新潟の平野部を走行することや、鉄橋が川の河口に近いなど地形的な原因から強風の影響を受けやすいというネックがある。特に大河津分水路に信濃川分水橋梁が架かる寺泊駅 - 分水駅間、水田が広がる越後赤塚駅 - 内野駅間、関屋分水路橋梁が架かる青山駅 - 関屋駅間、信濃川橋梁が架かる白山駅 - 新潟駅間の4区間は横風の影響を受けやすいため、徐行運転による遅延や運休になるケースがしばしばある。特に2005年のJR羽越本線脱線事故発生以降は運行基準がより厳格化され、風速規制値が引き下げられたこともあって、とりわけ冬場には遅延・運休が増加していた。そこでJR東日本新潟支社では2012年11月20日から特に運休が頻発していた越後赤塚 - 内野間の運転中止の規制値を風速25m/sから30m/sに、徐行運行の規制値を風速20m/sから25m/sに、それぞれ引き上げる措置をとった。この規制値は羽越本線事故以前と同じ数値で、JR東日本が2011年12月から導入した「車両が風から受ける力をより適正に評価し運転規制を行う手法」の一環で、風速計の増設によって観測体制を強化し、安全性を確保したことによるもので、同区間においては風速計が従来1基だけだったものを2基増設し、計3基体制とした。
前節の通り橋梁東詰までは複線化工事が進められているものの、既に架橋から70年を経過している橋梁部の架け替えや複線化などについての具体的な計画は無く、JR東日本新潟支社も「現段階で架け替えの必要はなく、複線化の予定もない」との見解を示している。この白山 - 新潟間は営業キロ上の駅間距離が3.1kmとやや長くなっており、1980年代から沿線住民や新潟県立新潟南高等学校の通学者、新潟県の社会福祉施設「新潟ユニゾンプラザ」の利用者などから新駅の設置要望が出されている。しかし要望する地点は信濃川橋梁の南詰側に位置し、築堤やカーブなどの構造物が存在する。また周辺は東港線と新潟県道1号新潟小須戸三条線の2本の幹線道路が交差する地点で、駅舎用地の確保も課題となる。こうした立地上の問題などもあり、JR東日本新潟支社は消極的な見解を示していた。2018年になり、新潟市はJR東日本から新駅設置について検討するよう要望を受け、上所駅（仮称）の検討に2018年度の予算を計上した。
新潟駅周辺の在来線3路線の高架化を行う「新潟駅連続立体交差事業」が、2021年度の立体交差化完了を目標に事業が進められており、このうち越後線では高架化と併せて信濃川橋梁東詰 - 新潟駅間の複線化と、同橋梁西詰側に位置する白山駅の改修（半地下化・自由通路新設・ホーム1面1線の増設）などが行われる。このうち後者の白山駅のホーム増設は2013年夏に竣工し、同年9月1日から供用を開始している。白山 - 新潟間では、車窓から工事の様子をみることができる。白山駅から新潟駅へ向かう間では、信濃川橋梁通過後すぐに2014年11月29日の線路切替時に設置された分岐器があり、新潟方面へ向かって右手側に分岐する。これは将来の複線化へ向けての準備であり、左手側は線路が途切れており、この後線路が敷設される。また、高架化工事の進捗にともない、この区間は一部仮線へ切り替えられていることから、開業以来の線路位置とは異なっている。なお、施工進捗に伴い2012年3月と11月のダイヤ改正では、新潟駅構内でホームの移設等が行われる関係から信越本線の新津駅方面と白新線経由羽越本線の新発田駅方面へ直通する列車の本数が減便された。2018年4月15日に新潟駅の高架駅第1期開業として在来線高架ホームの供用が開始され、これにあわせて越後線の信濃川橋梁東詰 - 新潟駅間が複線化された。
シエラネバダ山脈を越えるトラッキー・トレイル（1844年にスティーブンス・マーフィー幌馬車隊が設立）は約50マイル (80 km) のフォーティマイル砂漠を通ってくる道だった。トラッキー川まで達すると現在のネバダ州ウォズウァース近くでほぼ真北に転じた。移民たちはそこの冷たくて甘い味のする水、草、および何百マイルも進んで来て初めて目にする樹木（ハコヤナギ）の涼しい木陰に感謝した。旅人達は先に進む前に自らと動物達を数日間休養させることが多かった。動物達にとっても木陰と草、さらに苦くなく石鹸の味もしないハンボルト川の水は素晴らしかった。トラッキー・トレイルはトラッキー川に沿って現在のネバダ州リノを過ぎ、西に進んで現在のネバダ州とカリフォルニア州の州境近くでトラッキー・キャニオンに出てきた。このキャニオンはカーソン山脈を越える道の1つだった。この狭く圧するようなキャニオンでは当初岩が詰まり冷たいトラッキー川を27箇所で渡る必要があった。1845年ケレイブ・グリーンウッドとその3人の息子達がトラッキー・キャニオンを迂回し、現在のネバダ州ベルディの町近くで川から離れ北西の谷をドッグ・バレーまで進んで、そこから南西に現在のスタンピードとプロッサー・クリーク貯水池を抜けて下り、現在のカリフォルニア州トラッキー近くで本道に合流する新しい経路を開発した。これは延長が約10マイル (16 km) 長いものだったが、トラッキー川を何度も渡る必要がなくなったので、トラッキー・トレイルの主要路になった。この道はタホ湖の北を通り、ドナー湖にいたってドナー峠（ドナー・パス）の険しい山道を登るものだった。当初の幾つかの経路（シエラネバダ越えのために時間の経過と共に幾つかの経路ができた）では荷車を分解して、動物を使い崖の上から荷車の部品や物資を吊り上げる方法が採られた。幾つかの崖は背の高い樹木を傾けて崖に預け、動物を使って急傾斜面を荷車を曳かせた。全ての経路は多くの動物に荷車を曳かせるか、荷車を分解して上げる必要があった。当初は標高7,000フィート (2,100 m) のドナー峠を越えていた。