カフェインは一時的に頭痛を止める働きがある一方で、常用するとかえって頭痛が起こりやすくなる。これは、カフェインの脳血管収縮作用により頭痛が軽減されるためで、時間の経過と共にこの血管収縮作用が消えると、反動による血管拡張により頭痛が生ずることがある。カフェインの常用で血圧が4〜13mmHgほど上昇する可能性も報告されている。カフェインはエストロゲンの分泌を亢進させる働きがあるため、乳腺症などのエストロゲンによる症状がある場合、カフェインの摂取を控えることで症状が改善する場合がある。非喫煙者でコーヒー、カフェイン摂取量が高いほど膀胱癌のリスクが高くなるとの報告あり。なお、IARCでは、「カフェイン」及び「コーヒー（飲用）」は「グループ3：発がん性を分類できない」に分類されている。
英国食品基準庁は妊婦のカフェイン摂取量については、安全側にとって、1日200mg未満に制限すべきであると勧告しており、これはインスタントコーヒーではカップ2杯、ドリップコーヒーではカップ1.5～2杯に相当する。アメリカ産婦人科委員会（ACOG）は、妊娠中の女性のカフェインの摂取は1日当たり200mgまでは安全であると2010年に示している。授乳中の女性、妊娠している女性、または妊娠する可能性がある女性については、カフェイン摂取は1日当たり300mg以下にするようカナダ保健省勧告しており、これはコーヒーカップ（237mL）2杯分に相当する。
カナダ保健省はデータが不充分であるため青年のためのアドバイスを作成してはいないが、この年齢群については1日のカフェイン摂取量が体重1kgあたり2.5mgを超えないことを示唆している。何故ならば成人におけるカフェイン最大摂取量では、少年または成長中の青年には適切でない可能性があるためである。1日の摂取量が体重1kgあたり2.5mg以下であれば、大部分のカフェインを消費する青年らに影響を与えないであろう。これは安全側にとった提案であるため、年上で体重の大きい青年では、成人と同じ量のカフェインを摂取しても、副作用の影響はないと思われる。
明治4年7月の廃藩置県後、兵部権大丞として新政府に出仕し、翌明治5年（1872年）には陸軍裁判長に転任し陸軍少将に任命、明治6年（1873年）には更なる転任で熊本鎮台司令長官となる。同年に発布された徴兵令を巡る対応が人事に絡み、反対派の桐野利秋が辞任し賛成派の谷を徴兵令を作成した山縣有朋が任じた事情があった。谷は軍の近代化に取り組み部隊にフランス式訓練を施す中、明治六年政変で板垣が下野したことで高知出身の軍人も多数下野、鎮台に出火騒ぎや部隊暴動が起こり、動揺をもたらした板垣との確執を強めていった。明治7年（1874年）2月に佐賀の乱が勃発すると政府から鎮圧命令を受け取ったが、岩村高俊県令の護衛として派遣した部下の山川浩率いる第11大隊が佐賀城で不平士族に包囲され、大隊約300人のうち半分近くを失う痛手を負った。出鼻は挫かれたが、乱自体は大阪・東京鎮台からの増援で鎮圧されている。同年5月から12月の台湾出兵に際しては陸軍中将・西郷従道の下に海軍少将・赤松則良と共に参戦した。その際熊本鎮台司令長官から参軍に転任したが、出兵後は政府の方針に不満を抱き高知に逼塞、同郷の佐々木高行から帰京を促される中、明治9年（1876年）10月の神風連の乱で不平士族に殺害された種田政明の後任として11月に再び熊本鎮台司令長官となり、樺山資紀が参謀長、児玉源太郎・川上操六が参謀として脇を固めた。この人事は祖先に山崎闇斎門下の大学者谷秦山をもち、その精神を叩き込まれている谷であれば薩軍につくことはあるまいと見込まれてのものであったという。明治10年（1877年）の西南戦争の際には、52日にわたって薩軍の攻撃から熊本城を死守し、政府軍の勝利に貢献した。薩軍からは反政府派の1人とみなされ、樺山と共に寝返りを期待されていたが、谷も樺山も薩軍との対決を選び籠城を決行した。戦いは2月19日に熊本城から出火、天守閣を始め主要施設を失い兵糧が欠乏し、22日から開始された薩軍の攻撃を必死に耐えしのぐ中銃撃で樺山が負傷、与倉知実も戦死する苦戦になったが、薩軍が無計画かつバラバラに攻撃したこと、対する鎮台兵が大砲・銃火器を活用した火力集中で応戦したことが功を奏し侵入を防いだ。薩軍は翌23日にも攻撃したが失敗したため強襲を諦め、24日から包囲に切り替えた。包囲中も鎮台兵と薩軍の攻防は続いたが、3月に入ると北から救援軍が迫り、海路からも別働隊（衝背軍）が南の八代に上陸し熊本城に近付いた。好機と見た谷は樺山・児玉らと相談の上で4月8日に奥保鞏を隊長とする外部との連絡部隊を城外へ放ち、衝背軍との合流に成功した。3日後の11日に谷は狙撃され重傷を負ったが、14日に旧知の山川が衝背軍の一部隊を率いて熊本城へ入城、包囲は解放された。籠城後も休む暇はなく山縣の指揮下で九州を転戦、鎮台兵は19日の城東会戦で薩軍と戦い、大分方面へ転戦し野村忍介の部隊とも激戦を展開、9月の城山の戦いで終止符を打った。西南戦争の勝利で谷の名声は高まり政府や明治天皇の信頼を獲得、軍部からも一目置かれるようになっていった。