小学校4年生でソフトボールを始めると、大月中学校時代には軟式野球部へ所属していた。高知高校への進学後は、3年生の夏に全国高等学校野球選手権高知大会決勝で明徳義塾高校に敗退。しかし、大会終了後に明徳義塾が部内の不祥事で全国大会の出場を辞退したため、全国大会の直前に同校に代わって高知県代表として急遽出場することになった。ちなみに、全国大会では、初戦で日大三高校に敗れている。高校卒業後に法政大学へ進学すると、1年生の秋に、東京六大学野球のリーグ戦へ初めて登板した。その後は、山本翔也・加賀美希昇・三嶋一輝などの好投手がひしめいていた投手陣でエースに台頭。4年生春のリーグ戦では、5試合の登板で4勝0敗、防御率1.41という好成績で、ベストナインと最優秀防御率を獲得した。また、この活躍でチームを6季ぶりのリーグ優勝に導いたことから、6月の全日本大学野球選手権大会にも出場。全4試合の登板で3勝を挙げてMVPに選ばれるなど、チーム14年振りの優勝に大きく貢献した。7月の日米大学野球選手権大会でも、開幕投手を務めるなど、日本代表のエースとして活躍した。大学でのリーグ戦通算成績は、35試合の登板で、9勝7敗、防御率3.11、136奪三振。2009年のドラフトでは、阪神から1巡目で単独指名された（他球団との指名競合による抽選で菊池雄星の入団交渉権を逃したことによる「外れ1位」）。11月20日に、契約金1億円（および出来高5,000万円）、年俸1,500万円（いずれも推定金額）で仮契約を結んだ。また、背番号には、空き番号だったエースナンバーの18が与えられた。担当スカウト葛西稔。
ニューメキシコ州トゥー・グレイ・ヒルズ。モルダーの行方を追う特殊部隊はアルバート・ホスティンの家に押し入り、彼とその家族に対して暴力をふるった。その頃、スカリーは黒いヘリコプターが自分を追跡していることに気が付く。そして、ヘリコプターから降りてきた兵士にMJファイルを翻訳したものを奪われてしまった。ワシントンに戻ったスカリーはFBIから停職処分を受け、身分証と拳銃を没収される。スカリーはモルダーのアパートに向かったが、MJファイルのテープは何者かに持ち去られた後だった。ニューヨークのとあるビル。シガレット・スモーキング・マンはシンジケートのメンバーからファイルの所在について訊かれていた。その頃、ホスティンたちは岩の間に埋まっていたモルダーを発見したが、モルダーは虫の息だった。ホスティンはモルダーをスウェット・ロッジに運び込み、「祈りの儀式」による治療を試みた。儀式の最中、モルダーは不思議な体験をした。死んだはずの父親、ウィリアム・モルダーとディープ・スロートから生きて真実を追い求めろと説得されたのである。メルビン・フロヒキーはスカリーのアパートを訪れ、テープを入手したザ・シンカーが何者かに殺されたと伝える。翌日、スカリーはFBI本部に入る際、一般人に課せられる身体検査を受けた。不思議なことに、ネックレスの類を身に着けていないにもかかわらず、金属探知機が反応した。検査を担当する職員はなぜ反応したのか疑問に思いつつも、スカリーを本部内に入れた。スカリーはスキナー副長官にザ・シンカーの事件の記事を見せ、これを手がかりにモルダーの父親の殺害事件を解決できる可能性があると言うが、スキナーは意に介さなかった。その後、スカリーはもう一度金属探知機の検査を受けた。その結果から、スカリーの首元には何か金属製の物体があることが分かる。医師の診察の結果、スカリーの首元には金属のインプラントが埋め込まれていたことが分かる。姉のメリッサから催眠療法を受けて誘拐されたときの記憶を取り戻すべきだと強く言われたので、スカリーはメリッサが推薦する催眠療法家の治療を受けた。しかし、治療中に言いようのない恐怖に襲われたスカリーは治療を中断する。帰宅したスカリーは、スキナーの姿を目撃する。翌日、自宅で何をしていたのかとスカリーはスキナーに訪ねたが、スキナーは君の家には行っていないと答えるだけだった。儀式の甲斐あってモルダーは死の淵から生還することができた。その頃、スカリーはボストンでウィリアムの葬式に参列し、モルダーの母親ティナに会った。スカリーはティナにモルダーはまだ生きていると告げる。スカリーのその言葉を偶然耳にしたある男は驚愕した。その男こそ、シンジケートの幹部の一人であるウェル・マニキュアード・マンであった。何を思ったのかマニキュア―ドマンはスカリーに接触し、「君の命は狙われている。組織はプロの殺し屋2人組を使うかもしれないし、君の知っている人間に殺害を依頼しているかもしれん。」と警告する。モルダーは父親とシンジケートのメンバーが映っている写真を入手し、母親にこれはどういうことなのかと尋ねるが、ティナは何も知らないと答えるばかりであった。帰宅したスカリーはメリッサから「今からそっちに向かう」と電話で言われた。危険を感じたスカリーは「自分が姉さんの家に行くから、姉さんは家から出ないで。」と言った。家から飛び出したスカリーはそこにいたスキナーの車に乗ることになった。スキナーは話したいことがあるという。そのすぐ後、メリッサがスカリーの自宅にやって来た。物陰に潜んでいた殺し屋、ルイス・カーディナルはメリッサをスカリーと勘違いして狙撃する。しかし、ともに任務に当たっていたクライチェックの指摘で別人を撃ってしまったことを知るや否や、2人は現場から逃走した。スカリーはスキナーをモルダーのアパートへ連れて行った。そこで、スカリーはスキナーに銃を突きつけた。ウェル・マニキュアード・マンが言う「君の知っている人間」がスキナーだと思い込んだのである。スキナーはスカリーに「MJファイルのオリジナルを持っているのは私だ」と言って銃を降ろさせようとしたが、スカリーは言うとおりにしようとしない。そんなとき、アパートの外を誰かが通りかかった。スカリーがその音に気を取られた隙を突いて、スキナーはスカリーに銃を突きつけるのだった。