放送開始から2006年3月12日まで毎週日曜日19時30分 - 19時55分に放送された。初期の2作品はアニメ本編の後に、作品の背景などを紹介する3分の実写ミニ番組が続けて放送された（『火の鳥』は「もっと知りたい 火の鳥物語」、『ポワロ』は「アガサ・クリスティー紀行」）。これに似たようなスタイルは同じNHK総合テレビで1992年4月から1993年3月まで放送された『お〜い!竜馬』でも採用された。しかし、『雪の女王』以降は、他の時間にも放送される世界遺産のミニ番組「シリーズ世界遺産100」が放送されるようになり、作品との関連はなくなった。なお2006年4月9日以降、日曜のこの時間は「ダーウィンが来た! 〜生きもの新伝説〜」が放送される。
NHK総合テレビとしては『モンタナ・ジョーンズ』の放送終了（1995年4月8日）以来、9年ぶりに新設されたアニメ番組枠である。作品傾向は子供から大人まで楽しめる家族向けの作品が放送された。この番組が新設された背景には政府のアニメ支援策に対応したNHKのアニメ番組強化策があったと言われている。2004年5月28日、放送総局に「アニメーション室」というアニメ番組の専門部署が設置され（後に編成局ソフト開発センターに移管）、初代室長に大河ドラマなどを手掛けてきた浅野加寿子が就任し、『アガサ・クリスティーの名探偵ポワロとマープル』（以下、『ポワロ』）を製作した。従来のNHKアニメは関連会社のNHKエンタープライズと総合ビジョンが中心となって企画製作してきたが、NHKアニメ劇場ではNHK本体が主導的な役割を果たしていると言われている。また、この枠で放送された番組のうち、『ポワロ』と『雪の女王』では声優に有名な俳優を積極的に起用した。しかし、『雪の女王』の後番組の『ジミー・ニュートロン 僕は天才発明家!』では一転して有名俳優の声優起用は全く行わず、この傾向は本枠最終作となった『少女チャングムの夢』に引き継がれた。
JBCは1957年7月1日に「健康管理基金」と称する制度を導入した。これは選手からファイトマネーの3パーセントを徴収し、選手が試合で負傷した際、その選手が健康保険に加入していることを条件に、JBCが治療費の自己負担額を全額補填する制度である。安河内は2007年度から健保金と試合役員費を収支計算書に取り込むことを提案し、理事会および実行委員会（委員には各地区協会の会長を含む）の承認を得た。使われなかった健保金は収支計算書の負債の部に「健康基金」として計上されたが、2008年に当時監督官庁だった文部科学省の概況調査で、健保金が選手の引退時に返済しなければならない借金や預り金、引当金でないのであれば健康基金として負債に計上するのは不適切との指摘を受け、2008年度から収入として扱うようになった。2008年度より収支計算書で健保金を収入としたことについて、JBCは2016年7月30日付書面で次のような解釈を示している。［略］これにより、平成20年収支計算書における「次期繰越収支差額に含まれる資産及び負債の内訳」においては「負債」として計上していた「健康基金」の残額はゼロとなり、他方、次期繰越収支差額は、平成19年度末残高が4568万3214円であるのに対し平成20年度末残高は1億649万9863円に増加しました。これは当財団の理事会及びJPBA［協会］各地区協会長に［ママ］も委員となっている実行委員会において承認を受けております。　このため、当財団は、平成21年度からは健康基金から負傷したボクサーの治療費を支出するのではなく、次期繰越収支差額金及びすべての事業収入からその他の事業経費と区別なく治療費を支出することになったのです。　ところで、当財団が健康基金から平成24年4月以降の訴訟費用や和解金等を支払っているなどとし、これは横領とか特別背任であるとの発言がありますが、、［ママ］これは全くの誤りであり、当財団に対する名誉毀損にもなりかねないものです。上述のとおり、平成20年には「健康基金」は存在しなくなりましたので、平成24年にこれを横領するなどということは不可能ですし、ましてや訴訟費用や和解金等は当財団における正当な事業経費ですから次期繰越収支差額金及びすべての事業収入から支出することは当然のことであり、何らの問題もありません。— 日本ボクシングコミッション、健康管理見舞金、ならびに安河内剛氏に関してのご説明しかし、健保金を収入として扱うことで「その他の事業経費と区別なく」なったというJBCの解釈は2008年当時は示されておらず、この解釈や、これを理由として「訴訟費用や和解金等」の「当財団における正当な事業経費」をも健保金から支出することについて「当然のことであり、何らの問題もありません」とするJBCの見解については、協会員のみならず、協会執行部にも共有されていない。安河内はこの後も、健保金の資金を選手の治療費などに使う健康管理事業を維持する方法を検討していたが、それを果たさないうちに、JBCは安河内を本部事務局長から降格（2011年6月）、解雇（2012年6月）し、この事業を大幅に縮小させた。JBCは1978年3月7日に財団法人となったが、公益法人制度改革に伴い、理事会決議をもって一般財団法人化の方針をとり、2013年7月1日付で「一般財団法人　日本ボクシングコミッション」と名称を変え、移行法人となった。