しかし、永正4年（1507年）に細川政元が暗殺され、翌年に大内義興・細川高国によって擁立された足利義稙（義材）が上洛して将軍に復帰する（永正の錯乱）。反大内であった元信は政治的な力を失い若狭に退き、永正16年（1519年）に形式上、家督を子の元光に譲り出家する。その後の大永元年（1521年）3月に細川高国と対立した足利義稙が出奔して、7月に義澄の子・義晴が新将軍になると、高国と和解した元信は8月に再び上洛して復権を果たした。10月4日、禁裏御所の修理費5000疋を朝廷に献上し、功労により同月22日に守護としては異例の従三位に昇叙した。同年12月3日に死去。法名は仏国寺殿青光禄大丈夫三品大雄紹公大禅定門。墓所は福井県小浜市の仏国寺。
元信は、以降も軍事活動などを通じて室町幕府将軍や細川京兆家との繋がりを更に深め、若狭武田家を繁栄させた。しかし、丹後一色氏との対立は一進一退の状況が続き、永正3年（1506年）には丹後侵攻を図って失敗し、一色氏の若狭侵攻の際には越前国の朝倉氏の援軍もあり、これを撃退している。また、領内で起きた土一揆などにも苦しめられるなど、その体制は必ずしも順風満帆ではなかったものの、武田氏に対する段銭・役夫工米の免除や荘園に対する押妨の停止などを命ずる室町幕府奉行人奉書は武田元信の代に目立って少なくなり、幕府の支配を離れ、若狭武田氏を守護大名から戦国大名へと転身させる基礎を築いた。
明応2年（1493年）4月22日、10代将軍・足利義材が廃された明応の政変に際しては、11代将軍・足利義澄を擁立した管領細川政元（勝元の子）を支援した。この際、武田元信は明応2年閏4月3日に上洛している（『北野社家日記』）が、その2日前に細川京兆家と対立関係にあった大内政弘の娘が京都で誘拐される事件が発生している。ところが、早くから武田元信が先に政弘の娘との婚約を破棄された事への報復と噂されていた（『大乗院寺社雑事記』）。一方で、直後に細川政元が堺に滞在していた大内義興（政弘の子で先に誘拐された娘の実兄）を自陣営に勧誘しており、大内氏が政変に反対しないように政元と元信が人質を確保するために誘拐事件を起こしたとする見方もある（藤井崇『大内義興』戎光祥出版、2014年、P40-41）。しかし、細川政元から恩賞として深草の地を貰う約束が反故になったことから、11月に家臣と共に出奔してその後若狭に帰国してしまった。ただし、間もなく細川政元と和解して越中国に逃れた前将軍足利義材の上洛に備えている。明応8年（1499年）10月、足利義材は畠山尚順と連携して上洛戦を開始し、まず元信の領国である若狭に向かった。これは若狭の国人たちを説き兵士を募ろうとしたと考えられる。しかし、これは成功せず、足利義材は近江の海津を通り、同年11月に坂本まで進軍した。在京していた元信は足利義澄・細川政元に加勢して後土御門天皇を警護し、結果、足利義材の上洛を退けた。足利義澄はこの功績から元信を相伴衆にしようとしたところ、細川政元が反対したため、代わりに朝廷の反対を押し切って文亀元年（1500年）に未だ叙爵を受けていない元信を従四位下に叙位させた。なお、朝廷では口宣案に既に叙位を受けていたとする虚偽の内容を盛り込んでいる。
409年にローマ帝国がブリタニアより撤退すると、現在のデンマークや北部ドイツ周辺にいたゲルマン人の一派であるアングル人、ジュート人、サクソン人が北海を渡ってブリタニアを征服し、イングランドの原型ができた。5世紀頃からはオランダ北部に居住しているフリース人（フリースラント人）が北海交易を開始し、ライン河口に作られたドレスタットの町は9世紀まで北海の交易の中心地となっていた。8世紀末ごろよりヴァイキングの活発な活動が始まり、デーン人やノース人が北海を渡ってイングランドやフランク王国にたびたび襲撃をかけた。ヴァイキングはロングシップと呼ばれる喫水の浅く、細長い快速船を使って軍事侵攻を繰り返す一方、クナールと呼ばれる幅広で喫水の深い貿易船を使用した貿易も盛んに行った。863年にはドレスタットがヴァイキングに略奪されて崩壊し、以後北海交易の主役はヴァイキングへと移った。ヴァイキングは初めは交易と略奪を主としていたが、やがて軍事的侵攻の色合いを濃くし、特にイングランドにおいてはウェセックス王国を除くイングランド全域を征服した。このときは878年のウェドモーアの和議によってイングランド東部がデーンロウと呼ばれるデーン人領域となり、886年のアルフレッド大王のロンドン奪回によって領域が確定した。しかしその後もデーン人とイングランド人の抗争は続き、1016年にはデンマーク王クヌート1世がイングランド王位を獲得し、やがてデンマーク王とノルウェー王も兼ねて広大な北海帝国を築きあげたが、1035年のクヌートの死とその後の後継者争いによって瓦解した。このころからヨーロッパ北部の商業中心となってきたのが、北海南岸のフランドル地方である。とくにブリュージュは、南北商業の結節点として大いに栄えた。1277年には、地中海のジェノヴァ共和国のガレー船がブリュージュ外港のズウィン湾に到着し、これによって北海・バルト海と地中海を直接結ぶ商業航路が開設され、ブリュージュおよびフランドル地方はヨーロッパ経済の北の中心となっていった。やがて10世紀末頃から、ドイツ商人が北海へと進出を開始する。最初に進出したのはイングランドであり、とくにケルン商人がイングランド交易では力を持っていた。この交易と、バルト海方面での交易の伸長によって、やがて12世紀には北海・バルト海沿岸の諸都市によってハンザ同盟が成立し、この地域で勢力を伸ばした。これらの北海やバルト海貿易といった、いわゆる北方貿易においては、穀物や魚といった生活必需品が主に扱われ、地中海などの南方貿易が奢侈品を多く取り扱うのとは対照的な性格のものだった。こうした貿易によってハンザ同盟は14世紀には全盛期を迎えた。