1985年からはHE車の淘汰が開始されることになり、捻出されたHE車の主電動機を当時吊り掛け駆動方式の非冷房車であった4000形に流用することになった。2557×4の編成が同年4月1日付で廃車となったのを皮切りに淘汰が開始され、試作冷房車の編成であった2477×4の編成も同年11月30日付で廃車された。その後、冷房化と高性能化が行われた4000形と入れ替わるようにHE車の廃車が進められた。朝ラッシュ時に残されていた急行列車の運用も1987年3月のダイヤ改正で撤退、同年9月から翌1988年3月にかけては多摩線の運用からも撤退した。最後に残されていた小田原線末端区間の各駅停車での定期運用も、1988年11月18日に1000形に置き換えられ撤退した。最後に残ったのは2483×4の編成で、1989年1月20日以降は予備車として残され、時折江ノ島線の大型4両編成運用に入ることもあったが、同年3月のダイヤ改正を前に運用を終了、同年3月20日付で廃車となり、HE車は全廃となった。車両自体の中小私鉄等への譲渡は生じず、廃車後は全車両が解体された。三岐鉄道にFS30形・FS330形台車が譲渡されたほか、神奈川県藤沢市の辻堂海浜公園にFS30形台車が保存されている。
1968年から1969年にかけて、OM-ATSの設置が行われたほか、1969年には正面の連結器が密着自動連結器から密着連結器に交換され、同時期には列車種別表示装置（種別幕）の設置が行われた。なお、1972年、2551×4のクハ2551に台枠下部覆い（スカート）を試験的に取付けたが、中型車は不採用となり、1977年に撤去された。1979年からは車体修繕工事が開始され、1982年までに4編成を除いて完了した。この時期になると、急行列車について10両編成での運行や車両大型化が進められ、HE車の急行運用は減少しており、1979年3月からは多摩線の各駅停車にも運用されるようになった。しかし、前述のとおり箱根登山鉄道線への直通する湯本急行については、大型車が乗り入れできなかったためにHE車が主力として運用されていた。しかし、急行列車が大型車による10両編成で運行される状況下、中型車の4両編成では輸送力不足となっていた。これを解決するため、1982年7月12日から湯本急行に使用される車両の大型化が開始され、HE車は湯本急行の運用から撤退した。その後も江ノ島線の急行列車へは運用されていたが、1985年4月には日中の急行列車の運用から外された。なお、1982年からはABFM車の淘汰が開始されており、その過程で同年11月からABFM車とHE車を連結した運用が復活している。
1960年代後半になると、京王帝都電鉄（当時）では1968年から同社の初代5000系において、関東地方では初めて冷房装置を装備した通勤車両が登場するなど、通勤車両の冷房化が検討されるようになった。小田急においても、通勤車両の冷房化に着手することになったが、特急車両において既に3100形NSE車で冷房装置の採用実績があったものの保守に問題を生じていた上、定員の2倍以上の乗客が乗っている状態ではどの程度の冷房能力が必要かという懸念があった。そこで、HE車の1両に冷房を搭載し、実用試験を行なうことになった。試験車両に選定されたのは2477×4の編成で小田原方先頭車となるクハ2478で、8,500kcal/hの能力を有するCU-12型分散式冷房装置を屋根上に5台搭載し、冷房用の電源として60kVAの容量を有するCLG-326E形電動発電機を搭載した。これが小田急の通勤車両では初の冷房車で、1968年8月から試験が開始された。車内は冷房装置が突き出すような配置で、他の車両と比較して車内がやや暗い印象となった。1970年夏まで試験が行なわれ、この試験の結果をもとに5000形量産冷房車が登場した。しかし、HE車の冷房化は行われなかったため、中型車の冷房車はこの1両だけに終わっている。
高等法廷の政治的中立性については、国際社会やイラク国内でも懸念や批判があり、これまでのイラクの刑法にはなかった「人道に対する罪」などの規定を設け、国際法に準拠した形を取った。その一方で、法廷の資金や運営・警備にアメリカの深い関与が指摘され、判事や検事の人選でも政治的にサッダーム旧政権と対立する立場にあった人物を任命するなど、発足時にも問題点が指摘された。例えば、ドゥジャイル事件を担当したアミーン裁判長は、「被告人に寛容すぎる」としてシーア派政党からの圧力を受けて解任された。また、クルド人虐殺を裁く公判中にサッダーム・フセインに対して「あなたは独裁者では無かった」と発言したアミーリー裁判長もクルド人政党やシーア派政党から「中立性が欠如している」と非難され、ヌーリー・マーリキー首相により更迭された。また、ターリク・アズィーズ元副首相に対して死刑判決が下されたことについても、判決公判が行われたのがウィキリークスによってイラク軍・警察による拷問や殺人などの広範囲に渡る人権侵害が暴露された数日後であること、アズィーズに掛けられた容疑が、マーリキー首相が党首を務めるイスラーム・ダアワ党に対して旧政権が行った弾圧に関与したというものであったことや、同容疑の裁判を担当するハサン判事（シーア派）が、マーリキーが創設した政党連合「法治国家連合」から議会選挙に立候補しようとした経緯があるなど、シーア派主導のイラク政府による「復讐裁判」ではないのかとの批判がある。近年では、国内事情に左右されない公正さを確保するため、旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷やカンボジア特別法廷などのように、国際法廷や国連の主導で設置された法廷で行われるのが通例になっており、国連も2005年10月、イラク高等法廷の正当性を疑問視し、国連による独立法廷を設置すべきだとする報告書を公表している。その一方、国内法廷であることにより、法廷に「イラクの国家主権」の重みを与え、「外国人ではなく、イラク国民自身による決定」の体裁をとることも可能になった。このため、死刑を廃止している欧州諸国もその点を尊重した声明を発表している。ただし、国際人権団体は手続き上の不備を指摘している。「ヒューマン・ライツ・ウォッチ」は、旧政権下の刑事訴訟法をそのまま適用したことを批判し、「黙秘権を認めない」「疑いが残る立証でも有罪を可能にする」などを問題点として指摘した。アムネスティ・インターナショナルも「裁判はずさんで、国際基準に合致する、公正な裁判能力に欠陥があった」との声明を出している。