弘仁5年（814年）、嵯峨天皇の勅願により、空海が創建したと伝えられる。空海は、自ら彫った虚空蔵菩薩像を本尊として安置したという。これとは別に、小野篁を創建者とする説もある。また、先立つ大同2年（807年）に、この地に明星が隕ちたことから、空海が神聖な土地として寺を建立したとも伝えられる。元亀3年（1572年）、松永久秀の兵火により、伽藍の大部分が焼失。寛永6年（1629年）、宗全によって再興された。
1988年10月1日、ハメンクブウォノ9世は、アメリカのジョージ・ワシントン大学メディカル・センターで死に、インドネシアでは国葬とされ、300万人もの人々が葬式に参列した。そして、イモギリ王家墓地（ジョクジャカルタの南12km）に葬られた。ジョクジャカルタのスルタンの宮殿（クラトン）には彼の遺品を納めた博物館がある。また、愛国者としてインドネシアの英雄の称号を授与された。彼の後は、息子のRaden Mas Herdjuno Darpitoが継いだ。スルタンに即位しハメンクブウォノ10世となった。
ハメンクブウォノ9世は、インドネシア独立以来、スカウト運動の世話役を続けた。そして、1968年にインドネシアスカウト連盟の理事長に選出された。1973年にスカウト運動の功績が認められブロンズ・ウルフ章 (Bronze Wolf Award)を世界スカウト委員会より授与された。
1956年12月、モハマドハッタが副大統領を辞任して以来、スカルノ政権時代、そして、スハルトが大統領に就任してからも空席であったが、1973年3月、ハメンクブウォノ9世は、2代目の副大統領に選出された。彼は国民に絶大な人気があり、軍人ではなく文民であった為、スハルトは軍隊を背景にしているので、インドネシアを治める上で有利であると考えていた。1973年に公式に選出されるが、実際にはそれ以前もスハルトが外遊の際はリーダーシップを発揮し、事実上の"副大統領"であったといわれている。やがてハメンクブウォノ9世は、スハルトの増大権威主義に幻滅した。それは、大統領への学生らの抗議は1978年2月に頂点に達していたが、スハルトは軍により大学の封鎖や本の発禁処分など言論を封じ込めてしまったからだ。つまり、民主主義を信じた人として、ハメンクブウォノ9世は、スハルトがしたことを受け入れることができなかった。そして、1978年3月に副大統領の職を辞した。スハルトは続投を願ったが、表向きは健康上の理由ということで固辞している。
9月30日事件（G30S）が起り、ハメンクブウォノ9世は事件当日の朝、ジャカルタでまだわかっていないスカルノ大統領の行方について連絡が入った。しかし、この時点でスハルトの周辺では、スカルノの所在を把握していなかった。ハメンクブウォノ9世に暫定的な政府を作るよう提案するが彼はこの提案を拒絶した。そして、このことを伝える為スカルノの妻のうちの1人と連絡をとった。1966年3月になりスハルトが大統領となるとハメンクブウォノ9世はアダム・マリクとともに、スカルノの方針により三頭政治を行うことを了承した。ハメンクブウォノ9世は、経済、財政、および産業大臣に任命された。彼は1973年までこの職責を果たすこととなる。
ついにインドネシア独立がオランダ政府により認められたのち、ジョクジャカルタ特別州知事の知事であることに加え、インドネシア政府の大臣になった。ハメンクブウォノ9世は、防衛大臣（1949年 - 1951年と1953年）、副首相（1951年）、観光大臣（1966年）などを歴任。また、これに加えて、インドネシア全国スポーツ委員会（コーニ）の会長および観光旅行後援者協議会の会長も務めた。
1949年初頭、ハメンクブウォノ9世は、世界にインドネシアがまだ健在であることを誇示する為、攻勢に出ること、降伏の用意がないことを示すことが必要だと考えた。そして、これがインドネシアの独立心を世界に示し、国際的に合法性を与えるものであると考えた。1949年2月、ハメンクブウォノ9世は会議を開き、司令官にスハルト中佐を選出し、攻勢の為の準備をし、ゲリラ戦術でジョクジャカルタにあるオランダ軍を攻撃することとした。3月1日午前6時、スハルトが指揮する軍は、攻勢をスタートさせた。軍の司令部はハメンクブウォノ9世の宮殿を隠れみのに使われた。ジョクジャカルタの中心部を6時間だけ占領し、最終的に退却するまで軍は指揮系統を維持した。この行動を「暁の攻撃」という。そして、インドネシアの独立心の現われを見て、国連が動き出した。
ナタマイシンは、乳製品、肉、その他の食品での菌の繁殖を抑えるために食品産業において数十年間使用されてきた。ナタマイシンの使用の潜在的利点は、伝統的な化学保存料の代替となること、風味を損わないこと、化学保存料で一般的に見られる有効性のpH依存性が小さいことなどが挙げられる。ナタマイシンは、懸濁液の噴霧、水懸濁液（brine）への製品の浸漬、あるいはホール、シュレッドあるいはソフトチーズにおいてセルロース（凝固防止剤）と共に粉末状で製品に混合するなどして使用される。現在アメリカ合衆国では肉に対する使用は認められていないが、いくつかの国では乾燥および発酵ソーセージの表面での菌の繁殖を防止するためにナタマイシンの使用が認められている。さらに具体的には、ナタマイシンは一般的にカッテージチーズや、サワークリーム、パックされたサラダミックスといった製品で使用されている。食品添加物としてのE番号はE235である。欧州連合 (EU) 全域で、ナタマイシンは特定のチーズおよびドライソーセージ製品に対する表面保存料としての使用しか許可されていない。1979年、EU食品科学委員会 (SCF) は、ナタマイシンの使用について「しかしながら、食料での抗生物質使用が望ましくないという一般原則の観点から、当委員会は、ハム、ワイン、その他の飲料といったさらなる食品でのナタマイシンの使用の提案に対して強く反対する」との見解を出している。