高度化する科学犯罪や原因不明の怪事件に対処すべく作られた半官半民のスペシャルチーム・SRI＝Science Reserach Institute（特殊科学捜査研究所）の活躍を描く。基本設定や登場人物等の固有名詞はオリジナルである1968年版の『怪奇大作戦』に準じており、SRI本部には旧作のサブタイトルが書かれたファイルが置かれている（オープニングに登場）が、旧作との関係性は明示されていない。旧作ではSRIの日本語の名称は「科学捜査研究所」であったが、後に同名の機関が現実に設立されたため、本作では「特殊」の2文字が追加された。また、旧作ではクレジット序列上の主人公は三沢であったが、『セカンドファイル』では牧に変更されており、各キャラクターの個性づけもやや異なる。監督は、清水崇、中田秀夫ら国際的に活躍するJホラーの旗手に加え、実相寺昭雄の愛弟子である北浦嗣巳が担当。本来第2話は実相寺昭雄自身によって演出される予定だったが、制作準備中に実相寺が逝去したため、当初プロデューサーとして参加していた北浦がこれを引き継いだ。メインタイトルの題字は実相寺によるものである。オープニングテーマは冬木透、劇中音楽はTAK-MI（斎藤高広、仁見哲）による新作だが、メインタイトルには旧作のタイトル曲を電子楽器で演奏したものが使われ、旧エンディング・テーマソング「恐怖の町」のアレンジ曲もSRIの行動テーマとして使用されている。また旧作タイトル曲のメロディはgirls on the runが歌うエンディング「リアル」の前奏と後奏にも登場する。第1話では『怪奇大作戦』第4話「恐怖の電話」、第3話では第21話「美女と花粉」へのオマージュシーンと思わしき箇所が存在している。出演者のうち、町田大蔵役の寺田農は、『怪奇事件特捜チームS・R・I 嗤う火だるま男』（BSフジ、2004年9月25日放映）においても、山本所長役で出演している。
ダムへは東北自動車道・白石インターチェンジから国道113号を山形方面に進むか、山形自動車道・山形蔵王インターチェンジから国道13号経由で国道113号を白石方面へ進むと到着する。車で仙台市内から約50分、山形市内から約90分、東京都内からは約3時間の所要時間である。公共交通機関では東北新幹線・白石蔵王駅もしくはJR東日本東北本線・白石駅から七ヶ宿町民バス・七ヶ宿線「関開発センター」行きに乗車し、「ダム管理所前」バス停を下車すると到着する。
ダム傍には面積28haにも及ぶ七ヶ宿ダム自然休養公園がある。運動広場や多目的広場、フィールドアスレチックの他、ボートプールも存在し、ウォータースポーツも楽しむことができる。園内には七ヶ宿の名にちなみ77種777本の樹木が植えられている。
ダム傍には道の駅七ヶ宿や七ヶ宿ダム自然休養公園（下記）があるが、これも水源地域対策特別措置法の周辺整備施策で建設されている。付近にはそば屋が多い。周辺には七ヶ宿スキー場や七ヶ宿オートキャンプ場きららの森、小原温泉などの観光地があり、季節を問わず楽しめる。仙台市・山形市・福島市からおのおの1時間程度というアクセスの良さも手伝い、観光客が比較的多い。直下流には国指定の天然記念物である小原の材木岩（おばらのざいもくいわ）がある（1934年指定）。高さ100mに及ぶデイサイトの柱状節理によって形成された断崖絶壁は、あたかも材木を縦に立て並べたような佇まいであり、これが材木岩の語源となっている。所々に風穴があり、明治時代にはこれを利用して絹糸を保存していたとも伝えられる。材木岩の側には親水公園や休憩所などが設けられている（材木岩公園）。この材木岩より白石川を5分ほど遡ると眼前に巨大な七ヶ宿ダムの堤体が現れる。地震などで度々崩壊しており、享保16年（1731年）の地震では出羽各藩が参勤交代の経路を笹谷峠経由に変更した記録がある。2005年に起きた宮城県沖地震でも一部が崩壊した。湖の上流には「二階滝」として知られる滑津大滝がある。川幅一杯に滑り落ちる激流が見応えあり、滝沿いをあたかも滝を登るように階段で移動することもできる。
神話はストーリーを持つ物語の形式で、人間を取り巻く様々なものについての過去の出来事を語る。このようなモチーフは伝説や昔話でも扱われるが、これらと神話とは密接に関連するものの学問用語として明瞭に区分されている。神話は始原的な出来事を伝えるものに対し、伝説・昔話は過去のある時点の出来事について語られる。また、単一の事象を伝える点では神話と伝説は似ており、伝説は神話同様真実を伝える物語と受け取られるが、基本的に固有名詞を持つ人物を主人公とし、その活躍した場所も限定され、時代も世界がほぼ現在のように様相が固まった後を舞台とするため歴史的記載に近く、神話のような広い対象の根源になるものではなく、神聖的性格も帯びてもいない。主人公も神話のような神や超人ではなく、あくまで人間が主役となっている。昔話は異なる時と場所で何度か起こった出来事の典型を表す話であり、真実を表現したものではないか、もしくは神聖な物語ではないものと認識される。例えば『桃太郎』も、鬼退治はどこでも起こりうる争乱の数ある一つと捉えることが出来るため、神話とも伝説とも異なる性格を持つ。神話・昔話・伝説の3つは伝統的な古い説話を区分する手段に用いられるが、これを物語る各文化では必ずしも厳密な線引きが出来ている訳ではない。文化圏によっては神話と伝説に明瞭な差異を持っていないところもあれば、ひとつの同じ説話についても、ある集団はそれを真実と捉えてそれゆえ神話と考え、別の集団は虚構と捉えてそれは昔話と考えるような場合もある。神話が宗教の一部に組み込まれたような状態では昔話的な特徴が強調されて、登場人物も人間の英雄や巨人や妖精などへ再解釈されてしまう。ただし神話・昔話・伝説は伝統的な古い説話を分類するほんの一部分でしかなく、これら以外にも逸話やジョークのようなものもある。さらには古い説話そのものも民俗学の一分野でしかなく、他にも舞踊や伝統装束、音楽など多岐に渡る。