同年8月8日、シンディア家とイギリスが交戦状態に入り、第二次マラーター戦争が勃発した。9月11日、シンディア家がムガル帝国の首都デリーを奪われたのち、マラーター側の軍勢が劣勢に陥ったが、ヤシュワント・ラーオはシンディア家とボーンスレー家が敗北するのを眺めていた。無論、ヤシュワント・ラーオ・ホールカルはシンディア家とボーンスレー家の連合軍が、アッサイェの戦いやラスワリーの戦いなどで大敗している間も手を貸すことはなかった。12月17日、ラグージーはイギリスと講和条約を結んで、ボーンスレー家は真っ先に戦線を離脱した。同月 30日にはダウラト・ラーオも講和条約を結び、戦線を離脱し、ヤシュワント・ラーオは孤立するところとなった。
1797年以降、ヤシュワント・ラーオはシンディア家のダウラト・ラーオと対立状態にあったが、1800年4月に宰相府の財務大臣ナーナー・ファドナヴィースが死亡したのち更なる対立状態となった。そして、1801年7月18日にウッジャインにおいて、ホールカル家の軍はシンディア家の軍を破り、大きな損害を与えた（ウッジャインの戦い）。その後、同年8月にカーシー・ラーオは和解のために本国へ戻ったが、9月にシンディア家に加わったため、逮捕されたのち投獄された。
とはいえ、同年4月6日にヤシュワント・ラーオは再び脱獄することに成功し、ナーグプルから逃れた。これらの事件ののち、ヤシュワント・ラーオはだれも信用しなくなった。その一方、彼はヴィトージー・ラーオやアミール・ハーンなど多数の支持者を得た。同年12月にヤシュワント・ラーオはマヘーシュワルに入城し、1799年1月にはカーシー・ラーオを廃すると宣した。そして、プネーにとらわれているマルハール・ラーオの息子カンデー・ラーオ・ホールカルの当主位を宣し、自身も共同統治者となった。ただし、彼をカンデー・ラーオの摂政とする場合もある。
1797年1月29日、ヤシュワント・ラーオの兄カーシー・ラーオ・ホールカルは、父親トゥコージー・ラーオ・ホールカルから当主位をプネーで譲り受けた。だが、カーシー・ラーオは障害と姦淫癖があり統治者としては不適格だったため、民衆や兵士から嫌われていた。ヤシュワント・ラーオは弟ヴィトージー・ラーオ・ホールカルとともに、人々に人気のあった優秀な兄マルハール・ラーオ・ホールカルを支持し、彼を推した。3人がカーシー・ラーオを追い詰めたとき、カーシー・ラーオはシンディア家の当主ダウラト・ラーオ・シンディアに助力を求めた。これにより、9月24日にプネーで3人の軍は突如襲われ、マルハール・ラーオは死亡し、その妊娠中の妻はプネーに拘留された。しかし、ヤシュワント・ラーオとヴィトージー・ラーオはプネーを逃げることに成功し、前者はナーグプルへ、後者はコールハープルへとそれぞれ逃げた。ダウラト・ラーオはナーグプル候ラグージー・ボーンスレー2世にヤシュワント・ラーオの逮捕を要請し、1798年2月20日に逃げていた彼は捕えられた。
1868年8月12日、アイダホ州のネ・ペルセ族と合衆国政府とで結ばれたインディアン条約は、合衆国とインディアン部族が最後に結んだ主権条約となった。1778年、デラウェア州のデラウェア族と歴史上初の条約を締結してから、このネ・ペルセ族との締結まで、合衆国がインディアン部族と結んだ条約はこの間370に上る。1805年の「ルイス・クラーク探検隊」との接触で、白人と初めて出会ったネ・ペルセ族は、以後白人と友好関係を保ち、他部族から白人を保護し、キリスト教を受け入れた。しかし肥沃な土地を目当てにした入植者は激増する一方で、やがて彼らの保留地の7/8が剥奪されるに到った。この1868年の条約は、保留地の一部と引き換えに、彼らの故郷のワロワ峡谷の返還を約したものだったのだが、この峡谷で金鉱が見つかると、その後すぐにまた彼らの故郷ワロワ峡谷は没収されてしまった。ネ・ペルセ族の南方のバンド700人は、州北方のラプワイにある保留地への強制移住を拒絶し、米国陸軍と戦闘になった。ネ・ペルセ族は白人との戦いを避け、1877年6月にモンタナ州からカナダへと2700km、108日間の絶望的な部族亡命を試みた。当時カナダに亡命していた、スー族のシッティング・ブルたちを頼ったのである。この逃避行は全米で新聞報道され、これを率いたヒンマートーヤラケット酋長（洗礼名ジョゼフ）は、その知略から「赤いナポレオン」と呼ばれるようになった。しかし彼らはモンタナ山中で米軍の追撃を受け、女子供も見境なしに虐殺された。無抵抗な赤ん坊は、銃尻や軍足で頭を叩き潰された。彼らはこうして亡命阻止され、カンザス州からインディアン準州へと引き回され、極寒の冬の中、毛布も与えられず、ここまでで部族員のうち幼い子供も含む432人が寒さと飢えのために死んだ。彼らはワシントン州のコルビル・インディアン保留地に強制移住させられ、放置された。ジョゼフ酋長はセオドア・ルーズベルト大統領に直訴したが無視され、以後、彼ら南ネ・ペルセ族がアイダホ州のワロワの故郷に還ることは許されなかった。その3年後の1871年、合衆国政府は「合衆国はもうインディアン部族を独立国家とはみなさない。したがって今後はもう主権条約は結ばない」と宣言した。この時点で、全米のインディアン部族の領土（保留地）は総計51万km²に過ぎず、合衆国政府は1778年から1868年の100年足らずの間に、インディアンから1億1000万エーカー（44万5200km²）の土地を没収し、768万km²の国土を手に入れていた。