過酷な戦場下において、精神の錯乱や仲間同士の不和（結束・団結の欠如）によって起こるケース。また、戦時下でなくとも、軍隊内でのいじめ・虐待などが原因で殺害（殺し合い）に至る場合もあり、通常勤務時でも起こりうる。これは敵軍の戦術（直接的ではなく、間接的な方法による疑心暗鬼の助長によっても起こる場合があり、内因・外因の両面で生じ得る。隔絶された状況下で起こりやすく、映画等の創作物でも演出される。潜水艦が事故で海中に沈み、艦内にガスが充満し、乗組員が外に逃げようとハッチに集まって、互いに殺し合いにまで発展したケースもみられる（詳細は第六潜水艇#第六潜水艇の遭難のイタリア海軍を参照）。
厳密には、戦時下において急きょ同盟を組んだ場合、稀に局地で情報が遅れ、敵と誤認されるケース（橋の上で友軍がいるにも関わらず、情報が届かず、爆破されるなども例の一。また、戦後、同盟関係を構築したにも関わらず、局地残存兵（残党）がそれを信じず、抵抗した場合。例として、旧日本軍の一部兵士（残留日本兵）が南方の諸島において、米軍に妨害活動（破壊活動や食料を奪うなど）をしたことなど。一兵が敵であると一方的に認知していても、実質上、国家間では戦後同盟にあるため、同士討ちといえるが、戦後でも射殺された場合、戦死扱いとなる（例として、小野田寛郎が所属した部隊員）。
射程距離が長い戦闘機などでは、戦時中に新型機が登場すると、敵軍の新型機と誤認されるケースが第二次世界大戦中にはあった（例、一式戦闘機、三式戦闘機）。
慶長の役の際、秀吉が亡くなったことで撤退戦に入った日本軍とそれを追撃する明軍、それを防ぐ小西行長勢の船を、明軍船が結果として囲んだ際、トウ子龍（水軍副総兵）の船の帆柱を明の後陣船の石火矢が命中させて折ってしまったことが『土佐物語』巻第十八「太閤薨去 日本勢帰朝の事」に記述されている。この同士討ちが原因で小西勢に乗り込まれて、トウ子龍は討ち取られたと記す。
闇夜における奇襲時や濃霧など周囲が視認しがたい状況下で同士討ちは起こりやすく、そのため、混戦を想定し、前もって合言葉を定めて対処する場合がある。合言葉は、声が重要となる状況での接近戦闘を想定したもので、周囲が目視できる状況下では、家紋、紋章、現代では、国旗、軍旗・所属部隊のマークなどで、友軍かどうかを識別し、同士討ちを防ごうとする。また、戦場ではなく、格闘技のタッグ戦でも起こる。例として、プロレスのタッグマッチ形式の試合・レスリング場においての同士討ちである。この場合は、相手方が朦朧とした状態で押さえ込まれていると油断して、突進してから攻撃を仕掛け、直後に避けられ、味方を攻撃するというもので、他にも、リングの両端から挟みこんで、中央にいる相手に向かって同時攻撃を仕掛け、避けられて同士討ちする場合もある（プロレスでは演技で同士討ちを誘う）。
神戸本線の最速達種別で、深夜を除きほぼ終日運転される。基本的には大阪梅田駅 - 神戸高速線新開地駅の運転だが、早朝に西宮北口発新開地行きがあるほか朝夕には大阪梅田駅 - 神戸高速線高速神戸駅間の運転もある。途中停車駅は、十三駅・西宮北口駅・夙川駅・岡本駅・神戸三宮駅・花隈駅・高速神戸駅である。平日朝ラッシュ時は上りのみ運転される（下りは通勤特急が運転される）。このうち3本は10両編成で運転されるが、神戸三宮駅で2両増結作業を行う関係で通勤特急のように女性専用車両は設定されない。2016年3月19日のダイヤ改正以前は平日朝の下り列車も設定されていた。1930年の運転開始以来、戦時中と阪神・淡路大震災直後を除き、ほぼ一貫して設定されている。1930年の運転開始当初の途中停車駅は西宮北口駅のみで、1937年に十三駅を追加して以降は永らく十三駅と西宮北口駅のみであった。阪神・淡路大震災後の1995年6月12日のダイヤ改正で岡本駅に、2006年10月28日のダイヤ改正で夙川駅に、それぞれ新たに停車するようになった。2000年から沿線の王子動物園でジャイアントパンダが公開されており、行楽シーズンには最寄り駅である王子公園駅に臨時停車することもあったが、現在では行われていない。昼間時は十三駅 - 西宮北口駅間の115 km/h運転のため7000系以降のワンハンドル車に運用が限定され（代走で5000系が充当されることはない）、この115 km/h運転を行う特急をA特急と呼ぶ。2006年10月28日のダイヤ改正以降、大阪梅田駅 - 神戸三宮駅間は下り列車が最速27分00秒（表定速度：71.7 km/h、平均速度：77.5 km/h）で走行している（上り列車は最速27分10秒）。また、線形が良く通過駅が多い十三駅 - 西宮北口駅間では、下り列車が最速8分40秒、上り列車が最速8分30秒（平均速度：93.2 km/h）で走行しており、並行して走行するJR西日本の新快速に匹敵する高速運転を実施している。平日日中と土休日終日は高速神戸駅で阪神本線の普通電車（高速神戸駅折り返し）との接続が考慮されている。また、大阪梅田駅 - 宝塚駅間は宝塚本線の急行に乗車するよりも、実際には特急で西宮北口駅まで行き、今津（北）線に乗り換えたほうが宝塚駅へ先着することも少なくない。日中時間帯での差は1分程度である。