議連の候補として挙がっている近畿圏については、官公庁の地方機関や内外の防災関係機関、京都には京都御所もある地域である。現在、日本銀行のバックアップセンターも立地している。国の機関の地方の支部としては、領事館は大阪にあるものでは「総領事館」が多く、たとえば在大阪英国総領事館の管轄地域は、中部（富山、石川、福井）、近畿（三重を除く）、中国、四国、九州、沖縄に及んでいる。議連により、大阪国際空港跡地（大阪府、兵庫県）、関西文化学術研究都市（大阪府、京都府、奈良県）、万博公園（大阪府）、愛・地球博記念公園（愛知県）、名古屋空港跡地（同）が候補地として検討された。敷地の広さや交通アクセス、都市のキャパシティや人口、東京からの距離など7基準から総合評価した結果、大阪国際空港跡地が最有力となっている。大阪国際空港の廃止には、既存空港施設撤去に要する莫大な費用・時間、代替空港となる関西国際空港のアクセス面等の不安、大阪国際空港閉鎖による北大阪経済への打撃、新幹線・中央新幹線への対抗交通手段確保の必要性、さらに、航空利用者の利便性確保などの問題があり、現実的ではないとの指摘もある。関西国際空港の株主であり同空港のハブ空港化を目指す橋下徹大阪府知事・大阪市長は、大阪国際空港を廃止して、その跡地に東京のバックアップ機能を建設し、副首都を作るという構想を持っている。2010年8月9日、橋下は石井一と連携し、空港跡地に首都機能バックアップの拠点とする「副首都」構想を目指す意向を示した。しかし、大阪国際空港跡地利用については、副首都構想への利用ではなく、他の都市開発のためにその跡地を売却し、関西国際空港のアクセス改善のため関空リニアやなにわ筋線の建設費とする計画もある。2013年2月4日に関西経済連合会が東京に本社を置く大企業など全国１千社を対象に実施したアンケート調査では、首都機能停止時の代替機能を置く候補地として74％の企業が関西を上げた。
東京都知事の石原慎太郎（当時）は2011年4月22日の定例会見で、東北地方太平洋沖地震をふまえ、「首都機能はいい形で分散されるのが好ましい。東京への過度な集積は好ましくない」と強調。石原は東日本大震災の余震が頻発していることを挙げ、「東京直下の地震の確率は高くなった」と述べ、そのうえで、JR東海が計画しているリニア中央新幹線に触れ、「東京と大阪が1時間で結ばれれば画期的だ」とし、「（首都機能のうち）証券市場の中心は大阪に移すなど、大きな発想力で取り組むべきだ」と首都機能移転を一部推進するべきとの考えを訴えた。同年7月1日には副首都建設を目指す超党派の「危機管理都市推進議員連盟」会長の石井一も同席して、石原慎太郎東京都知事（当時）と、橋下徹大阪府知事（当時）が会談し、東京を「首都」大阪を「副首都」とする方針で合意。橋下は「副首都」について、「東京から行政機関を移転するということではなく、副首都を担える行政機構、都市機能を整備していくということだ」と説明した。2011年、内閣総理大臣の菅直人は「東日本大震災の教訓を踏まえて、首都中枢機能が必要」と明言した。
2012年1月16日、NFLスカウトコンバインに向けて、フロリダ州ブレイデントンにあるIMGアカデミーでトレーニングを始めた。ドラフト前、彼はドラフト中位での指名が予想された。2月に元NFLのQB、クリス・ウィンキは、ウィルソンについて、彼が6フィート5インチの身長があったなら、その年のドラフト候補でナンバー1のQBだと述べた。4月11日、ESPNマンデーナイトフットボールのアナリスト、ジョン・グルーデンもウィルソンは、背の低さがなければドラフト1、2巡で指名される選手だと語った。ほとんどの人が、彼の身長はNFLのQBには低すぎると思っており、活躍を予想していなかった。NFLスカウトコンバイン時の面接について、ジョン・ドーシー（2013年よりカンザスシティ・チーフスGM）は、人間としての強さや、知性の高さ、メンタル面でのタフさ、他の選手を統率するカリスマ性などがダントツだったと語っている。4月27日のドラフトでは、3巡75位でシアトル・シーホークスに指名された。シーホークスがドラフト指名したQBとしては、1999年に全体77位でブロック・ハードが指名されて以来の高順位での指名となった。同年5月7日にシーホークスと4年299万6000ドルで契約を結んだ。トレーニングキャンプでは先発待遇でグリーンベイ・パッカーズから移籍して来たマット・フリンやタバリス・ジャクソンと先発を争った。8月11日のテネシー・タイタンズとのプレシーズンゲームでデビューした。プレシーズンの2戦で活躍した彼は、8月24日のカンザスシティ・チーフスとのプレシーズンゲームで初先発した。8月26日にウィルソンが先発QBとなることが発表された。9月9日のアリゾナ・カージナルスとの開幕戦では、パス34回中18回成功、153ヤード、1TD、1INTでチームは16-20で敗れた。3試合目のグリーンベイ・パッカーズ戦ではゴールデン・テイトへのヘイルメアリーパスがTDとなり、14-12で勝利した。このプレーを巡っては、審判に対するNFLのロックアウトによる、代替審判による判定が問題となった。第10週のニューヨーク・ジェッツ戦でパス19回中12回成功、188ヤード、2TD、ランでも7回34ヤードを走り、その週のNFL週間最優秀新人に選ばれた。第13週のシカゴ・ベアーズ戦ではパス37回中23回成功、293ヤードを投げてNFC最優秀攻撃選手に選ばれた。第16週のサンフランシスコ・フォーティナイナーズ戦では4TDパスを決めて42-13で勝利した。シーホークスが5勝をあげた12月には、QBレイティング115.2をマークして、NFL月間最優秀新人攻撃選手に選ばれた。この年、シーズン前半はパス回数が少なかったが、後半にはパス回数が増加した。NFL4位のQBレイティング100.0をマークして、それまでベン・ロスリスバーガーが持つ新人QB記録98.1を更新した。またパスで3,118ヤードを投げ、ペイトン・マニングが持っていた新人QBのTDパス記録に並ぶ26TDをあげた。またランでも489ヤードを走り、4TDをあげた。彼のスクランブル能力はプロフットボール殿堂入りを果たしているフラン・ターケントンと比較された。この年全試合で先発QBを務めた彼は、11勝5敗の成績でチームをワイルドカードでプレーオフに導いた。ワシントン・レッドスキンズとのワイルドカードプレーオフでは、187ヤードを投げて、ランでも67ヤードを走り、24-14で勝利した。アトランタ・ファルコンズとのディビジョナルプレーオフではパス36回中、24回成功、385ヤードで2TDパスを投げるとともに、60ヤードを走る活躍を見せたが、28-30で敗れた。プロボウルにマット・ライアンの代役で出場し、パス10回中8回成功、98ヤード、3TD、0INT、QBレイティング147.1の成績をあげた。低年俸だが活躍した彼は、シーズン終了後NFLより、22万2000ドルのボーナスを受け取った。この金額は彼の基本給40万5000ドルの半額以上であった。シーズン終了後、NFLルーキー・オブ・ザ・イヤーの投票では、ロバート・グリフィン3世、アンドリュー・ラックに続く3位となったが、ファン投票で選ばれるペプシNFLルーキー・オブ・ザ・イヤーに選ばれた。2012年9月、先発QBに指名された後、リーバイスの"Go Forth"のキャンペーンCMに起用され、9月18日からCMがオンエアされた。