操縦者となる順番は原作と異なっており、原作の初期パイロットたちは運命を覚悟した上で戦うことになる。また子供たちが操縦者とならなかった場合の行動が描かれたり、逆に原作では脇役であった人物をパイロットとしてその内面を描く、狂言回し・マーヤの暗躍により、世界が破滅へと向かっていく過程が描写されるなど、原作の登場人物たちのもうひとつの可能性が繰り広げられた。原作者の作品「なるたる」に登場したキャラクターが、戦闘機のコードネームとなっている。
小説版『ぼくらの〜alternative〜』は、大樹連司によるライトノベルである。表紙と挿絵は原作者の鬼頭自らが担当している。2007年5月に小学館ガガガ文庫より刊行が開始された。全5巻。原作とは異なる平行世界の物語である。原作と類似した状況でパイロットは選ばれ、そのメンバーも多くは共通している。操るロボットは原作とほぼ同じもので、名前もジアースと名付けられる。アドバイザーとなるのは謎の少女・マーヤであり、そのアシスタントとして登場する「コエムシ」の姿や性格は原作のコエムシとは異なっている。椅子のデザイン・配置やパイロット選定方法は、原作にほぼ準拠している。
アニメ版クレジットにおいて表記されている“イズミプロジェクト”とは、監督によると、本作におけるファンドの名称であるとのこと。いわゆる製作委員会方式と似てはいるが、それよりは出資・製作体制が若干小規模になっている。またGDHの説明によると有限会社と名目上なっているが、特別目的会社 (SPE) として設置されており、実質的に製作委員会方式と形態は同一となっている。同様に、イズミプロジェクト名義での製作になっている作品に『パンプキン・シザーズ』がある。
「阿野万記」編までは原作に準じている。政財界の権力者達は、「子供達の契約を解く鍵を探す」という建前の元に、ジアースの技術を研究して産業や軍事に利用しようとする。子供の親達は、子供を救う方向に世論を動かす為に、ジアースの情報公開を目指して協力し合う。しかしその企ても権力者の陰謀により潰され、子供達はこの地球からも孤立してゆく。ジアースのコピープログラムであるジアースプログラムの開発が進むが、実はそれすらもゲームの主催者である支配者の計画であった。プログラムの働きにより「勝ち抜いた地球」も、そのエネルギーを支配者に奪われる運命にあった。未契約者はマチであり、彼女は別の地球から来たコエムシの妹であった。彼女により「契約者の一人だけは、次の地球へのゲームの引継ぎ者として生き延びられる」という秘密が明かされる。ゲームに疑問を感じ始めていたマチは、コエムシを射殺して自ら契約を結ぶ。そしてジアースの管理は契約者達の手に委ねられた。マチはジアースプログラムを破壊し、最後のパイロットとなったウシロは戦闘後にジアースそのものを解体することで、ゲームの連鎖は断ち切られる。一人生き残ったウシロの妹カナは、戦いの経緯を物語として伝えてゆく事を決意し、生きる戦いを始めた。
本作を描くきっかけは「魔法少女モノ」であり、主人公が大きな力を得た代償として周囲を危険に晒してしまうところから、操縦すると人が死ぬロボットが発想されたという。物語のコンセプトはジョージ秋山の漫画『ザ・ムーン』に範をとったものであり、単行本1巻の初期の帯には秋山が推薦文を寄せていた。また、ジアースの名称も『ザ・ムーン』に肖ったものであり、作中で名付け親のマキがその旨を話している。
日本は陸海空三軍からなる国防軍を所持している。兵器の制式名称に皇紀を用い、F-15Jが41式、F-2が60式というようになっている。一方で、階級名は自衛隊式である。「天津条約」という国際条約によって無人兵器の所持が全世界的に規制されており、作中に登場する戦闘機などの兵器はほとんど全て有人兵器である。この話題は人の命の軽重を問う場面で提示されており、本作の主題と関連が見られる。なお、アニメ版においては、終盤において一時的に無人兵器運用制限を緩和する決議が取られており、ジアースおよび敵性怪獣に対して使われた。
1864年の春、北軍ウィリアム・シャーマン少将の軍がチャタヌーガからアトランタへ向けて進軍を続けるのを前にして、ジョンストンは以前と同じく後退しつつ戦う戦略を用いた。ジョンストンは強固な防衛陣地を築いたうえで何度か抵抗を試みたが、シャーマンはそれを全て迂回するように進軍したため、南軍はアトランタに向けて後退するしかなかった。ジョンストンは自軍の保持が最も重要な配慮すべき事だと考えており、大変用心深い作戦行動を続けた。自軍をうまく操作して北軍の歩みを遅らせ、自軍の被ったよりも多くの損失を北軍に与えた。6月27日、ケネソー山の戦いでジョンストンはシャーマン軍を破ったが、純粋にシャーマンの攻勢を一時的に退ける事に成功しただけで、北軍が攻勢を続ける事を妨げたわけではなかった。南部の新聞等はジョンストンの戦略が完全に防御的なものであり、進んで攻撃するリスクを採らなかったために南軍の勝利のチャンスが消えたと主張した。ただしこの時点でジョンストン率いるテネシー軍は兵力の点で北軍に対して圧倒的に不利であり、攻勢に出たからといって勝利できるかどうかは怪しかった。しかしデイヴィスも後退しかしないジョンストンの戦略を怠慢だと見なすようになり、アトランタのすぐ郊外であったピーチツリークリークの戦いの直前、1864年7月17日にジョンストンをテネシー軍の指揮官から外した。後任のジョン・フッドは過度に攻撃的で、北軍に対して攻勢に出ると言う期待には応えたものだったが結局数に勝る北軍を撃滅する事はできず、9月にはアトランタを失った。その冬のフランクリン・ナッシュビル方面作戦ではテネシー軍の大半も失った。デイヴィスがジョンストンを解任するという決断をした事は、この戦争に関する議論の中でも最も争われていることの一つである。