海軍で一番早く原子爆弾に注目したのは、海軍技術研究所の伊藤庸二大佐（電波兵器が専門）である（1939年頃）。1941年11月、アメリカの不審な動き（ウラン鉱石の国外持ち出し禁止など）を察知して知友である東大医学部の日野寿一と理学部の嵯峨根遼吉に原子爆弾の開発を相談した。両名ともその調査の必要性を力説した。その月の終わりまでに海軍技術研究所の上司・電気研究部長佐々木清恭にこの件を諮った。佐々木は日野、嵯峨根の意見を聞き、関係方面と交渉の結果海軍技術研究所の責任において調査に乗り出すことに決定した。ただし、この計画書の目的は原子力機関となっていて原子爆弾の文字は無い。もちろん、本当の目的は原子爆弾であったが、刺激的な文句は使うまいという心遣いであった。海軍技術研究所は、原爆研究機関「核物理応用研究委員会」（委員長は仁科芳雄）を発足させ、第一回の会合を1942年7月8日、芝の水交社で開催した。メンバーは理研の長岡半太郎、東大の西川正治、嵯峨根遼吉、日野寿一、水島三一郎、阪大の浅田常三郎、菊池正士、東北大の渡辺寧、仁科存、東京芝浦電気（現・東芝）マツダ支社の田中正道らであった。この委員会は1943年3月6日まで十数回開催された。しかし、戦局が進むにつれ「電波兵器（レーダー）研究担当の立場にある者が余分なことに力を浪費している」との批判が部内から出たため、この研究は中止されることになった。研究の中止に際して伊藤大佐は「だれかほかに代わってやってくれる人はないものか」と嘆いたという。この委員会で出された結論は「原子爆弾は明らかにできるはずだ。ただ、米国といえども今次の戦争中に実現することは困難であろう」というものであった。その頃、仁科が航空本部の川島少将に「あちこちから原爆、原爆と言われても困るから軍の窓口は航本（航空本部のこと）一本にまとめてほしい」旨の要望をしたことから、研究の主体は自然と陸軍に移っていった。
1941年、飯盛研究室の希元素関連の業務を事業化するために、大河内正敏所長を会長、飯盛里安を最高顧問として理研希元素工業株式会社が設立された (終戦時に解散)。理研構内の本郷工場のほか足立工場、荒川工場の三工場で各種希元素製品を生産した。荒川工場では、戦前アメリカから輸入した約200トンのカルノー石を処理してウラン約200キログラムを生産した。このほか、マレー半島産のアマン (スズ鉱石の残渣)、朝鮮半島産黒砂 (砂金採取時の残砂) を処理して約100キログラムのウランを生産し、合計約300キログラムがニ号研究用に蓄積された (ここで云うウランとは通称イエローケーキ、重ウラン酸ナトリウムのこと)。これらは終戦時に米軍に押収された。1944年後半頃から空襲が激しくなってきて工場が被災したので、軍からの指示で工場を福島県石川町に疎開させることになった。移転先として選ばれたのは完成直前のジルコン選鉱場で軍の命令で理研希元素工業株式会社に移譲された。これが理研希元素工業扶桑第806工場となった。選鉱場の人員はそのまま新工場に引き継がれた。この工場では東京から運んだ前記のアマンと黒砂を処理した。石川中学校の生徒が採掘した鉱石は量が少ないので原料にはならなかった。この工場は数か月稼働しただけで終戦になった。終戦直前、理研希元素工業扶桑第806工場に、いわき市小名浜の日本水素工業株式会社から触媒用銅ウラン合金板、約10トンが入荷した。酸化ウラン換算で800キログラムを含有すると見込まれていたが、使用されることはなかった。これはメタノールの合成に用いられていたが、新しい製法に転換したことにより不要になったものである。この合金が戦後どうなったかについては資料が残されていない。終戦直後の1945年10月1日、GHQのマンソン大佐から日本政府に対し、日本国内および戦時中日本の統治下にあった地域に残存するウラン含有資材について保有状況を早急に報告するように命令があった。これに対する回答書中に、「約10.9%のウランを含有する有機合成用触媒4トン（石川工場3トン、荒川工場1トン）」の記述がある。畑晋の私信と数量に食い違いがあるが、ウラン含有の合成用触媒合金が終戦後に確かに存在していたことが裏付けられた。
中国共産党と日本共産党との関係にも亀裂が生じた。毛沢東は「日本共産党も修正主義打倒を正面から掲げろ」「日本でも文化大革命をやれ」と革命の輸出路線に基づく意見を述べた（無論「意見を述べた」だけに止まらず、この毛沢東の号令を合図に中国共産党と中国政府機関を動員した対日干渉が始まった。日中貿易、北京放送、「日本の真の共産主義者」への国家機関からの財政援助など）。日本共産党は内政干渉として関係を断絶、激しい論争となった。その一方、日本共産党内から日本共産党路線に反対し、文革を賛美し、日本での文革引き写しの暴力革命持ち込みを掲げた分派が生まれ、発覚と同時に党から除名された。その最初のものが、山口県委員会から移行した左派の日本共産党である（“県委員”機関クラスの知己仲間内のことであり、同県の党組織は即座に再建されている）。ほかにも当時の日本において毛沢東思想が新左翼の一部で流行していた。山岳ベース事件やあさま山荘事件を起こした連合赤軍も武装蜂起、軍による遊撃戦争、農村による都市の包囲を謳い、「軍隊」による武装闘争を掲げたマオイスト集団であり、リーダーの永田洋子は遊撃戦の革命根拠地を求めて妙義山にアジトをつくり、 委員長の森恒夫は「銃口から政権が生まれる」さながらに「銃による殲滅戦」を掲げ、拠点になる秘密基地を作るための関東の山岳地帯への移動を、毛沢東にならって「長征」と称すほどであった。日本共産党は中国共産党側の対日内政干渉態度への自己反省がないことから関係断絶していたが、その後1998年に、「誤りを誠実に認めた中国共産党側の態度」によって日中共産党は32年ぶりに関係を修復している。日本共産党と疎遠となったことで、日本の左派における影響力を保持したかった中国共産党はこれ以降必然的に日本社会党との関係を強化していくことになる（日本共産党以外の新左翼は元来ソ連や中国などの既存の社会主義体制に批判的であったため）。文革中は中国の外文出版社発行の日本語雑誌である『人民中国』、『北京周報』、『中国画報』や『毛選（毛沢東選集）』などの出版物や北京放送などの国際放送で文革を礼賛する対日世論工作の宣伝がなされ、それらの購読者・聴衆者や日中友好協会の活動を通じて、安保阻止運動や米軍基地反対闘争などの社会運動に影響を及ぼし、また学生運動の武闘化傾向を助長し、新左翼運動の理論的根拠となった。