最初の神懸かりの翌年1893年（明治26年）、なお（直）は放火犯と誤認逮捕されたことがきっかけで、自宅の座敷牢に監禁された。この時、牢内で釘を使って書いた文章が「筆先」のはじまりとされる。文盲のなお（直）がつづった文章は平仮名と数字のみで構成され、限られた信者のみに清書することが許された。また漢字に置き換えることは神示によって王仁三郎だけに与えられた特権であり、彼の手により編集された筆先は1917年（大正6年）の機関誌「神霊界2月号」に『大本神諭』として発表された。多くの軍人や知識人を大本に入信させるほど強い影響力を持った書だが、1920年（大正9年）8月5日に『大本神諭・火の巻』が発禁処分となる。さらに文章を文字通りに解釈した浅野和三郎を始め多くの幹部・信者が終末論に走り全国に宣伝、第一次大本事件の一因となった。王仁三郎はなお（直）の権威で書かれた『大本神諭』を克服するために『霊界物語』を著したという指摘もある。一方『大本神諭』が発禁となり、終末論的な社会改革運動が弾圧されたことで、新たな教義と教典が必要になったという側面もある。教団の内部事情と当局からの弾圧が、複雑で曖昧な新教典を形成したといえる。安丸良夫は、王仁三郎と大本が『霊界物語』の教典化や国際的平和主義への対応、昭和初期の超国家主義運動団体化などさまざまな変貌を遂げつつ、千年王国主義的救済思想を維持し続けたと指摘した。『霊界物語』では、『大本神諭』について「そもそも教祖の手を通して書かれた筆先は、たうてい現代人の知識や学力でこれを解釈することは出来ぬものであります。いかんとなれば、筆先は教祖が霊眼に映じた瞬間の過現未の現象や、または神々の言霊の断片を惟神的に録したものですから、一言一句といへども、その言語の出所と位置とを霊眼を開いて洞観せなくては、その真相は判るものではありませぬ。（中略）ゆゑに神様は、三千世界の大芝居であるぞよと、筆先に書いてゐられます。その各自の台詞書を集めて、一つの芝居を仕組むのが緯の役であります。ゆゑに霊界物語は筆先の断片的なるに反し、忠臣蔵の全脚本ともいふべきものであります。」と述べている。第36巻序文でも同様の事を述べ、「霊界の幾分なりとも消息が通じない人の眼を以て教祖の筆先を批評するのは、実に愚の至りであります。」と指摘している。
世界にある多くの大都市が第二次世界大戦によってダメージを受けた中ニューヨークは一切攻撃を受けなかったため、そのパワーは他の追随を許さぬものとなり、1947年から52年にかけて国際連合の本部が建設された。パリに取って代わり抽象表現主義を中心とする芸術の都となり、ロンドンに取って代わり商業の中心になった。レヴィットタウンを発端として、郊外移住が盛んになり市の人口は50年代を境に減り始める。1948年11月15日、ニューヨーク州商業委員会がニュージャージーからマンハッタンに入るバージ（船に引っ張ってもらい物を輸送する浮上方のコンテナ）に対して課金したことから港の影響力は衰弱していく。マンハッタン・ミッドタウンは戦後の経済過熱によって空前の建設ラッシュが続きミッドタウンの容貌を瞬く間に変えた。建築様式もジッグラトからインターナショナル・スタイルへシフトした。またマンハッタン中東部に位置するイースト・ヴィレッジにも大規模な公共住宅が伝統的な家屋に取って代わるなどした。ロウワー・マンハッタンでは1960年代デイヴィッド・ロックフェラー主導の下、再開発が行われOne Chase Manhattan Plazaが建った。これらの再開発と建築ラッシュは常に何かを破壊しての元行われた。古典装飾様式の旧ペンシルベニア駅が破壊されたのを受け、市は伝統的な景観を残すため1965年都市景観保護法を可決した。グランドセントラル駅も一時期は破壊計画が立てられたが、なんとか法案に救われた。ロバート・モーゼスのもと建設されたフリーウェイは過度の混雑を生み問題となった。1960年、ロード・バックリーの死後ナイトクラブ従業員に所有義務があったニューヨーク市キャバレーカードのシステムが廃止された。60年代にはタイムズ・スクエアに性風俗店が大量にオープンし、90年代の改革まで残った。1965年改定の移民法では国籍別に移民を規制することを廃止、このころアジア系アメリカ人のコミュニティが拡大する。ニューヨークは徐々にその経済規模を衰退させていく。その発端となったのはメジャーリーグのドジャースとジャイアンツが1957年のシーズンを最後にカリフォルニア州に本拠地を移してしまったことに始まる。空きの部分は1962年にニューヨーク・メッツが創立されたことで埋まり、メッツは1964年にシェイ・スタジアムに本拠地を移すまで最初の2シーズンは元ジャイアンツのポロ・グラウンズを本拠地とした。1965年11月9日、北アメリカ大停電の被害にあい、この時の苦い体験は1968年「Where Were You When the Lights Went Out?（日本題・ニューヨークの大停電）」（停電になったときあなたはどこにいた？）という題名で映画化もされた。製造業は中断され貿易はニュージャージに依存した（幸い対岸のNJには電力が来ていた）。1960年代にかけておこった黒人の公民権運動では非暴力を謳うマーティン・ルーサー・キング・ジュニアを支持しない人々もおり、64年から68年に駆けて起こったニューヨークでの暴動では黒人の住居、教育、就労などに多少の改善は見られたが、ニューヨークの治安悪化に繋がった。レズビアン、ゲイ、バイセクシャル、トランスジェンダーと警官の衝突はストーンウォールの反乱として知られLGBT権利運動を世界中に広めた。最初の反乱は1969年6月27日金曜日の夜1時20分頃に起こった。警官がグリニッジヴィレッジのゲイバー"ストーンウォール・イン"に駆けつけ、近代最大のLGBTの逮捕劇となった。7月下旬ゲイ解放活動団体（GLF)がニューヨークで組織される。その年の年末には全米中の街や大学で同団体が見られるようになった。カナダ、フランス、イギリス、ドイツ、ベルギー、オランダ、オーストラリア、ニュージーランドなどでも同じような団体が次々と結成されていった。この時からこの反乱を記念しGLFが5,000人から10,000人の人々を率いグリニッジ・ヴィレッジからセントラルパークまで大行進を行う。現在でもLGBTプライド・パレードとして有名である。