2005年から球団合併に伴う入団2年以内の選手への措置でオリックス・バファローズ所属となり、二軍で打率.285、13盗塁を記録。2006年も二軍で54試合出場、打率.328、12盗塁を記録。オフにはハワイ・ウィンターリーグへ派遣された。2007年はオープン戦で結果を残し、テリー・コリンズは「平野恵一が離脱している中で1番バッターは彼以外いない」と絶賛。1番中堅手で初の開幕スタメン出場を果たし、初回に同年のチーム初安打を放った。5月初旬に打撃不振で二軍に降格するも、シーズン終盤に再昇格後はレギュラーに定着し、9月以降は3割近い打率を残し猛打賞も記録。二軍では48試合に出場、打率.317、チームトップの10盗塁を記録。2008年も開幕1番に選ばれ、前半戦は好調を維持。夏場以降は打率が下がり三振も増えたが、主に1・2番打者として、タフィ・ローズと並ぶチーム最多の142試合に出場、初めて規定打席に到達するなどレギュラーに定着した。6三塁打・13盗塁（後藤光尊と同数）はチームトップ、安打数・犠牲バント数・犠牲フライ数はいずれもチーム2位を記録し、満塁時には9打席で7打数6安打11打点と満塁男ぶりも見せた。守備でも外野手としてリーグ3位の7補殺を記録し、ゴールデングラブ賞を初受賞した。一方で、全打席の半分以上で、3球目までに打った打撃スタイルとチーム4位の三振数を記録した、追い込まれてからの脆さから四死球が少なく、アベレージタイプの打者としては出塁率が低い事や、サウスポーに対し打率.232に終わるなど課題も残した。2009年は、シーズン途中から元近鉄選手用の汎用応援歌に替わり、新たに専用応援歌が作られた。オープン戦では打率.349と好調だったが開幕後は5月初旬まで打率1割台と打撃不振に陥り、同年から加入した近鉄時代のチームメイトでもある大村直之が1番を打つようになった。その後は徐々に復調していき、6月からは大村に替わって再び1番打者に定着。5月以降は7月以外全て月間打率3割以上で8月には月間打率.386、イチロー以来球団史上2人目となる月間40安打を記録し、最終的にはチームトップの137試合に出場してチーム内の規定打席到達者で唯一の打率3割となるリーグ2位の打率.317に同2位の167安打、前年の自己最多を更新するチームトップでリーグ10位の16盗塁を記録。また、リーグ6位の出塁率.381で左投手に対しても打率.297と前年課題を残した部分でも改善が見られた。守備では外野手としてリーグトップの14補殺に同2位の守備率を記録してゴールデングラブ賞を2年連続で受賞し、下位に低迷したチームの中で活躍した。この年は、野手8人の中で唯一日ハムではない選手の受賞となった。同年オフ、背番号を9に変更する事が決まった。12月21日には、阪神・淡路大震災復興15年チャリティーマッチに参加し、地元選手、ブルーウェーブOBらで構成された「がんばろう神戸ドリームズ」の選手として出場した。2010年はフルイニング出場を目標とし1番打者として起用されていたが、打撃不振によりわずか12試合でスタメン落ちしてしまう。しかし、交流戦初戦となった5月12日の対ヤクルト戦で、延長10回表に決勝適時三塁打を打ち、チームの対ヤクルト戦2年ぶりとなる勝利に導く活躍や、6月7日の対広島戦ではプロ野球新記録となる10者連続安打の先頭打者として口火を切り、1イニング2安打を放つなど、交流戦打率.389とMVP候補にも挙がった。しかし7月は打率.213、OPS.539と再び不振に陥り、前半戦終了間際に3年ぶりの2軍降格を味わうも、前半戦終了時点で.288だった打率を昇格後は3割に戻し、最終的に2年連続3割、3年連続ゴールデングラブ賞、3年連続150安打を達成し、三塁打はリーグトップの10本をマークした。また、8月には10二塁打と6三塁打を放ち、8月度のJA全農Go・Go賞（表彰テーマ：最多二、三塁打賞）を受賞した。2011年は全144試合フルイニング出場を果たし、パ・リーグ最多安打を受賞した。シーズン序盤は不振であったが、交流戦では打率.412と一気に調子を上げて3割に乗せ、交流戦首位打者、最多安打、最多得点を記録して日本生命賞を受賞した。終盤まで3割をキープして首位打者を狙える位置にいたが、最後の最後で17打席連続無安打を記録するなど不振に陥り、最終的には打率.297でシーズンを終えた。しかし、最多安打、最多タイ三塁打、リーグ3位の得点、同5位の四球、同7位の打率、同8位の出塁率を記録するなど一番打者として活躍した。守備でも無失策の守備率10割、守備機会リーグ3位、補殺同5位と俊足・強肩ぶりを存分に発揮し、4年連続でゴールデングラブ賞を受賞した。また、9月度のJA全農Go・Go賞（表彰テーマ：最多二、三塁打賞）にも2年連続で受賞した。2012年、シーズン前の3月10日に行われた東日本大震災復興支援ベースボールマッチの対台湾戦において初の日本代表に選出され、4回から途中出場し、2打数1安打1四球の活躍を見せた。開幕戦では1番・中堅手として先発出場を果たしたが、この年もここ数年同様に春先から打撃不振、守備でも失策を喫するなど精彩を欠いたことから、5月5日の日本ハム戦ではスタメン落ち。この試合で2010年9月19日から続いたフルイニング出場が179試合で途切れた。それでも一向に調子が上がらないまま、5月17日の対巨人戦で、初回に坂本勇人の放った飛球をダイビングキャッチで好捕したが、この際に右肩を地面に強打し負傷退場。検査の結果、右肩肩鎖関節の脱臼、さらに靭帯も断裂と診断され、長期離脱を余儀なくされた。シーズン復帰は絶望的と言われていたが、なんとかその後9月7日のウエスタンリーグ・中日戦で戦線復帰（岡田彰布監督が坂口の復帰を一軍戦の試合中に初めて知った）。しかし、打撃は問題はないが、守備で投げられるほどには万全ではなかったため、専らDHまたは代打として守備に就かずに二軍戦に出場し続け、公式戦終了間際の10月5日に一軍登録され、同日の対ソフトバンク戦で7回裏に代打として復帰を果たすと、大隣憲司からダメ押しの適時打を放った。同月7日の対西武戦でも代打で安打を放ったが、一軍定着後最少となる40試合の出場に留まり、最下位に低迷したチームにとって坂口の戦線離脱が攻守に手痛いシーズンとなってしまった。この年のオフに伊藤光と共にオリックスの副選手会長に就任するも、新選手会長の大引啓次がトレードで移籍したのに伴い、選手会長に就任した。2013年は選手会長として試合に出場。しかし序盤から不振。さらに夏場に入っても一向に調子が上がらず、シーズン途中にはぎっくり腰になり8月に登録抹消。シーズン終盤に復帰した。最終的に97試合に出場。規定打席にはあと6打席届かなかった。2014年には、開幕からスタメンで出場を続けるなど、一軍公式戦122試合に出場。出場試合数が、3年振りに100試合を超えた。しかし、8月以降は川端崇義にスタメンを奪われてしまうなど、シーズン全体では前年に続いて不振。その一方で、前年を下回る打席数で40打点を記録するなど、随所で勝負強さを発揮した。シーズン中には国内FA権を取得したものの、シーズン終了後に球団と2度交渉した結果、権利を行使せずオリックスへ残留することを表明している。2015年にも、一軍の公式戦に開幕からスタメンで出場。一時、3番打者として起用されていた。「『プロになりたい』と思わせてくれた」という阪神・淡路大震災発生年（1995年）のオリックス・ブルーウェーブ復刻ユニフォームで臨んだ4月18日の対西武戦では、地元に近いほっともっとフィールド神戸で、この年唯一の本塁打を放っている。しかし、5月11日に出場選手登録を抹消。抹消の直後に右肘を痛めた影響などから、一軍への復帰を果たせなかった。さらに9月には、翌年の契約について、野球協約上の減額制限を超える大幅な減俸を球団から提示される。坂口はこの提示に同意せず自由契約を申し入れ、球団はシーズン終了直前の10月1日に坂口の退団を発表した。