ヤンタルヌイは1234年、プルーセン人の集落の場所にドイツ騎士団が新たに建てた集落がもとになっている。ドイツ騎士団はこの集落にパルヴェニッケン（Palwenicken）と名付けたが、後にパルムニッケンへと変化した。1525年にはドイツ騎士団国の世俗化に伴い、プロシア公領の一部となった。パルムニッケンは三十年戦争では6年間に渡りスウェーデン軍の占領下にあった。また七年戦争では1758年から1762年までロシア軍の占領を受けている。1818年の地方行政改革でパルムニッケンはフィッシュハウゼン郡の一部となった。1827年にはパルムニッケンで琥珀産出の産業化が始まった。20世紀初頭には海辺のスパ・リゾートとしても開発された。1939年には人口は3,079人を数えている。第二次世界大戦の末期、赤軍の東プロイセン攻勢によって、1945年4月上旬にパルムニッケンは赤軍に占領された。大戦末期の1945年1月、赤軍の接近により、シュトゥットホーフ強制収容所の東プロイセンにあった支所は閉鎖され、その収容者がケーニヒスベルクを経て海辺のパルムニッケンへ移送された。13,000人いた収容者は、パルムニッケンへの過酷な行進で3,000人にまで減っていた。彼らは琥珀採掘用トンネルに収容される予定だったが、琥珀鉱山の所有者の反対によりこの計画は頓挫した。収容者たちを管理する親衛隊は、1月31日の夜に彼らをパルムニッケンの海岸に連れ出し、ライフルで脅しながらバルト海に向かって行進させた。多くが溺死し、15人だけが生き残っている。
サラゴサでの活躍はレアル・マドリードの興味を引き、1997年夏に移籍金660万ユーロでレアル・マドリードに移籍した。1997-98シーズン序盤戦はプレドラグ・ミヤトヴィッチやダヴォル・シュケルの控えだったが、やがて先発出場するようになり、移籍初年度ながら33試合に出場して12得点を記録してチーム内得点王になった。レアル・マドリードでは主にラウル・ゴンサレスと2トップを組み、数々のタイトル獲得に貢献した。リーグ戦は期待外れの4位に終わったが、UEFAチャンピオンズリーグでは32シーズンぶり7回目の優勝を成し遂げた。1998年12月1日に国立競技場で行われたインターコンチネンタルカップではCRヴァスコ・ダ・ガマを2-1で下して世界制覇を果たした。1998-99シーズンはとても調子が良く、得点王は25得点のラウル・ゴンサレスに譲ったが、38試合に出場してリーグ4位の19得点を挙げた。1999年12月に結婚し、1999年7月に長男を、2001年8月に長女を、2006年9月に次女を授かった。1999-2000シーズンも質の高いプレーを見せ、前年度と同じ19得点を挙げて2度目のチーム内得点王になり、さらにUEFAチャンピオンズリーグでは決勝のバレンシアCF戦でゴールを決めて過去3シーズンで2度目の優勝に貢献した。2000-01シーズンは終盤戦の怪我によりリーグ戦は6得点に終わったが、レアル・マドリード加入後初のリーグ優勝を果たし、UEFAチャンピオンズリーグでは準決勝でバイエルン・ミュンヘンに敗れたものの8試合4得点と高い決定率を残した。2001-02シーズンはデポルティーボ・ラ・コルーニャのディエゴ・トリスタンに次ぐ2位（FCバルセロナのパトリック・クライファートと同点）のリーグ戦18得点を決め、とりわけ7-0で勝利したUDラス・パルマス戦では1試合5得点の快挙を達成した。UEFAチャンピオンズリーグでは決勝でバイエル・レバークーゼンを破り、2シーズン前と4シーズン前に続いて3度目のチャンピオンメダルを獲得した。インターコンチネンタルカップではオリンピア・アスンシオンを破り4年ぶりの優勝を果たした。2002年夏にインテル・ミラノからロナウドが加入したため、モリエンテスはFCバルセロナやトッテナム・ホットスパーFCに移籍するのではないかという噂が流れた。特に前者は2200万ユーロという莫大な移籍金をモリエンテス獲得のために用意していると報道されたが、モリエンテス側の金銭的な要求が高かったために実現しなかった。ロナウドの加入以外にレアル・マドリードの下部組織出身のハビエル・ポルティージョが復帰したこともあり、モリエンテスの出場機会は前シーズンから急減し、移籍後最少かつ初めて一桁となるリーグ戦6得点に終わった。その出場機会の少なさからトッテナム、レアル・サラゴサ、ASローマ、ACミランなどへの移籍がささやかれたが、結局マドリードに残った。この時期にはギャラクティコ政策（銀河系政策）がさらに推し進められ、2003年夏にはデビッド・ベッカムが加入したが、彼はスター偏重のクラブ方針に批判的だったため、なかば監督の構想外となった。シャルケ04へのレンタル移籍交渉はまとまらなかったが、ディディエ・デシャン監督が率いるフランス・リーグ・アンのASモナコへのレンタル移籍が決まり、リーグ戦では28試合10得点とまずまずの成績を残し、UEFAチャンピオンズリーグでは12試合で9得点を奪って得点王に輝くなど、リーグ戦を上回るインパクトを残した。皮肉なことに、準々決勝では自らを放出したレアル・マドリードとの対戦となったが、アウェー・ホームの2試合とも得点を挙げる活躍を見せ、アウェーゴール差で辛くも準決勝に進出した。準決勝のチェルシーFC戦でも得点して勝ち上がった決勝の舞台はシーズン前に移籍する可能性があったシャルケ04のホーム・アレナ・アウフシャルケであったが、大会10得点目はならず、3-0で敗れて自身4度目の大会制覇はならなかった。シーズン終了後にレアル・マドリードに復帰したが、リヴァプールFCからマイケル・オーウェンが加入してポジション争いは一層厳しくなった。2004-05シーズン前半戦で出場した13試合はすべて途中出場という起用法への不満はあったにせよ、リーグ戦では半年間で1点も挙げられず、2005年1月に移籍金930万ユーロでイングランド・プレミアリーグのリヴァプールFCに完全移籍した。レアル・マドリードでの6シーズン半でリーグ戦182試合（うち先発出場112、途中出場70）に出場して82得点を挙げた。