最初のカリフの死後、ミルザー・バシールッディーン・マフムード・アフマドは前任者の意向に従って二代目のカリフとして選出された。しかし、マウラーナ・ムハンマド・アリーとフワジャ・カマールッディーンが率いる派閥は彼の継承に強く反対して、彼をカリフとして受け入れることを拒否し、ラホール・アフマディーヤ運動の形成に繋がった。これはミルザー・グラム・アフマドの預言者性と継承について新カリフとの一定の教義の違いによる。カリフが比較的貧弱な学歴を持つカリフと彼らとの人格的な衝突も考えられる。しかし、ラホールに定住したラホール・アフマディーヤ運動は成功しておらず、大きな支持を集めていない。コミュニティの歴史の中では、この出来事は「分離」と呼ばれ、しばしば創設者の預言に言及される。若い時代に選出されたマフムード・アフマドのカリフ時代は52年間に渡った。彼はコミュニティの組織体制を確立し、インド亜大陸の外での広範な宣教活動を指揮した。彼の時代には46か国にミッションが設立され、多くのモスクが建設され、クルアーンはいくつかの主要言語で出版された。カリフ制の下にコミュニティの拡大は続いたが、二代目カリフがその発端の大部分に当たる。彼は多くの著作を書いたが、その最も重要なものはクルアーンの10巻の註釈である。
ミルザー・グラム・アフマドの死後、ハキーム・ヌールッディーンは彼の後継者とコミュニティのカリフとして満場一致で選出された。6年続いたカリフ位の中で、彼は満足のいくクルアーンの英訳、イングランドでの最初のアフマディーヤ・ムスリム協会の設立、そして様々な新聞と雑誌の創刊を監督した。
正式には、アフマディーヤ・ムスリム共同体の歴史はミルザー・グラム・アフマドが1889年3月23日にインドのルディアーナの家で、数多くの仲間から誓いを受けた時に始まる。彼とその信奉者は、彼の出現は預言者ムハンマドおよび世界の多くの宗教文献によって予告されていたと主張する。アフマディーヤは19世紀に広まったキリスト教徒とアーリヤ・サマージの宣教活動に対応する、イスラーム内での運動としてインドに現れた。海外のアフマディーヤの宣教活動は早くとも1913年に始まった（例 ロンドンのプットニー）。現代の多くの国々にとって、アフマディーヤ運動はイスラームの宣教者として最初の接触であった。アフマディーヤ運動はアメリカの民権運動の先駆者の一つとしていくつかの歴史によって考慮されている。おそらく1950年代まではアフリカ系アメリカ人のイスラーム教において最も影響力のあるコミュニティであった。今日、アフマディーヤ・ムスリム・コミュニティは世界で最も活発な宣教師プログラムを持っており、アフリカでは特に大きい。
宗教の歴史は周期的であり、七千年ごとに更新される。聖書のアダムの時代から現代までの周期は七つの時代に分割される。ミルザー・グラム・アフマドは第七時代人類最後の時代を告げる第六時代に約束された救世主として登場した。彼によると、週の六日目がジュムア（会衆の礼拝）のために保持されているのと同様に、彼の時代は世界が一つの普遍的な宗教の下で結束する人類の世界的終結に向けられている。
スンナ派ムスリムと異なり、シーア派と同様に、クルアーンの句は他の句を廃止（ナスフ、nasḫ）したり、取り消したりしないと考えている。クルアーンの全ての句は、その美しさと妥当性において同等である。
アフマディー・ムスリムは、クルアーンが人類のための神の最後のメッセージであると信じているが、神は過去と同様に選ばれた人とコミュニケーションを続けていると信じている。特に、ムハンマドが完全に預言をもたらし、最後の法律を維持する預言者であり、人類の精神的進化の頂点であったと信じている。新しい預言者が来ることはできるが、彼らは完全にムハンマドに従属しなければならず、彼を超越することも、彼の教えを変えることも、新しい法律や宗教をもたらすこともできない。彼らは古代の預言者のように独立して預言者にされたのではなく（モーセに対するイスラエルの諸預言者のように）、ムハンマドの反映と考えられている。
1999年11月22日、東京都文京区音羽にある音羽幼稚園において、同園に通園している長男B-1を迎えに、B-1の母BはB-1の妹B-2を伴って同園を訪れた。母Bが他の園児の母たちと談話中にB-2（当時2歳）が行方不明になり、母親たちと幼稚園の職員がB-2を捜したが発見できず警察に通報した。警察は2歳のB-2が一人で遠方へ移動することは困難と考え、何者かがB-2を略取・誘拐、監禁している可能性があると判断し、公開捜査を開始した。1999年11月25日、同園に長男A-1が通園しているA-1の母A（35歳）は、夫に付き添われて警察に自首し、B-2の殺害と死体遺棄を供述した。Aは被害者の遺体を静岡県志太郡大井川町（現・焼津市）にあるAの両親の自宅に隣接する山林に埋めたと供述し、警察がAの供述に基づいて遺体を発見、B-2の両親が遺体をB-2であると確認し、警察はAを殺人と死体遺棄の被疑者として逮捕した。Aは11月22日、長女A-2を伴って長男A-1を迎えに同園を訪れた時に、偶然一人で遊んでいるB-2を目撃し、B-2がB-2の母Bや他の園児の母たちから目視されていない状況を利用して、B-2を同園に隣接する寺の境内の公衆トイレの個室内に連れ込んで身に着けていたマフラーで絞殺し、持参していた黒い大きなバッグにB-2の遺体を入れた。B-2が行方不明になりB-2の母Bや他の園児の母たちと幼稚園職員がB-2を捜索している時に、Aが長男A-1と長女A-2を連れて帰宅する所にBと偶然遭遇し、BはAにB-2の行方を知っているか尋ねたが、AはBの質問に対してB-2のことは「知らない」としらばっくれた。その時Aは既にB-2を殺害し、大きなバッグの中にB-2の遺体を入れて帰宅する所だった。