とある日の練習試合。主人公の所属する花丸高校野球部は1点ビハインドのまま、9回裏2アウトに追い込まれていた。そんなとき、電光掲示板の上から現れた謎のヒーロー『レッド』。彼が放った逆転サヨナラ弾により、試合は見事勝利を収める。翌日、主人公のクラスにやってきた転校生。それは先の試合で活躍したレッドだった。彼は野球部に入ると瞬く間にレギュラーとなり、不動の活躍を見せる。さらにブルー・イエローなど他のヒーローも登場し、花丸高校野球部は一躍強豪チームとなった。しかし、次々と元いた部員と交代し増殖・増長していくヒーローたち。そんな彼らに、主人公を初めとしたチームメイトは追いやられていくこととなる。主人公たちはヒーローに奪われた野球部を取り戻すため、行動を起こそうとする。
『パワポケ1』、『パワポケ4』に続いてシリーズ3度目の高校野球を舞台にしたサクセスモード。今作のクリア条件は「3年目の夏に甲子園大会に出場すること」である。シナリオは『パワポケ5』までの表サクセスと同様、1年ごとの3章構成だが、1・2年目では固有のクリア条件はない。また、2年生の大会は2回勝利すると自動的にイベントで敗戦、もしくは辞退となり、それ以上試合ができない。クリア自体は能力の高いヒーローに頼ることができるので楽である。しかし、ハッピーエンドを目指す場合はその能力の高いヒーローとの試合や、ヒーロー抜きで甲子園の試合を勝たなければならないので難易度は格段に高くなる。ハッピーエンドの条件は「3年目の夏におけるヒーロー達の試合に勝利する」、「3年目の地区大会に優勝する」、「最後のヒーロー達との戦いに勝利する」の三つ。3年夏の地区大会に負けたり、ヒーローの試合とミニゲーム（この2つは条件を満たすと発生する）に負ける、またはリスクメーター（今作のみ登場。怪我やイベントなどで増加）が満タンになったときはゲームオーバーになってしまう。今作から『パワポケ9』まで、彼女キャラはデフォルトでは5人しか登場しない。6人目の彼女を登場させるにはサクセスを始めるときパワポケポイントを使用する必要がある。このいわゆる『隠し彼女』からは誕生日に野球超人伝をもらえる。ヒーロー編といえども子供っぽい内容ではなく、従来通りダークな展開は健在である。特にヒーロー戦に負けたときの終わり方は悲惨なものであった。また、ヒーローたちに立ち向かうルートでは「正義」とは何かがテーマの一つとなっており、主人公たちは一体何が正義だったのかと苦悩することになる。なお、2014年現在、正史が公式サイトに公表されているのは、この作品までである。
パワポケシリーズ本編では最後のGBA版となった（外伝作品を含めば『パワポケダッシュ』が最後）。野球部分で、大きな調整ミス・バグが存在する（後述）。
日本での本格的な流通はFlash 2の頃からであるが、実際にはFutureSplashの直輸入版も一部店舗では取り扱われていた。ウェブサイトの一般ユーザーに広くFlashが認知されるようになったのはFlash 4の時期とされる。数々の企業サイトで採用されるに至っていたが、特にフォークデュオのゆずの公式サイトは、そのほとんどをFlashで構築した上、「ゆず一家の家の中」を探索するアドベンチャーゲーム風の演出をそれに取り入れていた。他方で個人制作されたFlash作品もこの時期を境に増え始めており、個人制作Flashの「投稿型コミュニティ」や、自動リンクを用いて主催者が気に入った作品を登録する形式で紹介するウェブサイトが派生してきたのもこの時代である。制作コストや人材費、時間コストなどはデジタルアニメよりも更に費用がかからない安いアニメを作ることが可能だった。いわゆるMADムービーの制作ツールとしてFlashが多用されていた時期があり、『サザエさん』や『ドラえもん』、コミックソング等を素材に使用した作品が数多く公開された。一方で個人制作ながら表現において高レベルの水準に到達した『つきのはしずく』（森野あるじ）や、脚本に注力されFlashに興味の無い一般層も抵抗無く作品世界へ引き入れた感動系の始祖『キミとボク』（やまがらしげと）など、黎明期を代表する作品が発表されている。また2ちゃんねるの利用者増加にしたがって、同掲示板内での内輪受けを狙ったFlash作品からも大きな流行が起こり、2002年始めに設立されたFLASH・動画板はその中核となった。作品にアスキーアートを多用している（比較的キャラが決まっているので、一から設定する必要がない、画力の差がそれほどでない、などの利点がある）。掲示板内の有志で様々なテーマに沿った「発表会」も主催されるなど、制作者同士の情報交換が頻繁に行なわれた。他にも作品に「泣ける系」「PV系」などの独特なジャンル分けを行ったり、Flash制作者を「Flash職人」と呼称するなど、独自の文化を形成している。2005年春には商用音楽を無断転載して公開していたFlashを逆に企業が注目し、プロモーションとして大々的に抜擢する異例の「大出世」があった。（『恋のマイアヒ』参照）。また、2006年には同じく商用音楽を無断使用していたFlash『WALKING TOUR』が絵本化され、その際に同梱されたCDに収録のFlashに、当初は無断使用されていたプラネテスの「PLANETES」と同じ黒石ひとみによって新規に書き下ろされた曲が使われた。Flashのバージョンアップに従って、Flashに搭載されているスクリプト言語であるActionScriptが高度化されたことに伴い、ウェブブラウザ上なら軽快に動作し、比較的容易な開発環境にあるFlashを使用した数多くの大規模なネット・ゲームやコミュニケーション・サイト、動画配信や地図ナビゲーション、Flash Liteを使用した携帯アプリなど、スクリプトベースで「作品」が制作されることが増加傾向にある。2006年春、『菅井君と家族石』で注目されていたFROGMAN（蛙男商会）によって全編Flashで制作されたテレビアニメーションシリーズ『THE FROGMAN SHOW』が制作され、テレビ朝日・朝日放送にて放映。映画化やゲーム化なども行なわれた。