小田切は、無教会の指導者で旧約聖書学者のら「聖書のみ主義」だと揶揄されたが、自分は偏狭な聖書主義者ではなく「十字架の福音の光の下における聖書主義者」をもって任じていると答えている。キリストの「十字架の福音」をキリスト教信仰の核心とする故にキリストを「神」とみなすことに疑義をもって聖書と信条との不一致を見出し（さらには聖書自体にも異教性を見出して）、伝統的キリスト教会の基本信条における神の「三位一体」やキリストの「神人二性一人格」の教理を非キリスト教的であると批判した。そして聖書およびキリスト教における「非神話化」ならぬ「非異教化」および、キリスト教に異教思想が混入する前の原始の福音への回帰を提唱している。しかしそれは、所謂「原始福音運動」の如きものとは全く異なる。聖書の解釈においては、小田切本人がファンダメンタリストではないと述べて、聖書の歴史的・批判的研究の方法を採用しており、ヨハネ1:18などについては写本問題にも言及している。ただし小田切の釈義は、文法規則に固執するという意味での文法主義ではなく、「全聖書の光をもってするクリティーク」と述べているように、「十字架の福音」を原理として当該文書および聖書全体の思想傾向との整合性などから判断するものである。一方で「非神話化」に積極的ではないことは、「人間の世界に関係する神的人格としては、一応神・神の子・天使があるわけであります。勿論、悪魔といったものも除外できません。こう申しますと人々は、ブルトマンの非神話化の時代に、天使でもあるまい、幼稚園や日曜学校の生徒でもあるまいし、というかも知れません。しかし私は聖書の中に書いてあり、またイエス御自身が語っていらっしゃるこのようなことは、一応心してよく読み、その意味することをよく考える必要があると思うのであります。」という文言に典型的に示されている。以上のように小田切によれば、イエス・キリストが「神」であるとみなすことは聖書にはないことであり、ドケティズム思想とさえみられるのであり、イエス・キリストの人格については「神か人か」ではなく、ただ「神の子」とするのが聖書的答えであるという。イエス・キリストの先在から昇天まで一貫している呼称は「神の子」であるとし、「子なる神」とは厳格に区別しながらも神性者であり礼拝の対象であるとし、これを偶像礼拝であると批判する北森や藤原などの指摘は認めなかった。「私は宣言致します『私はイエス・キリストの神性を、固くかたく信じます』と。」と述べ、「イエス・キリストを主と告白し、神の子と信じ、その神性を信じて、先在と受肉を信じ、その死が贖の死であり、更にその死よりの甦りと昇天、再臨を信ずるという私の告白する信仰が、何所が危険で異端なものと言うのでありましょうか。」と問いかけている。しかしイエス・キリストの神性を認めながら「神」とは認めないという一点において伝統的キリスト教に属する人々からは「異端」とみなされる理由はあった。ただし小田切自身は、一般にキリスト教の「異端のと称されるようなる団体との関係も認めていない。キリストを神性者と認め礼拝対象とする点でユニテリアンの立場とも異なるし、キリストが被造物であるとは認めない点では、アリウス派の流れに位置付けられることもある「エホバの証人」の立場とも異なる。小田切は、御子（キリスト）が創造の実務に責任を負った実践者であり仲保者であるとし、「創造主」と「創造者」とを区別して前者は御父（神）のみとした。また小田切は前述のとおり、「キリストの先在」、「受肉」、「贖罪の死」、「復活」、「昇天」、「再臨」を福音の内実と認めるので「非神話化」の解釈は基本的に採用されず、聖書にみられる古代の神話的世界観を合理的に解釈するような自由主義神学の立場や宗教史学派の立場とも一線を画している。この点は小田切の「聖書の世界観のシェーマ（私見）」に典型的に表わされている。それは上半分が「神性者の天」で「神」あり、と「昇天した神の子イエス・キリスト」の他に「天使」と「神の子とされた人々・救われた人々」と（神の国には入らない）「救われた万有」が位置付けられている。従って小田切はキリスト教の「正統」と「異端」という区別を超え、プロテスタントのキリスト教の中でも、「福音派」とか「リベラル派」といった区別も超えて独自の立場を形成したことになる。このような小田切の聖書的世界観の特徴は、イエス・キリストは先在の言（ロゴス）としての神の子が受肉したのではあるが、受肉後は死して昇天後も体を持つのであるから、もはや先在の状態に帰ることは出来ないとされていることである。特に「ひとり子なる神」（ヨハネ1:18口語訳）はキリストの先在時の呼称であって、受肉後の歴史の人イエス・キリストについては言われてはならないしイエス自身一度も語らなかった「神」であり、イエスが示した神はあくまでも「天にいます父なる神」であるから、三一神論の「子なる神」の思想もヨハネ1:18の誤解から生まれたものであるという。その「先在」の神話を小田切は「第一の天上物語」と名づけて「復活」後の「第二の天上物語」と区別し、先在の「神の（独り）子・ロゴス」と受肉・誕生後の「地上物語」における「イエス・キリスト」とは「時」の介在により同一性が認められないかのように述べているが、それは言わば名目上のことであり、一方ではイエスが「歴史の人」とは言っても「歴史の中からの歴史の人ではなく、天より来た歴史の人」と言われ、「彼は天より来た――天の思い出を持つ、すなわち、神より命ぜられた事柄の鮮やかな記憶に生きる『神の子』であった」と言われているとおり実質的には連続性が認められており、新約聖書学者および宗教哲学者である八木誠一の次の摘は正鵠を射ていると思われる。「小田切は、『ロゴス』と『ナザレのイエス』と『復活のキリスト』を時期的に区別する。しかし彼の場合、この三つは本質的にはなお連続的にとらえられている点があるので、折角の正しい主張が充分に生かされていないように思われる。」ちなみに、小田切信男の所属教派が「無教会」として紹介されることがあるが、その誤解の一因は小田切の出身教会である札幌独立キリスト教会が後に無教会主義の提唱者となる内村鑑三らによって設立され、内村自身も教会員であったことにあると思われる。札幌独立キリスト教会の前身は、札幌農学校の初代教頭であったクラーク博士（すなわちウィリアム・スミス・クラーク）の主導により農学校の第一期生と二期生とが中心メンバーである札幌バンドによって設立された札幌基督教会である。札幌バンドの信条とも言えるクラーク博士作成の「イエスを信ずる者の誓約」（the Covenant of the Believers in Jesus）には「ふさわしい機会があればいつでも、試験、洗礼、入会のため福音的教会に出向くことを約束する」とあり、 その約束通り二期生の内村や宮部金吾、そして後にクエーカー派の会員となる新渡戸稲造らは函館のメソジスト派教会の宣教師ハリスより洗礼を受けた。従って彼らの教会はメソジスト派の影響を受けることになるが、その「厳格なる信仰箇条と煩雑なる礼拝儀式の束縛を厭いたる事」や、「外国人の扶助を借りずして我国に福音を伝播するは我国人の義務なりと知りたる事」といった理由により、1882年（明治15年）12月28日、メソジスト教会から完全に「独立」した教会として「札幌独立基督教会」が設立されるという経緯がある。このように、札幌独立キリスト教会はあくまでも「教会」であって、小田切自身、無教会主義信仰の流れに育ったことを認めてはいるが「無教会」とは一線を画していた。なお、小田切は興味本位で、キリストは神か否かといった教理的・思弁的問題を提起したのではなく、「十字架の福音」の視点から真のキリスト教倫理とはいかなるものかという問題についても提示している。独自の視点としては医師の立場との関連で「臨終の倫理」が説かれていることである。