ブローン・レイミアは亡き大物政治家の娘で、好き好んで私立探偵をしていた。父はマイナ・グラッドストーンの盟友であり、ハイペリオンの連邦への加入を進めようとしていた。 ある日、レイミアの元へ奇妙な依頼人がやってきた。自分は殺されたが、それを調べてほしいという。その男はAIが使う人格で、作られた人間（サイブリッド）ではあり、AIとつながっている。レイミアは依頼人を尾行して行動パターンをつかむと、殺されたらしき日の足取りをつかむ事に成功し、その関連する人物を見つけた。そしてレイミアは依頼人の護衛をすることにした。やがてレイミアと依頼人は愛し合うようになる。 しかしやがて依頼人が襲われると、レイミアは守りきれず依頼人はデーターをレイミアに残して死んだ。
7人の巡礼の他に同行している赤子はソル・ワイントラウブの娘のレイチェルであった。レイチェルは56年前に生まれ、成長して父と同じように学者となった。そして28歳の時にハイペリオンの調査に参加した。しかしレイチェルはそこでシュライクの手によって時間逆行を起こされ、寝るごとに1日ずつ若返っていくのであった。毎朝自分が置かれた状況を自分が吹き込んだ録音によって知らされる生活となり、また時間が経つにつれ恋人と出会う前まで若返ると、別れるしかなかった。 ソルと妻はレイチェルを引き取り、日に日に若返っていく娘との生活をはじめた。ソルは脳にシュライクから娘を連れてハイペリオンへやってきて、娘を供えよというメッセージを受けた。しかしソルは娘を犠牲にするつもりなどなかった。 だがある時、妻も同じ啓示を受けていることを知り、あらゆる手をつくしても駄目であったのだから、ハイペリオンへ行くべきと言われる。ほどなくして妻を亡くしたソルはハイペリオンにレイチェルを連れて行くことを決めたが、すでにハイペリオンへの道程は一部の巡礼を除いて封鎖されていた。ソルはシュライク教団へ巡礼へ加えさせてほしいと訴えるが、拒絶された。それでもあきらめずにソルは訴え続ける。レイチェルが誕生する日、つまり消滅する日までもう時間がなかった。
マーティン・サイリーナスはオールド・アース（地球）で育った上流社会の子であった。地球がまさに失われようとする時に母親によって外宇宙へ送り出された。しかしその間に財産を失い、下層の暮らしではいずりまわざるを得なかった。また、かつて受けた文学的な教育は長期間の航行によって失われてしまっていた。 しかしその間にもサイリーナスの詩想はふくらみ、やがて言葉が戻ってくるとベストセラー小説を書きあげた。しかしそれは世相のタイミングによるものもあり、サイリーナスの考える傑作は確かに編集者やAIも認めるものの、売れなかった。出版社はそこそこ売れる続編を書き続けることを強制し、贅沢で低俗な生活により詩想が失われたと考えたサイリーナスはその生活を捨てビリー悲嘆王の元へ身を寄せる。 ビリー悲嘆王はハイペリオンを開発し、豪勢に暮らすが、やがてシュライクの脅威がおこるとその生活も終わる。しかしサイリーナスはシュライクを作り出したのは自分の詩想だと考え、シュライクと向き合うべくハイペリオンへ留まるのであった。
フィドマーン・カッサードは仮想訓練の度に謎の美女と遭遇し、性交を行うようになった。カッサードは彼女に惹かれていくが、しかし仮想世界でのみしか会うことはできなかった。 やがてカッサードは任官されるとアウスター相手の戦いで英雄的な活躍をみせた。だがその負傷により病院船に乗せられているときにハイペリオンの近くでアウスターの襲撃を受ける。その最中に謎の美女と再会し、攻撃を受けた。カッサードは以後その女を捜している。
ルナール・ホイトはかつてハイペリオンまで同行したポール・デュレについて語る。デュレはハイペリオンへ左遷され、ビクラ族を観察することにした。ビクラ族は奇妙な一族であり、やがてデュレは成り行きからビクラ族に取り込まれて奇妙な十字架を埋め込まれてしまう。この十字架は宿主を蘇生させるもので、ビクラ族はそのようにして生き続けていた。十字架は痛みを与えることにより、その居留地より離れることを許さない。しかしデュレは脱走を試み、失敗はしたもののそのくびきからは逃れ死ぬことができた。 デュレが連絡を絶ったことを知り、教会はホイトをハイペリオンへ派遣する。ホイトはデュレの死体を発見しその記録も入手するが、代償として十字架を自らの分とホイトの分を2個とも埋め込まれてしまい、そのまま居留地を脱したため、以後は激痛の中で人生を送っている。
創建の年代はよくわかっていない。もともとは天台宗真福寺の別院であったが、住職の清山が蓮如に帰依したことから、文明2年（1470年）に浄土真宗本願寺派に改宗した。200数十年前に建てられた本堂には本尊の阿弥陀如来像が安置されている。「淇篆庵（きろくあん）」は、明暦元年（1655年）に山田宗偏によって建てられた二帖茶室で、当初は吉田城の城下町にあった。当時の藩主小笠原忠知が掛川藩に移封になると、茶室は宗偏の次男・山田久作により、掛川城の城下にある円満寺（静岡県掛川市）に移された。そして享保20年（1735年）5月10日、久作の子・山田茂右衛門が、宗偏伝来の茶器とともに円満寺住職の実兄である明願寺住職・淇篆庵撲民（きろくあんぼくみん）に寄進し、現在地に移築された。茶室は、切妻造の平家建、桟瓦葺で、こけら葺の庇を付ける。その後、宗偏の江戸門流（江戸千家）5代目の龍溪が天保年間（1830年～43年）に四畳半の茶室「弟也斎」を増築した。淇篆庵は県の文化財に、弟也斎は市の文化財にそれぞれ指定されている。茶室は非公開。ただし毎年4月の日曜日に開かれるお茶会で一般公開される。