1947年（昭和22年）7月に東上線川越付近において発火・全焼し、翌1948年（昭和23年）2月に汽車製造において焼損車体叩き直しによる復旧工事が施工されていたものであるが、一度焼損した車体の劣化が激しくなったことから、1959年（昭和34年）8月に車体新製による修繕工事が実施された。新車体は津覇車輌工業において新製されたが、前記モハ3201とは異なり各部寸法を含めてほぼ原形通りの仕様で落成した。ただし、新車体は全溶接工法によって組み立てられたことから旧車体に存在したリベットが全廃され、また前面に貫通扉が新設されたほか、車体裾の切れ込みが無くなった点が原形と異なる。
1952年（昭和27年）6月に越生線坂戸町（現・坂戸）付近の踏切において自動車と衝突し車体を全焼したため、同年9月に日本車輌製造東京支店において車体を新製し復旧された。主要機器は種車のものを流用しているが、新製された車体はクハ500形の両運転台仕様・3扉構造版に相当する外観となり、前後妻面に貫通扉を備え、側窓は二段上昇式となるなど、原形とは全く異なる本系列中随一の異端車となった。側面窓配置はd1D4D4D1d（反対側はd1D4D4D2）のいわゆる関東型配置と俗称される仕様である。もっとも、当時はクハ500形・550形（初代）といった落成当初より左側運転台仕様とされた車両が既に登場していたにも関わらず、新車体は一方の運転室は全室式ながら運転台は右側に設置され、他方は片隅式運転室が右側に設けられているという、本系列としての特徴を併せ持った仕様とされている。なお、新車体においてはトイレの設備は省略された。
事故もしくは戦災復旧車のうち、車体の状態が悪かったものについては後年車体新製が実施されたほか、復旧工事に際して大きく形態に変化が生じた車両が存在する。以下、当該車両ごとに詳細を述べる。
1951年（昭和26年）8月に発生した浅草工場の火災により電車6両が被災焼失したが、本系列においてはモハニ3270形3272・モハニ5470形5472・モハ1400形1404・クハニ270形272・クハユ290形291の計5両が被災し、同年11月9日付で全車廃車となった。同年12月には被災廃車となった車両の補充目的でクハ550形（初代・後のモハ5320形）6両が新製されたが、その他モハ1404の廃車補充として、クハニ270形289が荷物室の撤去・電動車化・両運転台化といった各種改造を施工され、モハ1400形1406と改番・編入された。以下、大改番以降に施工された主要な改造ならびに変遷について述べる。
前述の通り、本系列は大改番によって複数の形式に区分された。また大改番以降、本系列を含めた「32xx形」「54xx形」の形式称号を付与された電動車各形式については「3200系（32系）」「5400系（54系）」とも総称される。以下、各形式の概要を述べる。
本系列は前述のように用途別および製造年代別に仕様が異なり、「前期普通車型」「前期合造車型」「後期普通車型」「後期合造車型」の4つのグループに大別される。以下、グループごとに詳細を述べる。
ウェスティングハウス・エア・ブレーキ (WABCO) 社開発のM三動弁による元空気溜管式AMM / ACM自動空気ブレーキである。同制動装置によって床下に搭載された制動筒（ブレーキシリンダー）を動作させ、床下に設置された制動引棒（ブレーキロッド）を介して前後台車の制動を行う制動機構が採用されている。
電動車が住友金属工業KS31L、日本車輌製造D-16・D-18、汽車製造BW-78-25Aのいずれかを、制御車が住友KS31L、日車D-16、汽車BW-78-25Aのいずれかをそれぞれ装着する。これらはいずれもボールドウィン・ロコモティブ・ワークス社が開発したボールドウィンA形台車の国内模倣生産品と位置付けられる形鋼組立型釣り合い梁式台車で、軸受は全台車とも平軸受構造、固定軸間距離は電動車用台車が2,450mm、制御車用台車が2,135mm（汽車BW-78-25Aのみ2,130mm）である。
ゲタリア産チャコリは、バスク語ではGetariako Txakolinaと、スペイン語ではChacolí de Guetariaと呼ばれる。ギプスコア県にあるゲタリア、サラウツ、アイア周辺の小地域で栽培される種類であり、非常に淡い黄色や緑色をしている。1989年にチャコリとして初めてDO認定を受け、DO認定以来、栽培面積は60ヘクタールから177ヘクタールに増加している。この地域では年間900,000リットルが製造され、過酷な大西洋岸の天候からブドウを保護するため、主に南東向きの斜面で生産されている。他地域とは異なり、ゲタリア産チャコリは多くの品種が栽培され、チャコリ用ブドウは蔓棚方式で成長する。この方式では、ブドウは地表面からかなり高い場所で栽培され、微気候を改善するために、ブドウの葉が天蓋のような連続した日陰を形成する。白の品種はオンダラビ・スリ（白オンダリビ）が使用され、赤の品種はオンダリビ・ベルツァ（黒オンダリビ）が使用される。近年では、ギプスコア県の他の町もこのDO認定の下にチャコリ製造を始めており、オリオ、スマイア、アラサーテ/モンドラゴン、エイバル、ムトリク、デバ、セストア、オンダリビア、ビリャボナ、ウルニエタ、オニャティ、ベイサマ、セライン、オラベリアなどで栽培が取り組まれている。