スイス人のイエズス会宣教師マルティン・シュミット (Martin Schmit) は、建築家でもあり音楽家でもあった人物で、「混血の」バロック様式で建てられた伝道所の大変美しい聖堂群は、彼に多くを負っている。それらの建築に当たっては、木材などの地元の資材が用いられた。円柱は印象的なもので、バニャドス・デ・オロ（Bañados de Oro, 「金メッキを施されたもの」）と呼ばれる金色のまばゆい祭壇もある。壁面の絵画もこれまた素晴らしいものである。聖人たちの彫刻は、今でも伝統を守っている工房に根付く「混血の」美術様式に引き継がれた。
1767年に、スペイン王カルロス3世は、イエズス会をスペインとアメリカ大陸から追放することにした。それというのは、アメリカ大陸の伝道所群の、管理が行き届いて繁栄している土地を取り込もうとした人々が、国王に迫り、彼はそれに抗しきれなくなったためである。ポルトガルもまた同様であり、つまりはボリビアの隣国ブラジルでもイエズス会の追放が起こった。その結果、パラグアイ、アルゼンチン、ブラジル、ボリビアなどでは、それまで伝道所でイエズス会の庇護を受けていた先住民たちが大きな苦難に直面することになった。イエズス会の目覚しい働きが、略奪者や不信心者たちに蹂躙されることになったからである。アルゼンチン、パラグアイ、ブラジルなどでは、伝道所の落日はすぐにやってきた。しかし、ボリビアでは、徐々に衰退していったとはいえ、現在まで脈々と維持されてきたのである。
ボリビアでイエズス会伝道所が建設され始めたのは17世紀末のことである。それは主としてサンタクルス県北部のチキトス地方とベニ県のモホス (Moxos) で行われた。最初の伝道所はサン・フランシスコ・ハビエル伝道所 (Misión de San Francisco Xavier) で、建設は1691年のことだった。続いて1696年にはサン・ラファエル伝道所 (Misión de San Rafael) が建てられ、1698年にはイエズス会士フェリペ・スアレス (Felipe Suárez) によってサン・ホセ伝道所 (Misión de San José) が建てられた。さらに、宣教の過程でサン・フアン・バウティスタ伝道所（Misión de San Juan Bautista, 1699年）、コンセプシオン伝道所（Misión de Concepción, 1709年）、サン・イグナシオ・デ・サムコス（Misión San Ignacio de Zamucos, 1724年）などが相次いで建てられた。最後のものは1745年に放棄されたが、その後もサン・イグナシオ伝道所（Misión de San Ignacio, 1748年）、サンティアゴ伝道所（Misión de Santiago, 1754年）、サンタ・アナ伝道所（Misión de Santa Ana, 1755年）などが建てられた。最後に建てられたのは、1760年のサント・コラソン伝道所 (Misión de Santo Corazón) である。
スペインがボリビアを入植したときには、様々な会派の修道士たちが、12使徒になぞらえうる新大陸の伝道活動に参加した。彼らが作った建造物・集落群は「ミシオネス」(Misiones) あるいは「レドゥクシオネス」(Reducciones) と呼ばれた。日本語では「伝道所」「伝道施設」「布教村」などの訳が当てられる。伝道所の建設に熱心だったのは、イエズス会とフランシスコ会である。イエズス会士たちによって建てられた施設群は、特にチキトス地方の人々の歴史にとって、逸することの出来ない足跡を残している。イグナチオ・デ・ロヨラによって創設され、ローマ教皇パウルス3世によって認められたイエズス会は、1540年以降、その伝道施設を新大陸に築き、先住民への宣教を企図した。その活動のために様々な地を巡った結果、征服者たちの新たな領土の発見に結びついたこともあった。ボリビアでの宣教は、有名な黄金郷伝説エル・ドラードあるいはパイ・ティティの調査にも大きく影響されていたと考えられている。
ボリビアのイエズス会伝道所群は、スペインによる植民地化の過程で、イエズス会によって建造された伝道用の集落群である。それらは、ボリビア国内でも、特にサンタクルス県北部やベニ県に見られる。そのうち、サンタクルス県チキトス地方に残る伝道所群は「チキトスのイエズス会伝道所群」として、ユネスコの世界遺産に登録されている。
1469年、リスボン近郊のアルコシェテで生まれる。父は第11代国王ドゥアルテ1世の三男ヴィゼウ公フェルナンド（1433年 - 1470年）。母はドゥアルテ1世の弟アヴェイロ公ジョアンの娘でフェルナンドの従姉にあたるベアトリス（1430年 - 1506年）。彼女の姉イザベルはカスティーリャ王フアン2世の2番目の王妃で、女王イサベル1世の母である（したがってマヌエルとイサベル1世は従姉弟の関係である）。マヌエルには5人の兄、2人の姉、1人の妹がいた。上の姉レオノールは1473年に従兄の王太子ジョアン（ジョアン2世）と結婚、1481年、ジョアンの即位により王妃となった。このため、マヌエルは国王の従弟であり、かつ義弟という関係にあった。ジョアン2世は貴族や自治共同体（コンセーリョ）の特権を縮小し、王権を強化しようとしたため、それに反対する貴族らと対立した。マヌエルの兄ヴィゼウ公ディオゴは、1484年に反対派貴族の盟主として国王暗殺を企てるが失敗し、ジョアン2世によって殺された。さらなる叛逆の盟主として祭り上げられる可能性の高くなったマヌエルは、国王から危険視され、非常に不安な時期を過ごす。陰謀が渦巻く中の1493年、マヌエルは国王からの召還命令を受け取り、覚悟を決めて王宮に赴く。しかしそこで国王から告げられたのは、マヌエルを王太子（ポルトガル公）に、つまり次期国王として指名するとの言葉であった。2年前の1491年にジョアン2世の子である王太子アフォンソが事故死し、他に男子があったが非嫡出子かつ幼少であり、後ろ盾を得られず後継者候補からは外された。一方で、マヌエルの兄も既に全員他界していた。王妃である姉の働きかけもあり、貴族からも支持されてマヌエルは王太子となった。