つくばエクスプレス開業の時点では、東京駅行高速バス「つくば号」は、運賃をつくばエクスプレス全線普通運賃と同じにする値下げ（1,250円→1,150円）はあっても減便はなく、競合する形となったが、つくばエクスプレスの影響は大きく、2005年（平成17年）11月1日から減便などの措置が講じられた。「つくば号」は2006年（平成18年）10月1日に一部便をつくば駅北方約2キロメートルの筑波大学始発・終着（「筑波大学」バス停は一般路線の「筑波大学中央」と同じ）とし、下り便に深夜便「ミッドナイトつくば号」を新設した。その他、回数券は廃止となったが、交通系ICカード利用での運賃割引（上り便東京方向でのICカード利用での運賃950円、下り便つくば方向でのICカード利用での運賃1,130円）により運賃面での優位性を保っている。
筑波研究学園都市における路線バスなどの公共交通拠点として1985年（昭和60年）に設置された「つくばセンター交通広場」が、駅開業により「駅前広場」と改称された。広場には改札口を出てからエレベーターまたはエスカレータ（A3・A4出口）を利用する。
改札口を出たすぐのところにつくば市総合案内所が存在し、つくば市観光協会の職員2名が常駐し、観光案内などを行っていた。駅開業前より「つくばターミナル」ビル内に市の案内所（1階）および観光案内所（2階）が置かれ、駅開業後も営業されていたが、土地勘のない市外からの観光客にとって地上のビル内の一角にある案内所を見つけることは非常に難しく、駅前交番で勤務する警察官に筑波山へのアクセス手段を尋ねるといったことがしばしばあり、「駅に観光案内がない」との不満が少なくなかった。臨時で案内職員を南北自由通路（改札前）に派遣することはあったが、駅開業後約9ヶ月を経て、常設の総合案内所が開設された。これにより、従来の案内所は閉鎖された。2016年6月11日につくば市物産館としてリニューアルオープンし、つくば市の物産品の展示と販売を行っている。観光などの総合案内は駅前広場のBiViつくばにあるつくば総合インフォメーションセンターの1階部分で引き続き行っている。
改札口前コンコースと地上出入口をつなぐ通路は、鉄道会社所有ではなく、茨城県が管理している公道「都市計画道路 南北自由通路」（茨城県道24号土浦境線の一部）である。幅員18m、延長105mで、エスカレーター7基とエレベーター2基で地上と連絡する。開業当初は単に通路であったが、後に総合案内所・待合所・コーヒー店「スターバックス」・土産物店等が設置され、事実上「駅の一部」（駅ナカ「TX AVENUEつくば」）と化している。一方で、公道のため政治家の街頭挨拶や年末商戦の出発式など現在の日本においては通常鉄道用地では行えない諸活動が見られる。南北自由通路にある掲示板は市が管理している。
他社の貴賓室ないし応接室に相当する当駅のTXルームは36.8㎡で収容人員は10名程度。これまでにわかっている中では天皇（上皇明仁）・皇后（美智子）（2008年、2010年）、スペイン国王（フアン・カルロス1世）・王妃（ソフィア・デ・グレシア・イ・ディナマルカ）（2008年）が利用した。
事実上7箇所ある。南北自由通路の地上側出口「A1」 - 「A5」が事実上つくば駅出口となっており、TX・つくばエクスプレスロゴと駅名が表示されている（地下自由通路との記載はない）。他にも、地上1階のバスターミナル内に上がれるエレベーターと、A5出口通路の途中から分かれショッピングセンター「Q't」の地上1階フロア（エスカレータ）につながる出口が存在するも独立した出口番号を持たない。
2013年1月17日2時25分（現地時間）、ガーディアンはスービック湾からインドネシアへ向かう途中、世界遺産に登録されているフィリピン沖のトゥバタハ岩礁海中公園内で、サンゴ礁に乗り上げ座礁した。トゥバタハ岩礁海中公園を管轄する公園保護官らは、ガーディアンに無線で同艦がトゥバタハのサンゴ礁に接近していると警告していたが、ガーディアンの艦長は米大使館に苦情を申し立てると反発。ほどなくガーディアンはサンゴ礁に乗り上げ座礁した。乗員79名に死傷者はいなかった。この事故について米海軍は謝罪した。フィリピン政府は、この事故で1,000平方メートルに及びサンゴ礁が損害を受けたと推定している。事故後、1月18日に救援に派遣された海洋観測艦Bowditchと特殊支援艇Championへ、79名の全乗員を避難させた。事故直後は船首のみがサンゴ礁に乗り上げていたが、次第に波によって打ち上げられてしまい、結果的に船体の全てが乗り上げてしまった。ミサイル駆逐艦マスティン、海洋観測艦Bowditch、サルベージ船Salvorが救援に駆けつけ、曳航による救援活動や、クレーン船により吊り上げ台船へ載せる方法も検討されたが、世界遺産であるサンゴ礁への影響が大きく、最終的に周辺の影響を押さえた救出は不可能と判断された。1月24日には、流出防止のためにディーゼル油の抜取りが行われ、マレーシア船籍の曳船が56.8キロリットルの燃料を抜き取った。1月29日にはサンゴ礁への被害を最小限にするため、艦を廃棄した上で、3つに切断し撤去されることが発表された。2月15日、ガーディアンは海軍の艦籍簿から抹消され、退役、除籍となった。2月23日より、現地で解体作業が開始された。2013年3月、アメリカ海軍は同型艦のウォリアーを第5艦隊から異動させ、ウォリアーの乗員をガーディアンの乗員と入れ替えた上で、母港をバーレーンから佐世保へ変更し、ガーディアンの交替とした。フィリピン議会は、この事故によるアメリカ合衆国の対応を問題視しており、罰金をアメリカ合衆国に課するため事件として捜査するように提起するなど、事故現場が世界遺産であることも併せて問題化している。事故の原因は、搭載していた電子海図に記録されていた環礁の位置が、実際と異なっていたからとされている。