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ある時「連載が予定の10回で終了したら、どげんするとです?」と聞いた所、担当編集の堀内丸恵（彼も小林の初期の漫画に時々登場する）はバツが悪そうに「そりゃあ…同じくらい面白い漫画、また作るしかないんじゃないかな」と答えた。世間知らずの小林は、漫画家が終身雇用制だと思っていたのだが、「連載が打ち切られたら失業」という事実を知った親戚が連日かわるがわる押しかけ「漫画家なんて馬鹿なことやめっとよ!」と大合唱されることとなり、背水の陣でムキになって熱筆。結局『一直線』は大ヒットし、流行漫画家となった。難のあった画力も週刊連載開始から2ヶ月ほどで、当時のギャグ漫画家としては標準レベルとなった。デビュー当時はカラーページを描く際に使用する、耐水インクの存在を知らなかった。『一直線』連載当時、カラーページを描く時はまず墨汁でペン入れをし、その後ペン入れした線が滲まないよう、神経を研ぎ澄まして絵の具で着色していた（小林曰く「前衛的な手法」）。そのためカラーページを描くのを嫌がり、同時期他の連載作家がカラーページで掲載していたのを見て「どうやってインクをにじませずに描いているのだろう?」としきりに思っていた。スクリーントーンも、他の作家がトーンを貼る前の、指定を記したものしか見たことが無かったので、指定だけ書けば印刷されると思っており、ある時編集者から「先生!ちゃんと貼って下さいよ」と泣きつかれたことで、初めて知ったと言う。当時の小林は、髪がセミロングサングラスの入った大き目の眼鏡をかけ、キャッチフレーズ?は「漫画界のさだまさし」。しかしギャグ漫画の死線の中、ただでさえやせていた頬がもっとやせ、井上ひさしみたいと言われたのは、たまらなかったと語っている。
オサール高入試で当然不合格になった東大通は、中学卒業後、魂の抜けた隠居生活を送っていた。何とか高校まで通わせてやりたいと案ずる母は、チョンマゲ先生と一計を企む。東京大学そっくりに改装した貧乏高校、優秀館高校の前までおびき出し、ライバル視していた多分と共に、二次募集を受けさせてやろうと言うのだ。東大通と多分は学内で激しく争った末、30分であっさり合格。実は経営不振で潰れそうなので、逃げない内に校長と教頭が合格させたのだ。本人が頑張っているからと優秀館に通わせることにしたが、そんな内情だから入学生は（一部を除き）ボンクラばかり。そんな様子に見かねた東大通は、東京大学進学を目指す団体「いちょう会」設立を宣言。何だかよくわからないが、いちょう会に恐れをなした不良達も入会。皆で早速宴会に入るなど、進学団体でなく代議士の後援会みたいな振る舞いになってしまう。
だが『一直線』の人気は後に、急激ではないがじわじわ下降。起死回生の上京シリーズでもアンケートの結果は変わらず、とうとう連載終了を宣告された。そして西村が久しぶりに福岡に現れると、飲み屋で小林に「今はもうあんたみたいに、がむしゃら描く時代じゃないんだ」「その程度の実力で、連載何本も持っちゃいけないよ」などと嫌味を言った。小林は当てこすりとして『一直線』の最終回近くに、「成績の悪い奴は切るべき」と語る西村そっくりの進学顧問、切人破門を登場させる。以後『週刊少年ジャンプ』には読切が何本か載っただけで、西村とも絶縁状態となった。しかし小林の語る所では、1988年の小学館漫画賞受賞時（『おぼっちゃまくん』）には、バツが悪そうながらも西村が褒めてくれたと言う。西村自身はストーリー漫画に偏重し、ギャグ漫画は苦手であったことを後に告白している。
優秀館高校を退学になった後、東京大学を探して東京までやって来た東大通。その前に多分が現れる。多分の母が亡くなった後、愛人を作って家出していた父が戻って来たのだ。多分の父が校長を務める知識ヶ丘学園は、エリートに満ちた空気で溢れている。その生徒達に活を入れるため、彼のスピリッツが必要だと、東大通を編入学させる。東大通達は高校3年生。つまりいよいよ、東京大学の入学試験が近づく。漫画狂太や現役勝らとの交流も続くが、受験が近づくにつれて現役は次第に精神を病んでいくことになる。東大通は一時期、東大受験を諦めて八百屋で働き（高校には在籍したままのようである）、勤務先の紹介によって見合いから仮祝言までするが、知識ヶ丘に編入してきたあおい新吾の指摘によって受験への情熱を取り戻す。受験シーズンが近づくにつれて東大通は強烈な精神力がさらにパワーアップし、頭部にオーラが現れるようになる。その精神力によって共通一次試験ではコンピューター採点をも狂わせて奇跡的に東大受験の「足切り」をクリアする。東京での東大受験を控えて、現役とともに試験会場の下見をする途中に東大通は交通事故に遭い瀕死の重傷を負う。事故によってかえって脳細胞が活性化し天才となった東大通は、多分らの助けも得て東大受験に臨み見事合格を果たす。いっぽう東大を不合格になった現役は、安田講堂の屋上にノミを刺して飛び降り自殺する。ラストでは、東大通が安田講堂の屋上から現役の亡霊を目撃すると、現役の刺したノミによって安田講堂の建物が崩壊し、東大通も屋上から落下してしまう（明確な描写はないが落下によって死亡したとも解釈できる。）。
『一直線』連載後期に、日本初のヤング漫画誌『週刊ヤングジャンプ』が創刊され、角南攻（詳細はリンク先を参照）は『週刊少年ジャンプ』の人気作家大勢に声をかけた（以後集英社の青年誌の作家は『ビジネスジャンプ』等ヤングジャンプ系と、『スーパージャンプ』等少年ジャンプ系に分化した）。小林も『ヤングジャンプ』創刊時から『世紀末研究所』を毎号8ページ（月産16ページ）連載、『月刊少年ジャンプ』の『救世主ラッキョウ』と併せ3本の連載を抱え、この時点で「やっと漫画家として自らを認めた」と語っている。角南は東大合格前に終了した『一直線』の存在を惜しみ、『世紀末研究所』を終了させてまで続編『東大快進撃』を掲載させる（角南自体、角南塾頭という名で『東大快進撃』に登場した）。普通のギャグ漫画と違うことはデビュー時から皆気づいていたが、東大通の東京大学受験がいよいよ近づくにつれアンケート結果が上昇、当時流行だった少年ラブコメ漫画である野部利雄『わたしの沖田くん』を抜いて1位になった。編集長は東大受験後も連載を続けさせたかったが、直接言わずにほのめかしただけなので、小林は真意を理解せず、合格直後に1位のままという珍しい状態で連載は終了した。しかし次の連載『(誅)天罰研究会』は人気投票でビリを記録。小林は『おぼっちゃまくん』のヒットまで、いまいち売れず苦しい時代が続いた。この後は小林よしのり#東大一直線とその後の苦闘を参照。
ヤング向けのアダルトなギャグを含んだお笑い本、KKベストセラーズ社のワニの豆本として、1979年初夏に発売。会話コントのほとんどは『一直線』に登場したギャグを焼き直したもの。
1979年春に発売されたタバレスの楽曲「Straight From Your Heart」につけられた邦題。小林の同級生で親友の甲斐よしひろが日本盤シングルをカバー（キャピトル ECR-20543）、ジャケットは小林による『一直線』のキャラクターたちがディスコで踊っているイラスト。ジャケット裏には小林のコメントも記載されている。
1979年頃の小説。挿絵も小林が担当しており、漫画の扉絵に挿絵の下描きが使われたこともある。
享保9年（1724年）、土佐藩奉行職、5代宿毛領主山内晴氏の長男として高知にて誕生した。同年9月に父が急死し、まだ幼児のため、叔父・郷俊が家督を相続、その養嗣子となった。寛延元年（1748年）、郷俊が蟄居を命じられ隠居することとなり、家督と知行6800石を相続し、宿毛7代領主となる。宝暦5年（1755年）、8代藩主・山内豊敷より奉行職に任じられる。宝暦12年（1762年）、宿毛領内に琉球の船が漂着し、藩命で取扱いを命じらる。幕府との交渉の末、薩摩藩に船を引き渡す。明和9年（1772年）、嫡男の氏益が病死する。安永2年（1774年）、深尾苞実の三男・保氏を婿養子とする。天明元年（1781年）、病のため職を辞す。天明6年（1786年）、隠居して家督を保氏に譲る。天明7年（1787年）、死去。享年64。
一龍斎 貞花（いちりゅうさい ていか）は、講釈師の名跡。当代は5代目。
後の4代目一龍斎貞山。
後の3代目錦城斎典山。
後の6代目一龍斎貞山。
後の6代目一龍斎貞丈。
5代目 一龍斎 貞花（いちりゅうさい ていか、本名：朱宮 正喜、1939年（昭和14年）2月12日 - ）は、講談協会所属の講釈師。
愛知県江南市生まれ。生家は仏壇店。29歳まで洋菓子メーカーでサラリーマンをしていた。1968年、6代目一龍斎貞丈に入門し貞正を名乗る。1976年に真打昇進し、5代目貞花を襲名。講談協会常任理事、日本芸能実演家団体協議会常任理事、日本演芸家連合常任理事、東京成徳大学客員教授などを歴任。2004年に、保護司活動の功績で瀬戸山賞受賞。古典・新作両方をこなし、講演活動も行う。プロ野球・中日ドラゴンズのファンであり、1998年には「球団外公報」を務めた。毎年の春季キャンプの時期に活躍した若手選手に「一龍斎貞花若竜賞」を贈呈している。野球を題材とした創作講談「王貞治物語」の口演でも知られ、同演目を高座にかけた際、王を登場させ、対談を合わせて行ったことがある。
父・吉徳の死の5か月前に最後の男子として生まれる。幼名は時次郎。藩主の十男と序列は極めて低く、本来藩主の座などとても望めない立場であった。誕生翌年の延享3年（1746年）4月、越中勝興寺の住職になることが定まり、6月に名を尊丸と改める。宝暦6年（1755年）11月に勝興寺に移り、宝暦11年（1761年）3月、17歳で得度して闡真と称した。しかし、兄たちは次々に早世し、七男の重教が藩主を継いだ頃には、重教と九男の利実を残すのみであった。明和3年（1766年）に利実も没し、重教にも他の兄たちにも男子がなかったため、明和5年（1768年）12月に闡真は重教の命により還俗した。翌年2月金沢に移り、俗名で名乗りを時次郎に戻した後、諱を利有（としあり）とした。なお、このとき金沢入りした際の道中記は、非常に優れた日記として評価されている。明和8年（1771年）3月、松平名字を与えられる。翌4月、重教の隠居により家督を継ぎ、将軍徳川家治より偏諱を授かり治脩に改名した。寛政4年（1792年）、藩校明倫堂（総合大学的性格を持つ文学校）と経武館（士官学校的性格を持つ武学校）を兼六園の隣に創設した。学頭は京から招かれた新井白蛾で、当代随一の漢学者として名高かった。重教が隠居後に男子をもうけたので、長男の斉敬を寛政3年（1791年）に養嗣子とした。しかし斉敬は襲封前に夭逝したため、代わって次男の斉広を養嗣子とし、享和2年（1802年）に家督を譲って隠居した。寛政12年（1800年）に側室の伊遠に自身の男子・裕次郎（利命）が生まれており、斉広の養嗣子（順養子）としたが、裕次郎は文化2年（1805年）に6歳で夭折した。文化7年（1810年）、66歳で没した。
幼少時代、WWFやWCWといったアメリカのメジャー団体のプロレスを見ていた事からプロレスラーになる事を志す。2008年10月、ピエール・フォンテーヌがパ＝ド＝カレー県のラヴァンティにて主宰するNWA加盟団体であるICWA（International Catch Wrestling Alliance）にてトレーニングを開始。2009年7月13日、ICWA Fire-Wrestle-Worksにてリュカ・ディ・レオ（Lucas Di Leo）のリングネームでプロレスラーデビューを果たし、キッド・マイクと組んでブラ・パンク & サンダーと対戦した。2010年5月29日、ドイツのバーデン＝ヴュルテンベルク州を拠点とするRNW（Rhein-Neckar Wrestling）にICWAの同僚であるピーター・フィッシャーと共に参戦した事から9月にフレンチ・フレーバー（French Flavour）なるタッグチームを結成。同月11日、ICWA Cabaret Catch Night 1にてグレッグ・フューリー & フェニックスとNWAヨーロピアンタッグ王座戦を行い勝利して戴冠。2011年12月16日、ICWAにてICWAヘビー級王座を保持するジョー・レジェンドに挑戦して勝利し、ベルトを奪取した。2012年8月、アメリカのメジャー団体であるWWEとディベロップメント契約を交わし入団。傘下団体のNXTにて師匠であるピエール・フォンテーヌから肖ったルイス・フォンテーヌ（Louis Fontaine）のリングネームでトレーニングを開始。9月26日、NXTにてエイデン・イングリッシュと組んでライバックとハンディキャップマッチを行うが秒殺負けを喫した。以降、ハウスショーでの出番もないまま11月にWWEから解雇となった。WWE解雇後、2013年6月にオランダの団体であるPWS（Pro Wrestling Showdown）に出場。10月26日にはPWS Showdown 12にてフィッシャーとフレンチ・フレーバーを再結成した。2014年3月29日、ベルギーのアントウェルペン州を拠点とするBCWF（Belgian Catch Wrestling Federation）にてWWFで活躍したベテランレスラーであるベルモ・サルバトーレと組んでICWAヨーロピアンタッグ王座を保持するフレンチ・コネクション（ピエール・フォンテーヌ & ディミトリ・ソリオトプロス）と対戦して勝利し、ベルトを奪取した。4月5日、ドイツのノルトライン＝ヴェストファーレン州を拠点とするwXw（Westside Xtreme Wrestling）のDrive of Champions Tourにフィッシャーとのフレンチ・フレーバーで参戦。初参戦ながらwXw世界タッグ王座を保持するホット & スパイシー（アクセル・ディーター・ジュニア & ダ・マック）に挑戦する厚遇を受けて対戦するが最後にフィッシャーがダブルエンズイギリを喰らい敗戦した。5月24日、ICWA Revolution 6にてクリス・ヒーローと対戦。終始臆病な姿勢で逃げ惑う場面があったが最後にヒーローの隙を突くとスモール・パッケージ・ホールドで丸め込み勝利した。10月18日、wXw SlamMania IIにてホット & スパイシーにリベンジマッチによるwXw世界タッグ王座戦を行い、最後にレフェリーの注意を逸らしたところへダ・マックに粉塵攻撃を行い丸め込み勝利し、ベルトを奪取した。wXw世界タッグ王座戴冠後、ゲブルダー・シルト（ボビー・ガンズ & ヴィンセント・ザ・ビースト）やプロスト（マイク・シュワルツ & トビー・ブラント）、スメリアン・デス・スクアッド（マイケル・ダンテ & トミー・エンド）を相手に防衛を成功。2015年3月8日、wXw 16 Carat Gold 2015にてワールド・キューテスト・タッグチーム（ジョーイ・ライアン & キャンディス・リレイ）と対戦し、最後は2人でキャンディスにダブルスープレックスを見舞い勝利した。5月23日、ICWA Revolution 7にてメイソン・ライアンと対戦し、勝利した。10月2日、wXw World Tag Team Tournament 2015にてwXw世界タッグトーナメントに出場。1回戦で新日本プロレス所属のBULLET CLUB（カール・アンダーソン & ドク・ギャローズ）と対戦し、マジックキラーを決められ敗戦した。
雑食（ざっしょく）とは、人間又は動物が他の動物の肉、植物双方を食べることである。
基本的に、草食は肉食より難しい。組織が硬い上に、分解困難な成分が多いためである。逆に、自然界での現存量では、圧倒的に植物が多い。日本の大型哺乳類では、純粋の肉食のものはほとんどいない。タヌキ、テンは果実を多く食べる。クマは基本的に肉食動物だが、日本のクマ（北海道のヒグマと本州と四国のツキノワグマ）はそれほど肉に依存していない。逆に草食動物では、イノシシはミミズやサンショウウオなど小動物をしばしば捕食する。日本列島のように狭い生息域では、純粋に肉食の生活を維持するのは困難であり、そのような場合、肉食性の動物が植物性の餌とする対象は、まず果実である。果実は、種子運搬の代償として植物の方から提供している面があり、植物組織の中ではとりわけ消化しやすい。つまり、肉食動物のような、草食動物としての適応をもたないものでも利用可能である。したがって、これを取ることで雑食生活をするものが多い。
ベジタリアンは別にして、人間は基本的に雑食である。エスキモーの伝統的な食文化や伝統的なモンゴル料理は、気候的制約から大幅に肉食寄りではあるが、種類は少ないものの植物性の食材も取り入れられている。また、人間と一緒に生活するペットであるイヌやネコは、家畜となる以前の生態は明らかに肉食性であったが（分類上も食肉目に属する）、人間と生活するようになると、人間が食べるものと同じものを食べるようになり、結果的に雑食になったと思われる。また、ウシなどの人間に食べられる事を前提とした家畜は、草食性であっても商品価値を高めるための都合や成長促進のため、肉骨粉などを食べさせられており、これも結果的には雑食になる（ただし、こちらは肉と認識して食べてはいない）。これも人間の都合によって食べるものが変わった例といえるだろう。
お茶の水貝塚（おちゃのみずかいづか）は、東京都文京区湯島、現在の東京医科歯科大学キャンパスおよびその周辺にある縄文前期から晩期までの縄文土器がみつかる貝塚。
東京医科歯科大学キャンパス付近の土層では古くから貝殻や土器片が見つかっていたが、1952年（昭和27年）の地下鉄丸ノ内線工事の際に多数の縄文土器片や人骨、2002年（平成14年）の調査では縄文時代の住居跡などが発見されている。江戸時代にはこの地に湯島馬場大筒鋳立場（関口製造所の前身）や江戸幕府の役人の住居が立ち並び、縄文時代の土器片や人骨、住居跡に江戸時代の遺構と文物がほぼ同所から見つかる。
現地では貝殻や土器片が見つかる事は古くから知られており、1891年（明治24年）、お茶の水橋建設の際に貝殻や土器片が採取されている。1934年（昭和9年）医科歯科大学の本館工事の際や1952年の地下鉄丸ノ内線御茶ノ水駅建設工事、1953年（昭和28年）医科歯科大増設工事、1988年（昭和63年）医科歯科大構内、2001年（平成13年）には隣接する三楽病院の寮でも調査が行われている。1952年の場合は地下鉄工事の際に縄文土器や人骨が見つかり貝塚として認められている。2002年の調査では縄文前期の住居跡2軒も見つかっている。
1995年（平成7年）の時点で貝塚は当地で7箇所、環状に見つかっている縄文時代の遺物としては貝殻が主体となっていてハマグリが57%、サルボウ貝14%、ハイガイが7%などとなっている。他にアカガイ、シオフキガイ、ミルクイ、オーノガイ、シジミ類、マガキ、など15種の貝が見つかっている。他に動物の遺物としてはニホンシカやキジ、鯛類などの骨も見つかっている。石器は少なく数点が見つかっているのみである。見つかった人骨の脛骨の断面は二等辺三角形に近く、現代日本人の物より扁平である。これは現代日本人よりも現代アイヌ人に近い特徴である。縄文土器の破片は多く見つかっており、1952年の御茶ノ水駅工事の際の調査でも土器片は1300点ほど見つかり、他の調査でも多くの土器片が見つかっている。土器は縄文前期の関山式や黒浜式、諸磯式、縄文中期の阿玉台式、加曾利E式、縄文後期の堀の内式、加曾利B式、曾谷式、安行式など縄文の前期から晩期までの幅広い時代の土器が見つかっている。縄文中期の阿玉台式は関東東北部に分布している土器でこの地は縄文中期には関東東北部の文化圏に属していたことが推定されている。ただし、量的には縄文前期から中期の土器はわずかで、加曾利B式が49%、安行式27%、堀の内式22%とほとんどが縄文後期から晩期の土器で占められ、この地がもっとも栄えたのは縄文後期から晩期であろうと考えられている。しかし、貝塚の北西側の調査である2002年の調査では縄文時代の住居跡が2軒みつかり、住居跡から発掘された土器片は黒浜式、釈迦堂Z3式などで縄文前期の土器でありこの住居跡も縄文前期のものと推察され、本来のお茶の水貝塚を形成した集落とは別の集落があったのではないかとも推察されている。
横井 明（よこい あきら）は日本の実業家。トヨタ自動車取締役副社長、豊田自動織機取締役会長、中部経済連合会副会長、日本経団連常任理事などを務めた。
愛知県立刈谷高等学校を経て、横浜国立大学経済学部卒業後、トヨタ自動車販売（現トヨタ自動車）入社。トヨタ・キジャン生みの親として知られる。トヨタ自動車取締役副社長を経て、1999年の奥田碩社長の退任に伴い、豊田自動織機取締役副会長。2000年東海日中貿易センター会長。2001年豊田自動織機取締役会長。2002年名古屋スウェーデン名誉領事。中部経済連合会副会長、日本経団連常任理事、トヨタ車体監査役なども務めた。2004年には中部経済連合会会長に内定したが健康上の理由で辞退した。
ドンキーコング達コングファミリーが住むジャングルでは、ヒーローを決める祭典「ジャングルピック」が開催されようとしていた。しかし、開催直前にキングクルールが空飛ぶメカに乗って現れ、成績優秀者に渡されるはずだった「ウイナーメダル」を奪って行ってしまった。ドンキーはクルールを追って冒険に出る。
本作の特徴は、特殊な操作方法にある。十字キー、A、Bボタンはほとんど使う事は無く、大半をL/Rキーで行う。ゲーム中は大半が空中に点在する取っ手をフリークライミングのように伝っての移動となる（操作感はファミリーコンピュータ用ソフト『クルクルランド』に類似）。
電気通信におけるトランキング（英: trunking）とは、複数の回線や周波数チャネルを個別に割り当てるのではなく共有することで、多数の利用者へ同時にネットワーク・アクセスを提供する通信システムの概念を指す。例えば、電話のシステムや警察のVHF無線でよく使われている。最近ではコンピュータネットワークでもポートトランキングが使われている。トランク (trunk) は2地点間を結ぶ伝送路であり、各地点は交換局やノードである。
双方向無線通信においてトランキングとは、空いているチャネルをアルゴリズム的プロトコルで探し通信する方式を指す。TRSで特筆すべきこととして、1回の会話を複数の異なるチャネルを移動しながら行う場合があり、空いている全てのレジに家族客の1人1人を同時に案内するようなこともできるし、何度もレジを通る客は毎回異なるレジに案内される可能性がある。トランク無線システムは管理コストは増大するが、効率が良くなる。TRSは通常の無線システムより傍受が難しい。しかし、大手メーカーの無線機には少し追加のプログラミングをするだけでTRSを非常に効率的に傍受することができる機種もある。
トランク回線 (trunk line) とは、電話交換装置間を接続する電気回路であり、電話交換機と個々の電話機あるいは情報終端装置をつなぐ加入者線回路と区別する用語である。構内交換機 (PBX) の場合、電話会社からPBXに入ってくる電話線がトランク回線である。これは、PBXから個々の電話に伸びる線と区別するための用語である。通常、全ての電話機から一斉に外線に接続することは考えられないため、トランク回線はそのPBXに接続されている電話機数よりも少なくて済み、トランキングはコスト低減に役立つ。この場合のトランク回線は、アナログの電話線、T1 (DS1)、E1、ISDN、PRIなどである。
トランキングという言葉は、電話交換機内のスイッチや回路の接続を指すこともある。また、加入者線で共通に使用する回路をトランクと呼ぶこともある。これにより回路数を削減している。
コンピュータネットワークにおけるトランキングは、複数のネットワーク・ケーブルと入出力ポートを同時に並列に使うことで、単一のケーブルやポートよりもリンク速度（ビット毎秒）を上げ、同時に冗長性の向上による耐障害性を得ることを指す。これをポートトランキングあるいはリンク集約と呼ぶ。特にネットワークスイッチ間の相互接続で使われる。この通信線路の集約は、IEEE 802.3ad によってリンク・アグリゲーション・コントロール・プロトコル（Link Aggregation Control Protocol）として標準化された手順が規定されている。
父は伊東湾から大島の間を漁場としていた漁師で、イカ釣りやキンメダイ漁で生計を立てていた。杉本も5歳から海に入り、水の怖さを教えられた後は、魚を銛で突くのが日課になる。中学生の頃にはブダイやイセエビをバケツ一杯に捕ったほか、サザエやアワビも食べて育った。3日置きに風呂の水を汲みに行く仕事もあり、天秤棒に通した2つの水桶を担いで、高低差300メートルの急斜面を3往復した。川奈ホテルGCでキャディのアルバイトも始め、伊東高校時代は並外れた体格であらゆるスポーツを手掛ける。ソフトボールでは80メートルもかっ飛ばし、リレー走では5人抜きを演じ、柔道は始めて8ヶ月で黒帯を取得。野球は当時毎日オリオンズの選手兼任監督であった別当薫からプロ入りを勧められるほどであったが、卒業後は川奈ホテルに就職。ホテル業の研修を受けながらプロゴルファーを目指し、1959年にテスト合格。1964年に日本オープンで初優勝を飾ると、1965年から1967年にかけて3年連続でワールドカップ日本代表に選出され、9年ぶり2度目の日本開催となった1966年には個人2位と健闘。1967年にはマスターズ出場も果たすが、同年11月のハワイアンオープンを寝坊による遅刻で失格。日本プロゴルフ協会から国内試合の1年間出場禁止を言い渡されるが、困った杉本は米国PGAツアーのプロテストを受けて見事合格し、日本人プロ初の米国ツアーライセンスを取得。米国ツアー挑戦の先駆けとなり、単身参戦で英語辞書を片手に1年間全米を駆け巡る。オービル・ムーディ、チチ・ロドリゲス、リー・トレビノが行動を手助けし、17試合に出場して9試合で予選通過。テネシーオープンで2位に食い込み、『ビッグ・スギ』の愛称が付いた。北海道勇払郡むかわ町にはその愛称を冠し、杉本自身がコース監修を行った「ビッグスギゴルフ倶楽部」があったが、2018年9月の北海道胆振東部地震でコース全体が被害を受け、その改修費用の確保が難しいとして2019年5月末をもって閉鎖されることになった。全米オープンにも出場。帰国した1969年には5年ぶり2度目の日本オープンを始め、年間7勝と当時としては驚異的な記録を残した。同時代に活躍した河野高明、安田春雄と共に「和製ビッグ3」とも称された。2015年12月14日、第4回日本プロゴルフ殿堂のレジェンド部門で殿堂入り。
勲章の名称は李氏朝鮮時代の将軍李舜臣から取られている。李舜臣勲章は第1級と第2級の2等級が制定されていた。朝鮮戦争時代の1950年7月13日に制定されたこの勲章は、朝鮮人民軍海軍の将官・指揮官を授与対象とした。第2級李舜臣勲章は22回授与されたのに対し、第1級李舜臣勲章は朝鮮戦争下で授与されることはなかった。いつ李舜臣勲章が廃止されたかは不明だが、朝鮮戦争後も授与された際の写真が残っているため、少なくとも戦後数年間は存続していたと思われる。
連合国軍占領下の日本では連合国軍最高司令官総司令部（GHQ/SCAP）による航空禁止令が布告されて、日本にあるすべての飛行機を破壊され、航空機メーカーを解体され、航空会社を潰され、大学の授業から航空力学の科目を取り除かれていた。1952年（昭和27年）にサンフランシスコ講和条約の発効で再独立すると、日本企業による飛行機の運航や製造の禁止が一部解除され、この年の7月に航空法や航空機製造事業法が施行された。民間航空会社は1951年（昭和26年）に日本航空がGHQの意向で発足し、翌年の1952年（昭和27年）には全日本空輸の前身である日本ヘリコプター輸送、極東航空が発足し、その翌年の1953年（昭和28年）までに東亜国内航空の前身となる日東航空、富士航空、北日本航空、東亜航空が発足した。戦後の日本の航空路線は、ダグラス DC-3やDC-4、コンベア440などのアメリカ合衆国製や、デ・ハビランド DH.114 ヘロンなどイギリス製の航空機が占めており、戦前の航空機開発・製造で実績のあった日本で、自国製の航空機を再び飛ばしたいという思いは、多くの航空関係者の抱くところであった。戦後の日本の航空機産業は、1950年（昭和25年）に勃発した朝鮮戦争で米軍機の整備・修理の受注を皮切りに、1955年（昭和30年）4月には、川崎航空機（現川崎重工業航空宇宙システムカンパニー）と新三菱重工業（現三菱重工業）で自衛隊向けの機体（ロッキードT-33Aジェット練習機、ノースアメリカンF-86F）の国内ライセンス生産が決定するまでになっていた。当時の航空機産業の監督官庁である通商産業省（通産省、現・経済産業省）は、商品サイクルの長い輸送機の開発生産に取り組ませることで、その産業基盤を安定させる思惑があった。加えて、利用客の増加が見込まれた国内航空の旅客機に国産機を用いることで、軍用機と民間機を共通化すれば開発コストが低下すると考え、「国内線の航空輸送を外国機に頼らず、さらに海外に輸出して、日本の国際収支（外貨獲得）に貢献する」との名目で国産機開発の計画が立ち上げられた。世界的には国家から軍用機の開発を受注した航空機メーカーが技術を蓄積し、それを旅客機に転用する例が多く、通産省も開発コストを下げて価格競争力を持たせて販売するビジネスモデルを構想していた。当時は運輸省でも民間輸送機の国内開発の助成案があり、通産省の国産機開発構想と行政の綱引きの対象となって権限争いが行われていた。閣議了承により、運輸省は耐空・型式証明までの管轄、通産省は製造証明と生産行政の管轄の、二重行政で決着した。国内線用の旅客機の本格研究は新明和工業（旧・川西航空機）で始まっていた。1956年（昭和31年）に運輸省が発表した「国内用中型機の安全性の確保に関する研究」の委託を受けて基礎研究を行い、後にYS-11の設計に参加する菊原静男、徳田晃一が中心となって進められた。この研究はDC-3の後継機種の仕様項目を研究するもので、レシプロエンジン双発の第一案（36席）、第二案（32席）、ターボプロップエンジン双発の第三案（52席）、第四案（53席）の設計案が提案され、最適とされた案は第三案とされ、その後のYS-11の叩き台となった。
1957年（昭和32年）に日本企業による飛行機の運航や製造の禁止が全面解除される事を見越し、1956年（昭和31年）に通産省重工業局航空機武器課の赤澤璋一課長の主導で国産民間機計画が打ち出された。通産省は各航空機メーカーと個別会談を行い、各社から賛同を得たことから、日本航空工業会に中型輸送機計画案を提出するように要請した。日本航空工業会がこの要請で開発案を提出したことから、通産省は中型輸送機計画開発の5カ年計画として、1957年（昭和32年）度予算で8,000万円を要求したが、第1次から第3次折衝まで予算請求が認められず、1957年（昭和32年）1月20日、水田三喜男通商産業大臣と池田勇人大蔵大臣の大臣交渉で予算を獲得することができた。鉱工業技術研究補助金の名目で3,500万円の予算を獲得した。同年5月、理事長に新三菱重工副社長の荘田泰蔵が選任され、専任理事に木村秀政東京大学教授を迎えた「財団法人 輸送機設計研究協会」（通称「輸研」）が東京大学内に設立され、小型旅客輸送機の設計が始まった。輸研に参加したメーカーは新三菱重工業（現・三菱重工業）、川崎航空機（現・川崎重工業航空宇宙カンパニー）、富士重工業、新明和工業、日本飛行機、昭和飛行機の機体メーカーと、住友金属（現・住友精密工業）、島津製作所、日本電気、東京芝浦電気（現・東芝）、三菱電機、東京航空計器の部品メーカー各社であった。複数企業のジョイントとなった理由は、国内新型航空機開発と言う大型プロジェクトを、特定の企業一社に独占的に任せることで起こる他社の反発を懸念したためである。輸研には、零式艦上戦闘機（ゼロ戦）や雷電、烈風を設計した新三菱の堀越二郎、中島飛行機で一式戦闘機「隼」を設計した富士重工業の太田稔、先述の川西航空機で二式大艇や紫電改（及び紫電）を設計した新明和工業の菊原静男、川崎航空機で三式戦闘機（飛燕）や五式戦闘機を設計した川崎重工業の土井武夫といった戦前の航空業界を支えた技術者が参加、設計に没頭した。航空業界ではこれに航研機の製作に携わった木村秀政を加えて「五人のサムライ」と呼んだ。設計案として、日本の国内線需要を勘案して1,200mの滑走路で運用できるもの、航続距離は500マイルから1,000マイル（800km-1,600km）、整備性から低翼、経済性から60席以上、双発ターボプロップエンジン、開発期間は4年、開発費用は30億円の基本設計で固まった。当初、開発期間は5年であったが、当時国内の旅客機の残余寿命が3-4年の機体が多く、代替時期を勘案すれば5年では長過ぎるとの運輸省の主張から4年に短縮された。国産旅客機製造の理解と国からの予算獲得のため、1958年（昭和33年）12月11日に日本飛行機の杉田工場でモックアップを完成披露した。試作機の予算を獲得するためのデモンストレーションであり、技術的な検討を目的とするものではなかった。このため、客室の艤装に力を入れ、航法士席や二つの化粧室を設け、横列5席の構成とし、内装は当時の有力デザイナーの渡辺力に依頼して、表皮を西陣織とした座席が設置された。この座席は当時の価格で一脚50万円以上したと言われている。このモックアップを作るのにかかった費用は5,500万円（当時）に達し、ランプの点滅機構までは用意できなかったため、担当者が隠れてスイッチを入れたり切ったりしていた。
機種名であるYS-11の「YS」は、輸送機設計研究協会の「輸送機」と「設計」の頭文字「Y」と「S」をとったもの。一方、「11」の最初の「1」は搭載を検討していたエンジンの候補にふられた番号で、実際に選定された「ダート10」の番号は「1」であった。後ろの「1」は検討された機体仕様案の番号で、主翼の位置や面積によって数案が検討されていた。機体仕様案の中には第0案もあった。先述のモックアップ完成披露キャッチフレーズが「横浜・杉田で11日に会いましょう」であった。これはYに横浜、Sに杉田を掛け、11に合わせて公開日を11日にした語呂合わせであるが、これによって数値2桁「11」を「じゅういち」と読み発声することが一般に広まった。こうした経緯もあって、関係者のあいだでは当初正規に「ワイエス・いちいち」と呼ばれていたが、いつしか「ワイエス・じゅういち」と呼ばれるようになった。
モックアップ公開後、航空機メーカーの業界団体による設計組合的な輸送機設計研究協会から官民共同の特殊法人として日本航空機製造（日航製、NAMC）を1959年（昭和34年）6月1日に設立し、輸研は解散した。資本金を5億円とし、政府が3億円、民間からの出資は2億円であった。初代社長には輸研理事長の荘田康蔵が就任した。民間分の出資は輸研に参加した機体メーカー6社と材料・部品メーカーに加え、新たに商社、金融機関が出資した。日航製は輸研の残留スタッフの30名と、出資各社からの出向者に役員13名の総勢125名で発足した。「五人のサムライ」は実機製作には携わらないと宣言したため、1960年（昭和35年）からの実機製作は三菱から技術部長として出向してきた東條輝雄に任せられた。東條は父親で陸軍大臣や首相を歴任した東條英機の勧めで、軍人ではなく技術者を目指し、かつて堀越の元で「零戦」の設計にも携わっていた。設計部は、1.庶務及び設計管理、2.全体計画（空力、性能、基礎研究）、3.胴体構造、客席艤装、胴体強度、4.主翼、エンジンナセル、エンジン艤装、燃料供給装置、5.尾翼、脚、油圧、6.電気、無線、計器、与圧、防水、客室艤装の各6班に分かれて分担した。日航製は設計開発、生産管理、品質管理、販売、プロダクトサポートを行い、生産は機体メーカー各社が分担し、最終組立は三菱重工業が行うこととした。中型輸送機開発を正式に決定すると、アメリカのコンベアや、オランダのフォッカー、イギリスのBACなどの欧米航空機メーカーが、自社との共同開発、もしくは自社機のライセンス生産への参画、つまり独自開発の計画中止を求めて殺到した。これらの企業はみなDC-3の後継となる機体の開発計画を持っており、競合機種が増えることを望まなかったからである。特にフォッカーは自社のF27 フレンドシップと日本の機体の規模が競合するためしつこく食い下がってきたが、通産省はこれらをすべて一蹴した。設計・各種計算には、富士通のリレー式計算機FACOM 128B等が使われた。FACOM 128Bは同型機が現在、富士通沼津工場の池田敏雄記念室に展示・動態保存されている。同様の計算機の動態保存機としては世界最古である。
耐空性審査要領に規定された荷重に耐える強度と耐用寿命を持つことを証明するために試験機が2機、01号機（静荷重試験用）・02号機（疲労試験用）が製造された。01号機を使用して1962年（昭和37年）に静荷重試験が実施され、破壊試験では制限荷重の153%で主翼が破壊するという好結果が得られた。02号機（疲労試験用）を使用した疲労試験は1961年（昭和36年）7月に開始された。安全寿命3万時間を目標としたYS-11の場合は、当時の統計理論より導かれた安全寿命係数（主翼は6.3胴体は22.5）を適用して1965年（昭和40年）4月までに、世界でも例のない20万回を越える疲労強度試験が行われた。胴体は9万時間まで、主翼は6万4000時間まで主要構造部には疲労被害は生じなかった。一方この時代にジェット旅客機が出現し安全寿命の考え方では設計が困難であるとの認識が一般的になり、フェールセーフ設計により耐用寿命を与えるように対空性審査要領も改訂された。YS-11の疲労試験でも、後半ではフェールセーフがあることを証明するために生じたクラックの進展データを得ることに重点が置かれた。胴体は22万5000時間、主翼は18万9000時間の疲労試験時間内では致命的な疲労被害が生じないことが確認された。飛行試作機1号機（1001）は1962年（昭和37年）7月11日に三菱小牧工場でロールアウトした。1か月に渡る電子機能検査、平衡試験、燃料試験、プロペラ機能検査、超短波（VHF）検査を経て、8月14日にエンジンに初点火し、8月25日からは滑走路での地上試験、ブレーキテストを行った。8月30日、日航製は200人以上のマスメディアを招き、実況中継放送が行われる中、1号機は初飛行した。「YS-11 PROP-JET」と描かれた機体には、テストパイロットとして正操縦士に飛行整備部飛行課長の近藤計三、副操縦士に長谷川栄三が搭乗、名古屋飛行場から伊勢湾上空を56分間飛行し、各種試験、およびマスメディアへのデモンストレーションは成功裏に終了した。10月には全日本空輸（以下・全日空）との間で20機の予備契約が調印され、量産を開始した。しかし、全日空は後述する試作段階での三舵問題等の諸問題の発生から、正式な購入契約が交わされたのは2年後の1964年（昭和39年）であった。全日空では第一次受領分は3機とし、開発の遅れや日航製の改善要求の対応のまずさから不信感を増し、生産ラインが安定する10機目以降とするとの要求に加えて、一定の運航実績を積むまでは契約価格の一割の支払いを留保する条件とした。日本国内航空や東亜航空も全日空と同様に、初期の導入機体は一定の運航実績を積むまでは契約価格の一割の支払いを留保するとの条件を出していた。また、日本航空も初期の開発段階の1963年（昭和38年）に5機の仮発注を行っていたが、国際線主体の日本航空では自社路線の適性となる路線が少ないことから本契約に至ることはなかった。国家プロジェクトにナショナル・フラッグ・キャリアとして協力する姿勢を表明する、アドバルーン的意味合いが強かったと言われている。
開発段階から操縦性の悪さが露呈していた。12月18日には皇太子明仁親王を招いての完成披露式典が羽田空港で開かれ、その数日後に試作機2号機（1002）が初飛行を実施、2機による本格的な飛行試験が開始されたが、空力特性が悪いため振動と騒音が発生し、性能にも重大な影響を与えていた。横方向への安定不足は特に深刻で、プロペラ後流によって右方向へ異常な力が働き、全ての舵も効きが悪く、操縦性は最悪の癖を抱え、試験中にきりもみを起こして墜落の危機に直面することもあった。いわゆる「三舵問題」である。これらは、輸出に必要なアメリカ連邦航空局（FAA）の型式証明の取得の審査でも問題が指摘され、大規模な改修を余儀なくされた。この改修が予想以上に手間取ったため、マスメディアからは「飛べない飛行機」などと散々にこき下ろされた。全日空は納入の遅れがはっきりしたため、競合機種であったフォッカーF27 フレンドシップを導入した。初飛行を見届けて三菱に戻っていた東條も問題解決のため再び日航製に復帰し、改修作業に加わった。横安定については主翼の上反角を4度19分から6度19分に持ち上げればよいとの結論を出したが、設計の変更と再組み立てには1年かかると見込まれた。そこで、川崎の土井の提案により主翼の付け根に角度2度のくさび型部品（通称：土井のくさび）を挟み込むことで上反角を変更した。これにより機体を前方より見ると、主脚が「八」の字のようながに股のようになっている。操縦性の悪さは方向舵のバランスタブを、新考案のスプリングタブに変更して、右偏向はエンジン取り付け部（エンジンナセル）の後ろに三角形の突起（通称、三味線バチ）を取り付けることで解決、また、地上でのステアリングの効きを良くするため、主脚を後方へ傾斜させ、車輪の位置を後退させた。これらの大改修により、FAAの型式証明取得の再審査では耐空類別T類に必要な片発離陸（離陸直後のエンジントラブルで片方のエンジンが停止しても安全に離陸できるかを試すテスト）をクリアし、FAAの型式証明を取得している。
1964年（昭和39年）8月に運輸省（現国土交通省）の型式証明を取得し、国内線向けの出荷と納入を開始した。初飛行から型式証明取得まで、1号機の試験飛行は540時間、2号機は460時間であった。9月9日には全日空にリースされた2号機（JA8612）が東京オリンピックの聖火を日本全国へ空輸し、日本国民に航空復活をアピールした。この聖火輸送に因んでその後、全日空が導入したYS-11には機首に「オリンピア」の愛称がマーキングされたが、機体や全日空の時刻表には「YS-11」の型式名や機種名は記されていない。表面上は聖火輸送の実績に由来した名称と説明されていたが、当時の日航製の開発が遅れていたことや、日航製の経営資金の枯渇から経営不安説も流れ、倒産した場合、倒産した会社の飛行機の名称をそのまま使う事態を避ける思惑が全日空にあったと言われている。他にも、米国の最有力顧客となったピードモント航空も、当時の米国では日本製品の信頼性が高くなかったことから、乗客のイメージを配慮して、広告宣伝や時刻表には「ロールスロイス・プロップジェット」と表記し、日本製航空機であることや、YS-11の機種名の表示は行わなかった。1965年（昭和40年）3月30日に量産1号機（2003）を運輸省航空局に納入、4月からは航空各社への納入が始まった。9月にはFAAの型式証明も取得して、輸出の体制が整った。民間航空会社に最初に納入されたのは1965年（昭和40年）4月10日に東亜航空に引き渡された量産型2号機JA8639（S/N2004）であったが、納入した国内の航空会社で最初に定期路線で就航させたのは日本国内航空である。運輸省の量産一号機の翌々日の4月1日に、東京（羽田） - 徳島 - 高知線で定期航空路線の運用を開始した。日本国内航空は量産機の発注を行っていたものの、納入が路線開設に間に合わず、試作2号機を1965年（昭和40年）3月11日に日航製からリースして間に合わせたものである。この試作2号機は全日空が聖火の輸送で使用したものであり、日本国内航空では自社塗装に塗り直し、「聖火号」（初代）と命名して就航させた。因みに日本国内航空が最初に受領したのは量産型4号機（S/N2006）JA8640で、1965年（昭和40年）5月15日に納入され、「真珠号」と命名されている。同年12月8日に量産型14号機（S/N2006）JA8651を受領し、「聖火号」（二代目）と命名し、初代「聖火号」を日航製に返却した。その後、YS-11の定期運航は日本国内航空に続き、1965年（昭和40年）5月10日に東亜航空が広島 - 大阪（伊丹）線、大阪 - 米子線に就航、同年5月31日に南西航空がリース契約で受領し、同年6月8日に那覇 - 宮古線に就航した。同年7月29日には全日空が受領し、同年9月20日に大阪 - 高知線で就航した。南西航空がリース契約となったのは、本土復帰前の沖縄では航空機登録制度が未整備で、南西航空への売却であっても表面上はリース契約とせざるを得なかったからである。南西航空は本土返還後に正式に購入した。遅れて1969年（昭和44年）4月1日に、日本航空が日本国内航空よりウエットリースで福岡 - 釜山間で初の国際線の就航を始めて、当時の主要国内航空会社がYS-11の定期旅客運航を行ったことになった。日本航空では同路線の就航をボーイング727で計画していたが、同じ路線を運航する大韓航空の機材がYS-11であったことから、機材に差が出ることを嫌った韓国政府の意向から日本航空も同じとせざるを得なくなり、日本国内航空から調達したものであった。YS-11-100は運航を重ねるにつれ、主脚の異常、脚開閉扉の設計ミス、外板継ぎ目からの雨漏りによる電気系統不良などの欠陥が判明し始めた。そのたび、日航製職員や航空会社の整備士は改修のため徹夜の連続となった。この経験は、1967年（昭和42年）のYS-11A（2050以降）の設計に生かされた。1968年（昭和43年）にはトラブルもほとんど解消し、1機あたりの飛行時間は月300時間以上、定時出発率99パーセントを誇る、高い信頼性を持つ航空機となった。
1964年（昭和39年）1月15日に日本機械輸出組合と日本航空工業界による「航空機東南アジア・豪州市場調査団」が日本国外に派遣されたのを始めとして、日航製による日本国外の営業が繰り返された。しかし、日航製には航空機販売のノウハウがないことから、総合商社の販売ネットワークに頼ることとなった。YS-11の最初の輸出は1965年（昭和40年）10月にフィリピンのフィリピナス・オリエント航空であった。戦争賠償の一環として2012号機が引き渡された。同社はその後最大4機のYS-11を保有した。無名で実績のない日航製が日本国外で販売するには実機を見せるほかに宣伝の手段はなく、YS-11は積極的に日本国外へ飛行し、デモンストレーションを行った。まず、1966年（昭和41年）9月15日から10月13日にかけて北米へ渡航、アメリカ合衆国のサンフランシスコ・デンバー・セントルイス・ワシントンD.C.・マイアミを飛び、近距離路線を運航する中堅航空会社であるピードモント航空やハワイアン航空からまとまった数の受注を得ることができた。しかし、ピードモント航空では使用機材を例に機体仕様で多くの改善オプションを要求され、ハワイアン航空からリース契約で3機の輸出を行ったものの、搭乗口の低さ、騒音、振動、キャビンのデザインが不評で、僅か一年で全機が返却されてしまった。この反省が後のYS-11Aの開発で活かされることになった。1967年（昭和42年）は1月25日から3月15日にかけて南アメリカのペルー・アルゼンチン・チリ・ブラジルをデモ、10月11日と12日にベネズエラ、12月2日から12日にカナダ、1968年（昭和43年）8月27日から10月28日にかけてはイギリス・西ドイツ・スウェーデン・イタリア・ユーゴスラビア・ギリシャ・サウジアラビア・パキスタン・ネパール・ビルマ・タイ・マレーシアを精力的に回ったが、アジアの多くの途上国では購入予算がないため受注をほとんど得ることはできなかった。その後ブラジルやアルゼンチン、ペルーでまとまった数の受注を獲得した。しかし、ヨーロッパでは競合機が多いため、ギリシャのみの受注となった。1968年（昭和43年）のデモフライトではイギリスのファーンボロ・エアショーにも出展した。この出展でギリシャのオリンピック航空との商談が成立した。オリンピック航空では短期リースの2機を含め、最盛期には10機のYS-11を保有した。当時のファーンボロ・エアショーでは、欧州の航空機メーカーの出展に限定されていたが、YS-11はロールス・ロイス社製のエンジンを搭載していることから、英国製に類するとして特別に出展が認められ、デモフライトを実施することができた。1969年（昭和44年）にも2月27日から3月1日にメキシコ、12月3日から1970年（昭和45年）2月14日にかけてモロッコ・セネガル・カメルーン・ガボン・ザイール・中央アフリカ・ザンビアを飛行、同時に1月18日から22日にシンガポール、6月20日から7月9日にかけてエジプト・ケニア・スーダン・南アフリカ、7月28日から8月3日にベトナム戦争中の南ベトナムサイゴンへ飛行し、いくつかの受注を獲得することができた。
デモフライトが功を奏し、知名度が高いピードモント航空からのオプションを含む20機の発注により信頼を得たことも手伝い、アメリカやブラジルを中心として日本国外からの受注が相次いだ。生産数は徐々に伸び、1967年（昭和42年）末には小牧工場は月産1.5機から2機に増産した。1968年（昭和43年）末に確定受注が100機を超え、この年だけで50機以上を新たに受注している。1969年（昭和44年）4月17日には全日空に量産100号機（通算102号機）を納入し、輸出は7カ国15社に達した。7月には当初の量産計画（150機）を上回る180機の量産計画が認可された。小牧工場は月産3.5機となり、順番待ちで発注から納入まで1年以上かかることもあった。しかし、この好調な日本国外への販売がその後の生産中止の引き金となった。
定期運航に処する航空機体への空中衝突防止装置（TCAS）の装備を義務づけた航空法改正により、改修経費の関係で2006年（平成18年）9月30日のラストフライトをもって日本国内の民間定期路線より引退した。日本国内の民間定期路線のYS-11の最終便は、日本エアコミューターが2006年（平成18年）9月30日に同社が最初にYS-11を飛ばしたのと同じ沖永良部空港 - 鹿児島空港でのフライトが、沖永良部発15：55に行われ就航以来無事故での運航完了となった。なお、9月30日の引退の時まで運航していたのは、日本エアコミューターの福岡 - 松山、高知、徳島、鹿児島の4路線であり、松山、高知の2路線は9月29日の福岡行きが最終運航となった。徳島、鹿児島線は30日が最終運航で、徳島 - 福岡便は10:00徳島発、鹿児島線は同日12：10福岡発の便であった。なお、YS-11の初運行から最終運航まで一度も運行から離脱しなかったのは全国で徳島空港だけである。沖永良部空港では地元の踊り子によるエイサーで最終便を送り出し、鹿児島空港到着時には空港消防隊によるウォーターアーチと、ファイナルフライトの到着後に引退記念セレモニーが行われ、多くのパイロット、整備士、客室乗務員をはじめとする日本エアコミューターの社員、元日航製の社員などが多数出席し引退を惜しんだ。セレモニーには日本中のテレビや新聞、雑誌の取材が殺到し、ファイナルフライトと引退セレモニーの記事が多くの新聞の一面を飾った。これらの9月30日のファイナルフライトに使用された機体はJA8766とJA8768で、JA8768は徳島から福岡への飛行後に鹿児島へ、JA8766が沖永良部への最終フライトを行った（ちなみにこの機体は「レッド&グリーン塗装時代」には「とくのしま」、つまり隣の島の愛称がついていた）また、この機体の操縦桿を握ったのは航空雑誌や日本エアコミューターからも「ミスターYS」の愛称で親しまれていた本村栄一で、総飛行時間2万時間以上のうち、23年間をYSに捧げた人物であり、彼もこのフライトを最後に引退した。奇しくもYSの座席数と同じ64歳での出来事であった。運航終了後のYSについて保存の声も根強かったものの、機体性能には問題なく、十分に現役で飛べるため、2機ともフィリピンへ売却された。民間定期路線のYS-11最終便となった、日本エアコミューターの沖永良部空港発鹿児島空港行は2006年（平成18年）7月30日の発売開始から3分で完売した、しかしその後インターネットオークションに『2006年（平成18年）9月30日・日本エアコミューター・沖永良部発鹿児島行YS-11最終便搭乗券』1枚が出品されるという出来事があった。インターネットオークション運営会社と航空会社側が協力してインターネットオークションから「強制削除」され、出品された搭乗券は「無効扱い」とされた。なお、出品時の価格は「10万円」だったと言われている。2007年（平成19年）8月には新幹線0系電車などと共に機械遺産（13番）に認定された。国土交通省航空局が所有していたJA8709（製造番号2084。中古機を航空局が取得し1985年に登録）は2007年4月に用途廃止され、長らく東京国際空港（羽田空港）にて保管されていたが、2014年12月に一般競争入札にかけられ、大阪府八尾市の航空機部品販売ならび整備会社エアロラボインターナショナルが落札した。日本では航空法などの規制に適合しないおそれがあるため機体記号をアメリカ籍のN462ALへ変更する形で登録を行い、2015年3月にはエンジンの始動に成功。同年5月24日に連邦航空局（FAA）から飛行を許可されたと発表。羽田へこれ以上駐機できなくなったことで、同月27日に羽田空港から高松空港の飛行を実施した。その時点では本機は未だ完全な修復には至っておらず、エアロラボインターナショナルは引き続き整備を継続すると共に再飛行と本格的な動態保存に向けた寄金を募っていた。その後は同社が時折、エンジンを動かすなどして整備していたが高松空港が4月に民営化し、民営化に伴って定められた空港の供用規定で、機体を駐機できる期間を上限10日間とする項目が新設されたため、4月中旬からは違反状態になったことで運営会社が離陸を求めたことから高松空港での保管が難しくなった。そのため、能登空港に隣接する日本航空学園の敷地内に移して保管されることになった。なお、同学園は保管場所の無償提供を申し出ている。2018年5月11日午前11時に離陸して付近を約30分間試験飛行した後、能登空港へ向けて再び飛行し同日に着陸した。
実質的にYS-11プロジェクトの後継となる国産旅客機としては、2014年にロールアウトした三菱航空機の「Mitsubishi SpaceJet」（三菱スペースジェット、旧称：MRJ）が挙げられる。また、YS-11に対しては正式に発注せずに終わった日本航空（JAL）も32機のSpaceJetを確定発注しており、2020年代前半から国内定期路線に投入予定である。2015年11月11日にはかつて53年前にYSが初飛行を行ったのと同じ名古屋飛行場においてMRJ（当時）が初飛行に成功し、9年ぶりに国産旅客機が日本の空を舞った。三菱重工業は、2006年（平成18年）5月31日に開催された経済産業省主催の民間機開発推進関係省庁協議会において、YS-11を業務運用している防衛庁・国土交通省・海上保安庁に対して、開発段階であったMJ（現在のMitsubishi SpaceJet）の採用を要望した。これに対して各省庁は「ニーズが合えば購入する」との認識を示したことから、官公庁ではSpaceJetの開発経過を観察しながら、後継機選定を行うものと思われる。
機体の設計者たちは戦前に軍用機設計に携わってはいたが、旅客機の設計をしたことがない（それどころか乗ったこともない）者がほとんどであった。このため設計は軍用機の影響が強く、信頼性と耐久性に優れる反面、騒音と振動が大きく居住性が悪い、（後述する理由で）操縦者に対する負担が大きいという、民間旅客機でありながら軍用輸送機に近い性格の機体となってしまった。快適性・安全性・経済性が重視される民間機としては好ましくなく、運用開始した航空会社側からは、非常に扱いにくいという厳しい評価を受けた。それでも日本の航空業界側は「日本の空は日本の翼で」という意識のもと、改修に改修を重ね、機体を実用水準に高めた。航空業界によって使える機体に育ったとも言える。やがて東亜国内航空では日本国外に輸出された機体を購入しなおすなど、YS-11に対する信頼性は大いに上がった。機齢が40年を超えた機体も現れ始めたが、自衛隊や日本国外のエアライン等では2013年現在も使用され続けている。航空大国アメリカでは「日本製の飛行機」、「ロールス・ロイス製エンジンを搭載した飛行機」、「ピードモント航空が使っていた飛行機」という形で知られている。