前述の通り、乗車券（定期券）の券面表示区間内の駅にて、駅係員に迂回経路を告げると振替乗車票が交付される。迂回経路として利用する交通機関の改札の係員に乗車券（定期券）とともに振替乗車票を見せることで、迂回経路を運賃の支払い無しで利用することができる。また、近隣の交通機関の駅に向かうための路線バス振替乗車票が交付される場合もある。路線バス振替乗車票は振替乗車票と同様に、バスの係員に乗車券（定期券）とともに提示する。路線バス振替乗車票も振替乗車票と同様に使用は1回限りである。なお、振替乗車票を持たない場合は振替輸送を受けることができない。日常発生する交通機関の乱れでは、現場の判断で乗車票を持たずに振替輸送を受けられることもあるが、正式な方法ではない。ただし、交通機関が長時間運休する場合に交通機関を運営する会社間で協定が結ばれた場合はこの限りではない。例えば、高架化工事などによる線路の切り替え作業や、日中に行われるリフレッシュ工事（保線作業）などで、JRの乗車券で並行する他社私鉄や地下鉄などへの乗車を可能にする場合がある。2012年10月1日から、首都圏の鉄道会社においては、一定の条件（あらかじめ不通区間の乗車券・定期券・回数券を所持している等）を満たす場合に限り、振替乗車票がなくても振替輸送が利用できるようになった。（Suica・PASMOなどICカードのSF利用を除く）
Kitacaの場合、Kitaca定期券は代替輸送（後述）の対象となり、記名・無記名Kitacaは対象外となる（Kitaca定期券で定期券区間外を利用する場合の扱いは不明）。
TOICAはJR東海のICカード乗車券運送約款にて、振替輸送の扱いが定められている。TOICA定期券の定期券区間内の乗車の場合、他社線への振り替え輸送が可能。TOICA定期券の区間外および通常のTOICAにおいては他社線への振り替え輸送の取り扱いはしない。この際、出発駅まで無償送還の取り扱いを受けることはできるが、途中駅で旅行中止の場合は、当該出発駅から旅行中止駅までの運賃がTOICAから精算される。2012年4月よりmanacaとの相互利用が行われているが、manacaを利用した場合もTOICAと同様の扱いとなる。
トランパスを利用している場合、カードを駅係員に提示し、振替乗車票を受け取る。振替乗車中は振替乗車票を提示して改札の有人通路を通過する。振替乗車の終了駅で振替乗車票を駅員に引き渡し、下車駅で精算を行なう。トランパスを使用している場合、名鉄⇒地下鉄の振り替え輸送の扱いはしない。
普通乗車券の場合と同じ。ただし、期間内であれば回数に制限なく乗車可能であるという定期乗車券の特性上、乗車券の回収は行わない。接続駅が定期券の区間外となる場合、区間の終端となる駅までの運賃は自己負担となる。福祉乗車証や株主乗車証、職務乗車証、議員パスは振替乗車の対象外となっている事が多い。
上記の通り、振替輸送は「他経路乗車」の一形態である。これは、既に運送契約を締結（「乗車券の購入」がこれにあたる）した旅客に対し、その運送契約を契約条件（輸送の区間など）に従って完遂するための代替措置であり、これを受けるにあたっては事前に有効な乗車券を所持していることが原則となる（このことはIC乗車券など事前に運送契約が確定していない形態の乗車券で問題となる）。具体的には、以下のような取扱いとなる。なお、いずれの場合も振替乗車中の途中下車はできない（乗車変更として扱われる）。
ダイヤに乱れが生じた際、振替輸送が行われる場合が多い。下記はその一例である。事象にかかわらず、長期運休の場合は振替輸送に特別な扱いがなされる場合がある。
弘治3年（1557年）、尼子氏の家臣・湯永綱の長男として出雲国八束郡湯之荘（現在の島根県松江市玉湯町）に生まれる。尼子氏が毛利元就によって滅ぼされると流浪の身となった。流浪時代については定かでないところも多い。潜伏先は京都であったらしく、尼子氏の残党である尼子勝久と山中幸盛に出会ったのもこの頃（永禄11年（1568年）頃）と推察される。年齢を考えると、天正元年（1573年）9月頃に山名氏と離反するあたりから、本格的に実戦に参加し始めたものと思われる。同年、茲矩は拠点の一つであった私都（きさいち）城を任されている。また年代は定かではないが、幸盛との緊密な関係から、幸盛の養女（亀井秀綱の次女）を娶り、亀井姓を名乗ってその名跡を継いだ。この頃の尼子氏再興の動きは、常に強大な毛利軍と寡兵で戦わねばならず、一時的な成果しか挙げられなかった。ところが新興勢力である織田信長が台頭し、中国地方を伺う情勢となると、尼子残党は織田氏家臣・羽柴秀吉の傘下に入り、播磨国を転戦した。茲矩自身は、天正5年（1577年）に、明智光秀に属して丹波国籾井郷に3,000石を知行され、松永久秀謀反後の信貴山城攻めにも参加している（『亀井家譜』）。天正6年（1578年）に尼子勝久らが上月城で孤立し、勝久は自刃し幸盛も降伏後に処刑されたが、茲矩は羽柴軍と同行していたため難を逃れた。以降も羽柴軍に属し、天正9年（1581年）には吉川経家が守る鳥取城攻略で戦功を挙げたため、因幡国鹿野城主に任命され、1万3,500石を領した。24歳の若年で前線の城主を任されていることからして、秀吉は相応の信頼を寄せていたものと考えられる。また、本能寺の変後の秀吉の中国大返しの際には後詰めとして鹿野城に残留した。信長の死後、秀吉が台頭するとその家臣となり、豊臣政権下において、宮部継潤のもと、垣屋恒総、荒木重堅（木下重堅）、南条元続と共に「因幡衆」として働き、銀山経営、干拓、用水路開設などの行政面における手腕を発揮した。文禄・慶長の役では水軍を率い、朝鮮でも戦っている。また朝鮮での在陣中に鉄砲による虎狩を行い、得た虎を京都の秀吉の元へと送った記録が残されている。