中世史学の網野善彦らの非農業民や穢れの処理に携わる民の実証的な研究によって生じたパラダイム転換を踏まえ、1980年代以降、中世史研究者を中心に提唱されるようになった説である。特に網野が1978年に著した『無縁・公界・楽――日本中世の自由と平和』以降の研究の影響が大きい。
同和教育などで「部落は近世に作られた」とされてきたが、藤沢靖介によると、「織豊政権または江戸幕府が、まったく新たに被差別身分を作り出した」という学説を唱えた研究者は未だかつて一人もいない。近年、中世以前に被差別民が集住した河原などの「無縁」の地と、近世において被差別民の居住地と定められた地、すなわち近現代の被差別部落に直接つながる土地とが互いに重なる事例が多く報告され、中世の被差別民と近世の被差別民の歴史的連続性が注目されるようになってきた。検地帳などにより「穢多」層の源流には、中世の賤民の系譜にあるもの、一向一揆を含めて戦国期の敗残者の系譜にあるものなどの存在も明らかにされている。また、被差別部落の人口比率が高いのは、京都、兵庫、奈良、和歌山、愛媛の順（1908年調査）であり、東京（江戸）には少ないことから、江戸幕府が作ったものとするのは不自然である。室町時代には既に、村人が穢多に対する差別意識を記した史料が現れている。かつての近世起源説に見られた、近世権力が無から突然被差別身分を作り出したかのような論説は近年は姿を消しつつあるが、歴史教科書などにおいては未だにこの論調が多い。
第二次世界大戦後、歴史学界や教育現場などで主流とされてきた説である。近世政治起源説を単純化して言えば、部落は近世権力（豊臣氏、徳川氏）が身分の流動性が大きく戦乱の絶えなかった中世を統一した際に、「民衆の分裂支配」を目的として作ったというものである。平たく言えば、『農民の不満を幕政から逸らすために為政者がスケープゴートとしてこしらえた』―『上見て暮らすな、下見て暮らせ』ということになる（ただし、近世の為政者がこうした旨の触を発した記録はない）。中世においても差別は存在していたが、穢多・非人などの身分が制度的に固定されていた訳ではない。また戦国期の下克上の中で社会も大きく変動したことから、中世社会と近世社会の間には断絶があると考えられた。原田伴彦は豊臣政権から徳川政権初期にかけて（天正-寛永頃）、被差別民に対する新たな身分制度が形成されていったとする。近世起源説の中でも、部落の成立（身分制度の確立）については、江戸時代初期（17世紀半ば）全国的に宗門人別帳が作られた時点とする見方や、豊臣秀吉の太閤検地の際に検地帳にかわた（後の穢多）身分が記載された時点とする見方（寺木伸明）などがある。
仏教の殺生戒や神道でいう穢れにふれるため差別されたとするもので、特に神道起源説は有力な説の1つに挙げられている。部落差別を神仏習合の副産物とみなす説もある。
弥生時代以前よりの先住民族の末裔が差別されるようになったとするもの。　先住民で渡来の大和民族に同化しなかった一部のグループが山窩（サンカ）などとして朝廷の支配下に取り込まれずに身分制度の外におかれたものが被差別部落の一部に見られたことから生まれた説と考えられる。江戸時代にも多く唱えられたが、被差別部落の一部に彫りの深い顔立ちで体毛が濃く筋肉質ながっしりした体型である傾向があるグループが有ることから明治期以降は主に人類学者がこの説を提唱した。
賤業に就いている人々が差別されたとするもの。日本がもともと農耕社会であり、狩猟を低く見たとする説であるが、猟師が賤業とされていないなどの反論がある。
被差別部落の起源については、職業起源説、異民族（異人種）起源説、宗教起源説、政治起源説などがある。いずれの説も、反論や矛盾点が存在するため、定説にはなっていない。逆に、起源は全く不明とする説もある。
ゲームはターミナル画面から始まる。プレイヤーはクレスとウィットを操作し、ゲームを開始したいステージあるいは神殿を選択する。スペースキーを押すと、使用キャラクターを決めるためのターミナルセレクト画面が表示される。なお、ゲーム中は使用キャラクターを変更することはできない。ステージを選択すると、ゲームが始まる。サイドビュー形式で、垂直に伸びる梯子で上下の床がつながっている。当面の目的は、各ステージの「感情の魔物」を倒し、神殿の鍵を4つ集めることである。それぞれのステージには「喜」「怒」「哀」「楽」と書かれたパネルが落ちており、それを回収することで主人公の感情は変化する。上述のように、「感情の魔物」の部屋に入るための扉を開けるには、主人公の感情をそのステージのものと同じにしなくてはならない。「感情の魔物」を倒すとそのステージの入口は崩れてしまい、再び入ることはできない。4つの鍵を全て集めると、神殿に入ることができるようになる。神殿内では巨神像がウシャスの秘宝を守っている。画面中央にあるウシャスの秘宝（あるいは囚われの女性）を回収することで巨神像が姿を現す。巨神像の周囲を回る珠を全て破壊すれば、その遺跡はクリアとなり、次の遺跡へと移動する。移動の際にはクレスとウィットの探検の一コマを描いたユーモラスなアニメーションを見ることができる。この時に表示されるパスワードは、タイトル画面でCtrlキーを押してから入力すればコンティニューできる。ただしパワーアップやコインは引き継がれない。