寝台特急列車が発着する13番線ホームは普通列車4・5号車停車位置付近に、寝台特急の乗客以外も利用可能な、寝台特急の到着待ち休憩所「五ツ星広場」があった。2015年に「北斗星」の定期運行が廃止されて寝台特急列車の定期発着が無くなり、解放機会がなくなり、案内板から消去され、設備等が撤去され、ホームの一部として復元された。代わりに13番線ホームの各所に常時使用可能のベンチが設置された。開設当初はテーブルが設置されるなどオープンカフェ風であったが、2011年時点で大幅に縮小し、椅子のみを配置して南北2か所に分割されている。北側エリアの壁は13番線から発着する「カシオペア」で使用されるE26系の車体を意識して作られており、同系列車体と同一の5色ラインが配されている。五ツ星広場で迷惑行為があったため、2012年8月25日から、利用可能時間が制限された。寝台列車発車の約1時間前から列車の発車まで利用可能であり、利用時間は、15時00分 - 16時20分（カシオペア・運転日に限る）、17時50分 - 19時03分（北斗星）、20時00分 - 21時15分（あけぼの）である。これら以外の時間は、伸縮門扉によって閉鎖されていた。これに伴って15番線と16番線との間、石川啄木の歌碑の横にベンチが2脚、設置された。
戦後は周辺地域で地下水利用が多く、地盤沈下が発生して周辺の地下水利用が制限されている。地下30mに位置する新幹線ホーム周辺の地下水は、建設前の1970年代初期は地下38mで新幹線ホームより8m下であった。地下水が余剰となり、1995年に地下14mまで水位が上昇し、浮き上がりによる駅構造の変形を防ぐため、新幹線ホームの床下に合計3万7000トンの錘を設置した。2004年に地下12mまで水位が上昇し、全長17mのアンカーボルトを、東京駅の横須賀線・総武快速線ホームの約5倍となる約650本陥入した。地下水を不忍池へ流す導水管も敷設され、不忍池の水質と水量保持、JRの下水道料金負担軽減など波及効果も得た。
当駅は、日本の鉄道黎明期に日本初の私鉄である日本鉄道が、上野 - 熊谷間の第一区線（現在の運転系統上の高崎線の一部。当駅 - 大宮駅間は現在では正式は東北本線、愛称宇都宮線）開業時に合わせて、東京下町北端の山下町に東京方の起点駅として開業した歴史ある駅である。以来、日本を代表するターミナル駅として栄えてきた。現在、当駅は北関東と東京を結ぶJR各線の中距離電車と東京都区部を走る各通勤電車（JR東日本・東京メトロ）各線が結節し、東北、上信越方面の各新幹線、その他在来線各線の優等列車が発着するなど、東京の「北の玄関口」として機能している。
1862年8月18日、南北戦争のために志願兵を集めに来ていた部隊がニューアルムを出発したが、ミルフォード・タウンシップで待ち伏せに合った。そのときの生存者は町に駆け戻り、開拓者達にインディアンの攻撃が差し迫っていることを警告した。町民は通りにバリケードを造り、女子供は利用できるレンガ造りの建物に押し込めて、攻撃に備えた。最初に攻撃されたのは8月19日であり、約100名のスー族戦士が町の背後の崖から町に向かって発砲した。少数の町民が出来る範囲で反撃した。その日の遅く、雷雨が襲ったためにインディアンは攻撃を続けられなかった。このとき彼らに命令を与えるような酋長は居なかった。この1日目の戦闘で町民の5人が死に、6人が負傷した。最初の攻撃が来た後に、セントピーター市とルシュール市からの派遣部隊の一部として、チャールズ・ユージーン・フランドローが到着した。エイサ・W・ダニエルズ、オーティス・エア、ウィリアム・ウォーラル・メイヨー各博士もこの集団に入っていた。メイヨー博士はメイヨー・クリニックを設立したウィリアム・ジェームス・メイヨーとチャールズ・ホレス・メイヨーの父だった。メイヨーとマンケイトーのウィリアム・R・マクマハンがダコタハウスで病院を設置し、エアとダニエルズが通り向かいの店舗に病院を作った。これらで負傷者の治療にあたることができた。フランドローの部隊はマンケイトーからの約100名、ルシュールからの2個中隊、ブラウン郡、ニコレット郡、セントピーター、ラファイエット、ニューアルムからの民兵で増強された。フランドローの指揮下には合わせて約300名の兵士と市民兵がいたが、大半は武装がお粗末なままだった。一方でニューアルムのメインストリートに拵えたバリケードの中には1,000人以上の開拓者がいた。8月23日土曜日午前9時半頃、スー族が町に対する2回目の攻撃を始めた。スー族の戦士は数では勝っており、町全体を取り囲むことができた。ニューアルムの防衛隊は掩蔽物の無い広い空間を作るために、多くの建物に火を点けた。部隊の副隊長だったウィリアム・B・ドッド大尉が市内のバリケードの1つから兵士達を誘導しているときに戦死した。夜になった後、フランドローはバリケードの外側に残っている建物に火を点けるよう命じた。市内の建物190棟が破壊された。翌8月24日朝、インディアンが再度現れ、長射程から無害な射撃を行った後に撤退した。その日遅くにフランドローは士官達を集め、弾薬や食料が欠乏し、疫病も流行っていたために、町を放棄することを決めた。8月25日朝、153両の荷車と大勢の避難民2,000人が町を離れて、約30マイル (50 km) 東にあるマンケイトーに向かった。この隊列を約150名の兵士が護衛にあたり、無事にマンケイトーに到着した。ミネソタ州の歴史家ウィリアム・ワッツ・フォルウェルは「これはごまかしの戦闘でも、些細な事件でもなく、かなり優勢な勢力から取り巻かれた町を英雄的に守った戦いだった」と述べていた。