試作段階であったこの艦には運用当初から欠陥が数多く目立ち、マイルズ・オブライエン機関主任を常に悩ませ続けた（それ以前に元々カーデシア人の基地であったDS9の機関の扱いづらさにも頭を悩ませている）。ディファイアントの欠陥は「船体の小ささに対してエンジンや武器のパワーが強すぎる」ことにすべてが起因し、エンジンパワーを全開にすると船体がバラバラになりそうになるという暴れ馬のような扱いづらさがあった。また船体の一部が損壊しただけで艦全体が危険になるといった脆弱性や、まったく別のシステムが同じパワーリレーを共有しているなど、他のシリーズの主役艦のU.S.S.エンタープライズDやU.S.S.ヴォイジャーのように完成された船とは言い難いものであった。その他欠点としてはブリッジや通路などの船内の狭さ、ホロデッキがないことによるU.S.S.ヴォイジャーのようなリアルな訓練ができない点等が挙げられる。しかしながらオブライエンの数々の工夫や改造によってディファイアントは徐々にその欠陥を克服していった。また鏡像宇宙の地球人が、盗み出したディファイアントの設計図から同じ艦を建造したものの思ったように動いてくれず、途方にくれていた場面もあった。そのため仕様書や設計図外のオブライエンによる叩き上げの職人技があって初めて充分に機能する艦といえ、下士官であるオブライエンが多くの上官から尊敬される要因ともなった（DS9 92話「鏡合わせのジェニファー」）。
NCC-1764はその後もテラン帝国によって運用され続け、船体のいたるところに改装が施されていた。一方で2255年ごろ（NCC-1764が消失する約10年前）を舞台とする「スタートレック：ディスカバリー」第10話では、U.S.S.ディスカバリーNCC-1031が胞子転移ドライブの失敗で、テラン帝国最盛期の鏡像宇宙に迷い込む。クルーは回収したクリンゴン艦のデータコアから100年前に時空移動したNCC-1764の存在を知り、マイケル・バーナム専門官、アッシュ・タイラー保安主任、ガブリエル・ロルカ船長は帰還手段の獲得に役立つであろうNCC-1764の情報を得るためI.S.S.シェンジョウNCC-1227に乗りこむ。バーナムは、鏡像宇宙ではクリンゴンがバルカン、アンドリア、テラライトらを取りまとめ、テラン帝国に対する反乱勢力を作っていることに衝撃を受け、また正体不明のテラン帝国皇帝が、こちらの宇宙ではすでに死亡した元上官のフィリッパ・ジョージャウ船長であったことに愕然とする。I.S.S.シェンジョウで得られたNCC-1764の情報は不十分であり、ロルカ船長とバーナムはジョージャウ皇帝の宮廷艦I.S.S.カロンに乗りこむ。バーナムはジョージャウ皇帝とのやりとりで、NCC-1764は時空移動の際にクルー全員が発狂して殺し合ったため帰還の役には立たないことを知る。
NCC-1764の消失は「鏡像宇宙」と呼ばれる平行宇宙の、さらには時間を遡った22世紀のソリア人による陰謀で、約100年前の並行宇宙へ時空移動したNCC-1764はソリア人に拿捕される。一方で22世紀鏡像宇宙のテラン帝国のI.S.S.エンタープライズNX-01のジョナサン・アーチャー中佐はソリア人に雇われた異星人から情報を買い、このNCC-1764の存在を知る。アーチャーは反乱軍鎮圧の武力を得るためソリア領へ侵入し、多大な犠牲を払いつつもこれを奪取することに成功した。このNCC-1764の確保によりテラン帝国はフェイザー、光子魚雷、防御シールド、高速ワープドライブなどの約100年後の技術を手にすることとなる。これらの技術の性能は22世紀当時のフェイズ砲、空間魚雷、防御プレートとは比較にならない威力で、NCC-1764はバルカン艦やI.S.S.アヴェンジャーNX-09をいとも簡単に撃破する。アーチャーはさらにNCC-1764の力を利用して皇帝の座を狙うが、ホシ・サトウに毒殺され、彼女が新たな皇帝を自称した。この22世紀当時のテラン帝国はバルカン人やテラライト人らの反乱にあい劣勢の状況にあったが、23世紀の技術を手にしたテラン帝国は反乱を一気に制圧し、その後の鏡像宇宙での絶対的な支配権を確立する。
2256年時点ではセクター006をパトロールする任務に就いていた(「スタートレック:ディスカバリー」での言及)。2268年、NCC-1764はソリア連合（ソリア人は身体がクリスタルでできている特殊な種族）の領域付近で空間の位相転移に巻き込まれ、さらにクルー全員が狂気に陥り互いに殺し合ってしまうという異常事態となる。3週間後、NCC-1764の捜索に来たU.S.S.エンタープライズNCC-1701に発見されるが、NCC-1764はその場で出現と消失を繰り返し、最終的には艦ごと消滅し行方不明となってしまう。
宮島は出身である米沢藩が賊軍として戊辰戦争で降伏した後も、その汚名を雪ぎ復権させることに精力を尽くした。旧米沢藩重臣であった千坂高雅の新政府出仕（のちに石川県令・岡山県令などを歴任）、および旧主・上杉斉憲の官位（従四位）復活に向けて、盛んに新政府に対して働きかけている。廃藩置県で米沢藩が消滅した後も斉憲の復権運動を進め、明治8年（1875年）4月13日には斉憲の参内と明治天皇への拝謁までこぎ着けたが、復位については却下された。宮島は幕末期以来親交のあった侍補・吉井友実（旧薩摩藩士）や侍従・山岡鉄舟などの天皇側近を通じて岩倉へも工作。ついに明治13年（1880年）5月18日、上杉斉憲が従四位に復位し、幕末以来の米沢藩の雪辱が果たされた。その後も宮島は斉憲の昇叙運動を続け、明治22年（1889年）にはついに斉憲が従三位に昇進、宮島は上杉家から謝儀として金35円を贈られた（なお、昇叙1月後に斉憲は死去）。宮島は藩閥政府の中にあって大久保利通・吉井友実・伊地知正治ら薩摩閥と長く親交を保ち、米沢出身の後輩の出世を促した。雲井龍雄は明治3年に捕らえられて処刑されたが、米沢藩は藩閥政権時代にあっても中條政恒（島根県権令・太政官小書記官）、平田東助（農商務大臣・内務大臣・内大臣）、池田成章（大蔵省御用掛、のち両羽銀行（現在の山形銀行）初代頭取）、山下源太郎（海軍大将）らの人材を輩出している。