本作の世界観は従来のドラゴンクエスト作品の世界観を踏襲しているが、ほかのドラゴンクエスト作品との関連は基本的には無く、まったく別の世界である。ただし、後述のレティスのエンディングでの台詞や、モンスター・バトルロードに『ドラゴンクエストIV 導かれし者たち』のトルネコとライアンが出場するなど、過去作との繋がりを匂わせるものはあるが、はっきりとした繋がりはゲーム中で語られることはない。また、世界地図は地図の中心をずらすと前作の『ドラゴンクエストVII エデンの戦士たち』の世界地図と良く似たものとなる。本作では、フルカラーである光の世界と、地形や生物がモノクロになっている闇の世界という、地形が同一の2世界が存在する。ただし2つの世界を頻繁に往復するシナリオであった『ドラゴンクエストVI』や『VII』とは異なり、本作ではレティス関連のイベントで闇の世界を訪れるのみで、それ以外はすべて光の世界が冒険の舞台となる。闇の世界で行動できる範囲は「隔絶された台地」のみで、光の世界との行き来は瞬間移動の呪文「ルーラ」や道具「キメラのつばさ」では行えない。
すれちがい通信では、「思い出アルバム」の写真をポストカードとして交換できる。これまでのような専用の拠点はなく、序盤から行うことができる。「Wi-Fiポストカード交換」でインターネット通信を使用したランダム交換を行うことも可能。交換件数をこなすと、写真の加工に使えるスタンプやフレームが増えていく。受け取ったポストカードには3種の評価を付けることができ、再度すれちがうと相手に評価が渡り、もらった評価数に応じてアイテムが入手できる。また、インターネットからのアイテム配信のほか、セーブデータをアップロードすることでメンバーズクエストやアチーブメントの達成によるアイテムも受け取れる。その他、予約特典や関連書籍などの特典としてアイテムのコードが付属している商品があり、このコードを入力することによって入手できるアイテムもある。これらにより序盤から強力なアイテムを所持することも可能であるため、装備できるレベルが制限されている場合がある（ただし、特殊効果があるものを「使う」ことはできる）。以上は、移動中に「さくせん」コマンド内から実施できる。
移動中にスタートボタンを押すとカメラモードになり、スクリーンショットを撮影できる。また、この時に視点を移動させたりポーズを変更したり、他のキャラクターを画面に追加してツーショット写真を撮影したりできる。写真は画像ファイルとしてSDカードに保存される。「さくせん」の「思い出アルバム」で確認や加工・編集を行うこともでき、ポストカードとしてすれちがい通信で交換することもできる。また、ポルトリンクにいるフォートからリクエストされた写真を撮影することで報酬が得られる「写真クエスト」を受注できる。クエストのお題に応じた写真をフォートに見せるごとに、「スタンプカード」にスタンプが押され、一定数のスタンプが貯まるごとに、冒険に役立つアイテムを貰えるシステムである。なお、「思い出アルバム」の保存枚数は100枚までで、それを越えるとロックされていない古い写真から順に削除されていくが、これはゲーム中で操作できる枚数の上限であり、SDカード内に保存された写真データ自体が削除されるものではない。
PS2版では一部の希少アイテムの入手数が限られていたが、3DS版では見直しが行われた。PS2版で『スキルのたね』は上限数が決まっていたため、キャラクターをレベル99にしても全部のスキルを習得できなかったが、3DS版では希少ではあるものの上限数がなくなったため、スキルをコンプリートできるようになった。他にも最強ブーメランの『メタルウィング』と最強槍の『メタルキングのやり』はどちらか一方しか入手できなかったが、3DS版では両立できるようになっている。
仲間が増えたことに伴い、馬車がいる時はターン開始前に仲間の入れ替えが可能になった。戦闘スピードを1.5倍に高速化できるようになり、円滑に戦闘をこなせるようになった。主人公にも作戦を指定できるようになった。一部の特技が追加・変更された。レベルアップ時にHP・MPが全快するようになった。これにより冒険の途中で戦いが連続、またはレベル上げの最中、MPやHPの補給のために宿に戻る回数が減り、ゲームの進行がスムーズになった。
『IX』や3DS版『VII』と同様のシンボルエンカウントとなった。なお、PS2版でシンボルエンカウント方式だったスカウトモンスターは、頭上にアイコンが表示されることで差別化されている。
バトルロードにSSランクが追加され、9段階になった。また、バトルロードで敗北しても全滅回数にカウントされなくなった。ストックできるモンスターの数が、最大12匹から21匹に増えた。
レーティングが全年齢対象のCERO:Aとなったことで、いくつかの演出変更が行われた。女性キャラのオシャレ装備の露出が抑えられる、マルチェロの生い立ちが変更される、チェルスが犬の餌を食べさせられるシーンが削除されるなどの変更が行われている。
JRバス関東では、支店ごとの独立採算性を重視しており、伊那支店（当時）においても東京発の高速バス路線の一部を担当していたため、営業便による東京支店までの乗務員送り込みという目的も兼ねて開設された路線で、開業当初はJRバス関東のみの会員制バスであった。JRバス関東としては、東京駅 - 松本バスターミナル間の「松本号」（1992年廃止）以来、久しぶりの「中央道方面かつJRバス関東エリアで完結する」高速バス路線であった。定期化後も沿線自治体からの増便の要望はあったが、乗車率がさほど高くなかったため、JRバス単独運行の期間は増便されず、沿線2社（伊那バス、京王電鉄バス）の参入により1日4往復に増便されたが、2007年には1日3往復に減便された。2009年7月31日の運行をもって廃止。京王電鉄バスが参入している中央自動車道経由の高速バス路線であったが、JRバス関東主導の路線のため「中央高速バス」には含まれず（「中央高速バス」という呼び名は京王の登録商標のため、京王が幹事会社となる路線以外では使用できない）、「ハイウェイバスドットコム」での予約もできなかったが、JRバス各社が運営する「高速バスネット」での予約が可能で、「ネット割」も適用されていた。伊那里、仙流荘、道の駅南アルプスむら、高遠さくらホテル、松島、伊北インター前に高速バス利用者専用の無料駐車場を用意していた。