2012年12月14日にヤンキースと1年契約を結んだ。手術明けとなるアレックス・ロドリゲスに代わる三塁手を務めることを期待された。2013年は、腰部挫傷を抱えながら開幕戦には4番三塁手でスタメン出場する。4月30日に15日間の故障者リスト入りし5月30日に復帰するが、6月14日に再び故障者リスト入りし、6月20日に手術を受け、60日間の故障者リスト入りする。10月31日にFAとなる。
2012年シーズン途中の6月24日にブレント・リリブリッジ、ザック・スチュワートとの交換トレードで550万ドルの金銭と共にシカゴ・ホワイトソックスへ移籍。シーズン終了後にFAになり、恩師のテリー・フランコーナが監督を務めるクリーブランド・インディアンスが2年1800万ドルを、ニューヨーク・ヤンキースが1年1200万ドルを提示した。
ユダヤ系のシカモア高等学校へ進学し、全米の野球大会では優勝を経験。地元のシンシナティ大学へ進学し、2001年までに同大学の新記録となる53本塁打・206四球・長打率.627・出塁率.499を記録した。
7650セット生産された限定版は各地で予約が殺到し供給が需要に全く追いつかず、多くの店で品切れが続出した。またゲーマーズ各店舗及び通信販売では、手付金が必要だったにもかかわらず、予約受付人数分の入荷数を確保する事が出来なかった為、発売1週間前に2006年10月14日以降のほぼ全ての予約者を一方的にキャンセルせざるを得なくなるという異常事態まで起きた。ただし、品薄は一部の転売屋による大手小売店での買占めが原因の大半であるといわれており、地方店では2007年3月末でも店頭在庫が確認された。また、オークションでも定価を下回る価格で取引がされており「7650セットというのはちょうどいい生産数だったのでは?」と意見が変わってきている。
進学校・気仙沼高校に越境入学して卒業。医学部を目指して浪人中、映画館に入り浸って3浪した末に「東京の大学に行って教職課程を履修し故郷に帰って教師になる」と両親に言って法政大学法学部に進学。映画好きの友人が無断で応募した映画『もう頬づえはつかない』のオーディションを受けて主役にキャスティングされそうでされなかった事を切っ掛けに芸能事務所に籍を置く。事務所の意向を受け不本意ながら1979年『仮面ライダー (スカイライダー)』主演オーディションに応募し3,786人の候補者から選出され主人公・筑波洋役でデビュー。役者をしている事を両親に黙っていたが『仮面ライダー』の放送が始まると両親に露見したので両親に了承されて大学を中退。1980年には、劇場版『仮面ライダー 8人ライダーVS銀河王』にも主演している。現代劇を中心に活動していたが、1985年の必殺スペシャル第5弾『必殺仕事人意外伝 主水、第七騎兵隊と闘う 大利根ウエスタン月夜』以降、必殺シリーズの花屋（後に鍛冶屋）の政役で出演し、時代劇にも活動の場を広げた。同年、NHK大河ドラマ『春の波涛』を皮切りに、1988年には『武田信玄』で農民から一城主になる武将高坂昌信、1993年の『炎立つ 第二部』では藤原清衡を主演した。1996年の『秀吉』では明智光秀を演じたが、時代考証を担当した小和田哲男の「明智光秀はこれまでの時代劇では悪役が多かったが、歴史的に見れば悪役とはいいがたい面もある。明智役は若くて爽やかで清潔感のある人を」という言葉により配役され、小和田もその演技に「満足した」と語っている。村上が演じていた時期に、光秀の居城である丹波亀山城や首塚（亀岡市宮前町の谷性寺）のあった京都府亀岡市を訪れる観光客が増加したことを、京都新聞が報道した。1999年『元禄繚乱』では柳沢吉保を演じ、2013年の『八重の桜』では松平春嶽を演じ、同作が東日本大震災からの復興のために作られる側面を持つことから、出演を決めたとのことである。1987年、映画『極道の妻たちII』での演技が評価され、日本アカデミー賞 優秀助演男優賞を受賞する。1989年の鴻上尚史監督のコメディ『ジュリエット・ゲーム』では、国生さゆり演ずるヒロインに一目ぼれし追いかけまわす小学校教師役で主演を務めた。1991年には、アメリカ映画『アイアン・メイズ/ピッツバーグの幻想』に出演し、国際的な活動も開始している。1992年、藤沢周平の小説『用心棒日月抄』を原作とした金曜時代劇『腕におぼえあり』に主演しシリーズ化され、2005年には近衛十四郎と千葉真一に次ぐ三代目・柳生十兵衛役として、金曜時代劇『柳生十兵衛七番勝負』に主演し、大層好評だったことから第3シーズンまで制作・放映された。このほかにはテレビ朝日の『八丁堀の七人』、『銭形平次』などに主演した。2009年6月、妻がモデル時代に在籍していた縁もありオスカープロモーションへ移籍。2011年、東日本大震災では、岩手県陸前高田市にある実家が被災した。外出中だった両親は辛うじて九死に一生を得たが、母方の叔父夫婦と従兄弟が死亡。実家の建物も半壊し、建て替えを余儀なくされた。2012年5月、NHK東日本大震災復興応援ソング「花は咲く」にボーカルとして参加。IBC岩手放送が毎年12月に開催するIBCラジオ・チャリティー・ミュージックソンにも度々ゲスト出演している。また2016年よりみなと気仙沼大使を務める。2018年2月に病院での検査で初期の大腸がんが見つかり、手術を受けていたことを2019年1月に所属事務所が公表した。