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新元号の発表時に小渕内閣官房長官が述べた「平成」の典拠は漢籍で、以下の通りである。※漢文中の太字箇所から元号が採られた。『史記』五帝本紀 帝舜內平外成（内平かに外成る）『書経（偽古文尚書）』大禹謨地平天成（地平かに天成る）「平成」は「国の内外、天地とも平和が達成される」という意味である。日本において元号に「成」が付くのはこれが初めてであるが、「大成」（北周）や「成化」（明）など、外国の元号や13代成務天皇の諡号には使用されており、「平成」は慣例に即した古典的な元号と言える。江戸時代最末期、「慶応」と改元された際の別案に「平成」が有り、出典も同じ『史記』と『書経』からとされている。なお「平成」の決定の際には専門家からは「出典箇所（書経の該当項目）は偽書の偽古文尚書であり、相応しくない」とする意見もあった。
小渕内閣官房長官（当時、後に首相）が、総理大臣官邸での記者会見で使用した台紙に『平成』と文字を揮毫したのは、内閣総理大臣官房（当時。中央省庁再編後は内閣府大臣官房）人事課辞令専門職の河東純一である。記者発表の20分ほど前、「平成」と鉛筆で書かれた紙片を渡され新元号名を知る。その後、河東自らが用意した4枚の奉書紙にそれぞれに平成と書き、4枚目を額に入れ、ダンボールと風呂敷で梱包したものが小渕内閣官房長官の元へと運ばれた。河東本人談として、初めて平成と知った時、「画数の少ない字は形が取りにくく、書きにくい」と思ったそうである。また、4枚目を選んだのは上手い下手に関係なく、初めから4枚目を提出するつもりだったとも語っている。新元号を墨書する場所は、予め同官房内政審議室の会議室と決められていた。入室した際の同室では数人が別の作業を行っていたので、頼んで作業机の片隅を空けてもらい、「平成」を書き上げた。作業机は比較的高く、椅子はパイプ椅子で、周囲もやや喧騒であったため、非常に書きにくかったそうである。小渕内閣官房長官の秘書官だった石附弘も「大正」からの改元時の「昭和」の発表時には、ラジオでは漢字の雰囲気を伝えられず、「光文事件」の誤報もあり、大衆の期待感が高まらなかったことを受け、テレビの生放送により「新時代への期待感や雰囲気」を醸成できると考えており、テレビ会見を重視していた。揮毫した河東も「確たる未来と新時代への力強さを見せるため」あえて文字のかすれを抑えるなど、映像が流れた際の見栄えを考慮していたという。文字だけではなく、披露する際の動作も事前に考えており、印象を残すため半紙を顔の横に掲げることにした。また、当初は半紙をアクリル板に貼り付ける予定だったが、直前にマスコミに相談したところ、フラッシュが反射して見えないとの指摘を受け、「半紙プラス白木の枠組み、アクリル板なし」の構成となった。河東は2005年（平成17年）12月に職務（20万枚以上に及ぶ官記・位記・辞令および表彰状等の作成）の功績を認められ、第18回「人事院総裁賞」個人部門を受賞した。発表後の奉書紙は、平成改元時の竹下首相と小渕内閣官房長官に贈呈されたが、当時は公文書管理法が制定される前で、奉書紙の取り扱いについても取り決めが無かったため、一時は行方不明となっていた。その後、竹下登の孫である歌手・タレントのDAIGOが「（母方の実家の竹下家に）『平成』の奉書紙がある」として、竹下の私邸に飾られていた奉書紙をTBSテレビの番組で披露したことで行方が判明し、国立公文書館が竹下家と連絡を取って「平成」の奉書紙を2009年9月に借り受け、翌2010年3月に正式に寄贈されることとなった。これを受けて令和の奉書紙は、発表当初から公文書として扱うことが決定した。国立公文書館では「平成（元号）の書」としてスキャン画像が公開されているが、原本は閲覧できない。なお国立公文書館のショップではスキャン画像を元にしたクリアファイルが販売されている。
「平成」発表後、それにちなんで命名された団体名や地名などは多い（後述の「平成を冠するもの」参照）。「平成」の選定過程で、政府は団体・企業や個人の名前に使われていないかを調査したが、インターネットによる事物検索が現代のように普及していない時代であったこともあり、事前調査にも限界が生じて元号と同じ漢字表記となる人名や地名の把握は不完全であった。そのため、人名では「たいら しげる」という読みの男性や、地名では「へなり」と読む岐阜県武儀町（現・関市）の小字などが、元号の発表以前から存在した「平成」として確認されている。元号の選定に携わった的場は中華料理店の屋号まで調べていたが小字までは手が回らず、これらの偶然の一致について「仰天した」と回想している。このほか、三重県埋蔵文化センターが開催する「おもろいもん出ましたんやわ展」の2015年（平成27年）開催分で、松阪市の朝見遺跡から出土した「平成」と書かれた平安時代中期の墨書土器が公開された。櫛田川の氾濫を鎮めるための祭事に使われたと推定している。
2016年（平成28年）8月8日に第125代天皇明仁が「象徴としてのお務めについての天皇陛下のおことば」（国民に向けたビデオ・メッセージ）を表明し、これ以降、譲位に関する議論が活発化した。2017年（平成29年）、「天皇の退位等に関する皇室典範特例法（天皇退位特例法）」の法案が、第3次安倍第2次改造内閣（安倍晋三首相）により国会の常会（通常国会）に提出され、衆議院と参議院の両院で原案の通りに可決されて6月9日に法律となり、同月16日に公布された。同法第二条は「天皇は、この法律の施行の日限り、退位し、皇嗣が、直ちに即位する。」と定め、施行期日は附則第一条で、公布の日から起算して3年を超えない範囲内において政令で定める日とされた。同年12月1日に開催された皇室会議と同月8日の閣議を経て、2019年（平成31年）4月30日をもって天皇明仁が退位することが正式に決定された。さらに12月13日、同法の施行期日を「平成31年4月30日」とする政令が公布され、同法の規定によって天皇明仁が同日に退位し、明仁の第一皇子・皇太子徳仁親王が翌5月1日に即位するという日程が決まった。この皇位の継承を受けて、元号法（昭和54年法律第43号、本則第2項：元号は、皇位の継承があった場合に限り改める。）の規定に基づき、5月1日に元号が改められる見込みとなった。一方で、新元号の発表は改元1か月前の4月1日になることが決まった。2019年（平成31年）4月1日、元号法に基づき政府は平成に代わる新しい元号を「令和」（読み方：「れいわ」）と発表した。「昭和」から「平成」への改元時を踏襲して、最初の発表は午前11時41分から菅義偉内閣官房長官により行われ、その後に正午より安倍晋三首相による談話が発表された。同日、元号法（本則第1項：元号は、政令で定める。）基づき、元号を改める政令（平成三十一年政令第百四十三号）が退位される天皇明仁によって公布され、同日付の『官報』に掲載された。「令和」の読み方である「れいわ」は同日の内閣告示で示された。「一世一元の制」が定められた明治以降を経て1979年（昭和54年）に施行された「元号法」の下で初めての事であり、皇室史上においても、江戸時代後期にあたる1817年5月7日（旧暦：文化14年3月22日）の光格天皇から仁孝天皇への譲位以来実に202年ぶりの先帝の退位に伴う皇位継承と改元が行われた。2019年（平成31年）4月30日、天皇退位特例法に基づく第125代天皇明仁の退位の儀式である退位礼正殿の儀が行われた。そして、翌5月1日午前0時、第125代天皇明仁は退位され上皇となるに伴い皇太子徳仁親王が第126代天皇に即位し、30年余り続いた平成時代は終わりを迎え、元号を改める政令が施行されて、令和に改元された。平成の期間は計11,070日（30年と113日）となり、これは日本の元号では昭和（62年と14日）、明治（43年と281日）、応永（33年と313日）に次いで4番目の長さである（5番目は延暦の23年と251日）。
1989年（平成元年）1月8日から2001年（平成13年）9月10日まで。日本国内では、不動産や証券への投機熱でバブル景気が起き、日米貿易摩擦を受けて日米構造協議が始まった。昭和から平成に改元された1989年（平成元年）にはベルリンの壁が崩壊した。東ヨーロッパでは次々と革命が起こって共産主義政権が次々と倒され、東アジアでは天安門事件が起きた。マルタ会談で米ソ首脳が冷戦終結を宣言して、第二次世界大戦後に44年間も続いた冷戦は終結した。1990年（平成2年）には湾岸戦争が勃発し、小切手外交を批判された日本は初の自衛隊海外派遣を行うこととなった。翌年の1991年（平成3年）には冷戦の盟主国の一角であったソ連が崩壊して、日本ではバブル経済が崩壊した。湾岸戦争の勃発・ソ連崩壊・バブル崩壊によりアメリカナイゼーションとグローバル資本主義が世界を席巻した。アメリカ一極体制の時代が到来した。日本の社会は失われた10年と呼ばれた不況の時代が続き、団塊ジュニア世代の学生は就職氷河期に見舞われた。政界では55年体制が崩壊して、政界再編による新党の結成が活発化した。1995年（平成7年）は「戦後50周年」の節目として村山富市首相による村山談話があり、1月17日には阪神・淡路大震災が発生、3月20日にはオウム真理教による地下鉄サリン事件が発生して戦後体制の崩壊が叫ばれた。1999年へのノストラダムスの予言や2000年問題など世紀末の不安が叫ばれるようになり、経済成長期に日本政府と企業が築いた終身雇用・年功序列・護送船団方式のサラリーマン主流社会（企業社会）が崩壊して、内需縮小とデフレが始まる。
2001年（平成13年）9月11日から2007年（平成19年）9月28日まで。新世紀となった2001年（平成13年）にイスラム過激派がアメリカ同時多発テロ事件を起こして、自爆テロと対テロ戦争が吹き荒れた時代となった。アメリカ一極体制の下に悪の枢軸（イラク・イラン・北朝鮮）への強硬外交を推進し、イラク戦争やアフガニスタン紛争など対テロ戦争を主導した。資源価格の高騰により、アラブ首長国連邦などの資源国やブラジル (Brazil)・ロシア (Russia)・インド (India)・中華人民共和国 (China)・南アフリカ共和国 (South Africa) のBRICs諸国が台頭した。日本では、小泉内閣が自衛隊イラク派遣を行い、聖域なき構造改革と称して政治や経済のアメリカニゼーションを一層強めた。輸出産業の好転によって一時的に経済状況が好転し、いざなみ景気を迎え、戦後最長の好況期を迎えた。富裕層や外需関連業種を除いて景気回復の実感はないともされ、「実感なき経済成長」と言われた。一方、中国の経済発展により、日本の最大貿易相手国がアメリカから中国に変わった。1990年代には、男女平等や性解放など性に関する事象も欧米化が進んだ。コンピュータ2000年問題以降、インターネットの急速な普及もあり、産経新聞・NHKなどを除く多くのマスコミが、元号よりも西暦を主に使用することが多くなった。民間でも神社や相撲といった伝統などを重んじる業界を除き、平時は西暦を使用するように変化した。
2007年（平成19年）9月29日から2019年（平成31年）4月30日まで。アメリカのサブプライムローンを引き金に世界恐慌の再来と呼ばれる世界同時不況が勃発した。世界では、リーマンショック・ドバイショック・GM破綻などが起きた。世界中で急激な信用収縮が発生し、アメリカ国債の大量引受でアメリカの財政を買い支え、北京オリンピックの開会式にアメリカ・ロシア・日本などの指導者を集めて世界に影響力を誇示した中国が大規模な景気刺激策を断行して世界の国内総生産（GDP）を牽引し、日本のGDPを超えた。日本では平成20年代から人口減少社会に入り、就職氷河期が再来して派遣切りなど非正規雇用者の解雇が相次いだ。ゆとり世代の新卒者が就職する時代となり、企業で平成生まれの若者が昭和戦後世代の大学生と仕事能力で比較された。格差社会が問題となり、小泉内閣の聖域なき構造改革などの新自由主義政策への批判もあった。政界では、2008年（平成20年）頃から日本の民社国連立政権を初めとする世界各国で政権交代が相次いだ（日本においては2009年〈平成21年〉から）。2011年（平成23年）初頭にはアラブ諸国ではアラブの春による反政府デモが起こり、チュニジアやエジプトで長期政権が崩壊した。同年3月11日には、日本で東北地方太平洋沖地震が発生した。この地震に起因する東日本大震災および福島第一原子力発電所事故が発生し、太平洋沿岸自治体で津波による居住地や職場の喪失、放射能汚染により福島県の浜通りの一部から被災地域の多くの人が移住を余儀なくされるなど、戦後最大の国難と称された。また、地震と原発事故に伴い全国各地の原子力発電所が停止して電力不足が懸念され、東日本大震災による電力危機から節電が余儀なくされた。PIGSと呼ばれた4カ国のポルトガル (Portugal)・イタリア (Italy)・ギリシャ (Greece)・スペイン (Spain) の財政赤字が深刻化した。ユーロ圏で使用されるユーロの通貨危機が起きた。ロシアとの北方領土問題、中国・台湾との尖閣諸島問題や韓国との竹島問題などの領土問題や反日運動が激化した。この間、鳩山、菅、野田内閣と民国連立政権は短期間で目まぐるしく交代し、2012年（平成24年）12月に政権交代が起き、再び自公連立政権が誕生した。第2次安倍内閣はアベノミクスを掲げ、政策の一環としてデフレ脱却のための金融緩和、公共事業による減災・防災の推進、産業の空洞化対策としての法人税減税、地方創生、全国民に12桁の番号を割り振るマイナンバー（個人番号）制度の導入、女性の雇用促進、働き方改革の推進、外国人労働者の受け入れ拡大、環太平洋パートナーシップ協定への交渉参加などの政策が推進された。
日本国歴代内閣（平成）参照
平成期（1990年代）に昭和戦後期の55年体制下で既成政党であった日本社会党・民社党・社会民主連合が解党消滅した。一方で、新党が相次いで結成された（新進党・民主党・民進党などの二大政党の一つから、一時的に結成されたミニ政党まで）などの国政政党や新しい地域政党や宗教政党や院内会派の結成があった。また平成20年代で、昭和時代から存在する政党は自由民主党・公明党・日本共産党のみであり、新しい政党も短命になった例が多く、政党間の合併や政党の分裂が相次いだ。
宮澤喜一首相が出演した番組の「総理が語る」の発言がきっかけとなった内閣不信任決議に賛成して嘘つき解散に追い込んだ小沢一郎は自民党を離党して新生党を旗揚げした。また別の政治改革グループの「ユートピア政治研究会」が新党さきがけを旗揚げした。1993年（平成5年）の第40回衆議院議員総選挙で日本新党・新生党・新党さきがけが躍進して新党ブームが起きた。
1993年（平成5年）に（日本新党・新党さきがけ・新生党・公明党・民社党・日本社会党・社会民主連合・民主改革連合）の7党1会派が連立した細川内閣が成立した。非自民連立政権の成立により、自民党は一時野党に転落して55年体制は崩壊するも、1994年（平成6年）には自民党は社会党との村山連立政権で早くも政権に復帰して、その後は公明党との連立で政権を維持した。
新進党結党で、55年体制時代に野党第1党で、これまで第2党であった日本社会党は第3党となった。日本社会党時代で最後の国政選挙になる第17回参議院議員通常選挙（1995年〔平成7年〕）で敗北した。その後、山花貞夫前委員長や政策集団「デモクラッツ」の赤松広隆など社会党右派によって第3極を目指す日本社会党・新党さきがけ連合の新党結成の動きがあり、社会党左派執行部は新党結成とイメージチェンジのために社会民主党に党名変更した。しかし、自社さ連立政権・新進党勢力に属しない第三の道を目指す市民リーグが結成されて、さらに発展した新党として友愛を理念とする鳩山由紀夫・菅直人によって旧民主党が結党された。日本社会党は民主党入党組と社会民主党残留組に分裂した。その後の第41回衆議院議員総選挙（1996年〔平成8年〕）で敗北したことで、旧社会党の議席数は議席数を後退させた。1994年（平成6年）6月に、自由民主党・日本社会党・新党さきがけによる村山富市内閣が発足したことで下野した非自民・非共産勢力が、1人しか候補者が樹立できない小選挙区制度となった第41回衆議院議員総選挙で勝利するために新・新党を結成することとなり新生党・公明党の一部（公明党が解散して地方組織の公明と公明新党に分党して国会議員による公明新党のみが新進党に合流）・民社党・日本新党・自由改革連合（高志会・改革の会・新党みらい・柿沢自由党が合併した政党）が合併して、巨大新党で日本社会党に代わる第2政党である野党の新進党が結成されて、自由民主党対新進党の二大政党制が成立した。日本社会党とさきがけ勢力が結集した第三極（ゆ党）と呼ばれた民主党成立後に新進党が小沢自由党・新党友愛・新党平和・国民の声・黎明クラブ・改革クラブに分割されて解体する。1998年（平成10年）からは自民党と民主党による二大政党制が成立した。
2005年（平成17年）自由民主党は小泉内閣の郵政解散による選挙で大勝して絶対多数の議席を獲得したが、後継の安倍内閣は2007年（平成19年）の第21回参議院議員通常選挙で民主党に大敗して、参議院は与野党逆転をしてねじれ国会の構図が生じていた。2009年（平成21年）には、第45回衆議院議員総選挙で民主党が大勝して自由民主党が野党に転落して、民社国連立政権の鳩山由紀夫内閣が誕生して政権交代が起きた。2010年（平成22年）5月28日から、社民党が連立離脱し、民国連立政権が誕生した。2012年（平成24年）1月、野田内閣が推進する消費税増税・TPP参加・八ッ場ダム建設再開・原発容認などの政策に対し、民主党が主張したマニフェスト（政権公約）に違反するものとして反発した議員が民主党を離党して、新党大地・真民主と新党きづなを結成した。3月には亀井静香国民新党代表が民国連立政権からの離脱を主張して、政権残留派と無所属となった離脱派に国民新党が分裂した。7月には、民主党の小沢一郎を中心とする小沢グループの議員の中から、消費税増税法案の衆議院での採決において反対投票を行った衆議院議員の一部と同調した参議院議員が離党を表明。衆議院と参議院に新会派「国民の生活が第一・無所属の歩」（後の「国民の生活が第一」）と新党の国民の生活が第一をそれぞれ結成した。第180回国会で消費税増税法案（消費税関連法案）が3党合意（民主党・自由民主党・公明党）与野党の多数で可決された。第1極の与党（民主党・国民新党）と第2極の野党（自由民主党・公明党・社会民主党・日本共産党）以外の第3極によるオリーブの木構想が浮上した。国民新党を離党した亀井亜紀子参議院議員と民主党から3人の女性参議院議員が離党して新会派の「みどりの風」を結成したことで、民主党・新緑風会は自由民主党・たちあがれ日本・無所属の会と並ぶ参議院の第2会派に近い少数会派となった。平成24年度の時点で日本の政党は二大政党と中政党とミニ政党が複数あり、与党が民主党と国民新党であり、野党 が自由民主党（自民党）・国民の生活が第一・公明党・日本共産党（共産党）・みんなの党・社会民主党（社民党）・日本維新の会・新党大地・真民主・太陽の党・減税日本・みどりの風・新党改革・新党日本であり、2012年（平成24年）の第46回衆議院議員総選挙の解散時点で史上最多の15個の政党が乱立していた。第46回衆議院議員総選挙で野党の自由民主党・公明党が勝利して政権を奪還し、自公連立政権は復活した。与党勢力（主に自民党）が強く、複数の野党勢力が弱い一強多弱状態の政界構図が誕生して、2013年（平成25年）の第23回参議院議員通常選挙からネット選挙が解禁された。2016年（平成28年）7月の第24回参議院議員通常選挙から野党4党が選挙協力をして民進党候補などを1人区で日本共産党が支援する民共共闘が実施された。
橋本内閣の総理府に行政改革会議が設置されて、中央省庁等改革基本法が成立した。2000年（平成12年）の中央省庁再編により、官邸主導が強まった。2001年（平成13年）から2006年（平成18年）にかけての小泉政権下では社会保険庁の年金問題が表面化して、官僚による無駄使いや天下り批判がされ脱官僚の声が強まり、政権主導の改革を推進した。しかし、安倍内閣・福田康夫内閣・麻生内閣と後継政権の迷走が続き、小泉政権の時のような官邸のリーダーシップが発揮できなくなっている。2000年（平成12年）の第42回衆議院議員総選挙で最後の明治生まれの桜内義雄と原健三郎が議員引退して明治生まれが全て引退して、2009年（平成21年）の第45回衆議院議員総選挙で、中山太郎が落選して大正生まれ（大正世代）の議員がいなくなり全議員が昭和生まれとなった。1990年代は竹下派七奉行や清和会四天王と呼ばれた政治家が活躍した。20世紀の間は大正生まれから、昭和一桁生まれ・昭和10年代生まれの政治家に世代交代をする移行期であり、大正生まれ（中曽根康弘・竹下登・宇野宗佑・宮澤喜一・村山富市・梶山静六など）から昭和一桁生まれ（土井たか子・海部俊樹・武村正義など）・昭和10年代生まれ（小沢一郎・羽田孜・細川護煕・橋本龍太郎・小渕恵三など）までの政治家が1990年代の政界を主導したが、竹下派七奉行や安倍派四天王を中心に2000年代に入るとこれらの政治家の多くが死去したり引退した。自由民主党では自由民主党総裁選挙での自由民主党の派閥争いが弱体化したが総理大臣の座を巡って、ネオ・ニューリーダーと呼ばれた政治家が活躍して、金竹小・安竹宮・YKK（山崎拓・加藤紘一・小泉純一郎）・麻垣康三・NAISの会（根本匠・安倍晋三・石原伸晃・塩崎恭久）などと呼ばれた政治家が注目された。2000年代になると、昭和10年代生まれ（森喜朗・小泉純一郎・亀井静香・小沢一郎・福田康夫・麻生太郎など）・昭和20年代生まれ（鳩山由紀夫・菅直人・岡田克也・安倍晋三など）が主導権握り、2010年代になると、昭和30年代生まれ（前原誠司・野田佳彦など）の政治家が主導権を握り始めた。与野党で戦後生まれの党首が誕生して、国会議員は大日本帝国期の1945年（昭和20年）以前に誕生した戦前生まれ・戦中生まれの政治家より、団塊の世代など第二次世界大戦の後に誕生した戦後生まれの政治家の方が多数となった。新党ブームがあった1990年代には、1960年代生まれ（新人類・バブル世代）が、小泉チルドレン・小沢ガールズなどが注目されるようになった2000年代には、1970年代生まれ（団塊ジュニア・ポスト団塊ジュニア世代）が国会議員となった。2010年代には1980年代生まれが国会議員となった。20世紀までは、高学歴・実業家・世襲議員などのエリート階層や労組出身の国会議員が一般的であったが、21世紀に入り、就職氷河期を経験した世代が台頭するにつれ、フリーター（元非正規労働者）から転身した杉村太蔵・太田和美など一般的な若者の経歴と共通点のある政治家も登場した。昭和時代の末期まで長らく衆議院では女性議員の比率が約1%の少数であり、1986年（昭和61年）の衆参同日選挙の結果では、衆議院の女性議員の人数が7人で割合が1.4%で、参議院の女性議員の数が22人で割合が8.7%であった。平成初の国政選挙となった1989年（平成元年）の第15回参議院議員通常選挙でマドンナ旋風が吹き日本社会党を中心に女性候補が大量当選して以来、2009年（平成21年）の第45回衆議院議員総選挙の結果では女性議員が54人となり割合が11.3%となり、2010年（平成22年）の第22回参議院議員通常選挙の結果では女性議員が44人となり、割合が18.2%となり、徐々に女性政治家は増加している。小選挙区比例代表並立制に選挙制度が変わり自民党と民主党の二大政党は、小泉チルドレンや小沢チルドレンなどのサラリーマン化した議員を輩出して、中選挙区制時代のような地主型政治家や労組出身者は激減した。
地方では、2000年（平成12年）に太田房江が大阪府知事となり、日本初の女性知事が誕生した。
1996年（平成8年）に内閣総理大臣補佐官制度が導入された。1999年（平成11年）に国会審議活性化法が成立した。2001年（平成13年）に国会における政府委員制度および政務次官が廃止されて、副大臣と大臣政務官が新たに設置された。内閣府副大臣・復興副大臣・総務副大臣・法務副大臣・外務副大臣・財務副大臣・文部科学副大臣・厚生労働副大臣・経済産業副大臣・環境副大臣・防衛副大臣・国土交通副大臣など副大臣制度が創設された。内閣府大臣政務官・総務大臣政務官・法務大臣政務官・外務大臣政務官・財務大臣政務官・文部科学大臣政務官・厚生労働大臣政務官・経済産業大臣政務官・環境大臣政務官・防衛大臣政務官・国土交通大臣政務官・復興大臣政務官など大臣政務官制度が創設された。内閣府設置法によって内閣府が創設された。阪神大震災の教訓や東日本大震災への対応から防災担当大臣（復興担当大臣）が設置された。福島第一原子力発電所事故対策の必要から原発担当大臣が設置されて、原子力安全庁（原子力規制庁）の設置計画が閣議決定された。2011年（平成23年）に東日本大震災復興基本法が成立して、2012年（平成24年）2月に復興庁設置法が施行されて、復興庁が設置された。同時に内閣の定員である担当大臣枠を1人増加させる法案が可決された。急速に進んだ少子化対策として内閣府特命担当大臣（男女共同参画担当）と内閣府特命担当大臣（少子化対策担当）が創設された。消費者庁を管轄する消費者及び食品安全担当大臣・金融庁を管轄する金融担当大臣・沖縄問題と北方問題を管轄する沖縄及び北方対策担当大臣が創設された。経済財政諮問会議を管轄する経済財政政策担当大臣が設置された。拉致問題対策本部のトップである拉致問題担当大臣が創設された。2015年（平成27年）10月1日に、東京オリンピック対策とスポーツ振興のためスポーツ庁が設置されて、軍事兵器調達のため防衛装備庁が設置された。一時的に規制改革担当大臣・科学技術政策担当大臣・防災担当大臣・食品安全担当大臣・青少年育成及び少子化対策担当大臣・個人情報保護担当大臣・産業再生機構担当大臣・食育担当大臣・公務員制度改革担当大臣・再チャレンジ担当大臣・イノベーション担当大臣・地方分権改革担当大臣・国民生活担当大臣などが設置された。民主党政権に入ってからは地域主権推進担当大臣・「新しい公共」担当大臣・原子力損害賠償支援機構担当大臣・原子力行政担当大臣・宇宙政策担当大臣・原子力防災担当大臣・原発事故再生担当大臣が設置された。第二次安倍改造内閣で国土強靭化担当大臣・教育再生担当大臣、第二次安倍改造内閣で内閣府特命担当大臣（国家戦略特別区域担当）が設置された。第二次安倍改造内閣で地方創生担当相や安保法制担当相が設置されて、第三次安倍内閣で一億総活躍担当大臣が設置された。海部内閣で森山真弓が女性初の官房長官となり、小渕内閣で野田聖子が女性初の郵政大臣、小泉内閣で田中真紀子が女性初の外務大臣、第1次安倍内閣で小池百合子が女性初の防衛大臣、第2次安倍改造内閣で、高市早苗と小渕優子が、それぞれ女性初の総務大臣、経済産業大臣となった。女性大臣は昭和時代の男性のみ女性無しから、第1次小泉内閣、第2次安倍改造内閣女性大臣5人を最多に女性が平均1人から2人の割合で入閣するのが当たり前となった。1993年（平成5年）8月6日に日本社会党出身の土井たか子が女性初の衆議院議長（第68代）となり、2004年（平成16年）7月30日に自由民主党出身の扇千景が女性初の参議院議長（第26代）となる。民主党政権では国家戦略室が設置されて、行政刷新会議による事業仕分けが実施された。2011年（平成23年）の野田内閣では政策仕分けが実施される。2010年（平成22年）1月1日に社会保険庁長官をトップとする厚生労働省の外局の社会保険庁が廃止されて日本年金機構となる。国税の徴収・課税をする国税庁と、国民年金と厚生年金など公的年金の運営業務をする日本年金機構を統合して、新たに歳入庁を設置する構想ができた。2006年（平成18年）に内閣官房内に「電子政府推進管理室 (GPMO)」を設置した。さらに2012年（平成24年）には政府情報化統括責任者（政府CIO）を設置して、各省庁の情報システム刷新に関する指揮やマイナンバー制度（「国民総背番号制#日本」参照）に伴うシステム調達の監査、各省庁の調整を担当することが決まった。
2001年（平成13年）に首相に就任した小泉純一郎によって「聖域なき構造改革」が推進された。小泉内閣は民間人による駐車監視員制度の導入、整腸剤やビタミン剤の薬局以外の販売の認可、株式会社の1円からの設立可能などの規制緩和を実施した。また『官から民へ』をスローガンにして、日本道路公団・営団地下鉄・成田空港の民営化を実施した。小泉内閣は郵政三事業などの公共サービスの民営化・電気産業・通信産業・運輸業などの参入規制改革を政策目標としていた。民間金融機関に係る行政は、伝統的に大蔵省（現在の財務省）が担ってきたが、民間金融機関等の検査・監督を分離して2001年（平成13年）に内閣府の外局として発足した金融庁によって金融再生プログラムが実施されて、銀行の不良債権処理が進んで金融機関は健全化した。日本銀行はゼロ金利政策から量的金融緩和政策に転換して、都市銀行は三大メガバンクに統合された。デフレが進行した経済対策からノーベル経済学賞を受賞した経済学者のポール・クルーグマンが提唱したインフレターゲットの導入が検討された。長く緩やかな景気回復（2002年（平成14年）2月から2008年（平成20年）2月まで）が続いたが、この景気拡大は専ら外需主導であり、公共投資の縮小および企業の人件費抑制に伴う労働分配率低下により、内需と個人消費は冷え切ったままであった。また、2003年（平成15年）の大卒就職率は55%にまで低下、高卒も史上最悪の就職難に遭遇した。新興国の経済発展に伴い、重厚長大産業を含む製造業の復権が起こった。一方で、新しい産業としては情報革命によってIT産業が発達して、少子高齢化によって介護サービス事業が成長して、高齢者の死亡者数の増加で葬祭業（葬儀ビジネス）が成長して、非正規雇用の増大で労働者派遣業が成長した。2000年代後半に入ると、六本木ヒルズ族と呼ばれる富裕層が話題を振り撒いた。富裕層増加の一方で非正規雇用の増大（15歳 - 19歳は約7割が非正規雇用）や、フルタイムで働いても貧困から脱却できないワーキングプアの存在が表面化して、日本共産党の支持層に多いプロレタリア文学の蟹工船の読者が急増して、「格差社会」の到来が叫ばれるようになった。2009年（平成21年）の日本政府の発表では、2006年（平成18年）の時点で貧困率は15.7%であった。2008年（平成20年）に入ると、景気は再び後退し始め、資源価格上昇の中で景気後退が続くスタグフレーションの進行が憂慮された。
1990年代にバブル景気による土地神話が消滅するバブル崩壊があり、基準地価と公示地価など地価が毎年下落し続けた。2005年（平成17年）以降は一部優良な土地の地価が上昇するようになった。平成20年代になり、ガソリン価格の高騰による運輸業の経営への圧迫やガソリン税の減税問題が提起された。2008年（平成20年）に国土交通省の外局として、日本の観光を盛んにして観光地に外国人観光客を多数呼び込み、観光（観光業）立国を目指すために観光庁が発足した。ギャンブル関係では、数字選択式全国自治宝くじのナンバーズ・ミニロト・ロト6・ロト7・スポーツ振興くじ・競馬のワイドが導入された。金融関係ではペイオフが実施され、ネット証券・ネットショッピング・投資信託が普及した。広告関係で顔面広告や絶対領域広告など人間広告が普及した。ホームページやブログに張り付ける広告のアフィリエイトが普及するなどインターネットビジネスが成長した。平成20年代に芸能人のブログでのステルスマーケティングが問題となる。小売業では、ダイエーなどのGMSの隆盛が終息を迎え、100円ショップ・ブックオフコーポレーション・日本マクドナルド・吉野家などの商品の値下げ競争が注目された。こうした価格競争に取り残されたそごうなどの百貨店が縮小した。ユニクロなどの低価格で大量販売をするチェーンと、2000年（平成12年）に大規模小売店舗法が廃止されたことで大規模店舗の建設と出店が自由化されてイオンを代表とする郊外型スーパーが成長した。三浦展の造語である大型店やチェーン店などが郊外に進出することで、地域の個性が失われてしまう現象のファスト風土化と下流社会と呼ばれる所得が低い貧困層の上に、向上意欲も低い社会階層が誕生した。2014年（平成26年）にはマイルドヤンキーと呼ばれる若者が注目された。地方都市郊外にはロードサイド店が林立し、個人商店で構成される商店街を持つ、地方都市の中心市街地を荒廃させた（シャッター通り問題）。地方では医療崩壊が始まる中、鉄道ローカル線や路線バスが相次いで廃止され、自家用車を自ら運転できない高齢者の買い物難民や交通難民が社会問題となった。一方、公共交通機関の発達した都市部の若者は生活必需品ではない自動車に興味を示さなくなり、車離れをするようになった。地方で大きな雇用を生み出していた建設業は大幅な公共事業の削減で建設会社が減少して、一部は農業や福祉産業に転じる動きもみられた。製造業は円高のために生産縮小と海外への工場移転が続いた。平成初期から2010年代までに進行した男性向きの建設業・製造業などの仕事が減少して、女性向きの福祉・サービス業・事務職などの仕事が増えた結果、労働力の中心だった男性の価値が相対的に低下する男性不況が話題になる。1990年代後半より電子マネーが様々な業種で用いられるようになり、特に日本国内ではEdy（現・楽天Edy）、Suicaで採用されたFeliCaによる非接触型ICカード方式の電子マネーが急速に普及し、流通系・交通系の各社が様々な電子マネーを提供するようになった。これらの電子マネーの普及により、2011年（平成23年）には1円玉硬貨が1枚も製造されなかった。印刷物の書籍に代わって、電子書籍が普及する。2006年（平成18年）5月1日に総会屋を規制する会社法の会社法第120条が施行される。2011年（平成23年）に携帯電話とPHSの契約台数が日本の総人口の1億2805万人を超える国民の保有数が1億9805万台となり、人口比で契約数が101.4%となった。通常の携帯電話以外に通信機器専用のスマートフォンをもつ人や会社などの仕事用の携帯電話とプライベートの携帯電話で使い分ける「2台持ち」の人が増加したことも要因と分析されている。2000年代に小泉改革による航空業界の規制緩和を機に、スカイマーク、北海道国際航空（現・AIRDO）などの新規航空会社の参入が相次いだ。また、2010年代に入ると、サービスを簡素化することで低運賃を実現する格安航空会社 (LCC) が増加し、国際線・国内線共に日本市場への参入が増加した。2012年（平成24年）頃から稚魚の不足からウナギの価格が高騰した。団塊の世代が青年期だった1970年代までの生産年齢人口が増加する人口ボーナスによる高度経済成長から団塊の世代が60歳以上の高齢者となった2000年代には老人が急増して若者などの勤労者が減少する人口オーナスによるデフレ経済に移行した。高齢者を狙う押買や押売が社会問題となる。バブル期には富裕層の間で億ションが流行り、小泉時代には六本木ヒルズに住む富裕層（ヒルズ族）が注目を集めたが、その一方で2000年代以降には一般的な民家（自宅・借家）・アパート・マンションなどではなくシェアハウスで共同生活をする若者（男女）も急増した。平成期になり鉄道の高速化に伴い、夜行列車や車内販売を廃止する鉄道会社が増加した。2010年代に中華民族系（中華人民共和国・台湾・香港・シンガポール）から日本への観光客が急増した。2012年のOmiaiやPairsのリリースと共に、マッチングアプリを介して全く繋がりの無い他人と出会う方法も大きな広がりを見せ、人々のコミュニケーションは急速に多様化した。2015年（平成27年）頃からドローン（無人航空機）が普及し始めた。
2000年代は輸出産業である製造業が好調だったが、人手不足は2004年（平成16年）に労働者派遣法が改正されたことで製造業にも派遣が認められて外国人労働者を含む派遣社員を中心に不安定雇用労働者などで賄われた。そのため、海外市場の減速が製造業を直撃したことと2009年問題により、2008年（平成20年）秋頃から、派遣労働者の解雇や雇い止めをする「派遣切り」が増加した。年越し派遣村が創設されるなどの貧困対策が取られたが、2009年（平成21年）3月までに19万人が失職した。職を失った派遣社員が大量に寮を追い出され、ホームレスと化した。アメリカのサブプライムローンを引き金とする2008年（平成20年）末からの世界同時不況は、「100年に1度の不況」「第二次世界恐慌」などと呼ばれており、製造業以外の業種にも深刻な打撃を与えている。2009年（平成21年）に麻生内閣の緊急経済対策として定額給付金の給付やエコカー減税・エコカー補助金・エコポイント制度・ふるさと雇用事業などの対策が採られたが本格的な回復路線に乗ることはなかった。
2011年（平成23年）には、米国債ショックと東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）が起こり、さらにそれによって福島第一原子力発電所事故が起きた。この影響により、株価が急落したり、製造ができなくなったり、作物の風評被害が起きたりと障害が起きている。2011年（平成23年）夏には、電力使用制限令が発動される。菅内閣は内閣の退陣と引き換えに固定価格買い取り制度の再生可能エネルギー特措法を成立させて風力発電・太陽光発電・地熱発電・水力発電などの自然エネルギーの活用を推進した。金融広報中央委員会が2012年（平成24年）2月22日に発表した2011年（平成23年）の家計の金融行動に関する世論調査の結果では、一家の人数が2人以上の世帯で「貯蓄がない」と答えた世帯の割合が28.6%に上り、調査を始めた1963年（昭和38年）以来では、過去最高の数字となった。2012年（平成24年）頃には、韓国企業のサムスン電子に価格や品質や人材力で敗北するようになり、2000年代に三重県の亀山市にシャープ亀山工場や大阪府堺市堺区にシャープ堺工場を建設するなど世界の亀山モデルと呼ばれた液晶テレビで好調だったシャープ・東芝・パナソニックなど大手電機メーカーの売り上げが不振で赤字となり人員削減などの大規模なリストラを実施した。被災地の鉄道復旧が進まずバス・ラピッド・トランジット (BRT) が気仙沼線で導入された。東日本大震災の影響で災害対策が注目されて、防災用品として保存が長く持つロングライフ食品がヒット商品となった。
2012年（平成24年）12月26日に第2次安倍内閣が成立した。安倍内閣はアベノミクスと呼ばれる政策で日本銀行による金融緩和や日本銀行による建設国債の買い取りを実施して、デフレからの脱却を目指すために、物価上昇率を2%と高めに設定するインフレターゲット目標を定めた。アベノミクスは円安による貿易黒字の増大と株価上昇などによって、消費を刺激し、社会全体に恩恵がもたらされるトリクルダウン効果を狙う政策であった。東日本大震災で社会基盤が重大な損害を受けたことから国土強靭化計画を策定し、防災・減災のために、高度経済成長期に建設された道路の補修や改修などを推進するアベノミクス政策が実施されるようになった。経済財政諮問会議が復活して日本経済再生本部と産業競争力会議が設置された。2013年（平成25年）にタイ、マレーシアからの観光客に対してビザを免除し、2014年（平成26年）にはインドネシアからの観光客のうちICチップ入りパスポートを所持する人についてもビザを免除するなど、訪日外国人旅行客の誘致も積極的に推進され、2013年（平成25年）は1036万人と初の訪日外国人旅行者数の1000万人超えを達成、2014年（平成26年）は1341万人を記録し、前年の過去最高記録を更新した。また、2014年（平成26年）の訪日旅行客が使った金額も過去最高となる2兆305億円を記録した。映像・音楽などの日本のコンテンツを世界に伝え普及させたり、ファッションやアニメなどのコンテンツの海外市場の開拓のため、大型の商業施設の開発やM&Aなどを支援する官民ファンド「海外需要開拓支援機構（クールジャパン機構）」を、2013年（平成25年）11月25日に官民あわせて375億円の資金を集めて設立したほか、日本政策金融公庫でも海外展開を行う中小企業向けに従来優遇金利よりも低金利の融資制度を検討するなど、日本の対外イメージ向上および、それによる関連コンテンツの輸出増加や観光客を誘致する政策を推進し、2013年（平成25年）の日本の放送コンテンツ海外輸出額は約138億円となり、2010年（平成22年）の約62億5000万円から倍増した。移民1000万人計画の一環として2014年（平成26年）に安倍内閣は、高度人材と認定された外国人が永住権を取得するために必要な在留期間を3年に短縮、親や家事使用人の帯同も認められるようにする出入国管理及び難民認定法改正案を閣議決定した。2010年代に猫ブームが起きて、犬の飼育数が減少する一方で猫の飼育数が増加して、2015年（平成27年）頃にネコノミクスが流行語となった。民主党政権時代の1ドル80円台の円高で平均株価が1万円以下だった経済状況から、1ドル120円台の円安で1万8000円台まで一時的には株価が回復したが、中国経済の成長の鈍化や世界的な原油価格の下落が起きて、2016年（平成28年）に日本銀行はマイナス金利政策を実施した。平成末期の平成30年頃からアルバイトの若者による悪ふざけのネット上への投稿行為があり、バイトテロが問題になる。
平成期は人件費の抑制と円高の進行で製造業の海外移転が相次ぎ、産業空洞化が進んだ。バブル期のあたりは、貿易摩擦を解消するために海外へ移転する製造業が増加した。バブル崩壊後の1990年代中頃になると、円高が生じ、海外へ移転する製造業が増加した。2000年代に入ると、人件費削減のため、中華人民共和国や開発途上国（ASEANなど）へ製造工場を移転することが多くなった。2010年代に入ると、再び円高が生じ、海外への移転が増加した。2011年（平成23年）にタイ洪水がありタイ王国内の工業団地に多数の工場を進出させていた日系企業が被災して自動車産業などの工場が操業停止となる。2000年代に入り日本の国内で発生した内政問題やアメリカ合衆国との間で、日本が牛肉の輸入禁止措置や検査強化をしたことに対する日米外交問題や国際問題としてBSE問題が発生した。東日本大震災や急激な円高の進行で自動車産業や家電などの輸出が不振となり、東京電力福島第一原子力発電所事故の影響で日本国内の原子力発電所が相次いで点検や安全性の確保のために発電を停止して、火力発電所での発電の増加で海外からの燃料の輸入額が大きく増加したのが原因で2011年（平成23年）の日本の貿易収支は赤字に転じて、1980年（昭和55年）の第2次石油危機以降では、31年ぶりになる貿易赤字国へ転落した。菅内閣と野田内閣はTPP（環太平洋戦略的経済連携協定）の交渉をする議論を開始した。
1990年代から学力低下が懸念され、1999年（平成11年）には「分数ができない大学生」が出版された。さらに2003年（平成15年）のOECD生徒の学習到達度調査 (PISA) や国際数学・理科教育調査 (TIMSS)、2006年（平成18年）のPISAでは学力低下が顕著となった。その後、2003年（平成15年）には教育内容の上限規定が撤廃された。2007年（平成19年）には全員参加方式の全国学力・学習状況調査テストが復活して、さらに脱ゆとりへと路線が変更され、2008年（平成20年）には指導要領が改正、移行措置として一部が2009年（平成21年）から実施、小学校では全面的に2011年（平成23年度）から実施されることとなった。2007年（平成19年）のTIMSSでは、学力低下が止まり、2009年（平成21年）のPISAでは、学力が回復した。2013年（平成25年）の経済協力開発機構 (OECD) の国際成人力の調査で日本国が第1位になる。
2003年（平成15年）に国立大学法人法が制定されて、国立大学が国立大学法人となった。教員の相次ぐ性犯罪や、偏った思想に基づいた教育や言動などが問題となり、教員の資質向上のための教育改革として実施された制度が教職大学院の創設であり、それと検討されたのは教員免許更新制である。これに伴って日本の教育問題として、親の学歴・収入・家柄・職業などの経済格差と都道府県別や市町村別の地域格差を背景とした能力格差の拡大が表面化している。この原因は公教育機能が低下しているためと言われ、公教育への不信感が増大している。それを補うため、東京都を中心に公立学校選択制の導入や公立学校以外の学習塾や私立学校へ進学希望者が増加している。私立学校と教育を重視する地域などの一部学校や、文部科学省の方針で教育予算が増加されて低学年で実施されたのが、少人数授業や少人数教育を目的に「35人学級」や「30人学級」で、きめ細かい指導を導入する教育改革がされた。平成期に学校群制度が全廃されて丸坊主などの頭髪の規制を撤廃して長髪を認可したり制服のみから私服を認可して服装の自由化をするなど校則が改正される学校が増加した。公立小学校と公立中学校が義務教育期間に一体化して連携教育を行う「小中一貫教育」が広がったことから、第2次安倍内閣で中央教育審議会が提言した構想で、小中連携教育を推進するために6歳〜15歳までの9年間の小中一貫の「義務教育学校（仮称）」の新設が議論された。高校の普通科で「キャリア教育」を必修化するが検討された。
2001年（平成13年）1月6日の中央省庁再編により文部省を改組して、科学技術庁を吸収合併して廃止する形式で文部省と科学技術庁が統合されて、文部科学省が設置される。2003年（平成15年度）から情報科が新設されて、高等学校の必修教科となる。2011年（平成23年度）から小学校で、外国語活動の時間が設けられて、2012年（平成24年度）から中等教育で、安全性の問題が議論されている武道科（剣道科・柔道科・相撲科）の3種目と指導方法の向上が必要であるダンス科（創作ダンス・フォークダンス・現代的なリズムのダンス）が導入されて、3 種目から選択して必修化されるようになった。2012年（平成24年度）から、木造校舎の建設を可能とするため木造校舎の焼失実験が実施されて、1972年（昭和47年）に終了した放射線教育が約30年ぶりに中学校の理科で復活した。
2000年（平成12年）から小学校と中学校の義務教育の課程で相対評価から絶対評価による教育評価と成績評価が重視をされるようになった。重視されるようになった絶対評価には認定評価の他に到達度評価があり、到達度評価の一つである観点別学習状況による教育評価と成績評価が導入された。
自由民主党の修身教育復活や道徳教育重視を唱える愛国心と儒教道徳の育成を目指す保守派議員の意向で文部科学省が2002年（平成12年）4月に、全国の小学校・中学校に道徳の副教材の心のノートを無料配布した。民主党政権の事業仕分けによって教材作成の補助が廃止された。
2007年（平成19年）に首都圏や京阪神では格差社会の進行やゆとり教育の影響で学歴社会の負け組となる公立中学校を敬遠するようになった。高学歴・高収入の中流家庭では子供の受験競争に熱心な家庭が増加して、私立中学校の受験者数はピークとなり中学受験バブルが起きたが、翌年には私立中学受験バブルは崩壊した。2008年（平成20年）のリーマンショック以降の景気低迷、公立学校における脱ゆとり教育への転換、さらには、東日本大震災などの影響で私立中学受験者数の減少は続いており、受験者数の減少に歯止めがかかっていない。私立中学校の募集定員は3万9721人から4万1688人と約5%も増加して、私立中学受験ブームを受けての定員数の増加や、中高一貫体制強化による付設高校の募集定員の縮小と廃止が行われた。
1990年（平成2年）に大学共通第1次学力試験に代わり大学入試センター試験が導入された。バブル世代が大学生であった昭和末期は学閥など大学ブランドが強いMARCH・日東駒専・関関同立などの私立大学が人気であったが、2000年代以降は平成不況による貧困家庭の急増の影響などの学費の問題で地元の国立大学（いわゆる駅弁大学）志向となる。受験生の志願者数が多い団塊ジュニア世代が大学生であった平成初期は、18歳人口の多さで、3流大学でも高倍率であり大学入試は難関であった。2000年代以降には、18歳人口の減少による少子化の進行と学歴インフレの進行で3流私立大学の定員割れが急増した。1990年代は日本大学と早稲田大学の志願者数がトップであったが、2000年代に日本大学の志願者が減少して2008年（平成20年）まで早稲田大学が1人勝ちの志願者がトップであった。2009年（平成21年）以降は早稲田大学の志願者がトップであったが、早稲田大学ブランドの魅力が変わり志願者が減少して、代わって明治大学が志願者トップとなる。2014年（平成26年度）に近畿大学の志願者数が初めて日本一となる。
不登校問題やフリースクールの試みが行われた。学校を卒業しても社会に参加しないニート、引きこもりに陥る者が多く現れ、メディアで盛んに報道され、問題視されるようになった。これは、学校と実社会の間にギャップがあるという日本独特の問題が潜んでいるとされる。余りに学校社会に慣れた子供は、卒業しても社会に適応することが困難になると言われる。現在の引きこもりは1970年代生まれの人々が最も多く（後の世代では引きこもりは減少傾向）、引きこもりの長期化・高齢化が深刻になっている。また、ニートだと定義されていない35歳以上の中年の無業者も問題になっている。1990年代後半からパソコンや携帯電話が、2010年代からはスマートフォンが学生の間でも普及し出した。2002年（平成14年）には、小学1年生で5.0%、中学1年生で32.3%だったのに対し、2007年（平成19年）には、小学生1年生で11.7%、中学1年生で62.0%と2000年代に入ってからは小中学生の間でも普及し出した。また、2000年代後半になると10代のパソコン離れが起き、携帯の使用率が上がっている。これらの世代はパソコン、携帯電話などを使ってネットによる情報発信能力を身に付けたにもかかわらず、情報リテラシーやマナー教育が追いつかなかったため、ネットいじめが社会問題になった。1980年代前半生まれは「キレる17歳」「コギャル世代」「酒鬼薔薇世代」とも呼ばれ、さらには神戸連続児童殺傷事件、光市母子殺害事件、西鉄バスジャック事件、秋葉原通り魔事件などの犯罪や、援助交際や、新成人の成人式の騒ぎが問題となった。その一方で、それらの問題が若者に対するステレオタイプだとして俗流若者論という概念も生まれた。東日本大震災の影響で子供の心的外傷後ストレス障害 (PTSD) が増加したり、被災地の岩手県・宮城県・福島県の子供の転校が急増する。少子化の進展で大学全入時代を迎えて、21世紀には大学倒産時代となりブランド大学以外の地方大学や私立大学は定員割れで経営危機に立たされている。私立大学・私立短大の中には、統廃合によって学生募集を停止して廃校になる学校が増加した。親の収入と学歴の高低が子供の学歴の高低に直結する「格差の遺伝」とも言われる現象が広く知られるようになった。一方で、逆に高い学歴を持ちながら生活に苦しむ学歴難民と呼ばれる層も氷河期世代から発生している。女子の高学歴化や進学率の増加、厳しい経済状況を背景にした難関志向もあり、難関大学の難易度は、依然高い水準にある。進学率が増加する一方で、BFランク大学の名前を書くだけで受かる入試、ユニーク入試、一芸入試など学力にとらわれない入試も増加している。
財界大企業では東京証券取引所上場企業の社長数1位が、昭和時代の東京大学出身者から慶應義塾大学出身者の三田閥となり、政界でも平成での出身大学別総理大臣で一番多いのは、6人を輩出した早稲田大学であるなど、東京大学の学閥は早稲田大学・慶應義塾大学の躍進で政界・財界のトップではなくなり、平成期に学歴的地位が低下した。夜間と通信制の高校、大学、大学院で社会人と高齢者を対象に生涯学習社会になり、情報化社会や知識社会の到来で子どもと青年期以外の全ての世代が教育対象になる。大学での女子学生へのセクシャルハラスメントの問題やアカデミックハラスメントが問題となる。貧困層の増加で大学進学が容易でない家庭や奨学金の返済がされない問題が発生した。21世紀になり東京大学などで日本の大学で主流である従来の4月入学を全廃して、海外で主流である秋入学への全面移行をする教育改革が進んでいる。国際的な大学間の競争に対応して、学生の海外留学を促すことが理由である。大学生活の期間にボランティアなどの社会奉仕や徴農制の導入を推進することも検討されている。平成期になり日本政府の留学生受け入れ増加計画で中華人民共和国などアジアからの留学生が急増する。その反面、日本からの海外留学生数は団塊ジュニア世代が大学生でまだバブル景気の残滓があった1990年代がピークだった。2000年代にゆとり世代が大学生となり、彼らの親世代であるしらけ世代・新人類世代の所得減少もあってアメリカの大学や欧米諸国を中心に海外に留学する日本の若者が減少した。2012年（平成24年）に文部科学省は世界の大学が採用する共通の大学入学資格取得に必要な教育課程の国際バカロレア資格の国内認定校の拡大のために200高校に留学支援課程を設置する計画を立案した。英語の第二公用語化の議論や一部の学力が高い大学で講義の英語化が実施された。平成期は、大学進学率と大学院進学率が急上昇した。大学進学率が1989年（平成元年）の24.7%から2010年（平成22年）には50.2%となった。進学者は、約40万人から約60万人にまで増加した。女子を中心とした短大進学者が4年制大学にシフトして短大進学率は1994年（平成6年）の13.2%をピークに減少して2010年（平成22年）には6%となった。修士課程の大学院進学率は急上昇して17%となり、2003年（平成15年度）に、専門職大学院の制度が作られ、法科大学院などが作られた。それに伴い、教育改革として学部を置くことなく大学院を置く大学（いわゆる大学院大学）の数も増加した。特に、大学への進学率、進学者増加は、分子（大卒の就職者数）がバブル期とほとんど変わらないのにもかかわらず、分母（大学卒業者数）が増えたため大卒の就職率（就職者数/卒業者数）が大幅に下がってしまった要因の一つとなった。2012年（平成24年度）には、全国の法科大学院73校の入学生の統計で、86%に当たる63校で定員を下回るようになった。2012年（平成24年）の野田内閣時代の大学改革では予算や設備、人員を各学部ごとに集中させて教育の質を高め、優秀な人材を育成する狙いから、一つの国立大学法人の下で複数の大学の学部を集約して、具体例として大学Aは医学部と理工学部、大学Bは法学部と経済学部、大学Cは文学部に特化することなどを想定する文部科学省は、都道府県を超えて国立大学の学部の再編を進める方針があった。新しい大学教育制度として、一つの国立大学法人が複数の国立大を運営できるようにして、各大学にある類似する教育内容の学部を再編する計画であった。2015年（平成27年）の第二次安倍内閣では、理系重視と左翼学者を育成しているとされる国立大学の文系学部の廃止・縮小・改組の議論があった。2015年（平成27年）に自由と民主主義のための学生緊急行動（略称SEALDs（シールズ））という学生運動の組織が結成された。昭和時代（戦後期）に誕生した駅弁大学からさらに大衆化が進行して、平成時代（21世紀）になってコンビニ大学と呼ばれてコンビニ化した地方大学や私立大学が問題となっていたため、2012年（平成24年）に、田中真紀子文部科学大臣によって大学設置基準による大学認可問題が起きた。平成期になり大学の看護学科の新設ラッシュが発生して、平成初期から2010年代まで看護学科の増設が続いている。
1989年（平成元年）に開始された伊藤園のお～いお茶新俳句大賞、1990年（平成2年）に開始された住友生命の創作四字熟語、1995年（平成7年）に財団法人日本漢字能力検定協会の今年の漢字が開始された。
2000年（平成12年）以後に、OECD生徒の学習到達度調査 (PISA) が行われ、これはPISAショックと呼ばれた。