パデュー大学（Purdue University）は、1869年5月6日、アメリカ合衆国インディアナ州ウェストラファイエットで創立された公立の総合大学である。パデュー大学はビジネスで成功し、大富豪であったジョン・パデュー(John Purdue)が寄贈した多大な土地と寄付金により創立された。大学、及び大学院で210以上の専攻科目を提供しており、特に理系とビジネスの分野が有名である。約4万人（2010年時点）の生徒が勉学に励むマンモス校であり、ビッグ・テン・カンファレンス、通称“Big10 (ビッグ・テン)”の一校である。パデュー大学には5,479名の留学生がおり、全米の公立・私立大学の中で5番目に多い。パデュー大学は理系と経営学の分野で、長年に渡り世界的に高く評価されてきた。パデュー大学の知名度は日本で高いとはいえないが、アメリカを代表する名門校のひとつである。米経済誌ウォールストリート・ジャーナルの2010年度就職ランキングでは、即戦力のある人材が育つ大学として、全米で第4位であった。2010年、米メディア・ブルームバーグ社は、パデュー大学は最も多くの最高経営責任者(CEO)をS&P 500の企業に輩出した大学のひとつであると発表した。2010年、根岸英一・パデュー大学特別教授と鈴木章・北海道大学名誉教授のノーベル化学賞のW受賞を機に、パデュー大学が日本で一気に注目されるようになった。
複数のタンパク質が結合した複合体（四次構造、多量体）の構造予測においては、複合体を構成する各タンパク質の構造が既に解明されている場合もしくは高い精度で予測できる場合、protein-protein docking法を使うことができる。
de novoモデリングあるいはab initioモデリングと呼ばれるタンパク質モデリングでは、3次元のタンパク質構造モデルを「一から」作り上げる。タンパク質の折りたたみを再現する計算方法や、確率に基づいて可能性の高い構造モデルを探索する計算方法は、数多く考案されている（エネルギーレベルを小さくするエネルギー関数の大域的最適化）。こうした計算方法を行うには、莫大なコンピュータ資源が必要であるため、小さなタンパク質に対してのみ実施されてきた。大きなタンパク質に対してde novoモデリングを行うためには、より優れた計算方法（アルゴリズム）、およびより大規模なコンピュータ資源が必要である。現在では大規模なコンピュータ資源としては、高性能なスーパーコンピュータ （IBM の Blue Gene やNECのSX など） や、分散コンピューティング（Folding@Home）がある。このように現時点ではコンピュータ資源の面での制約は大きいものの、予測による方法もしくは実験による方法で行う構造ゲノミクスの潜在的な有用性は大きく、そのためタンパク質のde novoモデリングは活発な研究分野となっている。
幕末から明治にかけて、開明思想家として知られる横井小楠の活躍や熊本洋学校の設置、熊本の自由民権主義を牽引した植木学校の開校、熊本バンド結成など熊本に近代化の波が押し寄せる一方で、旧体制側である士族の反乱も勃発する。1876年（明治9年）には神風連の乱がおこり、そして1877年（明治10年）の西南戦争により植木の田原坂では激しい戦闘が繰り広げられ、さらに主戦場となった熊本の町は熊本城の天守閣を含め灰燼に帰した。また、1889年（明治22年）には大地震（熊本地震）にも見舞われた。しかし、その後の熊本市地区は、熊本県（一時期は白川県）の県庁所在地としてだけでなく、九州の中央部にある主要都市ということで「九州の中核都市」と位置づけられ、熊本鎮台・第五高等学校など、九州域内を管轄する国家機関・教育機関が相次いで設置されていく。1878年（明治11年）設置の熊本区を経て、1889年（明治22年）、市町村制度施行により市制施行。当初の人口は42,725人。1900年（明治33年）に成立した鉄道唱歌第2集山陽・九州編で「九州一の大都会 人口五万四千あり」と歌われるに至った。そのため、新聞発行や電灯設置、放送局の開局などで熊本が九州初の事業地となることも多く、また第五高等学校が設置されたことから、夏目漱石や小泉八雲などの著名な作家が教師として熊本に赴き、熊本を舞台とした作品を残している（なお、森鴎外も数日ながらも熊本を訪れ、熊本にも関わりが深い作品（「阿部一族」）を残している）。市内中心部の山崎には明治以降、武家屋敷を取り壊した跡地に練兵場をはじめとした軍施設が設置されたため、市街地が軍施設で分断されてしまい都市発展の障害となっていた。その後軍用地は、大正時代までに城内を除いてほとんどが大江や渡鹿など郊外に移転し、その跡地には新市街をはじめとした新しい商業・娯楽の中心地が形成された（軍用地であった名残として練兵町という町名が残っている他、軍用地の移転に力を入れた当時の市長・辛島格の名前を取って辛島町という町も誕生している）。大正に入ると近代都市としての整備に拍車がかかる。熊本軽便鉄道・菊池軌道・御船鉄道・熊本市電・バスといった交通機関の拡充は市街地の拡大にもつながり、1921年（大正10年）には春日や黒髪、島崎など周辺町村を大合併して人口は13万となり、これまで旧城下町内だけにとどまっていた市域が郊外へ大きく広がることになった。また、1922年（大正11年）当時の市長・高橋守雄は市三大事業（上水道の整備・市内電車の開業・歩兵第23連隊の完全移転）を掲げ、これを実行に移すことに成功した。それまで南千反畑にあった市役所も、1923年（大正12年）に手取本町の現在地に移転している。昭和になると桜町一帯に勧業館や公会堂といった施設が立ち並び、隣接する新市街には当時の最新の娯楽である映画館が多数オープンし、それまでの古町にかわる新たな都市核として急発展する。市内中心部には「千徳百貨店」や「銀丁百貨店」といった百貨店も開業。熊本市は九州一の大都会となり、代表する都市として発展を続けていった。