1990年代になると合同教会はかつて運営に協力していた先住民寄宿学校における文化的同化主義と児童虐待の過去に向き合うことになった。1992年5月24日、ティム・スティーブンソンは合同教会でゲイであることを公表している最初の牧師に任職された。1992年8月17日、第34回総会でクリーの男性であるスタン・マッケイが、先住民として初めての総会議長に選出された。その2年後、教会は「ヒーリング・ファンド」を設置した 。その後、1998年に教会は合同教会インディアン寄宿学校の元生徒たちに対する謝罪を行った。1994年の第35回総会では代議員の投票によって、総会は2年おきから3年おきの開催に変更された。これにともない総会議長の任期も2年から3年に延ばされた。1925年に建設された総会事務局はもともとトロント中心地のセントクレア通りにあったが、そこの地価は高騰していた。1995年、寄付金収入の低迷からくる財政難を踏まえて、教会は建物を売却し、エトビコの郊外に移転した。1996年、新しい讃美歌集Voices Unitedが合同教会・聖公会共編のThe Hymn Bookに代わって発行された。牧会区からの反応は上々で、2010年までに30万部を超える歌集が出版された。1997年、ビル・フィップスが第36回総会で総会議長に選出された。その年の後半にフィップスが、イエスは死んだあと物理的に起き上ったとは信じていないとインタビューで答えたせいで、教会はまた論争の渦に巻き込まれることになった。
1980年8月16日に開かれた第28回総会ではロイス・ミリアム・ウィルソン（旧姓フリーマン）が女性初の総会議長に選出された。翌8月17日、合同教会の作業部会が、同性愛者の牧師への任職を認め、婚前の性交渉についても寛容であることを勧告した性倫理に関する報告書『神の似姿において (In God’s Image)』を発表した。報告書は要件を満たした場合の妊娠中絶を容認する一方で、自由に妊娠中絶することは拒否していた。聖公会との合同に関する協議はすでに終了していたが、キリストの弟子会との協議も1985年に打ち切りとなった 。1986年には第31回総会で女性の総会議長としてアン・M・スクワイアーが選ばれた 。1988年の第32に回総会では南アフリカへの投資を終了することが決定されるとともに、先住民の精神性を否定してきた教会の態度について、先住民信徒に対する謝罪が行われた。またアジア系初の総会議長としてサン・チュル・リーが選ばれた 。けれども、こうした出来事は、代議員たちが『教会員資格、教職者および人間の性 (Membership, Ministry and Human Sexuality)』という声明を可決させたことで、かすんでしまった。この声明では「性的指向に関係なく、イエス・キリストへの信仰を告白する者はすべて、カナダ合同教会の教会員になることが歓迎される」とあり、また「合同教会のすべての教会員は専任の教職者になる資格を有する」と述べられていた 。これら2つの声明によって、ゲイであることを公表している男性・女性が教職者になる道が開かれた 。多くの教会員はこの声明に反対し、その後の4年間で7万8184名も教会員を減らすことになった。まとまった派閥――教職者が指導しているような――がある教会では、まるごと合同教会から離脱し、独立した教会を結成する場合もあった。ゲイの任職問題には反対しつつも教会に残ったものもいたが、その場合でも、教会の内部で「憂慮するコミュニティ (Community of Concern)」のような保守的な見解もつグループを作った。
1971年、エキュメニズム運動もピークを迎えた。合同教会、聖公会、それからキリストの弟子会が一緒になって『合同の計画 (Plan of Union)』を出版した。また合同教会と聖公会は共同で讃美歌集The Hymn Bookを出版した。けれども、潮の流れが変わるのははやかった。1975年には聖公会の主教会と全国執行部が『合同の計画』は受け入れられないと宣言した。とはいえ、聖公会、ルター派、長老派、ローマ・カトリック、合同教会のあいだで、各教派で行われた洗礼は有効であることが相互承認されることになった。会員数はゆるやかに減少する一方で、平信徒の教職者は増えつつあった 。
九州を南北に縦貫する幹線道路の一つで、政令指定都市である北九州市・門司を起点に、九州山地を西まわりで迂回して有明海と八代海沿岸に沿って南下し、福岡・熊本・鹿児島の各県の県庁所在地である福岡市・熊本市・鹿児島市とを結ぶ、延長約507キロメートル (km) の一般国道の路線である。主な通過地は、福岡県宗像市、福津市、古賀市、福岡市、大野城市、太宰府市、筑紫野市、佐賀県鳥栖市、福岡県久留米市、八女市、熊本県山鹿市、熊本市、宇土市、宇城市、八代市、水俣市、鹿児島県出水市、阿久根市、薩摩川内市、いちき串木野市、日置市である。国道3号の路線の一部を構成する高規格幹線道路は、熊本県八代市から鹿児島県鹿児島市までの区間を結ぶ予定の南九州西回り自動車道が自動車専用道路のバイパスとして建設中である。2017年現在、八代市から葦北郡津奈木町まで、出水市から阿久根市まで及び、薩摩川内市から鹿児島市までの区間が開通している。事業区間としては八代日奈久道路、日奈久芦北道路、芦北出水道路、出水阿久根道路、阿久根川内道路、川内隈之城道路、川内道路、鹿児島道路がある。また地域高規格道路は、福岡県北九州市の黒崎バイパス、熊本県熊本市及び合志市を通る熊本環状道路熊本北バイパス、鹿児島県鹿児島市の鹿児島ICから同市鹿児島港までを結ぶ予定の鹿児島東西幹線道路がある。また、鹿児島東西幹線道路の新武岡トンネルの本線部とランプ部の結合個所の掘削断面積は日本一となっている。道路管理者は、北九州市内の一部の約11 km区間を除いたほぼ全線が、国土交通省所管の指定区間（直轄国道）である。九州東岸部の大分市・宮崎市を経て北九州市と鹿児島市を結ぶ国道10号と並ぶ九州の大幹線であり、特に福岡県においては、同県南北を結ぶ交通の要衝となっており、県内を走る国道の中では最も交通量が多い。