3大メガバンクのほか、大手金融グループとしては、2002年に発足したりそな銀行と埼玉りそな銀行を中核とするりそなホールディングスがある。他行と合併無く自主独往を貫いてきた信託併営行である大和銀行とあさひ銀行（協和銀行と埼玉銀行が1991年に合併）が前身である。UFJ銀行がメガバンク総資産第4位として東京三菱、りそなの中間に位置した頃は、りそなも含め「5大メガバンク」と称されることもあったが、UFJが東京三菱と統合し、りそなと第3位の三井住友との間の開きが大きくなってからは、メガバンクとしては扱われることは少なくなった。3大メガバンクが2006年度に公的資金を完済、あるいは完済を計画するなか、りそなは2兆円近い公的資金の返済で遅れを取り、2015年6月に完済した。窓口営業を17時まで取り扱うサービスの提供、信託併営行ならではの企業年金の受託や不動産関連のビジネス、信託スキームを使った相続コンサルティングなど他行にはない独自のサービスもあり着目されている。自らを「メガバンクグループに次ぐ日本で第4位の金融グループ」と紹介しており、自身をメガバンクとは位置づけていない。
日本ではバブル景気が崩壊した1990年代以降、日本の銀行（邦銀）はいずれも過剰融資による不良債権で急速に体力を失っていった。また同時に、総会屋に対する利益供与事件が明らかになったり、その不透明な融資体制、護送船団方式により喪失した国際競争力などもあり、こうした問題の解決に迫られた。これらの諸問題の包括的な是正のため1996年、第2次橋本内閣はその政策の柱に「金融制度改革」いわゆる金融ビッグバンを提唱。1998年には独占禁止法が改正され持株会社の設立が可能になり、統合のための制度的環境が整備された。一方で1997年には北海道拓殖銀行と山一證券が、翌1998年には日本長期信用銀行と日本債券信用銀行が破綻し、社会からの金融に対する信頼は大きく低下。「銀行が潰れる」という事態が現実のものとなり、その他の大手銀行にも経営不安がささやかれるようになる。こうした危機感の中、銀行の統合による規模の経済性、多角化による経済性、コスト削減効果等により見込まれる経営改善効果を期待した邦銀は、1999年以降雪崩を打って再編へ走り出す。こうして1970年代から1980年代に「都銀13行」「大手20行」と呼ばれた各行は、段階的な合併劇を繰り返した末、2006年には4大銀行（三菱東京UFJ銀行、三井住友銀行、みずほ銀行、りそな銀行）、3大メガバンク（三菱UFJフィナンシャル・グループ、三井住友フィナンシャルグループ、みずほフィナンシャルグループ）体制に落ち着いた。企業の株式持ち合いなど日本独自の慣行を取っており、3メガバンクは2015年6月時点で株を合計6兆5000億円（取得原価ベース）も保有していたが、アベノミクスの成長戦略の中の企業統治強化に伴い、金融庁から持ち合い株売却の規制を受けている。
2000年代は作曲活動を極力抑え、井上陽介（Bass）、江藤良人（Dr）（Bassは2010年4月まで俵山昌之、Drは2007年3月まで村田憲一郎）とともに「大野雄二トリオ」として、また、2006年にはトリオに加え、松島啓之（Tp）、鈴木央紹（Sax）、和泉聡志（Eg）の3名を含む計6名で「Yuji Ohno & Lupintic Five」を結成し、全国でライブ活動を行っている（2015年末に一度解散）。2016年には上記の松島・鈴木・和泉と、新たにドラムスに市原康とベースにミッチー長岡という大野の古くからの盟友２人、若手キーボーディストの宮川純をハモンドオルガンとして迎え、「Yuji Ohno & Lupintic Six」として活動を再開した。2005年に発売されたアルバム『Made In Y.O.』は、大野のこれまでの曲を、全て再アレンジの上で新規録音された。大野はアルバム制作のため、ライブ活動を3ヶ月休止した。
1990年代ころから、日本の国家や地方公共団体の行政機構の肥大化が指摘されるようになり、行政改革の必要性が叫ばれるようになった。2001年に中央省庁再編が行われてからも、引き続き行政改革を進めるため、行政改革を担当する大臣が置かれていた。第2次森改造内閣（中央省庁再編前）では、橋本龍太郎に「行政改革を推進するため行政各部の所管する事務の調整」を担当させた。以降、歴代政権にて「行政改革を推進するため行政各部の所管する事務の調整」を担当する国務大臣が置かれた。第1次安倍内閣では、佐田玄一郎に「国及び地方の行政改革を推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当させた。以降、歴代政権にて「国及び地方の行政改革を推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当する国務大臣が置かれた。福田康夫内閣では、渡辺喜美に「行政改革を推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当させた。以降、歴代政権にて「行政改革を推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当する国務大臣が置かれた。鳩山由紀夫内閣では、単なる国務大臣としての所管事項ではなく、内閣府の正式な特命担当大臣として、内閣府特命担当大臣（行政刷新担当）が設置され、仙谷由人が任命された。以降、歴代政権にて内閣府特命担当大臣（行政刷新担当）が置かれている。また、野田改造内閣では、内閣府特命担当大臣（行政刷新担当）の他に、行政改革担当（内容が「行財政の抜本的見直しを推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整担当」となっている。）の国務大臣ポストを復活させた。第2次安倍内閣で内閣府特命担当大臣（行政刷新担当）が廃止され、「行政改革を推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当させる国務大臣ポストが置かれた。