年齢は、数え年。日付は、『御文』（『御文章』）などの文献との整合を保つため、いずれも旧暦（宣明暦）表示とする（生歿年月日を除く）。応永22年2月25日（1415年4月13日）、京都東山の生誕当時に天台宗青蓮院の末寺であった大谷本願寺（現在の知恩院塔頭崇泰院〈そうたいいん〉付近）で、本願寺第7世存如の長子として生まれる。母は存如の母に給仕した女性と伝えられているが、詳細は不明。一説には、信太（現在の大阪府和泉市）の被差別部落出身だったともいう。童名を幸亭、あるいは布袋と称した。応永27年（1420年）、蓮如6歳の時、生母は本願寺を退去し、存如が海老名氏の娘・如円尼を正室として迎える。生母のその後の行方は分かっていない。蓮如幼年期の本願寺は、佛光寺の隆盛に比し衰退の極にあり、参拝者（後に蓮如の支援者となった堅田・本福寺の法住ら）が余りにも寂れた本願寺の有様を見て呆れ、佛光寺へ参拝したほどであった。永享3年（1431年）17歳の時中納言広橋兼郷の猶子となって青蓮院で得度し、実名を兼郷の一字を受け兼壽、仮名を兼郷の官途名である中納言と称し、法名は蓮如と名乗った。その後、本願寺と姻戚関係にあった大和・興福寺大乗院の門跡経覚について修学。父を補佐し門末へ下付するため、多くの聖教を書写した。永享6年（1434年）5月12日の識語をもつ『浄土文類聚鈔』が、蓮如により書写された現存する最古のものである。永享8年（1436年）、祖父の第6世巧如が住持職を父に譲り、4年後の永享12年10月14日（1440年11月17日）に死去した。嘉吉2年（1442年）に第1子（長男）順如が誕生する。文安4年（1447年）父と共に関東を訪ね、また宝徳元年（1449年）父と北国で布教する。康正元年（1455年）11月23日、最初の夫人、如了尼が死去する。長禄元年（1457年）6月17日、父の死去に伴い本願寺第8代を継ぐ。留主職（本願寺派における法主）継承にあたり、異母弟応玄（蓮照）を擁立する動きもあったが、叔父で越中国瑞泉寺住持如乗（宣祐）の主張により蓮如の就任裁定となった。なお、歴代住職が後継者にあてる譲状の存如筆が現存しないことから、この裁定は如乗によるクーデターともされる。この裁定に対して、応玄と継母如円尼は怒りの余り本願寺財物を持ち出したと伝えられる。この頃の本願寺は多難で、宗派の中心寺院としての格を失い、青蓮院の一末寺に転落しており、青蓮院の本寺であった比叡山延暦寺からは、宗旨についても弾圧が加えられた。これに対して蓮如は延暦寺への上納金支払いを拒絶するなどした。長禄2年（1458年）8月10日、第8子（5男）実如誕生（寛正5年（1464年）とも）。寛正6年（1465年）1月8日、 延暦寺は本願寺と蓮如を「仏敵」と認定、1月10日、同寺西塔の衆徒は大谷本願寺を破却する。3月21日、再度これを破却。蓮如は祖像の親鸞御影を奉じて近江の金森、堅田、大津を転々とする。さらに蓮如と親友の間柄であった専修寺（真宗高田派）の真慧が、自己の末寺を本願寺に引き抜かれたことに抗議して絶縁した（寛正の法難）。文正2年（1467年）3月、延暦寺と和議。条件として、蓮如の隠居と順如の廃嫡が盛り込まれた。廃嫡後も有能な順如は蓮如を助けて行動する。応仁2年（1468年）、北国、東国の親鸞遺跡を訪ね、三河に本宗寺を建立する。応仁3年（1469年）、延暦寺と敵対している園城寺の庇護を受け、園城寺子院の万徳院住持で叔父の長命阿闍梨の斡旋もあり、別所近松寺の敷地の一部を譲り受けて大津南別所に顕証寺（後の本願寺近松別院）となる堂を建立、順如を住持として祖像を同寺に置く。文明2年（1470年）12月5日、第二夫人蓮祐尼が死去する。
乗用車の普及や幹線道路の整備に伴い、車と鹿の衝突・接触事故が多発しており、奈良公園界隈の道路では、常に鹿の飛び出しに注意を払う必要がある。「鹿の飛び出し注意」という交通標識まで存在する。最近では、心無い者によって鹿が危害を加えられる事件も多い。2003年には鹿がエアガンで撃たれる事件があり、2004年には果物ナイフで刺される事件も起きている。また2008年8月8日には漁具のヤスで刺されているのが見つかっている。2010年3月13日には春日大社の参道で矢が刺さった鹿が見つかったが、傷が深く後日死亡した。ただし、1970年にも、10歳ぐらいの雄鹿が角をえぐりとられ、血まみれになって死んでいるのが見つかっている。この事件は、角欲しさの鹿殺しと推定されている。本来、鹿は警戒心の非常に強い動物で、野生の鹿が人に近づくことは少ないが、奈良の鹿は神格化されたために手厚い保護を受けた影響もあり人を恐れない。但し、5月から7月の出産期、9月から11月の発情期には気が荒くなっているので注意が必要である。奈良公園周辺では、鹿が道路を横断して交通を妨げたり、付近の家や敷地に入り込む光景がしばしば見られる。隣接する奈良県庁の庭や、稀に近鉄奈良駅やJR奈良駅周辺にも出没することがある。過去にはJRの踏切で鹿が電車にはねられたこともある。奈良の鹿については愛護団体である「奈良の鹿愛護会」が毎年調査しており、2008年発表の調査によれば、全1128頭（前年比33頭減）、内オス262頭、メス695頭、仔鹿171頭である（暫定）。死亡原因は疾病174頭、交通事故71頭、犬18頭等となっている。最近では、「奈良の鹿愛護会」の財源不足が深刻であり、観光客に鹿せんべいの購入を積極的に勧めるなどの活動をしているが、根本的な解決には至っていないのが現状となっている。その一方で、近在の農地を荒らし、農作物の食害の被害が依然として発生している。「奈良市鹿害阻止農家組合」 の県知事への要望書によれば、「公園周辺、公園から遠く離れた地域にも出没し、野菜、水稲、植木・苗木等を食い荒らし、フェンスや海苔網の鹿を傷つけない柵での対応では被害が減らず、長年にわたり鹿との戦いで組合員の高齢化にもよりたいへん疲れはてております」という。「共生できる理想と思われる」700-800頭まで数を減らすことも含め、被害補償などへの要望が出されている。