しかし太平洋戦争が始まると記者クラブは変質することになる。まず、日米開戦前の 1941年5月、新聞統制機関「日本新聞連盟」が発足。11月28日、「新聞の戦時体制化」が決定され、日米開戦後に新聞連盟の設けた「記者会規約」により加盟は記者個人から会社単位となり、役所の発表を取材して右から左へ発表報道をおこなう翼賛クラブが1官公庁1クラブだけ認められた。取材組織として公認され、国家体制に組み込まれた記者クラブ制度が始まった。記者クラブはだんだんと政府発表を政府の意向通りに報じる「御用クラブ」と化していき、東條内閣が倒れ、朝日新聞出身の緒方竹虎が国務大臣兼情報局総裁として小磯内閣に入閣し、新聞への検閲を緩めようとしたころには、検閲と自己規制で委縮した新聞には統制緩和を生かす力はもはや残っていなかった。
映画冒頭、フォン・ブラウン工場にて上半身と下半身が分かれた状態で登場。上半身は装甲が外された状態で、機体各部に仮止めのテープが貼られていた。頭部は黄色いシートが被されており、チェーンがそれを外すとこちらも仮止めのテープが貼られており、ツインアイ部分は白いシートで抑えられていた。ネオ・ジオンの第二波は来ないと推測したアムロは、スウィート・ウォーターに入る前のシャアを叩くため、νガンダムを受領に月のフォン・ブラウン市工場へ赴いた。その時にはνガンダムは上半身と下半身は接合された状態で胸部と左足のみ装甲が付けられたまま、6人のアナハイムのスタッフによって整備をされていた。コクピット内部はこの状態でもモニターをつける事が可能で、シートの後方に設置されたサイコミュの受信パックの確認作業がアムロにより行われた。アムロはνガンダムをすぐにでも持って帰ろうとしたが、実戦装備にあと3日は必要だとオクトバーに言われた。しかし、アムロはその提案を拒否した。機体各部に全て装甲が取り付けられた状態で、コックピット内でサイコミュ受信の調整をしているアムロの元に、シャアの第二波が迫っているとの手紙が届き、至急ロンド・ベルに帰投するよう命令が下された。作業を手伝っていたアナハイムのスタッフに「でも まだ終わっちゃ…」と言われるも、アムロの手によりサイコミュの調整は途中で切り上げられた。機体に「火を入れる」と言うアムロにチェーンは反対するが、ブースターベッドとマスドライバーの手配をするようアムロから頼まれ了承する。出撃直前、オクトバーは「やめて下さい 間に合いはしません！」とアムロへ反対意見を言うが、パイロットスーツを着たチェーンが入って来たことで説得を諦めた。この時のコックピットにはチェーンのために前部に簡易的なサブシートが設けられている。フィン・ファンネルだけ装備せず、ブースターベッドに乗ったνガンダムはラー・カイラムの元へマスドライバーで発射された。射出後しばらくしてアムロは月、地球、カペラ、ヴェガ、太陽の座標から現在地を確認。打ち上げ時にかかったGで気絶したチェーンもようやく目を覚ました頃、既に前方ではロンド・ベルとネオ・ジオンの艦隊戦が始まっており肉眼でも戦闘による光芒が見て取れた。チェーンはシートベルトを外して戦闘の邪魔にならないようコックピット背部に退避した。シャアのロンデニオン潜入の陽動として展開したネオ・ジオン軍部隊を指揮するレズンのギラ・ドーガがケーラ機のジェガンを撃墜するかと思われた直前、νガンダムは遠方から最大出力でビームライフルを発射して救援に入る。データにない機体が援軍として登場した事から、ネオ・ジオン部隊は鮮やかに後退してみせた。のちフィン・ファンネルが届けられ、ラー・カイラム内で戦闘の合間をぬって調整が続けられる。地球寒冷化作戦阻止のためロンド・ベルがアクシズへの核攻撃を遂行した際には第二波として出撃。ネオ・ジオンのMS（モビルスーツ）部隊を一蹴するものの、核ミサイルがすべて撃墜されたため作戦自体は失敗する。シャア打倒のためにνガンダムを手に入れようともくろむギュネイ・ガスによりケーラ・スゥが人質にとられ、曳航しようとギラ・ドーガによってνガンダムの左足、右足、頭部にワイヤーをかけられた。そしてギュネイは投降サインを出してライフルを捨てるよう命令、アムロは要求通りにライフルは捨てたが早まって投降サインは出さずファンネルまで外してしまう。ネオ・ジオンの一般的な漏斗型のファンネルしか知らないギュネイは、フィン・ファンネルを放熱板としか思わず逆上、周囲のギラ・ドーガにアムロの殺害を命じた。ワイヤーから電撃を流されたνガンダム内のアムロの苦痛に反応して、アムロの意思にかかわらずフィン・ファンネル2基がワイヤーを切断し窮地を脱した。しかし、この行動が抵抗したとギュネイに取られた為人質となったケーラは握りつぶされ死亡した。そのまま、ヤクト・ドーガのビーム・ライフルを発射しνガンダムを攻撃しようとするが、この攻撃はフィン・ファンネルによって撃ち落とされた。ギュネイはそのまま撤退、その時にフィン・ファンネル2基は破壊された。ケーラの遺体をマニュピレーターで確保すると、νガンダムはラー・カイラムへと帰投した。アクシズ破壊のため三段構えの作戦をたてたロンド・ベルは再度攻撃を開始。クェス・パラヤの意志を感じたアムロは彼女の搭乗するα・アジールと、その護衛として随伴していたギュネイのヤクト・ドーガらと交戦。2機の高性能機とギラ・ドーガ部隊を相手に互角以上に戦った。だがα・アジールとヤクト・ドーガ、その二機によるファンネルの同時攻撃により、アムロが「やられる！」と叫ぶほど危機に陥いった。フィン・ファンネルにより展開されたバリアーで難を逃れている。α・アジールの背後を取ったνガンダムはそのまま撃墜しようと試みるが、死角からヤクト・ドーガの攻撃を喰らいシールドの上部を破損、機会を逃す。この時、破損したシールドと同時にバズーカも手放すが、バズーカの砲身に一瞬意識を奪われたギュネイの隙を見逃さず、ビームライフルを一射、ヤクト・ドーガを撃墜した。そして、破損したシールドをその場に残して、バズーカだけを回収しアクシズを破壊するため戦場の奥地へと急行した。νガンダムはアクシズに取り付くが、ここでアムロと決着をつけるため待っていたシャアのサザビーと最後の戦いを行うことになる。二人の実力は伯仲しており、互いに武器を失い機体のダメージも蓄積していくが、最終的にはνガンダムが勝利し、サザビーの頭部から放出されたシャアの脱出ポッドを捕獲する。ロンド・ベルの工作によりアクシズは内部より爆破され二分割されるが、作戦ミスによりそのうちの後方のひとつが地球への落下コースをたどり始め、アムロは破片の落下を阻止するべく機体をアクシズに取り付かせる。その行為に味方のみならず敵機までもその行動に協力する。その後サイコフレームの共振効果か、νガンダムが虹色の光を発し、発生したサイコ・フィールドによってほかの機体は押しのけられることで命を救われ、アクシズは地球から離れていくが、νガンダムおよびアムロとシャアの消息については劇中では描写されていない。