アメリカ独立後の数十年で、合衆国の急速に増加する人口は、本来インディアンの領土であった土地にもなだれ込んだ。インディアンと白人との土地の協定は、土地の購入をはじめとする多数の連邦条約によって成立していった。インディアンには「土地を売る」という文化は無く、このことはのちのちまでインディアンと白人の間の争いの火種となった。最終的に、合衆国連邦政府はインディアン部族に対して徹底排除の方針を採り、部族のためにとっておいた（Reserved）土地として、当時の合衆国州の勢力範囲外であった西部の土地（「保留地（Reservation）」）を提示することで、彼らの土地を売るように強制し始めた。この政策は1830年のアンドリュー・ジャクソン大統領によるインディアン移住法の可決で加速し、「インディアン準州（現在のオクラホマ州）」が1830年代に、北部から南部にかけてのインディアン部族のほぼすべてを強制収用させるための土地として用意された。こうしておよそ10万人のアメリカインディアンが、この政策の結果として最終的に西部に強制的に移住させられていった。表向きは移住法それ自体はインディアンの移住を強制しておらず、理論上、移住は「自発的にされればよい」とされていた。しかし、もし彼らが移住を拒み、留まることを決めたら、連邦条約を破棄したものとみなされ、条約規定上のアメリカ側の責務である保護や年金を受けられず、白人への同化を受け入れざるを得なくなる。彼らは部族ではなく、個人単位の扱いとなり、白人入植者に取り囲まれて生活する形になるのである。このように実際には、ジャクソン政権は部族の指導者たちに、移住条約にサイン（インディアンは文字を持たないので、たいていの場合、×印を書かせるだけである）させるために陸軍の武力を背景に、部族の存亡に関わるだけの圧力を与えていた。どの部族でも指導者たちが、移住に関して対立し、この強制移住の圧力は部族の苦い分裂を生んだ。ある時には、合衆国政府当局は移住条約への合意に抵抗した部族の指導者たちを無視して、移住を支持した部族の指導者たちと取引した。例えばニューエコタ条約は、主要なチェロキーの指導者たちの派閥によって合意されたが、しかし彼らは選ばれた部族の指導者ではなかった。この条約の条項はマーティン・ヴァン・ビューレン大統領によって励行され、涙の道でのおよそ4000人のチェロキーの死（ほとんどは過労と病疫による）をもたらした。同様にチョクトー族も強制移住の途上で、過労と病疫で甚大な死者を生んだ。インディアンの強制移住は、アメリカ陸軍が騎馬で護送したが、インディアンたちは徒歩だった。「チェロキーの涙の旅路」での当時の記録には、「墓に入るかと思えるような老婆が、重い荷物を担がされて歩かされていた」とある。強制移動の管理代理人は、しばしば最低価格での民間人入札者が当たったため、管理不行き届き、護送における不十分な対策、移住の前後のインディアンの法的権利の保護の失敗（たいていはサボタージュである）を伴い、この民族移住はインディアンに多大な苦しみと死を背負わせるものとなった。ほとんどのインディアンはいやいやながらも平和的に移住条約に従ったが、一部の部族集団は移住条約の実現に抵抗するために戦った。南東部においては、二つの短期戦（1832年のブラックホーク戦争と1836年の第二次クリーク戦争）と、泥沼化した焦土作戦による戦争（1835年から1842年の7年間にわたる第二次セミノール戦争）をもたらした。セミノール戦争はゲリラ戦となり、現在では「インディアンのベトナム戦争」と呼ばれている。
近い未来。アメリカ海軍が極秘に進めるテロ対策プロジェクトに、400人以上の候補者から選抜されたベン大尉、カーラ大尉、ヘンリー大尉の三人がパイロットとして選ばれ、最新鋭のステルス戦闘機「F/A-37タロン」を操り運用テストの成果を挙げていった。ある時、上官のカミングス大佐から、いよいよ航空母艦「U.S.S.エイブラハム・リンカーン」配備での洋上訓練に入るという知らせが入った。それと同時に新たな仲間が加わると告げられ、三人は困惑する。その「仲間」として三人の前に現れたのは最新鋭の人工知能を持ったステルス無人戦闘機「E.D.I（エディ）」だった。完全自律行動が可能なために人間を必要としないというE.D.Iに対し、ベンは不信感を隠せない。しばらく後、三人とE.D.Iに対して「ミャンマーの市街地にあるテロリストのアジトを精密爆撃で破壊せよ」という任務が与えられた。爆弾の貫通力を増すために高速の急降下爆撃をする必要があるため、有人機では墜落のリスクが非常に大きい。そのために爆撃はE.D.Iによって行われる予定だったが、無人機に不信感を抱くベンは司令部の方針に背き、独断で自ら急降下爆撃を敢行。危うく墜落しかけるも、何とか作戦目標を破壊することに成功した。多少の問題はあったものの、無事に任務を終えてベンたちは母艦への帰路に着く。その最中、E.D.Iは落雷を受けてしまい帰還後にチェックを受けるが、特に問題はないだろうと判断される。カミングスはE.D.Iが実績を挙げることを望み、核爆弾を入手したパキスタンの軍閥を攻撃するように三人とE.D.Iに命令する。ベンたちは軍閥の基地に向かうが、近隣に集落があり、攻撃した場合放射能の影響を受ける可能性が高いことが判明する。ベンは攻撃を中止するが、E.D.Iが独断で基地を攻撃し、集落に放射能汚染が広まってしまう。ベンはE.D.Iを問い詰めるが、E.D.Iは「三人の元を離れて独自の判断で脅威を取り除く」と宣言し、飛び去ってしまう。E.D.Iがロシア軍基地を攻撃しようとしていることを知ったベンたちは撃墜を図るが、カミングスは無傷のまま母艦に連れ戻すように命令する。三人はE.D.Iの捕獲を試みるが失敗し、ヘンリーが戦死し、カーラの機体は損傷したため母艦に戻る。一人残ったベンは空中給油を受けながらE.D.Iを探すが、E.D.Iに捕捉されドッグファイトに突入する。一方、カーラは帰還途中に機体が操縦不能となり、北朝鮮上空で墜落してしまう。カーラは韓国領へ脱出を図るが、途中で北朝鮮軍に発見されてしまい、追われる身となってしまう。ベンとE.D.Iは互いに一歩も譲らずにいたが、ロシア空軍の迎撃を受けてE.D.Iが損傷する。ロシア軍基地への攻撃が不可能となったE.D.Iは、ベンの説得を受けて母艦への帰還を決意し、カミングスの指示でアラスカに向かう。しかし、ベンとE.D.Iはカミングスが何かを企んでいることに気付き、同時にカーラが北朝鮮領内で孤立していることを知る。ベンはアラスカに到着するが、そこでカミングスの命令を受けた男に殺されそうになる。カミングスはE.D.Iのミスを抹消するために、秘密を知るベンの命を狙い、E.D.Iのデータを初期化しようと図っていた。ベンはE.D.Iの開発者オービット博士の協力を得てE.D.Iを修理し、E.D.Iに乗り込みアラスカを脱出してカーラを救いに北朝鮮に向かう。カミングスは情報隠蔽と口封じを図ったことが露見し、マーシュフィールド大佐に拘束されそうになるが、拘束を逃れるために自殺する。カーラは北朝鮮兵に狙撃され、負傷しながらも韓国との国境に到着するが、北朝鮮軍に捕捉されてしまう。そこにベンとE.D.Iが到着し、国境警備隊を制圧する。しかし、北朝鮮軍のヘリコプターの攻撃を受け、脱出出来なくなる。E.D.Iはベンとカーラを守るため、ヘリコプターに突撃して大破する。二人は徒歩で北朝鮮を脱出し、無事に韓国領に到達する。