これを動物と見るか植物（菌類）と見るかについて、多くの議論があり、古くは動菌（どうきん）、菌虫（きんちゅう Mycetozoa）などの用語が使われたこともある。後者は原生動物と見なしての名であり、動物図鑑にこの名で取り上げられた例もある。しかし一般的には菌類と見なされ、菌類学者が扱い、菌類学の本に記述された。しかし菌類との類縁を完全に信用されたことはなく、それらの教科書でも「伝統的に菌類学が扱ってきたから」等と言い訳がましく書かれていたものである。いずれにせよ、20世紀初頭には生物が動物と植物に2大別されるとは考えられなくなった。狭義の動物と植物は真核生物の中の限られた系統のみを指すようになり、これらと狭義の菌類を除いた多様な真核生物を原生生物というカテゴリーで捉えるようになった（五界説）。変形菌はもちろんこの原生生物に含まれるか、菌界に含めるかである。20世紀半ばまでは菌界の中に変形菌門を立て、そこに変形菌の他に細胞性粘菌、原生粘菌、ラビリンチュラなどを含めるのが普通であった。しかしそれ以降真核生物の系統解析が進み、それらの群は変形菌とはそれほど近縁なものとは見なされなくなり、それぞれ独立した群をなすと考えられるようになった。多様な原生生物相互の系統関係はまだ研究途上である事もあり、変形菌がどういう位置にあるかについては未だに諸説がある。ただ、真核生物の進化のかなり早い時点で分岐した古い群ではあり、動物、植物、菌類のいずれとも縁が遠い。今のところアメーボゾアの一員であると考えられている。この群は多くの普通の姿のアメーバを含む群であり、言ってみれば変形菌は巨大化し、耐久細胞を発達させたアメーバであるということであろう。なお、上記のかつて近縁とされていた群の中では、細胞性粘菌のうちのタマホコリカビ類がここに含まれる。
かつて南方熊楠が深く興味を抱いて研究したことで有名である。その研究成果は論文の形では発表されなかったものが多いが、かなり先見的な見解が書き残されているほか、南方が和歌山県で採集した標本に基づいてグリエルマ・リスターによって新属新種として記載されたミナカタホコリMinakatella longifila G. Listerは南方に献名されている。また、この種は生きた樹木の樹皮に生息する種としても、興味深いものである。昭和天皇も一時関心を持って研究を手掛けた。昭和天皇の那須御用邸付近を中心とする採集標本からも数多くの新種が記載されており、服部広太郎の「那須産変形菌類図説」に結実している。
光や栄養分などの刺激に対する反応や最適化的なふるまいを、一種のアナログコンピューティングに利用する、「粘菌コンピューティング」が研究されている（「トランジスターの代わりに用いる」ことができるわけではない）。
ドラ焼きが大好物。22世紀にいたころ、ダンス用ネコ型ロボットのノラミャー子からドラ焼きをもらい、そのときから好物となった。また2002年の大晦日スペシャルで放送された原作第一話をアニメ化した「未来の国からはるばると」では野比家にはじめて来た時に、のび太のドラ焼きを食べていた（初めて食べたかは明確になっていない）。ただし、実際に原作第一話で野比家で食べたのはドラ焼きではなく餅であり、「未来の国からはるばると」を最初にアニメ化した1980年のびっくり全百科でも原作通りに餅を食べていた）。テレビアニメ第2作第2期で描かれた「未来の国からはるばると」でも餅はドラ焼きに変更されているが同じく「初めて食べた」とは言っていない。そのこだわりはとても強く、甘すぎるドラ焼きは邪道という持論を持つ。ドラ焼きを売る菓子屋の主人と、味をめぐって論争したこともあり、挙句の果てにひみつ道具を使ってまで自分の主張を無理やりおし通した。また、お店に3時間も並んで購入した「プレミアムどら焼き」が、のび太が本棚の上にあるものを取ろうとした際にバランスを崩して倒れ込んだ拍子にぺしゃんこになって食べられなくなった時には、（悪気は無かったとはいえ）謝るのび太と大喧嘩を繰り広げ、ドラえもんに定期検診を受けさせる為に22世紀から来たドラミの仲裁でひとまず治まった後も不機嫌なままだった。のび太の部屋を埋め尽くすほどの世界一大きなドラ焼きを1人で完食したことや、ドラ焼き大食いコンテストでの優勝経験もある。ドラ焼きを食べない日が続くと禁断症状が起きたり、餓鬼のように貪ったりする。ただし、恋の病になったときには受け付けない。ドラ焼き3つの早食い競争の記録は0.1秒である。しかし、タイムパラドックスの発生を恐れてドラ焼きを口にしないときもある。ちなみに好物のどら焼きでもネズミの形をしていたり、ネズミキャラクターの焼き印が押されていた場合、食べる事が出来ない。ドラ焼きの大安売りと聞けば、たとえ妄言でもすべてを放り出して店に直行する。道具を貸すのを渋っているときも、目の前にドラ焼きを出されるとたやすく貸してしまうことも少なくなく、のび太以上に悪知恵が働くこともしばしば。ドラ焼きの成分はドラえもんのエネルギー源に最適だともされている。大長編などで遠出した時はお菓子であるドラ焼きで食事を済ませることがほとんどで、大抵の食事シーンでドラ焼きを食べている。他のメンバーが全員同じ物を食べている時も一人だけドラ焼きを食べていることが多かった。それ以外を食べたのはドラ焼きがどうしても手に入らない場合や、他者に食事を出された時くらいで、そこでも「ドラ焼きが食べたい」と嘆くこともあった。他には上記の通り、初めてのび太の家に来たときに初めて餅を食べたことで、餅を好んでいた時期もあった。また、ドラ焼き以外ではアイスクリームを食べることが多い。他に「大好き」だと発言したものにはスイカ、メロンがある。また、2014年放映のアメリカ合衆国ローカライゼーション版アニメでは、米国の風俗にあわせてピザを食べるようになったり、「健康的な食生活を推進すること」が放送基準になっているため、ドラ焼き（英語名:Yummy Buns、ヤミーバンズ）を食べる場面でも日本語版より控えめになっている。