神道事務局には、大教院を継承する神宮遥拝殿を中央神殿とし布教の拠点とする構想があった。神宮遥拝殿は、天照大神の分霊を祀ることから、教部省だけではなく、天皇が訪れ正院の許可を得、建設に着手し宮内庁や各宮家からも寄付金が寄せられた。神宮遥拝殿はのちの東京大神宮である。千家尊福による神道事務局の神殿に奉斎する神々についての意見は、1880年（明治13年）には、伊勢派と出雲派に分かれるほどの大論争となっていた。明治天皇の命により1881年に1月神道大会議が開催され、官舎の全宮司と6級以上の教導職をあわせ118名が参加したが収拾がつかず、2月に明治天皇の勅裁によって収拾した。
承元元年（1205年）専修念仏は禁止され、浄土真宗の宗祖である親鸞は越後に配流されたが、建暦元年（1211年）に赦免された。寺伝によると、親鸞は赦免された翌年の建暦2年（1212年）に京都に帰り、山城国山科郷に一宇を創建し「興正寺」と名づけたとし、その後、親鸞はこの寺を弟子の真仏上人（第2世）にまかせ、阿弥陀仏の本願をひろめるため関東行化に旅立ったとされる。順徳天皇から聖徳太子にまつわる「興隆正法」の勅願を賜り、これより寺号を「興正寺」とし真宗念仏宣布の根本法城としたという。しかし、真仏は親鸞が関東教化に遊行した際に下野国（現在の栃木県）に建てた専修寺を任されているなど、親鸞が山科に興正寺を建てたとするには根拠に乏しく、一般的には越後より直接関東方面へ旅立ったとする説が有力である。興正寺の寺伝では、第7世了源によって事実上創建されたとみなされるが、実際には、京都の五条西洞院にあった親鸞の住坊を元亨元年（1321年）頃に、了源が移転するなどして寺院として開いたのではないかと言われている。了源は元々大仏家の家臣に仕えていた中間の出身で関東の荒木門徒に属していたとされ、前述の親鸞の京都帰還説も同門徒が主張していた説とみられることから、彼が京都帰還後の親鸞が西洞院の住房にいたと考え、山科の地に同房を移転・復興させたとする考えを持っていたとする見方もある。嘉暦3年（1328年）前後、了源は、教化活動の拠点を旧仏教の盛んな京都に移すべく寺基を洛東の汁谷（渋谷）（しるたに・しぶたに、現在の京都国立博物館の辺り）に移し、光明本尊・絵系図・交名帳を用いて西日本一帯の布教活動に力を入れた。この頃「阿弥陀佛光寺」の勅号を後醍醐天皇より賜る。この寺号は、後醍醐天皇が東南の方向から一筋の光が差し込むという夢を見たという場所に、興正寺の盗まれた阿弥陀如来の木像が出てきたという霊験に由来し、これを縁に山科より洛東渋谷に寺基を移したとも言われる。一説には「興正寺」は聖徳太子が作ったとされていた「廟窟偈」の一節から了源が本願寺3世覚如の許しを得て命名したものの、了源が覚如から義絶された息子の存覚を庇護したことで覚如と決別した際に本願寺から与えられた体裁を取っていた「興正寺」の寺号が使えなくなったために、光明本尊にちなんだ「佛光寺」の名を存覚の許しを得る形で命名したとされている（後年、本願寺に復帰した佛光寺の人々が興正寺の名称を復活させたのも、この名称が本願寺から与えられたものであったからとされる）。その後、佛光寺は益々隆盛となったが、それとともに天台宗・延暦寺の弾圧が強まった。第13世光教の時には応仁の乱に巻込まれ諸堂を焼失。さらに文明13年（1481年）には、14世を継ぐべき経豪（後の蓮教）が本願寺の蓮如に帰依し、山科西野に再び「興正寺」として創建、有力末寺と共に当時山科にあった本願寺に帰参した。当時あった48坊のうち42坊が本願寺に帰属した。残された佛光寺は経豪（蓮教）の弟の経誉が継ぐが、寺勢は急激に衰え、代わって本願寺が台頭するところとなる。蓮教は蓮如と力をあわせて念仏弘通に奔走したが、天文元年（1532年）8月、山科本願寺と共に兵火にかかって興正寺は焼失。永禄12年（1569年）、興正寺に本願寺顕如の次男顕尊が入寺し、石山本願寺の脇門跡に任ぜられる。天正13年（1585年）第15世蓮秀は幸いにつつがなきをえた真影を供奉して、天台宗の寺があった大阪天満の地に、広大な堂舎を配した天満本願寺と共に真宗興正寺として法燈をかかげた。天正19年（1591年）第17世顕尊の時に、豊臣秀吉による都市計画の一環で、本願寺と共に寺基を再び洛中の七条堀川に移す。この寺地には時宗市屋派本寺の金光寺があった。このように蓮教以来、興正寺は本願寺と行を共にしていたが、明治9年（1876年）、第27世本寂（華園摂信）は興隆正法の実を挙げるべく、真宗興正派として独立した。ただし本願寺派に残留した興正寺末寺も少なくなかった。本堂は起工から128年の年数をかけ、日光東照宮の本廟・知恩院の三門とともに、日本三建築の一つと称せられた壮大華麗な大伽藍であったが、明治35年（1902年）11月、不慮の火災により、本堂その他ほとんどを灰燼に帰する不幸が起る。第28世本常（華園沢称）は直ちに再建の工を起こし、明治45年（1912年）、現在の両堂大伽藍が同寺地に完成した。