地球とは別の世界に存在するトランプ王国。そこの国民は心優しい王女マリー・アンジュのもとで平和に暮らし、また彼女を守護する「勇気の刃」キュアソードの歌声に魅了されていた。ところが、突然謎の勢力ジコチューと同名の怪物がトランプ王国を襲撃し、アンジュとキュアソードも力を尽くすが、それも叶わずトランプ王国は滅亡してしまう。一方そのころ地球では、大貝町にある大貝第一中学校の生徒会長を務める相田マナが社会科見学で東京クローバータワーへ赴いており、先生の代わりに生徒たちを引率していた。マナは好奇心旺盛で他人の干渉に出しゃばる性格であり、生徒会書記を務める幼なじみの菱川六花からは「愛をふりまきすぎの『しあわせの王子』」と揶揄されている。マナと六花がタワーを散策中、偶然アイドル歌手の剣崎真琴（愛称「まこぴー」）を見つける。大ファンのマナはすぐさま駆けつけ、そこで真琴が落としたリボンを拾い彼女に手渡す。真琴と会った余韻に浸っていたマナは、ジョー岡田と名乗る謎の青年からキュアラビーズという真琴のリボンの飾りによく似た宝石をもらう。その後、マナと生徒たちが展望台へ向かう列に並んでいたら、王国を壊滅させた怪物ジコチューが突然現れる。マナがジコチューの後を追っていると、王国が陥落寸前にアンジュにより地球に送られジコチューの鼓動を察知して駆けつけた妖精シャルル、ラケル、ランスの三姉弟と出会い、さらにジコチューと対決していたソードとも出会う。マナはソードがジコチューとそれを使役するジコチュートリオのイーラとマーモに苦戦しているのを目の当たりにし、シャルルの「ジコチューと戦って!」との願いを受け入れる。マナはシャルルが変身したラブリーコミューンとキュアラビーズの力で「みなぎる愛」キュアハートに覚醒し、ソードに加勢してジコチューを浄化する。戦闘後、シャルルたちは「他人を戦いに巻き込ませないためにも、自分がプリキュアだと明かしてはならない」とマナに説明し、彼女も他言しないことを誓う。しかし隠し事が苦手なマナは六花に感づかれ、結果的に六花の前で変身して自ら正体を明かしてしまう。さらにもう1人の幼なじみである四葉ありすにはクローバータワーで変身した時の映像で見破られてしまう。だが、マナはこれを機会に「2人もプリキュアになってほしい!」と説得する。最初は躊躇った2人だったが最終的には快諾し、六花はラケルとキュアラビーズの力で「英知の光」キュアダイヤモンドに、ありすはランスとキュアラビーズの力で「ひだまりポカポカ」キュアロゼッタに覚醒する。その後、ありすの情報網によりソードと真琴が同一人物であるとほぼ断定され、マナはそれを聞いてさっそく仲間に誘うが、真琴は「信用できない」と断る。しかし、彼女の妖精ダビィ（兼マネージャー時の「DB」）の説得や、3人がジコチューに苦戦していたのを見て「助けたい!」という気持ちが強まり、ソードに変身し3人に正体を明かして加勢する。戦闘後、4人が仲間の誓いをしようとしたその矢先、突然現れたジコチュートリオのリーダー・ベールによって焦土化したトランプ王国に拉致される。その際、真琴は「私はトランプ王国の出身で、アンジュ王女の手がかりを探すため地球へ来てアイドル歌手になった」と述べる。その話を聞いたマナたちは真琴の目的達成のため共闘することを誓い「ドキドキ!プリキュア」を結成し、立ちはだかるベールの猛攻をかわして大貝町に戻ることに成功する。そして、真琴は大貝第一中学校に転校しマナと六花のクラスメイトになる。マナたちはプリキュアになった真相を調べるため、ジョー岡田のアンティークショップ・ソリティアに赴き、そこで不思議な大きな卵を見つける。暫くすると羽の生えた赤ちゃんが生まれ、（六花を除いた）マナたちは驚きもせずその子にアイちゃんと名付ける。その後4人は光る宝石を手に入れ、それはトランプ王国にしかないロイヤルクリスタルと判明する。ダビィは「それが5つ揃うと奇跡が起こる」と述べ、4人はアンジュの手がかりになると確信して邁進する。そんな中、謎の少女レジーナが4人に接近しロイヤルクリスタルを奪いにかかる。しかし、ジョー岡田が加勢しレジーナを退却させ、さらに彼の正体がトランプ王国の戦士かつアンジュの婚約者であるジョナサン・クロンダイクと判明する。その後、5つ揃ったロイヤルクリスタルによってトランプ王国に導かれ、キングジコチューの手からアンジュの奪還に成功し、さらにレジーナがキングジコチューの娘であることも判明する。4人とジョナサンはジコチュートリオの脅威から大貝町を守るべく立ち向かっていく。マナはレジーナが敵と知りながらも親友として接し、レジーナもマナに興味を持つようになる。しかし、それを危惧したキングジコチューはレジーナにジャネジーを注ぎ、本来の悪意を取り戻させマナたちを憎悪の標的にさせる。その後、マナたちとレジーナの対決が始まりレジーナは圧倒的な強さで攻撃を仕掛けてくるが、4人は反撃を躊躇い防戦一方となり、ついには無抵抗のまま瀕死の状態にまで追い込まれる。そして、レジーナがマナたちにとどめを刺そうとしたその時、「愛の切り札」キュアエースと名乗る謎のプリキュアが突如現れる。エースはレジーナをも凌駕する攻撃でレジーナを瀕死に追い込み退却させ、戦闘後レジーナを失い落胆していたマナを叱責して立ち去る。同時に新たな幹部リーヴァとグーラが、ジコチュートリオに代わりプリキュア殲滅を任される。レジーナを失い途方に暮れていたマナの前に謎の小学生が現れ、彼女のアドバイスを受けマナは戦意を取り戻す。その直後に行われた戦いに彼女が現れ4人の前でエースに変身する。戦闘後、彼女は小学4年生の円亜久里と名乗り、「アイちゃん（ラブアイズパレット）の力でプリキュアに覚醒した」と明かす。そして、亜久里は5分しか戦えないキュアエースの弱点をカバーし、マナたちにさらに強くなってもらうため「プリキュア5つの誓い」を伝えて4人に試練を与える。その後、亜久里は試練を完遂した4人に感服し「ドキドキ!プリキュア」の一員として共闘することを誓う。リーヴァにエースの弱点を知られたこともあり苦戦を強いられながらも5人は力を合わせて強敵を撃破していく。そして、失敗続きで後がなくなったリーヴァとグーラが大貝町に侵攻して激しい戦闘となるが、水晶の鏡から生まれたマジカルラブリーパッドを得た5人の力で2人は敗れ去ったうえにベールに始末される。その後、戦いが進むにつれ亜久里とレジーナはアンジュが2つに割ったプシュケーから誕生したこと、アイちゃんはアンジュが妖精として転生した姿であること、また救出したアンジュは実はダミーだったことが判明する。さらにキングジコチューの正体がアンジュの父親（トランプ王国の国王）が取り込まれた姿であることも判明する。そして、エースの言葉から自身の正体を知ったレジーナは、ジコチュートリオや目覚めたキングジコチューとともに再び大貝町に侵攻して激しい戦闘となる。その際、ハートが勢いで正体を明かしてしまい聞いた人々は驚愕するが、すぐさま5人に声援を届ける。それを受けた5人は死闘の末キングジコチューと国王を分離させ、さらにレジーナを改心させることにも成功する。キングジコチューは消滅したが、その欠片をベールが飲み込んで（結果的にベールが吸収されて）プロトジコチューとして完全復活を果たしプリキュアたちを追い詰め、さらにハートのプシュケーを闇に染めようと企む。しかし、ハートは強い心で跳ね除け、さらに4人のプリキュアと三種の神器の力でキュアハート・パルテノンモードに変身を遂げプロトジコチューと対峙する。ハートはプロトジコチューに反撃する隙を与えず撃破し、負けを悟ったジコチュートリオも退散して大貝町とトランプ王国に平和が訪れる。その後、幻影のアンジュが現れ自身が元に戻れない謝罪と平和に導いてくれたマナたちに感謝の言葉を述べる。そして、それに納得できなくて泣き崩れていた真琴に「世界にあなたの歌声を届けてください」と慰めの言葉を述べて消える。暫くして、トランプ王国は国王が退位したためトランプ共和国へと国政が変わり、ジョナサンが大統領に就任して人間界との国交が始まる。また、レジーナは大貝第一中学校に通うことになり、真琴はアンジュの言葉を酌んで「トランプ共和国のアイドル」として歌い続けることを誓う。プリキュアたち5人とレジーナは、これからも地球の平和を守るため活躍していくのであった。