クラブは1947年にVASOヴォロネジ工場のスポーツ団体クルィリヤ・ソヴェトフによって、コマンダ・スタリンスコゴ・ライオナの名前で創設された。1954年からソビエト連邦サッカーリーグのクラスBに所属し、1961年に最上位リーグのクラスAでデビューを果たしたが、1シーズンで降格した。1954年から1958年まではクルィリヤ・ソヴェトフ、1959年から1976年まではトルトの名前で活動し、1977年にファケルに改称された。1984年にファーストリーグで優勝、USSRカップでもスパルタク・モスクワを破り、過去最高の準決勝に進出した。1985年は1961年以来となる最上位リーグに所属したが、再び1シーズンで降格した。ソ連崩壊後、1992年6月にファケルからファケル＝プロフュスに改称されたが、同年11月にファケルに戻った。1992年はロシア最上位リーグのロシア・トップリーグ 1992に所属したが、1シーズンで降格した。1997年、2000年、2001年にも最上位リーグに所属した。2002年にクラブの新首脳陣によりヴォロネジに改称されたが、サポーターの抗議を受けてすぐにファケル＝ヴォロネジに改称された。2004年にファケルに改称された。2007年2月26日、ファケルはプロフェッショナル・フットボールリーグのメンバーから除外された。2009年、セカンドディビジョン中央地域に所属していたディナモ＝ヴォロネジがファケル＝ヴォロネジに改称した。同年8月、ファケル＝ヴォロネジはプロフェッショナル・フットボールリーグから除外された。同年12月、リーグから撤退したファケル＝ヴォロネジに代わり、新しく創設されるファケルが2010年のセカンドディビジョン中央地域に参加することが発表された。2011年、プレミアリーグ所属のサトゥルン・ラメンスコーエがリーグから撤退したため、代わりにフットボール・ナショナルリーグ所属のクラスノダールがプレミアリーグに昇格し、セカンドディビジョン所属のファケルがフットボール・ナショナルリーグに昇格した。2011-12シーズンはロシア・カップ準々決勝に進出した一方で、リーグ戦は19位に終わり、セカンドディビジョンに降格した。2014-15シーズンのプロフェッショナル・フットボールリーグ中央地域で無敗優勝し、フットボール・ナショナルリーグに昇格した。
2000年にアメリカで成立した「日本帝国政府情報公開法」に基づき、2007年にアメリカ国立公文書記録管理局が機密解除した資料によって、川合がGHQ参謀第2部（G2）のエージェントとなっていたことが明らかになった。この文書を発掘・解読した加藤哲郎によると、その内容は以下の通りである。チャールズ・ウィロビー率いるG2および民間情報局（CIS）は、日本でゾルゲ事件の調査をおこない、中国革命に好意的なジャーナリストを告発する赤狩りの一環として、アグネス・スメドレーとゾルゲとの関係を探っていた。川合に対するCISの内偵は1947年9月には始まっていた。1949年2月10日、アメリカ陸軍省はウィロビーが指揮した調査に基づくゾルゲ事件の報告書「ウィロビー報告」を発表し、この中でスメドレーを関係者として記述したが、直後にスメドレーからの抗議により、「手違い」として2月27日に報告書は陸軍長官により撤回となる。スメドレーからの抗議があった直後の2月16日、CISの文書課長であったポール・ラッシュ中佐により、川合は尋問を受けた。そこで、川合は上海時代のスメドレーがゾルゲの諜報団メンバーであったと証言した。この尋問の最後にラッシュは川合とともに一枚の写真に収まったが、これは尋問を受けた証拠として川合の「寝返り」を防ぐことが目的であった。CISは川合の証言に価値を認め、保護下に置くことを決める。川合の警護は米軍と日本の警察が担当することとなり、警視総監・田中栄一の面会を受けるが、その際に川合は「伊藤律は共産党の裏切り者で、尾崎の絞首刑に責任があり、自分は伊藤の破滅のために働きたい」と述べた。その後の尋問でも川合は「尾崎・ゾルゲ事件真相究明会」や日本共産党の「内情」を、伊藤をおとしめる形で伝えた上、ゾルゲ事件を利用した共産党攪乱工作まで提案した。CISは共産党情報を伝えたことに対して1万円の報酬を支給した後、1949年4月には川合に月2回の報告を義務づけ、報酬として2万円とタバコを支給することを決定し、川合はエージェントとなった。川合がこうした行動に出た背景として、「尾崎・ゾルゲ事件真相究明会」に対して共産党が冷淡な態度を示したことへの不満、スメドレーについての証言だけでは米軍に対する価値が低くなるという危惧があった点を加藤は記している。しかし、アメリカが本格的に日本共産党への工作を開始し、さらにコミンフォルムの批判によって共産党が分裂状態に陥ると、G2にとって川合の利用価値はほとんどなくなり、ただスメドレーの追及に使えるというだけの存在となっていた。このため、1950年2月には報酬を1万円に引き下げられるが、スメドレーは1950年5月に急死、1951年9月で川合への報酬は打ち切られた。この時期の川合は、米軍厚木基地でCIAに対して中国についての講師を務めていたとされる。川合が受け取っていた報酬2万円は、1949年当時の大卒初任給の6倍以上という金額であったが、加藤はラストロボフ事件や志位正二（当初アメリカ、後にソビエト連邦のエージェント）のケースと比較して「破格のVIP待遇ではなく、いわば凡庸な平均的スパイの報酬」と述べている。前記とも関係するが、1953年に出版した自伝『ある革命家の回想』について、事実との相違が多数指摘されているほか、ゾルゲ事件摘発後に川合の供述により検挙された「中共諜報団事件」について、供述は特別高等警察の作為に沿った虚偽で、関係者は冤罪であったとされている。川合の「証言」に依存する形で松本清張や尾崎秀樹によって広められた「ゾルゲ事件検挙の端緒は、当局のスパイである伊藤律の供述」という説は、川合や伊藤、松本の没後に渡部富哉が捜査・裁判資料の洗い直しなどによって成り立たないことを示し、さらに川合の証言が米軍情報機関のエージェントとして伊藤を誣告する意図を持っていたと確認されたことで、根拠を完全に失った。松本清張が「伊藤律スパイ説」を記した『日本の黒い霧』について、発行元の文藝春秋は伊藤の遺族と渡部らの抗議を受け、2013年に松本の記述を訂正する注釈を入れることとなった。