『なかよし』2007年6月号の新連載の予告にはパンダのキャラクターがいたが、作中に登場しないまま連載が終了した。単行本の表紙に描かれている登場人物の人数は、巻数が進むにつれて1人ずつ増えている。これにより、最初はひとりぼっちだったひかげの周りに少しずつ、それでも確実に新しい仲間が集まっていることを表しているものと考えられる。（1巻＝ひかげ1人だけ。　2巻＝日向が加わって2人に。　3巻＝輝が加わって3人に。　4巻＝ありさが加わって4人に。　5巻＝最終的に彩も加わって5人に。）
クラスメイトに名前を覚えてもらえないくらい目立たない中学2年生・隅乃ひかげは、ある日学校のアイドルのひとり・武藤日向に告白される。ひかげは、「ひまわり」というハンドルネームでブログをやっており、いつも返事をくれる2人からアドバイスをもらい、彼のそばにいられるような人になろうとする。
宇宙海賊によるメトロイド強奪事件を重く見た銀河連邦は、再び調査船をSR388へ向かわせた。前回の調査で発見されていないメトロイドが存在しているかも知れないからだ。そして数日後、緊急連絡が入った。なんとSR388の地底を調べに向かった調査隊が失踪したというのだ。さらに救助に向かった部隊までもが……。銀河連邦はただちに連邦警察の武装兵士から成る特殊部隊をSR388へ派遣し、地底に送り込んだ。しかし彼らもまた、わずかな資料を送ってきただけで消息を絶ってしまった。銀河連邦は数少ない調査データを調べて行くうちに、ついにメトロイドの存在を確認した。メトロイドはSR388の地下深くに潜んで、活動を続けているというのである。この噂は瞬く間に広がり、再びメトロイドの恐怖が銀河全体をつつみ込んだ。銀河連邦は緊急最高会議を開き、結論を急いだ。出席した全員の考えはひとつ……。それは、サムス・アランによるメトロイド根絶指令だった。やがてサムスは銀河連邦からの指令を受け、惑星SR388へと向かった。サムスとメトロイドの対決が、再び始まろうとしている。 銀河がメトロイドの恐怖からのがれるために……。
このゲームの目的は、惑星SR388に巣食う生命体「メトロイド」と、その根源である「クイーンメトロイド」の殲滅である。特定のエリアを探索し潜んでいるメトロイドを殲滅する事で、地下迷宮を満たす有毒液の水位が下がり次のエリアへの道が開ける、というのが基本的なシステムになっている。シリーズ内での一般的なメトロイドはクラゲのような姿をしているが、今作におけるメトロイドは惑星の下層に進むにつれて徐々に成長・変態し、より強力な敵となる。本作から主人公のアクションの幅が広がり、新たにしゃがむ動作やジャンプ中に銃口を下に向けての攻撃もできるようになった。一方で、画面の視認範囲が狭くマップ表示機能も無いため、難易度が高くなっている。本作は主人公のサムス・アランとメトロイドとの関係性を表す重要なエピソードを含んでおり、後続のシリーズ作品の物語に大きな影響を与えている。スーパーゲームボーイ発売前に登場したソフトだが、疑似的には対応しており固有の4色が配色される（サムスには基礎カラーである赤と黄色など）。2000年3月1日にはゲームボーイ（ニンテンドーパワー）用の書き換えソフトとして、2011年9月28日にはニンテンドー3DS用バーチャルコンソールのソフトとして本作が移植された。また、2017年9月15日には本作をリメイクしたニンテンドー3DS用ソフト『メトロイド サムスリターンズ』（以降「SR」）が発売された。
日本テレビの番組『オシャレ30・30』に出演し、当時の司会者・古舘伊知郎に、中学生時代にギャンブルで多額の借金をしたことがあると告白した。その借金の穴埋めをするために実家の貴重品等を持ち出したことがあるとのことである。
アイルトン・セナとは、セナが当時所属していたロータスにホンダエンジンを供給することが決まった1986年頃からの付き合いで、桜井がホンダを退社した後も、セナが精神的に頼りとする数少ない友人の一人であったと言われている。その関係から『わが友アイルトン・セナ』（祥伝社）、『覇者は何処へ 若き英雄アイルトン・セナ』（角川書店）など、著書にはセナに関するものが多い。
目の前に迫ってくる物に対してこのマントを振りかざすと、闘牛士のマントの如く、どんな標的でも回避したり跳ね返すことができる。跳ね返せるのは物体等の物理攻撃だけではなく、衝撃波や光線などの不定形なもの、更には魔法にも効果がある。電磁波の反発を利用した道具であるという。静止している物体でも、こちらからマントを振りかざせば向きを変えたり吹き飛ばすことが出来る。『ドラえもん 新・のび太の宇宙開拓史』では、宇宙空間でドラえもんが迫ってくる宇宙船をひらりマントで吹き飛ばしたことから、質量や大きさ、物理法則も関係なく跳ね返せることが分かる。更に跳ね返す対象にマントを当てる必要はなく、こちらに迫っている途中でマントを振りかざしても効果を発揮する（アニメ第2作第2期『ぼく、桃太郎のなんなのさ2008』『ドラえもん　新・のび太の宇宙開拓史』）。タケコプターと併合してマントを首にかけると弾幕を自動回避しながら敵の懐に突撃することも可能（『ドラえもん のび太の宇宙開拓史』より）。劇場版作品の戦闘シーンではしばしばバリアーや盾のように使われ、防御・回避系ひみつ道具の中で石ころぼうし、透明マントに次ぐトップクラスの性能を誇る。『ドラえもん のび太の海底鬼岩城』の映画版、及び『ドラえもん のび太の南極カチコチ大冒険』のみ、使い過ぎると使用不能になるという描写がある。一部の映画作品では、使用時に「ヒラリマント」と声を上げないと効果を発揮しないかのように描かれている（『ドラえもん のび太の海底鬼岩城』『ドラえもん のび太と翼の勇者たち』）。『ドラえもん のび太の海底鬼岩城』と『ドラえもん のび太の魔界大冒険』では表が赤で裏が黒（表裏の区別はない）だったが、それ以外の映画作品では両方赤になっている。テレビアニメ第2作第2期では、表が赤で裏が青になっている。