陸奥の沈没場所は浅い瀬戸内海であるが、潮流が速く視界も悪いため潜水するのは危険な場所である。爆沈直後から、海軍は陸奥の潜水調査を実施した。調査には西村式潜水艇（豆潜水艦）も投入されている。海軍は「可能であれば引き揚げて3ヶ月の工期で再戦力化したい」という希望を持っていたが、調査の結果、船体の破損が著しく再生は不可能と判断され浮揚計画は放棄された。1944年（昭和19年）7月、陸奥燃料庫から重油の回収作業が行われ約600トンを回収した（竹作業）。終戦後の浮揚作業は、占領下の監視のために行われなかったが、1948年（昭和23年）に西日本海事工業株式会社が艦の搭載物資のサルベージを開始する。この際、許可範囲を超えた引き揚げが行われる「はぎとり事件」が起こり作業は中断した。昭和28年8月16日、艦首の「菊の紋章」が引き上げられた。ケヤキ製で表面に金箔が張られていたが、劣化が進行していた。「菊の紋章」は文化財と判断され、文化財保護委員会を通して資料番号が割り振られた。1970年（昭和45年）から深田サルベージ株式会社（現：深田サルベージ建設株式会社）主導によるサルベージが再開された。同年7月22日、1500トンクレーンによって艦尾部分（1400トン）の一括引き揚げを試みたが、85 mm ワイヤ8本が切断するなどして失敗した。この失敗を踏まえて、艦尾部分を前半部分と後半部分に海底で切断し、1971年3月15日に100 mm ワイヤー（日本で初めて使用）2本と85 mm ワイヤー4本を使用して艦尾の後部部分（500トン：長さ10メートル）を引きあげた。引き上げた艦尾の後部部分は、切断面を下にして広場に据え置かれた。のちの調査では、広さ3平方メートルの艦長食器室から旧帝国海軍の錨のマークが描かれた皿やコーヒーポットなどが回収されている。同様に第四砲塔が引き揚げられ、内部から数点の遺骨が回収された。その他の部分は、海中で細かく分割され引き上げられた。減圧作業のため1回の潜水での作業時間は20分程度であった。陸奥の沈没から20余年が経過して船体は海藻の森ないし漁礁のようになっていて滑りやすく、透明度も1メートル程度しかなく作業は難航した。艦体の約75%が浮揚されたところで引き揚げ作業は終了した。艦橋部と艦首部等を除く艦の前部分などが海底に残っている。2007年（平成19年）4月7日、第六管区海上保安本部は測量船くるしまのマルチビーム探測機を用いて、海底に残る陸奥の船影を捉え一般公開した。
9月3日、滋子は後白河院の第七皇子（憲仁親王、後の高倉天皇）を出産するが、その誕生には「世上嗷々の説（不満・批判）」があった（『百錬抄』）。15日、憲仁立太子の陰謀が発覚し、院政派の平時忠・平教盛・平基盛・藤原成親・藤原信隆らが二条帝により解官される。これ以降、後白河院は政治決定の場から排除され、国政は二条帝と藤原忠通の合議により運営されることになる。12月17日、藤原育子が入内する。育子は閑院流出身（徳大寺実能の女）で藤原忠通の養女だった。翌応保2年（1162年）2月19日、育子が中宮に冊立されると閑院流の藤原実長が中宮権大夫となり（大夫の九条兼実は14歳で名目のみ）、清盛も内裏を警護して二条支持の姿勢を明確にしたため、後白河院政派は逼塞を余儀なくされる。3月には配流されていた大炊御門経宗が帰京を許され、入れ替わるように6月23日、実長の密告により二条帝呪詛の容疑で源資賢・平時忠が流罪となった。鳥羽院政を支えていた貴族の認識では二条帝が正統な後継者であり、後白河院はあくまで暫定という位置づけだった。院政を停止された後白河院は、信仰の世界にのめり込む。応保2年（1162年）正月の熊野詣では、千手観音経千巻を読んでいた時に御神体の鏡が輝いたので、「万の仏の願よりも千手の誓いぞ頼もしき、枯れたる草木もたちまちに花咲き実なると説ひたまふ（多くの仏の願いよりも、千手観音の誓願は頼りに思われる。一度千手におすがりすれば、枯れた草木さえも蘇って花咲き実が熟る、とお説きになられている）」と今様を歌い、千手観音への信仰を深くしている（『梁塵秘抄口伝集』）。長寛2年（1164年）12月17日、後白河院は多年の宿願により、千体の観音堂・蓮華王院を造営する。造営は清盛が備前国を知行して行った。後白河院は落慶供養の日に、二条帝の行幸と寺司への功労の賞を望んだが、二条帝が全く関心を示さなかったため「ヤヤ、ナンノニクサニ」と嘆いたという（『愚管抄』）。蓮華王院・新日吉社・新熊野社には荘園が寄進され、後白河院の経済基盤は強化される。二条帝は後白河院の動きに警戒感を募らせていたが、翌永万元年（1165年）6月25日、病状の悪化で順仁親王（六条天皇）に譲位、7月28日に崩御した。