笹井は文部科学省再生医療の実現化プロジェクトにおいて、「ヒト多能性幹細胞の分化誘導・移植の技術開発と技術支援のための総合拠点」の代表者を務めるとともに、科学技術振興機構 (JST) の戦略的創造研究推進事業 再生医療実現拠点ネットワークプログラムにおいても「疾患特異的iPS細胞を活用した難病研究」、「疾患・組織別実用化研究拠点」といった大型プロジェクトの代表を務めており、高橋政代によるiPS臨床研究にも貢献していた。笹井は理研CDB設立当初からのメンバーであり、「若手が実力を発揮できる研究所を作りたかった」「日本の大学では嫉妬されたり雑用が多かったり、若い研究者が自分の研究室を持ちにくい。CDBは、若手が思いっきり活躍できる研究所にしたい」と語り、CDBの予算獲得や新施設「融合連携イノベーション推進棟」の実現にも尽力した。笹井の貢献に対し、CDBセンター長の竹市雅俊は「笹井さんなしでは今のセンターはなかった」と述べており、ポートアイランドの関連企業からも「神戸全体の発展や産学連携を見据えるまれな存在だった」と評価されていた。文部科学省の科学技術・学術審議会「ライフサイエンス委員会」でも委員を務め、iPS細胞偏重の政策を疑問視する発言も行っていた。マネージャー業務に加えて、学会の打ち上げでチェロを演奏したり、CDBで開催される国際会議ではバーテンダー役を務めたりする等、マルチタレント振りを発揮していた。2013年3月には副センター長に就任。後進の育成にも熱心で、次期センター長との呼び声もあった。2012年12月に小保方晴子のCDB研究ユニットリーダー採用面接に立ち会い、竹市雅俊センター長からSTAP論文（STAP、STAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞）の指導を依頼される。その後も指導を続けるうちに共著者や共同発明者に加わっていき、副センター長となってからも同研究をバックアップした。2014年1月には文部科学省や内閣官房に対しSTAP研究予算の陳情を行っており、10年で50億円の予算を文部科学省に認めさせていたともいわれている。
1976年に京都大学演劇研究会を母体にして誕生した学内サークル「卒塔婆小町」が発祥である。1978年5月に創設メンバーが全員脱退し、辰巳琢郎・川下大洋ら当時の大学1回、2回生のメンバーで新たに「劇団卒塔婆小町」として立ち上げた。1979年6月に現在の名称となる。つみつくろう（辰巳琢郎）座長時代に京都大学を出て、京都市の烏丸御池のビルに劇団アトリエ兼劇場を構えた。つづいて、京都市の烏丸松原の永楽屋ビルに劇団アトリエ兼劇場を構え上海太郎座長の元でシェイクスピア劇、翻訳作品の他「風のウィザード」「中華風倭人伝」「五線譜のうえの国」「アイスドールを追え！」「忠臣蔵」（現フジテレビ・小松純也作。後の「冬の絵空」の基となった作品）「メモリアルトライアングル」などオリジナル作品まで多ジャンルにわたる公演を、１〜２ヶ月に１回のペースで打つ。座付作家が複数おり、上海太郎のダンスやパントマイムを取り入れた笑いのある演出や、座付作曲家の佐藤心によるオリジナル曲、三大寺サンセット（三大寺志保美）の衣装で独特の世界を構築した。京都時代は讀賣テレビ放送の深夜のコント番組「週刊テレビ広辞苑」に、上海太郎、槍魔栗三助（生瀬勝久）、はりけーんばんび（川下大洋）、みやなおこ、ブロッコリ哲らが出演。また、ラジオ大阪「おっと!モモンガ」では上海太郎、佐藤心、山崎和佳奈、橋野リコ、はりけーんばんびらが出演。ラジオドラマ「明日にむかってすべれ」や「ダンシングなんでも相談」などがあった。1988年、「五線譜のうえの国」を最後に上海太郎・はりけーんばんび・ブロッコリ哲らが退団。4代目座長生瀬勝久のもと、山西惇・小松純也・みやなおこ・八十田勇一らが中心メンバーとして、再スタートを切る。その後、大阪の十三にアトリエを移す。生瀬のテレビ出演が増え、東京公演も行うようになった。当時の代表作は「冬の絵空」「おまえを殺しちゃうかもしれない」「Zizzy」「Torch」「森へ行きましょう」など。2001年、上記メンバーが脱退。劇団としての連続性はあるものの、座長が変わるごとに主要な劇団員、作風ががらりと変わる。京都時代に、橋野リコ（高橋典子）が芸能プロダクション「リコモーション」を設立した。所属する元劇団員のテレビや映画、舞台での活動を目にすることができる。京都時代に所属していた中には現在放送界で活躍している者が多い。NHK「プロジェクトX」「プロフェッショナル」を立ち上げた有吉伸人、CX「ごっつええ感じ」「笑う犬の生活」を演出した小松純也、「TRICK」の脚本家・蒔田光治、「あまちゃん」を制作した訓覇圭は、いずれも京都大学の学生時代に劇団の中核メンバーだった。近年の作品は「おりょう」「のぶなが」「ゆきむら」「贋作写楽」「五右衛門」「教師ノシカク」「のうみん」「幕末」など。現在は座長の坂田大地が作、演出として「おりょう」を第1作目として始めたエンターテイメント時代劇シリーズで人気を誇り、最新作「のうみん」では観客動員1700人を超えた。また、2016年11月によしもとクリエイティブ・エージェンシーとのコラボ公演第一弾として「のぶなが」を上演。翌年には第二弾「おりょう」を上演し観客動員2000人を超えた。2018年には第三弾として東京で「のぶなが」、大阪で「ゆきむら」の2都市公演を行い大盛況であった。他にも「通天閣ブルース」「A:Part:Men:T」「そとばkitchenのバレンタイン大作戦！」「ＳＴＢアワー！！」等のプロデュース公演がある。劇団員の田中尚樹が主宰のプロデュースユニット「マシンガンフィッシュ」による「レコードと機関銃」も上演。またカフェイベントや司法修習生や消費者フォーラム等の啓発劇も行っている。さらに天神橋筋商店街にカフェ「そとばkitchen」を開き、その後は十三に移転。川下大洋との共同プロデュースとしては、プロデュース公演「アニマルズ」「十二夜！？...もう、どうにでもして。」を上演。また、劇団の女優たちによるアイドルグループSTB138（エスティービーじゅうそうエイト）、劇団アトリエでの演劇ワークショップ「SPS・そとばこまちプレイスクール」がある。