この用語が用いられた初期の事例としては、日清戦争後、日本主義・ロマン主義に傾倒した小説家の高山樗牛による「非国民的小説を難ず」（1898年4月『太陽』）がある。1904年日露戦争期に「君死にたまふこと勿れ」を詠んだ与謝野晶子やその他の反戦派も「非国民」として侮蔑された。1925年制定の治安維持法に見られるように、戦前日本においては国体または私有財産制を否定するような結社およびそれを支援するような言動が違法化され取り締まりの対象となっており、実質的に思想・信条の自由に大きな制約があった。第二次世界大戦中に、戦争遂行に協力しない・不十分な者、果ては生活に不満を漏らす者などに使用され、他にも不満や欲求の表明を抑圧するような各種標語が唱えられた（例：「日本人ならぜいたくは出来ない筈だ」「欲しがりません勝つまでは」「贅沢は敵だ、まず不服を言いますまい」「足らぬ足らぬは工夫が足らぬ」「お前は日本人か、その姿で」など）。戦時体制に順わない者・具体的に反戦を唱える者は近隣住民から「非国民」呼ばわりされ迫害されることもあった。また太平洋戦争期には日本政府も「非国民」という言葉を用いた。例えば内閣の情報局による「家庭防空の手引き：我等は総て国土防衛の戦士」『週報』では、本土空襲があった場合、隣組による消火活動に協力しなかったり（防空法で禁じられた空襲予告地域からの逃亡など）、事前に買いだめをしたりすることなど、つまり自分や自分の家族の安全・生活を戦争遂行のための集団行動よりも優先させるような姿勢を持つことを、「非国民的」などと述べている。
近現代の日本（とりわけ日清戦争からアジア太平洋戦争に至る時期）において、反国体的・反戦的な活動・言論を行う者や、政府の方針に従わない者などに対して、特定の思想・価値観に基づいて用いられてきた、強い憎悪・非難・侮辱などを含意する表現。もともと日本国籍のない外国人を表す言葉ではない。
小西ら一番隊は平壌城を陥落させると、平壌城の改築などを行い進撃を停止した。三番隊の黒田長政は平壌城の改築を終えると担当守備地区である黄海道方面に帰還した。寧辺に逃亡していた朝鮮王宣祖は咸興道の鏡城に避難するつもりであった。しかし李恒雄らは、咸興道に赴けば日本軍が襲ってきた場合逃げ道がないと諫言し、それよりも万一の時に遼東への退路を確保できる義州への避難を進言した。宣祖はそれを容れ、柳成龍らとともに悪路や従者の逃亡など多くの困難を経ながらも、6月21日、義州に逃れ、かねてより援軍の派遣を要請していた明からの援軍を待った。その間に朝鮮の使者李徳馨は救援を明の遼東副総兵祖承訓に求め快諾を得た。祖承訓はただちに軍勢を率いて平壌に向かう。こうして第一次平壌城の戦いが勃発し、豊臣秀吉の死去まで繰り広げられる日本軍と明軍による戦闘の幕開けとなった。
15日夜半に高彦伯と柳璟令は宗義智の陣営を強襲した。不意を突かれた宗軍は義智の部将の杉村智清（すぎむら としきよ）を失い苦戦したが、義智自ら抜刀し敵兵を数人斬るなどして奮戦し、また朝鮮軍も李宣と任旭景が戦死した。宗軍の兵士が起きて集結し始めると敗走を始めた朝鮮軍の背後に救援に駆け付けた小西行長や黒田長政の軍勢が襲いかかった。朝鮮軍は大敗し、敗走する朝鮮兵は溺死するものが相次いだ。黒田軍はこの戦闘で部将黒田正好（黒田次郎兵衛、長政の従弟（伯母・妙寿尼の子））を矢傷が元で失い、長政自身も朝鮮軍の部将の矢で肘を負傷したが、矢を放ったその部将を自ら打ち取り朝鮮兵を数多斬った。敗走した朝鮮兵は王城灘から歩いて平壌城に入った。大同江の渡河に困っていた日本軍はこれを見て徒歩でいける平壌城へのルートを見出すと16日、徒歩で浅瀬の大同江を渡り平壌城を目指した。一方、平壌城の金命元と尹斗寿は夜襲部隊の敗戦を知ると門を開いて兵士と民を避難させ武器は池の中に捨てて、自身らは順安に逃亡した。日本軍は斥候により朝鮮軍が逃亡したことを知ると平壌城を接収し、立札を立て民を安心させ、その一方で城内の兵糧数十余万石を押収した。
寛文4年(1665年)、徳川光友が、刑場を千本松原から土器野（現・清須市）に移し、千本松原刑場跡地に、西光院第九世任空可信を開祖として開基する。尾張藩の初代藩主徳川義直、二代目の徳川光友は、徳川のキリシタン弾圧の時代においても、当初はキリシタンに寛容であったとされている。寛永8年(1631年)より、藩内でキリシタン伝道に携わった者の処刑を始める。寛永21年(1644年)から、正保2年(1645年)にかけて名古屋城中からもキリシタンが捕らえられ処刑された。この地で処刑された彼らキリシタンを弔うため町岡新兵衛は、慶安2年（1649年）この処刑地に石の供養塔を建立した。寛文元年(1661年)春以来数多くのキリシタンが藩内の諸村から検挙されると､尾張藩は､そのうち伝道に努めたと思われる男女二百余人だけを、寛文四年十二月十九日（1665年2月3日）千本松原刑場で処刑し､他のキリシタンの助命をはかった。しかし､幕府の命令により､結局捕縛させた二千人余のキリシタン全員を寛文7年(1668年)に、別の地にて処刑することとなった。このとき、尾張のキリシタンは、ほぼ絶滅したとされる。  寛文4年(1665年)、徳川光友が、刑場を千本松原から土器野に移し、千本松原刑場跡地に、その跡に菩提のため「清涼庵」を開基する。初代の開祖は、西光院第九世任空可信である。本尊の阿弥陀如来像は、尾張北部の丹羽郡塔ノ地村･薬師寺のから千人塚別名切支丹塚の菩提のため、徳川光友が移させた仏像で､｢火伏不思議の弥陀｣と称せられ、鎌倉時代の仏工･春日の作と伝えられる。貞享2年(1685年)、名称が「栄國寺」と改められる。栄国寺は、尾張徳川家の庇護の下、存続し、明治大正昭和と伝統が受け継がれる。太平洋戦争中1945年の名古屋爆撃の際、栄国寺周辺は、焼夷弾の被害がなかったという奇跡が伝えられている。1969年、切支丹遺跡博物館が境内に建てられる。1986年より、カトリック名古屋教区の主催で境内で「名古屋殉教者祭」としてミサが行われている。2010年は、2月6日に行われた。1996年11月23日には、カトリック名古屋教区による顕彰碑が建てられる。