1757年（宝暦7年）に松平君山が『吉蘇志畧』を刊行し、御嶽山についてその東の峰に三つの池有り、一の池は水涸る、一の池は水少し、一の池は水満る、その水は流れて西のに至る。この北を地獄谷と云う硫黄多し、その水流れて王滝に至る、濁川と云う、往々硫黄を取得す、その水甚だ臭し — 松平君山『吉蘇志畧』と記載し、ハイマツ、コマクサ、オンタデ、オコジョなどの解説とホシガラス、ライチョウなどの鳥類の詳細なスケッチを残している。標高3,000 mを越える高山であり、『木曽節』では「木曽の御嶽夏でも寒い袷やりたや足袋添えて」と歌われている。1979年の噴火による荒廃で黒沢口登山道九合目の石室山荘周辺のハイマツが枯れたが、2002-2003年頃から若芽が確認されている。御嶽山のコマクサの昔話がある。王滝口登山道にある田の原天然公園を中心に約830 haが、木曽御岳自然休養林に指定されている。田中澄江は著書『花の百名山』で、代表する花に一つとしてリンネソウを紹介した。標高1,500m以下の山麓では、ヒノキ、アスナロなどの木曽五木が見られる。1836年（天保7年）に西山麓の下呂市小坂町赤沼田で植栽されたヒノキの人工林が、1993年（平成5年）に林野庁により「赤沼田天保ヒノキ植物群落保護林」の指定を受けた。木曽町三岳では「御嶽黒光真石」と呼ばれる安山岩が産出され、御嶽信仰の霊神碑にも利用されていた。現在も麓の田中石材店などで石材加工が行われている。
木曽御嶽本教（きそおんたけほんきょう）は、1946年（昭和21年）に覚明行者系の講社などが結集して設立された御嶽信仰の宗教教団。総本庁と天昇殿事務所が木曽町三岳にある。御嶽神社を宗祠とし、初代の管長は黒沢御嶽神社宮司の武居誠。
御嶽教（おんたけきょう）は、奈良県奈良市に教団本部（御嶽山大和本宮）を置く教派神道で、神道十三派の一つ。御嶽教の山の本部である木曽大教殿が長野県木曽町福島新満郡にある。1984年（昭和59年）4月に、日本全国に御嶽教の教会、枝教会、布教所が978（愛知県263、岐阜県98、埼玉県47、長野県40など）ほどあった。
御嶽教、木曽御嶽教、神進大教、神理教、禊教、大成教、神道修成派、丸山教、稲荷教、天台宗寺門派や古くは講社と呼ばれていた旧教派神道系の教団などの御嶽信仰の教団がある。
アメリカにて太陽系外の地球型惑星との交信を試みる国際ビーコンプロジェクトが立ちあげられ、ハワイ、オアフ島に造られた送信施設より、送信が開始されて数年後の2012年。世界14ヶ国の海軍将兵2万人が参集する環太平洋合同演習（RIMPAC / リムパック）が開催されようとしていた。参加艦艇の1隻であるアメリカ海軍所属アーレイ・バーク級ミサイル駆逐艦「ジョン・ポール・ジョーンズ」の乗員であるアレックス・ホッパー大尉は恋人であるサマンサとの結婚を彼女の父親であるシェーン提督に認めさせようとしていたが、同じく演習に参加していた海上自衛隊のナガタ一等海佐と喧嘩沙汰を起こしたことから、印象を悪くし、結婚を認められるどころか、演習後の懲戒免職処分を突きつけられる。そんな中開催された演習であったが、時を同じくして宇宙より正体不明の5つの物体が太平洋を目指して降下してくる。その内の1つは衛星軌道に浮かんでいた人工衛星と激突して分解し、中国、香港を中心として世界各地に落下、大規模な災害を引き起こす。残った4つの物体はハワイ近海のリムパック艦隊近辺に降下。その正体を調べるべく、リムパック艦隊はアレックスの兄であるストーンを指揮官とした分遣隊を派遣することを決め、アーレイ・バーク級ミサイル駆逐艦「サンプソン」、こんごう型護衛艦「みょうこう」、そして、アレックスが乗艦する「ジョン・ポール・ジョーンズ」の3隻が派遣される。アレックスらが複合艇にて海上に姿を現していた巨大な物体を探索していた最中、突如、物体から強大なエネルギーフィールドが展開され、ハワイ諸島全域を覆いつくし、分遣隊の3隻の駆逐艦は、より外洋にいたリムパック艦隊から隔離されてしまう。更に構造物の周囲の海中から異星人の大型機動兵器3機が出現。分遣隊が威嚇射撃を行った結果、大型機動兵器がそれを敵対行為とみなし、3隻の駆逐艦に反撃を開始。強力な電波妨害によって戦闘力を削がれた3隻は碌に応射もできないまま、集中砲火により「サンプソン」が撃沈され、ストーンを含めた乗員全員が戦死。「ジョン・ポール・ジョーンズ」も至近弾を受け、艦長・副長を含んだ上級士官が多数戦死してしまい、艦内生存者中最先任のアレックスが急遽艦の指揮をとることとなる。アレックスは、兄を殺された怒りにまかせて突撃をかけるが、援護しようとしたナガタの「みょうこう」も被弾して撃沈されてしまい、部下からの説得でアレックスは攻撃を取りやめ、ナガタを含んだ「みょうこう」のクルーの救助を行い、一時撤退。更に、艦に乗り込んで白兵戦を仕掛けてきた異星人の一部を何とか退けたアレックスらは、ナガタらの協力の元、反撃のプランを練る。異星人の攻撃部隊がハワイ各所を攻撃するなか、孤立無援となった「ジョン・ポール・ジョーンズ」はアレックスの指揮の元、異星人に対して反撃を開始する。ナガタの発案により、海上の津波ブイを利用して敵の位置をつきとめ、3機の大型機動兵器を次々と撃沈する。一方、異星人の目的はハワイの送信施設を利用し仲間に通信して呼び寄せる事とわかり、アレックスはサマンサからアンテナを破壊してほしいと依頼を受ける。しかし、「ジョン・ポール・ジョーンズ」は異星人船の最後の1機からの攻撃によって破壊されてしまう。アレックスは、すでに役目を終え記念艦となっていた70年前のアイオワ級戦艦「ミズーリ」を使い、反撃に出ることを提案するが、旧世代の蒸気タービン推進艦であるため現役船員たちだけでは動かす事ができないと反論される。だが、そこにリムパックを見に来ていたミズーリ退役乗組員の老人達が現れ、協力に加わった。記念艦から戦艦へと復活したミズーリに乗り、アレックス達は最後の反撃に出る。過去の戦いの経験から、真正面から挑んでも勝てないと悟ったアレックスは、碇を降ろしてドリフトのような急旋回により、これまで太刀打ちできなかった攻撃をかわした上に敵の側面に回り込むことに成功。戦艦ならではの怒涛の攻撃を浴びせ、エネルギーフィールド発生装置を破壊し、展開していたエネルギーフィールドを消滅させる事に成功する。(この際、反撃により第三砲塔を大破させられるが、あまりにも装甲が厚く、大した被害にはならなかった。)そして、残された最後の砲弾を送信施設に向けて発射し、通信施設を破壊する事に成功する。だが、異星人船は完全に沈没はしておらず、最後の反撃に出ようとするが、エネルギーフィールドに阻まれてそれまで救援に来られなかった空母艦載機の攻撃により、完全に沈没する。