南ベトナムの状況のさらなる悪化を受け、かねてジョンソン副大統領が「ジエムの好ましくない取り巻き」と指摘していたヌー大統領顧問の更迭をケネディ大統領がジエム大統領に提言したものの、ただちに拒否されるなど、ベトナムへの軍事介入と併せて、南ベトナム政府への内政干渉を強化するケネディ大統領とジエム大統領の関係は悪化していった。その後1963年8月24日、ケネディ大統領との関係が深かったヘンリー・カボット・ロッジJr.が駐南ベトナム特命全権大使に着任。その後直ちにジエム大統領に対して、ヌー大統領顧問の更迭を再度求めるべく会見を求めたが、拒否された。なおケネディ大統領はロッジ大使に対し「もしジエム大統領がヌーの更迭を拒否したなら、『（アメリカは）ジエム自身を保護できない可能性に直面する』と警告せよ」との訓令を授けていた。
中部フエ出身のため首都・サイゴンに政治的基盤がなかったが、熱心なカトリック教徒であったことから、カトリック信者が多かったサイゴンの有力者たちを優遇した。これに反発した仏教徒らの反政府運動に対し、1963年戒厳令を布告。各地の寺院を襲撃して僧たちを逮捕した。1963年5月にフエで行われた反政府デモでは、警察がデモ隊に発砲し死者が出るなどその規模はエスカレートし、さらに同年6月には、仏教徒に対する抑圧を世界に知らしめるべく、事前にマスコミに対して告知をした上で、サイゴン市内のカンボジア大使館前で焼身自殺をした僧侶ティック・クアン・ドックの姿がテレビを通じて全世界に流され、衝撃を与えるとともに、国内の仏教徒の動向にも影響を与えた。これに対してジエム大統領の実弟のゴ・ディン・ヌー大統領顧問の妻であるマダム・ヌーが「あんなものは単なる人間バーベキューよ」とテレビで語り、この発言に対してアメリカのケネディ大統領が激怒したと伝えられた。この発言は国内のみならずアメリカを始め、全世界で批判を浴び、南ベトナムではその後も僧侶による抗議の焼身自殺が相次ぎ、これに呼応してジエム政権に対する抗議行動も盛んになった。
反共産主義者だったジエムは東南アジアでの共産主義の拡大を懸念するアメリカのバックアップを受け、ジュネーヴ協定に基づく南北統一総選挙を拒否してベトナム民主共和国への対決色を強め、弟のゴ・ディン・ヌーを大統領顧問に任命し、秘密警察と軍特殊部隊を掌握させ、国内の共産主義者を始めとする反政府分子を厳しく弾圧した。1961年にアメリカ合衆国大統領に就任したジョン・F・ケネディ大統領は、J・ウィリアム・フルブライト上院外交委員会委員長に対し、「南ベトナムとラオスを支援するために『アメリカ軍』を南ベトナムとタイ王国に送る」と通告し、併せてこの決定を正当化させるために、リンドン・ジョンソン副大統領とロバート・マクナマラ国防長官をベトナムに派遣し情勢視察に当たらせた。ジョンソン副大統領はベトナム視察の報告書の中でジエム大統領の事を「国民から乖離しており、しかもジエム本人以上に好ましくない人物に取り巻かれている」と忠告した。1961年11月、ケネディ大統領の指導のもとアメリカ合衆国軍は南ベトナム政府軍とともに、ジャングルに隠れてゲリラ戦を仕掛ける南ベトナム解放民族戦線(NLF)を壊滅させる目的で、爆撃機や武装ヘリコプターなどの各種航空機を使用したクラスター爆弾、ナパーム弾による攻撃と、南ベトナム解放民族戦線(NLF)の補給・攻撃・潜伏の拠点であるジャングルを破壊する目的で、ジャングルに対する枯葉剤による攻撃、戦闘車両や重火器による攻撃を開始した。この際にジエム大統領は枯葉剤散布の許可を与えた。
翌1955年に、フランスの傀儡で人気の無かったバオ・ダイを国民投票で退任に追い込み、ベトナム共和国を樹立、初代大統領となる（しかしこの選挙結果は捏造された疑いが濃厚である）。
第二次世界大戦下の1940年にフランスがドイツに占領され、親独のヴィシー政権が設立された後もその地位に留まる。しかし、1945年3月に仏印処理（明号作戦）によりベトナム駐留フランス軍が武装解除され、日本軍が実権を握った時に阮朝宮廷政府の新内閣組閣を請われるが、これを断って出国する。その後日本が敗戦し、ベトナムがフランスの植民地下に戻った後も帰国せずに亡命生活を送る。
北郷 - 志布志間は、当初、志布志線の一部として開業した。このうち、飫肥 - 油津間は宮崎県営鉄道飫肥線という軌間762mmの軽便鉄道として開業した路線を、改正鉄道敷設法の予定線に重なることから1935年（昭和10年）に国有化し、その後志布志線として新線（軌間1067mm）に切り替えたもので、一部は実質的に改軌したものである。南宮崎 - 北郷間は、1963年（昭和38年）に開業した。これは、宮崎交通が1962年（昭和37年）に廃止した南宮崎 - 内海間の線路跡を利用したもの。この時に、志布志線と繋がり、志布志 - 北郷間を編入して南宮崎 - 志布志間が日南線となり、志布志線は西都城 - 志布志間となった。日南線の終点となった志布志駅は、日南線の他にも、志布志線、大隅線が合流する交通の要衝で、機関区を擁していたが、1987年（昭和62年）には、志布志線、大隅線が特定地方交通線として廃止され、1990年（平成2年）には東方へ移転して1線のみに縮小された。2008年度分の統計によると、日南線の輸送密度（平均通過数量）は851人/日であり、JR九州の路線のうちでは最下位から3番目に少ない（最下位は吉都線、2番目に少ないのは肥薩線）。この数字は、特定地方交通線として廃止された志布志線と大隅線の廃止対象とされた当時の輸送密度の半分程度である。なお、日南線自身は1968年に赤字83線として選定されたが廃止されなかった。国鉄末期の特定地方交通線（廃止・転換対象路線）選定の際、当初は第3次特定地方交通線に選定される予定とされていたが、1987年（昭和62年）時点で代替輸送道路が未整備だったため、第3次廃止対象特定地方交通線から除外された。