自社線内用に西武形ATS装置を搭載する。営団有楽町線への本格的な乗り入れを開始する1994年（平成6年）ごろに対応改造が実施された。改造を実施した編成は後述記述を参照のこと。床下にCS-ATC装置とATS装置が一体化されたATC/ATS装置機器箱設置し、サハ6400形に誘導無線送受信機と妻面に誘導無線アンテナを設置した。なお、誘導無線機器については0番台はサハ6400形、50番台はモハ6300形に設置している。乗務員室では左壁にある西武用列車無線送受話器の隣に営団用誘導無線送受話器を設置した。また、2001年度からは多現示式の新CS-ATC対応化工事が実施されている。なお、6101Fおよび6102Fは2次車以降とは、運転台機器配置や床下機器配置に量産車との差異が見られる。このため、地下鉄有楽町線への改造対象も含め、後述の副都心線への対応改造対象からも除外されている。運転席にはATS/ATC切り替えレバーがあるが、副都心線対応改造未施工編成は「営団」となっていた。
乗務員室内は緑色の配色である。運転台は計器盤が濃い灰色、操作卓は緑色である。主幹制御器はマスコンとブレーキ操作器が別々の縦軸ツーハンドル・マスコン方式である。（力行1 - 4ノッチ・常用ブレーキ1 - 7段・非常）当初より有楽町線への対応を考慮しており、速度計は車内信号対応形・保安表示灯にはATC表示灯もある。運転台右側には故障の状態などを表示するモニタ表示器が設置してある。乗務員室と客室の仕切りにはやや高い位置に窓が3か所設置されている。このうち、客室側から見て右側の窓は乗務員室仕切扉窓である。いずれの窓にも遮光幕が設置してある。車掌スイッチは従来の「鎖錠スイッチ式」ではなく、営団地下鉄（現在の東京地下鉄）で使用している「回転鎖錠式、ひねり式」を採用している。
空調装置は、従来どおり三菱電機製の集中式CU-72形（CU-72E形から改良形CU-72F・CU-72G形）が採用されたが、従来車の空調装置とは互換性がなくなった。装置は新規設計で、圧縮機は低騒音形のスクロール式としている。電源はSIV装置からの三相交流440Vであり、冷凍能力は48.84kW (42,000kcal/h) である。これは増備に合わせて改良され、特に50番台以降の編成に装備されたもの（CU-72H形）では外見上の変化も生じたが、本系列の中では互換性があり、現在では振り替えられたものもある。各車両の屋根上にはベンチレーター（通風器）を設置している。車内天井は平天井構造で、冷風の拡散はラインフローファン方式で、ラインフロー（空調吹出口）にはアクセントとして緑色のテープが貼られている。補助送風機（ラインデリア）は各車7台設置に増設された。
次のC言語のコード例を見てみよう。int foo() {  int a = 24;  int b = 25; /* 参照されない変数への代入 */  int c;  c = a << 2;  return c;  b = 24; /* 実行されないコード */}変数bにはreturn文の後に値が代入されているが、これは実行されない。すなわち、コードの実行は逐次的であり、return文が何らかの条件で囲まれているわけでもないので、return文の後のコードは実行不可能である。ただし、例えばreturn文の後にラベルがあって、どこかから分岐して飛んでくる場合は、その限りではない。さらに、この代入文を削除すると、bという変数が初期値を代入したとき以外では全く使われないことがわかる。オプティマイザがどこまで積極的に最適化するかにもよるが、変数bは生成されるコードから完全に削除される可能性もある。関数内で何らかの計算が行われたとしても、その結果がこの関数のスコープ外からアクセス可能な位置に格納されなければ、その計算は無意味である。さらにこの関数は常に同じ値 (96) を返すので、単にその値を返す関数として単純化される可能性もある。最近のコンパイラはデッドコード削除を行うか否かをオプションで指定でき、場合によってはそのレベルを指定できるものもある。低いレベルでは、実行されないコードのみを削除するだろう。もう少し高いレベルでは、使われない変数のための領域を確保しないことになる。さらに高いレベルでは、意味のないコードや関数を特定して、それらを削除する。デッドコード削除の典型的な利用例として、プリプロセッサによるオプションコードの代替としての使い方がある。次のコードを見てみよう。/* デバッグ時には 1 とする */#define ENABLE_DEBUG_PRINT 0int main() {  int a = 5;  int b = 6;  int c;  c = a * (b >> 1);  if (ENABLE_DEBUG_PRINT) {    printf("%d\n", c);  }  return c;}if文の条件式が0ということは、常に偽であることを意味し、このif文の中のコードは実行されない。そのため、コンパイラの最適化により、デッドコードとして除去される可能性が高い。デバッグ用のコードを残しておく際に使われることのあるテクニックである。しかし、以下のようなコードでは、たとえif文の条件式が常に偽であっても、if文内部のコードは到達不能ではなく、実行されることがあるため、最適化による除去の対象とはならない。したがって、コンパイラは単純にif文の条件式だけをもとに一律デッドコードか否かを判断することはできず、if文内部のパース（解析）がやはり必要である。  if (0) {label_inner:    puts("Inner");    goto label_exit;  }  goto label_inner;label_exit:  puts("Exit");もしリリース時に静的にコードを除去する目的があるのであれば、最適化によるデッドコードの除去を期待するよりも、プリプロセッサを用いるほうが確実であり、ひいては総合的なコンパイル時間およびビルド時間を短縮することにもつながる。また、到達不能コードのあるプログラムにはバグが潜んでいる可能性が高く、通例コンパイラが警告を発する。警告を無視することは、バグを無視することにつながる危険性もある。