元カナダ居住者のエルンスト・ツンデルはサミスダット・パブリッシング (Samisdat Publishing) という出版社を運営し、リチャード・ヴァーラル(本名リチャード・ハーウッド) の著書『本当に600万人も死んだのか？』 (Did Six Million Really Die?) といった書物を出版した。1985年、ツンデルは「ホロコーストを否定する書物を配布、出版した」として「虚偽の報道」罪で裁判にかけられ、オンタリオ州地方裁判所によって有罪宣告、15箇月の禁固刑を言い渡された。この事件は大きく注目され、多くの活動家が表現の自由を訴えて、ツンデルの表現の権利を擁護しようと介入し、1992年にカナダ最高裁判所が「虚偽の報道」法は憲法違反だと宣言し、彼の有罪判決は覆された。この裁判で1988年にツンデルが弁護側証拠として米国のフレッド・ロイヒター（en:Fred A. Leuchter）に依頼して作成した「ロイヒター・レポート」は、一般にガス室とされている建造物では技術的な問題からガスによる殺人は不可能であると結論づけている。裁判でロイヒターが証言をしたものの、彼が工学修士ではなく哲学修士であること、ビルケナウのガス室に関する資料を十分に読むことなくレポートを書いていることを指摘され「専門家による証言」とはみなされなかった。1995年5月20日にはツンデル自宅へ爆弾が届く。その後、ツンデルはウェブサイトを立ち上げて主張を宣伝した。このウェブサイトに対する告訴に対して、2002年1月、カナダ人権裁判所はカナダ人権法に違反しているとの判決を下した。2003年2月、アメリカ合衆国移民帰化局はテネシー州において移民法違反の容疑でツンデルを別件逮捕し、数日後カナダに身柄を送還した。そこでツンデルは難民認定を受けようとしたが、ツンデルは2005年1月まで拘留され、11月にドイツで起訴された。
IHRはユダヤ主義者から暴力による襲撃を繰り返し受けており、1981年6月26日、1982年4月25日には放火、1982年9月5日には事務所へ発砲をうけ、1984年7月4日にはシオニストグループによって放火され多くの資料が焼失した。見直し論者側はこれを焚書行為と糾弾し、ゲルマール・ルドルフは「異なる意見を抱いているだけで、非人間、悪魔、害虫、下等人種とみなしていいのだろうか? ナチスはそれをやったから非難されているのではないか? 扇動的な表現をすることは、ファシスト的、ナチス的、人種差別主義的ではないか」とユダヤの過激派を批判した。1984年、カナダの高校教師ジェームズ・キーグストラは授業で資料の一部としてホロコーストに関する戦後の通説に疑問を呈する教材を使用し反ユダヤ主義的主張をしたとして告発され、有罪宣告を受け、解雇された。1988年7月18日にはキーグストラの自宅が放火された。プリンストン大学教授で、左翼と見なされていた歴史家アーノ・マイヤーは、は、1988年に『天はなぜ曇らなかったのか？』  において、（1）ドイツははじめからユダヤ人を絶滅する計画ではなかったと考えられる、（2）アウシュヴィッツで死亡したユダヤ人の多くは故意の殺害ではなく、病死や飢餓の犠牲者であった等の考察を述べている。メイヤーの問題提起はニューズウィークでも取り上げられ、日本の西岡昌紀にも影響を与え、マルコポーロ事件が発生した。1987年、ブラッドリー・スミスが「ホロコーストに関する公開討論委員会」 (CODOH) を創立。CODOHは、ホロコーストの通説を問題とする新聞広告をアメリカ合衆国内の大学学生新聞に打つ試みを繰り返している。掲載の諾否は新聞によって異なるが、編集長がどちらの判断を下しても、ほとんどの新聞は表現の自由を理由として、あるいは反ユダヤ主義的な言論は慎むべきであるという理由で、自らの判断を擁護する論説を掲載している。この広告キャンペーンによって、1990年代初期に多くの学生新聞にCODOHの広告が掲載され、全国的な議論を巻き起こし、ニューヨーク・タイムズもで取り上げた。2000年以降は、ユダヤ人広告主の批判を受けた事もあって、少数の例外を除き大半の学生新聞が広告を拒否するようになった。
定期列車時代は、乗車券のほかには割安な急行券のみで長距離を利用できるため、時には自由席が非常に混みあって繁忙期には全区間着席できない場合や、寝台券・グリーン券の売り切れも生じた。グリーン車や寝台車は高速バスにはない快適性を求める長距離客の利用が中心である一方、自由席においては大阪発新潟行では彦根駅・米原駅・長浜駅・福井県方面への最終列車として、通勤需要にも利用されていた。新潟県内では、直江津駅で北越急行ほくほく線の始発列車となる快速越後湯沢行に接続し、長岡駅では上越新幹線に接続し、北陸方面から上越新幹線上り東京行き列車に連絡するため、新潟県内での上越新幹線への乗り換えには信越本線経由とほくほく線経由の2通りのルートが利用可能であった。富山駅では、富山地方鉄道の立山方面の始発列車に乗り継いで立山黒部アルペンルートに向かう利用客や、夏場には富山駅から西銀座ダイヤモンドコースの起点になる折立登山口への直行バスに乗車するために利用する登山客なども多くみられた。冬場には、少数であるが南小谷・白馬方面や、妙高高原方面へのスキー客にも利用されていた。新潟県内では朝ラッシュ時間帯に新潟駅に到着するため、長岡駅から通勤需要が活性化しビジネス客などで増え始め、快速列車となる新津駅からは通勤・通学客の利用が多かった。また用務客にとっても便利な上に、自動車利用では新潟市街地の渋滞遅延が発生しやすい時間帯に新潟駅に到着するために直江津駅や柏崎駅からの乗車客も多かった。快速区間の新津駅と亀田駅から乗車できるのは普通車自由席の4両のみで、グリーン車・寝台車には乗車不可であった。新潟発大阪行は長岡駅で東京発新潟行の最終「Maxとき」353号から接続し、北陸方面への最終列車となっていた。また上越新幹線の利用客だけでなく新潟市から長岡市・柏崎市などへ帰宅する用務客の利用も多かった。さらに新潟方面以外でも、京都駅・大阪駅へ早朝に到着できるため、北陸地方からの関西国際空港利用客にも早出の便として利用されていた。京都駅では同一ホームにて草津発関西空港行特急「はるか」と接続した。しかし、21世紀にはいると運輸行政の規制緩和による格安ツアーバスの台頭（後に法改正で高速路線バスと統合してツアーバス自体は消滅）、さらには格安ビジネスホテルの出現によるビジネス客の減少や周遊券の廃止によって夜行列車としての利用者（特に寝台車の利用者）は減少傾向にあった。実際にJR西日本によると乗客数はJR発足時の1987年と比較して2010年代では約半分に減少しており、2010年度の平均乗車人数（1本当たり）は約120人であった。定期列車廃止間近の乗車率は約3割であった。晩年の乗客は大阪 - 敦賀間と直江津 - 新潟間に集中するなどライナー列車代用として利用されるようになり、夜行列車としては寝台車も含めてさほど利用されなくなったものと推測される。