軍職にあったときは部下への施しで殆ど蓄えがなく終戦時には無一文だった。東京都内に自宅を所有していたが、終戦直前の強制疎開でそれも失い、住むところにも事欠いていたが、埼玉県飯能市で、とある会社の廃バラックを貸してもらえることとなり、取りあえず寝起きできるように天井と床に薄いベニヤ板を張って住むこととした。屋根は杉皮葺で雨漏りし、水道はなく手汲み井戸、玄関はなく、畳は1枚もないため床には茣蓙を敷いていた。建物は全体的に傾いており、外から見ると住居ではなく物置小屋にしか見えなかったという。そこに、妻女と復員して軍を失職した菅原と三人の息子の合計5人が居住することとなったが、訪ねてきた旧軍関係者や元部下・遺族はその住居に驚き、菅原が自決せずに生き長らえていることに抗議するため菅原宅を訪れた義烈空挺隊の生き残りも、あまりの菅原宅のみすぼらしさと妻女の誠実な態度に触れて、何も言うことなく帰ったということもあった。菅原と妻女は後に、自立して家から出て経済的に成功した息子たちから、バラックを離れて同居しようと薦められたが、その申し出を断っている。断った理由について、長男道紀と陸軍士官学校で同期だった花村龍男に「戦死なされた方々のことを思い返せば私共こうして生かされて頂いていることは勿体ない限りなのでございます。住居や衣食について不足不満など申しては罰が当たりましょう」と述べている。花村はこの話に感動して、菅原を「昭和の乃木将軍」と評して、自分の家族や教え子たちに話して聞かせたという。結局、菅原は死ぬまでこのバラックに居住し続けた。失職した菅原は付近の空地を耕して野菜を作り、妻と長男道紀は山に入って山菜を採り、山羊や鶏を飼ったが、中国戦線でマラリアが持病となっていた長男は重労働で身体をこわし、終戦の翌年1946年に母の手を握って「私が死ぬとご両親は少しは肩身が広げられますね」という言葉を遺すと、若くして亡くなった。菅原はそのような極貧の生活のなかでも、軍職にあったときと同様に少しでもお金が入ると、全国の困っている特攻隊員の遺族を助けるために、全国の遺族巡りに飛び出していった。すでに軍司令官ではない菅原は一般の乗客と同様に、戦後の混乱のなかで、すし詰め満員の鈍行列車に乗車したが、あまりの混雑に窓ガラスを割って乗車するものや、身動きがとれないのでその場で放尿するものなどもいるなか、菅原は十分な睡眠もとれずに忍耐強く強行軍で訪問を続けた。菅原の日誌によれば、元軍司令官の訪問に多くの遺族は感激して歓迎したという。菅原は遺族の殆どが国の援助もなく困窮していることに心を痛め、遺族も社会の冷遇に対して菅原に不満を述べている。菅原は遺族巡りを続ける中、旧陸軍時代に培った元部下の航空自衛隊田中耕二空将ら自衛隊幹部や元軍令部総長及川古志郎ら元軍幹部などの人脈を駆使、地方公共団体の協賛等を得て、他の軍関係者とともに「特攻平和観音奉賛会」を設立し「特攻平和観音像」を4体建立した。「特攻平和観音像」の胎内には菅原が直筆した巻物が収められている。1956年に世田谷区の世田谷山観音寺に移設してからは、亡くなる直前まで毎月参詣していたという。そのうち1体は、特攻基地知覧に建立されて「知覧特攻平和観音像」と名付けられ、特攻隊員の慰霊施設を望んでいた「特攻の母」こと鳥濱トメや、知覧町立高等女学校（現鹿児島県立薩南工業高等学校）の女学生で特攻隊員の世話をした「なでしこ隊」の元女学生ら地元住民を喜ばせた。菅原は毎年5月3日に知覧で行われる慰霊祭法要にも死の直前まで参列し続けた。また、のちには観音像の近くに知覧町により「知覧特攻遺品館」（のちに知覧特攻平和会館として整備）も造立され、また町外れから観音像まで続く灯籠が建てられるなど整備されて、後年、多くの観光客が訪れるようになった。菅原は「特攻平和観音像」建立の発起人として、自らガリ版刷りで案内状を印刷するなど主導的な立場で、特攻隊員の慰霊・顕彰に尽力し成果を挙げた。特攻隊指揮の責任を問われると「申し訳ない。私は鬼畜生と思われてもいい。だが彼らのことは悪く書かないでくれ。」と土下座して謝罪したという。また、菅原は作家の山岡荘八に義烈空挺隊のことを尋ねられて、「まことに立派な若者たちで惜しい！などという言葉では云いきれません。」と声を呑むようにして答えて合掌している。しかし、1969年に執筆した「特攻作戦の指揮に任じたる軍司令官の回想」という文章では、特攻は「自発的行為」だったとし、「あの場合特攻すなわち飛行機を以てする体当たりは唯一の救国方法であり、それが我が国に於いて自然発生の姿で実現したことに意義があるのであって、功罪を論ずるのは当たらないと思う」と記している。菅原が最後まで特攻を「自発的意思であった」という主張を譲らなかったのは、菅原自身の責任回避であると非難されることもあるが、次男の道義は、菅原は最期まで天皇に対する忠誠を貫いており、「特攻は命令だった」と軍司令官である菅原が認めれば、「上官の命はすなわち朕の命」という日本軍の統帥権上、特攻は天皇が命じたということになりかねないので、特攻の責任を天皇に及ぼさないためにも、軍司令官だった菅原が志願であったと言い通さなければならなかったと推察している。そのため、死の直前に菅原は「あの二十歳前後の若者たちが、何で喜んで死んでゆくものか」という本音を家族にもらしている。作家の高木俊朗が「陸軍特別攻撃隊」という著書を出版するにあたっては、菅原は高木の要請に応じて快く資料を渡したり取材に応じたりしていた。そんなある日、高木が航空自衛隊の田中空将の取材に訪れた際に、同席していた菅原から「特攻隊のことを書くのは結構だが、特攻観音のことも、大いに書いてもらいたい。わしは今日も、お参りに行くところだが、このことを、よく念を押そうと思って君がくるのを待っていたのだ」と話しかけられた、高木はこの時の菅原について「特攻観音の建立に協力し慰霊もして罪の償いはできたとアピールしていると感じた」と非難するかのような記述をし、出版された「陸軍特別攻撃隊」の内容も、多くの資料を渡したのにも関わらず、余りにも事実と違っていた。それでも菅原は周囲に「放っておけ、わかっている人はわかっているんだから」と意に介さず、「高木俊朗にはあること無いことを書かれてしまったよ」と笑いながら語っていた。高木は著書の中で「なでしこ隊」の女学生が作ったとする短歌を載せているが、それは高木が自分で作ったものであり、短歌の作者として実在の女学生の名前を勝手に使用していたということが判明したり、取材時に交わした鳥濱トメとの約束を破り、そのことに嫌気がさした鳥濱トメが取材嫌いになったりと、当時の知覧の人たちからは敬遠されていた。そのため、「知覧特攻遺品館」で高木が著作の販売を申し入れしたところ、当時の館長から販売を拒否されたことがあったという。後日、高木が菅原の陸軍幼年学校からの永年の同窓で盟友でもある石原莞爾のことを書きたいとして菅原に資料の提供を要請したときには、菅原は「君に資料を貸したら、全く逆のことを書かれてしまう。断る」とはっきり伝えたため、完全に菅原と高木の交流が途絶えてしまい、前にも増して高木の著書には菅原に対する悪い記述が目立つようになった。高木の著作の記述は、その後出版された多くの他の著者の特攻関連の著作にも引用されて、戦後の反軍反戦の風潮のなか「死を恐れて自決もしなかった愚将」という菅原の評価が広まっていき、同じように戦後に自決することがなかった特攻隊指揮官富永恭次と一緒に罵詈雑言を浴びせられるようになっていったが、菅原がその悪評に対して反論することはなかった。最晩年には白内障を患い、軽度の老人性認知症の症状も出たが、それでも息子らの介助で特攻平和観音の参詣を続けた。盲目寸前の父親を介護するため次男道義夫婦が菅原宅で寝泊まりすることとしたが、菅原は時折、第6航空軍時代だと錯覚した言葉を発したという。最晩年まで外での一般的な受け答えや日常生活に支障はなかったが、家で次男ら家族だけが相手になると「川嶋（参謀長）君、明日の出撃はどうなる？」「経理部長、あそこの兵隊たちは腹を空かせている。先に食べさせてくれ」などと参謀か何かと間違えて話しかけ、会話の途中で「何だ、おまえか」と我に還った。ときには「刀を持ってこい、腹を切る」「拳銃はどこに隠した」と自決に関することを口にすることもあって、家族は菅原の頭には第6航空軍時代の記憶が多くを占めて、また終戦後の自決の問題がどれだけ強烈な思いを残していたのか思い知らされた。1983年（昭和58年）12月29日死去。満95歳没。事実に基づかない書籍の記述などで、実像とはかけ離れた人物像が広まって、世間から誹謗され続けながらも積極的に反論することもなく、それに耐えて生き抜いた一生であった。陸軍幼年学校入学当時から死去の3年前まで克明な日記を残しており、靖国神社附属の靖国偕行文庫に所蔵されている。菅原の特攻隊員の慰霊顕彰活動を「表面的なもの」とみて快く思っていなかった人たちも少なくなく、「振武寮」で参謀の倉澤に虐待されたと証言した大貫健一郎少尉は「菅原中将の態度は特攻を美化するものであり、戦死者を悼み過去を反省するものではない」と断じ、次男道義はとある特攻隊員の遺族から「あなたのお父さんは絶対に赦せない」と面罵されたという。また今日でも、特攻を指揮したことで「愚将」と誹られ、また、責任をとって自決することもなく天寿をまっとうした特攻指揮官として叩かれることも多いが、次男道義は自決しなかったとして罵詈雑言を浴びせられる父に対して、「死ねば許される」という日本人の感覚に疑問を呈し、降伏した以上は軍司令官として、自決よりはなすべき終戦処理を優先したこと、特攻隊員の慰霊顕彰と遺族の弔問を優先するあまりに、時期的に自決する機会を逸したことに理解を示し、また、菅原は次男道義や陸軍士官学校61期の三男菅原道煕とともに特攻隊員の慰霊顕彰活動に大いに貢献したこともあって、多くの遺族や関係者の信頼を得て、菅原の死後に設立された特攻隊戦没者慰霊平和祈念協会（現特攻隊戦没者慰霊顕彰会）の初代理事長に三男道煕が就任している。道煕は終戦により陸軍士官学校学生という身分を失ったが、一念発起して戦後の日本の復興のため東京大学大学院で農学を専攻し、その後イリノイ大学でも研究して特に配合飼料の開発で成果を挙げ、伊藤忠商事関係の飼料会社社長、コロンビア大学教授などを勤めながら、父とともに特攻隊員の慰霊・顕彰活動に尽力している。特攻隊戦没者慰霊平和祈念協会が特攻隊戦没者慰霊顕彰会に組織変更した以降も、顕彰会顧問として父の菅原の意志を継ぎ特攻隊員の慰霊顕彰事業や特攻の研究などを続けて2012年に逝去している。