1808年8月にイギリス軍は少将サー・アーサー・ウェルズリー指揮のもと、ポルトガルに上陸した。ポルトガルのBernardim Freire de Andrade将軍率いる前衛部隊がルイ＝アンリ・ロワソン将軍率いる仏軍の一隊を阻止している間に、ウェルズリーの本隊はドラボルドゥ将軍指揮下の仏軍を8月17日ロリーサの戦いで破った。8月21日に英葡（葡＝葡萄牙＝ポルトガル）軍はジュノー将軍指揮のフランス軍と激戦を交えた。ウェルズリーの注意深い管理、強い指導力そして妥当な戦略により、英葡軍は、戦線を維持するフランス軍とその同盟軍をはねのけた。しかし、勝利したにもかかわらず、ウェルズリーは軍人として若すぎて、ポルトガルに新たに補強された遠征隊を指揮できないとみなされ、ウェルズリーの地位は、ハリー・バラードに替えられてしまった。バラードが死ぬと次はヒュー・ダルリンプルが任命された。一連の勝利で、物議を醸したシントラ協定に基づき、1808年8月、ポルトガルからフランス軍が撤退することになった。イギリス軍の司令官は、3万の精鋭を率いるサー・ジョン・ムーアを残して、シントラ協定調査のために本国への帰還を命じられた。英葡軍とスペイン軍が勝利したことで、ナポレオン自身がイベリア半島に20万の兵を率いてゆくことになった。イギリス軍はブルゴス市近郊で攻撃（ブルゴスの戦い）したが、まもなく長い退却を強いられ、さらにサアグンの戦い、ベナペンテの戦い、カカベロスの戦いを挟みながら、フランス軍の追撃を受け、1809年1月にア・コルーニャから撤兵して終わった。ムーアはコルーニャの戦いとして知られる戦闘中に市街防衛の指揮中に戦死した。こうしてスペインの大半がナポレオンのフランス占領下におかれることになった。僅か2ヶ月余りスペインにいて、ナポレオンは元帥に指揮権を戻し、自身はフランスに帰国した。3月にスールト元帥は北の回廊地帯を通って2度目のポルトガル侵略に取り掛かった。始めはミーニョ川でポルトガルの民兵に撃退されたが、シャヴェス、ブラガを攻略し、さらに1809年3月29日にポルトを攻略した。しかし、アマランテなどの都市のシルヴェイラの抵抗は、スールト軍をオポルトにて孤立させ、スールトは北ポルトガルの王になるか、この国からの退却かの賭けに打って出た。その間、ナポレオンの勝利でスペイン軍を壊滅させたが、スペイン人をしてスペインにおけるフランスの敗北に大いに貢献することになるゲリラ戦法を開始させることとなった。ポルトガルではミゲル・ペレイラ・フォルハス「戦争大臣」が英国から送られた資金と兵力で国軍の再建を行っていた。1806年から示されてきた軍制改革が実行された。最初は2万人の常備軍と3万の民兵が召集された。その後、この数は常備軍5万、民兵5万に膨れ上がり、「オルデンナンサス」と義勇軍が加わった。1809年4月にウェルズリーは英葡軍を指揮すべく、ポルトガルに戻った。そしてイギリス軍を、フォルハスと各地域の知事によって組織され、ベレスフォード将軍によりイギリス風の戦闘に合わせて改編されたポルトガルの連隊によって、補強した。これらの新軍は5月10日から11日のグリホの戦いと5月12日のオポルトの戦いでスールト軍を破った。北部の全都市がシルヴェイラによって攻略された。ウェルズリーは、新占領地が気になるポルトガル軍から離れ、グレゴリオ・デ・ラ・クエスタ軍に合流すべく、スペインに進軍した。連合軍は7月27日から翌28日のタラベラ・デ・ラ・レイナの戦いでホセ1世率いる王国軍を撃破した。そこは、連合軍が、不安定さを露呈し、すぐさま西方へと撤退することとなった、高い代償を払って勝利をおさめた場所であった。タラベラの戦いの勝利でウェルズリーはウェリントン子爵に叙された。この年、後にスペイン軍はオカナの戦いとアルバ・デ・トルメスの戦いで、ひどい惨敗を喫した。スペイン軍との共闘がうまくいかなかったことと新しいフランス軍を怖れるようになり、ウェルズリーはポルトガル防衛を強化する決断を下した。リスボンを防衛するために、彼はネベス・コスタ少佐の計画を採用し、主要道と塹壕と土塁に沿って強力な堡塁線(162)を構築し、トレス・ベドラス線を形成した。1811年7月にフランス軍はアンドレ・マセナ元帥率いる60,000の軍を以って再侵攻した。戦端はコアの戦いで開かれた。その後マセナは「ポルトガルで最悪の道」を辿った。9月27日のブサコの戦いで、有利な位置にいながら不注意な戦術で敗北を喫したが、英葡軍をトレス・ベドラス線まで撤退させた。10月14日のソブラルの攻撃の後で戦況が膠着状態に陥るほどに城塞は印象的なものだった。チャールズ・オマーンの記述によれば「10月14日濃霧の朝、ソブラルで『ナポレオンの潮』が最高潮に達し、そして引き潮が始まった」。ポルトガル人は前線で焦土作戦の対象となった。フランス軍は補給路の欠如と疾病のためについに撤退を余儀なくされた。1811年初頭、同盟軍は新たなイギリス軍の到着で再度増強され、攻勢に転じた。フランス軍はカディスの包囲を解いた失策が一因となって3月5日のバロッサの戦いで敗北を喫し、マセナは5月3日から同月5日までのフェンテ・デ・オノーロの戦いが膠着状態に陥ると、ポルトガルから撤退した。マセナは25,000の兵員をポルトガルとの戦闘で失い、オーギュスト・マルモンと交代することになった。スールトはバダホスを威嚇するために南部から移動したが、ウィリアム・ベレスフォード率いる英葡軍とスペイン軍により5月16日アルブエラの戦いで追い返された。この血みどろの戦闘のあと、フランスは退却を余儀なくされた。戦争は一時休戦し、数では優勢でもフランス軍は優位に立つことはできず、スペインのゲリラ活動による圧力が増していた。フランス軍は350.000を超す兵力がスペイン軍（L'Armée de l'Espagne）にいたが、その大半の20万を超す兵力が、実戦部隊よりもフランス軍の補給路防衛に当たって失われた。スペインでは戦時中に各地域に作られたフンタで構成される最高中央評議会(Junta Suprema Central)が、1810年からカディスにコルテスを召集し、自由主義的な「1812年のカディス憲法」の草案作りに取り掛かった。1812年の新年早々にウェルズリーはスペインへの同盟軍の再編を行い、1月19日にシウダー・ロドリーゴの城塞化された町を包囲、攻略し、バダホスを4月6日に高い代償を払った襲撃のあと同様に攻略した。両方の町は軍に略奪された。7月17日、同盟軍はマルモンが進軍してきたのでサラマンカに進駐した。両軍はついに7月22日に遭遇した。サラマンカの戦いではフランスは壊滅的な敗北を喫した。ベレスフォード元帥は重傷を負った。フランス軍が再集結したので、英葡軍はマドリードに8月6日入城し、ポルトガルに撤退する前にブルゴスに進軍した。フランスの起死回生の望みは、1812年ナポレオンの悲惨なロシア遠征によって打ち砕かれた。対スペイン軍から3万の精鋭をロシア遠征に連れて行き、増援と交代が尽き、フランス軍の優位は、同盟軍が1813年に攻勢に転じたので、次第に維持し難くなった。戦術的な動きとして、ウェルズリーは補給基地をリスボンからサンタンデルに移した。5月末に英葡軍は北へと転じて、ブルゴスを奪取し、その際、英葡軍はフランス陸軍を側面から包囲し、ホセ1世（ジョゼフ・ボナパルト）をサドラ川の谷へと追いやった。6月21日のビトリアの戦いでホセ1世の65,000の軍は、53,000のイギリス軍、27,000のポルトガル軍、19,000のスペイン軍により退路が狭められた。ウェルズリーはフランス軍をサン・セバスティアンから追撃し追い払った。サン・セバスティアンの町は打ち捨てられ、火を放たれた。同盟軍は退却するフランス軍を追撃し、ピレネー山脈に7月初めに到達した。スールトはフランス軍に命令を与え、反撃を始め、同盟軍の2人の将軍を翻弄しマヤの戦いとロンセスバリェスの戦いで快勝を収めた。だが、英葡軍に厳しく撃退され、勢いを失い、ついに7月28日から30日にかけてのソラウレンの戦いの同盟軍の勝利の後、敵の軍門に下った。ピレネーの戦いと呼ばれるその週の戦いは、もしかしたらウェリントンにとって最良のものかもしれない。敵との数が拮抗し、ウェリントンは補給路からきわめて遠いところで戦っていたし、フランス軍はその領域を防御していたが、それでも戦争では稀な機動作戦、衝撃、砲火の組み合わせで勝利した。それは戦争の山場であり、このときウェリントンはポルトガル陸軍を「同盟軍の闘鶏」と評した。10月7日、ウェリントンはドイツでの戦闘再開の報を受け取り、同盟軍は、ビダソア川を渡り、フランスの国境を越えた。半島戦争はベラ峠、ニーヴルの戦い、バイヨンヌ近くのニーブの戦い（1813年12月10日 - 14日）、オルセの戦い（1814年2月27日）、トゥールーズの戦い（4月10日）で同盟軍の勝利で行われた。最後の戦いは、ナポレオン流刑後のものである。