主権概念への批判もあり、憲法学者レオン・デュギーは、主権概念抹消ないし不要論の立場から、その帰属主体をあえて問わない法主権説を唱え、国家の権威と権力を擁護するアデマール・エスマンと論争した。ハロルド・ラスキは主権概念は正確でなく、危険な道徳的結果をもたらすこともありえるとし、ジャック・マリタンは主権概念は本質的に誤まっているとし、国際法学者で元国連事務総長ブトロス・ブトロス＝ガーリは「絶対的かつ排他的な主権の時代は過ぎ去った」とした。一方で、かつて先進国の植民地であった新興国やソ連国際法などにおいては国家主権擁護論が出されたが、これは西欧における主権政策に対する反論ないし抗議概念として主権が用いられたものである。
しかし、人民主権論と国民主権論によって近代民主主義国家の基礎である個人と政治的平等を成立させた意義は大きい
フランス革命によって絶対主義は姿を消したが，主権概念は、君主から国民へ移り、国民国家の基本的属性として継承された
しかし、主権をどこにおくかをめぐる論争は君主主権、国民主権、人民主権に関する論争だけではない
18世紀の法学者J-J.ビュルラマキは主権について「絶対的権力を，恋意的で専制的で限界のない権力と混同してはならない 」「主権はその本性自体によって，主権者がそれを引き出すところの人々の意向によってまた神の法自体によって制限されている」とした

戦後は、平和主義と国際協調主義の下、主権を制限し、または国際機関に委譲できる旨の規定を有する憲法(ドイツ連邦共和国基本法第24条、イタリア共和国憲法第11条)があるが、これが伝統的な絶対性を特徴とする主権概念の相対化を示すものであるかどうかは議論がなされている。他方、佐々木毅は主権制限論に対して内在的制限と外在的制限という二つの基準を設定し、内在的制限では主権の絶対性は制限を内包したものと解し、他方の外在的制限では、主権は無制限絶対的であるが他の国家構成要素との関係で外在的に制限を受けるとする。このような制約外在説では、ボダンのいう「正しき統治」は統治論の問題となり、主権を主権たらしめるものは諸制限への服従ではなくその権力の永遠性と絶対性であり、従って主権論の中でその制限論に言及する必要はないとされる。
主権を権力とする主張（ボダン、アイザイア・バーリン、Jo-Anne Pemberton ペンバートン)に対して、主権を権威とする主張もある（ウィリアム・ブラックストン、アーネスト・バーカー、オークショット、ロバート・ジャクソン）。アーネスト・バーカーは「主権は最終決定権を持つ権威である」と定義する。また、権力と権威を複合的な力としてヒンズリーは「共同体に最終的・絶対的な政治的権威」として主権を定義する。
第三に、国家統治のあり方を終局的に決定しうる権威ないし力。国家の政治を最終的に決定する権利（例：国民主権や君主主権といわれる場合の主権観念のこと。日本国憲法前文1段および1条。ある国家のうちで、「国政の在り方を最終的に決定する最高の地位にある機関は『誰』なのか？」あるいは「実際に最終的に決定する『力』を持っているのは『誰』なのか？」という帰属主体の問題も「主権」の問題として語られる。その場合の「最終的に決定する『力』」とは何かという問題もあるが、一般には、最高法規である憲法を制定する権力、即ち、憲法制定権力(独：erfassunggebende Gewalt, 仏：pouvoir constituant)であるとされている。ただし、その性質については、本当の「力」であるという実力説、機関としての権限であるという権限説や監督権力説など諸説がある。
近代国際法においては、国家間の「主権平等の原則」が認められており、国家は主権的地位において平等であるとされる（国際連合憲章2条、友好関係原則宣言)。主権平等原則に基づき、一国一票制をとっている
小笠原諸島は本土とは大きく隔たれているにもかかわらずアクセスは事実上船舶のみに限られているためアクセスを容易にするための空港建設が要望されていた。兄島は父島のすぐ北側にある上に、島の中央部が比較的平坦な地形をしており、小笠原諸島が日本に返還された直後に策定された復興長期計画の中で空港建設予定地とされた。そして1987年6月の小笠原諸島返還20周年式典の席上、東京都知事の鈴木俊一は兄島に空港を建設することを表明した。しかしこれまで本格的な人間の定住が行なわれたことがなく、小笠原諸島の中では自然の保存状態が良好であった兄島に空港を建設することに反対意見が噴出した。1991年には研究者たちが合同で兄島の空港建設予定地の調査を行い、小笠原群島特有の乾性低木林が良好に保たれている兄島には、父島や母島では絶滅した陸産貝類が10種以上も生き残っていることが判明した。そして父島列島の主要島である父島、兄島、弟島の中では、兄島は小笠原諸島本来の生物多様性を保っていて、帰化種も少数に止まっている極めて良好な自然環境であることが判明した。1996年1月、環境庁（現：環境省）は東京都に対して兄島の空港建設計画見直しを求める文書通達を行なった。これを踏まえて東京都は小笠原環境調査委員会を設け、小笠原群島全体の自然についての評価が行なわれた。この結果兄島全域が無条件保護・保全地域とされたため、兄島の空港建設計画は頓挫した。現在世界遺産の自然遺産としての登録を目指している小笠原諸島の中で、貴重な生態系が保存されている兄島では現在の良好な自然環境を保護するとともに、環境に脅威を与えるクマネズミなどの外来種の駆除が計画されている。