9.11以降、米国はコニーをテロリスト、LRAをテロ組織に指定した。2008年11月、当時のジョージ・W・ブッシュ大統領はアメリカアフリカ軍にウガンダ軍と南スーダン軍の対LRA共同掃討作戦「ライトニング・サンダー」への支援を指示した。2010年5月にはバラク・オバマ大統領はLRAに関する法案に署名して2011年10月にはアメリカ軍を中央アフリカに展開させ、中央アフリカの森林地帯に潜伏するジョゼフ・コニーの追跡を行ってきたが、2013年3月、中央アフリカの政変で反政府勢力セレカが政権を掌握したため追跡を断念。代わりに国務省がジョゼフ・コニーの身柄拘束に500万ドル懸賞金をかけることとなった。
2012年3月、NPO団体Invisible Children Incにより、コニーの2012年内の逮捕を目的としたキャンペーン、Kony 2012が開始され、同時に同題名の動画も発表された。YoutubeやVimeoなどの動画サイトで視聴でき、3月7日現在それぞれ40万、510万の再生回数を記録しているほか、同キャンペーンのウェブサイト上でも視聴できる。
コニーはLRAが十戒を守るために戦っていると主張する。「そうだ、我々は十戒のために戦っている。」「悪いか? 人権に反してはいないし、十戒はジョゼフが広めたのではない。LRAでもない。神から与えられたのだ。」2006年7月31日、コニーはコンゴの森で紛争について協議するため北部ウガンダの様々な分野の指導者と会った。翌8月1日コニーは南スーダン自治政府の副大統領リエック・マチャルと会談するためにスーダンへ渡った。コニーは後にメディアに何も悪いことはしていないのでICCの法廷に立つつもりはないと語った。2006年12月12日、コニーは国連の人道問題緊急援助調整官のヤン・エグランドと会談した。コニーはロイターに「我々にこどもはいない。いるのは戦闘員だ。」と語った。
2005年10月6日、国際刑事裁判所 (ICC) は署名付きの告発を受け人道に対する罪によってLRAの幹部5人に逮捕状が発給されたと発表した。これは初めてICCが発行した逮捕状だった。翌日ウガンダの国防相アママ・ムババジは対象者がコニーと副官のビンセント・オッティ、ラスカ・ルクウィヤ、オコト・オディアンボ、ドミニク・オングウェンの3司令官であると認めた。後に軍の広報官によればルクウィヤは2006年8月12日にウガンダ軍に殺害された。1週間後の10月13日ICCの主任検察官ルイス・モレノ＝オカンポはコニーの起訴状の詳細を公表した。33の罪状が挙げられ、うち13が殺人や奴隷化、性奴隷化、強姦などの人道に対する罪であった。別の21は殺人、市民への過酷な扱い、故意の市民への攻撃の指示、略奪、強姦、少年兵の徴発などの戦争犯罪である。オカンポは「コニーは少女たちを指揮官の報酬にするために誘拐した。」と述べた。2006年6月1日にはICCから要請を受けた国際刑事警察機構（ICPO）が国際手配を行ったコニーの妻については様々な説が流れている。ほとんどが誘拐された少女で27人から50人の範囲である。2007年までのLRAによる推定の被誘拐者の総数は6万人である。2012年3月23日にはアフリカ連合がコニーの捜索を開始した。2012年5月14日、ウガンダ軍はシーザー・アチェラムLRA司令官を拘束したと発表した。
一方、那須のもとから押収されたズック靴と白シャツを巡っては、さらなる混乱があった。この2つの物証は後に多くの鑑定人の元を行き来することになるが、それらの鑑定を松木に次いで受け持つことになったのが、弘大医学部に包括されながら併存していた青森医専の法医学教室教授、引田一雄であった。那須の逮捕直後の8月24日に医専に持ち込まれた物証について、引田はまずズック靴に対して鑑定を行ったが、松木の鑑定結果に反して血痕は発見されなかった（下表参照）。引田がこの結果を市警に伝えるや、市警は残りの物証を引田の元から引き揚げてしまった。そのため引田は白シャツに関しては肉眼での検査しか行えなかったのだが、その際にシャツに見たのは褪せた灰暗色の汚点で、仮に血であるとしてもかなり古いものであったという（下表参照）。引田の元から引き揚げられたズック靴と白シャツは、次に国警青森県警本部科学捜査研究所（科捜研）に渡った。しかし、科捜研が9月12日に提出した鑑定書ではまたしてもズック靴から血痕は見つからず（下表参照）、白シャツからはABO式血液型でB型の血液が検出されたものの、これだけではSの血液とも那須の血液とも判別できず、決め手とはならなかった（下表参照）。この間に那須の精神鑑定留置で作られた時間を利用し、地検は再び松木に物証の鑑定を依頼した。松木はある市警技術吏員（鑑識官）を共同鑑定人として10月半ばにズック靴と白シャツの鑑定を行い、両者からはそれまでの鑑定では触れられなかった多数の血痕が新たに発見された（下表ズック靴鑑定・白シャツ鑑定参照）。そして、松木・鑑識鑑定とほぼ同時に、東北大学医学部法医学教室助教授の三木敏行によっても白シャツの鑑定が行われ、この鑑定でもやはり白シャツからは血液が検出された（下表参照）。決定的であったのは、それらの鑑定で白シャツからQ式血液型でQ（ラージ・キュー）型の血液が発見されたことであった。Sと那須の血液型はABO式でB型、MN式でM型という点までが共通していた。しかし、Q式ではSがQ型で那須がq（スモール・キュー）型と食い違い、これによって白シャツの血痕はSの返り血であると判断された。