これに対して重信の娘の重信メイと主任の大谷恭子弁護人は同日控訴した。控訴審では弁護側と検察側双方が、1970年代から1980年代にかけ重信と同様に世界各国でテロ事件を起こし多数の民間人を虐殺し、フランスで終身刑を受けているテロリストの「カルロス」受刑者から、「ハーグ事件」の指揮系統や武器提供の経緯についての証言を得て、裁判所に提出された。2007年12月20日に東京高等裁判所は一審判決を支持し、控訴を棄却した。重信は上告したが2010年7月15日に棄却が決定し刑が確定した。重信は上告棄却決定に対する異議申し立てを行ったが、2010年8月4日に最高裁判所第2小法廷（竹内行夫裁判長）は棄却する決定をし、懲役20年とした一・二審判決が確定し重信はその後服役した。ただし、未決勾留期間の810日の3年を刑期に算入するため実質17年となり重信の出所予定は2027年となった。
5歳になった1984年は、菊花賞の結果から長距離は不適と判断した陣営により、春は宝塚記念、秋はこの年から2000mに短縮された天皇賞を目標に据えられた。初戦の鳴尾記念4着を叩いてサンケイ大阪杯を快勝、1番人気に応えた。3200mの春の天皇賞は見向きもせず、2000mのハンデ重賞・京阪杯に出走。58.5kgの斤量を背負いながらも1番人気に応えて重賞を連勝し、2000mの重賞を共に2馬身差以上の差で勝利した。この年から施行されたグレード制でGIにランクされた宝塚記念では、ミスターシービーがこの年未だ休養中と確かな主役が不在であった。先だって天皇賞を勝ったモンテファストや菊花賞馬のホリスキーが出走していたものの、ファンの信頼は薄かった。カツラギエースは早くから陣営が宝塚記念を目標にし、ここまで2000mの重賞を連勝していることをファンは高く評価していたため、単勝1.9倍の1番人気に支持された。道中は2、3番手につけ、直線で抜け出すとスズカコバンを寄せ付けずに完勝。勝ち時計も前年のハギノカムイオーのレコード2分12秒1からコンマ3秒の2分12秒4と好時計で勝ち、GI馬の仲間入りをしたと同時に「中距離のカツラギエース」の印象を強くした。3週間後の高松宮杯は59kgの斤量と重馬場が堪えたか、直線でスズカコバンに大外に振られたこともあり、キョウエイレアの5着に沈んだ。秋初戦の毎日王冠ではミスターシービーが菊花賞以来久々に姿を見せ、南関東三冠馬のサンオーイも出走し、三強対決と報道された。レースでは先行するカツラギエースが直線追い込むミスターシービーをアタマ差押さえ勝利したが、2着に鬼脚で追い込んだミスターシービーの方が目立ち、天皇賞・秋の主役の座はミスターシービーに奪われてしまった。その天皇賞・秋でファンは中距離実績よりも三冠馬の底力を評価し、ミスターシービーの3度目の対抗人気となる2番人気に支持され、結果も底力が勝った。いつものように最後方から直線だけで豪脚を繰り出したミスターシービーに凱歌が上がり、カツラギエースは折り合いを欠いて5着に終わった。大一番前の前哨戦には強いが本番で結果を残せない精神面の弱さが指摘され、「前哨戦では勝つが本番ではシービーに負ける」「宝塚記念もシービー不在だから勝てた」と揶揄されるようになる。その後は第1回マイルCSに行くと表明したが、第4回ジャパンカッに廻る。ジャパンカップではミスターシービーとシンボリルドルフの新旧三冠馬対決に注目が集まり、過去3回外国馬の後塵を拝し続けていた歴史に終止符を打ち日本馬の優勝が期待されていた。カツラギエースもGI馬であってもこの2頭の前では影が薄く、天皇賞で露呈した気の悪さ、長すぎる距離、外国馬を過大評価していたこともあり10番人気であった。手綱を任された西浦は折り合いを欠いて失敗した反省から、陣営と相談を重ねて様々な秘策を講じた。一つはカツラギエースを落ち着かせるために耳袋のついた覆面を被せ、周囲の雑音を聞こえにくくした。二つは通常より手綱を30cm長く持ってリラックスさせ、馬の気持ちに任せて、初めてスタートから先頭に立つ逃げ戦法を選択。しかし西浦は三冠馬のどちらかを負かしてやろうとは思っていたものの、勝てるとは考えていなかった。西浦にしてもカツラギエースにとって2400mは長いと考えていたからであるが、ゲートが開くとカツラギエースは自然と逃げる展開になった。向こう正面では2番手以下を10馬身以上引き離し、ここまでは西浦の作戦通りであった。シンボリルドルフは中団につけ、ミスターシービーは離れた最後方に位置した。前半の1000mを61秒6で通過するスローペースで後続の騎手も気付いていたが、本命のミスターシービーが最後方に構えていたこともさることながら、ストロベリーロードに騎乗していた英国の世界的大騎手であるレスター・ピゴットが動かず、彼の判断に引きずられたこともあり動けなかった。この状況を最大限に利用したカツラギエースは脚を貯め、直線では後続に捕まりそうで捕まらず最後まで踏ん張り、英国のベッドタイム、シンボリルドルフ、アメリカのマジェスティーズプリンスらの追撃を振り切って逃げ切ってしまった。遂にミスターシービーをGIで負かしたと同時に日本馬初のジャパンカップ制覇を果たし、同年の三冠馬のシンボリルドルフは3着と初黒星をつけた。大方のファンは2頭の三冠馬いずれかが外国馬を打ち負かすことを期待していたため、カツラギエースが先頭でゴールした直後、ファンの思惑とは違った結果にスタンドは騒然となるどころか、むしろ唖然として静まり返っていた。その後は日本馬で初めてジャパンカップを制したこの時点で引退するのが、種牡馬としての価値を高めるというオーナーの判断もあり、第29回有馬記念を最後に引退することが発表された。シンボリルドルフ、カツラギエース、ミスターシービーによる三強対決と大きく報道される。直前のインタビューではジャパンカップで負けたシンボリルドルフ、ミスターシービー両陣営が激しい舌戦を繰り広げていたが、一方のカツラギエース陣営はインタビューに対し「メンコの柄と勝負服をお揃いにしてみました」と両陣営を意識しない回答をし注目を集めた。史上初の3頭が単枠指定され、当日は2番人気に支持された。このレースでもジャパンカップと同様に果敢に逃げたが、シンボリルドルフの徹底マークにあって2着に終わった。3着のミスターシービーには先着し、ジャパンカップの勝利がまぐれではないことを証明。同年の優駿賞最優秀5歳以上牡馬を受賞し、1985年1月に京都で引退式が行われた。