雇われ技術者であったハーグマイヤーは、輸入したマンスフィールド式製錬機を同鉱山に運搬する際に、船川港で積荷を平底船（50 t）に積み替え、八郎潟を横断して、地峡に沿って能代まで進んだが、「私自身この運搬コースを定めたのだが、能代までに至る八郎潟と沿岸の様子には、実際びっくりさせられた」と述べ、能代港については「以前は良い港であったのだろうが、今日では少し大きめの船ですら岸より数キロ離れた所までしか接岸できなくなっていた」と記している。三頭沼の東側の小沼（与五郎沼）は埋め立てられ、長崎団地になっている。三頭沼に陸送された木材は、一時土場に積まれ三頭沼橋下から運河を通して大川（悪土川）に出る。この大川は現在赤沼球場や公園として埋め立てられた赤沼を源として、河戸川（川戸河）、坊ヶ崎、大内田を通り、橋中の又右衛門橋で米代川と合流している。当時の水路は明らかではないが、現在の坊ヶ崎川の川幅は5 - 6 mで、各支流を集めて堤防も良く整備されている。830年（天長7年）と850年（嘉祥3年）の大地震で地表が隆起し、雄物川と米代川の流路が変わったという学説があり、天長大地震以前の米代川の主流はこの大川ではなかったかという見解もある。三頭沼から赤沼までには、河戸川沼（じぎ沼、れんげ沼）、ふし沼があったとされるが、それらは埋め立てられている。菅江真澄は河戸川沼のほとりで和歌を詠んでいる。