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1610年のアンリ4世暗殺後は、わずか9歳のルイ13世が王位を継承し、母后のマリー・ド・メディシスが摂政となった。ルイ13世の治世は当初、先王に抑え込まれていた大貴族やプロテスタント勢力が王権に反旗をひるがえす構えを見せ、その基盤は不安定であった。そのため、フランス王権は1614年、コンデ公アンリの要請により、全国三部会の開催を余儀なくされている。1620年、国王ルイ13世が改革派が多数を占めるベアルヌ地方でカトリック支持の裁定を下したことに改革派は反発し、同年12月に開かれた改革派の全国会議で「強硬派」が優勢となって武装蜂起を決定した。ユグノー側の軍事的指導者となったのは、ロアン公アンリであった。1621年から1622年まで続いた両者の戦いはほぼ王側の優勢のうちに決着し、モンプリエ条約を結んだが、ここではルイ13世が譲歩する形でナントの勅令が再確認された。しかし、ルイ13世がモンプリエ条約の遵守に熱心でないことに改革派は不満を隠しきれず、1625年に再び戦闘が開始されると、宰相であったリシュリューはユグノー戦争時代以来の改革派の拠点ラ・ロシェルを包囲し、ロアン公アンリ率いる改革派を打ち破り、このときリシュリューは外交方針を変更して三十年戦争でプロテスタント側との提携を検討していたため、1626年には講和してパリ条約を結び、宗教の自由の保障を再確認した。1624年、リシュリュー枢機卿は国務会議で宰相の地位を確立し、ルイ13世を支えた。政治的動揺はなおも続き、三部会に準じた名士会が1627年に召集されている。しかし、これを最後に三部会は革命前夜のルイ16世当時まで開かれず、これは絶対王政確立のひと目安とみなすことができる。1627年、リシュリューは再びプロテスタント勢力の反乱と対峙し、13か月におよぶラ・ロシェル包囲戦を戦った。改革派はイングランドとの提携を図るがイングランド艦隊は有効な支援ができず、1628年10月にラ・ロシェルは陥落した。1629年には王軍がラングドックも制圧して決定的な勝利を獲得し、ロアン公アンリを国外に追放した。同年6月には和平が成立し、アレスの勅令が発せられた。宗教的寛容の持ち主だったリシュリューは、カトリック教徒の不満にもかかわらずナント勅令に認められていたプロテスタントの信仰の自由の維持を約束したが、プロテスタントには武装解除を命じ、ナント勅令で認められていた彼らの政治的・軍事的権利については剥奪した。リシュリューの政策は、外交面ではハプスブルク家との対決姿勢を基本とし、内政面では戦争遂行のために課税可能な体制の構築をめざすものであり、彼の指導下でフランスはドイツを主戦場とする三十年戦争に本格的に介入した。しかし、マリー・ド・メディシスらの親スペインの動きはフランス国内のプロテスタントを動揺させて抵抗へ向かわせていたうえ、増税は各地で民衆蜂起を招いていた。1635年、ブルボン朝フランス王国はともにカトリック信仰に拠って立つハプスブルク家との全面戦争に踏み切った。カトリックを国教とするフランスがプロテスタント勢力と手を組み、西のスペイン、東の神聖ローマ帝国と戦うことを選択した。1642年にリシュリューが、1643年にはルイ13世が相次いで死去したが、「国家理性」の名において正当化された2人の対ハプスブルク政策は、外交的には好結果を生み、上述のように1648年のヴェストファーレン条約と1659年のピレネー条約により、フランスはスペインからヨーロッパ列強首位の座を奪うことに成功する。この時期の文化政策で特筆されるのは、1635年にリシュリュー枢機卿の庇護のもとで学術団体「アカデミー・フランセーズ」が創設されたことである。アカデミー・フランセーズ設立の中心人物となったヴァランタン・コンラールは王室秘書にして改革派の文筆家であった。アカデミー・フランセーズではフランス語辞典の編纂事業がおこなわれ、フランス語の「純化」が図られた。古代の帝政ローマの歴史を参照し、至高の王権のもとに規律と服従を旨とする新しい政治文化の形成を追い求めたリシュリューは、言語においてもそのあるべき規範を示そうとした。コンラールは熱心なプロテスタント信仰の持ち主であったにもかかわらず、リシュリューは終生王室秘書の地位を保障した。
近世のフランス経済は農業に圧倒的な比重が置かれ、17世紀末まで全人口の少なくとも85パーセントは農村人口が占めた。都市人口も少なく、別格のパリでさえ18世紀初頭段階で約50万人にすぎず、それに次ぐのはリヨン、マルセイユ、ルーアン、リール、オルレアンの五大都市であり、いずれも10万人を切っていた。農業は技術的に中世からほとんど進歩がみられず、定期的に一定の土地を休耕せざるをえない二圃制・三圃制の採用が主流で、生産性は概して低かった。そして、フランス経済は農業が支配的であることに起因する脆弱性を内包しており、常に凶作から始まって経済全般に波及するタイプの経済危機を引き起こす構造を伴っていた。工業は小規模な手工業が支配的であって技術的進歩が乏しく、工業生産の大部分が限られた地域的な需要に応じた小規模なものであり、その中心は繊維工業であった。毛織物工業では、ラングドック、プロヴァンス、ドーフィネはレヴァント地方への輸出用ラシャが生産されていた。シャンパーニュ地方のスダンは北ドイツへの輸出用ラシャを生産していたが、ここではユグノーの製造業者が織機の半数を所有していた。絹織物工業においては、17世紀中葉トゥールやリヨンでの顕著な発展が知られるが、これはユグノーの貢献によるところが大きい。リンネル工業をフランスに導入したのもユグノーであり、イングランドへの輸出用商品として貴重なものであった。亜麻織物や麻織物は西部で盛んであった。オーヴェルニュやアングーモワでは製紙業が発達していたが、その主な担い手もユグノーであった。ここで製造された紙はフランス国内のみならず、イングランドやオランダでも消費された。とくにオーヴェルニュのアンベール産の紙は、当時のヨーロッパで最良のものとされていた。ユグノーの手工業者が担当したこれらの工業は、1685年のフォンテーヌブローの勅令（詳細は後述）以後、急速に衰退していったと説明されることが少なくない。そのほかの重要な工業部門としては、建築とそれに付随する奢侈品の生産があったが、鉱業や製鉄業はまだ二次的な役割しか果たしていなかった。ユグノーはラ・ロシェルやボルドーにおける海上交易の発展にも貢献し、ボルドーにおいては主としてイングランド・オランダとの交易を担ったほか、ラ・ロシェルにおいてはナントの勅令直前まで貿易は彼らの独占状態にあるという状態であった。ユグノーの銀行家としては、17世紀初めにはリシュリューの財源となったタルマン家やラムブイエ家、ユグタン家が知られる。なお、ユグタン家はリヨンの出版業者であったが1685年にアムステルダムに移住し、そこで17世紀最大の銀行家にまで成長した。長期的には、フランスは他のヨーロッパ諸国同様、中世末の14世紀から15世紀にかけて戦乱やペストによる人口の激減・商業活動の減退の傾向が著しかった。その後、大航海時代が本格化する15世紀末以降は長期的好況を享受し、1560年代から16世紀末葉まではユグノー戦争の影響で深刻な不況に見舞われるも17世紀には活力を回復し、1630年代に三十年戦争への参戦と度重なる疫病や飢饉によって経済が停滞した一方、その間は市場経済の進展がみられた。ただし、16・17世紀のフランスはまだ一体的な国民経済を形成しておらず、多様な地域経済の寄せ集めにすぎない状態であったため、穀物の市場価格も国内に統一的な価格は存在しなかった。そして、これら地域経済は17世紀前半にナントやボルドーなど大西洋岸の都市商人がオランダ商船のための仲買人として活動していたことで知られるように、しばしば国外の経済的なネットワークと密接なつながりを有していた。
ルイ13世死去後は、のちに「太陽王」と呼ばれるルイ14世が後を継いだが、1643年の即位当時の彼はまだ4歳であった。摂政となった母后アンヌ・ドートリッシュは、リシュリューの腹心だったジュール・マザランを宰相に任じた。マザランは内政と外交の両面でリシュリューの政策を継承するが戦争と重税にあえぎ、国王の代替わりを機に変化を期待していた人々は新政権に反発して王国改革を求めた。1648年1月、アンヌ・ドートリッシュが親裁座を開いて増税のための王令の登録をパリ高等法院に命じたのに対し、この席上で高等法院次席検察官のオメール・タロンは農村の疲弊が頂点に達していると指摘して王権を公然と批判し、この演説はただちに大量に印刷されて地方にまで知られるようになった。同年4月末、官職保有者に対する俸給を4年間にわたって支払い停止とすることが決定されると4つの最高書院（パリ高等法院、会計院、租税院、大法院）の代表が集会で討論し、7月にはそれに基づいて地方長官制廃止などを含む王国改革に向けた声明文を発した。反政府運動は広がりをみせて政府側も若干の譲歩を余儀なくされたが、8月には母后とマザランが反撃に転じて最高法院における運動の中心人物ピエール・ブルセルを逮捕した。これに対してパリの民衆が蜂起し、5年にわたるフロンドの乱へ発展した。この乱は、増税に不安をかかえるブルジョワジーや民衆、従来の政治的特権が脅かされていると感じている帯剣貴族、俸給停止や地方長官廃止に不満をもつ官職保有者など、王権に不満をいだく階層の動きが重なって大規模な反乱に発展したが、各層の利害がそれぞれ一致しないことから統一的な反王権運動には発展しなかった。イタリア出身のマザラン枢機卿は不人気であったが政治家としては有能で、ヴェストファーレンとピレネーの両条約でフランスの勝ち取ったものは大きかった。フロンドの乱が終結した1653年以降、戦時の臨時措置として導入された諸制度はやがて恒常化していったが、これらはフランス王権に広範な自由裁量権を与えるものとなった。マザランはまた、ユグノーに対して改革派全国教会会議の開催を禁止した。
1661年のマザランの死後、ルイ14世は宰相を置かずに親政を開始した。ルイ14世は財務総監にジャン＝バティスト・コルベールを用いて国家財政を健全化するとともに、従来の「移動する宮廷」をやめてパリ郊外のヴェルサイユに壮麗豪華なヴェルサイユ宮殿を建設し、貴族階級をもっぱら宮廷人の役割に甘んじさせることに成功した。リシュリューとマザランの時代に始められた貴族の城塞や都市の非武装化が継続され、常備軍が拡充整備されてフランス史上初の国王による軍事力の独占が実現した。相次ぐ対外戦争は財政難を招いたが、この時期の軍隊は以前よりも定期的に手当が支給されて訓練が行き届き、少なくとも外国の軍隊がフランスからほぼ排除された。ヴェルサイユ宮殿は貴族文化の中心となり、ここから生まれた礼儀作法や上品な趣味などは社会の隅々にまで伝えられる一方、政治的・文化的・芸術的な影響を全ヨーロッパに与えてフランスは洗練された文明の中心と見なされ、ラテン語にかわってフランス語が文明共通の言語と見なされるようになった。
ルイ14世の親政時代は長きにわたったが、フランス王権の絶対主義化は政治の領域を越えて良心の領域におよび、少数派となったプロテスタントおよび発生したジャンセニスムに弾圧を加えていった。プロテスタント勢力は、すでに王の庇護を失うことを恐れたリーダー格の貴族たちが多数離脱したため、弱体化の傾向が顕著であった。親政開始直後の1661年、ルイ14世はフランス全土に官吏を派遣し、改革派の礼拝についての調査を行った。新教徒の公的礼拝を制限する王令が増え、さまざまな条例を発布して改革派を公職から改革派を締め出していった。1679年、「ドラゴナード」という制度が定められた。これは竜騎兵（ドラグーン）を改革派の家に宿泊させ、暴力的な威嚇によって改宗を強制するものであった。これに対し、1683年に改革派の多い南部を中心に散発的な抵抗運動が起こったが、すぐに鎮圧された。1685年、ついにナントの勅令廃止が宣言され、プロテスタント信仰を禁じるフォンテーヌブローの勅令が出された。カトリックは国教となり、「1人の国王、1つの教会、1つの法」という標語の実現が強く求められ、改宗しない改革派の牧師は追放され、改革派の学校は閉鎖、教会堂は破却を命じられた。これは政教分離の観点からすれば逆行する行為であるが、当時の諸外国では「一国一宗派」の原則が守られており、ルイ14世はこの原則を確信していた。スペインの国力が衰退したなか、神聖ローマ帝国に対抗してカトリシズムの守護者を自認したいという思いの現れとも考えられる。プロテスタントの一般信徒の亡命は勅令によって禁止されていた。しかし、宗教上の弾圧を逃れようと多数の商工業者を含むユグノーがスイス、ドイツ（とくにブランデンブルク）、イングランド、オランダ、新大陸などの国外へ大量に退去した。禁を犯して亡命した人数は、約20万人といわれる。これがフランス経済にマイナスに作用したであろうことは容易に推定されるが、実はそれ以上に亡命先の国々を富ます結果をもたらしたのであった。オランダでは亡命作家や印刷職人がルイ14世に対する政治批判の文書を大量に作成するなど、反フランスの国際世論も沸き上がらせる一助となった。フランスに残った人々には、心ならずも改宗してキリスト教や宗教そのものに関心を失うようなケースもあれば、他方ではジュネーヴ経由で戻ってきた牧師を迎えて秘密集会を継続的に開催していたケースもあった。南フランスのセヴェンヌ地方の新教徒共同体は1702年に蜂起し、国王軍に対してゲリラ戦を展開するカミザールの乱が発生した。一方、カトリック教徒の側はルイ14世のプロテスタント弾圧を大歓迎した。ジャンセニスム（ヤンセニウス主義）とは、オランダ人神学者でスペイン領ネーデルラントのイーペルの司祭であったコルネリウス・ヤンセンとその盟友であったフランス人神学者ジャン・デュヴェルジェ・ド・オランヌ（サン・シラン師）が唱えた教説で、カトリック信仰の上に立ちながら、人間存在は根本的に堕落しているという悲観的な人間観に立ち、神が自由に与える恩寵（恵み）なしに人間の救済はありえないと主張するなどの点でルターやカルヴァンから大きな影響を受けた思想であり、ヤンセンの遺作『アウグスティヌス』には神の予定と恩寵の絶対性が説かれている。1630年代後半以降、ジャンセニスト（ヤンセニウス派）は、神の恵みを得るにはただそれを待ちわびるのではなく、祈りと改悛の行、禁欲の護持、自己規律による絶えざる回心の努力が必要であるとする厳格主義的な信仰運動の徒として、パリ近郊のポール・ロワイヤル修道院を中心に活動した。ジャンセニスムは1641年にローマ教皇庁の検邪庁から裁定を受け、1653年には教皇庁から異端宣告を受けていたが、フランス国内では科学者・哲学者として著名なブレーズ・パスカルや劇作家のジャン・ラシーヌから強く支持されただけでなく、政府高官やパリ高等法院の司法官にも影響を与え、そのうちの何人かはポール・ロワイヤル修道院の「隠者」として行動していた。イエズス会のジャンセニスム攻撃は激しく、パスカルはこれに対してジャンセニスムを擁護してイエズス会学派の神学を皮肉る『プロヴァンスからの手紙』を執筆するなど、イエズス会とジャンセニストは激しく対立した。なお、ジャンセニスムのフランス的展開に大きく作用したのが、パスキエ・ケネルの存在である。ケネルはジャンセニスムをガリカニスムと結びつけて展開し、イエズス会員を「教皇の走狗」であると非難した。ジャンセニストたちはルイ14世の反教皇主義的ガリカニスムを支持していたにもかかわらず、1709年に国王は警察総代官のマルク・ルネ・ダルジャンソンにポール・ロワイヤル修道院を急襲させて修道女たちを追放し、翌年には礼拝堂から墓地にいたるまでの一切を破壊させるなど、ジャンセニスムを排斥した。ただし、ジャンセニスムに同調したフランス政官界には反イエズス会の傾向がその後も長く続いた。弾圧されたのはキエティスム（静寂主義）も同様であり、ルイ14世はジャンセニスムとともにキエティスムを自らの政策に対する重大な脅威とみなした。キエティスムの運動は、スペインのアンダルシア地方出身の神学者ミゲル・デ・モリノスの神秘体験にかかわる理論を、その文通相手で文筆家のジャンヌ・ギュイヨン（ギュイヨン夫人）がフランスに持ち込んだことによって急速に広まった。フランスでは、キエティスムの運動は神の愛（アガペー）を内面的静寂のうちに受け身で受け取ろうとする知的かつ受動的姿勢が重視されたが、その背景にはフランスにおける祈りと霊的生活が組織化かつ制度化されすぎており、形式主義に陥っていることに対する不満と反発があった。キエティスムは、一時はルイ14世の秘密結婚の相手であるマントノン公爵夫人の心をつかみ、大司教フランソワ・フェヌロンという強力な庇護者も得たが、長くは続かなかった。そして、キエティスムの運動に最大の反対者として立ちはだかったのが、宮廷説教者のジャック＝ベニーニュ・ボシュエであった。フェヌロンはボシュエによって才能を見出されて司祭となった人物で、若き道徳的指導者として貴族女性たちに人気があり、ルイ14世の孫の養育係を務めるなど王室からの信頼も厚かったが、ここにおいて師弟は決定的に対立してフェヌロンは4年間沈黙を守らされ、ギュイヨン夫人は1695年から1703年までバスティーユ牢獄に投獄された。これによって観想生活はカトリックの教義に反する異端の疑いをもつものとみなされるようになり、以後のフランス人の宗教生活は大きな打撃を受けることとなった。
歴代のフランス王は自国の教会の管理権と権益を自らの支配下に置こうと腐心し、これを「ガリカニスム（フランス教会自立主義）」と称するが、他方ではそれと並行して伝統的なカトリックの教義を保持することにも努めた。その点からいってルイ14世親政下で権威的存在となったのは、上述したジャック＝ベニーニュ・ボシュエ神父であった。宮廷説教家にして国王の顧問であると同時に王権神授説の熱心な提唱者でもあるボシュエの雄弁な説教の文体は、初期のフランス文学を代表する典型的な散文であり、フェヌロン大司教らの説教家とともに当時のカトリック説教史における重要な時代をつくった。ジャンセニスムやキエティスムが排斥されたのはカトリックの伝統を保持するためであったが、キエティスムを擁護したフェヌロンは上述したとおり、職を追われた。1682年、ルイ14世は聖職者会議にボシュエの「四箇条の宣言」を受諾させ、教会を王権の支配下に置くことに成功した。これはガリカニスムの現れであり、教会会議をローマ教皇の権威上に置いてフランスの教会をローマから独立させるものであった。ルイ14世は「レガール」（国王特権）によって国王が聖職者への任命権をもつことを目指したが、教皇インノケンティウス11世はただちに「四箇条」の無効を宣言し、ルイ14世に厳しく抗議した。約15年間、教皇庁はフランス内での世俗権力による教会支配の企てを認めず、国王が任命した候補者を司教に任命しなかったために多くの司教座が空位となり、ルイ14世は1516年のコンコルダートに含まれない特権への権利の主張については取り下げざるを得なくなった。王権神授説は王権をはじめとする君主権とは神から直接授けられたものであり、それゆえ国民は臣民としてこれに絶対服従する義務があるという教説で、17世紀以前のヨーロッパでは貴族や聖職者の特権も強固に残り、国家や君主の権力基盤が脆弱だったところから君主の側によって強く求められたうえ、支持されてきた政治思想である。ポリティークの思想家であるジャン・ボダンの主権理論にその萌芽が認められ、17世紀初頭のイギリスではステュアート朝のジェームズ1世（詳細は後述）の登場とともに市民権を獲得した。しかし、国王は聖俗両権を神によって授けられているという思想は、ローマ教皇庁の決して認めるところではなかった。1632年には法服貴族のカルダン・ル・ブレが『国王の主権について』を上梓し、そのなかで王権は神から直接授けられたもので、国王は他人の同意も必要とせずに自由に法を作って解釈し、廃棄できると説いた。イングランドのロバート・フィルマーは、清教徒革命前後に『制限王政の無政府状態』（1648年）、『絶対王権の必要』（1648年）、『政府起源論』（1652年）などを執筆し、これを定式化した。フィルマーの主著『パトリアーカ』（1680年公刊）には、『旧約聖書』を根拠として神が人類の祖先であるアダムに家族や子孫などを支配する権利を授けたのであり、その権利は代々の家父長に受け継がれて王権につらなるという考えが示されている。王権神授説の大成者として知られるボシュエは、その著作『世界史叙説』（1685年）において、「神は国王を使者としており、国王を通じて人びとを支配している。……国王の人格は神聖であり、彼にさからうことは神を冒涜することである」と記した。
ドイツないし神聖ローマ帝国域におけるオーストリアの存在感に対し、ブランデンブルクは「帝国の砂箱」と呼ばれるような地味も資源も乏しい辺境にすぎなかったが、17世紀初頭にライン川流域のクレーヴェとマルク伯領を、東方ではポーランド王の宗主権下にあるプロイセン公国を継承し（ブランデンブルク＝プロイセン）、上述のようにヴェストファーレン条約によってミンデンなどを獲得した結果、支配領域が東西に拡大してザクセン選帝侯領とならぶ雄邦へ成長した。とはいえ、それも同君連合としてであり、オーストリアの圧倒的な国力とは比べるべくもなかった。その間、ヨーハン・ジギスムント選帝侯は1613年までに政治的理由からカルヴァン派に改宗している。17世紀後半において三十年戦争後の経済再建はドイツ諸邦にとっては焦眉の課題であり、中小領邦の分裂する状況ではなかなか進まず、とくに国内関税は自由な通商を妨げる大きな障害となった。比較的大きな領邦国家や地理的に有利な都市は経済再建に向けて行動したが、新興のブランデンブルク＝プロイセンはとくに精力的に取り組んだ。1671年、ブランデンブルク＝プロイセンの君主フリードリヒ・ヴィルヘルム（「大選帝侯」）はオーストリアから追放された富裕なユダヤ人家族に定住許可を与え、保護状を付与した。一方、オランダ人やフランス人など外国人の入植政策を積極的に進め、とくにフランスで1685年にナントの勅令が廃止されると、ただちにポツダム勅令を発してユグノー（カルヴァン派）を「改革派宗教に心寄せる同胞」と称して受け入れを宣言し、当時1万人弱のベルリンだけでも約6000人のユグノーを招き入れ、人口増殖政策に加えてオランダ人やユグノーの商工業者の指導のもとでの産業の復活を目指した。これはルイ14世の宗教政策を批判するものであり、今まで彼からの報奨金と引き換えに実施していた親仏政策は破棄され、オランダのオラニエ公ウィレム3世との軍事同盟締結という政策転換につながった。このカルヴァン派同盟にはドイツやスカンジナヴィアのプロテスタント諸侯も加わって反ルイ14世陣営が形成され、これに神聖ローマ皇帝やスペイン国王さえ加わることがあった。プロイセンが権力国家として変貌を遂げたのは三十年戦争後の約100年であり、それはほとんど「大選帝侯」フリードリヒ・ヴィルヘルムとその孫のプロイセン王フリードリヒ・ヴィルヘルム1世（「軍人王」）の2人によっている。その出発点となるのが常備軍の創設（軍隊の国有化）であり、常備軍はヴェストファーレン条約と1653年・1654年開催のレーゲンスブルク帝国議会の規定によって法的には基礎づけられたが、ブランデンブルク＝プロイセンの場合はバルト海の覇権をめぐってスウェーデンとポーランドが争った北方戦争（1650年-1661年）への対応が、その契機となった。フリードリヒ・ヴィルヘルムはこの戦争でスウェーデン側に立ち、プロイセンのポーランド宗主権からの解放を目指して戦った。これについてはホーエンツォレルン家支配下の各地の領邦等族は他地域での戦兵の動員に強く反対したがヴィルヘルムはこれを押し切り、さらに戦争終結後も動員された軍隊を解散させずに常備化する方針を打ち立てると、これに対しても領邦等族との激しい対立が生じたが制してその過程でさらに君主権を強化させていった。それに合わせ、税制や官僚制の整備拡充や重商主義政策などを連鎖的に進めたが、その際に模範としたのはフランス絶対王政であった。上記の宗教的寛容や外国人移植政策は、新興プロイセンの重商主義政策とも深い関連を有していた。1657年のオリヴァ条約でプロイセン公国はポーランドの宗主権から脱し、1701年にフリードリヒ・ヴィルヘルムの子フリードリヒ3世は神聖ローマ皇帝からスペイン継承戦争に参戦することを条件として、「プロイセンの王」を称することが許された。これによって公国はプロイセン王国に昇格し、プロイセン公フリードリヒ3世は初代プロイセン王フリードリヒ1世となった。
ジェームズタウンが南部のヴァージニアに創設された頃、ロンドン近郊の寒村から新王ジェームズの宗教政策に失望した少数の清教徒が低地地方へ移住したがそこも安住の土地ではなく、1620年にはメイフラワー号に乗って新大陸に旅立った。ヴァージニアのはるか北方にプリマス植民地を築いた清教徒たちは信教の自由を求めて移住を繰り返したことから、自らを巡礼者になぞらえた。これがいわゆる「ピルグリム・ファーザーズ（巡礼父祖）」であるが、実際にはこの集団（約100名）に女性が含まれていた点がそれまでとは違っていた。家族単位の移住と入植、この集団の歴史的な新しさは、むしろそこにあったのである。ニューイングランドにおいて、プリマスよりもはるかに規模が大きく、やがてそれを吸収合併することになるのがマサチューセッツ湾植民地である。1630年、カンタベリー大主教ウィリアム・ロードによって清教徒迫害が始まると、ここには建設最初の年に1千人以上、以後10年あまりで約2万人の移住者が入植した。ここでも移住者の4分の1は女性であった。マサチューセッツの植民地で中心となったのは、清教徒たちのなかでもイングランド国教会から分離せずにキリスト教信仰の模範となるべく行動した「非分離派」であり、その指導者は本国で治安判事の経験をもつジョン・ウィンスロップであった。ウィンスロップが1630年の航海に際して語った説教『キリスト教的慈愛のひな形』は、アメリカ史やアメリカ文学の古典中の古典として知られ、そこには神の選民の砦を指す「丘の上の町」という聖書的な暗喩を用いた強い使命感が述べられている。この使命感には現代のアメリカ国家の自己理解に通じるものがあるうえ、その理念先行型の国柄の一端を示している。しかし、マサチューセッツの非分離派は回心の経験を有する信徒の連帯を重んじて会衆派の教会をつくり、自由民の資格もその教会員に限って宗教上の目的を有する非寛容的な神政政治をおこなった。これに対し、分離派に属するバプテスト教会の牧師で1631年にケンブリッジから移住したロジャー・ウィリアムズは、イギリス国教会から分離しようとしない会衆派を批判して宗教的寛容の思想を説いた（詳細は後述）うえ、植民地政庁が先住民（ネイティブ・アメリカン）から土地を購入していないことにも疑義を呈し、土地の譲渡権は国王にではなく先住民にあると主張した。一方、1634年に移住したバプテストでジョン・コットンを師と仰ぐアン・ハッチンソンは、反律法主義を掲げてカルヴァンの予定説を極限まで徹底させ、会衆派の教義に挑戦した（アンティノミアン論争）。1637年、植民地の指導者はハッチンソン夫人を総会に召還して審問し、ウィンスロップ総督は彼女に植民地からの追放処分を下した。また、ウィリアムズやハッチンソン女史以上にマサチューセッツでさらに厳しい弾圧を受けたのがクエーカー（フレンド派）の人々であり、1650年代後半から1660年代初頭にかけては4名のクエーカー教徒が絞首刑に処せられた。ロジャー・ウィリアムズは、1636年にマサチューセッツ湾植民地から宗教的迫害を受けて逃げてきた仲間たちとともに、政教分離原則にもとづくロードアイランド植民地を設立し、その本拠地を「プロビデンス（神の摂理）」と名づけた。そこは先住民ナラガンセット族の首長カノニカスから贈与された土地であり、ここでウィリアムズはユダヤ教徒も対象に含めた信教の自由を実現すべく1644年に本国政府から特許状を取得し、北米植民地においてはじめて信仰の自由と政教分離を保障する自治領植民地を建設した。そこでは、「公共の事項」における多数決原則と「良心の自由」を定めた憲法が制定されたほか、聖職者に対する公的資金を援助することなく、教会と国家が分離された。一方、アン・ハッチンソンは先住民よりアクィドネック島（ロード島）を購入し、夫のウィリアム・ハッチンソン、仲間のウィリアム・コディントン、ジョン・クラークらとともに現在のロードアイランド州ポーツマスに入植した。1636年に建設されたコネチカット植民地では、政教分離を主張してボストンの長老と衝突して追放された清教徒の牧師トマス・フッカーがハートフォードの町を建設した。コネチカットでは1639年にフッカーの思想を反映し、被統治者の同意を原則とする民主的な基本法が定められた。なお、コネチカット植民地はイングランド王政復古後の1662年に国王チャールズ2世から特許状を与えられ、ニューヘイブン植民地を併合して自治領植民地として発展した。ニューイングランドの清教徒植民地では、各タウンの中心部にミィーティングハウス（集会所）が設けられ、安息日ごとに集まっての礼拝が一般的であり、これを「タウンミーティング」と称したが、そこでは典礼を重視するカトリックや国教会とは対照的に、説教がきわめて重視された。カルヴァン派では説教によって聴衆を「真の宗教」へ導くことが目標とされたからであり、このことは植民地の文化形成にも大きく作用した。上述のウィンスロップやジョン・コットンは、優れた説教の語り手として知られている。しかし、タウン・システムの閉鎖性は上述したように宗教上・政治上の意見の対立を追放という形式での隔離によって正面衝突を回避する一方、急速に流入した多数の移住者を周辺の未定住地に集団的に押し流すものであり、他方では1637年のピクォート戦争において先住民ピクォート族が「サタンの手先」として「掃討」されたように、ある種の暴力性をはらむものでもあった。自らの信仰にとって理想の地を求めて移住した清教徒たちが他の教派に対しては非寛容な共同体を建設することも、少なくなかった。タウン・システムが直接民主制的であったことは事実であるが、それは権利というよりも義務的要素の強いものであった。ニューイングランドでは1689年以前にも103人もの女性（主に中年）が「魔女」として処刑されているが、1692年の「セイラム魔女裁判」はこのような非寛容性を示す典型例である。当時のマサチューセッツ州セイラム（現在のダンバース）は厳しい禁欲を強いる清教徒社会であり、そこでは1692年3月以降に裁判が継続的に開かれては200名近い住民が魔女として告発され、数人の男性を含む20名前後が処刑、1名が拷問中に圧死、5名が獄死している。この魔女狩りはちょうどマサチューセッツ湾植民地の王領化の時期と重なっており、それにともなう住民の不安と共鳴する現象であったとも指摘されている。
クエーカー（フレンド派）は、既存の教会や聖職者の権威を認めなかったところからイギリス本国で非国教徒として厳しい弾圧を受けた。また、その教義のうちに平信徒が「内なる光」を通じて神と交信して神の導きを受けるという教理を含んでいたため、清教徒（カルヴァン派）の厳格な教義とは相いれず、マサチューセッツでもニューアムステルダム（現在のニューヨーク）でも迫害を受けた。クエーカーのウィリアム・ペンは1681年に領主植民地であるペンシルヴェニア植民地を建設し、その憲章（ペンシルヴェニア憲章）では信教の自由が保障された。さらに、陪審員制の裁判や代議制政府の設立、本国イギリス並の市民的諸権利の保障などを約束した。非国教徒であるペンが国王チャールズ2世からペンシルヴェニア領主になることを認められたのには、いささか特殊な事情が絡んでいた。チャールズ2世がイングランド海軍の提督であったペンの父（ウィリアム）に多額の借金をしていたうえ、彼はチャールズ2世に忠実で王政復古に際しても大きな功績があったためである。ペン自身も国王とは個人的に親しく、ペンシルヴェニアの地も王弟ヨーク公ジェームズ（のちのジェームズ2世）より下賜された地であった（ヨーク公を領主とする植民地はニューヨーク植民地となった）。ウィリアム・ペンは、この植民地をクウェーカー派に限定せず、宗教的迫害に苦しむ人々を教派に関係なく受け入れる姿勢を示した。また、イギリス、オランダ、ラインラントの各地を訪れて植民者を募集したので、ペンシルヴェニアにはデラウェア川流域にいたオランダ人、スウェーデン人、フィンランド人が移住し、ヨーロッパからもイングランド、ウェールズ、アイルランドからのクエーカーに加えてドイツの敬虔派やフランスのユグノー、スイスの再洗礼派など、さまざまな信仰をもった多様な人々が集まり、ペンの掲げた宗教的寛容は事実として根付いた。先住民に対しても配慮し、植民者たちは先住民の土地所有権を尊重することが義務づけられており、彼らから土地を購入することなしには誰も定住できなかった。また、兵役を拒否するペンの勧めで、メリーランド、ヴァージニア、ノースカロライナなどの地域からタスカローラ族、ショーニー族、マイアミ族などネイティブ・アメリカンも移住した。植民地議会はやがて次第に自律的な力をもつようになり、総督や領主の権威を脅かした末にペン家のペンシルヴェニアにおける影響力を排除するに至ったが、「神の前の平等」の理念と共和主義は多くの人々を引きつけて商工業の発展をもたらし、その中心都市フィラデルフィアは独立前の13植民地における政治・経済の一大中心地として栄えた。
近代科学と近代哲学が興起して以来、啓蒙主義の思潮が全ヨーロッパ的に拡大していったが、啓蒙主義者たちは概して自身を、自身の教派や民族・言語上の差異や帰属国家を超えた存在、すなわちコスモポリタンであるとみなし、想像上の共同体である「文芸共和国（レピュブリック・デ・レトル）」の一員であると信じていた。その権威は現実の社会的身分よりも学問的貢献や識見の高さによって判断されたので、当時のメディアをよく利用して自身の見解や議論を活発に発信した。とくに17世紀後半から18世紀前半にかけてその役割を担ったのは、オランダ共和国を起点として全ヨーロッパに広がった通信・定期刊行物・書籍のネットワーク網であった。オランダが一大中心となったのは、上述のとおり宗教的多元性と宗教的寛容という条件が存在していたためであるが、1680年代のプロテスタント迫害がもたらした「ユグノー・ディアスポラ」の結果でもあった。18世紀中葉には、ヨーロッパの出版界はいっそう多極的となり、オランダの影響力は相対的に低下した。啓蒙主義の旺盛な知識探究の精神は、新大陸やアジアからもたらされた情報にも向けられ、ヨーロッパ諸都市を網の目のように結ぶサロンやクラブ、コーヒーハウス、アカデミー、ルナー協会をはじめとする公益協会、フリーメイソンの会所（ロッジ）などを介し、公共圏を拡大させていった。
科学における聖俗改革は、17世紀以降着実に進展していく。いわゆる「近代科学」は、ニコラウス・コペルニクスの地動説の提唱後、天文学分野におけるドイツのヨハネス・ケプラー、イタリアのガリレオ・ガリレイ、解剖学におけるイングランドのウイリアム・ハーヴェイ、アイルランド出身の化学者ロバート・ボイル、物理学分野におけるオランダのクリスティアーン・ホイヘンス、イギリスのアイザック・ニュートンらの研究によって成立した。実験と理論の両面におけるロバート・フックの貢献も大きく、こうした動きは「科学革命」と称される。ガリレイの宗教裁判でのエピソードは、しばしばキリスト教が科学の発展を阻害する元凶であるという文脈で語られることも多いが、これは必ずしも正確ではなく、17世紀における科学的発見や進歩はむしろキリスト教的な世界観・自然観から現れてきたものとみなせる。ケプラーの三法則の発見は神のもたらした調和的秩序を確信するところから生まれてきたものであったし、ニュートンの万有引力の発見もまた地上・天体の双方の運動を統合的にとらえる視点、宇宙を神の被造物ととらえる観点から生まれてきたのである。教義と学説の対立があったとしても、宗教そのものが否定されたわけではなく、宗教者と科学者が対立したわけではない。とはいえ、科学の進展にともなって17世紀から18世紀にかけては、科学史家村上陽一郎が指摘するところの「真理の聖俗革命」と称されるべき現象が進行する。すなわち、真理の相対化と知識の世俗化である。自然を神の本質の必然的な表現とみて自然の営みの必然性を追究し、それを神ならぬ人間が発見していくと、逆説的ではあるが自然から神の存在を棚上げすることにつながる。ルネ・デカルトらの合理主義哲学における「機械論的自然観」もキリスト教的な自然観に内在しており、そこからの必然的な帰結ともいえるのであった。そして、その場合の神とは聖書に記された神ではなく理神論的な神であった。
実験・観察の重視は哲学の刷新をもたらした。イングランドのフランシス・ベーコンは世俗的な知識を重視し、『ノヴム・オルガヌム』において「知識は力なり」と唱えてスコラ哲学において特徴的な演繹法とあらゆる偏見や先入観（「4つのイドラ」）を排し、自然に対する真摯な観測を出発点とする帰納法を方法論とする経験論哲学を創始したが、これは科学革命の進展と軌を一にする思想上の大転換であった。イングランドのトマス・ホッブズやジョン・ロック、アイルランドのジョージ・バークリー、スコットランドのデイヴィッド・ヒューム、フランスのエティエンヌ・ボノ・ドゥ・コンディヤックらは、経験論につらなる哲学者である。フランスのルネ・デカルトは、すべてのものをいったん疑い、疑いの余地のあるものはすべて排除するという「方法的懐疑」を哲学の革新の出発点に置き、「我思う、ゆえに我あり」という命題にたどり着いた。この命題はスコラ哲学などの「信仰」による真理の獲得ではなく、人間の持つ「自然の光（理性）」を用いて真理を探求していこうとするところから得られたもので、デカルトはこれを哲学の第一原理としたのであった。デカルトはアリストテレス的な目的論的自然観に対し、ニュートンによって切り開かれた力学的な自然観を代置し、すべての伝統と権威を否定したうえで人間理性のみを信頼すべきものとしたうえ、これを真理探究の究極的な手段であると唱えてヨーロッパ近代思想に多大な影響をおよぼした。オランダのバールーフ・デ・スピノザ、「モナド論」を唱えたドイツのゴットフリート・ライプニッツらは、デカルトにつらなる合理主義哲学（大陸合理論）の哲学者として知られる。「神の存在証明」を試みたデカルトは宗教的には理神論の立場に立っていたが、これに対してはブレーズ・パスカルからの批判がある。数学・自然科学の分野でも大きな足跡を残したパスカルは『パンセ』で「デカルトを赦すことはできない。彼はその哲学体系のなかで、できれば神なしですませたいと考えたはずだ」と述べており、カトリックの立場に立つ神学者でもあるうえで宗教的にはジャンセニスムの立場に立っていた。フランスにおいてミシェル・ド・モンテーニュやパスカルの思想的立場は、「モラリスト」と総称される。
近世ヨーロッパでは宗教改革によって教会の多元化が進行し、相次ぐ宗教戦争への反省のなかから寛容の思想が広がっていった。「国際法の父」と称されたフーゴー・グローティウスは人類最初の契約なるものの存在を想定し、その契約によって人間は自然状態を放棄したものとみなした。「自然権はまずもって人間のもつ社会性に由来し、たとえ神が存在しなくても自然権は価値を有している」と唱えるグローティウスの考えは、ヴェストファーレン条約調印に向けて大きな影響力をもった。清教徒革命期にフランスに亡命したイングランドのトマス・ホッブズは機械論的世界観の先駆的哲学者の一人であり、人工的国家論と社会契約説を唱えた。ホッブズによれば、人間は自然状態にあっては利己心と自己防衛の本能から「万人の万人に対する闘争」というべき戦争状態に陥り、そこにおける相互の恐怖心から免れるために人為的ではあるが制限されることのない権力を君主に与えた。主著『リヴァイアサン』に示されたこの思想は結果的に絶対主義を擁護することにつながったが、「人間の生存」はすべての義務に先行する自然権であると説いて王権神授説を明確に否定し、ロックやルソーにつらなる社会契約説の嚆矢として大きな意味をもっている。キリスト教の分裂とその結果として生じた多様な意見は、世俗権力と宗教権力の分裂に終止符を打ったのである。オランダのバールーフ・デ・スピノザは「思想の自由」を称賛し、自著『神学・政治論』において「宗教的信仰実践と敬虔さの外的形状は、平和と国家の有用性—に基づき定められる」と主張した。同書ではまた、聖書が歴史的に成立した文書である以上、その解釈も歴史的になされるべきであるという考えにもとづいて聖書解釈をおこない、近代聖書学の成立に道をひらいた。スピノザはユダヤ人共同体から追放されたが、無神論者の疑いをかけられながらも思索を続けられたのもオランダならではのことであった。ただし、『神学・政治論』は1670年に禁書処分にされ、主著『エチカ』も生前には出版されなかった。ドイツでは、ザミュエル・フォン・プーフェンドルフがグローティウスやホッブズの影響を受けた世俗的自然法論を唱えたが、プーフェンドルフは自然状態については完全な闘争状態ではなく家族結合のような社会関係を想定した。プーフェンドルフに影響を受けたクリスティアン・トマジウスは多数の著作を著してライプツィヒ大学では自然法をドイツ語で講じたため、後世クリスティアン・ヴォルフと並んで「ドイツ啓蒙主義の父」と称された。ライプツィヒを離れたトマジウスは、プロイセン公フリードリヒ（プロイセン王フリードリヒ1世）によって領内のハレに大学を設立するよう命じられた。こうして1694年に創設されたハレ大学は教派を越えた学問研究の中心となり、ドイツ啓蒙主義の拠点となった。ルター派のフィリップ・シュペーナーらは硬直化した教会を内部から刷新するドイツ敬虔主義の運動を開始していたが、シュペーナーは多くの敬虔主義者たちをハレ大学に集めたため、ここでは初期啓蒙哲学と敬虔主義の合流がみられた。敬虔主義（ピエティスム）とは特定の教理を遵守することではなく、個人の敬虔な内面的心情に信仰の本質をみるという立場であり、民衆教育や慈善活動にきわめて熱心に取り組んだ。
1631年にニューイングランドのマサチューセッツ湾植民地へ移住した牧師ロジャー・ウィリアムズは宗教的寛容の思想を説いたうえ、アメリカ最初期のバプテスト教会を創設した。マサチューセッツで迫害を受けてそこを逃れたウィリアムズは、1636年に現在のロードアイランド州プロビデンスにおいて同じ境遇の友人たちとともに新しい植民地の建設を構想したうえ、ユダヤ教徒も対象に含めた信教の自由を実現すべく1644年に本国政府から特許状を取得し、北米植民地で初の信仰の自由と政教分離を保障する自治領植民地であるロードアイランド植民地を成立させた。そこでは「公共の事項」における多数決原則と「良心の自由」を定めた憲法が制定されたほか、「分離の壁」という用語を用いて政教関係を説明し、ロードアイランドでは実際に聖職者に対して公的資金を投入することなく、安定したかたちで教会と政府の分離が実現している。ウィリアムズにとって国家は「本質的に市民的」なものである一方、教会は「信徒たちの結社であり、医師会や同業者組合と同じ性質」のものだとしており、のちに同様の見解を示したジョン・ロックにとっても信教の自由は、異教徒であるネイティブ・アメリカンやユダヤ人、あるいは無神論者をも含むすべての人のものだったのである。万人に有効な市民法は宗教的規範からは明確に区別されるべきだというロックの政教分離思想は多文化主義的な風土において実験的に試みられ、後世にはトマス・ジェファーソンらに引き継がれて改良されることとなった。
ジョン・ロックは1686年から1689年にかけ、亡命先のオランダで『寛容についての書簡』を書いた（公表は1689年）。ロックは1683年の冬、アムステルダムでレモンストラント派の知識人フィリップ・ファン・リンボルヒュと出会い、意気投合した。同書簡は、ロックとファン・リンボルヒュの友情と意見交換の末に生まれたものである。ロックはそこで聖書にかかわる議論と政治哲学的な考察とを関連づけながら、「市民政府にかかわるものと宗教に属するもの」を分けることの必要性、すなわち政教分離の思想を示し、「前者と後者の権利を分ける正確な境界線」を示すことが不可欠であると主張した。ロックによれば国家は「市民の利益の確立、維持、促進のためにのみ樹立される人間の社会」なのであり、それゆえ法が人々の財産と健康を保持しようとするならばそれを回避してはならず、人々が健康で豊かになろうという意志を有するならばそれを妨げることはできないとしており、これについて国家は人民に必要な措置を外的に講じなくてはならない。「内面的信念」に支配されるところの宗教領域は、こうした外的措置の原動力にはならないし、その能力も持たないとロックは指摘する。ロックにあっては宗教はすでに個人の問題と考えられており、教会の多元性はすでに前提条件として想定されているのである。また、ロックは教会を出入り可能な結社としてみており、ムスリムやユダヤ教徒もその信仰する宗教を理由に国家から排除されてはならないとした。ロックは、同時期にオランダに亡命していたピエール・ベール（詳細は後述）ら亡命ユグノー知識人と親交を結んだが、ナントの勅令廃止の衝撃から国家と教会の完全な分離と教会はその構成員の自発的な集まりであるべきだと考えた。ロックは新女王とともにイングランドに帰国するまで、オランダの地で『統治二論』『人間悟性論』『教育に関する考察』などを執筆しており、『統治二論』では名誉革命を支持してロバート・フィルマーの王権神授説を批判し、ホッブズ同様社会契約説を軸として国家論を展開したうえ、そのなかで抵抗権も唱えてアメリカ独立戦争やフランス革命に影響を与えた。一方、ロックはベールやロジャー・ウィリアムズとは違って無神論を認めようとせず、1695年に『キリスト教の合理性』を著し、思考する者は同時に信仰する者でもあるというところから論を起こした。ロックによれば、全知全能の神の存在やその神に従い、崇敬する義務があるといった宗教における中心教義は、理性や経験に照らしてこれらに合致しているのであり、そうした前提に立てばキリスト教徒であることは合理的な責務である。しかし、合理的なキリスト教徒は伝統的な信仰に関して理性ゆえにためらいをおぼえる部分まで受容すべき理由はないのであり、最小限度にそぎ落とされた有識者が安心して信用できる範囲の「合理的な宗教」を理性をもって信仰すべきであるとした。
上述したように、フランスでは「太陽王」ルイ14世がガリカニスムにもとづいて1685年にナント勅令を廃棄してプロテスタント信仰を禁ずると、50万人ともいわれるカルヴァン派（ユグノー）が国外へ逃れ、そこでは宗教的寛容や信教の自由をめぐる議論が活発化した。オランダのロッテルダムに亡命したカルヴァン派のピエール・ベールはフォンテーヌブロー勅令の直後、『〈強いて入らしめよ〉というイエス・キリストの御言葉に関する哲学的注解』を刊行し、「迷える良心」は人間の自由の表現であるとして、信仰の強制や宗教的迫害を正当化するガリカニスムを批判した。しかし、ベールはカトリック教徒を装って偽名で小冊子『亡命者への忠告』を発表し、年来の同僚であり論争相手でもある王権打倒を唱えるプロテスタント強硬派のピエール・ジュリューを批判している。ベールは、ジュリューの千年王国説的な予言は当たらなかったうえ、無政府状態や共和主義は深刻な災いをもたらすと批判し、ユグノーは自分たちのために寛容を要求するが、カトリックに対して信仰の自由を認めないのかと疑問を発し、改革派への反省を促した。ベールは、自らの肉親もフランス国内で迫害されている現実を見すえながら、迷信の打破に努めて宗教と道徳の分離を図った。ベールの代表的著作『歴史的批評的辞典 』（1697年）では、歴史、道徳、科学、神学にかかわる無数の問題に対する疑念やジレンマが強調され、従来の権威にゆさぶりをかけている。懐疑主義をものごとを考察する基本とした『歴史的批評的辞典』は、ベールの死後も次々と版を重ねて18世紀前半までに9版まで刊行された。特にフランスでは新思想を求める読者に競うように読まれ、英語やドイツ語による全訳版も出版されて影響は全ヨーロッパにおよび、18世紀の啓蒙思想に多大な影響を与えた。この書を「啓蒙思想の宝庫」と評したヴォルテールは宗教におけるあらゆる束縛を拒否する革新的な思想家であり、無神論もまた社会的紐帯の妨げにならないとする普遍的寛容を主張したのである。
ヴォルテールは3年間のイギリス亡命生活を経て『哲学書簡』（1734年）を著し、そのなかでロンドン証券取引所において国教会の信者も非国教徒やカトリック教徒も、ユダヤ人やムスリムにいたるまで対等の立場で取引している光景を描いたほか、議会主権のイギリスではさまざまな党派が平穏に活動して理神論者も存在が許されているとして自国と比較してのイギリスの国制、市民的自由、信教の自由を称え、ジョン・ロックが果たした思想的役割を高く評価した。経済活動の自由は信仰の自由とともに歩むものであり、これによって初めて平和と繁栄が実現されるとヴォルテールは主張した一方、彼は自身の著作『ルイ14世の世紀』（1751年）のなかで人類の「4つの幸福な時代」として、ペリクレスとプラトンに代表される古代ギリシア、キケロとユリウス・カエサルに代表される古代ローマ、メディチ家のルネサンス時代、そしてフランスのルイ14世の時代を挙げている。これらと対照的なのが「信仰の時代」であり、これを悲惨で遅れた暗黒時代とみなした。ヴォルテールもロック同様に寛容を説き、少なくとも当初は無神論にも反対した。ヴォルテールは宗教がなぜ必要なのかについて、「法は表に現れた犯罪に目を光らせ、宗教は隠れた犯罪に目を光らせるから」と述べている。ただし、ヴォルテールがよりどころにしたのは、自身の歴史哲学であり、「かつてはおそらく必要であった」不寛容な勅令がもはや必要ではなくなっているとみなした。というのも、いまや「理性」が社会の前面に現れ、人々を「啓蒙」しているからである。あるいはまた、ヴォルテールはヨーロッパの歴史を一種の例外とみる歴史観を持ち合わせており、彼によれば「ギリシア人、ローマ人、ユダヤ人、中国人、日本人」などはみずから寛容であることを示してきたのであり、不寛容さはむしろキリスト教、とりわけ教皇権至上主義者やイエズス会士、下層民などのカトリック信仰とともにあると考えた。ヴォルテールが世界最高の文明は中国だと断言したのに対し、ヨーロッパ諸国歴訪の体験と読書による知識によって法制度と風土、経済、宗教、習俗との関係を明らかにした法社会学の祖シャルル・ド・モンテスキューは、1748年に有名な『法の精神』を著しており、そのなかで中国についても論じているが、中国にはおびただしい貧困が蔓延しており、人々は専制体制下にあると記している。専制支配に反対する点では他のフィロゾーフたちと同じであったが、モンテスキューは貴族、聖職者、高等法院、都市など特権をもつ中間の社団組織を活性化させることによって国王権力の濫用を抑止し、個人の自由の確保を主張した。同著は、立法権、行政権、司法権のいわゆる「三権分立」の理論を提唱したことで知られ、これはとくにアメリカ合衆国の成立とその国制に大きな影響を与えた。1761年、宗教対立の続いていたトゥールーズにおいて、新教徒のジャン・カラスがカトリックに改宗した息子を殺害した疑いで死刑判決を受けるカラス事件が発生した。1763年、69歳となっていたヴォルテールは『寛容論』を著すなど精力的に再審運動を展開している。世人の関心を喚起する目的で3年間に書いた手紙の数は約500通におよび、そのうちの何通かは国王の側近にも達した。『寛容論』では狂信や偏見が人類に与えてきた害を告発し、イギリスにおいてカトリックが享受している寛容さに着想を得て、フランスのプロテスタントに対しても「理性の精神」に信頼して寛容を発揮しようと働きかけた。1765年、国王諮問会議は判決無効を宣告し、カラスは無罪になったとともに名誉回復がなされた。ヴォルテールの説く寛容はロックの唱えた政教分離の理論化ではなく、反教権主義とガリカニスムの方向性を有しており、イエズス会の廃止という主張をともなっていた。当初、ヴォルテールはローマ教皇とイエズス会と司祭に敵愾心を燃やし、イングランドの平和的なクエーカー教徒（フレンド派）を称賛していたが、やがてキリスト教全般に攻撃を加えるようになった。
啓蒙主義は、「啓蒙の時代」と対置するところの「暗黒の時代」をゴシック的な事物や聖職者の狂信的姿勢とに結びつけ、これを批判した。フィロゾーフ（哲学者）を自称していた啓蒙主義哲学の人々は理性を武器としたが、必ずしも理性がすべてであると信じるような合理主義者ではなかったし、かといって感情・信仰・直観・権威などを前にして判断を停止してしまうような非合理主義者でもなかった。啓蒙主義哲学の人々は何よりも「批判者」であったし、彼らがもっとも心に期したのは真の「人間科学」を追究することであった。思想運動としての啓蒙主義が批判したのは、17世紀に強化されたキリスト教信仰と王権神授説にもとづく専制政治であり、権威への盲従や無批判な伝統墨守、迷信や無知、不寛容なども批判の対象とした。フィロゾーフのなかでドゥニ・ディドロとジャン・ル・ロン・ダランベールの2人は、1751年から1772年まで『百科全書』の監修と編纂にたずさわった。『百科全書』は啓蒙思想の精神をもっとも広く普及させた書物であり、項目の執筆者としては監修者自身を含めて150人以上の人々がこれに参加した。執筆に参加したフィロゾーフは「百科全書派」と呼ばれている。『百科全書』は、婉曲な形式ではあるがキリスト教と教会を批判して寛容を唱え、フランス産業振興のために経済活動の自由を訴えるなど、啓蒙主義の主な主張が盛り込まれている。当初、ディドロは理神論の立場にあったが、壮年期には神の存在を全面的に否定する徹底した無神論の立場に立ち、その著作のために監獄生活を送った経験をもつ思想家である。ディドロは唯物論の先駆的存在で、政治的にはヴォルテール同様に啓蒙専制主義の支持者であった。ダランベールは『百科全書』の「序文」において、新しい時代にはその必要にふさわしい新しい思考方法が必要であると説き、学芸の復活、理念の再生、理性と「良き趣味」への回帰を読者に呼びかけた。フィロゾーフたちは、古代の再発見によってこれから新たなる黄金時代が訪れるものと確信していたのである。ただし、ダランベール自身は途中で監修から手を引き、その後はディドロのみが監修にたずさわった。ドイツ出身のポール＝アンリ・ティリ・ドルバックも百科全書派における無神論者として知られ、宗教的な圧政から人類を解放することを目指した。ドルバックによれば、宗教とは「科学の幼稚な先行者」にすぎず、未開の精神の持ち主こそが霊魂と天使、悪魔と魔女などの幻想を信じるのであり、円熟した理性はそうしたものは一切存在しないと唱えた。存在するものすべてが自然であり、その自然も科学法則によって規則正しく運動する物体の物質的な体系だと、ドルバックは主張した。『精神論』を著したクロード＝アドリアン・エルヴェシウスも無神論者であり、同書は反カトリック的であるとしてパリ大司教ボーモンから弾劾を受けた。このように、フィロゾーフには確かに無神論者もいたが、そのほとんどはキリスト教徒でもなく無神論者でもない「理神論」の立場に立っており、その多くは世俗化された絶対王政を支持して現実の社会秩序と政治秩序を認めたうえでの改革主義者であった。百科全書派のなかでも過激な立場にあった数学者のニコラ・ド・コンドルセは、自分たちフィロゾーフが「真理の発見ではなく、真理を広める」ことに関心をいだく集団だと述べている。ここにおいて宗教から解放された真理の存在が主張され、それを普及させて人々を解放することが目標とされる。ここで、宗教を社会から排除しようとする戦闘的な世俗主義が出現したのである。