黄色ブドウ球菌による食中毒は、食品中で増殖してそこで黄色ブドウ球菌エンテロトキシン毒素を産生するために起きるものである。この毒素は耐熱性で、食品を加熱することによってブドウ球菌そのものが死滅しても、毒素は耐熱性のためそのまま残る。それを食べた場合に激しい嘔吐を伴う食中毒を引き起こす。このような食中毒を毒素型食中毒と呼ぶ。一方、サルモネラや病原大腸菌などの場合は生きた細菌が腸内に感染することによって起きる感染型食中毒を引き起こす。すなわちブドウ球菌による食中毒は感染症ではなく、むしろ毒キノコを食べるケースに近い。黄色ブドウ球菌による食中毒は潜伏期が短く、汚染された食品を食べたあと2〜3時間(エンテロトキシン濃度が高ければ数十分程度)で発症し、その後すみやかに終息する。しかし、症状が激しい場合には、ショック症状に陥る場合もあるため、健康に異常を感じた場合は医療機関に受診するのが望まれる。主に悪心と嘔吐が現れ、場合によっては腹痛や下痢を伴うこともある。黄色ブドウ球菌による食中毒は、症状が嘔吐に集中するのが特徴でもある。黄色ブドウ球菌自体が体内に入る感染症ではないため、抗菌薬の投与は不要であり、輸液により水分・糖・電解質を補充して症状の改善を待つ。
人工弁、人工関節、中心静脈カテーテルなど体内に異物が存在する患者では、血流中に侵入した黄色ブドウ球菌がこれら異物に定着して感染症を起こすことがある。また、異物がなくても、骨髄炎や関節炎などの特殊な病巣感染症を起こす場合がある。黄色ブドウ球菌によるこれらの病巣感染症では、しばしば抗菌薬投与のみでは不足であり、病巣に対する外科的処置が必要となる（人工弁の入れ替え、カテーテル抜去、関節腔の切開排膿など）。
高齢者や人工呼吸器管理中の患者などには、黄色ブドウ球菌による肺炎、肺化膿症が起こりうる。これらの患者の多くでは過去に抗菌薬を投与されており、MRSAの頻度が高いことに注意が必要である。喀痰および胸水のグラム染色が迅速診断に有用であり、適切な抗菌薬の選択が必要である。
黄色ブドウ球菌による感染は、表皮およびその直下の組織に限局した部位に見られることが多い。毛孔や創傷部から感染が起きると、伝染性膿痂疹（とびひ、インペティーゴ）、癤（せつ、フルンケル）、癰（よう、カルブンケル）、蜂巣炎など、表皮限局性の化膿性疾患の原因になる。また、カテーテルや心臓弁など、医療行為に用いる異物に付着して、そこで骨髄炎、関節炎などの深部限局性感染を起こすことがある。これらの疾患で生じる膿瘍内で細菌は増殖するが、さらに細菌の増殖が進むと、スタフィロキナーゼや各種プロテアーゼなどの働きによって病巣周辺の組織を破壊しながら周囲に浸潤し、ときに血流に入って、菌血症や敗血症、急性心内膜炎、肺炎などを引き起こすことがある。
黄色ブドウ球菌による疾患は、感染病原性と毒素病原性とに大別される。前者はブドウ球菌が体内で感染・増殖することによる疾患であり、各種の化膿性疾患や肺炎、急性心内膜炎、菌血症が含まれる。後者は感染や増殖そのものよりも、ブドウ球菌が産生する毒素による症状であり、食中毒、毒素性ショック症候群(Toxic shock syndrome, TSS)、熱傷様皮膚症候群がこれにあたる。
毎年、アメリカ合衆国では50万人が黄色ブドウ球菌感染症で医療機関を受診する。抗生物質の安易な処方が原因で、黄色ブドウ球菌は、特に多くの一般に利用される抗生物質に耐性（抵抗性）を持つ変種を生み出してきた。特に問題となるのは、そのような耐性菌に対し開発された薬剤に対する耐性菌が出現する事である。単一の薬剤に対し耐性を獲得した菌は、耐性を有する薬剤名を冠しペニシリン耐性菌、メチシリン耐性菌はMRSA、バンコマイシン耐性菌はVRSAと呼ばれる。また複数の薬剤に対し耐性を獲得した菌は多剤耐性菌と呼ばれる。なお、メチシリンに対する感受性のある菌はMSSAと呼ばれる。
黄色ブドウ球菌は人体の皮膚表面、毛孔に存在する。特に鼻腔内に存在する常在菌であり、約30% - 100%のヒトが保有していると言われる(諸説あり)。ヒトの皮膚に常在するブドウ球菌の中では毒性が高く、他のブドウ球菌では健常者に対して病気を起こさない（ただし日和見感染を起こすことはある）のに対し、黄色ブドウ球菌は健常者に対しても病気を起こしうる。ただし黄色ブドウ球菌も、健常者では通常の生育場所である皮膚表面や鼻腔などでの増殖自体が発病につながることは少なく、創傷部などから体内に侵入した場合に発病することが多い。感染力は強い部類に属するが、菌が少なければ通常その毒性は弱い。
竹野川の流域には遺跡が散在しており、竹野川は丹後半島地域の文化発祥の地という性格を持っている。現在は峰山駅がある峰山町丹波付近には古墳や遺跡が密集しており、この地域が丹波国という国名の由来とする説もある。縄文時代から弥生時代にかけては日本海に沿った砂丘上に居住し、平海岸にある平遺跡からは縄文時代前期から晩期までの土器や石器が出土している。弥生時代中期以降には内陸地の進出が進み、常吉川流域の奥大野には縄文時代から古墳時代にかけての裏䕃遺跡が、上流部の五十河延利や明田には弥生時代の延利遺跡や岩立橋遺跡が、周枳（すき）には弥生時代後期から古墳時代にかけての大宮売神社（おおみやめじんじゃ）遺跡・石明神古墳がある。この地域の古墳のほとんどは円墳だが、前方後円墳も存在する。峰山町丹波の湧田山古墳群は全長100mと大型の前方後円墳を中心として周囲に円墳が配置されている丹後地方屈指の古墳群である。丹後町の神明山古墳なども規模の大きな古墳である。式内社の大宮売神社遺跡には前方後円墳があり、網野町には全長200mの銚子山古墳が存在する。峰山町や弥栄町の中流部では河岸段丘が発達しており、3段の段丘面上から弥生時代-古墳時代の住居跡が検出されている。『和名抄』において竹野郡は「多加乃」と書かれ、『延喜式神名帳』や『風土記』では「タカノ」と書かれているが、現在は一般に「たけの」と呼称する。