平城京の薬師寺にある東塔および本尊薬師三尊像が飛鳥の本薬師寺から移されたものか、平城京で新たにつくられたものかについては明治時代以来論争がある。21世紀の現在、東塔は平城京での新築とするのがほぼ通説となっているが、論争は完全に決着したわけではない。11世紀成立の『薬師寺縁起』に引用される奈良時代の流記資財帳に「薬師寺には塔が4基あり、うち2基は本寺にある」という趣旨の記載があり、ある時期までは平城と飛鳥の両薬師寺にそれぞれ2基の塔があったと解釈されることから、足立康、町田甲一らはこれを非移建説の根拠の1つとしている。現存する東塔に、他所から解体移築した痕跡の見られないことからも、東塔については『扶桑略記』の記述どおり、平城移転後の天平2年（730年）新築と見る説が通説となっている。ただし、平城薬師寺の境内からは本薬師寺から出土するのと同様の古い様式の瓦も出土しており、西塔は飛鳥からの移築だったとする説もある。発掘調査の結果、平城薬師寺の廻廊は当初単廊（柱が2列）として計画されたものが、途中で複廊（柱が3列、通路が2列）に設計変更されたことが判明している。このことから、当初は本薬師寺の建物を一部移築しようとしていたものを、途中で計画変更したのではないかとする説もある。金堂本尊薬師三尊像については、記述の「持統天皇2年（688年）、薬師寺にて無遮大会（かぎりなきおがみ）が行われた」との記述（『書紀』）を重視し、この年までには造立されて、後に平城薬師寺に移されたとする説がある一方、主に様式や鋳造技法の面から平城移転後の新造とする説もあり、決着はついていない。
その後、和銅3年（710年）の平城京への遷都に際して、薬師寺は飛鳥から平城京の六条大路に面した右京六条二坊（現在地）に移転した。移転の時期は長和4年（1015年）成立の『薬師寺縁起』が伝えるところによれば養老2年（718年）のことであった。ただし、平城薬師寺境内からは霊亀2年（716年）の記載のある木簡が出土していることから、造営は養老2年よりも若干早くから始まっていたとみられる。『扶桑略記』天平2年（730年）3月29日条に、「始薬師寺東塔立」とあり、東塔（三重塔）が完成したのがその年のことで、その頃まで造営が続いていたものと思われる。なお、平城京への移転後も、飛鳥の薬師寺（本薬師寺）はしばらく存続していた。史料や発掘調査の結果からは平安時代中期、10世紀ころまでは存続していたようだが、後に廃寺となった。本薬師寺跡には金堂・東塔の礎石、西塔の心礎が残っている。本薬師寺の伽藍配置は「薬師寺式伽藍配置」と称されるもので、中央に金堂、その手前に中門、背後に講堂を配し、金堂の手前東西に塔を置く。そして、中門左右から出た回廊が講堂の左右に達し、金堂、東西両塔は回廊で囲まれている。この伽藍配置は平城薬師寺においても踏襲されている。本薬師寺、平城薬師寺双方の発掘調査により、両伽藍の建物の規模、位置関係などはほぼ等しく、本薬師寺の伽藍を平城薬師寺に再現しようとしたものであることがわかる。ただし、平城薬師寺では中門の規模が拡大され、回廊も幅が広げられている。平城京の薬師寺は天禄4年（973年）の火災と享禄元年（1528年）の筒井順興の兵火で多くの建物を失った。現在、奈良時代の建物は東塔を残すのみである。天禄4年の火災では金堂、東塔、西塔は焼け残ったが、講堂、僧坊、南大門などが焼けた。発掘調査の結果、西僧坊の跡地からは僧たちが使用していたとみられる奈良時代や唐時代の陶磁器が多数出土しており、天禄4年の火災の際に棚から落ちて土中に埋もれたものとみられる。
第27回は、3大会ぶりにゼッケン100番での挑戦。大会前に父が死去し、今回は「父のために2度目の完全制覇をする」と意気込んだ。今大会の放送直前の短編特集では完全制覇した後でも船を使った綱登りを始め、テトラポットの上をハイスピードで軽やかに駆け抜けるなど、漁師ならではのトレーニングを怠らずに取り組んでいることも放送された。1stはジャイアントスイングでは長野のみロイター板を一切踏み込まずに突破するなど問題なくクリアし、2ndは全体的にゆったりとしたペースで進み1.65秒残してのクリア。4大会振りの挑戦となった3rdは初挑戦のアルティメットクリフハンガーの4→5本目で落下した。インタビュー前、後、挑戦中のクリフハンガー前の休憩ポイントでの仲間の会話含めて「ここが山場になるだろうとは思っていた」と語り、今大会が最後の3rd進出となるのと同時に着水での最後のリタイアとなった（ゼッケン100）。40代になって初めての挑戦となった第28回は、大会前にこれまでの「第28金比羅丸」から、新しく製造された「第50金比羅丸」の船長となり、ゼッケン100番での挑戦。オールスターズ4人の脱落を見届けた後の挑戦となったものの、1stの2連そり立つ壁の2つ目の壁を登れずタイムアップとなる。同エリアでの脱落は第8回以来となった（ゼッケン100）。第29回は、日本代表予選の大トリを飾る意味合いもありゼッケン100番での挑戦。1stの新スタートエリアであるロングジャンプの飛び加減を挑戦前、後のインタビューでは迷っていたと語り本番では迷った末、最大スピードで自身の出来る最大限の大跳躍をした結果、距離自体は余裕でクリアしたものの着地直後に右太腿を痛めるアクシデント。足を抑えながら先へと進むも、怪我のせいで踏ん張りがきかず登れなかったため、前回同様2連そり立つ壁の2つ目の壁でタイムアップとなった（ゼッケン100）。第30回は、限界説が言われる中「塊王(長男)も理解できる年齢になったので、良いところを見せたやりたい」という思いを胸にゼッケン2999番で登場。前回負傷したロングジャンプは、両足着地に成功。2連そり立つ壁も1発でクリアし、3大会ぶり＆40代になって初の1stをクリア。しかし2ndスワップサーモンラダーの3段目から4段目の移動にでバーの片側が下の段にはまって脱線した事により、当時のルールの安全上の規定による失格扱いでリタイア。この回が、最後の2nd進出となった。挑戦後のインタビューでは「バックストリームまでたどり着いてどれくらい（自分だとどれくらい疲れるのか）見てみたい（試したい）」と語った（ゼッケン2999）。第31回は、前回大会のファイナリストかつ最優秀成績者である又地諒に100番、漆原裕治に99番を譲り、ゼッケン争奪マラソンで決まった第18回を除き、第11回のゼッケン96番以来、約12年振りとなる99番、100番（記念大会での特別な番号は通常の番号に変換した場合）ではないゼッケンとなる98番をつけて出場したが、1stのタックルで脚力を大きく消耗。その影響で、そり立つ壁を登ることが出来ずタイムアップとなった。リタイア後のインタビューでは（SASUKEを続けるかどうかは）「コンディション次第ですね」と語った（ゼッケン98）。