『白雪姫』の成功の後に、ディズニーは続けて3作の長編映画に多大な投資を行い、それらの作品『ピノキオ』（原題：Pinocchio）、『バンビ』（原題：Bambi）、『ファンタジア』（原題：Fantasia）は、いずれもアニメーション史を通じた傑作として賞賛されている。しかしながら、これら3作はどれも『白雪姫』と並ぶほどの興行成績は残せなかった。特に『ファンタジア』は、アニメーションの主流に抽象芸術やクラシック音楽、エリート的な主題を持ち込もうという、ウォルト自身の力量を越えた試みを感じ取った文芸批評家や観客から酷評された。しかし、後世の観客は同様の理由により、ディズニーの芸術的野心を評価している。これらの計画による相対的な失敗を補填するため、ディズニーが制作した低予算長編映画『ダンボ』（原題：Dumbo）は、スタジオを維持するのに充分なだけの収益をもたらした。1940年代に入ると、2つの大きな出来事がハリウッドアニメーションスタジオが置かれた状況の変化を呼び起こした。1番目はアメリカ合衆国の第二次世界大戦への参戦であり、アニメーションスタジオを含むあらゆる映画制作会社は、戦争に向けての民意形成と士気高揚のための映画制作に動員された。2番目はディズニーとそのスタッフの絆を断ち切ったディズニーのアニメーターらによる1941年のストライキ（詳細は記事ディズニーアニメーターのストライキを参照）であり、多くのディズニースタジオの構成員が新天地を求めてスタジオを後にした。この時スタジオを離れたアニメーターのある者らは、1950年代にアニメーション業界に多大な衝撃をもたらした制作会社UPAを設立した。合衆国が第二次世界大戦に参戦した後、アニメーション制作会社の人的資源の大半は戦争に関連する素材やプロパガンダを扱った短編制作に注ぎ込まれる事になった。多数のハリウッドの映画制作会社が士気高揚のために大きな貢献を行い、アニメーション制作会社もまたその一員であった。フライシャー・スタジオでは、水兵ポパイが海軍に加わりナチスや日本軍と戦い始めた。一方ワーナー・ブラザースの系列会社であったレオン・シュレジンガープロダクションは、従軍兵士の慰安と学習のために『プライヴェート・スナフー』（スナフー一等兵、原題：Private Snafu）シリーズを制作した。戦争はウォルト・ディズニーの帝国を震撼させた2つの打撃のうちの2番目の物であった。しかしディズニーは停滞こそしたものの、その王座から転落することはなかった。1940年代のディズニーの長編映画は『メイク・マイン・ミュージック（原題：Make Mine Music）『ファン・アンド・ファンシーフリー』（原題：Fun and Fancy Free）『メロディ・タイム』（原題：Melody Time）『三人の騎士』（原題：The Three Caballeros）などの短編アニメーションのコレクションによる低予算作品であったが、ディズニーは『空軍力の勝利』（原題：Victory Through Air Power）と題されたプロパガンダ映画で士気高揚に大きく貢献した。その一方でワーナー・ブラザースは活気を取り戻し、次の15年間から20年間に高い人気を獲得した。1944年に、レオン・シュレジンガープロダクションは、シュレジンガーの引退によりワーナーのアニメ部門となったが勢いは衰えることがなかった。これらの期間にフリッツ・フレラングとボブ・クランペットは、その最高の仕事を成し遂げたと見なされている。特にクランペットが監督した『ポーキーのヘンテコランド』（原題：Porky in Wackyland）『カメがウサギを超えた日』（原題：Tortoise Wins By A Hare）『ビッグ・スヌーズ』（原題：The Big Snooze）『石炭姫とひちにんのこびと』（原題：Coal Black and de Sebben Dwarfs）『未来のバニー』（原題：The Old Grey Hare）などの傑作短編によって、6分間物のアニメーション映画はシュルレアリスムに匹敵する水準にまで押し上げられた。1946年に、クランペットはスタジオとの諍いが原因でワーナー・ブラザースを退社し、自身のスタジオ経営に乗り出した。クランペットは新たに誕生したテレビ分野における子供番組の開拓者として活動し、人気番組『Time for Beany』を制作した。さらに他方では、ディズニーをその玉座から追い落とそうとした試みの十年後になって、MGMスタジオに突然の幸運が続けざまに舞い込んだ。MGMに在籍するアニメーターのウィリアム・ハンナとジョセフ・バーベラが、オスカー賞候補となった短編『上には上がある』（原題：Puss Gets The Boot）による商業的成功を収め、ハンナとバーベラは長寿作品となった連続アニメーション『トムとジェリー』の制作に着手した。この作品により、ディズニーを除いてアニメーション制作会社とは無縁だったアカデミー賞に列せられるという栄誉を、MGMは手に入れた。同時に、レオン・シュレジンガーとの争いの末にワーナー・ブラザースを退社したテックス・エイヴリーがMGMに入社し、かつてワーナーのアニメーターたちに活気を与えたのと同様に、MGMのスタジオを生き返らせた。『トムとジェリー』シリーズと、テックス・エイヴリーによる荒々しくシュールな傑作群（これらの内にはアニメーションに大人向けのジャンルを持ち込んだセクシーで小洒落た『おかしな赤頭巾』（原題：Red Hot Riding Hood）シリーズが含まれる）の合間に、ついにMGMはアニメーションの分野において、ディズニーと、そして今のワーナーと肩を並べる企業となったのである。1940年代に成功したその他の制作会社としては、ウォルター・ランツ・スタジオがある。ウサギのオズワルドの人気を使い果たしたランツと彼のスタッフたちは、三匹の猿ミーニー・ミニー・モーやベイビーフェイス・マウスなどの新しいキャラクターの案出に試行錯誤していた。最終的にこれらのキャラクターの内の一匹が成功した。アンディ・パンダである。しかしながらアンディの成功も、『キツツキとパンダ一家』（原題：Knock, Knock）に登場した五匹目のキャラクターであるウッディー・ウッドペッカーの画期的な成功には及ばなかった。変化の風はディズニーにとって最大のライバル会社であったフライシャー・スタジオの航路をも変えた。しかし、その変化はMGMで起きた物のように、有益かつ霊感に満ちた物ではなかった。ポパイを海軍に送り込み戦意高揚に貢献した一方で、フライシャーは伝説となった豪華作品『スーパーマン』（Superman）シリーズの制作に着手し、このシリーズの第一作は1941年10月に公開され、オスカー賞候補となった。また、同年12月にはフライシャーにとって2作目の長編『バッタ君町に行く』（Mr.Bug Goes to Town）が公開された。ところが、1940年代初めにパラマウント映画は突如としてフライシャー兄弟を代表者の地位から解任し、製作スタッフも大幅に削減した。現在でも議論を残している動きの内に（この時の状況は映画史研究家にも未だ詳らかにされていない）、パラマウントはフライシャー・スタジオを系列会社に加え、フェイマス・スタジオと改名し、フライシャー兄弟の始めた作品を継続した。フライシャー兄弟更迭の効果は、ただちにスタジオに現れた。戦時下のパラマウントのアニメーション映画はフライシャーの頃と比較するとディズニーの二番煎じの感じが多くなったが、内容は面白く人気作品であり続けた。しかし、1940年代が終わると物語の質ははっきりと低下を始め、どこまでも落ち込んでいった。