1868年（明治元年）12月には、京都に皇学所が設けられたが翌年廃止され、教部省が設置されると同省が講究にあたった。1882年（明治15年）には皇学の研究機関があいついで設立される。その理由としては祭神論争において教学の必要性が痛感された背景がある。国家神道による祭祀、教派神道の教法家による教義と教化、国学者による教学の学問的研究、祭神論争が教法家と国学者とに分かれ、教法家が一派独立を果たしていく中で、国学者が刺激され教学分離が進んだというものである。4月30日、神宮教は、伊勢に神宮皇學館を設立する。これは後の皇學館大學へとつながる。5月30日、東京大学に古典講習科が設置される。
現在の大岡川・中村川・首都高速道路神奈川1号横羽線で囲まれた、東西に長い釣鐘状の土地は江戸時代初期まで入り江で、宗閑嶋（洲干嶋とも）と呼ばれる半島状の砂州が南側（今の元町付近）から伸びていた。この入り江では、1656年（明暦2年）から1667年（寛文7年）にかけて吉田勘兵衛により新田開発がおこなわれ、吉田新田となった。宗閑嶋の入り江側に沿った沼地では、1850年（嘉永3年）から1856年（安政3年）にかけて、太田敬明により太田屋新田が開発された。吉田新田と北側の野毛方面の岸を隔てる川は現在の大岡川、同様に南側は中村川に相当し、吉田新田と太田屋新田との間はのちの派大岡川（は おおおかがわ）となる。新田内には、大岡川河口付近から東西に貫く中川が設けられた。中川には、水田に真水を流して海水の塩分を除去する役割があった。1859年に、新田と宗閑嶋との間に吉田橋、野毛との間に野毛橋（現在の都橋）が架けられた。1860年（万延元年）、太田屋新田や宗閑嶋に設けられた外国人居留地に住む外国人と日本人との衝突を避けるため、半島の付け根に堀川を通し、谷戸橋、前田橋、西之橋の3つの橋を架けて関所とした。この関所の内側が関内である。また、この頃から関内の人口が急増し、新田を順次埋め立てて市街地が形成された。1870年（明治3年）から1874年にかけて、吉田勘兵衛の子孫らにより、中村川から分かれて根岸湾に至る堀割川が造られたが、この時に丘陵を拓いた土砂も南一つ目沼（現在の中区吉浜町・松影町・寿町・翁町・扇町・不老町・万代町・蓬莱町付近）の埋め立てに使われた。1874年の地図には、阪東橋付近から東側の中川を踏襲した吉田川（よしだがわ）と、これと交わる富士見川（ふじみがわ）、日ノ出川（ひのでがわ）が記されており、吉田川と中村川を結ぶ川も、案として記載されている。この案に沿い、1893年に実業家の伏島近蔵は8万円の私費を投じ、中村川と堀割川の分流点付近から吉田川につなぐ新吉田川（しんよしだがわ）を着工し、1896年に完成させた。翌年には、新吉田川と大岡川を結ぶ新富士見川（しんふじみがわ）を完成させ、関内寄りの富士見川を埋め立てた。堀割川から中村川・堀川・派大岡川にかけてへは、三浦半島から横浜港への和船が頻繁に往来し、吉田川も建築資材や石炭、日用品などの運搬に利用された反面、日ノ出川や富士見川は主として排水の役割を持ち、舟の往来は比較的少なかった。太田屋新田には、現在の港町1丁目から相生町と太田町の間を通り大岡川に注ぐ悪水堀が造られ、1871年に小松川（こまつがわ）と命名された。この小川は悪臭のため、1872年に高島嘉右衛門により埋め立てられた。現在の野毛町から花咲町にかけては野毛浦と呼ばれる切り立った崖であり、このため東海道と横浜港を結ぶ横浜道も海沿いを避けて通された。新橋駅－横浜駅（現在の桜木町駅）間の鉄道敷設にあたり、1870年に野毛浦の先を、1本の水路を残して鉄道用地として埋め立てられた。この水路には紅葉橋、錦橋、瓦斯橋、雪見橋、花咲橋が架けられ、1871年に桜木川（のちに桜川（さくらがわ）に名称変更）と命名された。瓦斯橋の名称は、現在の横浜市立本町小学校の位置にあった都市ガス工場に由来する。1923年9月1日に発生した関東大震災では、中村川・堀川・大岡川・吉田川の両岸と堀割川右岸が崩壊し、橋の多くも焼失・落橋した。政府の復興計画では三浦半島や房総半島から横浜への輸送路である堀割川・中村川・堀川の国費による改修が予定されたが、大岡川・帷子川流域の工業化を推進しようとした市は、両川の改修を国の事業として進めることを国に請願した。その結果、堀割川・中村川・堀川・吉田川を市、大岡川・帷子川を国が改修することとなり、護岸のコンクリート化や浚渫が行われた。新設・改築された橋梁は市内全体で178本（国施工37本、市施工141本）にのぼり、この時に立てられた橋の親柱にはさまざまな意匠が凝らされた。復興局では日ノ出川を埋め立てて公園とする提案がなされ、地元住民もこれに賛同したが河川を利用する材木問屋や回漕業者の反対があった。この時の埋め立ては見送られ、1953年4月から1956年にかけての埋立事業まで存続した。桜川は第二次世界大戦後の1948年10月より埋立に着手され1954年に完了した。1959年に着工した国鉄根岸線は、大岡川との交差付近から石川町駅近くの吉浜橋付近にかけて、派大岡川に橋脚を建てた高架構造で建設され、1964年にこの区間を含む桜木町駅－磯子駅間が開通した。橋脚の基礎は岩盤に到達しておらず、ペデスタル杭が採用された。この頃から河川の流通機能は衰退し、廃船となり放置された艀が問題となった。