新人教育、または社員教育用車両である。かつては営業車両の貸切及び快速車両の中扉増設車の経年車をワンマン機器の搭載は勿論、教育機材を追加設置した上で教育車両専用への塗装、白ナンバーへ変更となり、営業車両と区別を図っていた。近年では一般低床車両が主で、現在は松橋営業所最終配属の三菱ふそう・エアロスターM(九州産交では一台のみの新規導入車(KC-MP617M)でLED改造取付車)と阪東自動車から教育車として導入した日野・ブルーリボンHU、そして、かつて新製導入時は天草営業所において快速「あまくさ号」で使われたのち熊本営業所において空港専用リムジンバスに転用された日野ブルーリボンシティ（初代セレガマスク）の3台が在籍している。日野ブルーリボンシティについては、前扉で観光仕様のままの転用は初である。過去には松橋営業所・砥用駐在所に最終配属していた旧空港専用リムジンバス(日野ブルーリボンHU)の中扉増設車もあったが、廃車となっている。また、阪東自動車からの車両は水色と紺色の教習車専用色になったものの、残りの2台については一般路線用カラー・空港リムジン色のまま、白ナンバーに変更となった位で、方向幕に「教習車」と記載している以外は営業車との区別はあまりない。3台とも熊本営業所(西部車庫)に配置している。
日本国内の4メーカーの車種は全て導入しているが、いすゞ車と日野車の比率が高い。地域柄、西日本車体工業製の車体架装車も多い。このほか、観光・高速路線・空港リムジン用にヒュンダイ製バスといった輸入車も保有。かつては路線用にネオプラン製バスも保有していたが、2014年3月までに廃車となっている。
この項では、運行撤退・廃止・休止・運行終了した路線について記す。高速・特急・快速・急行・準急バスほか空港線その他特殊路線のみ述べる（一般路線バスについては各営業所記事を参照）。
高速バスにおいては、熊本桜町バスターミナルを発着する路線の他、同BTを経由しない八代（新八代駅）発着便と福岡発着便がある。カッコ内は共同運行会社。
熊本県内の主要都市間を結ぶ快速バスと、主に他県の主要都市へ向かう特急バスからなる。高速道路を経由する特急バスは、とくに高速特急と呼ばれる。また、本渡線においては2011年3月12日より超快速バスも運行開始した。このほか過去においては急行バス（福岡、杖立、高森、三角、日奈久線等）、準急バス（杖立、高森、山鹿、本渡線等）も存在したが、現在は上記四種だけである。下記の路線のほか、九州国際観光バスから引き継いだ九州横断バスも運行している。
同社直轄路線および子会社である産交バスの路線を合わせると、ほぼ県下全域にネットワークを持つ。路線バスを運営する分離子会社として、天草産交（天草・牛深）、熊北産交（荒尾・玉名、高森）、熊南産交（八代・水俣・人吉）、産交観光バス（菊池・阿蘇・小国・三角）の4社があったが、2005年4月1日付けで合併し、産交バスとして統合された。路線バスの車両は、熊本都心部などでは大型車がほとんどで、それ以外の地域では中型車が比較的多い。また、乗客の極端に少ない路線や、山間部のローカル線では小型車を使用することがほとんどで、小型車は主にレインボー・リエッセ・ポンチョ・エルガミオの四種類が存在するが、最も保有台数の多いリエッセのBDG-RX6JFBA型を使うことが多い。最近では自家用マイクロタイプのローザ・リエッセⅡも導入している。また、近年一部地域において新規に開設した路線（これまで路線バス空白地域だった区間など）においては一般乗用車タイプのワンボックスカー（トヨタ・ハイエースコミューター〈12人乗り〉）が使用されている（何れも右の写真参照）。路線の詳細については各営業所の記事を参照のこと。
九州産交バスおよび産交バスの乗合バス営業所はバスの行き先案内などで○○産交と呼ばれることがある。たとえば、松橋営業所へ向かうバスは松橋産交行きと案内される。ただし、熊本営業所に向かうバスは西部車庫行き、天草営業所は産交車庫前と案内される。また一般の路線バス車両のリアガラスの左下には、「熊本」「八代」「木山」「松橋」といったステッカーが貼り付けてあり、所属営業所がひと目で分かるようになっているが、最近は各営業所も新規(中古車も含む)、転属ステッカーを貼り付けていない。なお、本社・熊本営業部においては2007年10月1日開設時より熊本営業所とした1つの営業所としてすべての路線を運営していたが、2012年4月1日の組織改正において業務ごとに分割された。また、子会社の産交バスにおいても一部営業所においては地区ごとに営業部を設けている。
2007年5月31日、イギリスの運輸省 (DfT)は、全国灯台協会 (GLA) を通して、イギリスと西ヨーロッパで、船員の安全を改善するために、最新式のeLORANサービスを提供する15年の契約を締結した。このサービス契約は2段階で実行される。すなわち、2007年から2010年までは、開発作業が行われるとともに、さらにeLORANサービスの提供に関する欧州協定に重点が置かれ、2010年から2022年までは、eLORANサービスの完全運用が行われる。最初のeLORAN送信機はイギリスのカンブリアのアンソーン送信所に位置し、バブコック・インターナショナル（旧Babcock Communications）によって運用される。イギリス政府は、GPS電波妨害の脅威への対抗を支援するため、イギリスの南部及び東部の海岸沿いの7つのディファレンシャルeLoran船位テクノロジー局の建設を承認した。それらは2014年夏に、最初の運用能力に達することとされた。イギリス及びアイルランドの全国灯台協会(GLAs) は、10月31日にイギリスの海事用eLoranが最初の運用能力に達したと発表した。7つのディファレンシャル基準局は、追加の位置・航行・時刻（PNT : position, navigation, and timing）情報を、低周波数のパルスによって、eLoran受信機を装備した船舶に提供する。この地域は2020年の年間交通量が20万隻と見込まれる世界で最も船舶の航行が多い地域のひとつであり、このサービスはGPSに障害が発生した際にも航行の安全を確保する助けとなる。これらの計画があるにもかかわらず、フランス及びノルウェイは2015年12月31日をもってロランの送信を停止すると決定した。これを踏まえて、イギリスは同月初めに、12月31日を以てeLoranサービスを停止することを発表した。