独立戦争後、クリオーリョ社会のさまざまな階級や個々のカウディーリョたちの野望による利益相反によって、国家組織の運営は過度に難しくなった。独立後最初の75年間で大統領についた民間人はマヌエル・プラード、ニコラス・デ・ピエロラ、フランシスコ・ガルシア・カルデロンの3人だけである。1837年には共和派によってペルー・ボリビア連合が試みられるものの、ペルー愛国派とチリの合同軍の介入で2年で瓦解した。
独立宣言の後、ペルー国家は王党派の抵抗で身動きが取れなくなり、国家自体が不安定となっていた。Henceはペルー北部海岸でありながら共和派の下にあったものの、残りの大部分は王党派の支配下に置かれていた。副王ラ・セルナはクスコに新首都を確立しており、サンタクルス指揮下の戦線は王党派に敗北していた。共和派の勝利による戦争の終結はグラン・コロンビアの軍事介入によってのみ可能であった。サン・マルティンのペルー離脱とその後のホセ・デ・ラ・リバ・アグエロ大統領の下での続いた軍事的敗北のあと、1823年に議会はシモン・ボリバルに救援を求める嘆願を送った。ボリバルはペルー全土を解放させることを狙い、1823年12月10日にリマに到着した。1824年、アルト・ペルーの王党派の野営地で反乱が発生し、フニンやアヤクーチョでの一連の戦闘のきっかけとなった。ペルー軍はシモン・ボリバルの指揮下でフニンの戦いに大勝利し、さらにシモン・ボリバルを次いだアントニオ・ホセ・デ・スクレの指揮下でアヤクーチョの戦いにも勝利した。その後も1826年にレアル・フェリペ要塞で最後の王党派の残党が降伏するまで戦闘は続いたものの、これらの戦いの終結でラテンアメリカの植民地支配は終わりを告げた。
リマ入城後、サン・マルティンは独立の主張を宣誓するために市のすべての人々を招待した。ペルー独立決議の署名は1821年7月15日に行われた。 後に国際関係大臣になるマヌエル・ペレス・デ・トゥデラが独立決議を書いた。コクラン提督は2日後リマに歓迎された。その後、マヨール広場でサン・マルティンは独立宣言を発表した。DESDE ESTE MOMENTO EL PERÚ ES LIBRE E INDEPENDIENTE POR LA VOLUNTAD GENERAL DE LOS PUEBLOS Y POR LA JUSTICIA DE SU CAUSA QUE DIOS DEFIENDE. ¡VIVA LA PATRIA!, ¡VIVA LA LIBERTAD!, ¡VIVA LA INDEPENDENCIA!.—José de San Martín. Lima, 28th of July of 1821
マイプーの戦いとその後のチリの解放後、愛国派は強襲揚陸部隊によるペルー解放遠征の準備を始めた。もともと、コストはアルゼンチンとチリの両国によって考えられるべきであったが、ベルナルド・オイギンス治世下のチリ政府が最終的に戦線のコストの大部分を仮定した。にもかかわらず、陸軍はサン・マルティンが指揮し、海軍はトマス・コクランが指令することが決められた。1820年8月21日、バルパライソでチリの旗の下ペルー解放遠征軍の揚陸部隊が出航した。遠征軍は4,118人だったとされる。9月7日、解放遠征軍は現在のイカ県ピスコの海岸に到着し、次の日までに地域を掌握した。交渉の試みとして、ペルー副王は9月15日にサン・マルティンに手紙を送った。しかしながら、明確な結果の出ないまま10月14日に交渉は決裂した
1810年代初頭の反乱鎮圧後、ペルー副王アバスカルはチリの愛国派に対して2回の遠征を行った。遠征軍はリマとアレキパの王党派連隊とヨーロッパからの遠征隊から構成された。1814年、最初の遠征によるランカグアの戦いの勝利でチリの再征服に成功した。1817年、チャカブコの戦いでの敗北の後、王政の復旧を目的に1818年にチリの愛国派に対して第2次遠征が行われた。遠征軍はカンチャ・ラヤーダの戦いでは勝利を収めたものの、マイプーの戦いで最終的にホセ・デ・サン・マルティンに敗北する。ペルーの解放を開始するために、1819年2月5日アルゼンチンとチリはペルー侵攻に備えて条約に調印した。将軍ホセ・デ・サン・マルティンは王党派の牙城となっているペルーに勝利するまでアルゼンチンの解放は磐石でないと考えていた。
国家公安委員会が定めた規則である犯罪捜査規範31条以下が規定し、犯罪捜査共助規則7条以下にも同趣の規定がある。犯罪捜査規範及び犯罪捜査共助規則の法的性質は、あくまでも国家公安委員会が定めた警察内部の取り決め（行政規則）に過ぎない。つまり、一般人に対して何らかの法的効果を有する法律または命令（法規命令）ではない。したがって、「指名手配」により、被疑者の氏名等が、一般人に当然に公表されるという法的効果を持つわけではないという点に留意する必要がある。もっとも、特に重要な事件では、全国の警察機関（警察本部から末端の交番に至るまで）に加えて、公共施設などに被疑者の顔写真や氏名などを配布して、一般人の協力を呼びかける、公開捜査という捜査上の手法をとる場合は少なくない。特定の事件の捜査を担当する警察が、全国の警察（および同一都道府県内の他の警察署）に対して「逮捕状の発せられている被疑者の逮捕を依頼し、逮捕後身柄の引渡しを要求する」ために指名手配書によって行う。つまり、逮捕状が出ているが、逃亡などで被疑者の所在が不明である場合に行うものであり、通常は日本全国の警察に手配する。なお、2007年4月1日から警察庁は懸賞広告制度を設けた（捜査特別報奨金制度）。これまでに9人の指名手配被疑者が報奨金の対象となり、内5人が逮捕または発見されている。また、Yahoo! JAPANなどがホームページの広告上に無料で指名手配の被疑者の顔写真を掲載した。そうした所、多くの情報提供が来るようになったりとインターネットを使った指名手配の公開も広がっている。