最大のベストセラーになったのは1973年に光文社から刊行された『日本沈没』で、社会現象とまでなった。刊行前は「長すぎて売れない」と出版社側からは言われていたが、3月に発売すると驚くほどの売れ行きを示し、その年末までに上下巻累計で340万部が刊行された。福田赳夫や田中角栄も、この本を読んだという。1964年に世に現れた電卓であるが、小松はこれをすぐに導入し「使いまくって」、『日本沈没』を書いた、という。2011年7月29日の毎日新聞「余録」には13万円の電卓、とあり、同年11月24日のNHK『クローズアップ現代』では、小松の電卓としてキヤノンのキヤノーラ1200（12万6千円）が紹介された。別モデルと思われる話もあり、安田寿明によれば、37万円ほどの標準品を買い「目の玉が飛び出るほど高かったが、あれを使いまくったおかげで『日本沈没』が書けた」と小松は語ったという。また、1979年に発売された初の国産ワープロである東芝のJW-10（630万円）も、いち早く一号機を小松左京事務所で使用していたが、その後、携帯できないことなどを理由に手書きに戻っている。『日本沈没』は「第一部完」として発売され、第二部は「世界に流浪した日本人たちの運命」を描く予定であったが、「日本人」としての固有性を守るべきか、「国土を失った民族としてコスモポリタニズムに貢献」すべきか小松に迷いが生じ、執筆されなかった。後に高齢を理由に小松自身による執筆は放棄され、2003年11月から続編を作成するプロジェクト・チームが作られた。執筆は谷甲州が担当し、2006年7月に『日本沈没 第二部』が刊行された。
1995年1月17日に発生した阪神・淡路大震災には自らも被災。大阪・箕面の自宅の庭の石の灯籠が2つガラガラと倒れ、寝ていた小松は跳ね起きた。報道陣からは次々と電話がかかってきた。判を押したように第一声が「沈没みたいですね」だった。被災地の様子は『日本沈没』の描写のままだった。取材攻勢は本格化し、電話インタビューや原稿依頼、テレビ、ラジオの出演要請が相次ぎ、自宅に突撃取材を敢行する社もあった。ほとんどの人たちが『日本沈没』のことを口にした。小松はこの作品を書いた筆者としての義務感から無我夢中で対応した。毎日新聞から週に一回、一年間の予定で宇宙の話を連載する予定だったが急遽阪神大震災の企画に切り替えた。現場を見て回り、多くの人たちの声を聞いて、専門家を話し合った。ある高名な学者に、高速道路がなぜ倒れたかを共同で検証したいと申し入れたが、学者は「地震が予測をはるかに超えていただけ。私たちに責任はない」と言われ信じられない思いを受けた。テレビ局のインタビューに答えて、視聴者のリクエストとヘリコプターなどの現場取材を連携させたライブによる安否情報の発信を提案したりもした。しかしいくつかのテレビ局が実際に試みたが、被害範囲が広すぎた事と、リクエストの信憑性を検証できないという指摘を受け、あまり成果を上げないまま中止された。小松は『小松左京の大震災'95』を1996年6月に刊行し、震災の教訓として防災情報の共有化や、温かみのある復興の大切さを書いた。その後は、もう何もする気力がなくなり、鬱病をわずらったという。2000年ごろようやく回復。その後も小松自身は震災からの復旧活動に積極的に関与していた。2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災では「唯一の被爆国の国民として、SF作家になった人間として、事実の検証と想像力をフルに稼働させて、次の世代に新たなメッセージを与えたい」との言葉を残した。復興を願い、「これから日本がどうなるのんか、もうちょっと長生きして、見てみたいいう気にいまなっとんのや」と記していた。また、『３・１１の未来 日本・ＳＦ・創造力』の序文を寄せている。
三十年戦争では、カトリック・プロテスタントが混在する状況にある帝国クライスは、クライス内の平和を最優先に掲げ、中立を保とうとした。そしてこの試みは、三十年戦争の中頃までは有効であった。しかし、スウェーデンが参戦し、その圧力を強め始めたことで状況は変わっていった。1631年、ザクセン選帝侯ヨハン・ゲオルク1世は新教派等族を集めたライプツィヒ同盟を結成し、スウェーデンにも皇帝にも荷担せず中立を保つことを宣言するとともに同盟軍を組織した。この同盟軍はシュヴァーベン、フランケン、オーバーザクセン、ニーダーザクセンの各クライスから帝国執行令に従うかたちで徴兵された。しかし、カトリック教徒同盟軍がザクセン選帝侯領を侵攻し、選帝侯がスウェーデン軍を頼った時点で中立は破綻した。また、バイエルン・クライスは自衛のためのクライス軍を組織したが、1632年にはスウェーデンのミュンヘン侵攻を許してしまった。リュッツェンの戦いでのスウェーデンの勝利を承けて南ドイツ4クライス（フランケン、シュヴァーベン、オーバーライン、クールライン）のプロテスタントの帝国等族は、1634年にスウェーデンとハイルブロン同盟を締結した。ここでも兵の提供は帝国執行令に従って行われた。ネルトリンゲンの戦いでスウェーデン軍が敗れたことでこの同盟は解消された。一方、1637年に皇帝が膨大な軍税を徴収しようと企て、これに対抗するためにケルン選帝侯フェルディナントを中心にクライスが共同戦線を張って中立を保とうという動きがあった。1648年のヴェストファーレン条約および1654年の帝国最終決定は、1555年の帝国執行令を再確認したに過ぎず、内容に新規性はみられなかった。しかし、1663年以降、帝国議会が単なる情報交換の場と堕し「永久帝国議会」と揶揄を含んで呼ばれるようになったのに替わって、クライス単独でラントの、あるいは合同クライス会議を介して広域の、さらには帝国全体の行政運営の実体を、帝国代表者会議と並んで担うようになっていった。ルイ14世の治世（1643年 - 1715年）は、フランスからの圧力が強まり、地理的に近い帝国クライス、すなわちヴェストファーレン、オーバーライン、クールライン、シュヴァーベン、フランケンといったクライスに対外防衛力としての結束を強化する必要性を自覚させた。1651年以降これら、西部・南部のクライス間で防衛同盟を形成する動きが見られた。1680年代から1690年代に多くの同盟が結ばれ、1697年には上記5クライスにバイエルン・クライスを加えた6つのクライス間で永続的な連合が結成された。しかし、スペイン継承戦争（1701年 - 1714年）でバイエルン選帝侯国がフランスと同盟するなど、その求心力は低下していった。帝国クライス制度は、それでも1801年までは集団防衛力を維持したが、ブランデンブルク＝プロイセンの巨大化やナポレオン戦争に対応できず、その役割を終えた。