良源により「地主三聖」の信仰が定着するにつれ、「地主三聖」は徐々に「山王三聖」と呼ばれるようになっていった。なお、「地主山王」と呼ばれた時期もあった。「地主三聖」の語は三塔の存在を意識して、それぞれの「地主」を強調しているが、「山王三聖」の「山王」の語は、寺院というより、比叡山という山全体に関わる神を意識しているとされる。特に、正暦4年（993年）の叡山分裂以降、「山王三聖」の語は定着していったとされる。なお、「山王三聖」の語が文献に現れた最初は、康保5年（968年）の太政官牒であるとされる。なお、円珍が個人的に祀った「山王（山王明神）」とは、円珍が実際に夢でお告げを受けたということから、確かに「実在」すると信じられた神を指したものであるが、良源の場合、「山王」の語には確かに実在するという重みはなく、ただ「地主三聖」の総称に過ぎず、抽象的な概念にとどまっていたとされる。
延暦寺の第18代座主であり、比叡山中興の祖とされる良源は、天禄3年（972年）に、比叡山の「横川」を、東塔・西塔に匹敵する地位を持つ独立地区として認めた。もともと、横川の発展には良源が大きく関わっており、その独立の裏にも、良源の意向があったとされる。以後、良源の意向は、古くから存在する東塔・西塔よりも、横川に大きく影響するようになった。独立した横川は、西塔と同じように独自の地主神を求め、聖真子（しょうしんし）を信仰するようになった。聖真子の信仰は、既に、康保5年（968年）に認められるとされ、「聖真子」の名は法華経により、正統な仏法の後継者を意味するもので、神名であると同時に法号であり、日本古来の神々の系譜から切り離された独自のものとされるなど、神仏習合の最たるかたちを示しているとされる。ここに、良源の思惑により、大比叡神（東塔）・小比叡神（西塔）・聖真子（横川）の「地主三聖」が成立した。だが、円珍によって定められた「両所三聖」を信仰していた僧たちは、良源に導かれて成立した「地主三聖」の信仰に反発することとなった。良源は「地主三聖」の信仰に反対する僧たちを僧籍から除名するなどし、後の山門・寺門分裂への流れを生み出していくこととなる。
天長2年（825年）に、天台宗の第2代座主である円澄が、延暦寺の西塔を開いた。以後、西塔は独自色を深め、それまでの「東塔」での地主神信仰に対応させるかたちで、小比叡神を祀るようになった。小比叡神には、八王子山の磐座の神である大山咋神が勧請され、小比叡峯にある磐座に神が宿るとされた。西塔の独立により、最澄が当初祀った諸山王は統合され、東塔と結びついて、比叡神または大比叡神と呼ばれるようになった。西塔で祀られる神も山王と呼ばれたため、「山王」は東塔と西塔で二極化することとなった。その後、天台宗の第5代座主であり、夢で様々な啓示を受けたという伝承が残されている円珍が、円珍に夢で入唐を勧めたとされる「山王明神」を、自身の坊に祀るようになった。このため、それまでは最澄の創建として、千手堂または千手院と呼ばれていた円珍の坊が、山王院と呼ばれるようになった。このように、山王明神の信仰は、円珍が個人的に祀ったことから始まった。こうして、大比叡神（東塔）・小比叡神（西塔）・比叡山王（山王明神）の「両所三聖」が成立した。なお、円珍にとっては、「両所三聖」の中でも山王（山王明神）は別格で、「両所二聖」を超える存在、つまり、大比叡神・小比叡神を含んだ「比叡山」そのものを象徴しており、最澄が祀った諸山王をひとつにまとめた、非常に大きな信仰対象であったといわれる。
2005年には聖ソフィア大聖堂と関連施設群について、緩衝地域の設定に関する「軽微な変更」が行われた。ウクライナ当局は、さらにキエフ市内の聖アンドリーイ聖堂、聖キリル聖堂の追加を「軽微な変更」として申請した。聖アンドリーイ聖堂は1749年に着工されたロシア・バロック様式の聖堂である。ロシアの女帝エリザヴェータがキエフを訪れたことの記念として、現在では観光客向けの露天が多く並ぶアンドレイ坂を上った丘に建てられたもので、内装にはロココ様式の装飾も見られる。聖キリル聖堂は修道院付属聖堂として12世紀に建てられた聖堂で、フセヴォロド公によるものである。フレスコ画には後の時代に修復されたものが含まれるが、特に18世紀の画家ミハイル・ヴルーベリの手になる絵画群が評価されている。しかし、2008年の第32回世界遺産委員会では、それらの聖堂の追加は「軽微な変更」とは認められず、正規の拡大登録案件として申請するように勧告された。そこでウクライナ当局は拡大登録の案件として、改めて聖アンドリーイ聖堂、聖キリル聖堂の登録を申請した。しかし、2010年の第34回世界遺産委員会では、比較研究の不足をはじめとする多くの改善点を指摘され、「登録延期」と決議された。ウクライナ当局は改善の上で「キエフの聖ソフィア大聖堂と関連する修道院群、聖キリル聖堂と聖アンドリーイ聖堂、キエフ・ペチェールシク大修道院」(Kyiv: Saint-Sophia Cathedral with Related Monastic Buildings, St. Cyril’s and St. Andrew’s Churches, Kyiv-Pechersk Lavra / Kiev : cathédrale Sainte-Sophie et ensemble des bâtiments monastiques, les églises Saint-Cyril et Saint André, laure de Kievo Petchersk) の名称で再推薦を行なったが、2012年の第36回世界遺産委員会でも、登録範囲の設定をはじめとする諸問題を指摘され、再び「登録延期」と決議された。