自来也との修行から帰った後にサクラと挑んだカカシの鈴取りの修行では「影分身」の使い方に磨きが掛かっており、またこの後の戦闘ではそれまでにはなかった戦略的な行動が見られることからも修行による成長が伺える。その後、我愛羅を連れ去った暁を追い、最初にイタチ（「象転の術」による弱体化したダミー）と交戦し、新術である「大玉螺旋丸」を初披露する。その後はデイダラと交戦し、同じ人柱力でありながら自分よりも辛い状況に陥ってしまう我愛羅の人柱力としての悲しみが深く、怒りから九尾の尾を二本まで出してしまうが、その暴走は辛うじてカカシに止められ、デイダラを逃しながらも我愛羅を取り戻す。その後はサスケを追って大蛇丸と交戦するが、サスケを思うあまりに彼を利用せんとする大蛇丸への怒りや彼を連れ戻す事への焦り等から九尾の尾を三本出し、最終的には四本目を出してしまい、不完全ながらも九尾化してしまう。その後、無意識の内にサクラを攻撃してしまうが、ヤマトによって鎮められ、九尾の力ではなく己の力で大切な人を守り抜いていく事を堅く誓った。その後はサスケと接触するも、実力の差と九尾の暴走による身体疲労、更には手のつけようが無いほどの兄への復讐の執念を見せつけられ、そのまま逃げられてしまい、己の非力を嘆きながらもサクラとサイの叱咤激励によって改めて強くなることを誓う。帰還後はカカシとヤマトの教えの元でチャクラの性質変化の修行を開始し、影分身を応用したカカシ考案の修業法で普通の人間が一人でやったら何年もかかるといわれる修行をわずか数日でマスターし、実力を急速にあげていく。その後、遂に形態変化に性質変化を組み込んだ「風遁・螺旋手裏剣」を習得したが、修行は5割程度までしか終わっておらず、最低限の実戦に使える程度で切り上げてヤマトやサイ、サクラと共に苦戦を強いられるカカシの元へ援軍として参戦した。その後は鳴り物入りで参戦したにも関わらず、一回目は術を外すという意外性NO.1らしさを見せるが、最終的には角都を恐怖させるほどの高度な新術を見事に決めて一気に形勢逆転し、角都を倒した。しかし、術者もダメージをおってしまうことが発覚し、綱手より「風遁・螺旋手裏剣」は禁術とされてしまった。大蛇丸の死やサスケが動き出したことを聞くと紅班と共にイタチの捜索の任務を受け、任務の途上でトビと戦うが、戦闘中に現れたゼツからサスケがイタチを倒したことを告げられる。その後、サスケとイタチが戦った場所へ向かうも既にサスケの姿は無く、またしてもサスケを救出することが出来なかった。任務から帰還後は二大仙蝦蟇のフカサクから自来也の戦死を告げられ、当初は師を失った悲しみに暮れていたが、イルカやシカマルの励ましもあって自来也の仇を取るために立ち上がる。その後、フカサクと共に仙術チャクラを練る為の修行に励むべく、妙木山に籠ることとなる。修行の末に自来也をも超えるほどの仙術チャクラを練ることができるようになる。そして、綱手より禁術に指定された「風遁・螺旋手裏剣」に仙術チャクラを練り込むことでリスクを克服させることにも成功した。その直後にペインが木ノ葉の里を襲撃していることを聞かされ、壊滅状態の里にシマの口寄せで帰還する。その後、傷ついた仲間や里を見て怒りに達し、蝦蟇達と共にペインと壮絶な戦いを繰り広げた後に一時は仙術チャクラが切れて劣勢に追い込まれ、加えて自分への想いを告白した日向ヒナタがペインに重傷を負わされたことで一度は暴走してしまうものの（この時に綱手に渡された首飾りを失った）、九尾の力を完全に引き出しかけた自分を内側から見守っていた父である波風ミナトに止められる。ミナトとは初めての父子の会話をした際にミナトに対して腹を一発殴った後で自分を人柱力にしたことへの疑問や人柱力にされたことで辛い思いや淋しい思いを多く抱えたこと、様々な出会いで強くなって周囲に認められるようになったことなどを涙ながらに吐露するが、彼から16年前の九尾の来襲の犯人はうちはマダラであることや木ノ葉はまだやり直せると告げられ、意を決して再びペインに立ち向かう。その後、「螺旋丸」で天道をも倒し、ペインに刺さっていたチャクラ受信波を利用してペイン本体である長門とそれを看病する小南を見つけ師である自来也や木ノ葉の仲間達を殺した長門に怒りを見せるが、そこで長門達に自身の真実を告げられ自来也の願いだった平和を成すために自身が火影になって雨隠れの里も救うことを約束する。その後は自身の揺るがない決心と憎しみを耐え忍ぶ覚悟を長門から認められ、小南からも「今度こそは散ることのない希望であってくれ」と告げられて紙の花束を贈られる（その花束は自来也の墓標に供えられている）。その後、疲労困憊しながらも迎えに来たカカシと共に里に帰還した時には里の人々から感謝され、「里の英雄」として称えられた。里の復興作業が続く中でキバからダンゾウが新たな火影に就任し、サスケ抹殺の許可を出したことを聞かされるが、直後に雲隠れの使者オモイやカルイの襲撃を受け、サスケが暁に加担して二人の師を拉致したことを知る。その後、サスケの情報を渡せと詰め寄られるが、拒否して殴られ続けたところをサイに助けられる。その後は雷影に直接サスケの許しを請うために雲隠れの使者をカカシやヤマトと共に尾行して鉄の国に入国し対面して土下座までするが、受け入れて貰えずに途方に暮れる。その後、宿に現れたうちはマダラ（と名乗るトビ）からイタチの真実と現在のサスケ、六道仙人の代から続く千手一族とうちは一族の呪われた宿命について教えられ愕然とし、同時に初代火影・千手柱間がうちはマダラと戦ったように次は自分とサスケが「運命に選ばれた二人」として戦うことになると告げられる。鉄の国に来たサクラの突然の告白に戸惑い、サクラの真意が読み取れずに関係に亀裂が入ったままその場で別れたが、サイからサクラの真意や同期達の決断を聞いて胸中が複雑となり、更には我愛羅からサスケが五影会議を襲撃したことなどを聞かされ、様々な者達の覚悟を思い悩み、その場で過呼吸となって倒れて気絶してしまう。その後、目を覚ましてヤマトと共に木ノ葉に戻るようにカカシに言われていたが、サクラやカカシのことが気に掛かり、うたた寝をするヤマトを出し抜いて一人でカカシの後を追う。ようやくサスケと対峙するカカシやサクラのいる場に駆け付けてサスケがサクラを殺そうとするのを間一髪で阻止し、マダラの話からサスケが木ノ葉を憎む様になった心境を知ったことでサスケと互いの攻撃をぶつけ合った後にサスケの中の「ある事実」（六道仙人の息子の兄の方である大筒木インドラのチャクラ）に気付く。その後は「自分とサスケが戦えば二人とも死ぬ」事を覚悟し、サスケと戦おうとするカカシを遮ってまでサスケとは自分が戦う事を決意して一旦はその場を退く。しかし、里へ帰還後は納得出来ずにいた同期生達からサスケを殺さなかった事を咎められるが、敢えて理由を言わないまま、その場から立ち去った。程なくサクラから綱手が快気したとの朗報を受け、その直後にフカサクにより妙木山に口寄せされて大ガマ仙人から「これからタコに出会う。それから、眼に力を宿す少年（サスケ）と戦うことになる」という予言を聞かされ、サスケと戦うために九尾のコントロールが必要不可欠とし、予言に従ってガマ寅の蔵入りを果たす。その後、五影会議の決定事項で人柱力を保護拘束することになり、事情を知らされぬまま任務という名目で雲隠れの孤島（島亀）に送られるが、そこで予言の「タコ」ことビーに出会う。その後、彼から尾獣コントロールの極意を教わろうとするが、相手にされずに悪態をつきながらも事情を察したモトイにより真実の滝に連れて行かれ、もう一人の自分である闇ナルトと対峙する事になる。その後は実力が同じ者同士だったために決着が付かなかったが、キラービーから「自分を信じること」を学び、闇ナルトと和解する形で心の闇を完全に消すことに成功する。その後、滝の内部の修行場に入って精神世界の中で九尾と対峙し、チャクラを引き出そうとすると同時に九尾の強い憎しみに飲み込まれかけて現実空間でも尾獣化しそうになるが、精神世界に留まっていた実母であるクシナの言葉で我に帰る。クシナの遺した力と共に九尾と戦い、九尾チャクラを引き剥がして自分に吸収し、九尾の意思を封印することに成功する。その後、クシナからミナトとの馴れ初めや九尾襲撃と自分が人柱力となった真相を聞くと共に自分が確かに両親に愛されて生まれたことを知り、「自分の器は九尾よりも先に父ちゃんと母ちゃんの愛が入っている、それだけで幸せだ」と消えゆく母に告げる。クシナとの対話を終えた後に鮫肌と同化していた鬼鮫の悪意を感知して見破り、ガイが捕らえた鬼鮫の最期を見届けた。その後、外に出たヤマトがカブトに捕獲されたことに気付かないまま、島内部の修行場で九尾チャクラを纏った上での修業を開始する。しかし、修行の最終段階である「尾獣螺旋丸」の習得途中で金銀兄弟の九尾チャクラを感知したことで外で起こっている異変に気付き、やって来たイルカから第四次忍界大戦が行われていることを聞く。その後はビーと共にイルカ達の制止を振り切り修行場から脱出し、連合本部から止めに駆けつけた綱手とエーに遭遇するが、ビーの助力もあって二人を説得し、戦争に加わる。忍連合に紛れこんだ白ゼツを燻り出すために九尾チャクラをまとった「影分身」を各戦場に送りこみ、元五影を倒すなど不利な戦況を覆しつつ、ビーと共にトビの元に辿り着く。その後、カカシとガイの救援を受けながらも「輪廻眼外道の術」で操られた人柱力六人相手に苦戦するが、四尾に飲み込まれた際にその中で本体である四尾・孫悟空と対面し、彼を助けるために孫の指示によって外道の杭を破壊する。その後は助けた礼として孫からチャクラの一部を受け取り、更にはその様子を見た九尾こと九喇嘛とも遂に心を通わせて完全な人柱力として覚醒。人柱力全ての杭を壊して守鶴以外の尾獣達とも心を通わせ彼らからもチャクラの一部を受け取り、十尾復活に取り掛かったトビと直接対決、カカシとの連携でとうとう彼の面を破壊して正体を突き止めることに成功する。その後、五影を倒したマダラの参戦とトビの正体が親友であるうちはオビトと知ったカカシの動揺によって窮地に陥るも「絶対に仲間を殺させない」という言葉でカカシを奮い立たせる。十尾が復活して八尾と共に戦うも全く力が及ばずに一旦は八尾と九喇嘛がチャクラ切れを起こしながらも駆けつけた忍連合軍と共に十尾に立ち向かう。その後は連合の連携によって十尾を抑えにかかるも力を増して変形した十尾の尾獣玉によって本部のシカク達が、木遁による広範囲への波状攻撃で多くの味方を倒され、更には自分を庇ったネジの死を看取ることになり、先述の誓いを守れなかったことに愕然とする。しかし、ネジの遺志を守ろうとするヒナタの一喝や九喇嘛の叱咤を受けて立ち直り、九喇嘛のチャクラを連合の忍全員に与えて再び反撃を開始するが、後から戦場にやってきた父であるミナトやサスケと再会、サクラを交えて第七班の再びの結成を果たし、十尾への攻撃を開始すると共にサスケとの高度な連携を見せた（しかし、未だに意思の相違を見せる）。その後、オビトが十尾の人柱力となり、陰陽遁の術による忍術の無効化に苦しめられるも仙術による攻撃は通用すると見抜くと共にオビトが神樹を顕現させ、連合の心が折れかかった時にも諦めない姿勢を見せて連合の心を繋ぎ止める。その後はサスケとの協力で九喇嘛化した状態に須佐能乎を纏わせてオビトとの一騎討ちに挑み、チャクラの引き合いの際にオビトと精神世界の中で対話し、両親の仇にあたるオビトを許した上で諭して彼に「うちはオビト」としての自我を取り戻させ、同時にオビトから尾獣達のチャクラを連合の忍達全員と共に引き抜いて勝利する。その後、マダラの元に向かってマダラとの戦いに挑むが、「輪廻天生」により生身として蘇った彼に圧倒され、九喇痲を抜かれて瀕死の状態に陥る。その後、自身の精神世界にて六道仙人こと大筒木ハゴロモと出会い、そこで自身が彼の二人の息子の弟の方である大筒木アシュラの転生者であることを知る。ハゴロモからの「この戦争の果てに何を望む」という問いに対して「仲間を守りたい」と答え、マダラを止めるために六道仙人の力を授かって六道仙術を開花させた。そしてオビトがマダラから奪った一尾・守鶴や八尾・牛鬼のチャクラの一部、「陰」の九喇痲を入れられたことで全ての尾獣のチャクラが揃って見事に生還する。その後は自分と同じ六道の力を得たサスケと共に十尾の人柱力となったマダラや彼を触媒に復活した大筒木カグヤに立ち向かい、最初は苦戦を強いられながらも最終的にはカカシやサクラの協力もあってサスケと共にカグヤを封印することに成功した。その後、ハゴロモによって穢土転生が解術される直前に10月10日の朝日を迎え、父ミナトから17歳になった自分に誕生日祝いの言葉を貰った。今まで自分が経験してきたことやミナトを超える火影になることと「自分のことは何も心配いらない」という母クシナへの伝言を涙ながらに伝え、最初で最後の父子の会話を果たして昇天していく父を見送った。しかし、忍世界の革命を掲げるサスケを止めるべく再び「終末の谷」で決闘を行い、互いに無尽蔵に近いチャクラをほぼ全て使い果たすほどの文字通り天地を揺るがす壮絶な一騎討ちの末に、自身の「陰」の九喇痲の残り全てのチャクラを込めた「螺旋丸」とサスケの「炎遁・加具土命」を込めた「千鳥」との激突で右手を喪失するという重傷を負いながらも彼と和解、二人で「無限月読」を解術し戦争に終止符を打ち、戦争終結の立役者となった。サスケが贖罪の旅に出る際には見送りに現れ、彼が里を抜ける際に置いていった額当てを返却した。なお、欠損した右手は柱間細胞から造られた義手を装着することで補っており、以降は常時包帯が巻かれている。その後は上忍昇格の条件として、任務の傍らイルカの個人指導の下で苦手な座学に励む日々を送る。劇場版『THE LAST』における事件を経てヒナタと交際を始め、数ヵ月後に結婚する。その後数年の間にボルトとヒマワリの父親となり、六代目火影カカシの後任として念願の七代目火影に就任している。なお、髪型は短髪になり、「七代目火影」と書かれた白地に炎の模様があしらわれたマントを着用している。火影としての激務やボルトの悪戯騒動で多忙な日々を送っているものの、それは苦にはしておらず、自身に構ってもらいたいが故に悪戯をするボルトの行動に理解を示した上で叱り、「忍者なら耐え忍ぶことも学ばないとな」と諭すなど、人として父として大きく成長した姿を見せた。