第3期に入り、気象情報の斉田を除く出演者を一新。テーマ曲、セットや画面のデザインも変わったほか、内容も一部リニューアルされ、画面右下にその日の#nhk24がついたツイート数がリアルタイムで表示されるようになった。また一気にツイートが増えた場合は「上昇中」という表示が点滅するようになったが、初回でこのことに対し評判の悪いツイートが多かったため、上昇中表示が出る条件が厳しくなり、表示されることは稀となった。また、直前の『Sportsプラス』（スポプラ）と直後の『時論・公論』、そして当番組を一体的に取り扱う構成が強化され、各番組ロゴが円の縁に添えられ、サウンドロゴと共に当番組タイトルが現れるという形に変更された他、『スポプラ』でその日のヘッドラインを表示するモニターにも、『NEWS WEB』でその日取り上げる特集、ニュース、ゲスト・ネットナビゲーターの中から1つを選んで常時表示をしている。当番組のモニターでも、「時論・公論」について常時表示していたが、途中からモニターには当番組のロゴのみが表示されるようになり、番組内容のメニューが表示されることは少なくなった。番組中のコーナー「深く知りたい」は「深知り!」、「気になるニュース」は「気になる!」に変更された。
第2期からは、月曜日から金曜日の23:30 - 翌0:00に放送時間を繰り上げて（2013年3月までBizプラスの放送されていた時間帯）時刻"24"を省略した『NEWS WEB』に改称した。司会の橋本とニュースリーダーの真下と気象情報の斉田は“続投”となる）が、毎週出演のネットナビゲーターの顔ぶれは一新された。2012年度のネットナビゲーターは祝日放送回や不定期にネットナビゲーターやゲストとして出演するだけでなく、Twitterによる投稿が採用されることもあった。『NEWS WEB』では、祝日も放送される。第2期はスタジオゲストの大物志向を強め、視聴者からツイートされた疑問・質問を、積極的にトークの中で活かし、視聴者が知りたいことに応えること自体にこだわっていくことにしているという。また、Twitterで書かれた数が前日より急増した単語を紹介する「つぶやきビッグデータ」、エンディング前にニュースリーダーが顔出しでニュースを紹介するコーナーが新しく始まった。一方で放送当日（『NEWS WEB 24』時代は日付が変わってからの放送であったため）のニュースの予定を紹介する「ニュース先取り」はなくなった。
開始当初はオープニングタイトルがあったが、ロンドンオリンピックの放送休止後からタイトルは出さず、司会の橋本があいさつするとともに番組タイトルの字幕を小さく出すところから番組が始まった。第1期（『NEWS WEB 24』時代）は祝日の翌日の放送は休止となり、0時からニュースと気象情報を放送していた（後述）。また、NHKワールド・プレミアムでは本番組は放送していなかった（BS1『ワールドWaveトゥナイト』を時差放送）。2013年3月30日放送分で0:00からの放送は終了した。
第42話にて、ザフトのオーブ侵攻作戦の最中、コックピットにラクス・クラインを乗せ、軌道上のエターナルからキラ・ヤマト駆るストライクフリーダムと共に大気圏に突入。ラクスの一時的操縦で戦闘中のアークエンジェルに収容され、アスラン・ザラが負傷を押して搭乗し出撃。シン・アスカ駆るデスティニーと交戦し同機の右腕を切り落とし撤退に追い込むが、気を失ったアスランと共に落下する寸でのところでストライクフリーダムにより回収される。その後、新たに組織されたオーブ軍第2宇宙艦隊の所属機となった本機は、大量破壊兵器レクイエムを排除するために出撃（メサイア攻防戦）。正式にオーブ軍人となったアスラン・ザラ一佐の乗機として序盤から多勢を相手に奮戦し、ミーティアを用いストライクフリーダムとの共闘などでステーションワンの破壊に成功した（高山瑞穂の漫画版ではこの時点でデスティニーとの交戦によりミーティアを失う）。そのままダイダロス宙域へと向かい戦闘が佳境を迎えると、ミーティアをパージし宇宙要塞メサイアから出撃してきたシンのデスティニー、レイ・ザ・バレルのレジェンドを筆頭とする増援MS部隊などと交戦。キラによってレクイエムへの侵攻の優先を促されるとアークエンジェルやロアノークのアカツキらと共に先行し、立ち塞がったルナマリア・ホーク駆るフォースインパルスをグリフォン ビームブレイドによる "斬り蹴り" とビームブーメランで右手脚を切り落として退けるも、シンのデスティニーに追いつかれてしまい一騎討ちに突入する。アロンダイト ビームソードをビームサーベルで両断し徐々に追いつめる。「MMI-X340 パルマフィオキーナ 掌部ビーム砲」によって、突撃を敢行するデスティニーの間に静止のため割り込んできたインパルス(ルナマリア・ホーク)をビームキャリーシールドによって守ったあと、「パルマ・フィオキーナ」の発射直前にシュペールラケルタ、シャイニングエッジの二刀流によって両腕を破壊。さらに「MR-Q15Aグリフォン ビームブレイド」によって右脚を切断しデスティニーを戦闘不能状態にし決着となった。インパルスが月面に墜落したデスティニーを追って戦線離脱するのを見届けると、アークエンジェルと交戦していたミネルバのメインスラスターをファトゥム-01の突貫攻撃によって破壊し航行不能にし、アカツキと共に陽電子リフレクターシールドを突破して大量破壊兵器レクイエム内部に侵入、ファトゥム-01を砲内部に特攻させ破壊に成功し脱出した。『FINAL PLUS 選ばれた未来』で追加され『スペシャルエディション完結編 自由の代償』にも引き継がれた新規カットでは、そのままメサイアに向かいキラとデュランダル達とのクライマックスシーンに介入した後、エターナルへと帰艦するストライクフリーダムとは別行動を取りシンとルナマリアの2人を迎えにいった。さらに追加されたエピローグにて、オーブ・プラント間の停戦協議を経て最高評議会から招聘を受けたラクス・クラインが座乗するエターナルに、ファトゥム-01を装備した状態で随伴している姿が、映像上で確認されている本機の最後の様子となった。目次へ移動する