前作『大怪獣決闘 ガメラ対バルゴン』では特撮監督を務めた湯浅憲明は、予算の縮小された本作では本編と特撮の監督を兼任している。「怪獣映画が大好き」という湯浅は、「出来れば全編怪獣だけが出てくる映画をやりたかった」と述べているほどで、本作でも観客である子どもたちを飽きさせない、さまざまなアイディアを脚本の高橋二三とともに組み込み、サービス満点の「怪獣映画」に仕上げている。湯浅によると、前作『対バルゴン』のあとスタッフで反省会があり、「怪獣が出てこないと観客の子供たちが画面に集中しない」との意見から、本作では冒頭からスピーディーにギャオス出現につなぐ演出となっている。また、劇中で英一少年がガメラに乗る場面での、劇場での子供達の歓声はすさまじいものだったそうで、以降の作品で、より子供の視点にあわせた作風となるきっかけとなった。ガメラが海底で傷から血を流すシーンと、囲炉裏端で英一が火傷しそうになるシーンがダブらされるが、これも湯浅によれば、英一とガメラの心のつながりを表現した演出だった。ギャオスが新聞記者を食べるショッキングなシーンがあるが、記者は英一を見捨てて逃げた「悪い人」として描かれており、ここはちゃんと因果応報を描くことで、子供が必要以上に怖がらないよう配慮しており、『対バルゴン』での描かれ方との違いだという。ギャオスを始め、ガメラ映画の敵怪獣は身体にさまざまな武器を備えているが、これは米国のテレビ番組『スパイ大作戦』などからの影響だったといい、こうしたアイディアを凝らした怪獣同士の戦いに注力し、自衛隊の活躍場面などは意図的に短くしたという。また怪獣の描写にカットを多用し、こういったカット割りの多さが大映特撮の特徴と言われるゆえんであると述べている。劇中ではギャオスの性質について、対策本部で科学者たちによる科学解説が入るが、湯浅は「怪獣が出現する時点で理屈ではない。怪獣映画に理屈を持ち込むべきでない」として、本来はこういったシーンは「大嫌いだ」と語っている。このため、青木博士は東宝映画の博士のように活躍しないのだという。ギャオスが脚を再生させるシーンが対策会議の前後に挿入されるが、これも湯浅によると「大嫌い」な会議のシーンで間延びさせないための工夫だという。英一少年が大人たちの対策本部に割り込んでアイディアを連発するが、これも脚本家の高橋二三と「全部子供に考えさせることにしよう」と打ち合わせたもので、湯浅自身の「真実はすべて純粋な子供の目に映るものだ」という考えから、劇中の「大人たち」や青木博士には、あまり活躍の場を与えていない。これは全シリーズ共通のメッセージだそうで、湯浅は「夢というのは無茶苦茶の中にあると思う」と語っている。
2011年のNFLドラフト1巡全体6位でアトランタ・ファルコンズに指名された。彼の指名をするため、ファルコンズはトレードアップを行い、2011年の1巡27位、2巡59位、4巡124位、2012年のドラフト1巡、4巡の5つの指名権をクリーブランド・ブラウンズに渡した。同年7月28日、4年1620万ドルの契約を結んだ。第9週のインディアナポリス・コルツ戦でプロ初TDをあげた。この年54回のレシーブ（新人3位）で959ヤード（新人2位）を獲得、新人最多の8TDをあげた。2012年、79回のレシーブで1198ヤードを獲得、10TDをあげて、初のプロボウルに選ばれた。この年チームメートのロディ・ホワイトも1000ヤード以上を獲得、ファルコンズにとっては第33回スーパーボウルに進出した1998年以来2人のレシーバーが1000ヤード以上を獲得したシーズンとなった。チームは13勝3敗でNFC第2シードでプレーオフに進出した。ディビジョナルプレーオフのシアトル・シーホークス戦では試合最後のプレーでヘイルメアリーパスをインターセプトした。2013年、第5週のニューヨーク・ジェッツ戦での足の負傷により、10月9日シーズン残り試合を欠場することが発表された。2014年4月29日、ファルコンズは5年目の契約オプションを行使した。第13週の試合では10回のレシーブで自己ベストとなる189ヤードを獲得した。翌週のグリーンベイ・パッカーズとのマンデーナイトフットボールではその記録を更新する259ヤードを獲得した。この年1試合を怪我で欠場したものの104回のレシーブでチーム記録となる1593ヤードを獲得した。2015年8月29日、ファルコンズと5年7150万ドル（保証額4700万ドル）の契約を結んだ。この年2012年にカルビン・ジョンソンが記録した1964ヤードに次ぐ、NFL史上2位となる1871ヤードを獲得した。またピッツバーグ・スティーラーズのアントニオ・ブラウンと並ぶNFLトップの136回のレシーブを記録、レシーブ回数も2002年にインディアナポリス・コルツのマービン・ハリソンが記録した143回に次ぐNFL歴代2位の記録であった。3度目のプロボウルに選ばれるとともに、オールプロファーストチームにも初めて選出された。この年の活躍でNFLトップ100選手の8位にランクされた。2016年、第4週のカロライナ・パンサーズ戦では12回のレシーブで300ヤードを獲得、1TDをあげた。NFLの試合で300ヤード以上獲得したのはジョーンズで6人目のことであった。この試合でQBマット・ライアンは503ヤードを獲得した。この年彼は83回のレシーブで1409ヤードを獲得、6TDをあげて、3年連続4回目のプロボウルに選ばれるとともに、オールプロファーストチームにも2年連続で選ばれた。ニューイングランド・ペイトリオッツとの第51回スーパーボウルでは4回のレシーブで87ヤードを獲得、チームは28-34で敗れてスーパーボウルリング獲得はならなかった。