1980年代は70年代に比べニューヨークの楽観主義は収まり、ウォールストリートでは不動産価値が急騰し失業率も一気に下がっていった。しかし依然として治安の悪さと生活水準の低さはニューヨーカーたちと共にあった。また80年代は市内で人種による摩擦が活発化した時代でもあり白人居住地区で犯行を行った3人の黒人、ビリー・タークス（1982年に犯行）、マイケル・グリフィス（1986年に犯行）、ジョセフ・ホースキン（1989年に犯行）は大々的な報道で有名となった。またバーナード・ゲッツは1984年"サブウェイ・ヴィジランティ"と呼ばれるギャング集団に対する発砲事件で有名となった。1989年4月19日、セントラルパーク・ジャガーと呼ばれた黒人少年の集団は女性を暴行・レイプ。この事件は1980年代後半のニューヨークの典型的犯罪としてメディアにフィーチャーされた。ホームレスも80年代を通して大きな問題となり、1986年、市はゲイやレズビアンという理由で雇用や入居を断ることを違法化した。市長コッチは民主党のデイヴィッド・ディンキンズに4期目の市長の座を奪われた。ディンキンズは共和党ルドルフ・ジュリアーニ候補を僅差で破り、初の黒人市長となった。ディンキンズは結果15年間に渡る犯罪数減少の始まりを作ったが依然として人種の摩擦は残り1991年にはクラウンハイツの暴動が起こり、経済も衰退していた。この頃の失業率は13.4％で世界恐慌以来の高失業率だった。このようなことに加えスタテンアイランドを市から脱退させるよう試みるなどしたため彼の支持率は急激に落ちていった。1993年2月26日、世界貿易センタービルのタワー1の地下でトラックが爆発、世界貿易センター爆破事件がおこる。6人が死亡、数千人が負傷した。
1970年代は最悪の治安と社会状態でニューヨークのどん底の時代とされている。1972年秋に発表されたポップソング"American City Suite"は都市圏における生活環境の悪化を盛り込んでいた。1970年代の不況はニューヨークを直撃、ニューヨーク証券取引所は気前よく取引を続けていたことから大打撃を受けた。市長エイブラハム・ビーム率いる市の財政は倒産寸前までいったが連邦からの借金でなんとか免れた。もしティーチャーズ・ユニオンが1億5000万ドルを彼らの年金制度から捻出しなければビームは次のような書面の発表を用意していた、『私はニューヨーク市が借金返済日の今日までに十分な資金が捻出できないことを会計士より知らされた。これは債務不履行を続けてきた結果だ』。しかしユニオン理事のアルバート・シャンカーが1億5000万ドルを捻出したことによって、ビームの書面は発表されることはなかった。ジェラルド・R・フォード大統領はその2週間後、このことに関して遺憾を表明しニューヨークへの支援を打ち切った。1972年、417mを誇った世界貿易センタービルが完成。デヴィッド・ロックフェラーによって考案されニューヨーク・ニュージャージー港湾公社によって建設された。ツインタワーはエンパイア・ステート・ビルを抜き世界一の高さを誇ったが、翌年シカゴのシアーズ・タワー（442m）に抜かれた。1977年7月13日の大停電は25時間以上も続き、略奪行為が頻発した。3,000人以上が逮捕され刑務所が満員になったため"ザ・トムズ"というかつての刑務所を再稼動させることになったが、後に批判された。金融危機、治安の悪化、停電によるダメージでニューヨークはもう立ち直れないと思われていた。裕福な白人層は郊外や他の都市に移住し始め、1970年終盤には100万人もの人口流出が起こり、人口は約20年間、元の数値にまで戻らなかった。1977年に市長になった財政のエキスパートのエド・コッチは市の財政再建を幅広く行った。
事故の原因については、機関士の信号誤認なのか、それとも駅員の信号操作の遅れなのかが争点になった。裁判で、下り快速列車の機関士は「通過信号は進行現示だった」と主張した。一方、六軒駅の信号掛は「通過信号機は注意現示だった」と主張し、真っ向から対立した。本来のダイヤでは下り快速列車は六軒駅を通過し、次の松阪駅で上り快速列車と行き違う予定であった。しかし事故当日は下り快速列車が遅れていたため、上り快速列車の名古屋駅での接続を考え、急遽、六軒駅での行き違いへの変更を運転指令所が決め、それを受けた六軒駅の駅長が信号現示などの変更操作を行っていた。六軒駅では、下り快速列車に対して高茶屋駅からの要請で閉塞の承認を与え、松阪駅との閉塞承認も得て、いったんは所定の通過扱いで準備していたところ、後から行き違い変更のための対応を求められたかたちとなった。一方、下り快速列車の機関士は、当時は列車無線の設備がないため、通過信号機の注意現示に従って駅に臨時停車し、駅長から行き違い変更の連絡を受けるほかにダイヤの変更を知る方法がなく、事故に至るまで六軒駅での行き違いの変更を知らず、本来のダイヤ通り六軒駅を通過する認識であった。駅によるこの信号現示の変更操作と機関士の信号確認との時間関係が問題となった。捜査では、臨時行き違い変更の指令を駅が受け取り、通過信号機を「注意」、出発信号機を「停止」に変えた時には、列車は既にこの通過信号機の確認喚呼位置まで来ていたとされた（しかし、この捜査結果は、上り対向列車がすでに松阪駅を出発しているにもかかわらず通過信号機および出発信号機がこの時点まで「進行」現示であったことになり、疑念が残る）が、直接の物証がないまま、長期にわたり争われた結果として、機関士の信号誤認が原因であるとの判決となった。当該機関士と機関助士は執行猶予つきの禁錮刑となった。また、後日の事故再現で、重連では非常制動が3 - 4両目の客車までしか伝わらない特性が改めて見いだされた。非常制動が掛けられた際、ブレーキ管圧力の減圧が2両目の機関車の長さだけ伝わるのが遅れるのである。それによって列車の制動距離が100 m ほど延び、止まりきれなかったことも事故の一因とされた。そもそもこの現象は、戦前からたびたび指摘されてきているものであり、重連運転が常態の上越線清水トンネル前後のEF12や北陸本線DD50などでは、ブレーキ管の急減圧を感知したらブレーキ管を直ちに急排気して非常減圧の伝達を促進するE吐出弁（急動弁）を設け、非常制動が全車両に行き渡るように改造していたが、全国には徹底していなかった。しかしそれによる管理側の責任は問われなかった。