進化発生生物学は発生学や遺伝学的見地からの証拠を総合して、体組織全体に始まり遺伝子やタンパク質や遺伝子のスイッチといったものの一つ一つに至るまでのあらゆる段階で進化がどのようにして働いたかを示した。カウンターシェーディングのある哺乳類は上半分が暗色(多くは茶色)で下半分が明色(多くは淡黄色ないし白色)であるが(ハツカネズミが好例)、この陰影の差をつくりだすのは Agouti (アグーチ)遺伝子である。アグーチがコードするタンパク質はアグーチシグナリングタンパク質 (ASP)というもので、特にメラノコルチン1受容体 (MC1R)の活動を抑制する。アグーチタンパク質が無い場合、α-メラニン細胞刺激ホルモンは、MC1R、メラノサイトを生産している細胞に、暗色の皮膚や毛皮を茶色や黒色にするユーメラニンを生成するよう刺激を出す。アグーチタンパク質が存在する場合、同機構が明るい橙赤色の色素であるフェオメラニンを生成する。胚の中の将来腹部の皮膚になる細胞の中にある遺伝子スイッチが活性化することにより、Agouti遺伝子が活性化し、成体になったときにカウンターシェーディングとして目に見えるようになる。
コットらは実演や例示を提示したが, セイヤーの発見以降、カウンターシェーディングの有効性を実験的に証明するものはほとんど無かった。2009年の実験では人工的な獲物を使って、カウンターシェーディングのある物体は実際に生存に有利であることが示された。さらに2012年のウィリアム・アレン(William Allen)らによる研究では、114種の反芻動物のカウンターシェーディングが、ポールトン、セイヤー、コットの予言した「自身へ落とす影の隠蔽」機能に正確に符合することを示した。
ローランドによると、カウンターシェーディングはカモフラージュではなく、紫外線からの防護・体温調節・皮膚の擦過からの保護のためという説がある。これら3つの「まことしやかな」説は2009年までほぼ実証されることなく伝わっていたとされる。
ローランドの2009年の研究では以前に検討されていなかった別種の原理が確認された。というのは、円筒のような丸い物体が照らされ上から見られたときに暗い面ができるというものである。画像編集ソフトを用いて、この効果はカウンターシェーディングによって平坦化しうることを証明した。捕食者は獲物を特定するのに輪郭を利用することが知られているため、ゆえにローランドの説では、カウンターシェーディングによって、狩られる側は上から見られたときに見つかりにくくなるということである。
セイヤーだけではない、コットもこう主張している。カウンターシェーディングは、あたかもそれが朧ろ月夜に消え入るかのように動物を横から見えにくくすると。 ローランドの記述では、コットはセイヤーの理論を批評しつつ、陰影がグラデーションになっていると腹部の陰の効果を殺してしまいかねないという見方を強めている、としている。 Kiltie がトウブハイイロリス Sciurus carolinensis のカウンターシェーディングの効果を測定したところ、リスが水平だと腹部の自身へ落とす影は部分的に遮蔽され、垂直(木を登るときなど)だとこの効果は発動しなかった。コットはセイヤーのもともとの議論を別の言葉で言い直した。 芸術家が絵画で幻想的に三次元らしさを生み出すときとは正反対のことを、自然はカウンターシェーディングで行った、と。すなわち形状を平坦化するという陰影の効果を妨害。陰影は、門が異なる動物でも使われる、物体の形状を掴むにための強力な手がかりである。ヒヨコを使った実験では、ヒヨコたちは下に影が伸びている(上から光が当たっているかのように)穀物をついばむのを好んだ。ということであればヒトもヒヨコも、奥行きを推測するのに陰影を役立てるのであろう。
アボット・セイヤーから100年時代を下り、ハンナ・ローランドはカウンターシェーディングを「最も光に当たるところがより暗い色どりになること」と定義したうえで、カウンターシェーディングは一般的ではあるが動物の色彩の理解としては不完全なものと批評した。またカウンターシェーディングの作用の仕方には議論の余地があると記している。腹部の陰影を少なくすることでカウンターシェーディングは迷彩として働くというセイヤーの学説の証拠について考察し、カウンターシェーディングの別の説明方法について吟味した。ローランドの記述によれば、カウンターシェーディングの迷彩説にはこのようなものがある。「自身へ落とす影を隠すことで横から見られた時により良く背景に同化するもの」、「自身へ落とす影を隠すことで横から見られた時に形状を平坦化するもの」、「上下から見られた時に背景に同化するもの」、「上から見られた時に体の輪郭をぼかすもの」。以下で順に見ていく。
動物が身を隠すのに使う他の手法にはもうひとつ、生物発光を使うものがある。体表の平均明度を背景の明度に合わせるのである。 これはカウンターイルミネーションと呼ばれ、外洋のあまり深くない範囲に住む魚や、イカをはじめとする無脊椎動物でよく見られる。 カウンターイルミネーションする動物は、下から見上げた捕食者に対して事実上不可視になる。カウンターイルミネーション迷彩はカウンターシェーディングの到達点をさらに押し広げるものとみなせる。カウンターシェーディングは影を塗りつぶすだけであるが、カウンターイルミネーションは実際の光を添加して効果的な隠匿が可能になる。背景が明るくて他の動物なら影を作ってしまうような、変化に富む環境であっても問題ない。
2003年には実業家のコンスタンディン・ディネフと結婚し、同年12月には娘のイヴォンを出産している。しかし2007年にアネリアはディネフと離婚した。ディネフはその後エミリアと結婚している。
9月8日、スカイラーはイーサン・アレン（セス・ワーナーからグリーンマウンテンボーイズの指揮者を解任されて以来志願兵として行動していた）とジョン・ブラウンを派遣して、大陸軍が到着していることを知らせ、カナダ住民をイギリス支配の束縛から解放するつもりであることを宣言する回状を配らせた。アレンとブラウンはセントジョンとモントリオールの間にある教区を回り、そこでは歓待されて地元民の護衛まで提供された。地元の穀物商であるジェイムズ・リビングストン（モントゴメリーの妻の親戚だった）がシャンブリー近くで地元民兵隊の立ち上げを始め、最終的に300名近い部隊になった。アレンはコーナワガ族の集落も訪れ、そこでは住民が中立を保つ保障を引き出した。コーナワガ族はこれまで情報戦争の対象となっており、イギリスのインディアン代理人ガイ・ジョンソンは、イロコイ族の他の部族と同様、アメリカ側に対して武器を取って立ち上がるよう彼らの説得に努めていた。しかし、スカイラーは8月にイロコイ族の大半と交渉して中立を保つという合意を得ていた。この合意の報せが9月10日にコーワナガ族の集落にも届いた。カールトンとジョンソンがこのことを知ると、ジョンソンはダニエル・クラウスとジョセフ・ブラントを派遣してコーワナガ族の決心を変えようとした。しかしその懇願も拒絶された。