火災で死亡した信者達は、火災があった教団本部の近くの土地に埋葬された。この際には、弔いなどは行われず、埋葬も近隣の刑務所の囚人を駆り出して、遺体を斜面の一角に埋めたという。教団本部のあったカヌングの土地は、事件後放棄されておりジャングルへと飲み込まれつつある。当時は10棟程度の建物があったとされるが、2013年時点では朽ち果てた事務所棟が残っているのみである。
火災で死亡した信者以外の大多数の死亡した信者は、検死官によって毒によって死んだことが特定された。初期の報告では、バナナの繊維が彼らの首に残留していたことから、絞殺が示唆されている。当初は1000人以上が死亡したという談話が発表され、それに基づいた報道もなされたが、すべての箇所の調査の後、警察は以前の1000人近い信者が死んだという予測は誇張されたもので、最終的に犠牲者は924人であると結論付けた。尋問と調査が終了した後、警察はカルトの集団自殺という考えを排除し、代わって教団の指導者たちによって指揮された大量殺人であると考えるようになった。彼らは、終末の日の予言の失敗は、教団の指導者達への反乱を引き起こし、教団の指導者たちは反逆者に追従する者たちを抹殺することを計画して、新たな終末の日を予言したと確信している。終末の予言が外れた事を理由に教団に反旗を翻した信者達が、火災の前から次々と姿を消していったという報道もある。複数個所での死体の発見、教会が板張りされていたこと、焼夷弾の存在、そして教団の指導者達全員が失踪したらしいことがこの推論で指摘されている。加えて、目撃者達は信者達が世界の終末への準備を行っていた際に、教団の指導者達は集団自殺について語ったことなど一度も無かったと証言している。ある生存者は、このカルトから離脱した後、釘とハンマーを携えた信心深い信者達と道で出会った事を思い出している。この信者は、信者たちが逃げられないように釘で窓を封鎖したと信じていた。ウガンダ政府は非難に応じた。大統領のヨウェリ・ムセベニは、この出来事を『金銭に目の眩んだ教団の司祭達による大量殺人』であると述べた。副大統領のスペシオーザ・カジブウェは次の様に述べている。これは、敬虔な信者として偽装された、悪魔の如き悪意のある犯罪者達のネットワークによって引き起こされた、冷酷で非常に組織化された大量殺人である当初は5人の指導者達は火事によって死亡したと推定されていたが、現在警察は、ジョセフ・キブウェテーレとクレドニア・ムウェリンデは恐らく生存していると信じており、この2名は国際手配がなされている。2014年、ウガンダの政府警察は、キブウェテーレがマラウイに潜伏しているという情報を公開した。
2011年は地方公演から始まったが、3月11日、東日本大震災が発生した。マッスルミュージカルの一行は12日の鳴門市公演に備えて徳島県に入っており、現地における震災の影響は殆どなかったことから舞台は予定通り上演されたが、以降の地方公演のスケジュールはキャンセルとなった。大震災の影響によりイベントやコンサート、演劇の公演自粛・中止・延期が次々と発表されていた3月25日、マッスルミュージカルは渋谷で新作「SONGOKUH」を上演することを発表した。韓国のアイドルグループ3組との共演作品で、コンサート「K-POPライブ」も並行して開かれる予定であった。4月27日の初日から7月3日までの47公演が予定され、前売りチケットの販売もはじまった。初日まで2週間を切った4月14日、震災による放射能拡散の影響を懸念した韓国側およびそのファンに配慮したという理由で公演の延期が発表され、4月29日から10周年記念「GW特別公演」（9公演）を上演することが併せて発表された。GW特別公演の最中である5月2日、延期されていた「SONGOKUH」および「K-POPライブ」の上演決定が発表された（5月25日から7月3日まで。韓国アイドルグループの出演は2組に変更）。4月に延期された公演のチケット払い戻しはまだ完了していなかったが、5月9日には新たなチケットの販売がはじまった。ところが初日5日前の5月20日、渋谷マッスルシアターに防災上の問題点が指摘され、使用を禁止されたことで公演の中止が発表された。その後、経緯の説明も改修工事を行なったという発表もなく放置され、そのまま閉鎖となった。前述のトラブルや大震災の影響により、運営会社のデジタルナインおよびモンスター・ナインの経営が窮地に追い込まれる中、6月4日と5日に「SONGOKUH」の縮小バージョンと思われる「GOKUH」（2公演）が世田谷区民会館で上演された。いっぽう2009年7月31日に初日を開けたラスベガス公演は、2年間で通算604公演を上演して2011年7月13日に千秋楽を迎えた。マッスルミュージカルは「GOKUH」公演以降しばらく中断するが、2011年12月14日に崇城大学市民ホールで、“九州学院創立100周年記念”として上演されるJAPANツアーの前売りチケットが、マッスルミュージカル側からの事前発表がないにもかかわらず、9月3日に販売が開始された。そして2011年11月11日、資金繰りが悪化していたことなどを理由に、運営会社のデジタルナインおよびモンスター・ナインは、東京地方裁判所に自己破産を申し立て、破産手続きを開始した。負債は2社あわせて35億6600万円。予定されていた熊本公演は関係者の尽力によって無事に上演され、これをもってマッスルミュージカルは完全終了となった。なお、閉鎖後のマッスルシアターは、女性向けアパレルブランドとパズルゲーム雑誌出版の会社である「アイア」が購入し2012年9月に「アイアシアタートーキョー」としてリニューアルオープンしている。