天正10年（1582年）3月、織田・徳川連合軍の武田領侵攻（甲州征伐）により武田氏は滅亡する。武田氏滅亡後、織田氏は恵林寺に逃げ込んだ佐々木次郎（六角義定）の引渡しを要請するが、寺側が拒否したため織田信忠の派遣した津田元嘉・長谷川与次・関成重・赤座永兼らによって恵林寺は焼き討ちにあった。この際、快川紹喜が燃え盛る三門の上で「安禅必ずしも山水を須いず、心頭を滅却すれば火も自ら涼し」と、『碧巌録』第四十三則の偈を発して快川紹喜は火定したといわれる。後代には快川の遺偈（ゆいげ）として広く知られ、再建・改築された三門の両側にも、この偈が扁額として掲げられている。一方で、これは『甲乱記』では快川と問答した長禅寺僧高山と問答した際に高山が発した言葉で同時代の記録においては見られず、近世には臨済宗の編纂物において快川の遺偈として紹介されており、佐藤八郎は快川の遺偈でなく後世の脚色である可能性を指摘している。同年6月には本能寺の変により信長が討たれ、甲斐・信濃の武田遺領を巡る天正壬午の乱を経て三河国の徳川家康が甲斐を領する。武田遺臣を庇護した家康は織田氏による焼き討ちを逃れ、那須の雲巌寺に遁れ潜んでいた末宗瑞曷（まっしゅうずいかつ）を招き、恵林寺を再建した。
鎌倉時代の元徳2年（1330年）に、甲斐国の守護職であった二階堂貞藤（道蘊）が笛吹川上流の所領牧荘を寄進し、五山派の夢窓疎石を招き開山。二階堂氏邸を禅院としたのが始まりとされる。もとは円覚寺派に属し、関東準十刹の寺格を有していた。恵林寺は甲斐における臨済宗の中心となり、古先印元、青山慈永、龍湫周沢や絶海中津らが勅命を奉じて輪番住持となる。後には足利義満により鎌倉禅林十刹に準ずる寺格を与えられた。応仁の乱で荒廃するが、甲斐武田氏の菩提寺に定められて復興し、京都から高僧が招かれる。
新しい将軍の時代となり、阿部、浦賀目付役となった香山、アメリカ側は奉行所に戻り、「プリーズ・ハロー」（Please Hello）により各国からの貿易の要求が公的にくるようになったのを表現される。喜歌劇風のイギリス提督に続き、木靴でダンスをするオランダ提督、陰気なロシア提督、おしゃれなフランス人が日本市場に競って参入しようとする。万次郎は日本古来の服装をするようになり、逆に香山は新しく西洋から伝来した服や生活習慣を取り入れ、新しい懐中時計やモーニングコートを気に入る（「山高帽子」（A Bowler Hat））。しかし西洋化により、小さなおふざけが変化を引き起こす。3人のイギリス海兵隊員がかわいらしい少女「プリティー・レイディ」（Pretty Lady）を芸者と間違い、少女は泣きながら助けを求め、武士は逃げる彼らを斬殺する。将軍に報告しようとした香山は、マントを着た男に暗殺される。その暗殺者は彼の以前の友達、万次郎であった。騒乱は続き、操り人形であった天皇が本当の力を将軍から奪い、日本を発展させることを誓う。日本はこれらの出来事から次「ネクスト」（Next）へ移行していき、幾重にも重ねられていた着物を脱いでいくと、Tシャツに黒ズボンの狂言回しが現れる。現代の日本ではトヨタやセイコーが世界的に活躍する時代となった。ここでは外国人が歓迎されなかった時代があった。しかしそれは遠い昔の話。ようこそ、日本へ。
長崎県南松浦郡北魚目村（現在の同郡新上五島町）に生まれる。隠れキリシタンの末裔であるカトリック教徒で母は未婚であることから戦時中はスパイ疑惑を掛けられた。旧制高校在学中の21歳の時に徴兵されて見習士官として新兵に大砲の撃ち方を指導した。所属する西部軍管区教育隊・砲兵生徒隊が疎開する熊本市郊外の山奥で終戦を迎えた。戦後は京都大学工学部に入学して京都カトリック学生連盟の委員長を務め、27歳で卒業した。教員生活を経て、長崎県議会議員を5期20年務めて長崎市長となった。その間に自由民主党長崎県連合会幹事長などを務めた。昭和天皇の病態に関する報道が相次ぐ1988年（昭和63年）12月7日に、市議会で日本共産党議員が昭和天皇の戦争責任に関して意見を求めて質問すると、市長3期目の本島は海外の記事や自分の従軍経験から考えて「戦後43年経って、あの戦争が何であったかという反省は十分にできたと思います……私が実際に軍隊生活を行い、軍隊教育に関係した面から天皇の戦争責任はあると私は思います」と答弁し、記者会見で「天皇が重臣らの上奏に応じて終戦をもっと早く決断していれば沖縄戦も広島・長崎の原爆投下も無かったのは歴史の記述から見ても明らかです」と重ねて発言した。直後に自民党県連などが発言の撤回を要求すると、自分の良心を裏切ることはできない、として拒否したため自民党県連から県連顧問を解任され、多数の右派系人物や組織から非難を浴び、街宣右翼から80台以上の街宣車で「天誅」と糾弾しされた。発言の「天皇にも戦争責任はあると思う。しかし、日本人の大多数と連合国軍の意志によって責任を免れ、新しい憲法の象徴になった。私どももそれに従わなければならないと解釈している。」とする主旨を、マスメディアは「天皇の戦争責任はあると思う」を強調して報道した。本島個人の責による警護公費の増大を自民党市議が懸念し、長崎県警察が警備を緩和すると、1990年（平成2年）1月18日に右翼団体『正気塾』の田尻和美が本島を背後から銃撃したが、重体から回復した本島は「犯人を赦す」と語った。1991年（平成3年）の選挙は、日本共産党は公認候補を出さずに本島を支持したほかに左派勢力も協力し、本島は4回目の当選をした。1995年（平成7年）の選挙は、多選批判などを受けて自民党の推薦を受けた伊藤一長に敗れ、政界から引退した。2007年（平成19年）にその伊藤が暴力団員からの銃撃で死亡した際「2代にわたり市長が銃撃されるのは異常」と毎日新聞の取材に答えた。2002年（平成14年）に第1回韓日平和交流功績賞、ドイツ功労勲章一等功労十字章を受けた。2002年（平成14年）以降は左翼過激派と顕著に接近し、中核派の機関紙『週刊三里塚』巻頭で「闘いの言葉」を執筆する。2014年（平成26年）10月31日に肺炎のために享年92歳で死去した。