『寛政重修諸家譜』によると、山本勘助の曾孫である山本九郎兵衛正重は、寛永12年（1635年）に御持筒与力に召し出され、後に小十人（250石）に列した。石高から推して、馬上となり小十人の組頭を補佐していたものと思われる。また同氏は、三河発祥であるとしている。『断家譜』によると、上記の山本氏の別家となる山本氏が存在し、大番等を勤めた250石の家柄であったが、宝暦11年（1761年）に当主が逐電したため、断絶している。この当主（山本辰之助）は山本勘助から数えて8代目となる。同『寛政諸家譜』巻第132、清和源氏義光流山本氏は山本四兵衛正直の代より岡崎城主松平清康・広忠に仕え、西三河出身。また、永禄6年（1563年）の三河一向一揆の際に土呂籠城の衆に山本四平・山本才蔵・山本小次郎があり、徳川家康に敵対した。このように古くから西三河にも近江源氏系（山本冠者義経子孫）など、前掲の駿河出身とは異流の山本氏があり、松平氏（徳川氏）の家臣となるものもいた。
山本貞久の子孫となる山本伝次郎幸綱は、三河賀茂郡内に今川氏から所領を与えられて移り住み、2代目は通称を帯刀と称して賀茂神社の神官となった。3代目の山本光幸は同賀茂郡鶴巻に住した（諸説あり）。山本伝次郎幸綱と伝えられる墓地は同賀茂郡本願寺に存在するが、その事績については史料的根拠がない。また三河渡来後に一時、駿河久能山城主に栄転したとする伝説もあるが、史料的根拠がない。
山本氏の遠祖は、鎮守府将軍源満政であると伝えられる。満政の玄孫・重長が美濃国木田郷に住し、木田氏を称した。その子・重国は、承久の乱で後鳥羽上皇に味方して、討ち死にした。その甥、重季（通称・吉野冠者）も伯父と共に討ち死にした。木田重季の子孫は、駿河国富士郡山本村に渡来して、在地の土豪となった。この木田氏は、後に貞久（弾正）が山本と姓を改めて、駿河・遠江の戦国大名、今川氏に仕えた。
ログハウス風の小柄な駅舎を有する。社員配置駅。山形鉄道出札窓口、JR乗車証明書発行機、待合室を設置。窓口営業時間内に限りJR列車到着時に改札を行う。山形鉄道の列車は到着時に車内精算となり、JR線へ乗り継ぐ場合は運転士から精算証明書を受取り、乗継列車の車内または下車駅にて精算する。
山形新幹線開業に合わせて作られた駅舎は、通商産業省グッドデザイン賞などを受賞している。鈴木エドワードによる設計で、パラグライダーを模した意匠となっている。米沢駅が管理し、JR東日本東北総合サービスが受託する業務委託駅。直営駅時代は管理駅で、中川駅を管理下に置いていた。駅舎にはみどりの窓口、JR自動券売機、指定席券売機、モバイルSuica特急券用簡易Suica改札機、山形鉄道自動券売機、待合所、キオスクがある。また、ホームにはエレベーターが設置されている（1番線・2番線のみ）。駅レンタカー設置駅。かつては国内旅行を取り扱う「びゅう旅センター」が窓口内に設置されていた。
単式・島式混合3面5線のうち、東口から数え二つ目のホーム（島式）の駅舎寄り片方の線路がはがされて出来た3面4線の地上駅である。東口に近い1番線から3番線をJR東日本が使用し、4番線を山形鉄道が使用している。山形鉄道フラワー長井線がJR長井線であったころは奥羽本線と線路が接続されていたが、後に奥羽本線が山形新幹線運転に伴い標準軌へ改軌されたことなどから、現在はJRと山形鉄道の線路は当駅構内では接続していない。駅舎は東西に設置されており、東口をJR東日本、西口を山形鉄道が管理している。
JR東日本の奥羽本線と、当駅を起点とする山形鉄道フラワー長井線が乗り入れ、接続駅となっている。当駅は奥羽本線上を走るミニ新幹線である山形新幹線の停車駅となっている。一方、奥羽本線の在来線としての愛称として「山形線」が設定されている。
オートレースの競走（レース）は通常1日12レース行われる。1競走の出走数は通常8車で、1周500メートルのオーバルコース(コーナー曲率半径52m、直線約87m、幅員30m、バンク角全周3度)を規定の周回数走行することで行われる。スタートラインはゴールラインの100m後方に存在し、走行距離が100mプラスされる。一般レースは6周回 (3100m)、GI・GIIは優勝戦が8周回 (4100m)。SGは準決勝戦が8周回、優勝戦が10周回 (5100m) で行われる。選手間に技量差があるためレースの大半がハンデレースで行われる。近況の着順やタイムを参考に番組編成委員によって距離によるハンデが選手へ与えられる。スタートラインを0線（通称ゼロせんまたはゼロハン）と呼び、以下10m毎に最大110mまでのハンデが選手へ課せられる。このため、ハンデレースは有力選手による後方からの追い上げ、比較的軽いハンデ位置からの逃げ切り、2つのレース展開が同時進行する。選手の技量差が僅差のレース（主にグレードレース）は、0mまたは10m線から8車横一列でスタートするオープンレースで行われる。オープンレースは主にスタート力に優れた選手が逃げ切る展開が多い。SG「日本選手権オートレース」は、全レースがオープンレースで行われる。開催は3日、4日、5日間の連続開催、勝ち上がり方式で行われレースは一般戦、予選、準々決勝戦、準決勝戦、優勝戦で構成される。