4月1日、オーランド・マジック戦に勝利し、18年連続のプレーオフ進出と勝率6割以上を決めた。この時点の継続中では最長で、2位はアトランタ・ホークスの8年連続、歴代での記録は、シラキュース・ナショナルズ~フィラデルフィア・76サーズの22年、ポートランド・トレイルブレイザーズ21年、ユタ・ジャズ20年、ボストン・セルティックス19年に次ぐ記録である。4月3日のホームでのデンバー・ナゲッツ戦を30点の大差で勝利し、50勝以上が16シーズン連続となった。この時点でチーム勝率を.615(1934勝1210敗)まで上げ、ロサンゼルス・レイカーズの.610(3215勝2061敗)を抑えて勝率歴代1位チームとなった。このシーズンのウェスタンカンファレンスは、最終戦まで順位が、2位から6位まで決定していないという大混戦となった。スパーズも勝てば2位、負ければ6位となる最終戦を迎え、この試合に勝てばプレーオフ進出が決まるニューオーリンズ・ペリカンズと対戦し、なんとしても自身初のプレーオフに進出したいアンソニー・デイビスの思いのこもった活躍によってスパーズは敗れ、第6シードで、1st.ラウンドはロサンゼルス・クリッパーズとのマッチアップとなった。実力の拮抗する両チームによる1st.ラウンドの戦いは稀に見る大接戦となり、最終第7戦まで縺れ、クリッパーズホームコートアドバンテージの中、リーグを代表するポイントガードであり、ダンカンのウェイクフォレスト大学の後輩であるクリス・ポールが、左足ハムストリングの痛みを抱えながらも、卓越したゲームメーカー、クラッチプレーヤーぶりを発揮し、スパーズはクリッパーズに押し切られる結果に終わり、2011年にメンフィス・グリズリーズにアップセットで敗れて以来のファーストラウンド敗退となった。
このシーズンのロデオ・ロード・トリップの2戦目のインディアナ・ペイサーズ戦を4クオータで14点差から逆転勝利し、グレッグ・ポポビッチヘッドコーチのレギュラーシーズン通算1,000勝利目を飾った。ポポビッチの勝利数は、ホーネッツ、ウルブス、ラプターズ、グリズリーズ、ペリカンズ5チームのそれぞれのフランチャイズ勝利数を上回っている。この時点で、1,000勝以上しているのは、ドン・ネルソン(1,335)、レニー・ウィルケンス(1,332)、ジェリー・スローン(1,221)、パット・ライリー(1,210)、フィル・ジャクソン(1,155)、ジョージ・カール(1,131)、ラリー・ブラウン(1,098)、リック・アデルマン(1,042)、ポポビッチの9人だけである。1フランチャイズでの達成は、ポポビッチとジェリー・スローンの2名である。また、リーグすべてのチームに対し勝ち越しており、この1,000勝で出場した選手ではティム・ダンカンが929試合、トニー・パーカーが703試合、マヌ・ジノビリが607試合、ブルース・ボーエンが454試合、マット・ボナーが400試合である。トニー・パーカーが3月31日のマイアミ・ヒート戦で、NBA史上3番目の若さでレギュラーシーズン1,000試合出場を果たした。1000試合出場時点での勝利数(718)は、歴代1位の成績(2位はシカゴ・ブルズのスコッティ・ピッペンの715勝)、スパーズだけでの達成はダンカンに次ぐ2人目で、1チームでの達成は17人目である。
1930年（昭和5年）、体調が回復に向かい、文語詩の制作をはじめる。5月、東磐井郡の陸中松川駅前にあった東北砕石工場主の鈴木東蔵が来訪。鈴木は石灰岩とカリ肥料を加えた安価な合成肥料の販売を計画しており、賢治も賛同する。1931年（昭和6年）2月21日、東北砕石工場花巻出張所が開設。父の政次郎は病弱な賢治を外に出すのを心配し、工場に融資を行って花巻に出張所を作り、仕事をさせようとの考えだった。しかし技師となった賢治は製品の改造、広告文の起草、製品の注文取り・販売などで東奔西走する。農閑期、石灰は売れなくなる。そこで賢治は石灰を壁材料に転用することを考え、9月19日、40キログラムもの製品見本を鞄に詰めて上京する。翌20日、神田駿河台の旅館「八幡館」に泊まるが高熱で倒れ、死を覚悟して、家族に遺書を書く。27日、最期の別れのつもりで父親に電話をかける。政次郎は東京の小林六太郎に頼み、翌日賢治は花巻に戻って、すぐ病臥生活となる。11月、手帳に『雨ニモマケズ』を書く。。1932年（昭和7年）3月、『児童文学』第二冊に「グスコーブドリの伝記」発表。挿絵は棟方志功。病床では文語詩の制作や過去の作品の推敲に取り組む。前年冬から医者にもかからず、薬はビール酵母と竹の皮を煎じたものを飲むだけだった。1933年（昭和8年）9月17日から19日まで鳥谷ヶ崎（とやがさき）神社のお祭りが行われ、賢治は門口に椅子を出して座り、神輿や山車を見物した。翌日の朝、昨夜賢治が門口にいるのを見た農民が相談に来た。話をした後、賢治は呼吸が苦しくなり、往診した医者から急性肺炎の兆しと診断される。その夜、別の農民が稲作や肥料の相談にやって来る。賢治は着物を着換え1時間ほど丁寧に相談に乗った後、すぐ二階の病室に運ばれた。心配した清六が付き添って一緒に寝たが、賢治は「この原稿はみなおまえにやるから、もし小さな本屋からでも出したいところがあったら出してもいい」と話した。9月21日、午前11時半、突然「南無妙法蓮華経」と唱題する声が聞こえたので家族が急いで二階の病室に行ってみると、賢治は喀血して真っ青な顔になっていた。政次郎が「何か言っておくことはないか」と尋ねると、賢治は「国訳の妙法蓮華経を一千部つくってください」「私の一生の仕事はこのお経をあなたの御手許に届け、そしてあなたが仏さまの心に触れてあなたが一番よい正しい道に入られますようにということを書いておいてください」と語った。政次郎が「おまえもなかなかえらい」と答えて階下に降りると、賢治は清六に「おれもとうとうおとうさんにほめられたものな」と言った。病室に残ったイチが賢治に水を飲ませ、体を拭いてやると「ああいい気持ちだ」と繰り返し、午後1時半、呼吸が変わり潮がひくように息を引き取った。没時年齢は満37歳。葬儀は宮沢家の菩提寺で営まれた。18年後の1951年（昭和26年）、宮沢家は日蓮宗に改宗し、墓所は花巻市の身照寺に移された。また国柱会から法名「真金院三不日賢善男子」が送られた。東京都江戸川区の国柱会には賢治の遺骨の一部が納められている。