もう1つの戦場であった飯盛山城は三人衆の1人三好長逸の誘降戦術が功を奏して同年10月21日に開城、久秀に寝返った者は堺へ去っていった。この戦いで勝利した松永・三好連合軍は大和での実権が大きくなっていたと思われている。『東大寺雑集録』によると、各寺院に対して「金銀米銭」による矢銭を要求しており三人衆・池田・筒井連合軍が去った後、東大寺、興福寺に代わって松永・三好連合軍が布陣しており、寺方より引き揚げを要望したところ、要求が聞き入れられることは無かった。これらにより久秀の権威が回復したと思われている。その後三人衆・筒井連合軍の小規模な戦いは断続的に続いており、大きく戦局が変化したのが翌永禄11年（1568年）6月29日、信貴山城の戦いで信貴山城が落城すると、同年9月2日、山城木津城にいた三好政康が3千兵で西ノ京辺りに布陣した。翌9月3日多聞山城の北西の宿場を焼き、筒井軍も合流して多聞山城の東側より攻めた。その後一旦大豆山に陣取った。再び窮地に陥った久秀であったが、大きな味方が現れる。織田信長である。9月12日に三人衆に就いた六角義賢を観音寺城の戦いで撃破し、足利義輝の弟・足利義昭を第15代将軍に擁立して念願の上洛を果たすことになる（足利義栄は阿波で死去）。畿内制圧に動いていた信長に久秀は質子を入れ9月27日に芥川山城で息子の松永久通、三好義継と共に拝謁し、10月4日に再び信長に拝謁すると「吉光」と「九十九髪茄子」を差出、恭順の意を示し軍門に下ることになり、義継には河内上守護に、松永父子には大和を任されることとなった。信長は細川藤孝、佐久間信盛、和田惟政ら2万兵の援軍をつけ、久秀は再び大和に帰国し攻勢に出た。10月8日に奪回した筒井城が再び落城し、ついで10月10日に筒井方であった森屋城と窪之庄城が、10月15日に豊田城が落城すると大和は再び久秀の手に戻った。三人衆も畿内の諸城を落とされ、三人衆の勢力は一旦畿内から放逐された。
小説『魔界転生』には、吉川英治『宮本武蔵』、五味康祐『柳生武芸帳』などの先行する有名な剣豪小説、『寛永御前試合』ほか立川文庫の講談のオマージュ、パロディ要素がふんだんに盛り込まれていることが、数多くの文芸評論家、文学研究者によって解説されている。特に本作の宮本武蔵に纏わる描写には、“吉川武蔵”のパロディ、オマージュとされる要素が多分に含まれている。小説『魔界転生』は主人公・柳生十兵衛と最強にして最後の転生衆・宮本武蔵の舟島の決闘とその決着を描く最終章「魚歌水心」でフィナーレを迎えるが、この「魚歌水心」という章第は“吉川武蔵”最終巻、武蔵と佐々木小次郎の舟島の決闘とその決着を描く最終章「魚歌水心」と、章第や舞台の地名が同一、かつ勝者と敗者が“吉川武蔵”と完全に裏返しの構図になっている。文芸評論家の細谷正充は『魔界転生』を「吉川英治の代表作への最高に皮肉で、最高に素晴らしいオマージュ」と評価している。牧野悠は「柳生十兵衛が頭上から振り落とされる木剣ごと宮本武蔵を両断する趣向は、章題「魚歌水心」とともに、パロディの意図が明瞭である」と言及している。また、『魔界転生』で武蔵が連れている弟子の少年「伊太郎」の名と立場が、“吉川武蔵”で武蔵が連れ歩いた2人の少年「伊織」と「城太郎」の名前を合体させパロディ化したものと指摘し、『魔界転生』の宮本武蔵は「（“吉川武蔵”で描かなかった）巌流島後の武蔵を語るところから始めた吉川版武蔵のパロディ」と指摘する論もある。ミステリー評論家、映画評論家の宅和宏（瀬戸川猛資の別名義）は、本作の登場人物のうち荒木又右衛門と田宮坊太郎を立川文庫、宮本武蔵と宝蔵院胤舜を“吉川武蔵”、柳生但馬守宗矩と柳生兵庫介利厳を『柳生武芸帳』からの登場人物と紹介し、パロディの中でもいわゆるドリームマッチ物、当世風に言えばクロスオーバー、二次創作の分類で『魔界転生』を解説している。宅は「そう、これは剣豪小説のパロディなのです。それもかなり上質のもので、柳生の高弟の木村助九郎や田宮平兵衛が七人と対決するくだりは『柳生武芸帳』の五味康祐の文体にそっくり、ラストの船島での十兵衛と武蔵の決闘は吉川『武蔵』の有名なクライマックスに瓜二つでしかも完全な裏がえし、とくるのだからケタケタ笑ってしまう」と、『魔界転生』本文には既存作品の展開の踏襲・キャラクターや章題のネーミング被せなどのわかかりやすいオマージュのみならず、文体模写などの高度なテクニックが含まれることを指摘し、『魔界転生』のパロディ要素を大いに賞賛している。『魔界転生』に先行する著名剣豪集合作品に、講談『寛永御前試合』（1895年、求光閣）を背景にした柴田錬三郎『赤い影法師』（『魔界転生』と共通する剣豪は柳生十兵衛、柳生但馬守、柳生兵庫介（如雲斎）、宮本武蔵、荒木又右衛門）が挙げられる。また『寛永御前試合』に見られる由比正雪と柳生十兵衛の対決というモチーフは、『魔界転生』でも拾われている。