プリントゴッコ以外の孔版画は、基本的には1版につき1色のインクを使う。しかし特殊な方法では、版の上で異なる色のインクを混ぜ合わせてスクイージーを動かすことにより、グラデーションの効果を出した作品を作ることができる。しかし、スクイージーによってインクが攪拌されるので、複数の回数の刷る作業で、同じ結果にならない欠点がある。プリントゴッコではスクイージーを使わないので、グラデーションの表現を使う場合の、複数の回数の刷る作業で出る結果の違いの度合いが、スクイージーを使う方法で出る違いよりも小さい。商業印刷ではなく芸術作品としての版画作品の中で、グラデーションを効果的に使用した作品の例が多数ある。
揮発性の有機溶剤を用いる油性インク、水を溶剤とする水性インクがあり、水性インクは乾燥後耐水性となる。紙の他に布、金属、樹脂など様々な素材に対応したインクがあり、熱を加えることで発泡するインクなど、特殊印刷向けのものもある。また、プラスチゾルインクというある一定の熱（摂氏130℃ - 160℃程度）を加えないと半永久的に硬化しないインクがある。これは一般的にアメリカンラバーといわれる。
完成した版を使って刷る作業は、プリントゴッコを除き、どの製版の技法を使っても、ほとんど同じである。スクイージー（英: squeegee）は、ゴムまたはウレタン製の箆（へら）であり、スクリーン印刷専用の物が売られている。プリントゴッコを使った印刷では、スクイージーやローラーは不要である。ステンシルでは、スプレーを使って刷ることもできるが、スクリーン印刷ではスプレーをメッシュにかけてもインクがメッシュを通過しないので、使えない。
カッティング法では、インクを通さないシートを用意し、そのシートを図柄の形に切り抜き、メッシュに接着剤で貼ることにより製版する。乳剤は使わない。カッティング法におけるシートとして、油性の原紙や、水性のフィルムなどが使われる。
1930年代中頃、ロックフェラー財団のウォーレン・ウィーバーの勧めもあり、ポーリングは新たな分野の研究に乗り出すことを決心した。彼が仕事を始めて間もない頃は、生体分子の研究にはあまり興味が無かった。しかしカリフォルニア工科大学が生物学を重視し、トーマス・ハント・モーガン、テオドシウス・ドブジャンスキー、（英語）、アルフレッド・スタートヴァントなど偉大な生物学者と関係を持つにつれ、ポーリングはそれまでの考えを変え、生体分子の研究に傾倒するようになった。この分野におけるポーリングの最初の研究はヘモグロビンの構造に関わるものだった。彼はヘモグロビン分子が酸素原子を得たり失ったりする時に分子構造が変化することを示した。この成功により、彼はタンパク質全般を徹底的に研究することを決めた。若い頃に研究していたX線結晶構造解析を再び用いるが、タンパク質構造は彼が以前に扱っていた結晶質鉱物に比べてこの手法が使いにくいものであった。タンパク質の最も良いX線構造は1930年代にイギリスの結晶学者ウィリアム・アストベリーの手によって得られたが、1937年にポーリングはアストベリーの観察結果を量子力学的に説明することを試みて失敗している。ポーリングはこの問題を説明するために11年を要した。彼の数学による分析は正しかったが、アストベリーの写真は、タンパク質分子が予測される位置から傾いて写るように撮影されていたのである。ポーリングは、内部で原子が螺旋状に並んだヘモグロビンの構造モデルを考案し、この概念をタンパク質全般に拡張した。1951年、ポーリングらは、アミノ酸とペプチドの構造とペプチド結合の平面性を基に、タンパク質二次構造中の主要な構造モチーフであるαヘリックスとβシートを正確に提唱した。この業績は彼の非凡な思考力を示すもので、一巻きの螺旋中に非整数個のアミノ酸残基の存在しうることを示したこの型破りな仮説は、タンパク質構造論の中核を成すものであった。ポーリングは間もなくして、デオキシリボ核酸（DNA）の螺旋構造を推定した。しかし彼のモデルは、中性リン酸基の存在を予測したためにDNAが酸性である事実と矛盾してしまうなど、いくつかの基本的な間違いを犯していた。αヘリックス発見の競争でポーリングが勝利を納めると、競争相手だったウィリアム・ローレンス・ブラッグは落胆した。ブラッグのチームはペプチド結合の平面性を認めないという根本的な間違いを犯していたのである。ポーリングがDNA構造の分子モデルを研究している事実がキャヴェンディッシュ研究所で発覚すると、ブラッグはワトソンとクリックに、キングス・カレッジのモーリス・ウィルキンスとロザリンド・フランクリンによる未発表データを参考してDNA分子構造モデルを作成することを許可した。1953年初頭、ジェームズ・ワトソンとフランシス・クリックはDNA二重螺旋構造を正確に提唱した。ポーリングがこの研究で直面した障壁の一つに、ロザリンド・フランクリンによって撮影されワトソンとクリックが参照した、DNAの高精度なX線構造写真を入手する手段が無かったことがある。彼はある会議に出席するためにイギリスに赴く計画を立てていたが、当時は共産主義同調者という嫌疑を掛けられ国務省にパスポートを差し押さえられており、イギリス訪問は成就しなかった。もしその会議に出席していたら、ポーリングはこのフランクリンの写真を閲覧出来たかもしれない。また、ポーリングは酵素反応についても研究し、酵素が反応の遷移状態を安定化させるという酵素反応メカニズムの中心的概念を指摘した先駆者の一人であった。また、抗体の抗原への結合は各々の構造間の相補性によるものであると主張した最初の研究者の一人でもあった。また、ポーリングは物理学から生物学に転向したマックス・デルブリュックと共に、DNAの複製が、何人かの研究者が推定したような類似性では無く相補性による可能性が高いと主張する論文を早い時期に発表した。これは後にワトソンとクリックが発見したDNA構造モデルで明らかになった。