吉野に逼塞していた義就だったが、寛正4年11月に義政により赦免された（同年8月8日に義政生母の日野重子が死去したことに伴い大赦（恩赦）が行われ、翌月9月18日に斯波義敏や日親らと共に赦免された）。義就は細川勝元と対抗する山名宗全・斯波義廉の支持を得て、寛正6年（1465年）8月に挙兵。文正元年（1466年）8月25日に大和から河内に向かい諸城を落とした。大和では義就派の越智家栄・古市胤栄も挙兵して政長派の成身院光宣らと戦い、11月に十市遠清の仲介で両者は和睦した。義就は12月に河内から上洛。義政との拝謁も果たし、政長に畠山邸の明け渡しを要求し、管領職を辞任させた。翌文正2年（1467年）1月18日、両派の軍が上御霊神社において衝突し、義就は宗全や斯波義廉の家臣朝倉孝景の協力を得て政長を破った（御霊合戦）。この御霊合戦により山名方（義就・斯波義廉派。西軍）が有利となったことを危惧し、翌年には細川方（政長・斯波義敏派・東軍）が巻き返しを図った。これらに将軍家、畠山、斯波、山名、京極、土岐、六角、富樫などの諸氏の家督争いや幕府内または諸家内での権力争いなどが複雑に関与し、応仁の乱が勃発する。応仁の乱では義就は宗全率いる西軍に属して政長と戦い、内裏や東寺に陣取り10月3日の相国寺の戦い、翌応仁2年（1468年）の東軍足軽大将骨皮道賢討伐にも参戦。西軍きっての戦上手として河内・大和・摂津・山城を転戦、山城の実力支配も行った。文明元年（1469年）に東軍寄りだった山城西部の乙訓郡を占拠（西岡の戦い）、勝竜寺城を根拠として山崎に陣取った西岡国人や山名是豊、河内の政長派などと戦った。文明5年（1473年）、宗全と勝元が死去したのち、東西両軍の和睦が進められる中、義就は講和に反対していた。文明9年（1477年）9月21日に政長討伐のために河内へ下り諸城を陥落、10月9日に政長派の守護代遊佐長直を若江城から追い河内を制圧する（若江城の戦い）。越智家栄と古市澄胤らも大和を制圧、政長派の筒井順尊・箸尾為国・十市遠清は没落し、義就は河内と大和の事実上の支配者となった。義就が河内方面に下向後の11月11日、京では東西両軍の間で講和が成立し、西軍諸将は相次いで帰国して解散、応仁の乱は終結した。
義就の母は、義就のほか、小笠原長将との間に持長を、飛騨江馬氏との間にも子をもうけている。また『東寺過去帳』には義就は皮屋の子であり、東寺の僧祐栄とは従兄弟であるとしている。これらのことから当時、義就の母は様々な異性と関係をもつ類の女性であり、持国の実子ではないとの説があったことが伺える。『大乗院寺社雑事記』には、「義就の元で暮らす桂女（遊女のこと）」の記述があり、一族の略系図が添えられている。それに拠れば、「土用」という名の女に「畠山之桂也」と書かれており、文明12年当時70歳であることが知られる。従って、義就は「土用」27歳の時の子である可能性が高いとする研究がある。こうした事情により、義就は嫡子とはされず、石清水八幡宮の社僧になるはずであったが、12歳の時に俄に父持国に召し出されたことから、元々継嗣と決まっていた叔父持富とその子弥三郎政久・政長兄弟らとの家督争いが勃発することになる。
珍品と言われるファンシー（カラー）ダイヤモンドにも類似石が存在し、ジルコンがその目的に用いられることもある。茶色いジルコンを高温に加熱すると、鮮やかな色に変わることがあるからだ。中でもスカイブルー、ゴールデンイエロー、赤がよく見られる。ブルージルコンが一番多いが、この色は決して安定しておらず、長期間紫外光（太陽光に含まれる紫外線帯）に曝すことで褪色する。加熱処理はまたジルコンの結晶構造を変化させるので石は脆くなり、また特徴的な内包物が出る。それとは別のファンシーダイヤモンド類似石は閃亜鉛鉱であるが、この石も相当に脆い。宝石質の石はたいていべっこう色からハニーブラウン、オレンジ、赤、緑といった色が着いている。高い屈折率 (2.37) と分散値 (0.156) から、宝石としてまこと見事な光沢とファイアを呈し、等軸晶系なので複屈折も見られない。でもしかし、この石もまた硬度が低く (2.5-4)、正十二面体の各面に沿ったへき開面を有しており、ジュエリーとして利用されない。二つのカルシウム含有ガーネット、グロッシュラー（灰礬柘榴石）（通常茶色がかったオレンジ、希に無色透明、黄、緑、ピンク）とアンダライト（灰鉄柘榴石）のがずっと適任である。後者は（大まかに分けると6種類ある）ガーネットのうちもっとも希少であり、それだけに価値もある。その色変わりの3つ、トパゾナイト（黄）、メラナイト（黒）、デマントイド（緑）はときおりジュエリーに用いられる。とりわけデマントイドは文字通り「ダイヤモンドに似た」という意味で、1868年ウラル山脈での発見以降珍重されてきた。この石（の使用）はロシアのアンティーク及びアールヌーボージュエリーの特徴として注目される。チタン石、別名スフェーンもアンティークジュエリーではよく見かける。これは濃淡のある黄緑色を呈し、光沢があり屈折率 (1.885-2.050) と分散値 (0.051) もダイヤモンドに見紛うだけ十分に高い。ダメなところは異方性である (0.105-0.135と複屈折率が高い）点と、傷が付きやすい点（モース硬度5.5）。1960年代に発見された深い緑色のツァボライトは、グロッシュラーの色変わりの1つで、これも人気が高い。グロッシュラーもアンダライトも等軸晶系であり、比較的高い屈折率（各々1.74、1.89）と分散値 (0.027、0.057) を有しており、デマントイドについてはダイヤモンドの値を超えている。しかしながら硬度は低く (6.5-7.5)、ダイヤモンドではまず見られない内包物が見られる。デマントイド中には通称ホーステイルと呼ばれる石綿状の緑閃石が見られるが、これなど顕著な一例である。さらには、そのほとんどが結晶が小さく、ふつうは重量0.5カラット (100mg) 以下である。その光沢はガラス質からダイヤモンドに準じたもの、通常漆黒のメラナイトに見られる金属質まで様々で、メラナイトはそれゆえブラックダイヤモンドの類似石に使用されることがある。天然のブラックスピネルにも、往々にしてこの用途に適する十分に黒いものがある。