産業革新機構の主導で、ソニー・東芝・日立のディスプレイ部門が統合されて誕生し、2012年4月1日に事業活動を開始した。2009年に東芝に統合されたパナソニックの液晶部門（東芝松下ディスプレイテクノロジー株式会社）、同じく2011年にソニーに統合されたセイコーエプソンと三洋電機の液晶部門（三洋エプソンイメージングデバイス株式会社）など、それ以前に各社に統合されていたメーカーを含めると、ホンハイ傘下となったシャープや、パナソニック傘下のパナソニック液晶ディスプレイ、京セラ傘下の京セラディスプレイ、三菱電機傘下のMDTIなどを除く日本の大半のディスプレイメーカー（ソニー・東芝・日立・トヨタ・三洋・エプソン・パナソニックの一部・キヤノン）の液晶部門が統合され、さらに政府系ファンドが経営に関与する、文字通りの「日の丸液晶」として設立された。しかし設立当初より赤字が続き、設立から5年となる2017年に構造改革が行われた。事実上の「国策企業」であるため、経営方針がトップダウン式に決定される競合他社とは違って全ての経営計画において経済産業省と産業革新機構の承認が必要という意思決定の遅さがあり、また解雇がそのままアベノミクスの失敗を想起させるため、シャープ以外の日本のディスプレイメーカーのうち、大半の人員と工場を丸抱えしているにもかかわらず、リストラができないという「負の遺産」があるとの危機意識が、2017年の時点で存在した。スマホ向けの小型液晶で高いシェアを持つ。主にスマホのディスプレイに使われる低温ポリシリコン（LTPS）TFT-LCDパネルの出荷額ベースの市場シェアは17.6％で世界1位（2018年度）であり、2位の天馬微電子(13.4％)や3位の京東方科技集団(11.9％)と言った中国の大手ディスプレイメーカーを上回っている（IHS Markit調べ）。また、LTPS TFT-LCDパネルの出荷量ベースの市場シェアでも、1位の天馬微電子(22%)に次ぐ2位の18%という高いシェアを誇る。車載向けの小型液晶でも18.1％で世界1位（2017年度）である。LTPS以外も含めた小型LCDパネル市場全体におけるジャパンディスプレイの出荷量ベースの市場シェアは5.0%で、世界8位（2018年度）となっている。一方で、中小型パネルに有機ELを含めた場合、ジャパンディスプレイは有機ELパネルを生産していないため、中小型パネル市場全体における出荷額ベースのシェアは13%で世界2位（2017年度）となり、市場シェア33%で世界1位のサムスンディスプレイに水をあけられていた。なお、データの上では「中小型向け液晶でトップ」となっているが、実際はパソコンやタブレットを中心とする中型パネルのシェアは全くなかった。また、大型パネルに関しては生産しておらず、全くシェアが無かった。例えば2016年（平成28年）度において、スマホを中心とするモバイル向けが8割、とりわけiPhoneへの依存率は5割を超えるなど、スマホ向け小型液晶事業に、さらに言うとiPhoneと言う1つのスマホに極度に依存していた。2016年度には2017年3月発売予定のゲーム機Nintendo Switchにディスプレイを供給したため、2016年度だけはゲーム機向け液晶でもシャープに次ぐ世界2位のシェアがあった。ただしローンチ版Nintendo Switchの液晶を生産したJDI茂原工場の4.5世代ラインは2016年いっぱいで閉鎖され、その後はスマホ用の狭額縁液晶「フルアクティブ液晶」の生産ラインに振り分けられた。なお、ジャパンディスプレイが有機ELに対抗するために社運をかけて開発した「フルアクティブ液晶」は、有機ELに匹敵する性能を持ちつつ安価であることから、有機ELへシフトするスマホ業界を液晶へ引き戻す役割を果たすことが2016年12月の段階では想定されており、量産品は2018年発売の廉価版iPhoneである「iPhone XR」などに搭載され、その人気によってジャパンディスプレイは2018年度に5年ぶりの最終黒字となることが2018年11月の段階でも想定されていた。2016年（平成28年）に、主にパソコン向けの中型ディスプレイに参入した。ジャパンディスプレイは日本のかつての各ディスプレイメーカーの液晶ディスプレイ部門のみを切り離して統合した、あくまで液晶ディスプレイの専業メーカーであるため、シャープなどの他の大手ディスプレイメーカーと違い、2010年代後半から普及しているディスプレイの方式である有機ELディスプレイの量産ラインは全く持っていなかった。アップル社との取引がジャパンディスプレイの売上高の5割を占めるという一本足経営に加えて、アップル社が2017年度のiPhoneから有機ELモデルをフラッグシップとして販売しているにもかかわらず、ジャパンディスプレイには有機ELディスプレイを生産する予定が無い点が不安視されていた。「蒸着方式」の有機ELの研究自体はしており、資金さえあれば有機ELの製造工場を建設して量産化まで到達できる見込みが有ることをアピールしているが、将来の投資資金よりも当座の運転資金を調達すべき状態のジャパンディスプレイには有機ELの量産工場を建設できるような資金が無く、2018年時点で既にジャパンディスプレイに4000億円以上の投資をしている革新機構としてもこれ以上の投資はしづらい。また仮に量産の「見込みがある」としても、2018年時点では有機ELディスプレイを既に量産しているメーカーは世界中に数多くあり、ジャパンディスプレイは他社より数年遅れの後発組となるため、あえて資金を投じる外部のスポンサーもいない点が問題となっていた。なお、ジャパンディスプレイが持つ有機ELの技術に関しては、2013年度中には量産が可能なレベルに達しているとのアナウンスを2011年に出しており、それから8年後の2019年にも量産技術を「ほぼ確立」したとのアナウンスを出していた。一方ジャパンディスプレイとは別に、日本のかつての各ディスプレイメーカーの有機EL部門を切り離して政府系ファンドの主導で統合した「日の丸有機EL」であるJOLED社があり、ジャパンディスプレイは長年にわたってJOLEDと戦略的提携を行っていた。ジャパンディスプレイは最大時でJOLED社の株式を27.2％保有しており、JOLED社はジャパンディスプレイの持分法適用関連会社であった。JOLEDの方は有機ELディスプレイの量産計画が順調に進んでおり、またJOLEDの「印刷方式」はジャパンディスプレイの（競合他社から数年遅れでありながらいまだ量産化の目途が立たない）「蒸着方式」と違って世界初の技術であり、コスト的にも有利であるため、JOLED社の株式を51%まで追加取得し、ジャパンディスプレイの子会社とすることで有機ELディスプレイ事業に進出する計画が一時はあった。しかし資金不足のため、2018年3月に断念したことを発表した。ジャパンディスプレイによると、JOLEDとは「すでに強固な協力関係を構築しており事実上のシナジーの実を確保している」ため子会社化する必要はないとのことで、また車載やVRなどで液晶事業の今後の成長が期待されるので「液晶の需要は底堅い」との見通しを2018年の段階では示していた。なお、ジャパンディスプレイの経営悪化に伴い、2019年には447億円の支援と引き換えにJDIの持つJOLEDの全株式が産革に譲渡された。産業革新機構からは、2014年（平成26年）の設立時に2000億円、2016年（平成28年）から2017年（平成29年）にかけても750億円の投資が追加でなされており、赤字の民間企業に数千億円もの国の金を投入し続けることに対して、「国がやるべきことなのか」との批判もあった。2017年には1070億円の融資がなされ、2018年にも200億円の支援がなされた。2017年（平成29年）には有機ELパネルと同様に曲げることができる液晶パネル「フレキシブル液晶パネル『フレックス』」や、2017年時点の有機ELパネルを超える透過率80パーセントの液晶パネルを開発するなど、有機ELに関してはともかくとしてLTPS液晶の技術に関しては世界最先端のメーカーの一つであるとされていた。。2018年より、ジャパンディスプレイは「脱スマホ依存」を進め、液晶パネルにバス停を組み合わせた「スマートバス停」や、ヘルメットに液晶パネルを取り付けたヘッドアップディスプレイなど、自社の液晶パネルを用いたBtoCの新分野の開拓を盛んに進めていた。またセンサーデバイス事業に取り組む予定を発表するなど、ディスプレイ専業から脱却の動きもすすめていた。2018年9月25日、産業革新機構を改編して産業革新投資機構（INCJ）が発足したが、ジャパンディスプレイ以外にもルネサスエレクトロニクスの経営不振の会社への投資を強いられる産業革新投資機構の取締役陣と、経済産業省の対立が表面化し、2018年12月10日、産業革新投資機構の民間出身の取締役全員が辞職。辞職した元産業革新投資機構・社外取締役の星岳雄が「ゾンビ企業の救済機関」と批判した革新機構は、ついに機能を停止した。同日、2014年の上場時の公募価格が900円で始まったジャパンディスプレイの株価が、ついに50円台となった。2019年4月11日、中国最大の投資ファンド嘉実基金管理（ハーベスト・ファンド・マネジメント）系の投資会社であるハーベスト・テック、台湾の電子部品メーカー宸鴻光電科技（TPK）、台湾の金融大手富邦金控（Fubon Financial Holding）グループの創始者である蔡一族による、投資ファンドの3社で構成される中台企業連合「Suwaコンソーシアム」はジャパンディスプレイに対して800億円の金融支援を行い、それまでの筆頭株主であった産業革新投資機構に代わり、議決権の49.8%を持つ筆頭株主になることでジャパンディスプレイと合意した。