平成6年（1994年）の時点で、南部杜氏協会員数は1,725人、杜氏総数は368人、杜氏が就労している蔵数は389場で、九州と沖縄以外のほぼ全国に分布している。また協会内の酒造講習会、自醸清酒鑑評会が頻繁に開催されている。石鳥谷町と社団法人南部杜氏協会が連携して、石鳥谷を名実ともに「南部杜氏の里」にしようという事業が進行中である。同町には南部杜氏伝承館、南部杜氏会館、南部杜氏歴史民俗資料館、石鳥谷農業伝承館などの観光施設のほか、後継者育成のための南部杜氏研修場がある。
昭和23年（1948年）に南部杜氏組合は南部杜氏協会となり、昭和28年（1953年）には社団法人南部杜氏協会となる。また昭和34年（1959年）には再び機関誌を発行するようになった。同協会の会員数は昭和40年（1965年）の4,153名をピークに、以後減少の一途をたどっている。
大正デモクラシーの時代となると、ふたたび南部杜氏自らが中心となって、純粋に醸造技術の研鑽と後輩の指導育成、酒造従業員の団結を目的とし、大正3年（1913年）に南部杜氏組合が結成された。結成当時の組合員数は220名、大正9年（1919年）には500名、大正12年（1922年）には1000名と急速に拡大していった。しかし大正12年（1922年）時点での実態的な酒造従業員数は3700名余りと推計されるので、これでも組織率は28%に過ぎない。大正14年（1924年）には組合創立十周年記念事業として機関誌「トロリ会報」が誕生したが、酒造家による弾圧のため第5号をもって発行停止を余儀なくされる。
藩、商人、農民に至るまで一体となった藩造酒のプロジェクトは軌道に乗り、延宝9年（1681年）には藩領内の造り酒屋の数は189軒を数え、寛政10年（1798年）には江戸表からの注文200石を受けるまでになった。各地で藩造酒の生産が試みられても、多くが失敗に終わったことを考えると、これは非常にうまくいった例と言わなくてはならない。なかでも現在の石鳥谷（いしどりや）には藩の御用酒屋があり、藩主に献上する御膳酒を造る杜氏である酒司（さかじこ）が住んでいた。御膳酒はここから警護の兵に守られて盛岡へ運ばれていったという。こうした藩造酒の技術は農村部で師弟へ伝承されて、やがて藩領の外へ出稼ぎに行く杜氏たちを生み出すことになった。南部藩では、表向きは明治3年（1870年）まで藩外への出稼ぎを禁止していたが、何かと他の口実を与えてやったり、お目こぼしをしたりして、貧農たちが杜氏として藩外で副収入を得ることを積極的に抑えつけなかった。このことも、南部杜氏が今日では国内最大規模の流派を形成するのに貢献したといえる。
江戸時代以前にも、南部藩領内で酒造りは行なわれていたものの、自家醸造の域を出るものではなかった。そこへ慶長11年（1606年）ごろ、南部藩の御用商人であった村井氏・小野氏が、慶長5年（1600年）に上方の伊丹において鴻池善右衛門によって開発された大量仕込み樽の製法を領内にもたらし、藩のバックアップを受けて盛岡城下で本格的な藩造酒の生産を始めた。この時代、領内で醸造にたずさわった酒造技術者は二種類に大別される。一方は、上方などに留学し、先進的な技術を学んで領内に帰り、村井氏・小野氏ら近江商人の資本のもとに江州蔵を開いて造り酒屋を営み始めた、いわば専従杜氏である。他方は、近江商人から酒造りを委託されて、農業の副業として小規模に酒を造っていた農民杜氏である。完成品のばらつきをできるだけなくそうと、蔵元は専従杜氏を農村部に巡回させ、農民杜氏の指導に当たらせ、技術レベルの向上を図った。
通称「南部藩」と一括して呼ばれる領内（正式には盛岡藩・八戸藩・七戸藩）から出身した杜氏たちを南部杜氏と呼び、同領内で伝統的に継承されてきた日本酒の醸造技術を南部流と称するが、彼らがそう自称したわけではなく、他国の人々から「南部から来た杜氏」と他称された呼び方に由来している。
2007年9月23日、大阪南労働基準監督署がヤマト運輸関西支社に対し、労働基準法違反容疑で是正勧告を行っていたことが発覚した。2007年7月、大阪労働基準監督署が集配センターを立ち入り調査し、従業員の携帯端末に記録された労働時間と、給与計算に使用する勤怠記録に記載された労働時間に差異があることを発見した。さらに、従業員らへの事情聴取により、携帯端末に記録されていない時間であっても従業員らが勤務し、その時間分の給与が未払いであることを確認した。同年7月、大阪労働基準監督署は関西支社に対し、未払い賃金の支払い、および、管理体制を是正する改善報告書の提出を勧告した。ヤマト運輸広報課は「一部の集配所でタイムスケジュール通りに勤務をしなかったのが原因で、会社として指示していない」などとコメントしていたが、勧告内容を認め「未払い賃金は支払う」としている。2007年10月31日、ヤマト運輸関西支社は大阪南労働基準監督署に改善報告書を提出した。しかし、改善策に具体性を欠きサービス残業に対する未払い賃金の総額も未記載だったため、大阪南労働基準監督署は改善報告書を受理せず、ヤマト運輸関西支社に再提出を命じた。2019年5月21日、宅配最大手ヤマト運輸（東京）で宅配ドライバーをしている５０代の男性社員が、長時間の時間外労働をしたのに残業代が一部しか支払われていないとして、同社に未払い分など計約３６０万円を求める訴えを２１日、大阪地裁に起こした。