市井や遊里の風俗などを多く描いた浮世絵にも、早くから花鳥の版画があった。初期のころには狩野派が描いてきた松の木にとまる鷹や、和歌の趣意を絵にしたものなどが製作されているが、ほかに西村重長による「上見ぬ鷲」などといった成句を絵にあらわしたものもあり、鳥居清倍や礒田湖龍斎、鈴木春信などが手がけている。やがて浮世絵における花鳥画は当時の俳諧や狂歌といった文芸と結びつき、俳書（俳諧の句集や解説書）や狂歌集の挿絵に花鳥画が入れられるようになった。絵入りの俳書の例として谷素外編・北尾重政画の『誹諧名知折』（はいかいなのしおり : 宝永10年〈1781年〉刊）、狂歌集として喜多川歌麿画の『画本虫撰』（えほんむしえらみ : 天明8年〈1788年〉刊）や『百千鳥』（ももちどり : 寛政2年〈1790年〉刊）がある。そうした俳諧との結びつきから、詩歌を記した花鳥画の「歳旦」の摺物が作られるようになる。「歳旦」すなわち正月の贈答品として、俳諧師のあいだで配られた版画であったが、この本来限定品であった摺物から、詩歌を添えた花鳥画の一枚絵が描かれるようになった。この一枚絵の花鳥画を多く手がけたのが初代歌川広重で、広重は生涯に1000点近い花鳥版画を手がけたといわれる。明治になると殆どの浮世絵師が世俗の事象を画題にすることに追われたが、小林清親のみが洋画の影響を受けた花鳥画を残している。
第八代徳川将軍の徳川吉宗は、絵画を好む人物でもあった。吉宗はお抱えの狩野派の絵師から絵を習っていたがそれに飽き足らず、中国絵画を長崎経由で求めた。しかしその望みは叶わず、結局その代りとして日本に来たのが画人の沈南蘋であった。享保16年（1731年）12月のことである。南蘋は享保18年の9月まで長崎に滞在したが、そのあいだ南蘋は通事の神代繍江（熊斐）ひとりだけを日本人の弟子として認め、これに絵を教えた。南蘋は、それまでの狩野派の花鳥画について批判的だったようである。熊斐の弟子森蘭斎の伝えるところによれば、狩野元信の花鳥画を見て「少年ノ時画ク所ナラン」、つまり子供が描いたような絵だと評しており、狩野探幽についても「老筆材気余リ有テ執心タラズ」、器用に描いているように見えるが下手な絵描きだと述べている（いずれも蘭斎の著『蘭斎画譜』より）。南蘋の画風は明代の「勾花点葉体」という画法にもとづき写実を追求したものであった。熊斐はその後多くの弟子を持ち南蘋の画風を伝えた。それまでの狩野派などとは違ったその画風は人々のあいだで持てはやされ、谷文晁や渡辺崋山、司馬江漢などが南蘋の画風を学び、また琳派でありながら谷文晁と親交のあった酒井抱一も南蘋画風の影響を受けたという。南蘋画風の花鳥画は盛んに描かれ明治に至った。
狩野派は江戸幕府の御用絵師となり、世襲によってその画技を伝えた。また多くの門弟も抱え、それら門弟たちの多くも大名家お抱えの絵師となっている。その画技の伝授と習得、そして制作には「粉本」を使った。つまりは写生をせずに師匠である狩野家で用意した絵の手本を模写し、その図様を利用することによってであった。この「粉本」を使って絵を制作したことは狩野派における悪習として非難されることが多い。しかし狩野派は、一切写生をしなかったわけではない。徳川将軍ならびに各大名家は、武家の行事のひとつとして鷹狩りを行った。鷹狩りの獲物は鴨や鶴などの鳥類であったが、やがて狩りの獲物としてだけではなく、鳥類全体が鑑賞や愛玩の対象とする事が広まり、「鳥屋」という鳥を専門に扱う業者もあらわれるなど、江戸時代は一種の鳥ブームともいうべきものがあった。この鷹狩りの様子や鳥の姿を絵に残して記録するのも狩野派の絵師たちの役目であった。それらは実際の鳥類の姿を写生して描かれたが、この狩野家で制作した鳥類の写生図巻を、さらに弟子たちが模写し「粉本」のひとつとした。そしてこの写生と模写で培われた鳥類の描写は「本画」、すなわち公に用いられる絵に生かされたのである。
舞台は、Part1『ファントムブラッド』から約50年後の1938年。かつてPart1の主人公ジョナサン・ジョースターの戦友で、後に石油王となったロバート・E・O・スピードワゴンは、メキシコでの調査中に大量の石仮面とともに二千年もの時を眠り続ける「柱の男」を発見し、消息を絶つ。祖母であるエリナ・ジョースターとともにニューヨークに移住していたジョナサンの孫・ジョセフ・ジョースター（通称「ジョジョ」）はスピードワゴン失踪の報を聴き、彼を追ってメキシコに向かうが、そこで覚醒した「柱の男」サンタナと遭遇する。「柱の男」は吸血鬼をも凌駕する力と知性を持った地上最強の生物であり、圧倒的な力を持つサンタナに対してジョセフはジョナサンから受け継いだ太陽の力「波紋」を駆使して戦いを制す。ローマにも3体の「柱の男」がいることを知ったジョセフは、かつてのジョナサンの師ウィル・A・ツェペリの孫シーザー・A・ツェペリと合流し、復活した3体の「柱の男」ワムウ、エシディシ、カーズと戦うが、サンタナを大きく上回る実力を持つ彼らに惨敗を喫する。「柱の男」たちは地上を支配するために「エイジャの赤石」と呼ばれる宝石を探しており、ジョセフたちは彼らの野望を阻止するべく、シーザーの師であるリサリサの下で波紋の修行を積み心身ともに鍛え上げられる。また、エイジャの赤石も彼女が所有していることを知り、ジョセフは修行の最終日に現れたエシディシを成長した波紋で撃破するが、エシディシはリサリサの使用人・スージーQを操って赤石を自身らのアジトがあるスイスのサンモリッツへ郵送していた。「柱の男」たちのアジトにて赤石を賭けた直接対決が行われ、戦いの末にジョセフがワムウを撃破し、「柱の男」最後の一人であるカーズをも追い詰めるが、騙し討ちで赤石を奪ったカーズは赤石を組み込んだ石仮面をかぶることで波紋や太陽を克服した不死身の究極生物へと進化を遂げる。なすすべもなく追い詰められたジョセフは逃走の末に、火山の噴火を利用した捨て身の作戦によってカーズを大気圏外へ放逐させた。カーズが永遠に宇宙空間をさまようこととなった一方で、ジョセフも噴火に巻き込まれ死亡したと思われていたが、ジョセフの葬儀の当日、奇跡的に生還していた彼は妻となったスージーQを伴い、悲しむ一同の前に姿を現すのだった。それから約50年後、老齢の域に入ったジョセフは日本人に嫁いだ娘とその孫に会うため、飛行機で日本へ向かう。新たな「JOJO（ジョジョ）」への世代交代を示唆しつつ、第二部は幕を下ろす。