現行の私学助成制度は、日本国憲法第89条に定める公金その他の公の財産は、宗教上の組織若しくは団体の使用、便益若しくは維持のため、又は公の支配に属しない慈善、教育若しくは博愛の事業に対し、これを支出し、又はその利用に供してはならない。—日本国憲法第89条に違反するので改憲するのならこれも直すべきといわれている。自民党新憲法草案もこの解決を含む。
「憲法の番人」として独立機関である「憲法裁判所」を設置すべきという意見もある。憲法裁判所の設置は、衆議院憲法調査会、自民党、民主党でも提案されたが、自民党新憲法草案には採用されなかった。
多くの国家の憲法、特に大陸法をとる国のほとんどの憲法には緊急権の規定があり、存在していない憲法は少数派である。英米法ではコモンローとしてマーシャルローの法理が認められており、イギリスでは第一次世界大戦後から個別立法制度が採用されるようになり、アメリカにおいてはウォーターゲート事件以降立法制度が多く採用されるようになった。イギリスの緊急権法、アメリカの戦争権限法や全国産業復興法がこれに該当する。大日本帝国憲法においては、天皇が国家緊急権を行使する規定が制定されており、緊急勅令制定権（8条）、戒厳状態を布告する戒厳大権（14条）、非常大権（31条）、緊急財政措置権（70条）などが存在した。日本国憲法においては国家緊急権に関する規定は存在しないとする見方が多数的である。さらに日本国憲法は国家緊急権を認めていないとする否定説、緊急権を容認しているという容認説の二つの解釈があり、また否定説は緊急権規定がないのは憲法の欠陥であるとみる欠缺説、緊急権規定の不在を積極的に評価する否認説の二つに大別される。また内閣憲法調査会の委員有志により、1964年に憲法調査会に提出された「憲法改正の方向」と題する共同意見書において「重大な憲法のミス」であるとしている。
軍事裁判所（軍法会議）は終戦まで、敵前逃亡や脱走など軍法違反行為を行った兵士を裁く特別裁判所として存在した。最前線の戦場では、裁判官なしのまま、上官による即決裁判で判決、銃殺刑の執行までが行われた時期もあった。日本国憲法第76条第2項では「特別裁判所は、これを設置することができない」として禁止された。よって、自衛隊の職種にも軍法会議・軍事裁判を担当し検事・弁護士・判事相当の将校が所属する「法務科」は存在しない。自民党新憲法草案では、「自衛軍」の保持を明記するのと同時に、「軍事裁判所」を置くとしている。しかし、新憲法草案でも「特別裁判所の設置は禁止」とされており、矛盾しているとの指摘がある。
象徴天皇制のあり方について議論がある。第二次世界大戦が終わると、共産主義や近代政治学（丸山眞男ら）の立場などから天皇制批判が数多く提議された。1950年代から1960年代には、共産主義者を中心に天皇制の廃止を訴える意見が一定数存在していたこともあった。しかし、2004年の時点で日本共産党が綱領を改正。元首・統治者ということを認めないという条件の下、天皇制の是非については主権在民の思想に基づき国民が判断すべきであるという趣旨に改めており、また憲法（特に第9条や生存権関連規定）改正に反対する立場を堅持していることから、かつてのような強硬な天皇制廃止論は影をひそめているのが現状である。また、各種の世論調査では、象徴天皇制の現状維持を主張する意見が大多数となっている。ただし、護憲派の中には、天皇制廃止論者もいる（つまりその限りでは改憲派であり、厳密には護憲派ではないともされる）。そのため、天皇条項を含めた護憲派と対立する場面も見られる。また、日本を立憲君主制とみなす立場からは、天皇を名実ともに国家の元首と明記すべきだという意見もある。関連して、外国大公使の親授式や国会開会の「おことば」など天皇の国事行為と準国事行為とされている行為についても整理して明記すべきとする意見もある。
軍事委員会と決別した元委員ウムランが、アフラクに、委員会の市民指導層を追放しバアス党を支配するという極秘計画を暴露した。直後に、ウムランはアフラク派支援のため、スペインに大使という形で逃れた。アフラクはこの脅威に対し、民族指導部に地域指導部を解散することを要求した。しかし、党員の大多数の反対を受けて、要求の撤回を余儀なくされた。また、党の規律を強化し、彼らを規制した。軍事委員会はさらにこれに対抗し、地域主義者を自称する反アフラク派市民を断固として支援した。1965年3月、バアス党シリア支部地域党大会が行なわれ、民族指導部から地域指導部への権力移譲が行なわれた。それ以降、地域指導部がシリアの事実上の最高権力組織となった。地域書記長が、首相、内閣、軍司令官を指名する権限を持った。アフラクは第8回党大会を開いて対決を図るも、何の成果ももたらさなかった。しかし、レバノンやサウジ選出の一部の民族指導部メンバーが、軍事委員会を抑えすぎると逆に党全体を支配下に置こうとし、イラクと同様の事態になるのではないかと、忠告した。このアドバイスを受け、アフラクは沈黙を保った。しかし、驚いたことに沈黙があだとなって、事務総長の地位を失い、シリア系レバノン人のムニーフ･アッ=ラッザーズが継承した。しかし、2つの陣営は予期せぬ形で入れ替わった。ハーフィズ大統領がアフラク派に転じた。ハーフィズが加わったことで、アフラク派は再興され、ビータールやウムランがスペインから戻り、新政府に加わった。