毛派は制憲議会内で過半数を大きく割っており、プラチャンダ政権は必ずしも信頼関係の確立していなかったネパール統一共産党をはじめとする連立与党との間で不安定な政権運営を余儀なくされていた。加えて、国軍制服組のトップ、ルークマングド・カトワル参謀総長は毛派の主張する人民解放軍と国軍の統合に公然と反対し、ことあるごとに内閣と対立してきた。こうしたなか、2009年5月3日、プラチャンダ首相はカトワル参謀総長を一方的に解任。これに反発して同日、統一共産党、友愛党が連立を離脱。さらにネパール会議派出身のヤーダブ大統領が同日深夜、カトワルの参謀総長続投を支持し、制憲議会内には毛派包囲網が形成されていった。こうして、5月4日、プラチャンダ首相は辞任した。
政権獲得後、皮肉なことにプラチャンダ議長の党内での求心力は著しく低下した。身内を重用するなどの腐敗的人事、現実路線に抵抗するキラン（モハン・バイディヤ）ら強硬派の突き上げなどによるものである。こうしたなか、プラチャンダは2009年1月12日、毛沢東派と小規模な共産主義地下政党・「ネパール共産党統一センター・マサル派」（エカタケンドラ・マサル。指導者はプラカーシュ）およびその公然組織・人民戦線ネパールとの合同を断行、「ネパール共産党統一毛沢東主義派」を結成した。これにより、キランら強硬派の勢力は弱まるのではないかという見方もあるが、党内の不満が高まる傾向も見られると伝えられている。2月11日、プラチャンダ内閣の元閣僚で統一毛沢東主義派の政治局員であるマトリカ・プラサド・ヤーダブがこの合同に反対し、離党し、ネパール共産党毛沢東主義派の再建を宣言した。これに共鳴する動きもでている。
2008年12月、毛派系の労働組合が毛派に批判的な報道をしていた新聞社・ヒマール・メディアを襲撃、約50人がオフィスに侵入、スタッフ12人が負傷した。侵入者らは毛派政権に批判的な記事の掲載の中止を求めた。12月23日、ヒマール・メディア系の新聞は社説を空欄のまま発行し、抗議の意を表した。プラチャンダ首相は12月22日、「毛派のふりをして党に汚名を着せる活動をしている不道徳な分子」の行為だと弁明している。
2007年4月1日、毛派から閣僚数名が参加した新政府が発足し、毛派と7党連合による国家運営が始まった。毛派はしばしば他党と衝突し、閣僚を何度か引き上げるなどして、要求を通そうとした。このため、制憲議会選挙の実施は延期になったが、ようやく2008年4月10日に実施された。その結果、大方の予想を裏切って、毛派は220議席を獲得し比較第一党となった。しかし過半数にははるかに及ばなかったので、他党との連立を模索せざるを得なくなった。（のちに内閣指名議員が加わり、229議席となる。）なお、第2党はネパール会議派115議席、第3党は統一共産党108議席であった（内閣指名議員を含む）。2008年5月28日、制憲議会が召集され、毛派の宿願であった王制廃止が議決された。ギャネンドラ国王は退位し、王宮を去った。
6月には政党による政府とマオイストの「人民政府」が合同して暫定政府が建設されることが決定した。11月8日、政府とマオイストは「恒久平和の実現に向けた合意文書」に署名、2007年6月半ばまでの制憲議会選挙の実施、選挙の自由且つ公正な実施のために国連が国軍及びマオイストの武器管理の監視を行うこと等に合意した。この合意を元に2006年11月21日、政府とマオイストは無期限停戦を誓う包括和平協定に調印。2007年6月までに制憲議会選挙を実施することで合意した。この合意を受けて、2007年1月23日、国際連合安全保障理事会は国連ネパール支援団（UNMIN）を設立する安保理決議1740を全会一致で採択。国軍と人民解放軍の停戦を監視することになった。政府はマオイストが武装解除し、2007年4月の国会選挙までに議会政党へ転換することを要求していたが、結局は暫定的措置として、国軍とマオイスト双方が陣にこもり、武装して外出しないことが約束され、UNMINの監視下に置かれるとした。なお、国王を熱心に支援してきた中国は、国王が実権を失った直後、当局がマオイスト指導者と接触するなど、ネパール共産党毛沢東主義派に対する政策の変更を余儀なくされている。
起点の東京駅を北に出発し、神田で山手線などと分かれて一路西へと向かい、武蔵野台地の東端の谷にある御茶ノ水駅で総武本線支線と合流。ここから複々線に入る。新宿駅までは山手線の内側を横断する形でS字型に路線が敷かれており、神田川や江戸城旧外堀などに沿って都心を走る。四ツ谷駅付近で地下鉄丸ノ内線をくぐり、トンネルを抜ける。代々木駅付近まで首都高速4号新宿線と並行する。特急のほとんどが発着する新宿駅でまた北向きになり、山手線をくぐって西に曲がって、東中野駅付近から立川駅付近まで線路はほぼ東西に直線となる。このあたりまでは、「ヨドバシカメラ」の歌にも織り込まれている。沿線は中野・杉並など東京のベッドタウンである。複々線は用地は直線だがホームに付帯する曲線がある。三鷹駅で複々線は終わり、多摩地区に入ると高い建物が減り、各駅の前後を除いてほぼ完全な直線区間となる。2010年11月7日に立川駅まで上下線の高架化が完了した。立川駅で南西に曲がって多摩川を渡り、日野駅から登り勾配にかかって多摩川と浅川の間の日野台地を切通しで越えると八王子盆地に入る。八王子駅の西側からは上り急勾配が始まる。