1999年1月15日、NHK総合テレビで『手塚治虫・世紀末へのメッセージ』が放送された。この番組で、上述の劇場アニメ版『ネオ・ファウスト』の116枚に及ぶアニメ用シナリオが遺稿として発見されたことが伝えられた。シナリオの存在は、この番組で初めて一般に公表された。ただし、番組ではアニメ作品の題名を『ファウスト』として紹介したが、実際には『ネオ・ファウスト』の題名で企画されていた。このシナリオの内容は漫画版と重なる部分が多々あることから、このシナリオを利用して未完であった漫画『ネオ・ファウスト』の部分的なアニメ製作が試みられた。オリジナルの冒頭と、漫画では描かれなかった部分、途中および終結部が6分程度にまとめられた。また、登場人物は漫画のキャラクターの絵に合わせ、ストーリーも時間内に収まるように台詞を変えたり、物語を分かりやすくするための脚色が加えられている。
実現はしなかったが、1984年にリクルート時代の藤原和博からアニメ映画の企画を打診され、手塚は『ネオ・ファウスト』の題名で完全なシナリオ原稿を書き上げている。手塚は非常に乗り気であったが、予算の面から計画は立ち消え、その後に手塚が死去したことから、藤原の悔やむところとなった。本作は未制作に終わったが、内容をさらに発展させ漫画『ネオ・ファウスト』が生まれることになった。ストーリーは漫画とは前半からすでに大きく異なる。現在、この劇場アニメ版のシナリオ原稿は、『ぜんぶ手塚治虫!』（朝日新聞社、2007年）や、『手塚治虫SF・小説の玉手箱』（樹立社）などで読むことができる。その物語の概要は以下のようなものである。
手塚治虫は生涯で3回、ゲーテのファウスト物語を基にした漫画を描いた。1作目は戦後間もない20歳の頃に描いた児童向け赤本漫画『ファウスト』で、2作目は虫プロ社長を辞めた直後の、人生のどん底と語った42歳の頃に描いた『百物語』である。『ネオ・ファウスト』は3作目に当たる。この3作はゲーテのファウストに書かれた「これから死のうとしている男が若返り、人生をやり直す」という共通したテーマが描かれているが、内容は3作とも手塚のアレンジが加わり大きく異なる。後に描かれた作品ほど読者の対象年齢が高く設定されている。児童向け漫画『ファウスト』は初期の手塚絵らしく、登場人物はみな頭身が低く可愛く描かれている。内容もゲーテの原作におおむね忠実である。しかし児童漫画なので、ゲーテの原作にある妊娠小説のような不適切な要素は除いて翻案されている（ソ連のアニメ映画『せむしの仔馬』を意識したような絵の描き方がされている）。『百物語』は『ライオンブックス』の一編であり、前述の作品より対象年齢をやや高く設定された内容である。舞台も日本の戦国時代に移し、後半のほとんどは手塚のオリジナルストーリーで進む。
朝日文庫版や講談社漫画全集版などでは、終盤になるとネームのみが掲載され、そのまま絶筆になったことを物語っている。収録されている最後のページは絵コンテのまま「先生の側近に三人のおもしろい者たちをはべらせます」「誰なんだ」という台詞で終わっている。その3人が一体誰を指すのかは謎のままであるが、文庫版の長谷川つとむの解説によると、手塚はその後の展開を作り上げていた。それは、作中に登場する左翼活動家・石巻の精子が新生物となり、地球環境を壊滅させるという内容である。また、物語中盤で球体に入った女性が登場するが、これは人間ではなく「地球の存在そのものを表す生命体」として登場する予定であった。さらに長谷川の著書によると、第一部では主人公は時間移動し、1950年代から1970年代を舞台としたが、第二部では地球の始まりまで戻り、そこで重要なものを現代に持ち込むという構想が立てられていたという。また作者の手塚自身は生前、作品の結末について、主人公である坂根第一の魂が救済されて天国に昇るのか、まっさかさまに地獄に落ちるのか、どちらの行く末も魅力的だと述べていた。
人種に纏わる疑似科学の発展と近代化が、結果としてドイツ帝国及びヴァイマル共和国による反ロマ政策を招くことになる。1899年には公安警察が、ジプシー情報サービスをミュンヘンの帝国警察本部に設置。目的はロマ共同体に関する情報（身分証明書、指紋、写真など）収集や断続的な監視であった。ヴァイマル共和国期にはプールや公園、その他娯楽施設への入場を禁じられ、ドイツはもとよりヨーロッパ中で犯罪者やスパイの烙印が押されてしまう。1926年までには、この「人種的パニック」が法にまで及んだ。バイエルン州でジプシー・浮浪者・怠惰者闘争法が施行、「ジプシー」とされた集団は州内の移動が禁じられたのである。なお、既に州内に居住している集団に関しては、治安面での恐れが無くなるまで監視下に置かれた。ヘルベルト・ホイスは「このバイエルン州の法が、国内の他州や近隣諸国のモデルにさえなった」としている。また、ロマに対して特定地域への定住を求める動きは、ドイツ帝国並びにヴァイマル共和国における反ジプシー政策の要諦となる事が多かった。一旦定住した共同体は、町ないしは都市の1地域に集められ隔離。所謂ゲットーの出現である。この過程で監視や「防犯」に向けた体制が、国を挙げて整備される事となった。ジプシー・浮浪者・怠惰者闘争法施行後、人種理論に基づく公共政策はロマを迫害の標的とするようになる。1927年、プロイセン州で全てのロマに身分証明書を携行させる法律が可決。8000人のロマが強制的に指紋を採取され、写真撮影された。2年後、事態はよりエスカレート。1929年、フュッセンにてジプシー脅威法案が提出された他、国内に反ジプシー闘争センターが開所。これにより、証明書を持たないロマの移動を制限し、防犯の手段としてジプシーの恣意的な逮捕・拘留が認められたのである。これらの法律はヒトラー政権成立前ではあるが、既に人種主義の色彩が濃い。「犯罪との闘い」という前提に基づく政策は「人々との闘い」に転化するに至る。標的とされた集団は最早法律に守られる事無く、人種差別的な政策の被害者となった。