『FFVII』から3年後、元の生活を取り戻していたクラウド達だったが、エッジがDGソルジャーに襲撃されたことにより、彼らもWROやヴィンセント達と共にDGとの戦いに参加する。ミッドガル進攻の際、地上部隊の先陣を切りツヴィエートの1人・ロッソと激突するが、取り逃がすことになる（経緯は不明）。その後、ハイウェポン・オメガ復活のサポートの役割を果たす魔晄炉を停止させるために奮闘するが、予想以上に苦戦を強いられる。そんな中シドとの連絡が取れなくなり、そのことを携帯でヴィンセントに伝える。オメガが復活した中、ようやく魔晄炉を停止させることに成功し、携帯で仲間に知らせた後、カオスに覚醒したヴィンセントに全てを託し、オメガに突入する彼を見送る。宇宙に飛び立とうとしたオメガとカオスが激突したことで大爆発が起こり、オメガは消滅し、星は救われた。上空から雪のように降るライフストリームの雫をクラウド達は見渡すが、そこにヴィンセントの姿はなかった。それから1週間が経ち、クラウドはようやく彼を見つけることができた。
モデオヘイムへの任務の際に、ソルジャー・クラス1stの青年ザックス・フェアと出会い、田舎育ちという共通点から会話を弾ませる。廃工場でザックスと共にジェネシスとホランダーに遭遇し、ホランダーを一度は抑えるが振り払われてしまう。ツォンと共に追跡したが負傷してしまい、追跡をザックスに託す事になる。なお、この頃は他作品では使わない銃火器を装備している場面がある（発砲の描写はない）。その1年後に襲撃されたジュノン住民の避難活動のために現地へ赴くが、ヘリで移動したせいでひどい乗り物酔いに見舞われてしまう。酔って休んでいた時にザックスと再会し、ソルジャーである彼が自分を覚えていた事に驚く。その2か月後、任務でザックスとセフィロス、他一般兵2名と共に故郷であるニブルヘイムに向かう。
神羅の重要機密を納めたデータを所持するレイリー博士の護衛を、新人タークスと共に就く。この頃はまだソルジャーになれなかった自分の無力さに対する劣等感を抱えていた。そのため、最初はタークスがいるという理由で、一般兵の自分達が頼りにされていないことを不満に思い、独断で行動を起こしてしまう。アバランチの奇襲を受けた際も意地になって戦っていたが、最終的にはタークスと協力し、データを奪われるも博士の護衛に成功した。この際、始めは一般兵の装備である銃でアバランチに応戦しているが、なかなか上手くいかず、咄嗟に手に取った剣で応戦したところ敵を撃退することが出来た。この頃から剣術の素養があったことが窺える。
神羅カンパニー在籍時代。セフィロスのようなソルジャーになりたいという夢を抱き神羅に入社したが、ソルジャーに必要な魔晄適性がなかったために一般兵士に留まる。ニブルヘイムに帰省した際には、母親から立派になった事を褒められ、同時に都会は誘惑が多いから年上のしっかり者の彼女でも作って安心させてちょうだいと心配されるが、クラウド自身は「･･･興味ないな」と答えている。
少年時代は内気な性格が災いして友達もなく孤独だった。8歳の時、死んだ母親に会えると信じて、禁止されているニブル山を越えて行こうとしたティファをこっそり追いかけるが、つり橋の崩落で共に転落する。クラウドは軽傷で済むが、ティファは7日間意識不明の重体に陥り、娘を助けに来たティファの父にクラウドが彼女を連れ出したものと誤解され、激しくなじられる（ティファ本人が事故の前後を覚えていなかったため、その誤解が解かれることはなかった）。更には村の子供たちとも喧嘩をするなど荒れてしまう。その後、憧れのセフィロスのような英雄になりたい、という想いから、14歳のときに「ソルジャーになる」とティファに告げ村を後にする。ソルジャーになればティファや村人たちにも認めてもらえると考えたためだった。
ペルシア遠征軍の侵攻を知ったギリシア側は、イストモスにおいて会議を開き、陸戦隊をテルモピュライで、ペルシア艦隊をエウボイア島北端のアルテミシオンで迎え撃つことを決議した。テルモピュライ・アルテミシオンの防衛線は、これを突破されると、エウリポス海峡の制海権はペルシア側に奪取され、エウボイア島は孤立、アッティカ以北が完全に制圧されるという戦略的に極めて重要な意味を持っており、ギリシア連合艦隊はマケドニアのテルメ（現テッサロニキ）に布陣した三段櫂船1,207艘、その他の艦船を含めて合計3,000隻を超える大艦隊を迎え撃つことになった。テルメを出発したペルシア海軍は、10艘の快速船をまずスキアトスに派遣し、警戒にあたっていたトロイゼン、アイギナ、アテナイのギリシア船3隻を拿捕した。スキアトスからの発火信号によってこれを知ったギリシア艦隊は恐慌をきたし、一旦アルテミシオンからカルキスにまで後退した。ペルシア本隊は、マグネシアの海岸線に沿って南下したが、途中、ヘレスポントス風と呼ばれる猛烈な東風を3日に渡って受け、400隻以上が難破し、数多の兵を失った。ギリシア側は幸運にもカルキスに撤退していたため被害を受けず、また、エボイアの高台に布陣した物見兵がペルシア艦隊の損害をギリシア側に告げたため、彼らはペルシア艦隊がほぼ壊滅したと思って沸き立ち、再びアルテミシオンに布陣した。ところが、アペタイに停泊したペルシア艦隊はギリシア側の想定を遥かに上回る規模だったため、全軍が恐慌をきたし、総指揮官エウリュビアデスとコリントスの指揮官アデイマントスはアルテミシオンから退避することを主張した。エウボイア島の住人は、これを知ってエウリュビアデスに撤退の撤回を要求したが、聞き入れられなかったため、テミストクレスに賄賂を贈って開戦を懇願した。テミストクレスはこの金の一部をエウリュビアデスとアデイマントスに渡して両者を篭絡し、アルテミシオンでの開戦が決定した。