総理府（現内閣府）で1991年（平成3年）に導入したB747-400が航空自衛隊へ移管されることとなり、1992年（平成4年）4月1日に千歳基地で臨時特別航空輸送隊が編成され、受け入れ態勢を整えたうえで運用試験を開始、1993年（平成5年）6月1日に臨時が外れた特別航空輸送隊と隷下に第701飛行隊が正式発足した。B747-400の航空自衛隊への移管に伴い、任務拡大も正式に認められ、本来任務である要人輸送任務に加え、海外紛争発生時等の在外邦人救出、海外での大規模災害に対する国際救援活動、難民輸送、内閣総理大臣が承認した特別な場合等に運用することが可能となった。2003年（平成15年）に初の国際平和協力活動運航として、イラク難民救援国際平和業務で難民救援用物資（テント160張）を日本からヨルダンのアンマンまで空輸。2004年（平成16年）1月22日には、初のイラク人道復興支援運航として、小牧基地からクウェートまで航空自衛隊本隊要員約110名を輸送した。また、2013年（平成25年）に発生したアルジェリア人質事件の際には初の在外邦人等輸送運航として、アルジェリアから日本への在外邦人輸送を行った。2019年3月24日に千歳基地において2代目政府専用機のB-777との機種交代式典が実施され、3月31日でB-747-400が退役し、4月1日からB-777の運航任務を開始した。部隊マークはコールサイン「Cygnus」に因み、はくちょう座を描いたものとなっている。
開設以来、旅客駅として整備されないまま現在に至っている。信越本線と白新線の相互間を乗り換える場合は、必然的に上沼垂 - 新潟間を1往復する事になるため、乗客の利便性の面で少なからずネックになっている。また、信号場西側は新潟駅南口からタクシーで5分ほどと比較的近いが、東側は本馬越中山跨線橋を通過する路線バスなどの交通機関に頼る公共交通の脆弱な地域で、過去にも周辺住民から「信号場を駅として整備して欲しい」という要望が新潟市やJR東日本新潟支社に幾度か寄せられているものの、実現に前向きな動きはない。
新潟車両センターを囲むように形成されているデルタ線の北側の分岐点となっている。信越本線・白新線の複々線のほか数本の着発線がある。ダイヤ上では旅客列車が上沼垂信号場に停車することはない。かつては貨物駅として営業しており、新潟車両センターの白新線を挟んだ北側には、有蓋車用の貨物ホームや貨車仕分線が広がっていた。また車運車による自動車輸送基地や、秩父セメントの包装所へ至る専用線があった。
第二次大戦後の海軍の縮小に伴い、ハンコックも他の同型艦の多くと同様に予備役に編入される。ワシントン州シアトルに向かい不活性化に向け待機した後、1947年5月9日よりブレマートンのピュージェット・サウンド海軍造船所でモスボール処理のうえ保管される。ハンコックはSCB-27C改装により近代化することが決定し、1951年12月15日よりピュージェット・サウンド造船所で改装工事が行われる。同改装は、SCB-27改装を基礎としてさらにジェット戦闘機に対応する強力な蒸気カタパルト等の新機軸を盛り込んだものである。ハンコックは同改装を受けた最初の艦であり、蒸気カタパルトを備えた初のアメリカ空母となった。また、本艦を含む7隻はエセックス級の中で航空機運用能力が特に高くなったことから、非公式ながらハンコック級と分類されることもある。ハンコックは1952年10月1日に CVA-19 （攻撃空母）に艦種変更され、1954年2月15日にW・S・バッツ艦長の指揮下再就役した。1954年5月7日にサンディエゴを出港し、カリフォルニア沖で作戦活動に入る。6月17日には蒸気カタパルトを用いた史上初のジェット戦闘機発艦を行っている。1955年8月10日に第7艦隊の一部として沖縄からフィリピンにかけての海域で作戦活動を行い、シースパロー、レギュラスミサイルの発射実験及びカットラスの運用実験を行った。1956年3月15日にサンディエゴに帰還し4月13日に一時退役、アングルド・デッキ装着等を盛り込んだSCB-125改装に入る。ハンコックは1956年11月15日に再就役し、サンディエゴ沖で1957年4月6日まで訓練を行う。その後極東、ハワイに向けて出港し、1957年9月18日にサンディエゴに帰還、1958年2月15日に再び日本に向けて出港する。1958年8月の第二次台湾海峡危機では強力な空母機動部隊の一部として警戒を行った。10月2日にサンディエゴに帰還し、サンフランシスコ海軍造船所でオーバーホールに入る。オーバーホール後はサンディエゴで訓練任務に従事、その後1959年8月1日に再び第七艦隊に加わり、ラオス問題で東南アジア水域でのアメリカ軍の存在を誇示した。1960年1月18日にサンフランシスコに帰還し2月初めに出港、月からの極超短波を受信する通信実験（Operation Moon Bounce）に参加した。8月には第7艦隊と共にラオス沖に展開し、同水域の緊張が緩和するまで日本からフィリピンにかけての範囲で作戦活動に従事する。ハンコックは1961年3月にサンフランシスコへ戻り、続いてピュージェット・サウンド海軍工廠でオーバーホールを行い新型電子機器の装備及び多くの改修を行った。その後1962年2月2日に再び極東へ出航、ラオスと南ベトナムでの危機が増大すると南シナ海でのパトロールを行った。6月には金門島と馬祖島に向かい、その後日本沿岸で訓練活動を行う。1962年10月7日にサンフランシスコに帰還し、ハワイへの短期間の航海の後1963年6月7日に再び極東へ出航した。