1942年の一時期、H部隊は実際には存在してはいなかった。5月に入り、H部隊からマダガスカル島のディエゴ・スアレスに対する攻撃に兵力を抽出されたためである。この作戦は成功を収めたものの、重要な時期にイギリスの海軍力を無駄に使うものだという批判が多かった。（マダガスカルの戦い参照）1942年11月は、戦いのターニングポイントとなる月だった。トーチ作戦が実行され、イギリス第一軍を始めとする米英軍が、モロッコおよびアルジェリアに上陸した。H部隊はこの上陸部隊を援護するために動員された。上陸部隊にとっての脅威はイタリア艦隊とヴィシー・フランス軍であったが、目立った抵抗を行ったのはヴィシー・フランス軍だけであった。ヴィシー・フランス軍はカサブランカにおいて、上陸部隊を支援するアメリカ艦隊と砲火を交えた。この北アフリカにおける大規模な作戦の最終的な狙いは、チュニジアを枢軸国の勢力圏から切り離すことであった。この狙いは最終的に達成され、25万人を超える枢軸軍兵士が連合軍第18軍集団に降伏した。25万人といえば、スターリングラード攻防戦での降伏者数に等しい数である。H部隊はこの戦いを通して、陸上部隊に厳重な援護を提供した。さらなる2つの上陸作戦において、H部隊は上陸部隊をイタリア艦隊から守るために援護に当たった。1943年7月に行われた、シチリア島攻略作戦であるハスキー作戦と、同年9月のイタリア本土サレルノへの上陸作戦、アヴァランチ作戦がそれである。戦場が本土に移った結果、イタリア政府は降伏した。残存したイタリア艦隊は、戦艦ローマがドイツ軍の無線誘導爆弾フリッツXの攻撃を受け艦隊司令長官とともに沈んだ（「ヴィットリオ・ヴェネト級戦艦」参照）他は、大部分がドイツ軍の接収を免れた。H部隊は、サルデーニャ島近海でイタリア艦隊と落ちあい、マルタまでこれを護衛した。英地中海艦隊司令長官のカニンガム提督は、海軍本部に次のような伝統的な信号を発信した。"Be pleased to inform their Lordships that the Italian fleet lies under the guns of the fortress at Malta."（訳注：直訳すると「イタリア艦隊がマルタの砦の砲列の下にあり、我が支配下にあることをお知らせすることを喜ばれたし」というほどの意か）イタリア艦隊の降伏によって、地中海に主力艦を含む艦隊を維持する必要はなくなった。H部隊の戦艦や航空母艦は本国艦隊や東洋艦隊に配属替えとなり、司令部も解散した。地中海の海軍作戦は、より小型で軽快な艦艇による部隊が行うことになったのである。
1941年にH部隊が関わった戦いのうち、もっとも有名なものは、H部隊の主戦場である地中海ではなく大西洋で発生した。5月18日、ドイツの戦艦ビスマルクは通商破壊を行うため、重巡洋艦プリンツ・オイゲンを伴って大西洋へ出発した。ビスマルクはアイスランドとグリーンランドの間のデンマーク海峡を抜け、イギリス北方を迂回しようとしていた。そこでビスマルクは、新鋭戦艦プリンス・オブ・ウェールズと旧型の巡洋戦艦フッドを主力とする強力なイギリス海軍部隊の迎撃を受けた。この交戦はイギリス海軍にとって災厄であった。プリンス・オブ・ウェールズは被弾して中破、フッドは爆沈し、約1,400名の乗組員のうち3名のみが生き残った。いまや、投入可能なすべてのイギリス海軍艦艇にビスマルク撃沈の命令が下されることとなった。H部隊も迎撃のため、ジブラルタルから出港した。その主力は航空母艦アークロイヤル、巡洋戦艦レナウン、軽巡洋艦シェフィールドである。フッドを撃沈したものの、ビスマルクはデンマーク海峡での海戦を、完全に無傷で切り抜けることはできなかった。プリンス・オブ・ウェールズの砲弾がビスマルクの燃料タンクを切り裂き、燃料漏れを発生させていたのだ。このため、ビスマルクは通商破壊戦を切り上げるとともに、プリンツ・オイゲンを分派した。両艦は、別ルートでフランスのブレスト港へ向かうこととしたのである。イギリス海軍は空母ヴィクトリアスの艦載機にビスマルクを空襲をさせたが、攻撃に失敗。さらにビスマルクは一時、追尾に当たっていたイギリス艦サフォーク、ノーフォークのレーダーから逃れることに成功した。後に再び発見できたものの、ビスマルクを撃沈するためにはまずその足を止めることが先決であった。このため、アーク・ロイヤルもソードフィッシュ雷撃機による空襲を試みたが、攻撃隊は目標の位置を誤認し、ビスマルクを追尾していたシェフィールドを攻撃してしまった。なお、この攻撃に用いられた魚雷は新式の磁気信管を使ったもので、信頼性に欠けていると考えられた。次の第2次攻撃隊は、従来型の接触信管を持つ信頼性の高い魚雷を搭載することになった。第2次攻撃隊の攻撃によりビスマルクは舵機を壊され、航行能力に大きな打撃を受けた。時に5月26日夜のことである。その後もビスマルクは触接してくるイギリス海軍の部隊と断続的に戦闘を続けた。翌朝、戦艦キング・ジョージ5世およびロドネイを含んだイギリス艦隊が戦場に到着。その攻撃により、ビスマルクは撃破され、戦闘能力を失ったため自沈した。
1954年、和歌山県に生まれる。東京教育大学（現・筑波大学）理学部を卒業。大学卒業後は、大阪の府立高校で教鞭をとっていたが、休日には地質調査や論文執筆を行っていた。そんな生活が4年ほど続き、新聞で青年海外協力隊募集広告を見かける。ちょうど、新入学から担任を務めた生徒が3年生となり卒業したことを機に、1982年、青年海外協力隊員、モロッコエネルギー鉱山省勤務の学芸員（古生物学）として赴任する。しかし、配属されたエネルギー鉱山省の地質図作成課では石垣に任せてもらえる仕事は無かった。当時、アトラス山脈で恐竜の足跡化石が大量に見つかっていることを同僚から聞き、恐竜の足跡化石を調査してデータを収集、展示できる状態にするというプロジェクトを提案し、自身の業務として認めてもらった。以降、アトラス山脈で年間40日から70日ほどキャンプ生活をしながら化石の発掘調査に没頭する。日本へ帰国し、高校教職に復職。しばらくして定時制高校教職に異動してからは、昼間は大学で研究をしながら夜は教職という生活を送る。この頃、大学の教授の勧めでモロッコでの体験をまとめた『モロッコの恐竜―ある青年海外協力隊員が夢を掘りあてるまで』を上梓している。『モロッコの恐竜』を読んだ神戸大学石井健一教授から声をかけられ、博物館の建設プロジェクトの企画に参加する。この企画には林原がメセナ事業として出資することが決まり、林原自然科学博物館が立ち上がる。林原に準備室が設立され、石垣も林原に入社すると共に、大阪から岡山に移転する。博物館の研究活動としてモンゴル科学アカデミーとのゴビ砂漠恐竜調査を企画し、学術研究の成果を挙げる。2002年9月から2006年5月まで、フィールドワークで集めた資料や制作した恐竜の骨格模型を東京臨海副都心で展示する「ダイノソアファクトリー」を開催。当時、日本最大規模の展示であった。2007年からは全国で巡回展を開き、約200万人を集客する。2014年には岡山理科大学で日本初となる恐竜学を掲げたコースを開設した。同年、林原自然科学博物館が活動終了となり、2015年から岡山理科大学で教授職に就く。岡山理科大学―モンゴル共同調査隊の日本側代表を務め、ゴビ砂漠で恐竜の足跡を研究を行い、恐竜の生態解明につながる数々の発見をしている。一例として2016年9月には共同調査隊がゴビ砂漠南東部で世界最大級の恐竜の足跡化石を発掘している。