ブルックナーの死後、回収業者が作曲家の自宅を漁り回った結果、フィナーレの草稿の一部が散逸した。その一部はその後アメリカ合衆国で発見され、オーストリアからワシントンD.C.へと渡っていたことが判明した。現在でも自筆譜の断片の捜索は続けられている。なお、1999年に国際ブルックナー協会より、現時点でのスコアの断片が J.Phillips による校訂報告付きで出版されている。
前記「作曲の経緯」にあるとおり、1894年（第3楽章完成の時期）に、ウィーン大学の講義において、この交響曲第9番が未完成に終わった場合には自作のテ・デウムを演奏するように示唆したと伝えられる。その後ブルックナーは終楽章の作曲を続け、最期の日（1896年10月11日）までペンを執っていたが、楽章の完成には至らなかった。未完成に終わった第4楽章の自筆楽譜は、ソナタ形式の再現部の第3主題部でペンが止まっている。
2000年、ベンヤミン＝グンナー・コールスによる、完成された3楽章の新校訂版。ニコラウス・アーノンクールが録音した。ウィーンで新たに発見された筆写譜を参照としており、ノヴァーク版に比べ30ヶ所程度の修正がある。
1951年、レオポルト・ノヴァークによる校訂。完成された3楽章のみの、第2次全集版として出版されたもの。実質的に1932年のオーレル校訂版と差違がない。
1932年、アルフレート・オーレル（Alfred Orel）による校訂。ブルックナーが本当に書いた部分を再現しようと試みた最初の校訂版（第1次全集版）。このオーレル版は、完成された3つの楽章をスコアにまとめ、終楽章のスケッチは別冊の資料にまとめた。第1次全集の他の交響曲とまとめて「ハース版」と扱われることもある。また終楽章については、1994年以降に出版された資料に比べると、情報不足かつ不正確であると言われている。この版による、完成された3楽章の初演は、1932年にジークムント・フォン・ハウゼッガーの指揮によりミュンヘン・フィルハーモニー管弦楽団が行った（両者は1938年にHMVにオーレル版の録音を残している）。初演に際しては、比較のためレーヴェ版に次いでオーレル版が演奏された。
1906年にフェルディナント・レーヴェが作成した版で、いわゆる「初版」または「改訂版」。完成された3楽章のみからなる。最初の出版譜であり、死後の初演で使われたのもこの版であり1932年まで、この版しか出版されていなかった。レーヴェは独断で変更を加え、作品全体を改竄してしまっている。ブルックナーの管弦楽法やフレージング、デュナーミクに後知恵を加えただけでなく、ブルックナーの急進的な和声法（たとえばアダージョ楽章の属13の和音など）を旧式に引き戻してもいる。レーヴェ版はこの作曲家の初版スコア群（いわゆる改訂版）の中でも特に改訂内容が極端であり、ブルックナーの意図を不当に捻じ曲げたまがい物とみなされている。今日では実際に上演・録音されることはほとんどなくなっている。レーヴェ版の演奏は、ハンス・クナッパーツブッシュやフレデリック・チャールズ・アドラーが録音に残した。
戦国時代から見られる地名で、井出ケ谷、井土ヶ谷、井土谷とも書かれた。『新編武蔵風土記稿』によると「此地殊に地窪なるゆえ、井土谷の名起りしと云う。或云、鎌倉将軍時代村内に清冽の井にありし故起りし」とある。また、同書によると江戸から9里、東西10町・南北5町ほどで家数は47軒。地内を金沢道と鎌倉往還が通った。大岡川支流の永田川・六ッ川に挟まれた低地に位置し、引越村の溜池からの農業用水も利用できたことから水利に恵まれ、水田が多くつくられた。横浜港が開港して間もない1863年10月14日（文久3年9月2日）には、攘夷派の浪士がフランス士官を襲撃・殺害した井土ヶ谷事件が発生した。1889年（明治22年）4月1日、井土ヶ谷村とその周辺の堀之内村、蒔田村、下大岡村、上大岡村、弘明寺村、永田村、引越村、中里村、別所村、最戸村、久保村が合併して久良岐郡大岡川村が成立し、井土ヶ谷はその大字となる。1891年（明治24年）には鳥山肥料第一工場、1911年（明治44年）には豊田化製場などができた。1911年4月1日に横浜市に編入、横浜市井土ケ谷町となる。鎌倉街道沿いは古くから発展していたが、大岡川で隔てられていたため大正時代までは農村風景が広がっていた。1914年（大正3年）、3代目井上良斎は東京の浅草橋場町からこの地に陶窯を移し、「良斎焼」を始めた。1921年（大正10年）には、弘明寺町にあった遊廓から芸妓の置屋の一部が移ってきた。1923年（大正12年）9月1日の関東大震災では家屋の倒壊があったが火災は免れたため、横浜市中心部から多くの人が移り住んだ。震災復興事業として井土ヶ谷通町線などの街路が整備された。1927年（昭和2年）10月1日には区制施行により中区の町名となる。1930年（昭和5年）には湘南電気鉄道（現在の京浜急行電鉄）が開通し井土ヶ谷駅が開設された。1936年（昭和11年）11月1日には井土ケ谷町を廃止し、新たに井土ケ谷上町・井土ケ谷中町・井土ケ谷下町が設けられた。左記3町は、1943年（昭和28年）12月1日に中区から南区が分区したことに伴い、南区に編入された。