PSOでは炎、氷、雷の3属性の攻撃テクニックに光、闇の2種の特殊攻撃テクニックとステータス上昇/下降系、それに回復、蘇生テクニックという構成だったが、PSUでは6属性に改変された。ステータス系テクニックもそれぞれの属性カテゴリに収まり、攻撃力や防御力があがる物のほかにも、法撃力や命中率が上がるものなど効果の種類が増えた。変更は一部名前にも及んでおり、例えばPSOでいう攻撃力増強テクニック「シフタ」は炎属性のカテゴリに入れられ「アグタール」と改名された。属性は「フォイエ（炎）」「バータ（氷）」「ゾンデ（雷）」「ディーガ（土）」「レグランツ（旧グランツ/光）」「メギド（闇）」の6種類。そして光を除くすべてのテクニックの攻撃形態がフォイエ系準拠に統一され、自分中心に発動する「ギ系」、前方範囲内に発動する「ラ系」（ギゾンデ、ラゾンデ等）となったほか、新たに詠唱ボタンを押し続けることで攻撃が持続する「ダム系」、敵を追尾する「ノス系」など、様々なテクニックが追加された。ちなみに前作で「メギド」は確率により対象を即死させるテクニックだったが、PSUからはこれに微量ながらダメージが入るようになった。また、PSOにおいて敵の属性は「ネイティブ」「アルタードビースト」「マシン」「ダーク」の種族形式であったが、本作では廃止され、上記エレメント形式になっている。
PSUでは前作のPSOでゲームバランス的に問題があったステータス異常の調節がされている。たとえば麻痺（攻撃不可能）は一度発生するとアイテムを使うまで永久に攻撃もテクニックもできなかったが、PSUではほとんどのステータス異常に時間による回復が導入されている。さらに新ステータス異常として「燃焼」などが追加され、アンドロイド系のキャラクタも「毒」のステータス異常になるようになった。これらのステータス異常は主に銃器の弾薬やテクニックなどに付加される。効果の内容も見直され、例えば「感電」と「麻痺」は同じように攻撃などができなくなるといった極めて似通った効果であったが、「麻痺」は一定時間完全に動けなくなり、「感電」は動けるがテクニック以外の攻撃できなくなるなど、効果に適切な性格付けがされた。
PSOでは向いている方向に関係なく回避率が高いと敵の攻撃を弾くようにガードしていたが、PSUでは敵の方向を向いている時にのみガードをする確率が発生するようになった。この変更により、下手に後退しようと敵に背中を見せると、かえって大ダメージを受ける場合がある。これは一部を除いた敵も同様であるため、敵の背後を取れば確実にダメージを与えることができる。
ネットワークRPGは一般的な（ドラゴンクエスト、ファイナルファンタジーに代表される）RPGとは目標へのベクトルが大きく異なる場合が多い。一般的なRPGではおよそストーリーを進めてラストボスを倒しエンディングを迎える形式とされるが、ネットワークRPGは基本的にエンディング（ゲームクリア）の概念が希薄であり、そこでのプレイの目的は「キャラクターの育成」「アイテム集め」「他のプレイヤーとの交流」に主眼が置かれる。前作PSO同様、本作にもラストボスは存在しており、ストーリーを進めるゲームモードにおいては在来のRPGに准えて位置付けられるが、ネットワークモードではストーリーとしての存在意義は薄く、概してプレイヤーにとってラストボス及びストーリー完走は1つの通過点でしかない。
アメリカのブリザード・エンターテイメント社制作のオンラインRPG『ディアブロ2』と同じく、オンラインとオフラインのキャラクターデータは隔離され、オフラインにはストーリー重視の「ストーリーモード」とローグタイプの「エクストラモード」が用意されている（Windows版はインターネットへの接続が必要）。オンラインモード――「ネットワークモード」のプレイには月額（正確には30日分の）課金のガーディアンズライセンスの購入が必要である。
海外版Windows、同PlayStation 2版では日本を除いた全世界共通サーバで運営されていたが、こちらは2010年3月31日をもってオンラインサービスが終了した。続いて、2011年4月14日メンテナンス後より国内PS2版でのオンライン運営は終了し、Xbox 360版も2012年9月7日15:00を以てサービスを終了、残るPC版も同年9月27日24:00を以てサービスを終了することとなった。サービス終了後の2016年8月31日、後継作『ファンタシースターオンライン2』のアップデート「銀翼と黄金の都」にて本作の10周年記念イベントが実装された。また、同年11月2日にはアップデート「壊世に在りし龍」にてイベント第2弾が実装予定となっている。
2006年8月31日PlayStation 2版とWindows版のプラットフォームで発売され、2006年12月14日にはXbox 360版が発売された。日本版のWindows版と同PlayStation 2版ではサーバを共有しているが、Xbox 360版はそれとは別に専用サーバが設置され、こちらは米国および欧州のプレイヤーも混在した形で運営されている。また2008年9月25日から、Windows版に限りクライアントソフトの無料配布が行われている。
出口調査には、その方法に起因する偏りが存在する。ひとつの要因は、期日前投票に対する調査が困難なことである。期日前投票は、2007年の参院選では総投票数の18%におよぶなど、投票全体のうち無視できない部分を占める。また、2005年の衆院選の奈良1区における調査では、当日投票と比べて期日前投票を行った人の中に公明党支持者が多いことが報告されており、期日前投票と当日投票との間には投票傾向の異なりがあることが分かっている。しかしながら、期日前投票では投票の日時が広く分散するため、当日投票と比較して大きなコストがかかることから本格的な調査が困難である。そのほか、回答に協力する人と拒否する人との間での違い、投票者の少ない投票区の切り捨てによるカバー率低下の問題も存在する。上述のように出口調査はあくまで限られた標本に基づくサンプル調査に過ぎないため、一定の量の誤差を避けることができない。したがって、それに基づいて判定される当確も100%確実なものではない。一方でテレビ局同士の間では当確情報の速さと正確さを競う傾向が強いため、選挙特別番組での当確報道の誤報（所謂、当確ミス）が多いことが問題となっている。調査結果からくる政党別議席予想と実際の結果が大幅にずれていた場合、テレビ局では責任者の更迭人事をとっている。