脳内現象説への根本的な批判として、そもそも脳内現象説は「脳内物質の発生により体験が起こっている」という「因果関係」を明らかにしているとは言えず、体験と脳内物質との「対応関係」(相関関係)を説明しているだけなので、「体験は脳内物質の分泌によるものにすぎない」と還元主義的に捉えるべきではないという批判がある。また、仮に側頭葉への電気刺激が体外離脱現象を起こしたとしても、それは異なる経路により同じ現象が起きただけであり、どうやって意識不明者が外界の物事を知覚し得たのかという問題はそのまま残る事になる。すると「側頭葉に刺激が起きた事が引き金要因となり、何らかの認識主体(霊魂など)が身体を離れ外界を知覚した」と説明する余地も残る事になる（そうした解釈は実際に唱えられており、右側頭葉は脳と精神と魂の収束する場所であると考える者もいる）。この例において側頭葉への刺激で体外離脱が起きたという事自体は、側頭葉と体外離脱に何らかの「関連性」がある事を示しただけである事に注意する必要がある。初期の研究者の中には、臨死体験が幻想でない事を示すために、脳機能との関連性を見出そうとした者もいた。また、ペンシルバニア大学のアンドリュー・ニューバーグは、深い瞑想状態に入った人間の脳内に一定の神経学的な変化が現れる事を見出したが、「瞑想時における様々な神秘体験が客観的な現実であるか」と問われた時に、「それは『神経学的な現実』である」と返している。神経科医のヴィラヤヌル・S・ラマチャンドランは「脳のなかの幽霊」で、側頭葉が神秘体験に関係しているという証拠は「使いようによっては神の存在に対する反証ではなく、神の存在を支持する証拠にもなる」とも語っている。こうした例からもわかる通り、ある体験に関与する脳の領域や化学物質を同定する事と、その体験が幻想である事を証明する事とはイコールではないので、混同してはならない。体験の幻想性を決定づけるのは、神経学的要因ではなく社会的な要因である。
ピーター・フェンウィックは、頭部に重傷を負い、脳機能が混乱状態に陥っている中で臨死体験が起きたというケースを自著で3例挙げている。重大な損傷を受けた脳が、鮮明で首尾一貫とした体験をしたとは考えにくく、仮に無意識下で何らかの意識モデルが脳で作られたとしても、それらのモデルは断片化され、ランダムで不鮮明なはずであり、臨死体験のように整合性のある物語体験とはならないと考えられる。また、人間の脳が重大な損傷を受けたとき、記憶はダメージを受けやすいため、通常は事件の間の記憶はロストされる。そのため、仮に損傷した脳が何らかの理由で明晰な体験を持ち得たとしても、その記憶を後から明晰な記憶で思い出すのは困難である。フェンウィックは大脳皮質に重大な損傷を受けたDavid Verdegaalの例などを挙げている。1986年、Davidは脳卒中を伴う心臓発作により2週間の昏睡状態に陥り、その間に臨死体験をした。Davidの大脳皮質は発作の影響により、大きな損傷を受けていたため、記憶能力は著しく弱まり、また心拍停止時の血圧低下が原因で脳が損傷したため、視覚も機能していなかった。こうした状況にもかかわらず、Davidは非常に鮮明なビジョンを伴う体験を報告した。仮に臨死体験が昏睡中ではなく心臓発作直前に起こったとしても、彼はそれを記憶し思い出すことは出来なかったと考えられる。一方で、2060名を調査対象としたイギリスのAWAREプロジェクトでは、脳損傷による心停止患者は、心停止中による無意識中の記憶を持たなかったと報告された。
しかし、籠城が長く続き食糧の不足していた城内では明軍に内応する者が出始め、彼らは明軍と呼応して反乱軍と戦った
7月4日、モンゴルとの連絡を絶たれた哱拝は城を捨ててモンゴルへ走ることを提案するが、息子の哱承恩は反対した
11日、明軍は寧夏城の東北が低地であることから、水攻めを開始した
17日、総督の魏学曽が罷免され、葉夢熊が後任となった
18日、堤防が完成し、湖の水が注がれた
モンゴル軍が沙湃などへ侵入した
哱拝や許朝は寧夏への誘導を行ったが、退去するモンゴル兵が多かった
20日、水攻めにより寧夏城が浸水し始めた
8月1日、反乱軍が船で堤防を破壊して水が引いた
破壊された堤防を築いた呉世顕は明軍に責任を追及されて処刑された
7日、堤防が修復されて再度水が注がれた
城内は食糧不足に陥り、餓死者が続出した
25日、土文秀は重病となり、劉東暘・許朝・土文秀の兵を分けて、狼煙を上げてモンゴルの来援を待った
モンゴル側では着力兎の800騎が鎮北堡から侵入した
27日、モンゴル数千騎が侵入し、哱承恩を救出して寧夏へ住牧すると表明したが、明軍に撃破される
9月3日、明軍陣営に浙兵1000と苗兵・荘浪土兵が到着する
5日、浸水で北方城壁が崩れる
反乱軍は貧民をし、富民より米を供出させたため、反抗される
8日、梅国楨と葉夢熊が南方より入城し、城民は歓迎した
梅国楨は哱拝父子を説得するも失敗
9日、劉東暘と許朝が土文秀を殺したことにより、哱拝父子から警戒される
16日、明軍は許朝・劉東暘を殺して城上に晒し首とした
17日、明軍は哱承恩を生け捕りにし、哱拝は家丁を率いて抵抗し、最後に自殺して遺体を焼かせた
明軍は火中から死骸を取り出して斬首に処し、ここに哱拝の反乱は終結した
11月11日、哱承恩は京師にて磔刑にされた