ティンパニとバスドラムの pp のロールに始まり、チェロとコントラバスが、半音階で上行する3連符を含む主要動機を提示する（下の譜例）。続いて、第25小節目でコーラングレとクラリネットがAを、第31小節目からはトランペットがBを提示する。第56小節目からは冒頭の主要動機のリズムに乗って木管群が第3楽章の主要主題を提示し、音楽はA、Bとの相互作用を繰り返しながら展開していく。途中、第1楽章のコーダで登場したコラール風の主題が、第133小節目からは p で、第259小節目からは f で現れる。2回目のコラール風主題の後、A、Bに基づくコーダとなり、 fff による「変二」音で全曲を締めくくる。バラケは、この楽章が対照的な2つの「力」（「混沌とした運動」、「歌う旋律」）の二元性に基づく構造であることを示唆している。
一種のスケルツォ楽章である。8小節の短い導入に続き、全音音階的な主要主題がコーラングレによって提示される。第2楽章ではこの主題を中心として、第36小節目からのトリルを伴った弦楽器による主題、第62小節目からの主題（第50小節目からのホルンによって奏される経過句から派生したもの）、第123小節目に登場するトランペットの動機が、それぞれ独自に変容しながら複雑に組み合わされる。こうしたこの楽章の性格を、作曲家・指揮者のピエール・ブーレーズは「絶えず一新される形式」と呼んだ。
低音の「ロ」音の上に、ハープが完全5度（「嬰ヘ」音）、長6度（「嬰ト」音）の響きを作り出し、チェロがAを提示する。序奏部はロ短調を示す記号が記されているが音階の第3音を欠いており調性は曖昧である。やがてBが提示されるが、「ハ」音から始まるこの主題はさらに調性を曖昧なものにしている。序奏部はBの提示を中心にしたアーチ型の構造であり、最後の部分でややテンポを速め、変ニ長調の主部に入る。主部は、木管による主要主題、ホルンによる第35小節目からの主題を軸とした前半と、4部に分かれたチェロによって奏される動的な主題を軸とした後半に大きく二分されるが、いずれのセクションにもA、Bが登場することによって楽曲としての統一が図られている。コーダでは第132小節目にBから派生したコラール風の主題が現れ、Aから派生した音型と主部の主要主題とが同時に奏されるクライマックスに至る。楽章の最後は長6度（「変ロ」音）が付加された変ニ長調の主和音で締めくくられるが、「長6度の響き」はすでに楽章の開始段階で準備されていたものである。
第1楽章の主部は大きく2つに分けられ、その後半部分では4分割されたチェロが新しい主題を提示する（譜例は上声のみ）。その最初の2音はAであり、新たなリズムの要素として3連符が登場する。「3連符のリズム」は次第に変容し、第1楽章後半のクライマックスにおいては、上下に大きく動く伴奏形となり、自らを生み出した主題そのものと組み合わされる。
第1楽章「海上の夜明けから真昼まで」の冒頭5小節間においては、「ロ」「嬰ハ」「嬰ヘ」「嬰ト」の4音のみが使われている。これを集約したものが次の譜例の(a)であり、これを全体に短3度下げると(b)になる。さらに(b)のうち「変イ」「変ロ」を1オクターブ上げて、音の並びを変えると(c)、(d)となる。第33小節目に登場する第1楽章の主要主題は、このようにして序奏から導き出されている。また、第1楽章の前半を締めくくる音形も序奏の4音から導かれている。
1671年1月28日、町に侵入したイギリスの海賊ヘンリー・モーガン一味は、当時黄金交易でにぎわっていたパナマの町に火を放って（パナマの総督が、逃げ失せるために自ら町に火を放ったという説もある）、黄金を略奪した。海岸線に建物がひしめき合うように立地するパナマの町は、ほとんど防御施設を持たなかったために、2月24日まで（現地をみた他の海賊の証言では4週間以上）町全体が火に包まれたとの記録が残っている。その後、町は復興されることなく、2年後に高台で以前から移転計画のあった西に約11km離れた現在のカスコ・ビエホ地区に町の機能をすべて移転させた。このときに焼け残った公共建物や宗教施設で使用されていた石材が持ち運びだされ、再利用されている。現在でも見られるものとして、西端に位置するメルセー教会正面の彫刻が施された化粧石、大聖堂の正面壁面の石材などがある。町の再建が断念された理由としては海賊の襲撃が致命的であったこともある。しかしそれ以前の1621年にパナマを襲った地震の被害が甚大であり、復旧を援助してもらうためにスペイン王室に費用負担を申し出る書類が確認されている。総合的に被害状況が関係者にとって予想以上だったとの見解が数年来、各種論文で指摘されている。一方、発掘調査で確認される植民地時代の建物のレンガ敷き床面が略奪によるもの以上に破損している状況が看過されるからも同様の結果が推察できるようである。再建が断念されたかつての町は、後に各宗派が新しい町での施設再建のために残存建物から建築部材を切り出す作業に従事するインディヘナたちの居住地となった。危険を伴う作業であったために解体石材の下敷きになる事故が多発した。切り出された部材は満潮時に近くの海岸から筏に乗せられて運ばれた。一連の工事が終了した後は、パナマ建国までのおよそ300年間、省みられる事も無くスペイン人がやってくる前の状態に戻っていった。