タイトルページの後に息子セザールに宛てた書簡の体裁をとった序文（セザールへの手紙）が続くが、これは初版に掲載されたものとほぼ同じもので、特段の増補や改稿は行われていない。序文の末尾に添えられた日付も「1555年3月1日」のままである。その後に本編といえる百詩篇集が収められている。初版では第4巻53番までしか掲載されていなかったが、この版では289篇が増補され、第7巻42番までが掲載されている（タイトルページの「300篇」は289篇を大まかに示したもの）。各巻は100篇の四行詩から成るが、第6巻のみは99番までしかなく、その後に番号の振られていない全文ラテン語の四行詩が続くという変則的な構成になっている。第7巻42番の後に「1557年9月6日に印刷を完了した」との言葉が続き、FIN（完）の文字とともに全体が締めくくられている。なお、詩番号はすべてローマ数字である。初版はアラビア数字であったが、これ以降、1590年カオール版や1668年アムステルダム版などの少ない例外を除いて、詩番号にはローマ数字が用いられることが多くなる。
メインタイトルは、初版と同じ「ミシェル・ノストラダムス師の予言集」である。その下に、「前述の著者によって新たに加えられた未刊の300篇を含む」（Dont il en y à [sic.] trois cents qui n'ont encores jamais esté imprimées. Adjoustées de nouveau par ledict Autheur.）との文言が加えられている。その下の木版画には書斎に座って窓から星を眺めるノストラダムスが描かれているが、この木版画は初版と全く同じデザインである。木版画の下にはリヨンの印刷業者アントワーヌ・デュ・ローヌの名前と、印刷した年のローマ数字での表示がある（A Lyon, Chés Antoine du Rosne. M.D.LVII.）。
西暦1600年、関ヶ原の戦いの最中、謎の存在「紫」の手により島津の退き口から、エルフやオークのいる異世界に召喚された島津豊久は、同様に流れ付いた織田信長や那須与一と出会う。その地で「漂流者（ドリフターズ）」と呼ばれる豊久らは、成り行きと武士としての本能から、人間が支配するオルテ帝国に虐げられるエルフの村を解放し味方に付けると、その勢いのまま「国奪り」を開始する。一方、北方の地では「EASY」の送り込む召喚者達「廃棄物（エンズ）」が黒王を頂点とし、「人ならざる者」の軍勢をもって人類を絶滅させるべく進軍を開始していた。安倍晴明率いる、魔導結社「十月機関（オクト）」は漂流者を集め黒王軍に対抗すべく、豊久達にも協力を要請するが、信長は「漂流者による国奪り」こそが唯一の方法であると説き、兵権の掌握と自軍の設立に向け動き出す。黒王の命を受けた廃棄物ジャンヌとジルドレの襲撃を退けた豊久達は、休む間もなくドワーフ族を解放し、自軍に組み入れる。オルテの大貴族にして、漂流者であったサンジェルミ伯は、自らが創り上げた帝国の先行きを見限り、国を豊久達に明け渡すことを決意する。当初は無血クーデターを目論んでいたサンジェルミ達だったが、同じく帝国の乗っ奪りを企てていた廃棄物ラスプーチンと土方歳三を相手に、激しい市街戦となってしまう。結果として首都陥落・帝国指導部の解体という当初の目的は達したものの、大きな傷跡も残されてしまった。グ＝ビンネン通商ギルド連合に身を寄せ、重用されながらも微妙な立場にある山口多聞や、亜人を率いて帝国方面軍に抵抗する、菅野直とスキピオ、十月機関と行動しているワイルドバンチ強盗団ら各地に散る漂流者の動静も絡みあい、世界の命運は混乱の一途を辿る中、黒王率いる人類廃滅の軍団が南征を開始する。漂流者達がオルテの政権を奪取したことで、オルテが黒王軍の矢面に立つことになり、信長とサンジェルミは官僚から没収した財産を元に内憂外患の処理に奔走する。軍閥化した西方の第三軍・第四軍を相討ちに持ち込み、混乱を西方諸族にリークし、両軍を壊滅させて敗残兵の吸収と、西方占領地の返還と戦果を与えて西方との講和を目論む。続いて信長とサンジェルミは東方のグ＝ビンネン筆頭のシャイロック8世とサン・ジェルミ伯が交渉し、利害の一致から講和が成立。世界の危機と鉄砲・火薬を質に入れ、先行投資として食糧物資・資金を借り受ける盟約を結ぶ。黒王軍の南伐が開始されると難民による混乱を企図した黒王軍の思惑と漂流者を求める民衆によって民族移動に近しい難民が発生し、一時は暴動発生とも思われたが豊久の演説によって彼らを黒王に立ち向かわせることに成功。ヴェルリナが籠城戦に不向きな地形なため、難民を兵士として統制し、決戦場と目される地、「関ヶ原」に地形が酷似しているマモン間原サルサデカダンにて待ち構えることになる。サルサデカダンでの合戦は漂流者と廃棄物、人間と怪物の軍勢がぶつかりあう激戦となる。しかし信長の戦略を読みぬいた明智光秀の策略により、ラスプーチンに唆された公子らカルナデス部隊が造反。敗色濃厚となったことを悟った豊久は、戦力の大部分を保持したままの撤退を決断する。豊久は反対する信長を殴り倒して与一に託すと、彼らを逃がすためドワーフたちを引き連れ敵陣へ向けて突撃、再びの「捨てがまり」を行う。敵陣奥まで切り込んだところで疲労困憊して倒れた豊久は、そこで彼との再戦を望んで現れた土方歳三と対峙する。もはや立ち上がる力もない豊久に激高する土方だが、そこに新二航戦301飛行隊「新選組」を名乗る菅野直が駆けつける。一方、脱出に成功した信長たちは、再度の決戦を行うべく廃城を目指す。廃城ではミルズらによって着々と籠城の準備が整えられていた。