日本政府は沿海諸郡の警備を固めたほか、内応の新羅商人潤清ら30人を逮捕し放逐することに決めた。その後、新羅に捕縛されていた対馬の猟師・卜部乙屎麻呂が現地の被害状況を伝えたため、結局大宰府管内のすべての在留新羅人をすべて陸奥国などに移し口分田を与えて帰化させることに定めた。このとき新羅は大船を建造しラッパを吹き鳴らして軍事演習に励んでおり、問えば「対馬島を伐ち取らんが為なり（870年2月12日条）」と答えたという。また現地の史生が「新羅国の牒」を入手し、大宰少弐藤原元利万侶の内応を告発した。870年2月15日、朝廷は弩師や防人の選士50人を対馬に配備する。また、在地から徴発した兵が役に立たないとみた政府は、俘囚すなわち律令国家に服属した蝦夷を配備した。これらの国防法令は『延喜格（えんぎきゃく）』に収められ、以後の外交の先例となった。また、伊勢神宮、石清水八幡宮、香椎、神功陵などに奉幣および告文をささげ、「わが日本の朝は所謂神明の国也。神明の護り賜わば何の兵寇が近く来るべきや(日本は神の国であり、神の守護によって敵国の船は攻め寄せない)」と訴えた。こうして新羅を敵視する考えは神国思想の発展へとつながっていった。また、神功皇后による三韓征伐説話もたびたび参照されるようになる。貞観12年（870年）9月、新羅人20人の内、清倍、鳥昌、南卷、安長、全連の5人を武蔵国に、僧香嵩、沙弥傳僧、關解、元昌、卷才の5人を上総国に、潤清、果才、甘參、長焉、才長、眞平、長清、大存、倍陳、連哀の10人を陸奧国に配する。また貞観14年から19年にかけて編纂された『貞観儀式』追儺儀（ついなのぎ）では、陸奥国以東、五島列島以西、土佐国以南、佐渡国以北は、穢れた疫鬼の住処と明記されている。こうして対新羅関係が悪化すると、天皇の支配する領域の外はケガレの場所とする王土王民思想も神国思想とともに形成された。
貞観11年（869年）6月から、新羅の海賊、艦二艘に乗り筑前國那珂郡(博多)の荒津に上陸し、豊前の貢調船を襲撃し、年貢の絹綿を掠奪し逃げた。日本側は追跡したが、見失ったと『日本三代実録』に記録があり、また「鄰國の兵革」、隣国である新羅の戦争（内戦）のことが背景にあるのではないかと卜（うらない）が伝えたとある。なお、同貞観11年（869年）5月26日(ユリウス暦7月9日)には、貞観地震や肥後で地震が発生している。
永正2年11月15日（1505年）、10歳で千葉妙見宮で元服する。この年には祖父にあたる千葉孝胤が病死しており、自身が祖父・千葉輔胤の死の直後に孝胤から家督を譲られている父の勝胤が昌胤への将来の家督譲渡を意識して行わせたものであるとも言われている。4年後父が隠居・出家したことに伴って家督を継承した（だが、実権は依然として勝胤が保有していた）。だが、この頃千葉氏とは盟友関係にあった古河公方家では内紛が生じて足利高基が父・政氏や弟・義明を追放して古河公方に就任した。昌胤は高基を支持した一方で隣国上総を治める真里谷信清が義明を迎え入れて千葉家中にもこれに呼応する動きがあった。義明軍は永正17年（1520年）に千葉氏の筆頭重臣・原氏の居城であった小弓城を奪い、翌年には小弓公方を名乗った（但し年代には異説がある）。このため、千葉氏ゆかりの亥鼻の地にまで小弓公方勢力が浸透したために嫡男・利胤の元服も居城のある佐倉で行わざるを得なくなった。そこで昌胤は当時急速に勢力を広げつつあった相模北条氏と連携して小弓公方派と対抗しようとした。また、千葉氏の庶流とは言え本来は陪臣（原氏の家臣）にあたる高城胤吉を側近として用いて自分の妹婿としている。ただし、大永7年（1527年）に北条氏綱と足利義明が和睦すると、千葉氏・真里谷氏・里見氏もこれに加わり、この時期は義明傘下にあったと考えられている。享禄5年（天文元年・1532年）、父・勝胤の死によって家中の実権を完全に掌握した昌胤は利胤の正室に北条氏綱の娘を迎えている。天文3年（1534年）11月に真里谷氏で内紛が起きたのに乗じて、昌胤は足利義明から離反をしているが、義明に攻められて翌年4月には降伏している。天文6年（1537年）には高城胤吉の居城小金城の落成を祝賀するとして自ら小金城を訪問して、茶会を名目に胤吉とともに国府台城を見回っている。ところが、足利義明と北条氏綱の関係が悪化すると、天文6年12月に古河公方・足利晴氏に内応して再び義明から離反する。天文7年（1538年）小弓公方・足利義明が北条氏討伐に向かうと昌胤は古河公方足利晴氏の命を奉じる形で高城胤吉とともに第1次国府台合戦に参戦、義明の戦死を知ると兵を小弓城に進めて18年ぶりに同城を千葉氏の支配下に取り戻したのである。だが、この戦いによって北条氏の勢力は房総半島にも進出するようになって千葉氏も次第にその影響を強く受けるようになる。昌胤の死後、千葉氏は北条氏の事実上の家臣となるのである。 子供には利胤、胤富のほかに、臼井氏を継いだ臼井胤寿や原胤吉の養子となった原胤家や、海上山城守の養子になった海上胤盛らがいる。