第二次世界大戦（大東亜戦争）中にバリ島は大日本帝国の占領下に置かれた。1942年2月、日本軍が進出を開始。オランダ軍が駐屯していなかったため、日本軍にはほとんど被害がなく、バリ島沖海戦の勝利を経て、わずか20日でオランダ軍は全面降伏した。現地人は反植民地主義の「解放者」として出迎えるも、同年6月にはオランダと同様の統治体制が敷かれることになった。この際には、戦前からバリ島で商売を営み信望を集めていた民間人・三浦襄が日本軍の民政部顧問として、軍部と現地社会との仲介役、緩衝役となって活躍した。しかし、戦況の悪化に伴い物資、労働の徴集が強圧的に進められるようになると、現地の生活は困窮を極めることとなり、1944年の半ばからはジャワと連携した反日本軍運動も見られるようになった。同年9月、インドネシア独立を容認する小磯声明が出され、1945年4月にはスカルノが来島しインドネシア独立に向けて演説。民族団結の気運がにわかに高まり、7月に「小スンダ建国同志会」が結成される。三浦は日本人として唯一、この同志会に加わり、事務総長に就任、インドネシア独立に向けて活動した。しかし、まもなく敗戦を迎え、独立計画は頓挫。1945年9月7日、三浦は、バリの人々に対して、日本の国策を押しつけ無理な協力をさせたことを謝罪して自害した。
紀元前2000年頃には、台湾起源のオーストロネシア語族が居住していたとされ、紀元前1世紀頃から交易を介してインドや中国の影響を受けるようになり、ドンソン文化の影響を受けた銅鼓が発見されるなど、古くから人が住み稲作を中心とした文明が開けていた。4世紀に入ると、ヒンドゥー教に属するジャワの人々が来住し、ヒンドゥー・ジャワ時代を迎え、その初期からジャワ王の支配下のもとで発展を続けた。そして、西暦913年頃に、ようやく、スリ・クサリ・ワルマデワによって独自のワルマデワ王朝が築かれたとされている。
バリ島の動植物のほとんどはアジアの他の諸島から渡ってきたものであり、バリ島原産のものはまれで、アジアに特徴的にみられる動物相、植物相が広がっている（東のロンボク島との間に生物地理区の境界を表すウォレス線が走っている）。動物については、古くから、トラ、野牛、猿、キツツキ、パイソン、ヤモリなどが数多く棲息し、300種類以上の鳥類が観察できるが、1940年頃にはバリトラが絶滅し、鳥類で唯一の原産種でありバリ州の州鳥であるカンムリシロムクもまた近絶滅種となっている。さらには、近代農業の進展やリゾート地での殺虫剤の散布などによる生態系の変化も見られる。バリで唯一の原野が残されている西部国立公園では、灰色の猿やリス、イグアナなどの野生生物が生息している。また、バリの人々にとって馴染み深いのは、トッケイヤモリと呼ばれる大型のトカゲであり、鳴き声を7回連続で聞くと幸福が訪れるという言い伝えがあるほか、害虫を捕食することから大切に扱われている。植物では、ワリンギンと呼ばれるベンガルボダイジュがインド文化の影響から霊木として扱われ、香しいジュプン（プルメリア）と共に寺院や民家の庭などで広く見られる。また、バンブー（竹）も多く生息しており、儀礼の開始の合図として用いられるガムランの笛の材料になっている。他には、多種多様のヤシが実っており、ココナツ、砂糖、燃料、繊維などが採出されている。
バリ島周辺はサバナ気候に属し、その季節は、北西季節風の吹く雨季（10月 - 3月）と、南東季節風の吹く乾季（4月 - 9月）とに明確に分かれる（この季節風による荒波によって海上交通が困難であったことが一因となって、以下に見るようにバリ島は島外世界から相対的に独立性を保った歴史的発展をとげることになった）。乾期の間は東部、北部を中心にたびたび水不足に陥る。また雨季といっても、一日中雨が降る訳ではなく、実際には多くても一日に2 - 3時間のスコールである。ただし、ひどいときには道路が30cmほど浸水することもある。一年を通じて気温の変化はほとんどなく、年間の最低平均気温は約24度、最高平均気温は約31度、また、平均湿度は約78%である。いつでも暑く湿度も高いが、体に感じる暑さは、海からの風によって和らげられている。
1981年の五島勉『ノストラダムスの大予言III-1999年の破滅を決定する「最後の秘史」』でもユダヤ陰謀説は展開された。1984年、自民党議員で経済評論家の斎藤栄三郎が『世界を動かすユダヤパワーの秘密』(日本経済通信社）を出版した。 この本はユダヤ人の陰謀理論に基づいている。マツペンの影響を受けたフォトジャーナリストの広河隆一は親パレスチナ、反イスラエル的な発言を行った1986年、『ユダヤが解ると世界が見えてくる』という本が日本のベストセラーになった。この本もまた議定書に基づいており、著者の宇野正美は、アシュケナジムは実際はハザール人の子孫であり、したがって彼らは「偽のユダヤ人」で、セファルディムが真実のユダヤ人の血統だと書いている。彼によると、日本人の中にはイスラエルの失われた10部族の子孫がいて、日本のセファルディムがアシュケナジムを敗北させうるという。読売新聞は宇野の説を好意的に取り上げ、自民党保守派は憲法記念日の大会に宇野を招待するなど、ユダヤ陰謀論は一部のマニアックな言説としてだけではなく、日本のメインストリームにも受け入れられていた。同年に『これからの10年間 ユダヤ・プロトコール超裏読み術―あなたに起こるショッキングな現実』という本もまた日本のベストセラーのひとつとなった。著者は青山学院大学経済学教授矢島鈞次で、恐らく議定書は偽造だが「これは、ユダヤ人に行われた全ての調査結果からまとめられたものである…内容がユダヤ人の知恵から成っていることは疑いようがない」と述べている。1987年の雑誌『歴史読本』では「世界、謎のユダヤ」という特集記事が組まれた。これはウォーターゲート事件とロッキード事件がユダヤ人の陰謀であると主張したものだった。田中角栄元首相は1976年に保釈された時、「ユダヤ、ネルソン・ロックフェラーにやられた、ユダヤに気をつけろ」と語った 。