日本神話と琉球神話との比較は伊波普猷によって始められた。伊波は、1904年（明治37年）に発表し1942年（昭和17年）に改稿した「琉球の神話」の中で、『中山世鑑』の起源神話と『古事記』の淤能碁呂島神話、『宮古島旧記』の神婚説話と三輪山神話などの類似を指摘している。伊波の研究は後述する松本信廣のポリネシア神話との比較研究を経て、大林太良らによって展開された。大林は、日本神話と奄美や沖縄の島々に伝承されている民間説話について、「流れ島」「天降る始祖」「死体化生」「海幸彦」に関する伝承神話を比較検討し、南西諸島の神話伝承は、基本モチーフと構造においては記紀神話と大幅な一致を見せるが、神名等においては一致しないことから、記紀にまとめられる前の共通の神話体系の母体から分かれて南西諸島で保存された可能性を指摘している。伊藤幹治は、日本と琉球の神話を比較し、漂える国（島）や天界出自の原祖、ヒルコ、穂落としなどのモチーフが共通して認められるとしながら、「風による妊娠」「原祖の地中からの出現」「原祖の漂着」「犬祖」などは琉球神話にしか見られず、また、穀物神話の死体化生モチーフは日本神話にしか見られないと指摘している。遠藤庄治は、宮古列島の来間島豊年祭の由来譚が日光感精による処女懐胎であることを説明し、『日本書紀』神代巻冒頭の天地が分かれる以前は鶏子のごとくであったとする条と天日槍伝承に見られる卵生のモチーフが、来間島では豊年祭の由来として現在も語り継がれていると指摘している。
江戸時代までは官選の正史として記述された『日本書紀』のほうが重要視され、『古事記』はあまり重視されていなかった。江戸時代中期以降、本居宣長の『古事記伝』など国学の発展によって、『日本書紀』よりも古く、かつ、漢文だけでなく大和言葉も交えて書かれた『古事記』のほうが重視されるようになり、現在に至っている。現在は、神話学・比較神話学・民俗学・考古学・人類学・歴史学等の領域で研究などがされている。また、日本神話の原形となったと思われる逸話や日本神話と類似点を持つ神話は、ギリシア神話など世界中に多数存在する。日本における古墳時代から奈良時代にかけての国の勢力関係をも知るうえでの参考資料ともなっている。明治時代以降は、比較神話学の観点から、高木敏雄（1876年-1922年）が1943年と1944年（昭和18年と19年）に『日本神話伝説の研究』にまとめられた研究をすすめた。高木は柳田國男や折口信夫らとも交流があり、柳田・折口らによる民俗学においても日本神話の研究が展開した。日本の神話学においてはほかに松村武雄・松本信広らの研究がある。第二次世界大戦後の代表的な研究者には、大林太良・吉田敦彦らがいる。
近世になると、本居宣長が『古事記』の本格的解明を目指し『古事記伝』を著し、日本神話といえば『日本書紀』の内容が主に伝わっていたのが一変し、『古事記』の内容が主に伝えられるようになった。また、少数ではあるが、キリシタンや幕末の新宗教の教説にも独自の神話がみられる。
日本に仏教が定着すると、日本の神々も人間と同じく苦しみから逃れることを願い、仏の救済を求め解脱を欲すると認識されるようになった。奈良時代初頭から神社において神宮寺が建立され始め、霊亀元年（ユリウス暦：715年）には越前国の気比大神が、また、鹿島神宮・賀茂神社・伊勢神宮などで神宮寺が併設された。また、宇佐八幡神のように神体が菩薩形をとる神（僧形八幡神）も現れた。奈良時代後半には、伊勢国桑名郡の現地豪族の氏神である多度大神が、神の身を捨てて仏道の修行をしたいと託宣するなど、神宮寺建立は地方にまで広がり、若狭国の若狭彦大神や近江国の奥津島大神など、他国の神も8世紀後半から9世紀前半にかけて、仏道に帰依する意思を示した。こうして苦悩する神を救済するため、神社の傍らに神宮寺が建てられ、神前で読経がなされた。また、神の存在は元々不可視であり、依り代によって知ることのできるものであったが、神像の造形によって神の存在を表現するようになった。平安時代になり、「日本の神は護法善神である」とする神仏習合思想が生まれ、寺院の中で仏の仮の姿である神（権現）を祀る神社が営まれるようになった。また、『太平記』などの軍記物、歌学書やその注釈、寺社縁起などで、『日本書紀』に依りながら内容が大きく異なる「中世神話（中世日本紀）」が発達した。中世神話では本地垂迹説により記紀の神々が仏教の尊格と同一視されたり、あるいは対等に扱われる。記紀にはない神格やアイテムが登場したり、地方神話、民間伝承や芸能の要素の混入もみられる。記紀神話のように内容を統一する文献は編纂されなかったため、バリエーションは豊富である。中世神話は現在では国文学方面で研究されており、神話学などではあまり扱われない。
バトゥの遠征軍の直接的脅威にさらされたヨーロッパ諸国の記録や、特に16世紀後半に中央アジア進出を開始するまで、ジョチ・ウルスの服属支配を受けたロシアにおいては、バトゥの性格は極めて激しく、敵には容赦ない残虐性を持っていた人物とみなされていた。政敵はことごとく暗殺、戦場では敵を皆殺し、降伏してきた敵方の貴婦人300人を素っ裸にして首を刎ねるなど数々の処刑も行ったいわゆる「タタールのくびき」を体現する人物として、バトゥは悪逆非道な暴君として書かれる傾向にある。13世紀中頃にトランシルバニアからロシア草原に出てバトゥの宮廷およびカラコルムを訪れたローマ教皇遣使プラノ・カルピニのジョヴァンニも「偉大なる君主であるが、都市を容赦なく破壊する暴君でもある」と評している。しかし、軍事においては、数々の困難な戦いに打ち勝ってきた。モンゴル帝国が短期間でヨーロッパにまで勢力を拡大できたのは、バトゥの功績によるところが大きい。バトゥは戦場では極めて果断かつ苛烈であるが、これは『元朝秘史』、『集史』などでチンギス・カンが説き求めているモンゴル帝国の君主の徳目として、同胞や味方に対しては極力寛大に振るまい物惜しみなく報賞を与えることを第一とし、かつ、降服を拒む民や反逆する民に対しては容赦無く殲滅すべく敵に対しては妥協のない処置に望むことが美徳とされていた。バトゥもまた「チンギス・カンの金言」に忠実な人物だったと言える。これに優れた人物で、人民に対しては寛大で宗教に対しても融和的な政策を採用して国家の安定を図り、モンゴル人からは「サイン・ハン āyn khān/Sain qan 」（偉大なる賢君）とまで称された。モンゴル人以外の歴史家からも、バトゥは軍人としても為政者としても高く評価されているが、ヨーロッパ遠征中にオゴデイ家のグユクやチャガタイ家の諸子らと犬猿の仲になったことが、後のモンゴル帝国分裂の一因を成してしまった。