海外では1993年にアメリカ版スーパー戦隊のパワーレンジャーが大ヒットをとばす。しかし前述のようにゲーム機で任天堂やセガに後れをとったと考えたバンダイは1994年に「プレイディア」、1996年に「ピピンアットマーク」を販売するも失敗。これに加え、同時期の玩具事業の不振、スーパーファミコン用ソフトの不振により1997年3月期の連結決算は上場以来初の赤字となる見通しになった。こうした経営不振から1997年、セガとの間で「セガバンダイ」として合併を行うと発表された。これに関してセガの中山社長は「ピピンが成功していたら合併はなかったろう」としている。逆にセガとしてはセガが弱い低年齢向けのキャラクターで強みがあるバンダイとの合併はメリットがあった。また当時、セガはライバルのSCEにゲーム機戦争で負けつつあり、この合併は「敗者連合」とされた。しかしたまごっちの大ヒットや、バンダイ社内からの反発も強く構想は破談。ただこの2要素が破談の「決定的要因ではない」としている。セガの方が企業規模が大きい上に「社風が米国流でドライ」だったため、合理化の名の下にリストラ（解雇）の懸念があったのである。またバンダイ系列の問屋を統合して誕生したハピネットでは存続会社のトウショウ社員ばかりが優遇されていた「ハピネットの悪夢」も強く想起され、合併の存続会社がセガである以上、リストラされなかったとしてもバンダイ社員は不遇になると思われた。さらに、かつてのバンダイでは考えられなかったが、一流上場企業の社員としての誇りが「セガバンダイ」の名前に強く反発した。また合併反対派が山科直治を取り込んだことも影響した。この時の責任を取り、山科誠は社長職を辞任し会長に退くも後任の茂木隆は山科誠派で、「山科体制」は維持された。セガとは合併破談後も業務提携が続けられしばらくの間、セガのゲーム機向けのソフトを優先的に開発することとなる。ピピンの事業はその後も続けられたが1998年に撤退、同事業をてがけていたBDE（バンダイ・デジタル・エンタテインメント）は解散する。これに伴った特別損失270億円を計上。このためたまごっちのヒットにより1998年3月期の連結決算は2882億円と過去最高だったにもかかわらず、単独決算では赤字に転落する。さらにたまごっちのブームの終息を見極められず、大量の在庫を抱えてしまい、1999年3月期では単独決算、連結決算ともに赤字になる。単独決算は2期連続の赤字である。この責任を取り、茂木隆は退職。山科誠も名誉会長職に退き、「山科体制」は崩壊した。1999年に山科誠が推進した多角化を放棄し、赤字事業を清算するためバンダイ入社三年目の高須武男が社長に就任。高須が「泥をかぶった」形で事業の整理が始まる。彼の就任中に音楽、映像、海外販社などの事業が撤退ないし縮小することになる。玩具事業に不慣れな高須武男を山科直治時代からの「大番頭」である杉浦幸昌が会長職から支援した。同年には携帯ゲーム機市場における任天堂の一強体制を打破すべく、携帯ゲーム機「ワンダースワン」を投入し、一定の成功を収める。
第11軍が長沙から反転に移ろうとするころ、警備の手薄になった宜昌には同地の奪回をめざして第6戦区軍（陳誠長官）の約15個師が押し寄せていた。蒋介石軍事委員長は10月2日、陳誠長官に対して「いかなる犠牲をも顧みることなく三日以内に宜昌を奪回」することを厳命していた。中国軍の攻撃は9月28日から始まった。各地区の警備隊は予想以上の大軍のため次々に包囲孤立させられ、中国軍の主力部隊はその間隙を通過し宜昌をめざして進撃した。来攻した中国軍は中央直系の精鋭約15個師に加え、重・軽砲約140門を動員していると見られた。この地区を警備する第13師団（師団長：内山英太郎中将）は早淵支隊に師団戦力の3分の1を割いていたが、長沙作戦へ悪影響を与えないようにとの配慮から中国軍反攻の模様を第11軍司令部に通報していなかった。10月2日、中国軍の宜昌への直接進攻の気配が高まるころ、内山師団長は宜昌東側の東山寺台地に、前年の宜昌作戦で中国軍が使っていた塹壕の跡を発見した。すでに陣地を新設している暇はなく、配置できる歩兵部隊は残されていなかったので、師団長はここに戦闘経験のほとんど無い後方要員（衛生隊・輜重兵・入院患者・経理部勤務班など）388名を配置して陣地を補強した。砲兵出身の内山師団長は、台地の両端に側防専任の山砲（九四式山砲）3門を巧妙に配置した（北側1、南側2）。10月6日未明、ついに中国軍の第一波が東山寺陣地に殺到し攻撃が始まった。重火器・迫撃砲に支援された中国兵は手榴弾を投じながら陣地に進入し、稜線を超えて西進する勢いを見せた。南側側防砲兵は直ちに陣地内に砲撃し、北側の山砲も零距離射撃で突撃を破砕した。混戦の数時間後中国軍は後退したが、この日以来、中国軍の5個師は毎晩入れ代わり立ち代わり波状攻撃を繰り返した。10月7日、漢口で内山師団長からの親書を受け取った第3飛行団長遠藤三郎少将は、翌日、軽爆撃機に乗り込んで砲撃に晒されている宜昌飛行場に着陸した。内山師団長から兵士の空輸を懇願された遠藤少将は、荊門飛行場へ折り返し、歩兵小隊と機関銃分隊（45名）のピストン空輸を行うことにした。兵士らは九七式輸送機（乗員8～10名）で空輸されたが、3回目の着陸の際に敵砲弾の中を強行着陸したため、輸送機が被弾して空輸は中断された。また第3飛行団は全力を挙げて宜昌周辺の敵を攻撃した。一方、第13師団の苦戦を知った軍司令部は、第39師団と早淵支隊を救援に向かわせた。10月10日午前2時30分、中国軍は双十節を期しての総攻撃を東山寺正面に加えてきた。中国兵の必死の突撃に陣地の一角が一時危機に瀕したが、守備兵の逆襲と側防山砲でかろうじて撃退した。第13師団司令部では、万一の自体に備え第一線の連隊から下げられていた軍旗の奉焼、秘密書類の焼却、師団長以下幹部の自決場所の設営などの準備を整え、軍司令官宛の訣別の電報が用意されていた。10月11日、第39師団が到着し翌日から両師団は攻撃に転じたが、中国軍は10日夜と11日夜の雨天、暗雲を利用して全軍をすでに後退させていた。中国軍の退却を察知した第3飛行団は全力で猛攻撃を加え15キロ爆弾128個、50キロ爆弾270個を投下した。その後、日本軍は10月26日まで江北方面各地に進攻した中国軍の掃討を続けた。