移籍後の初騎乗は2004年3月6日、初勝利は翌3月7日。ダイタクバートラムでは同じようなミスを犯し、しかもミルコ・デムーロに乗り代わった途端に圧勝されるなど与えられたチャンスを生かせなかった。騎乗機会の多かった橋口厩舎の馬でも上村洋行（ペールギュントなど）や藤岡佑介（ローゼンクロイツなど）に委ねられるケースが増えた時期もあった。ただ、2009年にはローズキングダムでの朝日杯フューチュリティステークス勝利をはじめ橋口厩舎所属馬で重賞を4勝するなど、重要な場面での起用が増えている。それでも移籍4年間で重賞を9勝（地方込み）、2006年2月26日の阪神第2競走で中央競馬通算200勝、2007年10月7日に中央競馬通算300勝を達成している。2007年2月3・4日には小倉大賞典・シルクロードステークスと2日間で重賞2勝するという偉業を達成している。2008年4月13日、桜花賞をレジネッタで制し、JRA移籍5年目にして初のGI勝利を達成した。同年のスプリングステークスをスマイルジャックで制するなど同年のクラシック世代で活躍していることから、桜花賞実況の馬場鉄志（関西テレビアナウンサー）をして「今年は小牧の年か!」と評するなどとこの年は注目されていた。なお、桜花賞以後もレジネッタを優駿牝馬で単勝5番人気3着、東京優駿ではスマイルジャックを12番人気で2着に好走させ、それぞれのレースで3連単44万馬券、20万馬券となるのに一役買うなど、2008年の3歳春クラシックを盛り上げたジョッキーのひとりである。また、夏にはカノヤザクラでアイビスサマーダッシュ、セントウルステークスを制してサマージョッキーズシリーズに優勝、JRA移籍後初となるワールドスーパージョッキーズシリーズへも参戦した。2009年7月19日、アイビスサマーダッシュをカノヤザクラで制し、人馬ともに史上初となる、アイビスサマーダッシュ連覇を記録した。なおJRA所属となってからも兵庫への参戦は活発で、2004年に条件レベルの交流戦を中心に地方全体で10勝を挙げ、兵庫での重賞成績は4戦2勝2着2回。三冠の園田ダービー、菊水賞では兵庫所属のホクセツガーデンに騎乗している。
中央競馬での初勝利は1993年のワールドスーパージョッキーズシリーズ参戦時。その後、兵庫県競馬にもサラブレッドが導入されたことから指定交流競走を通じて中央競馬での騎乗も増え、移籍前に重賞を2勝している。このころから橋口弘次郎厩舎の所属馬に騎乗する機会が増えた。2001年、2002年に中央競馬で20勝以上を挙げ、JRAの騎手試験の一次試験の筆記試験（国語・数学・競馬法規）が免除され二次試験（技能試験と面接）から受験できる資格を得た。2003年の同試験に合格し、2004年にJRAへ移籍。兵庫県競馬組合所属としての最後の勝利は、特別に「フェアウェルステージ」と改称されたレースで同じくJRAへ移籍する赤木高太郎をマッチレースの末、クビ差抑えてのものだった。中央移籍までの地方競馬通算勝利は3376勝。
150cmほどの小柄で痩せた体つきに童顔であったため、20歳代後半になっても子供と間違われることがたびたびあったという。夜分遅く仕事帰りに町を歩いていたら、警察に「お嬢ちゃん」と呼び止められ、既に人妻（後に離婚）であり、年齢・経歴を話しても信じてもらえなかったというエピソードが存在する。明るくインテリな性格の反面、行動力には優れており、思い立つとすぐに実行するタイプであった。数々の海外旅行はその例である。1984年2月末から1985年5月上旬まで、1年3か月に渡ってインドなど6カ国へ旅行。インドには6か月半滞在した。この旅行のために、『うる星やつら』のラン役など当時レギュラーで出演していたキャラクターは、一旦すべて降板した。ラン役は小宮和枝が引き継いだ。この間に『機動戦士Ζガンダム』にセイラが1カット登場したが、セリフはなかった。『うる星やつら』では前述のとおり、長期の海外旅行のためにラン役を降板しているが、1986年公開の『うる星やつら4 ラム・ザ・フォーエバー』では友引町役、原作の最終エピソードを映画化した1988年公開の『うる星やつら 完結篇』では、闇の世界の住人・カルラ役で出演している。なお、帰国後もラン役には復帰していない。占い師として、人気絶頂の頃のYMOを1983年頃活動を終えると予言したり（坂本龍一を姓名判断した際、細野晴臣と衝突、分裂するだろうと予言）、テレビで見た人物に対して「近々、いいことがありそう」などと評して的中させたという。また『スネークマンショー』で共演した伊武雅之に「名前の最後の字を2画の字にするといい」とアドバイスし、伊武はそのアドバイスを受け入れ、現在の芸名・伊武雅刀に改名した。裁縫・料理ともに得意で、スタジオ内で声優仲間に手作りの食べ物をわけたり、非常にもてなしの精神に富んでいた。なお、古谷徹は彼女の作るカレーは「とても美味しかったんだけど、ものすごく辛かった」とコメントしている。シャア・アズナブル役の池田秀一によると、井上はセイラ・マス役でもミスを出さないほど、役への入れ込み・声優としての実力において優れていたという。なお、池田は井上を「アルテイシア」と呼んでいた。井上がとりわけ気に入っていた作品としては、NHK『こどもにんぎょう劇場』を本人が挙げている。ラジオ形式の仕方でとられるこの作品は、井上の録音後それにあわせて人形が動くため、井上の演技が問われるところとなり、本人はこどもの反応などを注意しつつ演じていた。こどもに想像力を与えるこうした作品は、井上にとって非常に大切であったという。オーストリア人の夫（ピーター）とは南インドで知り合い、交際後結婚。井上が母親の死により意気消沈していた頃、「インドが呼んでいる気がする」という直感のもと、泣く泣くインドへ旅行。その先で予感を裏付けるかのごとく、夫と知り合うことになる。その夫が先立った後散骨のためオーストリアへ渡航したが体調不良のため帰国し、癌に侵されていることが判明。その後約二年間の闘病後永眠に至った。夫と井上の遺骨は遺族により夫が一番好きだったオーストリアの田舎にある古城に散骨された。シャア役の池田もアムロ・レイ役の古谷徹も、井上の訃報を聞いたときは非常に悲しんだという。池田はあまりの悲しみに別れを言う辛さから葬儀には行くことが出来なかった、「大好きだったお母ちゃんとピーターのそばで幸せにね!」と言う古谷の談話は涙を誘った。