1987年にPCエンジン（初代機）が発売され、初年度で60万台の出荷を行った。メディア展開としてテレビの専門番組にハドソンが提供・協力、一部は日本電気ホームエレクトロニクスも提供をしている。それに加え広報の一つとしてPCエンジン発売に合わせファミコンソフトのイベントだったハドソン全国キャラバンの課題ゲームをPCエンジン用に切り替えており、『コロコロコミック』のタイアップ記事や『週刊少年ジャンプ』の読者コーナーなど、影響下にあるメディアでPCエンジンの話題を多く取り上げた。1987年に設立されたNECアベニューがゲームソフトの開発と販売を行っている（NEC-HEはハードウェア製造メーカーだった）。また、ハドソンが初期のラインナップを充実させている。この時期ファミコンソフトの製造での優遇措置停止で任天堂とのトラブルになっていたナムコ（後のバンダイナムコエンターテインメント）が参入。ハドソン・NECアベニューと共に初期の三本柱に、参入社数過多により飽和状態になっていたファミコン市場から新たな市場を求めたサードパーティがPCエンジンへと参入した、タイトー・アイレム・データイースト・日本物産などが参入。ファミコンでは実現が難しかったアーケードゲームが移植された。これにより任天堂のファミリーコンピュータが独占状態であった国内家庭用ゲーム機市場では任天堂に次ぐ二番手となった。カプコンやコンパイルなどはソフトのOEM供給などをしていたが、参入して自社ブランドで販売することはなかった。1988年11月にCD-ROM²を発売。CD-ROM²は1989年の『天外魔境 ZIRIA』『イースI・II』、1990年の『スーパーダライアス』といったキラーソフトの登場により普及が加速していった。1989年末にはテレビへの出力端子を従来のRF端子からAV端子に変更して色はダークグレーになり、コントローラーのI・IIボタンに連射機能が搭載されたものに変わったPCエンジンコアグラフィックス、拡張バスを削除してCD-ROM²や天の声などは繋げなくHuカードのみ専用にした廉価版のPCエンジンシャトル、Hu6270を2個に増量しVRAMを2倍、メインメモリを4倍に強化したPCエンジンスーパーグラフィックス、本体の拡張バスから繋ぎPCエンジンを使って画面に絵を描け、アーティストツールで印刷をすることも可能なプリント&イラストブースタという4種類のハードを発売している。1991年6月にコアグラフィックスと性能は同じだが、価格を5000円ダウンさせたコアグラフィックスIIが19800円で発売された。ハードの色はSUPER CD-ROM²システムと同色となる。12月にSUPER CD-ROM²を発売している。またこの時期にコナミ（その後ゲーム事業はコナミデジタルエンタテインメントへ移管）も参入し、NEC HEも日本市場（それまで当社は米国市場のみでゲームソフトを発売する程度だった）でゲームソフトを販売するようになり、後期以降の主要ソフトメーカーにまで発展した。翌1992年3月にはCD-ROMが100万台を突破し、ソフト供給はCD-ROM中心になる。この時期にPCエンジンの主力メディアはHuカードからCD-ROMへ移行が進み、本体もPCエンジンDuoシリーズが主力になっていった。しかしながらHuカードもコンパクトサイズハードであるPCエンジンGT、PCエンジンLTなどで依然として意義はあり、供給を継続していた。国内市場では1992年時点でスーパーファミコンに次ぐ24.7％のシェアを占めていたとする調査結果が雑誌に掲載された。この時期に『天外魔境II』『スナッチャー』といったSUPER CD-ROM²を代表するキラーソフトが発売されている。CD-ROMの普及に伴い、日本ファルコム・アートディンク・システムソフト・リバーヒルソフト・ブレイングレイ・マイクロキャビン・コーエー（後のコーエーテクモゲームス）・日本テレネットといったPCゲームのソフトハウスが参入。1994年春にアーケードカードが発売。RAMは18Mbitへ増強されネオジオで人気を博していた『餓狼伝説2』『龍虎の拳』が目玉ソフトとして発売された。この年の末にPCエンジンの次世代機PC-FXが発売される。PC-FXが発売以降もPCエンジン市場は継続され、1999年6月にメッセサンオーとソフマップ専売で発売された『デッド・オブ・ザ・ブレイン 1&2』を最後にソフトの供給は終了した。
解剖学者や医療関係者からさまざまなおかしな点が指摘されている。異星人の解剖という科学的に無二の貴重な機会を、何週間もかけるのでなく2時間で終わらせるのはおかしい。体の中から取り出された内臓や脳らしきものが結合組織によって保持されていたように見えない。ヒトと似た外的器官を持つのに、体腔の中は構造的でない不定形の塊で、非現実的である。病理学者や外科医はハサミを使用する際、穴に中指を通すのに、映像の人は人差し指を通している。異星人の毒ガス、微生物から身を守るためと思われる防護フードを被っているのに、新鮮な空気を送るポンプとホースがない。特殊効果アーティストたちの多くは「死体」は特殊効果のダミーであると信じている。イギリスの特殊効果専門家クリフ・ウォーレスCliff Wallaceによると、死体の姿勢がおかしく、直立姿勢でとられたキャストに感じる。あるシーンで腕に鋳型の継ぎ目ラインらしいものが見える。ハリウッドの特殊効果専門家トレイ・ストークスによると、死体は軽く「ゴムのよう」であり、肩と上腕がテーブル面から浮いている。ストークスは「異星人の作り方」と題する記事も発表した。トレイ・ストークスらの調査によると、18人の著名な生物特殊効果アーティストらに異星人解剖フィルムについての意見を調べた結果、18人全員が偽物であるという意見だった。また、異星人解剖フィルムが公開された後、特殊効果で実現できることを証明する目的で、いくつもの「本物」よりリアルな異星人解剖フィルムが制作された。異星人解剖フィルムの死体はロズウェルUFO事件の異星人と外見が異なる。ロズウェルUFO事件の目撃者たちの話す異星人は、もっと背が低く、もっと眼は大きく、耳はなく、手足の指は親指を欠いた四本指である（六本指ではない）。残骸フッテイジに映るIビームも、ロズウェルUFO事件の一目撃者が叙述したものとかなり異なる上に、断面が強度を高めるI字鋼の構造をしておらず、さらに刻印された「ヒエログラフ」は"VIDEO O TV"という文字列を装飾したものにしか見えない。また、サンティリはハリー・S・トルーマン大統領が死体解剖の一つに付き添っている姿が映るフィルムがあると主張したが、その時期トルーマンはニューメキシコ州にはいなかった。異星人解剖フィルムと、TF1へ提供されたボックスラベルの写真コピーを三人の元従軍カメラマンに見せたところ、多数の矛盾が指摘された。カメラマンはワシントンD.C.に配置され1947年6月1日にロズウェルへ飛んだと主張するが、当時全ての州に極秘情報保安の認定を受けたカメラマンがいた。当局が全てのリールを回収しなかったためにフィルムが残ったと主張されるが、極秘計画ではフィルムは厳密に管理されていた。当時、重要な医療処置の撮影は16mmカラーフィルムが使われ、机に隣接するライザーと天井からの二台の固定カメラが用いられた。撮影は常に、動画カメラマンと静止写真家の二人一組で行われた。撮影方法が軍の標準化された手順と手法にのっとっていない。ボックスラベルに書かれたフィルムと、カメラマンと主張される人が言うカメラを使えば焦点は良く合うはずであり、解剖フィルムは「わざとぼかされてどの物体も詳しく見えないようになっている」。フィルムボックスのラベルについても、元従軍カメラマンは三人ともシールに押印されたラベルは見たことがなく、ラベルに書かれている内容も不必要に解像度を下げる手順を示していた。さらに、ラベルの文章はヨーロッパスタイルの筆跡であった。壁電話について、1956年まで導入されていなかったタイプの電話であると指摘されたことがあったが、後に1946～1947年に導入されたタイプの電話であることが明らかになった。