日本共産党では1951年の第4回全国協議会（四全協）より山村工作隊などの武装闘争路線が採用された。更に同年10月に開催された第5回全国協議会（五全協）で「51年綱領」が採択され、火炎瓶等を用いた武装闘争が各地で繰り広げられた。しかし1955年の日本共産党第6回全国協議会(六全協)では武装闘争路線を転換し、権力が暴力で革命運動を抑圧しない限り、革命運動も暴力を行使しない、という「敵の出方論」を採用した。権力奪取が、武装闘争になるか否かは、状況次第、ということになる。この協議会で当初の「農村から都市部を包囲」という中国共産党型の暴力革命路線を放棄した日本共産党の当時の国会議員・地方議員の大部分は暴力路線を支持して暴力活動に参加した徳田派だったのにも関わらず、暴力路線で日本国内でテロをしていたのを「党の一部」だとして責任を徳田球一にのみ押し付けたことは無責任だと批判されている。山村工作隊などの活動に参加していた学生党員は、突然の路線転換に衝撃を受け、党を去った者も少なくない。あるいは、失意のうちに自殺した党員もいる。また、日本共産党が戦後から再開した「武装闘争」路線を信奉する急進的な学生党員は、新指導部への不信・不満を募らせ、のちの共産主義者同盟結成や新左翼や過激派ら誕生へと向かう種が、この六全協によって蒔かれた。日本社会党だけでなく、日本共産党も既成左翼政党が武装闘争路線を事実上放棄したとして反発した学生を中心に、当初の日本共産党の武装路線を継続する新左翼と呼ばれる過激派が誕生した。そのため、武装革命に賛同して戦後に日本で暴力行為を扇動・参加していた多数の日本共産党の党員はその後の新左翼誕生の責任を負うべきだと元党員からも批判されている。
祖父・手塚太郎は司法官で、1886年（明治19年）に創立された関西法律学校（現在の関西大学）の創立者の一人である。大阪地方裁判所検事正から名古屋控訴院検事長、長崎控訴院長などを歴任した。曾祖父・手塚良仙は適塾に学んだ蘭方医で、1858年（安政5年）に江戸の神田お玉ヶ池種痘所（現在の東京大学医学部の前身）を設立した人物の一人でもある。その生涯は治虫の晩年の作『陽だまりの樹』でフィクションを交えつつ描かれており、福澤諭吉の自伝（『福翁自伝』）にも記録が残っている。遠祖は平安時代の武将・手塚光盛とされる。家系図 （なお作家活動時には多くの書籍で生年を大正15年（1926年）と紹介していた）父・粲は住友金属に勤める会社員であり、カメラを愛好するなどモダンな人物であった。当時非常に珍しかった手回しの9.5mmフィルム映写機（パテベイビー）を所有しており、治は小学校2年生から中学にかけて、日曜日には家にいながらにしてチャップリンの喜劇映画、マックス・フライシャーやディズニーのアニメ映画を観ることができた。そのため治は幼少時から漫画家よりもむしろアニメ監督になることを夢見ていたという。なお、父はカメラにはまる前は漫画にも凝っていて、漫画への理解があり、家には田河水泡の『のらくろ』シリーズや、中村書店の「ナカムラ・マンガ・ライブラリー」、「ナカムラ・繪叢書」など、200冊を超える漫画本があったという。また、後に治虫が父が母に向けて書いたラブレターを発見した際、ラブレターに漫画が描かれてあるのを発見し、「やっぱり自分は父の息子だ」と思ったという。母・文子は陸軍中将服部英男の娘で厳しいしつけのもとに育ち、夫には絶対服従であったが、戦中に夫が召集された際は、生活費の捻出や畑仕事から隣組の役員まで務める働き振りを示す一方で、幼少期の治に子守唄代わりに絵本や漫画を登場人物ごとに声音を使い分けて読み聞かせていた。母もまた漫画好きであり、後に治虫の長男・眞が治虫の書斎で『のらくろ』を読んでいたところ、ページの隅にパラパラ漫画を発見した。てっきり治虫によるものだと思っていたが、後になって文子が描いたものだったと判明したという。1983年1月4日、74歳で没。治虫は初期の自伝などで父を悪く書き、母を持ち上げるというエディプスコンプレックス丸出し の行動を取っている。父を強権的で母に無理を押し付ける亭主関白として、あるいは治虫自身に害のある行動を取ったと回想しているものであり、そのうちの一部は後にエッセイなどで事実上の撤回をしている（初期の自伝などで父は漫画を買ってくれず主に母が漫画を買ってくれたとしていたが、後年のエッセイではむしろ父親が買ってくれていたと変わっている）。実妹・美奈子は治虫没後のインタビューで、父親について決して強権的ではなく家庭サービスにも熱心であったと述べている。この事は「ぼくの漫画期」にも載っている。治は長子で、下には2歳下の弟・浩と4歳下の妹・美奈子（結婚後は宇都に改姓）がいる。浩は「子供の頃昆虫の事が元でああじゃね、こうじゃねと話していたら取っ組み合いのケンカになった。殴り合いでね、こっちは軽く勝つと思っていたら兄貴強かったですよ。だから、ヨワムシとかナキムシとか言ってたけどあれはまるで嘘ですよ。」と語っている。2009年2月9日放送の「BS20周年企画 手塚治虫2009」では手塚の同級生とともに宝塚市の手塚治虫記念館に訪れている。美奈子は「戦争が始まって兄はどこか変わった。それまでは天国のような生活だったけど、戦争が始まって軍事教練などさせられて兄のプライドは傷付いた」と話している。美奈子は手塚のキャラクター・ヒョウタンツギの創作者でもある。妻の悦子（旧姓・岡田）は、血の繋がらない親戚で幼馴染であった。結婚が第1次全盛期と重なっていたため、結婚前に2回しかデートができず、しかも結婚披露宴では1時間前まで閉じ込められて原稿を描き遅刻してしまったという。悦子は梅花高女（現在の梅花中学校・高等学校）出身であり、この学校が当時「大阪のひどい方で一流の、つまりすごい学校」だったため、手塚は「鉄火肌のおもしろい子」を期待して悦子と結婚したが、実際に結婚してみるとそうではないことがわかったという。子供は3人。長男は映像作家の手塚眞 （本名は「真」、悦子夫人が真実一路という言葉を好んでいたので命名）。長女はプランニングプロデューサー・地球環境運動家の手塚るみ子（少女雑誌の懸賞の当選者に「るみ子」という名前があったので命名）。次女は女優の手塚千以子（ちいこ・『千夜一夜物語』にちなんで命名）。また、声優の松山薫は姪。妻、長男、長女の3人が手塚治虫に関する本を刊行している。