名門女子校・エリス女学館に勤める教師が短い期間に立て続けに癌に犯され死亡した。当初は偶然病死のタイミングが重なっただけと思われたのだが、厳しすぎる校則の撤廃とそれが叶わぬ場合の次なる犠牲者を示唆する脅迫状が、校内掲示板に貼り出される事件が起こる。その文面に校則違反の罰が原因で自殺した女生徒の呪いと噂する生徒達の動揺と、名門の名に傷が付くことを怖れた女学長が、冴木探偵事務所へ秘密裏に事件解決することを求めて依頼に訪れた。しかしその女学長と過去に一悶着あったらしい冴木は、逃げるように担当を剣に指名し依頼解決を一任する。現場が男子禁制ということで、剣は、中途採用の事務員としてエリス女学館に潜入し調査を開始。その過程で名門校に巣くう腐敗と閉鎖的な実体を知ることになるが、さまざまな制約を付けられている為に肝心の事件の調査がなかなか進展しない。そしてその間にも第2、第3の事件は発生し、掲示板に再び脅迫状が張り出される。
とあるマンションの密室で一人暮らしの男性の首吊り死体が発見された。室内には争った形跡が無く、盗まれたものが無かった状況から警察は自殺と断定したが、被害者の母親は「息子は絶対に自殺をするような子じゃない。誰かに殺されたのだ」と強く主張し、藁をも掴む思いで冴木探偵事務所を訪れる。「事件の真相を突き止めて欲しい」という依頼者の必至の願いに何かを感じた剣は、調査を開始する。
名探偵と名高い冴木達彦に弟子入りしようと冴木探偵事務所を訪れた剣。しかし運悪く所長の冴木が留守中で面会は出来なかった。応対した西山友子と軽く言い合いをしているところに、夜中部屋に侵入してきた何者かに襲われそうになったという女子大生がやってくる。剣は、弟子入りを認めてもらう口実ができたと考え、友子の忠告も聞かず一人で事件を引き受けてしまう。
黒須剣は、母親を早くに亡くし父親と2人暮らしをしていたが、その父も小学生の時に交通事故で帰らぬ人となっていた。数年後、高校を卒業した剣は亡き父の墓参りに訪れた際、美樹夏子と名乗る一人の女性に出会う。そして、そこで彼女の口から父親の死は、交通事故のように見せかけた殺人であったと示唆される。実は剣自身も父に残された保険金が2億と大金であったことから、密かに父の死に疑問を抱いていた。剣は父の死の謎を抱えつつも、父の正義を守る意思を継いで探偵になる為に、名探偵と噂高い冴木達彦に弟子入りしようと冴木探偵事務所を訪れる。
清張の作品では、旅情が重要な位置を占める。清張は幼少時から旅に憧れ、作家として身を立てる前から多くの旅に出ていた。そのすべてが必ずしも楽しい旅ばかりではなく、十代の終わりごろの旅は、死ぬことを強く意識した旅であったという。幼少時からの旅への憧れは晩年まで続き、彼の作品世界における魅力の1つとなった。清張の登場以前は、推理小説における旅情はほとんど注目されなかった。第二次世界大戦前、「探偵小説」と呼ばれていた時期では蒼井雄『船富家の惨劇』や赤沼三郎『悪魔の黙示録』、第二次世界大戦後の鮎川哲也『黒いトランク』などの作品があったものの、豊かな旅情を描写した作品は数少なかった。推理小説に旅情を取り入れたのは、清張が旅行雑誌「旅」に1957年2月号から1958年1月号に連載した長編推理小説『点と線』がその嚆矢とされる。清張にとって初のミステリー長編小説でもあったこの作品はベストセラーとなって、その後の作品の方向性に影響を与えた。その後2年ほどの間に、『ゼロの焦点』（能登半島）、『蒼い描点』（箱根）、『影の地帯』（信濃路）、『波の塔』（富士の樹海）、『球形の荒野』（奈良）、『砂の器』（出雲）などの諸作品で旅の描写が盛り込まれ、作品における旅情が重要な位置を占めるようになっていた。他に重要な要素として挙げられるのは、古代史を始めとする歴史に対する興味である。清張が多岐にわたる分野で知識を有していたことはよく知られているが、その中でも考古学や日本史の領域には奥深いものがあった。清張は専門家の領域にも自らの視点で探求して深く入り込み、そのようにして蓄積された知識を自分の作品に生かそうとした。清張は作品に知識を生かす方法として、歴史に対する論評として真正面から取り組むケース（『古代史疑』など）と、ミステリーに絡めて作品としたケースの双方を試みている。後者の例としては、邪馬台国論争と『魏志倭人伝』に題材を得た『陸行水行（りくこうすいこう）』（1963年）とこの『万葉翡翠』が挙げられる。清張は日本産翡翠の再発見に想を得て、『万葉翡翠』を執筆した。清張自身はこの『万葉翡翠』について、エッセイ『推理小説の発想』で「万葉集もまた推理小説になりうる」と前置きした上で次のように記述している。普通、こういう古歌や俳句などはその字句を暗号的に推理小説に使われることはあったが、歌意そのものを解明して先学の解釈を打破した学説を応用した、推理小説も一つの分野と言えよう。万葉集巻十三にある「渟名河の 底なる玉 求めて 得まし玉かも。拾ひて 得まし玉かも。惜しいあたらき 君が 老ゆらく惜しも。」の異説を使って殺人事件を書いたのが『万葉翡翠』である。 — 『推理小説の発想』『万葉翡翠』は、作者である清張自身も好んでいた短編であった。『松本清張短篇総集』（1963年4月10日講談社発行、1971年4月28日復刊第1刷発行）所収の『書いたころ』という短文で「この一篇が好きなのでこれに集録した」と言及し、「国学院大の樋口清之教授から教えられるところが多かった」と謝辞を述べた。清張の作品では、1963年に発表された『たづたづし』も万葉集をモチーフとして扱っている。