公的機関による指紋採取に関しては人権保護の観点から議論の対象となっている。軍や警察に所属する際には指紋を登録する場合が多い。日本ではかつて外国人登録の際に指紋の押捺・提出が義務付けられており人権侵害として批判されていた。人権侵害は表向きの理由で、実際には日本における北朝鮮の諜報活動を容易にするためではないかと疑われていた。その後1980年代から1990年代にかけて指紋押捺の義務は緩和されて行き、1999年には永住者、特別永住者だけでなく全ての外国人に対して撤廃されたが、2007年の出入国管理及び難民認定法により、特別永住者を除く16歳以上の外国人に、J-BISで入国時の指紋押捺と顔写真の撮影が再び義務付けられた。
比較する資料それぞれの内、まず遺留指掌紋の対象となる指紋中の線が時計回りに見て始まっている点「開始点」と止まっている点「終止点」、線が分かれる点「分岐点」と線が交わる点「接合点」（これらを特徴点という）が鮮明に確認出来る部位を8点以上抽出する。次に対象者の指掌紋から同じ部位の特徴点を抽出する。その後双方の特徴点の位置と方向を比較して一致点と矛盾する点が無いことの確認をする（なお、特徴点と特徴点の間を横切る隆線の数「リレーション」を加味する事で、より精度の高い鑑定が可能となる）。刑事事件における、警察庁の判定基準は原則として12点以上の特徴点の一致である（ただし、車輌や対象者の容姿等のビデオ記録や目撃情報がある場合には、これらの証拠との組み合わせにより、12点未満であっても立件するための証拠能力を持つ場合もある）。近年のバイオメトリクスの発達により、指紋についてより多くのことが知られるようになったが、別人の指紋なのに同一指紋と認識してしまう率（誤受入率）は実測で10万分の1程度ある。
粉末法では、対象によって様々な成分と色をしたパウダー（粉末）を使う。炭素系のブラックカーボン（白い表面に使う）、チタニウム系のホワイトパウダー、アルニウム系のパウダー（グレイ）、またはそれらの混合である。さらに、磁気系のパウダーや蛍光するもの、スプレータイプのものもある。また、凹凸のある非多孔質表面上からの遺留指紋を検出する為には気化させたシアノアクリレート（接着剤）を利用する。
指紋の形状は人によって全て異なり、終生不変という特徴を持つと言われている。また、掌紋や足紋（足の裏の紋様）も同様の特性を持っており、これらを総称して皮膚紋理と呼ぶ。遺伝子が同じ一卵性双生児同士であっても指紋は異なるが指紋の特徴は遺伝するものであり、人種や地域毎に紋様の出現比率が異なる。日本人の中で最も多く見られる紋様は渦状紋である。遺伝病である先天性指紋欠如疾患（en:Adermatoglyphia）や、ネーゲリ症候群（en:Naegeli–Franceschetti–Jadassohn syndrome）、網状色素性皮膚症（en:Dermatopathia pigmentosa reticularis）等の発症者は指紋が無いという特徴を持つ。歌舞伎症候群の発症者は蹄状紋増加等特徴的な指紋を有する。台湾では5世代に亘って先天的に両手両足の指紋が無い一族が発見された。ただし刑事局は溝が浅く肉眼では見えないだけで識別器では判別できるとしている。個々人で紋様が異なるという特徴から指紋は犯罪捜査や個人認証として利用されている。日本では1908年（明治41年）の司法官僚である平沼騏一郎の報告書に基づいて、1911年（明治44年）に警視庁が指紋制度を採用した。
原文（原文では句読点がないため、適宜、句読点を挿入している）朕祖宗二千五百有餘年ノ鴻緖ヲ嗣キ、中古紐ヲ解クノ乾綱ヲ振張シ、大政ノ統一ヲ總攬シ、又夙ニ立憲ノ政體ヲ建テ、後世子孫繼クヘキノ業ヲ爲サンコトヲ期ス。嚮ニ明治八年ニ、元老院ヲ設ケ、十一年ニ、府縣會ヲ開カシム。此レ皆漸次基ヲ創メ、序ニ循テ步ヲ進ムルノ道ニ由ルニ非サルハ莫シ。爾有衆、亦朕カ心ヲ諒トセン。顧ミルニ、立國ノ體國各宜キヲ殊ニス。非常ノ事業實ニ輕擧ニ便ナラス。我祖我宗、照臨シテ上ニ在リ、遺烈ヲ揚ケ、洪模ヲ弘メ、古今ヲ變通シ、斷シテ之ヲ行フ、責朕カ躬ニ在リ。將ニ明治二十三年ヲ期シ、議員ヲ召シ、國會ヲ開キ、以テ朕カ初志ヲ成サントス。今在廷臣僚ニ命シ、假スニ時日ヲ以テシ、經畫ノ責ニ當ラシム。其組織權限ニ至テハ、朕親ラ衷ヲ栽シ、時ニ及テ公布スル所アラントス。朕惟フニ、人心進ムニ偏シテ、時會速ナルヲ競フ。浮言相動カシ、竟ニ大計ヲ遺ル。是レ宜シク今ニ及テ、謨訓ヲ明徴シ、以テ朝野臣民ニ公示スヘシ。若シ仍ホ故サラニ躁急ヲ爭ヒ、事變ヲ煽シ、國安ヲ害スル者アラハ、處スルニ國典ヲ以テスヘシ。特ニ茲ニ言明シ爾有衆ニ諭ス。　奉勅　　　太政大臣三條實美明治十四年十月十二日