UEFAカップ優勝でUEFAスーパーカップの出場権を得て、2006年8月にはUEFAチャンピオンズリーグ王者のFCバルセロナと対戦した。スタッド・ルイ・ドゥで行われた試合はMFレナトが序盤に先制し、後半にはカヌーテとマレスカ (PK) が追加点を決めて3-0で快勝した。2006-07シーズンのUEFAカップでは1回戦でギリシャのアトロミトスFCを倒し、グループリーグでは5クラブ中2位で決勝トーナメント進出を決めた。決勝トーナメントではルーマニアのFCステアウア・ブカレスト、ウクライナのFCシャフタール・ドネツク、イングランドのトッテナム・ホットスパーFC、スペインのCAオサスナを下し、2シーズン連続で決勝に進出した。FCシャフタール・ドネツク戦は絶体絶命であったが、セカンドレグの試合終了間際にゴールキーパーのパロップがヘディングシュートを決め、2試合合計で5-4と上回って勝ち抜けを決めている。グラスゴーで行われた決勝ではスペインのRCDエスパニョールと対戦し、PK戦の末に勝利して大会2連覇を果たした。2連覇を果たしたのはレアル・マドリード（1984-85シーズンと1985-86シーズンに優勝）以来2クラブ目であった。同シーズンのコパ・デル・レイでも決勝に進出し、エスタディオ・サンティアゴ・ベルナベウで行われた決勝のヘタフェCF戦 (1-0) ではカヌーテが決勝点を決めて4度目のタイトルを獲得した。リーグ戦ではレアル・マドリードやFCバルセロナと最終節まで優勝争いを繰り広げ、最終的には3位に終わったものの、UEFAチャンピオンズリーグ出場権を獲得した。
岐阜または東京生まれ。岐阜、千葉、東京、名古屋で育つ。愛知淑徳高校に進学、高校にはほとんど行かず、読書ばかりしていた。高校を中退したのち、早稲田大学に入学し、パソコンとインターネットに出会った。一人暮らしを機に購入したパソコンを独学で使いこなすようになり、大学にもほとんど行かずウェブサイトの制作に没頭する。大学2年時に音楽のコミュニティサイトやインディーズバンドのWebサイトの作成を請け負い、次第にソニー・ミュージックエンターテインメントやUSENなど大手の仕事も受けるようになる。第二文学部を卒業。2000年にサイバーエージェントに新卒第一期生として入社。同社で「6事業くらいの立ち上げ」に参画したという。2003年にサイバーエージェントを退社、2005年3月にコントロールプラス株式会社を設立する。2年後には20人近くのスタッフを持つ規模になる。当初はウェブ制作を業務としていたが、2006年のライブドアショック以降事業は低迷し、2009年に若手起業家たちが企画した中国のSNSやソーシャルゲーム企業を訪問する視察ツアーに参加して衝撃を受け、ソーシャルゲーム事業に進出。Web製作の仕事を徐々に減らし、半年ほどで事業転換に成功した。インキュベイトファンド代表の投資家本間真彦と結婚、2011年に一子を出産。子育ての苦労と今後ソーシャルゲームは大手による寡占化が進むという予測から、2011年末には事業売却を真剣に検討するようになる。2012年2月にソーシャルゲーム事業を国光宏尚が経営する株式会社gumiに売却。2012年5月にシンガポールに法人を設立、6月に恋愛情報サイト「デート通」を株式会社チャンスイットに売却、9月に子どもと共にシンガポールに移住し、子どもが2歳になるまでの1年半ほど専業主婦をした。2013年前半から、今後はバイラルメディア、キュレーションメディアが台頭し、時代を席巻すると確信しており、社員に「2014年の夏頃、 バイラル、キュレーションは人気化して、レッドオーシャンになります。だから、その分野でトップを取っていないメディアは死にます」と語っていた。2013年12月に住まい・インテリア関連情報のキュレーションサイトiemo株式会社を設立。「iemo」はアメリカの「Houzz」を参考にしていると言われる村田は「iemo」について、不動産のマッチングのプラットフォームを目指しており、「メディアを目指しているのでは、ありません。」と述べている。iemoのコンテンツには、立ち上げ当時から著作権上の問題があったことが指摘されている。2014年7月、共同代表取締役に元サイバーエージェントの鈴木裕斗、編集長に元オールアバウトの徳島久輝が就任した。同月下旬にヒルトン福岡シーホークで開催されたベンチャーの起業家や投資家が集まるイベント「B Dash Camp」で、村田はDeNAの社長兼CEOの守安功に「iemoが伸びてます。ヤバいです。是非、買ってください」と直接売り込み、その場で買収の検討が始まり、村田は友人の中川綾太郎が運営する女性向けファッションのキュレーションサイト「MERY」も紹介した。パーティーでのオファーの2か月後の9月末に守安は買収を決断、2014年10月に「iemo」をディー・エヌ・エーに売却（「MERY」を運営するペロリと2社合わせて約50億円での買収。それぞれの買収金額は非公表だが、iemoが約15億円、MERYが約35億円と見られている。）。村田は「買収までに想定外だったことはなく、完全に事業計画通り」と述べている。買収後ディー・エヌ・エー執行役員に就任する。元々ディー・エヌ・エーにはキュレーション事業のノウハウはなく、村田はキュレーションサイトを10種類に増やすよう指示を受け、ヘルスケア情報キュレーションサイト「WELQ」など9つのキュレーション事業を統括した。村田が統括するキュレーション事業のヘルスケア情報キュレーションサイト「WELQ」では、不適切な引用やリライト、内容に問題のある医療記事を公開するなどの行為が常態化しており、2016年に炎上し、12月に閉鎖した。（参考：ディー・エヌ・エー#「WELQ」に始まるキュレーション（まとめ）サイトの問題）ディー・エヌ・エーは2017年3月13日にキュレーション事業に関する第三者委員会の調査報告書を発表した。著作権侵害や倫理的な問題が数多くあったことが明らかにされ、直接の事業責任者の一人である村田はディー・エヌ・エー執行役員、iemo株式会社代表取締役CEO、株式会社Find Travel代表取締役社長を辞任する意向と発表された。