続編として、RPGツクール2000で製作された『Another Moon Whistle』（アナザームーンホイッスル）がある。ムーンホイッスルの登場人物の一人である「つくも」の夏休みがメインとなるスピンオフ作品。舞台の町は違うが、若干のストーリー的繋がりはある。2006年4月17日にツクールモバイル＠RPGにて公開された作品『ぼくのすむまち』では、マックスなどのムンホイシリーズに登場したキャラクターが出演している。ツクールモバイル＠RPGは2007年にサービス終了となったが、その後RPGツクールVXに移植され2008年に『ぼくのすむまちVX』として新たに公開された。2015年4月25日には、Amazon.co.jpにおいてKindle本である『小説ムーンホイッスル』が発売されている。神無月サスケが2013年に著した本作の小説版となる作品であり、イラストは飛鳥好一が担当している。
ゲームは、1980年代（設定によると1982年）の日本のとある街「もとまちタウン(モデルは福岡県飯塚市の本町周辺)」を舞台とし、主人公ぜのんが、ひまわり幼稚園の年長組に入る4月から、幼稚園を卒園するまでの1年間を描いている。実際にプレイヤーが操作するのはそのうちの幾日かで、通常は朝の幼稚園のシーンに始まり、放課後になってから町を探索する。ゲームは全てのイベントが一日限りで終了する「一日完結型」で進行する。やるべきことを全て終えると夕方になり、その後、ぜのんの家で母親に話しかけると、その一日が終了する。マップの移動は「でんしゃごっこ」という特技でスムーズに行なえるようになっていて、また町の人の発言も3ヶ月ごとに一新されるなど、比較的システマティックなゲーム構成になっている。ストーリー本編とは関わりないが、済ましておくとゲーム進行に有利になる（アイテムをもらえる、技を覚える）隠しイベントも多数ある。舞台となる「もとまちタウン」では、商店街、マンション、幼稚園、学生寮、商社ビルなどがあり、マップを探索するのが楽しい。そこでは多くの人が存在し、イベントが進むことによりセリフもそれぞれ変わっていく。話し掛けなくても進行にはほぼ関係なく、プレイヤーの自由性が配慮されている。ダンジョンとなる下水道や裏山では、ランダムエンカウントによる戦闘が行われる。また、シナリオ上、重要な敵キャラとのボス戦もある。主人公達が戦う敵の種類は、人間のいじめっ子の他に、「ナメクジラー」のようにナメクジとクジラをあわせたような駄洒落になった敵、施設の中では「おそうじキャラさん」などロボットの敵も登場し、バラエティにあふれている。戦闘で主人公達は魔法の代わりに特技を使って戦う。主人公ぜのんは「タイフーン！」など風系の攻撃を、なるみは炎の「バクレツ」や氷の「カッチン」など多様な技を使えるなど、全員が強力な攻撃特技を持っている。回復についても、ぜのんは「星の砂！」や「月光！」といった幻想的な技を使うことが出来る。なお、技の後にある！は、全体に効果があることを意味する。この記号のない技の効果範囲は1体となる。主人公達の装備にも幼稚園児や小学生らしいものが多い。装備部位は「ぶき」「ぼうし」「うわぎ」「かばん」「アクセサリ」で、「ぼうし」「うわぎ」「かばん」は、一般的なRPGの「兜」「鎧」「盾」に相当する。武器の例として、「みずでっぽう」や「ちゃんばらの刀」、「うわぎ」の例としては「スモック」「ふろしきのマント」など、子どもらしさを前面に出した装備がメインとなっている。
今回のステージで最多出演者は、AKB48の高橋みなみであり、7曲に参加している。SMAPがトップバッターで「SHAKE」、大トリで「シャレオツ」を披露。番組前半では、斉藤由貴、南野陽子、浅香唯、松本伊代といった1980年代に全盛期で活躍していた女性アイドル歌手が、AKB48、乃木坂46、ももいろクローバーZといった若手の女性アイドルグループとのそれぞれの共演で、新旧女性アイドルコラボレーションを披露した。番組後半では、かつては元恋人同士だった華原朋美と小室哲哉の共演が、1998年4月6日放送の『HEY!HEY!HEY!』以来の約15年ぶりに実現した（前年の当番組で華原朋美が5年ぶりの芸能活動再開を果たした。また、前年の『2012 FNS歌謡祭』と同年の『2013 FNSうたの夏まつり』にも両者は番組には揃って出演していたが、共演はなかった）。「I'm proud」「I BELIEVE」を披露後、華原が小室に駆け寄り感謝と謝罪を含めた挨拶をする場面も観られた。後日談で、当番組のプロデューサーは、挨拶のシーンの事を「当初は予定していなかったので、挨拶はアドリブ」と言っていた。また、番組の随所で、SMAPの5人がソロで、それぞれ他のアーティストと共演した。中居正広は自身がプロデュースした舞祭組との共演で「棚からぼたもち」を披露、木村拓哉はエレファントカシマシとの共演で「今宵の月のように」を披露、稲垣吾郎は田島貴男との共演で「接吻 -kiss-」を披露、草彅剛はTRFと小室哲哉との共演で「EZ DO DANCE」を披露、香取慎吾はゆずとの共演で「桜木町」を披露した。ちなみに、同年7月31日放送の『2013 FNSうたの夏まつり』では、中居正広、草彅剛の2人を除く、木村拓哉、稲垣吾郎、香取慎吾の3人がそれぞれソロで、他のアーティストと共演していた。ジャニーズ事務所からはSMAP、TOKIO、KinKi Kids、V6、嵐、山下智久、Hey! Say! JUMP、Kis-My-Ft2、舞祭組、Sexy Zone、A.B.C-Zの11組が出演した。また、舞祭組、A.B.C-Zが『FNS歌謡祭』に初出演となった。今年は、ジャニーズ事務所の舞祭組、A.B.C-Zも含め、NMB48、大原櫻子、OKAMOTO'S、オルケスタ・デ・ラ・ルス、くまモン、GENERATIONS from EXILE TRIBE、末延麻裕子、SCANDAL、田島貴男（ORIGINAL LOVE）、壇蜜、NAOTO、秦基博、藤井尚之、マーティ・フリードマン、三谷幸喜の17組のアーティストが『FNS歌謡祭』に初出演した。全76曲中62曲がコラボレーション（共演）で披露された。AKB48の大島優子にとって最後の『FNS歌謡祭』の出演となった。