大手航空会社である大和航空のパイロット訓練生・風間真（シン・カザマ）は親友の神崎 悟と共にパリでの研修訓練を終了し、帰国後にパイロットとしての第一歩を踏み出すことになっていた。シンは社長令嬢・津雲 涼子との交際も順調でその将来を嘱望されていた。だが、研修終了後に神崎に呑みに誘われ泥酔したシンは、神崎の策略により激しい内戦の続く中東のアスラン王国傭兵部隊入隊の契約書にサインをさせられ、戦闘機乗りとして傭兵部隊に入隊する。シンが配属されたのは作戦地区名エリア88と呼ばれる傭兵部隊で構成された空軍基地であった。この基地から除隊するには、高額の違約金を払うか、契約満了まで生き延びるかのみ。シンは違約金を稼ぐため、ザク・ヴァシュタール国王率いるアスラン政府軍の傭兵として、ザク国王の実兄であるアブダエル・ヴァシュタールが率いる反政府軍と血みどろの戦いを繰り広げることになる。戦いのさなか、シンはエースパイロットとして頭角を現し、報奨金を稼いでいくが、次第に傭兵稼業に染まっていく。エリア88には、アメリカ出身でベトナム帰還兵のミッキー・サイモン、デンマーク空軍出身で対地攻撃では右に出る者がいないグレッグ・ゲイツ、西ドイツ出身でNATO空軍の元将校フーバー・キッペンベルク、そして彼らの指揮官であり、アスラン空軍のエリートとして将来を嘱望されてたアブダエル・ヴァシュタールの長男であるサキ・ヴァシュタールらがいた。彼らは様々な事情から心に傷を負い、傭兵とその雇い主に身を落としていた。一騎当千を謳われる戦友たち、そして彼らに武器を売って儲ける因業爺のマッコイと共に、シンは数々の危険な作戦をこなしていく。行方をくらませたシンの身を案じていた涼子は、偶然にも欧州に居たサキと飛行機で乗り合わせる。サキ暗殺のため飛行機に仕掛けられた爆弾を巡り、シンとミッキーが危険な解除作戦を成功させる。涼子から何があったのかを尋ねられたサキは、飛行機の窓から見えるクフィールを指さし、「あれは私の部下のシンとミッキーです」と告げた。まさかと思う涼子だったが、帰国した涼子は、たまたま手に取った雑誌に、サキとシンの写真が掲載されているのを見つける。シンが中東のアスラン王国にいることを知った涼子は、社長秘書の安田 妙子とともに旅立つが、その機を操縦するのは神崎だった。エリア88で航空無線に入ってくる民間機の交信を聞いていたシンは、神崎の機がアスラン付近に来ていることを知る。激情に駆られ撃墜を試みるシンだったが、神崎から涼子が搭乗していることを聞かされて思いとどまる。しかし、民間機攻撃の責を問われたシンは独房に入れられる。数日後、独房でサキより民間機攻撃の真意を尋ねられたシンは、錯乱しサキの視神経に失明につながりかねない深刻な傷を負わせてしまう。サキは後にこの傷が原因で失明しかけ、スイスで治療を行うことになる。シンはサキの配慮により銃殺こそ免れたものの、サキが失明する可能性があることを知り後悔する。一方神崎はシンの攻撃を受けたことを大和航空本社に連絡し、涼子のアスラン行きを断念させる。シンの生存を知った神崎はシンを確実に葬り去るため、マフィアの手を借りてエリア88の志願兵を装った刺客チャーリーを送り込むが、シンに返り討ちにされる。アスランの水準を上げるため、外資導入を図ろうとするサキの父アブダエル率いる反政府軍には様々な勢力が石油利権目当てで援助していた。シシリアンマフィアのジュゼッペ・ファリーナは新兵器開発の実験場としてアスラン内戦を利用し、財力を注いで作り上げた地上空母により各種データを収集していた。ファリーナは、サキの実弟であり、反政府軍に加わっているリシャール・ヴァシュタールを地上空母に招待し、地上空母を反政府軍に貸し出す旨を告げる。その頃日本では神崎による大和航空乗っ取りが行われ、新社長となった神崎は安全基準ギリギリで運用コストの低い旅客機を採用し、大和航空の収益を改善していった。だが、羽田沖で墜落事故が発生する。神崎の乗っ取り以前から神崎の行動に疑問を抱いていた安田は、神崎の身辺調査を行う。それを知った神崎は安田を殺害すべく情婦ジュリオラを差し向けるが、安田は難を逃れ、調査報告を発表することで神崎を失脚に追い込む。アスランでは、エリア88が地上空母に攻撃を仕掛けるが、艦載機であるリモコン操縦のF-18にエリア88パイロットは苦戦する。父の代理として地上空母を視察していたサキの弟リシャールは、エリア88攻撃に用いられることになった地中ミサイル「グランドスラム」を目の当たりにして発射を阻止しようとするが失敗し、瀕死の重傷を負わされたうえで砂漠に放り出される。リシャールは偶然にも通りかかったマッコイに救われる。エリア88に運び込まれたリシャールは一命をとりとめ、サキにグランドスラムがエリア88に向けて発射されたことを伝える。ミサイルの存在を知ったエリア88は、あらゆる手を講じてグランドスラムの進行を基地の手前で阻止したものの、後に地下水脈によりグランドスラムが市内へ流されることが判明し、エリア88に被害が及ぶことを承知のうえでグランドスラムを誘爆させ、グランドスラムが市内に流されるのを阻止したものの、エリア88は主滑走路に大きな被害を受け、空軍基地としての機能を失った。地上空母はアスラン政府にグランドスラムを王都に向けて発射すると通告し、発射を阻止したければ政権を渡すように要求する。これを受け、シンはサキと共にアスラン王宮に向かう。サキはスイスで目の治療を行っている最中に涼子と再会し、涼子からシンとの関係を聞かされており、涼子へ配慮としてシンへアスラン王宮からギリシアにある外人部隊訓練基地へ向かい教官となるように命じ、シンの戦死を回避しようとしたが、シンはサキへの恩義から命令を拒否し、地上空母との戦いを継続する道を選んだ。グランドスラムによる王都攻撃は不慮の事故により未遂に終わるが、地上空母によりエリア88は占拠される。シンは仲間たちと共に地上空母との最終決戦に臨み、地上空母の破壊に成功するが、一連の戦いで多くの戦友を失い、地上空母が破壊された際に生じた残留放射能によりエリア88は使用できなくなる。エリア88は鬼教官ラウンデルの指揮するギリシャの外人部隊訓練基地で部隊再編を実施すると同時に、管理がアスラン正規軍に移されることになり、エリア88の傭兵たちは、階級が与えられるのと引き換えに違約金による除隊や命令拒否の権利を失う。これによりシンは大尉に任官され、契約期間満了まで傭兵を続けざるを得なくなる。一部隊の指揮官となったシンの部下として新人パイロットで最年少のキム・アバが編入される。シンは徹底的なシゴキによりキムに生き残るための心構えを叩き込み、一流の戦士へと鍛え上げる。新生エリア88は山岳を切り抜いて作られた険峻な基地だった。攻勢を強める反政府軍に対し、エリア88は敢然と立ち向かう。また、涼子は安田と共に欧州のアパレル業界で一大ブランドを築いていく。一方、ジュゼッペをジュリオラと共に謀殺した神崎は「サトル・ファリーナ」を名乗り、養父が温めていた悪魔の計画プロジェクト4の実施を宣言。その手始めとしてアスラン内戦に介入し、元ブルーエンジェルスのゲイリー・マックバーン（マック）ら名うての戦闘機乗りを傭兵として送り込む。共に米軍で旧知の仲であるミッキーとマックは戦場で邂逅。ミッキーはマックが娘のために傭兵に身を落とした事情を知ってしまう。一方、シンはプロジェクト4の新兵器対空地雷に気をとられて撃墜され、妖艶な傭兵セイレーン・バルナック（セラ）と知り合う。セラに迫られるシンだったが最愛の涼子でさえ抱けぬ身の上を包み隠さず語る。そんな誠実なシンにセラは一目惚れしてしまう。続く戦いでミッキーがセラを撃墜して捕虜とするが、エリア88の奮闘も空しく、プロジェクト4の攻勢により王都が陥落。アスラン兵による嬲り殺しを警戒したシンはセラを涼子へのメッセンジャーとして脱出させる。「シン・カザマは傭兵としてアスランの空に散った……」セラは気丈にもその言葉を恋敵である涼子に告げる。だが、シンは皮肉にもサキから王都を逃れたザク国王を伴ってフランスに亡命し、その後除隊するよう命じられる。反政府軍の大部隊が迫る中、エリア88のメンバーは決死の覚悟で脱出を試みる。サキは傭兵部隊としてのエリア88を失う覚悟だったが、ミッキー、グレッグ、キムら主要なメンバーは尚もサキと共に戦うことを望んだ。サキは海岸線に仮設基地を建設し抵抗を試みる。そこへプロジェクト4を見限ったセラが合流する。一方、パリで除隊したシンだったが、平和な日常は最早彼には苦痛でしかなくなっていた。シンはマークIIIという傭兵部隊に志願し、パリに滞在する涼子に別れの電話をかける。神崎はアブダエルを傀儡とする新生アスラン王国の建国を宣言。アブダエルを操縦するため、彼が没後も愛するサキたちの母ソリア妃の霊廟を焼き払うように命ずる。中東の石油利権を牛耳る野心から神崎はアスランを隣国ブラシア侵略へと向かわせる。ジュリオラはソリアの遺体が冷凍保存されていたことを知り、密かに欧州に持ち去る。神崎の子を妊娠していたジュリオラは愛を信じたいという気持ちを抑えられなくなっていたのだ。シンの電話にショックを受けた涼子は自殺を試みるが安田に発見されて事なきを得る。ジュリオラもまた頼るあてがなくなり、一度は暗殺の対象とした相手である安田を頼ることになる。一方、シンはマークIIIの指揮官としてアフリカの小国バンバラで起きるクーデターの際に大統領一家を保護して逃亡する任務を負う。その準備の過程でマッコイと再会したシンは裏切りを察知。当初の計画通り、大統領一家を護衛しての国境越えを試みるが、追撃を受けたシンは大統領夫妻と部下の大半を失う。死に瀕する大統領から我が子と共にシンに託されたのはスイス銀行のカードだった。マッコイの救援で九死に一生を得たシンはスイスに渡り、途方もない額の金を受け取ることになり、一夜にして大富豪となる。マッコイがシンのために飛び回っている中、エリア88は盗賊紛いの真似で物資を盗み出しては命脈を繋ぐジリ貧状態にあえいでいた。サキは瞬く間に滅ぼされたブラシアの空軍パイロットを強奪するためキムとセラを送り込む。セラの活躍によりブラシア空軍のパイロットを処刑から救い戦力を補充したエリア88だったがプロジェクト4の攻撃により海岸基地を失う。絶望に打ちひしがれるサキに届いたのはマッコイからの無線連絡だった。「何者か」がサキとエリア88の戦士たちのためにエンタープライズ級の原子力空母を艦載機と乗組員付きで無償提供するというのだった。サキは艦名を「エリア88」としてプロジェクト4の野望阻止に向かう。神崎の次なる狙いはタンカーが往来するスエズ運河だった。神崎とプロジェクト4調査のため日本に一時帰国したシンは空港で海音寺 八兵衛という老人と知り合う。八兵衛に見込まれたシンは彼の主催する園遊会に招かれる。神崎に買収された大和航空を買い戻したシンだが、そうした動きは政財界に通じる八兵衛に筒抜けになっていた。園遊会で八兵衛から詰問されたシンはこれまでの過酷な経緯を語る。一方、八兵衛と旧知の間柄である涼子もまた園遊会に招かれていた。シンと涼子は運命的な再会を果たす。夢にまでみた愛する涼子と結ばれ、束の間の安息を楽しむシンのもとに神崎からの電話が入る。神崎は自分とシンの根深い因縁とそれが故の復讐劇を語り、シンと涼子がつくる平和な日常をすべてぶち壊すと宣言し、置き土産として大手日本企業を欧米に売却する。このことを重くみた八兵衛はシンが自らの懐を痛めてそれらの企業を買い戻したと偽装し、シンを日本国外に送ると告げる。最早、アスランでの戦いが自分とは無関係でなくなり、神崎との決着をつけない限り真の平穏が訪れないと悟ったシンは、愛する者を己の手で守るため地獄を叩き潰しに戻ると決意。マッコイを通じ、自らの意志でエリア88への再参加を契約する。シンが八兵衛の手で国外に送られたことを知った涼子は落胆に泣き崩れるが、シンの子を宿した彼女は黙っておらず、夫の戦いを支援するため「女の戦い」に臨む覚悟を決める。その頃、欧州ではジュリオラにより持ち出された冷凍保存状態だったソリアが蘇生していた。安田は記憶を喪失したソリアがジュリオラの妹だと信じている事情、そしてジュリオラが神崎の子を宿して苦悩している様を目の当たりにする。プロジェクト4によるスエズ侵攻阻止のためエリア88は全力を挙げる。サキはいずれ訪れる戦いのため陸上空母の攻撃で廃墟となった旧エリア88の再建を目論む。そこで戦死したフーバーの亡霊と出会ったサキは、いずれサキが最も信頼する7人の部下と共に冥府に来ると予言される。ミッキーとセラは互いの想いを語り合ううちに将来を約束する仲になっていた。そんな中、最新鋭機を手に補充兵として加わったシンにミッキーは激怒して手をあげる。ミッキーは心を許せる無二の親友であるシンに自分と同じ地獄を味わって欲しくないと思っていたのだった。シンは仲間達に自分が戦いに加わる意味と神崎の野望を挫くという目的を語る。一致団結したエリア88はスエズ侵攻の出鼻をくじく。スエズ侵攻が膠着状態に陥ったこと、その間に涼子による婦人たちへの呼びかけがプロジェクト4に参加する企業を圧迫していることを告げられた神崎は激高する。また度重なる侵略戦争にアスラン王国軍内では厭戦気分と外国人に指揮される不満が募っていた。反政府ゲリラとなりながら尚も戦いを続けるサキとエリア88に同調したアスラン兵によるクーデターが発生。彼らの中心はかつて外人部隊として戦うグレッグの演説を聞いた者たちだった。内部の反乱とエリア88の攻撃によりプロジェクト4の軍勢は瓦解していく。エリア88もプロジェクト4もギリギリの状態となっていた。サキは王都奪還を目指してエリア88のメンバーに最後の出撃を命じ、自らも参戦する。ラウンデルの配慮がアダとなりサキは王宮付近で墜落。それを目撃したシンはサキ援護のため機体を捨てる。低空侵入で地上部隊を駆逐していたグレッグは墜落後にクーデター部隊に救出されるが不慮の事故により死亡する。空母で指揮を執っていたラウンデルはサキ援護の為出撃するが対艦ミサイルから空母を守るため戦死。グレッグ、ラウンデルの相次ぐ戦死に不吉な予感を悟ったセラはミッキーに注意を呼びかける。降下したシンは偶然にも神崎と遭遇し、肩に深手を負う。神崎は弾道ミサイルでアスラン全土を灰にすることを目論むが、娘の死を知ったマックは神崎の命令を反故にして部下達に脱出を命じる。シンとサキが王宮付近で消息を絶ったことを知ったキムは救援に駆けつけ、サキを探索するうちに軟禁状態のアブダエルを発見する。救難ヘリを呼び寄せるためキムが基地に戻る間にアブダエルは無意識に妻ソリアの霊廟へと向かっていたが、プロジェクト4の構成員に撃たれ致命傷を負ってしまう。今際の際に一時的に自我を取り戻したアブダエルは、最後にサキと和解を果たすが、サキは因縁に決着をつけるべく父の亡骸を抱き母ソリアの霊廟に入り、シンの叫びも虚しく自殺を遂げる。聡明なサキを中心とした平和なアスラン建設を望んでいたシンはサキの思いがけない最期に我を失ってしまう。サキとシンを救出するためヘリで急行するキムだったが仲間達の相次ぐ戦死に遭遇する。シンを救出したキムはマックとの決着をつけるため出撃したミッキーがセラを庇うため被弾し、爆破炎上する機体と駆け寄ったセラと共に最期を遂げる場面に遭遇して呆然となる。そのとき神崎からの通信が届く。エリア88で裏切り者のマックを射った神崎はシンとの一騎討ちを求めてきたのだった。シンは止めようとするキムを振り切り出撃する。涼子の乗る国連機とすれ違いに飛び去るシンの愛機。アスランの真っ青な空の下、根深い因縁を抱えたシンと神崎は対峙する。神崎を前にしてシンはやはり銃口を引けない。だが負傷で痙攣する腕と彼に備わった生存本能が神崎の乗る機体を撃墜する。シンの機体は炎上しながらも帰還を果たす。だが、生還を遂げた彼の脳裏からアスランで過ごした過酷な戦いの日々は全て失われていた。涼子に伴われて日本に帰国しようとするシン、それを空港で見送るキム。「あなたの中に、もうぼくはいないのですね、そして共に戦った仲間たちも……」。ジュリオラは出産した我が子を手に抱き、悦びの声をあげる。「わたしのサトル。でも心は真っ白なのね……」。こうしてアスラン内戦は完全終結し、風間 真と神崎 悟の、そしてサキとアブダエルの戦いに終止符が打たれたのであった……。