1810年5月25日の五月革命によるブエノスアイレスの主導権を認めずに、1811年に独立したパラグアイは、総統フランシア博士の時代からアルゼンチンのメソポタミア地方の分離独立を支持する政策を採り続け、1820年のエントレ・リオス共和国の樹立にもパラグアイの影響があったと言われている。こうした政策は成功し、1838年にはアルゼンチンのミシオネス州を併合した。1844年にパラグアイ共和国初代大統領に就任したフランシア博士の甥、カルロス・アントニオ・ロペスの開放政策の下で南米初の義務教育の導入、南米でも早い部類に入る鉄道の導入、工業化、ヨーロッパへの留学生の派遣、タバコとマテ茶の貿易、そして国土の98%にも及ぶ土地の国有化により、パラグアイはラテン・アメリカで最も近代化された国家となり、1862年に彼が死去した時には常備18,000、予備45,000の合わせて6万人にも及ぶ南米最強の軍隊を有していた。カルロス・ロペスは前任者と同じようにアルゼンチンのリトラル三州の分離独立運動を支援し続けたが、これはフアン・マヌエル・デ・ロサスの怒りを買った。1845年にはロサスはパラグアイとの貿易を停止し、1845年から1846年にかけてアルゼンチン軍と戦闘することになる。アルゼンチンの圧力は撥ね退けたが、1852年にロサスが失脚すると今度はブラジル帝国からの圧力が強くなってきた。ブラジルはパラグアイ川の自由航行権をパラグアイに要求し、危うくパラグアイとの戦争にまでなりかけたが、1858年にパラグアイがブラジルに自由航行権を認めると一旦対立は収まった。カルロス・ロペスは1862年「共和国は解決すべき多くの問題を抱えている。しかし剣によらずペンで解決せよ。特にブラジルに関しては」と息子に言い残して死亡した。そして同年長男のフランシスコ・ソラーノ・ロペスが第2代大統領に就任する。こうした状況の中でブラジルはウルグアイとパラグアイに対する野心を隠さず、ソラーノ・ロペスの娘とブラジル皇帝の縁談は断られた。一方でイギリス帝国も南米で唯一イギリスの自由貿易帝国に加えられていないパラグアイを疎ましく思うようになっていた。
1889年の共和制革命で主要な役割を果たしたことが主な理由となって軍は伝統的に政治に強い影響力を持ち、1920年代頃から「テネンチズモ」（テネンテ＝中尉から転じて青年将校を指す）と呼ばれる、革新的な青年将校が強い影響力を持って政治を進めようとする傾向が生まれ、ヴァルガス体制の設立にも協力した。その後1964年から1985年まで軍政下にあった事もあり、民政移管に際しても大きな影響力を政界に残した。そのためにかつて軍は「ブラジル最大の野党」と呼ばれていた。また、ブラジルは第一次世界大戦、第二次世界大戦共に連合国側で参戦し、第二次世界大戦に連合国として参戦した際には、ラテンアメリカで唯一陸軍をヨーロッパ戦線（イタリア戦線）に派遣した（ブラジル遠征軍）。その後1965年のドミニカ共和国の内戦の治安維持に派遣され、アメリカ合衆国主導による、ボッシュ派社会改革政権崩壊への積極的な協力を行った。1982年のマルビナス戦争（フォークランド紛争）の敗北によってアルゼンチンの軍事政権が崩壊した後は、長らく最大の仮想敵国と見ていたアルゼンチンとの融和政策が実現し、それまで続いていた軍拡競争が終わったために現在は周辺諸国との軍事的緊張関係は無くなった。ただし、国土が広大で人口も多いために、依然として南アメリカで最大規模の軍事力を保持する。12ヶ月の徴兵制を敷いており、総兵力は約320,000人ほどである。陸軍・海軍・空軍の三軍が存在する。軍事政権期には核開発計画を進めていたが、1988年アルゼンチンと共に核計画の放棄を宣言した。近年は国連のPKOに積極的に派遣されている。また、各種軍用機や軍用車両の国産化が進んでおり、特にブラジルの航空機産業の基盤を生かした一部の軍用機は自国や南アメリカの周辺国のみならず、ヨーロッパや中東諸国、オセアニアにも輸出されている。俸給と軍人年金の支払いだけで各軍の予算は圧迫されており、装備の維持と更新に必要とされる予算は不足している。陸軍の全保有車両の78%は運用開始から34年以上が経過しており、一部のトラックは第二次世界大戦中に使用された物もあるとされる。火砲の大半も第二次世界大戦時のものだとしている。1437両の装甲戦闘車両のうち42%から70%は使用不能で、6676両の車両のうち40%は使用不能である。弾薬は必要量のわずか15%しかない。海軍も同様に困難に直面している。海軍は7000キロを越す海岸線を警備するために21隻の水上艦艇しか保有しておらず、しかも可動状態なのは10隻程度のみで、そのうちの多くは制限付きで運用されている。5隻ある潜水艦のうち完全な可動状態は1隻のみで、ほかに2隻が制限付きで運用されている。海軍航空隊の58機のヘリコプターの内27機 (46%) も作戦不能状態にある。空軍保有の航空機のうち満足に使用できるのは267機のみで、残る452機は予備部品不足と整備不良で飛行不能とされる。この問題を悪化させている要因として、保有航空機の60%が運用20年経過、もしくはそれ以上の老朽機であるためとされる。近年の軍事費の対GDP比は1.5%程度で推移しているが、その広大な国土と多数の人口規模に比して、2009年の予算総額は297億ドルと圧倒的に少ない。2011年の予算は354億ドルとなり、若干の微増になってはいるものの、装備の近代化はまったく進んでいないのが実情である。