1964年（昭和39年）4月1日、岡崎市本宿町の愛知県立岡崎養護学校（現・愛知県立岡崎特別支援学校）の隣に「愛知県立第二青い鳥学園」が開園。同学園は1984年（昭和59年）4月1日に外来・通園棟を新築し、「愛知県心身障害児療育センター第二青い鳥学園」に名称変更。社会福祉法人愛知県厚生事業団が愛知県から指定管理を受け運営に当たった。1997年（平成9年）10月1日、障害児（者）地域療育等支援事業の受託運営を開始。2003年（平成15年）3月31日、児童短期入所事業、知的障害者短期入所事業の指定を受ける。施設の老朽化の解決と三河地域における重症心身障がい児施設の不足の解消のため、県は2011年（平成23年）、第二青い鳥学園の新築移転を決定。岡崎市から岡崎中央総合公園内の約2万平メートルの市有地を無償で貸借して施設整備することとなり、2011年度6月補正予算に5,591万6,000円を予算計上した。同年9月、県は基本設計を委託するためプロポーザル方式を実施し、東畑建築事務所を設計者に特定した。2013年（平成25年）10月、建設工事の入札が予定価格約19億2,000万円（税込み）で行われるが不調に終わる。県は同年の12月議会において、工期を半年延ばすなどの措置をして、予定価格を約32パーセント増額の約25億5,000万円（税込み）に設定。2014年（平成26年）1月、3者の一般競争入札が行われ、落札率83パーセントで落札された。2014年（平成26年）3月末に着工。国の基金2億円を含め、総事業費53億7,000万円が投じられた。東畑建築事務所の設計の下、矢作建設工業が建設工事を行った。新施設は鉄筋コンクリート造り2階建てで、延べ床面積9,957平方メートル。病棟は肢体不自由児が旧施設の120床から50床（1病棟）に減少した一方、重症心身障害児者の90床（3病棟）を新たに設けた。2016年（平成28年）4月1日、「愛知県三河青い鳥医療療育センター」としてオープン。社会福祉法人恩賜財団済生会が県から委託を受け運営に当たる。2019年（令和元年）6月1日から2日にかけて、天皇徳仁と皇后雅子は愛知県に滞在し、即位後初の地方訪問を行った。2日、尾張旭市で開かれた第70回全国植樹祭の式典に出席したのち、当センターを視察した。天皇が岡崎市を目的地として訪問したのは1946年（昭和21年）10月以来のことであった。
仁科氏は安曇郡の国人。仁科盛直の代に文明12年（1480年）の穂高合戦において信濃守護・小笠原長朝に敗北して一時諏訪氏を頼るが、両氏系図によれば盛能は小笠原長時の娘を迎え臣従し、のち長時と共に信濃に侵攻してきた甲斐国の武田晴信に抵抗する。天文17年（1548年）には上田原の戦いで武田晴信が更級郡葛尾城主・村上義清に敗れたのに乗じて、小笠原長時らと武田領の下諏訪へ侵攻する。しかし長時が盛能の諏訪支配を認めなかったことから対立し、早々に兵を引き上げた。このことが同年の塩尻峠の戦いでの小笠原方の大敗に繋がった。『高白斎記』天文19年（1550年）7月15日条によれば、仁科上野介（盛政か）と共に駒井高白斎と交渉し、小笠原長時が追放されると武田家に出仕した。なお、同年には盛能の判物状が発給されており、仁科氏独自の領域支配を示す文書となっている。以来、『高白斎記』や弘治2年（1556年）の仁科神明宮棟札では名前が見られないことから、盛康へと当主交代がされたと考えられている。
1888年（明治21年）、宮内省に臨時全国宝物取調局（局長九鬼隆一）が設置され、日本各地の社寺等の文化財（当時の用語では「宝物」）の調査が行われた。その結果、京都・奈良には特に文化財が集中しており、それらを収蔵保管する施設の整備が急務とされた。こうして当時の日本政府は京都と奈良に国立の博物館を設置することとした。当時、東京には東京国立博物館の前身にあたる博物館がすでに設置されていたが（1872年創立）、1889年（明治22年）5月、宮内大臣通達により、東京の博物館を「帝国博物館」と改め、同時に「帝国京都博物館」と「帝国奈良博物館」の官制が定められた。京都国立博物館の前身である帝国京都博物館が機関として発足したのはこの時である。初代の館長は森本後凋（こうちょう）という人物であったが、同人の在任中は博物館開館以前の準備期間であり、実質的な初代館長は1894年（明治27年）2月に就任した山高信離（のぶあきら）である。1890年（明治23年）には帝国京都博物館の建設地が東山七条の現在地に定められた。この土地は方広寺（大仏）旧境内にあたり、1890年当時は、東半が民有地、西半は七条御料地（旧恭明宮）であった。恭明宮とは、明治初年の神仏分離後、それまで御所の御黒戸に安置されていた仏像や歴代天皇の位牌を安置していた施設である（1870年設置、1876年廃止）。博物館の本館は片山東熊の設計になる煉瓦造平屋建て、フレンチルネサンス様式の建物で、1892年（明治25年）6月に建築工事に着工、1895年（明治28年）10月に竣工した。諸準備が整い、博物館が開館したのは1897年（明治30年）5月のことである。設計者の片山は赤坂離宮のほか、奈良国立博物館本館や東京国立博物館表慶館の設計にも携わった、宮廷建築家である。本館は当初3階建てで計画されたが、1891年（明治24年）に発生した濃尾地震でレンガ造2階建ての建物が多く倒壊したことを踏まえ、平屋建てに変更された。なお、京都には帝国京都博物館開館以前に府営の博物館があった。府営博物館は1875年（明治8年）、京都御所の御米倉に設けられ、翌1876年に河原町二条下ルの府立勧業場に移転したが、1883年（明治16年）に閉鎖されている。この府営博物館の所蔵品1,000件余は帝国京都博物館に引き継がれた。そのうちには後に重要文化財に指定された銅造不動明王立像、舞踊図小屏風などが含まれている。