イタリアで隆盛したマニエリスムは北ヨーロッパでも16世紀半ばに主流となり、それまでの初期フランドル派の様式は失われ、大衆の好みから外れてしまった。それでも初期フランドル派の作品を求める外国の王族はおり、ハンガリー王妃マリア・フォン・エスターライヒやスペイン王フェリペ2世は、ファン・デル・ウェイデンやボスの作品を自身のコレクションに加えていた。17世紀初頭時点の著名な美術品コレクションで、15世紀から16世紀の初期フランドル派の作品が含まれていないコレクションは存在しない。しかしながら北方ルネサンス全体でみると、当時もっとも高く評価されていた北ヨーロッパの画家はドイツのアルブレヒト・デューラーだった。1550年にジョルジョ・ヴァザーリが『画家・彫刻家・建築家列伝』で、1604年ごろにはカレル・ヴァン・マンデルが『画家の書』で、初期フランドル派の画家たちのことを北方ルネサンスの中心として位置づけた。ヴァザーリはその著書の初版で、ヤン・ファン・エイクが油彩画の発明者であるという「誤った」記述をしている。しかしながら、このような誤りが散見されるにせよ、どちらの著作も初期フランドル派が美術史上非常に重要な画家たちであり、とくにヤン・ファン・エイクが絵画における革新者であるということを後世に伝える大きな役割を果たした。18世紀には初期フランドル派の画家たちの存在がほとんど忘れ去られていた。ルーヴル宮殿はフランス革命で王宮からルーヴル美術館へと姿を変えているが、当時のルーヴル美術館で展示されていた初期フランドル派の作品はヘラルト・ダフィトの『カナの婚礼』一点のみだった。ルーヴル美術館のコレクションに新たな初期フランドル派の作品が追加されたのは、フランス革命戦争で1794年にフランス軍がネーデルラントに侵攻したときである。このときにネーデルラントから略奪され、ルーヴル美術館に収蔵された初期フランドル派の作品にはヤン・ファン・エイクの『ヘントの祭壇画』の中央パネルと『ファン・デル・パーレの聖母子』、ハンス・メムリンクの『モレールの三連祭壇画』がある。これらの作品はドイツの文芸評論家、思想家のフリードリヒ・シュレーゲルに深い印象を与えた。これらの作品を見たシュレーゲルは、初期フランドル派の芸術に対する分析を1803年にルートヴィヒ・ティークへと書き送っている。のちにこの書簡は1805年になって出版された。1821年にアルトゥル・ショーペンハウアーの母で作家だったヨハンナ・ショーペンハウアー (en:Johanna Schopenhauer) が、ヤン・ファン・エイクらの作品に興味を持つようになり、1827年にドイツ人美術新収集家ズルピツとメルキオールのボワスレー兄弟がハイデルベルクに所有していた初期フランドル派のコレクションを見学している。そしてショーペンハウアーは、歴史的記録も公式記録もほとんど残っていなかった初期フランドル派の芸術家たちの事績をまとめ上げた最初期の研究者になった。その成果が1822年に出版された『ヤン・ファン・エイクとその後継者 (Johann van Eyck und seine Nachfolger )』であり、さらに同じ年にドイツ人美術史家グスタフ・フリードリヒ・ワーゲン (en:Gustav Friedrich Waagen) が、初期フランドル派の近代における最初の学術論文『フーベルトとヤン・ファン・エイク (Ueber Hubert und Johann can Eyck )』を発表した。ワーゲンの論文はシュレーゲルとショーペンハウアーの研究をもとにしたものだった。ワーゲンは後にベルリンの絵画館の館長になり、当時散逸していた『ヘントの祭壇画』の多くのパネルや多数のファン・デル・ウェイデンの三連祭壇画、ボウツの祭壇画など多数の初期フランドル派の作品を収集している。これらの作品の購入にあたっては、描いた画家を特定すべく作風を中心とした入念な解析と調査が行われた。ワーゲンが初期フランドル派の学術的分類手法を最初期に確立したと言える。1803年のベルギー独立革命によって、ネーデルラント連合王国からベルギーが独立し、初期フランドル派の芸術家たちにゆかりのあるブルッヘ（ヤン・ファン・エイクやハンス・メムリンク）、アントウェルペン（クエンティン・マセイス）、ブリュッセル（ロヒール・ファン・デル・ウェイデンやピーテル・ブリューゲル）、ルーヴェン（ディーリック・バウツ）などが新たなベルギー領となった。建国に伴い新しく創設されたベルギーの諸州が競って自らの文化的優位性を高めようとしたことにより、19世紀以前にはそれほどではなかったハンス・メムリンクの評価が、ヤン・ファン・エイクと同等にまで高まるという結果をもたらした。メムリンクは非常に高い絵画技術をもち、深い感情表現に優れた巨匠であるとみなされたのである。1848年にエッティンゲン＝ヴァラーシュタイン公子ルードヴィヒがヴァラーシュタイン城に所有していた、ヤン・ファン・エイクやファン・デル・ウェイデンの作品を含むコレクションを売却されることを余儀なくされ、従兄弟でイギリス女王ヴィクトリアの王配アルバートが、ロンドンのケンジントン宮殿にて競売用の展示会を開催した。ヤン・ファン・エイクとファン・デル・ウェイデンの作品はワーゲンが買い付けたが、ケルン派の作品群と考えられていた残りの作品に買い手は見つからず、結局アルバート残りすべての作品を購入している。当時はロンドンのナショナル・ギャラリーが国際的な地位を高めようとしていた時期で、1860年に館長のチャールズ・イーストレイクがファン・デル・ウェイデンの『読書するマグダラのマリア』を、エドモンド・ボークザンが所有していた「小規模だが粒より」の初期フランドル派コレクションから購入している。1800年代から初期フランドル派の作品が美術館来場者たちの間で評判になり始めた。20世紀初頭では、初期フランドル派の画家のなかではヤン・ファン・エイクとメムリンクがもっとも高く評価されており、ファン・デル・ウェイデンとクリストゥスが次点だった。しかしながら当時メムリンクの絵画だと考えられていた作品の多くが、後にファン・デル・ウェイデンあるいはその工房の作品だと同定され直している。1902年にブルッヘで最初の初期フランドル派展覧会 (en:Exposition des primitifs flamands à Bruges) が開催され、35,000人の観客を集めた。そしてこの展覧会が「初期フランドル派芸術の評価に対する転機」となった。様々な理由から展示中の絵画を保護することが困難だと判断した主催者側は、ヤン・ファン・エイクとファン・デル・ウェイデンの作品はわずか数点しか展示しなかったが、メムリンクの作品は40点近くが展示されている。それにも関わらず、この展覧会で初期フランドル派の第一人者はヤン・ファン・エイクとファン・デル・ウェイデンだという風評が広まった。ブルッヘで開催された展覧会が契機となって、初期フランドル派に対する大衆からの興味が高まるとともに、学術的な研究も盛んになっていった。ヨハン・ホイジンガが、ブルゴーニュ公国の民族主義的な枠を越えて初期フランドル派に正面から取り組んだ最初の歴史家である。1919年に出版された『中世の秋』には、15世紀初頭に隆盛し始めた初期フランドル派が、ブルゴーニュ公宮の趣味趣向に左右されていたことが示唆されている。また、ブルッヘの展覧会を観覧した美術史家ジョルジュ・ユラン・ド・ルーが展覧会公式カタログにあった多数の誤りを指摘して自ら出版した修正版のカタログは、出展作品の所蔵者たちから作者の同定や作品説明に使用された。同じくブルッヘの展覧会を訪れたドイツ人美術史家マックス・ヤーコブ・フリートレンダーは展覧会の論評を発表した。そして、後にユラン・ド・ルーとフリートレンダーの二人が、初期フランドル派研究の第一人者となっている。