空気を通された発酵槽中の麦汁には酵母が添加される。酵母が出芽を開始すると発酵が始まる。発酵熱の発生により液温が上昇するので、冷却により発酵温度をコントロールする必要がある。発酵に必要な時間は酵母の種類やビールの濃さによって変わる。発酵前の麦汁はpH 5.2 〜5.8だが、発酵後には4.0 〜4.6に低下する。発酵が終了した液を若ビールと呼ぶ。アルコール発酵に加え、麦汁内の微粒子が沈降するため一度発酵の終了した若ビールは清澄する。発酵は一次発酵（主発酵）と二次発酵（熟成）の二段階で行われることがある。アルコール類はほとんど一次発酵で生成される。その発酵液は新しい容器に移され、熟成される。熟成はパッケージングまでに時間を置く必要がある場合、さらなる清澄化が必要な場合に行う。若ビールにはジアセチル前駆体、アセトアルデヒド、硫化水素などの未熟成物質が含まれる。熟成過程では残存物質のさらなる発酵が進み、これらの物質が分解され、発酵によって発生する炭酸ガスによって液外に運び出される。混濁の原因となるタンパク質は、温度を+1〜-1 ℃程度に下げることにより析出し、一部の酵母とともに沈降する。熟成の終了したビールは濾過され、またシリカゲルによってタンパク質を吸着させて製品工程に送られる。熟成後に酵母の活動を抑えるため、60度前後に加熱する低温殺菌が行われる。この熱処理を行わず、特殊な濾過装置で酵母を取り除くビールがいわゆる生ビールである。ただしこの呼称は日本の基準によるものであり、国によって基準は異なる。また酵母を完全に取り除かないビールもある。
煮沸の終了した麦汁は、酵母による発酵の準備のため冷却される。このとき溶解度が下がってタンパク質やポリフェノールが凝固する。醸造所によってはホップで処理した麦汁をさらにホップバック (hopback) に通す。ホップバックはホップを満たした容器で、風味付けをしたりフィルターの機能を果たしたりする。しかし多くの醸造所ではホップバックを使わず、単純に発酵槽で麦汁を冷却する。その後酵母の増殖に必要な酸素を供給するため、冷却された麦汁に無菌空気が通される。
ライン川方面に侵攻したデュラス公・ヴォーバン指揮下のフランス軍は10月29日にフィリップスブルクを落とし（フィリップスブルク包囲戦）、北上して11月11日にマンハイムも陥落、ヴォルムス・シュパイアー・マインツもフランス軍の前に陥落、マインツから南のライン川流域はフランス軍に制圧された。ドイツ諸侯がライン川方面の救援に向かうとヴュルテンベルクに侵入して略奪を働き、翌1689年3月2日にプファルツ選帝侯領の首都ハイデルベルクに放火、ハイデルベルク城を破壊した。マンハイム・ヴォルムス・シュパイアーにも放火した後にフランス軍は一旦退却したが、これは敵に渡った場合、物資調達及び拠点として活用することを防ぐための処置であった。ライン川から下流で北のモーゼル川流域はブーフレールが進出、コブレンツを砲撃したが、ドイツ諸侯の救援により陥落を阻止された。ドイツ諸侯も対策を取る必要に迫られ、モーゼル川流域はブランデンブルク選帝侯フリードリヒ3世が、マインツから東のライン川支流・マイン川流域はカレンベルク侯（後にハノーファー選帝侯）エルンスト・アウグスト、ザクセン選帝侯ヨハン・ゲオルク3世、ヘッセン＝カッセル方伯カールが防衛に回った。ルイ14世は亡命してきたジェームズ2世を先頭に立て、フランス軍をアイルランドに送り込み、アイルランドの反イングランド反乱を煽った。ウィリアム3世はジェームズ2世とティアコネル伯らアイルランドのジャコバイトに釘付けにされたが、オランダ軍はヴァルデック侯ゲオルク・フリードリヒが率いてネーデルラント方面のユミエール公と対峙、ライン川方面はハンガリーからロレーヌ公シャルル5世、バイエルン選帝侯マクシミリアン2世が引き抜かれ、シャルル5世が帝国軍司令官として進軍した。1690年になるとスペイン・サヴォイアも同盟側に立ったため、フランスはノアイユ公、ニコラ・カティナをそれぞれスペイン・イタリアへ派遣、軍勢を複数に分散していった。シャルル5世は5月にコブレンツに軍勢を集結させるとライン川の解放を狙い、9月にマインツを奪還、北上して6月にカイゼルヴェルトを落としたフリードリヒ3世の軍と合流すると10月にボンも降伏させ、冬にデュラスがアルザスへ引き上げたこともありライン川右岸はひとまず帝国側に渡った。ネーデルラントは8月25日にユミエール率いるフランス軍をヴァルデックと合流したイングランド軍の将軍・マールバラ伯ジョン・チャーチル（後にマールバラ公）がワルクールの戦いで破り、帰国した後はウィリアム3世から総司令官に任じられている。しかし、以後は重用されず不遇の日々を送ることになる。翌1690年、4月にシャルル5世が亡くなりマクシミリアン2世がライン川の司令官に就任、6月にサヴォイア公ヴィットーリオ・アメデーオ2世が皇帝・スペインと同盟を結び、又従弟のプリンツ・オイゲンと共にイタリアへ向かった。7月にアイルランドでウィリアム3世はイングランド軍を率いてボイン川の戦いでフランス・アイルランド連合軍を破り、ジェームス2世は再びフランスに逃れた。しかし、ネーデルラントではユミエールから指揮を引き継いだリュクサンブール公がフルーリュスの戦いでヴァルデックに大勝、海上ではフランス私掠船船長のジャン・バールがイギリス船を拿捕して回り、ビーチー・ヘッドの海戦でもトゥールヴィル伯率いるフランス艦隊がトリントン伯アーサー・ハーバートが指揮するイングランド・オランダ連合艦隊に勝利するなどフランス有利となり、イングランドにフランスが上陸する恐れも出てきた。8月にヴィットーリオ・アメデーオ2世もスタッファルダの戦いでカティナ率いるフランス軍に敗北、イタリア戦線は停滞した。1691年、ウィリアム3世はアイルランド平定をオランダの将軍ゴダード・ドゥ・ギンケルに任せると1月にオランダへ上陸、ネーデルラントのフランス軍対処へ向かい、3月にブーフレール率いるフランス軍に包囲されたモンスの救援に向かったが、ヴォーバンが迅速に包囲戦を進め、スペイン領ネーデルラント総督のカスターニャ侯が足を引っ張ったため動きが取れず、4月にモンスを奪われてしまった。憤慨したウィリアム3世はイングランドへ帰国、5月に大陸へ戻ったが、フランス軍とイングランド軍は互いに牽制したまま動けず、モンス陥落以外に進展は無かった。アイルランドはギンケルによって平定され、マクシミリアン2世はイタリアで指揮を執った後、更迭されたカスターニャ侯に代わってスペイン領ネーデルラント総督に任命され、ライン川方面はハンガリーから引き抜かれたバーデン辺境伯ルートヴィヒ・ヴィルヘルムが担当した。他の戦線には進展は見られず停滞したままとなっていた。