2001年11月12日、アメリカン航空587便墜落事故が起こる。飛行機はクイーンズのベルハーバーに墜落。260人の乗客と地上にいた5人の犠牲者を出した。最初は新たなテロと懸念されたが、すぐにパイロットのミスによるものであることがわかった。2003年2月27日、ロウワー・マンハッタン開発会社は世界貿易センター跡地の開発計画について世界中からデザインの応募を募った。デザインは著名な建築家であるダニエル・リベスキンドによって進められ541mのフリーダムタワーの建設が2006年から10年にかけて行われる。設計者達はこの事件を後世にも残すため、2塔が建っていた場所はメモリアルサイトとして残す予定である。2003年8月14日16時11分、ニューヨークは北アメリカ大停電に見舞われる。一日中電力は回復しなかったが1977年の時とは違い大きな強盗事件は起こらなかった。2007年7月18日のスチームパイプ爆発事件では一時街に避難勧告が出て騒然となった。2009年12月28日、ニューヨーク市警は同年の殺人事件数が統計を取り始めた1963年以降最低値であることが発表された。2009年の殺人数は461件で2008年の516件に比べ50件以上もダウンした。またFBIはニューヨーク市を全米で最も安全な都市の一つになったことを認めている。2012年10月には強い台風「サンディ」が通過したことによりニューヨーク証券取引所が2日間取引を停止したほか、浸水により地下鉄が全面的に停止するなど大きな被害を受けた。これから10年後ニューヨーク市は新たな都市改革を行うため大規模な公共・民間建築事業に踏み切る。また住宅の建設ラッシュは1年間に25,000棟の新たな住居を生む。2012年のオリンピックはロンドンに決定したがニューヨークは最終候補になっており、オリンピック誘致のキャンペーンは古くなったシェイ・スタジアムを取り壊しシティ・スタジアムの建設に結びついた。
2001年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件の世界貿易センターのテロが発生。燃料を大量に積載した国内線の飛行機2機が世界貿易センターに9月11日の朝、体当たりし、ビル内で炎上。このテロ攻撃でビルは2棟とも崩壊。ビルで働くビジネスマンや救助に駆けつけた警察官や消防士など約2,900人が犠牲となった。このテロによりビジネス拠点をロウワー・マンハッタンから移転させる企業が相次ぎ、ミッドタウンやジャージーシティ、ブルックリン、もしくは他の都市へと移った。また貿易センターの送信設備が崩壊してしまったためテレビおよびラジオ中継がいったん途絶えたがすぐに代替の電波送信やケーブルなどにより復旧した。テロ以降、市長ジュリアーニは市内の警備を最高レベルにまで高めた。ビルが崩壊後も2ヶ月間は分厚い煙が消えることは無かった。
1990年代中盤から後半にかけては株式市場の好調も相まって犯罪数は急激に減少したが、失業率は依然として高いまま問題となった。新しく市長になったルドルフ・ジュリアーニは最悪の場所とされたタイムズ・スクエアなどを再活性させると共に住みやすい市を作るため犯罪の撲滅に尽力した。世界経済が劇的に変わった1990年代、ニューヨークはその発達した交通機関とコミュニケーション・インフラ、そしてその巨大な人口で再生の兆しを見せる。この10年間でニューヨークのイメージは「荒廃した過去の街」から「卓越した国際都市」へと変貌を遂げた。同じ時期、ロサンゼルスやデトロイトなど他の大都市でも犯罪率は減少に転じたがジュリアーニ政権下のニューヨークの犯罪減少率は他とは比べ物にならないほど急激だった。犯罪数が年々減る一方で、特定の人種・民族と警察の間に摩擦が起こり「自由」を怠った政治を行った事実も否定はできない。アイスホッケーチーム・ニューヨーク・レンジャースは1994年に1940年ぶりにスタンレー・カップを手に入れ、ニューヨークヤンキースはジョー・トーリ監督の下怒涛の快進撃を続け1996年、98年、99年、2000年とワールドシリーズで優勝している。バスケットボールのニューヨーク・ニックスも94年と99年に最終決勝まで勝ち残っている。
裕福で著名なニューヨークの一家に生まれ、コロンビア大学コロンビア・カレッジに通った。卒業と同時に司法試験に合格し、ニューヨークのコミッショナー・オブ・ディーズとして働いた。1834年にニューヨーク州議会議員選挙にホイッグ党候補者として出馬したが、落選した。結婚後、1843年にニューヨークの政界に復帰し、アメリカ合衆国下院議員に選出された。1846年、ニューヨーク州副知事選挙に立候補したが、民主党反レント派の候補に敗れた。1847年に副知事のポストが空くと、フィッシュは選挙に立候補して副知事に選出された。翌1848年には、州知事選挙に出馬して当選し、ニューヨーク州知事を1期務めた。1851年、ニューヨーク州選挙区から立候補してアメリカ合衆国上院議員に選出され、上院議員を1期務めた。上院では外交委員会の委員を務め、有益な経験を得た。1850年代にホイッグ党が解党すると、共和党に所属を移した。奴隷問題に関しては穏健な立場を取り、カンザス・ネブラスカ法に賛成せず、奴隷制の拡大を認めなかった。ヨーロッパへの旅の後、アメリカに帰国したフィッシュは、1860年に共和党の大統領候補であるエイブラハム・リンカーンを支持した。南北戦争中、フィッシュはユニオン（北軍）の戦費のための資金を集め、リンカーンの大統領委員会の委員を務めて、北軍と連合国軍（南軍）の部隊の捕虜交換のための準備を成功させた。南北戦争後、フィッシュは弁護士業に復帰し、政界を引退したものと思われた。しかし、1868年にユリシーズ・グラントが大統領に選出されると、翌年グラント大統領はフィッシュを国務長官に任命した。国務長官を引き受けたフィッシュは精力的に国務省に勤めた。国務長官在任中は、職制を改め、公務員改革を実行した。8年間の国務長官在職期間中、フィッシュはキューバの好戦的な態度やアラバマ号事件の解決、カナダとの国境紛争、およびバージニアス号事件に対処していかなければならなかった。フィッシュはまた、諸国間の紛争は軍事的紛争よりも外交的交渉によって解決されるべきであるとする、国際仲裁という新たな概念を実行に移した。フィッシュは、グラント大統領のドミニカ共和国を併合する努力が失敗に終わったことを巡る、チャールズ・サムナー上院議員とグラント大統領との間の政争に巻き込まれた。フィッシュは1871年に海軍の遠征隊を組織して、朝鮮と開かれた貿易を行うことを試みたが、失敗した。1877年に職を辞し、政界からも引退したフィッシュは、私生活に戻った後も様々な歴史学会での仕事を続けた。1893年、フィッシュはニューヨーク州にある豪華な自宅で老衰のため死去した。フィッシュの男系子孫は後に、3世代にわたって合衆国下院議員を務めることになる。