東京都台東区上野公園の上野恩賜公園内に立地する。文部科学省の特別の機関として位置づけられており、法第1条でその目的を「学術上功績顕著な科学者を優遇するための機関とし、学術の発達に寄与するため必要な事業を行う」と定めている。学士院会員は終身であり（法第3条第2項）、定員は150名である（法第2条第2項）。死亡により欠員が生じた分科ごとに各部分科会員の投票により毎年12月に新会員が選定される（常に全欠員が補充されるわけではない）。文化功労者より低い年金（250万円）が授与されるが（法9条）、これは特別職の非常勤国家公務員（3条3項）としての給与名目で支給されており課税対象になる。また、検察官適格審査会令1条2項の規定により、日本学士院会員から互選で1名が検察官適格審査会の委員になっている。外国のアカデミーは研究活動も行っているが、日本学士院では内部に「今更、研究をするのはいかがなものか」という考えが多く、研究機関としての面は他国に比べ薄い「殿堂」的機関と化している。しかしながら、毎月定例の研究会を開催し、そこで研究発表が行われ、また研究成果は『日本学士院紀要』として公刊されている。また恩賜賞や日本学士院賞、エジンバラ公賞、日本学士院学術奨励賞の授賞も行っている。エジンバラ公は日本学士院の名誉会員である。
イリスシリーズのうち、『エターナルマナ』と『エターナルマナ2』は同一の世界を舞台としている。しかし500年以上の時間差があるため、イリスという登場人物が共通していることを除きストーリー的な繋がりはほとんどない。『グランファンタズム』では再び世界観が一新されており、前2作との繋がりはない。『エターナルマナ』シリーズのイリスに酷似する同名のキャラクターがヒロインであるが、週刊ファミ通2006年3月31日号のインタビューにおいて制作スタッフが別人だと言明している。
イリスシリーズでは、グラムナートシリーズまでにあったカレンダーや時間経過の概念が撤廃されている。また調合（錬金術）よりも冒険と戦闘に比重が置かれるなど、アトリエシリーズの中では最も「普通のRPG」寄りの作風である。制作スタッフは「作品を重ねる毎にシステムが複雑になり、新規のプレイヤーがほとんどいなくなってしまった。その問題点を解消するため、これまでのアトリエシリーズらしさややりこみ要素を継承しつつ、RPG的な要素を増やした。」と語っている。
主人公たちが学んでいる魔術を錬金術と呼ぶ。元素を組み合わせて新しい物質を生み出す術とされる。少なくとも初期シリーズでは「召喚魔術」や「付与魔術」なども並立して存在する設定になっているが、ゲーム中でそれらが区別されることはなく、いずれも錬金術として扱われている。また『エターナルマナ』『エターナルマナ2』ではマナと呼ばれる精霊の力を借りて行使する術となっており、他のシリーズとは微妙に扱いが異なる。錬金術を行使する者は「錬金術士」と呼ばれ、作品世界内では「錬金術師」という表記は誤りとされている。賢者の石、エリクサー（エリキシル剤、エリクシール）、ホムンクルス、エメラルド・タブレット（新緑のタブレット）、アゾット、ウロボロスなどの実在する錬金術のモチーフも多く使われている。錬金術を用いて複数（または単数）のアイテムから新たなアイテムを生み出す作業を「調合」と呼ぶ。2作目以降はブレンド調合、オリジナル調合、ラフ調合、マナ調合など新しい形の調合がある。
シリーズ第1作『マリーのアトリエ』のキャッチコピーは「世界を救うのはもうやめた」「世界を救うより大切なこと」であり、架空の街で架空の毎日を過ごすことを楽しむゲームとして作られた。以降のシリーズでは、例えばイリスシリーズの様に従来のRPG的な作品もある。
アトリエシリーズは「アイテム合成・調合RPG」とも呼ばれる。手に入れたアイテムを合成し、新たなアイテムを生み出していくという、単純ではあるが中毒性の高いシステムが本シリーズの大きな特徴である。また、作業効率・材料の吟味・目標達成速度・妖精育成・図鑑完成・イベント類の完遂等のやり込み要素もある。
ヤーン・テラー効果はシクロオクタテトラエンの場合のように、しばしば有機化学でも見られるが、この引用文献には擬ヤーン・テラー効果（しばしば“副次的ヤーン・テラー効果”と呼ばれる）は D₄ₕ 遷移構造には存在しないとするもう一方の文献との差異がある。しかし、明確な実例がシクロオクタテトラエニルラジカルアニオンのケースにあり、古典的な πMO フロストサークル図（右図）は、明らかに縮退した軌道が非対称に占有されていることを示している。したがって、この分子はヤーン・テラー効果によって歪むことになる。
貧しい大学生の主人公は、オーゼイユ街（Rue d'Auseil）という老人ばかりの貧民街の安下宿に流れ着いた。同じ下宿屋の高い屋根裏部屋には、場末の劇場での演奏で生計を立てているドイツ人で唖のヴィオル奏者の老人エーリッヒ・ツァンが一人で住んでいた。主人公は、毎夜耳にするツァンが奏でるヴィオルの、この世ならぬ不気味で暗澹たる調べに魅了され、ツァンの部屋を訪ね演奏を聞かせて貰うが、例の怪奇な音楽を奏でるよう所望すると、ツァンは激しく拒絶する。その時主人公は、彼がカーテンに遮られたままの窓の外を警戒していることに気付く。その後も主人公は、ツァンの怪奇な音楽を廊下で盗み聞きし続けたが、演奏は日ごとに激しくなっていき、それと逆比例してツァンは憔悴し、やつれていった。ある夜、いつものように主人公が廊下で音楽を盗み聞きしていると、ツァンの演奏は急に荒々しい騒音と化し、続いて彼の悲鳴が響く。ドアを激しく叩くと意識を回復したらしいツァンが安堵したように迎え入れ、今恐ろしい怪異に襲われたが、一部始終を書き留めたいと筆談で示し、大量の草稿を書き始めた。約1時間後、突然外から美しい音が聞こえ出すとツァンも慌てたようにヴィオルを奏で始める。まるで外から聞こえてくる音楽を打ち消そうとするかのようだった。彼の様子がさらに狂乱したものになっていくと今度は、はるか西の空から悪魔のような音色が響き出す。そして窓から突風が飛び込み、ツァンの草稿を残らず外へ吸出した。その時、主人公が見た開いた窓の外はこの世ではなく、真っ暗な空間が続いていた。次の瞬間、突風が蝋燭の火を吹き消したが暗闇の中でもツァンは狂ったようにヴィオルを弾き続ける。だが、主人公が触れるとツァンの身体は、冷たく硬直しており、すでに息はなく呪われたヴィオルが鳴り響く中、主人公は街を逃げ出す。その後、主人公の記憶に欠落があるようで今では、オーゼイユ街そのものを見つけることができなくなってしまったが、そのことを主人公は、少しも残念とは思っていないと締められる。