1946年8月26日、モスクワに連行されたロジャエフスキーはグリゴリー・セミョーノフらと共に裁判にかけられる。8月30日、最高裁判所長官ヴァシリー・ウルリヒはソ連への敵対行為及びナチス・ドイツから資金提供を受けたなどの罪状により他の被告と共に死刑を宣告する。ロジャエフスキーは即日死刑執行が命令され、ルビャンカで銃殺刑が執行された。2001年、ロジャエフスキーの著作が『ロシアファシストの最後の意志』として出版された。
第二次世界大戦が勃発すると、ロジャエフスキーは反ソ連運動を本格化させるが、1943年5月に二重スパイの疑いをかけられ日本軍憲兵隊に逮捕される。ロジャエフスキーやロシアファシスト党員からの尋問で無実が判明し、6月に釈放され白系露人事務局第二部長に復帰する。しかし、関東軍は7月1日にロシアファシスト党の活動を制限し、公の場で制服を着用することや党歌を歌うことを禁止され、党は解散に追い込まれた。1945年8月13日、ソ連対日参戦により戦況が悪化すると上海に脱出した。敗戦が近付くと、ロシアへの帰国を認めてもらうためNKVDと交渉を始める。この際、ロジャエフスキーはヨシフ・スターリンとザバイカル戦線司令官ロディオン・マリノフスキー宛てに自己批判し思想を放棄する旨を誓約した手紙を送ったとされる。しかし、ネオリナは1974年に「手紙を書いた事実はない」と反論し、1977年には息子ウラジーミルも母の意見に同調している。ロジャエフスキーは身の安全と新聞社での仕事を保証され、北京のソ連大使館にレフ・オホチーンと共に自首し3週間滞在する。10月25日、ソ連当局はロジャエフスキーとの約束を反故にし、彼は逮捕されモスクワに連行される。
1931年5月26日にファシスト政党ロシアファシスト党の結成に参加し事務局長に就任した。1934年にはアナスターシー・ヴォンシャーツキーのロシア民族労働党と合併し実質的な指導者に就任し、1936年に党首に選出された。ロジャエフスキーはベニート・ムッソリーニをモデルとし、党旗にはナチ党をモデルにした鉤十字を採用し、党章にはロシア帝国の双頭の鷲を使用した。また、自身の周囲を選抜した護衛で固め、黒シャツ隊をモデルに黒い制服を着用させた。ロジャエフスキーは党機関紙『私たちの道と国家』に反ユダヤ主義的主張を掲載し、著作『20世紀におけるユダヤ人問題』を著している。1934年、ロジャエフスキーは満州国白系露人事務局の第二部長に任命された。また、関東軍の庇護を受け武器を提供され、ハルビンを拠点に反共運動を組織し、世界26か国に支部を設立した。ハルビンでは1万2,000人の党員を獲得し、満州里に鉤十字のネオンライトを設置しソ連に対して存在を誇示した。紀元二千六百年記念行事の際にはハルビンでの式典に参加した。ロジャエフスキーは関東軍の協力の下、白軍のウラジーミル・キスリーツィンと共にロシアを「解放」することを望み、関東軍から撹乱工作の訓練を受けていた。
明応2年（1493年）、将軍義材は畠山政長と共に畠山義豊討伐のため河内国へ出兵する。政元はこの出兵にも反対をして従軍を拒んだ。4月、京都に残留していた政元は日野富子や前政所執事・伊勢貞宗と組んで周到な根回しのもとクーデターを決行、以前将軍候補に推げた清晃を第11代将軍として擁立する（明応の政変）。興福寺の尋尊は義材は政元に政務を任せると約束しながら、その反対を無視して近江出兵と河内出兵と2度も大規模な軍事作戦を行ったこと、そして義材が自分の政策に反対する政元を討とうとしたことが原因であると記している。この政変により、当初は畠山政長方であった赤松政則も政元に寝返り、孤立無援となった政長は自害し、大きな力を持っていた三管領畠山家の勢力は削ぎ落とされ、捕らえられた義材は京都龍安寺に幽閉されたうえ、将軍職を解任された。明応3年（1494年）、清晃は還俗して足利義高（後に義澄に改名）と名乗り将軍に就任、政元は管領に就任して実権を握り将軍を事実上の傀儡にして幕政を掌握し、京兆専制を確立するに至った。管領や幕臣が将軍を追放・挿げ替えるという実例は室町幕府において政元が初のことで、室町幕府将軍の権威が決定的に失墜した政変であった（ただし、管領の政治的職権の実態は既に失われており、政元の4度目にして最後の管領在任も実際には義高の元服の儀礼が行われた明応3年12月27日の1日間のみであった）。これより後の将軍は、実権のない名ばかりの存在となっていき、この政変と応仁の乱で失われた将軍権威復活と様々な要因で衰退へと進んでいく幕府の維持を強いられていくことになる。但し、以後も幕府権力は存続していたとする見方もあり、伊勢貞宗は日野富子の意向で将軍義澄の後見役を務め、度々政元の行動を抑止している。また、政元の命を受け政変を主導していた政元家臣の京兆家内衆である丹波守護代・上原元秀が急死、京兆家内で政変に消極的な家臣が多数を占めるようになると、京兆家はなるべく幕府の意向を容認、前将軍義材派の巻き返しを用心する方向に切り替えたため、政変後の幕府と京兆家は協調関係に入っていたのではないかとする意見もある。