1990年2月27日付けで新製した6扉車の先行試作車で、2両が製造された。900番台（901・902）が付与され、本系列で唯一の試作車番台区分となった。当初は山手電車区（現・東京総合車両センター）に配置され、ヤテ42編成（クハ205-42以下10両）の9号車と2号車に連結されて同年3月10日のダイヤ改正より営業運転を開始した。混雑状況の試験のため、連結位置を8・9号車に変更することも実施されている。車内のモニター画面は量産車と大きさが異なっており、閑散時の選択開閉機能（6ドアすべて開扉・6か所中4か所のみ開扉を選択）があり、ドアが開かない2か所に締切中を表示するランプが設置されていた。また、荷物棚の高さが量産車よりわずかに高い（高さ 1,950 mm）。その他の設備は量産車との違いはほぼ皆無である。その後各種試験を行い、量産車の落成を控えた1990年10月から11月に量産化改造が施工され、車内のモニター画面を量産車と同じ9インチの液晶式に交換、選択開閉機能の撤去、自車用補助電源装置の搭載（次の0番台に記載）などが実施されている。0番台が連結された後も試作車2両は1両ずつに分かれて連結（901がヤテ42編成、902がヤテ60編成に連結）され、何回か連結編成の差し替えが行われた。1996年2月5日付けでヤテ42編成が川越電車区（現・川越車両センター）に転属する際の組み換えで、当時ヤテ49編成に組み込まれていた902は、保留車扱いになっていた0番台のサハ204-42と差し替えられ、その後902が保留車となった。その後2001年6月30日付けで902は埼京線用として転属し、901も2003年12月5日付けで同所に転属した。埼京線に転属後はハエ8編成に902が、ハエ18編成に901がそれぞれ組み込まれて同線を走行していた。E233系7000番台への置き換えに伴い、2013年9月6日付で2両とも除籍され、区分番台消滅となった 。
1984年（昭和59年）度（初回）に製造された量産先行車で、10両編成4本が該当する。東急車輌製造・日立製作所・日本車輌製造・川崎重工業がそれぞれ1本ずつ製造した。番台区分上は0番台に含まれ、それぞれ 1 - の番号が付されている。基本的な構造はその後製造された車両に準じているが、窓形状が上段下降、下段上昇の2段サッシ窓である点が異なっている。全4本が山手線に投入され、1991年に他の編成と同じく10号車にサハ204形0番台 (1 - 4) が連結され、1996年から1997年にかけて先頭車には全編成、排障器（スカート）が設置された。2005年（平成17年）に埼京線へ転用するサハ204を抜き取った上で山手線から京葉線へ転用され（後述）、結果的に製造時の編成に戻っている。なお、先頭車の運行番号表示器は当初巻き取り式であったが、1995年に後述の0番台量産車とともにLED式に換装されている。2012年（平成24年）には、一部編成を改造したうえで、富士急行に譲渡され、6000系として運用している。
本節では新製車（新規に製造された車輌）と改造車（新製車の改造で発生した車輌）に分け、登場時期の古いものから順に記述する。なお、新製形式であるサハ204形も本節内に記述する。
2008年4月1日から2013年3月31日まで東京都杉並区立和田中学校の民間人校長を務めた。和田中学校校長当時、男性教諭が起こした女子生徒へのわいせつ事件が発生。週刊金曜日によると、2011年1月に監督責任を問われて杉並区教育委員会から文書訓告の行政処分を受けた。週刊金曜日は、東京都教育委員会は一年近く「調査」と称して隠蔽し、代田はその間「教諭は病気休職」と報告していたと報道している。代田は後述する鎌倉市の教育長人事にまつわる問題の末、2013年4月7日の「鎌倉の新しい教育を考えるシンポジウム」に参加、わいせつ事件の隠蔽と虚偽の説明の真偽を尋ねられて、一切なく、事実無根だと答え、東京都教育委員会から処分はされておらず、杉並区教育委員会から文書訓告の「処置」を受けたのであって処分ではないのだと主張した。2013年3月、神奈川県鎌倉市にて市長松尾崇が代田を同市教育委員会教育長候補の教育委員に選任する人事案を提出。3日の所信表明でわいせつ事件の処分について代田が「文書訓告ではなく、厳重注意だ」と虚偽の説明をしたことについて批判された。さらに市長が市議に渡した代田を教育長に推薦する国会議員の署名のある推薦書について、文章を代田が作成し国会議員にサインだけさせた自作自演であり、政治家を利用した猟官運動で、圧力をかけたとも批判された。代田は辞退を申し出たとされ、市長は提案を取り下げた。その後も3月22日に代田がテレビ番組で教育長を諦めていないことを発言、24日には市長が自身の政治団体「松尾たかしを応援する会」の開いた記者会見にて6月議会での人事案の再提案を公言した。代田は4月7日に「鎌倉の新しい教育を考えるシンポジウム」に参加、わいせつ事件の隠蔽と虚偽の説明の真偽を尋ねられると、一切なく、事実無根だと答え、東京都教育委員会から処分はされておらず、杉並区教育委員会から文書訓告の「処置」を受けたのであって処分ではないのだと主張し、教育長についてはもう一度やってみようと前向きにとらえていると述べた。2013年6月に武雄市を訪問、全小中学生にタブレット端末を配布するため教育監に就任した。代田はICI授業に熱心でタブレット端末の円滑な導入による『反転授業で武雄市を学力日本一のまち』を目指し、抱負として「学校授業の大多数の時間が、先生から生徒への一方的な講義型スタイル。 授業の中だけだと、どうしても学びきれない子がいる。 わかった子はどんどん先に進めるし、わからない子は、絶対つまずきを残さないスタイルの授業を展開したい。」と語っている。2015年12月18日、長野県飯田市議会にて教育長に任命された。2016年3月末に武雄市教育監及び武雄市立武内小学校校長を退職し、4月1日に飯田市教育長に就任した。また武雄市の特別顧問にも就任した。代田の座右の銘は、「最善を尽くし、そして一流であれ」である。「日本のアメリカンフットボールの父」といわれるポール・ラッシュの言葉。夢は「文部科学大臣」、「そのポジションについたら、日本の教育観が変えられるからです」。兄は長野県で教師、両親も教員だった教育一家で育ったと語る。