『週刊少年ジャンプ』（集英社）において、1995年から1997年まで連載された。全79話。単行本は全7巻で累計700万部以上が売れた。後述のように1998年にはTBS深夜枠『ワンダフル』内でアニメ化もされるなど、作者の連載デビュー作であり、代表作である。わかめ高校空手部に謎の格闘技「セクシーコマンドー」の使い手として現れた主人公・花中島マサルと、奇妙で癖のあるセクシーコマンドー部のメンバーを中心に展開されるシュールなギャグ漫画。本伝がないのにもかかわらずいきなり「セクシーコマンドー外伝」というタイトルで、独特の視点からの支離滅裂なギャグを展開していくストーリーが人気を博した。連載話数の単位は「コマンドー○○」。サブタイトルは、当初「マサルと○○」という形だったが、第33話の「マサルの放課後個人授業」、第40話の「フーミンとネコの達人」で崩れ始め、その直後の第41話以降は、「マサルと○○」というフォーマットに当てはまらないタイトルが多くなっている。一応は全2部構成となっているが、第二部「地獄校長編」は最終回のみのたった1話で完結している。これらの点は、漫画においての定番的な流れを破壊することで、ギャグ性を生じさせた。2008年1月から同年5月にかけて、ウ元ハ王版（完全版）が全5巻で刊行され、新たに第三部の書き下ろしがされた。詳細は後述。
JR東日本はフジヤマの失敗を収拾するため、他駅で展開している駅ナカと同様の再改装を実施し、ユニクロやマツモトキヨシなどどこの駅前にもある様な店舗を並べたものの、もはや以前の様な庶民派デパートとはかけ離れた存在となってしまった。また、一連の改装でフジヤマ以前からの顧客も失ってしまった。再改装後に揃えた店舗は、ヨドバシAkibaを始めとする秋葉原の「新名所」にも同じような店舗が入居していたことで、アキハバラデパートはもはや駅ナカという立地頼みの存在でしかなかった。フジヤマによる改装を逃れた1階のフードコートも、周辺ビルにレストラン街が乱立したことで存在価値が希薄になり、売り上げが落ち込んでいった。加えて建物自体も老朽化が進んでいたため、建て替え計画が浮上。2006年12月31日をもって駅ナカ部分が閉店、建物は解体された。一方で、2005年6月には昭和通り口にレストランを主体としたアトレの新ブランド1号店「アトレヴィ秋葉原」（現・アトレ秋葉原2）が開業している。
つくばエクスプレスの開業を控えて秋葉原が大きく変貌するにあたり、アキハバラデパートも変わる必要に迫られていた。しかし、経営する泰道グループはバブル崩壊後の痛手から抜けられず、リニューアルのための資金を用意できなかった。一方、駅での店舗ビジネスを展開するJR東日本は秋葉原の市場性に注目、改装資金を出す代わりに経営権の譲渡を申し入れた。双方の思惑が一致し、2002年に同デパートの経営権が泰道グループからJR東日本に移った。同時に店舗をオタク向けに改装する「アキデパ フジヤマ」計画が実行され、2階の約半分と3階のほぼ全フロアが同年1月26日に閉鎖した（当時、「撤退」と表現された）。3月18日にリニューアルオープンし、同月21日にはフジヤマの象徴となるコスプレ喫茶「アキバカフェ」がオープン。他にもガンダムやフィギュア、映像ソフトなどの売場も設置され、時流に乗った転換として当時注目された。しかし、いずれも専門性が中途半端だった事に加え、店員が改装前に紳士服や酒類を扱っていた者で商品知識もなかった事などから売上げが伸び悩み、在庫処分を繰り返すなど、運営は軌道に乗らなかった。フジヤマの象徴のはずだったアキバカフェはわずか8ヶ月で閉店し、公式ウェブサイトや通販ページも相次いで閉鎖され、その他の店舗も1年足らずで一般店舗へと再改装することとなった。
一般路線全線でPiTaPa、ICOCA、hanicaに対応する。2016年4月1日からはSuicaなど全国相互利用サービスにも対応している。PiTaPa利用の場合、1ヶ月の利用額（3,000円以上）に応じて割引となる。磁気式のスルッとKANSAI対応カードも利用可能だったが、阪神線については2dayチケット・3dayチケット（2016年末廃止）を除き2015年9月30日をもって取扱いを終了した 。尼崎市内線については尼崎市交通局時代から引き続き利用可能であったが、2018年1月31日をもって取扱いを終了した。尼崎市内線には尼崎市交通局時代から発売されている専用の一日乗車券（大人500円・小児250円、運賃箱横の発行機にて印字される紙券）があり、尼崎市内線で終日利用できる。また、尼崎市内線用の回数カード（磁気券）と昼間時間帯特別割引（ひまわり）回数カードがあり、後者は概ね9 - 17時の時間帯で利用可能で前面に「ひまわり」の表示が出ているバス（時刻表に明記）で使える。定期券は大阪特区用、神戸特区用、尼崎特区用と、全線フリーの4タイプに加え、大阪特区・神戸特区・尼崎特区共通で乗れるタイプもある。阪神電車との連絡定期も発売されている。また、一部を除きICカード「hanica」で発券される。このほか、高齢者用には全線定期の「グランドパス65」が、通学用には全線利用可能な「スクールパス310」と特区のみ利用可能な「スクールパス210」が発売されている。グランドパス65には1年間定期、スクールパスには学期定期券および学年定期（4月1日から翌年3月31日までの1年間有効、ただし310のみ）も設定されている。また、尼崎市内線専用の「寿定期」（65歳以上）も尼崎市交通局時代から設定がある。なお、尼崎市交通局からの引き継ぎで、尼崎市に1年以上在住の70歳以上の高齢者に対しては、「グランドパス65」の購入補助（一定額の負担が必要）もしくはhanicaによる運賃割引がある。また、同市在住の障がい者などの利用者には尼崎市内線が無料となる特別乗車証が交付されている。hanica定期券に限り（グランドパス65・スクールパス310を含む）、2016年2月1日から阪神バス・阪急バスとの間で、同じ運賃区間内であれば相互に利用できるようになっている。これら定期は阪神電車の主要駅定期券売り場（梅田駅・尼崎駅・甲子園駅・西宮駅・神戸三宮駅）と阪急バス宝塚駅案内所、阪神バスサービスセンター（阪神尼崎北バスターミナル内）で購入できるほか、尼崎市内の委託販売所（尼崎市交通局時代から存在する）でも発売を行っている。