バーンサイド遠征はノースカロライナ州では少ない損失で顕著な成果を挙げたが、その後の成果はあまり無かった。例えば、ウィルミントンは脆弱なものになったと見られたが、戦争終盤まで攻撃されることは無かった。バーンサイドはメイコン砦での勝利後間もなく、バージニア州で半島方面作戦を遂行中のジョージ・マクレラン将軍を支援するために呼び戻された。これ以降大きな攻勢が掛けられることは無くなり、ノースカロライナ州は戦争の残り期間の大半で忘れられた地となった。メイコン砦の戦場跡は現在、メイコン砦州立公園となっている。
ホワイト大佐はパーク将軍に会って降伏条件を協議し、パークは初めに無条件降伏を要求した。ホワイト大佐はもうすこし受け入れやすい条件を求め、バーンサイド将軍が4月23日に提示した条件を引き合いに出した。パークは応じなかったが、バーンサイドと相談できるまで砲撃を再開しないことには同意した。バーンサイドはホワイトが少なくともあと1日持ち堪えられるであろうことを挙げ、これ以上の攻撃は損失を増やし砦に大きな損傷を与えるだけだと判断した。それ故に最初に提示した条件を守ることに同意した。砦の兵士達は仮釈放を与えられ、つまり適切に交換されるまで北軍に対して武器を取らないということになった。その後に南軍兵は自分の所有物を持ったまま故郷に戻ることを許されることになった。4月26日の夜明け直後に南軍の軍旗が降ろされ、守備隊が行進して砦の外に出て、交代に第5ロードアイランド連隊が中に入った。この戦闘は、少なくともその後の南北戦争の標準的なものに比べれば、損失が少なかった。北軍は戦死が1人のみであり、2人の陸軍兵と1人の海軍兵が負傷した。南軍は7人が戦死し、2人は負傷後に死亡、16名が負傷した。
北軍がアウターバンクスのハッテラス島を占領した直後に、当時准将のアンブローズ・バーンサイドが陸海軍協働の遠征でノースカロライナ州東部の支配を拡大する作戦を立てた。その作戦が総司令官ジョージ・マクレランや陸軍省に承認された。バーンサイドは徴兵を行って海岸師団と呼ばれることになる1個師団を編成する権限を与えられ、これが海軍の北大西洋封鎖戦隊と協業して、ノースカロライナ州の諸サウンドや隣接する都市の支配に動くことになった。バーンサイドの名前を採ってバーンサイド遠征と呼ばれるようになったこの遠征は1862年1月に開始され、2月始めには最初の成果、すなわちロアノーク島を占領した。これに続いて陸海協働軍はエリザベスシティとニューバーンでも勝利に繋げた。これらの戦闘によって南軍の大半は海岸から離れるしかなく、内陸のキンストンまで後退した。その中でも大きな例外がメイコン砦だった。メイコン砦が南軍の手にある限り、バーンサイド（このとき少将に昇進したばかりだった）はボーフォートやモアヘッドシティの港を使うことができなかったので、3月4日にニューバーンを占領した直後に、その第3旅団長ジョン・G・パーク准将に砦の戦力を弱めるよう命じた。パークは海岸内部の町を占領することから始めた。3月21日にカロライナシティ、3月22日にモアヘッドシティ、3月23日にニューポートおよび最後は3月25日にボーフォートを抑えた。このために砦の守備隊と他の南軍との間の通信が難しくなった。パークはまたニューバーン陥落の後で撤退する南軍が焼いたニューポートの鉄道橋を修理する必要があった。鉄道はその攻城砲を運ぶために必要だった。
1898年11月8日の選挙では、黒人や共和党員の多くが投票を避けたこともあり、民主党が州の支配を取り戻した。ワッデルらが率いる25人委員会は、アフリカ系アメリカ人社会の政治家と指導者の集団である有色市民委員会に対し、マンリーの「問題」に対して1898年11月10日朝7時半までに報告書を提出するよう指示した。しかし期日までに報告書が提出されなかったため、ワッデルは白人実業家と元南軍兵士の一団をウィルミントンの軽歩兵武器庫に集めた。この集団は民主党を再建する計画を立てている白人至上主義者だった。午前8時までにワッデルが彼等を「デイリー・レコード」社に誘導し、全てを破壊し建物を燃やし尽くした。民主党を中心とする白人がウィルミントンの支配を取り戻す動きの中で、民主党にとっての次の目標は、州内で唯一の黒人が所有する新聞であるウィルミントンの「デイリー・レコード」紙の編集者アレクサンダー・マンリーを市内から追放し、発行を停めさせることだった。この時までにマンリーやその他多くの黒人がウィルミントン中心部から逃げ出し、安全地帯に避難するか隠れていた。一日が終わるまで、ウィルミントン中で暴動や発砲が続き、黒人居住地にいた黒人も襲撃され続けた。死者の推計値は60人から300人まで幅があった。病院、教会および検察医事務所の記録が不完全だったために、正確な数字はほとんど分かっていないままである。ワッデルと暴徒は続いて共和党の市長サイラス・P・ライトや他の市政府の役人（黒人も白人も）を辞任させた（1899年まで再選挙に出られなかった）。新しい市政委員会が選出され、ワッデルがその日の午後4時までに市長として市政を掌握した。この権力強奪に続き、民主党はノースカロライナ州の中では初めて、人種差別的内容を含む法案であるジム・クロウ法を成立させた。民主党はノースカロライナ州でアフリカ系アメリカ人に対する戒厳令を布き、少なくとも50年間は州境を越えて適用させることになる制度を固めた。南北戦争の後で黒人が確保していた権利の多くは法典から消えた。アフリカ系アメリカ人がその公民権を取り戻すのは数世代後のアフリカ系アメリカ人公民権運動を待つことになった。また2000名以上の黒人が事業と財産を放棄してウィルミントンを去り、市民の過半数は白人になった。なお、このきっかけを作ったヒュー・マクリーはウィルミントン郊外のニューハノーバー郡に公園用の土地を寄付し、そこは今でもマクリーの名前を冠している。公園にあるマクリーの栄誉を称える銘板には1898年暴動でのその役割について言及が無い。