西暦2525年。地球から遠く離れた植民地である『惑星ハーベスト』からの連絡が途絶える。これの調査のためUNSC（下記参照）は偵察船アルゴを派遣するが、到着後すぐに連絡が途絶えてしまう。2525年10月7日。惑星ハーベストの調査のため、UNSCの戦闘艦3隻が派遣された。ハーベストで彼らを待っていたのは、見たことも無いエイリアンの宇宙戦艦であった。すぐさま人類の戦闘団は交戦状態に入るが、フリゲート艦アラビア号とヴォストーク号（Arabia and Vostok）が撃沈され、ベレディ艦長の駆逐艦ヘラクレス号（Heracless）のみがひどい損害を受けつつも生還した。このとき傍受した通信により、敵は『神との契約者（コヴナント）』だと識別。そして2526年3月1日、UNSCのプレストン・コール中将は史上最大規模の艦隊を指揮し、ハーヴェストの奪還に乗り出す。彼の搭乗する艦隊旗艦は巡洋艦エベレスト号である。（詳細な規模は不明だが、最低16隻以上）だがいざ戦闘が開始されると、UNSCの艦艇は強固なエネルギー・シールドを持つコヴナント戦艦にまったく歯が立たず、1隻の敵艦を撃沈するのに13隻の艦艇を損失してしまったのだ。コールは善戦したものの、結局テクノロジーや数的不利のため惨敗。次々と植民地を失いつつあった。UNSCはとある戦闘でコヴナントのエリートを捕獲。それによると彼らコヴナント（下記参照）は人類の粛清を目的としている。だが幸いなことに、人類の本拠地である地球の所在はいまだにコヴナントにつかまれていなかったのだ。コールは地球の所在を敵に知られないために『コール議定書』を採択した。これはいかなる船も地球へ向かうことは許されず、敵に船を鹵獲されそうになった場合は船を自爆させなければならない。またAIなどの情報源も敵に渡してはならないというものである。
『ヘイローウォーズ・ジェネシス』（HALO WARS：GENESIS）は、人類とコヴナントのファースト・コンタクトから本作の冒頭までの話を描くグラフィックノベルである。脚本はエリック・ナイランド（Eric Nylund）。絵はフィル・ノート（Phil Noto）が担当した。『Halo Wars リミテッドエディション』にのみ同梱。
今回もHalo 2、Halo 3同様に初回限定のリミテッド・エディションが発売される。付録としてHalo: The Fall of Reach等で知られる小説家エリック・ナイランドが執筆するグラフィック・ノベル『ヘイローウォーズ・ジェネシス』（Halo Wars Genesis）が付属。そのほか主要キャラクターのリーダーカードと「スピリットオブファイア」のパッチ、本作とHalo3のコンテンツのためのダウンロード・コードが付属する。
あらかじめ設定されている基地エリアに、基地施設を建設し、ユニットを作成。これをもって敵軍と戦いミッションをクリアしていくことが目標である。作成できるユニットの数には上限があり、戦車や大型攻撃機といった強力な兵器はこのスロットを多く消費（歩兵ユニットの三倍以上）する。また、これら兵器は物資をより多く消費し、かつ製造までの時間が長い。人類側の基地の設備としては、資材を精製する物資パッド、サイクロプスを除くスパルタンを含めた歩兵を育成する兵舎、テクノロジーレベルを向上させるリアクター（発電設備）、ワートホグとエレファントとグレムリンを除く車両ユニットを製造できる車両デポ、航空機を製造できるエアパッド、そしてユニット全体の強化や基地機能の強化を行える兵器工場がある。対するコヴナント側もほぼ同様の構成であるが、兵器工場とリアクターが一まとめとして「神殿」になり、基地全体を守るシールドジェネレータが追加されている。プレイヤーは製造したユニットを、戦場のさまざまな場所へと向かわせることができ、時に彼らの持つ特殊能力（歩兵のグレネード等）を駆使して敵軍を排除していく。また、人類側のみだがコントローラーの十字パッドは戦艦『スピリット・オブ・ファイア』とリンクしており、強力な艦載砲や航空支援要請による攻撃の補助や、ユニットの回復等が可能である。
これまでのHALOシリーズはファーストパーソン・シューティングゲームとして知られているが、本作はプレイヤーが直接キャラクターを操作して敵と戦うのではなく、マップ上に展開するユニットに対し指示を与えてゆくリアルタイムストラテジーゲームである。また、マルチプレイにおいては、コヴナント側となって戦うことも出来る。本作はHalo Wars公式サイトやマーケットプレースによるダウンロード販売も予定されていた。歴史上シリーズ最古の物となる為、ヘイロー・トリロジーで主人公であったマスターチーフは登場しない。
駅は函館本線・千歳線の南側を通る貨物線上にある。貨物線は、駅西方の白石駅構内で分岐し、本線（複々線）の南側に沿って東進し、札幌貨物ターミナル駅の着発線群に至っている。着発線群は南北2つに分かれ、南側に4本・北側に5本敷設されている。着発線群の北側には仕分線群が広がり、東側にはコンテナホーム（後述）が広がっている。コンテナホーム東端付近で千歳線の本線は高架線となり、函館本線の上り本線を跨いでいる。駅の着発線群に接続する単線の貨物線（千歳通路線）も同様に高架線となり、厚別川を渡る手前で千歳線の下り本線（札幌方面線）に合流する。厚別川を渡った先には上り本線に合流するための片渡り線が設置されている。片渡り線から次の新札幌駅までは1キロメートルほどの距離がある。駅の着発線群と函館本線厚別駅を結ぶ線路（厚別通路線）も単線であり、こちらは厚別駅構内で函館本線に合流している（道東・本州方面への便は千歳線下り本線と、旭川方面への便は函館本線上り線とそれぞれ平面交差）。連絡線・着発線を含め、当駅構内は全て非電化である。コンテナホームが6面あり、南北に並んでいる。南北の両端のみ単式ホームで、残る4面は島式ホームである。なお、最も南側のホームのみ上屋付きの混載貨物ホームとなっている。コンテナ荷役線は10本あり、すべて前述の南側の着発線群に接続している。また北側から数えて2番目と3番目のホームの間の線路はホームの終端のさらに東側に向かっており、日本オイルターミナル札幌営業所の側線となっている。その内2本の路線が石油積卸線となっており、タンク車用荷役設備が設置されている。最も北側のホームの北を通り抜けた、日本オイルターミナル線の北側には、札幌機関区の貨車検修庫・検修線がある。検修線は南北両方の着発線群から進入可能。混載貨物ホームに接して、2階建ての駅舎がある。また物流施設の「エフ・プラザ札幌」が駅構内にあり、ほくやくと北海安田倉庫が利用している。入換作業用に、HD300形ハイブリッド機関車が常駐している。また、かつて電気機関車を使用していたため、白石駅側の架線・架線柱が撤去されずに存在している（実際、当駅と旭川駅間などで電気機関車牽引による貨物列車が運行されていたため。なお、厚別駅方面側にもかつて架線が張られていたが、現在は架線柱のみが残っている）。