内閣に属する中央省庁のうち、内閣府、各省には、国家行政組織法及び内閣府設置法に基づき、内部部局として大臣官房及び局が置かれており、その長を局長と称する。なお、外局である庁では原則として部局の単位は部といい、その長は部長である。ただし、公正取引委員会事務総局、金融庁および国家公安委員会の特別の機関である警察庁は、別の法律の規定に基づいて局を置くことができる例外的な機関であって、各局に局長が置かれている。また、内閣から独立した地位を有する行政機関である会計検査院及び国家行政組織法の枠外にある行政機関である人事院も、各々の事務総局に局を置いている。局長は、省内においては事務次官、省名審議官に次ぐ地位（官房長と同格）であり、給与・待遇は指定職5号俸（枢要な局の局長）または4号俸（それ以外の局長）である。局長は、自らの局にあっては局内の幹部を集めた局議を主催し、局の職務を統括する。また大臣の主催による省内の局長級以上の幹部を集めた省議の出席者であり、各省の最高幹部の一員とされる。一般に、部長級職員（局長級含む）以上は指定職とされる。
アメリカ軍の反攻が本格化すると重臣らによって東條内閣の倒閣運動が発生し、サイパン失陥によって東條は辞任を余儀なくされた。後任を決める重臣会議では、南方軍総司令官の寺内寿一、朝鮮総督の小磯、支那派遣軍司令官の畑俊六の3人に候補が絞られるが、前線指揮官の寺内を呼び戻すことに東条が反対、畑についても重臣の多くが反対し、米内光政、平沼騏一郎らの推す小磯に落ち着いた。当初は小磯単独の予定だったが近衛の発案で、元首相で海軍の重鎮である米内と連立させることになった。昭和天皇は重臣とも話した上で、小磯・米内の両名に「協力して内閣の組織を命ずる」という異例の大命を下した。米内の副首相兼海相就任に伴う現役復帰について、海軍省内では野村直邦海相、岡敬純次官以下反対の空気があり、7月18日の首脳会議では激論が交わされた。小磯は米内起用が昭和天皇の意思である事などを述べたが、野村海相はその真偽を確かめようと、同21日武官長・内大臣を通さずに単身参内し、米内起用の件に関して直接昭和天皇に問い質した。海軍省内の混乱等、既に聞き及んでいた昭和天皇は、その場ではっきりと米内起用の方針を伝え、米内の現役復帰が決まった。陸相に関しても、前首相の東條が当初陸相留任の姿勢を見せるなど波乱含みの展開となる。小磯は自身も米内と同様に現役復帰する事で陸相を兼任する事を考えたが、陸軍内部や重臣（近衛文麿、木戸幸一ら）の間に反対が強く断念。小磯は山下奉文または阿南惟幾の起用を望んだが容れられず、結局は東條・梅津美治郎参謀総長・杉山元教育総監による三長官会議で、杉山が陸相に回ることとなった。同22日、小磯内閣発足。小磯は首相就任時には予備役となってから6年も経っており、「日本はこんなに負けているのか」と口走るほど戦況に疎かった。また予備役のまま首相に就任したことで、戦局を検討する大本営の会議にも規則により出席できなかった。そこで小磯は陸海軍の指揮系統を一本化し和平を促進するため、陸軍参謀総長と海軍軍令部総長の上に最高幕僚長を設置する案を推進したが、これには軍令権が事実上陸軍に吸収されるとして海軍が猛反発。陸軍側は最高幕僚長を海軍から出すことを提案し、昭和天皇は米内にこれを打診するが固辞、結局この案は実を結ばなかった。代わりに最高戦争指導会議を設立し、首相が陸海軍を統制する事で決着したが、小磯がその指導会議で発言しても、秦彦三郎陸軍参謀次長に「近代的作戦用兵を知らない首相は口出しするな」とたしなめられたりするほどで、とても指導力を発揮しているとは言えない状況だった。陸軍省内でもこの内閣は2か月で潰れるという噂でもちきりだった。小磯は米軍に一撃を加えた上で対米講和を図ることを意図し、レイテ決戦へと向かっていく。しかし現地の山下奉文第十四方面軍司令官と寺内南方軍総司令官の対立、陸海軍の意見不一致で作戦がまとまらず、10月23日から25日にかけてのレイテ沖海戦では空母4隻、戦艦3隻を失う手痛い打撃を受けレイテ決戦は断念、持久戦方針へと転換された。しかし小磯は決戦方針の転換を聞かされておらず「レイテ決戦は天王山」と呼号し、昭和天皇から作戦中止を知らされて大恥をかいている。小磯は蒋介石政権との単独和平工作を企図し、緒方竹虎情報局総裁と共に、同政権国防部長何応欽と繋がっているといわれた繆斌に接触した（繆斌工作）。陸海軍首脳部も一時はこの工作に賛同したが、重光葵外相が猛反対する。重光は「繆斌に蒋介石との繋がりはなく、日本の機密情報を持ち帰って寝返ろうとしているだけの和平ブローカー」としてそれを示す資料を軍首脳に提示、杉山陸相・米内海相も重光に同意し、一転して同工作に反対した。木戸内大臣、梅津参謀総長、昭和天皇も同工作に反対し、小磯は繆斌工作を断念せざるを得なくなった。いよいよ進退窮まった小磯は再び自身の現役復帰と陸相兼務を画策するが、杉山陸相に拒絶される。その後、杉山陸相が本土決戦に向けて新設された第一総軍司令官として転出することになったため、小磯はあらためて自身の現役復帰と陸相兼務を試みたが、三長官会議で阿南惟幾が後任の陸相に選ばれる。八方塞がりとなった小磯内閣は、1945年（昭和20年）4月7日内閣総辞職。発足から約8ヵ月半だった。