日本海軍の保有戦艦6隻（富士、八島、敷島、初瀬、朝日、三笠）のうち戦艦2隻（八島、初瀬）の同時喪失は、大きな衝撃を与えた。海軍は艦艇緊急補充（装甲巡洋艦の国産化と潜水艇の建造）を提議、5月23日に諒承された。この装甲巡洋艦が筑波型巡洋戦艦2隻（筑波、生駒）、潜水艇がエレクトリック・ボート社より輸入したホランド型潜水艇である。また第一戦隊は戦艦4隻（三笠、朝日、敷島、富士）と装甲巡洋艦2隻（日進、春日）の6隻編制となり、黄海海戦や日本海海戦で活躍した。1935年（昭和10年）10月2日、昭和天皇は弟宮の崇仁親王（大正天皇第四皇男子）の称号について「泊瀬（初瀬）」を選んだが、後日「三笠」に変更されている。太平洋戦争（大東亜戦争）ガダルカナル島攻防戦が繰り広げられていた1942年（昭和17年）10月から11月にかけて、日本海軍はアメリカ軍が保持するガダルカナル島ヘンダーソン基地飛行場に対し、金剛型戦艦や重巡洋艦による艦砲射撃を幾度か実施していた（ヘンダーソン基地艦砲射撃）。11月中旬に実施予定の戦艦「比叡」（第十一戦隊司令官阿部弘毅少将）と戦艦「霧島」による砲撃計画を説明された昭和天皇は以下のように訓示した。一五五〇、戦況上聞。七日のd×9の輸送成功、但し敵機二〇機来襲、水上機一〇機上空直衛にて戦闘、昨夜迄未帰還機七機。ガ島(飛行機)場に対し、B×2にて砲撃の予定に対し、仝一作戦を繰返し「初瀬」「八島」〔日露戦争当時の戦艦で旅順口の作戦でともに敵機雷に触れ爆沈した〕の如きことなきや警戒を要すと、仰せあり。米英軍、モロッコ大西洋岸及地中海岸に上陸の報あり。 — 昭和17年11月8日 日曜日、城英一郎著/野村実編『城英一郎日記』204ページアメリカ軍は日本艦隊を待ち構えており、11月12日夜以降ガダルカナル島やサボ島近海で繰り広げられた夜間水上戦闘や空襲によって日本軍は戦艦2隻（比叡、霧島）を含む多数の駆逐艦や輸送船を喪失、天皇の懸念は適中した（第三次ソロモン海戦）。
ほとんどのC-87はアメリカ航空輸送軍団により運用され、アメリカの民間航空会社出身の民間の搭乗員の手で飛行した。これらは当初C-47では長距離過ぎて飛行不可能な大洋横断航路に使用され、1942年の日本のビルマ侵攻後にはヒマラヤ山脈を横断する危険な航路でインドからアメリカや中国の勢力へ戦争物資を空輸する「"ハンプ越え"」に使用された。この航路が確立されるとC-87は大搭載量でこの航路を飛行するのに十分な高高度性能を有するアメリカの手持ちの中では唯一の輸送機となった。C-87は数多くの問題に悩まされ、搭乗員達の間では悪評の高い機体であった。アーネスト・K・ガンは著書の『Fate is the Hunter』の中で「そいつらはその外観以外はかなり有能なB-24とは似ても似つかない悪魔的にやっかいなキカイだった。」と述べている。不満は扱いにくい操縦系統の配置、多発するエンジンの不具合、油圧漏れ、離着陸中に不意にコックピット内の電気系統が落ちる傾向にあるといった辺りに集中していた。搭載量が大の場合の上昇が緩慢で、インドや中国の未整備で水浸しの飛行場から離陸するときは危険な特性を示し、多くの機体が離陸後間もない地表との衝突で失われた。アーネスト・K・ガンの著作ではタージ・マハルの近くで地面に衝突しそうになった大搭載量のC-87について詳細に述べられている。C-87の長距離飛行用予備燃料タンクは即席で繋がれた上に漏れがちな配管は搭乗員達のキャビンと交差しているため搭乗員達は有害な気化したガソリンで窒息しそうになり、引火爆発の危険性もあった。またC-87は飛行中の着氷に見舞われた場合に回復不可能な失速やスピンに陥る傾向にあり、正確な天気予報がでるようになる（ガンが言うには「1杯のハイボールを冷やす氷も届けられない程・・・」）以前の時代にはヒマラヤ山脈上空でしばしばこの状況が発生した。C-87は不適切な貨物の積載により飛行中に重心が変わった場合に不安定にもなった。この縦方向の不安定さはこの機体が即席で爆撃機から輸送機へ改装されたことに起因していた。初めから積載貨物の前方や後方への偏りに余裕を持たせた隣接する貨物室を有するように設計される普通の輸送機とは違い、B-24の設計に組み込まれた爆弾架や爆弾倉は位置が固定されていて不適切な積載に対する許容度が非常に限られていた。戦時の緊急性とアメリカ陸軍航空軍航空輸送軍団のC-87の特性に合わせたロードマスター教育の失敗により、この問題の大きさに拍車がかけられた。爆撃機としての設計を根本に持つことは、頻繁に発生した首脚の折損の原因となっていたと考えられる。首脚の強度はこの機が整地された飛行場に着陸する前の飛行中に積載物を投棄することを前提にして適切なものとされており、荷重がかかった状態で繰り返し荒れた未整備の滑走路にハードランディングを行うには不十分であることが証明された。C-87の第一線の輸送機としての任務は、似たような性能と高い信頼性、より良好な飛行特性を併せ持つダグラス C-54 スカイマスターやカーチス C-46 コマンドーに急速に取って代わられた。残存するC-87はVIP輸送機や飛行搭乗員の訓練用機に改装されるか、幾機かはイギリス空軍へ売却された。