しかし、新たに開設した心臓病センターが地域のニーズに合わず、患者が集まらなかった。近隣に大学病院があることもあり、心臓病センターの患者数は当初の計画を下回り赤字経営となり、これによる経営悪化を受けて診療の継続が難しくなった。2017年1月18日の時点で、石川島記念病院は、健育会が運営する病院としては唯一の赤字であった。石川島記念病院の赤字によって、健育会が運営する他の施設の黒字を帳消しにする状態だった。当初は廃院の予定であったが、東京都と中央区医師会からの要請を受け、2018年(平成30年)12月1日から2019年(平成31年)8月31日までの期間で診療を休止し、心臓病治療からリハビリテーションや整形外科を中心にした診療に切り替えるなど診療機能を見直して、診療休止前から引き続いて健育会が診療の再開を目指すこととなった。石川島記念病院は中央区に3つある東京都二次救急指定病院の1つであるが、救急患者の受け入れについては2018年9月から中止した。病院職員らは休診することなく診療を継続することを求めていて、東京都に要望書を提出すると同時に厚生労働省にも同様の文書を郵送している。東京都も病院側に診療継続を求めていて、安定経営に向けた指導を行っており、2018年(平成30年)10月には病院や健育会に立ち入り検査を行い運営状況の調査も行っている。
2012年(平成24年)4月1日に、IHIグループ健康保険組合から医療法人社団健育会に病院の経営が移管され、病院名がIHI東京病院から石川島記念病院に改称された。手続きとしては、本来であれば、従来の病院を廃止したうえで新たな病院を開院するという流れである。しかしながら、IHI東京病院が所在する地域ではすでに病床数が多かったため、新たな病院を設立することができなかった。そこで、「地域医療を守る責任を果たす」という条件をつけて、IHIグループ健康保険組合から健育会への引き継ぎが特例的に認められた。IHIグループ健康保険組合は、当院の経営を移管する時点でIHI播磨病院も経営していたが、このIHI播磨病院については現在もIHIグループ健康保険組合による直営の健康保険組合立病院のままであり、病院名もそのままである。また、IHIグループ健康保険組合の母体企業であるIHI自身も、直営の企業立診療所を現在も経営している。経営移管後、より特化した医療を提供する目的で、心臓病センターが開設された。全病床47床のうち、半数は常に心臓病の患者で占められていた。心臓病センター開設以降、後述する診療休止までは、心臓病センターと、古くから実績のある整形外科が2枚看板であった。
2000年に上演した初のオリジナル・ミュージカル『オケピ!』は、「演劇界の芥川賞」とも呼ばれる岸田國士戯曲賞を受賞した。2001年には自宅を新築した際の体験を元にした、映画監督としての第2作『みんなのいえ』がヒットし、前作『ラヂオの時間』と同様にイギリスやドイツなどでも上映会が催された。2002年は劇団員だった伊藤俊人の急逝という不幸に見舞われる。また、舞台『You Are The Top 〜今宵の君〜』の主演の鹿賀丈史が初日直前に急病で降板するというトラブルも起こるが、急遽、代役として参加した浅野和之の努力により、初日を5日延期して開幕させることができた。同年、念願のシットコム『HR』で、脚本と共に総合演出も手がけた。2004年には長年の夢であったNHK大河ドラマで『新選組!』の脚本を担当する。大河ドラマ史上稀にみる史実への忠実さと誰でも楽しめるエンターテイメント性を両立するも、何故か史実を知らない人から史実と違うと批判される憂き目にあう。第1話で近藤勇、坂本龍馬、桂小五郎らが黒船を見に行く筋書きは何故か国会でも問題視された。2006年には、大河ドラマ史上初の続編となる『新選組!! 土方歳三 最期の一日』が正月スペシャルとして放送されたが、この年の正月はフジテレビで『古畑任三郎 ファイナル』も三夜連続で編成されており、その初回『今、甦る死』と『新選組!!』は1月3日に重なって放送されることになった。結果、視聴率は『古畑任三郎』の21.5%に対し『新選組!!』は9.8%と振るわず、フジテレビ側は「調整が間に合わなかった」と謝罪している。2004年、初の一人芝居『なにわバタフライ』を戸田恵子の出演で上演する。2005年4月からは清水ミチコとの対談形式のラジオ番組『MAKING SENSE』の放送がJ-WAVEで始まる。同年11月から2006年1月にかけては、パルコのプロデュース公演として『12人の優しい日本人』が久々に上演された。この作品が東京サンシャインボーイズ以外の出演者で上演されるのは初めてのことだった。この舞台に出演した山寺宏一が大阪での公演中、テレビ東京でのレギュラー番組『おはスタ』を休まざるを得なかったため、1月10日から12日の間、三谷がその代役として「コーキー」の名で司会を務めた。2006年1月には監督第3作となる映画『THE 有頂天ホテル』が公開され、興行収入60億円の大ヒットを記録した。同年の大河ドラマ『功名が辻』では、脚本の大石静に請われ、信長に翻弄される将軍足利義昭役で出演した。3月にはパルコ劇場で上演された『決闘!高田馬場』で、初めて歌舞伎の作・演出に挑戦する。2007年は芸術座の後継劇場となる「シアタークリエ」のこけら落し公演『恐れを知らぬ川上音二郎一座』の作・演出を担当した。2008年には4本目の監督作品となる映画『ザ・マジックアワー』が公開され、またも大きなヒットとなった。同作の宣伝のため、6月2日放送の『おはスタ』に再び「コーキー」として出演している。2009年には、かつて幾度も公演を行った新宿の小劇場THEATER/TOPSの閉館公演として、東京サンシャインボーイズが15年ぶりに再結成し、『returns』を上演した。相島一之の呼びかけに応じて三谷が新作を書き下ろし、短い準備期間ながら元劇団員のほとんどが参加し、三谷も「一橋壮太朗」として出演した。終演後には戸田恵子の声で「これより15年間の休憩に入ります」とアナウンスが流された。同年、『新選組!』以来、5年ぶりになるテレビシリーズ『連続人形活劇 新・三銃士』で、初めてNHKの連続人形劇の脚本を手がけた。11月には、ニューヨークのオフ・ブロードウェイでミュージカル『TALK LIKE SINGING』で世界への進出を果たす。日本のオリジナル作品がオフ・ブロードウェイで初演されるのは初めてのことだった。