貴族層に対抗する窮余の策として招集した三部会は思わぬ展開を見せ、平民層を大きく政治参加へ駆り立てたことで、結果的に1789年7月14日のバスティーユ襲撃に始まるフランス革命を呼び起こした。国王衣装係のリアンクール侯爵から報告を受けたが、日記には「なにもなし」と書いて寝てしまった。国民議会の封建制廃止などの要求に対して、ルイ16世は「余は決して、余の僧侶たちと余の貴族たちを剥ぎ取られることに同意しないだろう」と強硬な姿勢を崩さなかった。10月、20万人の群集によるヴェルサイユ行進に際しては、議会の代表団に際して食糧の放出を裁可している。この後「国王万歳」、「国王をパリへ」の叫び声が上がり、パリに連行されることになる。ルイ16世は本心では革命の進展を望んでいなかったため、1791年に家族とともにパリ脱出を企てたが、ヴァレンヌで発見され捕らえられた（ヴァレンヌ事件）。ルイ一家はただちにパリへ護送され、以後テュイルリー宮殿に軟禁された。1792年6月、オーストリアなどによる対仏戦争の最中、デュムーリエは国防大臣を辞任する際、宣誓忌避僧に対する法案に拒否権を行使し続けるルイに対し、「僧たちは虐殺されるでしょう。そしてあなたも…」と語ったが、これに対してルイ16世は「私は死を待っているのだ。さようなら。幸せでいるように」と述べたという。6月20日、群集がテュイルリー宮殿に押し寄せた際、そのリーダーが王に誠意ある態度を求め、幾人かが槍を王に向け振り回した。喧騒の中、彼は「余は憲法と法令が、余に命じていることをしているにすぎない」と冷静に述べ、威厳を示した。その後8月10日事件で王権が停止され、国王一家はテュイルリー宮からタンプル塔に幽閉された。
ルイ14世、ルイ15世の積極財政の結果を受け継いだため、即位直後から慢性的な財政難に悩まされ続けた。それにも関わらず、イギリスの勢力拡大に対抗してアメリカ独立戦争に関わり、アメリカを支援するなどしたため、財政はさらに困窮を極めた。海軍力の整備に力を入れ、シェルブールに軍港を建設した。一方でローヌ男爵にして学者ジャック・テュルゴーや銀行家ジャック・ネッケルなど、経済に詳しい者を登用して改革を推進しようとした。また1780年には拷問の廃止を王令で布告するなど、人権思想にも一定の理解を示している。1783年には名士会の開催と三部会招集の布告を行なった。少なくともルイ16世は政治に積極的に関わり、フランスの変革に努力を注いでいたのである。しかし「高等法院なしに国王はない」とのモールパ伯の進言により、ルイ15世が弱体化させた高等法院を1774年に復活させたことにより常にその抵抗に遭い、改革は妥協を強いられ抜本的な変革には至らず、また財政の決定的な建て直しには及ばなかった。保守派貴族は国王の改革案をことごとく潰し、結局改革は挫折した。なお、アメリカ独立戦争を支援したことから、「アメリカ建国の父」たちにはルイ16世に崇敬の念を抱く者が多かった。
1774年5月10日にフランス国王となり、1775年、ランスのノートルダム大聖堂で戴冠式を行った。1775年4月、各地で食糧危機に対する暴動(小麦粉戦争)が起き、5月2日、ヴェルサイユ宮殿にも8千人の群集が押し寄せた。この際、国王はバルコニーに姿を現し、民衆の不満に答えている。1777年4月、子供が生まれず性生活を疑ったマリア・テレジアより、1777年4月、マリー・アントワネットの長兄ヨーゼフ2世が、新婚生活を送っていたラ・ミュエット宮殿（現在のパリ16区ラ・ミュエット地区）の新婚夫妻の元に遣わされ、夫妻それぞれの相談に応じ、ルイ16世は先天的性不能の治療を受けた。その甲斐あって結婚7年目の1778年には長女マリー・テレーズ、1781年長男ルイ・ジョゼフ（夭折）、1785年次男ルイ・シャルル（後のルイ17世）、1786年次女ソフィー（夭折）が誕生する。
体重は昨季81キロから75キロに
「6キロ減った割には強い打球が飛んでいる」という事実に自信を深め、5月18日（対日本ハム戦）、代打で9年ぶり通算2本目の本塁打を打つ
交流戦では2番・右翼に定着し、2打席連続（6月12日、対巨人戦）・満塁（6月19日、対阪神戦）を含む5本塁打、および交流戦期間の首位打者となる4割1分5厘の打率を記録し、交流戦MVPを受賞
交流戦が終わると打撃の調子を落とし、再び控えからの出場に戻された
しかし交流戦MVPの活躍が評価され、年俸はほぼ倍増となる4,000万円（金額は推定）で新たに複数年契約を結んだ
シーズン中の4月19日に国内FAの権利を取得したが、11月5日、権利を行使しない旨を表明した
2017年、外野手のポジション争いの中、開幕一軍入りを果たし、4月4日の対楽天戦で今季初出場するが、翌5日に一軍登録抹消される
アルフレド・デスパイネの加入や上林誠知の台頭などが重なったことで出場機会が激減
ようやくチームのリーグ優勝が決まった後の10月6日、約6ヶ月振りに一軍昇格を果たす
同日の対オリックス戦で先発出場するが無安打だった
一軍ではわずか2試合の出場に終わった
楽天とのクライマックスシリーズでは、今季の一軍公式戦出場が僅か2試合だったにも関わらず、10月20日の第3戦において「2番・中堅手」で抜擢起用されたが、その起用に見事に応え、先発則本昂大から2本の二塁打を放ち、守備でも好守を連発
その活躍が第1戦、第2戦を落としていたチームの流れを変える起爆剤となり、日本シリーズへの進出に大きく貢献した
横浜DeNAベイスターズとの日本シリーズでは、第1戦、第2戦、第3戦、第5戦、第6戦に途中出場
無安打だったが守備や代走でチームの二年振りの日本一奪還に貢献した
シーズンオフの12月6日、福岡ヤフオク!ドーム内の球団事務所で契約更改交渉に臨み、現状維持の4,000万円プラス出来高（金額は推定）でサインした
2018年、一軍では前半戦の41試合に出場したが、後半戦以降は出場がなく、同年6月15日に行われた広島東洋カープ戦がレギュラーシーズン最後の出場となった
SMBC日本シリーズ2018の40人枠にも選出され、胴上げにも参加していたが、11月4日に戦力外通告を受け、同月13日のトライアウトに参加し4打数2安打1四球の結果を残すが他球団から獲得の話はなく、11月30日に引退会見を行い任意引退公示された（日本プロ野球12球団における平成最後の任意引退選手）