ゲルトルートはハンガリー王族であるルテニア侯ローマン・フォン・ハリチと再婚し、オタカルはゲルトルートを通してオーストリアに干渉するハンガリーと交戦した。1254年に教皇インノケンティウス4世の仲裁によってオーフェン（ブダ）の和約でボヘミア、ハンガリーは和約を結び、ボヘミアはトラウンガウとピッテン、ハンガリーはシュタイアーマルクを獲得した。戦後オタカルは領内にラント平和令を発して領内の安定を図るが、次第に貴族に干渉し、教会、都市を優遇するようになっていく。13世紀末のチェコでは君主が自由に課税できる特別所領（直轄領）と、領邦集会の同意を経たうえで課税できる一般所領の区別がされ、特別所領に含まれる都市は重要な収入源となる。歴史研究家のフィアラはオタカルの治世に建設されたと思われる28の都市を列挙し、他のプシェミスル家の君主の時代よりも都市の建設が盛んに行われたことを指摘している。ウィーンを領邦司教区に昇格させる、バーベンベルク時代から続けられていた運動にオタカルも一時期は駆り立てられたが、やがて昇格を断念する。また、オタカルは1250年代にドイツ騎士団によるザーレラント進出を支援する。1255年に騎士団はプロイセン人がトゥワングステと呼んでいた土地に城砦を建て、騎士団はオタカルに敬意を表して「王の要塞」を意味するケーニヒスベルク（カリーニングラード）と城砦に命名した。ドイツから希望者を募ってチェコ国内の開拓に従事させる東方殖民はオタカルの時代に一つのピークを迎えるが、チェコの住民はドイツ人の入植に反感を抱いていた。殖民事業による耕作地の拡大、鉱山の開発によって増した国力を背景として、オタカルはドイツのライン川右岸地域における国王代理に任命される。1259年、オタカルはザルツブルク大司教の地位を巡る争いに介入し、ハンガリーの支援を受けていたゼッカウ司教ウルリヒを破る。ザルツブルクでの紛争のさなかにシュタイアーマルクの貴族はハンガリーの支配から逃れるためにオタカルを頼り、彼らの要請に応えたオタカルは軍隊を派遣してシュタイアーマルクの蜂起を援護する。1260年のクレッセンブルンの戦いでオタカルはハンガリー軍に勝利し、翌1261年のウィーンの和議でシュタイアーマルクはオタカルの支配下に入る。
1247年末、オタカルは下級の貴族に擁立され、父ヴァーツラフ1世に対して反乱を起こす。反乱の背景にはヴァーツラフに不満を抱く貴族の思惑、神聖ローマ皇帝とローマ教皇の対立の影響が存在していたと考えられている。オタカルは一度はヴァーツラフをマイセンに放逐するが、1249年に首都プラハに帰還したヴァーツラフによって反乱軍は打ち破られる。ヴァーツラフによって捕らえられたオタカルは監禁されるが、間もなく叔母アネシュカの仲裁によって親子は和解し、オタカルは釈放される。他方オーストリアでは、1246年にバーベンベルク家出身のオーストリア公フリードリヒ2世が戦死した後、バーベンベルク家の男子継承者が断絶していた。バーベンベルク家の2人の公女マルガレーテとゲルトルートにも公位の継承権が認められており、多くの公位請求者が2人に求婚した。1246年にオタカルの兄ヴラディスラフはゲルトルートと結婚するが、翌1247年にヴラディスラフは没する。領内の安定を求めるオーストリアの貴族はヴラディスラフの弟であるオタカルをオーストリアに招き、1252年2月にオタカルは20歳以上年上のマルガレーテと結婚する。
ニブルヘイム事件は『FFVII』のクラウドの回想の他に『LO FFVII』『BC FFVII』『CC FFVII』でも語られている（描写はそれぞれ若干異なる）。16歳の時、ニブル山にあるニブル魔晄炉の調査のため、伝説のソルジャーであるセフィロスやザックス、他の神羅兵1名と共にニブルヘイムの村へと向かい、束の間の里帰りを果たす。しかしソルジャーになれなかったことを恥じ、母親以外には正体を隠していた。その後、凶変したセフィロスによる虐殺（『FFVII』ではクラウドの言動がセフィロス凶変のきっかけになったと思われる描写がある）が起こり、ニブル魔晄炉へセフィロスを追いかける。ザックスと共に重傷を負うが、セフィロスの方も油断もあって重傷を負い、ライフストリームに落ちていった。直後、ザックスと共に神羅カンパニーの宝条博士に捕まり、ニブルヘイム内の神羅屋敷に監禁、セフィロスコピーの実験体にされる。このセフィロス化実験は、宇宙生物ジェノバの細胞を体内に組み込んで魔晄を照射することで、セフィロスのような強力なソルジャーをより簡易に量産しようとする非人道的なものであり、精神が弱い者はジェノバ細胞の浸食に耐え切れずに精神崩壊が起こる。実験以前から既にソルジャーだったザックスは実験後も特に問題はなかったが、クラウドはセフィロスコピーに改造されたことで肉体的な面ではソルジャーと同等になるも、精神が耐えられずに崩壊、半ば植物状態に陥る。それから5年後、『FFVII』本編直前にザックスによって実験から解放され、共に神羅屋敷を脱出する。廃人状態のクラウドを連れ、ミッドガルを目指して各地を放浪していたザックスは、無反応のクラウドに対して親身に接し「とりあえず金だよな」と活動方針を呟き「なんでも屋」を開業することを提案するが、その後に神羅兵に発見され逃走中に射殺される。精神崩壊していたクラウドは、止めを刺さずとも問題が起こらないだろうと判断され放置された。しかし神羅兵が立ち去って間もなくクラウドはおぼろげながらも意識を取り戻し、ザックスからバスターソードを受け継ぎ、ミッドガルへと向かう。その後、バスターソードを手にしミッドガルに到着し、朦朧とした意識のまま市街を彷徨い、行き倒れたところで偶然にティファと再会する。この時、実験によってクラウドに植え付けられたジェノバ細胞がその擬態する特性「相手の記憶等を読み取り、その中の人物の姿を真似る」を発揮し、ティファの記憶の中にある「幼馴染・クラウド」と自身の願望である「（セフィロスやザックスのような）ソルジャークラス1st・クラウド」を混ぜ合わせ、瞬時にソルジャーとしての偽の人格・偽の記憶を構築、「元一般兵の廃人クラウド」から「ティファの幼馴染の元ソルジャー・クラウド」へと擬態を完了し、ザックスの遺した発言通り「とりあえずカネ」の執着心で「何でも屋をやっている」とティファに告げる。