満州人が自分たちを殺害しようとしていることを察知したヤルカンドの回族の兵士たちは、1864年6月26日に蜂起した。街の外部にあった清の砦に対する最初の攻撃は失敗したが、2千人の清の兵士たちが死亡した。午前中に蜂起軍は市内に入り、7千人の漢人が殺害された。回族の兵士の数はわずかであったが、多くのテュルク系住民が参加した。彼らは形式上の指導者にカーブルの名家の出身であるグラーム・フセインを選んだ。
クチャの蜂起の3週間後に東路でも蜂起が発生した。1864年（同治3年）6月26日にウルムチの回族の兵士が反乱を起こした。指導者は、甘粛省出身でスーフィズムの一派であるジャフリーヤの指導者（アホン）の妥明と、回民に好意的であった参将の索煥章であった。都市の大部分は破壊され、清の要塞は包囲された。蜂起軍は西へ向かい、サンジに入り、9月16日にマナスを陥落させ、29日にウスを陥落させた。続いて10月3日にウルムチの要塞が落ちた。清の守将は火薬庫を爆発させて自殺した。妥明は清真王と称した。ここでの蜂起の主力はウイグル族のタランチであった。タランチは元々、ジュンガルがタリム盆地周辺のオアシス住民をイリに移住させ、農耕に従事させた入植民である。タランチ集団はのちにロシアがイリを占領後、1881年に清朝へ同地域が返還される際、報復をおそれロシア領へ移住している。
1492年にクリストーバル・コロンがヨーロッパ人として初めてアメリカ大陸に到達した後、「発見」されたアメリカ大陸の他の部分と同様にブラジルも植民地化の脅威に晒されることになった。1500年にポルトガル人のペドロ・アルヴァレス・カブラルがブラジルを「発見」すると、以降ブラジルはポルトガルの植民地として他の南北アメリカ大陸とは異なった歴史を歩むことになった。1502年にはイタリア人のアメリコ・ヴェスプッチがリオデジャネイロ（1月の川）を命名。ポルトガル人が最初に接触したのは、古トゥピ語やグアラニー語などを含むトゥピ語族を話す先住民であった。トゥピ語族の他にもブラジル先住民には、ジェー語族・アラワク語族（ヌ＝アルアーク語族とも）・カリブ語族を話す集団があったが、ポルトガル人は古トゥピ語先住民の言葉がブラジル人の言葉であると誤解し、他の先住民はそれぞれ部族の言葉をもっているにもかかわらず、ポルトガル宣教師達は先住民にその言葉を教え、リングワ・フランカ（一種の共通語）のリンガ・ジェラール（リンガ・ジェラール・パウリスタとリンガ・ジェラール・アマゾニカ）が形成された。それは信仰も同様として仕向けられた。初期のブラジルにおいては新キリスト教徒（改宗ユダヤ人）によってパウ・ブラジルの輸出が主な産業となり、このために当初ヴェラ・クルス島と名づけられていたこの土地は、16世紀中にブラジルと呼ばれるようになった。1549年にはフランスの侵攻に対処するために、初代ブラジル総督としてトメ・デ・ソウザがサルヴァドール・ダ・バイーアに着任した。1580年にポルトガルがスペイン・ハプスブルク朝と合同すると、ブラジルはオランダ西インド会社軍の攻撃を受け、北東部の一部がネーデルラント連邦共和国（オランダ）に占領され、オランダ領ブラジルとなった。1661年、ハーグ講和条約が締結され、オランダは400万クルザードの賠償金と引き換えに、ポルトガルのポルトガル領アンゴラ（現アンゴラ）領有を認めると共にオランダ領ブラジルをポルトガルに割譲した。一方、パウ・ブラジルの枯渇後、新たな産業として北東部にマデイラ諸島からサトウキビが導入され、エンジェニョ（砂糖プランテーション）で働く労働力としてまずインディオが奴隷化された後、インディオの数が足りなくなると西アフリカやアンゴラ、モザンビークから黒人奴隷が大量に連行され、ポルトガル人農場主のファゼンダで酷使された。ブラジル内陸部の探検は、サンパウロのバンデイランテス（奴隷狩りの探検隊）により、17世紀に始まった。バンデイランテスは各地に遠征して現在の都市の基となる村落を多数築いた一方、南部やパラグアイまで遠征してイエズス会によって保護されていたグアラニー人を奴隷として狩った。こうした中で、激しい奴隷労働に耐えかねたマルーン（逃亡奴隷）の中には奥地にキロンボ（逃亡奴隷集落）を築くものもあり、その中でも最大となったキロンボ・ドス・パルマーレスはパルマーレスのズンビによって指導されたが、1695年のパルマーレスの戦いでバンデイランテスによって征服され消滅した。一方、1680年にポルトガル植民地政府は、トルデシリャス条約を無視してラ・プラタ川の河口左岸のブエノスアイレスの対岸にコロニア・ド・サクラメントを建設したため、以降バンダ・オリエンタルの地は独立後まで続くブラジルの権力とブエノスアイレスの権力との衝突の場となった。また、南部ではラ・プラタ地方のスペイン人の影響を受けてガウーショ（スペイン語ではガウチョ）と呼ばれる牧童の集団が生まれた。その後、18世紀にはミナスジェライスで金鉱山が発見されたためにゴールドラッシュが起こり、ブラジルの中心が北東部から南東部に移動し、1763年にはリオデジャネイロが植民地の首都となった。ゴールドラッシュにより、18世紀の間に実に30万人のポルトガル人がブラジルに移住し、金採掘のためにさらに多くの黒人奴隷が導入された。一方でミナスの中心地となったオウロ・プレットでは独自のバロック文化が栄えた。バンダ・オリエンタルを巡るスペインとの衝突の後、18世紀末には啓蒙思想がヨーロッパから伝わり、フランス革命やアメリカ合衆国の独立の影響もあり、1789年にはポルトガルからの独立を画策した「ミナスの陰謀」が密告によって発覚し、首謀者のうち最も身分の低かったチラデンテスが全ての罪をかぶせられ処刑された。その後、ハイチ革命の影響もあってクレオール白人やムラート、クレオール黒人（クリオーロ）による独立運動が進むが、植民地時代にブラジルに大学が設立されなかったなど知的環境の不備により、ブラジルの独立運動は一部の知識人の「陰謀」に留まり、大衆的な基盤を持つ「革命」にはならなかった。このことは、ブラジルとイスパノアメリカ諸国の独立のあり方の差異に大きな影響を与えた。