当駅は総武本線の地下区間に設置されている駅の一つである。開業当時はJR東日本の前身である日本国有鉄道（国鉄）の駅で最も地中深くにある駅（海抜-30.58m）だった。そのため、国鉄で一番高い野辺山駅と友好関係にあり、改札前に長野産の白樺でつくられたオブジェが設置されている。国鉄時代に制作されたスタンプ（わたしの旅スタンプ）には「国鉄で一番低い駅」と記されていた（JR化後は"国鉄で"を削除）が、後に高さが−27.14mに修正されたことや、さらに低い京葉線東京駅 (−29.19m) や海峡線吉岡海底駅（−149.5m、2014年3月廃止）が開業したために、2000年頃にスタンプ自体の劣化に伴って作り替えられた際に「問屋街と歴史のある町」に書き換えられた。
1935年（昭和10年）、社殿の祭壇から金色の兜が発見された。桶狭間の戦いののち、今川義元の家臣・岡部元信が義元の首級と引き換えに鳴海城を織田方に明け渡した際に合わせて引き渡された義元の兜であると伝わる。
現在のタイムズスクエアでの大晦日の祝賀会は、1904年に始まった。その頃、新聞社ニューヨーク・タイムズが、ロングエーカー・スクエアのタイムズ・スクエア1番地に、新しい本部（当時市で2番目に高い）を建て、スクエアの名称をタイムズ・スクエアに改名するよう市に説得した。改名は、1904年4月8日に行われた。新聞のオーナーであったアドルフ・オクスは、会社の本部の完成を、建物の上で、1903年12月31日の深夜に花火大会をして祝うことを決めた。20万人近くの人が、それまで毎年行われてきたトリニティ教会での祝賀会へ行かず、このイベントに参加した。しかし、オクスは、タイムズスクエアへより多くの人の目を引くため、より大きなイベントを望んでいた。4年間行われた祝賀会の後、新聞社のチーフ電気技師であるウォルター・F・パーマーは、屋根の旗竿から電光がついたタイム・ボールを落下させることを計画した。ボールは25 Wの電球100個で照明され、材料は鉄と木、重さ700 lb（320 kg）、直径が5 ft（1.5 m）だった。これが最初に使用されたのは、1908年（1907年12月31日）である。深夜に1秒間で落下した。ニューヨーク・タイムズは後に本社を西43丁目229番地に移転させたが、祝賀会は、毎年タイムズスクエア1番地で行われている。初代のボールは、1920年に交代となった。2番目のボールは、直径は5 ft（1.5 m）のままで、重さ400 lb（180 kg）、材料は鉄となった。第二次世界大戦中、灯火管制のため、1942年と1943年の大晦日がともに中止となった。この時、参加者らは、タイムズスクエアの至る所に取り付けられたスピーカーからのチャイムの音を聞き、真夜中に黙祷を捧げた。2番目のボールも1955年、直径5 ft（1.5 m）、重さ150 lb（68 kg）、アルミニウム製の3番目のボールと取り替えられた。3番目のボールは、アイ・ラブ・ニューヨークキャンペーンのために、外観からりんごの印象を受ける、赤い電球と緑の軸を使い1981年から1989年まで飾られていた。1989年にもとに戻ったが、1991年に湾岸戦争を記念して、赤と青の新しいボールに替えられた。3番目のボールは、ラインストーン、コンピューター化された照明装置のストロボを特色とし、1995年の大晦日のため、同年に改造された。その後、新世紀の到来のため、新しいボールが用意された。重さ1,070 lb（490 kg）で、直径6 ft（1.8 m）の4番目のボールは、ウォーターフォード・クリスタルでつくられ、504個のクリスタル・トライアングルと、168個のハロゲンランプの内側に432個の電球、赤、青のストロボで、緑、黄色で外部を照らした。トライアングルの多くは、「フェローシップの望み」「学問の望み」「まとまりの望み」「勇気の望み」「治療の望み」「裕福の望み」など、年一回変わるテーマについてのメッセージを記入していた。2001年にはアメリカ同時多発テロ事件で国に支援した組織の名前が彫られた。2007年のニューイヤーズイブの2006年12月31日、発光ダイオードを新しくした。1999年につくられたボールの複製は、アイルランドのウォーターフォード・クリスタル工場で展示されている。タイム・ボール100周年を記念し、2007年の大晦日のため、5番目のボールがデビューした。直径は6 ft（1.8 m）のままだが、重さは1,212 lb（550  kg）と重くなり、ニューヨーク・シティのライトを焦点にかたくつけられた。点灯パターンがコンピュータ化されたフィリップスのLED照明（1670の色をつくることができる）を使用している。ボールは、10台のトースターと同じ電力しか消費しない、9,567個のエネルギー効率のよい電球を使っている。2008年のボールは、この年のみ使われた。2009年のニューイヤーズイブには、新しいボールがつくられた。新しいボールは、2008年のボールの設計を活かしながら、その2倍もの大きさを持っていた。最新のボールは、重さ11,875 lb（5,386 kg）、直径12 ft（3.7 m）で、正二十面体のジオデシック・ドーム型のボールである。新しいボールが使用されるため、タイムズスクエアの旗竿は、スクエアからの高さ475 ft（145 m）にもなっており、長くなっている。新しいボールは、一年中スクエアの上に置かれる。2005年-2006年のイベント以来、ボールが落とされる前に、世界の平和を謳うジョン・レノンの『イマジン』が流される。2010年-2011年のイベントからは生演奏となっている。