勇稀人は礼拝堂で南 いすかという1年生と出会い、神父の朱鷺誠治郎から人見知りの激しい彼女の心を開くよう頼まれる。だが、勇稀人はいすか本人から「自分には相手の気持ちを色で感じる能力がある」と告白され、朱鷺が彼女に対して劣情を向けていると感じたと告げられる。勇稀人は、朱鷺と自らの能力を怖がる彼女とともに、朱鷺の姿を見かけたという地下室を探すことにした。森の中で防空壕を見つけた二人は、朱鷺が生徒たちと淫行にふけっている様子を目の当たりにした。いすかは衝撃を受けるものの、性そのものには嫌悪感を抱いているわけではなく、気持ちの高ぶりを勇稀人にぶつけてしまう。やがて、彼女の能力は周囲の人間にまで影響が及ぶようになり、唯一心の中が見えない勇稀人に対して依存していく。朱鷺は、彼女の能力から神性を感じ取り、これまでの「魔女」にしてきたように、いすかと防空壕で交わり、その血肉をものにすべく、彼女を防空壕へとつれさらった。朱鷺の本性を知った勇稀人は、ろうそくの火でいすかの拘束を焼き切って防空壕から脱出した。勇稀人は朱鷺をはじめとする追っ手に電灯を当てた。彼らの感覚は増幅されていたため、彼らの網膜はダメージを受け、朱鷺が倒したろうそくにより防空壕は炎の海となった。学院から脱走した勇稀人はいすかと二人で北の果ての地で暮らした。
勇稀人の優秀な成績に興味を抱いていた教師・城之園 杏理は、勇稀人が一週間でAクラスに進んだことに驚きをみせ、肉体関係を結ぼうとする。一方、彼と同時期に転入した三杉 優也はCクラスへ降格され、杏理と一緒にいたところを教師の沼中 大吾 が撮影する。勇稀人は二人を助けるため、消息を絶った友人を探す茉奈と一緒にCクラスの校舎に行った。杏里が沼中らの注意を引く中、勇稀人は彼女に関するデータを消去し、証拠を確保した。沼中らの虐待を受けていた生徒たちは学院の男性陣によって助けられるも、校舎裏からも遺体が発見されたこともあり、杏理の心の痛みは残ったままだった。事件を機に、Cクラスは廃止され、学院の方針も変更された。老夫婦に引き取られた勇稀人は、数年後、聖エステラ学院に教師として戻り、杏理と再会を果たした。
山奥にある全寮制の名門女子校・聖エステラ学院は、徹底した秘密主義によって多くを知られることはなかった。夏も近いある日、孤児院で育った主人公・犬上 勇稀人はその学院に転入した。そこで彼は、数十年前に起きたある出来事によりこの学園の多くの命が奪われて以来、行方不明者が出ると学生のうちのだれかが魔女になるという噂を聞き、魔女にあこがれる少女たちと出会う。そして、彼女たちが魔女になったとき、学園を揺るがす事件が起きた。
アストロノーツ・シリウスの第二作目である本作は、山奥にある全寮制の名門校・聖エステラ学院を舞台に、数少ない男子の一人として転入してきた主人公が、学院に伝わる伝説の魔女となった少女たちとともに、魔女の存在や学院の秘密に迫っていく、伝奇ミステリ調のアドベンチャーゲームである。本作の特徴の一つとして、鑑賞モードのCGにセリフが表示されるという機能がある。これは、プレイヤーがセリフからCGの状況を理解して楽しみやすくするために取り入れられたものであり、2017年に発売された『百奇繚乱の館』でも同様の機能が導入された。
山梨県道605号清里須玉線とともに、かつての佐久甲州往還として建設された。そのためこの道路の多くの区間は国道141号と平行している。国道141号との交差点を起点に、狭小区間を抜けて台地の下へと出る。その後須玉川に沿って南下し、北杜市役所須玉総合支所に至る。
山梨県道619号箕輪須玉線（やまなしけんどう619ごう みのわすたません）は、山梨県北杜市を起点・終点とする一般県道である。増富ラジウムラインの一部を成している。
地鉄笹津駅跡は、1998年（平成10年）時点では、笹津駅北側の自転車置場及び空地となっていた。2007年（平成19年）9月時点では空地だった場所に大沢野町（2005年（平成17年）まで）消防第二分団の詰所が建築されており、2008年（平成20年）時点、2009年（平成21年）11月時点でも同様であった。
廃止時点で、単式ホーム1面1線を有する地上駅で、同線の終端駅であった。ホームは線路の東側（地鉄笹津方面に向かって左手側）に存在した。国鉄高山本線のホームとは跨線橋で連絡していた。そのほか貨物列車用の国鉄との授受線を1線、本線南富山方から東側に分岐しホーム手前で再び本線と合流する側線を1線有していた。この側線には敷島紡績笹津工場からの貨物列車専業であったデキ6500形電気機関車デキ6502号機が、運行時間以外はここに留置されていた。職員配置駅となっていた。駅舎は国鉄の建物とは別に存在し、ホームに接していた。開業時からの駅舎であった。
ターゲットに攻撃をしている最中でも方向キーを入力すると任意の方向へ方向転換できるようになり、これによって別のターゲットに攻撃対象をチェンジできるようになった。ただしフォース系にはロックオンがなく、テクニックを使う際、手動で使いたい方向にキャラクターを向けなくてはならない。また、遠距離武器は特定のキーと組み合わせて攻撃すると向いている方向を固定して歩きながら発砲することが可能になった。その他銃器の新要素として、一度に複数の弾丸を発射するショットガン系やクロスボウ系の場合、一つのターゲットに同時に複数の弾丸を命中させれば多段ダメージを与えられるようにもなった。またそれ以外の一部射撃武器は、主観視点に変更すれば（移動はできない代わりに）上方を含めた自由な方向に打ち込むことができ、これにより弱点を集中して攻撃できるようになる。武器は「アクションパレット」にセットされた物からチェンジすることができる。また、セイバーやハンドガンなどの片手武器同士は同時に装備し特定のキーを押しっぱなしにすることで装備を変更することなく二つの武器を使い分けることができ、これを使うとテクニカルな戦闘も可能になる。 ただし、コンボ中に剣→剣→銃というような攻撃は不可能。ただし「セイバー+セイバー」や「セイバー+ナイフ」のような自由が利く組み合わせではなく「ハンドガンなどの射撃武器は左手専用」「セイバーなどの打撃武器は右手専用」という規則がある。そのため「ツインセイバー」「ツインダガー」「ツインハンドガン」などは別途の両手装備カテゴリーとして存在し、これらや「スピア」などの両手武器は片手武器のセイバー等と同パレットに装備することはできない。