2006年度に8両編成3本（8604F・8608F・8611Fのうち8両×3本の24両）、2007年度に8両編成2本（8607F・8610Fのうち8両×2本の16両）、2008年度に8両編成2本（8612F・8618Fのうち8両×2本の16両）、2009年度に8両編成1本（8613Fのうち8両）がインドネシアの鉄道会社であるPT. Kereta Api、PT KAI Commuter Jabodetabekに譲渡された。ジャボデタベックの通勤電車で、冷房付各駅停車「Commuter Line」に使用されている。改番は行われていない。2009年に譲渡した8613Fのみ「PT KAI Commuter Jabodetabek」所属となっており、「JALITA」という愛称が付けられている。なお、譲渡後不具合を起こし、長い間休車になっていた8613Fは休車の間に部品取りが進み復旧が困難になったため、2014年9月に廃車となった。
東武鉄道への直通営業開始を前にして、2002年末期から2005年度にかけて一部の編成を対象に先頭車前面下部に排障器（スカート）の設置工事が施工された。設置工事の施工時期の違いなどにより、後述のような仕様の変更がみられる。2018年3月現在、スカートが装着されていない編成は8606Fのみである。
1997年から2001年にかけて老朽化した車両の車体・車内更新工事が施行されたが、その後は5000系による車両の置き換え計画が発表されたため、経年車も施工されることなく工事は中止された。本系列は、8000系のように編成単位での施工ではなく、編成中で軽量構体化される前の12次車までが対象だった（ただし13次車以降でも8841のみ更新工事が施工されている）。
2006年3月18日のダイヤ改正からは伊勢崎線久喜駅までも乗り入れが行われるようになった。また、このダイヤ改正から東武線非対応編成は平日の朝ラッシュ時のみの運用となり、日中運用は僅かとなった。しかし、精算運転の絡みで土曜・休日の押上行または清澄白河行として東武線対応編成に代わって運用に入ることもある。その機会は昼間より夜間の方が多く、運転本数は1往復程度だったが、2008年3月28日のダイヤ改正から土曜・休日の東武非乗り入れ編成の運用が復活 (36K - 38K) し、36K・37Kは朝のみで38Kのみ終日運用が組まれていた。なお、2009年6月6日のダイヤ改正以降、土休日ダイヤでの東武線非直通運用は朝のA34Kと、夜のP35Kのみとなっており、終日運用の東武線非直通は平日の44Kのみとなった。大井町線所属の5両編成は、2006年3月18日から土曜・休日の大井町線 - 田園都市線直通急行に使用されるようになった。この直通急行設定に際し、誤乗防止策として、正面の帯色を赤色から赤色→黄色のグラデーションに変更し、同時に貫通扉の帯の下部に大井町線を表す認識ステッカーが貼付された。なお、大井町線内での急行運転は2008年3月28日のダイヤ改正より開始され、大井町線直通急行も全て大井町線の急行用車両である新6000系で運行されるようになった。なお、大井町線所属8500系は8638Fを最後に運用から退いた。
ルイス農園の戦い後、3月29日の夜には豪雨となり、リーは前線の端部にいるアンダーソンの守備隊を支えるために、サミュエル・マクゴワン准将の旅団を派遣した。ウィリアム・マクレイ准将の旅団もバージェス・ミルの西に動いた。カドマス・M・ウィルコックス少将の3個旅団が、動いた部隊の後をカバーするために広がって守るしかなくなった。マクゴワンとマクレイは十分な戦力をもっておらず、そのためにジョンソンはその前線をファイブフォークスの交差点まで伸ばせなかった。3月30日、この日も1日篠突く雨が降り続き、北軍はその陣地を統合し、一方リーはジョージ・ピケット少将に対して、フィッツヒュー・リー少将の騎兵隊の援助を得て、南軍前線のハッチャーズランに近い端部からファイブフォークスまで4マイル (6.4 km) を移動する移動部隊を結成する命令を出していた。ピーターズバーグの南西にある南軍ホワイトオーク道路前線の端部と、ファイブフォークスにいるピケット隊との間にある隙間を考え、3月30日にはその右翼側面を強化する配置を追加した。リーはジェームズ川の北にいるジェイムズ・ロングストリート中将の部隊を動かそうとしたが、北軍ゴッドフリー・ワイツェル少将の第25軍団で残っていた師団による陽動行動と偽装が大きく災いし、ロングストリートはまだオードのジェームズ軍全軍と対峙していると思い込んでしまった。しかし、オードはその3日前に第24軍団の2個師団、第25軍団の1個師団、およびラナルド・S・マッケンジーの騎兵隊と共に、ピーターズバーグの南にある北軍の前線に移動していた。リーは、カドマス・M・ウィルコックス少将の師団の左翼からアルフレッド・M・スケールズ准将の旅団、このときはジョセフ・H・ハイマン大佐の暫定指揮で、ホワイトオーク道路とボイドトン板張り道路の交差点に近い塹壕に移動させた。ウィルコックスの下でヤング・マーシャル・ムーディ准将の別の旅団、このときはマーティン・L・スタンセル大佐が暫定指揮していたものを、バージェス・ミルの南にある射撃壕に移動させた。マクレイの旅団はハッチャーズランの南西岸に移動し、既にバージェス・ミルに移動したばかりだった。ピケット師団のエッパ・ハントン准将の旅団が、ホワイトオーク道路前線沿いのクレイボーン道路との交差点近くでアンダーソンとジョンソンの部隊に合流した。ブライアン・グリムズ少将の師団が、以前はスケールズの旅団が占めていた前線の一部を埋める必要の生じたエドワード・L・トマス准将の旅団を補強した。南軍の第1軍団指揮官A・P・ヒル中将が、3月31日に病気休暇から任務に戻っていた。