明治維新と文明開化の近代思想は福澤諭吉の『西洋事情』や『学問のすゝめ』、中村正直の『西国立志編』、中江兆民の『民約訳解』、森有礼たちが設立した『明六社』により発行された『明六雑誌』などによって普及した。明治初年には私塾や郷学校の開設など民間からの教育運動も進められた。1872年（明治5年）には学制が公布され、小学校から大学校に至る教育制度の確立が行われた。義務教育が法文化され、女子教育が普及した。国民教育の普及は近代国家の形成に大きな役割をはたした。一方で帝国大学令に見られるように、教育政策は自由主義的傾向から中央集権的・国家主義的傾向へと方向を変えた。1920年代から1930年代前半にかけて、画一主義的な教育の反動から、子供の興味や関心を中心にした教育実践を目指す大正自由教育運動が起きた。この運動によって、官僚の澤柳政太郎による成城小学校や、自由主義教育者の伊藤長七による東京府立第五中学校（現・小石川中等教育学校） といった、個性の尊重を目指した新教育を行う学校が創立され、教育界に大きな影響を及ぼした。
江戸中期以降、古典を研究し日本古来の精神を究明しようとする国学が発達した。また、幕藩体制が動揺するなか、新しい理論を説く思想家が現れた。経世論では、熊沢蕃山が『大学或問』を著して武士帰農論や参勤交代批判を展開。本多利明は『経世秘策』などを著し、外国との交易や島々の開発による富国策を提案。佐藤信淵は『経済要録』などで、絶対主義的な統一国家の形成と積極的な海外進出論を主張。農業論では、大蔵永常が『交易国産考』などで農家の利益と国益を論じる。尊王論では、蒲生君平が先駆となる『山陵志』を著す。海防・開国論では、工藤平助が『赤蝦夷風説考』を著し蝦夷地の開発を提唱。林子平は『海国兵談』で海防論を展開した。渡辺崋山や高野長英は蛮社の獄の起因となった。蘭学を基礎に、幕末にかけて自然科学を中心とした洋学が発達した。しかし、幕府の規制により実学の分野に留まった。洋学者の系譜は青木昆陽とツンベルクを始まりとするものであり、のちに語学・医学・物理学・天文学・測地学・化学・植物学の分野で大いに発展した。
江戸時代後期（幕末）の教育制度は、、幕府の財政難や体制の危機が深刻化するなかで、武士の生活難も目立ってきた諸藩は教育の改革を断行する。諸藩では藩学（藩校）・郷学・塾(私塾)を設立して子孫の教育を行った。また、庶民の個別指導教育として寺子屋が開校。これらは全て、我が国の学校制度の始まりとされている。また、子供への訓話教育を手島堵庵が始めるなどした。
仏教の修行は、元々、煩悩や執着を断つためのものと考えられた。そのため、不殺生の戒律や肉食に起因する執着から離れるために肉食を戒める菩薩戒が『なまぐさ』という『不浄』を遠ざけるため存在するが、それと同様に僧侶の修行の妨げとなる異性という存在は不浄であると理解され、ゆえに交わってはならないと考える解釈も広く行われていた。だから律（具足戒）では、僧侶に対して異性との接触は無論、性的関係を持つことを現在も一切認めていない。このため、仏教の律（具足戒）や清規などの寺法のみならず、僧尼令（国の法律）によっても僧侶の異性間性交渉、女犯は犯罪とされ維新まで厳重に処罰された。ただし、この取り締まりは時代により一貫しておらず、破戒僧は奈良時代や江戸時代には、その時世の政治的背景もあって比較的厳しく取り締まられたのに対し、鎌倉時代や室町時代は取り締まりが緩く、僧侶であるにもかかわらず公然と妻帯もして俗人と変わらない生活を送る者は多かった。つまり、この取り締まりへは政治力が大いに影響しており、さらには大乗仏教の菩薩戒には、上座部仏教の戒律ではなく大乗仏教の戒めである菩薩戒を専ら受持するように説かれているが、中国、天台宗の智顗はその説を支持する派であり、その流れを引き継いだ最澄により平安時代、女犯を一切禁じることも説かれた律（具足戒）を始め上座部仏教の戒律は総て廃止され、大乗仏教の戒めである菩薩戒（円頓戒）のみを天台宗を始めとして、その流れを汲む一部の宗派を除く鎌倉仏教の各宗派らは受持するようになり、それら宗派において女犯は自律の対象ではあるけれども、他より処罰される他律対象では菩薩戒の上ではなくなり、そのことが大いに関係して清規などの寺法や僧尼令などの国の法律があるにも拘わらず、妻帯もして俗人と変わらない生活をする僧侶は多かった。だから例えば、一休宗純は寺で同棲しているが信者から倫理的非難を受けていないし、また親鸞はそもそも無戒の主張者（末法無戒）であるために肉食妻帯の問題は元より存在しなく、当然のことではあるが非難はされていない。それと、寺院へ男性や男子児童が居るのは傍目に不自然ではないということで、寺院の雑用や僧侶の世話をする寺小姓や稚児と男色が行われる場合もあった。けれども、長年に渡り日本ではそのような状況が続いたが、維新を迎え脱亜入欧と国家神道政策の影響もあり、さらには平安時代からは菩薩戒などのみを受持する宗派よりすれば、肉食妻帯は菩薩戒の上では自律であって他より処罰される他律対象ではなく、そして国や為政者は、寺院は役所でもあったので寺院へ多大な助成を維新まではしていたが、それがなくなり、寺院は現在のように自活運営をすることとなったのだが、それをするためには妻帯や兼業などをしなければ運営できず、1872年（明治5年）に太政官布告133号が発布されて僧尼令は廃止され、僧侶の肉食妻帯はこの布告をもって自由であるとされた。この布告は、文明開化の一環として、また寺院の自立運営（民営化）を促す初めとして、一般社会および仏教界へ積極的に受容された。現在、日本では僧侶の妻帯は当然のこととみなされ、住職たる僧侶が実の子息に自らの地位を継がせることを門徒や檀信徒から期待されることは多く、 また、我が国の経済や社会現状、そして宗教法人法や所得税法、労働基準法など諸々の法規に鑑みると、妻帯や兼業をせずに寺院（宗教法人）運営をすることは、ほぼ不可能に近い。