クラークはビンセンズを再占領した後に高い望みを抱いた。この一撃がインディアン戦争をほとんど終わりに導くだろう」と語った。独立戦争のその後、クラークはデトロイトに対する作戦を実行しようとしたが、不十分な兵力と物資のために何度も遠征を中止した。一方クラークが勝利した報せを聞いた開拓者はケンタッキーの殺到し始めた。1779年、バージニアはケンタッキーで土地登記をするための事務所を開き、ルイビルなどの開拓地が設立された。クラークが最初にイリノイ地方を占拠したことを知ったバージニアはその土地の占有を宣言し、1778年にはイリノイ郡を設立した。1781年初期、バージニアはこの地域を中央政府に譲渡する決議を行い連合規約の批准に向けた最後の道を付けた。この土地はアメリカ合衆国の北西部領土となった。イリノイ方面作戦の資金は、イリノイ地方の地元住民や商人に大きく依存していた。クラークはバージニアにその領収書を提出したが、これらの人々の多くは補償されなかった。大きな寄付者の中にはギボー神父、フランソワ・リデイ・ブスロン、チャールズ・グラティオットフランシス・ヴィゴー等がおり、その生きている間に支払いを受けることはなく、貧窮に陥った。しかし、クラークとその兵士達はルイビルから土地を与えられた。クラーク特許地は現在のインディアナ州クラークスビルにあり、クラーク郡とフロイド郡東部の大半を作ることになった。1789年、クラークはジョン・ブラウンなどアメリカ合衆国議会議員の要請に応えてイリノイ方面作戦の証言を書き止め始めた。議員は当時北西部領土を如何に管理するかを検討していた。その『回想録』はよくあるように、クラークが生きている間には出版されなかった。19世紀の歴史家に利用されたが、1896年になってウィリアム・ヘイデン・イングリッシュの『北西部の征服』という著書で出版された。その『回想録』は、モーリス・トンプソンによる『古いビンセンズのアリス』（1900年出版）とアメリカ人小説家ウィンストン・チャーチルによる『ザ・クロッシング』（1904年出版）という2つの小説の元になった。イリノイ方面作戦はジェイムズ・アレクサンダー・トムによる1979年の歴史小説『長いナイフ』にも描かれた。アメリカ合衆国海軍はこの戦闘を記念して4代の艦船にUSSビンセンズと命名した。ジョージ・ロジャース・クラークがアメリカ合衆国のために北西部領土を征服したかどうかに関する議論は、アメリカ独立戦争が終わるとすぐに始まり、政府は土地の領有権と戦争の負債を整理した。1783年7月、バージニア州知事ベンジャミン・ハリソンは「敵のイギリスの手から大きく貴重な土地をもぎ取った」と言ってクラークに感謝した。19世紀と20世紀半ば、歴史書でクラークはたびたび「北西部の征服者」と言及された。しかし20世紀に、歴史家の中にその解釈を疑う者が出始め、資源の不足のためにクラークは戦争が終わる前にイリノイ地方から兵士を引き上げざるを得なかったこと、インディアンの大半敗北せずに残っていたことの故に、北西部領土は「征服」されなかったと論じている。クラークの行動はヨーロッパでの境界交渉に何の影響も与えなかったという意見もある。1940年、歴史家のランドルフ・ダウンズは、「クラークが昔の北西部を「征服」したとか、カスカスキア、カホキア、ビンセンズを「占領」したとか言うのは誤解を与えることになる。その地域のフランス系住人とインディアンから、イギリスによる大変曖昧な政治支配を取り去ることに貢献したと言うのがより正確だろう」と記した。
1867年12月、ミレーの盟友テオドール・ルソーが亡くなった。1868年初め、ルソーの顧客だった工場主フレデリック・アルトマンと出会い、アルトマンから、ルソーの残した風景画を補筆して完成させることを依頼された。また、3月には、新たな「四季」連作を依頼された。しかし、この頃、ミレーの体調が悪化し、頭痛に悩まされるようになって、制作を中断することになった。脳腫瘍だったと言われている。1868年8月には、レジオンドヌール勲章（シュヴァリエ）を授与された。9月、サンシエとともにアルザス地方とスイスに旅行に行った。同年末には、美術批評家フィリップ・ビュルティの仲介で、『ソネットとエッチング』という書物のための挿絵の版画を制作した。この本は350部印刷され、愛好家に限定刷りであることを証明するために版画の原版を破棄するのが通例だったが、ミレーは、こうした慣習を知らず、原版破棄は野蛮なことだと考えたため、発行人との間で論争をしたが、最終的に原版破棄を受け入れた。1869年のサロンには『編み物の手ほどき』を出品し、その調和のとれた造形は審査委員カスタニャリから賞賛を受けた。1870年のサロンには審査委員に選ばれるとともに、風景画『11月』と『牛乳をかき回す女』を出品した。ただ、その後はサロンへの応募をしていない。既に評価の確立したミレーにとって、それ以上サロンに応募する必要はなくなっていた。1870年7月、普仏戦争が開戦し、ナポレオン3世がプロイセン軍に敗北した。1871年3月には、パリ・コミューンの蜂起があり、5月の「血の1週間」で鎮圧されるまで内乱が続いた。この間、ミレー一家は旧友ファルダンを頼ってシェルブールに疎開したが、戦中は野外で写生することも禁じられ、ミレーは、写生中にスパイ容疑で何度も勾引された。故郷グレヴィルに家族で訪れた時には、サンシエに、「私が生まれ、両親が生涯を送った家を、今やよそ者として改めて見ると、何ともいえない悲しい気持ちで一杯になる。」と感想を漏らしている。ミレーは、グレヴィルの断崖をパステル画に描き、また、シェルブールを訪れたサンシエに故郷を案内して回った。サンシエによれば、楽しい思い出が詰まった生家を改めて見て、ミレーは涙があふれるのをこらえている様子だったという。その年11月、一家がようやくバルビゾンに帰宅すると、新しい注文が一気に押し寄せた。1872年には、ポール・デュラン＝リュエルがミレーの主要な画商となった。他方、ミレーの体調は良くなく、同年末には、サンシエに、「目の具合がとても悪い。絵も描けない有様だ。」と書いている。1868年の注文以来、病気や戦争により、最後の「四季」連作の制作は遅れていたが、晩年、『春』、『秋、積みわら』を完成させた。『夏、蕎麦の収穫』はまだ署名がされてないままで、『冬、薪を運ぶ女』は粗描きのままに終わっている。『春』は、ミレーの風景画の中でも最も綿密な仕上げがされており、最高傑作の一つに数えられる。再生や復活の象徴が多く盛り込まれていることから、1867年に亡くなった親友ルソーへの鎮魂という意味があるのではないかと考えられている。1874年、政府から、パリのパンテオンの壁画装飾の依頼を受け、習作に着手したが、健康状態が急激に悪化した。死の間際の1875年1月3日、妻カトリーヌと教会で結婚式を挙げた。そして、1月20日、ミレーはバルビゾンで亡くなった。1月23日、シャイイにある墓地の、親友ルソーの隣に埋葬された。先輩画家のコローは、ミレーの遺族の生活を心配し、残された妻に多額の弔慰金を送った。残された作品は、同年中に売立てにかけられ、散逸した。