藩主牧野氏の檀寺は江戸においては幡随院、小諸では泰安寺であったが、信越本線開業と、小諸駅操車場建設に伴い泰安寺は廃寺となった。現在は小諸市荒町に所在の光岳寺を檀寺とし、同寺は藩主家累代の位牌を安置している。最後の小諸藩主で子爵となった牧野康民（康済の改称）は、浄土宗から神社神道に改宗し、神葬祭で葬られた。牧野康民の葬地は、長野県小諸市古城二丁目の南側隣地（長野県小諸市乙・境界未画定地）と、東京都台東区谷中七丁目の東京都立谷中墓地（乙8号10）の2か所に現存する。江戸で没した歴代藩主牧野氏夫妻と、江戸在住が義務付けられていたその家族（主に夭折した子供）の墓地群は、東京都台東区東上野四丁目24番の南部（現在の上野学園敷地内）にかつて存在したが、幡随院移転に伴い改葬となり合葬された。これは廃仏毀釈により皇室が、皇居内から天皇の位牌を、泉涌寺に納め移し、皇居内での祭祀を神社神道に一本化したことに似ている。在所における小諸家臣の檀寺は数か所に分散しているが、葬地が檀寺の敷地にある家は、比較的少ない。長野県小諸市の宗教法人懐古神社（宗教法人法にもとづく公示上の所在地は、同県同市丁本丸跡314番地）が所有する敷地内に、在所で没した歴代藩主牧野氏夫妻と、多数の小諸家臣の墓地群が存在する。これらの墓地は懐古神社崇敬会（通称、小諸士族会。あるいは単に士族会）の管理下にある。しかし、稲垣左織・倉地鎮司・小河銑十郎・天野藤吉郎など上級家臣であっても、同地に墓地を持たなかった事例も珍しくないほか、小諸市乙の葬地と、檀寺の敷地との双方に、墓を持っていた小諸家臣も、存在するなど、細かく見れば、多様である。江戸在勤を連綿したことがある上級家臣（真木氏・稲垣氏・笠間氏など）は、江戸に藩主家とは異なる壇寺を持っていたほか、江戸で没した家臣も、やはり藩主の江戸における檀寺とは異なる寺院に葬られた。東京都内には、江戸時代以来の小諸家臣の葬地が、かつて少なくとも3か所以上に存在していた。
4月20日、クラシック三冠初戦・皐月賞（GI）を迎える。「混戦」という下馬評のなか、ネオユニヴァースはオッズ3.6倍の1番人気に支持された。レースは前半1000mが61秒7というスローペースで流れ、そのなかでネオユニヴァースは中団を追走。最終コーナーでは馬群の中で進路を失いかけたが、わずかに開いた隙間を突いて一気に抜け出すと、最後はサクラプレジデント（2番人気）との競り合いをアタマ差制しての優勝を果たした。ゴール直後には、デムーロが嬉しさのあまり真横で俯くサクラプレジデント鞍上の田中勝春の頭を叩いてしまうという場面もあった。この行動は物議を醸したが、デムーロに決して悪気は無く、田中が「ちょっと寂しそうな、悲しそうな顔」をしていたのをみて励ましたつもりであったという。なお、さらに3馬身半差の3着にはエイシンチャンプが入った。競走後、デムーロは「4コーナーでは前が横一線で入る隙がなく、このまま脚を余して負けるんじゃないかと思ったが、ラッキーなことに1頭分開いたので、迷わず突っ込みました。僕の馬は根性があるから、叩き合いなら負けないと信じていた。こんな大きなレースを勝てるなんて、最高のプレゼントをしてくださった神様に感謝したいです」と語った。また瀬戸口は、塞がった進路に隙間ができたこと、最後の競り合いに勝てたことについて「運があった」としつつ、デムーロの騎乗について「一瞬の判断というか、ひらめきというか、もの凄く良いものをもっている」と称えた。皐月賞のあとデムーロはイタリアに帰国。当時デムーロは本国でブルーノ・グリツェッティ厩舎と騎乗契約を結んでおり、グリツェッティの意向によっては続く東京優駿（日本ダービー）に騎乗できない可能性もあった。しかし吉田照哉が同厩舎に所有馬を預けていた縁もあり、デムーロは再びイタリアを離れ、日本で騎乗することを許される。そして6月1日、ネオユニヴァースとデムーロは東京優駿（日本ダービー）へ出走。前日には台風の影響から大雨が降り、当日の馬場状態は「重」となった。ネオユニヴァースは単勝2.6倍で1番人気、サクラプレジデントが3.6倍の2番人気で、この2頭が「二強」とみられ、3番人気には皐月賞不出走で青葉賞（GII）を制してきたゼンノロブロイが入った。スタートが切られるとゼンノロブロイ、サクラプレジデントはいずれも先行し、ネオユニヴァースは後方につける。ネオユニヴァースは、状態が悪いため他馬が避けていた内寄りのコースを通って第3コーナーから先団へ進出。最後の直線では先に抜け出したゼンノロブロイを楽にかわして優勝を果たした。着差は半馬身であったが、デムーロがゴール前でガッツポーズを取ったほど余裕のある勝利であった。皐月賞、ダービーの二冠制覇は1997年のサニーブライアン以来6年ぶり19頭目、外国人騎手の東京優駿制覇は史上初の記録となった。観客からは「デムーロ」コールが送られ、デムーロは感泣した姿をみせた。デムーロは後に「その喜びは自国のダービーを制したときに比べても、勝るとも劣らないものだった。これだけ多くのファンに見守られ、大きな声援を送ってもらえる競馬なんてそうはない。まして今回は、その舞台がダービーだったわけだから。僕はまるで自分がサッカーのナカタ（中田英寿）になったような錯覚に陥った」と感想を述べた。また、瀬戸口もダービー初勝利であり、「ダービーは競馬人の夢。その頂点に立つことができて本当に嬉しい」などと語った。なお10着となったエイシンチャンプの福永は後年「ネオユニヴァースには大きなポテンシャルを感じていたし、やっぱりああいう馬がダービーに勝つんだなと思った。でも、自分ひとりの力で上がってきたジョッキーではないので、あの選択はまちがってなかったと思うし、後悔もしていない」と述べている。