妖魔戦争から100年、戦いに敗れ、人間たちに奴隷として扱われてきた妖魔たちが反乱を起こした。天族の一人であるジュリシスは人間を救おうと考えたが、天族の多くの者たちは人間側の自業自得だと見ていた。協力者が得られないジュリシスは地上に降りる決心をし、彼女の父・天王ゼウスは「人間の起こした問題は、人間自身で解決すべきである。そのためには特殊な力を持つニーチャの女達と、天族の血を引く唯一の地上の男を協力者にせよ」と助言した。ジュリシスは天族の血を引く唯一の地上の男・アンデュークを封印から解く。アンデュークは復活早々世話役の神官・ミリィを犯した。アンデュークはジュリシスも犯そうとするが、ゼウスによって埋め込まれた<戒>の玉によってその試みは失敗する。ジュリシスは彼が封印されていた100年もの間に妖魔が復活したことを告げ、妖魔達に対抗できる力を持ったニーチャの女たちを見つけて欲しいと依頼する。さらに、ジュリシスはアンデュークに、ニーチャの女と交わらないと身体が疼く魔法をかける。アンデュークは、ニーチャの女たちと寝た後にジュリシスをいただくと宣言し、彼女の要請を引き受けた。アンデュークとジュリシスは、港町コトフの囲い女・カリンから、ニーチャの女たちの一人であるヴィッシュがイヤック湖の浮島に住んでいるという情報を得る。二人はヴィッシュに用があるというブブカという男と共にイヤック湖へ行くも、その浮島は子供しか入れないため、科学者ポンダからもらった子供返りの薬を服用し、再び島へ向かう。アンデュークはかつての仲間・モニカと再会を果たしたのち、彼の同名の子孫の手引きでヴィッシュに出会う。アンデュークはヴィッシュを犯し、彼女がニーチャの女の一人であることを証明する。ことが終わった後、賞金目当てでヴィッシュの誘拐をたくらんでいたブブカは、本性をあらわにすると、彼女をさらってブリア城に行く。要塞に入るための献上品を調達するためにコトフに戻ったアンデュークは、酒場の踊り子ミーナに手を出し逮捕されるが、留置されていた貿易会社を抜け出す。ミーナを加えた一行は、献上品を携えてブリア要塞へ向かうが、今度はミーナが捕らわれの身になってしまう。さらに、カップルが行方不明になったと噂の宿屋に宿泊したアンデュークらは憲兵によってブリア城まで連行される。二人は豚のような妖魔になったブリア王がブブカをむさぼり食う様子を目の当たりにする。続いて現れたブリア王の王妃セーラは、王を妖魔へと変え、王の婚約者であるヴィッシュの故郷であるルナ国を亡ぼす原因を作った者だった。妖魔王ギルガントの手先でもあるセーラは、アンデュークに強烈な快楽を与え、アンデュークを妖魔にしようとする。妖魔化しかけたアンデュークを鎮めるべく、ミーナは身体を差し出し、彼の凌辱を受け止める。正気を取り戻したアンデュークはセーラを倒した後、城の地下に監禁されていたヴィッシュを救出する。元の姿に戻ったブリア王から、海賊ポセイドンの船長がニーチャの女である可能性があるという情報を得、ヴィッシュを加えた一行は軍艦に乗って海賊ポセイドンの本拠地があるグラナーダ大陸へ向かう。アンデュークは軍艦を襲撃した海賊ポセイドンの船長サンドラとの一騎打ちに臨むも、「天の怒り」という竜巻により勝負はお預けとなる。その際、乗務員が全員逃走したため、一行はサンドラの捕虜となる。海賊船からの脱出に成功したアンデュークは仲間達とはぐれるものの、網元の家で合流を果たし、妖魔島で妖魔メリッサを倒す。一行は海賊ポセイドンの本拠地のある島へ行き、収監されていたルナ国の兵士に出会う。ジャンとその手下たちを退けた後、アンデュークはサンドラと対決する。勝利を収めたアンデュークはサンドラを犯し、彼女がニーチャの女であることを証明する。アンデュークは続いて現れた悪魔ベリガンを倒すが、ベリガンは倒れる間際に大地震を起こす。ヴィッシュはルナ国の兵士を助けるべく船には乗らず、サンドラもヴィッシュに同行する。残されたアンデュークらは船で脱出を図るも、船は波にのまれてしまう。浜辺に打ち上げられていたジュリシスは、カイザークという青年に助けられた後、アンデュークらと合流する。船を出してもらうべく向かった海運組合にて、アンデュークは妖女タバサと接触する。サンドラとヴィッシュと合流したアンデュークらは、ニーチャの女がいるとされるダラ大陸へ向かう。ネム教の総本山があるダラ大陸に来た一行は、かつての仲間・シャルロットの子孫の手引きで、ネム教の教祖・リンに会う。アンデュークはリンを犯し、彼女がニーチャの女だと証明する。一行はリンから闇の道についての話を聞き、彼女と共にそこへ向かう。道中のアグラ渓谷にて、妖魔に襲われていたバーンシュタイン盗賊団の首領の一人・アルシャを助けた後、一行はたくさんの石像がある地点にたどり着く。ミーナはそのうちの一体の奥に闇の道があると話すが、その表情はどこかおかしかった。サンドラがサイコキネシスで石像を動かすと、闇の道が続いていた。ミーナが一人で闇の道に進んで妖魔に襲われたため、一行は彼女を助けようとするも、離ればなれになってしまう。アンデュークとジュリシスがミーナを見つけたところに、悪魔バスティールが現れ、アンデュークに致命傷を与える。ジュリシスはアンデュークを救った後、姿を消す。ネム教の総本山に戻ったヴィッシュらは、アンデュークを回復させるべく、鳥の民と呼ばれる者達がいるヨーク村へアンデュークを連れていき、モニカの手引きで、アンデュークのかつての仲間の一人レイミンと面会する。レイミンによってアンデュークの身体は回復したものの、精神の回復にはほど遠かった。レイミンからロックフェルド大陸にニーチャがいる可能性を示唆された一行は、鳥神ヨークリタンに乗って、ロックフェルド大陸を目指す。途中、一行はアラン監獄島でバーンシュタイン盗賊団のもう一人の首領・デルシャの助太刀をし、傷心のアンデュークは妖魔のタバサとソフィーとの3Pに及ぶ。ロックフェルド大陸上空にたどり着いたとき、光の矢に射貫かれたヨークタリンはニーチャの街に墜落する。ニーチャの街を訪れた一行は妖魔と間違えられて処刑されかけるが、アルシャの仲裁により処刑を免れる。一行は遺跡に行こうとするが、操られたミーナを従えた妖魔王ギルガントが現れたため撤退する。その後、一行は科学技術の力を以て妖魔の力を取り込んで人間を強化する研究施設へ行く。アンデュークは研究によって妖魔化が進行しているサリー博士と、実験台にされたソフィーとの3Pにより魔を取り込む。ニーチャの遺跡の地下で法皇ヨルバと謁見した際、天へと続くニーチャの塔に妖魔が向かったという情報が入る。一行は法皇を追う形でニーチャの塔を昇り、ニーチャの真の力を覚醒させる3つの鳳凰石を回収するが、残る一つはどこにも無かった。一行が最上階で待ち受けていたギルガントを倒したそのとき、カイザークが現れてアンデュークを拘束し、ミーナを犯す。すると、ミーナの中で封印されていたニーチャの力が解放され、彼女がニーチャの女であるという証明が果たされる。さらに、カイザークは自分がアンデュークの母アンジェと悪魔王アモンデスの子、即ちアンデュークの異父弟であることを明かすと、アンデュークの中の魔を増幅させて<戒>の玉を破壊し、獣人に変えた。4つの鳳凰石がそろったことにより、ニーチャの塔は天界へと昇り、カイザークは月の天宝玉で父であるアモンデスを召喚した。アモンデスはこれを伝ってオリンポスに至り、ジュリシスの目の前で天族の王ゼウスを殺害する。天宝玉とゼウスを喪ったことにより、オリンポスは墜落。悲しみに暮れるジュリシスを前に、カイザークは「悪魔と天族が手を取り合う必要があり、そのためには自分が悪魔王となり、ジュリシスを后に迎える必要がある」と述べる。カイザークに賛同できないジュリシスは、自らの純潔をアンデュークに捧げ、彼を元に戻した。その後、一行は、サリー博士の父・ニコルの作った空中船に乗って、ミーナがいるとされるグラデト・シティへと向かう。娼婦館でミーナと再会したアンデュークは、落ち込む彼女を慰め、彼女の心を癒やす。その後、一行は竜巻「天の怒り」で空中船を魔族の城があるアレクサンドリアまで昇らせようとしたが、うまくいかなかったため、ジャン達が逃走に使った軍艦の主砲で強化することを考える。ニーチャの街に戻った一行は、バーンシュタイン盗賊団率いるレジスタンスが、妖魔となった住民達やバスティールと戦う様子を目の当たりにする。同じく妖魔となったアブラハムが妖媒ウイルスを撒いたため、アンデュークはニーチャの街そのものを破壊する形で蔓延を防いだ。ハッタン島にあるアルシャの家に行った一行は、アルシャとデルシャが双子であること、そしてアンデュークのかつての仲間・クリスの子孫であることを知る。そこへバスティールが現れてデルシャを人質に取るが、アンデュークによって倒される。アモンデス打倒のためには、ニーチャの遺跡にある「無想の間」で儀式を行い、各々の内にある神秘的な力を解放する必要があったが、儀式は各々の心の中のわだかまりが解けて初めて成功するというものだった。ミーナが法皇が実の父であることに気づいたことにより彼女の心の中のわだかまりが解け、秘めた力が解放された。次に一行が赴いたネム教の総本山にて、リンは資料庫に保管されていた「レンの預言書」を読んで母親の面影に触れ、力がみなぎるのを感じる。続いて、一行はブリア城に行き、ヴィッシュはブリア王と誓いを立てたことにより秘めた力が解放される。その後、一行は同じく妖魔が溢れるオリンポスへ行き、仲間達の協力を得て、地下にある「天地の間」へたどり着く。父ゼウスの墓前で祈りを捧げたジュリシスは、秘めた力が解放されるのを感じると同時に、父が生前用いていた装備を受け継ぐ。さらに、サンドラはジャンからの情報を元に、一人で父親のいるとされる難破船へと乗り込む。妖魔と化した父との死闘の末、サンドラは父親が用いていた武具を手に入れ、彼女の中の秘めた力が解放される。また、アンデュークは、かつての仲間であるラオババの霊から彼が使っていた阿修羅の剣を授けられる。彼の内に秘められた力が解放された後、ラオババの忠告に従い、生まれ故郷の村・アルベニスにある母アンジェの墓参りをする。そこで、彼はカイザークと鉢合わせる。天の怒り、ニーチャの力、さらにはジャン達の軍艦の主砲のパワーにより、空中船はアレクサンドリアにたどり着き、一行はアモンデスを打ち破った。アモンデスが一行を道連れにしようとしたそのとき、現れたカイザークにより抹殺される。一行は、地上と魔界をつなぐ封印の扉を通じて、魔界にある月の迷宮へと突入し、進化したカイザークとの最終決戦を迎える。戦いの後、天界のオリンポス神殿は復旧し、新たな天王となったジュリシスの戴冠式が行われた。