文明9年（1477年）9月22日には主戦派の畠山義就が畠山政長の追討を名目に河内国に下国する。そして、9代将軍足利義尚の名で周防・長門・豊前・筑前の4か国の守護職を安堵された大内政弘が、11月11日（1477年12月16日）に京から撤収したことによって西軍は事実上解体され、京都での戦闘は収束した。足利義視・義材（後の10代将軍）親子は、土岐成頼や斎藤妙椿と共に美濃国に退去した。なお、能登守護の畠山義統や土岐成頼はこの和睦に納得せず、京の自邸を焼き払ったという。西軍の解体は僅か1日で終わったと伝えられる。9日後の11月20日、幕府によって「天下静謐」の祝宴が催され11年に及ぶ大乱の幕が降ろされた。この戦乱は延べ数十万の兵士が都に集結し、11年にも渡って戦闘が続いた。しかし惰性的に争いを続けてきた挙句、勝敗のつかないまま終わった。主だった将が戦死することもなく、戦後罪に問われる守護もなかった。西軍の最大勢力であった大内政弘も富子へ賄賂を贈り、守護職を安堵されていた。乱の終了後も畠山政長と義就は戦い続けていたが、山城国では度重なる戦乱に国人が団結し、勝元の後継者であった細川政元の後ろ盾も得て、文明17年（1485年）に山城国一揆を起して両派は国外に退去させられた。また、加賀では東軍に参戦した富樫政親が長享2年（1488年）に加賀一向一揆に居城・高尾城を攻め込まれて自害、加賀は一向一揆が領有した。これらは旧体制の支配下にあった新勢力が台頭しつつあることを示すこととなった。
文明3年（1471年）5月21日には斯波義廉（管領）の重臣で西軍の主力となっていた朝倉孝景が義政による越前守護職補任をうけて東軍側に寝返った。このことで東軍は決定的に有利となり、東軍幕府には古河公方足利成氏の追討を再開する余裕も生まれた。一方で西軍は8月、擁立を躊躇していた後南朝勢力の小倉宮皇子と称する人物を擁立して「新主」とした（西陣南帝）。同年に関東の幕府軍が単独で成氏を破り、成氏の本拠地古河城を陥落させたことも西軍不利に繋がり、関東政策で地位保全を図った義廉の立場は危うくなった。文明4年（1472年）になると、勝元と宗全の間で和議の話し合いがもたれ始めた。開戦要因の一つであった山名氏の播磨・備前・美作は赤松政則に全て奪還された上、宗全の息子達もかねてから畠山義就支援に否定的であり、山名一族の間にも厭戦感情が生まれていた。しかし、この和議は領土返還や山名氏の再侵攻を怖れた赤松政則の抵抗で失敗した。3月に勝元は猶子勝之を廃嫡して、実子で宗全の外孫に当たる聡明丸（細川政元）を擁立した後、剃髪した。5月には宗全が自殺を図って制止され、家督を嫡孫政豊に譲り隠居する事件が起きたが、桜井英治はこれを手打ちの意思を伝えるデモンストレーションであったと見ている。文明5年（1473年）の3月18日（4月15日）に宗全が、5月11日（6月6日）に勝元が相次いで死去した。宗全の死を契機に、双方で停滞していた和睦交渉が再開されたが、畠山政長と畠山義就の大反対で頓挫している。また、宗全の死後に西軍で擁立されていた西陣南帝も放擲されている。
大平昌秀の著書『異端の球譜 「プロ野球元年」の天勝野球団』では、1923年（大正12年）の関東大震災で、天勝野球団は消滅した、と書かれ物語もそこで終了する。しかし、天勝野球団に所属したとされる中野英治は、大平の著書と異なる証言をしている。大平の著書では中野はまったく登場しないが、中野は関東大震災で所属した法大野球部が傾いている時、天勝野球団に「月給を百円やるから来い」と買われて天勝に入り、その後巡業し試合もこなした。野呂辰之助が大変な野球狂で、天勝の養女の小天勝の婿に迎えたのが小野三千麿で、小野に野球のマネージメントをやらせた。ところが入ってくるのは、レギュラーにはちょっと駄目だったというような野球のアブレ者、不良少年が15人ほど集まってチームをつくった、などと話している。つまり、大平の著書で関東大震災で消滅したと書かれている天勝野球団は、その後も存在したということになる。いつまで存在したかについては、はっきり分からないが、中野は雑誌のインタビューで、天勝が渡米することになり、野球は置いていくことになってチームが解散したと話しているから、1924年（大正13年）1月頃までは天勝野球団は存在していたものと思われる。中野在籍時の天勝野球団は、天勝一座の巡業に合わせて「オール静岡」「オール浜松」といった地元チームと対戦した。昼間はそうした地元の青年チームをそこそこやっつけて「夜はどうぞ天勝を御覧下さい」という具合で、昼は野球をすると後は何もすることがないからゴロゴロしてるだけ。夜11時頃になると「野球部出てこーい!」と狩り出される。天勝の奇術は仕掛けも大きく女、子供ではどうにもならないから、はねた後の荷物を野球部15人が1～2時間かけてトラックに乗せ次の場所に送り出す。野球部は人夫も兼ねていたと話している。こうした証言や、試合も天勝一座の宣伝に地元の人たちの親睦が目的のようで、これでは入場料を取って試合をしていたとは思えず、選手に決まった給料は払われていたのかも知れないが、中野在籍時の天勝野球団は、プロ野球の球団とはいえないようにも思える。