英国の作家・評論家のコリン・ウィルソンの小説『賢者の石』『ロイガーの復活』等は、怪奇小説作家ハワード・フィリップス・ラヴクラフトの「クトゥルー神話」の系譜に属する。ウィルソンはそこで、ヴォイニッチ手稿は、ラブクラフトが創作した想像上の文書である『ネクロノミコン』の写本であったという架空の設定を記している。ウィルソンの小説のなかでは、暗号に使われた文字はアラビア文字であり、しかし言語はアラビア語ではなくラテン語であったとされる。アラビア文字は右から左へと綴るが、現実のヴォイニッチ手稿は記述されている言語こそ不明ではあるが左から右へと綴られていることはまず間違いない。ダン・シモンズの長編SF小説『イリアム』とその続編『オリュンポス』では、ヴォイニッチ手稿が重要な役割を果たす。小説中でヴォイニッチ手稿は偽作という設定になっているが、手稿の真偽を確かめるために行なわれた時間旅行実験が大災害を引き起こす。またヴォイニッチにちなんで命名された「ヴォイニックス（Voynix）」という人工生物が登場する。
作者については諸説ある。イングランドの学者、ロジャー・ベーコンとする説では、挿し絵から見て薬草学に関する何かの知識か見解を宗教的迫害から守るため、非常に特殊な暗号を使って記載したのではないかとしている。イングランド生まれの錬金術師、エドワード・ケリーとする説では、錬金術に傾倒していたルドルフ2世から金を詐取するため、もしくはパートナーのジョン・ディーをかつぐために偽造したとしている。ディーはルドルフ2世の手稿入手の背景にいた人物とされる。2014年のスティーブン・バックスの論文によれば、手稿は中東の付近に暮らしていた既に滅んだ民族が用いていた言語によって記されたものだという。
手稿の執筆時期については分かっていない。2011年にアリゾナ大学で行われた放射性炭素年代測定により、手稿に使用されている羊皮紙は1404年 - 1438年頃に作られたとされる。ただ、執筆時期はさらに後年である可能性もある。最初の確実な所有者はプラハの錬金術師ゲオルク・バレシュ (1585–1662) である。彼が1639年にアタナシウス・キルヒャーにあてた書簡がこの手稿に言及する最古の資料である。バレシュの死後、手稿は友人のヤン・マレク・マルチ (1595–1667) の手に渡り、数年後、手稿は彼の長年の友人であるキルヒャーに送られた。手稿のカバーの中から発見された1665年ないし1666年の8月19日の日付のあるマルチがキルヒャーにあてた書簡は、この手稿がかつてルドルフ2世に600ドゥカートで購入されたという逸話を紹介している。この書簡はヴォイニッチがこの手稿を入手したときにも付属していた。以後200年の間は記録が存在しないが、キルヒャーの死後、彼の他の文書とともにローマのコレッジョ・ロマーノの図書館の所蔵になったと考えられる。ヴォイニッチ手稿が再び歴史に登場するのは1870年にヴィットーリオ・エマヌエーレ2世がローマを占領した後である。新しいイタリアの政府は大学の図書館の蔵書を含む教会財産の没収を決定したが、多くの書物は個人の所有とすることで没収を逃れた。ヴォイニッチ手稿は当時イエズス会の指導者で大学の学長を務めていたピーター・ヤン・ベッククスの蔵書となり、他の書物とともにローマからフラスカーティのヴィラ・モンドラゴーネに移された。1912年、コレッジョ・ロマーノが財政難から所有する財産をいくつか売却することになった。その時ウィルフリッド・ヴォイニッチが購入した30の手稿の中にヴォイニッチ手稿が含まれており、以後同書は彼の名を冠して世に広く知られるようになった。1969年にヴォイニッチ手稿はハンス・P・クラウスによりイェール大学のバイネキ稀覯本・手稿図書館に寄贈され、MS 408 として収蔵された。現在ではインターネット上で閲覧が可能である。
『保元物語』の主人公といってもいい源為朝であるが、物語と史料において造形には大きな隔たりがある。物語における為朝は、保元の乱における記述だけに話をしぼっても、まさしく一騎当千の勇者であり、その強弓で馬ごと鎧武者を打ち抜き、わずか28騎の手勢のみで、清盛率いる600余騎、義朝率いる250余騎を退けるという活躍を見せている。とくに長時間戦闘をおこなった義朝勢は50人以上の死者を出し、重傷者も80人を超えるという有様だった。同時に、為朝は兄を射殺そうとすれば可能であったのに、不孝となることを思ってためらうという、優しさも見せている。このような為朝の造形は冨倉徳次郎によって智・勇・仁の三徳を兼ねそなえた理想的な武人の姿であると言われている。なお、為朝の配下が28騎であるのには、『史記』項羽本紀の影響であろうと田中芳樹が述べている。一方、史料では為朝の記述はほとんどない。『愚管抄』で「小男」とされるのは、父為義の言葉であるから謙遜としても、具体的な活躍の場面は残されていない。ただし、『兵範記』保元元年8月27日の記事では為朝を捕縛した平家貞が特別に恩賞にあずかっており、為朝が崇徳院に味方した武士のなかでも特別な存在であったとみなされていた可能性は高い。また、『吾妻鏡』建久2年（1191年）8月1日の記事には、保元の乱に参加した大庭景義が為朝を「吾朝無双の弓矢の達者」と評している。ただし大庭景義は「然れども弓箭の寸法を案ずるに、その涯分に過ぎるか」とし、また「鎮西より出で給うの間、騎馬の時、弓聊か心に任せざるか」「この故実を存ぜざれば、忽ち命を失うべきか。勇士はただ騎馬に達すべき事なり。壮士等耳の底に留むべし。老翁の説嘲哢すること莫れ」と武者の騎射戦の心得を述べている。『吾妻鏡』の編年が鎌倉時代中期以降とされることからも、この話は「騎射戦の心得」の伝授に力点があり、事実と断定は出来ないが、しかし物語のような武勇譚が生まれる下地は実際にあったのかもしれない。なお、物語では伊豆大島に流された後、鬼の子孫をしたがえた等、荒唐無稽といっていい話を載せているが、流罪後の為朝については、わずかに『尊卑分脈』に伊豆で討たれたことが記されるのみである。