後にハインリヒ4世とグレゴリウス7世の間で、教会の叙任権を巡って熾烈な闘争が展開される。いわゆる叙任権闘争である。この際、改革教皇グレゴリウス7世と皇帝が対立していたことから、皇帝は改革を妨げる勢力であった、とする見解は大きな誤解である。ハインリヒ3世や、それまでの歴代神聖ローマ皇帝に見られたように、皇帝もまた教会改革運動の推進役であった。例えば、1046年のストリ教会会議でローマ教会の内乱が収拾されたことは、ローマで教会改革運動が高まっていく重要な契機として評価できよう。教会組織にとっても、皇帝権の強化は一定範囲までは歓迎すべきものであった。皇帝による庇護のおかげで、各地における諸侯の政治的干渉を防ぎ、自立性を保つことができる。のちに、帝国各地の中世都市が皇帝から特許状を得て、諸侯の干渉を牽制しつつ都市の自治を保とうとするが、そのこととも比較できよう。また、皇帝が諸大公の権力を弱体化させる過程で、多くの所領が教会に寄進されている。これは教会組織にとっての重要な経済的基盤となった。ザクセン朝・ザーリアー朝を通じて行われた帝国教会体制は、帝権の強化に貢献した。一方で、教会組織もまた強化されていった。この利害が一致した両者は、二人三脚で自らの勢力基盤を固めていったといえる。しかし、教会・教皇側にとって、皇帝が頼りがいのある庇護者であることは望ましくとも、皇帝が教会組織を完全に掌握することは決して望ましいことではない。かくして、この両者が、まだ政教分離のなされていない、聖俗入り混じったキリスト教世界の主導権を争ったのが、叙任権闘争であったともいえる。皇帝権のこれ以上の強化は、とりわけザーリアー朝の時代に入って弱体化の進んでいた神聖ローマ帝国内の諸侯にとっても憂慮すべき事態である。従って、皇帝権のこれ以上の強化を望まないという点で、今度はローマ教皇と「神聖ローマ帝国」内の諸侯の利害が一致する。後に展開される叙任権闘争は、この教皇（教会）・皇帝・帝国内の諸侯という三者の関係を通じて理解されるべきであろう。
1056年、帰国後のハインリヒはイヴォアでフランス王アンリ1世と会見した。しかし同年のうちに病に倒れ、死の床でまだ幼い5歳のハインリヒ4世の庇護を遠縁でもあるローマ教皇ウィクトル2世に求め、また前ロートリンゲン公ゴットフリート3世には妻子と領地を返還した後、10月5日に38歳で他界した。10月28日にシュパイアー大聖堂に葬られた。
1053年、教皇レオ9世は南イタリアにおけるノルマン人との戦いで敗北を喫し、失意のうちに1054年死去した。ハインリヒは後任にアイヒシュテット司教ゲープハルトをウィクトル2世として教皇位に就けた。翌1055年、ハインリヒは再びイタリアに遠征し、フィレンツェで教会会議を開き、教皇領の譲渡を禁止し、司教にシモニアと妻帯の有無の申告をさせた。また、上ロートリンゲン公であったゴットフリート3世が前年にトスカーナ辺境伯ボニファーチオ4世の未亡人ベアトリクスと結婚し、イタリアで勢力を拡大させていた。これに対しハインリヒは、ゴットフリートに圧力を加え、ゴットフリートはイタリアから逃亡、ハインリヒは妻ベアトリクスと義娘マティルデを捕らえた。同年クリスマスには継嗣ハインリヒとサヴォイア伯・トリノ伯オッドーネの娘ベルタを婚約させた。翌1056年初頭に、ハインリヒは再びイタリアから戻った。
1050年、待望の長男が誕生した。のちのハインリヒ4世である。1052年には次男のコンラート2世（バイエルン公）が誕生した（1055年に夭折）。1053年、ハインリヒ3世は、トリブールの集会において、わずか3歳のハインリヒ（生誕時の名はコンラート、のちにハインリヒと改名）をローマ王として選出させるなど、息子への王位・帝位継承に心を砕いた。
第6世代iPod（iPod classic）、第3世代iPod nanoと共に2007年9月5日（日本時間9月6日）に発表された。ラインナップは8GB（34,000円/$299）および16GB（46,000円/$399）。2008年2月5日に32GB（58,800円/$499）のモデルが追加されて3種類。色はブラックのみである。システム要件はUSB 2.0ポート搭載で、iPod touch 1.1はiTunes 7.6以降、2.0はiTunes 7.7以降、2.1はiTunes 8.0以降がインストールされたMac OS X v10.4.10以降のMacまたはWindows XP SP2以降、Windows VistaおよびWindows 7のパソコン。発売当初に搭載されていたアプリケーションは、カレンダー・YouTube・時計・計算機の4つ。2008年1月15日（日本時間）出荷分より、メール・マップ・株価・メモ・天気の5つが追加され、それ以前に出荷されたiPodのユーザーは、1月のアップデートとしてアプリケーションをiTunes Storeで購入（2,480円）することで対応した。なお、マップと同時に擬似GPSも追加されたが日本は一部を除き非対応である。また、日本の株価は日経平均株価と円相場以外は表示できない。2008年7月11日に、iPhone 2.0 Software Update for iPod touch が公開され、2.0にアップデートすることによって、App Storeへの対応、関数電卓、Safariやメールからの画像保存、iTunesのアプリケーションのデザイン変更、連絡先の検索機能強化、日本語入力式独自のテンキー採用、MobileMe対応など新機能を使用することができる。1月のアップデートでのアプリケーションも含まれていて、1,200円でアップデートできる。こちらは7月11日以降出荷分もアップデートが必要である。2008年9月9日、第2世代iPod touchの登場に伴い、Genius機能の追加された iPod touch 2.1アップデートが公開された。アップデートは、2.0からは無料、1.1からは1,200円。2009年3月17日、同年夏に提供されるiPhone/iPod touchの最新OSとなる「iPhone OS 3.0」が発表された。iPhoneは無料、iPod touchは9.95ドルでアップデートできる（日本では1200円）。 バージョン3.0にアップデートすることにより、100以上の新機能が追加される。例えば、すべてのアプリ間における文章のコピー&ペースト、メールやメモの横書き、写真・住所録・オーディオファイル・位置情報を送信できるMMS、全アプリケーションを対象とする検索といった機能に対応している。Bluetoothには非対応。