一ノ谷の戦いの後、頼朝は義経を総指揮者として畿内西国の軍事体制を整える。土肥実平・梶原景時が山陽道に、大内惟義・大井実春らが伊勢・伊賀に配備されるが、実平・景時は平氏軍の反攻に苦しみ、頼朝は義経を総大将として西国に遠征軍を送ることを検討した。だが、その矢先の元暦元年（1184年）7月、平田家継・藤原忠清ら伊勢・伊賀の平氏家人が軍事蜂起する。激戦の末に反乱は鎮圧されるが佐々木秀義が討死するなど鎌倉方御家人にも大きな被害が及んだ。この乱の影響で義経は畿内の治安維持に専念せざるを得なくなり、代わりに範頼が西国遠征の指揮を執ることになる。一方、東国では頼朝によって甲斐源氏の一条忠頼が殺害され、甲斐・信濃に対して軍事力が行使された。これは頼朝と同格で元々独自に挙兵した甲斐源氏を頼朝の支配下に置こうとする政策である。またこの頃から、頼朝に対して独立性の高い京武者（畿内周辺の軍事貴族）に統制をかけようという試みもなされている。
義仲滅亡に至るまでの間に平氏は勢力を立て直し、寿永3年（1184年）正月には摂津福原まで戻っていた。その頃、都では後鳥羽天皇の即位を控え、三種の神器不在を憂慮されるようになっていた。三種の神器は安徳天皇の元にあり、三種の神器を後鳥羽天皇側に迎え入れる為に平氏と和平するか、交戦して実力で奪取するか朝廷内の意見は割れたが、武力攻撃による三種の神器奪還へと意見が固まる。やがて京都に駐留していた範頼・義経軍は、福原に陣を構える平氏を攻撃することになった。範頼・義経軍は二手に分かれて平氏を急襲し、海上へと敗走させた（一ノ谷の戦い）。この戦いで平氏は多くの有能な武将を失い、後の戦いに大きな影響を及ぼした。
大陸会議は新生間もない連邦の代表としてまず1777年、さらに1779年の2度アダムズをヨーロッパに派遣した。どちらの場合もアダムズは長男のジョン・クィンシー（1回目の航海では10歳だった）を伴った。1778年2月15日には大陸海軍のフリゲート艦USSボストンでフランスに向かった。何度かイギリスの艦船に追跡されたこともあったが、航海中に実際に戦闘になったのはイギリスの私掠船を無血で捕獲した時だけだった。アダムズは当時の外交用国際言語だったフランス語を話せなかったので、ある意味で似つかわしくない人選だった。最初のヨーロッパ滞在は1778年4月1日から1779年6月17日までであり、ほとんど為す術もなく、1779年8月初旬には故郷のブレイントリーに戻った。同年9月1日から10月30日の間は、サミュエル・アダムズやジェイムズ・ボードウィンと共にマサチューセッツ憲法を起草した。この9月にはフランスに戻るよう人選されており、マサチューセッツ憲法制定会議で結論が出た後の11月15日にフランス海軍のフリゲート艦センシブルでフランスに向かった。この2回目の赴任でアダムズはイギリスとの友好通商を交渉する任務のある特命全権公使に指名された。しかし、フランス政府はアダムズの指名を承認せず、その結果フランス外務大臣ヴェルジェンヌ伯の強要により、ベンジャミン・フランクリン、トーマス・ジェファーソン、ジョン・ジェイおよびヘンリー・ローレンスがアダムズと協力するよう指名された。ただし、ジェファーソンはヨーロッパに行かず、ローレンスはオランダ駐在とされた。その結果、ジェイ、アダムズおよびフランクリンが交渉の任にあたった。ジェイとアダムズは、フランクリンの発言を封じ、ヴェルジェンヌ伯を信用しなかったので、フランスとは相談しないことにした。その代わりにイギリスの代理人と直接交渉した。アダムズはこの交渉を通じて特にアメリカの大西洋岸の漁業権を認めさせる決断をしていた。アメリカ代表団は有利な条約交渉を進めることができ、スペインに委譲される東フロリダと西フロリダを除いて、ミシシッピ川以東の全ての土地を確保することができた。この条約は1782年11月30日に調印された。これらの交渉が始まった後で、アダムズは当時の世界でも数少ない共和国の一つだったオランダ大使として幾らかの時間を費やした（他の共和国としてはヴェネツィア共和国とスイス連邦があった）。1780年7月、以前にローレンスに割り当てられていた任務を遂行するよう実権が与えられた。オランダのパトリオット指導者であるジョーン・ヴァン・デア・カペレン・トート・デン・ポルの援助もあって、1782年4月19日にはハーグでアメリカ合衆国を独立した政府としてオランダに認めさせることに成功した。このオランダ滞在の間に、ニコラース・ヴァン・スタップホルストやヴィルヘルム・ヴィリンクが手当てした500万ギルダー借款の交渉もした。1782年10月、アダムズはオランダと友好通商条約の交渉を行い、1778年のフランスとの条約に続いてアメリカ合衆国と外国との間に結ばれた2番目の条約となった。アダムズがオランダ滞在中に購入した家屋は、世界中の外国の地にある最初のアメリカ合衆国が所有する大使館となった。1783年の2ヶ月間、アダムズはロンドンの急進派出版者ジョン・ストックデールのところに寄宿居した。1784年と1785年、アダムズはアメリカ合衆国とプロイセンとの間のその後の貿易関係を構築した者の一人となった。ハーグにいたプロイセンの大使フリードリヒ・ヴィルヘルム・フォン・ツレマイアーが関与し、またパリにいたジェファーソンとフランクリンも関わった。1785年、アダムズは聖ジェームズ宮廷駐在初代アメリカ公使（在イギリス大使）に指名された。その昔の主権国にいる間に、イギリス国王ジョージ3世はアダムズがフランス政府に信用されていないことに気付いていると報せてきた。アダムズはこれを認め「私は自分の国以外に何の愛着も持っていないことを陛下に明言するしかない」と答えた。イギリス女王エリザベス2世は1976年7月7日にホワイトハウスでこのエピソードに触れ、次のように語った。アメリカの初代大使であるジョン・アダムズは、私の先祖であるジョージ3世に『我々2国の国民の間に古い良き性格と古い良きユーモア』を取り戻せるようにするのが望みだと言った。その回復は長い間になされ、言語、伝統および人的結びつきがそれを維持してきた。ジョンとアビゲイルのアダムズ夫妻がロンドンに居る間に、イギリス宮廷の凝視と敵意に悩まされ、ニューイントン・グリーン・ユニタリアン教会の牧師で革命議論の扇動者でもあったリチャード・プライスの助けを求めることで、できる限りの逃亡を選んだ。夫妻共にプライスを大変崇拝し、アビゲイルはプライスやその弟子で『女性の権利の擁護』の著者であるメアリ・ウルストンクラフトの教えを深く心に刻んだ。アダムズがロンドンで滞在したのはグロブナー・スクェアに近い家屋であり、現在でも残っていて、記念する銘板が置かれている。アダムズは1788年にアメリカ合衆国に戻り、国内の政界に復帰した。