ハマの後任になったジェイ・ファーバーはシリーズの行方を修正しようとし、「Generation X」50号（1999年）で、学園に非ミュータントの学生を入学させ、もう一人の教師としてエマ・フロストの妹であるエイドリアン・フロストを迎えた。だがこれは（白人と有色人種の対立と同様な）ミュータント／非ミュータントの深刻な対立関係をストーリーに持ち込むこととなり、ストーリーに暗鬱な底流をもたらすこととなった。2000年になると、暗く皮肉を含んだ作風で知られる作者ウォーレン・エリスが幾つかのXタイトル（ジェネレーションX、Xフォース、X-マン）を新しいイメージで売り出そうという＜カウンターX＞戦略の一部として、ジェネレーションXを改造する為に雇われた。エリスはブライアン・ウッドが実際の脚本を書く上での雑用をこなす一方で（後に唯一のライターとなった。）プロットマスターとして活動した。この＜カウンターX＞によるテコ入れに対するファンの反応は良好であった。 これは主として、エリスとウッドがティーンエイジャーである登場人物たちをありきたりな方法に頼らずに取り扱った事に起因している。
1997年にロブデルとバチャロがシリーズを離れ、ラリー・ハマとテリー・ドッドソンが後を継いだ。彼らは、M／ペナンス／エンプレートについての背景と謎を明らかにした。Mとは一人の人間ではなく、実はモネ・サンクロワの双子の妹達（クローデットとニコル。一人は自閉症で、それがトランス状態の理由らしい）が融合した姿であり、エンプレートは彼女等の兄であったこと。またエンプレートは黒魔術の実験によって地獄の辺土(strange limbo)に捕われており、そこから脱出する為にミュータントの骨髄を必要としていたこと、ペナンスこそがモネ・サンクロワ本人でありエンプレートの呪文によって姿を変えられていた事が明らかになった。これらは超現実的で神秘的な叙事詩となった「Generation X」35-40号 (1997-1998)で明かされており、この展開はほとんどのファンの反感を買うこととなった（ロブデルの元々の計画によれば、双子は巻き込むが、本物のモネのくだりはそこに含まれていなかった）。この展開は、双子が分離し、本物のモネ・サンクロワ（元ペナンス）がMの役割を引き継いで終わったが、ファンのリアクションは良くならず、タイトルの売り上げは急降下を始めた。
ジェネレーションXのほとんどのメンバーは1994年夏に、全てのX-メンタイトルで実施されたクロスオーバー、「ファランクス・カビナント」サーガでデビューした。ファランクスは多くのミュータントを自らのマトリックスに吸収しようとして、幾人もの若いミュータントを捕獲した。ほぼ全てのXチームと彼ら自身の活躍、そして若きテレポーターブリンクの自己犠牲によって彼らは解放され、ファランクスの脅威は撃退された。同年9月に「Generation X」#1が刊行され、エマ・フロストが校長を勤めるマサチューセッツ学園でチームが結成された。また同時に彼等の最大の敵であるエンプレートも初登場した。シリーズが続くにつれて、バチャロの癖のある複雑なアートワークとロブデルのリアルなティーンエイジのキャラクターに対して、読者の好みが別れるようになったものの、シリーズはすぐに最も人気のあるXタイトルの1つとなった。
「ティーンエイジのミュータントで構成されたスーパーヒーローチーム」という存在は、1994年の段階でもまったく目新しいものではなかった。そもそもオリジナルのX-メンが1960年代のティーンエイジャーによるチームであったし、1983年から1991年にかけてはまた別のティーンエイジャーのチーム、ニューミュータンツが存在していた。作者はX-メン関連の他タイトルや他のコミックにありがちな、ウルヴァリン的なキャラ（反抗的な一匹狼）、サイクロップス的なキャラ（ストイックなリーダー）、コロッサス的なキャラ（心優しい力持ち）、その他、というメンバー構成を意図的に避けている。特にニューミュータンツにしばしば向けられる「キャラクターがステレオタイプである」という批判を、故意に民族的なステレオタイプを正反対にしたキャラクター（例えばアジア系の少女はクラスの問題児、ラテン系のギャングメンバーがナイスガイなど）を作り出す事で避けている。
特急運用を離脱した後、1968年（昭和43年）にモハ1601とクハ1602が帝國車輛工業で新造車体に更新された。同時に制御装置が700系と同形の多段式ES-700Cに変更された（このことから、この2両は広義の700系に編入されたものとも考えられる）。この更新で不要となった旧車体のうち先頭車二輛は谷津遊園（すでに閉園）に保存、中間車は津田沼第二工場に保管されたが、数年で解体された。更新後は、青電と同じく片開き3扉ではあるものの無塗装に青帯を配したアルミ車体(1D4D4D1)であった。更新の際にモハ1601はモハ1602、クハ1602はクハ1601に改められたが、付随車で本来「サハ」と名乗るところを、制御車を表す「クハ」と名乗った珍しい事例となった。この2両は窓配置が同一のクハ2203とモハ704に挟まれて使用された。ただしモハ1602が吊り掛け式なのに対してモハ704は700形唯一のカルダン式であったため、違う駆動方式の混成となった。1974年（昭和49年）、それまで行商専用列車として運用されていた旧型車が廃車となったため、アルミ車を含む編成が3連に短縮の上で起用されることとなった。モハ704-モハ1602との連結面では貫通路幅の違い(700mm-1100mm)があったため，この間はテーパー幌を使用するとともにモハ1602の貫通路に改造を行なって使用した。編成から外れたクハ1601は廃車となった。モハ1603は当時青電の付随車が不足していたことから電装を解除されて、大栄車輌製造のモハ200系車体新造車と同じタイプの普通鋼製車体に移し替えられてクハ1603となった。しかし先頭車として使われる機会はほとんどなく、終生510形3両の中間に組み込まれ、新京成電鉄へ譲渡されずに1976年（昭和51年）に廃車となった。1981年（昭和56年）にモハ1602が廃車されて形式消滅。この時点で京成の釣り掛け駆動の営業用車輛が消滅した。2006年（平成18年）現在、宗吾車両基地内でモハ1602の車体が物置として利用されている。なお、この時試作されたアルミ車は長らく京成では実用化されなかったが、2010年（平成22年）に営業を開始した新型AE車で初めて本格採用された。