2000 - 2001年ごろには『ななか6/17』（八神健）、『エイケン』（松山せいじ）といった「萌え系」と称される傾向の作品が開始し（両者はともにアニメ化された）、1995年以降7年間続いていた読者投稿ページ『チャンピオンカップ』も、ブロッコリーとのタイアップにより同社のマスコットキャラクターである「デ・ジ・キャラット（でじこ）」をMCに据えた『でじこのチャンピオンカップ』へとリニューアルされた。ストーリー漫画ではその後長期連載となる『ショー☆バン』（森高夕次・松島幸太朗）や、ラーメン漫画『虹色ラーメン』（馬場民雄）などの安定した作品、特異な作風で知られる漫☆画太郎の『樹海少年ZOO1』やアニメとまったく違う展開を見せたコミカライズ作品『スクライド』などの挑戦的な作品も見られた。2002年にはそれまでの大塚公平に代わり樋口茂が編集長に就任。1990年代のチャンピオンを支えてきた長期連載が軒並み終了していったが、それに代わる人気作が産まれなかったために誌面が不安定な状態となり部数も大きく落ち込んだ。ストーリー漫画、スポーツ漫画共に短命に終わる作品が乱発され『アクメツ』（田畑由秋・余湖裕輝）・『いっぽん!』（佐藤タカヒロ）など2 - 3年の連載が続くのが良い方という状態に陥った。また、2003年から2005年までは萌え系漫画が減少し再び不良漫画が増加したが、『番長連合』（阿部秀司）や『ナンバMG5』（小沢としお）以外は軒並み低調に終わった。それと前後して誌面におけるメディアミックス系コミカライズ作品も掲載されていたが、『カオシックルーン』（山本賢治）、や『舞-HiME』（矢立肇・キムラノボル・佐藤健悦）など）のコミカライズなどを例外として、どれも低調であった。一方、ギャグ・コメディ漫画では『無敵看板娘』（佐渡川準）がヒットし、アニメ化もされた。コメディー漫画はかつて毎回15-16ページが業界の標準であったが、同誌では以後、8ページ以下のショートコメディーの連載本数が増えてくる。前述の読者投稿ページは『チャンピオンロード』『黒チャンピオン党』と1 - 2年足らずのスパンで変更され低迷していたが、2005年1月に開始した西口プロレスとタイアップした『チャンピオン投稿コロシアム (CTC)』は安定した人気を獲得し、2013年9号まで続いた。ゲーム紹介欄は、2004年にそれまで掲載されていた『電気頭脳園』に代わり、神楽つなを起用した『電遊日記』が開始し、2009年まで続いた。
1991年、誌名ロゴが現在とほぼ同じものとなった。また、このころ、『三四郎²』（きくち正太）、『男旗』（石山東吉）、『シャカリキ!』（曽田正人）、『ウダウダやってるヒマはねェ!』（米原秀幸）、『覚悟のススメ』（山口貴由）など、それまでの不良漫画主体だった誌面から一線を画す、若手作家による個性的な人気作が台頭するようになる。また、1991年と1993年にそれぞれ連載開始した『グラップラー刃牙』（板垣恵介）と『浦安鉄筋家族』（浜岡賢次）は続編を含めて20年以上に渡り『チャンピオン』の看板作品となった。1995年には誌名ロゴが現在のものと同一になり、『優駿の門』（やまさき拓味）、『グルームパーティー』（川島よしお）、『学校怪談』（高橋葉介）、『鉄鍋のジャン!』（西条真二）、『ドカベン プロ野球編』（水島新司）、『京四郎』（樋田和彦）、『特攻天女』（みさき速）といった、多種多様なジャンルの人気長期連載が次々と開始、また読者コーナーも1995年1号に開始した『チャンピオンカップ (C2)』が長期間続き、以後2000年ごろまで安定した誌面構成が続いた。とりわけ『ドカベン プロ野球編』は連載開始時にテレビ番組など各種メディアでも大きく取り上げられ、話題を呼んだ。その後も、冒険ファンタジー『フルアヘッド!ココ』（米原秀幸）・『悟空道』（山口貴由）、お色気学園もの『オヤマ! 菊之助』（瀬口たかひろ）、コメディ『おまかせ!ピース電器店』（能田達規）・『ゲッチューまごころ便』（緋采俊樹）、ショートギャグ『おやつ』（おおひなたごう）・『がんばれ酢めし疑獄!!』（施川ユウキ）、不良もの『フジケン』（小沢としお）、スポーツ『満天の星』（楠本哲）など、各ジャンルにおいてヒット作が続いた。
ブラジルの独立はブラガンサ家の皇帝という求心力があったために、解放者シモン・ボリバルやホセ・デ・サン＝マルティン、ミゲル・イダルゴらの掲げた共和制や立憲君主制の思想が求心力とならなかった。イスパノアメリカ諸国が分裂したのとは異なり、広大なブラジル植民地は単一のまとまりとして新たな主権国家を形成した。しかし、このことは植民地時代からのエリート層が独立後もそのまま権力を握り続けることをも意味していた。このため、帝政時代は当初から各地方の中央政府に対する反乱や、共和制を求める自由主義者の反乱が勃発し、1820年代には北東部のペルナンブッコ州では赤道連盟の反乱が、最南部のシスプラチナ州では東方州のリオ・デ・ラ・プラタ連合州復帰を求めた33人の東方人の潜入により、シスプラチナ州を巡ってシスプラティーナ戦争が勃発した。シスプラチナ州はイギリスの仲介によって1828年にウルグアイ東方共和国として独立した。1831年にペドロ1世が退位するとさらに地方の混乱は増し、最南部のリオ・グランデ・ド・スール州では牧場主とガウーショがファラーポス戦争（葡: Guerra dos Farrapos、Revolução Farroupilha - 「ファロウピーリャの反乱」とも）を起こした。1840年にペドロ2世が即位すると事態は落ち着きを見せ、1848年にプライエイラ革命（葡: Insurreição Praieira - 「プライエイラの反乱」とも）を鎮圧した後、ブラジル史上初の安定期が訪れた。ペードロ2世は領土的野心を持っていたウルグアイ、パラグアイへの介入を進め、その結果として1864年にパラグアイのフランシスコ・ソラーノ・ロペス大統領はブラジルに宣戦布告し、パラグアイ戦争（葡: Guerra do Paraguai、西: Guerra de la Triple Alianza - 「三国同盟戦争」とも）が勃発したが、カシアス公率いるブラジル帝国が主体となった三国同盟軍はパラグアイを破壊した。一方、独立後も大農園主の意向によって奴隷制は維持され続けたが、アメリカ合衆国の南北戦争後は西半球で奴隷制を採用する独立国はブラジル帝国のみとなったため、三国同盟戦争後からオーギュスト・コントの実証主義の影響を受けた知識人によって奴隷制批判がなされた。三国同盟戦争後に制度的に確立した軍の青年将校（葡: Tenentes - 「テネンテス」）達は実証主義思想に影響を受け、次第に奴隷制の廃止と帝政の廃止をも含めた国民運動が生まれた。この運動により1888年5月13日に黄金法（葡: Lei Áurea）が公布され、西半球で最後まで維持されていた奴隷制が廃止されたが、ペドロ2世は奴隷制廃止によって大農園主からの支持をも失い、翌1889年のデオドロ・ダ・フォンセッカ元帥のクーデターによって帝政は崩壊した。