廃藩置県で飫肥県となるがすぐに都城県が発足。1873年に宮崎県（初代）が設置され、1876年に鹿児島県に併合されるが、加納村出身の川越進などの尽力により1883年5月に宮崎県は再置された。1889年に町村制施行により加納村・船引村（かつては舟引村と記されていた。また、庵屋村と言う村があったが、元禄11年から享保2年の間に舟引村一村になったようである。)が北清武村、今泉・木原が南清武村として発足した。更に2年後の1891年7月4日に北清武村・南清武村が対等合併し清武村が発足した。清武町域はこの時点でほぼ確定することとなる。1895年に清武小学校・大久保小学校・黒坂小学校（1957年に閉校）をそれぞれ設置。1907年8月には清武川上流に日向水力電気の黒北発電所が完成し、宮崎県で初めての電気供給事業が開業した。このときは宮崎町（現在の宮崎市街地）向けに送電しており、清武村（新町）へは1914年9月に送電を開始している。現在の日豊本線は宮崎 - 清武間が1915年に、清武-青井岳間が1916年に開通した。当時村内に設置されたのは清武駅のみであり、日向沓掛駅は1965年10月1日に、加納駅は1989年に開設されている。太平洋戦争では1945年4月26日に加納地区が空襲の被害を受け、16名の犠牲者を出した。
清武城は一国一城令により廃城となるが、その後も清武郷として飫肥藩の重要拠点になった。清武郷は町域のうち船引以外の3村（加納・木原・今泉）に加えて、現在の宮崎市南部にあたる9村（大淀川南岸から青島地区、旧田野町にかけての地域）を含んでいたが、船引村については延岡藩と天領とを交替した。加納村の中野地区に地頭所がおかれ、飫肥城から清武までは飫肥街道（現在の県道27号宮崎北郷線などにあたる）で結ばれていた。清武郷の表高は2万石あまりであり、人口は明治2年に17,043人となっている。
清武町域を含む一帯は国富庄（くどみのしょう）に属していた。清武は南北朝時代から認められる地名であり、貞治年間の清武城合戦における土豪の大脇氏の戦功に関する文書が伝わっている。室町時代になると伊東氏、とくに伊東祐堯の支配下におかれ、その衰退後は島津氏の領地となった。伊東氏は一旦は没落したものの、豊臣秀吉の家臣となり、九州征伐の折りの功によって再びこの地を取り戻し、以後江戸時代を通じて伊東氏飫肥藩の支配下となる。
縄文時代草創期（1万2000年前）の上猪ノ原（かみいのはる）遺跡から、この時期のものとしては国内最大級の集落と推定される竪穴建物跡群が発見されている。また西海道の救弐駅（くにのえき）を清武町今泉の沓掛地区に比定する意見（藤岡謙二郎）がある。
NBAスリーポイント・シュートアウトで優勝したことが示すとおり、精確なシュート・フォームから放たれる3ポイントシュートが最大の武器である。ビック・ショットを沈めチームを敗北から救う事から、クックは自らを「保釈保証人」と称している。
電車の盛況を見た温泉村からは、1900年5月23日付けで「路線を当村まで延長して欲しい」との要請があった。この当時、既に箱根遊覧鉄道から湯本と気賀を結ぶ鉄道路線の免許が存在したため、まず小田原電気鉄道では湯本と宮城野を結ぶ路線延長を出願した。同年9月8日付の『横浜貿易新報』において「箱根遊覧鉄道は解散した上で、小田原電気鉄道が創立費用を負担することにまとまった」と報じられている が、この延長計画は同年9月17日の臨時株主総会で否決されてしまった。1907年、スイスにおける登山鉄道の実況を視察した者から「スイスを範として、箱根に登山鉄道を建設すべき」という手紙が小田原電気鉄道に対して送られてきたことがきっかけで、再び登山電車の建設計画が具体化した。実業家の益田孝や井上馨などが資本家階級の社交クラブ「交詢社」において、日本の発展策の一案として「海外からの観光客を誘致するために箱根山に登山鉄道を延長する」という内容で話し合い、この事業を小田原電気鉄道に勧告した。これを受けて、1910年1月の臨時株主総会において、湯本から強羅へ路線を延長すること、そのために資本金を220万円に増額することを決定した。同年4月には路線延長を総理大臣・内務大臣に出願し、さらに翌月には強羅から仙石原を経て、東海道本線（当時）の佐野駅（当時）への延伸計画を追加した。この当時、小田原電気鉄道のほかには駿豆電気鉄道など4社が箱根に登山電車を走らせる計画を出願しており、競願となっていた。しかし、小田原電気鉄道は益田や井上などの後援がある上、益田の義兄弟の山縣有朋が長州藩出身で、当時神奈川県知事の周布公平も長州藩出身であった。しかも、出願されていた路線はいずれも小田原電気鉄道の延長という形態であった。結局、1911年3月1日に小田原電気鉄道に登山鉄道建設の免許が交付されることになった。1912年には下強羅と上強羅を結ぶ鋼索鉄道（ケーブルカー）の敷設免許を申請し、同年中に免許が下りている。また、1913年2月22日には、山王松原（2012年時点での小田原市山王）と松田を結ぶ鉄道の敷設を申請しているが、許可には至っていない。