島は第二次世界大戦中に全く活動せず、その間完全に放棄されていた。しかしこの時代に3機の航空機が墜落している。アイラ島のポート・エレンを本拠とするブリストル ボーファイターLX798機が、1943年6月3日から4日にかけての深夜、コナシェアの頂上の100m以内に墜落した。一年後、ノルマンディー上陸作戦の翌日である1944年6月7日の真夜中前、飛行艇ショート サンダーランドML858機が、Gleann Mòrの先で墜落した。教会の小さなプラークは、この事故の犠牲者に捧げられている。ビッカース ウェリントン爆撃機が1942年か1943年に、ソアイ島南岸で墜落している。1978年まで墜落機を調査する正式な試みは行われず、その身元は判明しなかった。残骸の中からカナダ空軍の帽章が発見された。1942年9月28日に偵察中行方不明になったHX448 of 7 OTUのものだったのかもしれない。あるいは、それは1943年2月23日に消息不明となったウェリントン LA995 of 303 FTUを示唆しているのかもしれない。1955年、イギリス政府はセント・キルダをベンベキュラ島の基地（発射試験とフライトが行われる）にあるミサイル追尾範囲に組み込むことに決定した。したがって、1957年からセント・キルダに再び人が定住するようになった。以後軍事施設が次々と建てられ、それには一般公開されていない簡易食堂が含まれていた。イギリス国防省は、わずかな賃貸料でナショナル・トラスト・フォー・スコットランドからセント・キルダを借りている 。本島のヒルタはまだ、防衛請負業者キネティック社が採用した、月ごとのローテーションで軍事基地で働く少数の民間人が一年を通じて占有している。2009年、国防省は西部島嶼部におけるミサイルテストの範囲閉鎖や、ヒルタ基地を潜在的に無人にしておくことを検討していると発表した。
大戦初期、イギリス海軍はヒルタに信号所を設置した。セント・キルダ史上初めて本土との毎日の通信が行われた。対応が遅れ、1918年5月15日朝、ドイツの潜水艦がヴィレッジ湾に到着した。警告を発したあと、島への砲撃が始まった。72発の砲弾が打ち込まれ、無線局が破壊された。牧師館、教会、突堤倉庫が被害を受けたが、人命は損なわれなかった。一人の目撃者は後に回想して、「それはあなたが悪い潜水艦と呼ぶようなものではありませんでした。どの家も吹き倒されていたし、家々は一列に並んでたっていたのですから。潜水艦はただ一つ、海軍の資産を狙っていたのでしょう。子羊が一頭殺されました。砲撃の音を聞くと、ウシは全頭島の一方から反対側に走っていってしまいました。」と述べている。この攻撃の結果、イギリス海軍QF4インチ砲Mk I - IIIがヴィレッジ湾を見下ろす岬に設置された。しかしそれが軍事利用されることはなかった。島民に対するより大きな長期的意義とは、外の世界との定期的な接触が導入されたこと、通貨を基準とした経済がゆっくりと入ってきたことだった。これはセント・キルダ住民にとっては生活が楽になることだけでなく、むしろ彼らから自立性を失わせた。どちらも、10年ほど後の全島避難の要因であった。
しばらく前から、セント・キルダには2000年かそれ以上、青銅器時代から20世紀まで継続して人が暮らしてきたことが知られている。最近、古い新石器時代の集落の直接的な証拠が浮かび上がった。ヘブリディーズ諸島で作られていた陶器と同じ様式の破片が、村の東で見つかっている。その後石器のための採石場がMullach Sgarで発見された。多くの石でできた石斧、臼、ナイフがその後ベイ村から見つかった。cleiteanはユニークな石造りの倉庫である。これらの用具はおそらく新石器時代からのものである。
豊臣秀吉（藤原秀吉）の一座宣旨（奉者：大外記）権大納言藤原朝臣淳光宣、奉　勅、関白宜令列前関白上者、天正十三年七月十一日　掃部頭兼大外記造酒正助教中原朝臣師廉　奉（訓読文）権大納言（柳原）藤原朝臣淳光宣（の）る。勅（みことのり）を奉（うけたまわ）るに、関白（藤原秀吉）をして、前（さきの）関白（二条昭実）の上に列（つら）ならしむべし者（てへり）。天正十三年七月十一日　掃部頭兼大外記造酒正助教（押小路）中原朝臣師廉　奉（うけたまわ）る。
日本の問題点を白楽ロックビルが以下のように指摘している。1.米国が「研究不正」に1981年に対応してから25年も遅れて、日本政府は対応している。こういう鈍感（怠慢）なガバナンスが日本に蔓延している。2.日本政府は、米国のような「研究公正局」を設置せず、各大学・研究所に事件を対処させている。同時に、上意下達方式で米国のシステムをアリバイ的に導入したため、研究者や学会の研究者倫理に対する意識・対応・行動はとても貧弱である。3.日本にはいまだに「研究者の事件」の総合的データが蓄積されていない。4.米国では、2005年、各大学・研究機関に1名以上の研究公正官(Research Integrity Officer: RIO)の設置が義務づけられた。2011年現在の日本は、研究公正官の設置の動きはない。 — 白楽ロックビル、明治～平成(136年間)の研究者・技術者・教授の事件と倫理白楽ロックビルは、日本では「55＋歳の男性医学部教授に事件が多発している」「対照的に、米国では大学院生・ポスドクに比べ、教授の不正は少ない」と指摘している。菊地重秋の58件の「盗用」事件を起こした人は、名誉教授1人、教授20人、准教授11人に対し学部生・大学院生は12人と少ない。しかし、日本の国・大学・研究機関は、大学院生の研究者倫理教育を主体にし、研究不正するのは大学院生だと思い込んでいるようだ。例えば、文部科学省は、「大学間連携共同教育推進事業」の1つとして「研究者育成の為の行動規範教育の標準化と教育システムの全国展開（CITI Japan プロジェクト）」を、2012年以降展開しているが、対象は以下の通り大学院生である。CITI Japan プロジェクトは、倫理教育について6大学が提携し、e-learningを活用したカリキュラムを通して、大学院生に倫理教育の重要さを広げていくプロジェクトです。 — CITI Japan プロジェクトとは?｜CITI Japan プロジェクト