異星人解剖フィルムと呼ばれる映像は、イギリスの映像実業家レイ・サンティリ (Ray Santilli) によって世に出され、1995年8月28日に世界中のテレビで一斉に公開された（日本でのテレビ放映は1996年2月2日（フジテレビが購入）、後にビデオソフト化されている）。サンティリの説明によると、1947年7月にニューメキシコ州ロズウェルに異星人の乗り物が墜落し、その1ヶ月後にテキサス州ダラスのフォートワース基地内で異星人の死体解剖が行われた。この墜落現場と異星人死体解剖を撮影したという従軍カメラマンが現れ、そのフィルムをサンティリが買い取った、という話だった。実際に、1947年にロズウェル近辺に異星人の乗り物が墜落したと主張されるロズウェルUFO事件では、一部の目撃者が回収された異星人の死体解剖が行われていたと証言していた。ただし、サンティリの説明はロズウェルUFO事件の異星人死体解剖の話とは場所・時期などが大きく異なり、分けて考えるべきだとの指摘もある。異星人と主張されるもののリアルな映像が公開されたのはこれが初めてであり、大いに話題になった。しかし、映像提供者であるサンティリの説明が二転三転したり、映像の内容自体が矛盾だらけである（後述）ことから、懐疑論者だけでなく異星人擁護者からもフィルムがニセモノであるという主張が噴出した。異星人擁護者の中から、この映像がこれまでロズウェルUFO事件の真実を追究するために行われてきた仕事を傷つけるのではないか、と懸念する声が出たほどである。ついに2006年、サンティリをはじめとするフィルムの制作に関与した人たちがフィルムが作り物であることを次々に告白しはじめた。2006年、映画Alien Autopsy(エイリアン・オートプシー。宇宙人解剖フィルムのパロディ作品)の特殊効果を担当した英国の彫刻家ジョン・ハンフリーズが、当時のグレイ型宇宙人の製作に関わったと発表した。（2007年8月10日に、Alien Autopsyの邦訳版DVD『宇宙人の解剖 特別版』が発売された）。
1991年に前述の『冬休みアニメフェスタ』で第6話までが再放送されたが、この再放送においては第1話で怪人三面相こと滝田芋粥を追い詰めた際、何田家老が「お前はわしを怨んで気違いに仕立てようとしたな！」と叫んだ場面や、第5話で悪事がばれた黒山家老が「この気違いどもを叩き斬るんだ！」と叫んだ場面など、本放送時には差別用語と見なされなかった台詞に無音声処理が施されていた。1999年12月から2000年3月まで東映チャンネルの『わくわく!!アニメタイム』枠で、2001年8月から同年9月まで同チャンネルの『アンコールアワー』枠で再放送された際には、それぞれ第18話「戦争ちゃんと平和ちゃん」の再放送は行われなかった。このため、前話「怪獣ちゃんを捨てないで」ラストの次回予告もカットされた。2000年代には、テレビ東京系列のテレビ北海道で朝8時から放送されていた時期がある。2017年7月28日から同年10月20日まで時代劇専門チャンネルで放送されたが、同チャンネルにおいては音声のカットも一部の回のカットも行われることなく全話が放送された。
御下賜に対する謝意を表す方法について、当時の山梨県知事武田千代三郎、熊谷喜一郎らを中心に検討を重ねた結果、大水害の歴史と御下賜の恩を後世に伝えるためには、県民の衆目を集める場所である県都甲府の中心に位置する甲府城跡に謝恩碑を建設するのが最適と考え、1917年（大正6年）3月、庁議での決定を経て選ばれた官民68名で構成される「謝恩碑建設委員会」を発足させ、建設予算、碑の構造、碑文などの計画案を審議し決定した。同年の4月、山梨県議会は建設予定地（現建立地）である甲府城址内の陸軍所有地を購入し、同7月に総額45,991円の建設予算案が承認され、同12月に地鎮祭が行われ県の直営事業として建設に着手した。建設地点は甲府城跡旧本丸広場南西に定めた。設計については、まず県の当局者により遠望の可否などに配慮の上で作成したものを、明治神宮造営局参与工学博士である伊東忠太および同局技師である大江新太郎に検討を依頼した結果、下部7尺（約2.1メートル）角、高さ60尺（約18.2メートル）のオベリスク型に決定された。謝恩碑位置選定の経緯に関して『建碑の地盤選定に関しては大江技師最細心の注意を以て調査をし本丸広場南西隅に当たれる郭壁に直角を為せる一隅とし』と1922年（大正11年）発行の『山梨県林政誌』に書かれている。謝恩碑に使用する石材は、恩下賜に深い所縁のある東山梨郡神金村萩原（現甲州市塩山）の恩賜林内にある花崗岩が選ばれたが、この巨大な花崗岩をどのようにして塩山から甲府まで運搬するのかが問題となり、中部鉄道管理局からの助言もあり、巨大な原石を輸送可能な11個に分けて採石して、これを現場で積み重ねる方法が採られた。碑は耐震対策を重視し、1891年（明治24年）に発生した濃尾地震から大森房吉が導き出した大森公式を元に設計した。そのため、碑の中心に穴をあけた鉄筋コンクリート造りとなっている。1923年（大正12年）に発生した関東大震災において、甲府市は震度6の揺れが発生し、甲府城も城壁の一部が崩れるといった被害を受けたが、謝恩碑には全く被害が無く、碑身が揺らぐこともなかったという。1919年（大正9年）3月、花崗岩で出来た11個の碑身が13日間で組み立てられ、台座周りの石組等、同年12月までに完成した。この謝恩碑全体で使用された石材は69平方メートル、最終的な工事費は99,528円であった。竣工記念式典は1922年（大正11年）9月27日、元知事である熊谷喜一郎、上山満之進山林局長ら御下賜関係者参列のもと挙行された。