シリーズ第3期（OVA版を含めれば4期）。全13話。2013年に月刊アフタヌーン3月号にてアニメ化を発表。5月6日13時30分に「ニコニコ生放送」による制作記者会見を開催。メインキャストの声優陣が総入れ替えとなり、新たに5人の声優が初披露された。『第1期』、OVA版に参加した水島が監督を担当しており、原作テイストを損なわない内容に仕上がっている。またProduction I.Gとの繋がりで、同監督作品『よんでますよ、アザゼルさん。』の「アザゼル篤史」等のカメオ出演の他、第13話にて『進撃の巨人』のワンシーンをパロディで再現。版元が同じ作品では、第1話にて『化物語』のパロディおよびアニメ版のワンシーンを使用した（BD/DVDでは一部をアニメ版『惡の華』のエンディング曲引用に変更）。
舞台となる椎応大学（シイオウダイガク）は、作中の描写に拠れば、立地場所は「新宿から20分」「都内の山中」「秋葉原まで快速で1時間未満」「市内」とされる。『げんしけん OFFICIAL BOOK』では「都心から電車で1時間、東京の端」「新宿から電車で30分、丘の上」とされている。サークル棟は4階建てで、中庭を囲む回廊状の形式を成す。取材協力に「中央大学広報課」とあり、中央大学がキャンパスのモデルとなっている。
新会長・荻上は会員不足に悩んでいた。彼女と大野の友人・スザンナ（以下スー）の加入も穴埋めには至らず、対策会議でも先輩達は楽観的。迎えた新歓祭、荻上はイラストパフォーマンスに挑戦。万感の思いをボードにぶつける。腐女子・吉武と同じく矢島はその姿に惹かれ入会。女装して見学に訪れた腐男子・波戸も女子として内密に加わり、総勢7名の現視研は「腐女子サークル」として新生した。そんな変わりゆく環境の中、未だ変われぬ斑目は消沈気味だった。波戸とスーはその大人の優しさに惹かれ、恵子は現視研から「卒業」できない心境を感じ取る。それぞれの思惑はやがて周囲を巻き込み、奇妙な恋愛騒動へと発展する。
20日午前3時前、蘭巡洋艦1隻・米駆逐艦4隻がサヌール泊地に突入してバリ島沖海戦第二次合戦がはじまる。連合軍艦隊は、米駆逐艦4隻（スチュワート、パロット、エドワーズ、ピルスベリー）が単縦陣で先行し、その後方8000mにトロンプが続いた。0306、連合軍艦隊は一斉に魚雷を発射するが命中せず、最後尾のピルスベリーがエドワーズを見失い、単艦でレンボンガン島北方へ移動を開始した。0310、第8駆逐隊第1小隊（大潮、朝潮）は東にむけて航行中、南方から北上する巡洋艦2隻駆逐艦1隻（実際は米駆逐艦3隻）を右舷に発見、0315距離3200mで砲雷戦を開始、0323爆発音を確認して魚雷命中と判断した（実際には命中せず）。しかし魚雷を発射するため右に転舵（一時的に南下）した結果、敵艦隊を左舷側に見る格好となり、バリ島の山影に見失った。この時、トロンプも右後方を進む8駆1小隊に気付いていなかった。阿部司令は『我「ジャバ」型巡洋艦二隻ト激戦中「サヌル」沖　〇三一五』と報告した。米駆逐艦隊ではスチュワートが砲撃を受け舵故障を起こし、隊形が乱れた駆逐隊は北方への脱出を開始した。連合軍艦隊を追撃してバダン海峡を東に航行していた第8駆逐隊第1小隊（大潮、朝潮）は0341にレンボンガン島北岸沖で左前方3200mにトロンプ型軽巡洋艦を発見、距離3000mで砲雷撃戦になった（第三次合戦）。被弾したトロンプは射撃指揮装置と探照灯の故障を起こしたが、反撃して0346に大潮の二番砲塔給薬室に命中弾を与えた。8駆1小隊（大潮、朝潮）は左砲戦、トロンプは右砲戦で双方が撃ち合う中、トロンプは突如左舷からも砲撃を受ける。これは戦闘発生を知り長良の下令に従ってバリ島へ戻ってきた第8駆逐隊第2小隊（満潮、荒潮）の攻撃で、2隻は0340ころバダン海峡東口に到達し、砲戦を確認して西進してきたのである（第四次合戦）。ところが8駆2小隊（満潮、荒潮）の右舷側には米駆逐艦3隻（エドワーズ、パロット、スチュワート）が東進中であり、さらにトロンプのそばにピルスベリーが迷い込んでいた。海峡南側を東進するトロンプ、ピルスベリーと海峡北側を東進する米側3隻（エドワーズ、パロット、スチュワート）の間に自ら突入した日本側2隻（満潮、荒潮）は挟撃される格好となり、0347に距離3500mで砲撃戦となった。満潮は戦闘開始2分で敵艦1隻の轟沈を確認（錯覚）したが、同艦の機関室にも命中弾があって航行不能、機関長以下64名の死傷者を出した。満潮は漂流しながらも『このまま漂流しつつ哨戒にあたる』と発信、その士気は衰えていなかったという。満潮に後続していた荒潮は左舷に巡洋艦2隻（駆逐艦ピルスベリーと巡洋艦トロンプ）を認め、反航戦となったが、双方とも決定的打撃はなかった。この時、荒潮は左舷のトロンプに命中弾を与え左舷探照灯を破壊している。ピルスベリーは1-2斉射を行ったのみで避退した。パロットは砲撃せず東へ避退、0350にラプアン湾沖で座礁したが自力で脱出した。以上の戦闘で連合軍艦隊はすべて戦場を離脱し、海戦は終了した。第8駆逐隊はオランダ士官1名、下士官兵9名を収容し、第一次海戦兵力は蘭巡洋艦2、米駆逐艦2、蘭駆逐艦1であることを知った。弾薬の消費量は、大潮が12.7cm主砲217発（約36斉射）、朝潮が主砲310発（約52斉射）、満潮が主砲62発（約10斉射）、荒潮が73発（約12斉射）と記録されている。