マリは多くの民族が居住する多民族国家である。最も大きな民族は国土南西部のサバンナ地帯に居住する農耕民族のバンバラ人 (Bambara)であり、人口の30から35%を占めている。またかつてマリ帝国を築き上げたマリンケ人 (Malinke)やソニンケ人 (Soninke)なども含むマンデ系 (Mande) の人口は、マリの約50%を占めている。マンデ系の民族はいずれも国土の南西部に多く住む。次いで多いのは主にニジェール川内陸デルタに居住する半農半牧のフラニ人であり、人口の約17%を占める。ヴォルタ人 (Voltaic)は人口の約12%を占める。人口の6%を占める農耕民のソンガイ人は国土東部のガオ地方に集住しており、かつてはソンガイ帝国を築いてニジェール川中流域を支配していたことがある。ベルベル人（トゥアレグ族、ムーア人）は人口のおよそ10%を占め、国土の北部に多く居住する遊牧民である。 その他の小民族は人口の5%を占める。これらの小民族の中には、ニジェール内陸デルタの東側に伸びるバンディアガラの断崖に居住し独特の文化を持つドゴン人や、漁業を専業としニジェール川内陸デルタを中心に河川近辺に居住するボゾ人など特色ある民族が存在する。
1980年夏、脚本家・剣持亘が山中恒の原作『おれがあいつであいつがおれで』に感銘し、プロデューサー・森岡道夫に連絡を取り、友人でもある映画監督の大林宣彦に企画を持ち込んだのが始まり。剣持は神奈川県小田原市、山中が北海道小樽市出身で、いずれも海辺の町の育ちで、どこをロケ地にするか検討されたが、大林が自身の故郷である尾道ロケを決めた。脚本の剣持は1973年の『ゴキブリ刑事』以降、本作まで10年間1本も脚本を書けず、転校生が映画にならなければ辞めるつもりでいた。原作の主人公2人は小学校6年生という設定。このため最初はサンリオの講堂で小学校を集めてオーディションをした。2000人近くの小学生に会ったがしかし「性を意識した年代の役者が演技しないと映像表現は難しい」という大林の考えから、主人公2人を中学校3年生の設定に引き上げオーディションをやり直した。そこで主役に抜擢されたのが、小林聡美（一美役）と尾美としのり（一夫役）の2人。小林は面接で4本の指を立て「これだけなんですね」と半分泣き出しそうな顔で言った。小林が裸にならなくてはいけない場面が計4回あったのである。裸になる回数など大林は数えておらず、咄嗟には何を言ってるのか分からなかった。脚本では男の子としての役だが、演じる女子にとっては大きな問題だった。この内に秘めた恥じらいこそ、新人だった小林が大役を射止めた理由だった。脚本をよく読み込んでこの映画に懸ける情熱が他を引き離していた。一方、「女の子の役は耐え難い」と思っていた尾美は翌日も面接に呼ばれると髪を切って現れた。大林監督が「覚悟をしてきた」ととらえたことが抜擢の決め手だった。尾美はこの主役が嫌で、オーディションで別の役に当てられ、安心して髪を切りに行ったら、マネージャーにもう一回大林監督に会いに行ってくれと言われた。すると大林監督から「髪を切ってきてまでこの役に賭けた尾美くんに、ボクはこの映画に尾美くんを賭けてみたいと言われた」と話している。気づいたら、内股で歩かされたり、ビューラーでまつ毛をカールされたり、恥ずかしくて仕方なく、試写会に学校の友人が来てるのを見てトイレに隠れたという。主人公2人を中学生に引き上げたが、ストーリーの方は原作を忠実に再現したために、言動が中学校3年生にしては幼すぎたり（転校当日の一美の思春期の少女としてはデリカシーに欠ける発言や一夫に対する態度等）、中学校3年生であれば生理があって当然なのに、病気で進級が遅れた同級生女子について「俺たちより年上だからもう「あれ」があるだろうな」という無理のある発言があったりするなど、整合性が取れなくなっている部分がある。この映画が製作された当時、監督をつとめた大林はCMディレクターから映画に進出して5年目、すでに5本の劇場映画を監督してヒット作も多かったものの、映像の遊びが多い作風は評論家受けが芳しくなく、名声が十分に確立されていたとはいえなかった。また、主演の尾美としのり・小林聡美もほとんど無名の俳優であり、さらに、「男と女の身体が入れ替わる」という内容が、当初は出資を決めていたサンリオの当時の社長が「破廉恥。わが社の社風に合わない」という社長判断を下し、撮影開始の二週間前に出資が中止されるなど、制作費の調達は極めて厳しい状況だった。前2作で大林がタッグを組んでいた角川春樹にも打診したが、原作本が角川書店ではなく旺文社から出ていたことで断念した。大林は「一時期はクランクアップが危ぶまれるところまで追い込まれた」と述べている。尾美としのりも小林聡美も、1か月以上もリハーサルを続けて、映画の仕上がりも見えていた段階だった。1981年7月半ば、大林が大森一樹のレイ・ブラッドベリ作品のプロデュースをしようと、打ち合わせで新宿でATG代表の佐々木史朗に会った際、大森が「大林さんの映画が潰れかけています!」と佐々木に救済を頼み、渡された台本を読んだ佐々木から「こういう映画を観たいから、ぼくが何とかする」との回答を得て製作に漕ぎ着けた。ATGは佐々木体制になって製作する映画の傾向が変わった。「大森の"レイ・ブラッドベリ"が『転校生』に移行し、大森の"レイ・ブラッドベリ"は実現しなかったが、後述する理由で多少の借りは返したかも知れない」と大林は述べている（詳細は後述）。佐々木が当時映画製作を始めようとしていた日本テレビに話を持ち込み、1981年9月に入って映画の完成後、日本テレビ作品となった。大林はこの他、「尾道の中田貞雄商工会議所会頭（当時）の個人的な資金援助の協力があった」と話している。