Scherzo. Mäßig schnell - Trio. Gleiches Tempo（スケルツォ。適度に速く ― トリオ、（主部と）同じテンポで。） - ノヴァーク版Scherzo. Schnell - Trio. Gleiches Tempo（スケルツォ。急速に。 ― トリオ、（主部と）同じテンポで。） - ハース版ハ短調、3分の4拍子。三部形式。粗野なスケルツォで、ブルックナーの原始的な性格がここに反映される。トランペットとトロンボーンを除いた全楽器でスケルツォ主題が強烈に提示される。トリオはハ長調でレントラー風なものでヴァイオリンによるトレモロの上でヴィオラが主題を奏していく。ハース版とキャラガン稿ではスケルツォ提示部、再現部とトリオにそれぞれ反復が指定されている。第1番、第0番交響曲と同じくコーダが付いているのは初期の特徴である。
Andante. Feierlich, etwas bewegt（アンダンテ。荘重に、いくぶん運動的に。） - ノヴァーク版Adagio. Feierlich, etwas bewegt（アダージョ。荘重に、いくぶん運動的に。） - ハース版変イ長調 4分の4拍子、ロンド形式（A-B-A-B-A-Coda）。法悦的な音楽で、後の長大なアダージョの萌芽がここにある。形式はいつものようにベートーヴェンの交響曲第9番の緩徐楽章から来ている。弦のオルガン風な響きに導かれて、第1ヴァイオリンが静かに柔和に主要主題を奏で、対位法的に進む。木管も加わり、ヴァイオリンとヴィオラの応答にファゴットも加わると、半小節の休止があり、副主題が弦のピッツィカートの上にホルンで現れる。まもなく主要主題が回帰する。今度はよりいっそう深刻化している。ホルンにより副主題も反復される。経過風の部分の後、主要主題が回帰し、クライマックスを作り上げていく。その後、コーダとなり、主要主題を扱いながら曲は静かに結ばれる。最後の跳躍の旋律はハース版がホルンで奏され、ノヴァーク版とキャラガン1872年稿ではクラリネットで受け持っている。尚、キャラガン1873年稿ではコーダのヴァイオリン・ソロに至るくだりがヴァイオリン・ソロ楽節で長く演奏されとても美しい。1872年稿にはこの楽節はない。
Moderato（モデラート） - ノヴァーク版Ziemlich schnell（かなり急速に。） - ハース版ハ短調、4分の4拍子。ソナタ形式。ヴァイオリン、ヴィオラのトレモロの中から、チェロが第1主題をおおらかに奏しだす。いわゆるブルックナー開始である。チェロの付点リズムがヴァイオリンに移ると、トランペットの3連音符と付点による信号風リズムが現れる。いわゆるブルックナーリズムである。第1主題の確保と発展が行われ、次第に力を弱めるとティンパニが3つの弱い響きを出し1小節の休止の挟んで第2主題部へ移る。第1ヴァイオリンの浮遊するような音型の下で、チェロが変ホ長調で第2主題を提示する。弦に新しい推進的な音型が現れた後、第3主題も変ホ長調でオスティナートの伴奏の上に提示される。次第に高揚し、金管が付点リズムの信号動機を奏して頂点をつくる。しずまって弦が残ると小結尾に入り、愛らしい小結尾主題がオーボエ、クラリネット、ファゴットへと受け継がれる。休止の後、ヴィオラのトレモロが現れ、低音弦が第1主題の断片を出して展開部へ入る。展開部は主に第1主題を扱いながら高揚し、第3主題の伴奏の音型や第2主題も加わる。やはり休止の後、再現部へ入る。第1主題は今度は管も加わって豊かに再現されるが、第2主題、第3主題、小結尾ともに型どおりの再現となっている。コーダは比較的長大で低弦の第1主題の断片が繰り返されるが一旦萎む。再度、第1主題の断片が繰り返され信号動機も加わってクライマックスを作り上げる。一度静まってからチェロが第1主題を奏で、ファゴットとフルートに導かれてまた頂点を作って曲は終わる。尚、キャラガン版では展開部に相違があり、展開の推移が幾分長くなっている。
チェロキー・ネーションはこの時の敗北でアメリカ連合国から棄てられた。その先祖の土地を犠牲にして確保した権利を失うことを恐れ、ロスは大衆の大半を北軍側との同盟に戻した。チェロキー族1個連隊が北軍に加わった。ロスはワシントンに行った。そこではチェロキー族指導層が、ロスは「我々の大義を弁護し、ワシントンで我々を代表し、我々の国民と我々の権利を守るために貴方達の影響力全てを行使してくれる」ようになることを期待した。ロスは到着前にエイブラハム・リンカーン大統領に宛てた手紙で、条約の規定を互いに順守することに基づくチェロキー族の権利を守るための6点を説明した。条約はアメリカ合衆国が契約された約束を遂行しなかったことで無効になったと主張する巧みに編まれた議論で、チェロキー族の離反を問題にすることから解放した。リンカーンは経験を積んだ法律家であり、ロスの主張の論理について疑念を表明した。リンカーンはアメリカ合衆国がチェロキー族に対して特別の義務があるという観念を進んで認めようとはしなかったが、チェロキー族全体の権利が連邦政府によって守られていることには同意した。ロスは1862年10月から1865年7月までワシントンに留まった。1863年、スタンド・ワティーの部隊がオクラホマのパークヒルにあるロスの家を焼き、チェロキー・ネーションの内部にある強い闘争を顕在化した。ロスは戦争が続く間、チェロキー族の条約による権利を守り、ネーションの福祉確保に努めた。その亡命政府はネーションに留まっている民衆から陳情と最新情報を得た。ロスは連邦議会や政府の者達と接触して、チェロキー族やその他西部のインディアン・ネーションを救うように政治活動を行った。ロスはリンカーンや陸軍長官のエドウィン・スタントン、およびインディアン問題コミッショナーのウィリアム・P・ドールとの対話ルートを確立し維持することができたが、その任務は骨の折れるものが続いた。その嘆願は同情をもって傾聴されたが、チェロキー族に対する政府の義務を確信させるまではできなかった。最終的にロスは、チェロキー族連隊が防衛のために武装することを認めさせ、そのことでチェロキー族が北部に戻ることが可能になった。チェロキー族の権利についてアメリカ合衆国との折衝を成功させることはできなかった。