従来機種ではテキスト画面のキャラクタを配置することによるセミグラフィックスだった画面は、オプションの増設によって320×200ピクセルのグラフィックス画面を最大2プレーン利用できるようになった。アイ・オー・データ機器から、カラーパレットを割り当てることによるカラー表示装置も発売され、Hu-BASIC2.0で利用可能になっている。2プレーン目は拡張スロットに増設後、ケーブルを1プレーン目のボードに接続する必要があり、実際にはその価格やモノクロだったこともあり、2プレーンを利用するアプリケーションはあまり見られず純正BASICでも、初期化時に、2プレーン目の初期化はされていない。
従来機種では手動制御だったデータレコーダは、ソフトウェアからの制御が可能になっている。早送り、巻き戻し、デッキオープン、民生機器で培った頭出し等が可能になっており、システムプログラム読み込み後に自動的に巻き戻されるほか、頭出しによって任意のデータを探すことが可能になり、これはBASICでもサポートされた。また、データレコーダの速度も2,000Baudに高速化された。データレコーダの周辺回路の設計は2,000Baudでチューニングされており、高速化には強いものの低速化をした場合はエラーレートは高くなる。このデータレコーダは後継機に引き継がれたほか、他の事業部から発売されたX1でも転送速度を2,700Baudに高速化され内蔵デバイスとして標準装備されている。
MZ-80Kでは低レベルな入出力をサポートするルーチンがROMで組み込まれていたが、MZ-80Bでは更にそれを押し進め、本体にはIPLのみがROMとして搭載されている。従来の「モニタ」もまた、MZ-80BではIPLから読み込まれ、0番地に転送される。IPLは拡張ボード上のROMと、FDD、内蔵データレコーダをサポートし、FDD、内蔵データレコーダの順番に起動可能なデバイスを探し、起動できるものを検出できない場合は起動デバイスを選択するメニューが表示される。拡張ボード上のROMについては、"/"を押下しながら電源を入れるかリセットすることによって起動可能になっている。拡張ボードROMからの起動については本体マニュアルなどには表記は無く、標準添付の資料からはIPL-ROMのソースコードから読み取れるようになっているのみである。IPL-ROMは、$8000以降に各デバイスから一旦データを読み込み後、バンク切り替えによってRAMになった先頭部分へ転送する。これらの仕組みから、初期ロードサイズは32KiBとなっているが、システムを含むメモリ空間64KiBはRAMにマッピングされることになる。
1983年にオープンした池袋店（現在の池袋本店）が第1号店である。当初は現在はらしんばん池袋店が入居しているビルで営業していたが、2代目店舗となるビルに丸々入居する形で移転した。池袋駅前に3代目店舗となる自社ビルを建設し2012年11月17日より再度移転し、2代目店舗のビルは同年12月21日より「アニメイトサンシャイン」としてリニューアルされた後、現在は「アニメイトアネックス」ビルとして、ACOS店舗やアニメイトカフェ等を有するその名の通り、現池袋本店の別館として機能している。創業当初は店舗があるのは南関東（千葉市へはやや遅めに出店）や京阪神（同様に京都市へはやや遅めに出店）、仙台、札幌（当初は販売代理店）だけであったが、やがて福岡や名古屋などにも出店し、その後急速に店舗網を広げ、現在では東京都区部・各道府県庁所在地・政令指定都市およびそれに準ずる規模（おおむね人口30万〜40万人程度）の市に加え、大型ショッピングセンターのテナントとしても積極的に出店している。2011年7月には空港構内としては初めて「新千歳空港店」を出店した。かつては、おおむね地方別にいくつかの異なる関連会社が運営を行っていた。池袋店（現在の池袋本店）を核にムービックが運営する「東日本アニメイト」（以下「東日本」）、阿倍野ベルタ店（現在の天王寺店）を核にコアデ企画が運営する「西日本アニメイト」（以下「西日本」）、横浜店（現在の横浜ビブレ店）が自ら運営する「横浜アニメイト」（後に「東日本」に吸収）、一般の書店に運営を委託して営業する「販売代理店」に分かれており、それぞれで独自のイベントやフェアが行われることが多かった。現在は「株式会社アニメイト」を中心にして再編・統合されている（ただし店舗は独立採算制のため、各店舗や地域ごとに独自のフェアやイベント、もしくは商品を展開したりすることが多く、必ずしも均一ではない）。2006年7月からは、関東地方を中心に規模を縮小した「ミニ」店舗に移行（または新規開店）した店舗があるが、2014年1月現在、本厚木店を除いて通常店舗となっている。旧「東日本」のエリアは2007年4月の四日市店の出店で、管轄エリア全ての都道県に出店を果たした。また、旧「西日本」のエリアでも2015年4月のイオン松江店の出店で管轄エリア全ての府県に出店を果たし、同時にアニメショップで初めて全都道府県への出店を果たすことになった。日本国外には台北市・北京市・上海市・香港およびロサンゼルスに出店しているが、北京市・上海市・ロサンゼルスは既に閉店している。2016年には代々木アニメーション学院と提携し、同学院の校舎内にコラボ店舗「代アニメイト（Yoanimate）」を開店している。かつては店内情報番組『ヒロチエ!ラジオアニメイト』が2000年から各店舗で放送されていたが、2002年3月をもって終了した。現在は、各店舗独自でアニメソングをBGMとして流している。なお、徳島店では2012年3月17日までは書籍を取り扱っていなかったため、書籍のみ対象のフェアやイベントでは対象外となっていたが、2012年3月18日のリニューアルオープン後は書籍も取り扱うようになった。2019年7月1日、徳島店がアニメイトの直営店になったため、今では全ての都道府県にアニメイトの直営店が存在している。