本作は当初1984年8月25日公開予定だったが、先行上映が7月上旬に繰り上がったため制作スケジュールが短縮された（制作期間は実質半年間）。また、上映時間の問題もあり、脚本や絵コンテでは予定されていたもののカットされたシーンがいくつかある。絵コンテでは、本編終了後にエンディングテーマ『天使の絵の具』に乗って終戦後のリン・ミンメイのコンサートシーンが映し出され、主人公たち3人の未来が明示されて終わるはずだったが、作画が見送られ、公開版では暗転した画面にスタッフロールが流れる形式であった。監督の河森は、後になって考えると、このエピローグがあると観客の想像の余地がなくなるとして、カットされて良かった面もあるとしながらも、制作したいという願望を述べていた。公開3年後の1987年、このコンサートシーンを映像化したOVA『超時空要塞マクロス Flash Back 2012』が発売された。以後販売されたビデオ・LD・DVDソフトはエンディングの前半部分をOVAのコンサートシーン（「天使の絵の具 part1」）に差し替え、タイトルも『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか 完全版』に変更している。2007年発売のHDリマスターDVDメモリアルボックスは「劇場公開版」と「完全版」のエンディング違いの2種類のディスクを収納している（劇場公開版は上映時のオリジナル音声を収録）。他の幻のシーンとしては、最終決戦前のマクシミリアン・ジーナスとミリア639の結婚式がある（絵コンテ改稿段階でカット）。このシーンは『マクロス7』作中の回想シーンで新たに作画され、原画を美樹本晴彦が担当した。公開当時の雑誌・ムック本にはこれらの絵コンテやコスチュームデザインが掲載されているが、ミンメイのステージ衣装はOVA版よりもシンプルなデザインであった。
映画予告編のナレーションでは「主演、リン・ミンメイ」「早瀬未沙、ゆれる女心を演じます」などアニメ世界内の映画（劇中劇）を思わせる演出がなされている。1990年代以降に製作された『マクロス7』などの続編作品内では、『愛・おぼえていますか』は「ゼントラーディ軍との第一次星間大戦（2009年 - 2010年）の戦勝20周年を記念して、2031年に公開された歴史映画」と位置付けられるようになった。これとは別に『超時空要塞マクロス』はシリーズドラマとしてテレビ放送されたもので、演出により描き方は異なるものの、両作品とも史実を題材にした物語であると説明されている。『愛・おぼえていますか』が映画化された2031年当時は、人類の生活圏が銀河系全域に拡大した反面、植民惑星間の紛争やゼントラーディ人の武装蜂起が深刻化しつつあった。そのため撮影に全面協力した統合政府の意向で、先人が果たした「異星間交流」の意義をひろく再認識させたいというプロパガンダの意味合いも含まれている。公開後大ヒットした本作のメッセージは、14年後の2045年代を舞台とする『マクロス7』の登場人物の生き方にも影響を与え、ロックバンドFire Bomberの活動に関係することになる。
2010年10月12日から、番組内容が変更となり、6月28日のスタートから出演してきたコメンテーターやトークセッションの出演者が軒並み降板。日替わりパートナーを設けている。同時に、公式サイトもリニューアルされた。これまで、緑の縁取り・白文字で「上柳昌彦 ごごばん!」と書いてあったが、それが、全体的にピンクを基調としたものとなり、「GOGOBAN　Smile from Yurakucho」と書かれている。また、これまでは、2部制を敷いていたが、パートナーが最後まで出演する関係上、2部制は事実上、廃止されている。そのため、16時台の報道番組体制は廃止となり、番組は全編、バラエティ番組になった（16時台の「おばさん'S EYE」のみ、ワイドショーに近い形態）。そのため、タイムテーブル上は『上柳昌彦 ごごばん!』ではあるが、実際は『上柳昌彦・（日替わりパートナー名） ごごばん!』となっている。ただし、番組中は「ニッポン放送 ごごばん!」と呼んでいる。なお、金曜日は引き続き『上柳昌彦・山瀬まみ ごごばん!フライデースペシャル』（山瀬の出演時間が番組終了時刻までに拡大）である。オープニングコールの手前ではこれまで、彼の番組伝統の「○月○日○曜日 第×××回目の放送です」という放送回数の読み上げがあったが、廃止された。しかし、大幅なリニューアルは結果的に失敗し、リニューアル後最初の2010年10月期の聴取率調査週間は、『大竹まこと ゴールデンラジオ!』（文化放送）が1位、『小島慶子 キラ☆キラ』（TBSラジオ）が2位となり、敗れている。その後も聴取率の悪化は進み、安定していたはずの16時以降も同時間帯1位の『「荒川強啓 デイ・キャッチ!」』（TBSラジオ）と2位の『夕やけ寺ちゃん 活動中』（文化放送）に大差をつけられているため、2011年8月からは聴取率週間だけ番組を短縮し、16時から別番組を放送している。2011年3月11日の放送中（14時46分）に平成23年東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）が発生。地震発生時にはスタジオ（ニッポン放送本社がある東京・千代田区では震度5強を観測）が激しく揺れ山瀬が恐怖に怯える中、上柳が懸命に聴取者へ安全の確保を呼びかけながら地震の第一報を伝えた。その後、15時台以降と14日は『ラジオ災害情報交差点』を初発動するなどコーナーをほぼ全面休止、また15日以降から徐々にコーナーを再開している（「ごごばん!SCOPE おばさん'S EYE」は「ごごばん!SCOPE」に改題）が、15時台「3時のオトナのおやつ」は当面休止される（そのまま、コーナー終了）。なお、15時台の「ほっともっときっとタイム」と16時台の中継コーナー「街角ステーション」は4月4日から再開した。また、「オトナのおやつ」の水曜コーナー「ヰタ・セクスアリス」は単独化、また「即興生歌」は「これ歌って!」に変わった。2011年3月28日は、宮城のTBC東北放送ラジオ第3スタジオとの二元生放送を実施した（宮城に上柳、有楽町は月曜パートナーの島崎と増山。14時台後半から15時台前半に名久井麻利アナウンサー、16時台には藤沢智子アナウンス室長が出演した）。なお、上柳は前日から取材のため宮城を訪れていた。2011年12月23日は不規則編成となる。13:00 - 14:30は「快適生活ラジオショッピング 歳末トクバンッ」となるためで、14:30 - 16:00は「上柳昌彦・山瀬まみ ごごばん!ホリデースペシャル」としてクリスマスソング特集を中心に放送、16:00 - 17:40が通常の「上柳昌彦・山瀬まみ ごごばん!フライデースペシャル」となる。