マドレアン・スカイ・アイランドは、おそらく世界で最も研究の進んだスカイ・アイランドである。米国のニューメキシコ州とアリゾナ州、およびメキシコのチワワ州とソノラ州にまたがったこれらの山塊は、マドレ・オクシデンタル山脈の北縁からコロラド高原南部に連なる鎖の結節部をなしている。米国中北部の山々のスカイ・アイランドは、特にこれらの「島々」をオクラホマ州南西部のウィチタ山脈のような平原に囲まれた山地と捉える人々の間で、しばしば列島状山脈（island ranges）と呼ばれる。より北方の例としては、米国モンタナ州のクレイジー山脈、キャッスル山脈、ベアポー山脈、ハイウッド山脈、リトル・ロッキー山脈が挙げられる。これらの山脈はそれぞれ森林に覆われ、森林限界より上にツンドラと雪塊をもつが、他のいかなる山脈とも森林に覆われた稜線を共有せず、半乾燥帯的な低木の草原地帯に囲まれている。その他、北米のよく知られたスカイ・アイランドとしては、カリフォルニア州のホワイト山脈やネバダ州ラスベガス近郊のスプリング山脈などのグレートベースンの山地林がある。アメリカ＝メキシコ国境地帯のスカイ・アイランドに特徴的な要素の1つとして、類縁植物種の混合を見ることができる。すなわち高地の草木類がより高緯度の特徴を持ち、より低地の植物種は砂漠地帯や南方との結びつきをもつ。これらのスカイ・アイランドに特徴的な動植物種としては、Yucca schottii（ユッカ属）、Tamiasciurus hudsonicus grahamensis（アメリカアカリス属）、Pyrgulopsis thompsoni（ミズツボ科）、Plethodon neomexicanus（アメリカサンショウウオ属）などが存在する。高山生物には、Sorex lyelli（トガリネズミ属）のように、明らかに生息する山地内で進化し、局地的環境に適応したものもいる。しかし、孤立した小集団は絶滅の危険に対して脆弱なためか、孤立した山岳生態系では時間とともに種数が減少する傾向があり、また生息域の孤立は新種の移入の可能性を低下させることも指摘されている。さらに、ハイイログマのようないくつかの種は、広範囲の生息地を必要とする。このクマは長らく、マドレアン・スカイ・アイランドの森林・草原や水辺などの低地に生息地をもっていたが、当地域では20世紀に絶滅した。高原と低地の生息地の間の季節的な移動は、グレートベイスンのツノウズラが行うのと同様の移住である。これらの鳥は雪がないときには標高の高いところに棲み、冬には南に移動する代わりに低地に棲むのである。ややこしいことには、スカイ・アイランド群やその間の谷は、生物学的拡散に対する障壁としてだけでなく、移住の経路としても作用する可能性がある。マドレアン・スカイ・アイランドを利用して生息域を北方に拡大した鳥類や哺乳類の例としては、ウツクシキヌバネドリやハナジロハナグマがいる。
この遺跡の歴史の早い段階に円形の構（temenos）が初めて現れる。直径は10から30メートル。特筆すべき特徴は石灰岩でできた丁字型の石柱であろう。石柱は同じ高さにそろえて立てられ、加工されていない石で作られた分厚い内壁はめ込まれている。いまのところ発掘により4つの円形の構が掘り出されている。さらに16の構が埋まっており、それらが1つにつき8以上の柱を備えていて、柱の数は合計200近くになることが物理探査によりわかっている。これら石材は丘の頂上から100メートルはなれたところにある岩盤の穴から切出された。労働者が燧石（フリント）の刃物によって石灰岩の岩盤から切り出していたと考えられている。各円形の構の中心にはやや高めの2本の柱が向かい合わせで立てられている。これらの構が屋根を備えていたものかはわかっていない。内装として人が座れるようにデザインされたベンチが見つかっている。多くの石柱は抽象的で謎めいたピクトグラムや、動物の彫刻で装飾されている。新石器時代の洞窟壁画等によく見られるように、これらのピクトグラムもコミュニティで共有する聖なるシンボルだった可能性がある。レリーフはライオン、ウシ、イノシシ、キツネ、ガゼル、ロバといった哺乳類、ヘビやその他の爬虫類、昆虫や蜘蛛といった節足動物そして鳥、とくにハゲワシがモチーフになっている。この神殿が造られた当時は周囲の土地には森が広がり、これらのさまざまな生き物をはぐくむ生態系が存在していたようである。定住と農耕がダストボウルに近いコンディションをもたらしてしまう1000年前の時代である。チャタル・ヒュユク、エリコでもハゲワシはよく描かれる。アナトリア、中東の初期の新石器時代の文化では死者は敢えて野ざらしにし、ハゲワシや他の死肉をあさる鳥に死体を処理させていたと信じられている（祖先崇拝の思想によるものか頭部に関しては時に保存されることもあったようである） 。この文化はチベットの仏教徒やイランやインドのゾロアスター教徒が現在も行っている鳥葬の初期の形を示しているのかもしれない。いくつかの人の形をした像がギョベクリ・ペテの地表で見つかっている。いくつかの丁字型の石柱には下半分に人の腕の彫刻が彫られている。このことからこれら石柱の下半分はデフォルメされた人（あるいは神）の体を表しているとも考えられる。少数だがふんどしの施された石柱も見つかっている。この考え方でいくと石柱の上部は人の頭を象徴しているということになる。したがって石柱から擬人観を伺うことができる。これらの石柱が崇拝者の代理として造られたのか、あるいは崇拝すべき祖先なのか、超常的な存在なのかははっきりしない。第三層、エンクロージャ2のピラー27で、ほとんど石柱の周囲全体に彫り込まれたヒョウとみられる捕食動物の彫刻が見つかると話題を集める。狩猟採集社会の中に垣間見える芸術的訓練と職工の存在が驚きを与えた。この一番古い層のいくつかの床はテラゾー（焼かれた石灰）で造られている。それ以外は岩盤で造られ、巨大な一対の中央の石柱を支える台座を備えている。中央の石柱にはハイ・レリーフ（彫刻のように浮き出ているレリーフ）が施される。これら初期の遺構は放射性炭素年代測定により紀元前9600年から紀元前8800年と見積もられた。放射性炭素は（理由は定かではないが）遺構が石器時代の期間に埋められたことを示している。