2012年、1月24日に浦和に復帰。ミハイロ・ペトロヴィッチ監督からチームキャプテンに指名された。2012年ではボランチとして全試合出場。退場となったJ1第4節川崎フロンターレ戦を除いてフル出場を果たした。チームも3位となり、ACLの出場権を獲得した。なお、阿部はJリーグ優秀選手賞も受賞した。2013年、J1第33節が11月30日に行われ、J1通算400試合出場を達成した。400試合出場は史上13人目。2016年、4月16日に行われた1stステージ第7節の仙台戦において、史上12人目（GKを除くと3人目）となるリーグ戦100試合連続フル出場を達成した。10月1日、2ndステージ第14節のガンバ大阪戦でJ1通算500試合出場を達成した。奇しくもこの試合はデビュー戦と同一カードとなり、勝利し自身の記録達成に花を添えた。また遠藤保仁を抜き史上最年少での500試合出場を達成、山田暢久に続く記録達成は同一クラブ二人目では史上初、海外移籍経験者の記録達成も史上初、下部組織出身選手の記録達成も史上初と記録づくめとなった。同試合で後半9分に遠藤からボールを奪取後倒された瞬間背中を右足で蹴られあまりの痛さにピッチ上でのたうち回ったがその後も試合終了までプレーし、次のJリーグカップ準決勝第１戦FC東京戦もフル出場したが試合終了後メディカルチェックを受けると右肋骨を骨折している事が発覚した。決勝ガンバ大阪戦では強行出場し浦和レッズ移籍後初の国内タイトルを手にした。ジュビロ磐田戦で山田暢久の出場記録を抜く通算502試合を達成した。2017年5月14日、第11節のアルビレックス新潟戦で先発フル出場を果たし、当時J1最多となる「138」試合連続フル出場を果たした。2018年8月11日、第21節のサガン鳥栖戦で途中出場し、史上4人目かつ史上最年少でのJ1通算550試合出場を果たした。
2011年3月11日、東北地方太平洋沖地震および福島第一原子力発電所事故（東日本大震災）が発生した。東京では震度5強を記録しAKB48劇場が被害を受け、また当時研究生だった岩田華怜も被災し、“当たり前にやっていた事が実はそうではなかったと思い知らされた”ことから、今後一年間、震災と向き合って活動することを決め、手始めに同年3月14日から義援金募集を、沖縄国際映画祭や劇場公演で行い（AKB48プロジェクト）、さらに、震災前から予定されていた2011年3月25日 - 27日の横浜アリーナでのコンサートを中止したものの、うち26、27両日については同会場を利用しチャリティーイベントを実施した。なお「誰かのために」プロジェクトと正式に命名されたのは、横浜アリーナでのチャリティイベントについて発表した時である。2011年5月から被災地訪問を開始。震災一周年の2012年3月11日、活動を“当分の間”継続することを発表した。また、震災の発生した3月11日は偶然にもメンバーの一人である篠田麻里子の誕生日でもあったことから篠田は自身のブログで、「これは私の生涯の使命。神様に指名されて、世の中の役に立てと言われているような気がします。」と述べている。2012年4月14日、日本製紙クリネックススタジアム宮城で開催されたAKB48『「フライングゲット」「風は吹いている」全国握手会イベント東北エリア』において、宮城県、岩手県、福島県の東北3県に各10台ずつ贈呈されることが発表されていたマイクロバス「AKBus」が披露され、ステージ上で贈呈式も実施された。震災から2年となる2013年3月11日を前に、3月8日18:00（日本時間）から震災復興応援ソング「掌が語ること」の無料配信が行われた。11日当日は、AKB48グループのメンバー60人が6人ずつ10組に分かれて被災地を訪問。一グループで複数箇所を訪問することはあったが、初めて同時に複数箇所を訪問。またこの日から、プロジェクトシンボルマークの色が変わった（中央に描かれ、人々をつなぐ翼の生えたハートの色が、ピンクから黄色に）。2013年3月12日時点で、本プロジェクトに集まった義援金の総額は13億円を突破した。2014年10月23日の42回目の被災地訪問では、初めて東北地方から離れ新潟県中越地震から10年目を迎えた新潟県小千谷市を訪問した。2015年1月15日の45回目の被災地訪問では、17日に阪神・淡路大震災から20年目を迎える兵庫県神戸市の防災訓練のイベントに参加した。2015年11月21日の55回目の被災地訪問では、2015年9月10日に発生した豪雨水害の被災地である茨城県常総市の復興イベント「がんばっぺ常総」にライブゲストとして参加し、初めて震災以外で被災地訪問を行った。2016年4月14日に発生した平成28年熊本地震に対し、本プロジェクトからの流れとして被災者支援のための募金を行った。2016年6月12日に復興庁主催のイベント『交流ミーティング in 東京 〜「新しい東北」を創る人々〜「若者」DAY』に出演した。2018年7月5日に復興庁より東日本大震災の復興支援活動に対する感謝状が送られた。2018年7月13日には、西日本を中心として発生した平成30年7月豪雨の被災地に対しても支援活動の対象を広げることを発表した。2019年3月23日の70回目の被災地訪問では、三陸鉄道リアス線の全線開業記念イベントに参加した。2019年3月24日の71回目の被災地訪問では、初めて平成30年7月豪雨の被災地のひとつである岡山県矢掛町で復興支援ライブを行った。