リクルート事件をきっかけに、元滋賀県知事の武村正義や鳩山由紀夫ら政治改革を志向する中堅・若手議員でユートピア政治研究会を結成する。1992年、文藝春秋（1992年6月号）で新党樹立宣言をした細川護熙と週刊東洋経済（1992年9月12日号）で対談し意気投合、対談後に細川の希望でパレスホテルでじっくり話をし、師事する宮澤喜一の内閣が終わったら行動を共にすると約束する。1993年6月、宮澤改造内閣の不信任決議案の採決では反対票を投じたものの、自民党を離党する。武村正義は宮澤内閣不信任案に賛成を迫ったが、首班指名で宮澤の名を書いたのだから自分にも責任がある、宮澤のごく近くで政治活動をしてきた自分が、野党の出した不信任案に同調するなんてもっての外と、宮澤内閣の不信任案に反対して離党した。挨拶に行った際に、宮澤から「筋を通したんだね。立派だよ。」と激励された。新党さきがけの結党に参加し、武村正義代表の下で党代表代行に就任党名を「新党・さきがけ」としたのは、隣に座っていた井出正一の前に置いてあった井出後援会機関誌の名称が「先駆け」なのを見て、さきがけにしようと言い出した。井出は周囲が離党についてなかなか納得せず悩んでおり、言葉の響きがいいのと、井出の機関誌の名を党名にすれば井出のプラスになるのではと思ったからだという。さきがけの政治理念は田中が原案をつくり、結成議員全員で討議して決めたという。①「日本国憲法の尊重」②「侵略戦争の反省と政治的軍事大国路線を目指さない平和への貢献」③「地球環境への貢献」④「わが国の文化と伝統の拠り所である皇室の尊重と全体主義の抑止、健全な議会政治の確立」⑤「新しい時代に臨んで、自立と責任を時代精神に捉え、社会的な公正が貫かれた質実国家」を政治理念として草案する。田中はこの五項目の政治理念を所属していた宏池会の政治姿勢を念頭に置き、保守本流のバトンを引き継いでいくという意識が強く持ちながら起草したという。田中は、冷戦が終わったこと、保守本流の神通力だった財政金融政策がいままでどおりの効果を持たなくなったことから、自民党の時代的役割は終わったのではないかという危機感を持っていた。また、やみくもな経済成長至上主義に疑問を抱いていたこと、地球環境問題が1990年代初めから人類史的課題になっていたことを念頭に執筆、皇室の尊重と全体主義の進出を許さないは、日本人として常識的な路線であり、自分たちが保守勢力であるという強い自覚に基づくものが背景にあった。「質実国家」は、昭和元年12月28日、昭和天皇の践祚後朝見式ノ勅語にある一節「それ浮華を斥け質実を尚び・・・」が由来である。田中秀征は、これは昭和をこういう時代にしたいという昭和天皇の夢であり、浮華を退けては虚飾を排してという意味と捉え、「背伸びせず内容本位で自然体」と説明していた。新党さきがけ結党時、日本新党との合流を考えており、細川護熙、武村正義と三人で会った時に、「われわれが一緒に党をつくる時、細川さんが代表、武村さんは幹事長」と二人の前で念押しした。この事実は歴史に残しておきたいと言っている。1993年7月の第40回衆議院議員総選挙では、旧長野1区で3度目のトップ当選を果たした。自民党が過半数を割り込んだため、細川率いる日本新党と新党さきがけは新政権樹立のキャスティング・ボードを握ることとなった。田中は、「自民党政権」か「非自民政権」のどちらにつくか注目される中、思想信条の違う政党の連立政権は臨時・緊急の事態にしか通用しない、経済対策など懸案事項を遅らせている政治改革を早期に処理する「特命政権」として、院内会派「さきがけ日本新党」が「政治改革政権の提唱」という第三の選択肢を打ち出す。昔から数学が得意で、幾何が好きだったが、この時は難問を一気に解く補助線を発見した感じだったという。その考えをワープロで打ってまとめたペーパーを細川護熙と武村正義に見せると、二人とも瞬時に確信、細川はその日のうちに田中がまとめたペーパーを持って小沢一郎に会いに行った。小沢はその場で細川さん、総理になれ」と勧めたという。7月23日に細川が提唱文を読み上げると、各党の対応が明確になり、新生党代表幹事・小沢一郎の動きとは別に、細川内閣樹立の理論的構築を行った。この記者会見では田中も同席する予定だったが、車の渋滞で遅れ細川と武村が読むことになった。同年8月に発足した細川内閣では武村が内閣官房長官、鳩山が内閣官房副長官に就任する。当初は内閣官房副長官を打診されるも党務を理由に辞退した田中は内閣総理大臣特別補佐に起用され、細川が所信表明演説で用いたキャッチフレーズ「質実国家」を発案した。政権樹立後の8月17日に軽井沢で宮澤喜一と細川護熙の会談を仲介している。この会談には別荘が近い鳩山由紀夫と選挙区である井出正一も同席している。首相特別補佐の部屋には、記者や官僚など様々な人が集まり、小泉純一郎もよくやってきて、「この政権を長くやってくれ。自民党はそうじゃないと変わらないから。」と言って新聞や雑誌を読んでいた。内外からの規制改革の要請が強まったことから、内閣に「経済改革研究会」を立ち上げ、平岩外四を座長にし、細川とメンバーの人選をした。1994年1月、政治改革四法の成立を見届けた後、内閣総理大臣特別補佐を辞任。これは細川政権樹立時の「特命政権論」の立場によるもので、細川に対し、政治改革が一応の成立を見た段階での内閣総辞職を勧めていた。国民福祉税騒動の時には、宮澤喜一から「増税というのは、アナウンスするだけで足元の景気を冷やす。」と助言されている。ただ、いわゆる小選挙区制導入に基づく政治改革には無関心であり、冷戦の終結で世界の政治体制、安全保障、軍事の秩序、グローバル経済が始まり経済のあり方が変化した中で、戦後日本を支えてきた政治、行政が制度疲労を起こしている中で、日本の新しい進路を論じるべきであり、選挙制度改革にかまってばかりいるべきでないという考えだった。中選挙区連記制がいいと公言し、自民党時代に会合で中選挙区連記制がいいのではないかと発言すると、小選挙区の旗を振っていた後藤田正晴 や羽田孜に怪訝な顔をされたという。その理由として、各選挙区で一人を支援する小選挙区だと、候補者はあらゆる団体から支援を受けたいので、あえて政策論争には踏み込まなくなる、その結果として政策の調整はすべて霞が関の官僚に頼るようになり、自民党の政策調整機能は明らかに低下しており、そもそも地方分権を徹底しないで、財源、権限を国が持ったままだと、小選挙区選出議員が予算や許認可の運び屋になってしまうと指摘している。小選挙区推進論者は二大政党信仰、政権交代信仰を持っていたが、英国と違って戦後の日本は二大政党が存在せず、「もともと異なる二つの流れがあって初めて、その間に土手をつくる意味があるのであって、先に川の真ん中に土手を作って、二つの流れを無理に作るのはおかしい。」と批判していた。同年4月、細川内閣の総辞職に伴い、新党さきがけは非自民連立政権を離脱し、羽田内閣では予算の成立に責任があるので野党にはなれないが、国民福祉税構想や国連安全保障理事会の常任理事国入りで異なる考えを持っていたため閣外協力に転じた。羽田内閣発足後、日本社会党の村山富市委員長、久保亘書記長が面会に来て、「君が代と日の丸をそろそろ認めようと思っている。」と相談された。「国旗とは、過去の輝かしいことを思い起こすと同時に、逆に大きな失敗を思い出させるものでなくてはならない。もし、社会党がそうなれば、本当にありがたい話で日の丸はみんなの日の丸になる。万国旗の中であんなに明確な国旗はない」と田中が答えると、村山は「いい話を聞いたな。」と久保に言ったという。その後、付き合いを深め、村山を信頼できる人物と思うようになった田中は、全日空ホテルで武村正義、 園田博之に「村山さんを担ごうじゃないか。」と話す。武村と園田は驚いたがすぐ賛同した。すぐに党議で村山首班の方針を決め、田中が記者会見をして発表した。村山内閣が発足すると、野坂浩賢建設大臣から村山首相のブレーン役をして欲しいと要請され、「21の会」を結成して座長に就任、東京大学駒場寮で一緒だった斎藤精一郎立教大学教授を常任にして、学者や専門家に引き合わせた。また、超党派で「国連常任理事国入りを考える会」（小泉純一郎が会長、田中が代表幹事）を立ち上げた。1996年1月、自社さ連立政権の第1次橋本内閣で経済企画庁長官に任命され、初入閣を果たした。武村正義と鳩山由紀夫から1995年の暮れに、「代行を辞めて入閣してくれ」と説得され、橋本内閣では入閣が既定路線だった。経済企画庁長官を希望すると、大蔵大臣を望んでいると考えていた橋本は、「秀征さん、経済企画庁長官でいいの？」と言われた。経済企画庁長官として、金融など6分野の規制緩和案を検討するため、経済構造改革に取り組み、経済審議会の行動計画委員会の中に6つのワーキンググループを新設し、メンバーを選定、橋本構造改革につながった。また、1996年2月には、細川護熙と小泉純一郎の三人で、「行政改革研究会」を立ち上げ、堤清二、斎藤精一郎、山口二郎、小倉昌男、速水優をメンバーにして議論した。大蔵省改革では、「自分からは言えないことが多いから、何でも田中さんが言ってください」と大蔵大臣の久保亘と通商産業大臣の塚原俊平から頼まれていた。大蔵省が省内に「大蔵省改革チーム」を作ると言い出した時、「まな板のコイが包丁を握ろうとしている」と田中が発言すると、久保は「うまいこというねえ」と笑っていたという。しかし同年10月、小選挙区比例代表並立制導入後初めて実施された第41回衆議院議員総選挙では、現職閣僚ながら長野1区で新進党の小坂憲次に敗れ、落選した。この総選挙に際しては、連立与党内での候補者調整が不調に終わり、長野1区から新党さきがけの田中、自民党の若林正俊が出馬し、票の分裂を引き起こした（田中、若林の票の合計は小坂の得票を上回る）。