糺の森はその情景が平安時代の詩歌に詠まれるなど、古くより景観の美しさを愉しむ場としても親しまれてきた。著名な尾形光琳作の国宝「紅白梅図屏風」（右図）も、御手洗川とその辺の梅を描いたものである。早春にはこの梅のほか、森の赤椿も開花を迎える。4月になるとヤマザクラ、イヌザクラ、ウスズミザクラなど種々の桜が見頃となり、梅雨の季節にはアジサイと種々の草本の花が咲く。秋にはカエデやイチョウなどの落葉樹が紅葉し、特に糺の森の南端付近で瀬見の小川に架かる紅葉橋などは、その名の通り紅葉の名所となっている。冬は雪景色、また木々の葉が落ちて明るくなった森の黎明や日没の空が美しいと言われる。
糺の森では1990年（平成2年）度から奈良の小川・瀬見の小川の整備事業が行われ、それに伴い遺構の発掘調査がなされた。翌1991年（平成3年）度に京都府と京都市の合同による予備的な発掘調査が行われ、表参道北端付近、奈良殿橋周辺にて平安時代のものと思われる流路跡が確認された。これを踏まえて2000年（平成12年）度より、京都市埋蔵文化財研究所を中心とした調査グループによって流路跡の発掘作業が行われた。調査の結果、発掘された水路は幅約3m、長さは東西方向におよそ32mであった。深さは 40cmから70cm で、溝内にはおおよそ平安時代、鎌倉時代、近代（明治時代以後）の3時代にわたる堆積物が累層していた。この水路は糺の森の東側を縦走する泉川から分岐する形であったと推測されているが、流路の東西の勾配は非常に小さく、かなり穏やかな流れであった事が示唆された。この水路の南側からは石敷遺構も発掘されており、周辺では何らかの神事が行われていたと考えられている。この水路と石敷遺構の発掘作業は平成14年2月まで行われた。作業終了後には周辺にニレ科の植物が植栽され、植生の回復が図られた。2005年（平成17年）の2月から3月にかけ、さらに石敷遺構を復元するための整備作業が行われたところ、その上に礫をほとんど含まない盛土によって形成された祭壇跡が検出された。この遺構は南北に約9m、東西は約6m、盛り土の高さは10cmから20cmほどであった。祭壇上には7ヶ所の祭祀跡があり、石で形成されたものと、土器や貨幣によって形成されたものとがあった。祭祀跡は前者の方が多く、いずれも平安時代前後のものであると推測された。一方後者は江戸時代のものと考えられた。これらの祭祀遺構は2008年（平成20年）に復元が完了し、一般公開されている。また縄文時代の土器も発掘され、その復元土器が現在‘鴨のくぼて’として下鴨神社の神事に使用されている。
11世紀からブレーメン司教がその所領の拡大に成功した。ハーゲンは何世紀にもわたってブレーメン大司教領に属し、このため現在でも「ハーゲン・イム・ブレーミシェン」（直訳: ブレーメン領内のハーゲン）と呼ばれている。覇権を護るため、蜂起したシュテディンゲンの農民たちと戦うために、大司教ハルトヴィヒ2世（1207年没）の下でハーゲンに城砦が建設された。この城砦は Castrum Hagen という名称であった。住民たちはこれを「ブルクハーゲン」と呼んだ。これ以後隣接するハーゲンは「ドルフハーゲン」と呼ばれるようになった。この町の歴史はハーゲン城の歴史と結びついている。城砦はおそらく木組み建築で、ドレプテ川の谷にあった。この城砦は氾濫原の真ん中にあり、攻略しにくい城であった。城は堤防によって護られていた。1212年に蜂起したオスターシュターデの農民たちがこの城を包囲した。城は13世紀前半にレンガで建設された。城の堤防のよって初めて村落型定住地が建設され、当初は「ダムハーゲン」と呼ばれた。ブレーメン大司教ゲルハルト2世は行政と司法のためにフォークト（代官）を設けた。この代官区は1248年にベルデ・ブラームシュテットに拡大した。代官は堤防の上級管理者として市場管轄権をも行使した。代官は後のフェルステライ（森林管理官の官舎）に住んだ。大司教とその廷臣たちはハーゲンから近くの森で狩猟を行った。当時法廷の木として利用された城砦近くのオークの木は1248年に記録されており、「城の近くの、地元の人が『シュタレーケ』と呼ぶオークの木」と記されている。多くのハーゲン代官が伝えられている。1307年にブレーメン大司教領の貴族を一時的に追い出し、城を占領したのは、おそらくカッセブルーフからの代官であった。1362年に大司教アルベルト2世（1359年 - 1395年）は、ホーヤのフェーデ後に大司教の管財人モーリッツ・フォン・オルデンブルクを打ち破った。彼はハーゲン城を本拠地に戻した。アルベルト2世は1389年にこの城を500グルデンの担保としてオルデンブルク伯に委託した。現在の城は、1502年から遅くとも1507年に建設された。新築を依頼したのは大司教ヨハン・ローデであった。彼は1506年から1511年までこの城に住んだ。この城は、シュマルカルデン戦争で1546年から1547年まで、またミュンスターのフェーデで1547年に包囲され、損傷を受けた。初のプロテスタントの司教となった大司教ハインリヒ・フォン・ザクセン＝ラウエンブルクは1575年にこの城で、第2代ケルン市長の娘アナ・フォン・ブロイヒと豪勢な結婚を行った。ブレーメン大司教はしばしば従者とともにハーゲンに滞在した。1600年頃に城内やハーゲンには、アムトマン（かつてのフォークト）、ハウスフォークト（家令）、監視人、門番、漁師、羊飼い、クネヒト（従者）、女中、および86人の借家人が家族とともに住んでいた。城の近くに大きな十分の一税倉庫が造られたが、1948年に取り壊された。アムト・ハーゲンは1550年以前に記録されており、ハーゲンの城がこれを管轄していた。1648年以降このアムトはスウェーデン、ハノーファー、プロイセンの役人が所有した。アムト・ハーゲンは1885年に廃止された。