往時は、真言宗といわれ、室町時代、日什により、法華宗に改宗し、経王山本光寺と改称したという。徳川家光が本光寺を訪れ、本光寺18世・日啓と増上寺・意伝が東海寺・沢庵宗彭の立会いのもと、念仏無間の問答（品川問答）をした。近年、アルゼンチンに流出していた上行寺の祖師像が、本光寺へ遷座された。現住は45世木村康之貫首。什師法縁。
2000年、4月1日の対福岡ダイエーホークス戦で初登板。5月4日の対大阪近鉄バファローズ戦で初先発・初勝利を挙げる。しかしシーズン通しては結果を出せず即戦力として期待されたが3勝に終わった。2001年、先発として結果が出せずこの年は全て中継ぎ投手として起用されたが6勝を挙げ一定の成果は挙げた。2002年、黒木知宏・小野晋吾が怪我で離脱し、ネイサン・ミンチーが開幕当初不調に陥り、チームも開幕から11連敗と危機的状況の中、先発投手に転向し、プロ野球ワーストタイ記録の開幕12連敗を阻止する。清水はこの後、先発ローテーションに入りチーム二位の14勝を挙げプロ入り初めて規定投球回数をクリアした。2003年、初めてオールスターゲーム出場し、第2戦千葉マリンスタジアムで先発するが敗戦投手となった。リーグ唯一の200イニング登板を記録し、防御率もリーグ3位の3.13であった2004年、西武ライオンズとの開幕戦(西武ドーム)で初の開幕投手を務め、7回1/3を3失点で松坂大輔に投げ勝った。4月30日にも千葉マリンで西武を相手に4安打無四死球で完封勝利を挙げた。これは同年の日本一になった西武にとって、レギュラーシーズン・プレーオフ・日本シリーズを合わせても唯一となる無得点の試合だった。アテネオリンピック野球日本代表にも選ばれ対ギリシャ戦で先発し勝利投手となった。2005年、開幕戦の対東北楽天ゴールデンイーグルス戦に登板するが敗れ、楽天球団創立初公式戦での初白星を献上している。この年清水の防御率はロッテの先発ローテーション投手中、最も悪かった。リーグ優勝の際のビールかけ会場で清水は挨拶の際に「今まで迷惑かけて…」と言葉を詰まらせ、涙を拭く場面があった（その後は「嘘泣きです!」と明るく振る舞っていた）。しかしシーズン中は味方が4点以上援護した試合は10勝0敗、援護点が4点未満だった試合は0勝11敗という極端な成績であった。2006年開幕前の3月に、第1回WBCの日本代表に選出された。この大会では、1次リーグの対中国戦に登板しセーブを上げる。だが、2次リーグアメリカ戦ではデレク・リーに同点本塁打を記録された。シーズンでは、9月2日の対オリックス戦（京セラドーム大阪）の3回、カリーム・ガルシアを空振り三振に打ち取り投球回数1000回を達成。シーズン最終戦の10月1日の対楽天戦に登板し、1失点完投勝利して5年連続2桁勝利を達成。なお2桁勝利での1桁敗戦（10勝8敗）は初。さらに、年々悩まされてきた一発病も、この年は規定投球回に達した投手の中ではトム・デイビー（オリックス）と並んでリーグ最少の被本塁打9本と安定感を見せた。この年まで他の主戦級投手不在もあり、安定した活躍を続けたため、次第にエースとしての認識が定着する。2002年 - 2006年のシーズンに連続2桁勝利を挙げているのは、清水以外に井川慶（阪神タイガース）、石川雅規（東京ヤクルトスワローズ）のみである。現役投手の連続2桁勝利記録は1996年 - 2002年の7年連続の西口文也（西武）。オフには10月から翌年3月まで、TBSラジオでプロ野球選手をオフ期間中パーソナリティに起用した番組『エキサイト・スタジアム』の木曜日を担当。2007年、3度目の開幕投手を務めるが4失点で6回途中で降板、その後も不安定な投球が続き、1年間ローテーションを守るも6勝止まりだった。シーズン連続2桁勝利は5年で止まり、特に優勝した北海道日本ハムファイターズに対しては0勝4敗と相性が悪かった。2008年、キャンプ直前の1月17日に病気療養中だった妻を心不全で失う不幸に見舞われた（夫婦の間に1男1女あり）が、開幕からほぼ一年間、先発ローテーションを守り通して13勝をあげた。8月4日の西武ライオンズは1回3分の0、被安打7、8失点で降板。「まるで生まれたての子鹿や。オレは情けない」と名言を残す。9月15日の対福岡ソフトバンクホークス戦では、同点で迎えた9回表に自ら志願して2002年6月以来のリリーフ登板を果たし1回無失点で切り抜けると、その裏にチームがサヨナラ勝ちを収め7年ぶりの救援勝利をあげた。シーズン終了後には、同年にFA権を取得する清水に対して阪神タイガースが獲得を検討するとの報道がなされたものの、残留するという形で翌年の契約更改を行い、2年総額5億2000万円で合意した。1年目が2億4000万円、2年目が2億8000万円という年俸変動性のものであった。2009年、開幕から不調が続き6勝にとどまった。11月9日、那須野巧、斉藤俊雄との交換トレードで横浜ベイスターズへ移籍、2年目の年俸2億8000万円は横浜が支払うことになった。背番号は、入団して以来着けていた18番をエースの三浦大輔が着用しているため、同時期にトレードで日本ハムへ移籍した加藤武治が着用していた17となった。