旧東京大学理学部より分割された工芸学部と、工部省所轄の工部大学校を統合して、1886年に帝国大学工科大学（1897年より東京帝国大学工科大学）が設置された。当時は土木工学科、造家学科、機械工学科、造船学科、電気工学科、採鉱及冶金学科、応用化学科の7学科で構成されていた。その後、1919年に分科大学制が廃止され東京帝国大学工学部となった。1942年に、本郷地区（東京都文京区）を第一工学部に改称し、千葉県千葉市に第二工学部が設置された。1949年に新制東京大学工学部となった時には、土木工学科（現・社会基盤学科）、建築学科、機械工学科、精密工学科、船舶工学科（現・システム創成学科）、電気工学科（現・電気電子工学科）、計測工学科（現・物理工学科・計数工学科）、石油工学科（1951年廃止）、鉱山学科（現・システム創成学科）、冶金学科（現・マテリアル工学科）、応用化学科（現・応用化学科・化学システム工学科・化学生命工学科）の11学科で構成されていた。同時に、第二工学部を母体として生産技術研究所が設置された。その後、さらなる学科統合・新設・改称を経て、現在は16学科となっている。工学部は科学技術の進歩と産業界からの要請に合わせて学科組織の改編を行ってきたため、他学部に比して学科の変遷が激しい。近年では、社会基盤学科、マテリアル工学科、システム創成学科といった分野横断的な学科が新設されている。大学院に関しては、1953年に新制の大学院が設置されたが、当時は人文科学・社会科学・数物系・化学系・生物系の5研究科であった。1965年にこれを改組し、工学系研究科が設置された。
長い間日本国外に渡航していた徳郎が帰国してきた。ところが彼とまつざか先生の間にふとした誤解から軋轢が走り、まつざか先生は別の男性に婚約を申し込まれ、徳郎との間で揺れ動く。さらに、徳郎は尊敬する保根田教授からアフリカで新種の恐竜・ブタバナザウルスの骨を発掘することを持ちかけられ、2人の距離は開いていき、遂には破局してしまう。その後、居酒屋で飲んだくれていたまつざか先生は、偶然居合わせた野原一家に本当はまだ徳郎を愛していることを打ち明け、それを聞いたかすかべ防衛隊は徳郎を説得しに行く。まつざか先生を取り戻す決意をした徳郎は、どうにかまつざか先生の婚約者から先生を取り戻す事に成功、2人は公園で互いの愛を確かめ合い、徳郎は帰国後にプロポーズすることを約束して旅立った。しかしアフリカ（南ボボ・ザルマータという架空の国）へ渡った数日後、徳郎は保根田教授に誘われて行った現地のカフェで起きた無差別爆弾テロに巻き込まれて命を落としてしまう。ニュースでその事実を知ったまつざか先生は、幼稚園の関係者達や、自分が発掘に誘った事で徳郎を死なせる事になったと罪悪感に打ちひしがれる彼の恩師 保根田教授の前では気丈に振る舞うも、実際は自分の体を疲れさせ、その上で酒を暴飲し、内臓をボロボロにして死んで徳郎の後を追おうと考えるまでに精神的に追い詰められていた。ある日とうとう幼稚園の敷地内で酒を飲んでいるところをばら組の園児・河村やすお（チーター河村）に見られ、彼からそのことを聞いた園長から厳重注意され、謹慎処分を受けることに。その後、居酒屋で酒をあおっていたまつざか先生は、自分に絡んできた女チンピラたちを蹴散らし、その場面を目撃していた三木ボクシングのオーナーから女性ボクサーのスカウトを受け、さらに自分が蹴散らした女チンピラ達のボスで元三木ボクシング所属の女性ボクサーから勝負を申し付けられる。それを聞いたまつざか先生は、ボクシングで体をボロボロにして死のうと思い、その申し出を引き受ける。そして迎えた試合本番、まつざか先生は相手に圧倒的に押されるが、それは相手の攻撃でボロボロになって死ぬための行動だった。その時、しんのすけや事情を知ったかすかべ防衛隊とよしなが先生、高倉園長が駆けつけ、しんのすけは徳郎の母から預かってきたあるものをオーナーに読み上げてもらう。それは、徳郎がテロに遭う直前にアフリカで書き遺したまつざか先生に宛てた手紙だった。亡き徳郎の言葉によってまつざか先生は再び生きる気力を取り戻し、相手にTKO勝ちを果たす。立ち直ったまつざか先生は徳郎の後を追おうとすることを止め、彼の言葉を大切にして徳郎の分まで逞しく生きていこうと決意。しかし、まつざか先生が勤務中に飲酒していたことを知ったPTA会長とその一派の保護者達が幼稚園に押しかけ、緊急会議を開いてまつざか先生を辞めさせるよう要求する。そこへ園児たちがまつざか先生を辞めさせないで欲しいと説得に現れ、更にみさえ達の意見によってPTA総会の会長をはじめとする解任派は言い負かされ、まつざか先生の辞職は回避され、彼女の処分は3か月の減給で済むこととなった。それからしばらくした後、保根田教授たちは、ブタバナザウルスの化石を再発掘するため治安が安定してきたアフリカの南ボボ・サルマータへ渡航する。そのときまつざか先生は空港で、徳郎の形見であるブタバナザウルスの恥骨の化石を教授に渡す。全ての化石の発掘が完了した数日後、化石で再現されたブタバナザウルスが各地の博物館で展示公開された。その中には、徳郎の形見の恥骨の化石も組み込まれていた。アニメではこのエピソードは放送されていない。また、徳郎が南米に赴任した後のエピソードでは登場していないが、まつざか先生が婚活を始めており、徳郎との恋愛はどうなっているのかは不明のままになっている。