メソポタミア文明の再興を掲げるイラクの独裁者サダム・フセインの主導で1978年よりバビロン遺跡の考古学的修復を名目に古代都市の復興計画が開始され、バビロン遺跡の入り口にはサダム・フセインとネブカドネザルの肖像画が配置され、碑文には「ネブカドネザルの息子であるサダム・フセインがイラクを称えるために建設した」と刻まれた。バース党政権下で1987年から2002年までほぼ毎年バビロンでフェスティバルが開催されるも予定された空中庭園とジグラットの再建は行われることはなかった。1991年に湾岸戦争が終わると、サダム・フセインは遺跡群内にジグラットを模した近代的な宮殿を建てケーブルカーも敷設しようとしたが、2003年のイラク戦争により中止に追い込まれた。しかし、戦争でイラクに侵攻したアメリカ軍の基地建設によって遺跡の損傷が進んだ。
紀元前130年代にバビロンを含むバビロニアをパルティア王国に奪われた。バビロンはその間、取るに足らぬ地方都市として衰退を続け度重なる洪水などによって破壊され、やがて肥沃で緑あふれる土地だったメソポタミア平原が砂漠化したように大都市の面影をとどめない廃墟となってしまった。
その後、ペルシア帝国を滅ぼしたアレクサンドロス3世（大王）がここをマケドニア王国の王都としたが、紀元前323年のバビロンでの彼の死に伴ってバビロン会議が開催され、彼の遺将たち（ディアドコイ）によって権力と所領の分割協定が結ばれた。しかし、やがてディアドコイ戦争が勃発し、紆余曲折を経てディアドコイの一人だったセレウコス1世がバビロンとアジアの大部分の支配者となり、紀元前312年にセレウコス朝を開いた。しかし、幾人かの王の中興があったものの彼の時代をピークにセレウコス王朝は次第に領土を喪失していった。
その後、カッシートやアッシリア帝国などの支配を経るが、一貫してメソポタミア地方の中心であった。貿易の商工業の中心であり、物資集積場であった。紀元前600年代の新バビロニア王国時代になって、その首都となるとイシュタル門や、今でも謎を残す空中庭園などの建造物が作られ、オリエント有数の大都会として栄えた。しかし、新バビロニアがアケメネス朝ペルシア帝国に滅ぼされ、ペルシャの一都市となってからはその重要性が低下した。
古代の記録の中では、「バビロン」を他の都市の名前として用いている例がある。例えば、バビロンの影響圏にあるボルシッパをそう呼んだ例や、アッシリアがバビロンを占領・略奪した後の短期間、ニネヴェのことをバビロンと呼んだ例がある。
聖書では、その名は「バベル」として登場する。創世記では、「混乱する」を意味するヘブライ語の動詞ビルベル（bilbél）から、「混乱」という意味で説明されている。現代の英語の単語「babble」（意味の無いことを話す）は、一般にはバベルという名前に由来すると考えられているが、直接の関係は無い。
「神の門」という訳は、意味が判然としない非セム語の地名を説明するための民間語源だという考えも強まっている。言語学者イグナス・ジェイ・ゲルブは、バビルまたはバビラ（Babil / babilla）という名前は都市の名前の根本部分だが、その意味と起源は未知とすべきだと1955年に提案した。理由として、他のよく似た名前の場所がシュメールにあったことと、シュメール語の地名がアッカド語の翻訳に置き換えられた例が他に無いことを挙げている。イグナス・ゲルブの説では、バビル（またはバビラ）は、後にアッカド語のバブ・イリ（ム）（Bāb-ili(m)）に変形したのであって、シュメール語のカ・ディグ・イラ（Ka-dig̃irra）はむしろ逆に、バビルまたはバビラからの翻訳であるとの結論に達した。
2013年12月16日、ガンバ大阪へ完全移籍。ジュニアユース時代を過ごしたガンバへ13年ぶりに復帰となった。1年通して大きな怪我なくプロ入り後では初めてリーグ戦全試合にフル出場。リーグ優勝がかかったシーズン終盤の第32節浦和戦や第33節神戸戦ではファインセーブを連発し、11月・12月のJリーグ月間MVPを受賞。シーズン通して安定したセービングを披露し、失点数はリーグ2位タイの31失点に抑え、完封試合はガンバのクラブ新記録となる14試合を記録するなど、ガンバのリーグ優勝さらには国内三冠達成に大きく貢献。監督の長谷川健太からはチームのMVPに指名され、同年度の日刊スポーツ 提供「黄金の脚賞」を受賞。また、ガンバの公式応援番組『GAMBA TV〜青と黒〜』の年末特別企画「ガンバTVアウォーズ」ではMVPに選出された。2015年も前年に劣らぬ高いパフォーマンスを見せ、1年通して大きな怪我無く過ごした。代表召集期間と重なったナビスコカップ準々決勝・準決勝、スルガ銀行CSを除く公式戦全試合に出場し2年連続でガンバTVアウォーズのMVPを受賞。CS準決勝浦和戦ではビッグセーブを連発して浦和の猛攻を防ぎ、さらに丹羽大輝のあわやオウンゴールになりかけたバックパスをわずかに足先で触れることで軌道を逸らし失点を防ぐと、そこから自身がつなげたボールが藤春廣輝の決勝点を呼び込む活躍を見せ、Jリーグが選ぶ同試合のMOMに選出された。天皇杯決勝の浦和戦でも味方の倍以上のシュートを浴びながら1失点に抑えガンバの天皇杯連覇に貢献した。2018年4月21日に行われたセレッソ大阪戦で、味方の三浦弦太と接触し、右頬骨と右眼窩底を骨折。怪我から3週間で練習に復帰し、5月12日の横浜F・マリノス戦にて先発復帰を果たし、危ぶまれたロシアW杯メンバーにも選出された。