上田長尾家出身の長尾顕景は、同じく長尾家出身の上杉謙信の養子となり、名を上杉景勝と改めた。謙信死後、御館の乱を制し、上杉氏の惣領となり、豊臣秀吉に仕え、陸奥会津120万石（会津藩）を領した。秀吉の死後、関ヶ原の戦いでは石田三成ら西軍に付いて敗北。しかし、戦後に家康から罪を許されて出羽米沢（米沢藩）30万石減封となり、1664年（寛文4年）に継嗣問題でさらに15万石（屋代・漆山・岩船に預かり地が7万石あり）に減封されたが、家格は国主とされた。減封されたにもかかわらず家臣を減らさなかったため、財政難に陥り、一時は領地を返上することまで検討されたが、第9代藩主上杉治憲（鷹山）による改革などによって藩政を建て直し、明治に至り伯爵。
憲房の庶兄上杉頼成の系統。上杉家では庶流筋であるが、子孫としては上杉定頼がおり、彼は一時扇谷上杉家の家督代行を務め、足利持氏に重用され安房国の守護となっている。長尾氏の養子となった上杉藤景の系統でもある。
越後では山内上杉家と犬懸上杉家が国衙領を2分割して支配しており、この半分を基盤として犬懸上杉家系の越後上杉家が成立したが、守護職は山内上杉家が継承していた。ところが、越後守護職を継承する山内上杉家系の上杉房方が養子として犬懸上杉家系越後上杉家を継承することで、越後守護を世襲する越後上杉家が成立した（系統的には犬懸上杉家・血統的には山内上杉家に属する。なお、山内上杉家の国衙領は引き続き同宗家が継承する）。越後上杉家から、越後国内に山本寺氏、山浦氏、上条氏を分家した。守護代の長尾氏と対立するようになり、上杉房定の代には長尾氏を抑え優勢となり全盛期を築き上げた。房定の死後は、上杉定実を擁する長尾為景によって上杉房能が自害に追い込まれるなど下克上され、上杉定実は為景の死後、伊達氏の支援により復権を図るものの天文の乱により挫折し、後継のないまま死去、1550年に断絶した。
憲房の子上杉憲顕の系統。鎌倉移住以前は椙谷上杉家ともいった。戦国時代に上杉憲政が長尾家出身の上杉謙信（長尾景虎）に家督を譲った。それ以降を特に長尾上杉氏とも呼ぶ。山内上杉家の分家として庁鼻和上杉家（後の深谷上杉家）が存在する。また、室町期の佐竹氏本家当主佐竹義人は山内上杉家の出身である。
憲房の子上杉憲藤の系統。四条上杉家とも。憲藤は足利尊氏の子の千寿王の執事となり犬懸に在住し犬懸家の祖となったとされる。憲藤の孫の上杉氏憲（禅秀）の代に上杉禅秀の乱により衰退し、関東の政治の主流派からは遠ざかったが、氏憲の子の多くは幕府に仕え血統は存続し、一部は堀越公方の関東執事となるなど、禅秀以降も関東の政治に足跡を残した。しかし、戦国時代を境にその動静は確認できなくなる。
詫間上杉家とも。憲房の養子上杉重能の系統。重能が高師直との政争に破れ死去し、山内上杉家から養子を迎え存続したが、嫡流は次第に山内家に吸収されていった。庶流としては、憲房の一子、上杉重兼の一族がおり、足利持氏の側近を務めた上杉憲直を輩出している。戦国期には北条氏綱に降り、後北条氏滅亡後は宅間氏を名乗り、徳川家康の旗本となった。
宇宙工学者で宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究本部教授の上杉邦憲（東京大学大学院・工学博士）は、米沢藩上杉家の16代当主にあたる（謙信から数えて17代目）。平成2年（1990年）に月衛星「ひてん」の打ち上げ、さらに 平成19年（2007年）、惑星探査機「はやぶさ」プロジェクトに従事した。「はやぶさ」の名称は邦憲と川口淳一郎によって大日本帝国の「一式戦闘機 隼」を由来として提案されたという。また、平成25年（2013年）に駐日大使として赴任したキャロライン・ケネディは「父ジョン・F・ケネディが上杉鷹山を尊敬し、就任演説に代表される考え方に影響を与えた」とスピーチで述べている。邦憲の長男・上杉裕憲は米沢上杉文化振興財団の理事として、国宝「上杉本洛中洛外図屏風」などを有する上杉博物館の管理運営などに携わっている。
前脳の腹側・下垂体原基の両側方に、左右一対の棒状の、独立した軟骨成分として発生する。発生が進むと左右の梁軟骨の、下垂体よりも前方の部分は伸長して正中で癒合し、交梁軟骨(trabecula communis)を形成。対して後方部は伸長して旁索軟骨（parachordal cartilage）と癒合する。 多くのグループではこれが背側に伸長し、眼窩中隔や鼻中隔へと発生する。このようなタイプの頭蓋形成はtropibasicと呼ばれる。 対して、背腹軸にほとんど伸長せず横に広がるタイプの頭蓋形成をplatybasicと呼び、哺乳類や両生類はこの形式を採る。脊椎動物における軟骨形成のほとんどは、脊索からのシグナルに誘導された中胚葉性の体節の分化によるものだが、梁軟骨とそこから発生する頭蓋骨の一部は脊索の前端よりも吻側にあるためこうしたシグナル経路とは無縁であり、しかも中胚葉ではなく神経堤細胞に由来するという点で特殊である。そうした極めて特異な点と脊椎動物の頭部形成に関する重要性から、形態学や比較発生学においてよく注目され、その進化的起源や発生プロセスについてはこれまで様々な説が存在した。現在は頭部神経堤細胞のうち、顎骨弓（第1咽頭弓）のさらに吻側を占める、咽頭弓に寄与しない領域の間葉から発生するとされる。