PPARγ活性化によりもたらされる抗炎症作用については数多く報告されている。中でも特筆すべき事項として炎症・免疫関連転写因子であるNF-κB活性化抑制作用が挙げられる。関節リウマチや気管支喘息などの炎症性疾患ではNF-κBの活性化が報告されており、NF-κBは炎症性遺伝子プロモーター領域に結合して各種サイトカインや細胞接着分子などの産生を促す。PPARγはリガンド依存的にNF-κBのDNA結合を抑制することで炎症反応に対して抑制的に働く。
PPARγは乳癌や大腸癌、膵臓癌、前立腺癌、肺癌など様々な癌細胞において発現していることが確認されている。PPARγの抗腫瘍効果発現の機序としてまず挙げられるのが細胞増殖抑制である。細胞の増殖には細胞周期と呼ばれるサイクルが深く関与しており、G1期→S期→G2期→M期の順に進行する。PPARγリガンドはG1期での細胞周期進行を抑制することで細胞増殖抑制を引き起こす。その詳細なメカニズムとして提唱されているのは細胞周期進行に関与し、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子の一つであるp27Kip1の発現量亢進であり、ユビキチン-プロテアソーム経路の阻害がその原因であると考えられている。ユビキチン-プロテアソーム経路とはタンパク質の分解を司る系であり、ユビキチン修飾を受けたタンパク質が特異的にプロテアソームと呼ばれる酵素複合体に取り込まれ、分解を受ける。p27Kip1のユビキチン化にはskp1というタンパク質が関与しているが、チアゾリジンジオン系薬剤はskp1の発現量を減少させる効果があり、その結果G1期の進行を停止させる。また、腫瘍細胞のアポトーシス誘導も抗腫瘍効果の一因であると考えられており、そのメカニズムにはp53タンパク質の関与が示唆されている。さらに、血管新生の抑制も引き起こすということが提唱されており、VEGFと呼ばれる増殖因子の働きを抑制すること神経膠芽腫やルイス肺癌細胞において報告されている。その一方で、前立腺癌細胞や骨芽細胞ではVEGFの発現が増強することが報告されており、抗腫瘍効果があると一概にまとめることができるかについてはまだ議論の余地がある。
骨代謝に関与する骨芽細胞は転写因子Runx2とOsterixの働きにより分化することが知られている。骨芽細胞は脂肪細胞や筋肉細胞、軟骨細胞と共通の前駆細胞（間葉系幹細胞）を有するため、これらの細胞の分化は互いに関連が見られる。PPARγは間葉系幹細胞から脂肪細胞への分化を促進する一方で骨芽細胞への分化を抑制しており、さらにNF-κBおよびMAPキナーゼの活性化抑制により破骨細胞への分化促進を行うことも報告されている。PPARγアゴニストであるチアゾリジン誘導体の投与は骨折のリスクを上昇させることがRECORD試験やADOPT試験により示されている。
有馬稲子と不倫関係を持ち、後に有馬が堕胎したことを彼女自身が書いている。キネマ旬報社の叢書「世界の映画作家」では、ついに最後まで『採り上げられなかった』。東宝争議では離脱派の助監督の先頭にたったことは長く尾を引き、その後、右派的な言動や作品はほとんど無かったにもかかわらず、左翼系の評論家（特に日本共産党系）には後年まで目の仇にされていた。黒沢明は、市川崑について、金をもうけることばかり考えていると指摘した（ただし、市川作品の企画やマーケティングはほとんど会社側が行っており、市川自身は依頼された演出をこなすだけで興行的成否には、その名前のブランド力以外に別段関与していない）。かなり名声を得るようになってからも、というよりむしろ逆に初期作品のような風刺映画は影をひそめ、社会的テーマを前面に掲げるようなことを排除していた。性描写にもほとんど踏み込まない作家であった。こうしたこともあって、市川作品を嫌う批評家も多く、蓮實重彦、山根貞男らは全く認めようとしなかった。逆に市川を高く評価し続けた批評家としては、「超の字がつく巨匠」と追悼文を書いた浦崎浩實をはじめ、佐藤忠雄、双葉十三郎らがいる。荻昌弘も、市川作品の中ではほとんど無視に近い扱いを受けている『病院坂の首縊りの家』『竹取物語』を映像限定で絶賛する一文を書くなど好意的であった。娯楽に徹するという姿勢では、石上三登志、森卓也ら、その志向を支持する方面からの評価も高い。皮肉屋の一面もあった。そのため、まったくそりの合わなかった一人に『股旅』の主演者・萩原健一がいる。 『日本映画[監督・俳優]論』では、萩原が顔をハチに刺された際に「すいません」と謝ると、市川昆は「おまえ、長谷川一夫じゃねえんだろ」と冷酷に言い放ったという。萩原は、遠まわしな批判から始めて話しているうちに、不愉快な経験を思いだし、「大嫌い、市川崑」と述べている。60年の監督生活を長期間特定の会社に専属することなく過ごし、なおかつ低落し続ける日本映画界でほとんどブランクなく撮り続けたが、これだけ各社を飛び回りながら、大手映画会社では松竹とだけ縁がなかった（東映では東横映画時代に1本撮っている）。1980年代に半村良の『妖星伝』映画化が同社製作で発表され、そのほか池波正太郎作品の映画化やシネマジャパネスクでも名前があがったが、いずれも実現しなかった。五社英雄による自作の映画化の出来を嫌った池波は後継に市川を希望したが、結局条件があわず、降旗康男が立っている。ちなみに、池波は映画ファンとしては洋画に偏向しており、この際に沢島忠の名を知らなかったために退けた。また、市川は1970年代から1980年代にかけて、6本の東宝映画をプロデューサー兼任で監督している。日本映画で、監督が自ら出資することなく大手の映画に2本以上連続して兼任プロデューサーで迎えられ続けた例は他にない。しかも市川は元々東宝育ちながらかなり長期間同社と絶縁に近い状態にあったこともあり、プロデューサーシステムの厳しさで有名な東宝でこの待遇を得たのは、スタジオ制度の変質も影響しているとは思われるが、異例の厚遇である。