22時00分、低速で逃走する不審船に対し、「いなさ」が距離を取って監視し、右舷側から「あまみ」、左舷側から「きりしま」がサーチライトを照射しながら不審船を挟撃、海上保安官が64式7.62mm小銃を構えて強行接舷を試みた。その際、不審船に乗っていた複数の乗組員がZPU-2対空機関砲、PK系軽機関銃およびAKS-74自動小銃による銃撃を巡視船に対して開始した。この銃撃を受けた巡視船は、サーチライトを消灯し、全速力で退避しながら20mm機関砲による正当防衛射撃を行なった。「あまみ」の海上保安官は、あらかじめ不測の事態に備えて装備していた64式7.62mm小銃による正当防衛射撃を直ちに行った。ZPU-2が使用されることはなかったが、不審船乗組員は自動小銃を用いて執拗な銃撃を繰り返した上、対戦車擲弾発射器RPG-7を用いて、2発の対戦車擲弾（ロケット弾）を発射した。しかし、波で激しく船体が揺れており、視界不良もあって巡視船に命中することはなかった。このロケット弾発射の様子は、上空を飛んでいた海上保安庁機の採証装置（赤外線カメラ）に映像として記録された。「あまみ」から撮影していたビデオ映像にも、画面は真っ暗だったが、飛翔体が「あまみ」の上を通過した音が記録されており、これはロケット弾が通過した音と推定されている。防弾の施されていない「あまみ」は、銃撃戦による被害が大きく、船橋を100発以上の銃弾に貫通され、3名の負傷者を出している。また、射撃を受けた際に「あまみ」は「後進いっぱい」を命じたため、船体後部のウェルドック内の搭載艇が波浪で押しつぶされるなどの被害も発生している。不審船の乗組員は、視界不良の中で巡視船が放つ曳光弾の光を頼りに自動小銃で攻撃した。日向灘不審船事件を契機に誕生し、船橋部分が防弾化されていた「きりしま」「いなさ」の損害は軽微であったが、船橋だけではなく主機（エンジン）にも被弾した「あまみ」は、2基ある主機のうち1基が破壊された。銃撃戦が長引いた理由としては、海上保安庁は警察機関の一つであり、該船（取締り対象の船）の撃沈や乗員の殺傷による無力化ではなく拿捕・検挙を目的とするため、20ミリ機関砲が持つ本来の3,000発/分の発射速度を500発/分に制限しており、弾薬も、警告射撃の際に被疑者に光で警告する効果を期待して曳光弾を保有しているが、炸薬を充填した榴弾を保有していないことがあげられた。
同法の前身は、指定農林物資検査法（昭和23年法律第210号）である。戦後の民主主義高揚の中で、強制検査であった指定農林物資検査法から、任意検査を基調とした農林物資規格法（昭和25年法律第175号）へと移行した。この農林物資規格法の目的規定が1970年（昭和45年）に一部改正（実質的な追加）（昭和45年法律第92号）され、併せて題名が農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に改められた。当時の目的は、「①適正かつ合理的な農林物資の規格を制定し、これを普及させることによつて、農林物資の品質の改善、生産の合理化、取引の単純公正化及び使用又は消費の合理化を図るとともに、②農林物資の品質に関する適正な表示を行なわせることによつて一般消費者の選択に資し、もつて農林物資の生産及び流通の円滑化、消費者の需要に即した農業生産等の振興並びに消費者の利益の保護に寄与すること」（1条）とされていた。したがって、当時の目的は、大別して2つあった。1つは上記①に該当するJAS規格の制定等であり、これは、1970年改正以前の農林物資規格法を受け継いだものであった。そして、2つ目は上記②に該当する品質表示等の適正化であり、名称、原材料、期限表示など、いわゆる「一括表示事項」と呼ばれる項目の記載方法を定めるものであった。これは1970年改正時に追加された。前者はJAS規格品のみを対象とするが、後者は農林物資（酒類並びに医薬品医療機器等法に規定する医薬品、医薬部外品等を除く）、すなわち「食品」全般を対象とした。2009年（平成21年）4月、食材偽装問題で議員立法により産地偽装防止のために直罰規定を設けるなどの改正がされたが、その改正は不正競争防止法に屋上屋を架す無意味な行為であることが指摘されている。実際にも、2011年8月現在まで直罰が執行された事例はない。制定後、農林水産省が所管していたが、2009年（平成21年）9月の消費者庁設置以降、両省庁の共管（平成21年法律第49号）となった。2015年（平成27年）4月1日に、JAS法、食品衛生法、健康増進法のうち食品表示に関する部分を整理・統合した食品表示法の施行に伴い、食品の表示基準の策定などに関する規定が削除され、題名が現在のものに改められた。これに伴って、目的も「適正かつ合理的な農林物資の規格を制定し、これを普及させることによつて、農林物資の品質の改善、生産の合理化、取引の単純公正化及び使用又は消費の合理化を図るとともに、飲食料品以外の農林物資の品質に関する適正な表示を行わせることによつて、食品表示法（平成二十五年法律第七十号）による措置と相まつて、一般消費者の選択に資し、もつて農林物資の生産及び流通の円滑化、消費者の需要に即した農業生産等の振興並びに消費者の利益の保護に寄与すること」（1条。太字は改正前から追加）と改められた。