2004年にケニアなどの後押しでソマリア暫定連邦政府が成立すると、ソマリアの軍閥の多くが参加した。フセイン・アイディードも参加を表明した。一方、2006年3月から6月にかけて、非氏族団体を標榜するイスラーム過激組織、イスラム法廷会議が急速に力を伸ばし、首都モガディシュを含むシェベリ川中下流域を支配した。これらのできごとにより、首都モガディシュからのこの地に対する干渉が弱まった。2006年8月14日、この地区のサカド氏族が中心となり、ガルムドゥグ自治州が設立された。初代大統領にはキイミコ(Kiimiko)の通称で知られる モハメド・ワルサメ・アリが選ばれ、首都は南ガルカイヨとされた。その領域は、ハウィエ大氏族の居住地域であるガルグドゥード州、ムドゥグ州全体とされたが、実効支配地域はサカド支支族の根拠地であるムドゥグ州の南部のみであった。その支配形態も、中央集権様式からは程遠く、多くの有力都市を海賊が支配している状況だった。一方で、南部発祥のイスラーム過激組織であるイスラム法廷会議はますます力を付け、2006年8月16日にはムドゥグ州のホビョやハラデレといった地域に支配を伸ばしていた。ガルムドゥグとその北のプントランドは当初から関係がよくなかった。プントランドは、ガルムドゥグを支配するハウィエ大氏族とは別の氏族、ダロッド大氏族が建てた事実上の独立地域である。2006年秋、プントランドは、イスラム法廷会議とガルムドゥグの対立を懸念して、ガルムドゥグを含む南ソマリアへのフライトをほぼ全面的に禁止した。その動きをガルムドゥグは非難している。イスラム法廷会議の力は2006年11月から12月にかけてますます優勢となり、ガリンサー、ホビョ、ハラデヤー、バンディラドリー、マレハンなど、ガルムドゥグ支配地域のほとんどを占拠した（元から支配は不完全だったが）。エチオピアとプントランドは隣国でのイスラム勢力の台頭を好ましく思っておらず、共同で軍を出した。ガルムドゥグは当初はこの動きに賛成しておらず、2006年11月10日にはプントランドに対し、国境線付近の軍を引き下げるように求めている。それでも12月になるとイスラム法廷会議は事実上壊滅し、バンディラドリー、ガリンサーもガルムドゥグの元に戻った。
1988年に始まったソマリア内戦は、ソマリ族の氏族間の対立でもあった。内戦当初は、第3代大統領モハメド・シアド・バーレが所属するダロッド大氏族と、統一ソマリ会議という軍閥を持つハウィエ大氏族の対立が大きかった。ハウィエ大氏族率いる統一ソマリ会議が勝利すると、今度はハウィエの支族であるハバル・ギディル支族とアブガール支族の争いになった。この戦いは、軍事的天才モハメッド・ファッラ・アイディードを有するハバル・ギディル支族に有利に進んだが、アイディードが1996年に暗殺されると、ソマリアに特に突出した軍閥は無くなり、群雄割拠の時代となった。モハメッド・アイディードと、後を継いだ息子のフセイン・アイディードは、ハバル・ギディル支族のサカド支支族 (Sacad) 出身だった。そのため、内戦当初からこの地区から多くの兵士や物資が徴発され、この地区の財政、治安、インフラ整備は後回しになりがちであった。
ガルムドゥグはソマリアのほぼ中央に位置する。最大都市ガルカイヨは、ソマリアの首都モガディシュ、ソマリランドの首都ハルゲイサ、プントランド最大の都市ボサソ、エチオピアのハラルのそれぞれから約750キロメートルの位置にある。州の広さは10万平方キロメートルである。
1995年4月15日、後楽園ホールで旗揚げ戦を開催。代表に杉山由果、統括に木村一廊（後に代表に就任）が就任して選手代表の長与千種とのトロイカ体制で発進。旗揚げ当時は長与、KAORU（元全日本女子プロレス）、ボンバー光（元ジャパン女子プロレス）の3人しか選手経験がなく他は約1年掛けて育てた新人選手しかいなかった。しかし新人選手しかいないという状況を逆手に取り寮での合宿で徹底的にプロレスを教え込んだ上でデビューさせて新人選手らしからぬ試合展開に「脅威の新人」と呼ばれた（ただし、それ以降の新人選手の印象が一部を除き薄くなってしまったという弊害も作ってしまった）。当時、女子プロレス興行は各女子プロレス団体年間100大会以上だったがGAEAは試合数を月5大会程度に絞り地方も含めすべてプロモータに売らず自主興行で賄った。1996年、長与の元付き人だった北斗晶が電撃入団して業界を驚かせた。1997年、全日本女子から山田敏代も移籍。1998年、クラッシュ・ギャルズの盟友のライオネス飛鳥がフリーとして参戦。1999年、飛鳥対長与の「クラッシュ対決」が10年ぶりに実現。2000年5月14日、旗揚げ5周年記念大会で新生クラッシュ・ギャルズ（正式名はクラッシュ2000）がスタート。2001年12月、育成の段階から長与と飛鳥の2人でプロジェクトを実行した「クラッシュ・ジュニア」が始動。第1号として桜井亜矢がデビュー。結局この企画は桜井が半年で退団したため頓挫。他にもうやむやな形で消滅した第2回「プレミアムリーグ」や「男子選手を1から育成する」と謳いながらカナダのインディー団体から選手を連れてきたことがバレて1回きりで終わった「ガイア・ボーイズ」など短命に終わった企画はいくつか存在する。2002年2月3日、運営主体が事業再編によりガイア株式会社に変更。4月に北斗が引退を表明。1月にアルシオンを脱退した浜田文子がフリーとして参戦。7月7日に全日本女子を退団した豊田真奈美がフリーとして参戦を表明。両団体は対立関係にあり2日後の全日本女子の興行でリングアナウンサーの今井良晴は「豊田選手はマスターズリーグへ行ったみたいです」と皮肉った。その後、輝優優とカルロス天野が入団。2003年、ヒールに転向したKAORUとフリーの尾崎魔弓が女性観客に暴行を振う事件が発生して、この事件は東京スポーツの1面を飾ってしまった。9月、専門学校東京スクール・オブ・ビジネスと共同で企画した史上初の「バスケットボールマッチ」を同校敷地内のE.D.I.Tパークで開催。試合は8-5で長与千種&広田さくら（現：旧姓・広田さくら）組がライオネス飛鳥&山田敏代組に勝利。2004年10月、来年4月に解散することを発表。2005年4月3日、横浜文化体育館で飛鳥が引退。クラッシュ2000を封印。4月10日、後楽園ホール大会を最後に解散。同興行をもって長与と広田（後に復帰）、新人の水村綾菜（現：水波綾）（後にセンダイガールズプロレスリングで再デビュー）が引退。