標準のマクロ__STDC_VERSION__はC99のサポートが可能であることを示すために199901Lと定義されている。C89のための__STDC__マクロと同様に、__STDC_VERSION__はC89とC99のコンパイラで違うようにコンパイルされるコードを書くために使用することができる。例えば、この例では、inlineをどちらの場合でも利用可能である。#if __STDC_VERSION__ >= 199901L  /* "inline"は予約語 */#else# define inline /* 何も行わない */#endif
GCCがC99の多くの機能に対応しているため、フリーソフトウェア開発などにおいて広く使われている。C99には複合リテラルと指示初期化子によるメンテナンス性の向上という大きな利点があり、特に大規模なプロジェクトにおいて使われることが多い。Linuxカーネルにおいては、C99の指示初期化子を使う前から構文の異なるGCC拡張の指示初期化子を使っていた。以前はVisual StudioがC99に対応していなかったため、使いたくても使えないプロジェクトが多かった。QEMUでは指示初期化子を使いながらC89との互換性を保つために、INIT_FIELDマクロを導入したものの、それにはメンバの省略ができないなどの欠点がある。FFmpeg/libavでは、C99のソースコードをC89へと変換するトランスレータのc99conv及びc99wrapを用意することで、この問題を解決している。
GCC、Clang、Intel C++ Compiler 等はC99の新機能の大半をサポートしている。ただし、GCCは、ほとんど準拠しているが、規格への100%完全準拠は果たしていない。GCC 4.x までのデフォルトは C89 に GNU 拡張を加えた -std=gnu89、Clang のデフォルトは C99 に GNU 拡張を加えた -std=gnu99 である。GCC 5.0 から C11 に GNU 拡張を加えた -std=gnu11 がデフォルトになる。Microsoft Visual C++ は 2013 から C99 の大半を実装した。ただし、tgmath.h や snprintf() などが未実装。Open Watcom C compiler は標準のうち最もよく使われている部分を実装している。かつては、ドキュメント化されていないコマンドラインスイッチを指定しないと有効化されなかった。2010年現在の最新版である 1.9 では -za99 オプションを付けることで有効化される旨、明記されている。Sun Studioは、サン・マイクロシステムズによればC99を完全にサポートしている。Cインタプリタ ChはC99の主要な機能をサポートしている。
事件当日夕刻、当時の内閣総理大臣・山本権兵衛、内務大臣の後藤新平、司法大臣の平沼騏一郎以下全閣僚は、皇太子（摂政宮）に辞表を提出した。12月28日、皇太子は山本辞表提出に関し松方正義公爵・西園寺公望公爵から意見を聴くため、入江為守を派遣する。12月29日、皇太子は山本を慰留したが、山本の決意は変わらず改めて内閣閣僚全員の辞表を提出した。1月7日に内閣総辞職は認められた（後任の内閣総理大臣は清浦奎吾）。また、当日の警護責任を取り、警視総監の湯浅倉平と警視庁警務部長の正力松太郎が懲戒免官になった難波の出身地であった山口県の知事に対して2ヶ月間の2割減俸、途中難波が立ち寄ったとされる京都府の知事は譴責処分となった。また、難波の郷里の全ての村々は正月行事を取り止め謹慎し、難波が卒業した小学校の校長と担任は教育責任を取り辞職した。難波大助の父で衆議院議員の難波作之進（庚申倶楽部所属）は事件の報を受けるや直ちに辞表を提出し、閉門の様式に従って自宅の門を青竹で結び家の一室に蟄居し、食事も充分に摂らなかった。作之進は1925年（大正14年）5月に死亡した。大助の長兄（正太郎）は勤めていた鉱業会社を退職し、家族以下蟄居生活を続けた。事件の翌日、皇太子が狙撃されるという事態にショックを受けた小川平吉が提唱し、北れい吉ら知識人、政治家、貴族院議員、軍人ら多数が参加した国粋主義思想団体である青天会が結成された。小川は難波大助を「露国共産党の先駆たる一兇徒」と断じて、コミンテルンの世界革命運動が社会に浸透して天皇制を脅かすという考えから反共主義を広めた。難波大助の処刑後、1926年（大正15年）5月下旬、皇太子は岡山県・広島県・山口県を巡啓する。5月29日、山口県滞在中の皇太子に対し内大臣牧野伸顕は難波家の救済を進言し、皇太子も対応を命じる。皇太子の意向を受けて、東宮侍従長入江為守・山口県知事大森吉五郎・司法大臣江木翼等が協議し、大森知事は新聞記者に侍従長質問文と知事回答文を発表する。6月4日、県知事は正太郎を県庁に招致し、皇太子以下の意向を伝えた。この難波作之進の死により、選挙地盤は松岡洋右が引き継ぐこととなり、さらに戦後は岸信介や佐藤栄作という大物保守系政治家に引き継がれ、昭和史を動かす遠因となった。次の清浦内閣の陸相のポストを巡って、薩摩閥の上原勇作が推す福田雅太郎と長州閥の田中義一が推す宇垣一成とが争ったが、福田は関東大震災時に関東戒厳司令官の立場であったため、無政府主義者らの暗殺の標的とされていたことから摂政の身に再び危険が及ぶ虞があることを理由に宇垣が後任の陸相となった。宇垣は次の加藤高明内閣でも陸相を再任し宇垣軍縮を実行した。また後年上原が田中に一矢報いた事件が張作霖爆殺事件（満州某重大事件）である。