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14世紀、イタリア半島では、船体の改良、新型帆船の登場、羅針盤の使用、海図の制作などが進み、地中海から大西洋沿岸を経て北方に連なる航路が開かれ、さらに15世紀末にはイベリア半島から新大陸へ向かう航路が開かれ、各地を結ぶ交易が活発化して商工業がめざましく発展し、その富をもととする都市文化が発展した。特に、北部・中部のイタリア都市において市民によって発展させられた学問や芸術は、15世紀にはフィレンツェの町を主な舞台として、その内容や様式をめざましく革新した。この革新は、キリスト教成立以前の古典古代文明を意識的に規範としているゆえ、この文化ないし文化運動を「ルネサンス」（「再生」）と呼んでいる。フィレンツェ生まれの詩人ダンテ・アリギエーリは、13世紀末葉から14世紀初頭にかけて都市国家相互および国家内部の峻烈な抗争を体験したところから、その激しい対立を調停するものとしての皇帝や、平和を実現する基盤としての普遍的帝国を熱望した。ダンテはフィレンツェ市執政官となりながらも亡命を余儀なくされ、その旅中に名作『神曲』を著したが、これは当時の教会用語であったラテン語に対し、感情を直接に表現するものとして「俗語」、すなわち彼らの日常語であるトスカーナ語を用いた点も、大きな特徴であった。ラテン語を必要とする職業の人々、とりわけ都市国家の書記として外交文書などを作成する公証人は、修辞や語法を学ぶために古典作品を研究し、そのなかで聖職者が説くような人間の悲惨さや罪深さ、あるいは人生のむなしさばかりではなく、市民として現世を生き、高貴さをも有する現実の人間そのものを肯定する古代の思想に共鳴するようになっていった。かくして、亡命フィレンツェ人公証人を父にもつペトラルカのように、市民のなかから古典の修辞のみならず思想をも研究する「人文主義者」と呼ばれる一群の人々が出現した。ペトラルカも俗語で著作し、こうしてトスカーナ語は洗練され、やがてイタリア各地でラテン語に代わる標準的な文語の地位を獲得していった。ペトラルカの若き友人ジョヴァンニ・ボッカッチョはその俗語作品『デカメロン（10日物語）』において、キリスト教の僧侶の実態を暴露しつつ彼らを揶揄している。全部で100話ある『デカメロン』収載の「3つの指輪」では、キリスト教、ユダヤ教、イスラームの優劣を語ることは無意味であるとしており、そこには他宗教に対する寛容の精神がみてとれる。フィレンツェでは、1400年前後の国家存亡の危機を契機に、人文主義者レオナルド・ブルーニが、君主政治に対する共和政治の優越という政治宣伝をおこない、市民の政治への積極的な参加を促した。この危機を脱出したのち、フィレンツェでは古代文化への嗜好が急速に普及し、美術においても古代ローマの様式や題材、すなわち非キリスト教的な題材を取り入れた作品が数多く制作されるようになった。芸術家たちは個人の表情や性格、風景を正確に描くために人体や自然を細かく観察し、幾何学的遠近法や比例原理（黄金分割比）などを盛んに研究したが、ここでも古代ギリシア・古代ローマの建築や彫刻が参考にされた。1439年にはコンスタンティノープルの東方教会とローマの西方教会の合同公会議がフィレンツェで開催され、東方教会の一行には多数のギリシア人古典学者が含まれていたが、彼らの滞在を契機としてギリシア語による古典研究が盛んとなった。フィレンツェのコジモ・デ・メディチはマルシリオ・フィチーノにプラトンをはじめギリシア語文献の翻訳を命じ、その周囲に集まったプラトン・アカデミーのなかにはピーコ・デラ・ミランドラの姿もあった。ピーコによれば、神が創造した宇宙は人間の知性では理解しがたいもので満ちており、人間は信仰と知性に分裂して不安の只中にあるものの、その一方を選択する意志のなかにこそ人間の自由が存在し、この自由によって人間は宇宙の中心に置かれていると説き、フィチーノの人間中心主義を自由意思の哲学に発展させた。プラトン哲学の神髄にふれて「人間の尊厳」というアイディアを引き出したピーコは、900におよぶ教説集を準備したが、そのなかにはキリスト教教義と正反対のものが13もあるといわれている。1513年、前年までフィレンツェ政府書記官であったニッコロ・マキャヴェッリは『君主論』の執筆に取りかかった。ニッコロは、イタリアの政治的安定を至上命題に掲げたうえで、理想的な君主とは「獅子」のごとき有無を言わせぬ実力と「狐」のごとき狡知を兼ね備えた人物であると説く。そこでは、キリスト教的道徳から独立した現実主義的な政治論が語られている。一方、マキャヴェッリは古代の道徳とローマの宗教を復権させている。マキャヴェッリによれば、市民宗教のおかげで古代ローマの人びとは法に従う習慣を身につけたのであり、そこで肯定される宗教とは、のちにジャン＝ジャック・ルソーが「市民の宗教」と呼称したものに内容として近いものであった。これに対し、ネーデルラントのロッテルダム出身の人文主義者デジデリウス・エラスムスは寛容を称賛している。エラスムスの代表作『痴愚神礼讃』は、彼の名とその才智を全ヨーロッパに知らしめた。そこでは、人々の無知をよいことに偽善を働く聖職者の腐敗ぶりが徹底的に扱き下ろされている。自然科学の領域でも教会の権威をゆるがす学説が登場した。ポーランド出身の司祭ニコラウス・コペルニクス（ミコワイ・コペルニク）は世界で初めて地動説を唱え、その著作『天球の回転について』が刊行されたのは1543年のことであった。15世紀なかば、ドイツのマインツで、ひとりの職人が金属活字を開発し、ブドウ圧搾機を転用して活版印刷の実用化に成功したといわれている。これが、「ルネサンスの三大発明」のひとつとされる、世にいう「グーテンベルクの活版印刷」である。活版印刷術はイタリアやフランスへ波及し、各地にいくつかの印刷センターが生まれたが、そのなかでヴェネツィアとリヨンは重要な拠点であった。印刷本は当初はキリスト教関係の書籍が大多数を占めているが、人文主義者による古典のテキストも少なくなかった。いずれにしても、活版印刷の発明は、文献そのものがそれまでの狭いサークルや特権的なギルドのなかで専有されるのではなく、いわば「解釈の市場」が開発されるという意味できわめて大きな影響力をもつ革命的な出来事であり、それは宗教改革・宗教戦争あるいは啓蒙主義・市民革命など、時代が進むにつれてさらに重大な社会的影響をヨーロッパ社会におよぼしていくこととなった。
西ヨーロッパにおけるキリスト教は、教会の明確な多元性を創出したプロテスタント（「抗議する者」）の宗教改革とともに分解し、政治と宗教の関係はそこから大きく変化していった。宗教改革は純粋に宗教内部の問題から出発したにもかかわらず、すぐに世俗的問題と結びついてヨーロッパ近代思想の成立にも影響をおよぼした。宗教改革が主権国家を単位として宗教生活を規定する方向に進んだことは、普遍的なキリスト教世界に立脚していた一つの教会という理念を崩壊させ、教権の基盤を脅かした。近代に入ると、すでに教権は各主権国家に対して優位性を主張することができなくなり、今日まで続く国民を単位とした政治社会が形成される端緒となった。一方、思想面においては内面の自由、良心の自由が以後、大いに問題とされることになる。
1517年アウグスティノ修道会士であったマルティン・ルターが当時、サン・ピエトロ大聖堂改修資金として販売されていた贖宥状を批判した「95か条の論題」を提示したうえ、行為義認でなく信仰によってのみ義とされると唱える信仰義認や万人祭司を主張してカトリックの教階制（聖職位階制）を否定し、教会は全信徒によって構成されるものとする宗教改革が始まった。「95か条の論題」は活字印刷されて反響を呼び、1518年8月にルターは2か月以内にローマに出頭せよという命令を受けるも拒否し、同年10月の教皇使節カエタヌス枢機卿の審問では自説の撤回を頑強に拒んだうえ、翌年のライプツィヒ討論ではさらに公会議の無謬性を否定し、ローマ教会との断絶を宣告するに至った。1521年、教皇にルターは破門され、彼とその支持者たち（ルター派）はカトリックから分離したが、ザクセン選帝侯のフリードリヒ3世（賢公）はルターを保護した。発表当初は贖宥状をめぐる僧職同士の内輪もめと世間に受け取られていたが、やがて教皇首位権が主要な争点になると、人文主義者も続々とこの論争に関与するようになった。
ルターの思想は古代（初期キリスト教）のアウグスティヌスの思想から決定的な影響を受けている。その要点を示すと、信仰における個人主義と内面の尊重、自由意志の否定、「二王国論」である。ルターはアウグスティヌスに従って人間の原罪を重視し、人間は本質的に罪人であるうえに神の絶対的支配の下にあるのだから、神の意志を超えた人間の意志による善行があるとすれば、それによって救われるのではないとして自由意志を否定し、ただ神の恩寵（恵み）によってのみ救われることが可能であるとした。これは善行を積むことによって救われると説く当時のカトリック教会に異を唱えるものであり、この神の恩寵に与るためにはひたすら神を信頼して信仰を寄せることにより、救いに至ることができるとした。すなわち、これが上述した「信仰義認」であり、ルターは「塔の体験」を通じて神の義とは神が罪人を罰する「能動的な義」ではなく、罪人が罪あるままで神から無償の賜物として与えられる義、すなわち「受動的な義」であることに目覚めたのである。そして、この神と個人との間に介在するものはなく、ここから万人司祭主義、神の前での信仰における人間の平等、聖職者の特権の否定が説かれる。従来、教義を含めた信仰の根拠は教会に求められていたのに対し、それを聖書にあるとしたルターは、教会の教えであっても聖書に記載のないものは神の言葉ではないと主張する。「聖書のみ」の考え方がそれで、聖書に根拠のないマリア崇拝や煉獄、秘蹟を排除する一方、聖書をドイツ語に訳して一般信徒も読めるようにし、教会が独占していた聖書の解釈も万人が自由におこなってよいと述べた。以上のように、ルターは聖書解釈や信仰における教権の優位性を否定したが、彼は神の言葉への奉仕者としての牧師（教師）職は必要とも考えた。政治社会との関係でいえば、「二王国論」が重要である。ルターは神がこの世界に二種の支配（2つの王国）を作り出したといい、1つは霊的な教会で目に見えないものにしてキリスト教徒のみに許されているという。もう1つは世俗的な剣の支配で、これはキリスト教徒に限られず世界のあらゆる民族を包含している。ルターはキリスト教に反しない限り世俗支配は積極的に受け入れるべきであると説くが、教皇もしくは皇帝が違反した場合にはこれに抵抗できるとしている。すなわち、ルターはキリスト教世界の問題としてこれを考えていたにもかかわらず、宗教権力の優越という考え方には異議を唱え、結果的に政治的なものを利することになったのであり、ある意味では政教分離の強力な推進者となった。とはいえ、ルターはあらゆるキリスト教徒が抵抗の主体となることを認めているわけではなかった。抵抗の主体となりえるのは、自らの領民をキリスト教のもとに保護する責務がある諸侯のみである。しかも、世俗法において皇帝と諸侯は契約によって関係を結んでいるから、同等であるとする。農民などの民衆は皇帝と対等ではないので、抵抗すれば反乱となる。これは結果として信仰における諸侯の絶対的権限および領邦教会制度（後述）を理論的に認めるものであり、ルターの社会的・政治的見解はきわめて保守的なものであった。
ルターの宗教改革は福音主義運動という性格を濃厚に有しており、その教義は彼個人の思想を超えてはるかに複雑な様相を呈した。このことは、一つには聖職者に対する失望と幻滅の長い歴史の産物でもある、一般信徒における根深い反聖職者主義が援用されたことにも由来している。聖職者たちは偽善、暴君的行為、詐欺を働き、あるいは一般信徒の宗教心を食いものにし、不当な報酬請求や不必要な取り立てで人々を困窮させているという理由から攻撃の対象となったうえ、「福音の敵」すなわち悪魔の同盟者として描かれ、その最たるものがローマ教皇とされた。教皇は悪魔の目的のためにドイツの人々を搾取し、地理的にも形而上学的にも「外部の人」とされた。逆にいえば、俗人は救いのためにもはや聖職者を必要とせず、キリスト教徒は個人において聖書を通じて神と直接出会い、救いを自由に得られることでもあった。1520年、ルターは宗教改革の三大文書、『教会のバビロン捕囚』『キリスト者の自由』『ドイツ国民のキリスト教貴族に与える書』によって改革の理論と実践を固めた。とくに『ドイツ国民のキリスト教貴族に与える書』では、ドイツの諸侯に対し、その職務に基づいて改革運動に加わるよう呼びかけたため、結果的に政治への関与を促した。ローマ教皇レオ10世は1520年6月、ルターの教説を批判する勅書を発布したが、ルターはこれを公然と火中に投じ、1521年1月には上述したようにレオ10世から破門された。ルターをかくまったフリードリヒ賢公は神聖ローマ皇帝カール5世（スペイン王としてはカルロス1世）と交渉し、皇帝の保障する安全通交証のもとにヴォルムス帝国議会でルターを査問させることとした。1521年4月17日、ヴォルムス帝国議会で査問を受けたルターが主張の撤回を拒否して「私はここに立つ」とその決意を述べたことは、よく知られている。皇帝カール5世は1521年5月26日、ヴォルムス勅令を発し、ルターとその教説に従うこと、その著作を印刷または頒布することを禁じ、ルターを異端者として処罰すること、彼の逮捕に協力した者に報酬を与えることなどを伝えた。しかし、宗教改革は決してルター個人によって担われたわけではなかった。上述したエラスムスやジャック・ルフェーヴル・デタープルといった人文主義者は活発に聖書の翻訳や解釈に勤しみ、宗教改革の温床となった。宗教改革が「エラスムスが卵を産み、ルターがそれを孵化した」といわれる所以である。すでに宗教改革を予告するような思想を表明していたエラスムスはローマ教会の外形的な儀式などはどうでもよいものとして退け、当初はルターに対しても好意を示していたが、「自由意思」の問題をめぐって鋭く対立した彼からの反論もあり、1524年には決別した。後述するフルドリッヒ・ツヴィングリ、一時期ルターを支持するがのちにツヴィングリのもとに逃れるウルリヒ・フォン・フッテン、ルターの思想の体系化に尽力したフィリップ・メランヒトンのほか、ヨハン＝エバーリン・フォン・ギュンツブルクなども大きな役割を果たした。ルターのもとに集まった人々のもと、メランヒトンはルターとほぼ同じ路線で改革を進めたが、聖職者の独身制を廃止し、より簡素なミサを始めたヴィッテンベルクの教授アンドレアス・カールシュタットはルターと対立するまでとなり、さらに「すべての聖職者を殺せ」と主張するツヴィカウ急進派なども出てきた。「ツヴィカウの預言者」と呼ばれる一群のこうした過激な行動を、ルターは抑えようとしている。1522年、ルター支持の困窮する騎士階級・貴族階級の人々がフッテンらによる指導のもとで蜂起し、ドイツの自由と真の信仰の実現を求めて各地で戦闘したが、1年後には鎮圧された。これが「騎士戦争」である。また、「ツヴィカウの預言者」のひとりであるトマス・ミュンツァーは、大胆な社会変革なしに宗教上の改革は実現不可能だとして立ち上がり、これに共鳴した貧農が大規模な農民一揆を起こし、ミュンツァーに指導されてドイツ農民戦争（1524年-1525年）に発展した。ここでは、農民たちによって牧師を自由に選択する権利、教会税の軽減、農奴制の廃止が要求事項として掲げられた。当初、ルターは農民に同情的だったが、現世の国のことは世俗権力に委ねるべきだとし、戦闘をやめない農民を「狂犬」と呼んでシュヴァーベン同盟軍による農民鎮圧に加勢した。ミュンツァーとルターの対立は決定的となり、ルターはミュンツァーを「アルシュテットの悪魔」と呼び、ミュンツァー側は諸侯に対して妥協的なルターを「うそつき博士」と罵倒した。
1526年、ルターに対してそれまで敵対的であった皇帝カール5世は、スレイマン1世率いるオスマン帝国の脅威が迫るなか、諸侯の協力が不可欠とみてシュパイアー帝国議会（第一次）を開催し、ルター派諸侯の領内での宗教改革を許した。ザクセン選帝侯はルターに領内の教会の組織化を命じ、1528年にはザクセンの各教区を州知事が任命する牧師に任せ、教会巡察制度を設けた。他の改革派諸侯もこれに準じ、ルター派教会が各地に広がっていった。巡礼、贖宥状、聖人崇拝、聖遺物崇敬、兄弟会などの習俗は廃止されたが、実際に領邦教会制度が始動したのはこの当時であった。1529年、カール5世は再度シュパイアー帝国議会（第二次）を開催したが、カトリック諸侯の巻き返しによって宗教改革の自由は取り消され、ヴォルムス勅令が復活した。この措置に対し、改革派の諸侯と帝国都市が抗議（プロテスト）した。これが、「プロテスタント」の名の起こりである。1530年、カール5世はアウクスブルク（現：バイエルン州）に帝国議会を招集し、両派の歩み寄りの努力がされたが、結局は決裂した。さらに同議会ではルター派側から穏健ルター派メランヒトンの手になる「アウクスブルク信仰告白」が提出されたが、ツヴィングリやシュトラースブルク（ストラスブール）などの改革派4都市が独自の「信仰」を提出し、プロテスタント内部の宗派分裂も明らかとなった。議会ではカトリックが優勢を占め、最終的決定は翌年の議会に持ち越されたものの、カール5世は1521年のヴォルムス勅令を厳しく執行するよう命じた。これに対し、アウクスブルク帝国議会の直後にシュマルカルデン（現：テューリンゲン州）に集まったプロテスタントの帝国諸侯・諸都市は皇帝とカトリック諸侯に対抗するための軍事同盟結成を協議し、翌1531年2月にはヘッセン方伯とザクセン選帝侯を盟主とするシュマルカルデン同盟が結成された。宗教戦争が一触即発に迫ったがカール5世は妥協し、1532年にニュルンベルクの宗教平和によって暫定的にプロテスタントの宗教的立場が保障された。この宗教平和を境に、プロテスタントは勢力を一気に拡大した。南ドイツのヴュルテンベルク公領では、プロテスタントであったために追放されていたヴュルテンベルク公ウルリヒが1534年に復位し、北ドイツでも同年ポメルン公、1539年にザクセン公とブランデンブルク選帝侯がプロテスタントに転じた。西南ドイツではルター派以外の改革派信仰が広がっていたが教義上の問題で妥協し、プロテスタントの政治勢力は統一性を持つようになった。カトリック諸侯の側もニュルンベルクで同盟を結成し、プロテスタントに対抗した。カール5世は対外的な事情から情勢を静観していたが、フランスとの講和が成立すると一転し、ドイツ国内の問題に専心するようになった。1546年にはルターが死去し、ザクセン公が選帝侯の地位を条件に皇帝支持に転じた。それ以前にヘッセン方伯も重婚問題をカール5世につけこまれ、政治的に中立を守らざるをえなくなっていた。自身に有利な条件が整ったと感じたカール5世はシュマルカルデン戦争を起こしてシュマルカルデン同盟を壊滅させ、翌年のアウクスブルク帝国議会ではカトリックに有利な「仮信条協定」が帝国法として発布された。皇帝は西南ドイツの帝国都市のツンフトが宗教改革の温床であると考え、これを解散させるなどの強硬な政策を実施した。カール5世の強硬な政策をみて徐々にカトリック諸侯も反皇帝に転じ、息子フェリペ（のちのスペイン王フェリペ2世）にドイツ・スペインの領土と帝位を継承させようとすると、ますます反発を招いてカール5世は孤立した。
このような情勢のなか、ザクセン公が再び反皇帝・プロテスタントの側に転じ、1552年に起こった第二次辺境伯戦争ではカール5世の軍を破り、パッサウ条約を結んでアウクスブルク仮信条協定を破棄した。この敗北からカール5世は弟のフェルディナント（のちの神聖ローマ皇帝フェルディナント1世）に宗教問題の解決を任せ、1555年にアウクスブルク帝国議会を開催し、アウクスブルク宗教平和令を決議させた。これにより、諸侯はカトリック教会かルター派教会のいずれかを選んでそれを領民に課す権利を得たと同時に、カトリックとルター派は信仰を理由とした暴力の行使を禁止されたものの、カルヴァン派やツヴィングリ派は信仰の自由の対象から除外された。また、この平和令によって諸侯の信仰の自由が認められ、領民はそれに服するべきであるとされ、やがて「一つの支配あるところ、一つの宗教がある ("Cuius regio, eius religio")」の原則のもと、諸侯が自身の選んだ信仰を領内に強制できる領邦教会制度が成立した。ただし、帝国自由都市においてはカトリック派とルター派の両派が共存できることとした。また、大司教などの聖職者が改宗した場合にはそのすべての権限を失い、領地を放棄してカトリック教会に明け渡す必要があるとした一方、パッサウ条約（1552年）時点でルター派のもとにあったすべての財産はそのままにすることとした。前者は、「聖職者に関する留保（教会的留保、教会領維持)」の原則と呼ばれるものであり、事実上、カトリック司教の改宗の禁止を意味していた。この規程は、後年の三十年戦争に至る対立の原因となった。
領邦教会制は宗教を政治に従属させるもので、領邦国家の自立を教皇も皇帝も認めざるをえなかったため、ドイツの宗教改革における真の勝利者は領邦君主であったともいわれる。領邦君主はカロリング朝やリウドルフィング家のオットー朝のように「キリストの代理人」として教会を支配したわけではなく、端的には世俗国家による宗教管理であり、その意味からは聖俗分離の帰結であり、信仰の個人化と政治の世俗化の進行を促すものであった。アウクスブルクの宗教和議は、神聖ローマ帝国という1つの政治単位のなかに、従来のカトリック教会とはまた別に新しい教会としてルター派教会（ルーテル教会）を認め、2つの信仰共同体に対等な法的地位を認めたことに画期性が認められる。ここでは、個人における信教の自由は保障されるべくもなかったが、それにもかかわらず国制における宗教多元化の第一歩だったからである。他方、カトリック教会も中世以来の世俗権力を有しており、トリアー、ケルン、マインツの大司教は神聖ローマ帝国選帝侯でもあった。このようにドイツの領邦教会制では、中世の国家・教会関係が、大枠においては継承されたのであった。ルター派教会はドイツからさらに北方の諸地域へ広がり、現在でもなおデンマーク、スウェーデン、ノルウェー、フィンランドでは「国教会」としての地位を得ている。これらの地域では、カトリックからルター派へ信仰が置き換わったものの、2つの教会間に強い同延性が認められた。これらの地域で教会堂の内部にルターの巨大な立像を見かけることが多いのも、そうした同延性の原則が保持されてきた現れとみなせる。
ドイツでルターによって宗教改革の火蓋が切られた頃、スイスでもほぼ同時にフルドリッヒ・ツヴィングリによって福音主義的改革が進行していた。ツヴィングリは改革の半ばで戦場に斃れ、その事業は頓挫したが、ジュネーヴにカルヴァンが現れ、より厳格な改革を実行した。当初は非常に不寛容で妥協を許さなかったカルヴァン主義であるが、各国で政治権力により迫害を受けるようになると、「寛容」を主張して変貌し、やがて近代的な政教分離の主張を展開していくことになる。
スイスの建国神話として今日一般にヴィルヘルム・テルの物語が知られるが、これはスイスの国民意識が高まった15世紀中ごろに世に広まりはじめたものであると考えられている。1200年ころ、ゴッタルド峠（ザンクト・ゴットハルト峠）が開削されると、多くの商人がこの新しい峠を好んで利用するようになり、それまで周囲からの隔絶で僻地とされてきたウーリ地方は、交通の要衝とみなされるようになった。ホーエンシュタウフェン朝の神聖ローマ皇帝フリードリヒ2世は、この地の支配権をハプスブルク家に担保として提供し、イタリア政策の遂行資金にあてようとしたが、峠の開通で比較的富裕になっていたウーリの住民は自力で抵当を解除した。1231年、フリードリヒ2世によってドイツ統治を任されていたハインリヒは証書を発給してウーリは「帝国自由」（帝国直属）の地位を獲得することができた。これにより、ウーリは近隣領主の支配を受けず、「自由と自治」を享受できるようになった。1239年には同じくシュヴィーツ地方も帝国直属の地位を獲得した。ニトヴァルデン、オプヴァルデンの両渓谷地方（合わせてウンターヴァルデンという）もウーリやシュヴィーツと同等の地位を願ったが、これは簡単ではなく、1291年8月1日にはウーリ、シュヴィーツ、東部のニトヴァルデンが「永久同盟」を結び、同年12月には西部のオプヴァルデンも盟約に加わった。1314年冬、放牧地を巡る争いからシュヴィーツがアインジーデルン修道院を襲撃すると、これを口実にハプスブルク家のフリードリヒ3世（美王）は1315年11月15日大軍をもってスイスに侵攻したが、原初三邦（ウーリ、シュヴィーツ、ウンターヴァルデンをスイス形成の核になった地域という意味でこう呼ぶ）の農民軍はモルガルテン山からの奇襲攻撃により、これを壊滅した（モルガルテンの戦い）。こののち、12月9日には盟約が更新され、スイス盟約者団はさらに結束を強化した。14世紀には、ルツェルン（1332年）、チューリヒ（1351年）、グラールス（1352年）、ツーク（1352年）、ベルン（1353年）の各地域が原初三邦の盟約に加わり、八邦同盟の時代と呼ばれた。ただし、八邦同盟は決して一枚岩ではなく、内容も質も異なる複数の盟約のゆるい結合であり、すべての同盟に加わっているのは原初三邦だけであった。こののち、14世紀から15世紀を通じてスイス盟約者団とハプスブルク家との抗争は続き、15世紀に入るとその力関係は逆転し、盟約者団はハプスブルク家の勢力をスイスから駆逐していった。1499年、ハプスブルク家出身の皇帝マクシミリアン1世がスイス盟約者団によって古領を奪われたとして戦争を仕掛けたが（シュヴァーベン戦争）、盟約者団はこれを撃退し、この勝利によって事実上神聖ローマ帝国からの独立を果たした。そして、盟約者団（近世スイス）は1513年のカントン・アペンツェルの加盟によって13の地域が結合する国家団体となり、今日のスイスの基本的な国家枠組みにつながる十三邦同盟体制が確立し、この体制は1798年まで維持されていった。長期の軍事的緊張を乗り越えたスイスは、ヨーロッパ有数の軍事力を持つ国家となっていた。強力な軍事力を頼んでスイスは当時のイタリア戦争に介入し、一時はミラノ公国を保護国化する勢威を示し、1513年のノヴァーラの戦いでは強大なフランス軍を大敗させ、ロンバルディア地方に覇権を確立した。ところが、1515年にルイ12世が没し、名君として知られるフランソワ1世が登位すると、同年のマリニャーノの戦いでは盟約者団はこの若き王に大敗北を喫し、以後のスイスは南方へ向けての膨張政策を完全に断念した。しかし、フランスは積極的にスイスの傭兵を軍事的に重視し、これを頼りにする策に転じていった。
スイスのバーゼルでは1431年以降、大規模な公会議（バーゼル公会議）が長期にわたって開催され、ヨーロッパ各地から学者・文人が集まり、1460年にはバーゼル大学も創設されて盟約者団やアルザス地方から多くの学生を集め、人文主義運動の一大拠点となっていた。『阿呆船』の大ベストセラーで知られるゼパスティアン・ブラントもこの大学で学んだ。画家では、若きアルブレヒト・デューラーやハンス・ホルバインがこの地で活躍した。ヨーロッパ中を放浪した人文主義者エラスムスも、1514年以降はここに定住した。詩人で音楽家のグラレアヌス、ザンクト・ガレンの宗教改革者ヨアヒム・ヴァディアン、そしてフルドリッヒ・ツヴィングリもこの地で学んでいる。ツヴィングリはウィーンに滞在して人文主義の影響を強く受けたのち、1502年にはバーゼルに戻って勉学に精励し、1506年には修士の学位を取得して同年から1516年まではグラールスの司祭、1516年から1518年末まではアインジーデルン修道院の司教司祭を務めた。エラスムスとは司祭時代の1514年に出会い、親交を結んだ。このころにはツヴィングリもスイス人文主義の頂点に立つ存在となっていた。1518年末、都市チューリヒはすでに高名な人文主義者となっていたツヴィングリを司祭として招いた。
フルドリッヒ・ツヴィングリは後世に「ツヴィングリ派」ともいうべき固有の宗派を残さなかったため、その業績はややもすると限定的に捉えられがちだが、彼をルターやカルヴァンらと比べて二次的な地位に留めることは適切であるとはいえない。ツヴィングリの思想は多くの点でルターとの一致を示すものの彼とは異なり、人文主義やスコラ学の著しい影響が認められるのであり、ツヴィングリをルターの亜流と見なす考えはこの点で明らかな誤解に基づいている。ツウィングリは聖書原理の実現を図り、四旬節における肉食禁止の廃棄、聖書に根拠のない聖人崇拝の廃止、修道院制度の廃止、聖職者の独身制の解除などを主張し、生活全般が「聖書のみ」によって規定されるべきであると説いた。そして、信仰義認をいっそう明確にして宗教を含めた生活の監督は信徒の共同体（ゲマインデ）により、つまり教会ではない住民の自治組織によって行われるべきだとした。ツヴィングリはこのような自治組織の権威は神に由来し、聖書の解釈をする権威さえも保持していると唱えたのである。
1518年12月の末からチューリヒの教区司祭・説教者となっていたツヴィングリは、1519年初頭から「マタイによる福音書」の説教を開始した。これがスイスにおける福音主義的改革の幕開けとなる。ツヴィングリはエラスムスを通じてキリスト教を原典から学ぶことの重要性を認識していたため、このマタイ連続説教においてはヴルガタ（ヴルガータ訳ラテン語聖書）を使用せず、エラスムスの『校訂ギリシア語新約聖書』を使用した。やがて、ツヴィングリの周囲には新しい福音理解に共鳴する信奉者が集まるようになり、旧来のカトリック的信仰理解を堅持する者たちとの間には徐々に疎隔が生じていった。ドイツの広大な領邦に比べて狭小な地域共同体であるカントン（邦）の内部での対立は、たちまち先鋭化した。1522年3月、受難節の断食期間が訪れた際、ツヴィングリ支持者は集まって乾いたソーセージを切り分けて食し、「聖書のみ」の考えを実践した。ツヴィングリは聖書に記載されていない事柄は聖書の教えに反しており、禁止されるべきという考えを持っていた。さらにその10日後、ツヴィングリは「食物の選択と自由」という説教を実施し、これに対してチューリヒ市参事会は支持を表明した。チューリヒはツヴィングリの福音主義運動の拠点となったのである。そして、ツヴィングリは『最初にして最終的な弁明の書』をコンスタンツ司教に宛て、明確に「聖書のみ」を規範とすべきことを表明した。ツヴィングリ派とカトリック派の対立は激化し、市内での武力衝突の危機も迫ったので、チューリヒ市参事会は最終的な決定を下すべく、1523年1月29日にカトリック側聖職者を迎えて公開討論を開催することとした。チューリヒの市長および市参事会は都市と支配下の農村の全聖職者を参集させ、ツヴィングリの主張する教説に対しては聖書のみにもとづき、ドイツ語で討論するよう命じた。ツヴィングリは公開討論のために自らの信仰を明らかにしようと、『67カ条の提題』を公表した。この文書の中でツヴィングリは「聖書のみ」の原則を表明し、聖書に根拠がない教皇制度や祝祭日・修道制・独身制・煉獄を批判した。その一方、教会の監督は信徒の集まりが行うべきであるとし、市参事会による宗教の管理を暗に正当化していた。さらに社会倫理について『神の義と人間の義』の説教を実施したことにより、チューリヒにおける宗教改革の方向性が明確に定められた。すなわち、チューリヒでの宗教改革は都市共同体という政治秩序の積極的な関与の下におこなわれたのである。1523年10月には第2回の公開討論会が開かれ、聖画像やミサの廃止が現実の議論の対象となった。その結果、これらカトリック儀式の廃止を原則として廃止が決定されたが、その廃止時期をめぐっては激しい対立が生じた。ツヴィングリに従っていたコンラート・グレーベルらのちに再洗礼派を形成する過激派は、ミサや聖画像が非聖書的とされた以上はただちに廃止すべきと主張したのに対し、ツヴィングリは急激な廃止による騒擾の発生を懸念していた。結局、1524年6月には市内全域から聖像画・聖遺物・ステンドグラスが取り除かれ、12月には修道院がすべて閉鎖され、その資産はカントンに接収された。そして、1525年3月の復活節を境にミサは完全に廃絶され、替わって福音主義の聖晩餐が導入された。また、同年6月には福音主義の司祭養成のため、「カロリーヌム」が開設された。こうしてスイスにおける福音主義運動は着々と橋頭保を築きつつあったが、この時点ではスイス内における福音主義の孤立は明らかであった。ウーリ・シュヴィーツ・ウンターヴァルデンなどの保守的なカントンではカトリック信仰に揺らぎはなく、福音主義に染まったチューリヒに対して旧来の信仰への復帰を求め、彼を異端と断じて盟約からの追放を宣言した。
1528年1月、盟約者団中でも有力なカントンであるベルンが福音主義に転じ、1529年2月にはバーゼルで民衆蜂起が起こり、こちらも福音主義に転じた。さらに盟約者団の外部であるが、近隣のザンクト・ガレンやコンスタンツでも福音主義が影響力を増し、福音主義のカントンと軍事同盟を結んだ。一方、インターラーケン修道院廃止後の修道院の継承者はベルンからの自立を図ろうとしていたが、修道院長が支配権を都市に引き渡して修道院内の財宝・銀器がベルンに持ち去られたことを契機に、憤激した農民がカトリックに再び戻り、それをカトリック諸邦が支援するという事態も生じた。カトリック派のカントンは宿敵であったはずのハプスブルク家も巻き込んで軍事同盟を結成し、両者は同年6月にカッペルの野で対峙した（第一次カッペル戦争）。一触即発の危機が迫ったが、ここで両者は歩み寄り、グラールスの調停もあって「現状維持」を約束して和睦した。この第一次カッペル和議では、福音主義に転向したカントンはその信仰を認められるが、カトリックのカントンへの布教を許されず、その逆も然りとされたのであった。ここに信仰の「属地主義」、すなわち「一つの支配あるところ、一つの宗教がある ("Cujus regio, ejus religio")」が認められ、スイスは他のヨーロッパ諸国に先駆けて改革派とカトリックの共存する地域となった。上述したアウクスブルク和議より20数年前のことであり、スイスはヨーロッパにおける宗教多元化の最初の例となったのである。第一次カッペル和議はスイスに平和と安定をもたらしたかに見えたが、ツヴィングリは現状維持に不満で、福音主義の宣教を軍事的拡張によってでも実現すべきと考えるようになっていた。一方、ドイツではルター派は皇帝の圧迫を受けて存亡の危機が迫っていたため、同盟者を必要としていた。ここにルターとツヴィングリの利害の一致点があり、1529年10月にはヘッセン方伯フィリップの斡旋により、マールブルク城で会談が開かれ、ルターとツヴィングリの間で軍事同盟と教義の一致が検討された。この会談において、両者の教義の多くの点で一致を見たものの、最終的には聖餐理解を巡って鋭く対立した（聖餐論）。カトリックでは、パンと葡萄酒は聖別されると、実体的にキリストの身体と血に変化するという「化体説」を公認していたが、ルターはキリストの身体と血は聖体拝領のパンと葡萄酒の中に、その下にそれとともに実在するという「両体共存説」をとってカトリック的痕跡をとどめた。それに対し、ツヴィングリは「象徴説」を採用し、パンと葡萄酒にはいかなる意味においてもキリストの身体と血は実在せず、彼の死を象徴する記号であるにすぎないとしており、ただこの1点について折り合いがつかなかったため、物別れに終わったのである。これは、プロテスタント内部の分裂の一因となった。ツヴィングリはその後も強硬にカトリック諸州の軍事的制圧を主張したが、ベルンをはじめとする同盟諸邦の賛同を得られず、ベルンの提案にしたがってカトリック諸州に対し、経済封鎖が実施されるにとどまった。この経済封鎖によってカトリック諸州はたちまち困窮したため、軍事力に訴えざるをえなくなり、1531年10月4日にカトリック諸州はカッペルに再度進軍し（第二次カッペル戦争）、これに対してツヴィングリはチューリヒ市民軍を率いて邀撃した。この当時、カトリック側の兵8千に対してチューリヒの市民軍は数百に過ぎず、乱戦でツヴィングリは戦死した。これは、スイスの傭兵制に対してツヴィングリがかつて厳しい批判をおこなったため、チューリヒが傭兵を充分に用いえなかったことにもよっていた。しかし、その後はベルンを核とする福音主義派が反撃し、第一次カッペル和議をほぼ踏襲した第二次カッペル和議が締結され、スイスにおける宗教の属地主義が再確認された。ツヴィングリの死により、福音主義運動は後継者ハインリヒ・ブリンガーに受け継がれ、その頃にはツヴィングリの信仰告白を受け入れる都市はスイスにとどまらずドイツ南部にまで広がっていた。これらは、やがてカルヴィニズムのなかに解消されていくこととなった。
フランス北東部のノワイヨンの町に生まれたジャン・カルヴァンは、1523年にパリに上り、パリ大学で、近代的教育法の祖といわれるマチュラン・コルディエのもとでラテン語の教育を受け、人文学・スコラ哲学を学び、さらにフランス・カトリックの一大根拠地であり、反福音主義の牙城ともいうべきモンテーギュ学寮で5年にわたって哲学、文法、弁論術などを学んで、次いでオルレアンとブールジュの大学で法学を修め、合わせてギリシア語・ヘブライ語も学んだ。1533年11月1日、パリ大学の新しい総長ニコラ・コップは福音主義者で、信仰義認をテーマとした総長就任演説をおこなったが、そこにルターの表現が含まれていたため、その演説直後には異端の申し立てがなされ、コップはフランス国内を転々とした。この演説の草稿づくりにカルヴァンも関与したことから彼自身もパリを脱出せざるを得なくなり、1534年には檄文事件で激化した弾圧を避けるためにコップとともにスイスのバーゼルに亡命した。こうして改革者への道を歩み出すこととなったカルヴァンは、バーゼルの地で主著『キリスト教綱要』を1536年に刊行している。
カルヴァンの神学は信仰義認、聖書中心主義をはじめルターやツヴィングリのそれから受け継いだ部分が多い。そうしたなかで、カルヴァンの思想を特徴づけるのは、徹底した神中心主義と救霊予定説である。カルヴァンの教理においては、神の栄光、神への祈りと服従がつねに強調される。ルターにおいては力点が人間の苦悩に置かれるのに対し、カルヴァンではあくまでも神自身に置かれるのである。カルヴァンによれば、神を認識することこそが人生の主要目的なのであり、それによって自己を認識するのである。神の像に似せて創造された人間は、本来的には神の栄光の輝きを受けている。自由意志をもった人間は、それによって永遠の生命を得ることも可能であったはずなのに、アダムが原罪を犯して以来、その自由意志によって神に反逆し、罪に陥って人間のあり方は堕落した。この堕落から救済されるためには、人はイエス・キリストにおいて再創造されなくてはならない。人間の罪の身代わりとして地上に送られた神の子イエスにつらなることによって、我々は値なくして救われることができるのである。神は憐れみによってイエスを世に送ったが、これはすべての人間を赦すためではなく、恩恵に浴することができるのはその一部だけである。人は神の意志により、ある者は永遠の救いに、ある者は永遠の滅びに定められる。これはもっぱら神が自由に決定する領域に属し、しかも神はあらかじめこれを定めていると説く。これが、カルヴァンの唱える予定説である。では、こうした神の選びの絶対的自由を前にして、人はただ絶望するしかないのか。カルヴァンは決してそうではないと説く。なぜなら、神の憐れみは無限であり、それは人々にとっては無限の恵み（恩寵）であり、神を信じて我々に説かれている神の教えを受け入れ、こうしてキリストと一体となった信徒は自らが選ばれていることをもはや疑わないからである（信仰義認）。そして、神は救われるはずのない者まで選びだして救おうとするのである。人間の善き行いも、神の憐れみを強く信じるときにこそ、選びのしるしとなる。そうして、人間の日々の生活の営みは信仰を介して聖化されていく。人生の目的は神は知り、神に栄光を帰して従い、祈りを捧げることにある。それぞれの各個人が営む職業も神が定めたところなのであり、あらゆる職業が「天職」である。それが「召命」である以上、これに精励しなければならないものであり（職業召命観）、一方でこの考えは職業における聖俗の区別の否定につながるのである。カルヴァンは、再洗礼派との論争のなかで、「神のことばが述べ伝えられて、聖礼典が執行されるところに教会が存在する、それ以外に何が必要なのか」と述べている。この世に完全無欠な教会などないと考えるカルヴァンは、ルターとは異なり、最初から目に見える制度的な教会の必要性を認めた。そして、ルターが教会というものの中味をカトリックと同様、洗礼を受けたすべての者の集まりであるとしたのに対し、カルヴァンはそうではなく「信仰を告白し、善き生活を営む信徒の集まり」と考え、より狭いものとしてこれをとらえた。そこで、教会の構成員は真の信仰と善き道徳との厳しい実践者たることが義務づけられる。牧師は神の言葉を説き、公教要理を教えて聖礼典をおこなう存在であり、聖礼典は洗礼と聖餐式の2つで、信徒が信仰をより強固にすることを助ける。聖餐式に関しては、カルヴァンはルターの共在説ともツヴィングリの象徴説とも異なり、いわばその中間的な立場をとっていた。つまり、イエスはパンと葡萄酒のなかに実在するが、それは「霊的に」実在するという理解である。信徒の日常生活を監視し、これを正しく導き、信徒相互の紛争を調停するのは聖職者ではなく「長老」と称される俗人であり、貧者の救済も俗人の「執事」に任される（長老教会制）。道徳的に瑕疵（かし）のある信徒は、聖餐式への参加を行いが改められるまで禁止され、行状のとくに悪い者に対しては破門もある。それのみならず、世俗の権力者からの処罰も甘受しなければならない。カルヴァンの思想は社会生活全般を宗教一色で染め上げようという指向をもち、その意図は彼の国家観にも現れている。カルヴァンは、アウグスティヌスの「神の国」「地の国」の考え方に影響を受け、教会と国家の権力の差異と非類似性からいって、「霊的王国」と「政治的王国」は常に区別しなければならないとした。カルヴァンの政治思想には2つのきわだった特徴がある。1つは教会を世俗権力から独立させること、もう1つは世俗権力に教会の目的への奉仕をさせることである。彼は教権と俗権という「二本の剣」は分離不可の関係ではあるが、明確に弁別されるべきであると述べた。カルヴァンはアウグスティヌスに従い、教会を神によって定められた独自の権威を持つものと考え、この世には「見える教会」と「見えない教会」があるという。見えない教会は正しい信徒の作る精神的な共同体で、時間と空間の制約を受けない。見える教会は信徒が集まって儀礼や礼拝、説教が行われる場所で、この見える教会においては成員すべてが必ずしも完全な信仰を有しているわけではない。そのため、見える教会は成員すべてを完全な信仰に導くために規律を必要とし、内部に政治が必要とされるほか、教会の幹部は道徳を含む世俗の問題に対しても判決を下せる。一方、世俗権力の担い手である国家は、神の地上の代理人にして下僕であるとカルヴァンは考える。為政者は、信仰の正しい実践を保って人民の安全と財産を守り、正義を行わなければならない。そして、このような為政者に対し、人民は絶対的に服従しなければならない。服従を免除されるのは、為政者が神の命令にそむいた場合に限られる。国家とは真の宗教、正しい信仰を広めるためのものだと考えたカルヴァンは、政治権力に「三位一体説」という教会にとって最も重要な教義を認めさせる一方、世俗の司法機関における世俗的な裁判官の権限を高めた。カルヴァンの思想のうち、無抵抗については彼の死後現実のユグノー弾圧への対応として、理不尽な支配に対しては抵抗してもよいというモナルコマキの政治理論が登場した。それと同様にカルヴァンの思想にある非寛容で妥協を許さない部分も、カルヴァン主義が深刻なコンフェッショナリズム（後述）に直面するうちに動揺し、そのなかから寛容論が起こってくる。カルヴァンと彼の一派は、新旧両方から異端とされたミカエル・セルヴェトゥス（ミシェル・セルヴェ）をジュネーヴ市当局が火刑に処したことに、公然と賛意を表している。カルヴァンは、国家による異端者弾圧を容認し、場合によっては支持さえしたのである。
1536年7月から8月にかけ、ジュネーヴに滞在していたカルヴァンは同地で福音主義的改革の導入を考えていたギヨーム・ファレルに援助を懇請された。当時のジュネーヴは少し前までベルンの実質的な保護領であり、同年5月にはベルンの援助を受けて福音主義に転じたが、いまだ改革の緒についたばかりで方針も定まっておらず、ファレルは当時匿名で出されていた『キリスト教綱要』の著者がカルヴァンであることを知り、彼を強引に引き止めたのである。カルヴァンは当時ストラスブールへ向かう途中であったが、これに協力することを決意した。1537年1月16日にはカルヴァンら牧師団により、市参事会に対して教会改革の具体案が提出され、ここにジュネーヴはツヴィングリ派とは異なった、新たな改革の方針に従うこととなった。ただちに新しい「信仰告白」を含む要理書（カテキズム）が刊行され、市民はこの「信仰告白」に対して宣誓を求められた。こうして改革が本格的に開始されたが、カルヴァンらはこの「信仰告白」が守られているか厳しく監督したため、市民の間には改革への抵抗感が芽生えた。また、当初から市参事会はカルヴァンらの主張に教会を世俗の権力から独立させ、むしろ世俗権力を教会に従属させようとする意図があることに気づいていた。カルヴァンは教会を国家から切り離して新しい教会制度を目指したが、市民側に反対されて頓挫したのである。1538年4月23日、新しいジュネーヴ市参事会が発足すると、カルヴァンとファレルはこの参事会によって追放され、カルヴァンはマルティン・ブツァーの勧めにより、ストラスブールのフランス人難民教会の説教師を務めることとした。ストラスブールでの聖書講義は3年におよび、1539年にカルヴァンはビューレンのイデレッテと結婚している。やがてジュネーヴでは再びファレル派（福音主義派）が勢いを盛り返し、彼らによって再び招聘されたカルヴァンは1541年9月13日、自身もう二度と戻ることはないと思っていたジュネーヴに帰還した。帰任早々の9月20日にカルヴァンは「ジュネーヴ教会規則」を立法化し、牧師・教師・長老・執事という4職を定めた。牧師と教師は説教などを通じて司牧の役割を担い、聖書解釈の問題などについて定期的に審議した。長老は牧師・教師とともに監督院を形成し、市内のどの家にも自由に立ち入れる権利を有して市民生活を監督した。また、執事は教会施設の管理と救貧を担った。カルヴァンは教育においては政教分離を実践して公教育と教会教育を区別し、後者のために「ジュネーヴ教会教理問答」を作成した。カルヴァンの改革政治は「神権政治」とも称されている。「神権政治」開始後の最初の5年間に56件の死刑判決と78件の追放がおこなわれて反対派はことごとく弾圧され、1553年には高名な人文学者であったミカエル・セルヴェトゥスが三位一体説を批判した嫌疑で火刑に処せられている。1559年には神学大学が設立され、プロテスタント系の神学大学としては、すぐにヴィッテンベルク大学に勝るほどの勢いとなり、ヨーロッパ各地に改革派の説教師や教師を送り出すまでになった。1564年の死にいたるまでカルヴァンはカトリックとの戦いに明け暮れたが、さらに死後の1566年にはツヴィングリ派との間で合同が成立してスイスの改革派は改革派教会として統一され、勢力を強めた。
カルヴァンは上記のように1540年代にジュネーヴで独自の宗教改革を実現して「改革派教会」発展の基礎を構築し、それは「ルター派教会」と並んでプロテスタントにおける二大教派となった。ルター派教会が「アウクスブルク信仰告白」とルターの「教理問答書」を信仰の規範とし、教会政治においては「監督制」を保持したのに対し、改革派教会では監督制を廃したうえで牧師に加えて教会員から選ばれた長老たちで「長老会」を組織し、それによって信徒の指導監督にあたる「長老制」を採用して各個別教会における信仰告白を重視する点が、両者の大きな相違である。カルヴァンの思想は、彼の生前からスイスにとどまらず近隣の諸国に広まっていたが、その伝播の過程でニュアンスを失い、特定の要素が誇張されたり薄められたリした。ルター派の強いドイツではカルヴァン派はほとんど浸透しなかったが、スイスではカトリック信仰にとどまる地域も多く、ドイツ同様に教会分裂がみられたが、ツヴィングリとカルヴァンによって宗教改革が主導された経緯により、ルター派は浸透しなかった。宗教上の不和は厳然と存在する一方、スイスではヴィルヘルム・テルや聖ニコラウス（ニコラウス・フォン・フリューエ）は相変わらず「古き良き盟約者団」の象徴であり、国民的英雄として崇敬された。スイスとそれに隣接する南西ドイツでは、きわだった対照性を示していた。スイスでは、ツンフト（商人ギルド）に代表される中下層の市民が都市における門閥支配を打破するとともに周囲の諸侯・修道院領を領域支配に組み込む契機として宗教改革が期待されたという側面があり、ここで重視されたのはカルヴィニズムであった。ツヴィングリ派から分離発展した再洗礼派はその信仰を守る信者のみで共同体を構成しようとし、農村部では自治運動と結びつくこともあった。それに対し、南西ドイツではシュマルカルデン戦争の結果、カール5世によって徹底的にツンフトが解体されて門閥支配が強化され、ここで公認されていたのはルター派であった。フランスに対しては、生前のカルヴァンはジュネーヴから伝道者を派遣して祖国フランスの宗教改革を組織化しようと努め、彼の勧告にしたがってパリに改革教会が設立された結果、1561年末には670以上の改革教会がフランス国内で組織された。1559年には、フランス改革教会の最初の国民会議がパリで開催されている。フランスのカルヴァン派プロテスタントは「ユグノー」といわれたが、その広がりと同時に迫害も始まり、1562年には北東部のヴァシーでカトリック教徒による新教徒虐殺（ヴァシーの虐殺）が起こっている（詳細は後述）。カルヴァン派はまた、ネーデルラント（低地地方）とくにオランダでは著しい影響をおよぼし、それは外国支配からの解放運動の大きな原動力となった（詳細は後述）。スコットランドにおいては、1540年代にこの国で最初にカルヴァン主義を奉じた聖職者が火刑に処せられ、カルヴァン派貴族が蜂起したものの、それも制圧された。ジュネーヴに一時亡命してカルヴァンの影響を強く受けたジョン・ノックスが1559年に帰国し、プロテスタントのスコットランド貴族を動かしてスコットランド教会（スコットランド長老派教会）を設立し、1560年にはノックスらの信仰告白（スコットランド信条）がスコットランド議会に承認されて「国教」の地位を獲得した。のちにそのなかでイギリス国教会を批判する勢力が、ピューリタン（清教徒）を形成した。ジョン・ノックスの改革派教会では信仰上の原理が政治上の規律とされるなどジュネーヴ的な改革がなされ、神政政治が一時実現した。当時のスコットランド各地では多くの聖堂が破壊され、偶像崇拝は徹底的に否定されている。信徒が牧師を選出している点では、この国の教会制度はむしろジュネーヴのそれよりも民主的であった。イングランドでは、ロラード派の異端思想、ルター主義、反聖職者主義、反教皇主義などが混合して宗教改革の気運が非常に高まったが、国家主導で改革がなされた（詳細は後述）。
メルセン条約によって東フランクと西フランクに分属することとなった低地地方は、中世後期に至るまで政治的統一とは無縁であったが、14世紀にヴァロワ＝ブルゴーニュ家の支配下に入ると、地域の政治的統一が促進されることとなった。その後、同家は断絶してハプスブルク家がこの地を相続し、中央集権的な支配をおよぼそうとしたが、これに対して低地地方の貴族は不満を募らせて1568年に反乱を起こし、やがて北部はオランダ共和国として独立した。オランダ共和国では改革派が多数であったわけではないが、独立の過程においては改革派が主導的な影響をおよぼし、やがて改革派の中心国家として台頭することになった。
12世紀までに、低地地方にはホラント伯やゲルデルン公、ブラバント公、エノー伯、ルクセンブルク伯、フランドル伯などの世俗領主、ユトレヒト司教やリエージュ司教といった教会領主が分立割拠し、あたかも寄木細工の様相を呈していた。大枠ではフランドル地方のみが西フランクすなわちフランスの領域に属し、残る大部分は神聖ローマ帝国の領域に属していたが、11世紀後半ごろからこの地域に対する神聖ローマ皇帝の勢威が減退していき、低地地方は徐々に英仏両国の影響を受けるようになっていった。低地地方南部のフランドル伯は、フランスと神聖ローマ帝国にまたがる広大な領域を支配してフランス王との緊張を強め、とくに支配下の諸都市はイングランドとの交易上の結びつきも強く、歴代のフランドル伯も婚姻関係などを通じてイングランド王に接近した。フランドル伯ボードゥアン9世の時代には、ノルマンディをイングランド王ジョンから取り上げたフィリップ2世がフランドルをうかがう情勢となった。ボードゥアンの娘ジャンヌ・ド・コンスタンティノープルの時代にはイングランド王および神聖ローマ皇帝（オットー4世）と同盟してフランス王権に挑戦したが、1214年のブーヴィーヌの戦いで敗北し、以後はしばらくフランスへの服属を余儀なくされた。14世紀中葉、低地地方は相続と婚姻を通じてブルゴーニュ家のフィリップ2世（豪胆公）の支配下に入り、この公国のもとで政治的統一が進められた。ブルゴーニュ公国はその収入の大部分が臨時収入であり、低地地方からの収入割合はそのうちの約75パーセントを占め、経常収入においてもブルゴーニュ本領から収入はおよそ5パーセントに過ぎなかった。このように公国は財政的に低地地方に大きく依存しており、自然と政治の重心も低地地方へ移動せざるを得なくなった。ジャン1世（無畏公）は上訴権を強化して都市裁判を公の裁判へ従属させるなどしたが、百年戦争中のフランス宮廷の政争に関わったことから、アルマニャック派によって暗殺された。次のフィリップ3世（善良公）の治世は長きにわたったが、当時はすでに聖職者、貴族、有力都市民からなる身分制議会が低地地方でも開かれており、善良公はこれを存続させて新たに課税賛否権と請願権を与え、1464年にはブルッヘに低地地方の代表を集めて公位継承を審議させた。この議会は「全国議会（エタ・ジェネロー）」の始まりとされている。1477年にシャルル突進公がロレーヌ・アルザス・スイス軍との戦いで戦死すると、フランス国内のブルゴーニュ公領は即座にフランス王権に回収され、相続者マリー・ド・ブルゴーニュに残されたのは低地地方とフランシュ＝コンテのみであった。マリーは同年ハプスブルク家出身の神聖ローマ皇帝神聖ローマ皇帝マクシミリアン1世と結婚し、これらの地域も一円的にハプスブルク家の支配に収まった。なお、この地方ではデフェンテル（現：オランダ中部）で1370年代にヘールト・フローテやフローレント・ラーデベインスらにより、共同生活兄弟会が創設されている。これは、ローマ教会を頂点とする信仰の組織化に対立した共同体的結社であり、神秘主義者ヤン・ファン・リュースブルクの影響を受けて本源的キリスト教の生活を実践しようとするものであり、そこでは司祭も一般信者もともに隣人愛的共同生活を経て、観想、祈り、清貧を実践していくことが目的とされた。『キリストのまねび』の著者トマス・ア・ケンピスはその推進者であったが、人文主義者として著名なエラスムスもデフェンテルの共同生活兄弟会附属の寄宿学校生であった。