1900年4月15日にサマール島北部のカトゥビグでアメリカ軍部隊をフィリピン人ゲリラが急襲、町を4日間に渡り占拠し（カトゥビグの戦い）、これに対しアメリカ軍部隊も増援が来るまで粘った。1901年9月6日、マッキンリー大統領暗殺事件が発生。1901年9月28日、サマール島でバランギガの虐殺が発生。小さな村でパトロール中の米軍二個小隊が待ち伏せされ、半数の38人が殺された。アーサー・マッカーサーは報復にサマール島とレイテ島の島民の皆殺しを命じた。少なくとも10万人は殺されたと推定されている。またマッカーサーはアギナルド軍兵士の出身者が多いマニラ南部のバタンガスの掃討を命じ、家も畑も家畜も焼き払い、餓死する者多数と報告された。
アントニオ・ルナ将軍とグレゴリオ・デル・ピラール准将という優秀な将軍2人を失ったため、フィリピン軍は通常戦を戦う能力を急激に失っていった。フィリピン軍が山に逃げ込むとマッカーサーは彼らを非正規軍と宣言し、彼らとその協力者を逮捕拷問、殺害した。ミゲル・マルバールの指揮の下、戦況はゲリラ戦の様相を見せたが、アメリカ軍の勝利はその後も、プラン・ルパの戦い（1900年9月13日）、マビタックの戦い（1900年9月17日）と続いた。
アメリカ合衆国からは8月14日に11,000人の地上部隊がフィリピンを占領するために送られた。この時、フィリピン駐留アメリカ軍司令官となり、実質的なフィリピンの植民地総督となったのが、アーサー・マッカーサー・ジュニアである。（彼の三男がダグラス・マッカーサーである）アメリカ軍は、リンガエン湾でサン・ハシントの戦い（1899年11月11日）に勝利し、マッカーサーの本隊と合流した。黒人兵のなかに「なぜ白人のためにニガーがニガーを殺すのか」という疑問が広まり、1899年11月にはデビッド・ファーゲンら9人が脱走し、アギナルド軍に加わった。ファーゲンは現地兵をよく統率し、米軍に痛撃を与え、その功で現地軍の大尉に昇進し、フィリピン人の妻も得た。ティラード峠の戦い（1899年12月2日）で、グレゴリオ・デル・ピラール准将はアギナルドを逃がすために戦闘を遅らせたが、ピラール本人は最後の攻撃で殺された。
アメリカ合衆国は、フィリピン側にとって同盟者ではなく支配者になったと見られたため、フィリピン兵とアメリカ兵の関係は極度に緊迫したものであった。1899年1月1日にアギナルドが初代大統領に就任した。1899年1月21日、フィリピン第一共和国が建国される。植民地化を開始したアメリカ軍では、1898年から1902年の間にフィリピンで戦闘を指揮した将軍30人のうち26人は、インディアン戦争においてジェノサイドに手を染めた者であった。反乱を鎮圧するために行われた虐殺や虐待が報じられるようになると、戦争への賛成意見は減少した。
マーク・トウェインやアンドリュー・カーネギー、さらにはグロバー・クリーブランド元大統領に代表されるアメリカ反帝国主義連盟は、マッキンリー政権によるフィリピンの併合に強く反対した。また、フィリピン人はアメリカ合衆国に加わりたいと考えていると思い込み、フィリピンの併合は民意を反映していないと反対するアメリカ人もいた。戦争に対する反対意見の主な理由は、単にスペインからアメリカ合衆国にフィリピンの支配国が移り変わっただけであり、米西戦争の目的に反しているというものであった。
新石器時代の土器がラ・ロック・シアン洞窟から発見されている。ローマによる植民地化はサン・ジャン地区に重要な跡を残した。様々な建物の基礎に加え、高さ1.8mのガリア人戦士の像が発見された。像はカルヴェ・ダヴィニョン博物館に収蔵されている。1114年、皇帝ハインリヒ5世はモンドラゴンに高い権利とアルル大司教座の司法権を授けた。まちには神聖ローマ帝国皇子の称号が与えられた · 。1143年、ギヨーム・ド・モンドラゴンは大司教座の臣下となった。しかし12世紀初頭の憲章によると、まちはプロヴァンス伯レーモン・ド・トゥールーズの宗主権下にあったことを示している。プロヴァンス伯はドラゴネ家を家臣として認識しており、ドラゴネ家は自分たちの名を冠したカストゥルム、Mons Dragonisを丘の上に築いた。デルブー男爵領はオランジュ公国に属する飛び地であった。1128年のオランジュ公国の憲章では、デルブー男爵領がオランジュ公に忠誠を示した封土であると示している。プロヴァンス伯とアルル大司教間の闘争による影響が、何世紀にもわたって続いた。1178年、大司教の締めつけに抵抗して、トゥールーズ家はモンドラゴンに共同領主として通行料徴収所を与えた。14世紀に通行料徴収所は4箇所あった。1224年、ドラゴネ家はアルル共和国のポデスタになった。アヴィニョンにローマ教皇が着座した影響から、モンドラゴンの属するカウンティを担当していたアンジュー家とアルル大司教との争いが緩和された。緊張が落ち着くと、オランジュ公としてボー家の跡を継いだシャロン家がデルブー男爵としてモンドラゴン領主となった。次の世紀もこの宥和政策が続き、1510年以降デルブー男爵はアルマリックを封土として与えられ、モンドラゴンはオランジュ公に臣従した。1536年、カール5世がプロヴァンスへ侵攻した時、エクサン＝プロヴァンス高等法院の議員たちはモンドラゴンへ逃げた。同年、フランソワ1世がオランジュ公国をフランスに併合した。1560年、フランソワ2世は決定を元に戻し、共同領主がオランジュ公の称号をフランス革命まで維持し続けた。17世紀、シュズとロシュギュドがモンドラゴンの封土に加わった。デルブー男爵領はポール・ド・ミストラルの封土となった。アルル大司教や、名目上の共同公に替わって公国を支配していた2人の受託者は、1710年に自らを首長とコンシュルとした。17年後、モンドラゴン公の称号を持つ共同領主は6人存在していた。19世紀、ローヌ川の沖積平野に位置するコミューンでは、コムギ、アカネ、野菜、蚕の繭が生産されていた。コミューン東部の丘陵地帯では、鉱山から褐炭が掘られ、採石場からは砂岩も提供されていた。