2013年10月15日、ボホール島サグバヤン町付近を震源とするモーメントマグニチュード(Mw) 7.2の直下型地震が発生。フィリピン国内の死者数は198人以上のうち、ボホール島の死者数は185人以上と集中した。震源付近では長さ5km以上、高さ3mに及ぶ断層崖が出現し、地震の大きさを裏付けるものとなっている。
日本軍はタグビラランに1942年3月17日上陸し、これを占領した。この間、住民たちは有効な抵抗の手立てを取ることができなかった。1944年以降始まったアメリカ軍の奪還作戦により東隣のレイテ島から上陸が始まり、ボホールも戦場となった。指揮系統を失った日本軍は山地に敗走し散発的に戦った。アメリカ軍によるボホール解放は1945年8月11日となっている。
米西戦争でアメリカ合衆国がスペインを破った結果、アメリカがスペインからフィリピン諸島を購入した。しかし、フィリピン独立革命によりエミリオ・アギナルドが成立させた独立政府はアメリカの承認を得られないままフィリピン統治を開始し、ボホールにはゴビエルノ・デ・カントンが知事に着任した。続く米比戦争の間、ヘンリー・ヘイル指揮下のアメリカ軍はタグビラランに上陸し、島を占拠した。彼はペドロ・サムソンという地元民を島の警察戦力編成のために雇用した。しかしサムソンは部隊と武装を島の内陸に運び去り、反乱を開始した。最初の戦闘で虐殺に近い敗北を喫し、サムソンはゲリラ戦術に転向して島の内陸部に勢力を維持した。その間、ヘイルの部隊は島の中心タグビラランと島の外縁部を支配した。1901年1月、戦闘は小康状態になった。同年5月、アメリカ兵が女性に暴行しようとして彼女の婚約者に殺される事件が発生した。3月5日にその兵士の指揮官であったアンドリュー・S・ローワン大尉は報復のためにハグナ（Jagna）の町を焼き払った（ロノイの戦い）。ボホールの住民は怒り、暴動に発展した。最初、ローワン大尉はこの報復行為のために停職処分になった。しかし結局、部隊内部でもこの行為に対する支持が高まった。米軍は次々に反乱の協力者とされる村を焼き、家畜を殺し目立つ民間人たちを水責めで拷問した。戦闘の終わりまでに、アメリカ軍部隊は16から20の村を焼いた。エドウィン・F・グレン少佐は拷問を認可した罪で後に軍法会議にかけられた。サムソンとその部下は1901年12月23日に、大赦を保障され忠誠を誓った後、降伏した。戦争はこの時おおむね終了したが、1ヵ月後サムソンは再武装し、地方顧問のJ・R・ヘッグを殺害する命令を出した。これは感情をあおりほとんど戦争再開に近いところまで至ったが、戦闘は起こらず最後のアメリカ軍部隊は1902年2月に島を去った。1917年3月10日、アメリカの植民地政権はフィリピンのほとんどの州の創設につながる決議を出し、ボホールは独立した州となった。
開局当初から経営は苦しく、決算が黒字となっても続いたことがない状態であった。資本金は当初10億円あったが、その後赤字削減のため経費削減を補う形で大幅に取り崩し、1億円となった。経費削減のため、一時西日本新聞社が発行するフリーマガジン「BNT」のうち5ページをタイムテーブルとしている時期があった。2005年11月からこの形式を採用していたが、「BNT」自体が終刊となったため、2008年4月から独自タイムテーブルの発行を再開した。この他にも、公式メールマガジン「CROSS PRESS」やポッドキャスティング（2006年4月から、インターネットラジオは以前にも公開したことがある）などを実施している。2008年5月7日、株式会社エフエム九州は臨時株主総会を開き、自力での経営再建を断念し、東京の投資会社ネクスト・キャピタル・パートナーズが新たに設立した「株式会社CROSS FM」に放送事業を譲渡したうえで、会社を清算（新旧分離）することを決議し、発表した。広告収入の減少により2008年3月期決算では赤字が見込まれており、その結果、6億円の債務超過に陥ることが明らかとなった。新会社は他社からの増資を受けた上で同年6月23日に総務省九州総合通信局から放送免許承継の許可を得た。同年7月1日0時を以って放送設備、人員を旧会社から引き継ぎ、「CROSS FM」の愛称を継続して放送業務を開始した。新社によって放送免許・放送設備などを旧社から引き継いだ日本の放送局は、過去には1973年10月31日に日本科学技術振興財団が運営していたテレビ事業（愛称・東京12チャンネル、科学テレビ）を同事業の番組制作（製作ではない）プロダクションである「株式会社東京十二チャンネルプロダクション」（日本経済新聞社が出資）が引き継ぎ、同年11月1日から同社が継承し、同時に社名を「株式会社東京十二チャンネル」（現在のテレビ東京）に変更した例があるが、前の法人の経営難により新旧分離によって設立された新法人による民間放送局の放送免許などの引き継ぎはCROSS FMが全国で初の事例となる。また日本の放送局の倒産は1994年、イトマン事件に絡んで本社社屋・放送機材が担保に入れられたことで会社更生法の適用を受けた近畿放送（現：京都放送・KBS京都）以来14年ぶりのことである。エフエム九州の経営破綻から2年後の2010年4月、兵庫県のKiss-FM KOBEも経営陣の粉飾決算問題が発覚して経営破綻した。エフエム九州が経営破綻した2年3か月後の2010年9月30日、愛知国際放送（RADIO-i）が広告収入源の減少などで経営破綻に追い込まれ、日本の放送法に基づく放送局としては初めて引き継ぎ企業が現れることなく閉局に追い込まれた。