捕虜虐待や処刑が実際にあったのか否かは不明であるとする見解も存在する。ジュネーブ条約からしても弱っている捕虜に過酷な移動をさせたことに関しては日本軍に責任はあるが、第25連隊第2大隊の関係者の刊行物には、護送される捕虜と日本兵の間に食料等の不公平や虐待等はなかったとの証言がなされている。またラバウル豪軍総司令部軍法会議の裁判において生き残ったオーストラリア軍の元捕虜は、「行軍はきわめて辛かったが、捕虜への扱いは日本軍将兵と同一であった」と証言している。
10月25日、第1航空艦隊司令長官大西瀧治郎中将によって編成された神風特別攻撃隊が最初の特攻を行い、アメリカ軍護衛空母撃沈を含む大きな戦果を挙げた。その夜、第一航空艦隊の航空隊指揮官が集められ、跳梁する敵のPTボート対策について話し合われた。司令部に有効な対策なく、大西は参加した指揮官らに意見を求めた。誰も発言しないなかで、先輩に遠慮して発言を控えていた美濃部が「やります。敵の懐セブ島に進出します。オルモック湾までわずか60キロ。昼間は飛行機をジャングルに隠し、夜間に出撃します」と自分の部隊に任せてほしいと発言すると、大西は「うむ、よし。魚雷艇は153空に任す、634空の水爆隊も協力せよ」とPTボート対策を、美濃部の夜間戦闘機隊と、江村日雄少佐率いる第六三四海軍航空隊の水上機瑞雲 に任せることとした。1944年10月末、戦闘901は零戦4機、月光3機の稼働機全機をもってセブ島の基地に進出し、11月1日より零戦2機ずつをPTボート狩りに出撃させた。PTボートは高速航行するので、航跡でヤコウチュウの光が帯となり上空からは容易く発見でき、またガソリンエンジンで発火しやすいため、エンジンを狙って機銃を撃ちこめば簡単に炎上・爆発すると美濃部は考え、PTボート狩りに出撃する零戦搭乗員に「思い切って肉薄せよ、一撃でよい。」と低空飛行でPTボートに肉薄し弱点であるエンジンに銃撃せよと命じている。美濃部の指示通りPTボートを攻撃した零戦隊は、11月1日～7日のわずか1週間の間で6隻の撃沈を報告した。この損害によりアメリカ軍PTボートは鳴りを潜め、日本軍の夜間の損害は激減し、この成功体験が夜襲部隊構想に対する自信に繋がり、のちの芙蓉部隊編成のきっかけともなったと美濃部は主張している。しかし、アメリカ軍側の記録では、1944年11月のアメリカ軍PTボートの戦闘損失は、11月6日に戦闘901以外の日本軍機の水平爆撃によりPT-320の1隻が全損したのみである。この他、10月26日にPT-132、27日にPT-523がいずれも急降下爆撃による被弾で損傷し、13人が戦死、オーストラリア軍従軍記者を含む多数が負傷しているが、これは戦闘901のセブ島進出前の損害であり、美濃部の主張する戦果は確認できない。また、PTボートは航空機の機銃掃射で簡単に炎上・爆発すると美濃部は考えていたが、航空機の機銃掃射で撃沈されたアメリカ軍PTボートは、1942年4月9日にフィリピンセブ島近海で、特設水上機母艦讃岐丸から発進した零式水上観測機4機に集中攻撃を受けて撃沈されたPT-34の1隻にすぎなかった。美濃部の主張とは異なり、この後もアメリカPTボートの勢いが衰えることはなく、フィリピン戦において、主要任務の日本軍補給路の寸断や兵員の海上移動の阻止のための、大発動艇や他小型船への攻撃で、1945年3月までに大発動艇などを200隻以上撃沈して海上輸送を困難にさせたうえに、攻撃してきた日本軍機を逆に6機撃墜し、魚雷攻撃によって駆逐艦清霜と卯月を撃沈するなど暴れまわり、他にも特攻艇の破壊やゲリラ支援任務などでも活躍し日本軍を苦しめて、アメリカ軍の勝利に大いに貢献している。美濃部ら戦闘901飛行隊がセブ島に進出していたころ、レイテ島に上陸したアメリカ軍はタクロバンに飛行場を整備し、多数の航空機を配備して日本軍の脅威となっていたため、第1航空艦隊は航空機によるタクロバン飛行場攻撃を計画したが、正攻法では飛行場に近づくのも困難であるため、夜陰に紛れての零戦の夜間戦闘機による夜襲をかけることにした。これは、美濃部が構想して実際に部隊編成や訓練を行ってきた戦術そのものであったが、美濃部の901飛行隊には出撃の声がかかることはなく、 同じセブ島に配属されていた戦闘第165飛行隊の零戦12機が夜間に出撃し、戦艦武蔵の艦長として武蔵と運命を共にした猪口敏平中将の息子猪口智中尉機を含む11機が、黎明の攻撃で未帰還となっている。11月10日、大西が美濃部を司令部に呼び出した。美濃部によれば、このとき大西は、多号作戦で日本軍の輸送艦隊の脅威となっているコッソル水道のアメリカ軍飛行艇とPTボート基地への攻撃を命じたが、夜間戦闘機に基地攻撃は困難と渋った美濃部に、大西は基地への特攻を示唆したという。美濃部は「特攻以外の方法で長官の意図に副えるならば、その方がすぐれているわけです。私は、それに全力を尽くすべきと思います」「だいいち、特攻には指揮官は要りません、私は指揮官として自分の方法を持っています。私は部隊の兵の使い方は長官のご指示を受けません」と反論した。「今後俺の作戦指導に対する批判は許さん」「反対する者は叩き切る」と第一航空艦隊幹部に徹底していた大西であったが、この美濃部の反論に対して怒りを見せることもなく、「それだけの抱負と気概を持った指揮官であったか。よし、その特攻は中止して、すべて君に任せる」と意見を認めている。このやり取りののち、大西が「特攻はむごい。しかし、ほかに方法があるか」「若い者に頼るほかない。これは私の信念だ。特攻は続ける」と呟いたのを美濃部は聞いたという。