日本鯨類研究所は、国際捕鯨取締条約第8条第2項の規定（副産物有効利用の原則）に従い、調査捕鯨の副産物である鯨肉を可能な限り加工・販売している。日本国内における鯨肉市場の大部分は調査捕鯨の副産物が占めている。こういった現状に対して、反捕鯨国や環境保護団体から「科学調査に名を借りた商業捕鯨だ」といった批判を受けている。また、「資源量102,000頭のマッコウクジラは数頭しか捕獲しないにもかかわらず、資源量69,000頭のイワシクジラを100頭も捕獲するのか」「売れないから捕らないのではないか」といった批判もある。
国際的な批判は「調査捕鯨は擬似商業捕鯨である」という内容が主となっている。国内世論においては調査捕鯨賛成が過半数を占める。また基本的に日本の領海での商業捕鯨の再開を前提とした、公海上での調査捕鯨の停止或いは縮小を主張する意見もある。
2008年5月15日、環境保護団体・グリーンピース・ジャパンが調査捕鯨船乗組員を業務上横領の疑いで東京地検に告発し、農林水産省などに対して日本鯨類研究所や共同船舶による調査捕鯨の停止を求めた。ただし、告発された乗組員は同年6月20日に「嫌疑なし」として全員が不起訴処分とされた。また、グリーンピース・ジャパンが「横領の証拠」として確保した宅配便が、関係者の許可を得ず無断で持ち出されていたものであったため、グリーンピース・ジャパンのメンバー2名が建造物侵入および窃盗罪の容疑で逮捕・起訴され、懲役1年・執行猶予3年の有罪判決を受けた。尚、グリーンピースは2009年冬以降に南極海での妨害を行っていないが、これは過激なシー・シェパードと混同されるのを避けるためであるとしている。
2007年（平成19年）2月9日に、日本鯨類研究所が派遣した日本の調査捕鯨母船「日新丸」に対して船2隻で接近し化学薬品（酪酸）入りの瓶を投げ付け船員を負傷させるなどの妨害行為を行なった環境保護団体シー・シェパードに対して、「環境保護団体ではなくテロリストだ」と激しく非難した。2010年3月12日、海上保安庁はシー・シェパードの抗議船アディ・ギル号の元船長を艦船侵入罪・傷害罪・威力業務妨害罪・器物損壊罪・銃刀法違反の容疑で逮捕、同年4月2日、東京地方検察庁が東京地方裁判所に起訴した。また、この妨害の様子は同研究所の公式サイトより、条件付きコピーレフトで報道機関向けに一般公開されている。
反捕鯨団体は、日本鯨類研究所および共同船舶の調査捕鯨に対し、様々な方法で批判・妨害を繰り返している。当初はグリーンピース、近年ではより過激なシー・シェパードによる妨害行為への対策には、数億円規模での費用が計上され、2012年には震災復興費用から5億円が割り当てられている（後述）。
国際捕鯨取締条約（昭和26年条約第2号）第8条第1項には、締約政府が適当と認める制限・条件に従って、自国民が科学的研究目的で鯨を捕殺・処理することを認可する特別許可書を与えることができる旨の規定がある。日本はこの条約の規定に従い、政府が一般財団法人日本鯨類研究所に特別許可書を与え、水産庁委託事業として調査捕鯨を行なっている。実際には、科学調査は一般財団法人日本鯨類研究所が行い、捕鯨業務は共同船舶株式会社が行なっている。調査対象は、南極海ではクロミンククジラ、ナガスクジラ、ザトウクジラ、北西太平洋ではミンククジラ、イワシクジラ、ニタリクジラ、マッコウクジラとなっている。
鯨類を主とした海産哺乳類の調査研究と鯨類を主とした海産哺乳類に係る国際情勢に関する調査などを行うことにより、水産資源の適切な管理・利用に寄与すること。
一般財団法人日本鯨類研究所（にほんげいるいけんきゅうしょ、略称：日鯨研）は、水産資源の適切な管理・利用を目的にクジラなどの国際調査を行う法人。1941年に民間研究機関、中部科学研究所として設立され、1987年に財団法人日本鯨類研究所となった。2013年には、一般財団法人日本鯨類研究所に移行した。旧所管官庁は、水産庁。南極海や北西太平洋で調査捕鯨を実施している。2010年9月末時点の職員数は34人。本部は東京都中央区。
「海の子守歌」「フィガロの結婚」「コシ・ファン・トゥッテ」「魔笛」「ボエーム」「カヴァレリア・ルスティカーナ」「哀れな人」「安田祥子のミニ・オペラ」等々。1991年、オペラ季節館設立 オペラショウという形式で自ら脚色、作曲、演出、舞台美術を担い次々と作品を発表。処女作は「オズの魔法使い」。手書きした楽譜を、コンピューターを駆使して伴奏音楽の基本をつくる。それに数種の楽器をライブ補完することで、全体にコスト削減の一方で新たなサウンドを創出し、多くの公演を実現。全国の公共ホールや教育委員会、小・中・高校等での公演の他、朝日新聞社、北海道新聞社、神奈川県、コカコーラ・ウェストの主催による多くの公演を実施。特にコカコーラ・ウェスト社の社会貢献事業の一環としては、十余年にわたり、びわ湖ホール、京都会館、大阪芸術劇場、長崎ブリックホール、岡山シンフォニーホール、福岡市民ホール等々で多くの公演を実施。2008年、オペラ季節館の拠点（事務所・稽古場・倉庫）を東京都町田市に移す。日本の歌を特集した「歌の華祭」はNHK交響楽団メンバー、女優の長山藍子、島田祐子等と共演し、日本各地やブラジルのサンパウロやロンドリーナ等でも公演。2013年より群馬県上野村の御巣鷹山の麓で、本物の森においてオペラ公演。地域活動の「第九のある音楽祭」では度々指揮も努める。オペラ歌手、器楽奏者。ダンサー等、100人以上が協働参画。