フランス人弁護士兼冒険家のオルリ・アントワーヌ・ド・トゥナンが「アラウカニアの王」と称し、マプチェ族の土地を中心に独立国家アラウカニア・パタゴニア王国（1860年 - 1862年）の建国を宣言したが、他国からの承認を得られるはずもなく、かえってチリ側に非合法国家の打倒という口実を与えてしまった。チリ政府はマプチェ族の土地を圧迫し、1880年代半ばから後半にかけてこれを占拠した。これは「アラウカニア制圧作戦」と呼ばれる。この征服の背景には、元々チリにとってマプチェの土地は自国のものだという1800年代後半の思想が根底にあり、さらにチリ人の人口増加がもたらす経済活動がマプチェとの境界線を圧迫し始めた点がある。さらに、当時ボリビア・ペルー連合に対する南米の太平洋戦争の渦中にあったチリは、戦勝のために大規模な常設陸軍の整備やライフル銃を始めとした近代兵器の自国内製造を実現していた。太平洋戦争終結とともにこれらの兵力はマプチェとの戦闘に投入された。さらに通信網の整備などもあり、マプチェ族は地理的に南北双方から、さらなる軍事力によって押さえつけられた。激しい戦闘と外交交渉とを織り交ぜながら、チリ政府はマプチェ族の首長たちから彼らの土地をチリに併呑する同意を取り付け、条約を締結した。これには、マプチェ側にとって拒みがたい事情があった。長引く戦争の影響から飢餓と病気が蔓延し、ある報告によればかつては50万の人口を誇ったマプチェ族は25,000人まで著しい減少を見せていた。この数字の推移には意図的な誇張が紛れ込んでいるとの主張もある。しかしながら、占領下に置かれたマプチェ族のかなりの比率が抑留され、農業や交易で成り立っていた彼らの経済活動はほとんどの地域で破壊され、彼らが所有していた大量の銀や宝石類を含む動産や不動産などの財産がチリ政府の国庫に納められるために没収され、さらに、アメリカ合衆国の「強制移住法」と同じような「reducciones」と呼ばれる一連の制度で縛られるに至り、人口減少数の信憑性云々に関係なくその末路は同じようなものだったと言えた。彼らは、追いやられ略奪され、極度の貧困に晒される結果となった。
1834年に中世の村が放棄された時に、ヘッド・ウォールが築かれた。そしてTobar Childaと海の間、傾斜した高さ200mの所に新しい区画が計画された。これはデヴォン選出の国会議員、サー・トーマス・ダイク・エクランドが島を訪問した結果できた。原始的な環境に愕然としたエクランドは寄付を行い、これが新たなブラック・ハウス30軒を備えた全く新しい集落建設につながった。これらの家はモルタルなしのドライ・ストーンで築かれ、厚い壁、そして芝で屋根が葺かれていた。各家ごとに通常は小さな窓と、部屋の真ん中で泥炭で火を起こすためその煙を排出するための小さな開口部があるだけであった。その結果、内装はすすで黒くなった。冬になるとウシが家の端を占領するようになり、年に一度は床から藁が取り除かれて、地面にまかれた。新しい住居のいくつかは、1860年10月の強風で傷んだ。修理は単に牛舎の使用に適するようにするだけで十分だった。アラステア・マグレガーの住居の分析によれば、ブラック・ハウスの中にモダンな16軒の亜鉛の屋根が葺かれた家があった。そして新たな土地管理人の家は島民のほとんどの写真で見られ、1862年頃に建設された。ヒルタ島のさらに強烈な遺跡の1つは、レディー・グランジの家である。レディー・グランジことレイチェル・チーズリーは、ジャコバイトに同情的なグランジ卿ジェームズ・アースキンと25年間の結婚生活を送った。妻が自分のハノーヴァー家への反逆の企みを耳にしすぎたかもしれないと、グランジ卿は考え、彼はレディー・グランジを誘拐させ、6ヶ月間エディンバラに密かに監禁していた。そこから彼女はモナーク諸島へ送られ、2年間孤独に過ごした。彼女はその後1734年から1740年までヒルタに連れて行かれた。「貧しい匂いがする」と彼女は記している。救出の試みが失敗したあと、彼女はアースキンによってスカイ島へ連れていかれ、そこで死んだ。彼女がヒルタで住んだ家は、村の草原にたつ大きなcleitであった.。ジェイムズ・ボズウェルと、サミュエル・ジョンソンは彼らが1773年にヘブリディーズ諸島をまわった時、主題を議論した。ボズウェルはこう記している。「今日の夕餉の後、我々はレディー・グランジがセント・キルダに送られ、何ら救出されないまま数年閉じ込められたのだという特別な事実の話をした。ジョンソン氏は言った。『手に負えない女性のためにそんな場所があるのだともしマクラウド家の者が知ったなら、彼はセント・キルダを非常に利益を生み出す島に作り上げるだろうね。』」1860年代、爆発で砕かれた岩で島の上陸地点を改善する試みは成功しなかった。1877年に小さな桟橋が設置されたが、2年後に嵐で流されてしまった。1883年、ネイピア委員会への申し入れが交換用の建物を示唆した。しかしそれは人口過剰局（en）が技師を派遣して翌年に完成させるのに先立つ1年前、1901年のことだった。海岸線の近くには巨大な石がいくつかあり、この石は19世紀のハイランドと島嶼部ではDoirneagan Hirt（ヒルタの小石）として知られていた。ある時、ヒルタには3つの教会があった。村の中心の墓地の敷地内にあるキリスト教会は、1697年に使用されており島最大であった。しかしこの藁葺き屋根構造の建物は村民全員を収容するには小さすぎたし、会衆のほとんどが儀式の間教会に集まる必要があった。Ruivalの斜面から1km離れたところにセント・ブレンダン教会が築かれ、村の通りの西端にはセント・コランバ教会があった。これらの建物はわずかに残っている。1830年、新しい教会と牧師館が村の東の端に建てられた。土地管理人の家は1860年に建てられた。