引退直後には名古屋とテクニカル・アドバイザーの契約を締結した。2001年9月には豊田スタジアムの北10番ゲートが「ピクシーゲート」と命名された。10月9日には豊田スタジアムで引退記念試合（名古屋対レッドスター・ベオグラード）を行い、10月30日にはニシュのチャイル・スタジアムにて引退記念試合（ラドニツキ・ニシュ×ヴァルダル・スコピエ）を行った。同年9月にはユーゴスラビアサッカー協会（のちにセルビア・モンテネグロサッカー協会）会長に就任し、2005年にレッドスター・ベオグラード会長に就任するためにサッカー協会会長を辞任した。2004年3月には日本外務省より西バルカン平和定着・経済発展のための「平和親善大使」を委嘱された。同年7月にはセルビア・モンテネグロの治安の悪さを理由にパリに移住した。2007年10月12日、「何かを終わりにし、新しいことを始めるちょうどいい時だ」と発言してレッドスター会長を辞任した。
FIFAワールドカップ前の1990年1月、フランス・ディヴィジョン・アン2連覇中のオリンピック・マルセイユと移籍金500万ポンドで 契約を結んだ。当時のユーゴスラビアでは26歳以下の選手は海外移籍することが許されていなかったが、特例で移籍が認められたのであった。フランス代表のジャン＝ピエール・パパンやエリック・カントナ、イングランド代表のクリス・ワドル、ガーナ代表のアベディ・ペレなど名選手が揃う中で背番号10を与えられたが、1990-91シーズン開幕早々のFCメス戦で左膝を負傷し、シーズンの大半を棒に振った。サッカー選手人生で幾度もの膝の負傷に悩まされたが、この時の怪我の度合いは引退を考えるほど深刻であった。UEFAチャンピオンズカップ決勝では古巣のレッドスターと対戦したが、試合終了間際の数分間しか出場できず、PK戦の末に敗れて準優勝に終わった。1991-92シーズンはセリエAのエラス・ヴェローナFCにレンタル移籍したが、イタリアの守備重視の戦術になじめず、怪我の影響もあって不完全燃焼に終わった。ユーゴスラビア代表はUEFA EURO '92予選を破竹の勢いで勝ち進み、7勝1敗で通過したが、予選期間中にクロアチアがユーゴスラビアからの分離独立を宣言し、ズボニミール・ボバン、FWダヴォール・シューケル、ロベルト・ヤルニなどの主力選手がクロアチア国籍を取得してチームを去った。代表チームはストックホルム入りして最後の調整に励んでいたが、内戦への裁定として国連が制裁措置を取り、ユーゴスラビア代表はUEFA EURO '92の出場停止処分を受けた。UEFAチャンピオンズリーグ 1992-93では決勝でACミランを破り、リーグ戦で5連覇を達成したが、バランシエンヌFC監督のボロ・プリモラツがマルセイユの八百長を告発し、1994年3月23日にディヴィジョン・ドゥ（2部）降格・UEFAチャンピオンズカップ優勝杯剥奪が決定した。クラブは2年間の契約延長を申し出たが、ストイコビッチはそれを拒否し、半年間という期限を定めてヨーロッパを離れる決断をした。
長野オリンピックの開会式は、明仁天皇・美智子皇后臨席の下、2月7日午前11時から長野オリンピックスタジアムで行われた。当初は夜間の開催だったが、アメリカの放映権を持つCBSの要請により昼間に変更。同時に開催時間を2時間以内に設定していた。総合演出（総合プロデューサー）は劇団四季の浅利慶太が担当（シニアプロデューサーが萩元晴彦、音楽アドバイザーが小澤征爾、イメージ監督が新井満、映像監督が今野勉、総合司会が磯村尚徳と道傳愛子）。善光寺の鐘の音を合図にスタートした。御柱祭の建御柱、大相撲幕内力士の土俵入り、横綱の曙の土俵入りが行われ、歌手の森山良子と子供達によりテーマソング「明日こそ、子供たちが…When Children Rule the World」が披露された。選手入場はオリンピック憲章に則り、ギリシャを先頭にアルファベット順に行われた。入場の最後の日本選手団は県民歌でもある「信濃の国」に合わせて入場した。大会組織委員会会長・斎藤英四郎および国際オリンピック委員会（IOC）会長のフアン・アントニオ・サマランチが挨拶し、天皇が開会を宣言して湯浅譲二作曲の『冬の光のファンファーレ』が演奏された。猪谷千春、笠谷幸生、金野昭次、北沢欣浩、長久保初枝、大高優子、橋本聖子、山本宏美の元冬季オリンピック日本代表選手8人がオリンピック旗を持って入場し、長野市児童合唱団の合唱でオリンピック賛歌が演奏され、オリンピック旗が掲揚された。雅楽による国歌演奏の後、クリス・ムーンと子供たちが聖火を持って入場した。1997年世界陸上選手権10000m銅メダリスト・千葉真子から1992年アルベールビルオリンピック、1994年リレハンメルオリンピックノルディック複合団体の金メダリスト・河野孝典、阿部雅司、三ヶ田礼一の3人へ、そして1997年世界陸上選手権女子マラソン金メダリスト・鈴木博美に引き継ぎ、ジャコモ・プッチーニ作曲のオペラ「蝶々夫人」の中の『ある晴れた日に』が演奏され、1992年アルベールビル五輪女子フィギュアスケート銀メダリストの伊藤みどりによって、聖火が点火された。オリンピック宣誓は、アルベールビル・リレハンメル両五輪ノルディック複合団体の金メダリスト・荻原健司、フィギュアスケート審判・平松純子によって行われ、審判宣誓終了直後、子供たちのメッセージカードが入った羽ばたいているように見える3種類の鳩の形の紙風船が1998個空に放たれた。開会式のクライマックスは、長野県県民文化会館でのオーケストラとソリストに開会式会場と世界5大陸（北京、ベルリン、ケープタウン、ニューヨーク・シドニー）の合唱団が加わった衛星同時中継によるベートーヴェン作曲の交響曲第9番「合唱付き」第4楽章の演奏・合唱であった。指揮は小澤征爾が行い、この合唱は会場の観客や選手を含む全員が参加し行われるというオリンピック史上初の試みであった。さらに演奏終了にあわせ航空自衛隊のブルーインパルスが会場上空で展示飛行を行った。