1944年9月、第501統合戦闘航空団の活躍により、ガリア共和国上空のネウロイの巣は消滅した。これを機に、連合軍は本格的に欧州中央から東部への反攻作戦を計画。オラーシャ帝国ペテルブルグに基地を構える、第502統合戦闘航空団「BRAVE WITCHES」にも出撃命令が下されようとしていた。
1944年、既に欧州本土の大半がネウロイの勢力に落ちてしまっていた。世界各国は事態の打開を図るために一大反攻作戦を計画。そのための戦力の一環として連合軍第501統合戦闘航空団「STRIKE WITCHES」を組織し、各国のトップエースや将来有望な若いウィッチを招聘することとなった。そんな中、扶桑皇国の一女学生であった宮藤芳佳は、その類い希なるウィッチとしての素質を見込まれて「STRIKE WITCHES」の教官・坂本美緒にスカウトされる。父親の死のトラウマから戦いを嫌い当初は入隊を拒んだ芳佳だったが、戦火の中で人々を守るために自分の果たすべき役割を悟り、父親の遺産とも言えるストライカーユニットと共に戦列に加わることとなった。
1942年、ネウロイは人類側の抵抗の薄い西アジアから北アフリカへ侵攻し、スエズ運河が陥落。さらに地中海南方から欧州が脅かされる危険も生じていた。人類側はカールスラント・ロマーニャ・ブリタニア・リベリオン・扶桑の各陸軍による防衛戦を構築し、北アフリカの防衛とスエズ運河の奪還を目指していた。灼熱の太陽に照らされる荒野の只中で、第31統合戦闘飛行隊「ストームウィッチーズ」（小説版では部隊名はアフリカ）を中心とする人類連合軍アフリカ軍団の奮戦と、ウィッチや彼女らを支える男たちの戦いが群像劇として描かれる。
1939年、ネウロイの攻撃により欧州本土が危機に晒されるなか、戦場から遠く離れた扶桑皇国では陸海軍のウィッチを義勇兵として派遣することになった。皇国近海で起こったネウロイによる襲撃事件「扶桑海事変」において活躍し、国民的英雄となった陸軍のウィッチ・穴拭智子は、欧州カールスラントへの派遣を前に意気上る心境でいた。しかし、彼女が送り込まれたのは、欧州の辺境・スオムスであった。そのほかにも本来の所属国で活躍できず、つまはじき同然の扱いでやってきた、実力もやる気も半人前のウィッチたちの寄せ集め集団「いらん子中隊」こと「スオムス義勇独立飛行中隊」は、さまざまな問題を抱えながらもネウロイの脅威に立ち向っていく。
1937年、第一次ネウロイ大戦終結より20年近く経た時代。扶桑皇国近海にはウラル山脈方面から出現するネウロイがたびたび飛来するようになっていた。舞鶴の講道館道場にて剣を学ぶ12歳の少女、坂本美緒は、自らの能力「魔眼」の力を御することができずにいた。やがて師匠・北郷章香の教えのもとに迷いを絶ち、ウィッチとなる決意をした彼女は仲間と共に扶桑の守りにつく。そこで出会う陸軍のウィッチたちと切磋琢磨しつつ次第に成長していく美緒。だが、戦いはやがて激しさを増し、後に「扶桑海事変」として語られる総力戦に雪崩れ込んでいく。
幼い頃から聡明で学問を好み、教育に当たっていた博士朱紀からはただ者ではないと称賛された。14歳になると、経史（経書・史書）・百家の学問・孫武・呉起の兵法に精通するようになり、これらで暗誦出来ないものは無かった。文章の才能もあり、草書・隷書を巧みにこなした。著述した懐詩（自らの心情を表す詩）は100篇を越え、賦や頌（詩経の分類）は50篇を越えた。15歳の時には武芸を習うようになった。非常に長い腕を持っていた事から特に弓術に秀で、300斤の弓を扱うことが出来た。その逞しさと俊敏さは当時並ぶものがいない程であった。魏晋王朝の重臣であり、父劉淵の親友でもある王渾は、劉聡と会うなり大いに喜び、劉淵へ「この子の力は私には測りしれぬ」と語ったという。20歳になると洛陽へ遊学し、多くの名士と交流を深め、朝廷の第一人者である楽広・張華より大いに評価された。後に新興郡太守郭頤より招聘を受け、その主簿となった。郭頤からは良将（孝廉を始めとする察挙科目の一つ）として推挙され、驍騎別部司馬に取り立てられた。さらに昇進して右部都尉となると、民百姓をよく慰撫して受け入れ、五部匈奴の豪族で従わないものはいなかった（当時、匈奴の諸部族は魏晋王朝に服属して并州領内に居住しており、左部・右部・南部・北部・中部の五つに分けられていた。これを五部匈奴という）。やがて朝廷の権力者である河間王司馬顒の上表により、赤沙中郎将に任じられた。当時、父の劉淵は鄴を統治する成都王司馬穎に仕えていたが、晋国内では政変による功臣粛清が相次いでいたので、劉聡は劉淵もまた司馬穎に殺されるのではないかと不安になった。その為、彼は司馬顒の下から離反し、父のいる鄴へ移った。司馬穎からは右積弩将軍・参前鋒戦事に任じられ、軍の前鋒となって戦争に参与した。304年8月、右賢王に立てられた。劉淵が司馬穎から離反して郷里に帰還すると、劉聡もこれにつき従った。匈奴の根拠地である左国城に到着すると、劉淵は従祖の劉宣らより上大単于の称号を授かり、劉聡もまた改めて鹿蠡王とされた。