緒戦の報告を受けたヒューストンは、彼の小さな軍はサンタ・アナと戦って勝つ準備ができていないことをすぐに理解した。経験豊富で恐れられたメキシコ騎馬隊は、テキサス軍が打ち負かすのは容易ではなかった。彼の唯一の選択は、軍と共に十分に戦闘可能な有利な場所で待ち続けることと考え、ヒューストンはアメリカ合衆国との境界まで撤退を命令し、多くの入植者たちも同じ指示によって移動した。窮地の逃亡と呼ばれるこの集団行動は実施された焦土作戦とともに実施され、メキシコ軍に食糧を与えなかった。その後すぐに、雨が道を通れなくして、寒い季節によって両軍の死傷者の数は増えた。常にヒューストンの軍の後をつけていたサンタ・アナの軍は残忍だった。ゴンザレスの町は反乱者によって守ることもできずに放火された。オースティンのサンフェリペの居留地も同じ運命をたどった。ヒューストンの軍列の間の絶望は大きくなり、敵意は彼に向けられた。サンタ・アナの進軍を止めることができたのは水かさを増した川だった。これは、ヒューストンに軍の休息と訓練の機会を与えた。
ホセ・デ・ウレア将軍は、マタモロスからテキサスへと、沿岸部沿いに北へ進軍した。このため、海からの外国の援助の防御と、上陸するメキシコ海軍への開放は対策が必要だった。1836年3月2日、ウレアの軍はアグア・ドゥルセの戦いに従事し、その後すぐにゴリアド戦役へと率いられた。ウレア将軍は、テキサスで行われた交戦では一度も負けなかった。ゴリアドでは、ウレアの遊撃隊がジェイムス・ファニン大佐のおよそ300名の軍を捕らえた。夜通しでウレアの軍はテキサス軍を包囲し、翌日の3月20日、さまざまな条件でファニンの降伏を引き出した。このゴリアド戦役で捕らえられたおよそ342名のテキサス軍は、一週間後の1836年3月27日、サンタ・アナの直接の命令によって処刑された。これが広く知られるゴリアドの虐殺である。
1836年2月23日、ベハルにサンタ・アナが到着した。これは彼にとって2度目の占領だった。最初は1813年のメディナ川の戦いの後で、サンタ・アナはスペイン軍の下級将校だった。この時彼は、サンアントニオの反王党派の捕虜を虐殺し、1835年にはサカテカスでも同様に虐殺し、最終的にサンタ・アナは、アラモ伝道所内部に陣取ったそのテキサス人たちに対しても容赦なく攻撃した。アラモ砦の守備隊は補強を待ち望んでいが、さらなる兵士の補強はなかった。アラモはウィリアム・トラヴィスとジム・ボウイの指揮の下、およそ183名から189名によって防御された。このアラモの戦いは、13日間の包囲戦の末に3月6日に終わり、テキサスの戦闘員はすべて殺された。サンアントニオの治安判事は、182名の守備隊の遺体の焼却を報告した。メキシコ軍に関わりのあった一人のテキサス人の埋葬は許可された。サンタ・アナ率いるメキシコ軍2000名のうちの死傷者は400名から600名という数が、ほとんどの歴史家の見解である。アラモ砦の守備隊はこの後すぐに英雄として支持された。この戦争の最も重要な結果として、5月2日に1836年会議で署名されたメキシコからのテキサス独立宣言と続く。アラモの戦いの後、即座にサンタ・アナは軍を分割し、テキサスに遊撃隊を派遣した。その目的は、サム・ヒューストン将軍に率いられたテキサス軍と決定的な戦いを仕掛けることにあった。
ベハル包囲戦、ゴリアドの戦い、そして反乱者によるグラスファイトでの小さな勝ち戦とテキサス軍の成功が続き、サンタ・アナは反撃の態勢を取ることにした。コス将軍はテキサスの状況をサンタ・アナに知らせた。大統領職にあったサンタ・アナは、自ら6000名の急ごしらえの大軍を北のテキサスへと押し進めた。軍はサン・ルイス・ポトシに集められ、すぐに北へ進軍した。厳冬のメキシコ北部の砂漠の進軍中、軍は400名の死傷者を出した。それでも、予定していたよりも一か月早くテキサスに到着した。当時のテキサスの政治と軍事の中心地、ベハルを占拠することがサンタ・アナの第一の目的であった。
製革業の貿易を学び、後に弟ジョンを見習いとした。当時のバークス郡の著名な製革業者であったジェームズ・ブーン（1709年 - 1785年、ダニエル・ブーンのおじ）がハイスター・クリークの自宅近くに住んでいた。その娘アンは、ジョン・リンカーンの異母弟と結婚した。この繋がりは後の職業選択に大いに影響を与えた。1768年に父ジョンがバージニア植民地シェナンドー・バレーに土地を購入した。そして、オーガスタ郡（現ロッキンガム郡）リンビルクリークの600エーカー (2.4 km²)ほどの地に定住した。1773年、父から弟アイザックと共に土地を分与され、両親の家からリンビルクリークを隔てた土地に家を建てた。1772年にメアリー・シプリーと結婚した。次にリンビルクリークのアレクサンダー・ヘリング（1708年 - 1778年）とアビゲイル・ハリソン（1710年 - 1780年）の娘バテシバ・ヘリング（1742年 - 1836年）と結婚した。5人の子供を儲けた。モルデカイ・リンカーン、ジョサイア（1773年頃生）、メアリー・リンカーン・クルーム、トーマス・リンカーン、ナンシー（1780年生）である。アメリカ独立戦争の際、オーガスタ郡民兵大尉を務め、1778年にロッキンガム郡民兵が組織されると、その大尉となった。隣人60人を指揮下に収め、バージニア州知事の命令を受け、進軍した。一団はラクラン・マッキントッシュ将軍の指揮下で、1778年の秋と冬、ペンシルベニア州のマッキントッシュ砦とオハイオ州のローレンス砦建設を支援した。1780年、ミルクリークの土地を売却し、1781年、ケンタッキー州ジェファーソン郡(当時はバージニア州)に引っ越し、ルイビルから約32 km程の所に定住した。その地域には当時まだ、オハイオ川を隔て、インディアンが居住していた。入植者は、安全の為、辺境の砦の近くに住み、警報と共に避難した。Floyd's Fork Hughes' Station 郊に住み、土地を開拓し、トウモロコシを植え、小屋を作り始めた。少なくとも5544エーカーの豊かな土地を所有していた。