22時13分、不審船は巡視船と銃撃戦の末、突如爆発、炎上を起こして東シナ海沖の中国EEZ内で沈没した（爆発による火柱が吹き上がるのと同時に沈没したことから、轟沈とも表現される）。不審船が自爆する瞬間まで、乗組員は巡視船に向けて自動小銃を発砲し続けた様子が映像に記録されている。沈没の直後、弾薬の補給を終えた「みずき」も現場に戻ってきた。本件後に行われた公安当局の解析で、爆発の直前に不審船から北朝鮮本国に「党よ、この子は永遠にあなたの忠臣になろう」「万歳」とのメッセージを含んだ電波が発信されたことが判明しており、自爆したものと推測された。
通報を受けた海上保安庁は、これを捕捉すべく追尾することとし、第十管区（鹿児島）・第十一管区（那覇）本部の稼動可能な航空機および巡視船艇を出動させた。また、第七（福岡）・第八（舞鶴）管区などにも警戒態勢をとらせた。現場に向かった巡視船艇は24隻、航空機は14機に及んだ。海上自衛隊も、情報を受けて佐世保地方隊の一部に緊急出航を命じた。11時20分に佐世保基地から護衛艦「こんごう」「やまぎり」（第2護衛隊群所属）を現場へ向かわせている。日本国政府からは、海上自衛隊特別警備隊（SBU）に、出動待機命令が発令された。
12月21日16時32分に、鹿屋航空基地所属のロッキードP-3C対潜哨戒機が、東シナ海の九州南西海域（奄美大島の北北西150キロ）において「長漁3705」と記された不審な船を発見した。一報は17時30分に中谷元防衛庁長官に、18時頃には内閣総理大臣秘書官、内閣官房長官秘書官にも伝えられた。防衛庁は、18時30分頃に鹿屋航空基地に帰投したP-3Cが撮影した画像を解析し、対象船舶は北朝鮮の工作船の可能性が高いと判断、翌12月22日1時に防衛庁長官に「工作船の可能性が高い」との分析結果が報告され、1時10分、内閣総理大臣秘書官、内閣官房長官秘書官、海上保安庁に通報した。
2001年（平成13年）12月18日頃に、在日米軍から不審船に関する情報が防衛庁に提供され、それを受けて各通信所に北朝鮮に関する無線の傍受を指示、翌12月19日に喜界島通信所が不審な通信電波を捕捉したため、海上自衛隊機は喜界島近辺海域を哨戒した。
8世紀に、北カフカースがアラブ人に征服され、現在のダゲスタンの住民がイスラームに改宗したのが、今日ロシア領となっている地域にイスラームがもたらされた最初の事例である。10世紀には、ヴォルガ川中流域にムスリム国家（ヴォルガ・ブルガール国）が建国され、多くのテュルク系住民がイスラームを受容した。キエフ・ルーシも、ヴォルガ・ブルガール国からのイスラームの宣教を受ける立場にあったが、東スラヴ人はキリスト教を受容し、イスラーム化することはなかった。ロシア国家がムスリム住民を包含するようになるのは、16世紀のヴォルガ川中流域の征服に始まる。1552年にはカザン・ハン国、1556年にはヴォルガ川下流域のアストラハン・ハン国、1739年にはクリミア・ハン国がロシア帝国に征服された。16世紀にはシビル・ハン国が征服され、その後のロシア帝国のシベリア進出のきっかけとなった。18-19世紀には、北カフカース、アゼルバイジャン、および中央アジアもロシア帝国に征服される。正教を国教とするロシア帝国において、ムスリムは法的にキリスト教徒と異なる扱いを受け、土地所有や軍役に対しても制約が設けられた。また特に郡部においては、ムスリム社会だけでなく、異族人（инородцы）と呼ばれたフィン系アニミズム教徒に対して、イスラームの宗教者はロシア正教会聖職者よりも強い影響力を持っていたため、ムスリムの反乱やオスマン帝国からの影響の浸透を恐れて、イスラームは内務当局から強く警戒された。ヴォルガ川中流域等の早くからロシア領となったヨーロッパロシア部では、ロシア正教会による宣教が精力的に進められ、「クリャシェン」と呼ばれる受洗タタール人となる者も少なくなかった。一方で、啓蒙専制君主のエカチェリーナ2世の治世においては、例外的にイスラームに対する寛容政策が取られ、内務省の管轄下でウラマー層を管理する公的機関として、オレンブルクに「オレンブルク・ムスリム宗務局」、シンフェロポリに「タヴリダ・ムスリム宗務局」が設置された。19世紀半ばのロシアによる中央アジア征服後、タタール人商人はヨーロッパ・ロシアと中央アジアとの交易ルートに食い込んだため、中継地であるカザン、ウファ、オレンブルク等の都市は、資本集積地として栄えた。また、多くのロシア国内のムスリムが、当時の中央アジアにおけるイスラーム諸学の中心地であったブハラに留学した。19世紀末には、ムスリム知識人の間で、近代的教育の普及を目指す改革運動（ジャディード運動）が発生し、多くの民族エリートを輩出した。ロシア第一革命の際には、ロシア国内のムスリムの利害を代表する政党として「ロシア・ムスリム連盟」が結成され、国会にも代議員を送り込んだ。1917年のロシア10月革命では、その後の内戦の混乱に乗じて、ヴォルガ川中流域、カフカース、クリミア、中央アジア等で独立運動が発生したが、その後のソビエト政権の権力掌握に伴い、こうした運動は全て鎮圧された。ソビエト体制下では、他の宗教と同様にイスラームに対しても抑圧政策が取られた。このような抑圧のため、祖国から脱出したムスリムも多くおり、その一部は日本に逃れてきた。彼らは日本にイスラム教を持ち込んだ最初期の人々であり、日本人はこの時、初めてイスラム教と直に接する機会を得たとされる。第二次世界大戦中に、中央アジア出身者の動員を効果的に進めるため、イスラームに対する政府の政策は緩められ、ムスリム宗務局の再設置が行われた。