境内（敷地内）には、五重塔（重要文化財）、御影堂（県指定文化財）、三門（県指定文化財）などの堂宇がある。1998年に純和風の客殿、2002年に宗旨建立750年を記念して、正本堂跡地に奉安堂（伝宗祖日蓮真筆「本門戒壇之大御本尊」を安置）が建立された。そのほかに1958年建立の大講堂や1988年建立の六壷、1994年建立の広布坊などがある。境内地東方には11ヘクタール、16,000基となる日蓮正宗の墓苑があり、大石寺歴代法主の墓地、僧侶墓地に続いて一般信徒の墓地もある。一般信徒の墓地には日蓮正宗の熱心な信者でもあった創価学会初代会長の牧口家の墓や第二代会長大恩師戸田家の墓（なお、戸田城聖・創価学会第二代会長本人の墓は、五重塔のそばに建っている）などがある他、俳優赤木圭一郎の墓もある。大石寺の総門・三門から御影堂に至る参道には中央塔中（脇寺）が立ち並んでいる。これら中央塔中は大石寺開山直後の建立であり、いずれも700年を超える古刹である。また、諸堂宇は耐震強度の問題から、十八箇坊の新築工事を行い、完成と同時に順次落慶法要が奉修された。大石寺境内には桜の木が数多く植えられており、中央塔中の枝垂れ桜は景勝地として知られているほか、境内を南北に流れる御塔川（潤井川）や常灯ヶ峰の桜は静岡県内の名所として有名である。開花の時期に合わせて多くの観光客やカメラマンが訪れるが、霊宝虫払大法会が行われる毎年4月6日と7日は、曜日に関わらず一般者の立ち入りが禁止されるので注意が必要である。総門と三門を結ぶ石畳の両側には、総門より三門に向かい左手に、2階建ての常灯坊、柱に遮られる事のない1000畳を超える大広間を持つ広布坊、総二坊があり、右手には常来坊と、総二坊と石畳を挟んでシンメトリーのように総一坊が聳え立っている。この総一坊・総二坊ともに230畳を超える広間が、1階に1室、2階と3階にそれぞれ4室（4室のうち2室に本尊が安置）があり、信徒の宿坊や集会所として使用される。総一坊東側玄関前には団参用のバスターミナルもあり、三門前には国道469号が横断している。また三門より中央塔中を上りきって右手に折れると、大石寺開山700年記念事業で整備された日本庭園「法祥園」が明鏡池を中心としてひろがり、その右手には東塔中がある。
11月22日、ハリバットは3回目の哨戒で日本近海に向かった。12月9日未明、ハリバットは北緯40度27分 東経142度11分の八戸沖で南下する南航第67船団を発見。追跡の上、翌12月10日未明に輸送船宇洋丸（東洋汽船、6,376トン）に対して魚雷を3本発射し、1本が宇洋丸の一番船倉に命中したものの宇洋丸の損害はこれだけに終わった。続く二度目の攻撃では魚雷を2本発射し、8,000トン級輸送船に2本とも命中して撃破したと判断された。攻撃後は北海道沿岸部に移動し、12月12日深夜には北緯40度37分 東経142度40分の地点で輸送船玉山丸（巴組汽船、1,970トン）を発見し、魚雷を3本発射して全て命中させて撃沈した。12月16日午後にも北緯41度21分 東経141度33分の尻屋崎沖で北航第67船団を攻撃して魚雷を3本発射し、輸送船神護丸（栗林商船、4,740トン）に魚雷が1本命中させて撃沈。同じごろにすれ違った南航第75船団に加入の輸送船玄山丸（宮地汽船、5,691トン）にも魚雷が1本命中し、玄山丸は白糠海岸に座礁して果てた。ハリバットは神護丸と玄山丸を別々に攻撃したわけではなかった。12月19日夜には北緯41度50分 東経142度22分の地点で3,000トン級輸送船を発見し、魚雷を2本発射したが命中しなかった。12月22日朝にも、北緯41度00分 東経141度36分の地点で北航第73船団を発見し、輸送船雪川丸（川崎汽船、4,501トン）に命中して損傷を与えた。この哨戒での最後の攻撃は12月30日に行われ、北緯41度51分 東経141度47分の地点で3,000トン級輸送船に対して魚雷を3本発射したが、命中しなかった。1943年1月15日、ハリバットは54日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。2月8日、ハリバットは4回目の哨戒でカロリン諸島方面に向かった。この哨戒では、日本本土と最前線であるマーシャル諸島の交通路を断つべく行動した。ハリバットは2月18日にウェーク島を偵察した後、2月20日午前に北緯14度33分 東経155度35分のポンペイ島沖で特設運送船新国丸（内外汽船、3,991トン）を発見し、夜まで追跡した後、北緯15度09分 東経159度30分の地点で魚雷を4本発射して3本を命中させて撃沈した。続いて3月3日には、北緯10度18分 東経146度42分のグアム南方で特設運送船日祐丸（日産汽船、6,817トン）を発見、北緯10度22分 東経145度21分の地点で魚雷を4本発射し、2本を命中させて撃破した。ハリバットは浮上して止めを刺そうとしたが、反撃を受けて退散した。3月9日には北緯07度58分 東経134度10分の地点で病院船朝日丸（日本郵船、9,326トン）を目撃し、3月12日未明には北緯09度00分 東経133度10分のパラオ西水道近海で陸軍部隊を乗せた輸送船団を発見して攻撃し、5本の命中を得て5,000トン級輸送船3隻の撃破と判断したが、護衛の駆逐艦三日月に押さえ込まれた。3月30日、ハリバットは50日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。