日本第一の蘭学塾と名高い大坂の適塾に風変わりな男がいた。その男・村田蔵六は周防国の百姓医の生まれで、抜群の成績を修めて塾頭にまで取り立てられた秀才であった。が、その人柄は恐ろしく無愛想で、必要なこと以外は一切口をきかない。たまに口を開いても出てくる言葉は喜怒哀楽の片鱗も見せない小理屈ばかりで、達磨に似た珍妙な面相で四六時中黙り通す朴念仁ぶりは、他の塾生達を大いに閉口させた。そのような中、蔵六は塾の使いで赴いた旅先で偶然から碧眼の混血婦人とめぐり逢う。イネというその婦人は、三十余年前に来日してこの国の蘭学を一変させた西洋人医師・シーボルトの遺児であった。黒船来航は泰平の眠りを打ち破った。永く外敵の脅威に晒されることのなかった日本人の意識は大いに刺激され、海防の重要性が喧しく唱えられるようになった。蘭学者もにわかに引く手あまたとなり、蔵六も伊予国宇和島藩に招かれ軍学書の翻訳を任されることとなる。蒸気船の建造や砲台の建設にも携わる中、やがて蔵六は奇縁により宇和島に来たイネと再会し、彼女に蘭学を教授することとなる。蔵六はイネの聡明さと美しさに惹かれた。イネの方も蔵六の不器用で朴訥な人柄を好もしく思い、卓抜した学識への敬意も相まって恋慕を抱くようになる。ついに二人は肌を合わせることとなるが、もともと人づき合いが苦手な蔵六は、あくまでもイネとの間を単純な師弟関係にとどめておき、煩瑣な間柄になることを恐れた。折しも江戸出府の達示があり、蔵六はイネとの距離を置くため江戸へ出ることにする。江戸でも蔵六の学才はたちまち評判となり、やがて蔵六の名声を聞いた長州藩から声がかかり、蔵六は長州藩士として藩の軍制改革に関わることとなる。蔵六という男が凡庸な蘭学者と比べて特異だったのは、軍学書の内容を脳裏で克明に映像化できることにあった。瞼を閉じれば幾百の兵の姿をありありと思い浮かべ、一号の号令の下に躍動する様を思い描くことができる異能を、この男は備えていた。世情はいよいよ「尊皇攘夷」の掛け声で沸騰し、過激志士達による騒擾事件が相次いだ。そのような中、長州藩は攘夷断行を主張する若手藩士の突き上げに揺さぶられ、あたかも攘夷思想の総本山となったかのように藩全体が先鋭化した。急進的藩士に引きずられた長州は外国船への無差別砲撃まで始め、同時に京で政治工作を重ねて宮廷を牛耳り、偽勅を乱発して政情を攘夷断行へと誘導し始めた。ところが行き過ぎた行動は政治的反作用を招き、長州は八月十八日の政変によって京から追放される。長州は失った政治的地位を回復しようと蛤御門ノ変で京洛になだれ込むも惨敗し、幕府は勅許を得て長州征伐に乗り出すこととなる。恐れをなした長州は穏健派が政権に就いて恭順を示そうとするが、しかしほどなく奇兵隊がクーデターを起こし、再び急進派が藩政を握った。事ここに至っては幕府との全面対決は避けられず、長州藩は挙藩一致で戦の準備を始める。全軍の指揮官として白羽の矢が立ったのは、帰藩以来藩軍の改革を指導した蔵六であった。百姓上がりの男に戦ができるかと反発もあったが、藩首脳は誰よりも西洋軍学に精通するこの蘭学者に賭けた。上士に取り立てられた蔵六は名を「大村益次郎永敏」と改め、全長州軍を率いて幕軍との対決に臨むこととなる。再度の長州征伐を決断した幕府は、諸藩に動員をかけ西下を始めた。三十余藩を従えた大軍勢で押し寄せる幕軍に長州兵達は震えあがるが、しかし蔵六には必ず勝てるという自信があった。藩軍の改革を任されて以来、蔵六は軍の近代化を大きく押し進めていた。また、秘密裏に成立した薩長同盟により、薩摩藩の水面下の支援を得て施条銃を始めとする新鋭兵器を可能な限り集めさせた。古めかしい戦国期の軍法を墨守する幕軍に対して長州軍は兵法も装備も合理主義に徹し、自藩の存亡を賭けた戦いに土民までもが一致結束したこともあり、終始幕軍を圧倒した。泰平の世ですっかり懦弱になった幕軍は大将自ら敵前逃亡するという醜態まで晒し、ついに停戦を申し出る他なくなった。三百年来天下を圧してきた幕軍が土民の混じった長州軍に敗北したという戦果は日本中を聳動させ、幕府の権威を一挙に失墜させた。長州の奇蹟の戦勝に薩摩もついに倒幕を決断し、時勢は急湍の勢いを示して流れ始める。いよいよ始まる倒幕戦に先立ち、蔵六は下関を訪ったイネに別れを告げた。蔵六という男はこれまでの人生においておよそ能動的に行動したことがない。蘭学を講義したのも軍務に携わるようになったのもみな世間の求めに応じてのことであり、そのことに一抹の寂しさを感じていた。しかし、何やら人に追い使われるために生まれてきたような人生の中でただ一つ、イネと共に過ごした時間のみがささやかながらも充足感を与えてくれた。しかし不器用なこの男にそれを口にできるような衒気はなく、仏頂面で形見の品を押しつけると、今生の別れを言い遺して倒幕戦へと臨んだ。戊辰戦争が幕を開けた。鳥羽・伏見の戦いに辛くも勝利した薩長軍は、朝廷を擁して新政府を樹立した。官軍となった薩長が東征を始めようとする中、意外にも幕府は錦旗の前に恭順を示し、江戸城も無血で開城された。江戸総攻撃の混乱は回避されたかに見えたが、そのような幕府の姿勢に不満を持ち降伏を是としない勢力も存在した。徹底抗戦を叫ぶ幕臣達はそれぞれに徒党を組み東北や蝦夷地へ転進したが、上野寛永寺を根城にする彰義隊は官軍が江戸城に入った後も江戸に残り、反抗活動を繰り返した。新政府の威信を忽せにせぬためには速やかにこれを討伐せねばならないが、戦闘により江戸の街が焼失してしまえば財政難に苦しむ新政府にこれを復興させる余裕はない。討滅戦は街を焼くことなく行わなければならず、このような難事を成し遂げ得るのは魔術の如き軍配を振るう戦術的天才のみであろう。全軍の指揮は、長州征伐を跳ね返して奇蹟の戦勝をもたらした蔵六に委ねられた。蔵六はさながら己を一個の精密機械に擬し、江戸の大火の歴史を丹念に調べて研究を重ね、数式のように精妙な作戦を構築する。折しも梅雨を迎えたことを好機とした蔵六は、霖雨の中で敵部隊を巧みに誘導して寛永寺に集中させ、街に損害を出すことなく鮮やかにこれを覆滅した。わずか一日で反乱を鎮圧したその采配は、軍神もかくやと言うべき神算鬼謀の業であった。江戸の鎮定後、官軍は奥羽から蝦夷地へと転戦し、蔵六は最高司令官として江戸城の総督府より指揮を執った。蔵六の的確な指揮により各地の反乱は徐々に制圧されていったものの、命令権限を一手に握り絶対者として振る舞うその姿勢は反発も招いた。やがて五稜郭の陥落により戊辰戦争が終結すると、蔵六は兵部大輔に就任し近代軍の創設に着手する。しかし国民皆兵思想から身分制の廃止を主張する蔵六の果断な改革案は固陋な尚古主義者達の激しい憎悪を買った。持ち前の愛想の悪さもたたって多くの敵を作った蔵六は、ついに出張先の大阪で激徒の襲撃を受け、その凶刃に斃れ落命することとなる。あたかも時代の求めに応じるようにして彗星の如く現れたこの男は、日本全土に革命の花粉を撒き散らすとその役目を終えたかのように静かに歴史の舞台から去っていった。まるで事務処理のようだった蔵六の生涯を、最後にかすかにながらも芳醇なものとしてくれたのはイネの存在であった。イネは蔵六の遭難を聞くや、道中の疲労も厭わず遠路遥々駆けつけ、その後蔵六が息を引き取るまでの間、寝食も忘れて看病を続てくれた。この男の常の癖で愛想のある対応はできなかったものの、蔵六にとって臨終までのイネとの時間ほど生涯で愉しかった時は他にない。「このイネばかりがおれの女だ」と叫び上げたいほどに思ったことであろう。由来、人間が理性で生きる部分などわずかでしかなく、蔵六のみが人間の例外であるはずもなかった。