治承・寿永の乱は、源平合戦（または「源平の戦い」）と呼ばれることも多い。この争乱が以仁王の「平氏追討」の令旨に始まること、平氏政権から頼朝政権（鎌倉幕府）に交代したこと、民間レベルでは『平家物語』や『源平盛衰記』などの影響から清盛・宗盛ら平氏一門と頼朝・義経・義仲ら源氏一門の争いと受け取られてきたことなどが、この呼称を生んだといえる。しかし、平氏政権に反旗を翻した勢力は源氏一族のみで構成されていたわけではなく、単純に源氏と平氏の争いとは言えない。この乱には熊野勢力や興福寺、園城寺などの寺社勢力が反平氏を掲げて蜂起し、内乱前期においては北陸の在地豪族（義仲とは別個に挙兵）や九州の在地豪族など源平という氏族に無縁の勢力も数多く蜂起している。また、この争乱は、一族や家族、地域の共同体という横の絆と、主君と家臣という縦の絆の相克があり、命を懸けて戦った武士の全てが源氏や平氏という特定氏族に収斂されるわけでもない。また、源氏や平氏は皇族から分岐した家系であり、当然ながら非武士の貴族層にも多数の源氏・平氏がおり、当時の源氏長者（いわゆる源氏の一族のトップ）も非武士の貴族である（武士が源氏長者になるのは、後世の足利義満からである）。非武士の源氏・平氏が、それぞれ武士の源氏・平氏に直接的・間接的に加担・援助したという記録は一切存在しないし、関与する動機が存在しない。つまり、源平合戦の呼称で想起されるような、源氏と平氏がそれぞれの一族を糾合して戦った訳ではないのである。確かに、武田信義や木曾義仲など、反平氏の掛け声のもとに挙兵をした源氏一族は多い。しかし、源氏一族に属していても、平氏に縁（ゆかり）や義理があって同族に弓を引いた者もいた。このことは平治の乱において、摂津源氏の源頼政が河内源氏の源義朝とは完全に別行動を取っていることからもうかがえる。野木宮合戦や頼朝と義仲の争い、義仲と行家の争いなど源氏内部での戦いもこの一連の内乱に含まれる。同時に蜂起した諸源氏であったがそれらが全て最初から源頼朝の指揮下にいたとは限らないのである。更に源義朝・頼朝父子が源氏嫡流であったというのは鎌倉幕府の成立と言う結果論から成立したものであり、実際の河内源氏は複数の流れに分かれて単独の嫡流が存在する状態ではなく、河内源氏を代表する武者であった源義家の後継に限定したとしても、大蔵合戦や保元の乱で父や弟を討ってその地位を得た源義朝の後継者である頼朝だけではなく、大蔵合戦で討たれた源義賢の後継者である義仲や、義朝・義賢の弟である行家もその地位を主張できる存在であった。源氏同士、平氏同士が争う現象は日本各地で見られた。父系で見れば源氏だが、母系で見れば平氏、またはその逆という武将も少からずいて、去就に苦慮した者や、一族が2つに分かれて争った者もいる。一族相克の物語は戦国時代に多いが、この時代に既に始まっている。武士は発生当初から血縁的要素よりも地縁的要素の強い集団であったが、この乱は日本を一層の地縁社会へと導くことになった。
2001年5月に Classical and Quantum Gravity (CQG) 誌はボグダノフ兄弟による Topological theory of the initial singularity of spacetime（『時空の初期特異点に関する位相幾何学理論』）と題した論文を審査した。査読官のひとりは「独自で、かつ興味深い、と思われる。訂正を加えれば掲載に値するものになると私は期待する」と述べた。その論文は7か月後に受理された。しかし、論文が掲載され世間が議論に包まれた後、CQG誌編集部の Andrew Wray と Hermann Nicolai による電子メールを数学者 Greg Kuperberg がユーズネットに投稿した。以下はその一部である：Regrettably, despite the best efforts, the refereeing process cannot be 100% effective. Thus the paper ... made it through the review process even though, in retrospect, it does not meet the standards expected of articles in this journal. The paper was discussed extensively at the annual Editorial Board meeting ... and there was general agreement that it should not have been published. Since then several steps have been taken to further improve the peer review process in order to improve the quality assessment on articles submitted to the journal and reduce the likelihood that this could happen again.（遺憾な事に、最善の努力にも関わらず、審査過程は100%有効ではありえません。したがって件の論文は…後から見れば、本誌の掲載論文に期待される基準に合致していないにも関わらず、査読を通過してしまいました。件の論文は年次編集部会議で広く議論され…出版されるべきではなかったという一般合意がありました。それ以降、本誌に送られる論文の質を評価し事態再発の可能性を下げるために査読過程をより改善するいくつかの段階的措置が取られています。）しかし問題の論文はCQG誌から取り下げられていない。後に、編集長は少し異なる声明を、CQG誌の所有者であるイギリス物理学会の代表として発表している。その中で彼は、彼らの通常の査読手続きが追跡調査されたという事実を主張しているものの、問題の論文の価値についてはもはやコメントしていない。典型的には、「本誌の掲載論文に期待される基準に合致していない…」と「件の論文は年次編集部会議で広く議論され…出版されるべきではなかったという一般合意がありました」という部分が削除されている。しかし、前者は『ニューヨーク・タイムズ』紙・ 『The Chronicle of Higher Education』 ・『ネイチャー』誌で引用されている。さらに『ディー・ツァイト』紙は、CQG誌の co-editor である Hermann Nicolai による、もしその論文が自分のデスクに届いていたなら即座に拒絶査定しただろう、という発言を引用している。2001年にはチェコの Czechoslovak Journal of Physics がイゴール・ボグダノフによる Topological Origin of Inertia（『慣性の位相幾何学的起源』）という論文を受理している。審査官による報告では「私の意見ではこの論文の結果は独自のものであると考えうる。掲載については、修正された形でならこの論文を推薦する」と結論されている。翌年、中国の Chinese Journal of Physics がイゴールの The KMS state of spacetime at the Planck scale（『プランクスケールにおける時空のKMS状態』）という論文を掲載した。報告では「この論文で提起される視点はプランクスケールの物理に対する可能性あるアプローチとして興味深いものでありうる」とされ、いくつかの修正が要求された。全ての査読での評価が肯定的だったわけではない。Journal of Physics A の代表として査読官を務める Eli Hawkins は、ボグダノフ論文のひとつを拒絶査定するよう提案し、「全ての間違いを列挙するには余りに多くのスペースが要る。実際、ひとつの誤りがどこで終わって次がどこで始まるかを言うのが難しい。結論として、私はこの論文の本誌における、またはいかなる専門誌における掲載も、推奨しない」とした。掲載された論文のうちいくつかはほとんど同一で、比較的重要でない面のみが異なっていた。CQG誌の掲載論文はグリシュカの学位論文のほとんどを要約したもので、ただし段落の順番がほぼ完全に逆になっている。Chinese Journal of Physics ・ Nuovo Cimento ・ Annals of Physicsの掲載論文はタイトルと概要を除いて本質的に同一であり、誤字脱字もそれら全てに渡って繰り返されている。