執筆のきっかけは、講談社の編集者太田克史が魔女っ子ものによるメディアミックスを考えたことだった。『ファウスト』が創刊される際、この企画を実現するために西尾に執筆が依頼され誕生したのが、太田が「『絶対アニメ化は無理』と涙した」と語る本作だった。企画が依頼された時期は、『クビキリサイクル 青色サヴァンと戯言遣い』が出版された前後と思われる。太田から依頼された企画のキーワードとして「魔女っ子探偵」があり、西尾は、「魔女っ子」はともかく「探偵」は自分には難しいのではないかと考えつつ、予習として中学生の頃に読んだ『ラヴクラフト全集』を再読した。また執筆にあたり、西尾は様々な魔法少女もののビデオを視聴した。当初は「魔法少女りすか」というタイトルを予定していたが、太田の「『新世紀エヴァンゲリオン』の『新世紀』のようなものが欲しい」という意見を受けて「新本格」が足された。太田の言う「魔法少女」は大人に変身するものであるが、西尾の世代は『おジャ魔女どれみ』のような、呪文で服が変わるだけのものであった。このため、大人に変身する魔法少女を書くにあたり、自分を納得させる理由付けが必要となった。そして出てきたのが時間操作の魔法であり、水倉りすかというキャラクターが出来上がった。「一般的な魔法を小説で書いた時の嘘っぽさ」を緩和するための装置として、「クトゥルフ神話」が引用されている。作中にはクトゥルフ神話に関する用語が登場し、単行本の冒頭にはクトゥルフ神話の作者H・P・ラヴクラフトの小説からの引用がある。魔法の設定もクトゥルフ神話を下敷きにしていると思われる。また、台詞回しに漫画『ジョジョの奇妙な冒険』に通じるところがあり、西尾は本作を「『新本格ジョジョ』と言っていいくらい」の気持ちで書いているという。イラスト担当の西村キヌは、カプコンに所属していたころに太田に声をかけられて本作品に参加した。西尾は第1話と第2話制作後に西村のイラストを見たことで、それ以降創貴が良い奴になっていると述べており、「〈物語〉シリーズ」に続く、イラストによる方向性の変化を語っている。西尾の別作品「戯言シリーズ」とは内容的には全く関係ないが、作中の最強のキャラクターに赤色をあしらっているのは西尾なりの「禁じられたクロスオーバー」であるという（同シリーズには「人類最強」の赤い人物が登場する）。
魔法少女ものに推理小説の要素を加えた作品で、バトルものでもある。本作における魔法は「何でもやりたいことができるすごい力」ではなく「固有の得意技」に近いものであり、主人公たちは相手の魔法の弱点を探り対抗手段を見つけていく。題名に魔法少女を冠してはいるがいわゆる魔法少女ものではなく、例えば日曜日の朝に放送されるような魔女っ子アニメとは異なり、魔法の能力はファンタジーともオカルトとも違う凄惨さを感じさせるものとなっている。内容は「王道を逆立ちして行く」というもので、魔法少女ものの基本要素を少しひねくれさせている。
舞台は主に九州の佐賀県。魔法の国・長崎県とは巨大な城門によって隔てられ、長崎県との行き来は城門管理委員会によって管理されている。長崎県には魔法使いと呼ばれる者が住んでおり、彼らは魔法と呼ばれる異能力を行使する。魔法は「使用者の『精神』を外側に向けて放出する行為」とされ、その魔法によって使用者がどのような人物か知ることができる。魔法使いによって魔法を授けられた人間は「『魔法』使い」と表記される。魔法について「属性（パターン）」、「種類（カテゴリ）」、「顕現（モーメント）」という単語で説明がなされているが、これらが何を意味するのかは明確に示されていない。魔法の発動を助ける技術として、魔法式（まほうしき）と魔法陣（まほうじん）がある。魔法式は、事前に術をかける対象に「式」を書いておき、呪文の詠唱時間を短くする技術。術者が近くにいなければ発動できない。魔法陣は、一定の条件がクリアされると発動する「陣」。魔法式と違い、術者が近くにいる必要はない。魔法使いは海を渡れず、弱い者であれば川や湖も越えられない。もし海を渡ろうとした場合には死亡し、死を回避できたとしても、人間でも魔法使いでもない存在となる。
ズルフィカール・ハーンが精力的に活動する反面、馬鹿で無能な皇帝ジャハーンダール・シャーは怠惰な生活を送っていた。彼はズルフィカール・ハーンに全幅の信頼などもたず、嫉妬深い貴族たちもまた、陰で同様に反抗していた。そういった貴族らはズルフィカール・ハーンが野心を抱いており、彼が帝権を脅かすなどと讒言を言い、ジャハーンダール・シャーはそれらに恐怖するありさまだった。臆病なジャハーンダール・シャーは強大な宰相ズルフィカール・ハーンを解任することはしなかったが、ついにはその追い落としを考え、ひそかに陰謀をめぐらすほどだった。また、ジャハーンダール・シャーは長年連れ添ってきた吟遊楽士の娘ラール・クンワールという女を正妃とし、その一族を重用した。正妃の座に平民身分の女をつけたことで、ジャハーンダール・シャーは味方の貴族たちも憤慨させ、彼から多くの貴族を離反させた。こうした状況を、ベンガルに残された亡きアズィーム・ウッシャーンの遺児ファッルフシヤルは見逃さず、彼はベンガルのパトナで帝位を宣言した。ファッルフシヤルはジャハーンダール・シャーの軍と戦うため、ベンガルにおいて軍を召集し始めたが、彼はサイイド兄弟と呼ばれる二人と手を結ぶことにし、三者同盟軍はデリーへ進撃した。ジャハーンダール・シャーはズルフィカール・ハーンとともに軍を集め、翌年1月10日に三者連合軍とアーグラ付近で対峙した（第二次サムーガルの戦い）。この対峙について、ハーフィー・ハーンはその状況を自身の伝記で、「人々はファッルフシヤルとジャハーンダール・シャーそれぞれの軍勢を見比べて、後者の勝利を予想した。だが、皇帝が育ちの悪い女（ラール・クンワール）をえこひいきして、粗野な連中とつるむのを好み、生まれの賤しい名もない者たちを重用したことに（略）貴族は愛想を尽かしていた。階級の高低を問わず、あらゆる軍人はファッルフシヤルの勝利に希望を見出した」述べている。事実、皇帝軍は士気が衰えており分裂状態であり、一日で三者連合軍に簡単に打ち破られ、翌11日にファッルフシヤルがムガル皇帝に即位することとなった。ジャハーンダール・シャーは捕えられたのち幽閉され、2月11日にファッルフシヤルの命により絞殺された。その死体はデリー城の城門に放置され、腐敗するままに任せられたという。一方、ズルフィカール・ハーンはファッルフシヤルへの臣従を請うたが、彼の支援したジャハーンダール・シャーがその父アズィーム・ウッシャーンを殺していたため許されず、同11日に彼も処刑された。