大馬力エンジンを装備し、更に大火力を持つ雷電は海軍の大きな期待を集め、1943年（昭和18年）頃には零戦に替わる海軍の主力戦闘機として大増産計画が立てられた。この計画では雷電の増産に併せて零戦は減産し、1944年（昭和19年）には三菱は零戦の生産を終了（中島飛行機では空母搭載用の零戦を僅かに生産）して雷電のみを生産する予定であったが上記の諸問題により実用化が遅れたことから計画は白紙に戻され、雷電はほぼ同時期に実用実験が行われていた紫電改と比較され、特に紫電改に比べ対戦闘機戦闘能力が低いことが指摘された。海軍における新型機の審査を受け持つ横須賀航空隊は、両者の試作機を比較テストした上「紫電改は対戦闘機戦闘も可能だが、雷電は零戦と組み合わせなければ性能を活かすのは難しい」と結論し、雷電の生産を中止して紫電改の生産に集中すべきだという報告書を航空本部に提出した。しかし、期待された紫電改も誉発動機の不調に悩まされており、その解決に要する間隙を埋める機体が必要であったこと、また雷電の太い胴体はアメリカ陸軍航空軍のB-29爆撃機に対抗するために必須と考えられていた排気タービン過給器（ターボチャージャー）と中間冷却機（インタークーラー）の搭載に有利と考えられたことから、少数ではあるが生産と改良型開発の継続が決定され、拠点防衛部隊を中心に配備されることになった。最初の雷電配備部隊として、バリクパパンにある日本の油田防衛部隊である第三八一海軍航空隊が編成されたが、雷電の生産がはかどらないため零戦を装備してスピンガンに進出している。後にスピンガンへ空輸された雷電を受け取った第三八一航空隊は、製油所から豊富に産出される高品質燃料を使って訓練を積み、短期間ではあるが油田攻撃に飛来するアメリカ軍やイギリス空軍のB-24、P-38、P-47を迎撃し少なくない戦果を挙げた。そのほかの部隊では、本土防空専任部隊として編成された第三〇二航空隊（厚木）、第三三二航空隊（岩国、鳴尾）、第三五二航空隊（大村）台湾の台南航空隊（台南）に主として配備され、特に神奈川県厚木飛行場所属の小園安名大佐率いる第三〇二航空隊の乙戦（雷電）隊は、東京京浜地区に侵入するB-29爆撃機迎撃で最も戦果を挙げた。雷電隊の赤松貞明中尉は厚木基地でのエース・パイロットであった。また変わったところでは、輸送機部隊であった第一〇〇一海軍航空隊（第二鈴鹿）において、第一・第二鈴鹿飛行場に併設されていた三菱重工三重工場で製造・整備された雷電を実戦部隊に空輸するまでのあいだ、一〇〇一空隊員が載ってB-29爆撃機の迎撃にあたった。1944年（昭和19年）12月に名古屋空襲が始まると臨戦態勢に付き、佐々木原正夫飛曹長によるB-29 1機撃墜や宮田房治中尉の三号爆弾による攻撃などの戦闘記録を残している。
地中海で米海軍の空母フォレスタルの艦載ヘリがレバノンの過激派グループの小型戦闘艇に撃墜され、ヘリクルーたちが人質となった。その頃、米国東部、軍都ノーフォークの海岸では、不安に苛まれるグレアムの結婚式を目前にデイル・ホーキンスが海で酔いつぶれており、ジェームズ・カランは二人の世話を焼くのだった。結婚式で花嫁ジョーがヴァージンロードに歩みを進めるまさにその途上、花婿のグレアムを含む男達のポケットベルが一斉に鳴りだす。出動命令を受けた彼らは、足早に教会を立ち去る。地中海東部の某所にある、過激派グループの拠点に連れてこられたヘリ搭乗員達は、指導者のベン・シャヒードの命により即座に人質1名が殺害され、残りも皆殺しにされそうになる。だが次の瞬間、パイロットたちを救ったのはアメリカ海軍特殊部隊「ネイビー・シールズ」だった。隊長のカラン大尉率いるバッド・カルマ隊は人質を救い出し速やかに救出地点へと向かう。戦闘中にホーキンス中尉とグレアムは、過激派グループの手に渡った米国製の携帯式地対空ミサイル「スティンガー」を発見する。ホーキンスはそれらを手榴弾で破壊しようと試みたが失敗。やむなく、空母へ帰還する。ヘリ搭乗員はシールズに感謝するが、カランは「存在しないものに礼を言うな」「自分たちのことは忘れろ」と返す。その後、帰還したシールズ隊員たちは海軍情報局による調査を受ける。カランは、事前情報が間違っていたことに憤る。一方、政府・軍首脳たちは過激派グループの手に渡ったスティンガーミサイルを破壊してこなかったことで、会議の席上カランを咎める。カランたちの直属の上官であるダン大佐はこのことを気にするなと言って宥めた。カランは休暇を与えられるが、その間も仕事のことが忘れられない。ほどなく、ミサイル奪還作戦が立案され、レバノン行きの貨物船を潜水艦で追跡する。海中から貨物船に潜入するが、ミサイル積載の証拠は得られない。カランは、レバノン事情に精通したジャーナリストのクレアを訪ね、それとなくアル・シュハダ派の首魁シャヒードについて聞きだそうとするが、彼女は米軍のミサイルが奪われているらしいことも知っていた。カランはクレアに、過酷なシールズの訓練の様子を見学させて懐柔し、ミサイルの情報を得ようとする。しかし、クレアは本当に知らないと答えるだけだった。クレアとカランは一緒に夕食を楽しむが、その席に割り込んだホーキンスは、カランを基地に呼び出させ、クレアに接近しようとする。ホーキンスの嘘に気付いたカランは、彼を見つけると真意を話し、彼女に失礼なことをしないよう釘を刺す。スティンガーを用いた民間旅客機撃墜テロの発生に焦るカランは、クレアを訪ねて協力を求める。彼女から得た情報を基に情報屋誘拐作戦を立案実行するが、シールズは過激派グループとの戦闘に陥り、ついにホーキンスの判断ミスで戦友のグレアムを亡くしてしまう。グレアムの婚約者ジョーの悲しみは深く、死の状況さえも教えられない海軍に対する行き場のない悲しみや怒りをカランにぶつける。隊員たちは酒場でグレアムに乾杯を捧げるが、責任を感じていない様子のホーキンスへ不満を持ったカランは離席してしまう。静かな決意を持ったカランはクレアの自宅に行き、二人は一夜を共にする。翌朝、米軍はついにシーア派の学校に隠されたスティンガーミサイルの在処を掴んだ。シールズは満を持して、空母コーラル・シーからベイルートへのミサイル破壊任務へと向かう。現地の案内人に導かれて、様々な勢力が入り混じる戦闘地帯を潜行する中で一人の隊員が戦死。ようやく目標に到達してカランたちが建物に侵入するが、激しい戦闘となり、さらに夜が明けて苦戦する中、ついにカランが重傷を負った。ホーキンスは今すぐ爆破せよというカランの命令に背き、彼を命がけで救出する。間一髪で救出に成功し、爆破にも成功すると一行は乗用車を強奪して海岸へ離脱しようとする。米海軍の潜水艦との合流時刻が迫る中、武装勢力やテロリストたちは執拗にシールズ隊員に襲い掛かり、さらに一人の隊員が戦死する。生き残って海に泳ぎ出た4人はボートで追って来たテロリストを殲滅させると、そこに戻ってきた米潜水艦が現れるのだった。