アカントアメーバが引き起こす肉芽腫性脳炎は日和見感染であり、ヒトで発症に至ることは稀である。世界中でおよそ 400 症例が報告されており、その生存率は数パーセントである。感染が起こるのは多くの場合免疫不全、糖尿病、悪性腫瘍、栄養失調、全身性エリテマトーデス、アルコール依存症などの患者に対してである。アカントアメーバは皮膚の外傷から侵入したり、あるいはシスト態の細胞が呼吸によって呼吸器へと吸入されたりする。アメーバは血流に乗って中枢神経系へと広がり、血液脳関門を突破する。この突破の機構は良く分かっていない。続いて起こる結合組織への侵入と炎症性反応の結果、神経系は数日のうちに重篤な障害を受ける。病死後の検死によれば、患者には深刻な浮腫や出血性壊死が認められている。この病気に罹った患者には、亜急性の症状として意識障害、頭痛、発熱、肩こり、発作、脳神経麻痺、そして死に至る昏睡などが見られ、一週間から数ヶ月続く。アカントアメーバ脳炎は症例や知識の蓄積が不足していることもあり、有効な診断法や処置は確立されていない。アカントアメーバの感染による症状は、しばしば結核性髄膜炎のような細菌性の髄膜炎や、ウイルス性脳炎のそれに類似する。病状の誤診断は往々にして非効果的な処置につながる。正しくアカントアメーバ性のものであると判断された場合、処置としてはアンフォテリシンB、リファンピシン、スルファメトキサゾール・トリメトプリム、ケトコナゾール、フルコナゾール、アルベンダゾールなどの投与が（試験的ではあるが）効果的とされている。時宜を得た正しい診断、対処法の改良、そして病原体への理解を深める事が、アカントアメーバ感染症の転帰を良い方向へ導くために重要である。
アカントアメーバをコンタクトレンズから検出する方法としては、ヒツジ血清を添加した寒天培地に大腸菌を塗布したものが用いられる。ここにコンタクトレンズの破片を置くと、アカントアメーバが存在する場合にはレンズ周辺の大腸菌が消化されるので、間接的かつ視覚的にその存在を判定できる。アメーバ細胞自体の可視化法としては、グラム染色やギムザ染色などが用いられる。またPCR法もよく利用される方法である（右図参照）。こちらは特にコンタクトレンズの使用を伴わない角膜炎の診断に向いている。アカントアメーバ角膜炎は、角膜ヘルペスや角膜真菌症として誤診されやすい。アメーバ角膜炎の外見的な特徴としては、潰瘍が輪状の分布を呈することが挙げられる。治療に際してはミコナゾールやフルコナゾールなどの抗真菌剤を中心とした投薬のほか、硫酸フラジオマイシンのような抗生物質の点眼、界面活性剤である塩酸ポリヘキサニド（PHMB）を用いた殺菌などが行われる。
アカントアメーバに起因する病気はアメーバ性の角膜炎や脳炎である。後者はアカントアメーバが外傷から侵入し、中枢神経系へ拡散することで引き起こされる。前者は眼球の角膜への侵入による。アカントアメーバは眼球とコンタクトレンズの間でも増殖し得るため、日本やアメリカではコンタクトレンズの使用に伴う角膜炎が多く報告されている。しかし世界的に見れば、コンタクトレンズを使用しない場合でもアカントアメーバ角膜炎の発生が報告されている。角膜炎防止のため、コンタクトレンズの装着前にはこれを十分に洗浄し、水泳やサーフィンなど曝露の機会がある場合には取り外すことが推奨されている。
ケープアデアで越冬した10人の越冬隊は、ボルクグレヴィンク、5人の科学者、全体の助手も務めるコック1人、犬の御者2人だった。この隊の中で、5人はノルウェー人であり、2人がイギリス人、1人がオーストラリア人であり、犬御者の2人はノルウェー北部のサーミ人の出身者であり、隊の中ではラップ族と言われたり「フィン族」と言われたりした。科学者の中にはタスマニアのルイ・ベルナッチがおり、メルボルン天文台で磁気学と気象学を学んでいた。1897年から1899年のベルギー南極遠征隊に指名されたが、その地位に就くことができなかった。この遠征隊の用船ベルギカが南に進む途中でメルボルンに立ち寄れず、ベルナッチを置き去りにしていた。ベルナッチはその後ロンドンに旅して、ボルクグレヴィンクの科学スタッフの地位を確保した。ベルナッチのサザンクロス遠征に関する年代記が1901年に出版され、ボルクグレヴィンクの指導力について批判的だったが、遠征隊の科学的業績については弁護していた。1901年、ベルナッチはスコットのディスカバリー遠征隊の物理学者として南極に戻った。スコットのディスカバリー遠征隊にも参加したもう一人の隊員はイギリス人のウィリアム・コルベックであり（ディスカバリー救出のためのモーニングを指揮した）、イギリス海軍予備役で大尉に任官された経験ある船乗りだった。サザンクロス遠征の準備をする中で、コルベックはキュー天文台で磁気学を学んでいた。ボルクグレヴィンクの動物学者助手がブリストル出身で教区牧師の息子、ヒュー・ブラックウェル・エバンスであり、カナダの牛牧場で3年間を過ごし、ケルゲレン諸島へのアザラシ漁航海にも行っていた。動物学者主任はニコライ・ハンソンであり、オスロのクリスチャニア大学の卒業生だった。また上陸隊には遠征隊の医師士官ハーロフ・クロフスタッドがおり、以前はベルゲンの精神病院で働いていた。その他には科学者の助手で全体の何でも屋アントン・ファウグナー、コックで全体の助手コルバイン・エリフセン、サーミ人の犬御者ペル・サビオとオレ・ムストの2人だった。サビオは21歳、ムストは20歳だった。隊の中では若い二人だった。ボルクグレヴィンクは後にサビオのことを「その誠実な性格、大胆さ、知性でよく知られていた」と表現していた。船の仲間はバーナード・イェンセン船長の下にあり、19人のノルウェー人船員と、1人のスウェーデン人ステュワードで構成されていた。イェンセンは経験を積んだ北極と南極の氷海の航海士であり、ボルクグレヴィンクとは、1894年から1895年のブルのアンタークティック号航海で一緒だった。