1945年（昭和20年）8月15日、高山は奈良航空隊で抜刀術を指導していた最中に終戦を迎えた。大日本帝国と共に自身の高山流刀法も戦争に敗れたのだとして一時は自殺を決意するも、海軍機関学校の元訓育主任藤崎（村）大佐に制止され、海軍武道教範を後世に残すことを諭される。戦後、高山は九州の久住山中に潜み、以後25年間雌伏する。久住での隠遁生活を送りながらも、彼の武道に対する意欲は衰えず、その後も執筆活動を続け、1970年（昭和45年）7月15日には、「仰ふく陸海空自衛隊参考剣道として検討」を発行。この頃には「武道体育大学」の校舎建設にも着手し、棟上までするが、途中で終わる。同年11月3日、「日本武道体系」を発行。これは1941年（昭和16年）、海軍武道教範の作成を命じられた時に脱稿していたもので、同書は戦後の改訂版である。高山は、戦後は世に出ることもなく、1972年（昭和47年）6月1日、久住の地にて、武道に全てを捧げた73年の人生を閉じた。
1931年（昭和6年）9月18日、柳条湖事件を機に満州事変が起きると、高山は持論を実戦で試せる宿願のチャンスと思い、勤務先の海軍機関学校や要港部へ戦線への従軍願いを出すも、不許可となる。その後、1937年（昭和12年）8月9日に第二次上海事変が起きた際も、従軍許可の願いを出し、いったんは許可されたが、後日取り消しとなる。その後ようやく末次信正海軍大将の内命を受けて出発し、当時南京攻略戦に向かっていた第16師団を追った。同年12月10日、南京郊外において同師団に合流し、師団長の中島今朝吾中将と会合する。13日正午に同中将より捕虜７名の試斬を依頼され、見事に首を刎ねた。12月29日には、白兵抜刀術の草案を南京城内にあった蒋介石の官邸において執筆し、翌1938年（昭和13年）2月に、近代戦用「白兵抜刀術」の草案を完成させた。その後、1938年の春秋作戦（5月・徐州作戦、10月・武漢三鎮作戦）に従軍している。
1925年（大正14年）6月に、大日本武徳会の朝鮮・満州の武道視察に随行し、日露戦争の激戦地であった旅順・東鶏冠山砲台の戦跡を巡ったことが、武道の研究のスタートであったと、高山は後に述べている。高山は、片手サーベル式の軍刀は戦闘での具合が悪いため、日本刀式に改めるべきであるとの持論を唱えた。また、当時の前線で戦った兵士達からは、敵が太刀を振り回していると、銃剣では近づき難いという声が挙がっていたほか、軍部内では、銃剣で敵の身体を突くと、肉が纏わり付いて剣を引き締めるため、力を入れて早く抜かねばならないということが一般的に信じられていた。高山は豚・犬等を使用した反証実験を軍に紹介したが、一笑に付されたため、いよいよ実戦場で持論を試すことを決意する。
遺構・出土遺物や層位から正確な時期は不明で、江戸時代後期から近現代にかけてと推定されている。魚類はネズミザメ、コイ、サケ属、コマイ、サンマ、フリカサゴ科、ブリ属、キダイ、マダイ、ニベ科、サバ属、ソウダガツオ属、カツオ、マグロ属、メカジキ、ヒラメ科、カレイ科の17種が出土。大型魚類のほか、小型魚類も出土している。マダイやキダイ、マグロ類には加工痕が見られる。貝類（腹足類・斧足類）はアワビ、クボガイ属、ダンベイキサゴ、サザエ、ツメタガイ、アカニシ、アカガイ、イタヤガイ、ホタテガイ、マガキ、ヤマトシジミ、アサリ、ハマグリ、オキシジミの14種が出土。アカガイ、ハマグリを主体とする。イタヤガイ3点には小孔が見られ、貝匙としての利用であったと考えられている。哺乳類はヒト、ノウサギ、ネコ、タヌキ、イヌ、ツキノワグマ、ウマ、イノシシ、ニホンジカ、ニホンカモシカ、ウシ、マイルカ科の13種（イルカ・クジラ類を含む）が出土している。ヒトの標本には成人の遊離歯や胎児・新生児の遺骨があり、埋葬に伴う遺体であると考えられている。ほか、狩猟獣であるシカ、イノシシ、家畜であるウシ、ウマなど。イノシシにはブタが混在していると見られている。鹿角、カモシカ頚椎、ウシの仙骨などに加工痕が見られ、江戸後期における肉食を示す資料としても注目されている。イヌは下顎骨、大腿骨、胸骨、上腕骨の4点が出土している。クジラ類は下顎骨の関節部1点が出土している。形態はゴンドウクジラに近く、サイズは体長11メートルのツチクジラよりやや大きいことが指摘される。鳥類は大半がニワトリで、カモ類1点が含まれる。鳥類はカモ科、ニワトリの2種が出土。ニワトリは鰍沢河岸全体で700点近く、60個体分の骨が出土している。個体サイズは土佐地鶏からチャボ程度の小型で複数の品種が混在し、加工痕も見られる。十数羽分がまとまって出土した遺構も見られることから、自家消費ではなく専門の料理屋・加工販売業者がいたとも考えられている。山梨県内では古代・中世においてニワトリの出土は少なく、近世にかけて増加することが指摘される。