岐阜大学教授の石黒直隆によりニホンオオカミの骨からDNAが取りだされて調査された結果、大陸のオオカミとも犬とも遺伝的に異なる系統であること、本州、四国、九州の各地域で捕獲されたサンプル間の遺伝的差異は小さく、遺伝的に均一性の高い集団であることが確かめられ、この論文は、2009年度の日本動物学会誌11月号に発表された。石黒教授は朝日新聞のインタビューに、「ニホンオオカミは限られた遺伝子集団であり、日本列島で孤立化した種」、「ニホンオオカミの起源となったオオカミもすでに絶滅しているのかもしれないが、探し出したい」旨のコメントを残している。同論文中に示された遺伝子系統樹ではニホンオオカミ集団は単系統のクラスターを形成しているが、系統樹全体で見ればイヌ（Canis lupus familiaris）を含むハイイロオオカミ（Canis lupus）の種内に包摂されているため、大陸のハイイロオオカミ系統とは亜種レベルの差異であることが示唆されており、遺伝系統の考察においても慎重ながらニホンオオカミは大陸のオオカミの一系統に由来すると推測されている。その後石黒は2012年の日本獣医師会雑誌 第65巻第3号に掲載された論文の中で、「ニホンオオカミもユーラシア大陸由来のタイリクオオカミから派生した地方集団と考えて、島に閉じ込められて体型が小型化した島嶼化集団と推測するとわかりやすい」、「今後、朝鮮半島や台湾などユーラシア大陸の島嶼部で、ニホンオオカミと同じ系統を示すタイリクオオカミの依存種〔ママ〕がいないか調査してみたいものである」と述べており、2009年時点よりも明確に別亜種説を採っている。
ニホンオオカミを記載したコンラート・ヤコブ・テミンクによると、ニホンオオカミはハイイロオオカミと別種であるという見解である。また、ニホンオオカミの頭骨を研究していた今泉吉典も頭骨に6ヵ所の相違点があり、独立種と分類すべきとしている。このように大陸産のハイイロオオカミの亜種ではなく、Canis hodophilax として独立種であるとすることもある。
ニホンオオカミが大陸のハイイロオオカミと分岐したのは日本列島が大陸と別れた約17万年前とされているが、一般に種が分岐するには数百万年という期間を要し、また生態学的、地理的特徴においても種として分岐するほどの差異が見られないことから、同種の別亜種であるとする説。
ニホンオオカミは、同じく絶滅種である北海道に生育していたエゾオオカミとは、別亜種であるとして区別される。エゾオオカミは大陸のハイイロオオカミの別亜種とされているが、ニホンオオカミをハイイロオオカミの亜種とするか別種にするかは意見が分かれており、別亜種説が多数派であるものの定説にはなっていない。
脊椎動物亜門哺乳類綱ネコ目（食肉目）イヌ科イヌ属に属する。絶滅種。体長95 - 114センチメートル、尾長約30センチメートル、肩高約55センチメートル、体重推定15キログラムが定説となっている（剥製より）。他の地域のオオカミよりも小さく中型日本犬ほどだが、中型日本犬より脚は長く脚力も強かったと言われている。尾は背側に湾曲し、先が丸まっている。吻は短く、日本犬のような段はない。耳が短いのも特徴の一つ。周囲の環境に溶け込みやすいよう、夏と冬で毛色が変化した。
1918年初め、連合国の使節団に同行し、ムルマンスクとアルハンゲリスクを訪問。2月には、ボイル大佐の連合国使節団に同行してオデッサを訪れ、エージェント網の赤軍コミッサールへの浸透の組織に従事した（この時、ヤーコフ・ブリュムキン（Yakov Blumkin）と接触した徴候が存在する）。3月初め、ペトログラードの海軍武官クロミ大尉の元に派遣され、後に大使ブルース・ロックハート（R. H. Bruce Lockhart）に従った。この時、最高軍事会議の長であるミハイル・ボンチ＝ブルエヴィッチの徴募に失敗した。その後、ソビエト政府に従いモスクワに移り、引き続き諜報業務を行った。突然クレムリンに押しかけロイド・ジョージの特使だと名乗り、レーニンとの面会を要求したため、レフ・カラハンから抗議されるという騒動を起こした。この際はロックハートの機転により、事なきを得たが14歳も年下のロックハートから叱責された。5月、白軍支配下のドン、カレジナを旅行した。セルビア人将校に偽装して、赤軍支配下のロシアを縦断してムルマンスクに至り、アレクサンドル・ケレンスキーをイギリス海軍の駆逐艦に乗船させた。その後、モスクワとペトログラードで、ボリシェヴィキに対する作戦を組織した。モスクワではミスター・コンスタンチンというギリシャ人実業家に成りすまし、ペトログラードではコンスタンチン・マルコビッチ・マシーノというレヴァント商人になりすました。6月、反革命組織の民族センターと戦術センターに活動資金500万ルーブルを手渡し、7月6日の左派エスエルのモスクワでの反乱を調整した。また、クレムリンの警備に就くラトゥイシュ（ラトビア人）銃兵隊指揮官エドゥアルド・ベルジンと密接な関係を築いて、彼に70万ルーブル（ソ連側の情報によれば、120万ルーブル）を手渡し、白軍兵士の合図と住所を伝えたが、この金と情報は直ちにヤーコフ・スヴェルドロフとフェリックス・ジェルジンスキーに手渡され、白軍兵士は銃殺され、金は銃兵隊のクラブ建設と宣伝ビラの印刷に回された。モスクワにおいて、ライリーは、ソビエトの職員（中央執行委員会の秘書オリガ・ストリジェフスカヤを含む）を簡単かつ自由に徴募して必要な文書を獲得し、シドネイ・レリンスキー名義のチェーカーの身分証明書を入手してクレムリン内への自由なアクセスを有していた。その外、コンスタンチノフ、トルコ国籍の交渉人マッシノ、骨董品商ゲオルギー・ベルグマンの偽名を使用した。結果的に、ライリーの工作の大部分は失敗に終わった。ボリショイ劇場で行われるソビエト大会でウラジーミル・レーニン暗殺（レーニン暗殺未遂事件）を計画したが、実行直前に1918年8月30日の社会革命党員のファーニャ・カプランが起こしたレーニン暗殺未遂事件によって、大会が中止になったため失敗した。ロックハートの依頼によるペトログラード守備隊の反乱の組織も失敗に終わった。エスエルのヤーコフ・ブリュムキンによるドイツ大使ヴィルヘルム・フォン・ミルバッハ(de:Wilhelm von Mirbach-Harff)の暗殺は成功したが、チェキストは、これら一連の事件を「大使の陰謀」（ロシア語: заговор послов）と称した。暗殺未遂によって赤色テロが激化したため、ライリーは帰国。1918年11月、ライリーは欠席裁判で死刑を言い渡された。