その後、ゲンは別れた隆太と学校で再会する。ヤクザの岡内組の鉄砲玉として働いていた隆太には、かつての仲間だったムスビ、ドングリと、勝子（かつこ）が一緒にいた。ヤクザの幹部を夢見ていた隆太だったが、ドングリの死をきっかけにヤクザの世界から足抜けし、絶縁をした。その頃知り合った老人、平山松吉と共に新しい生活を始め、松吉は両親のいない隆太達の父親代わりになる。同年に昭和天皇が広島に訪問しており、それ以降ゲンは天皇の戦争責任を言及するようになる。そんな折、君江の体も原爆症に蝕まれた。浩二は君江を助けるため、福岡県の炭鉱に出稼ぎに行ったが、浩二は働いて得た金で酒びたりとなり、仕送りが全く出来ていなかった。入院させようにも金がなく、どこの病院も断られてしまう。状況打開のため隆太はヤクザの賭場荒らしをして大金を手に入れ、君江は入院することができた。しかし胴元である打山組の組長は激昂、隆太を殺すべく広島市内に包囲網を敷く。逃げ道がないと知ったゲンは病気の身体を圧して現れた君江と共に警察へ行くよう説得して隆太は自首した。1948年、原爆投下直後に米をもらいに行った際に出会った、英子そっくりの女性・大原夏江（おおはら なつえ）に再会する。もともと芸妓志望だった夏江は顔に大火傷を負い、それを苦にして何度も死を考えていたが、ゲンの発奮により、勝子と洋裁店を開くという夢を持つようになる。そんな折、松吉が原爆症で死の床に倒れる。隆太は共に脱獄したノロの自分を感化院に入れさせた叔父へ対する復讐に協力し、叔父に奪われた50万円相当の財産を取り返すことに成功する。ノロから分けてもらった財産の一部で朴に頼み（朴はお金は要らないと断った）、松吉の小説『夏のおわり』を自費出版するが、ゲンや隆太達に看取られながらこの世を去った。ゲン・隆太・ムスビの3人は、松吉の遺作『夏のおわり』を頒布している所をアメリカ軍の兵士に連行され、アメリカ軍基地で日系アメリカ人のマイク・ヒロタ少尉に取り調べられ、ここでゲンは初めてアメリカ人に原爆投下の怒りをぶつけたが、ヒロタ少尉は真珠湾攻撃のことを持ち出し正当化するだけだった（なお実際は、当時広島県を含めた中国及び四国地方を占領下に置いていたのはアメリカ軍ではなくイギリス軍であった）。ゲン達はアメリカ軍基地の牢屋に監禁されたが、3人が拷問を受けるダメージを少しでも軽減するための訓練をしている所を見たヒロタ少尉に、精神に異常を来たしていると勘違いしたために不必要と判断されたゲン達は、監禁されていた米軍基地から外に連れ出され、置き去りにされる。そのまま広島に戻った3人は、朴の協力で先ほどのアメリカ軍のやり方による反発と自分達の腹癒せにアメリカ軍のジープやトラックを片っ端から破壊する。アメリカ軍基地から連れ出され、アメリカ軍のジープやトラックを破壊して数日振りに家に帰ったゲンは、母・君江が退院したことに喜びを隠せなかった。しかし、胃癌で、家族には4か月の命と宣告されていた。ゲンは、生前最後の楽しい思い出を作ろうと母・君江の思い出の場所、京都へ旅行させるため、肥え汲みをして金を稼ぐ。京都旅行ができる金額に達した頃、浩二が九州から帰ってくるが、無為に日々を過ごしていた浩二は家に入りづらく、ゲンは自分が稼いだ金を浩二が稼いだものということにして、京都旅行に出発する。しかし旅行中に容態が急変し吐血。君江はゲンたちに看取られながら息を引き取った。火葬の際、君江の遺骨は放射能障害のためか、ほとんどが焼け崩れて残らなかった。君江の死に落ち込んでいたゲンだったが、大吉と君江の幻影に励まされ立ち直った。中学生になったゲンは、戦争を肯定する同級生・相原と最初は衝突するが、実は相原は自分が原爆症で自身の生命がそう長くないことを悟って生きることに対する虚無感を抱いたためで、本心では戦争を憎んでいた。その後、ゲン達と共に戦争反対の行進の列に加わる。また洋裁店を開こうと話が順調に進む中、急に夏江が腹痛を訴える。夏江は盲腸で入院となったが、入院した後体調が芳しくなく、手術しても原爆症による白血球の減少で傷口が塞がらなかった。死期を悟った夏江は生きる希望を失っていくが、ゲン達に叱咤激励され、励まされる。ゲンの担任の教師・太田は、レッドパージで教師を辞めさせられ、覚醒剤に手を出すまでに絶望していたが、ゲンや隆太や雨森達クラスメート達のお陰で立ち直り、自分の学校を作ることを決意する。瓦礫の中から材料を集めて建てた家も、広島市の復興計画による道路拡張工事のために、ゲンと隆太の必死の抵抗も空しく取り壊されることになった。そのため、浩二は婚約者の広子と広島市内のアパートで暮らすことになり、昭は繊維問屋の商人になるために大阪へと旅立った。1950年12月31日、夏江は直腸癌と急性心臓麻痺が原因でこの世を去った。夏江の遺骨をゲンの家の墓に納める過程で、父・大吉の遺志を継ごうと絵描きになることを決意、夏江の遺骨の件で知り合った画家の天野の教えを受ける。しばらくしてゲンは納品間近の看板を壊してしまい、それがきっかけで職人の大月や部下の黒崎と乱闘騒ぎを起こしてしまう。弁償をするため看板屋で働くことになったが、外で仕事をしている姿を天野が見つけ、天野は代わりにゲンが壊してしまった看板へ絵を描く作業をやったのである。看板屋の仕事を手伝うようになった天野は、看板屋の社長に絵の腕を認められ、ゲンが負傷を負わせた社員・大月の代理として雇われる。しかしそれを面白く思わない黒崎が雇ったチンピラの二人組に襲撃されるが、返り討ちにして卑劣な振る舞いをした黒崎を叱りつける。黒崎には原爆孤児になって僧侶に拾われるも奴隷同然にこき使われ、理不尽な暴力を受け続けた過去があり性格がいつの間にか歪んでしまったとゲンに語る。一方、隆太は設立されたばかりの広島カープの応援に熱中する。1953年、ゲンは中学を卒業。ゲンはこの頃から髪を長く伸ばし、勝子が仕立てたジャンパーを身に着けたスタイルに一変する。波川中学校の卒業式に出席したゲンは、「君が代」の斉唱が始まる際にと「君が代」を歌うのを止めようとする。ゲンが「君が代」を歌わない理由は、「君が代の『君』は（昭和）天皇のことで、天皇を褒め称える歌であると』指摘し、昭和天皇が戦争犯罪者であることを恐れていた為であった。卒業式では「君が代」に代わる形でゲンの指揮により「青い山脈」を波川中の卒業生全員で合唱した。式が終わり横道を筆頭とした不良グループからリンチされる教師達をゲンは雨森と救出し、教師達の横暴を叱責する。そして、ゲンは女学生（中学生）の中尾光子（なかお みつこ）に一目惚れをする。しかし、光子は弁償のために働いた看板屋の社長、中尾重蔵の娘だった。ゲンは重蔵と犬猿の仲であり、光子も当初は父親に叱られるのを恐れてゲンと交際するのをためらっていたが、隆太の一喝とゲンの想いを受けて交際を承諾、ゲンは光子との交際を始めた。だが、まもなく光子は原爆による急性白血病で死亡した。これにより軍国主義者の重蔵は自分の愚かさを知り、平和主義者へと転向、漸くゲンと和解する。ゲンの仲間の1人、ムスビは洋裁店を開くために働いていたが、ふとした夜遊びがきっかけで麻薬中毒となってしまう。麻薬中毒となったムスビは麻薬を買うために、申し訳ないと思いつつも皆で貯めたお金に手を出し、挙げ句使い果たしてしまう。お金が無くなっても（体が）麻薬を欲しがるムスビは、麻薬の売人であるバー「マドンナ」のマスターの自宅に侵入して麻薬を探しているところを見つかり、リンチに遭い死亡する。原爆で孤児となり苦難を共にしてきた大切な親友であるムスビが麻薬中毒そして金儲けの道具にされて殺されたことに隆太は怒り心頭となる。隆太は、バー「マドンナ」に乗り込み、首謀者であるマスターを射殺し、愛人である女給に重傷を負わせ、さらに麻薬売買の胴元であるヤクザを2人射殺した。そして、敵討ちを終えた隆太は自首することを決意するが、刑務所に入るのは間違いで戦争を起こした者たちこそ裁かれるべきだと叫んだゲンと勝子により反対され、東京へと向かう貨物トラックで勝子と共に逃亡する。ムスビの遺骨を自分の家の墓に納めたゲンは、その後、重蔵、天野、天野の孫の達郎に見送られ、未来に挑戦するために東京へ旅立った。