同年7月25日には研究の議論も成立しない状態に陥り、研究員から報告を受けたセンター長の竹市雅俊は健康管理室に相談、笹井を医師に受診させることを勧められていた。丹羽仁史や小保方晴子の検証実験が注目される中、7月27日にはSTAP事件の特集がテレビ放映され、笹井についても大きく取り上げられ、8月4日の理研の声明でも新たな調査結果に伴って、共著者の処分が大きく変わることが言及されていた。8月5日午前9時、神戸市中央区にある理化学研究所発生・再生科学総合研究センター(CDB)と通路でつながった先端医療センターの研究棟で、手すりにくくりつけたひも状のもので首吊りになった状態で発見され、医師が死亡を確認。半袖シャツにスラックス姿で、踊り場には革靴とカバンが置かれていた。同日午前11時3分、警察に通報後に搬送された搬送先の神戸市立医療センター中央市民病院で正式に死亡が確認された。兵庫県警察は自殺とみており、秘書の机や現場、自宅に複数の遺書が残されていた。52歳没。理研と家族で対応を検討し始めていた矢先の出来事であった。笹井の死により、神戸アイセンターや融合連携イノベーション推進棟といった再生医療の実用化や神戸医療産業都市の関連事業、およびSTAP論文問題の真相解明や検証実験等に影響が出ることが懸念された。また、笹井の自殺によって理研内の研究者や職員らの動揺や不安は深刻化した。研究室メンバーや小保方、理研関係者のメンタルケアも心配され、理研職員らの心労を心配して理研に電話をした人も複数いたという。笹井の訃報に際し、理化学研究所の野依良治理事長と竹市雅俊センター長がコメントを発表。さらに閣僚や科学技術振興機構 (JST)も声明を出し、山中伸弥や若山照彦も哀悼の意を表した。日本国外でも大きく報道され、『ネイチャー』は編集主幹が「悲劇」「科学者コミュニティーの多大な損失」と声明を発表するとともに、同誌のニュースブログでも取り上げた。また、他の多くの学術誌においても、追悼記事が掲載されていった。
1995年と2001年に盗塁王のタイトルを獲得。盗塁は成功率を重視しているため、盗塁数を増やすことに関してはそれほど重視しておらず、特に2006年頃からはクイックモーションや警戒の不充分な相手投手を選んで盗塁する慎重なスタイルをとっている。マリナーズ首脳陣からは、自分の判断で自由に盗塁できる権利（いわゆる「グリーンライト」）を与えられていた。盗塁数は年間30から40の間が理想だとコメントしており、2008年は70試合の時点で30盗塁を稼ぐなど 一時は年間70盗塁を超えるペースであったが、中盤から極端に企図数が減り、最終的に40台に終わっている。2009年は中盤に左ふくらはぎを痛め8試合欠場して以降は盗塁企図が減り、メジャー移籍後では初めて30未満に終わったものの、翌2010年と2011年には再び40盗塁以上を記録し、自身初の2年連続40盗塁を達成。理想に掲げた30盗塁以上を記録した2001年から2008年、2010年・2011年はいずれもリーグ5位以内に入っている。実際に盗塁の成功率は高く、NPB時代に通算199盗塁で.858、メジャー時代に通算509盗塁で.813の記録を残している。成功率.813は、通算500盗塁以上の選手中でメジャー歴代4位に位置する。シーズン記録では、NPB時代に30盗塁以上を残しながら成功率9割以上を2回（1996年、1997年）、メジャー時代に40盗塁以上を残しながら成功率9割以上を2回（2006年、2008年）達成している。特に2006年シーズンは45盗塁を記録し、盗塁死を2に留め、.9574という数字を記録した。シーズン盗塁成功率.957は、記録が残る1951年以降、シーズン40盗塁以上を決めた選手の中でメジャー歴代1位となっている。また、「シーズン連続盗塁成功」と「シーズンをまたいでの連続盗塁成功」両方のアメリカンリーグ記録保持者でもある。怪我のリスクを最小限に抑える目的から、ヘッドスライディングはほとんどすることはない。特に一塁へのヘッドスライディングは最も嫌うところであり、2007年アジア野球選手権大会の韓国戦で一塁へのヘッドスライディングをした川﨑宗則に対して苦言を呈したことが話題になった。盗塁や進塁の際、アウトになる危険性が高いと判断したときには、トップスピードでのスライディングや走塁から急停止して野手のタッチのタイミングを外す高度なフェイントを見せることがある。2005年5月15日のボストン・レッドソックスとの試合では、本塁突入の際にホームベース前で急停止した後、外野からの返球を受けてブロックの体勢に入っていた相手捕手のダグ・ミラベリの背中を飛び越そうとするプレーを見せた他、2012年10月8日のディビジョン・シリーズでのボルチモア・オリオールズとの試合では、アウトのタイミングであったのにもかかわらず相手捕手のマット・ウィータースのタッチを二度もかわして生還するプレーを見せている。こうしたプレーに対してイチローは「（普通は）スピードを上げたくなるが、スピードを落とすという発想（が大事）になる。ブレーキをかけることは別に怖くないし、どんな動きをしても怪我をすることがないという自信がある」と説明、あえて減速することも走塁技術の一環であると考えている。イチローは走塁が、いわゆる「走攻守」の中で最も難しいと考えている。「走塁は打撃や守備よりも難しい」と口にしており、その理由として、「打撃は成功率が良くて3割強だが、走塁は成功率が10割に近くないといけない」こと、「走塁は、野手の肩や芝生の状態などといったことをすべて考え、それらを踏まえた上で瞬間的な判断をしなければならないから難しい」「スピードがあるから、走塁は難しくなる」ことなどを挙げている。ヤンキース時代、「単打からの本塁生還、二塁打からの本塁生還、ランニングホームラン」など、一人黙々と走塁練習する姿を偶然見掛けたと、ジャーナリストのジョエル・シャーマン記者は述べている。事情を尋ねると、「試合のあらゆる可能性に対応できるようにしておきたい」とイチローは返答している。同記者はイチローの走塁能力などについて、練習を何百時間と繰り返したであろう陰の努力を評している。1997年3月13日の巨人とのオープン戦ではレフトフライでタッチアップを行い、レフトの清水隆行から楽々と2塁を奪った。