『Seraphic Blue』のストーリーは全5章立てで、エピソードという単位で、さらに細かい区分けがなされている。長尺のストーリー、複雑な世界設定のため、ストーリーの理解に当たって混乱を招きやすいが、キャラクターのプロフィール、エピソードごとの粗筋、用語解説などが、話の進行に応じてメニューの「Dictionary」に掲載されるようになっている。序盤では、世界について、個々の登場人物について、ストーリーの中で与えられる情報が限定され、謎が謎のまま物語が進んでいく。序盤は大体、主人公のレイクの視点より物語が綴られるが、時折主人公の視点から離れた場面を描いたシークエンスがはさまれる。オープニングに始まるこれらのシークエンスは、キャラクターの背後関係をプレイヤーにそれとなく示し、先の展開への伏線として機能する。中盤以降は、もう一人の主人公ヴェーネの過去が同様の手法でフラッシュバックされ、やはり物語終盤まで謎が残るヴェーネの過去に対する伏線となる。
『Seraphic Blue』のストーリーは、作者がその性質を群像劇という言葉で表したように、多くの人物がストーリーに関わりを持つ。ここでは『Seraphic Blue』のメイン・キャラクターをそれぞれ解説する。
装備の種類は武器・スフィア・フレームの三種。武器は攻撃面の増強、スフィアはアビリティの習得や各種能力値及び耐性の増強、フレームは防御面の増強とスフィアを装備するための媒体としての役割をもつ。組み合わせによって、スフィア重視、攻撃重視などの幅広い戦略を得る事が可能となっている。"EX マテリアル"を利用することにより、ユーズアイテムの強化を行える。アイテムを4つ合成すると、味方全員を回復できるAアイテム、アイテムを2つ合成すると回復効果量が2倍になるDアイテムができる。
『Seraphic Blue』には総勢12人のプレイヤーキャラクターが存在し、一度に戦線に出られるのは4人まで、パーティーの最大人数は8人になる。バトルに参加するメンバーはメニュー画面の「Organize」より決定する。プレイヤーキャラクターにはそれぞれ特性があり、攻撃力が高かったり、強い回復魔法が使えたりする。キャラクターごとに属性攻撃、不利状態への向き不向きがあり、例えばレイクは装備の影響を受けていない状態では闇属性に強く光属性に弱い。また、アビリティはキャラクターごとに固有のものと、スフィアを装備する事で覚えるもの（魔法）があり、後者の方法では、複数のキャラクターが同じアビリティを覚えられるが、高レベルのアビリティスフィアを装備できるキャラクターは限定される傾向にある。
戦闘の大まかな流れは以上のようになるが、そのほかにも付属的な要素が存在する。ステータス変化はその代表的なもので、不利状態は10種類、有利状態は4種類になる。ステータス異常はHP減少（毒）や行動停止（麻痺）などベーシックなものが多いが、上位の不利状態に当たる病気（毒の強化版）、メランコリー（能力値低下）にかかると、有利状態が解除され、さらに有利状態に移行する事もできなくなる、という特徴がある。なお、全てのステータス異常は戦闘が終われば自動的に回復する。フィールドエレメント（FE）はこのゲームの特徴的なシステムで、属性攻撃を使った時、戦闘フィールドがその属性を帯びるというもの。FEの状態は戦闘画面右下に表示される。『Seraphic Blue』における属性は8種類設定されているが、そのうち火と水、風と土、光と闇はFEとして相反する方向性を示す。すなわち場が水属性を帯びている時に火属性のアビリティを使えば、両者は打ち消しあい、火⇔水の関係における場の属性がニュートラルな状態になる。FEが意味を持つのは高位のアビリティを使うときで、対応するFEを消費することで初めて使えるようになるアビリティが存在する。『Seraphic Blue Director's Cut』では、戦闘を行う場所によって特別な攻撃が加わるというシステム、アウターハザードや、飛行中の戦闘の際に、乗っている飛行機の耐久力が加味される、空中戦が追加されている。
シュートが出て行ったときに議会と論争になっていたことの1つには、総督の特権であるはずの民兵士官の任命に関することがあった。議会は東部地区すなわちメイン地区の民兵隊指揮官シャドラッチ・ウォルトン大佐の免官を要求した。ダマーはこの問題について議会との議論を続けたが、最終的に折れて、ウォルトンをトマス・ウェストブルックと交代させた。ウェストブルックは1723年2月に、ノリッジウォックに対する2回目の襲撃を率いたが、冬季であり、村は放棄されていた。フロンティア東部の戦争は、東部アベナキ族が行ったのと同じような襲撃があり、マサチューセッツとニューハンプシャー各植民地の民兵隊による反撃があった。1724年8月に3回目の襲撃でノリッジウォックの村が破壊された後、この戦争は下火になった。この襲撃では影響力を持っていたフランス・イエズス会の宣教師セバスチャン・ラルが殺されていた。ダマーはこの襲撃の後で攻撃的な姿勢を採り、フランスが戦争を唆しているといって糾弾し、その中立を要求した。1725年初期にボストンで、ペノブスコット族指導者ウィネムエットとソーグアラムとの和平交渉が始まった。ダマーが交渉を指導し、強硬路線を採った。原則として競合のある領土で開拓を止めることを拒否したが、ペノブスコット族がローマ・カトリック教会の聖職者を保持することは認めた。ウィネムエットにはグレイ・ロックやその他アベナキ族の指導者を和平交渉の卓に連れてくるよう圧力を掛けた。この交渉で1725年7月末にはペノブスコット族のみとの予備的な和平となった。ウィネムエットはその後、他の部族に平和を象徴するワンパムのベルトを送り、ワバナキ連邦の広い範囲の中で和平を進めた。フランス人聖職者が書いた条約を訳して見ると、そこに述べられていたことと交渉したこととの間には違いが生じており、ソーグアラムは1726年1月に文書の条約を拒否した。1726年8月にもたれた和平会議では、ペノブスコット族が言語の違いについて論じようとしたが、それでも条約への署名を説得された。ペノブスコット族はその留保条項があったものの、連邦の中に和平を浸透させ、1727年3月にはグレイ・ロックのバンドを除いてすべての部族が条約に合意したと報告した。最終的な和平会議は1727年7月にカスコ湾で開催され、正式に敵対関係を終わらせた。同席者にはダマーの他、ニューハンプシャーの総督代行ジョン・ウェントワース、ノバスコシアの軍指揮官ポール・マスクリーン、またワバナキ連邦の多くの代表がいた。ダマーが交渉した条約はマサチューセッツと東部部族の間の外交で必要不可欠のものになった。ただし文語と口語の間には多少の食い違いもあった。その後の50年間で結ばれた大きな条約はすべて、その条件を多少修正して表示するものになった。