11月3日版については、既に見たように1993年に影印本が出版されており、ピーター・ラメジャラーは4巻54番から7巻40番までの原文として、忠実に転記の上、校訂したこともあった（1997年）。これは日本語訳も出されている。2003年には、ラメジャラーは同じ範囲の原文を9月6日版に差し替えて校訂を加えている。同じ2003年には、ブリューノ・プテ＝ジラールも1557年版を取り込んだ7巻までの校定版を出版しているが、使っているのは11月3日版のみで、9月6日版の原文は反映していない。下で触れるように9月6日版はユトレヒト大学図書館の公式サイト等で見ることが出来るが、影印本は出版されていない。
専門家のなかで提唱されている全く立場の異なる異説には次のものがある。書誌学者ジェラール・モリスは、11月3日版の奥付には年号が書かれていないことから、これを「1556年11月3日」とみて、1557年の公現祭のリヨン大市に合わせて刷られたパイロット版と見る説を提示している。彼によれば、木版画の粗悪さもコスト削減の一環に過ぎず、デュ・ローヌの出版物にはそうした雑なものも見られると指摘している。また、仏文学者ジャック・アルブロンは、『予言集』初版同様、1557年版もノストラダムスの死後に、カトリック同盟に関連した政治的意図で捏造された偽物に過ぎないと主張している。やはり初版本同様、この点についても、当時のタイポグラフィなどの分析などからの反論が出されている。
1年での1部復帰が叶わなかったが、ルイス・アラゴネスを招聘し、フェルナンド・トーレスの台頭などもあって、2002-03シーズンに1部復帰を果たした。2003年にヘスス・ヒルが会長から退任したが、低迷を続けるアトレティコが上昇のきっかけをつかむことはできなかった。新会長エンリケ・セレソは、ヒル時代に蓄積された巨額の負債にも悩まされることとなった。不振が続く中、2005-06シーズンにはカルロス・ビアンチが監督に就任し、マルティン・ペトロフ、マキシ・ロドリゲス、マテヤ・ケジュマン、ルシアーノ・ガジェッティらを獲得した。優勝候補の一角にも挙げられたが、予想に反しチームは低迷し、前半戦終了を待たずにビアンチは解任された。その後、下部組織からペペ・ムルシアが監督に就任。その後は14年ぶりの6連勝を果たすなど一時調子を上げたが、マキシ・ロドリゲスが代表招集中に怪我をしてから再び失速、最終的には10位でシーズンを終えた。2006-07シーズンには、メキシコ代表やCAオサスナで実績を挙げたハビエル・アギーレを招聘。更に大型補強をし、再建を図った。しかしリーガ最終順位は7位に終わった。2007年7月にはフェルナンド・トーレスをリヴァプールに放出した。迎えた2007-08シーズンは、不安定な戦いに終始しアギーレも批判を浴びたが、加入2年目のセルヒオ・アグエロが19ゴール、新加入のディエゴ・フォルランが16ゴールを記録し、新加入のシモン・サブローザ、ラウール・ガルシア、下部組織出身のイグナシオ・カマーチョらも活躍した事で最終順位は4位で、1995-96シーズン以来12年ぶりにUEFAチャンピオンズリーグ出場権を獲得した。2008-09シーズンは、シーズン途中にアギーレが解任されるなど終始不安定ではあったが、終盤戦の6連勝で最終的に4位となり、2年連続でUEFAチャンピオンズリーグ出場権を得た。最終節のUDアルメリア戦はエスタディオ・ビセンテ・カルデロンでの1000試合目であり、記念の試合を3-0の快勝で飾った。2009-10シーズン、序盤は大きく低迷し、2シーズン連続で出場したUEFAチャンピオンズリーグもグループリーグで敗退。前シーズン途中から監督に就いていたアベル・レシーノを解任しキケ・サンチェス・フローレスを招聘した。冬の移籍期間中に獲得したティアゴ・メンデスの活躍もあり、不振に陥っていたチームの建て直しに成功した。UEFAチャンピオンズリーグのグループリーグを3位で終えていたため、UEFAヨーロッパリーグに決勝トーナメントより参戦した。決勝戦でフラムFCをフォルランの2ゴールで2-1と下し、UEFAヨーロッパリーグの初代チャンピオンとなった。また、リーグ戦の最終順位は9位だったが、スペイン国王杯では1999-2000シーズン以来10年ぶりに決勝に進出。セビージャFCに敗れ、準優勝に終わった。2010-11シーズンは、UEFAスーパーカップでチャンピオンズリーグ王者のインテルを2-0で下したが、UEFAヨーロッパリーグではグループリーグで敗退し、1月から2月前半にかけては8敗を喫した。シーズン終盤のセルヒオ・アグエロのゴールラッシュによって、UEFAヨーロッパリーグ出場圏内の7位にこそ位置したものの、キケはシーズンが終わる前に監督からの退任を宣言した。アグエロは移籍を表明した。なお3月の東日本大震災の際には、スペイン在住記者とGoal.comを通じて日本へ応援メッセージが届けられた。2011-12シーズンは、ヘスス・ガルシア・ピタルチに代わる新スポーツディレクターとしてホセ・ルイス・カミネロを招聘。そして新指揮官には、2003－04シーズンにもチームを率いたグレゴリオ・マンサーノを呼び戻した。移籍の意思を表明していたアグエロが推定4500万ユーロでマンチェスター・シティFCへ、ダビド・デ・ヘアは推定2100万ユーロでマンチェスター・ユナイテッドFCへ、フォルランは500万ユーロでインテルへ移籍した。その一方、UEFAヨーロッパリーグ得点王のラダメル・ファルカオ、アルダ・トゥラン、ローンでジエゴを獲得した。また、カンテラーノのガビをレアル・サラゴサから呼び戻した。しかし、リーグ戦では苦戦を強いられ同年12月にマンサーノを監督から解任した。