1926年7月26日にロバート・トッド・リンカーンはバーモント州マンチェスターのヒルデンにおいて睡眠中に死亡した。82歳没。「動脈硬化症によって引き起こされた脳内出血」が死因とされた。先に16歳で敗血症によりイギリスのロンドンで亡くなった息子のエイブラハム・リンカーン2世、後に亡くなる妻のメアリーとともに、その遺体はアーリントン国立墓地に埋葬されることになった。ロバートはガーフィールド政権およびアーサー政権の閣僚で最後の生存者であり、南北戦争を事実上終結させたアポマトックスの降伏の場の最後の生き証人でもあった。ロバートの長女のマミーは一人息子のリンカーン・アイシャムをもうけた。リンカーン・アイシャムは結婚したが、彼には子どもはいなかった。次女のジェシーは娘のメアリー・リンカーン 「ペギー」 ベックウィズと息子のロバート・トッド・リンカーン・ベックウィズをもうけたが、このうちペギー・ベックウィズは生涯独身を貫いた。ロバート・トッド・リンカーン・ベックウィズは3度結婚したが、自分には子どもはいないと主張していた（ただし、2番目の夫人がこれを否定している）。1985年のロバート・トッド・リンカーン・ベックウィズの死により、エイブラハム・リンカーンの直系の血筋は断絶した。
ジョージ・プルマンの下でプルマン・パレスカー社の法律顧問を務め、プルマンが亡くなった1897年に同社の社長に任命された。さらに、1911年から1922年まで取締役会会長を務めた。ワシントンD.C.での1922年5月30日のリンカーン記念堂の除幕式に出席したが、これがロバート・リンカーンが公式の場に姿を見せた最後となった。アマチュアの天文学者としてバーモント州マンチェスターのヒルデンに天文台を建設し、1909年に作られた屈折望遠鏡を搭載した。この天文台と望遠鏡は修復されて現在も地元の天文クラブで使用されている。また、熱心なゴルファーでもあった。バーモント州マンチェスターのエカノク・カントリークラブの社長を務めた。
ロバート・リンカーンはすでに名の知れた俳優であったエドウィン・ブースに死ぬか重傷を負う可能性があった汽車の事故から救助してもらったことがある。彼はその後にロバートの父親を暗殺することになるジョン・ウィルクス・ブースの兄でもあった。事故はニュージャージー州ジャージーシティの汽車の駅のプラットホーム上で発生した。正確な日付は不明であるが、ジョン・ウィルクス・ブースがリンカーン大統領を暗殺する前、ロバート自身は1863年終わりか1864年初めごろに発生したとしている。寝台車を購入するためにプラットホームで待機していたロバートは汽車が突然動き出したために足場を失ってしまった。偶然居合わせたブースがロバートが着ていたコートの襟をつかんで引き戻したおかげで、難を逃れることができた。ユリシーズ・S・グラント将軍の側近となったロバートは同僚の士官で大佐を務めるアダム・バドーに事故のあらましを話した。ブースはその英雄的行為を称賛するバドーからの手紙を受け取るまで、救助した青年が大統領の息子であることを知らなかった。弟がリンカーン大統領を暗殺したのはそれから1年足らず後のことであった。リンカーン大統領支持派であったエドウィン・ブースにとって、この事故の記憶が暗殺事件後に少なからず慰めとなったと言われている。
程度の差はあるものの、1884年から1912年まで共和党の大統領候補者あるいは副大統領候補者の指名争いにたびたびロバート・リンカーンの名前が挙がっている。しかし、本人は毎回断固として選挙戦への関心を否定し、もし候補に指名されてもいずれの立場も受け入れるつもりがない意向を明らかにしていた。
合衆国ベンジャミン・ハリソン大統領から1889年に駐イギリス公使に任命され、1893年に召還されるまで4年務めた。ロバートの息子のエイブラハム・リンカーン2世はこのヨーロッパ滞在中に亡くなった。公使退任後に弁護士として民間企業に復帰した。
1877年に合衆国大統領ラザフォード・ヘイズから国務次官補への就任を要請されたが、ロバートは辞退した。1881年に合衆国大統領ジェームズ・A・ガーフィールドが陸軍長官のポストを提示すると今度は受諾し、続くチェスター・A・アーサー政権でも同長官を務め、1881年から1885年まで在任した。陸軍長官在任中に発生した1884年のシンシナティ暴動ではロバートの命令でオハイオ州シンシナティに派遣された軍が秩序を回復させるまでの3日間で45人の死者が出た。街の路上で犬以上にホームレスの少年を多く見かけて危惧したオスカー・ダドリーとともに、1887年にイリノイ州のノーウッドパークに男子のための職業訓練校を設立した。学校は1890年に同州グレンウッドに移転した。近年になって「グレンウッド・アカデミー」に校名を改称し、女子も受け入れるようになった。
2000年に発生した火山の噴火による災害の復興策として、主に観光客誘致などを目的としてイギリスのマン島で行われているマン島TTレースを参考に、当時東京都知事であった石原慎太郎がオートバイ（二輪車）レースの開催を提唱し、2007年11月16日から11月18日にチャレンジ三宅島モーターサイクルフェスティバルが開催された。当初の石原元知事の構想では、島を一周する全長約30kmの都道212号線で公道レースを実施するというものであった。しかし、火山ガスの噴出が続く島での開催には安全面からの不安が指摘され、日本の主要オートバイメーカーが軒並み協賛を見送るなどの結果、当初の構想からは規模が縮小し、これは当時の石原都政への批判材料ともなった。結局、レーシング・マシンの走行は、阿古地区の2.5km周回コースでの時速70kmの速度制限付きとなった。なお、パレードやラリーでは島全周が、公式レースであるドラッグレースでは閉鎖中の飛行場が使われた。開催当時も火山ガスが噴出する地域があるなど、観光客誘致の起爆剤となるかどうかは未知数とされているが、第2回が2008年10月17日から10月19日に、第3回が2009年10月24日、10月25日に開催された。第4回に当たる2010年は『WERIDE 三宅島』（ウィーライドみやけじま）と命名され、11月6日と11月7日の2日間で行われた。この回は山腹中央に設置されたオフロードコースで行われたエンデューロレースなどが実施されたが、島を一周するパレードやラリーは行われなかった。現地を視察した石原元知事はこのエンデューロレースを成功と強調し、参加者からの肯定的な意見も寄せられているが、三宅島の復興や観光振興への寄与という目的の達成度はまだ不明確で、海外の有名レーサーの参加による国際的なレースの開催も実現されないままである。WERIDE三宅島はその後毎年開催されており（2017年現在）、エンデューロレースの他にもサイクリングイベント、ヒルクライム、親子サマーキャンプなど一連のイベントの総称となっている。