2000年代に入り、ある重要な出来事によって、ホロコースト否認論者は核心的な論拠を失った。それはアーヴィングの転向である。オーストリアでは、公共の場におけるホロコースト否認は犯罪であり、アーヴィングが1989年に行った演説を理由に逮捕状が出されていた。2006年、アーヴィングはホロコースト否定の罪によって、オーストリアにおいて起訴され、その場において、「私は1989年にホロコーストを否定したが、1991年にアイヒマン論文を読んでからは認識を改めた」「ナチスは数百万人のユダヤ人を殺した」「具体的な数字は知らない。私はホロコーストの専門家ではない」と、自らの否定説を撤回する発言を行ったものの、3年の懲役刑を受けた。オーストリア内務省の決定で、アーヴィングは国外退去処分とされた。アーヴィングは自由の身となったが、その後自らの転向を取消したという情報はない。
1993年には、当時マックス・プランク研究所の臨時職員であったゲルマー・ルドルフの「ルドルフ・レポート」がロイヒター・レポートと同様の結論を提示した。批判としてはインターネット上で発表された Richard J. Green のものがある。レポート内でルドルフは「化学を用いてもホロコーストの存在を科学的に立証することはできない」と、化学的な論争を回避している。「ルドルフ・レポート」は極右運動家のオットー・エルンスト・レーマーの裁判において被告側の弁護資料として用いられた。1998年、アメリカの歴史家デボラ・リップシュタットは著書『ホロコーストの否認』 において、アーヴィングが意図的に事実をゆがめて書いていると非難した。これに対してアーヴィングが彼女と出版社のペンギン・ブックスを提訴したが、訴えは棄却され、裁判所ではリップシュタットの考察が正しいと認定された（アーヴィング対ペンギンブックス・リップシュタット事件）。1998年10月、ユダヤ系の The Scribe誌は「神の存在を否認する者は罰せられるべきである」「ホロコーストへの正しい態度とは、神の敵であるわれわれの敵に罰を与えることである」として、否認論者こそが「われわれの敵」であり、この人々は「ホロコーストに関与し、参加したとみなされるべきである」し、否認論者の頭には「死刑宣告」とある、と述べた。フランスではホロコーストの否認は1990年代に否認主義 (négationnisme) として顕著になってきたが、この動きは遅くとも1960年代にはピエール・ギヨーム (Pierre Guillaume) などのフランス左翼政治家の中に存在していた。1990年代には、フランス共産党の理論的指導者であったフランスの左翼系哲学者ロジェ・ガロディ（Roger Garaudy）が、「ガス室」をはじめとする従来の「ホロコースト」言説に疑義を提出し、イスラエルが政治的にこの言説を利用してきたと論じた。近年、フランスでは左派右派を問わず、否認論が広く展開している。その主張はホロコーストを越えて広がり、戦後それを最大限に利用してきたイスラエル批判にも繋がっている。この中には「ユダヤ人資本家」への批判、聖書にあるカナン人虐殺への指摘、シオニズムに対する批判などが含まれる。1990年代半ば以降、インターネットが大衆化するにつれてホロコースト否認論者やその他のグループを含む多くの組織が新たに国際的な登場をしてきた。他方、1970年代後半から頻発した否認論者への暴行や関係出版社への放火なども多発し続けた。1996年9月にはイギリスの歴史評論社印刷所に爆弾放火が行われ、1999年1月16日にはバルセロナの書店Libreria Europaが放火された。
ノルディックスキージュニア世界選手権では1994年から1996年の3大会で金メダル1個、銀メダル2個を獲得。1994年、15歳で1994年リレハンメルオリンピックに出場、その3年後の1997年ノルディックスキー世界選手権4x5km団体で銀メダルを獲得。オリンピック、世界選手権を通じて初のメダルとなった。世界選手権ではこの他に、1999年大会の団体、2007年大会の個人スプリント、団体で金メダルを獲得。2001年大会、2003年大会では銅メダルを一つずつ獲得した。オリンピックでは、1998年長野オリンピックの団体で銀メダル、2002年ソルトレークシティオリンピックの団体で金メダルを獲得。2006年トリノオリンピックでも団体で銅メダルを獲得している。2002年ソルトレークシティオリンピックではクロスカントリースキーの個人スプリントにも出場、8位となっている。ノルディック複合・ワールドカップには、1993-94シーズンから参加。通算45勝、2003-04シーズンから2006-07シーズンまで、個人総合4連覇を達成している（いずれも歴代最多）。また、ホルメンコーレン・スキーフェスティバルの個人スプリント種目で2002年、2004年、2005年の3度優勝している。このような実績を持ちながらも、上記の様に、オリンピック、世界選手権でのメダルは団体種目に偏っており、個人種目（15km個人、7.5kmスプリント）の金メダルには長らく縁がなかった。しかし、2007年札幌大会の個人スプリント種目で念願の金メダルを獲得した。また、この大会では妹のピルヨ・ムラネンもクロスカントリースキーの4x5kmリレーで金メダルを獲得している。2008年3月に長男が誕生、同年5月29日、30歳で現役引退を表明した。今後は航空パイロットへの転身を希望しているということである。しかし、2009年8月に引退を撤回して競技に復帰、11月28日クーサモでの復帰初戦となるワールドカップ個人第1戦で2位となると翌11月29日の個人第2戦で通算46度目の優勝を果たした。1月2日のオーベルホフで通算47勝目をあげて自身6度目のオリンピックとなる2010年バンクーバーオリンピックのノルディック複合競技に臨んだ。初戦のノーマルヒル+10kmでは13位、団体戦では7位に甘んじて迎えた最後の種目ラージヒル+10kmでは前半ジャンプで16位と出遅れた。後半クロスカントリーでは4位のタイムで追い上げたがメダルに届かず4位に終わった。3月6日、ラハティでのラージヒル+10kmでワールドカップ通算最多勝利を48（2位27回、3位15回）に伸ばし、ワールドカップ総合8位でシーズンを終えた。翌2010-11シーズンをもって再び引退していたが、2017年1月に再び現役に復帰。2018年2月の平昌オリンピックに出場したが、個人ノーマルヒルで23位となり、同年3月に三度引退を表明した。