前作「F.E.A.R.」同様、本作も恐怖表現が前面に押し出されたアクションシューティングである。しかし前作の間接的なホラー表現とは異なり、恐怖表現がより直接的に、生命に関わる形になっている部分が非常に多い。本作のストーリーは、前作のラスト直前から始まるが、前作の拡張パックの内容はまったく加味されていない。主人公も特殊部隊F.E.A.R.の隊員ではなく、アメリカ軍の別人となっている。本作の主人公も当初は普通の人間だが、ある時期を境に、超能力に目覚めるようになる過程が描かれている。戦闘システムでも、上半身をそらして頭と銃口だけを出す「覗き込み」や、武器をホルスターにしまうと移動速度が上昇する部分が、廃止された。また、グレネードのピンを抜いても、相手に直接ぶつけるか、地面に落ちた後しばらくしてから爆発し、手から離さない限り誤爆しない点が、本作では一定時間で爆発するよう、変更された。（「武器」「グレネード」の項目を参照のこと）マップ構成も前作より、ロケーションが非常に豊富になっており、様々な地形・建物・装飾を持つエリアを、探索していく事になる。（項目「マップ」を参照のこと）
本作では、LANケーブルでゲーム機を繋いだり、インターネットに接続して、複数人で対戦プレイできる。マッチモード（対戦プレイ）では、限られたポイント内で武器や守備力などを設定し、様々な戦闘スタイルで楽しむことができる。例えば、強力な武器を持つ代わりにライフを低くしたり、銃を少なくしてグレネードを多く携帯するなど、様々な状態で自由に戦える。
本作において中心的な要素。アルマ（前作のオリジン計画）から始まった、一連の事件や計画の原因。現実での一般的なテレパシーに対する認識（意思の疎通・伝達・読み取りなど）とはやや異なり、精神や知覚・思考へ多彩な影響を与える能力となっている。テレパシー能力を持つ登場人物は、例外なくアルマからの影響を何らかの形で受ける。アルマに狙われている主人公は特にそうで、テレパシーを通してアルマの意思や思考、感情の変化を強烈に受ける。そのせいで主人公は物語で頻繁に、幻覚やノイズのような感覚異変、視界が暗くなる現象、光の幻影の目撃、などを体験することとなる。他の隊員も、アルマからのテレパシー影響によって変調を受け、場合によってはアルマに支配されることになってしまう。アルマのテレパシー能力は、登場人物の中では最も高く常軌を逸し、謎が多い。テレパシー能力を持つ者への影響や干渉、人体を溶かし殺すほどの強烈なテレパシー放射攻撃、精神を操るなど、驚異的な域に達している。かつてテレパシー妨害装置へ隔離されたが、それにも関わらず外部へのテレパシー影響を、完全に防がれなかった。ハービンジャー計画においては、指揮官兵とレプリカ兵に対してテレパシー処置を施し、人間兵器として利用されている。
1930年代後半、ポーランドのワルシャワ。ユダヤ人、ウワディスワフ・シュピルマンはピアニストとして活躍していた。しかし1939年9月、その生活が一変する。第二次世界大戦が勃発し、ナチスドイツはポーランド侵攻を開始、シュピルマンが公開録音をしていたラジオ局はドイツ空軍による突然の爆撃を受け倒壊する。なんとか脱出したシュピルマンは混乱の中で友人ユーレクの妹ドロタと出会い、以降、僅かばかりの友好関係を築く。帰宅した彼は、イギリスとフランスがドイツに対して宣戦布告をしたことを海外のラジオ放送で知り、戦争は早期に終結すると信じて家族と共に喜ぶ。しかし、状況は好転する事がなかった。ワルシャワはドイツ軍に占領され、親衛隊と秩序警察による過激な弾圧によって、ユダヤ人の生活は悪化してゆく。ダビデの星が印刷された腕章をつけることが義務付けられ、少しでも目立った行動をとるユダヤ人はナチス親衛隊の暴力にさらされるのだった。1940年後半には、ユダヤ人たちはワルシャワ・ゲットーに押し込められ、飢餓、迫害、そして死の恐怖に脅かされた。そんなある日、シュピルマンとその家族はその他多くのユダヤ人と共に親衛隊の命令で戸外に集められ、財産を取り上げられる。ほどなく彼らは絶滅収容所行きの家畜用列車に乗せられるが、シュピルマンだけは知り合いのユダヤ人ゲットー警察署長ヘラーの機転で救われ、その場を逃れる。ひとり残されたシュピルマンは、ゲットー内で強制労働を課せられる。ここでシュピルマンは、ドイツがユダヤ人抹殺を計画しているらしいこと、そして生き残ったユダヤ人たちが蜂起の準備をしていることを知る。シュピルマンは慣れない肉体労働に耐え切れずに倒れてしまうが、仲間の配慮で倉庫番や食料調達の仕事に回される。シュピルマンは蜂起への協力を志願し、食料調達の立場を利用してゲットーへの武器の持ち込みを手伝う。そんなある日、食料調達のため街（ゲットー外）に出かけたシュピルマンは市場で知人女性ヤニナを見かけ、彼女を頼ってゲットーの外に脱出することを決意する。ゲットーを脱出したシュピルマンは、ヤニナとその夫アンジェイが加わる反ナチス地下活動組織に匿われて、ゲットーのすぐそばの建物の一室に隠れ住む。ほどなくユダヤ人たちのワルシャワ・ゲットー蜂起が起こり、シュピルマンは部屋の窓からドイツ軍との激しい交戦を目の当たりにするが、蜂起は鎮圧され、ゲットー内の大半の人が殺される結果に終わる。その後の1年で、ワルシャワの状況は一層悪化する。シュピルマンは隣人に存在を気付かれ、隠れ家から逃避しなければならなくなった。アンジェイに手渡されていたメモに書かれていた住所の家を訪ねると、姿を現したのはドロタだった。シュピルマンはドロタの夫ミルカに匿われ、ドイツ軍の病院の向かいにある隠れ家を提供される。しかし支援者からの食料差し入れが滞り、内臓疾患で死にかけたこともあった。1944年8月、ポーランド人の抵抗勢力はワルシャワ蜂起を起こした。しかし、この蜂起もナチスドイツに鎮圧され、ワルシャワは報復として完膚なきまでの破壊を受ける。シュピルマンは、廃墟の中で完全に孤立無援となった。ある日、廃墟の中で食べ物をあさっていたシュピルマンは、OGÓRKIの缶詰を発見する。何とか開けようと悪戦苦闘していたところ、連絡拠点設営の下見に来ていたドイツ軍将校ヴィルム・ホーゼンフェルトに物音で見つかってしまう。シュピルマンを見つけたホーゼンフェルトは尋問し、ピアニストであることを知るや、演奏するように命じる。その見事なピアノの腕前と、ドイツの敗退を予想するホーゼンフェルトは、密かにシュピルマンに食料を差し入れる。包みの中にはライ麦パンと共に、缶切りが添えられていたのであった…。