逮捕時はエドワード・マーチンと名乗っていた男が本名ジェームズ・W・マッコード・ジュニアでこの時ニクソン大統領再選委員会の警備主任であることが、翌日までに判明した。彼はまたCIAの元工作員でもあった。そして彼らが投宿していたウォーターゲートホテルの室内から大金（100ドル紙幣53枚）が見つかり、その出処に疑惑が広がった。現行犯逮捕された5人のうち、3人はキューバ人で1961年のピッグス湾事件（第1次キューバ危機）の退役軍人、1人は亡命キューバ人を訓練するCIA工作員、そして5人目はニクソン大統領再選委員会のメンバーだった。さらに警察が押収したユージニオ・マルチネスともう1人の手帳の中にチャールズ・コルソンの名前があり、彼はこの時にホワイトハウス顧問であった。またマルチネスの手帳にはさらにエヴェレット・ハワード・ハントの名前が書きこまれていて、自宅の電話番号が記され、しかも「HOUSE・WH」と記されていた。ハントは、元FBI、CIA職員で、その後ホワイトハウスの非常勤顧問を務めてこの年の3月に辞職したが、4月から勤めていた広告会社のオフィスはホワイトハウスのすぐ向い側のビルにあった。ワシントン連邦地方検事局（アール・J・シルバート主任検事補ほか）は、マッコードとCIAとの関係の調査を始め、かつ大統領再選委員会との関係についても捜査を始めた。そして元ホワイトハウス顧問のハワード・ハントが捜査線に浮かび上がり、しかも彼はキューバに関わった元CIA工作員であった。侵入犯のメンバー3人がいずれも反カストロの亡命キューバ人であったことから、民主党本部盗聴ー大統領再選委員会警備主任ー亡命キューバ人ーホワイトハウス顧問という絡みに疑惑が膨らむばかりであった。5人の背後にハワード・ハントがいることはもはや明らかになった。侵入犯がニクソン大統領に近い者と関係があるのではないかとの疑念が生まれた。これに対し、6月19日にニクソン大統領の報道担当官ロナルド・ジーグラーは、三流のコソ泥（third rate burglary）とコメントして、ホワイトハウスとは無関係であるとして一蹴した。また6月22日には大統領が「いかなることにせよ、この特殊な事件にホワイトハウスは関係していない」と声明を出している。この「三流のコソ泥」とは、この侵入事件の犯人グループの行動を的確に表現したものと一方では皮肉られている。そもそも発見されるきっかけとなったドアのテープは、内部に入れば必要でない(室内からロックを解除できる)のにわざわざ取り付け直していること、最初に侵入して取り付けた電話が狙っていたものとは違う別の電話であったこと、この程度の作業で5人も侵入する必要がなかったこと、侵入時に手帳を所持して結果ホワイトハウスとの結びつきが露見したこと、しかも大統領再選委員会の現職の人間を入れたことなど、「これはプロのする仕事ではない。ヘマなやり方だ」「どんな老いぼれ刑事でも集団で押し入ったりするヘマはやらない」という専門家の声が事件直後の新聞に掲載された。このどこか軽い行動が逆に一般的な見方として、上層部の知らないところで現場の人間が軽はずみにやった犯行というイメージとなり、ニクソン政権には直接関係がないことと理解する向きが多く、大統領選挙にはまったく影響がなかった。
共和党は1964年にその保守・右派と、中道保守との間でひどく分裂した。元副大統領のリチャード・ニクソンは1960年の大統領選挙でケネディとかなりの接戦を演じたうえで敗れ、その後1962年のカリフォルニア州知事選挙でも敗れたために出馬しないことにした。党主流派のニクソンは共和党両派との結び付きがあり、1960年の時は両派をまとめることができた。ニクソンがいなければ、両派が指名を求めて全面的な政治的内戦状態になることは明らかだった。アリゾナ州選出合衆国上院議員のバリー・ゴールドウォーターは保守・右派の代表だった。保守派は伝統的にアメリカ合衆国中西部を地盤にしていたが、1950年代からは南部や西部でも力を付けていた。低い税金、個人の権利と企業の利益を支持する小さな連邦政府を支持し、社会福祉プログラムには反対していた。また、北東部に地盤がある中道派の君臨に不満を抱いていた。1940年以来、東部中道派が共和党の党大会で保守派の指名候補者を破り続けていた。保守派は、東部中道派がその哲学や政府に対処するやり方で民主党左派と大差ないと思っていた。共和党の指名を得るためにゴールドウォーターの主要対抗馬は、ニューヨーク州知事で長い間共和党中道派の指導者であるネルソン・ロックフェラーだった。ロックフェラーがゴールドウォーターによって指名争いから追い出されたときに、党中道派はペンシルベニア州知事ウィリアム・スクラントンに乗り換えて、彼ならばゴールドウォーターを止められると期待した。ニューハンプシャー州予備選挙ではロックフェラーとゴールドウォーターが有力と考えられていたが、記名投票で候補者名簿には載っていない候補にも投票が出来たことから、1960年の大統領選挙でニクソンの副大統領候補だったヘンリー・カボット・ロッジJr.駐南ベトナム大使（元マサチューセッツ州選出合衆国上院議員）が勝利。更にマサチューセッツ州とニュージャージー州予備選挙でもロッジは勝利したものの、彼自身が大統領候補としての指名を求めないと宣言するに至りロッジへの支持は止んだ。ゴールドウォーターはニューハンプシャー州で敗れたにも拘らず、選挙運動を続け、イリノイ州、テキサス州およびインディアナ州の予備選挙でほとんど反対無く勝利し、ネブラスカ州の予備選挙ではニクソン担ぎ出しという手ごわい挑戦にも勝った。ゴールドウォーターは多くの州党員集会でも勝利し、さらに多くの代議員を集めた。一方ロックフェラーはウェストバージニア州とオレゴン州の予備選挙でゴールドウォーターに勝利し、スクラントンは出身州であるペンシルベニア州で勝利した。ロックフェラーもスクラントンも大半が北東部だが幾つかの州党員集会で勝利した。ロックフェラーとゴールドウォーターの天王山はカリフォルニア州予備選挙だった。1963年にロックフェラーは突然妻と離婚してその後間もなくかなり若い女性と再婚した時に、不快な報道を受けていた。その女性ハッピー・マーフィーがロックフェラーと再婚する前に突然前夫と離婚していた事実があり、ロックフェラーは彼女と婚外交渉があったという噂が流れた。このことは共和党内の多くの社会保守主義者を怒らせ、その多くはロックフェラーが「他人の妻を寝取った」と囁いた。これらの告発にも拘らず、ロックフェラーはカリフォルニア州の世論調査の大半ではゴールドウォーターにリードしており、予備選挙の数日前にその新妻が息子ネルソン・ロックフェラー・ジュニアを出産した時は勝利に向かっていた。その息子の誕生が不倫問題を前面かつ中心に押し出すことになり、ロックフェラーは急速に世論の地盤を失った。ゴールドウォーターが51%対49%という僅差で予備選挙を制し、重大な対抗馬でありなんとか指名争いに残っていたロックフェラーを排除した。