駅南口は静岡県東部を代表する商業地区となっており、沼津市役所、2008年に開業した再開発ビルのイーラdeをはじめに、商業ビルや商店街、アミューズメント施設のジョイランド沼津などで賑わっている。また、地域経済の中心としてスルガ銀行本店や静岡中央銀行本店を含む多数の銀行がある。沼津市内各地や伊豆半島方面への路線バスの発着場所になっている。過去には複数の百貨店が立ち並んでいたが、1994年に十字屋、1995年にニチイ、2002年に長崎屋、2004年に丸井が次々と撤退、1957年から営業していた西武百貨店も2013年に閉店し、富士急百貨店も規模を大幅に縮小している。西武跡地のうち、北側の本館は取り壊され、2014年6月に暫定利用施設として沼津駅前にぎわい広場「雄大フェスタ」と日産レンタカー沼津駅前店が開業した。南側の新館は全面改装が行われ、2014年4月にパチンコホール「沼津RAKUUN」（浜友商事運営）として開業、同年7月には同施設内に県内初のよしもと劇場がオープンした。駅北口には住宅地が広がっている。平成以降、沼津駅周辺総合整備事業が進められ、沼津機関区跡地には2008年に複合商業施設のBiVi沼津が開業、2014年7月にはコンベンション施設のふじのくに千本松フォーラムが全面開業した。付近には複数のビジネスホテルのほか、沼津商工会議所、沼津税務署、やや離れて静岡県東部総合庁舎、ショッピングモールのイシバシプラザなどが立地する。
（2014年3月15日現在）高速貨物列車は、吹田貨物ターミナル駅方面への2往復が当駅を始発・終着として、貨車の連結・解放を行う。当駅から東京方面へ直接向かう列車はない。
JR貨物の駅はJR東海の旅客駅より1kmほど西の沼津市本字下中溝601-4に位置する。3面のコンテナホームと6本の荷役線を有する。うち1面1線のホームは上屋付き。ホームの長さは150メートルほどしかない。貨物列車の着発線は旅客ホームの西側にあり、着発線より片浜駅方面に伸びる引上線から、荷役線が着発線方面に戻るように分岐している。なお、引上線や荷役線は電化されていないため、入換作業にはJR貨物HD300形ハイブリッド機関車が使用されている。駅の北にある明電舎沼津事業所へ専用線が通じ、希に変圧器を輸送する特大貨物列車が運行される。かつては、フジクラ沼津事業所や東芝機械本社工場など駅周辺の工場へも専用線が続いていた。
駅舎は構内北側と南側の2か所。2つの駅舎は跨線橋で繋がり、その跨線橋で各ホームにも連絡している。駅舎と跨線橋および、跨線橋とホームを結ぶエレベーターが整備されている。改札口は、南北2つの駅舎の中にある北口・南口と、跨線橋から駅ビル「アントレ」に直結するアントレ改札口の3か所。各改札口には自動改札機が導入されている。駅舎内には、JR全線きっぷうりば（南口が5:00 - 22:00、北口が4:40 - 22:30）や自動券売機が設置されている。南口・北口にはエクスプレス券売機が1台ある（営業時間5:00 - 22:00、但し9:30 - 10:10に発売を停止している。）また1・2番線にはホームライナーの乗車整理券券売機が2台設置されている。ホームの発車標は、以前は反転フラップ式が使用されていたが現在はLED式が使用されている。各改札の発車標は以前からLED式が使用されている。この他跨線橋と北口の改札には各方面行きの先発列車の発車番線を案内するLED式の案内表示機が設置されている。沼津駅は有人駅である。また、駅長配置駅（直営駅）に分類され、管理駅として沼津市内にある東海道本線の2駅（片浜駅、原駅）を管理している。
354年1月、殷浩は幾度も敗北を繰り返し、兵糧や物資を使い切ってしまったので、官民から甚だ恨まれる所となった。桓温はこれに乗じて殷浩の罷免を上奏すると、上奏は認められ。殷浩は官爵を剥奪されて庶人とされ、東陽郡信安県に移された。これにより内外の大権は全て桓温の手中に入り、桓温の北伐を止められる者は誰もいなくなった。殷浩は失脚して以降も恨み言を口にはせず、顔色や言動にも変化は無かった。また、談論・吟詠を止めず、家人に対しても悲しむ素振りを見せる事は無かった。ただ、いつも空に向けて「咄咄怪事（極めて不可解である）」の4字を書いていたという。その後しばらくして、桓温は考えを改めて郗超へ「浩（殷浩）には人望があり、弁も立つ。令僕として用いれば、儀刑・百揆を統べるには充分であろう。朝廷はその才の使い方を間違えているのだ」と述べ、殷浩を尚書令に任じようと思い、殷浩へ書を送った。殷浩はこれを喜んで受諾の返事を出そうとした。だが、返書を出そうという時になり、手紙に書き間違いがあるのを心配し、封緘を数十回も開け閉めして中身を確認したため、最後には中の手紙を入れ忘れたまま送ってしまった。これにより桓温は大いに怒り、官途への復帰は断たれてしまう事となった。356年、信安県において死去した。後に殷浩が改葬される事となった折、かつてその臣下であった顧悦は上疏して、殷浩の名誉回復を訴えた。この要求は叶えられ、詔により殷浩は生前の官位を追贈された。子の殷涓もまた名声を博していたが、武陵王司馬晞や庾倩らとともに反乱を計画したと桓温に誣告され、殺害された。