認定条件は日本国政府が示した「精神障害者保健福祉手帳障害等級判定基準」によりつつも都道府県、政令指定都市で幅広い裁量があるため、行政行為としての信頼性と安定性を損なっている、障害者施策の推進に手帳が役に立っていない（実質生活保護の障害加算の決定程度）、精神保健及び精神障害者福祉に関する法律には、身体障害者福祉法第15条に定めている指定医制度のような制度がなく、精神科医でなく事実上知識が浅くても、手帳申請用の診断書が書けてしまい、その診断書によって正しい判定がされず、精神障害者の権利侵害につながるなどが指摘されている。
一部の精神障害者患者会が、当時の大きな圧力団体である全国精神障害者家族会連合会および全国精神障害者団体連合会が、厚生省に要望して強引に制定したとの証言がある。また病者総番号制、結局精神病者分断（行政に都合の良い精神病者と都合の悪い精神病者を分けるだけ）と批難している。
都道府県知事は精神障害者保健福祉手帳交付台帳を備えて、手帳の交付に関する事項を記載する義務がある。精神障害者保健福祉手帳を返還をするか死亡した場合、記載された事項は削除される。記載される個人情報は精神障害者の氏名、性別、住所及び生年月日、障害等級、精神障害者保健福祉手帳の交付番号、交付年月日及び有効期限、精神障害者保健福祉手帳の再交付をしたときは、その年月日及び理由である。
厚生労働省は従来より発達障害は精神障害の範疇としていた。同省の通知では申請用診断書に発達障害に当たるICD-10カテゴリーF80-F89、F90-F98の記入が可能である。参考までに、都道府県または政令指定都市によっては、知的障害者向けの障害者手帳である療育手帳の取得が可能な場合がある。日本は、発達障害専門の障害者手帳はない。手帳自体には、知能検査の診断から、50～69程度と生活年齢の遅れで、軽度の知的障害がみられる場合も多い。最近では知的障害者に配慮した福祉サービスも行われてる。療育手帳とは違い合併症が見られる傾向は少ない方で、3級の登録が特に多い。重心化したものでは対象外である。手帳取得後は更新が必要である。例えば精神障害者福祉手帳は、等級に関わらず更新は2年に1回、2018年時点で手帳更新に必要な診断書を精神科クリニックに通い、精神科医に書いてもらい、担当する福祉課に精神障害者福祉手帳と証明写真と共に提出し、手帳の更新手続きを行う。
上記の問題に対し、国が主体となって3障害一律の割引を行なうために動くべく、2016年3月頃から各地の都道府県議会で「障害者差別防止法に基き、精神障害者に対しても同一の交通機関の割引を行う」決議が全会一致でなされている
なお療育手帳では、全日本手をつなぐ育成会等、関係諸団体の運動の結果、JR運賃や鉄道料金の割引制度が設けられた

判定業務は、都道府県か政令指定都市の精神保健福祉センター（地域によっては、名称を「精神医療センター」としているところもある）が行う。判定基準は、平成7年9月12日健医発第1133号厚生省保健医療局長通知「精神障害者保健福祉手帳の障害等級の判定基準について」の中に書かれている「精神障害者保健福祉手帳障害等級判定基準」による。判定材料は申請時に提出された診断書をよりどころにしている。判定基準は「精神疾患（機能障害）の状態」と「能力障害の状態」の各指標で構成されている。
申請窓口は居住地の区市町村で、本人または本人の意思のもと家族が申請する。窓口にある申請書に記入し、所定の書式（A3用紙1枚）の診断書の添付が必要。精神保健指定医その他精神障害の診断又は治療に従事する医師による診断書の日付は、精神障害に係る初診日から6カ月を経過している必要がある。更新の場合、有効期限の3か月前から申請可能。審査を行い、等級が決定されれば精神障害者保健福祉手帳を、等級に非該当となった場合は、不承認通知書が都道府県知事から交付される。有効期間は2年。
紀元4世紀の新羅征伐から凱旋した神功皇后が　九州の宇瀰（うみ、福岡県糟屋郡宇美町）にて応神天皇を出産した帰途の道中、現在の社叢のあるこの台地で天神地祇の奉祀をおこない、祝いが岡と云われ、やがて石岡となった。その後 貞観元年（859年）に宇佐神宮の八幡神をこの地に勧請して祀ったことが この神社のはじまりと伝えられている。延久 5年(1073年)、源頼義が後冷泉天皇の勅命により伊予国内に十八社の八幡宮を建立した際、その一社として再興される。天正13年(1586年)、小早川隆景の四国征伐のさいに戦場となり社殿が焼失。ご神体のみは守られ、仮社殿を設けて祀られた。寛文10年(1670年)に西条藩主松平頼純により藩の祈願所とされ、元禄2年(1689年)に社殿が再建される。以後　歴代の西条藩主もこれを奉祀した。明治5年(1872年)、近代社格制度の導入にともない社格を郷社とされ、のち明治17年(1884年)に県社に昇格した。昭和21年(1946年)、南海地震が起こり拝殿など一部の社殿が倒壊したが昭和29年(1954年)に再建され現在に至る。