歴史家のケビン・スターはサンホアキン・バレーのことを「地球上で最も生産的な人工の環境」と表現した。ある推計によれば、カリフォルニア州で生産される農業生産物は全米の12.8％に相当する（ドル換算）ものであり、その大半がサンホアキン・バレーで生産されているが、その肥沃さは連邦政府による浅い井戸の灌漑システムに対する制限により失われる恐れがある。ブドウやそれから生まれるレーズンと、程度は落ちるもののワインが恐らくこのバレーでも最も注目される産品であるが、それより大きくはないとしても同じくらい重要な産品は綿、堅果類（特にアーモンドとピスタチオ）、柑橘類、および野菜である。サンホアキン・バレーは「世界の食糧バスケット」と呼ばれてきたが、全国的にその産品の多様さを認められているわけではない。オレンジ、モモ、ニンニク、タンジェリン、トマト、キウイフルーツ、干し草、アルファルファなど多くの産品が収穫され大きな成功を収めている。キングス郡にあるJ・G・ボスウェル社の農場は世界最大の単一綿花農場であり、面積は162 km²（40,000エーカー）ある。特定の産品に特化した土地もある。ストックトンはアメリカ合衆国内で消費されるアスパラガスの大半を産し、フレズノは元々中東が産地だったレーズンの最大生産地である。サンホアキン・バレーはその農業生産性の高さにも拘わらず、食料不足の率でも州内最大である。バレーの経済にとって牛と羊の飼育も重要な要素である。近年酪農業の重要性が高まってきた。チノやコロナのあたりはロサンゼルス市のスプロール現象に吸収されてきたので、多くの酪農家が土地を売り、キングス郡、トゥーレアリ郡およびカーン郡の方に移転した。酪農はメタンなどの汚染物を多量に排出するので、移転先の地域の大気汚染を深刻化させている。さらに農場労働者が肥料穴で溺れたり窒息したりする事件が注目を集めたことで、地域での酪農業の増加率を緩めることが求められ、カーン郡の場合は2004年に新しい酪農場受け入れに対して一時停止期間を宣言するまでになった。1990年から2004年の間にサンホアキン・バレーで28,092ヘクタール (70,231 エーカー) の農地が都市開発のために失われた。都市のスプロール現象に対応する中で、バレー内8郡は「地域青写真計画」に参加しており、より密度の濃い開発と公共交通機関が発達する可能性がある。
サンホアキン・バレーの夏は暑く乾燥しており、冬は地上霧で特徴付けられ冷涼で雨が多い。雨季は11月から4月までだが、北部の方はやや長い傾向にある。サンホアキン・バレーのアメリカ国立気象局予報事務所はハンフォードにあり、ドップラー気象レーダーがある。バレーの天気予報と気象情報はそのウェブサイトから取り出すことができる。
サンホアキン・バレーは暁新世前期にあたる約6,500万年前に形成され始めた。その後の6,000万年間、海水面が大きく変動したために、このバレーの中も大洋水で満たされるところがあった。約500万年前、海岸山脈の隆起とバレーへの堆積物のために、大洋への出口が閉ざされ始めた。200万年前からは、氷河の周期的な作用でバレー内大半は淡水湖になっていった。コーコラン湖は約70万年前までバレーを満たしていた最後の大きな湖だった。今日ではブエナビスタ湖のみが残っている。
サンホアキン・バレーは、北のサクラメント・サンホアキン川デルタから南のテハチャピ山地まで、また西は幾つかのカリフォルニア海岸山脈（北側のディアブロ山脈から南側のテンブラー山脈まで）から東のシエラネバダ山脈まで拡がっている。北のサクラメント・バレーとは異なり、サンホアキン・バレーの名前の元になったサンホアキン川水系はこのバレーの中でそれほど遠くまで伸びてはいない。フレズノより南の川の大半はトゥーレアリ湖に注いでおり、この湖は水資源利用の多様化により継続的には存在しない。主要河川はサンホアキン川であり、バレーの北半分を通り、サクラメント・サンホアキン川デルタに注いでいる。キングス川とカーン川はバレー南部の内陸湖盆地にあり、その水の全ては農業用に利用され、下流域ではほとんど水が無くなっている。
第二次世界大戦終結後の1945年、元フライング・タイガースの搭乗員10人などによって、アメリカでは初めての貨物専門航空会社である前身のナショナル・スカイウェイ・フレイト（National Skyway Freight）が設立された。当初の機材は大戦終結によって余剰となった海軍払下げの輸送機C-93を用いていた。翌年にはかつての部隊名にあやかった「フライング・タイガー」という社名に変更された。同社は1949年にアメリカ国内の貨物航空路運航を認可され、1950年代にはダグラス DC-4やDC-6といったレシプロ貨物機により大西洋貨物路線を運航していた。また1950年に始まった朝鮮戦争では、アメリカ本国から兵站拠点となった日本や朝鮮半島にアメリカ及び国連軍の為の貨物チャーター便を多数運航していた。その後も民間貨物輸送のほか、世界各国に展開するアメリカ軍向けの貨物輸送便（MACチャーター便）を多数運航していた。1961年にはカナディアCL-44輸送機を導入し、パレットローディング方式を活用するようになった。1965年には初のジェット輸送機となるボーイング707貨物専用機を導入し、1974年にはボーイング747貨物専用機を導入し、路線網を拡大するとともにその輸送力を増強した。なお1960年代後半－70年代前半にかけてヴェトナム戦争関連のMACチャーター便が多数運航された。1980年には米国第2位の貨物エアラインシーボード・ワールド航空(Seaboard World Airlines/SEW)を買収し、貨物専用機運航機数世界第一位の貨物エアラインに規模を拡大した。1980年代中頃には、フライングタイガーは世界の6つの大陸に貨物航空路を広げており、国際的にも多くの航空貨物を取り扱う航空会社のひとつであった。日本には成田国際空港や大阪国際空港などにもボーイング747やダグラスDC-8貨物専用機を使用した貨物便を多数運航し、特に新東京国際空港（成田）には東アジア地域の拠点空港として多くの定期貨物便を運航していた。ボーイング社により割り当てられた顧客番号(カスタマコード)は49であり、新造機に対してはボーイング747-249Fといった記号が付けられた。なお登録記号はN***FTが多く用いられた。同社の貨物専用機は機体表面にカラーペイントによる化粧塗装を行わず、保護剤のみを塗布するポリッシュド・スキン、ベアメタルと呼ばれる機体軽量化策が施されていた。これらは、アメリカン航空、イースタン航空、ノースウエスト航空といった旅客機や、日本航空、大韓航空の貨物機でも存在していた。1980年代後半に入ると、米国経済停滞による貨物需要の減少・スペース供給量過剰、航空規制緩和政策による市場競争の激化等により、業績が悪化した。1988年12月にフライングタイガーは宅配便サービス大手のフェデラルエクスプレスに買収されることが発表され、1989年8月7日に統合され「フライングタイガー」の名称は消滅した。後に、元従業員らによりポーラーエアカーゴが設立された。同社は買収や合併を経て、現在はアトラスエア(ATLAS AIR)およびDHLの合弁会社として運航を行っている。同社の機体尾翼に描かれる「サークルP」デザインはかつてのフライングタイガーの「サークルT」デザインを踏襲したものとなっている。なおアトラスエアは米国籍会社のうちボーイング747-8Fを唯一運航しており、かつてのフライングタイガーの地位を継承する存在となっている。