慶安四年、三大将軍徳川家光がにわかに世を去り、嫡子の徳川家綱が四代将軍の治世になっていたが、家綱は僅か五歳。政権の座に送り出さねばならない生母のお楽や大奥の不安はひとしおであった。御三家・幕閣が集まる間へ母と共に招かれた家綱は、水戸光圀から徳川家の御威光を未来永劫守り継ぐために、幕閣諸役の人事を一新することになったと報告される。新将軍家補佐役には家光異母弟の保科正之。老中筆頭に堀田正盛、次席に酒井忠清と阿部重次、以下六名。御三家も新将軍家を守ると光圀から具申された。しかし古来幼君が立てば政変が巻き起こる。新体制は確立したが、幕閣重臣たちの間にもそれぞれの思惑を胸に、疑心暗鬼の緊迫した空気がみなぎっていた。いっぽう権力闘争と無縁の庶民は、今日も神田の湯屋「雉子湯（きじのゆ）」で湯へ浸かりに賑わっていた。雉子湯の主人は客と将棋を指すのが好きで、お人好しの半さん。しかしその正体は徳川家康から八千石の碌を得ていた服部家の三代目服部半蔵であった。父である二代目服部半蔵は10年前に理不尽な改易をされたため、三代目半蔵は幕府を全く信用していなかった。「先代の時と同じように、どうせまた利用され、捨てられるのが目に見えてる。同じ轍は踏まない」と思っていたのだ。服部家の再興を全く考えていない半蔵は「影はあくまでも影。光にはなれん。それが運命（さだめ）なら、影として自由に行きたい。そして徳川の天下（てんが）を影から操ってやる。親父。おれの命の行く末、しかと見届けてくれ」と誓い、市井に潜んでいた。そんなある夜更け、堀田正盛と保科正之が正体不明の忍び集団に襲撃される。保科は自ら身を守り、家来の生駒春緒たちも敵を撃退するが、堀田はその首を半蔵門に掲げられ、病死で隠し通そうとした保科の思惑とは反する方向へ事件が発展していく。公儀御庭番で甲賀組頭領の水口鬼三太（みなぐちきさんた）から「先頃不行跡を理由に改易された服部半蔵と伊賀忍者の恨みの所業。その頭領（かしら）を三代目服部半蔵」と保科は上伸される。鬼三太は「お任せあれば、数日中に江戸に潜伏する半蔵を捕らえる」と言い切るが、保科は半蔵がただの忍びでないことを知っていた。三代目半蔵にもこの知らせが届き、何者の仕業かわかりかねていた。鬼三太は弥藤次ら配下の甲賀衆と共に江戸に潜む伊賀の隠れ忍びを襲い、半蔵の居場所を聞き出そうとする。しかし伊賀衆みなが自決し、潜伏先を見つけられずにいた。仲間を殺された半蔵は鬼三太が徘徊している場へ出向き、問い詰め、勘違いを諭すが鬼三太は聞き入れず、半蔵に斬りかかる。幕府の犬に成り下がり、忍びの精神を忘れた鬼三太を半蔵は相手にせず、保科へ会いに行き、身の潔白を証明しようとする。「我が服部一門を陥れる陰謀」と言上するが、一族の居場所を教えるようにと保科が要求。半蔵は「それはできん。だからこそこうして自ら出向いてきた」と拒む。一分の隙もなく控えめながら堂々たる半蔵の態度に保科は信じたいと思いながらも、半蔵を吟味所へ拘束し、幕閣との協議へ向かう。御三家・幕閣諸役は「服部半蔵は死罪。服部一門はことごとく根絶」に、保科が「十分な詮議がされてない」と強行に反対するものの、保科以外全員が賛成したため散会してしまった。鬼三太による甲賀流縛説法の術で縛られ、牢屋に閉じ込められた半蔵に死刑が迫る。髪結床「おりん」では女主人のおりんが、雉子湯のお梅から半さんが夕べから帰ってこないと聞かされ、常連客から女ができたと言われ不安になる。そんなおりんを微笑みながら横で仕事していたお霧に瓢六から繋ぎがくる。瓢六は大道芸をする大八、大工仕事をしている喜平次、医者をする上忍の津々美京之介にも繋ぎをとり、服部衆が雉子湯に隠されている忍者屋敷に集まってくる。半蔵の死刑が明日と決まったため、京之介が指揮をとり、救出に向かう。吟味所を大八の火薬で注意をそらし、半蔵を助け出した。半蔵は甲賀の陰謀と思い、あえて敵の懐に入り捕まったまま様子を探っていたが、どうやら甲賀の仕業でないと見極める。「このままでは伊賀は濡れ衣を着せられたまま滅びる、おそらく天下を左右する陰謀が隠されているに違いない。伊賀一族のために戦わねばならん」と、生き延びることを服部衆に訓示する三代目半蔵であった。半蔵は再び保科に会いに屋敷へ行く。幕閣ではまだ自分に力がないと保科は詫びながら、恩賞出すので暗殺一味の正体と事の真相を調べてほしいと依頼。だが半蔵は「信用できぬ。親父の二の舞はごめんだ」と一旦断る。保科は笑いながら「伊賀者には無理な仕事。服部半蔵を買いかぶっていた」と言い出す。半蔵は「今度だけはその誘いにのってやろう」と、事成就の暁には無実を天下へ公表と安全保障を条件につけ、仕事を引き受け、闇へ消えていく。半蔵は瓢六を通して、影の者に幕閣と御三家の手持ちの忍びで挙動不審な忍びを探り出すよう指示。影の者の一人で女郎に身をやつしてるお佐和から、法外な金使いする浪人たちがしばしば遊びに来て、忍者と見受けられるが、正体はわからない、金色の守り袋を肌身離さず、という報告が上がってきた。半蔵は侍に扮し、大八と共にお佐和の仕事場を監視。その浪人たちが来るのを待っていたものの、お佐和は不意に彼らに斬られてしまう。敵を討つと誓う半蔵と服部衆だが、手掛かりを失ってしまった。京之介は「いっそのこと保科殿を暗殺させてしまえばいい。保科殿は殺される、だが保科殿は生きている」という妙案を思いつく。大八がそんなことできっこないと否定するが、半蔵は「おもしろい。不可能を可能にするのがおれたちの生きがい」と京之介の作戦を採用した。深夜、籠に乗った保科を警護する行列が進む。それを待ち受ける正体不明の忍者たち。彼らが襲おうとしたとき、半蔵が馬に乗って現れ、籠に刀を突きさす。刺された保科は血まみれになって籠から出てきた。家来たちは一目散に逃げていく。当初保科を襲おうとした忍者たちは半蔵の前に現れ、「なぜ獲物を横取りした」と詰問する。半蔵は「おれも金がほしい。雇い主を教えろ」と言い出したので、忍者たちはそんなことはさせんと半蔵に襲いかかるが、返り討ちされた。半蔵は首領のみを生け捕りにする。金色で奥三宝流の守り袋を身にまとった首領は久世法眼とわかり、法眼の雇い主が待つ小屋へ案内させる。大八や喜平次も現れ、半蔵の警護と血だらけの保科を運ぶ。小屋には頭巾を被った侍が待ち構えており、死んだ保科を見たら、「誰が殺ってくれようと構わん。これでわしが筆頭老中、並びに幼君の補佐役になれるのじゃからのう」と満足そうに頭巾を外す。次席老中の阿部重次であった。法眼に見向きもせず、阿部は「半蔵。わしが政権を手にした暁には、服部家の再興を差し許し、禄高も元通りに八千石を取ら、わしの腹心として働いてくれ」と余裕たっぷりに話しかける。その時、外から保科正之が入ってきて「阿部殿。暗殺の首謀者はあなたでしたか」と言い放つ。驚く阿部は既に運び込まれていた血だらけで横たわる保科と後から入ってきた保科を見比べる。血だらけの保科が立ち上がり、面を外すと瓢六であった。血は鶏のものをふんだんに使い、京之介の絡繰りであった。法眼はこの騒ぎに生じて脱出を図るが、半蔵に斬られ、阿部はあくる朝、自邸で切腹。「先の将軍家光公への殉死」と公表されるが、これは当初の約束である「下手人を天下へ公表する」と違うことから、半蔵は保科を詰問する。「幕閣内での血みどろな抗争が明るみに出れば公儀の威信は地に落ち、世情の動揺を招く。絶対に避けたい。これが政というものだ。徳川家安泰のために、どんな陰謀や混乱が起こるか？半蔵、わしにはどうしてもおまえの力が必要だ。わしの片腕となって働いてくれぬか」と言う保科に、半蔵は「全て幕府のご都合しだいか。いよいよもってうんざりだ。飼い犬になる気はない。わたしは誰にも指図を受けん。影として影の思惑のままに動く。志が相通じれば、時としてあんたと手を組むこともあるだろう。また敵に回して争わねばならないこともあろう。いま私に言えるのはそれだけだ」と返答し、天井裏から消えていく。三代目半蔵の力量に脅威を抱いていた鬼三太は、配下のくノ一で二代目半蔵に父を殺されたお甲に「三代目半蔵に近づき、動静を逐一報告しろ」と命じ、半蔵と伊賀衆の動きを探らせ始めた。一方、伊賀の里からは甲賀の公儀御庭番が気に食わず、伊賀の復活を狙う下柘植の大猿とその一党が甲賀に戦いを挑むため、江戸へ向かっていた。それは伊賀と甲賀の暗闘と、それを利用する幕閣たちの権力闘争が始まる幕開けであった。