市長退任後の1946年、国際連合連合国救済復興機関（UNRRA）の事務局長に就任したほか、音楽同好会であるファイ・ミュー・アルファ・シンフォニアの会員となった。1947年9月20日、膵臓癌のためニューヨークブロンクス区の自宅で死去。64歳。葬儀は同区のウッドローン墓地で執り行われた。
ベネット・サーフによれば、ラガーディアは市の法廷に出向いて指揮を執ることが良くあった。彼が扱ったのは在り来たりの軽犯罪で、サーフによればその中に、飢えた家族のために一斤のパンを盗んだある婦人のケースがあった。ラガーディアは罰金として 10ドルを徴収せよと主張した。それから彼は「私はここに居る全員に対し、食べるためにパンを盗まねばならない市に住んでいる咎で 50セントの罰金を科す！」と言った。そうして彼は帽子を人々に回して集めた金を被告に渡し、被告は 47ドル50セントを持って法廷から放免された。
アドルフ・ヒトラー及びナチ政権には早くから批判を行っていた。1934年には「ヒトラーの計画の一部はドイツ国内のユダヤ人を完全に絶滅すること」だと警告した。1937年に行われた米国ユダヤ人議会の女性部会に際しては、当時開会間近のニューヨーク万博でナチズム関連の特別パビリオンとして「あの褐色シャツの狂信者たち」のために「恐怖の部屋」を設置せよと訴えた。ラガーディアの妹であるジェンマ・ラガーディア・グラックは、1944年にハンガリーにてユダヤ人一斉検挙に巻き込まれて逮捕された。彼女はラーフェンスブリュック強制収容所に送られたが特別な扱いを受け、戦後釈放された。
腐敗により市民から軽蔑の眼差しが向けられがちであった市議会の改革に乗り出し、1938年には強力な新しいニューヨーク市予算承認委員会（企業における理事会に似たもの）の設立を盛り込んだ市憲章改正を提議し成立させた。
世界恐慌の最中及び以後、経済立て直しに辣腕を振るった。のちに「ニューヨークのマスタービルダー」と呼ばれるロバート・モーゼスが牛耳る多くの大型公共事業を一任されると、連邦からの資金を得るべくロビー活動を地道に行った結果、経済社会基盤の整備が成った。当然、多額の連邦資金を手中に納めるためルーズベルトやニューディール政策と密なる関係を構築、1934年から1939年までに11億ドルを注ぎ込むことに成功した。その代わりにルーズベルトをニューディール政策の権化へと祭り上げると共に、彼の政敵であるタマニー・ホール（マンハッタンに拠点を置く民主党のマシーン組織）を打倒するに至った。この間、高速道路橋やトンネル、空港を矢継ぎ早に建設することでニューヨークの景観は一変することになる。特にウェストサイド高速道やイースト・リバー自動車道、ブルックリン＝バッテリー・トンネル、トライボロー橋、ラガーディア空港は、ラガーディアが市長在任中に完成した施設である。
1920年は共和党員としてウォレン・ハーディングを支持しなければならなかった。1928年の市長選では民主党のアル・スミスを好感していたが、表向きは沈黙を守った。1929年、ラガーティアは市長選に出馬したが、現職のジミー・ウォーカーに地滑り的敗北を喫した。1933年、ウォーカー及びアイルランド系の仕切るタマニー・ホールはスキャンダルにより市政を追われ、ラ・ガーディアが改革派の候補になった。
1929年、彼はニューヨーク市長選に立候補したが、現職のジミー・ウォーカーに大敗した。1932年には下院議員選でも民主党候補のジェイムス・J・ランツェッタに敗れた。1932年の選挙ではラガーディアに限らず共和党候補は軒並み苦戦を強いられた。また、（ラガーディアが出馬した）議院選第20選挙区の人口構成も、従来のユダヤ系及びイタリア系アメリカ人中心からプエルトリコ系中心へと移り変わりつつあった。
議員としては、移民の積極的な受け入れとニカラグアからの米軍撤退からスト中の鉱山労働者の権利や暮らし、貧農、抑圧された少数民族のほか窮乏世帯に対する支援に至るまで、ラガーディアは進歩主義的信条の疲れ知らずで雄弁な擁護者として活躍した。同時代の富裕層や政府内の取り巻きにも舌鋒鋭く、所得税への累進課税導入、ウォール街に対する政府の監督強化、および世界恐慌による失業者のための雇用保険設立を訴えた。
孤立主義の立場を採ることは無く、国外における民主主義、民族独立や反独裁政治のために、アメリカが影響力を行使することを支持した。それ故アイルランド独立運動や反ツァーリ主義者による1917年のロシア革命を支持したが、レーニンには賛同しなかった。例えばノリスのような殆どの進歩主義者たちとは異なり、ラガーディアは一貫して国際主義に立ち、国際連盟や列国議会同盟を支持し、各種の平和会議や軍縮会議にも賛意を表明している。内政に関しては社会主義に傾倒して国有化や規制強化を望んだが、社会主義政党に接近することはなく、カール・マルクスの著作を読もうとはしなかった。
廻国巡礼の旅に出た熊野那智の山伏・東光坊祐慶（ワキ）とその一行は、陸奥国安達ヶ原で、老媼（前ジテ）の住む粗末な小屋に一夜の宿を借りる。老媼は自らの苦しい身の上を嘆きつつ、求められるまま枠桛輪で糸を繰りながら糸尽くしの歌を謡う。やがて夜も更け、老媼は「留守中、決して私の寝所を覗かないでください」と頼み、山伏たちのために薪を取りに出る。しかし、山伏に仕える能力（アイ）は、寝所の中が気になって仕方がない。山伏との攻防の末、ついに密かに部屋を脱け出して寝所を覗くが、そこには大量の死体が積み上げられていた。能力からの知らせを受けた山伏は、「黒塚に住むという鬼は彼女であったか」と家から逃げ出すが、正体を知られたと悟った鬼女（後ジテ）が怒りの形相で追ってくる。山伏は数珠を擦って何とか鬼女を調伏し、鬼女は己の姿に恥じ入りながら去っていく。