清野が主に大日本帝国の植民地（外地）であった地域からコレクションした人骨は、約1500体にのぼる。アイヌ民族の子供の遺骨を無断で墓から掘り出しているなど、倫理的な問題が指摘されており、清野に祖先の人骨をコレクションされた沖縄やアイヌの人らが、京大に返還を求めている。他人の古文書を勝手にコレクションするだけでなく、墓を荒らして遺骨も勝手にコレクションするような清野が、当時の高名な学者でありえた背景として、清野は「外地」の人間と「内地」の日本人が同一の祖先であるという「日本原人」説を唱えており、これが大日本帝国が「外地」にまで領土を拡張する理由付けに都合が良かったと考えられている。同じくアイヌ民族の人骨をコレクションしていた北海道大は、2012年以降に遺骨を返還する動きを見せるなど和解の方向に進んでいるのに対し、京大の清野コレクションの遺骨に関しては2018年現在も返還されておらず、むしろ京大側が証拠隠滅に動くなどの動きがあり、琉球新報などの沖縄のメディアや地元の京都新聞などからも批判されている。遺骨は少なくとも2004年まで京都大学に保管されていたことが判明している。2018年3月、奄美地方の研究者らが京大に遺骨返還を求める要望書を送ったが、回答は得られなかった。その後、2018年11月に「清野蒐集」と書かれた遺骨保管箱の蓋とみられるものが京大ごみ集積所に捨てられているのを京都大学の学生が発見したが、遺骨のありかは不明となっている。
彼の収集した資料は「清野謙次コレクション」として今なお展覧会が開かれる。京大在職中は、田中関田町の自邸の洋館に鉄筋コンクリート造り2階建ての書庫を付設し、1階に和書、２階に洋書を所蔵し、京大敷地内にも自費で病理学教室の別棟を建てて大学に寄贈し、蔵書などを所蔵した。上京後に日本の考古学・人類学に関する古書収集を精力的に始め、目黒の自邸に防災用地下室を設けて所蔵、戦災で自邸が全焼した際も資料の焼失を免れた。それらをもとにまとめた『日本考古学・人類学史』などを戦後上梓し、収集した考古学・人類学関係の資料の整理を始め、洋書は東大、南山大学へ譲渡し、物品資料は天理教管長の中山正善へ引き渡し、写本・版本類は天理図書館へ売却した。日本各地の遺蹟から出土した人骨は京都大學自然人類学研究室に、考古・民俗資料は生前に天理大学附属天理考古館に納められ、没後に大阪府立近つ飛鳥博物館や埼玉県立博物館に分散収蔵された。蔵書は東京大学や天理大学などに納められている。
ヘンリー・スタッフォード・ノースコート（第7代准男爵スタッフォード・ヘンリー・ノースコートの長男）の長男として生まれる。母はアグネス・コックバーン（東インド会社社員トーマス・コックバーンの娘）。イートン校を経てオックスフォード大学ベリオール・カレッジへ進学。1843年から1845年にかけてウィリアム・グラッドストン通商大臣の秘書官を務める。1847年には通商省の法務秘書官となる。1851年にバース勲章コンパニオンを受章。同年3月に祖父の死により（父は祖父に先立って1850年に死去）、第8代ノースコート准男爵位を継承する。1855年から1857年までダドリー選挙区、1858年から1866年までスタンフォード選挙区、1866年から叙爵される1885年までノース・デヴォン選挙区から選出されて庶民院議員を務める。保守党に所属し、保守党政権下で閣僚職を歴任した。第3次ダービー伯爵内閣期と第1次ディズレーリ内閣期の1866年から1868年にかけては通商大臣、ついでインド大臣を務めた。自由党政権の第1次グラッドストン内閣期の1872年には野党議員でありながらグラッドストンの信任を受けてオックスフォード大学国際法教授モンタギュー・バーナードとともにアメリカに派遣され、南北戦争中に起きたアラバマ号事件についての英米交渉を任された。その中で賠償金額についてアメリカが当初要求していた額の三分の一まで減額させることに成功した。1874年から1880年に成立した第2次ディズレーリ内閣では大蔵大臣を務めた。1875年のスエズ運河買収にはノースコートは慎重な立場だったが、ディズレーリの説得に折れて賛成に転じている。また1879年のズールー戦争の戦費調達をめぐってはノースコートは茶税を導入しようとしたが、世論の反発を買うことを恐れたディズレーリによって退けられ、結局公債で軍事費を賄っている。1876年にディズレーリがビーコンズフィールド伯爵に叙されて貴族院へ移籍した際、ディズレーリの指名で代わって庶民院院内総務に就任している。1880年に保守党は総選挙に敗れて下野し、1881年には党首ディズレーリが死去した。これに伴い、保守党は庶民院保守党をノースコートが、貴族院保守党をソールズベリー侯爵が指導するという二党首体制に移行した。当時から庶民院議員には貴族院の風下に置かれることを好まない風潮があったため、すぐに政権交代があったならばノースコートが首相になっていた可能性が高かった。しかし実際に政権交代があったのは1885年7月であり、その時までにノースコートの権威は失墜してしまっていた。その原因はランドルフ・チャーチル卿（ウィンストン・チャーチルの父）を中心とする保守党反執行部グループ「第四党」の造反だった。ノースコートはもともと温和な性格の上、グラッドストンの個人秘書官だった過去からグラッドストンに対して常に敬意を抱いており、野党指導者として政権攻撃力が弱かった。これに不満を抱いたランドルフ卿らはノースコートを差し置いて激しいグラッドストン批判を展開して注目を集めていったのである。「第四党」の活躍を前にノースコートの影は薄くなり、首相になる可能性も失っていった。1885年7月に第二次グラッドストン内閣が総辞職した際、ヴィクトリア女王が大命を下したのはソールズベリー侯爵だったが、これは女王の独断ではなく、保守党全体の空気を追認したものに他ならなかった。ノースコートは第1次ソールズベリー侯爵内閣で第一大蔵卿として遇され、またイデスリー伯爵とセント・サイラス・オブ・ニュートン・セント・サイラス子爵（Viscount Saint Cyres of Newton Saint Cyres）の爵位を与えられて、貴族院へ移籍した。1886年7月に成立した第2次ソールズベリー侯爵内閣には外務大臣として入閣したが、人のいいイデスリー卿ではドイツ帝国の「鉄血宰相」ビスマルクと渡り合っていくのが難しく、ソールズベリー卿は苦渋の決断ながら（ソールズベリー卿とイデスリー卿は仲が良かった）、イデスリー卿の更迭と自身が外相を兼ねることを決意した。ソールズベリー卿はそのことをイデスリー卿に伝えるのが忍びなかったため黙っており、イデスリー卿が自分の解任を知ったのは内閣改造発表当日の1887年1月12日だった。驚愕したイデスリー卿は、その日の午後に首相官邸へ向かったが、そこで心臓発作に襲われて急死した。68歳だった。