理化学研究所におけるニ号研究では、仁科研究室にウランを供給するため飯盛研究室も参加した。主任研究員の飯盛里安は、ウランが核エネルギー源になることが知られる以前の1922年からウラン鉱の探索を行っていた実績を買われたためである。当時ウランの用途はほとんど無く、飯盛の探索はウランが目的でなく放射化学の研究に必要なラジウムを得ることが目的であった（ラジウムは常にウランと共存している）。仁科研究室の体制は、木越邦彦が六フッ化ウランの製造、玉木英彦がウラン235の臨界量の計算、武谷三男と福田信之が熱拡散分離の理論、竹内柾が熱拡散分離装置の開発、山崎文男がウラン235の検出を受け持ち、陸軍航空本部から物理化学系大学出の若い10人の将校が派遣され研究テーマごとの班に配属されていた。仁科研究室の全員がニ号研究に参加したわけではない。宇宙線、理論、サイクロトロンの担当者はノータッチであった。朝永振一郎が協力を申し出たが、仁科は必要ないと言って断った。
第二次世界大戦（太平洋戦争）中、軍部には二つの原子爆弾開発計画が存在していた。大日本帝国陸軍の「ニ号研究」（仁科の頭文字より）と大日本帝国海軍のF研究（核分裂を意味するFissionの頭文字より）である。
伝承による事件のあらましは次の通り。姫路城下の旅籠の大店・但馬屋の娘・お夏は、恋仲になった手代・清十郎と駆け落ちするが、すぐに捕らえられてしまう。清十郎はかどわかしに加え店金持ち逃げの濡れ衣まで着せられ打ち首となる。お夏は狂乱して行方をくらませ、誰も二度とその姿を見ることはなかったという。姫路市内の慶雲寺には二人の墓があり、毎年8月9日に「お夏清十郎慰霊祭」が執り行われている。お夏と清十郎の悲劇は、事件後各地でさまざまな小唄や歌祭文に歌われて民間に浸透していった。そして早くも寛文年間には江戸中村座で歌舞伎舞踊『清十郎ぶし』が上演され、以後この事件を題材にとった作品が次々と書かれていった。そのなかでも貞享3年 (1686年) に井原西鶴が著した浮世草子『好色五人女』の第一章『姿姫路清十郎物語』（すがたひめじ せいじゅうろう ものがたり）と、それを宝永4年 (1707年) に近松門左衛門が脚色して世話物の人形浄瑠璃に仕立てあげた『五十年忌歌念仏』（ごじゅうねんき うたねんぶつ）は、登場人物の繊細な心情にまで迫った物語性の高い秀作で、これ以降に書かれたものは概ねこの2作を下敷きにしているといって差し支えない。お夏の出自を姫路の旅籠の大店の娘から米問屋の主人の妹という設定に変えたのもこの西鶴である。
『お夏清十郎』（おなつ せいじゅうろう）は、寛文2年 (1662年) に播州姫路で実際に起きた駆落ち事件を題材にした一連の文芸作品の通称・総称。『お夏狂乱』（おなつ きょうらん）ともいう。
本船は、ニューヨークライナーと総称された日本のパナマ運河経由ニューヨーク航路の高速貨物船の一隻である。同航路には、1930年（昭和5年）に大阪商船が就航させた畿内丸型貨物船を皮切りに、日本の大手船会社が競って高速船を投入し、貨物船の花形扱いされていた。三井物産船舶部（商船三井の前身）は、大阪商船・国際汽船に次いで参入し、1933年（昭和8年）の「我妻山丸」型2隻以降、「阿蘇山丸」型2隻・「有馬山丸」型3隻を就航させていた。そして、三井物産船舶部のニューヨークライナー最終船となったのが、この「淡路山丸」と「綾戸山丸」の姉妹船であった。「淡路山丸」は、玉造船所（三井造船の前身）で建造された。主機関には、三井物産が輸入を扱っていたバーマイスター・アンド・ウェイン（en, B&W）のディーゼル機関を搭載し、最大出力10,810馬力で、日本貨物船で当時の史上最速となる19.9ノットを発揮した。なお、B&W式ディーゼル機関は背が高い形状をしているため、重心上昇を恐れる日本海軍には好まれず、本船が日本陸軍により徴用される一因となったのではないかという見方もある。荷役設備は門型デリックポストを前後甲板に2基ずつ配置し、重量物用のヘビーデリックも有している。「淡路山丸」型は、これまでの三井物産ニューヨークライナーと同様、美的に凝ったデザインとなっている。特に船橋まで含むと五階建ての従来貨物船より一層多い中央上部構造物が目立ち、内部には7室12人分の豪華な造りの客室が設置されていた。上部構造物の前半は下部3層相当を2層に区切ることで天井を高くし、船客用のサロンに充てていた。これらは貨物船の補助旅客設備として異例の豪華さであった。ニューヨークライナーの多くはスクラップアンドビルド方式の船舶改善助成施設に基づく補助金を受けて建造されていたが、「淡路山丸」は、有事の徴用を前提とした新造方式の優秀船舶建造助成施設による補助金を受けて建造されていた。そのため、軍用を想定した設計が盛り込まれており、経済性に反する最大19ノット超の高速性能も一例であるほか、軍隊輸送船転用時の兵員居住区となる中甲板には採光・換気用の舷窓を設け、船首尾甲板などには15cm級の大砲を設置できるよう補強材が入っていた。船名は、三井物産船舶部のニューヨークライナーに共通するAで始まるものが命名された。船名に「山」が付くのも、「金城山丸」など同社の保有船の多くと同じである。