ノルマントン号事件は、領事裁判の不当さを日本人に痛感させた事件として歴史に残るものになった。この事件は、当時胎動しつつあった大同団結運動派によってさかんに取り上げられ、井上外交を「媚態外交」「弱腰外交」と批判し、外交の刷新、条約改正（不平等条約撤廃）を要求する動きがさらに強まった。
社交場鹿鳴館での舞踏会をはじめとする欧化政策によって条約改正交渉を進めていた井上外相も沸騰する国内世論を黙止することができず、11月13日、内海忠勝兵庫県知事に命じてドレーク船長らの神戸出船をおさえ、兵庫県知事名で横浜英国領事裁判所に殺人罪で告訴させた。告訴は翌14日におこなわれた。これに対し、イギリス側は神戸で予審をおこない、ついで横浜に場をうつした。12月8日、横浜領事裁判所判事のニコラス・ハンネンはドレークに有罪判決を下し、禁固刑3か月に処したが、死者への賠償金は支払われなかった。賠償金がなかったのは、損害賠償請求裁判の支援者らが遺族に対し起訴停止の勧告をし、遺族が取り下げたからであった。世論の高まりに関してイギリス公使フランシス・プランケットから日本政府への抗議もあり、また、『時事新報』で早くから事件を報じ義援金運動を率先して盛り立て遺族側を支援してきた福沢諭吉も、再審理により有罪の兆しが見え始めると、日英関係の深刻な悪化が日本に良い結果を生まないという判断から、新聞の論調を急速にトーンダウンさせていた。一時は義援金による難破船引き揚げや欧米各紙への意見広告までが叫ばれたが、遺族に分配されることになった。なお、領事裁判権は本事件の8年後の1894年に撤廃された。
ジョーンズは、ファーザー・ディヴァインに関する記述を広く読み漁った。このファーザー・ディヴァインは、インターナショナル・ピース・ミッション・ムーヴメントの創始者であった。ジョーンズと他の人民寺院信者達は、ディヴァインの元に何度も通い、ジョーンズはディヴァインの著書や説教のテープを学んでいたという。人民寺院はディヴァインの文章を信者のために書き写し、信者達に性行為を慎み、養子をとる様に説教を始めている。1959年、人民寺院のデラウェア・ストリート寺院での説法において、ジョーンズはディヴァインが用いたような炎を使った華美な方法を実践した。ジョーンズは集団の前で、個々の信者に対して話を行う際には、穏やかな部分と語気を強め強調する部分を使い分けることで信者達を魅了した。このスピーチでは、「我々対彼ら」という文句を基礎とした人民寺院の始まりでもあった。ジョーンズは注意深く間を縫うように、人民寺院の高齢者のための家を設立した。この設立の際には、カール・マルクスの「ゴータ綱領批判」より引用された「各人は能力に応じて働き、必要に応じて受け取る」というスローガンを基にしていた。ジョーンズは、キリスト教徒の聴衆達には、この言葉が「使徒言行録 (4:34–35)」に記述された「それぞれの必要に応じてそれぞれに分け与えられた」と類似していると気付くと考えていた。ジョーンズは、イエス・キリストが共産主義者であるという一節として何度も主張していた。ただし、ジョーンズはそれと同時に聖書の数多の文章に対して、攻撃を加えていた。人民寺院は、他の教会よりも多くを人々に要求するなど、組織の強化を開始した。特に、神への感謝の祈りやクリスマスの際には、血の繋がった親族よりも人民寺院の「家族」と共に過ごすように要求した。これは、信者を親族達から引き離すための工作の始まりであり、信者の人生全てを人民寺院の目指す社会的、政治的なゴールへと傾倒させるためのものであった。ジョーンズは社会主義集団の取り決めを提案し始めた。ジョーンズ自身は「宗教的共同体主義」（英語: religious communalism）と呼んでおり、その中では、人民寺院信者達は彼らの求めるものを与える教団と引き換えに、自身の重要な財産を教団に寄付することとされていた。人民寺院聖職者のイジェムスは、最初のこれに応じた人物の中の一人であった。人民寺院は、宗教と偽装されていたものの、アメリカ合衆国中西部の人々を共産主義者の理想に染め上げる様な運はほとんどなかった。キューバのフィデル・カストロによる1959年のフルヘンシオ・バティスタ追放に感化され、ジョーンズは1960年にキューバへと渡った。そして、キューバの貧しい黒人たちをインディアナの彼の会衆にすることを試みたが、この計画は失敗に終わった。人民寺院の宗教的なメッセージはこの時期に変わり始め、無神論とジョーンズをキリストの様な象徴的存在として扱うという主張との奇妙な折衷へと変わっていった。人民寺院の補佐官が私的に苦言を呈したにもかかわらず、ジョーンズはこの新しいメッセージは、人民寺院の掲げる大義に対して、信者達が献身する心を育てるために必要なことだとして取り合わなかった。ジョーンズは、この様な内容を仄めかす内容を、1970年代中盤から後半に至るまで何度も言及していた。1961年、ジョーンズはシカゴが核攻撃に曝されるという幻影を見たと発言した。彼は、インディアナポリスも同様にして壊滅すると主張し、人民寺院は新しい本拠地を探す必要があると補佐官たちを説得した。1962年にエスクァイア誌が、核戦争が勃発した際に安全な9つの場所という記事を掲載した。この記事の中では、ブラジル・ミナスジェライス州のベロオリゾンテが最も安全な都市として記載されており、その理由はその地理的な特徴と大気条件にあるとしていた。ジョーンズは、1962年から1963年初頭にかけて、ブラジルを縦断する旅行を行った。リオデジャネイロに滞在している間、ジョーンズは寺院から資金を引き出そうとしたが、寺院側にはそれに応えるのに十分な財力は無かった。ジョーンズの不在によって人民寺院の財政状態は悪化していたのである。ジョーンズは、ブラジルで人民寺院の聖職者となった人物をインディアナに送り、寺院の立て直しを図った。