応仁の乱によって京都を追われた公家や民衆は京都周辺の山科や宇治、大津、奈良、堺といった周辺都市や地方の所領などに疎開していった。応仁の乱後の文明11年（1479年）に室町殿や内裏の造営が開始されたものの都市の荒廃による環境悪化によって疫病や火災、盗賊、一揆などの発生が頻発したこと、加えて在京していた守護大名やその家臣達（都市消費者として一定の役割を果たしていた）が領国の政情不安のために帰国したまま帰ってこなかったこともあり、京都の再建は順調とは言えなかった。また、こうした災害を理由とした改元（長享・延徳・明応）が相次いだ。将軍義政は、義教の死後中断していた勘合貿易を宝徳3年（1451年）に復活させた。勘合貿易の復活や側近の守護大名及び幕府官僚の財政再建によって、応仁の乱前の幕府財政は比較的安定してはいた。だが、義政は幕府財政を幕府の権威回復や民衆の救済にではなく、趣味の建築や庭園に費やした。結果、応仁の乱後の京都の復興は大幅に遅れることとなった。一方で、町衆主導によって行われたと評価されてきた明応9年（1500年）の祇園祭の再興も本来祇園祭が疫病平癒の祭りであったことを考えると、逆に当時の社会不安の反映が祇園祭再興を促したという側面も考えられる。また、当時町衆における法華宗受容も社会不安からくる信仰心の高まりと関連づけられる。それでも明応7年（1498年）頃より京都の住民に対する地子銭徴収が次第に増加していったこと、永正5年（1508年）以後の酒屋役徴収の強化命令が幕府から出されている事からこの時期に京都の人口回復が軌道に乗り出したと考えられ、明応9年の祇園祭の前後数年間が京都の本格的な復興期と考えられている。
文明2年頃には戦火で京都の寺社や公家・武家邸の大半が消失し、罹災を免れたのは土御門内裏などわずかであった。このため、歴史的資料の多くが失われた。また京都七口関は両軍の争奪戦となり、物資の流入も停滞した。さらに足軽の放火・略奪が追い打ちをかけ、京都の大半の人々は大いに困窮した。また文明5年には疫病が流行し、宗全や勝元も命を落とした。しかし義政はこれを顧みず、日夜酒宴に明け暮れ、小河邸や東山山荘を造営した。また富子は困窮した東西軍の守護に金銭を貸し付けるほか、米の投機を行って大いに利益を上げた。寺社、公家、武家屋敷があった上京が焼け、商工業者が居住していた下京が焼け残ったことは、その後の京都の商業勃興をもたらした。
領主化を推進する守護や国人によって一円知行化が進められ、公家や寺社の荘園は横領された。さらに幕府の権威低下により、遠国など幕府の権力が届かない地域の荘園・国衙領支配は絶望的になり、荘園制度の崩壊が加速した。収入を断たれた公家は没落し、朝廷行事や官位昇進への興味も失った。甘露寺親長は日記に「高官無益なり」と書き記し、文明5年には顕官である近衛大将の希望者が現れないという事態が発生している。前関白一条教房のように京都を去る公家や、町広光のように家を意図的に断絶させる公家まで現れた。また、西軍について失脚した西川房任の子孫が細川高国に仕えて薬師寺国長の寄子に付けられるなど、生活が立ち行かなくなって公家身分を棄てる例もあった。更に朝廷収入も激減し、即位礼や大喪の礼などの儀式を行うことも困難となった。このため戦国期には献金による売官が行われるようになった。これは京都文化が地方に伝播する一因ともなった。
応仁の乱は幕府権力が崩壊した戦国時代の始まりであるとの古くからの説が一般的であるが、近年では幕府の権威は明応の政変頃まで一応保たれていたという見解もあり、明応の政変以降を戦国時代の始まりととらえる説もある。とはいえ、応仁の乱以降身分や社会の流動化が加速されたことは間違いない。東洋史学者内藤湖南は講演『応仁の乱に就て』において、応仁の乱前後を「最も肝腎な時代」であると指摘し、「大体今日の日本を知る爲に日本の歴史を研究するには、古代の歴史を研究する必要は殆どありませぬ、応仁の乱以後の歴史を知つて居つたらそれで沢山です」と発言し、古代史学者との間に論争を巻き起こした。
スエンソンは1842年7月26日、コペンハーゲンで生まれた。同名の父は、デンマーク海軍の中将で、ヘルゴラント海戦でのデンマークの戦術的勝利に導いている。スエンソンは1855年に、父が校長を務める海軍兵学校に入学、1861年には少尉に任官した。その後フランス海軍に出向し、1866年8月10日（慶応2年7月1日）、フランス海軍の一員として横浜に到着した。同年11月には朝鮮の江華島攻撃（丙寅洋擾）に参加し、負傷している。翌1867年5月1日（慶応3年3月27日）には、フランス公使レオン・ロッシュが徳川慶喜に謁見する際に陪席した。1867年7月に日本を離れた。帰国後はデンマーク海軍に復帰し、1868年には中尉とった。1870年には海軍大臣ヴァルデマール・ルドルフ・フォン・ロースリョフ（Valdemar Rudolph von Raasløff）の副官となった。1869年6月にコペンハーゲンで国際通信社を目指して大北電信会社が創業された。翌1870年には子会社の大北中日電信会社が設立され、中国と日本への海底ケーブルの敷設を目指した。創業者のカール・フレデリック・ティットゲン（Carl Frederik Tietgen）は、ロースリョフを介してスエンソンを説得し、海軍省より休暇をとらせて、大北電信会社の責任者として日本に派遣した。1871年8月、上海・長崎間の海底ケーブルが開通、8月末には長崎・ウラジオストク間の海底ケーブルが開通した。シベリアでの工事がやや遅れたものの、1872年1月1日には、日本はヨーロッパと電信線で直結された。なお、この時点では日本国内の電信網が長崎まで達しておらず、ヨーロッパの情報は長崎までは一瞬で届くものの、東京まで達するにはなお数日を要した。スエンセンは1873年に部長、1874年に常務、1877年には社長に昇進し、1908年までその職にあった。明治政府はスエンセンの功績を称え、1883年に勲三等旭日中綬章、1891年には勲二等瑞宝章を贈っている。1921年9月21日没。