「ミルラのしずく」とは世界の循環の一部でしかない。人は生きることによって思い出を作り出し、長い時がたつと忘れてしまう。その忘れた思い出を吸収し養分を生み出す「ミオ」と呼ばれる存在があり、その「ミオ」が養分を生み出し、ミルラの木を誕生させて、ミルラのしずくを生成しているのである。
『FFCC』の世界は、瘴気と呼ばれるよどんだ空気によって包まれている。瘴気は人体に悪影響を及ぼすため、人はその中では生きることはできない。唯一、「クリスタル」と呼ばれる特殊な鉱石の周辺だけが瘴気の影響を受けないため、人々はクリスタルのある土地に村々を形成している。クリスタルは年に一度、「ミルラの木」から採取される、「ミルラのしずく」で清める必要があるため、村民は、雫を集めなければならない。そうしなければ、村はクリスタルの加護を失い、瘴気に侵され滅亡してしまう。しかし、ミルラの木はクリスタルから離れた、瘴気の溢れる村外にあるため、瘴気の中を進まなければ、雫を採取することができない。そこで、村民は、雫を集めるための器にクリスタルのかけらをはめ込み、その加護を受けながら、ミルラのしずくを集めることにした。この器をクリスタルケージといい、雫を集める一団をクリスタル・キャラバンという。これを繰り返すことで、村民は常に滅亡から免れてきている。クリスタル・キャラバンの旅は、ミルラのしずくの採取が目的であるが、ミルラのしずくは1つの木から少量しか採取することが出来ない。しかし、世界の各地は、濃厚な瘴気が吹き荒れる「瘴気ストリーム」の洞窟により分断されており、この洞窟を抜け、より多くの土地に赴かねばならないのである。帰還したクリスタル・キャラバンは、祝福をもって迎えられ、村は1年間の安泰が保障されることになる。その歓喜や希望は、帰還した際に開かれる「水かけ祭」に象徴されているであろう。このように、クリスタル・キャラバンは、村の存亡をかけて旅を行う使命を帯びているのである。
一人用でプレイする場合には、GBAの他にもゲームキューブ用のコントローラを使用することができる。この場合、通常はGBAの画面で行うアイテムの使用なども画面上でメニュー画面を開いて行う。また、ゲームキューブ用コントローラとGBAを併せて接続することもでき、その場合は操作をゲームキューブ用のコントローラで行い、GBAの画面にはレーダーやモンスターの情報、ボーナス条件などの情報が表示される。また、シングルプレイ専用のサポートキャラであるモーグリの「モグ」が冒険に同行し、モグがクリスタルケージを常に持ち運ぶため結界による行動範囲の制限がほとんど機能しなくなっており、合体魔法はコマンドリスト上で手に入れた魔石を組み合わせることで一人で使用できる。また、条件付でモグとのマジックパイルを発動させることも可能。アーティファクトを取り合うこともないため、ボーナス点によってアーティファクトが授与される。先述のように本作ではマルチプレイを前提としたゲームシステムの構築が行われており、シングルプレイではそれらのシステムを一人でも楽しめるように変更を加えられたものだが、結果としてシングルプレイはマルチプレイに比べて楽しめないという評価を得ており、『リング・オブ・フェイト』や『クリスタルベアラー』などの後のシリーズ作品ではシングルプレイにも重点を置いたゲームデザインが行われるようになった。
土佐は往古より交通としての海路が大きな役割を果たしてきた。仁井田・種崎方面に土佐藩の船蔵が造営されるに至ったのは、旧領主である長宗我部元親が浦戸城を造営して、浦戸の城下一帯であった当地に防衛上の水軍基地を置いたからといわれている。天正5年、関白・近衛前久が薩摩からの帰路に浦戸城に立ち寄り、長宗我部元親と対面し元親は乗船と警護船を前久に手配したという逸話あり、文禄5年にはイスパニアの商船であったサンフェリペ号が楫柱を損傷して浦戸に漂着するという記録も残っている。慶長6年、山内一豊が海路・入城してくると、旧領主の配下のあった池水軍の解体をおこなった。和泉流軍法で山内家の土佐藩水軍を作り上げようとしたものと思われる。また、土佐藩の船大工の棟梁は種崎浦の岡家でその師匠は大坂の船匠・境井家であった。船の製造方法は秘伝として木割（和船の製法）を一国一人しか伝えず秘密を守るため起請文をとっていた。慶長6年、海事入城した山内一豊は旧領主であった長宗我部元親の海事法制を継受することを明らかにするとともに、入国後、『五箇条の掟』や『十四ヶ条の掟』という法令を定め、藩政時代の土佐の海事法制の基本を明らかにした。改易後、山内家は造船に力を入れ、浦戸湾の仁井田村・種崎浦の地域に限って造船所を設営した。船蔵とはたんに船を入れる倉庫ではなく造船所であり、また軍船が集中した港で非常のときは直ちに出勤できる性格をもった軍港でもありいわば藩の海軍省のような性格を兼備していたのである。前述のとおり、船蔵は仁井田の西埠頭からすすんで桑野神社までの東西五町（550メートル）南北一丁（110メートル）余りで四方は大竹の菱垣で覆った。作事場と道をはさんで1.000石以下の船舶を作る所があり、それを進水するため数丁海を掘りこみ埠頭は石材を楕円形に築き中央に小船を収容する建物があった。当時・高知は出水に水びたしになったので水伝馬船数席を停泊させ不時の用にあてた。ここから西の方角へ進むと藩主座乗の十五端帆、朱塗りの御座船を置きこれと合わせて五隻の関船を置いたとされる。