しかし、その後も輸送人員の増加傾向は止まらず、増発の余地がない中で郊外からの輸送力を確保するには、近郊区間の各駅停車の単位輸送力増強、言い換えれば各駅停車1列車あたりの定員を多くして本数の減少を補うしか方法がなくなった。このため、1964年からは近郊区間の各駅停車には車体を大型化したNHE車の投入が開始され、HE車は次第に急行列車を中心とする運用に変更されていった。しかし、箱根登山鉄道線には大型車両が入線できなかったため、その後長期にわたり湯本急行の主力車両として運用されることになった。なお、1965年前後の数年間、特急需要のピーク時や検査入場時などに特急車両が不足する事態となり、これを補うために「サービス特急」と呼ばれる特急料金不要の特急列車が設定され、一部の特急「えのしま」にHE車が運用された。この列車は座席定員制で、HE車のうち車内に号車番号札と座席番号表示を装備した車両が運用された。
補助電源装置は、デハ2400番台の奇数番号の車両に5.5kVAの出力を有するCLG-319B型電動発電機 (MG) を2台搭載した。それまで小田急の車両で使用されていた補助電源装置では、交流電源と直流電源の両方を供給する複流式であったが、HE車では交流出力のみとすることで保守の容易化を図った。電動空気圧縮機 (CP) は、デハ2400番台の奇数番号の車両にDH-25型を2台搭載した。これらの機器が2台搭載されているのは、故障の際にも前途運転を可能とするためで、操作スイッチも一括とせずに分離することで操作系統の回路で故障が発生したときにも動作可能としている。
台車についても軽量化を図るため、それまで広く採用されてきた一体鋳鋼製台車から、鋼板溶接組み立て式に変更したほか、電動台車と付随台車ではほぼ別設計とした。採用された台車は、小田急では2200形からの実績があるアルストムリンク式台車であるが、3000形で電動台車と付随台車の軸距を変えて付随台車の軽量化を図った考え方をさらに進め、電動車と制御車では寸法や構造が異なる専用設計品とした。このため、電動車は車輪径910mm・軸距2,200mmの住友金属工業FS330、制御車は車輪径762mm・軸距2,000mmで中空軸使用の住友金属工業FS30をそれぞれ装着する。付随台車の軽量化を図ったこの手法は、その後20mのNHE車・5000形、さらには特急車の3100形NSE車にも引き継がれた。
ブレーキはHSC-D形電空併用電磁直通ブレーキで、応荷重機構が実装されたこと、電制時には制御車の制動力の1/3を電動車が負担する制御をすること、低速になったときに鋳鉄制輪子の制御車と電制の電動車の制動力のバランスをとるために制御車のブレーキ力を減じる制御（B-55装置）をするなど、いくつかの新機軸が採用されている。基礎制動装置はクラスプ式（両抱え式）で鋳鉄製制輪子を持ちいる。
それから雨季が終わり、マフアの木の花も咲かない、例年になく非常に熱くて長い乾季が訪れたときのことである。ヤマアラシのイキは、川の水が乾上がって姿を現した平和の岩を発見した。「水の休戦だ！」トビも羽ばたいて声を上げる。この休戦宣言によって、普段は食べられる側であっても安心して川の周りに集まってくるため、貧しくとも多様な生物が集う平和な光景が見られる。だが、しばらくして、岩場の空気が一変した。人間の仔であるモーグリの臭いを嗅ぎつけ、ハゲワシとともに恐ろしいトラのシア・カーンが現れたのだ。彼は人間に対して強い恨みを持っていたため、オオカミたちはモーグリを守ろうとしたが、シア・カーンはモーグリの価値と多くの命を引き合いに出し、水の休戦が終わったら、モーグリ以外の者に危害を加えかねない可能性を示唆した。アマガエルとともに、ジャングルに雨が戻ってきたその夜、モーグリはこの件で揉めているラマやアキーラたちのもとへ行き、ここを出ていくことを宣言した。ラクシャは猛反対したが、バギーラもそれがモーグリの命を救う最善の方法でもあるとして、自ら彼を連れていくことに名乗り出た。結論が出て、母と仔は悲しみに暮れた。群れを離れたモーグリはバギーラから人間の村へ行くことを明かされたが、納得しなかった。その道中、森の中でゾウの群れに遭遇した。バギーラは、ゾウの前では頭を下げて敬意を示さなければならないと教えてくれた。なぜなら、ジャングルを創ったのは彼らであって、山々や木々も彼らのおかげでできたからである。鳥には木々が与えられた。しかし、ゾウが人間に与えたものはない。バギーラは「それがモーグリがジャングルを去るべき理由だ」と言った。しかし、彼らが森を抜けて草原に出たときのことである。シア・カーンは、そのタイミングを狙っていた。バギーラから北へ逃げろと言われ、走りだしたモーグリ。幸いにもシア・カーンはスイギュウに行く手を遮られ、逆にモーグリはそのスイギュウに掴まり、助かることができた。だがその後、シオニーの丘にシア・カーンがやってきて、モーグリのことに関して口を割らないアキーラを無慈悲にも殺してしまった。そして、モーグリを自分のところに連れてこない限り、ここは自分の丘だと宣言した。一方、バギーラと離れ離れになってしまったモーグリは、そのスイギュウが行く高い崖道が雨水により崩れ落ち、彼らと一緒に川の中に落ちてしまった。