2010年9月にWiiウェア版の移植を担当したNicalis社によって発表された。配信日は2010年11月29日（北アメリカ）。日本での配信は、同じくゲーム配信でNicalis社に関わりのあったNIGOROのチームと開発者の交流を機に、NIGOROの運営会社であるアスタリズムが配信することを、『洞窟物語』の記念イベント放送で告知。2011年11月22日に配信を開始。価格は1000DSiポイント。ボスラッシュモードや難易度を設定可能。DSiウェア版公式サイトのブログにて、「10月以降に立ち上げるとサプライズがある」と意味深な言葉が開発者から語られている。2012年6月6日に配信を終了。現在は購入することができない。
2008年10月3日、ニンテンドー・オブ・アメリカのプレスリリース、および開発者のサイトにおいて、Wiiウェア版『Cave Story』が発表、同時に準備中の公式サイトが公開された。開発は米国のNicalis社、公式サイトは同年10月6日開設。グラフィックや音楽が一新されているが、従来の様式で遊ぶクラシックモードもあり、Wiiウェア版だけの新要素などが追加されている。海外で2010年3月22日にリリースされており、日本国内でのリリースは未定。
PlayStation Portable（PSP）の非公式な自作ソフト（Homebrew）として、ufo_zによって移植が進められている。2007年11月時点のバージョンではPSPのワイド画面に対応し、動作もPC版と遜色のないものとなっている。日本語と英語の両言語に対応。また､2012年2月初旬に署名版が公開され､公式FWでも起動が可能になった｡
大泣きWWW によって移植が行われた。ユニバーサルバイナリであるため、Intel Macでも快適にプレイができる。ゲーム内容はWindows版とほぼ同じだが、一部のキーコンフィグが使用できない。
『洞窟物語』はWindowsアプリケーションの形態で発表されたゲームだが、ファン有志によって他のプラットフォームへの移植や、企業によって追加要素を施したコンシューマーゲーム機向けの移植が行われている。
従来、同人作品ではBGM演奏にMIDIが用いられるが「プレイ環境に依存し、演奏の再現性が悪い」という難点がある。このため当作品では、独自開発された「オルガーニャ」と呼ばれる演奏ドライバが使用されている。これはサンプリング音源をソフトウェアエミュレートしたものであり、レトロゲームを彷彿とさせる独特の味わいがある。前作『いかちゃん』でも、プロトタイプである「PiyoPiyo」が使われている。のちに開発者は、オルガーニャのサポートを第三者に譲り、ゲーム用音楽ドライバとして、より汎用的に使えるよう設計を一から作り直した「ピストンコラージュ」の開発に取り組む。
『洞窟物語』には、一般に公開されていない旧バージョンが存在する。これは開発者が学生の頃に開発していたもので、細かい調整を残してほぼ完成されていた。しかし、前述の『いかちゃん』のファンであった学友に見せたところ、「期待したほど面白くなかった（システムやゲームバランスなどが荒削りで、『いかちゃん』の次回作として期待に応えられるものではなかった）」と評され、作り直しを提案された。この一言で、このまま完成させるか作り直すかの二択に悩んでいたが、ある日、帰宅をともにした、この友人からの「フリーでゲームを作っているのなら、作っている自分自身が『満足する』ことが最終的な目的になるんじゃないか。だから、一番満足できるようにするのがいいと思う。」という言葉で、旧バージョンを全て捨てて一からの作り直しを決断することとなった。それから2年後、一から作り直された『洞窟物語』の正式版が公開され、現在に至る。
各エリアに点在する、固定位置の安全地帯に配置されたセーブポイントで進行状態の記録（セーブ）が可能。セーブポイントはフロッピーディスク状の物体として表現され、調べるとセーブの可否を問うウィンドウが現れる。セーブポイントの付近には「サーバー」と呼ばれる装置が設置されていることがあり、こちらを調べると体力の回復とミサイルの補充ができる。
小朝日→朝汐（1921年1月）→朝潮（1922年5月）→朝千鳥（東京、1924年1月）→朝潮（大坂、1924年1月）→朝光（東西合併、1927年1月）
「Los Angeles」の発音は、[lɔːs ˈændʒələs]（ローサンジャラス）または [lɔs ˈændʒəliːz]（ロサンジャリーズ）のように発音する。日本語では、外務省など政府機関においては「ロサンゼルス」としているが、「ロサンジェルス」「ロスアンゼルス」「ロスアンジェルス」などとも表現されている。「Los Angeles」という都市名は、スペイン語で[los ˈaŋxeles] ロサンヘレスと発音し、「天使たち」を意味する（英語: the angelsに相当）。1781年にこの土地に入植した人々が町の名をEl Pueblo de Nuestra Señora la Reina de los Ángeles de Porciúncula（我らが貴婦人、ポルツィウンコラの天使たちの女王の町）と名づけ、それが縮まったものである。「天使たちの女王」とは聖母マリアを意味する。ポルツィウンコラはイタリアのアッシジにあるフランシスコ会の聖地。略称は、LA（英語: [ɛlˈei] エレイ）。日本語ではロスと略されることが多いが、「los」はスペイン語の定冠詞の事であり、日本以外では通じない。19世紀には、中国語では音訳して「羅省枝利」と表記していた。これを受けて、1894年にロサンゼルス在住の船橋義七という漢詩の得意な日本人が「羅府」（らふ）と省略して日本人社会で使用することを提唱した。1903年創刊の邦字新聞『羅府新報』は、全米最大の日本語新聞であり、日系人や在住者の間では「羅府」の認知度は依然として高い。