7月1日にその年の長刀鉾町稚児が初めて公式に八坂神社に参拝し、稚児に選ばれたことを奉告し、祭の無事を祈る。本殿の斜め向かいにある「斎館」で身支度を整えた稚児と禿の3人は、9時45分頃には関係者らと本殿に入り、10時頃に神事が始まる。稚児は13日の稚児社参の前で、正式に神の使いとなる前であるので、白塗りの化粧をしているものの、冠などは被っておらず頭髪が見えており、衣服も13日以降とは異なる。また、自分の足で歩く。そのあと10時20分頃から一行は本殿前で2礼2拍手1礼の参拝を行ったあと、時計回りに3回本殿を回る「お千度」を行う。途中本殿裏と本殿前に至った時にそれぞれ2礼2拍手1礼の参拝を行う。3回本殿を回っただけで「お千度」と呼ぶのは、かつては稚児は300人以上の人を従えて参拝したので、延べ千度回ったと解釈し「お千度」というのである。ただし、現在は30人程度しか従えていないが、旧例に従って3周だけで「お千度」と称しており、「綾傘鉾稚児お千度」や「みやび会お千度」でも同様となっている（10時・八坂神社）。
祇園御霊会は、草創期から現代に至るまで、祇園社の神輿渡御を中心とするが、これに現在見られるような山鉾がともなうようになった時期は明確には分からない。鉾の古い形式は、現在も京都市東山区の粟田神社（感神院新宮・粟田天王宮）をはじめ、京都周辺から滋賀県にかけて分布する剣鉾に残っており、祇園御霊会の鉾もそれに類するものであったと推定される。現在の山鉾巡行の原形は、鎌倉時代末期の『花園天皇宸記』元亨元年7月24日（1321年8月18日）条の記述からうかがえる。それによれば、鉾を取り巻く「鉾衆」の回りで「鼓打」たちが風流の舞曲を演じたというものである。南北朝時代には、富裕な町人層が競って風流拍子物をくりだし、さらに室町将軍家が調進した「久世舞車」や西陣の大舎人座が出した「鷺舞」など、さまざまな形の付祭の芸能が盛んになった。室町時代に至り、四条室町を中心とする（旧）下京地区に商工業者（町衆）の自治組織両側町が成立すると、町ごとに趣向を凝らした山鉾を作って巡行させるようになった。それまで単独で巡行していた竿状の鉾と、羯鼓舞を演ずる稚児を乗せた屋台が合体して、現在見られるような鉾車が成立し、さらに主に猿楽能の演目を写した作り物の「山」が加わることによって、室町時代中期には洛中洛外図に見られるような、今日につながる山鉾巡行が成立したものと見られる。応仁の乱の中断後の1533年（天文2年）には、先述の理由による延暦寺側の訴えにより、祇園社の祭礼が中止に追い込まれたが、町衆は「神事これ無くとも山鉾渡したし（神社の行事がなくても、山鉾巡行だけは行いたい）」という声明を出し、山鉾行事が既に町衆が主体の祭となっていたことをうかがわせる。これに先立って1500年（明応9年）に応仁の乱による33年の中断を経て祇園祭を復興するにあたり、室町幕臣（奉行衆）の松田豊前守頼亮が過去の山鉾について「古老の者」より聞き取りを行い、応仁の乱以前の60基（前祭32基、後祭28基）の山鉾を知る唯一の史料とされている「祇園会山鉾事」（八坂神社文書）として書きとめたほか、初めてのくじ取り式を頼亮私宅で行い、町人主体の祭りとなるよう祇園執行に申し聞かせるなど、祇園祭の再興に尽力し、現在に続く山鉾の数と名称が固定した。頼亮も自身の在職中に祇園祭が再興されたことは冥加であると記している。
『日本書紀』にすでに脚気の症状を呈する病の記述がある。元禄年間には、コメを精製する習慣が広まり、特に江戸で多く発生して「江戸患い」と呼ばれ、経験的に他の精白されていない穀物を食べた。明治時代に入り1870年（明治3年）から翌年にかけて脚気が流行。明治末までに、毎年最小6,500人から最大15,085人死亡したとみられる。大正以降、ビタミンB1（チアミン）を含まない精米された白米が普及するとともに安価な移入米が増加し、副食を十分に摂らなかったため、脚気の原因が解明されビタミンB1の純粋単離に成功した後も、多くの患者と死亡者を出した。統計上の脚気死亡者数は、1923年（大正12年）の26,796人がピークであり、戦後まで年間1万人～2万人で推移した。また幼児の脚気による死者が非常に多く、大正時代末期は0–4歳の幼児死亡原因の約半数が脚気によるものであった。ようやく死者が1千人を下回ったのは、アリナミンとその類似品が社会に浸透する1950年代後半のことであった。大日本帝国海軍で軍医の高木兼寛は、イギリスの根拠に基づく医療に依拠して、タンパク質が原因だと仮定して、洋食、麦飯を試み、1884年（明治17年）の導入により、1883年の23.1%の発症率を2年で1%未満に激減させた。理論こそ誤っていたものの、疫学の科学的根拠を得ていたということである。だが、当時医学の主流派は、理論を優先するドイツ医学を模範としていたことから高木は批判され、また予防成績も次第に落ち様々な原因が言われ、胚芽米も導入された。これに対抗して、大日本帝国陸軍は白米を規則とする日本食を採用、『明治二十七八年役陸軍衛生事蹟』によれば、死者総計の約2割、約4千人の死因が脚気であり、陸軍はその後も脚気の惨害に見舞われた。農学者の鈴木梅太郎は、1910年（明治43年）に動物を白米で飼育すると、脚気様の症状が出るが、米糠・麦・玄米を与えると、快復することを報告。これを基に翌年、糠中の有効成分を濃縮し「オリザニン」として販売したが、医界においては伝染病説と中毒説が支配的であり、また医学界の外にあった鈴木が提唱したこともあって栄養欠乏説を受け入れなかった。1912年にポーランドのカジミェシュ・フンクがビタミンという概念を提唱したが、なおも国内提唱の栄養説を俗説とさげすみ、外来の栄養説を後追いした。陸軍主導の調査会には、真因を追及する能力はなかったとも指摘される。陸軍が白米を止め、麦3割の麦飯を採用したのは、海軍から遅れること30年の大正2年だった。