1993年、ドクター・ノウの尽力によりエピック・レコードとの契約を得るが、H.R.とアールは参加せず、ヴォーカルにイスラエル・ジョセフ・アイ、ドラムにジェイソンが参加。『Rise』を発表するが、評価は得られなかった。その後H.R.とアールが出戻り、1995年に『God of Love』発表。しかし直後のツアーでH.R.が暴力事件を起こし、再び活動停止。1999年に活動を再開する際には『Bad Brains』の名称権すら失っており、ソウル・ブレインズ（Soul Brains）を名乗る。2000年9月、初の来日公演が実現。この時期の音楽性は完全にレゲエ寄り。2001年には、再びバッド・ブレインズを名乗るようになり、2002年『I & I Survived』、2007年『Build a Nation』発売。H.R.の奇行癖は全く収まっておらず、離脱を繰り返してはイスラエルがサポートに入ったりしているが、バンドのライブ活動は継続されている。
HRの活動も不首尾に終わりつつあった1986年、ブラック・フラッグのグレッグ・ギンのレーベルSSTから誘いを受け、バッド・ブレインズが再結成される。そして発表された『I Against I』は、様々な音楽の要素が溶け合ったミクスチャー・ロックのさきがけとして評価される傑作となった。これにより再び上昇気流に乗ったと見られたが、契約を申し出たアイランド・レコードに対し、H.R.が同レーベルのマーリーの扱いに不満を爆発させ、再びバンドを脱退。バンドも活動不能となる。1989年には『Quickness』が発表されたが、H.R.のヴォーカル録りが難航を極め、アールも録音に参加しておらず、マッキー・ジェイソンが加入している（ジャケットには、アールの姿が映っている）。
ファースト・アルバムを引っさげ、バッド・ブレインズは初の全米ツアーへ出向く。だが、この頃にはH.R.のラスタファリズムへの傾倒は深刻さを増しており、周辺のトラブルも増えていた。それはテキサス州オースティンに赴いた際に重大なものとなる。共演したバンドのヴォーカリストが同性愛者であることを知ったH.R.は、彼を口汚く罵り、大喧嘩となる。ライブはついに成立することは無かった。比較的同性愛には寛容であったハードコアシーンで、この事件は「バッド・ブレインズは差別主義者」と非難されるのに十分な事柄であり、レゲエへの傾倒が疑問視され始めていた風潮も重なって、これがきっかけとなりバッド・ブレインズのハードコア・シーンにおける評価は急落する。1983年、カーズのリック・オケイセックのプロデュースによる『Rock for Light』発売。しかしこの頃にはH.R.の関心はレゲエにしか向かなくなっており、アールとともにバンドを脱退してレゲエ・バンドHRを結成。バッド・ブレインズは元フェイス・ノー・モアのチャック・モズレーを加えるが上手くいかず、活動を停止する。
12月31日、両国国技館にて単独での大晦日興行となるINOKI BOM-BA-YE 2012を開催。北京オリンピック柔道男子100kg超級の金メダリスト石井慧と契約して、元UFC世界ヘビー級王者ティム・シルビアとの対戦を総合格闘技（MMA）ルールで実現させたほか、PRIDE無差別級GP2006王者でK-1 WORLD GP 2012王者ミルコ・クロコップを参戦させるなど、MMAルールの試合が4試合組まれた。2013年からも、GENOME 28を除く全ての大会で石井慧を主力としてMMAルールの試合が組まれており、GENOME 24では石井慧 vs. ジェフ・モンソン（ただし、モンソンは急遽欠場）、GENOME 26では石井慧 vs. ペドロ・ヒーゾといった、独占契約のUFCに所属していない選手の中で実績ある選手の参戦も実現させた。また、GENOME 24までは大会名称に「IGFプロレスリング」と入っていたが、真剣勝負を意味する「ガチンコ」の対義語として予定調和の意味で「プロレス」という言葉が使われている事に以前から苛立ちを露わにしていた猪木が、GENOME 25以降は団体名から「プロレス」を削除した。2013年には日本最大の総合格闘技団体だったDREAMが完全に消滅したこともあって、日本国内に総合格闘技の大規模な大会がなくなり、海外に活躍の場を求める選手が増える一方で日本国内で戦うことにこだわる総合格闘家がIGFに参戦するようになる。同年12月31日、INOKI BOM-BA-YE 2013を開催して同大会には第2代DREAMライト級王者で現ONE FC世界ライト級王者の青木真也や初代戦極ライト級王者北岡悟らの参戦、さらにStrikeforceやBellator MMAのヘビー級で活躍したブレット・ロジャースと4ヶ月前までUFCに参戦していたフィリップ・デ・フライの対戦を行ったほか、メインイベントのIGF王座戦が初めてMMAルールで行われるなど、プロレスルールよりもMMAルールの試合の方が多く組まれた。2014年の興行より、従来のプロレスルールをメインにした大会「GENOME」と、総合格闘技ルールをメインにした新たな大会「INOKI GENOME FIGHT」の2種類を開催していき、「INOKI BOM-BA-YE」は両大会のオールスター大会として開催、2014年からはMMAとプロレスの割合は、7:3か8:2でMMAを重視していき。2014年の全大会がフジテレビで地上波放送されることを発表した。なお、2013年まではIGFで行われるプロレスルールのことをIGFルール、MMAルールのことをIGF MMAルールと呼んでいたが、2014年からはプロレスルールのことを『GENOMEルール』、MMAルールのことを『IGFルール』にそれぞれ名称変更し、やや紛らわしくなっている。8月30日、31日には北朝鮮の平壤柳京鄭周永体育館で興行が行われる。