オックスフォード派と並んで支持者の多い反ストラトフォード派の分派は、フランシス・ベーコン（1561年 - 1626年）を正典の真の作者とするベーコン派である。当代一流の哲学者であったベーコンは、その上に科学者、廷臣、外交官、エッセイスト、歴史家としても優れた才能を発揮した人物である。また政治家としては司法次官（Solicitor General、1607年）、司法長官（Attorney General、1613年）、枢密顧問官（Privy Councilor、1616年）、国璽尚書（Lord Keeper、1617年）、大法官（Lord Chancellor、1618年）などを歴任した。ベーコン派の人々が提示する証拠は以下のようなものである。作者の正体を隠蔽しておく必要があったこと。『間違いの喜劇』の初演時の状況。『テンペスト』の種本となったと考えられている「ストレイチー書簡」を参照しやすい立場にベーコンがいたこと。ベーコンも知っていた戯曲の中に法曹関連の人物に対するほのめかしがあること。ベーコンの公刊された著書や『慣用表現と上品語の宝庫』（"Promus of Formularies and Elegancies"、ベーコンの私的なメモの集成。以下『プロムス』と略記）に、正典と類似する語句が見られること。国家政体史を書こうとの意図をベーコンが抱いていたこと。戯曲の中に自伝的な言及が隠されていること。ベーコンは政府の暗号作成・解読法を熟知しており、これを用いて正典の中に自分の名前を潜ませることが可能であったことなど。法廷弁護士であり詩人でもあったヘリフォードのジョン・デイヴィス(John Davies of Hereford)へ宛てた1603年の書簡において、ベーコンは国王へのとりなしをデイヴィスに依頼しながら「すべての隠れた詩人に仁慈を賜りたく……」と書き、自分自身を匿名の詩人と呼んでいる。したがって、同時代の人々の何人かはベーコンが秘密のうちに書いた作品があることを知っており、ときおりそれをほのめかしているとベーコン派は主張している。例えば、ジョセフ・ホール（Joseph Hall、1574年 - 1656年）とジョン・マーストン（John Marston、1575年 - 1634年）による風刺詩の応酬の中で、二人はレイビオーという仮名の詩人について議論しているが、パラフレーズされて引用されている詩句の内容から、これはシェイクスピアの長詩『ヴィーナスとアドーニス』の著者を暗示したものと考えられている。ホールがこれを猥褻だと非難したのを受けて、マーストンは「自分の遺恨を離れて中道を行くことはできないのか？」("What, not mediocria firma from thy spight?")と答えているが、この「中道を行け」"mediocria firma from"というのはベーコン家の家訓なのである。1781年、ワーウィックシャーの聖職者であり学者でもあったジェームズ・ウィルモット(James Wilmot)はシェイクスピアの伝記的研究をしていた。彼はストラトフォードを広く調査し、半径50マイルにある屋敷の書庫を片端から訪ね回り、少しでもシェイクスピアに所縁のありそうな記録や文書、あるいはシェイクスピアが所有していた蔵書などを探して回った。その結果、ウィルモットはシェイクスピアに関する証拠があまりにも少ないことに愕然とし、シェイクスピアが正典の著者であるはずがないという結論に達した。フランシス・ベーコンの著書に造詣の深かったウィルモットは、ベーコンこそがシェイクスピアの正典の真の作者にふさわしいという見解をまとめるに至り、この着想をジェームズ・カウェルに打ち明けた。その後1805年にカウェルはこの学説をイプスウィッチ哲学協会の発行する新聞紙上で発表した（この新聞が再発見されたのは1932年のことである）。ベーコンがシェイクスピアの正典を書いたのだというアイディアはその後しばらく忘れられていたが、1856年にウィリアム・ヘンリー・スミス(William Henry Smith)がエルスミア卿に宛てて書いた書簡によって再浮上した。これは『ベーコン卿こそシェイクスピアの戯曲の作者なのか？』という16ページのパンフレットであり、ベーコンが授受した手紙の中にはベーコンこそ真の作者だと暗示する証拠が散見されるというのがその内容である。翌年、スミスとディーリア・ベーコン(Delia Bacon)はベーコン説を述べた著書をそれぞれ発表した。ディーリア・ベーコンの『シェイクスピア劇に現れたる哲学』で提示された学説は、正典の作者はベーコンの他にウォルター・ローリーやエドマンド・スペンサーを含む数人の作家からなるグループであり、戯曲の中に隠された反君主制的な哲学を世に広めることで人類を圧政から解放することが彼らの目的だったのだというものである。1883年、コンスタンス・メアリー・ポット(1833年 - 1915年）は、ベーコン自筆の覚書を集めて『プロムス』として編纂し、これを丹念に調査した結果、ベーコンの書き留めたアイディアや比喩表現の多くが正典中に現れるということを発見した。ポット夫人はベーコン派支持者を集めるため1885年にフランシス・ベーコン協会を設立し、1891年には自説を著書として出版した。この本においてポットは、ベーコンはオカルト学者による秘密結社薔薇十字団の創設メンバーであったとするW・F・C・ウィンストンの学説を敷衍し、ベーコンらの作家集団は密かに正典の全戯曲を含む文学作品や美術作品を作ったのだと主張した。19世紀後半のベーコン派による議論の多くは正典中に隠された「暗号」を巡るものだった（詳細は後述する「暗号」の節を参照）。イグネシアス・ドネリー(Ignatius L. Donnelly)が著書『偉大な暗号文』（"The Great Cryptogram"、1888年）でベーコンが真の作者であることを示す暗号が正典中に含まれていると述べたのを初めとして、エリザベス・ウェールズ・ギャラップ(Elizabeth Wells Gallup)は、ベーコンは正典の真の著者であるばかりでなく、エリザベス女王の私生児であることが暗号によって記されているとの説を発表した。これらの暗号はおおむね提唱者以外には判読できないものであった。ドイツの数学者ゲオルク・カントールもベーコン派の1人であった。カントールは双極性障害や鬱病を患い、この問題について研究していた1884年には病気の発作に悩まされながらも、1896年から1897年にかけてベーコン説を支持する2冊のパンフレットを自費出版した。集合論に対する貢献に鑑みてもカントールが天才数学者であることに異論の余地はないが、専門外のベーコン説を喧伝して回る（数学科の教授として招聘された大学の教壇でさえベーコン説を講義した）カントールの姿は周囲から顰蹙を買い、やがて精神を病んで精神病院に入院することとなった。アメリカの医師オーヴィル・オーウェンは、やはり独自の方法で暗号を解読し、ベーコンによる正典の自筆原稿がチェプストー城付近のワイ川の川床に眠っていると確信し、1909年に発掘作業を開始した。1924年に死去するまで、何者も彼の信念を曲げることはできなかった。その後のベーコン派は、初期の支持者達が惹き付けられたような難解な研究法は放棄した。以前の暗号説は「正体を知られたくないのならばなぜ暗号など残したのか」「暗号を残すならばなぜとても解読できそうにもない方法を用いたのか」という疑問に答えることのできないものであったが、ベーコン派が新たに提示する「正体を隠しておかなければならなかった理由」は、ベーコンの「大革新」に関わるものである。大革新とは諸学問の再生のことであり、全ての学問の全ての対象は自然を観察することによって明るみに出すことができ、また系統的に分類することが可能であるという観点から、人知の全てを綜合的に体系化することを目論んだ壮大な計画である。この体系の中でも人間の心理や情動を扱った道徳学に関する部分は、古代の人々が演劇を情操教育の手段として用いていたように、戯曲という形式でシェイクスピアの名前の下に世へ送リ出されたのだ、そして、「善い」政体はいかにして築き上げることができるかということを、演劇を通じて貴族達に訴えかけたのだ（例としては『ヘンリー四世 第1部』におけるハル王子（ウェールズ公ヘンリー、後のヘンリー五世）と高等法院長の関係などが挙げられる）、というのがベーコン派の主張である。しかし、この計画を推進し完成させるためには、帰納法（著書『ノヴム・オルガヌム』(Novum Organum)でその重要性を説いている）を用いて実験科学的なデータを集積するための新しい学会が必要となり、これを設立するには政府高官の地位に付いていなければならない。大衆演劇作家などという低級な職業にも就いていることが知られては計画の妨げになるので、何としても正体は隠しておく必要があったのだとベーコン派は結論付けている。