北インドのイスラーム支配は14世紀にはデカン高原にもおよび、1347年トゥグルク朝の臣下であった地方長官が自立し、バフマニー朝を建国して、ムスリム政権を成立させた。その後、バフマニー朝は2世紀近く存続したのち1527年に滅び、その領土にはベラール王国（イマード・シャーヒー朝）、ビーダル王国（バリード・シャーヒー朝）、アフマドナガル王国（ニザーム・シャーヒー朝）、ビジャープル王国（アーディル・シャーヒー朝）、ゴールコンダ王国（クトゥブ・シャーヒー朝）の5つの王国が割拠する形となり、これらはデカン・スルターン朝と呼ばれる。デカン・スルターン朝は当初互いに他国と領土を争い、南のヴィジャヤナガル王国もこれらに関与したが、やがて5王国は同盟を結んで、1565年ターリコータの戦いで連合軍はヴィジャヤナガル王国の軍を破った。しかし、その後は再び争うようになり、ベラール王国、ビーダル王国は他国に滅ぼされ、アフマドナガル王国、ビジャープル王国、ゴールコンダ王国はムガル帝国に滅ぼされた。
その後、一時、北インドのデリー・スルターン朝の勢力が南下し、南インドの王朝は次々と滅ぼされたが、1336年ハリハラとブッカの兄弟がヴィジャヤナガル（ハンピ）に都にトゥグルク朝から独立した。これ以降、14世紀前半から17世紀半ばにかけて、サンガマ朝（1336年 - 1486年）、サールヴァ朝（1486年 - 1505年）、トゥルヴァ朝（1505年 - 1569年）、アーラヴィードゥ朝（1569年 - 1649年）と4つのヒンドゥー王朝が繁栄し、これを総称してヴィジャヤナガル王国と呼んでいる。ここでは、北インドとは対照的にヒンドゥー文化の隆盛と爛熟がみられた。ハンピの都市遺跡などが当時の繁栄ぶりを今日に伝えている。ヴィジャヤナガル王国はトゥルヴァ朝のクリシュナ・デーヴァ・ラーヤの治世に最盛期を迎えたが、その死後、1565年ターリコータの戦いでムスリム5王国に敗れ、衰退の道へと向かった。しかし、アーラヴィードゥ朝のヴェンカタ2世は同国最後の名君であり、外敵と戦い、国の領土と勢力回復に尽力したが、1614年彼の死後に王国は瓦解した。
12世紀-13世紀には、タントラ的な身体観を基礎として、動的なヨーガが出現した。これはハタ・ヨーガ（力〔ちから〕ヨーガ）と呼ばれている。内容としては印相（ムドラー）や調気法（プラーナーヤーマ）などを重視し、超能力や三昧を追求する傾向もある。教典としては『ハタ・ヨーガ・プラディーピカー』、『ゲーランダ・サンヒター』、『シヴァ・サンヒター』がある。他に後期ヨーガの流派としては、古典ヨーガの流れを汲むラージャ・ヨーガ、社会生活を通じて解脱を目指すカルマ・ヨーガ（行為の道）、人格神への献身を説くバクティ・ヨーガ（信愛の道）、哲学的なジュニャーナ・ヨーガ（知識の道）があるとされる。後三者は19世紀末にヴィヴェーカーナンダによって『バガヴァッド・ギーター』の三つのヨーガとして提示された。ヨーガの歴史的研究を行ったマーク・シングルトンによれば、近代インドの傾向において、ハタ・ヨーガは望ましくない、危険なものとして避けられてきたという。ヴィヴェーカーナンダやシュリ・オーロビンド、ラマナ・マハルシら近代の聖者である指導者たちは、ラージャ・ヨーガやバクティ・ヨーガ、ジュニャーナ・ヨーガなどのみを語っていて、高度に精神的な働きや鍛錬のことだけを対象としており、ハタ・ヨーガは危険か浅薄なものとして扱われた。ヨーロッパの人々は、現在ではラージャ・ヨーガと呼ばれる古典ヨーガやヴェーダーンタなどの思想には東洋の深遠な知の体系として高い評価を与えたが、行法としてのヨーガとヨーガ行者には不審の眼を向けた。それは、17世紀以降インドを訪れた欧州の人々が遭遇した現実のハタ・ヨーガの行者等が、不潔と奇妙なふるまい、悪しき行為、時には暴力的な行為におよんだことなどが要因であるという。
一方で南インドでは、10世紀後半ころからタミル系のヒンドゥー王国チョーラ朝がインド洋貿易で繁栄した。11世紀前半には、商業上の覇権をめぐって東南アジアのシュリーヴィジャヤ王国まで遠征を敢行した。チョーラ朝は12世紀末に再建されたパーンディヤ朝（後期パーンディヤ朝）によって13世紀後半に滅ぼされた。
田口峠越えの道そのものは江戸時代以前からの歴史のあるルートを辿っており、すでに9世紀には最澄が信濃国から上野国へ向かう際に通過、その山越えの峻険さを記録している。徒歩・牛馬道としては北側の星尾峠や南側の余地峠と共に、佐久地方と群馬県南西部の交易路の一つとなっていたが、県境の特殊条件によって田口峠越えが現代に至るまでのメインルートとなった。現道の大筋は、早くも1877年（明治10年）に群馬県により「高野道下仁田信濃国境七里十町三十七間」が県道三等の指定を受けている。その後川沿いの若干区間で右岸・左岸のルート変更が生じたとされる。府県道路線認定を行った群馬県告示第89号（1921年（大正10年）4月1日付）では「下仁田臼田線」として「北甘樂郡下仁田町ヨリ仝郡磐戸村ヲ經テ仝郡尾澤村長野縣界ニ至ル路線」の記載を確認できる。かつては「下仁田佐久線」「勘能臼田線」を称したこともあった模様であるが、名称の変遷が繰り返されており、詳細不詳である。100年以上に渡って随所で拡幅が試みられてきたものの、地形と費用・需要の面から現状は部分拡幅施工と全区間舗装工事のみに留まっている。県境が分水嶺より東にある特殊条件による連絡の必要と、峠の標高の低さのためか、より南方の国道299号十石峠（海抜1351m）・県道124号上野小海線ぶどう峠（海抜1510m）が冬期閉鎖になるのに対し、同等に劣悪な道路条件でありながら93号は一応通年通行可能路線である。峻険な地形条件のため、落石や倒木も多発する。2007年（平成19年）9月には台風や前線による豪雨で93号を含む多くの周辺道路が通行不能となり、沿道の南牧村・佐久市の山間集落は一時孤立する事態に陥った。