前作と同じように、クリア後はラスボスがいなくなったあとの状態となり、再びラスボスと戦うことはできない。しかし、ヘブンシティ内は特に変わった様子はなく、クリムゾンガードもうろついている。変わったことといえば、クルーのヒップホッグ・サロンの入り口にあったヒップホッグ(Hiphog)（カバ[Hippo]とブタ[hog]のハーフ）の人形がダクスターの人形に変わっていることくらいである。また、シティの外に出れば相変わらずメタルヘッドがいるが、1体のメタルヘッドから頭蓋石を無限にとることができる。プレイヤーのクリア後の目的は、隠されたプリカーソル・オーブを探し出し、シークレット機能をすべてオープンさせることとなる。ただし、メタルヘッドのアジトなど、クリア後は二度と行けなくなるステージもあるため、オーブの取り忘れには注意しなければならない。また、今作のエンドクレジットも、第1作目同様同じ映像（ヘブンシティに打ち上げられている花火の映像）に同じ音楽が延々と流れているもの。
本作では主要舞台となる都市「ヘブンシティ」を中心にワールドマップが広がっている。ジャックは、ヘブンシティ内の誰かからミッションの依頼を受け、ヘブンシティ内、あるいはシティの外「ウェイストランド」でミッションを遂行する。設定では、前作の300年後の世界ということになっており（プロローグでジャックらが転送されたときが300年後なので、本編時は302年後ということになる）、セイジィの小屋の廃墟など昔のステージを彷彿させる場所もわずかながら登場する。なお、ヘブンシティ内では、徒歩時、ズーマーに乗っているとき、ガンを構えているとき、ジェットボードに乗っているときで、その他のステージでは、徒歩時、ガンを構えているとき、ジェットボードに乗っているとき、ダークジャックに変身しているときでBGMが微妙に変化する。前作同様ステージはオープンワールドで形成されており、全エリアを「ロード」表示等によるタイムロスなしに移動可能。同じく、陸続きでないエリアを除いてはシームレスに自由に歩き回ることができる。またそれぞれのエリアを順番にクリアしていくのではなく、ミッションごとに各エリアを行ったり来たりするため、1つのエリアには何度か訪れることになる。
今作から取り入れられたジャックの変身システム。敵などを倒すことで入手できるエネルギー「ダークエコ」を100個集めることで、いつでもダークジャックに変身できるようになる。一定時間が経つか空から下まで爆発させると元の姿に戻るが、一度の変身で蓄積していたダークエコを全て消費してしまうため、再び変身するためにはダークエコをさらに100個集める必要がある。変身中はパンチやキックの攻撃力が上がるので、肉弾戦を有利に進めることができるが、銃は使用できない。ある条件をクリアすると、必殺技を習得するなど、ゲームの進行に伴い段階的にダークジャックの力を強化できるようになっている。
正式名称は「バーニングバッシュ・ミッション」。ストーリー進行には関係せず、B.B.ミッションを遂行せずともゲームクリアには影響しない。通常ミッションが依頼者と直接話すことで発生するのに対し、B.B.ミッションはヘブンシティ内に設置された「ボイスパネル」と呼ばれる装置を通しての通信によって発生する。大抵の場合「プリカーソル・オーブ」が報酬として与えられる。
ストーリー進行に関わるミッション。大抵はアンダーグラウンドの仲間や、その協力者から依頼される。ミッションの目的地はマップ上にアイコンで表示される。ミッションの種類は「探索」を基本に据えるも、敵本拠地への侵入、仲間の救出、護衛など様々である。中盤にさしかかると、複数の依頼人から別々のミッションを同時に委託されることもあり、その際どのミッションを優先的に行うかはプレイヤーの意思次第である。
モノコック：フランス語のmonocoqueから。モノ(mono)＝ひとつの～、コック(coque)＝二枚貝の殻・船体の意。フレームレスボディーの総称で、北米などではユニボディーとも呼ばれる。一般の自動車では、フロアパン、インナーフェンダー、バルクヘッド、ピラー、ルーフで応力を受け持つ。オープンボディーの場合は別途補強が必要となる。捻れや撓みに強く、補助構造材を必要としないため軽量化が図れる。一方、局部的に過大な応力を受けると破断しやすく、その部分だけでなくモノコック全体が変形してしまう。自動車の場合、ミリ単位で車体全体を修正する必要があり、歪んだままだと走行性能に悪影響が出る恐れがある。中古車情報誌や中古車情報サイトにおいて「修復歴」または「事故歴」（下の関連項目の「ボディー修正装置」でボディーを修正した経歴）の有無の項目があるのはこのためである。暴走族車両の改造例として、セダンのルーフをぶった切っただけの「オープンカー」があるが、すぐに使い物にならなくなり不法投棄されることがある。これはルーフが無くなることにより設計時に想定されていない応力が発生し、モノコック全体が変形して悪影響が出てしまうためである。先述のとおり、市販されているオープンカーや祝賀パレード用などのセダン改造オープンカーは応力を計算した補強改造がされている（この補強のためクローズドボディとオープンボディが併設されている車種では、ルーフがない分軽いというイメージに反して基本的にオープンボディのほうが車重は重くなる）。高い運動エネルギーを発生する車種や、静粛性が重要な車種では、前後サスペンションはエンジンメンバーやアクスルキャリアといったサブフレームを介してモノコックに取り付けられることが一般的となりつつある（車両組立行程の都合もある）。1922年発表のランチア・ラムダが最初のモノコック乗用車である。車内に大きな空間が必要とされるものに適しているため、1940年代にはバスにも普及した。現在ではスポーツカーから低価格車までの乗用車のほとんどがモノコック構造であるが、未だにクロスカントリー車ではフレームレスボディーではなくラダーフレームを採用している（悪路でボディーをヒットすると上記の歪みにより走行不能に陥る恐れや軽量化の影響で渡河中に流されることを防ぐため。ラダーフレームはボディーがいくらダメージを受けても走行性能に影響を受けない）。米国ではモノコックは技術用語として使われ、自動車ジャーナリズムなど、一般にはユニボディー(unibody)が使用される。