明治維新後、社号を「住吉神社」に定め、明治4年（1871年）には近代社格制度において官幣大社に列した。戦後は、昭和21年（1946年）に社号を「住吉大社」に改称。また神社本庁の別表神社に列している。平成18年（2006年）には境内域（住吉大社境内遺跡）での本格的な発掘調査が初めて実施され、調査地となった旧神宮寺跡の一角からは古墳時代末-飛鳥時代頃および中世頃の2期を中心とする多数の遺物が出土している。
文禄3年（1594年）には豊臣秀吉の検地により朱印地として住吉郷内2,060石が定められ、慶長11年（1606年）には豊臣秀頼による社殿再興がなされた。江戸時代には江戸幕府から崇敬され、慶長19年（1614年）に徳川家康から禁制を得たほか、元和元年（1615年）に引き続き朱印地として住吉郷内2,060石が定められた。造替も度々実施され、文化7年（1810年）には現在の本宮社殿が造営された。西国の大名も参勤交代時には住吉社に参詣したほか、松尾芭蕉（元禄7年（1694年）参詣）・井原西鶴（貞享元年（1684年）参詣）が参詣して歌を詠んだことや、大田南畝・滝沢馬琴らの参詣も知られる。庶民からも信仰を集め、その様子は全国各地から奉納された多数の石燈籠にうかがわれる。
社名は、『延喜式』神名帳には「住吉坐神社」と見えるほか、古代の史料上には「住吉神社」「住吉社」などと見える。また『住吉大社神代記』には「住吉大社」「住吉大明神大社」などとも記されている。中世には主に「住吉大神宮」と見える。明治維新後には社号を「住吉神社」と定めていたが、戦後の昭和21年（1946年）に『住吉大社神代記』の記述にならって社号を「住吉大社」に改め現在に至っている。「住吉」の読みは、現在は「スミヨシ」だが、元々は「スミノエ（スミエ）」だった。例えば奈良時代以前に成立した『万葉集』には「住吉」のほか「住江」「墨江」「清江」「須美乃江」という表記も見えるが、平安時代に成立した『和名抄』にはすでに「須三與之」と記されている。本居宣長の『古事記伝』以来の通説では、元々の「スミノエ」に「住江」「墨江」「清江」「住吉」等の表記があてられた中で「住吉」が一般化し、それが音に転じて平安時代頃から「スミヨシ」の呼称が一般化したと解されている（類例に日吉大社<ヒエ→ヒヨシ>）。ただし過渡期の平安時代には両者の使い分けも見られ、歌枕としての扱いでは、「スミノエ」は江を指し「スミヨシ」は社・浦・里・浜を指すと歌学書にはある。元々の読みである「スミノエ」の語義について、『摂津国風土記』逸文では、筑紫からお連れした住吉神がこの地に住むと言ったため、神功皇后が「真住吉住吉国（まさに住み吉き住吉国）」と讃称したことに由来とする地名起源説話を載せている。一方で歴史考証学上では、「清らかな入り江（＝澄み江）」を原義とする説が有力視されている。実際に住吉大社南側の細江川（細井川）旧河口部には入り江があったとみられ、古代にその地に整備された住吉津（墨江津）は難波津とともに外交上の要港として機能し、住吉大社の成立や発展に深く関わったと考えられている。
１　俘虜間牒ニ関スル件日清戦争中の俘虜の扱いについて、暴動やスパイ行為があった場合に処罰するためのもの。俘虜の多数凶暴による脱走及び反抗並びに敵国人が偽装又は詐欺によりスパイ行為を行った場合、死刑に処すとしたもので、軍法会議により処罰としていた。11月13日に枢密院へ諮詢され、11月21日に枢密院で可決された。そしてこの後勅令原本に御名御璽がされ、内閣総理大臣（伊藤博文）と海軍大臣兼陸軍大臣（西郷従道）が副署したが、他の大臣が副署することなく未決となった。国立公文書館の公文別録・未決並廃案書類に公布間際の文書が保存されているが、文書自体に廃案の表示もなく経緯は不明である。２　戎器取締規則「戎器」とは「刀剣銃仕込杖其ノ他人ヲ殺傷スヘキ目的ヲ有スル器具」（規則案第１条）である。つまり殺傷性のある武器のことである。これについては、内務大臣より通常の勅令として制定すべしと1月22日に閣議にかけられが、明治27年1月29日に、法制局はすでに取締り法規として帯刀禁止令（明治9年太政官布告第38号）、保安条例 （明治20年勅令第67号）があり、これらは憲法施行により法律とみなされており、従って通常の勅令により、戎器取締規則を制定すると勅令により法律を変更することになるので、適当ではなく、緊急勅令とする必要があるとした。これを受けて、緊急勅令として制定するために明治27年2月7日枢密院諮詢がされ、適当とする決議が2月17日にされたが、総選挙が3月1日に行われた結果、制定の緊急性がなくなったとして4月11日に発布見合が閣議決定され、制定にいたらなかった。なお、翌年6月に通常の勅令として制定することが内務大臣より閣議提出されたが、再度法制局により憲法上の問題及び必要性がないとして否定された。