2011年8月10日、「ウトロ地区住環境改善検討協議会」が約3年ぶりに開かれ、基本構想策定に向けた作業が動き出した。協議会は今後、住民の合意を得て地区の基礎調査を行い、公的住宅の建設などの事業手法を検討する。協議会には木下一也・国土交通省住環境整備室長、黒瀬敏文・府総務部長、川端修・副市長らが出席。協議会は10年2月頃から、住民側が取得した土地を無償で提供してもらうことや、除却した家屋の補償を行わないことなどを町内会に説明しており、住民の合意を得るために協議を続けていることが報告された。尚、これに先立って宇治市で7月31日に行われた「居住福祉サミット」では「ウトロを守る会」の田川明子代表が「行政は『無償で土地を提供すれば、住宅を建てる。建物の補償はしない』と言うが、他の地域では建物の補償をしている。ウトロでも同じようにしてほしい」と述べている。2012年1月30日、「ウトロ地区住環境改善検討協議会」が開催され、不法占拠状態にある土地の建物撤去についてウトロ町内会役員が「総会で補償を求めないことを決めた」と報告。これを受け、国は来年度予算で同地区に「社会資本整備総合交付金」（額未定）を初めて計上し、住民の意向や住宅の状態を調べる基礎調査に乗り出すとしている。同地区の土地は、ウトロ民間基金財団、韓国政府が支出したウトロ一般財団法人、不動産会社「西日本殖産」（大阪市）の3者が所有。協議会は両財団から土地を無償で借り、公的賃貸住宅を建てる計画だが、住民全員の同意と建物撤去に補償をしないことを条件にしていた。国土交通省の木下一也・住環境整備室長は「一日でも早く住環境の改善が図られるよう、総合交付金で来年度、できるだけ支援したい」と語ったと毎日新聞では伝えている。2016年市営住宅建設のために家屋の取り壊しが始まった。2018年4月時55世帯130人の住人は再開発の際に建てられる市営住宅に住むことになるとされている。2017年12月27日に40世帯分の市営住宅1期棟が完成した。今後は残りの住宅と並行して道路の整備をすすめる。
2004年1月、西日本殖産からヤクザ出身で右翼団体員の井上正美という個人に、ウトロ地区の土地の所有権移転登記がなされた。同年6月、西日本殖産が井上へのウトロ地区の土地の所有権移転登記の無効を主張して民事訴訟を提起。井上は、2005年5月、 韓国のマスコミからのインタビューにおいて、自身が在日韓国人3世であることを明かし、韓国政府にウトロ地区の土地を5億5000万円で購入するよう要求し、韓国政府によるウトロ地区住民への支援に関する論議の発端ともなった。同年11月、当時の韓国外交通商部長官であった潘基文（パン・ギムン）も、韓国の国会で、韓国政府によるウトロ地区住民への支援について言及している。2006年9月、最高裁は、井上へのウトロ地区の土地の所有権移転登記は無効であり、西日本殖産をウトロ地区の土地の所有者と認める旨の判決を下した。同月、井上は、ウトロ地区の土地の売買に際しての逮捕監禁致傷および強要の容疑で埼玉県警川口警察署に逮捕された。
1989年2月、西日本殖産は住民に対し、ウトロ地区の土地購入又は退去を求める民事訴訟を提起。それに前後して、同胞に対する背信行為によって巨額の差益を手にした許はウトロ地区から姿を消し、以降の所在が不明となる。西日本殖産とウトロ地区住民の間の民事訴訟は長期化し、2000年11月、最高裁にてウトロ地区住民側の全面敗訴が確定。
「サン・モリッツ号」第1編成（クモハ2001+クモハ2002）は、1989年3月18日から運用を開始した。1991年には第2編成（クモハ2003+クモハ2004）が増備された。その後、輸送力増強のため、鉄道線では1993年からは3両編成での運行が行われることになり、これに対応するために「サン・モリッツ号」は中間車2両（モハ2201・モハ2202）を増備して3両固定編成とすることになった。同年12月8日の深夜に入線された中間車を組み込んだ「サン・モリッツ号」は、同年12月15日から箱根登山鉄道では初の3両固定編成としての運用を開始した。その後、1997年6月17日付で「サン・モリッツ号」の第3編成（クモハ2005+モハ2203+クモハ2006）が増備された。この第3編成では当初より3両編成で入線した。この第3編成では自動放送装置が設けられ、その後他の車両にも設置された。1999年3月には第1編成がレーティッシュ鉄道の車両と同じ塗装デザインに変更された。当初は2000年12月までの期間限定の予定であったが、その後2002年頃には第3編成も同じ塗装デザインに変更されていた。また、2002年7月11日から9月まで、彫刻の森美術館で行われたイベント「とっとこハム太郎美術館」にの宣伝を兼ねて、第1編成に「とっとこハム太郎」のイラストが描かれた。2004年には「ベルニナ号」に冷房化改造が行われることになったが、「ベルニナ号」の補助電源装置の容量が小さかった。経費を節減するため、大容量の電源装置を装備する「サン・モリッツ号」の中間車を連結することによって冷房用の電源を確保することとなり、モハ2201・モハ2202の2両は「サン・モリッツ号」の編成から外され、「ベルニナ号」に組み込まれた。これによって、第1編成・第2編成はその後2両編成で運用されることになった。これと同時期に前面下部の排障器（スカート）は撤去された。2009年には第3編成が、姉妹鉄道提携を結ぶレーティッシュ鉄道の看板列車「氷河急行」と同じ塗装デザインに変更された。これは「氷河急行」の新型車両をモデルとしたもので、同年3月14日から運用を開始した。2010年には、第1編成と第2編成がロングシート化された。また、同年5月23日には天皇と皇后が箱根登山鉄道に乗車することになり、「氷河急行」色の第3編成が「お召し列車」に使用された。正面の行先表示は「貸切」で、日章旗をあしらったステッカーが前面に掲出された。2014年には、同年に登場する3000形「アレグラ号」との連結に対応するために第1・2編成とも連結器が交換され、フルカラーLEDの側面表示器が設置された。同年夏頃には第2編成が、2015年3月には第1編成が「アレグラ号」に準じた塗装へ変更された。2018年2月には第1編成が登場時の塗装に変更されて検査出場した。2018年8月1日に、2021年～2022年頃に車体の更新時期を迎えるのに合わせて制御装置の更新や空調装置の搭載場所を室内から屋根上に変更することが発表された。