JR北海道は「北海道の恵み」シリーズの好評を受け、同様にキハ40形の改造により、観光列車として運行可能な車両2両を導入することとなった。2019年9月には「山明」号を公開。キハ40 1790からの改造車で、外観は広大な大地をイメージした深い緑色となっている。座席には木を用いたほか脱着式のテーブルも取り付けられ、普通列車としての運用時はテーブルを外す。2019年10月には「紫水」号を公開予定。
1999年に映画『鉄道員（ぽっぽや）』の撮影用としてキハ40 764に改装を施した。この車両は作品に登場するキハ12形に似せて側窓の上部をHゴム支持としたいわゆる「バス窓」に、前面のパノラミックウィンドウを平窓に、前照灯を貫通路上部の1灯式に改め、車番も「キハ12 23」（実在したキハ12形の最終番号の次の番号）に書き換えていた。キハ12形により近い外観のキハ22形は既に定期運用がなかったため、キハ40系が改造されたものである。映画撮影の終了後も前照灯をシールドビーム2灯 に改め、ナンバーを本来の番号に書き換えた以外はそのままの姿で使われ、「ぽっぽや号」として観光目的の臨時列車にも充当された。しかし、ブームの終了による集客の低下に伴い保留車となり、側面の改造で車体の老朽化が進み、前照灯と窓の変更により運転環境も悪化していたため、2005年6月24日に気動車の余剰整理を機に廃車された。廃車後は車体が2分割され、一方の先頭部はロケ地の幾寅駅前に保存されている。
1983年製のキハ37形に搭載したDMF13Sの実績に基づき、本系列のDMF15HSAについても直噴化と電子ガバナ化改造を実施した。試作として、まずキハ40 109およびキハ47 47、48、1034が改造され、試験の結果16-20%程度の燃料節減となったため、その後1987年までに北海道配置のキハ40系112両が改造された。
指宿枕崎線で運用する本系列に対し、降灰対策のためバス用独立機関式クーラーのトヨタ2Jと自動車用車内放熱器のRH21を用いたAU34による冷房化を、1986年から1987年にかけてキハ40形5両およびキハ47形10両に実施した。
車齢が若かったこともあり、国鉄時代に本系列に対して行われた改番を伴う改造は、キハ40形1000番台の1例のみである。また、冷房改造は鹿児島地区で実施されたのみに止まっている。
北海道向け酷寒地仕様で、1982年にごく少数が製造された。デッキ付き、1段上昇式二重窓の車体構成はキハ46形とも類似する。輸送量が限られた北海道の路線では2両編成以上が必須の片運転台車は使いにくく、便所付きの300番台車は4両 (301 - 304)、便所なしの1300番台車は3両 (1301 - 1303) の製造に留まった。304と1300番台全車が1988年にキハ480形に改造され、1300番台は廃区分番台となった。また、301 - 303の3両は、JR北海道に承継された後、2012年6月1日のダイヤ改正で札沼線（学園都市線）の一部区間が電化されたため運用から外され、3両ともミャンマー国鉄に売却されて300番台は廃区分となった。
キハ40形と同等の車端部片開き2扉配置だが、片運転台であり、便所の有無や耐寒仕様による番台区分があるが、暖地仕様の車両は存在しない。 便所は運転台のない側の車端デッキ寄りに設置されている。
1.3 m幅の両開き扉を車体中央寄り2か所に配置した、いわゆる「近郊形」のレイアウトで、客室窓は2段上昇式ユニット窓、デッキは装備せず、北海道向けの酷寒地仕様も存在しない。キハ40形、キハ48形よりもラッシュ時などの客扱い能力を重視した片運転台車であり、仕向け地とトイレの有無による番台区分がある。車内の化粧板はクリーム色系だが、初期に製造されたキハ47 1 - 16は緑色系である。
粟屋氏は、建武3年（1336年）に毛利時親の安芸国下向に従った粟屋親義の曾孫・粟屋春義の次男・義之を祖とする。延徳2年（1490年）8月、毛利弘元から安芸豊島150貫を与えられた。元秀は大内義興に従って出陣した毛利興元に付き従い、永正4年（1507年）から4年間、京に進駐し、永正6年（1509年）閏8月に興元から備前国津田郷のうち石道名や末数名などを宛行われた。永正14年（1517年）の有田中井手の戦いにも従軍し、その功績もあって、毛利元就に重用された。大永3年（1523年）に毛利幸松丸が夭折すると、毛利家中で毛利元就と相合元綱との間に後継者争いが勃発した。その頃の粟屋家当主であった粟屋元国と毛利家の執政であった志道広良の指示を受けて、神仏詣を名目として上京。12代将軍・足利義晴の支持を取り付け、元就に家督を継がせることに成功。元就家督相続時の宿老15名の連署状に元秀の署名も確認される。同年10月、元就から安芸東西条の内に給地を宛行われた。享禄5年（1532年）7月13日の毛利氏家臣団32名が互いの利害調整を元就に要請した連署起請文では10番目に署名している。没年は不明。