以仁王敗死の頃、令旨が各地の武士に配られていた。そのうちの1人である源頼朝は、相模・伊豆・武蔵の武士団への呼びかけを始めた。頼朝は8月17日に挙兵、伊豆国目代の山木兼隆を襲撃して殺害する。その直後、相模国石橋山にて大庭景親らと交戦するが頼朝軍は惨敗する（石橋山の戦い）。その直後に平氏方は甲斐国境付近で甲斐源氏の安田義定らと軍事衝突する(波志田山合戦)。頼朝は、海路で安房国へ移動して相模三浦半島の豪族である三浦氏と合流した後、安房の在庁官人をはじめ房総半島の上総広常、千葉常胤、武蔵の足立遠元、畠山重忠らの諸豪族を傘下に加えながら急速に大勢力となっていく。この勢力の大部分は、坂東一帯に勢力をはる平氏系武士であり、在地領主でもあった。当時、坂東の在地豪族間の争いは激しく、特に親平氏勢力そして新たに知行国主となった平氏が支配する国衙に圧迫されていた千葉氏、上総氏などはこの挙兵を自勢力回復の好機と捉えていた（頼朝の房総進出と前後して、千葉氏と平氏系の目代との戦いである結城浜の戦いが起きている）。また、都から遠く離れた地にあっては豪族達は自力で所領を守るしかなく、その不安定な状態から抜け出し所領を安堵してくれる者を求めたいという潜在的な要求もあった。10月6日、頼朝は先祖のゆかりの地である相模国鎌倉へ入って本拠地とする。これにより関東政権（後の鎌倉幕府）が樹立される。また、この時までに関東政権は坂東南部の実質的な支配権を獲得している。同時期に甲斐の武田信義を棟梁とする甲斐源氏の一族や、信濃の木曾義仲も相次いで挙兵している。
治承4年（1180年）、安徳天皇の即位により皇位継承が絶望となった以仁王が、源頼政の協力を受け、平氏追討・安徳天皇の廃位・新政権の樹立を計画した令旨を発した。その令旨は源行家により、全国各地の源氏や八条院の支配下にある武士達に伝えられた。しかし挙兵直前に紀伊熊野の平氏方（権別当湛増を中心とした本宮勢力）と反平氏方（行快を中心とした新宮・那智勢力）との熊野新宮合戦があり、その後、権別当湛増からの平氏への注進により平氏追討の企てが発覚した。以仁王らは、平知盛・平重衡率いる平氏の大軍の攻撃を受け、同年5月、宇治の平等院で戦死するが、この挙兵が6年間に及ぶ内乱の契機となった。
初代の発売から6年半前の1984年、ホンダ車の得意分野である前輪駆動とは異なる、別の駆動方式を本田技術研究所が基礎研究していた際にMR駆動方式の開発に着手したことが契機となる。開発責任者は、先述のMR駆動方式を開発研究していた上原繁が担当した。操縦安定性を専門に研究していた上原の意向でハンドリングにこだわるスポーツカーを目指すことになり、軽量なオールアルミボディーの採用など、当時の革新的な技術が開発・採用されるに至った。開発に当たっては高級高性能スポーツカーが比較対象になったが、特にフェラーリのV8モデル フェラーリ・328を越える走行性能を目指して開発され、当時個体性能差が大きかった328をデータ取りのために何台も購入したといわれている。開発段階からアイルトン・セナや中嶋悟など、当時ホンダがエンジンを供給していたF1チームのドライバーが１日のみ走行テストに参加した。車両をテストした彼らからボディー剛性の低さを指摘されたため、過酷なコースレイアウトで有名なドイツのニュルブルクリンクなどでの走行テストを辞めること無く繰り返し実施したとも言われている。当時ニュルブルクリンクでの走行テストは、テスト車両のみを持ち込み走り込むというものが主流である中で、サーキットに程近いミューレンバッハ村にテスト基地を建設した。8か月（冬季は封鎖）にわたり走行テストを繰り返すという姿勢で開発に臨んだ。その結果、世界初のオールアルミ製軽量高剛性ボディーが完成した。搭載するエンジンはさまざまな案が提案され、当初は軽量スポーツカーのパッケージング案から、2.0Lの直列4気筒エンジンが搭載される予定だった。しかし、社内事情やアメリカ市場を見据えたリサーチなどから、開発最終段階ではホンダ・レジェンドのエンジンをベースにした3.0L・V6 SOHC（250PS/6,800rpm）となった。しかし、当時インテグラ用に開発中だった新機構のVTECが完成。これまでのようなレース用ではなく、市販車NAエンジンで“リッター当たり100馬力”の実現と、それに対する市場の好評を受け、急遽VTEC化およびDOHC化の指示が出された。DOHC化によりシリンダーヘッドが大きくなることから、ホイールベースの延長を余儀なくされたが、エンジンを傾斜させることにより全長を30mm延長する事で対処した。外見の特徴であるリアオーバーハングの長さの理由は二つあり、ひとつはマフラーをエンジンルームから遠ざけ、ルーム内の温度上昇を防ぎエンジン補機類の寿命を延長すること、もうひとつは空力性能の向上による高速走行時の姿勢安定性の向上のためである。さらに、当時のスーパースポーツの多くは車中心の考え方で設計されており、運転姿勢や快適装備などでドライバーに負担を強いる部分が多数あった。対してNSXではそれを考慮してドライバー中心のスポーツカーとすることを目標とした。たとえばスタイリング上の特徴に、F-16戦闘機のキャノピーをモチーフとしたフロントウインドウがあり、従来のスーパーカーと比較して運転席からの視界が良好である。実際に運転席からの水平方向の視界は311.8度ある。前出の熱対策のために伸ばされたリアオーバーハングによって、当時のミッドシップスポーツカーとしてはロングテールが特徴となっている。副次的作用として、ゴルフバッグが搭載可能なトランクが用意され、スペシャリティーカーとしても高い実用性を有している。より一層車高が低く見えるよう、当初はルーフとピラー部は黒塗装のみであったが、マイナーチェンジでボディと同色ルーフの選択が可能なオプションが追加された。2002年夏、日本メーカーのライバル車種は日本国内の平成12年排ガス規制をクリアせずに次々と生産中止となったが、NSXは1999年にエンジンをLEV（Low Emission Vehicle）化し排ガス規制値をクリアしていたため、引き続き生産が可能だった。しかし、15年以上にわたり生産されたことと、2006年に欧米で始まる最新の燃費・排ガス環境規制に対応させるとさらに採算がとれないため、2005年12月26日限りで生産終了となった。1990年のNSX生産開始に合わせて、アルミを電気溶接する際の電力消費を補うために工場敷地内に発電所を備えた専用生産工場を、栃木県塩谷郡高根沢町にホンダ栃木製作所高根沢工場として建設した。以来そこで生産されていたが、2004年4月にホンダの完成車一貫生産構想に基づき、高根沢工場での生産を終了し、三重県鈴鹿市にある鈴鹿製作所の少量車種専用ライン、TDライン（Takumi Dreamライン）へ生産を移管した。2005年の生産終了に伴ってNSXの生産ラインは閉じられた。経年車に対して、車両を生産工場に戻し、新車時の性能や質感を蘇らせるNSXリフレッシュプランを設けている。大規模メーカー自らが行うものとしては、世界的に見てもまれである。なお、生産終了後もこのサービスプランは継続されている。