ホールゲノムアラインメント (whole genome alignment, WGA) もまた、種間で高度に保存された領域を同定するために用いられる。現段階では、組み換えや反復配列、そして真核生物のゲノムの大きなサイズを扱う計算の複雑さのために、WGAのツールの正確さやスケーラビリティには限界がある。しかしながら、30以上の近縁の細菌についてのWGAが実現可能なものとなっている。
多重配列アラインメントは保存配列を可視化するためにも用いられる。Clustalフォーマットにはアラインメント中の保存残基の位置に注釈をつけるプレーンテキストのキーがあり、保存された残基の位置がアスタリスク(*) で、保存的な変異の位置がコロン(:) で、準保存的な変異の位置がピリオド(.)で、非保存的な変異の位置が空欄( )でそれぞれ示される（ページ上部の図参照）。 シーケンスロゴも、アラインメント中の各位置における残基の割合を高さによって表すことで、保存配列を表現する。
保存配列は、BLASTやHMMER、Infernalなどのツールを用いた相同性検索によって同定することができる。相同性検索ツールは、個々の核酸またはタンパク質の配列をインプットとして用いてもよいし、既知の関連する配列の多重アラインメントから生成された統計モデルを用いてもよい。プロファイルHMMや構造情報を組み込んだRNA共分散モデルのような統計モデルは、より関連性の低い配列を検索する場合に有用である。入力された配列は、関連個体または他の種の配列のデータベースに対してアラインメントされる。その結果は、一致するアミノ酸の数や、アラインメントによって生じたギャップや欠失の数に基づいてスコアリングがなされる。許容される保存的な置換は、PAMやBLOSUMのような置換行列に基づいて同定される。高スコアのアラインメントは、相同配列からなるものと推定される。
保存配列は、一般的にシーケンスアラインメントに基づいたバイオインフォマティクスによるアプローチによって同定される。ハイスループットなDNAシークエンシングやタンパク質質量分析の手法の進歩によって、2000年代初期以降、比較可能なタンパク質配列やゲノム情報の量は格段に増加した。
ノンコーディング配列は、リボソームや転写因子の結合部位や認識部位となるなど、遺伝子発現の調節に重要であり、ゲノム中で保存されうる。例えば、保存された遺伝子やオペロンでは、そのプロモーター領域もまた保存される。タンパク質と同様に、ノンコーディングRNA (ncRNA) においても構造と機能に重要な核酸は保存される。しかしながら、タンパク質をコードする配列と比較して、ncRNAにおける配列保存性は一般的に乏しく、その代わり、構造や機能に寄与する塩基対の位置がしばしば保存されている。例えば、インターロイキン22の遺伝子の付近にも、そのような場所が見られる。
DNA上にコードされているアミノ酸は3塩基が1組で決定されており、塩基はATGCの4種類であるのに対して、DNA上にコードされているアミノ酸は20種類である。したがって、理論上DNA上にコード可能なアミノ酸の種類よりも少なく、別な塩基配列であっても同じアミノ酸をコードしている場合もある。コーディグ領域に変異が発生しても、タンパク質のアミノ酸配列に影響しない、同義的な変異をサイレント変異と言う。サイレント変異が起こっても、作られるタンパク質は同じなので、このような変異が起きたとしても影響が少ないため、保存性は低くなりがちである。アミノ酸配列は、タンパク質またはタンパク質ドメインの構造や機能を維持するよう保存される。保存されたタンパク質はアミノ酸の置換が少ないか、もしくは類似した生化学的性質を持つアミノ酸への置換が起きやすい傾向を持つ。配列の中でも、フォールディング、構造安定性、もしくは結合部位を形成するアミノ酸は、タンパク質の機能に変化をもたらし得るため、より高度に保存される。タンパク質をコードする遺伝子の核酸配列は他の選択圧によっても保存される。生物種によるコドンの使用頻度の偏り (codon usage bias) は、配列中の同義置換のタイプを制限する。mRNAで二次構造を形成する核酸配列は、翻訳に悪影響を与えるものもあるため、不利な選択を受ける。一方でそのmRNAが機能的なノンコーディングRNAとしても機能する場合には保存される。
『三国志平話』および『三国志演義』では、諸葛亮からは「琦君」と呼ばれ、柔弱な人物に描かれてはいるものの、聡明を謳われ、また親孝行者でもあり、劉表から愛され、劉琮とも決して仲が悪く描かれてはいない。だが、劉琮の生母の蔡氏やその弟の蔡瑁と張允らに敵視されて讒言を受け、また生来から病弱で穏健だったため、自ら劉表の後継者を辞退する。それでも身の危険を感じたため、諸葛亮の取りなしにより江夏に移り住むことになっている。さらに父の危篤を聞いて江夏から襄陽に駆けつけるも、蔡瑁に「江夏の守備という重大な持ち場を離れてこちらに来るとは何事か。速やかにお帰り下さい。」と言われて城門を開けてもらえず、ひとしきり大声を上げて泣いた後、父の死に目に逢えずに江夏へ帰っている。長坂の戦いでは曹操に追われた劉備を救うべく、関羽と共に援軍として登場し、劉備軍を救うなどの活躍も見せている。赤壁の戦いの後は、正史同様に劉表の後を継ぐ荊州の主として、劉備・諸葛亮らに盛り立てられるが、病弱の体で酒に溺れたため、病没してしまう。柴田錬三郎の『三国志』では、劉琦は劉表の弟と設定されている。NHK人形劇『人形劇三国志』では、周瑜の荊州をよこせという脅しに屈せず、死ぬ前に劉備を新しい荊州の主にすることを遺言したりと、意志の強い劉琦が描かれている。