1999年12月31日、泥棒が隣接する建物の足場を使ってアシュモレアン博物館の屋根に登り、天窓を破って侵入、ポール・セザンヌの油絵「オーヴェル＝シュル＝オワーズの眺望」を盗み出した。賊は同じ部屋にあった他の作品には手をつけず、また盗品が売りに出されることもなかったため、何者かの依頼にもとづく美術品盗難事件ではないかと推測されている。
収蔵品はエリアス・アシュモール自身が集めた物と、庭師で旅行家にして収集家であったジョン・トラデスカント、および同じ名前の息子ジョン・トラデスカントから入手した物で、古銭、書物、版画、地質標本、動物標本（そのひとつにヨーロッパで見られた最後のドードー鳥の剥製があったが、虫食いがひどかったため1755年に頭部と爪のひとつを除いて破棄された）が含まれていた。博物館は1683年5月24日に開館し、オックスフォード大学最初の化学教授で自然科学者のロバート・プロット が最初の学芸員（Keeper）職に就任した（1973年より、学芸員（Keeper）職は館長 (Dirctor) 職と変更された）。その後、種々の標本は新しい博物館に移されて、ブロード・ストリートの建物（後に「オールド・アシュモレアン」として知られ、それはサー・クリストファー・レンもしくはロバート・ウッドによるものとされる）は、オックスフォード英語辞典のスタッフのための事務所として使われた。1924年からはオックスフォード科学史博物館として、世界最大のアストロラーベコレクションやルイス・エヴァンスがオックスフォード大に寄贈した科学装置のコレクションを展示している。現在の建物は、チャールズ・コッカレルのデザインによる新古典主義建築で、1845年にボーモント・ストリートに建てられている。建物の東翼はタイラー・インスティテューション、オックスフォード大学近代語学部（現・中世および近代語学部）の施設が占めていた。本館にはエリアス・アシュモールとジョン・トラデスカント父子による当初のコレクションはもちろんのこと、膨大な考古学資料や芸術作品が納められている。芸術作品の中にはラファエル前派の最も優れたコレクションの一つに数えられる絵画や、同じくマジョリカ陶器、英国銀器のコレクションが含まれる。考古学部門においては、アーサー・エヴァンズの遺贈品である非常に優れたギリシャとミノアの陶器のコレクションが含まれている。同部門にはまた、古代エジプトおよびスーダンの古代遺物の幅広いコレクションを所蔵している。なお同館ではエジプト学の進歩のためにグリフィス研究所を主催している。
ハンザ同盟は15世紀には衰退し始め、それに変わってネーデルラントが北海の覇権を握るようになった。1492年のクリストファー・コロンブスによるアメリカ大陸の発見、ならびに1498年のヴァスコ・ダ・ガマによるインド航路の開発によって、大西洋を通じて遠方の諸世界との航路がつながるようになり、そうした諸世界からの富がスペインやポルトガルを通じてネーデルラントへと流れ込むようになったため、それまでの地中海・バルト海貿易の地位は徐々に低下していき、代わりに大西洋貿易と、それと直結した北海の経済的地位は上昇し続けることとなった。また、このころにはブリュージュがシルトの堆積によって港湾機能を失い、ヨーロッパ北部の大交易拠点はアントウェルペンへと移った。しかし、これらネーデルラント諸都市は、特に貿易の盛んな北部諸都市ではキリスト教のうちカルヴァン派を信仰するものが多く、統治者であるカトリックのハプスブルグ家とは対立しがちであった。1568年、フェリペ2世による異端審問や旧来の諸権利の侵害に耐えかねたネーデルラント諸州が有力貴族オラニエ公ウィレム1世のもとで反乱を起こし、八十年戦争が勃発した。戦闘は序盤はスペイン側が圧倒的に優勢であったが、ネーデルラント側は海上で優勢を保っており、ゼーゴイセンと呼ばれる海上ゲリラ部隊が北海からスペイン支配下の諸都市に攻撃を繰り返し、1572年からいくつかの都市を占領するなど、徐々に戦局はネーデルラント側に傾いていった。1579年には北部のプロテスタント7州がユトレヒト同盟を結成し、これを基にして北部諸州は独立国の様相を強め、やがてネーデルラント連邦共和国（オランダ）が成立する。これにより、北海の覇権はそのままオランダへと移行した。1585年、アントウェルペンがオランダ独立戦争のさなかスペイン軍に占領されると、北欧経済の中心はオランダのアムステルダムへと移った。1560年頃より、それまでデンマークのエーレスンド海峡方面に生息していたニシンの群れがドッガーバンクをはじめとする北海洋上に群生するようになった。しかし沿岸に近いところに押し寄せていたバルト海時代と違い、ニシンは北海洋上に群生するようになったため、防腐処理の問題が生じた。この問題は、オランダがバス船と呼ばれる大型漁船を投入することで解決した。バス船にはデッキがあるため、船上で塩漬け処理する工程が可能だったのである。この技術優位によって、オランダの漁船群は北海各地、特にイギリス沿岸に近い海域でニシンを大量にとるようになり、オランダの経済繁栄の一因となった。この洋上でのニシン漁業は「大漁業」と呼ばれ、オランダ経済の根幹の一つとなっていた。また、アムステルダムを中心とするオランダ諸港からはヨーロッパのみならず世界各地へと商船が出航していった。しかし、17世紀前半以降、特にイングランド王国において、この北海におけるオランダ覇権に対する反発が強まってきた。1651年、オリヴァー・クロムウェル支配下のイングランド国会で航海条例が制定され、イングランド及びその植民地から外国船は締め出された。これに反発したオランダとの間に、1652年、第一次英蘭戦争が勃発する。この戦争では海戦が主体となったが、オランダ側は常設艦隊を持たず、大型艦も少なかったため、イギリス側が終始優勢に戦闘を進め、1654年のウェストミンスター条約においてイギリス側が勝利を確定した。この後も1665年から1667年にかけて第二次英蘭戦争、1672年から1674年にかけて第三次英蘭戦争が勃発した。この時期はまだオランダの経済力が他を圧していたものの、やがてオランダ経済は衰退の道をたどるようになり、18世紀には北海の制海権はイギリスへと移り、北海経済の中心もアムステルダムからロンドンへと移った。