浄土真宗門徒はこのような講の組織を背景に、山中の洞穴などで法座といわれる集会を開いた。このような洞穴は戦後になって隠れ念仏洞と呼ばれるようになった。また抜け参りといって、藩境を超えて信仰の許されている藩の真宗寺院に参詣することも行われた。熊本県水俣市にある浄土真宗本願寺派源光寺には、薩摩部屋というものが残されている。これは薩摩から密出国した一向宗門徒が、世間の目に触れないように身を隠した場所なのであるという。
浄土真宗は蓮如以来、「講」と呼ばれる組織のネットワークを持っていた。三百年間、「隠れ念仏」の信仰が地下で続けられた背景にはこの講の組織があった。講は「番役」というリーダーを中心に、身分の区別なく組織され、「取次役」を通じて本山の本願寺と繋がっていた。
薩摩では明治元年（1868年）、廃仏毀釈が行われる。それは徹底的なもので寺という寺が破壊され、神社に変えられた。その結果、真宗以外の仏教各派も著しく勢力を後退させた。明治9年（1876年）には真宗禁制がとかれるが、西南戦争が始まったため事実上の解禁はその後になった。旧人吉藩の実情も同様であった。実質的な真宗解禁後、仏教空白地域とでも言うべき状態となった旧薩摩藩地域において、浄土真宗本願寺派は猛烈な布教を行い、結果、鹿児島県は維新前とは一変し、かえって浄土真宗一色になった。しかし、解禁後も新しく出来た本山主導の寺と隠れ念仏のネットワークの間にはさまざまな軋轢があったという。
薩摩藩では「石抱き」という拷問が行われた。三角の割木を並べた上に容疑者を正座させ、幅30cm、長さ1m、厚さ10cm余、重さにして30kgの平たい石をひざの上に一枚ずつ重ね、体を前後に揺さぶる。石が5枚ぐらいになると足の骨は砕け絶命することもあったという。この拷問は一向宗信徒のほかにはキリシタンと主殺しのみに適用されたものである。また滝壷に信者を投げ込み、浮き上がってくると竹竿でつついて沈め最後には溺死させるような刑罰も行われた。熊本県人吉市瓦屋町には「与内山の首塚」が残っている。浄土真宗の講のまとめ役だった伝助という人物の首塚と伝えられる。伝助は地元から京都の本願寺に志納金を納めに行く途中裏切りに遭い捕らえられ、打ち首獄門に処せられた。伝助の愛弟子であった秋山和七郎がその首を盗み出し、自分の地所に埋葬したのがこの首塚であると伝えられる。
ニューポートの町は1639年、ウィリアム・コディントン（William Coddington）、ジョン・クラーク（John Clarke）らによって建設され、1640年に小学校も建設された。彼らは反律法主義に共感を示したためボストンを去り、信教の自由が保障され多くの宗教的少数派を受け入れていたロードアイランド植民地に移住したという経緯がある。以後、クエーカー教徒、ユダヤ人らが多く移住し、アメリカ初のシナゴーグも建てられた北米を代表する商港として繁栄を始めた。1727年、ジェームズ・フランクリン（ベンジャミン・フランクリンの兄）はニューポートで印刷業を始め、1732年には最初の新聞『ロードアイランド・ガゼット』を発行した。彼の息子、ジェームズは週刊紙『マーキュリー』を1758年に発行している。アメリカのアンティーク家具の名品として高額で取引されているゴダード・アンド・タウンゼンド（Goddard and Townsend）の家具は、18世紀にニューポートのゴダード家とタウンゼンド家で作られたものである。1687年にワシントン・スクエア東端に建てられた木造の役所は、1730年代後半からレンガ造りのジョージ朝様式建築に建て替えられ1741年に落成した。「オールド・コロニー・ハウス」（Old Colony House）と呼ばれ現存するこの建物はロードアイランド植民地の議事堂として機能し、アメリカ独立戦争前後には印紙法を巡る集会など植民地独立運動の舞台となり歴史上重要な役割を果たした。イギリスの植民地支配に対する初期の抵抗が1769年ニューポートで起こっている。イギリス海軍のスループ帆船リバティ号が破壊され、積んでいたボートが街の広場ワシントン・スクエアに引きずり出された事件である。アメリカ独立戦争の間、イギリス軍は1776年から1778年までニューポートを占領し、街の商船業の大半を破壊した。ニューポートは奴隷貿易（三角貿易）の上でも重要な港であった。18世紀にはニューヨークやボストン、フィラデルフィア、チャールストンなどと並ぶ北米の主要港に数えられた。またこの頃からニューポートは人気のある休暇先として、夏の避暑地として有名になる。ナサニエル・グリーン将軍ら、政財界や軍の有力者が邸宅を構え、19世紀後半には豪邸が町外れの海岸に並ぶようになった。ジョン・F・ケネディ上院議員とジャクリーン・ブービェの結婚式は1953年9月12日、ニューポートのセント・メリー教会で行われている。アメリカ合衆国大統領となったケネディと、アイゼンハワーはニューポートで夏を過ごし、任期中はニューポートに「夏のホワイトハウス」を構えた。アイゼンハワーは「フォート・アダムス（Fort Adams）」に、ケネディは「ハマースミス・ファーム（Hammersmith Farm）」に滞在した。市の歴史は海軍と切り離せない。ニューポートは南北戦争の間に、前線から近いアナポリスの海軍兵学校の臨時移転先となった。1971年まで、アメリカ大西洋艦隊の巡洋艦・駆逐艦からなる部隊がニューポートを母港としていたが、以後ニューポートを母港とする軍の艦艇は次第に減ってきている。アメリカ海軍大学校と海軍教育訓練センター（NETC）、海軍水中戦センターは今でもニューポートにある。人口推移は、1900年には22,204人、1910年には27,149人、1920年には30,255人、1940年には30,532人となっている。2000年の人口は26,475人である。