しかし、1820年には、コーカンド・ハン国のジャハーンギールが、清朝による統治に反発し、ホージャ復活を訴え、反乱を起こす。ホージャとはスーフィーのナクシュバンディー教団に由来し、17世紀頃から東トルキスタン地域のウイグル人の指導者の称号で、ジャハーンギールはアク・タグルク (アク・タク、アーファーキーヤとも。白山党）のホージャであった。清朝は、コーカンド・ハン国と交渉し、ジャハーンギールの幽閉に成功するが、のち脱出し、カシュガルに入り、活動を行う。ジャハーンギールは支持者とともにカシュガル、ヤルカンド、イェンギサール、ホータンを占領する。清はイリ将軍の長齢（チャンリン）、陝甘総督の楊遇春、山東巡撫ウルンガ（武隆阿）、拡粛提督の斉慎に鎮圧を命じ、1827年のアクスでの戦いでジャハーンギール軍は敗北し、1828年にジャハーンギール・ホージャは捕えられ、北京で道光帝によって処刑された。1852年、ジャハーンギールの子ワリー・ハンがカシュガルに侵入し、1857年には同地の占領に成功する。なお、ワリー・ハンはドイツの探検家アドルフ・シュラーギントヴァイトを清のスパイとみなして処刑したことでも知られる。こうしたアク・タグルク（白山党）の反乱をうけて、清は東トルキスタン地域に軍5万を駐屯させ、九つの砦を築く。イリ駐屯軍の財政は、中央政府の助成に依存していたが、1840年からのアヘン戦争、1850年から1864年にかけて中国全土で広がった太平天国の乱、1856年のアロー戦争などのため、中央政府からの助成は見込めなくなり、イリ将軍府は現地からの税の増税を行うが、これが住民の不満をまねく。
ジュンガルと清朝の東トルキスタンの覇権を巡る戦争は1690年から1759年まで続いた。1755年、清の乾隆帝は先代康熙帝のジュンガル討伐政策を踏襲し、モンゴル軍と満州軍を動員して侵攻を開始する。1757年2月に乾隆帝はオイラート人の掃滅（絶滅）命令を発し、非戦闘員も全て捕獲、男性は殺害、婦女子はハルハ部に与えられた。1759年、清はジュンガルを平定しジュンガル旧領の天山山脈北部を接収した。この時、兆恵（ジャオフイ）とフデ（富徳）の二人の将軍は各8000の兵でイリ地方の掃討戦を行う。「囲猟」すなわち山狩りによって、オイラート人は壊滅した。清朝は1760年以降イリ地方などへ強制移住（入植）を数度にわたって行い、1764年には満洲のシベ族兵士が新疆辺境守備を命じられ移住した。
南禅寺の建立以前、この地には、後嵯峨天皇が文永元年（1264年）に造営した離宮の禅林寺殿（ぜんりんじどの）があった。「禅林寺殿」の名は、南禅寺の北に現存する浄土宗西山禅林寺派総本山の禅林寺（永観堂）に由来する。この離宮は「上の御所」と「下の御所」に分かれ、うち「上の御所」に建設された持仏堂を「南禅院」と称した。現存する南禅寺の別院・南禅院はその後身である。亀山上皇は正応2年（1289年）、40歳の時に落飾（出家）して法皇となった。2年後の正応4年（1291年）、法皇は禅林寺殿を寺にあらため、当時80歳の無関普門を開山として、これを龍安山禅林禅寺と名づけた。伝承によれば、この頃禅林寺殿に夜な夜な妖怪変化が出没して亀山法皇やお付きの官人たちを悩ませたが、無関普門が弟子を引き連れて禅林寺殿に入り、静かに座禅をしただけで妖怪変化は退散したので、亀山法皇は無関を開山に請じたという。無関普門は、信濃国の出身。東福寺開山の円爾に師事した後、40歳で宋に留学、10年以上も修行した後、弘長2年（1262年）帰国。70歳になるまで自分の寺を持たず修行に専念していたが、師の円爾の死をうけて弘安4年（1281年）に東福寺の住持となった。その10年後の正応4年（1291年）に南禅寺の開山として招かれるが、間もなく死去する。開山の無関の死去に伴い、南禅寺伽藍の建設は実質的には二世住職の規庵祖円（南院国師）が指揮し、永仁7年（1299年）頃に寺観が整った。当初の「龍安山禅林禅寺」を「太平興国南禅禅寺」という寺号に改めたのは正安年間（1299 - 1302年）のことという。一山一寧が正和2年（1313年）には後宇多上皇の懇請に応じ、上洛して南禅寺3世となった。正中2年（1325年）には夢窓疎石が当寺に住している。建武元年（1334年）、後醍醐天皇は南禅寺を五山の第一としたが、至徳3年（1385年）に足利義満は自らの建立した相国寺を五山の第一とするために南禅寺を「別格」として五山のさらに上に位置づけ、京都五山と鎌倉五山に分割した。室町時代には旧仏教勢力の延暦寺や三井寺と対立して政治問題に発展、管領の細川頼之が調停に乗り出している。明徳4年（1393年）と文安4年（1447年）に火災に見舞われ、主要伽藍を焼失したがほどなく再建。しかし応仁元年（1467年）の乱（応仁の乱）における市街戦で伽藍をことごとく焼失してからは再建も思うにまかせなかった。南禅寺の復興が進んだのは、江戸時代になって慶長10年（1605年）以心崇伝が入寺してからである。崇伝は徳川家康の側近として外交や寺社政策に携わり、「黒衣の宰相」と呼ばれた政治家でもあった。また、幕府から「僧録」という地位を与えられた。これは日本全国の臨済宗の寺院を統括する役職である。明治維新後に建設された、当寺の境内を通る琵琶湖疏水水路閣は田辺朔郎の設計によるもので、テレビドラマの撮影に使われるなど、今や京都の風景として定着している。建設当時は古都の景観を破壊するとして反対の声もあがった一方で、南禅寺の三門には見物人が殺到したという。維新直後には政府の上地に遭い寺領の多くを失ったため廃絶に追い込まれた塔頭も少なくなかったが、その跡地は邸宅地として再開発され、そこには植治こと小川治兵衛により疎水から引き込んだ水流を主景とする数々の名庭園が造られ、いまなお貴重な空間として残っている。明治8年(1875年)、境内に日本初の公立精神科病院「京都府療病院付属癲狂院」(現・川越病院)が設立された。　1937年、将棋の阪田三吉・木村義雄の対局の舞台となった。なお南禅寺境内は平成17年（2005年）に国の史跡に指定されている。