日比谷線の北千住発中目黒行き（列車番号A720S）は、散布役を林泰男、送迎役を杉本繁郎が担当した。当該編成は営団千住検車区所属の03系第10編成（03-110以下8連）であった。他の実行犯がサリン2パックを携帯したのに対し、林泰男は3パックを携帯した。また、3パックの内1パックが破損し、二重層のパックの内袋から外袋内にサリンが染み出ていた。彼は北千住7時43分発中目黒行きの3号車 (03-310) に上野駅から乗車した。そして、秋葉原駅で実行犯のうち最も多くの穴を開けサリンを散布した。乗客はすぐにサリンの影響を受け、次の小伝馬町駅で乗客がサリンのパックをプラットホームに蹴り出した。この状況下で一般乗客のとっさの判断を責められるものではないが、後にサリンによる被害が拡大することになってしまった。サリンのパックを小伝馬町駅で蹴り出した当該列車は、サリンの液体が車両の床に残ったまま運行を継続したが、5分後八丁堀駅停車中に再度パニックに陥り、複数の乗客が前後の車両に避難し始めた。8時10分に乗客が車内非常通報装置を押すと列車は築地駅で停車し、ドアが開くと同時に数人の乗客がホームになだれ込むように倒れた（この時の救出時の光景がテレビで中継された）。列車は直ちに運転を打ち切った。この光景を目撃した運転士が指令センターに「3両目から白煙が出て、複数の客が倒れている」と通報したため「築地駅で爆発事故」という憶測が続いた。小伝馬町駅ではサリンのパックが出されたことで、A720Sの後続列車である、八丁堀・茅場町・人形町・小伝馬町で運転を見合わせた4つの列車と、小伝馬町駅の手前で停止し、小伝馬町駅に停まっていた列車を人形町駅の手前まで退避させた後に小伝馬町駅に停車した列車の5列車も被害を受けた。小伝馬町駅では5列車が到着し、うち2列車が小伝馬町駅で運転を打ち切ったため、狭いホームに多数の乗客が下ろされ、列車の風圧などでホーム全体に広がったサリンを多数の乗客が吸引する結果となり、当駅では4人が死亡した。これにより、本事件で最多となる6列車が被害を受け、8人が死亡し2,475人が重症を負った。
日比谷線の中目黒発東武動物公園行き（列車番号B711T、北千住駅から東武伊勢崎線へ直通）は、散布役を豊田亨、送迎役を高橋克也が担当した。当該編成は東武春日部検修区所属の20000系第11編成（21811以下8連）であった。豊田は先頭車両 (28811) に始発の中目黒駅（7時59分発）から乗車し、ドア付近に着席、恵比寿駅進入時サリンのパックを刺した（ニュースやワイドショーなどで、当該車両のドア脇に転がったサリンのパックが撮影された写真が用いられている）。六本木駅 - 神谷町駅間で異臭に気付いた乗客が窓を開けたが複数の乗客が倒れた。神谷町駅に到着後、乗客が運転士に通報し、被害者は病院に搬送された。その後、後続列車が六本木駅を出たため、先頭車両の乗客は後方に移動させられ、列車は霞ケ関駅まで走行したのち、運行を取り止めた。この電車では1人が死亡し、532人が重症を負っている（後に、事件翌日に心筋梗塞で死亡した1人についても、サリン中毒死と認定された）。サリンの撒かれた車両には映画プロデューサーのさかはらあつしも乗り合わせていた。また当時共同通信社員の辺見庸が神谷町駅構内におり、外国人1人を救出した。
『日本書紀』崇神天皇7年2月15日条では、国中で災害が多いので天皇が八百万の神々を神浅茅原（かんあさじはら：比定地未詳）に集めて占うと、大物主神が百襲姫に神憑り、大物主神を敬い祀るように告げたという。同書崇神天皇7年8月7日条では、倭迹速神浅茅原目妙姫・大水口宿禰（穂積臣遠祖）・伊勢麻績君の3人はともに同じ夢を見て、大物主神と倭大国魂神（大和神社祭神）の祭主をそれぞれ大田田根子命と市磯長尾市にするよう告げられたといい、同年11月13日条ではその通りにしたところ果たして国内は鎮まったという。この「倭迹速神浅茅原目妙姫」は百襲姫と同一視される。また同書崇神天皇10年9月27日条では、四道将軍の1人の大彦命が和珥坂（現・奈良県天理市和爾町）で不思議な歌を詠う少女に出会う。少女は詠う「ミマキイリビコはや　おのが命を殺せんと　ぬすまく知らぬに　姫遊びすも」。大彦命は気になって尋ねる「なんじが言は何辭ぞ」。少女は答える「物言はず、ただ歌うのみ」。少女はもう一度同じ歌を詠うと姿を消した。大彦命は引き返してこのことを天皇に報告した。百襲姫はこれを武埴安彦とその妻の吾田媛による謀反の前兆であると告げ、果たして謀反は起こったが鎮圧されたという。この説話部分は、前後の記述関係から某かの神が童の口を借りて詠わせたともとれる内容である。続けて、同書では百襲姫による三輪山伝説・箸墓伝説が記される。これによると、百襲姫は大物主神の妻となったが、大物主神は夜にしかやって来ず昼に姿は見せなかった。百襲姫が明朝に姿を見たいと願うと、翌朝大物主神は櫛笥の中に小蛇の姿で現れたが、百襲姫が驚き叫んだため大物主神は恥じて御諸山（三輪山）に登ってしまった。百襲姫がこれを後悔して腰を落とした際、箸が陰部を突いたため百襲姫は死んでしまい、大市に葬られた。時の人はこの墓を「箸墓」と呼び、昼は人が墓を作り、夜は神が作ったと伝え、また墓には大坂山（現・奈良県香芝市西部の丘陵）の石が築造のため運ばれたという。『古事記』では母母曽毘売（百襲姫）の事績に関する記載はない。なお、『多氏古事記』逸文においても「倭迹迹媛皇女」と大三輪大神との神婚譚が記されている。