毎日放送（MBS）は、2013年1月21日放送の報道番組でこの問題を取り上げた。同番組は立地面から集客は容易ではないと指摘した。これに対し、京都府は府内に一つは大規模競技場が必要であり交通アクセスの面で集客の問題はないと説明した。また、維持費の点について、黒字で運営する神戸市のスタジアム例を紹介した。さらに同番組は、アユモドキの生息への影響について指摘した。岡山では、小学生がアユモドキを水槽で人工的に飼育していることも紹介している。京都府知事はアユモドキの保護地区を設けることを説明し、維持費については体育館よりも安くなる場合があるとして費用対効果の面で府民からの納得が得られると説明した。建設予定地は希少野生動植物種であるアユモドキの貴重な生息地であることから、日本魚類学会（木村清志会長）が、毎日新聞で建設反対を表明したが、地元自治会から無責任な学者による責任の押し付けであるという批判を受け、スタジアム建設に反対しているわけではないと弁明している。2013年3月11日、京都府は球技専用競技場の名称を「京都スタジアム（仮称）」とした上で、その整備素案を公表し、「フィールドと観客席の最前列を同じ高さにすること」や「観客席を屋根付きとすること」などが挙げられた。このほかスポーツジム・レストラン等も併設する。コンサート・結婚式等の催事場としても活用していく。また、指定管理者を民間委託することで京都府の運営負担額を年間2,000万円から7,000万円程度に抑えるとしている。3月5日、日本魚類学会、日本生態学会近畿地区会、関西自然保護機構は、京都府亀岡市で京都府が開発するサッカースタジアムが“実効的な配慮”をせず、アユモドキが絶滅する恐れがあるとした。スタジアムを誘致した亀岡市は予定地に人工の生息域を設ける予定だが、魚類学会は「効果が期待できない」と指摘し、日本魚類学会や日本生態学会近畿地区会などは、事業主の京都府と亀岡市に計画の白紙撤回を求める要望書を近く提出する運びとなり、12日に、スタジアムの建設の見直しを求める要望書を京都府と亀岡市に提出した。要請への回答は同年4月12日とされ、また回答期限が同じの、公開質問状も出され、それらの回答期限は同年4月12日である。京都府と亀岡市は、4月25日の京都府議会で、来5月1日に、初の環境保全専門家会議を開く予定を明らかにした。1日に亀岡市役所で開かれた初の環境保全専門家会議は、京都大学や京都学園大学、同志社大学、大阪府立大などの魚類研究者、水工水理学者ら10人で構成する委員のうち7人が出席した。会議の座長には、京都府環境審議会委員の村上興正が選ばれ、アユモドキの保全状況の概要説明が行われた後に、JR亀岡駅北側の建設予定地を視察している。4月25日、京都府より新球技場（仮称：京都スタジアム）に関する素案が発表された。亀岡市のJR亀岡駅北側に設置される都市公園内が建設地となり、敷地面積は12.8ヘクタール、入場可能数は25,000人、スタジアムの配置は長軸を南北、メインスタンドを西側とする。また、スタジアム最前列はフィールドと同じレベル（ゼロタッチ）とし、Jリーグだけでなく、ジャパンラグビートップリーグ、Xリーグ、日本女子サッカーリーグ（なでしこリーグ）などの試合が開催出来るように、日本サッカー協会スタジアム標準やJリーグ規約、Jリーグクラブライセンス交付規則、ジャパンラグビートップリーグ規約等に即したスタジアムとすることなどが主な内容である>。5月、亀岡市で自然保護活動をしている市民団体が、スタジアム建設の是非を問う住民投票実施に向けて7月中にも署名活動を始めることを決め、住民投票条例制定を直接請求できる法的に必要な有権者の50分の1（約1,500人）の署名を集める計画だと発表した。5月29日、「（アユモドキの）絶滅の懸念深まった」と日本魚類学会が京都府と亀岡市に対し、計画の撤回を求める2回目の意見書を提出した。魚類学会は意見書で「環境調査は計画決定の前に行うべきで、2015年に着工し、16年に完成を目指すという事業計画は現時点で不可能」と主張した。12月11日、亀岡市議会の総務文教委員会は住民投票条例案を否決。委員からは「やる意味がない」などと疑問視する声が相次いだ。同月13日、亀岡市議会は同条例案を賛成７、反対１８の反対多数で否決した。反対派からは条例案の分かりにくさなどが指摘された。2014年3月6日、亀岡市長は市議会３月定例会の答弁で、スタジアム予定地の用地買収交渉について地権者99人の内98％から同意を得ていることを明らかにした。市は2014年度中に全地権者との売買契約締結を目指すとしている。4月6日、府知事選挙が実施され、スタジアム建設を公約に掲げる現職の山田啓二が約70％の得票率で四選を果たした。4月8日、亀岡市長は2019年のラグビーワールドカップの会場としてスタジアムを使うよう、京都府と協力して誘致活動を行うことを表明した。既に3月には地元スポーツ団体も府に協力を要請をしており、亀岡市も府への要請を強化していく方針である。5月12日、亀岡市はスタジアム建設を含む「京都・亀岡保津川公園」の都市計画を決定した。8月11日、亀岡市はスタジアムを含む公園用地の内、約11万1,500平方メートルを地権者97名から約12億3,800万円で買収する旨の議案を亀岡市議会に提出すると発表した。2015年6月9日、京都府公共事業評価第三者委員会において、「本体工事に入らなければ、事業をスタートしても良い」と設計費の予算計上が認められた。着工の判断自体は環境保全専門家会議の評価がまとまってから再度第三者委員会が下す予定となった。6月18日、京都府議会はスタジアムの設計費用を含む一般会計補正予算案を提出し、可決された。本体工事費は154億円となる。2016年2月10日、京都新聞によると、アユモドキについての影響調査分析が長引いていることを理由として、京都府は着工日を当初予定の2016年4月から少なくとも1年以上先送りする方針と報じられた。4月27日、環境保全専門家会議は、アユモドキの保全とスタジアムの早期完成の両立を目指す為にも、スタジアムの建設位置を従来の京都・亀岡保津川公園から既に都市計画区域内となった亀岡駅北土地区画整理事業地に変更する事などをまとめた座長提言を府と亀岡市に提出した。5月、亀岡市は、座長提言に従ってスタジアムの早期完成とアユモドキ保全を両立させる為にも、駅北土地区画整理事業地予定地の土地を取得するかどうか検討していることを示した。また取得にあたって府に財政面での協力を求めることも示した。7月をめどに結論を出す。8月23日、京都新聞によると、新予定地の地権者全員が市への土地の提供に同意したと報じられた。8月24日、京都府は、アユモドキ保全のため当初の予定地であった桂川右岸からJR亀岡駅北側の土地区画整理事業地に変更する事を正式発表。この建設地変更に伴い当初予定より亀岡駅に近接することとなったほか、当初予定したスタンド下への貯水ピットの整備や周辺整備にも変更があり、その結果、府と市の負担額を合計した枠組みが拡大することはないとし、府は亀岡市への財政面での支援を約束した。12月2日、内閣府の「平成28年度PPP/PFIに関する支援」の支援対象に選定されたことが公表された。2017年3月9日、京都府は京都スタジアム(仮称)運営権PFI事業導入可能性調査業務をPwCアドバイザリー合同会社に委託することを公表した。3月22日、京都府議会平成29年2月定例会において、亀岡市と共同で取得する予定地取得費用13億7000万円など計19億9500万円(債務負担行為125億2500万円)の専用球技場整備費を含む平成29年度京都府一般会計予算が賛成多数で可決された。3月27日、亀岡市議会において、予定地取得費用20億511万7000円を含む平成29年度亀岡市一般会計予算が可決された。3月30日、京都府亀岡市都市計画審議会において、スタジアム予定地周辺の都市計画変更案が可決された。京都新聞によると、都市公園法における制約がなくなることについて、府スポーツ施設整備課の「よりスタジアムの多機能化が図れ、地域活性化にも貢献できるはず」との意見を報じている。4月12日、スポーツ振興くじtotoオフィシャルサイト上で、京都府の京都スタジアム(仮称)整備事業に対する30億円のスポーツくじ助成が公表された。Jリーグホームスタジアムへの助成としては国内3例目となる。5月17日、環境保全専門家会議において、第三者委員会に提出する調書の一部修正を前提に、工事の実施を認可した。工事中等にモニタリングで異常が認められた場合は工事を中断するなどの対策を検討する。6月5日、平成29年度第1回京都府公共事業評価に係る第三者委員会において、スタジアム工事着手が認可された。6月26日、亀岡市議会において、スタジアム予定地の土地を買収する市財政取得議案が可決された。7月4日、京都府議会において、スタジアム予定地の土地を買収する議案が可決された。一方で、「京都スタジアム（仮称）用地購入と建設着手の中止を求める決議」は反対多数で否決された。7月10日、亀岡市と府は、第2回京都スタジアム(仮称)建設に係る市民説明会を開催。説明会資料においてフィールド126m×84mなど施設整備に関する正式な情報が公表された。なお、当初より予定していたピッチとスタンドとの高低差を可能な限り無くす「ゼロタッチ」の導入は芝の育成環境確保などから見送られた。8月15日、京都府は、「京都スタジアム(仮称)新築工事(主体工事)」の入札公告を行った。この際、設計図の公表が行われた。9月30日、経済産業省は、地域未来投資促進法に基づいて支援を行う地方自治体の計画の第一陣を公表し、京都府亀岡市の「亀岡市の京都スタジアム等のスポーツ関連インフラを活用した観光・スポーツ分野」を活用した計画が支援対象の1つとなった。スタジアム・アリーナ関連で地域未来投資促進法の支援を受ける国内初のケースである。10月27日、「京都スタジアム(仮称)新築工事(主体工事)」の一般競争入札において、93億円(税込)で応札した竹中工務店・公成建設・長村組JVに決定。基本設計は日建設計、実施設計は東畑建築事務所がそれぞれ担当している。その後、府議会12月定例会において本工事契約関連予算が可決された。2018年1月20日、起工式が行われた。2019年3月13日、京都府議会で条例が可決され、正式名称が「京都府立京都スタジアム」に決まる。2019年12月の完成と2020年春のオープンを予定している。