パニックが収まった後も多くのUFO研究家らがこの事件を取り上げた。ブラクストン郡出身でウェストバージニア州クラークスバーグの劇場で働いていたグレイ・ベイカー（Gray Barker）はこの事件に興味を持って資料を集め、有名になったイラストを元にモンタージュ写真を作り、翌1953年にオカルト系雑誌「FATE」に記事とともに寄稿した。彼はフラットウッズ・モンスターの事件をきっかけにUFOや超常現象に関するライターとなり数十年にわたり執筆を続けた。今日ではグレイ・ベイカーは、UFO雑誌を発行していた団体の会長が突然UFOから手を引いた出来事をきっかけに『彼らは空飛ぶ円盤を知りすぎた』（1956年）を著して、「メン・イン・ブラック」という存在をUFO界に紹介したことで知られている。日本でも1970年代のオカルト・ブームやUFOブームの際、グレイ・ベイカーが発表した写真とともに「3メートルの宇宙人（「10フィートのモンスター」を訳す際に、メートル法換算で3mに置き換えたと考えられる）」の目撃談が南山宏らの手によりテレビ番組や少年向け単行本などの形で流布された。この結果多くの子供たちに強い印象を残した。特技監督の樋口真嗣は、ずっと「3メートルの宇宙人」で通してきたのでフラットウッズの宇宙人という呼び方には馴染めないと述べている。1986年には、岡田斗司夫らが経営するSFショップのゼネラルプロダクツがソフビ人形で「3メートルの宇宙人」の商品名で商品化した。その他にも日本のガレージキットがキットを出したり、骨格標本のキットを出したりした。
事件を調査した超常現象調査団体サイコップのジョー・ニッケルは、9月12日に複数の目撃者が証言した空中の光点はおそらく隕石であろうと結論付けている。また赤い光がまたたいていたのは航空障害灯と似ており、目撃者が見た生物はフクロウ（「爪のような手」をした、「スペードのエースのような顔」の生物）に非常に似ているとした。後者二つは通常見間違えないものであるが、前者の光る物体を見たあとの極度の興奮や不安のために見間違えたのだろうとされた。ニッケルの結論は空軍などによる他の調査結果とも共通している。9月12日の目撃事件の夜、隕石がメリーランド州・ペンシルベニア州・ウェストバージニア州の三つの州で目撃されていた。これがエルク川の丘への燃える飛行物体の墜落と誤って報告された。またフラットウッズの町の真南にはブラクストン・カウンティー空港があり、モンスターの目撃場所の丘からは三つの航空障害灯を見ることができるが、目撃者が見た赤い瞬く光と、モンスターの顔の赤色はこれの見間違いではないかと考えられる。目撃者が述べたモンスターの形・動き・音は、木の枝にとまるメンフクロウの姿・飛ぶ際の飛び方・驚いた時の鳴き声と一貫している。調査者たちはフクロウの止まる枝の下にあった緑の葉が、モンスターの下半身（板のような緑のスカート）に見えたのではないかと結論付けている。また目撃者間での「モンスターに腕があったか否か」の意見の相違は、キャスリーン・メイ夫人の証言の「小さな、爪のような手」が「体の前から伸びていた」という部分とあわせて、メンフクロウの木の枝をつかむ足の見え方に合致すると結論付けられている。別の推論が地元メディアで取り上げられている。9月12日にモンスターを目撃した集団は隕石の衝突現場に立ち上った煙をヒト型モンスターと見間違えたというものである。またメイ夫人と息子たちは政府所有の機密の飛行物体を見たという説もある。
この協定当時、日本軍は日露戦争中であったが、すでに日本海海戦での勝利を経たあとで、ロシア帝国軍もセオドア・ルーズベルトによる講和勧告を受け入れていた。またアメリカ合衆国は、同国駐韓公使のホレイス・ニュートン・アレンを解任しており、アレンは1905年6月に大韓帝国を去っていた。アメリカのルーズベルト大統領は自身のフィリピン政策を議会に支持してもらうために、タフト陸軍長官を団長として議員30人（上院7人、下院23人）を含む総勢83人の大型外交団を派遣することにした。1905年7月8日、サンフランシスコを出発したタフト外交団はホノルル経由で7月24日、横浜港に到着した。日露戦争中の日本訪問の目的は、日露の和平交渉役となるアメリカが日本の対露要求を直接確認すること、大統領の娘アリスをメンバーに加えることで、前年の伏見宮貞愛親王の皇室外交に対する返礼、および大日本帝国がフィリピンへいかなる介入もしないと約束させることであった。1899年7月21日、フィリピンに武器を運んだ布引丸は嵐で沈没したが、大日本帝国にくすぶり続けるフィリピンに対するアジア人としての同情の火を消すことが、タフトの最も重要視した案件であった。この協定では、米国は当時の大韓帝国（以下、韓国）における日本の支配権を確認し、大日本帝国は米国のフィリピンの支配権を確認した。 列強が勢力を模索する時代の中で、日米首脳が相手国の権利を認め合った協定といわれ、その後の日米関係を円滑にするものであった。また1902年（明治35年）の日英同盟を踏まえたもので、日英米の三国による東アジアの安全保障について意見が交換された。協定は、互恵的に署名された文書や秘密の条約ではなく、合意を記した会合覚書（メモ）であり、この合意覚書は、アメリカ外交史家だったタイラー・デネットがアメリカ議会図書館に保存されていたセオドア・ルーズベルト大統領の「プライベート史料」とラベルの貼られたボックスの中でこれを発見して、雑誌『Current History』「ルーズベルト大統領が結んだ日本との秘密協定」にタフトが時の国務長官エリフ・ルートに宛てて送付した合意の電文を掲載した1924年（大正13年）まで公表されなかった。この協定は、東京で大日本帝国の桂首相とウィリアム・タフト特使が1905年（明治38年）7月27日の朝から外務次官珍田捨巳の通訳の下で行なった会合の記録から、長時間になった機密の会話の部分で構成されている。 覚書には1905年7月29日の日付が記入されている。日本側の原本は消失している。ルーズベルト大統領やエリフ・ルート国務長官は、桂首相との協定を議会に報告せず、私的文書として処理した。ルーズベルト政権内部の高官でこの覚書の内容を知らされていたのは6人程度だった。アメリカでは協定を条約とするためには上院の3分の2以上の賛成が必要だったが、フィリピン併合に反対する勢力もあり、その可能性は低かった。その上、これから始まるポーツマスの日ロ交渉の仲介役をするアメリカが、日英同盟のサイレント・パートナーであることを公にすることもできず、この協定を秘密にせざるを得なかった。