また、石井は、知的障害児者教育・福祉の事業には、医療的支援が不可欠と考え、学園も常勤医による診療体制をとっていた
甥の石井雄一を九州帝国大学医学部に学ばせ、医務主任に任用し、後継者として育てていたのもそのためであった
しかし、雄一が若くして死去し、後任の常勤医師も、後年に辞任し、学園の財政上の問題や、戦時の医師の応召による医師不足といった事情もあって、既に戦前の段階で常勤医体制がとれなくなっていた
1960年に至り、当時の学園経営陣は、創立70周年記念事業として、石井の悲願であった、付設精神病院の設置構想を明らかにした
しかし、多額の開設資金と運営コストを要するこの構想は、ついには実現をみなかった
1990年代以降は、社会的なニーズに応じて、地域支援やグループホームの事業拡大に注力しており、多様な福祉サービスを提供している
戦前、苦しめられた財政問題は、戦後の福祉政策の転換に伴う公的支援の充実により解消され、現在は、いくらか安定した財務状況となっているものの、比較的大規模な投資などがある場合は、自己資金、公的支援、公的機関や金融機関からの資金調達に加え、支援者からの寄付金が貴重な財源となっている
皇室による支援は、戦後は、制度上、経済的支援は少なくなったものの、皇太后（貞明皇后）をはじめ、高松宮宣仁親王、常陸宮正仁親王、そして明仁上皇・美智子上皇后が天皇・皇后在位中、二度にわたって学園を訪問し、殊に上皇后においては、学園に対して深く関心を寄せており、精神的支援は現在においても継続されている

当学園は、皇室との長く深い関係が知られている。かつての皇室による物心の支援は、恩師財団に近い、またはそれ以上の待遇であった。学園が苦難にあるときも、日本聖公会とともに常に学園に寄り添ってきたのが皇室であった。これは、第2代学園長・石井筆子が、元は華族（男爵家）の令嬢であり、華族女学校（女子学習院の前身）の教師をつとめていたことに由来する。筆子の教師時代の生徒に、のちに大正天皇の皇后（貞明皇后）となる九條節子がいたためである。貞明皇后は、恩師である筆子への尊敬の念と、華やかな生活を捨て、茨の道を歩むことを選んだ筆子への同情心や、そして、何よりも、学園の経営が常に苦しい状況に置かれていたことから、当学園を皇室の慈恵政策の対象とし、とくに愛情を注いで支援を続けた。貞明皇后の子である昭和天皇は、即位直後に当学園に御下賜金を贈り、初代学園長・石井亮一の進講も受けている。第二皇子・秩父宮雍仁親王、第三皇子・高松宮宣仁親王、そして孫にあたる明仁天皇と、その弟宮・常陸宮正仁親王も学園を訪問し、後世まで貞明皇后の遺志が受け継がれている。戦前期に、東伏見宮依仁親王妃周子など皇族方が当学園や学園行事にたびたび訪れていたことも、貞明皇后の思し召しによるところが大きかった。近年においても、明仁天皇・美智子皇后が平成の御代の始めと終わりに二度の行幸啓をされたほか、とくに美智子皇后は、筆子の生涯に感銘を受け、当学園への私的訪問に加え、学園のチャリティーコンサートにしばしば足を運び、学園と深い関係を築いている。
寿永2年（1183年）7月の平氏西走後も、その本拠であった伊賀・伊勢両国には平氏家人が播居しており、元暦元年（1184年）3月に大内惟義が伊賀の守護に補任され、武蔵国の御家人大井実春が平家与党討伐のため伊勢に派遣される。7月7日辰の刻（午前8時頃）に平家継を大将軍とする反乱が勃発し、襲撃を受けた惟義の郎従が多数殺害された。時を同じくして伊勢でも平信兼以下が鈴鹿山を切り塞いで謀反を起こし、院中は例えようもないほど動揺したという（『玉葉』7月8日条）。19日には近江国大原荘で鎌倉軍（官軍）と平氏残党が合戦となる。家継が討ち取られて梟首され、侍大将の富田家助・家能・家清入道（平宗清の子）らが討ち取られた。平信兼・藤原忠清は行方をくらました。反乱はほぼ鎮圧されたものの、源氏方も老将佐々木秀義が討ち死にし、死者数百騎に及ぶ大きな損害を受けた。8月3日、事態を重く見た頼朝は、蜂起した平氏勢力の中の最有力人物である平信兼の捜索を義経に命じる。10日、信兼の3人の子息、兼衡・信衡・兼時が京の義経邸に呼び出され、斬殺、自害へ追い込まれている。義経はその2日後に信兼討伐に出撃した（『山槐記』8月10日条）。その後の合戦の経過について貴族の日記による記録はないが、『源平盛衰記』によると、伊勢国滝野の城に立てこもる100騎ほどの信兼軍が激戦の末、討ち取られたという。この平信兼追討の最中の8月6日、義経は後白河法皇より左衛門少尉、検非違使に任じられた。8月26日、鎌倉に義経から信兼の子息3人を宿所に呼び寄せて誅した事、信兼が出羽守を解官されたとの報告が届き、9月9日、信兼以下平氏家人の京都における所有地を、義経の支配とするよう頼朝から書状が出された（『吾妻鏡』）。藤原忠清は翌元暦2年（1185年）まで潜伏を続けて都を脅かした。一ノ谷の戦い以降、源範頼以下主な鎌倉武士は帰東しており、またこの反乱の最中の8月8日に、範頼は平氏追討のために鎌倉を出立し、9月1日に京から西海へ向かっている。平氏残党に対する都の不安は大きく、後白河院は治安維持のために翌年正月の義経の屋島出撃を引き留めており、義経の検非違使・左衛門尉任官は、このような情勢の不安による人事であった。近年の研究では、義経が平氏追討から外されたのは、後年の編纂書『吾妻鏡』が記すような無断任官による頼朝の怒りのためではなく、京都の治安維持に義経が必要であり、法皇や貴族たちの強い反対があったためと考えられている。なお、平信兼と平家継は源義仲打倒の立場から、義経の入京に協力した京武者たちであった。『吾妻鏡』では信兼の息子たちが事件の張本であったとするが、彼らは義経の屋敷に出向いていることから反乱と深い関わりは持っていなかったと見られる。信兼追討の背景には、独立性の強い京武者の排除、従属させようとする頼朝の方針があったと考えられる。