ストレージ容量の増大とともに、ギガバイト単位の大容量サンプルライブラリーが多数登場する。サンプルライブラリーが肥大化する一方で、Modartt社のPianoteqによって省容量な物理モデリングでアコースティックピアノが再現されるといった動きもある。2000年代は、パーソナルコンピュータ領域のソフトシンセが成熟してきた時期でもある。2007年に発売が開始されたアップルのiPhoneなどで使用できるいわゆる「アプリ」の領域において、一般人でもソフトシンセが制作できるようになった。制作されたiTunes Storeを通じてアップロードして誰でも使用でき、なおかつアプリで収入を得る事ができるようにもなった(ただしアプリの制作や扱いに関してはアップルとの事前契約をし、アップルが定める規約に準拠する必要がある)。2010年に発売されたiPadによって、iPad向けに制作された本格的な使用に耐えうるソフトシンセアプリが登場している。1980年代以来、世界のシンセサイザー市場は現在でも、「ハードウェア領域では」日本の楽器メーカーが一大勢力を築いている。2000年代になり、「ソフトシンセ領域」はNative InstrumentsやPropellerheadなどヨーロッパのベンチャー企業が索引していった。これにより、シンセサイザー全体の勢力地図は大きく塗り替えられていった。日本のメーカーでもそれに対応するような動きを見せているところがある(KORGのiELECTRIBE for iPadやiMS-20 for iPadなど)。
1990年代中期～後期、汎用CPUの性能が向上し、一般向けPC上で「リアルタイム音響合成」が充分可能となり、ソフトウェア・シンセサイザーの製品や規格が相次いで登場した。1993年、インテルはCOMDEX基調演説で、PC用ソフトウェア・シンセサイザーのデモを行った(i486用)。その後インテルはソフトウェア開発から手を引いたが、同開発を行ったSeer Systems社はプロフェット5の設計者デイヴ・スミスを社長に迎え、1996年Sound Blaster AWE64製品に WaveSynth を提供 (Waveguide物理音源/プリセット)、1997年本格的シンセサイザー音源「Reality」を発売、複数の合成方式による高品位な音作りを低負荷で実現した。1994年QuickTime Musical Instrumentsが登場、1995年フリーソフトのTimidty等が登場し、PC上でソフトウェア・シンセサイザーが実用となった事を多くの人が確認する契機となった。1996年、スタインバーグ社はスタジオ環境をソフトウェア上で実現するVSTプラグイン規格を発表、まずはソフトウェア・エフェクターが音楽製作の世界で実用化され始めた。同年には、折からのアナログシンセ・ブームに乗って d-lusion社のRubberduck 、プロペラヘッド・ソフトウェア社のReBirth RB-338、Linux上のUltraMaster Juno 6等々が相次いで登場し、ハードウェアの代替としてソフトシンセが実用化され始めた。1998年プロペラヘッド・ソフトウェア社は、アプリケーション型シンセのDAW連携規格ReWireを提供、1999年にはスタインバーグ社がソフトウェア音源用プラグイン規格「VSTインストゥルメンツ」を発表するなど、ソフトシンセ製品の連携やモジュール化が進んだ。1998年、Nemesys社のソフトウェアサンプラーGigasamplerはハードディスクストリーミング技術を実用化し、巨大サンプリング音源の先陣を切った。それまでMacを愛用した音楽スタジオも、Gigasamplerを使うために専用PCを導入するようになり、音楽製作におけるPCシェア変動の一つのきっかけとなった。一般向け分野では1998年、QuickTime Music SynthesizerやMicrosoft GS Wavetable SW Synthといった、GM／GSフォーマット規格対応の簡易なPCMソフトシンセがOSに付属されるようになり、PCにおけるMIDIデータの演奏が広く一般化した。
2006年2月下旬のトリノオリンピック直後、朝日新聞のスクープ記事により、連盟の不正経理が発覚。松本充雄専務理事（元スピードスケート選手）・城田憲子理事（フィギュア強化部長）・尼子健二理事（フィギュア副委員長）・亀岡寛治理事（スピード委員長、トリノオリンピック日本選手団総監督）ら8名の理事が連盟の支払規定にない「委員通信・事務運営費」を毎月受け取っていたことなどが判明。更に2006年3月下旬、久永勝一郎元会長が連盟と取引があった旅行会社に経費を水増し請求させて裏金を捻出し、側近であった城田理事に渡していたことが明るみに出され、久永元会長や城田理事による公金着服・私的流用疑惑なども浮上。6月30日の任期切れに際し藤森光三会長代行（白川博会長は同年3月死去）・松本専務理事・城田理事・尼子理事・亀岡理事ら国際事業委員会のメンバーだった理事8人が引責辞任することになった。更に2006年4月4日には朝日新聞などにより連盟理事による利益誘導が報道された。連盟が1998年度から2004年度までに主催したショートトラック合宿の9割と、毎年夏の審判の講習会、フィギュアスケートの全国有望新人発掘合宿が長野県南佐久郡南牧村のスケートリンク「野辺山リンク」で行われていたが、このリンクは亀岡理事が経営する「帝産ロッヂ」が所有するものであった。連盟のリンク使用料は一般より5000円高い1時間2万円に設定されていたほか、選手は同社が経営する宿泊施設に宿泊。また亀岡理事は1998年から合宿地を選ぶ「スピード委員会」委員長も務めており、合宿地選定に大きな影響力を持っていたことから、亀岡理事による利益誘導ではないかとの疑いが持たれた。更に城田理事が「帝産ロッヂ」の役員に名を連ねていたことが明らかとなり、一部理事による計画的かつ組織的な利益誘導が行われていたのではないかとの疑惑が広まった。強化合宿費のうち3分の2は税金で賄われていることなどから、この疑惑を連盟の所轄官庁である文部科学省が問題視し、小坂憲次文部科学大臣は連盟と日本オリンピック委員会（JOC）から事情聴取する方針を表明。4月13日、文部科学省から公益法人としての透明性を確保し適正な運営を行うよう指導がなされた。亀岡理事は長時間確保できるリンクが他にないことや、強化合宿中は製氷回数が多く費用が掛かることなどをあげて「利益誘導ではない」と釈明したが、馳浩文部科学副大臣から「体制を含めて自ら襟を正すように」との指摘を受けた。