2003年、1年目はイースタン・リーグで45試合に出場し打率.231、2本塁打だった。2004年、5月23日のイースタン･リーグ対湘南シーレックス戦の2回第1打席で若田部健一から右腕に死球を受け、右上腕尺骨を骨折。約2ヶ月間欠場したこともあり、二軍で25試合の出場にとどまった。2005年、サンマリンスタジアム宮崎で行われたフレッシュオールスターゲームのメンバーに選ばれ、8番捕手として先発出場。長峰昌司から先制本塁打を放ち、同試合の最優秀選手賞を受賞した。9月3日に一軍へ昇格、9月7日の対西武戦で代打としてプロ初出場を果たし、松坂大輔にライトフライに打ち取られた。9月25日の対オリックス・バファローズ戦では9番捕手として初のスタメン出場・フル出場を果たし、第2打席でジョッシュ・スチュワートからタイムリー打を放ってプロ初安打・初打点を記録、さらにプロ初盗塁も記録した。2006年、献身的なプレーを評価されプロ入り後初めて開幕を一軍で迎える。正捕手だった高橋信二の故障と不振から、高橋と併用でスタメン起用されることが増える。5月13日に札幌ドームで行われた対横浜ベイスターズ戦で初本塁打を記録し、これが決勝打となった。5月18日の対阪神タイガース戦では逆転タイムリー打を含む3安打でプロ初の猛打賞を記録した。最終的にレギュラーシーズンは67試合に先発出場した。プレーオフでは全2試合にフル出場を果たし、完封勝利を含む2試合18イニング1失点のリードで25年ぶりのチームのリーグ優勝に貢献。日本シリーズは4試合に出場し無安打に終わったが、チームは日本一。アジアシリーズでは11月12日のLa Newベアーズとの決勝戦で決勝打となる先制タイムリーヒットを放ち、アジア制覇に貢献した。2007年、開幕を一軍で迎えたが、正捕手は高橋となり大半が控えでの出場となった。スタメンマスクのほぼ半分がダルビッシュとのコンビで、安定したリードを披露し、専用捕手となっていた。43試合に先発出場し、打撃では打率.203と前年から大幅に成績を落とした。クライマックスシリーズ第2ステージではダルビッシュが先発した2試合で先発出場した。10月18日の第5戦ではダメ押しのタイムリー打で成瀬善久をノックアウトし日本シリーズ進出に貢献。日本シリーズは4試合出場したが無安打に終わり、チームも日本一を逃した。オフの12月に視力矯正手術を行った。12月25日に一般女性と入籍2008年、3月20日の対千葉ロッテマリーンズ戦でプロ入り後初めて開幕マスクを被り、守ってはダルビッシュを完封勝利へ導き、打っては2安打で決勝点の走者として生還した。高橋信二、前年まで一軍未出場であった小山桂司に時折スタメンマスクを譲りながらも春から正捕手として出場を続けた。しかし鶴岡の打率が1割台となった7月中旬頃から高橋の起用が大幅に増えてシーズン終盤まで2人の併用となった。自己最多の97試合に出場し、ダルビッシュ、ブライアン・スウィーニー、多田野数人の先発時にスタメン起用されることが多かった。クライマックスシリーズでは、10月19日第3戦で西武先発・帆足和幸との相性から人生初の2番打者として起用され、3回の4得点に繋がる安打、8回の追加点に繋がる犠打など勝利に貢献した。これはプロ野球のポストシーズンで初となる捕手の2番起用となった。2009年、2年連続開幕マスクとなった。高橋が一塁手にコンバートされ、併用相手は新人の大野奨太となった。8月19日にチーム単位の集団インフルエンザ感染による発熱でその大野とともに離脱し、この間は高橋や40歳の中嶋がスタメンマスクを被った。10月6日の対西武戦では2回に先制のタイムリー二塁打を打ち、リーグ優勝に貢献した。最終的にレギュラーシーズンでは自己最多となる122試合に出場、83試合に先発出場し、抑え投手・武田久が登板する時には自身も抑え捕手として出場した。クライマックスシリーズ第2ステージは全4試合に出場して3試合で先発出場。日本シリーズでは全6試合に出場し5試合で先発マスクを被った。シーズン守備率は嶋基宏（.99699）と6糸差の2位（.99693）で、捕逸も2と少なかったことから三井ゴールデン・グラブ賞を初受賞した。球団としては1993年の田村藤夫以来の捕手での受賞となった。2010年、開幕から26打席無安打と打撃不振に陥り、5月まで打率は1割台だったが、6月7日の対横浜戦ではプロ初の1試合4安打、同じく初の2試合連続本塁打を記録するなど調子を上げ、6月は月間62打数18安打の打率.290、3本塁打、11打点を残した。8月17日の対千葉ロッテ戦の2点リード二死一二塁守備の場面では井口資仁の右翼への打球方向を見て立っていた所、一塁から本塁を狙った今江敏晃の体当たりのようなスライディングにより転倒させられて激高し、あわや乱闘の騒ぎとなった。最終的に83試合で先発マスクを被り、大野の台頭を許した。オフに建山義紀がテキサス・レンジャーズへ移籍する際、同投手より配球のイロハを教わったことから「他の人が着けるなら自分」と建山が着けていた背番号22への変更を決めた。2011年、2月23日の春季キャンプの守備練習中にぎっくり腰を発症した影響で開幕を二軍で迎える。3月31日のイースタン・リーグ対千葉ロッテ戦で眉間左に自打球を当てて担架で運ばれ、埼玉県内の病院で検査の結果、顔面の陥没骨折と診断され、4月6日に東京都内の病院で修復手術を受けた。5月23日に一軍へ合流し、66試合でスタメンマスクを被った。クライマックスシリーズファーストステージは10月29日第1戦の延長11回同点の場面から守備で出場したが3失点を喫して敗戦した。オフの12月4日に2012年度の選手会長に就任することを発表した。2012年、開幕マスクで勝利したが大野と併用起用され、7月上旬の大野の抹消をきっかけに正捕手となった。鶴岡の誕生日である4月11日に北九州市民球場で行われた対ソフトバンク戦では先制打を放ち、八木を3年ぶりの完封勝利に導いた。6月25日に捕手部門のファン投票1位でオールスター選出され、全3試合に出場した。最終的にレギュラーシーズンは94試合でスタメンマスクを被り、途中交代を含めると、116試合に出場。同年のMVPを受賞した吉川光夫とのコンビで最優秀バッテリー賞を初受賞。日本ハムでは1993年金石昭人 - 田村藤夫以来の受賞だった。打撃では打率.266と自己最高の成績を残し、パ・リーグ制覇に貢献した。クライマックスシリーズファイナルステージは全3試合に出場して無安打。日本シリーズは4試合に出場した。オフの11月19日に捕手部門でベストナインを初受賞した。11月25日に2013年度も選手会長を留任することが決まった。2013年、開幕マスクで勝利したが、同年も大野と併用起用となった。6月1日の対中日戦で放った2年ぶりの本塁打が新人・大谷翔平の初勝利を援護する逆転弾となった。7月1日に監督推薦でオールスターへ選出され、2試合に出場した。8月10日の対千葉ロッテ戦では11回同点一死三塁の場面で代打起用され、藤岡貴裕からプロ11年目にして初のサヨナラタイムリー打を放った。8月23日の対オリックス戦では初めて指名打者で先発出場して2打点を挙げた。最終的に76試合に先発出場して（指名打者1試合）、盗塁阻止率はリーグワーストの.188だったものの打撃では規定未到達ながら自己最高の打率.295で終えた。11月14日にFA宣言を行い、11月30日に福岡ソフトバンクホークスへ移籍することを表明した。12月7日に同じくFAで中日ドラゴンズから移籍してきた中田賢一と共に入団会見を行い、背番号は8に決まった。年俸は同年と同額の7,600万円からの変動制で4年最大総額5億円プラス出来高払いの複数年契約を結んだ（金額は推定）。