『JR京都駅の0番のりば（旧1番線）のホームは御土居の盛土を利用したものである』と書籍などで紹介されることがあるが、これは誤りである。このホームは1914年（大正3年）の2代目京都駅開業時に作られたものだが、それ以前の明治時代の地図でも御土居は描かれていない。また駅の位置にあった東塩小路村の記録によると、1877年（明治10年）の鉄道開通に先立ちこの地域の御土居は取り壊されたという。なお、1993年（平成5年）に行なわれたホーム西端での発掘調査で、堀の跡と思われる泥土層が見つかっている。また、山陰本線高架橋(七条通架道橋)通過時は車窓からほんの数m先に目線と同じ高さで現存する御土居の石垣を見ることが出来る。
北区大宮土居町、鷹峯旧土居町などは御土居の跡がそのままひとつの「町」となったため、細長い形をしている。中京区東土居ノ内町、土居ノ内町、西土居ノ内町などの地名、また下京区の土手町通、中京区の西土居通といった通り名も御土居に由来する。南区にはバス停「御土居」があり、北区の「大宮交通公園」バス停はかつて「大宮御土居」といった。旧土居町に御土居餅を販売する店舗がある。中京区と右京区、上京区と北区の区境の一部は御土居の線と一致する。また御土居に沿った線が道路となって残っている例もある。
明治に入ると、それまで幕府の所有していた部分も民間の所有となり、土塁上の竹を伐採して畑などに転用された。この時点では土塁自体は取り壊されていなかったが、大正期には市街地の拡大により住宅開発などのため、多くの場所で御土居が壊された。こうした中、残る御土居を保護するため、1930年（昭和5年）に8箇所が国の史跡に指定された。また1965年（昭和40年）に1箇所が追加指定されている。史跡指定地以外ではその後も撤去が進み、1960年代には史跡指定地の御土居が宅地造成業者によって破壊される事件が何度か起こった。今なお「土居町」の地名が市内各所に残るが、いずれも御土居消滅後の土地に出来た町と考えられる。
豊臣政権が崩壊すると、道路を分断していた部分の御土居が取り壊され多くの出入口が設けられた。たとえば現在の四条河原町付近で四条通を塞いでいた部分は1601年（慶長6年）に撤去されている。また市街地東部では、木屋町、先斗町など御土居の東側の鴨川河原まで町が広がり、1670年（寛文10年）に寛文新堤が完成して堤防としての必要もなくなったため、御土居は寺社や公家に払い下げられ、取り壊されて住宅地などになった。ただし、これらを除く部分の御土居は多くが残り、幕府によって竹林として管理されていた。江戸時代中期には角倉家(すみのくらけ)が管理を担当していた。御土居は取り壊されるだけとは限らず、移築されることもあった。1641年（寛永18年）に始まる東本願寺の新たな寺内町の開発に伴い、御土居は高瀬川とともに東側に移された。枳殻邸（渉成園）の築山の位置は移築前の御土居に重なるから、土塁を再利用したと考えられている。
御土居の建造が始まったのは1591年（天正19年）の1月から閏1月（太陰暦）ごろである。同年の3月ごろにはほぼ完成していた、との記録がある。当時の京都では東山大仏、寺町など多くの工事が並行して行なわれていた。
中世の京都では延暦寺、八坂神社など周辺の寺社が大きな影響力を持っていた。御土居によって洛中と洛外の交通を制限することにより、これらの勢力を削ろうとした、とする説がある。ただし当時の延暦寺は信長により力を削がれたままであり八坂神社も天台宗に属していたから同様の状況にあった。本願寺を京都に呼んだり、御土居の内側に寺町を形成するなど、秀吉の宗教勢力に対する警戒心は認められないから、この説は成立しがたい。
1921年に民営化され、毎年600本もの作品を送り出すドイツ映画界を代表する制作会社となり、その作品は国際的にも高い評価を得るようになって行く。活躍した映画監督には『ドクトル・マブゼ』（1922）や『メトロポリス』（1926）のフリッツ・ラング、『吸血鬼ノスフェラトゥ』（1921）や『最後の人』（1925）のF・W・ムルナウ、『嘆きの天使』（1930）のジョセフ・フォン・スタンバーグ、『南の誘惑』(1937）のダグラス・サークなどがいる。俳優では、エミール・ヤニングス、ポーラ・ネグリ、コンラート・ファイト、マレーネ・ディートリヒ、ヴェルナー・クラウス、リリアン・ハーヴェイ、ヴィリー・フリッチ、ハンス・アルバース、ヤン・キープラ、マルタ・エゲルトなどがサイレントからトーキー初期にかけて活躍した。実験的な作品や過激な作品も制作する一方、ドイツ映画特有のジャンルである山岳映画も製作。『モンブランの嵐』（1931）のアーノルド・ファンクをはじめ、ハンネス・シュナイダーやレニ・リーフェンシュタールなどを生み出している。一方ではトーキー作品も多く作られ、前述の『嘆きの天使』（1930）、『制服の処女』（1931）などのシリアスな劇映画、『ガソリンボーイ三人組』（1930）、『狂乱のモンテカルロ』（1931）、『会議は踊る』（1931）、『三文オペラ』（1931）『ワルツ合戦』（1933）などのシネオペレッタと呼ばれる音楽映画が相次いで製作され、レベルの高い作品と楽しい主題歌は世界中でヒットした。1920年代後半には財政難に陥り、1927年に実業家のアルフレート・フーゲンベルクによって買収された。フーゲンベルクは後に右翼のドイツ国家人民党党首となり、党のプロパガンダとしても映画を利用した。