創業者であり現会長の菊地敬一が「自分が客だったら」という発想で愛知県名古屋市天白区で開店したものが始まりである。開業にあたって範とされたのは、かつて大和田康司（俳優の大和田伸也と大和田獏の兄）が1977年から名古屋市名東区で経営していた書店、「ブックショップ大和田」である。 東京の出版社に勤めていた大和田の後輩でもあった菊地敬一は、「ヴィレッジヴァンガード」を始める以前に、出版社を脱サラして大和田の誘いで名古屋の「ブックショップ大和田」に入社し、働きながら陳列の仕方など本屋のノウハウを学び、1980年に2号店の店長を任された。大和田から2号店を「自分で自由に好きなように経営していい」と言われた菊池は、木造りのカントリー調の外見の店に仕上げたり、車やアウトドアなど趣味性の高い本を数多く揃えたり、BGMにジャズを流したり、本だけではなく雑貨を置くなど、個性的な店づくりを行った。これが、後の「ヴィレッジヴァンガード」の経営で生かされる。夫婦で始めた天白区の1号店は中古の農業用の倉庫を利用したロフト風だったが、これは菊地が当時名古屋市内にあった「MGミゼット」と言う喫茶店を訪れたとき、倉庫のような大きな空間にMGミゼットの車などが置かれ、広い天井にシーリングファンが取り付けられた店の雰囲気が気に入り、倉庫を利用したビリヤード台やジュークボックスやコミックや雑貨など置いて、いつかMGミゼットの車も譲ってもらってインテリアとして店内に置いたりして自由で開放的なロフト風の本屋をやりたいと思ったからである。また中古の農業用の倉庫は格安だったので、店を始めるうえで、当初お金がなかった菊地には好都合の物件であったと言う。なお店名の名前の由来はジャズ好きでもある菊地が、当初、本屋でジャズのライブをやるのが夢だったことから、ニューヨークにあるジャズクラブ「ヴィレッジ・ヴァンガード」の名から名付けられており、また菊地が好きだったジャズ・ミュージシャンのソニー・ロリンズの『ヴィレッジ・ヴァンガードの夜』やビル・エヴァンスの『サンデイ・アット・ザ・ヴィレッジ・ヴァンガード』などのライブ・アルバムの名からも影響も受けている。当初店内でドラムを叩いたとき、ドラムの音が倉庫造りの店内にうるさく響いてしまって失敗してしまったため、店でジャズのライブをやるのは断念したが、“ヴィレッジヴァンガード”の店名や、ジャズのBGMを店内で流すなど、「ジャズのある店」の雰囲気は残した。
書籍以外にも幅広い雑貨を扱う複合型書店であり、売れ筋商品と共に趣味性の高い商品を中心に扱う。「遊べる本屋」をキーワードに、書籍、SPICE（雑貨類）、ニューメディア（CD・DVD類）を融合的に陳列して販売する。2003年、JASDAQに上場。2019年5月、名古屋テレビ放送（メ～テレ）にて岡山天音が主演を務めるヴィレッジヴァンガードを舞台にしたドラマ『ヴィレヴァン』が放送された。撮影地には名古屋、都内の店舗が使われている。
この下賜の時点では、38帖完存していたらしいが、その後程なく一部が散逸していったとみられる。人麻呂集と業平集は分割され、それぞれ「室町切」「尾形切」と呼ばれている。室町切は、手鑑「藻塩草」（京都国立博物館蔵）と手鑑「大手鑑」（陽明文庫蔵、共に国宝）に所載する二葉のみである。尾形切は15葉ほど現存し、根津美術館、東京国立博物館、政秀寺などに分蔵。伊勢集と貫之集下は、昭和4年（1929年）に冊子の形を解体して一葉ずつの断簡に分割された。これは宗教女子大学（現在の武蔵野大学）設立の資金に当てるために、大谷光瑞が益田鈍翁らの助言を得て実行された。これらの断簡は、後奈良天皇から下賜しされた当時、本願寺が大阪石山の地にあった事にちなんで、鈍翁が「石山切」（いしやまぎれ）と名付けた。両帖合わせて三百数十頁あるものを32組に分け、1組約10枚2万円で売却されたという。現在は掛軸などに改装されて各地の美術館や収集家に分蔵されている。
建長4年には蓮華王院（三十三間堂）の宝蔵にあった。その後の所在は不明であるが、天文18年（1549年）1月20日（旧暦）に後奈良天皇から本願寺証如に与えられた。国宝の付属指定とされている「後奈良天皇宸翰女房奉書」はこの伝来に関わる資料である。また、証如の天文日記にも拝領記録がある。宮内庁勤務の歌人・書家大口周魚が 明治29年（1896年）8月大谷光尊の依頼で本願寺の古書調査をし、江戸時代中期以降存在が忘れ去られていった本願寺本を再発見した。兼輔集がどの時点で補写本に替えられたかは不明である。
ウィーン体制下のイタリアは、南部に両シチリア王国（スペイン・ブルボン朝系）、中部に教皇国家、北部にトスカーナ大公国（オーストリア・ハプスブルク朝系）、ルッカ公国（スペイン・ブルボン朝系）、パルマ公国（スペイン・ブルボン朝系）、モデナ公国（オーストリア・ハプスブルク朝系）、サルデーニャ＝ピエモンテ王国、ロンバルド＝ヴェネト王国（オーストリア・ハプスブルク朝系）が割拠しており、復古体制に対する不満は1821年のカルボナリの蜂起、1831年のジュゼッペ・マッツィーニの青年イタリア結成などに現れていた。1848年1月、シチリアのパレルモで暴動が起こり、両シチリア王国からの分離独立と憲法制定が要求され（シチリア革命、両シチリア王国における1848年革命）、これを第一波として革命がイタリア各地に波及した。3月にはオーストリアの支配下にあったロンバルディアとヴェネツィアの民衆が反乱を起こして現地のヨーゼフ・ラデツキー指揮下のオーストリア軍を駆逐し（ミラノの五日間、ダニエーレ・マニンのヴェネト共和国建国）、サルデーニャ＝ピエモンテ国王カルロ・アルベルトに介入を要請した。要請を受けたカルロ・アルベルトは早くも3月23日にはオーストリアに宣戦を布告し、第一次イタリア独立戦争が始まった。しかし、初めサルデーニャ＝ピエモンテに援軍を送っていた教皇国家と両シチリア王国が戦線から離脱し、撤退後本国からの援軍を受けて体勢を立て直したオーストリア軍が7月25日のクストーツァの戦いでサルデーニャ＝ピエモンテ軍を破ると、両国は8月9日に休戦した。休戦後、革命は急進化し、1849年2月には教皇国家におけるマッツィーニのローマ共和国建国、トスカーナにおける革命の激化を見るに至って、サルデーニャ＝ピエモンテはオーストリアに対する戦争を再開したが、3月23日のノヴァーラの戦いに敗れてカルロ・アルベルトが退位する結果となった。残るローマ共和国はフランスの軍事介入により6月末に崩壊し、ヴェネト共和国も8月末にオーストリアに降伏して、イタリアにおける革命は打倒された。こうしてイタリア全体に復古体制が復活する中、サルデーニャ＝ピエモンテは新国王ヴィットーリオ・エマヌエーレ2世が立憲君主制を維持し、その後のイタリア統一運動の中心地となった。なお、イタリアにおける革命は後に「未回収のイタリア」と呼ばれた地域にも影響を与え、ダルマチアのイタリア人文学者ニッコロ・トンマゼーオがヴェネト共和国政府に参加したほか、イストリアのイタリア人歴史家カルロ・デ・フランチェスキがダルマチア・イタリア人の民族的覚醒を訴えた。