大学卒業後の1918年9月26日、明治神宮造営局属として官吏となり、内務省神社局属を兼ねた。しかし、1919年7月末にこれを辞職し、以降は嘱託として神社調査事務に就いた。1923年4月には法政大学予科教授となり、以降、法政大学の文学部や高等師範科、東京女子大学、立教大学、武蔵高等学校などでも教鞭を執るようになった。1927年6月、新設された「日本文化史」講座に招かれる形で、九州帝国大学法文学部助教授となり。1929年6月には教授に昇任した。1934年から1936年にかけてはドイツに留学した。九州帝国大学における門下生には、西尾陽太郎、城福勇、田村円澄や西高辻信貞らがいた。第二次世界大戦の戦時下において、図書館長や法文学部長を歴任したが、1944年11月8日には妻・芳に先立たれ、1945年6月19日の福岡大空襲では自宅と蔵書を焼失した。戦後は、1945年12月31日に学部長を辞し、1946年3月31日に大学を退職した。この頃、後妻・安子を迎え、太宰府に移り住み、『太宰府小史』の刊行に関わった。1948年4月には公職追放の対象とされたが、1950年10月に解除に至った。公職追放となったのは、著書『日本思想の研究』、『現代の問題としての復古思想』が、「好ましくない人物の公職よりの除去に関する覚書」にいう「G その他の軍国主義者及び極端な国家主義者」にあたるとされたためであった。1951年5月には北海道大学教授となり、大学院の設置に尽力した。1955年5月には東北大学教授へ転じ、村岡典嗣の退官後10年にわたって空席だった日本思想史研究室を再興した。定年後の1957年には國學院大學教授となった。
2010年4月1日に新理事長として嘉山が着任すると、まずは、改革の進め方として組織改革に重点を置き、「一切の先入観をもたず、すべて白紙、一から行います。利権や縁故は一切排除し、大学の教授選考と同様に厳正に決定し」、責任の所在を明確化した上で、「今いる職員のモチベーションを高め、いかに仕事をしてもらうかを第一に考え」ることを明言。同日の告辞のなかでは、「世界トップ10〜20のがん研究・医療の展開」や「正規職員の増員、職員の福利厚生の向上」などの基本的プリンシプルが示された。そして、独法化後2か月の間で、診療体制の抜本的な見直し、各種委員会組織の再編・統合（病院と研究所の連結）、治験の実施状況・治療成績の公開、「がん対話外来」の設置、総合内科の新設、レジデントの処遇改善、東京大学との連携大学院構想など「新生NCC」の取り組みが進められるとともに、「世界最高の医療と研究を行う」、「患者目線で政策立案を行う」とする理念と「がん難民をつくらない」などの使命が発表された。こうした取り組みの成果も着実に見られ、たとえば、2010年10月の総合内科の設置によって、これまでのがんセンターでは見ることのできなかった合併症を抱えるがん患者にも対応できるようになり、「がん相談対話外来」については利用者のほぼすべての方が満足しているという結果が得られている。経営改善についても、2010年4月から6月までの決算で当初の計画に比べて17億円ほど収支改善が見られ、これらを財源として、事務職員の常勤化による専門職化による管理運営部門の強化にも努めている。さらに、ドラッグラグの解消を目指して、全国377のがん診療連携拠点病院をとりまとめ、がん治療薬の治験の共同実施を行う枠組みを整備している（2011年1月より実施）。研究面での改革は、病院と研究センターの連携を深めるために、2011年2月から「リサーチカンファレンス」を開始。病院と研究所、双方のスタッフが参加し、闊達な議論をたたかわせるカンファレンスを月1回開催し、臨床と研究の連携を強化するとともに研究成果の検証も行っている。2011年5月からは、中央病院と東病院において「バイオバンク（検体バンク）」を試験的に実施、秋から本格的な稼働に入った。さらに、島津製作所をはじめ各企業と包括同意を結び、企業との連携を強化するとともに、産官学が連携する新研究棟の整備に入っている。産官連携では、すでに、CICSと世界初の病院設置型加速器によるホウ素中性子捕捉療法に関する共同研究が始まっている。教育面では、「築地ユニバーシティー」「築地医学会総会」などがスタートし院内の教育体制の整備が進み、2012年度からは、慶應義塾大学、順天堂大学との連携大学院制度が開始。これによって、レジデントがセンターに籍を置きながら医学博士号を取得できるようになった。また、人事面では、独法化以前の中央官庁や国立病院機構との「周り人事」が、独法化すぐの中央病院看護部長の異動辞令を機にとりやめられた。採用は公募制を取るようになり、11年度新卒採用の事務職員公募には定員8名に対して800人の応募があった。さらに、後述の経営改善により、2010年度中に約150人の常勤職員が採用され、派遣・委託職員の削減、処遇改善がなされたことで職員のモチベーションが高まった（就任前に不足が問題になった麻酔科医も10人から15人に増加）。具体的な処遇改善は、派遣・委託職員の常勤化のほかに、レジデントの処遇改善（2009年度の年収350万円程度を、550万円以上に）、がん相談対話外来手当の創設（1回5000円）、観血的処置でリスクの高い業務に対する危険手当の創設（診療報酬の一定割合を医師に還元）、ガバナンス手当の創設（科長、副科長が対象。月3万円）、夜間看護手当等の改定（7600円から1万円に）、専門薬剤師手当の創設（月5000円）が挙げられる。そして、これらの改革が進んだことで経営面でも大幅な改善を見せ、全身麻酔の手術件数、病床稼働率がいずれも約5%増加するなど、2010年度の経常利益は29.6億円（目標は3.1億円）、経常収支比率は107.2%に達した。独法化1年後のナショナルセンターに対する厚生労働省独法評価委員会高度専門医療研究部会（座長・永井良三）の業務実績評価では、6ナショナルセンターの中でトップとなった。