親父が死んでプロになることを決意した主人公。しかし、ひょんなことから穴に落ちてしまう。落ちた先にはなぜか父のパンツが。「とりあえず、ここを出よう」と、主人公は奥に足を踏み入れた。いわゆるローグライク形式のゲームで、アイテムや装備を拾ったり敵と戦いながらフロアに存在する階段をひたすら下り、25階にいるカメダを倒せば（25階から）ダンジョンを脱出することができる。また、50階まで行き再びカメダと戦えば、野球超人伝が手に入る。今回の裏サクセスではパーツ制が採用されておらず、レベルアップした際にもらえる経験値で本編と同様に主人公の能力を上げることとなる。特殊能力は敵を倒したときに出る肉を食べることで一定確率で身に付く。アイテムは剣や斧などの武器、靴や鎧、盾などの防具、主人公を補助する飴、珠、カードがある。アイテムは祝福や呪いのパラメータを持っており、祝福されたアイテムならば普段より良い効果になるが、呪われたアイテムだと普段より悪い効果になる上、装備しているものであれば装備をはずすことができなくなってしまう。また、武器、防具、珠には耐久度が存在し、0になるとそのアイテムが壊れてしまう。敵の攻撃や空腹でHPが0になると死亡してゲームオーバーとなるが、従来同様4回まではコンティニュー可能（もちろん所持金没収や呪い付与等のペナルティは食らう）。また、ダンジョンで活動できる時間は限られており、時間切れになると同様にゲームオーバーになる上、コンティニューも不可能。
父親と共にモグラーズの試合をスタンドで観戦する小学一年生の主人公。しかし、水木の打ったホームランボールが父親の頭を直撃。意識を失った父親の横で泣き叫ぶ主人公。その時、目の前に野球仙人が現れ「本来死ぬはずの父親を助けたければ五年以内に少年野球の全国大会で優勝するように」と告げる。ボールに魂を吹き込まれた父親を助けるため、主人公は奔走することになった。
シリーズ初の少年野球を舞台としたサクセスモード。時系列は、『パワポケ7』の2年目と同じ年に開始。本作は『パワポケ8』より後に発売されたが、時系列はこちらの方が先である。本作のメインシナリオは丸山修が担当。本作の投手の能力アップで取得できる特殊変化球は、『パワポケ8』のものではなく『パワポケ7』までと同様の「基本変化球をレベル1以上持った状態で特殊変化球を書き換えて取得したり別の特殊変化球に変更できる」という仕組みになっている。なお、『パワポケ8』以降に追加された特殊変化球はあるものの、能力アップで『パワポケ8』以降で追加された特殊変化球を取得できるのはHシュートのみで、それ以外の特殊変化球はイベントでは一切取得できず、オリジナル変化球を取得できるイベントもないので取得できない。そのため、持っているのは『パワポケ8』の選手パスワードを使って本作に登録された選手と敵チームの選手のみである。小学生の話なのでグリムじゃんけん、四葉のクローバー探し、虫遊び、などの子供の遊びのサブイベントや、カン蹴りといったミニゲームがある。しかしストーリーはパワポケシリーズらしく、重苦しい展開や「死」を題材にしたイベントを多分に含んでいる。また、グッドエンドが存在しない彼女候補も多い。少年野球がテーマなので女性選手も多数登場している。ガンバーズの女性選手はガールフレンド候補も兼ねている。本作登場の選手（ライバル選手、ボール親父含む）が、のちに『パワプロクンポケット11』以降でアレンジチームのガンバーズ選手として登場する。登録名は一部の選手を除いて漢字が変更された。このため、下記の一部選手の名前は『パワポケ11』のアレンジチームに準拠している。
本作のみ収録のパワポケ図鑑では、本作と『パワポケ甲子園』を除いてシリーズ過去作品（『パワポケ1・2』（初期2作のリメイク作品）は独立した作品扱い）の作品紹介、プロフィール（表・裏サクセス、『6』のしあわせ島編、『5』から『7』の俺のペナント）、一部のBGMが収録されている。アルバムモードと違い、最初から見ることができる。なお、プラットフォーム、発売時期の関係で『パワポケ8』のBGMと一部プロフィールは無い。
かつて地球と呼ばれた惑星ゾラはどこまでも砂漠が広がる星となっていた。「イノセント」と呼ばれる支配階級の人々がドーム都市に住み、「シビリアン」と呼ばれる庶民階級の人々がその外に住んでいた。シビリアンたちは、ロックマン（ブルーストーン採掘業者）、ブレーカー、運び屋、交易商人などを営んで生活していた。ゾラには「泥棒、殺人を含むあらゆる犯罪は三日逃げ切れば全て免罪」という「3日限りの掟」が存在した。しかし、シビリアンの少年ジロン・アモスは両親を殺したブレーカーのティンプ・シャローンを、掟の三日を過ぎても追いかけ続けていた。ジロンは目的を果たすために戦闘用ウォーカーマシン「ザブングル」を手に入れようとするが失敗し、その持ち主である交易商人「キャリング一家」のお嬢様エルチ・カーゴや無法者集団「サンドラット」の女リーダーであるラグ・ウラロたちとランドシップ「アイアン・ギアー」に乗り込み、行動を共にすることになる。アイアン・ギアーの派手な活動はやがてイノセントにも注目されるようになる。やがてアイアン・ギアーのクルーたちは反イノセント組織「ソルト」と合流していく。「イノセント」の本来の支配者である貴公子アーサー・ランクはジロンたちに共感し、真実を告げる。「シビリアン」とは、将来的に地球（（ゾラ）を託すために「イノセント」によって人工的に創りだされた種族であった。大異変により環境が激変し、それまでの地球人の体のままでは生存できなくなってしまったのだ。「イノセント」たちは「シビリアン」を穏健に支配育成し、いずれはゾラを譲るつもりだった。しかし、対立する「イノセント」の大物カシム・キングはこの計画を反故にし、「シビリアン」を支配し続けようとしていた。カシム・キング一派はエルチを拉致して洗脳し、アーサーやジロンたちを抹殺させようとする。ジロンたちは何とかエルチを救い出し、アーサーの助力を得て洗脳を解く。シビリアンたちはあちこちで暴動を起こしてキングの勢力に対抗し、これを圧倒するに至る。窮地に陥ったカシムはICBMで反撃しようとするが、その誘爆で死亡する。しかしこの過程でエルチは負傷し失明してしまう。シビリアン側の勝利が確定した後、エルチは洗脳の所為とはいえ仲間を裏切った罪悪感から荒野に独りザブングルを駆り飛び出すが、迎えに来たジロンの呼びかけに応え、仲間と共に生きていくことを決意する。