2004年1月19日、犯人から、部落解放同盟東京都連合会あてに、差別行為の「再開宣言」の手紙が送られた。この際には、ハンセン病患者と在日韓国・朝鮮人を中傷する手紙2通も同封されていた。この後、2003年と同様の嫌がらせが延々と続いた。
同年12月16日、熊本のハンセン病療養施設・国立療養所菊池恵楓園の入所者自治会に対して、11月25日の消印で差別的な手紙が送付されていたことが判明した。差出人名は前述した部落解放同盟東京都連合会の役員のものとなっていたが、筆跡から一連の部落差別はがきの犯人と同一人物の仕業である事が確認された。
同年12月3日に、事件の真相を広く訴える会が文京区内で開かれ、メディアもこの事件を報道した。その結果、12月9日、部落解放同盟東京都連合会に、一連の差別ハガキ事件の「加害者」と名乗る人物から、事件についての終結宣言文が郵送された。その内容は、「報道を見て『えらいことをしてしまった』と思った。ここでやめたら今までの90通が無駄になるとも思ったが、やめることにした。私の負けだ」というものだった。実際に送付された差別はがきはこの時点で200通以上なので、犯人は数を過少申告したことになる。
明治維新と共に廃れてしまった植物もあったが、多くは動乱を乗り越えて大正、昭和へと受け継がれ、江戸時代よりも発展したものも少なくない。キクやハナショウブのように、その後の発展により現代ではもはや普通の園芸植物としてとらえられているものもあり、これらはすでに世界的にも普及している。西欧で発達した「洋菊」も、江戸時代の日本のキクの血を濃く引いているのである。またオモトやサクラソウ、サイシンなどは近年海外で注目されつつある。一方で維新後は西欧から大量の園芸植物が流入し、その影響により花に対する美意識にも変化が見られた。「変化咲き」から「大輪咲き」へと大きく方向転換したアサガオも、美意識の変化が原因の一つと思われる。更に大正から戦後にも、錦葉ゼラニウムやクンシランのように、外来植物でも殊に葉の変化が伝統的な美的価値観に沿ったものが古典園芸植物に加わった。サボテンや多肉植物も、古典園芸植物には含まれないものの、同様な観点から早くから愛好されて現代に至っている。多くの古典園芸植物にはそれぞれ愛好団体が結成されている。特に花を観賞する種類、投機性と関係のない種類では活動もかなり盛んで、現代でも新しい品種が増えているものもあり、より美しい花を求めて交配、実生に努める育種家、愛好家も少なくない。サクラソウやハナショウブのように、新花の作出が続いている一方で江戸時代の品種がかなり多く残されているものもある。キクでは大菊等現在盛んな系統において、専門業者が中心になり育種が行なわれている。しかしスカシユリは古い品種が伝えられず、現在流通しているのはほとんどがここ数十年の間に生まれた品種のみであり、特別な仕立て方や鑑賞法も特に伝えられておらず、現代では古典園芸植物として捉えることはできない。トコナツなど太平洋戦争時に壊滅的被害を受けてその後立ち直ることができなかった植物もあり、またフクジュソウは比較的最近まで品種が残っていたが、保存者が少なくなりきわめて厳しい状況にある。このほか愛好家が減少して篤志家、寺院、神社、大学、国や地方の園芸施設等が稀少な古品種や特殊な系統を保存し伝えているものもあり、ほとんど篤志家の個人的な努力のみに支えられていて存亡の危機にあるものもある。もともと投機的性格を強く持つ種類では、戦後の一時期には稀少品種が非常な高価を呼び、そのために経済的トラブルを生んだり、また珍品を探すために自生地が荒らされ、自生が激減するという社会問題もしばしば発生した。またその中に、現在でもごく一部には新品種を自生からの採取に限り、人工交配による育種や、投機性の維持のためメリクロンによる増殖が否定される種類がある。そこでは従来の自生採取にこだわりを持つ愛好家も存在し、場合によってはそれを東洋思想で裏付けようとする試みさえ見られる。しかしこれらが結果として投機や自生採取とは全く関係のない植物をも巻き添えにして、古典園芸植物全体の風評を低下させている面もある。またそのために、投機性の高い種類と併せ古典園芸植物として一括りされることを嫌う、投機と関連のない種類の愛好家も多い。一方、戦後になると、特にマツバランなどの葉ものを特異な美意識の産物として特殊視する人が現れた。極端な場合にはそれらに美を認めようとせず、ただ単なる珍奇性のみが世上にもてはやされたというような記述がなされたり、またそれらの投機的側面ばかりが異様に強調されることすらある。これは園芸史の研究家が、思想、哲学や芸術の領域ではなく主に自然科学分野に偏っているという要因もあるかも知れない。いずれにしてもこのような一方的解釈は行き過ぎた偏見であり、古典園芸植物の美的な解釈については、客観的な、またもっと美学的、芸術的な面からの評価がなされるべきである。たとえば、古典園芸植物は江戸時代の音楽作品や絵画、工芸品にも共通する、当時の普遍な美意識によって取り上げられ発展したので、このような美を具えるに至ったと解するのがより自然であると言えよう。他方で、新しい分野の開拓もみられる。特に山野草ブームによる非園芸的な植物の見直しに端を発した流れの中から、変異の多いものから目立つものを品種に登録するという、古典園芸植物のかたちに倣った動きが行なわれたものがある。たとえば錦蘭（ミヤマウズラ）やエビネ類がそれであるが、ネジバナのように一旦はもりあがりながらも維持できなかったものもある。