清涼殿の西にある書院造の建物は、主たる室の名をとって「諸大夫の間」と呼ばれている。東から西へ3室があり、それぞれ「公卿の間」、「殿上人の間」、「諸大夫の間」と称する。公卿の間は別名「虎の間」といい、参議以上の公家が使用した。殿上人の間は別名「鶴の間」といい、諸侯、所司代、高家らが使用した。諸大夫の間は別名「桜の間」といい、その名のとおり諸大夫が使用した。このように御所内では人物の身分により、使用する部屋が厳格に分かれていた。室名の鶴の間、虎の間、桜の間はそれぞれの部屋の障壁画の画題にちなむもので、いずれも水墨淡彩であり、虎図は岸岱、鶴図は狩野永岳、桜図は原在照の筆である。諸大夫の間の北には「御車寄」（みくるまよせ）、南には大正天皇の即位式の時に造られた「新御車寄」がある。小御所は、清涼殿の東、紫宸殿の北東に位置する南北棟の建物である。屋根は入母屋造、檜皮葺。会議、対面や皇太子の元服などの儀式に用いられた建物である。慶応3年（1867年、新暦では1868年1月）に徳川慶喜の処置を決めるためのいわゆる「小御所会議」が開かれた場所としても知られる。ただし、安政度造営の小御所は1954年8月16日に花火の火が燃え移って焼失し、現存する建物は1958年、旧建物に忠実に再建されたものである。内部は身舎部分に3室を設け、東西南北にそれぞれ廂を設ける。身舎は畳敷きで格天井、廂は板敷きで化粧屋根裏とする。この建物は、建具に半蔀を用い、周囲に高欄をめぐらし、階段を設けるなど、外観には寝殿造風の要素があるが、内部は書院造風になっている。ただし、床の間などの座敷飾りはない。身舎の3室は南から北へ「下段の間」、「中段の間」、「上段の間」とする。天井はいずれも格天井だが、下段が格天井、中段が小組格天井、上段が最上級の折上小組格天井と、部屋の格に応じて形式に差をつけている。上段の間には厚畳2畳を敷いた上に茵を置いて天皇の座とし、その背後には大和絵の四季絵の屏風を立てる。これらの室の障壁画は大和絵の手法で日本の四季の風景を描いたもので、伝統的な四季絵の形式を踏襲する。上段の間には吉野の春、中段の間には富士の夏と龍田川の秋、下段の間には田上川の冬を描く。安政度造営時の障壁画は上段を狩野永岳、中段を鶴沢探真、下段を勝山琢文が担当し、東廂を原在照、南廂を梅戸在親、北廂を冷泉為恭が担当していたが、前述のとおり、これらは1954年に焼失した。現在ある襖絵は登内微笑（とのうちみしょう）らによって復元されたものである。御学問所は小御所の北に位置する南北棟の建物である。屋根は入母屋造、檜皮葺。小御所と異なり、平安復古調の建物ではなく、建具は舞良戸を用い、内部の主たる室には床、棚を設けるなど、内部外観ともに書院造の意匠とする。家康による慶長度の造営時に初めて設けられた建物で、御講書始などの行事が行われたほか、学問ばかりでなく遊興の場としても用いられた。内部は東西2列、各列3室の6室構成になる。東列は北から南へ「上段の間」、「中段の間」、「下段の間」とし、西列は北から南へ「菊の間」、「山吹の間」、「雁の間」とする。上段の間と菊の間には床と違棚を設ける。各室の障壁画は、狩野永岳、岸岱、原在照らの筆になる。東列の表向きの諸室には中国の故事を画題とした漢画が描かれ、内向きの部屋である西列の諸室には大和絵の草花や鳥が描かれている。御常御殿は御学問所の北東に位置する東西棟の建物で、天皇の日常生活の場として用いられた。屋根は入母屋造、檜皮葺。紫宸殿とともに、御所内で最大の建物である。平安時代には清涼殿が天皇の居所にあてられていたが、近世になって御常御殿が別に建てられるようになってからは、こちらが天皇の居所となり、清涼殿は儀式の場となった。御常御殿は清涼殿のような復古調ではなく、書院造を基調とした建物であり、内部は前後3列に部屋を配し、計15室に分かれている。最前列には西から「下段の間」、「中段の間」、「上段の間」があり、これらは儀式などの行われた表向きの室である。下段の間、中段の間、上段の間の順に床高が一段ずつ高くなっているが、これら3室の境には柱2本ずつが立つのみで、間仕切りの壁や襖はない。上段の間の東、帳台構の奥には「剣璽の間」がある。ここはかつて清涼殿の夜御殿に置かれていた、三種の神器のうちの剣と勾玉が置かれていた部屋である。上段・中段・下段の間の障壁画は、中国の故事を題材としたもので、帝鑑図と呼ばれる、為政者への戒めとしての画題が選ばれており、濃彩の謹直な筆法で描かれている。画の筆者は上段が狩野永岳、中段が鶴沢探真、下段が座田重就（さいだしげなり）である。剣璽の間には土佐光清が花鳥図を描いている。剣璽の間の東裏には「御小座敷下の間」、「御小座敷上の間」があり、建物の東面から北面にかけて、「一の御間」、「二の御間」、「三の御間」、「次の間」が並ぶ。これらは内向きの部屋で、御小座敷は読書始などの内々の行事や対面に用いられ、一の御間、二の御間、三の御間、次の間は天皇の日常生活の場であった。御小座敷下の間の南、建物の南東端には、簀子縁に張り出す形で「落長押の間」がある。建物の西北部に位置する「申口の間」（南北の2室）は女官の伺候した部屋である。これらの諸室に囲まれた、中央部には、外部に面していない「御寝の間」、「御清間」の2室がある。御常御殿は以上の15室で構成される（御寝の間の西にある「中仕切の間」を含めれば16室）。内向きの諸室の障壁画は、前述の狩野永岳、鶴沢探真のほか、土佐派、円山派などの絵師によるもので、日本の四季の風景や花鳥を題材としたものである。御三間（おみま）は御常御殿の南西に接する東西棟の小さな建物で、上段、中段、下段の3室からなり、涅槃会、茅輪、七夕、盂蘭盆などの行事がここで行われた。御常御殿の北側には迎春（こうしゅん）、御涼所（おすずみしょ）、聴雪（ちょうせつ）、御花御殿、参内殿など、いくつかの比較的小規模な建物がある。迎春は孝明天皇が書見（勉強）の場として建てさせた、入母屋造、檜皮葺、南北棟の建物で、御常御殿の北に位置する。10畳の「南の間」と、変形5畳半の「北の間」からなる小規模で簡素な建物である。塩川文麟が襖絵を描いている。御涼所は迎春の北に接続する入母屋造、檜皮葺、東西棟の建物で、京都の暑い夏を快適に過ごすことを主眼とした建物であり、窓を多く設けている。内部は北が9畳の「上の間」、南が7畳半の「次の間」で、上の間の西に4畳半の「裏上の間」がある。上の間には床（とこ）と違棚、裏上の間には床を設ける。上の間では床と棚に挟まれた壁の腰の位置に窓を設けるなど、通風に意を用いている。聴雪は他の建物よりやや遅れて安政4年（1857年）に孝明天皇の好みで建てられたもので、寄棟造、杮葺の数寄屋造建築である。御涼所と聴雪の間は、「吹抜廊下」と称する、壁がなく吹きさらしの簡素な廊下でつないでいる。聴雪の内部は東から西へ「上の間」、「中の間」、「下の間」がある。中の間の床脇（とこわき）の地袋の戸に描かれた鸚鵡（おうむ）と果物籠の図は呉春の筆である。以上の建物群のさらに北、御所敷地の北端はかつての後宮の所在地であり、すでに多くの建物が失われているが、皇后御常御殿、若宮姫宮御殿、飛香舎などの建物が残っている。皇后御常御殿は皇后の居所として用いられた、入母屋造、檜皮葺、東西棟の建物である。御常御殿と同様、建物内は細かく間仕切りされて13室に分かれ、部屋の用途と格に応じて障壁画の画題が選ばれている。建物の東面から南面にかけて鍵の手に並ぶ「御上段」、「御中段」、「御下段」の3室はもっとも格式の高い部屋であり、中国の有徳の女性にかかわる故事を題材にした「列女伝」の障壁画が描かれている。建物の北東には「御小座敷下の間」、「御小座敷上の間」があり、建物の中央部には外部に面していない「御寝の間」がある。御寝の間の北側から西側にかけて「御化粧の間」、「一の御間」、「二の御間」、「三の御間」、「次の御間」が並び、三の御間と次の御間の西側には南北2室の「申口の間」がある。皇后御常御殿から渡廊下を北へ進むと、右手に「御黒戸」（仏間）があり、その先は坪庭の「藤壺」を隔てて西に若宮姫宮御殿、北に飛香舎がある。若宮御殿・姫宮御殿は一つの建物で、東が若宮御殿、西が姫宮御殿である。両御殿とも、東に「御上段」、西に「次の間」があり、これらの手前は若宮御殿・姫宮御殿を通して一続きの「御縁座敷」となっている。飛香舎は平安京の内裏に存在した五舎の一つで、女官の入内の儀式がここで行われた。五舎とは飛香舎（藤壺）、凝花舎（梅壺）、襲芳舎（雷鳴壺）、昭陽舎（梨壺）、淑景舎（桐壺）を指す。これらは長らく姿を消していたが、寛政度造営時に飛香舎のみが平安様式で復活し、安政度造営でもこれを踏襲したもので、現存する京都御所の建物の中では、もっともよく平安時代の様式を伝えている。建物は東西棟の入母屋造、檜皮葺で、内部は身舎の南・東・北に廂を設け、東廂の東にさらに孫廂がある。孫廂の手前には渡廊（わたろう）が接続する。身舎と南廂は仕切りのない1室とする。内部は円柱、板敷の床などに寝殿造の意匠がみられ、中央に御帳台を置く。飛香舎の北東には玄輝門があり、これも平安時代の内裏にあった門の名前を引き継ぐものである。ただし、平安時代には玄輝門の真北に内裏全体の北門である朔平門があったが、現在の京都御所では、スペースの関係で両門の位置関係がずれており、玄輝門は朔平門よりも東寄りに建てられている。春興殿は、平安京内裏十七殿の一。現在も同名の殿舎があるが、平安時代の頃の春興殿とは、位置関係が異なり、安政年間に造営された内侍所（賢所）のあった場所に大正天皇の即位礼にあたり造営された。大正・昭和両天皇の即位礼では、東京から三種の神器を京都御所へ遷す必要があり、その際は賢所として使用された。東京の皇居と京都御所の間を、宮中三殿の賢所に祀られている神鏡を輸送するために賢所乗御車と呼ばれる特殊客車が製造されたが、これは「神」を輸送の対象とする世界的にも類例がないと思われる、極めて珍しい車両である。