御霊合戦の後、細川勝元は四国など領地9カ国の兵を京都へ集結させるなど緊張が高まった。文正2年（1467年）3月5日には元号が文正から応仁に改元された。4月になると、細川方の兵が山名方の年貢米を略奪する事件が相次いで起き、足利義視が調停を試みている。京都では細川方の兵が宇治や淀など各地の橋を焼き、4門を固めた。片や宗全は5月20日に評定を開き、五辻通大宮東に本陣を置いた。山名方は斯波義廉（管領）の管領下知状により指令を行っていた。両軍の位置関係から細川方を「東軍」、山名方を「西軍」と呼ぶ。兵力は『応仁記』によれば東軍が16万、西軍が11万以上であったと記されているが、誇張があるという指摘もされている。京都に集結した諸将は北陸、信越、東海と九州の筑前、豊後、豊前が大半であった。地理的には、細川氏一族が畿内と四国の守護を務めていたことに加えその近隣地域にも自派の守護を配置していたため、当初から東軍が優位を占めていた。西軍は山名氏を始め、細川氏とその同盟勢力の台頭に警戒感を強める周辺地域の勢力が参加していた。当初の東軍の主力は、細川家、斯波家、畠山家と、京極持清、赤松政則、武田信賢であり、西軍の主力は、山名家、斯波家、畠山家、義政の側近でありながら武田信賢との確執から西軍に奔った一色義直や、土岐成頼、大内政弘であった。一方、関東や九州では鎌倉公方や少弐氏らによりたびたび大規模な紛争が発生しており、中央の大乱より前に戦乱状態に突入していた（関東については享徳の乱を参照）。
文正元年（1466年）7月23日、足利義政は側近の伊勢貞親・季瓊真蘂らの進言で斯波氏宗家・武衛家の家督を突然、斯波義廉から取り上げ斯波義敏に与えた。8月25日には越前・尾張・遠江守護職も与えている。さらに、足利義政の側近は、謀反の噂を流して足利義視の追放、誅殺を図った。これに対し、斯波義廉と縁戚関係にあった山名宗全は一色義直や土岐成頼らと共に足利義視と斯波義廉を支持し、足利義視は後見人である細川勝元を頼った。勝元は宗全と協力して足利義視の無実を訴え、9月6日、足利義政は伊勢貞親を近江国に追放、側近であった季瓊真蘂、斯波義敏、赤松政則も失脚して都を追われた。14日に斯波家の家督は斯波義廉に戻された。この政変により、足利義政の政治力は著しく低下した。
足利義政は29歳になって、正室である日野富子や側室との間に後継男子がないことを理由に将軍職を実弟の浄土寺門跡義尋に譲って隠居することを思い立った。禅譲を持ちかけられた義尋はまだ若い義政に後継男子誕生の可能性があることを考え、将軍職就任の要請を固辞し続けた。しかし、義政が「今後男子が生まれても僧門に入れ、家督を継承させることはない」と起請文まで認めて再三将軍職就任を説得したことから寛正5年11月26日（1464年12月24日）、義尋は意を決して還俗し名を足利義視と改めると勝元の後見を得て今出川邸に移った。寛正6年11月23日（1465年12月11日）、義政と富子との間に足利義尚（後に義煕と改名）が誕生する。実子・義尚の将軍職擁立を切望する富子は宗全に接近し、義視の将軍職就任を阻止しようと暗躍した。義視の後見人である勝元と義尚を推す宗全の対立は激化し将軍家の家督争いは全国の守護大名を勝元派と宗全派に2分する事態となり、衝突は避け難いものになっていった。
フレンツェン軍が敗走した後、ザガノス軍はライン地方全域を支配下に置き聖ミヒャエルに進軍を続ける、一方、マフムートはチェロ総督から解任され、副将としてザガノスの指揮下に入ることになる。ザガノスの勢力が増すことを危惧する将軍たちによる命令だったが、マフムートは命令に従いザガノス軍に同行する。その聖ミヒャエルでは、残存するバルトライン軍と新貴族の私兵による混成軍が編成され、城塞都市ミュールでトルキエ軍を迎え撃とうとするが、ザガノス軍は大砲ウヤンドゥルマを用いてバルトライン軍を圧倒する。同じころ、レレデリクはバルト地方最大の兵力を持つマイスナー伯爵と結婚し、彼の持つ兵力を奪い聖ミヒャエルに向かう。ミュールでは連日の砲撃に耐えかねたジョルダン侯爵やカウフマン伯爵たち新貴族が出撃を申し出て、ルイの支持を得て出撃する。出撃を見越していたマフムートはジョルダンたちを誘い込んで奇襲を仕かけるが、その作戦を見抜いていたルイは手薄になったザガノス軍に残りの新貴族部隊を差し向ける。ルイの目論み通り新貴族部隊に目を奪われたトルキエ軍の背後を突くために、レレデリク軍がミュールに向かう。しかし、予定時刻を過ぎてもレレデリク軍は到着せず、作戦の失敗を悟ったアンドロシュ大将はルイを軟禁して部隊を撤退させる。同時に、皇帝を見限った新貴族たちはバルトラインから離反し、ザガノスに恭順する。トルキエ暦77年/帝国暦453年3月2日、ザガノスの元にブチャク将国の首都ムジュヘルが陥落したという知らせが入る。ミュールへの進軍を止めたレレデリク軍が、フレンツェンの残した南領軍を率いるヴィヒター軍と合流してトルキエ将国領に侵攻し、トルキエ首都アルトゥンは混乱する。クルトたちはミュールを放棄してトルキエに撤退するように進言するが、ザガノスは進言を拒否して一触即発の状態となるが、彼に賛同したマフムートがその場を収める。ザガノスはミュール攻略を継続し、マフムートにトルキエに戻り首都防衛に加わるように命令する。同じころ、四将国の将王たちはレレデリク軍を迎え撃つために兵力を結集させる。