2019年1月16日から国内唯一の完成車工場である群馬製作所（群馬県太田市）の操業を全車種で停止した。部品メーカーから調達している電動パワーステアリングに、不具合が見つかり、原因の究明を優先した。28日からの操業再開を準備しているが納車の遅れや新たなリコール対策などの影響が懸念される。2019年1月28日から、不具合の恐れがある電動パワーステアリング（EPS）について対策を施したEPSの調達に一定のめどをつけたため工場を再稼働した。当面は1日の生産台数を減らして品質優先での創業となる。出荷済みの車については、リコールの有無などを検討する。2019年1月31日、生産停止の原因となった電動パワーステアリングの不具合で「フォレスター」など3車種計約780台をリコールすると国土交通省に届け出た。リコール対象は他に「SUBARU XV」と「インプレッサ」で、2018年（平成30年）12月28日～2019年（平成31年）1月16日製作分。また、国内向け約780台のリコールに加え、海外向けに生産した計約1万4千台についても、リコールや部品交換を検討すると明らかにした。
2018年10月25日にエンジンの部品が壊れる恐れがあるとして、複数の車種について大規模なリコール（回収・無償修理）を近く国土交通省に届け出ることが明らかとなり、国内のみならず、海外で販売した車種にも影響が及ぶ可能性があるとしている。対象は少なくとも数十万台にのぼる模様となる見込み。バルブスプリングというエンジン部品が不具合を起こし、エンジンの作動に影響が出る恐れがあり、日米の市場で販売した戦略車種が対象になるとみられる。また、トヨタ自動車と共同開発したスポーツカーの「BRZ」、およびその同型車種となる「トヨタ・86」もリコール対象に含まれる。
上述の無資格検査が発覚した際、燃費の不正もあるという報告を受けて外部弁護士に調査を依頼したところ、同検査の一部である、抜き取りによる燃費検査と排ガス検査においてデータ書き換えが行われていたことが2018年3月に発覚した。燃費の検査行為は道路運送車両法の保安基準の対象外（＝自主的なもの）である一方、排ガスの検査は対象内であるため同法に抵触する可能性がある。いずれも基準値の範囲内であるとして、リコールは行わない見込みであるが、これらの一連の問題を受けて吉永社長は会長職へ退いた。翌4月に提出された報告書によると、少なくとも2012年12月から2017年11月までの間に903台において検査員および班長によるデータの書き換えがあった。また同期間以前のデータは既に無いが、「2002年から不正が行われていた」という証言もあり、同報告書はその可能性は否定できないとした。同年9月には、加えてブレーキ検査でのデータ改ざんも発覚。こうした不正の一部は1990年代前半から行われていたとされる。さらに同年11月に、これらの検査不正は発覚後も一年の間（同年10月まで）行われていたことが判明。追加で10万台のリコールが発表され、一連の不正によるリコールは53万台に膨れ上がった。
2012年、クリーンロボット事業部において不正経理が行われていたと共に、経済産業省や行政法人からの委託事業・補助金事業について不正が行われていたと発表した。不正経理は2004年から2011年の間に行われ、架空発注の元に2億円以上の資金を不当にスバルから引き出し、主にクリーンロボット部部長が私的に流用していた。スバルは元クリーンロボット部部長を栃木県に刑事告訴した。
未来のレヴァーム皇妃を「海猫」が操縦する偵察機の後席に乗せ、陥落寸前のレヴァーム自治区から脱出させるレヴァームの極秘作戦、「海猫作戦」。その作戦を阻止し、レヴァーム側の厭戦気分に拍車をかけべるく出撃した天ツ上海軍パイロットの中に一人、「海猫」の永遠のライバルとなる男が居た。その名は、天ツ上海軍撃墜王・千々石武夫。「海猫」に対して仕掛けた編隊空戦をことごとく躱され、さらに独断専行で海猫との一騎討ちに挑み、その果てに敗れた・千々石は、海猫との再戦を夢見ていくつもの戦場を渡り、「魔犬」と恐れられる存在になっていく。千々石らエースパイロットの奮闘により連戦連勝を続ける天ツ上だが、着水中の空母6隻のうち4隻を撃沈され、その上熟練飛空士を多数失う大敗北を喫し、優勢に陰りが見え始める。そして、レヴァームの圧倒的な産業力の前に形勢がついに逆転する。中央海戦争に敗北すれば、帝政天ツ上は神聖レヴァーム皇国に「猿」と呼ばれ、永遠に差別され、理不尽に虐げられ続ける未来に甘んじなければならない。大瀑布を越え、ついに天ツ上に迫るレヴァーム機動艦隊を迎え撃つべく空母「雲鶴」に乗り込んだ千々石を待ち受けていたのは、求め続けてきた「海猫」とその優雅な機動だった。魔犬と海猫。二人のエースは、互いの誇りを賭けて中央海戦争最終決戦を舞台に空を駆ける。秘技に次ぐ秘技を繰り出す死闘の末、千々石は「海猫」との勝負を制する。「海猫」を墜とされたレヴァームには千々石を止められる者はおらず、千々石はレヴァーム艦隊に張り付いて自軍の飛空戦艦からの艦砲射撃を誘導し、飛行中の戦艦対着水中の空母という一方的に有利な状況を作り出し、己の命を代償に、決戦を勝利に導く。この機を逃さず、神聖レヴァーム皇国に漂い始めた厭戦気分をまとめ上げて天ツ上とレヴァームの休戦を取り付けたのは、かつて千々石が「海猫作戦」阻止の際に墜とし損ねた標的、レヴァーム皇妃ファナであった。