1995年10月20日、『ウッチャンナンチャンのウリナリ！』（以下、ウリナリ）の前身番組『 ウッチャンウリウリ!ナンチャンナリナリ!!』 で始まった「スーパースター誕生」という企画に活動の端を発する。当初は「ポケットビスケッツ」という存在は企画の予定に入っておらず、高山理衣をアジアへ売り出すことが主なテーマであり、テル（内村）と千秋は、南原清隆扮する音楽プロデューサー・南々見一也が利用する居酒屋の店長と看板娘という設定の脇役だった。その後企画が進み、オクトアーツEMIから「3人組の女性ユニット」という条件でデビューの話がもたらされた。高山以外の2名について、千秋も含む番組企画参加者3名を対象にオーディションが行われたが、南々見の事務所社長・白石恵（国生さゆり）と高山の事務所社長・滋花実（室井滋）が指名され、千秋は選に漏れた。私的にも歌手になることを目標としていた千秋はこの結果に泣き出し、これを庇ったテルが咄嗟に「第2のマモー・ミモー作ってやるダニ」と叫んだことから、もうひとつの音楽ユニットを作ることが決まった。テルの台詞は全くのアドリブであり、番組の企画総合演出を担当した土屋敏男は「あのやりとりがなかったら、ポケビは存在しなかった」と語っている。12月1日の放送回で女性3人組ユニットの名前を決めることになり、こちらは高山が提案した「McKee（マッキー）」に決まった。内村・千秋のユニットには、高山のマネージャー・独活野大木として企画に参加していたウド鈴木が提案した「ポケットビスケッツ」が宛がわれた。直後にテルが独活野をポケットビスケッツに引き抜き、テル、千秋、ウドの3人で活動を開始した。この時点ではポケットビスケッツはまだMcKeeの添え物扱いであった。
阪神の車両冷房化は、1970年に製造された急行系7001形・7801形7840以降と普通系5261形5271 - 5274で開始された。1971年には7861形全車に対して冷房改造を実施、引き続いて1971年秋以降から、固定4連で特急運用に入る機会の多い本形式の冷房改造が実施され、同時に制御器の換装も実施されることとなった。
登場直後の3601・3701形は3301形・3501形と組んで3 - 5連で優等列車に充当され、輸送力の増強に当たるとともに、捻出した急行系小型車を伝法線（のちの西大阪線→阪神なんば線）運用に移管することで同線で運用されていた1101系各形式の置き換えに当たった。1967年11月の昇圧時には、当初の計画どおり奇数編成と偶数編成をMc車同士で連結させ、Tc - Mc + Mc - Tcの4連を編成、主回路を直列に接続して2両のうち片方を低圧車、もう片方を高圧車とする「おしどり昇圧方式」で対応、Mc車同士で2両ユニット化されるとともに連結面側のパンタグラフを撤去した。その後、使われなくなったMc車の運転台機器も撤去し中間電動車となった。4連化後も、4連で優等列車に充当されることもあったほか、当時5連が最長両数であった特急にも、いずれかの先頭に単車走行可能な3301・3501・3521の各形式を連結して充当され、神戸高速鉄道開業後は山陽電気鉄道本線須磨浦公園駅までの直通運転にも充当された。また、ラッシュ時の特急6連運行が開始されると、増結相手に2連基本の3561形も加わった。
このような活動は今や多くの音楽家や聴衆から支持され、クラシックのCDの売上がドイツ・グラモフォンを上回り世界一となり、現在では最も力のあるレーベルのひとつに成長している。1999年には廉価盤専門の会社として初めて、イギリスの音楽雑誌・グラモフォンの「レーベル・オブ・ザ・イヤー」を受賞し、レーベルとしての地位を確固たるものとした。少なくとも、音楽史や現代音楽のCDまでもが1000円（アイヴィからナクソス・ジャパンに引き継がれた現在は国内盤1枚1200円）で入手できるというのは、かつては考えられないことであった。近年ではナクソスの価格をさらに下回る廉価盤のクラシック音楽レーベルが乱立したため、価格面は一枚1000円前後を死守して質の向上へ焦点を定めた感がある。スターシステムの影響を嫌い、有名・無名といった概念に惑わされない聴き手がインターネット時代に入って急増したことにより、時代の展開を反映した慎重なリリースを続けている。前述の『日本作曲家選輯』や「アメリカン・クラシックス」はその代表的な例と言えよう。また、レパートリー増強のために、他レーベルの音源をライセンス販売するケースも出てきている。日本ではナクソス・デジタル・ジャパン（2007年10月よりナクソス・ジャパンに改称）により、ナクソスはもちろん、ヘンスラーやBIS、CHANDOSといった有名レーベル280以上を含めた定額音楽配信サービス「ナクソス・ミュージック・ライブラリー」（NML）が2005年11月15日より開始された。クラウス・ハイマンは今後も様々なレーベルに参加を呼びかけ、サービスの強化に努めるとしている。音質は128kbpsとCDより低かったが、2016年12月19日より320kbpsにも対応した。しかし、一続きの曲に便宜的につけたトラックの部分で演奏が止まってしまう問題点が指摘されている。2014年7月1日には、前日まで東京放送ホールディングス（TBSHD）が運営してきたクラシック音楽専門インターネットラジオ局「OTTAVA」を引き継いだ。もともとナクソスはOTTAVAへクラシック音楽の音源を提供してきた経緯があり、2014年4月にTBSHDが同年6月末でOTTAVAの放送休止を発表した事を受け、ナクソスが運営の継承を申し出た。結果、TBSHDから「OTTAVA」の商標やドメインも含めて一切の権利を譲り受けた。これにより設立された運営会社であるOTTAVA株式会社では、代表取締役社長に当時のナクソス・ジャパンの代表取締役社長兼CEO・佐々木隆一が就任し、オフィスが東京・三軒茶屋のナクソス・ジャパン内に置かれた。なお、OTTAVAは2014年12月にナクソスから独立した。社長の佐々木はナクソス・ジャパン社長兼CEOを退き、オフィスも東京・一番町に移転したが、音源の提供や番組などでのコラボレーション企画など、協力関係は続いている。