その後、1954年の3011形に始まる大型車の導入により、他の小型車同様ドア部分に張り出し式のステップが取り付けられ、1956年までに左幕板部への尾灯の増設が行われた。また、同年9月4日に新在家駅構内で発生した衝突事故によって605と617が大破、617は即日廃車されたほか、605も1957年2月に廃車された。しばらくは1001形各形式とともに普通や伝法線での運用を中心に、ラッシュ時の区間急行や準急運用にも投入されていたが、大型車の増備が進むにつれて、車齢の高い本形式は701,1001形に次いで置き換えの対象となり、1959年12月にまず5両が廃車され、翌1960年2月には6両が廃車された。残る7両は3月と5月に休車となったが、9月のダイヤ改正で昼間時の普通のダイヤが「ジェットカー」の性能に合わせたダイヤとなり、朝夕もジェットカーと1101系各形式でまかなえるために復帰の余地はなく、12月に全車廃車された。なお廃車後609,610が淡路交通へ、604が野上電気鉄道へ譲渡された。どちらの路線でも全線廃止まで使用されたが、中でも、野上電鉄モハ24号となった604号は、同社線の廃止後元1100形ともども阪神に返還され、尼崎センタープール前駅近くの高架下にある阪神の施設で保存されている。阪神返還時に阪神の旧塗装(茶色)に塗り替えられているが、集電装置や台車は、野上電鉄時代のもの（Z型パンタ・南海中古の1067mm台車）となっている。通常は公開されていないが、公道から金網越しに見る事が出来る。1999年3月20日に開催された5261形引退記念イベントと、2010年10月9・10日、11月13・14日に開催された「21世紀の尼崎運河再生プロジェクト・レンタサイクル社会実験」の際に一般公開された。
その後も601形は普通を中心に運用されていたが、戦時体制下において物資統制が厳しくなるにつれて必要部品や消耗品の入手が困難になってきたことから、故障車の修理に苦労を重ねることとなった。そして太平洋戦争末期の1945年になると、戦災以外にも事故によって601形が被害を受けるようになった。3月21日夜には西宮駅留置中の602がコンプレッサー故障によって全焼したのを皮切りに、4月23日未明には三宮駅構内に留置中の車両のうち26両が焼失、601形は605,612,616の3両が全焼した。6月5日の神戸大空襲では東明車庫に留置中の603が全焼、被害はそれだけに止まらず、終戦直後の10月8日には春日野道駅付近で出水のため立ち往生した601,617,619がデッドアースのために全焼、601形の半数に近い8両が全焼するという手ひどい被害を受けた。これらの車両は他形式の被災車同様1946年6月29日付で廃車され、車体は錆止め塗装を施されたうえで尼崎車庫の片隅に留置された。このうち601~603の3両は翌1947年に、残りの車両も1949年までにそれぞれ川崎車輌、溝口車輌、関西工業の各社で復旧工事が実施されて車籍復活したが、この際に前面・側面とも大きく改造され、前面は1101形に準じた3枚窓となったほか、側面はd1D5D5D1dと、客用扉を移設して乗務員扉を設けたことにより大きく印象が変わった。併せて、乗り心地を向上するために台車中心間隔を広げる改造も同時に行われた。ただ、川崎車輌で復旧した車両と溝口車輌・関西工業で復旧した車両では運行標識板の取り付け位置が異なっており、前者は851形同様前面車掌台側に設けられたのに対し、後者は従来どおり貫通扉上に設けられていた。また、他形式同様1947年から数年間茶色と窓周りクリームイエローのツートンからに塗られていたほか、側面の車番表記も現在と同じ縦長ゴシックに変更された。この他、被災しなかった車両も1952年までに台車中心間隔を広げる改造が実施されたほか、ステップが残存していた車両は同時にステップを撤去して床をフラットにする改造が実施された。更に、1953年には全車ブレーキをSMEからAMAに改造、他形式との混結や同型車で4連を組むことが可能になった。
東北砕石工場の嘱託を務めていた賢治が壁材のセールスに上京して再び病に倒れ、花巻の実家に戻って闘病中だった1931年秋に使用していた黒い手帳に鉛筆で記されていたものである。冒頭部のページ上部に青鉛筆で「11.3.」の書き込みがあることから、同年11月3日に執筆したと推定されている。全166ページの手帳は全体として自省とその当時の賢治の願望が綴られた内容となっており、本作は51ページ目から59ページ目にかけて書かれている。この手帳は今日、研究者からは「雨ニモマケズ手帳」と呼ばれる。賢治の生前には手帳自体の存在が家族にすら知られておらず、本作も未発表のままであった。この手帳が発見されたのは、賢治が亡くなった翌1934年2月16日に東京・新宿で開催された「宮沢賢治友の会」の席上である。この会合には、招かれた賢治の弟・宮沢清六が賢治の遺品である大きな革トランク（上記の壁材セールスの際にも使用した）を持参していた。席上、参加者の誰かがこの革トランクのポケットから手帳を取り出し他の参会者にも回覧された。その模様を、同席していた詩人の永瀬清子が後に「この手帖がこの夜のみんなの眼にはじめてふれた事については疑いがないように私は思う」と書き記している。手帳の横にある鉛筆を入れる筒部分には、法華経への帰依をうたった短歌が書かれたメモが細く丸めて入れられていた。没後1年を記念した1934年9月21日付の『岩手日報』夕刊の学芸第八十五輯「宮沢賢治氏逝いて一年」に「遺作（最後のノートから）」と題して掲載。続いて1936年7月、日本少国民文庫の「人類の進歩につくした人々」（山本有三編）に収録された。この間、1934年 - 1935年にかけて最初の「宮沢賢治全集」（文圃堂）が刊行されているが、こちらには本作は掲載されていない。1936年11月には花巻に本作を刻んだ詩碑（後述）が建立され、1939年刊行の児童向け作品集「風の又三郎」（羽田書店）への収録などによって広く世に知られるようになる。手帳は、2007年7月 - 同年10月に賢治の描いた絵画などとともに国内各所で公開された。手帳の公開は1995年と1996年の公開から12年ぶりとなる。2011年4月11日、ワシントンのナショナル大聖堂において、東日本大震災の犠牲者を悼むための宗派を超えた追悼式が開かれ、サミュエル・ロイドIII世大聖堂長により本作が英語で朗読されている。