ストーリーはゲーム『妖怪ウォッチ2』とほぼ同じである。妖怪執事ウィスパーから、妖怪を見られる「妖怪ウォッチ」を渡されたケータは、彼の前に現れる妖怪と戦ったり友達になったりしている日々を送っていた。ある夜、寝ていたケータの腕から妖怪ウォッチが突然光を放ち、消えてしまう。さくらニュータウンに現れた巨大猫妖怪デカニャンから「このままでは世界はヤツらのものにニャってしまうでふ。オラッチのともだちを助けてくれ…」と頼まれたケータは、手がかりを探しに、おばあちゃんの家があるケマモト村に向かう。その後、妖怪フユニャンと運命的な出会いを果たしたケータは妖怪ウォッチを取り返すため、ウィスパー、ジバニャンと共に60年前（1954年）の過去の世界にタイムスリップする。そして、妖怪ウォッチタイプ零式の誕生の秘密がついに明かされる。
字幕放送はテレビ東京系列とキッズステーションのみ、データ放送はテレビ東京系列のみ。本放送の最終回直前の時点ではテレビ東京系列のほか、兵庫県と徳島県、佐賀県を除く府県を放送対象地域とする民放テレビ各局が番組購入（一部スポンサードネット）し放送されていたが、本放送終了前後に打ち切られる地域も出た。
『イナズマイレブン』&『ダンボール戦機』シリーズ時代に行われた双方キャラによる受け渡しが廃止された代わりに、「ジバニャンを探せ!」が『イナズマイレブンGO ギャラクシー』前のミニコーナーとして告知、『GO』本編のどこかにジバニャンが隠れているというものである（前番組の『アニ×アニ!』で実施した「でんぢゃらすじーさんを探せ!」にあたる）。なお、BSジャパンでは地上波の編成に準拠せず『GO』→『妖怪』のままで放送されているため、エンディング後の妖怪探し（4分割の中に隠れている妖怪を探すミニコーナー）も含めて、その告知がカットされている（隠れているジバニャンのシーンはそのまま放送）。2014年6月までジバニャンのアップと共に「妖怪ウォッチを見るときは部屋を明るくして近づきすぎないようにするニャン」と画面中央に表示するシーンが放送開始時にあったが、それ以降はアバンタイトルで「妖怪ウォッチを見るときは、部屋を明るくしてテレビから離れて見よう!」というテロップが画面下に表示されるようになった。
1823年7月5日、ウィリアム・H・ワトソン大尉が指揮するUSSシーガルが、艀のガリニッパーとモスキートと共に、マタンサス沖で海賊と戦った
そこは前年にアレン大尉が戦死した場所に近かった
アメリカ海軍の3艦はキューバのある村近くで、75名が乗り組む武装の厚いスクーナーに遭遇した
アメリカ海軍がその大砲で攻撃すると、そのスクーナーに着弾したので、その船長は撤退を始めた
さらに砲弾がスクーナーに当たり、海賊達は恐慌を来し、海に飛び込んで船を捨て始めた
艀がスクーナーに接近し、乗艦していた水兵と海兵が逃げる敵艦に一斉射撃を行い、その時に「アレン、アレン」と叫んでいた
海賊15名が岸まで辿り着いたが、アメリカ上陸部隊に攻撃された
さらに11名が殺され、最後に残った4名がキューバの村人によって捕まえられた
全体で海賊70名が殺され、5名だけが生き残った
7月21日、ビーグルとグレイハウンドの指揮官がキューバのカペクルスをボートで調査中に、岸からの狙撃を受けた
アメリカ兵はその母船に戻り、翌朝水兵と海兵を上陸させて、出来合いの砦を攻撃し破壊した
海賊は上陸部隊の攻撃を逃れたが、その基地は破壊され、数門の重砲は除去された
ラルフ・ボーヒーズの指揮したUSSシーガルが3月30日に海賊に捕らえられていた商船スクーナーパシフィケーションを取り返した

創刊当時は金融ビッグバン（1996-2001年）前夜で、資産運用を扱う雑誌といえば資産家・個人投資家向けに銘柄推奨をする株雑誌か、節約ネタを中心とした主婦向けの生活情報誌くらいという状況だった。また、当時はネット証券や投資信託の銀行窓販が存在しておらず、大きなリターンが狙える証券取引（株式投資・信用取引・投資信託）を行うには証券会社の窓口へ足を運ぶしかなく、知識の乏しい者にとってはハードルの高いものであった。そんな中、「生活者にお金の情報を提供する」という当時としては画期的なコンセプトで創刊された。当初は、同じ商品であれば金融機関は違っても金利はほぼ横並びという状況にあって、ほんのわずかな金利差やサービスに敏感に反応する主婦やOLといった女性層に支持され、書店でも女性誌コーナーに置かれることが多かった。しかし、初心者に向けて金融商品をわかりやすく解説する雑誌が皆無だったこともあり、投資情報誌の中で「マネー誌」というジャンルを確立した。2000年頃からは特定の広告主（金融機関・投資信託顧問など）の記事広告を盛り込むようになり、和牛オーナー制度の募集をする安愚楽牧場の広告については、同社の事業がストップした2011年8月号まで長期間継続的に掲載されていた。しかし、まだ「株は素人が手を出すべきものではない」といった固定観念も強く、保守的な女性読者を多く抱えていたためか、誌面における株式投資へのスタンスは他誌に比べると及び腰だった（銘柄分析やチャート解説よりも、ミニ株や株主優待といったいかにも女性向けな外形的情報が多かった）。そのため、株を中心とした投資情報に傾倒していった他誌に比べると“株ブームに取り残されてしまった感”が否めず、証券会社・金融商品の広告主に配慮した記事が目立つようになった。その一方で大々的に新聞広告をして破綻状態となった平成電電や近未来通信のオーナー制度に関する広告は一切掲載されなかった。2011年時点は広告の大半近くが信用取引と外国為替証拠金取引関連の証券会社・短資会社のもので占められた。