医学部には1877年の東京大学（（旧）東京大学）設立と同時に医学科、製薬学科（1887年に薬学科に改称された後、1958年に薬学部として独立）が設置され、1953年に衛生看護学科が設置された。衛生看護学科は看護婦養成を目的としており、入学者を女子に限定していた（衛生看護学科は前期課程とは別枠で入学者を募集していた）が、1965年に保健学科と改称し、健康科学の教育・研究を主体とする学科になった。さらに1992年には、健康科学・看護学科と、2010年には、健康総合科学科と改称された。1962年に前期課程に理科三類がおかれるまでは、医学科は理科二類または理科一類の学生の中から選抜試験を行って学生を受け入れており、上で述べたように衛生看護学科も別枠募集であったため、通常の進学振分けを行う学科は薬学科のみという、東大内では少し変わった学部であった。なお、現在はすべての学科で通常の進学振分けを行っている。大学院に関しては、1953年に新制大学院として生物系研究科医学専門課程が設置されたが、1965年に医学系研究科に改組され、保健学専門課程が新設された。1987年には専門課程が専攻に改称された。医学系研究科には4年制の医学博士課程として、第一基礎医学専攻、第二基礎医学専攻、第三基礎医学専攻、第一臨床医学専攻、第二臨床医学専攻、第三臨床医学専攻、第四臨床医学専攻、社会医学専攻の8専攻が設置されていたが、大学院重点化に伴い、1995年から1997年にかけて現在の9専攻に改組された。また、1992年に国際保健学専攻が設置され（1996年重点化）、1996年には保健学専攻が大学院重点化によって健康科学・看護学専攻に改組された。1999年には医学科・歯学科・獣医学科以外の学部卒業者を対象とする医科学専攻修士課程が設置され、医学博士課程と合わせて6年間の一貫教育を行うようになった（ただし、博士課程への入学試験は存在する）。さらに2007年には、専門職大学院（公衆衛生大学院）として公共健康医学専攻が設置された。
ローマ帝国は3世紀には政治的・軍事的混乱と内乱の時代（3世紀の危機）を経験し、軍人皇帝と呼ばれる皇帝たちの時代を経て、4世紀には複数の皇帝によって分割統治される体制が常態化した。幾たびかの分割の後、395年に史上最後となる帝国の分割が行われた。エジプトは東帝国の管轄となり、東帝国の中枢はボスポラス海峡沿岸のコンスタンティノープル市に置かれた。この東帝国（東ローマ帝国）は一般にビザンツ帝国と呼ばれる。「ローマ帝国」と「ビザンツ帝国」の境界は明確ではないが、本記事では以降、ビザンツ帝国と呼称する（ビザンツ帝国の「開始」にまつわる問題は東ローマ帝国）を参照）。西帝国（西ローマ帝国）がフン族やゲルマン人（ゲルマニア人）諸部族の侵入と戦乱で実態を喪失していく中、ビザンツ帝国は強大な政治勢力として存続した。しかし、首都の教会であるコンスタンティノープル総主教庁の権威が増大する一方で、エジプト教会とコンスタンティノープル教会の対立は深刻化した。アレクサンドリア主教テオフィロス（在任：384年-412年）によって異端とされたエジプト人修道士たちが自分たちの正しさをコンスタンティノープルに訴え出たのを切っ掛けに、最初の本格的な対立が始まった。この最初の論争はアルカディウス帝（在位383年-408年）と皇后アエリア・エウドクシアを巻き込み、最終的にコンスタンティノープル主教ヨハネスの罷免と追放に至った。以降、5世紀前半には権力闘争と一体化した教義論争が繰り広げられた。2度めの激しい対立は428年にコンスタンティノープル主教に就任したネストリウス（ネストリオス、在任：428年-431年）とアレクサンドリア主教キュリロス（在任：412年-444年）の間で発生し、神とキリストの「神性」と「人性」を巡って論争が行われた。これは単なる神学解釈の問題にとどまらず、「ローマ帝国の首都の教会」であるコンスタンティノープル教会と、福音書記者マルコに起源をもつ伝統的教会であるアレクサンドリア教会のどちらが格上であるか、という問題と結びついていた。ネストリウスはコンスタンティノープル主教である自分に対してアレクサンドリア主教「ごとき」が教義について指図していたことに気分を害していた。一方のキュリロスは、何ら使徒たちの伝説と関わらない「成り上がり」の教会であるコンスタンティノープル教会に対し、使徒たちによって設立された伝統あるアレクサンドリア教会が持つ特権を掲げて見せていた。キュリロスはローマ教皇ケレスティヌス1世とも連携してネストリウスを罷免に追い込んだが、もう一つの有力教会であるアンティオキア教会がネストリウス派であったため、自らコンスタンティノープルに乗り込んで政治工作を続け、435年にはネストリウスの見解を支持する人々を異端（ネストリウス派）と宣言させることに成功した。しかしこの結果としてアレクサンドリア教会とアンティオキア教会の間に大きな亀裂が残った。そして単性説の登場によって3度目の対立が燃え上がった。これはキュリロスの影響を強く受けた修道院長エウテュケスが、キリストの神性と人性は受肉によって完全に合一され、ただ一つの本性たる神性のみになったとする教義を説いたもので、それを巡って再び激しい議論と闘争が行われた。この争いは451年のカルケドン公会議において教義の複雑な合成と妥協によって収められたが、一連の議論を通じてコンスタンティノープル教会の特権が確認され、アレクサンドリア教会はローマ・コンスタンティノープルに次ぐ第3の教会に落ちる結果となったため、アレクサンドリア教会にとっては実質的な敗北となった。以降のエジプト教会はエジプト外における影響力を大きく減じていった。しかしエジプト内においてはアレクサンドリア主教がなお大きな力を維持しており、アレクサンドリア主教位を巡って親ビザンツ派（カルケドン派）と反ビザンツ派（反カルケドン派）が激しい対立を続けた。結局、両派の争いは535年頃にそれぞれが別のアレクサンドリア総主教座を設置するという結末を迎え、このうち反ビザンツ派の建てた総主教座が今日も存続しているコプト正教会へと繋がっていく。