7月20日の夏休み初日、自宅のベランダに引っ掛かっていたインデックスと出会い、彼女をきっかけに魔術の存在を知り、「必要悪の教会」の魔術師ステイル・神裂と彼女の処遇を巡る戦いを繰り広げ、インデックスの記憶消去の元凶であった「首輪」を破壊する。それ以降、彼女の同居人兼管理人、そして「首輪」の代わりとなる足枷の役目としてイギリス清教に協力していることや、自身の何らかの計画に利用しようとしているアレイスターの策略などから魔術サイドや学園都市の事件にもたびたび関わっていくようになる。その後、8月8日に起きた三沢塾の事件では「原石」の少女・姫神秋沙を救いだし、8月21日には学園都市内で密かに行われていた御坂美琴のクローン「妹達」を利用した「絶対能力者進化実験」を阻止するため、学園都市最強の能力者・一方通行に戦いを挑み激闘の末撃破する。8月28日から29日にかけて、実験中止によるほとぼりが冷めるまで両親やインデックスと神奈川の海に出かけた際には父・刀夜が自分に買ってきたおみやげが原因で偶然発動した大魔術「御使堕し」の解決に奔走、8月31日には夏休みの宿題に追われる中で、その期間にもいくつかの組織を壊滅させ、アステカの魔術師エツァリ（海原光貴）やインデックスの魔道書を狙った闇咲逢魔と交戦し、9月1日の新学期初日には学園都市に侵入し、風斬やインデックスを狙ったシェリーと交戦する。さらに、法の書事件では、ローマ正教から逃亡したシスター・オルソラを救出するため、単身で約250人のアニェーゼ部隊の元に乗り込み、インデックスらと協力してオルソラを救出する。大覇星祭1日目では「使徒十字」を使った学園都市侵攻を土御門やステイルと共に阻止。2日目は、借り物を返すため佐天のところへ行ったときに美琴が事件に巻き込まれていることを知り、軍覇と共に絶対能力者になりかけている彼女を救出する。イタリア・キオッジアでは「アドリア海の女王」の発動を阻止する。しかし、これらローマ正教が起こした事件を幾度も阻止した事で「神の右席」から目を付けられてしまい、ローマ正教から抹殺指令が下される。9月30日に前方のヴェントから襲撃されるも、何とか撃退する。10月3日には、学園都市上層部の命令でスキルアウトから命を狙われた美琴の母親・御坂美鈴を守るべく奮闘し、リーダー（当時）の浜面仕上を撃破する。その後に世界各地で発生した科学サイドへの抗議デモを阻止すべく、土御門や五和と共にフランスのアビニョンに乗り込み、左方のテッラを撃破する。それからは、学園都市で平穏な生活を送っていたが、後方のアックアに強襲され、意識不明の重症を負うも、自分の為に戦い続ける仲間達のことを思い、意識が朦朧とした状態ながらも戦場に復帰し、神裂や天草式と共闘しアックアを撃破する。10月17日、インデックスに彼女の祖国であるイギリスから「禁書目録召集令状」が布告されたことで、共にイギリスに向かい、ロンドンでオリアナと共に「新たなる光」を追跡中に、第二王女キャーリサと「騎士派」が起こしたクーデターに巻き込まれる。その後、インデックスらと合流してバッキンガム宮殿に乗り込み、カーテナ＝オリジナルや最新兵器を駆使するキャーリサに苦戦するも、アックアや騎士団長、さらには女王エリザードらの加勢もあり、カーテナ＝オリジナルを破壊し、クーデターを終結させる。また学園都市ではアレイスターが承諾した上で上条の回収班が、暗部抗争で一方通行に敗れた垣根帝督と同様の処置（能力を吐き出すだけの装置化）を施してでも、希少かつプランに必要不可欠な幻想殺し（上条）を回収しようとしていたが美琴によって阻止されている。クーデター終結後、「神の右席」最後の一人右方のフィアンマが自身の計画の為に「自動書記」の遠隔制御霊装を奪った影響で意識を失ったインデックスを救うため、第三次世界大戦が勃発したロシアへと向かい、その道中でレッサーと合流し、エリザリーナ独立国同盟に辿り着くが、サーシャを狙って現れた右方のフィアンマに為す術なく圧倒され、記憶喪失の件でも深く追及される。その後、突如襲いかかって来た一方通行との再戦を経て、思い詰めていた記憶喪失への悩みを吹っ切り、「ベツレヘムの星」内での戦いでフィアンマを倒し遠隔制御霊装を破壊してインデックスを解放した後、暴走するミーシャを止める為に「ベツレヘムの星」ごと特攻して世界の崩壊を食い止める。その後は行方不明となるが、ロシアに潜伏していた魔術結社「明け色の陽射し」に救出される。11月5日、学園都市に帰還し、たまたま出くわした「新入生」の一員、黒夜海鳥からフレメアの命を救い、その場にいた一方通行と浜面と合流し、インデックスとレイヴィニアの仲介のもと、魔術に関する情報を共有する。11月10日、レイヴィニアら共にハワイに向かい、魔術結社「グレムリン」と交戦し、構成員のサローニャ＝A＝イリヴィカを撃破する。11月13日、格闘大会「ナチュラルセレクター」を開催する東欧のバゲージシティへ木原加群の手引きのもと単独潜入し、グレムリン正規メンバーの一人マリアン＝スリンゲナイヤーを破る。しかし、直後に出現した魔神オティヌスに右手首を握り潰されて昏倒、窮地に陥るも上条の救助に現れたオッレルスとフィアンマの介入によって難を逃れる。オッレルスの手で学園都市に運び込まれ、「幻想殺し」の正体を伝えられた後、自分との戦闘を望むトールからフロイライ＝クロイトゥーネ救出を持ちかけられ彼と行動を共にする。フロイラインを狙うグレムリン、オッレルス側の両勢力を惑わすが、警備員に腹部を撃たれ重傷を負う。緊急手術を受けたが病院から脱走しサンドリヨンと接触、レイヴィニアの前に立ちふさがり彼女を撃破する。その後、トールに頼まれて彼とも交戦、雷神としての彼を何とか撃破するも全能の神の力の前には歯が立たなかった。「一端覧祭」後、土御門から強制的に「学舎の園」に送りこまれる。舞夏の死亡報道を見て自分が彼に騙されていたことを悟ると、土御門の元へ向かい、土御門を撃破する。貝積から「人的資源」プロジェクトの概要を告げられ、人造ヒーローたちの攻撃をかわしながら恋査から浜面・黒夜を救う。その後、「避雷針」でフレメアを発見したところで恋査の襲撃を受けるが、垣根と共闘し恋査を撃破する。グレムリンの総攻撃の時には「切り札」として扱われ、主戦場となる東京23区へ乗り込む。移動中、「地の底這う悪竜」の襲撃により仲間と分断され単独でフレイヤと戦うことになるが、インデックスと美琴と合流しインデックスがフレイヤの術式を解析するまでの時間を稼ぐ。レイヴィニアやレッサーとも合流して東京湾の「船の墓場」へと向かうが、「槍」を完成させたオティヌスが世界を終わらせたことで「基準点」である自分とオティヌスを除くすべての物が存在しない世界に取り残されてしまう。自分の心を折るためにオティヌスが作り上げた無数の世界の中で抗い続けるが、「自分がいないことで幸せになった世界」を突き付けられたことで絶望し、遂に死を選ぶ決意をする。しかし、自分やオティヌス以外に元の世界の記憶を有していたミサカネットワークの「総体」から掛けられた言葉で再起、自分自身のために元の世界を取り戻すべくオティヌスに戦いを挑む。10031回の敗北の末オティヌスだけに通用するパターンを組み上げ、ついに彼女の成功の象徴である「槍」を砕くが、失敗の象徴となる術式までは見切ることができずに敗北、彼女に「第一希望」を取り戻すよう諭し「幻想殺し」を託して死亡する。直後、自分が生きていることと同時に、考えを改めたオティヌスが上条自身の世界を取り戻すべく世界を終わらせる直前まで世界を巻き戻したことを理解し、世界の善意についばまれ命を失う覚悟をした彼女を救うべく世界中を敵に回すことを決意、彼女を魔神から人間へと戻すために必要な「目」を手に入れるために各勢力からの刺客と戦いながらデンマークのイーエスコウ城を目指す。数多くの敵との戦いをかろうじて生き延び学園都市に帰還して病院で治療を受けていたが、芹亜からかけられた言葉をたどり自分が記憶を失う前に食蜂と初めて出会った場所へ赴きそこで彼女を助け、記憶を失う前の自分が救えなかった蜜蟻の前に立ちふさがり彼女の気が済むまで一方的に殴られる。12月1日には新たな同居人であるオティヌスの嘆願でドールハウスを購入するため第15学区のダイヤノイドを訪れ、そこでサンジェルマンと遭遇するが、新生「アイテム」の面々と協力し加納の戦いをサポートする。出席日数が危険域に入ったために、12月3日の防犯オリエンテーションでは犯人役でなんとか点数を稼がなくてはいけないことになる。その際に僧正から「魔神」たちの採点者となるよう依頼されるがその行為が恐怖政治となんら変わらないと否定、襲いくる僧正から偶然居合わせた美琴と共にアクロバイクに乗って逃走、第23学区のマスドライバーを使って僧正を宇宙に追いだす。その日の夜に自宅に現れたネフテュスから「理想送り」を有する上里が学園都市にやって来ていることを知らされ、妹を救うため学園都市に入り込んでいたレイヴィニアを保護する。「魔神」を追って自宅の寮に現れた上里と交戦することとなるが、一時休戦してパトリシアを救うべく協力し合い、その後再び激突し「幻想殺し」を潰されたものの、その奥にある「何か」によってこれを退ける。僧正が校舎を破壊したため翌4日からは別の中高一貫校に通うこととなり、転校生の上里と再会する。さらにその翌日には上里により上条勢力の切り崩しが行われ自身の命も危険となるが、いつの間にか歪んでしまった義兄をもとに戻そうとする「絶滅犯」去鳴と協力して対処、その後「理想送り」を奪った木原唯一の襲撃を受け、危うくサンジェルマンウイルスを感染されかけるが「対魔術式駆動鎧」を装備した美琴に救われ難を逃れる。エレメントの襲来時にはインデックスとオティヌスを連れて学校に立てこもっていたが、7日に行われた作戦に失敗しエレメントに追い詰められていたところをまたも美琴に助けられ常磐台中学に保護される。エレメントを生み出しているとみられた水晶塔の破壊に協力するが、それが囮だと知りA.A.A.のハンガーを破壊しに常盤台に現れた唯一に襲われ、事件の裏で動いていた上里勢力の元に匿われることになる。その後上里共に｢窓のないビル｣に向かうが、彼は唯一にハメられて｢理想送り｣にかかって消滅、残された右手を盾にして唯一に脅された上里勢力の少女達に命を狙われることになってしまう。逃亡中にただ1人正気を保っていた府蘭と合流、上里を助けだすために力を合わせることになり、インデックスとの合流に失敗したことから新たな魔術アドバイザーとして琉華を味方に付ける。A.A.A.を利用した類感魔術で上里を呼び戻すことには失敗したが、ネフテュスの残滓を利用してもう一度魔術を行うことを提案し、「営巣部隊」とも協力して府蘭と琉華をパトリシアが入院する病院まで送り届ける。12月11日の早朝、土御門と府蘭の訪問を受け彼らと舞夏を学園都市外へ逃がすために協力することになるが、舞夏がアレイスターの魔術剣で刺されてしまい、彼女を救うために「窓のないビル」へ向かう。その内部でアレイスターの半生を目の当たりにし、さらに「幻想殺し」の前身と学園都市の設立目的を知ることになり、問答型思考補助式人工知能や仲間たちからの援護も受けてアレイスターを撃破する。直後、美少女型になったアレイスターの分化体から接触され、そのスケべオヤジじみたセクハラ発言に翻弄されつつもコロンゾン対策と仲間との合流を目指してともに情報収集を行うことになる。その結果、浜面が事件の鍵を握っていることがわかったため彼に接触して「書庫」を狙うA.O.フランキスカと戦い、戦闘後にアレイスターから敵の本丸であるイギリス本土へ同行するよう依頼をされる。イギリス上陸後、イングランド―ロンディニウム大要塞を突破するための囮として、アレイスターの手で上空の気球から干し草の防壁へとたたき落とされる。捕虜として処刑塔へ連行され、ステイルから拷問を受けることとなるが、結界の制御装置を破壊してオティヌスと共に脱出を果たす。レイヴィニアとレッサーが運搬する「神威混淆」ワチェット＝レトを破壊すると、アレイスターと合流し、女子寮を守りたいという思いをイシス＝デメーテルに歪められて暴走するオルソラを止めるために対話を試みる。100年前の「黄金」たちが現れた際には敵の強大な力に右往左往しながらもアレイスターに協力、戦場がスコットランド方面へ移ると事件を通して知り合った女性騎士と共に「王室派」の元へ向かい、アレイスターが駆け付けるまでメイザースの足止めをした。エディンバラ城で二元論から解放されたコロンゾンによって、右手ごと「どこに顔や手足があるか分からない状態」まで粉々に粉砕されてしまったが、「幻想殺し」を切断することでアレイスターの回復魔術が間に合い辛うじて蘇生。しばらく右腕が再生しない状態が続いたが、アエティール・アバターの襲撃時に「幻想殺し」を取り戻し、美琴と共にA.A.A.でクイーンブリタニア号に突入、儀式場に乗り込んだ時に再び右腕を切断されるも溢れ出た「何か」によって大悪魔を撃破する。だが、「幻想殺し」から生まれた神浄の討魔に自分の居場所を奪われてしまい、祝勝会をしていたウィンザー城へ突入するも襲撃に失敗し、「心理掌握」の暴走から美琴に助けられて命からがら逃げ帰る羽目になる。半年にも満たない記憶しかない自分が過去である神浄と争っていいのか悩んでいたが、ウィンザーの酒場で出会った人々の言葉を受けて自分を優先する決断をし、ウィンザー城に再び忍び込み、己の存在をかけた激戦を制して幻想殺しを取り戻し、暴走していたインデックスと美琴、致命傷を負っていた食蜂を救った後、インデックスと共に学園都市へ帰還した。