自著『金融・経済危機、そして日本』で、「かつて『貧乏人は麦飯を食え』といった政治家（注・池田勇人を指す）がおりますけれど、今はそんな度胸のある政治家はありません。私はここまで（注・のどもとを指す）でかかっておりますが、次の選挙でもう一回落ちたらもう立ち上がれないと思っていますので、ちょっというのを控えています」と記述している。
2009年11月12日、『毎日新聞』の政策情報誌「毎日フォーラム-日本の選択」のシンポジウム「政治は変わったか〜民主政権の課題と自民再生への展望」において、行政刷新担当相として、事業仕分けについて、「予算編成プロセスのかなりの部分が見えることで、政治の文化大革命が始まった」と述べた。また、12月9日に、テレビ朝日『スーパーモーニング』内で、「事業仕分けで文化大革命が起こってますよ」と発言した。さらに、12月17日に国家公務員制度改革推進本部の立花宏事務局長ら10名の幹部職員を更迭した際にも、政治主導の文化大革命だと述べた。
2004年9月30日、右翼団体の男性が衆議院通用門に車で突っ込んだ事件に関して、「政府の対応に不満を持つなら、目指すは官邸か内閣府だ」と述べた。
2011年9月、野田佳彦代表の下、新設された民主党政策調査会長代行に就任。また、10月4日からは新設された党経済財政調査会長も兼務した。同年11月10日、凌雲会の会長に前原誠司が就くことになり、仙谷は顧問に就任した。また、政治団体としての凌雲会の代表者についても、従来は仙谷として届け出ていたが、これを期に前原に変更することになった。2012年10月5日、内閣改造に伴う党人事により副代表に就任。2012年12月16日に行われた第46回衆議院議員総選挙では野中広務元自民党幹事長からも支援を受けたが、小選挙区で自民党の新人福山守に敗れ、比例復活もできず議席を失った。この結果については、菅内閣での官房長官時代の中国漁船衝突事件への対応が「弱腰外交」と批判されたこと、国会答弁で「自衛隊は暴力装置」と発言したこと、また「原発推進派」とみなされ一部の支持者が離反したことが要因に挙げられている。2014年11月、次期総選挙に立候補しない意向を表明した。2018年10月11日22時30分、肺がんのため、東京都内の自宅で死去。72歳没。同日付で叙従三位、旭日大綬章追贈。
ドイツ降伏後、連合軍占領当局は州政府やドイツ側当局に対して人種的・宗教的などの理由で迫害された人々への補償を行うよう命令したが、ドイツ側はロマを人種的に迫害されたとは認定しなかった。1946年10月にイギリス占領地区の補償当局はロマが補償対象であると言うことに疑念を呈し、1950年にバーデン＝ヴュルテンベルク州内務省は「ジプシーや混血ジプシーはもっぱら人種的理由からではなく、その反社会的な犯罪行為によって迫害され拘禁されてきた」と主張し、その補償は刑事警察や浮浪者本部の調査の後に行うべきであるとした。刑事警察はナチス期からほとんど人員が変わっておらず、ナチス時代の資料を利用して調査を行ったため、ロマに対する補償はほとんど実現しなかった。また裁判所もほとんど同様の見解を示し、1943年12月16日のアウシュヴィッツ令以前に人種的な迫害は行われていないと認定した。また他のナチス被害者達も「反社会分子であるロマ」と同一視されることを嫌い、ロマへの補償が他の被害者に対する侮辱であると主張する動きもあった。「ユダヤ人と同様に、シンティ及びロマへも賠償金を充てる事に関して、ニュルンベルク裁判や国際会議で協議すら無かった」のである。これらの見解は1955年に成立したドイツ連邦共和国（西ドイツ）政府にも受け継がれ、ロマに対する補償はほとんど行われなかった。1955年に補償当局は「ジプシー」は「国家の災難」とみなされていたため、1933年の行動は「人種的迫害」ではなく、「ジプシーの特徴（反社会的行動、犯罪、放浪）」が原因であったと声明した。一方でロマ側もナチスの文盲政策によって申請を行うことが困難であっただけでなく、当局に対する不信感により補償を屈辱としてうけとめる風潮があった。1963年になって連邦裁判所はロマに対する迫害が1935年、本格的には1938年から開始されたという解釈を示したが、それでも個別の補償申請は「反社会分子」であったためと判断されることが多く、ほとんど実施されなかった。1971年にはシンティ・ロマが「西ドイツ・シンティ中央委員会」（1972年に「ドイツ・シンティ連盟」と改称）を結成し、政府に対し補償を求める本格的な運動を開始した。この頃からロマがナチスの被害者であるという認識が広まりはじめ、国内外で支援の動きが広がった。ドイツ連邦共和国とドイツ民主共和国（東ドイツ）は1982年にロマの大量虐殺を認定しており、爾来ショアと同時期に発生したジェノサイドとして、次第に認識されるようになった。1981年にはロマも対象となる、補償を全く受けていない被害者に対する「非ユダヤ系被迫害者特例基金」が設置され、困窮している生存者や、一定期間以上強制収容されたロマに対する補償の道ができた。しかし補償当局の対応は厳しく、60％の申請がケルン市長によって却下され、中央委員会は90％の申請が却下されたと主張している。80年代以降勢力を拡張した緑の党は「忘れられた被害者」であるロマに対する補償を主張し、少しずつであるが補償が行われつつある。アメリカの歴史学者であるシビル・ミルトンもやはり、ホロコーストの一環として認識するに相応しいとする論説を複数発表。スイスでは、専門家の委員会がポライモスの時期に同国政府が採った政策を調査している。