1232年、ブラバント公ヘンドリック（アンリ）1世より都市権を得た。簡単な市壁に守られた町には、約170軒の住宅があった。市壁の外には小さな城も建てられていた。この町が発展した理由の一つに、ここがホラントとリェージュを結ぶ交易路の途中に位置していたことが挙げられる。1388年にはより強固な市壁が造られ、1413年から1420年にかけて市壁の内側に新たに城が造られた。1486年にはヘルダーラントの軍勢に略奪され放火された。1502年にはより強固な市壁と城の再建が完了したが、1543年には再び侵略を許している。これはこの都市の財政窮乏が防御施設の手抜き工事を生んだからであると言われている。1554年には大火災が街を襲い、市街の75%が破壊されたが、オラニエ公ウィレム1世のもとでまもなく再建された。1568年から1648年にかけての八十年戦争の時には、何度もスペイン側に寝返ったが、スペイン側の反乱軍に焼き討ちをされ、最終的には1583年にスペイン軍に市壁を完全に破壊されるに至った。その後、アイントホーフェンは1629年までネーデルラント連邦共和国には加わらなかった。バタヴィア革命時にはフランス勢力に町が再び破壊され、19世紀に産業革命が起こるまで地方の小さな町に甘んじていた。産業革命期には道路・鉄道・運河が建設され各地との交通状況が劇的に改善されるとともに、電球ソケット製造業者として1891年に創業したフィリップスがこの街に電器器具製造拠点を設けたことが街を急速に発展させた。20世紀初頭にはトラックを始めとする自動車製造業も盛んになり、DAFトラックもこの街で創業した。このころ、旧来からのタバコ産業や繊維産業は電機産業に業態転換していった。しかし、第二次世界大戦（オイスター作戦）によって街のほとんどが一旦破壊された。そのため、歴史的建造物はこの際に失われている。戦後復興を果たし、現在へと至っている。
東京都新宿区は、昭和22年（1947年）3月15日、当時の東京都四谷区、牛込区、淀橋区が合併して成立した。以下、明治時代初期から新宿区成立までの行政区画の変遷について略述する。江戸が「東京」と改称されたのは慶応4年（1868年）のことである。慶応4年7月17日（1868年9月3日）、「江戸ヲ称シテ東京ト為スノ詔書」が発せられ、東京府が設置された（9月8日に明治と改元）。以後、明治22年（1889年）に東京市が発足するまでの過渡期には、東京府の行政区画はめまぐるしく変遷し、番組制、大区小区制、15区6郡制等と呼ばれる制度が相次いで実施された。明治2年2月（1869年3月）、東京府では、町地と郷村部との境界線を定める朱引（しゅびき）が行われた。これは、皇居を中心とした市街地（江戸時代の町奉行所支配地に相当）を朱引内とし、その外側を郷村とするもので、朱引内を50の区画に分けて、50番組（50区）が設定された。これとともに、江戸時代から続いていた名主制度が廃止された。同年5月、周囲の郷村部にも5つの組が設定され、これを地方5番組と称した。後に新宿区となる区域は、このうち朱引内の24番組から26番組、および地方1・2番組に属した。 明治4年6月（1871年7月）には朱引が見直されて、朱引内は44区、朱引外は25区（計69区）に区分された。明治4年7月（1871年8月）には廃藩置県が実施された。これにともない、同年11月（1872年1月）、従来の東京府、品川県、小菅県が廃止され、新たな東京府が設置された。同時に朱引が廃止されて、府内は6大区・97小区に分けられた（いわゆる大区小区制）。明治7年（1874年）3月、区割りは再度見直され、朱引が復活。朱引内外に11大区・103小区が設置された。後に新宿区となる区域は、このうち朱引内の第3大区5・6・9 - 11小区、第4大区10・11小区、第8大区2 - 4小区に属した。その後、郡区町村編制法の施行に伴い、大区小区制は廃止され、明治11年（1878年）11月2日、東京府下に15区6郡が置かれた。新宿区の前身にあたる3区のうち四谷区と牛込区はこの時設置された。明治22年（1889年）、市制・町村制が施行され、同年5月1日、東京市が成立。四谷区と牛込区は東京市の区となった。大正9年（1920年）、豊多摩郡内藤新宿町が四谷区に編入された。淀橋区は、昭和7年（1932年）、東京市が周辺の5郡82町村を編入し、いわゆる「大東京市」となった時に成立したもので、もとは豊多摩郡大久保町、戸塚町、落合町、淀橋町であった。昭和18年（1943年）7月1日、東京府と東京市が廃止されて、新たに東京都が置かれ、四谷区、牛込区、淀橋区を含む35区は東京都直轄の区となった。昭和22年（1947年）3月15日、前述のとおり、これら3区が合併して新宿区となった。新宿区では、昭和40年（1965年）から住居表示が実施されているが、平成22年（2010年）現在、住居表示未実施の区域が多く残っている。ただし、旧四谷区の区域では、1943年（昭和18年）に大規模な町名町界整理が実施され、明治時代初期に存在した町名は大部分が失われている。旧町名は、江戸時代以来の名称を引き継ぐものも多かったが、明治時代初期に新たに起立した町名も多かった。「○○屋敷」「○○町代地」「○○寺門前」といった、旧幕府時代の伝統を引き継ぐ小規模な町は、明治2年（1869年）前後に数か町が合併されて、新たな町名を付した例が多い。また、明治5年（1872年）には武家地、寺社地など、それまで町名のなかった土地に新たに町名を付した。こうした町名設置は、おもに戸籍整備上の必要性から実施されたものである。