拠点集落の中心的な建物に用いる点では縄文時代と同様である。一般集落の住居としての主流は依然竪穴住居であり、これは古代末の11世紀まで続く。弥生時代は、魏志倭人伝の記録を待つまでもなく、堀（防御施設）でムラ全体を囲む環濠集落の祭祀建築（祭殿）の大型化をもたらしたことや当時の一種の山城である高地性集落などの遺構、あるいは遺物など考古資料の面でも戦争の多い時代だったことが知られる。稲作農耕の本格的な進展は水利権や余剰農産物をめぐる争いを招いたものと思われるが、そうした時代状況を反映して、この時期の掘立柱建物には軍事的性格を帯びる建物や倉庫的使用のなされた建物（高床式倉庫・高床住居など）が増加したものとみられる。著名なものとしては、奈良県田原本町の唐古・鍵遺跡出土の土器に描かれた多層式の楼閣がある。これは偶然絵に描かれていたからこそ、同様の建物が存在しただろうという推定が可能となるが、通常は発掘調査における遺構の検出からは上屋構造までは推定できない。佐賀県神埼郡の吉野ヶ里遺跡の掘立柱建物跡もその立地などから考慮して物見櫓であることが確実視され、今日では遺跡公園内に復元されている。古墳時代に入ると、クニとしてのまとまりと豪族相互の序列ができあがってきて、戦争は激減し、集落における軍事的要素は薄まるが、一方で建物が豪族の威容を示すものとして積極的に利用されたことはむしろ増加したと考えられる。いわゆる豪族居館とよばれる遺構がそれであり、群馬県高崎市の三ッ寺Ⅰ遺跡・北谷遺跡の調査例などが知られる。ここでは居住空間（私的空間）と祭祀の場もしくは首長による政治の場（公的空間）とがきちんと区画されていたことが確認されており、また、3km離れた両遺跡が規模・形状ともにまるで同じ設計図をもとに構築されたかのように酷似していることは特に注目に値する。なお、埼玉古墳群（埼玉県行田市）などから発見された家形埴輪には堅魚木（かつおぎ）を乗せた入母屋造の家、寄棟造の家、円柱表現の高床倉庫などがあり、上屋構造を推定するうえで大きな手がかりとなっている。
成相寺は、天橋立を見下ろす成相山中腹の景勝地にあり、西国三十三所第28番札所である。室町時代中期には与謝・丹波の両郡にわたって合計60町もの寺領をそなえ、いくつもの子院を従えた有力な一山寺院であった。しかし、応仁の乱とそれに引き続く抗争の中で戦火に見舞われ、後に一色氏によって一度は再建されるものの、天文14年（1545年）の焼損後の再建は難航し、永禄年間（1558年～1570年）・慶長年間（1596年～1615年）の2度の再興により再建を果たしたと伝えられている。画面は大きく上下2つの部分に分かれ、成相寺の寺内を描いた上部と近隣の名所・寺社を描いた下部とが、中央部の山地や雲霞によって隔てられている。天空には左に銀箔の月輪、右に金箔の日輪が、寺内最上部には本堂が配され、仁王門（総門）から本堂に至る経路を中心としてその左右に、寺内の事物や人物が配されている。仁王門を入って左側には顕著な2つの堂舎が描かれている。仁王門入ってすぐ左に築地塀に囲まれているのは本坊惣持院と考えられ、その奥の画面左端にある建物はその規模からして寺の要人の住居と見られる。寺内をさらに上部に進むと「礼堂」と貼紙で注記された、舞台のような形状の建物に着く。本願寺僧覚如は、貞和4年（1348年）の成相寺参詣の折に「舞台の様なる所」に詠歌を書き付けたとしており、この礼堂のことであろう。本堂左手には五重塔のほか、八幡宮（拝殿・本殿）、熊野権現（鳥居・拝殿・本殿）が配され、熊野権現の本殿には3つの懸仏が掛けられている。画面の最上層部には櫓のある建物が描かれており、成相寺伝の『成相寺旧記』には天正年間（1573年～1593年）の頃まで一色氏の居城が「阿弥陀が峯」と称される場所にあったと記されることから、一色氏の城とみられる。画面下部には近隣の名所・寺社が鳥瞰的に一望される。画面下縁に沿って栗田半島が描かれ、天橋立と智恩寺、真名井社、籠神社、府中の町並みや阿蘇海での漁労風景が描かれ、上部には成相寺に至る参詣道が描かれている。実際には南南西に伸びる天橋立は西に折り曲げられ、その結果阿蘇海が狭められて表現されているほか、参詣道の道程は圧縮されて表現されているといったデフォルメが目を引く。こうした描写技法は、聖域を大きく細密に描く一方で、参詣道は位置関係を曲げたりくずしたりして圧縮し、両者を雲霞によってつなぐという、参詣曼荼羅において通例である技法にしたがったものである。画面中央部の参詣道上には木曳きの光景が描かれている。木曳きの光景は那智参詣曼荼羅諸本や長命寺参詣曼荼羅にも見られるもので、一山の造営・修造の担い手であった本願にとって重要な意味を持った図像であって、その意味で寺社の造営・修造との関連を示すものと推測される。参詣曼荼羅において寺社は、あるべき不変かつ理想の姿で描かれるが、本図の場合も再興後の理想的なあるべき姿を描いたものと位置づけられる。