「隠しエリアの入口に入るのだ!!」と指示されるエリアに存在する隠しエリアの入口に足を踏み入れると、メッセージが表示される。メッセージ中の選択肢である「けってい」を選ぶことで、「ゲームほんたいにリモコンをむけてすきなボタンをおしてください!」と表示される。この画面の時にゲームボーイカラー本体の赤外線ポートにリモコン（テレビのリモコン、エアコンのリモコンだけでなく、『たまごっち』や『Wii』のセンサーバーなど赤外線式のものであれば何でもよい）を向けてボタンを押すと、8種類のミニゲームのどれかを遊ぶことができる。しかし互換機など赤外線ポートのない機器では遊ぶことができない上、前述の選択肢である「けってい」を選んでしまうとゲームの進行が不可能になってしまうため、前述の選択肢で「キャンセル」を選ぶ必要がある（キャンセルを選んでもエリアクリアの条件は満たしたことになる）。
アイテム「エサ」を取ると、その時つれて歩いているキャラボンの能力値が上がる。能力には「攻撃力」、「防御力」、「特殊攻撃力」の3つが存在する。キャラボンによって能力値の上限が異なり、火の属性のキャラボンは攻撃力が高く、水の属性のキャラボンは防御力が高く、電気の属性のキャラボンは特殊攻撃力が高く、土の属性のキャラボンは3つの能力値の上限がバランス良く設定されている。
属性を持つ不思議な生物。絶滅の危機に瀕した種で、世界各地で保護されようとしている。属性には「火（ドラゴン系）」、「水（魚系）」、「電気（ポミュ系）」、「土（獣系）」の4つが存在する。各属性の相性は「火は土に強く、土は電気に強く、電気は水に強く、水は火に強い」となっている。相性が悪い属性相手への特殊攻撃は効果が小さく、「火と電気」、「土と水」のような、相性が良くも悪くもない間の特殊攻撃は効果なしとなる。キャラボンはノーマルゲーム中の特定のエリアで救出することによって入手できる。この場合、入手できるキャラボンはバージョンによって異なる。自分とは異なるバージョンのキャラボンを入手するには、後述のバトルゲームに勝利して、相手のキャラボンをもらう以外にない。合成することでしか入手できないものもいる。また、入手の難しいキャラボンも存在し、中には入手条件が当時のイベントでの配布など、現在ではほとんど入手できないものも存在する。
ボンバーマンまたはマックスを操作し、爆弾を武器に数々のエリアをクリアしていく。エリア毎に決められたクリア条件を満たすと次のエリアに進むことになり、最終エリアをクリアするのが目的。今回は出口が複数出現する事があり、選んだ出口によって次のステージが変化する。ステージには番号が割り振られているが、ルート分岐するため番号順に進むとは限らない。出口の色は行き先が未クリアなら青・クリア済なら赤になるため、ルート進行の参考にできる。また、「○○以外を倒せ」や「残り時間が1:00になるまでに○○せよ」などの条件の時に、プレイ途中で条件を満たせなくなるようなことが発生した場合も青いゴールが出現するが、その出口は現在プレイしているエリアの入り口に通じているため、そのエリアをもう一度やり直すことになる。一度クリアしたことのあるエリアは、条件を満たさなくてもゴールが出現する。爆弾の爆風や、敵・攻撃トラップへの接触、時間切れになるとミス。残り人数が減り、エリアの最初からやり直しになる。基本的なものを除いたアイテムの効果も失われる。残り人数が0の時にミスをするとゲームオーバー。コンティニューは何度でも可能だが能力は初期状態に戻る。特定のアイテムで残り人数が増える。エリアは全部で100だが、クリアには全てを辿る必要は無い。ゲームオーバーになると、エリア攻略率に応じた称号がもらえる。本作では2つのセーブファイルが用意され、マニュアルセーブで記録される。ロード時・ゲームオーバー時にクリア済のエリアを自由に選ぶ事ができる。
とある宇宙空間に、それぞれ異なる進化をした5つの星があった。その中の1つ、機械惑星「フューチャースター」に怪しい影が忍び寄り、惑星を管理しているコンピューター「ブレイン」が暴走を始めた。フューチャースターから放たれた光によって、他の惑星が次々に機械化されてしまう。宇宙基地「ボンバーベース」のDr.アインは、事件の原因を究明し、それぞれの星に生息するキャラボンたちを救うようにボンバーマンとマックスの2人に指令を送った。この事件の裏には全宇宙の機械化を企む謎の組織「機械化組織」の存在があるようだが…。はたして、ブレインの暴走を止め、宇宙の危機を救うのはボンバーマンとマックスのどちらだろうか…。
少年の頃から孫立とともに同じ師匠の下、武芸を学び達人と言える腕に達した。仕官した孫立とは対照的に欒廷玉は在野のままでいたが、武芸好きの3人の息子を持つ祝家荘の名主・祝朝奉に招かれ武芸師範として彼らに武芸を教授した。祝家荘は名を上げるため、昨今躍進目覚しい盗賊集団梁山泊と一戦交える事となる。こちらよりさきに仕掛けてきた梁山泊軍を欒廷玉は祝家荘側の指揮官として迎え撃ち、自身も陣頭に立って奮戦。梁山泊の頭領の一人欧鵬に鉄槌を投げつけ骨を砕いて落馬させ、敵の猛将秦明と互角に渡り合った後、草むらに誘い込んで伏兵を使ってこれを捕縛、さらに助けようと躍り出た鄧飛も捕虜にし梁山泊軍を潰走に追い込む活躍を見せた。その後、戦線が膠着状態になるが、しばらくして孫立が一族郎党を引き連れてやってきた。聞けば孫立は鄆州に転属になり、任地に向かう途中であったが、梁山泊と祝家荘の戦いと欒廷玉が祝家荘に雇われている事を聞き、助太刀にやってきたという。2人は再会を喜び合い、武芸に優れた孫立が加われば鬼に金棒と祝家荘の意気も上った。数日後の戦いで孫立は期待通り石秀を捕らえる活躍を見せた。翌日、勢いに乗る祝家荘は梁山泊を殲滅するべく総攻撃を仕掛け欒廷玉も村の北西へ進発するが、実は孫立たちは最初から梁山泊に通じており、祝家荘が空になった途端に造反、内と外から同時に攻められた祝家荘は陥落。欒廷玉も宋江の「ただ欒廷玉という豪傑を死なせてしまったのは残念だ」という発言から戦死したとされる。