後述の転属により、主に山手線用（一部それ以外の車両もあり）の車両を転属先の線区事情に合わせるため、それぞれ大規模な改造工事を施工した。下記に改造車が投入された線区とその改造内容を記述する。先頭車改造については、11両編成で運用している山手線からの転用にあたり、転用先における短編成化によって必然的に先頭車が不足することから、中間車の先頭車化改造が施工されている。前面デザインは既存車とは異なる新しいものとした。フロントガラスは緩やかな横方向にカーブした1枚の曲面ガラスを使用したものとなり、前照灯（HID）と尾灯は窓内上部左右の配置とした。LED式行先表示器は中央上部(正面から見て少し右側へ寄っている)の配置である。また、先頭車化改造車および600番台では改造時に電子ホーンが追加装備された。600番台に限り空気警笛はタイフォンからE231系近郊タイプなどと同様のホイッスルに変更されている。改造にあたっては妻構体を撤去し、前面強化フレームを溶接の上、前頭部はFRPにフェノール発泡体を合わせた剛性の高い複合材料を使用したものとなっている。改造にあたって、乗務員室部に支障する助手席側側面の行先表示器は廃止している。乗務員室機器配置はE231系などに準拠したもので、マスコンハンドルは既存車とは異なる左手操作形ワンハンドル式を採用しており、改造直後の地点ではモニター画面の設置はないが、計器台形状も同系列に準じたものである。なお、デジタル列車無線導入や保安装置変更などで別途モニター装置を追加した車両もある。乗務員室は既存車よりも線路方向に 200 mm 長いものとされ、乗務員室背面仕切壁には非常救出口・遮光幕付きの大窓・仕切扉窓を配置するものである。なお、先頭車化改造車の全長は 215 mm 長い 19,715 mm となり、また連結面間距離は 20,100 mm となっている。また、先頭車化改造を実施した車両では連結面側の片側座席を撤去し、車椅子スペースの設置が行われている（ただし、編成の短い南武支線用1000番台・鶴見線用1100番台はクモハ204形のみ設置）。
イエスが存在しなかった可能性がはじめて学問上の注目をあびたのは、19世紀のドイツの歴史家ブルーノ・バウアーによってである。バウアーがボン大学で教鞭をとっていた時期（1839年-1842年）に発表した一連の研究の中で、バウアーは福音書の歴史的価値について議論した。バウアーによれば、ヨハネ福音書は歴史物語として作られたものではなく、ユダヤのメシアについての考えを哲学者フィロンの「ロゴス」概念に適応させるために作られたのだという。マタイ福音書・ルカ福音書については、バウアー以前の批評と同様、マルコ福音書の記述を下にしているとしている。だがバウアーは、マタイ福音書・ルカ福音書がマルコ福音書ではない共通の伝承が元になっているという定説を否定した。バウアーによれば、イエスの誕生(en:Nativity of Jesus)に関するマタイ福音書とルカ福音書との間で相違があること、およびこれらの福音書中にあるマルコ福音書から直接とられていないと思われる要素にもなおマルコ福音書的な考え方がみられることなどから、この説は除外できるとしている。むしろバウアーは、マタイ・ルカ福音書に共通してみられる内容については、マタイ福音書がルカ福音書を元にしていると結論した。ここから、福音書中の伝承すべてがひとりの作者（マルコ）に沿って追跡できることになり、福音書の完全な創作説が信頼性を帯びはじめたのである。またバウアーは、ティベリウス時代のユダヤ人の間にはメシアへの期待感はなかったと考え、したがってマルコがイエスをメシアとして描写しているのは後世のキリスト教観念による後付けにちがいないとした。さらに、福音書中の細かな描写の中に歴史的事実やイエスの実際の発言とは考えづらいものがあるのは、キリスト教コミュニティの生活が反映されたとすることで説明できると主張した。バウアーはさらに、「アレクサンドリアのユダヤ人フィロンは紀元40年ごろ、きわめて高齢であったがまだ生きていた。彼が本当のキリスト教の父である。またローマの禁欲主義者セネカも、いわばキリスト教の叔父である。」と結論している。バウアーは史的イエス自体の実在問題については留保しており、パウロ書簡の研究も未解決のままにしていた。だが公表されたバウアーの意見は正教会に反するものであったため、バウアーは1842年に講師の座を追われた。1850年から1851年にかけて発表された福音書に関する研究書の改訂版では、バウアーは書簡集全体の成立年代を2世紀のものと考えて、イエスは実在しなかったと結論した。キリスト教の起源に関するバウアー自身の説明は、1877年に発表された。セネカ（バウアーは、セネカが自身の哲学に基づいた新たなローマ州を作ろうとしていると考えた）のストア派と、フィロンのユダヤ神学とが合わさり、ヨセフスなどの親ローマのユダヤ人によって政治的に作り上げられたジンテーゼであるとした。バウアーによれば、マルコはセネカのストア派哲学に影響されたイタリア人である。キリスト教の動きはローマとアレクサンドリアで盛り上がったが、小プリニウスからトラヤヌスへの手紙(110年代)以前の資料はないが、それから50年をかけて、マルコおよびその後任者は当時よりもはるか昔の創設神話を作っていったとしている。その後の史的イエスを否定する論には、バウアーの研究を直接の土台としていないものもあるが、「新約聖書のイエスに関する記述には歴史的有効性がない」「1世紀の非キリスト教徒によるイエスの記述が存在しないのはイエスの存在への反例である」「キリスト教は習合から生まれた」など、基本的な論点にはいくつか共通点がみられる。