連邦党は強い中央政府を提唱していたが、ジェファーソン派は強い州と地方の政府、および弱い連邦政府を推奨した。自立し、自治を行い、個々が責任を取るのがジェファーソン派の世界観であり、それがアメリカ合衆国の独立の基礎となった最も重要な概念だとした。ジェファーソンの意見では、地方レベルで個人によってなし得るようなものは、連邦政府がすべきではないということだった。連邦政府は、全国的また国際的な計画のみにその努力を集中させると考えた。ジェファーソンの提唱する小さな政府は、アレクサンダー・ハミルトンなど連邦党の面々と大きな意見の対立を生んだ。ジェファーソンは、ハミルトンがアメリカ合衆国に金権政治を好み、強力な貴族政治を生みだそうとしていると見なした。そのような体制はアメリカ合衆国の政治と社会のしくみが旧世界のそれと変わらなくなるまで、大きな権力を積み上げていくことになると見なした 。ジェファーソンは当初懐疑的だったがアメリカ合衆国憲法批准を支持し、特に抑制と均衡を重んじることを支持した。権利章典、特に修正第1条の批准は、憲法に対する大きな信頼を与えることになった。ジェファーソン派は憲法第1条にうたわれる連邦政府の権限について、厳正な解釈を好んだ。例えば、ジェファーソンがチャールズ・ウィルソン・ピールに宛てた手紙で、スミソニアン研究所のような国立博物館はすばらしい資源であるが、そのような計画を建設し維持するために連邦政府の資金を使うことは支持できないと記していた。今日の「厳正解釈」はこのジェファーソンの見解から流れをくむものである。
ジェファーソン流農本主義者は、アメリカ合衆国の経済が戦略的商品として工業に基づくよりも農業に基づくべきであると考えた。ジェファーソンは具体的に「地上で労働する者達は神に選ばれた民である。神が選んだのであれば、その民の心情をかなりのまた誠実な美徳のための特別な貯蔵所としたのである。」と考えた。しかし、ジェファーソン派の理想はすべての製造業者に反対していたわけではなかった。むしろ、すべての人々はその生活を支えるために働く権利があり、その権利を阻害するような経済制度は認められないと考えていた。ジェファーソンが怖れたことは、商業と工業が制限もなく拡大して、収入や生活の糧を他人に依存する賃金労働者階級が増えることになるということだった。労働者は将来的に独立した投票者には成り得ないと考えた。ジェファーソンが怖れたそのような状況は、アメリカ人が政治的支配や経済的操作に脆弱なままにしておくことになると見なした。経済学者クレイ・ジェンキンソンが指摘するように、ジェファーソンが見いだした解決策は、巨大な富の蓄積を阻むものとして累進的所得税を課し、その資金を下層階級への再配分に用立てる」というものだった。
アメリカ合衆国の西部への拡張は、それがヨーマンのために新しい農地を生むことになるので、ジェファーソン派の主要目標になった。インディアンをアメリカ人の社会に取り込むこと、あるいはそれを拒む部族はさらに西方に移住させることを期待した。しかし歴史家のシーハンは、ジェファーソン派がインディアンに対する善意を持っていたとしても、その誤てる博愛心でインディアンの特徴ある文化を破壊したと論じている（1974年）。ジェファーソン派は1803年のルイジアナ買収で、フランスとの取引をうまく取り扱ったことに大きな誇りを持っていた。それはルイジアナからモンタナまでの広大で肥沃な新農地を解放した。しかし、ニューイングランドで確立されていた政治的利権集団と連邦党は買収に反対した。ジェファーソン派は、新しい領土では農業取引に基づき、小さな政府で自立と美徳を促すという、その理想とする共和制社会というビジョンを維持させてくれると考えた。
ジェファーソン派は時として派閥に割れることがあった。ジョン・ランドルフは、議会で党を率いた後に、「オールド共和党」あるいは第3党あるいは「クウィッド」派を結成し、ジェファーソンは共和制の中核価値観からあまりに遠くに紛れ込んでいると述べた。ジェファーソンはその副大統領を務めたアーロン・バーを信用していなかった。二人は決裂し、ジェファーソンはバーを反逆罪で訴えた（バーは無罪となり、国を離れた）。マディソン政権は米英戦争の軍資金手当で大きな問題を味わい、陸軍と民兵隊は戦争に効果的に対処できないことがわかり、共和制民族主義者の新しい世代が出現した。彼等は元々ジェファーソン流だったジェームズ・モンローに支持された。その中にはジョン・クインシー・アダムズ、ヘンリー・クレイ、およびジョン・カルフーンがいた。アダムズは1824年大統領選挙で、クウィッドから支持を得たアンドリュー・ジャクソンを破って当選した。それから数年後には次の政党が出現した。ジャクソンが作った民主党はジャクソン流民主主義を標榜し、現在の民主党に続いている。ヘンリー・クレイのホイッグ党は比較的短命に終わり、現在の共和党に吸収された。その競合した時代は第二政党制と呼ばれている。
海洋研究開発機構（JAMSTEC）の有人潜水調査船「しんかい6500」運航チームに所属する天谷深雪は、女性初のパイロット訓練生。父の北里厚志は「しんかい6500」の建造に関わった技術開発者であったが、深雪が幼い頃に両親は離婚。アメリカで再婚した厚志に深雪は何度も手紙を送るも、返事が来ることは一度もなかった。深雪は寂しさを感じていたが、「世界で一番深い海に行く船を造る」と約束した厚志を信じ、業務に勤しむ日々を送っていた。そんなある日、深雪の前に小学生・北里陽生が突然現れる。陽生は厚志と再婚相手の息子だった。陽生の「パパ、もう日本に帰ってこないよ」という言葉に動揺した深雪は、コパイロットの昇格をかけた訓練潜航中に閉所恐怖症を発症してしまう。当然、昇格の話は白紙に。閉所恐怖症が完全に治癒するまで、「しんかい6500」への乗船は禁止されてしまう。傷心の深雪は運航チームの飲み会で、広報課に入ったばかりの新人・高峰浩二と初めて顔を合わせる。高峰は広報課の身でありながら「しんかい6500」で深海に潜りたいと力強く語り、深雪は激怒する。実は高峰の父は深海生物学者で、一度だけ深海で目撃した未確認深海生物〈白い糸〉を長年探し続けたが見つからず、防波堤から海に落ちて亡くなっていた。高峰は父の夢を叶えるために、JAMSTECに入所したのだった。深雪はしばらく高峰と組んで仕事をすることを命じられる。陽生と高峰に振り回されながら、深雪は自分が何のために深海に潜るのかについてもう一度考えていく。