1956年創刊の月刊漫画雑誌『影』は「探偵ブツク」との副題でスリラーや推理短編が中心で、100ページ超えの長編が主だった貸本漫画の時代には革新的で同誌の大ヒットにより若木書房の『迷路』、セントラル出版の『街』、兎月書房の『摩天楼』、東京トップ社の『刑事』（デカ）のように推理ものが少なくない雑誌が続いて創刊された。人気が出たのは同時代には映画シリーズ『多羅尾伴内』や犯人当てが行われたラジオ番組『犯人は誰だ』、バラエティ番組『私だけが知っている』、テレビドラマ『日真名氏飛び出す』、『少年探偵団』のラジオドラマや映画シリーズの存在からくる探偵ブームが背景にあった。漫画では楳図かずおの『少年探偵・岬一郎』、江波譲二の『トップ屋ジョー』、影丸譲也の『殺人課』、さいとう・たかをの『台風五郎』などが人気だった。1950年代から1960年代には貸本漫画だけでなく低年齢向け漫画誌でも探偵ものが量産され、謎解きがメインではないが本格的なミステリスタイルを広めた。このように1980年代まではミステリを扱った漫画は少なかった。原作が小説のコミカライズでは藤子不二雄Aの『怪人二十面相』（1959年 - 1960年）や影丸穣也の『八つ墓村』（1968年 - 1969年）があり、後者は1970年代の角川文庫の横溝正史作品のリバイバルブームのきっかけになったが、探偵やスパイが主人公であるアクションのものが中心であった。『八つ墓村』に触発されたとみられる小栗虫太郎原作で手塚治虫、水木しげる、横山光輝、桑田次郎らの『人外魔境』（少年キング、1969年）の連作や、探偵キャラクターは量産されたが謎解きメインの本格派とは別物で、小説でよくある伏線張り、論理的、意外性のある解決によって面白くする推理ものは傍流だった。その後も漫画において金田一耕助と並ぶようなキャラは少なく、横溝作品のコミカライズによってミステリ作品が漫画になることが定着、複数の出版社にまたがって1984年から1985年にかけて刊行された講談社の漫画叢書であるコミックノベルスは推理小説の漫画作品で重要な位置にあるが、小説の漫画化という試みが実験段階止まりで十分なリソースを割けなかった叢書ともいえた。1980年代後半に推理小説では新本格のムーブメントが起こったが、漫画界までには届かなかった。この頃、推理漫画が少なかったのには広義のミステリ分野であるホラー漫画ブームもあり、『ハロウィン』（朝日ソノラマ）、『サスペリア』（秋田書店）、『ホラーM』（ぶんか社）が受け皿となり、世紀が変わってブームが収まるとミステリ漫画誌に続々移って行き、ミステリを積極的にコミカライズした雑誌の先駆けといえる『Hiミステリー』（宙出版、1996年 - 2005年）、前述の『サスペリア』（後に『サスペリアミステリー』に改題、1987年 - 2012年）の他に『ミステリーDX』（角川書店、1992年 - 2003年）、『ミステリービィストリート』（幻冬舎、2002年 - 2003年）らが存在、いずれも休刊したがミステリ漫画誌のピークだった。短命だったこともあるがミステリ漫画誌が普及によりミステリ小説を漫画で楽しむことが定着した。少年漫画誌より数年早く、少女漫画誌ではミステリ漫画の分野が進んでおり、80年代に松本洋子の『殺人よこんにちは』『ぬすまれた放課後』（ともに原作赤川次郎）、『ストロベリー探偵団』、『すくらんぶる同盟』、森次矢尋の『高校生探偵北詰拓』、川原泉の『ゲートボール殺人事件』、くぼた尚子の『探偵日記』、藤田あつ子の煌如星シリーズが連載。1990年代に入ると神谷悠の『京&一平シリーズ』、杜野亜希の『神林&キリカシリーズ』の2人の作品は好評を得て間口の広いエンタテイメントスタイルを確立、ミステリ漫画を新たな段階に押し上げた。そして1992年に週刊少年マガジンの『金田一少年の事件簿』の登場が波紋、反響を呼ぶ。不気味な閉鎖空間で怪しげな登場人物たちの中で不可能犯罪が続き、奇怪な怪人名を持つ真犯人とトリックを暴く古風なスタイルでミステリファンと少年漫画ファンのニーズに答え、古典ミステリから謎解きの楽しさを取り出した画期的な作品だった。先の今まで少数だった本格ミステリの要素を漫画にもってきて、解答編前に一種の懸賞形式で真相当てクイズを実施するというスタイルを導入、ヒットする。この作品の成功を受けて週刊少年サンデーが『名探偵コナン』を連載、ヒット。これを機に他誌では写楽麿原作、小畑健作画の『人形草紙あやつり左近』（1995年 - 1996年）、月島薫の『心理捜査官 草薙葵』（1996年 - 1997年）、しんがぎんの『少年探偵Q』（1998年、以上週刊少年ジャンプ）や小川浩司の『明智将之介探偵社』（1997 - 1998年、月刊少年ジャンプ）、三浦とりのの『探偵ボーズ21休さん』（1997年 - 1998年、週刊少年チャンピオン）がスタートしているがいずれも大ヒットせず、特にジャンプ系列では金田一少年やコナンに匹敵するミステリ漫画を生み出せなかったことを意味した。当時週刊少年ジャンプ編集長だった鳥嶋和彦は週刊少年マガジンに部数で迫られる状況にあった中、危機意識を持っていた集英社幹部から少年ジャンプにない探偵漫画をやってくれと指示を受け、鳥嶋は内心、簡単な話ではなく人気だからと始めるのは金田一少年やコナンに失礼だと思ったが受け入れざるおえず、自席に戻った鳥嶋はゴミ箱を1回大きく蹴飛ばしてから副編集長に探偵漫画作りに取り掛かることを指示、結果、15話で打ち切りとなった。同年代にミステリ漫画の受け皿として麻雀漫画が存在を発揮、近代麻雀オリジナルに掲載された青山広美の連作『九蓮宝殺人事件』『大三元殺人事件』『大四喜殺人事件』『国士無双殺人事件』があり、麻雀漫画は自由度は高いがゲームを扱った膨大な作品群に本格ミステリのセクションが生じたのは自然なことだった。ミステリ漫画誌の誕生で1990年代以降は女性漫画家が活躍するようになり、90年から2004年まで横溝作品を多数漫画化したJET、1991年、92年に『悪霊島』『女王蜂』『檻の中の女』を描いたたまいまきこ、2001年から2006年まで横溝作品を複数漫画化した影丸穣也のアシスタント出身の長尾文子らがいる。リバイバルブームのきっかけからしても有名キャラ、謎解きへの興味、猟奇性を持った横溝作品は漫画化しやすい題材だった。他にも1990年代後半には多数の推理漫画が発表されたが、その中で特に水準が高い作品が『金田一少年の事件簿』『名探偵コナン』『Q.E.D. 証明終了』であるとされる。ジャンプ系列でミステリ漫画があまり長続きしなかった時期から数年後、大場つぐみ原作、小畑健作画の『DEATH NOTE』（2003年 - 2006年）がヒット、ミステリを苦手とした少年ジャンプが画力に定評のある小畑を起用して搦め手から攻めた成功作だった。2010年代になると薀蓄を取り入れる方法として「専門家探偵」が定着、冷蔵庫を見て人の性格や環境を分析する遠藤彩見原作、佐藤いづみ漫画の『冷蔵庫探偵』（2010 - 2011年）、家電サービスマンが真相に迫る藤見泰高原作、岩澤紫麗作画の『家電探偵は静かに嗤う。』（2011年 - 2013年）、天才的な数学の素養を持つ少女が事件解決する中川真脚本、風狸けん作画の『和算に恋した少女』（2011年 - 2014年）、高校生ながら動物園の園長で豊富な動物の知識持つ少女のユーモアミステリである宮崎克原作、左藤圭右作画の『動物探偵まどかの推理日誌』（2013年 - 2014年）、観相の達人が心理学と観察力で犯罪や日常の謎を見破る宮崎克原作、青木朋作画の『月は囁く』などがある。