意欲的に首脳外交、多国間外交を推進した。他国への政府開発援助については削減を進めたため、世界への発言力の低下に危機感を持つべきと批判を浴びたが、一方で日本の国柄の在り方を考える機会ともなった。また靖国神社参拝を巡り、中華人民共和国と激しく対立した（詳しくは下記の経緯、エピソードを参照）。東シナ海ガス田問題では、帝国石油に試掘権を与えるなど積極的な関与を行っていたが途中より、担当閣僚である経済産業大臣を、強硬派の中川昭一から親中派の二階俊博に変えてしまいソフト対応路線に転じた。その後民主党政権となったこともあり、結果的に東シナ海ガス田問題は、中国に一方的に押し切られる形となった。
2003年1月に「2010年に訪日外国人を1000万人にする」とする趣旨の施政方針演説で観光立国への意欲を見せ、「ビジット・ジャパン・キャンペーン」と呼ばれる訪日促進活動が実施された。リーマン・ショックによる影響などにより、この目標自体は在任中には達成できなかったものの、観光政策は成長戦略の一環として歴代政権に引き継がれた。日本の査証発給緩和や訪日プロモーションが実を結び、特に2010年代の訪日外国人旅行の伸びは、東日本大震災による落ち込みを経ながらも目覚ましいものとなり、第3次安倍内閣が2016年に打ち出した日本国政府目標では、2030年までに6,000万人を目指すこととされている。
プライマリーバランスの回復を目標とした財政計画作成・国債30兆円枠・公共事業の大幅削減・社会保障の抑制などを行い財政再建を推進した。その結果、就任時には一般予算・補正予算合わせて11兆8000億円あった公共事業費は退任時の平成18年には7兆8000億円にまで削減され、その一環として道路公団は民営化された。また社会保障費にはマクロ経済スライドが2005年4月に導入された。その結果、日本経済の回復（いざなみ景気）による税収増もあり、財政は大幅に改善した。しかし一方で公共事業削減に対しては、亀井静香議員などを始めとする、道路族と呼ばれる族議員などが反発した。また社会保障費の年間2,200億円削減は、社会保障受給者や病院などの供給者などの負担となり、医療制度問題となった。対照的に消費税の増税については、自身の内閣では行わないと発言し、議論も低調となったほか、累進課税色を薄めることも行わなかった。
金融再生プログラムを推し進め、バブルの遺産と呼ばれていた不良債権を処理し金融システム正常化を果たした。特殊法人改革においては「原則として廃止か民営化」を掲げ、郵政民営化・道路公団民営化・政策金融機関再編・独立行政法人の再編・民営化を実現させた。その結果、本格的な改善については持ち越されることになったものの、日本経済は一旦底打ちし、外需に牽引される形で失われた10年と呼ばれた長期停滞を脱出した。
小泉は閣僚の交代に批判的で、「一内閣一閣僚」を標榜していたが、田中眞紀子外相の更迭で原則を破り、2002年9月30日に内閣改造を行い、以後1年間をめどに内閣改造で定期的に閣僚を交代させていった。2001年の小泉内閣誕生から2006年の退任まで、一貫して国務大臣だった竹中平蔵のみが一内閣一閣僚に該当するという意見もある。また、これまでの内閣と異なり、大臣人事においては派閥領袖が推薦した人を任命せず、派閥均衡人事を保ちながら首相の一本釣り人事を行った。
2001年の自民党総裁選で他の総裁候補と同様にペイオフの解禁を公約に掲げた。しかし、不良債権処理が2004年までかかったため2005年4月まで解禁は先送りされた。
小泉内閣は各年度予算編成において国債発行額を30兆円以下に抑制することを公約として掲げた。実際に達成できたのは政権初期の2001年度と政権末期の2006年度予算の2回のみであった。ただし2001年時などでもNTT株の売却収入によって歳出補填がされるなどしたため、実質的な歳出削減は行われなかったことから批判が相次いだ。国債30兆円枠はシーリングによる財政管理政策であり、その結果として一貫して増加傾向であった一般歳出の増加は抑制されその後微減傾向に転換した。しかし、当時の政権が推し進めていた緊縮財政の下で、国債発行が抑制されて景気対策が疎かになり、日本のデフレを悪化させたという見方も出てきている。
しばしば超然とした性格を指摘される。チャーチルによれば、チャーチルが若手保守党議員だった頃、アイルランド議員が殴りかからんばかりの勢いでバルフォア首相に迫ってきたことがあり、チャーチルら若手議員はいつでも取り押さえられるよう身構えたが、バルフォアは全く動じず、まるで顕微鏡で虫けらでも見るかのような表情でそのアイルランド議員を見ていたという。チャーチルはバルフォアの動じない勇気を称えつつ、彼が動じないのは冷たい性質のせいだと分析している。バルフォアが常に冷静な理由について、アスキス夫人マーゴットは「問題を真剣には気にかけていないか、事がどっちへ進もうが、それに人類の幸福がかかっているとは信じていないかのどちらかであろう」と主張している。保守党のジョージ・ウィンダムも「あまりに学問的な政治観を持ちすぎるための冷淡さが原因だ。彼はかつて氷河時代があったこと、いつか再び氷河時代が来ることを知っているのだ」と語っている。労働党のラムゼイ・マクドナルドはバルフォアの葬儀で「バルフォアは人生を遠くから見る人だった」と故人を振り返った。チャーチルはこのマクドナルドの弔辞を含蓄ある観察と評価している。チャーチルによれば「マクドナルドは一生を悪戦苦闘したので、寧日などまったくなく、人生をいつも近距離から見るしかなかった。それを思えば彼のこの弔辞は無意識の羨望と同時に自分への誇りが込められていたのだろう」という。バルフォアが首相に在任していた時代の国王エドワード7世は彼に好意を持たなかったが、前女王ヴィクトリアからは高く評価されていた。女王は「彼は問題のあらゆる側面を見ることができ、他の人々に対する感情において素晴らしく寛大である」と述べている。エドワード7世の次代の国王ジョージ5世も皇太子時代からバルフォアを相談役としたため、彼に全幅の信頼を置いていた。