TCPセッションを盗聴できパケットをリダイレクトできる攻撃者は、TCPコネクションを乗っ取ることができる。その場合、攻撃者は進行中の通信からシーケンス番号を読み取り、ストリームにおける次のセグメントを装った偽のセグメントを作る。そのような簡単な乗っ取りで、通信中の一方に1つのパケットを誤って受け取らせることができる。受け取ったホストが余分なセグメントへの確認応答をコネクションのもう一方に返すと、同期が失われる。ARPまたはルーティング攻撃を組合わせることで、乗っ取ったTCPコネクションの制御を完全に奪うことができる。RFC 1948 が登場する以前は異なるIPアドレスを真似ることは難しくなく、初期シーケンス番号は容易に推測可能だった。そのため攻撃者はARP/ルーティング攻撃を併用することなく、適当な一連のパケットを受信者に送信し、異なるIPアドレスからのものだと信じさせることができた。その際、偽装したIPアドレスの本来のホストがダウンしていれば十分であり、Dos攻撃でそのホストをダウンさせればよかった。以上のような理由から、初期シーケンス番号のランダムな選択が行われるようになった。
IPスプーフィングを使い、悪意を持って作ったSYNパケットを繰り返し送信することで、偽の接続に対処するために対象サーバの多大な量のリソースを消費させることができる。これを SYN flood 攻撃と呼ぶ。この問題への対策として提案された方法として、SYN cookies や暗号的パズルがある。Sockstress も類似の攻撃法だが、システムのリソース管理によって効果を和らげることができる。オンラインマガジン Phrack 66号では、TCPの Persist Timer に存在する脆弱性を利用した改良型DoS攻撃の分析を行っている。
TCPは様々な方法で攻撃される可能性がある。TCPの完全なセキュリティアセスメントの結果は、認識されていた問題の考えうる対策と共に2009年に公表され、その後もIETF内で進められている。
コネクション終了フェーズは多くの場合「4ウェイ・ハンドシェイク」を使い、コネクションの双方がそれぞれ独立に終了できる。一方がコネクションを終了したい場合、FINセグメントを送信し、相手がそのACKを返す。相手も同様にFINを送ってACKを受信することでコネクションを終了する。両方のFIN/ACK交換が済むと、最後にACKを送った側（先にFINを送った側）がタイマを設定してタイムアウトするまで当該ポートを別のコネクションに再利用できないようにする。これによって配送が遅れていたパケットが新たなコネクションで受信されて混乱するのを防ぐ。コネクションは「ハーフオープン」という状態にもでき、一方だけ終了していても、もう一方はデータを送り続けることができる。終了した側はもう一方が終了するまで受信可能の状態を継続する。コネクション終了を3ウェイ・ハンドシェイクで行うこともでき、ホストAのFIN送信に対してホストBが FIN+ACK で応答し、ホストAがACK応答する。実際にはこれが最も一般的である。両方から同時にFINセグメントを送りあい、双方がACKを返すということもありうる。FIN/ACKシーケンスが並行して行われるため、2ウェイ・ハンドシェイクと呼ぶこともできる。
通常、TCPは送信すべきデータが最大セグメントサイズ (MSS) まで溜まるか、200ミリ秒経過するまで待つ（Nagleアルゴリズムで小さいメッセージを単一パケットにまとめようとするため）。これは例えばファイル転送のような一定の送信が要求される場合に問題となることがある。例えば、送信ブロックが一般的な4KBで、MSSも一般的な1460バイトだとする。すると1ブロックが3セグメントで送信され、最後の1セグメントはMSSに満たないことになる。すると、2パケットまでは約1.2ミリ秒で送信され、1176バイトの3パケット目は197ミリ秒待ってから送信ということになる。Telnetの場合、ユーザーがキーを押下するたびに通信先からエコーバックされて画面に文字が表示される。すると、1文字押下するたびに200ミリ秒待たされることになり、非常にストレスになる。この場合、ソケットのオプション TCP_NODELAY を使ってデフォルトの200ミリ秒の送信遅延を変更することができる。RFCには PSH フラグを使って「受信側TCPスタックでそのデータを即座にアプリケーションに送る」という機能が定義されている。しかしソケットにはこれを制御するインタフェースがなく、プロトコルスタックの実装に任されている。
ストリームが完了するのを待たずに、キューイングされたストリームに割り込むことができる。この場合、緊急 (urgent) と指定したデータを使う。それによって受信側プログラムが緊急データをすぐさま処理すべきであることを知らせる。その処理が終了すると、もとのストリーム・キューの処理を再開する。例えば、リモートログインのセッションにTCPを使っているとき、ユーザーが実行中のプログラムをアボートさせるキーシーケンスを送るときなどに使われる。プログラムが暴走したときなど、そのプログラムの出力を待っているのではなく、強引にアボートさせたいときに必須となる。帯域外データの概念は現在のインターネット向けの設計ではない。緊急ポインタは相手ホストでの処理を変えるものであって、ネットワーク上の処理は何も変わらない。緊急ポインタのあるセグメントがリモートホストに到着したとき、若干異なる2つのプロトコルの解釈があり、単一バイトの帯域外データしか信頼できないという状況になっている。そのため滅多に使われず、実装も貧弱になる傾向がある。
但木氏は本姓橘氏、遠祖は伊賀守重信に発し、下野国足利郡但木に8,000石を領し郷名を氏とした。重信は伊達家初代・伊達朝宗に仕えたなど諸説があり、家歴は極めて古い。政宗時代に入り慶長から慶安年間まで58年間にわたり職を奉じた但木重久が有名であるが、その弟・惣右衛門久清が分家した家が但木土佐の家系である。正統の系は重久から行久へと続き、召出家として繁栄する。土佐の系となる別系は久清を祖とし、世臣となる新しい系で、久清の子但木重信は元禄7年（1694年）に若老、永代着座に列し、同8年（1695年）に奉行職に栄進して1,500石を領した。土佐の死後、子孫は幕府から藩が鷹狩場として与えられた現在の埼玉県久喜市鷲宮地区に多くが移住し、現在に至る。その中には検事総長を務めた但木敬一がいる。その他にも元日野自動車取締役など埼玉県久喜市の「但木」姓は土佐の末裔である。