北アフリカのマグレブに起こったムワッヒド朝（1130年 - 1269年）では、キリスト教徒、ユダヤ教徒への迫害を行った。ムワッヒド朝下のアンダルスやマグレブでは両教徒に対する強制改宗（剣かコーランか）が発生し、アンダルスのユダヤ人は北部のキリスト教徒支配地域やエジプトなどに逃れるか、イスラームへの偽装棄教を余儀無くされた。マイモニデスもその一人で、虐殺を逃れるためイスラームに偽装改宗し、後にエジプトでムスリムの実力者とのコネを用いてユダヤ教への復帰をシャリーア法廷で認めさせた。しかしこのようなことは極めて難しく、殆どの場合棄教と見做され死刑宣告を受けた。
イスラム王朝のファーティマ朝では、第6代カリフアル・ハーキム（在位996年 - 1021年）がキリスト教とユダヤ教を弾圧した。1009年、ファーティマ朝が聖墳墓教会を破壊した。フランスをはじめ西ヨーロッパ諸国で、この聖墳墓教会破壊について、ユダヤ人が破壊をそそのかしたという噂が流布し、局地的に強制改宗や追放がなされた。これ以降、イスラム教徒とユダヤ教徒がキリスト教世界の覆滅を共謀しているという見方が一般的なものとなり、復活祭にはユダヤ共同体の長が平手打ちを受けるという慣習がはじまった。
マディーナ憲章では、ユダヤ教徒の宗教文化や財産を保護されると同時に、ユダヤ教徒は教団国家に従うことが前提とされ、外部からの防衛や戦費負担も義務づけられた。ユダヤ教徒は後にジンマの民（ズィンミー）とされ、反イスラム的行動をとらず、ジズヤ税（人頭税）を支払い、イスラムの公権力に従うことを条件に庇護された。しかし、マディーナのユダヤ教徒は憲章に従わなかった。
622年にムハンマドは紛争の調停のためにマディーナに移った。ムハンマドはマディーナのユダヤ教徒に受け入れてもらえると期待していたが、マディーナのラビは嘲ったため、論争が始まった。ムハンマドはモーセら預言者が神の使徒であることを確証した書物をラビたちに提示するよう求めたが、ラビたちは拒否した。こうしてムハンマドはユダヤ教徒は神から与えられた書物を誤解しており、その誤解を正すために神がアラビア語でムハンマドに啓示したと結論した。またムハンマドは、アブラハムはモーセよりはるかに古い世代でありユダヤ教徒ではなかったとし、さらにアブラハムの子イシュマエルはアラブ人の祖先であるとして、ムハンマドは自分をアブラヒムの信仰を受け継ぐ者とした。ムハンマドはモーセとイエスを自分の先輩とみなしたが、現実のユダヤ教徒やキリスト教徒は神の真意を誤解していると批判した。クルアーン第二章ではユダヤ教徒への非難が書かれており、第三章ではキリスト教が批判されている。マディーナには武装したユダヤ教徒の集落があったが、ムハンマド移住後は無害な集団以外は追放されたか撲滅された。624年のバドルの戦いでメッカ勢力に勝利したムハンマドは同年10月にマディーナのユダヤ教徒のカイヌカーウ族（カイヌカー族）と戦い、追放した。625年のウフドの戦いで敗北したムハンマドは626年3月にユダヤ教徒のナディール族を追放し、彼等の農園を没収した。627年のハンダクの戦いでメッカのクライシュ族はイスラムに敗北し、5月にはメッカ側についたユダヤ教徒のクライザ族の男は全て殺害され、女子は奴隷として売却された（クライザ族虐殺事件)。マディーナを追放されたユダヤ教徒のナディール族はハイバルに住んでいたが、ムハンマドは628年にハイバルを襲撃、農園の収穫物の半分をムハンマドに提供することを条件にナディール族は降伏し、さらに他のオアシスのユダヤ教徒もムハンマドに税を支払うことを受け入れた。
コールブルッヘはオランダ国内で神学を研究するうちに1人のルター派神学者と対立するようになったので、オランダ改革派教会（Nederlandse Hervormde Kerk）への接近を試みる。しかし、オランダ改革派教会は彼の教師任職を許可しなかった。そのため、イサーク・ダ・コスタらの信仰復興運動グループ「レベイユ」（Réveil）と連携することにした。コールブルッヘの有名な説教は、ローマの信徒への手紙7・14（「わたしたちは律法が霊的なものであると知っています。しかし、わたしは肉の人であり、罪に売り渡されています」）について語られたものである。この説教を準備しているときに彼自身が出会った真理は、この御言葉においては霊的な律法と肉的な信者との対立関係が強調されているが、その対立関係は霊的な律法を成就なさったイエス・キリストの恩恵によって克服されている、ということである。この説教の中でコールブルッヘが強調しているもう1つの点は、信徒自身は何ら聖なる者ではないし、そのままの状態であり続けるが、同時に彼らはキリストにあって（in Christus）聖化されている、ということである。このような彼の徹底した福音主義は、19世紀の主流派の神学者の間では評価されなかった。しかし、オランダ改革派教会の保守的な信徒たちの中にコールブルッヘを支持する人々が現れた。コールブルッヘの神学は、マルティン・ルターから非常に強く影響を受けている。エルバーフェルトでの説教の中で「自分の聖化を求めて努力する人たちの姿にこそ、人間の罪の根深さが露呈されています。その人達は、神を邪悪で不浄な存在にしています」と述べている。また彼の説教は、1866年、1870年、1871年と、戦争の度に拡大していくプロイセン王国を「不信仰者を擁護する者」として告発するものでもあった。コールブルッヘの徹底的恩恵論は、彼の書物を通して改革派神学の発展に非常に大きな影響を及ぼした。「カール・バルトとコールブルッヘの恩恵論はルターとカルヴァンの恩恵論の同一線上にある」という評価もある。オランダでは今でも「コールブルッヘ友の会」（vereniging van vrienden van Kohlbrugge）の集会が定期的に開かれている。