JSTORは、論文誌や未発表原稿の内容、電子地図や電子的にスキャンされた植物標本を収蔵して、ネット上で配布する電子図書館である。スワーツは、ハーバード大学の研究員だったので、JSTORの使用権を持っていた。加えて、MITの「オープンキャンパス」の訪問者は、ネットワーク上でJSTORにアクセスすることが認められていた。州当局および連邦当局によると、2010年後半から2011年前半の数週間で、スワーツは、多数の学術雑誌の論文をJSTORからMITのコンピューターネットワークを通じてダウンロードした。当局者は、スワーツがラップトップ・パソコンを通信コントロール用の配線クローゼットの中にあるネットワークスイッチに接続して、ファイルをダウンロードしたと語った。ブログメディア「Slate」の犯罪記者で、「コロンビア・ジャーナリズム・レビュー」の編集者のジャスティン・ピーターズによると、配線クローゼットの扉には鍵が掛かっていなかった。2011年1月6日、スワーツは、ハーバード大学のキャンパスの近くで、犯行目的でビルへ不法侵入した罪により、2人のMITの警察官と合衆国シークレットサービスによって逮捕された。州検事らは　スワーツを連邦裁判所に起訴した後で、罪状を取り下げた。ハーベイ・シルバーグレート弁護士によると、この種の事件に詳しい弁護士がスワーツに対し、マサチューセッツ州ミドルセックス郡の地区検事はスワーツの事件を「厳重注意」と「監視なしの執行猶予」で済ませるつもりだと伝えた 。彼がCNETのデクラン・マクラーフに説明したところによるとこのような処分では、起訴は評決なし（「監視なし」）に停止（「執行猶予」）される。被告人は数ヶ月間から数年間は執行猶予で、それ以上の法的なトラブルを起こさなければ、起訴は却下されて被告人に犯罪記録は付かない。これがスワーツ逮捕時の弁護士の予想であった。「悲劇が起きた」と、シルバーグレートは「マサチューセッツ・弁護士ウィークリー」に書いた。「連邦検事局が事件を引き継ぐとメッセージを送ってきたのだ」。
2010年12月27日、スワーツは、ウィキリークスに情報を漏らしたとして逮捕されたチェルシー・マニング（ブラッドリー・マニング）の処遇の調査を情報公開法（FOIA）に基づいて請求した。2013年1月21日、ロシア・トゥデイは、ウィキリークスがTwitterを通じて出した声明について報じた。声明の内容は、スワーツがウィキリークスを支援していたこと、2010年11月からジュリアン・アサンジと連絡を取っていたことだった。
2006年頃に、スワーツは、アメリカ議会図書館の図書目録の完全なデータを入手した。図書館はこれにアクセスするために料金を請求していたが、行政書類であることから、アメリカ合衆国の著作権法で保護されていなかった。そこで、スワーツは、Open Libraryにデータを公開して、これを自由に使えるようにした。
スワーツは、ウィキペディアのボランティア編集者だった。2006年、スワーツは、ウィキメディア財団の役員会に立候補したが、失敗した。その時、スワーツは、ウィキペディアの記事がどのように書かれているのかを分析し、実際のコンテンツは万単位のたまに執筆する人や、ほとんど執筆をしない「部外者」に由来し、500人から1000人の常連編集者がスペルや形式の間違いを修整する傾向があると結論付けた。スワーツによると「形式を整える人が執筆する人を助けていて、その逆ではない」。スワーツは、無差別に選んだ複数の記事の編集履歴の分析によって、ウィキペディアの創業者であるジミー・ウェールズの意見を否定する結論を下した。ウェールズは、常連編集者の中心的なグループがほとんどの記事を書いていて、その他に数千の協力者が居て、形式を整えていると思っていた。ウェールズは総編集回数を計測していたが、スワーツはある記事に1人の編集者が追加した文字の総数を計測することで結論にたどり着いた。スワーツの分析は、ブログで発表され、 ウィキメディア財団の役員会に選出されるための資料の1つになった。
ダーウィニズムが進化論において主流の地位を占めた後でも、獲得形質の遺伝を証明しようとする実験が何度か行われている。特に有名なのは、オーストリアのパウル・カンメラーによるサンバガエルの実験である。彼は両生類の飼育に天才的な才能を持っていたと伝えられ、陸で交接を行い足に卵をつけて孵化まで保護するサンバガエルを、水中で交接・産卵させることに成功した。水中で交接するカエルには雄の前足親指の瘤があって、これは水中で雌を捕まえるときに滑り止めの効果があると見られる。本来この瘤はサンバガエルには存在しないのだが、カンメラーはサンバガエルを3世代にわたって水中産卵させたところ、2代目でわずかに、3代目ではっきりとこの瘤が発現したと発表した。つまり、水中で交接することでこの形質が獲得されたというのである。ところが公表された標本を他の研究者が検証してみたところ、この瘤はインクを注入されたものであることが発覚。実験自体が悪質な捏造であると判断され、カンメラーは自殺した。その後、サンバガエルの水中飼育に成功した例は存在しない。カンメラーと同じ頃、ソビエト連邦ではイヴァン・ミチューリンによって獲得形質の遺伝が力説され、生物学界に一定の支持を得ていた。その中の一人であるトロフィム・ルイセンコはミチューリンの理論を発展させ、これを獲得形質と判断し独自の進化論を述べた。しかし、これには現象そのものの理解に問題があり、現在ではこれを支持するものはいない（ルイセンコ論争を参照）。2000年ごろまでの分子遺伝学では、専ら「遺伝における情報の流れはDNAを翻訳して形質が発現する」とされ、「一方通行である」とされていた。この説、仮説を「セントラルドグマ」という。この仮説の枠内においては「個体が獲得した形質がDNAに情報として書き戻されることはあり得ない」とされる。つまり「獲得形質の遺伝は認められない」とする。この仮説は原則的には現在も広く認められているところである。ただし、この説は、すでに若干の例外となる現象、すなわち細胞レベルでの「遺伝子の後天的修飾」が知られるようにはなってきており、セントラルドグマが過大視されすぎたとして、それを修正するための研究が進行中である。このような研究は「エピジェネティックス」と呼ばれており、各国で盛んに研究が行われており、後天的修飾の起きる範囲は一体どの程度なのか（どの程度にとどまるのか）、その仕組みはどうなっているのか、といったことが日々解き明かされようとしてはいる。