プレイヤーが3機1組の小隊を編成して戦闘に参加する。プレイヤー機を除く2機にはガシャで手に入れたキャラクターカードを使うことで機体に乗せることができる（カードがない場合は自軍の一般兵士が搭乗する）。小隊は第三小隊まであるが、一定の階級に昇格しないと開放されない。出撃する際には「エネルギータンク」を消費しなくてはならない（消費量は機体のランクと同数）。タンクの残量に関しても報酬の拡張ツールを使うことで残量が拡張される。2010年のサービス開始以来長らく続いてきたが、2012年12月18日の「Ζ―ゼータ始動」を機に廃止された。
敵陣営のプレイヤーと戦闘を行う。攻撃をしかける場合は、敵プレイヤーを指定してターゲットにする設計図を選択する、もしくは先にターゲットにする設計図を選択してその設計図を持つ敵プレイヤーを指定する。すると戦闘画面に移行し、攻撃に使うポイントをどれだけ使うのかを指定するのか迫られる。『戦闘開始!!』をクリックすると戦闘結果が表示される。こちらの発揮した攻撃力が相手の防御力を下回っていれば敗北、少しだけ上回っていれば勝利、大幅に上回ってしまうとシャア/アムロ襲来で敗北。その場合、攻撃ポイントが5分に1しか回復しない。勝利すると相手から資金5%と設計図を奪い取り、経験値も増える。敗北の場合は資金5%を奪われる。逆に敵軍から攻撃を受ける場合もある。こちらの防御力より相手の発揮した攻撃力が下回っていれば勝利、上回っていれば敗北、大幅に上回っていればアムロ/シャア参戦で勝利。勝利すると相手の資金の5%を奪い、敗北の場合は資金の5%と設計図を奪われる。また、未コンプの設計図にアイテム「ミノフスキー粒子」を設置しておくと、負けて取られそうになった時に作動し、プレイヤーの勝利となる。ミノフスキー粒子を仕掛けておけば無敵であるが、資金にはかけることができない。
レベルごとの任務を全て達成すると、敵軍のボスMSが接近してくる。小隊編成画面では戦友を2人選んで一緒に出撃させることができる（戦闘の結果に応じて褒章やペナルティが課されることはない）。ボスはHPが減るにつれて攻撃力が増していき、半分を切ると味方全員に攻撃を仕掛けてくる。エリアによって登場する機体が異なる。
原作に漂うエロティシズム・エゴイズム・バイオレンスを、深作欣二のダイナミックでスピーディーな演出で映画として新たな作品に変身し、日本国外では『Samurai Reincarnation』のタイトルで人気を呼んだ。クエンティン・タランティーノの作品や、2012年のハリウッド映画『アベンジャーズ』でサミュエル・L・ジャクソンは自身が演じたキャラクターに千葉真一の柳生十兵衛を取り入れるなど後世の作品にも影響を及ぼし、福岡ソフトバンクホークスの監督・秋山幸二は「あなたにとってサムライとは？」という問いに「千葉真一の柳生十兵衛は、生きるか死ぬか究極の真剣勝負というイメージがいい」と評するなど、千葉十兵衛は根強い人気がある。山田風太郎全作品を網羅したデータブックで夏葉薫は「深作欣二の代表作のひとつ。主演は柳生十兵衛役の千葉真一だが、ファンは皆この作品を『ジュリーの魔界転生』と呼ぶ。それほど天草四郎役の沢田研二は光っていた」と紹介・評している。テレビCMでは四郎が唱える「エロイム・エッサイム」が流され、子供達の間でも流行り言葉になったという。三谷幸喜は2016年の大河ドラマ『真田丸』で大坂の陣に参戦したキリシタン武将明石全登を演じる小林顕作に「映画『魔界転生』のジュリー（沢田研二）のように」と演技指示を出し、中田譲治は『超獣戦隊ライブマン』の敵幹部、大教授ビアスに扮した際の演技イメージ作りに『ラビリンス/魔王の迷宮』でのデビッド・ボウイと並べて「魔界転生の沢田研二」を取り入れている。漫画では平野耕太が漫画『ドリフターズ』第3巻のカバー裏オマケで天草四郎をキャラクター化し、映画『魔界転生』のラストシーン同様、自分の生首を脇に抱え哄笑する首無し武者のデザインで描いているが、脇に添えられたキャラ解説は「ジュリー版とクボヅカ版で強さが100倍違う」「真田広之逃げて、超逃げて」「サニー千葉 with ムラマサで、やっとどうにかなるレベル」と、平野が何の補足説明もなく1981年・2003年の映画『魔界転生』の感想を綴る内容になっていた。青山剛昌は少年剣士・鉄刃が妖怪じみた老翁・剣聖宮本武蔵に弟子入りし、悪鬼に呑まれたライバル剣士や現代に蘇った佐々木小次郎、柳生十兵衛、天草四郎や風魔小太郎に松尾芭蕉、沖田総司の6代目子孫、果ては地底人や宇宙人など古今東西の強敵と戦う少年漫画『YAIBA』のインスピレーション元になった映画として1981年映画『魔界転生』を挙げている。青山は先述した1981年版映画『魔界転生』フォロワー描写が登場するゲームソフト『ライブ・ア・ライブ』幕末編のキャラクターデザインも行っている。ゲームソフトでは1994年の『ライブ・ア・ライブ』幕末編の天草四郎、銃爺による漫画『装甲悪鬼村正・魔界編』の天草四郎などサブカルチャー分野でもフォロワーを生んでいる。アニメでは2013年の『真・女神転生IV』に登場する天草四郎時貞モデルのキャラクター「英傑トキサダ」の自分の生首を脇に抱えたデザインなど、映画のラストシーンで妖刀村正を携えた柳生十兵衛との決闘で刎ねられた自分の頭部を脇に抱え哄笑する天草四郎のヴィジュアルをパロディしたフォロワー作品も散見される。ゲーム『サムライスピリッツ』に登場する天草四郎、アニメ『るろうに剣心』島原編の天草翔伍のデザインなどがある。