天文9年（1540年）、竹阿弥の子、秀吉の異父弟（一説に同父弟）として尾張国愛知郡中村（現在の名古屋市中村区）に生まれる。幼少時に秀吉が家を飛び出したため、面識は少ないと思われる。斎藤龍興との戦いでは、合戦に参加する秀吉に代わって城の留守居役を務めることが多かった。天正元年（1573年）、秀吉が浅井氏を滅ぼした功により長浜城主となると、城代を務めることもあった。この数年後には秀長の右腕となる藤堂高虎が仕官し、この主従関係は秀長の養子である秀保が早世するまで続いた。天正2年（1574年）、秀吉が越前一向一揆と対峙して出陣できなかったため、秀吉の代理人として長島一向一揆討伐に出陣する（『信長公記』）。天正3年（1575年）、羽柴の名字を与えられる。秀吉が信長の命令により中国攻めの総司令官となると、山陰道及び但馬国平定の指揮を委ねられる。黒田孝高宛の秀吉直筆の手紙に、信頼の代名詞として「小一郎」（秀長の通称）の名が出るなど、秀吉陣営の最重要の人物に成長する（黒田侯爵家文書）。天正5年（1577年）に秀吉に従い播磨国に赴き、その後は但馬攻めに参戦した。竹田城が斎村政広によって落城（竹田城の戦い）すると、城代に任命される（『信長公記』）。天正6年（1578年）に東播磨地域で別所長治が反旗を翻し、兄と共に制圧に明け暮れることとなり、支配の後退した但馬を再度攻めることとなった。同年、黒井城の戦いに援軍として参戦する。天正7年（1579年）、別所長治の三木城への補給を断つため丹生山を襲撃する。続いて淡河城を攻めるが、淡河定範の策により撤退した。しかし定範が城に火を放ち、三木城に後退したため補給路を断つことに成功する（三木合戦）。但馬竹田城より丹波北部の天田郡、何鹿郡に攻め入り綾部城を攻略し落城に追い込む。天正8年（1580年）1月に別所一族が切腹し、三木合戦が終戦する。同年、秀吉軍が山名氏の但馬出石城・有子山城を落城させ、当主・山名祐豊を滅ぼし但馬国平定が完了する。秀長は出石城主となる。天正9年（1581年）3月に毛利家から吉川経家が鳥取城に入城する。秀吉は鳥取城を取り囲み、兵糧攻めが開始される（鳥取城の戦い）。秀長も鳥取城の包囲する陣城の一つを指揮する。同年10月、経家の切腹により終戦する。天正10年（1582年）4月、秀吉軍は備中高松城を包囲し、水攻めを行う（備中高松城の戦い）。秀長は鼓山付近に陣を張り参戦する。6月には水攻めの効果により、城主・清水宗治が切腹する。
根幹にあるのはエラリー・クイーンやピーター・ディキンスンのような、ロジカルな謎解きと、事件・トリックの構築性に厳格な本格ミステリである。しかし物理トリックは破天荒で、プロットには意図的な落差が存在するため、読後の印象は一般的なミステリとは異なる。シリーズキャラクターとしてはピカレスク的側面の強い銘探偵・メルカトル鮎と腐れ縁の売れない推理作家・美袋三条、力量はありつつも頼りない名探偵・木更津悠也と複数の意味で優秀なワトソン役の推理作家・香月実朝、更に便宜的な意味での探偵役には深甚な心的外傷を抱える現代的モラトリアム青年・如月烏有がいる。プロットにおいては、人工的な意匠と関係性、非日常性を誇張した舞台設定、様々な意味で攪乱をもたらす伏線、読者の解釈に委ねられたラディカルな不確定性、そしてほぼ例外なく訪れるカタルシスと両立しないカタストロフを大きな特徴とする。麻耶独自の特色としては、様々な予備知識を要する独特の仕掛けが挙げられる。登場人物の人名や台詞、固有名詞、小道具、あるいは本筋と関与しない点景などの細部に至るまで小ネタを多用しており、作品によってはそれが展開や解決の糸口にもなりうるガジェットの役割も果たす。そのネタの範囲はクラシック（作中の言及やタイトルの引用からバルトーク・ベーラやヨハン・シュトラウス2世を好むと思われる）、刑事ドラマ（『隻眼の少女』に登場する刑事4名の下の名前は『特捜最前線』のレギュラー刑事から全て引用）、アニメ（代表的なものでは『機動武闘伝Gガンダム』から東方不敗マスター・アジアの台詞を引用、『美少女戦士セーラームーン』から怪人名やキャラ名を引用など）、漫画（代表として、『きんぎょ注意報』、『こどものおもちゃ』などの少女漫画から固有名詞を引用している他、『エースをねらえ!』から登場人物の関係性を敷衍させたり、闇雲A子の名は恐らく陸奥A子からの発想である等）、特撮（『兄弟拳バイクロッサー』『仮面ライダーBLACK』『鳥人戦隊ジェットマン』からキャラ名の引用、また『美少女仮面ポワトリン』『超人機メタルダー』『ウルトラマンA』など、実は一番ネタが膨大な分野）、野球（某作において作者いわく「阪神ファンには犯人がわかる」仕掛けが用いられた）、推理小説の先行作（某作では事件の根幹に関わる重要な役割を果たした）など多岐にわたる。また『翼ある闇 メルカトル鮎最後の事件』では全編小栗虫太郎（ことに『黒死館殺人事件』）へのオマージュと関連した名探偵の存在・謎解きの様式への問題提起を行い、『夏と冬の奏鳴曲』では探偵役が解決を明示しないという大胆な手法で本格ミステリの枠組みそのものを問い、『メルカトルと美袋のための殺人』や『名探偵　木更津悠也』では、それぞれ名探偵と事件／名探偵と助手の関係性について顛倒を試み、『貴族探偵』ではいわゆる安楽椅子探偵へのアンチテーゼを打ち出し、『神様ゲーム』ではジュヴナイルの枠組みを借りて探偵役に本来の役目を放棄させることでその存在意義を突き詰め、『隻眼の少女』では探偵の存在とロジックの関係をミステリの定石に則って懐疑的に描き、『メルカトルかく語りき』においては自身の作風を否定しかねないほどに過剰に論理性を突き詰めるなど、ミステリ小説の構造自体に対する独特の問題意識が強い。