2001年、『トランスクリティーク　カントとマルクス』を、その前年に自らも関わって立ち上げた生産者協同組合である、批評空間社から出版、その内容をもとに、2000年6月、アソシエーション＝「国家と資本への対抗運動」の活動、NAM（New Associationist Movement）を立ち上げる。『NAM原理』（2000・太田出版）は、WEB上でその内容が公開されていたにもかかわらず当時1万7千部以上売れた。著名なエコロジー活動家など多数が参加し、最大700人の会員数を数えた。2001年9月11日にアメリカ同時多発テロ事件発生した際、NAMのサイトに「テロにも報復戦争にも反対する」という旨の声明が出た。なお『批評空間』のWEBサイト上で、9.11同時多発テロに対する柄谷行人のコメントとして「これは予言ではない」と題する文章が掲載された。2001年12月にはWEB上でのヴァーチャルな取引を、制度設計として組み込んだことを目玉とする地域通貨Qを、NAMとは独立した任意団体として西部忠を中心に立ち上げた。当初の予定では、批評空間社もこのQに参入し、productsを部分的にQ支払い可能にし、出版・メディア、そして最終的には流通一般そのもの、の既成の仕組みを徐々に変革していくことが目指されていた。第3期批評空間創刊記念シンポジウムでは、建築や芸術のジャンルから磯崎新や岡崎乾二郎らがパネリストとして並び、地域通貨Qによる流通の変革への期待が述べられた。しかし、人間関係の軋轢、未知の問題点の噴出、ネット上でのコミュニケーションからおこる通信上の混乱などで、NAMは2003年1月に早々と解散。あるいは柄谷が「身も蓋もなく潰」した。批評空間社も社長兼『批評空間』の編集者の内藤祐治の死（2002年春）を契機に解散した。『トランスクリティーク』自体は2003年NAM解散後、MIT（マサチューセッツ工科大学）出版から英語版が出版された。ジジェクはこれを「必読の書」と評した。しかしながらジジェクは、その中で、柄谷のカント読解がヘーゲルによるカント批判を軽視しているのではないか、商人資本の強調が労働価値説の位置を不確かなものにしているのではないか、地域通貨という解決策にも疑念が残るのではないか、と疑問を羅列するかたちで指摘している。また日本語版としては、岩波書店から柄谷行人集第三巻『トランスクリティーク』（2004）と言う形で第2版が出された。なお柄谷のカント読解は、初版出版時、岩波新カント全集監訳者の坂部恵から高い評価を受けている。また、柄谷は自身の「トランスクリティーク」という言葉はガヤトリ・C・スピヴァクの「プラネタリー」という言葉と親和性が高いとしている。プラネタリー（惑星的）とはスピヴァクによると　グローバリゼーション（地球全域化）という言葉への「重ね書き」」 として提案された。実際、短期間所長をつとめた近畿大学人文研のキャッチフレーズは「プラネタリー（惑星的）な思考と実践」「芸術とは何かを発見する術であり、認識を新たにする術であり、社会の生産のあり方をも変革する力、すでに存在する事物の再生産ではなく、まだ認識もされなかった事物を新たに見出し生み出す力、さらにその新たな事物を交換、流通させていくメディアの創設、社会関係の構築」であった。2001年頃、翻訳家の山口菜生子と再婚。以後、山口は柄谷凛の筆名を用いる。山口は明治大学名誉教授山口泰司と共訳書があることから、父娘関係ではないかといわれている。2004年5月には近畿大学人文研での講義をもとにした『近代文学の終わり』 を早稲田文学 に発表。「若い人は「文学」をもうやらなくて結構です。かつての「近代文学」と持っている意義は同じだけど、何か、違うことを実現してください」という主旨を述べた。柄谷は、事実上この前後から文芸批評を行っておらず、このジャンルから撤退同然である。別の場所では「これまでのスタンスのままで「文学」をいうことはできない。文学を続けたかったら、むしろそれを否定しなければならない」 とも述べている。『新潮』2004年8月にて福田和也と「現代批評の核」と題した対談を行う。2004年11月には、京都大学で、この年の10月9日に亡くなったデリダの追悼シンポジウムに参加。その中で「トランスクリティークとはディコンストラクションの否定ではなくその徹底化であると考えてもらってもいい」と述べた。2003年にMIT出版から『Transcritique on Kant and Marx』を刊行。2004年に岩波書店から定本柄谷行人集（全5巻）を刊行。英語やその他の言語に翻訳された著作・論文のみを選定し、今までの仕事を「定本」としてまとめた。2005年4月から朝日新聞の書評委員。2006年3月に近畿大学の運営に不満を持ち近畿大学国際人文科学研究所所長を、副所長で、坂口安吾研究者の関井光男（柄谷とともに新坂口安吾全集を編集）とともに辞任。2006年1月19日の公開最終講義以降、外国を含め、大学においてゼミは行っていない。現在は自宅近くで、半年に一度、長池講義  という無料の公開講義を行っている（2007年11月より）。2006年4月には「21世紀の教養新書」として再出発 することになった岩波新書赤版から刊行数1001点目・装丁リニューアル第1弾として『世界共和国へ』を出版。なお「世界共和国」という言葉はカントの『永遠平和のために』（1795）からとられている。2007年10月、アメリカスタンフォード大学で講演を行った。映像は、YouTube  で見ることができる。近年は佐藤優（『獄中記』）や宮崎学（『法と掟と』）への評価が高い。柄谷のアソシエーション＝「国家への対抗」が必然的に国家の法・実定法と緊張関係に入る、あるいは、それとは一定程度独立した自治的空間の創出を目指すことになる、ことから、さまざまな具体的な模索をしていることの一環（宮崎学「掟」への高評価・中間団体（丸山真男）の評価） だと思われる。またヴィトゲンシュタインやオースティン、ハーバート・ハートの流れを汲む英米法哲学の主流派の一人、ジョン・ロールズ（『正義論』『万民の法』）をカント的理念を法に持ち込むものとして高く評価している。なお、ネグリ=ハートのマルチチュード（有象無象）論に関しては、「二元性（帝国（グローバルな資本主義）対マルチチュード）は、諸国家の自立性を捨象する時にのみ想定される」、つまり国家を軽視している、と懐疑的である。とはいえ、90年代終わり「『トランスクリティーク』を書いた時点では、（…）ネグリらの観点と似たものを持っていた」「グローバルな資本主義の深化が、ネーション=ステートというものを希薄にすると考え」ていた、とも認めている。新自由主義・リバタリアニズムに関しても、その思潮は、リベラルな外観のもとに、実質的に、国家と資本、政治と経済の結合を強め、国家的統治を強化することにしかならず、しかもそのことを隠蔽する、と批判的である 。2008年1月には『新現実』Vol.5 （太田出版）で、大塚英志と対談。その中で柄谷は「批評空間の立ち上げはもう無理」「NAMも同じで、違う形ではやるかもしれないが、俺がもう二度とやるとは思うなよ」と述べている。地球温暖化などの環境問題に関しては、物理学者槌田敦による「『地球温暖化二酸化炭素原因説＝原子力発電奨励』への批判」 に注目している。同様な趣旨で、2008年4月7日朝日新聞紙上に「科学者の課題は何ですか」という分子生物学者福岡伸一氏とのクロストークが掲載された。早稲田大学2008年4月1日入学式での不当逮捕抗議声明 （すが秀実の項を参照）に賛同署名している。2010年6月、岩波書店から『世界史の構造』を出版した。2011年3月11日の原発震災後、「デモをすることによって社会を変えることは、確実にできる。なぜなら、デモをすることによって、日本の社会は、人がデモをする社会に変わるからです。」 と新宿アルタ前広場で行われた、素人の乱主催による「9.11新宿　原発やめろデモ!!!!」街頭集会でスピーチした。2014年『世界史の構造』の英訳『The Structure of World History : From Modes of Production to Modes of Exchange』をデューク大学出版から刊行。2014年4月には、デューク大学で、コンフェランス「From Modes of Production to Modes of Exchange」 をもった。2014年9月から2015年3月まで、『社会運動』（市民セクター政策機構/インスクリプト）で『NAMを語る』を連載。同じく『社会運動』で2015年5月から7月まで、市民セクター政策機構理事長で生活クラブ連合会会長の加藤好一のインタビューを受けた。2015年8月15日、第二次世界大戦終結70年の日に、岩波書店が朝日新聞に出した全面広告において、「戦後70年　憲法9条を本当に実行する」 という 表題のインタビューを岡本厚岩波書店社長から受けた。2016年1月、岩波書店より『定本　柄谷行人文学論集』を上梓。