モーガンはこの遠征の際、8隻の船と500人の部下しか自由にできなくなっていた。この遠征の前、モーガン主催のイギリス本国から赴任してきた役人を迎えるパーティでの爆発事故（オックスフォード号事件）で、モーガンと個人的に親しい海賊の頭株達が死亡して、モーガンの求心力が低下したためである。モーガン自身も爆発で海に吹き飛ばされたが、奇跡的に無事だった。1669年2月6日、モーガンはマラカイボの町を襲った。しかし、町は空っぽで、住民はもっと奥の町のヒブラルタルに隠れていた。モーガンは住民に拷問を行い、財宝を強奪した（資料には、マラカイボはフランソワ・ロロネーに襲われたことがあるため、住民は財宝を差し出したという話もある）。たんまり財宝をせしめたモーガンだが、ジャマイカ島に帰る際、河口でスペイン軍に船を囲まれ、投降するように勧告された。モーガンは部下にこのことを話し、降伏するか戦うかを決めさせた。海賊たちは戦うことを決め、モーガンは火舟作戦によりスペイン船3隻のうち2隻を沈め、スペイン軍を恐れさせた。このことは、モーガンの最高の武勇伝とされている。
ポルト･ベロ（地図はこちら）遠征の際、モーガンが苦労したのは仲間集めであった。キューバ遠征の事件でフランス人海賊が集まらなかったため、460人しかこの遠征に参加しなかった。ポルト･ベロは「難攻不落の要塞」といわれており、参加人数の少なさに遠征の失敗を心配する仲間もいた。モーガンはそんな仲間を励まし、激しい攻防の末、奇襲作戦でポルト･ベロを占領してしまった。パナマ市総督は救援軍を送ったが、逆に海賊に襲われることになった。モーガンは兵を捕虜とし、パナマ市総督に住民の身代金の要求をした。このとき、パナマ市総督はモーガンに「海賊の武功を示すものを送ってくれないか」と言い、モーガンは一丁のピストルと数発の弾丸を渡し「これを12ヶ月間保管しておいてください。自分自身で取り返しに行きます」と言った。総督も金の指輪を渡し「ポルト･ベロほどはうまくいかない」と言ったという。結局パナマ市は身代金を払わず、住民が土の中から掘り出した身代金がわりの10万ペソと宝石、25万ペソの現金、奴隷などの奪ったものを乗せて、モーガンはジャマイカ島に引き上げた。ポルト･ベロを簡単に攻略されたことで、本国のスペイン人はモーガンを悪魔のように恐れた。
ウェールズのモンマスシャー州のルランムニー生まれ。1650年に西インド諸島のバルバドス島に渡るが、そこで5年間の農園での年季奉公を強いられる。しかし、モーガンは生まれつき体が大きく、厳しい労働に耐えることができたので、20歳前にもかかわらず、奴隷や奉公人を監督する立場になった。農園主もモーガンのことを気に入り、モーガンに自由に読書をすることを許した。そして、1655年に年季奉公の期限が切れると、モーガンは海賊の世界に足を踏み入れる。
戊辰戦争が一段落した後、新政府が設置した江戸鎮台においては長官の下の6人の判事の1人として会計局判事に任命され、民政や会計、財政、都市問題などを担当する。7月には江藤の献言が通って明治天皇が行幸して、江戸は東京と改称される。明治3年（1870年）1月には佐賀に帰郷して着座（準家老）に就任して藩政改革を行うが後に中央に呼び戻され、同年11月に太政官中弁となる。12月、虎ノ門で佐賀藩の卒族に襲撃されて負傷する。明治4年（1871年）2月には制度取調専務として国家機構の整備に従事し、大納言・岩倉具視に対して30項目の答申書を提出する。近代的な集権国家と四民平等を説き、国法会議や民法会議を主催して箕作麟祥らとともに民法典編纂に取り組む。江藤は「フランス民法と書いてあるのを日本民法と書き直せばよい」「誤訳も妨げず、ただ速訳せよ」というほどフランスの法制度を高く評価し、普仏戦争でフランスが大敗し、フランスへの評価が日本で低くなるのを戒め、以下のような漢詩を残している。廟堂用善無漢蕃　廟堂善を用いるに　漢蕃無し孛国勢振仏国蹲　孛国勢い振るいて　仏国蹲（うずくま）る　　（※最初の漢字は『字の上に十』。 [JIS] 5556　）仏国雖蹲其法美　仏国蹲ると雖も　其の法美なり哲人不惑敗成痕　哲人惑わず　敗成の痕文部大輔、左院副議長、司法省が設置されると明治5年（1872年）には司法卿、参議と数々の役職を歴任。その間に学制の基礎固め・四民平等・警察制度整備など近代化政策を推進。特に司法制度の整備（司法職務定制・裁判所建設・民法編纂・国法編纂など）に功績を残す。政府内における急進的な民権論者であり「牛馬ニ物ノ返弁ヲ求ムルノ理ナシ」として牛馬解放令とも呼ばれた司法省達第二十二号（娼妓解放令）、民衆に行政訴訟を認めた司法省達第四十六号などが知られる。また官吏の汚職に厳しく、新政府で大きな力を持っていた長州閥の山縣有朋が関わったとされる山城屋事件、井上馨が関わったとされる尾去沢銅山事件らを激しく追及、予算を巡る対立も絡み2人を一時的に辞職に追い込んだ。だがその一方で、英仏を範とする西欧的な三権分立の導入を進める江藤に対して、行政権=司法権と考える伝統的な政治的価値観を持ち、プロイセン王国（のちドイツ帝国）を範とする政府内の保守派からは激しく非難された。また急速な裁判所網の整備に財政的な負担が追いつかず、大蔵省の井上馨との確執を招いた。