欧州安全保障協力機構（OSCE）は「マレーシア航空機墜落の調査に親ロシア派勢力が協力し、現場に調査団が安全にアクセスできるようにすることで合意した」と発表した。また、ウクライナとロシアからの代表者、および欧州安全保障協力機構が、親ロシア派勢力とビデオ会議を開き、この中で親ロシア派勢力は、「マレーシア航空機墜落の調査でウクライナ当局に協力する意向を伝えた」という。2014年7月18日、仲介役の欧州安全保障協力機構が、現場周辺を実効支配する親ロシア派武装集団がウクライナ政府の調査委員会などに対して、現地調査のための立ち入りを認める方針を示したことを発表し、またウクライナ当局は7月18日、ブラックボックスを回収した。欧州安全保障協力機構の監視員およそ30人が7月18日に、墜落現場に到着したが監視員は現場の状況把握が目的で、調査はせず、しかも、「監視員ら自身の」安全のためとして、親ロシア派の武装勢力は長時間の滞在を認めなかった。スイスOSCE担当特別代表のトーマス・グレミンガーは「17人の監視員はおよそ1時間15分間、現場に滞在したものの、安全上の理由ですでにドネツク市に退去した」と語っていて、墜落前からウクライナに入って戦闘の状況を監視していたOSCEの監視員らは墜落原因の調査は行わず、撃墜現場の保全と遺体収容作業を監視したいとしているという。2014年7月20日、欧州安全保障協力機構の報道官はウクライナ東部の現場から電話で会見を行い、監視団が親ロシア派の武装集団の立ち会いの下で、現場に近い駅で遺体を運ぶための鉄道の車両を確認したことを明らかにした。親ロシア派も、2014年7月20日には「専門家が到着するまで」の一時的措置として、およそ200人の遺体を保冷貨車に積み込み移動させたと発表した。この車両は冷凍装置を備えていて、中には多くの遺体が袋に入れられた状態で置かれていた。遺体の扱いについて、武装集団側では「とりあえず車両は駅にとどまり、国際的な専門家の到着を待って、どこに運ぶかなどを決める」と述べた。一方、親ロシア派はブラックボックスと思われるものを回収したと発表し「国際調査団が到着した時に渡す」と約束。2014年7月21日、マレーシアのナジブ首相は、マレーシア航空機MH17便のブラックボックスの引渡しについて、ウクライナ分離派指導者のアレクサンドル・ボロダイと合意したことを明らかにした。この2つのブラックボックスは、ウクライナ時間2014年7月22日早朝にウクライナ東部のドネツクにて、マレーシアの調査団に引き渡された。ボロダイは詰めかけた記者団の前で、ブラックボックスを披露して、引き渡し手続きが終了したことを強調。引き渡されたブラックボックスについて、マレーシア当局の専門家は、「若干傷ついているが、全般的には損傷を受けておらず良好な状態」と話して、ボロダイに対し、引き渡しに謝意を示した。アレクサンドル・ボロダイは、「マレーシアが国際航空運送協会と共にこれら2つのブラックボックスを分析することでマレーシア側と合意したと」と述べた。 また、マレーシア航空17便の乗員・乗客の遺体の収容作業についても、ボロダイと合意され、282の遺体は、ウクライナのハリコフに列車で移送され、そこでオランダ当局に引き渡されるが、ボロダイは犠牲者の遺体を乗せハリコフに向かっている列車がドネツクに到着したことを明らかにしていて、マレーシアの専門家とドネツク入りしたオランダの代表団も同行するという。さらに、マレーシアのナジブ・ラザク首相は国際調査団による墜落現場の捜査開始に向けて、安全を保証することでも、ウクライナ分離派指導者のアレクサンドル・ボロダイと合意を取り付けたことを明らかにしている。2014年7月21日に、首相はボロダイとの間で282人の遺体をオランダに移送することで合意に達したと説明した。 ナジブ首相によれば、遺体は冷蔵車両でウクライナのハリコフに移送した後、オランダ側に引き渡される。その後、アムステルダムまで航空機で運び、法医学的手続きを済ませた後、マレーシア人の遺体は本国へ移送されるという。2014年7月21日にはオランダの専門家らが現場に到着することになっている。また、ボロダイは同時に、親ロシア分離派が墜落現場周辺の停戦を一方的に宣言したことを明らかにした。しかし、2014年7月22日、乗客・乗員の遺体を受け取ったオランダの専門家チームが、「遺体の数が親露派の約束した数よりも約80体少なかった」ことを明らかにした。親ロシア派の武装勢力は2014年7月21日に、現場から収容した282人の遺体を乗せた保冷機能付きの貨車を、現場から北西に約300キロ離れたウクライナ政府の支配下にあるハリコフに送り出したと述べていたが、遺体を引き渡されたオランダの専門家チームの話によれば、列車に載せられていた遺体は200体のみだったと語っている。また、墜落現場を視察した国際監視団も2014年7月21日、収容されないままの遺体を確認したと述べている。一方、墜落現場を訪れた欧州安保協力機構の監視団の報道官は22日、広大な墜落現場の、少なくとも2か所で放置されたままの遺体を確認し、「収容作業が行われている様子がないことに衝撃を受けた」と語っていて、さらに、「墜落現場に散乱する機体の残骸の一部が移動されていたことも確認した」という風に明らかにした。ヨーロッパとアメリカ諸国の首脳らは、親露派が墜落現場で重要な証拠を改竄していると非難していて、監視員の報道官は「遺体収容のための措置の可能性もある」として、結論を急がないよう注意を促している。収容された犠牲者の遺体は、ウクライナ東部の反政府勢力支配地域から灰色の保冷車5両を連ねた列車で、ウクライナ政府の支配するハリコフに向け輸送され、そのあと、多国籍の検視専門家チームの管轄下に置かれた。検視専門家たちは、黙とうしたあと、遺体の一部を戦車工場内に設けられた臨時の検視所に移送した。オランダのルッテ首相によると、「遺体は7月23日にオランダのアイントホーフェンに空輸され、そこからアムステルダム南東のヒルフェルスムの軍事基地に移送して身元確認を行う」と述べているが、欧州安保協力機構の代表団の報道官は、「一部の遺体はまだマレーシア機の残がいの中にある」と述べている。2014年7月22日に、オランダのマルク・ルッテ首相は、オランダがマレーシア機撃墜の調査を主導すると述べ、その上で「われわれの優先課題は、オランダ国民の遺体回収、可能な限りの調査、そして正義の実現だ」と述べた。このマレーシア機には、オランダ国籍の市民193人が搭乗していて、最も人数が多いことから、調査を主導することになった。なお、国際法では、ウクライナに調査を主導する権利があるが、これを他の機関ないし国に移譲することもできるという決まりがある。2014年7月23日にもオランダはウクライナから調査を引き継ぎたい意向を示しているが、調査団の安全が確保できないため現地入りが遅れているという。2014年7月22日に、ロシア政府と親ロシア派が調査に協力すると表明。この中で、ロシアのプーチン大統領は2014年7月22日の演説で、西側指導者がウクライナを「不安定」にしていると非難しながらも、ウクライナ東部の分離主義者に事故調査への協力を促すつもりだと述べた。このマレーシア機の墜落原因を探るには、現場での残がいなどの証拠物件に加え、飛行記録を録音したフライトレコーダーがカギとなるが、墜落事故対策の責任者であるウクライナのグロイスマン副首相は、いわゆるブラックボックスが遺体を運搬した列車に積み込まれていると述べている。また、パイロットたちが墜落前に、ミサイル発射を目撃したか、あるいはミサイルが接近していることを知っていたのかについても情報が提供される可能性がある。イギリスのデーヴィッド・キャメロン首相はオランダ当局の要請に基づいて、イギリス・ファーンバラにある政府の航空事故調査部門がこのブラックボックスからデータを取り出して、解析すると発表。ベルギー国防省の報道官は、「ベルギーがブラックボックスを引き取るためウクライナの首都キエフに飛行機を派遣した」と述べている。2014年7月24日、ウクライナ東部の墜落現場を監視している欧州安全保障協力機構（OSCE）の当局者らが、「マレーシア航空17便の一部に「榴散弾のようなもの」でできた穴を認めた」と語り、この墜落がミサイルによるものだったことを示唆する証拠が、正式な調査によって現場で確認されたのはこれが初めてとなる。OSCEの報道官によれば、「榴散弾のような、マシンガンで連射されたような穴」が機体の一部に点在していたと述べた。穴は機体の残骸2片で見つかり、国際調査に参加しているマレーシアの航空安全当局者が調べた。2014年7月25日、国際的な調査団を主導しているオランダ安全委員会は「数日中にも調査団は墜落現場でいくつかのミッションに着手する」と発表。2014年7月26日、オーストラリアのアボット首相はキャンベラで記者会見を行い、オーストラリアの政府当局者が7月25日に撃墜現場に入ったと明らかにした上で、「現場に収容されていない遺体が残っている」と述べ、「警察要員の現場入りや収容を急ぐ必要がある」と述べている。また、アボット首相は、警察と軍の要員190人の派遣を表明。2014年7月26日、現場周辺を実効支配する親ロシア派組織「ドネツク人民共和国」も新たに複数の遺体が見つかったことを明らかにした。また、亡くなられた乗客・乗員の遺体の移送は2014年7月26日、38個の棺ひつぎを載せた2機の輸送機が、ウクライナ東部のハリコフの空港から、オランダ南部のアイントホーフェン空軍基地に向かった。2014年7月23日に始まったオランダへの棺移送は、4日間で227個にのぼり、身元確認を急ぐ。当初、ウクライナ政府では乗客・乗員298人のうち282人の遺体と16人分に当たるとみられる87の遺体の一部を確認し、全てを墜落現場からハリコフに搬送したとしていたが、専門家が確認したところ、損傷の激しい遺体が多く、搬送するために一部の遺体はまとめて棺に入れているため、227個の棺となったが、何人分の遺体に当たるかは判明していないという。2014年7月25日の夜に、オランダが派遣した調査団の安全確保を目的に派遣した非武装の軍事警察隊員40人は東部ハリコフに到着した。また、オーストラリアの警察およそ40人も2014年7月26日に、ハリコフに入り、ウクライナ政府の許可を得た上で現地に入る。さらに原因究明のため、現地入りした調査団が親ロシア派の妨害を受けていることについては各国から非難の声が上がった。アメリカのケリー国務長官は、「酔っぱらった分離独立派が遺体を無造作にトラックに積み上げていて、現場の証拠保全を妨げている」と語っている。マレーシアの運輸相は、墜落現場は武装勢力の制圧地帯にあるため、国際調査団が「実質的に現場への立ち入りを阻まれている」と苛立ちを示している。キャメロンは、サンデー・タイムズ紙に寄せた論説の中で、マレーシア航空17便の墜落とその後の事態について、「モスクワでつくられた暴挙」と断じた。ウクライナのポロシェンコ大統領はツイッターのアカウント上で「略奪の事実やテロリストによる遺体の扱いは道徳的限界を越えている」と非難。現地に監視団を派遣している欧州安保協力機構の広報の話によると、現地調査の状況は20日には、ある程度改善の兆しも見られ、監視団は「墜落現場の各地でかなりの時間を費やすことができた」というが、それでも組織立った調査はできてなく、政府の緊急車両が現場に通じる道路への進入を阻まれたため、現場では徒歩で行き来している。2014年7月25日、オランダの航空事故調査当局は、墜落現場を実効支配する親ロシア派の武装集団による妨害で難航していた国際調査団の現地調査について、「数日内に」始まると発表した。この調査団には、ウクライナやマレーシアなど７か国がおよそ30人を派遣して、既に解析が進むレーダーや写真などによる情報を参考に、事件の真相究明に向けた検証を行うことになっている。2014年7月26日、オランダ法務省は亡くなられた乗客乗員298人のうち最初の身元を確認したと発表したが、声明によると、確認されたのはオランダ人。また、少なくとも収容された227人の遺体は、オランダでの検視のため、２６日までに順次ウクライナ東部ハリコフから移送され、その後は、専門家チームによってDNA鑑定などが行われるが、全ての確認には数カ月かかる見通し。2014年7月27日、オーストラリアのアボット首相は記者会見の中で「オランダやオーストラリアなどから警察官合わせて49人が墜落現場に入る」ことを明らかにした。そのため、オランダなどの警察のチームは当初2014年7月27日にも、現場に残されているとみられる遺体の捜索を急ぐために、現場入りする方針だったが、「戦闘が激しく安全が確保できないとして、ひとまず見合わせる」と発表した。なお、警察官は武装を行わず、目的は、欧州安全保障協力機構の監視団と協力しながら墜落現場周辺の安全を確保し、遺体の収容をはじめとして、機体の残骸の回収など真相究明のための活動を行うとしている。オランダなどの警察のチームは2014年7月27日の午前に、墜落現場に向かったが、欧州安全保障協力機構の話では、「現場周辺では発砲音が聞こえるなど、依然、戦闘が続き、このままでは安全が確保できないとして、現地入りをひとまず見合わせた」ということで、警察のチームは2014年7月28日以降、改めて現地入りを目指すとしていたが、2014年7月27日に、ドネツクの墜落現場入りを目指したものの、ウクライナ政府軍と親ロシア派過激集団との戦闘激化を理由に、断念した。すでに、ウクライナとオランダの外相は2014年7月24日、調査団の安全確保のために、オランダの非武装の警察官らの現地入りを認める協定に署名して、40人が26日に、ハリコフに到着していたが、調査活動などを監視する欧州安保協力機構の当局者は7月27日に「安全が確保できない」と、急速な治安悪化に懸念を示している。アメリカのCBSテレビが伝えたところによれば、2014年7月27日までに、「回収された航空機の飛行状況などを記録するブラックボックスの解析データから、ミサイルの爆発によって機体に多数の破片が直撃したことが示された」と報じた。これは、ヨーロッパの航空当局者がCBSに明らかにしたもので、当局者はCBSに対し、「解析データから「大規模な爆発による減圧」が起きた」との見方を示した。親ロシア派が所有している地対空ミサイル「BUK」は衝突する直前、弾頭が破裂し、多くの破片を放出して、標的を破砕する性能があるため、今回明らかになった解析データの結果はこれと一致するという。アメリカの『ウォール・ストリート・ジャーナル』が伝えたところによると、このような痕跡は、墜落現場でのマレーシア航空機の残骸からも確認されている。だが、実際に何者が撃墜したかについては、解析データからでは判明していないという。2014年7月28日、ロシアのラブロフ外相はモスクワで記者会見を行い、旅客機の墜落現場での調査について「国連のもとで、できるだけ早く行うべきだ」と述べ、その上で、「そのために国際連合安全保障理事会がさらに決議を採択する必要がある」として、「真相解明に向けた調査の在り方について、安保理の新たな決議が必要だ」との考えを示した。また、オーストラリアやオランダの専門家らが現地入りを目指していることについては、「われわれのパートナーがウクライナの政権側とだけ協議して調査しようとしていることを懸念する」と述べていて、ヨーロッパとアメリカ、ウクライナが中心となって、調査を行うことをけん制した。2014年7月28日、オーストラリアのビショップ外相はウクライナのキエフで記者会見を行い、「専門家チームの現地入りに向け、東部ドネツクから墜落現場までの移動経路の安全を確認する作業が28日にも始まる」という見通しを明らかにした。今後、ビショップ外相は、ウクライナのポロシェンコ大統領などと会談を行って、作業を進めるための手続きなどについて、意見を交わすとしている。2014年7月28日に、アメリカのオバマ大統領やドイツのメルケル首相ら、欧米5か国の首脳が、ウクライナ情勢などを巡って電話で会談を行い、会談後にドイツの首相府が発表した声明によれば、5か国の首脳はマレーシア航空の撃墜事件で現場に残された遺体を捜索するためや国際的な調査団が調査を実施するためにも、現場への立ち入りが妨げられてはならないと強調、その上で、事件の後もロシアが親ロシア派へ武器を供給するなど支援を続けているなどとして、ロシアに対する追加の制裁を欧米が協力して科すことで一致した。2014年7月28日に、事故調査のためオーストラリアとオランダの警察チームが墜落現場に向かったが、安全が確保できないという理由で、現場までおよそ30キロ地点で足止めされた。その後、ウクライナとオランダは、東部で足止めを強いられている警察要員や専門家の現場入りを引き続き目指すことを確認した。残された遺体の収容と原因究明のため、オランダやオーストラリアなどの専門家らで作る49人で構成されているチームが墜落現場入りを試みているものの、墜落現場に続く道路などで戦闘が続いていることから2014年7月29日も現場入りを断念している。2014年7月28日、ウクライナを訪れているオーストラリアのビショップ外相は「われわれの目的は人道的なものだ。できるだけ安全に早期に現場に入ることだ」と述べた。