慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは、徳川家康から嫡子義乗が徳川家預かりの身で嫡男徳川秀忠の近侍を許されていたことから絶対に東軍に味方すべきだと言う忠臣吉弘統幸の諫止を退けた。それは大坂城下に側室と庶子の松野正照が西軍によって軟禁されていたためだとされている。西軍の総大将毛利輝元の支援を受けて西軍に味方をすることに決め、広島城から西軍の将として出陣して、元の領国であった豊後国に侵攻した。戦勝のあかつきには「豊後一国の恩賞」が約束されていたという。田原氏・吉弘氏・宗像氏などの小大名級の旧大友家臣が諸国よりぞくぞくと合流し、大友軍は短期的に再興した。豊後に上陸して国東半島の諸城を下す。9月の石垣原の戦いでも、緒戦は優勢であったが、終盤では豊前の黒田如水と細川忠興（実際は豊後杵築城の細川家の重臣松井康之）らの連合軍に敗れてしまい、剃髪したのち妹婿であった黒田家の重臣・母里友信の陣へ出頭して降伏。今度は徳川家から幽閉される身となった。
吉統は、江戸（徳川氏）、水戸（佐竹氏）、山口（毛利氏）などに次々に身柄を預けられ幽閉状態が続いた。旧大友家有力家臣らは大友家再興を願いつつ、他の大名の客将となるなどして、世をしのいだ。慶長3年（1598年）の豊臣秀吉の死により、慶長4年（1599年）に豊臣秀頼より特赦され、幽閉状態から脱した。大坂城下に屋敷を構え、豊臣家に再び仕える。
文禄2年（1593年）、平壌城の戦いで明の大軍に包囲されていた小西行長から救援要請を受けたが、行長が戦死したという家臣からの誤報を信じて撤退し、鳳山城も放棄した。ところが行長は自力で脱出したことから、吉統は結果的に窮地の味方を見捨てた格好になった。これが秀吉の逆鱗に触れ、軍目付の熊谷直盛、福原直高が派遣されて詰問されて名護屋城に召還を命じられる。吉統は剃髪して宗厳を号し、大友家は源頼朝以来の由緒ある家であるとして死一等は減じられたものの、石田三成らの意見を聞いた秀吉から5月1日に改易を言い渡された。大友領であった豊後および豊前の宇佐半郡は豊臣家の蔵入地（直割地）となり、のちに豊臣家の奉行等の領地としても細かく分割された。
天正16年（1588年）2月に秀吉に謁見するため、上洛。秀吉から非常に気に入られたとされ、羽柴（後に豊臣）の姓を下賜され、さらに、秀吉から偏諱（「吉」の1字）を与えられて義統から吉統へと改名した。また従四位下、侍従に叙され、後の文禄の役の年の正月には参議ともなった。天正18年（1590年）の小田原征伐では豊臣軍の一員として参戦している。天正20年（1592年）、文禄の役に黒田長政勢5,000と共に第三軍として兵6,000を率いて参戦。長政に同行して金海城の戦いなどで活躍した。同年2月には嫡子・大友義乗に家督を譲り、自身は酒好きであったが、下戸に徹するようになど、公私にわたった21ヶ条の家訓を伝えている。
ただし、大友家の実権は依然として父の宗麟が掌握していた。天正6年（1578年）、日向国に侵攻するも、耳川の戦いで大敗を喫し、以後は大友家臣団の分裂が始まる。また、父との二頭政治にも弊害が現れて父と対立し、かえって大友家の内紛を加熱させることとなった。天正8年（1580年）には有力庶家である田原親貫や田北紹鉄が反乱を起こし、秋月種実と内通したので、その鎮圧のために一時府内を本拠に戻さざるを得なかった。重臣・立花道雪が病没、さらに肥後方面を押さえていた志賀氏とも疎遠となる。かつては大友氏の版図であった肥後・筑後・筑前は次第に肥前国の龍造寺氏や薩摩国の島津氏に侵食されていった。天正14年（1586年）、豊後武宮親実の臼杵城、大津留氏の松ヶ尾城（城将橋爪某）などを従え豊前龍王城を拠点としていたところ、島津義久による豊後侵攻（豊薩合戦、天正の役）が始まる。宗麟や義統への忠誠心を失っていた家臣達は相次いで離反し、また高橋紹運が岩屋城で戦死するなど（岩屋城の戦い）、大友氏は滅亡の危機に立たされる。
短期間のうちに世界各国へ進出したものの、競争の激化を受けた2000年頃からのアメリカ本社の急激な経営悪化に伴い、2001年の年初頃から世界的に事業を縮小することが噂され、社内基幹システム変更や新規路面店の展開など様々な新規プロジェクトが突如凍結された。その後8月に日本やシンガポール、イギリスやオーストラリアなどの国際市場から突如撤退し、同時にこれらの国に向けた製品を生産していた、アイルランドとマレーシアにある生産工場も閉鎖することを発表した。この大規模なリストラにより、1万9000人いる全世界の従業員の25%を削減し、年間で約3億ドルのコスト削減が達成できるものと予想された。社内のみならず社外でも撤退の噂はあったものの、正式発表は実際に撤退、事業停止するわずか数日前のことであったために顧客に混乱を起こし、まさにITバブル崩壊の象徴的な出来事として大きく報じられた。日本ゲートウェイとデルコンピュータの熾烈な価格競争が、日本のパソコン市場の価格低下に与えた影響は大きかったため、多くのパソコンユーザー（特にハイエンドユーザー）がその撤退を惜しんだ。実際、日本ゲートウェイの撤退後、日本ゲートウェイの顧客が大量にライバルのBTOメーカー、特にデルコンピュータに大きく移動したため、大きく収益とシェアを伸ばすことになった。日本撤退後は、米Vsource社に顧客サポート業務が引き継がれた。太平洋地域全般においてもVsourceにサポートが引き継がれた。Vsourceは従来のゲートウェイの電話番号等によるサポートの他、ヤフオク!を利用してアフターパーツの供給・PC/AT互換機の販売等を行った。PC/AT互換機はゲートウェイと共通の取引先であったパソコン工房の製品であるかは不明。ゲートウェイの日本撤退後、ノートパソコンのバッテリーが供給されないなど、アフターサービスに混乱が発生した。