真核細胞ではこれらの9個のユニットに加え、さらに2個のユニットが付随することが多い。その内の一つがRNase Rファミリーに属する加水分解リボヌクレアーゼRrp44である。Rrp44はエキソリボヌクレアーゼ、エンドリボヌクレアーゼ双方の活性を持つが、その機能はRrp44内の別々のドメインが担当する。酵母では、Rrp44は全てのエキソソーム複合体に付随しており、その活性に重要である。ヒト細胞にもこのタンパク質ホモログが存在するにもかかわらず、長い間それがヒトエキソソーム複合体に付随するという証拠は得られなかった。2010年になって、ヒトのRrp44ホモログが3つ発見され、そのうち2つが複合体に付随することが分かった。その内1つ(Dis3L1)は細胞質に、1つ(Dis3)は核に局在するため、 異なったRNA基質を分解する。2つ目のタンパクは、酵母ではRrp6、ヒトではPM/Scl-100とよばれる。Rrp44と同じく加水分解性エキソリボヌクレアーゼだが、このタンパクはRNase Dファミリーに属する。PM/Scl-100は核エキソソームの一部だが、細胞質エキソソームの構成要素とも成り得る。
複合体の中心部では、6個のRNase PH様リボヌクレアーゼが環構造を形成している。古細菌では2種のユニット(Rrp41、Rrp42と呼ばれる)3個ずつで構成されるが、 真核細胞では6種の異なったユニットで構成される。6種のユニットの内、3種はRrp41に、残り3種はRrp42に類似している。この環構造の上部には、S1RNA結合ドメインを持ったユニットが3個乗っている。その内2個のユニットはK-homology(KH)ドメインも有する。 真核細胞では3つのタンパク質は全て異なるが、古細菌ではその内2つが同じタンパク質である。この環構造はRNase PHやPNPaseによく似ている。細菌では、RNase PHユニットが6量化、環構造を形成しtRNAの転写後修飾を行っている。細菌、葉緑体、ミトコンドリアで見られるRNA加リン酸分解酵素PNPaseでは、S1、KH、2つのRNase PHドメインを持ったタンパクが3量体を形成し、エキソソームとほぼ同一の複合体となっている。構成タンパクのドメイン、構造の類似性から、これらの複合体には進化的関連があり、共通祖先を持つと考えられている。RNase PH様エキソソームタンパク、PNPase、RNase PHは全てRNase PHファミリーに属し、酵素活性がある場合には加リン酸分解を行う。
1997年、エキソソームは出芽酵母からリボヌクレアーゼの一種として発見された。だが1999年、それはヒト細胞で自己免疫疾患の抗原として特定されていたPM/Scl複合体と相同であることが明らかになった(#疾患を参照)。 この"PM/Scl複合体"を精製することで、その構成タンパクを全て特定することができた。古細菌では、2001年になって利用可能なゲノムデータが増え、その2年前に精製されていたタンパク質がエキソソーム複合体だと予測された。
エキソソーム複合体 (又はPM/Scl複合体、単にエキソソーム、エクソソームとも)(英：Exosome Component)は真核生物、古細菌の核に存在し、様々なRNAを分解する多タンパク複合体である。細菌ではデグラドソームと呼ばれる複合体が似た役割を果たす。エキソソームの中心部は他のタンパクが付随した6つのタンパク質から構成されている。真核細胞では、エキソソームは細胞全体に存在するが、特に核小体に多い。だが、複合体を制御するタンパクが異なるため、存在する場所によって活性、基質特異性が異なる。エキソソームの基質はmRNA、rRNA、ncRNA等である。エキソソームはエキソリボヌクレアーゼ活性を有し、RNAを3'末端から分解する。また、真核細胞の場合はエンドリボヌクレアーゼ活性も有し、RNA鎖の途中を切断することもできる。エキソソームを直接の原因とする疾患は知られていないが、幾つかの自己免疫疾患(特に筋炎/強皮症重複症候群)では、エキソソームの構成タンパクを標的とする自己抗体が生産される。エキソソームを阻害することで効果を示す癌化学療法剤もある。
両角潤香作で『月刊コンプエース』にて連載された。単行本は2012年5月26日に発売された。ISBN 978-4041202487
丈部 呰人（はせつかべ の あざひと）は、日本の奈良時代の人物である。8世紀前半に陸奥国新田郡仲村郷他辺里長で、不明の軍団の二百長（校尉）を務めた。1955年（昭和30年）に宮城県遠田郡田尻町（現在の大崎市）の木戸瓦窯跡で15の文字が刻まれた平瓦が見つかった。二行に分かれて「郡仲村郷他邊里長　二百長丈ム呰人」と読めた。破損した部分に郡の名があったはずだが、破片はいくら探しても見つからなかった。和名抄には陸奥国では新田郡・磐井郡・宇多郡・栗原郡に仲村郷があると記されており、発見地は新田郡に近い。新田郡は神亀5年（728年）に玉作軍団に改称した丹取軍団の所在地に近い。里長（里正）の丈部呰人は、官が用いる瓦の納入責任者として名を書き入れられたと推測される。二百長としての資格で、軍団兵士を使って製作したと考える説もある。郡－郷－里からなる郷里制は、奈良時代の約25年間だけ実施されたので、瓦の製作は霊亀元年（715年）から天平12年（740年）までの間と知れる。木戸瓦窯は陸奥国で創建された多賀城に瓦を供給したので、この発見は、多賀城創建の時期を示す証拠の一つになった。全国一律の制度が当時の陸奥国北辺にあたるこの地域まで及んでいたことの証拠としても意義深い。