まず、花粉分析を行うにあたっての注意点、または考慮すべき点であるが、現生の花粉を採取するには、その植物の種名を明確に同定・認識し、同定ミスや後の分類学的再検討にも耐えうるようにさく葉標本を採取した上で、現生花粉標本のプレパラートを作成すること、そして分析結果を解釈する際には層序の知識、母植物群の生態学的背景、花粉・胞子の生産量など様々な情報を考慮する必要がある。つまり、植物分類学・植物生態学・地質学など関連のある分野の知識を得る必要がある。次に、一般的な花粉分析の手順であるが、アルカリ溶液による腐植の分解（溶解）・花粉粒子の遊離、アセトリシスという強酸混合液によるさらなる腐植の分解・花粉の染色は必須の処理であり、さらに花粉とそれ以外の植物質や鉱物を分離するために比重分離を行うのが通例である。堆積物に砂粒が含まれるなどシリカ鉱物が多いと検鏡の妨げになるため、これに加えフッ化水素による鉱物質粒子の分解を行う必要がある。以下は、手順の一例である。絶対体積もしくは質量の測定→10％（重量％）のKOH水溶液を加えて10～15分間、約90℃で湯せん→遠心分離機にて水洗（3～4回）→氷酢酸で脱水→アセトシリス処理（無水酢酸9：濃硫酸1の混合液で3分間湯せん）→氷酢酸を加えて遠心分離→水洗（3～4回）→70%（重量％）塩化亜鉛あるいはブロモフォルム液を使用して比重分離→遠心分離機にて水洗（3～4回）→10%（重量％）フッ化水素処理※鉱物質物質の量により数十分～半日程度→遠心分離機にて水洗プレパラート作製、検境また、花粉分析の結果は花粉ダイアグラムとして表され堆積時代の柱状図や年代・分析試料の採取地点、そして各花粉の出現率が示される。
1935年頃になると、欧州を中心に森林樹種のみを対象としていた花粉分析法は、不十分であることからフィルバス（F.Firbas）等は森林樹種の花粉のみならず、それ以外の花粉へと対象を広げていった。また、スウェーデンのエルドマン（G.Erdtman）は植物学の立場からの花粉研究や、第四紀層における花粉研究を大きく進展させ、同じくスウェーデンのイバーセン（J.Iversen）やノルウェーのフェグリ（K.Faegri）等も熱心に研究を続け、成果を残した。また、日本でも1956年に『日本植物の花粉』が発刊され、後の花粉学者の間で広く用いられている。
顕微鏡の発達により、18世紀から19世紀にかけてスウェーデンを中心とする北欧から始まり、徐々に欧州諸国へ広がった。ニルス・グスタフ・ラーゲルハイム（Nils Gustav Lagerheim）やレナルト・フォン・ポスト（Lennart von Post）は北欧の泥炭層において、花粉や胞子の化石の研究を行い、花粉分析の先覚者といわれている。また1992年、アメリカでティセン（R.Thiessen）が古生代の石炭層の研究に成功している。欧州における古生代の石炭層の研究における先駆者は、ポトニエ（R.Potonie）をはじめとし、ランゲー（Th.Lange）やツェルン（J.Zernt）が名を連ねる。ポトエニは花粉分析の研究を石炭から褐炭（亜炭）へと広げるなど、花粉分析の分野に大きく貢献している。そして、近代花粉学の体系整備が行われるにつれ、花粉形態の研究や花粉の空中散布に関する研究など、花粉分析研究の対象も多様となり、花粉分析法が確立されていった。
厳密には堆積物を分解し、花粉を取り出す方法を花粉分析といい、胞子を取り出すことを胞子分析（ほうしぶんせき、英語: spore analysis）という。花粉と胞子を同時に取り扱うことが多いため、総括して花粉分析と呼ぶことが一般的である。花粉分析は植物学・植生学・地理学・考古学・気候学・気象学・地質学など多岐にわたる分野と密接に関わっている。
年明けに3rdアルバム『AMARANTHUS』と4thアルバム『白金の夜明け』を同時発売。音楽業界では珍しい、オリジナルフルアルバムの2作同時リリースという試みであり〝生と死とファンタジー〟をテーマに計20曲もの新曲が含まれた。各アルバムの世界観を再現するため、グループ初となる全国ドームツアー『DOME TREK 2016』も開催し、のべ25万2078人を動員した。同年に発生した熊本地震のためのチャリティーライブをメンバーの発案で実施。被災地となった益城町に、メンバー全員が炊き出しのボランティアとしてお忍びで訪れた、というエピソードもある。個の活動が目立つようになり、有安杏果と佐々木彩夏が自身初となるソロライブを横浜アリーナで行い、それぞれ1万人以上を動員。秋に初の海外ツアー『アメリカ横断ウルトラライブ』を開催（ハワイ→ロサンゼルス→ニューヨーク）。佐々木彩夏が演出を務め、「日本の四季」をテーマに和太鼓や日本舞踊を織り交ぜたものとなった。現地のファンも数多く来場しており、日本語は分からないようだが涙を流す人もいたと、現地でライブを見ていたファンがレポートを残している。リーダーの百田夏菜子はNHK連続テレビ小説『べっぴんさん』のオーディションを受け、主演の座は逃したもののメインキャストとして出演。高城れにはラジオでの冠番組『高城れにの週末ももクロ☆パンチ!!』をスタートさせ、玉井詩織は『スカパー!音楽祭』など複数のイベントでMCを務めた。このため、5人がなかなか揃わないという問題が生じることとなった。そのため、一部のメンバーだけでも成立する企画としてトークイベント『ロケハン ～ももクロおおいにかたる～』を定期的に開催。一方で主要なライブはタイトなスケジュールの中でも例年通り行ったため、年間の動員数は63.6万人で女性アーティスト1位となった。公的機関からのオファーも増え、文部科学省の主催する『スポーツ・文化・ワールド・フォーラム』でライブパフォーマンスを披露したり、『桃神祭2016 〜鬼ヶ島〜』や『ももいろクリスマス2016 〜真冬のサンサンサマータイム〜』に警視庁が家族を亡くした子どもたちを招待するなどした。グループにとって新たな時代の幕開けとなったことから、それまでの集大成として、結成から7年間の成長を描いたドキュメンタリー作品『はじめてのももクロ -完全版-』や歴代の全てのミュージック・ビデオを収録した『ももいろクローバーZ MUSIC VIDEO CLIPS』、ウインターベストアルバム『MCZ WINTER SONG COLLECTION』をリリースした。一方で、パフォーマンスに課題を残すシーンもあった。所属事務所の女性グループ8組が1対1で1曲ずつパフォーマンスを行い、観客の声援の大きさで勝敗を決めるイベントにて、後輩グループのチームしゃちほこに敗北を喫した。リーグ戦形式であったため最終的にももクロの優勝となったが、百田夏菜子は「これからもみんなにいい背中を見せていけるように、しっかりと歩いていけたらと思います」と気を引き締めた。