ゲームを開始すると最初にキャラバンにキャラを登録する。名前に加えて、それぞれ性能の特徴が異なる4つの種族と性別・容姿を選んでキャラクターメイキングが行える。キャラバンには8人まで登録でき、プレイヤーがどのキャラを使うかは移動画面（ワールドマップ）で決めることができる。また、他のプレイヤーのキャラクターをメモリーカードを使って自分のキャラバンにゲストプレイヤーとして迎え入れることができる（但し自分のデータに持ち帰ることができるのはアーティファクトのみである）。移動には馬車を使い、地図上の移動したい場所を指定することで移動できる。移動中は他のキャラバンなどと会うなどのイベントが発生することもあり、それらは思い出として日記に記録される。ダンジョンに到着するとミルラのしずくを目指して探索が始まる。一つのダンジョンには最大4人まで参加できる。ダンジョン内には数々の仕掛けがあり、それらを協力して解きながら先に進んでいく。各キャラにはレーダーが与えられるが、レーダーはそれぞれ一部の機能しか持っておらず、お互いのプレイヤーがコミュニケーションによって情報を共有することができる仕組みになっている。最奥部にはボスが待ち受けており、それを倒せばミルラのしずくを採取してクリアとなる。クリア後には各キャラに家族などから手紙が届けられ、欲しいものを伝えたりアイテムを同封して返事を出すことができる。この流れで3つのダンジョンをクリアすることで村のクリスタルを清めるだけの量が集まり、一年の冒険が終了し、次の年度に移動する。一つのダンジョンからミルラのしずくを続けて集めるには時間がかかるため、一年ごとに別の地域をまわらなければならず、また冒険できる範囲も年毎に広がっていく。
プレイヤーはクリスタル・キャラバンの一員となり、世界を蝕む瘴気から自分の住む村を守るべく、世界各地にあるダンジョンの一番奥にある「ミルラのしずく」を集めることが主なゲームの目的である。公称ジャンルはロールプレイングゲームだが、システム的には同社の聖剣伝説シリーズのようなアクションRPGであり、ダンジョン内での移動とモンスターとの戦闘はシームレスに繋がり、ボタン1つで攻撃や防御、魔法といったコマンドが使える。通常、キャラの操作は同梱されたGBAケーブルで接続されたGBAを使用する。コマンドリストのアイテムなどの情報は全てそれぞれのプレイヤー自身のGBAの画面で扱う。この作品より前に発売されたFFシリーズでは、イベントなどでプリレンダムービーを使うことが多かったが、本作ではプレイヤーにそのイベントを体感してもらうというコンセプトがあり、イベントなどで使われるムービーは全てリアルタイムポリゴンムービーである。
ファイナルファンタジーシリーズ（以下、FFシリーズ）でのメインシリーズ外の作品であり、任天堂ハード向けのFFシリーズとしてファイナルファンタジー・クリスタルクロニクルシリーズに区切られるものから最初に発売された作品である。ニンテンドーゲームキューブ用ソフトであり、ゲームボーイアドバンス（以下、GBA）を連動させて最大4人同時プレイすることが出来る。プログレッシブ出力に対応している。スクウェアとエニックスは、この作品が発売される前の2003年4月1日に合併しスクウェア・エニックスになったが、FFシリーズのリメイクではないオリジナル作品としては初めて合併後の発売となった。据え置き型ハードでは『ファイナルファンタジーVI』以来9年ぶりの任天堂でのFFシリーズであり、ゲームキューブのキラーソフトとして期待を集めた。文化庁メディア芸術祭の大賞を受賞するなど高い評価を得た作品であるが、セールス面ではFFのメインシリーズに遠く及ばないものであった。内容的にもビジュアル重視で大作主義のメインシリーズとは趣が異なる。開発された経緯は、ゲームデザイナーズ・スタジオの項が詳しい。また、『ファイナルファンタジー・クリスタルクロニクル～はてなき空の向こうに～』の名で壱河柳乃助による漫画作品が2004年～2005年に『月刊少年ガンガン』に連載され、全3巻の単行本として纏められている。リマスター版はボイスの追加、画面のUIデザインの変更、オンラインマルチプレイ対応化、ダンジョンへの新エリア追加などの変更点がある。
下総国葛飾郡鬼越（現・千葉県市川市）の出身で農家の次男として生まれた。幼名は仁助。慶応2年（1866年）に江戸幕府の開成所に入学して英語を学ぶ。明治4年（1871年）に卒業して初めは少得業生として大学南校、同年7月より東京師範学校（現在の筑波大学）の教員となった。明治11年（1878年）にアメリカから迎えた体育担当教師ジョージ・アダムス・リーランドの通訳を担当しているうちに体操の重要性を認識して体育学を学ぶ。明治11年（1878年）、リーランドと共に同年に創設された体操伝習所教師となった。なお、体操伝習所が東京師範に吸収された明治19年（1886年）より高等師範学校の助教授となった。明治18年（1885年）に伝習所卒業生兼教員の田中盛業とともに児童向けの遊戯指導書『戸外遊戯法』を出版。同書では約２１の遊戯が紹介されている。。明治20年（1887年）に『普通体操法』を出版した。坪井は合理主義的軽体操 (普通体操) と自然主義的遊戯を併せた体育論を唱え、学校の必修科目に体操を加えることの必要性を論じた。明治23年（1890年）より高等師範学校および東京女子師範学校（現在のお茶の水女子大学）の教授に就任する。明治29年（1896年）、この年に創設された東京高師のフートボール部（現：筑波大学蹴球部）の部長に就任した。明治33年（1900年）、黒田清輝や瀧廉太郎らと共にイギリスなどへ留学し、翌年に帰国した。明治36年（1903年）、教え子の中村覚之助らが出版した「アッソシエーション・フットボール」の序文を記した。また、明治42年（1909年）には可児徳とともにドッジボール競技を「円形デッドボール」という名で日本に初めて紹介したとされる。同年に東京高師、東京女子高師の教授を退任した。大正11年（1922年）4月に東京女子体操音楽学校（現：東京女子体育大学）の名誉校長に就任したが、11月に死去した。なお、墓所は東京都文京区の真浄寺にある。平成18年（2006年）、日本サッカー殿堂（委員会特別掲額者）入り。現在、千葉県市川市立歴史博物館に、関連物が展示されている。