ヘイデンとロッシは2012年シーズンもドゥカティに留まった。ヘイデンは序盤10戦をいずれもポイント圏内でフィニッシュした。第11戦のインディアナポリスでヘイデンは、サーキットでのコースの状況によく合っていると信じており、ドゥカティチームにとって最高のパフォーマンスを期待していたが、予選タイムを改善しようとしターン14でクラッシュ、脳震盪を起こし決勝には出走できなかった。この事故で右手を負傷し、次戦のチェコGPも欠場することとなる。負傷からは完全に回復しなかったが、公式理学療法士フレディ・デンテの支援のおかげで、ヘイデンはサンマリノGPに復帰し、7位となった。続くアラゴンGPでは最終ターンで大きく膨らみコースの壁に接触、リタイアとなった。第16戦のマレーシアではシーズンベストの4位となり、最終戦バレンシアはクラッシュしリタイア、ランキング9位でシーズンを終え、表彰台に上らない初めての年となった。
2008年は昨年からの不調を引きずり、前半は表彰台も覚束ない状況であった。第8戦ドニントン・パークでホンダはニューマチックバルブエンジンを投入し、ヘイデンだけがこれを使用した。続くアッセンでヘイデンはスタートから3位をキープしたが、電装系システムに問題が発生し正確な燃料モニタリングができなくなり、最終コーナーで燃料切れとなった。コーリン・エドワーズがヘイデンを捉え3位に入り、ヘイデンは力の無くなったマシンでようやくフィニッシュラインを越えて4位となった。その後モトクロスでのクラッシュでかかとを負傷し、続く2戦を欠場する。この頃、チーム内の関係は既に悪化していた。そして、ダニ・ペドロサがヘイデンと相談無しにタイヤを苦戦続きのミシュランから圧倒的なブリヂストンに換えたことでもさらなる摩擦があった。ヘイデンは「私は、選択をするための状況にこれまで加えられなかった。彼らがブリヂストンタイヤを頼んで考えていただけで、私の時間を無駄にしていると言われたら...私は彼らが彼に与えたことに驚かない。それにミサノでは、ダニが持っていた同じフォークも持っていなかった...私は彼らが新しいタイヤを私に試させると思っていない。」と語った。この一件は、ヘイデンとホンダが次のシーズンに袂を分かつだろうという噂に重みを与えた。この噂は2008年9月12日に確認された。ヘイデンはドルナの記者会見で「それは秘密ではない。私の次のストップがどこにあるのか誰もが分かっている...しかし、公式には正しい方法でやり遂げようとしている。リリースが出るまでは、なぜならチームやスタッフがいるからだ。」2008年中頃にはすでにファンやメディア、パドックから確信されていたが、後にヘイデンは記者会見でホンダを離れ、2009年はドゥカティ・マールボロ・チームに加入しケーシー・ストーナーのチームメイトになることを公表した。これは2008年9月15日に確認され、ホンダとの10年間の関係が終了した。
2006年9月22日、ヘイデンはホンダ・レーシング (HRC) との2007年と2008年の2年契約を締結した。800ccにダウンサイズされたホンダ・RC212Vを使用し、従来使用してきた車番「69」を、チャンピオンナンバー「1」にスイッチしてタイトル防衛に挑んだ。2007年シーズンはマシンとタイヤのセッティングに苦しみ、開幕から低迷する厳しい一年となった。第4戦ル・マンでクラッシュ、リタイアしこの時点でランキングは11位となる。しかしながら第8戦ドニントン直前のテストでヘイデンは電装系のほとんどの切り替えを要求し、そこからタイムは改善されていった。ウェットコンディションのドニントンと、ドライコンディションのアッセンでのパフォーマンスはフォームの僅かな改善を示し、トレードマークのスライディングとテールアウトも見られるようになった。第9戦ダッチTT、第10戦ドイツGP、第12戦チェコGPで表彰台（各3位）、第14戦ポルトガルGPではポールポジション1回を獲得し、結局ランキング8位でシーズンを終えた。この年は兄弟との共著で自伝「The Haydens: Nicky, Tommy, & Roger, from OWB to MotoGP」を出版している。ケーシー・ストーナーが2007年のタイトルを獲得し、ゼッケン1を使用する権利を得たため、ヘイデンは2008年シーズンはマイナンバー｢69｣に戻ることとなった。
日本統治下の台湾嘉義市生まれ。国立政治大学外交研究所修士を経て、外交官として1966年から1972年まで駐クアラルンプール領事館に勤務。その後は経済部に転じ、経済部国際貿易局長、行政院経済建設委員会副主任委員などを務めた。1990年、李登輝総統のもとで本省人として初めて経済部長となり、第1回・第2回APEC首脳会議（1993年、1994年）には李登輝総統の代理として出席。1997年から3年間、連戦の後継として行政院長を務め、アジア通貨危機や台湾大地震などの対応に追われたほか、中国との経済交流を規制する「戒急用忍」政策を行った。2000年総統選では、連戦総統候補とともに副総統候補として立候補したが、民進党の陳水扁・呂秀蓮ペアに敗北、宋楚瑜・張昭雄ペアにも及ばす第三位に甘んじる結果となった。国民党が下野している間は、党副主席や中華経済研究院董事長を務めた。2003年には、SARSの流行によって経済活動が深刻な打撃を受けた際、陳水扁総統の招請を受けて総統経済顧問小委員会の幹事長を約半年間引き受けている。また、EUの例を参考に「両岸共同市場」（一中市場、大中華経済圏）を提唱し、この理念は2005年、連戦国民党主席（当時）と胡錦濤中国共産党総書記の会談における合意事項に盛り込まれ、後に両岸経済協力枠組協議（ECFA）で実現することになる（なお、この合意自体は当時の陳水扁政権に激しく批判された）。2008年総統選で馬英九総統候補とのペアで当選した。翌4月、中国海南省で開かれた博鰲アジアフォーラムに出席、胡錦涛中国共産党総書記と会談した（当時の肩書は「両岸共同市場基金会董事長」）。パウエル米元国務長官ら要人との会見も実現している。2008年5月、副総統に就任。2011年6月、馬英九総統から2012年中華民国総統選挙の中国国民党副総統候補に指名されず、2012年5月に退任（後任は呉敦義行政院長）。退任に当たり、馬総統から中正勲章を授与される。