1986年（昭和61年）の緩急車連結廃止により通常の貨物列車に使用されなくなったため、大半が余剰になり廃車になったが、1987年（昭和62年）4月の国鉄分割民営化では一部がJRに継承された。会社ごとの継承両数は、北海道旅客鉄道（JR北海道）が36両、東日本旅客鉄道（JR東日本）が55両、東海旅客鉄道（JR東海）が23両、西日本旅客鉄道（JR西日本）が4両、四国旅客鉄道（JR四国）が4両、九州旅客鉄道（JR九州）が16両、日本貨物鉄道（JR貨物）が148両の計336両であった。鉄道車両の甲種輸送や大物車による特大貨物列車への係員添乗用や工事用など特殊用途で、わずかながら現在でも使用されている。2009年（平成21年）4月1日時点の在籍数は、JR東日本に2両、JR西日本に1両、JR九州に1両、JR貨物22両の計26両であった。2016年（平成28年）6月1日付でJR西日本後藤総合車両所に配置されていた1両（ヨ8709）が東武鉄道に譲渡（JR西日本としての廃車）されたことにより、JR旅客6社から配置が無くなっている。
1985年（昭和60年）8月3日・4日に高松－大歩危間で「バンガロー列車」というイベント列車が運転された。大歩危駅で窓に防虫網を貼り付けたヨ8000をバンガローとして使用するもので、編成はDE10+オハフ50+ヨ8000×18両であった。翌年には高松駅・松山駅 - 内子駅・伊予大洲駅間で「大洲内子バンガロー列車」という同様のイベント列車が運転された。伊予大洲駅で窓に防虫網を貼り付けたヨ8000をバンガローとして使用するもので、編成はDE10+オハフ50+ヨ8000×16両であった。
タイヤはほとんどのマシンがハードタイヤを選択。上位陣では2番手スタートのハミルトン、4番手スタートのニック・ハイドフェルド、8番手スタートのスティルがソフトタイヤを選択。スタートでは13番手スタートのブエミが動けず、3番手スタートのハミルトンがKERSによりトゥルーリをパスし2番手に上がる。4番手スタートのハイドフェルドはKERSを搭載した5番手スタートのライコネンを抑えることに成功する。その後方ではスーティルが7番手、コバライネンが9番手と順位を上げる。ポイントリーダーのバトンは11番手に下がる。ピットレーンスタートのウェバーがヘッドレストを直すために1周目にピットイン。ここで給油も行いコースに戻る。しかしウェバーは2周目、4周目にもピットストップを行うこととなる。4周目にバトンがクビサをかわして9番手に上がる。7周目に入り、9番手のスーティルが8番手コバライネンに迫り、オーバーテイクのチャンスを伺う。13周目のシケイン（16コーナー）でスーティルがコバライネンに仕掛けるが、2台が接触、その2台をバトンがかわして8番手に上がる。スーティルは更に、クビサ、フィジケラにも先に行かれてしまう。15周目に上位陣の先陣を切ってハミルトンがピットイン。タイヤをハードタイヤに変えて7番手でコースに復帰。同じ周回でスーティルもピットイン。トゥルーリは次の周回でピットイン。タイヤはハードタイヤのままでハミルトンの後ろに戻る。17周目にバトンとフィジケラ、18周目にトップのベッテルとその後ろを走行していたハイドフェルド、ライコネン、バリチェロが続けてピットイン。ベッテルは1番手のままでコースに戻り、その後ろにピットストップを行っていないロズベルグが2番手まで順位を上げてくる。そのロズベルグは24周目にピットイン。ハードタイヤのままでコースに戻る。27周目にチームメイトの中嶋がピットイン。29周目と30周目にルノーのグロージャンとアロンソがピットイン。タイヤをソフトタイヤに履き替えてコースに戻る。ここで中嶋とルノーの2台が1ストップ作戦をとる。5番手のライコネンはファステストラップをマークしながら、ハイドフェルドとの差をつめていく。そのライコネンは35周目にピットイン。ソフトタイヤでコースに戻るが、渋滞の中に飛び込むことになる。次の周回でハイドフェルドがピットに入るが、作業に時間がかかり、ライコネンに先を行かれてしまう。更に次の周回でハミルトンがピットイン。トゥルーリは燃料が軽い状態で走行を続け、2周後にピットイン。ハミルトンをかわしてコースに戻る。更に次の周回でトップのベッテルがピットイン。作業に時間がかかるも順位は変わらない。同じ周回でポイントリーダーのバトンもピットイン。チームメイトのバリチェロは42周目にピットイン。バトンの前でコースに戻る。残り10周となり、アルグエルスアリがピットインを行うが、次の周回の130R（14コーナー）で大クラッシュ。パーツがコースに散らばり、セーフティーカーが出て同一周回のマシンの差が一気に縮まってしまう。最後のピットストップが残っていたロズベルグは真っ先にピットに向かう。ロズベルグはピットストップのタイミングでブラウンGPの2台と順位を争っていたが、セーフティーカーが入ったことによりペースが下がり、ブラウンGPの2台、更にはハイドフェルドの前でコースに戻る。50周目にレースが再開。残り4周の戦いとなる。トヨタは初優勝を目指し、ベッテルに迫りたいところだが、周回遅れのグロージャンが間に入り、ベッテルに近づけない。4番手のライコネンはKERSにより3番手のハミルトンに迫るが、かわすまではいかない。トップのベッテルは2番手以降との差を徐々に引き離し、そのままトップでチェッカーを受ける。3年ぶりとなる鈴鹿での日本グランプリを鈴鹿初挑戦のベッテルが圧勝で制した。2番手はトヨタのトゥルーリ、トヨタは母国グランプリで初の表彰台を獲得した。3番手はこちらも鈴鹿初挑戦のハミルトンが表彰台を獲得した。鈴鹿でベッテルが優勝したことにより、ポイントリーダーのバトンとの差が16ptになったことで僅かながらタイトルに望みを繋げた。これによりドライバーズチャンピオンと、コンストラクターズチャンピオンの争いはブラウンGPの2人とベッテルによる三つ巴の展開になった。