1863年夏、合衆国のエイブラハム・リンカーン大統領はジェイムズ・ヘンリー・カールトン准将に命じ、保留地に入ることを拒んで抵抗戦を続けていたナバホ族の殲滅を命じた。カールトンは、テキサスでのカイオワ族やコマンチ族の絶滅作戦で実績のあった部下のキット・カーソンを南西部に送り込んだ。カーソンはナバホ族の作物を焼き、家畜を奪う焦土作戦で彼らの力を削いだ。1864年、カールトンはナバホ族をサムナー砦の収容所ボスク・ルドンドまで、「ロング・ウォーク・オブ・ナバホ」と呼ばれる、徒歩連行を強制した。それまでの準備段階で、寒さと栄養失調から126人のナバホ族の捕虜が死んだ。強制収容所までの道程でさらに197人が死んだ。8000人のナバホ族の行きつく先のボスク・ルドンドには、アパッチ族がすでに強制収容されていた。宿敵同士のアパッチとナバホも、白人からは見分けがつかなかった。彼らはそこで強制労働に従事させられ、1868年に和平協定で元の土地に戻るまでに、2000人のナバホ族が死んだ。
アメリカ合衆国がメキシコとの米墨戦争（1846年 - 1848年）を始めたとき、多くのアパッチ族は、米軍が彼らの土地を安全に通行することを保証した。合衆国が1846年にメキシコの旧領土の領有権を主張したとき、ミンブレス･アパッチのマンガス・コロラダスは和平条約に署名し、合衆国がアパッチの宿敵であるメキシコの領土征服者であることを認めた。この「署名」とは、「文字を持たないインディアンに×印を書かせる」というものである。1850年代まで保たれた、アパッチ族と新参の「アメリカ合衆国市民」との不安定な平和（古い伝統の世紀）は、ニューメキシコ準州のサンタリタに金の採掘者が流入したことで破られた。1860年12月、30人の白人採掘者がミンバース川の西岸で、ベドンコヘ・アパッチ族の野営地に急襲をかけた。歴史家のエドウィン・R・スウィーニーに拠れば、採掘者達は「4人のインディアンを殺し、他の者達を傷つけ、13人の女と子供を捕まえた。」アパッチ族による報復が再度起こり、白人とその資産に対する襲撃が続き、「アパッチ戦争」が始まった。「アパッチ峠」一帯はその名の通りアパッチ族の領土であり、乾燥した南西部でも貴重な真水の湧く泉がここにはあった。アパッチ族にとっては、ここは何に代えても死守しなければならない要所、部族の生命線だった。
ベインブリッジは1959年5月5日にマサチューセッツ州クインシー、ベスレヘム・スチール社のフォアリバー造船所で起工し、1961年4月15日に進水、1962年10月6日に就役した。1963年2月までにカリブ海で慣熟航海を行い、翌年、原子力空母「エンタープライズ」、原子力ミサイル巡洋艦「ロングビーチ」らと第1原子力機動部隊 (Task Force 1) を編成し、7月31日からシー・オービット作戦に従事した。1965年10月、ベインブリッジは第7艦隊のミサイル巡洋艦として11回目の航海で再び西太平洋から喜望峰をまわった。関係が悪化したベトナム近海に配置され、多数の作戦に従事した（ベトナム戦争）。ベインブリッジはレーダーピケット艦として航空母艦の前衛を担当し、捜索・救出作戦を行った。6月に新しい母港であるカリフォルニア州のロングビーチに入港し、1966年から1967年、1969年、1970年、1971年、1972年から1973年と5回に渡ってベトナム戦争など極東で作戦に従事した。また、1970年にはインド洋にも航海した。1967年から1968年にかけてベインブリッジはオーバーホール（解体検査）と最初の核燃料補給を実施した。1973年11月から極東での7回目の航海を行い、インド洋を通過してアラビア海まで入った。ベインブリッジはオーバーホール、近代化改装など広範囲に渡る工事のため、1974年6月から1976年9月までドックに入渠した。1975年6月、工事中にフリゲートから巡洋艦 (CGN-25) に類別変更された。工事完了後は第7艦隊に配置され、1978年1月から8月まで担当地域内の日本、韓国、タイ、シンガポール、オーストラリアなどを訪れた。1979年から1980年、1981年、1982年から1983年、と西太平洋海域共同調査 (WestPAC) のツアーを3回こなした。また、その期間中にインド洋およびアラビア海で作戦行動も行った。1982年にベインブリッジはマージョリー・ステレット戦艦基金賞を受賞した。1983年から1985年までベインブリッジは最後の核燃料を補給するオーバーホールを行い、スタンダードミサイルやCIWSなどの火器が増設された。その後、太平洋を去って、大西洋艦隊に編入され、パナマ運河を通過した。1986年から1987年までのカリブ海における麻薬密輸のパトロールを手始めに、1988年から1989年に紅海、ペルシャ湾で作戦行動に従事、1991年から1992年、地中海リビア沖で攻撃作戦に従事した。1994年、大西洋艦隊の海上部隊旗艦となったが、その任務を最後に1995年10月、予備役の保管船としてモスボール状態となり、1996年9月に退役した。1997年にベインブリッジはワシントン州ブレマートンのピュージェット・サウンド海軍造船所の乾ドックに入り、10月に原子力艦再利用プログラムに基づき解体が開始された。