セント・ジョーンズ・ワートは一般に良好な耐容性を示し、プラセボと同程度の副作用しか示さない。報告されている最も一般的な副作用は胃腸症状、目まい、意識混濁、けん怠、鎮静である。また、ヒペリシンは、通常では日焼けを起こさないような状況でも日焼け様の症状を呈する、光線過敏症の原因となることが知られているが、通常の摂取量の範囲においてそれが起きることは非常に稀である。カンプト(イリノテカン)の作用を弱めるため、抗癌剤のFOLFIRI療法などの際は併用を避けるべきであるとされている。統合失調症を患っている人では精神病症状を悪化と関連があると思われる。その他、重大な副作用として肺動脈性肺高血圧症を誘発する可能性が高い薬物として挙げられている。
セント・ジョーンズ・ワートが機能する機構は正確には不明であるが、従来の選択的セロトニン再取り込み阻害薬 (SSRI) 系の抗うつ薬と同様にセロトニンの再吸収を阻害することが関係すると信じられている。セント・ジョーンズ・ワートの主要な有効成分はハイパフォリンとヒペリシンだと考えられているが、フラボノイドやタンニンのような他の生理活性物質が関与している可能性もある。ハイパフォリンは抗うつ作用の主要な有効成分だと信じられており、セロトニン、ドーパミン、ノルアドレナリン、γ-アミノ酪酸 (GABA)、グルタミン酸の取込みを阻害することが示されている。用量反応関係の不一致からハイパフォリン以外の成分の関与も示唆されている。また、ハイパフォリンを含まないセント・ジョンズ・ワート抽出物 (Ze 117 - Remotiv) が顕著な抗うつ作用を示すという報告も成されている。
ハーブと花は異なるポリフェノールを含んでいる: フラボノイド類（ルチン、ヒペロシド、イソケルセチン、ケルシトリン、ケルセチン、I3,II8-ビアピゲニン、アメントフラボン、アスチルビン、ミクエリアニン）、フェノール酸（クロロゲン酸、3-O-クマロイルキナ酸）、ナフトジアントロン類（ヒペリシン、プソイドヒペリシン、プロトヒペリシン、プロトプソイドヒペリシン）、フロログルシノール類（ヒペルホリン、アドヒペルホリン）。ヒペリシン、プソイドヒペリシンならびにヒペルホリンは活性成分であると考えられている。その他精油成分（主にセスキテルペン）も含まれている。
米国国立衛生研究所 (NIH) に属する米国国立補完代替医療センター (NCCAM) やその他の機関はうつ病に対しては、セント・ジョーンズ・ワートは偽薬と比較して極めて小さい効果しか示さないか、あるいはまったく効果を示さないとしている。これらの結論は、NCCAMによって行われた大規模な臨床試験の結果に基づいている。この研究は、DSM-IVに基いて大うつ病性障害と診断された340人の患者を対象に、ハミルトンうつ病評価尺度 (HAM-D) と 臨床全般印象尺度 (CGI) を症状評価尺度として用いた、多施設無作為二重盲検偽薬対照試験である。対照として、セルトラリン（SSRI）と偽薬を用いている。その結果、セント・ジョーンズ・ワートは中程度のうつ病に対して、偽薬に比べて有効性があることは示されなかった。しかし、抗うつ薬のセルトラリンも偽薬に比べて有効性があることは示されなかった。より軽度のうつ病における効果の調査がNIHにより計画されていると記されている。代替医療についての他の多くの研究と同様に、これらの多くは方法論や研究デザインが不十分であり、有効性について結論づけることができない状態である。有効性を報告している研究者の一人も、今後より精密な調査が必要であることを2003年の論文中で述べてられている。DSM-IV基準を満たした注意欠陥多動性障害ADHDの小児および青年に対して、セント・ジョーンズ・ワート300mgによる改善効果を検討した無作為比較試験では臨床的に有効な改善効果は認められなかった。
セント・ジョーンズ・ワートについての臨床研究は、うつ病に対する効果を調査したものが多い。その結論は現在のところ成否さまざまである。軽症から中等症のうつに対して有効でかつ従来の抗うつ薬よりも副作用が少ないとするイギリスの診療ガイドラインにおける合意がある一方で、偽薬以上の効果は見られないとするアメリカで行われた研究もある。英国国立医療技術評価機構（NICE）の2009年のうつ病に対する診療ガイドラインは、軽症から中等症のうつ病に対し危険性が利益を上回るため抗うつ薬は使用してはならないが、セント・ジョーンズ・ワートには利益がある可能性があるという証拠が存在するとしている。
塩分組成の比率はヒトの体液とほぼ同じであるとまことしやかに言われることもある（一部の天然塩の宣伝など）が、ヒト生体の塩分濃度は約0.9%であり、海水の塩分濃度は生体よりもかなり高い。大量に飲まない限り害はないが、塩分が多く浸透圧が高すぎるため水分の摂取には適さない。また、体質によりマグネシウムイオンに対して敏感な場合は下痢の原因となる。ただし海で生息する哺乳類の中には海水に適応している種もあり、ラッコはカワウソ類の平均の2倍もの大きさの腎臓により海水を塩分を濾過できるため水分補給のために飲むことが出来る。またアオバトなど海に近い場所に生息する動物は、塩分の摂取を目的として飲む種もある。ヒトは水分を蒸発させて固体の食塩を採取するか、過去に海だった陸地において岩塩を採取し摂取する。塩分組成の比率については、現在の塩分濃度よりも、その生物が生まれた当時の海水の塩分濃度・組成に近いと言える。硬骨魚類を含む多くの脊椎動物は塩分濃度は0.8-0.9%前後であり、これは4億年ぐらい前の海水の塩分濃度に近いと考えられている。脊椎動物の登場が5億4200万年前、脊椎動物（両生類）の上陸が3億6000万年前と言われている。一方で硬骨魚類と異なり淡水での進化を経験していない軟骨魚類、クラゲやイソギンチャクなどの刺胞動物、貝やイカ・タコなどの軟体動物、ウニやヒトデなどの棘皮動物、ホヤ類、甲殻類などの無脊椎動物については、体液は海水とほぼ同じ組成で、浸透圧も海水と等張である。