5月4日、サンフィッシュは3回目の哨戒でトラック諸島、カロリン諸島方面に向かった。しかし、この哨戒では目ぼしい日本船には遭遇せず、5月23日にアンガウル島の偵察を実施し、5月28日にはヤップ島の東500海里にあるファイス島の精製所に対して3インチ砲による艦砲射撃を実施した。6月24日、サンフィッシュは57日間の行動を終えて真珠湾に帰投した。7月28日、サンフィッシュは4回目の哨戒で東シナ海、台湾方面に向かった。8月13日、サンフィッシュは北緯24度04分 東経142度01分の地点で2隻から3隻の大きな目標を発見し、魚雷を6本と4本の計10本発射。魚雷は二度目に発射した4本の魚雷のうち3本が特設砲艦江戸丸（広南汽船、1,299トン）に命中し、高さ60メートルはあろう炎が望見されたが、これが江戸丸の最後の姿であった。サンフィッシュでは、撃ち沈めた目標は「1万トン級輸送船」と「1万トン級タンカー」であると判断していた。8月23日未明には、北緯22度35分 東経119度10分の地点で10隻の輸送船団を発見し魚雷を3本発射、「黒龍丸型輸送船」の撃破を報じた。9月3日夜、スコールから抜けたサンフィッシュのレーダーが複数の目標を探知し、翌9月4日未明にいたり、北緯22度06分 東経119度50分の高雄南西90キロ地点で接近しつつある輸送船2隻と護衛艦1隻に対して魚雷を4本発射。魚雷は陸軍輸送船宏山丸（山本汽船、4,180トン）に2本が命中し、宏山丸はすぐに沈む気配を見せなかったので曳航されていったが、翌日沈没した。帰途途中の9月18日には、北緯25度02分 東経145度11分の地点で大型輸送船と2隻の「鴻型水雷艇」を発見し、魚雷を3本発射。2つの爆発音に続いて40発もの爆雷攻撃を受けたが被害はなく、5,600トン級輸送船の撃沈を報じた。9月25日、サンフィッシュは60日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。真珠湾に回航されて改装を行った。
上海クーデターと寧漢分裂の後、武漢国民政府の汪兆銘、唐生智らの勢力と、南京国民政府の蒋介石、新広西派の勢力は政治、軍事など多方面にわたって抗争を展開し、正統という地位を獲得しようとした。上海クーデターの後、新広西派の勢力は拡大した。蒋介石は何応欽と連絡をとり、新広西派に属する国民革命軍第7軍を解散させ新広西派に打撃を与える準備をした。しかし、何応欽が同調しなかったため、蒋介石の新広西派を攻撃する計画は成功しなかった。当時寧漢双方のいずれもが西北で既に北伐軍陣営に参加すると宣言した、元国民軍の馮玉祥を自陣営に引き入れようと尽力をしていた。馮玉祥は兵を20万人以上擁し、寧漢双方の相違の調停を取り持ち、併せて寧漢双方の北伐の継続を図った。1927年5月、南京国民政府は北伐を継続し、新広西派第7軍を北上させ山東省内に進攻させ、張宗昌、孫伝芳ら北洋軍閥を追い払った。同時に、武漢国民政府もまた、北伐に派兵し、河南省へ進攻した。1927年7月、武漢国民政府（漢方）は唐生智、程潜、張発奎らの部隊を東方に進め南京国民政府（寧方）へ進攻した。新広西派は武漢国民政府の作戦を口実に迅速に部隊を動員して、南京付近にもどり、併せて浙江省に駐屯している国民革命軍第26軍周鳳岐と連絡をとり、南京に対する包囲を形成した。その後、李宗仁と程潜の部隊の協議が成立し、相互に攻撃しないこととし、これをもって蒋介石に対し圧力を加えた。7月15日、汪兆銘は武漢で「国共合作の解消」を実施し、共産党員と国民党内の左派を追放したので、共産党はこれにより全国で抑圧され地下活動に転じることとなった。寧漢双方の根本的な政治的対立点が消滅し、寧漢が合流する基盤ができたのだが、武漢国民政府は依然として蒋介石の下野をあくまで主張した。8月、奉天派軍閥の張作霖は、張宗昌、孫伝芳の南下、南京進攻を支援した。8月6日、蒋介石が自ら指揮した徐州戦役が失敗し、国民革命軍第1軍王天培の部隊の損害は甚大で、江蘇省北部の交通の要所で軍事上の要衝徐州を失った。南京国民政府は背腹に敵を受け、形勢は危ういものとなった。蒋介石は徐州作戦の勝利によって武漢国民政府の圧力に対抗することを元々の計画としていたが、失敗した。この戦闘で王天培は敗戦の罪を問われ処刑された。8月8日、新広西派首領の李宗仁は武漢国民政府に電信を発し、「全体の善後策」を要求した。それは蒋介石の下野を要求するものだった。蒋介石は徐州から南京に戻り、新広西派第2位の白崇禧に武漢国民政府の作戦に対する部隊配置を命令した。しかし白崇禧の公然とした抗命に遭ったので、蒋介石はやむを得ず下野するとの電信を発し表明した。蒋介石の自発的下野によって、武漢国民政府は一時「討伐」の目標を失った。新広西派は何応欽の部隊を動かすことができるようになり、はじめに北方軍閥を迎え撃った。8月末、孫伝芳軍と南京国民政府軍隊とが争奪戦を繰り返した結果、新広西派と何応欽の第1軍は竜潭で全面反攻を開始し、南下進攻していた孫伝芳の主力6万人余を撃破した。孫伝芳はただ十数人の衛兵をつれただけで長江の北岸へ渡って撤退し、南京の情勢は落ち着いた。この後孫伝芳は次第に政界から遠ざかって行った。9月11日、新広西派の主導の下、寧漢双方と国民党元老の多数とで上海で会議を開き、双方の連合を交渉した。新広西派と国民党内部の「西山会議派」はいっしょになって武漢国民政府の汪兆銘を排斥し、新広西派の主導する「中国国民党中央特別委員会」で「寧漢合流」を成立させ、汪兆銘に圧力を加え下野させた。汪兆銘は下野したものの、依然として新広西派に反対する武漢国民政府の唐生智、程潜と連絡をとっていた。同時にまた、武漢国民政府の張発奎が広州で中央、新広西派と対抗して立つよう策動した。この時共産党の武装化により、張発奎の部隊は南下して広東省に進攻し、また程潜の部隊は湖南省防衛のために移動し、武漢政府軍はほぼ唐生智により支配され、加えて蒋介石、汪兆銘が前後して下野した。このため、寧漢双方の対立は、南京国民政府の蒋介石、武漢国民政府の汪兆銘の間の政治対立から変化し、南京国民政府の実権を握った新広西派と武漢国民政府の実権を握った唐生智との間の政治対立となった。