在日米陸軍（US Army Japan, USARJ）は、キャンプ座間（神奈川県座間市・相模原市）に司令部がある。USARJは、第9戦域支援コマンドから改編された第1軍団前方司令部、在日米陸軍基地管理本部（旧第17地域支援群）、第10地域支援群（沖縄、トリイステーション）などを主要な部隊としている。第1軍団前方司令部は2007年12月に新設されたもので、在日米陸軍司令官は第1軍団前方司令部の指揮を執るとともに、第1軍団副司令官を兼任している。平時には実戦部隊をほとんど持たないが、有事には第1軍団本隊が進出し、陸軍/統合任務部隊を構成するものと考えられている。また、青山墓地近くに星条旗新聞の極東支社や第5空軍司令部東京管理センター、陸軍東京監理施設、軍情報機関関連施設などが置かれる在日米軍の中枢の一つ「赤坂プレスセンター」（別名ハーディバラックス、麻布米軍ヘリ基地）が所在する。
本作のマルチプレイモードでプレイヤーがターリバーンとして米軍の兵士を殺害出来るとして、戦争犠牲者の遺族などから抗議の声が挙がった。また、この問題が米国の報道番組「Fox News」で取り上げられ、同番組内にイラク戦争で家族を失ったカレン・メレディスが出演。本作のゲーム内容に対し「戦争はゲームではありません、それだけのことです。実際には第二次世界大戦を扱ったゲームも作られていますが、それは現代の歴史から遠く離れた存在で、もう戦死者が出ることもないでしょう。現在、アフガニスタンは非常に悪い状態に入っています。戦争の犠牲者数は最悪の月を記録したばかりです。このゲームは10月に発売予定で、自分の子供を埋葬する家族達の目に入ることになります。(中略)これは無礼というほかありません。」とコメントした。更には、英国保守党の防衛大臣リアム･フォックスが本作を批判。フォックスは本作に対して「タリバンの行為を再現することが許されると誰かが考えているのは非常にショックです。タリバンの手によって子供達は父親を失い、妻達は夫を失っています。私は嫌悪と怒りを感じます。我が国の国民がこのようなゲームを買うなどとはとても信じられません。小売店には英国国防軍を支持し、この無神経な製品の発売を中止するよう促したいです。」とコメントした。これらの件に関してElectronic Arts側は「Medal of Honorは現代の戦争を舞台にしており、プレイヤーは今日の兵士の役を演じることになります。我々はゲーマーに双方の兵士を操作する機会を設けました。これは我々のほとんどが幼い子供時代からやっていることです。もし誰かが警察の役になるなら、別の誰かは泥棒の役になります。誰かは海賊の役を、また誰かはエイリアンの役になります。Medal of Honorでは誰かがタリバンの役になるのです」と声明を発表した。また、本作のタリバン問題に対して、今度はジャック・トンプソン元弁護士が本作を批判。ジャック・トンプソン元弁護士は過去にDOOMなど有名ゲームタイトルの暴力表現に反対し訴訟を起こし、また更には過激な発言などの行動で問題になった人物で、2008年9月に行われたRockstar GamesのBULLYを相手に取った訴訟では、提出した証拠に虚偽があった事から弁護士の資格を剥奪された事でも有名。ジャック・トンプソン元弁護士はアメリカ合衆国のロバート・ゲーツ国防長官に対し、発売に反対するファックスを送りつけ、米軍がゲームの開発に協力したとして批判した。そのほかに、オランダとニュージーランドの国防大臣等が「Medal of Honorは無意味なゲームだ」として批判。カナダの国防大臣は「これは現実だ」と述べ、Medal of Honorのタリバン問題が間違っている事は子供でも判る事で、カナダ国民の多くがこれを不快に思い腹を立てていると確信していると自身の見解を示した。このように一部で批判を受けた本作だが、今度は米軍基地の駐留兵士向けに食料品や日常生活物資を提供しているAAFES(Army and Air Force Exchange Service=陸空軍生活品販売業務)が、米軍基地内にある大手ゲーム小売店「GameStop」49店舗(全店舗)に本作の発売を禁止するよう要請を行った。さらにこの措置は米国内だけでなく、世界各地で展開している米軍基地にも及ぶとのこと。今回の決定についてGameStopは、「現在と過去の兵士に敬意を表し、Medal of Honorを取り扱わないことに同意した」と社員宛のメールで説明。但し対象となるのはあくまで軍敷地内の店舗のみで、ゲームを購入したい場合は基地の外にある店舗で予約するようにと伝えている。一方で同様の現代戦をテーマにしたFPSの「Call of Duty: Modern Warfare 2」などは米軍基地内で問題無く発売されていることから、ゲームプレイヤーの中からは今回の米軍の対応について疑問の声もあがっている。これら一連のタリバン問題に対して、Electronic Arts側はマルチプレイに登場するTaliban(ターリバーン)の名称をOpposing Force(武装勢力)に変更すると発表。エグゼクティブプロデューサーのグレッグ･グッドリッチが公式ブログに投稿した内容によると、マルチプレイでタリバンが登場することに戦争犠牲者の家族や友人から懸念が寄せられ、そうした人々のために今回の決断をしたとのこと。Medal of Honorシリーズが、人々の記憶や兵士の活動を故意に軽視しているわけではないと説明した。またこの変更について、本作を米軍基地内で発売禁止に決定したAAFESは、改めて当初の決定が変更される事が無い事を明言。AAFESのブルース･カセルラ将官は、現在も進行している現実の問題に敬意を払い、現実世界の出来事をゲームで描いた本作が名称の変更によって販売される事は無いと明言、さらにアメリカ軍人及び家族達がこの決定に理解を示す事に期待すると語った。この決定についてElectronic Arts側は「EAはAAFESの決定を尊重する」と回答し、EAがこの決定について答えや改善を要求するつもりが無い事を明らかにした。また、日本では2010年10月3日にNHK総合テレビジョンにて、本作のタリバン問題が報道された。