2013年3月29日に宮崎県教育委員会は、体罰や暴言を繰り返していたとして保護者から免職を求める嘆願書も出されていた、宮崎商業高校教諭を懲戒免職処分にしたことを公表した。それによれば、この教諭はインターハイや全国高校選手権において個人戦の優勝者を複数出すなど柔道部顧問として実績を残した一方で、少なくとも2010年7月から2012年9月までに女子部員13人に対して、頭や顔を殴ったり腹部を足で蹴るなどの体罰を10回以上繰り返していた他に、「ブス」や「ブタ」といった暴言も盛んに浴びせていた。とりわけ、2011年には1年生部員に対して左耳の鼓膜を破る怪我を負わせて謹慎処分を受けながら、2012年にはさらに2年生部員の後頭部などを叩いて打撲傷を負わせて、この一件では傷害容疑で書類送検にも付されていた。また、申請に必要な保護者の同意を得ずに、宮崎市が選手に支給する奨励金を無断で申請して41万円ほど受領していたことも明らかになった。さらに、この教諭はかつて市立柏高校の女子柔道部監督を務めていた時代に、インターハイ女子団体戦で3連覇を達成させる成果を挙げながら、女子部員の顔を殴って左目近くの部位を骨折させていた他、部で禁じられていた女子部員との付き合いを行っていた男子部員を、柔道部顧問と後援者とともに殴って怪我を負わせ、この男子部員が柏署に被害届を提出するといった問題も引き起こしていた。なお当時の市立柏高校柔道部では、女子柔道部員を自宅などに下宿させていた管理人である後援会幹部が女子部員2名に度々乱暴を働いて後に懲役8年の実刑判決を受けるといった事件も起きていた。5月には懲戒免職処分を受けた元教諭が、選手を強くしたいという気持ちで行った指導を宮崎県教育委員会側が一方的に体罰だと判断したとして県人事委員会に対して処分取り消しを求める不服申し立てを行った。2014年7月25日に宮崎区検は、部員への傷害容疑で宮崎北署に書類送検されていた元教諭を、嫌疑不十分として不起訴処分にすることを公表した。区検の説明によれば、「裁判で立証するのに十分な証拠を集められなかった」からだという。
2013年2月1日には大阪市教育委員会が、ロンドンオリンピック78kg超級銀メダリストで元世界チャンピオンでもある杉本美香の出身校として知られる市立汎愛高で、50代の男性教諭が授業中に女子生徒を平手打ちするなど、体罰を振るっていたことを明らかにした。それによれば、2012年4月に和歌山県で行われた同校武道科の校外実習において、柔道部員である3年の女子生徒が下級生に絞め技を掛けた際に、それ以上続けさせるのを制止するため何度も注意したが聞き入れられなかったので、その生徒の頬を2、3発叩いた。両者ともケガはなかったという。その後学校側は生徒の保護者に謝罪して、教育委員会にも事のあらましを報告したものの、担当職員がこの一件を上司に報告せずおなざりになっていたが、2013年に入って匿名の情報提供により問題が発覚することになった。同校からは他にも体罰事案が報告されており、弁護士の外部監察チームが詳しく調査することになった。大阪市の橋下徹市長は「事実を確認できておりませんが、放置できる問題ではありません」と語ると、教育委員会も「担当職員のミスで体罰への対応が遅れたことは申し訳ない。徹底した調査を行う。教諭の処分も検討する」との見解を示した。
2013年1月23日には、かつて藤村女子中学の柔道部に所属していた女子生徒が、体罰を受けて重傷を負ったとして約495万円の損害賠償を求めて部の顧問と学校側を提訴していたことが明らかになった。女子生徒によると、2011年3月に練習で馬跳びをしていた際に、顧問に「声が小さい」と鉄棒で背中を数回殴られたうえに、「やる気があるのか」と頬を殴られて左耳の鼓膜が破れるケガを負ったという。さらに同校に在学していた2009年から2011年にかけて、高校生や大学生と乱取り稽古を強いられた際など計3度にわたって右の鎖骨も骨折したと主張している。学校側は訴状内容と事実が異なる点もあり、裁判で明らかにしていくとコメントした。2014年6月4日までに、東京地裁立川支部で争われていたこの裁判の和解が成立したことが明らかになった。和解は5月8日付けとなっており、学校側が元生徒に謝罪して、180万円の和解金を支払うことで解決となった。学校側は「体罰があった事実を真摯に受け止め、今後、再発防止のため一層の対策を講じたい」と語った。
1995年6月、2枚組アルバム『ヒストリー：パスト、プレゼント・アンド・フューチャー：ブック1』を発表。1枚目が『HIStory Begins』と銘打たれたベスト盤、2枚目が『HIStory Continues』と呼ばれる未発表曲集という特異な構造を持つ本作では、全米に蔓延る社会問題の数々や、また93年の訴訟以降より強まることとなった世間からのバッシングに対するマイケルの怒りや悲愴が、これまでにないほど鮮烈に表現された。先行シングルとしては妹ジャネットとのデュエット『スクリーム』がカットされ、そのショート・フィルムは「史上最も費用の使われたミュージック・ビデオ」としてギネス世界記録に認定された。同年8月にシングルカットされた『ユー・アー・ノット・アローン』は、全米チャートで初登場1位を記録するという前人未到の快挙を成し遂げ、こちらもやはりギネス世界記録に認定された。環境問題を扱った10月発表のシングル『アース・ソング』は、アメリカでは受け入れられなかったにもかかわらず、イギリスでは自身最大のヒット曲となった。1996年1月、リサと離婚。同年9月、3度目のワールド・ツアー『ヒストリー・ワールド・ツアー』を開始。10月、主演・製作総指揮・脚本を務めた短編映画『マイケル・ジャクソン 「ゴースト」』を公開。劇中では表題曲や『イズ・イット・スケアリー』などの新曲が披露された。映画はカンヌ国際映画祭にて上映された。11月、デビー・ロウと結婚。1997年5月、ジャクソン5としてロックの殿堂入りを果たす。同月、リミックス盤『ブラッド・オン・ザ・ダンス・フロア：ヒストリー・イン・ザ・ミックス』を発表。前作『ヒストリー』収録曲のリミックス集に、新たな未発表曲が5曲加えられた形で発売された。殆どプロモーションは行われなかったにもかかわらず、リミックス盤としては史上最高となる600万枚の売上を記録した。1999年6月、有志の友人たちと共にチャリティ・コンサート「マイケル・ジャクソン & フレンズ」を開催。収益金は赤十字社、ユネスコ、ネルソン・マンデラ子供基金に寄付された。同月、デビー・ロウと離婚。2001年3月、史上最年少でロックの殿堂入りを果たす。同年9月、マイケル・ジャクソン 30周年記念ソロ・イヤーズを開催。ジャクソン5の再結成が行われたほか、次のアルバムの先行シングルである『ユー・ロック・マイ・ワールド』も披露された。