気象庁では津波注意報が発表された場合の「とるべき行動」として「海の中にいる人は、ただちに海から上がって、海岸から離れてください」また「津波注意報が解除されるまで海に入ったり海岸に近付いたりしないでください」としている。また、内閣府・消防庁・気象庁等の関係省庁では、陸上に浸水するおそれはなく、居住区などから避難する必要はないとしている。気象庁の記者会見でも「陸上では避難の必要はないが、海中での作業やレジャー（サーフィン、海水浴、磯釣り）を中止し海から上がり海に近づかないでください」と解説している。2011年12月～2012年1月に気象庁が行った意見募集では、自治体からの意見として「津波注意報の位置づけが分かりにくい」と述べられているのに対して、気象庁は「津波注意報では居住区からの避難は不要であることについて十分周知・啓発に努める」、「津波注意報により居住区域で過大な避難行動がとられることは津波警報への危機感を弱める影響があると考える」との見解を示している。中央防災会議の｢東北地方太平洋沖地震を教訓とした地震･津波対策に関する専門調査会｣では｢自治体サイドは、防災対応をもう少し緻密につくって、津波注意報では逃げなくてもいいというような広報を考えないといけない｣と指摘されている。また、気象庁の地震津波監視課津波予測モデル開発推進官は「津波注意報については少し誤解がある。居住区への避難勧告等ではなく、海に入っている人は海から出る、気をつけてくださいよというアラート」、「津波注意報のたびに避難行動をとると、狼少年的なことにも」と話している。2012年7月18日、中央防災会議の津波避難対策検討ワーキンググループが取りまとめた報告で、津波注意報については「海水浴等により海岸保全施設等よりも海側にいる人は、津波注意報でも避難する必要がある」と記載されている。防災白書に掲載の釧路市のハザードマップでは、津波注意報については｢海岸、河口及び川岸から速やかに離れてください｣と記載されている。また、大洗町の津波避難誘導マップでは、津波注意報で避難が必要なエリアとして、海水浴場「大洗サンビーチ」に隣接した駐車場が指定されている。津波注意報が発表された際に内陸部の小中学校と幼稚園からも高台への避難を行う旨の指針を南あわじ市教育委員会が作成している事例や津波注意報が発表された場合、予め定められた地域に避難勧告を西宮市が発令すると定めている事例、津波注意報相当の高さの津波に対して居住区から避難するよう地震防災を研究している境有紀が住民に呼びかけている事例もある。実際に津波注意報が発表されたときの対応の事例としては、2011年3月9日に発表された津波注意報では大船渡市・洋野町・普代村が避難勧告を、2011年7月10日に発表された津波注意報では大槌町や宮城県東松島市で避難指示・その他の各地で避難勧告が発令され、海や河口から離れるだけでなく一部の居住区から避難所や高台への避難も行われた。また、2012年3月14日に発表された津波注意報でも、岩手県大槌町が避難指示、陸前高田市や釜石市など岩手県の5市町村とむつ市・東通村・風間浦村が住民に避難勧告を発令した。
1998年12月2日に雑誌Veja誌のインタビューの中で、3,000人以上の人民と20万人の亡命者を虐殺したチリのピノチェト政権について、「もっと多く殺すべきだった」と述べた。ピノチェトを経済発展の基礎を築いたと称えるボルソナーロに対してチリのセバスティアン・ピニェラ大統領は「ブラジル側のピノチェト体制賞賛は極めて不幸なことだ」と苦言を呈しているまた、立法と司法に対する軍事介入のモデルとして、1999年のペルーのフジモリ大統領を称賛した。「拷問」を有利にするプログラム（Câmera Aberta）を承認し、 民主主義を「糞―merda」と呼んだ。さらに、もし彼が大統領だったならば「間違いなく議会を閉鎖し」、「同日中に打撃を与える」と述べた。おなじ時期、自身がなぜ元大統領フェルナンド・エンリケ・カルドーゾ（PSDB）の銃殺刑を擁護したのか司会者ジョ・ソアレスに述べ、「総合資源開発企業ヴァーレと電気通信を民営化して、石油備蓄を外部資本に供給することは最悪だからだ」と説明した。独裁政権がブラジルの歴史において「輝かしい時代」だったと主張している。サンパウロの新聞（Folha de São Paulo）の新聞に掲載された公開書状によれば、軍事政権下を「秩序と進歩の20年」と呼んでいる。また、「独裁者の間違いは拷問はしたが、殺さなかったことだった」と述べた。ボルソナーロはメディア、政治家、反＝拷問団体（Grupo Tortura Nunca Mais）から批判され、事務所のドアに軍の独裁政権の被害者家族たちは「骨を探している犬」と書いたプラカードを吊るした。1993年、同国が民主化してからわずか8年後、「軍事政権のみがより繁栄し、持続可能なブラジルにつながる」と述べた。2015年3月、1964年の軍事クーデター51周年の日に自らのブログに事件を祝う画像とテキストを掲載した。 ボルソナーロははクーデターが「民主的介入」の結果ではなく、「民衆弾圧の成果」であり、1968年に中国とキューバで学んだゲリラ戦術を使って攻撃を開始したと主張した。2016年4月17日、ルセフ大統領の解任手続きを行ったエドアルド・クーニャ下院議員を祝福し、「元大統領の障害」についてスピーチし、カルロス・アルベルト大佐に敬意を表した。カルロスは軍事独裁政権時の拷問者の1人として司法長官に認められた最初の兵士であり、元大統領の拷問者でもある。こののち、検察庁は弾劾投票時のボルソナーロのデモストレーションの内容について17,853人の抗議を受けたため、事件を調査するための内部調査することを決定したと報告した。この態度はまた2016年6月、議会倫理評議会のプロセスをもたらした。彼は議会の品格に欠けるとして非難された。評議会は「緑の党」によって代表され、拷問を非難し、国会議員の辞職をもとめた。これに対してボルソナーロは、弾劾票決時の声明は議会の免除によって保護されていると主張した。彼の息子、下院議員エドアルド・ボルソナーロ（PSC-SP）が公表したビデオでは「暴力は暴力と戦っている、人権の旗と戦っているのではない」と述べ、国際人権擁護団体アムネスティ・インターナショナルの擁護者たちは「悪党」と「馬鹿」によってつくられ、承認されているとした。ブラジルの警察がおこなう殺人が世界で最も多い問題について、「私はブラジルの軍事警察はもっと殺すべきだと考えている」と述べた。2017年2月のカンピナ・グランデでの演説では、次のように言って世俗国家（Estado laico）を批判した。「神は世俗国家の歴史をもっていない。国家はキリスト教であり、それに反するのが少数者だ。 [...] 少数者は多数者に合わせなければならない」アメリカのジャーナリスト、グレン・グリーンウォルドは、「民主主義の世界で選ばれた女性嫌悪（ミソジニー）な公職者」と称した。オーストラリアのNews.com.auのサイトは、ボルソナーロを「世界で最も不愉快な政治家」とも呼んだ。