鎌倉幕府滅亡後に京都に成立した後醍醐天皇の建武政権から離反した足利尊氏は、持明院統の光厳上皇の院宣を受け、建武3年（1336年）6月に京都を確保すると光厳上皇を奉じて入京する。尊氏は武家政権の構築に着手するが、後醍醐天皇は叡山に逃れて抵抗しており、8月の豊仁親王（光明天皇）践祚は三種の神器を欠いたままで行われた。同年11月には講和が成立し、後醍醐天皇は神器を足利方に渡して譲位し、光明天皇が即位。同年末、北朝は『建武式目』を発布して武家政権の成立を宣言するが、後醍醐上皇は京都を脱出して吉野に逃れ、北朝方に渡した神器は贋物であると宣言し、吉野朝廷（南朝）を成立させて対抗する。北朝では光厳上皇が治天として院政を行い、足利尊氏とともに光明・崇光両天皇を支えた。足利政権内部の紛争から観応の擾乱が起こると、観応2年（1351年）に足利尊氏は南朝との和睦を行い、正平一統が成立し、年号は統一され神器も南朝方に返されて北朝はいったん解体される。翌正平7年（北朝としては「観応3年」、1352年）、南朝は京都と鎌倉への侵攻と光厳・光明・崇光の三上皇と廃太子直仁親王の拉致を行い、一統は破棄される。京都を奪還した足利義詮は北朝再建を試みるものの上皇の不在により治天を定めることができず、三種の神器も南朝方に渡っていた。足利政権では古代の継体天皇の先例を持ち出し、光厳生母の広義門院（女院）を治天とし、8月に三種の神器のないまま光厳皇子の弥仁親王の践祚を行って後光厳天皇として即位させ、翌月には元号を文和と定める。伊藤敬は、これを（一旦断絶した）北朝にとっての画期であるとして後光厳以後の3代を「新北朝」と呼称している。ところが、これを知った南朝側は翌文和2年（1353年）に再度の京都進撃を行い、6月13日には南朝軍に追われた後光厳天皇が京都を脱出、西園寺実俊・万里小路仲房・日野時光ら少数の近臣とともに美濃国大野郡小島（現在の岐阜県揖斐川町）に落ち延びて土岐氏の庇護下に入り、9月21日に足利尊氏とともに京都に帰京するまで亡命生活を送る。更にその翌年の文和3年（1354年）12月24日には南朝方についた足利直冬・桃井直常の京都進撃によって後光厳天皇は今度は近江国蒲生郡武佐寺（現在の滋賀県近江八幡市の長光寺または広済寺とされる）に落ち延びて近江国内を転々とし、翌文和4年（1355年）3月28日に足利義詮とともに京都に帰京した。以後、南朝の京都回復は実現せず、捕えられていた三上皇のうち、文和4年8月8日に政治的実権の無かった光明法皇が、2年後の延文2年（1357年）2月18日には光厳法皇・崇光上皇及び廃太子直仁親王が北朝へ返還された。更に康安元年（1361年）12月8日にも南朝側に寝返った細川清氏らの京都進撃によって後光厳天皇は再び近江武佐寺に落ち延びて、翌貞治元年（1362年）4月21日に帰京している。正平一統以来前後合わせて4回にわたる南朝軍の京都占領及び足利軍による回復によって室町幕府の軍事力なくして北朝そのものの維持が不可能であることが明確となった。更に神器も存在せず、本来の治天の君である光厳の承認なくして即位した後光厳天皇の求心力保持は室町幕府の正統性にも影響を及ぼす問題であることからその権威の維持・上昇に幕府が積極的に関与せざるを得なくなっていった。こうした動きは後の室町幕府による朝廷への口入（武家執奏）を正当化する理由となった。室町幕府にとって北朝は幕府の権威を保障するとともに、南朝との戦いを推進する上での財源ともなり得る存在であった。北朝は寺社本所領の兵粮料所化を受け入れる代わりに公家たちの所領を安堵させ、幕府は見返りとして即位式など天皇の権威づけに必要な儀式の財源を拠出した。本来、戦乱が収まれば、こうした土地は元の領主の知行に復帰する存在であったが、武士の押領が続いた上、観応の擾乱と正平一統、それに伴う京都争奪戦の激化によってその基本方針が破綻して、幕府はより強力な半済令の導入に至った。その後、室町幕府も応安大法などによって原状復帰への努力が図られたが、武士の荘園への進出は完全には収まらず、幕府は朝廷財源を段銭によって賦課する形で補うことになった。また、正平一統とその後に成立した後光厳皇統の不安定さは公家社会にも複雑な影響を及ぼした。南朝は後光厳天皇を「偽主」として非難し、偽主に従う者は解官・所領没収などの措置を取るとした。一方、北朝も公事に参仕しない者に対して解官・所領没収の措置を取るとし、室町幕府も同様の姿勢を示した。だが、実際には京都の支配権が南北両朝の間を移り行き、神器も治天からの正式な支持もない後光厳天皇に従うことに不安を感じる公家が続出し、正平一統前は公事への公卿の参仕が少ない時でも官位への補任などを材料に他の公家を出仕させることで運営に必要な人員をカバー出来たものが、後光厳天皇の下では同天皇の擁立に関わった公家などしか集まらず、公事も停滞した。更にこの時期には寺社勢力の動きも活発化して春日神木の入京によって公事が妨げられることもあった。そのために後光厳天皇は公家たちの「忠節」によって人事や家門の継承、家領の安堵などを定め、室町幕府がその実施を保障する（ただし、当事者の公家と幕府との関係によって武家執奏を行って加減を図ることがある）ことで求心力の維持を図ろうとした。この路線は貞治年間に幕府軍が優位に立つことで効力を生じることになり、以後も基本的に継続されていくことになる。だが、その過程で去就の判断を誤って没落した家や反対に家格以上の待遇を得られる家も登場し、更に幕府との関係による家の浮沈も絡んで、公家社会の地図は大きく変化することになる。特に他の村上源氏諸家の没落に伴う久我家の源氏長者独占の確立や勧修寺流・日野流の名家の台頭という室町期公家社会特有の現象も、元をたどれば、後光厳天皇擁立やその後の京都脱出（地方下向）に際して当時の当主が北朝方に奉仕し、天皇や室町幕府から「忠節」を評価されて信任を得ていたという歴史的背景と深く関わっていた。将軍義満、管領細川頼之時代には武家執奏による朝廷への口入がみられ、応安3年（1370年）に後光厳天皇が自らの皇子である緒仁親王への譲位意思を表すると、崇光上皇は正嫡である実子栄仁親王の即位が妥当であると主張し、皇位継承問題が起こる。朝廷は室町幕府の判断をもとめ、緒仁親王（後円融天皇）の即位が実現した。だが、既に貞治2年（1363年）の段階で光厳法皇は崇光上皇の子孫への皇位継承を意図して自身が領していた持明院統伝来の所領の大半（長講院領・法金剛院領・熱田社領ほか）を崇光上皇に譲渡しており、崇光上皇と栄仁親王（伏見宮家）の存在が正統性においても経済的基盤においても弱い後光厳天皇流を圧迫した。これに対して、室町幕府と後光厳天皇は光厳法皇と崇光上皇へ出仕する公家を処分する（『園太暦』延文2年2月19日）として光厳法皇らを牽制している。応永3年（1396年）の崇光上皇の晩年に、室町幕府が伏見宮領を悉く奪って後小松天皇に献上しようとした背景には、こうした持明院統内の皇位を巡る確執があり、両派の対立は称光天皇の早世による後光厳流皇統の断絶まで続くことになる。明徳3年（1392年）、南朝の後亀山天皇との和睦が成立し、神器は返還され明徳の和約によって南朝が北朝に吸収される形で南北朝合一が実現。そして北朝に属する後花園天皇が践祚して以降、この皇統が今日の皇室へと続いている。1911年（明治44年）、いわゆる南北朝正閏論を収拾するため、明治天皇の勅裁により南朝が正統とされた。これにより、北朝の6代6人の天皇のうち後小松天皇を除く5代5人は、125代の歴代天皇に含まれないこととなったが、その称号と祭祀はこれまで通りとされた。もっとも、戦後においては歴代天皇の数え方は南朝に依拠するものの、南北双方の朝廷を認めるのが通説とされている。