蒼鷹丸は、本州、四国沖合の太平洋で海洋生産力調査、海洋放射能調査、海洋環境調査、漁業資源調査などの漁業に関連した海洋調査を行なっている。母港は神奈川県横浜市金沢区の水産研究・教育機構中央水産研究所に近い横浜市金沢港であり、水産研究所桟橋という専用の桟橋を持つ。水産研究所桟橋は立入禁止であるが、水産研究・教育機構中央水産研究所（横浜庁舎）の一般公開の際に見学可能である。歴代の蒼鷹丸は日本近海の貝類の調査で先駆的役割を果たした。
徳島県出身で（旧制）高知高等学校卒の秋田大助自治大臣出席のもと高知県で開催された「一日自治省」において、過疎地の医師不足解消のために医科大学（6年制）よりも短期間で医師を養成することが出来ないかとの話になったが、かつての（旧制）医学専門学校のようなものでは医師の質の問題があるということで6年制での医科大学となり、1972年（昭和47年）に創立した。1968年（昭和43年）から始まる東京大学医学部の東大紛争（全学共闘会議）は1969年（昭和44年）1月の東大安田講堂事件によって一応の収束をみるが、この過程で東京大学の医師が新設される当大学に流れてきた。
1986年（昭和61年）度以降に義務年限を終えた計1,782人の卒業生について、厚生労働省の要請を受けた総務省の2005年（平成17年）7月時点の調査によると、自治医大の卒業生が出身地にとどまる定着率は、都道府県によって最高90%から最低50%までと大きな格差がある（全国平均は70.9%）。地元への定着率が最も高かったのは新潟県の90%で、岩手県、沖縄県、奈良県など11県が80%を超えた。逆に、定着率が最低だったのは福島県および熊本県の50%で、東京都や佐賀県などの6都県も50%台であった。
かつて自治医科大学では、出生場所に関わらず、「受験者の出身高校の所在地」を本人の出身地と定義していた。従って、受験者本人の出身地（居住地）が出身高校と同一ならば問題がないが、寮生・下宿生・自宅が県境に近いなど出身地（居住地）とは異なる都道府県の高校に進学した場合、出身高校の所在地が「出身地」として登録されるため、卒業後9年間を生まれ故郷の僻地医療に貢献したとしても返済免除の要件を満たさないという問題が生じていた。この問題を解決するため、2010年（平成22年）度入試より医学部ではこの条件が拡大され、「入学志願者の出身高校の所在地」に加え、「入学志願者の現住所の所在地」および「入学志望者の保護者の現住所の所在地」となった。
過去11年間（平成19年〜平成29年）では全国順位第1位を7回、第2位を2回、第5位を2回記録しており、総合順位では1位を保っている。
入学定員を各都道府県に振り分けて合格者を決定する。そのため、入試成績上位の者が必ずしも合格するとは限らない。特に、有名進学校が存在する都道府県は激戦で、その分合格が難しくなる。
1972年4月8日の参議院予算委員会で首相の佐藤栄作は、西山事件に際して、「国家の秘密はあるのであり、機密保護法制定はぜひ必要だ。この事件の関連でいうのではないが、かねての持論である」と主張した。そこで、スパイや内部告発などによる国家情報漏洩を防ぐ目的での立法が、与党・自民党内において1980年代前半から活発に議論されるようになり、当時の内閣の元でその気運が高まった。しかし本法案が一般国民の権利制限に直結する法律であることや報道の自由が侵害されることに対する懸念から、大多数のマスメディアが反対に回った。そのため、政府は内閣法案（内閣法第5条に基づき、首相が内閣を代表して国会に提出する法律案）として提出することを断念したものの、通常国会の閉会を間近に控えた1985年6月6日に伊藤宗一郎ら10名が衆議院に議員立法として法案を提出した。これに対し、当時の野党（日本社会党・公明党・民社党・日本共産党・社会民主連合他）は断固反対を主張。また自民党内部でも谷垣禎一が「わが国が自由と民主主義にもとづく国家体制を前提とする限り、国政に関する情報は主権者たる国民に対し基本的に開かれていなければならない」と述べるなど、法案は継続審議となるが、10月に開会した第103回国会でも野党は徹底して審議拒否を貫き、12月21日の閉会に伴い廃案となった。1988年2月19日も、自民党四役が国会提出を断念した。リクルート事件による支持喪失が大きな原因だった。翌年は第15回参議院議員通常選挙で自民党は大敗した。その後、2001年に自衛隊法が改正されて、従来の第59条における「秘密を守る義務」規定に加え第96条の2に「防衛秘密」規定が新設され、廃案となったスパイ防止法案の一部と同趣旨の規定が盛り込まれた。2003年5月に個人情報保護法関連五法が成立。2007年2月には航空自衛隊の一佐が読売新聞記者に機密情報を漏洩し、この規定に違反したとして警務隊が事情聴取や家宅捜索を行ったと報じられている。近年では、2008年に結成された改革クラブ（現・新党改革）が公約としてスパイ防止法の成立を掲げていた。また2011年10月、民主党政権の野田内閣が「秘密保全法制」を提案した。2013年の第185回国会で「特定秘密の保護に関する法律案」（特定秘密保護法案）が第2次安倍内閣によって提出され、同年12月6日に成立した。