非常にHPが高く、強力な攻撃を持っている。数字カウントが長く致命的な攻撃（即死攻撃）を放つ際は、攻撃の予兆としてボスが拍動し震えるエフェクトが入る場合もある。ボスのHPは画面上部に大きなゲージで表示され、HPゲージは1 - 4本設定されている（最終ゲージの色が黄色であり、緑→水色→青の順で足されていく）。ゲージを1本削り切る毎にボスは逃亡し、次のバトルステージで戦うことになる。最終ゲージをゼロにするとプレイヤーの勝ちとなる（攻撃の仕方によっては、ゲージ複数本分のHPを一気に削ることができる場合もある）。勝利すると周辺からゴールドや宝箱が飛び出し、画面を指でなぞることで拾うことができる（マルチプレイ時はボス以外の敵からも飛び出すことがある）。通常はボスが逃亡した後もフィールドに残った雑魚敵とは戦うことになるが、超絶や爆絶、轟絶といった高難易度ステージでは、ボスと一緒に雑魚敵も撤退する場合もある。弱点を別に持っており、通常は弱点の出現ポイントはボスの周りに3箇所あり、ターンによってどこが弱点になるかは変わる。黄色や赤の三角形のマークで表示されるこの部分を攻撃すると通常時は3倍のダメージを与えることができる。中には弱点の数が一、二箇所だけのボスや弱点を攻撃した際の倍率が高く設定されているステージもある。またSSによって効果を強化したり、全て露出したりすることも可能である。クエストによっては弱点が存在しないボスもいる。
指やタッチペンで画面に触れ任意の方向にスライドすると、自分のモンスターボールをスライドした方向と逆にボールが発射される（ゴムパチンコや弓と同じ要領）。矢印を表示できる範囲内であれば画面のどこに触れても矢印を引っ張ることができる。矢印を離すタイミングによってスピードや攻撃力などが変化するキャラクターはいるためタイミングは重要だが、矢印を引く長さによっては変化しない。モンスターには、反射タイプと貫通タイプがある。反射タイプのモンスターはステージ枠（壁）や、ステージによって配置されていることがあるブロックだけでなく、敵モンスターなどに当たると跳ね返って反射する方向に飛ぶ。貫通タイプは、敵を貫通することができる。画面下のモンスターアイコンが光っているときに、そのモンスターアイコンをタップすると強力なストライクショットを使うことができる。また、マルチにおいては、自キャラの操作ターン以外の時にタップを行うと、「グッジョブ」というファンファーレのような一種のサインが表示される。
敵への攻撃方法は、引っ張ったモンスターを敵に直接ぶつけることによりダメージを与える「通常攻撃」、味方のボールに当てることにより発動する「友情コンボ」の2種類がある。また、各モンスターごとに設定されたターン経過によって使用可能になる強力な必殺技「ストライクショット」(SS)がある。リアルタイムバトルではなくターン制である。敵の攻撃にはターンが決まっていて、敵の周りに表示されている数字のカウントで確認できる。プレイヤーのターンが経過する度に1ずつ減り、カウントが0になると攻撃してくる。攻撃やギミックにより、プレイヤーのHPが0になると負けとなるが、一部のクエストを除きコンティニューも可能。HPは画面上に発生するハート等の回復アイテムを取る、味方キャラのアビリティ、回復効果を持つストライクショットを使う等によって回復する。また、次のステージに進むことでも減っているHPの半分だけ回復する。ただし作った運極の数が一定以上であると半分以上回復する。
1990年夏にFCバルセロナへ移籍。ストイチコフを獲得した理由についてヨハン・クライフは「我々のクラブにテクニシャンは大勢いるが、彼のような強い個性とアグレッシブさを持ち合わせる選手を必要としていた」と語っている。同年12月5日に敵地で行われたスーペルコパのレアル・マドリード戦で不利な判定を受けたことで主審に抗議し退場処分を受けたが、この判定に怒りを露わにし審判の脚を踏みつける報復行為を行ったため物議を醸した。この審判への暴力行為に対し6か月（後に2か月に免除）の出場停止処分を受けた。処分が明けるとスタメンに復帰を果たしミカエル・ラウドルップやロナルド・クーマンらと共に6年ぶりのリーグ優勝に貢献。翌1991-92シーズンにはミシェル・プラティニの紹介によりフランスのパリ・サンジェルマンから同シーズン終了後の移籍に関する好条件のオファーを受け仮契約を結んだが、リーグ戦でのレアル・マドリードとの優勝争いの末に最終戦で連覇を決めると「サポーターの気持ちを裏切る事は出来ない」と残留を決意。同年5月のUEFAチャンピオンズカップ決勝ではイタリアのUCサンプドリアを延長戦の末に1-0で下しクラブの初タイトル獲得に貢献した。また1992年のバロンドール（欧州年間最優秀選手賞）の選考では同賞の受賞は成らなかったもののオランダのマルコ・ファンバステン（98票）に次ぐ得票を獲得し（80票）2位に選ばれた。クライフは当時を振り返りCSKAでの彼はミッドフィールダーであり2列目から前線に飛び出して得点を狙うプレーを好んでいたが、バルセロナ移籍後は彼の素質を伸ばすように、左サイドのフォワードにコンバートしゴールに近い位置でプレーをさせ、それまでより短いスタンスでシュートを決めるように指導した。またCSKAではスター選手であり高慢な態度が目立っていたがバルセロナでは選手を特別扱いはしない。彼は短気な性格かつ頑固で自分のスタイルを守ろうとしたが、やがて私の教えに従った。 — ヨハン・クライフと語っている。1992-93シーズンにはブルガリア代表の試合との兼ね合いからクラブとブルガリアサッカー連盟の間のトラブルに巻き込まれたこともあり、一時期スランプに陥った。リーグ戦は前シーズンと同様にレアル・マドリードとの優勝争いとなったが最終節のレアル・ソシエダ戦で決勝点を決める活躍で3連覇に貢献。1993-94シーズンにブラジルのロマーリオが加入。チームに所属する外国籍選手はストイチコフ、ラウドルップ、クーマンの4人となり誰が試合に出場し誰が控えに回るのかが焦点となったが、ストイチコフはポジションを獲得しロマーリオとのコンビで攻撃陣を牽引。リーグ戦ではデポルティボ・ラ・コルーニャとの優勝争いに競り勝ち4連覇を達成した。クライフ監督に率いられた当時のチームの通称「エル・ドリーム・チーム」はクラブの歴史上でも最も強いチームの一つと評され、ストイチコフ自身もバルセロナサポーターの人気を獲得した。1994年にブルガリア代表での活躍（後述）もありバロンドールを受賞したが、その一方で監督のクライフとの関係に亀裂が生じるようになり、ラウドルップとアンドニ・スビサレッタを放出し、クライフの息子であるジョルディ・クライフをレギュラーに登用したことなどを公然と批判した。1995年3月に行われたUEFAチャンピオンズリーグ 1994-95準々決勝でパリ・サンジェルマンに敗れると、ストイチコフは「私を採るのか、クライフを採るのか」とアピールし解任を求める行動を起こしたが、ファンやクラブ幹部の支持を得ることは出来なかった。