2001年3月のJJYの短波運用廃止で電離層の観測ができなくなることから、同年7月3日に実験局（現実験試験局）の免許を取得した。調布から周波数5006kHzと8006kHz、空中線電力200Wで送信している。搬送波は無変調だが、一定周期で呼出符号 (JG2XA) および実験試験局の目的 (UEC HFD STATION) を、モールス符号で送信している。短波ラジオで受信可能でベリカードも発行している。
第一次隊から始まり、多数の越冬隊員（隊長も含む）、夏季隊員を輩出している。複数回越冬しているOBも複数存在する。大学教員だけではなく、民間へ就職後に参加している隊員も多い。映画『南極料理人』にもOBがモデルとして登場する。また、菅平宇宙電波観測所では1999年から2007年まで、観測隊員のアンテナ建設訓練が実施されていた。
レーザー研究は21世紀COEプログラムに採択された。国立天文台の干渉計型重力波検出器TAMA300用に周波数安定化レーザーを開発、採用されている。また2001年12月19日には、レーザー冷却技術によってボース＝アインシュタイン凝縮を達成。これは東京大学、京都大学、学習院大学に継いで国内4番目である。さらに、2005年1月5日には原子基板（アトムチップ）上でのボース＝アインシュタイン凝縮の生成に成功している。
キリスト教徒は、ムスリム政権においては、ズィンミー、すなわちイスラーム世界における公認された異教徒として扱われた。キリスト教徒とユダヤ教徒は「啓典の民」として、ジズヤを支払えば定住が許された。モサラベには、独自の法務官と為政者があり、ごく初期のモサラベのなかには、ムスリム宮廷において高位を得た者もいた。イスラームへの改宗が奨励されたが、ウマイヤ朝の歴代カリフや後ウマイヤ朝初期の諸アミール・カリフの寛容な政策のもとではその必要がなかった。しかし、ムスリムとして育った者やイスラームを奉じている者に棄教を迫れば、死罪に相当するとされた。9世紀になるまで、アンダルスのムスリムとキリスト教徒の人口比は、おそらくはまだ大きかった。最初のムスリムの侵入に対して、キリスト教徒の抵抗は弱々しかった。ムルシアに唯一の降伏文書が現存しており、おそらくこれは、伝統的な特権の庇護を受けることと引き換えに進貢の義務を負うとした、数多く取り交わされた合意の一例に違いない。これによると、714年の日付を持つ「トゥドミールの盟約」文書では、オリウエラ伯テオドミルス（アラビア語では「تدمير; tudmīr; トゥドミール」）は、アブドゥルアズィーズを最高君主と認め、毎年現金と特定の農産物を納貢することに同意している。それと引き換えにテオドミルスは、自分の資産と支配権を尊重するとのアブドゥルアズィーズの確約を得たのである。土地の住民についての交換条件はなく、時には西ゴート王国の豪族がそのまま残る事例さえあった。モサラベは当初不平等ではあれど、それなりに寛容な処遇を受けていた。しかし征服から数世代を経るうちに、ムスリムの君主たちは、ズィンミーにとって不利な法令を発布しはじめ、モサラベの地位は下降し、厳しい差別と抑圧が始まった。新たな教会の設立や、鐘を打つことは最終的に厳しく禁じられた。しかしながら、エウロギウスが850年以降のコルドバの殉教者について列伝を著していた頃には、少なくとも4つの聖堂がコルドバに残されており（その一つである聖アシスクルス教会は、711年に抵抗者を匿った）、コルドバの市内とその周辺には、9つの修道院が存在したが、これらはまもなく危険にさらされるようになる。 キリスト教徒は、ムスリムを統率するいかなる地位にも就くことが禁じられるという差別から、キリスト教徒の奴隷は、イスラームへの改宗で自由を取り戻すように奨励された。これはキリスト教徒の地位を脅かすのに充分な効果があり、時に古代から続くローマ系の貴族でさえ、イスラームに改宗した。反イスラーム主義者で異教徒の征服者に敵意と侮蔑を隠さなかったエウロギウスは、キリスト教徒が受けた迫害と差別についてたびたび触れている。エウロギウスの著作『殉教者擁護の書』は、851年から859年のコルドバの殉教者についての物語を含んでいる。彼らはエウロギウスに激励されてイスラームを冒瀆することでムスリム政権を否定し、殉教を信奉した。しかしその姿勢は、忍耐と相互の寛容をもって異教徒の支配者に臨むべしとした、かつてのコルドバ司教レカレド（Reccared）の公式な教えに反するものであった。殉教者たちの多くは若い男女だった。キリスト教徒は次第に孤立し、主に行政・軍事・社会上の地位から締め出され、その他にもイスラム法の下で差別・抑圧された。9世紀までに、コルドバの殉教者の逸話が明るみに出ると、法的・経済的に体系化されたイスラームの抑圧や、改宗やアラビア文化への吸収に対して、反発が明らかとなった。当初のムスリム当局による対処は、キリスト教コミュニティの指導者を包囲し、投獄することだった。殉教者運動の時代が終わるまでに、エウロギウスの殉教者列伝は、修道院の閉鎖を記録するようになった。これらはムスリムの目に、キリスト教徒のゆっくりと組織だった排除に対する、目障りな抵抗運動の温床と映ったからである。しかしこの段階でもキリスト教信仰自体は許容されていた。状況が一変するのは11世紀以降にイスラム原理主義的な性格をもったムワッヒド朝やムラービト朝が成立してからである。とりわけ十字軍の来襲以降はムスリム側に寛大さが失われ、モサラベやユダヤ人が剣かコーランか（死かイスラームへの改宗か）という選択を突きつけられるなど露骨に弾圧される事例もみられ、それが一段と北部のキリスト教の反イスラーム感情を煽り、レコンキスタ（再征服運動）やキリスト教支配圏でのムスリム・ユダヤ人への迫害が進むことになった。モサラベは迫害の時代に北部に移住した。レコンキスタが進むにつれて、モサラベはキリスト教の諸王国を統合する役割を果たした。諸王は、最前線の地に定住したモサラベに特典を与えた。