文明崩壊後のシカゴでは、生存者はそれぞれの気質に基づいて5つのグループに分けられた。その5つのグループとは、無欲を司る「アブゲネーション」、平和を司る「アミティ」、高潔を司る「キャンダー」、博学を司る「エリュアダイト」、勇敢を司る「ドーントレス」のことである。毎年、16歳になったすべての男女は自分にとって最適なグループを診断するためのテストを受けていた。テストの結果を受けて、青年たちは自分の家族が属するグループに残るか、自分に最適なグループに移籍するかを選ぶことができる。新しいグループに属するための通過儀礼を終えていない者は「ファンクショレス」と呼ばれ、都市の中で貧しい暮らしをすることを余儀なくされた。16歳の女の子、ベアトリス・プライアーは「アブゲネーション」に属する家族に生まれた。ベアトリスは自分自身のことを無欲とは思っていなかったので、自分はアブゲネーションとは合わないと感じていた。ベアトリスは診断テストを受け、自分の見立てが正しいことを知った。「アブゲネーション」、「エリュアダイト」、「ドーントレス」の3つのグループの適性があると診断されたのである。テストの監視官はベアトリスに診断結果を他人に話さないようにと警告した。なぜなら、ベアトリスは「ダイバージェント」（異端者）とみなされるからである。「選択の日」の前日、ベアトリスは両親と共に「アブゲネーション」に残るか、別のグループにひとりで移籍するかで頭を悩ませていた。結局、「選択の日」において、ベアトリスは「アブゲネーション」を離れて「ドーントレス」に移籍することを決める。また、ベアトリスの兄である、ケイレブは「エリュアダイト」への移籍を決めた。「ドーントレス」の教官を務めるトビアス・イートン（以後はフォーと表記）はドーントレスへの所属志願者全員が移籍を許されるわけではなく、テストの成績上位10人のみが所属を許され、残りの人間は「ファンクショレス」となるのだと説明する。他のグループが通過儀礼を終えた者全員の所属を許していることを考えれば、この制度は異質である。通過儀礼の間に、ベアトリスはトリスと改名し、数人の移籍志願者（クリスティーナ、アル、ウィル）と友人になった。その一方で、ピーター、ドリュー、モリーの3人とは険悪になった。なお、トリスは「ドーントレス」生まれのウライア、リン、マーリンらとも友人になった。「ドーントレス」の通過儀礼は3段階に分かれている。第1段階では体術を用いた戦闘訓練だけでなく、ナイフと銃の使い方を学習する。他の志願者より運動能力が劣っているにも拘らず、トリスはモリーを倒すことによって6位で第1段階を修了した。順位が発表された後、嫉妬に燃えた2位のピーターが1位で通過したエドワードの目を夜中にバターナイフで突き刺した。親との面会が許される日に、トリスは自分の母が「ドーントレス」の生まれであったことを知る。報告書ではトリスの両親が、子供二人を別のグループに移籍させることが非難されていた。トリスが通過儀礼に参加している頃、シカゴの政府内では、「エリュアダイト」が「アブゲネーション」が指導権を握っていることに反対していた。 「アブゲネーション」の指導者であるマーカスは、2年前に「ドーントレス」に移籍した自分の息子を虐待していたと告発された。第2段階には診断テストのようなシミュレーションが含まれていた。恐怖の象徴であるようなものと如何に向き合うかをしべるものである。トリスは「ダイバージェント」であるため、自分がシミュレーションに参加していると自覚することができた（他の参加者にはできない）。そのことがトリスのアドバンテージとなり、第2段階を1位で通過することができた。この結果に不満を持ったピーター、ドリュー、アルの3人はトリスを暴行し、「ドーントレス」本部にある深い穴にトリスを落とそうとしたが、フォーが仲裁に入った。その後、アルはトリスに許しを乞うが、拒絶され、自殺した。最終段階は参加者が怖がるすべてのものを1か所に集めたシミュレーションであった。この光景を前にした参加者全員が、自分たちがシミュレーション下にあり、今まで学んできたことを生かしてこの恐怖に立ち向かわねばならないと自覚できた。最終段階に挑む準備をしている最中、トリスとフォーの関係は深まる一方だった。フォーはトリスに自分が怖がるものがある空間を見せた。トリスはフォーが空間内の4つのものだけに恐怖を感じていると知り、それを記憶した。また、トリスはフォーの本名がトビアスであり、彼の父親が「アブゲネーション」を率いるマーカスであることを知った。後に、フォーは「アブゲネーション」を攻撃するために、「エリュアダイト」が「ドーントレス」を利用しようとしていることをトリスに明かす。トリスは自分に与えられた空間にある7つの恐怖を克服した。テストの後、トリスは他の「ドーントレス」のメンバー全員と共にトラッキング用の血清を打たれる。この血清は失踪したと判断された場合に活性化する。公式の式典の前に、フォーはトリスを自宅に招待する。トリスはフォーへの思いを打ち明ける。式典開始後すぐに、最終の順位が発表された。トリスが1位だった。式典の最中、突然、トリスは「エリュアダイト」が「ドーントレス」のメンバーに「アブゲネーション」を攻撃させる計画を実行するために、トラッキング用の血清を使うであろうと悟った。式典後の夜、血清はシミュレーション状態を引き起こし、「ドーントレス」のメンバー全員が「アブゲネーション」の居住区域を攻撃するよう命じられた、眠る兵士となってしまった。しかし、血清はトリスとフォーには効かなかった。2人は「ダイバージェント」であったからである。「アブゲネーション」の居住区域に到着した後、トリスとフォーは「ドーントレス」の一団から離れようとした。しかし、トリスが銃撃されて軽傷を負う。フォーはトリスを残していくことを拒否して囚われの身となる。2人は「エリュアダイト」の指導者であるジェニーンの前に連行された。ジェニーンはフォーに実験段階の血清を打った。フォーの視覚と聴覚を操作することで「ダイバージェント」効果を打ち消す血清である。ジェニーンはフォーに攻撃の様子を見るために「ドーントレス」のコントロール・ルームへ行って、トリスは死んだというように命令した。トリスは水で満たされた生命維持装置の中で意識を回復して、駆け付けた母親に救出された。脱出するときに、母親は自分もダイバージェントだとトリスに打ち明ける。その後、母親は殺される。トリスは脱出を目指したが、シミュレーションの影響下で自らを攻撃したウィルを殺したい衝動に駆られた。トリスは自らの父親であるケイレブとマーカスを見つける。そのご、3人はシミュレーション状態を引き起こしているものを見つけるために「ドーントレス」の居住地域に行くと決める。「ドーントレス」本部へ向かう途中、トリスの父親はトリスにコントロール・ルームへの道を知らせるため、自らを犠牲にする。トリスはマインド・コントロール下にあるフォーと遭遇し、フォーはトリスを攻撃してきた。戦闘の中で、トリスは自分がフォーを殺すことはできないと感じ、降伏する。そのことが、フォーが視聴覚を取り戻すきっかけとなる。自由の身となったフォーはトリスが「エリュアダイト」のシミュレーションの影響を完全に断ち切れるようにし、残りの「ドーントレス」のメンバーにかかっているマインド・コントロールを解除した。自らの身の安全と引き換えにトリスがコントロール・ルームを見つけるのに協力したピーターをはじめとして、ケイレブやマーカスも集団に加わった。一行は「アブゲネーション」の生き残りを見つけるために、「アミティ」の居住区へ向かう電車に乗る。