マルス96はフォボス計画の探査機も打ち上げた4段ロケット、プロトン8K82K/11S824Fで11月16日に打ち上げを予定していた。4段目はブロックD-2と呼ばれ、衛星待機軌道への投入時に一度点火し、その後火星への軌道に投入するために再点火される予定であった。4段目を使用し終わると衛星は分離され、アンテナを展開し、衛星付属の推進ユニットが使われる予定であった。その後推進太陽電池とPAIS科学プラットフォームを展開する予定であった。火星までの航行は10ヶ月程度が見積もられ、決定までに2回コース修正がおこなわれた。天体物理学研究は航行中にも行われる予定であり、火星到着は1997年9月12日に見積もられた。到着の4日から5日前に、北半球の2箇所の別の場所に着陸させるために両方の火星地上局を投下する予定だった。投下後、マルス96には軌道投入の準備として軌道を偏向する操作が行われる。適切な時間に、推進ユニットのメインエンジンを進行方向に向け、その状態で点火し速度を低下させ火星周回軌道に投入する。当初の軌道は近点が500kmで遠点が52,000km程度であり、軌道周期は43時間程度が見積もられた。一方で降下する両地上局は火星表面に軟着陸する。両方の着陸方法は同一で、これらの地上局は空気抵抗で減速をはじめ、19.1kmの高度でパラシュートを展開、18.3kmの高度でヒートシールドを切り離し、17.9kmの位置でエアバッグを膨らませ始める。着陸時はパラシュートを切り離しエアバッグをクッションにして地上に落とされる。エアバッグは役割を終えると地上局を切り離して露出させる。その後4枚のペタルを展開し、地上局は上空を飛行するオービターに向けて信号を送るという段取りであった。火星軌道到達後の衛星部分の最初の任務は着陸が確認された火星表面の送信局の信号を受信することだった。ペネトレーターの発射は火星周回軌道投入後7日後から28日後までに行われる予定だった。衛星の主要科学フェイズはペネトレーターの投入が終わり、推進ユニットが放棄された後に開始される予定だった。2機のペネトレータの投下は同時に行われ、衛星からの分離に続いて、安定のためのペネトレータの回転が始まり、落下のために液体燃料ロケットで速度が低下させられる。20から22時間後、ペネトレータは火星の大気に達しブレーキ装置が展開される。衝突時には前部が切り離され、後部に比べ火星表面の深い位置まで突き刺さる。その後、着陸の確認のために衛星との通信セッションを行う。月軌道投入し、ペネトレーターが投下されておおよそ1か月後、衛星部からLWR装置とARGUSプラットフォームの展開に邪魔になる推進ユニットを切り離し、放棄する。衛星は計画では1年間運用される計画であった。推進ユニットの切り離し後は、オービターは軌道維持用の低出力スラスターシステムを利用する。名目上の観測期間の間、ダイモスへの近接飛行が可能であったが、フォボスへの近接飛行は不可能であった。ミッションの延長が認められれば、2-3か月間の空力制動が維持でき、軌道周期は9時間程度になる予定であった。
当時のレーシングカーが保存されることは非常に稀であり、一線を退いた旧型車両の構成部品は必要に応じて後のモデルの部品として流用されたり、修理に使用されたりすることで失われていた。旧型車両の一部が残ったとしても不要になった車両は開発資金の補填のためにスクラップにされた上で売却されるのが常だった。第二次世界大戦末期には推定で18台のアウトウニオン・レーシングカーが、アウトウニオンのレース車両製造所があったザクセン州ツヴィッカウ郊外の炭坑内に隠された。しかし1945年に赤軍がドイツに侵攻すると秘匿されたマシンは発見され、戦利品として接収された。ツヴィッカウは戦後の東ドイツ内に位置していたため、アウトウニオンの残された数少ないマシンはソビエト連邦に送られ、研究の為にNAMI (中央自動車研究所)をはじめとする科学研究機関や自動車製造業者に分配されることとなった。アウトウニオン社自体も西ドイツに移転することを余儀なくされ、1949年にインゴルシュタットで再結成された新生アウトウニオンは最終的に今日のアウディに発展していった。今日ではソビエト連邦に接収されたマシンの大部分はスクラップにされていると考えられ、タイプA及びタイプBは現存していないとされる。現存しているのは1台のタイプCと3台のタイプD、そしてヒルクライム仕様のタイプC/Dの混成モデルが1台のみとされる。唯一現存する1台のタイプCはローゼマイヤーの死後、タイプCが2、3台しか現存しなくなったことを受けてアウトウニオンがドイツ博物館に寄贈したものだった。車体には戦中の爆撃で受けた損傷の跡があり、今でも確認できる。1979年から1980年にかけてアウディはこのマシンのレストア作業を外部に委託する形で行い、車体とエンジン、トランスミッションに保存状態を維持できる範囲でのオーバーホールを実施した。接収された内の1台は技術分析を目的としてモスクワに送られた。1976年にはジルの工場でスクラップの為の解体作業を待っていたこの車両は、破壊される前にラトビア・アンティーク自動車クラブ会長のヴィクトル・クルベリによってリガ自動車博物館に移された。ソビエト連邦の崩壊後、アウディの技術者はこの車両が16気筒エンジンのヒルクライム用タイプC/D混成モデルであることを確認し、アウディはこの車両をそのレプリカと引き換えに入手した。オリジナルの車の再生産不可能な部品が全て保存されていること、レプリカは再生産可能な部品とアウディが既に製作していたレプリカマシンの部品を利用して製作することが取引の条件だった。アウディがこの取引で費やした資金額は公開されなかった。1997年にはイギリスのバックステッドに拠点を置くクロスウェイト&ガーディナーと、同じくイギリスのオワーに拠点を置くローチ・マニュファクチャリングがアウディから依頼を受けてこの車両のレストアを行い、同時にレプリカも製作した。アウディ博物館に展示されているオリジナルの車両はモーターショーで展示される他、アウトウニオンのドライバー、ハンス・スタックの息子で自身も長年アウディのレースカーをドライブしたハンス＝ヨアヒム・スタックがレースイベントの際にデモンストレーション走行を披露することもある。一方、レプリカ車両は2007年のグッドウッド・フェスティバル・オブ・スピードで初めて公開され、ピンク・フロイドのニック・メイスンの手でデモンストレーション走行を行った。現在このレプリカはリガ自動車博物館に展示されている。アメリカの自動車愛好家ポール・カラシックはシャシー番号19の車体がロシアにあることを突き止め、入手したそのシャシーに別のタイプDの残骸から回収したエンジンを組み合わせたものをクロスウェイト&ガーディナー社に持ち込んでレストアを依頼した。レストアされた車両は2007年2月にパリのクリスティーズでオークションにかけられることになっていた。 自動車オークションにおける史上最高の落札価格(1200万ドル以上)が予想されたが、この封印入札方式でのオークションでは1人も買い手を見つけることができなかった。シャシーとエンジンが同一の車体からのものではなかったこと、シャシーとエンジンの型番がこの車両であるとされていたオリジナルのマシンのものと一致しないことが発覚したのが原因だった。この車両は2009年8月に再びオークションにかけられ、オークションハウスのボナムスは落札額を最低550万ポンドと見込んだ。入札額は600万ポンドで滞り、このオークションは流札となった。