第三層に見られた円形の構の建造は第二層に入ると小さい長方形の部屋の建造に取って代わられる。長方形の部屋になったことで、丸い構に比べてスペースを有効に使えるようになった。この変化はしばしば新石器時代の到来を感じさせるが、依然としてかつての丸い構の特徴をなしていた丁字型の石柱が現れる。つまり第二層のこれらの建物も神殿としての機能を持っていると考えられる。第二層は先土器新石器Bに分類される。いくつかの隣り合う、ドアや窓の無い四角い部屋の床は石灰で磨かれていてローマのテレゾーの床を彷彿とさせる。放射性炭素は紀元前8800年から紀元前8000年の遺構であることを示している。いくつかの丁字型の石柱は1.5メートル以上の高さがあり、部屋の中央に据えられている。獰猛な表情のライオンの彫刻が施された石柱はそれが安置されている部屋の名前、すなわち「ライオンの柱の建物」のもととなっている。
台地は侵食と採石によりその形を変えてきた。採石は新石器時代に限ったことではなく、ギリシャ・ローマ時代にも行われていた。台地の南部には長さ10メートル、幅20センチの4本の溝が見つかっている。これらは長方形のブロックを切り出した跡だと考えられている。これらはすぐ近くに土台のみ残っている長方形の建物に関わりがあるものと見られる。おそらくはリメス・アラビクス（ローマの国境防衛線）上の見張り塔であるが良くわかっていない。台地の地形はほとんどが新石器時代に行われた巨大な一枚岩の彫刻のための採石によるもののように思われた。それらのブロックをはぎとったような輪郭が岩肌にのこっている。そして円形の石材が生産されていたらしい石切り場も見つかっている。この「石切り場」説は南東の斜面で3メートル四方の石材が見つかったことで信憑性を得た。まだ切り出されていない丁字型の石柱が3本みつかっており、これらは新石器時代の石切りによるものとみて間違いない。最も大きなものは北に残されている。長さは7メートル、頭の部分の幅は3メートルに及ぶ。この石柱の重さは50トン前後と予想される。完成していない他の2本は南の台地に放置されていた。西の縁ではライオンのような像が見つかっている。この地域には燧石や石灰岩の欠片が多数散らばっており、彫刻の工房があったのではないかと考えられる。一方で、南の台地の表面3ヶ所に描かれたファルス（陰茎）には謎が残る。それらがギリシャ・ローマ時代の石切り場に近いことも年代の特定を難しくしている。遺丘から離れたところに切り出された基礎がある。石柱を支えるためにあけられたのであろうソケットが2つ、それとそれらを囲むようにベンチが備えている。この基礎の構造は遺丘の第三層の基礎と一致する。この基礎はコンプレックスEとよばれている。ネヴァリ・コリの神殿と似ているので、同様に「石の寺院」とも呼ばれている。床は滑らかで、基盤岩から丁寧に切り出されている。これはギョベクリ・テペの若い遺構の床にみられるテラゾーを思わせる。すぐ北西には2つの貯水槽のように見える穴がありおそらくはコンプレックスEの一部と考えられている。穴の一方には腰くらい高さの標と5段の階段が備わっている。西の急斜面には洞穴が見つかっており、小さな牛のレリーフが見つかっている。この洞穴から見つかったレリーフはこれだけである。
銀がコムストック・ロードで初めて発見されたとき、自然の泉から流れ出る水だけで坑夫達とバージニアシティの小さな町の水需要を満たしていた。人口が増加すると家庭用に井戸が掘られ、幾つかの坑道から湧き出る水が供給水に加えられた。精錬所や荷揚げ作業が増えてくると、蒸気ボイラーで使われる水の需要が大きくなったので、このとき数千人規模になっていた住民に対する水供給が足りなくなった。この需要に合わせて「バージニアシティ・ゴールドヒル水会社」が結成され、コムストック・ロードでは非鉱業分野で初めての会社になった。周辺の山の井戸や坑道の水は間もなく枯渇した。無尽蔵に水源があるシエラネバダ山脈に水を求めることが喫緊の課題になった。シエラネバダ山脈とバージニア山脈の間にはワショー・バレーがあり、深さ2,000フィート (600 m) 近い巨大な溝だった。スイスの経験を積んだ技師でサンフランシスコの水道工事を計画して大きな評判を呼んだハーマン・シュッスラーがコムストック・ロードに連れて来られ、新しい工事の計画と設計を行った。1872年には測量が行われ、1873年6月11日にパイプラインの最初の部分が置かれ、同年7月25日には完成した。最初のパイプは鍛鉄で作られ、全長は7マイル (11 km) 以上、内径は12インチ (300 mm)、流量は毎時92,000ガロン (348 m³/h) だった。パイプは逆向きのサイフォンの形でワショー・バレーを横切り、最も低い地点では水柱1,720フィート (524 m) すなわち800ポンド/平方インチ (56 kg/cm²) の圧力があった。入り口は出口より465フィート (141 m) 高く、水は大きな圧力で押し出された。シエラネバダ山脈にある入り口にもたらされる水は2つの大きな蓋つき用水路からのものであり、パイプの出口ではバージニアシティまで12マイル (19 km) の距離にある2つの大きな用水路に送られた。パイプは鍛鉄の板を曲げてリベット接合されており、パイプの接続には3列のリベットが使われた。パイプ同士の接合部には水密にするために鉛が使われた。最初の水は1873年8月1日に高らかなファンファーレと共にゴールドヒルとバージニアシティに到着した。この完成により世界でも最大の水圧を持った水輸送系となり、やはりシュッスラーが設計したカリフォルニア州チェロキー・フラットの水輸送系を凌いだ。この水会社は第2の水輸送系を1875年に、第3のものを1877年に引いた。これらのパイプは重ね溶接継ぎ手で出来ており、リベットの頭による摩擦が少なくなったのでより多くの水を運べた。水供給先を多方面にし、信頼性を上げるために用水路もさらに多く造られた。