スズキ・メソードには生徒の明確な目標を定めるために『卒業制度』というものがある。教室のレッスンは、基本的にスズキ・メソード発行の教本を順に習っていくが、教本の各巻はスズキ・メソードが設ける「科」とほぼ対応している。（上級になると教本を使わず市販の楽譜を用いる場合もある。）生徒は各科の課題曲として決められた曲目をかつてはテープやMD、現在はCDなどに録音し、長野県の才能教育研究会本部に送って採点を受ける。録音の機会は1年に1回、秋ごろである。合格すると、卒業証書が送られてくる。ただし、録音をせずに次の練習曲に進むことも出来る。どの科にも共通だが、1つの科を何年もかけて卒業する生徒もいれば、1年のうちに複数の科を卒業してしまう生徒もいる。これはそれぞれの生徒の進度に合わせる。なお、ヴァイオリン科の「才能教育課程」はもとは「研究科一期」という名前だったが、豊田耕兒会長になってからテクニックなどあらゆる面で一つの区切りとなる過程として名称が変更された。
今日、日本のスズキ・メソード音楽教室には、ヴァイオリン科・チェロ科・フルート科・ピアノ科がある。ヴァイオリン科が最も歴史が長く、最も生徒数が多い。生徒数は才能教育研究会の公表によれば世界中に40万人強、日本国内では1万人弱で小学生以下が大半を占める。長野県に本部があり、日本全国に大きな支部が15、小さな支部が相当数ある。
1964年（昭和39年）以来、鈴木は毎年10人、5歳から13歳くらいまでの生徒を海外演奏旅行に連れて行った。これは「テン・チルドレン・ツアー」と呼ばれ、1994年（平成6年）まで30年間にわたり、20ヵ国384都市で483回にわたるコンサートを行なっている。なお、最初の「テン・チルドレン」には、後述する大谷康子や早野龍五が含まれていた。アメリカでは、1975年（昭和50年）ハワイ州で第1回世界大会を開催。さらに1978年（昭和53年）、鈴木は日米親善コンサートのため100名の児童を率いて渡米。アメリカ側の100名の児童も加わってケネディ・センターで行われたコンサートには、娘エイミーをスズキの教室に通わせるジミー・カーター大統領夫妻も臨席した。これらの活動によってスズキ・メソードは広く普及し、アメリカ各地で公教育にも取り入れられた。1999年（平成11年）の映画『ミュージック・オブ・ハート』でメリル・ストリープ演じる主人公のヴァイオリン教師が用いたのもスズキ・メソードである。2011年（平成23年）現在では日本の生徒数をはるかに凌ぐ30万人が学んでいる。ヴェネズエラでは、鈴木初期の門人である小林武史が1971年（昭和46年）に招かれ、スズキ・メソードに基づく教授法を伝えたことで、同国の文化政策エル・システマ成立に大きな役割を果たした。
物語は『黒き星の皇子』の直後から始まる。現代の地球で、人間社会を影から守る「ウィザード」と呼ばれる特殊能力者の一人である柊蓮司は、いつものように地球の守護女神アンゼロットから強引に任務を押し付けられた。今回の任務はある魔王を退治すること。その魔王は、柊の持つ魔剣で柊が直接トドメをささなければ倒されないという運命を持つという。柊はしぶしぶながらも今回の任務を承諾し、任務に同行する仲間である女性のウィザード「七瀬晶」と顔合わせをする。彼女は柊と同じ学校の生徒だったのだが、不思議なことに彼女は柊が持つ魔剣と全く同じ形状の魔剣を持っていた。コンビを組んだ二人は順調に任務をこなし、魔王が潜む異空間で決戦を行うのだが、柊がトドメを刺すのに失敗し、代わりに晶がトドメを刺すことになる。しかし、魔王を倒したと同時に異空間の次元の裂け目にと晶と柊の魔剣が吸い込まれてしまい、柊のみが通常空間へとはじきとばされてしまった。次の日、行方不明になった晶を心配しながらも登校した柊は、突如ゲタ箱から現れた謎の手につかまれてそのまま異空間にひきずりこまれてしまう。そして目が覚めるとそこにいたのは晶に似た顔つきの一人の少女。キサラと名乗ったその少女は彼女は柊に言う。柊はこの世界「ミッドガルド」の危機を救うことができる唯一の勇者であるのだと。ミッドガルドに迫る危機。それは神話の時代に現れ神々により封じられた「七つの奈落」が復活するという予言によるものであった。対奈落騎士団エクスカリバーに属するキサラによると、この危機を解決できるのは異世界に存在する一本の魔剣とその使い手のみであると予言に記されているという。柊の魔剣は前回の戦いで行方不明になったままだったが、キサラの師匠にあたるシャーナという女性からの情報で、魔剣はこの世界に存在することが判明する。さらに、行方不明になった晶の魔剣も……。あのとき異空間に飲まれた晶は柊の魔剣とともにミッドガルドに飛来してきたのか? そして柊が世界を救えるという予言はいかなるものなのか? さらに、「柊はミッドガルドを滅ぼすものである」という第二の予言の存在が判明し、事態は混迷を極める。柊を排除しようとするアイギス戦団の追っ手や、状況を利用しようとす真帝国の追撃をかいくぐり、魔剣を回収しに向かう。魔剣が存在するのは、神山であるミョルニル山の近くに封印されている古代戦艦レーヴァテインの内部。そして柊たちがレーヴァテインに乗り込み魔剣を手に入れたとき、予言の真実が明らかになる。