一方で不利な状況に陥っていたオスマン帝国側のスルタン・マフムト2世はムハンマド・アリーにより統治されていたエジプトに助けを求めた。アリーはモレア州（ペロポネソス半島）、クレタ州（クレタ島）の割譲などかなりの利権分配を条件に1824年7月に参戦、派遣された息子のイブラヒム・パシャは1825年2月にカソス、クレタ島を占領するとペロポネソス半島南西部に残されていたオスマン帝国最後の拠点メトニに上陸、ナヴァリノ、メソロンギ（1826年）を占領するとアテネ（8月）も占領された。そのため、ギリシャ軍は危機的状況に陥った。これらの諸問題を解決するにはヨーロッパ列強の力を借りるしか考えられない状況になっていたが、その一方でギリシャ側もペロポネソス半島ではコロコトロニスが、ギリシャ本土ではゲオルギオス・カライスカキス (en) が、海上ではアンドレアス・ミアウーリス (en) やゲオルギオス・サクトゥリスらの元へ集まった諸勢力が再び抵抗を開始した。
特にペロポネソス半島での蜂起は辺境であること、在地オスマン帝国軍司令官フルシト・パシャ (en) がイピロスのアリー・パシャ討伐のために遠征していたことからギリシャ反乱軍の本拠地と化したが、ギリシャ南部の山がちで島の多い地形に助けられていたことが大きく、そしてギリシャ軍に参加した諸勢力が様々な思惑や利益から参加していたに過ぎず、不統一な戦闘集団に過ぎず、内陸部、ペロポネソス半島、島嶼部などにおいて指導者もちがい、さらにファナリオティス対ゲリラ指導者、地主対農民、富裕な船主対船員などの対立か生じていたため、呉越同舟的な一面を持っていた。そのため、1821年以降、オリンポス (en) 、マケドニアにまで広がっていた勢力はペロポネソス半島、ギリシャ本土、ギリシャ本土周辺の島嶼部、そしてサモス島のみが独立戦争終結時まで根拠地でありつづけたにすぎなかった。それ以外の地域ではまず独立への戦いに躊躇していた有力者らを打破しなければならず、サモス島、イドラ島ではオスマン帝国との戦いの前に、有力者に対する反乱が発生した。オスマン帝国軍は数には優っていたが、お互いに残虐な行為を含んだ戦闘とゲリラ戦の経験の豊富なクレフテスらの奮闘、海での戦闘になれたギリシャ軍の前にオスマン帝国軍は撤退を余儀なくされた。また、親ギリシャ主義が広まっていたヨーロッパ各国ではギリシャの反乱に対する同情が広がっていた。ギリシャはヨーロッパ文明の源であり、当時盛んだったロマン主義の観点からも、キリスト教諸国が一致してギリシャ独立支援にあたることが支持され、ジョージ・ゴードン・バイロンに代表されるヨーロッパ各国からの義勇軍が組織され、ギリシャに赴いていった。この義勇軍の中には古代ギリシャという幻想を抱いて参加したため、古代ギリシャのペリクレス時代のアテネ市民を想像していた人々の中には幻滅を感じた者もいたが、ギリシャ人らの行動を自らが持つ思想の実験場として活動した者や純粋に理想主義から活動した者もいた。
ペロポネソス半島で蜂起が発生するとクレタ島ではペロポネソス半島へ送る寄付が募られ、武装蜂起準備が行われたが、これに対してムスリムらはキッサモスの司教を殺害するなど数十名の正教徒、大司教、司祭などが殺害された。そのため、正教徒住民らはスファキアを中心に蜂起したが、オスマン帝国が有利な状況であった。そこでペロポネソス半島よりミハイル・コムネソス=アフェンドゥリエフがクレタ島へ向かい蜂起の統一が行われた。1822年、蜂起はクレタ島全域に及び、ムスリムたちもカンディア、レスモ、ハニアなどの要塞に撤退せざるをえなくなり、蜂起側有利な状況になっていた。そして5月、アルメニウスに集まった蜂起軍はペロポネソス半島との統合を決議したが、これはムハンマド・アリーの介入により失敗に終わった。
「測れるもののみが科学の対象」といわれるように、実験方法そのもの、即ちどうやって測ったのかは論文の命である。実験方法の正しさは、正しい測定原理と、それを実現する適切な装置構成、適切な実験手順、適切な条件設定、適切な精度評価に支えられる。測定原理の妥当性や、装置構成の妥当性、精度の評価はそれぞれの学問における最も本質的な議題の1つである。この中で、特に測定原理の妥当性は最も重要である。測定原理の妥当性は、直接測定（例えば自分の身長を直接身長計で測る場合）の場合にはあまりその重要性が意識されないが、間接測定（例えば三角測量で山の高さを測る場合）には、その妥当性（本当にその方法で山の高さが測れるのか）が極めて重要になる。また、「何を明らかにするために何をするのか」という研究者が意識すべき重要な事柄にも密接に関係する。「Method」の本分は、「誰にでも分かる実験マニュアル」を公開することではなく、測定原理、装置構成、精度の妥当性について論証するための資料を提示することである（論証そのものは、考察に廻すことのほうが一般的である）。すなわち、第一義に重要なことは得られたデータに「種も仕掛けもない」ということを示すことにある。したがって、「種も仕掛けもないこと」が明らかな場合、言い換えれば実験方法としてはあまり目新しいものではない、あるいは既に他の文献で充分詳しく説明されている事柄の場合には、必要な文献を引いた上で簡素にまとめるにとどめてよい。何でも開け広げにすればよいというものではない。そのようなことをした場合には、かえって逆に何が本質なのかが分からなくなってしまう恐れもある。重要なことはあくまで、実験方法を開示することによって、実験結果の妥当性などを主張することである。無論、だれもが「種も仕掛けもない」と信じていたとしても、実は後になって「アーチファクト」であることが分かる場合もある。そういった場合にもこの項目をきちんと書いておくことで、「Aという実験をすればBというデータが得られる」という事実だけは残るという点で、無用な混乱が避けられる、あるいは「アーチファクトの詳細」という別の意味では重要な知見を得るうえで役に立つ結果が得られる。