パイユート戦争はネバダ州でパイユート族インディアンが起こした一連の襲撃と不意打ちであり、ポニー・エクスプレスの郵便サービスにも障害となった。この戦争は1860年5月から6月まで続いたが、散発的な暴力行為はその後も続いた。ポニー・エクスプレスの短い歴史の中で1回だけ郵便が届かないことがあった。サクラメントとセントジョゼフからの配達が8週間大過なく過ぎた後、5月にパイユート戦争が起こったために配達を中止せざるを得なくなった。この年ネバダ州の6,000人のパイユート族が激しい吹雪が吹き荒れた冬を越す必要があった。春までに部族全体が戦争を始める用意ができていたが、酋長のヌマガだけが例外だった。ヌマガは3日間断食して和平を説き続けた。しかし5月7日に数名のインディアンがウィリアムズ・ポニー・エクスプレスの駅を襲い、5人の男を殺した。その後の数週間で幾つかの事件が起こり、パイユートの土地にいた白人が待ち伏せされ殺された。ポニー・エクスプレスは特別の標的だった。他にも7つの駅が攻撃され、16人の従業員が殺され、約150頭の馬が盗まれるか追い散らされた。このパイユート戦争でポニー・エクスプレスの人命が失われただけでなく、家畜と駅の装備で約75,000ドルの被害が出た。この年の6月、パイユート族の蜂起はアメリカ軍の仲裁で終わりを迎え、その後は東部からの配達便で遅れていた4回分が6月25日にサンフランシスコに届けられた。この短期間の戦争中、7月21日にサンフランシスコを出発したポニー・エクスプレスの配達便が直接目的地に到着しなかった。その郵袋はそれからほぼ2年後にセントジョゼフに到着し、ニューヨークに回送された。
ポニー・エクスプレス最大の投資家の一人であり、上級経営者のウィリアム・ラッセルは、1860年アメリカ合衆国大統領選挙をポニー・エクスプレスの宣伝のために利用し、郵便を如何に速く運べるかを訴えた。このためにその全経路上に生きのいい騎手と馬を確保し、選挙前にはさらに騎手を雇い、生きのいい馬を使えるようにした。1860年11月7日（一般投票は11月6日）、選挙結果を携えたポニー・エクスプレスの騎手が東側電信線の東端であるネブラスカ準州のカーニー砦を出発した。騎手たちは雪に覆われた経路を進んで西側電信線の東端であるネバダ準州チャーチル砦に入った。カリフォルニア州の新聞はリンカーン当選の報せを東海岸の新聞に遅れること7日17時間後で受け取った。当時としては誰も真似できない功績だった。
豊臣秀吉は、1587年7月25日にキリシタン禁教令を発布した（宣教師たちには追放命令が出された）。秀吉が禁教令を出した理由には諸説あるが、秀吉は国内の政治と宗教のつながりを恐れていたため、特に九州征伐の時にキリシタン大名が同じ信仰の絆で強く結ばれているのを見てキリシタンに対する警戒心が危機感へと発展していったとされる。そして、その当時、キリシタン大名やキリシタン（信者）によって寺社が焼き払われたり僧侶が迫害されたり、逆に仏教を厚く信仰する大名の元ではキリシタンが迫害されたりする事件が相次いでいた。さらにポルトガル商人によって日本人が奴隷として海外に売られている事例が発覚した。ただし、秀吉は南蛮貿易の実利を重視していたため、この時点では大規模な迫害は行われなかった。 黙認という形ではあったが宣教師たちは日本で活動を続けることができたし、キリシタンとなった日本人が公に棄教を迫られる事はなかった。しかし、1596年10月のサン＝フェリペ号事件をきっかけに、秀吉はイエズス会の後に来日したフランシスコ会の活発な宣教活動が禁教令に対して挑発的であると考え、京都奉行の石田三成に命じて、京都に住むフランシスコ会員とキリスト教徒全員を捕縛して処刑するよう命じた。三成は捕縛名簿からユスト高山右近の名を除外することはできたが、パウロ三木を含む他の信者の除外は果たせなかった。大坂と京都でフランシスコ会員7名と信徒14名、イエズス会関係者3名の合計24名が捕縛された。ちなみに、二十六聖人のうちフランシスコ会会員とされているのは、スペインのアルカンタラのペテロが改革を起こした「アルカンタラ派」の会員達であった。24名は、京都・堀川通り一条戻り橋で左の耳たぶを切り落とされて（秀吉の命令では耳と鼻を削ぐように言われていた）、市中引き回しとなった。1597年1月10日、長崎で処刑せよという命令を受けて一行は大坂を出発、歩いて長崎へ向かうことになった。また、道中でイエズス会員の世話をするよう依頼され付き添っていたペトロ助四郎と、同じようにフランシスコ会員の世話をしていた伊勢の大工フランシスコ吉も捕縛された。二人はキリスト教徒として、己の信仰のために命を捧げることを拒絶しなかった。厳冬期の旅を終えて長崎に到着した一行を見た責任者の寺沢半三郎（当時の長崎奉行であった寺沢広高の弟）は、一行の中にわずか12歳の少年ルドビコ茨木がいるのを見て哀れに思い、「キリシタンの教えを棄てればお前の命を助けてやる」とルドビコに持ちかけたが、ルドビコは「（この世の）つかの間の命と（天国の）永遠の命を取り替えることはできない」と言い、毅然として寺沢の申し出を断った。ディエゴ喜斎と五島のヨハネは、告解を聴くためにやってきたイエズス会員フランシスコ・パシオ神父の前で誓願を立て、イエズス会入会を許可された。26人が通常の刑場でなく、長崎の西坂の丘の上で処刑されることが決まると、一行はそこへ連行された（一行は、キリストが処刑されたゴルゴタの丘に似ているという理由から、西坂の丘を処刑の場として望んだという）。処刑当日の2月5日、長崎市内では混乱を避けるために外出禁止令が出されていたにも関わらず、4000人を超える群衆が西坂の丘に集まってきていた。パウロ三木は死を目前にして、十字架の上から群衆に向かって自らの信仰の正しさを語った。群衆が見守る中、一行が槍で両脇を刺し貫かれて絶命したのは午前10時頃であった。処刑終了後、彼らの遺骸は多くの人々の手で分けられ、日本で最初の殉教者の遺骸として世界各地に送られて崇敬を受けた。これはローマ・カトリック教会において、殉教者の遺骸や遺物（聖遺物）を尊ぶ伝統があったためである。日本二十六聖人は近世においては、日本よりもヨーロッパにおいてよく知られていたが、それはルイス・フロイスなどの宣教師たちの報告書によるところが大きい。1862年6月8日、ローマ教皇ピウス9世によって列聖され、聖人の列に加えられた。列聖100年を記念して西坂の丘に日本二十六聖人記念館（今井兼次の設計）と彫刻家の舟越保武による記念碑「昇天のいのり」が建てられた。カトリック教会における「日本二十六聖人殉教者」の祝日は2月5日である。26人のうち、日本人は20名、スペイン人が4名、メキシコ人、ポルトガル人がそれぞれ1名であり、すべて男性であった。