神無月サスケは、本作のシナリオについて「思いっきり濃く」作ったとしており、一般受けについてはあえて考えなかったと述べている。しかし戦闘のバランスなど「システム的な部分」については、プレイヤーに配慮して製作したとしている。リメイク版の制作にあたっては、オリジナル版における「気に入らなかった部分」の改善を心がけたとしている。そしてシナリオの「どこを変更して、どこをそのままにすればよいのか」悩んだが、最終的には「変更点を最小限にとどめ、大筋はオリジナル版に従う形」になったと述べている。なお神無月サスケは、ゲーム制作において一番影響を受けている作品として『MOTHER』をあげており、「ゲーム以外の価値観」を含む「人生の幅広さ」が込められた作品であるとしている。そして糸井重里について「あまりにも人生経験が広すぎるので、全然かなわない」と述べている。
幼稚園児のぜのんは、正義のヒーロー・Xレンジャーに憧れていた。ところが、何故かぜのんの街にもXレンジャーが現れるようになり、やがて2人は様々な出来事を通しながら親しくなっていく。Xレンジャーの隠れ家に忍び込んだぜのん達は、そこにあった不思議な機械によって、別の世界に飛ばされる。そこではいじめっ子のハルトが幅を利かせていたが、ぜのん達の活躍のおかげで、彼は反省するに至った。その後ぜのん達は無事に元の世界に戻ることが出来たが、それ以降、その機械によって二つの世界を自由に行き来できるようになったぜのん達は、ハルトからマークされるようになった。その後、その不思議な機械はタイムマシンであることが判明し、ぜのんが機械によって訪問した世界は、14年後の未来の世界であると知ることになる。14年後の世界に住む、科学少年ツェータは、ハルトのライバルであったが、ぜのん達の協力により、ともにハルトと戦うことになった。そして、Xレンジャー自身も、14年後の世界から来た人間であること、彼がタイムマシンを発明したことが判明する。時空をまたにかける冒険の中、ぜのん達の通う幼稚園の先生、ツルタせんせいが偶然の出会いによってペットにした、言葉を話す生き物「マックス」が、実は時空を司る世界の一員であること、マックスがXレンジャーにタイムマシンを作らせたことが判明する。マックスと同じ世界に住むライバルのエイドスはこのことをよしとせず、ハルトの味方をし、対決構造はさらに激化していく。そんな中、ツェータの住む14年後の世界が、黒い霧に覆われる。原因を探るため、ぜのん達は、霧の出ている団地に乗り込むと、そこにXレンジャーがいた。彼は、そこで彼自身が経験した過去の凄惨な記憶を思い出し、それを嘆いていた。Xレンジャーは、この世界ではなく、別のパラレルワールドから来た存在であることも、同時に判明する。Xレンジャーは、元の世界に戻るために、ぜのん達の力も借りて、内面世界の迷宮へと挑む。そうして、苦闘の末、ついには自分の過去に打ち勝つ。こうして、エンディングで、ぜのんは平和に卒園式を迎えた。Xレンジャーが元の世界に戻った後も、タイムマシンはその場所にあった。いつかまた、ぜのんのように、冒険好きな子供たちがここに迷い込んで、新たな冒険を始めてくれるように。（以上は、Moon Whistle XP版のシナリオをベースにしたあらすじである。オリジナル版は、終盤の展開が若干異なる）
明治維新以来、以前の庄内藩の農政の影響もあって、山形県庄内地方は他地域では類を見ないほど民間での米に対する探究心は旺盛であった。そのような中、山形県東田川郡大和村の小出新田集落（現：庄内町）の篤農で、寺子屋程度の教養以外はすべて独学で農業を学んだ阿部亀治（あべ・かめじ：1868年-1928年）が、1893年（明治26年）は、冷害の年に立谷沢（現：庄内町）の熊谷神社に参詣した際に、その近隣の田んぼで、在来品種「惣兵衛早生」の中で冷害にも耐えて実っている3本の穂を見出した。亀治は、その田の所有者から穂を譲ってもらい、それを種子として翌年から翌々年にかけて生育させた。この二年間は、稈丈が伸びすぎたり倒れたりしたため、妥当な収穫を得るに至らなかった。1896年（明治29年）に、水温が低い水口に植えたところ、多くは生育が不良であったが、1株だけ生育が良好な株があった。この株を抜穂選種し、作付けして足掛け三年の歳月を費やし収量を増やしたものが「亀ノ尾」である。強風に耐え冷害や病気に強く収量も上がることから、噂を訊いて尋ねてくる百姓に、亀治は金や欲にこだわらず、この種籾を無償で分け与えたという。篤農家である亀治は、品種創選のみならず、農法の研究を怠らず、当時としては画期的な技術であった「乾田馬耕」にも積極的に取り組み、熱心に農業改良に取り組んだ。亀治は、その功績により1927年（昭和2年）には藍綬褒章(らんじゅほうしょう)）を受章した。亀治は俳号を「花酔」と称し、俳句をよくした。その一句に「思うまま／道はかどらぬ／稲見かな」とある。当初は「新穂」「神穂」「新坊」などと呼ばれたが、友人の勧めにより阿部亀治の1字を取り亀ノ尾と命名された。一時期「亀ノ王」との命名案があったが、それではあまりに畏れ多いと阿部亀治自身が恐縮して「亀ノ尾」に落ち着いたとされる。1925年（大正14年）には、東北地方・北陸地方を中心に、朝鮮半島・台湾を含めて19万ヘクタールに作付けされ、当時の代表的品種の一つとなった。飯米・酒米・寿司米のいずれの用途でも評価が高かった。公立研究機関によって、純系分離法で「亀の尾1号」「亀の尾4号」などが育成され、さらに陸羽132号を通じて、ササニシキ・コシヒカリなど多くの品種にその系統が受け継がれている。育成当時としては耐冷性に優れる品種であったが、害虫に弱いなどの欠点もあった。また化学肥料で育てると極端に米がもろくなるので現代の農法には向かない。食管法時代に多収性の米とちがって環境的に冷遇され、次第にその子孫品種などに取って代わられた。