『寄生～その生態と進化～』『内部共生がもたらす進化』二河成男 編著「生物の進化と多様化の科学」放送大学教育振興会（2017） ISBN 978-4595317484『共生により昆虫はどのように進化してきたのか？』長谷部光泰 編「進化の謎をゲノムで解く」学研メディカル秀潤社（2015） ISBN 978-4780909227『【対話】共生』共著　慶應義塾大学出版会（2013） ISBN 978-4766420029『細菌によって変わる虫たち』茂木健一郎／日経サイエンス編集部 編著「茂木健一郎の科学の興奮」日経サイエンス社（2011） ISBN 978-4532520649『共生と生物進化』立花隆／自然科学研究機構 編著「生物の生存戦略：われわれ地球生物ファミリーはいかにしてここにかくあるのか」クバプロ（2008） ISBN 978-4878050961『昆虫と微生物の内部共生ー宿主の生理，生態，生殖，進化における重要性とは？』松本忠夫、長谷川真理子 編「シリーズ21世紀の動物科学（日本動物学会監修）11．生態と環境」培風館（2007） ISBN 978-4563082918「共生」の本質』高等学校 新訂国語総合 現代文編（文部科学省検定済教科書）第一学習社（2007） ISBN 978-4804003023『分類と系統進化』石川統 編「アブラムシの生物学」東京大学出版会（2000） ISBN 978-4130602099
兵隊アブラムシが放出する体液で巣を修復する仕組みを解明（2019）トンボ由来の紫外線反射物質を同定（2019）セミの共生菌は冬虫夏草由来（2018）ハムシは共生細菌の酵素の助けで葉を消化（2017）ゾウムシが硬いのは共生細菌によることを解明（2017）共生細菌が宿主昆虫をメスだけにするしくみを解明（2016）環境細菌から進化する共生細菌（2016）昆虫の共生のための細胞がどのようにできるかを解明（2015）トンボは異なる光環境ごとに光センサーを使い分けている（2015）クヌギカメムシの共生細菌入り卵塊ゼリーの機能を解明（2014）トコジラミの生存を支える共生細菌ボルバキアのビタミンB7合成能力（2014）コナカイガラムシの代謝経路を構築する複雑な共生システムを発見（2013）昆虫と細菌との共生におけるポリエステルの新たな機能（2013）昆虫が植物の性質を改変し、究極の「巣ごもり」生活を実現（2012）アカトンボがどうして赤くなるのかを解明（2012）害虫に殺虫剤抵抗性を持たせる共生細菌を発見（2012）昆虫の体色を変化させる共生細菌を発見（2010）トコジラミに必須栄養素を供給する細胞内共生細菌ボルバキアの発見（2010）昆虫による植物組織の修復・再生現象の発見（2009）共生細菌による昆虫の害虫化の発見（2007）兵隊アブラムシの攻撃毒プロテアーゼ（2004）昆虫の植物適応が共生細菌で変わる（2004）共生微生物から宿主昆虫へのゲノム水平転移の発見（2002）
オマハの玄関口となる商業空港は、ダウンタウンの北東約5.5km、イーストオマハ地区に立地するエプリー・エアフィールド（IATA: OMA）である。同空港には主要航空会社がそれぞれのハブ空港からの便を発着させており、22都市（26空港）に年中運航の直行便がある。州間高速道路I-80は市南部を東西に通っている。I-80はニューヨーク都市圏からサンフランシスコ市内まで大陸を横断する幹線で、ネブラスカ州においては唯一の一級州間高速道路である。このI-80の支線であるI-480はダウンタウンを取り囲むように、その北と西を通っている。I-480の北西端からは北へ、国道75号線がノースオマハ地区まで高速道路になっている。もう1本の支線であるI-680は、市の北端と西部を通っており、オマハの外郭環状線になっている。I-680以西のウェスト・ドッジ・ロード（国道6号線・州道288号線）および国道275号線は、オマハとフリーモントとを結ぶ高速道路になっている。I-29はオマハ市域はおろか、ネブラスカ州域すら通過していないが、カウンシルブラフスでI-80と交わっており、オマハ都市圏から南へはカンザスシティ方面へ、北へはスーシティ・スーフォールズ・ファーゴ方面へと通じている。オマハは大陸横断鉄道の起点となり、アメリカ合衆国の交通史上重要な位置を占めたことから、「西部への玄関口」と呼ばれた。当時の大統領エイブラハム・リンカーンの大統領令では、ユニオン・パシフィック鉄道の起点はカウンシルブラフスとされたが、実際に建設の起点となったのはオマハであった。ミズーリ川に橋が架けられ、カウンシルブラフス以東とオマハ以西の鉄道がつながったのは1872年のことであった。20世紀中盤には、オマハには主要な鉄道のほとんどが通った。20世紀後半に入ると州間高速道路網の整備が進み、鉄道の街であったオマハにおいても自動車が陸路交通の主役となっていったが、ユニオン・パシフィック鉄道駅は1971年に、バーリントン鉄道駅は1974年にそれぞれ国家歴史登録財に登録され、さらに1996年にはこれらの駅を含む地区全体がオマハ鉄道商業歴史地区として国家歴史登録財に登録され、その栄華の歴史を現代に伝えている。バーリントン鉄道駅の隣には、1983年にアムトラックが建てた新駅舎があり、シカゴとサンフランシスコ（実際はその対岸にあるエメリービル駅）とを結ぶ長距離列車カリフォルニア・ゼファー号が.シカゴ方面、デンバー・ソルトレイクシティ・エメリービル方面とも、1日1便停車する。ダウンタウンの南、オールド・マーケットの南東端、アムトラック駅の北には、グレイハウンドと提携しているバーリントン・トレイルウェイズのバスターミナルがある。このバスターミナルには、同社のシカゴ方面やデンバー方面へのバスの他、ジェファーソン・ラインズのカンザスシティ方面やスーフォールズ方面へのバスや、エクスプレス・アローのデンバー方面や州内のフリーモント・コロンバス・ノーフォークへのバスが発着する。また、メガバスは2017年1月にガソリン価格の低下による需要の低迷を理由にシカゴ・オマハ間の便を廃止したものの、同年3月にウィンザー・ラインズ社との提携により、リンカーンまで延伸して復活させた。この便は1日1往復で、オマハのほか、デモイン、アイオワシティ、およびモリーンに停車する。市内の公共交通機関としては、オマハ市交通局の運営する、メトロ・トランジットという路線バスが運行されている。この路線バス網は28系統を有し、オマハ市内のほか、カウンシルブラフスや南郊のベルビューもカバーしている。