この事故でスカイウェスト航空5569便に乗っていた乗員乗客12人の全員と、USエアー1493便の乗員乗客22人（機長と客室乗務員と乗客20人）が死亡し、30人が負傷した。スカイウェスト航空5569便の乗員乗客12人は衝突の瞬間に即死していたが、USエアー1493便の乗員乗客は消防庁舎に激突した段階では機長を除いて生存していたことが分かった。しかし、スカイウェスト航空5569便の燃料とUSエアー1493便のクルー用の非常用酸素供給システムから発生した酸素が反応し激しい火災が発生した。衝撃で非常口が変形したため機体の右側の非常口は使えなかった。後方の客室ドア（L2）が開けられたが火災が激しかったためすぐに閉められた。使える非常口は機体左側の前方出口だけだったが、開かなくなっていた非常口を開けて脱出した乗客もいた。国家運輸安全委員会（NTSB）の調査官によると、犠牲者の内2人の乗客は席に座ったまま死亡していた。他の乗客もほとんどが有毒ガスを吸い込んで死亡したことが判明した。また機長は消防庁舎に激突した際、頭部を強く打って死亡していた。副操縦士は重傷だったが、コックピットの窓から消防隊に救助された。脱出に成功した乗員乗客の中には火傷を負っている者も多く、脱出した乗客のうち1人が数日後に火傷で死亡し、31日後にも1人が死亡した。なおNTSBでは事故後30日を超えた後の死者は事故による死者には数えないことになっている。
この日、USエアー1493便（ボーイング737-3B7）は乗員乗客89人を乗せてロサンゼルス国際空港に向かっていた。途中寄港したワシントン・ナショナル空港で乗務員の交代があり、事故当時は48歳の男性機長と32歳の男性副操縦士が操縦していた。ロサンゼルス国際空港には4本の滑走路があり、1493便は滑走路24Lに着陸することになっていた。一方、ロサンゼルス国際空港ではスカイウェスト航空5569便（フェアチャイルド・スウェリンゲン メトロライナー）がパームデールに向かうために滑走路24Lへ向けてタキシングをしていた。パイロットは、ゲート32から誘導路キロ、48、タンゴ、45を経由して滑走路に移動する管制承認をLAXタワーから受けていた。スカイウェスト航空5569便が誘導路を走行している頃、USエアー1493便は滑走路に着陸進入していた。途中で他機と間隔を空けるために降下した以外は特に異常もなく、いつも通り飛行していた。機長は管制塔に呼びかけを行ったが、なかなか着陸許可が下りなかった。というのも、この時ちょうど管制塔では、管制官に交信を求めてきたウィングス・ウェスト5072便の運航票が管制官の手元に届いておらず、管制塔内は作業量が増えたことにより混乱状態になっていた。着陸進入を担当していた管制官（38歳）は滑走路を見たが他機はいなかったため、ようやく1493便に着陸許可を出した。午後6時3分ごろ、1493便は滑走路24Lの末端近くに着陸した。だが機首を下そうとした瞬間に滑走路上にいたスカイウェスト航空5569便を押しつぶすようにして衝突した。5569便は1493便の機首に押しつぶされ、下に巻き込まれたまま滑走路の左側に滑り、2機とも約400m先の旧消防庁舎に激突して炎上した。5569便は1493便と比べて小型だったため、事故当初5569便が巻き込まれたことは誰も気付いていなかった。救助隊が消防庁舎の残骸の中からプロペラを発見したため他の機に呼びかけたところ、5569便だけ応答がなかったため事故に巻き込まれたと判明した。
南へおよそ 50 メートルほど行ったところには、三人姉妹 (et:Kolm Õde) と呼ばれる建築物がある。南へおよそ 120 メートルほど行ったところには、聖オレフ教会 (en:St. Olaf's Church, Tallinn) がある。北へ徒歩で10分ほど行くと、タリン港がある。南へおよそ 600 メートルほど行ったところには、聖霊教会 (en:Church of the Holy Spirit, Tallinn) がある。南西へおよそ 1 キロメートルほど行ったところには、トームペア城やアレクサンドル・ネフスキー大聖堂 (タリン)がある。
シナリオライターには『恋色マリアージュ』と『星ノ音サンクチュアリ』にひきつづき吉川芳佳が起用された。武内はこれら2作で吉川の長所と短所を見てきたことから、本作では得意分野を伸ばすようにという指示を出した。吉川はシナリオの執筆にあたり、様々な思惑などをスパイスとして用いつつも、「どちらの生徒会を応援するか」という点に重きを置くと同時に、「ヒロインとのといちゃいちゃエッチ」を裏テーマに据えた。その一方で、吉川は細かな描写よりもCGやキャラクターの邪魔にならないようにすることにも気を付けた。また、吉川は共通ルートにおけるキャラクターの掘り下げを苦手とすることを自覚していたため、章構成に近い形をとってどのキャラクターも平等に描写できるようにした。聖良は孤高の生徒会長という立場と孤立しがちな本人の気質から主人公との距離が最も大きいキャラクターとして設定されており、彼女のルートでは主人公が聖良との距離が縮める様子に重きが置かれた。聖良のキャラクターデザインを担当したさそりがためはテックジャイアンとのインタビューの中で、『恋色マリアージュ』の美穂乃と被らないように注意したと述べており、黒髪ロングのデザインの幅の少なさと自身の引き出しの乏しさ故予想通り苦労したと振り返っている。ゆづきのルートは「友達以上恋人未満な関係」が変化する様子をラブコメディ調に描いた内容となっており、ゆづきのアルバイト先の喫茶店に物語上の重要な役割が与えられた。ゆづきのキャラクターデザインを担当した芦俊は、テックジャイアンとのインタビューの中で「最初イメージがうまくまとまらず、キャラクターデザインがなかなか決まらなかった」と明かし、作画にあたり長いポニーテールが映えるよう髪の毛をきれいに描くことを意識したと振り返っている。陽姫のルートは「恋を知らない女の子の恋」を描いており、幼い見た目と大人びた言動を併せ持つ彼女の人となりに重きが置かれ、Hシーンはロリキャラとしての魅力を全面に押し出すものとなった。陽姫のデザインはさそりがためが担当しており、自身がデザインした聖良とは対照的に最初のラフ画の時点でデザインが確定したと前述のインタビューの中で述べており、シルエットで判別可能な点や描きやすさから、今まで担当した中での一番のお気に入りであると話している。歌奈のルートでは、陽姫を第一に考えていた歌奈が主人公を意識していく様子に重きが置かれた。芦俊は歌奈のキャラクターデザインも担当しており、「僕は年上のキャラクターを描くのが結構苦手なようで、気を抜くと年下～同年代のようになってしまうため、常に『少しお姉さん』のキャラクターであることを意識した」と前述のインタビューの中で振り返っており、Hシーンにおける歌奈の巨乳の柔らかさの表現に注力したと述べている。サブキャラクターのうち、萌衣はトラブルメーカーのギャグ担当として設定されている一方、教師らしいさを併せ持つ人物として描かれた。また、天道会会計の書記である美智は賑やかし役として設定されており、エッチで明るい性格の人物として描かれた。