裁判で麻原と弁護団は弟子が暴走したと主張。しかし麻原の地下鉄サリン事件への関与はリムジン謀議だけに留まるものではなく、他にも「（遠藤誠一に対し）ジーヴァカ、サリン造れよ」「ポアされてよかったね」「（犯行を目撃されたことを気にする豊田亨に対し）大丈夫だよ。見た人はいってるよ」と地下鉄サリン事件の発生をむしろ喜んでいるような発言を行っていることが裁判で認定され、結局弟子の暴走説は認められず麻原は本事件の首謀者とされた。死刑確定後も森達也らによって主張されているが、森は判決文を意図的に無視し、リムジン謀議以外の麻原の関与をなかったことにしていると滝本太郎らに批判されている。この他、運転手役の一人である杉本繁郎からもありえないと指摘されている。
検察側は、地下鉄サリン事件が警察による教団に対する大規模な強制捜査をかく乱する目的であったと主張した。裁判所は検察側の主張通り、「間近に迫った教団に対する強制捜査もなくなるだろうと考え」た、との認定をした。しかし井上嘉浩は、2014年2月4日の平田信公判において「サリンをまいても、強制捜査は避けられないという結論で、議論が終わっていた。しかし松本死刑囚は、『一か八かやってみろ』と命じた。自分の予言を実現させるためだったと思う。」、2015年2月20日の高橋克也の公判において「『宗教戦争が起こる』とする麻原の予言を成就させるために、事件を起こしたと思った」と証言している。なお、リムジンに同乗していた側近も含めて多くの幹部信者たちが、「サリンを撒いたところで強制捜査がなくなるわけではないし、むしろ早まる可能性があると考えていた」と証言している。井上は証言がよく揺れており、この証言について、井上が平田公判で初めて証言したとの批判があるが、実際は1996年11月8日の麻原公判で証言していると本人は主張している。また別の意見として、土谷正実は麻原信仰を続けていたころ法廷で「サリンの散布で国家転覆はできない」「大量殺人が目的とすれば、私なら（サリンと比べて合成がはるかに簡単な）青酸を使う」と語った。
2010年（平成22年）2月22日、共同通信は、事件当時の警察庁長官だった国松孝次が地下鉄サリン事件被害者の会代表世話人である高橋シズヱのインタビューに答えて「警察当局は、オウム真理教が3月22日の強制捜査を予期して何らかのかく乱工作に出るという情報を事件の数日前に得ていた」と発言した報道を配信した。国松は「情報に具体性がない」ために予防措置を講じることは不可能だったとの認識を示しているが、共同通信は「当時の捜査があらためて問われそうだ」と報道している。これとは別に、警察が事前にサリンが撒かれることを知っていたのではないかという指摘も存在する。事件の2日後の3月22日に予定されていた教団施設への一斉捜索に備え、地下鉄サリン事件の直前の教団幹部の動きはすべて警察によって把握されていたはずだという。また、事件前日に自衛隊が朝霞駐屯地でガスマスクを着けてサリンに対応した捜索の演習を行っており、警察は地下鉄サリン事件が起こる前にオウムがサリンを持ってることを把握していたはずとも指摘されている。また、1995年1月1日のスクープを出した元読売新聞記者三沢明彦によると、捜索は4月の統一地方選の後に予定されていたという。
ローザ・オトゥンバエヴァは、英国放送協会に対し、新しい国防相、内相を任命したとし、ロイター通信に「今後半年間で憲法を起草し、自由・公正な選挙の条件を整える」と述べた。オトゥンバエヴァは2005年、アスカル・アカエフ大統領（当時）による選挙不正を訴える抗議行動をクルマンベク・バキエフとともに主導し、政権交代後は外相代行になったが、バキエフの強権政治を批判して政権から離れていた。臨時政府には、ほかにオムルベク・テケバエフ元国会議長、野党「アクシュムカル」（白鷹）のテミール・サリエフ党首ら14人で合流した。野党勢力はマナスにあるアメリカ軍基地の撤退を求めており、今後は親露路線を取ると見られる。ロシアのウラジーミル・プーチン首相は「バキエフ大統領は、5年前の『チューリップ革命』で追い出された前大統領と同じ誤りをした」と批判した。今後はオトゥンバエヴァ元外相を軸に新政権作りが進むとみられるが、バキエフ大統領の辞任が確定していないうえ、野党も一枚岩ではないことから、政権樹立の行方は混沌としている。オトゥンバエヴァは、ビシュケクを脱出したバキエフ大統領が出身地の南部ジャララバードで支持者を集めていると非難し、自発的な退任を要求。一方、AP通信によるとバキエフは同日、地元通信社「24kg」に電子メールで送った声明で、辞任を拒否する考えを表明した。キルギス臨時政府は9日、バキエフ大統領の弟で、大統領警護局長官を務めていたジャヌィベクを指名手配したことを明らかにした。ジャヌィベクは、首都ビシュケクで7日に起きた衝突の際、デモ隊への発砲を警察に命じたとされており、臨時政府は多数の死傷者が発生した責任を追及すると見られる。ロイター通信によれば臨時政府を樹立した野党勢力の指導者の一人テケバエフは8日、バキエフ大統領の追放にロシアが役割を果たした」と述べた。ロシアは関与を否定しているが、他国に先駆けて臨時政府を事実上承認しており、議論を呼んでいる。同通信によるとテケバエフは、大統領の追放を「ロシアが喜んでいる」と語り、このためアメリカ軍がアフガニスタンへの物資輸送拠点に使っているマナス空軍基地も「アメリカ軍の駐留期間が短くなる可能性が高い」と語った。同通信はまた、米露首脳会談のためプラハにいるロシア高官が「キルギスにはロシア連邦軍基地だけがあればよい。バキエフはアメリカ軍基地を排除する約束を守らなかった」と語ったと伝えた。「臨時政府」首班のオトゥンバエヴァ元外相は8日、ロシアの民放ラジオ「モスクワのこだま」との電話インタビューで、プーチン首相が支援を約束したと感謝を表明し、協議のため同志のアルマズベク・アタンバエフ元首相をモスクワに派遣すると語った。プーチン首相は7日の会見で「ロシアは今回の暴動には一切関係がない」と関与を否定している。