乾燥した気候であり降水量が少なく、大規模な河川は存在しない。通常時には水が流れていないランブラ（涸れ川）が多く、これらの河川では豪雨の際にのみ水が流れる。ベニアレス貯水池から北東に向かってガンディア付近で地中海にそそぐヒローナ川、アルコイ近くから北東に向かって流れるセルピス川、アルテア付近で地中海にそそぐアルガル川、アマドリオ貯水池を持ちビジャホヨーサ/ラ・ビラ・ホヨーサ付近で地中海にそそぐアマドリオ川、内陸部のビリェーナ近郊を通るがエルチェに至る前に水流がなくなっているビナロポ川、ムルシア州ムルシアなどを流れた後にオリウエラを通って地中海に至るセグラ川などがある。地中海沿岸にはエル・フォンド自然公園などの湿地がある。アリカンテ県南部には多数のラグーンがあり、マタ塩湖とトーレビエハ塩湖はまとめてマタ湖・トーレビエハ湖自然公園に指定されている。
明治に入ってから十年後、神谷薫と出会い、神谷活心流道場で暮らし始める傍らで人々を守り、街中で滅法強いと評判の剣客となる。そんな中、左之助や鵜堂刃衛、蒼紫、斎藤一と出会い戦ううちに、封じていた人斬りの本能が目覚めていき、その狭間で悩み苦しみながらも薫に支えられる。追い打ちをかけるように、志々雄真実が生きており京都で暗躍しているため、大久保利通に日本国のため志々雄を殺して欲しいと懇願される。当初は断っていたが、一週間後の再回答の日に大久保が瀬田宗次郎に暗殺されたことを受け、志々雄を止めるべく、薫にのみ別れを告げて去る。その道中、宗次郎と剣を交えた際に、逆刃刀が折れてしまう。新しい逆刃刀を求めて新井赤空を尋ねるも、そこで十本刀の張に襲われ、止むを得ず「宝刀」として奉納されていた刀を取って戦う。例え相手が悪人であっても逆刃刀でない刀を抜き不殺の誓いを破って人を殺めてしまえば抜刀斎に立ち戻ってしまう事は避けられず、剣心は赤子の命を守るためにそれを覚悟の上で宝刀を抜き張を倒したが、その宝刀こそが赤空の最後の一振りである、逆刃刀・真打であり、張は死んでいなかったため、抜刀斎に立ち戻る事は避けられた。赤空の息子・青空から逆刃刀・真打が悔恨と平和への願いを込めて打った生涯最後の刀だと知らされ、赤空の想いを汲み取りその一振りを受け取る。そして現在の状態では志々雄一派に勝てないことを痛感し、志々雄一派に勝つための強さを手に入れるため、幼少期に喧嘩別れした師匠、比古清十郎の元を再び訪れる。そこで剣心のあとを追って来た薫達と再会し、共に東京に帰ると約束する。最初は反対されるが、幼少期からの変わらない意志によって師匠から奥義を伝授される。そして、志々雄一派が待ち受ける比叡山の祠に出向く。奥義である天翔龍閃（あまかけるりゅうのひらめき）を駆使し、蒼紫、宗次郎と立て続けに紙一重で生死を分ける死闘を経て、最後に志々雄と戦うこととなる。激闘の末、勝利したかに見えたが、気を許した不意をつかれ瀕死の重傷を負い死を覚悟する。しかし薫との「共に東京に帰る」という約束を思い出し、生きる意志を持ち立ち上がり勝利。志々雄一派は壊滅する。東京に帰ってからは、今までのように流浪人として一線引いていた様子もなくなり、仲間にも一歩踏み出して接するようになった。そんな中、雪代巴の弟である雪代縁が15年の歳月を経て、剣心への復讐「人誅」のため現れる。縁と再会した後は15年前に巴を斬殺した罪に再び苛まれることとなる。いつも以上に苦悩する姿を見て、薫と仲間達は剣心の身に何が起こったのかと心配する。初めは襲撃の件について話そうか迷っていたが、仲間達の気持ちに心動かされ、人誅の意味と己の過去を語ることとなる。縁との1回目の戦いでは人斬りの罪を償う答えが得られないまま戦い、天翔龍閃までも破られ敗北する。そして剣心の最も大切なものを奪うという「人誅」によって、薫を縁に殺害された（と思い込んだ）ことで生き地獄を味わう。またも愛する者を守れなかったことに絶望し廃人同然の状態となり、仲間達の声にも応えず左之助には愛想を尽かされてしまう。だが数日後、一人鯨波と戦う弥彦の身を案じた燕の訪問を受け、弥彦を助けてくれと懇願され動揺する。廃人状態を見守っていたオイボレと呼ばれる老人が背中を押してくれたお陰で、今生きている一人でも多くの人たちの笑顔を灯すために、剣が振るえなくなるその日まで、剣と心を賭してこの戦いの人生を完遂するという償いの答えを見出す。そして絶望から立ち上がり鯨波に追い詰められた弥彦の前に駆けつける。そして薫を救うため縁に最後の戦いを挑む。激闘の末、それまで生きてきた人生、そしてその人生に対する答えが両者の明暗を分け勝利。縁との長きに渡る因縁に決着を付け、薫を無事救出した。いずれ自分が飛天御剣流を撃てなくなると知った際は、その前に幕末時代の宿敵である斎藤一との決着だけは果たしたいと呼び出したが、結局流された。後に神谷薫と再婚し、息子の剣路をもうける。そして剣心は逆刃刀を明神弥彦に預け、それと同時に自らの思いも託す。それ以降は倭杖を持ち歩いている姿が後日談にあたる番外『春に桜』で見られる。ただし、『明日郎 前科アリ』にて飛天御剣流の技を使う際には弥彦から逆刃刀を借りている。『明日郎 前科アリ（異聞）』では志々雄一派残党に追われる明日郎と阿爛を見た由太郎に呼ばれて登場。賊長を一蹴し、事件解決後は明日郎と阿爛を神谷道場の門下生として迎え入れる。その際無限刃を預かろうとするが、「その刀はしっくりくるから俺の刀だ」と語る明日郎に拒否される。北海道編では薫の父・越路郎の生存が判明したことから薫、剣路、左之助、明日郎、阿爛、旭と共に北海道へと向かう。これに先立ち、剣心の身を案じた弥彦から逆刃刀を返却された。しかし、恵から診断された飛天御剣流の反動による身体のダメージは深刻な物になっており、弥彦との手合わせでは本気を出した事と「九頭龍閃」に出した事による反動によって、刀を握れなくなるほどの激痛を伴うまでになっている。また、薫や弥彦曰く、体力がかなり落ちている。