性的二形がはっきりしているものが多く、雌雄の区別は比較的たやすい。模様にはっきりとした差のあるものが多い。雄が雌より小型である種が広く知られており、中でも雌雄による大きさの違いが著しいコガネグモ科のクモが有名であるが、徘徊性のクモ（コモリグモやハエトリグモ）などには雄が雌よりやや華奢な程度で差が小さい種もよく見られる。確実な区別は外性器でおこなう。雌では、腹部の腹面前方、書肺の間の中央に生殖孔があり、開口部はキチン化して、複雑な構造を持つ。雄では、生殖孔は特に目立たないが、触肢の先端に「移精器官」（触肢器官、palpal organ）というふくらみがあり、複雑な構造になっている。精液をここに蓄え、触肢から雌の生殖孔へ精子を送り込むという、特殊な交接を行うためである。この雌の生殖孔と雄の触肢の構造は、種の区別の際にも重視される。
出糸突起は、腹部の第4-5節に由来の付属肢である「糸疣」（spinnerets）という。普通のクモ類では腹部後端にあるが、ハラフシグモ類では腹部の中央にある。キムラグモなどハラフシグモ類では出糸突起は腹部の腹面中央にあり、それぞれの節に2対ずつ、外側に大きい外出糸突起、内側に小さい内出糸突起がある。それ以外のクモ類ではこれらが腹部後端に移動し、その一部が退化したものと考えられる。出糸突起の数や形は群によってやや異なる。出糸突起の先端近くには、多数の小さな突起があり、それぞれの先端から糸が出る。この突起を「出糸管」という。これにはクモによって色々な種類があり、それぞれからでる糸にも差があり、クモは用途に応じて使い分けている。一部のクモ類には、通常の糸疣の前に「篩板（しばん）」（cribellum）という糸を出す板状の構造を持つ。これを持つクモは、第4脚の末端近くに、毛櫛（もうしつ）という、きっちりと櫛状に並んだ毛を持つ。糸を出す時はこの脚を細かく前後に動かし、篩板から顕微鏡でも見えないほどの細かい糸を引き出し、これがもやもやした綿状に太い糸に絡んだものを作る。
後体（opisthosoma）は腹部（abdomen）ともいい、12節を含むが、普通は外見上から体節が見られない。外骨格は柔らかく、全体に袋状になっている。そのうち第1節は頭胸部につなぐ幅狭い腹柄となる。腹部の裏面前方には、通常1対の書肺という呼吸器官があり、その間に生殖腺が開いている。腹部後端には数対の出糸突起（糸疣）がある。その後ろに肛門がある。ただし上述の特徴は普通のクモ、いわゆるクモ下目の特徴である。キムラグモなど原始的なハラフシグモ亜目では、腹部に体節が見られ、糸疣は腹部下面中央に位置し、書肺は2対で4つある。触肢は歩脚とほぼ同じで、全体では脚が5対あるように見える。トタテグモ類とオオツチグモ類が属するトタテグモ下目は、腹部に節がなく、糸疣は腹端にあるが、他はハラフシグモ類と同じである。
鋏角（chelicerae、上顎）は鎌状（ナイフ状、亜鋏状）で、先端が鋭く、獲物にこれを突き刺して、毒を注入する。触肢の基節は鋏角の下面で下顎を形成する。触肢（pedipalps）は歩脚状で、普通のクモでは歩脚よりずっと小さく、鋏角の補助のように見えるが、原始的なクモでは見掛けでは歩脚に似通う。歩脚の先端には爪がある。造網性のクモでは大きい爪2本と小さい爪1本があるが、徘徊性のクモでは、小さい爪のかわりに吸盤状の毛束がある。歩脚は第一脚が長いものが多いが、それぞれの長さの特徴はそれぞれの群である程度決まっている。なお、脚の向きにも特徴がある。よく見かけられるコガネグモ科などでは前二対が前に向き、後ろ二対が後ろ向きになっている。この型を「前行性」という。それに対してカニグモ科やアシダカグモなどでは前三対が前を向くか、四対とも先端が前向きになっているかのいずれかで、横向きに動くわけではないがこの型を「横行性」という。
マギー牧師が日本軍占領期間中の中華民国の南京で、南京事件の犠牲者・被害者を撮影したと解説する8リールの16ミリフィルム（通称「マギーフィルム」）がある。その多くは南京難民区内の鼓楼病院で撮影されたもので、字幕の説明によれば、日本軍の暴行を受けた幼い子供や女性、中国兵や民間人の死体等が映っている。ただし、虐殺場面とされる映像については字幕の説明のみで肝心の映像は写っていないため、写っている死体が戦闘で死んだものなのか、虐殺されたものなのか、日本軍の手によるものなのか、中華民国軍の敗残兵の手によるものかなどが分からず、記録映像として疑問を呈する声もある。このフィルムは、のちにジョージ・アシュモア・フィッチらが1938年1月に上海へ持ち出して4セットのコピーを作製し、それらのうち1セットは南京ドイツ大使館にいたナチスドイツ外交官のゲオルク・ローゼン博士によってドイツ外務省に送られた。同年4月に渡米したフィッチはロサンゼルスを皮切りに全米各地で映写会を開いて日本軍の蛮行を訴えることに使用し、渡米の主目的であるワシントンでは国務次官のスタンレイ・ホーンベックをはじめ下院の外交委員会、戦時情報局などの要人、新聞記者などの報道関係者にもフィルムを見せている。このフィルムは、1938年5月16日の「LIFE」誌においても紹介された。しかし、極東国際軍事裁判に証拠として提出されることはなかった。國民新聞によれば、マギーフィルムは、大半が戦争の一場面として病院で中国人が治療を受けている姿であり、「大虐殺」の証拠とはいえず、ローゼン報告も日本軍が南京入城する一週間前に上海に脱出していたローゼン政務書記官がまとめたものであり、同書記官の証言は目撃証言ではなく根拠をもたない、と主張している。オリジナルフィルムは長年行方不明になっていたが、1991年、マギーの次男デヴィット・マギーの自宅から再発見された。