1992年7月18日の夕暮れ時、ペルーのリマ市内にあるエンリケ・グスマン・イ・バジェ国立教育大学（Universidad Nacional de Educación Enrique Guzmán y Valle）通称ラ・カントゥタ大学に、兵士らしき者が乱入し、周りの学生に伏せるよう命令を下し、9人の学生と1人の教授を拉致して去った。その後、しばらく行方不明事件として経過する。1993年4月、拉致された学生と教授は全員拷問の末殺害されたという情報が、匿名で寄せられる。同年7月8日、陸軍情報局の事務員のマリエジャ・バレト・リオファノより、地図入りの説明が雑誌に寄せられ、これにより検察庁が調査し行方不明者の内4人の遺骨を発見する。ペルー国軍のコリーナ部隊の「作戦行動」ということが、その後、明らかになる。
1983年10月1日設立。セガの開発分室「スタジオ128」として発足、「第八研究開発部」を経て、「第2AM研究開発部」、後に「第2ソフトウェア研究開発部」、通称「AM2研」（エイエムにけん）・「AM2」と呼ばれていた一部署だった。設立当初から『アウトラン』、『スペースハリアー』、『バーチャファイター』シリーズなど数多くのヒット作を生み出し、『アウトラン』に登場するヤシの木をモチーフにしたロゴマークとともにゲームファンの間で広く知られていた。2000年2月18日に、セガ分社化の一環として、第2ソフトウェア研究開発部はCSK総合研究所（CRI）に組織統合されるという形で独立した。この時期に発売された『シェンムー 第一章 横須賀』のクレジットはセガではなくCRIになっていた。2001年8月1日に、社名をSEGA-AM2と変更。代表取締役社長に鈴木久司、代表取締役に鈴木裕が就任する。後に、鈴木裕は2003年10月1日に新設されたデジタルレックスの社長に就任する。2004年7月1日に、セガの他の開発子会社であるセガワウ、ヒットメーカー、アミューズメントヴィジョン、スマイルビット、ソニックチーム、デジタルレックスとともに再びセガに統合され、『セガ第二研究開発本部』となった。子会社時代に最後にリリースした作品は『アウトラン2』、『アフターバーナー クライマックス』だった。しかしその後も「AM2」のヤシの木マークは作品に使われ続けている。2015年4月1日のセガグループ再編に伴い、『セガ第二研究開発本部』は『セガ第一研究開発本部』共々株式会社セガ・インタラクティブへ継承され、『セガ・インタラクティブ第二研究開発本部』となった。
第1回大会は、大日本蹴球協會創設と同じ1921年に「ア式蹴球全國優勝競技會」の大会名で開催された 。全日本選手権の開催とJFA創設の直接のきっかけとなったのは、1919年にイングランドのフットボール・アソシエーション（FA）から日本に贈られた銀杯（FAカップ）であった。この銀製トロフィーは全日本選手権の毎大会ごとのチャンピオンに与えられていたが、太平洋戦争（第二次世界大戦）の末期である1945年に金属の不足により強制供出されたため、現存していない 。2011年に日本サッカー協会が創設90周年を記念してFA銀杯復刻を計画し、FAに復元の許諾を求めたところ、FA側から自ら制作し再度寄贈したいとの申し出があり、これによって66年ぶりにFA銀杯が復活し、天皇杯優勝チームに授与されることとなった。1921年9月10日に今村次吉の私邸で行われた大日本蹴球協會の第1回理事会において全国優勝競技会の概要が決められ、16日に発表された 。第1回（1921年度）の予選は1921年9月から11月にかけて開催され、関東、中部、関西、西部の4地域から20チームが参加した。11月後半に日比谷公園の芝生運動場で行われた全国決勝大会には、棄権した1チームを除いた3チームが参加し、東京蹴球団が初代チャンピオンとなった。第4回（1924年度）からの全日本選手権は、内務省の主催によりこの年から始まった総合スポーツ大会、明治神宮競技大会（明治神宮大会）のア式蹴球の部を兼ねるようになった。大会の運営はJFAが担当した。第6回（1926年度）は、内務省主催による明治神宮大会への学生の参加は認められないという横槍が文部省方面から入ったため、全日本選手権と明治神宮大会は切り離され、それぞれ別個の大会として開催される運びとなったが、結局第6回全日本選手権は大正天皇の崩御のため中止された。第7回（1927年度）は再び学生の参加が許されたので明治神宮大会を兼ねる形に戻った 。この年から明治神宮大会の開催ペースが毎年から隔年へ変更されたため、明治神宮大会のない年には独立して全日本選手権を行うようになった。この時代の全日本選手権の覇権を争ったチームはその多くが大学チームだった。大学のリーグ戦や東西対抗王座決定戦といった大会が始まり活況を呈するにつれ、大学チームは全国からチームが集まる全日本選手権よりも、レベルの高いチームが集まる大学リーグ戦に価値を置く姿勢へと変わっていった 。たとえば第11回（1931年度）に優勝した東大LBは2軍チームであり、1軍はリーグ戦の開幕に向けた準備に専念していた 。この第11回大会からは明治神宮大会のほか、全国地方対抗選手権も兼ねるようになった。1935年からは明治神宮大会とは別の新たな大会として、全日本総合選手権大会が始まった。この年以降は全日本総合選手権の優勝チームが全日本選手権の公式な歴代優勝チームとされている 。FAカップ自体は依然として明治神宮大会の優勝チームに授与されており（1937年第9回大会まで） 。全日本総合選手権の優勝チームには日本蹴球協会杯が与えられていた。