一方、国内に残った赤軍派の獄外メンバーは、それまでの指導部がすべて獄中にあるため独自の動きが困難になっていたが、「M作戦」の指揮をとっていた中堅の森恒夫が獄外メンバーの指導的地位を掌握する。赤軍派とは本来、基本的にイデオロギー上にかなり違いがあり、「銃のみが政権を生み出す」をスローガンに武装闘争を行っていた毛沢東主義の小党派である日本共産党（革命左派）神奈川県委員会との提携を始めた。当初は、革命左派が以前に武器奪取を目的とした上赤塚交番襲撃事件で射殺された柴野春彦の追悼集会を合同で開いたり、革命左派が真岡銃砲店襲撃事件で強奪した武器の「援助」をうけて（実態としては購入して）M作戦に使うなど、あくまで別の組織としての提携活動であった（元々「連合赤軍」とは、両党派の“軍事部門”のみの連合体を指す名称であった）が、1971年12月、遂に両組織主流派幹部は統合し、連合赤軍中央委員会を名のった。前身が共に追われる身の武闘派から成る連合赤軍は、活動拠点を山中のキャンプに移していった。しかし、12人の同志を殺害する山岳ベース事件で組織が弱体化し、あさま山荘事件（1972年）で抵抗を試みるも、主力部隊は逮捕され壊滅した。なお、キャンプに参加しなかった者や獄中に在った者の一部は国外に逃れ、日本赤軍に参加する。
やはり国際根拠地論に基づき、1971年にパレスチナに向った重信房子のグループは、パレスチナ解放人民戦線（PFLP）への義勇兵として1972年のテルアビブ空港乱射事件（ロッド空港事件、リッダ闘争）に参加し、以後は赤軍派アラブ委員会（アラブ赤軍）等と称し、1974年に日本赤軍と称するようになった。
上記のように、革命に先行する武装蜂起と一時的な政権掌握という「赤軍版二・二六事件」とも形容出来る「前段階武装蜂起」の理論に基づく大菩薩峠方面での軍事訓練を警察に察知され、予定されていた「第三中隊」「第七中隊」その他の決起部隊が一網打尽となる（大菩薩峠事件）。逮捕劇の舞台となった「福ちゃん荘」はハイカーに人気の大菩薩嶺の登山道の分岐にあり便もよく、後に皇太子が利用するなど比較的知られた山荘であり、基地として不適なため詰めの甘い選定であった。大菩薩峠事件の後、国内での非合法闘争の後方基地としての海外のベースが必要であるとする海外亡命抗戦論とでも言うべき「国際根拠地論」が登場し、「B作戦」の一環として田宮高麿のグループ（後のよど号グループ）は1970年によど号ハイジャック事件を起こす。北朝鮮へ向ったのは北朝鮮を支持していたわけではなく、単に「敵の敵」であり「最寄の反米国家」、「指導者をオルグすべき労働者国家」だったからにすぎないといわれる。一連の事件により、結成以来の議長の塩見孝也、上野勝輝、花園紀夫（早大）、高原浩之（京大）ら赤軍派幹部は一網打尽となり、組織は壊滅に近い状態になった。この後も、200名を越えるメンバーやシンパが微罪逮捕で検挙され「赤軍罪」という言葉まで生まれた。
赤軍派の主要理論は、日本における革命により、世界革命の司令部としての党と軍隊を形成し、「世界革命の最高司令部である革命日本」と、革命の敵の総本山である帝国アメリカとの間で、「環太平洋革命戦争」を遂行するというものであるが、石原莞爾の「世界最終戦論」の影響があるとされる。その実現のためにPBM作戦が練られた。1969年に、大阪・東京で一連の交番襲撃を「大阪戦争」「東京戦争」と称して行う。首相官邸襲撃を行う予定であったが大菩薩峠での訓練を急襲され未遂に終わる。また、1970年2月22日の千葉県市原市辰巳台郵便局を皮切りに7件の「M作戦」を実行し始めていた。
1966年に再結成された共産主義者同盟（第二次ブント）は、1963年のマル戦派離脱により、塩見孝也らの「関西派」が主導権を握り「過渡期世界論 - 世界同時革命論」を打ち出し、1968年6月頃から「赤軍派」フラクション（分派）を名乗るようになった。1969年7月6日、赤軍派による共産同執行部さらぎ徳二議長への監禁・暴行や、その結果としてのさらぎ議長逮捕、更に翌日には叛旗派による赤軍派襲撃と塩見らの拉致、その脱出時の赤軍派望月上史の転落死（左翼初の内ゲバによる死者）などが発生し、1969年8月 共産同執行部は赤軍派幹部を除名した。1969年9月2日、塩見孝也ら30名のメンバーにより神奈川県・城ヶ島で「赤軍派」を結成。9月3日、関東学院大学金沢キャンパスに集結。9月4日に葛飾公会堂で初の決起大会を開いた。9月5日の日比谷野外音楽堂で開催された、全国全共闘結成集会に「蜂起貫徹、戦争勝利」のときの声とともに公然と大衆の前に姿を現し、「秋の前段階蜂起」、「世界革命戦争」、「世界赤軍建設と革命戦争」などを主張した。
彼女はパリに生まれる。父、レイモン・ベールは、アルザス地方のユダヤ系名家の出身で、エコール・ポリテクニック、パリ国立高等鉱業学校の卒で、化学企業キュルマン社の副社長。戦功十字章とレジオンドヌール勲章を受ける。母方のロドリゲス＝エリ家は、南フランスのユダヤ系旧家。エレーヌは、日記を書き始めた当時、ソルボンヌ大学英文学部の修士課程に学び、修士論文を執筆中であった。彼女はヴァイオリンを弾き、文学と音楽を愛好していた。1942年6月、父親が逮捕され、パリ郊外のドランシー収容所に拘禁され、これを機にエレーヌは、UGIF（フランス・ユダヤ教徒連合）でボランティアとして活動を始める。収容所への強制移送などで両親と引き離された子どもたちの世話がその中心だった。合わせて非合法の臨時共済会でユダヤ系の子どもたちを匿う仕事もやっていた。1943年7月30日にUGIFに手入れがあり、多くの仲間が逮捕され、強制移送される。父親は多額の補償金を支払い、3ヵ月で釈放されたが、パリから外に出ることができず、絶えず監視の目にさらされることとなる。一家は1944年3月8日に逮捕され、ドランシー収容所からアウシュヴィッツ強制収容所に送られる。両親はそこで殺されたが、エレーヌは、1944年10月末、北ドイツのベルゲン・ベルゼン強制収容所に移される。1945年4月初め、この収容所がイギリス軍に解放される5日前に看守によって撲殺された。