イワナ系、オショロコマ系以外にも、日本に人為的にカワマス、レイクトラウトなどが移入され、一部地域で外来種として定着している。また、イワナ類の種間、あるいはヤマメなどとは、自然状態で交雑が行われており、雑種が生息している地域もある。特に外来種のカワマスとは容易に交雑し、雑種一代目は成長はよいが繁殖力が落ちるため、純粋なイワナが滅びる可能性が懸念される。ヤマメと同様一般に各地で見られるイワナは、その多くが遊漁（釣り）目的に養魚繁殖魚を放流したものであり、これがその地域に本来生息していた個体と混血し、純粋な地域型個体が残っている河川はかなり少ないと考えられている。
貪欲な肉食性で、動物性プランクトン、水棲昆虫、他の魚、河畔樹木から落下する虫、カエル、サンショウウオ、時に蛇などを食べる。産卵期は10月-1月頃で産卵床は本流に流入する支流が多い。2年魚以降で18cm-22cmを超えるとオス・メス共に性的に成熟し、数年にわたって繁殖行動を行なう。 受精卵は水温10℃で50日程度で孵化する。寿命は6年程度とされるが、人為的な飼育環境下では30年近く生きる場合もある。厳冬期の個体は体色が黒ずんでいて、この黒ずみは釣り人の間で「さび」と呼ばれるが、水温が上昇し活発に摂餌する頃になると「さび」は消えていく。日本のイワナ類のほとんどが一生を淡水で過ごす魚で、河川の最上流の冷水域などに生息する場合が多い。多くの種類が食用とされ、渓流釣りの対象魚としても人気がある。イワナ属には、世界で30数種が知られているが、その多くがスポーツフィッシングの対象魚として人気が高く、日本では俗に「渓流の王様」とも呼ばれている。現在の日本のイワナ類は、生息する地域、河川によって、形態が少しずつ異なる地域変異があり、大きくいくつかの亜種に分けられている。イワナの亜種には、アメマス（エゾイワナ）、ニッコウイワナ、ヤマトイワナ（およびその地方変異であるキリクチ）、ゴギがあり、オショロコマの日本産亜種には、オショロコマとミヤベイワナがある。なお、これらの亜種、地域変異の個体群は、かつてはすべてが別種であるとして扱われたこともあるほど、その形態的な特徴には著しい相違がある。日本産のイワナ類がこのように大きな変異を持っている理由として、イワナ類の生息至適水温と過去の地球の気候の変化が挙げられる（後述）。また、イワナとヤマメは、いずれも上流域に生息するが、イワナの方がやや冷水を好む。それぞれが単独で生息する川では、どちらの魚も上流域を占有するが、両者が生息する川では、混在することなく、最上流域をイワナが、そして上流域のある地点を境に、それより下流をヤマメが占有するという事が生物学の棲み分けの一例としてしばしば紹介される。しかし砂防堰堤等により生息場所や産卵場所が限れたり、イワナ域とヤマメ域関係なく両者を混在し放流するなどが原因とみられるイワナとヤマメの交雑個体がみられる。（後述のカワサバを参照）
1997年、中国の企業数社が『クレヨンしんちゃん』の絵柄や中国語名「蠟筆小新（ラービィシャオシン）」で勝手に商標を登録したため、双葉社は中国国内で「蠟筆小新」の商標名でのキャラクターグッズ販売ができず、「Shinchan」の商標名での販売を余儀なくされている問題が発生した。2004年に双葉社が衣料品などのグッズを中国で販売したところ、公式商品にも拘らず、商標登録の影響で「コピー商品」として店頭から撤去される事態が発生した。2005年1月双葉社は、第三者の商標登録が有効であるとした行政の判断は間違っているとして、中国の行政を相手に北京で行政訴訟を起こしたが、2006年9月に中国の北京市第1中級人民法院は訴えを退けた。この判決を受け、双葉社は北京市高級人民法院に控訴した。しかし、商標登録に関する行政訴訟については、登録から5年を経過していることを理由に、北京市高級人民法院は2008年12月9日付けで最終的に双葉社の主張を退け、当該行政訴訟の終局判断を下し、双葉社側の敗訴が決定した。なお、初めメディア各社は「双葉社は著作権を所持しているにもかかわらず、中国ではグッズを販売できない」と報じたが、双葉社はその報道は誤りであると発表した。中国語名「蠟筆小新（ラービィシャオシン）」で商標を登録した中国の企業の1社は、双葉社との話し合いの席上にて、双葉社に対し 『この商標を譲渡する』 と双葉社へ申し出た。しかし「日本円で約14億円（一説には約20億円）で買い取れ」などとの内容だったため双葉社は拒絶した。この商標権侵害の問題を解決しようとせず、中国側は「蠟筆小新（ラービィシャオシン）」の商標を使用していたが、本作の著作権者が2004年に商標審査委員会に商標の取り消しを申請し、一度目の審査では申請が退けられたが、二度目の審査の結果、3年間商標が使用されなかったとして2010年に商標取り消しが決定された。商標を有していた中国の衣料品会社はこの決定を不服として提訴したが、2012年、北京市第1中級人民法院によりその訴えは退けられた。また、2012年に双葉社は上海・広州・江蘇の企業3社に対して著作権侵害の賠償金約106万元（日本円で約1325万円）の支払いを求める訴訟を起こし、3月23日に上海第1中級人民法院は3社のうち1社に対して双葉社へ30万元（日本円で約390万円）の賠償金支払いと権利侵害の停止を命じる判決を下した。