本ジャンルの発祥は『りぼん』及び『なかよし』に連載された少女漫画を原作とした『魔法使いサリー』（第1作・1966年）・『リボンの騎士』（1967年）・『ひみつのアッコちゃん』（第1作・1968年）の3作である。東映・東映動画製作の『魔法使いサリー』及び『ひみつのアッコちゃん』は東映魔女っ子アニメシリーズの端緒となる作品であった。1970年代になると低年齢層と高年齢層向けに作品の傾向が分かれ始めるようになり、低年齢層向けにおいては東映魔女っ子アニメシリーズの続編となる『魔法のマコちゃん』で原作が存在しない「アニメオリジナル作品」が登場し台頭していったが、後半時期には男児層の「変身ブーム」の衰退を端緒にキャラクター物の人気に陰りが見えていた。そんな中で1976年に現在に通ずる「少女漫画原作アニメ」の原点となった『キャンディ・キャンディ』が誕生、女児向け玩具のビジネスモデルを築き上げ、以後の本ジャンルの商品展開に大きな影響を与えた。1981年に『おはよう!スパンク』（1981年）がアニメ化され、『キャンディ・キャンディ』に続き原作物で商品展開を成功させヒットした。また、折からのアニメブームの勢いで『魔法のプリンセスミンキーモモ』（1982年）、『魔法の天使クリィミーマミ』（1983年）、『とんがり帽子のメモル』（1984年）などの「アニメオリジナル作品」が再び台頭し、立て続けにヒットした。1980年代後半になると、『とんがり帽子のメモル』は時間帯移動の憂き目にあい、同枠の数年後の『新メイプルタウン物語 パームタウン編』は放映途中から少年向けアニメの『ビックリマン』と抱き合わせたコンプレックス枠になった挙句、それに主力を譲ってしまい、また、ぴえろ魔法少女シリーズは『魔法の天使クリィミーマミ』の成功によってシリーズ化されたが、最終作の『魔法のアイドルパステルユーミ』で放映期間の打ち切りが生じ、1980年代前半のアニメブームはこの時期より衰退して冬の時代に入った。1980年代末期にはアニメブームと正反対の流れとして赤塚不二夫・藤子不二雄原作アニメなど1960年代にヒットした作品のリメイクが多くなり、その一つとして『ひみつのアッコちゃん』（第2作・1988年 - 1989年）『魔法使いサリー』（第2作・1989 - 1991年）が復活するが、どちらも原作および1960年代に放映されたアニメ版第1作から大幅にリニューアルされ、「アニメオリジナル作品」と同然だった。1990年代に入ると、アニメブームが再燃し、本ジャンルでも『ちびまる子ちゃん』（1990年 - 1992年、1995年 - ）、『きんぎょ注意報!』（1991年 - 1992年）、『美少女戦士セーラームーン』シリーズ（1992年 - 1997年・以下『セーラームーン』）の大ヒットで10年ぶりに「少女漫画原作アニメ」が息を吹き返した。特に『ちびまる子ちゃん』は国民的アニメとなり、『セーラームーン』は国内外を問わず幅広い年齢層に支持され、玩具も爆発的にヒットした。そして、この3作品の成功を元に1993年頃から『姫ちゃんのリボン』（1992 - 1993年）、『赤ずきんチャチャ』（1994 - 1995年）、『ママレード・ボーイ』（1994 - 1995年）などを筆頭に多様な作品が続々とアニメ化され、本数が激増した。特に『ママレード・ボーイ』は高校生以上の女性にも人気が高く、今までアニメと比較的だった後述の10代以上向けの作品のアニメ化を促すきっかけを作った。1990年代中盤になると少女向けアニメの様相が一変した一方で、小中学生を対象とした作品の総数が増えたことにより競争が激化し、商業的に不振に陥った作品も多くなった。特にバトルヒロイン系は元祖格の『セーラームーン』が大ヒットとなった影響で、『魔法騎士レイアース』(1994 - 1995年)、『ナースエンジェルりりかSOS』(1995 - 1996年)、『愛天使伝説ウェディングピーチ』(1995 - 1996年)、『怪盗セイントテール』（1995 - 1996年）といった類似した作品がほぼ同時期にアニメ化され、更には『赤ずきんチャチャ』もバトルヒロイン物に一部手直しされ、乱立状態に至った。1996年には『セーラームーン』の最終シリーズに当たる『美少女戦士セーラームーン セーラースターズ』の人気が低下していたこともあり同年秋頃までにこの流れは収束するが、新たに玩具商品がヒットした作品が『こどものおもちゃ』（1996 - 1998年）ぐらいしかないという状況となった。またこの時期には、『あずきちゃん』（1995 - 1998年）、『水色時代』（1996 - 1997年）のように小中学生向け作品であるのに関わらず、玩具商品の展開はほぼ行わなかった作品も登場（詳細は下記参照）、『ちびまる子ちゃん』も完全にファミリー向けアニメへと変容し、玩具商品がほとんど発売されなくなっていった。1997年には『セーラームーン』の満5年間続いた放映が終了し、後継はアニメオリジナルの『キューティーハニーF』（1997 - 1998年）及び、児童小説が原作の『夢のクレヨン王国』（1997 - 1999年）となった。1998年には『こどものおもちゃ』も終了し、後番組は男性向けアニメの『カウボーイビバップ』になり、『姫ちゃんのリボン』から5年半続いた『りぼん』アニメの流れが終息した。『セーラームーン』の後継としてヒットが期待されていた『キューティーハニーF』や『神風怪盗ジャンヌ』（1999 - 2000年）は視聴率や商業面で不振に終わり、『カードキャプターさくら』（先行制作：1997年、アニメ本放送：1998年 - 2000年）は原作やアニメが小中学生はもちろんアニメファンにも大ヒットし2度も映画化されものの、一方で未就学女児など低年齢層への訴求はいまひとつで、玩具はヒットに至らなかった。そのため全体的な人気面では未就学児童・小学校低・中学年を対象とした『夢のクレヨン王国』とその後継でアニメオリジナルの『おジャ魔女どれみ』シリーズ（1999 - 2004年）、幼年漫画が原作の『とっとこハム太郎』（2000年 - 2008年・2011年 - 2013年）、小学校高学年にも拡大し始めていた一部の10代以上向けの作品などに人気が押されており、『セーラームーン』などが市場を牽引していた1990年代前半と比べると全体的に縮小感が否めなかった。2002年には公立の小中学校が完全週休2日制になったことを睨み、テレビ東京系において『満月をさがして』（2002 - 2003年）、『東京ミュウミュウ』（2002 - 2003年）、『わがまま☆フェアリー ミルモでポン!』シリーズ（2002 - 2005年・以下『ミルモでポン!』）と、広告代理店・出版社・スポンサー企業において競合関係となる3作を土曜朝に並べて放映するという試みが行われ、最も後座の『ミルモでポン!』がヒットし、2003年秋から2005年秋のシリーズ終了まではゴールデンタイム(19時台から22時台)に昇格して放映されていた。後継の『きらりん☆レボリューション』シリーズ（2006 - 2009年）も当時モーニング娘。に所属していた久住小春とタイアップした音楽CDやカードゲームなどが大ヒットし、一大ブームとなった。この2作は従来のヒット作よりも若干低年齢層となる小学校低学年を中心に売れ、2000年代の「女児向けアニメ」としても『おジャ魔女どれみ』シリーズ及び『プリキュアシリーズ』と肩を並べるほど人気を誇った。また、『しゅごキャラ!』シリーズ（2007 - 2010年）は初期に展開されていた玩具商品こそ不振で1年目限りで姿を消したものの、Buono!を起用した主題歌CDの売上が堅調で長期にわたってアニメ化された。また、これらの作品に交じる形で2000年から2003年にかけて『セーラームーン』シリーズ、2004年と2006年に『カードキャプターさくら』が共に全国ネットで再放映され、玩具商品が再発売された。2000年代の幼児・小中学生向け作品群の特徴として、『セーラームーン』を除き1-2年ごとに新作に入れ替えていた1990年代までと打って変わって、アニメ化する本数を絞る代わりに同一の作品を2年以上引き伸ばして継続する商業展開が多く見られ、人気が低迷するまで原作をアニメにあわせて展開する状況になっていた。また、これらの作品の多くは幼児から小学校中学年までの低年齢層が主な対象年齢となり、後述の10代以上向けの作品とは方向性および年齡層が完全に分かれ、小学校高学年以上の視聴者が減った。その波を受けて『ちびまる子ちゃん』を除いては『おジャ魔女どれみシリーズ』や『プリキュアシリーズ』などのアニメオリジナル作品と同様に『女児向けアニメ』と括られることが多くなった。2000年代末期以降は『なかよし』『りぼん』『ちゃお』の小中学生向け少女漫画を原作にしてアニメ化される機会が大幅に少なくなっている。2009年に『きらりん☆レボリューション』の後継として『極上!!めちゃモテ委員長』（2009年 - 2011年）が登場し、視聴率面ではそれよりは持ち直したものの同じ土曜朝に放送していた『ミルモでポン!』には全く及ばなかった。関連商品の売上・人気も低迷し、2011年春の終了と共に『Dr.リンにきいてみて!』（2001年 - 2002年）から約10年続いた『ちゃお』原作アニメの流れが終わった。2009年秋に登場した『夢色パティシエール』シリーズ（2009年 - 2010年）も男児向けの『ヤッターマン』から女児向けへ変更する形で新設されたものの、視聴率がより低下する結果となり、後番組は再び男児向けの『べるぜバブ』に戻された。それらの商業的な不振が重なったこともあり、主力作品が『プリキュアシリーズ』のみならず『ジュエルペットシリーズ』（2009年 - 2016年）、『たまごっち!シリーズ』（2009年 - 2015年）、『プリティーリズムシリーズ』（2011年 - 2014年）及び『プリパラシリーズ』（2014年 - ）、『アイカツ!シリーズ』（2012年 - ）といった「女児向けコンテンツの販売促進作品」に軒並みシフトし、2011年3月の『極上!!めちゃモテ委員長』の終了から2016年3月までの5年間は小中学生向け少女漫画を原作としたアニメのうち、地上波にて全日帯の単独枠で本放送された作品が1990年代から続く『ちびまる子ちゃん』のみとなり、『12歳。〜ちっちゃなムネのトキメキ〜』（2016年）まで新作が放映されない状況に陥っていた。『なかよし』・『りぼん』・『ちゃお』の小中学生向け少女漫画雑誌各誌もその煽りを受けて本誌やコミックスの売上部数や発行部数が激減している。その対策の一つとして『ちゃお』はテレビアニメ作品・OVA作品に関わらず、アニメ作品を収録したDVDを付録にすることが行われている。『なかよし』では2016年7月号から『カードキャプターさくら』の続編にあたる『カードキャプターさくら クリアカード編』をアニメ化を前提として連載し、2018年1月から6月まで前作と同じくNHKにてアニメの放映が行われた。また同年4月から9月まで児童文学（青い鳥文庫）を原作とする『若おかみは小学生!』（2006年から2012年まで『なかよし』に漫画版を掲載）がテレビアニメ化された。