これらの批判に対し、著者の百田、編集者の有本香は度々再批判を行っているが、本格的な反論は行われていない。呉座は、この点を取り上げ「百田氏はツイッターでの口喧嘩には強いが、論理的な長い文章は苦手なようだ」と評している。ウィキペディアからの盗用疑惑に対しては、百田は「執筆にあたっては大量の資料にあたりました。その中にはもちろんウィキもあります。しかしウィキから引用したものは、全体（500頁）の中の１頁分にも満たないものです。」と自らのTwitterで述べている。また「監修」を自認する久野潤はネット上や各種メディアで「反論」を行っている。久野に名指しで批判された呉座勇一は、たびたび反論を掲載しており、一種の論争となっている。一方で、インターネット上などで指摘された本書の誤りが、増刷後の版では告知なく修正されている。毎日新聞は、日本人を評した言葉を発した人物が「ルイス・フロイス」と書かれていた部分が、重版後には「フランシスコ・ザビエル」に修正されていたと指摘している。また『週刊実話』は、皇位継承に関する箇所が、告知せずに第4刷で訂正されていたと報じている。
一方で内容の矛盾やウィキペディアやNAVERまとめ、Yahoo!知恵袋からの転用疑惑が指摘されている。ニュースサイト『リテラ』は11月17日と11月20日付のそれぞれで、「記述の矛盾やウィキペディア・新聞記事・歴史研究書からの転載疑いがある、一部を除き参考文献が示されていない」などと論じた。毎日新聞のまとめによれば、ウィキペディアの紫式部や文禄・慶長の役、荻原重秀などの項目に書かれていた文章が、極めて近い表現で記述されていることが指摘されている。扶桑社が運営するウェブサイト『ハーバー・ビジネス・オンライン』は12月1日付で、「246 - 249ページのジョン万次郎に関する記述はウィキペディアの要約ではないか、把握できた限りで全体の1.8パーセント相当の約9ページ分がインターネット上の記事をコピー・アンド・ペーストし改変したものではないか、などの疑惑がかけられている」と報じた。また『逆説の日本史』などで知られる井沢元彦の説との類似も指摘されている。
著述家の宇山卓栄は、本書の百田の考えは「実にバランスの取れたフェアなもので、日本の歴史教育では意図して教えない歴史の隠蔽に斬り込む姿勢が大ヒットに繋がっている」と評価した。通説と作家の考えが混合しているとの批判に、「百田は自身の考えや推論、仮説を提示する際には文脈上混同しないよう明確に書き分けており、その区別のつかない批判者はよほど読解力がないと言わざる得ない」と述べた。また「中世において、『日本書紀』が編さんされた目的の一つに、日本が朝鮮半島を支配した証拠や根拠となる史実を論証するという狙いがあった」と述べ、「『日本国紀』は現代版『日本書紀』たらんとする気概を持って書かれた」と評している。
『日本国紀』は発売前から大きな反響を呼び、発売前の時点で5万部の重版がかかり、amazon.co.jpにおいては発売前から2週間連続でベストセラー1位となった。
大阪の日本橋の宿屋に万事世話九郎という侍が「昨晩の宿は、駆け落ち者がいちゃいちゃするわ、巡礼が念仏を唱えるわ、相撲取りが大いびきをかくわで、夜通し拙者を寝かしてくれなかった。今宵は静かなところで休みたい」と言って泊まった。後から来た伊勢参り帰りの喜六・清八・源兵衛の三人連れ、明日は故郷の兵庫津に帰るので一晩芸者を呼んで騒ぎたいと泊まったが、これが事もあろうに侍の隣部屋。果せるかな、どんちゃん騒ぎに侍は「伊八、伊八！」と手代を呼び、「これでは寝ることが出来ぬ」と苦情を申し入れる。伊八の「どうぞ、お静かに」の一言に、三人は「何抜かしやがんねん。そんなにやかましいンなら他の部屋にとまったらええねん」と息まくが、「それがどこも部屋がふさがってしまいまして、……それに相手はお侍でっせ」の一言で、「ええっ！　侍かい。そら相手悪いな」とやむなく騒ぎをやめ、「けった糞悪い。寝てこましたれ。おい！　床取ってくれ」と不貞寝を決め込む。だが、なかなか三人は寝られない。寝物語に始めた相撲の話がいつの間にか床の上で相撲を取る羽目になり、またしても大騒ぎ。怒った侍が再び伊八を呼びつけ苦情を言う。伊八の注意を受け、それではと三人が始めたのは色事の話。うち源兵衛が語りだしたのが、三年前に武士の人妻とねんごろになった挙句に殺人を犯してしまった自身の体験であった。武家の奥方に言い寄られて一献傾けていたところを家人に見られ、無礼者、と切り捨てられるはずが、ひょんな塩梅で源兵衛が相手を斬り殺したうえ、邪魔になった奥方も斬って、事のついでに大金を持ち逃げしたという話。「お前らもこれくらいやってみろ」と源兵衛は自慢する。「ええ、えらい奴ちゃなあ。色事師や。源やんは色事師！　色事師は源やん！」とみなで囃したてる。すると隣の侍がまた伊八を呼び、「拙者、三年前妻と弟を殺められ、仇を討たんものと旅しておったが、今こそ分かった。隣の源兵衛と申す男こそ我が求める仇である。連れの者と一緒に今すぐ討ち取る！」。驚いた伊八が隣室に駆け込み、その事を話すと源兵衛は青くなり、「あの話は三十石船の中で聞いただけだ」と言うも、侍は、今さら言い逃れは許さんと相手にせず、「されど、死人を出して宿に迷惑をかけられぬ故、明朝、日本橋にて出会い仇といたす。それまでは三人をとり逃がすでないぞ。でなければ、宿屋の主人・奉公人は勿論、伊八、その方も首がないと左様心得よ」と言い出したから大変。伊八をはじめ宿の者らは三人を取り押さえ、柱に縛り付けてしまった。すっかり震えあがり、しょげかえった三人に対し、侍はゆうゆうと眠りにつき、翌朝、出立に際し伊八が「縛り上げたあの三人をいかがいたします？」。「ムウ。好きにせよ」。「もし、それはどういう事だんねん？　仇ちゃいますのかいな」。「仇……？アハハハ。伊八許せ。あれは嘘じゃ」。「嘘！？……もうし、ええ加減にしとくはなれ。わたい、三人逃がさんように夜通しおきてましたんやがな。何でそんな嘘つかはりますねん？」。侍は笑って「ああ言わねば、身共を夜通し寝かしよらぬ」