2014年3月31日、チェシャー州ウォリントンの裁判所において控訴院判事のジョン・ゴールドリング判事を検死官とした死因審問が開始された。死因審問は災害の全体像を精査した上で、医学的証拠を含む96人の犠牲者のそれぞれの死因を検討することを目的とし、冒頭陳述においてゴールドリングから観客がイギリスのスポーツ史上最悪の惨事に巻き込まれた経緯が述べられた後、96人の犠牲者の名前が読み上げられ、陪審員による宣誓が行われた。2016年4月26日、2年間に渡る審理を経て3人の男性と6人の女性で構成される陪審団は、7対2の過半数でダッケンフィールド警視正の職務怠慢や警備態勢の不備によって犠牲者は不当に亡くなった（不法殺害）とする評決を下した。この評決はリヴァプール・サポーターの行動に起因するといった主張を否定するとともに、ダッケンフィールドの訴追に繋がる可能性を秘めたもので、ゴールドリング検死官も陪審団を支持した。また、96人の死亡状況についても2012年の独立調査委員会による報告と同様に、その多くが15時15分以降に死亡した点を指摘。1993年に延命措置の停止により死去したトニー・ブランドを含む96人の死因については93人が圧迫による窒息であり、死亡時刻は14時57分から17時までと特定した。
同日、デーヴィッド・キャメロン首相は「犠牲者は警察の不手際によってイギリスのスポーツ史上最悪の惨事に巻き込まれただけでなく、死後も警察やメディアから虚偽の疑いを掛けられるという二重の不正に苦しめられた」として謝罪した。私は報告書に記載された新証拠の重大性のため、過去23年間に渡り苦しんだ全ての人のため、首相として96人の遺族に謝罪します。新証拠が掲示されたことにより、これらの遺族が二重の不正に苦しめられたことが明らかとなりました。弁護の余地のない停滞を与えられた彼らの最愛の人々を、凄惨な事件の不正と国の失態のために引き起こされた事件の真実と死者に対する不正から守ります。そして、わが政府とわが国のために、これらの二重の不正が長きに渡り訂正されないまま置き去りにされたことは非常に残念です。 — デーヴィッド・キャメロンさらにキャメロンはドミニク・グリーブ法務長官に対し、新たな審理を命じる高等法院に再審を申請すべきか決定するため、早急に報告書を精査するように命じた。報告書の公表を受け、労働党党首のエド・ミリバンド、フットボール・アソシエーション会長のデヴィッド・バーンスタイン、シェフィールド・ウェンズデイ、サウス・ヨークシャー警察署長のデヴィッド・クロンプトン、『ザ・サン』の元編集者のケルヴィン・マッケンジーと編集者のドミニク・モハンが謝罪をした。同年10月12日、独立警察苦情委員会 (IPCC) は、独立委員会によって公表された警察の違法行為に関する大規模な調査を行うことを発表した。同委員会は、報告書に記載された450,000点におよぶ新証拠を精査し、関係者に対する刑事告発または懲戒処分を推奨することを目的としている。同年10月23日、ウェスト・ヨークシャー警察署長のノーマン・ベティソンが辞任を表明した。事故当時、SYPに勤務していたベティソンはヒルズボロの悲劇を観客として経験した人物とされており、その後の内部調査に加わったが、IPCCから虚偽の情報を提供したという疑惑が掛けられていた。なお、IPCCは「これらの退職や辞職は犯罪の識別や刑事告発を妨げるものではない」という見解を示した。同年12月19日、グリーブ法務長官の申請を受け高等法院は死因審問の評決を破棄し、審理のやり直しを命じた。同日、テリーザ・メイ内務大臣はIPCCの調査と並行して、「オペレーション・リゾルブ」と名付けた新たな調査を行うことを発表した。この調査は犠牲者の死亡原因の特定を目的としたもので、新たな死因審問を行う検察側と密接に連携を取る形となっている。
チャールズ・B・マクベイ3世大佐（1944年11月からインディアナポリスの艦長）は生き残った。1945年11月、彼は軍法会議にかけられ、ジグザグ運動を怠り船を危険にさらしたとして有罪とされた。軍法会議のいくつかの事実は論議を呼んだ。アメリカ海軍自体が船を危険な状態に置いたという確かな証拠があった。また、伊58艦長橋本以行元中佐（撃沈当時は少佐）はジグザグ運動をしていても撃沈できたと証言した。アメリカは第二次世界大戦の戦闘で約700隻の艦艇を失ったが、戦闘で撃沈された艦艇の艦長が軍法会議にかけられたのはマクベイ元艦長ただ一人であった。有罪になったことでマクベイ元艦長の海軍での経歴は終わり、死んだ乗組員の遺族に責め立てられ1968年に自殺した。 悲劇から50年以上後に、当時12歳で、映画『ジョーズ』（作中でインディアナポリスの話が登場する）によってこのインディアナポリス撃沈事件に興味を持ったハンター・スコット（en）によりマクベイ元艦長の軍法会議が誤審であるとの認識が提起され、2000年、アメリカ合衆国議会はマクベイ元艦長の記録は「彼はインディアナポリスの損失に対し無罪である」ことを反映すべきだという決議を可決した。10月30日にビル・クリントン大統領もこの決議にサインした。しかし、マクベイ元艦長の名誉回復に尽力していた橋本元中佐は5日前（10月25日）に死去していたため、その知らせを聞くことはできなかった。マクベイ3世艦長の名誉回復に先立って、1995年8月2日にはインディアナポリス市内にインディアナポリス・ナショナル・メモリアルが建立された。石灰岩と花崗岩で出来たメモリアルは、沈没で落命した乗組員の名前が全て刻み込まれている。また、インディアナポリスに関する資料はインディアナ州博物館に納められ、艦鐘と公式ペナントはヘスラー海軍倉庫で保管されている。アメリカ海軍の新兵がトレーニングを行う水泳訓練所にもインディアナポリスの名前が与えられた。2007年7月7日には、インディアナ大戦記念プラザ内にインディアナポリス博物館がオープンした。2011年8月17日付けの『ハリウッド・リポーター』誌（電子版）によると、俳優ロバート・ダウニー・Jrとその妻スーザン・ダウニーがワーナー・ブラザースと組み、インディアナポリス沈没にまつわる話を11歳のハンター・スコット少年の目を通して映画化すると発表した。TVミニシリーズ『ザ・パシフィック』の脚本でエミー賞を受賞したロバート・シェンカンが、ダウニー夫妻の原案をもとに脚本を執筆する予定。2013年8月4日、インディアナポリスで開催された旧乗組員再会パーティーにレイ・メイパス海軍長官が書簡を送り、次期沿海域戦闘艦にインディアナポリスの名を与えると発表した。2016年、この事件を描いた映画『パシフィック・ウォー』がマリオ・ヴァン・ピーブルズ監督、ニコラス・ケイジ主演で制作された。