電車は2両編成で、2018年3月17日改正ダイヤでは石山寺駅 - 坂本比叡山口駅間の電車が昼間時間帯は10分間隔で運行されている（全線7 - 8分間隔となる時間帯もある）ほか、一部石山寺駅 - 近江神宮前駅間、近江神宮前駅 - 坂本比叡山口駅間区間運転の電車がある。ワンマン運転を行っているが、朝ラッシュ時には車掌（列車防護要員）も乗務している。これらの関係で20分間隔で運転している京津線とは1本おきにびわ湖浜大津駅で相互接続を取る形になる。また、駅での業務を行うステーションスタッフも、無人駅の多い近江神宮前駅 - 坂本駅（現在の坂本比叡山口駅）間で電車に添乗し、集改札業務を行っていたが、2017年5月1日より朝のラッシュ時を除いて添乗は廃止された。列車内で運賃を収受せず、有人駅では改札口を利用、無人駅では乗車券・差額運賃とも集札箱に投入する。車掌が乗務するツーマン運転を行っていた頃は、浜大津駅（現在のびわ湖浜大津駅）・京阪石山駅など一部の駅を除いて、使用済み乗車券は原則として車掌または運転士が回収する手法をとっていた。かつては急行・準急を中心に京津線との直通列車もあったが、浜大津駅統合の際に廃止された。駅統合により、両線相互間が同一ホーム上で乗り換えできるようになり、所要時間の短縮が可能となったが、京津線から坂本方面（あるいはその逆）へは駅統合を機に若干短縮されたのに対し、京津線から石山寺方面（あるいはその逆）へは、浜大津駅2番線に到着した京津線電車をいったん引き上げてから、改めて同駅1番線に転線し終わるのとほぼ同じタイミングで2番線に石山寺行き電車が到着するダイヤであったため、駅統合後も所要時間は直通列車とほぼ変わらなかった。さらに浜大津駅統合（1981年4月12日ダイヤ改正）前における浜大津駅 - 坂本駅間では、同区間折り返し列車と全線直通を日中1時間あたり2往復ずつ設定していたが、これは前者の場合、石山寺駅 - 浜大津駅間では京津線直通準急または急行がその代替を担っていたためである。しかし浜大津駅統合に伴うダイヤ改正で日中1時間あたり4往復とも全線直通に揃えられ、石山坂本線の浜大津発着列車は廃止となった。このほか毎年、冬季に「おでんde電車」、夏季に「ビールde電車」などのイベント列車が運行されている。
1942年（昭和17年）4月10日、艦隊編制改訂で、一航艦の麾下部隊として第十戦隊（軽巡洋艦長良・駆逐艦12隻）が新設され、固有編制の直衛駆逐艦部隊を持つようになった。将来的には大航続力と防空能力を備えた秋月型駆逐艦16隻（駆逐隊4隊）で統一する予定だったが間に合わず（1番艦の秋月は6月11日竣工）、当分は航続距離の長い甲型駆逐艦（陽炎型駆逐艦・夕雲型駆逐艦）で充当することになった。この時点でも、まだ固有編制だけで作戦を行うことができず、引き続き第二艦隊から第三戦隊第2小隊（霧島・榛名）と第八戦隊（利根・筑摩）に護衛されていた。この艦隊編制改訂と同時に、連合艦隊は第二段第一期兵力部署を発令した。第五航空戦隊（翔鶴、瑞鶴）はポートモレスビー攻略に伴うMO作戦に参加のため、南洋部隊（指揮官：井上成美第四艦隊司令長官）に編入された。当初、派遣される空母は加賀だったが、南洋部隊より空母増勢の要請があり五航戦に変更となった（他に第五戦隊、第7駆逐隊、第27駆逐隊を増援）。5月上旬にポートモレスビー作戦を実施したあと、五航戦は6月のミッドウェー作戦には一航艦に戻って参加する予定だった。5月7日-8日の珊瑚海海戦において、日本側は軽空母祥鳳が沈没、翔鶴が大破、瑞鶴も航空隊の被害甚大で、翔鶴の修理と航空隊の再建には三ヶ月が必要と見込まれた。連合軍側は空母レキシントンが沈没、ヨークタウンが損傷した。機動部隊においては「一航艦の中で一番練度未熟な五航戦が、最精鋭の米空母と互角に戦って勝利を得た。一航戦・二航戦なら鎧袖一触である」という驕りが見られるようになった。4月下旬、南雲機動部隊はインド洋から内地に帰還した。5月5日、大本営は大海令第18号と大海指第94号により、連合艦隊に対しミッドウェー島およびアリューシャン群島西部要地攻略を命じた。同日、連合艦隊は命令作第12号により、第二段作戦計画を明らかにする。ミッドウェー攻略を終えた後は、10月を目途にハワイ攻略の準備を行う予定であった。5月12日、連合艦隊命令作第14号により、ミッドウェー作戦とアリューシャン作戦の詳細な作戦要領が下令された。機動部隊はミッドウェー島攻略を行う「第一機動部隊」と、アリューシャン方面に向かう「第二機動部隊」に分割された。5月14日、五航戦から珊瑚海海戦の戦死者の報告が送られ、翔鶴と瑞鶴の両艦とも次期作戦に使えないことが判明した。そこで五航戦は第一機動部隊に復帰し、内地での修理・整備・再建を命じられた。第一機動部隊のうち作戦に参加する空母は4隻（一航戦〈赤城・加賀〉、二航戦〈飛龍・蒼龍〉）、第二機動部隊の空母は第四航空戦隊の2隻（龍驤・隼鷹）となった。大海令第18号から出撃予定日まで一か月もなく、機動部隊は開戦以来五ヵ月におよぶ作戦行動を終えて内地に帰投したばかりで、休養と整備が必要であった。また第一段作戦終了にともなう大規模な人事異動により艦艇・航空隊とも練度が低下し、各部隊・各艦隊から「時期尚早」との反対意見がでた。作戦事前研究会で山口多聞少将（二航戦司令官）と源田実中佐が連合艦隊司令部に反対と食いついたが、連合艦隊司令部は決定済みとして取り合わなかった。5月28日、第一機動部隊は第一航空戦隊（赤城・加賀）・第二航空戦隊（飛龍・蒼龍）・第三戦隊第2小隊（榛名・霧島）・警戒部隊（軽巡洋艦長良・第4駆逐隊〈嵐・野分・萩風・舞風〉・第10駆逐隊〈秋雲・夕雲・巻雲・風雲〉・第17駆逐隊〈谷風・浦風・浜風・磯風〉・燃料補給部隊として内海西部を出撃する。6月5日-6日にかけてのミッドウェー海戦で、第一機動部隊は空母4隻（赤城・加賀・飛龍・蒼龍）と母艦搭載全飛行機285を喪失した（搭乗員は8割が生還）。日本海軍が保有する空母は正規空母2隻（翔鶴・瑞鶴）、商船改造大型空母2隻（隼鷹・飛鷹〈7月竣工予定〉）、軽空母3隻（龍驤・瑞鳳・春日丸）に減少し、飛行機搭載数の多い攻撃用空母は4隻（翔鶴・瑞鶴・隼鷹・飛鷹）という状態になった。戦訓から大型空母2（攻撃専念）・小型空母1（警戒）で航空戦隊を編成し、対空母航空決戦に徹すること、機動部隊を建制化して部隊内の思想と訓練の統一を図ることになる。7月14日、連合艦隊の戦時編制改訂にともない第一航空艦隊は廃止され、第三艦隊として再出発した。