6月にパラグアイ軍はブラジル南部のリオグランデ・ド・スウ州を経由し、ウルグアイ軍に迫った。しかし、6月11日にパラナ川で行われた水上戦闘において、パラグアイ艦隊はブラジル艦隊に敗北を喫した。これにより、ウルグアイ軍に迫ったパラグアイ軍は包囲され、降伏するに至った。パラグアイ軍は主力を国内に撤退させるに至った。1866年には、三国同盟軍がパラグアイ国内へ侵攻を開始した。パラグアイ川とパラナ川の合流点にあるパソデリアは、4月に同盟軍が占領した。5月にはパソデリア北方において、パラグアイ軍25,000と同盟軍45,000による大規模な戦闘が行われ、パラグアイ軍が壊滅的な打撃を受けた。ミトレはこの戦争を土着(パラグアイ、スペイン的)と文明(アルゼンチン、ヨーロッパ的)の戦いとみなしたが、この意識は同時にアルゼンチンの連邦派カウディージョにパラグアイへの仲間意識をもたらした。ウルキーサが果たさなかった決起を、ウルキーサに代わって果たした連邦派のカウディージョの反乱、特に「パラグアイ戦争への反対とラテンアメリカ諸国の連合」を旗印にした、カタマルカ州のフェリペ・バレーラを鎮圧するためにアルゼンチン軍が戦線離脱し、ミトレの任期終了後ウルグアイ軍も離脱すると、戦争後半にはほとんどブラジルが単独でパラグアイと戦争するような状況になった。その後も同盟軍はパソデリア北方におけるパラグアイの要塞を攻撃し、1867年7月にはウマイタ要塞を陥落させるに至った。これによりパラグアイ川が航行可能となり、同盟軍は川沿いに急速に進撃を開始した。軍主力が壊滅しているパラグアイ軍は、老人や子供を動員し、何度も防戦を行ったが、兵力不足により敗北が続いた。遮るもののなくなった同盟軍は1869年1月に首都アスンシオンを占領した。ソラノ・ロペスは、老人と子供を多く含む市民とともに首都を脱出し北上した。このパラグアイ人の集団は戦闘を行いつつ北上を続けたが、1870年3月1日に同盟軍に包囲され、ロペスは戦死し、戦争は終結した。
1865年4月、ウルグアイでも当初ロペスに内政干渉からの助けを求めたブランコ党のアギレ政権が崩壊した。コロラド党のベナンシオ・フロレスがブラジル軍と共にモンテビデオを占領したのだ。アルゼンチン、ブラジルの支援で政権についたコロラド党はパラグアイに宣戦布告するに至り、1865年5月にはイギリスの監督と影響の下でアルゼンチン・ブラジル・ウルグアイの三国同盟が結ばれる。この時点で当初ロペスが意図したアルゼンチン、ウルグアイの支援を受けてブラジル帝国と戦うという構想は崩れ、ロペスに勝ち目はなくなっていた。
本格的な陸戦は、1864年11月にパラグアイ軍がブラジル帝国との係争地域だったマットグロッソ州(現在のマットグロッソ・ド・スウ州)に侵攻することにより開始された。6,000の兵力で侵攻したパラグアイ軍は、翌12月にはブラジルの要衝コインブラやコルンバを占領することに成功した。さらには南下してウルグアジャーナ（現ウルグアイアーナ、リオグランデ・ド・スル州）にまで至り、征服した地域をアルト・パラグアイ県として国土に編入する。しかし、ここでソラノ・ロペスの計画に誤算が生じた。ロペスはアルゼンチンのバルトロメ・ミトレ大統領に領土通行権を求め、アルゼンチン反体制派の指導者フスト・ホセ・デ・ウルキーサと密約して、もしアルゼンチンが通行権を認めないなら、ウルキーサがアルゼンチン連邦派をまとめて反乱を起こすことを取り決めていたのだが、この密約がウルキーサに反故にされたのだ。ソラノ・ロペスはウルキーサに決起を迫ることを目的に、1865年3月に入るとパラグアイは1万の兵力によりアルゼンチンにも侵攻を開始し、翌4月にはコリエンテスを占領する。しかし、それでもウルキーサは動かなかった。
広島のサッカー無名校である広島県立安古市高等学校（2期生）、中央大学を卒業後の1983年、今西和男総監督と二村昭雄監督に誘われ日本サッカーリーグ1部所属のマツダSC（現 サンフレッチェ広島）に入団。その年、チームは最下位となりチームは2部転落してしまう。翌年ハンス・オフトおよびディド・ハーフナーがコーチに招聘され、双方からプロとして大きな影響を受けた。1985-86年シーズン、チームは再び1部復帰。そこでの活躍を受けて1987年、石井義信監督下で日本代表に初選出される。翌1988年、横山兼三監督就任と同時にレギュラーに定着。若い井原正巳や堀池巧らと共にディフェンスラインを形成し、1989年のワールドカップイタリア大会アジア予選を戦った。また同年6月のインドネシア戦ではゴールも記録、翌1990年のアジア競技大会北京大会では主将も務めた。また、所属チームでは松田浩と共にセンターバックとして活躍。1986年、サッカー界全体の流れから今西にプロ契約を直談判し、マツダのプロ契約第1号となる。1988年にはチームの天皇杯決勝進出に貢献した。しかし1987-1988年シーズン、マツダは再び2部転落。1部への移籍を希望 し、1990年三菱自動車（現 浦和レッドダイヤモンズ）に移籍。斉藤和夫監督下で守備の要として活躍したが、2年連続下位に沈み、1992年のナビスコ杯直前、チームがトリビソンノを獲得しレギュラーを剥奪された。1993年、フジタSC（現 湘南ベルマーレ）球団部長だった石井義信と古前田充監督に誘われ、Jリーグ入りを目指すフジタへ移籍。ベルマーレ平塚誕生後の若いチームを引っ張り、1994年昇格後のNICOSシリーズ（セカンドステージ）2位、天皇杯優勝、アジアカップウィナーズカップ優勝に貢献した。1995年、35歳で引退。翌1996年からベルマーレ平塚サッカー普及コーチ、1997年からベルマーレ平塚ヘッドコーチ。1996年立ち上げられた「Jリーグ選手協会」にも顧問として尽力した。2001年、代表時代から師弟関係にあった奥寺康彦に誘われ横浜FC監督就任。サッカーファンを仰天させた2-4-4の超々攻撃的システムを掲げ戦う。明確な戦術を提示し積極的に若手を起用、神野卓哉をくさびとする波状攻撃を仕掛け2年間を戦うも、相手チームの徹底したカウンター攻撃に沈み、2002年はJ2最下位という結果に終わり解任された。また現役引退後からテレビ（WOWOW他）の解説、新聞、サッカー雑誌評論などでも活躍。2006年から中央大学サッカー部のヘッドコーチも務めた。2008年12月より、浦和レッドダイヤモンズのチームダイレクターに就任。統括責任者としてトップチームの編成等を行うも、2009年途中に、補強失敗による、チームの成績不振によって、一部サポーターから自宅襲撃に合い、体調不良を訴え、精密検査を受診したところ甲状腺の機能に障害が認められ、治療が必要と診断、11月29日に体調不良で休養に入ることを発表した。その後、12月25日にチームダイレクター退任が発表された。 「Talk on Together 2010」内で、「信藤健仁さんの健康状態はどうなのか」という一般からの質問に対し橋本光夫社長からは「健康状態は回復しつつあるが時間がかかる」とのコメント。また信藤と会談があったことが伝えられ、信藤からのコメントが発表され「謝罪も無くシーズン中にチームを離れることになって申し訳ない、出来れば回復したらここに来て謝罪したい」と言っているが2012年現在も叶ってはいない。