大戦争のように、ウルグアイの二大政党がそれぞれアルゼンチン・ブラジルの支援を受けての内戦を繰り広げるという構図は既に述べたが、1854年に成立したコロラド党のベナンシオ・フロレス政権は翌年クーデターで崩壊し、1860年にはブランコ党のベルナルド・ベロ政権が誕生する。これに対してベナンシオ・フロレスは1863年4月にアルゼンチンのバルトロメ・ミトレ大統領の支援を受けてウルグアイに侵攻した。ミトレはかつて自分や、仲間の自由主義者を追放した憎むべきロサスに支援されていたブランコ党を許せなかったのだ。ブラジルもそれまでの伝統的友好関係から、ブランコ党がブラジルで牛泥棒をしたことを口実にして、1863年12月に公然とコロラド党を支援すると、後がなくなったブランコ党のアタナシオ・アギレ政権は1864年3月、遂にパラグアイに助けを求めることになる。ソラノ・ロペスは当初はこの要請を退けようとしたが、次第にブラジル、アルゼンチンのニ大国に挟まれて消滅しかかっているウルグアイの運命は、明日のパラグアイなのではないかと考えたようだった。こうしてソラノ・ロペスは1864年8月、ブランコ党を支援するためには戦争をも辞さない覚悟をブラジル公使に伝える。しかし、ブラジルはパラグアイの警告を無視して1864年10月にウルグアイに軍隊を派遣し、コロラド党軍と共にブランコ党との戦いに加わった。ブラジルの行動を座視できなかったパラグアイは1864年11月、パラグアイ川のブラジル船、『マルケス・ヂ・オリンダ』を拿捕し、パラグアイ戦争が始まるのである。
アルゼンチン、ウルグアイ、ブラジルをはじめ、イギリスは独立後のラテン・アメリカ諸国に莫大な借款を与えて周辺国化し、全ての国の経済をコントロールしていた。しかし、ラテンアメリカで唯一パラグアイだけがイギリスのコントロール下に入らず、カルロス・ロペスの下で自立的に近代化を果たしていた。かくしてアルゼンチンで強力にイギリスと敵対したロサスの失脚以降、イギリスがこの地に支配的な権力を確立するのに、パラグアイは最も危険な国となっていた。
1822年の独立後、ペドロⅠ世が失脚した後、ペドロⅡ世が即位すると、各地で起きていた反帝政反乱は終わりを迎え、1845年には最大の反乱だったリオ・グランデ・ド・スル州の分離独立戦争も終結した。大戦争以後アルゼンチンとの緩衝国となっていたウルグアイへの影響力拡大は進み、多くのブラジル資本が進出したが、同様に緩衝国だったパラグアイは自立的な発展を遂げていた。ブラジル帝国は内政の一応の安定を背景にパラグアイへの進出を目論み、カルロス・ロペスの時代には軍事力を背景にパラグアイ川の自由航行権を認めさせる。さらにマット・グロッソ付近の係争地において領土要求をパラグアイに突きつけ、次第にパラグアイへの対応は強硬なものになっていった。
運行開始当初は、トラ90000形無蓋貨車3両（91388,91402,91818）に簡易な座席と屋根・貫通路を設置したトロッコ車両を控車オハフ46形客車2両（2009,2027）がはさむ編成で、牽引機には貨物営業末期の飯田線で貨物列車を牽引していたDE10形ディーゼル機関車があてられた。1989年（昭和63年）からは列車としての魅力を高めるため、往年の本線用急行旅客機EF58形電気機関車が牽引機に抜擢され、同形式の動態保存列車としての性格も帯びるようになった。JR東海静岡運転所に所属する122号機と157号機が交代で牽引にあたり、この頃には両機が異なる塗色に塗られた（122号機がぶどう色一色、157号機が青にクリーム色の前面警戒色）こともあって人気を集めた。1992年（平成4年）からは佐久間レールパークの静態保存機から動態復元されたイギリス製で飯田線にも縁の深いED18形電気機関車（2号機）も牽引機に加わり、さらに魅力を増すことになった。同年には控車の冷房化を図るため、控車のオハフ46形1両を12系客車2両（スハフ12 31、オハ12 178）に置き換え、1993年（平成5年）にはトロッコ車両の乗車定員増を図るため、パレット輸送用荷物車マニ44形を改造したオハフ17形(1)を増備してオハフ46形を置き換えた。これにより基本的な編成は中部天竜方からスハフ12 - オハ12 - トラ90000×3 - オハフ17となったが、トラ90000形とオハフ17形を分割使用したり、オハフ46形を控車に使用したりするなどして飯田線北部でもトロッコ列車を運転することができるようになった。ちなみにオハフ17形の17は車両の性能を示すものではなく、伊那地方を走っていることから付けられたものである。1996年（平成8年）には、老朽化したトラ90000形の置き換え用にオハフ17形(11)が改造製作され、控車がスハフ12形2両(31, 104)に変更された。この時増備されたオハフ17 11は、車端部が両方とも貫通構造となっており、控車が電源装置を装備したスハフ12形2両となったこともあって、スハフ12形とオハフ17形各1両によるトロッコ列車の南部・北部同時設定にも対応することとされた。この際4車種4様であった外板塗装を青をベースに窓まわりクリーム色とし、腰板に金色で"CENTRAL JAPAN RAILWAY"のロゴを描いた統一的なものに変更した。編成は中部天竜方からスハフ12 104 - スハフ12 31 - オハフ17 11 - オハフ17 1となり、この編成で2006年（平成18年）の運転終了まで使用された。牽引機は、2005年（平成17年）8月にED18 2が致命的な故障を起こして運用を離脱し、EF58形の2両体制となったが、さらにEF58 122が老朽化により運用を離脱することになり、残るEF58 157だけでは運用がまかなえなくなることから、2006年（平成18年）5月7日をもって運転終了となった。運転終了後客車は、美濃太田車両区で休車となっていたが、2007年（平成19年）11月5日をもって廃車となった。