2013年は、開幕を二軍で迎えるも、4月27日一軍昇格。QVCマリンフィールドで行われた同日の対ロッテ戦に7番一塁手で出場した第1打席で、横浜DeNA時代に17打数7安打、打率.412と得意にしていた成瀬善久から移籍後初となるソロ本塁打を放った。5月3日の対西武戦では同点で迎えた8回に大石達也からレフトスタンドへ勝ち越しのソロ本塁打を放ち、これが移籍後本拠地福岡 ヤフオク!ドーム初の本塁打となり、流れを再びチームに引き寄せた。なお、9回に抑えとして登場した岩嵜翔が同点に追いつかれたため決勝打とはならなかった。5月5日から6試合連続安打するなど打率.283、4本塁打と好調が続いていたが、交流戦に入ると37打数5安打、打率.135と結果を残せず、リーグ戦に戻っても無安打が続き7月12日に二軍降格となりそのままシーズンを終えた。10月6日の東京ヤクルトとのファーム日本選手権で5番右翼手として先発出場し、初回二死一二塁の場面で中澤雅人からレフトへ先制タイムリーヒットを放つと、一三塁からのダブルスチールにより明石健志が生還し、2点目に貢献した。残りの3打席は凡退したが、同大会の優秀選手賞の1人に選ばれた。秋季キャンプでは出場機会を増やすため、プロ1年目以来の三塁手の本格的な守備練習を行った。2014年は、開幕は二軍で迎え、ほぼ三塁手としてウエスタン・リーグに出場。5月28日に昇格すると同日古巣の横浜DeNAベイスターズ戦に7番一塁手で先発出場し、3回一死満塁で尚成からセンターへ犠牲フライを放ち、これが移籍後初の古巣からの打点となった。8回には国吉佑樹から詰まりながらもレフトにヒットを放ち、これが移籍後初の古巣からの安打となった。5月29日の同カード第2戦(横浜スタジアム)では8回2点ビハインド2死一塁の場面で8番鶴岡慎也の代打として出場し、フルカウントからホルヘ・ソーサが真ん中に投げたスライダーをレフトスタンドへ運び、これがシーズン1号同点ツーランホームラン、移籍後初の代打本塁打、移籍後初の古巣からの本塁打となった。これにより2013年6月5日の相川亮二に次いで史上28人目の全球団から本塁打を達成。この記録と「全打順での本塁打」を達成した選手は吉村が日本プロ野球史上初となった。シーズン序盤は主に代打で出場し、交流戦の6月19日から一塁手で出場し始め、7月3日に松田宣浩が右手指の骨折で離脱すると同日の対ロッテ戦から15試合連続三塁手で先発出場し、松田が戻るまで49打数18安打、打率.367と穴を埋めた。7月5日に福岡ヤフオク!ドームで行われた対東北楽天ゴールデンイーグルス戦では4打数4安打を記録した。7月9日の対オリックス戦で2回に二塁打で出塁し、二死二塁から東明大貴の暴投で三塁へ進む途中に右ふくらはぎを負傷し、同日福岡市内の病院で検査の結果肉離れと診断され、7月10日に出場選手登録を抹消された。8月14日に一軍に復帰すると、8月末に内川が首を痛め、9月3日に長谷川勇也が足の靱帯を部分断裂した間は4試合右翼手で出場した。内川が復帰した9月9日以降はシーズン終了までほぼスタメン一塁手として出場した。9月3日に首位で迎えたオリックスとの首位攻防戦では、6回同点二死満塁から細川亨の代打として出場し、金子千尋の高めの直球をセンターへ弾き返す勝ち越し2点タイムリーツーベースを放った。さらに4点リードで迎えた8回無死一塁に海田智行から駄目押しとなるツーランホームランをレフトに放った。9月4日の同カードでは6番右翼手で起用されると、0対0同点の4回二死一二塁から西勇輝のカットボールをライトへ運び、連日の決勝打となる先制のタイムリーヒットを放ち、2位のオリックスを突き放した。9月16日のオリックスとの首位攻防戦では7番一塁手として先発出場し、2回同点二死二塁から西の直球をセンター前先制タイムリーとし、決勝打となった。同カードの9月18日も先発出場し、2点ビハインドの3回に先頭打者で松葉貴大の直球をセンターバックスクリーンに運ぶソロ本塁打を放った。10月2日、両チームの優勝がかかったオリックスとのシーズン最終戦でも7番一塁手として先発出場し、2回一死一塁にブランドン・ディクソンからライトへ二塁打を放ち、直後の細川の先制犠牲フライを呼んだ。ペナントレースの代打成績はパシフィック・リーグ最多の9安打、同じく最多の10打点、21度の起用18打数で代打率.500、出塁率.524と抜群の成績を残した。日本ハムと対戦したクライマックスシリーズファイナルステージでは、全6試合でスタメン出場し、10月15日第1戦では3回に先頭で浦野博司からライトにヒットを放ち柳田悠岐の先制二塁打で生還すると、9回1点ビハインド一死二三塁の場面では増井浩俊の落ち切れなかったフォークボールを仕留め、前進していたセンター陽岱鋼の頭上を越える逆転サヨナラ二塁打を放った。自身のポストシーズン初、移籍後初の福岡 ヤフオク!ドームでのサヨナラ打となった。10月18日第4戦では2回同点一死三塁の場面で木佐貫洋のフォークボールをレフト前へ勝ち越しとなるタイムリーを放つと、これが決勝打となった。10月19日第5戦では2回無死満塁の場面で大谷翔平の直球をレフトへ打ち2点先制となる二塁打を放ったが、8回に五十嵐亮太が同点に追いつかれたため決勝打とはならなかった。10月20日の第6戦では4回1点リード二死一三塁で鍵谷陽平からライトにタイムリーを放つなど、チーム最多となる6打点の活躍で日本シリーズ進出に貢献し、クライマックスシリーズMVPを獲得した。日本シリーズは5戦全てに出場。第1戦、第2戦は代打で結果が出なかったが、10月28日の第3戦で7番指名打者として先発出場すると、2回に藤浪晋太郎から四球を選び先頭で出塁し、今宮健太の犠打で進塁、続く細川への7球目が暴投となり、ファウルゾーンを転がる間に二塁から一気に生還した。日本シリーズでの暴投による二塁走者からの一気生還は1999年の日本シリーズの川上憲伸から得点した浜名千広以来15年ぶりとなった。6回にも藤浪から先頭打者安打で出塁すると、二死満塁となった場面で安藤優也が内川を三塁前への打球で詰まらせたが、西岡剛の判断ミスによるフィルダースチョイスが発生し、三塁から生還した。12打数2安打で打率.167だったが以上の2得点が勝利へつながりチームの勝利に貢献した。10月30日、第5戦では同点の3回にランディ・メッセンジャーからショートへの内野安打でヘッドスライディングした際に左手を負傷したことにより、日米野球2014において、11月10日に開催される野球日本代表との強化試合に北海道日本ハム・福岡ソフトバンク連合側で選出されていたが、辞退した。突き指と発表していたが、オフの12月10日のV旅行中に左指を骨折していた事を明かした。2015年は、シーズン開幕を一軍で迎え、4月1日の対オリックス戦で代打で初出場。4月26日の対西武戦で初本塁打を記録する。16試合の出場で打率.182と低迷していたが、5月3日の対オリックス戦で9回表2死二、三塁の状況から、決勝打となる2点適時三塁打を放ち、この日2安打2打点の活躍で打率も.231に戻す。翌4日の対ロッテ戦で2号ソロ本塁打を記録するなど復調の兆しをみせたが、再び下降線を辿り、一時打率を.167まで下げる。その状況下でも6月19日の日本ハムとの首位攻防戦では、同点の9回裏無死一、三塁で代打起用され、右中間に適時打を放ち、サヨナラ勝利を飾る。8月11日に福岡ヤフオク!ドームで行われた対オリックス戦において、9回裏に右翼フェンス直撃の三塁打を放つが、その際福岡銀行の広告看板を直撃。この広告にダイレクトで打球を当てた場合、「ふくぎん賞」として100万円が福岡銀行から贈呈されることとなっており、過去には柴原洋など4人が受賞しており、史上5人目の受賞。ホームランテラス設置後は初となった。8月30日の首位攻防戦、対日本ハム戦では、2点ビハインドの7回1死二、三塁のチャンスで代打起用され、レフト前に2点適時打を放つなど、73試合に出場し打率.213と不振だったが、代打起用での活躍をみせるなど、チームのリーグ優勝二連覇に貢献した。シーズン中の5月14日に国内FAの権利を取得したが、シーズンオフの11月9日、権利を行使しない旨を表明した。12月16日、契約更改交渉に臨み、500万円アップの年俸5,000万円プラス出来高（金額は推定）の2年契約でサインした。2016年は、前年同様開幕を一軍で迎え、3月26日の対楽天戦で代打で初出場するが、4月15日まで9試合ノーヒットが続く。4月17日の楽天戦において、4-7で迎えた9回裏・2死1、2塁の場面で代打で登場し、松井裕樹から右翼席に起死回生の同点3ランを放つ。次の打席は、12回裏無死1塁で迎え、戸村健次が投げた高めのボールを左翼席に飛ばし、2打席連続となるサヨナラ2ランを放ち、チームの勝利に大きく貢献した。この活躍により、5月11日、最も印象深いサヨナラ打を放った選手を表彰する3・4月度の「スカパー! ドラマティック・サヨナラ賞」を受賞する。しかしその後も打撃は不振で、6月14日のセ・パ交流戦、対ヤクルト戦では、自身の誕生日に4号ソロ本塁打を放つが、6月は打率1割台を記録する。7月は7月13日の対ロッテ戦での2点適時二塁打、7月29日の対日本ハム戦では、有原航平の29イニング連続無失点を破るレフト前適時打を放つなど、復調をみせた。8月14日の対ロッテ戦では、ソフトバンクに移籍して初めて4番でスタメン出場を果たすが4打数無安打で、また2点リードの9回裏2死一、二塁の場面で福浦和也の平凡な一塁へのゴロをファンブルし、チームの逆転負けとなる原因を作る。8月19日の首位攻防戦、対日本ハム戦では、約2ヵ月振りとなる5号2ラン本塁打を放つ。シーズンオフの12月1日には、「スカパー! ドラマティック・サヨナラ賞」の年間大賞を鈴木誠也ともに受賞するなど、今シーズンは印象的な活躍もあり、78試合の出場で5本塁打と前年を上回ったが、打率は.209と低迷した。12月7日、福岡ヤフオク!ドーム内の球団事務所で契約交渉に臨み、2年契約の最終年となる来シーズンは現状維持の年俸5,000万円（金額は推定）で更改した。2017年、激しい外野手のポジション争いの中、オープン戦で本塁打を放ちアピールするが、3年振りに開幕一軍入りを逃す。4月18日に一軍昇格し、同日の対ロッテ戦で代打で初出場。4月22日の対楽天戦でシーズン初安打を記録するが、3試合の出場のみで一軍登録抹消となる。その後はアルフレド・デスパイネの加入や若手の上林誠知の台頭もあり一軍昇格の機会に恵まれず、ようやくチームのリーグ優勝が決まった後の9月26日に約5ヶ月振りに一軍昇格を果たす。同日に行われた対ロッテ戦でスタメン出場し、5回裏にシーズン初本塁打となる2ラン本塁打を放ち、また10月6日の対オリックス戦では、延長12回裏、無死ランナー無しの場面で、代打で2号ソロ本塁打を放ち、サヨナラ勝ちを決めた。激しい外野手のポジション争いにより、僅か8試合の出場にとどまった。日本シリーズでは、10月28日の第1戦、10月31日の第3戦に代打で起用されたがいずれもノーヒットだった。シーズンオフの12月6日、福岡ヤフオク!ドーム内の球団事務所で契約更改交渉に臨み、20％ダウンとなる1,000万円減の年俸4,000万円（金額は推定）でサインした。2018年は一軍での出場がないまま、10月4日に戦力外通告を受けた。