霞ヶ関の官公庁の公務員は、通常は午前9時30分頃に出勤することが多いがしかし、月曜日だけは朝早くに朝礼があるところが多い。警察庁では午前9時に対策本部を設置した。警視庁でも井上幸彦警視総監をトップに対策本部を設置。警視総監が事件の総合調整と捜査の総指揮を行った。対策本部には警視庁刑事部長、刑事部参事官・捜査一課長・捜査一課理事官・捜査一課管理官など主だった刑事部幹部と捜査幹部が招集され警備公安警察の各部長も招集された。通常の捜査は過去の出来事を調べるものだが、オウム真理教事件では目前で新たな事件が次々に起こっており、新たなテロを食い止める必要があったためにあらゆる法律を駆使したぎりぎりの判断を迫られるものであった。ゴールデンウィークが迫る頃には政府から警察に対し安全確保の要請が来た。東京ドームや新幹線でサリンを撒かれると大きな被害を出すという理由であった。
有機リン系中毒の解毒剤であるプラリドキシムヨウ化メチル (PAM) は主に農薬中毒の際に用いられるものであり、当時多くの病院で大量ストックする種類の薬剤ではなく、被害がサリンによるものだと判明すると同時に都内でのストック分が使い果たされてしまった。このため全国の病院・薬品卸会社へ供出令が出されることになり、東海道新幹線や空路を使って東京に送り届けられた（後述）。
東京消防庁は化学機動中隊・特別救助隊・救急隊など多数の部隊を出動させ被害者の救助活動や救命活動を行った。東京消防庁はこの事件に対して救急特別第2、救助特別第1出場を発令、延べ340隊（約1,364人）が出動し被害者の救助活動・救命活動を展開した。警視庁では東京消防庁との連携の下、警察当局としてもまずは機動隊を出動させ被害者の救助活動と後方の警戒にあたった。当初は「地下鉄で爆発」「地下鉄車内で急病人」など誤報の通報が多くサリンによる毒ガス散布が原因とは分からなかったため、警察も消防も無防備のまま現場に飛び込み被害者の救出活動を行った。現場では、東京消防庁の化学災害対応部隊である化学機動中隊が、原因物質の特定に当たったが、当時のガス分析装置にはサリンのデータがインプットされておらず、溶剤のアセトニトリルを検出したという分析結果しか得られなかった（ただし、サリンの溶剤としてアセトニトリルが使用されていた可能性がある）。さらに、この分析結果は、「化学物質が原因の災害である」ことを示す貴重な情報であったにもかかわらず、全現場の消防隊に周知されるまで、時間を要した。
事件後、実行犯らは渋谷アジトでテレビを見て事件の発生を確認し、新実智光は死人が出たことを知ると大はしゃぎしたという。使った傘など証拠品は多摩川で焼却した後、実行犯らは第6サティアンに帰還して麻原に報告した。麻原は、「ポアは成功した。シヴァ大神、すべての真理勝者方も喜んでいる。」「これはポアだからな、分かるな。」と、あくまで事件はポアであったことを強調した。そして、「『グルとシヴァ大神とすべての真理勝者方の祝福によって、ポアされてよかったね。』のマントラを1万回唱えなさい」と命じ、おはぎとオレンジジュースを渡した。麻原「今回はごくろうだったな」新実「ニュースで死者が出ていると言っています」麻原「そうか」麻原「これはポアだからな。わかるな。これから君たちは瞑想しなければならない。『グルとシヴァ大神とすべての真理勝者方の祝福によって、ポアされてよかったね』という詞章を一万回唱えなさい。それが君たちの功徳になるから」 — 松本智津夫被告第19回公判での杉本繁郎証言に基づく
ニューイングランド植民地とニューヨークから、モントリオールへの軍が陸路派遣された。実質何も成し遂げなかったものの、マサチューセッツ植民地はケベックに、軍を2つに分けて送りだしていた。32艘の船団から成る軍（うち4艘だけが大型船）、そしてマサチューセッツの2,300人の民兵、もう一つはフイップスの全面指揮下にある、ポートロワイヤルで勝利を飾った軍である。この軍の出港は夏の終わりにまでずれ込んだ、というのも、イングランド本国からの支援物資の到着を待ち続けていたからである、しかしそれは空しかった。結果、フィップスが、マサチューセッツのハルから船を出したのは、8月の19日または20日で、弾丸も不足していた。悪天候、向かい風、そして、セントローレンス川を熟知した案内役の不在が前進を阻み、10月の16日になるまでケベックに錨を下ろすことができなかった。フロンテナックは賢く経験豊かな士官であり、10月14日にモントリオールからケベックに着いていた。召集された民兵が到着し、3,000人近い兵がケベックの守りについた。ニューイングランド軍は「臆病で惰弱なフランス人が、頑健なニューイングランドの兵に敵わないだろうと自信ありげだった」。しかしまさに逆もまた真なりであった。フロンテナックには、植民地の正規軍が3部隊いて、フィップスのアマチュアの民兵よりも確かに優れていたため、勝利には自信があった。しかし戦況が進むにつれ、ヌーベルフランス側で実際に奮闘していたのは民兵であった。さらにケベックが、恐らくニューイングランドの将校がそれまで見た中では、自然のままで最も手ごわい地だったのである。手ごわいのは、急な断崖とディアモン岬だけではなかった。東海岸が浅いため船が近づけず、着岸には技術が必要だった。10月16日、フィップスはトマス・サベージ少佐を使節として派遣し、フロンテナックに降伏するよう伝えに行かせた。この出会いはまさに心理戦だった。フロンテナックは、フィップスの使節が自軍の数の上での劣勢を隠すために、ケベック市民の野次や笑い声に向きになるように仕向け、使節がサン＝ルイ城に着くと、フロンテナック自身と部下の多くは正装して、降伏を要求する使節の話に耳を傾けた。すると使節は1時間のうちなら要求に応じると言い、時計を出した。自尊心が強く怒りっぽいフロンテナックはひどく怒り、イングランドの艦隊を見もしないうちから、この使節を縛り首にすると言いだした。しかし、ケベック司教のフランソワ・ド・ラヴァルのおかげで落ち着きを取り戻し、こうやり返した。貴国の総督への返答は、私の大砲の口と機関銃からの弾丸よりほかにない。—Non, je n'ai point de réponse à faire à votre général que par la bouche de mes canons et de mes fusils.、