朝日新聞社に勤めていた本多勝一と松井やよりを師と仰ぐ。朝日新聞社に入ったのも、両人に憧れていたためと語る。1992年から1993年にかけてジョージタウン大学公共政策大学院に研究員として留学。かつて「差別者」だったことを自ら告白し、「被差別者」との連帯を標榜。部落解放同盟や朝鮮総連などと太いパイプを持って取材活動を行った。また、「差別の原因は、経済・社会構造そのもの。差別意識は単なる偏見や心の問題ではない」として＜差別＝金儲け説＞を唱えた。小林よしのりは「本田記者の印象は、とにかく思い込みが激しい人。エキセントリックで、常に断定口調です。相手を"悪"と決め付けたら、徹底的に自分の主張を押し付ける。ワシと会ったときも"差別は経済構造だ"と主張し、作家が金儲けのために本（『ゴーマニズム宣言』）を出すことを否定していた。初めから結論ありきで、取材するタイプです。別の角度から検証するという、記者として当たり前のことをしないんですよ」と発言している。小林は「この男には流行作家に対するしっと心や幼稚な反発心がある」と分析し、著名な言論人に次々と喧嘩を売る本田の姿勢に個人的な劣等感の影を見た。本田について1996年に筒井康隆は「これまで部落解放同盟の代弁者のかたちで自主規制を推進させてきたんだけど、解放同盟の方針変更が理解できず、あいかわらず傲慢に『正義の味方』やってるわけですよ。どんな作品書いたのか誰も知らないような塩見鮮一郎なんて作家ひっぱり出してきてコメントさせてるけど、この人がまた（日本てんかん協会との間の）往復書簡ろくに読まないでコメントしてる。解放同盟やてんかん協会が『よし』としてることにまで反対して、自社の自主規制を正当化しようとして、被差別団体以上の激しさでぼくを糾弾してくる。こいつらニセ同和か（笑）。こんな者、野ばなしにしておいて本当に大丈夫なのかね、朝日は（笑）」と批判している。また朝日新聞は該当号の広告の掲載を拒否した。2006年の朝日新聞社内では「記者というより運動家」という声がある。
1972年の5月から6月にかけて隣国のブルンジ共和国でツチによるフツの大規模な虐殺事件が発生し、フツ難民がルワンダへ押し寄せた。ルワンダ国内の特にフツのエリート層では怒りや不穏な動きが広がっていった。これが原因となって、1972年から翌年にかけて(文献によっては1973年の1月から)ルワンダで騒乱が発生した。この動乱には複数の見解がある1つは、ルワンダでの混乱はカイバンダが自身の権力維持のために意図的に起こしたものである、という見解である。(1973年9月には大統領選と議会選挙が予定されていたが、憲法によりカイバンダが次期大統領を務めることは禁止されていた)。もう1つは、急激にフツ中心の国家を樹立したことに伴って社会にたまった歪みをカイバンダ政権がうまく処理できなかったことによる失政の結果がブルンジでの虐殺事件によって表面化したと見る見解である。前者の見解は G.Prunier, Rwanda Crisis(second edition), Cambridge University Press, 2002 や L.Melvern, Conspiray to Murder(Revised Edition), Verso, 2006 に、後者は M.Mamdani, When Victims Becomes Killers, Princeton University Press, 2001 に見られる。見解の相違に関わらず、事実として起こったことは以下のようなものである。政府は1972年10月から翌1973年の2月にかけて、監視委員会を設けて、大学、公務員だけでなく民間企業でも、割り当て制度が正しく実行されているかをチェックし始めた。監視委員会でもっとも熱心だったのは高等教育を受けたフツで、ツチを追い出すことで代わりによい仕事にありつけることを期待してのことだった。一方、民間側では、ツチに対する攻撃が始まったのは1973年1月のことで、最初に始めたのは国立ブタレ大学のフツの学生である。学生達は、出所不明の、今まで聞いたことのなかった公安委員会、あるいは学生運動委員会名義の署名があるブラックリストを掲示板に張り出し、名指しでツチの学生の排除を始めた。非難された者の中には、ツチと結婚したフツの子供やツチに宥和的な人物も含まれていた。これが原因で、200人のツチが大学を辞めざるを得なくなった。反ツチ運動は、国立ブタレ大学から国立教育大学、高校へと拡大していった。更に大学から、銀行、半官半民の企業、私企業、果ては大使館にもツチを攻撃したリストの張り出しは広がっていった。いずれにしても、この騒乱がカイバンダにとって致命的な事件になったことに変わりはない。それは、当初ツチの排除運動から始まったものが、次第にフツ間の利権争いに転化していったからである。主に、北部出身と南部出身の政治家間での争いになった。更には、フツ同士でも貧富の差をめぐって、腐敗や失業の問題の争いに発展していった。一方、政府の反応は鈍かった。事態が深刻化してから数週間、政府は何の対策もとらなかった。その後、政府はようやく動いたものの、やったことは学生に対して、節度をもって抗議行動をとるように警告しただけだった。その後、法を犯した学生は排除すると声明、混乱を引き起こそうとする反政府活動グループに対して警告を出すなどした後、ようやく「人種を理由に個人を差別することは容認しない」と声明する程度の反応しか示さなかった1973年のツチ排斥運動で大規模なツチの虐殺事件が起こったのかどうかは不明である。農村部で発生したという証言もあれば、なかったとの当時の研究もあり、よくわからない。しかし、再び大量のツチ難民が周辺国に流入したことは事実である。1959年、1960年代、そして今度の1973年に発生したツチ難民とその子供たち、特にウガンダに流出した者が、後のルワンダ愛国戦線の核となった。