ジュニオール・バイアーノはブラジル代表として1997年から1998年にかけて25試合に出場し、1998 FIFAワールドカップや1998 CONCACAFゴールドカップ、FIFAコンフェデレーションズカップ1997に出場し、コンフェデ杯では優勝を果たした。1998年のワールドカップではグループAのノルウェー代表戦で、彼はトーレ・アンドレ・フローに競り負けてクラウディオ・タファレルの手に届く間際にボールがすり抜けて得点された挙句に2-1の敗戦を喫した。しかし、ブラジルを決勝戦まで導くのに非常に大きな役割を果たした。
ジュニオール・バイアーノは1980年代末にカンピオナート・ブラジレイロ・セリエAに所属するCRフラメンゴでプロデビュー。その後はブラジル全土を行き来した他、ドイツや中国にも移籍した。ドイツではヴェルダー・ブレーメンと契約したものの、相手選手を殴り十試合の出場停止処分となり契約も解除された事で最も印象に残っている選手である。ブラジルのカンピオナート・カリオカは1991年と2004年にCRフラメンゴで制覇している他、コパ・ド・ブラジルやカンピオナート・ブラジレイロ・セリエAも同チームで制覇している。また、コパCONMEBOLとレコパ・スダメリカーナをサンパウロFC時代の1994年に制覇した他、SEパルメイラス時代の1999年にはコパ・リベルタドーレスを制覇している。2005年の末には引退宣言したものの、翌年12月にはアメリカ-RJとプロ契約し選手に復帰した。その後、カンピオナート・ブラジレイロ・セリエBのブラジリエンセFCに移籍した。2009年にはヴォルタ・レドンダFCに一旦移籍した後にメジャーリーグサッカーのマイアミFCに移籍してキャリアを終えた。このチームの監督は嘗てブラジル代表で共に戦ったジーニョであった。
本人は地元である横浜大洋ホエールズか西武ライオンズへの入団を希望していたが、同年のドラフト会議でロッテオリオンズから1位指名を受ける。ドラフト前に愛甲を最も熱心に誘ったのは大洋で、原辰徳の外れ1位と言われていた。大洋から指名されなかった場合は社会人のプリンスホテル硬式野球部を経由して西武に入団するという密約を西武と結んでいたため、ドラフト後の記者会見で「ロッテにはいきたくありません」と発言してしまい、露骨に嫌な表情を浮かべた写真や映像が知られることなった。しかし、他の指名選手に遅れて入団。入団発表での記者会見で「野球をやめたら吊るしの洋服屋がやりたい」というコメントを残す。入団後は高橋博士のものだった背番号1を与えられた（高橋は背番号を15に変更）。また愛甲を目当てに多くのファン、とりわけ女性（後述）がキャンプや試合に訪れた。イベントにも女性が殺到し、バレンタインデーには280個のチョコレートが届いた。1年目の1981年は開幕から一軍に上がり8試合に登板。6月25日に西武を相手に先発するが、早々に打込まれ降板、敗戦投手となる。9月23日には2度目の先発、近鉄の橘健治と投げ合い6回を3失点と好投するが、7回には森脇浩司に3点本塁打を喫し力尽きた。翌1982年は5試合の登板にとどまるが、1983年は中継ぎに回り、チーム最多の48試合に登板している。4年目の1984年からは野手へ転向。チームの主砲落合博満に弟子入りして打撃技術向上に取り組む。落合に受けた自主トレはスパルタ教育そのもので、余りの厳しさに愛甲がつい「これでも甲子園優勝投手ですよ」とこぼすと、落合は「そんなに甲子園がいいなら甲子園に帰ればいい」と一喝。愛甲はこれでプライドを捨てる事ができたという。落合は厳しい指導の反面、愛甲を可愛がり、行動を共にすることが多かった。打者転向に一番大きな役割を果たしてくれたと愛甲は自著『球界の野良犬』で語っている。またこの自著によると、当時のロッテは落合派と有藤派に分かれているとされ、打者として頭角をあらわして以降の愛甲は落合派の代表とみなされたが、「お互い一匹狼のオチさんと自分が派閥なんてつくるはずはなかった」と反論している。野手転向3年目となる1986年には主に右翼手として一軍に定着、66試合に先発出場し打率.265を記録した。翌1987年のシーズン前半は一塁手、後半は山本功児にポジションを譲り、主に両翼を守った。1988年は開幕から五番打者、一塁手として起用され、チームの主軸として本塁打17本と初の二桁を記録、また初めて規定打席（13位、打率.286）にも到達した。近鉄のパ・リーグ優勝がかかった、10.19のダブルヘッダー第1試合では、初回に小野和義から先制2ラン本塁打を放った。1989年には三番打者としてリーグ8位の打率.303を記録し、ゴールデングラブ賞も獲得。1990年には右翼手に回り自己最多の21本塁打を放つ。翌1991年は一塁手に戻り、1994年まで定位置を守った。1988年6月25日から1992年7月11日にかけて535試合連続フルイニング出場を記録し、当時のパ・リーグ記録を樹立した。なお、連続フルイニング出場が途切れたのは、1992年7月11日に5打席5三振（1試合の三振日本タイ記録）の上に、決勝点の要因となる悪送球を犯して翌日はスタメン落ちしたためである。それでも、1987年10月20日から続けている連続試合出場は継続し、1993年6月6日まで694試合連続出場（当時パ・リーグ歴代5位）を記録した。なお、愛甲の自著によると、連続試合出場が途切れたのは当時の八木沢荘六監督が起用を忘れていたためであるといい、その振る舞いに失望した旨が記されている。1995年は、ボビー・バレンタインが監督に就任すると、打撃不振の影響もあってチーム構想から外れ、出場機会が激減した。オフには無償トレードで中日ドラゴンズに移籍。