2018年11月21日、検察側（大阪地検）は「極めて重大、悪質で社会的影響は大きい。荒唐無稽な弁解に終始しており、更生の余地もない」として被告人Yに死刑を求刑した。被告人Yは最終意見陳述で「当時の記憶に基づいて、本当のことを話した」「本当に申し訳ありませんでした」と謝罪した。結審から判決まで協議が開かれたが、裁判員1人・補充裁判員2人の計3人から大阪地裁へ辞任の申し立てがあったため、大阪地裁は2018年11月（21日・30日付）で補充裁判員2人を、12月3日付で裁判員1人を解任した。しかし他に2人いた補充裁判員のうち1人を新たに選任したため判決は予定通り言い渡された。
一方で、Aについては「殺すつもりはなかった。大声を出すので、静止しようと思い口を抑えていたところ、手がずれ込んでしまい首を絞めていた。ショックを与えると蘇るかと思い、カッターで傷つけた」と殺意を否定し傷害致死を主張。Bについては「車内で痙攣を起こし、熱中症などの体調不良で動かなくなった」と無罪を主張して、起訴内容を否認した。2018年11月6日、2人の死因を鑑定した法医学者が証人尋問で「絞殺された被害者に見られるピンク色の歯の特徴ほか、頭蓋底のうっ血もあった」と証言。Bの側頭部に殴られた時にできるような内出血があったことも明らかにした。2018年11月19日に公判にて行われた被告人質問で、被告人Yは逮捕当初「車内に同乗者がいた」と供述したことについて「当時は頭の中が混乱していた」と述べ、供述が虚偽だったことを認めた。また、少年Bを遺棄した場所の周辺にコンドームなどがあった事については、「大阪市内のサウナで、ごみ箱から他人の精液が入ったコンドームやティッシュを拾った。柏原市の現場で少年のズボンにコンドームを入れようとしたが、腐敗が進んでいたので、近くに置くだけにした」と答え、「他人のせいにしたかった」と偽装工作を認めた。
2018年11月1日に大阪地方裁判所（浅香竜太裁判長）で裁判員裁判の初公判が開かれた。被告人Yは遺族に土下座し、「このたび、経緯がどうであれ、すいませんでした。ずっと謝りたかった。病院に連れていけばよかった。ごめんなさい」と謝罪した。
公判前整理手続は2018年（平成30年）10月26日時点で32回開かれ、2016年に第一審判決が言い渡された事件の平均6.1回に比して異例の長期手続きとなった。初公判（2018年11月1日）から結審（11月21日）までの3週間で計9回の公判が開かれた。
T7ファージの宿主は大腸菌で特にO抗原が短いものに感染する。生活環は短く、37℃では17分で感染が完了する。近縁種には他の腸内細菌に感染するものもあるが、これまでにグラム陽性菌に感染するT7様ファージが発見されたことはない。溶菌サイクルを送るファージの生活環は、大きく吸着、侵入、DNA複製、組み立てといったステージで構成され、最終的に細菌の細胞壁を破る（溶菌）ことで細胞外へ放出される。ファージがgp17を大腸菌のLPSに付着させることで吸着すると、gp14、gp15、gp16が大腸菌の内膜と外膜を貫通するチャネルを形成する。gp15、gp16の働きによってゲノムDNAの端がまず菌体内へ送り込まれ、それ以降は転写によってDNAの侵入が進む。侵入したDNAは大腸菌の持つ防御機構である制限酵素やRecBCDによる切断を受けるが、gp0.3やgp5.9はこれを阻害する。同様に細菌の持つ獲得免疫機構であるCRISPRに対してもT7ファージは対抗する機構を持っている可能性が指摘されている。侵入したDNAは転写を受けるが、T7ファージの遺伝子は感染時の発現するタイミングによって初期遺伝子、中期遺伝子、後期遺伝子に分類される。初期遺伝子は感染初期段階で大腸菌由来のRNAポリメラーゼによって転写される遺伝子群である。この中でT7 RNAポリメラーゼは唯一T7ファージの増殖に必須となる。中期以降の遺伝子は大腸菌由来のRNAポリメラーゼではなく、T7 RNAポリメラーゼによって転写される。一旦T7 RNAポリメラーゼが転写されると、宿主のRNAポリメラーゼはT7ファージ増殖の阻害要因にしかならなず、RNAポリメラーゼのβ'サブユニットに結合するgp2によってその機能が阻害される。また、T7ファージは自前のタンパク質を増殖に多用するため、宿主由来のタンパク質をほとんど必要としない。T7ファージの増殖に必要な宿主のタンパク質は、RNAポリメラーゼを除くと、DNAの複製等に必要なチオレドキシンと（デオキシ）シチジン1リン酸キナーゼのみである。T7ファージのゲノム複製はゲノムの左端から15％の位置で開始し、双方向性にDNAの複製が進行する。この複製にはT7 DNAポリメラーゼに加え、T7 RNAポリメラーゼが必要である。大腸菌に感染後15分でT7ファージ由来のDNA分子は200倍に増幅される。急速なDNAの複製には多量の基質の確保を必要とするが、T7ファージはこれを宿主のゲノムDNAの分解によって達成している。gp3とgp6はそれぞれエンドヌクレアーゼ活性とエクソヌクレアーゼ活性を持っており、宿主ゲノムの分解を行う。増幅を経てウイルス粒子となった娘ウイルスは複数のタンパク質を産生し、宿主の細胞膜を破り、菌体外へ拡散して次の感染環を開始させる。ある種の細菌からT7様のプロファージが見つかることはあるが、原則的にT7ファージは溶源化を起こさないと考えられており、必ず溶菌サイクルを送る。