祝島の西側に広がる周防灘は、魚種も豊富で、四季を通じて各種の海産物が獲れる瀬戸内海における屈指の好漁場といわれている。特に祝島近海は環境破壊がすすむ瀬戸内海の中でも比較的自然環境が残っているとされ、一昔前まで瀬戸内海のどこにでも見られたイルカの一種であるスナメリは、ここ祝島近海や広島県竹原市沖の阿波島海域など特定の海域でしか見られなくなっている。また、おそらく19世紀後期から20世紀初期にかけて、山桜の咲く季節には祝島の周囲にたくさんの鯨が見られ、この地で子を産むという伝聞が残っている。鯨墓や山陽小野田市や別府湾などの周辺における捕鯨の記録も考慮し、大村秀雄は当時コククジラと推定して同種の瀬戸内海への回遊と繁殖を示唆した。近年にも時節鯨が見られる事もある。1960年代ごろは、一本釣りのタイが漁獲高のトップで、「祝島鯛」は本土の高級料理店にその名が知られるほどであった。ヒラメやカレイ、タコなどもよく獲れた。現在、水揚げ量の多い順でならべると、アジ、タイ、タコ、サヨリ、カレイ・ヒラメ、ヤズ・ハマチ、甲イカ、メバル、ハゲ、タチウオなど。
昔から漁業が盛んで、現在でも漁業を中心とする半農半漁を営む島である。漁業、農業、遊漁、観光などが、島民の主な収入源となっている。祝島市場（旧・祝島漁協）は祝島の経済のカナメで、海産物のみならず、「祝島びわ産直グループ」のビワやビワ茶、あるいは、みかん、寒干し大根などの委託販売をする。祝島漁協は島民の屋台骨を支え、島おこしと生活権を守ってきた重要な団体であったが、合併などにより漁協は山口県漁協祝島支店に改組され、通信販売部門は現在祝島市場が担っている。
戦後の最盛期には人口は5000人程度とされていたが、現在は500人（2010年6月末現在）で、65歳以上が69%以上を占めるいわゆる高齢化がすすむ過疎地域となっている。海岸線のほとんどは急斜面となっているため、東側にある港近くの本浦と呼ぶ比較的平坦な斜面に住居が集中し、集落を形成している。最も高い地点は長見山と呼ばれ標高357.4m。夏は台風の進路にあたるためその強風や、豊後水道を北上する冬の強風や荒波の直撃から住居を守るために、石を積み、土や漆喰、セメント（モルタル）などで固めた、一見石垣のように見える練塀（ねりべい）と呼ばれる塀が、軒下で屋根と連結され、住居の周囲を覆っている。塀と塀の間にはさほど広くない路地が迷路のように入り組み、城壁のような練塀の景観が異彩を放ち、祝島集落の独特の情緒を醸し出す。
室津半島の東端である四代地区（上関原子力発電所の予定地でもある）から西に3.6 km、上関港から16キロ離れた海域にある。属島として島の西側約200mの海域に小島、同じく西側約1kmの海域に小祝島（祝島現地では「こいよう」あるいは「こいおう」と読む）がある。島の周囲は12kmで、面積は7.67平方キロメートル。島を東側の対岸・上関町四代上空からみるとハート型にみえる。海岸線付近は急峻な傾斜地が多いものの、島の中央部はなだらかで全域が台地状の丘陵地帯となっており、遠くから見るとスープ皿を伏せたような地形となっている。
1898年（明治31年）5月16日、東京市本郷区湯島新花町11番地（現在の東京都文京区）に、父・善太郎と母・まさの長男として生まれる。3姉弟の2番目で、3歳上の姉に寿々、7歳下の弟に善男がいる。父の善太郎は大工（屋根葺き職人、請負業とする説もある）で、日露戦争時に軍隊用雨合羽の製造をしていたが、戦争終結により事業は失敗。差押えを受けて、一家は浅草玉姫町に引っ越すことになった。1905年（明治38年）、私塾の田川学校に入学。一家の窮乏の口減らしのため、姉の寿々は養女に出される。寿々は養家から日本橋の芸者屋「三河屋」に奉公に出せられ、半玉となり、客の松平忠正子爵に落籍（後に正式に結婚し松平寿々となる）され一家の家計を助けた。1907年（明治40年）、同年開校の石浜小学校に入学。同級生には後年に仕事を共にする川口松太郎がいた。6年生の時、盛岡で薬剤師をしている親戚に預けられ、そこで小学校を卒業した。1912年（大正元年）、東京に戻ったが、リウマチに罹り1年間闘病していた。1913年（大正2年）満15歳の時、浴衣の図案屋に弟子入り。同じ図案屋仲間の弟子に大久保忠素がいた。その後浜町の模様絵師に弟子入りし、1916年（大正5年）、赤坂溜池の葵橋洋画研究所（黒田清輝主宰・和田三造塾頭）に入って、洋画の基礎を学んだ。この時、研究所近くのローヤル館でジョヴァンニ・ヴィットーリオ・ローシーがオペラを上演しており、その背景画を研究所が引き受けていたので、溝口もそれを手伝ううちに浅草オペラに夢中になった。また、この頃から落語や講談などの江戸趣味に凝り始め、トルストイ、ゾラ、モーパッサンなどの外国文学や、尾崎紅葉、夏目漱石、泉鏡花、永井荷風らの本を読みあさっていた。1917年（大正6年）、姉の計らいで名古屋の陶器会社の図案部に入ることになるが、働く気にはなれず、入社翌日には東京に戻った。1918年（大正7年）、神戸又新日報社広告部の図案係に就職するが、僅か1年で退職した。