普天間基地移設問題について、第46回衆議院議員総選挙では辺野古への移設を容認する党本部の方針に反して「県外移設」を公約に掲げ、当選後も同様の主張を行っていた。また選挙前の2010年4月6日、自身のブログで代替施設建設案を提示した民主党政権に対し、公約違反を厳しく批判していた。2013年4月、同様に普天間飛行場の県外移設を主張していた沖縄4区選出の西銘恒三郎、沖縄県選挙区選出の島尻安伊子が党本部からの要請により、辺野古への移設を事実上容認する姿勢に転向したが、國場は転向を拒否し、7月の第23回参議院議員通常選挙において党本部が辺野古への移設の推進を掲げた際も、県外移設を求める方針を堅持する考えを強調した。しかし、参院選後に高村正彦副総裁ら自民党幹部が相次ぎ、辺野古移設を容認しない所属国会議員への離党勧告を示唆した。。11月19日に石破茂幹事長から辺野古移設を容認するよう説得を受け、25日に記者会見を開いて、正式に辺野古への移設を容認する意向を表明した。これに対し、県外移設を求めてきた自民党所属の那覇市議らは強く反発し、那覇市議会の保守系会派「新風会」に所属する10議員及び会派「自由民主党」に所属する4議員の計14名は國場が支部長を務める自民党沖縄1区支部の役職を一斉に辞任した。
2007年（平成19年）1月7日放送の、納豆によるダイエット効果を取り上げた第140回「食べてヤセる!!!食材Xの新事実」の放送後、全国各地の小売業店の店頭で納豆が売り切れ、納豆の入荷時期も全くの未定といった大騒動となってしまった。この余りにも不自然過ぎる現象に注目した、週刊朝日が独自で取材を開始したところ、捏造とみられる個所が続出したため1月26日号で「納豆ダイエットは本当に効くの？」という記事を掲載、関西テレビに質問状を送ったところ、関西テレビは2007年（平成19年）1月20日に社内調査の結果として、実際には血液検査を行っていないにもかかわらず虚偽のデータを放映したと発表、合わせて翌日21日の放送を中止することも発表し、関西テレビ社長千草宗一郎らが謝罪した（詳細は後述）。記者会見後、番組の根拠となるコメントを寄せた、昭和女子大学の中津川研一教授は「捏造データの裏付けに自分の話が利用され驚いている」などと関西テレビに抗議したとされる。中津川は花王の公式サイトでも紹介された食用油「エコナ」に関わる研究者でもある。この捏造発覚はニュースや新聞で大きく報じられ、在阪準キー局制作番組では1992年の秋に短期間で立て続けで発生した『素敵にドキュメント』（朝日放送、テレビ朝日系全国ネット）、『超近未来遭遇!! どーなるスコープ』（読売テレビ、関西ローカル）のやらせ発覚以来の不祥事となり、制作局である関西テレビやキー局であるフジテレビ、制作会社の日本テレワークなどが各メディアから非難された他、フジテレビ系列局（テレビ宮崎を除く）にも大きな打撃を与えた。1月21日の放送は関西テレビアナウンサーの毛利八郎による約5分間の謝罪特別放送が行われ、通常放送は中止された。『スタ☆メン』が繰上げで放送されたが、スポンサーがつかず、1時間にわたりコマーシャルが放送されなかった。なお、遅れネットのテレビ大分では1月23日に14:05から5分間の謝罪特別放送後、関西テレビで2006年8月放送の『快傑えみちゃんねる』に急遽差し替えられ、4月10日まで放送した。そして、1月22日に『花王名人劇場』（1979年10月7日開始）以来27年3ヶ月2週間に渡って関西テレビ制作・フジテレビ系列日曜21時枠の一社提供を担当してきた花王石鹸→花王が一社提供を一旦、降板することを決定、関西テレビ（本社、東京支社）やフジテレビ（本社）に通告し、これによって番組の存続は難しくなり、打ち切りとなる可能性が高くなったと報じられた。25日の時点で、関西テレビやフジテレビ、東海テレビなどの系列局に約9200件の苦情・問い合わせが届いた。なお、花王は、フジテレビの水10!（2007年2月以後）、『土曜プレミアム』（同4月以後）の筆頭提供のCM枠を60秒から90秒に、『熱血!平成教育学院』（2007年2月以後）の提供CM枠を30秒から60秒にそれぞれ拡大するとともに、2007年4月以後の新番組『まるまるちびまる子ちゃん』と『スリルな夜』（スリルな夜はクレジット表示なし）に筆頭協賛することとなった。その後2008年10月19日開始の『エチカの鏡』で日曜夜9時番組の花王の一社提供を再開し、土曜プレミアムにおける花王のCM枠が90秒から60秒に短縮された。（なお「水10!」枠は「ザ・ベストハウス123」の終了まで90秒、後番組の「ピカルの定理」からは60秒に縮小。「平成教育学院」枠は現在の「ほこ×たて」でも60秒提供を継続。）また、関西テレビの番組で長く提供していた経緯から、後に同局制作の『グータンヌーボ』 でも60秒のCM枠で提供されることになった。翌1月23日にこの騒動により、急遽当番組の打ち切り終了が決定した。それに伴って関西テレビの役員、制作責任者が暫定的に処分された（検証後必要な場合は追加処分を実施）、今後も調査委員会を立ち上げ検証していくこととされた。この番組制作を受注した日本テレワークは1月24日までに、古矢直義社長と古賀憲一専務が辞職（両人とも取締役には留任していたが、4月1日付けで取締役も辞職）し後任社長に末富明子代表取締役になったと発表した。関西テレビを管轄する総務省近畿総合通信局が2007年3月30日付で、この件について放送法第3条の2第1項第3号・第3条の3第1項違反による警告の行政指導を行い、また、電波法に基づく報告書の提出命令を行っており、法的な責任も問われることになった。データ捏造を理由とした番組打ち切りはテレビ東京の『教えて!ウルトラ実験隊』以来であるが、同番組の制作会社も日本テレワークであり、ここでも短期間に同一の理由で二度不祥事を起こしたことになる（日本テレワークは後に事業譲渡で業態転換）。本番組を最後に、関西テレビは『白雪劇場』以来およそ33年に渡り続いた日曜21時枠の番組制作から撤退を決定し、制作がフジテレビとなった。それに伴い、フジテレビは3月までのおよそ2か月間、つなぎ番組として『単発特別番組枠』を放送した。打ち切りにより、すでに収録済みであった2回分は未放送のままお蔵入りとなっている。また、フジテレビ・関西テレビ双方とも公式サイトを閉鎖した。