JR西日本在籍の車両は落成から20年以上が経過しているため、2011年度より体質改善工事の施工が開始されており、今後2年間かけて順次工事が進められる予定である。0番台についてはC2編成（クハ205-36以下の7両編成）、1000番台についてはHH401編成を皮切りに施工され、全車両への施行が完了している。なお、サハ205形については直後に予定されていた阪和線再転属の際に余剰車となる見通しであったことから、後述のとおり工事を省略している箇所が多い。外観については、前面排障器（スカート）の取り換え、前面および側面行先表示器を字幕式からLED式に交換（一部のサハ205形を除く）、合わせて運行番号表示器が撤去されている。車外客用ドア下部のクツズリ部には黄色着色を実施、屋根上では通風器（ベンチレーター）が撤去されている（サハ205形を除く）。また、車外スピーカーが新設されている（1000番台は新製時より設置済み）。車内は化粧板および床敷物の取り替えによる内装更新（サハ205形を除く）および同時にバリアフリー化が実施されている。座席横の袖仕切り板は上部に仕切り板を新設（一部のサハ205形を除く）、座席端やドア横などの手すりは黄色着色による視認性向上が図られている。客用ドア下部では滑り止め加工の変更および客用ドアの戸袋側への黄色マーキングによる安全性向上を実施した。客用ドア上部には千鳥配置でLED式車内案内表示器を新設、合わせてドアチャイムを追加、客用ドアガラスをUVカットの複層ガラス化。  つり革は大型化と黄色化、また増設が実施されている。このほか、各先頭車に車椅子スペースを新設、連結面貫通扉の取り換え（サハ205形を除く）、側窓カーテンの交換などが実施されている。乗務員室内は特に大きな変更はないが、案内放送用マイクを各側面別2個に増設、車内案内表示器の設定器の新設が行われている。
900番台の試験結果を基にした量産車。山手線11両編成化用として51両が製造され、1991年（平成3年）12月1日から9日にかけて同線の全53編成中51編成に連結された。試作車は昼間に2か所の扉を閉切り4扉車として使用できる選択開閉機能と案内用表示器が扉横に装備されていたが、量産車では終日6扉で運用されることになり省略された。また、11両編成化に伴い補助電源装置は従来のMG2台では電源容量が不足することから、自車用の冷房電源装置として30kW容量を持つDC-DCコンバータが床下に搭載される（900番台は後に搭載）。車内のモニター画面は見やすいよう9インチの液晶ディスプレイを採用した。荷物棚は乗客へのアンケートから高すぎるとの意見があり、1,900 mm に下げた。なお、省令による基準によりこれ以上高さを下げることはできない。そのほかの設備は900番台と共通である。2005年までに50両が川越車両センター、1両が鎌倉車両センターにそれぞれ転出。2008年6月現在、川越車両センター所属車は埼京線用ハエ1 - 25・31編成計26本に組成され、連結位置は特に混雑の激しい同線で最も混雑する駅の階段付近に停車する2・3号車とされた。ただし、同線には本形式を連結しない編成（2008年当時はハエ26 - 30・32編成）も在籍しているため、6扉車を連結している編成は扉上部と先頭車の前面に「6DOORS」のステッカーを貼付して区別していた。なお、川越車両センターに所属していた50両についてはE233系7000番台への置き換えに伴い、2013年7月から2014年2月にかけて廃車となった。鎌倉車両センター転属車は横浜線用H27編成の2号車に連結されて運用されていた。
プリーストリーへの再反論として、ビーティー、オズワルドの通俗受けした常識哲学から、リード本来の「精神の解剖学」としての「コモン・センス」哲学への回帰の道を示したのが、リードの「正当な後継者」と言われるエディンバラ大学の道徳哲学教授であったデュガルド・ステュアートである。ステュアートはエディンバラ王立協会のリード追悼講演(1802)において、「常識の原理」という言葉がリードの思想を曲解させてきたと指摘し、「常識（コモン・センス）」という語の代わりに「信念の基本法則」という名称を用いることを提案した。彼は「常識」、すなわち「信念の基本法則」を「それがなければこの世の全ての業務がただちに停止することになる、あの人間本性の基本構造」として再定義し、ここから常識哲学は新たな発展を遂げることとなる。ステュアートは認識論を常識哲学の第一部門として『人間精神哲学の諸要素』（1792）を刊行し、倫理学を第二部門として『人間能動的・道徳的能力の哲学』（1828）を刊行した。残る第三部門（経済学）についての著作は計画されていたものの実現せず、ハミルトンの編集による『講義録』（1855）が残されるのみであった。ステュアートは政治経済学を道徳哲学から切り離し、初めて「新しい学問」として独立した講義を行ったことでも知られている。エディンバラにおけるステュアートの活動は、多くの弟子を生み出した。また、当時のエディンバラの知的環境の中でも最も注目すべきは、評論誌『エディンバラ・レビュー』(1802-1929)の刊行であった。ステュアートの弟子達の論文がその誌面に載ることも多く、そしてその中でも最も常識学派の流れを継承し、大陸の観念論哲学とも、イングランドの経験論哲学とも異なる「スコットランド常識学派」という流れを受け継いだのはトマス・ブラウンとウィリアム・ハミルトン卿である。『エディンバラ・レビュー』の初期の論客としてイマヌエル・カントやエラズマス・ダーウィンに対する批判を執筆していたことで知られるトマス・ブラウンは、ステュアートの直接の後任として道徳哲学の教授となった。彼はその著作『人間精神の哲学の講義』(1820)において、ハートリー由来の観念連合心理学をリードの常識哲学に導入し、リードの思想において峻別されていた「感覚」と「知覚」との関係を論じた。ブラウンは若くして亡くなったものの、観念連合心理学の発展に多く貢献したと言われている。J.S.ミルからの苛烈な批判でも知られるウィリアム・ハミルトン卿は、ステュアートからリードの常識哲学を受け継いだとともに、ブラウンとは逆にカントの批判哲学を積極的に受容するように努めた。ハミルトンは『エディンバラ・レビュー』に掲載されたクーザンの認識論を批判する論文「無制約者の哲学」(1829)において、我々は「制約されたもの」しか認識できないとする相対的認識論を展開した。すなわち、彼によれば「考えることとは条件付けること(To think is to condition)」であり、すべての対象は他との関係を認識することによって知ることが出来る。それ故に、条件づけられない「無限」や「永遠」を認識することは出来ないのである。この論文をきっかけとしてハミルトンはエディンバラ大学に論理学・形而上学の教授としての職を得ることに成功した。ハミルトンは論理学を初めとして多くの業績を残し、彼の著作はスコットランドのみならずイングランド国内でも広く受け入れられ、さらにはフランス・スピリチュアリスムにも広く影響を与えた。ハミルトンはまた、リードの著作やステュアートの遺稿を編纂し、『トマス・リード著作集』全2巻や、『デュガルド・スチュアート全集』全11巻を刊行した。