サン＝テグジュペリの出生届には「Antoine, Jean-Baptiste, Marie, Roger de Saint-Exupéry」と記されていた。サン=テグジュペリ家は「11世紀にまで遡る名門貴族の家系」と言われることが多いが、実際には確認できていない （個人が特定できるのは13世紀までであるが、文献に少々不明瞭な記載があり、これによれば11世紀にまで遡る）。文献や資料によれば、サン=テグジュペリ家は複数の家系がある。アントワーヌの家が属するのはそのうちのひとつで、そのなかでも傍流に属する（長男でない当主が複数回）。嫡流のサン=テグジュペリ家が爵位を得たのは18世紀の終わり頃のComte de Saint Amans からで、それ以前は士族に過ぎない。明らかに爵位を得ていない時期から、サン=テグジュペリ姓を名乗っている。すなわち、「サン=テグジュペリ」は単なる固有の姓であって爵位の有無に関係がなく、「Seigneur」や「Comte」と「de Saint-Exupéry」は分離して考えるべきであろう。そして、アントワーヌの祖父フェルナン（Fernand）の「サン=テグジュペリ伯爵（Comte de Saint-Exupéry）」なる称号が本当に存在したか否かも怪しい。彼の家系は地方士族（後に一時貴族）であって、「名門」とは呼べない（中央の宮廷貴族だけでも4000家以上ある）。アントワーヌ自身は爵位を持っていない。出自は「元（一時）」伯爵家で、彼の父も爵位は有しておらず、所領もない。すなわち没落貴族である。
その行方は永らく不明とされていたが、1998年9月7日、地中海のマルセイユ沖にあるリュウ島近くの海域で、サン＝テグジュペリの名と、妻コンスエロの名（括弧書き）、および連絡先（c/o）としてニューヨークの出版社レイナル&ヒッチコックの名と所在地（#作品にあるように、1943年に「星の王子さま」を初出版した版元）が刻まれた、ブレスレットとみられる銀製品がトロール船によって発見された。同海域には沈船や墜落機の残骸が多数存在しているが、のちにサン＝テグジュペリのものと確認されるF-5Bの残骸（車輪を含む左エンジンナセル）は、1950年代には地元のダイバーによりその存在を目視されていた。1982年、複数機種の残骸混在状態で写真撮影もされていたが、この海域は従前サン＝テグジュペリの墜落現場候補とは思われておらず、詳しく調査されることはなかった。上記ブレスレットの発見を受けて、改めて広範囲な探索が行われた結果、2000年5月24日に上記残骸がサン＝テグジュペリの搭乗機であることを確認。このことが2000年5月26日にマスメディアで報じられ、世界中に知られるところとなった。遺産相続者の反対などで引き揚げはその後も行われていなかったが、2003年になって、仏米間の政治的な状況の変化も絡んで正式な回収許可が下り、前記の左エンジンナセルが引き揚げられ、さらに、広い海域に散乱していた多くの破片が数ヶ月かかって拾い集められた。回収物は丹念に付着物を取り除き、洗浄して、左ターボチャージャーセット外板に刻まれたロッキード社の記帳番号により彼の乗機であることが確認された。2008年3月15日付『ラ・プロヴァンス（電子版）』（プロヴァンスのローカル紙）に、当時Bf109のパイロットだったホルスト・リッパート（de:Horst Rippert）曹長がサン＝テグジュペリの偵察機を撃墜したとする証言が公開された。彼自身もサン＝テグジュペリ作品の愛読者だといい「長い間、あの操縦士が彼では無いことを願い続けた。彼だと知っていたら撃たなかった」と話していた。
1567年、ジェームズが1歳の誕生日を迎える以前に、父ダーンリー卿は不審な死を遂げ、母メアリーとは引き離された。同年7月26日にメアリーは廃位され、ジェームズは1歳1か月でスコットランド王位に就いた。メアリーは1568年にイングランドへ亡命し、以後1587年に処刑されるまでジェームズ6世と会うことはなかった。ジェームズ6世の即位後しばらくの間は摂政が置かれ、17歳になるまで実質的な政務を執ることはなかった。最初の摂政はメアリー女王の庶出の兄で王の母方の伯父に当たるマリ伯ジェームズ・ステュアートであったが、1570年にメアリーの支持者によって暗殺された。次いで、ダーンリー卿の父で王の祖父に当たるレノックス伯マシュー・ステュアートが摂政となったが、この祖父も1571年に国内の紛争で殺害された。マリ伯の母方のおじで3人目の摂政となったマー伯ジョン・アースキンも1572年に死去し、王の祖母マーガレット・ダグラスの従弟に当たるモートン伯ジェームズ・ダグラスが最後に摂政となった。1579年、13歳のジェームズ6世はフランス帰りのオウビーニュイ卿エズメ・ステュアート（父ヘンリーの父方の従弟に当たり、のちにレノックス公に叙爵）に魅了され、彼を寵愛した（ジェームズは男色家＝ホモセクシュアルで知られている）。邪魔になったモートン伯は、ダーンリー卿殺害に関与したとして1581年1月に処刑された。1582年、ガウリ伯ウィリアム・リヴァンの計略により、ジェームズ6世はリヴァン城に軟禁された。翌年リヴァン城からの脱走に成功したジェームズ6世は、1584年にガウリ伯を処刑し、直接統治を行うこととした。親政に乗り出したジェームズ6世は、当面の懸案であった宗教問題に取り組むことにした。当時のスコットランドの宗教界は長老主義の影響が強く、彼らは「聖職者の任命は国王ではなく、長老会議によるべき」と主張していた。ジェームズ6世は、1584年5月に「暗黒法」（ブラック・アクト）を発布し、国王が最高権威者であり、司教制度を謳い、国王や議会に反対する説教を禁止した。これに対する信徒の反発は強く、1592年には「黄金法」（ゴールデン・アクト）により「集会」を認めることとした。さらに、1598年には「司教国会議員」を認め、教会（カーク）の推す3人の司教に国会議員同様の立法活動を許すこととした。1589年、ジェームズ6世はデンマーク王兼ノルウェー王フレデリク2世の娘アンナと結婚した。翌年、国王の乗船が嵐に巻き込まれて沈没寸前になる出来事が起きたが、これに関して国王に反対する勢力が雇った黒魔術師による国王暗殺計画があったとして70名の女性が逮捕される魔女狩り騒動が起きている（ただしジェームズ6世自身は消極的であったという）。ジェームズ6世はみずから『自由なる君主国の真の法』（1598年）という論文を書いて王権神授説を唱えた。ここでいう「自由なる君主国」とは、王は議会からの何の助言や承認も必要なく、自由に法律や勅令を制定することができるという意味である。