2008年に入り谷垣派との合流論である中宏池会構想が加速。同年1月16日には5月までの再合流を正式決定し、同年5月13日、東京都内のホテルで開かれた政治資金パーティーで、正式に合流が実現した。会長には古賀誠、ナンバー2の代表世話人には谷垣禎一が就任。会長代行は太田誠一（旧古賀派）、事務総長には逢沢一郎（旧谷垣派）が就き、両派の均衡が図られた。また、派閥の事務所は旧古賀派の事務所に引き続き置かれることとなった。なお後に旧谷垣派は2012年総裁選への対応を発端として再び離脱している。
2000年11月、宏池会会長加藤紘一の第2次森内閣不信任決議案同調の動き（加藤の乱）に反発した宮澤喜一元首相、池田行彦、堀内光雄、丹羽雄哉ら反加藤グループが、2001年1月に堀内派を結成。第2次森改造内閣発足に伴う党役員人事では、野中広務幹事長の後任に国会対策委員長の古賀誠を送り込んだ。2001年4月、森首相の退陣を受けた自民党総裁選で、堀内派は小泉純一郎候補の対抗馬である橋本龍太郎元首相を支援。優勢が伝えられていた橋本が敗れたため堀内派は反主流派に転落するも、小泉執行部で堀内が党総務会長に就任する。2003年総裁選では、堀内総務会長を中心とする親小泉派と、古賀元幹事長を中心とする反小泉派に分裂。また、同年11月の衆議院議員総選挙を前に、宮澤元首相が小泉総裁から直々の引退勧告を受け、政界引退となった。2004年1月、堀内派幹部だった池田行彦が死去。7月にはかつて宏池会会長も務めた鈴木善幸元首相が死去した。9月に行われた党役員人事では堀内光雄が総務会長を解任され、内閣改造でも冷遇されて以降は反小泉色を強める。2005年7月、堀内光雄が郵政国会で郵政民営化法案採決で反対票を投じるため、派閥会長を辞任。その後は後継会長を立てず、丹羽雄哉・古賀誠の主導で派閥運営が進められた。
ポーランド侵攻では第10軍に属し、二個装甲師団と二個装甲擲弾兵師団からなる第16自動車化軍団を指揮。この戦功により1939年10月、騎士鉄十字章を受章。同部隊を率いて翌年の西方電撃戦に従軍、その戦功により上級大将に昇進。同軍団は1941年に第4装甲集団と改称された。第41軍団と第56自動車化軍団からなる同部隊（計7個師団）を率いてバルバロッサ作戦に参加。モスクワの戦いの前哨戦となるビャスマ・ブリャンスクの戦いでソ連軍を包囲撃滅した。第4装甲集団は同年12月に第4装甲軍と改称され、5個軍団・12個師団からなる大部隊となった。この当時ヘプナーはグデーリアン、ホト、フォン・クライスト、ロンメルと並ぶ優れた装甲部隊指揮官として知られていた。しかし1942年1月、ソ連軍の冬季反攻に際してヒトラーの死守命令を無視して戦術的後退をしたために更迭され、ドイツ国防軍を不名誉除隊となった。上級大将としての給与や年金の支給も停止されたという。彼はこれを不服としてライプツィヒの地方裁判所へ提訴して勝訴。年金だけは支給される事になったという。以後ヘプナーはヒトラーに対する抵抗運動に身を投じる事になる。1944年7月20日午後12時42分、ヒトラー暗殺計画がクラウス・フォン・シュタウフェンベルク大佐らによって決行された。その頃ヘプナーはベルリン・ベンドラー街（現在はシュタウフェンベルク街に改称）の国内予備軍司令部を訪れ、副司令官のフリードリヒ・オルブリヒト大将のもとで待機していた。ヒトラーは軽症を負ったのみだったが、それを確認できないまま午後3時すぎ、「ヴァルキューレ（反ヒトラー陰謀の作戦名）」が発令されてクーデターが開始された。国内予備軍司令官フリードリヒ・フロム上級大将はクーデターに反対したため監禁された。午後5時頃、ヘプナーはクーデター派から同軍司令官に任命された。彼はヒトラーから軍服の着用を禁じられていたが、トランクに軍服を隠し持ってきてそれに着替えた。各地の軍部隊に伝達された命令書には、国内予備軍司令官としてのヘプナーの名が使用される事になったが、しかし軍部隊を目的通りに指揮できなかった。さらにヒトラーは鎮圧のためにハインリヒ・ヒムラー親衛隊長官を新たに国内予備軍司令官に任命。「ヘプナーの出した命令に従ってはならない」という命令を出すなどして対抗し、結局クーデターは失敗する。午後10時半過ぎ、ヒトラー支持の将校たちと銃撃戦になり、ヘプナーの居る司令官執務室にヒトラー派が突入して来てクーデター派は逮捕された。午後11時頃、フロム大将は即決の軍法会議を開き、クーデター派のオルブリヒトやシュタウフェンベルクら4人を銃殺させた。ヘプナーは軍法会議で弁明することを希望して、その場での処刑も自決も拒否し、逮捕された。だが恐らく、彼は後にその決定を一度は後悔したと思われる。1944年8月7日、エルヴィン・フォン・ヴィッツレーベン元帥ら計8人と共に、国家および民族に対する反逆罪でローラント・フライスラー裁判長によるベルリンの人民法廷の見せしめ裁判にかけられ、フライスラーから罵倒された。その裁判の模様の映像が残っている。翌8月8日死刑判決を受け、その数時間後の同日夕方、プレッツェンゼー刑務所の処刑場で、ピアノ線による残忍な方法の絞首刑が執行された。その模様は後にヒトラーに見せるため映像で撮影された。ヒトラーに抵抗した軍人として、戦後のドイツでは顕彰の対象となり、兵舎や学校、通りなどに彼の名が冠されている。