金色堂に納められた泰衡の首については、長年弟・忠衡のものと考えられ、首桶が入れられていた木箱にも「忠衡公」と記されていた。1950年（昭和25年）の開棺調査にて、死因については斬首されたということで間違いはないのだが、その首には16箇所もの切創や刺創が認められた。なかでも眉間と後頭にある直径約1.5cmの小孔が18cmの長さで頭蓋を貫通した傷跡があり、八寸（24cm）の釘を打ち付けたとする『吾妻鏡』の記述と一致することから、忠衡のものではなく泰衡のものであると確認された。他にも右側頭部に刀傷と見られる深い傷があり、頭や顔に多数の切創や刺創があった。これらの創から、首を刎ねるために太刀を7回振り下ろし、5回失敗して最後の2回で切断され、釘打ちの刑に処された上で晒し首にされたと推定されている。また、鼻と耳を削がれ、眉間から鼻筋を通り上唇まで切り裂かれた痕跡が確認された。保存状態は良く、顔は丸顔、豊頬で若々しく、父に似て鼻筋が通り頑丈な顔立ちであったという。血液型はB型。歯の状態は綺麗で、レントゲン検査から第三大臼歯（親知らず）の歯根が形成途中（（智歯）の遠心根の尖端が石灰化未完成）。通常、歯冠が完成するのは12歳 - 16歳、萌出は17 - 21歳、歯根は18歳 - 25歳で完成するという）であることが判明し、没年齢は推定20 - 30歳代、もしくは25歳と判断されている。また、23 - 30歳、切歯の摩耗度合いから見ると30歳程度（前後）ともされた。一方、頭蓋骨は20代半ばと30代半ば両方の特徴を有するという見解も出されている。この判定から、『吾妻鏡』吉川家本に記されている25歳没説と北条本に記されている35歳没説の両方が無視できないことになり、確定はできていない。しかし、忠衡が23歳で没したとの『吾妻鏡』の記録から察するに、それ以上の年齢に達していたことは間違いないとされる。首には縫合した跡が見られ、近親者と考えられる人物により手厚く葬られていた。このような誤伝がなされていたのは、義経の「判官贔屓」の影響とされる。つまり、「父の遺言を守り悲劇の英雄・義経を支持した弟・忠衡こそ、真の4代目たるべし」という心情である。また、逆賊（謀反人）の汚名を被った泰衡が鎌倉軍が管理していた金色堂に納められる訳がないという長年受け継がれてきた思い込みからの推測も理由として挙げられる。研究者の間では謀反人である泰衡が葬られることを近親者（樋爪俊衡・季衡兄弟との推測がある）が憚ったため、首の主を「忠衡」ということにしたという憶測もある。また、泰衡の高祖父にあたる藤原経清の首であるとの伝承もあった。
2008年5月31日放送分から同年9月13日放送分までは、2チーム対抗戦を導入。各サプリメントで正解した人数などで勝敗を付けているが、特に総合成績による賞罰などはなかった。2008年7月からは回によってはマスター目掛けてモヤっとボールが大量落下するエンディングがカットされ、サプリメントが終わってそのまま番組が終了するケースが多くなった。2008年10月11日放送の2時間スペシャルから大幅にリニューアル。今まで進行役を務めていたサプリマスターがブラックマスターになって「地球モヤっと化計画」を企てており、解答側はそれを阻止する「サプリ連合軍（サプリ軍団）」としてブラックマスターが放つ攻撃（サプリメント）に挑むという、ドラマ仕立てに変わった。その他の大きな変更点は以下の通り。番組のシンボル、名物であったスッキリフラワーやモヤッとボール・モヤッとホールは廃止。エンディングでマスター目掛けてモヤっとボールが大量落下する演出も廃止された。番組テーマ曲も、この間は別の曲に変更されていた。今田らサプリ連合軍は、宇宙船スッキリ号（スタジオ）の中で、出題されるサプリメントに答えるという設定。ブラックマスターは、宇宙船の終着地点であるモヤっと星のブラックマスタールームで秘書と共に待機しているという設定である都合、モニター越しで進行。解答者側との絡みが大きく減少した。一部のサプリメントでは、秘書がワープして（という設定）スッキリ号へ移動して、解答者の元で進行を行う。対戦形式のサプリメントでは、ブラックマスターの手下であるブラックファイターズと対決する。11月1日放送分からはブラックマスターも、スッキリ号で進行を務めたり、自らサプリメントに挑む事も増えた）。サプリメントで正解（スッキリ）すると獲得できるゴールドモヤっとボールを集める。ラストミッション「ブラックマスター危機一髪」で、ブラックマスターと直接対決。ここまで獲得したゴールドモヤっとボールの数10個につき1本の剣と交換。代表者が1本ずつ、「黒ひげ危機一発」の要領で、樽の穴に剣を刺していく。6個（初回スペシャルのみ10個）の内1つだけある当たりの穴（予めブラックマスターが、サイコロを振って当たり番号〈初登場から2回目は視聴者のみ公開だったが、それ以降の回は視聴者にも非公開〉を決定）に刺すことができればサプリ連合軍の勝利で、ブラックマスターの頭上に大きなモヤ玉（IQミュージアムで使用していた物）が落下する。全部の剣を刺しても当たりの穴に刺すことができていなければサプリ連合軍の敗北で、5秒のカウントダウンの後、モヤっとシャワー（連合軍メンバーの頭上めがけて、大量のモヤっとボールが降り注ぐ）の罰がある（この回の当たり番号の発表は、罰を受けた後にブラックマスターが口頭で発表する）。2009年1月24日放送分から再リニューアル。サプリ連合軍対ブラックマスターという図式がなくなって各々の位置付けも元に戻り、再び個人戦になる。モヤッとボール及びモヤッとホールは存在しない。サプリメントが「常識IQ問題」と呼ばれるようになり、（一般常識を問う）クイズ色が強くなった。出題時の表示もIQ値から常識IQ値に変更されている。1問正解する毎に1ポイントが加算され、この合計値で解答者の常識IQレベルを評価、番組の最後に秘書が常識IQ値が最高および最低となった解答者を発表する。最終回となった3月14日放送分はモヤッとボール及びモヤッとホールが再現され、従来のルールで行われた。