初めは「御諸神社」と称した。創建の由緒は不詳であるが、貞観4年（862年）に社殿を修造した記録がある。伝承によるとこの年、境内より良い香りの水が湧き出し、その水を飲むと病が治ったので、時の清和天皇から「御香宮」の名を賜ったという。この湧き出た水は「御香水」として名水百選に選定されている。ボトルを持参して取水する地元民も多い。。菟芸泥赴によれば筑紫国香椎宮から勧請したという記録がある。全国にある「香」の名前のつく神社は、古来、筑紫国の香椎宮との関連性が強く神功皇后を祭神とする当社は最も顕著な例である。豊臣秀吉は、伏見城築城の際に当社を城内に移し、鬼門の守護神とし（現在でも古御香宮として残っており、また伏見宮貞成親王に関係が深かったこともあり、境内は陵墓参考地として指定されている）、社領三百石を寄進した。慶長10年(1605年)に徳川家康によって元の位置に戻され、京都所司代板倉勝重を普請奉行として本殿が造営された。表門は伏見城の大手門を移築したものとされている。1868年（明治元年）に起こった鳥羽・伏見の戦いでは伏見町内における官軍（薩摩藩）の本営となったが、本殿等は無事であった。昭和に入ってからはすぐ東を通る国道24号線の拡幅に伴い、境内の一部を道路用地として提供し、その際に元伏見奉行所の跡で、米軍のキャンプ地の跡である桃陵団地建設の際に発見された小堀遠州ゆかりの庭園が、造園家・中根金作の手によって、社務所の裏側に再現された。本殿には、菊の御紋や五七の桐紋、葵の御紋が見られる。
九代目は、荒事から和事、立役から女形と、幅広い役柄をこなし、舞踊に秀で、その所作も口跡も優れたものだった。『仮名手本忠臣蔵』の大星由良助、『勧進帳』の弁慶、『博多小女郎浪枕』の毛剃、『暫』の鎌倉権五郎、『助六所縁江戸櫻』の花川戸助六、『天衣紛上野初花』の河内山宗俊、『侠客春雨傘』の大口屋暁雨、『菅原伝授手習鑑』の菅丞相・松王丸・武部源蔵、『一谷嫩軍記』の熊谷直実、『増補桃山譚』の加藤清正、『伽羅先代萩』の仁木弾正・政岡・荒獅子男之助、『鏡山旧錦絵』の岩藤、『本朝廿四孝』の八重垣姫、『妹背山婦女庭訓』の大判事・お三輪、『鬼一法眼三略巻・菊畑』の鬼一。舞踊では『鏡獅子』『素襖落』など、当り役も数多い。これらの演目のほとんどで、九代目が完成した型が今日の演出の手本となっている。見た目の派手さよりも内面性を重視した演技で、役になりきるばかりか、その精神までを押さえた写実的な巧さには　多くの逸話や証言がある。一例をあげれば、多くの舞台を同じくした中村鷺助の証言に、五代目菊五郎が殿様役で出ても、あくまで芝居流に頭を下げるが、團十郎が殿様に出て「『皆の者、毎日の出仕大儀ぢやなう』と言葉をかけられると、これは何だか、本当のご主君に礼を言って貰ったやうな心地がして、『ハゝア』と自然に頭が下がる。」というのが残されている。謹厳実直な性格だが、釣りを唯一の趣味とし、そのために別荘を茅ヶ崎に置いた程である。それでも釣りの服装は白木綿の手甲脚絆に目ばかり頭巾と定め、船中でも背筋を伸ばして釣りをするなど芸の修養として見ていた。船に乗り合わせた弟子たちが思い思いの姿勢で釣りをしていると「針一つ垂れるにも、端座しなければお前たちの姿勢を魚が侮るぜ。舞台に立つ時も同じだ。踊るにも釣りをするにも、その姿がきちんとしていなければ、その芸も魚も君たちの心のままにならないよ。気をつけなさい。」と説教した。晩年はそのほかに猟銃による鳥撃ちも趣味に加わったらしく、茅ヶ崎の別荘に預けられた丑之助時代の六代目菊五郎が、團十郎の猟銃を勝手に持ち出して雁を仕留め、それがばれて大目玉を喰らったが、説教の最後に「ところで、その雁はどこにいた？」と聞かれたという、ユーモラスなおちが伝わっていた。なお九代目が五代目菊五郎とつとめた『紅葉狩』は記録映画に残され、今日でもその芸を見ることができる。九代目團十郎と五代目菊五郎はともに1903年（明治36年）に死去した。團十郎の最後の舞台は同年5月の歌舞伎座、福地桜痴作『春日局』の春日局、家康二役。9月13日午後3時15分、持病の腎不全による尿毒症に肺炎を併発し、茅ヶ崎の別荘・孤松庵にて死去。市村家橘の15世市村羽左衛門襲名披露興行が翌10月、歌舞伎座で予定されており、團十郎は口上のほか、「一谷嫩軍記」の熊谷、桜痴の新作活歴「小楠公」に出演予定であったが、ついに再起はならなかった。なお、通夜の際、デスマスク制作がます夫人（1931年没）に許可されなかったため、代わりに急遽、洋画家・長原止水がガラス張りの棺越しに死に顔をスケッチし、それが後日、三木竹二主催の演劇雑誌「歌舞伎」の口絵を飾ったほか、死装束で横たわった團十郎を、五代目菊五郎ほか先に死んだ多くの先輩、後輩、友人、芸界関係者の霊が迎えに来ている構図の「死絵」も発売された。葬儀は川上音二郎が一切を取り仕切り、関係者に感謝された。墓所は青山墓地にある。