『日本思想大系』（以下「思想大系」）の後継企画として刊行。第一回配本は1988年5月の『天皇と華族』（第2巻）、1992年4月の最終配本『近代史料解説・総目次・索引』（別巻）をもって完結。編集委員は、加藤周一、遠山茂樹、中村政則、前田愛、松本三之介、丸山眞男、安丸良夫、由井正臣。「思想大系」は、上代（大和時代）から江戸時代（幕末）までの資料文献を網羅しているのに対し、本大系は開国・維新から大日本帝国憲法発布前後の時期までの文献を収録している。各巻構成は「思想大系」と同様に、「原文をそのままの形で読む」という趣旨により、詳細な解題・注釈を加えた本文テクスト、巻末に研究者による「補注」「解説」を収録。「思想大系」が大半は著者別編著となっているのに対し、本大系は全巻がテーマ別構成である。先行の叢書では『明治文化全集』がほぼ同時期の文献を収録対象としているが、明治文化全集は「稀覯文献の復刻」という趣旨から、原則として各文献の全文テクストを収録しているのに対し、本大系ではより多くの文献を収録することを優先しているため、新聞・雑誌論説など比較的短いものを除けば、大半が抜粋収録になっている。
水域によって異なるが、ヤマメなどと共に産卵期間の10月から翌年2月から4月頃までを中心に、資源保護を主目的とした禁漁期間が設定されている。また、漁法（捕獲方法）と共に、捕獲可能な体長の制限がなされている場合も有る。
養殖個体や河川残留個体(陸封個体)では寄生虫は検出されない事も多いが、水域によっては異形吸虫科（横川吸虫に近縁の寄生虫）や線虫が検出される事がある。従って、生食をすると寄生虫症を発症することがある。
旬は5-6月から夏にかけて。塩焼きや唐揚げで食べることが多く、淡白な味の白身はヤマメと並び賞される。また焼いた岩魚に熱く燗をつけた日本酒を注いだものは骨酒と呼ばれ、野趣あふれる美味である。
世界的に見ると、イワナ類も他のサケ類と同様、成長過程で海に下り、成熟して川を遡上する降海型の生活史をもつ。しかし、イワナ類は、冷水環境を好む魚であり、日本産のイワナは、世界のイワナ類の中で最も緯度の低い、温暖な地方に生息する南限の種である。したがって、日本のイワナ類は、暖かい海には下らずに、冷水の流れる河川の源流付近に一生とどまる河川残留型（陸封型）の生活史をもつ場合が多い。日本のイワナ類で降海型の個体群は北陸地方以北で見られ、北海道産のイワナ（アメマス亜種）などが知られている。高緯度地域ほど降海個体が生じやすいが東京湾でも希に降海型と考えられる個体が捕獲されることがある。過去の氷河期の寒冷気候の下では、日本のイワナ類も、海と河川を往復する降海型であったことが推測され、氷河期の終焉に伴う気候の温暖化で、河川の上流域に陸封されたとされる。その後の長い年月の間に、各地方、各河川のイワナが、遺伝的な交流のない状態で独自に変化していったと考えられている。こうして形成された隔離された個体群は、20世紀後半以降、開発による生息環境の減少、生息域を同じくする他の魚類や他亜種との競合、外来種の放流による競争、マニアによる乱獲などにより、その生存が脅かされている。特に、産地が限定される中部日本以西では深刻である。
ツゲの自生地としては、福岡県の朝倉市と嘉麻市にまたがる古処山が「古処山ツゲ原始林」（北緯33度29分 東経130度43分）があり、ここは、1927年4月8日に天然記念物に指定され、その後1952年3月19日に特別天然記念物に指定が格上げされている。指定面積は11.7 ha。三郡変成帯に属する古処山には、標高600-859 mの山頂付近に石灰岩があり、高度からすると普通はブナ林となる環境だが、指定面積のうち3 haの面積の範囲で、石灰岩の露頭に沿って純度の高いツゲ林が帯状に形成されている。林におけるツゲの割合は80%から100%に達し、およそ6,600本の個体が生育する国内最高のツゲ林とされている。なかには樹齢1000年を超えるものもあるが、それでも高さ12 m、幹周は1.7 mに留まり、ツゲの特徴である成長の遅さを示している。尼川（1995年）は、「古処山ツゲ原始林」はブナの植生帯における石灰岩地にツゲ林が生育した学術上貴重な植生と説明している。1927年の天然記念物指定時には、「大部分は 変種オオヒメツゲ Buxus microphylla var. arborescens Nakai で、その他に変種アサマヅケ var. japonica と変種マルバツゲ var. rotundifolia Nakai がある」と説明されていたが、これらの変種は var. japonicaにまとめられ、その後、上述のとおり、Buxus microphylla にまとめられた。愛知県の旧鳳来町黄柳野（つげの）地区（現新城市）の甚古山北斜面のツゲ自生地（北緯34度51分 東経137度34分）は、1940年代にはツゲの自生地の北限と考えられていたこともあり、「黄柳野ツゲ自生地」として、1944年3月7日に天然記念物の指定を受けている。本地では、アカマツやウバメガシ等の常緑樹とともに、樹高の低いツゲが生育している。倉内（1995年）は、ツゲの北限としてよりも、本州内陸の蛇紋岩山地において、生育密度の大きいツゲとウバメガシの自生地として意義があるとしている。なお、黄柳野（つげの）の由来は、同じく本地に生育するイヌツゲである。ツゲの北限は、山形県酒田市（旧・平田町）の小林川沿いのものとされている。このツゲ群落は、「小林川ツゲ植物群落」として、平成5年4月1日に林野庁の保護林（種類は「植物群落保護林」）に設定されている。