15年近くの戦争により、イスパノアメリカの経済と政治体制が大きく弱体化、同地域の19世紀における経済発展を遅らせるとともにその不安定さが長続きした理由になった。イスパノアメリカの独立により、スペイン帝国という貿易圏、特にマニラ・ガレオンやインディアス艦隊の制度が破壊された。独立した直後のイスパノアメリカ諸国の間の貿易が植民地時期よりも減少した。貿易圏が一旦破壊されると、新生諸国の人口の少なさもあって、商人が貿易圏を再建する動機は少なかった。さらに、スペインとの貿易独占によりイスパノアメリカの製造業がヨーロッパ諸国との競争から守られていたが、それも破られた。製造業、特に織物業が保護関税に守られていたが、イスパノアメリカの独立でそれがなくなったため、外国からの輸入品がイスパノアメリカの製品よりも安い結果になり、（産業革命を経ていないが、製造業に従事していた）先住民は大打撃を受けた。鉱業も壊滅的な影響を受け、ボリビアにおける銀の産出量が独立以前の半分になり、メキシコでは4分の1になった。海洋貿易に頼っていたバルディビアなどは植民地間貿易の制度が崩壊した結果、経済衰退に陥った。新生イスパノアメリカ諸国はそれぞれ異なる国際貿易政策をとった。リオ・デ・ラ・プラタ連合州やペルーは保護主義政策をとったが、チリは新重商主義を採用しつつ国際貿易をより歓迎する政策を採用した。資金不足を解決するために、海外、特にイギリスからの投資が誘致されたが、景気回復を誘発できる規模には至らなかった。フランス革命戦争とナポレオン戦争を経たヨーロッパと米国の経済が回復して、新しい市場を探している中、イスパノアメリカが国際貿易の舞台に上れるのは原材料の輸出者と製品の消費者としてだけだった。
海岸にあるベラクルス、カヤオ、チロエといった要塞はそれぞれ1825年と1826年まで抵抗した。その後の10年間、王党派のゲリラは活動を続け、スペインも何度かイスパノアメリカ本土の一部を再占領しようとした。1827年、ホセ・アリサバロ大佐はベネズエラでゲリラ活動を行い、1829年にもイシドロ・バラダス准将が正規軍を率いてメキシコを再征服しようとした（スペインによるメキシコ再征服の試み）。ピンチェイラ兄弟はパタゴニアに移り、1832年にエプラフケン潟湖の戦いで敗れるまで王党派の犯罪者として活動した。これらの活動はいずれも政治情勢を変えるには至らなかった。神聖同盟が1825年以降に急速に影響力を失い、1830年の七月革命でフランスのブルボン朝が倒れたことで、フェルナンド7世はヨーロッパ諸国からの支持を失ったが、スペインが軍事再占領の計画を完全に放棄したのはフェルナンド7世が1833年に死去した後のことだった。1836年にはスペイン政府が大陸アメリカの主権の放棄を宣言したほどであった。その後、19世紀の間、スペインはイスパノアメリカ諸国を1つずつ承認していった。キューバとプエルトリコのみが1898年の米西戦争までスペイン領であり続けた。
1819年、独立派の戦役が成功したことを受け、スペインは2度目となる大規模な遠征軍を組織した。しかし、この遠征軍がスペインを離れることはなかった。その代わり、自由派が立憲君主制を復活させるための手段になった。1820年1月1日、アストゥリアス大隊の指揮官ラファエル・デル・リエゴは反乱を起こし、1812年憲法の復活を要求した。彼の軍勢はアンダルシア州の都市を行軍、市民の支持を得ようとしたが、現地住民の興味は薄かった。しかし、スペイン北部のガリシアでは反乱がおこり、それが瞬く間に全国に広がった。3月7日にはマドリードの王宮がフランシスコ・バレステロス将軍率いる軍勢に包囲され、フェルナンド7世は3日後の3月10日に憲法の復活に同意した。リエゴの反乱はイスパノアメリカ独立戦争に軍事、政治の両面で大きな影響を与えた。軍事的にはヌエバ・グラナダの奪回とペルー副王領の守備に必要だった大規模な増援が到着しなくなり、王党派の状況が悪化したため、各地で部隊全体が愛国派に寝返る事件が続出した。政治的にはスペイン政府のイスパノアメリカ反乱への態度が大きく変わった。新政府は反乱軍がスペインの自由主義のために戦っていると考え、スペイン憲法の擁護がそのまま和解につながると単純に考えたのであった。政府は憲法を実施し、海外県でもスペイン本国と同じように選挙を行った。また、軍部には停戦交渉を行うよう命じ、反乱軍が代議制政府に参加できると約束した。
1815年までに王党派と独立派の軍勢が支配する地域が固定化し、戦争は膠着状態に陥った。王党派が人口の密集地域を支配している場合、独立派はゲリラ戦術を採用した。ヌエバ・エスパーニャにおいて、ゲリラは主にプエブラのグアダルーペ・ビクトリアとオアハカのビセンテ・ゲレロが率いた。南米の北部ではシモン・ボリバル、フランシスコ・デ・パウラ・サンタンデル、サンティアゴ・マリーニョ、マヌエル・ピアル、ホセ・アントニオ・パエスらヌエバ・グラナダとベネズエラの愛国派指導者がオリノコ盆地とカリブ海岸でキュラソー島やハイチからの物資援助を利用して戦闘を展開した。また、アルト・ペルーではゲリラが孤立した農村部を掌握した。
米国留学時代に新島襄と知り合う。のちに、校舎用、同志社大学設立用と多額の寄付を繰り返し、新島を支援する原を新島は「貴殿は吾人之恩人」と感謝している。正金銀行頭取在任中の明治21年（1888年）、奈良吉野の山林地主で「大和の山林王」・「自由民権のパトロン」と呼ばれ、同志社の新島襄の後援者であった土倉庄三郎の長女・富子と、京都・祇園の中村楼で、新島の司式、京都府知事・北垣国道の媒酌により結婚。妻・富子は同志社女学校の出身であり、富子の兄弟姉妹たちも同志社で学んでいた。新島襄が同志社に大学を設立運動のため上京した際、井上馨が呼びかけ人となり、明治21年（1888年）7月19日、大隈重信邸において、新島を支援するための会合が開催され、原も渋沢栄一と同じく最高額を寄付する。東京日日新聞第五〇一四号・明治21年（1888年）7月21日記事によれば内訳は、大隈重信：1,000円、井上馨：1,000円、青木周蔵：500円、渋沢栄一：6,000円、原六郎：6,000円、岩崎弥之助：5,000円、岩崎久弥：3,000円、平沼八太郎：2,500円、益田孝：2,000円、大倉喜八郎：2,000円、田中平八：：2,000円の計35,000円とある。晩年、原は妻の影響から夫婦でキリスト教の洗礼を受けている。