京から直義派を排除したものの、直義は関東・北陸・山陰を抑え、西国では直冬が勢力を伸ばしていた。尊氏は直義と南朝の分断を図るため、佐々木道誉らの進言を受けて今度は南朝からの直義・直冬追討の綸旨を要請するため、南朝に和議を提案した。南朝方は、北朝方にある三種の神器を渡し、政権を返上することなどを条件とした。明らかに北朝に不利な条件だったが、観応2年（1351年）10月24日尊氏は条件を容れて南朝に降伏し綸旨を得た。この和睦に従って南朝の勅使が入京し、11月7日北朝の崇光天皇や皇太子直仁親王は廃され、関白二条良基らも更迭された。また元号も北朝の観応2年が廃されて南朝の正平6年に統一された。これを正平一統（しょうへいいっとう）と呼ぶ。12月23日には南朝方が神器を回収した。実質的にこれは北朝方の南朝側への無条件降伏となった。尊氏は義詮に具体的な交渉を任せたが、南朝方は、北朝方によって任じられた天台座主始め寺社の要職を更迭して南朝方の者を据えることや、建武の新政において公家や寺社に与えるため没収された地頭職を足利政権が旧主に返還したことの取り消しなどを求め、北朝方と対立する。義詮は譲歩の確認のために尊氏と連絡し、万一の際の退路を確保するなど紛糾した。一方尊氏は直義追討のために出陣、12月の薩埵峠の戦いや相模国早川尻の戦いなどで直義方を破り、翌正平7年（観応3年、1352年）1月には鎌倉に追い込んで降伏させた。その後浄妙寺 (鎌倉市)境内の延福寺に幽閉された直義は2月26日に急死した。公には病没とされたが、この日は高師直の1周忌にあたり、『太平記』は尊氏による毒殺であると記している。
高兄弟を失っていったんは平穏が戻ったものの、政権内部では直義派と反直義派との対立構造は存在したままで、それぞれの武将が独自の行動を取り、両派の衝突が避けられない状況になっていった。高一族滅亡から半年も立たないうちに、尊氏は直義派の一掃を図るため、戦果の恩賞や処罰を自派に有利に進め、またの武将の処罰や自派の武将への恩賞を優先した。謁見に訪れた直義派の細川顕氏を太刀で脅して強引に自派へ取り込むなど直義派の懐柔も図った。一方戦役の武功に準じた報酬や裁定を挙げられない直義の政治は武士たちに受け入れられず、これも直義派から武将が離反する原因となるなど、徐々に形勢は尊氏方に移っていった。南朝へ帰順を示した直義は、北朝との和議を交渉したが不調に終わる。調停を担った南朝方の楠木正儀は、このときの固陋な南朝方の態度に怒りを覚え、今南方を攻めるなら自分はそれに呼応するとまで口走ったとされている。3月30日直義派の事務方の武将である斎藤利泰が何者か（刺客）に暗殺（殺害）され、5月4日には直義派の最強硬派である桃井直常が襲撃され辛くも危機を脱するという事件が発生した。尊氏は、近江の佐々木道誉と播磨の赤松則祐らが南朝と通じて尊氏から離反したことにして、7月28日に尊氏は近江へ、義詮は播磨へそれぞれ出兵することで東西から直義を挟撃する体制を整えた。8月1日、事態を悟った直義は桃井、斯波、山名をはじめ自派の武将を伴って京都を脱出し、自派の地盤である北陸・信濃を経て鎌倉へ逃亡した。この陰謀については道誉が首謀者であるとの説がある。このとき直義は光厳上皇には比叡山に逃れるよう勧めているが、受け入れられなかった。
留保は条約の普遍性を促進するが、留保を際限なく認めてしまうと権利義務関係が各当事国間でそれぞれ異なるという事態を招来し、条約の一体性を著しく損なうことになる。そこで、どのような留保が認められ、どのような留保が認められないかが問題となる。 第1次世界大戦後には主に、国際連盟で用いられたもので、全ての当事国が全会一致で留保を受諾することを必要とするという連盟慣行（全当事国一致の原則）と、留保に異議を申し立てる国があっても、留保国と異議申し立て国との間では条約関係が成立しないが、留保国と留保受諾国の間では条約関係が成立するという汎米機構方式が用いられた。 条約の一体性を重視するか（連盟慣行）条約の普遍性を重視するか（汎米機構方式）という違いがあるものの、両者とも留保を受諾するか異議を申し立てるかは各当事国の裁量であり、客観的な基準がなかった。しかし、ジェノサイド条約留保事件において国際司法裁判所（ICJ)は、留保の許容性は留保と条約の趣旨・目的との両立性、すなわち、留保を付した結果それが条約の趣旨及び目的を失わせるかどうかによって判断されるという「両立性の基準」を採用した。これは条約法条約の規定にも受け継がれ、条約法条約は「当該留保が条約の趣旨及び目的と両立しないものであるとき」は留保を付することができないとした。ほかにも、上述した通り、条約が留保を付することを禁止している場合、条約が特定の留保のみを付することができると定めている場合で、その特定の留保に該当しないときにも留保を付することができない。ただし、条約法条約の規定ぶりを見ると、「両立性の基準」は留保国のみが留保を付する際に拘束されるのか、それとも留保国以外も拘束されるのか（留保が「両立性の基準」に反するときに異議を申し立てる義務があるのか）はあいまいである。また、「両立性の基準」を採用したといっても、留保が「両立性の基準」に反するかどうか判断するのは各当事国に委ねられている。そのため、仮に留保国以外も「両立性の基準」に拘束されるとしても、実際に「両立性の基準」に反する留保が一応成立した場合その留保は無効になるのか、留保受諾国と留保国との関係では例え「両立性の基準」に反する留保であっても有効なのか、という問題がある。前者の立場（「両立性の基準」に反する留保は無効）を許容性学派、後者の立場（「両立性の基準」に反する留保であっても有効になり得る）を対抗力学派という。条約の留保は、本来の意義を失うまたは減じる可能性から国内外から批判が寄せられることがある。たとえば1993年6月25日に採択されたウィーン宣言及び行動計画は第1部第26項においてすべての国に可能な限り留保を避けるように要請している。この採択は各国の全権大使による採決（コンセンサス方式）によるものであり、批准を経ていない限り各国の国内法に法制化を義務づける性質のものではないが、一方で各国中央政府の行政責任者を拘束し、あるいは準拠することを世界人権会議から望まれる性質のものである。現在日本が留保を行っている例としては、国際人権規約（とくに経済的、社会的及び文化的権利に関する国際規約）や人種差別撤廃条約などがあげられる。