2006年9月 - 2007年3月。ナビゲーターの安めぐみは『DX』から続投。レギュラーシリーズ第2期目は、2006年3月以来半年ぶりのレギュラー復帰となる第10シーズン目である。2006年9月15日より、毎週金曜日深夜（土曜日未明）0:30 - 1:00の枠で放送開始。特番時代のタイトルから『DX』が取れ『POP JAM』（ポップジャム）となった。ただし、前回のレギュラー（40分）から時間が短くなり、1993年の番組開始以来最短の30分となった。番組史上最短の放送時間は同年12月1日の20分である。NHKホールでの収録は引き続き『ミュージック・エクスプレス』（BS2）との併録ではあるが『POP JAM』は放送3回分の収録となった。松本まりかが引き続きナレーションを担当のほか、2003年から2年間司会を担当し、『ミュージック・エクスプレス』司会の高山が不定期でナレーションとして参加した。前作『DX』からの流れで、ドキュメンタリー色の強い番組となり、またアーティストの演奏部分についてはNHKホール収録部分を極力減らし、NHKスタジオでの別収録部分が新たに加わる形となった。吉浦康裕によるオープニングアニメーションを引き続き使用。
西川貴教・アンジャッシュ・村上由利子時代、2005 - 2006年。トーク部分が通常のNHKホールでの収録とは別録りとなった。たいてい1 - 2組のアーティストがこのトーク部分に出演するため、これによりNHKホール収録は歌中心となった。第8シーズンのオープニング・エンディングテーマは、いきものがかり。EDは、 ユンナ「ほうき星」、など。
つんく♂・優香・高山哲哉時代、2003 - 2005年。第6シーズンの司会者のうち優香が続投のほか、新司会者にシャ乱Qのつんく♂と高山哲哉アナウンサーを迎え3人で司会を担当というスタイルとなった。また、第7シーズンからはブレイクレーダーが「ブレイクレーダーNEO」にバージョンアップした他、新たに地方人材発掘企画として「つんく♂のエンタメ情報局」なる企画も登場した。エンディングで、出演アーティストに毎回質問を出し、フリップに回答を書いてもらうのが慣例となった。2004年5月より、アーティスト1組に焦点を当てて特集する新スピンオフ企画『PJ PURE SIDE（ポップジャム・ピュア・サイド）』がスタート。第1回目は175Rを特集（2004年5月14日放送）。以後、東京事変編（2005年6月24日放送）まで2回制作されたのみだった。第7シーズンの地方での公開収録は4ヶ所で行われた。
堂本光一（KinKi Kids）・久保純子時代、2000 - 2002年。第5シーズンは堂本が所属するジャニーズ事務所の所属タレントの出演も多かった。特に2001年度には、堂本がKAT-TUNやジャニーズJr.のメンバー、または大物アーティストとジョイント、ミニライブを行う企画も行われた。なお、ライジングプロダクション所属の男性グループが出演する場合は久保の単独司会となっていた。第5シーズンの地方での公開収録は5ヶ所で行われた。第5シーズンのオープニング・エンディングテーマは、小西康陽（2001年 OP）。
爆笑問題・柘植恵水時代、1998 - 2000年。司会者を単独制から複数制に変更。お笑いコンビ・爆笑問題と柘植恵水アナウンサーを起用。初めてNHKアナウンサーが司会に起用された。なお、爆笑問題がNHKの音楽番組で司会を担当するのは『メガロックショー』（1991年度、1991年4月 - 1992年3月）以来6年ぶりのことであった。2年目の1999年から全国各地での公開収録が始まり、札幌、北九州、大阪でそれぞれ行われた。
森口博子時代、1995 - 1998年。第3シーズンより、単発番組から週1回のレギュラー番組に昇格。放送時間は単発時代の60分より35分に短縮され、収録も放送2回分となる。番組タイトルも『ポップジャム』で統一。司会の森口は前年から続投、1998年3月まで4年間務めた。森口司会末期の1997年4月 - 1998年3月のオープニング・エンディングアニメーション映像はアニメーターの笹原和也が手がけた。レギュラー初放送となった1995年4月7日の放送でaccessがテレビを通じて活動休止を発表。これには事前に打ち合わせした森口曰く、収録終了後、NHKホールにいたaccessのファンの多くが泣き出すハプニングがあった。
第2代司会者・森口博子時代。第2シーズンから森口が司会者に就任するとともに、番組のロゴやオープニングムービー、テーマも一新。スタジオセットがトロピカルムードなものに変わり、明るい仕上がりとなった。第2シーズンのエンディングテーマは、WILD STYLE「とまどいを断ち切って」ほか。1995年1月5日から1月7日まで未明（深夜）枠にて『ポップジャム・ベストセレクション』と題した総集編が3回に亘り放送された。
蜃気楼ダイヤとは、1999年（平成11年）から2005年（平成17年）までの夏季限定で運行されたダイヤの愛称。観光駅に当たる、あきた白神駅・十二湖駅・ウェスパ椿山駅・深浦駅の4駅の中から好きな駅でいったん下車し、観光の後、再び同じ列車で目的駅へと向かう。あきた白神駅については運転上、岩館駅まで無料送迎車で向かっていた。時刻表には、深浦駅で3時間停車の掲示か、列車の直通の記号を用いて表示されているが、深浦駅で数分止まった後、岩館駅まで引き返し、十二湖駅・ウェスパ椿山駅の乗客を乗せて、深浦駅に向かう。指定席券は、目的地までの乗車券・指定席券であれば、特例で途中下車できるようになっていた。2006年（平成18年）春から「くまげら」編成投入により、「リゾートしらかみ」が3往復体制での運行になったために、この蜃気楼ダイヤでの運行はされなくなった。西村京太郎の推理小説『五能線の女』では、このダイヤをトリックとして使用した。2006年（平成18年）12月16日、テレビ朝日の『西村京太郎トラベルミステリー』シリーズで映像化された。放送された時点ではすでに蜃気楼ダイヤでの運転はしていなかったので、番組の最後でその旨の字幕が表示された。五能線全線開通80周年記念の一環として、2016年7月13・14日に「リゾートしらかみ蜃気楼号」を運転、蜃気楼ダイヤが復活した。