天正18年（1590年）には豊臣秀吉の天下統一における小田原征伐において後北条氏は没落する。後北条氏の没落に際して東海五カ国を支配していた徳川家康が関東へ転封され、武蔵を含む関東地域には徳川氏の家臣団が配置された。関ヶ原の合戦を経て江戸幕府による支配が確立すると、埼玉県域には「武蔵三藩」と呼ばれる川越藩や忍藩・岩槻藩（それに武蔵国には知行地をほとんど持たなかった岡部藩など）が立藩。江戸に近く親藩・譜代の重臣が配されたが、川越藩を除き城下町の形成は小規模であった。川越は江戸北方の防衛拠点として、また武蔵国の商工業の中心地として「小江戸」と呼ばれ繁栄した。江戸幕府により江戸を起点とした五街道の整備が進められ、埼玉県内には中山道に9つの宿場（蕨宿、浦和宿、大宮宿、上尾宿、桶川宿、鴻巣宿、熊谷宿、深谷宿、本庄宿）、日光街道（奥州街道）に6つの宿場（草加宿、越ヶ谷宿、粕壁宿、杉戸宿、幸手宿、栗橋宿）が置かれた。五街道に準ずる脇往還は、県内では川越往還、川越・児玉往還、日光脇往還、日光御成街道、関宿往還、秩父往還、秩父甲州往還が整備された。明暦年間には野火止用水が、享保年間から見沼代用水が開鑿され、元禄年間に三富新田の開発が行われ米麦栽培が増大したほか、養蚕や織物、木綿の栽培や野菜など地域特産物の生産も盛んになり、定期市で販売されたほか、利根川・荒川・新河岸川の舟運を通じて江戸へも移出された。明和元年（1764年）には大規模な百姓一揆である中山道伝馬騒動が発生している。近世後期には幕領と旗本領の錯綜する関東一円で無宿人・浪人が増加したため社会不穏が増大し、幕府では文政の改革に伴い文化2年（1805年）に関東取締出役を設置して警察力の強化が行われ、村々では組合村を形成して対応している。幕末には異国船が日本近海に出没し、嘉永6年6月3日（1853年7月8日）にはアメリカのペリー艦隊が来航し幕府に通商を求めるが、江戸湾の海防は川越藩、忍藩が彦根藩、会津藩を加えた四藩で担当し、藩士の現地派遣や遠見番所の設置などを行った。ペリー艦隊の来航に際しては海防策が修正され、品川台場の防衛を川越藩・忍藩・会津藩が担当した。海防強化は村々へも負担が生じるが、一方で日本が開国し本格的な貿易を開始すると積極的に対外交易を試みる投機商も出現した。近世後期の社会変動、開港前後の諸役負担や経済変動は農村社会に影響を与え没落農民層も発生していたが、慶応2年6月13日（1866年7月24日）には入間郡を中心に中山道以西地域に波及した武州一揆が発生し、関東取締出役の出向により鎮圧される。
宮城県では、昭和末期に有識者会議がサン・ファン・バウティスタ号の復元に関する提言をまとめていた。この構想は平成の時代になって進展し、1990年（平成2年）の末に復元準備会が設立された。復元は宮城県を挙げての県民運動となり、復元に対して5億6000万円の募金が集まった。サン・ファン・バウティスタ号の正確な設計図は残っていなかったが、仙台藩の史料『伊達治家記録』にサン・ファン・バウティスタ号の規模や帆柱について記録があり、これをもとに現代の造船工学でシミュレーションを行うことで、船の復元が行われることになった。この際に問題になったのが、史料の中の「一間」の実寸である。一間の長さは時代や地域により変遷があり、単純には長さを決められなかった。史料に現れる一間は仙台藩の尺貫法によるものと判断され、一間6尺5寸として計算された。これにより復元船の規模は、全長55.35メートル、全幅11.25メートル、吃水約3.8メートルとなった。1992年（平成4年）4月17日に起工式が執り行われ、宮城県石巻市中瀬の村上造船で復元船の建造が始まった。復元船の進水式は出帆380周年にあたる1993年（平成5年）5月22日に行われた。ヤマニシ造船所での艤装を経て、復元船は石巻漁港に仮係留されて、竣工式が行われた。復元費用は約17億円だった。その後、復元船は仙台港での公開のために、咸臨丸の復元船の伴走を受けながら、初の外洋航行を行った。さらに、気仙沼港や東京湾へ曳航され、公開された。復元船は石巻に戻り、1996年（平成8年）8月10日に石巻市渡波に開館したテーマパーク「宮城県慶長使節船ミュージアム」（サン・ファン館。地図）に係留、展示された。2011年（平成23年）3月11日の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）では、押し寄せた津波が復元船の周囲を囲むドック棟を呑み込み、建物を破壊して展示物の多くを流失させた。このとき復元船は津波を乗り越えたため外板の一部破損で済んだが、同年4月27日深夜から翌28日早朝にかけての暴風により、3本あるマストのうち28メートルのフォアマストが根元から折れ、真ん中にある32メートルのメインマストが上部3分の1ほどから折れた。宮城県は、2011年度補正予算でドック棟の復旧費に3億5800万円、復元船の修復費に2億1200万円を計上し、復旧と修復が行われた。修復にあたり、フォアマスト用の10メートルから15メートルのベイマツ4本およびメインマスト用の14メートルのスギ1本が、カナダブリティッシュコロンビア州の製材会社ウェスタン・フォレスト・プロダクツ社から寄贈された。サン・ファン・バウティスタ号や施設の修復は2013年（平成25年）に完了し、サン・ファン館は同年11月に再オープンした。2016年（平成28年）の調査で、東日本大震災の津波の影響で船体が歪んでいることが判り、主要な部材やマストの腐食が進行しているため寿命は5年ほどとされ、2017年（平成29年）3月から乗船は禁止されている。今後については2020年（令和2年）まで現状を維持し、その後に解体するプランが有力視されている。復興途上である宮城県では新造船の予算を確保するのは難しく、クラウドファンディングなども検討している。また修理しようにも船大工の高齢化で国内での修理は不可能とされる。