彼の論文は学者らに歓迎されたが、「日本原人」とどのような人種が混じり、現在の日本人やアイヌ人になったのか明確にはされていなかった。また、坪井正五郎が原日本人論争においてアイヌ人の伝承であるコロボックルを利用していることを批判。清野が古事記や日本書紀の伝承的内容である長脛彦に言及し、発掘された長身人骨と関連づけ自説の補強としている点を批判する人もいた。清野は大阪府の遺跡に長身人骨2例 (169.8cm, 166.3cm) があることに気づき「長身の混血が起こりつつあった」と考える。そこから連想したことは、日本書紀の神武天皇にみえる「神武天皇の御東征に際してながすね彦なるものの徒が河内大和の国境に拠って官軍を拒み頑強に抗戦した記事」であった。清野は単純にこの記事を史実とみなして人骨と結びつけ、さらに「国府に見るよりも更に多数の長身人の混入ありし村が大和地方（添下郡登弥(とみ)神社所在）にあったらしく推測される」とまで発言している。その理由は古事記に「登美能那賀須泥昆古（とみのながすねびこ）」があるからであってとし、清野はその考証に3ページを費やし「日本石器時代に於ける混血問題」の主要な柱としている。清野は自己の「日本石器時代人」説を構築する際に、文献の記載との混用を拒否したのだが、記紀だけは別格であった。岡正雄は清野以前の研究を非難する際に「記紀その他の古典中に、何か文化物や文化自称の片々を発見して、何らの反省も疑問もなく、直ちに人種問題までもこの事実に拠って診断して顧みない例は、新見地と称する学説や著書にもこれを見るのである」と言っている。
清野は次のように表現している。「この意味において日本島は人類生息以来日本人の故郷である…断じてアイヌの母地を占領して居住したものではない」「我らの先祖は気宇広大でよく他人種をいれて自己の種族に同化したのであった」。しかし、清野はこの直後から論調を転換。人種的混合を完全否定し、人類が発祥してすぐに「日本人」は「日本」の地を占拠し以後連綿と現在まで続いていると主張するようになる。清野は『日本民族生成論』において「皇国のありがたさ」「日本民族の独自性ある生い立ち」を「数理」から立証した自説を読んで「日本国民としての自覚を増していただきたいため」にこの本を書いたとのべている。
江戸時代の日本は世界的に見ても園芸が非常に発達した地域であった。1681年（天和元年）には日本最古の園芸書「花壇綱目」（水野勝元著）が発行されているが、これは中国やイギリスに並び世界的に見ても早期のものである。 西欧の園芸が造園術に含まれるものとして捉えられることが多いのと異なり、江戸時代の園芸は早くから農業や造園としてではなく、単独に芸道的存在として成立しており、精神修養、芸術、娯楽、投機など、様々な側面を見せている。また華道とも独立して存在していた。日本の園芸文化は本来中国のそれの影響を受けている。中国では唐代にボタンが盛んにもてはやされ、育種も進んだ。またウメやモモなども花を愛でることが行なわれた。宋代にはシャクヤクの育種が進み、また中国春蘭が文人思想と共に愛された。このほかキクやハス、フヨウなど、中国で観賞植物化したものは多い。これらはその都度日本にももたらされ、貴族や武士、僧侶などの趣味として定着していた。中国華北から華南にかけての植物は日本の気候にも適応しやすかったと思われる。一方で平安時代にはすでにサクラや秋草への愛好が見られ始め、日本独特の園芸文化が発展して行くことになる。鎌倉時代には盆養が普及し、室町時代には中国蘭が愛好されていたほか、すでにサクラやツツジ、ツバキに多数の品種が生まれつつあった。江戸時代はことのほか園芸が発達するが、その要因として、もともと江戸幕府の歴代将軍（特に初代から三代）が非常な花好きであり、その影響が大きいとされる。ただし前述のようにその素地ははるかに以前より存在していたと言える。将軍への献上等のために各藩は自慢の植物を「お留花」として門外不出とし、散逸を厳しく制限することもあった。しかし江戸時代全般を通じ参勤交代や交通、流通の発展により各地の植物が行き来して、三都をはじめ各都市に集積した。また大都市近郊には大規模な園芸商が興隆し、都市の園芸植物の需要に応えていた。江戸近郊の染井もそのような園芸商集積地の一つで、中でも伊藤家は代表的な園芸商のひとつであり、代々、広大な江戸城や大名屋敷、旗本屋敷に種苗を供給する役目を果たしたり、園芸書も多数刊行している。サクラのソメイヨシノも染井で生まれたという説が有力である。更には本草学の発展とも関連し、園芸は全国的な展開を見た。またごく初期には上方で発展が始まったことは他の文化と同様であるが、かなり早くから江戸でも発展が見られたことも特徴で、これは将軍とのつながりからも頷けることである。これら上方や江戸以外でも、熊本、伊勢、久留米、名古屋などで地域独特の園芸文化も花開いた。熊本の「肥後六花」（肥後椿、肥後山茶花、肥後菊、肥後芍薬、肥後朝顔、肥後花菖蒲）や伊勢の伊勢菊、伊勢撫子、伊勢花菖蒲、また久留米のクルメツツジなどは有名である。図譜類、園芸書の出版も相次ぎ、音楽作品にも「椿尽し」（松島検校作曲）や「桜尽し」、「つつじ」（佐山検校作曲）（共に地歌・箏曲）をはじめとして、園芸植物の品種を多数詠み込んだ楽曲がいくつも作られたりもした。例えば「椿尽し」にはツバキが22品種も詠み込まれている。これらを見ても当時、園芸がいかに文化として大きな地位を築き上げていたかが想像できる。江戸時代初期には、安土桃山時代から引き継ぐ形で、まずシャクヤク、キク、ボタン、ツバキ、ツツジなどが盛んになり、やがてカキツバタ、マツモトセンノウ、アサガオ、ナデシコ、サクラソウ等が加わった。更に江戸時代中期から幕末にかけカエデ、オモト、マンリョウ、マツバラン、セッコクのような葉の変異を追求する植物が非常に増えた。日本文化の中心は照葉樹林帯にあり、ここに産する植物に葉の美しいものが多かったためもあるであろう。江戸時代後半にはハナショウブや、気候の寒冷化も手伝ってかフクジュソウ、ミスミソウなど落葉広葉樹林帯植物も品種を増やした。マツモトセンノウは元禄、享保の頃には多数の品種があったが、その後化政に至るまでに散逸してしまったらしい。またカキツバタは江戸時代中期の段階ではハナショウブよりも品種が多かったが、その後あまり進展せず、幕末にはハナショウブが圧倒的な発展を示すようになる。このように江戸時代だけでも種々盛衰の波があった。