2009年8月、近藤は大阪大学大学院生命機能研究科の教授に就任し、パターン形成研究室を率いる。ゼブラフィッシュにおいて黄色と黒色の色素細胞が相互反応して模様が変化することを解明し、2012年の『サイエンス』に論文が掲載される。同年、科学技術政策研究所（NISTEP）の「科学技術への顕著な貢献2012」（ナイスステップな研究者）に選出される。一方で2010年度から反応拡散波が骨の形態形成にも影響していないか研究を始めている。学会活動では日本分子生物学会の2013年年会（第36回）の年会長を務め（節「#人物」や「#ガチ議論」も参照）。2014年度からは同学会の理事に就任。一方2013年には『波紋と螺旋とフィボナッチ』が出版され、2014年にはビートたけしと『新潮45』で対談。2015年にはテレビ番組「所さんの目がテン」に出演するなど、生物の縞模様の研究者として著名になる。校務では2016-2017年度には大阪大学大学院生命機能研究科の第8代目研究科長を務めている。研究では動物の形態形成について分子レベルの研究を進め、骨の形成に潜むチューリング・パターンに挑む。2015年から2019年は新学術領域研究として「3D MORPHOLOGIC 生物の3D形態を構築するロジック」の領域代表を、2019年からは基盤研究A「細胞が材料を組み立てて体を「建築」する仕組みの解明」の研究代表者を務める。
1997年4月、近藤は徳島大学総合科学部の教授に転任。同年、ベックマン奨励賞を受賞。2002年4月には理化学研究所発生・再生科学総合研究センターに異動し、2005年3月まで位置情報研究チームを率いる。2002年にレロイ・エドワード・フッドが京都賞を受賞した際には、本庶佑が企画を務めたワークショップで近藤も講演している。2003年12月には理化学研究所に籍を置いたまま、名古屋大学大学院理学研究科機能調節学講座の教授に就任。2003年には特定の遺伝子に異常があるマウスを用い、毛の模様が波のように変化することを明らかにする。また、東京大学の武田洋幸とゼブラフィッシュを用いた分節時計に関する共同研究も実施。時計細胞の同調性を細胞や遺伝子レベルの分析やシミュレーションで検証し、分節時計の作動原理が結合振動系であることを解明。論文は2006年の『ネイチャー』に掲載された。
1988年4月から1990年9月まで日本学術振興会特別研究員として、東京大学医学部第一生化学教室に所属。1990年10月からは日本学術振興会海外特別研究員やスイスナショナル基金研究員として、スイスのバーゼル大学バイオセンターにおいて細胞生物学に取り組む。スイスではヴァルター・ヤコブ・ゲーリングに師事。ゲーリングの助言でチューリング理論に詳しいドイツのハンス・マインハルトと出会う。さらに1991年に『ネイチャー』に実際の化学反応として反応拡散波が起こることを示した記事が掲載され、近藤はそれが生物でも起こることを実証しようと決意する。1993年4月から京都大学遺伝子実験施設の助手に着任。1995年8月からは本庶佑率いる同大学医学部医化学1講座の講師に就任。大学で免疫学の研究をしながら、自宅に水槽を設置してタテジマキンチャクダイを飼育。観察を続けた結果、反応拡散方程式のシミュレーション通りにタテジマキンチャクダイの模様が変化することを確認する。生物の模様にチューリング・パターンがあることを証明した論文は1995年の『ネイチャー』に掲載され、タテジマキンチャクダイの写真がその号の表紙を飾った。
1959年、東京都に生まれる。高校時代は『サイエンティフィック・アメリカン』を読んでおり、遺伝子に関する実験も経験した。東京教育大学付属駒場高等学校を卒業し、東京大学に進学。数学方面を目指していたが、解析学を苦手としたため生物方面に転身。1982年3月、東京大学理学部生物化学科を卒業する。1984年3月に大阪大学医学部医科学修士課程を修了し、同年4月に同大学院医学研究科博士課程に入学。大阪大学時代から本庶佑のもとで研究に取り組んでおり、翌年の1985年4月から京都大学大学院医学研究科博士課程に転入。免疫学に関する研究に取り組む。1988年3月に博士課程を修了し、医学博士の学位を取得。
ルビジウムは地殻中に23番目に多く存在する元素である（地殻中の元素の存在度も参照）。おおよそ亜鉛と同程度に豊富であり、いくぶんか銅よりも普遍的である。自然での産出は、白榴石、ポルサイト、カーナライト、チンワルド雲母などの鉱石に、酸化物として最大で1%ほど含有されている。リチア雲母は0.3%から3.5%のルビジウムを含み、商用ベースのルビジウム源として利用されている。いくつかのカリウム鉱石や塩化カリウムも、商業的に重要な量のルビジウムを含んでいる。海水中には、平均して1 L当たり125 μgのルビジウムが含まれている。同族の他の元素と比較すると、1 L当たり408 mg含まれるカリウムより大幅に少なく、1 L当たり0.3 μg含まれるセシウムよりは大幅に多い量である。ルビジウムはそれなりに大きなイオン半径を有しているため、「不適合元素」の1つである。マグマの結晶分化の間、ルビジウムはルビジウムより重く類似した性質を持つセシウムと共に液相に濃縮され、最後に結晶化する。したがってルビジウムおよびセシウムは、これらの濃縮過程によって形成されるペグマタイト鉱物に堆積する。ルビジウムはマグマの結晶化においてカリウムと置換するため、セシウムの場合ほど効果的には濃縮されない。ポルサイトのようにセシウム鉱床とするに十分な量のセシウムを含むペグマタイト鉱石や、リチウム鉱石であるリチア雲母は、副生物としてのルビジウム源でもある。2つのルビジウムの重要な産出源は、カナダのマニトバ州にあるバーニック湖の豊富なポルサイト鉱床および、イタリアのエルバ島で産出されるルビジウムを17.5%含んだルビジウム微斜長石 ((Rb, K)AlSi₃O₈) である。これらはセシウムの産出源でもある。