岩手県軽米町のあたりでは、歯痛が起こるとオガワ（おまる）の内側にこびりついているカスを削り取って虫歯の穴に詰めた（昭和55年）。秋田県阿仁村中村では、便所の溜の中に竹コを入れておくと節から節までの間にきれいな水が溜まるので、それを悪い物を食べたりきのこにあたったりした時に飲むという。静岡県小河内では、ミミンダレ（耳だれ）の時、便所つぼ（溜桶）の縁の汁をつけるとよく利くという。沖縄県伊計島の人によると、バンノウフウ（山に行った後などにできるひどく痒いブツブツ）と呼ぶできものには、使用後のチビヌグヤー（尻ぬぐい）を焼いて、煙をかけた。
東アジアで人糞を肥料として用いたことが確認される最初の例は、鎌倉時代の日本と言われ、人類史最古の有機栽培である。人糞を肥料として用いるのは、世界的に見ると一般的なものではない。多くの国・民族において、人糞を人間の食料を生産する畑に投下することは忌避されてきた。例えば明治期にアイヌ民族がなかなか農業に馴染まなかったとされるが、その最大の問題は人糞を肥料に用いることであったといわれる。室町時代の朝鮮通信使も｢日本では人糞を肥料とし、農作物の生産高が非常に高い｣と記している。江戸時代には、その人糞を出す階層により、その価値が違い、栄養状態のよい階層（最上層は江戸城）から出された人糞は、それより下の階層（最下層は罪人）が出す物より高い値段で引き取られた。江戸城から出る人糞は、葛西村が独占していた。長屋に併設された共同便所は、これらの肥料原料を効率良く収集するために設置され、ここから得られた肥料で城下町周辺部の農地は大いに肥え、町民に食糧を供給し続けた。江戸落語の中に店子が喧嘩した大家へ「二度とてめえの長屋で糞してやらねぇ！」と捨て台詞を吐く描写があるが、それはこのような背景があるためである。明治時代においても人糞は貴重な肥料であり、高値で引き取られた。そのため、学生などが下宿する場合においては、部屋を複数人以上（具体的人数はその時の取引相場で異なる）で共同で借りた場合は、部屋の借り賃が無料になることもあった。第二次大戦後、ダグラス・マッカーサー率いるGHQは日本のサラダに人糞の細菌と寄生虫が多数混入していたため、日本政府に人糞肥料の中止を命じた。日本政府は｢寄生虫予防会｣を各市町村に作り、人糞肥料から化学肥料へと一大転換が行われた。しかし、1955年頃になっても学校の保健室には「よい子はなま野菜を食べないようにしましょう」といった表題のポスターが貼ってある状況だった。ただちに人糞肥料から化学肥料の使用へと完全移行した生産者は多くなかったのである。肥料として用いる人糞は、そのまま使うと作物が根腐れするため、たいていは肥溜めに溜めて発酵させて利用する。ちなみに発酵中の物は非常に臭いが強く、さらに衛生害虫になるクロバエ類やニクバエ類、またカの中でも最も富栄養状態に適応したオオクロヤブカの発生源となるなどの問題があった。また、人糞肥料を媒介とした寄生虫の流行も問題となった。
敗戦をベルリンで迎えた村山は、帰国後、アルタイ学者としての研究活動を開始した。この時期の業績として、成吉思汗碑文の解読、契丹文字の解読の試みが挙げられる。また、古代日本語の代名詞や動詞活用システムがアルタイ系言語起源であること、いわゆる「有坂秀世の音節結合法則」とアルタイ諸語w:Altaic languagesに見られる母音調和の比較など、アルタイ比較言語学の立場から日本語の系統問題について積極的な提言を行った。また朝鮮最古の歴史書「三国史記」から、いわゆる高句麗語を抽出し、それが顕著に高い比率で日本語と類似することを指摘した。村山は、1960年前半までは日本語の系統を、19世紀以来の通説に従いアルタイ起源とみなしていたが、一方で、古代日本語の主要語彙はアルタイ起源では説明できないという見解に達していた。60年代後半以降、日本語とオーストロネシア諸語との関係を論じたロシアの言語学者、E. ポリワーノフの一連の論文(1918～1925)、泉井久之助による日本語とオーストロネシア祖語の比較研究(1952)などの影響を受け、1970年代前半から、ポリワーノフの説を発展させた一連の著書・論文を発表し始める。その手法は、上代日本語と琉球語の比較から日本祖語の内的再構を行い、O. デンプウォルフによって再構されたオーストロネシア祖語と比較して音韻対応を設定するという、歴史・比較言語学の正統的な方法論に沿ったものである。古代日本語における、基礎語彙を含む相当数の語彙（総計して約240語の語彙が比較されている）がオーストロネシア起源であるとし、また、助詞「の」や連濁現象が、オーストロネシア諸語に広く見られるリンカー（繋辞） na/ng に起源すること、接頭辞（た走る、ま白、か細し、など）もオーストロネシア起源と推定されること、オーストロネシア語族を特徴付ける前鼻音化と呼ばれる特異な形態音韻論的現象の痕跡が古代日本語に残存すると見られることを根拠に、オーストロネシア語の影響は、語彙だけでなく、統語・形態論的な要素にも及んでいると主張した。その一方で、動詞や形容詞などの用言の活用システムや、語順、代名詞などの主要な文法要素はアルタイ起源とする見解を維持し、日本語は「アルタイ・ツングース系言語を骨子とした南島（オーストロネシア）語である」と主張した(1976)。また大野晋のタミル語起源説を痛烈に批判した(1982)。90年以降の最晩年には、アイヌ語とオーストロネシア祖語との比較研究に取り組み3冊の著書を出版した(1992-1995)。村山の見解は海外にも良く知られており、日本語の系統を論じた米国・ロシアなどの言語学者の著書・論文にも多く引用されている。日本語がオーストロネシア語を基層として形成された混合言語であるとする説は、崎山理や板橋義三(九州大学）によって継承されている。