朝鮮半島北部にはソ連軍が進駐し、社会主義者を利用した占領統治を行った。再建されたソウルの党中央と連絡をもつ党組織も再建されたが、北半部では北部のみの中央組織が必要とする主張が生まれた。国内派が南北一体の組織維持を主張したのに対し、ソ連派・満洲派およびソ連軍政当局が北部独自組織の設立を主張したと考えられている。1945年10月13日（10日との説もある）に開催された「西北5道党責任者熱誠者大会」において「朝鮮共産党北部朝鮮分局」（第一書記：金鎔範。「北朝鮮分局」と記されることもある）の設置が決議された。分局は党中央の承認を経て10月23日に平壌に設置されることとなり、ここにおいて事実上、朝鮮共産党の組織は南北に分かれた。なお、現在の北朝鮮の朝鮮労働党は1945年10月10日を創建記念日としている。「朝鮮共産党北部朝鮮分局」の設置によるソウルの組織からの分離に党の起源を求めていることになる。
朝鮮において「12月テーゼ」に基づく党再建運動はたびたび試みられたが、いずれのグループもコミンテルンによる承認を得られなかった。当局による弾圧の中で1930年代には社会主義者の活動は困難となり、多くの人士が共産党の活動から離れ、民族主義路線への転換をおこなった。元山ゼネスト後の1929年6月には、社会主義者たちの運動が共産党再建を図るものとして弾圧された（第5次朝鮮共産党事件）。マルクス主義経済学者印貞植も検挙された一人である。1934年から1936年にかけて李載裕・李鉉相らによる「党再建ソウル準備グループ」が活動した。1939年に釈放された朴憲永は、残存する社会主義者の諸党派を糾合して党の再建を模索し続けたが（ソウル・コムグループ）、1941年に大部分が検挙された。朴憲永は光州で煉瓦工場の労働者として潜伏した。
1928年7月、第4次朝鮮共産党事件によって党中央が検挙された際、コミンテルンでは第6回大会（1928年7月～9月）が開かれていた。コミンテルンは大会後に朝鮮共産党の承認を取り消した。1928年12月、コミンテルン朝鮮委員会は「朝鮮革命農民及び労働者の任務に関する決議」（「朝鮮問題に関する決議」とも。通称「12月テーゼ」）を採択した。12月テーゼでは、党がインテリ・学生中心で労働者と没交渉であったこと、分派争いのため日本のスパイや扇動者の潜入を防げなかったことを批判し、労働者・農民を獲得することを指示、階級闘争運動を強調した。これは、民族主義者との共闘に否定的な見解を示唆したものであった。統一戦線の否定と非合法活動の推進は運動に混乱をもたらすこととなった。朝鮮共産党の再建が行われなかったことに加え、コミンテルンの「一国一党」原則により、満州総局と日本総局は解散した。満洲・日本在住の朝鮮人共産主義者は、それぞれ中国共産党や日本共産党に加入し、中国や日本の社会主義革命、民主主義革命のために活動することとなった。
1978年の共産政権の成立にともない、全土でムジャーヒディーンと呼ばれる武装勢力が蜂起した。これをうけて1979年にはソビエト連邦が軍事介入を行ったが、東側社会以外の支援を受けたムジャーヒディーンを駆逐することはできず、1989年にソ連軍は撤退した。しかしソ連軍の撤退以降はムジャーヒディーン同士が内戦を起こし、軍閥を形成して戦闘が続いた。1994年頃からパキスタン軍の支援を受けたパシュトゥーン人の武装勢力であるターリバーンが勢力を拡張し、国土の大半を制圧した。しかし、ターリバーン政権はイスラム原理主義的政権であり、同様に原理主義的思想を持つウサーマ・ビン＝ラーディンとアル・カーイダを国内に保護し、テロリストの訓練キャンプを設置していた。このためターリバーン政権を承認したのはパキスタン、サウジアラビア、アラブ首長国連邦の三国に留まり、アフガニスタンの国際連合における代表権はブルハーヌッディーン・ラッバーニーを大統領とするアフガニスタン・イスラム国が保持していた。ラッバーニーをはじめとする旧ムジャーヒディーン勢力はターリバーンに対して同盟を組み、通称「北部同盟」として北部で抵抗を続けたが、ターリバーンに押されつつあった。1998年、タンザニアとケニアのアメリカ大使館がアル・カーイダにより爆破される事件が発生し、アメリカは報復としてアフガニスタン国内の訓練キャンプをトマホークで攻撃した。このため12月8日には国際連合安全保障理事会で国際連合安全保障理事会決議1214が採択され、テロリストの国際司法機関への引き渡しが要求され、1999年には国際連合安全保障理事会決議1267で、アル・カーイダとビン＝ラーディンらを名指ししての引き渡しが要求された。しかしターリバーン政権は従わず、決議に基づく経済制裁が行われた（アメリカ同時多発テロ事件後はこの狙い撃ち制裁が拡大され、カディ事件やサヤディ事件で人権侵害が問題化する）。アル・カーイダの攻撃は引き続き起こり、2000年10月には米艦コール襲撃事件が発生した。このため12月に国際連合安全保障理事会決議1333が採択され、再度アル・カーイダの引き渡しが求められたがターリバーン政権はこれにも従わなかった。ターリバーンとしては、アフガニスタンの客人歓待の伝統、ウサマ・ビン・ラーディンからの資金援助等の事情から、犯罪の証拠が示されることなく、ウサマ・ビン・ラーディンを引き渡すことはできなかった。2001年2月26日にターリバーン政権は偶像破壊を名目にバーミヤンの大仏を破壊した。しかしこの事件も非イスラム諸国だけでなく、イスラム諸国からの批判も受けターリバーン政権は孤立状態にあった。