古代の日本では、仏教の到来は国家の建設や中央集権化と密接に関連していた。聖徳太子と蘇我氏は古代日本の宗教を牛耳っていた物部氏を戦争で打ち倒し、体系的な法典と仏教に基づいた国家統治の計画を起草した。推古天皇の摂政である聖徳太子は蘇我氏と協力しながら「外国の」仏教に深い理解を示し、仏教によって国の政治を安定させようとした。仏教の力で国の平和と安全を得ようとする思想は「国家鎮護」思想と呼ばれる。奈良時代に、特に聖武天皇の時代に、国分寺・国分尼寺が全国に建てられ、東大寺と大仏が奈良に作られた。唐の鑑真が東大寺の戒壇をもたらした時期に、国家による仏教政策が頂点に達した。奈良仏教が「国家鎮護」思想の面を強く持っている一方で、平安仏教は国の平和と安全だけでなく個人の現世利益ももたらした。それらが強く禁欲主義的な実践、つまり山中での加持祈祷を行ったため、これらの仏教は密教と呼ばれる。空海は中国の秘密仏教を学び、真言宗を開いた。最澄は中国の天台宗を学び、法華経の精神こそが仏教の神髄であると固く信じた「罪深い時代」である平安時代に現世を信じる可能性は否定され、死後に仏教の楽園に転生することを求めることが流行した。「後世にこの世界で仏教が廃れる」という考えとともに、仏教の楽園へ連れて行ってもらうという「浄土」思想が広がった。空也が諸国行脚して阿弥陀如来への帰依を説いた。
封建制が定着する以前の日本では仏教が日本思想の本流を占めた。聖徳太子によって政治的に導入された仏教文化は奈良時代に「国家鎮護」の思想として完成された。平安時代が始まると、「国家鎮護の思想」の代わりに密教が一般的になった。しかし後に、「末法思想」によって悲観主義が一般的になった有名な時代に、この世界での命をなげうって未来の声明を強く称揚する浄土思想が広がった。武士が政権を握る鎌倉時代が始まると、新しく起こってきた社会階級(武士)のための「新」仏教が現れた。
日本哲学（にほんてつがく）は、日本の哲学・思想のこと。歴史的には土着の神道と大陸からやってきた思想、例えば仏教や儒教との混淆であった。かつて中国哲学とインド哲学の両方から影響を受けた水戸学や禅のように、今日より近代の日本哲学も西洋哲学の影響を受けている。
1975年頃、会の名称を「イエスの方舟」と改めた。またこの頃から、家庭には居場所がないと感じていた信者が千石の活動に共感し、家庭を捨てて共同生活を始めるようになる。信者の多くは若い独身女性だったが、男性や既婚女性も含まれていた。その後、千石の体調が悪化したことと満足な布教活動ができなくなったことを理由に、1978年から千石は信者26人と共に全国を転々としはじめる。信者の家族は捜索願を出すとともに、マスコミにも千石を告発し、協力を依頼した。まずこれに反応したのが、婦人公論誌である。1980年に「千石イエスよ、わが娘を返せ」というタイトルで家族の手記を掲載し、千石を邪教の主宰者と糾弾した。次いで、産経新聞も反イエスの方舟キャンペーンを張り、そのほか多くのマスコミも、「千石ハーレム」「現代の神隠し」といった表現で同調する報道が続いた。1980年2月21日の国会で民社党衆議院議員神田厚により狂信的団体として取り上げられた。「若い女性を誘拐し、集団で消えている。法治国家として恥ずべき問題だ。何とか全国的な捜査体制は取れないものか」これに対して当時の国家公安委員長であった後藤田正晴は「もし法に触れる事実があれば、すぐに刑事事件として追求する」。この発言によって警察が本格的に動き始め、イエスの方舟はカルト教団として、全国的に知られることになる。このころイエスの方舟の娘たちからマスコミに手紙が届いている。が、ほとんどのマスコミは千石が無理やり書かせたものだとして、無視した。このような世論の中でもサンデー毎日誌のみはイエスの方舟を偏りなく評価し、冷静な報道を続けた。当時の編集長である鳥井守幸がその中心人物であった。便箋20枚に書かれた手紙の行間に漂っている真面目さ、一途さに、これまでの方舟のイメージが根底から覆るかもしれないと背筋にぞっとする戦慄を覚えたという。他のマスコミからは「方舟の宣伝誌」などと批判されたが、姿勢に変化は無かった。1980年6月17日、イエスの方舟たちはサンデー毎日の水面下での招きにより飛行機で上京する。羽田に降り立った娘たちを見たとき、鳥井は彼女らがあまりに普通のお嬢さんであることに驚いた。6月18日に千石は密かに熱海の出版社（製本会社）の社員寮に一時移動し、サンデー毎日記者と対面した。サンデー毎日は千石を匿うとともに、高木一を弁護士として依頼し、「千石イエス独占会見記」を掲載した。他のマスコミは一斉に反発した。事態はマスコミ戦争の事態に発展した。こうしたなかの7月2日、千石に逮捕状が出る。名誉毀損、暴力行為などの容疑で5人に対して全国に指名手配がなされた。ところが、このことが新聞報道された7月3日午後6時50分、千石は持病の心臓病から狭心症を発症し、緊急入院。娘たちがマスコミの前に姿を現し、会見を行った。このとき乱れたセックスがあったのではないかとの記者の質問に対し、娘らは「夫婦という関係以外では、（性的関係は）全くありません」と毅然と答えた。また、捜索願が出されている娘たちに関しては、親元へ帰された。実際に身柄を拘束されたのは韓国籍の1人で、外国人登録法違反で罰金8000円で釈放された。千石は半月後に出頭した。彼への取調べは、任意調査にとどまり、書類送検されたものの翌年、容疑事実は無いとして不起訴処分の決定が下された。