医学科では、3-6年生のことをそれぞれM1-M4と呼び（他学科ではM1-M3は修士課程学生を表す）、医学科に内定した2年生をM0と呼ぶ。また、鉄門系サークル（鉄門倶楽部参照）では理科三類1年生、2年生をそれぞれC1、C2と呼んでいる。医学科は基本的にすべての授業科目が必修であり、単位制を採用していない（健康科学・看護学科および東京大学の他の学部はすべて単位制である）。また医学科生を対象として、2003年度より「Ph.D.-M.D.コース」が、2008年度より「MD研究者育成プログラム」が行われている。どちらも基礎医学研究者を早期養成するための制度であるが、前者ではM2あるいはM3から大学院医学系研究科博士課程に飛び入学する（大学院修了後に学部に再入学することも可能である）のに対し、後者ではM1から通常の医学科カリキュラムと平行して基礎系の各研究室で研究を行い、卒業と同時に医学系研究科博士課程に入学する（医師国家試験が受験可能）。
本丸は丘陵頂部を39メートル×26メートルに削平し、背面の南東部分は高さ1.5メートル幅・2メートル余に地山を削り残して土塁としている。本丸の北側はこれをとりまく形で二の丸をつくり、東側に二段の小郭を設けている二の丸の北側には岩盤をくり抜いた空堀を設け、さらに丘陵の先端に向かって二段の郭を設けている。本丸の背後には空堀や土塁で区切られたかなりの空間があるが、後世のたたら製鉄による砂鉄採掘壙（鉄穴溝）で区切られており、複雑な地形を呈している。また本丸の西側の谷に面して居館があったという30メートル×50メートルの台地があり、その一角には「小奴可の要害桜」（県の天然記念物）が影を落としている。
JR芸備線小奴可駅の南500メートルほどの所にある、比高40メートルほどの亀山と呼ばれる小高い岡に築かれている。この城に関する正確な資料は現存しないが、近世の文献によると、平安時代末期には奴可入道西寂の居城であったとされる。その後、亀井武蔵守茲経らが居城したという。戦国時代の永正年間（1504年～1521年）から慶長年間（1596年～1615年）までは、宮氏の一族である下野守・同隆盛・同盛常・同盛慶らのいわゆる小奴可宮氏が居城していた。しかし、天文年間（1532年～1555年）に入ると毛利氏や久代宮氏が勢力を強めて、小奴可宮氏は没落していった。
1772年、ペドロ・ファヘスは先住民でない者として初めてサンワーキン川を見たことを記録した。ファヘスと、彼に同行したフアン・クレスピ神父らは5月30日にサスーン湾近くのディアブロ山に到達し、サクラメント川、サンワーキン川、Mokelumne川の流路をじっくりと眺めた。 他の物語ではファヘスの名前については言及されていないが、クレスピは1772年にサスーン湾に到達したうちの一人だと言われている。この遠征中において、クレスピはサンワーキン川を「エル・リオ・デ・サンフランシスコ」と呼んだ。この名称は広く使われることはなかったが、19世紀初期までは残っていた。1772年の秋、ファヘスはスペイン軍の脱走兵を追いかけてミッション・サンルイスオビスポ・デ・トロサから出発し、現在は州間高速道路5号線が通っているテホン峠を通過してテハチャピ山地を越え、東から北へと向かった。 山地を越えた後、彼はサンホアキン・バレー南端にブエナビスタ湖を見つけた。しかしながら、彼はさらに北へと足を進めることはなく、従ってサンワーキン川の本流のさらなる探索はしていなかったということになる 。サンワーキン川流域に大きく残されていた未知の場所には、1806年にスペインの探検家ガブリレル・モラガが初めて訪れ、それに続き複数の探検隊が伝道所を建てられる場所を探しにやってきた。 モラガは現在のサンベニト郡にあったミッション・サンフアン・バウティスタを1806年9月21日に出発し、東のサンホアキン・バレーへ向かった。彼らはシエラネバダ山脈西側の山麓の周囲を巡り、多くの地名を命名した。この地名は現在でも使われている。1807年から1808年にかけて、モラガは再びサンホアキン・バレーに出発した。 このときに、彼は聖ヨアキムに因んで現在の川の名前を命名した。彼はまた多くの支流にも名前をつけた。初期のサンホアキン・バレーへの探検隊において、当初はスペイン人と先住民との関係は友好的だった。しかし、先住民たちが慣れてくると、後にサンワーキン川流域にやってきたスペイン人を利用するようになった。早くも1807年には、モラガの探検隊が「一部の先住民は敵意を持っており、馬を盗もうとしている」と報告していた。 確かに、彼ら先住民は牛や馬を食料として盗み始めており、スペイン人はその報復としてキャンプや村落を燃やし、先住民の子供を伝道所で強制的に働かせていた。この対立は多大な文化的な損失をもたらし、双方の暴力は絶えずエスカレートし、明確な終わりは見えなかった。19世紀初期、スペイン軍は頻繁にサンホアキン・バレーを急襲した。スペイン軍はヨクート族やミウォク族ら数百人の先住民を人質にとり、サンフアン・バウティスタ、サンノゼ、サンフランシスコ・デ・アシス等の近くの伝道所へ連行した。 戦闘や伝染病により、モラガが記述したサンワーキン川下流のまとまった24の村落を含め、サンホアキン・バレーの先住民はほとんど絶滅した。シエラネバダ山脈の山麓や高所で暮らしていた先住民はほとんど記述がされていないが、スペイン人に対抗していた。ヨーロッパ人の強力な軍事力は先住民を彼らの故郷からはるか遠くへと押しやった。1821年にカリフォルニアがメキシコの一部となってからも、スペインの伝道所が世俗化され、この結果多くの奴隷化された先住民が解放されたにもかかわらず、状況は変わらなかった。 さらに、1820年にロサンゼルスとサンフランシスコ湾を結ぶエル・カミノ・ビエホがサンホアキン・バレーの西側に沿って開通し、バレーに定住者を引き入れた。メキシコ統治時代、サンホアキン・バレーにあった伝道所の土地は裕福な地主へ細分化され、メキシコ人とネイティブアメリカンとの対立がさらに深まった。 先住民の著名な指導者であったヨクト族のエスタニスラオは、1820年代後半にメキシコ人に対して暴動を起こしたが、最終的には1829年にスタニスラウス川で敗北した。今日のこの川の名前は彼からとられた。