グリーンシグナルが灯った瞬間プロストが好ダッシュを決め、セナの前に出た。プロストはミラーでセナの位置を確かめ、マシンを軽くアウト側に振ってから1コーナーにアプローチした。セナはそのインに飛び込み、左フロントタイヤがプロストのマシン後部に接触。両者は弾かれたようにサンドトラップに突っ込み、濛々と砂煙が上がった。相討ちによりスタート後わずか8秒でセナの2度目のタイトル獲得が決定。ライバル対決は前年に続いて後味の悪い結末を迎えた。マシンを降りた2人は言葉も交わさず、前後に距離をおいてピットへと歩いた。プロストはコントロールタワーに行きセナの危険な行為を訴えたが、審判団は通常のレーシングアクシデントとして処理した。この混乱の間に4位スタートのベルガーがトップに立つが、2周目の1コーナーで路面に撒かれた砂に乗りスピン。凡ミスを恥じたベルガーはリタイア後ピットに戻らず、サーキットホテルの部屋に直行した。
朝のドライバーズミーティングでは、ネルソン・ピケ（ベネトン）がシケインをオーバーランした時の対処法を議題に挙げた。ピケは「Uターンしてコースに復帰するのは危険だから、安全が確認できればシケインをショートカットしてコースに戻ってもよいだろう」と提案し、出席者一同の了解を得た。しかし、前年この事例で失格処分を受けたセナは感情を昂ぶらせ、「僕はこんなのもう耐えられない。昨年の事件は本当に馬鹿げていた」と言い残して途中退席した。競技委員はピケの提案を認めず、前年と同じルールをとることを確認した。決勝用セッティングを確認するフリー走行ではフェラーリのマンセル、プロストが1・2位を記録。マクラーレン代表ロン・デニスに「フルタンクで走っていたとは信じ難い」と言わしめる好調さを見せつけた。1日目の予選で好タイムを出して7位につけたものの、体調不良で2日目の予選をキャンセルしたアレジの決勝欠場により、8位以下のグリッドが繰り上がり25台でのスタートを迎えた。
ユーロブルンとライフの撤退により金曜午前の予備予選は行われず、予備予選組の4台も参加して公式予選が行われた。初日は滑りやすい路面でスピン、クラッシュが続出。セナもフリー走行でスピンし、ピットに戻るまで30分を無駄にした。予選第1セッションではベルガーが暫定ポールポジションを獲得し、プロスト、セナ、マンセルの順となった。フェラーリ移籍決定で注目されるジャン・アレジ（ティレル）は1コーナーで高速クラッシュし、首の痛みから以後の出走を見合わせた。2日目はコースコンディションも改善され、タイムはおおむね向上した。予選第2セッション終了まで残り5分、セナとプロストが同時にピットアウトし、最後のタイムアタックを行う。セナはひとり1分36秒台に突入し、コースレコードを更新する1分36秒996で3年連続ポールポジションを獲得。プロストは0.232秒遅れたが確実に2番手のタイムを刻んだ。グリッド2列目までマクラーレンとフェラーリの2強が占め、以下ウィリアムズ、ベネトン、ティレルといったセカンドグループが続いた。日本勢は鈴木亜久里（ラルース）が10位、中嶋悟（ティレル）が14位につけた。鈴鹿のポールポジションのグリッドは伝統的にイン側（ピット寄り）だが、走行ライン外のため路面のグリップが悪い。過去2年スタートを失敗したセナは、アウト側（スタンド寄り）に変更することを水曜日からリクエストしていた。予選後、オフィシャルはこの要望を認めないことを決めた。
クンダリニーは普段は尾てい骨付近にある第1チャクラ「ムーラーダーラ」に眠っているという説明が一般的であるが、平凡な誰しもが自分でも気づかないほどの穏やかなレベルで覚醒しているというような見解もある。伝統的な考え方におけるクンダリニー覚醒は、シヴァ神と離れ離れになり3回半とぐろを巻いた蛇としてムーラーダーラに眠っているシャクティ女神が目覚め上昇し、頭頂部上方のサハスラーラに鎮座するシヴァ神と再結合を果たすといった描かれ方がなされる。なお、クンダリニーを象徴化したものとして、密教の軍荼利明王があるとしている。クンダリニーは、神話を研究したソヴァツキーによれば、受精後の肉体の形成にはじまり、人間を終生にわたり成熟・進化させる究極の力であるという。また、フランスのエミール・デュルケームはあらゆる種類の神々の原料のことを集合意識と述べているが、クンダリニーはそれに該当する可能性があると主張する。また、グルジェフの著作『ベルゼバブの孫への話』の中に神話的な人類創生の話が出てくるが、その中にクンダリニーが人間の尾てい骨のあたりに取り付けられた経緯が語られている。同書は、クンダリニーは人間が地球上に存在する目的を知られることがないように安全装置として取り付けられたとしている。近代〈神智学〉のチャールズ・W・レッドビーターは、このヨーガで、人間や物体がまとうオーラの感知、自然霊との交信、遠隔地の看取、アカシック・レコードによる過去視・未来視、肉体を包んでいる霊的身体の存在、宇宙の霊的な多層性を感得するといった、次元の異なる存在を知覚できる「透視力」を獲得したという。現実にはヨーガの実践や宗教の各種修行によって穏やかに活性化し始めると、生涯をかけ各チャクラが徐々に開発されていくこととなる。クンダリニー・ヨーガあるいは瞑想などによりクンダリニーが上昇し、それによりサハスラーラが押し開けられればクンダリニー覚醒となる。巻口によれば、サハスラーラが押し開けられるその際に「パチ、シュワ」「コン」という録音可能なほどの音が鳴ることがあるという。サハスラーラを完全開放させることになればその人物は解脱に至るが、今世で解脱できる魂は極一部といわれていると述べている。なお、一度クンダリニーが目覚めるとそれを抑圧する行為は薬物以外による方法であっても死に至るという意見がある一方で、抑圧に半ば成功した事例もあり、覚醒が本格化すると永続的で後戻り不能という意見もある。ヨーガの歴史的研究を行ったマーク・シングルトンによれば、近代インドの傾向において、ハタ・ヨーガ（あるいはクンダリニー・ヨーガ）は望ましくない、危険なものとして避けられてきたという。ヴィヴェーカーナンダやシュリ・オーロビンド、ラマナ・マハルシら近代の聖者である指導者たちは、ラージャ・ヨーガやバクティ・ヨーガ、ジュニャーナ・ヨーガなどのみを語っていて、高度に精神的な働きや鍛錬のことだけを対象としており、ハタ（またはクンダリニー）といったヨーガは危険か浅薄なものとして扱われた。