ある暑い夏の昼の日。新宿中央公園で神宮寺は一匹の犬を見つける。そこからふと甦る1年前の事件。それは盗まれた絵画を見つけてほしいという依頼だった。解決は容易だと思われたが、背後に複雑な人間関係を垣間見る。
本作を収録したPlayStation用『探偵 神宮寺三郎 アーリーコレクション』（1999年）の販売（後にゲームアーカイブスでも配信）や、Wiiのバーチャルコンソールで配信された。また、携帯アプリ用ゲームとしてリメイクされ、これを収録したニンテンドーDS用『探偵 神宮寺三郎DS いにしえの記憶』（2007年）も販売された。なお、タイトルは前作『探偵 神宮寺三郎 危険な二人』（1988年）と同様に沢田研二のシングルレコード「時の過ぎゆくままに」（1975年）を意識して名づけられ、パッケージ表記では『探偵 神宮寺三郎 時の過ぎゆくままに』とされている。
テレビアニメが2002年1月7日から4月8日までキッズステーションで放送。全13話。原作第1〜8巻までをアニメ化。また、2004年7月28日から11月26日にかけて『炎の蜃気楼 〜みなぎわの反逆者〜』のタイトルでOVAが発売。全3巻。テレビアニメ版の続編で、原作第9巻の同タイトルをアニメ化。
1998年10月6日から10月9日までニッポン放送「ゲルゲ・夜のドラマシアター」内の『草尾毅と宮村優子のカフェでゲルゲ』で、原作第1巻をダイジェスト化したラジオドラマが放送された。全4回。声の出演は関俊彦（仰木高耶）、速水奨（直江信綱）、阪口大助（成田譲）。
PCデスクトップアクセサリ「炎の蜃気楼 〜Mirage of Blaze Digital Collection〜」が2003年にソニー・ミュージックディストリビューションから発売。仰木高耶（関俊彦）・直江信綱（速水奨）によるシステムサウンド用録り下ろしボイスや、スケジューラー＆時計機能、スクリーンセーバー＆壁紙集などを収録。Win98/98SE/Me/2000/XP対応。
括弧内（ ）に特に説明のないキャストはドラマCD・ラジオドラマ・ときめきテレフォン・アニメ版共通。現名が記載されていないキャラクターは、現代でのキャラクターが不明な人物。キャラクターによって、現名での呼称があったり転生前の名前で呼んだりしているため、2つを併記する。
かつて敗れ去った戦国武将が怨霊として甦り、再び戦国時代をやり直して生き人たちの世を転覆させようとする《闇戦国》。軍神となった上杉謙信の霊魂は闇戦国を阻止するため、上杉景虎、直江信綱、安田長秀、柿崎晴家、色部勝長を《換生者》としてこの世に甦らせ、生き人たちに仇なす怨霊たちを冥界へと《調伏》する冥界上杉軍・上杉夜叉衆を結成させた。本作は総大将・上杉景虎とその監視役となった直江景綱の関係にフォーカスを当て、四百年もの時代をまたぐ怨霊たちとの戦いと、生き人の体を奪って生きる換生者としての苦悩や生き人の世の中に隠れて生きる苦しみを経て、生きることや真実の愛とは何かを求めていく姿を描いた大河サイキック・アクションシリーズである。
戦況の進展により、仁和寺宮は長岡を経て、13日三条に到着。ここで直正は帰藩を許される。以後の先導は溝口半兵衛が務め、このときまでに降伏していた三日市、黒川両藩主も新潟から御供をした。東軍の一員として参加していた溝口半左衛門隊は8月1日、三条で降伏。半左衛門は見附で謹慎を命ぜられ、新発田兵は西軍の一員となる。江戸にいた新発田兵400人余も帰藩を許され、8月11日江戸を発った。宮を迎えて、越後口の本営は柏崎から新発田へ移った。
7月28日、直正は柏崎へ向けて出発、領内の島見浜から船に乗った。御供は、溝口半兵衛、相馬作右衛門、入江八郎左衛門ら。軍監岩村精一郎が案内を務め、翌29日到着。仁和寺宮に拝謁。宮からは新発田藩が速やかに帰順したことについて、お褒めの言葉があり、今後いよいよ国家のために尽力するように、との言葉を賜った。直正は宮が新発田にお進みになるまではこの本営に留まらせていただきたいと申し出、この願いは許可され、8月11日、宮が新潟へ進むとき、先導を命ぜられる。
『電撃PCエンジン』1993年3月号から1995年1月号まで連載。掲載ペースは隔月で、奇数月は本作、偶数月は「女神天国」がローテーション掲載されたが、連載初期は偶数月にも読者ページ「魔獣と遊ぼう ピン！ポン！パン！」が掲載されていた。『ヴァーズ』同様にゲームと平行して小説版が掲載されており、当初は別々の場所での出来事を描きつつ次第に双方がリンクしていく形式となっていた。詳細は#ノベライズ節を参照。第4回（1993年9月号）で突然イラスト担当の小林瑞代が降板してしまい、急遽代役として佐嶋真実が起用された。佐嶋は企画終了および電撃文庫版までイラスト担当を務め上げた。ゲームの目的は魔界の住人「魔獣」となって、指導者六邪星の指示のもとに敵を倒して喰らい、さらに強大な力を得ることである。1000年の時を経て魔界とつながった地上から侵攻してきた「妖獣」を撃退した魔獣たちは、さらに地上へと逆侵攻をかけ、第6回（1994年1月号）でついに妖獣王ガルゴスを討ち取るが、その後、真の敵である《神》と天使が出現。最終回では圧倒的な数の天使を倒しきることができず、魔獣が全滅するというバッドエンドになった。