1848年に新生スイス連邦が誕生した後も、彼は公職を歴任した。1852年にはリヨンとジュネーヴを結ぶ鉄道の社長に就任した。1856年、スイスとプロイセン王国との間で両属状態にあったヌーシャテル（ノイエンブルク）カントンが共和政体を樹立しプロイセンからの離脱を求めた。ヌーシャテル事件である。これをスイスは支援したもののプロイセンは反発し、軍事介入の危機が生じた。このときデュフールは再び軍の最高指導者となり、またフランス皇帝ナポレオン3世とのパイプを生かして和平の斡旋を依頼した。結局翌1857年にナポレオン3世の仲介によって和平が成立し、ヌーシャテルはスイス領となった。
1840年代、スイスはジュネーヴやチューリヒ、ベルンなどの自由主義カントンと原初3州やルツェルンなどの保守派カントンの間で内紛が続き、分裂の危機にあった。優勢な自由主義カントンに対し、保守派7カントンは1845年1月、保護同盟を結成し、スイス盟約者団内に国家内国家が形成されることとなった。1847年10月、自由主義派で占められる盟約者団会議は、保護同盟（分離同盟）に対し軍事的行動に出ることを視野に入れ、デュフールをスイス史上初の将軍に任命し、軍事の全権を委任した。1847年11月4日、ついに両派の間に戦端が開かれた。分離同盟戦争である。デュフールはフランスやオーストリアなど近隣大国の干渉を防ぐためにすばやく戦争を決着させることを決め、各カントンを各個撃破していった。まずヴァリスを封鎖した後、11月14日フリブールを落とし、21日にはツークを占領、24日にはルツェルンを陥落させ、12月1日に開戦後わずか26日間で分離同盟全カントンを降伏させた。この戦いの際、デュフールは負傷者を自軍に収容し治療を施した。この戦いにおいて死者は両軍合わせて130人、負傷者も400人程度に抑えられた。なお、これまでスイス軍の兵士は自らの所属カントンの旗や白い十字を徽章として用いていたが、デュフールはそのうちの白い十字を採用し、軍の旗とした。これが戦後、スイス国旗として採用された。
天龍寺の地には平安時代初期、嵯峨天皇の皇后橘嘉智子が開いた檀林寺があった。その後約4世紀を経て荒廃していた檀林寺の地に後嵯峨天皇（在位1242年 – 1246年）とその皇子である亀山天皇（在位1259年 – 1274年）は離宮を営み、「亀山殿」と称した。「亀山」とは、天龍寺の西方にあり紅葉の名所として知られた小倉山のことで、山の姿が亀の甲に似ていることから、この名がある。天龍寺の山号「霊亀山」もこれにちなむ。足利尊氏が後醍醐天皇の菩提を弔うため、大覚寺統（亀山天皇の系統）の離宮であった亀山殿を寺に改めたのが天龍寺である。尊氏は暦応元年/延元3年（1338年）、征夷大将軍となった。後醍醐天皇が吉野で崩御したのは、その翌年の暦応2年/延元4年（1339年）である。足利尊氏は、後醍醐天皇の始めた建武の新政に反発して天皇に反旗をひるがえした人物であり、対する天皇は尊氏追討の命を出している。いわば「かたき」である後醍醐天皇の崩御に際して、その菩提を弔う寺院の建立を尊氏に強く勧めたのは、当時、武家からも尊崇を受けていた禅僧・夢窓疎石であった。寺号は、当初は年号をとって「暦応資聖禅寺」と称する予定であったが、尊氏の弟・足利直義が、寺の南の大堰川（保津川）に金龍の舞う夢を見たことから「天龍資聖禅寺」と改めたという。寺の建設資金調達のため、天龍寺船という貿易船（寺社造営料唐船）が仕立てられたことは著名である。落慶供養は後醍醐天皇七回忌の康永4年（1345年）に行われた。天龍寺は京都五山の第一として栄え、寺域は約950万平方メートル、現在の嵐電帷子ノ辻駅あたりにまで及ぶ広大なもので、子院150か寺を数えたという。しかし、その後のたびたびの火災により、創建当時の建物はことごとく失われた。中世には延文3年（1358年）、貞治6年（1367年）、応安6年（1373年）、康暦2年（1380年）、文安4年（1447年）、応仁元年（1467年）と、6回も火災に遭っている。応仁の乱による焼失・再建後、文禄5年（1596年）慶長伏見地震にて倒壊。その後しばらくは安泰であったが、江戸時代の文化12年（1815年）にも焼失、さらに幕末の元治元年（1864年）、禁門の変（蛤御門の変）で大打撃を受け、現存伽藍の大部分は明治時代後半以降のものである。なお、方丈の西側にある夢窓疎石作の庭園（特別名勝・史跡）にわずかに当初の面影がうかがえる。また、2500点余りの天龍寺文書と呼ばれる文書群を所蔵しているが、中世のものは度々の火災で原本を失ったものが多く（案文・重書案などの副本の形で残されている）、後に関係の深い臨川寺の文書が天龍寺に多数移されたこともあって、「一般に天龍寺文書といわれるが、現実には臨川寺文書が多数を占める」とまで言われている。これに対して近世のものは寺の日記である「年中記録」などの貴重な文書が伝えられている。ともに、中世・近世の京都寺院の状況を知る上では貴重な史料である。方丈の北側には、宮内庁管理の亀山天皇陵と後嵯峨天皇陵がある。