舞台は2011年のアメリカ・フロリダ州。空条承太郎の娘・空条徐倫（くうじょう ジョリーン〈ジョジョ〉）は、無実の罪を着せられ州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所（G.D.st刑務所）に収監される。そこで承太郎が差し入れたペンダントに入っていた「矢」の破片によりスタンドが発現した徐倫は、その力を用いて刑務所からの脱獄を狙う。面会に現れた承太郎は、徐倫の収監がかつて自分が倒したDIOの関係者によって仕組まれた陰謀であることを告げ、脱獄を促す。そこに謎のスタンド「ホワイトスネイク」が現れ、徐倫を庇った承太郎から「記憶」と「スタンド能力」をDISC化して奪い去ってしまう。徐倫は承太郎のDISCを取り戻すため、刑務所の中で出会った少年・エンポリオ・アルニーニョや他の囚人たちと共同戦線を張るようになる。ホワイトスネイクの刺客との戦いを経て、徐倫たちは承太郎のDISCを奪還し、敵の黒幕がエンリコ・プッチ神父であることを突き止めた。彼の目的は承太郎の記憶から親友のDIOが研究していた「天国へ行く方法」を知り、それを実行することであった。DIOの骨から誕生した「緑色の赤ん坊」を吸収して新たな力を得たプッチは刑務所の外へと逃げ、徐倫たちもプッチを追うために刑務所を脱獄する。激しい追跡劇の末に、ケープ・カナベラルの地で最終決戦が始まる。復活した承太郎も参戦するが、プッチは戦いの中でスタンドを進化させ、時を加速させる能力を獲得。その力の前に仲間たちが次々と倒され、エンポリオを逃がすために徐倫までもが命を落とす。時は無限に加速して、宇宙は終焉を迎え、特異点を経て、再び2011年が訪れる。その世界では運命があらゆる者の魂に記憶されており、「天国」の条件はほぼ満たされつつあった。プッチは生き残ったエンポリオを殺すために、時が一巡する少し前に時の加速を止める。追い詰められたエンポリオは、プッチのみが運命を変えられることを逆手に取る奇策でプッチを打倒することに成功。宇宙の一巡が完成しないままプッチが死亡したため、「天国へ行く方法」は未完成のまま終わる。新世界に1人放り出されたエンポリオは、かつての仲間たちの面影を残す人々に出逢う。徐倫によく似た「アイリン」と名乗る女性に名前を尋ねられたエンポリオは、涙ながらに自らの名前を名乗る。
女性を主人公とした荒木の作品では『ゴージャス☆アイリン』以来となる。これまでのシリーズ以上に血縁や運命的な「人と人との繋がり」に重きを置いた物語構造が特徴。Part3にてDIOを倒した空条承太郎の直系の血統にあたる娘・空条徐倫と、DIOの残党・後継者との戦いが描かれており、Part1でのジョナサン・ジョースターとディオ・ブランドーに始まり、1世紀以上続いてきたジョースター家の因縁に終止符が打たれる。作中年代である2011 - 2012年は連載時点での近未来であり、刑務所を含むアメリカ国内が舞台となっている。Part4からスタンドと深く関わってきた「弓と矢」は本部には序盤で脇役的にしか登場せず、その代わりに物語の鍵となるのはスタンド能力を記録された「DISC」である。副題は「第6部 空条徐倫 ―『石作りの海（ストーンオーシャン）』」。本作からサブタイトルが作品タイトルに追加され、本作の場合は『ジョジョの奇妙な冒険 Part6 ストーンオーシャン』となる。「ストーン」は石の牢獄、「オーシャン（海）」は女性の象徴。単行本も新たに第1巻から刊行されたが、「1（64）」のように括弧表記でPart1からの通算巻数も表記されている。主人公を女性にするという案は本作よりも前から出ていたが、考慮した上で取り下げられていた。Part6では荒木が女性案を押し、編集側は保守判断から反対案を出すも、最終的には女性主人公となった。Part5『黄金の風』完結からPart6開始までは準備期間があり、『週刊少年ジャンプ』誌上での連載は休止していた。その間、フロリダ州マイアミの刑務所などへの取材が行われ、単行本1（通算64）巻には関係者への謝辞があり、また5（通算68）巻扉にはこの体験に関するコラムがある。『週刊少年ジャンプ』連載時に誌面に付けられたアオリが特徴的とされ、単行本ではカットされたが、いくつかは『JOJOVELLER 3HISTORY』に再録された。作者とのやり取りにヒントを得て編集が考えて付けたことが明かされている。
A面とB面に異なる歌手の歌唱楽曲が収録されたシングルレコードの片面として、1960年4月に発売された。もう片面は、原田信夫が歌う「夜霧のテレビ塔」である。その「アカシアの雨がやむとき／夜霧のテレビ塔」は、ポリドール・レコードから発売された西田佐知子の4枚目のシングル盤である。それ以前に発売された3枚も、異なる歌い手とカップリングされたシングルレコードであった。発売時のレコード・ジャケットは名前表記が当時の本名とされる「西田佐智子」になっており、原田信夫の顔写真も掲載されていた。しかし本楽曲が浸透した結果、レコード・ジャケットが西田佐知子のみの写真にレイアウト変更され、名前も現芸名の「西田佐知子」に修正されたリニューアル盤が制作され流通していった。シングル盤の発売自体は前述の通り1960年であったが、『NHK紅白歌合戦』（以降「紅白」）では1962年の第13回で初披露された。歌唱順は、紅組のトリ（島倉千代子）前である。尚、紅白には前年の第12回に「コーヒールンバ」で初出場をしている。紅白同様、年末に放送される日本レコード大賞では、1962年の『第4回輝く!日本レコード大賞』においてロング・セールスが評価され、「特別賞」が授与された。紅白では、20回目の記念放送となった1969年の第20回でも披露された。1962年の紅白映像はNHKに残されていないとされ、現存するのは第20回の映像のみである（モノクロ映像）。民間放送で本楽曲を歌う西田佐知子の映像が放送される場合、この第20回の歌唱映像が貸し出される事がある。カラー映像は、1968年12月27日にTBS系で放送された『日本レコード大賞10周年特別番組』に出演した時の映像と、結婚して仕事を大幅に減らしていた1975年にNHKで放送された『あの歌この人半世紀』に出演した時の映像が現存する。1963年には、浅丘ルリ子主演、高橋英樹が相手役で西田佐知子本人も出演した日活制作の歌謡映画『アカシアの雨がやむとき』が封切られた。2002年の年末、NHK-BS2で放送された特別番組『あなたが選ぶ思い出の紅白・感動の紅白』において、VTR出演した浅丘が「もう一度聴きたい曲」として本楽曲を挙げ、第20回の映像が放送された。この第20回は、審査員として西田が独身時代親しかった浅丘も出演していた。本楽曲で歌われるアカシアは、本当のアカシアではなくニセアカシアとされる。また、「アカシアの雨が止むとき」「アカシアの雨が止む時」「アカシヤの雨が止む時」など表記は幾つか散見されるが、近年発売される西田佐知子のベスト・アルバムではJASRAC届出の「アカシアの雨がやむとき」で統一されている。