熊楠の手による論文はきちんとした起承転結がなく、結論らしき部分がないまま突然終わってしまうこともあった。また、扱っている話題が飛び飛びに飛躍し、隣人の悪口などまったく関連のない話題が突然割り込んでくることもあった。さらに、猥談が挟み込まれることも多く、柳田國男はそうした熊楠の論文にたびたび苦言を呈した。しかし、思考は細部に至るまで緻密であり、一つ一つの論理に散漫なところはまったくなく、こうした熊楠の論文の傾向を中沢新一は研究と同じく文章を書くことも熊楠自身の気性を落ち着かせるために重要だったためと分析している。「熊楠の文章は、異質なレベルの間を、自在にジャンプしていくのだ。（中略）話題と話題がなめらかに接続されていくことよりも、熊楠はそれらが、カタストロフィックにジャンプしていくことのほうを、好むのだ。」、「文章に猥談を突入させることによって、彼の文章はつねに、なまなましい生命が侵入しているような印象があたえられる、（中略）言葉の秩序の中に、いきなり生命のマテリアルな基底が、突入してくるのだ。このおかげで熊楠の文章は、ヘテロジニアスな構造をもつことになる。」と分析し、「こういう構造をもった文章でなければ、熊楠は書いた気がしなかったのだ。手紙にせよ、論文にせよ、なにかを書くことは、熊楠の中では、自分の大脳にたえまなく発生する分裂する力に、フォルムをあたえ満足させる、という以外の意味をもっていなかったからだ。」と考え、また熊楠の文体構造の特徴を「マンダラ的である」とも語り、「マンダラの構造を、文章表現に移し変えると、そこに熊楠の文体が生まれ出てくる。」とも述べている。
このように、広範囲の分野に多くの研究を行っており、その残されたものから判断すると、熊楠が高度な専門家であったことは間違いない。しかしながら、熊楠はこれらの分野において、ほとんど論文を発表していない。これは、出版された論文をもって正式な業績と見なす科学の世界では致命的である。たとえば粘菌の分野では、熊楠は数度にわたって目録を発表しており、熊楠以前には日本から36種しか記録されていなかった日本の粘菌相に178種を追加した。これだけでも熊楠は変形菌研究の歴史に大きな名を残している。しかし、例えば熊楠は「新種」を記載してはおらず、熊楠の手になる新種は、全て他の研究者によって発表されたものである。これはキノコの分野でも同じであり、そういった観点からは、熊楠に対しては「優れた観察者およびコレクター」（萩原(1999),p.245）という評価しかできない。ネイチャー誌に掲載された論文の数は約50報、日本人最高記録保持者となっている。これについては、熊楠が目指していた菌類図説がもし発表されていれば、また評価は違ったかも知れない。ただ、熊楠自身の残したメモや日記、手紙類から、熊楠の学問について推測するための努力は今も続けられている。
2000年3月31日の対阪神タイガース戦で延長10回に初登板、直後に勝ち越し打が生まれ、いきなり初勝利を挙げた。この初登板以降、引退まで全てが救援登板として起用されることとなる。前年にシアトル・マリナーズへ移籍した佐々木主浩を失い、その後釜として期待されたラファエル・ベタンコートが結果を残せず、代役でクローザーとなった福盛和男も一応は抑えるものの内容面で信頼を得るに至らなかったことから後半戦より新人ながら守護神に抜擢される。結果的には7勝3敗18セーブ、防御率2.89の好成績を残して佐々木の穴を埋めた。球団で新人投手が二桁セーブを上げるのは当時初めてのことだった。2001年は抑えの座を斎藤隆に譲るも、中継ぎとして69試合に登板。防御率2.48・9勝3セーブを挙げ、最優秀中継ぎ投手を受賞。2002年はプロ入り2年間で115試合に投げた疲労から腰痛に悩まされ、登板数は36と半減して防御率も悪化。後半には二軍へ降格された。また、同年より車椅子の寄贈活動を開始するが、2003年はさらに少ない28試合の登板にとどまった。2004年からは無理に三振を狙わない投球に切り替えたことが奏功し、2年連続の不振から脱出。52試合に登板して防御率3.46と復活。この年から4年連続50試合以上登板を続ける。2005年はチームトップの58試合に登板して6勝5敗、防御率2.44を記録。木塚と川村丈夫、加藤武治、マーク・クルーンの中継ぎ投手4本柱は、4人合計で215試合・防御率2.74の好成績を記録し「クアトロK」と名付けられた。また同年から始まったプロ野球交流戦の初戦となった5月6日の対ロッテ戦では勝利投手となり、他球場の試合が終わっていなかったことから、交流戦最初の勝利投手となった。2006年は二段モーション禁止の影響により思うような投球ができず、防御率も前年度より悪化したが、それでも59試合に登板。2007年はリーグ2位で球団史上最多の76試合に登板し、防御率3.06、中継ぎの柱としてチームトップの29ホールドを挙げた。7月8日の対広島東洋カープ戦で木塚の登板中に勝ち越したが、勝利投手になれなかった。7月20日にはオールスターゲームに初登板。第1戦で4回に4番手として登板し、三者凡退に抑えた。10月3日の対読売ジャイアンツ戦で年間登板回数の球団記録を更新し、10月8日の対東京ヤクルトスワローズ戦では423試合連続リリーフ登板のセントラル・リーグ記録に並ぶ。2008年は前年の勤続疲労により右肩痛を発症。成績も振るわず、5月8日に2003年以来の降格となった。その後はリハビリに終始し、結局再昇格することなくシーズンを終えた。登板数は入団以来最少の16試合に終わった。2009年は開幕二軍でスタートしたが、5月12日の対読売ジャイアンツ戦に8回から登板し、アレックス・ラミレスを三振に打ちとって約1年ぶりに一軍登板を果たすと、5月27日の対北海道日本ハムファイターズ戦では、2008年4月1日以来の勝ち星を挙げた。2010年は開幕一軍を果たしたが、6試合の登板で防御率12.27と不振で4月中に二軍へ降格。調整を続けていたが来季の戦力構想外となったことを受け、現役引退を表明。10月6日の対阪神タイガース戦で引退試合が行われた。試合では8回表2死2塁、打者は新井貴浩の場面で登板。木塚は試合前に阪神側に対して真剣勝負を懇願しており、2球目の速球を中堅越えの適時二塁打とされた。打たれて終わることになったが、木塚は「悔いのない2球だった」と語り、真剣勝負に応えた新井と「最後にああいう場面で投げさせてくれた」とベンチの起用に感謝した。また中学時代の同級生にタレントの 藤崎奈々子がおり、始球式で再会を果たした。