主な構造はフラッシュバルブ等の便器への給水管から枝分かれした構造の連通管（給排水管）を設け、サニタイザー本体と連結、結管される。サニタイザー本体にはフロート付きの弁装置を持つ薬液混合用溶解槽とカートリッジに入った薬剤が仕込まれている。フラッシュバルブ起動毎にサニタイザーに内蔵されているフロート付きの弁装置の作用で一定量ずつの水を取り込み、サニタイザー内に仕込まれた薬剤ボトルの底面にある海綿体の浸出性瓶栓から浸出する薬剤をサニタイザー内の薬液混合用溶解槽に取り込まれた水により希釈して薬剤水溶液とし、フラッシュバルブ閉止間際に給水管内の内圧減少に伴って、この薬剤希釈水溶液を前記フロート付きの弁装置を設けた弁室および連通管を介して再び給水管内に排水して、便器内へと排流するようになっている。
TOTOが開発したフラッシュタンク式は、タンク式と同じ口径（呼び径※215A）の給水管からの水流をタンク内で増幅し、約4倍の水流にして便器洗浄を行い、タンクの貯水時間を大幅に短縮し、フラッシュバルブ式と同等の連続洗浄が可能であり、電源不要の新しい洗浄システム。パブリックトイレでは一般的なフラッシュバルブ式に比べて、省施工化が図れるだけでなく、給水設備（配管とポンプ）のサイズダウンが可能で、建物の省資材化も図れ、次の洗浄まで約60秒かかるタンク式と比べて、約20秒で次の洗浄が可能なので、飲食店などのトイレの混雑緩和につながる他。さらに、一般的なタンク式大便器より奥行が約60mmコンパクトであり、トイレ空間が広く使え、事務所、店舗、学校、病院、高齢者施設などフラッシュバルブが使えなかった現場でも連続洗浄が可能で、さらにフラッシュバルブのように施工時にバラバラな部品をミリ単位で施工精度も必要とせずワンタッチで施工が出来、便器は新しい「トルネード洗浄」が採用され、4.8Lと超節水化が可能な最新のシステムで最近施工された施設から普及されはじめている。
ハイタンク式と同様に天井に近い位置にタンクを置き、給水管を伸ばして床面の便器へ給水する方式あるが下部の給水管にフラッシュバルブ同様のバルブを組み合わせたものをシスタンバルブといい、主に公衆便所のトイレで多用された他、過去には一部の古い戸建住宅でも採用された。フラッシュバルブと同じ構造、操作方法でありながらタンク式であるために満水になるまで次の洗浄が出来ない欠点がある。バルブ本体の形状、吐水、作動原理は低圧型フラッシュバルブと同様の構造となっている。最近は採用例が減っている。なお、TOTOはハイタンクと同じく、シスタンバルブ式（ハイタンクなどの）の部品も2012年4月に廃盤。これに伴い、TOTOはシスタンバルブ式ハイタンクの製造の幕を閉じた。
専用のタンクにあらかじめ注水しておき、バルブ操作によって洗浄水を放出する方式である。タンクに一定量の水を貯える方法はいくつかあるが、主にボールタップによりタンクに水を貯め、タンクから便器への排水はフロートバルブを使用する方法が一般的でフロートバルブにはボールタップ故障時のタンクからの水の溢れを逃す為のオーバーフロー逃し管（溢水管）が繋がっている。タンクの形状や配置によっていくつか種類がある。タンク式の場合満水になるまで（約60秒以上）次の洗浄が出来ない欠点があるため、公共施設などの利用者が多いトイレではフラッシュバルブが採用されることが多い。戸建住宅では一般的に給水管径、水圧も不足するために、大便器用フラッシュバルブを使用することが出来ず、タンク式がほとんどを占めている。タンク式では給水圧や給水管径を問わられずに様々な環境で水洗便所を設置出来る長所がある反面、占有する面積が大きく、タンクが満水になるまで次の洗浄が出来ない為に連続洗浄が出来ない、便器の洗浄にフラッシュバルブのような高水圧が得られなく便器の機種によってはタンク式には組み合わせ出来ない機種もある等の短所があり、最近ではこれらの問題を解決しタンク式の長所とフラッシュバルブ式の長所を取り合わせたフラッシュタンク式が新たにラインナップされている。
劇場版『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』では基本設定が変更され、遺伝子工学の発達により単性生殖が可能になったプロトカルチャーが男と女の勢力に分かれて争いを起こし、男の勢力ゼントラーディと女の勢力メルトランディが互いに巨人を創造し、残された巨人同士で争いを繰り広げてきたとされる。地球人とゼントラーディの争いの途上、荒廃した地球に飛ばされた一条輝と早瀬未沙は、かつて地球を訪れた異星人が残し、海底に沈んでいた都市宇宙船「アルティラ」を発見する。2009年2月のゼントラーディ襲来を、異星人の帰還と誤認した都市の制御コンピュータが都市を海上に浮上させるが、マクロスを狙ったボドル基幹艦隊の攻撃により消滅する。この戦争はボドル機動要塞が捕獲していたメモリープレートに記録されたメロディとアルティラで発見された歌詞をあわせて完成した歌「愛・おぼえていますか」により巨人たちが文化を呼び覚まされ、終結へと導かれる。この歌の正体は早瀬未沙により、プロトカルチャーの間での流行歌・ラブソングであると語られる。なお、テレビ版『超時空要塞マクロス』と劇場版『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』は、ともに作品世界内で歴史的事実をもとに制作されたフィクションであるという見解がのちに示されており、どちらか一方が正確な歴史を描いているというわけではないが（別項目参照）、後述の『マクロス7』にあわせて発表された年表では『愛・おぼえていますか』は作品世界における2031年に公開された映画とされ、年表内の記述はテレビ版で描かれている出来事に沿ったもので、ゼントラーディの敵対勢力もメルトランディではなく監察軍とされている。