この事態に対し、東方文化事業を管轄していた外務省の内部では、対支文化事業特別会計法に「日本に於て行うべき中国に関する学術研究」とあるのを根拠として、中国の政局の変化に左右される北京・上海の研究機関とは別に、日本国内に日本人学者からなる独自の「支那文化研究所」を設立しようとする機運が起こった。そこで外務省の文化事業部長の職にあった岡部長景は、東方文化事業総委員会の委員でもあった服部宇之吉（東京帝国大学名誉教授）と狩野直喜（元京都帝国大学教授）に対して打診を行い（この2人は義和団の乱当時、留学生として北京の日本公使館に籠城した経験をもつ）、2人は合計33名の発起人を集め10月に東西で発起人会を開催、これを受けた外務省により東方文化学院の設立が決定された。当初の岡部の構想によれば、学院は東京だけに設置されることになっていたが、服部宇之吉の「京都は中国研究の盛んなところでもあるし、狩野先生もおられるから」という意向によって京都にも研究所を設けることになった、という話が伝わっている。1929年4月に外務大臣の助成金交付命令が下り東方文化学院東京研究所および京都研究所が正式に発足した。学界代表として設立に尽力した服部は、学院全体の代表である理事長および東京研究所長、狩野は京都研究所長にそれぞれ就任した。東西両研究所の運営はそれぞれ東京・京都の両帝国大学の関係者が担当したが、東京・京都では若干の差異があった。すなわち、東京では著名な学者である評議員が研究員を兼ね、若手研究者は助手としてしか採用されなかったのに対し、京都では評議員は研究指導員とし、その下で中堅・若手の研究者が専任研究員として採用され、研究者の育成に重点をおく体制がとられていた、とされる。研究資料としての図書の整備は、東京研究所は1929年10月に浙江青田の人で上海の蔵書家徐則恂（字は允中、1874年 - 1930年）の東海蔵書楼蔵書約40,700冊を、京都研究所は1929年8月に江蘇武進の人で天津の蔵書家陶湘（字は蘭泉、1871年 - 1940年）の蔵書約27,000冊を一括購入することで、その基礎を据えた。
幕末の松代藩は年貢収入の頭打ちにより、発達しつつあった商品経済や流通に着目し、財政安定化を目的として産物会所を設立した。同藩は慶応4年/明治元年（1868年）からの戊辰戦争で活躍したが、戦費は膨大となり、財政赤字に拍車をかけた。明治2年（1869年）には産物会所を改めて松代商法社を設立し、御用商人であった更級郡羽尾村（現千曲市）の大黒屋大谷幸蔵を頭取とした。折柄の贋二分金（チャラ金）の流通による経済の混乱に際して、藩はその回収を目的として済急手形を発行し、更に翌明治3年（1870年）には商法社が大量の手形を発行し、領内の生糸や蚕種等の諸産物を領内から独占的に買い占め、海外輸出を目論んだ。しかし、輸出相場の暴落により裏付けの準備金を欠損して破綻し、それに伴って商法社が発行した手形も暴落し、正貨である太政官札を大幅に下回る価格でしか流通しなくなった。そこで明治維新政府は同年末までに藩札を回収するよう厳命したが、既に38万両分の流通高があり、回収に苦しんだ藩は3年分の石代金を藩札で上納させることとし、11月24日には金10両に対して籾4俵半の相場と藩札の太政官札に対する2割5分引きを領内に告示した。その結果、藩札を引き受けた庶民の生活は困窮を極め、松代騒動の勃発に至った。同年11月25日、更級郡山田村（現・千曲市）の名主の弟であった小平甚右衛は、周辺の農民に対して松代城下（現・長野市）への強訴を呼びかけ、一揆勢は千曲川畔に集結し、羽尾村の大黒屋宅を焼き払った後、26日朝には約3000人が城下に突入した。事態を重く見た知藩事の真田幸民は金10両に対して籾7俵として石代相場を相対的に引き下げることと、藩札の額面通用、太政官札との等価兌換を約束し、甚右衛らは一旦帰村したが、一揆は領内全域に波及し、酒屋、米穀商、質屋などが打ちこわしに遭った。26日夜には惣一揆となって再び城下に突入し、真田桜山大参事や高野広馬権大参事以下、藩の要人の邸宅がことごとく焼き討ちされ、隣接する善光寺領でも贋金を流通させた商人が打ちこわされた。27日になって一揆は武装した藩兵の大挙出動により鎮圧され、28日になると、藩は直ちに実務者を更迭し、新たに河原均大参事と山寺常山権大参事を中心に藩政を進めることとし、領内を廻村させ、知藩事の諭達を伝えるとともに、財政の逼迫を領民に説得し、併せて嘆願事項を書面で提出させるように指示した。12月に入り、維新政府は弾正台や民部省の官吏を派遣し、一揆の参加者の探索を進め、事件の収束にあたらせた。翌明治4年（1871年）4月に真田桜山、高野広馬は閉門、真田幸民を謹慎とし、松代商法社は解散、5月には620名余りが検挙され、400名余が入牢し、甚右衛門らは斬罪に処されたほか、9名に徒刑10年、1名に徒刑5年、2人に徒刑3年などが下された。