1990年9月に太平洋へ移動、西太平洋への最初の配備は、砂漠の楯／砂漠の嵐作戦に応じて1991年5月28日に行われた。インド洋への航海中にフィリピンルソン島のピナトゥボ山が噴火し、リンカーンは同島からの避難作戦、オペレーション・ファイアリー・ヴィジルへ動員される。リンカーンは23隻からなる船団を率い、45,000人にも及ぶ避難民をスービック海軍基地からセブ島へ避難させた。同作戦は平和時における史上最大の避難作戦であった。作戦後リンカーンはペルシャ湾に向けて出航、砂漠の嵐作戦支援のためイラクとクウェートに対する偵察を行う。1992年前半にはサザン・ウォッチ作戦（イラク南部の国連が設定した「飛行禁止区域」の監視）を支援している。1993年10月、リンカーンはソマリアに対する国連人道支援計画の支援に参加する。四週間にわたってモガディシュ上空の警備飛行を行い、レストア・ホープ作戦を支援した。1993年4月28日に戦闘除外法が撤廃されると、リンカーンは女性飛行士を乗艦させる最初の空母となる予定であった。1994年10月24日にサンディエゴを出航し、回復訓練を開始する。翌日、カーラ・ハルトグリーン中尉（アメリカ海軍初の女性空母戦闘機パイロット）が、エンジンの不調と操縦ミスにより着艦に失敗し死亡した。リンカーンの第3の配備は1995年4月に始められ、ペルシャ湾でサザン・ウォッチ作戦およびヴィジラント・センチネル作戦の支援を行った。補給作業中に艦載機の発艦態勢に入ろうとしたリンカーンは、サクラメント (USS Sacramento, AOE-1) の左舷に接触した。リンカーンは M -フレームと女性士官室を損傷し、サクラメントは船体構造に大きな穴が開いた。リンカーンは作戦活動を継続したものの、サクラメントはドバイのジャベル・アリで乾ドック入りし、修理に数週間を要した。4度目の配備は1998年6月に行われた。リンカーンは再びサザン・ウォッチ作戦の支援を行うためペルシャ湾に向かった。同地で3ヶ月間を過ごしたが、その年の夏は数年来最も高温の夏となった。飛行甲板の温度は摂氏66度まで上昇した。1999年にはいくつかの訓練に参加し、その後ピュージェット・サウンド海軍造船所で維持作業が行われた。
建安25年（220年）、曹操が死去、曹丕が魏王に即位し、献帝から皇位を禅譲され、魏の皇帝になった。司馬懿は曹丕に重用され、録尚書事・撫軍大将軍・仮節まで昇進した。司馬懿は陳羣、呉質・朱鑠と共に曹丕に寵愛され、彼等は曹丕の四友とされた。黄初7年（226年）、曹丕が死去し、曹叡（明帝）が皇帝に即位した。曹丕が死ぬ際には曹真、陳羣、曹休と共に曹叡の補佐を託された。曹叡は母后が誅殺されたことで長らく宮廷から遠ざけられており、臣下たちとはほとんど面識がなかった。このため、即位した曹叡は父の代からの重臣であった司馬懿や陳羣らを引き続き重用し、政事にあたらせた。同年、襄陽に侵攻した諸葛瑾、張覇らを徐晃らとともに破り、張覇を斬った。この功により驃騎将軍に昇進した。太和2年（228年）、孟達が蜀漢の諸葛亮と内応して魏に叛いた。司馬懿が赴任していた宛から孟達の任地である上庸までは、通常の行軍で1ヶ月はかかる道程であった。司馬懿は丁寧な書簡を送って孟達を迷わせた上で、昼夜兼行の進軍を強行し、わずか8日で上庸までたどり着いた。城を包囲された孟達は、同僚や部下に次々と離反された。司馬懿はこれを破り、斬首した。この電光石火の対処に諸葛亮ら蜀漢の中枢は動揺した。その後の街亭の戦いでは『演義』と違い、史実では司馬懿は指揮に関与してはいない。太和4年（230年）、大将軍に昇進した。太和5年（231年）、蜀漢に対する戦線の総司令であった曹真が死んだ。司馬懿はその後任として張郃、郭淮らを従え、諸葛亮と対戦する。司馬懿は局地的に諸葛亮に敗れたが、蜀漢軍は食糧不足により撤退した。この際、司馬懿は張郃に諸葛亮を追撃させたが、高所に伏兵を置いた蜀軍に弓矢を乱射され、張郃は射殺された。『晋書』宣帝紀によれば、司馬懿は諸葛亮を追撃して大いに破った。『三国志』には、司馬懿が諸葛亮を破ったという記述はない。青龍2年（234年）、諸葛亮が5度目の北伐を敢行してきた（五丈原の戦い）。この戦いで司馬懿は郭淮、辛毗らと共に防衛に徹した。諸葛亮は屯田を行い、持久戦の構えをとって五丈原で司馬懿と長期に亘って対陣するが病死し、蜀漢軍は撤退した。蜀漢軍が退却したのち、司馬懿はその陣跡を見、「諸葛亮は天下の奇才だ」と漏らしたという。『漢晋春秋』によると、司馬懿は撤退する蜀漢軍に追撃をかけようとしたが、蜀漢軍が魏軍に再度攻撃する様子を示したので司馬懿は退却した。その事で人々は「死せる諸葛、生ける仲達を走らす（死諸葛走生仲達）」と言った（のちに習鑿歯が漢晋春秋にてこのことを「死せる孔明、生ける仲達を走らす」と称し、後年に残る故事成語となった）。ある人がこの話を司馬懿に報告すると、司馬懿は「生者を相手にすることはできるが、死者を相手にするのは苦手だ」と言った。青龍3年（235年）、蜀漢の馬岱が攻め込んで来たが、配下の牛金に命じて撃退させた。また、武都の氐王・苻双と強端を降伏させた。