惑星Xが存在するという説は、外惑星、特に天王星と海王星の公転運動に理論との矛盾が見られたことから、最初は9番目の惑星として、1930年の冥王星発見以降は第10惑星として主張されてきた。この矛盾の多くは後の観測ではほぼ解消したが、20世紀末以降に発見された多数の太陽系外縁天体の分布や、長周期彗星の起源などを説明する根拠として再び惑星Xの存在を仮定する説が唱えられている。大衆文化においては、惑星Xは未発見の太陽系天体や第10惑星（冥王星の準惑星への再定義後は第9惑星）を指す一般的な代名詞となっている。
惑星X（わくせいエックス、Planet X）とは、海王星よりも遠い軌道を公転していると仮定される惑星サイズの天体 (Planets beyond Neptune) である。X はローマ数字の10を表すのではなく、「未確認」を意味するアルファベットのエックスである。
陸軍士官学校を首席で卒業した秀才。旅順攻略ではその難しさに警鐘を鳴らす数少ない良識者であり、早くから28センチ砲を用いるように提案していた人物であった。「其ノ初メ少佐由比光衛開戦前大イニ二十八珊砲使用ヲ主張シタガ、突飛ナリトテ一笑に附セラレタ（出典：機密日露戦史）」。また少将時代に田中義一大将（当時中佐）、佐藤鋼次郎中将（当時中佐）らと共に旅順要塞の攻略を軽視しないように進言したがこれも聞き入れられることはなかった。この由比の進言の的確さは旅順要塞で大量の死傷者を出したことによって証明された。もしこの進言が受け入れられていれば、被害を最小限に済ませてもっと短期間で旅順要塞を陥落できたといえる。一方、黒溝台一時放棄作戦を考え、日本軍を窮地に陥らせた。しかし、これは満州軍総司令部が敵の数を偵察隊ぐらいだと間違って伝達された上で構築された策であり、正確な情報が伝えられていれば由比の策は違うものになったと思われる。宇都宮太郎大将は自身の手記で、松石更迭後の第一部長について「第一候補は由比光衛、第二候補は田村怡与造の婿山梨半造、宇都宮の同期の柴勝三郎、新潟出身の星野金吾」を挙げたが、福島中将も由比が最適であるとして第一部長に推薦されている。また、日本軍の四回の出兵全てにおいて主要方面での参謀を務めている。
ミディクロリアと思われる細菌は、1979年にイギリス・リーズ大学の研究者（その後ファイザーの動物衛生部門の責任者となった）David Lewisが初めて報告し、 その後スイス・ヌーシャテル大学でも研究が行われたが、 いずれも電子顕微鏡による観察のみに留まっていた。 イタリア・ミラノ大学獣医学部の寄生虫学教室では、1990年代後半からイタリア北部のマダニにおけるダニ媒介性病原体の保有状況について研究を進めていた。しかしPCRで既知のリケッチアとは似て非なるDNA配列が検出され、in situ ハイブリダイゼーションが陽性となる卵巣を電子顕微鏡で観察したところ、ミトコンドリアに共生するリケッチアが見出され命名された。ミトコンドリアに共生する細菌としては、他に繊毛虫のミトコンドリアに共生しているものが3例報告されているが、詳しく調べられていない 。
イタリアロンバルディア州ヴァレーゼ県のI. ricinusの卵細胞から得たサンプルを用い、ミディクロリアのゲノム1,183,732 bp (G+C含量36.6%)が解読されている。全般的にはリケッチア類の既知ゲノムと同様であると言えるが、特徴的なこととして鞭毛およびcbb₃型のシトクロム酸化酵素をコードすると考えられる遺伝子群が見出されたことが挙げられる。ミディクロリアで鞭毛が観察されたことはないが、鞭毛タンパク質の遺伝子群が実際にmRNAとして発現していることから、鞭毛を用いる未知の時期が存在する可能性も考えられる。またcbb₃型酵素は通常ミトコンドリアで利用されているaa₃型酵素と比べて活性は低いものの、より低酸素条件に適応した酵素であると考えられている。ダニの卵形成過程では酸素消費が激しく増大することが知られており、ミディクロリアが通常のミトコンドリアより低酸素条件でATPを供給できるとすれば宿主にとっても利益があると考えられる。これら2つの遺伝子群は既知のリケッチア類ゲノムには存在しないものの、祖先的αプロテオバクテリアから受け継がれたものだと考えられる。
ベルギーからの帰国後、国際経済問題の研究を続ける。石井守太郎次官から条約改正の調査を命じられたが、初めは陸奥条約の何を改正すればいいのか皆戸惑ったとされる。それでも六郎は、ドイツ語本、イギリス語本、フランス語本をそれぞれ読んで参考にしていたとされる。こうして六郎の下、条約改正調査係なる組織が作られた。その後、小村条約改正の根本方針が決まり、税権回復が条約改正の眼目であると言う事が初めて明瞭となった（以下『諸井六郎君追悼遺芳録』pp.8 - 10）。1908年（明治41年）10月、その根本原則について関係各省の同意を得る為、小村外務大臣の下に条約改正準備委員会が設けられ、六郎も同委員会の委員となり、また幹事となって運行に尽くした。条約改正の根本方針は、六郎書記官主裁の条約改正調査係において作成した原案を基礎とし、条約改正準備委員会において決定された。この根本方針の実行は阿部参事官の手へ移された。ここから調査係ではなく、本格的な改正係として活動を始めた。1912年（明治45年）、条約改正がだいたいの完成をみる。なお、六郎と阿倍はこの時期に生まれた自分の子供に対し、条約に関係する文字を与えている。六郎は生まれてきた次男に「條次」と言う名を与え、阿倍は生まれてきた長男に「守英」と命名した。条約改正に心血をそそいだ2人の気持ちが反映されている事が分かる（條約の「條」とイギリス国の「英」の一文字から取っている）。