平日朝7 - 9時の時間帯に、三河豊田駅 - 新豊田駅間で7.5往復（三河豊田駅行き8本、新豊田駅行き7本）が設定されている。平日のほか、祝日などトヨタカレンダーにおける稼働日にも運行されている。2015年3月14日のダイヤ改正からはお盆・ゴールデンウィークの平日など、トヨタカレンダーで休業日となる平日には運行されないことになった。2015年6月26日からは、夕方17 - 18時台に三河豊田駅 → 新豊田駅間で新たに臨時列車が運行されることとなった。これは夕方のラッシュ時における三河豊田駅の混雑に対応するもので、当初は金曜日の18時台に4本が運行されていたが、2016年3月26日のダイヤ改正で17時台に2本が追加され、2016年6月以降はほとんどの水曜日・金曜日と一部の木曜日にも運転されるようになる。2017年3月4日のダイヤ改正で「ゆうシャトル」と命名され、新豊田 → 三河豊田間の運行も行われるようになる。合わせて朝のシャトル列車は「あさシャトル」と命名された。利用者の大部分がトヨタ自動車本社・本社工場へと通勤する従業員であるため、朝の三河豊田駅行きと夕方の新豊田駅行きは混雑が激しいが、逆方向の利用者は少ない。2008年の運行当初は2000系セミクロスシート車2両編成で運行されていたが、2009年改正以降はロングシート車のG51、G52編成が限定で充当されている。編成両数は2両編成のままである。朝は北野桝塚駅から新豊田駅まで回送され、シャトル運用終了後に新豊田駅発北野桝塚駅行きで入庫していたが、2015年3月ダイヤ改正以降は三河豊田駅から回送で入庫する運用となった。方向幕（種別部分）は「シャトル」と表示した専用のものを使用する。2007年および2009年に増備された2000系4編成8両（G14・G15・G51・G52編成）は、当列車の増発に対応したものである。
1991年に社長職をピーター・ジョブに譲り、バミューダ諸島に隠居。趣味のヨットを存分に楽しむ生活に入ったが、その後もエース・リミテッド（ACE Ltd.：バミューダに本社を置く保険会社。日本法人はエース損保）の取締役も務めた。晩年は認知症に罹患。2006年6月29日、イングランド南部、セント・オールバンズの療養所で死去。77歳。その死は7月4日に至って家族の口から明かされた。
9月15日、ノーチラスは3回目の哨戒で日本近海に向かった。9月27日22時過ぎ、ノーチラスは北緯40度37分 東経141度00分の地点で第六多聞丸（八馬汽船、4,994トン）を発見し砲撃。相手の反撃を排除しつつ潜航して攻撃を続け、被弾した第六多聞丸は曳航されたものの翌9月28日朝に八戸沖で沈没した。10月1日には尻屋埼灯台沖で南西に向けて航行中の東生丸（岡田商船、2,432トン）を雷撃し、魚雷3本を命中させて撃沈した。10月11日、ノーチラスは宮古近海で潜航南下中に爆撃を受けた。ノーチラスは以後数日間にわたって攻撃を受け続け、特に10月12日から13日にかけては駆逐艦野風、沼風を含む艦艇群による爆雷攻撃を受けた。この攻撃で後部魚雷発射管のうち2つが浸水、6インチ砲の金具も圧壊し、各種機器類も不具合が生じた。ノーチラスは何とか虎口を逃れると、応急修理の上哨戒を続け北上した。10月25日未明には北緯41度10分 東経141度38分の尻屋埼灯台沖で乾雲丸（乾汽船、4,643トン）を撃沈。さらにサンパンも撃沈した。ノーチラスは10月31日にミッドウェー島に寄港。11月5日、ノーチラスは56日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。12月13日、ノーチラスは4回目の哨戒でソロモン諸島方面に向かった。12月31日、ノーチラスはトエプ港で3名の子供を含む26名の避難民を救助、収容作業は年を越して行われた。作業終了後、ノーチラスは哨戒を続け、1943年1月9日には南緯06度10分 東経156度00分の地点で吉野川丸（東洋海運、1,422トン）を撃沈。1月19日にはツラギ島西方270海里地点で駆逐艦秋月を発見し、魚雷2本を命中させ撃破したが、1本は不発であった。2月4日、ノーチラスは55日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。その後、ノーチラスは真珠湾に回航され、4月15日に到着。5日後の4月20日にダッチハーバーに向けて回航、4月27日に到着した。5月1日、ノーチラスは5回目の哨戒でアリューシャン列島方面に向かった。ノーチラスにはアッツ島に極秘上陸させる第7歩兵特別部隊のうちの109名を乗せていた。5月11日、ノーチラスはアッツ島の北端近海でナーワル (USS Narwhal, SS-167) と会合。ナーワルもアッツ島に極秘上陸させる部隊105名を乗せており、この2つの部隊は、来るべきアッツ島の戦いに先駆けて一種の露払いとして予備的に上陸するものであった。アッツ島への本格上陸作戦が行われる前日の5月11日、ノーチラスとナーワルはゴムボートに移乗した部隊をアッツ島のスカーレットビーチに無事上陸させて任務を果たした。5月25日、ノーチラスは36日間の行動を終えて真珠湾に帰投。メア・アイランド海軍造船所に回航されてオーバーホールに入った。艦長がウィリアム・D・アーヴィン（アナポリス1927年組）に代わった。