自由民主党所属の国会議員で、北朝鮮や中華人民共和国に忖度した姿勢を見せることが多かった野中広務（京都府内選挙区選出）や、一部の左派系メディアの間では、北朝鮮に対する「配慮」と、沈没地点が中華人民共和国のEEZ内であったことから、沈没船体引き上げに対する反対意見があった。しかし、小泉政権は断固引き上げを前提として中華人民共和国の中国共産党政府と交渉を重ね、最終的に2002年6月18日に口上書が交わされ、日中外相会談にて確認された。これを受け、海上保安庁は捜査の一環として沈没した不審船の引き上げを実行した。なお、自国EEZ内での引き上げ作業や捜査を許可した中華人民共和国側に対し、漁業補償の意も込め日本国政府から1億5,000万円の「捜査協力金」が支払われた。沈没した不審船の船体および海底に散らばった遺留品は、2002年9月11日に海中より回収され、鹿児島県の港に運び込まれ、鑑識による分析が行われた。その結果、「船は北朝鮮の工作船であり、遺体で回収された乗組員は北朝鮮の工作員である」と断定された。遺体は被疑者としての鑑定後、北朝鮮への返還が検討されたものの、北朝鮮政府および朝鮮総連が無関係の態度を貫いたことから、行旅死亡人として扱われ、火葬された上で鹿児島市の無縁仏草牟田墓地内の無縁者納骨堂に葬られた。事件としては漁業法違反と刑法の殺人未遂罪で鹿児島地方検察庁に送致された後に、被疑者死亡により不起訴処分となった。船体の引き上げによって得られた成果の一つには、工作船の弱点に関する発見があった。海上保安大学校では、研究チームが船体を検分して精密な模型を制作し、様々な実験を行なったところ、波の高さが3メートルを超えた場合、不審船の速力は大幅に低下することが判明した。これにより、事件当時、工作船が悪天候の中を低速で逃走した謎は解明された。
23時45分、海上保安庁の巡視船と航空機は、乗組員6人が漂流しているのを発見したが、自爆攻撃や抵抗の恐れがあったため、救助行為を行えなかった。「みずき」船長の証言では、海上保安官が小銃を向けて監視しながら救助用の浮き輪を投げたが、乗組員達は救助を拒否して沈んでいったという。結局、乗組員4名が遺体となって回収された。遺体はDNA鑑定の結果、「朝鮮人又は韓国人である可能性が極めて高い」と判断された。
2000-01シーズンのハイネケンカップでは、Thomond Parkで行われた準々決勝でアイルランドのマンスター・ラグビーに29-38で敗れた。2001-02シーズンのハイネケンカップでは、プールステージの6試合で2勝し、プール2位で準々決勝に進出したが、決勝に進むことはできなかった。2002年、ビアリッツは過去10年間で初めてフランス選手権で決勝に進出した。サン＝ドニのスタッド・ド・フランスに集まった78,457人の前で決勝が行われ、SUアジャンを25-22で下した。クープ・ドゥ・フランスでも決勝に進出し、19-21でアトランティック・スタッド・ロシェライに敗れて準優勝だった。2002-03シーズンのハイネケンカップでもビアリッツは成功を記録し、プールステージを首位で終えたが、準々決勝ではダブリンのランズダウン・ロードでレンスター・ラグビーに13-18で敗れた。2003-04シーズンのハイネケンカップは過去最高の成績を記録し、ビアリッツは初めて準決勝に到達した。プールステージを首位で終え、準々決勝ではリャネリー・スカーレッツを破った。準決勝では同じフランスのクラブ、スタッド・トゥールーザンに11-19で敗れた。2004-05シーズンのハイネケンカップでは、プールステージでロンドン・ワスプスに1敗を喫したが、プールの首位で6試合を終えた。準々決勝ではマンスターを破り、準決勝進出という前シーズンの成功を繰り返した。パルク・デ・プランスで行われた準決勝では、スタッド・フランセに17-20で敗れた。しかし、2005年のフランス選手権決勝では、とても困難な挑戦だったがスタッド・フランセを37-34で下して優勝した。2005-06シーズンのハイネケンカップでは決勝でマンスターと対戦した。プールステージ緒戦ではイングランドのサラセンズに敗れたが、残り5試合に全勝してプール4で首位となった。準々決勝ではイングランドのセイル・シャークスに11-6で勝利し、準決勝ではイングランドのバス・ラグビーに18-9で勝利した。決勝ではマンスターに19-23で敗れた。しかし、ハイネケンカップでの敗北を忘れ、2005-06シーズンのトップ14で決勝に進出することができた。決勝ではトゥールーザンと対戦し、9-6とリードする接戦でハーフタイムを迎えたが、後半に勝利への襲撃を開始し、最終的には40-13で勝者に返り咲いた。2006-07シーズンのハイネケンカップではプールステージの6試合に全勝し、29ポイントでグループ首位となった。準々決勝ではエスタディオ・アノエタにノーサンプトン・セインツを迎えたが、試合をひっくり返されて7-8で競り負けた。2010年のハイネケンカップのプールステージでは、いずれもアノエタでウェールズのオスプリーズとマンスターに勝利したが、5月22日の土曜日にスタッド・ド・フランスで行われて激しい戦いとなった決勝では、トゥールーザンに19-21で負けた。2012年5月18日、トゥイッケナム・ストゥープで行われた2011-12シーズンの欧州チャレンジカップ決勝で、ビアリッツはトップ14のライバルでもあるRCトゥーロンを21-18で破った。2013-14シーズンはトップ14で低迷し、ラグビー・プロD2（2部）に降格した。