池端俊策は1979年の『復讐するは我にあり』の後、今村から「俺がやりたい原作は『楢山節考』『黒い雨』『村岡伊平治（女衒 ZEGEN）』だ」と言われ、池端が「『村岡伊平治』をやらして下さい」と言ったら、「分かった、テレビでもやりながらでもいいから考えてろ」と資料を渡されたと話している。しかし脚本クレジットは、今村と劇作家・岡部耕大の共同脚本である。岡部の演出する芝居の力強さに感心した今村が1985年12月末、岡部へ脚本を依頼した。
1986年8月22日、東京会館で製作発表が開かれた。岡田社長は「女衒のテーマは今村さんが探求してきた素材の一つ。シナリオも良く出来ているし、期待している。来年度大作にする」と話した。「東映と今村君でリスクを背負い合ってやる。このテのものは監督の情念の凄さで作品の出来栄え、興行価値が決まる。異色作になる。事と次第で大きく化けるテのものだ」、「東映が不得意なものは全部才能のある人に任せたらいい。全部任せてひと言もいわない方がいい。その代わり、君の方も背水の陣でやってくれと伝えた」などと話した。本作製作中にも五社英雄が東映で女衒ものを連作していたため、岡田は1987年の『キネマ旬報』のインタビューで「女衒ものはもうない」「今村さんがちょうどうまい具合に企画を持ってきた」、五社や今村が東映以外で撮ると上手くいかないとの評価については、「僕が作り方のヒントを最初にやるんだ。そうすると彼らは職人中の職人だから、こなすのも早いんだ」などと話した。
1983年の『楢山節考』が東映には珍しい国際映画賞をもたらしたことから、充分な製作費が今村に与えられた。製作費8億円。今村は『楢山節考』の次は『黒い雨』を考えていたが、青春時代を共有した浦山桐郎が急死したことで、自分にも時間がない、『黒い雨』よりエネルギーがいる『村岡伊平治伝』を先にやりたいと決意した。『楢山節考』から本作の製作まで間が空いたのは、今村の学校、日本映画学校の第1回作品『君は裸足の神を見たか』（ATG)のプロデュース業や学校の移転作業で多忙だったためで、1986年1月に東映と今村プロの提携製作が決まると共同脚本の岡部耕大と製作準備に入り、今村は単独で1986年元旦よりシナハン・ロケハンを始め、正式には1986年3月下旬から、4月上旬にかけて、台湾、マレーシアでシナハン・ロケハンを実施し製作がスタートした。
今村昌平は、1981年の『ええじゃないか』の後、当時の岡田茂東映社長に会って「死ぬまでにどうしてもやりたい企画が三本ある」と話し、『楢山節考』『黒い雨』『村岡伊平治（女衒 ZEGEN）』の3本を挙げたら「3本ともうちでやりましょう」と引き受けてくれたと述べている。3本とも今村が長年温めていた企画で『村岡伊平治』も20年来の企画であった。
幼なじみの女性、しほが香港で娼婦勤めをしていると知った伊平治は、娼館に乗り込みしほを救い出すが、これをきっかけに娼館を経営することになる。
ことわざの「薊（アザミ）の花も一盛り」より。意味はトゲが多くあまり見栄えのしないアザミでも花が咲く美しい時期があることから、器量のよくない女性であっても、年頃になるとそれなりの魅力や色気が出るものだというたとえ。
ミューザ川崎シンフォニーホール（大ホール）は2011年3月11日の東日本大震災によって天井が大規模に崩落し、その結果2013年4月1日まで休館（公式サイトより）。
川崎駅西口再開発事業の一環として川崎市幸区に建設され、2003年12月に竣工した。駅に隣接する立地条件を生かすため、オフィスビル（セントラルタワー）と文化・商業施設（シンフォニーホール）として作られた。 川崎駅西口からペデストリアンデッキで繋がっており、これまで拠点となる施設が無かった川崎駅西口の新しい名物となっている。またペデストリアンデッキで、駅の南東側の川崎日航ホテルや川崎ルフロンとも繋がっている。
遠征隊が高台に着いた時、地図の不正確さの影響が如何に大きいかを思い知らされた。先発隊の一部は沼地で道に迷ったが、その沼地は地図には記載されておらず、メガンティク湖到着がそれで遅れた。（上記地図の、スパイダー湖の周囲の部分）この一部の兵たちは、10月25日に高台に着き、それから2日たってメガンティク湖に到着した。10月28日、先発隊はショードール川上流を下ったが、この川にあるいくつかの滝の上の岩に、3隻のバトーがぶつかってひっくり返り、こわれた。翌日彼らはペノブスコット族のインディアンに遭遇した。インディアンたちは、自分たちはそう遠くないサルティガンに住んでいると言った。そこは、ショーディエール川に沿ったフランス植民地の最南端だった。メガンティク湖に到着したアーノルドは、後発の2部隊に兵をやって、湖の上部にある沼地の通り抜け方を教えた。しかしながら、後発隊への知らせに描いた道は、不正確な地図の情報をもとにしたため、アーノルド自身もその道を見ていなかった。その結果、大部分の部隊は、10月31日にショーディエールの滝に着いたが、一部の部隊は、その時すでに沼地で迷っていて、そこを通り抜けるのに2日かかった 。進軍のさなか、大尉のヘンリー・ディアボーンの犬が兵たちの食糧となった。ディアボーンの日記にこう記されている「皆は犬のすべてを、内臓までも食べてしまった。そして食事の後、彼らは骨を集めてつき砕き、それでスープを作って別の食事にした」。