平安時代末期以後、掘立柱建物が一般集落の住居として竪穴住居に代わって全国的に普及するが、その形式は律令時代とは全く異なっている。律令時代には母屋（もや、身舎）と庇（ひさし）による構造形式を持ち、内部には間仕切柱以外の柱を立てないが、中世住居の主流は柱間間隔を2mないし2.4m前後として直接10～15の細い柱を母屋と庇の区別なく碁盤目状に立てる総柱型（そうばしらがた）の平面となる。総柱型建物の最古の例は摂関期にさかのぼる。鎌倉時代に幕府の置かれた鎌倉では、礎石建物と掘立柱建物の両遺構が検出されるが、礎石建物は格式の高い武家屋敷の主要な建物のみに限定され、ほとんどの場合が掘立柱建物である。総柱型平屋建物は当初は方眼の交点にすべて柱が立つものであったが、時代が進むにつれて屋内柱を省略する例が増加し、近世民家につながる様式となる。間取りが明確になってくるのは室町時代以後である。現存する日本最古の民家は兵庫県神戸市の「箱木千年家」（15世紀）でこの系統を引き、土間側1本、座敷側2本の柱の省略があるのみで、構造的にも総柱型建物の古式を伝えるものである。総柱型平屋建物は、京都の公家層・地方の地頭層から一般集落に至る各階層の住居に普及する、当時としては全く新しい建築様式であり、また日本独自のものである。
飛鳥時代以降も一般集落では竪穴住居が主流であることは変わらないが、住居としては6世紀末以後から宮殿・官衙・都城建築として掘立柱建物が採用され、平安時代末以後は竪穴住居に代わって一般集落の住居建築の主流となって近世に至る。一方、瓦葺（かわらぶき）の礎石建物は6世紀末以後の寺院・国衙の中心的な建物に採用され、住居建築としては宮殿や高級貴族の邸宅にみられるが、それも客殿など表向きの建物のみで、住居としては伝統的な掘立柱建物が主流であった。平城京跡（奈良県奈良市）では、宮城の門、大極殿、朝堂院、役所、寺院などが瓦葺の礎石建物で、柱はベンガラで朱色に塗られ、壁は白色の漆喰で、たいへん色鮮やかなものであったろうと推定される。それに対し、内裏をはじめ多くの貴族の邸宅は掘立柱建物であった。掘立柱建物の屋根はおおむね板葺または檜皮葺（ひわだぶき）で、柱は白木（しらき）が多かったとみられる。土台建ての建物は礎石建物と同時に大陸から移入され、発掘遺構としては痕跡をとどめにくい形式のため数は決して多くないが、官衙や宮殿建築には遺構例がある。なお、現存する世界最古の木造建築である法隆寺金堂・五重塔（奈良県斑鳩町）にも礎石が用いられている。ただし、五重塔の心柱は掘立式である。特殊な事例としては、礎石と掘立柱を併用する基礎形式を採用した例がある。これは、島根県松江市の国の史跡出雲国府跡、平城京跡、長岡京跡（京都府向日市・長岡京市）などにみられる。
1886年（明治19年）、伊勢神宮周辺の整備を目的に有栖川宮熾仁親王を総裁とする神苑会（しんえんかい）が結成された。この神苑会は農事促進を目的として1891年（明治24年）に外宮前に農業館を設立、日本初の産業博物館となった。農業館は迎賓館や奈良国立博物館で知られる片山東熊による設計である。平等院鳳凰堂をモデルとした和洋折衷の農業館は、片山の作品としては数少ない木造建築となった。神苑会は外宮と内宮のほぼ中間となる倉田山に約39,000坪（約129,000 m²）の土地を購入した。1903年（明治36年）に歴史博物館として徴古館設立を企画した。日露戦争開戦により計画は延期されたが、1904年（明治37年）8月には増築を伴う倉田山への農業館移築を開始、翌1905年（明治38年）の移築完了後に農業館は伊勢神宮へ奉納された。1906年（明治39年）11月に農業館と同じく片山の設計による徴古館の建設を開始、1909年（明治42年）5月に完成し、同年9月29日に日本初の私立博物館として開館、1911年（明治44年）4月に周辺の土地を含め伊勢神宮へ奉納された。天皇の行幸を想定した外宮-内宮間の自動車道を整備するために倉田山は大幅に開削され、1910年（明治43年）3月に御幸通り（現在は御幸道路と呼ばれる。1920年（大正9年）から1952年（昭和27年）まで国道1号、現三重県道37号鳥羽松阪線）が開通した。神苑会は1911年（明治44年）12月、神宮周辺の整備を達成したとして、徴古館の入り口に神苑会記念碑を作り解散した。のちの1919年（大正8年）に御幸通りの東側に皇學館大学が、1925年（大正14年）には内宮前の宇治舘町から神宮文庫（じんぐうぶんこ）が移転している。徴古館は和洋折衷の農業館とは趣を異にし、ベルサイユ宮殿を模した前庭を持つルネッサンス式の西洋風建築とされ、東京国立博物館の表慶館同様、正面中央にドームを配した高い屋根を持つ鉄筋コンクリート造の平屋となった。中央奥には貴賓室が配され、皇太子時代の大正天皇・昭和天皇をはじめ、各宮家の皇族などの要人が神宮に参拝するときの休息場所として利用された。1910年（明治43年）、当時皇太子であった大正天皇が11月14日に外宮内宮を参拝したのちに徴古館を訪れ五葉松を植樹している。1940年（昭和15年）7月にはラストエンペラーとして知られる満州国皇帝溥儀も訪れた。1923年（大正12年）11月5日には徴古館の西側に倭姫命を祀る倭姫宮が創建された。倭姫宮の例大祭などでは、崇敬団体の御杖代講（みつえしろこう）などによる茶の振る舞いなどが徴古館の敷地で行なわれる。第二次世界大戦末期の1945年（昭和20年）7月にアメリカ軍の宇治山田空襲により炎上し、建物は外壁を残すのみとなり、収蔵品の大部分は焼失した。