物語は、「僕(I)」の視点で進行する。「僕」（エドワード・ノートン）は、自動車会社に勤務し、全米を飛び回りながら、リコールの調査をしている平凡な会社員である。高級コンドミニアムに、イケアのデザイン家具、職人手作りの食器、カルバン・クラインやアルマーニの高級ブランド衣類などを強迫観念に駆られるように買い揃え、雑誌に出てくるような完璧な生活空間を実現させ、物質的には何不自由ない生活を送っていた。一方で、僕の精神の方は一向に落ち着かず、不眠症という大きな悩みがあった。僕は、精神科の医者に苦しみを訴えるが、医者から「世の中にはもっと大きな苦しみを持ったものがいる」と言われ、睾丸ガン患者の集いを紹介される。そこで僕は、睾丸を失った男たちの悲痛な告白を聞くと、自然と感極まり、これを契機に不眠症は改善した。これが癖になった僕は、末期ガン患者や結核患者などの自助グループにニセの患者として通うようになり、そこで僕と同じく偽の患者としてさまざまな互助グループに現れる女・マーラ（ヘレナ・ボナム＝カーター）と出会う。どう見ても不治の病を患っているように見えない彼女が、会に参加することで泣くことができなくなり、再び不眠症が悪化してしまう。そんなある日、出張中に自宅のコンドミニアムで爆発事故が起こり、買い揃えた家具もブランド衣服もすべてを失ってしまう。家の無くなった僕は、出張途中の機内で知り合った石鹸の行商人タイラー・ダーデン（ブラッド・ピット）に救いの手を求めた。バーで待ちあわせたタイラーは、僕とは正反対の性格で、ユーモアあふれる危険な男だった。タイラーは、バーを出た後、駐車場で僕にある頼みをする。「力いっぱい俺を殴ってくれ」。そして、僕と彼は、ふざけ合いながらも本気の殴り合いを始める。殴り合いでボロボロになった二人は、痛みの中で生きている実感を取り戻した気になった。以後、二人は、ときどき同様の殴り合いをするようになり、それを見ていた酔っ払いが殴りあいに参加し始め、やがて駐車場での殴り合いは毎晩のように行われるようになる。そのうち、場所を地下室に移し、大勢の男達が集まる1対1の「ファイト（喧嘩）」を行う秘密の集まりへと変わっていった。タイラーは、これをファイト・クラブと呼び、全員が公平に殴り合いに参加するためのルールを作っていった。「ファイト・クラブ 　ルールその1、ファイト・クラブのことを決して口外するな」。社会での地位と「ファイト・クラブ」での強さは、関係なかった。会社では“できない”男であっても、「ファイト・クラブ」では自分よりマッチョな男を殴り倒した。本来の「男」としての強さを持ったものでも、現代社会での立場は非常に弱いものだったのだ。僕は痣だらけの顔で会社に通っていたがもはや不眠は感じなかった。僕はタイラーの住む廃屋で二人暮らしをし、博識なタイラーから偽善に満ちた世の中の仕組みや誰でもできる簡単なテロの方法の話などを聞いて楽しみ、高級痩身クリニックから捨てられた人間の脂肪を盗み、脂肪から石鹸を作って売る副業を行った。ある日、マーラから僕に、薬の飲みすぎで死にそうだから助けてほしいという電話がかかってくるが、僕は無視して受話器を放置した。しかし、その受話器をタイラーが拾い、タイラーがマーラのところに向かったらしい。タイラーとマーラは親密になり、僕との不安定な三人暮らしが始まる。僕は、タイラーとマーラの猛烈なセックスの音と、タイラーが自分を置き去りにして「ファイト・クラブ」のメンバーたちとなにかを行っていることに苛立ちを感じ始める。タイラーは、「ファイト・クラブ」の男たちに対して、昼間の平凡人としての時間に、ケンカを売ってわざと負けろという「宿題」を出す。メンバーたちは町中で、店の客や通行人とケンカを始める。僕も「宿題」に取り組む。上司に会社のリコール隠しをばらしてやると静かながらも確かな恐喝を始め、彼の前で自分で自分を殴ってぼろぼろになり、物音を聞いて駆けつけた他の社員の前で上司に暴行されたと吹聴し、訴訟を恐れた会社から在宅勤務の権利を認められ自由の身になった。タイラーの「ファイト・クラブ」メンバーに対する試練、自己滅却への扇動はさらに続いていたが、僕は蚊帳の外になっていた。メンバーの中から黒い服を着た「スペース・モンキーズ」と称する集団が現れ、僕らの住む廃屋の地下で作業を開始した。モンキーズはみな自分の名前を捨てており、僕にすらも自分たちに与えられた目的を明かさなかった。疎外された僕にはタイラーの居場所もわからなくなっていた。やがて「ファイト・クラブ」は、現代の社会構造や物質至上主義・消費主義に疑問を持つ男たちの集まりへと徐々に姿を変えてゆき、タイラーの発案した「騒乱計画（プロジェクト・メイヘム）」、すなわち社会的権威に対する破壊工作を実行するためのテロリスト集団に変貌していった。「騒乱計画　ルールその1、騒乱計画について質問するな」。僕はこのルールにより騒乱計画が具体的にどのようなものか知ることができなかった。最初は大資本によるファストフード・チェーン店や都心に鎮座するパブリック・アートなどに対するいたずらじみた行為であったが、破壊活動中に「スペース・モンキーズ」の中から死者も出ることになる。これに対し警察は、社会秩序を不安に陥れる破壊行為と戦う対策を発表しようとするが、直前に会見場に乗り込んだタイラーとモンキーズは警察首脳を拉致・脅迫して対策発表を辞めさせた。僕はタイラーと再会するが彼は狂信者たちに囲まれており、タイラーの持つ死とすれすれの危険な自己破壊衝動は確実に強まっていた。僕は、タイラーの去った部屋から全米を飛び回った跡のある使用済み航空券を見つけ、彼の足取りをたどる。タイラーは全米のどの大都市にも「ファイト・クラブ」を作っており、どこでも「騒乱計画」の犠牲者は聖者として讃えられていた。そんな中、ファイト・クラブのメンバーのいた店で、見知らぬ店主に話しかけられた僕が、自分は誰なのかと問うと、店主は「あなたはダーデンさんです」と答えた。僕が慌ててマーラに電話で自分の正体を確認してみると、再びタイラーが目の前に現れた。タイラーは自らの正体を「『僕』にとっての理想の姿、もう一つの人格（オルター・エゴ）」だと明かした。僕が夜中に不眠症になっていたのは、別人格のタイラーとして映画館やレストランで働いていたからであり、爆発事故の真相は、雑誌や流行に踊らされて買った品物ばかりの虚飾に満ちた部屋をタイラーとしての僕が破壊したのであり、タイラーと僕との殴りあいも僕が自分で自分にパンチを浴びせていただけであり、マーラとのセックスも「騒乱計画」の指令もすべてタイラーとしての僕が行っていたことだった。僕はこれを聞いて意識を失ってしまう。気が付くとタイラーはおらず、「スペース・モンキーズ」も地下室から忽然と消えていた。僕は彼らの残したメモから市内各所にある銀行・クレジットカードなど、資本主義システムを司り全米の個人のローンや資産を管理する大企業各社のビルに対する同時爆破テロが計画されていることを知る。強い衝撃と後悔に見舞われた僕は警察へ自首するが、応対した警官までもが騒乱計画の一員であり「邪魔するものはタイラー本人であろうと排除せよ」というタイラーの命令に従い襲ってくる。辛くも警察から逃れた僕は単身、爆破を止めるため街中を駆け抜け、計画の証拠資料を頼りに深夜のビル街へと辿り着いた。ビルの地下駐車場で爆弾の在処のひとつを突き止めた僕は「タイラーが、つまり自分が仕掛けた爆弾なら自分で解除できるはずだ」と気づき一旦は爆弾の停止に成功するものの、その場に現れたタイラーは妨害を許さず僕との仲は遂に決裂、彼との「殴りあい」に敗れ僕は意識を失い、それによりタイラーに身体の支配を奪われ爆弾は再セットされた。意識が戻るとそこは無人のビルの高層階で、タイラーは僕の口内に銃を突きつけていた。さらに、僕は窓からマーラがスペース・モンキーズに捕まり、連れて来られるのを目撃する。もはや僕に勝ち目は無いと思われたが、僕は「タイラーが銃を持っているということは、僕が銃を持っていることだ」と気づく。そう気づくと銃は僕の手に握られており、僕は自分で自分の喉を撃ち抜いた。弾丸は急所をそれ、僕は死ななかった。僕はスペース・モンキーズに連れて来られたマーラと再会するが、既にテロ決行までの時間はなかった。二人は手をつなぎ、金融会社の高層ビルが次々と崩壊する様をただ見つめていた。