バルフォアは保守党分裂を阻止するため、関税改革に触れまいとし続けた。だが野党自由党は保守党政権に揺さぶりをかけようと、1905年3月末に関税改革反対決議案を提出してきた。これに対してバルフォアは決議案の内容が不明瞭であることを理由に保守党は棄権するという方針を示した。一方チェンバレンはバルフォアに関税改革を争点にした解散総選挙に打って出るよう要求したが、バルフォアは応じなかった。バルフォアの態度にイライラしたチェンバレンはついに1905年11月からバルフォア批判を開始した。ここに至ってバルフォアはこれ以上政権に留まれば党分裂は避けがたいと認識するようになった。また自由党内でアイルランド自治問題をめぐってローズベリー伯爵ら自由帝国主義派とキャンベル＝バナマンら小英国主義派の対立が再燃し始めた情勢を見て、今総辞職して自由党に政権を譲れば、世間の注目が関税問題からアイルランド問題に移り、自由党分裂を促すことができると判断した。そうした意図から1905年12月4日付けでバルフォア内閣は総辞職した。
先に結ばれた日英同盟は「日英どちらかが二か国以上と戦争になった場合はもう片方は同盟国のために参戦、一か国との戦争の場合はもう片方は中立を保つ」という約定になっていたため、バルフォアとしては早急にフランスを取りこんでフランスがロシアとともに日本に宣戦布告するのを阻止する必要があった。フランスを取りこむことについてはそれほど難しくなかった。イギリスは植民地問題で長らくフランスと争ってきたが、1898年のファショダ事件でフランスが譲歩して以来、両国関係は好転していたからである。またドイツ海軍がヴィルヘルム2世の「世界政策」のもと海軍力の大幅増強を行い、世界各地でイギリスの植民地支配を脅かすようになったことも英仏を結び付ける背景となった。外相ランズダウン侯爵は駐英フランス大使ポール・カンボンを通じてテオフィル・デルカッセ仏外相と交渉を進め、エジプト、モロッコ、ナイジェリア、シャム（タイ）、マダガスカル島、ニューヘブリディーズ諸島、ニューファンドランド島などの利権・領有権をめぐる英仏間の懸案事項を互譲的に解決した。それは最終的に1904年4月8日の英仏協商の締結で結実した
1905年には、フランスが植民地化を狙っていたモロッコ・タンジールにドイツ皇帝ヴィルヘルム2世が軍艦で訪問するという第一次モロッコ事件が発生し、バルフォアに国防強化を決意させた。大英帝国全体の帝国防衛体制の確立を求めるチェンバレンの主張を取り入れる形で帝国防衛委員会を設置した。これは自治領と帝国防衛体制を検討するための委員会であった（実際に自治領首相に参加を求めるようになったのはアスキス自由党政権下の1911年になってのことだった）。これと並行して陸海軍の再編成も進めていった。この頃、バルフォアは「自由党政府になってももはや引き返せないほど軍事支出を確実にしておくまでは、政権を降りない」と述べている。実際、国防強化路線が自由党政権にも引き継がれ、帝国防衛員会は後にアスキス内閣によって「将来起こる戦争に備えて陸海空三軍と国内戦時体制の調整を行い、また自治領とともに帝国全体の防衛計画を立てる機関」に再編されていくことになる。
1902年7月11日に首相ソールズベリー侯が首相を辞した。ランドルフ・チャーチル卿はすでに亡く、連立相手の自由統一党の有力者ジョゼフ・チェンバレンとデヴォンシャー公爵も首相になる意思はなく、バルフォアが後任の首相となることに異を唱える者はなかった。1907年7月12日に国王エドワード7世より大命を拝受し、バルフォア内閣を組閣した。さらにその2日後には外務省内で開かれた保守党両院総会で保守党党首に選出された。デヴォンシャー公爵やチェンバレンら自由統一党幹部も引き続き連立を維持していくことを表明した。
1902年3月には第一大蔵卿として「バルフォア教育法」と呼ばれる教育法の法案を議会に提出した。これは1870年にグラッドストン自由党政権下で制定された初等教育普及のための初等教育法案を拡張させ、中等教育普及のための州議会がすべき支援を定めた法律であるが、同時に1870年の初等教育法で定められていた非国教徒（自由党支持基盤）が強い影響力を持つ学務委員会（School Attendance Committee）を廃止して、新たな小学校監督機関として地方教育庁を設置させるものでもあった。加えて国教会とカトリックの学校には地方教育庁の管理下に置く代わりに地方税の一部を導入するという条文もあり、非国教徒が強く反発する内容だった。非国教徒の反対運動は激しく、とりわけウェールズでの闘争が激化した。庶民院ではウェールズ出身の自由党議員ロイド・ジョージが中心となって同法への反対運動が展開された。9カ月にも及ぶ激闘の末、バルフォアが首相に就任した後の1902年12月にバルフォア教育法は可決された。この法律は1944年のバットラー法成立までイギリス中等教育に関する基本法として君臨することになる。しかしボーア戦争以来、小英国主義者と自由帝国主義者に分裂していた自由党がこの法律への反対を共通項に一つにまとまってしまうという保守党にとっては逆作用も生んだのだった。
ダンワールド（丹ワールド、ハングル：단월드）は、健康や癒しビジネスを扱う韓国の企業、気修練団体、丹田呼吸普及団体、内丹術の組織である。1985年に韓国人の李承憲が前身である丹学仙院を設立した。その活動には、グローバリズム的側面とナショナリズム的側面があり、韓国国内では朝鮮の神話の人物・檀君を崇拝する檀君思想を取り入れ、朝鮮の伝統的な気修練法「丹学」（ダンハク）は檀君がもたらしたと主張し、韓国ナショナリズムを鼓舞する運動、韓民族のアイディンティティを立て直す運動を展開した。韓国国外では、アメリカや日本など世界各地に約200ヶ所の支部を設立し、丹学をアレンジしたという脳を活性化させると称するプログラム・イルチブレインヨガ（ダンハク、ダン、ダンヨガ、脳教育、Body & Brainとも）の教室を展開し、インストラクターの育成等のビジネスをグローバルに展開している。制度化された「宗教」を否定し、霊性(スピリチュアリティ)を強調する。ダンワールドは、李承憲は有名なスピリチュアル指導者で、人類に悟りの革命（enlightenment revolution）をもたらすとしている。日本の文化庁の「平成25年度宗教法人等の運営に係る調査」では、近年活発に活動している檀君を信奉する教団として、孫正恩（ソン･ジョンウン）が創設した仙仏教（1994年）と共に挙げられている。