2009年（平成21年）より山梨県韮崎市で耕作放棄地を使って農業を始める。当時、俳優業は「半分引退した」と語った。2012年（平成24年）2月初旬、2013年1月に公開予定の『東京家族』（監督・山田洋次）主演から既に降板したことを発表。2月23日に都内で行われた「第64回日本消防協会定例表彰式」に出席した際にプレスインタビューに応じて映画を降板した理由として、クランクイン直前に東日本大震災が発生。故郷の宮城県をはじめ被災地で、公私ともに苦しい生活の続く人々が多いなか「どういうテーマであれ、今は映画を撮っている時じゃない。それは（山田洋次）監督も同じ考えだった」と語った。菅原はこの席で震災以後、劇映画の存在理由が見いだせないことを語った上で、自身が震災直前まで都内の病院に入院していたことも告白している。2012年（平成24年）11月13日、菅原が名誉顧問を務める民間非営利団体「ふるさと回帰支援センター」の設立10周年記念講演の席上で、56年に及ぶ役者生活にピリオドを打った旨を明らかにした。この時「デジタルはお断り」というコメントも発表しており、映像製作環境の変化にも言及している。12月5日には有志らとともに国民運動グループ「いのちの党」を結成し、代表として活動した。なお、「いのちの党」と名称が付いているが、あくまで「仲間の集まり」の意であって政界進出を意識してのものではないという。また、以前より噂されていた政界への進出は完全否定をした。入院直前の11月1日には、沖縄知事選候補の翁長雄志の応援演説に出席していた。また、自分の「がん完治」体験を元に、「がん克服」をテーマにした講演を入院直前まで度々行っている。引退宣言以降もラジオでレギュラー番組『菅原文太 日本人の底力』のパーソナリティ、テレビドキュメンタリーのナレーターやCM出演などは務めており、2012年7月公開のアニメ映画『おおかみこどもの雨と雪』にも声優として出演。結果的にこれが菅原の遺作となった。2015年7月公開の映画『未来シャッター』にナレーターとして起用することも検討されていた。
新東宝時代より長らく映画に専念してきたが、1980年（昭和55年）に大河ドラマ『獅子の時代』に主演。その後、大河ドラマでは『武田信玄』の板垣信方、『徳川慶喜』の徳川斉昭、『元禄繚乱』の細川越中守綱利、『利家とまつ〜加賀百万石物語〜』の前田利昌で出演した。1981年（昭和56年）に映画『青春の門』、『炎のごとく』に主演。その後は刑事ドラマなど、テレビドラマの主演・助演をしていた。東映時代は接点がなかった市川崑作品でも常連となっている。1998年（平成10年）から約10年間、岐阜県大野郡清見村（現在の高山市清見町）に移住。農業政策等に高い関心を示し、多数の講演活動も行った。また、ナレーター・アニメーション・コンピュータゲームの声優もこなすなど、幅広く活躍した。2001年（平成13年）に俳優の長男菅原加織を鉄道の踏切事故で亡くし、周囲に「もう仕事したくない」と漏らしていたが、2003年（平成15年）放送のテレビドラマ『高原へいらっしゃい』で復帰。同年公開の映画『わたしのグランパ』で9年ぶりの最後の主演を果たした。2007年（平成19年）に膀胱癌が判明し、筑波大学附属病院にて手術せずに放射線や陽子線治療による膀胱温存療法を受けた。
東映に移籍はしたものの、ほとんどセリフの付かない役ばかりで、役を貰えないかと新東宝仲間である石川義寛監督の下宿を訪ねることもあったといい、東映京都撮影所作品『怪猫呪いの沼』（1968年）での端役も、石川監督が気の毒がって起用したものだったという。翌1969年（昭和44年）の『現代やくざ 与太者の掟』が、東映での初主役作となる。この『現代やくざ』シリーズは1972年（昭和47年）まで続く作品群で、ヤクザを美化した従来の任侠映画ではなく、現実的な「ワル」を主人公にしたものであり、後の実録映画の先駆けとなった。また、同年には『関東テキヤ一家』シリーズ、1971年（昭和46年）からは『まむしの兄弟』シリーズに主演。1973年（昭和48年）から始まった『仁義なき戦い』シリーズで、東映を代表するスターのひとりになった。映画史に残る作品にもなったこのシリーズのヒットで東映は任侠路線から実録路線に転換、1974年（昭和49年）末からスタートした『新仁義なき戦い』シリーズや1975年（昭和50年）に始まる『トラック野郎』シリーズ（一番星・星桃次郎 役）もヒットした。
裘甫は寧海を失って、やむなく一味を率いて南陳館（寧海県西南にある駅舎）付近に駐屯した。兵力はまだ10000名余りあった。辛未、東路軍が上疁村（寧海県西北）で賊将孫馬騎を破った。戊寅、浙東の東路軍が南陳館で裘甫を大いに打ち破り、数千もの首級をあげた。賊は絹の反物を路いっぱいに捨てて追撃を緩めさせようとしたが、ケツ跌戣が「それらに目をくれる奴は斬る」と宣言したので、誰も命令に違反する者が出ず、賊は遁走した。6月甲申、諸軍は裘甫を見失ってしまったが、張茵が唐興県で捕らえた捕虜の情報により、剡県にいることが判明した。張茵は裘甫より1日遅れて到着し、その東南に陣を構えた。王式は東路・南路両軍に命じて剡県に集結させた。辛卯、これを包囲したが敵の守備は固く陥とすことができなかった。諸将は相談したのち、渓流をせき止めて飲み水を断つ作戦をとった。賊は3日間連続して出撃し、83戦して敗北したが、官軍も疲労した。賊が降伏を申し出てきても、王式は休息したいだけだと見抜き、逆に警戒を厳重にさせた。賊は再び出撃し、また3度戦った。庚子の夜、裘甫・劉暀・劉慶が100名余りを従えて降伏した。遠くから官軍の諸将と言葉を交わしてきたが、城から数十歩離れたとき、官軍は素早く走りこんで退路を断ち、彼らをとりこにした。壬寅、裘甫らは越州に送られた。王式は劉暀・劉慶ら20余人を胴斬りにし、裘甫は枷をはめて京師（長安）へ送った。剡城はまだ陥ちなかったが、部将たちは裘甫をとりこにしたので備えを怠ってしまった。劉従簡は壮士500名を率いて包囲を突破して逃走した。部将たちは大蘭山（浙江省余姚市南）まで追撃したが、劉従簡は要害に立てこもって守った。秋7月丁巳、諸将は一斉に攻め立てて、これを陥れた。台州刺史の李師望が「劉従簡を捕らえ、または斬って自己の罪をあがなう者はいないか」と賊中に呼びかけると、降伏するものが数百人あり、彼らは劉従簡の首を献上した。