この頃、エジプト政府は英国の強い統制の下にあり、ヨーロッパ列強はスーダンでの騒動について次第に警戒するようになった。そうした本国の情勢をうけ、エジプト政府内部にあった英国顧問団は更なる部隊の派遣を黙認した。1883年夏、エジプト軍はハルツームに集結し、最終的にその兵力は歩兵7000、騎兵1000、機関銃20と大砲数門に達した。この部隊はインドで勤務した英陸軍退役将校のウィリアム・ヒックス（ヒックス・パシャ）と12人のヨーロッパ人将校が指揮を執っている。ウィンストン・チャーチルはこの部隊を「おそらく、戦争に臨んだ最悪の軍隊である」と述べている。給与は支払われず、訓練はなされず、そして兵士たちは上官よりも敵に対して仲間意識があった。遠征軍がハルツームを出発した時には、ヒックスが救援しようとしていたオベイドは既に陥落しており、成功の確信はなかったがヒックスは進軍を続けた。遠征軍が近づいていた時、マフディーは40,000人の軍隊を集め、彼らに以前の戦いで敵から鹵獲した兵器を装備させ、厳しい軍事訓練を施していた。1883年11月5日にヒックスの遠征軍と衝突したとき、マフディー軍は信頼しうる軍隊になっており、エル・オベイドの戦いで敵を全滅させた。
1819年のムハンマド・アリーの侵略以降、スーダンはエジプトによって支配されていた（「トルコ人の支配」という意味でトゥルキヤと呼ぶ）。この植民地体制はエジプトによる重税と奴隷交易の禁止のためにスーダンの人々に憎まれていた。1870年代、モスリムのシャイフ（師匠）のムハンマド・アフマドは信仰の革新と国土の解放を伝道して、多くの信者を従えていた。やがて彼らはエジプトに対して反乱を起こす。1881年6月19日、ムハンマド・アフマドは自らを「マフディー」（イスラム世界での「約束された救世主」）であると宣言した。当時のスーダン総督ムハンマド・ラウーフ・パシャは彼を逮捕するために二個部隊を機関銃1丁とともに派遣した。部隊の隊長たちには、もしもムハンマド・アフマドを捕えれば昇進させるとの約束がなされていた。二つの部隊は蒸気船に乗ってナイル川を遡上してアバ島に到着、おのおの異なる方向からマフディーの村へ向かった。8月17日夜、二つの部隊は同時に到着するが、闇夜の中で誤って同士討ちを始めてしまう。貧弱な武装のマフディーの信者たちが攻撃をかけて代わる代わるこれを撃破した。その後、マフディーは首都があるハルツームから遠く離れたコルドファンへの戦略的後退を始める。これは預言者ムハンマドの故事ヒジュラ（「避難」）を模倣した勝利の行進として言い表され、マフディーが唱える「トルコの圧政者」に対するジハード（聖戦）への多くのアラブ部族からの支持をかき立てた。ファショダから派遣されたエジプトの遠征部隊は12月9日の夜に待ち伏せを受けて虐殺されている。反乱の拡大を憂慮したエジプトのスーダン行政府は、ユセフ・パシャの指揮下に4000人の兵士を集めた。エジプト軍はマフディー軍の集結地に向かった。マフディー軍はみすぼらしい服装で、半ば飢え、棒と石しか持っていなかった。しかし、自信過剰になったエジプト軍はマフディー軍の前で歩哨も立てずに夜営する愚行を犯してしまう。1882年6月7日、マフディー軍は攻撃をかけ、エジプト軍を殲滅した。反乱軍は大量の武器と弾薬、軍服その他の補給品を鹵獲した。
シャヌートが最初に航空機に興味を抱いたのは、1875年にヨーロッパを訪問したときだった。その後 アルフォンス・ペノーやオットー・リリエンタールに触発されて、建築技師の仕事を退いてから自らも飛行の研究を始めたのは60代になってからのことだった。当時（1880年代末）、ペノーは故人だったがリリエンタールは生きていて活動中であり、シャヌートと手紙のやりとりをしている。飛行機開発におけるシャヌートの指向は「空中での安定性向上を優先すること」であり、そのためにグライダーで実地に滑空を繰り返した（もちろん高齢であるシャヌート自身がグライダーに搭乗したという記録は見当たらない）。これはリリエンタールの流れを汲む路線であり、サミュエル・ラングレーやクレマン・アデールの「動力による離陸を第一とする」路線とは対立するものであった。シャヌートは当時の世界の飛行機実験家から可能なデータをすべて収集した。1891年から1893年にかけて雑誌にこれを連載したのち、1894年にはこの内容をまとめた書籍『飛行機械の進歩』"Progress in Flying Machines"を発表した。この本は世界で初めて航空研究についてまとめられた書籍であり、数年後、ライト兄弟にも読まれた。また、1893年のシカゴ万国博覧会では、航空機の航法に関する国際会議を主催して成功させた。グライダーの実験は1896年、シカゴに近い、ミシガン湖畔の砂丘で始められた。オーガスタス・ヘリングやウィリアム・アヴェリー（William Avery ）ら、より若い飛行機研究者との共同作業で、実際に搭乗したのはヘリングとアベリーであった。シャヌートのグライダーと言えば長方形の翼をした複葉機・三葉機（これらはシャヌート＝ヘリング型と呼ばれる）が有名だが、初期に使われた機体は単葉機や多翼機であった。これらはいずれもリリエンタールのものにヒントを得て作られたハンググライダーであり、建築技師としての経験が活かされた堅牢な構造をしていた。このグライダー実験の経験から、シャヌートは重量の増加を伴わずに揚力を増やすには、複数の翼を積み重ねることだと確信した。彼のグライダーは約2,000回の滑空を安全に行なった。シャヌートはこれらの業績によりアメリカの航空（グライダー）界で指導者的な地位についた。シャヌートは多くの初期の飛行機研究家と文通があった。その相手には、ガブリエル・ヴォアザン、ジョン・J・モンゴメリ、ルイ・ブレリオ、アルベルト・サントス・デュモンらがいる。1897年にはイギリスのパーシー・ピルチャーと文通を開始し、ピルチャーは後にシャヌートのアイディアを元に三葉機を製作するが、飛行試験を行なう前にグライダー事故で死亡した。