清からの帰途の1843年7月、カーニーはハワイに立ち寄った。それに先立つ1843年2月13日、英国フリゲート・キャリスフォート（HMS Carysfort）の艦長であるポーレット卿（Lord George Paulet）は艦砲射撃の威嚇を加え、ハワイを英国に割譲するよう要求した。国王カメハメハ3世は流血を嫌い、割譲することに合意していた。この行為はポーレットの独断であり、カメハメハ3世は英国政府とポーレットの上司であり、英国の太平洋地域での最高指揮官であるトーマス少将に正式な抗議文を送っていた。すでに本国政府は併合を拒否していたが、カーニー到着時には、まだ拒絶の知らせはハワイには届いていなかった。カーニーは断固たる抗議を実施し、米国の代表も加えて、ハワイと英国の代表が問題を解決するまで、併合を認めないと述べた。あわや米英間の国際紛争になりかけたが、トーマス少将が2週間後に「併合拒否」の報告を持って到着し、7月31日にハワイの独立は回復された。帰国後、カーニーはノーフォーク海軍工廠長およびニューヨーク海軍工廠長を務め、1861年11月14日に退役した。生誕地であるパースアンボイで1868年11月29日に死亡した。
中国人から見ると、同じ英語をしゃべる白人である英国のアヘン貿易業者と米国人の区別がつかなかった。このため、1839年にアヘン戦争が始まると、中国在住の米国人は様々な困難にあった。米国人保護のため、艦隊が派遣されることとなり、艦齢42歳の老朽帆走フリゲート・コンステレーション（USS Constellation）と、帆走戦闘スループ・ボストン（USS Boston）からなる東インド艦隊の指揮をカーニーがとることとなった。カーニーに与えられた命令は、1) 米国および米国市民の中国沿岸部における資産を保護すること、2) 中国の外交・および国内政策を尊重すること、3) 米国人あるいは米国船に偽装した船での麻薬の密輸を取り締まること、であった。慎重な行動が要求されており、場合よっては、より上位の判断を得るために、数カ月間を要することも想定された。カーニーが中国に到着したのは1842年3月であり、すでにアヘン戦争は終結しつつあった。しかしながら、米国商人は中国人からの保護と損害の賠償を求めてきた。カーニーの優先事項は米国人による麻薬の密輸を禁止することで、賠償はその次であった。カーニーはいくつかの訴えは正当なものであり、他は誇張であると判断した。この冷静な判断は、カーニーの評判を高めることとなった。清の広州総督は米国副領事に対して、「私は、最近到着した代将は、正確な理解のもとに職務を実行しており、思慮深く、かつ公正であると聞いて降ります」と書いている。広州総督は、カーニーが判断した数十万ドルの損害賠償を、米国商人に支払うことを約束した。カーニーは香港に到着したときに、南京条約のことを知った。カーニーは条約が5つの港を英国との貿易のために開くことを約束していることに注目し、米国にも同様の権利が与えられるべきと考えた。広州総督はカーニーに清と米国が公正な通商条約を結ぶことを提案した。カーニー自身はそのような条約に署名する権利を有していなかったが、巧みな交渉を続け、在清米国特命全権公使ケイレブ・クッシングの到着を待って、1844年7月2日に望厦条約が締結された。
6月11日には全柔連の理事会が開かれて、山下が責任者を務める「暴力の根絶プロジェクト」が提出したガイドライン及び今後に向けた工程表が承認されることになった。殴る蹴るのみならず言動での威圧や「しごき」も暴力と定義付けて、3度繰り返せば会員登録を停止、重大な暴力を振るった場合は一度で永久追放処分とすることになり、9月から適用される運びとなった。また、女性理事を複数登用することも決まったが、具体的な人選は持ち越された。8月に新設される常務理事会では女性と外部有識者を加えるともに、意思決定の迅速化を図るために毎月会合を持つことも決まった。理事会後の記者会見では全柔連の上村の会長続投が表明されることになった。一度は辞意を示唆しながら結果として続けることになったのは、理事会内で組織改革を最優先すべきとの声が強かったことなどを挙げ、「『（改革を）できるのか』と思われるかもしれないが、やりきる。この問題に決着をつけ、次の世代に受け渡した時に（進退を）考えたい。」「決して会長職にしがみついているわけではなく、柔道界に私が不必要だとなれば去る」との見解を示した。実際、理事会において理事の1人から「人心を一新すべき」との発言がなされたものの、他の理事からは続投支持や改革の早期実行を求める声ばかりだったという。一方で、全柔連の評議員を務める千葉県柔道連盟会長の了徳寺健二はこの決定に関して、「それでは済まないことを分かっていない悲しさ。国民、真の柔道家は決して同調することはありません。」「全柔連の理事会はイエスマンばかりで、機能停止、思考停止に陥っている。一日も早く解散させる必要がある。」と非難して、25日の評議員会で執行部の解任を要求する考えがあることを明らかにした。関東地区7県の柔道連盟会長も同様の意見を有しているという。さらに文部科学省にも執行部一新を働きかけていく意向を示した。6月20日には衆議院の青少年問題特別委員会に部会長の山口香とバルセロナオリンピック52kg級銀メダリストである静岡文化芸術大学准教授の溝口紀子が出席して、一連の騒動について説明を行った。その後山口は、25日に開かれる全柔連評議員会で理事解任の声が一人でも多く上がることに期待感を寄せるコメントを残した。6月21日には全柔連が開いた暴力根絶セミナーにおいて、山口は「暴力根絶は重要課題ですが、その前にやるべきことがあります。現在の問題に連盟としてどう向き合うのか。」と講師を務めた山下に問い質すとともに、「指導者がちょっと暴力を振るえば処分されることになる一方で、理事の責任は問われない」と疑問を投げかけた。6月22日には日本武道館で開催された全日本学生優勝大会において、全柔連副会長であり全日本学生柔道連盟会長でもある佐藤宣践が「執行部の1人として、多くの方々にご迷惑をおかけしていることを心からお詫びします」と謝罪の意を示した。