明治初期には檀家が300軒あった。明治4年（1871年）、境外地4町9反余、650本の木を保有する寺の土地が没収され、各地の寺院と同様に官林とされた。明治8年（1875年）、正定寺住職と檀家総代から茨城県権令宛に「地所払下願」が出されている。代々の住職が植林してきたこと、周辺農地の農業用水に用いられる土地であるため、農民から申し立てがあることを理由としている。しかし、明治32年（1899年）にも同様の願書が出されており、容易には払下が実現されていないことが分かる。明治12年（1879年）、檀家の寄付により、本尊の阿弥陀如来の営繕が行われた。明治22年（1889年）、玄関・回廊・庫裏の建て替えが行われた。明治25年（1892年）、薬師如来を祀る薬師堂を新築。疱瘡に対する霊験があったため「瘡守尊」として信仰されるようになり、現在は「瘡守稲荷」として祀られている。
江戸時代になると、寺がある下大野村は古河藩領になった。寛永10年（1633年）、土井利勝が古河城に入る。利勝は正定寺41世・当誉玄哲を招き、古河城下に同名の正定寺を創建した。利勝は当初、浄土宗「旧跡」・「浄家の道場（談義所）」である当寺をそのまま土井家の位牌所にしようと考えたが、城下から遠かったために寺号と僧侶を引き移した。以後、二つの正定寺は土井家から同様に扱われて保護される。承応3年（1654年）には、土井家により本堂・山門・仁王像が修復され、山林1町余畝歩が寄進されている。貞享3年（1686年）、幕府の本末制度・檀林制度の整備にともない、檀林となっていた結城・弘経寺の末寺に編入され、一地方寺院に位置づけられた。慶長9年（1604年）、古河藩領・鳥喰村に寺領3石を認められた黒印状を受けている。その後も朱印状獲得のため、貞享4年（1687年）から延享3年（1746年）にかけて、たびたび運動した記録が残っているが、目的を果たすことはできなかった。なお、宝暦13年（1763年）には、黒印地3石を引き続き保持している。
正和3年（1314年）、浄土宗鎮西流藤田派の学僧・持阿良心の開山、あるいは応永年間（1394年 - 1428年）、同じ藤田派・良岌見日の開山と考えられている。史料により異なっており、研究者の見解も統一されていない。正定寺がある「大野郷」は下総・下河辺荘の「野方」に属し、常陸川流頭部の長井戸沼に近い。鎌倉街道中道も縦断しており、水陸交通の要衝でもあった。隣接する関戸・小堤・佐川野を含む鎌倉街道沿いの領域には、平安期・鎌倉期創建の由緒を持つ寺院が集中しており、中世の早い時期から開発が進んでいたと考えられている。開基は不明。『本末帳写』（正定寺文書）には源姓「園田治部太夫政定」と記されているが、源姓園田氏は諸系図類に見いだせない。なお、寺の院号「等持院」は足利尊氏の院号と同じである。また江戸時代に末寺になる関戸・了覚寺が、初代鎌倉公方・足利基氏を大旦那としたという由緒を持つことから、足利氏との関係も推測される。
連載第一回目の表題は『花咲ける上方武士道』であったが、ジャーナリストの大宅壮一の助言により二回目以降は『上方武士道』（ぜえろくぶしどう）に改題され、単行本出版の際にも『上方武士道』の表題で出版された。「ぜえろく」は本来「贅六」または「才六」と書き、上方（かみがた）で丁稚を差す隠語「さいろく」の江戸訛りとされる。特に「上方の贅六」は江戸で関西人に対する侮蔑的な表現として用いられるため現在では差別用語として忌避される傾向にあり、中公文庫で再刊した際に再び『花咲ける上方武士道』に改題された。連載当時雑誌の編集長だった嶋中鵬二（後・中央公論社社長）は、大阪人の大宅が「ぜえろく」を薦めたのは「一種の自虐趣味」だったのではないかと語っている。司馬夫人の福田みどりは、上方人として「贅六は好きではない」と述べている。
華頂宮を継承して3年後の1886年（明治19年）4月5日、博恭王は海軍兵学校予科に入学し（16期）、海軍軍人としてのスタートを切る。3年後に海軍兵学校を中退してドイツに渡り、ドイツ海軍兵学校からドイツ海軍大学校で学び、1895年（明治28年）まで滞在した。この間、1894年（明治27年）に海軍少尉に任官され、海軍大卒業後には貴族院議員（皇族議員）に任じられた。帰国後は巡洋艦や戦艦での艦隊勤務を重ね、このため後述する様に皇族とはかけ離れた行動様式や生活が身につくことになる。1897年（明治30年）には徳川慶喜の九女・経子と結婚し、1903年（明治36年）に海軍少佐に任官されるが、翌1904年（明治37年）に華頂宮から急遽伏見宮に復籍し、第二王子で僅か2歳の博忠王が華頂宮を継承することとなった。伏見宮復籍後も艦隊勤務での実績を積み、日露戦争の黄海海戦において、連合艦隊の旗艦「三笠」の第三分隊長として、後部の30センチ砲塔を指揮、その際負傷した。1913年（大正2年）8月31日に海軍少将に任官されると共に横須賀鎮守府艦隊司令官に就任。更に海軍大学校長・第二艦隊司令長官などを歴任し、1923年（大正12年）に貞愛親王の死去に伴い伏見宮家を継いだ。