9月13日、ワフーは7回目の哨戒でソーフィッシュ (USS Sawfish, SS-276) とともに日本海に向かった。計画では、9月20日ごろに宗谷海峡を通過し日本海に侵入。特定日を過ぎたら北緯43度線以南の海域の哨戒をソーフィッシュに委ね、10月21日に帰投する予定だった。ワフーは千島列島を通過する頃に報告するよう命令を受けていたが、何の音沙汰もなかった。ワフーは、11月9日に失踪が公表されたのち、12月2日に喪失と判断され12月6日に除籍された。当初、ワフーは機雷、もしくは魚雷の事故により喪失したと考えられていた。以下は、日米双方の記録等を参照して推定されたワフーの最後の哨戒の記録である。9月21日、ワフーは北緯45度45分 東経145度00分の樺太南方で輸送船北征丸（東邦水産、1,394トン）を撃沈。9月25日朝には北緯41度30分 東経139度00分の地点で応急タンカー太湖丸（東亜海運、2,958トン）を撃沈した。その後は日本海をひたすら南下し、対馬海峡近海に達した。10月5日未明、ワフーは釜山に向かっていた関釜連絡船崑崙丸（鉄道省、7,908トン）を北緯34度14分 東経130度09分の沖ノ島東北10海里の地点で発見し撃沈する。崑崙丸撃沈は死者・行方不明者583名におよび、その中には助川啓四郎、加藤鯛一の2人の衆議院議員を含み、新聞でも大々的に報じられ、アメリカ側でも同盟通信社発表の情報を傍受した。翌10月6日には北緯37度18分 東経129度33分の地点で輸送船漢江丸（朝鮮汽船、1,290トン）を撃沈。10月9日未明にも北緯39度49分 東経139度46分の秋田県男鹿半島南磯近海で輸送船漢江丸（飯野海運、2,995トン）を撃沈した。また、10月2日に七尾到着予定で9月29日に元山を出港したまま日本海で行方不明になった輸送船第二正木丸（日下部汽船、1,238トン）も、ワフーの戦果と推定された。その後ワフーは、日本海で作戦を北上していったと考えられた。
2002年6月にバートロ・コローンらとのトレードで、リー・スティーブンス、ブランドン・フィリップス、クリフ・リーの3選手と共にインディアンスへ移籍。2004年7月21日にメジャーデビューした。2005年には、フアン・ゴンザレスの怪我もあって中堅手のレギュラーに定着。4月22日のシアトル・マリナーズ戦で故郷シアトルに凱旋を果たし、家族や友人らの前でプレイするという思い出深い場面を迎えている。その後も活躍し、シーズン成績は打率.289・22本塁打・81打点・22盗塁を記録した他、ロベルト・アロマー以来球団史上2人目となる20二塁打・10三塁打・20本塁打・20盗塁を達成した。シカゴ・ホワイトソックス監督のオジー・ギーエンはサイズモアを高く評価しており、シーズン最終戦でインディアンスと対戦し勝利した後、フィールド上にいたサイズモアと握手し彼を賞賛した。2006年シーズン開幕直前の3月29日に、年俸調停権取得前のサイズモアと6年2,345万ドル（7年目の2012年は球団オプション）で契約を延長した。その年のレギュラーシーズンでは全162試合に出場し、53二塁打・11三塁打・28本塁打・22盗塁を記録。50二塁打・10三塁打・20本塁打・20盗塁の全てを1シーズンで達成したのは、チャック・クライン以来74年ぶりMLB史上2人目のことであった。また長打数は92で、これは本塁打王のデビッド・オルティーズ（レッドソックス）や長打率リーグトップのトラビス・ハフナー（インディアンス）を抑えてリーグ1位である。7月にはオールスターゲーム初選出も果たした。2007年は、開幕戦から6試合で4本塁打を記録する好調なスタート。前年に続き全162試合に出場し、打率は前年より下がったものの、四球が初めて100を超えたことで出塁率は前年を上回り、また3年連続で20本塁打・20盗塁を記録。シーズン終了後には、自身初のゴールドグラブ賞を受賞した。2008年は、開幕から1か月程経った4月26日のニューヨーク・ヤンキース戦で右足首を痛め、翌日の試合を欠場。この時点で連続試合出場は、継続中のものとしては最長の382まで伸びていたが、2005年以来の欠場でこれが止まった。それでも2試合欠場後の29日から復帰を果たすと本塁打を量産し、7月のオールスターでは試合前日に行われるホームランダービーにも出場。8月26日には自身初のシーズン30本塁打・30盗塁を達成した。シーズン終了後にはゴールドグラブ賞とシルバースラッガー賞を同時受賞している。このように過去4年にわたって活躍を続けていたが、2009年は一転して公私ともに不調の年を送ることになる。まず、シーズン開幕前の3月に開催された第2回ワールド・ベースボール・クラシックにアメリカ合衆国代表として参加する予定だったが、大会直前に左足付け根を痛めて辞退した。更にその後は左肘も故障し、MLBレギュラーシーズンでも低迷が続く。6月上旬から中旬にかけて20試合に欠場した以外は出場を続けたが、9月3日の試合を最後に戦線離脱し、左足付け根と左肘を手術してシーズンを終えた。オフには、恋人に送るために撮影したというほぼ全裸のプライベート写真が流出し、大きなスキャンダルとなった。2010年は33試合に出場した後、左膝の手術のため戦線を離脱した。2011年はマイナーでのプレーを経て4月17日に復帰したが、5月と7月にいずれも右膝を痛めて故障者リスト入りした。そのまま戦線離脱し、ヘルニア手術を受けた後9月に復帰したが、シーズン通じて71試合の出場に留まった。オフにインディアンズは2012年分の契約オプションを破棄したため、10月31日にFAとなった。レッドソックスやマリナーズなどと契約交渉を行ったが、結局インディアンズと1年500万ドルで再契約を果たした。2012年は2月にキャンプを前にして腰痛を患い、さらに3月に背中の手術を受け、開幕後も復帰を果たせずにいたが、8月には右膝の痛みのため今季のプレーを断念することが球団から発表された。10月29日にFAとなった。