前任の柳瀬は2001年（平成13年）10月改編で、「MBSスタジオ in USJ」のオープン後も視聴率が伸び悩んだ『すてきな出逢い いい朝8時』を打ち切らせた。後番組の『リアルタイム』では、報道情報路線に切り替えたが低迷した。このため山本は社長に就任した直後の2002年10月改編で打ち切らせ、『サタモニ!』に移行する。2003年4月改編で『知っとこ!』を投入すると視聴率が急回復。同時間帯の視聴率トップを奪回した。2004年（平成16年）4月改編では、『知っとこ!』の直後に放送されていた『真珠の小箱』が45年の歴史に終止符を打った。MBS開局と同時にスタートし1998年（平成10年）10月改編でそれまでの日曜朝7時台から移動してきた伝統あるミニ番組で45年、2314回の放送を積み重ねたが、単独スポンサー・近鉄のリストラに加え『せやねん!』の放送時間を拡大する上で制約になるというMBS側の理由、さらにその2年前にはTBSへのネットが打ち切られ関東圏から奈良への観光宣伝という使命を終えていたことも重なって山本は幕引きを決断せざるを得なくなった。最終回スペシャルの案内人を務めた高井美紀は「何でもスピードアップする時代に貴重な番組だった」と終了を惜しんだ。現在は放送番組センター配給番組として独立局などで放送されている。
2002年（平成14年）6月の株主総会終了後の取締役会で、第6代社長柳瀬璋の後を受けて、毎日放送第7代代表取締役社長に就任。MBS史上初となる生え抜き、かつ昭和2ケタ生まれの社長となった。柳瀬はMBSのトップ定年（70歳）を理由に会長に就かず、会長だった斎藤も定年を超えているとして退任したため、MBSは5年ぶりに会長が空席となり、ワントップでMBSの舵取りを任されることになった。
大阪府出身。大阪府立北野高等学校、京都大学法学部を卒業後、1964年（昭和39年）に毎日放送へ入社。第5代社長斎藤守慶が営業局の中心だった昭和40年代から50年代にかけ、部下として主に営業畑を歩んだ。1975年（昭和50年）のネットチェンジは東京支社テレビ営業部配属で迎え『ストロンガー』から『スーパー1』までの『仮面ライダー』シリーズのTBS系列移行を推進。『まんが日本昔ばなし』の立ち上げでは川内康範と組み、『世界まるごとHOWマッチ』では制作会社イーストと組んで大橋巨泉とビートたけしを結び付け大ヒット、巨泉のセミリタイアを5年延長させた。1993年（平成5年）テレビ編成局長、1997年（平成9年）6月の株主総会で取締役選任、ラジオ局長兼務。1999年（平成11年）常務取締役、2001年（平成13年）専務取締役となり次期社長の呼び声が高まった。
1966年から『週刊少年サンデー』連載の「ふしぎなふしぎなふしぎな話」で妖怪画を発表し始める。やがて、『週刊少年マガジン』増刊の『日本妖怪大全』を経て、1970年に『水木しげる妖怪画集』を刊行。その後も「妖怪図鑑」の類を多数執筆している。水木は妖怪を題材にするにあたり、古い文献や絵巻などから多くの伝承や妖怪画を蒐集してゆく。そして、鳥山石燕など古典の画が存在する場合は参考にして描き、「子泣き爺」「砂かけ婆」「ぬりかべ」「一反木綿」など文字の記録のみで古典の画が存在しないものは、水木によって初めて絵として描かれていった。そのため多くは水木が創造した形であり、現在の日本人が持つ「妖怪」イメージは、水木の作品から大きく影響を受けている。大衆の中で失われていた多くの妖怪を救ったともされ、こうした仕事に対しては、水木を妖怪文化の継承者にして布教者などと評す声もある。一方、出典が不詳のため、創作の可能性を指摘されている妖怪（樹木子など）も幾つか描いている。また、2007年8月に、妖怪研究家の湯本豪一が保有する江戸時代の絵巻に描かれた「四角い犬のような妖怪」が、米国ブリガム・ヤング大学の図書館にあるものと符合され、「ぬりかべ」の絵と判明したように、近年の研究で水木の創作以前の絵が発見された例もある。1980年代には『水木しげるの妖怪事典』（正・続）、『水木しげるの世界妖怪事典』などを発表。1992年には『カラー版 妖怪画談』を岩波新書から刊行して話題となる。1998年からは、1600点以上の妖怪画を収録した『妖鬼化』シリーズの刊行が開始。水木の周囲に妖怪好きの人々たちが集まってきたことから、1995年に世界妖怪協会を設立して会長となる。荒俣宏、京極夏彦、多田克己らが会員となり、「世界妖怪会議」が開催される。1997年からは、世界妖怪協会公認の妖怪マガジン『怪』（角川書店）が刊行開始。水木も漫画を執筆している。それらの「妖怪好き」の人々たちや、ノンフィクション・ライターの大泉実成らと、アフリカ・マリ共和国のドゴン族、マレーシアの夢を自由に見られるセノイ族、オーストラリアのアボリジニ、メキシコのインディオたちの村、アメリカの先住民・ホピ族の村など、世界のあちこちに「冒険旅行」と称したフィールド・ワークに行き、各地のスピリチュアル文化に触れて「妖怪を感じて」いる。その際、祭りなどがあるとビデオ撮影や録音をして、自宅で何度も鑑賞している。旅先で購入した仮面なども蒐集しており、自宅などに展示している。大泉実成『水木しげるの大冒険』によると、マレーシアのジャングルで、現地人に『日本妖怪大全』を見せたところ、「これは知っている」「これも知っている」と、猛烈な反応があった。それらの結果として水木は、「世界の妖怪は1000種類に集約される。世界各地の妖怪はほぼ共通している」という「妖怪千体説」を唱えるようになる。