1990年、薬物とアルコール依存症、過食症の治療のため入院。更生施設への入居を経てカムバックしたジョンは、翌年のアルバム『ザ・ワン』で再び好調なセールスと高い評価を得る。なお、1980年代暮れから1990年代初めにかけて多くの友人や知人などをエイズで亡くした彼は、1992年以降シングルの全収益を自ら設立したエイズ患者救援者団体、「エルトン・ジョン・エイズ基金」に寄付するようになった。1992年には、クリス・レアやリトル・リチャードなどをはじめとする、十数人のアーティストとのデュエットを収めたカヴァー集『デュエット・ソングス』を発表。企画盤にも拘わらず、全世界で200万枚以上のセールスを記録する大きな成功を収めた。このアルバムにプロデューサーとして参加したグレッグ・ペニーは、1995年の『メイド・イン・イングランド』では全面的にプロデュースに関わっている。ローリング・ストーンで「自分はゲイであることがとても気軽と思います」と言った。1994年には、以前にアルバム『ジャンプ・アップ（Jump Up!）』で共作した作詞家、ティム・ライスと共にディズニー映画『ライオン・キング』の音楽を担当する。この映画のサウンドトラックは全米チャート1位を記録し、最終的に30年以上に渡るキャリアの中では『グレイテスト・ヒッツ』に次ぐ商業的成功を収めたアルバムとなった。また、アニメの中では世界で最も売れたサウンドトラックとなっている。ジョンの歌唱による主題歌「愛を感じて（Can You Feel the Love Tonight）」もグラミー賞最優秀ポップ男性ボーカル賞とアカデミー歌曲賞を受賞するなど高い評価を受けた。また、この年から彼はビリー・ジョエルとジョイント・コンサート、フェイス・トゥ・フェイスを行っている。1995年には、アルバム『メイド・イン・イングランド』を発表。ポール・バックマスターやジョージ・マーティンのアレンジによるストリングスを配したクラシカルな質感で、全英3位、全米13位のヒットとなった。1996年6月には、イタリアのモデナで『パバロッティ＆フレンズ・コンサート』に出演、ルチアーノ・パバロッティと共演している（Live Like Horses）。1997年9月、彼は自動車事故で亡くなったダイアナ元皇太子妃への追悼歌「キャンドル・イン・ザ・ウィンド 1997」をシングル発売する。アルバム『黄昏のレンガ路』に収録されていた楽曲を、歌詞を変えてリメイクしたこの曲は全世界で3700万枚以上のセールスを記録。ビルボードのHOT 100とシングルセールスチャートで14週、カナダのシングルセールスチャート（Canadian Singles Chart）で46週、その他日本をはじめとする世界各国のヒットチャートで首位を獲得し、シングルとしては史上最も多くの枚数を売り上げた。この楽曲の成功により、ジョンは1998年度のグラミー賞で最優秀男性ポップ・ヴォーカル・パフォーマンス賞を受賞している。また、カップリング曲の「ユー・ルック・トゥナイト」が収録されていたアルバム『ザ・ビッグ・ピクチャー』も、相乗効果で久々に全米・全英ともにトップ10内にランクインした。1998年にはティム・ライスと再びタッグを組み、ヴェルディのオペラをモチーフにしたミュージカル『アイーダ』やドリームワークス配給のアニメ映画『エルドラド』のサントラ盤などを制作。この2枚のアルバムの中で、ジョンはスティングやジャネット・ジャクソン、シャナイア・トゥエイン、バックストリート・ボーイズなどといった多数の豪華な顔ぶれと共にデュエットしている。2000年には、長年バックバンドでキーボーディストとして活躍してきたガイ・バビロンをプロデューサーに迎えてインスト集を制作し、アルバート・ブルックスが主演・監督・脚本を務めた同名映画のサウンドトラック盤『ハリウッド・ミューズ』としてリリースした。また、同年には行われたアメリカ・ニューヨークのマディソン・スクエア・ガーデンで、メアリー・J・ブライジやブライアン・アダムズなどをゲストに迎えた豪華なライヴを行った。その模様は、『ワン・ナイト・オンリー』としてアルバムやDVD化されている。最近は、ミュージシャンとしての活動そのものよりも、かつて親交が深かったジョージ・マイケルやマドンナといった他の歌手への批判、中華民国のパパラッチに対する暴言など、奔放な言動や奇行などが取り沙汰されることが多い。また2005年には、イギリスで同性同士の準婚関係を認めるシヴィル・パートナーシップ法の制定を機に、15年来のパートナーだったデヴィッド・ファーニッシュと男性同士で同契約を結び、事実上「結婚」したことも大きな話題を呼んだ。なお、本業の音楽では、『ピーチツリー・ロード』、『キャプテン・アンド・ザ・キッド』と、かつてほどのペースではないにせよ、着々とオリジナル・アルバムを発表。過去に発売されたアルバムのデラックス版やリマスター盤なども再発売したほかに、2004年2月からはラスベガスのシーザーズ・パレス・ホテルにつくられたコロシアムにて3年間の契約で、セリーヌ・ディオンとの日替わりという形でレッド・ピアノという定期公演を行った。公演契約は2008年まで延長された。2007年3月25日の60歳の誕生日にはニューヨーク、マディソン・スクエア・ガーデンで通算60公演目となる記念コンサート「60 in 60」を開催。その模様は、DVDとして発売されている。2009年4月、英サンデー・タイムズ紙が「英音楽界での長者番付」を発表し、推定資産1億7500万ポンド（日本円で約248億円）になることがわかった。この資産は2008年の2億3500万ポンド（日本円で約333億円）から25％以上も減少していて、ラスベガスでのコンサートが終わったことや慈善事業への寄付、経済危機の影響が原因だという。2010年12月25日には、代理母が出産した男の子の親となった。子供の名前は「ザカリー・ジャクソン・リーボン・ファーニッシュ・ジョン」で、パートナーであるファーニッシュとの第1子である。ゴッドマザー（後見人）としてアメリカのポップスシンガーであるレディー・ガガを選んだ。同年、尊敬するアーティストの一人、レオン・ラッセルとの共作アルバム『ザ・ユニオン』を発表。2011年5月、英サンデー・タイムズ紙が「英音楽界での長者番付」を発表し、推定資産1億9500万ポンドで7位にランクインした。2011年6月、経済誌フォーブス誌が「世界中で最も稼いでいるミュージシャン」を発表し、1億ドル（日本円で約80億円）を稼いで3位にランクインした。この収入は合計で2億ドルを売り上げた数多くのステージが大きく影響しているという。2013年には、前作と同じくプロデューサーにT・ボーン・バーネットを迎えたアルバム『ザ・ダイヴィング・ボード』を発表。2014年にイギリスにて同性婚の合法化されたことを受け、12月21日に長年のパートナーであるデヴィッド・ファーニッシュと正式に結婚した。2016年には、前作、前々作と同じくプロデューサーにT・ボーン・バーネットを迎えたアルバム最新アルバム『ワンダフル・クレイジー・ナイト』を発表。2017年に、映画『キングスマン: ゴールデン・サークル』にエルトン・ジョン本人役で出演している。2018年1月24日に、同年９月から開始する世界ツアーを最後に公演活動から引退すると表明した。ツアーは米国を皮切りに各国を回り終了まで３年程度かかる見通し。一方で「音楽活動はやめない」とし、アルバムやミュージカルの制作は今後も関わっていくと説明した。エルトンは家族と過ごす時間を増やすことが理由と説明。自分の中で優先度が変わり「子どもをサッカー教室に連れて行くことが最も重要になった」と述べ「世界のファンに感謝と別れを告げる時だと思った」と語った。