河童の正体は、水死体や、その人を水死させたものの想像であると推定されることが多い。水死体は、皮膚は緑色をしており、（川底との摩耗のために）頭髪がすり減っており、肛門が拡大していることもある。これらの点は「体色が緑」「頭部がハゲ（皿がある）」「尻子玉を抜かれた」といった河童の特徴に合致する。水死体は体がガスで膨張していることもあり、これが河童の甲羅に見誤られた可能性もある。また、スッポンの姿に似ていることから、スッポンを見間違えた可能性も指摘されている。また、水死体が浮かぶような川や湖沼・池は、特に子供には水難事故の危険が高いため、「そこでは河童が出るので近づくな」と子供たちに警告するために、河童という妖怪が伝承され続けてきた、という推定もある。
現在に伝わる河童のミイラや河童の骨などと呼ばれるものは、多くは江戸時代のミイラ造形師が他の動物の一部を組み合わせて作った物である。好んで用いられたのはエイと猿で、このほかフクロウの頭部を使ったものもある。また河童の手首のミイラと呼ばれるもののほとんどはニホンカワウソのものである。福岡県の北野天満宮には「河伯（かはく）の手」と呼ばれる河童の手のミイラがあり、901年に菅原道真が筑後川で暗殺されそうになった際、河童の大将が彼を救おうとして手を切り落とされた、もしくは道真の馬を川へ引きずり込もうとした河童の手を道真が切り落としたものとされる。また、佐賀県伊万里市山代町の松浦一酒造には河童全身のミイラが祀られており、地元では「河童の酒蔵」として有名である。
千曲川の河童を佐久の今岡地区の人が捕まえ、臼に縛って魚を食べさせ飼っていた。ある夜、河童が夢枕に立って「屋敷にゴボウの種を絶やさないようにするから助けてくれ」と頼むので放してやった。それから後は屋敷にゴボウが絶えないという。北佐久郡立科町と長和町には河太郎という名の河童にまつわる伝説がある（女神湖、夜の池を参照）。
広島市の猿猴川（えんこうがわ）には、その名前の由来となっている「猿猴（えんこう）」という生物の伝承がある。この猿猴は、伝承での形容から河童の一種であると考えられている。詳しくは「猿猴」の項を参照のこと。
神奈川県の茅ヶ崎市には、河童を助けた五郎兵衛に、お礼に徳利を持ってきたという伝説があり、その徳利も静岡県で子孫が保有している。（河童徳利伝説）また他にも目久尻川では、古くからの言い伝えとして「川沿いの畑を荒していた河童を捕らえた農民たちが、怒りのあまり目玉をくり抜いてその血とともに川に流した」とされている。（名前の由来にもなっている）実際、川沿いのとある場所には河童の像が設置してあり、地域住民によって祀られている。
茨城県の牛久沼には、「悪さをする河童を捕まえ松の木にくくりつけたが、改心したので逃がしてやると、河童が草刈りをしてくれた」、「河童の手を拾って河童に返したところ、河童が万能の膏薬の作り方を教えてくれた」など、河童にまつわる伝説が多く残っている。生涯のほとんどを牛久沼のほとりで暮らした日本画家の小川芋銭は、河童を好み多数の河童の絵を残したことから「河童の芋銭」として知られている。晩年には画集『河童百図（1938年）』を出版している。また、地域により細部の違いがあるが、愛媛県西予市の若宮神社や岐阜県飛騨地方でも、「悪さをした河童を許したり河童の腕や手を拾って返したりしたら、人助けしてくれた」といった河童の恩返し伝説が伝わる。
大分県の中津市耶馬溪町に鎮座する雲八幡宮では、古くから「河童楽」という河童封じの神事（通称：河童まつり）が行われている。それは河童を中央に囲み、楽を奏し、唐団扇（とううちわ）と言われる大きな団扇で仰ぐことにより荒ぶる河童の霊魂を鎮めるというもので、その後は河童の神通力によって村の平和は守られたと言い伝えられている。筑後国に伝授されたものと河童楽由来記は伝えるがいつ頃から始まったのか定かでなく、筑後にもその伝承が残っていない。現在、大分県無形民俗文化財として指定されており、少なくとも江戸中期ごろかそれ以前より毎年夏の例大祭に奉納されている。
九州には九千坊と呼ばれる河童の元締めにまつわる伝説がある。九千坊は九千匹の子分を持ち、球磨川・筑後川を本拠として西海道一円の河童を束ねているという。九千坊の悪さに怒った加藤清正が、九州中のサルを集めて退治したという伝説もある。壇ノ浦の戦いに敗れた平家の武士たちは散り散りになって九州に逃れた後、源氏の追っ手に次々と打たれ死んでいったのだが、その打ち滅ぼされた平家の落人の霊魂は河童となり、九州各地で田畑を荒らし、人民牛馬を川に引きずり込むなどの悪戯を働いたとされる。
かつてはモンゴル系遊牧民の流れを汲むという説があったため、古い資料にはこの名前ではなく「モンゴル系ハンガリア（ハンガリー）人」と呼ばれていた、そのため「マジャル」は「モンゴル」が転訛した呼称の場合があるという。固有の言語はウラル語族のうちウゴル諸語に属するハンガリー語（マジャル語）であり、現在の人種は混血の繰り返しによるコーカソイドであるが、元来のモンゴロイドの遺伝子も低頻度から中頻度に持つ。民族としてはテュルク系諸族（バシキール人、オグール（オノグル・ブルガル人）、クマン人など）とイラン系（ペルシア系）をはじめドイツ系（オーストリア人）とラテン系（ルーマニア人、イタリア人の一部）の一部とギリシャ人、スラヴ人（西スラヴ人、南スラヴ人）とユダヤ系（アシュケナジム）などが複雑に混じっている。他のウラル系民族と異なり、上記のようにテュルク系諸族と混血が多く、騎馬遊牧民（騎馬民族）を主とする生業を起源としていた。