4万字を超す再審開始決定の理由では、Xの告白は客観的証拠とも符合し信憑性が高く、また白シャツの斑痕が鑑定を経るにつれて変化していることへの説明がない点などが指摘され、「疑わしきは罰せず」の原則を適用すべき事案であるとの説明がなされた。この決定を下した三浦は、17年前にXに逆転無罪判決を言い渡した仙台高裁秋田支部裁判長その人であった（上記参照）。検察側は特別抗告を断念し、再審公判は9月28日に開始された。検察側は、Xの告白は虚偽であり、再鑑定の結果も弁護側に都合のいい部分の切り貼りに過ぎないと主張した。一方で、検察側は1977年1月に、ズック靴に関する松木の単独鑑定書を事件から28年経って初めて法廷に開示している（上記参照）。対する弁護側は一日も早い控訴の棄却を求め、検察側に自発的に控訴を取り下げることも求めた。那須も裁判所に対して「無実の者が苦しむようなことは二度と起こさないでほしい」と証言した。また、法廷に立ったXは「一日も早く那須さんを無罪にしてやって欲しい」と語った。この時、那須とXは25年ぶりに一度だけ顔を合わせ、その後は二度と出会わなかった。
しかしその半年後、第三の事件に対する判決が再審の門を開いた。1975年（昭和50年）5月20日、岸上康夫の指揮する最高裁第一小法廷は白鳥事件の再審請求を棄却したが、その際に再審開始に要する新証拠の明白性について「確定判決における事実認定につき合理的な疑いを生ぜしめれば足りる」「『疑わしいときは被告人の利益に』という刑事裁判における鉄則が適用される」として、その基準を大幅に引き下げる判断を下した。世に言う「白鳥決定」である。これを受けて10月14日、弁護側は仙台高裁に、白鳥決定を踏襲し「疑わしきは罰せず」の原則をこの再審請求にも適用するよう補充書を提出した。古畑鑑定を完全に覆せずとも、Xの告白でそれを切り崩すことで再審を開始させるとの方針を弁護側は固めた。そして年が明けた1976年（昭和51年）1月29日、三浦克巳裁判長が指揮する高裁刑事第二部は異議申立てについて事実調べの開始を決定した。同年7月13日、高裁刑事第二部は原決定を取消し再審を開始すると決定した。
1934年（昭和9年）にQ式血液型を発見した今村昌一と、翌年にE式血液型を発見した杉下尚治は、ともに金沢医科大学時代の古畑の門下生である。Q式血液型はブタの血清から、E式血液型はウナギの血清からそれぞれ作成する抗原で判定する血液型である。しかしQ式血液型は日本国外では全く存在を認められず、1927年にオーストリアのカール・ラントシュタイナーにより発見されていたP式血液型と同一のものであるとみなされた。やがて1965年（昭和40年）頃から日本の法医学界にも同様の認識が広まり、さらに抗原の由来によっては判定結果にぶれが生じるという欠陥もあったため、やがて法医学の教科書から姿を消した。E式血液型に至ってはそのような独立形質自体が存在しなかったことが判明し、Q式血液型と同様にその存在を否定された。
船尾は、三木が鑑定に使用した試料量も松木・鑑識鑑定と同様にQ式血液型の検出限界を下回っていたはずと指摘した。検察側証人として出廷した三木はこれに対し、Q型抗原は反応に個人差が大きいため検出限界は一概に定められないと反論した。反対に木村は、基本的には三木鑑定は適正妥当であると弁護し、Q式血液型の検出限界についてもABO式のそれと大差ないので問題にはならない、と後に語った。ただしさらに後の著書では、三木鑑定そのものは全く正しい妥当な鑑定であるが、市警による嘱託内容自体が「付着せる人血痕の血液型」と記載されているように科捜研鑑定と松木・鑑識鑑定の結果を前提としているので、その両者が適正な鑑定でない限りは三木鑑定の結論の正確性は保証されない、と述べている。また、人血であることを前提に鑑定を行うのであれば、科捜研鑑定でも松木・鑑識鑑定でも鑑定されていない「斑痕ホ」を試料に選ぶべきではなかったとも批判している。
1861年1月フロリダは独立戦争最初の数か月で合衆国から離脱した。北軍は保守要員一人を除いて要塞から撤退した。同月に南軍(別名アメリカ連合国軍)が要塞に進駐した。要塞に配置されている北軍(ユニオン軍)の一兵士は南軍から要塞の受領証を与えられない限り、降伏出来ないと拒否した。結局、彼は受領証を受取り、要塞は一発の銃火を交えることなく南軍の手に渡った。海側の砲台の5門だけを残し、ほとんどの大砲は他の要塞に送られた。1861年8月5日、セントオーガスティン・ブルース(セントオーガスティンで結成された民兵隊)はマリオン要塞の南軍に入隊した。彼らは最近組織されたばかりの第3フロリダ歩兵隊のB中隊に配属された。セントオーガスティン・ブルースは南軍の一員としてテネシー州ほか各地に転戦し死傷者を出した。12人以上のセントオーガスティン・ブルースの元隊員はセントオーガスティン市のトロマト墓地に埋葬されている。1862年3月11日、セントオーガスティン市長クリストバル・ブラーヴォ(Cristobal Bravo)が公式に北軍艦隊司令クリストファー・レイモンド・ペリー・ロジャーズ(C.R.P Rogers)に降伏を演じた後、要塞はセントオーガスティンの町とともに北軍に再占領された。准将サミュエル・デュポン指揮下の北軍艦隊の到着を予期して、南軍は前日の晩にセントオーガスティンから撤退していた。