昭和初期の国策による東洋研究推進の流れに乗り、1941年、当時の東京帝国大学に設置される。附属図書館内に研究室と事務室を置き、研究部門の組織は研究分野別に分かれていた。当初は哲学・文学・史学部門、法律・政治部門、経済・商業部門の3部門であったが、1948年に廃止された東方文化学院を吸収し1949年には部門の細分化が行われる。哲学・宗教部門、文学・言語部門、歴史部門、美術史・考古学部門、法律・政治部門、経済・商業部門の6部門となるとともに、大塚にあった旧東方文化学院建物に研究部門の一部が移転した。1951年の部門改正では地域別の部門構成が導入され、汎アジア経済部門、汎アジア人文地理学部門、汎アジア文化人類学部門、東アジア政治・法律部門、東アジア歴史部門、東アジア美術史・考古学部門、東アジア哲学・宗教部門、東アジア文学部門の8部門に再編。以後、東アジア以外の地域の研究者の増加とともに南アジア、東北アジア、西アジア、東南アジアなどの研究を扱う部門が増設され、1978年までに13部門に拡充された。また、1967年には本郷キャンパス構内（旧：懐徳館跡地）に地上8階地下1階の合同庁舎が完成したため、大塚の施設を廃止し、総合研究資料館（現：総合研究博物館）と同居する形で統合移転した。1980年代に入るとアジア地域が世界情勢に占める重要性が増し、アジア地域研究に対する社会的な要請が大きくなったことから研究所の充実と拡大を目指して大規模な組織の再編成が行われ、1981年に13部門を地域別に再編して汎アジア部門、東アジア部門、南アジア部門、西アジア部門の4部門体制とした。また、この時期には組織の拡張と図書室の蔵書漸増に伴い施設の狭隘が問題となり、1983年に総合研究資料館と施設を交換分合、旧合同庁舎全館を研究所とした。1999年には附属東洋学文献センター（1966年設置）を廃止、代わって東洋学研究情報センターを新設し、東洋学文献センターで実施されていた資料のドキュメンテーション研究を引き継ぐとともに、造形資料の研究やアジア研究資料のデータベース化などを行い、アジア全域にわたる文献・造形資料、および社会情報の蓄積と発信事業を進めている。日本のアジア地域研究の研究・情報センターを目指している。本郷キャンパスの建物の門前には旧東方文化学院（現：拓殖大学国際教育会館）前に置かれていた獅子像が移設されている。研究所庁舎内にある図書室はアジア地域およびそれと関係の深い北アフリカ地域の政治・経済・歴史・文学・芸術・宗教など、様々な分野に関する資料を所蔵しており、日本国内屈指のアジア地域研究専門図書館の一つである。
元々文学少女だったが、小学3年生のときに手塚治虫の『漫画大学』に衝撃を受け、漫画家を志す。中学生のころから雑誌『漫画少年』に投稿を続けていたが、佳作止まりで入賞することはなかった。しかし、審査員の手塚が保存していた水野の投稿作を偶然目にした『少女クラブ』編集者の丸山昭が水野の作品を気に入り、その場で手塚が水野の投稿作を褒めたことから、丸山が水野に原稿を依頼することになった。この時、水野は郷里の下関で漁網会社に就職を決めたばかりであり、デビューからトキワ荘に移るまでは兼業漫画家だった。1955年、15歳で漫画家としてデビュー。それから3年後の1958年、初の長編連載『銀の花びら』（緑川圭子 原作）で人気を得る一方、石森章太郎、赤塚不二夫と「U・マイア」のペンネームで『赤い火と黒かみ』、『星はかなしく』、『くらやみの天使』を合作し発表した。この合作のため、水野は郷里の下関から上京し、すでに石森と赤塚が住んでいたトキワ荘に入居することになった。トキワ荘に居住している間は、自分の作品の執筆やU・マイア名義の合作以外に、石森のアシスタント的な仕事をすることも多く、石森の作画・表現技法に多大な影響を受け、自分の画力が飛躍的に向上したと語っている。『銀の花びら』、『星のたてごと』、『白いトロイカ』などでは、ヨーロッパの古代中世や帝政時代を舞台に、ダイナミックな物語を華麗な絵柄で構成し、当時の少女漫画の定番だった親子の生き別れ物語や友情物語などの作品とは一線を画した斬新な作風だった。そのため、こうした歴史上の時代を背景にして壮大な西欧ロマンを描いた作品は、しばしば「水野調」と呼ばれるようになった。1960年に発表した初めてのオリジナル長編『星のたてごと』は、それまで少女漫画ではタブー視されてきた男女の恋愛を初めて描いた作品といわれる。その後1960年代初頭からの少女雑誌の週刊誌化の頃は、編集者の方針によって『麗しのサブリナ』などのハリウッド映画を下地にした軽快なロマンチック・コメディー路線を展開した。その一方で、少女漫画初の実際の歴史の動きを扱った歴史ロマンとされる『白いトロイカ』を1964年に発表している。やがて『ブロードウェイの星』等のアメリカを舞台にした作品では、黒人差別問題やベトナム反戦運動などの当時の社会テーマが織りこまれるようになっていった。特に1969年から連載した『ファイヤー!』は、当時の少女漫画では珍しく男性が主人公のかつ実験的な作風であり、1960年代後半のヒッピー・ムーブメントやロック・ミュージックに代表されるカウンターカルチャーを通して時代を見つめている。自費でアメリカとヨーロッパの現地取材を行って描かれたこの作品は 少女漫画の枠を超え、男性読者の注目も集めるとともに少女漫画読者の年齢層を押し上げた。水野は当時のロック・ミュージックの中で、とりわけピンク・フロイドの幻想的世界への傾倒を語っており、それと共通するように、『ファイヤー！』以降しばらくは、漫画のコマの時空間形式の枠を超えようとする幻想詩的で絵物語的な方向への様式を追及していった。しかしロックがファッションとして定着すると彼女はロックへの興味を無くしたという。現在、ライフワークとしての大作『ルートヴィヒII世』の執筆を希望しつつも、掲載雑誌が休刊して中断したままとなっている。また、いわゆる24年組が活躍し始める前の時代、最近ではとかく忘れられがちな『リボンの騎士』(1953年)から『ベルサイユのばら』(1972年)までの戦後少女漫画の創成期にあたる20年間を語り残そうと、2010年に『トキワ荘パワー！』(祥伝社)を監修・出版した。トキワ荘系統以外の少女漫画家についても同様の本を出したいとしている。トキワ荘が多くのメディアに取り上げられるようになるにつれ、誤った情報も目に付くようになり、また、トキワ荘に居住した漫画家で健在な者が少なくなってきたこともあり、当時の創作活動や日常生活の様子を正確に伝え残そうと、自身のトキワ荘入居から去るまでの間の出来事を綴った手記『トキワ荘日記』を2009年に自費出版したのをはじめ、近年は関連イベントでの講演やトークショーを積極的に行っている。