能楽の世界では、1921年（大正10年）、観世流宗家24世・観世元滋が梅若一門（梅若六郎家、梅若吉之丞家、観世鐵之丞家）を破門にした事件がある（いわゆる観梅問題）。能楽はもともと武家の式楽だったので、江戸時代には幕府や各地の大名家の庇護を受け、各流派はそれぞれ扶持をもらっていた。観世流は江戸幕府の庇護を受けていたので、明治維新後、徳川宗家が駿府に隠棲すると、観世宗家の22世・観世清孝はこれに義理立てして静岡へ移住し、東京は分家の観世銕之丞家の5代目・観世紅雪と初世・梅若実（52世・六郎）が預かる形になった。その間、観世銕之丞家と梅若家は独自に免状を発行するなどの家元同然の活動を行い、観世宗家が東京に戻ってくると、免状発行権の返還を巡って両者は対立するようになる。この問題がこじれて、上述のように破門となった。破門後、梅若一門は新たに梅若流を興したが、その後梅若流も分裂して、最終的には昭和29年（1954年）、能楽協会の斡旋により梅若流は観世流に復帰してこの問題は収束した。
芸道の世界において、門弟が家元や師匠の意思により流派から追放されることを破門と呼び、同時に信頼関係が破綻したことによる意味も兼ねる。茶道、華道など芸道には記述が見られるが、落語界にも記述がしばしば見られ、家伝の場合、破門と勘当を同時に行うことがある。
名が売れると多少は強気の姿勢に出られるようになり、『墓場鬼太郎』の原稿料を支払わない兎月書房から三洋社に移籍して『鬼太郎夜話』を刊行した。『鬼太郎夜話』も人気を得たが、三洋社の長井勝一社長が結核で入院して経営が混乱した事で打ち切りになってしまい、既に納入していた5巻目の「カメ男の巻」は原稿自体が行方不明という幻の作品と化している。『鬼太郎夜話』打ち切り後、兎月書房と和解して鬼太郎と共に紙芝居時代の作品である『河童の三平』を漫画化したが、1962年に兎月書房が倒産した。兎月書房倒産後は佐藤プロや『悪魔くん』を出版した東考社の貸本漫画に活躍の場を移したが、『悪魔くん』は思ったより人気が出ず、全5巻の予定が3巻目で打ち切りとなった。貸本版の『悪魔くん』は経済的な貧しさから生じた過激な社会風刺に満ちており、「間違っている世の中を倒して、革命を起こす」という過激な思想は当時の水木の「懸命に働いても貧乏が続く」自身の生活の悲しみと憤りから発している。こうして、水木が得意とする妖怪漫画の原型が紙芝居から貸本漫画時代にかけて形作られた。1964年、病気療養から復帰した長井勝一から新しく漫画雑誌を作る予定を聞かされ、水木にも参加して欲しいとの依頼を受けた。同年9月に現代漫画の源流の一つとなる『月刊漫画ガロ』の第1号が出版され、水木は創刊号で「不老不死の術」を掲載した。以降、個性派揃いの作家陣が揃うガロにあって、白土三平やつげ義春らと並んで雑誌の看板作家として名を上げた。1965年には講談社からW3事件の影響で「劇画路線」を採用した『週刊少年マガジン』での連載を依頼されるも、「SF物」との縛りがあった事から悩んだ末に当初は辞退した。しかし、『週刊少年マガジン』の編集長が内田勝に交代した半年後、作風を限定しないとの譲歩を得て執筆を承諾した。貸本時代の絵柄から、「子ども向けのかわいい絵柄」に変えるのに苦労するが、『別冊少年マガジン』に掲載した『テレビくん』が第4回講談社児童漫画賞を受賞し、45歳にして人気作家の仲間入りを果たした。なお、それまでの貧乏生活で、質屋に入れていた物品は質札3cm分にもなっていたが、雑誌連載の原稿料ですべて返済し、質流れになることなく取り戻すことができた。ただ、最初に質屋に入れた背広は、10年経って変形していたので外につるして置いたら、ドロボウに盗まれてしまったという。1966年には急増した仕事に対処するため水木プロダクションを設立。つげ義春や池上遼一、鈴木翁二らが参加し、アシスタントを多数使えるようになったため、水木漫画おなじみの「点描が非常に多い濃厚な背景」を描けるようになった。銅版画を思わせる「絵画的な背景」の前に簡素な線で描かれた「漫画的なキャラクター」が配されるという組み合わせは、水木が発明した非常にユニークなものである。水木の作品の影響で、漫画、TV、映画の世界は一大妖怪ブームとなる。また民俗学での専門用語だった「妖怪」が、一般に伝わる経緯ともなった。また、『週刊少年マガジン』で「大図解」を担当していた大伴昌司も、水木の妖怪画に惚れ込み、何度も妖怪についての特集を組んでいる。1970年には連載が11誌に達してテレビやイベントの仕事も引き受けるなど時間に追われる日々を過ごした。気侭な人生をモットーとする水木はどんな状況でも睡眠時間だけは十分に取っていたが、この時期だけは徹夜に次ぐ徹夜で目眩や耳鳴りの症状が出る程だった。またプロダクション設立後は運営経費の捻出にも悩まされ、「漫画では大金持ちにはなれない」と痛感したという。そんな時に軍隊時代の恩人で、戦後は阪急電車の職員になっていた宮一郎元軍曹と26年振りに再会し、二人で戦地を尋ねる旅行に出向く事になった。再訪したニューブリテン島ではトライ族の集落も訪れ、久しぶりに牧歌的な生活を見るにつれて自身のマイペースさを失っていた事に気付き、帰国後すぐに仕事をセーブする事を決めた。またこの時期に本人が最も思い出深いと語る戦記漫画『総員玉砕せよ!』を執筆している。仕事を抑えた事に加えて初期のブームが一段落した1980年代初期には低迷期を迎え、水木家では夫人が「自分が働きに出ようか」と提案するほど経済的にも遣り繰りが厳しくなったという。一時は水木も「妖怪なんていないんだ」と言い出すなど霊的世界への興味や創作意欲を失ったが、次女が修学旅行で「目々連」を目撃した話をしたところ、水木は喜んで立ち直ったという。それから鬼太郎を筆頭に全盛期に描いた妖怪漫画の度重なる映像化や再放送などで人気が復活し、やがて世代を超えた知名度を得ていった。また連載を減らした時からアシスタントには趣味でもあった妖怪絵巻の制作を手伝ってもらい、膨大な数の妖怪画を蓄積していたが、こうした妖怪に関する考察や資料も作品の再評価に繋がった。