2004年7月1日、イラク特別法廷（現・イラク高等法廷）にて「人道に対する罪」「戦争犯罪」等で訴追される。アズィーズは、予審にて『私は教養のある政治家で国民の弾圧には関与していない』と無罪を主張した。予審の前日に、身柄が米軍からイラク暫定政府に移ったことを説明するためにアズィーズを含む被告12人と面会したサーリム・チャラビー・特別法廷長官（当時）によると、面会の間アズィーズは終始無言で一言も喋らなかったという。2005年6月26日、特別法廷側が同月21日に行なわれたアズィーズの審問の模様を収めたビデオ映像を公開した。この中でアズィーズは、フセイン元大統領が1980年代以降、絶対的独裁者となり、1991年3月のシーア派住民の反政府蜂起弾圧も、側近に諮らないままフセインが独断で命令を下したと供述した。映像内のアズィーズは白いつなぎの服を着ており、『80年代のいつだったかは思い出せないが、大統領は（旧政権の最高意思決定機関）革命指導評議会に諮らなくても法的効力を持つ政令布告の権限を持つという指令が出された』と証言。「その指令を誰が出したのか」との予審判事の質問に対しては『大統領自身だ』と答えた。さらに、イラク南部で何千人ものシーア派住民が殺害された91年の反政府蜂起弾圧当時の自身の立場について、アズィーズは『私は外相だった。副首相などを兼任していたものの、自分には弾圧の権限はなかった』と主張。『一部幹部が南部へ行ったとは聞いたが、何をしていたのか知らなかった。私は外相だから報告は届いていなかった』と弁明した。2008年4月29日、アズィーズは、1992年に42人の食料販売商を政府の価格統制に背いたという理由で処刑を命じたとして、イラク高等法廷に被告人として出廷したが、共同被告のアリー・ハサン・アル＝マジードが病気のため出廷できなかったため、公判は5月20日まで延期とされた。この裁判ではアズィーズ、アリー・ハサンのほかに、マフムード元大統領秘書官、ワトバーン元内相、サブアーウィー元総合治安局長、ミズバーン元革命指導評議会メンバー、フダイル元財務相、フワイシュ元イラク中央銀行総裁が被告として訴えられている。AFP通信の報道によれば、検察側が起訴事実の要旨を読み上げて閉廷した。しかしアズィーズの弁護を引き受けた海外の弁護団にイラク入国のビザが発給されなかったため、アズィーズの弁護団はこの日の裁判に出廷できなかった。5月20日、裁判は再開され、アズィーズも他の被告とともに出廷した。アズィーズは法廷にて、この裁判は自分をかつて暗殺しようとした、シーア派勢力主導のイラク現政府による報復裁判であると批判し、無罪を主張した。また、サッダーム政権とRCC指導部の一員であったことを誇りに思うと述べた。検察側は、アズィーズが当時RCCメンバーとしてサッダームの決定に反対もせず従ったとして、共謀の罪で起訴した。これに対して弁護側は、商人が処刑された時にアズィーズは外相としてヨーロッパを訪問しており、国内問題には関与できなかったと反論した。2009年3月11日、高等法廷はアズィーズの有罪を認め、禁固15年の判決を下した。判決の朗読中、アズィーズは一言も言葉を発せず、終始目を瞑っていたが、判決朗読前に裁判長に対して椅子に座る許可を求めた。アンマンに在住のアズィーズの長男ズィアドは『不当な判決で、父はこの事件に巻き込まれた』と判決内容を批判した。2008年5月27日、アズィーズの弁護人バディーウ・イッザト・アーリフによるとイラク高等法廷の検察側が、アズィーズの新たな容疑としてマスウード・バルザーニ・クルディスタン地方政府大統領の出身部族、バルザーニ部族の虐殺容疑を訴因に加えたと語った。バディー弁護士は、法廷側がアズィーズの殺害を試みている、あるいは拘束を続けようとしているが、どのような容疑で告発しても有罪にする事が困難であるので、より長期刑務所に留めようとしていると述べた。2008年11月23日には、1999年に起きた大アーヤトッラー・サーディク・アッ＝サドルの暗殺後にバグダードのサッダームシティーで発生した市民の抗議運動を発端にしたシーア派住民の第2次民衆蜂起の弾圧を指導したとして、イラク高等法廷に出廷した。法廷で、ムンキス・アル＝ファールーン首席検事は起訴状で、当時のバアス党の文書を引用しながら、市民のデモ隊に対し、民兵組織「フェダーイーン・サッダーム」が無差別に発砲し、デモに参加していなかった市民も含む16人が死亡。アマーラでも同様の事件で14人が殺害されたとした。また事件の犠牲者たちの遺族には、殺害された親族の葬儀が許可されなかったとしている。この件についてアズィーズは、『この事件について弁護士と充分話し合う時間が無かった』と不満をもらし、弁護団との相談の時間を与えるよう注文を付けた。2009年3月2日、イラク高等法廷はこの容疑についてアズィーズに無罪の判決を言い渡している。09年1月26日、イラク北部のファイル村に住むシーア派クルド人、いわゆるファイリー・クルド人をイラン・イラク戦争下に「イラン人」だとして国外追放、大量殺害、化学兵器による攻撃とイラン軍に対する「人間の盾」に利用したとして、これらの容疑を裁く法廷にアズィーズは被告人として出廷し、2010年11月29日に禁錮10年の判決を言い渡された。8月2日、アズィーズはイラク北部に住むクルド人の強制移住政策に責任が有ったとして高等法廷により、禁錮7年の判決を言い渡された。アーリフ弁護士は判決後、「政治的な判決」であるとして、判決に対する非難声明を出した。2010年1月18日、1990年代に南部の都市ナースィリーヤにおいて民兵組織フェダーイーン・サッダームが、反体制組織ダアワ党のメンバーを斬首した虐殺事件を裁く公判にも被告として出廷した。10年7月18日、アズィーズは旧政権時代に公金横領を行った容疑で、イラク高等法廷に出廷した。10年10月26日、イラク高等法廷はアズィーズが1980年代に旧政権下で行われたシーア派政党「ダアワ党」に対する弾圧や党員の殺害など、「計画殺人」「人道に対する罪」を犯した十分な証拠があるとし、アズィーズに死刑の判決を下した。他に「拷問を命じた」とされる容疑については禁錮15年、「拷問に参加した」容疑では禁錮10年の判決を下し、アズィーズの全財産没収を命じている。判決文を聞く前、マフムード・サーリフ・アル＝ハサン裁判長はアズィーズに補聴器を付けるように命じた。脳卒中の影響からか、アズィーズの口は歪んでおり、被告席の手すりに掴まりながら時折、頭を下に垂れながら判決を無表情で聞いていた。判決について、欧州連合は死刑廃止という理念から刑の執行を停止するよう声明を発表し、ローマ教皇庁も死刑執行停止を求める声明を発表した。この他、ロシア政府やイタリア政府もアズィーズの死刑執行停止を求めている。アズィーズの個人弁護人であるアーリフ弁護士は、先週ウィキリークスによって公表された米軍内部文書にイラク軍・警察による拷問や虐待の実態が含まれていたため、その事実から目をそらすそうとするための政治的判決であると批判した。アズィーズの長男ズィアドもAP通信に対し、判決が非論理的で不公正であると話し、ダアワ党が1980年代にアズィーズを暗殺しようとした点を指摘し、「ターリク・アズィーズは宗教政党の犠牲者であったが、今は犯罪者にされてしまった」と述べた。弁護団のメンバーであるイタリア人のジョヴァンニ・ディ・ステファノはAFP通信のインタビューに対し、アズィーズが恐らく死刑判決について抗告しないだろうと述べた。理由についてステファノは、抗告すれば裁判と法廷の正当性を認めることになるとアズィーズが考えているとし、抗告の代わりに国連人権理事会と米州人権委員会に訴えると語った。ステファノは、米州人権委には死刑執行のためアズィーズの身柄を米側からイラク側に引き渡すのを阻止する権限があると述べると共に、アズィーズは国際社会とサッダームとの協定を知っている「やっかいな」人物として、政権の意志決定から排除されていたと語った。11月17日、死刑廃止論者でもあるジャラル・タラバニ大統領はフランスのテレビ局「France 24」の番組に出演し、ターリク・アズィーズの死刑執行のサインには署名しないと表明した。その理由としてタラバーニは「アズィーズがキリスト教徒であること」や「70を越えた老人である」点をあげ、アズィーズに同情すると語った。ステファノ弁護士も弁護団として抗告では無く、タラバニ大統領に正式に恩赦を求めるとしている。しかし、イラク司法省報道官は、「大統領の署名が無くても死刑は執行できる」とし、理由として大統領が判決内容に対して再審を命じているわけでは無いからだと述べた。2011年4月21日、旧反体制派指導者ターリブ・アッ＝スハイル・アッ＝タミーミーが、1994年にベイルートで旧政権情報機関によって暗殺された事件を審理する裁判において、イラク高等法廷はアズィーズに対し、証拠不十分で無罪の判決を言い渡した。