太平洋戦争中の1942年（昭和17年）、ある青年が求道者を装って、北野教会を訪問した。彼は公教要理を学んで洗礼を受けて聖体拝領するまでになった。だが、青年は憲兵であり、その行動はブスケ神父を捕らえるための罠であった。神父の発言を全てノートに取り、さらに「天皇と神どちらがえらいか」という質問もした。神父様は青年を信頼していたので、迷わず「神」と答えた。1943年（昭和18年）2月16日の早朝に私服の憲兵が教会に押し入り、ブスケ神父を逮捕して連行した。大阪教区の田口芳五郎司教は、憲兵隊長を訪問して真相を追求するとともに再三ブスケ神父の解放を申し入れたが、聞き入れられなかった。尋問と拷問を受けて衰弱した神父は、弁明しようとしたところ、信頼していた青年の裏切りのために発狂したといわれている。その後香里の精神病院に送られ、急性肺炎に罹って、3月10日にこの世を去った。遺体には数カ所の傷があり、痩せ衰えて、顔には苦悩のあとがただよっていた。遺骸は北野教会に移されて翌日の3月11日に田口司教による葬儀ミサが行われたが、参列したのは僅かに同僚のパリ外国宣教会の神父数名と信者十数名のみであった。そして、それは憲兵と警官の厳重な警戒の下に行われた。神父の遺骸は服部霊園に埋葬されたが、憲兵と警官の厳重な警戒はそこまで続いた。
第一次世界大戦中の1914年（大正3年）、神戸領事館の動員令によって従軍することとなり、フランスに帰国した。数年後日本に戻り、兵庫県西宮市に教会を建てるように司教から命じられた。1921年（大正10年）、ブスケ神父が、兵庫県西宮市に土地を借りて、阪神間初となるカトリック夙川教会を創立して、2年後には、現在の教会のある土地を購入して仮聖堂を建てた。その後に本格的な聖堂を建設して、1932年（昭和7年）にネオ・ゴシック様式による現在の聖堂が完成した。ブスケ神父は更に女子修道院建設の構想も立ててはいたが、この計画は実現しなかった。ブスケ神父は聖体に対する信心が深く、毎日早朝に起きて3、4時間は聖体の前に跪いて黙想をしていた。カトリック夙川教会では毎朝2、30人の信者がミサに与って聖体を拝領した。「総ての事業には犠牲の裏付けが必要であるから、夙川の聖堂建設にも犠牲が捧げられなけれねばならない」とブスケ神父は語っていたが、その後敗血症に罹って重態となった。マルモニエ神父は「主よ、ブスケ師は本当に立派な信徒であります。何とぞ彼をすくって、私を身代わりに死なせてください」と祈り、その結果ブスケ神父は回復したが、マルモニエ神父はミサの司式中に急逝した。治療のために輸血が必要となり、日本人信徒は競って自らの血を提供したが、神父は「今や私の肉体も日本人の血を受けて日本人となった」と喜んだという。病から回復してから休養のために北海道のトラピスト修道院に行き、その後フランスに一時帰国した。約1年後日本に戻り、関目の教会で3、4年在任してから再び北野教会の主任司祭となった。
聖テレジアの自叙伝である『小さき花』を翻訳しようと志す契機となったのは、友人であるマルモニエ神父の手紙であった。『小さき花』は1911年（明治44年）9月に発行されたが、初版は1週間でなくなり、その後も版を重ね、遂に宮内省に献上することになった。
冬が始まると、隊員は生活居住区の中に完全に閉じ込められた。これは難しい時間であることが分かった。ベルナッチは退屈さといら立ちが増していった様子を「士官と隊員、全員で10人は機嫌が悪くなっているのが分かった」と記した。この緊張と拘束の期間に、指揮官としてのボルクグレヴィンクの力が足りていないことがわかった。ベルナッチに拠れば、「多くの観点で...良い指導者ではない」と記していた。極地の歴史家ラナルフ・フィーネスは、「民主的無政府」という状態の中で、汚れ、無秩序、不活発性というのが当時の秩序だったと記している。ボルクグレヴィンクは訓練を積んだ科学者ではなく、器具に精通していないこと、観測を1つもできなかったことが、隊員数人にとっての大きな関心だったとされていた。しかし、科学観測の計画は続けられ、気象の許されるときは戸外での行動が行われ、さらなる気晴らしとして、サビオが小屋の周りにある雪の吹き溜まりの中で即席のサウナ風呂を作った。コンサートが計画され、ランタンを使った幻燈、歌、朗読があった。この期間に2つの重要な事件が起きた。最初のものは、寝床の中で消されずにいた蝋燭から火事になり、大きな被害を出したことだった。2つ目の事件は隊員の3人が眠っている間に吸った石炭ガスで窒息死しそうになったことだった。この隊は様々な基本的食料が十分足りていた。バター、紅茶、コーヒー、ニシン、イワシ、チーズ、スープ、缶詰のハチノス、プラム・プディング、乾燥ポテトや野菜があった。しかし、贅沢品が無いことで直ぐに不平が出るようになり、コルベックは「上陸部隊に支給された缶詰果物は途中で食べてしまうか、船の乗組員に残されるかした」と述べていた。タバコも不足していた。500kgを用意するつもりだったが、特定量の噛みタバコのみが揚陸された。動物学者のニコライ・ハンソンがこの冬の間に病気になった。1899年10月14日、明らかに腸の障害でハンソンが死に、南極大陸に埋葬された最初の者になった。その墓は岬の頂部で凍った土をダイナマイトで爆破して作った。ベルナッチは、「あたりに沈黙と平和が充満している。海鳥が飛んでいる以外永遠の眠りを妨げるものは無い」と記した。ハンソンは妻がおり、また南極に向かった後に生まれた娘が残された。冬から春になると、犬と橇を使ってさらに大掛かりな内陸旅行の準備を始めた。しかし、そのベースキャンプは大陸の内部との間に高い山脈が隔てており、海岸線に沿った行程は、危険な海氷で阻まれていた。これらの要因のためにその探検の範囲が著しく限られており、ロバートソン湾の近傍に限られていた。このとき、小さな島が発見された。ペネル海岸にあるこの島は、遠征隊の庇護者に因んでヨーク公島と名付けられた。その数年後のディスカバリー遠征では、この命名が無視され、その島は「存在しない」ことになったが、その後、位置が南緯71度38分、東経170度4分にあることが確認された。