全豪オープンでは、決勝でマレーを破り優勝。これによって、自身の4大大会優勝最多記録を16に伸ばした。また、2月22日発表の世界ランキングで1位通算在位記録でレンドルの「270週」を抜き歴代2位となった。しかし、全仏オープンでは準々決勝でセーデリングに6-3, 3-6, 5-7, 4-6で敗れ、連続準決勝以上進出記録が23大会で途切れ、世界ランキング1位通算在位記録も歴代1位のサンプラスの「286週」にあと1週と迫りながらも、6月7日発表の世界ランキングで2位に転落。続くウィンブルドンでも準々決勝にて第12シードのトマーシュ・ベルディヒに4-6, 6-3, 1-6, 4-6で敗退。フェデラーが同大会で決勝進出を逃したのは実に8年ぶりであり、大会後、世界ランキングは3位に転落した。その後は好調を取り戻し、全米オープンの前哨戦となるシンシナティ・マスターズで優勝を飾り全豪以来7ヶ月ぶりのタイトルを獲得する。しかし、全米オープンでは準決勝でジョコビッチに マッチポイントを握るも、7-5, 1-6, 7-5, 2-6, 5-7で敗退、7年連続の同大会決勝進出を逃した。地元のスイス・インドア決勝ではジョコビッチを6-4, 3-6, 6-1で破りツアー65勝目を達成、サンプラスの64勝を抜き歴代単独4位となった。その後もATPワールドツアー・ファイナル決勝ではナダルを6-3, 3-6, 6-1で破り3年ぶり5度目の優勝を果たした。この年は、優勝5大会、65勝13敗(勝率83.3%)であった。
マスターズ・シリーズでは、インディアン・ウェルズの2回戦でギリェルモ・カナスに敗れ、ツアー連勝記録が41(歴代4位)で止められるも、ハンブルグとシンシナティーで優勝。ハンブルグではナダルのクレー連勝記録を81で止め、シンシナティーではジェームズ・ブレークを破ってATPツアー・シングルス・タイトル獲得数が50に達した。また、モンテカルロ、カナダ、マドリードでは準優勝している。グランドスラムでは、全豪オープンを全試合ストレート勝ちで優勝。グランドスラムでの達成は1980年全仏オープンのビョルン・ボルグ以来27年ぶり史上4人目で、全豪オープンとしては1971年のケン・ローズウォール以来の快挙であった。全仏オープンは決勝でナダルに敗れ、年間グランドスラムを阻まれた。ウィンブルドンは決勝でナダルとの接戦を制し、1980年のビョルン・ボルグ以来となる5連覇を達成。全米オープンも決勝で新鋭ノバク・ジョコビッチを破り、前人未到を更新する4連覇を果たした。これにより、歴代最多となる10大会連続グランドスラム決勝進出を達成した。マスターズカップはラウンドロビン戦こそフェルナンド・ゴンザレスに敗れるも、決勝でダビド・フェレールを破って優勝した。この年は8大会で優勝し、戦績 68勝9敗(勝率88.3%)を記録。全仏オープン終了時にランキング争いでナダルに肉薄されるも、ウィンブルドン以降は盛り返し、8月27日に世界ランキング1位連続座位期間が「187週」に到達。シュテフィ・グラフが持つ最長記録(186週)を塗り替え、12月には「200週」に到達した。
足首の怪我から明けた2006年、驚異的だった前年を上回るペースで勝ち星を重ねる。マスターズ・シリーズではインディアン・ウェルズ、マイアミ、カナダ、マドリードで優勝、モンテカルロ、ローマで準優勝。グランドスラムでは全豪オープン、ウィンブルドン、全米オープンで優勝。全仏オープンは決勝でナダルに敗れ、年間グランドスラムを阻まれた。10月はジャパン・オープン・テニス選手権に出場。決勝でティム・ヘンマンを破り、初来日を優勝で飾っている。更にマスターズ・カップでも優勝し、出場した17大会のうち16大会で決勝に進出。12大会で優勝する異次元の活躍を魅せ、戦績は92勝5敗(勝率94.8%)に上った。敗戦の内訳はラファエル・ナダルに4回、アンディ・マリーが1回と、共に新進気鋭の選手であり、これまでのライバル選手達には手がつけられなくなっていた。
パーソンズは遠征隊の指揮をリターン・ジョナサン・メグス大佐に任せた。パーソンズがジョージ・ワシントン将軍に送った報告書に拠れば、数個連隊から総勢234名をニューヘイブンに集結させ、13席の鯨船で5月21日にギルフォードに移動した。強風で海が荒れ、2日間は海を渡れなかった。5月2日午後にギルフォードを出発した。海を渡るときは武装スループ2隻と非武装スループ1隻が護衛に就いた。午後6時頃サウソールド近くに到着したとき、海を渡れたのは170名だけだった。メグスは、その地域のイギリス軍の大半がニューヨーク市に向かうよう命令を受けた後であり、サッグハーバーには少数のロイヤリスト部隊が残されているだけであることを知った。メグスは隊の兵士に11隻の鯨船を陸路搬送させて半島になっているノースフォークを越え、その船で130名の兵士と共に湾を渡ってサッグハーバーに向かった。真夜中までには湾を渡り、サッグハーバーからは約4マイル (6 km) の地点で上陸した。メグスは部隊に隊列を組ませて行軍し、午前2時頃にサッグハーバーに到着した。メグスは部隊を2つに分けた。1隊は砦を急襲し、1隊は港に向かってイギリス軍の船と集めてある物資を破壊させることにした。砦への攻撃は銃剣を装着し、静寂の中で行われ、銃弾1発のみが発射されたとされている。イギリス軍の船を焼いたときに、イギリス軍スクーナーから攻撃隊に対する砲撃が開始されたが、このスクーナーが捕獲や破壊されたかは、史料に明らかでない。12隻の船が破壊され、襲撃隊は砦で53名、桟橋で27名を捕虜にした。このとき襲撃隊に損失は出なかった。捕虜はコネチカットまで連行された。