99年1月、X JAPANのYOSHIKIをプロデュースに迎え「アクロの丘」「残-ZAN-」「ゆらめき」 のシングル3枚同時発売でメジャーデビューを果たし、すべてがオリコン・チャートのトップ10へランクインする。以降、リリースされてきたすべてのオリジナル作品（シングル、アルバム、映像作品）が、同誌によるチャートのトップ10に名を連ねていたが、28thシングル「詩踏み」では同誌ウィークリーチャート初登場12位となり、連続記録が途絶えることとなった。同月テレビ朝日系『ミュージックステーション』に出演し「残-ZAN-」を演奏した。しかしゴールデンタイムにも関わらず過激な選曲・演出だったことから、放送後に視聴者(特に子供を持つ主婦など)から苦情が多数寄せられた。同年の「Cage」「予感」で出演して以降、同番組には出演していない。7月には初のフルアルバム『GAUZE』を発表。日本全国をツアーしながら9月に横浜アリーナ公演、12月末には大阪城ホール公演を実現させる。
1996年、La:Sadie's（Toshiya以外の4人のメンバーが在籍）が結成される。事実上DIR EN GREYの前身であるが、京は「あくまで再結成する気はなく解散した」と否定している。1年の活動期間を経て解散。その後再び京、薫、Die、Shinyaの4人が集まり、新たにToshiyaを加え「人間の弱さ、あさはかさ、エゴが原因で引き起こす現象により、人々が受ける様々な心の痛みを世に広める」という意志の元、1997年2月2日に大阪で結成。その後すぐにCOLORのボーカリストDYNAMITE TOMMYに見出され、TOMMYとイーストウエスト・ジャパンが運営する「ソルフィンステレ」よりインディーズデビュー。CDの製作〜流通、コンサートの運営などに関してはフリーウィルと契約して以降はDYNAMITE TOMMYが統括している。結成後急速に人気を獲得し、インディーズでありながらオリコンのシングル・チャート上位に連続で作品を送り込む。98年発表の「-I'll-」は最高7位を記録し、インディーズ史上最高記録（当時）を樹立。さらに同年11月にはメジャー・デビューを前にインディーズ・バンドとして初の日本武道館公演を実現した。
一部の歌詞やミュージック・クリップに関して、過激な題材に触れていることからレコード会社や放送媒体から規制が掛けられることがある。規制されたミュージック・クリップについては、ノーカット版の一部がフリーウィルからインディーズ流通で発売されたミュージック・クリップ集『AVERAGE PSYCHO』で視聴できる。
「DIR」がドイツ語で「銀貨」、「EN」はフランス語で「〜の」、「GREY」は英語で「灰色」を合わせ、“灰色の銀貨”という意味であるとされている。活動初期からバンド名は「Dir en grey」と表記されていたが、「凌辱の雨」以降は主に「DIR EN GREY」の表記で統一している。公式ファンクラブ名は「a knot（ノット）」である(当初の名は「a knot（ア ノット）」)。
結成時からメジャーデビュー以降もいわゆるヴィジュアル系である過激なメイクや衣装で活動していたが、2005年以降メイクを行わず私服/軽装で活動するようになった。メイクを止めた理由を薫は「もっと自分たちの内面を表現していきたいと思い始めた時に、そういう（派手な）格好をしていると、どんな気持ちで演奏しても同じに見えてしまうような気がした」「曲への気持ちの込め方が濃くなってきて、派手な格好では逆に曲に負けているような感じがして」と語っている。その後ノーメイクでの活動を続けていたが、2011年に「DIFFERENT SENSE」のクリップでゾンビ風の特殊メイク姿を披露。その後は不定期にライヴや撮影でアイメイクや頭蓋骨を模したコープスペイントを行うなど、メイクに対し柔軟な姿勢を取るようになった。2014年からはメンバーによってはほぼ毎回メイクを施している。2016年7月のローリングストーン誌において、リーダーの薫は自分たちが属しているシーンはヴィジュアル系シーンだとし、「結局は、そこ（ヴィジュアル系）の出なので、そこでいいかなって感じですね」と述べ、ヴィジュアル系シーンに対する自身の心境の変化を語った。同時に、「『VULGAR』を出した頃とか、その当時は出たいって思ってました。」というように、過去にヴィジュアル系シーンに対して否定的な気持ちを抱いていたことがあったことを吐露した。
古代の魔法文明を壊滅させた「魔神マイルフィックの大災厄」から約千年、突如として天変地異が世界中を襲う。西方世界の大国であり、約百年前の魔人ダバルプスによる反乱と征服時以外には、神の力によって守られ何時の時代も平和と繁栄を享受してきた聖都「リルガミン」もまた例外ではなく、自然災害とそれから来る食糧不足によって王国は危機に瀕していた。この事態を受けてリルガミンの賢者達は、天変地異の原因を究明すべく、世界の森羅万象を映し出すといわれる「神秘の宝珠」を求める。その「宝珠」があるといわれる、龍神ル'ケブレスの住まう高峰、「梯子山（スケイル）」の大迷宮を探索、踏破すべく、主人公ジヴラシアをはじめ、かつての英雄の子孫も含めた多くの冒険者がリルガミンに招集された。迷宮探索が始まってから約一年、多大な冒険者の犠牲を払いながらも、「宝珠」探索は大詰めに迫り、ジヴラシアは「宝珠」を手にすべき最後の探索に向かうパーティを迷宮入口まで見送る。しかしその帰路、ジヴラシアは不吉な予兆を眼にし、その翌日地震が起こり、岩石の崩落で迷宮の入口が塞がれる。そして今まで見たこともない怪物、「妖獣（ゼノ）」がリルガミンに侵入し、冒険者達を襲い始める。ジヴラシア達は、迷宮に取り残された仲間を救出し、「妖獣」の正体と天変地異の原因を突き止めるべく、前人未到といえる「梯子山」外壁の登頂に挑む。