1207年、法然ひきいる吉水教団が延暦寺・興福寺によって指弾され、後鳥羽上皇によって、専修念仏の停止、および法然の門弟のうち安楽房遵西と住蓮房ら4人の死罪、さらに、法然自身と親鸞ら中心的な門弟7人が流罪に処せられ、法然は土佐国（のち讃岐国）に、親鸞は越後国に流された。75歳の法然は僧の身分を剥奪されて「藤井元彦」という俗名をつけられたが、「たとえ死罪となっても念仏は停止しない。辺鄙な土地で田夫野人に念仏を勧めることができるのはむしろ朝恩というべきだ」と語ったといわれる。34歳であった親鸞は、老いた師と別れ、「藤井善信」の俗名で流罪となったが、越後国府で「愚禿（ぐとく）」あるいは単に「禿（とく）」と称し、非僧非俗（僧でも俗人でもない、ただ一個の人間）の立場を打ち出し、終生これを貫いた。親鸞はここで、朝廷に対し「信仰の自由」を主張し、弾圧に対する抗議の意を表明しているが、これは日本思想史上、画期的なできごとと評価される。
鎌倉時代にあっては、国家的事業として東大寺をはじめ南都（奈良）の諸寺の再建がなされる一方、12世紀中ごろから13世紀にかけて、新興の武士や農民たちの求めに応じて、日本仏教の新しい宗派である浄土宗、浄土真宗、時宗、日蓮宗、臨済宗、曹洞宗の宗祖が活躍した（このうち、浄土宗の開宗は厳密に言えば、平安時代末期のことであるが「鎌倉新仏教」に含めて考えられる）。この6宗はいずれも、開祖は比叡山延暦寺など天台宗に学んだ経験をもち、前4者はいわゆる「旧仏教」のなかから生まれ、後2者は中国から新たに輸入された仏教である。「鎌倉新仏教」6宗は教説も成立の事情も異なるが、「旧仏教」の要求するようなきびしい戒律や学問、寄進を必要とせず（ただし、禅宗は戒律を重視）、ただ、信仰によって在家（在俗生活）のままで救いにあずかることができると説く点で一致していた。これに対し、「旧仏教」（南都六宗、天台宗および真言宗）側も奈良時代に唐僧鑑真が日本に伝えた戒律の護持と普及に尽力する一方、社会事業に貢献するなど多方面での刷新運動を展開した。そして、「新仏教」のみならず「旧仏教」においても重要な役割を担ったのが、官僧（天皇から得度を許され、国立戒壇において授戒をうけた仏僧）の制約から解き放たれた遁世僧（官僧の世界から離脱して仏道修行に努める仏僧）の存在であった。
装備面での最大の変化がネットワーク化である。海上自衛隊の潜水艦では、ゆうしお型（50SS）より潜水艦指揮管制装置（05SSでは潜水艦情報処理装置）を導入したものの、これは基本的に武器管制システムおよび魚雷発射指揮システムであり、情報処理は各センサーが独自に保有するデータベースによって個々に行われていた。これに対し、本型のシステムでは、主要なセンサーや武器が基幹信号伝送装置（SLI）と称される二重の光ファイバーによるLANによって連接され、情報処理装置（Target Data Base Server, TDBS）をサーバとして、情報管理を共通化している。端末装置としては、水冷式の潜水艦情報表示装置（MFICC）が6基配置される。また、これらのネットワーク化システムによって生成された情報を意思決定に反映するためのインタフェースとしてZQX-11潜水艦戦術状況表示装置（Tactical Display System, TDS）が導入された。ここにセンサー情報や航海情報、さらにはMOFシステムから配信されるノンリアルタイムの情報まで全てを集約することで、従来の対勢作図盤よりも多くの情報を迅速に表示できるほか、乗員間での共通戦術状況図（CTP）や共通作戦状況図（COP）の生成も可能となった。また艦外のネットワークへの連接のため、ZYQ-31 指揮管制支援ターミナル（C2T）が搭載された。これはおやしお型後期型から装備化されたものであるが、同型はネットワーク化されていないために、C2Tで得た情報はその端末上でしか表示できなかったのに対し、本型ではC2TとTDSが連接されたことから、TDSの画面にその情報を重畳表示できるほか、SLIを介して各コンソールでも見られるようになった。また、艦の情報を上級司令部に送信することもできる。このほか、7番艦からは新たなXバンド衛星通信装置が装備された。ソナーシステムはZQQ-7（2番艦以降ではZQQ-7B）に改良されている。これらは、基本的には05SSのZQQ-6と同様、艦首アレイ、側面アレイ、曳航アレイおよび魚雷警報装置（逆探ソナー）で構成されているが、艦首アレイについては、利得向上のため、従来の円筒アレイに対してカージオイド指向性を形成するようなかご形構造とされている。また潜望鏡は従来の光学式2本から、従来型と非貫通式潜望鏡1型（イギリス、タレスUK社製非貫通式潜望鏡CMO10を三菱電機でライセンス生産）各1本へ変更された。兵装としては、艦首上部に6門のHU-606 533mm魚雷発射管を装備している。89式長魚雷及び、UGM-84 ハープーン対艦ミサイルを搭載している。また8番艦（SS-508）からは新たに潜水艦魚雷防御システム（Torpedo Counter Measures :TCM）が装備される予定である。魚雷発射指揮装置としては潜水艦発射管制装置ZYQ-51が搭載されているが、これはSLIに連接されてサブシステムとなっている。