1506年、教皇ユリウス2世は、システィーナ礼拝堂の天井を絵画で装飾する計画を立てた。当時、礼拝堂側壁の中段には、「キリスト伝」「モーセ伝」を表した一連の壁画群がすでに描かれていた。これらの壁画は、ペルジーノ、ボッティチェッリ、ギルランダイオら、当時もっとも高名だったルネサンス期の画家たちによって制作されたものであった。ミケランジェロは、天井画の制作を命じられたものの、自分の本職は画家ではなく彫刻家であると自認していたので、この仕事には気乗りがしなかった。それに加え、当時のミケランジェロは、ほかならぬ教皇ユリウス2世自身の墓碑（霊廟）制作の仕事に忙しかった。その墓碑は、数多くの彫像で飾られた、壮大な規模のものであった。しかし、教皇は何としてもミケランジェロにこの天井画を描かせようとして譲らず、ミケランジェロには仕事を引き受ける以外の選択肢はなかったのである。その後、フランスとの紛争が発生すると、教会だけでなく軍事面の指導者でもあったユリウス2世の心は、天井画よりも戦争の方に向かったので、その隙にミケランジェロはローマから逃亡し、墓碑彫刻の仕事を再開したのであった。しかし1508年、紛争に勝利した教皇がローマに戻ってきてミケランジェロを呼び出し、天井画の制作を始めるように命じたため、墓碑彫刻の方は完成せずじまいであった。天井画制作の契約にミケランジェロがサインしたのは1508年5月10日である。教皇が提案した構想は、天井に十二使徒の巨大な像を描かせようというものであった。しかし、ミケランジェロはこの構想を変更し、より複雑なデザインのものにした。それは、最終的には約300人の人物像を含む天井画となり、4年の歳月をかけて1512年に完成した。ミケランジェロは、天井画を描く時、俗説のように仰向けになって描いたのではなく、立ったままで描いた。ヴァザーリによれば、「この天井画はきわめて困難な状況下で描かれたものであり、ミケランジェロは首を天井の方へ曲げたままで描かなければならなかった」とのことである。
1977年10月29日に公開された。松竹、監督は野村芳太郎、主演は萩原健一、金田一役は渥美清。配収19億9000万円を挙げた松竹映画の大ヒット作。この映画のキャッチコピーに使用された濃茶の尼（こいちゃのあま）のセリフ「祟りじゃ〜っ！」が流行語になったことでも有名。
修道院がいつ設立されたのかははっきりしていない。修道院について16世紀より前の文献では言及がなされておらず、10世紀から15世紀までの異なる日付が推測されている。一つの伝承によれば、修道院は10世紀にギリシャ人修道士セルギオス（Sergius）と、その協力者であったカレリア人ゲルマン（Herman）とによって設立されたとされる。ヘイキ・キルキネン（Heikki Kirkinen）は設立年を12世紀と推定している 。現代の研究者達はこの推定でさえもまだ実際の設立年より早いと考えて居る。学界の定説によれば、14世紀の末頃に設立されたものであろうとされている。ジョン・H.リンド（John H. Lind）とマイケル・C.ポール（Michael C. Paul）は、16世紀の写本『ヴァラーム修道院物語』における、ノヴゴロド大主教イオアン2世の時代に修道院が設立された旨の記述などの様々な根拠に基づき、1389年から1393年の間に設立年を推定している。いずれの年代推定が正しいにせよ、ヴァラーム修道院は北方の多神教に対して、また後代にはハメ（Häme）・サヴォ（Savo）・カレリアから来るカトリック教会に対峙する、正教会にとっての前哨であった。ロシアとスウェーデンの間の争いにより、16世紀には国境が東方に移動した。1578年には修道院が攻撃を受け、夥しい数の修道士と修道見習い達が、ルター派のスウェーデンによって殺された。修道院は再びスウェーデンから攻撃を受けた後、ロシアとスウェーデンの国境がラドガ湖に引かれ、建物が灰燼に帰した1611年から1715年の間は荒廃した。しかし18世紀には修道院は見事に復興され、1812年にはロシア統治下のフィンランド大公国領に含まれる形でロシアに帰属した。1917年にフィンランドが独立すると、ロシア正教会の一部であったフィンランド正教会はコンスタンディヌーポリ総主教庁下の自治教会となった。ヴァラーム修道院はフィンランド正教会の最も重要な修道院であった。奉神礼に用いられる言語は教会スラヴ語からフィンランド語に変更され、教会暦はユリウス暦からグレゴリオ暦に変更された。これらの変更は苦く長い論争をヴァラームの修道院共同体に引き起こした。第二次世界大戦の間、この地域はソビエト連邦とフィンランドの間での戦場となった。冬戦争時には修道院は再び避難を行い、この時150人の修道士がフィンランドのヘイナヴェシ（Heinävesi）に移り住んだ。この共同体は現在もなお新ヴァラーム修道院としてヘイナヴェシに存在している。コネヴェツ修道院（Konevitsa monastery）とペチェンガ修道院（Petsamo monastery）から避難した者も受け入れた事により、新ヴァラーム修道院は現在、フィンランド正教会唯一の修道院となっている。1941年から1944年の間の継続戦争中、古いヴァラームに修道院の建物を復興しようとする試みが行われたが、後に島はソ連軍の基地となった。以降、宗教弾圧を行うソビエト連邦の下で、修道院は修道院としての機能を停止した。1989年に元のヴァラーム修道院が正教会に返還されると、修道院は少年時代に修道院に親しんでいたアレクシイ2世による個人的な庇護を享受した。建物は綿密に復元が行われ、修道院は島における重要な地域的影響力を獲得し、精神的に隔絶した状態に戻る傾向にある。長年の修道院との実りの無い法的手続きの後、多くの居住者が島を離れているが、なお少数はとどまっている。