現在の駅出入口は駅舎が所在する東側のみだが、駅舎は既に築半世紀を越えて老朽化が進み、駅前広場は面積が狭小なうえに歩道と車道の区分が明確でないため、車両や歩行者の動線が錯綜するなどの問題点を抱えている。また近年は前述の村上駅西開発による住宅地開発をはじめ、駅西側で都市基盤整備が進捗している点、さらには現在駅前に所在するJA新潟県厚生連村上総合病院の、施設老朽化に伴う駅西側への移転計画などを踏まえ、村上市では駅西側居住者の利便性改善や市街地の回遊性向上などを目的として、駅前広場の拡張や連絡通路の新設、橋上駅舎への改築などを長期的な視野として駅周辺地区の整備を進める「村上駅周辺まちづくりプラン」の策定と検討を進め、2015年（平成27年）3月25日に基本構想が答申された。同計画は概ね10か年での実施を予定しており、今後は事業の実施方法等について引き続き検討が進められる。
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する地上駅。両ホームは南側（新津方）の跨線橋（各ホームに通じるエレベーターあり）と、北側（秋田方）の地下通路で連絡している。側線および留置線も有している。直営駅（駅長配置）で、地区駅として羽越本線の加治駅 - 府屋駅間及び米坂線の坂町駅 - 萩生駅間の駅長配置駅を除く各駅を統括管理している。Suica対応自動改札機（3通路）、みどりの窓口、自動券売機・指定席券売機（各1台）、待合室、自動販売機、コンビニエンスストア（NEWDAYSミニ）、多機能トイレ（オストメイト対応）設置。改札口周辺には旅行センター「びゅうプラザ村上駅」があったが廃止された。現在の駅舎は1964年（昭和39年）に竣工したものだが、レトロ調にリニューアルする改修工事が施され、2005年（平成17年）6月に現在の外観となった。駅前広場北側には、村上市出身の大和田愛羅が作曲した唱歌『汽車』の碑が建つ。『汽車』は当駅構内でも案内放送のうち、各ホームの列車接近メロディとして使用されていたが、2014年（平成26年）3月からは発車メロディとして使用されている。
駅西側には山形県酒田市のコンクリート建材メーカーである前田製管の村上工場が所在したが、2001年（平成13年）12月限りで操業を終了して撤退し、施設等が撤去され更地となった。その後は遊休地となっていたが2003年（平成15年）10月、市内の建設業・不動産業などからなる企業体「村上駅西開発」が設立され、翌2004年（平成16年）8月に約64,000m²の敷地を取得して土地区画整理事業に着手した。その後分譲が進められ、現在は住宅地のほか食品スーパー「原信」が出店するなど開発が進捗している。駅西側には側線が敷設されているが、かつてはこの前田製管へ通じる専用線のほか、同工場北側に所在した日本化学工業村上工場へ通じる専用線も設けられていた。またかつて側線の南側には転車台があり、この側線にはク5000形貨車が数両搭載されたまま長期放置されていた。また東側の駅舎南側には貨物ホームが設けられていたが、これらの大部分はいずれも撤去されており現存しない。
村上市の中心駅である。羽越本線の拠点駅の一つでもあり、運行系統は当駅南北で分割されている。上り側（新津方）は単線、下り側（秋田方）は隣の間島駅まで複線となっている。
2015年6月17日にBD-BOX完全限定生産版（VPXY-72958）・BD-BOX通常版（VPXY-72959）・DVD-BOX通常版（VPBY-29923）が発売された。
民間会社によって建設されたイギリスの鉄道網は、1947年運輸法によって国有化され、1990年代に再民営化されるまでイギリス国鉄が運営してきた。民営化では上下分離方式が採用され、施設管理と列車運行の会社が分離された。1994年から2002年まで、施設はレールトラックが所有・管理していた。2000年10月17日に発生したハットフィールド脱線事故は、レールトラックの崩壊を決定づけることになった。イギリス鉄道網全体に渡って直ちに大規模な修理作業が実施され、これには5億8000万ポンドが掛かったと見積もられている。しかし、レールトラックはかつてイギリス国鉄が持っていた技術・保守の部門の多くを廃止するか外部の会社に売却してしまったため、社内での技術力をほとんど失っており、これからさらにハットフィールドのような事故の発生を予見できなかった。また、レールトラックが命じた速度制限の結果がどうなるかの予見もできず、結果的に鉄道網はほとんど機能を停止してしまうことになった。ウェスト・コースト本線の近代化の費用も急上昇していた。2001年にレールトラックは、特別損失を計上する前の税引き前利益を1億9900万ポンド計上しているにもかかわらず、ハットフィールド事故に伴う関連費用と補償費用7億3300万ポンドを負担した結果5億3400万ポンドの損失となったことを発表し、政府に財政支援を求めることになったが、2001年5月にその中から株主に対して1億3700万ポンドを配当として支払った。ネットワーク・レール (Network Rail Ltd.) は、実際の鉄道管理を行うレールトラック (Railtrack plc) をレールトラック・グループ (Railtrack Group plc) から5億ポンドで買収して傘下に収め、レールトラックは改称・再編されてネットワーク・レール・インフラストラクチャー (Network Rail Infrastructure Ltd.) となった。この買収は2002年10月3日に完了した。このため、かつてのレールトラックは清算されて消滅したわけではなく、改称して存続しており、ネットワーク・レール・インフラストラクチャーはレールトラック時代に発生した件に関して後に起こされた訴訟の被告となっている。