戦後のニューヨーク市はタマニー協会による汚職で堕落の一途を辿った一方、メトロポリタン美術館、メトロポリタン歌劇場、アメリカ自然史博物館、ブルックリン美術館など現在名のある施設も創立された。またジェームズ・ゴードン・ベネット、ジョーゼフ・ピューリツァー、ウィリアム・ランドルフ・ハーストなどを始めとした記者が書く新聞はニューヨークのみならずアメリカ全土で読まれるようになった。ヨーロッパからの移民は1855年に建てられたキャッスル・クリントンを通った後自由の女神（1886年フランスより贈呈）に見守られ1892年に始まったエリス島の入国審査を通る形となった。1867年、ウィリアム・メイシー・トゥウィードはタマニー協会の唯一のリーダーとなり、1870年4月より彼は周りの権力者達と共に約2年8ヶ月に渡り市政より数千万ドルを着手。1871年から新聞で彼の行動の暴露記事が記載され始め、1873年有罪判決を受けた。彼の退任は地方自治の汚職を取り除き市は再び活気付いた。1874年、合衆国輸出の61％がニューヨーク港から行われ、1884年の輸入の70％が行われている。メキシコ湾や西海岸の港の力が増し1910年には輸出のシェアは47％まで落ちている。またニューヨークの金融市場の貯蓄高は1888年から1908年にかけ250％も増えている（全米平均は26％）。1860年から1907年に賭けての不動産価値は170億ドルから670億ドルにまで上昇している。ジャーナリストのジャコブ・リースは1890年に「How the Other Half Lives」を発表。移民たちの貧しい暮らしを報道した。後の大統領となるセオドア・ルーズベルトは彼のファンだった。ちなみにルーズベルトは1886年市長選挙に敗北した後、警察長官を務めて1895年から97年までニューヨーク市警の改革に努めた。この頃、トーマス・エジソンによる白熱電球の導入により、世界初の電気照明都市となっている。1855年、ブルックリンはウィリアムズバーグとブッシュウィックを併合し全米3番目の規模となる都市を形成。1870年にはロングアイランド市がクイーンズ区と名を変え、1874年にはブロンクス区がニューヨーク市に取り込まれる。1883年、ブルックリン橋が完成しマンハッタンとブルックリンの2大都市を結んだ。当時独立した市であったブルックリンは1898年に5区構成のニューヨーク市に併合された。1898年、今日の5区からなるニューヨーク市が形成された。19世紀後半には高層ビルの建設が始まり硬い岩石マンハッタン・シストは今日のスカイライン形成に非常に有利となった。
印紙法を始めとしたイギリスによる政策は市民の反乱心を煽り、特に1766年から1776年にかけて自由の塔に駐留したニューヨーク植民地の英国軍に対して長い間小競り合い（Battle of Golden Hillなど）を起こしてきた自由の息子達による反乱が顕著だった。将軍ジョージ・ワシントンはボストン包囲戦でボストンからイギリス軍を追い出した後、ニューヨーク港は貿易用とイギリスの軍事用に分割されてしまう可能性を悟り、1776年夏個人的指令により大陸軍に市の要塞化を命令した。イギリス軍のニューヨーク方面作戦に含まれる5つの戦いは市およびその近郊で起こり、1776年8月27日のロングアイランドの戦いは同戦争の最大規模の戦いとなり、9月21日のニューヨーク大火災では市の4分の1が焼き尽くされた。火災から数日後、イギリス軍はキップ港へ寄港、ハーレムハイツの戦いが起こった。明らかに不自然な大火災を疑ったイギリスはネイサン・ヘイルなど複数の人間を尋問（ヘイルはのちにスパイ容疑で有罪になった）。イギリス軍のマンハッタン征服は、1776年11月16日のワシントン砦の戦いでワシントン砦を陥落させたことで完了し、1783年まで大きな反乱もなく同地を征服し続けた。イギリス軍将軍ジェームズ・ロバートソンは今は去った反乱軍が使用していた家々をイギリス軍兵士に与えた。反乱運動を沈静化したイギリスは北米に残る反乱分子を一掃するための司令部をマンハッタンに置く。英国軍はアメリカ人捕虜をイースト・リバーの対岸ブルックリンのウォールアバウト港に収容、ずさんな環境により捕虜になって命を落としたアメリカ人は戦争による死者を上回った。1783年11月25日までイギリスによる統治は続いた。Evacuation Day（撤収の日）と呼ばれるこの日にアメリカ初代大統領となるジョージ・ワシントンは意気揚々と同市に帰還し、連合規約によりニューヨーク市で開かれた大陸会議で、ニューヨーク市はアメリカで最初の首都となった。1787年、合衆国最高裁判所は審議の末、北部条例を可決。合衆国始まって以来の領土拡大となった。ジョージ3世の銅像はアメリカ独立宣言の際溶かされたが、ニューヨークには依然としてイギリス支持派が他の地域よりも多く存在した。初期の独立戦争のイギリスによる成功とその征服によりアメリカ愛国者は次々と市から出て行き、独立戦争の余波が消えるまで市は英国擁護派が一貫して多かった。
その後、エイベックスと独自に契約を結んで新ユニット「JUNSU/JEJUNG/YUCHUN」を結成したジュンス、ジェジュン、ユチョンの3人とは対照的に、ユンホとチャンミンの2人はしばらくの間、揃って表舞台に立つことはなかった。しかし、3人の活動は新所属事務所の代表者の前科をエイベックス側がコンプライアンス上の問題と看做し始めるに当たり、2010年9月に休止。また翌10月にグループ「JYJ」として正式に韓国での活動を始める など事務所への復帰の可能性が見えない状況が続いたことから、同年11月、SMは5人での活動を断念し、ユンホとチャンミンだけで東方神起の活動を再開することを表明。同時に、一旦訴訟組に付いていたエイベックスもSMとの関係を再構築し、2人となった東方神起の日本での活動を支援することを明らかにした。そして2011年1月、東方神起は、韓国で「SMミュージック・パフォーマンス」(SMP) に回帰した歌をタイトル曲にした5集『Keep Your Head Down』を、また日本で同タイトル曲の日本語版シングル「Why? (Keep Your Head Down)」 を発表し、新たな活動を開始した。この2人だけで東方神起の名を使うという状況に対して、JYJの3人は事務所を離れたとはいえ我々もまだ東方神起であるとして遺憾を表している。加えて、ユンホとチャンミンは、分裂の原因であるJYJとSMの対立が解消されるまで、サイクルの早い韓国ではすでに忘れられつつあるグループを誰かが守らなければならないと、2人での活動再開の事情を説明した。2013年12月、デビュー10周年を記念して「Time Slip」というタイトルに合わせて、2人は東方神起のこれまでの活動をファンと振り返りながら10周年記念コンサートを行った。デビュー曲「HUG」から「Catch Me」などヒット曲をはじめ、日本でリリースした曲、季節感のあるキャロルなど多彩なステージを披露し、ファンへ感謝の気持ちとさらなる活動への期待を伝えた。2014年12月、「TVXQ! SPECIAL LIVE TOUR -T1ST0RY-」を開催。公演タイトルの「T1ST0RY」は東方神起の歴史を網羅する意味で、“東方神起(TVXQ!)”と“HISTORY”、デビュー10周年を意味する数字を組み合わせて造られた言葉である。ソウル公演を皮切りに同ツアーをスタートさせた後、翌15年2月から日本でも兵役前最後となるライブツアーを行った。2015年6月14日にライブツアー「T1ST0RY」のアンコール・コンサート「T1ST0RY - &...!」をソウルにて行ったのを最後に、2人の兵役義務のため東方神起の活動は事実上休止となった。