16世紀後半にはオランダによって現在のオーストラリアの西海岸が発見されており「New Holland（新オランダ）」と名付けられていたが、そこが「テラ・アウストラリス（Terra Australis）」という大陸であるかという調査をオランダ東インド会社によって依頼された。最初はモーリシャスへと航海し1642年9月5日に到着した。当地での船の修復、船員の休養、補給の後10月8日にモーリシャスから出発した。11月24日に現在のタスマニアの西海岸に到達し、オランダ東インド会社総督の名前アントニオ・ヴァン・ディーメンにちなんで「Anthoonij van Diemenslandt（ヴァン・ディーメンズ・ランド）」と命名した。1856年には、イギリスにより発見者タスマンに因みタスマニア島と改名された。調査の後にタスマニア島から北上しようとしたが風に恵まれず東へ進路をとった。そのためオーストラリア大陸を見逃してしまった。そのまま東へ航行し、12月13日にニュージーランドの南島に到達。タスマンはこの島は南米南端のスターテン島（現在のロス・エスタードス島）の一部と推定し、「Staten Landt」と命名した。その後、北へ進路をとる。ニュージーランドでは水や食料の補給中にマオリ族と争いになり、船員4名と数名のマオリ族の死者が出ている。その場所を「Murderers湾」（現在のゴールデン湾）と命名し、さらに北に航行したが、クック海峡をただの湾と間違え「Zeehaen湾」と命名した。ニュージーランドの南北両島が一つの島であると信じていた。バタビアへの帰路、1643年1月20日にトンガへその後フィージーへ到達し、ニューギニアの北岸を西進し6月15日にバタビアへ戻った。ニュージーランド航海の目印として名づけた名前は現在も残っており、マリア・ヴァン・ディーメン岬やスリーキングズ諸島等がある。
関ヶ原の戦い後、倉敷村は江戸幕府直轄領（天領）となり、備中松山城に置かれた代官所の管轄するところとなる。慶長6年の小堀代官検地によれば、石高619石余り、本山畑8丁反余りで合畝65町4反余りであった。また松山代官所は、高梁川の水運を利用し、高梁川河口付近に位置した倉敷湊を年貢米をはじめとする物資の集散地として活用、倉敷村は重要拠点として栄える。慶長19年に倉敷に陣屋（出張所的なもの）を設け、大坂冬の陣の兵糧積出しが行われた。延宝5年の倉敷全図によると、町割は、本町筋 長六町、中船元町 長二町、土手町 長一町半、井上町 長二町半、新町 長二町、船場町 長二町、向船場町 長四町、弓場町 長二町となっており、家数は364軒（うち本百姓194軒）であった。元和元年、松山城は幕府代官所から大名居城に移管され、鳥取より池田氏が入封する。それに伴い倉敷村は備中松山藩の領分となる。同5年の名寄帳では村内は5組に分かれており、併せて石高618石余り、田6町4反余り、畑31町1反余りとされている。また、同年には倉敷村南沖合を干拓し、倉敷新田（後に古新田へ改称。己未新田とも。現在の倉敷市新田の北部）を造成。同8年にはその新田の南沖合をさらに干拓、後新田（辰新田とも。現在の倉敷市新田南部）を開発した。両新田ともそれぞれ倉敷村の枝村となっている。寛永19年の年貢割付では本田（枝村の新田に対し、倉敷村本村の田）619石余り、古新田144石余り、後新田621石余りとされている。なお同年には、松山藩主の池田氏が2代目で廃絶したため除封となり、新たに成羽より水谷氏が入封する。これを機に倉敷村は再び江戸幕府の直轄領になり、代官として米倉平太夫重種が支配した。幕府領に戻った後、村内に代官出張所的な屋敷がつくられたといわれる。承応4年、後新田東側の備前岡山藩領との入会草野を干拓、未新田（未辰新田とも。現在の倉敷市新田東部）を開発し、枝村とした。石高は407石余りであった。天和3年以降は、倉敷村および枝村の新田の領地はめまぐるしく変化する。同3年に庭瀬藩、元禄10年には丹波亀山藩、同16年には再度幕府領（倉敷支配所）、宝永7年には駿河田中藩領、享保6年以降は再び幕府領（倉敷支配所）となり、以降は一貫して幕府領として幕末を迎える。なお歴代藩主とも幕府中枢に位置する立場であったことが共通し、各藩の領地となっている間も倉敷村（および周辺地）を幕府預かり地というような形で事実上の幕府代官支配が存続していたといわれる。天和4年の五人組帳では町方と在方に分かれており、町内に本家117人・店借5,021人、向屋敷は本家5人、新田は本家10人・店借56人とある。延享3年になると、倉敷村内に倉敷代官所が設置（現在の本町、倉敷アイビースクエアの敷地）され、その規模を拡大した。延宝9年の倉敷村御取ヶ付では、倉敷村は新田と併せて1,807石余りとある。のちに小開発も行われている。元禄8年の倉敷町委細帳によると四方10箇所に木戸が置かれ、町口7箇所に番家があった。毎月３・8日の六歳市が立ち、特に7月8・13日、12月23・28日は大規模で、近辺5里10里より大勢が集まり、盆・正月用の商いが行われた。竈数912、家数598、うち本百姓108・借屋水呑など797・庄屋1、人数3,874、牛113・馬12、船41、樋79、石橋40、板橋4、土橋3の記録がある。天保5年、当時の倉敷代官・古橋新左衛門が郷学明倫館を開設。慶応2年には、第二騎兵隊脱走兵による倉敷代官所焼き討ち事件（倉敷騒動）が勃発。代官所の一部が消失したため、明倫館を一時代官所として使用した。また同4年1月に岡山藩士の屯所にもなっている。