カザフスタン政府はシルダリヤ川の水が大アラル海に流出しないように、堤防を建設することにした。しかし1992年に作られた即席の堤防は土砂を積んだだけの物だったために、1998年に完全決壊した。そこでカザフスタン政府は世界銀行から融資を受けて本格的な堤防を建設することにした。2001年に「シルダリヤ川流路管理及び北アラル海プロジェクト」が始まり、2005年8月にはコカラル堤防（全長13キロメートル）が完成した。コカラル堤防は成功を収め、小アラル海の水位が上昇し、表面積は1.5倍となり塩分濃度は半減した。それに伴い漁獲量は2004年の52トンから2008年には1490トン、2013年には5000トン以上に達すると予想されている。2009年現在、アラル港（アラリスク港）を復活するために、サルィーシャガナク湾に第二の堤防（サルィーシャガナク堤防）を建設する計画が持ち上がっている。しかしコカラル堤防のかさ上げによる水位上昇を期待する意見もあり、賛否が分かれている。サルィーシャガナク湾やシルダリヤ川の河口デルタにはバスタード・チョウザメやシルダリヤ・シャベルノーズ・チョウザメが生息し、秋にはカンムリカイツブリやセイタカシギなど約20万羽が営巣する貴重な自然が残っている。これらの地域（33万ヘクタール）は2012年2月にラムサール条約に登録された。2013年現在、近隣の村では鯉やチョウザメなどを養殖し放流していると言う。
1980年代のソ連ではペレストロイカやグラスノスチが進んだ。1988年の第19回ソ連党協議会ではアラル海の惨状が議題に上り、主要閣僚が反省の弁を述べた。翌年、ソ連最高ソビエトは「国の環境健全化の緊急措置について」を発表し、海外の専門家に「アラル海復興構想」を募集することにした。1992年から1993年ごろ、カザフスタン・ウズベキスタン・トルクメニスタン・タジキスタン・キルギスタンの五カ国は「国家間水資源調整委員会」（ICWC)、「アラル海流域問題国家間会議」（ICAS）、「アラル海救済国際基金」（IFSA）を創設した。しかしタジキスタン内戦などが起こり、対策は遅々として進まなかった。
砂漠化した大地からは塩分や有害物質を大量に含む砂嵐が頻発するようになり、周辺住民は悪性腫瘍や結核などの呼吸器疾患を患っている。結核の蔓延には貧困による栄養不足などの複合的な原因があると言われている。飲料水も問題であり、カルシウムやマグネシウム、ナトリウム、微細な砂を含む飲料水を長期間飲み続けている住民は腎臓疾患を発症している。井戸水を飲む地域では農薬由来の化学物質やリン肥料由来の重金属類が混入し健康被害が深刻である。灌漑後の排水が流れ込むサリカミシュ湖では殺虫剤や除草剤の混入レベルが高く、商業的漁業は1987年に禁止されたが守られていない。
計画推進の結果、1960年代には年平均20cm、1970年代には年平均60cmと猛烈なペースで水面が低下し、急激に縮小をはじめた。一晩で数十 m も湖岸線が遠のいていくため、退避しそこなってその場に打ち捨てられた船の群れが後に「船の墓場」として有名になった。アラル海は中央アジアの中のオアシス的存在であった。湖の存在により気温・湿度が一定の過ごしやすい環境に保たれ、動植物が多様に存在していた。しかし湖が干上がることにより雨は降らなくなり、気温も年較差が激しくなった。そのことにより河畔林であるツガイ大森林など周辺の緑が枯れ、風食作用により表層土も失われ、湖ともども砂漠化の進行を加速化している。アラル海の塩分濃度は、ナトリウム以外の塩基成分であるカルシウムやマグネシウムなどの塩分等が湖底に沈殿し、カルシウムは貝類の貝殻に取り込まれる生態濃縮機能などによって数百年もの間一定の濃度を保っていたが、生態系の破壊によってその絶妙なバランスが機能しなくなった。
日華事変の進展に伴い、教授学生の間に支那大陸（中国大陸）に関する関心がすこぶる高まり、各種の団体が続々、朝鮮、満州、中国本土に旅行するようになったので、義塾では北京および上海に学生のための寄宿舎を設営し、夏季休暇を利用しての現地教育の体制を整えたが、戦局の進むにつれて、学生の大陸渡航の制限が次第に厳しくなり、この企画は十分の成果を挙げ得ない中に中絶のやむなきに至った。軍事教練は年と共に強化され、学校にも一般市民の間にも特設防護団が設けられ、やがて報国隊が結成され、学徒の修業年限は次々に短縮され、学校学徒に関する戦時の特別法令が矢つぎ早に公布され、学校教育の分野は著しく制限され、学徒はあるいは戦場にあるいは生産増強に動員されて、遂には学窓にとどまる老は少数の特殊の研究者か身体の虚弱で軍務にも勤労にも適しない老のみとなった。義塾はこの間に在って、一時的に学生数は減じても、国家百年のために学問研究の体制の維持充実をゆるがせにすべからずとなし、1942年に学事振興資金を設置し昭和19年にはさらに資金募集に着手し、一方においては語学研究所を興してこれに外国語学校を付設し、文筆奨励、法学奨励の両委員会を設け、亜細亜研究所を新設し、さらに大陸および南方の農業開発を目指して大学に農学部を増設しようとしたが、時局の緊迫は容易にこの案の実現を許さず、原案は再転三転して遂に獣医畜産専門学校の設立として僅かに当初の計画の一部を実現し得たに過ぎなかった。しかし一方に農学研究所を設立し実農場を設けて他日のために備えるところがあった。戦後の教育制度の改革により昭和22年から生徒募集を停止し、昭和24年3月3期生の卒業をもって廃校し、慶應義塾農業高校に転換した。獣医畜産専門学校の卒業生は356名、うち6分の1は獣医師として社会に貢献している。彼らの同窓会は「蟹ケ谷三田会」と称している。