1877年4月14日、清軍は数箇月の休息の後、天山南路に向けて進軍を開始した。劉錦棠軍はウルムチを南下し、16日には達坂城を包囲した。18日に城外に砲台を築き、翌日から攻撃を開始した。ヤクブ・ベク軍は突破を図ったが失敗し、投降した。同時に張曜軍と徐占彪軍がトゥルファンに迫った。4月26日、劉錦棠軍はトクスンを占領した。ヤクブ・ベクはカラシャールに逃れ、子にコルラを守らせた。その後、張曜軍と徐占彪軍は羅長祐の湘軍と協力してトゥルファンを陥れた。この時、天山南路ではヤクブ・ベクの統治への不満が増大しており、ヤクブ・ベクは大勢は去ったとして自殺した。毒殺されたとの説もある。ヤクブ・ベクの死後は白彦虎とヤクブ・ベクの長子のベク・クーリ・ベクが抵抗を継続した。この時、李鴻章らの働きかけで、軍費がかかるので兵を休めさせよとの勅令が下ったが、左宗棠は戦争の継続を説いた。西太后は左宗棠の論に納得し、戦争は継続されることとなった。またこの頃露土戦争が発生しており、金順はこの機に乗じてイリ地方を奪取すべきと提案したが、左宗棠の採るところとはならなかった。9月、清軍は西進を開始し、カラシャールとコルラの守備兵は戦わずにクチャに退いた。10月18日、劉錦棠軍はクチャを攻略し、白彦虎は西に逃れた。24日にはアクスを、26日にはウシュトゥルファンを占領し、東の4城を手中におさめた。さらに西のヤルカンド、イェンギサール、ホータン、カシュガルの守備軍も恐れて内部から崩壊を始めた。ヤクブ・ベク軍に降伏していた前カシュガル守備の何歩雲は機に乗じて、満州人と漢人数百人を率いて漢人居住地区を占拠した。劉錦棠はこれを聞いて前進を始め、12月下旬までに西の4城を陥落させた。ベク・クーリ・ベクと白彦虎はロシアに逃れた。この時に白彦虎に従った回民の子孫が現在のドンガン人である。戦闘は終結し、山中のキルギス族も清軍に服属した。こうしてイリを除く東トルキスタンは再び清の征服するところとなった。
2006年4月7日にレッズへ移籍した。再び二塁手のレギュラーとなり、自身初の満塁本塁打を打つなど打率.276、17本塁打、75打点、25盗塁を記録した。2007年は7月3日のサンフランシスコ・ジャイアンツ戦ではサヨナラ満塁本塁打を打った。9月5日には28号本塁打を打ち、ジョー・モーガンが保持していたレッズの二塁手のシーズン本塁打記録を更新。9月27日には「30-30」を達成。二塁手での達成はアルフォンソ・ソリアーノに次ぐMLB史上2人目。シーズン終了後、年俸調停権を得たフィリップスは、2008年の年俸として420万ドルを要求。これに対し、球団は270万ドルを提示したが、2008年2月15日に年俸調停を避け、4年総額2,700万ドル（5年目の2012年は球団オプション）で契約延長した。2008年の打撃成績は前年より低下し、レギュラーシーズン最後の17試合を右手人差し指の故障で離脱したが、初めてゴールドグラブ賞を受賞。4月10日から7月8日にかけて二塁手としてフレディ・サンチェスに次ぐ78試合連続無失策を記録したり、二塁手としてリーグ1位の守備率.990を記録。2009年は3年連続で20本塁打以上を記録。他の部門では、二塁打（30本）・打点（98打点）・四球（44四球）で自己最高の数字 (当時) を記録した。2010年は3年ぶりにシーズン100得点以上を記録。前年に自己最高の数字を記録した二塁打と四球は更に増えたが、本塁打は20本を下回り、打点もレギュラー定着以降で最低の59打点に留まった。また、盗塁も初めて20を下回ったばかりか、盗塁死が自己最悪の12に上ったため、盗塁成功率は57％という低い数字だった。2011年は自身初の打率.300を記録。またシーズン終了後には2年連続3度目のゴールドグラブ賞を受賞する。一方で盗塁数は14と、レッズに移籍してから自己最低の数字に終わる。シーズン終了後に球団はフィリップスのオプションを行使し、2012年もレッズでプレーすることとなった。2012年4月10日に2017年まで6年7250万ドルで契約延長を行った。2013年開幕前の2月27日に第3回ワールド・ベースボール・クラシック(WBC)のアメリカ合衆国代表に選出された。同大会では2番セカンドのレギュラーとして出場した。シーズンでは2年ぶりにオールスターのメンバーに選出された。この年は1番秋信守と3番ジョーイ・ボットが4割以上の出塁率を残していたため、シーズン途中から2番にボット、4番ジェイ・ブルースが3番になり、フィリップスが4番を任された。4番に座ってからは打点が伸びたが、打率は3割近くから急落し、最終的に打率.261・18本塁打・103打点・5盗塁・OPS0.706という成績を記録。100打点を超えたのは自身初で、リーグ4位の数字だった。その一方で4番に座ったことで走る機会が激減し、8年ぶりに盗塁が2ケタを割り込んだ。守備では151試合で守りに就き、9失策・守備率.987という成績を記録、2年ぶりにゴールドグラブ賞に選出された。なお、野球と直接的に関係ない部分としては、フィリップスの出塁率の低さをTwitterで指摘した記者に罵詈雑言を浴びせるという失態を演じた。2014年は、左手の親指を手術した事もあり、一定期間故障者リスト入りした。この影響もあって121試合の出場に留まり、2005年以来9年ぶりに規定打席到達を逃した。打撃成績も低調で、打率.266、8本塁打、51打点、2盗塁に留まった。2015年は148試合に出場し、再び規定打席に到達した。打率.294、12本塁打、70打点を記録。また、19二塁打はレギュラー定着後で初の20未満ながら、ちょうど通算300二塁打を達成。6シーズンぶりの20超となる23盗塁を記録。これはリーグ10位タイの数字だった。2016年は、141試合の出場で打率.291、11本塁打、64打点、14盗塁を記録。二塁打は前年の19本から自己2位となる34本へと増加。一方で、レッズ移籍後で最少となる18四球を記録した。