ペルシア軍は先に戦場に到着した。ダレイオスは事前に戦場の樹木を刈り払って戦車部隊の障害とならないようにしておいた。軍勢の中央にはダレイオスと最精鋭の歩兵部隊が布陣した。両翼は騎兵部隊であり、左翼をベッソス、右翼をマザイオスが指揮した。戦車隊は騎兵の前に配備された。マケドニア軍は二手に分かれた。右翼はアレクサンドロス自ら指揮し、左翼はパルメニオンが指揮した。左翼が敵の攻撃を支えている間に右翼から決定的な打撃を与える計画であった。騎兵戦力はペルシア軍に5対1の比率で劣り、しかも布陣の長さは1マイル以上もペルシア軍の方が長いため、マケドニア軍がペルシア軍に包囲されるのは不可避に見えた。
古代の記録では、アレクサンドロスの兵はマケドニアおよびコリントス同盟以外にトラキアなどの同盟諸国から合計7千人の騎兵と4万人の歩兵を数えたとされる。ダレイオスの軍勢については100万人とするものもあれば、25万人程度とするものもある。近現代の多くの歴史家は、ダレイオスの軍勢は当時の軍の能力で効率的に補給を行える限度である5万人を超えなかったとしているが、10万人以上であった可能性もある。ある推定では、2万5千人のペルタスト、1万人の不死隊、2千人の重装歩兵、1千人のバクトリア兵、4万人の騎兵、200両の戦車、15頭の戦象がいたとされる。ペルシア軍は数的にははるかに優勢だったが、質的にはマケドニア軍に劣った。マケドニア軍のファランクスはサリッサと呼ばれる6メートルの長さの槍で武装していた。ペルシア軍の歩兵は大半が訓練不足であり、装備でも劣った。ダレイオスの重装歩兵はギリシア人傭兵と、近衛兵である1万人の不死隊だけだった。ギリシア人傭兵はファランクスとして戦ったが、その槍は3メートルしかなく、不死隊の槍にいたっては2メートルしかなかった（訓練不足の兵士にいたずらに長い槍を与えても使用は不可能であり、槍の長さは同時に兵士の練度の指標でもある）。ダレイオスの残りの部隊の中ではアルメニア人部隊が最も重装備で、ギリシア人傭兵部隊と同程度だった。他の部隊ははるかに軽装で、アケメネス朝ペルシアの主要な武器である弓矢で武装していた。
イッソスの戦いのあとの2年間にアレクサンドロスは地中海沿岸地方とエジプトを制圧した。その後彼はシリアからペルシア帝国の心臓部に攻め入り、ユーフラテス川とティグリス川を抵抗なしに渡った。ダレイオスは帝国中から軍勢をかき集めて、大軍を編成した。彼は数でアレクサンドロスを打ち破ろうとし、現代の歴史家の推定では彼の軍勢は約10万人であった。ダレイオスは自分の数的優位と戦車隊を生かすことのできる平原を戦場に選んだ。
動眼神経は、眼球運動に強く関わるほか、上眼瞼をあげて「目を開く」運動、毛様体により水晶体（レンズ）の厚みを調節してピントを合わせる運動、瞳孔括約筋により瞳孔を収縮させて水晶体に入る光の量を調節する運動を司る。光が網膜に当たると、視神経を通る信号が視蓋前核、エディンガー・ウェストファル核で中継されて動眼神経の副交感性線維に伝わる。この信号は毛様体神経節]通って瞳孔括約筋を収縮させる。この反射を対光反射または瞳孔反射と呼ぶ。左右の視蓋前核は後交連を介してつながっているため、片側の視神経から来た信号が両側の視蓋前核に伝わり、以下の経路を興奮させるParent (1996) p。そのため片眼だけに光を当てても、両眼の瞳孔が収縮する（光を当てた側の瞳孔収縮を直接対光反射または直接瞳孔反応、反対側の瞳孔収縮を間接瞳孔反応または共感性対光反射と呼ぶ）。見ている物が近づいたり遠ざかったりしたときにピントを合わせる機能を調節反射という。また遠方視から急にごく近く（10～20cm程度）を見るときに両眼が内転（いわゆる寄り目の状態）し、瞳孔が収縮する反射を輻輳反射という。調節反射と輻輳反射を合わせて近見反射という。疼痛刺激を顔面、頸部、胸部、上肢に与えると両側の瞳孔が1-2ミリ散大するのを網様体脊髄反射と呼ぶ。痛覚刺激のみで実施できるため、意識障害があるときの脳幹障害の判定にとって重要である。眼球運動に関わる神経は、動眼神経のほかに上斜筋を支配する滑車神経、外側直筋を支配する外転神経がある（外眼筋も参照のこと）。通常ものを眼で追う運動 (追視) は両眼が共同して行う。正常ならこの時眼球の動きはゆっくりと滑らか (滑動性眼球運動 smooth pursuit eye movement) であるか、素早い動き (衝動性眼球運動 saccadic eye movement) である。これと似た用語だが、眼球運動が正常で滑らかなときは滑動性 (スムース smooth)、一方異常で滑らかでない時を衝動性 (サッケーディック saccadic) と呼ぶ。水平眼球運動は外転神経と共同して行われる。両眼が同時に右方あるいは左方を見る (側方注視) ための外転・動眼神経の協調は橋背側にある傍正中橋網様体 (parmedian pontine reticular formation, PPRF) という核がかかわっている。衝動性眼球運動の中枢は前頭眼野で、ここから経路は不明だが、反対側のPPRFに命令が伝わる。PPRFからは同側の外転神経核と、眼運動交叉を通って対側の動眼神経核に命令が伝わる 。すなわち右半球の大脳皮質の命令によって、両目の左側への水平視が起き、左半球からの命令は右方への水平視が起きる。このため、PPRFより上部の障害では、障害部位と同じ方向への眼球運動麻痺 (反対方向への眼球偏倚) が、PPRFの障害では障害部位と反対側の眼球運動麻痺 (障害側への眼球偏倚) が起きる。一方、垂直性の共同注視運動についてははっきりわかっていないが、脳幹の中枢は内側縦束吻側間質核やダルクシェヴィッツ核と考えられているが、後交連の病変でも垂直共同注視麻痺が起きることは、上記後交連核のところで記したとおりである。