インフルエンザの世界的大流行（いわゆるパンデミック）が発生した時、インフルエンザワクチンを迅速に開発、生産、流通させることは、何百万人もの命を救う可能性がある。短期間でパンデミックの原因となったウイルス株と特定し、それを迅速かつ安価に製造し、パンデミックの発生源地と予想されている中低所得国へ提供するために、研究者たちは、ニワトリ卵や遺伝子組み換え技術を用いた新しい技術の開発を進めている。2009年に発生した新型インフルエンザの世界的流行と関連して、2009年7月には、70以上の臨床試験が完了しており、パンデミックを引き起こすインフルエンザ株に対するワクチン開発も進められた。2009年9月、アメリカ食品医薬品局（FDA）は、2009年の新型インフルエンザウイルス株に対して4種類のワクチンを承認している。
インフルエンザウイルスワクチンの研究は、分子ウイルス学、分子進化、病因、宿主の免疫応答、ゲノミクス、および疫学などのさまざまな学問が重要となる。また、インフルエンザウイルスがどのように細胞に侵入し、複製し、変異し、新たな系統に進化し、免疫応答を誘導するかということに関する基礎研究を必要としている。「インフルエンザゲノム配列解析プロジェクト」は、インフルエンザの遺伝子配列のライブラリを作成している。このプロジェクトによって、どのウイルス株が他のウイルス株より致命的なであるのか、どの遺伝的決定因子が免疫に最も影響を与えるのか、そしてウイルスがどのように進化するかを理解するのに役立ちつ。さらに、現状のワクチンによる対策の限界への解決策が研究されている。
『めざましテレビ』の週末版として2003年10月4日にスタートした。初代司会者には八塩圭子（この年6月にテレビ東京を退社。本番組が他局での初レギュラー番組担当）と伊藤利尋（キャスター初挑戦であった）が、初代お天気キャスターには小林麻央（本番組がデビュー）が起用された。またレギュラーとしてパンチ佐藤、コメンテーターとして江上剛が出演した。『めざましテレビ』の土曜版は、本番組以前にも『めざましテレビ週末号』として放送されていた。8:00終了である平日版や『めざましテレビ週末号』とは異なり、本番組は8:30まで放送している（通常時）。2004年10月2日から平日版のめざまし君とは別バージョンの「週末めざまし君」が登場。さらに、2012年4月7日からは、平日版同様に「めざまし君」が登場するようになった。平日版と同様に「めざまし君」（2012年3月31日までは「週末めざまし君」）が時刻を教えてくれる（6:00と7:00）。当初は予告（番組前の6:58頃、一部地域を除く）で伊藤が『ポンキッキーズ21』のキャラや出演者らとジャカジャカジャンケンをしていたが、2004年10月2日からは八塩のみの予告となった。平日版同様、テレビ大分では本番組は放送されていない。本番組開始1週間前に、テレビ大分でもネットされていた後座番組『いつでも笑みを!』（関西テレビ制作。2005年3月終了）に八塩・伊藤がゲスト出演したが、番組中「大分県では放送されない」旨の案内が関西テレビ側からは行われなかった。また、出演者の大多数がフジテレビアナウンサーで構成される平日版に比べて本番組は外部登用の出演者が多く、フジテレビの女性アナウンサーをも含めると女性の出演者が多い（2008年4月以降、男性出演者はフジテレビアナウンサーのみ）。2010年7月10日より地上アナログ放送では16:9LBサイズで放送されている。なお、ハイビジョン制作とはいえ、ニュース・スポーツ・芸能におけるVTRは平日版同様、4:3標準画質で両サイドに「めざましどようび」の名前入りのサイドパネルが付けてある（デザインは平日版同様）。しかし、平日版よりはハイビジョン制作のコーナー（「ココ調」、「めざカルチャ」、「MOTTOいまドキ!新発売」など）の比率は高い。同年10月2日より、上記VTRのほとんどがハイビジョン映像になった。テロップも全てHD対応となっている（平日版も同様）。また、テロップは当初は独自のものが多かったが、同日からニュースのテロップデザインが平日版同様になった（『メガ』は2011年11月から）。さらに、2011年4月2日からは平日版同様のコーナーが増えている（当初は占いと「MOTTOいまドキ!新発売」程度）。2011年10月1日以降、本番組が8:00を跨ぐ地上波且つ全国ネットの唯一の土曜朝の番組となっている。同年11月5日より平日版同様、モノラル放送（モノステレオ放送）からステレオ放送に切り替え、BGM・効果音含めステレオ音源で放送されている（ただし、一部BGM・効果音はモノステレオ放送）。平日版は2012年4月2日から2014年9月26日まで司会を従来の2人体制から3人体制に変更していた（2014年9月29日からは2人体制に戻る）が、本番組は2人体制のままであった（同じく同日より一時期平日版はコメンテーターとして前刀禎明が出演開始したが、本番組では2008年3月の江上降板後、コメンテーター枠自体廃止されている）が、2018年10月6日より西山喜久恵がメインに昇格したため、3人体制となった。2013年4月6日より、平日版が20年目を迎えるにあたって、本番組もテロップを平日の2013年仕様に合わせた。また平日版で2013年1月から放送されている「紙兎ロペ」のショートアニメ等は本番組では実施せず、代わりに行楽情報などを多く盛り込むなどの工夫がされ、平日版に比べ家族向けの作りになっている。同年10月12日より平日版で行われている「めざましじゃんけん」を本番組でも開始。放送開始当初は全ネット局揃って7:00開始だったが、2005年4月2日より6:30、2006年4月1日より6:00とそれぞれ開始時間を繰り上げた。6時台は全編ローカルセールス扱いであるため、富山テレビは7:00開始（飛び乗り）となっている。平日、土曜、アクアに関わる、チーフプロデューサー(1)、プロデューサー(6)、プログラムディレクター(10)、ディレクター(120)、アシスタントディレクター(70)（カッコ内は人数、2014年現在）という「番組制作に携わるスタッフ全員が、いつでもまんべんなく同じ情報量を得られる仕組みづくり」として、反省会やネタ会議の議事録をメールで送る仕組みを導入している。