南北朝時代には既に武家としての面が確立されていた。観応の擾乱の際には、観応2年（1351年）に上杉憲将により甲斐国への通路の警護を命ぜられている。また駿河国守護である今川氏と富士氏を関係付ける早例の史料として、康安2年（1362年）に今川範氏が有度郡内の富士浅間宮領への乱入狼藉を停止する旨の書下状を富士大宮司に与えている例が挙げられる。これは今川氏と富士氏の主従関係ではなく室町幕府の意向を汲んだものであるとされる。また富士氏は一部交通を掌握していた。応永16年（1409年）には富士長永が根原の関所を領有しており、駿河国と甲斐国の国境を押さえていた。駿河国守護である今川家当主今川範政亡き後、彦五郎（今川範忠）と千代秋丸両氏での家督争いが発生した。この家督争いに際し、富士氏は駿河国内の混乱を室町幕府に報告するなどしている。富士氏は彦五郎への家督相続に対して反対の立場を取り、範忠の駿河国下向に際して交戦状態となった。しかし室町幕府将軍である足利義教の裁定の影響は大きく、範忠が家督相続することで落ち着いた。情勢的には富士氏ら千代秋丸派は範忠から反逆者として追討されてもおかしくない運命であったが、折しも室町幕府と鎌倉府との対立が深刻化しており（永享の乱）、8月19日には幕府より今川氏への忠節を命じる文書が「富士大宮司」「富士右馬助」へと発給されている。また享徳の乱の際は室町幕府将軍より袖判口宣案が出されており、幕府からも重要視されていた存在であった。同乱の際富士氏は扇谷上杉氏へ味方し、享徳4年（1455年）4月15日に上杉持朝から戦功を称されている。またこの戦功を三島合戦とする見方がある。この時代の当主は富士忠時または富士親時であるが、このような動向から15世紀の富士氏は今川氏に従属していないと考えられている。一方、文正元年（1466年）の足利義政御内書には富士忠時に代わり富士親時へ大宮司職を申し付ける旨の内容があり、足利将軍家が富士大宮司職の任命権を保持していた。寛正期の富士家は家督相続を巡る混乱期でもあり、瑞渓周鳳の日記である『臥雲日件録』には「駿州国人富士父子闘争之事」とあり、『親元日記』には「富士兵部大輔入道親子確執之儀」とある。また富士氏は室町幕府の奉行衆であったことが確認されている。
2006年4月4日、"Alien Autopsy"（フッテイジについてのフィルムとして上演されるイギリスのコメディ）がイギリスで公開される2日前に、British Sky Broadcastingはイーモン・ホームズEamonn Holmesによって提供されるドキュメンタリー、"Eamonn Investigates: Alien Autopsy"、を放送した。この番組の中で、レイ・サンティリと相方のプロデューサーのゲイリー・シューフィールドGary Shoefieldは、彼らのフィルムが一部だけ本物（彼らの言葉では、「少しのフレーム」）であったと発表した。残りは平均4分の長さの、22ロールのフィルムの復元であり、サンティリはそれを1992年に見ていたが後に湿気と熱によって劣化してしまったという。彼らによると、彼らがそれを購入するために十分な資金を調達するまでは、元々のうち数フレームだけがまだ無傷であった。サンティリとシューフィールドによると、サンティリが1992年に見たものに基づいて、シミュレートされた捏造された異星人への死体解剖を彼らは撮影し、損傷していなかったオリジナルのフィルムの少しのフレームを加えることによって、損傷したフッテイジを「修復した」と述べた。彼らはどの部分がオリジナルのフッテイジかを特定していない。サンティリによると、セットはロンドン、カムデンタウンのロチェスタースクエアにあるアパートの空き部屋の居間に構築された。彫刻家のジョン・ハンフリーズJohn Humphreysが、二つのダミーの異星人死体を構築するのに三週間のあいだ雇われた。彼は死体を作るのに、ロンドン、スミスフィールド精肉市場の中のS.C. Crosby Wholesale Butchersから得られた、ゼリーの中にセットされたヒツジの脳、ニワトリの内臓、および膝関節を含むキャストを使った。ハンフリーズは、彼に撮影される効果を制御できるようにするために、この精査を引き受ける主任科学者の役割も演じた。フッテイジの制作は別個に二回試みられた。撮影後、チームはこれらの「死体」を、小さなかけらへと切り刻みロンドン中のゴミ箱に捨てることで処理した。番組の中で「ガラスの後ろのマスク男」を演じた男へのインタビューもされていた。墜落現場から回収されたアイテムと推測される、異星人の物体は、フッテイジの中に描写された。これらは異星人の記号と六本指の制御パネルを含む。サンティリはそれを彼による芸術的許容の産物であると叙述した。これらの人造物はハンフリーズによって創られた。フッテイジは彼がオリジナルのカメラマンでありフッテイジの提供者であることを「確証」する宣言を読む一人の男も見せた。サンティリとシューフィールドはドキュメンタリーの中で、彼らはロサンゼルスの道上の不特定のホームレスの男を見つけ、彼を説得してカメラマンの役割を演じさせ、彼をホテルで撮った、と告白した。ハンフリーズによると、フィルムは「彼自身、サンティリおよび他の3人によって撮影された」。彼は、アルミニウムの骨組みに粘土を盛って詳細を彫刻し、その粘土塑像から鋳型を作ってラテックスのキャストを取って、異星人を作った。彼は「秘密保持の契約を結んでいた」ために1996年まで沈黙を守った。これらの告白により、異星人解剖フィルムの真贋論争は終結したと考えられている。