中世を経て近世となると、本拠である富士大宮以外での富士氏一族の動向を示す史料が見出されている。寛政年間（1789年 - 1801年）に成立した『寛政重修諸家譜』は戦国期以降の系譜を「和邇氏系図」「富士大宮司系図」とは大きく異なる形で伝え、富士氏の一族が下総国の千葉郡および印旛郡の一部も支配していたとしている。また相模国の長尾台に知行を得ていた富士氏一族も伝えられ、富士信重が徳川家康により知行を宛行われている朱印状等が残る他、信重の子である富士信成の墓碑も長尾台に所在している。
戦国時代における富士信忠の大宮城開城から武田氏による武力解除を経て、富士氏は神職のみの姿として統一されていた。近世に入ると富士氏は富士山を管理・支配する立場としても確立されていた。例えば徳川忠長が駿府藩主であった頃、「みくりや・すはしりの者共嶽へ上り、大宮司しはいの所へ入籠み、むさと勧進仕るに付て、大宮司迷惑の由申され候」といった文面の通達が忠長の家臣である朝倉宣正・鳥居成次から地方奉行に出されている。このように富士山本宮浅間大社が富士山頂の支配・管理を行なっており、その代表格である富士大宮司の支配の地として富士山麓周辺の地から認識されていた。他に須走村の書付に、三か条の1つとして「富士山登道行合より八葉内、大宮町大宮司殿、宮内殿、民部殿、宝当院と申而四人之衆御支配二御座候」とある。これは行合（八合目）以上は浅間大社の神職（富士大宮司・公文富士氏・別当）および須走浅間神社の神職(民部殿）が支配する地という認識を示していることを意味し、このように富士氏が山頂においての権限を保持していた。富士氏は富士山に関わる祭祀を司る身でもあり、例えば宝永4年（1707年）12月8日に富士氏は富士山祈祷を行っている。これは江戸幕府により発令されたものであった。富士氏の祭祀は本宮だけに留まらず富士上方・富士下方（静岡県富士市）の広くに及んでいた。本宮の東北に位置する山宮浅間神社でも祭祀が執り行われ、祭壇左側には富士大宮司席・公文富士氏・案主富士氏席が位置していた。また慶安3年（1650年）「富士本宮年中祭礼之次第」に「垢離之後富士丘参詣大宮司殿庶子衆御祓役人正鎰取」とあり、『駿河志料』の富士塚の頁には「大宮司社人富士塚に参詣し」とある。富士下方に位置する富士丘に富士大宮司以下社人が参詣する記録であるが、この富士丘は富士市鈴川の富士塚に比定されており、また駿河志料の方は富士塚と記している。これら史料にあるように、祭祀のために駿河国富士郡各地へ赴いていた。代々大宮司職は富士家により継がれていたが、明治3年以降宮司は内務省から直接任命される官選となり、以後富士氏が大宮司を務めることはなくなった。
OVAが2007年1月1日に発売された。本編約9分 + 特典映像「宮藤とリネットのウィッチーズ基地探訪」。劇中セリフがあるのは芳佳・美緒・リネット・ペリーヌ・ミーナの5人のみで、ネウロイとの戦闘シーンもない（実弾は使っているが隊内の模擬戦のみしか描かれていない）など、パイロットフィルム的要素が強い。テレビアニメ放映直前の2008年4月10日より5月5日まで、既に決定している声優以外に、その時点で出演は決定している6名の声優、門脇舞以・小清水亜美・斎藤千和・園崎未恵・仲井絵里香・野川さくらの担当キャラ（エーリカ・ハルトマン、ゲルトルート・バルクホルン、シャーロット・E・イェーガー、フランチェスカ・ルッキーニ、サーニャ・V・リトヴャク、エイラ・イルマタル・ユーティライネンの6人）を当てるクイズ企画「機械化乙女、秘め声クイズ」が公式サイトにて実施された。テレビアニメ第1期『ストライクウィッチーズ』は、2008年7月から9月までUHFアニメ枠「アニメスピリッツ」にて放送された。ナレーターは宮藤一郎博士役の郷田ほづみ。全12話。SD制作である。2010年6月にBD-BOXが発売され、同年7月にDVD-BOXが発売された。キャッチフレーズは「守りたいから私は飛ぶ!!」。テレビアニメ第2期『ストライクウィッチーズ2』は、2010年7月から9月までテレ玉ほか独立UHF局、BS日テレにて放送された。全12話。第1期の制作会社はGONZOだったが、この第2期ではAICスピリッツに変わった。また第1期の坂本美緒役の声優は千葉紗子だったが、この第2期より世戸さおりに変わった。第1期と違いHD制作である。2012年3月にBD-BOXが発売された。キャッチフレーズは「かなえたいから私は飛ぶ!!」。アニメ映画『ストライクウィッチーズ 劇場版』は、2012年3月17日から全国24スクリーンで公開された。キャッチフレーズは「還りたい空（ばしょ）がある…」。EDの最後に「つづく」の文字が表示されており、2013年10月13日の「みんながいたからデキること！ bis」にて、この劇場版の次回作のOVA「Oparation Victory Arrow」およびストライクウィッチーズシリーズの新テレビアニメの制作が発表された。OVAとしては第2弾となる『ストライクウィッチーズ Operation Victory Arrow』（ストライクウィッチーズ オペレーション・ビクトリー・アロー）は、全3巻のOVAで、2014年12月から2015年7月にかけて発売された。1話約30分。テレビアニメ第2期最終話と劇場版の間の話で、テレビアニメ第2期終了後に解散し各地へ帰還した第501統合戦闘航空団のメンバーの様子を描いている。キャッチフレーズは「もっと強く、もっと速く」。2017年2月24日にテレビアニメ第1・2期、OVA全3話、劇場版を収録した『ストライクウィッチーズ コンプリート Blu-ray BOX』が発売。テレビアニメ第3期『第501統合戦闘航空団 ストライクウィッチーズ ROAD to BERLIN』は、2020年に放送予定。