京都市の中心に位置する中京区の中央部を横断し、川端通 - 堀川通間は京都市内で最も通りの幅が広く、京都市は川端通から堀川通までをシンボルロードとして整備した。地下鉄の東西線が走っている。平安京の三条坊門小路にあたる。御池通の名は江戸時代初期に成立したとされる（『京都市の地名』平凡社・1979）。東は川端通から西は太秦の天神川通までの4.9kmであるが、途中二条駅前で行き止まりとなり、一筋北に通りがずれている。神泉苑の池の傍を通るためこの名前になったという説が現在広まっているが、江戸時代初期の1665年（寛文5年）発行の地誌『京雀』には「【三条坊門通】この筋を東にては八幡町通と云、…、西にては御池通と云、此筋室町に御池町あり、むかし鴨居殿とて御所あり、鴨の下居池の井ありける跡也とかや」とあり、神泉苑には結びつけていない。また、江戸時代中期の1762年（宝暦12年）発行の『京町鑑』には「此通の号は神泉苑の前通ゆへ斯くよぶ　又此通両替町人家の裏に御池の旧跡なりとて今讒（纔わずか）に残り池中に社等有とぞ」と両論併記している。今も烏丸御池付近には「御池之町」「龍池町」「二条殿町」の地名が残る。池も含めて二条殿の地は『京雀』が言う「鴨居殿」の故地ではなく、その東隣の二条関白家の邸跡であり、織田信長の「二条新御所（二条城）」の故地でもある。この二条殿については、二条良基（1320～1388）の『おもひまゝの日記』に池の中に「島々」や「五尺ばかりの滝」があったと記すから、御池通の地名起源に相応しい大規模な池があったことが分かる。滝があったことは室町時代の洛中洛外図屏風にも描かれている。室町通御池上ルには「二条殿御池跡」の碑が立ち邸内（『京町鑑』に言う「此通両替町人家の裏」に当たる）には小さな池も現存する。神泉苑の池を「御池」と呼んだことが確認できない一方で、二条殿の池を「小池」と呼んだことが『老人雑話』に確認でき、またこの屋敷を「御池殿」と呼んだという説（吉田東伍『大日本地名辞書』、『京都市の地名』）が見える。なお、江戸初期の京都の地図には「小池通」と記すものがある。
地頭職の設置範囲・摂関家領の分割が合意に達したことで、朝幕関係は文治3年（1187年）になると改善に向けて動き出した。皇居である閑院内裏は元暦2年（1185年）の大地震で破損が著しく、大江広元が上洛して幕府の全面的支援により修理作業が行われた（『吾妻鏡』6月21日条、『玉葉』7月14日条）。修理は10月25日に完了し（『吾妻鏡』同日条）、11月13日に後鳥羽天皇の遷幸が実現する（『玉葉』同日条）。同じ頃、京都では群盗の出没が大きな問題となっていた。検非違使庁の機能低下もあり、後白河院は治安回復のため京都守護・一条能保に「勇士等を差し、殊に警衛する」ことを命じた（『吾妻鏡』8月12日条）。能保の報告を受けた頼朝は、ただちに千葉常胤・下河辺行平を上洛させて、群盗鎮圧の任務に当たらせている（『吾妻鏡』8月19日条）。翌文治4年（1188年）4月13日、院御所・六条殿が焼失する（『玉葉』同日条、『吾妻鏡』4月20日条）。六条殿は院政の拠点であり、院分国・公卿知行国・幕府が分担して再建工事が進められた。元の六条殿は平業忠の邸宅で四分の一町と手狭だったが、新造御所は一町に拡張された壮大なものとなり、院政の威信を示した。頼朝の所課の屋々は特に丁寧であり、後白河院を大いに喜ばせた（『吾妻鏡』12月12日条、30日条）。各地の農業生産も「万民の悦びなり、今年惣べて第一の豊作なり」（『玉葉』7月9日条）と回復の兆しを見せ始め、荒廃した京都も戦乱・地震の打撃から徐々に復興していった。朝幕間に残された懸案は義経の動向だったが、文治4年（1188年）2月、義経が奥州にいることが確実であるという情報が頼朝から朝廷に伝えられた（『玉葉』2月13日条）。頼朝は「亡母のため五重の塔を造営すること」「重厄のため殺生を禁断すること」を理由に年内の軍事行動はしないことを表明し、藤原秀衡の子息に義経追討宣旨を下すことを要請した。頼朝の申請を受けて、2月と10月に藤原基成・泰衡に義経追討宣旨が下されている（『吾妻鏡』4月9日条、10月25日条）。文治5年（1189年）閏4月30日、頼朝の圧迫を受けた泰衡は義経を襲撃して自害に追い込む。後白河院はこれで問題は解決したと判断して「彼滅亡の間、国中定めて静謐せしむるか。今においては弓箭をふくろにすべし」（『吾妻鏡』6月8日条）と頼朝に伝える。しかし、頼朝の目的は背後を脅かし続けていた奥州藤原氏の殲滅にあり、泰衡追討の宣旨を求めた。奥州への対応を巡って朝廷と幕府の見解は分かれたが、7月19日、頼朝は宣旨によらず自ら軍を率いて奥州に発向し、9月には奥州藤原氏を滅ぼした（奥州合戦）。これは朝廷の命によらない私戦だったが、後白河は7月19日付けの泰衡追討宣旨を下して頼朝の軍事行動を追認し（『吾妻鏡』9月9日条）、10月には「時日を廻らさず追罰するの條、古今に比類なき事か。返す返す感じ思しめす」と院宣を下した（『吾妻鏡』11月3日条）。12月、上洛を求める後白河に対して、頼朝は「明年に臨みて参洛すべし」と奏上した（『吾妻鏡』12月25日条）。