1929年（昭和4年）6月1日に昭和天皇を神島に迎え、長門艦上で進講（天皇の前で学問の講義をすること）をおこなった。昭和天皇は皇太子時代から一貫して生物学に強い関心をもち、とりわけ興味を示したのが、海産生物のヒドロ虫と粘菌（変形菌）の分類学的研究であった。熊楠の粘菌学の一番弟子であった小畔四郎は昭和天皇の博物学等の担当者・服部広太郎の甥の上司という関係で、服部から生物学講義のための粘菌の標本を見たいとの依頼を受けた。1926年2月、小畔から熊楠に手紙で、この機会に粘菌標本を4、50種類献上してはと相談した。これに対し、熊楠は37属90点を、目録・表啓文・二種の粘菌図譜とともに11月10日に進献した。この90点は日本の粘菌を研究する上で基本となる種を網羅する目的で選ばれた。1929年3月5日、服部広太郎が熊楠邸を来訪して仮定の形で進講を打診。4月25日、進講の決定を知らせる服部広太郎の手紙が届く。1929年6月1日午前8時、御召艦長門が田辺湾に姿を現す。熊楠は正午過ぎ田辺から漁船に乗り新庄村尊重たちと神島近海で待っていた。天皇は5時30分に長門に畠島から帰艦し熊楠の進講を受ける。熊楠はウガ、地衣グアレクタ・クバナ、海洞に棲息する蜘蛛、ナキオカヤドカリ、隠花植物標本帖、菌類図譜、粘菌標本を持参。この内、蜘蛛、ナキオカヤドカリ、粘菌標本を献上した。粘菌標本は110点にのぼり、先の進献でもれた普通種と稀産種、変種が中心で増補するのが目的だったと思われる。入れた箱は大きなボール紙製のキャラメル箱に入れて献上した。これは蓋が開けやすいためといわれてるが、自ら持参するのに軽いものを選んだとも考えられる。熊楠が所持した標本は国立科学博物館に寄贈され、今は筑波実験植物園にある。一周年の1930年6月1日に行幸記念碑が神島に建立された。1962年、白浜を訪れた昭和天皇は田辺湾に浮かぶ神島を見て思いを馳せ、熊楠との一期一会を懐かしみ「雨にけふる神島を見て紀伊の国の生みし南方熊楠を思ふ」と詠んだ。その唄が刻まれた御製碑は、1965年に設立された南方熊楠記念館の前庭に立っている。
1946年には「現代かなづかい」が、1986年にはそれを改訂した「現代仮名遣い」が内閣告示として公布された。現代仮名遣いでは、四つ仮名は語源通りに書き分けることをやめ、基本的には本来「ぢ」「づ」のものでも「じ」「ず」と書くことを基本としている。例えば「葛」「屑」は歴史的仮名遣いではそれぞれ「くず」「くづ」だが現代仮名遣いではどちらも「くず」と書かれ、「富士」「藤」は歴史的仮名遣いではそれぞれ「ふじ」「ふぢ」だが現代仮名遣いではどちらも「ふじ」と書かれる。これは発音が完全に同一になったためになされた措置である。ただし例外として、「鼻血」（はなぢ）、「三日月」（みかづき）、「気付く」（きづく）のように、連濁によって「ち」「つ」が濁って生じたものが明らかである場合や、「縮む」（ちぢむ）「続く」（つづく）のように、同じ音が連呼されたことにより有声化したものは「ぢ」「づ」と書くと定められた。つまり、現代の「ぢ」「づ」は発音の違いを表すものではなく、濁る前の語源を明示するための語源的な配慮、あるいは視覚的な配慮であると言える。また同音連呼の場合は、踊り字を用いて、「ちゞむ」「つゞく」と続く場合にも配慮したと思われるが、この踊り字は第二次世界大戦後に、あまり使われなくなった。現代仮名遣いでは、複合語であるなどの語源意識が残っており、「ち」「つ」などから生じたことが明らかである場合に「ぢ」「づ」を用いることになっているが、語源意識が残っているかどうかを客観的に定めることは難しく、どうしても主観的にならざるを得ないとして、「現代かなづかい」の策定当初から批判や異論が多くあった。例えば、「世界中」（せかいじゅう）、「稲妻」（いなずま）などの語は、表記を見れば「中」（ちゅう）、「妻」（つま）が連濁したものだと推測できるが、「じ」「ず」で書くと定められた。これは、これらの語が二語に分解できるという意識が現在では薄いと判定されたためだが、語源意識が残っていると考えれば「せかいぢゅう」「いなづま」と書くものだとも考えられる。その後、「現代仮名遣い」では、「世界中」「稲妻」などの一部の語は、「じ」「ず」で書くことを本則とし、「ぢ」「づ」で書くことも許容するという方針が打ち出された（詳細は現代仮名遣いの項を参照）。また、漢字音についても、連濁で生じたものを除いて、全て「じ」「ず」に統一する。例えば、「地」という漢字は、歴史的仮名遣いでは呉音が「ヂ」、漢音が「チ」であったが、現代仮名遣いでは呉音のものは「ジ」と書かれる。「地面」「地震」などは、本来清音のものが連濁で濁音になったわけではなく、呉音で元々濁音であるため、現代仮名遣いでは「ぢめん」「ぢしん」ではなく「じめん」「じしん」と書くことになっている。しかし、「土地」（とち）、「地点」（ちてん）など、漢音の「ち」が使われている熟語もかなりあるため、これが連濁で濁ったものと誤解して「ぢめん」「ぢしん」と書くのではないかと誤解する例がかなり多く、現代仮名遣いを学習する際に混乱する点の一つとなっている。呉音と漢音が受容される間に中国語は濁音が消滅していく段階に当たっていたため、呉音で濁音で漢音で清音という対応を示す漢字は多く、「地」（歴史的仮名遣いでヂ/チ）の他にも「治」（ヂ/ジ）「直」（ヂキ/チョク）「図」（ヅ/ト）「頭」（ヅ/トウ）などがこのような混乱の原因になることがある。ただし、「中」（チウ/チウ）、「通」（ツ・ツウ/トウ）のように呉音でも濁音でなく、連濁によって生じた濁音と考えられる「世界中」「融通」について、現代仮名遣いは「せかいじゅう」「ゆうずう」を本則とし、「せかいぢゅう」「ゆうづう」を許容するという立場を取っており、一貫性のない状況となっている。「現代かなづかい」では、「ジ・ヂ」「ズ・ヅ」を言い分けている地方（「四つ仮名弁」「三つ仮名弁」の地方）に限り、これを書き分けても差し支えないという方針が掲げられていたが、「現代仮名遣い」ではこの方針は掲げられていない。