マクシム・ゴーリキー、アレクセイ・ニコラエヴィッチ・トルストイ、ヴィクトル・シクロフスキー、ミハイル・ゾーシチェンコなど、プロジェクトを賞賛する作品を書いた人物を含め、ロシアの作家や芸術家が運河の建設現場を訪れたが、注意深くもっとも残酷な部分が隠されていた。しかし、シクロフスキーは彼自身で運河を訪れており、ゴーリキーにより組織されたソビエト作家同盟を通じて訪問したわけではないことに注意しなければならない。同様にゴーリキー本人も同盟を通じて訪問したのではなく、自分で訪問を計画した。ゴーリキーはこの前の1929年にソロヴェツキー諸島の強制収容所を訪問して、このことについてソビエトの雑誌に「我々の偉業」として書いている。これに加えて、これらプロジェクトを取材した全ての作家が残酷さや収容所の実際の生活状況について気付いていなかったというのは疑わしい。実際のところ、賞賛する作品を書いたうちの1人、セルゲイ・アリモフ (Sergei Alymov) はかつて運河の建設に関わる強制収容所の囚人だったことがあり、そこで収容所の新聞である「ペレコヴカ」（再教育）の編集者をしていた。同様に、アレクサンドル・アヴデエンコ (Aleksandr Avdeenko) の旅行記録には、現地の監督をしていたセミヨン・フィリン (Semyon Firin) やミルスキー (D. S. Mirsky)との、少なくとも工事現場の実態について気付いていた作家がいるということを明らかにする会話が残されている。
ソビエト連邦政府は、このプロジェクトをグラグの強制労働の効率性の証拠としていた。「矯正労働」により「階級の敵」（政治犯）を「再教育」するとされ、労働環境は非常に残酷なものであった。
ソビエト連邦政府は運河を第一次五ヶ年計画の成功の一例として示していた。建設は予定よりも4ヶ月早く完成した。運河全体は1931年から1933年までの20ヶ月間で、ほぼ全て人力により建設された。ただし実際の工事現場では工期を短縮させるために、計画通りの水深は確保出来ず航行できる船舶は限られたものとなった。運河はソビエト連邦において強制労働で建設された最初の主なプロジェクトである。収容所の看守が建設に関与し、10万人と推定される収容者を労働力として供給した。強制収容所での作業は通常非公開であったが、白海・バルト海運河での作業は、運河を造っているだけではなくその作業を通じて自分たちを「再教育」しているものと考えられたため、例外であった。ロシア語で再教育のことをペレコヴカ (перековка) という。
運河は、ヴォルガ川流域の製油所で生産された石油製品をムルマンスク州の消費者や海外へ輸出するために用いられている。ロシアのヴォルゴタンカー社 (Volgotanker) は、運河に適合した大きさの石油タンカーや鉱石・石油兼用船を所有しており、「ネフテルドヴォズ3」(Nefterudovoz-3) により白海のカンダラクシャへ燃料油を輸送した1970年8月からこのルートが用いられるようになった。長年の中断の後、ヴォルゴタンカー社は運河ルートの使用を2003年に再開した。会社では2003年にこの運河で80万トンの燃料油輸送を計画しており、2004年には150万トンに増やす計画となっていた。燃料はヴォルゴタンカー社の河川用タンカーからラトビアの海洋用タンカーへ、オネガの港の36 km北東のオネガ湾内のオシンキ島 (Osinki island) そばにある浮体式の中継ステーションで積み替えられている。積替作業は2003年6月24日に始められた。しかし2003年9月1日にヴォルゴタンカー社の「ネフテルドヴォズ57M」(Nefterudovoz-57M) とラトビアのZoja-I が積替中に低速で衝突事故を起こし、ネフテルドヴォズの船体に亀裂が入って石油の流出を起こした。石油の流出量に関しては様々な推定がなされたが、最終的には45 トンとされ、そのうち9 トンのみが回収された。ヴォルゴタンカー社は、流出を抑えることに失敗し、あるいは適切に能力のある当局と協力しなかったとされ、結果としてアルハンゲリスク州当局は22万トンの燃料が輸出された時点で積替作業を停止させることになった。会社は罰金を課され、以後の作業は許可されていない。
1998年12月からは慢性的な飲酒がたたって体調を崩し、『ニュースステーション』を一時降板した。療養後復帰。『新 ハネケンの音楽は愉快だ』によれば、朝、昼、晩と飲酒を繰り返し、1998年12月3日の朝、顔色が悪いのを長女に指摘され病院を受診。その病院で倒れて一週間意識不明となる。ICUで1週間過ごし血液透析を2回繰り返してなんとか一命を取り留めた。この年の大晦日には東急ジルベスターコンサートで『ラプソディ・イン・ブルー』を演奏する予定であったが、急遽降板となる（代役は前田憲男が務めた）。その後は飲酒は一切やめたが、体調不良のため不定期にコンサートのキャンセルなどを余儀なくされていた。療養後は色白だった顔がやや色黒に見えている。療養後の演奏活動としてはクラシック音楽への原点回帰を思わせ、純粋なクラシック演奏会を自主的に開く。ピアノ三重奏、ピアノ協奏曲などを積極的に取り上げた。音楽家生活35周年コンサートでは、長年の飲酒による肝障害によりコンサート直前に入院を余儀なくされたが、病室に電子ピアノを持ち込んで練習を重ね（ガーシュウィンのピアノ協奏曲ヘ調）、コンサート当日に高熱を押して見事コンサートを最後まで持ちこたえた。健康が許せばピアノ独奏・前田憲男、佐藤允彦との共演による『トリプルピアノ』主体の演奏会を開いていたが、後に指揮者へと傾向を変えている。ピアノ演奏は多少するが、難度の低い曲にとどまっている（雨だれの前奏曲やノクターン第2番など）。英雄ポロネーズなどの難度の高い曲を取り上げたときもある（羽田の自主公演では無い）。後にラフマニノフのピアノ協奏曲第2番やラヴェルのピアノ協奏曲など、羽田個人が演奏しておきたい曲（必ずしも有名曲とは限らない）を積極的に企画し、オーケストラと交渉して演奏会を実現させている。晩年は、ソロコンサートと同時にジョイントコンサート、指揮者としての出演が多く、また長女・羽田紋子（声楽家）とのジョイントコンサートも多かった。プロ野球東京ヤクルトスワローズのファンであり、何度か神宮球場で『東京音頭』を演奏したことがある。また『題名のない音楽会21』では、フルオーケストラをバックに『東京音頭』を薄緑色のビニール傘をさして乱舞するという熱烈ぶりを見せた。2007年4月、体調悪化に伴い入院。同時に『題名のない音楽会21』への出演を見合わせ、休養に専念するようになる。2007年6月2日午後11時53分、肝細胞癌のため東京都新宿区の病院で死去。58歳没。法名は、妙音院釋穏健。墓所は港区麻布山善福寺の境内墓地にある。墓石は、生前に型取りした羽田自身の手形の彫刻を用いている。