スイスは1992年にEU加盟のための申請を行ったが、その後EEAに加盟するかどうかの国民投票においてスイス国民がEEA非加盟を選択した。それ以降EU加盟のための交渉は停止していた。その後スイス国民党が中心となって動き、スイス下院でEU加盟申請を取り下げる決定を下した。そして2016年6月にスイス上院が1992年の加盟申請を無効化する決定をしたことにより、スイスはEUへの加盟を公式に辞退した。
EURO 2000では、グループリーグを3戦全勝で突破。準々決勝でルーマニアを下すと、準決勝では地元オランダと対戦。試合は前半にザンブロッタが退場し、早くも10人で戦うことを余儀なくされる苦しい展開となる。しかしその後もオランダの猛攻に晒されながらも、お家芸のカテナチオでゴールを割らせず、オランダに与えられた2度のPKも阻止し、120分間驚異の粘りで守り抜き、スコアレスのままPK戦までもつれ込んだ。PK戦ではトッティがチップキックでゴールを決め、GKトルドが2本のPKを止める活躍を魅せ、勝利。1968年以来の決勝進出を果たした。決勝戦では98年W杯覇者のフランスと対戦。試合は後半10分にデルヴェッキオのゴールで先制。そのまま後半ロスタイムに入り優勝は目前と思われた矢先、フランスのヴィルトールに同点ゴールを許し、さらに延長戦でトレゼゲにゴールデンゴールを決められ逆転負けし準優勝。98年W杯に続きまたしてもフランスの前に屈することとなった。2002年W杯日韓大会ではグループリーグ初戦エクアドルに快勝するも、次戦クロアチアに逆転負け。最終戦メキシコ戦でも先制点を許し苦戦。試合終了間際にデル・ピエロが同点ゴールを決め、なんとか引き分けに持ち込み、辛くもグループリーグを突破した。しかし決勝トーナメント1回戦韓国戦では、ヴィエリのゴールで先制するも、後半43分に薛琦鉉に同点ゴールを、延長戦は誤審が取り沙汰されたこともあり、安貞桓にゴールデンゴールを決められ逆転負け。失意のまま大会を後にした。本大会ではハドソンのゲームキューブ用ソフト『ボンバーマンジェネレーション』とのタイアップが行われた。EURO 2004では、エースのトッティがデンマーク戦でのクリスティアン・ポウルセンに対する唾吐き行為で3試合の出場停止処分を受け、またデンマークとスウェーデンの談合疑惑などもあり、1勝2分けという結果ながらも、グループリーグ敗退に終わった。EURO 2004終了後に代表監督に就任した名将マルチェロ・リッピは、「カテナチオからの脱却」を掲げ攻撃的なチーム作りに着手。同年のアテネ五輪で銅メダルを獲得したU-23代表からダニエレ・デ・ロッシ、アルベルト・ジラルディーノらを招集。またルカ・トーニ、ファビオ・グロッソら遅咲きの選手を主力として起用した。だが迎えた2006年W杯ドイツ大会開幕直前にカルチョ・スキャンダルが起こり、指揮官リッピやGKブッフォンも巻き込まれてしまう。この影響が大会に臨む代表チームにも及んでしまうのではないかと懸念されたが、逆にチームは結束。グループリーグ初戦のガーナ戦に快勝し、2戦目のアメリカ戦はクリスティアン・ザッカルドのオウンゴールで引き分けに終わるも、最終戦チェコ戦では負傷したネスタと途中交代で入ったマテラッツィがゴールを挙げ勝利。1位でグループリーグを通過した。決勝トーナメント1回戦では、前回大会で敗れた韓国を率いていたヒディンクが監督を務めるオーストラリアと対戦。試合は後半開始早々にマテラッツィが退場し、その後はオーストラリアに押される展開が続いたが、0-0で迎えた後半終了直前にグロッソがPKを獲得。このPKをトッティが決め土壇場で勝利した。準々決勝のウクライナ戦も3-0で快勝。準決勝では地元ドイツと対戦。一進一退の攻防が続き試合は90分間では決着が着かず延長戦に突入。延長戦でも互いに決定的なチャンスを決めることが出来ずPK戦に突入かと思われた延長後半14分にグロッソがゴールを決め、ついに先制。さらに直後にデル・ピエロがダメ押しの追加点を挙げ、2-0の劇的勝利で決勝に進出した。フランスとの決勝戦では、試合開始早々ジダンにPKを決められるも、すぐさまマテラッツィが同点ゴールを挙げ1-1で延長戦へ。そして延長後半5分、予期せぬ出来事が起こる。この試合を最後に現役引退するジダンがマテラッツィの挑発に乗り頭突きで報復し一発退場。このジダンの衝撃的な退場劇は大会終了後に多くの議論を生んだ（ジダン頭突き事件）。試合は延長戦でも決着が着かず史上2度目となる決勝戦でのPK戦に突入。トレゼゲが失敗したフランスに対し、全員が成功し勝利。この結果1982年以来24年ぶり4度目の優勝を成し遂げた。世界王者として臨んだEURO 2008では、大会開幕直前に守備の要カンナバーロが負傷し大会を欠場。またエースとして期待されたトーニが無得点の大不振に陥り、この影響で初戦オランダ戦では0-3と大敗を喫し、続くルーマニア戦を引き分け。最終戦のフランス戦に勝利し、なんとかグループリーグを突破するも準々決勝で後に大会を制することになるスペインにPK戦で敗れ、ベスト8で敗退した。大会終了後、マルチェロ・リッピが代表監督に再び就任。2010年ワールドカップ地区予選に臨むこととなった。FIFAコンフェデレーションズカップ2009にもW杯王者として参加。初戦のアメリカ戦に勝利するも、続くエジプト戦でまさかの敗戦。第3戦のブラジル戦にも0-3の完敗を喫し、グループリーグ敗退で大会を後にした。この惨敗で、未だW杯優勝メンバーが主力を占めるチームの高齢化、世代交代の遅れ、当時イタリア王者のインテルを筆頭とした外国人選手流入が止まらなくなった事が叫ばれ、大きな批判を浴びる事となった。