平成の時代になると天皇・皇后は東京駅を利用することが多く、それ以前に他交通機関の発達もあって鉄道利用が少なく、お召し列車の運行自体が稀になっている。天皇が原宿駅の皇室専用ホームを最後に使用したのは2001年（平成13年）5月21日、第52回全国植樹祭から帰った際である。以来、第126代天皇徳仁が即位した令和時代も含め、皇室専用ホームを皇族が利用した実績はない。原宿駅・皇室専用ホームが利用されなくなった背景には、山手貨物線が、埼京線の延伸や湘南新宿ラインの運行開始などに伴い、更には2019年に予定されている埼京・川越線と相模鉄道の相互直通運転開始も重なり、過密ダイヤとなり、お召し列車の運行には不適切になっているという事情もあるという。乗降場の周囲では草刈りは定期的に実施されているものの、場内信号機は白い蓋で塞がれており、分岐器が使用停止のまま長らく列車の発着がないためにレールが錆び付くなど、即座には使用できない状態となっている。一方、皇室専用ホームは廃止されたわけではなく、宮内庁では今後、国賓の地方への案内といった場合に使用される可能性が示唆されている。2016年10月30日に、原宿駅開業110周年の記念として、ホームの一般公開が行われた。
昭和時代には昭和天皇・香淳皇后が那須御用邸（栃木県那須町）や須崎御用邸（静岡県下田市）、全国植樹祭などへ向かう（行幸啓）場合などに運行される専用のお召し列車が年に数回発着していた。また、香淳皇后が須崎・那須両御用邸へ静養のために向かう際には、このホーム発の専用列車に乗車していた。昭和天皇がこのホームを利用する場合、三権の長（内閣総理大臣・衆議院議長・参議院議長・最高裁判所長官）、国務大臣、日本国有鉄道（国鉄）総裁、東京鉄道管理局（1969年（昭和44年）4月以降は東京西鉄道管理局）長が揃って「お見送り」をすることが、国鉄時代の慣わしであった。皇族専用ホームは皇族による利用のほか、1979年（昭和54年）には201系電車の試作車展示や、1988年（昭和63年）にはパビリオン列車「アメリカントレイン」の出発式といった、各種イベントにも用いられた。
大正天皇が宮城（きゅうじょう、皇居の旧称）から沼津御用邸や葉山御用邸等へ静養に出発するための専用駅として設置された。工事は1925年（大正14年）夏、旧原宿駅跡地、および旧原宿変電所跡地とその側線を転用する形で着工され、同年10月15日に完成した。同年12月17日には試運転が行われ、大正天皇が初めて利用したのは、1926年（大正15年）8月10日、葉山御用邸に出発する際であった。しかしながら大正天皇は同年12月25日に崩御。同27日に霊柩列車によってこのホームに戻ることとなった。
駅北側（代々木駅寄り）の貨物線線路から分岐する形で設置されている、皇室専用駅。正式な名称は原宿駅側部乗降場であるが、「北部乗降場」、「北乗降場」、「帝室御乗降場」などとも呼称され、宮廷ホームの通称でも知られる。設置以来、お召し列車の発着に使われ、2013年（平成25年）時点では財務省とJR東日本の共同所有となっている。有効長は217メートル、ホーム長は171メートルある。一般客が乗り降りする山手線のホームとは厳格に区別された宮廷ホームは簡素な造りで、屋根には古レールが使われているなど派手さはない。これは宮廷ホームが造られた当時、大正天皇が病気療養中だったためで、あまり派手な駅を作ると療養中の天皇が利用している姿が人目につき、健康を害している天皇の姿を国民が目の当たりにしたら、社会に動揺が広がることにもなりかねないと考えられ、あえて控えめに造られたとされている。敷地内にはホームのほかに、信号扱所、貴賓室、待合室がある。このホームが使用される際のみ、原宿駅は運転取扱駅へと一時的に昇格する。通常は当ホームの出発信号機・場内信号機はレンズ部分に黒い蓋をして使用停止とし、山手貨物線本線（通過線）側の出発信号機・場内信号機は閉塞信号機として扱っている。
外回り・内回りともに当駅オリジナルのメロディが使われている。なお、2011年3月1日から20日までは期間限定でmiwaの楽曲「春になったら」が採用され、1番線ではサビ、2番線では冒頭部を使用していた。また、臨時ホームでは発車ベルが使われる。
2011年、AFCアジアカップの日本代表予備登録メンバーに選出された。3月29日の「東北地方太平洋沖地震復興支援チャリティーマッチ がんばろうニッポン!」では日本代表の本メンバーに選出される。試合には川島永嗣、西川周作に次いで交代出場し、国際AマッチではないもののA代表デビューを果たす。出場時間帯にJリーグ選抜のFW三浦知良に得点を献上した。同年行われたキリンカップにも招集された。前述の負傷による長期離脱を経験して以降はA代表からは遠ざかっていたが、2014年11月に約3年ぶりに日本代表に招集される。12月には自身にとって初の国際大会となるAFCアジアカップ2015の代表メンバーに選出された。2015年8月9日、 東アジアカップ2015の対中国戦で初召集から約4年越しで国際Aマッチ初デビューを飾った。2018年、ロシアワールドカップのメンバー入りを果たした。大会中は、正GKの川島のパフォーマンスが安定しなかった事もあり、メディアから東口や中村航輔を推す声も出たが、出場機会は無かった。その後、9月10日に放送された『GAMBA TV〜青と黒〜』で、ゲスト出演したW杯で監督だった西野朗にVTRで「どうしたら使われたんですか?」と直球の質問をし、「（東口は）最高の準備をしたと思う。ただ、キーパーは継続して使う、代えて好転させる、（2つ選択肢がある中で）自分は継続を選んでしまいました」と西野から川島を起用し続けた理由を聞いている。9月に日本代表監督に就任した森保一の初陣のメンバーに選ばれ、初戦のコスタリカ戦ではスタメンとして出場している。