義兄寧斎の死後、妻サエとの復縁を妻方の親戚に求めたが無碍にされてしまった。男三郎は、未だ無職であることが妨げになっていると考え、野口家に対して、自分は満州において通訳官として拝命されたとの詐術を用い、実際に満州の地へ向かおうと試みた。しかし、旅費の不足から断念せざるを得なくなったため、近所に住む薬店店主都築富五郎は、耳が不自由であり、かつ抜け目ないことを伝え聞き、架空の投資話を以って、都築から金銭を騙し取ろうと考えた。1905年（明治38年）5月14日午後2時頃、男三郎から架空の投資話を聞いた都築は、取引先の銀行から預金350円を引き出し、自宅に帰宅した。同日午後5時頃、男三郎から都築を呼び出す電話がかかり、共に、東京市街鉄道青山線を経由して、東京府豊多摩郡代々木の徳大寺邸付近を移動する途中、突如、男三郎は都築の頸部を圧迫し、窒息死させた。
1904年（明治37年）7月、内縁関係にあった男三郎の内妻サエは、長女君子を出産した。しかし、同年12月頃、男三郎は、義兄寧斎との間に交わした財産処分の制限や義兄との同居義務を定めた婚前契約を巡り、争論となり、野口家を出奔した。1905年（明治38年）5月3日、男三郎はサエとの復縁を望みながら、知人宅を転々とする生活を送っていたが、サエからの言伝によって、長女君子が義兄寧斎の下、厳しい検束に置かれており、将来、家族と寝食をともにすることは難しいだろうという状況を伝え聞いた。熟慮の結果、義兄寧斎を殺害するしか方法はないと思い立った男三郎は、麹町区三番町の薬局店で硝酸ストリキニーネを購入し、妻サエに薬と称して義兄寧斎に飲用させるよう謀ったが、失敗した。5月11日午後11時頃、野口家の家人らが就寝していることを確認した男三郎は、翌12日午前1時頃、ストリキニーネを携帯して野口宅に侵入し、義兄である野口寧斎の寝室に忍び入った。寧斎が持病のため抵抗できない状態であることに乗じて、寧斎の寝着を掴み、足を以って胸部を圧迫して、窒息死させた。
1899年（明治32年）9月頃、男三郎は東京外国語学校ロシア語学科に入学した。在学3年間の各年度の試験が不合格であったため1902年（明治35年）9月頃には退学を余儀なくされたが、野口サエとの結婚を認めてもらうために在学中だと詐称した。1903年（明治36年）7月から8月頃、東京外国語学校の卒業証書を印刷する明治商会の印刷所から卒業証書用紙を入手し、当時東京外国語学校校長であった文学博士高楠順次郎名義の7月6日付卒業証書一葉、ドイツ語修了証書一葉、経済学修了証書一葉を偽造した。同年9月1日、偽造した卒業証書等の書類を同居する野口寧斎に提示し、さらに大阪にある実家へ送付した。
事件発生の3年後となる1905年（明治38年）5月24日、麹町区四丁目八番地に所在する薬店の店主である都築富五郎が何者かに電話で誘い出されたまま帰らず、東京府豊多摩郡代々幡村代々木の山林において、縊死体となっているのが発見された。麹町警察署は、同薬店に度々出入りしていた野口男三郎に注目し、その後の捜査の結果、先の少年の臀肉が切り取られた事件の真犯人ではないかと考え、同年5月29日、甲武鉄道飯田町駅において、野口男三郎を逮捕した。薬店主殺害事件の少し前の5月12日に男三郎の妻の兄である漢詩人の野口寧斎が急死しており、その殺害も疑われた。
1902年（明治35年）3月27日午後10時過ぎ、東京府麹町区下二番町六丁目五十九番地の路地裏において、近所に住んでいた少年の河合荘亮（当時11歳）が、両眼をえぐり取られ、臀部の肉2斤（約1.2kg）が剥ぎ取られている無惨な姿で殺されているのを付近の住民によって発見された。事件が発生した地域を管轄する麹町警察署が捜査にあたったが、目撃証言がなかったこともあり、容疑者の手掛かりを見つけるに至らなかった。
941年、安房国の太守であった平公雅が、武蔵国への配置転換を祈願。翌年、配置転換の願いが叶ったことから、新天地での天下泰平と五穀豊穣を祈願し伽藍などの寄進を行った。初代の雷門に相当する門は、その際に造られたとされる。雷門の呼称は、江戸時代の川柳に初めて登場するが、それ以前のいつの段階から呼ばれるようになったかは不明である。知名度に関しては、雷門の名が書かれた提灯が1795年に初めて奉納されており、浮世絵の題材に用いられたことから、以降、日本各地へ浸透したものと考えられる。雷門はしばしば火災により消失しており、江戸時代だけでも2度も建て替えられている。最後の火災は1866年(慶応元年12月14日)であり、以後、100年近く恒久的な建築物としての雷門は姿を消す。明治年間から太平洋戦争後にかけては、さまざまな形態の仮設の雷門が登場したと伝えられる。いずれも博覧会の開催や戦勝記念、開帳など、その時々のイベント的な要素が強かった。素材は鉄骨やコンクリートなどの構造もあったほか、大きさもさまざまであった。1904年の日露戦争終結時には、凱旋門として雷門が建てられている。現在ある雷門は鉄筋コンクリート造で、1960年5月3日に開通式が行われ、10年ごとに大改修が行われている。再建費用を寄進したのは松下電器産業（現パナソニック）創業者の松下幸之助である。かつて松下の神経痛平癒を祈祷した浅草寺貫首の清水谷恭順が1958年、上京中の松下に協力を依頼し、翌1959年に工事が始まった。大提灯も松下が奉納し、その後も新調されている。なお風神・雷神像は、江戸時代の頭部（火災により焼け残ったもの）に、明治時代に造られた胴体をつなげた像である。