閏6月26日、残りの17名は千歳丸に乗り込み、いよいよ帰路につく。シャリを出帆して北海道オホーツク海岸を北上し、宗谷岬を廻って7月2日に利尻島に上陸。ここで生存者たちは、干物ではない新鮮な魚を7ヶ月ぶりで口にした。3日間滞在したのちに出港し北海道の日本海沿岸を南下するものの、船は積丹半島の神威岬沖で悪風に阻まれて舵を損傷。やむなく忍路まで引き返して上陸した。以降は海路での旅をあきらめ、陸路を向かうことにする。高島の会所（アイヌとの交易施設）で数日を過ごし、7月16日に出立して石狩川を河口から丸木舟で遡り、さらに千歳川を遡って千歳の会所に宿泊。石狩低地の分水嶺を越えて美々川を下り、勇払の会所に宿泊。アイヌの馬子が操る馬で旅を続け、20日に白老、22日に室蘭、26日に長万部、そして8月1日に函館に到着する。8月5日に松前に到着。翌6日には、去る6月に損傷した千歳丸の修理が成り、松前に入津したとの知らせを受ける。10日の朝、一行は千歳丸に乗り込んで津軽海峡を越え、昼過ぎには三馬屋（三厩村）に上陸。陸路で数日の旅を続けたのち、8月15日に待望の弘前城下にたどり着いた。
文化4年（1807年）の陰暦5月、津軽藩士たちは北方警備の幕命を受ける。急なことながら出立の仕度を固め、5月28日に青森を発ち、6月4日に北海道の箱館（現在の函館市）に上陸。数日間を過ごした後、陸路で北海道北端の宗谷へと出立し、7月9日に到着する。当時、和人人口が200人あまりだった宗谷場所に都合100人の津軽藩士たちが駐屯することになったため、長屋などを急遽建設し、樺太を望む宗谷海峡の警備に当たった。ところが7月9日になって、突如として「シャリ場所の警備」の命が下される。宗谷に詰める人員100人のうちから、30人が最初に出立し、オホーツク海沿岸を陸路で南下したのち、7月29日（太陽暦9月1日）に現地に到着する。当時のシャリ会所は敷地面積38坪ほどの茅葺で、付属施設として数軒の板倉があるのみだった。合計で100余人にもなる藩士たちの収容場にはとても及ばないため、周辺の山林からトドマツを伐採して30坪ほどの陣屋3棟と板倉などの付属施設を建設した。構造材が急ごしらえの生木だったため陣屋の構造には狂いが生じ、後に隙間風に悩まされるようになる。しかし心配されたロシア船来航の兆しは無く、一同は月の3、13、23日に射撃訓練などをしている。
18世紀以来、日本との通商を求めるロシアはしきりと接触を図ってきた。1792年にはアダム・ラクスマンが伊勢国出身の日本人漂流民・大黒屋光太夫を伴って根室に来航し、1804年にはニコライ・レザノフが長崎に来航し、ともにロシア皇帝の親書を携え交渉を図っている。しかし、いずれも鎖国を祖法とする日本側に拒絶されていた。日本側の煮え切らない態度に接したレザノフは「日本に対しては武力をもっての開国以外に手段はない」との意見を皇帝に奏上するが、後に撤回している。一方、彼の部下ニコライ・フヴォストフは独断で水兵を率い、1806年と1807年の数回にわたって択捉島や利尻島に上陸し、日本側の会所や番屋を焼き払い、食料や武器などを略奪する暴挙を繰り返した。これを「文化露寇」と呼ぶ。事件を受けた幕府では北方警備の重要性を悟り、松前藩を陸奥国伊達郡梁川に転封して蝦夷地を直轄領にするとともに、会津藩、秋田藩、南部藩など東北地方の各藩に北海道の沿岸警備を命じる。
1888年、ウェスト・ミッドランズ州ハンズワースにて生を受ける。彼はバーミンガムのエドワード国王記念学校、ブラッドフィールド・カレッジ、ブリタニア海軍兵学校で教育を受けた。1921年、バーサ・マーガレット（Bertha Margaret）と結婚。後に3人の娘をもうけた。第一次世界大戦中、ゴドフリーは装甲巡洋艦ユーライアラスの乗員として1915年からのガリポリの戦い、サルームの再占領作戦、スミルナ砲撃、紅海方面におけるアラブ反乱軍への支援任務に参加した。1916年から1919年まで地中海艦隊司令長官付幕僚、1921年から1931年まで海軍参謀大学校副校長を務めた。1931年から1933年、中国艦隊にて重巡洋艦ケントおよび重巡洋艦サフォークで艦長を務める。1933年から1935年、海軍本部作戦部で副部長として勤務。1936年から1939年、巡洋戦艦レパルスで艦長を務める。1939年から1942年、英海軍情報部（NID）の部長を務める。1943年から1946年、英印海軍の司令長官として勤務する。1946年2月に英印海軍の反乱が起きた時、彼は放送を通じて反乱軍に「服従か死か」（Submit or perish）と問いかけた。階級は1928年に大佐（Captain）、1939年に少将（Rear-Admiral）、1942年に中将（Vice-Admiral）と昇進し、1945年に大将（Admiral）の階級が送られた。1939年にはバス勲章コンパニオン級（BC）を受章した。そのほか、エジプトのナイル勲章、フランスのレジオンドヌール勲章シュヴァリエ級などを受章している。退役後、チェルシー病院の経営委員会（Management Committee）にて委員長を1949年から1960年まで務める。同じ時期、シャーロット女王記念病院およびチェルシー女性病院の理事会（Board of Governors）、エドワード国王ロンドン病院財団およびローディーン・スクールの評議会（Council）にも名を置いた。また、ゴドフリーはチェルシー麻痺児センター（Centre for Spastic Children, Chelsea）の創設者でもある。第二次世界大戦中にNIDのエージェントとして活動していた作家イアン・フレミングはスパイ小説『ジェームズ・ボンド』シリーズにおいて、かつて自らの上官であったゴドフリーをモデルに主人公ジェームズ・ボンドの上司Mを作り上げた。ゴドフリー自身は、これについて「私を不愉快なキャラクター、Mに作り変えた」と不快感を語っている。1966年から1967年、ゴドフリーはチャーチル・カレッジに自らの回顧録を寄せた。この回顧録の大部分は未発表の情報源に基づき、一部は戦後発表されたNIDの公的な記録に基いて書かれている。1970年、イーストボーンにて死去。