住人である修道士や来訪者である巡礼者たちが必ず訪れるのがカリエスである。カリエスはアトスの政庁所在地で、ギリシャの自治区、神聖共同体の行政の中枢をになっており、聖庁、「国会」、またベーカリーなどが所在する。カリエスには公衆電話もあり、国際電話もつながる。また、1960年代以降、トラクターやジープの通れる道路が多数開通し、自治国内部の移動手段として自動車も使用されている。カリエスに所在するプロタトン聖堂はアトス山地域に現存する最古の建築物で、中期ビザンティン建築の典型的な平面内接十字型の教会堂である。10世紀から11世紀にかけてはこの聖堂で長老会議が行われ、「第一人者」（プロトス）と称される修道院共同体の指導者が選出された。時を告げる鐘楼があり、巨大な壁画があり、また、たくさんの古いイコンやフレスコ画が納められていることでも知られる聖堂である。
アトス自治修道士共和国では、いまでも古代ローマの時代に定められたユリウス暦が用いられている。また、時刻も日没をもって午前0時、すなわち一日の始まりと定めている。
外国人の立ち入りについては事前の巡礼許可が必要であり、まずギリシャに入国して、ギリシャ外務省宗教課が発行する特別な査証を取得しなくてはならない。入国には数々の条件があり、申込書を提出してから査証が発給されるまで約1ヶ月を要する。入国方法も特異であり、許可された者だけを小舟に乗せ、急崖の下のヒランダル修道院やクセノフォントス修道院の前に設けられた船着場から上陸させる方法を採っている。一般旅行者は、テッサロニキやその周辺の町で、観光クルーズに参加して、その船上からクセノフォントス修道院や聖パンテレイモン修道院（アギウ・パンテレイモノス修道院）など、まるで要塞のような外観を持つ大修道院や黒い僧服を着た修道士たちの姿を眺めることができる。この地に女人禁制が敷かれたのは1406年のことで、それ以来今日まで600年に渡って厳格に守られ続けている。女性と単独の未成年は入国禁止となっており、それは家畜の雌の入来さえ禁止するという徹底したものである。禁欲である修道士たちにとって、女性とは神に仕えるべき道を迷わせてしまう存在であった。また、女性を乗せた船は「聖地を汚さない」ために、アトス半島の岸から500m以内に近づくことができないとされている。女性たちは、修道士の姿を、岸から離れた沖合の船上から、遠目に見ることしか許されていない。とはいえ、歴史的には、難民や漂流した女性を受け入れたことはあったというが、こうした女人禁制に対して欧州議会は2003年に男女均等指令に従って撤廃するよう要請している。国内の家畜は雄に限定され、雌が許容されるのはネズミ捕りのための猫だけである。このため国内では家畜の繁殖もない。自治国内には携帯電話のアンテナ塔があり、一般の電話も通じており、外界との通信手段となっている。
アトス自治修道士共和国は、その上部団体であるプロトスProtos とともに、執行委員会として4組織から成る「神聖な局」（Iera Epistassia）を有し、20の神聖な修道院の代表から構成される「神聖な共同体」（Iera Kinotita）によって統治される。行政当局は、ギリシャ外務省によって任命された民政長官によって代行される。そのおもな義務は機関と社会的秩序の機能の監督である。共和国は、精神的な面ではコンスタンディヌーポリ総主教庁の直接的な管轄のもとにある。20の修道院のそれぞれでは、共和国政府は、修道士たちの共同体によって選ばれる終身の典院の手中にある。彼は修道院全体の君主であり、精神的な父親でもある。すべての修道士は精神的師父である典院に敬意を払い、絶対服従が義務づけられ、典院は聖務全般と食堂での正餐を取りしきる。修道士たちも職務を与えられるが、私的財産は認められていない。共同体の協定は立法機関（「国会」）によっている。他の施設（回廊、ケリ、小屋、草庵）は修道院に帰属し、"homologo"と呼ばれる証書によって修道士に割り当てられる。以上が、キノヴィオンとよばれる、共住制の規律のもとで共同生活を厳格に守ろうとする修道の方式である。他方、イディオリスミオンとよばれる個々の修道士に自由な生活を認める方式も認められてきた。この場合は、奉神礼と祭日の食事以外は、修道士各人が自由に食事をとり、祈りを捧げる生活を送ったものであり、修道院運営は集会にまかされ、絶対的な権力をもつ修道院長は存在しない。修道士が修道院に奉仕すれば個別に報酬が与えられ、広い部屋をもつことや個人的な従者を雇うことも許されてきた。この形態はギリシャ人の個人主義的傾向と合致し、1970年頃までは半数近くの修道院がこの方式を採用していたが、現在ではキノヴィオンこそが修道院本来のかたちであるとして、多くの修道院がイディオリスミオンから移行している。また、それぞれの修道院の管轄を越えてスキテと呼ばれる、より小さな共同体（別院）が12あり、半島のいたるところに多くの隠れ屋があって隠修士たちの庵となっている。スキテはもともと修行の場を意味する言葉から派生したことばである。スキテでは、修道士たちが工芸的な手仕事にも励み、金銀細工、木彫、コンボスキニオンなどをつくり、イコンも描いた。これは金銭に替えられる場合もある。禁欲生活を望むすべての人は、入山の際、初心者か僧として承認され、それ以上の堅苦しい手続きなしでギリシャの市民権を取得することができる。俗人にとって半島への訪問は可能であるが、上述のとおり特別許可を必要とする。アトス山に置かれた20の修道院のうち、17院はギリシア人が多いが、他の3院は外国正教会との関係を持つ。ヒランダル修道院はセルビア正教会、ゾクラフウ修道院はブルガリア正教会、聖パンテレイモン修道院はロシア正教会にそれぞれ帰属する。また、12のスキテのうち、ルーマニア正教会に属する別院、ブルガリアに属する別院はそれぞれ2箇所ずつである。