1885年、岡山県医学校長兼病院長の清野勇の長男として生まれる。父の勇は東京帝国大学医学部第一期卒業生で、のちに大阪医学校の校長・病院長も務め、臨床医学の大家として知られ財を成した。祖父の清野一学は沼津藩医。謙次は北野中学、第六高等学校 (旧制)を経て、考古学の道を希望したが父親が許さず、京大医学部へ進学。1909年、京都帝国大学医学部を卒業。藤浪鑑の病理学教室へ助手として入り、生体染色の研究を始める。外科の鳥潟隆三、生理学の加藤元一（のち慶應大学移籍）と並び、「京大の三秀才」と言われた。1912年～1914年、ドイツのフライブルク大学に留学し、ルードウィッヒ・アショフ (de:Ludwig Aschoff) 教授の下で生体染色の研究を続行。1914年組織球性細胞を発見。1914年の復活祭の日に、それをhistiocyteと命名することをアショフ教授に許され、世界の病理学者の仲間入りをする。帰国後、京大講師となる。1916年、京都帝国大学医学部助教授となる。医学博士の学位を受ける。1917年、ドイツ、フランスへ留学。1918年から1919年に行われた国府遺跡の発掘に参加し、考古学熱が再燃。この頃より日本全土にわたり石器時代人骨の発掘・収集につとめ、さらに樺太のアイヌ人墓地から数多くの人骨を発掘・収集した（アイヌ墓地盗掘は、清野以前にも1865年にイギリス人学者が、1888年に小金井良精が行なっている）。各地から千余体の遺骨を集め、父親が建てた自邸である京都市田中関田町の広大な洋館にそれらを保管し、夫婦は1200坪ある敷地内に小さな日本家屋を建て、そこで暮らした。1921年、京大医学部教授となり、微生物教室を担当。視察のため渡欧。1922年、生体染色の研究に対して帝国学士院賞を受賞。1924年、病理学教室を兼任。アイヌ人と縄紋人とは骨が異なることを指摘し、アイヌ人とは異なる均一人種が日本にいたとし、これを「日本原人」と呼び、『日本原人論』を出版し、東大の小金井良精考古学教授の縄紋人アイヌ説に反論。1926年、「津雲石器時代人はアイヌ人なりや」という論説を発表。原日本人論争において以後主流の説を確立するまでに至る。1926年、藤浪鑑の後継者として京大病理学教室の専任教授となり、2年前に放火により焼失した病理学教室の研究資料の再収集に当たる。その際、予算申請書の金額の末尾に全項目0を一つ書き加えて申請し、文部省がそのまま予算を執行したため、余るほどの金額を獲得した。1938年、生体染色の研究総括をドイツ語論文として刊行し、世界の研究所と研究者約1000名に対し頒布。京大文学部考古学の授業を担当。書生らの面倒見もよく、教室の研究生を博士にすることでは京大一だった。同年、後述する窃盗事件（清野事件）を起こし、有罪判決を受け、京大教授を免ぜられる。
近代初期になると、君主が国内の権力が徐々に君主に集中して絶対王政が確立するに従い、中世的秩序は徐々に崩壊し近代国家が成立する。フランスでは、神聖ローマ帝国（現在のドイツ）に対抗するという政治的な理由から、フィリップ2世が1219年ローマ法の適用を禁止し、神聖ローマ皇帝に対する独立性を擁護するための理論を模索した。フィリップ4世は、レジストと呼ばれるローマ法学者を重用し、君主の神聖ローマ皇帝、ローマ教皇からの対外的独立性を擁護するための理論の確立を図り、1302年に聖職者、貴族、平民の代表者を集めて全国身分会議（l'États généraux）を開催した。1303年のアナーニ事件をはじめとするバビロン虜囚をきっかけに教皇、ローマ・カトリック教会の権威は失墜した。ガリカニスムではローマ教皇に対しフランス教会の自立を主張した。マルティン・ルター等の宗教改革により、カトリック教会の宗教的・政治的権威が揺らぎ、宗派間の対立が激化し、多くの宗教戦争が起った。1555年、宗派間対立の妥協として、アウクスブルクの和議により「ある者に領土の属する場合には、その者に宗教もまた属する（cuius regio, eius religio）」という領邦教会制が生まれた。この結果、領邦君主が領邦の宗教をルター派とすることにより、カトリック教会の支配から独立することが可能となった。ジャン・ボダンはユグノー戦争の時代に、教会や帝国から独立した国家の本質的特徴そを主権とした最初の思想家である。1576年にボダンは『Les Six livres de la République（国家論）』で「主権(souverainete)とは国家(Republique)の絶対的かつ恒久的権力である」と定義した。また同書ラテン語版(1586年)では「統治大権 (majestas)とは、市民と臣民に対する最高にして且つ法 (の拘束) から解放された権力(legibusquesolutapotestas)である」と定義する。ボダンはsouverainetieと共にmajeste(至上権、尊厳、権威)やsumma potestas(最高の権能)も同義語として使っている。これに対してJ.アルトジュースは1603年『政治方法論解説』でボダンのいう絶対的つまり最高にしてすべての法から解放された権力は専制政治であると批判し、神法・自然法こそ最高法であるとした。ただし、ボダンは国家を「主権的権力をもってするところの正しき統治」と定義するが、その究極の基準として神法・自然法重視の大前提があるともいわれる。他方ボダンは暴君もまた主権者であるとするが、これは当時の戦争における無政府状態に対して「世界で最悪の暴政よりも悪しきもの」としており、戦争のなかの無政府状態における危機を克服するものは、絶対的な国家権力としての主権のみであることを念頭に置くべきである。こうしてボダンによって君主主権が確立し、中世には消滅していた公権力が復活し、近代的民族国家すなわち絶対主義国家が成立していくことになった。1648年、ヨーロッパの主要国が参加した三十年戦争の講和条約として、ヴェストファーレン条約が締結された結果、ヴェストファーレン体制という勢力均衡の国際的な枠組が生まれ、国際法上国家は平等であるという原則、主権国家体制が形成された。ヴェストファーレン条約によって神聖ローマ皇帝とローマ教皇の権威が否定され、独立した国家（Staat）が帝国(Kaisertum) に代わって成立した。17世紀フランスでは、ルイ14世が絶対王制を確立し、自国内の最高統治権を把握した。「朕は国家なり」との言葉のとおり王権神授説に基づき主権を有する君主＝国家と考えられていた。主権概念は絶対主義体制を正当化する原理として登場し、その過程で主権概念を原理とする国民国家 nation-stateが誕生した。ホッブズは、ボダンの主権論と社会契約説を結びつけて、絶対王制を擁護した。ホッブスは分割された諸権力は相互に滅ぼしあうとして主権分割説に反対した。その後、ロックやモンテスキューによって立法権と執行権と裁判権などに統治権力を分割した権力分立論が形成された。フランス革命に影響を与えたルソーは主権を意志(一般意志)とみなし、主権は分割されえない不可分の単一のものであり、主権者は統治者ではなく人民であると述べた。