2015年FIFA汚職事件を受け、2016年2月26日の2016年FIFA臨時総会で承認した2016年FIFA改革案を組み込んだFIFA Statutes（FIFA規則・定款。2016年4月27日施行）2016年版により、三権分立の原則を踏まえたうえで、「政治」と管理機能の明確な分離を狙い、戦略的機能と監督機能、執行機能、運営機能、管理機能を明確に細かく分離した組織再編を行った。 FIFAの最高機関で立法機関のFIFA総会(FIFA Congress)、 戦略的・監督的な機関のFIFA評議会（FIFA Council、旧FIFA理事会）、FIFAの執行機関、運営主体、行政機関の事務局（General Secretariat）が置かれている。また、 FIFA評議会と事務局の職務遂行を助言し、支援する9つの常任委員会（The standing committees）、独立した任務をFIFAから完全に独立して行うが、常にFIFAの利益のために、またFIFA定款およびFIFAの各規則に従って行う４つの独立委員会（The independent committees）がある。独立委員会のうちの不服申立委員会（Appeal Committee）、懲戒委員会（Disciplinary Committee）、倫理委員会（Ethics Committee）の３つは、FIFAの司法機関であり、残り１つは監査およびコンプライアンス委員会（Audit and Compliance Committee）である。以下の記述は、FIFA Statutes2016年版に基づく。また、FIFA公式HPの記事「How FIFA Works」も参照のこと。FIFA総会(FIFA Congress)（以下、総会）は、全FIFA加盟協会（以下、全加盟協会。2018年時点で211協会）で構成されるFIFAの最高機関で、FIFA唯一の立法機関である。加盟協会は、規模やサッカーの強さに関係なく1票のみ持つ。その協会所属の代表者本人のみに投票権があり、代理人および手紙による投票はできない。また、FIFA理事は、任期中は協会の代表者にはなれない。総会の公用語は、英語、スペイン語、フランス語、ドイツ語、ロシア語、アラビア語、ポルトガル語である。FIFA誕生時から、第一次世界大戦時の中断を除いて毎年開催されていたが、1932年第21回スウェーデン首都ストックホルム総会から2年に1回の開催となった。第二次世界大戦時の中断後も2年に1回開催のままだったが、多くの問題に関して決定する事項が増えたため、1998年以来、毎年臨時総会が開催されるようになった。そして、2004年のパリ総会から毎年の定期総会が導入された。FIFA総会は、FIFAの定款および各規則を実施適用される方法に関する決定を下す。必要があれば、定款および各規則の改正を行う。また、年次報告書を承認し、新加盟協会の協議の受諾を決定、FIFA会長選挙などの選挙やＷ杯開催国決定投票を実施する。FIFAワールドカップ開催国決定は、初期から1974年Ｗ杯・1978年Ｗ杯・1982年Ｗ杯3大会同時開催国決定まではFIFA総会での投票で決定していたが、1986年Ｗ杯開催国決定以降、FIFA理事会（のちのFIFA評議会）のFIFA理事投票で決定する方式に変更されていた。その後、2010年12月2日の2018年及び2022年Ｗ杯開催国投票まで、FIFA理事会のわずか24名のFIFA理事の投票（会長は同数の場合のみ1票投じる）で決まる方式だったため、買収工作も容易だった（2015年FIFA汚職事件参照のこと）との反省から、2018年6月13日の2026年Ｗ杯開催投票からFIFA総会(FIFA Congress)での開催立候補国を除く全加盟協会での投票方式に再び変更された（FIFA Statutes2016年版P28の28 Ordinary Congress agendaの2.のs ）。また、従来の不透明なＷ杯招致手順を明確化し、各段階で審査プロセス等を公式発表していくとした。2017年11月7日、2026年Ｗ杯招致手引書を発表し、開催立候補国のコンプライアンスや施設面、人権への配慮、コストや収益などを評価すること、そして評価の比重は、スタジアムが35パーセント、交通が13パーセント、チケット収入・商業収入・コストが各10パーセントなどとした。ワールドカップ招致活動の明確な禁止事項を定め、買収工作や不適切な贈答品、Ｗ杯招致に向けたサッカー振興プロジェクトおよび親善試合開催などを禁じた。2017年11月30日の2026年Ｗ杯開催立候補国締め切りまでに立候補したカナダ・メキシコ・アメリカ（3か国共同開催）とモロッコ（単独開催）が、2018年3月16日の開催提案書（Bit Book）提出締切日までに開催提案書を提出。カナダ・メキシコ・アメリカの3か国共同開催提案書とモロッコの単独開催提案書を、招致手引書の評価基準のもと評価手順にのっとり評価し、問題ないということで両候補を受け付けた。2018年4月から、FIFA評価タスクフォースが両候補を現地視察し、5月30日、両候補の事業計画のヒアリングおよび質疑応答、31日に両候補のＷ杯招致委員会のプレゼンを受けたあと、上記の評価基準および評価手順にのっとり2026年ワールドカップ立候補国評価レポートを作成、6月1日に公表した。レポートでは、最低条件を2点に設定して5点満点で評価。両候補ともに合格ラインを超えたものの、3か国共催側は4点、モロッコ側は2.7点であった。さらに、開催経費や入場券販売、警備などを含めた総合評価は3か国共催側が500点満点中の402.8点で、モロッコ側は274.9点であった。大会関連施設およびインフラは、3か国共催側は「すでに運営可能なレベル」で、モロッコ側は「大会関連施設のほとんどが新設で大幅なインフラ整備が必要」と記述された。また大会収益は、３か国共催側は「143億ドル（約1兆5,662億円）」で、モロッコ側は「72億ドル（約7,900億円）」が見込まれるとレポートに記述された。2026年Ｗ杯開催国投票は、2018年ロシアＷ杯開幕戦前日の2018年6月13日のロシア首都モスクワでの第68回FIFA総会で行われる。投票手続きにのっとって、立候補国4か国と資格停止のガーナサッカー協会（2018年6月8日、ニャンタキー同協会会長の汚職事件を受け、同日にガーナ政府が同協会に解散命令を下した。これはFIFAの禁じる「第三者の介入」にあたり、同協会は資格停止となった）を除いた残り206協会での投票となる。「3か国共催」か「モロッコ単独開催」か「該当国なしとして、両候補以外の国で招致活動やり直し」かを投票する。2018年6月13日午前9時（日本時間同日午後3時）から開始された第68回FIFAモスクワ総会は、FIFA公式YouTubeチャンネルFIFATVで生中継された。開催国投票は13番目の議題で、実際の投票は両候補のプレゼン後、午後1時50分（日本時間同日午後7時50分）から電子投票で行われ、立候補国4か国と欠席した3協会（グアム、プエルトリコ、アメリカ領ヴァージン諸島）、棄権した3協会（キューバ、スロベニア、スペイン）、先述のとおり資格停止のガーナの計11協会を除く200協会が投票し、「3か国共催」に134票（有効投票数の67パーセント）、「モロッコ単独開催」に65票（33パーセント）、「該当国なしで招致活動やり直し」に1票（イラン）で、3か国共催（カナダ・メキシコ・アメリカ）が決定した。投票の内訳も同日、FIFA公式HPで公開された。48か国出場となることも確認された。FIFA評議会（FIFA Council、旧FIFA理事会）は、FIFAの戦略的かつ監督的な機関である。選手（男女のサッカー、フットサル、ビーチサッカー）のステータスおよび移籍、これらに関する問題を扱い、特にクラブでの練習奨励と代表チームの保護に関しては、随時特別規則の形で解決していく。FIFA評議会構成メンバーは、総会で選出されたFIFA会長1名、FIFA副会長8名、６つの大陸連盟（地域連盟）それぞれで選出された計28名で、全37名である。各大陸連盟は、それぞれ１人以上は女性をFIFA評議会メンバーに選出しなければならない。どのメンバーも任期は4年で、再任は可能だが、最大でも3期12年までである（任期が連続していなくても、通算して最大3期12年まで）。2015年以前の旧FIFA理事会時代は任期無制限で、Ｗ杯開催国決定も理事会のみで行っていた。事務局（General Secretariat）は、FIFA評議会（FIFA Council）（以下、評議会）の監督下にあるFIFAの執行機関であり、運営主体および行政機関である。事務総長（General secretary）の下で、競技会および関連するすべての事項について評議会の決定と指示通りに行い、すべての商業契約の交渉、執行および履行を評議会の方針・手順に従って行う。また、常任委員会（The standing committees）のための行政支援を行う。特にサッカー開発奨励金の授与（FIFAサッカー発展プロジェクトの項で後述）に関しての行政支援を行う。評議会が設定した範囲で、財務委員会（Finance Committee）が立てた予算によりFIFAの業務と日常業務の管理を行う。その他、評議会が要求し、承認したFIFAの組織に対し、効率的な運営に必要なその他の行政上の事項について行う。ただし先述したとおり、事務局はFIFA評議会（FIFA Council）の監督下にあり、必要があれば評議会が事務局の権限を取り上げることができる。常任委員会（The standing committees）は９つあり、FIFA評議会と事務局の職務遂行を助言し支援する。開発委員会（Development Committee）は、FIFAサッカー発展プロジェクト（後述）を取り扱い、各協会および大陸連盟に対し適切な支援戦略を決定し、定期的に支援戦略や実施状況をチェックする。FIFA大会組織委員会（Organising Committee for FIFA Competitions）は、FIFA大会のすべての事項について評議会に助言し支援する以外に、FIFA大会主催国の大会組織委員会を監督する。ほか、財務委員会（Finance Committee）、サッカーステークホルダー(利害関係者)委員会（Football Stakeholders Committee）、ガバナンス委員会と審査委員会（Governance Committee and Review Committee）、医療委員会（Medical Committee）、加盟協会委員会（Member Associations Committee）、選手ステータス委員会（Players' Status Committee）、審判委員会（Referees Committee）がある。独立委員会（The independent committees）は4つあり、FIFA評議会と事務局の職務遂行を助言し支援する。FIFAから完全に独立した立場で任務を行うが、常にFIFAの利益のために、またFIFA定款およびFIFAの各規則に従って行う。独立委員会のうちの3つはFIFAの司法機関懲戒委員会（Disciplinary Committee）、不服申立委員会（Appeal Committee）、倫理委員会（Ethics Committee）である。懲戒委員会は、委員長、副委員長、必要な数の委員で構成され、このうち委員長と副委員長は法律訓練を受ける必要がある。FIFA懲戒規定（FIFA Disciplinary Code）に従い、加盟協会・クラブ・FIFA役員・選手・試合の代理業者・選手の代理人に対して制裁を科すことができる。決定は3人以上のメンバーで行うが、特別な場合は委員長単独で決定することができる。総会と評議会は、懲戒委員会のメンバーの停職および免職の懲戒権を保持する。不服申立委員会は、委員長、副委員長、必要な数の委員で構成され、このうち委員長と副委員長は法律訓練を受ける必要がある。FIFA懲戒規定に従い、懲戒委員会の決定に対する控訴の処理を行う。決定は3人以上のメンバーで行うが、特別な場合は委員長単独で決定が可能である。不服申立委員会の決定は、FIFAとしては最終決定であり、関連するすべての当事者に拘束力を有する。しかしその後も、スポーツ仲裁裁判所（CAS）に上訴すること自体は可能である。倫理委員会は、おもにFIFA倫理綱領（FIFA Code of Ethics）の侵害を調査する。 2012年以降、調査室（investigatory chamber）と審査室（adjudicatory chamber）の2つで構成されている。監査およびコンプライアンス委員会（Audit and Compliance Committee）は、財務会計の完全性および信頼性を確保し、FIFA評議会（FIFA Council）の要請により外部監査人の報告を審査する。財務、その規制および法律上の問題について、知識や経験が豊富な3 - 7人のメンバーで構成されている。全メンバーはほかのFIFA機関に属してはならない。また、FIFAの運営に影響を与える決定に関与してはならない。任期は4年で、再選可能だが、最大3期12年までである。 委員長、副委員長、監査および委員は、FIFAガバナンス規則が定める独立基準を満たさなければならない。この委員会の中にある「報酬小委員会」は、FIFA会長、副会長および評議会メンバー、そして事務総長の個々の年間報酬を定義する責務がある。ほか、独立委員会の詳細は、FIFA Statutes（FIFA定款・規則）2016年版 36条、37条、50条参照のこと。