創立者の石井亮一・筆子夫妻の影響に加え、キリスト教主義を理念としていることや、恩賜財団に近い歴史的背景、創立の経緯が孤児や障害児といった、いわゆる社会的弱者の救済にあったことから、現在に至るまで、「博愛の精神」、「奉仕の精神」が根付いている。
法人本部（総務部、経理部）、経営企画本部の2本部が設置され、法人経営の業務を執行している。福祉事業部門は、児童部、成人部、グループホーム部、地域支援部の4施設で構成され、各部施設長の下に部長が配置され、さらに部組織は、複数ないしは単一の科で構成され、科長が配置されている。その他、法人直轄の石井亮一・筆子記念館（福祉文化担当）や、広報委員会などがあり、広報委員会は機関誌『矢川だより』を年3回発行・配布している。なお、聖三一礼拝堂のチャプレンのみ、日本聖公会から任免される。
法人の代表者は理事長である。そして、理事長のもと各施設を統括する責任者が学園長である。当代の理事長は、初代理事長・中尾太一郎（海軍軍医少将）から数えて第14代目であり、第6代理事長・関重広以来、約60年ぶりに創立者の関係者が就任し、かつ学園史上、最年少の理事長就任となった。一方、前任の学園長は初代学園長・石井亮一から数えて第10代目であり、学園長（時代により「園長」や「総合施設長」という職名を使用）は、学園で最も伝統のある職となっている。なお、1970年に成人部が新設され、児童部と2施設制になった際に2施設長制となり、学園長職は廃止されていた。2003年の職制改正により、学園長に相当する総合施設長職が33年ぶりに復活し、2010年には職名が学園長に変更された。現在、学園長の下に法人本部、経営企画本部の2本部と、児童部、成人部、グループホーム部、地域支援部の4施設が置かれ、本部長および各部施設長は、学園長を補佐する。学園長や本部長、および一部の施設長は常務理事ないしは理事を兼任する。非常勤理事および監事は、日本聖公会東京教区主教が理事に就任する慣例がある他、教団関係者、大学教授、医師、弁護士、福祉関係者、企業関係者などにより構成されている。
この路線は軽便鉄道法を準用して建設されたもので、1912年に黒石軽便線（くろいしけいべんせん）として開業した。1950年（昭和25年）7月に弘南鉄道弘南線が弘南黒石まで延伸されると、旅客は弘南線に流れ、黒石線の乗客は減少していった。1968年10月には弘南鉄道から国鉄東北支社に対し経営委託の申し入れを行っている。1980年に国鉄再建法が成立し、黒石線は1981年（昭和56年）9月18日に第1次特定地方交通線として承認された。これにより「黒石線特定地方交通線対策協議会」が同法第9規定により設けられ、代替輸送に関する協議が重ねられた。その中で地元自治体が弘南鉄道に黒石線の存続を要請しており、数次にわたる協議の結果、1984年4月5日の第6次会議で転換に最終合意した。国鉄と弘南で別れていた黒石駅は、経費削減のため国鉄黒石駅の直前から弘南黒石駅に渡り線を新設して弘南黒石駅に統合された。国鉄時代には弘前からの直通列車や五能線への乗り入れ列車もあったが、転換以降は国鉄線からの直通運転が廃止された。財政措置として期限付きで各種交付金・補助金が支給されたが運賃は値上げとなり、コスト低減策として単線自動信号化・自動券売機設置などの合理化を進め、収支増加策として列車本数の増加や特定の時間帯が割引運賃となる「特割ショッピング回数券」を発売したり、黒石駅舎を新築し生協のスーパーマーケット店舗を併設して集客を図った。営業係数は国鉄時代の706（1983年度）・560（1984年度10月末まで）から、121（1984年度11月以降）・110（1985年度）・120（1986年度）・120（1987年度）と改善された。1992年の「第三次黒石市総合開発計画 基本計画」で黒石市は目標として「黒石線の輸送力増強」を掲げていた。しかし、利用者の減少から、1992年10月に弘南鉄道・黒石市・田舎館村・青森県の担当者レベルで 「黒石線活性化推進協議会」 を設置した。1993年は弘南鉄道に対する補助最終年度であったが、累積欠損金は同年までにおいて黒石線は同社全体の65%を占める欠損額を発生させており、黒石線の不振が経営の悪化・悪影響の要因として懸念された。活性化協議会は検討を重ねた結果「黒石線活性化協議会報告書」を作成し、「黒石線再生のための恒久的・効果的対策を見いだし得ない」「自治体の支援なしには存続できない」との結論を出した。 活性化協議会は黒石線の今後の方針について、 弘南鉄道トップに最終的な結論を委ねることに決めて解散した。1995年10月、 弘南鉄道は青森県・黒石市長・ 田舎館村長に対して黒石線廃止の意向を申し入れた。その後、 関係者への説明や協議を経て、 1997年12月に黒石線廃止後のバス代替運行計画を受け入れた黒石市長・田舎館村長が黒石線の廃止を最終的に承認した。1998年4月1日、黒石線は廃止された。これは転換特定地方交通線の廃止第1号であった。