宣教者の活動は破壊を伴う異文化との正面衝突を意味し、そうした点から殉教の機会が増えた。イエズス会等が非キリスト教地域に宣教に乗り出し、その後多くの宗派が世界中に宣教者を送り出すようになると、各地で殉教が生じるようになった。たとえば16世紀に北米地域でネイティブ・アメリカンに殺害されたイエズス会員がいる。しかし殉教を作るのは殺す側であって殺される側ではない。大規模な殉教は、死刑をもってキリスト教を排除する権力者の政策によるものであった。そういった国々には日本、韓国、ベトナムなどがあった。日本では、個々の教義や態度が問題にされるのではなく、キリスト教徒であること自体が罪とされた。逮捕された者は、キリスト教を棄教すれば許された。しかし棄教を拒んだキリシタンは国外追放あるいは死刑に処され、しばしば拷問の末に残酷な方法で殺された。こうして、16世紀末から17世紀初めの日本では、イエズス会士など多くの外国人宣教師と日本人信者が殉教した。信仰が極刑にされた背景には、一向一揆との戦いを経験した武将たちが強い信仰に警戒心を抱いていたこと、一部の外国人が日本人を奴隷として売買していたこと、さらに当時の支配者たちがキリスト教宣教師らを植民地化の尖兵ではないかと危険視したことがある。こうした殉教者の中でも、豊臣政権における日本二十六聖人、徳川政権下での聖トマス西と15殉教者はカトリック教会で列聖され、ペトロ岐部と187殉教者は2008年に長崎市で行われた列福式においてカトリック教会の福者に列せられた。この中には、かつて天正遣欧少年使節の一人であった中浦ジュリアンも含まれている。この時代のキリシタン達は、殉教することによってパライソ（天国）へ行き永遠の命を得られるという教えを固く信じていたため、彼らの多くは拷問や処刑を恐れず嬉々として死の運命を受け入れたと伝えられる。2017年には、信仰のために追放されたユスト高山右近が大阪市で行われた列福式においてカトリック教会の福者に列せられた。宣教師の到来が途絶え、キリスト教徒の活動が表面から消えることで、日本での殉教は少なくなった。しかし完全に絶えたわけではなく、江戸時代を通じて隠れキリシタンの発覚と殉教が散発した。キリスト教徒に対する迫害は、欧米諸国の圧力で明治時代初期に法的には廃止された。16世紀のヨーロッパにおいても、イギリス国王のヘンリー8世が離婚問題のこじれを発端にしてカトリック教会から離脱し、自分に都合の良い独自の教会を作ることを決意した時、ヘンリー8世の方針に強硬に反対したため処刑されたジョン・フィッシャーとトマス・モアが殉教者と見なされている。
その後、ヨーロッパ北方への宣教者や改宗者が現地の宗教と衝突して殉教する事件がおきた。ただし殉教は必ずしも非キリスト教地域に固有な現象ではない。中世以降、キリスト教化された地域においても、対立する教派に属する者に殺害され殉教する者(例: ペトルス・マルティヌス)、あるいは時の政権に反対を述べて殉教する者(例：トマス・ベケット・ネポモクのヨハネ・モスクワのフィリップ)が出た。
キリスト教教会は、殉教者を、神と人間を仲介できる存在、聖人と位置づけて祈りの対象とした。また聖人の遺体（聖遺物・不朽体）も崇敬の対象となり、病気治しなどの奇跡を起こす力があると考えられ、高額で取引されることもあった。アウグスティヌスは聖人の遺体を商取引にすることを非難する文書を残しているが、聖人崇敬自体は奨励している。そこで、ヨーロッパの民衆にキリスト教が根をおろすと、聖人と聖遺物に対する各地域の「需要」が増えた。その風潮の中で、聖人と聖遺物を増やすために過去の殉教の伝説が誇大に伝えられることがあった。
1930年11月21日、アレクサンドル・ゲルファントやレフ・ポントリャーギンに加えてルージンの生徒であったレフ・シュニレルマンやラザル・リュステルニクからなるモスクワ数学会の先導的グループは、「数学者の中に活発な反革命者がいる」と糾弾した。数学者の中には指弾されたものがおり、その中にはルージンの指導教官であったドミトリ・エゴロフが含まれていた。1930年9月、エゴロフは彼の信条に基づき、逮捕された。逮捕後、エゴロフはモスクワ数学会の会長の職を離れ、新たな会長はエルンスト・コルマン（Ernst Kolman）が就任した。その結果、ルージンはモスクワ数学会とモスクワ州大学を去ることになった。エゴロフは、獄中で起きたハンガー・ストライキの後、1931年9月10日に没した。1931年、エルンスト・コルマンはルージンに対しての最初の告訴を行った。1936年の6月から8月にかけて、ルージンは、新聞プラウダ上での一連の匿名記事によって、批判に晒された。後に、こうした記事はエルンスト・コルマンによるものとされている。記事の申し立てるところによれば、ルージンは科学論文を称した紛い物を出版し、自分の学生の発見を自らの業績とすることに恥じ入らず、黒百人組、正教会、ファシズムをわずかに現代化したものでしかない君主政治主義者のイデオロギーに近いということであった。ルージンはソ連科学アカデミーの委員会による特別諮問会で審議を受けたが、全ての告訴理由をソビエト市民として正体を隠した敵であると書き入れられるものであった。告訴理由の一つは、主要な結果を海外の論文誌で発表したことであった。こうした政治的な仄めかしや誹謗中傷はプラウダ紙の記事のずっと何年も前から年老いたモスクワの教授職に対して使われてきたものであった。ルージンに対する政治的な攻撃は、ヨシフ・スターリンの弾圧的な思想の当局だけでなく、パベル・アレクサンドロフに率いられたルージンの学生の集団によって引き起こされた。パベル・アレクサンドロフはコルモゴロフとのホモセクシュアルな関係を暴露するとの脅迫により、圧力を掛けられていたかもしれないとされる。委員会がルージンを有罪宣告したのに関わらず、彼は科学協会からの追放も逮捕もされなかった。当時の有罪宣告された大半の者の処罰に比べて、ルージンの処罰がはるかに軽かったことい関してはいくつかの憶測があるが、確からしいものはない。数学史研究家のA.P. ユシュケビッチは、スターリンは目の前に迫ったレフ・カーメネフやグリゴリー・ジノヴィエフらのモスクワ裁判に強く関心を持ち、ルージンの最終的な運命などには全く興味がなかったと推測している。それでも、スターリンの死後もルージンは名誉回復されなかった。しかし2012年1月17日、ロシア科学アカデミーは上記の決定を取り消し、ルージンの名誉をようやく回復した