シーケンスペアは、n個の矩形の相対位置関係を、矩形名の順列との対で表す。矩形同士の相対位置関係は次に述べる「上下左右制約」として表される。いま矩形aと矩形bがあり、とで共にaがbの前にあるとき、すなわち(a b;a b)は、矩形aが矩形bの左にあることを表す。また、でaがbの前にあり、でaがbの後ろにあるとき、すなわち(a b;b a)は、矩形aが矩形bの上にあることを表す。例として、6個の矩形からなるシーケンスペア(1 3 2 4 5 6 ; 2 1 4 6 3 5)に対応する配置を図5に示す。矩形4と5に着目すると、とで共に4は5の前にある。従って、矩形4は矩形5の左に配置される。また、矩形1と2に着目すると、では1は2の前に、では1は2の後ろにあるので、矩形1は矩形2の上に配置される。どの矩形同士についても、シーケンスペアと図5の配置が対応していることが確認できる。シーケンスペアは、どのような矩形配置でもシーケンスペアにエンコードすることが可能であり、逆に任意のシーケンスペアから矩形配置にデコードすることも可能である、という特色を持つ。
一般構造の表現方法についてブレークスルーになったのは、1994年に当時北陸先端科学技術大学院大学の学生であった中武らにより提案された、BSG(Bounded Sliceline Grid)と呼ばれる構造である。小さい規模のBSG構造を図4に示すが、その構造は四畳半構造の連続となっていて興味深い。BSGを斜めの格子構造で説明し、代数表現にしたのがシーケンスペアである。シーケンスペアは、BSG提案の一年後である1995年に北陸先端科学技術大学院大学の学生であった村田らによって提案された。シーケンスペアという名前の由来は、矩形名の順列（sequence）の対（pair）によって、矩形同士の相対位置関係を表すことから来ている。余談だが、BSGもシーケンスペアも、その理論の証明には北陸先端大近辺の温泉が一役買っている。どちらも議論の際には格子構造を考える必要があるが、温泉のタイルが格子状であり、湯船につかりながら温泉が閉店するまでタイルを見つめて考えていた、とのことである。それもあってシーケンスペアの論文はよく練られて掲載されたためか、Google Scholarによれば約330本の論文に引用されているとのことで、この分野では突出した引用件数である。また、これらBSGとシーケンスペアの著者は同じ4名（中武、村田、藤吉、梶谷）で、現在村田はEDAツールベンダーを起業、他3名は東京と福岡で大学教員を続けている。
イスラム勢力をイベリア半島から追い出すレコンキスタが1492年に完了し、ふたりでスペイン王座に就いたイサベル1世とフェルナンド2世は本格的に絵画のパトロネージュを開始する。しかし当時のスペインは美術の中心であったイタリアの諸都市の美術に近づける環境ではなく、自国の審美眼も肥えたものではなかった。相次ぐ戦争によって文化はあまり重きを置かれなかったことや、イスラーム支配による絵画芸術の伝統の断絶など様々な要因があげられるが、外国から芸術家をスペインに招聘するという形でその後進性を埋めようとした。彼らは当時都が置かれていたトレドや貿易の一大拠点のセビリアに集い、後に繋がる美術の土壌を作っていった。1492年、バルト海沿岸のレバル（現在のエストニア、タリン）出身で、フランドル地方のブリュージュでフランドル派絵画を学んでいたミケル・シトーはスペイン宮廷に仕えることとなった。そこでフェルナンド王の肖像などを北方的なタッチで描きだし名声を博した。他にも多数宗教画などを描き、その後の王族に愛され後進に確かな影響をもたらすものの、20世紀になるまで忘れ去られ現在はほとんど作品が残っていない。他にはこちらもフランドル派の画家フアン・デ・フランデスが陰影のしっかりした北方的な宗教画や肖像画を描いている。このように北方ルネサンスのフランドル絵画と密接な関係にある。ただスペイン出身の画家も現れ始め、パレンシア出身のペドロ・ベルゲテはフランドル派の描き方を習得した後イタリアへ旅行して、ウルビーノの宮廷とも関わった人物で、1483年にスペインへ帰ってくる。彼のイタリア風の表現は宮廷のみならず教会も欲しがり、広く影響を与えた。おそらくスペイン人画家で最初期にイタリアの表現や技法をスペインに本格的な形で導入した人物であるから、美術史的に重要な人物である。イタリアからの影響という点ではフアン・デ・ボルゴーニャがフレスコ画の技法をイタリアから導入したことも特筆される。アビラやトレドの大聖堂にトスカーナ的な彼のフレスコ画が多数残っている。宮廷以外の地域でも絵画の革新が興った。貿易と金融で当時スペイン一の豊かさを誇ったバレンシアではイタリアの画家パオロ・ダ・サン・レオカディオが写実性に富んだ作品を生み出し、バレンシア出身の画家フェルナンド・イェーネス・デ・ラ・アルメディナは、同時期に活躍していたレオナルド・ダ・ヴィンチの様式を見事に吸収している。同じくバレンシアのフェルナンド・ルアノスもイタリア絵画の流れを汲んだ作品を多く描いている。同じく港湾都市のバルセロナでもミラノからナポリまでを渡り歩いて修業したペドロ・フェルナンデスが現れ、主に祭壇画で活躍した。セビリアではアレホ・フェルナンデスが1540年代までセビリアの画壇に君臨していた。これらのようにフランドル派とイタリアルネサンス絵画からどん欲に学び、以降の強固な素地を創り上げた。しかし学びはしたがスペインに純ルネサンス的な絵（例えばギリシア・ローマ神話などを画題にしたものなど）は流行らず、熱心なカトリシズムのため宗教画が主であった。また、スペイン人の画家も活躍し始めたものの、やはり外来の画家の方が先進的だとされ重宝される時代は17世紀まで顕著である。