廃止後は、十勝バス・北海道拓殖バス（帯広 - 糠平間）、上士幌タクシー（糠平 - 十勝三股間）が運行する代替バスに転換された。2017年現在、帯広バスターミナル - 上士幌郵便局前間は上下17往復（休日は上り12本、下り11本。学休日は上下10往復）、上士幌郵便局前 - ぬかびら源泉郷スキー場前は上下4往復が運転されている。なお、帯広 - 音更間には、従来より十勝バス・北海道拓殖バスともに多数の区間便を走らせており、2017年現在も両社合わせて15分に1本程度の割合で運行されている。その後、2003年に糠平 - 十勝三股間の上士幌タクシーによる代替バスは乗客が少ないため廃止された。末期は十勝三股側から往復する1日1往復のダイヤとなり、旅行者の利用はきわめて困難であった。末期の一般利用は年間40人にも満たない状態で、中型タクシーの「バス」であっても全く採算が取れないものであったという。同年からは帯広 - 旭川間の都市間バス「ノースライナーみくに号」（道北バス・北海道拓殖バス・十勝バス）が糠平や十勝三股で乗降扱いを行って代替措置としている。2往復が設定されていたが、2010年7月より1往復に削減されている。1987年の全線廃止においては、帯広 - 糠平間の線路等はほどなく撤去されたが、糠平 - 十勝三股間においては部分運休から9年の歳月を経て線路が草木に埋もれ、2本のレールの間から木が生えるという状況や、多数存在しているアーチ橋の劣化等といった物理的要因が重なり、全線廃止後も同糠平 - 十勝三股間に限ってはほとんどの施設を放置するしかなかった。先に運休となった区間の線路が後まで残るという数奇な運命に加え、景観の美しさ、多数のアーチ橋等により、同線はいわゆる廃線めぐりの草分け的な存在となった。運行廃止後の施設は、特にコンクリート製アーチ橋梁に関して保存運動が展開され、1999年と2003年、2017年に橋梁7基とトンネル1本、プラットホーム1本が国の登録有形文化財に登録された。また2001年に橋梁34基が北海道遺産に指定された。中でもタウシュベツ川橋梁が代表的である。また、旧糠平駅構内では「ひがし大雪高原鉄道」として662mの狭軌足こぎトロッコを、旧幌加駅付近では「森のトロッコ・エコレール」として500mの木製トロッコを運行している。
シュペーマンは、1898年頃からカエルを対象に、眼の形成過程の研究を行った。脳から生じた眼杯と、表皮から生じた水晶体が組み合わさって眼が形成されるが、その際に眼杯を焼き殺すと表皮から水晶体が形成されないことを示した。これは、眼杯が表皮細胞に何らかの働きかけをしたことを示唆する。だが、カエルの種を変えると実験結果が異なった例もあり、また焼き殺す時期によっても結果が異なるなど、ここから明確な結論を得ることが出来なかった。また、1915年頃から、彼は胞胚期の胚に於いて、胚の各部分を切り取り、これを別の部分に移植するという交換移植の実験を始めた。これは切り出した部分の予定運命（その部分が将来何になるか）と、それを植えた先の予定運命との関わりを見るためである。その結果、胞胚期の初期には移植片は自身の予定運命にかかわらず、移植先の予定運命に従って分化した。ところが、原口背唇部（原口の出来る部位の動物極側）だけは、どこに移植した場合にもそこから陥入を行い、自分の予定運命を変えないことがわかった。彼は1918年にはTriton taeniatus 1種を用いての交換移植実験で、原口背唇部を移植することで、本来の頭部以外にもう一つの頭（二次胚）を生じた胚を得た。だがこの実験では同種の細胞を移植したため、移植片がどこでどうなったのかを明らかに出来なかった。そこで彼の弟子のヒルデ・マンゴルトは白い T. cristatus の原口背唇部を、T. taeniatus あるいは T. alpestris に移植する実験を行ったところ、やはり本来のもの以外に新たな頭部が形成された。そして移植片は脊索を中心とする中胚葉になったものであり、神経管の大部分は宿主胚の外胚葉から形成されたものであることが確認された。それは本来は腹部の表皮に分化すべきものであり、しかも単にそのような形であるというだけではなく、正常の神経管と同じ過程で形成されたものであった。この結果から、移植された原口背唇部はそれ自身は脊索に分化すると同時に、周囲の細胞群の分化の方向を変えたと考えられる。具体的には、たとえば表皮になるはずだった区域の細胞に働きかけて、神経管を分化させたと考えられる。ただし、形成体によるこの誘導は単に神経管を作らせるのみでなく、この際に前後の違いを生じることから、前後の軸構造をも決めるものである。シュペーマンらはこのような働きを誘導(induction)と呼んだが、これは電磁誘導からの発想であった由。また、原口背唇部のことを、周囲の細胞を秩序だったものにさせる、との意味から形成体（オーガナイザーとも　英：organizer）と呼んだ。なお、後に誘導がこれに限定されたものではないことが判明し、原口背唇部についてはシュペーマンオーガナイザーあるいはシュペーマン・マンゴルドオーガナイザーと、その部位が神経管を誘導する作用については神経誘導と呼ばれる。この研究の重要性は極めて高く評価された。たとえば岡田・木原は「単に神経盤のみでなく新しい個体がそこに生ずる（中略）我々が初めて人工的に新しい個体を生ぜしめるのに成功した」と記した。形成体についても「個体の発生を特徴づける造形運動や（中略）高次な過程の統一性が一片の移植片を通じて伝えられた」ものと述べている。