1937年、僧侶の召使いに変装した高僧がチベット東部アムド（現・中華人民共和国青海省）の田舎にある質素な農家に立ち寄る。その家のラモ・ドンドゥプという末っ子の幼児は高僧になつき、彼が首にかけている数珠を「これは僕のだ」と言い張る。今度は本来の服装で家を尋ねた高僧は、誰か著名な高僧の遺品を、よく似た物品と並べてラモ（「守護者」の意）に見せると、ラモはことごとく本物の遺品を言い当てる。高僧たちは感動し、思わず「クンドゥン」と呟く。どうやらラモは誰か高位の僧化身ラマの転生者として認定されたらしい。だがそのこと自体は、ラモの家族にとって名誉なことではあるが、そんなに珍しいことにも思えなかった。2年後、迎えに来た僧侶たちに連れられ、ラモ少年と家族はラサへ向かう。すでに近所の僧院で修行する身のハモの長兄は「お前は立派なお坊さんになるんだよ。怖がることはない。こうやって見つけられた子どもは今までにもたくさんいたし、これからだっている」と言う。宿営地で頭が剃られるのをいやがって逃げ出したラモは、摂政のレティン・リンポチェのテントに逃げ込む。レティンは彼を「クンドゥン」と呼び、生きとし生けるものすべてを愛するために、またこの世に生まれ変わって来たのだと告げる。なにやら仰々しい儀式で上座に座らされたラモに、レティンは「観音菩薩の化身、願いを叶えたもう宝珠、第14世ダライ・ラマ」と呼びかける。数珠も様々な遺品も1933年に崩御したダライ・ラマ13世の遺品であり、ラモはその転生として認定されたのだった。ダライ・ラマになったラモは歴代法王の住居でありチベットの政治宗教の中心であるラサのポタラ宮に住むことになり、遊び相手としてすぐ上の兄と一緒に育てられる。だが親と離され、高僧たちに囲まれ、暗く重々しいポタラに、幼いダライ・ラマはなかなかなじめない。養育係を務めるポタラ宮の給仕長ポンポは、「夏の離宮の方が気に入るでしょう」と言う。その夏の離宮、ノルブリンカ宮には両親の家もあり、彼は動物と豊かな自然に囲まれて無邪気にのびのびと育つ。5年後、1944年。第二次世界大戦のことも外国の雑誌やニュース・フィルムで見るくらいの、平和に見えるポタラ宮で、ダライ・ラマは仏教の哲学を学び、様々な修行を受けて利発で好奇心旺盛な少年へと成長している。ある晩、彼は摂政のレティンと側近の高僧タクバ・リンポチェが密談しているのを聞いてしまう。タクバはレティンに、摂政の位を辞任して隠遁するように薦めていた。ある日、ダライ・ラマ少年は西洋からの贈り物である望遠鏡で街を見ていて、ポタラ宮内の建物の屋上に足を鎖で繋がれた男がいるのを見る。閣議でレティンの辞任が報告され、ダライ・ラマはタクバを摂政に任命する。仏教教義の試験をダライ・ラマが受けているとき、突然銃声がポタラ宮に響く。僧侶たちは少年の頭から袈裟をかぶせ、慌てて保護する。「あなたのお耳に入れるようなことではありません」と言う高僧たちに、少年ダライ・ラマは「なぜ僕が聞いてはいけないのか」と怒る。しぶしぶ説明する側近たちによると、レティンが摂政位に復帰しようとして逮捕され、その一派の僧たちが発砲したのだと言う。「僧が銃を持ってるの？」とショックを受けるダライ・ラマ。逮捕されたレティンはポタラ宮内の牢獄に収監されたという。「ポタラに牢獄があったのか」とさらにショックを受けるダライ・ラマに、宮内長官のパラが「ポタラには昔から牢獄があります」と言いにくそうに伝える。レティンのクーデター未遂について質問するダライ・ラマだが、パラたちは「いろいろ複雑な事情がありまして」としか言ってくれない。ダライ・ラマはレティンに会いたいというが制止され、「彼は私を見いだしてくれた人だ。私の師だ。良い待遇をするように」としか言えない。中国のことを訊ねても、「それもいろいろ複雑な事情がありまして」との返事。中国側がチベットを中国の一部だと主張し始めていると言われ、ダライ・ラマは「チベットがチベットだ」と言う。タクバが「我々と中国は、その点では決して同意しないということで同意して来たのです」と説明する。チベットと自分の置かれた複雑な政治的立場がなんとなくには分かって来た少年ダライ・ラマは、「これから多くのことを変えなければいけない」と決意する。パラがダライ・ラマ13世が後継者に残した手紙を読み聞かせる。少年のダライ・ラマは「僕に何が出来るの？　ただの子どもなのに」としか言えない。パラは「あなたはこの手紙を書いた人であり、我々を導くために生まれ変わって来たのです」という。そしてレティン・リンポチェの服毒自殺が報告される。ダライ・ラマの父が亡くなり、鳥葬が行われる。5年後、1949年。数え歳で16歳になったダライ・ラマに、摂政タクバ・リンポチェが中国で中華人民共和国が成立したこと、毛沢東が「チベットが中国の一部であることを認める」などの三つの条件を突きつけて来たことを報告する。タクバはダライ・ラマに正式に元首として即位することを進言するが、彼は「私はまだ少年だから」と躊躇する。歴代のダライ・ラマは18歳で即位しているから、自分もそれまでは待って欲しい、と。だが人民解放軍がチベットに侵攻を開始、ダライ・ラマは即位して即座にインド国境に近いドゥンカル僧院に避難することになる。即位と同時に政治犯の恩赦と、各国と国際連合にチベット独立への支持を要請する使者を出すことを命ずるダライ・ラマだが、その使者はインドですら無視され、国連でも取り上げられない。16歳の元首は、中国との困難な交渉に自ら向き合うことになる。子どもの頃からの世話係だったノルブに、ダライ・ラマは「レティン・リンポチェが本当に正しい転生した子どもを見つけたのか、疑ったことはないか」と訊ねる。ノルブは「私は一切ありません。あなた以外の誰に正しかったか間違いだったか分かるのか」という。ラサを出発する別れ際に、ノルブはダライ・ラマに携帯式の電灯を贈る。避難先で、夜、ダライ・ラマはラジオで自分の使節団が中国から十七か条協定と称するものに無理矢理合意させられたことを聞き、胸に痛みを覚えて倒れる。人民解放軍の使節に面会するダライ・ラマは、ラサに戻るように要請されるが、なにも言わない。身の安全が保証できないとインドへの亡命を主張する内閣に対し、パラは「インドに行かれたら、ラサにお戻りになれるかどうか保証はできません」と進言する。その夜、夢のなかで人民解放軍の将軍たちが、毛沢東以前の中国がいかに悲惨で、人々が虐げられ、飢えていたのかを語る。一人の将軍は、男が赤ん坊の死体を料理しようとしながら「俺が殺したんじゃない。勝手に死んだんだ！」と叫んでいた、と言う。人民解放軍の使節の要望に応じて、ポタラ宮に戻ったダライ・ラマを、母と長兄（タクツェル・リンポチェ）が訪ねる。「お母さん、僧院は日が落ちたら女性は立ち入り禁止ですよ」と言って母を人払いしたダライ・ラマに、長兄は人民解放軍の進駐後の体験を話し、驚くべきことを告げる。「中国人は私があなたを説得することを条件に釈放してくれました。彼らは、もし私があなたを説得できなかった場合、あなたを殺せ、と言った」。ダライ・ラマは愕然とし、「彼らは、実の兄が弟を殺せると本気で信じているのか？」とつぶやく。ダライ・ラマは自ら北京に向かい、毛沢東と交渉することを決意する。側近たちは共産主義に嫌悪を隠さないが、ダライ・ラマは好奇心旺盛に子どもの合唱を聴いたりしている。毛沢東も彼を歓待し「母も仏教徒でした」と理解を示し、ダライ・ラマも一時は「仏教と社会主義には共通するところもあるから、共存は可能だ」とさえ思う。夢のなかで、タクバ、ノルブ、そして父がそれぞれに「さようなら、クンドゥン」と言って去っていく。ダライ・ラマは思わず「誰も死んではならない」と叫んで目を覚ます。だがラサに戻る前夜に彼を招いた毛沢東は「ひとつだけあなたに忠告があります。宗教は毒です。民族を衰えさせる毒なのです。チベットはその毒に冒されているのです」と言い、それを聞いたダライ・ラマは戦慄する。ダライ・ラマはチベットに戻り、生家を訪ねる。かつて豊かに煙を上げていたかまどには火の気もなく、家中には「中華人民共和国万歳」「毛沢東主席万歳」といった中国語の標語や、毛沢東の写真が飾られている。「幸せですか」とそこに住む老女に訊ねるダライ・ラマ。老女は苦しそうに涙をこらえながら「中国共産党と毛主席のご指導の下で私たちは幸せです」と言う。ダライ・ラマはその老女の頬を思わず両手で包み込む。ラサに戻ると、人民解放軍の食糧などの無理な要求に、チベット政府の首相も辞職するしかなくなる。人民解放軍はチベット軍を自分たちの指揮下におき、ゲリラの掃討作戦に参加させるとまで言い出す。チベット各地から僧院が破壊され、たいした武器ももたないゲリラが人民解放軍に掃討されているという報告が届く。さらには、僧侶や尼僧が路上で陵辱され、チベットの子供たちが自分の親を殺すことを強制させられている、と聞き、ダライ・ラマは顔を覆って崩れ落ちる。夢のなかでノルブリンカ宮の中庭に立ち、周囲を見回すダライ・ラマ。その周囲には遥か彼方まで僧侶たちの血まみれの死体が転がっている。人民解放軍からはダライ・ラマの誘拐や暗殺を匂わす招待状まで届けられる。それでもダライ・ラマは「私の責任は私の民衆とともにあることだ」と言って、側近の「インドに亡命すべき」という進言を退け続ける。ダライ・ラマを守るためにノルブリンカ宮の周囲にはチベットの民衆が続々と集結するが、彼らの意見も「かけがえの無いお命です、逃げてください」と「行かないで下さい」にまっぷたつに分れている。だがノルブリンカ宮を爆撃することを匂わす脅迫めいた書簡が人民解放軍から届けられ、ラサの緊張も最高潮に達し、中国側が全面的な武力行使に打って出る危険も高まる。ダライ・ラマはチベットの魂を守るためには、自分が亡命する以外にないと決意する。兵士に変装したダライ・ラマはわずかな側近たちを引き連れて夜中に離宮を脱出する。辺境地にたどりついたダライ・ラマは、中国から押し付けられた十七か条協定を改めて拒否し、チベット臨時政府の樹立と、チベットの主権の保持を宣言する。そして、人民解放軍の追跡を逃れながらヒマラヤの険しい雪山をすり抜ける苦しい旅を続け、身も心も衰弱しながらインド国境にたどりつく。側近から「我々は勝ったのです。自らの足でインドにお入りください」と促されたダライ・ラマは牛の背中から降り、よろよろとインドの国境検問所に歩を進める。インドの国境警備兵から「敬意をこめてお伺いします。あなたは御仏様でしょうか？」と問われた彼は、「私はただの男、仏に仕える一介の僧侶、善を行い、自己にめざめる努力を続けている者だ」と答える。インド政府が用意した質素な建物に落ち着いたダライ・ラマは、望遠鏡をとりだしてヒマラヤの雪山を遠望し、はるか彼方のチベットに想いを馳せる。