顧客から、従業員になることを強く希望するアルバイト従業員を採用。その後、アルバイト従業員に対する様々なOJTにより店舗運営に必要な知識を身に付けた者を正社員候補のアルバイト従業員と認定。さらに、その中から優秀な人材をアルバイト店長として採用し、その中から充分な実績を残した者を正社員として採用。
顧客に対してより効果的に商品特性を伝えるためのPOP(各店員の個性・感性によって各人が工夫を凝らして手書きする商品説明書)を作成することで、その商品の魅力を伝えるだけではなく、顧客が店舗そのものに対しても楽しさを感じられるような売場空間の創造に尽力。
書籍は出版社やシリーズ、文庫や新書等の版形、SPICEに関してはキーホルダーやTシャ ツ等といった、その商品形態に縛られた陳列を行っていない。「何に関する本なのか」あるいは「何をモチーフにしたキーホルダーなのか」等といったように、その商品の内容を重視し、その内容にふさわしい商材を複合的に陳列して販売。
店内において「書籍コーナー」、「SPICEコーナー」、「ニューメディアコーナー」のようにその品目別に売場を構成するのではなく、「映画コーナー」、「クルマコーナー」、「インテリアコーナー」等、ジャンル別に売場を構成しそのジャンルにふさわしい各品目の商品を混在させて陳列、販売。
1号店を始め名古屋市内及び愛知県内にあった初期店舗は主に倉庫を利用したロフト風だった。ジュークボックスやビリヤード台などが置かれ、ジャズやブルースなどの音楽、映画、車、オートバイ、登山関連、アメリカンカウンターカルチャー、マニアックなコミックなど普通の書店ではあまり見かけないような趣味性の高い本、BRUTUSやモノ・マガジンなどの雑誌から、色んな雑貨を扱っていた。また当時、社員やアルバイト店員は元は客であった。商品は担当者の裁量による装飾的な陳列をされ、店舗ごとに異なったレイアウトになっている。後述するPOPや陳列方法で来店意欲を高めている。下北沢店や吉祥寺店などはサブカルチャーの殿堂のような佇まいで、ヴィレッジを象徴する店舗と言われる。現在はショッピングモールを中心にテナント出店を進めている。
書店でありながら、書籍と文房具だけではなく業種の異なる商材を並べて陳列する売り方は、今でこそ珍しくなくなったが、この会社が創業した1986年当時としてはかなり斬新なアイディアだったといえる。業態の模範となったのは前述の通り「ブックショップ大和田」であるが、創業者菊地の生まれ育った北海道新得町には酒屋がタバコやお菓子といっしょに書籍も売っているという業態の店しかなかったことも関係している。菊地はヴィレッジヴァンガードの店のコンセプトを表すキーワードは「サブカルチャー」、「アコースティック」、「アンプラグド」、「アナログ」、「ネイチャー」、「アメリカンポップカルチャー」、「ノスタルジー」、「おしゃれ」などとしており、キーワードのひとつ「ノスタルジー」では、古いジャズや、オールディーズなどの音楽を演出効果をあげるためにBGMで店で流したり、昔の懐かしいアメリカのものを置いたり、雑誌などではカーグラフィックのバックナンバーを並べたり、中心にあるのは洗練されたものばかり集めた「ミュージアムショップ」で、さらに、サブカルチャーとか、ノスタルジーとか、おしゃれとか、幾つかのキーワードで表現される「ヴィレッジヴァンガード」テイストがコアになっており、「気持ちの悪いもの」やある種の「ダサさ」が商売には必要で、その方が面白くなり、洗練されたものと気持ち悪いものの線の引き方が、「ヴィレッジヴァンガード」のノウハウだと言う。
番組が最終回を迎える前の終盤の1ヶ月位前の期間の（全5回程）番組の後半部である20時30分ぐらいから始まるコーナーで、紳助が世間でネクラ、オタクだと後ろ指を差されている若者を何とか野球を通じて本人達に勇気と生きがいを与えようと結成された野球部のコーナーである。尚、この活動の結末として「一勝したら（出来たら）即解散」という誓約の下で始まっている。番組スタッフが実際に秋葉原にいる、様々な分野のオタクに没頭している20～30代の男子若者を勧誘し、（ロボットおたく、ヒーローオタク、怪獣オタク、アイドルおたく、パソコンオタク、スイーツおたくといった多士済々の顔ぶれ）この中でごく一部の人間を除き草野球の経験はおろか、ボールすら握った事が無い（勿論投げた事も無い）人間らが、元北海道日本ハムファイターズのエースである岩本勉監督の熱血指導を受ける。監督もボールを恐がる選手に対し「俺の胸に（軟式）ボールを当てて見な。全然痛く無いねん」と身をもって選手に指導する熱の入れようであったが、何せ本当にボールを握るという1からの初歩的な活動から始まり、弱い打球でもエラーをする者、違う方向へ投げてしまう者、はては途中で居眠りをしてしまう者等がいて、最初は野球自体に興味すら沸かない人間が合宿に挑んだ。また、オタク野球部の中には若手お笑い芸人のトレンディエンジェルや作家の中沢健も参加していた。合宿では技術面もさることながら座禅を組むと言ったメンタル面からも立て直すという徹底した過程を経て、一応のポジションを与え実際に試合に臨む。助っ人として紳助が4番打者でサード（後にリリーフピッチャー）、V6の井ノ原快彦（第1戦）と坂本昌行（第2戦）が加わる（つまり1試合で2人の助っ人）。第1戦の初回の守備につく際に、補欠の2人も誤って外野の守備についてしまうというハプニングがあったが、これは彼らにすればハプニングではなく、野球は9人で行うというルールすら知らないという証しとも言える。試合は番組の最終回までの2試合が行われたが、相手としては2試合ともチーム平均年齢が60・70代といった草野球チームであり、技術的と経験面では全く太刀打ちできないものの、ややもすると若さで対抗出来るかという期待があった。しかし経験不足は何ともカバー出来ず2試合共に敗戦。ただ2試合目の中盤からは選手たちにもかなり熱が入り、良いプレーを見せた選手に周りの選手やベンチも感動するといった連帯感も見せ始めていた。