前述のとおり、清代には、作者は長春真人丘処機と信じられており、ティモシー・リチャード による初の英訳本（上海・1919年刊行）においても作者名は丘長春とされていた。呉承恩作者説は、魯迅『中国小説史略』（1924年、訳書は平凡社東洋文庫全2巻）や「中国小説的歴史的変遷」などで提唱したもので、比較的新しい説である。それ以降、呉承恩が作者として扱われることが多いが、証拠はない。日本では太田辰夫や中野美代子が、研究によりこの説を否定 しており、『世界文学事典』（集英社）でも、「小説『西遊記』の版本に、呉承恩の名前や別号を記したものがないため、呉承恩の『西遊記』が、小説の西天取経物語を指すのか、あるいはその戯曲、あるいは全く別の紀行文を指すのか、現在まだ定説はない」、「（呉承恩は西遊記の）最大限改編者であり得ても、＜作者＞ではない」と書かれている。日本訳では、現行の太田・鳥居訳の平凡社版でも、中野美代子訳の岩波文庫版でも原作者名は記載されていないが、君島久子 校訂/リライト、瀬川康男 画 『西遊記』など、呉承恩作と記載されている出版物も少なくなく、呉承恩作者説は未だ一般に広く流布している。21世紀に入った今日まで、西遊記の作者が誰なのかは決定的な確説は出ていない。
宋代には原型となる説話「大唐三蔵取經詩話」（三蔵が猴行者 を連れ取経の旅をする）が存在していた。西遊記でいま残っている最古のものは元代の西遊記の逸話を収録したとみられる朝鮮の書『朴通事諺解』（1677年）によるものである。写本は科挙を目指す書生たちが息抜きに作成していったと思われ、書き写されるたびに詩文・薀蓄が追加され、拡張され、また、戯曲の雑劇「西遊雑劇」として好んで上演された。明代には多数の西遊記版本があった。代表的なものは『西遊記傳』（楊至和本）、『唐三藏西遊傳』（朱鼎臣本）など三種のうちその最も膨らんだ姿が、万暦20年（1592年）金陵世徳堂の刊行した『新刻出像官板大字西遊記』（作者名なし 通称は世徳堂本）である。明末期になると、蘇州刊本『李卓吾先生批評西遊記』があり、内閣文庫に収蔵されているが、むろん李卓吾の名は他の小説本と同様に、刊行元が価値をつけるために勝手に付けられたものである。本文は世徳堂本とほぼ同じである。この版での全訳が、中野美代子訳 『西遊記』（岩波文庫全10巻）。これらは（繁本版には詞が多数入っているので）分量が多すぎたとみられ、清代には商業ベースを考慮したダイジェスト（簡本）が『西遊証道書』をはじめ、多くの版が刊行されたが、それらの内容を比較するとそれぞれ一長一短であるが、最もバランスよく整理されているのが、やや大部の簡本で康熙33年（1694年）刊行の『西遊真詮』である。この版での訳書が、太田辰夫・鳥居久靖訳 『西遊記』（平凡社） である。
（『III』の現在パートの後日）2013年10月29日、主人公はアブスターゴ・エンターテイメント社（以下、アブスターゴ社と略）に入社する。アブスターゴ社では「サンプル17プロジェクト」と呼ばれる被検体17号ことデズモンド・マイルズのDNAを基にしたアニムスのマッチングにより、映画やコンシューマ型アニムスの商材となる映像を手に入れ、前作であるアヴリーンの物語『Liberation』のような作品を作ろうとしていた。そして主人公は上司メラニーの指示の下、マイルズの祖先の一人で、海賊黄金時代の海賊エドワード・ケンウェイにマッチングし、以下、ケンウェイの半生を追体験する。1715年のカリブ海。農場での暮らしに嫌気が差し、故郷イングランドに身重の妻を置いて、一攫千金を夢見て私掠船の船員となったケンウェイであったが上手く行かず、今ではある海賊船の一般船員として身をやつしていた。ある日の襲撃において自船も相手の船も大破し、ケンウェイは、一人のアサシン、ダンカン・ウォルポールと孤島に遭難する。ダンカンは、テンプル騎士団に寝返ろうとしており、その見返りとして当地の騎士団の支部長であるキューバ総督トーレスに血の入った謎の水晶を運ぶ途中であった。金の匂いを感じたケンウェイはダンカンを殺害すると彼に成りすまし、トーレスに会いに行く。テンプル騎士団に接触したケンウェイは、騎士団が求める「かつて来たりし者」の遺産「観測所」の存在を知り、これを発見することによる一攫千金を目論む。そして「観測所」の手がかりとなる「賢者」と呼ばれる男が移送されてくるが、騎士団とアサシン教団の争奪戦の果てに「賢者」は行方不明となり、ケンウェイは正体がバレて捕まり、スペインへ移送される。その移送中にケンウェイは、元黒人奴隷の海賊アドウェールと協力して脱走し、その混乱に乗じて奪ったスペイン船に「ジャックドー」（カラスの意）と命名して海賊船の船長としての人生を歩み始める。以降、ケンウェイはナッソーを拠点とする海賊共和国の一員として、私掠船時代の仲間であり共和国の指導者でもあるサッチ（黒髭）やホーニゴールドらと協力し、海賊の繁栄と自由を謳歌する一方、仲間たちに馬鹿にされながらも「観測所」の行方を追う。そんな折、実はアサシン教団の一員であった海賊キッドに教団に引き合わせられるが、ケンウェイはあくまで自己の利益のために「観測所」を手に入れると主張し、教団の長であるアー・タバイと険悪な関係となる。一方、現代。ケンウェイから引き出された情報の多さに、メラニーやCEOのオリヴィエは主人公を称賛し、その上でオリヴィエは何故か「観測所」の情報入手に注力するよう指示する。そんな折、主人公は情報技術部の主任技術者であるジョンから音声通信で接触を受け、彼から騙されて、後に恫喝されながらメラニーやオリヴィエの端末をハッキングして機密情報を引き出す。それらは、被検体17号の正体が、前作で亡くなったマイルズの遺体であることなどをプレーヤーに明示する。