スコピエ中心部はヴァルダル川を境に二つの基礎自治体に分けられている。川の北岸はチャイルでスタラ・チャルシヤがある旧市街で、南岸ツェンタルは現代的な建物で構成されたスコピエ市街の中心部である。同市は 中世以降 20 世紀初頭にいたるまでオスマン帝国の支配下にあったため、旧市街には主として木骨煉瓦造 2階建てのオスマン建築（モスクは石造）が、また近代以降に開発が進んだ新市街には中層の煉瓦造や RC 造のヨーロッパ建築がそれぞれ立ち並んでいた。スコピエは都市計画が緩く、その結果1963年のスコピエ震災 (en) で市内の80%が破壊された。震災後国連主導で行われたスコピエの中心部を範囲とする都市計画のコンペで日本人都市計画家丹下健三が策定したプランが入賞した。丹下は多くの都市計画を策定しており1949年の広島市も含まれている。スコピエ計画は丹下の都市計画が実現する初めての機会だったのだが、現地で地元やその他の国のチームが参入して大幅な変更が加えられ、丹下の原案はスコピエ駅と駅西方向のシティーゲートと呼ばれるオフィス街の高層ビルの一部にその面影が辛うじて残る程度のものとなった。もっとも意義深い実績はスコピエの鉄道駅で、高架のプラットホームは道路交通と歩行者を分離している。都市計画では川の南岸に震災により失われた1,800の住宅が計画された。地震に合わせて建築物を整備するユーゴスラビアの社会計画と国連の設立したスコピエの環境を作る計画は1960年代中盤に進展している。特筆すべきものは中央郵便局でマケドニア人建築家ヤンコ・コンスタンティノフによりデザインされている。
地震活動により中規模の山地が市周辺部には形成されている。スコピエは西部のシャール山 (en) 、南部のイァクピツァ山脈 (en) 、東部はオソゴヴォ (en) に囲まれ、オソゴヴォはマケドニアとブルガリアの国境になっている。スコピエ市街の最高地点は1,066mで、さらに離れた場所の山地のオソイ、スコプスカ・クルナ・ゴーラ、ジェデンはそれぞれ1,506m、1,260m、1,561mの標高がある。いくつかの川はマトカ川のように市周辺部に渓谷を形成する。スコピン谷は鮮新世の砂岩等で出来ており一部石灰岩カルストが洞窟を作る。
スコピエはヴァルダル川の源流から約96km（60マイル）離れた場所にあり、市内を流れたヴァルダル川はそのほとんどがテッサロニキ近くのデルタ地帯に流れている。川はやや大きいしゅう曲部をスコピエに作り、いくつかの橋が架けられそのうちの5つはスコピエ中心部に架けられている。いくつかの支流がスコピエでヴァルダル川に流れ込み、一番長い川はトレスカ川 (en) で130kmある。他にはレペナツ川 (en) 、プチニャ川 (en) 、カディナ川、マルコヴァ川、パテシュカ川が含まれこれらの河川はいずれも70km以下である。スコピエにはマトカ峡谷とトレスカに2つの人造湖があり、トレスカはトレスカ川に水を供給し市中心部の郊外数kmの場所にある。また、市内にはイァクピツァ（Jakupica）と呼ばれる氷河湖がある。
スコピエはバルカン半島中央部マケドニア北部のスコピエ地方に位置し、ベオグラードとアテネのほぼ中間に位置している。ヴァルダル川の源流はゴスティヴァル近くに源を発し、スコピエを流れマケドニア南部を流れギリシャとの国境に達し最終的にはエーゲ海に流れ込む。ヴァルダル渓谷はほとんどが丘陵や山地で構成されている。スコピエ市街は平均東西が23km、南北が9kmの範囲である。平均海抜は225mで、スコピエ市域は1,854 km²を占める。
スコピエの呼称は古代のラテン語のスクウピ（Scupi）からもたらされたことが証明されており、この名称は古代のギリシャ・ローマの国境の要塞の町の名でトラキア人、パエオニア人 (en) が起源となっている。現代ではオスマン帝国統治時代のオスマン語の名称であるユスキュプÜsküp (オスマントルコ語: اسكوب‎) やセルビア王国時代のセルビア語での名称 Skoplje (Скопље)、1912年から1941年にかけてのブルガリア王国の名称であったSkopie (Скопие)などが知られている。1945年から公式にマケドニア語のSkopje (Скопје)が使われるようになり、マケドニア語の地元発音を表すマケドニアキリル文字 (en) で綴られている。アルバニア語ではシュクープ（Shkup）やシュクーピ（Shkupi）と呼ばれている。
南西方面艦隊は、太平洋戦争（大東亜戦争）前半の1942年（昭和17年）4月10日に、南西方面（東南アジア、フィリピン方面）の全般作戦を担当するために編制された日本海軍の艦隊である。後発の方面艦隊は陸上・水上艦隊と航空艦隊からなるが、南西方面艦隊は第一南遣艦隊などの警備艦隊の集合体である。 編制当初、第一南遣艦隊・第二南遣艦隊・第三南遣艦隊を主力部隊としており、連合艦隊に所属した。なお第二南遣艦隊司令長官高橋伊望中将が南西方面艦隊司令長官を兼任し、艦隊司令長官兼任は翌年4月まで続いた。その後、南西方面艦隊には1943年（昭和18年）9月20日に新編の第13航空艦隊が編入された。同年11月30日、新編の第四南遣艦隊を編入した。1944年（昭和19年）3月に第九艦隊を（司令部玉砕により7月10日解隊）、8月に第一航空艦隊を編入した。また南西方面艦隊司令長官三川軍一中将が、第三南遣艦隊司令長官を兼務することになった。 10月以降のフィリピンの戦い生起時の南西方面艦隊司令部（第三南遣艦隊司令部兼任）はルソン島のマニラに司令部を置いており、レイテ沖海戦・レイテ島の戦い・ミンドロ島の戦い・礼号作戦等に参加・指揮した。またレイテ島増援作戦中多号作戦の11月1日に、司令長官交替（三川中将から大川内傳七中将）という事態になった。11月中旬には第二航空艦隊、12月初旬に第五艦隊を編入した。1945年（昭和20年）1月初頭以降のルソン島の戦いにより南西方面艦隊は孤立し、第一南遣艦隊・第二南遣艦隊・第13航空艦隊は2月5日に新編された第十方面艦隊に所属した。同年5月8日、第一航空艦隊は連合艦隊に編入される。5月29日以降、南西方面艦隊は連合艦隊からのぞかれ大本営直轄部隊となり（引き続き南西方面艦隊司令長官が第三南遣艦隊司令長官を兼職）、終戦を迎えた。