皇極天皇4年6月12日（645年7月10日）、中大兄皇子らが宮中で蘇我入鹿を討ち、翌日、入鹿の父の蘇我蝦夷が自害する（乙巳の変・大化の改新）。その翌日の6月14日、皇極天皇は同母弟の軽皇子（後の孝徳天皇）に大王位を譲った。日本史上初の譲位（退位）とされる。新大王の孝徳天皇より、皇祖母尊（すめみおやのみこと）の称号が奉られた。
1942年2月17日、第27駆逐隊（白露・時雨）に護衛されて横須賀を出港。補充用の零式艦上戦闘機をフィリピンのミンダナオ島ダバオへ輸送、3月2日に帰投した。以後瀬戸内海で訓練に従事、九六式艦上戦闘機が瑞鳳の艦首に乗ってしまう珍事も起きた。4月18日、空母 ホーネット、エンタープライズによるドーリットル空襲の際、アメリカ軍機動部隊迎撃のため桂島泊地を出撃するが、会敵する事はなかった。5月7-8日、ニューギニア島ポートモレスビーを巡り日米機動部隊が激突する珊瑚海海戦が勃発、姉妹艦の祥鳳がアメリカ軍機動部隊の艦載機により撃沈されている。当時、連合艦隊と軍令部は今後の作戦方針について対立、混乱状態にあった。山本五十六連合艦隊司令長官や黒島亀人参謀はミッドウェー島の攻略とそれに伴うアメリカ軍機動部隊との決戦を企図、連合艦隊の総力を挙げたミッドウェー作戦が決定する。瑞鳳は第二艦隊（近藤信竹中将/旗艦愛宕）を基軸とする攻略部隊主隊に編入され、同作戦に臨んだ。零戦の生産が間に合わなかった事から瑞鳳の航空戦力は九六艦戦6、零戦6、九七艦攻9という編成で、上空直衛のため敵艦隊攻撃の機会はないという判断から魚雷は1本も艦載していなかった。5月27日、日本本土を出撃する。6月5日、日本海軍は主力空母4隻（赤城、加賀、蒼龍、飛龍）、重巡洋艦三隈を喪失、さらに空母エンタープライズ、ホーネットの追撃を受けた。ミッドウェー海域に残存する日本空母は鳳翔、瑞鳳のみで、さらに鳳翔の艦載機は旧式の九六艦戦と九六式艦上攻撃機であった。瑞鳳は魚雷を搭載しておらず、高高度からの水平爆撃も戦果は期待できないため、最後の手段として九七艦攻に爆弾を搭載しての緩降下爆撃が選択された。6月8日、発艦準備が行われるも米艦隊との会敵はなく、出撃機会はなかった。6月9日、攻略部隊主隊は北方部隊に編入され、アリューシャン方面に向かう。14日、第二機動部隊（空母龍驤、隼鷹）と合流する。24日、大湊に入港した。28日、瑞鶴と共に出撃、アッツ島南方海域で行動するが、アメリカ軍と交戦することは無く7月13日に佐世保へ戻った。7月14日、艦隊の再編が行われ、第三艦隊（司令長官南雲忠一中将）が編成された。第一航空戦隊（空母翔鶴、瑞鶴、瑞鳳）と第二航空戦隊（空母龍驤、隼鷹、飛鷹）がその主力となった。8月7日、アメリカ軍はウォッチタワー作戦を発動しガダルカナル島、ツラギ島、フロリダ諸島に上陸、ガダルカナル島の戦いが始まった。第一航空戦隊は8月16日に柱島泊地を出撃したが、7月31日に出渠したばかりの瑞鳳は出撃できず、瑞鳳の代艦として二航戦の龍驤が翔鶴、瑞鶴に随伴して出動した。8月24日、龍驤が第二次ソロモン海戦でアメリカ軍機動部隊艦載機に撃沈された。9月1日、瑞鳳は呉を出港し6日にトラック泊地着、10-23日にかけて作戦に従事した。9月25日、トラックを発ち29日横須賀着、10月1日横須賀を出発し、トラックへ向かった。到着直前の6日、重巡熊野の偵察機は瑞鳳を敵味方不明の空母と報告、トラック泊地の戦艦大和以下各艦に一時緊張が走っていた。8日にトラックへ到着し航空機輸送任務を終え、10月15日、日本軍はアメリカ軍輸送船団を攻撃してガダルカナル島への航空燃料補給を阻止する。10月26日、瑞鳳は日米双方の機動部隊が正面から対決した南太平洋海戦に参加した。5時25分、第三艦隊から第一次攻撃隊62機（指揮官村田重治少佐/零戦21、艦爆21、艦攻20）が発進した。途中、瑞鳳零戦隊9機（指揮官/日高盛康大尉）は第三艦隊攻撃に向かう空母エンタープライズの艦載機19機（ワイルドキャット8、ドーントレス3、アベンジャー8）を発見し、第一次攻撃隊から分離して迎撃した。空戦により零戦2機が撃墜され、残存7機中2機が帰路行方不明となり、艦隊に帰投したのは5機であった。5時40分、索敵中のSBDドーントレス2機が瑞鳳を奇襲、瑞鳳の飛行甲板後部に爆弾1発が命中し、15ｍほどの破口が生じた。航空機着艦不能となった瑞鳳は艦隊から離脱した。このため瑞鳳所属機は瑞鶴に収容されて戦闘を継続した。索敵任務終了後、空母瑞鶴（野元為輝瑞鶴艦長は瑞鳳初代艦長）に着艦した田中一郎中尉（瑞鳳艦攻隊）は第三次攻撃隊（零戦5、艦爆2、艦攻6）の指揮官となり11時15分に出撃。空母ホーネットに800kg爆弾による水平爆撃を行って命中弾を与えた。最終的にホーネットは日本軍前進部隊に捕捉されて雷撃処分された。10月28日、瑞鳳はトラック泊地に帰投した。11月2日、第一航空戦隊（翔鶴、瑞鳳）は重巡熊野、筑摩、第4駆逐隊、第17駆逐隊、駆逐艦秋月等に護衛されて内地に向かい、7日、浜風、磯風と共に佐世保到着後は修理に従事した。