「日本中世住居の形成と発展」（宮本、1999）によれば、中世に普及する総柱型住居の特徴として、建物規模に関係なく柱間間隔は2.0m前後か2.4m前後のものが多いことが掲げられている。「2.0m基準」の分布域は鎌倉周辺、大阪府、滋賀県などで、「2.4m基準」は福井県、石川県において濃厚に分布する。その他の地方では両者混在もしくは中間的な寸法を示す。たとえば、ともに秋田県の12～14世紀の集落遺跡であるが、沖積地に立地する下タ野遺跡（秋田市）では2.0m基準、台地上に立地する金仏遺跡（三種町）では2.4m基準が採用されている。このことは建築技術あるいは技能者集団にも2つの系統があることを示唆する。2.0m基準は近江や摂津・河内の地に発生して鎌倉幕府に採用されて各地に波及したものと考えられる。いっぽう2.4m基準は、山形県・京都府・岡山県・兵庫県にも多いことから、越前・加賀など北陸地方に発生して各地方に波及したという見方と京都を中心とする在来手法に由来するという見方がある。いずれにせよ、室町時代には総柱型を基本形に発展して各地方で地域的特色を持つようになり、近世民家の基礎が形成される。
中世において主流をなす掘立柱建物には、上に掲げた「総柱型」以外に「梁間1間型」（はりまいっけんがた）がある。総柱型建物が平屋建て住居としては摂関期発生の新形式の住宅建築であるのに対し、梁間1間型建物は高床建築あるいは平屋建築として、弥生時代より存在する在来形式の平屋建築である。西日本の拠点集落の祭壇や大形住居として使用され、一般集落における住居使用例としてはむしろ少ないが、弥生時代中期の岡山県津山市の沼E遺跡には母屋（身舎）の桁行3間、梁間1間の四周に下屋をめぐらす住居遺構があり、建築史では、この系統が中世まで引き継がれるものと考えられている。ただし、東日本における梁間1間型平屋住居は、平安時代後期から鎌倉時代にかけては総柱型建物とくらべて遺構検出例が少なく、南北朝時代から室町時代にかけて関東・奥羽に普及するものと考えられる。以上の主流形式以外に「多梁間型」・「律令型」の掘立柱建物がある。さらにまた近年、上記に掲げたいずれにもつかないタイプの建物が古墳時代までさかのぼることが明らかになってきた。「側柱式」（がわはしらしき）と呼ぶべきもので、これは室内スペースが広く取れることから工房のような用途が考えられる。同一集落で諸形式が混在する例もある。その場合は総柱型が母屋（おもや、主屋）で梁間1間型が附属屋となるケースが多い。岩手県花巻市大瀬川C遺跡の例がその典型である。
三河国細川郷（現在の愛知県岡崎市細川町）に生まれる。父・和氏の死後、若年であったため叔父の頼春の後見を受け、貞和4年/正平3年（1348年）に河内国四条畷の戦いなどに従軍した。将軍尊氏及び執事の高師直と尊氏の弟足利直義が争った観応の擾乱では四国の軍勢を率い、尊氏方として直義方と戦う。文和元年/正平7年（1352年）に伊勢・伊賀両国の守護となり、翌文和2年/正平8年（1353年）6月に直義の養子直冬が京都へ侵攻した際には殿軍を務めて後光厳天皇を警固し、近江国塩津では天皇を背負って山越えをしたといわれる。文和3年/正平9年（1354年）9月には若狭守護、評定衆、引付頭人に加え、相模守に補任される。翌文和4年/正平10年（1355年）の直冬勢との京都攻防戦では東寺の敵本拠を破る活躍をした。延文3年/正平13年（1358年）に尊氏が死去して仁木頼章が執事（後の管領）を退くと、2代将軍足利義詮の最初の執事に任ぜられた。清氏は寺社勢力や公家の反対を押し切り分国の若狭において半済を強行するなど強引な行動があり、幕府内には前執事・仁木頼章の弟義長や斯波高経ら政敵も多かった。延文5年/正平15年（1360年）5月、南朝に対する幕府の大攻勢の一環で清氏は河内赤坂城を陥れるなど活躍した。この最中に畠山国清ら諸将と反目した仁木義長が分国伊勢に逃れ追討を受けて南朝に降ると、清氏は幕政の実権を握ったが、将軍義詮の意に逆らうことも多かったという。同年（康安元年、3月に改元）9月、将軍義詮が後光厳天皇に清氏追討を仰ぐと、清氏は弟頼和・信氏らと共に分国の若狭へ落ち延びる。これについて、『太平記』は清氏失脚の首謀者は佐々木道誉であり、清氏にも野心があったと記し、今川貞世（了俊）の『難太平記』では、清氏は無実で道誉らに陥れられたと推測している。清氏は無実を訴えるものの、10月には斯波高経の軍に敗れ、比叡山を経て摂津国天王寺に至り南朝に降った。12月には楠木正儀・石塔頼房らと共に京都を奪取するが、すぐに幕府に奪還された。正平17年/康安2年（1362年）、清氏は細川氏の地盤である阿波へ逃れ、さらに讃岐国へ移った。清氏追討を命じられた従弟の阿波守護細川頼之に対しては、小豆島の佐々木信胤や塩飽諸島の水軍などを味方に付けて海上封鎖を行い、白峰城（高屋城とも、現香川県綾歌郡宇多津町、坂出市）に拠って宇多津の頼之勢と戦った。『太平記』によれば、清氏は頼之の陽動作戦に乗せられて兵を分断され、単騎で戦って討死したとされる。子・正氏は清氏の死後も南朝に属して抵抗した。清氏最期の地となった香川県坂出市には清氏始め被官36名が埋葬された「三十六」や「細川将軍戦跡碑」などがある。