計算ノードの初期化や監視・管理・デバッグのためにイーサネットとJTAG等のインタフェースを変換回路を介して接続するネットワークが用意されている。このネットワークを用いて管理用コンピュータから遠隔操作を行う。
並列アプリケーションでは、各プロセスの同期がよく行われる。プロセッサ数とノード数におけるスケーラビリティを確保するためには、同期待ちに伴う遅延を改良する必要がある。グローバルバリアネットワークには、複数ノードの同期をハードウェアによる支援によって高速に行う機構が備えられている。このバリアネットワークは低遅延という特徴を持ち、65,536ノードの同期に必要な時間は1.5マイクロ秒未満である。
三次元トーラスネットワークは低遅延・広帯域を要求されるノード間の一対一通信に使われ、Blue Geneの通信ネットワークの中でも最も重要な位置を占める。三次元トーラスネットワークは隣接ノード同士の接続から構成されるため、通信相手によってはその通信データが複数ノードを経由して到達することになる。よって、トーラスネットワークの帯域を効率的に用いるには、三次元トーラスにおける通信を出来るだけ局所的に抑えるようなアルゴリズムを適用する必要がある。また、通信局所性をBlue Geneの物理的な接続配置にあわせることも重要である。各計算ノード間の接続は1方向あたり1.4Gbps、遅延は100ナノ秒となる。各ノードは近隣の6ノードとそれぞれ双方向に接続しており、1ノードの合計入出力帯域は16.8Gbpsに達する。ノード数が65,536の場合トーラスは64x32x32となり、最大ホップ数は32+16+16=64ホップ、最大遅延は6.4マイクロ秒となる。
Blue Gene/Lのラック内には、計算ノードを2つ搭載する計算カードが512枚搭載され、2048CPUのマシンとして構成されている。それに加え、ファイルシステムへのアクセスを担当するI/Oノードが1ラック当り2から64枚搭載されている。I/Oノードはギガビット・イーサネットでラック外部のファイルサーバと接続し、集団通信ネットワークを介して計算ノードと通信を行う。ラックに搭載するI/Oノードの数は、実行するアプリケーションの性質によって調整する。
省電力プロセッサを採用した理由は高密度実装を実現するためである。一般的なPCやサーバ、また旧来のスーパーコンピュータが採用する高性能プロセッサの多くは、消費電力とそれに伴う発熱も大きいため、そのようなCPUを筐体に多数詰め込むと排熱が非常に困難になる。かといって筐体内の密度を下げるとケーブルや接続コネクタなどの構成部品が増え、それが信頼性の低下を招く。Blue Gene/Lでは消費電力あたりの性能が高い組み込み用途向けプロセッサを導入することでその問題を解決した。この設計方針により、Blue Gene/Lはその性能に対し電力消費や設置面積において非常にコンパクトなシステムとなった。Blue Gene/Lの消費電力あたりの性能は112.24MFLOPS/Wであり、地球シミュレータの3.01MFLOPS/Wと比べると、Blue Gene/Lは37倍も電力効率の良いシステムである。
計算ノードの構成をシンプルにすることで、はんだ不良などによるハードウェア故障を減らし、また高密度実装を実現した。計算ノード単体の性能は、PCにくらべ低くまた搭載メモリ量も少ないため、一般的な環境に比べるとプロセスに対する制約が大きい。
室町時代の応永年間に足利義満の配下であった安原宗範によって築かれた。その際にこの地にあった成海神社は北の乙子山に移された。宗範の死後、廃城になったといわれる。戦国時代の天文年間には尾張国の織田信秀の支配下にあり、配下である山口教継が駿河国の今川義元に備えるべく城主を務めていた。しかし信秀が没すると、息子の信長を見限った教継は今川氏に城ごと寝返った。その後、教継は息子の山口教吉に鳴海城を任せる。天文22年（1553年）、信長は800の兵をもって鳴海を攻めるが落とすことができなかった。やがて教継父子は義元により切腹に追い込まれた（これは信長の計略によるともいわれている）。結果的にいつ寝返るかわからない外様の山口氏から今川家譜代の岡部元信に城主が変更され今川家直轄の重要拠点になった。これに対抗すべく、信長は永禄2年（1559年）ごろに鳴海城の周囲に丹下砦、善照寺砦、中嶋砦を築いた。永禄3年（1560年）に桶狭間の戦いが起こり、今川軍はまず大高城に付けられた織田方拠点の各砦の排除を敢行し、残りの鳴海城に付けられた三砦の排除を残すのみとなり作戦は順調かにみえたが、作戦総司令部である義元本陣が織田本隊の強襲により総大将義元が討ち取られ総崩れとなってしまった、しかしあくまで本隊が敗北したのみであったので、砦排除のため待機中であった鳴海城兵はかなりの兵数を維持していたと思われ無傷であった。信長との交渉の結果、元信は義元の首級と引き換えに城を明け渡すという条件を呑み、ついに城は信長の手に落ちた。戦後、佐久間信盛・信栄父子が城主をつとめ、天正末期に廃城になったといわれる。現在でも彼の名にちなんだといわれる「作町（さくまち）」という地名が城下に残っている。城の規模は記録によっては一定しないが、丘陵の西に立つ東西に長い城郭であったようだ。たとえば『鳴海誌』によると「東西75間半、南北34間」とされている。現在城があったとされる場所は、道路を隔てて西側の城跡公園から、天神社のある東の小さな高台あたりといわれる。これらには碑が立っているほか、近辺にある東福院という寺院には、鳴海城の廃材で造られたという門が存在する。それほどはっきりとした遺構は残っていないが、公園の近辺には空堀や土塁状の地形が存在する。