カルロス1世（1516年 - 1556年）とフェリペ2世（1556年 - 1598年）の治世に、スペインは世界で初めて「太陽の没することなき帝国」となった。海上と陸上の探検が行われた大航海時代であり、大洋を越える新たな貿易路が開かれ、ヨーロッパの植民地主義が始まった。探検者たちは貴金属、香料、嗜好品、新たな農作物とともに新世界に関する新たな知識をもたらした。この時期はスペイン黄金世紀と呼ばれる。十分の一税の徴収記録によれば、16世紀を通じて本土の人口と農業生産量が増加した。その一方で新世界の開拓者は耕作しなかった。スペインは食料生産が追いつかず、輸入元へ支払った貨幣を国内で費消するよう規制していた。しかし破綻して、1552年カスティーリャ王国がついに貴金属の輸出を許した。1559年カトー・カンブレジ条約。1561年、フェリペ2世は宮廷をマドリードに移した。以後マドリードは現在までスペインの首都である。16世紀後半からは戦乱の連続であった。ネーデルラントの反乱（八十年戦争）（1568年 - 1648年）、モリスコの反乱（1568年）、オスマン帝国との衝突(レパントの海戦, 1571年)、英西戦争（1585年 - 1604年）、モリスコ追放（1609年）、そしてフランス・スペイン戦争（1635年 - 1659年）が起こっている。戦費は成金を貴族化させることで調達したので、1591年カスティーリャ王国の貴族は60万人（総人口の10％）に達したが、17世紀スペイン全人口においても一割程度を占めた。16世紀末から小氷期の17世紀にかけて、スペインはあらゆる方面からの攻撃を受けた。急速に勃興したオスマン帝国と海上で戦い、イタリアやその他の地域でフランスと戦火を交えた。さらに、プロテスタントの宗教改革運動との宗教戦争の泥沼にはまり込む。その結果、スペインはヨーロッパと地中海全域に広がる戦場で戦うことになった。1588年ガレオン船で編成された無敵艦隊が英国に敗れた（アルマダの海戦）。三十年戦争（1618年 - 1648年）にも部隊を派遣。白山の戦いの勝利に貢献し、ネルトリンゲンの戦いでは戦勝の立役者となった。莫大な財政援助も行い、スペインは神聖ローマ皇帝軍をよく支えた。スペインは皇帝軍の支援を期待していたが、しかし八十年戦争やマントヴァ公国継承戦争で皇帝軍はスペインへ友軍を派遣しなかった。戦争の終盤にはサヴォワでフランスに敗北し手痛い打撃を受けている。これらの戦争はスペインの国力を消耗させ、衰退を加速させた。1640年にはポルトガル王政復古戦争によりブラガンサ朝ポルトガルが独立し、1648年にはオランダ共和国独立を承認、1659年にはフランス・スペイン戦争を終結させるピレネー条約を不利な条件で締結した。1680年のインディアス法令集成からは、王室が富鉱を独占する規定がなくなり、五分の一税を払うだけで採掘が許された。スペインの黄金時代は終わりを告げた。
本校の源流は、828年（天長5年）、空海が創立した綜芸種智院に端を発するとされているが、綜芸種智院は空海の死後、20年弱で廃止されている。現在の洛南高校の前身は、1881年（明治14年）、真言宗の教育機関として釈雲照が設立した総黌である。総黌は1902年（明治35年）、「私立古義真言宗聯合高等中学校」と改称し、1917年（大正6年）、高等教育機関である真言宗京都大学（種智院大学の前身）と中等教育機関である「真言宗京都中学」に分離した。1926年（大正15年）、「東寺中学校」（旧制）と改称する。東寺中学校は戦後の学制改革の下で、1948年（昭和23年）、学校法人真言宗京都学園が設置する「東寺高等学校」となった。1962年（昭和37年） 、「東寺高等学校」を「洛南高等学校」と改称する。それに併せて、当時の副校長三浦俊良らが中心になって校内の改革を行った。まず、風紀を改め、校則を厳しくし、不良生徒を一掃、退学を含む処分で大幅に取り締まった。「特別進学コース」（特進コース）を設置・商業科を廃止し、普通コースと従来からある自動車科（1993年廃止）の3コース制となる。このとき、国宝東寺百合文書を売却し、その収益で校舎の増改築を行った。特進コースの設置後は進学実績が上昇し、関関同立に何人か合格する程度であったが、昭和50年代後半に京大合格者を輩出し、新興進学校のパイオニアとしての評価を受け始めるようになる。1978年（昭和53年）、準特別進学コースを設置。1982年（昭和57年）、普通コースを「I類」、自動車コースを「II類」、特別進学コース・準特別進学コースをそれぞれ「III類A・III類B」と改称する。京都の高校でコース名に「類」という語を初めて用い、その後、京都府立高校で「類」というコース名が用いられるようになった。1985年（昭和60年）、洛南高等学校附属中学校が開校し、中高一貫教育となる。長らく男子校であったが、2006年（平成18年）III類が男女共学となる。2011年（平成23年）、経営不振であった「学校法人真言宗京都学園」は洛南高等学校・附属中学校を新設の「学校法人真言宗洛南学園」に設置者変更（経営移管）した。同法人は「学校法人綜藝種智院」となり、種智院大学と経営が分離することとなる。2013年（平成25年）、I類・III類を廃し、附属中学からの内部進学生と合流する「空パラダイム」と、個性を伸ばすことを目的とする「海パラダイム」の2コースに再編される（コース名は全国で唯一である）。「海パラダイム」はさらに京阪神大学を目指す"αプログラム"と部活動などの課外活動を重視する"βプログラム"に分かれている。2014年（平成26年）、洛南高等学校附属小学校（京都府向日市）が開校し、小中高一貫教育となる。京都市内では2006年に私立小学校が相次いで開校しており（同志社小学校、立命館小学校）、小中高一貫教育である、関西で随一の進学校となるか、注目が集まる。