兵たちには猛訓練を強いる鬼と恐れられる一方、自ら潜水艦に乗り込んで陣頭に立つ有言実行の指揮官として将兵から強い信頼を受けていた。またいわゆる海軍機関科問題で兵科より軽視されていた機関科将兵の不満が鬱積し、ストライキや反抗の懸念が表れた際には、幕僚が説得に尻込みする中、自ら海軍機関学校を訪ね忍耐強く説得した。日本海軍が理想の指揮官像とした指揮官先頭を実践していたのである。その指揮ぶりは自信に溢れ部下を心服させるものであった。公務には厳しかったが、酒席では部下に胸襟を開いてみせた。戦後、批判的な評価を受ける末次だが、批判側も末次が指揮官として優秀であることは認めるところである。末次はワシントン会議の際、米国の対応に日本は圧迫されたと考え、米国に強い不信感を抱いていた。ロンドン海軍軍縮会議における行動もその不信感が根底となっている。なお艦隊派は対米強硬派ではあるが、必ずしも対米戦争を望んでいた訳ではない。しかし末次は満蒙の確保が日本海軍の最大の任務であるとし、そのため米国を排除することが必要であるとして、公然と英米打倒論を唱えており、対米強硬派の雄なる存在であった。
第3次近衛内閣が退陣した際に、全国治水砂防協会会長であった末次は総理候補との噂が流れた。事実、海軍省調査課長の高木惣吉や矢部貞治らが末次首班実現に動いていた。また陸軍省軍務局の予想していた首班筆頭候補も末次であった。対米戦争となれば軍事的主役は海軍であり、内務大臣の閲歴を持つ海軍大将、枢軸派、そして日米開戦論者である末次が首班となることは蓋然性があった。しかし昭和天皇を始めとする宮中関係者は、末次と右翼団体とのつながりを危惧しており、末次への信任はなかった。重臣会議で末次を推すものもなく、内大臣・木戸幸一が推した東條英機が首班に指名された。末次は落胆したという。東條内閣により「帝国国策遂行要領」の再検討が行われた後も国策に変更はなく、1941年（昭和16年）12月8日、日本海軍は真珠湾攻撃を実施した。
1933年（昭和8年）11月15日、海軍兵科将校の最高の憧れであった連合艦隊司令長官に就任した。海軍青年将校はその就任を大歓迎したという。また連合艦隊司令長官は国民の間に人気がある職位であったが、末次の人気は歴代長官中、東郷平八郎に次ぐものであった。長官としては夜戦を重視した猛訓練を施してその戦力を向上させ、小柳冨次はその程度を極度としている。末次には犯し難い威厳があったとされる。
1931年（昭和6年）9月に満州事変が生起した際、日米の緊張状態が高まり、末次は第二艦隊司令長官に就任。続いて発生した第一次上海事変では戦闘区域に民家があったが、艦砲射撃を実施した。しかし末次が事態を拡大することが危惧され、第三艦隊の編成となり、野村吉三郎が司令長官に任命された。
末次は連合艦隊司令長官在職中、南雲忠一らが集めた軍縮条約から脱退を求める署名を海軍大臣・大角岑生に提出し、また伏見宮にも取り次いでいる。伏見宮は加藤寛治と末次に注意を与えた。また軍事参議官として迎えた軍縮条約の延長問題に対しては、無条約無拘束を最上とし、次善の策として各国の最高軍備の限度を共通とすることを主張した。最終的に日本は軍縮条約から脱退することとなったが、米国で両洋艦隊法が成立したことで、日本は対米6割の維持もできなくなった。このことは太平洋戦争の開戦決定前に実務を担っていた海軍省、軍令部の中堅に影響を与えている。
末次らが、対英米7割論を唱え、軍縮条約に三大原則を主張した点については理論的根拠があった。海上での戦闘行動が行われた場合、彼我の勢力比は、静止状態の勢力の自乗に正比例するというものである。つまり米国10、日本7の勢力比は戦闘行動中は100対49、ほぼ2対1となる。この比率であれば戦術的工夫で艦隊決戦の勝利を望み得るというものである。これには7割未満の艦隊は敗北するという戦史上の裏づけもあった。なお7割論を戦史研究から導き出したのは、秋山真之である。この理論を基礎とした七割論は説得力があり、対米十割でも米国との戦争はできないと主張していた石橋湛山なども条件付ながら認めていた。同じ理由で同一条件で10隻対7隻が戦闘した場合、残存艦は7隻対0である。こうした数字の現実が、末次を対米戦術に腐心させ、月月火水木金金と謳われた猛訓練を生んでいるのである。一方海軍部内には同じ理由で対米戦、まして対英米戦は不可能と考える少なからぬ将官たちもいた。
サガは、10世紀のアイスランド東部における、族長（ゴジ）と農民との争いについて語っている。 題名の由来となった主人公フラヴンケル(Hrafnkell)は、その経歴を恐ろしい決闘者と神フレイの熱心な崇拝者だとして語られ始める。 敗北し屈辱を受け、さらに自分の神所（ホルグ。en:Hörgr）が破壊された後に、フラヴンケルは無神論者になる。 彼の人柄は変わり、彼は他の人に対する際に穏やかに接するようになる。 数年かかって徐々に自分の支持を建て直した後、フラヴンケルは自分の敵に対する復讐を成し遂げる。 その後彼は、強力で尊敬される族長として残る人生を過ごした。 サガは、権力の本当の基盤は神の恩恵ではなく、その人に従う人々の忠誠であるという結論に達した男の物語だと解釈されている。サガは今日まで広く読まれて現存し、特にその物語構成の整合性が評価される。さらには事件展開もありありと現実味をおび、人物像も生き生きと描写される。このため、伝承された史実という意見もあれば、後世による珠玉の創作文学（そのリアリズムは手法）であるという意見もあり、アイスランド・サガ起源論争の、かっこうの検証例となっている。