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1844年にはリンカーンが「学問好きな若者」と考えたウィリアム・H・ハーンドンとの法律実務を始めた。リンカーンは、スプリングフィールドで法律実務に戻り、「プレーリーの弁護士の前に来るあらゆる種類の案件」を取り扱った。16年の間に年2回、1回あたり10週間、州の中央にある郡庁所在地で郡裁判所が開かれているときに現れた。国が西方に拡張していく中で、多くの運輸関係訴訟を取り扱った。特に多くの新しい鉄道橋の下を通る川のはしけの運行から持ち上がる紛争があった。リンカーンは川船に乗った経験があり、当初は川船の側についていたが、最終的には誰でも彼を雇う者の仕事をした。その評判は上がり、橋に衝突した後に沈んだ運河用船の訴訟では合衆国最高裁判所の法廷にも立った。1849年には喫水の浅い水域で船を動かすために浮上装置の特許を取得した。このアイディアは商業化されなかったが、リンカーンは特許権を得た唯一の大統領となった。1851年にオールトン・アンド・サンガモン鉄道に代わって、その株主ジェームズ・A・バレットを訴えた。バレットはオールトン・アンド・サンガモン鉄道が計画した路線を変更したという理由で、株を購入するときに誓約した企業に対する差引勘定の支払いを拒絶した。リンカーンは、法律問題として公益のためであれば企業は契約書に拘束されないと主張した。新しく提案されたオールトン・アンド・サンガモン鉄道の路線は以前の路線に比べ利便性に勝り、変更のための費用もそれほどかからなかった。したがって、オールトン・アンド・サンガモン鉄道には逆に支払いの遅延でバレットを訴える権利があった。リンカーンはこの訴訟に勝利し、イリノイ州最高裁判所によるこの判例はアメリカ国内の他の法廷で引用されることとなった。リンカーンはイリノイ州最高裁判所に175の訴訟で出廷し、そのうち51件は単に助言だったが、31件で有利な判決が出た。ことに西部方面へのインディアン領土への鉄道拡張に関しては、インディアンの土地権利の抹消処理を多数手がけた。リンカーンが「無効（neutralized）」としたインディアン部族の土地に対する書類は現在も数多く残されている。1853年から1860年、リンカーンのもう一つの重要な顧客はイリノイ・セントラル鉄道だった。もう一件の鉄道弁護士としての成果は州がイリノイ・セントラル鉄道に許可した免税に関する訴訟だった。マクリーン郡は、州にはそのような免除を与える権限がないと主張し、鉄道会社への課税の権利を主張した。1856年1月にイリノイ州最高裁判所は、リンカーンの申し立てを受理して免税が妥当であるとする見解を示した。弁護士としての彼は非常に精力的で、寝る間を惜しんで働いていたことから周囲から「正直者エイブ」「働き者エイブ」と親しまれていた。しかし実は、妻がヒステリー持ちでしばしばリンカーンに当たり散らすため、家にあまりいたくないとの理由でオフィスで働いていたといわれる。リンカーンが扱ったもっとも有名な刑事事件は、1858年にジェイムズ・プレストン・メッツカーの殺人容疑で起訴されたウィリアム・"ダフ"・アームストロングを弁護したときだった。この事件では目撃者の信用性に異議申し立てするために司法判断によって成立した事実を使うという方法で有名になった。目撃者が深夜に犯罪を目撃したという証言に反論した後、農民暦を取り出して、月が低い角度にあったことを示し、視認性が非常に落ちていたはずだと語った。この証拠に基づき、アームストロングは無罪となった。リンカーンは法廷ではめったに声を荒らげることはなかった。しかし1859年の事件では、他人を刺殺した容疑で告発されたいとこのピーチー・ハリソンの弁護に当たり、被告の利益につながる証拠を判決から除外していると、激怒しながら抗議した。その判事は民主党員だったが、予想された法廷侮辱罪でリンカーンを責めることなく、裁定を覆して証拠を認め、ハリソンを無罪とした。リンカーンはハーンドンとの共同事業を始める前には、隣接する地域社会の法廷に立つことはあまりなかった。1854年まで法廷のもっとも活動的な常連の一人になるにつれてこれが変化し、アメリカ合衆国下院議員になって2年間中断されただけだった。第8巡回裁判所は11,000平方マイル (28,000 km²) の範囲をカバーしていた。毎年春と秋に、1回あたり9ないし10週間、リンカーンはこの地域を回った。10週間の巡回で150ドルほどの所得になった。巡回中の弁護士や判事は安いホテルで生活し、2人の弁護士が1つのベッドを分け合い、6人から8人の者が同じ部屋になった。この巡回裁判で、リンカーンの誠実さと公平さという評判が、顧客や援助を求める地方弁護士の双方からの高い需要につながっていった。リンカーンが終生続くニックネームであるオネスト・エイブ（正直者エイブ）をもらったのもこの巡回裁判のときだった。彼の受けた顧客、同時期に巡回裁判を回った者たち、および彼が行った町の弁護士たちは、リンカーンのもっとも忠実な支持者になった。この支持者の1人がデイビッド・デイビスであり、同じくホイッグ党員で、リンカーン同様国家主義経済計画を推進し、実際の廃止論者にはならなかったが、奴隷制に反対した。デイビスは判事として1848年の巡回裁判に参加し、折に触れてリンカーンに代理を務めるよう指名することがあった。この二人は11年間巡回裁判に同行し、リンカーンはデイビスを1862年にアメリカ合衆国最高裁判所判事に指名した。その他親密な仲間としてイリノイ州ダンビルの弁護士だったウォード・ヒル・ラモンがいた。ラモンはリンカーンが実際に正規の労働協約を結んだ唯一の地方弁護士であり、1861年にはリンカーンと共にワシントンに行った。
1850年代まで奴隷制はアメリカ合衆国南部で依然として合法だったが、イリノイ州のような北部州では一般に違法とされてきていた。リンカーンは奴隷制を認めず、西部の新しい領土で奴隷制が拡大することに反対だった。1854年に成立した奴隷制を擁護するカンザス・ネブラスカ法はリンカーンをワシントンへ引き戻すきっかけとなった。この法は奴隷制を制限する1820年のミズーリ妥協を無効にしていた。イリノイ州選出の古参アメリカ合衆国上院議員スティーブン・ダグラスはこのカンザス・ネブラスカ法に「国民主権」という言葉を入れた。リンカーンが反対したダグラスによる法では、新しいアメリカ合衆国領土に入植した者たちが奴隷制を認めるかどうかを決める権利があり、連邦議会がそのような決定を規制できないとしているものだった。歴史家のフォーナーは、奴隷制が罪であるとみなす奴隷制廃止運動家や奴隷制に反対するアメリカ合衆国北東部の急進的共和党員と、奴隷制が白人を傷つけ発展を阻害するので悪であると考えた保守的共和党員とを対照させている。フォーナーは、リンカーンがその中間的中庸な立場であり、奴隷制が建国の父達の唱えた共和制の原則、特にアメリカ独立宣言に盛られたあらゆる人々の平等と民主的自主政府の原則に違背しているので、奴隷制に反対していたと主張している。しかしリンカーンは、「現在、南部に存在する奴隷制度については間接的にも直接的にも干渉する意思はない」と述べており、時間をかけてこの問題を解決しようとしていた。1858年には、「これまで私は黒人が投票権をもったり、陪審員になったりすることに賛成したことは一度もない。彼らが代議士になったり白人と結婚できるようにすることも反対だ。皆さんと同じように白人の優位性を疑ったことはない」と語っている。1854年10月16日のピオリアにおけるカンザス・ネブラスカ法に反対する演説で、リンカーンは奴隷制に対する反対意見を表明し、その後は大統領になるまでこれを繰り返すことになった。ケンタッキー訛りで大変力強く話したリンカーンは、カンザス・ネブラスカ法が奴隷制の拡大について国家としての「無関与を『宣言』しているが、（そこに隠れている）奴隷制の拡大について秘密の『真の』情熱を考えなければならない。私はそれを憎まざるを得ない。奴隷制自体の巨大な不公正の故に私はそれを憎む。それが我々の共和制の世界の規範としての影響力を奪うので私はそれを憎む」と語った。この演説は当日集まった自由土地主義の弁論家達の中で彼への注目を集めさせることとなった。1854年遅く、リンカーンはイリノイ州選出アメリカ合衆国上院議員選挙でホイッグ党候補として出馬した。当時上院議員は州議会によって選出されていた。イリノイ州議会で行われた投票では、リンカーンが6回目の投票までリードしながらその支持がしぼみ始め、リンカーンはその後援者らにライマン・トランブルに投票するよう指示し、トランブルは対抗馬の民主党員ジョエル・アルドリッチ・マットソンを破った。カンザス・ネブラスカ法でホイッグ党は修復できないほど分裂した。リンカーンは「私はホイッグ党員だと考えるが、今はホイッグ党がないと言う者がいる。奴隷制の「拡張」に反対する以上のことはしていないとしても私は奴隷制廃止論者である。」と記した。古いホイッグ党の生き残りに、幻滅した自由土地党、自由党および民主党のメンバーを寄せ集め、リンカーンは新しい共和党の形を作り出す中心人物となった。1856年の共和党大会では副大統領の党候補を決める投票でリンカーンは第2位になった。
1857年3月、アメリカ合衆国最高裁判所は「ドレッド・スコット対サンフォード事件」に判決を下した。主席判事のロジャー・トーニーは、黒人はアメリカ市民ではないと判断し、それゆえに憲法の規定する権利（内国民待遇）を受けられないとした。リンカーンはこの判決を非難し、それは奴隷権力を支持するための民主党の陰謀による産物であると主張した。リンカーンは「アメリカ独立宣言の起草者は『全ての者は肌の色、体の大きさ、知能、道徳的発達、あるいは社会的能力などの点で同等であると言う』つもりはなかったが、彼らは『すべての者は平等に生まれついており、一定の奪うべからざる権利、そのうちに生命、自由および幸福の追求を含む権利』について平等であると考えたはずである」と主張した。1857年から1858年、スティーブン・A・ダグラスはジェームズ・ブキャナン大統領と袂を分かち、民主党の主導権を争うことになった。ダグラスが新しく州となるカンザス準州が奴隷州として連邦に加入することになるルコンプトン憲法に対して反対する立場をとったので、東部共和党員の中には1858年の上院議員選挙でダグラスの再選に賛成する者もいた。1858年に共和党州大会でリンカーンは上院議員候補に指名されたあと、聖書のマルコの福音書から引いた「分かれたる家」演説を行った。「分かれたる家は立つこと能わず（マルコ伝3の25）。半ば奴隷、半ば自由の状態でこの国家が永く続くことはできないと私は信じます。私は連邦が瓦解するのを期待しません - 家が倒れることを期待するものではありません。私の期待するところは、この連邦が分かれ争うことをやめることです。それは全体として一方のものとなるか、あるいは他方のものとなるか、いずれかになるでしょう。」この演説は奴隷制論議で引き起こされる連邦の解体の危険性について刺激的なイメージを作り出し、北部中の共和党の共感を集めた。高木八尺は「この演説は、後年のゲティスバーグの演説と並んで、リンカーンの生涯の二大演説と称される」としているが、「その単刀直入の言明は、政党とすれば多くの友を失い、敵を作る惧れのあるものであった。決して賢明とは言えない行動であった」とも評している。次の段階はイリノイ州議会での選挙のために州全体の選挙運動となり、上院議員にリンカーンかダグラスかを決めることとなった。
1858年にスティーブン・A・ダグラスへの対立候補として上院議員選挙に出馬するが、選挙活動中のダグラスとの7回に及んだ、いわゆる「リンカーン・ダグラス論争」はアメリカ史の中でももっとも有名な討論となった。この2人は体型的にも政治的にもはっきりと対照的な立場をとった。リンカーンは「奴隷権力」が共和制の価値に脅威を与えていると警告し、ダグラスがすべての人は生まれながらに平等であるとした建国の父たちの価値を貶めていると非難すると、ダグラスは地方の住人は奴隷制を認めるか否かを選ぶ権利があるというそのフリーポート原理を強調し、リンカーンは奴隷制度廃止論者に加わっていると非難した。この討論は賞金をかけた戦いの雰囲気があり、多数の聴衆を引きつけた。リンカーンは、ダグラスの国民主権理論が国の道徳観に対して脅威になると述べ、ダグラスが自由州に奴隷制を広げる陰謀に加担しているとした。ダグラスは、リンカーンがアメリカ合衆国最高裁判所の権威と「ドレッド・スコット」判決を否定していると述べた。当時多くの東部共和党員は、ブキャナン政権への反対勢力の全国的指導者としてダグラスを支援した。イリノイ州議会議員の選挙で共和党は多くの票を獲得したが、議席では民主党が上回った。上院議員選挙自体はダグラスが接戦を制したが、選挙活動におけるリンカーンの雄弁さと歯切れのよさは彼を全国的な政治家に押し上げた。1859年5月、リンカーンはドイツ語新聞の「イリノイ・シュターツ・アンツァイガー」を買収した。この新聞は一貫してリンカーンを支持し、州内13万人のドイツ系アメリカ人の大半は民主党に投票したが、ドイツ語新聞が動員できる共和党の支持票もあった。1860年2月27日、ニューヨークの党指導者がリンカーンを招待し、強力な党員達の前でクーパー・ユニオン演説を行わせた。リンカーンは、建国の父たちがダグラスの主張するような「国民主権」という考え方をほとんど用いず、奴隷制を制限することを繰り返し求めたと論じた。共和党の道徳の基礎に従えば奴隷制に反対することを求めており、「正しいことと間違ったことの間の中間を模索すること」、すなわち部分的に奴隷制を容認することを拒否すると主張した。リンカーンの洗練されていない外貌にもかかわらず（聴衆の多くは彼が不恰好で醜いとすら考えた）。リンカーンは自身を党の前線に立たせる知的指導者であることを示し、共和党の大統領候補である印象を与えた。ジャーナリストのノア・ブルックスは「ニューヨークの聴衆に対して彼ほど初登場の印象を与えた者はいなかった」と記していた。歴史家のデイビッド・ドナルドは、この演説を「第2のライバル（サーモン・チェイス）の支持者が用意したイベントで、第1のライバル（ウィリアム・スワード）の出身州に予想もされていなかった（大統領）候補者が現れ、その演説中も2人のライバルの名前にすら触れることなく、最高の政治的動きを作り上げた」と表現した。リンカーンはその大統領になる意思について尋ねられたときに、「その味は少し私の口の中にある（言外にそのつもりだと言っている）」と返した。
1860年5月9日と10日、イリノイ州ディケーターで開催された共和党イリノイ州大会で、リンカーンは州推薦大統領候補に初めて指名された。リンカーンの応援者達はデイビッド・デイビス、ノーマン・ジャッド、レナード・スウェットおよびジェシー・デュボイスが率いる選挙運動チームを組織した。リンカーンが父とおもに過ごしたフロンティア時代の伝説を脚色し、支持者達は「レールの候補者」という愛称を付けた。5月18日、シカゴで開催された共和党全国大会では、大統領候補に名乗りをあげた共和党政治家の中で対南部強硬派のウィリアム・スワードやサーモン・チェイスが有力だったが、リンカーンの友人が多数派工作を行い、リンカーンが、無難な妥協候補として3回目の投票で共和党大統領候補に選ばれた。組み合わせのバランスを取るために、北部メイン州出身のハンニバル・ハムリンが副大統領候補に指名された。リンカーンの成功は奴隷制問題で穏健派であるという評判があり、また内国改良や保護関税というホイッグ党時代からの政策を強く支持したからだった。3回目の投票のときは、ペンシルベニア州の代議員団がリンカーンに鞍替えしてトップに押し上げた。ペンシルベニアの産する鉄に関する利益が保護関税によって保証されるためであった。リンカーンの選挙参謀はこの代議員団やそのほかの州の代議員団に巧みに取り入り、一方でリンカーンが「私を縛るような約束はしないこと」と強く指示していたことにも従った。当時の国政は「ドレッド・スコット」の判決が出たことや、ジェームズ・ブキャナンが大統領職にあったことで南部の奴隷権力を握り、北部の共和党は苦しい状況にあったので党員の大半は候補者リンカーンに同意した。1850年代を通じてリンカーンは内乱の可能性を心配し、支持者達は彼が大統領に選ばれたとしても南部の脱退を誘発することはないと考えていた。
一方ダグラスは北部民主党の候補者に指名され、ハーシェル・ベスパシアン・ジョンソンが副大統領候補に指名された。1860年、民主党全国大会ではダグラスの国民主権という考え方に同意できない奴隷州11州の代議員が大会会場から退出し、最終的に南部民主党としてブキャナン政権で副大統領を務めていたジョン・ブレッキンリッジを大統領候補に指名した。ダグラスなどほかの候補者が独自の選挙運動を展開する中、リンカーンだけは選挙演説を行わなかった。その代わりに運動を密に監視し、共和党の熱心さに依存した。共和党は北部中で多数派工作を行い、大量の選挙ポスター、小冊子および新聞論説を制作するという下働きを行った。多数の党員演説者がおり、まず党の綱領に焦点を当て、続いてリンカーンの経歴を話し、特に少年時代の貧窮を強調した。その目的は普通の農家の少年がその努力によって国のトップまで上り詰めることができるという「自由労働者」のすばらしい力を示すことだった。共和党の制作した選挙宣伝用文書は対抗馬すべての力を殺いだ。「シカゴ・トリビューン」紙の記者はリンカーンの生涯を詳述する小冊子を発行し、10万部から20万部を販売した。リンカーンは選挙戦の最中に11歳の少女グレース・ベデルに「ひげを生やしたほうが良い」とアドバイスされ、それにしたがってあごひげを生やした。1860年11月6日、リンカーンは民主党候補のスティーブン・ダグラス、南部民主党候補のジョン・ブレッキンリッジおよび新党の立憲連合党候補のジョン・ベルを破って第16代アメリカ合衆国大統領となった。共和党からの初めての大統領だった。リンカーンは支持の強かった北部と西部の州を獲得したことで勝利しており、15州あった南部の奴隷州のうち10州では一票も得られず、南部の996郡の中では2郡を制しただけだった。一般選挙での得票数を見ると、リンカーン1,866,452票、ダグラス1,376,957票、ブレッキンリッジ849,781票、ベル588,789票だった。投票率は82.2％であり、リンカーンは北部州の他にカリフォルニア州とオレゴン州を抑え、ダグラスはミズーリ州を抑え、ニュージャージー州の一部をリンカーンと分けた。ベルはバージニア州、テネシー州およびケンタッキー州を抑え、ブレッキンリッジが南部の残り諸州を抑えた。選挙人投票の結果は、リンカーンに180票、他の3人は合わせて123票だった。ニューヨーク州、ニュージャージー州およびロードアイランド州では、リンカーンに対抗する党のすべてがあらかじめ組んで同じ候補者名簿を支持するように連合するというヒュージョン・チケットを使ったが、リンカーンの反対票が全ての州で組まれたとしても、選挙人投票ではリンカーンが多数を獲得できる結果になった。
リンカーンの当選が決まると、分離主義者達は彼が翌年3月に大統領に就任する前に連邦から脱退する意思を明らかにした。妥協の試みはあった。1860年12月18日のクリッテンデン妥協は、奴隷州と自由州を分ける1820年のミズーリ妥協で決まったミズーリ妥協線を西に延伸するものであり、共和党の自由土地綱領には反するものだった。リンカーンは「私は同意するまえに死を味わうだろう...我々が憲法で規定される権利のあるこの政府を売り渡すような特典を与える譲歩や妥協に対しては」といってこのアイディアを拒否した。しかしリンカーンは憲法に対するコーウィン修正条項には支持を与えた。これは議会を通過しており、すでに存在する州の奴隷制を保護するものだった。戦争が始まる数週間前、脱退を避けるための手段として全ての州知事にコーウィン修正条項の批准を求める手紙を書くことまでした。12月20日、サウスカロライナ州が脱退条例を採択してその先鞭を切った。1861年2月1日までに、フロリダ州、ミシシッピ州、アラバマ州、ジョージア州、ルイジアナ州およびテキサス州が続いた。これらのうち6州は1つの憲法を採択し、アメリカ連合国という主権国家であることを宣言した。アッパー・サウスと境界州（デラウェア州、メリーランド州、バージニア州、ノースカロライナ州、テネシー州、ケンタッキー州、ミズーリ州およびアーカンソー州）は分離主義者の言い分を聞いたが、当初は追従を拒否した。ブキャナン大統領と次期大統領のリンカーンはアメリカ連合国の認知を拒否し、脱退を違法だと宣言した。1861年2月9日、アメリカ連合国はジェファーソン・デイヴィスを暫定大統領に選出した。リンカーンは2月11日にスプリングフィールドを発ってワシントンに向かうにあたり、送りに来た地元の人たちに別れの挨拶を述べた。その冒頭で、「皆さん、私の今の立場におかれたことのない方にはこのお別れに際しての、私の悲しみは分かっていただけないでしょう」と述べ、「今私はこの土地を去ります。いつ帰れるか、果たして再び帰れるか、分かりません」と悲壮な思いをこめて語った。リンカーンは列車で就任式に向かう途中、北部中の群衆や議員に演説した。ボルティモアでは暗殺の危険性がある（Baltimore Plot）とのことだったので、立ち寄りを避け、夜陰に乗じてボルティモアを過ぎた。これはリンカーンの護衛を指揮していたアラン・ピンカートンが探り出したことだった。2月23日、ワシントンD.C.には変装して入った。そこはかなりの数の軍隊による厳戒下に置かれていた。
1861年3月4日の就任式では、ターナーがリンカーンの護衛を行った。リンカーンは下記のような南部の市民に向けた第一次大統領就任演説を行い、再度南部州における奴隷制を廃止する意志も意向もないと強調した。南部諸州の人々の間には、共和党が政権を掌握したために、彼らの財産と平和と個人の保障が脅かされようとしているという危惧があるように思われます。このような危惧にはなんらもっともな理由はありませんでした。いな、危惧とは反対に、安心してしかるべき十分な証拠が終始存したのでして、彼らにして調べたいと思えばいつでも調べられたのです。そのことは私の、ほとんどすべての公の演説の中にもみられます。その中のだた一つだけを引用すれば、私は「奴隷制度が布かれている州におけるこの制度に、直接にも間接にも干渉する意図はない。私はそうする法律上の権限がないと思うし、またそうしたいという意思はない。」と宣べています。 — リンカーンの第一次大統領就任演説、1861年3月4日南部州が連邦からは脱退できないと述べたあと、「この国もその制度も、この国に居住する人民のものであります。国民が現在の政府に飽きてきた場合には、いつでも憲法上の権利を行使して、政府を改めることもできますし、あるいは革命権を行使して、政府を解体し打倒することができるわけであります。」と語った。さらに南部の人々に対する次のようなアピールで演説を締めくくった。われわれは敵同士ではなく、友であります。われわれは敵であってはなりません。...神秘なる思い出の絃（いと）（mystic chords of memory）が、わが国のあらゆる戦場と愛国者の墓とを、この広大な国土に住むすべての人の心と家庭とに結びつけているのでありまして、（この絃が）必ずや時いたって、われわれの本性に潜むよりよい天使（the better angels of our nature）の手により、再び触れ（奏で）られるとき、そのときには連邦の合唱が重ねて今後においても高鳴ることでありましょう（yet swell the chorus of the Union）。 — リンカーンの第一次大統領就任演説、1861年3月4日1861年和平協議も失敗し、立法による妥協は難しくなったことを示していた。1861年3月までに、いかなる条件でも反乱（脱退州）の指導者たちは連邦に戻ろうと提案することがなくなった。一方リンカーンと共和党指導者のほとんどすべては、連邦を解体することを許容できないという見解で一致していた。
サウスカロライナ州サムター要塞の司令官アンダーソン少佐はワシントンに食料を要求する伝言を送り、リンカーンがこの要求を満たすために命令を出すことは分離派によって戦争行為と見なされた。1861年4月12日、南軍はサムター要塞の連邦軍守備隊を攻撃して降伏させ、戦端が開かれた。歴史家のアラン・ネビンスは就任したリンカーンが連邦を守ることができると考えたことに計算違いがあったと主張し、当時文民のウィリアム・シャーマンは就任式のあった週にホワイトハウスのリンカーンを訪れ、リンカーンが「この国は火山の上に眠っており」南部は戦争の準備をしていることを理解できていないように見えたことに「大いに失望した。」と記していた。歴史家のドナルドは「就任からサムター要塞砲撃までの間に衝突を回避しようと繰り返し努力したことは、かれが同胞の血を流させる最初の者にならないと誓ったことに固執していたことを証明している。この難しい状態を解決する唯一の方法は南軍が最初の砲弾を放つことだった。かれらはまさにそれをやった。」と結論づけた。4月15日、リンカーンはサムター要塞を取り返し、ワシントンD.C.を守り、「連邦を守る」ために、各州に総計75,000名の軍隊を立ち上げるよう呼びかけた。彼の見解では、連邦は脱退した州の行動があったにもかかわらず、無傷で存在していた。この呼びかけで各州にはどちらに付くべきかを判断させることになった。バージニア州は脱退を宣言し、その報償として北軍との前線に近く脆弱な位置にあるリッチモンドがアメリカ連合国の首都に選ばれた。ノースカロライナ州、テネシー州およびアーカンソー州もその後2か月の間に脱退を決めた。ミズーリ州やメリーランド州でも脱退の機運が強かったが、州全体の意志にはならなかった。ケンタッキー州は中立を守ろうとした。
サムター要塞が陥落したあと、リンカーンは直接戦争を指揮することと、反乱を鎮圧するために全体戦略を策定することの重要性を認識した。前例のない政治的および軍事的危機に直面し、前例のない権限を使う最高司令官として反応した。その戦争指揮権を拡大し、アメリカ連合国の外港すべてを封鎖し、連邦議会による予算割り当て以前に資金を支出し、人身保護令状の発行を中止したあとはアメリカ連合国の同調者と見なされる者を数多く逮捕させ収監させた。これらの行動については憲法違反ではあるものの、のちに連邦議会と北部大衆の支持を得た。さらに境界にある奴隷州の強力な北軍同調者を補強し、この戦争が国際紛争とならないようにしておくために奮闘する必要性があった。リンカーンの呼びかけに応え、軍隊が南のワシントンに向かった。4月19日、ボルティモアの鉄道分岐点を占領していた分離派暴徒が首都に向かう軍隊を攻撃した（Baltimore riot of 1861）。ボルティモア市長ジョージ・ウィリアム・ブラウンなどメリーランド州の政治家が令状なしに逮捕され収監された。これはリンカーンが人身保護令状の発行を停止していたためだった。メリーランド州の分離派グループの指導者ジョン・メリーマンは最高裁長官のロジャー・トーニーに、リンカーンが審問なしにメリーマンを拘束しようとしているのは違法だとして、人身保護令状の発行を請願した。トーニーは令状を発行することでメリーマンの解放を命じたが、リンカーンはそれを無視した。リンカーンにとって戦争の遂行がほかの何よりも優先されるものであり、彼の時間と注意の多くを戦争の遂行に向けた。初めから戦争を成功に導くためには二大政党双方の支持が不可欠であり、北軍の指揮官に指名する者を選ぶときなどは、共和党員を選ぼうと民主党員を選ぼうと、いかなる妥協も議会反対側の党派を疎遠な関係にしてしまうことは明らかだった。1861年6月3日にスティーブン・ダグラスが腸チフスで急死すると、北部民主党に指導者が不在となり、カッパーヘッドなど北部の戦争反対派が民主党内の主導権を握り、リンカーンが奴隷問題で妥協を拒んでいることを批判した。リンカーンは戦争の期間を通じて北部民主党のカッパーヘッド（アメリカマムシ）と呼ばれた反戦派からきつい、また悪罵の攻撃を受けた。リンカーンをヤンキーの脅威そのものと見ていた南部の者は言わずもがなだった。一方、急進派共和党は奴隷制廃止の動きが鈍いと批判した。1861年8月6日、南軍の戦争遂行を支援するために使われる奴隷を没収し解放する司法手続きを認める没収法に署名した。この法は実際にはほとんど効力を持たなかったが、南部の奴隷制廃止に対しては政治的支援の信号になった。その8月下旬、1856年の大統領選挙で共和党候補にもなったジョン・C・フレモント将軍が、リンカーンに相談なくミズーリ州で戒厳令を発した。その内容は、武器を持っていると分かった市民は軍法会議にかけられ銃殺される、反乱軍を助けている個人の奴隷は解放される、というものだった。フレモントはすでに不正と汚職の告発を受け西部方面軍の指揮を怠っているという嫌疑がかけられていた。リンカーンはフレモントの宣言を取り消させた。フレモントの奴隷解放は政治的なものであり、軍事的に不要で法にかなっていないと考えた。北軍のメリーランド州、ケンタッキー州およびミズーリ州からの徴兵数は4万名以上増加した。1861年遅くのトレント号事件ではイギリスとの戦争のおそれがあった。アメリカ海軍が公海でイギリスの商船トレント号を停止させアメリカ連合国の使節2人を捕獲した。イギリスは激しく抗議したがアメリカ合衆国民は喝采を送った。リンカーンはその2人を釈放することで問題を解決し、イギリスとの戦争は回避させた。リンカーンの外交政策は、経験がなかったために当初人任せだった。外交官の任命や外交政策に関することは国務長官のスワードに任せた。しかし、トレント号事件に対するスワードの初期反応はあまりにけんか腰だったので、リンカーンは上院外交問題委員長でイギリスとの外交は専門家だったチャールズ・サムナーに処理を任せた。リンカーンは軍事専門用語を学ぶために、ヘンリー・ハレックの著書「軍事科学の基礎」を議会図書館から借りて研究した。ワシントンD.C.の陸軍省に入る電報による報告は労を惜しまず目を通した。軍事行動のすべての面に目を光らせており、知事達と相談し、過去の成功体験（および出身州と支持政党）を元に将軍達を選定した。1862年1月、陸軍省の非効率さと不当利得行為について多くの苦情が出ると、サイモン・キャメロンに代えてエドウィン・スタントンを陸軍長官に据えた。スタントンは、リンカーンの指導下では反奴隷制共和党員に転じた多くの保守派民主党員の一人だった（1860年大統領選挙ではブレッキンリッジを支持した）。戦略に関しては、2つの優先事項を求めた。ワシントンの守りを固めることと、迅速で決定的な勝利という北部の要求を満足させるために攻撃的な姿勢を貫くことだった。北部の主要新聞編集者は90日以内の勝利を予測した。リンカーンは週2回閣僚との午後のミーティングを開くこととした。妻のメアリーはリンカーンがあまりに懸命に働くことを心配していたので、馬車に乗ることを強制することがあった。リンカーンは参謀総長でヨーロッパの軍事学者アントワーヌ＝アンリ・ジョミニの弟子であるヘンリー・ハレックから、ミシシッピ川のような戦略的地点を支配することの重要さを学んだ。またミシシッピ州ビックスバーグの重要さをよく知っており、単に領土を占領するよりも敵軍を倒すことの必要性を理解していた。
北軍が第一次ブルランの戦いで敗北し、1861年古参のウィンフィールド・スコット将軍が引退したあと、リンカーンは全北軍の総司令官にジョージ・マクレランを指名した。マクレランはウェストポイントの陸軍士官学校卒業生であり、このとき35歳と若く、鉄道会社の役員をしていて、ペンシルベニア州の民主党員だった。マクレランは半島方面作戦の作戦を立て実行するまでに数か月を要したが、それはリンカーンの望んだ姿ではなかった。この方面作戦の目標はアメリカ連合国の首都リッチモンドを占領することであり、そのために船でポトマック軍をバージニア半島に移動させ、陸路リッチモンドに迫る作戦だった。マクレランの動きが常に遅かったことでリンカーンと連邦議会の憤懣が募った。この作戦ではワシントンを守る軍隊の必要性はなかったが、リンカーンはマクレランの配下のいくらかの部隊が首都を守ることに固執していた。マクレランは常に南軍の勢力を過大評価しており、最終的に半島方面作戦に失敗したが、その責をリンカーンの指示にあると非難した。1862年3月、リンカーンはマクレランを更迭し、ヘンリー・ハレックを総司令官に据えた。これはマクレランがリンカーンに戦争遂行に注意を促す押し付けの政治的助言を送った、いわゆる「ハリソンズランディング・レター」（Harrison's Landing Letter）の後のことだった。マクレランの手紙は、リンカーンに圧力をかけて新しいバージニア軍の司令官に共和党員のジョン・ポープを指名させていた急進派共和党を激怒させた。ポープはリンカーンの戦略的な希望に従って、北からリッチモンドに向けて進軍することで首都を攻撃から守る形をとった。しかしこのときポトマック軍を指揮していたマクレランに要請した援軍が到着せず、ポープは1862年夏の第二次ブルランの戦いで完敗し、ポトマック軍は2度目のワシントン守備につくしかなくなった。1862年には海上にも戦争が拡大した。もとはUSSメリマックと呼ばれていた南軍の装甲艦CSSバージニアがノーフォーク沖で北軍の木造艦船3隻に損傷を与えるか沈めるかし、その後、北軍の装甲艦USSモニターと交戦して損傷を受けた。このハンプトン・ローズ海戦について、リンカーンは報告書を精査し、海軍士官を尋問した。リンカーンはマクレランがポープを支援しなかったことについて不満だったが、他に手段がなく、マクレランをワシントン周辺の全軍司令官に再登用した。このことはスワード以外の閣僚全てを当惑させた。マクレランが司令官に戻ってから2日後、南軍のロバート・E・リー将軍は、ポトマック川を越えてメリーランド州に入り（ハーパーズ・フェリーの戦い）、9月17日のアンティータムの戦いにつながった。この戦いに北軍は勝利したが、アメリカ史の中でも1日だけの戦闘としては最大級に犠牲者の多い戦いだった。この勝利で翌年1月にリンカーンは奴隷解放宣言を発すると布告することが可能になった。リンカーンはこの宣言をその前から作成してきており、それが窮余の策と思われないために軍事的勝利を待望していた。アンティータムのあとマクレランは退却中のリーの脆弱となった軍隊を追えというリンカーンの要求に抵抗した。一方、西部戦線テネシー州東部ではドン・カルロス・ビューエル将軍がそのオハイオ軍を敵軍に向けて移動させろという命令を同じように拒んでいた。その結果リンカーンはビューエルをウィリアム・ローズクランズに挿げ替えた。
リンカーンは奴隷解放宣言によって黒人（混血のものも含む）の奴隷を解放したことで賞賛される。しかしながら、リンカーンは本来奴隷解放論者ではなく（個人的には奴隷に反対していた）、実際には連邦軍によって制圧された南部連合支配地域の奴隷が解放されただけであって、奴隷制が認められていた北部領域では奴隷の解放は行われなかった。北軍側には5つの奴隷州があり、国際社会を欺いたに等しいこの宣言は、英仏が南部連合を支援するような融資や取引をやりにくくして、戦費や兵器を調達しにくくするために、および南部州における奴隷の反乱・逃亡･ボイコットの効果を狙い、実施されたものであった。事実、南部有利の戦況はやがて揺らいでいった。リンカーンは連邦政府の権限が奴隷制を終わらせるには憲法で制限されていることを理解しており、1865年まではその問題を個々の州に降ろしていた。大統領選挙の前およびその期間はアメリカ合衆国の新しい領土に奴隷制を拡大しないようにすることで、最終的に奴隷制が終わると主張していた。戦争が始まったとき、奴隷制を禁じる代わりに補償付き解放を各州に認めるよう説得しようとした（この提案は1862年にワシントンD.C.でのみ有効となった）。リンカーンは憲法で建国の父たちが考えたように、この方法で奴隷制を縮小させることが経済的に奴隷制を消し去るものと考えた。リンカーンは、1861年8月にジョン・C・フレモント少将が、1862年5月にデイビッド・ハンター少将がそれぞれ地域を限定した奴隷解放を行ったのを否定していた。これはその行動が彼らの権限内にないこと、および北軍に忠誠な境界州を動揺させることになるというのが理由だった。1862年6月19日、連邦議会は合衆国すべての領土で奴隷制を禁じる法を成立させ、7月には反乱者を助けたことで有罪とされた者の奴隷を解放させることのできる司法手続きを定めた第二次没収法を成立させた。リンカーンは各州内で奴隷を解放させる権限は連邦議会にないと考えていたが、議会に敬意を表してこれらの法案を承認した。これらの行動は憲法で大統領に認められている戦争遂行権限を行使する最高司令官によって行うべきものと感じており、その行動を行う計画を立てた。同じく7月、リンカーンは閣僚達と奴隷解放宣言の初稿について議論した。このとき「適切で必要な軍事的手段として、1863年1月1日に、アメリカ連合国各州の奴隷はその日以降永久に解放される」と述べていた。リンカーン個人はこの時点で奴隷を解放しなければ戦争には勝てないと決断していた。しかし、アメリカ連合国と反戦提唱者達は奴隷解放が平和と再統一への障害となるという説を広げることに成功していた。共和党員に影響力の強かった「ニューヨーク・トリビューン」紙の編集者ホレス・グリーリーはそれが策略だと主張し、リンカーンは8月22日の巧妙な手紙でそれに直接反論した。リンカーンはその大統領としての行動の主目的は連邦を守ることであるとし、次のようにのべていた（リンカーンはその「公務」に言及するときは一人称を用いた）。この戦争における私の至上の目的は、連邦を救うことにあります。奴隷制度を救うことにも、亡ぼすことにもありません。もし奴隷は一人も自由にせずに連邦を救うことができるものならば、私はそうするでしょう。そしてもしすべての奴隷を自由にすることによって連邦が救えるならば、私はそうするでしょう。またもし一部の奴隷を自由にし、他はそのままにしておくことによって連邦が救えるものならば、そうもするでしょう。私が奴隷制度や黒人種についてすることは、これが連邦を救うに役立つと信じているためなのです。また私はあることを差し控えるのは、そのことが連邦を救うに役立つと信じないためなのです。...以上は職務上の義務に対する私の考え方に基づき、私の目的を述べたのであります。そして、しばしば表明してきた私の個人的な永い、すなわち万人はどこにあっても自由でありうるという願いを、少しも変えようとは思いません。リンカーンは何度も各州に奴隷解放を望んでいることを明らかにした。国軍を率いるその役割は連邦を救うことであり、全体あるいは部分的な奴隷解放を含め、使うことのできるあらゆる手段を使うことだった。アメリカ連合国は銃剣の先でのみ返礼することになった。1862年9月22日に発行された奴隷解放予備布告は翌年1月1日に有効となり、当時北軍の支配下にはなかった10州の奴隷を解放し、すでに北軍の支配下にあった2州は除外することを宣言した。反乱州の奴隷制を廃止することが軍事目的となると、北軍が南部に侵攻するにつれて、多くの奴隷が解放され、最終的には南部の300万人を超える奴隷が解放された。奴隷解放宣言に署名するときのリンカーンのコメントは、「私はこの生涯の中で、この書面に署名するときほど正しいことをしているという確たる気持ちを持ったことはなかった。」というものだった。リンカーンは新しく解放された奴隷のためにコロニーを作る計画を以前から立てていた。奴隷解放宣言の中でも植民について肯定的なコメントを入れていたが、そのような大量の人々の世話を焼くという試みはすべて失敗した。奴隷解放が宣言されてから数日後、13州の共和党知事が「戦争知事協議」に集まった。彼らは大統領の宣言を支持したが、北軍の指揮官としてジョージ・マクレラン将軍を排除することを提案した。
奴隷解放宣言後、元の奴隷を軍隊で用いることは政府の公式方針となった。当初リンカーンはこの計画を全面的に行うことを躊躇したが、1863年春までに「黒人部隊の大量徴兵」を始めさせることになった。テネシー州の軍政府長官アンドリュー・ジョンソンに宛てた手紙で、黒人部隊を立ち上げることを奨励して、「5万人の武装し訓練された黒人兵がミシシッピ川の岸を進むさまを見れば即座に反乱を終わらせられるだろう」と記していた。リンカーンの指示が出されると、ニューヨーク市では徴兵に関するイングランド系とアイルランド系の差別に反対するニューヨーク徴兵暴動で多数の黒人がリンチ殺人されたものの、1863年暮れまでにロレンゾ・トーマス将軍がミシシッピ川流域から20個連隊の黒人部隊を立ち上げた。フレデリック・ダグラスはリンカーンについて、「かれの軍隊では私の卑しい出自、あるいは私の嫌われる肌の色について思い出させられることはなかった」と語った。リンカーンは、戦争の発生だけが大統領に合衆国内にすでに存在する奴隷を解放する憲法上の力を与えたと主張して、戦時立法として宣言に署名した。「反乱州」における奴隷制度を廃止した宣言は公式な戦争の終結につながり、それは奴隷制の廃止と連邦での市民権の確立に関するアメリカ合衆国憲法修正条項第13条および第14条制定の推進力となった。政治上奴隷解放宣言は北部に対して大きな支援となった。南部の綿花のおもな購入先であり、北軍の海上封鎖を打破しうる海軍力をもっていたのはイギリスだったが、結果的に奴隷解放宣言はイギリスを牽制する役割を果たした。当時の首相パーマストンは数か月前とは異なり、ヨーロッパ諸国が介入する機会は失われたと思うと説明した。イギリス世論は奴隷廃止を支持した。イギリスが南部を支持することはなかった。
1862年アメリカ合衆国中間選挙では、戦争を迅速に終わらせることに失敗したことや、インフレが進行し、新しく導入された高い税金、汚職の噂、人身保護令状の棚上げ、徴兵法、および奴隷を解放することが労働市場に影響するおそれがあったことなどで、内閣に対する不信があり、共和党はアメリカ合衆国下院でかなり議席を減らした。9月に予告された奴隷解放宣言はニューイングランドと中西部の北部で田園部の票を共和党にもたらしたが、都市部と中西部の南部では票を減らした。共和党が落ち込む一方で、民主党は活性化され、特にペンシルベニア州、オハイオ州、インディアナ州およびニューヨーク州で議席を増やした。共和党は連邦議会およびニューヨーク州を除く主要州議会における過半数を守った。シンシナティの「ガゼット」紙は、有権者たちが「果てしなく続く戦争に倦み、進展がないままに国の資源を浪費していることに気を落としている」と報じた。
リンカーンは軍隊の指揮について大雑把という過去があったジョセフ・フッカーを登用した。1863年春、リンカーンはいくつかの勝利が同時に起これば戦争を終わらせることができると考えるまで、この年の戦闘作戦について楽観的だった。その作戦とは、フッカーがリッチモンドの北でリー軍を攻撃し、ローズクランズはチャタヌーガ、グラントはビックスバーグ、さらに海軍はチャールストンを攻撃するというものだった。リンカーンは少なくとも当初はこれらの作戦のどれも成功しなかったので意気消沈するようになった。フッカーは5月のチャンセラーズビルの戦いでリー軍に潰走させられたが、数週間はその指揮を続けた。フッカーは軍を分けるようにというリンカーンの命令を無視し、リー軍にハーパーズフェリーで同じことをさせたあと、辞任を申し出、リンカーンがこれを認めた。
1863年7月のゲティスバーグの戦いにおいて、北軍が大きな勝利を収め、秋のオハイオ州の選挙では、カッパーヘッドが敗北したことで、エイブラハム・リンカーンは、共和党の強い支持基盤を維持し、戦争遂行を再定義できる強い立場にあった。これが、ゲティスバーグ戦場墓地で演説を行う機運となった。「われわれがここで述べることは、世界はさして注意を払わないでありましょう。また永く記憶することもないでしょう。」とリンカーンが予言したこととは逆に、この演説はアメリカ史の中でももっとも引用されることの多いものとなった。1863年11月19日の午後、ゲティスバーグの演説は、アメリカ合衆国ペンシルベニア州ゲティスバーグの国立軍人墓地の奉献式において、行われた。追悼演説は、当代随一の雄弁家として高名であったエドワード・エヴァレットが2時間にわたる大演説を行ったあとに行われた。ゲティスバーグの演説は、わずか272語、3分間の演説で、ピリオドを打った。エイブラハム・リンカーンは、アメリカ合衆国が、1789年ではなく1776年に生まれ、「自由の精神にはぐくまれ、すべての人は平等につくられているという信条に献げられた」と主張した。エイブラハム・リンカーンは、アメリカ南北戦争をこれら「自由」と「平等」の信条に捧げられるものとして、定義した。奴隷解放は、アメリカ合衆国の戦争遂行の一部となっていた。多くの勇敢な兵士が死んだことは無駄ではない、その損失の結果として、奴隷制が終わるのであり、民主主義の将来が保証され、「人民の、人民による、人民のための政治を地上から絶滅させない」と民主主義の基礎を主張した。エイブラハム・リンカーンは、南北戦争が豊富な目的を持っており、この国における新しい自由の誕生と結論付けた。ゲリー・ウィルズは、ゲティスバーグの演説を「言葉の威力がこれほど発揮された例はまずほかにない」と評価して、「あらゆる現代の政治演説はゲティスバーグから始まると言っても過言ではない」と主張した。
ジョージ・マクレラン将軍を始めとする総指揮官たちが繰り返した一連の失敗によるフラストレーションのあとに、リンカーンは、急進的で有能な軍指揮官ユリシーズ・グラント将軍を任命する運命的な決定を下した。グラントは軍事知識とリーダーシップを発揮した。ゲティスバーグの戦いから撤退するリー軍を追えなかったミードは、ポトマック軍の指揮で消極的な態度を続けたので、リンカーンは再度指揮官を変えることが必要だと考えた。シャイローの戦いやビックスバーグの戦いでのユリシーズ・S・グラント将軍の勝利がリンカーンの頭の中に残っており、北軍総司令官の強力な候補に浮上した。シャイローの戦い後にグラントを批判する声があったことに反応したリンカーンは、「私はこの男なしではやっていけない。彼は戦うのだ」と語った。グラントを総司令官に据えれば、北軍は多数の戦域で容赦なく一連の共同作戦を遂行できると感じていた。それでもリンカーンは、マクレランがそうだったように、グラントも1864年の大統領選挙で候補者を目指しているのではないかと心配していた。リンカーンは仲介者を介してグラントの政治的意図を問わせ、グラントにそのつもりがないことを確認した上で、上院にグラントを北軍総司令官に昇進させる議案を提出した。上院からはグラントの総司令官就任と中将に昇格させることに同意を得た。中将はジョージ・ワシントン以降誰も就いたことのない位だった（ウィンフィールド・スコットが1856年に名誉中将となったことは除く）。グラントは1864年にオーバーランド方面作戦を実行したが、損失も大きかった。荒野の戦いやコールドハーバーの戦いなどでの損失が大きかったため、消耗戦と言われることも多い。南軍は防御に回る利点があったにもかかわらず、「北軍と同じくらいの損失率を」出していた。損失の大きさは北部に警鐘を与えた。グラントはその軍隊の3分の1を失っていた。リンカーンがグラントに作戦内容を問うと、グラントは「私はこの作戦が一夏すべてかかるとしても、このやり方で戦い続けることを提案する」と答えた。南軍はそれ以上補強することがかなわなかったので、リー軍は全ての戦闘で後退し、バージニア州ピーターズバーグ郊外の塹壕の内側に引きこもるしかなくなった。グラントは包囲戦を始めた。リンカーンはバージニア州シティポイントにあったグラントの作戦本部を訪れた。このとき大統領はグラントやウィリアム・シャーマンと戦争の進め方について直接相談することができた。シャーマンはノースカロライナ州にいたが、このとき偶然にも急ぎの用でグラントのもとに来ていた。リンカーンと共和党は北部中で徴兵するための支援を開始し、グラントが失った兵力を埋めた。リンカーンはグラントに、南部のプランテーション、鉄道および橋梁といったインフラを標的にして、南部の士気を低下させ、経済的に戦争を継続する能力を下げさせる方法を認めた。グラント軍がピーターズバーグまで進軍したことで、リッチモンドと南部を結ぶ鉄道3本が遮断された。この戦略に従って、シャーマンとフィリップ・シェリダンはバージニア州シェナンドー・バレーのプランテーションや町を破壊した。1864年にシャーマンがジョージア州で行った海への進軍によって引き起こされた損害は幅60マイル (100 km) の範囲に限られてはいたが、リンカーンもその指揮官達も破壊が主目的ではなく、南軍を倒すことが目標だった。歴史家のニーリーが言っているように、第二次世界大戦のように文民に対する「全面戦争」とする意志はなかった。南軍の将軍ジュバル・アーリーは北部に対する一連の襲撃を開始し、首都ワシントンを脅かした。1864年のワシントン襲撃では、リンカーンが無防備な場所から戦闘を見ており、オリバー・ウェンデル・ホームズ大尉が「降りて下さい。ばかなことを。撃たれる前に」と叫んだ。グラントにワシントンを守るよう繰り返し呼びかけがなされた後、シェリダンに首都防衛の任務が与えられ、アーリー軍の脅威に対処された。
リンカーンは共和党の主流派をまとめ、エドウィン・スタントンやアンドリュー・ジョンソンといったタカ派民主党もまとめる政治の達人だった。リンカーンは一週間の多くの時間を割いて、全国の政治家と会話し、平時に大きく拡大されていたその権限も使って、共和党の派閥を一つにまとめ、自身の政策に対する支持を築き、急進派からの大統領候補指名追い落としの動きを封じた。1864年共和党大会では、南部州であるテネシー州出身のタカ派民主党員アンドリュー・ジョンソンが副大統領候補に指名された。リンカーンはタカ派民主党員とともに共和党員を含めるその連衡を広げるために、新しく全国統一党という党名で出馬した。グラントの春の作戦が犠牲も多い手詰まりとなると、軍事的な成功がないことはリンカーンの再選可能性を著しく損ない、国中の共和党員はリンカーンが落選することを怖れた。この恐れを共有したリンカーンは、もし落選することがあっても、ホワイトハウスを明け渡す前に南軍を破るという下記のような誓約書を書き、署名した。今朝、数日が過ぎ、この内閣が再選されない可能性が十分にあると思われる。そのときは、次期大統領と協力して選挙と就任式の間に連邦を救うのが私の任務であろう。次期大統領がその後では連邦を救えないという前提で、その選挙結果を得たであろうからである。リンカーンはこの誓約書を閣僚に見せなかったが、封をした封筒に署名することを求めた。民主党の綱領は和平推進派が主導してこの戦争を「失敗」と称したのに対し、その候補者ジョージ・マクレランは戦争を支持して、この綱領を否定した。リンカーンはグラントにさらに多くの軍隊を供給し、党を動員してグラントの戦争遂行に対する支援を新たにさせた。9月にシャーマンがジョージア州アトランタを占領し、またデヴィッド・ファラガットがアラバマ州モービルを占領したことは、敗北主義者のイライラを終わらせた。民主党が大きく割れ、指導者のいくらかと兵士の大半は公然とリンカーンを支持した。対照的に全国統一党はリンカーンが奴隷解放を中心議題に据えたことで、統一され活性化された。州レベルの共和党はカッパーヘッドの背信を強調した。リンカーンは3州を除いた全州を制し、北軍兵士の票の78%を得て、圧勝で再選された。1864年11月10日夜、リンカーンは、当選を祝してホワイトハウスの外に集まった人々への返礼として、短い言葉を述べた。その中でも、選挙を取りやめたり延期したりしたら、それだけで反乱者たちに敗れ去ったことになると語り、一大内戦の最中でも人民の政府は全国的選挙を行ってみせることができることを証明したと、アメリカ合衆国の健全さと強固さを強調した。
グラントが、リー軍を弱らせる、リッチモンド・ピータースバーグ方面作戦を続ける中で、和平への動きが始まった。1865年1月31日にアメリカ合衆国憲法修正第13条が批准された。1865年2月3日アメリカ連合国副大統領アレクサンダー・スティーヴンズは1群の代表を率いてハンプトン・ローズの蒸気船リバークィーン号で、リンカーンやスワード他と会合を持った（ハンプトン・ローズ・カンファレンス）。リンカーンは対等な立場でアメリカ連合国と交渉することを拒んだ。その唯一の目的は戦争を終わらせる手配を行うことだったので、この会合は何も生まなかった。
1865年3月4日、リンカーンは第二次大統領就任演説を行った。その中（下記）で、この戦争の両軍が被った大きな損失は神の意志だと述べた。歴史家のマーク・ノールはこの演説を「アメリカ人が世界の中でその位置を認識するような少数の神聖文書の中に位置づけられる」と述べた。われわれがひたすら望み、切に祈るところは、この戦争という強大な笞（天からの惨禍）が速やかに過ぎ去らんことであります。しかし、もし神の意思が、奴隷の二百五十年にわたる報いられざる苦役によって蓄積されたすべての富が絶滅されるまで、また笞によって流された血の一滴一滴に対して、剣によって流される血の償いがなされるまで、この戦争が続くことにあるならば、三千年前にいわれたごとく、今なお、（われわれも）「主のさばきは真実にしてことごとく正し」（詩篇19,9）といわなければなりません。なんびとに対しても悪意をいだかず、すべての人に慈愛をもって、神がわれらに示し給う正義に堅く立ち、われらの着手した事業を完成するために、努力をいたそうではありませんか。国民の創痍を包み、戦闘に加わり斃れた者、その寡婦、その孤児を援助し、いたわるために、わが国民の内に、またすべての諸国民との間に、正しい恒久的な平和をもたらし、これを助長するために、あらゆる努力をいたそうではありませんか。