九重の死後、九重部屋は独立して井筒部屋を興していた北の富士が、両部屋合同の形で継承した。1981年1月場所後、千代の富士が大関昇進、同年7月場所後に横綱昇進を果たす。なお大関・横綱昇進伝達式の際、通常は力士本人と師匠夫妻が揃って出席するが、千代の富士の場合は九重親方（元北の富士）の配慮により、千代の山の未亡人が北の富士と共に同席していた。（九重親方は、当時独身で妻がいなかったため、その代わりに千代の山の未亡人に立ち会ってもらったと語っている。）
独立後最初の場所だった1967年3月場所には、弟子の大関・北の富士勝昭が初優勝を挙げたほか、十両でも弟子の松前山武士が優勝した。その後は北の富士を横綱に、独立時の弟子から北瀬海弘光を関脇に育てた。それ以外にも、出身地も卒業した小学校も同じで、後に昭和の大横綱とも言われる千代の富士貢をスカウトした。一方で協会内においては、独立・破門時に委員への降格を余儀なくされていたが、1976年には協会の役員待遇に昇格した。この昇格は理事長として2期目を迎えたかつての稽古相手・春日野の温情によるものだと言われる。千代の富士を幕内力士まで育て上げたが、この頃から急激に体調を崩すようになった。やがて肺癌と診断（当時は癌の場合本人に告知されなかった）されて入院するが、千代の富士の新三役昇進を見ることなく1977年10月29日に51歳で没した。
1960年に師匠である出羽海が亡くなると、後継者候補として名乗りを上げる。常ノ花は亡くなる寸前に「九重（千代の山）に継がせたかった」という遺言を残したと言われたが確証がないため、武藏川が継承した。常ノ花はこの3年前の自殺未遂事件の時にも千代の山を後継者に指名した遺書を書いていたと言われるが、一命をとりとめたことでこの遺書は破棄された。1965年5月、柏戸剛・大鵬幸喜・北の富士勝昭と共に拳銃をハワイから密輸入し、その証拠隠滅を図ろうと廃棄していたことが発覚して書類送検されたが、日本相撲協会からの処分はなかった。出羽ノ花の次代の「出羽海」こそは九重だと本人も周囲も思っていたが、後に佐田の山晋松が出羽海の婿養子となり、しかも出羽海が部屋の土地・建物全てを「佐田の山」名義に書き換えたことで、九重は自分が継承することはないと判断し、常陸山以来の分家独立不許という不文律に悩みながら申し出ると、弟子13名中10名までを連れて独立することを許された。しかし、弟子もろとも一門から破門されたため、髙砂一門へ移籍することになった。
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