その後、放送作家業に物足りなさを感じていたこと、放送作家という職業の将来性に不安を感じていたところ、亀渕からPMP（後のフジパシフィックミュージック）の朝妻一郎を紹介され、それを機に作詞を手掛けるようになる。その経緯より、作詞家としてはフジパシフィックと契約している。1981年、フジテレビ系で放送されたアニメ『とんでも戦士ムテキング』の挿入歌「タコローダンシング」（歌・大杉久美子、1981年1月25日発売のLP『とんでも戦士ムテキング ムテキングとんでもジョッキー』収録）で初めて作詞家としてクレジットされる。アーティストに初めて提供した作品は、Alfeeのシングルレコード「通り雨」（1981年10月21日発売）のB面「言葉にしたくない天気」である。これ以降、作詞家としても活動開始。1982年の稲垣潤一「ドラマティック・レイン」、1983年には長渕剛「GOOD-BYE青春」で作詞家としての知名度を得る。『ザ・ベストテン』、『オールナイトフジ』、『夕やけニャンニャン』の構成を担当して高視聴率を挙げる一方、さまざまなジャンルの楽曲の作詞を手掛ける。小泉今日子「なんてったってアイドル」、とんねるず「雨の西麻布」などの曲をヒットさせる。1985年からは女性アイドルグループ「おニャン子クラブ」の楽曲を手掛けメンバーを次々とソロデビューさせ、その際に全楽曲の作詞・プロデュースを担当した。ただし、後に総合プロデューサーとして関わるAKB48とは異なり、「おニャン子クラブ」は『夕やけニャンニャン』という番組が最初にありきで、秋元自身は、おニャン子クラブについては共同作業であるとし、自分は仕掛け人ではないと説明している。また、国生さゆりは「構成作家の秋元さんはスタッフの一員、いい意味で他のスタッフと同列だった」と述べている。1986年のオリコンウィークリーチャート52週のうち36週でおニャン子クラブ関係の楽曲が1位を獲得。1987年には長者番付の「その他」部門で16位（納税額1億61万円）となる。1988年、おニャン子クラブのメンバーだった高井麻巳子と結婚。同時に渡米してニューヨークに1年半ほど滞在した。帰国後、美空ひばりの遺作となった「川の流れのように」の作詞を担当。これによって作詞家としての地位を不動のものにした。
全豪オープンでは第2シードで出場。大会前より2月に第1子が出産予定のため、出産が早まった場合全豪を途中棄権することを表明していた。準決勝でミロシュ・ラオニッチに4-6, 7-5, 6-7(4), 6-4, 6-2で4時間3分の試合を制し、2年連続5度目の決勝進出。決勝でノバク・ジョコビッチと4度目の対戦で1-6, 5-7, 6-7(3)で敗れ、5度目の準優勝となり、またも初優勝とはならなかった。2月7日に第1子が誕生。3月のデビスカップからツアーに復帰し、日本と対戦し、第4試合で錦織圭と7-5, 7-6(6), 3-6, 4-6, 6-3の4時間54分の激戦を演じた。インディアンウェルズ・マスターズでは3回戦でフェデリコ・デルボニスに4-6, 6-4, 6-7(3)で敗れた。マイアミ・オープンでは3回戦でグリゴール・ディミトロフに7-6(1), 4-6, 3-6で敗れた。3年ぶりに出場したモンテカルロ・マスターズでは準決勝でラファエル・ナダルに敗れた。前回優勝のマドリード・オープンでは準決勝で2年連続でラファエル・ナダルを破って、2年連続の決勝進出。決勝でノバク・ジョコビッチに敗れ、連覇はならなかった。5月9日にモレスモとのコーチ契約を終了したと発表した。BNLイタリア国際では初めて決勝に進出した。決勝でジョコビッチに6-3, 6-3で3年ぶりにストレート勝ちし、またクレーでジョコビッチに初勝利をあげ、大会初優勝を果たした。全仏オープンでは序盤から苦しい戦いを強いられる。初戦は元世界ランク8位のラデク・ステパネクに第1,2セットを3-6, 3-6で取られるも、その後6-0, 6-3, 7-5で逆転勝ち。2回戦でも地元フランスのマティアス・ブルグに6-2, 2-6, 4-6, 6-2, 6-3と苦戦した。その後はイボ・カロビッチ、ジョン・イズナーにストレート勝ち。準々決勝では地元フランスのリシャール・ガスケに5-7, 7-6(3), 6-0, 6-2で勝利し、3年連続ベスト4進出。準決勝でディフェンディングチャンピオンのスタン・ワウリンカに対して6-4, 6-2, 4-6, 6-2でクレー初勝利を上げ、全仏では自身初めて決勝進出を果たした。決勝ではノバク・ジョコビッチと対戦。第1セットを先取するも、6-3, 1-6, 2-6, 4-6で敗れ、初優勝はならなかった。6月にイワン・レンドルを再びコーチとして迎えた。芝シーズンでは、エイゴン選手権で優勝。ウィンブルドンでも、準決勝でトマーシュ・ベルディハをストレートで破り、3年ぶりに決勝進出。決勝でラオニッチに6-4, 7-6(3), 7-6(2)で勝利し、3年ぶりのウィンブルドン及びグランドスラム優勝を果たした。リオ五輪の兄ジェイミーと組んだダブルスでは1回戦で地元のベルッシ/サ組に敗れた。シングルスでは準決勝で錦織圭に6-1, 6-4で勝利し、ロンドン五輪に続き、決勝進出を果たす。決勝でフアン・マルティン・デル・ポトロに7-5, 4-6, 6-2, 7-5で勝利し、男子及びシングルス史上初のオリンピック連覇を果たした。シンシナティ・マスターズでは準決勝でラオニッチに勝利し決勝進出。ここまで全仏の決勝で敗れて以降22連勝を果たしていた。決勝ではマリン・チリッチに4-6, 5-7で敗れた。全米オープンでは準々決勝で錦織圭との3時間57分の激闘の末、6-1, 4-6, 6-4, 1-6, 5-7で敗れた。さらにデビスカップ準決勝のアルゼンチン戦でデルポトロに4-6, 7-5, 7-6(5), 3-6, 4-6で敗れ、イギリス代表の2年連続決勝進出はならなかった。その後、チャイナ・オープン、上海マスターズ、エルステ・バンク・オープンで3連勝し、レースランキングで1位のジョコビッチと415ポイント差まで詰める。世界ランク1位をかけ挑んだBNPパリバ・マスターズではジョコビッチが準々決勝で敗れ、マリーは準決勝で相手のラオニッチが棄権したため、悲願の世界ランク1位が確定した。現行の制度になってから世界ランキング1位はイギリス人選手として初の快挙だった。決勝ではジョン・イズナーに6-3, 6-7(4), 6-4で勝利し、4大会連続優勝を果たした。ATPワールドツアー・ファイナルでは第2戦で錦織圭に6-7(9), 6-4, 6-4の3時間20分で苦戦させられるも、ラウンドラビンを3連勝で突破。準決勝ではラオニッチと3時間38分の激闘の末5-7, 7-6(5), 7-6(9)で勝利し、自身初のATPワールドツアー・ファイナル決勝進出を果たす。決勝では全仏以来のジョコビッチとの対戦で年間最終1位をかけ戦い、6-3, 6-4でこれを制し、ATPワールドツアー・ファイナル初優勝を果たすとともに、この年のシーズンを世界ランキング年間最終1位で終えることを確定させ、キャリア史上最も充実した1年に最高の形で花を添えた。