当初は、九州鉄道の起点の駅、門司駅として1891年（明治24年）4月1日に開設された。初代の駅舎が建てられたのは現在の門司駅舎が所在する地点よりも東側、今の北九州銀行門司支店の裏手に当たっていた。1901年（明治34年）5月27日には関門連絡船の運航が開始され、本州の鉄道と結ばれて多くの旅客と貨物がこの駅を経由することになった。しかし間もなく、1911年（明治44年）10月から下関 - 小森江間で貨車の車両航送が開始されて、貨車は直接連絡船に載せて本州と九州の間でやり取りされるようになり、当駅を経由するのは旅客が中心となった。1914年（大正3年）に、2012年現在も存在する2代目の駅舎が完成し、移転開業した。その後も九州の鉄道の起点としての地位を保っていたが、関門トンネルの開通に伴って門司駅の名前は関門トンネルが接続することになる従来の大里駅に使うことになり、当駅は門司港駅へと改称した。それまでは門司の埠頭にある貨物輸送用の駅が門司港駅（こちらの読みは「もじみなと」）と称しており、これに合わせて貨物駅は門司埠頭駅に改称された。それ以降の当駅は、本州と九州を連絡する鉄道輸送の流れから外れることになった。第二次世界大戦に際しては、1945年（昭和20年）3月5日に米軍の空襲を受け、駅構内で3名が死亡した。21世紀になってからの駅舎復元工事の際には、駅舎に残されていた機銃や爆弾の痕跡が発見された。門司港駅が輸送の流れから外れたのちも、門司鉄道管理局や国鉄九州総局などは引き続き門司港駅のそばに置かれ、国鉄分割民営化後もJR九州は異例の福岡と北九州の2本社体制を維持して、門司港駅脇に北九州本社が引き続き置かれていた。しかし福岡本社への統合に伴い2000年（平成12年）に北九州本社は閉鎖となっている。この建物は旧三井物産門司支店として現存する。それ以降は門司港レトロへの観光客などが利用する駅となっている。2012年より、開業当初への復原・耐震工事を行うために一度仮駅舎に移行したが、2019年に工事完了した。
『東野圭吾「変身」』（ひがしのけいご へんしん）のタイトルで、2014年7月27日から8月24日までWOWOW「連続ドラマW」で放送された。全5話。監督の永田琴が東野圭吾の作品を手掛けるのは『分身』に続いて2作目。そして神木隆之介と仕事をするのは2007年の映画『Little DJ〜小さな恋の物語』以来だったが、その成長ぶりに安心したという。「医療サスペンスとしてだけではなく純一と恵の恋愛ドラマとして描きたい」という思いもあったため、初共演となる神木と二階堂の芝居の違いや相性も心配したが、2人は小説や脚本を読むだけではわからないお互いの役の変化を感じ合いながら撮影を進め、「人間関係を繊細に描くことができた。」「サスペンスの中の2人の純愛を見てほしい。」と満足いく出来栄えになったと語っている。
スコットランド。マーカスは旧友のヴォーンと連れだってハイランド地方の田舎町に出かけた。現地に着いた2人は酒場に向かい、そこで地元の有力者であるローガン・マックレイに出会った。その後、2人は若い女性（カラとイオナ）と意気投合した。マーカスがカラを連れ出そうとしたところ、ある男が「その女は危険だ」と言ってきたが、マーカスはそれを意に介さなかった。2人きりになったヴォーンとイオナは良い雰囲気になったが、婚約者の存在を思い出したヴォーンは一線を越えることなく酒を飲み続けた。翌朝、2人は二日酔いで体調がすぐれない状態にあったが、そのまま狩猟に出かけた。牝鹿を発見したヴォーンはすぐさま銃を構えて発砲したが、鹿に逃げられてしまった。ところが、ここで予期せぬ事態が起こった。牝鹿の後ろには少年がおり、銃弾が彼に当たってしまったのである。近くにいた少年の父親は激怒してヴォーンに銃口を向けたが、その様子を見たマーカスによって射殺されてしまった。ヴォーンは警察に自首しようとしたが、殺人犯として逮捕されることを恐れたマーカスはそれを押しとどめた。2人は死体を隠した後、直ちにその場から離れた。道中、2人はガソリンスタンドに立ち寄った。店員から「狩りをしているのは貴方たちだけです」と言われたマーカスはひどく狼狽した。他の狩猟者に罪をなすりつけるつもりでいたからである。2人は闇夜に紛れて死体を埋めるしか罪を逃れる道はないと確信した。町に戻った2人はローガンからディナーの招待を受けた。地元の衰退を嘆くローガンはマーカスに「事業を誘致できないか」と相談したが、マーカスにも再活性化のアイデアは思い浮かばなかった。その夜、2人は死体を埋めに出かけた。マーカスは死体から銃弾を取り除き、万一死体が発見されたとしても事故に見えるように偽装した。夜明け前に2人は宿に戻ったが、その様子を宿の経営者の息子が目撃していた。翌日、2人はすぐさま町を離れようとしたが、ローガンの弟、ブライアンがマーカスのジープのタイヤに傷をつけたため、足止めを食らうことになった。ブライアンはマーカスがカラとベッドを共にした挙げ句、彼女にコカインを手渡したことで怒り狂っていたのである。2人はタクシーで帰ろうとしたが、町唯一のドライバーは泥酔していた。その後、マーカスはブライアンの謝罪を受けた。その頃、ヴォーンはイオナとアル（ローガンの弟）と話す中で、自分たちが殺したのはローガンの甥と義理の弟であったことを知った。「ローガンの甥っ子が行方をくらませた」という話を聞きつけたマーカスは「失踪した2人はどうなった」と口走ってしまった。その結果、アルから疑いの目で見られるようになった。しばらくして、町人たちは2人の遺体を発見した。逮捕を恐れたマーカスとヴォーンは逃走したが、ヴォーンは町人に捕まってしまった。ヴォーンから真実を聞いたブライアンは2人を殺すべきだと主張したが、ローガンがそれを押しとどめた。彼には腹案があったのである。