新潟県中越沖地震の被災地域を対象に、2007年（平成19年）7月19日から8月31日までの期間限定の試験的なメール配信サービス「がけ崩れ予測メール」を開始。しかし、同社が気象業務法に基づく予報業務許可を取っていたのが「気象」及び「水象」の予報だけであったため、同サービスは許可の範囲外の「地象」の予報にあたるとして、7月下旬、気象庁は、同サービスの取り止め（あるいは「地象」の予報の認可を取ること）を勧める行政指導を行った。この行政指導において、ウェザーニューズが、気象庁から同サービスの科学的根拠と法的位置付けを問われたのに対して「自社の民間気象業務史における役割」や契約自由の原則について独特の見解を披露するなどの不可解な対応をとったこと、また、実際の予測に的中の例がなく、空振りと見逃しのみであったという調査結果から、気象庁は、同サービスには充分な科学的根拠がなく、ユーザーに対する有用な情報の提供を保証できないものであると判断、被災地に混乱を引き起こす可能性があるとして、8月16日に、同サービスの停止、「気象」の範囲内へのサービス内容の変更、または「地象」の予報の認可の申請を求める等の業務改善命令（行政処分）を行った。これを受けて、ウェザーニューズは、被災地に混乱が起こった例はなく、また同サービスは既存の許可の範囲内であるという認識のもと、当初は予定通り期間終了まで同サービスを継続することを主張したが、気象庁との見解の相違を埋めることは難しいと判断、8月17日12時をもって同サービスの配信を中止（繰上げ終了）した。代わりに、8月末まで「中越沖被災地サポート臨時電話」を設置し、降雨による被災地への影響に関する相談を24時間体制で受け付けた。また、8月23日に気象庁に業務改善命令に対する回答を提出した。2010年（平成22年）7月9日、同サービスに近いサービスとして「がけ崩れアラーム」をリリースした。
2006年（平成18年）4月28日に発表した、9日間のゴールデンウィーク天気傾向が許認可の範囲を超えているとして、気象庁から改善を求められた。そのため、翌年（2007年（平成19年））以降の発表からは、利用者の要望に応える為の期間限定の天気の「傾向」であり、先になればなるほど少しずつ天気の精度は低下するので、目安として利用すると共に、外出の際は最新の気象情報を確認するようにとの注釈を記載している。なお、2010年（平成22年）7月14日には同サービスに近いものとして、10日間の天気傾向を開始。
千葉県千葉市美浜区の幕張新都心にあるウェザーニューズ本社（幕張テクノガーデン内）にあるグローバルセンターは、気象予報士と同社が自力開発したクラスタ型スーパーコンピューターによる全地球予報システム、数千本ものクライアントとの通信回線、放送局機能、ロジスティクス、研究開発部門、営業総本部を擁する。経営方針の決定機関も同センターの機能であり、全社員出席の会議の元、社の舵取りを行っている。なお、天災などの事由により幕張のグローバルセンターでの運営が困難になった場合は東京・ 日本生命赤羽橋ビルを使用、赤羽橋ビルも使用できない場合はアメリカ・オクラホマ州のノーマンにあるオクラホマ・イノベーションセンターをバックアップセンターとして利用する事を明らかにしている。2011年3月11日に発生した東日本大震災（東北地方太平洋沖地震）では、グローバルセンターがある幕張新都心（千葉市美浜区）でも震度5強の強い揺れを観測し、東京電力による計画停電の実施区域（2グループ）にも指定されたが、ウェザーニューズによると、社員や設備等への支障は無く、名古屋に「名古屋オペレーションバックアップセンター」を開設した上で事業継続を行うとしている。また、計画停電についても、自家発電設備により通常通りのサービスを行うとしている。
テレビアニメ化の企画はリメイク版の発売と同時期の2017年春に立ち上がったが、連続2クールでのアニメ化を引き受ける制作会社を探すのに時間がかかった結果、リメイク版の発売からテレビアニメ版の放送開始までに間が空いた。連続2クールを必須条件とした理由について、浅田は「『YU-NO』はルートが複雑に分岐しているので、各話の放送が1週間空くだけで分かりにくくなるんですよ。（中略）もし分割2クールにして、間が3か月も空いてしまうと、ストーリーのつながりが分からなくなってしまいます。」と説明している。テレビアニメ版の監督に起用された平川哲生は、セガサターン版を遊んだことがあるほか、業界内における本作の影響の大きさを理解しており、監督に起用された際は荷が重いと感じていたと4Gamer.netとのインタビューの中で振り返っている。浅田はゲームとアニメでは表現できることが異なるという考えから、オリジナル版のストーリーから大きくそれないようにという要望を出す以外は、アニメ制作会社のやりたいようにさせていた。テレビアニメ版の時代設定はリメイク版と同じく、オリジナル版が発売された1996年ごろであり、背景や小道具、会話内で使われる単語などについても細心の注意が払われた。また、結城がたくやを「オヤビン」と呼ぶ場面について、「現在（2019年）の視聴者に通じるのか？」と疑問に思った脚本家が浅田に問い合わせることがあったが、オリジナル版のシナリオにも存在する言い回しだったため、そのまま通った。平川も「オヤビン」という呼称について、「僕は逆に『キャラが立ってるな』と思いましたけどね。今はこんな言い方をする人はいないなと。やっぱり「オヤビン」でよかったと思います。」と4Gamer.netとのインタビューの中で振り返っている。オリジナル版はテキスト量が多く、下手をすればプロローグまでしかアニメ化できない可能性があり、放送の時期や方式が決まっていない段階から、プロローグの放送方法について話し合いが重ねられた。その結果、プロローグの内容を第1話に収め、第2話以降はテンポを落として放送することが決まった。第1話の絵コンテを見た浅田は、あまりの詰め込みように心配していたものの、実際の映像を見て納得したと4Gamer.netとのインタビューの中で振り返っている。平川は、特定の時間軸に戻ることを可能としたA.D.M.Sシステムの表現に苦労した末、視聴者がこれまでの物語の流れを覚えているという前提で物語を展開する方法をとった。また、シリーズ構成にあたり、ゲーム内のイベントをできるだけすべて映像化するというコンセプトが立てられていたため、各ルートをつなげるためのアニメのオリジナルイベントをいかにして入れていくかにも苦労したと平川はインタビューの中で振り返っている。このほかにも、たくやが異世界に行く動機を明確にするため、最終的には神奈ルートを現代編の終盤に持っていき、「異世界にしかにない超念石を持ち帰って神奈を救う」という動機がつけられた。テレビアニメにおいては、現実世界とは異なる異世界での生活や街並みについて細かな描写が要求されるものの、オリジナル版の異世界編ではこれらに関する描写が少なく、原作者の剣乃ゆきひろも亡くなっているため、異世界編のキャラクターを最初から登場させる方針がとられ、オリジナル版では脇役だったサラの出番が追加された。