1996年、滋賀県にて「レガシィ」がブレーキの故障によって正面衝突する事故を起こした。警察は捜査の結果、同様のトラブルが1994年1月、岡山・千葉両県で発生し、本社に苦情が寄せられたが内密に処理されていたことが判明。1997年には工場を取り調べた警察によって欠陥隠しが判明。ブレーキ以外にも多岐にわたる不具合が発覚し、警察から警告を受けたスバルは11車種147万台についてリコールを届け出た。1998年、東京地方裁判所は富士重工業に過料140万円（7件分）の支払いを命じた。また、事故発生の危険性を十分認識しながら運輸省にリコールを届けなかったため事故が起きたとして、富士重工業の当時の品質保証本部の幹部2人を業務上過失傷害容疑で大津地方検察庁に書類送検した。2000年に大津地検は業務上過失傷害罪で同社の品質管理責任者だった2人を略式起訴、一週間後に罰金各50万円の略式命令が下った。2017年9月には「サンバー」62万台がリコールとなったが、リコール対象は1999年〜2012年生産と古くに及ぶことに加え、多数の不具合報告と2013年、2015年と2度の行政指導があったにも関わらず遅いリコールとなったため、サンバー所有者の不信を招いた。これについてスバルは「プーリーが外側に出ない構造であった」「対応に時間がかかった」としている。
1998年、富士重工会長・社長の川合勇と専務取締役の小暮泰之が、海上自衛隊の救難飛行艇開発をめぐり賄賂を提供していたとして逮捕され、辞任する事件が起きた。賄賂を受け取った国会議員は富士重工の前身「中島飛行機」の創業者の一族、中島洋次郎元衆院議員であったが、2000年9月に懲役2年の実刑判決を受けた。しかし精神不安定に陥っていた中島は2001年に首を吊り自殺した。富士重工側の2人は2006年に執行猶予つきの懲役刑が言い渡された。
1946年（昭和21年）に小泉ボデー製作所（当初別会社）でスタートし、日本で初めてのフレームレスモノコック構造によるリヤエンジンバス「ふじ号」（1949年（昭和24年））の開発に成功。後に富士自動車工業となり、「スバル360」等の開発を行ない、現在の主力であるスバルブランドの乗用車にも発展した事業である。この分野では「スバル」ブランドを使っておらず、エンブレムとしてもプレアデス星団をあしらったスバルのエンブレムではなく、カタカナの「フ」の字をあしらったエンブレムを使用している（右の写真を参照）。一時期は民生デイゼル→日産ディーゼル（現・UDトラックス）を中心に大型自動車メーカー5社のバス車体を架装し、バス車体シェア1位を誇っていたが、シャーシメーカーのバス車体メーカーの系列化（子会社での生産）で生産台数が減少した。1998年（平成10年）に三菱ふそうと日野自動車の架装から撤退、2002年（平成14年）1月に日産ディーゼルがバス車体の架装を西日本車体工業（西工、福岡県北九州市小倉北区）に集約することを決定したため、同年5月に事業存続は困難と判断し、伊勢崎製作所で行なっていたバス車体架装事業を終了する決定をした。このため、バス車体架装事業は日産ディーゼルとごく少数のいすゞ自動車を最後に2003年（平成15年）3月で終えた。またABボルボのシャシーを輸入し、アステローペシリーズと連節バスを製造していたが、これらも2000年（平成12年）に生産が終了している。なお、伊勢崎製作所はその後スバルカスタマイズ工房（現：桐生工業伊勢崎工場）となり、販売済みの車両に対するアフターサービスを行なっている。
富士重工では、建設現場向けの仮設ユニットハウス、小型のプレハブ住宅を製造しており、以前は通信販売で名高いセシールでも扱っていたことがある。2004年に分社化し、2011年に社名を富士重工ハウス株式会社に変更した。
無線通信で使用する周波数は「人類共通の財産」であり、ごく微弱なものを除き、全世界の人々と分け合って利用するものとされている。従って使用可能な周波数を電波利用者に割り当て、監理する（周波数を割当・監理する）のは各国の無線主官庁であり、また各国間の周波数割当調整も行う。アマチュア無線はその割り当てられた周波数を利用する、各国でそれぞれ区分される各種無線業務における「アマチュア業務」のことであり、学究無線業務のひとつである。なお、通信において「アマチュア」とは「私的学究」を意味し「素人」の意味ではない。→#非営利・自由な私的学究無線アマチュア業務を行おうとする者は、各国主官庁の実施する技術・技能認定試験（無線従事者試験）に合格し、所定の無線従事者免許を受けた後、各国主官庁にアマチュア業務を行う無線局＝「アマチュア局」の開設を申請・許可を受けなければならない。電波利用、無線業務の区分は国によってまちまちであるが、アマチュア業務については、航空無線、船舶無線などと同じく、国際的にほぼ共通したものとされ、他国との通信を制限あるいは禁止している国を除き、基本的に各国のアマチュア局は全世界のアマチュア局との通信が認められている国際無線局である。国際法、すなわち国際電気通信連合憲章に規定する『無線通信規則』においてアマチュア業務とは「金銭上の利益のためでなく、もっぱら個人的に無線技術に興味を持ち、正当に許可された者が行う自己訓練、通信及び技術的研究の業務（第1条第78項）」と定義され、日本の電波法施行規則においても「金銭上の利益のためでなく、もつぱら個人的な無線技術の興味によつて行う自己訓練、通信及び技術的研究の業務をいう」と定義されている。日本では単なる個人の趣味とされがちであるが、アマチュア局を利用しての有償無線通信が禁じられているだけであり、アマチュア業務によって個人が得た知見や技能を他の事業用無線局の運用や物品製造業務に有償で用いることは全く自由であり、一般的な概念の趣味とは一線を画す。→#条約・法律上の規定・定義