ユダヤ難民は1940年7月から日本に入国し、1941年9月には全員出国した。この間の概要は、アメリカ・ユダヤ人合同流通委員会（JDC）の年次報告書1940年版および1941年版に記述されている。1940年6月、イタリアが参戦し地中海航路は閉鎖。日本郵船の欧州航路の地中海立ち寄りはこれに先立ち閉鎖されていた。ドイツ圏のユダヤ救済委員会は、西半球への難民の新しい脱出ルートとして、やむなくシベリア鉄道でウラジオストクおよび満州里へ、そして日本を経由する方法を利用。1940年7月、ドイツおよびその他の国のユダヤ難民が敦賀港などに上陸し始めた。1940年10月からは、杉原ビザを持ったリトアニアのポーランド系難民らが入国し始め、1941年1月から3月にかけてその数は急増した。難民の総数は約4,500人で、うちポーランド系は2,000人あまりだった。ドイツとその他国籍の難民のほとんどは正規のビザを所有し短期間のうちに出国したが、キュラソー行きやその他の不正なビザ所有の難民は新たな出国先を見つけるために長期滞在を余儀なくされた。リトアニアから国外脱出を果たしたユダヤ人たちは、シベリア鉄道に乗り、ウラジオストクに到着した。次々に極東に押し寄せる条件不備の難民に困惑した本省は、以下のように、ウラジオストクの総領事館に厳命した。「本邦在外官憲カ歐洲避難民ニ與ヘタル通過査證ハ全部貴館又ハ在蘇大使館ニ於テ再檢討ノ上行先國ノ入國手續ノ完全ナル事ノ確認ヲ提出セシメ右完全ナル者ニ檢印ヲ施ス事」【口語訳＝大日本帝国の官憲がヨーロッパから避難してくる人々に与えた通過許可証は、あなたのところやソ連の大使館でもう一度調べて、行先国に入る手続きが終わっていることを証明する書類を提出させてから、船に乗る許可を与えること】しかし、ハルビンの留学生時代に共に勉学したウラジオストク総領事代理・根井三郎は、難民たちの窮状に同情し、1941年（昭和16年）3月30日の本省宛電信において以下のように回電し、官僚の形式主義を逆手にとって、一度杉原領事が発行したビザを無効にする理由がないと抗議した。「避難民ハ一旦當地ニ到着セル上ハ、事實上再ヒ引返スヲ得サル實情アル爲（・・・）帝國領事ノ査證ヲ有スル者ニテ遙々當地ニ辿リ着キ、單に第三國ノ査證カ中南米行トナル居ルトノ理由ニテ、一率檢印ヲ拒否スルハ帝國在外公館査證ノ威信ヨリ見ルモ面白カラス」【口語訳＝逃げてきた人たちがここにまでやって来たからには、もう引き返すことができないというやむを得ない事情があります。日本の領事が出した通行許可書を持ってやっとの思いでたどりついたというのに、行先国が中南米になっているというだけの理由で一律に船に乗る許可を与えないのは、大日本帝国の外交機関が発給した公文書の威信を損なうことになるのでまずいと思います】  — 1941年3月30日付の根井三郎による本省への抗議の電信本省とのやり取りは五回にもおよび、難民たちから「ミスター・ネイ」の名で記憶されている根井三郎は、本来漁業関係者にしか出せない日本行きの乗船許可証を発給して難民の救済にあたった。一度はシベリアの凍土に潰えるかに見えた難民たちの命は、二人の勇気ある行為によって救われた。後藤新平が制定した同校のモットー「自治三訣」は、「人のお世話にならぬよう、人のお世話をするよう、そして報いを求めぬよう」というものであった。こうした根井三郎の人道的配慮により乗船できるようになった難民たちは、日本海汽船が運航する天草丸に乗って敦賀港へ続々上陸。敦賀では、全米ユダヤ人協会からの依頼を受けた日本交通公社（現在のJTB）の社員が、ユダヤ難民救済協会から送金された現金を手渡したほか、敦賀駅までのバス輸送や神戸・横浜までの鉄道輸送手配を行った。その内のユダヤ系難民たちは、ユダヤ系ロシア人のコミュニティ、関西ユダヤ教団（シナゴーグ）及び「神戸猶太協會」（アシュケナージ系）があった神戸、横浜に辿り着く。ポーランド系難民の内、1,000人あまりはアメリカ合衆国やパレスチナなどに向かい、残りは後に上海に送還されるまで日本に留まった。松岡洋右外務大臣は、外相という公的な立場上は、カウナスの千畝に対してビザ発給条件を守るよう再三訓命した張本人であり、また同時にドイツとの同盟の立役者でもあるが、個人的にはユダヤ人に対して民族的偏見を持っていなかった。難民たちの対応に奔走していたユダヤ学者の小辻節三（後のアブラハム小辻）が、満鉄時代の縁を頼りに難民たちの窮状を訴えると、松岡は小辻にある便法を教えた。すなわち、避難民が入国するまでは外務省の管轄であるが、一度入国後は内務省警保局外事部に管轄が変わり、滞在延期については各地方長官の権限に委ねられている、と教えたのである。そこで、小辻は管轄の地方官吏たちを懐柔し、敦賀港に1940年10月9日に上陸時に利用されたゴム印には「通過許可・昭和15年10月9日より向こう14日間有効・福井縣」となっていたが、「杉原ビザ」を持ってバルハフティクらが来港したときには、それが「入國許可・自昭和15年10月18日・至昭和15年11月17日・福井縣」に変わっていた。日本にやって来たポーランド系のユダヤ難民たち、とりわけ黒ずくめでもみあげを伸ばした神学生などは、当時の日本人に強烈な印象を残し、安井仲治による写真集「流氓ユダヤ」シリーズにその様子が収録された。安井の撮影には若き日の手塚治虫が随行し、そのときの体験が漫画『アドルフに告ぐ』(1986) に結実した。グラフィックデザイナーの妹尾河童の自伝『少年H』（1997）も当時の難民たちに言及しており、また野坂昭如による直木賞受賞作品『火垂るの墓』（1967）においても、「みな若いのに鬚を生やし、午後四時になると風呂屋へ行列つくって行く、夏やというのに厚いオーバー着て」いたという記述がみられる。敦賀港から日本に入国したユダヤ難民の人数に関する公的記録は、空襲で焼失し残っていない。関連する資料として外務省外交史料館には、内務省調べ入国者名簿の一部（山口県用紙 1940年7〜12月、福井県用紙 1940年10月、外務省調べ避難民人数（1940年1月〜41年2月）、内務省調べ滞留者の人数、入国時ビザの行先国および入国経路（1941年2月8日、3月20日、4月8日）などがある。これらによると、1940年10月の福井県調べでは避難民306人中ポーランド系は203人でキュラソー行きはわずか24人（他の国籍2人）、キュラソー行きビザ所有および「ビザなし」のポーランド系滞留者が最も多かったのは1941年4月8日時点でポーランド系滞留者約1,400人中両者の合計は約1,300人だった。入国経路調査によると、ポーランド系は全員敦賀で、ドイツ系その他は敦賀のほかに下関および神戸からも入国した。満州国は、行先国および日本通過ビザ所有の難民には、在外公館が満州国通過ビザ（10日以内）を発給した。杉原ビザを所有したユダヤ難民の人数には、2,200、2,800、4,000、4,500、5,000、6,000、6,000〜8,000、1万人など、多くの資料がある。これらの根拠として、神戸および横浜在住のユダヤ人コミュニティが設置したユダヤ難民救済委員会（略称：Jewcom）報告の入国者数および出国者数、当時の在日ポーランド大使に関する資料、新聞記事、杉原ビザリストなどが引用されている。資料に記述されている入国者数内訳（月別、国籍別）を表に示す。 2,200人はJewcomおよび在日ポーランド大使資料とほぼ同じ、2,800人はこの人数に約600人を加算、4,000〜6,000人はビザの数と新聞記事からの推定。8,000人および一万人はビザの数とポーランドのパスポート書式から推論したもの。2,200人は日本に入国したポーランド系難民全員が杉原ビザを所有していたとの前提の値であるが、外務省所蔵資料はその実数がかなり下回ることを示唆している。1990年出版の『六千人の命のビザ』には6,000人の根拠の説明はなく、「6,000人の命を救う」との見出しの英字新聞の写真と、「5〜6,000人にのぼったと言われています」との記述があるだけである。2000年出版の『真相・杉原ビザ』には、「1家族の人数を3人とすればビザ数から妥当なこと、6,000人との日本の新聞記事がある、大部分の難民が杉原ビザを持っていたことは今や認められている」と6,000人の根拠を説明。表から分るように、敦賀港などから入国したユダヤ難民は、正規のビザ所有のドイツおよびその他国籍およびおもに杉原ビザ所有のポーランド国籍だったが、当時の新聞はこれら国籍を区別することなく一括ユダヤ難民と報道した。1992年出版の日本語版『日本に来たユダヤ難民』には、難民の中には多くのドイツ系がいたと記述されていたにもかかわらず、その後も日本で出版された著書や資料はすべて「難民の大部分は杉原ビザを持っていた」とし、現在に至っている。国内外資料での「杉原ビザにより6,000人を救う」の根拠は、『六千人の命のビザ』の引用である。偽造を含む杉原が発給した日本通過ビザで入国した難民の多くは、JDCやJewcomなどのユダヤ難民救済団体およびポーランド大使館の尽力で新たな受入れ国を見つけて出国。1941年8〜9月、日本当局は日米開戦を控え、日本に滞留していた難民全員約850人を上海へ移送した。日本とポーランドとは国交断絶し、在日ポーランド大使家族と大使館員はポーランド系難民を支援するために日本を離れ、1941年11月1日上海に到着。ポーランド系難民の日本からの出国先は、Jewcom資料によると多い順に、上海860人、米国532人、パレスチナおよびカナダ各186人、オーストラリア81人、南ア59人、その他207人、合計2,111人。上海に渡った難民の中には、450名のラビと神学生が含まれていた。日本滞在後難民たちが向かった上海の租界には、戦前よりスファラディ中心の大きなユダヤ人のコミュニティがあり、ユダヤ人たちはそこで日本が降伏する1945年（昭和20年）まで過ごすことになった。