かつての丸の内側の赤レンガ本駅舎は1945年（昭和20年）5月25日のアメリカ軍による空襲（東京大空襲）により炎上、内装と屋根を焼失した。戦災復興工事によって、失われたドーム屋根にかわって木造8角形の屋根が載せられ、内部は3階の窓の開口部は保持されたが、残存したアーチなどのレリーフは新設されたローマのパンテオン風の意匠によるジュラルミン製のドームによって隠された。終戦後の1947年（昭和22年）、開業当初の状態より一回り規模を縮小して修復された。GHQの体制下応急処置的に工事が行われ、屋根の小屋組については復員してきた海軍の技師が5年もてばよいということで、薄い木材のトラス造りで応急的に工事をしたという。一方実際に工事にあたった関係者は、あくまで国鉄内部の技術者が修理したのであって旧海軍の技術者が関わったという説は何の根拠もないと主張している。この復旧された駅舎は、応急復旧のままで60年余りが過ぎることになった。旧・日本国有鉄道（国鉄）は戦後度々赤レンガ駅舎の建て替え構想を出しては延期しており、1987年（昭和62年）4月1日の分割民営化の時には当駅全体の土地の3分割を伴った再開発構想が提案され、赤レンガ駅舎の建て替え高層化か保全をするかが本格的に課題となった。これに対して、「赤レンガの東京駅を愛する市民の会」などによる赤レンガ駅舎保存の市民運動が起こった。1988年（昭和63年）、政府は学識者の委員会による東京駅周辺地区再開発構想を取りまとめ、赤レンガ駅舎の現在地での形態保全の方針を決定し、JR東日本などの検討により1999年（平成11年）、本来の形態に復原することとなった。また、2003年（平成15年）4月18日には国指定の重要文化財に指定された。
当駅は、もともと海に近いこともあり、地下水位が相対的に高く、地下水上昇によるホームの浮上問題にさらされている。特に地下総武線ホームは、丸の内側ロータリー直下にあり、上に建物などの構造物がない（地下水浮力による地下駅部分の浮き上がりを押さえ付けるおもりがない）という構造上の条件から、特に浮上の影響が顕著である。かつての相次ぐ地盤沈下により地下水の汲み上げが条例により禁止されており、このことも地下水位上昇の理由となっている。地下総武ホームではホームが地下5階なのに対し、地下水は地下3階付近まで達している。1999年9月には、浮上防止策として、ホーム階に鉄製おもりを置いたり、アンカーを打ち込む工事が行われた。その後2002年7月より、当駅から品川区の立会川まで全長12kmに及ぶ導水管が敷設されている。湧出地下水をそのまま下水に流すと下水道料金が課金されるため、支払料金を軽減したいJR東日本と、典型的都市型中小河川で通常は水量が少なく悪臭などを発生する立会川の問題を解決したい東京都の思惑が一致した。東京駅から立会川上流部までの導水管建設費用をJRが負担する代わりに、湧出地下水を立会川に放水することで下水道料金負担がなくなり、結果として水量の増加と悪臭の発生防止が図れるという仕組みであり、副次的効果として2003年、海で孵化したボラの稚魚の大群が立会川に現れている。同様に、上野駅新幹線地下ホームの湧出地下水が、上野恩賜公園の不忍池への導水管により放流されている。
ワンマン運転開始に伴い、スイッチ制作の発車メロディが導入されている。曲は1番線が「らくらく乗降」（串田亨作曲）、2番線が「夢心地」（福嶋尚哉作曲）である。
かつて、現在のJR東日本とJR東海の駅は同じ国鉄の駅であったが、1987年の国鉄分割民営化を機に、東海道新幹線は東海旅客鉄道（JR東海）、それ以外は東日本旅客鉄道（JR東日本）の管轄へと分離された。ここでは会社別に解説する。
1964年（昭和39年）10月1日に東海道新幹線が開業し、1972年（昭和47年）7月15日には総武地下ホーム、1990年（平成2年）3月10日には京葉地下ホームがそれぞれ営業を開始、1991年（平成3年）6月20日には東北新幹線が当駅に乗り入れるなど、東京駅は順次拡大してきた。その後、長らく先延ばしされてきた建て替え計画は、1999年（平成11年）から2000年（平成12年）にかけて、創建当初の形態に復原する方針がまとめられ、500億円とされた復原工事の費用を丸の内地区の高層ビルへの容積率の移転という形で捻出することで、丸の内地区の高層ビル建て替え事業と並行して、東京駅の復原工事が行われることとなった。復原工事自体は、2007年（平成19年）5月30日に起工され、2012年（平成24年）10月1日に完成した。
マリア島におけるダーリントン保護観察所の歴史区分は大きく4つに分けることが可能である。1825年から1830年にかけての第一期保護観察所時代、1842年から1851年にかけての第二期保護観察所時代、1884年から1895年にかけてのベルナッチ（Bernacchi）の時代、1921年から1930年にかけての産業化の時代である。マリア島に保護観察所が建設される以前は、捕鯨業者が定住していたが、保護観察所の建設で、彼らは立ち退いている。第一期においては、農業、砂岩からのレンガ及び石灰の製造がなされた。おおよそ150人程度がダーリントン保護観察所に居住していたと考えられているが、1832年に、放棄された。その理由は、ポート・アーサーに刑務所が新設されたことによる。というのも、ダーリントン保護観察所からは脱走が容易であったからである。1842年、保護観察所が再開された。この時代、600人の囚人がマリア島にいたと考えられている。ダーリントン保護観察所の施設はレンガ造りで、下水施設、雨水の配水管といった本土の保護観察所にはない施設が建設され、今日に伝え残っている。また、これらの他にも、農場が建設され、丘陵には風車やコテージまでもが建設された。とはいえ、再度、1852年にダーリントン保護観察所は放棄された。1880年代、ディエゴ・ベルナッチはマリア島を楽園にしようというヴィジョンを持っていた。そのため、1885年から1888年にかけて、残っていた保護観察所の建築物を住居やコテージ、ホテルなどに改造し、さらに、小さいながらも2つのブドウ畑も作り上げた。しかし、1896年、ベルナッチの野望は費えることとなった。1920年から、マリア島は産業化の時代に入る。セメント工場や高さ60メートルになる煙突が建設された。しかし、輸送費がかかりすぎることを背景に、マリア島の開発を行っていたナショナル・ポートランド・セメント・カンパニーは1930年に撤退した。開発の時代を過ぎ、1960年代初頭からマリア島の自然が見直される機運が生まれた。その結果、1971年にはマリア島国立公園が設定された。また、1825年からの開発を通して、マリア島を開発しようとした者は、残された建築物は再利用されてきたことから、古い建築物が残る結果となった。