旧勢力に平氏政権を排除する力（軍事力）はなく、その力を持っていたのは武士層であった。当初、東国や北陸で勃興した反平氏勢力は平氏追討を建前として掲げてはいたが、本音では自らの権利の確保、そして中央政府からの一定範囲での独立を真の目的としていた。旧勢力は平氏打倒という目的のためには実際に追討に携わる関東政権に依存しなければならず、寿永二年十月宣旨の発給といった大幅な権限委譲の道を開いてしまう。その結果として鎌倉幕府の成立がもたらされる。草創期の鎌倉幕府は東国の支配権を有するのみだったが、それは当時の幕府を構成する武士たちにとって十分満足できる結果だったはずである。創成期の鎌倉幕府と既存の朝廷は多くの軋轢を抱えながらも荘園公領制の維持という点では利害が一致しており、建久元年（1190年）の頼朝上洛により鎌倉幕府と朝廷の協調体制が確認された。鎌倉幕府と朝廷が全面衝突するのは、それから約30年後の承久の乱である。
乱の以前、平氏政権は軍事・警察権を握り、多くの知行国を保有していた。このために、平氏政権に権益を奪われた旧勢力（王家、貴族、寺社）により平氏政権の排除が企図された。最終的にはそれが成功したのだが、旧勢力は平氏政権が保有していた権益をすべて奪還することはできなかった。
戒律を重んじる律宗では我禅坊俊芿（1166年-1227年）が南宋からの帰国後、京都に泉涌寺を再興し、天台・真言・禅・律兼学の道場とした。俊芿の律は、唐招提寺や西大寺を中心とする奈良の律（南京律）に対し、北京律といわれた。また、宋学（朱子学）を日本に伝えたのも彼であるという。律宗中興の祖といわれる思円房叡尊（1201年-1290年）は、興福寺の僧を父として現在の奈良県大和郡山市に生まれた。1217年（建保5年）、17歳で京都山科の醍醐寺で出家し、同年中に東大寺戒壇で受戒した。1236年（嘉禎2年）、興福寺の覚盛らとともに東大寺法華堂の観音菩薩の前で自誓受戒し、単にみずからの悟りをめざすのみならず、他人も救済しようとする菩薩僧になることを誓った。叡尊は大和国西大寺を再興し、殺生を悪としてきびしく禁じて戒律「復興」に努める一方、技術者集団をかかえて道路や港湾の修復や架橋、寺社の修造などの公共事業をおこない、非人や貧民・病者の救済など社会事業にも力を尽くして、民衆の教化に努めた。中国から最新の戒律の教えを取り入れた叡尊の教団にあっては、厳しい戒律を守ることこそが多様な救済活動の原点になっていた。民衆に対しては、分に応じた戒律の護持を勧め、戒律を守れば、その呪術力によって願いがかなうと説き、鎌倉中期以降爆発的に発展した。叡尊は1262年（弘長2年）、北条実時（金沢実時）や三村寺にいた弟子の忍性の招きにより鎌倉を訪れ、実時や新しく執権となった北条時宗に授戒した。叡尊による直接の受戒者は出家者で1,694人、在家者6万人余におよぶと伝えられる。叡尊は、南都北嶺で受戒した官僧に対し、新たに西大寺と唐招提寺に戒壇を設け、遁世僧にも授戒の道をひらき、鎌倉時代の社会に大きな影響をあたえた。朝廷・幕府の権力者から最底辺の民衆にまで厚い支持を集めた叡尊はまた、元寇に際して敵国調伏の祈祷を石清水八幡宮でおこなったことでも知られる。良観房忍性（1217年-1303年）は、16歳で母を失い官僧となったが、1239年（延応元年）、23歳で叡尊の西大寺再建に勧進聖として加わったことを契機として、叡尊に師事した。1240年（仁治元年）ころ、忍性は叡尊とともに西大寺を拠点として大和国内の宿々に文殊菩薩の図像を掲げて供養をおこない、住人に施物（せもつ）をあたえているが、このような慈善はそののちもしばしば繰り返された。師と同様、社会事業に尽力した忍性は、1243年（寛元元年）、奈良にハンセン病患者を救済するための施設として北山十八間戸を設立し、その経営にあたった。忍性は、1252年（建長4年）、東国に下り、常陸国三村寺（つくば市）に住み、その後、鎌倉に入って北条業時らの保護を受け、1267年（文永4年）、鎌倉の極楽寺を再興してそこを拠点に律宗復興のため尽力した。極楽寺境内には病宿・らい宿・薬湯室・療病院・坂下馬療屋などの施設が整えられた。また、和賀江島の修築や極楽寺坂切通しの開削など鎌倉で港湾の整備や道路整備などの土木事業にたずさわった。同時期に鎌倉で活躍していた日蓮からは「律国賊」と論争を挑まれたことがある。鎌倉はじめ各地に悲田院を設立した忍性は、とくに非人救済に尽力したが、それがことのほか重視されたのは、文殊菩薩信仰によるものである。文殊菩薩が貧窮・孤独・苦悩の姿に変わって人びとの前面にあらわれるという経文が信じられていたからであった。忍性はまた、重源・栄西とならび、東大寺大勧進職となった遁世僧であった。他に律宗出身の学僧としては、円照（1221年-1277年）とその弟子凝然（1240年-1321年）がいる。特に凝然は、華厳経にも通じ、インド・中国・日本にまたがる仏教史を研究してその編述をおこない、日本仏教の包括的理解を追究して多くの著作をのこした。凝然の著した『八宗綱要』は日本仏教史上重要な文献である。