2017年4月にユンホが除隊、続いてチャンミンも8月に除隊。約2年に及ぶ兵役を終了した2人は、2017年8月21・22日の2日間でソウル・東京・香港をまわる『東方神起 ASIA PRESS TOUR』を行って今後の大まかな活動予定について発表。これを機にグループとしての活動を再開した。その後、9月下旬にユンホとチャンミンそれぞれのソロ曲を韓国でリリース。9月30日からは除隊後初のライブイベント『TVXQ! Special Comeback Live - YouR PresenT』を開催して、韓国と中国のファンと再会を果たした。以降は日本での活動に専念。10月25日に自身4枚目、2人体制では初となるベスト・アルバムを発売し、11月から翌年の1月まで日本全国5大ドームを廻る『TOHOSHINKI LIVE TOUR 2017 ~Begin Again~』を開催して日本のファンとも再開を果たした。日本でのツアーが終わると、2018年3月28日に8集『NEW CHAPTER＃1:THE CHANCE OF LOVE』を発表して韓国歌謡界にカムバックした。活動休止をしていた東方神起にとって、今回が約4年ぶりとなる本格的なカムバックであった。アルバムはHANTEOチャート、シンナラレイコードなど韓国国内のアルバムチャート日間1位を獲得し、iTunes総合アルバムチャートでも全世界13地域で1位となった。さらにガオンチャートでも週間1位を獲得して国内外に"王の帰還"を知らせた。5月から8月にかけてこのアルバムを引っさげて、約3年ぶりとなるアジアツアー『TVXQ! CONCERT -CIRCLE- #welcome』を行った。
そんな中、ジュンス、ジェジュン、ユチョンの3人が急激に関係が悪化していたSMからの離脱を図るべく、2009年7月末、専属契約内の契約期間や収益配分に関する規定の不当性を訴えて、SMとの専属契約の効力停止を求める仮処分をソウル中央地方法院に申請。これにより、東方神起は突如、分裂の危機に立たされた。同裁判所は残る2人に対する信義とファンクラブ会員への公人としての責任を重んじるべきとして、和解を勧告した。3人側は「契約内容に画期的な変更があるならば可能性はある」としたが、SM側は「合意のもとで更新してきた契約」という立場を固守した為、調停に失敗。結局、同年10月に同裁判所は専属契約に公序良俗に反する規定があるとして一部を認容、専属契約の効力を一部停止して、SMとの契約は残るものの、本案訴訟が終結するまで3人のSM以外での芸能活動を認める仮処分を決定した。この直後、ユンホとチャンミンは東方神起を作り上げたSM以外で活動するつもりはないとして3人に復帰を呼び掛けたが、訴訟を取り下げることになるこの要求を3人は聞き入れることなくSMと決別し、同年11月から独自の活動を開始した。このため、グループ活動はアジアツアーが中止になるなどエイベックスの管理下にある日本を除いて休止状態に陥った。分裂した訴訟組、残留組双方の関係がその後悪化している旨、日本側所属事務所社長からのTwitter情報等を基に報道がなされたが、3人側が本案訴訟を提起しなかったため事態に進展が見られず、2010年に入ると日本でも作品がリリースされるのみでグループとしての活動は行われなくなった。そして、2010年4月3日、エイベックス側が日本でのグループ活動休止を発表し、これをもって東方神起は活動全面休止に至った。
日本では、2008年末に自身初となる日本レコード大賞ノミネート（優秀作品賞受賞） とNHK紅白歌合戦出場 を果たすと、翌2009年3月には新たにバーニングパブリッシャーズのバックアップ を受けてアルバム『The Secret Code』をリリースし、東方神起の作品としては初めて日本レコード協会からプラチナ認定を受けるヒットへと導いた。その余勢を駆って、同年7月には韓国出身歌手としてはピやリュ・シウォンに続き3組目となる、デビュー以来の目標 であった東京ドーム公演を2日連続で開催し、これを成功させた。その間、日本以外でも、日本での活動の合間を縫って2009年2月からソウル、タイ、中国を巡回するアジアツアーを開始した。このほか、2008年末にジェジュンが主演映画の撮影を行い、翌2009年7月にはユンホやチャンミンも韓国でテレビドラマへの主演が決まるなど、それまであまり見られなかったソロ活動にも本格的に挑戦し始めた。
当初主演に起用されていた勝新太郎は、撮影開始後に黒澤と衝突し、降板した。直接の原因は、1979年（昭和54年）6月末のクランクイン直後の7月18日、勝が自分の演技を撮影するためのビデオカメラを東宝砧撮影所に持ち込んだことによる。勝はこれを自身の役作りの参考にしようとするつもりであったが、黒澤の許可を得ていなかった。勝が黒澤にビデオカメラの持ち込みを許可するように頼んだところ、黒澤は「演技は監督である自分が見ているので信用してほしい」と言った。勝はこれに納得せず「それは解っているが、こちらはこちらでビデオを撮りたい」と再度頼むも、完璧主義の黒澤は撮影現場に自らの映画のカメラ以外の撮影機材を持ち込むことを許さず「撮影はこっちでやるから大丈夫だ」と断った。このような問答をした後、勝は怒り心頭で撮影現場から出て行った。そして勝は降板した。これにより、『乱』の主演が内定していた仲代達矢が代役として起用されることとなった（なお、当時の新聞上では仲代の代役が発表される以前に井川比佐志、原田芳雄らの名前が報道されていた）。仲代は独自の影武者像を作り上げたが、劇場公開の際に映画を観た勝は「（映画は）面白くなかった。」「おれが出ていれば面白かったはずだ。」とコメントした。勝がビデオカメラを撮影現場に持ち込んだ理由として、勝が単に、いわゆる「メイキング映像」を撮りたがっていただけ、とする関係者の証言もある。黒澤作品の常連脚本家で本作を手がけた井手雅人が語ったところによれば、当初は勝が武田信玄と影武者を、勝の実兄の若山富三郎が信玄の弟信廉役を演じるという、実際の兄弟関係を逆転させた配役の案があったという。しかし、若山は勝と黒澤のトラブルを予期し、それに巻き込まれることを嫌って出演依頼を断ったため、それきりに終わった。なお若山は、「何、黒澤明? そんなうるせえ監督に出られねえよ、俺は」と、出演依頼を断わったその本音を述懐している。