本エピソードの冒頭部分は巨大水槽の中で撮影された。劇中に出てくるP-51は美術スタッフが作ったレプリカである。スカリーが子供の頃にメリッサと遊んだことをふと思い出すシーンの撮影で、ボウマンはアンダーソンに「目の前にある木を亡くなったお姉さんだと思って演じてくれ。」と言った。後に、ボウマンはこの時のアンダーソンの演技を「単なる木に向かって素晴らしい演技をしたアンダーソンの素晴らしさを多くの人々に伝えたいよ。」と評している。アンダーソンはこの時の経験を「「海底」での演技はなかなか難しかった。過去から引き出さなければならなかった感情があり、それと現在の感情を同時に表出させなければならなかった。ただ、そんな体験ができたのはいいことだった。」と述べている。当初、最後のシーンはモルダーとクライチェックが画面外に向かって歩いていくシーンになる予定だったが、ボウマンはこれを物足りないと感じた。そこで、ボウマンは2人がカメラに向かって歩いてくるシーンで本エピソードを終えることに変更した。ブラックオイルはCGによって表現されている。ブラックオイルに適した液体を調べるために、スタッフは何回も実験を行った。その結果、油とアセトンの混合物が採用されることになった。その混合物は床に垂らすと球状にまとまりやすい。それがブラックオイルを表現する上で好都合だったのである。海底に沈んだ戦闘機の中にいた生存者を演じたのは、セットの建築作業員のロバート・マイヤーである。マイヤーは「スタントマンになりたいという長年の夢が叶った」と当時を振り返っている。
本エピソードはクリス・カーターがシリーズ放送開始時から抱いてきた2つの視覚イメージから生み出されたものである。その1つ目は海底に沈む第二次世界大戦期の戦闘機の残骸の中で生存している人間を潜水士が発見するというイメージである。2つ目は白黒フィルムで撮影された潜水艦内での回想シーンである。監督を務めたロブ・ボウマンはカーターとダイビングの経験について話し合い、「海中で災厄を見つけるというストーリーはいいアイデアだ。」と感じたという。さらに、カーターはMJファイル（シーズン2最終話「アナサジ」を参照）に再び焦点を当てたいとも思っていた。フランク・スポットニッツは「731」の脚本を書き下げてすぐに、本エピソードの脚本の執筆にとりかかった。ミネアポリスからバンクーバーへと向かう飛行機の中で、脚本の大部分を書き上げたという。その際、アイデアを書き込んだのは原稿用紙にではなく、読み終えた雑誌の余白であった。メリッサ殺害事件とクライチェックの再登場はスポットニッツのアイデアである。なお、ゴーシャーという名前は『X-ファイル』で特殊効果部門を総括するデヴィッド・ゴーシャーにちなんでつけられた。
因島は「囲碁の島」としても知られる。1997年、因島市は棋聖本因坊秀策やアマ四強村上文祥がこの地で生まれたことから、町おこしの一環として囲碁を市技として制定した。これに『ヒカルの碁』での囲碁ブームと2004年秀策が囲碁殿堂に顕彰されたことを機に島には観光客が訪れ、さらに町を挙げて囲碁の文化普及を進めてきた。2006年因島市は平成の市町村合併により尾道市と合併消滅するが、尾道市もこの普及を引き継ぎ囲碁を市技とした。そして2007年合併記念事業として秀策の生家復元と資料展示が決まり、2008年に開館したのがこの記念館である。生家は棋戦会場としても用いられ、2016年には井山裕太本因坊初の防衛戦となった第71期本因坊戦が行われている。事前予約すれば因島囲碁協会が派遣した「碁ランティア」と対戦することができる。記念館の隣が石切風切神社になる。そもそも生家があったところであり、1926年その前に「本因坊秀策碑」が建立されたものの、1972年老朽化に伴い生家は取り壊された。そのため本因坊秀策碑は神社内にあり、記念館ができるまではここに秀策の資料を展示保管していた。また記念館正面山手の地蔵院に秀策の墓がある。
醍醐天皇が好物としており太夫の位を授けたという言い伝えがあり、そこからわらび餅の異名を岡大夫とも言う。そのいわれが寛永19年（1642年）に書写された大蔵虎明能狂言集（大蔵虎明本）の「岡太夫」に古い言い伝えとして書かれている。また同時に凶作に見舞われた農家の非常食でもあったという言い伝えもある。東海道の日坂宿（現在の静岡県掛川市日坂）の名物としても知られており、谷宗牧の東国紀行（天文13-14年、1544年-1545年）には、「年たけて又くふへしと思ひきや蕨もちゐも命成けり」と、かつて食べたことのあるわらび餅を年をとってから再度食べたことについての歌が詠まれている。ただし掛川周辺は鎌倉時代から歌に歌われるほどの葛布の名産地であり、林道春（林羅山）の「丙辰紀行」（元和2年、1616年）にはこの日坂のわらび餅について、「或は葛の粉をまぜて蒸餅とし。豆の粉に塩を加えて旅人にすすむ。人その蕨餅なりとしりて。其葛餅といふことをしらず。」とあり、天明6年（1786年）頃の「東街便覧図略」にも、「蕨餅とハ言へと実は掛川の葛の粉を以って作れる也」ともある。奈良県はわらび粉の名産地であり、奈良や近くの京都ではわらび餅の名店が数多く見られる。京都では餡入りの蕨餅が古くから親しまれてきた。また夏のイメージが強いが和菓子店で売られている本蕨を使った餡入りタイプのわらび餅は保存に向かないため、夏の間は販売されていないことが多い。