「全英オープンゴルフ｣が7月の第4土曜・日曜をはさんで20日 - 23日（日本時間で20日深夜 - 24日未明）に開催されたことや、「2017年世界水泳選手権ブダペスト大会」の日本国内向け全国中継を日本時間の16日未明 - 31日未明に編成したことから、7月26日未明（25日深夜）から31日未明（30日深夜、30日までに全47代表校が確定しなかった場合には最長で8月2日未明〈1日深夜〉）までの予定で放送。朝日放送（当時）では基本として、放送開始時刻を2:40に設定した一方で、29・31日のみ2:45から放送を始めていた。実際には、宮城大会のみ準決勝での雨天順延や延長15回引き分け再試合によって7月30日までに代表校が確定しなかったため、8月1日・2日にも0:15 - 0:24に放送した。なお、朝日新聞と朝日放送（2018年度からは朝日放送テレビ）では、この年から「バーチャル高校野球」の共同運営を開始。当番組の放送済み（キャッチアップ）動画を、放送当日の朝7:00から無料で配信している。
2012年8月30日、イングランド・プレミアリーグのサウサンプトンFCへ完全移籍。9月15日のアーセナル戦で途中出場し、プレミアリーグ初出場を果たした。その後もシーズン通してレギュラーの座を確保した。2013年1月30日、プレミアリーグ第24節マンチェスター・ユナイテッド戦では相手の香川真司と共に先発出場し、プレミアリーグ史上初の日本人対決を実現させた。2014年2月22日、プレミアリーグ第27節のウェストハム戦にフル出場してリーグ戦で初ゴールをきめた。しかし、2013-14シーズンはこのシーズンから移籍してきたデヤン・ロヴレンに出番を奪われる形で、開幕からリーグ戦の出場機会には恵まれず、同年3月には練習中に左ひざ靭帯を損傷し戦線離脱となり、シーズン中に復帰はできなかった。2015年1月2日にサウサンプトンと2018年シーズン終了までの契約延長に合意。2014-15シーズンはトビー・アルデルヴァイレルトにセンターバックのポジションを奪われる形で、本職ではないサイドバックでの起用も増えた。ロナルド・クーマン監督からは「違うポジションでもできる選手がいるのは幸運なこと」と称賛された。2015-16シーズンは、2015年9月にフィルジル・ファン・ダイクが新加入した影響でセンターバックとして出場する機会が減った。サイドバックとして出場する機会もあったが、右サイドバックとして出場したプレミアリーグ第6節マンチェスター・ユナイテッド戦と第14節マンチェスター・シティ戦で失点に直結する致命的なミスを犯してしまい、出場機会はさらに減っていった。9戦ぶりに先発出場した第25節ウェストハム戦では決勝点を挙げ、無失点にも貢献するも、その後も出場機会には恵まれなかった。2016-17シーズンは、年が明けた1月1日のWBA戦からスタメンに定着。7日のFAカップ3回戦ノリッジ・シティ戦では父親になってから初得点をあげた。11日EFLカップ準決勝のリヴァプール戦では無失点に抑えて地元紙で高評価を得た。また、18日に行われたFAカップでのノリッジ・シティとの再戦ではキャプテンとしてフル出場。21日、チームキャプテンであり吉田とCBの定位置を争っていたジョゼ・フォンテが移籍してからはレギュラーとして定着する事となり、22日、岡崎慎司との日本人対決となったプレミアリーグ第22節レスター・シティ戦では、ファン・ダイクの負傷交代後にアームバンドを巻いた。2月26日、EFLカップ決勝戦ではマンチェスター・ユナイテッドと対戦し、先発出場で接戦の末2-3で敗れたものの、大会ベストイレブンに選ばれた。4月5日、第31節のクリスタル・パレスFC戦では逆転弾となる今季初のリーグ戦初得点を決め、試合後にはクロード・ピュエル監督から「マヤはサウサンプトンの将来でもある」と絶賛された。4月29日、第35節のハル・シティAFC戦では日本人選手として初のプレミアリーグ100試合出場を達成した。シーズン終了後、DFラインを共に組んだジャック・スティーヴンスから「マヤは僕にとって素晴らしい存在だった」と称賛され、地元紙『デイリー・エコー』の主催するサウサンプトン年間最優秀選手投票では2位となり、「吉田は今季セインツで成長を遂げた。ジョゼ・フォンテの移籍とファン・ダイクの長期離脱の後、センターバックの頼みの綱となった」と評価された。2017-18シーズン、プレミアリーグ第2節ウェストハム戦にて試合終了間際にPKを獲得し、これが決勝点となってチームを勝利へ導いた。自身の誕生日でもある8月24日に2020年まで契約延長したことを発表した。開幕戦からレギュラーとして活躍し、開幕月となった8月のクラブ月間MVPを獲得した。9月30日、第7節のストーク・シティ戦で今季初得点をきめた。これらの活躍が評価され、イギリスの月刊サッカー雑誌、フォーフォーツーが選ぶ開幕10試合時点のプレミアリーグのトップ10選手一覧に8位で名を連ねた。12月13日のレスター・シティ戦ではシーズン2得点目を決めた。なお、対戦相手の岡崎慎司も2得点しており、この試合はプレミアリーグの歴史で初めて複数のアジア人選手が得点した試合となった。年明け後は左膝の負傷により戦列を離れる機会が多くなり、チームの調子も低迷。終盤には戦列に復帰し、チームのプレミアリーグ残留に貢献した。2018-19シーズン、2018年8月28日、カラバオ・カップ2回戦のブライトン戦で今シーズン公式戦初出場。2018年10月7日、プレミアリーグ第8節のチェルシーFC戦で今シーズンリーグ戦初先発を果たすが、不用意な判断ミスでアルバロ・モラタにゴールを許してしまい、チームも0-3で敗れた。