バラエティ番組は第2制作部（旧バラエティー制作センター）が担当して、小松純也第2制作部長らが制作している。主に『ホンマでっか!?TV』、『奇跡体験!アンビリバボー』、『VS嵐』、『ネプリーグ』などのクイズ番組を制作をしている。過去には、『森田一義アワー 笑っていいとも!』、『ライオンのごきげんよう』、『バイキング』などのトーク番組もバラエティ制作センターで制作していた。バラエティ番組最大の特徴は、地域・芸能事務所を問わず実力のある若手のお笑いタレントを5〜6組集合させて番組を製作し、関東ローカルの深夜番組からゴールデンタイム・プライムタイムの全国ネットへと番組を育ててゆく手法を取ることである。この手法をとった番組を中心に軒並み高視聴率を獲得して数多くの人気バラエティ番組を輩出した。また、レギュラー番組では1980年代に一世を風靡した『オレたちひょうきん族』に始まり、『スターどっきり㊙報告』、『クイズ・ドレミファドン!』、『なるほど!ザ・ワールド』、『オールナイトフジ』、『夕やけニャンニャン』、『さんまのまんま（関西テレビ制作）』、『ねるとん紅鯨団（関西テレビ制作）』、『夢で逢えたら』、『志村けんのだいじょうぶだぁ』、『とんねるずのみなさんのおかげです』（→『とんねるずのみなさんのおかげでした』）、『ダウンタウンのごっつええ感じ』、『ウッチャンナンチャンのやるならやらねば!』、『平成教育委員会』、『ボキャブラ天国』、『はやく起きた朝は…』、『とんねるずのハンマープライス（関西テレビ制作）』、『とぶくすり』、『SMAP×SMAP（関西テレビと共同制作）』、『めちゃ²イケてるッ!』、『発掘!あるある大事典』、『笑う犬』シリーズ、『第四学区』、『サタ☆スマ』、『力の限りゴーゴゴー!!』（現在：『ネプリーグ』）、『ウチくる!?』、『メントレG』、『クイズ$ミリオネア』、『あいのり』、『爆笑問題☆伝説の天才』（旧：『ハッピーボーイズアワー爆笑おすピー問題!』、『爆笑おすピー大問題!!』）、『もしもツアーズ』、『トリビアの泉 〜素晴らしきムダ知識〜』、『水10!』（『ココリコミラクルタイプ』・『ワンナイR&R』）、『グータンヌーボ（関西テレビ制作）』（旧：『グータン〜自分探しバラエティ〜』、『空飛ぶグータン〜自分探しバラエティ〜』）、『はねるのトびら』、『クイズ!ヘキサゴンII』（旧：『クイズ!ヘキサゴン』）、『脳内エステ IQサプリ』、『タモリのジャポニカロゴス』、『ザ・ベストハウス123』、『ボクらの時代』、『ペケ×ポン』、『ホンネの殿堂!!紳助にはわかるまいっ』（旧：『一攫千金!日本ルー列島』）、『爆笑レッドカーペット』、『爆笑レッドシアター』（旧：『THE THREE THEATER』）、『にじいろジーン（関西テレビ制作）』、『人志松本の○○な話』、『爆笑 大日本アカン警察』、『ピカルの定理』、『ほこ×たて』、『キカナイト』、『おじゃMAP!!』、『なかよしテレビ』、『有吉弘行のダレトク!?（関西テレビ制作）』、『アウト×デラックス』、『テラスハウス』、『Numer0n』、『ジェネレーション天国』、『ワイドナショー』、『そんなバカなマン』、『痛快TV スカッとジャパン』、『ダウンタウンなう』、『全力!脱力タイムズ』、『さんまのお笑い向上委員会』、『世界の何だコレ!?ミステリー』、『さまぁ〜ずの神ギ問』、『ネタパレ』（旧：『超ハマる!爆笑キャラパレード』）、『もろもろのハナシ』、『今夜はナゾトレ』、『潜在能力テスト』、『超逆境クイズバトル!! 99人の壁』、『石橋貴明のたいむとんねる』、『直撃!シンソウ坂上』などがあり、いずれも高視聴率を獲得しフジテレビを代表する人気番組となった。異色の番組としては、若手芸人発掘のために8年周期で放送される『新しい波』シリーズがある。『プロ野球珍プレー・好プレー大賞』、『ジャンクSPORTS』、『村上信五とスポーツの神様たち』、『World Baseballエンタテイメント たまッチ!』、『村上信五のスポーツ奇跡の瞬間アワード』などのスポーツバラエティ番組も人気を獲得している。他のテレビ局と比べてジャニーズ・アイドルグループをレギュラー番組で起用する事が最も多く、2019年現在、ゴールデンタイム・プライムタイム帯に『VS嵐』の1番組、深夜帯に『TOKIOカケル』、『キスマイ超BUSAIKU!?』の2番組、朝帯に『KinKi Kidsのブンブブーン』、『関ジャニ∞クロニクル』、『いただきハイジャンプ』の3番組、合計6番組のレギュラー番組が放送されている。その他、個々でそれぞれのレギュラー番組も放送されている。過去には『SMAP×SMAP』、『メントレG』、『VivaVivaV6』、『5LDK』などの番組が放送されていた。また、ジャニーズだけではなく『夕焼けニャンニャン』やおニャン子クラブから秋元康との関わりも深く、同プロデュースのAKB48の2012年の『AKB48第4回選抜総選挙』から『AKB48選抜総選挙』の地上波独占放送の放映権を持っており、『ミライ☆モンスター』など数多くの番組でAKB48グループのメンバーがフジテレビの番組に多数出演している。他に秋元プロデュースのAKB48グループや坂道シリーズが出演する番組は『AKB映像センター』、『恋愛総選挙』、『※AKB調べ』、『僕らが考える夜』、『指原カイワイズ』、『さしこく〜サシで告白する勇気をあなたに〜』、『淳・ぱるるの○○バイト!』、『ライオンのグータッチ』、『真夜中』、『白昼夢』、『My first baito』、『欅坂46のあっぷっプリ』、『私の働き方〜乃木坂46のダブルワーク体験!〜』、『サクッと!欅坂46』などがある。スポンサー料の安い深夜・早朝枠は、逆に「視聴率を稼がなくても良い」と解釈され、実験的な番組が多数作られた。1987年10月改編で正式に「24時間放送」を開始、『プロ野球ニュース』終了後以降の深夜枠に『JOCX-TV2』という「ゾーンタイトル」を付加、社内組織的にも編成局内に「深夜の編成部」なる深夜編成担当チームが組まれた。これらの枠から人気を博した番組に『カノッサの屈辱』、『ウゴウゴルーガ』、『Flyer TV』があったが、編成方針の変更により「深夜の編成部」が廃止され、「ゾーンタイトル」など「深夜枠」という特定のカテゴリー自体もこれをもって廃止された。レギュラー番組に留まらず、『ものまね王座決定戦』、『ドリフ大爆笑』、『志村けんのバカ殿様』、『THE MANZAI』、『FNS27時間テレビ』、『明石家サンタの史上最大のクリスマスプレゼントショー』、『逮捕の瞬間!密着24時』（旧：『犯罪パニック24時!!逮捕の瞬間100連発』、『踊る!大警察24時』）、『爆笑そっくりものまね紅白歌合戦スペシャル』、『R-1ぐらんぷり（関西テレビと共同制作）』、『さんタク』、『マジック革命!セロ!!』、『人志松本のすべらない話』、『歌がうまい王座決定戦スペシャル』、『run for money 逃走中』、『超ド級!世界のありえない映像』、『IPPONグランプリ』、『芸能界特技王決定戦 TEPPEN』、『中居のかけ算』、『日清食品 THE MANZAI』→『Cygames THE MANZAI マスターズ』、『世界ベスト・オブ・映像ショー』、『ハンゲキ』、『ヘンないきもの』、『映っちゃった映像GP』、『見逃せない瞬間MAX』、『ENGEIグランドスラム』、『中居正広のこうして私はやっちゃいました! 神センス☆塩センス!』、『タイプライターズ〜物書きの世界〜』、『さんまの東大方程式』、『実録!金の事件簿』などの年1回放送や不定期放送のスペシャル番組にも総力をかけて制作している。いずれも高視聴率を獲得しフジテレビを代表する人気番組となっている。主に、『金曜プレミアム』か『土曜プレミアム』などの単発番組枠で放送されている。また、正月の元日には毎年、『初詣!爆笑ヒットパレード』が朝から昼まで放送されている。2010年までは、元日の名物番組として『新春かくし芸大会』が放送されていた。2018年より、『ニッポンよ!セカイを倒せ! フジヤマ 〜日本のNo.1vs世界のNo.1〜』が放送されている。さらに、上記のレギュラー番組で放送終了した番組でも不定期放送のスペシャル番組として継続している番組もある。『ロケ芸人最強決定戦 外王（フジテレビ）』が新たに放送。1970年代以降からは、個人戦のトーナメントで優勝を競う番組構成やものまね四天王の一世風靡により、『ものまね王座決定戦』が高視聴率を連発して、ものまね番組も不動の人気を獲得し、『ものまね王座決定戦』は年4回放送された。他局のものまね番組の人気剥奪により、『ものまね王座決定戦』が一旦放送を終了し、2000年代からは、『爆笑そっくりものまね紅白歌合戦スペシャル』が年3回放送されるようになる。そして、2012年には12年ぶりに『ものまね王座決定戦』が放送を再開して、『爆笑そっくりものまね紅白歌合戦スペシャル』と並行しながら放送を継続している。また、兄弟番組である『歌がうまい王座決定戦スペシャル』も不定期放送されている。主に、『金曜プレミアム』か『土曜プレミアム』などの単発番組枠で放送されている。ちなみに、ものまね四天王が全盛期の頃は、ものまね番組では異例となるレギュラー番組として『ものまねくらぶ』や『ものまね珍坊』が放送されていた。同局で放送されている複数の各番組の出演者が一堂に会する番組対抗スペシャル番組として、『オールスター春秋の祭典スペシャル』、『FNS番組対抗!なるほど!ザ・春秋の祭典スペシャル』、『FNS超テレビの祭典』、『FNS番組対抗!春秋の祭典スペシャル』、『笑っていいとも!春・秋の祭典スペシャル』、『夜の笑っていいとも!春・秋のドラマ特大号』、『タモリ・中居のドラマチック・リビングルーム』、『さんまの番組向上委員会』、『FNS番組対抗!オールスター春秋の祭典スペシャル』等がある。複数のお笑いタレントを出演させて本業のお笑い以外のエンターテインメントで優勝を競う『お笑い芸人王座決定戦スペシャル』が2000年代を中心に放送されていた。番組ラインナップは、『お笑い芸人歌がうまい王座決定戦スペシャル』、『お笑い芸人マジック王座決定戦スペシャル』、『お笑い芸人親子で漫才王座決定戦スペシャル』、『お笑い芸人どっきり王座決定戦スペシャル』の4番組が放送されていた。フジテレビではゲームをメインとしたバラエティ番組も数多く制作されており、CS放送の『ゲームセンターCX』も含めて、『ネプリーグ』、『ペケ×ポン』、『VS嵐』、『run for money 逃走中』、『Numer0n』、『人狼〜嘘つきは誰だ?〜』などがある。お色気番組では、日本初のお色気番組といわれる『ピンクムードショウ』が1960年代に放送されて、1990年代では『殿様のフェロモン』が放送されて、お色気番組で異例となる高視聴率を記録して大ヒットをした。『森田一義アワー 笑っていいとも!』、『ライオンのごきげんよう』（旧：『ライオンのいただきます』）、『とんねるずのみなさんのおかげでした』（旧：『とんねるずのみなさんのおかげです』）、『SMAP×SMAP』、『めちゃ²イケてるッ!』はかつてフジテレビを代表する看板の長寿番組として放送されており、いずれの番組も放送が20年以上続いた。2019年3月には『フジテレビ開局60周年記念企画 グレイティストTVショー〜ブラウン管が生んだスターたち〜』が、メディアミックスα枠で日ごとにMCを変えて生放送された。