咽頭嚢は、消化管の内壁が側方へ向かってポケット状にくぼんだもので、尾索動物亜門や頭索動物亜門、また脊椎動物亜門の魚類・両生類幼生および一部の両生類成体では、外界へ開通して「えら穴」（鰓裂：さいれつ）となり、その前後の残存部、つまり鰓弓（さいきゅう）の壁にガス交換面としての「えら」（鰓弁：さいべん）を生ずるものである。本来これらの祖先的な脊索動物において、口から飲み込んだ水を鰓裂に通してガス交換すると共に、ここの腹側にある内柱から分泌される粘液と鰓弁によってプランクトンやデトリタスを濾過補足して摂食するかご状の器官であった。今日でも尾索動物のホヤやサルパ、頭索動物のナメクジウオ、脊椎動物のヤツメウナギの幼生アンモシーテスではこの本来の形態や機能をよく維持している。硬骨魚綱や軟骨魚綱の魚類にも咽頭で濾過摂食するものが多く知られているが、これらでは濾過の主役は鰓弁ではなく鰓弓から伸びた鰓耙（さいは）と呼ばれる突起となり、また内柱からの粘液シートも失われている。空気呼吸をするようになった脊椎動物のうち、幼形成熟しない両生類や有羊膜類では咽頭嚢は原則として外通せず、また、鰓弁も発生せずに、成長にともなって退化消失するが、その付近の組織からは種々の鰓性（さいせい）器官が分化する。また、脊椎動物では内柱は内分泌器官である甲状腺に変化し、代謝調節を担っている。この点では爬虫類や鳥類でもほぼ同様だが、哺乳類の咽頭は、鼻腔、口腔と喉頭の間にあって、呼吸ならびに食物の通路として十字路のような大切な部分であり、ヒトでは抗体をつくって生体を防御する扁桃などのリンパ組織が杯状に配置（ワルダイエル扁桃輪）され、神経の分布は緻密である。また、種々の筋肉の協調により嚥下をもつかさどる。
西国愛染十七霊場（さいこくあいぜんじゅうななれいじょう）は、大阪・兵庫・岡山・京都・滋賀・三重・奈良・和歌山を結ぶ愛染明王を祀る17箇所の霊場。1993年に設立されたが、2011年に10番札所が変更されている。河内長野市助役を務めた下休場由晴が手がけた新設巡礼地のひとつで、下休場由晴が同様に手がけた近畿三十六不動尊霊場・西国薬師四十九霊場・役行者霊蹟札所などと同様に、事務局は河内長野市の同一事務所内にあったが、現在は16番札所の福智院に事務局が置かれている。
1960年（昭和35年）に上智大学を卒業。放送作家として活動し、1961年、広告代理店に勤めていた好子と結婚（婿養子）、1963年から年子で娘を3人もうける。山元護久と共に『ひょっこりひょうたん島』を手がけ、1964年4月から5年間放映される国民的人気番組となる。舞台であるひょうたん島が「流れ着いた国」の一つ、「国民すべてが郵便局員」であるというポストリアの設定が郵政を馬鹿にしていると抗議があり放送が打ち切りになった。のち1970年4月より『ネコジャラ市の11人』が放送され、作風は近代化されたが時代的背景から体制批判であるとの抗議が立ち、『ひょっこりひょうたん島』に比べれば短期間の3年間の放映で終了となった。また、このころ、お茶の間の人気者として台頭しつつあったてんぷくトリオのコント台本を数多く手がけている（これらの作品は「コント台本」として出版されている）。1969年に、『ひょっこりひょうたん島』に声優として出演していた熊倉一雄が主宰する劇団テアトル・エコーに『日本人のへそ』を書き下ろしたのを契機に本格的に戯曲の執筆を始め、小説・随筆等にも活動範囲を広げた。1983年1月、劇団こまつ座を立ち上げている。第1回は1984年4月5日の『頭痛肩こり樋口一葉』であった。パンフレット「the座」を発行していて、前口上や後口上やシナリオを掲載していた。1986年、好子と離婚。井上、好子ともに記者会見をし、マスコミを賑わせた。この間、1985年12月4日、自宅で睡眠薬を服用して首を吊り、自殺を図ったが未遂に終わっている。翌年、米原ユリと再婚、男児をもうける。日本ペンクラブ会長、日本文藝家協会理事、日本劇作家協会理事（2004年4月 - ）、千葉県市川市文化振興財団理事長（2004年7月 - ）、世界平和アピール七人委員会委員、仙台文学館館長（初代）、もりおか啄木・賢治青春館名誉館長（2002年 - ）などを歴任した。また多くの文学賞等の選考委員を務めており直木三十五賞、読売文学賞、谷崎潤一郎賞、大佛次郎賞、川端康成文学賞、吉川英治文学賞、岸田國士戯曲賞、講談社エッセイ賞、日本ファンタジーノベル大賞、小説すばる新人賞が挙げられる。2009年より文化学院の特別講師となっていた。以前、姉が文化学院でフランス語を教えていたことと、娘らが文化学院に在籍経験があることから引き受けたという。同年、日本藝術院会員に選ばれた。1日40本はたばこを吸うという愛煙家で、「喫煙と肺癌は無関係」という見解をたびたび披露していたが、井上自身が2009年10月に肺癌と診断され、「やはり肺がんとたばこには因果関係があるんだね。さすがに禁煙したよ」と述べていたという。治療中の2010年4月9日に死去した。75歳没。沖縄戦を題材にした新作戯曲『木の上の軍隊』の上演が2010年7月に予定され、豊竹咲大夫の求めに応じて井原西鶴の作品を元にした文楽の新作台本を2011年に上演する計画もあったが、いずれも執筆に至らなかった。戒名は「智筆院戯道廈法居士（ちひついんぎどうかほうこじ）」。命日の4月9日は没後5年にあたる2015年より、代表作「吉里吉里人」にちなんで吉里吉里忌と名付けられている（文学忌）。