2007年（平成19年）2月27日判決公判が開かれ、福岡地裁久留米支部（高原正良裁判長）は父親K1・長男K3両被告人に対し検察側の求刑通り死刑判決を言い渡した。これにより、犯行に関与した一家4人がいずれも死刑判決を受けるという前代未聞の事態となった。福岡地裁久留米支部は一連の犯行を「人命を軽視した冷酷・残忍な犯行で、極刑をもって臨むほかない」と非難した。判決理由においては、Aら3人の殺害についてK1の主導により、被告人4人が共謀して実行したことを事実認定した。その上でK1が「自分の単独犯だ」と主張したことに対しては「主張は不自然・不合理で信用できない」として退けた。その上で被告人K1について「常に犯行の中心的存在として主導的・積極的に関与した」「大牟田署で拳銃自殺を図ってでも事件の真相を隠そうとするなど暴力団特有の歪んだ価値観が根付いており矯正は困難だ」と非難した。また被告人K3に対しても「捜査段階で容疑を認めた自白は臨場感・迫真性があり体験したものでなければ語り得ないものだ」として無罪主張を退け有罪と認定した。その上で「捜査段階で殺害への関与を認めながら公判で無罪を主張しており反省は深まっていない。実行役を弟K4に押し付け脇役に転じるなど態度は自己中心的・狡猾だ」と断じた。そして一連の犯行について「親子4人がかりの殺害行為は執拗かつ冷酷だ」「死者への冒涜を厭わない姿勢も顕著だ」など、犯行を非難する文言が次々と述べられた。なお被告人K3が取り調べ中に福岡地検久留米支部から脱走を図った事件については「監視体制に油断があった点は地検の落ち度を指摘せざるを得ない」とした。
2006年11月28日、福岡地裁久留米支部（高原正良裁判長）にて第32回公判が行われ結審した。最終弁論で被告人K1の弁護人側は「真摯に反省しており謝罪する態度がある」として死刑回避を求めた。また被告人K3の弁護人側は「K3にはアリバイがある」と訴え、取り調べ中の逃走事件以外全ての罪状についてこれまで通り無罪を主張した。最終意見陳述で被告人K1は「自分1人で殺した。妻子は一切犯行には関係ない」と述べた。被告人K3は「事件を止めることができなかった自分自身も責任を感じてはいるが決して殺害には関与していない」と陳述書を読み上げ無罪を訴えた。
2006年10月24日福岡地裁久留米支部（高原正良裁判長）にて、第31回公判となる論告求刑公判が開かれた。検察側は父親K1・長男K3両被告人に対し、先に死刑判決を言い渡された母親K2・次男K4両被告人と同様死刑を求刑した。論告で検察側は「両名とも公判で虚偽の不合理で取るに足りない供述を積み重ねている」「自己中心的かつ凶悪な犯行で、何ら酌量すべき事情はない」と断じた。特に捜査段階では犯行を認めたものの公判で一転して否認に転じた被告人K3に対しては「両親や弟に刑事責任を擦り付ける人間性は、まさに邪悪そのものとしか言いようがない」と非難した。
2006年6月27日、K1・K3両被告人の公判で被告人K3に対し高原正良裁判長による被告人質問が行われた。被告人K3は高原裁判長から「死刑を求刑されたK2・K4両被告人はともに『K3も共犯だ』と証言している」と指摘した。その上で「2人は、極刑を受ける可能性も出てくるあなたの立場もわかっているはずだ。なぜ2人はあなたの言う事実と違うことを言うのか」と質問した。これに対し被告人K3は「私は正直に言っているだけだ」と改めて殺害を否定した上で「K2・K4は犯行に私を含めることで無期懲役になると思っているのでは」と話した。
大阪外国語学校（新制大阪外国語大学の前身、現・大阪大学外国語学部）のフランス語科を卒業後、1938年（昭和12年）に東京音楽学校（現・東京芸術大学）選科に入学、橋本國彦に作曲、細川碧らに理論を学ぶ。1939年（昭和14年）、第8回音楽コンクール作曲部門で「花に寄せたる舞踏組曲」が1位入選。第二次世界大戦後の日本の作曲界の隆盛に尽力し、顕著な業績を残した。真宗大谷派寺院に生まれ、父が舞楽を行っていたという環境から、日本の音楽に積極的に関心を示し、邦楽器のための作品を数多く残した。また、オペラや合唱にも力を注いだ。清水が残したオペラ、オペレッタは15作、合唱曲は400曲以上に及び、「蓮如」「樹下燦々」などの仏教讃歌もいくつか残している。特にオペラ「修善寺物語」はスタンダードレパートリーとなっており、2009年に新国立劇場で外山雄三指揮（若杉弘病気のため変更）、坂田藤十郎演出で上演されている。合唱の分野では、作曲や出版（後述）、合唱指揮のみならず、厚生音楽運動の推進および全日本合唱連盟の設立に関わっている。大阪外語学校在学中はグリークラブに所属していた。当時のパートはバリトンであったが、自身の声域はバスであった。かつて名古屋の東海メールクワイアーを指導したとき、D2の低音を楽々発声してみせたというエピソードがある。作曲家として活躍するかたわら、出版業にも早くから関わった。音楽之友社には設立間もない頃に入社し、『音楽之友』の編集に携わっている。カワイ楽譜時代には、合唱曲の出版を精力的に行った。自身の合唱曲については「清水脩合唱曲選集」というシリーズを冠している。カワイ楽譜の倒産後は、音楽之友社が彼の版権を引き受け、「清水脩・合唱曲全集」として1975年から1982年にかけて21巻まで刊行した（この全集に収録されていないものも少なくない）。フランス語に堪能で、理論書の他ベルリオーズの「回想録」翻訳も行なっている。弟子には、多田武彦などがいる。