多年軍ノ要職ニ奉仕シナガラ、御国ヲシテ遂ニ今日ノ如キ破局ニ近キ未曾有ノ悲境ヲ見ルニ立到ラシメタル、仮令退役トハ言ヘ、何共恐惶ノ至リニ耐エズ、罪正ニ死ニ値ス満州事変ハ排日ノ極ミ、鉄道爆破ニ端ヲ発シ、関東軍トシテ自衛上止ムヲ得ザルニ出デタルモノニシテ、何等政府及ビ最高司令部ノ指示ヲウケタルモノニアラズ、全ク当時ノ関東軍司令官タル予一個ノ責任ナリトスルココニ責メヲ負イ世ヲ辞スルニ当リ謹ンデ至尊ノ万歳、国体護持、御国ノ復興ヲ衷心ヨリ念願シ奉ル昭和二十年十一月二十日 本庄 繁
終戦後の1945（昭和20）年11月19日、GHQから戦犯に指名され、翌20日、青山の旧陸軍大学校内の補導会理事長室で自決。額田坦元陸軍中将の『陸軍省人事局長の回想』によると「あらかじめ青酸カリを飲んだ上で、割腹し、頸動脈を切って自決した」、検視書には「まず刀を左下腹部深さ二寸に突き立て、之を右下腹まで一文字に引き回し、さらに之を繰り返すこと二、次いで心臓部を刺すこと同じく三度、最後に又もや三度右頸動脈部を深さ五分、長さ実に五寸に切り裂き事を畢られたり」という壮絶な最後であった。69歳没。墓所は東京都・多磨霊園。
昭和天皇に近侍する侍従武官長在任時（1933年4月〜1936年3月）に二・二六事件が発生した。娘婿の歩兵第1連隊中隊長山口一太郎大尉は決行当日に歩一の週番司令として反乱部隊に協力した。山口は伊藤常男少尉を使者として本庄のもとに送り、兵500が出動したこと、推測される襲撃目標とを伝えた。山口が伊藤に託したメモには「今出たから、よろしく頼む」と記されており、これは事件首謀者たち、山口、本庄の間で事前に了解があったことが示唆される。本庄は憲兵司令官岩佐禄郎中将、侍従武官中島鉄蔵少将に電話連絡して宮中に向かった。本庄がさらに襲撃目標とされていた人々に直接連絡をしておけば、殺害時刻が遅かった渡辺錠太郎教育総監については被害を免れることが可能だったのではとの指摘もある。事件翌日の27日、事件の収拾に概ねの方針が定まり、叛乱軍鎮定の奉勅命令が下された。本庄は「御前に進むこと十三回」青年将校の国を思う精神は認めてほしい旨を幾度も奏上するなど反乱部隊に利する言動を繰り返したが、昭和天皇は事件の報せを聞いて以来一貫して断固鎮定の方針を変えなかった。この経緯は本庄の手による日記に詳しく記されている。二・二六事件後の1936年（昭和11年）3月、待命となり翌4月に予備役編入。軍を退いてからは1938年（昭和13年）4月に新設の傷兵保護院総裁、1939年（昭和14年）7月から軍事保護院総裁となり、1945年（昭和20年）5月からは枢密顧問官に就任する。同年9月から「財団法人遺族及び傷痍軍人並退職軍人補導会」理事長を兼ねる。
大垣共立銀行は、明治年代に2行、大正年代に4行、昭和時代に3行を合併し、西濃地域の農業・商業金融を中心に発展してきた。一大転機となったのが、1904年（明治37年）、大垣に本店を有する美濃商業銀行の臨時休業に端を発する、西濃一帯の取り付け騒ぎである。この時、安田財閥総帥・安田善次郎は、第三銀行（のちの安田銀行）を通じて大垣共立銀行を支援する。これをきっかけに、1909年（明治42年）7月、安田保善社が大垣共立銀行の総株数の14.2%を引き受けその傘下に入ることになった。この結果、創立以来の頭取であった戸田鋭之助は副頭取となり、安田財閥より新頭取に安田善三郎（善次郎の娘婿）、取締役に安田善八郎（善次郎の娘婿・安田忠兵衛の娘婿）、監査役に杉田巻太郎が派遣された。以後、歴代頭取は同社から派遣されることになるが、頭取は在京のままのケースが多かった。もともと、大垣共立銀行の源流である、第百二十九国立銀行は旧大垣藩主の異母兄・戸田氏寛が頭取を務め、取締役に旧藩上層部（元家老戸田三弥・戸田鋭之助など）がいたこともあり、地元では『殿様銀行』とあだ名されていた。こうした中、安田保善社より派遣された行員は、大垣共立銀行内に“前垂れ主義”、顧客第一主義を徹底させる。また、安田財閥傘下の銀行は、人事・貸出（1万円以上）に関する重要事項は全て安田保善社本社が稟議・承認する方針であった為、資金運用の効率化や健全性を求め営業基盤拡大が模索された。1923年（大正12年）12月、名古屋市大曽根の農産銀行が乱脈経営により破綻した際、安田保善社を通じて大垣共立銀行に救済を求められ、同行買収により愛知県進出の地歩を築いた。さらに、1926年（大正15年）4月、共営銀行の買収によって三重・滋賀両県に進出した。太平洋戦争直前と1943年（昭和18年）、金融当局より一県一行主義に基づき、同じ岐阜県内の十六銀行との統合を打診された際、大垣共立銀行役員会は『安田保善社系列以外との合併は拒否する』と決議しこれに抵抗する。安田銀行は大垣共立銀行との合併を検討したが、日銀より資金効率の観点から難色を示される。再三にわたる金融当局の勧奨により、1945年（昭和20年）5月には、役員会の大勢も『十六銀行との合併やむなし』に傾き、同年7月に十六銀行との統合交渉を開始するも、直後に岐阜空襲・大垣空襲が発生し交渉は中断、そのまま終戦となり合併は雲散霧消することになる。