サイド2のザンスカール帝国が戦争を起こした宇宙世紀0153年。サイド3で、かつてはジオン公国の首都ズム・シティであったムンゾに住むMSマニアの高校生フォント・ボーは、趣味のネットサーフィンで偶然ザンスカール帝国のサイコミュ兵器「エンジェル・ハイロゥ」に関する機密情報を探り当ててしまったために、ザンスカールに追われる身となる。そこでフォントの前に現れたのは、兎のぬいぐるみを持つベルという名の謎の少女と、カーティス・ロスコと名乗る盲目の男、そして既に全機が喪失し現存しないはずのクロスボーン・ガンダムであった。カーティス・ロスコは、「神の雷計画」の失敗後に帝政が瓦解し共和政に移行していた木星の中で、父クラックスの遺産を受け継ぎテテニスが当主を務める「ユピテル財団」の所有する特殊部隊「蛇の足（セルピエンテ・タコーン）」の隊長であり、ベルはテテニスの一人娘であった。木星共和国本部の意思を離れ「海賊軍」を名乗って活動することを宣言したユピテル財団の活動に身を投じることになったフォント。やがて、宇宙細菌兵器「エンジェル・コール」を巡り、海賊軍・ザンスカール帝国に加え、木星のタカ派独立部隊「サーカス」、リガ・ミリティアらが入り乱れ、複雑な駆け引きや争奪戦が繰り広げられる中で、フォントは従来ニュータイプと称された人々とは異なる、豊富な知識と常人離れした計算力を活かしたMS操縦技術を開花させていく。
木星戦役から3年後の宇宙世紀0136年。ブラックロー運送を営む傍らで、クロスボーン・バンガードとしてコロニー間の紛争等に介入してきたトビア達。そんな時、トビアは木星軍残党に追われていたエウロペという妙齢の美女を保護する。彼女はクラックス・ドゥガチの後妻にして、ベルナデットの養母でもある女性だった。エウロペの口から、木星帝国は彼女の弟達である新総統光のカリスト・影のカリスト兄弟のもと軍備を立て直し、木星圏から地球への超長距離コロニーレーザー攻撃計画「神（ゼウス）の雷計画」を発動していることが告げられる。しかし、エウロペが地球圏に到達した時点で、コロニーレーザー「シンヴァツ」の第一射予定時刻までは2週間の猶予しか残されていなかった。通常の航法では地球から木星までは3か月以上を要し、既に地球圏から大軍を木星圏に送り込む時間はない。トビア達は限られた時間の中で、シンヴァツ発射前に木星圏に到達する手段の確保と、少数精鋭の部隊で破壊工作を行うための7名の優秀なパイロットの確保という、2つの課題に直面することとなる。
『ガンダムエース』2016年6月号にて連載の告知が発表され、2016年9月号より連載開始。『クロスボーン・ガンダム ゴースト』後の時代となる宇宙世紀0169年を描く。本作からクロスボーンの綴りが「CROSS BONE」から「CROSS BORN」に変更されている。
『ガンダムエース』2012年1月号から2016年5月号まで連載。『機動戦士Vガンダム』と同じ時期となる宇宙世紀0153年で、ザンスカール帝国の最終兵器を知ってしまい追われる身になった主人公と、彼を救う人物が搭乗する、この時代には既に存在しないはずのクロスボーン・ガンダムとの邂逅から始まる。続編の打診を受け、ガンダムは終われないと考えた長谷川は本作の最後を「完結」ではなく「章の終わり」というまとめ方にしている。2017年発売の『ガンプラエースSpecial 月刊ガンダムエース9月号増刊』には、『ゴースト』の登場人物であるハロロを主人公とするスピンオフ作品「ハロロDEガンプラ」が掲載された。作者は榊蒼十郎。
『ガンダムエース』2006年7月号から2007年9月号まで連載。宇宙世紀0136年において始まった木星帝国との最終決戦を描く。黒澤明の映画『七人の侍』がイメージのベースとなっており、作中でもこの映画に関する話が出ている。本作より後の時代（宇宙世紀0153年）を描いた『機動戦士Vガンダム』のキャラクターや技術も登場する。
本来『クロスボーン・ガンダム』は1作のみで終了する予定だったが、その後『ガンダムエース』などに散発的に長谷川による読み切り作品が発表され、2005年には後述する全てのエピソードを収録した単行本『機動戦士クロスボーン・ガンダム スカルハート』が発売された。本編連載開始以前に発表された長谷川の漫画作品『機動戦士Vガンダム外伝』とのクロスオーバーが見られる。
「曲直問答」を別としても、青葉通の予定地は市街中心にあったから、多数の立ち退きが必要になった。中には焼け跡に不法に建てられたものもあった。焼け跡に生まれた商店街「駅前マーケット」は立ち退きでなくなった。仙台駅の工事は1948年（昭和23年）6月に始まった。青葉通は1950年（昭和25年）にはじまり、1954年（昭和29年）に完成した。家屋取り壊し直後の駅前は、広いばかりでむき出しの土が露出し、雨にはぬかるみ晴れれば埃を舞い上げ、「仙台砂漠」と呼ばれた。数年で舗装され、街路樹が植えられ、街灯が付けられ、徐々に美観が整った。青葉通のケヤキ並木は1950年（昭和25年）頃から1965年（昭和40年）頃までに植えられた。戦前の仙台は豊富な屋敷林によって市街に樹木が豊富な都市で、「杜の都」の名をとった。しかしそれが空襲で焼き払われると、一転して緑に乏しい街になってしまった。仙台市にとって、広くとった道路に新設する街路樹は街に樹木を取り戻すためのものであった。当初は樹種の選択に様々な案があり、ケヤキは愛宕上杉通と交差点から東一番丁通との交差点までの歩道側だけに植えられた。木は台原から、失業対策事業の労働者が移植した。やがてケヤキ並木の評判が高まり、他の場所もケヤキでそろえられ、定禅寺通のものとあわせて杜の都のシンボルとされるようになった。