1995年は最多勝と最多奪三振の二冠で2度目の沢村賞に輝き、ベストナインとゴールデングラブも受賞。2年連続の好成績で隔年投手のイメージを払拭。同年の日本シリーズでオリックスを下し、日本一に輝いたヤクルト戦では4完封を挙げた。1996年8月16日、通算150勝のかかったヤクルト戦では、9回二死から同点に追いつかれた後も12回まで179球を投げきった。12回裏の打順で斎藤の代打に送られた岸川勝也が凡退し、二死無走者。この試合での150勝はお預けかと思われた矢先に当時新人の仁志敏久がサヨナラ本塁打を放ち、土壇場で150勝を達成した。この年は最多勝、最優秀防御率を獲得。最高勝率でもあった。ベストナインとゴールデングラブも受賞し、2年連続で沢村賞に選ばれ、史上4人目となる3回目の沢村賞を受賞した。1997年のヤクルトとの開幕戦で、広島から移籍してきた小早川毅彦に開幕3連発を浴びるなど精彩を欠き、右腕の故障も加わって一桁勝利に終わる。1998年は10勝を挙げたが、これが自身最後の二桁勝利となった。1999年は、前年の右腕の故障に加え、足の内転筋の故障など全盛期のストレートが投げられず、僅か5勝に終わり、周囲からは衰えも囁かれた。2000年も故障がちで一軍と二軍を往復する日々が続く。後半には一軍に復帰し、登板機会は少なかったものの自身のモデルチェンジが功を奏し、リーグ優勝・日本一に貢献した。復活が期待された2001年のシーズンでは開幕ローテーションに入り、4月22日の対横浜ベイスターズ戦でシーズン初勝利を挙げたが、5月6日の対横浜ベイスターズ戦で2回の走塁時に故障し、1回で降板、そのまま二軍降格となった。その回復に時間を要し、シーズン後半優勝争い脱落の危機の中、一軍にリリーフ投手として復帰。5試合連続で中継ぎ登板を行うなどシーズン終盤のヤクルトとの優勝争いの中で奮闘したが、故障した身体が限界に達したため、同シーズン限りで槙原・村田らと共に現役引退を発表。1994年10月8日の優勝決定戦で活躍した選手が同時に選手生命に幕を下ろすこととなった。最終的に、桑田真澄、槙原寛己とともに先発「三本柱」と呼ばれ、その中でも抜きん出た成績を残し沢村賞3回、最多勝利5回、最優秀防御率3回、最多奪三振1回、最高勝率3回、ベストナイン5回、ゴールデングラブ4回、最優秀選手1回 など数々のタイトルや表彰を獲得した。そのうち、1994年には、10.8決戦に登板し、勝利投手となった。
幼少時代は、滋賀県大津市比叡平にて過ごす。小学時代はスポ少「大津スキースポーツ少年団」にてスキーや陸上トレーニングなどで基礎体力を養う。高校時代にフェンシングをしていた父の勧めで小学3年生からフェンシングを始め、小、中学と共に全国大会を連覇している。平安高校時代には史上初のインターハイ3連覇を達成し、高校2年の時には全日本選手権で優勝した（2009年3月現在最年少記録）。2004年1月から岡崎直人、山口徹らとアテネオリンピック出場権をかけて多くの国際大会に出場した。3月の韓国国際大会で8位入賞を果たすとその後も確実に上位に進出して出場権を獲得。アテネオリンピックでは3回戦でロシアのGANEEV Renalに敗れ、9位となった。2006年、カタール・ドーハで開催されたアジア競技大会では、準決勝で2005年の世界選手権2位の張亮亮（ 中国）を破る大金星を挙げ勢いに乗り、決勝では李天雄（ 韓国）を破って優勝。フェンシング男子フルーレ個人では1978年バンコク大会以来28年ぶりとなる金メダルを獲得した。2008年、北京オリンピックフェンシング男子フルーレ個人に出場、日本人選手初の決勝戦へ進出。8月13日の決勝戦ではベンヤミン・クライブリンク（ ドイツ）と対戦し9 - 15で敗れるが、日本フェンシング史上初の五輪メダルである銀メダルを獲得した。また、太田が銀メダルを獲得するまでは、フェンシングは1896年の第1回アテネオリンピックで正式競技に採用された8競技の中で、日本が唯一五輪メダルを獲得していない競技であった。銀メダル獲得直後のインタビューで「就職先募集中」と語っており、大学院に進むことも示唆していたが、複数のオファーの中から、高校時代からサポートを受けていた森永製菓に2008年11月1日入社した。森永製菓での所属は「健康事業本部ウイダー事業部マーケティング担当」。2009年4月より、森永製菓所属のままフランスのフェンシングのクラブチーム「エクス＝アン＝プロヴァンス」に期限付きで在籍。渡仏2戦目となる4月5日の「ルブニュー・チャレンジ」で同チーム加入後初優勝。決勝では北京五輪で敗れたクライブリンクを破っての優勝だった。5月、日本選手で初めて国際フェンシング連盟ランキングの1位となる。同年6月にフェンシング・ワールドカップのハバナ（キューバ）大会で5年ぶりの勝利をあげた。2012年、ロンドンオリンピックの初戦（2回戦）でいきなりベンヤミン・クライブリンクと再戦。15-5で勝利し、前回の雪辱を果たすが、3回戦でアンドレア・カッサーラに延長の末14-15で敗れた。男子フルーレ団体戦（太田、千田健太、三宅諒、淡路卓）では準々決勝でランキング2位の中国に45-30で勝利。準決勝では3位のドイツと対戦、最終ラウンドドイツ2点リードで迎えた残り10秒から同点に追いつき、延長の末41-40で勝利。決勝ではランキング1位のイタリアに39-45の善戦の上敗れるも、日本史上初となる団体銀メダル獲得となった。2012年12月19日、フェンシング普及の為、「SUPER FENCING」を立ち上げた。2013年、国際フェンシング連盟の選手委員に選出される。2014年9月に開幕した仁川アジア大会では日本チームにとって1974年テヘランアジア大会以来となる団体フルーレ優勝に貢献した。2015年7月16日、モスクワで行われたフェンシング世界選手権の男子フルーレ個人でアレクサンダー・マシアラス（ アメリカ合衆国）を15-10で破り初優勝を果たし、2016年リオデジャネイロオリンピック出場権を獲得した。2016年8月7日、リオデジャネイロオリンピックの個人フルーレの初戦となったラウンドオブ32でギレルミ・トルドに敗れ、試合後に現役引退を表明した。同年10月、京都府より新たに創設された、京都府スポーツ賞・特別功労賞が贈られることが発表される。同年11月に行われる国際フェンシング連盟の理事選に立候補して、当選。　2016年11月4日、WIN3株式会社を設立、代表取締役に就任した。2017年6月17日、アジアフェンシング連合アスリート委員会委員長に就任。同年6月25日、日本フェンシング協会理事に就任。同年8月11日、日本フェンシング協会会長に就任。2017年12月1日にTBSアナウンサーの笹川友里と結婚したことを発表した。2018年4月20日、京都・平安神宮で挙式。2018年3月30日、自身のブログで森永製菓を退職したことを公表。2018年12月7日、国際フェンシング連盟副会長に就任した。任期は2020年12月まで。