1998年に70歳をむかえると公職を引退した。2000年に夫チャールズと思い出の地である中華人民共和国をふたたび旅行して政府の歓迎をうけ、現地で金婚式を祝った。シャーリーは出演作のカラー化に非常に積極的であり、2004年、レジェンド・フィルムズ（Legend Films）と組んで作品を何本かカラー変換する作業を監修。多くの場合、色調は彼女の記憶に基づくもので、仕上がりにとても満足したという。なお、日本で発売される少女スター時代の映画のDVDは、もともとカラー撮影した『テンプルちゃんの小公女』を除くとすべて、オリジナルの白黒版と共にカラー加工した映像が収録されている。夫チャールズが骨髄の癌を発症すると介護にあたるが2005年、死別。彼女自身の言葉を借りれば「おとぎ話のように幸福な」55年の結婚生活だった。公職を退いてもスタンフォード大学国際問題研究所の評議員の仕事だけは続け、毎月一回、評議会に出席のため自宅から車で10分の同研究所に通っている。同じ評議員に、かつて国務省で上司だったシュルツ元国務長官もいた。将来、人々にどんな風に記憶されたいかという質問に「ただ過去の人物としてではなく、実在の人物としてどう生きたかを思い出してほしい」と語った。
『葉隠入門』は、三島の美意識や思念を知る上で重要な随筆の一つであるが、同時代評でも「三島文学入門」の書であると林房雄が評し、村上兵衛も、三島らしい見解が表れているとみなしている。山本太郎は、「死と凝視」「生の尊厳」が書かれていると解説している。野口武彦は、三島が『葉隠入門』の中で〈このいはゆる戦後文学の時代は、わたしに何らの思想的共感も、文学的共感も与へなかつた。ただ、わたしと違つた思想的経歴を持ち、わたしと違つた文学的感受性を持つ人がちの、エネルギーとバイタリティーだけが、嵐のやうにわたしのそばを擦過していつた〉と述べていることに着目し、「（三島が）その時代を否定するために作家として時代と関係した」と考察しながら、その唯美主義的あるいは反語、逆説的な作品世界で現実と対峙した三島が、「自己の異端者的な〈エステティック〉に固執することで時代を否定し、その否定において〈連続性〉と〈論理的一貫性〉（すなわちモラル・アイデンティティ）とを堅持した」とし、三島を「勇敢な〈否定的なものの形而上学的騎士〉だった」と、キルケゴールの表現を用いて解説している。山本常朝の『葉隠』を、「戦国戦士の死にぞこないが、天平な世にその失われたユートピアへの哀切な憧憬を託した倫理書」だとする橋川文三は、三島が剣道五段を取得し、〈剣道七段の実力〉を目指す姿勢に、『葉隠』で説かれる作法と「三島のダンディズム」の共通性を見て、「様式化された倫理への哀切なあこがれを示すもの」とし、三島がアンケートで「あなたが欲しいもの三つ？」と問われ、〈もう一つの目、もう一つの心、もう一つの命〉と答えたことの背後に暗示される「ロマン的な変身への熱情、世界崩壊へのいたましい傾倒」を、「『葉隠』の倫理と相補関係をなすもの」だと、1964年（昭和39年）時点で考察している。そして橋川は、三島が『林房雄論』（1963年）において示した「歴史との対決」の姿勢が、「晩年の芥川龍之介に似た場所」あるいは「明治終焉期の森鴎外」の境遇に通じるものかは予測できないとしながら、それはむしろ『葉隠』の中の「一種透徹した恐怖感」を湛えている一節を引いた方がいいとし、〈道すがら考ふれば、何とよくからくつた人形ではなきや。糸をつけてもなきに、歩いたり、飛んだり、はねたり、言語迄も云ふは上手の細工なり。来年の盆には客にぞなるべき。さてもあだな世界かな。忘れてばかり居るぞと〉という現世の幻を説いている部分との共通性を見出している。田中美代子は『葉隠入門』を、三島が「現代社会の病根を深く洞察、診断し、身をもってその打開に心を砕いた、体験的、臨床的な処方箋」、「万人にとって最後の現実である『死』を凝視」した書物だとし、その現代文化の特徴を、「従来まで人々を人生に向かって鼓舞していた様々な幻想が（どんな理想も規範もイデオロギーも）ことごとく潰え去ったこと」、「かつてモラルの基礎を形成していた絶対の観念が失われ、人間はすべての意匠を剥ぎとられた等身大の、赤裸かの、即物的自然的な生命に直面することを強いられている」ことだと説明しながら、そのことが「現代社会を侵している救いがたいニヒリズム」の原因であり、「人生いかに生くべきか、というかつての求道的倫理的な問題」の代わりに、「日進月歩する科学的な生活改良や健康法や姑息な処世の技術」といった「瑣末な日常生活への関心」ばかりになってしまった現代は、「博学多識と、細分化された『ハウツウもの』の全盛時代」だと田中は三島の言わんとすることを敷衍しながら考察している。さらに田中は三島が、「われわれは西洋から、あらゆる生の哲学を学んだ」と言ったことを受け、実際のわれわれの「生活自体への関心」は結局、「利殖と保身と享楽の追求」に終わり、「与えられた『生の哲学』によって十全に人間性の自然を解放し、富益を求め、奢侈と飽食と放埓に身をゆだねたのちに、やがて等しく老衰と死にきわまる運命にさだめられて」、「生とはついに死に到る不治の病だとすれば、病んでいるのは『生の哲学』そのものだ」と言えなくもないと考察しつつ、「民族、国家、社会」などの一つの「共同体」が、他文化の侵蝕を受けた場合に、「人々の生活の支柱をなしていた掟や慣習がすたれ、道徳的精神的に荒廃して、その共同体は徐々に崩壊、解体してゆく」という現実を考慮すれ、人がそれぞれの、「生の充実」にいかに励んでも、「生それ自身の自壊作用をくいとめる手立てがありえない」とし、そういった近代の合理主義的人文主義偏重の危機を『葉隠入門』の中で示唆していた三島は、「敗戦後の日本人の魂の危機と『生の哲学』の行きつく果てを、いち早く予言した」と解説している。