1983年の繁殖シーズンが始まる直前の2月8日夜9時ごろ、覆面をつけた男6人がバリーメニー牧場に侵入し、牧場長を銃で脅してシャーガーを誘拐する事件が起こった。その翌日、犯人グループから200万ポンド（約7億円超）の身代金を要求する電話があり、シンジケート側がこれを拒否すると、以後の連絡は途絶え、シャーガーの行方は完全に不明になった。アーガー・ハーン4世に恨みを持つ者の犯行説や、アメリカに連れ去られたなどさまざまな説が流れたが、結局真相は解明されなかった。1984年1月、アイルランドの警察は事件はアイルランド共和軍 (IRA) によるもので、シャーガーは誘拐後間もなく殺害された模様との見解を発表した。なお1983年11月、イギリスの保険会社はシャーガーのシンジケート株の所有者に対し総額700万ポンドの保険金を支払っている。産駒のなかではアウザールが最も活躍したが、種牡馬入り後すぐに日本に輸出されてしまったため、父系は途絶えた。ただし現在でもイラン・イスラム共和国で存続している可能性がある。1999年、グッドウッド競馬場にてシャーガーの名を冠した騎手招待競走のシャーガーカップが創設された。現在は8月のアスコット競馬場において開催され、ヨーロッパおよび世界各地から有名騎手が招待される大イベントとして認知されるに至っている。
競走馬を引退したシャーガーはアーガー・ハーン4世がアイルランドで経営するバリメニー牧場で種牡馬となった。キングジョージ6世&クイーンエリザベスダイヤモンドステークス出走前にすでに総額1000万アイルランド・ポンド（約43億円、1株25万アイルランド・ポンド×40株）のシンジケートが組まれていた。1982年の春には44頭の牝馬と交配され、翌年28頭の仔馬が生まれている。初年度の産駒は28頭で、そのうちの一頭アウザールはアイリッシュセントレジャーで優勝、シャーガー産駒の代表格となった。このほかには、1000ギニー2着・オークス3着の成績を残した牝馬メイスーンらを出している。産駒の総収得賞金は28万4426ポンドであった。
昌益は、彼の生きた社会を「法世」とみなし、法世以前に「自然の世」があったと考え、法世を自然の世に高める具体的方策を提唱した。身分・階級差別を否定して、全ての者が労働（鍬で直に地面を耕し、築いた田畑で額に汗して働くという「直耕」）に携わるべきであるという、徹底した平等思想を唱えており、著書『自然真営道』（第25巻中「自然ノ世論」）にその考え（理想社会）が書かれている。彼の思想体系は、封建社会の混乱と矛盾を目撃し、深い時代的関心に裏付けられている。為政者を不耕貪食の輩と断罪もしている。その当時の奥羽地方では、寛延2年（1749年）、宝暦5年（1755年）、同7年（1757年）と飢饉が頻発した。また、関東より一帯にかけて間引きが広く行われるようになったのもこの頃である。昌益は、このような現実を凝視し、考えた。「…中平土の人倫は十穀盛りに耕し出し、山里の人倫は薪材を取りて之を平土に出し、海浜の人倫は諸魚を取りて之を平土に出し、薪材十穀諸魚之を易へて山里にも薪材十穀諸魚之を食し之を家作し、海浜の人倫も家作り穀食し魚菜し、平土の人も相同うして平土に過余も無く、海浜に過不足無く、彼（かしこ）に富も無く此に貧も無く、此に上も無く彼に下も無く…上無ければ下を攻め取る奢欲も無く、下無ければ上に諂ひ巧むことも無し、故に恨み争ふこと無し、故に乱軍の出ることも無き也。上無ければ法を立て下を刑罰することも無く、下無ければ上の法を犯して上の刑を受くるといふ患いも無く、…五常五倫四民等の利己の教無ければ、聖賢愚不肖の隔も無く、下民の慮外を刑（とが）めて其の頭を叩く士（さむらい）無く、考不孝の教無ければ父母に諂ひ親を悪み親を殺す者も無し、。慈不慈の法教（こしらえおしえ）無ければ、子の慈愛に溺るる父も無くまた子を悪む父母も無し。…是れ乃ち自然五行の自為にして天下一にして全く仁別無く、各々耕して子を育て壮んに能く耕して親を養ひ子を育て一人之を為れば万万人之を為して、貪り取る者無ければ貪り取らるる者も無く、天地も人倫も別つこと無く、天地生ずれば人倫耕し、此外一天の私事為し。是れ自然の世の有様なり」— 「自然真営道」第25巻中「自然の世論」の要所を抜き出したもの、（丸山眞男『日本政治思想史研究』東京大学出版会、1952年、261-262ページ）『自然真営道』の内容は、共産主義や農本主義、エコロジーに通じる考えとされているが、アナキズム（無政府主義）の思想にも関連性があり、間口の広さが見受けられる。またこの書の中で昌益は江戸幕府が封建体制を維持し民衆を搾取するために儒教を利用してきたと主張して、孔子と儒教、特に朱子学を徹底的に批判した。林基は、「イデオロギーの上でも、宝暦年間は重大な画期をなす。最大の指標は安藤昌益の『自然真営道』の成立である」「その基礎である幕藩封建制的大土地所有を根本から否定し、現存の一切の支配的イデオロギーを徹底的に批判した『自然真営道』の成立こそは、まったく画期的な変化の指標としなければならない。それは享保ー宝暦年間における階級闘争の質的転化の過程が生み出したものとみることができる」と論じている。後に駐日カナダ大使であるH（ハーバート）・ノーマンの手により、『忘れられた思想家―安藤昌益のこと』原書名：Ando Shoeki and the Anatomy of Japanese Feudalism（大窪愿二訳、上下、岩波新書、1950年）が記されることで周知の人物となった。奈良本辰也は1935年頃に『統道真伝』写本五冊を、京都大学国史研究室の書庫の片隅で、埃をかぶって放置されているのを発見している。奈良本は、これが写され始めたときには、世にも貴重な史料として迎えられたのであろうが、どうしたわけか、あまりひと目につかなかったのであると記している。1976年、三宅正彦は、昌益の社会変革論は尊王論の系譜に入れるべきという考えを提示した。それを受けて早川雅子は、「私法神書巻」（稿本『自然真営道』巻九）の分析によって昌益の尊王攘夷論を立証した。