拷問等禁止条約の履行状況を調査する機関である国連拷問禁止委員会は、スイスのジュネーヴで2013年（平成25年）5月21日から22日にかけて、日本に対する審査を行った。22日に行われた審査の席上でモーリシャスのドマー委員が「日本は自白に頼りすぎでは。中世の名残だ。日本の刑事手続を国際水準に合わせる必要がある」と発言した。日本政府の代表として出席していた上田はこの指摘に対し、ややギクシャクした英語で反論した。記録動画の音声によると上田の具体的な発言は次の通りである（以下、文法上の誤りがある場合もそのまま発言の通り記載する。和訳はAFP通信の記事によるもの）。Certainly Japan is not in the middle age. We are one of the most advanced country in this field.日本は決して中世時代などではない。この（刑事司法の）分野では、最も進んだ国の1つだ。この発言を受けて会場に苦笑する声が広がると、上田は再び英語でDon't laugh! Why you are laughing? Shut up! Shut up!笑うんじゃない！なんで笑うんだ？黙れ！黙れ！と叫び、会場は急に静まり返った。上田は更に以下のように続けた。We are one of the most advanced country in this field. That is our proud, of course....この（司法の）分野で進んだ国の1つであることは、日本の誇りだ。翻訳家で英会話学校を経営するデイヴィッド・セインによると、"Shut up!"（シャラップ）は日本語で「黙れ」を意味する言葉だが、英語圏では「てめえ、黙りやがれ」といった強いニュアンスで用いられることが多く、知的な表現ではない。また"Shut up!"は普通しゃべっている人を黙らすときに使われるもので、笑っている人に言うのは不自然である。またone of the most advanced countryはone of the most advanced countries が正しく、Why you are laughing?はWhy are you laughing? の誤りである。また形容詞であるproudに所有形容詞のourをつけることはできない。上田の発言は日本のイメージダウンにつながりかねない不適切なものだといった批判があいつぎ、辞任を求める声も上がった。日刊ゲンダイの取材に応じた外務省関係者によると、上田はもともと英語をあまり得意としておらず、AFP通信も上田の英語力について「あまり得意とは見受けられない」と評している。また、上田が「中世」を意味する"the Middle Ages"と言うべきところで、「中年」を意味する"middle age"（定冠詞 the がなく、age が単数形）と発声したことが失笑を買った原因だったのではないかとする説も挙げられた。なお、上田が出席した国連拷問禁止委員会は日本への勧告で、代用監獄、自白強要、独房への監禁、死刑、軍用性的奴隷（従軍慰安婦問題）などの問題を指摘した。日本共産党の紙智子参議院議員は、第2次安倍内閣に対する慰安婦問題の質問主意書で、拷問禁止委員会の勧告についても質問した。6月18日、安倍内閣は「御指摘の趣旨の勧告は、法的拘束力を持つものではなく、（中略）当該勧告に従うことを義務づけているものではないと理解している」と答弁した。外務省は翌6月17日までに上田に口頭で注意を行ったが、当人も反省しているとしてそれ以上の処分は行わなかった。その後、9月20日付で上田は人権人道担当大使を辞任した。理由は明らかにされていない。
諸原理のこの言明は、かつて起こったよりも非常に過激な社会の再秩序化（re-ordering of society）の核心を含んでいる。バスティーユ襲撃から6週間そして封建制廃止から3週間後、宣言は国民主権と機会均等の教義を押し出た。すなわち、第三条―いかなる主権の原理も本質的に国民に存する。どの団体も、どの個人もそこから明確に発しないような権威を行使することはできない。これは、君主政の政治的理論が王権神授説であった前革命的状況と対照をなしている。（第六条より）―全ての市民は、法の下の平等にあるので、彼らの能力に従って彼らの徳や才能以上の差別なしに、全ての公的な位階、地位、職に対して平等に資格を持つ。重ねて、これは三部会（上級聖職者、貴族、そして第三身分として知られる残余の人々。前二者が特権を持つ）における社会の前革命的区分と好対照をなしている。特に、貴族や他の特権階級に生まれ、そのために特別な権利を享受する（あるいは剥奪される）という人民の理念と矛盾をなす。全ての市民は「自由、所有、安全、圧制への抵抗」の権利を付与されている。宣言は、「…各人の自然権の行使は、社会の他の構成員にこれらの同一の権利の享受を保証するという限界だけしか持たない」という事実に法の必要が由来することを論じている。従って、宣言は、法を「一般意志の表明」として見、権利のこの平等性を促進することと「社会に対して害のある行為だけ」を禁止することを意図していた。そして、第十六条―権利の保障が確保されず、権力の分立が定められていないすべての社会は、憲法をもたない。宣言はまた、先行するアメリカ合衆国憲法や同年に提案された権利章典に類似のいくつかの条項を提出していた。合衆国憲法のように、宣言は、共同の防衛に備える必要についての議論と課税についてのいくつかの広範な原理を述べている。宣言はまた、いかに公益信託を果たしたかに関する公的行為者 (public agents) からの説明への公的権利 (public right) を明示している。合衆国権利章典のように、宣言は、刑法の「事後的な ex post facto」適用に備え、無罪の推定、言論と出版の自由、「［宗教上の意見の］表明は法によって設立された公的秩序を乱さないことを規定された」信教の自由の少し弱い保証といった原理を打ち出している。宣言は、収用権 (public right of eminent domain) に反対して所有権 (rights of property) を主張している。すなわち、第十七条―所有は不可侵で神聖な権利であるので、法的に示された公的必要性が明白にそれを要求する場合や、公正で優先的な保障 (just and prior indemnity) の条件の下でなければ、何人も私的使用を奪われえない。ただし、この宣言において人権が保障されていたのは、「市民権を持つ白人の男性」のみである（Homme＝「人」＝「男性」、Citoyen＝「男性市民」）。これは、当時の女性や奴隷、有色人種を完全な人間として見なさないという観念に基づくものである。これに対し、劇作家オランプ・ド・グージュは、女性にも市民権を与えてその人権を保障するよう要求する、人権宣言を模した17か条からなる宣言文「女権宣言」（女性および女性市民の権利宣言、フランス語: Déclaration des droits de la femme et de la citoyenne）を発表した。