砂糖漬けやシロップ漬けについては、保存性から漬物と分類する場合もあれば、製造法や用途などから漬物ではなく菓子と分類する場合もある。また、ツナやオイルサーディンに代表されるような油漬も広義の漬物とされることがある。
漬物で発酵を担っている微生物は、Leuconostoc mesenteroides、Enterococcus faecalis、Enterococcus faecium、Pediococcus属の菌、Lactobacillus plantarum、Lactobacillus casei、Lactobacillus brevisなどの乳酸菌等が掲げられる。乳酸菌以外に酵母が発酵にかかわっている。クロストリジウム属は酪酸菌として知られ、漬物の酪酸臭の原因となる。
発酵により、強い香りを発するものが多い。このため、「香の物」、「お新香」とも呼ばれる。また、秋田県など一部の地方では「雅香」がなまった「がっこ」と呼ぶ。日本の漬物の場合、乳酸菌による発酵は酸味が著しく強くならない程度に抑制されているものが多いが、中には柴漬けやすぐき漬けのように強い酸味を持つものもある。ヨーロッパのザウアークラウトも、この類である。漬物の技術は、乳酸菌発酵を十分に行うと野菜のみならず、動物質の保存にも有効となり、こうしたものはなれ寿司に分類される。これらは、発酵基質の糖質として炊き上げた米などの穀物を使用する保存食であった。沢庵漬けのような糠漬けや、糠味噌床も、なれ寿司の穀物を乳酸発酵の基質として利用する技術の延長線上にあり、北陸の「へしこ」や北海道の「糠ニシン」などにその中間型を見ることができる。乳酸菌による発酵は、これらの食品に酸味を主体とした味や香りの変化を与えるとともに、乳酸によって食品のpHが酸性側に偏ることで、腐敗や食中毒の原因になる他の微生物の繁殖を抑えて食品の長期保存を可能にしている。植物性乳酸菌は、野菜や豆、米や麦などの植物素材を発酵させる乳酸菌のことである。漬物や味噌、醤油、さらには酒やなれ寿司などの米の発酵食品まで、さまざまな食品に生育している。一方、ヨーグルトのように牛乳などの動物の乳に生育する乳酸菌は動物性乳酸菌と呼び、それぞれ区別されている。動物性乳酸菌は、乾燥、熱、酸に弱く、胃酸で死滅するが、植物性乳酸菌は酸に強く生きたまま腸に届く。植物性乳酸菌の効果として、免疫活性作用、便秘・下痢の解消、病原菌感染の予防などが報告されているが、漬け物等と同時に摂取する程度の付着量では摂食した菌種によるアレルギー反応抑制等の機能性は期待できないとの指摘がある。
代表取締役会長であった中山芳彦は『瀬戸内の暴れん坊』の愛称を持つ。イオン譲渡以前の旧体制下では、中山社長夫妻と資産管理会社のマルナカホールディングス（旧：マルナカ開発）がほとんどの株式を持つ非上場企業で、毎年日経未公開株上位にランクされていた。旧体制下ではマルナカホールディングスが掲げる「瀬戸内リージョナルチェーン構想」の元、地盤の香川県以外の四国地方、岡山県以外の中国地方、関西地方にも多数出店予定とし、四国（マルナカ本社）側では愛媛県・高知県を中心に出店、本州（山陽マルナカ）側では関西圏に集中出店する予定とされていた。顧客も多く、香川県内だけで60余店舗を有している。しかしながら、近年においては県内のマルヨシセンターやきむら、ムーミーとの競合に加え、県外からもフジ、ママイ、サニーマート、キョーエイ、ハローズ、大黒天物産、イズミ、イオングループなどが進出。また山陽マルナカにおいても、岡山県内において天満屋ハピータウン、ニシナ、ハローズ、大黒天物産、イオングループなどとの競争が激化していた。大都市圏への出店を加速させるため、2009年（平成21年）より関西圏への集中出店と本社及び拠点を神戸市の六甲アイランドに移転する計画や、関西圏での店舗数が30店舗になる2011年（平成23年）を目処にマルナカと山陽マルナカで共同持株会社を設立して経営統合することを発表した。2011年（平成23年）10月に実質持株会社であり不動産開発を行なっていたマルナカ開発をマルナカホールディングスに事業再編を目的に社名変更させた。2009年（平成21年）に香川厚生年金会館（ウェルシティ高松）を買収。全館リニューアルを施した上で4月に「ホテルパールガーデン」として開業、ホテル事業に進出した。さらに2010年（平成22年）10月には、テーブルマーク株式会社（旧・株式会社加ト吉）の子会社である加ト吉フードレックから「琴参閣」と「観音寺グランドホテル」を買収し、ホテル事業の拡充を図っている。これまでどこのボランタリー・チェーンにも属さず完全独立を守っていたが、2010年（平成22年）8月11日に、イオン株式会社ならびに三菱商事株式会社と包括業務提携契約を締結、物流システムの効率化・商品の共同調達・プライベートブランドの開発など様々な面で両社と協力することとなった。しかし、その提携・協力は徐々にその枠を超える事となる。イオンとの提携を通し、近年の小売業における情報技術の進化を伴った業界の加速度的に進む変容（電子マネーの運営やPBの連続した充実、他にも細かなサービスの導入など）についていくためには莫大な資本を要する現実に直面し、以前よりプランとして掲げていた「瀬戸内リージョナルチェーン構想」を断念するに至る。ついに2011年10月には、11月を目処にイオンがマルナカと山陽マルナカを子会社化すると発表し、イオングループ入りすることが確実となった。その一方でマルナカホールディングス側もイオンの株式を持つこととなり、マルナカ本体よりの直接経営からは手を離すものの、イオンを通じての影響力をある程度残す形となった。