下松浦党の棟梁である松浦鎮信（法印）は、豊臣秀吉の九州平定に加わり、松浦郡と壱岐の所領を安堵された。文禄・慶長の役の後、慶長4年（1599年）に現在の城地である日之嶽に最初の築城を開始した（現・平戸市岩の上町）。しかし、完成も間近となった慶長18年（1613年）、自ら火を放ち城を破却した。理由としては、豊臣氏と親交が厚かったことによる江戸幕府の嫌疑から逃れるためとも、最愛の嗣子久信の死によるものともいわれている。鎮信は、平戸港を挟んだ北側に「中の館」と呼ばれる居館を構え、平戸藩の藩庁とした（現・平戸市鏡川町）。ここには明治時代に松浦氏の私邸が築かれた。現在は松浦史料博物館となっている。元禄15年（1702年）、4代藩主松浦重信（鎮信）は幕府に築城を願い出て、翌元禄16年（1703年）に許可された。江戸時代中期に築城が裁可されたのは異例である。これは徳川家との姻戚関係と東シナ海警備の必要性によるものと言われる。重信は山鹿素行の弟子であり、素行とともに全国を歩き資料集めを行い、山鹿流軍学に基づく縄張りがなされた。素行を平戸に迎えたいと希望したが叶わず、実子の山鹿高基・義昌の兄弟が藩士として迎えられた。実際の築城指導は山鹿義昌によってなされた。5代藩主松浦棟によって元禄17年（1704年）2月に着工され、宝永4年（1707年）にほぼ完成した。天守は上げられず、二の丸に建てた3重3階の乾櫓をその代用としていた。
平戸島の北部、平戸市街の東部に位置する。平戸港を見下ろし、対岸の九州本土を望む平戸瀬戸に突き出た丘陵上にある。三方を海に囲まれ天然の堀としている。丘陵の頭頂部に本丸が築かれ、その南側に二の丸、東側に三の丸が配された梯郭式の平山城である。最初は安土桃山時代の末期に松浦鎮信（法印）によって築かれたが破却され、江戸時代中期になって再建された。再建にあたっては山鹿素行の軍学に沿って縄張りがなされた。平城の赤穂城と並んで、平山城では唯一の山鹿流による城郭である。
1世紀にパレスチナで誕生したキリスト教はエジプトにも伝播し、2世紀末までには根を下ろした。エジプトのキリスト教は現在ではコプト正教会と呼ばれ、伝説では使徒ペトロの伝道に同行した福音書記者マルコに起源を持ち、マルコが初代アレクサンドリア主教となったという。コプトという呼称はギリシア語「アイギュプトス（Aigyptos、エジプト人）」のアラビア語読みである「キィプト（qibt）」に由来し、コプト教会とは広義には「エジプト人教会」のことである。エジプトでは、南部を含め広い範囲で早くから民衆の間にもキリスト教が広まった。このことはローマ帝国において頻繁に行われたキリスト教に対する弾圧と迫害において、3世紀頃にはエジプトの全域から殉教者が出るようになっていることで証明される。ディオクレティアヌス帝（在位：在位：284年-305年）時代のいわゆる大迫害の時代にもアレクサンドリア主教ペトロス1世をはじめ数多くの殉教者を出した。最終的にエジプトの住民が大半がキリスト教徒となった。プトレマイオス朝時代から東地中海における文化・学問の中心であったエジプトのアレクサンドリアの教会は、初期キリスト教の知的活動において中心的役割を果たし、アンティオキア、ローマなどと並ぶ有力教会としてキリスト教思想と布教に重要な役割を果たす教父たちを輩出した。それらの中には膨大な著作を残し、広い範囲で活動したオリゲネスや、キリスト教世界を二分する大論争を巻き起こしたアリウス派の発起人となったアリウス（アレイオス）、そして反アリウス派の議論を主導するアタナシウス（アタナシオス）など、個性溢れる人物たちが並ぶ。コンスタンティヌス1世帝（在位：306年-337年）の時代にローマ帝国でキリスト教が公認されて以降、アリウス派と反アリウス派の論争をはじめ、キリスト教内の権力闘争では、多くの場面でエジプトの教会とアレクサンドリア主教が中核的プレイヤーとして活動した。このグレコ・ローマン期は概ね古代エジプト文明の終焉の時期に位置付けられている。古代エジプト文明の「終焉」をどのように定義づけるのかは明確ではないが、多くの通史的叙述において古代エジプト時代とそれ以降の時代の区切りとして使用されている（叙述の終了となる）出来事は、アレクサンドロス3世によるエジプトの征服（王朝時代の終了）、プトレマイオス朝の滅亡とローマの支配の開始、そしてキリスト教の布教とそれに伴うエジプトの「宗教」の衰滅の3つである。そして、どのような説明においても、エジプトの古代以来の信仰の消滅を超えてエジプト文明を継続しているという描写がされることはない。当然、古代エジプト時代のあらゆる要素が文明とともに終焉を迎えたわけではない。例えばコプト教会の典礼で使用されるコプト語は古代エジプト語から発展した言語であり、16世紀から17世紀頃までは日常語として用いられていたし、その教会暦はエジプト暦をほぼ引き継いでおり現在でも使用されている。しかし、エジプト文明を特徴づけるいくつもの要素がこの時代を通じて消滅していった。古代以来の独立した勢力としてのエジプトはプトレマイオス朝の滅亡とともに終了し、以降はローマ帝国の一属州となった。それでも、ローマの皇帝たちの多くはなおエジプトにおいては伝統的な「ファラオ（王）」として表現され、エジプトに足を踏み入れることは滅多になかったものの、エジプトの神々に供物を捧げ、神殿の整備も行っていた。だが、後期ローマ帝国における宗教的思想の発展やキリスト教の普及とともにラー、アメン、プタハ、オシリスといった神々は忘れ去られて行き、伝統的な神殿の勢力も消滅していった。史上最後となるキリスト教徒迫害を行ったディオクレティアヌス帝は303年に退位し、313年にはキリスト教がローマ帝国で公認され、コンスタンティヌス1世がローマ帝国の唯一の支配者となって以降はただ1人の例外を除き全てのローマ皇帝がキリスト教徒であった。彼らは「異教」の神殿を封鎖し、その神々への儀式を禁じていった。皇帝がもはや「ファラオ」として振る舞うことがなくなった後、エジプトの神官たちはディオクレティアヌス帝の治世が永久に続いているものと見なした。ディオクレティアヌスは「ファラオ」としてその王名が記録されている最後の人物であり、現存する最後のカルトゥーシュは340年の「ディオクレティアヌスの治世57年」のものである。そしてフィラエ島で発見された、2014年現在知られている限り最後のヒエログリフ（エジプト聖刻文字）の碑文には「ディオクレティアヌスの治世110年（394年8月24日）」のオシリス神誕生祭が記録されており、同じく最後のデモティック（民衆文字）の碑文は「ディオクレティアヌスの治世169年（452年）」に作成されたものである。これらが作成されたフィラエ島のイシス神殿はエジプト最後の「多神教」の拠点であったが、これも遂にユスティニアヌス1世（在位：527年-565年）治世下の西暦550年に公式に閉鎖された。