時は18世紀の中頃、1766年。アラバホ族の少年レームビーバーは、一族の勇士である父親が戦いの中で勇敢な死を遂げた事を報らされる。レームビーバー少年は自分も父の様な勇士になることを誓う。時は過ぎ、18世紀も終りを迎えようとしている1795年、フランス系カナダ人のパスキネルは一攫千金を夢見てコロラドの奥地・プラット川周辺に住む先住民たちの集落へ毛皮の買い付けにやって来た。今やアラバホの族長となったレームビーバーはパスキネルの勇気に惚れこみ、互いに心を許し合う仲となる。スコットランド人青年アレキサンダー・マキーグは、ポーニー族に捕えられていたところをパスキネルに救われ、ふたりは商売のパートナーになる。様々な危機や苦難を共に乗り越えながら二人の冒険の旅は続く。マキーグはレームビーバーの娘クレイバスケットと恋に落ちる。交易基地セントルイスに戻ったパスキネルはドイツ人銀細工師ハーマン・バックワイスからの援助を得る為にその娘リーザと結婚するが、平穏な暮らしに収まるつもりのない彼は再び危険な奥地への交易の旅に出る。その頃アラバホとポーニーの部族間抗争が激化、レームビーバーは勇士であった自分の父親がそうしたように杭に縄で足を縛り付けて戦い、戦死する。パスキネルは生前レームビーバーが発見して銃弾の代わりに使用したという黄金の出所を探るため、クレイバスケットと重婚する。彼女はマキーグへ思いを残しつつも父親の遺言には逆らえず、パスキネルと夫婦になる決意をしたのだった。それを複雑な思いで見つめるマキーグ。パスキネルは二重生活を送りながらも取り憑かれたように金鉱を探し求める。しかし成果は上がらないまま幾多の歳月が過ぎ、パスキネルは自らの身体に忍び寄る老いを感じていた。ある日いつものように川浚いをしていた彼は、砂利の中に金色に輝く光を見つける・・・
ヴァーチューはピーター・ベネット＝ジョーンズの経営する制作会社、タイガー・アスペクト・プロダクションズに勤めていた。ジョーンズはこの会社で、『Mr.ビーン』、『ザ・ヴィカー・オブ・ディブリー』、『ギミ・ギミ・ギミ』などを制作している。ヴァーチューは、1996年のエディンバラ国際テレビ祭で、脚本家のスティーヴン・モファットと出会った。交際し始めてから、2人はそれぞれ勤めていた会社を離れ、彼女の母ベリル・ヴァーチューの経営する会社ハーツウッド・フィルムズに参加している。ヴァーチューが「ハーツウッドのためにシットコムを書いてくれないか」と頼み、モファットが2人の関係の進展を描いたのが、2000年からBBC Twoで放送された『カップリング』である。この番組の主要人物2人はスティーヴとスーザンであり、それぞれジャック・ダヴェンポートとサラ・アレクサンダーが演じた。1999年には、『ドクター・フー』のスペシャル、"Doctor Who: The Curse of Fatal Death" (en) を制作した。この作品はモファット脚本で、コミック・リリーフによるチャリティ番組『レッド・ノーズ・デイ』(英: "Red Nose Day")のために作られたものである。彼女の制作した作品には、他にも『キャリー・アンド・バリー』、『スーパーノヴァ』、"Fear, Stress & Anger" (en) 、『ザ・カップ』、『SHERLOCK』などがある。
インファント島の宝物殿から黒い妖精ベルベラがエリアスのトライアングルの一つである「愛」を示すメタルを奪っていった。彼女は地球の危機を察知していたのだ。それは1億3千万年前に恐竜を滅ぼした宇宙超怪獣キングギドラの脅威であった。キングギドラは地球へ飛来し、市街地から子どもたちを青木ヶ原樹海に出現させたドームへさらってしまった。それは数万人の子供たちを一度に捕食し、自分のエネルギーにするためであった。キングギドラは地球の生態系の上位の生物を捕食し、滅ぼす魔獣であり、1億3千万年前は恐竜を、現代の地球では個体数が多い人類の子供をその餌食に定めたのだ。それを阻止するため、エリアスはモスラを呼んだ。モスラはキングギドラに戦いを挑むが、攻撃は全く効かず、恐竜エキスで強大に成長したその圧倒的な力の前に敗北してしまう。その上、エリアス姉妹の妹ロラがキングギドラにマインドコントロールされ、敵になってしまった。この史上最大の危機に、モスラは過去の1億3千万前の恐竜のいたころに行って、まだ若い幼体のキングギドラを倒すと言うのだった。しかし、エリアス姉妹の姉モルはこの作戦に猛反対した。なぜなら一度向うに行けば、もう元の現代の世界に戻れなくなってしまうからである。必死で考えなおすよう説得するモル。しかしモスラはなにがあろうと絶対に行くという気でいたため、モルは後の事を翔太に託し、1億3千万年前の幼体のキングギドラを倒すために、モスラをタイムスリップさせるための歌で命を落とした。翔太はギドラに捕らわれた脩平と珠子を救うために、残されたフェアリーとともに地下の風穴を通ってドームに侵入するが、ギドラの手に落ちたロラが立ちふさがる。それを助けたのは、一足先に来てドームに捕らわれたベルベラであった。ベルベラはエリアス姉妹の長女であり、翔太と協力してロラを救い出す。一方、中生代（白亜紀）の地球では、幼体のキングギドラが恐竜を丸のみにして捕食しようとしていたが、そこへモスラが登場し、戦いを挑んだ。モスラの攻撃が効いているのか、もがき苦しむ現代のキングギドラ。だが、ギドラからの反撃を受けてモスラは倒れてしまうも、現代で正気を取り戻したロラの祈りの歌が届き復活する。ギドラを火山の噴火口の中の溶岩に落とし、自信も力尽き再び動かなくなる。無数の蛍に導かれその場に現れた中生代に存在する三体の原始モスラは自分達の繭で保護する様に現代のモスラを包んだ。中生代でのギドラの死と引き換えにドームが消滅し、子供たちは逃走、翔太は脩平と珠子を助け出すが、歴史が変わったなら自分たちがそもそもここにいないだろうというベルベラの懸念は現実のものとなった。キングギドラは幼体の時の戦闘中にちぎれた尻尾から蘇生し、再び姿を表した。ロラとベルベラは再び姉妹の絆を取り戻し、アイテムはエリアス三姉妹の知恵と勇気と愛を示す剣であった、2人の姉妹は死んだ次女モルの遺志を継いでフェアリーに乗り、キングギドラに立ち向かうが苦戦する。その時、恐竜時代の地層から出現した繭から、1億年3千万年もの眠りを経て最強の鎧モスラに変化したモスラが帰還し、キングギドラとモスラの最後の戦いが始まった。鎧モスラはキングギドラの光線をものともせず、体格では上回るキングギドラを圧倒するパワーで押しかえし、激戦の末に必殺技のエクセル・ダッシュ・バスターをくり出して倒した。そして子供たちを解放。鎧モスラ・エターナルに変身し、モルを生き返らせた。親や先生と再会する子供たちを見守りながら、モスラはインファント島へと羽ばたき帰っていくのだった。