伊豆の下田では家数925軒の内、857軒が津波で流失し、55軒が半潰れとなった。下田では元禄津波の被害も受けているが、この時は492軒の流失であった（『下田年中行事』）。下田市の口碑に「七軒町」は昔津波の時に家が七軒残ったためそう呼ばれるようになったとあり、元禄12年（1699年）の『下田町水帳』にはこの町名は見えず、元禄津波より宝永津波の方が被害が大きいことから、これは宝永津波を指すと考えられている。浜名湖が太平洋とつながる今切は津波によって1里（約3.9 km）もの大口を開け、遠州灘と湖とを隔てる半島は切り離され島となり、半島にあった新居関・新居宿と共に流失し不通となり、浜名湖北岸を迂回する本坂通が大いに賑わったという。その後、宿場町は移転を余儀なくされ、宝永5年正月（1708年）から工事が始まり、3月から4月に移転が完了した。この結果、新居-舞阪間の渡船路は一里半（約5.9 km）となった。白須賀も残らず震潰れた後津波で流失したため、地震以後白須賀宿は汐見坂を登った高台へ移転し、元の宿場町は元町と呼ばれるようになった（『白須賀町誌』）。
21年前の貞享3年8月16日辰刻（五ツ半）（1686年10月3日8-9時頃）、遠江・三河地震 - M 6.5-7 は、宝永地震に先行して発生した内陸地震とされ、広義の前震の可能性があるとされる。また、宝永地震の4年前の元禄16年11月23日（1703年12月31日）には、関東で元禄大地震 - M 8.1-8.2 が発生、富士山の噴火を呼び起こしている。『鸚鵡籠中記』には、名古屋において前日の10月3日に発光現象と思われる記録、また、前震と思われる地震の記録が9月25、26、28日に見られる。『宮地日記』では、高知において9月3日、13日に地震の記録がみられる。
南海トラフ沿いが震源域と考えられている巨大地震として、江戸時代には宝永地震のほか、嘉永7年（1854年）に連発した安政東海地震および安政南海地震が知られている。また、宝永地震の4年前（1703年）には元号を「宝永」へと改元するに至らしめた相模トラフ巨大地震の一つである元禄地震が発生している。慶長9年（1605年）の慶長地震もかつては宝永地震のように東海道・南海道に亘り、震源域がほぼ宝永地震に匹敵する津波地震と考えられていた。一方で、慶長地震の震源域が南海トラフ全域に亘るものならば、僅か100年余の超巨大地震の再来はエネルギーの蓄積の速さを意味し、今後襲うであろう将来の超巨大地震の見積もりにも関係する話である。また、これを南海トラフ沿いの巨大地震とするには多くの疑問点があり、南海トラフ沿いの地震ではないとする見解も出されている。仮に慶長地震が伊豆小笠原海溝沿いが震源域ならば、地震動が弱い点、歪み蓄積時間の問題は氷解する。また、安政地震については「宝永地震の後始末地震」だった可能性も考えられ、この宝永地震後の再来間隔147年は南海トラフ沿いの巨大地震としてはむしろ短い部類になるとの見解もある。本地震について記され現在まで残された古文書は、幕末に発生した安政地震に比して量・質とも遥かに及ばず、しかも安政地震後に当時の人々が過去を振り返って記述したものも少なくなく、地震当時に記録された史料は少ない。
現在の採石場のある土地は、江戸時代まで島民が樹木の伐採や開墾など自由に行えたが、明治時代に皇室財産（御料地）とされ、利用が不可能となった。そこで島民は土地の払い下げを何度も願い出て1913年（大正2年）にようやく払い下げが実現した。しかし、その費用負担は当時の菅島村にとって重く、銀行から資金を借りる、村民に細かく土地を分筆して売却するなどの手段で何とかまかなった。採石事業は大正時代より行われていたが、1930年（昭和15年）1月30日、菅島村と鶴田石材の間で石材採取契約が締結された。1954年（昭和29年）、昭和の大合併の際に菅島村は鳥羽市へ上述の払い下げ地の一部にあたる菅島町429番地の67を提供した。この時点で菅島町429番地の67に対する菅島町内会の入会権は消滅したと市は考えていたが、早稲田大学教授の黒木三郎の『菅島地区入会調査報告書』では「地役入会権が存続する限り、市は入会権の行使を妨げることはできない」としており、実際に鶴田石材は菅島町429番地の67に対する土地使用契約を鳥羽市と菅島町内会の双方と締結している。この経緯により、鳥羽市は登記上の所有者でありながら、緑化に対してあまり強く言えない状態が続いている。1968年（昭和43年）、鳥羽市は鶴田石材に1m³あたり20円で石材を売却する契約を結ぶが、1980年（昭和55年）12月31日をもって採石を終了することを1978年（昭和53年）3月議会において全会一致で決定した。しかし、1979年（昭和54年）2月と1983年（昭和58年）9月に採石現場で地すべりが発生した。この地すべりでは、付近にある名古屋大学の臨海実験所に落石が直撃しそうになったという。原因が採石によるものである、という結論が出ると市は、地すべり対策を業者に履行させるとして、事実上の採石続行を認めることにした。その後、市議会の終結決議と市当局の契約延長提案が繰り返され、20世紀が終わるまで採石は行政の許可の下、継続された。