1983年10月の国土審議会において、三全総フォローアップ作業報告を受け、1986年を目途に第四次の全国総合開発計画を策定することが決定された。計画本体の策定作業に先立つ国土庁の内部作業として長期展望作業が行われ、1984年11月に「四全総長期展望作業中間とりまとめ」が公表された。その中で特に注目を集めたのは、『東京圏の相対的地位の向上により、東京一極集中の様相がより鮮明になり、従来の「三大都市圏対地方圏」という図式より「東京圏対その他」という捉え方の方が、問題の本質を端的に表す』との一節であった。これは、三全総フォローアップにおける「人口の地方定住傾向は強まっている」、「三全総が掲げた定住構想は着実に推進されつつある」との認識を改め、1980年代に入り明らかとなった東京圏の人口流入超過傾向、地域間の所得格差の拡大傾向を直視したものであった。その後、国土審議会計画部会で計画策定作業が進められ、1986年12月に「審議経過報告」として公表された。同報告では、本格的国際化の時代を迎え、世界に開かれ世界とともに歩む国土づくりを進めることが必要であり、特に東京は世界的な交流の場としての役割が増大するため、それにふさわしい業務、居住機能を整備することが大きな課題であるとした。より具体的には、東京圏を世界の中枢的都市の一つとして、また全国に世界規模での情報を提供する等、高次の機能を有し、我が国及び国際経済社会の発展に寄与すると位置づけ、地域構造の改編や東京湾岸地域等の総合的利用の推進などを掲げた。同時に、東京一極集中の弊害に対処するため、各地域がそれぞれの特性を活かして活性化し、適切な機能分担をし、地域間、国際間で相互に補完･触発しあいながら交流する多極分散型国土を形成するため「交流ネットワーク構想」を推進することとした。このように東京を重視した記述を試みたことは、大都市抑制と地方振興を主眼としていたそれ以前の全総計画の流れから見ると異例のことであった。その背景としては、円高不況で工業分散による地方振興が手詰まりとなる中、国際化、情報化により発展する東京が牽引しなければ日本経済は沈没してしまうといういわゆる東京機関車論の認識があったとみられる。また、当時の中曽根総理から、東京プロブレムへの詰めが足りないと指摘されたためとも伝えられている。しかし、この経過報告は東京一極集中を是認するものとして地方圏の知事らから猛烈な反発を受けた。中でも熊本県知事の細川護熙は即座に「東京集中の四全総に失望」、「地方の活力そぐ安易な現状追認」と新聞紙上（1986年12月9日付け朝日新聞論壇）で主張、批判の急先鋒となった。その後、この東京問題については、国土審議会計画部会の大都市問題ワーキングググループの東京300km構想の検討、国土審議会とは別に国土庁に設置された国土政策懇談会における議論など様々な議論が交わされた。四全総の閣議決定は、当時進められていた国鉄改革の遅れにより整備新幹線に関する記述ができなかったことなどから大幅に遅れたが、最終的に1987年6月の国土審議会答申を経て同月30日閣議決定された。
ニューヨーク州バッファロー。シャロン刑事は女の子が一人で路地を歩いているのを見つけた。その女の子の名前はミシェル・ビショップといった。シャロンはミシェルを警察署に連れて行き、そこにいたバルバラ刑事にミシェルの話し相手を頼んだ。その数分後、バルバラは窓から転落して死んでしまった。シャロンはモルダーとスカリーに協力を要請した。ミシェルはバルバラを襲った男の顔を覚えているという。しかし、シャロンはバルバラが窓から転落したとき、部屋にはミシェルしかいなかったと2人に言う。ともかく、2人はミシェルの証言を頼りに犯人のモンタージュ写真を作った。その作業の最中、コンピュータが誤作動を起こした。その誤作動によってできた写真を見たミシェルはそれが犯人の顔だったと言った。モンタージュ写真はチャールズ・モリス刑事の顔と一致した。しかし、モリスは9年前にギャングに殺されたはずだった。2人はミシェルを治療する精神科医、ブラウン博士の元を訪れた。ブラウン博士は「私は治療の一環としてミシェルと人形遊びをしているのだが、ミシェルはいつも左目と左腕を傷つけてしまう。母親の虐待を疑ったが、そうではなかった。」と2人に言う。モルダーはモリスの死体も左目をくりぬかれ、左腕を切断されていたことを思い出す。モルダーとスカリーはバルバラの相棒であったトニー・フィオレの元を訪ねた。フィオレによると、モリスの死は当時2人が捜査に当たっていた中国系マフィアの犯行によるものだった。翌日、フィオレはレオン・フェルダーの元を訪れる。2人は銀行に預けてある多額の現金をどうするかで口論になった。また、すでに死んだ2人の取り分をどう分配するかでも折り合いはつかなかった。その夜、フェルダーがバスを降りようとしたとき、身に着けていたスカーフがドアに挟まってしまった。運転手はそれに気が付かないままバスを発車させた。フェルダーの叫び声を聞いた運転者は慌ててブレーキをかけようとしたが、なぜかブレーキが利かなかった。ようやくバスが止まったときには、フェルダーは窒息死してしまっていた。その様子をバスの中で見ていたのは、ミシェルだった。捜査を続けていたモルダーとスカリーはフィオレ、バルバラ、フェルダー、モリスの4人が合同で捜査に当たっていたことがあることを知る。そこで、2人はもう一度フィオレの元を訪れる。2人はフィオレの妻アニータに出迎えられる。フィオレは昨夜から連絡が取れない状態にあるのだという。その後、2人は警察署に戻りモリスの事件についての調査を進めた。その過程で、モリスの検視結果の1頁が抜き取られていることが判明する。そのファイルを最後に閲覧したのはフィオレだった。ミシェルは催眠療法を受けることになった。年齢を聞かれたとき、ミシェルは24歳だと言った。その直後、ミシェルはパニックに陥り叫び始めた。ミシェルは誰かが自分を殺そうとしていると叫んだ。そのため、治療は中止された。モルダーがその際に録画されたビデオを見て、ミシェルがモリスの生まれ変わりであると確信した。ミシェルが母親の胎内にいたのは、ちょうどモリスが殺された時期である。また、ミシェルが叫び始めるほんの少し前の映像に、ノイズが記録されていた。モルダーはその部分の解析を専門家に依頼した。ノイズの部分をクリアにすると、その部分にはフィオレの家にある熱帯魚の水槽の上に置かれていたフィギュアが映っていたことが判明する。その頃、スカリーはモリスの死体の解剖記録から抜き取られたページを解剖担当医から入手した。そのページには、モリスの死因が海水を吸い込んだことによる溺死であったことが書かれていた。モルダーとスカリーはモリスがフィオレの自宅にある熱帯魚の水槽で殺されたことを知るのだった。フィオレの家に駆け付けたモルダーとスカリーはミシェルがテレキネシスでフィオレを殺そうとしているのを見る。2人はそれを止めにかかるが、フィオレは「自分、フェルダー、バルバラの3人が多額の金を盗み出した。モリスはそれを知り、俺たちを脅迫してきたんだ。俺はちょっと怖がらせるつもりだったが、残りの2人がモリスを殺してしまった。俺はモリスを殺すつもりはなかったんだ。」と白状する。ミシェルは熱帯魚のタンクを破壊し、フィオレを殺そうとしたが、アニータが「殺さないで」と言うのを聞き殺害を断念した。フィオレはモリス殺害に加担したことと金を盗み出したことを自白した。一方、ミシェルは以前のような暗さが無くなり元気な女の子になっていた。モルダーはミシェルを再度催眠療法にかけようとしたが母親に拒絶された。そのため、モルダーは今回の事件を「説明不能」と結論付けざるを得なかった。