交通系ICカードで市営地下鉄と市営バスまたは京都バスを乗り継ぐ場合、合計運賃が60円（小人は30円）割引される。バス同士（市営バス・京都バス）を乗り継ぐ場合、1回目の降車から2回目の降車が90分以内に限り、２乗車目の運賃が90円（小児は40円）割引される。京都市交通局と京都バスが販売するトラフィカ京カードを利用した場合は、いずれの乗り継ぎの運賃も割引額は120円（小児は60円）である。また、市営地下鉄とバス（市営バス・京都バス・京阪京都交通・京阪バス）の連絡普通券でも合計運賃は120円引きとなる。
札幌市営地下鉄と市電、もしくはバス（ジェイ・アール北海道バス、じょうてつバス、北海道中央バス、ばんけいバス及び夕鉄バス）に乗り継ぐ場合、運賃が割り引きになる（一部路線を除く）。ただし、市電とバスを乗り継ぐ場合は適用されない。
京都丹後鉄道の特別急行列車・急行列車については、宮津駅・天橋立駅で別の特別急行列車・急行列車に乗り継ぐ場合、同種の列車について通しの特急料金・急行料金で計算される。
大阪市高速電気軌道と大阪シティバスを乗り継ぐ場合、地下鉄とバスの運賃の合計金額から100円引き（小児50円引き）される。また、バスとバスを乗り継ぐ場合、あわせて210円（小児110円）で利用できる。ただし、バス同士の乗り継ぎの場合、最初のバスを降車後、90分以内に次のバスを降車しなければ割引は適用されない。なお、本特例が適用されるのは、IC乗車券と一部の磁気カードに限られる。
梅田・東梅田・西梅田駅の３駅間を、30分以内で乗り継ぐ場合、通し運賃で適用される。ただし、梅田３駅を通過することで遠回りをすることになる場合（迂回乗車の場合）、発駅～梅田３駅と発駅～（最短経路）～着駅の高い方の運賃が適用になる。なお、磁気乗車券で乗り継ぐ場合、黄緑色の自動改札機を利用しなければならない（IC乗車券の場合はすべての自動改札機を利用できる）。
上越線の越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅間及び博多南線については、短距離であるため区間相互は全車両自由席扱いの特定特急料金を適用している。博多南線については、博多駅で接続している山陽新幹線との連絡については、直通していても別列車扱いとしている。これは、通勤ライナーと同様の扱いで運行されていることを考慮してのことである。また、上越線越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅間については、季節営業であることと、越後湯沢駅から直通する列車であることから同一列車で運行される。ともに料金計算上は新幹線と自由席扱いの特定特急料金を合算して計算する。
東北新幹線と山形新幹線福島駅 - 新庄駅および秋田新幹線盛岡駅 - 秋田駅とを乗り継ぐ場合（直通して乗車する場合を含む）の在来線区間の特急料金については、上記の新幹線と在来線との乗り継ぎによる半額のものではなく、別に定めた特定の特急料金で計算される（山形新幹線・秋田新幹線の特急料金の割引は３割引に抑えられている）。なお、この字体で表した乗換駅での乗り継ぎは有効期間開始日当日限りとなる。なお、グリーン車については、東北新幹線と山形新幹線（東京駅 - 新庄駅間の各駅相互に限る）または秋田新幹線（東京駅 - 秋田駅間の各駅相互に限る）の利用する全区間の営業キロによる料金でグリーン料金が計算される。その際には、通常期の合算された特急料金より指定席料金に相当する890円を引きグリーン料金を合算する。
2016年3月26日以降、本州 - 北海道間の定期旅客列車は北海道新幹線のみとなっており、上記の新幹線 - 在来線の乗継割引が適用されるが、海峡線（津軽海峡線）経由の定期特急列車が運転されていたそれ以前、以下のような制度が存在した。
公共交通機関の運賃等は初乗り料金等の影響で乗り継ぎ回数が多いほど料金が高くなってしまう。そこで日本では乗り継ぎによる金額の増大を抑えるために乗り継ぎ料金（割引）制度が広く導入されている。一方、世界的には交通企業体ごとの自立採算制をとらずに複数の交通企業体で運輸連合を設立し、各社からの事業収入を運輸連合でいったんプールしたうえで一定の基準で参加事業者に再配分する共通運賃制度を導入する施策をとっている地域が多くなっている。例えばパリのパリ運輸組合には地下鉄、バス、フランス国鉄など57社が加入しているが乗継割引制度はなくパリ市内のこれらの公共交通機関ではゾーン制の運賃である。日本の公共交通機関は各交通事業者の独立経営によるシステムとなっており共通運賃制度は普及していない（乗車券等の共通化はみられる）。他には航空会社の国際線でファーストクラスを利用する場合に国内線のファーストクラスの料金を通しにしたり、割り引いたり、無料にする制度がある。
過去に「一橋情報経理専門学院」という専修学校（平成4年度末で在校生がゼロとなり事実上解散）も設置していたが、設立当初から関係の深かった「学校法人諏訪学園」に移管した（後に「一橋ゼミナール」という名称の予備校になるが、現在は廃校）。東海大学と提携した当初の思惑は、専修学校から東海大学へ進学させ「大学進学率」を上げることもあった。そのため「東海大学附属一橋経理専門学院」と表記し、大学側から注意されたという過去を持つ（提携調印は、「高等学校」のみである）。東海山形高等学校時代のスクールバスや印刷物には、「東海大学附属東海山形高等学校」と記されていた。過去の法人名を学校法人一橋学園と言い、「一橋」の語源は、前身となった学校の発起人である安田三代人が現在の一橋大学卒業であったためである。東海大学山形高校は、東海大学と提携校としての契約を結び、付属校ではないがそれにほぼ準じた扱いを受けていることから、学校長の推薦を得ることにより、東海大学などの系列大学に優先的に進学することができる。