2003年は、イースタン・リーグでは66試合232打数で12本塁打など5番打者として活躍。7月13日にはフレッシュオールスターゲームに選出され7番三塁手で先発出場したが4打席で無安打1四球だった。シーズン終盤の10月3日に一軍に昇格し、同日本拠地横浜スタジアムで行われた対中日ドラゴンズ戦に7番三塁手で先発出場し、迎えた2回の初打席で平松一宏のストレートを打ちプロ入り初安打となる二塁打を放つと直後の相川亮二のタイムリーにより先制点となるプロ初得点も記録、その後は岡本真也の押し出し四球(プロ初打点)、岩瀬仁紀の死球で4打席3出塁のデビューだった。10月4日の対中日戦でも6番三塁手で先発出場し、7回に先頭鈴木尚典のライナーを相手遊撃手の森野将彦がエラーした無死一塁で迎えた第3打席、それまで2三振と抑えられていた野口茂樹のスライダーを左翼席へ運び、プロ入り初本塁打となる勝ち越しツーランホームランで試合を決めた。昇格後の全6試合は全て先発出場だった。2004年は、開幕は二軍で迎え、71試合277打数17本(リーグ4位)、打率.292(8位)と安定していたため、7月9日に自身2度目のフレッシュオールスターゲーム(大阪ドーム開催)に3番三塁手で先発出場し、初回の1打席目は馬原孝浩から右手に死球を受けたが、2回の2打席目二死二塁の場面で筒井和也からライトにツーランホームランを放った。7月3日に一軍へ昇格し、同日の対中日戦で6回に木塚敦志に代わりプロ初の代打出場となったがファーストへのファールフライだった。7月7日の対読売ジャイアンツ戦では、8回同点二死三塁の場面で土肥義弘の代打として出場するとブライアン・コーリーから勝ち越し決勝打となるライト前タイムリーヒットを放ち、これが代打でのプロ入り初安打、また本塁打以外でのプロ入り初タイムリーとなった。7月16日に離脱していた石井琢朗らの復帰により一軍選手登録を抹消。同日札幌ドームで行われたイースタン・リーグ対読売ジャイアンツ戦で先発4番起用されたが、初回の打席で高橋尚成から肩甲骨に死球を受け試合途中で交代した。以降二軍で欠場が続き、8月14日のイースタン・リーグ対北海道日本ハムファイターズ戦で3番三塁手で先発出場して復帰した。9月24日に一軍昇格すると、9月30日の対阪神タイガース戦で代打として一軍復帰出場し、以降の代打起用は無安打、10月11日対中日戦で5番一塁手でスタメン復帰したが4打数無安打、10月15日の対ヤクルトスワローズ戦で代打で1安打1得点したものの復帰後は1安打のみ、年間でも2安打という成績で終わった。2005年は、4月9日イースタン・リーグでの対日本ハム戦でスタメン出場し、5回に先発中村渉(捕手は渡部龍一)から死球、さらに7回3番手の武田久(捕手は鶴岡慎也）から左手に死球を受け横浜市内の病院で検査の結果、左手第4指中手骨骨折と診断された。6月1日イースタン・リーグ対インボイス戦で代打から復帰し三塁守備に付いた。リーグ10位の10本塁打を放ったが、打率.252と不振で昇格は叶わなかった。2004年の春季キャンプで外野ノックは受けていたが、この年の秋季キャンプから外野の守備練習を本格的に開始した。2006年は、開幕一軍入りを果たすと、4月19日の対広島東洋カープ戦から2日連続の本塁打、7試合連続安打など好調を維持し8番右翼手としてスタメンに定着。5月3日ナゴヤドームでの対中日戦で佐藤充からソロ本塁打、5月4日も同カードのルイス・マルティネスからソロ本塁打、5月5日横浜スタジアムでの対阪神戦では井川慶からスリーランホームランと3日連続の本塁打を放った。同日5打席目に久保田智之からヒットを打ち初の猛打賞も記録した。5月7日から5月24日まで13試合連続安打と好調を維持。5月18日の対千葉ロッテマリーンズ戦では久保康友 - 里崎智也バッテリーからプロ初盗塁を記録。6月2日横浜スタジアムでの対日本ハム戦では橋本義隆からツーランホームラン、清水章夫からスリーランホームランで5打点と初の1試合2本塁打を記録。しかし6月3日対日本ハム戦の7回第4打席に武田久－鶴岡慎也バッテリーから右手に死球を受ける。6月4日横浜市内の病院での検査の結果、右手第2指末節骨骨折と診断され、同日出場選手登録も抹消された。ここまで41試合出場135打数で打率.341、9本塁打、27打点の好成績で新人王争いもしていた中の離脱となり、昨春の二軍戦での左手骨折時のバッテリーとも同じだったこともあり、6月5日の同カードの試合前に日本ハムの高田繁ゼネラルマネージャーとトレイ・ヒルマン監督が謝罪した。6月30日の東京ヤクルト戦で代打として一軍復帰すると、7月2日の同カードで8回牛田成樹の代打でディッキー・ゴンザレスからバックスクリーン直撃の10号ソロを放ち、これがプロ入り初の代打本塁打となった。7月4日の対阪神戦で6番一塁手としてスタメン復帰すると8月上旬まで一塁での起用が続いた。7月26日にひたちなか市民球場で行われた対東京ヤクルト戦では6回に藤井秀悟からプロ入り初の満塁本塁打を放った。8月4日からは4番村田修一に続く5番打者を任され、守備では8月12日からは左翼手、8月29日以降は中堅手として起用された。規定打席未満ながら打率.311、26本塁打と活躍したが新人王は惜しくも梵英心に譲り、得票数は2位だった。2007年は、新監督大矢明彦の意向によって、外野手から一塁手にコンバートされ、一塁手で137試合に先発出場、他ポジションにはつかなかった。前年ほどの打率は残せず主に6番で起用された。4月10日に石川雅規、8月7日にセス・グライシンガー(2打席連続)から1試合2本塁打を記録。7月4日、7月7日、7月8日には3試合連続本塁打を放った。6月9日の対千葉ロッテ戦ではこの日まで6勝0敗だった成瀬善久から0対0の同点で迎えた4回裏二死二塁に右中間スタンドへ先制決勝ツーランホームランを放ち、同年唯一の黒星を付けた。9月1日の対巨人戦、先発の秦裕二が2回表に6失点と0対6で始まった試合、自身以外の味方打者が奮起して同点にもつれこんだ9回、打席に向かう前のベンチ裏で監督の大矢から打ち気にはやる余り、体が突っ込み気味だったことを指摘されると、一死無走者で迎えた第4打席で豊田清のフォークボールを低い弾道で左翼席に突き刺し、プロ入り初のサヨナラ打を生涯初のサヨナラ本塁打で決め、6点差からの逆転でチームを勝率5割に復帰させた。開幕から一度も抹消されることなく自身初の規定打席に到達し、ともにチーム2位の24本塁打、85打点を記録した。2008年は、強肩を生かすため昨秋から再び外野守備に取り組み、同年は佐伯貴弘とポジションを入れ替える形で右翼手のみで出場した。6番右翼手で開幕から先発出場、最初の5試合まで打率.176と不調だったが、4月5日から3試合連続本塁打と徐々に調子を上げ、4月16日の対東京ヤクルト戦では1試合5安打を記録(6打数)。4月26日の対広島戦では初回に一死一塁からアレックス・オチョアのライトフライで飛び出した東出輝裕を刺して補殺、7回には無死満塁でスコット・シーボルが吉村のいる右翼へ長打性の打球を放つと、二塁走者の栗原健太がアウトになると判断して二塁に戻ったが慌てて進塁、一塁走者の前田智徳は二塁から進めなくなり、打者走者のシーボルは吉村の返球で一二塁間で挟殺(補殺2つ目)、栗原が本塁を狙おうと三塁を大きく回った所でそれを制止しようとした三塁ベースコーチの高信二と接触、これが肉体的援助となり栗原はアウトが宣告され二死二塁から試合再開となった。続く8回二死二塁の場面でアレックス・オチョアが一二塁間を抜けるライト前ヒットを放ったが、吉村のホームへの返球により二塁走者の緒方孝市が本塁アウトとなり、日本タイ記録の1試合3補殺を記録した。村田が北京五輪出場のため離脱した際は、8月3日の対阪神戦からプロ初の4番打者に座り、打率.238だったものの、12試合で出塁率.385、2本塁打11打点と穴を埋めた。9月11日から9月14日まで自己最長の4試合連続本塁打を記録した。最終的には自己最高の34本塁打（リーグ5位）、91打点（同6位）を記録し、低迷するチームの中でも首位打者・内川聖一、本塁打王・村田、そして吉村と右打者3人が並ぶ強力なクリーンナップは、他チームの脅威となった。外野手部門でリーグ最多タイとなる11補殺を記録した。2009年は、村田の右足肉離れの影響で4月5日から13試合の間4番を打ち、46打数13安打で打率.286だったものの1本塁打4打点4併殺とあまり活躍はできず、4番を外れてからも5月17日の交流戦直前までわずか2本塁打に止まった。5月30日セ・パ交流戦の対オリックス・バファローズ戦の9回一死満塁の場面で香月良太のストレートをライトスタンドへ運び、満塁本塁打を放ち第3号とし、6月6日の対セ・パ交流戦、埼玉西武ライオンズ戦で1試合2本塁打、6月13日から1番打者になると、6月17日からの3試合で4本塁打など交流戦でやや立て直したが、リーグ戦に再び戻ると打率、本塁打共に数字は伸び悩んだ。全144試合出場を果たし、自己最多の13盗塁を記録したが、レギュラー獲得後最低成績となる打率.248、16本塁打、54打点に終わり、2年連続リーグ2位となる134三振も記録した。6月17日には横浜スタジアムで行われた対オリックス戦で1番右翼手で出場し、2点ビハインドの6回無死三塁の場面で金子千尋が初球に投じた変化球をセンターへ運び同点ツーランホームランとすると、これにより2009年4月7日の井口資仁に続く日本プロ野球史上8人目となる「全打順での本塁打」を達成した。2010年は、開幕から29試合で打率.228、1本8打点と不振が続き、下園辰哉の台頭もあり、5月11日に二軍降格した。6月25日に昇格したが、20試合53打数で打率.170、2本3打点と長い不振から抜け出せず、8月8日に出場選手登録を抹消、二軍でシーズンを終えた。打率も大幅に下げ、4年続いた二桁本塁打も途絶えた。2011年は、2月10日、チーム内に吉村以外に「吉村」姓を名乗る選手・スタッフは在籍していなかったが、この年よりユニフォームの背ネームが、イニシャルを付した"Y.YOSHIMURA"に変更された。4月12日の中日ドラゴンズとの開幕戦で二塁打2本を含む4打数4安打を皮切りに、4月は16試合55打数17安打で打率.309と好調が続くと、5月8日にHARD OFF ECOスタジアム新潟で行われた対阪神戦では2対2の同点で迎えた9回一死無走者の場面で久保田智之の速球を右中間スタンドに運ぶサヨナラ本塁打を放ち、生還の際にでんぐり返しをした。しかし、5月14日からスタメンで6試合連続無安打と再び調子を崩し、6月29日に二軍降格。7月17日に一軍昇格したものの、7月18日以降11試合連続無安打を記録するなど、状態が上向くことなくシーズンを終えた。5月以降は165打数27安打で打率.164、3本塁打6打点だった。得点圏打率に至っては.108と極端に低い数字に終わった。2012年は、開幕は二軍で迎えたが4月30日に昇格し、5月5日の対中日戦では岩田慎司から2打席連続本塁打を記録した。その後も6番右翼手で先発出場していたが、5月10日対巨人戦での4打席連続空振り三振を期に調子を下げ、5月19日にスタメンを外れ、6月30日の代打出場を最後に、7月5日に二軍降格、そのままシーズンを終えた。11月5日、多村仁志・神内靖・吉川輝昭とのトレードにより、山本省吾・江尻慎太郎と共に福岡ソフトバンクホークスへの移籍が発表された。背番号は「6」。