稲作は日本においては、縄文時代中期から行われ始めた。これはプラント・オパールや、炭化した籾や米、縄文土器に残る痕跡などから分かる。大々的に水稲栽培が行われ始めたのは、縄文時代晩期から弥生時代早期にかけてで、各地に水田の遺構が存在する。弥生期では一粒当たりから生産できる量は400粒ほどだったが（それでも麦が一粒当たり150 - 170粒の生産量であることを考えれば、高い生産量といえる）、品種改良や水田開発が進んだ現在では一粒当たり2千粒（約5倍）まで生産量が上がっている。米は、食料として重要である一方で、比較的長期に保存ができるという特徴から、マダガスカルのメリナ人やタイにおけるサクディナー制など、米食文化においては経済的に特殊な意味を持ち、これは日本でも同様であった。長らく租税（租・あるいは年貢）として、また、石高制に代表されるように、ある地域の領主や、あるいは単に家の勢力を示す指標としても使われた。貨幣経済が発達すると、それとの調和を図るべく、札差業が発達、米切手の発生や堂島米会所に代表される近代的商品取引システムの生成が見られ、江戸時代には政治経済の中心に米が置かれていた。そのため日本人の米に対する思い入れは強く、米は最も重要な食べ物とされ、主食とされてきた。天皇が新米を含む五穀を神に捧げて収穫に感謝する新嘗祭のように、神道など信仰や民俗・文化とも深い関りを持つ（#文化で詳述）。しかし、階級や貧富、地域などによって大きな違いがあり、戦後の高度経済成長以前は雑穀や芋などを実際の主食にしていた人たちも多く、関東地方の畑作地帯などでは麦が7割から8割の飯を常食としていた。現在は住宅地になっている東京の杉並区では大正時代から少しずつ野菜の栽培が増加し、都市近郊の野菜栽培農家に転換したが、それ以前は稗などの穀物を栽培し、日常食は稗と麦で米は少し入れるだけだった。その一方、明治の初め秋田県権令島義勇の政府への報告書のなかに、「県民は山間僻地でも白米を食している……」とあり、藩政時代から白米の飯を食べている地域もあった。秋田は日本有数の穀倉地帯であり、雑穀の生産が少ないこともあって、農民に雑穀を食べるよう強要した他の地域とは違い、為政者の締め付けが然程ではなかったことにもよる。また、例えば越後長岡藩の武士によるとされる『粒々辛苦録』文化2年（1805年）は、農民のきわめて厳しい食生活を描いている。これに対し、同じ越後長岡藩の庄屋大平家『農家年中行事記』天保6年（1835年）には、しばしば行事が催され食物や酒がふるまわれ、小作人を含めて自由に食を楽しんでいた様子が窺え、為政者による記述とは異なり農民側からの記述には悲惨さが感じられない。このように、最近、各地域に残された家文書の研究が進み、厳しい制限の下に雑穀を中心とした食生活を強いられた貧しい農民像が必ずしも実態を示すものではないことが分かってきた。戦後の学校教育などにより「近世の百姓は米を作りながら米を食べられなかった」という「哀れむべき農民像」が半ば常識となっていることについては、これは為政者側が望んだ農民像であり、実際の農民側の記録を分析したところ近世の農民は、1日に4合程度の米を麦飯あるいは雑穀などとかて飯や雑炊にした食事を日常的に摂っていたという。必要な栄養を摂取することによりそれなりの食糧生産ができるわけで、それがかて飯や雑炊であったにしろ食べずに米を作っていた筈はないのである。戦前は米も通常の物資と同じく市場経済に基づき取引されており、相場商品・投機の対象として流通に不安を来すこともあり、しばしば社会問題となった（米騒動、特に1918年米騒動参照）。太平洋戦争開戦に向けての戦時体制整備の一環として、1939年（昭和14年）4月に米穀配給統制法が交付され、米の流通が政府により管理されるようになった。なお、同年9月には戦時の物資不足に鑑み興亜奉公日が設定され、日の丸弁当が奨励されたものの白米は禁止されず、この時点ではまだ米不足は酷くはなかった。だが12月には厳しさを増し米穀搗精等制限令が出され、七分搗き以上の白米を流通に付すことは禁止、1940年（昭和15年）の正月はお餅すら白米は許されなかった。米不足は深刻となり、この年から中国や東南アジアからの輸入米いわゆる外米）を国産米に混ぜて販売することが義務付けられた。更に、日米開戦の2ヶ月後の1942年（昭和17年）2月には食糧管理法が制定され食糧管理制度が確立、米の流通は完全に政府が掌握するようになった。米だけでなく、魚介類や野菜・果物も配給制になり、国民の栄養状態は極度に悪化していった。こうした食糧難に対して、江戸時代のかてものの研究に帰って、食用野草や昆虫食など非常食の工夫が盛んに試みられた。一方米食の習慣がなかった地域や家庭では、配給制になったことで米を食べる機会を得て、そのことが戦後の食生活の変革の一因となったとする指摘もある。1945年（昭和20年）に第二次世界大戦は終結。戦後の食糧難は深刻を極めたが、米は引き続き食糧管理法による政府の固定価格での買い上げだったため闇米が横行、闇米を拒否した東京地裁の判事山口良忠が餓死するという事件も起きている。米の生産拡大のための基盤整備事業が国内各地で行われ、肥料の投入や農業機械の導入などによる生産技術の向上から生産量が増加したものの、少なくとも昭和30年代（1955年-1964年）までは、大半の日本人が米飯を常食とすることはできなかった。そのような中で、ガリオア・エロアの資金援助でメリケン粉が大量に輸入され、アメリカの小麦戦略により、学校給食はメリケン粉を使ったパンが供され、1952年（昭和27年）には栄養改善法が施行され慶應義塾大学医学部教授の林髞の著した『頭脳』（光文社、1958年）が評判となり、「米を食うと馬鹿になる」という説が流布され、頭脳パンなるものが出現するなどし、日本人の食事の欧風化が進行した。米食悲願民族といわれる日本人にとって、米を実際の主食とすることは有史以来の宿願であったが、昭和40年代（1965年-1974年）初頭には、ようやく米の自給が実現でき名実ともに主食となった。しかし、その時既にアメリカの小麦戦略は見事に成功をおさめ、学校のパン給食や厚生省が始めた栄養改善運動も手伝って、日本人の食事の欧風化が進行し、米離れに拍車がかかっていた。このため全国で米余り現象が起き、食糧管理法下におけるコメ政策は見直しを余儀なくされるようになり、1970年（昭和45年）以降は減反政策といわれる生産調整政策（新規の開田禁止、政府米買入限度の設定、転作奨励金の設定など）がとられた。その結果、水稲の作付け面積は 1969年（昭和44年）の 317万ヘクタールをピークに、1975年（昭和50年）には 272万ヘクタール、1985年（昭和60年）には 232万ヘクタールに減少、生産量も1967年（昭和42年）の 1426万トンをピークに、1975年（昭和50年）には 1309万トン、1985年（昭和60年）には 1161万トンに減少した。生産は減少したものの、米離れに歯止めがかからず、政府備蓄米などに古米、古古米の不良在庫が多く発生、米の消費拡大のために、それまで主食はパンだけであった学校給食に米飯や米の加工品がとりいれられるようになったり、古米をアフリカなどの政府援助に使用したり、その他家畜の飼料などに処分するなど、在庫調整に腐心するようになった。そのような状況の下、流通面においては、縁故米の拡大から自主流通米の承認などにより、食糧管理制度の逸脱を認めるようになった。しかしながら、根本的解決には至らなかったため、食管赤字は収束せず、生産者米価よりも消費者米価が安い逆ザヤだったため、歳入が不足し赤字（食管赤字）が拡大、1980年代には、国鉄、健康保険とともに、日本政府の巨額赤字を構成する「3K赤字」と呼ばれるようになり、行政改革における重要なテーマとなった。供給においても、1983年（昭和58年）の不作時には、政府が放出しようとした1978年（昭和53年）度産の超古米に規定以上の臭素が検出され安全性に問題があるとされたため、翌1984年（昭和59年）に韓国から米15万トンの緊急輸入が行われたり、1993年（平成5年）の全国的な米の不作による平成の米騒動においては、タイなどから米の緊急輸入が行われるなどした。なお、米の消費量は、ピークの1962年（昭和37年）には、日本人一人あたり年間118.3キログラム消費していたものが、その後一本調子で減少[1990年代後半には、ひと頃の半分の60キログラム台に落ち込んだ。家計支出に占める米類の支払いの割合は、10%強だったものが 1.1 - 1.3% と ¹⁄₁₀ になり、米の地位低下が甚だしい。一方で1993年（平成5年）、ウルグアイ・ラウンド農業合意により、米の義務的な輸入（ミニマム・アクセス）を課せられるようになり、食糧管理制度は本格的な見直しを迫られた。1995年（平成7年）、主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律いわゆる食糧法）が施行され、これに伴い食糧管理法は廃止となり、政府の管理が緩められた。水稲の作付け面積と生産量に関しては、その後も減少し、1995年（平成7年）には作付け面積 211万ヘクタール、生産量 1072万トンに、2000年（平成12年）以降は、作付け面積 170万ヘクタール、生産量 900万トン程度となり、作付け面積は半減、生産量は60%程度を推移している。また、食糧法は、2004年（平成16年）に大幅に改正され、さらに政府の関与度を減らしている。