アニメのスピンオフ作品であり、巴マミを主人公に据えた漫画『The different story』においては、アニメ本編同様、当初はマミのために魔法少女になろうとしていたが、さやかが先に魔法少女になったため、「確かな願いを見つけたい」という理由で契約することを保留にしていた。その後さやかが仁美と恭介の問題を抱え、マミとコンビを解消し、苦悩しているのを見るに見かね、恭介本人にさやかの願いを打ち明けるが、その行動は返ってさやかを魔女化させる原因となる。最終話では、暁美ほむらの提案を受け入れてワルプルギスの夜と戦うか否かを迷っていたマミに、契約を思い留めようとする彼女の制止を振り切り、マミに「普通の女の子に戻ってほしい」と告げる。そして魔女化の真実を知らないまま「さやかの蘇生」を願ってキュゥべえと契約して魔法少女となる。劇中において、マミに戦うことを求めなかったのはまどかだけであった。
外伝漫画のおりこ☆マギカでは魔法少女の存在を終盤に知るようになるが、まどかの魔女化および契約を阻止しようとする美国織莉子の策略によってキュゥべえとは接触していない。終盤で織莉子達と佐倉杏子達との戦闘に巻き込まれ、その際織莉子の最期の攻撃が直撃、魔法少女でも回復することができない致命傷を負って死亡する。
物語の主人公。当初は一見華やかではある魔法少女に夢を見ていたものの、巴マミの死やソウルジェムの真実に直面するたびに苦悩し、魔法少女としての契約に踏み出せない自分の臆病さに迷いながらも、「当事者になれない傍観者」という立場で他の魔法少女に関わっていく。第10話で暁美ほむらの回想として描かれた物語開始以前における時間軸の世界では既に魔法少女として活躍しており、ほむらが魔法少女の世界に足を踏み入れ、戦い続けるきっかけとなる。最終的には自身の真の願いを見出し、「希望を抱くこと自体が間違いであるはずがない」という信念の元、魔法少女の悲劇を終わらせるためにキュゥべえとの契約を決意。彼女の非凡な素質は、元から彼女自身に備わっていたものではなく、ほむらが繰り返した時間遡行の副作用に由来することが終盤で明かされるが、最終的にはその力が物語を決着へと導く。具体的には、｢まどかを救うための時間遡行｣を行い続けた結果あらゆる因果がまどかを中心とするようになり、｢まどかがいるからこそこの世界が存在する｣という因果関係となったことで、まどかは神にも等しい存在となる。本編での魔法少女への変身は一度きりで、そのまま変身を解いて戻ることなく概念的な存在へと昇華している。概念となる際、事態の顛末を見届けていたほむらにリボンを託すと共に、自分の選択を後悔していないことを語っている。再構成された世界においては、力尽きた魔法少女を別の次元へと導く存在、「円環の理」として、魔法少女達の間で語り継がれる存在となる。鹿目まどかという人物は、最初からこの世に存在しなかった事になったが、時間遡行を繰り返し、ことの一部始終を見届けてきたほむらはまどかのことを記憶しており、母の詢子や弟のタツヤもおぼろげながらもまどかの存在を認識しているかのように描かれている。
現在、城内には、大手門、焔硝蔵、多聞櫓、千貫櫓、乾櫓、一番櫓、六番櫓、金蔵、金明水井戸屋形などの建物遺構が残っており、国の重要文化財に指定されている。また、桜門の高麗門については、明治20年（1887年）に日本陸軍大阪鎮台によって再建されたものであるが、国の重要文化財に指定されている。また、現存する石垣も多くが当時の遺構である。江戸時代の大坂城は、徳川幕府の三期に渡る天下普請によって再築された。石垣石は瀬戸内海の島々（小豆島・犬島・北木島など）や兵庫県の六甲山系（遺跡名：徳川大坂城東六甲採石場）の石切丁場から採石された花崗岩である。また遠くは福岡県行橋市沓尾からも採石された。石垣石には、大名の所有権を明示するためや作業目的など多様な目的で刻印が打刻されている。ちなみに高さ5〜6mで最大幅14mに達する巨石が数多く使われている。最大の巨石であり、備前国岡山藩主池田忠雄が運んできた本丸桜門枡形にある蛸石の重量は最大130トンと推定され、エジプト・ギザの大ピラミッドの積石が1個約2.5トンであるのと比べ、その巨大さがわかる。ピラミッド内部にある花崗岩でさえ約80トンと言われる。また、イギリス・ストーンヘンジで最大の石は高さ6.6mで45トンである。大阪市内には石垣に使われず放置された石材があり「残念石」と言われている。運搬時に落ちた石は「落城」に通じ縁起が悪いとされ捨てられた説がある。現存する多くの鏡石はさほど厚みが無く本来の石垣の表に置かれた化粧石の役目になっている。徳川氏は大坂城を再建するにあたり、豊臣大坂城の跡を破却して盛り土した上に、縄張を変更して築城したため、現在の大坂城址で見ることができる遺構や二重の堀、石垣は、みな江戸時代の徳川大坂城のものである。大坂の陣で埋め立てられた惣堀を含む豊臣大坂城の遺構は、大阪城公園や周辺のビル・道路の地下に埋没したままで、発掘も部分的にしか行なわれていない。村川行弘（大阪経済法科大学名誉教授・考古学）らによる昭和中期の大坂城総合調査により徳川氏本丸の地下からは秀吉時代の石垣が見つかっており、現在は普段は一般には開放されていない蓋付きの穴の底に保存されている。また、2003年（平成15年）には大手前三の丸水堀跡の発掘調査で、堀底からは障壁のある障子堀が検出され、堀の内側の壁にトーチカのような遺構も見つかった。また、この発掘調査によって、堀自体が大坂冬の陣のときに急工事で埋められたことを裏付ける状況証拠が確認されている。豊臣時代の石垣を公開する計画があり、そのための募金活動が平成25年から行われている。