2000年に大手製造メーカーであった3M社は世界各地の野生生物中にペルフルオロオクタンスルホン酸が高濃度に検出されたことを明らかにし、同様の構造を有するペルフルオロオクタン酸についても製造を2002年に中止した。現在はデュポン社が製造を継続しており、その他フッ素樹脂メーカーで使用が継続されている。世界各国の政府、研究者がその影響の調査に乗り出している。2006年1月25日アメリカ合衆国環境保護庁はフッ素樹脂製造メーカーに対して、ペルフルオロオクタン酸の排出の削減を求め、2015年までの排出の廃絶を目指している。
本作は『うさぎの休日』（1988年）で脚本を務めた黒土三男と長渕が、伊豆のロケ帰りの車の中で「日常生活では頭にくることがいっぱいあるけど、面と向かってはなかなか言えない。ケンカもしたくない。でも言おうよ」といった会話から生まれた作品である。着想の原点は「世の中の不条理を究極の形を借りてやっつける」社会派のドラマを長渕が要求したことから始まっている。本作の方が先に放映されているが、『うさぎの休日』の撮影自体は1988年初頭に終わっていた。その伊豆ロケ撮影の帰りの車の中で長渕は黒土と共にヤクザを主人公にする事を決定する。二人の話し合いの中で「原宿あたりのハイカラなやからを"気に入らねぇ"と突っかかる」、「渋滞に巻き込まれた時に"どけや!"と前の車にぶつける」、「交通整理を行う若者には"がんばれよ"とお金を渡す」などのキャラクターイメージが創作された。ヤクザを主人公とした事に関して長渕は、「義理人情がきちんとあるヤクザ、俺らが憧れたヤクザだな。（中略）そういう必要なヤクザに、不条理をぶった斬ってもらいたかった」、「筋が一本通ってる親分。どちらかというと俺らの味方、弱い者の味方のヤクザを作ろうやと。業界も社会も日本もぶっとばせっていう気持ちで作ったのは確か」と語っている。当初の企画書の段階では「田舎から出て来た若者が、東京でさまざまな事件に遭遇して、成長していく」としか書かれておらず、主人公がヤクザである事は伏せられていた。プロデューサーの柳井満と長渕とのドラマは既に4作品制作されているという実績から企画が通る事は確実視されていたが、ほとんどのスタッフが主人公がヤクザである事を知らない段階であった。本作は黒土とテレビ局のプロデューサーである柳井とで志向が全く異なっていたため、最初から対立する形となり、困難な状態から制作が開始された。しかし、長渕は「本当のドラマを本気で創ろう」との意気込みで、テレビドラマとしての規制など考慮せず、この作品でテレビ局から出入り禁止になったとしても構わないとのスタンスで臨んでいた。長渕は柳井に対して感謝の念があったものの、テレビ業界の点数至上主義に対する嫌悪感から変革を求めて主張を通す事を決定した。黒土はプロデューサーの意見に全く耳を貸さず、自身の信念を貫く形で制作を続けた。通常は脚本が出来上がった段階でプロデューサーとの間で打ち合わせを行う所が、本作ではそれが困難なため、黒土は主演の長渕との間で打ち合わせを行っていた。テレビ局側はこの姿勢に対し不快感を示していたが、結果として黒土は最後までこのスタイルでドラマ制作を進行した。本作に関し黒土は「『とんぼ』では、彼（長渕）の作家としての豊かなイマジネーションが脚本の随所に秘められている。それは私とのキャッチボールの中で、互いの殴り合わんばかりの闘いを繰り返しながら、苦しみ生まれ出たものである」と語っている。プロデューサーの柳井は現場を離れる事となり、演出家の大岡進がドラマの制作を推奨したために本ドラマは実現する事となった。しかし、柳井曰く本ドラマは本来4月に放送される予定だったが長渕側がその時期に別の仕事を入れてしまい、そちらを優先させた事から10月に延期になり、その時期は『3年B組金八先生』（1979年 - 2011年）の放映が重なっており、柳井は2本同時にプロデュースする事で多忙のために現場に赴く時間がなかったと述べている。通常は主演俳優と美術部が接触する機会はない事が多いが、美術スタッフは判断に困った際に長渕に相談していた。また長渕が突然発する荒唐無稽なアイデアにもスタッフは一丸となり要求に応えていたという。タイトルバックで海の中から現れるシーンのアイデアは長渕によるものであり、フロットコート、山高帽、コウモリ傘という装飾は全て長渕が自前で用意したものである。第一回の冒頭の刑務所のシーンは同局のテレビドラマ『塀の中の懲りない面々』（1987年 - 1990年）のために製作された刑務所のセットを使用している。また同じ回の暴力シーンでは殺陣師を用意したものの、長渕は殺陣師のアクションに異論を唱え、自ら「蹴った勢いで自分が倒れるくらい、ふらふらしながら蹴る」という演技を行った。殺陣師は「やり過ぎだ」と否定したものの、長渕は「いま気持ちが高ぶっていて、こういうふうにしかできない」と殺陣師を説得した。第六話の小川が直の耳を切り落とすシーンに関しては、前日に長渕から大岡に対して「耳を用意してくれ」と要求があり、理由を尋ねると「チンピラが生意気なことを言うから耳をきる」、「そうしないと、俺が収まらない」と長渕は答えたが、大岡はこれを拒否し電話を切った。しかし、十分程後に再度長渕から電話があり、「耳を切らなきゃダメなんだ」との要求があった事から大岡は急いで美術スタッフに連絡し用意させたという。このシーンの影響でスポンサーが降板する可能性を恐れ、営業担当者はスポンサーに完パケを渡さず、後にスポンサーより「今度こういうシーンがあったら降りる」と苦情が来た事が判明している。しかし柳井は本ドラマに関して「社内的に『とんぼ』はまったく問題のなかった作品です。放送前に『今度のドラマの内容は大丈夫か?』なんて訊かれるようなことはなかったし、放送してからもなにも言われませんでした。放送後にもなし。これが事実です」と述べている。第八回ラストシーンの小川がナイフで刺され血まみれになりながら足掻いているシーンに関して、長渕からの要望は「刺された数だけ血が出るはずだ」、「たばこを吸いたい」の2点であった。このシーンはすべて長渕のアドリブによる演技であり、リハーサルもなく一発撮りで撮影が行われた。長渕自身も小川になり切っており、「本気で死ぬ」と思って演技をしていた。また、撮影だという事に気づかず途中で警察のパトカーが来たために車両部のスタッフが必死で警察を止めていたという。