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蒋経国と台湾省主席の呉国楨との関係は悪化していった。もともと蒋経国と呉国楨は、国共内戦時に蒋経国が上海で経済統制を行った際に対立したといういきさつがあり、経済統制の失敗の一因は上海市長であった呉が足を引っ張ったことにあると考え、蒋経国は根に持っていた。しかし国共内戦に敗北して台湾に逃れた蒋介石は、アメリカ受けがよい呉国楨を重用してアメリカの歓心を得ようとし、台湾省主席に任命した。呉は台湾省主席として特務の元締めである蒋経国による政治的要求、そして特務の横暴に激しく反発した。蒋経国との関係が決定的に悪化する中、呉国楨は交通事故に見せかけて暗殺されそうになったとされる。結局呉国楨は1953年1月、病気を理由に蒋介石に辞表を提出した。蒋介石は型通り慰留するが結局は辞表が受理され、呉は5月にはアメリカに渡った。なお、呉国楨の出国を蒋経国は阻止しようと試みたが、蒋介石夫人の宋美齢の協力によって出国が可能になったと考えられている。呉国楨は後にアメリカで蒋介石政権の独裁性や政治のやり方が完全にソ連のコピーであることを主張するなど、激しい政府批判を展開した。このいきさつから蒋経国と宋美齢との間の溝が深まったと伝えられている。また呉国楨とともにアメリカ受けがよい人材として陸軍総司令に登用された孫立人もパージされた。そもそも国民政府軍内部には蒋介石はともかく、軍歴も浅く実戦経験もない蒋経国が軍内の人事を壟断し、政治工作系統を掌握して軍をコントロールすることに対する反発があった。陳誠も蒋経国が指導する軍の政治工作系統に対する不満を隠さなかったが、軍内で最も強く反発したのが孫立人であった。文字通りソ連形式のコピーである国民政府軍の政治工作系統を、アメリカ受けがよい軍人である孫立人が受け入れるのは困難であった。実際国民政府軍の政治工作系統は、アメリカの軍事顧問団ともしばしば摩擦を引き起こしていた。アメリカにとってみれば軍事援助対象の中華民国国軍内に、ソ連制度のコピーである党が軍を統制する政治工作系統が存在していることを問題視するのは当然であった。しかし結局アメリカ側は蒋介石、蒋経国父子の強固な存続意志を曲げることが出来ず、政治工作系統の存続を受け入れていく。結局孫立人は主管官任期制度によって1954年6月、二期四年で陸軍総司令を降ろされ、総統府参軍長という閑職に追いやられた。そして翌1955年6月には、陸軍総司令時代の部下が反乱を企図し、更にその部下が共産党スパイであったにもかかわらず摘発を怠ったとして逮捕された。この事件は冤罪であったと見られており、その後孫立人は長年軟禁生活を余儀なくされ、蒋経国が死去後の1988年、ようやく軟禁から解放された。実際問題として台湾撤退前後の緊迫した情勢下で、アメリカ受けがよい人材として抜擢した呉国楨、孫立人は、朝鮮戦争後にアメリカからの援助が再開され、領袖蒋介石による独裁体制が確立された後は、蒋介石、蒋経国にとって用済みの人材であった。蒋経国にとって呉国楨、孫立人を上回るライバルは陳誠であった。蒋介石、蒋経国による陳誠の権力抑制は、まず国民政府、国民党、国民政府軍の台湾撤退を一手に取り仕切っていた陳誠に換えて呉国楨を台湾省主席に任命した頃から見られるようになった。そして黄埔系の代表的軍人である陳誠の権力を抑制するため、軍内の影響力低下が図られた。まず陳誠系の軍部隊は軍の整編によって1950年代半ばまでに無くなってしまい、それに伴い陳誠の軍内での影響力も消失していった。そして陳誠系の軍人も、例えば陳誠直系の軍人で古寧頭戦役での輝かしい戦歴を有し、その後も最前線の金門防衛指令を二期勤めた胡璉が、日本人軍事顧問団である白団による幹部講習を受講している間に、配下の師団長を全員違う系統の軍人に交代させられ、更には軍内の出世を抑制されて陸軍総司令になることなく退役となるなど、抑圧を受けた。また蒋経国にとって潜在的なライバルとなり得るのが弟の蒋緯国であった。蒋経国は自らが率いる政治工作系統を利用し、蒋緯国をも牽制して軍内での昇進を遅らせることに成功した。このように蒋経国は特務、軍内の政治工作系統を活用して政治的ライバルを排除、抑圧していった。しかし一方では呉国楨はアメリカに渡り、孫立人は軟禁され、陳誠、蒋緯国は抑圧を受けたものの、政敵を大規模に粛清するといった共産圏国家で発生したような事態は起こらなかった。これは蒋介石、蒋経国が党、政、軍を掌握しているという自信があったとともに、やはりアメリカの大規模な援助の下で大規模な粛清を行うのは無理であるという事情が大きかった。
国共内戦の結果台湾にやってきた蒋介石を頂点とする国民政府は、中国の正統政権を主張する「中華民国」であった。しかしその支配地域は台湾がそのほとんどを占めており、しかも蒋介石とともに台湾に渡ってきた外省人は台湾内部では少数派であった。蒋介石らはあくまで台湾は仮住まいであり、いつの日にか中国大陸の支配権を共産党から取り戻し、大陸に戻っていくつもりであったから、台湾における支配体系は大陸へ復帰する日を見据えて蒋介石とともに大陸から渡ってきた人たち、いわゆる外省人中心に構成されることに疑問を持たなかった。外省人たちは日中戦争、国共内戦を蒋介石を頂点としてともに戦ってきたという一体感のようなものを共有していた。しかも人口では明らかに少数派である台湾で生きていくためになおさら蒋介石を筆頭とする支配体制に従順にならざるを得なかった。つまり言い方を変えると台湾における領袖蒋介石は、国共内戦の結果台湾にやってきた外省人集団全体の大家長ともいうべき存在であった。実際にはほぼ台湾しか支配していないにもかかわらず、中国正統政権を標榜する中華民国の体制はいびつなものにならざるを得なかった。まず国会は1948年に選出された議員が改選されること無く職権を行使し続ける「万年国会」であり、中華民国が実在するところの台湾の民意を代表するものではなかった。国民党内部、国民政府でも外省人が圧倒的な力を有していた。台湾在住の本省人たちは国政への影響力をおおむね封じられていたが、地方選挙による地方政治には関与することが可能であった。地方選挙の洗礼を受けながらその地位を上昇させていった地方派は、当初中央の外省人エリートに従属していた。また中国大陸時代に可決された、中華民国憲法を事実上骨抜きとする動員戡乱時期臨時条款は台湾に国民政府が移転した後も有効とされ、憲法上二期までとされていた総統任期も臨時条款の増訂という形で撤廃され、蒋介石は終身総統を務めることになった。このような中華民国の支配体制は、国共内戦の結果台湾にやってきた外省人集団全体の大家長である蒋介石が、党、国、軍に圧倒的な権威を持って君臨する、ストロングマン支配体制ともいうべきものであった。この体制を支えたのがアメリカの存在であった。東西冷戦の中、アメリカをリーダーとする自由主義陣営に中華民国は組み込まれ、アメリカの支持によって現地の社会から一種浮き上がった存在であった国民政府は、国家として国際的な正統性も担保することができた。そしてアメリカからの援助によって台湾経済は飛躍的に発展し、台湾社会はアメリカの強い影響を受けるようになった。更に台湾社会のあり方に不満を持ち、政治的に抑圧された人々にとってはアメリカが避難場所にもなった。
台湾の情勢が安定し、共産党の地下組織も壊滅していく中、蒋経国は特務による強権支配を徐々に軌道修正し始める。まず1954年末には密告対象者の財産を密告者に分配する規定は撤廃され、また1950年代半ば以降、スパイ容疑で逮捕されても一応弁護士が付き、起訴状、判決書が交付され、そして上訴も認められるようになった。これは共産党組織の壊滅と台湾社会の安定に蒋経国が自信を持ったことと、更には共産党組織の脅威が無くなった中で冤罪が多発する状況を放置し続ければ、逆に社会の不安定要素を増すことになると判断したためと考えられる。1955年4月には総統府機要室資料組は廃止され、総統府に設けられた国防会議傘下に国家安全局が設置された。蒋経国は国防会議副秘書長となり、国家安全局を直接指揮監督した。これは蒋経国が自らの権限強化と特務組織の整理を図るとともに、特務組織の持つダーティなイメージの緩和を図ったものと考えられている。つまり特務組織に「国家安全局」というアメリカの国家安全保障会議と類似の名を冠することによって、国家安全保障問題を管轄する情報機関であるというイメージを与えることに成功した。また蒋経国は1960年代に入ると軍内の政治工作系統の権限抑圧を図るようになっていった。これは軍内で影響力を持ちすぎた政治工作系統がかえって自らの邪魔になると判断したものと考えられる。国民政府軍のような力がある組織内で、突出した権限を持つ集団の存在は脅威となりかねず、蒋経国は政治工作系統の人事権を軍令系統に戻すように促し続けることになる。
1950年代前半、台湾、澎湖諸島以外に中華民国支配下には金門島、馬祖島、そして台州列島があった。台州列島は中でも最も北寄りの浙江省にあった。1954年5月頃から人民解放軍は台州列島に対する圧迫を強めていった。10月からは人民解放軍の攻勢は激しくなり、翌1955年1月に入り、海が荒れる時期となって台湾と台州列島との連絡が途絶えがちとなったのを見計らい、人民解放軍の攻勢は更に激しさを増した。アメリカは台州列島の放棄を蒋介石に進言した。最初蒋介石はアメリカの提案をはねつけたが、台湾から遠くて補給が困難である上に、更に防御が脆弱である台州列島の維持は困難であり、やむなく蒋介石はアメリカの提案を受け入れることにした。ここに大陳島撤退作戦が開始された。大陳島撤退作戦に際し、蒋経国が視察のために大陳島にやってきた。蒋経国の来島目的は士気の鼓舞、それから島民の民心の安定を図ることであった。総統の息子が島に来てくれたのだから、いくらなんでも蒋介石は息子のことは見殺しにしないだろうと、パニック状態に陥っていた住民たちにとって蒋経国の来島は大きな安堵感を与えた。結局蒋経国は島民、軍人たちとともに撤退完了まで在島することになった。そしてアメリカ第七艦隊と中華民国海軍が大挙して大陳島に現れ、1955年2月10日には大陳島撤退作戦は無事完了した。蒋経国が島民、軍人たちとともに大陳島撤退作戦に従事していた最中、台北では宋美齢の肝煎りで台湾初のファッションショーが行われた。総統夫人の宋美齢が支援していることもあり、ファッションショーにはアメリカを始めとする各国大使や大使夫人らが参加し、主にアメリカのドレスを紹介した。しかし中共の攻勢下で台州列島の住民が故郷を捨てねばならず、軍がその撤退作戦に尽力している最中にファッションショーを行うことに猛抗議をした軍人がいた。抗議をした軍人は蒋経国系の人物で、蒋経国が裏で糸を引いていたと見られている。この事件を通じて蒋経国と宋美齢との対立関係は改めて明らかになった。台州列島の「解放」に成功した人民解放軍は、更なる軍事行動に打って出た。1958年に入ると中華人民共和国の国内情勢の変化もあって、金門、馬祖に対する軍事的圧力を強化していき、特に金門島対岸の砲兵陣地が増強されていく状況が観察された。このような情勢下、蒋介石と蒋経国は金門島に督戦に出かけるが、蒋経国が台北に戻った直後の1958年8月23日、人民解放軍は金門島に猛烈な砲撃を開始する。金門砲戦の開始である。人民解放軍側は一日約一万発という猛烈な砲撃を行った。国民政府軍は補給に苦しみ、8月末には降伏勧告が出されるに至った。そのような中、アメリカが介入して戦況は膠着状態となり、人民解放軍が金門島を解放するのは困難となった。結局10月6日に彭徳懐国防部長は一週間の砲撃停止を宣言した。アメリカはジョン・フォスター・ダレス国務長官を台北に派遣して、蒋介石と会談して「大陸の回復は武力によることなく、三民主義の浸透による」との共同声明が出された。これは事実上大陸反攻の放棄を宣言したも同然の声明であった。ダレスと蒋介石の共同声明は中華民国の大陸反攻に箍を嵌めたのと同時に、中華人民共和国側にも手詰まり感を与えることになった。金門、馬祖という離島防衛についてもアメリカがお墨付きを与えたのであった。つまり共同声明は台湾海峡の現状固定宣言であり、中華民国の大陸反攻ばかりではなく、中華人民共和国の台湾、金門、馬祖の武力解放も極めて困難となった。共同声明直後、彭徳懐は奇数日のみ金門島に砲撃をするとの宣言を発表し、一方中華民国側は偶数日に砲撃を開始した。この奇妙な「戦争」は、港や空港などの戦略目標を砲撃目標とすることなく、鄧小平による祖国平和統一攻勢が本格化する1978年末まで約20年間、一種の儀式のように続けられた。
1957年3月、国民党高級幹部の研修センターである革命実践院の職員である劉自然が、アメリカ軍事顧問団のレイノルズ軍曹に射殺されるという事件が発生した。香港の情報筋によればこの事件はアメリカ軍需物資の横流しグループの仲間割れと報じられたが、このことは台湾では報道されなかった。1957年5月23日、アメリカ軍の軍事法廷はレイノルズに無罪を宣告した。判決の翌日、劉自然の妻が抗議のプラカードを持ち、台北のアメリカ大使館前で抗議行動を始めた。すると同情した民衆たちが劉自然の妻の周りに集まり始めた。そのような中で「レイノルズは空路出国したそうだ」との声が飛んだのがきっかけとなって、群集は暴徒化し、アメリカ大使館に乱入し始めた。大使館に乱入した民衆は建物内の備品を片っ端から壊し、掲揚されていた星条旗を引き摺り下ろして引き裂いたあげくに青天白日旗を掲揚し、中華民国万歳を叫びだした。このような最中に救国団の腕章をつけた成功中学の学生たちが軍事訓練教官に引率されて現れ、横断幕を掲げながらスローガンを連呼した。そして夜になって再度大使館内に乱入した暴徒に至っては、大使館内の金庫をこじ開けて大量の機密資料を持ち去っていった。この事件を五・二四事件と呼ぶ。成功中学の校長は蒋経国の腹心の一人として知られており、事件後も全く処罰を受けなかった。そもそも上からの指示が無い限り、公然と生徒を暴動に参加させるとは考えられない。更に夜になって大使館の金庫をこじ開け機密資料を持ち去った行為は、とうてい素人の手口とは考え難い。これらの点からこの事件、五・二四事件の黒幕は蒋経国であったと考えられている。事件を聞いた蒋介石は激怒し、武装部隊の台北進駐を命じて暴動を鎮圧させた。5月26日には蒋介石はカール・L・ランキン大使に謝罪し、事件は形の上では決着が着けられた。しかしアメリカのマスコミの中には蒋経国を名指しして、かつてソ連で12年もの間、訓練を受けてきたことを注視すべきとの主張も現れた。蒋経国は事件の間、一切表に登場しなかったが、癇癪を起こした蒋介石は蒋経国を杖で打ち据えたとも伝えられている。蒋介石も本心ではアメリカに好意を持っていたわけではないが、アメリカの協力が無ければ大陸反攻はおろか政権維持もおぼつかなくなる。アメリカとの衝突はどうしても避けなければならなかった。五・二四事件以降約6年間、蒋経国はいわゆる謹慎状態となり、マスコミに動静が報道されることもなくなり、公の場からも姿を消した。蒋経国は謹慎状態に入ったとはいえ、国防会議副秘書長として実権を握ったままであった。また謹慎時代の蒋経国は国軍退除役官兵輔導委員会（退輔会）主任として重要な任務を遂行していた。蒋介石とともに中国大陸からやってきた兵員について、アメリカは削減していくように要求していた。アメリカは大陸反攻を支持しておらず、台湾防衛に必要な兵力から見て国民政府軍の規模が過大であると判断したのである。また大陸からやって来た兵員たちに高齢化が進み始めており、そういう意味でも国民政府軍人の退役問題が社会問題として浮上しつつあった。しかし多くの兵士は教育程度が高くなく、しかも台湾に身寄りがあるわけでもないため、現状のまま兵士を大量除隊を進めていけば極めて大きな社会問題が発生すると考えられた。そこでアメリカが除隊兵士のために経済援助を行うことになり、その資金をもとに退輔会が除隊兵士のための事業を行うことになった。1956年4月、蒋経国は退輔会の主任となり、退役将兵のために様々な事業を展開していった。公共工事を請け負う栄民工程隊、そして栄民医院も著名であるが、中でも台湾山脈を東西に貫く東西横貫公路の建設が最も良く知られた事業である。険しい台湾山脈を貫く工事は難航を極めたが、この難工事に退役将兵が大量投入されたのである。蒋経国はしばしば現場に出向いて工事を陣頭指揮し、工事現場に退役将兵とともに野宿したこともまれではなかった。結局3年10ヶ月の年月を費やし、東西横貫公路は開通した。この退輔会はその後も事業拡大を続けていき、やがて国民党の強固な支持基盤の一つになっていく。
中華民国憲法は総統の三選を禁止しており、憲法の規定を遵守すれば1960年の総統改選時で蒋介石の総統任期は終了となる。しかし領袖として党、軍、政に圧倒的な権威を持つ蒋介石の引退はあり得ず、動員戡乱時期臨時条款の改訂によって蒋介石は総統に三選する。この蒋介石の総統三選に台湾内で異議を申し立てる声が上がった。自由中国という雑誌である。自由中国は国民党内外の外省人自由主義知識人を中心とした雑誌であり、当初は反ソ、反中共という反共を掲げていたが、やがて蒋介石、国民党に批判の矛先を向けるようになった。蒋経国もしばしば自由中国誌のやり玉に挙げられ、救国団は蒋経国の闇機構であるとしてその解散を主張していた。蒋経国は自らを含む政権批判を止めることが無い自由中国誌に対して様々な圧迫を加えた。しかし自由中国はその論陣を後退させることなく、蒋介石の総統三選反対、蒋介石の独裁反対を主張した。ところで1957年の地方選挙で、五龍一鳳と呼ばれる国民党に批判的な六名の当選者が出た。自由中国誌の編集長の雷震は、この五龍一鳳と連携して「中国地方自治研究会」を組織し、1960年の地方選挙では野党「中国民主党」の発足を目指した。政権批判ばかりでなく、実際に新党を結成して国民党、蒋介石への挑戦姿勢を露わにしたのを見て、中国共産党の香港工作員が野党結成を支援しているとのデマを流し、アメリカ側に干渉を行わないよう釘を刺した上で、蒋経国は情報部門、警備部門を動員して弾圧に乗り出し、雷震は共産党のスパイとして逮捕された。この自由中国事件は中華民国当局に対してアメリカのマスコミから激しい非難が浴びせかけられたが、雷震は軍事法廷で懲役10年の刑を宣告され服役する。雷震は1917年に国民党に入党した古参党員であり、台湾に来てからも要職に就いており、いわば台湾にやってきた外省人エリートに属する人物であった。その雷震が逮捕されて中国民主党結成が挫折したことは、外省人エリート内部、いわば体制内からの自由化の可能性が潰えたことを意味する。また1964年には彭明敏事件が発生した。台湾大学教授であった彭明敏が教え子らとともに、一つの中国、一つの台湾はもはや厳然たる事実であり、本省人も外省人も協力し合って国民党でも共産党でもない第三の道である台湾自救の道を歩み、新たな民主国家を建設すべきであると主張した台湾自救運動宣言を公表しようとしたところ、反乱罪で逮捕され、軍事裁判で懲役刑が言い渡された。このように知識人の反体制の動きもまた封じ込められた。そして五龍一鳳も特務機構からの執拗な攻撃に晒され続けた結果、組織的な活動は不可能となった。このように1960年代は反体制の動きはほぼ封じ込められた。
蒋経国は五・二四事件による謹慎期間中の1958年、陳誠による最後の組閣時に政務委員（無任所大臣）として内閣入りする。その後これまで特務の元締めなどいわば裏方で活躍してきた蒋経国は、時間をかけて不足していた表での履歴を積み重ねていった。そのような中で、1958年から62年までCIA台北情報部の責任者であるクラインは、蒋経国と家族ぐるみの付き合いをしていた。もちろん特務の元締めの蒋経国と台北におけるCIAの責任者であるクラインとの付き合いが個人的なもので終わるはずがない。クラインは蒋介石から中華民国の指導者の地位を引き継ぐであろう蒋経国の人となりを観察し、蒋経国について徹底的に調べ上げる任務を担っていた。もちろん蒋経国もそのようなことは先刻お見通しで、逆にクラインを通じて自らのことをアメリカ側に理解してもらえるように努力した。クラインの報告の成果もあって、1963年、蒋経国はアメリカ国務省、CIAの招待で10年ぶりに訪米する。ここに蒋経国の6年間の謹慎生活は終わりを告げた。前述の通り、領袖蒋介石の後継者となり得る人物は、蒋経国以外には陳誠しかいなかった。実際、陳誠は1960年代初めには副総統、行政院長、国民党副総裁を務め、文字通りナンバーツーの地位にいた。しかし陳誠は病に侵されていて1963年12月には行政院長を辞職し、厳家淦が行政院長となった。厳家淦は独自の権力基盤を持っていた陳誠とは異なり、蒋介石、蒋経国のイエスマンと見られていた。蒋経国は厳家淦内閣でも政務委員に留任し、1964年3月には国防部副部長を兼任し、1965年1月には国防部長となった。この年陳誠が死去し、蒋経国の後継が確定する。1967年2月には国家安全会議が設置された。国家安全会議はこれまでの国防会議を正規化したものであり、総統が議長を務めたが、実際には蒋経国が主導権を握っており、国家の重要決定事項は内閣よりもむしろ国家安全会議で決定された。蒋経国は1969年6月に行政院副院長、そして翌7月には経済関係閣僚会議の議長となり、8月には行政院経済合作発展委員会主任を兼任した。これらは通常行政院長が兼任する職務であり、台湾ではこれまで蒋経国と縁遠かった経済政策の指導も掌握した。そして1965年9月には国防部長として3回目の訪米を行い、1966年には韓国、1967年には日本、タイを訪問し、1969年にはドワイト・D・アイゼンハワーの葬儀に蒋介石の特使として4度目の訪米を行うなど、外交面にも活躍範囲を広めた。蒋介石が領袖として確固たる権威を固めていた上に、ライバル陳誠の死去と後継準備が時間をかけて十分かつ周到に行えたため、大きな波乱も無く、蒋経国は父、蒋介石から外省人集団全体の大家長として、党、国、軍に圧倒的な権威を持って君臨する、ストロングマン支配体制を引き継くことができた。
1958年10月のダレスと蒋介石の共同声明によって、蒋介石は武力による大陸反攻の事実上放棄を宣言させられた形となったが、いわば台湾の外来政権である国民党政権にとって、大陸反攻は政権の正統性の根幹に関わる最重要政策であり、実際には共同声明によって武力大陸反攻を放棄することはなかった。むしろ大躍進政策の挫折に伴う中華人民共和国内政の混乱、そして中ソ対立という外交面での大きな変化を見て、国民政府は大陸反攻の好機到来と積極策を取りはじめていた。1958年からは大躍進政策の失敗に伴う飢餓発生を見て、中国大陸各地に食料投下を開始し、1962年からは民衆蜂起の発生を期待して銃器の投下を行うようになった。その他にも国民政府がこの時期大陸反攻に積極策を取らねばならない深刻な事情が二つあった。中ソ対立は確かに中華民国側を利すると考えられたが、その一方で中華人民共和国は西側先進国への外交攻勢を活発化させており、このまま事態をこまぬいていれば外交的に不利な状況に追い込まれていく可能性があった。もう一つの大きな問題は中華人民共和国の核兵器開発である。核開発の情報は台北にももたらされており、もし中華人民共和国側が核兵器を配備するようになったら、軍事力のバランスは圧倒的に中華人民共和国側に傾き、それこそ大陸反攻は不可能になってしまう。中華民国国軍は1952年から大陸反抗計画の立案を開始していたが、1955年にはいったん長期計画化された、しかし1956年9月になって蒋介石は大陸反抗作戦計画の改訂を指示し、その後も作戦計画は継続されていた。1960年からは上陸作戦を展開すると想定された上海、福建、広東に対する方言を用いた短波放送を開始し、いわゆる心理戦の強化を図り始める。そして1960年末には、大躍進政策の失敗に乗じて本格的な大陸反攻を実施することが決定された。1961年4月には大陸反攻作戦を統括する国光作業室が設置された。同年秋からは中華民国国軍の大陸反攻作戦訓練が本格化し、翌1962年には先述のように中国大陸で民衆蜂起が発生することを期待して銃器の投下が開始され、実際の大陸上陸作戦も準備されるようになった。そして国防税の徴収が開始され、召集兵の除隊延期、予備役の招集と、体制、動員面でも大陸反攻はいつでも開始できる状態となった。しかし大陸反攻はどうしても中華民国国軍の独力での実施は無理であった。空挺作戦、上陸作戦にはアメリカ軍の輸送機、揚陸艦の支援が不可欠であった。そのうえ大陸反攻作戦のような大規模な軍事作戦の実施は、同盟国としてアメリカに事前通知しなければならない。大陸反攻の打診を受けたジョン・F・ケネディ政権はこの作戦が失敗に終わると判断し、作戦が実行に移されればアメリカが巻き込まれることになることを恐れた。そこで一定の支援は約束したものの、回答は先延ばしにし、結局は事実上の拒否回答をした。中華民国側は改めて大陸反攻は中国の国内問題であるとしてアメリカを説得したが、1963年4月にはアメリカ側から改めて大陸反攻を行わないよう説得された。結局1963年からは大陸反攻計画は継続状態とされ、大陸反攻が実施されることを前提とした小規模な軍事作戦を継続することになった。実際には山東省から広東省にかけての海岸線で、海上突撃と遊撃戦を繰り返したが、全て中華人民共和国側に撃退された。1963年9月、蒋経国が渡米して大陸反攻の受け入れをアメリカ側に説得するも、アメリカは拒否した。このような中、1964年1月、フランスが中華人民共和国と外交関係を樹立し、10月には核実験を成功させた。核兵器が実戦配備されれば大陸反攻は文字通り夢物語になってしまう。焦りの色を強くした蒋介石は、アメリカの支援を受けずに独力での大陸反攻を目指すことになる。このような情勢を見たアメリカは1965年7月1日に中華民国に対する経済援助を停止し、中華民国の暴走を牽制した。そして1965年7月から8月にかけて、田単作戦と呼ばれる単独の大陸反攻作戦を行ったが、大失敗に終わった。その上11月には烏坵沖の海戦でも敗北を喫し、1965年以降、大陸反攻への熱意は急速に冷めていった。しかしその数を減らしたとはいえ大陸への突撃作戦は継続された。中国の正統政権を標榜する蒋介石政権にとってみれば、大陸反攻が台湾の独裁統治を正当化させていた。そのためいくら大陸反攻が実現不可能であったとしても、その看板を下ろすことは蒋介石が健在である限り不可能であった。1966年9月から1967年3月にかけて、蒋介石と蒋経国はリンドン・ジョンソン政権に大陸反抗の実現と米軍による支援をくり返し要請したが、拒絶された。これが最後のアメリカへの大陸反攻の支援要請となった。1969年9月、交通事故に遭った蒋介石は衰えが目立つようになり、蒋経国が実権を掌握して台湾の政策決定を行うようになった。蒋経国は1970年1月に三軍の総司令官などの国軍の高級幹部らに、国際情勢の分析とそれを踏まえた軍事作戦のあり方について指示を出した。この指示以降、大陸への突撃作戦は中断された。この時点で蒋介石は存命していたが、蒋介石は蒋経国が下した突撃作戦中断を知らされていなかった可能性が高い。蒋介石は最後まで大陸反攻にこだわり続け、その蒋介石が政治の表舞台を去ると同時に大陸反攻は終焉を迎えることになり、大陸反攻の断念は必然的に国民党政権の変化を招くことになる。父・蒋介石から党、国、軍に圧倒的な権威を持って君臨するストロングマンの地位を引き継いだ蒋経国は、台湾そのものに向き合うことを余儀なくされる。
台湾時代の初期、特務の黒幕であった蒋経国であるが、ソ連留学時代からの友人や中国大陸時代からの同僚をよく自宅へ招き、妻、蒋方良の手料理やウイスキーやウォッカを振る舞った。蒋経国が一番くつろぐひとときは、ソ連時代からの友人とロシア風に飲んで騒ぐ時であったと伝えられており、また弟、蒋緯国の回想によれば家では蒋経国はいつも子どもたちと走り回り、あまりの騒々しさに蒋方良からたしなめられるほどであったという。特務の黒幕も自宅に帰れば楽しい一面もあった。また蒋経国は酒については底なしのうわばみであったが、後にこれが命を縮めることになる。若い頃、ソ連で質実剛健な共産主義者になることを目指した蒋経国は、生活もまた質素で家族に贅沢を許さなかった。アメリカ育ちの典型的なお嬢様である父、蒋介石の後妻である宋美齢と蒋経国は、生育環境や価値観が違いすぎてそりが合わなかった。実際、呉国楨のアメリカ行きの許可や、大陳島撤退作戦と日程的にかぶってしまったファッションショーなどで両者は対立した。また弟、蒋緯国との関係も良くなかった。蒋経国は常々蒋緯国の性格に不満を持ち、先述のように自らが率いる政治工作系統を利用して、蒋緯国の軍内での昇進を遅らせていた。蒋経国に対して不満を抱く宋美齢と蒋緯国は、次第に連携を深めていくことになる。蒋経国と妻、蒋方良との仲の良さは有名で、夫婦でよく手をつないで買い物に出る姿が見かけられた。またロシアで知り合って結婚した夫婦らしく、何かあると夫婦で軽くキスをするので、慣れるまで周囲が目のやり場に困っていたとのエピソードが残っている。子どもたちが成長するにつれて、蒋経国は子どもたちのことで頭を悩ませるようになった。長男の蒋孝文は酒と女に溺れた自堕落な生活で世間を騒がせ、次男の蒋孝武も酒に溺れた派手な生活で知られるようになった。そして長女の蒋孝章は離婚歴のある兪大維国防部長の息子、兪揚和と結婚する。しかしやがて蒋経国夫妻は現実を受け入れられるようになり、蒋経国の晩年にはしばしば子どもたちが蒋経国の官邸に集うようになった。一方、章亜若との間に生まれた双子の蒋孝厳と章孝慈は、最初父が蒋経国であることを知ることなく新竹で成長していく。蒋経国と蒋方良との間の子どもたちは台湾語を話すことができず、新竹で成長した蒋孝厳と章孝慈は流暢な台湾語を話す事実は、様々なルーツの人々が集まっている台湾の複雑な事情を象徴する典型例の一つである。蒋孝厳と章孝慈の家族は貧しく、ともにアルバイトをしながら東呉大学を卒業した苦学生であったが、兄弟とも成績は極めて優秀であり、蒋孝厳は外交官、章孝慈は教育界へと進んだ。蒋孝厳、章孝慈兄弟が実父が蒋経国であることを知ったのは18歳の時であり、1975年、蒋介石の葬儀時に非公式に蒋介石の一族として祖父の葬儀に参列した。
1966年5月、蒋介石は中華民国総統に四選する。副総統には行政院長の厳家淦が選ばれた。四選時、蒋介石は78歳になっていたがいまだ矍鑠としていた。しかし1969年9月、台北の官邸から陽明山にある別荘に向かう途中、蒋介石は交通事故に見舞われ、胸を強打した。この交通事故の後、蒋介石は急速に衰えが目立つようになった。蒋介石に代わり、いよいよ蒋経国が実質的に政策決定の中心に座るようになっていった。副総統兼行政院長の厳家淦は、蒋介石、蒋経国のイエスマン、いうなればお飾りに過ぎなかった。実際、蒋経国は毎日のように療養中の蒋介石の枕元に報告に来ていたが、副総統兼行政院長であるにも関わらず、厳家淦は一度も報告に来なかった。厳家淦は蒋家の権力世襲に障害とはならず、蒋経国への権力委譲に向けての時間稼ぎが出来る人物として重用されていた。1972年5月、84歳の蒋介石はすでに人前に出られるような状態ではなかったものの、総統に五選する。副総統は厳家淦が再選するが、行政院長には蒋経国が選ばれた。蒋経国が行政院長に就任すると国家安全会議の権限は大幅に縮小され、政策決定の中枢は蒋経国が主催する閣議へと移った。この時点では蒋介石は存命中であったが、蒋経国は事実上外省人集団全体の大家長として党、国、軍に圧倒的な権威を持って君臨するストロングマンの地位を引き継いだ。党、国、軍に圧倒的な権威を持つ蒋経国を領袖とする蒋経国政権は、まず蒋経国が主催する国民党中央常務委員会の場で、蒋経国が指導して重要政策、政府の人事案等が決定され、その決定案を行政院が施行した。このように蒋経国政権では国民党中央常務委員会の決定が政府の決定とされ、国民党が国家を指導する形式で運営されていた。蒋経国の最晩年は体調が悪化したため中央常務委員会の欠席が多くなり、1987年の双十節以降、出席しなくなった。蒋経国が不在時には、中央常務委員が輪番制で中央常務委員会を主催することになったが、蒋経国は会議開始前に国民党中央常務委員会秘書長に電話をかけて、議案の処理方法について指示を出していた。
1950年代から1960年代にかけて国民政府の台湾支配は散発的な抵抗はあったものの安定していた。しかし先述したようにその支配体制は極めていびつなものであった。中国正統政権であるという主張に基づき、国共内戦時に選出された立法委員など中央民意代表は、中国大陸の支配権を取り戻すまで改選されないことになった。国共内戦時に行われた中央民意代表の選挙は中国全体で実施されたものなので、台湾選出議員はわずかな数しかいない。しかし実際の中華民国の実効支配地域はほぼ台湾のみである。実効支配地域たる台湾の民意を全くといってよいほど反映しない上に、改選もされないという国会は「万年国会」と揶揄されるようになっていた。そして党、国家、軍の組織も、国民政府そのものが中国大陸から台湾に移転した経緯から、蒋介石とともに台湾へやってきた外省人が中核となっていた。特にそれぞれの組織の上層部になればなるほど外省人の比率は高かった。このように事実上台湾のみを支配する国民政府は台湾から浮き上がった存在であった。このような国民政府の正統性を担保していたのがアメリカの支持であった。東西冷戦の中、中華民国は自由主義陣営の一角としてアメリカの同盟国となり、多額の軍事援助、米軍の軍事顧問の派遣を受けて防衛力を強化し、またアメリカからの巨額の経済援助を利用して経済を成長させることに成功し、台湾は輸出主導の工業化の波に乗った。つまり中華民国はアメリカの世界戦略の一角に組み込まれることによって、アメリカの同盟国として国際的な正統性を確保し、更には国防力を充実させて経済成長を成し遂げていった。しかし1960年代末になるとこの正当性が揺らぎだしてくる。まず大陸反攻が非現実的であることが誰の目にも明らかになったことである。国民政府当局者は1965年には大陸反攻が不可能であることを認識させられた。それでも領袖蒋介石は大陸反攻にこだわり続けたが、蒋介石が衰え、蒋経国が実権を掌握すると大陸反攻は終焉を迎えた。中国正統政権として中国大陸へ戻る大陸反攻が不可能であるならば、台湾を支配するいびつな構造の正統性は消滅する。事実、国民党、国民政府が台湾を支配し続ける口実として統一、大陸反攻という言葉を利用していると見られるようになっていった。また1960年代後半になると、国共内戦時に行われた中央民意代表選挙によって選出された議員たちに高齢化が目立つようになりだした。改選されることがない議員集団は、裏を返せば議員たちが鬼籍に入ることによりいつかは消滅してしまう。中華民国が中国正統政権であることを示すとされた中国大陸選出の中央民意代表も、時の流れとともに正統性の保持が難しくなっていった。そしてアメリカで中華民国の正統性をゆるがす深刻な動きが始まった。きっかけは1969年1月に就任したリチャード・ニクソン大統領の外交戦略であった。ニクソンは泥沼化していたベトナム戦争の解決と対ソ連戦略を睨み、中華人民共和国との接近をもくろんだ。ニクソンは早くも大統領の就任演説で中華人民共和国との関係改善を訴え、その後も対話を呼びかけた。そして中ソ対立の真っ只中にあった中華人民共和国もニクソンの呼びかけに好意的な反応を見せた。このような動きを見て国民政府は慌てた。アメリカの真意を確認すべく、1970年4月、アメリカ側からの招請という形を取って行政院副院長の蒋経国が5回目の訪米を行った。アメリカ側は蒋経国を丁重にもてなし、ヘンリー・キッシンジャー大統領安全保障問題補佐官、そしてニクソン大統領とも会談し、蒋経国は中華民国への支持継続を訴えたが、ニクソン大統領は蒋経国の話を儀礼的に聞くのみであり、中華人民共和国との接近についてのアメリカ側の感触は国民政府を失望させた。なおこのアメリカ訪問時、蒋経国は黄文雄ら台湾独立派の青年に狙撃されるが未遂に終わった。1971年7月にはキッシンジャーが秘密裏に北京を訪れ、周恩来首相と会談してニクソン大統領の訪中が決定した。そして1971年10月の国選総会の席で、中華民国はアルバニアなどが提出した中華人民共和国招請、中華民国追放の提案が採択されたことにより国連を脱退。その後国連関連の国際機関から次々と締め出されていった。1972年2月にはニクソン大統領が中華人民共和国を訪問し、アメリカと中華人民共和国はただちに国交開始とはならなかったものの、台湾に対する軍事援助を徐々に減らしていくこと、アメリカは中国はただ一つであり、台湾は中国の一部であると主張していることを認識するとした共同声明「上海コミュニケ」を発表した。中華民国の国連脱退、米中接近という情勢を見た世界各国は先を争うように中華民国と断交し、中華人民共和国と国交を樹立した。1970年代末には中華民国を承認する国家は22カ国にまで落ち込む。そしてアメリカは1973年1月のベトナム戦争介入の中止後、台湾駐留の米軍の大規模な引き揚げが開始され、無償軍事援助も停止された。これまで中華民国の正統性を支えていたアメリカの支持の減退、そして国際的な孤立は国民政府を窮地に追いやった。ところで蒋経国の5度目の訪米時に遭遇した暗殺未遂事件は、思いもかけぬ副産物をもたらすことになった。後に蒋経国の後継者となる李登輝の登場である。暗殺未遂犯らはかつてアメリカ留学中の李登輝宅で週末にしばしば行われていたビーフステーキパーティの常連であった。事件の背後関係を調査していた特務が李登輝のことを見逃すはずがない。李登輝は約一週間、特務による徹底的な尋問を受けることになるが、当時内政部長となっていた大学時代の恩師、徐慶鐘らのとりなしもあって無事に済んだ。そればかりではなく、このことがきっかけで1971年8月、徐慶鐘らは蒋経国に農業専門家として李登輝を紹介することになった。李登輝から台湾の農業についてのレクチャーを受けた蒋経国はその内容を評価し、その場で国民党入党を勧めた。国民党に入党した李登輝は、その後台湾本省人政治家のホープとして出世の階段を駆け上がっていくことになる。
国民党、国民政府が台湾を支配し続ける正統性の維持について、蒋経国はこれまでの体制の手直しを図ることで乗り切っていこうとした。1972年に行政院長に就任した蒋経国は、まずは賄賂の禁止など官吏の綱紀粛正を図り、前台北県県長や前人事行政局長を罷免した。そして企業に対しては課税システムを強化し、社会の公正化をアピールする。蒋経国は国共内戦時に行われた選挙で選出されたままの中央民意代表の問題に手をつけた。これは先述したように放置しておけば時が経てば経つほど必然的に矛盾が拡大していく問題である。この問題については台湾省議会に選出された非国民党議員の中からくり返し疑問が出されており、国民党自体も問題の性質上、対処していかざるを得ないものであり、1969年にはまず第一期議員（非改選議員）の欠員補充選挙が実施された。続いて国民政府の実効支配地域である「自由地区」と海外華僑代表の議員定数を大幅に増やし、自由地区では普通選挙、海外華僑代表では総統指名によって定期改選を行うことになり、1972年12月、初の増加定員選挙が施行された。この制度手直しの結果においても、国共内戦時に行われた選挙で選出された中央民意代表と1969年の欠員補充選挙で選出された議員はこれまで通り改選されることが無いため、いわゆる弥縫策であるのはいうまでもない。しかも戒厳令と動員戡乱時期臨時条款による政治的自由の制限は継続しており、国民党以外の政党結成も認められていなかった。しかし当時、中国大陸では毛沢東による文化大革命という急激な政治動員が大混乱を招いており、急激すぎる改革の危険性は明らかであった上に、台湾にはまだ中央民意代表の全面改選を主張する政治勢力も育っていなかったという事情があった。1970年代に入ると蒋経国は優秀な本省人青年の抜擢を積極的に進めた。蒋経国は自らの右腕である李煥を救国団主任、国民党高級幹部の研修センターである革命実践院主任、国民党中央党部組織工作委員会主任など、党、政の組織部門、青年対策の責任者を兼任させて人材抜擢を進めた。李煥によって抜擢された人材の中には外省人優先が明らかであったこれまでとは異なり、多くの若手本省人がいて、これまで登用されることがまれであった国民党中央の幹部、地方党組織の主任クラスにも配置されていった。また蒋経国は内閣などの国家エリートにも本省人の抜擢を行った。1972年の蒋経国内閣組閣時、これまで3名にすぎなかった本省人閣僚は倍増以上の7名となった。かねてから蒋経国に目をかけられていた李登輝も、農業問題担当政務委員としてこのとき初入閣を果たした。その他、日本統治時代の台湾から大陸に渡り国民政府の下で働いた経験がある、いわゆる半山と呼ばれた人材ではあるが、本省人の謝東閔が初めて台湾省長に任命された。そして県政府職員からのたたき上げの人物で、後に李登輝のライバルとなる林洋港が台湾省政府の重要ポストである建設庁長に任命された。このように半山の人材以外ほとんど本省人を登用しようとしなかった蒋介石と異なり、蒋経国は本省人を抜擢していく。そして行政院長になった頃から、蒋経国は週末になると野球帽をかぶり、ジャンパーないし開襟シャツを着て、台湾各地への視察に赴くようになっていった。地方でなにも特別な場所に行ったわけでく、建設現場、水田や果樹園、マーケットなどにひょっこり姿を現し、子どもを抱き上げ、市井の人々と言葉を交わし、安食堂や屋台などで気軽に食事をした。当時、蒋経国は糖尿病を患っていた。蒋経国の主治医は「一人の素晴らしい総統ではあったが、決して良い患者ではなかった」と述べているように、糖尿病患者でありながら地方の食堂、屋台などでは勧められた食事を喜んで食べた。衛生問題や健康を慮って食べないように進言し、蒋経国にカミナリを落とされた付き添いの地方首長も少なくなかった。蒋経国の地方視察には、地方の有力者たちを自らに引き付けておくための手段としての一面があった。しかしもっと重要なことは、正統性に深刻な打撃を受けた国民党、国民政府を率いる蒋経国は、台湾そのものに向き合っていかねばならないと判断したことにあった。蒋介石、蒋経国親子自体、中国大陸を追われて台湾にやってきたよそ者である。外省人中心の国民党、国民政府は台湾社会からある意味浮き上がった存在であった。台湾に住む人々たちに受け入れられていかなければいつの日にか体制は破綻する。当時、蒋経国は本音ではもはや大陸に帰れないことを認識しており、唯一の希望は台湾に住む人々たちに受け入れられることであることを理解していたと考えられている。そのため蒋経国は少しでも台湾社会に根付こうと必死になって地方を廻っていた。蒋経国の地方視察はソ連時代、農村、工場などで働いた経験がモノを言ったのはいうまでもないが、中国の民衆が伝統的に好んだ官吏像も影響していたと考えられる。この地方視察によって蒋経国は民衆の心をつかむことに成功し、特務の黒幕としての負のイメージは次第に薄れ、民に親しむ指導者像が定着していくことになる。
国連を脱退し、国際機関から次々と追放され、承認国家の激減という国際的地位の暴落に直面した国民政府は外部からの正統性の深刻な危機に直面する。しかしその反面、台湾経済は蒋経国の十大建設の成功など極めて順調であり、国際的に台湾経済は確固たる地位を築きつつあった。このような情勢下、台湾の国民政府は国交を断交した国々との間に経済、文化、技術協力といった多面的な実質関係の強化を図り、更に政府のみならず民間の個人、団体も国際事務に関与していくことを奨励した。いわゆる「総体外交」を推進する。これは経済力をつけて世界経済に確固たる地位を築いた台湾との全面的断交が事実上不可能であった各国にとっても好都合であり、中華人民共和国も各国に台湾の国民政府に対する全面的な断交まで強要することは出来なかった。総体外交の一例としては、1972年9月に中華民国と断交し、中華人民共和国と国交を結んだ日本との関係が挙げられる。日中国交正常化交渉の中で、日本は中華人民共和国側に、正常な日中関係を損なわない範囲で台湾との民間交流を継続することについての黙認を受けた。そして日華断交後に台湾との間に通商、領事業務も取り扱う民間レベルの事務所として日本側が交流協会（現：日本台湾交流協会）、台湾側が亜東関係協会（現：台湾日本関係協会）を設立し、双方に出先機関を設け、実質的な関係を維持することになった。このように対外的な著しい孤立にも関わらず、一つの政治経済実体としての台湾はある種の国際的地位を保ち続けることが出来た。
ストロングマンの地位を事実上引き継いだ蒋経国の活躍によって、父、蒋介石の影は急速に薄れていった。1972年に総統5選を果たした蒋介石はまもなく心臓発作に倒れ、昏睡状態に陥る。蒋介石のために組まれた特別医療チームの治療によって翌年1月、蒋介石は昏睡から覚めたものの、手足の萎縮は進行し、心臓機能も低下したままであった。その後も特別医療チームの治療、手厚い看護が行われ続けたが、1975年3月29日には危篤が発表され、遺書が公表された。そして1975年4月5日の午後11時50分、蒋介石は死去する。蒋介石の死は台湾では帝王のごとく崩御と呼ばれ、中華民国は一ヶ月の国喪に服することになった。しかしそのような中、蒋経国の動きは機敏であった。死去から半日も経たぬ6日早朝には国民党中央常務委員会の臨時会議が招集され、中華民国憲法の規定に基づき厳家淦副総統が総統に昇格することを決定し、さっそく総統の宣誓式を行った。この素早い動きは宋美齢の機先を制する目的があった。蒋介石夫人の宋美齢は隠然たる力を持ち、夫蒋介石の後継者問題にも容喙してくることが予想された。厳家淦は蒋経国のイエスマンであるため総統職を継がせることに全く不都合は無く、蒋介石の死後、間髪を入れずに憲政遵守の姿勢を見せつけて宋美齢の動きを封じ込めることができた。4月28日には国民党は中央委員会総会を招集し、中央委員会に新たに主席職を設け、蒋経国は新設された主席に選出された。それまでの国民党トップの総裁は、蒋介石に永遠の哀敬を表するとして永久欠番扱いとした。これは孫文の総理職が同様の扱いとなったことに倣ったものとされたが、宋美齢を国民党総裁に推戴する動きも見られたことから、宋美齢に対する牽制策の一環であった可能性もある。宋美齢はまもなく病気治療を名目として台湾を去り、アメリカへ向かった。これは蒋経国との不和が原因であったと見られている。宋美齢は翌年の蒋介石一周忌にいったん台湾へ戻るものの、その後、蒋介石生誕百年記念式典が行われた1986年10月まで台湾へ戻らなかった。厳家淦は蒋介石の残りの任期を大過なく勤め上げ、1978年、蒋経国は中華民国第六期総統に就任する。そして副総統には謝東閔が就任し、初の本省人副総統となった。ここに蒋経国は名実ともに外省人集団全体の大家長として、党、国、軍に圧倒的な権威を持って君臨するストロングマンとなった。
1977年9月、蒋経国は十二項目建設という、先の十大建設で進んだインフラ整備を更に押し進める方針を表明する。この十二項目建設の最後の項目に、全ての県、市に図書館、博物館、音楽ホールを備えた文化センターを建設するという項目があった。この文化センターは中華民国の県・市に順次整備されていき、当初はいわゆるハコモノ施設で中身に乏しいと言われながらも、やがて地方特色展示館を設けるなどそれぞれの地域色が見られるようになり、台湾の文化政策の中で地方の主体性が見られるようになったと評価されるようになった。また行政院にも文化政策の推進と文化建設を担当する、行政院文化建設委員会（現・文化部）を設置した。蒋経国は、これまでの大陸反攻を唱え、視線が大陸方面ばかりに向けられていた時代には、省みられることが無かった台湾土着の文化にも目を向けた。まずこれまで放置されていたも同然であった台湾の史跡を保護することとし、自然文化景観なども保存、保護対象とするようにした。また蒋介石時代には低級低俗なものと見なされていた台湾土着の民俗芸能にも目を向け、国立国父紀念館で民俗芸能の公演を行うなど、台湾土着の民俗の地位向上を図った。このように蒋経国は、台湾を中国本土への反攻基地として、文化面においても中国正統文化の称揚ばかりに熱心であった父、蒋介石とは異なり、自然環境を含むその土地に根ざした文化を重視し、保護、発展を援助するという現代国家におけるオーソドックスな文化政策を採用するようになった。これは台湾に根付いていくことを目指した蒋経国政権が、台湾文化を省みようとしなかった蒋介石政権時代の文化政策を見直し、台湾文化を取り込んでいくことを目指したものと評価できる。しかしこのような試みにも関わらず、台湾に芽生え始めた台湾ナショナリズムの波が蒋経国政権を揺さぶっていくことになる。
1972年のニクソン訪中後、ニクソンは中華人民共和国との正式国交樹立を目指した。1972年はアメリカ大統領選挙の年であり、ニクソンは大統領に再選され、再選後のニクソンは米中国交樹立を進めようとした。しかし、米中双方の政治混乱の影響を受け、国交樹立は遅れた。まずアメリカ側ではウォーターゲート事件によってニクソン大統領が辞任に追い込まれ、一方中華人民共和国側は周恩来、毛沢東が相次いで亡くなり、四人組事件など文革の余波も続いていた。結局、米中国交交渉が本格化するのは、アメリカでジミー・カーター政権が成立し、中華人民共和国側では鄧小平が復帰した後のことであった。米中間の国交交渉で双方の意見のすり合わせに手間取った問題のひとつが台湾問題であった。結局、アメリカ側は中華人民共和国政府が中国唯一の合法政府であることを承認し、中国はひとつであり、台湾は中国の一部であるという中国の立場を認識するとし、一方、中国側はアメリカ側が上記の見解の枠内で、アメリカ人民が台湾人民との文化、商務その他の非政府間関係を維持することを認めた。アメリカと台湾はそれぞれ、日本と台湾との関係をモデルとした民間連絡機関を設立し、非政府関連の業務を行うことになった。台湾問題について米中間の交渉で最も難航したのが、アメリカの武器売却問題であった。アメリカ側は台湾に防衛用の兵器を売却し続ける意向を示したものの、中華人民共和国側から激しい反発を受けた。結局米華相互防衛条約を失効させ、それにあわせて1979年度中の武器売却を見送ることで妥協が成立した。結局、1978年12月16日の対中国交樹立発表の当日、1979年1月1日、米中国交樹立に伴い中華民国との国交断絶、米華相互防衛条約の失効（正式失効は1年後の1980年1月1日）、そして四ヶ月以内の在台米軍の全面撤退が発表され、いずれも実行された。米中国交交渉の経過から、カーター政権は台湾の蒋経国政権の存続に大きな関心は無く、アメリカにとって極めて重要な対ソ連戦略において中華人民共和国を自陣に引き付けるメリットから考えて、平和的に台湾が中華人民共和国に併合されるならば、それもやむを得ないと判断していたと考えられる。ところがアメリカ議会は、この台湾の安全保障問題に対する配慮に欠けたカーター政権の米中国交樹立に強い反発を見せた。そもそも米中国交樹立は議会への事前協議が無く、カーター政権が進めた交渉結果を後から知らされた形となったことについても反発を招いた。結局台湾との非政府間関係の継続のためにアメリカ政府が提案した台湾関係法に、政府側が予想もせず望みもしなかった条件が追加され、上下両院とも大統領の拒否権発動が不可能な圧倒的票差で可決する。可決された台湾関係法は、まず米中国交正常化は台湾の将来が平和的手段によって決定されることについての期待に基づくものとした。その上で平和的手段によらないで台湾の将来を決めようとするいかなる企図も西太平洋地域の平和と安全に対する脅威であり、合衆国の重大関心事であるとし、そのため十分な自衛力の維持を可能とする防衛的性格の武器を台湾に供与すると明記した。台湾関係法は米華相互防衛条約の失効によって台湾防衛義務を放棄したアメリカが、改めて台湾防衛の権利を留保したものであり、もちろん中華人民共和国側はその内容に強く反発する。しかし上下両院とも圧倒的な支持を集めた法案を大統領が覆すことは不可能であり、1979年4月、カーター大統領は法案に署名せざるを得なかった。アメリカに安全保障を依存してきた蒋経国政権にとって、米中国交正常化とそれに伴う米華断交、米華同盟の破棄は深刻な打撃となった。台北の株式市場は暴落し、警戒強化、経済の安定、そして、中央民意代表増加定員選挙の延期を骨子とした総統緊急処分令が1978年12月16日に発表された。幸い1979年4月には台湾関係法が制定され、アメリカの後ろ盾を完全に失うことは避けられたため、蒋経国政権の崩壊という事態は起こらなかった。しかし台湾関係法には、防衛的性格の武器を台湾に供与するというようなアメリカの台湾防衛権利を留保する条項以外に、この法律のいかなる条項も、人権、特に1800万人の台湾全住民の人権に反してはならないと書かれており、国民党、国民政府がアメリカの支援を受け続けたいと願うならば、台湾住民の人権問題を改善し、更には民主化を進めていかねばならなくなった。その結果、これまで特務による人権、言論弾圧を繰り返してきた国民党、国民政府は、台湾関係法の制定後、弾圧に厳しい足かせが掛けられるようになった。