第二次世界大戦の戦火によって、大学の建物も7割が破壊され、学校は存続の危機に陥った。州政府の援助によって建物が再建され、大学が再開された。1968年に現在の「ブラウンシュヴァイク・カール＝ウィルヘルミナ・工科総合大学（Technische Universität Carolo-Wilhelmina zu Braunschweig）」と改称した。「ブラウンシュヴァイク工科大学」というのはその通称である。ドイツでは、2003年に国内の工科大学9校が集まってTU9という連合組織を作っており、ブラウンシュヴァイク工科大学もその1校として加盟している。
19世紀に入って間もなく、ナポレオンの侵攻によってブラウンシュヴァイクはフランスに占領された。当時のブラウンシュヴァイク侯フリードリヒ・ヴィルヘルムは、1808年から大学を軍学校に改編し、フランスに対する抵抗運動を行った。これはナポレオン戦争が終わって、ブラウンシュヴァイク公国として1813年に独立するまで行われた。フリードリヒのあとを継いでブラウンシュヴァイク公となったヴィルヘルムは理工系を重視し、カロリニム大学に理工系の講義を増やしていった。1835年には大学を人文学部、理工学部、経済学部の3つに分けたが、1862年には人文学部と経済学部を廃止して「王立工学学校（Herzogliche  Polytechnische Schule）」に改称、理工系の8学科が設置された。さらに1877年には新学舎が落成、移転して「王立カール＝ウィルヘルミナ・工科総合大学（Herzogliche Technische Hochschule Carolo-Wilhelmina）」と改称した。当時の学生の在籍数は211名。
ブラウンシュヴァイク＝ヴォルフェンビュッテル侯国では、1735年に統治家の新ブラウンシュヴァイク家が断絶し、侯位が分家のベーヴェルン家に移った。この年にカール1世が22歳の若さで即位すると、重商主義と啓蒙主義に基づく政策を国内に布いた。カール1世は領内の殖産興業のためには、上流階級が新しい時代の学問・知識・科学・技術を修得する必要があると考えた。そのためにお膝元のブラウンシュヴァイクに新たな学校（コレギウム（Collegium））を創立することにした。これはイギリスの「カレッジ」を手本としたもので、中等教育を行うギムナジウム（Gymnasium）と高等教育を行うウニベルシュタット（Universität）の中間に位置づけられた。すなわち、専門的な研究に生涯を捧げるような学者を目指すのであればウニベルシュタットがそれを担い、コレギウムでは卒業後に実社会で活躍したり、各地のギムナジウムで教鞭をとったりするような人材の育成を目指したのである。大学の創設にあたり、カール1世は宮廷顧問の神学者イェルーザレムに教授陣の人選を行わせた。イェルーザレムは神学者でありながら啓蒙思想家でもあり、ドイツ諸国から新進気鋭の若い文人・学者を集めた。創立当初は工学、科学、数学、商学、語学、哲学、神学、文献学、医学の講義が行われ、貴族の子弟48名が学生として在籍した。大学のモットーは「bon sens und guten Geschmack（分別と良識）」である。こうして1745年にカロリヌム大学（Collegium Carolinum）が創立された。学校名の「カロリヌム」はカール1世の名前からとられている。創成期の教授には、ブレーメン寄与派の文人ゲルトナーやエーバートのほか、劇作家として有名なレッシング、エシェンブルク（de:Johann Joachim Eschenburg）などの文学者がいる。彼らによって、カロリニム大学は18世紀後半のドイツにおける啓蒙主義の中心地の一つとなった。一方、18世紀から19世紀にかけてヨーロッパでは自然科学や工学が急速に発展し、大学の講義もそれを反映して理工系の授業が拡大していった。
1986年、第3次中曽根内閣で文部大臣に任命されるが、入閣直後に歴史教科書問題に関連して「戦争で人を殺しても殺人（罪）には当てはまらない」「韓国併合は合意の上に形成されたもので、日本だけでなく韓国側にも責任がある」等の対談中の発言が月刊誌『文藝春秋』（1986年10月号）に掲載され、野党をはじめとする左派から「放言大臣」と非難された。大韓民国や中華人民共和国の反発を憂慮した中曽根首相は、藤尾の自発的な閣僚辞任を求めるが、藤尾が「発言を問題にするのであれば罷免すればよい」と主張して辞任を拒否したため、中曽根は罷免権を発動し、藤尾文部大臣を罷免した。この際、官邸は前もって対談における藤尾の発言内容を把握しており、内閣官房長官後藤田正晴は9月3日（10月号は9月10日発売）に、文藝春秋に外務省アジア局長の藤田公郎を派遣。藤田は文藝春秋に対し、2か所の削除、訂正を申し入れたが文芸春秋側はこれを拒否し、内容証明をもって中曽根首相、後藤田官房長官に対し事前検閲であり憲法違反だとして抗議を行った。藤尾自身は後年、この発言について「（風見鶏と揶揄されていた中曽根の）その場しのぎの外交に一石を投じる意図であえて行った」と主張した。中曽根が藤尾を罷免したことについて、小林よしのりは『戦争論2』のなかで「中曽根は韓国のご機嫌を取るために藤尾氏を罷免」したと述べている。一連の言動から藤尾を「信念の人」として評価する声がある一方、この発言により韓国や中国から「極右妄言政治家」として見られるようになった。なお、罷免された直後に自身の発言の反響や、記者時代の回想をも交えた「放言大臣 再び吠える」が文藝春秋（1986年11月号）に掲載され、同稿は翌年に文藝春秋読者賞を受賞した。翌1987年6月には、評伝『剛直怒濤の現代政治家藤尾正行 それからの100日 近代日本の歪みを衝く』（近代政経研究会）が出版された。