年会長を務めた2013年の日本分子生物学会第36回年会の企画として、「日本の科学を考えるガチ議論」というサイトを設立。近藤は2017年3月まで代表者を務め、同年4月以降は宮川剛が代表を務める。これは日本分子生物学会とは直接の関係はなく、年会以後はScience Talksのサポートで運営されており、2019年現在は「【帰ってきた】ガチ議論」というサイト名になっている。2013年に近藤は「捏造問題にもっと怒りを」というトピックを作成。このサイトは通称「ガチ議論サイト」と呼ばれており、研究不正についての疑義が多数寄せられ、『ネイチャー』の記者も参考にしたという（11jigenや匿名Aによる論文大量不正疑義事件も参照）。また、2015年には文部科学省の政策「選択と集中」について、同省の官僚にインタビューを実施。同省の官僚も本サイトに出入りしていると言われる。
学研メディカル秀潤社が発刊していた『細胞工学』に、2011年から連載記事「こんどうしげるの生命科学の明日はどっちだ!?」を連載。2013年に同社から出版された近藤の単著『波紋と螺旋とフィボナッチ ― 数理の眼鏡でみえてくる生命の形の神秘 ―』ISBN 978-4780908695 は、この連載が元になっている。なお、連載は2016年3月の同誌最終号まで続いた。近藤は大阪大学の近藤の研究室（パターン形成研究室）のサイトにも「生命科学の明日はどっちだ」と題してブログを公開しており、『細胞工学』における「生命科学でインディ・ジョーンズしよう（前編、後編）」といった記事は、ブログにも掲載されている。本庶佑が2018年のノーベル生理学・医学賞を受賞した際には、本庶とのエピソードが新聞に取り上げられた。また、当時の天皇陛下に謁見したエピソードなど、いくつかの記事は講談社のサイト「gendai ismedia」にも転載されている。
修士課程、博士課程と近藤は本庶佑の研究室で過ごしており、「自分は一流であるから一流の研究ができる」はずということを当たり前に感じる場だったという。また、スイス留学中に本庶から「戻ってきて免疫の研究をやってほしい」と声を掛けられ、帰国している。京都大学の講師だった時には、自宅でチューリング・パターンを実証するためにタテジマキンチャクダイの飼育と観察をしていたこと、およびその成果を日本分子生物学会でポスター発表することを近藤は本庶に黙っていた。ポスター発表が発覚して本庶の部屋に呼び出された際に近藤は「趣味」と言い訳したが、とても怖かったと述懐している。後年「免疫をやると言うから呼び寄せたのにもかかわらず、魚なんぞにうつつを抜かし……」と事あるごとに言われながらも、タテジマキンチャクダイが表紙を飾ったネイチャーは医化学教室に長年飾られ、2002年に本庶が企画を務めたワークショップでは近藤も招待講演に呼ばれている。近藤が日本分子生物学会年会で大物研究者の顔写真に落書きをする企画をした際には、最初に本庶に許可を取りに行って快諾されており、そのおかげもあってほかの研究者への依頼もスムーズに進んだという。
趣味は熱帯魚、ヨット、ダイビング。山口智子のファン。[漫画]]やアニメ、ゲームの話題を交えて話をするのが得意と自負している。1990年代後半に国立遺伝学研究所でレクチャーをした際、数式を板書し終わった時に聴衆が皆寝てしまっていたことにショックを受け、伝え方を工夫するようになったという。マウリッツ・エッシャーのだまし絵についても精通しており、『日経サイエンス』2018年8月号のエッシャー特集では近藤の記事が掲載された。研究室サイトにおけるブログに加え（節「#生命科学の明日はどっちだ!?」参照）、Twitterで学会の模様を実況したり、研究者向けの議論サイトを開設する（節「#ガチ議論」参照）など、インターネットを活用している。2013年の日本分子生物学会では年会長を務め、Nature編集部や複数の文科省職員、マスメディアも招いた研究倫理のシンポジウムを三日間に渡り開催し、研究室のボスに発言しにくい研究者界隈の現状を憂い、山中伸弥や大隅良典といった大物研究者の写真に落書きをするコーナーも設けているなど、ユニークな取り組みを展開した。
正式名称は「新船堀橋」。旧船堀橋が現存しないため「船堀橋」と呼ばれる。荒川の河口から3.5 kmの地点に架かる橋で、東岸は江戸川区船堀一丁目と東小松川四丁目を分かち、西岸は中州状になっている江戸川区小松川一丁目を通過し、江東区大島九丁目に至る。下流側で都営地下鉄新宿線荒川橋梁と平行し、江戸川区側で首都高速中央環状線の下をくぐり、同高速船堀橋出入口を構造体に含む。橋の総延長は1487.4メートルあり、東京都建設局が管理する橋の中では最長の橋で、荒川に架かる橋では上江橋に次いで長い橋である。橋の総延長の内、荒川渡河区間は524.05メートルで、中川との間に5.5メートルの橋台を挟み、中川渡河区間は169.75メートルである。橋格は一等橋（TL-20）である。上下線の間に幅0.5メートルの中央分離帯がある。橋面は1.5から2.0パーセントの横断勾配が付けられている。右岸側の旧中川を渡る船堀小橋を含む右岸取付橋は半径500メートルの曲線や小松川地区に降りる長さ239.622メートルのランプを有する長さ559.97メートルの単純合成鋼鈑桁橋および単純箱桁橋（一部）の曲線橋である。また、災害時に防災拠点等に緊急輸送を行なうための、東京都の特定緊急輸送道路に指定されている。1996年（平成8年）7月4日荒川の河口付近に荒川河口橋が開通したことにより、船堀橋の荒川河口橋開通3ヶ月後の1日当たりの交通量が44,900台から40,800台になり、混雑が緩和された。