鹿苑寺舎利殿（以下「金閣」と表記）の建築形式、間取り等については以下のとおりである。なお、昭和25年に焼失する前の金閣（応永5年（1398年）頃完成）と昭和30年に再建された金閣とでは細部に違いがあり、以下の説明は再建金閣についてのものである。金閣は木造3階建ての楼閣建築で、鹿苑寺境内、鏡湖池（きょうこち）の畔に南面して建つ。屋根は宝形造、杮（こけら）葺きで、屋頂に銅製鳳凰を置く。3階建てであるが、初層と二層の間には屋根の出を作らないため、形式的には「二重三階」となる。初層は金箔を張らず素木仕上げとし、二層と三層の外面（高欄を含む）は全面金箔張りとする。三層は内部も全面金箔張りである（床面を除く）。初層と二層の平面は同形同大で、正面5間、側面4間とする（ここで言う「間」は、長さの単位ではなく、柱間の数を表す）。初層と二層は通し柱を用い、構造的にも一体化している。三層は一回り小さく、方3間である。初層は「法水院」と称し、正面の一間通りを吹き放しの広縁とし、その奥は正面5間、側面3間の1室とする。正面の5間は等間ではなく、西から2間目（本尊を安置する位置）の柱間が他より広くなっている。この室の正面は5間とも住宅風の蔀戸とし、両側面（東・西面）はそれぞれ前寄り1間を板扉、後寄り2間を土壁とする。背面（北面）は5間とも土壁である。以上の土壁には腰貫を通す。うち、北面の腰貫は建物の外側から見えるが、東・西面の腰貫は室内側にしか現れない。初層の西側には、池に張り出して、「漱清」と称する方1間、切妻造、吹き放しの小亭が付属する。初層室内は1室とするが、天井に設けられた仕切りによって、西側の間口3間の部分と東側の間口2間の部分とに、ゆるやかに区切られる。西寄り3間の部分は、奥に須弥壇を設け、壇上中央に宝冠釈迦如来坐像、向かって左に法体の足利義満坐像を安置する。床は板敷、天井は鏡天井とする。二層は「潮音洞」と称し、四周に縁と高欄をめぐらし、外面と高欄を全面金箔張りとする。西側は正面の間口3間、奥行1間分を吹き放しの広縁とし、その奥に位置する方3間を仏間とする。東側は正面2間、側面4間の1室とし、仏間との間は遣戸で仕切られる。仏間正面は中央間が両開き板戸、両脇間は上部を格子窓、下部を腰壁とする。仏間内部は、須弥壇上に観音菩薩坐像（岩屋観音）を安置し、須弥壇周囲には四天王像が立つ。壁と床面は黒漆塗とし、天井には飛天像を描く。広縁は床を黒漆塗とし、天井には鳳凰を描く。東側の室は、正面側2間と広縁境を舞良戸とする。東室の内部には初層から三層をつなぐ階段があり、上り階段は三層の北側の縁に通じている。二層の東面と西面はすべて板壁とし、北面は西から2間目（須弥壇の背後）を板扉とするほかは板壁とする。三層は「究竟頂」（くっきょうちょう）と称し、方3間の1室で、仏舎利を安置する。初層が蔀戸を用いた寝殿造風、二層が舞良戸、格子窓、長押を用いた和様仏堂風であるのに対し、三層は桟唐戸、花頭窓を用いた禅宗様仏堂風とする。高欄も二層のそれが和様であるのに対し、三層のそれは逆蓮柱を用いた禅宗様である。三層の柱間装置は東西南北とも同じで、中央間を桟唐戸、両脇間を花頭窓とする。三層は天井や壁を含め内外ともに金箔張りで、縁と内部の床面のみ黒漆塗とする。再建金閣は、村田治郎らの指導で昭和27年から再建に着手し、昭和30年に落慶したものである。焼失前の金閣は明治37年から39年にかけて解体修理が行われていた。再建金閣は、この解体修理時に作成された図面をもとにして、焼失前の建物の構造・意匠を基本的に踏襲している。ただし、焼損部材の調査を踏まえ、旧状に復す形で一部変更された部分もある。もっとも顕著な相違は、焼失前の金閣は三層のみに金箔が残り、二層には全く金箔が残っていなかったが、再建金閣では三層のみならず二層の外面も全面金箔貼りとしている点である。これは、次のような根拠に基づくものであった。明治時代の金閣の解体修理の後、再使用されなかった二層の隅木（屋根の四隅に用いられる斜材）の部分が別途保存されており、花入れに加工されて別途保存されていた。昭和25年の金閣炎上後は、この花入れ（旧二層隅木の一部）が唯一の焼け残った部材となり、この部材に金箔が押されていたことから、再建金閣では二層も金箔貼りとすることになった。建築史家の宮上茂隆は、もっとも風雨にさらされやすい部材である隅木のみに金箔が残っているのは不自然であるとし、二層には本来金箔は貼られていなかったとする。また、焼失前の金閣では二層の東面と西面の中央に連子窓が設けられていたが、再建金閣では二層の東・西面はすべて壁となっている。義満の孫・8代将軍足利義政はたびたび鹿苑寺に参詣し、金閣にも上っていることが記録に残されている。『蔭涼軒日録』には、応仁の乱が終わって8年ほど経った文明17年（1485年）10月15日に義政が参詣した際の、義政と亀泉集証（『蔭涼軒日録』の筆者）のやりとりが記録されている。金閣は応仁の乱には焼け残ったが、当時の境内はまだ荒れており、庭の楓樹の大半が乱のさなかに伐られ、池の水量も減っていたことが義政と亀泉のやりとりから窺われる。義政の問いに対する亀泉の応答によると、二層に安置されていた観音像は応仁の乱で失われ、新しい像に替わっていた。また、三層には阿弥陀如来と二十五菩薩の像を安置していたが、像本体は失われ、像の背後にあった白雲だけが残っていた。鹿苑寺金閣は国宝保存法により国宝に指定されていたが、昭和25年7月2日未明、学僧・林承賢（当時21歳）の放火により炎上（金閣寺放火事件）。国宝金閣（舎利殿）は全焼、国宝足利義満坐像、伝運慶作の観世音菩薩像、春日仏師作の夢窓疎石像等10体の木像等も焼失した。林は寺の裏山で自殺を図ったが一命を取り留めた。彼の母親は事情聴取のために京都に呼ばれ、その帰りに保津峡で投身自殺した。この事件は三島由紀夫の小説『金閣寺』、水上勉の小説『五番町夕霧楼』・『金閣炎上』の題材にもなっている。なお、頂上にあった鳳凰及び「究竟頂」の額は火災以前に取り外されていたため、焼失を免れて現存し、このうち金銅鳳凰は平成11年（1999年）に京都市指定文化財に指定されている。現在の金閣は、前述のように明治37年から39年の解体修理の際に作成された旧建物の詳細な図面や写真・古文書・焼損材等の資料を基に、昭和27年3月22日から3年を掛けて復元再建されたもので、昭和30年10月10日に落慶法要が営まれた。その後、再建から10年あまりで金箔が剥落して下地の黒漆が見えるようになり、その漆も紫外線で劣化するようになったため、昭和61年2月から翌62年10月まで1年8ヶ月、総工費約7億4千万円（当時）を投じて「昭和大修復」が行われ、漆の塗り替えや金箔の貼り替え、天井画の復元等の修復工事が行われた。この修復工事に際し、金箔は通常（約0.1µm）の5倍の厚さ（約0.45 - 0.55µm）の「五倍箔」約20万枚（約20kg）、漆は国産の「浄法寺漆」約1.5tが使用されている。最上層の天井板は「楠天井の一枚板」であったと伝えられるが、それは誤りであり、複数の板を用いた鏡天井であったという。一方で、「一枚板」は天井ではなく床板であるという説もある。例えば『雍州府志』巻五に見える鹿苑寺の説明には「斯床三間四面也。以板一枚為床」とある。なお、明治期、鹿苑寺が「一枚板の天井」を目玉として誘客していたことも知られている。室町幕府8代将軍足利義政は、祖父の義満が建てた舎利殿に倣い、造営中の東山山荘に観音殿（近世以降銀閣と通称される）を建てた。銀閣（慈照寺観音殿）、飛雲閣（西本願寺）と併せて「京の三閣」と呼ばれる。