大政奉還上表の前日の10月13日、慶喜は開成所教授職を務めた幕臣の西周に対し、イギリスの議院制度等に関して諮問を行っている。大政奉還成立後の11月、西周は意見書として「議題草案」を慶喜側近の平山敬忠に提出している（他にも慶喜周辺に存在した構想として、津田真道の「日本国総制度」（同年9月）などが知られている）。西周はこの中で、徳川家中心の具体的な政権構想を示している。西洋の官制に倣う三権分立が形式的にではあるが取り入れられ、行政権を公府が（暫定的に司法権を兼ねる）、立法権を各藩大名および藩士により構成される議政院がもつこととしており、天皇は象徴的地位に置かれている。公府の元首は「大君」と呼ばれ、徳川家当主（すなわち慶喜）が就任し、上院議長を兼ね、下院の解散権を持つものとされていた。軍事については、当面各藩にその保有を認めるが、数年後には中央に統合するものとされた。その他、従来の諸大名領を現状のままとし、公府の機構は幕府のそれとの関連が意識されているなど、極めて現実的な計画であった。また、11月27日、永井尚志（幕府若年寄格）は後藤に対し、慶喜には将来的に郡県制を施行する構想があることを伝えている。
大政奉還上表の同日（10月14日）、岩倉具視から薩摩藩と長州藩に討幕の密勅がひそかに渡された。この密勅には天皇による日付や裁可の記入がないなど、詔書の形式を整えていない異例のもので、討幕派による偽勅の疑いが濃いものであった。大政奉還が行われた時点においては、岩倉ら倒幕派公家は朝廷内の主導権を掌握していなかった。前年12月の孝明天皇崩御を受け、1月9日に践祚した明治天皇は満15歳と若年で、親幕府派である関白・二条斉敬（慶喜の従兄）が摂政に就任した。一方、三条実美ら親長州の急進派公家は文久3年八月十八日の政変以来、京から追放されたままであった。つまりこの時期の朝廷は二条摂政や賀陽宮朝彦親王（中川宮、維新後久邇宮）ら親幕府派の上級公家によってなお主催されていたのであり、大政奉還がなされても、このような朝廷の下に開かれる新政府（公武合体政府）は慶喜主導になることが当然予想された。薩長や岩倉ら討幕派は、クーデターによってまず朝廷内の親幕府派中心の摂政・関白その他従来の役職を廃止して体制を刷新し、朝廷の実権を掌握する必要があった。討幕の密勅は、朝廷内でいまだ主導権を持たない岩倉ら倒幕派の中下級公家と薩長側が、慶喜のそうした狙いに対抗する非常手段として画策したものである。密勅を受けた討幕の実行は、慶喜の速やかな大政奉還が朝廷に受け入れられたことにより、いったん延期となったが、薩摩・長州・芸州の3藩は再び出兵計画を練り直し、土佐藩ら公議政体派をも巻き込んで12月9日の王政復古へと向かっていくことになった。
10月12日の夜半、江戸幕府が政権を天皇に返上し250年にも及ぶ徳川政権の終焉を迎えるとの密書を山田方谷（最後の老中板倉勝静に仕えた顧問）が受け取った。幕府内では龍馬が後藤に示した「船中八策」が土佐藩主山内容堂によって進言され、倒幕に進む薩長同盟の先手を打って大政奉還建白書を老中の板倉勝静を通して将軍慶喜に提出し、慶喜はこの方策をのみ政権を天皇に返上する動きが活発化していた。方谷は矢継ぎ早に筆をとると密書を密使に渡し急ぎ京へ返した。10月13日、備中松山藩の方谷から渡された原文はその日のうちに京へと運ばれ、翌日には将軍慶喜の手により書き換えられ、10月14日、天皇に対して「大政奉還上奏書」として提出された。慶喜から天皇に提出された上奏文は我で始まる方谷の原文を「臣慶喜謹テ」とかえてへり下り、あとは原文のままにそのまま写したものだが、後半、再度「臣慶喜」を文中に入れて十月十四日慶喜。で終わる。
天心の没後は遺族が引き継いだが、1942年（昭和17年）に財団法人岡倉天心偉績顕彰会が設立され、管理者となった。1955年（昭和30年）、同会の会長であった横山大観は、しかるべき公的機関が管理すべきと考え、茨城大学に寄付を打診した。そして六角堂を含む五浦の天心遺跡3,143m²は、岡倉天心偉績顕彰会から茨城大学へ寄付され、五浦美術文化研究所となった。同研究所は岡倉天心遺跡の保存と天心に関する研究を目的とし、1963年（昭和38年）には天心記念館を設置した。同年、六角堂の改修を行っている。1963年（昭和38年）、平櫛田中から「五浦釣人」の像の寄贈を受けたのを機に天心記念館が整備され、さらにこれを受けて天心の遺品などが多数寄贈された。1980年（昭和55年）には日本美術院研究所跡が観光資源財団等によって天心遺跡記念公園として整備、一般公開された。六角堂はこの間、4度の改修が施され、創建当時とは異なる姿へと変わっていった。例えばガラス戸は、観光者の観覧利便性のためにアクリル板に変更された。1975年（昭和50年）4月に大岡信が訪れた際には、海側はガラス戸で陸側の白塗りになった一面は壁龕（へきがん、壁をへこませた構造）のようになっていた。1989年（平成元年）から1991年（平成3年）にかけて茨城県が海岸補強工事を行った際に六角堂の基礎と床板の補強を実施するが、後の津波で残されたのはこの時の工事で補修された部分であった。2003年（平成15年）に歴史的景観を認められ、長屋門や岡倉天心旧居と同時に国の登録有形文化財となった。