中世には武蔵国で人口の特に多かった北武蔵の丘陵地や台地に武蔵武士が出現し、河越氏や畠山氏ら諸氏を分出した秩父氏の一族が活躍した。また同族集団として形成された武蔵七党など中小規模の在地土豪も出た。平治の乱を経て武蔵国が平氏の知行国になると武蔵守には平氏一門が任じられると武蔵武士は被官化し、新恩地を得て西国へも進出した。治承4年（1180年）の源頼朝の挙兵後に服従した豪族には、県域に勢力を持っていた秩父一族が主に頼朝に味方し、治承・寿永の乱における合戦に参戦した。河越氏や畠山氏、比企氏らは鎌倉幕府の創設期に重用されて政務に参画するが、幕府権力の確立課程では河越氏を除き没落し、武蔵武士の地位は低下した。中世には鎌倉幕府の成立を契機に街道が整備され、西武蔵には南北に鎌倉街道の上道や中道が通じて奥州方面と結ばれ、物資の流通路となったほか軍事的にも重視され、沿道には城館が分布する。幹線道の整備に伴い脇道や水上交通も発達し、多くの市や宿が成立した。河越氏が武蔵平一揆で没落すると戦国期の武蔵は鎌倉公方足利氏と関東管領上杉氏との対立、鎌倉公方・関東管領の分裂などの影響を受けて乱国状態となった。県域は北武蔵（前線拠点は五十戸（今の本庄市））を地盤とし堀越公方方の山内上杉氏、南武蔵（拠点は川越城）に本拠をおいた扇谷上杉氏などが勢力を争った。下総国方面には古河公方が勢力を張った。戦国後期には相模国の後北条氏が台頭する。天文10年（1541年）には最重要拠点の川越城を巡り、川越を後北条氏に奪われた扇谷上杉氏の上杉朝定は関東管領の上杉憲政と古河公方と結び、城の救援に向かった北条氏康との間で川越夜戦が行われた。敗北した扇谷上杉氏は滅亡し、後北条氏の勢力圏となった武蔵には多くの支城が築かれ、氏康は上杉憲政を圧迫する。憲政は越後国守護代の長尾景虎（のちの上杉謙信）を頼り、関東管領職と上杉家家督を譲り受けた景虎は関東出兵を行い氏康と争った。後北条氏は甲斐国の武田氏や駿河国の今川氏と三国同盟を結び景虎と争っていたが、同盟破綻後の永禄12年（1569年）には越後と和睦して越相同盟を結び、武田氏の秩父方面への侵攻を招いており、こうした複雑な外交情勢のなか北関東の国衆は翻弄された。後北条氏は天正年間には関東の大半を支配し、豊臣（羽柴）家に次ぐ全国第二位の勢力となる。
埼玉県には、40の市、22の町、1つの村がある。市の数40は日本の都道府県で最多、市町村数63は北海道、長野県に次いで日本国内第3位である。なお、町はいずれも「まち」、村は「むら」と読む。
凡例 太字は示現流宗家　　　　　　　　　　　　瀬戸口重為　　　　　　　　　　　　　　┣━━━━━━━━━━━┓　　　　　　　　　　　　東郷重位（示現流流祖）　 東郷重治　　　　　　　　　　　　　　┣━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓　　　　　　　　　　 　 　 重方　                                   和田正貞妻　　　　　　　　　　　  　　┣━━━━┳━━━━┳━━━━━┓          ┃　　　　　　　　　　 　 　 重利　  酒匂景吉　 武重貞   重次（善助） 種子島時貞（古示現流）　　　　　　　　　　　　　　┃　　　　　　　　　　 　 　 実満（重治）　　                        ┣━━━┳━━━━┳━━━┓　　　　　　　　　　 　 　 位照　  実勝　伊集院俊方  実賢　　　　　　　　            ┃　　　　　　　　　　 　 　 実昉　　　　　　　　　　　　　　┣━━━┳━━━┓　　　　　　　　　　 　 　 実乙　川崎良貞　実辰　　　　　　                  ┣━━━┓　　　　　　　　　　 　 　 実位　  実守　　　　　                          ┣━━━┓　　　　　                         実明　　実政　　　　　                          ┃　　　　　                         重矯 　　　　　                          ┃　　　　　                         重毅　　　　　                          ┃　　　　　                         重政　　　　　                          ┃　　　　　                         重徳