信用取引で株や資金を借りた際には、貸株料や金利が毎日発生する。（いずれも、受渡日ベースでの両端入れでの計算、最高裁昭和33年6月6日判決民集12巻9号1373頁参照）また、権利確定日をまたいで売り建てている場合は配当金に相当する金額を支払わねばならない。この金額は配当落調整金と呼ばれ、買い建てている者に支払われる。信用取引では、自己資金以上の取引が可能なため、不用意に大きな取引を行ってしまい、予測が外れて借りていた株式や株式の購入資金を、定められた日までに返済できなくなる事態に陥ることもある。過去には、このような信用取引の危険に対して利用に大きな制約を課してきたが、近年になり委託保証金の最低額を少なくしたり、審査の簡易化などが行われ利用者が増加傾向にある。なお、このような傾向は投資家の利便性を高めることに繋がっているが、必ずしも投資家本位の改革ではなく、証券会社の収益源確保の必要性から進められている側面がある。買い方、売り方共に、30日以上建て玉を維持している場合、1株当たり10銭の信用取引管理費が発生し、 また、信用買いをしている場合で、決算期末や増資の割当日などを越えて建玉を保持している場合は、1単元あたり50円（税別）の名義書換料が発生する。2018年11月現在、日本のPTS市場では信用取引を行うことはできない。詳細は私設取引システムを参照。アメリカの取引所では私設取引所でも可能である。
対する一般信用取引は、各証券会社が自己の裁量で自由に設定することが認められたもので、概して返済期限が制度信用取引のそれ（買い/売りともに6ヶ月）に比べて長め（3年、無期限など）に設定される。金利や貸株料も制度信用取引と同等か若干高めの設定となっている。対象銘柄も当該証券会社が定めたものとなるが、信用買いについては制度信用取引銘柄でない銘柄を含め全銘柄が対象となっていることが多い。一方、信用売りについては扱っていない証券会社が多く、扱っている証券会社も取扱対象は限定的な銘柄にとどまっている。
制度信用取引は、証券取引所が一定の基準で選択した銘柄のみを扱い、金利（または貸株料）や弁済期限も一律に定められている。制度信用取引は、信用取引のために株や資金の貸出しを専門に行っている証券金融会社より、証券会社が株や資金を借入れて、投資家の注文を処理する仕組みとなっている。ただし、株の貸出しに関しては制度信用取引の銘柄全てについて行われているのではなく、基準を満たした一部の銘柄に限られている。一般に制度信用取引が可能な銘柄を制度信用銘柄、貸株が認められ空売り可能な銘柄を貸借銘柄と呼んでいる。
みずほ銀行を中核とするグループ。第一勧業銀行、富士銀行、日本興業銀行を前身とする。第一勧業銀行は1971年、第一銀行と日本勧業銀行の合併で誕生した。当時日本最大の総資産を誇った富士銀行を抜き、規模では都銀首位となったが、旧第一派と旧勧銀派の融和は進まなかった。「対等合併」を気にする余り、非効率的な人事や経営方針が取られ、その体力は規模ほどには強くなかった。1997年には野村證券とともに、総会屋への利益供与で本店が家宅捜索を受け、社会的イメージは決定的に悪化してしまった。富士銀行は安田財閥の中心であった安田銀行が、戦後の解体で改名したもの。長らく都銀の名門であったが、1970年代から地盤沈下が始まる。営業を積極的に押し進める住友銀行に対抗し、「FS戦争」（「富士住友戦争」ともいう）と呼ばれる熾烈な貸出競争に走ったが、最終的にはほぼ敗北。その上、これがバブル期に重なり、多額の不良債権ばかりが残る結果となった。加えて同時期、親密だった山一證券が破綻、系列の安田信託銀行も経営が不安定となる。安田信託を子会社化し再建を図るが、富士独力では限界があり、第一勧銀傘下の第一勧業信託銀行と富士傘下の富士信託銀行が合併。これに安田信託銀行の業務の一部を譲渡した。ここで第一勧銀と富士に関係が生まれ、みずほグループ誕生の契機となる。1999年、この2行に日本興業銀行が加わり、みずほフィナンシャルグループの設立が発表された。興銀は長期信用銀行の雄として名を馳せ、バブル期には日本企業の時価総額で第1位（すなわち全世界で時価総額第1位）の座にあった。しかし、その重厚長大産業を主要顧客とした長期融資の時代はもはや終わりを告げ、野村證券との提携で投資銀行への転換を図るが、同じく長信銀の日本長期信用銀行（長銀）、日本債券信用銀行（日債銀）は既に破綻。予断を許さない状況の中、政府金融当局の意向も働いたとされ、第一勧銀・富士に身を委ねる形となった。参加行に注入された公的資金は3兆円近くに達し、2002年のみずほ銀行発足直後にATM障害が発生、総会屋事件を引きずる顧客情報流出など、当初のイメージは芳しくなかった。りそな・UFJとともに国有化が噂され、取引企業を引受先とする1兆円の巨額増資を行い、2002年から2003年にかけ冬の時代であった。しかし結果的に増資は功を奏し、その後見事にV字回復を遂げる。株価は底値から18倍近く上昇し、2006年には公的資金を完済、財務は三菱UFJ以上の優良体質となった。しかし、2008年以降の世界的な金融危機の中で投資銀行部門の損失が拡大、メガバンクの中で中核的自己資本比率の引き上げを求める新BIS規制への対応が最も遅れているなど、経営基盤が盤石とは言い難い。また、商業銀行部門だけでなく証券業務（新みずほ証券+みずほインベスターズ証券）でも融合が進まず効率性の点にも課題があり、2013年初頭に証券部門を統一（みずほ証券+みずほインベスターズ証券の合併）により一層の強化を図っている。東証1部上場企業の7割と取引を持っており、旧興銀のノウハウを活かしたコーポレートファイナンスに強みを持つ。一方、リテールの収益性が依然として低いのが課題である。また2011年には東日本大震災の募金が原因で再びシステム障害を発生させ、信頼が再度低下。信頼回復も課題となり、2013年7月にみずほコーポレート銀行と合併、中核はみずほ銀行に一本化された。2019年には統合以来、悲願であった新システムへの移行完了に成功した。