1945年8月11日、中井は突然辞任した野田文一郎の後を受け、神戸市長に就任した（当時は市長選ではなく市議会の推薦に基づいて市長が選出された）。当時神戸は空襲が相次いでおり、「第二の故郷、神戸で死ねれば男子の本懐」という覚悟で引き受けたが、8月13日に村正を手に初登庁し「ともに市民を守って死のう」と呼びかけた矢先の8月15日に玉音放送においてポツダム宣言の受諾が表明された。中井は新たに「市民とともに生き抜こう」と訓示し、戦後の復興、食糧の確保、進駐軍対策に取り組んだ。「闇市も市民の食糧の役に立っている」という見解から闇市を厳しく取り締まらないよう指示したところ、取り締まりを厳しく行った大阪よりも多くの物資が神戸に集まった。さらに「統制は国民のためにある。その統制のために国民が生活できないとなれば、法の存在自体が目的に反している」と訓示し、食糧統制に背く形で市長公認の買い出し部隊を編成し、日本各地へ派遣した。1946年、5月に「五大都市（大阪市、神戸市、京都市、名古屋市、横浜市）に特別市制を実現する」という決議が国会でなされたことを受け、中井は神戸を特別市にするべく、神戸市と周辺の市町村との合併を推進する運動を展開。神戸市を特別市とすることはできなかったものの、現在の神戸市北区・西区が誕生するきっかけを作った。中井の下で神戸市外務課長を務め進駐軍との折衝に当たった原忠明は中井の特筆すべき功績として、神戸市の復興のために復興本部を設置し、近隣市町村との合併による市域拡大、神戸港の拡張、高速道路の建設、神戸高速鉄道、神戸市営地下鉄の設立などを内容とする復興基本計画を打ち出し、その後の発展の礎を築いたことを挙げている。中井が「置き土産」と称し生涯自慢したとされるのが、神戸市立外事専門学校（現・神戸市外国語大学）の設立である。文部省は進駐軍の指令に基づき、「戦災都市における高等教育機関の新設は当分の間認めない」という方針を打ち出していたが、進駐軍・文部省と折衝を重ねた末、1946年3月に設立の認可を得、同年6月に開校することに成功した。
1889年11月20日、大阪府大阪市東区瓦町（船場）に、薬問屋中井一馬・テルの末子（5男）として生まれる。父の一馬は大阪府議会議員と大阪市議会議員を兼任し、大阪府議会副議長、大阪市参事会員を務めた政治家でもあった。中井曰く尋常小学校、高等小学校時代の成績は優秀で、毎年級長を務めた。岸和田中学校在学中に肺結核を患い、2年間の休学・療養生活を余儀なくされる。復学後、1909年に首席で卒業。熊本の第五高等学校を受験するが合格できず、父の指示で東京で下宿し予備校（当時、予備校は東京にしかなかった）に通って勉強し、1910年に再び第五高等学校を受験し、第5位で合格。熊本第五高等学校でも3年間級長を務めた。1912年、東京帝国大学法科大学英法科に入学。卒業後無試験で司法官（裁判官）試補となり（当時、東京帝国大学法科大学を卒業した者は無試験で法曹三者になることができた）、1918年、司法官に任官した。
襲撃は、午前10時頃始まった。6人のテロリストがパキスタン軍、フロンティア・コープス (FC) の制服に身を包み、学校に隣接する共同墓地を通って、壁をよじのぼり、背後から学校に侵入した。学校に入る前、テロリストの1人は爆弾を、彼らが乗ってきたスズキ・ボランST41に仕掛けた。テロリストらは、自動爆弾を仕掛け、複合施設の中心へ位置する講堂へと真っすぐに移動して、実習のためにそこへ集められた子供たちに向かって無差別に発砲した。パキスタン軍の報道官、アシム・バジワ大将によると、テロリストたちは人質をとるつもりは全くなく、その代わりにできる限り多くの子供を殺すのが目的であった。テロリストたちが発砲した際、多数の子供が講堂の両側にある2つの出口から逃げようとしたが、その多くは庭で狙撃された。また、報道により、子供たちは、校長のタヒラ・カジを含む教師らが生きたまま燃やされるのを見ることを強要されたことも明らかとなった。10〜15分の間に、パキスタン軍SSGの隊が学校へ駆けつけ、重装甲車両とトラックで、2方向から敷地へ入った。すぐに、SSGの隊員は、テロリストが別の場所へ移動し、まだ校内に残っていた他の職員や生徒を殺害するのを防ごうとした。テロリストたちは学校の管理棟に移動し、そこで人質をとった。講堂近くで隊員により1人が射殺された一方、他の6人はどうにか管理棟へ移ってしまった。メディア中継車、メルセデス・ベンツ スプリンターの緊急外傷チーム、装甲車両に乗った医療部隊は学校に駆けつけ、軍警察部隊や地方警察がテロリストが逃げるのを防ぐために包囲した。その間、SSGコマンド部隊は学校に到着し、管理棟を取り囲んだ。作戦は主に、この棟から追い出し、テロリストによって捕らえられていた人質を救助するために行われた。スナイパーの特別チームと彼らのナビゲーターは、テロリストをピンポイントで狙った。これにより、テロリスト6人のうち3人が窓や通気口から殺され、コマンド隊が建物に駆けつけた際には、他の3人も射殺され、人質は救助された。2人の将校を含む7人のコマンド隊員は、戦闘により負傷した。捜索活動は、学校の敷地内で、テロリストが着ていた自爆用ベストに隠されたIEDの信管を取り除くため、すぐに開始された。攻撃の間、武装勢力は彼らの指導者とコンタクトをとったが、SSGがすぐに入り込み、保安官がテロリストの通信を妨害した。「我々は彼らや彼らがコンタクトをとっていたのが誰か知っているが、詳細は軍事的な理由により公表できない。彼らは位置を認識し、その地域の調査を実行したに違いない。また、内部から何者かがそれらを取り付けた可能性が非常に高い」とバジワは述べた。