シャドウキャット、ローグ、ダズラー、サイロック、ロングショットが新たにX-MENに参入した。表向きは財界人の社交クラブだが、悪のミュータント結社である「ヘルファイアークラブ」。その支配者である「インナーサークル」の代表セバスチャン・ショーは、マスターマインドに命じ、フェニックスを洗脳。自らをインナーサークルのブラッククィーンと信じ込ませ、X-MENにとって最悪の敵を作り出した。洗脳によってフェニックスに奥底に眠る無限の力、フェニックス・フォースが目覚め、フェニックスはダークフェニックスへと変貌する。マスターマインドを廃人においやったダークフェニックスは、X-MENやシャイア帝国の超人近衛隊インペリアルガードと戦うが、最後には理性を取り戻し、恋人であるサイクロップスに別れを告げ自害する道を選んだ（『ダークフェニックス』）。最愛の恋人を失ったサイクロップスは暫くの間悲しみに暮れたが、アラスカでフェニックスに瓜二つの女性マデリーン・プライアーと出会う。マデリーンとジーンの共通点は容姿だけでなく、その能力も共通していた。二人は幼少時に飛行機事故を経験したと言う共通点から意気投合し、マデリーンはX-MENに参入した後、サイクロップスと結婚し息子ネイサンを授かった。人類によるミュータントの虐殺を恐れたマグニートーは、世界中の核を廃棄するよう各国に警告する。その要求を拒んだソ連は、潜水艦レニングラードを差し向けマグニートーを抹殺しようとするが、マグニートーの能力によって返り討ちにあい、見せしめとしてレニングラードを沈められてしまう。ミュータントを脅威に思うロバート・ケリー上院議員は「ミュータント登録法」を提唱し、その制定を目指していた。ミュータント・テロリストのミスティークは、新たなブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツを結成し（メンバーはデスティニー、アバランチ、パイロ、プロブ）、ミュータントの未来のために暗殺を企む。物語はロバート・ケリーの暗殺が達成された平行世界へと移る。その世界ではケリー暗殺によって、反ミュータント感情が暴走した結果、政府から派遣されたセンチネルの大軍によってX-MENは壊滅。そのまま北米を支配することになったセンチネルによって、ミュータントは強制収容所に隔離されると言う暗黒の未来に変貌していた。未来のシャドウキャットことケイトは、その能力を駆使してケリー暗殺が達成される前の自分に精神の移送を果たし、現代のX-MENにケリー暗殺がもたらす世界の破滅を告げ、共に暗殺を阻止した。この未来からはサイクロップスの娘であるフェニックスIIも母親譲りのフェニックスフォースを利用してタイムトラベルして来ている（『デイズ・オブ・フューチャーパスト』）。X-MENは他の生物に寄生し繁殖する異星人ブルードと戦い、彼らの星を壊滅に追いやるが、宇宙で消息不明になる。プロフェッサー・Xはブルードとの戦いでX-MENが全滅したのだと思い絶望するが、モイラ博士の助言により、後進の育成に取り掛かる。こうして世界中から、カルマ、ウルフスベーン、サンスポット、ムーンスター、キャノンボールら若いミュータント達が集められ、新チーム「ニューミュータンツ」が結成された。ニューミュータンツには後にマグマ、マジック、サイファー、ウォーロック、リージョンらも加わった。彼らはヘルファイヤークラブの幹部ホワイトクィーンが指揮する10代のミュータントチーム「ヘリオンズ」などと戦った。異次元「モジョー・ワールド」では、テレビ番組の視聴率こそが力の象徴と言う変わった世界である。その世界は、スパインレス・ワンと呼ばれる脊髄が無い奇妙な種族によって支配されており、支配者として君臨するモジョーは人造人間を使って残酷なテレビショーを製作していた。モジョーのために人造人間を製造していた科学者のアライズは退廃的な世界の有り様に疑問を感じ、強力なミュータント能力を持つロングショットを生みだし、特訓を施した。ロングショットは他の人造人間達と共にパイレーツ・ネットワークと言う反乱軍を組織しモジョーに立ち向かうが、苦戦を続け地球に逃亡する。ロングショットを追う過程で地球の存在を知ったモジョーは、個性的なX-MENに類稀なタレント性を見出し、彼らを自分の製作するTVショーに引きずり込もうとする。モジョーはX-MENと幾度かの戦いを経てロングショットに殺された。だが復活を果たすと、ロングショットの友人であった地球のスタントマンのリタを、自らの配下とすべく6本腕の剣士スパイラルへ改造し、その後もX-MENを狙い続けている。地球でX-MENとして活動を続けたロングショットは後に元歌手のミュータント・ダズラーと恋に落ちた。ミュータントの進化を研究する科学者のミスター・シニスターは、凶暴なミュータント達を多額の報酬によって集め「マローダーズ」を結成した（メンバーはスクランブラー、セイバートゥース、マリス、スカルプハンター、バーティゴ、ハーブーン、リップタイド）。シニスターは彼の研究に利益をもたらさない惰弱なミュータントを嫌悪しており、マローダーズに命じてマンハッタン地下に密やかに住むミュータント「モーロックス」を襲わせた。X-MENはモーロックスを助けるため、マローダーズと死闘を繰り広げるが、猛攻を凌ぎきれず多数の死傷者を出した。マローダーズ側にも死者は出たが、シニスターは予め彼らのクローンを作っており、欠員が出るたびクローンで穴埋めしていた（『ミュータントマサカー』）。マグニートーは宇宙から優位種である自分達が愚かな人類を見渡せるようにと、宇宙要塞「アステロイドM」を建造し、新たな拠点としていた。先のレニングラード号の件も影響し、危機的意識を持ったアメリカとソ連は、それぞれアベンジャーズとソビエト・スーパーソルジャーズを派遣し捕縛に向かわせた。X-MENはその逮捕を不当に感じ彼らと戦うが、無用な戦いを好ましく思わなかったマグニートーは自ら投降し、国際法廷に出廷する。この法廷で彼は裁判官の血中の鉄分を操作し、強引に無罪を勝ち取った。だが、そのせいで暴徒化した反ミュータント派の市民によってプロフェッサー・Xが襲われ重傷を負う。ここでプロフェッサー・Xとマグニートーは初めて和解を果たし、マグニートーにX-MENの指揮を任せたプロフェッサー・Xは、治療のため高度な医療技術を持つシャイア帝国へと向かった。改心したマグニートーは、プロフェッサー・Xの志を継ぎ、X-MENの指導者となった。ニューミュータンツには自ら指導を行ったが、無鉄砲な十代の若者達は戦いとなると勇み足となり、早々に死者を出してしまう。マグニートーは失望しチームを後にする。ニューミュータンツは未来から現れたケーブルに牽引されることになる。同じ頃、ファンタスティック・フォーが北極で死んだと思われたマーベルガールを発見する。実は彼女が宇宙で放射線を浴びた際に、フェニックスフォースが彼女の人格と能力をコピーした上で、マーベルガールを繭のようにエネルギーで包み保護していたことが明らかとなる。死んだのは自らをマーベルガールと信じ込んでいたフェニックスフォースだった。マーベルガールは自分が数年間世間から隔離されていたことや、恋人のサイクロップスがほかの女性と結婚したことなどに困惑しつつも正義の陣営に復帰する。マグニートーが指導者に立ち、X-MENが乗っ取られたと思った初代X-MEN（ファーストファイブ）は新たなチーム「Xファクター」を結成する。マデリーンとジーンの間に心が揺れたサイクロップスもXファクターに加わった。Xファクターは表向きは政府のミュータント狩りを装っていたが、X-MENと同じく保護と教育を目的としていた。X-MENはXファクターがミュータント狩りをしていると勘違いをしていたが、後に真相を知り和解する。長命のミュータント族「エクスターナルズ」の中でも、最も長命なミュータント・アポカリプスは「適者生存」の信念の元、世界を作り変えようとしていた。アポカリプスは何千年もの間、世界中を旅し、ある時は人々に自らを神として崇めさせ、またある時は戦争をけしかけ、その強さを推し量っていた。アポカリプスは現代を野望実現の好機と見做し、人類対ミュータントの戦いを焚きつけた。また、戦いで翼を失ったエンジェルを洗脳し、鋼鉄の翼を与えて、悪のミュータント・デスへ変え、配下のフォー・ホースメンに加えニューヨークを襲撃した。その戦いでサイクロップスの能力に興味を持ったアポカリプスは、能力を奪う触媒とすべくサイクロップスの息子であるネイサンをさらい、身体が機械化する生きたウイルス「テクノオーガニックウイルス」に感染させた。アポカリプスは月面に存在する宇宙要塞でXファクターと超人類インヒューマンズの連合軍と戦うが、サイクロップスのオプティック・ブラストを受け、重傷を負い敗北した（『フォール・オブ・ミュータンツ』）。戦いの中でエンジェルは正気に戻るが、暫く精神的に不安定な状態が続いた。後にアポカリプスから与えられた鋼鉄の翼を受け入れ、新たなヒーロー「アークエンジェル」として復活する。ウイルスに感染したネイサンは、未来から彼を救うべく現れたアスカニに預けられた。息子と引き離されたサイクロップスだったが、後にフェニックスIIの能力によってタイムトラベルを果たし、自らをスリムと名乗り幼少のネイサンと数年間を共に過ごした。悪魔ナスティアがマンハッタンを魔界へと変貌させる。夫と別れ傷心していたマデリーンはシニスターから自分がジーンのクローンであった事を告げられ悪に堕ち、ゴブリン・クィーンへと変貌。さらにハボックを籠絡し、ゴブリンプリンスへと変えX-MENと戦った。最終的にマデリーンはジーンに吸収されるようにして融合を果たした。魔界で魔術を身につけたマジックは、その能力を限界まで使いマンハッタンを元に戻すが、その反動で幼児の姿になってしまう（『インフェルノ』）。