当時19歳であった高田淳の証言が記録されている。特別室へめしをもっていく者が見つけ、「死んでいる」と医局に知らせてくる。知らせがあると9時か10時ごろに遺体を迎えにいくことになる。（中略）担架を持って坂道を正門のほうへのぼっていくんだ。（中略）死んだのはほとんど冬のあいだだけだった。おれは5,6人出しにいった。板の間に敷布団一枚に掛け布団が一枚あるだけ。両手を上げ、干乾しだか凍死だか、干からびた蛙のように凍りついて死んでいる。（中略）だれも触りたくないよ。ふとんごと持っていこうと思うんだ。2,3人が中に入って一人が敷布団の裾を持ち上げ、工事の時に捨ててあった板きれをつっこんではがす。（中略）戸が閉まらないように「閉めるな、閉めるな」って叫びながらやっと氷をはがす。（中略）4人ぐらいでやっと通路に引っ張り出して担架にのっける。（中略）遺体は紫がかった黒っぽい色だった。まえを一人、うしろを一人で担架を持ち、他の者は宿直室にころがっている死者の私物をもってあの坂を下ってくるんだ。そして解剖室の前にもっていく。
1940年7月9日、本妙寺事件で一斉収容した患者のうち、患者互助組織「相愛更生会」関係者は草津に運ばれ、成人男性17名は重監房に入れられた。9名は57日監禁されたが、夏であったので命を落としたものはなかった。本妙寺のある熊本市花園町の住民から、園長当て嘆願書が出され（9月3日),9月11日出獄となったので、その効果があったと、『風雪の紋』にある。会長の中村利登治はその後自治会役員投票で最高票をとるほど人望があった。彼は後菊池恵楓園に再入所したが、逃走、行方不明となる。
国立療養所多磨全生園の洗濯場主任の山井道太は長靴に穴があいていたが、神経痛があり取り替えを要求をした。それを施設側は拒否、患者たちはサボタージュした。全生園内騒擾の罪で、1941年6月6日連れ出され、特別病室に収容された。7月18日出獄、9月1日死亡した。
1947年3月、アメリカ合衆国のアメリカ軍医中佐が患者の訴えを聞いた。8月1日、高松宮宣仁親王は重監房に入り、関係者に色々質問した。次に参議院補欠選挙のため日本共産党が視察した。8月22日、園長など施設側と患者と交渉が始まった。
1933年から、監禁所は設けられていた。それに加えて「特別病室」が作られた。それは三井報恩会の寄付の一部からである。完成は1938年12月24日である。重監房は8室あり、各々独立し、4畳半に足りず、板張りで用便のための穴がある。はめごろしの窓があり、昼も暗かった。めし箱が入る出し入れ口があり、外気が入り込んだ。暖房器具もろくな防寒具もなく、長期間収監した。規律の維持、懲罰の実施は、看護長が行った。
父呉毅（炎曾）の三男として福州に生まれる。先祖は代々官職について「書香一門」とも呼ばれていたが、呉毅は福建高等学堂卒業後の1913-14年頃に日本に留学し、呉清源誕生後に北京に移る。留学中に囲碁に興味を持ち、方円社に通うなどして初段に二子ほどの腕前となり、帰国時には多くの棋書を持ち帰っていた。北京では義父張元奇のつてで平政院に勤めた。4歳のときにヘルニアに罹り、治りきらないままとなる。5歳から父に四書五経を学ばせられる。7歳のとき囲碁を教えられ、父が日本に留学した時に持ち帰ったり、取り寄せたりした棋書（『囲棋新報』合本、『敲玉余韵』（本因坊秀策の棋譜集）、御城碁の棋譜など）により学ぶ。数年で周りには対等に相手ができるものがいなくなり、神童と呼ばれた。1923年に父に連れられて、北京の碁会所「海豊軒」で当時の中国の一流棋士である顧水如、汪雲峰などと打つようになり、呉は五子ぐらいの手合だった。1924年に父は結核により33歳で亡くなるが、顧水如の紹介で段祺瑞と対局し、月100元の学費援助を受けるようになる。また段の発案で号を付けることになり、清源となった。段からの奨学金が途絶えると、資産家の集まるレストラン「来今雨軒」で碁を打つようになって天才少年と評判になり、日本人のクラブではその評判を聞いて自分たちのクラブで碁を打つよう呉を招待した。呉が噂にたがわぬ腕を持つと分かると、訪中経験もある日本の棋士瀬越憲作と、呉を日本に呼ぶことが相談される。日本の新聞社も中国に駆けつけこの天才少年のことを報道した。1926年に岩本薫六段と小杉丁四段が訪中し、呉は岩本に三子で2連勝、二子で負け、小杉に二子で勝ちとなる。続いて1927年に訪中した井上孝平五段に呉は二子で勝ち、先で1勝1敗とし、瀬越はこの棋譜を見て「秀策の再来」と述べたとされる。瀬越は犬養毅や大倉喜七郎などの助力も受けて正式な招待状を送り、1928年になると準備のために弟子の橋本宇太郎四段を北京に派遣した。この時の試験碁で、呉は橋本に先番で2連勝する。この年14歳のときに、母と兄と共に日本に渡った。日本棋院では段位を決めるための試験碁が行われ、篠原正美四段に先で勝ち、本因坊秀哉名人に二子（二三二）で勝ち、村島義勝四段、前田陳爾四段らにも勝ち、1929年に三段の段位を認められた。この試験碁は時事新報に掲載されたが、続いて呉の対局は「呉少年出世碁」と題して行われ、その成績は、先番勝-篠原正美四段、先番負-橋本宇太郎四段、先番負-小野田千代太郎六段、先番負-木谷實四段。この木谷戦で、先番の呉は初手を天元に打ち、3手目以降はマネ碁という手段（いわゆる「太閤碁」）に出て話題となった（65手目にマネ碁を止める）。来日直後は瀬越の世話で麻布谷町の借家に住んだが、1年ほどで東中野に移り、次いで西荻窪の瀬越宅の隣に住む。兄の浣は早稲田大学、明治大学に通った。