1625年、オランダで長引く宗教戦争を背景に、グローティウスの主著『戦争と平和の法』において、古代以来キリスト教神学と密接な関わりを持っていた自然法の世俗化が主張される。グローティウスの影響を受けた学者のうちには暴君放伐論および反逆権を主張した一派があり、これが後にフランス革命の理論的中核となる。君主が暴虐な政治を行うことは社会契約に背反するものだから、反逆は人民の当然の権利である、というのが主旨である。植木枝盛はこの系統である。一方、同じく自然法論および社会契約論を採る学者の中でも、イギリスのホッブズは国権の絶対化による人類の保全を主張していたが、契約の絶対性を強調することで所有権および契約の自由を樹立、1804年のフランス民法典に結実した。英米系の社会契約説に立ち封建制を批判しつつ、国権の強化を説くのは福澤諭吉（延期派）である。自然法や天賦人権説が共和制や反国家思想に当然に結び付くわけではないが、ルソー流の思想を採るときはアナキズムに陥ると警戒されることになる。
フランス革命の理論的指導者ジャン＝ジャック・ルソーは、カトリック以上の徹底した男尊女卑思想の持ち主であり、家父長制擁護論者であった。女をして価値あらしめるのもやはりわれわれ男である。さればこそ女自身には何の価値もない。 — ジャン＝ジャック・ルソー
同委員の尾崎三良は、ボアソナードの財産法案が晦渋難解であることと、日本の実情に適さないこと、委員会による修正も小手先に過ぎないことを批判し、財産法の根本的修正が必要だとして、法典論争に先駆けて、伊藤博文や大隈重信らへの働きかけを行っていた。その後も、法典論争（商法を含む）における延期派は、高橋健三（英法派）らを中心に、法典編纂が国家の大事であるとの観点に立ち、直接世論に訴えるというよりも、政府要人をはじめとする朝野の有力者に働き掛けることを基本戦略とするようになる。
箕作麟祥（仏法派・断行派）ですら、松岡康毅と共に原案の内容的変更を含む『別調査民法草案』の起草に着手し、一時はボアソナード原案の廃棄が検討された。
栗塚省吾（仏法派・断行派）は、直訳・速訳の方針に反対し、日本語の文章として読みやすい法文にすべきことを繰り返し主張。今村和郎（仏法派・断行派）は、報告委員組合はボアソナード草案の用益権（用収権）規定を全廃すべき旨一致したことの説明として、日本には類似の慣習は絶えて久しく、実施すれば弊害が多いと主張。
旧民法は批判の多い法典であったが、その問題は、編纂当事者によっても認識されていた。審議の過程においてボアソナードの財産法案の体裁・文体・内容（特に物権法分野）への不満が続出したにもかかわらず、法典早期完成の観点から基本的枠組みは維持され、委員会の中に大きな不満を残すことになった。特に、用益権を物権の中に入れたことや、フランスの少数説を立法論的に採用して賃借権一般を物権としたことは深刻な論争を生み出し、ボアソナードによれば、自身の元門下生たちでさえ、師の説に批判的であった。
山田においても、国内法統一の動機よりも、条約改正のための法典編纂事業であることが強く意識された。既に完成済の財産法の残余部分、債権担保編・証拠編を引き続きボアソナードに、商法もそのままロエスレルに起草させ、人事編については主に熊野敏三、財産取得編中の相続、贈与、遺贈、夫婦財産契約は主に磯部四郎に担当させた。組織編成においては、仏法に精通するからこそ草案に異議を唱えそうな磯部らの若手法律家を報告委員に任じて議決権を与えず、主に西洋法に暗い委員に議決権を与えることで審議の促進を図った（磯部）。委員会の規則によってボアソナードの原案からの逸脱は禁止され、「法理得失実施の緩急、文字の当否は之を議論するを許さ」れず（法律取調委員会略則1条後段）、「1日15条づつを議了することを要す」（会議規則）ことが基本方針とされ、仏語原案の直訳調の法文にすることも要求された。それでもなお、翻訳に重きを置いた大木時代と異なり、条文の削除を中心とする草案の枠内手直しをする努力が行われた。
1887年（明治20年）10月21日、法律取調委員会は外務省から司法省に移管され、司法大臣山田顕義（第1次伊藤内閣）が委員長に就任。
井上の辞任を受け、同年10月5日付けで伊藤から山田に送られた書簡では、仏人ボアソナードの財産法案はelaborate（入念）に過ぎ、独人ロエスレルの商法案もcomplicate（複雑）に過ぎ、その内容はあたかも学説理論の実験場のようであり、「両人共に学問上の高尚論に流れ、日本の現況に不適当なる新工夫を提出したるの謗」を免れることはできない、として不満を示し、お雇い外国人の草案を放棄して、独自に「ナポレオン法を基礎とし、日本に適否を考慮し修正」すべきと主張されている。山田は時間が無いことを理由に拒否。
イレーヌ・ジョリオ＝キュリー達によってなされた、原子炉に関する基本原理を含む世界的に有名な発明が、日本に特許出願（代理人・杉村信近）されたことが発端である。原告・上告人は1940年に、「中性子の衝撃による天然ウランの原子核分裂現象を利用し、その原子核分裂を起こす際に発生するエネルギーの爆発を惹起することなく有効に工業的に利用できるエネルギー発生装置を得ることを目的とする」発明を出願した。その発明は、第2次世界大戦により敵国人出願として出願無効処分を受けたが、連合国人工業所有権戦後措置令によって出願の効力が回復されたものの、特許庁から1962年に「発明未完成」を理由に拒絶査定を受けた。本発明は、「原子炉特許第１号」の名で呼ばれる世界的に著名な発明であり、日本を除く出願国の全てで特許されていたことから、原告・上告人は拒絶査定不服審判を請求したが、特許庁は「産業上安全に利用することができない」として審判請求不成立の審決を行った。そして、審決の取消を求めて訴訟が提起されたものの、東京高等裁判所は1963年9月26日に請求を棄却した。