2010年11月18日の参院予算委員会で「暴力装置でもある自衛隊」と述べた。自民党の抗議を受け、「実力組織というふうに訂正させてもらいます。」「自衛隊の皆さん方には謝罪をいたします。」と発言を撤回・謝罪した。菅直人首相も謝罪し同日夜執務室において「今後気をつけるように」と厳重注意した。北澤俊美防衛相は「誠に残念なことだ」と述べた。また、自衛官からは失望や怒りの声が多くあがった。産経新聞は、「特異な言葉がとっさに飛び出す背景には、かつて学生運動に身を投じた仙谷氏独特の思想・信条があり、民主党政権の自衛隊観を反映した」と論評し、みんなの党の渡辺喜美は、「昔の左翼時代のDNAが図らずも明らかになっちゃったということではないか。たがが緩んで失言が頻発しますね。政権末期症状だと思います」と述べた。自民党の谷垣禎一は「学生だったころの左翼文献を見ると、『軍隊は暴力装置』とはよくある表現だった」と述べた。石破茂は暴力装置という表現を妥当だと解釈している。11月19日、仙谷は悪意はなかったとした上で、2009年3月30日に行われたフォーラムにおける石破茂の発言を取り上げて、「石破先生も『警察と軍隊という暴力装置を合法的に所有するというのが国家の定義』と言っている」と反論した。11月22日の参議院予算委員会における自民党の佐藤ゆかりとの質疑では、自衛隊について「自衛隊は憲法上の存在、つまり合憲の存在である」「戦前のようなことが起こらないような（中略）存在として政治の側からコントロールしなければならない」「国民の合意に基づいて存在し行動すると、それが名実共に備わっていなければこの実力装置は、実力部隊は合法化されない」と述べた。またジャーナリストの清谷信一は、保守派である自身もこの言葉を使っており野党の攻撃は感情論だとし、この発言を国会で問題にするほうが異常である、と述べた。また石破が清谷との共著で「暴力装置というのは、すなわち軍隊と警察です。日本では自衛隊と警察、それに海上保安庁も含まれます」と述べていることを挙げ、自民党議員の対応を批判している。
2010年11月10日の記者会見で、尖閣ビデオ流出問題に関し、海上保安庁長官である鈴木久泰の監督責任について「独立性、自立性に応じた責任は当然出てくる。強制力を持った執行部門は、それなりの強い権限がある代わりに強く重い責任を負う」と発言。国土交通大臣である馬淵澄夫に関しては「政治職と執行職のトップの責任のあり方は違う」と、責任を問わない意向を表明。公明党の山口那津男代表は「今回の一連の事件は那覇地検の刑事事件処理も海上保安庁の対応も政治判断に基づいて行われてきた。とすれば、最終的に政治職の側がきちんと責任を担う必要がある。執行職の現場に責任を押しつけるやり方は許してはならない」と述べた。またZAKZAKは「絵に描いたようなトカゲのしっぽ切り」としている。
日本初回の放射性廃棄物の海洋投入は、1955年、伊豆諸島利島の沖北西数キロの地点(水深1400 - 1500m)で行われた。2回目は、1957年、御前崎南方30kmの地点(水深2000 - 2500m)で行われた。1958年の3回目以降、最後の1969年（15回目）までは新島東方沖20 - 30キロの地点(水深2400 - 2800m)で行われた。投入された廃棄物は、放射性廃棄物を金属容器にモルタル詰めしたもの 3 031個、容積で60.6万m³、放射能で15.1x10¹²Bqと報告されている。日本の投入量は、放射能では少なく、容積では英国や旧ソ連よりも多い。ちなみに、IAEAの1991年の報告書では、過去の実績について yes（あり）となっているが、将来計画については注釈で『周辺国の懸念を無視して行う意思はない』と特記され、1999年の報告書では実績・計画ともに no（なし）と明記されている。2011年3月、東京電力福島第一原子力発電所敷地・施設内に滞留する放射能汚染水が、太平洋へ投棄された。汚染水の放射線レベルは国際基準の100倍に達するとみられ、漁業関係者による抗議、沿岸各国による懸念が表明された。日本国政府は、ロンドン条約 (1972年)では、船舶等から海洋へ処分する行為等を規制することを禁じているが、原発施設からの放射性排水の海洋への放出は対象にはならないとの見解を示した。韓国1968年～1972年の間に、コンクリート詰ドラム缶115個(45トン)を韓国東岸沖100㎞の北緯37度20分　東経130度44分の水深2192メートルの地点に廃棄した。放射線量に関しては情報がない。旧ソ連1966年～1992年の間に、ナホトカ沖(6区域)、サハリン東方沖(1区域)、カムチャツカ東方(2区域)の計9区域で投入され、液体（61回、12.3万m³、456 TBq）、固体（船舶、未封入の大型廃棄物なども含む。152回、2.2万m³、418 TBq）で総量は14.5万m³、874x10¹²Bqであった。ロシア1992～1993年（旧ソ連崩壊の翌年）、ナホトカ沖(2区域)、カムチャツカ東方沖(2区域)に総量9393m³、2.04x10¹²Bqの放射性廃棄物が投棄された。放射能はロンドン条約（締結済）の規制対象ではなかったが、国際世論の批判を招き、さらに旧ソ連時代から行われていたことも公表されると、沿岸各国により中止の申し入れが行われた。この件はその後、「ロンドン条約（1996年の議定書）」による海洋投入の全面禁止を導く契機となった。1996年、ロシアは「原子力安全モスクワ・サミット宣言」にて1993年の条約附属書の改正への早期受諾を表明した。