変形体は、裸の細胞質のかたまりであるため、細胞や原形質流動の研究の材料として使われる。その中でも、北米でよく採集されるPhysarum polycephalum Schw.（モジホコリ）は乾燥したオートミール粒を与えるだけで容易に培養できるために早くから培養法が確立されており、モデル生物として利用されている。ただし、胞子と柄細胞の分化がみられる細胞性粘菌の方が、組織分化などの分野の研究材料としてよく使われた時期がある。そのため、両者は混乱して扱われることがあるので注意が必要である。ある面では細胞性粘菌の方が資料が多く、粘菌の解説と称して、細胞性粘菌の解説を記したものもしばしばみられる。
変形菌は基本的には食用にされていないが、メキシコ・ベラクルス州ではススホコリの変形体やマンジュウドロホコリの若い子実体を「月の糞」(caca de luna)と呼び揚げて食べる先住民がいる。また、中国では土中からまれに肉塊のようなものが発見されることがあり太歳と呼ばれ、始皇帝の時代より「肉霊芝」の名で記録にあるが、これは変形菌の変形体ではないかと考えられている。1992年に中国陝西省で地下から25.5kgもある巨大な肉の塊のようなものが発見された際には、試食してみた人の「生ではバラのような香りがし、焼けば肉のような歯ざわり」という発言が記録されている。太歳は最近でも発見された例があり日本でも報道され、現在は回収、研究中となっている。
近年日本においてクワガタムシの飼育愛好家が増え、粉砕したシイタケ廃ほだ木（朽ち木マット）をプラスチック飼育容器に満たす飼育スタイルが普及した。この飼育容器において長期間高湿度に保たれた朽ち木マットから突然変形菌の変形体が出現し、さらに子実体を形成して飼育者を驚かす事が増えた。この場合、ススホコリ属Fuligoの黄色い変形体かムラサキホコリ属Stemonitisの白色半透明の変形体が出現している事が多い。
変形菌は微生物の捕食者であるため、直接には動物や植物の病原体となる事はない。しかし、堆肥をすき込んだ畑からはそうした環境を好む変形菌がよく発生し、作物の幼い苗に這い上がって窒息死させたり、イチゴやメロンの果実を汚損することもある。また芝生に好んで発生するハイイロフクロホコリPhysarum cinereum (Batsch) Perus.も芝生の美観を害して管理者に嫌われる。本質的には微生物であるきのこを摂食する変形菌も知られており、ブドウフウセンホコリ（旧称キノコナカセホコリ）（Badhamia utricularis (Bull.) Berk.は栽培されたナメコの子実体を食害して栽培農家に被害を与える。
日本の外交官永富（鹿島）守之助（1927年に鹿島建設の鹿島一族へ婿入り）は外交官の卵であった1922年にドイツの首都ベルリンに赴任してクーデンホーフ＝カレルギーの「汎ヨーロッパ」の論説に感銘を受けた。永富は在ドイツ大使本多熊太郎の紹介でクーデンホーフ＝カレルギーと知り合うことが出来た。クーデンホーフ＝カレルギーは、世界平和の実現のため、無力な国際連盟の基礎として世界の5大地域が必要と永富に言った。その内ソ連、汎アメリカ、イギリス帝国は既に成立し、ヨーロッパとアジアはまだであるということであった。クーデンホーフ＝カレルギーは永富に「汎アジア」を進言し、汎アジアが成立したら友情のしるしとして汎ヨーロッパ側に必ず要するわけではないオランダ領東インド（インドネシア）を（汎アジア側に）差し上げると言った。永富はクーデンホーフ＝カレルギーに『汎ヨーロッパ』の翻訳を依頼され、1927年に国際連盟協会から日本語版を出版した。この翻訳は1927年「国際連盟協会パンフレット 第70輯」に収録されたが、1926年が初出という話がある。出版を引き受ける出版社を見つけるのは大変であった。鹿島（永富）は外務省を退官し、汎アジアを提唱して郷里の兵庫から1930年2月の衆議院選挙に出馬したが落選した。それを鹿島から聞いたクーデンホーフ＝カレルギーは、地域の統合・協力は必ず実現するからと鹿島を励ました。しかしながら鹿島は太平洋戦争が差し迫る1940年頃、アジアに対する考えを「汎アジア」から「大東亜共栄圏」へと変化させ（しかしまた鹿島の後年の回想録では1942年から1943年頃、鹿島は日本が敗戦してアジア諸国の領土を失うと予期していたという）、またクーデンホーフ＝カレルギーの仇敵ヒトラーを支持するという混乱に陥った。さらに鹿島は翼賛体制に加担した。鹿島は第二次世界大戦後、5年8か月の公職追放となった。鹿島は1957年、クーデンホーフ＝カレルギーの思想に則し、汎アジア構想の具体化のため、国際的平和と安全の研究機関「鹿島研究所」（1966年から財団法人「鹿島平和研究所」）を設立した。1967年、財団から第1回鹿島平和賞がクーデンホーフ＝カレルギーに贈られることになった。その時クーデンホーフ＝カレルギーは、日本が世界平和を担う運命にあり、それは世界唯一の平和主義的な「日本国憲法」がそのようにしていると謝辞で述べた。鹿島が翻訳・出版したもの等を整理して、鹿島研究所出版会（1963年設立、のち鹿島出版会）から『クーデンホーフ・カレルギー全集』全9巻が1970年から1971年にかけて刊行された。一生涯、クーデンホーフ＝カレルギーを尊敬し、親交を続けた鹿島は、1973年に生家の庭園に「わが最大の希願は、いつの日にかパンアジアの実現を見ることである 鹿島守之助」と刻まれた碑を建立し、1975年に生涯を終えるまで汎アジアを希求し続けた。建立にあたって鹿島は秘書の幸田初枝に語ったところでは、「私（鹿島）が生きている間にはパン・アジアは実現しないでしょう。あなた（幸田）は若いから実現を見られるかもしれない」ということであった。