青山仙一と明石靖人はかつてある部に所属していた小学校以来の親友同士。大学進学を控えた冬のある朝、青山と明石は進学後もある部を続けるか否かで大喧嘩してしまう。2人はかつて地方大会の決勝戦で勝利を逃したという苦い過去を抱えていた。勇気を出して挑み敗北の原因となった青山、立ち向かうことに臆して勝負から逃げた明石。その過去を克服させるかのように試練は降りかかる。青山にはもう一度勝利のチャンスを与えるかのように、明石には一度は逃れた試練に立ち向かわせるかのように。青山は教室に閉じ込められ、クラスメイトと共に「だるま」の試練に挑む。しかし生き残ったのは、だるまを止めた青山ただひとりだった。絶望に暮れる青山、だが試練は次々と襲い掛かる。一方、学校を欠席した明石の前には「二宮金次郎尊徳」の像が現れ、彼を「ごみ箱」へ連行する。道中で出会った持田涙とともに、ごみ箱学苑でセイン・カミが取り仕切るオーディションに挑むことになる。カミが割ったくす玉の中から現れた鬼たち。鬼は容赦なく他の学生らを殺していく。試練の本質が「まめまき」であると気づいた明石は、新たに出会った丑三清志郎らと共にこれをクリアする。試練後、カミが見せた生中継の映像で青山の生存を確認、そして青山らにも別の試練が行われていることを知った明石は、「生きて謝りたい」と改めて意志を固める。次なる試練「くりすますぷれぜんと」の「すなとり」「いすとり」「あやとり」の試練から、明石・涙・丑三が選んだのは「すなとり」の試練。しかしそれは「見猿」が進行を務める見えない砂山崩しだった。明石は同席となった夏川めぐの冷静な対処と、丑三の機転で必勝法を掴み、彼らを含む12人の仲間が生き残った。その後校庭へ案内された彼らを待っていたのは、「といれのはなこ」さんによる「学校の七×七不思議」の試練だった。3チーム対抗で行われる試練の中、明石はすべてのチーム全員が生き残れる方法を考える。しかし試練は容赦なく仲間を襲い、明石は恋心を抱いていた涙と共に九死に一生かと思われたが、お互いの気持ちを伝え合った直後、涙は明石をかばう為に負ってしまった怪我により死亡。怒りを乗り越えながら、明石は残った仲間たちと共に試練に挑む。しかし「七×七不思議」最終日、明石は敵チームの撃った銃弾を頭部に浴びてしまい、死亡。しかしカミ曰く「仮死ってただけ」であり、起床力という声を聞いて目覚める。最終的に22名のメンバーが生き残った。カミの気まぐれで最終オーディションの予定が変更となり、今までのしりとり「にのみやそんとく」→「くすだま」→「まめまき」→「きゅうしょく」→「くりすますぷれぜんと」→「といれのはなこ」の次で最後の「こぶし（拳）」によるじゃんけんが行われることになる。生き残った22名のメンバーはそれぞれの思いを胸にカミとじゃんけんを行い、最後のオーディションに挑む。仲間達が次々と生き、または死んでいく中、遂に明石の番が来た。明石はルールを逆手にとり、カミを一発殴ることに成功する。結果、生き残ったのは明石、丑三、ナツメグを含む8人だけであり他原、まさみ、アキラ等含む14名は死亡した。そしてカミーズjr.のレッスンが始まった。レッスン1は「帰宅」。48時間以内に一番大切なものをとってくるというものだった。明石は帰宅中に青山が生き残り神の子となっていること、しかしその経験で精神崩壊をおこしていることを知る。そのことにショックをおこすが、ナツメグに励まされなんとか立ち直った。レッスン2は「鬼退治」。2チーム分かれて敵を倒すというものだった。凶悪な敵を倒すための鍵は「戯（あじゃら）」。それは大切なものを使った超能力であった。敵との戦いの中、明石達はそれぞれ戯を発動させて敵を倒すことに成功する。しかし、その中で3人が命を落とした。レッスン3は「影踏み」。最初にかみまろの試練から生きて帰った5人の影をばれないように踏むというものだった。明石は自分の影踏みの相手である瞬と話し、瞬が自分達と同じ境遇であること、自分達の敵は神の子ではなくカミであることを悟りカミを殺す決意をする。しかし、影を踏んで戻った明石が見たもの、それはカミの姉、アシッド・マナに殺されるカミの姿であった。そして、マナによって明石は新たな試練に参加させられることになった。そしてマナによる新たな選別が始まった。それは神の子100人と行う地上634mでの「空中ケンパ」であった。ルールの凶悪さ、丑三の乱入、仲間の裏切りなどがあったが、明石は何とか生き残ることができた。その頃丑三は試練に乱入したことでマナによって捕らわれていた。しかし、カミがあらかじめセットしておいた仕掛けにより、影を通ることで脱出。丑三が出た先、それはかみまろによって空中に捨てられた天谷の影であった。そして同じく落下中の瞬の手をとった。神に抗う出席者と欠席者の物語は遂に交わり、1つとなった。遂に始まった最後の選抜「地獄変」。それは世界中の人々を巻き込んだものであった。その中で明石は選抜に参加している青山を見つけた。青山に謝るために彼を追うが、生きるという本能に従ってのみ動いている青山は明石を気にせず進んでいく。青山を追っていった先にあったのはルールが逆の意味になる「天邪鬼迷宮」。青山と同じ選抜に参加した明石は必死に青山に声をかけ続ける。そして明石が命を投げ出した時、遂に青山に心が戻った。明石と青山は仲直りを果たし、共に試練のクリアを目指す。スタート地点がゴールであることに気づいた明石達はスタート地点に戻るがそこでは最後の試練が待っていた。明石と青山は生き残るために最後の試練に挑むが最後の最後に青山が大当たりを引いてしまった。青山は最後に明石に「世界を救うくらいのヒーロー」になれという約束をした後にこの世を去った。地獄変第2ステージ、それは世界中の神の子と共に行う1200対1200対1200の「三国ドロケイ」だった。そして明石に与えられた役職は最も重要な「王」であった。明石は最も重要な王でありながら前線に立つことで仲間達を鼓舞していく。しかし、ルールを無視して殺しにかかってくる太陽の国に動揺してしまい、牢屋に転送されてしまった。後は明石の処刑を待てばゲームは終了となるはずであった。しかし、完全勝利を目指す太陽の国は星の国の王を狙い、星の国もまた、自分達の王であるファトマの予知絵に従い、月の国と同盟を結んだ。これにより一時は形勢を取り戻した月と星の国であったが、太陽の国を率いる六糞野郎の圧倒的な力に追い詰められてしまう。誰もが諦めかけたその時、ゲーム会場に三つの流星が落ちた。それは再び試練に参加するために現れた、瞬、天谷、丑三であった。明石は、無事牢屋から処刑される寸前に脱走に成功するも、出遅れた数人の仲間が犠牲になった。瞬たちは星の国と月の国の同盟、星月(スタルナ)軍に仮所属することになる。その後彼らの活躍により太陽の国を追い詰めるも、太陽の国の王であるリリィは捕まらないように全力で粘る。それは当たれば60秒間動きを止める銃の攻撃にも逆らうほど。その頃ファトマとその兄である月の国のメルトは六糞野郎の一人であるオスメスの襲撃によりファトマが死亡する予知絵を再現させてしまう。それによりオスメスにより捕らえられたファトマはナツメグと共に処刑される。それと同時にゲームは終了し、星の国は全滅した。次にマナが最終合格者を発表する。生き残った者は全体59人。合格者は13人。(リリィ、オスメス、丑三清志郎、天谷武、高畑瞬、ハンナ、紫村影丸、秋元いちか、天馬遊、イバネマ、アルフ・E、メルト、明石靖人)なおこの13人はマナが面白かったと思う者。その他の46人は『つまらない』ものとされ、頭部が破裂して死亡した。この13人は最終選別、『神罰ババ抜き』へと挑む。最終選抜「神罰ババ抜き」上記の13人に加えて「joker」神小路かみまろが参戦。初ターンにいきなり紫村がカードを引いた瞬間死亡してしまう。紫村が引いたカードは「引いたら死」カード。その後もイパネマが「引かれたら死」カードをオスメスに引かれて死亡。天馬は「時限爆弾カード」により死亡する。メルトはファトマの仇であるオスメスを倒そうとするが、「引かれたら死」カードを引かれてしまい死亡する。オスメスは、明石と丑三の作戦に嵌り、「時限爆弾カード」を引いて死亡する。「ハイテンションでなければ死亡」カードを持っていたアルフは、天谷のデコピンで失神し、カードの効果で死亡。天谷は第一の合格者となり、神の空間にたどり着く。「喋ったら死亡」カードを持っていたハンナは、かみまろから「引いたら夢を語れ」カードを引いてしまい死亡。いちかは瞬に「引かれたら死」のカードを引かせ死亡。瞬はあえて9のカードだけを捨て、手札に「引かれたら死」カード2枚を残し、かみまろと共に死亡する。リリィはジョーカーを持った状態で「引かれたら死」カードを明石に引かせて彼を合格者にし、最後に丑三との真剣勝負で死亡する。明石と丑三は、破壊の限りを尽くす天谷を止めるために、彼が提案したゲーム「DICE!!」に挑む。大切な人や自分自身の記憶を犠牲にし、ついに明石は天谷を道連れに死亡する。生き残って神になった丑三は、「試練を乗り越えた明石」にもう一度会うために時間を戻し、ゲームマスターとして再びゲームを始め、明石が神になる瞬間（とき）を待つのだった。