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1670年、神聖ローマ皇帝レオポルト1世（在位1658年 - 1705年）はウィーンからユダヤ人を追放したが、1673年、同じ神聖ローマ皇帝レオポルト1世が、ハイデルベルクのユダヤ人ザームエル・オッペンハイマーを帝国軍の補給係に任命して、1683年のトルコ軍のウィーン包囲やフランスとの戦争などを通じて食料、武器、輸送用の牛馬を提供して、首尾上々に任務を遂行した。当時は、外交取引に宮廷ユダヤ人が活躍し、ハノーファーのレフマン・ベーレンツはルイ14世とハノーファー公の間を取り持った。ハルバーシュタットの宮廷ユダヤ人ベーレント・レーマン は、ザクセン選帝侯アウグストをポーランド王位につかせたが、息子はザクセンから追放された。ヨーゼフ・ズュース・オッペンハイマーはヴュルテンベルク公カール・アレクサンダーの宮廷ユダヤ人として財政と行政を立て直し、権勢を誇ったが、最後は絞首刑に処された。宮廷ユダヤ人は豪勢な家屋敷を構え、ミュンヘンの銀行家ヴォルフ・ヴェルトハンマーが開いた狩猟競技会ではイングランド大使や貴族が参加した。宮廷ユダヤ人の大部分はユダヤ教を遵守していたが、シュタドラン（世話役）として、滞在禁止命令を追放令を解除させたり、ユダヤ人共同体を統轄して、ユダヤ人の敵対分子を牢獄につながせた。この頃、オーストリアの説教者アーブラハム・ア・ザンクタ・クラーラは1683年のトルコ軍によるウィーン包囲に際して、トルコ人は「貪欲な虎、呪われた世界破壊者」、ユダヤ人は「恥知らずで、罪深く、良心を持たず、悪辣で、軽率で、卑劣でいまいましい輩、悪党」として、ペストはユダヤ人、墓掘り人、魔女によって引き起こされたと説教し、また「イエスを司直に売り渡したあのユダヤ人の子孫は、その後永劫の罰を受けねばならない」と説教した。ブランデンブルク王家は17世紀半ばには武器・貨幣鋳造商人イスラエル・アロンに貴族位を授けたり、オーストリアから追放された富裕ユダヤ人を保護した。プロイセン王国では身柄保証金を条件にユダヤ人の自由な経済活動が認められた。プロイセン王フリードリヒ・ヴィルヘルム1世(在位1713 - 1740)はユダヤ人代表団の謁見に際して、「主を十字架にかけた悪党」とは面会しないと断ったが、侍従がユダヤ人からの高価な贈り物があると聞くと、王は、「主が十字架にかけられた時は、彼らはその場にいなかった」のだから、謁見を許可した。一方で、ユダヤ人強盗団もおり、1499年の『放浪者たちの書』の盗賊仲間隠語集にはヘブライ語起源が多くを占めており、17世紀以降には、組織的ユダヤ人強盗団の記録がある。18世紀ドイツには強盗団首領ドーミアン・ヘッセルが死刑になった。しかし、宮廷ユダヤ人もユダヤ人強盗団も例外の部類であり、大多数のユダヤ人は、中世的な風習にこだわり、しきたりを忠実に守りながら暮らした。
宗教改革と宗教戦争を経て、16世紀のソッツィーニ派は聖書の権威を批判し、三位一体説や予定説、キリストの神性を否定し、教会と国家の分離（政教分離）を主張し、神だけの神性を主張し，イエスの神性を否定するユニテリアンに影響を与えた。やがて、この潮流はチャーベリーのハーバート卿やトーランドなどイギリスの自由思想家によって理神論（自然宗教）という理性に基づく合理主義的な有神論となった。ハーバート卿の『真理について』（1624年）は哲学者デカルトに影響を与えた。オランダのユダヤ・セファルディム系哲学者スピノザにとってユダヤ教は確かな論拠と証明に基いていないのでそれがユダヤ共同体から離れる原因となり、さらにユダヤ人の男に短剣で襲撃されたことでスピノザはユダヤ共同体と絶縁し、さらに破門され追放された。その後、スピノザは匿名で1670年に『神学・政治論』を書き、ヘブライ人の宗教は他の民族とは絶対に相反的なものであり、ユダヤ教において他の民族への憎しみは敬神と敬虔から生じた神聖なものと信じられていると、ユダヤ教について激しく攻撃的に論じ。スピノザはコレジアント派（ソッツィーニ派、メンノ派）の解釈に倣って、ユダヤ教における隣人をユダヤ民族に限定した。スピノザの聖書批判はキリスト教神学者の間でも反発を呼んだ。ピエール・ベールは『歴史批評辞典』 （1696年）でスピノザの聖書批判を紹介しフランスやイギリスでも知られるようになり、スピノザによってユダヤの神は憎しみの神であるという考え方、そしてユダヤ教は迷信にすぎないといった見方が啓蒙思想やイギリス理神論、ドイツの哲学者カントやヘーゲルまで広がっていった。ゴルディンやポリアコフは、スピノザは近代の反ユダヤ主義の形成において重要な役割を果たしたと論じている。自由思想家で理神論（合理主義）の哲学者ジョン・トーランドは『キリスト教は秘蹟的ならず』（1696年）で教父たちは真のキリスト教を堕落させてきたとして、「理に適った」（合理的な）教説を説き、キリスト教はもとはユダヤ教徒であったと論じた。トーランドは1714年の『ユダヤ人帰化論』でユダヤ人を擁護し、ヨーロッパ大陸からユダヤ人を受け入れるよう主張した。また『ナザレ人』（1718年）でトーランドは「ユダヤ教徒が奉じる真のキリスト教」はローマ帝国の異教徒たちによって圧殺され、また教皇制度はキリスト教を歪める一方で、ユダヤ教の儀式を非難してきたが、こうしたことの根拠は聖書には書かれていないと論じた。トーランドは、これまでのキリスト教世界を批判する一方で、ユダヤ人を擁護した。聖公会の非正統的神学者トマス・ウールストンは1705年の著作『ユダヤ人と復活した異邦人に対するキリスト教の真実のための古い弁明』以来の著作やパンフレットで、ユダヤ人は「騒音と悪臭の根本」であり、「世界はユダヤ人の毒に満ちている」と論じた。ヴォルテールはウールストンの著作を典拠にした。ニュートンの推薦でルーカス教授職に就いたウィリアム・ホイストンは1722年の『旧約聖書再現試論』でユダヤ人は旧約聖書の写本を歪め、故意に改悪したと論じた。ドルバック伯爵に影響を与えたアンソニー・コリンズは『キリスト教基礎論』(1724)でユダヤ教は民族宗教にすぎないと主張した。マシュー・ティンダルの『天地創造と同じ古さを持つキリスト教、あるいは自然宗教の福音』（1730年）は理神論のバイブルといわれたが、ユダヤ人の悪しき影響力を論じたものでもあった。トマス・モーガンは『キリスト教徒の理神論者フィレラテスとキリスト教徒ユダヤ人テオファネスとの対話のなかの道徳哲学者』（1737年）で、スピノザに基づきイスラエルの神は戦の神であり、その土地の民族の神にすぎないとして、理神論者がキリスト教徒ユダヤ人に打ち勝つと描いた。ウィリアム・ウォーバートンの『モーセの聖使節』(1737年-1741年)では、神が最も粗野で卑しい民族を選んだということが啓示の根拠であると論じた。ボーリングブルックはユダヤ人とキリスト教教父たちはキリスト教を悪質なものへと変えたと非難した。こうしたイギリス理神論は、ユダヤ人に取り憑かれたように非難していたわけではなかった。しかし、ジョン・トーランドを唯一の例外としてほとんどのイギリス理神論者が伝統的なキリスト教的な反ユダヤ主義を保持し続け、ユダヤ教とキリスト教の窮屈さや旧約聖書の排他主義を批判し、文明や人類の起源をエジプトやインドに求めていくようになり、これが後年の「アーリア神話」に行き着くことになった。イギリス理神論は、フランスのヴォルテールやルソーなどヨーロッパの思想に大きな影響を与えた。
すでに述べたように自民族を高貴な民族とみなす考え方は8世紀の『サリカ法典』にもみられるが、1434年のバーゼル公会議でスウェーデンのラーグヴァルトッソン司教が述べた「スウェーデン王国は最も古く高貴な王国であり、スカンディナビアは人類発祥の土地である」という発言には近代的な人種主義的ナショナリズムの萌芽がみられる。16世紀後半、ドミニコ会の哲学者ブルーノは、インディアン、エチオピア人、ネプチューンの洞窟の住民、ピグミー、巨人は、人間と同じ出自ではなく、神の創造したものではないとした。マラーノのアイザック・ラ・ペイレールは1655年の『前アダム人』で、聖書はユダヤ史のみを取り扱っているにすぎず、アダム以前に数百万の前アダム人がおり、またユダヤ史は「アダムからイエスまでの選びの時代」と「イエスから17世紀までの排除の時代」であったとし、その後にユダヤ人の復活の時代が訪れ、ユダヤ人（アダム人）以外の民も含めた万人が救済されるとした。1689年、哲学者ジョン・ロックは『人間知性論』において、子供が人間の観念を形成する際に周囲の白人の肌色から白色が人間という複雑な観念の内の単純観念の一つとなるので黒色のニグロは人間ではないと判断する、と論じた。ライプニッツは『人間知性新論』で「動物の習性とも見なしうるほどの残忍さにみちたアメリカの蛮人の習慣を認めるには、彼らと同じほど愚鈍でなければならない」と述べた博物学者ジョン・レイは、色の違う花が異なる種に属すように、ニグロとヨーロッパ人は異なる種に属すと論じたスウェーデンの博物学者リンネは1735年の『自然の体系』で人間を4つに分類し、白いヨーロッパ人は発明の才に富み、法によって統治され、赤いアメリカ人は自由で短気で習慣によって統治され、黄色いアジア人は高慢で貪欲で世論によって統治され、黒いアフリカ人は無気力で主人の恣意的な意志によって統治されているとし。ヒュームは1742年、黒人などの白人以外の文明化されていない人種は、白人種のような独創的な製品、芸術、科学を作り出せないとし、非白人による文明民族は存在したことはないとした。科学者モーペルテュイは、黒人から白い子供が突然生まれるのに対して、その逆はないことから、人間の最初の色は白であると論じた。ドイツの哲学者G.F.マイアー は、最初の人間アダムは脇腹にすべての人間をたずさえ、その中のアブラハムの精子にはすべてのユダヤ人が含まれていたとした解剖学者メッケルは1757年にニグロを解剖した結果、彼らの脳も血液も黒いため、白人とは別の人種であるとした。解剖学者カンペル は、ユダヤ人には色の黒いポルトガル系や、白いチュートン系もいて、皮膚の色が違っても始祖は同じアダムであり、ニグロも人間であるとメッケルを批判した。カンペルはヨーロッパ人、カルムイク人（蒙古人）、ニグロ、猿の順に「顔面角」が減少していくとした。博物学者ビュフォンは『博物誌(1749-1788)』において、ロバが退化した馬であり馬に属するようにニグロは人間に属する、あるいは、白人が人間であるとすれば、ニグロは人間でなく猿のような別の動物であるとした。ヴォルテールは、ニグロが猿より優れているように、白人はニグロより優れているとし、ニグロは猿との性交から生まれた怪物の種であるとしたカントは1764年の『美と崇高との感情性に関する観察』で「アフリカの黒人は、本性上、子供っぽさを超えるいかなる感情も持っていない」し、また東洋の住民は誤った趣味を持っているのに対して、ヨーロッパ人は美と崇高の正しい趣味を作り上げ、世界市民 (コスモポリタン)の人倫的感情を高めたと論じた。カントは1777年の「様々な人種について」では人間は共通の祖先を持つとしたが、『自然地理学』(1756-96年)で白色人種によって人類は最大の完全性に到達するとした。1799年、医者チャールズ・ホワイトは白いヨーロッパ人は人類の最も見事な産物であり、ヨーロッパ人以外にこれほど美しい頭の形、これほど大きな頭脳をどこに見出すことができるだろうかと書いた。エドワード・ロングは、ヒト種を、ヨーロッパ人、ニグロ、オランウータンの3つに分けて、白人とニグロの混血児もニグロとオランウータンの混血児も生殖能力を持たないとした。クリストフ・マイナース は「美しい白人種」と「醜い黒人種」の二つに分け、白人、特にケルト民族だけが真の勇気などの美徳を持っており、黒人は無情で無感覚な恐ろしい悪徳を持っているとした。＞＞ 「近代人種学」へ
ポーランドのユダヤ人は、ユダヤ教国ハザール帝国や、ビザンティウムから来たと考えられている。伝承では、一日だけユダヤ人がポーランドの王位に即位したといわれ、中世11世紀、12世紀の貨幣にヘブライ語で「ミエシュコ大王」「アブラハム・ドゥハス」などの銘が刻まれている。ポーランドではユダヤ人への優遇政策は進んでいた。1264年、ポーランドのカリシュのボレスワフ王（1221-79）は、ドイツ諸侯のようなユダヤ勅許状を出した。しかし、1267年、ブラスラウ公会議は12条でポーランドはキリスト教徒の新しい入植地であるため、ユダヤ人の迷信や悪習からの影響を懸念した。1279年、ユダヤ人識別章が計画されたが実現しなかった。1364年、カジミェシュ王（1310-70）はユダヤ人を貴族と同等の扱いとして、ユダヤ人に危害を加えた者を罰した。しかし、14世紀末、ポーランドで聖体冒涜事件と儀式殺人事件が起こった。1454年、カピストラーノのジョバンニの影響で、ヤギェウォ朝のカジミェシュ4世がユダヤ人の特権を一部撤回した。1565年、ポーランドのユダヤ人は卑しい職業に従事しているわけでもなく、土地を所有し、医学、占星術を研究し、大きな富を蓄えて、武器の携帯も認められている、と教皇使節が報告しており、他国の境遇との隔たりがあった。当時、ポーランドのユダヤ人は商業、行政、森林開拓、岩塩採掘、農業、銀行、ポーランド貴族の御用商人、宮廷ユダヤ人など、多岐にわたって浸透しており、ユダヤ人から利益を得ていたポーランド貴族はユダヤ人を庇護した。他方で、ポーランドの聖職者はユダヤ人を攻撃し、イエズス会のスカルガ は、トレントのシモン少年儀式殺人事件や、聖餅冒涜裁判の原告にもなった。イエズス会の神学生はユダヤ人へのポグロムを繰り返し、またポーランドの農民は農民が稼いだ金でユダヤ人は腹を満たすとして、「ユダヤ人、ドイツ人、悪魔」の三人兄弟のうち、悪魔が一番ましという諺もあった。ポーランド・リトアニア共和国の支配下にあったウクライナにおいて、ギリシア正教を奉じるウクライナ農民にとってカトリックの領主とその家令ユダヤ人は憎悪の対象であった。1648年、ギリシア正教徒ボフダン・フメリニツキーは「ギリシア人」を名乗り、「ポーランド人とそのお抱えの家令、仲買人たるユダヤ人から受けた屈辱を忘れまい」と叫び、ユダヤ人、ポーランド人の別なく改宗を迫ったり殺害し、イエズス会士も追放された。このフメリニツキーの乱（1648年 - 1657年）はやがてロシアとポーランドの戦争(1654年-1667年)となり、ロシア軍もユダヤ人を殺害した。この戦乱でユダヤ人は奴隷としてトルコに売られていった。この大洪水時代によって、ポーランドは荒廃し、ポーランドのユダヤ人も致命的な打撃を受けて、17世紀後半にはポーランドのユダヤ人は銀行家の地位を追われ、1765年、ポーランド政府は、従来の集団単位の課税から人頭税に切り替え、ユダヤ人の組織「四邦議会」を廃止した。多くのユダヤ人が国外のハンガリーやルーマニアへ逃亡し、またポーランドのユダヤ難民を救済するための募金活動が各地のユダヤ社会で行われた。1768年、ポーランド領ウクライナでハイダマク(ハイダマキ運動)によるポグロムが発生した。1648年、偽メシアのシャブタイ・ツヴィがトルコのスミルナに現れると、ヨーロッパ各地のラビは歓迎して、ユダヤ人は財産を売って、コンスタンティノープルへの船に乗ろうとしたほどであった。しかし、1666年、ツヴィはオスマン帝国において逮捕されイスラム教への改宗を選択した。なお、カバラー学者は1666年をメシア到来の時と解釈していた。ウクライナのガリツィアのイスラエル・ベン・エリエゼル（バアル・シェム・トーブ）は、奇跡の治癒と悪魔祓いを行いながら、自然に聖なる花火として偏在する神の存在を説いて、ハシディズム運動を起こし、ポーランド、東ヨーロッパ各地に広まった。しかし伝統的なユダヤ教ラビはハシディズムを異端として排斥した。ウクライナ・ロシア戦争 (1658年-1659年)の時、バシリ・ヴォシュトシロは、不実のユダヤ人が暴行、殺人、略奪を平気で犯し、キリスト教徒の女性を侵している、かくして「余は、キリスト教の聖なる信仰にたいする熱意に駆られ、数名の清廉の士を同士として、ユダヤの呪われた民を根絶やしにする決意を固めた」と宣告した。1772年、第一次ポーランド分割前夜には、ポーランドの暴徒たちが、エカチュリナ大帝の皇帝勅書をふりかざし、全スラヴ的信仰を旗印として、ユダヤ人とポーランド領主に対する組織的な絶滅作戦を展開した。しかし、この皇帝勅書は、ロシア正教のメルヒセデブ神父が作成したとみられる偽の皇帝勅書であり、そこには、ポーランド人とユダヤ人が全スラヴ的信仰に対して軽侮しており、冒涜者たるポーランド人とユダヤ人を根絶やしにすることが目的であると書かれていた。18世紀には、儀式殺人事件が多発した。リトアニアのラビであった改宗ユダヤ人のミハイル・ネオフィートはユダヤ教では儀式殺人が掟であり、自分はかつてキリスト教徒の子供を殺したと自白したが、このネオフィートの証言記録はポーランドやロシアで反ユダヤ主義の典拠となった。
モンゴルのくびきから解放されたモスクワ大公国では、イヴァン3世（在位1462年 - 1505年）領土を四倍に拡大した時代にユダヤ人が移入した。1470年頃、スハリヤという男がノヴゴロド公国でユダヤ教の優位を説教し、キリスト教聖職者もユダヤ教へ改宗したが、布教活動が公然と行われるようになると記録が途絶えた。スハリヤユダヤ教団はイエスはモーセと同じ位格であり、父なる神と同格ではないと主張したが、これは4世紀の東ローマ帝国アンキラのマルケロス派（Markellos of Ankyra）、フォティノス派（Photinus）の教えと同じであった。イヴァン4世治世下の1540年、教団の指導者は処刑された。この事件以降、モスクワ大公国では異邦人は特別居住区に住まわせられ、ユダヤ人隔離政策も行われた。1550年、イワン雷帝は、ポーランド王からユダヤ商人のモスクワ入りの許可を求められると、毒薬を持ち込むユダヤ人を入国させることはできないと拒否した。1698年、ロシア帝国のピョートル大帝は自由思想の持ち主であったが、アムステルダム市長からユダヤ商人のモスクワ滞在の許可を求められると時期尚早と断った。エリザヴェータ皇帝は、ウクライナ、ロシアの全ユダヤ人を追放し、以後入国も禁止した。1743年に元老院がユダヤ商人の市場参加で国庫がいかに潤うかを報告しても、女帝はキリストの敵からの利益は不要であると認めなかった。パーヴェル1世からポーランドのユダヤ人調査を命じられたガヴリ−ナ・デルジャーヴィンは、シナゴーグは迷信と反キリスト教的憎悪の巣、ユダヤ人自治機構カハルは危険な国家内国家、ユダヤ人は隣人の財産奪取を目的としていると報告した。
神聖ローマ皇帝カール6世（在位：1711年 - 1740年）のウィーンではユダヤ人の人口増加を防ぐために、1726年の法で、正式に結婚できるのは長男だけとされた。この結婚制限法は、ボヘミア、モラビア、プロイセン、パラティナ、アルザスでも適用された。この結果、多くのユダヤ人若者がポーランドやハンガリに流出した。印刷術の発達によって、18世紀初頭には反ユダヤ的著作は毎年のように夥しい量が出版されるようになった。ハイデルベルク大学の東洋学・ヘブライ学者アイゼンメンガーは1700年に『暴かれたユダヤ教』を著したが、オーストリア宮廷ユダヤ人のザームエル・オッペンハイマーによって発禁処分となり、アイゼンメンガーは無念のうちに4年後に死んだ。しかし、アイゼンメンガー死後まもなくして、プロイセン王フリードリヒ1世の後ろ盾を得て、遺族が再刊し、以後、ドイツの反ユダヤ主義の枕頭の書となった。オーストリア継承戦争でユダヤ人がプロイセンのスパイとして活動したということから、1744年、オーストリア大公マリア・テレジアがボヘミアでユダヤ追放令を出した。しかし、ヴォルフ・ヴェルトハイマーがユダヤ人の国際連帯活動を行い、フランクフルト、アムステルダム、ロンドン、ヴェネツィアのユダヤ人居住地は警戒態勢を敷き、ローマのゲットーには教皇に働きかけるよう指示があり、宮廷ユダヤ人の国際ネットワークの力によって、イギリスとオランダがマリアテレジアへ抗議して、マリアテレジアは追放令を解除した。このウィーンでのユダヤ追放令が国家による大規模な追放政策としては最後のものとなった。
1762年、ルソーは『エミール』で、ユダヤ人を「もっとも卑屈な民」と称し、ユダヤの神は怒り、嫉妬、復讐、不公平、憎悪、戦争、闘争、破壊、威嚇の神であり、「はじめにただ一つの国民だけを選んで、そのほかの人類を追放するような神は、人間共通の父ではない」とした。同じ1762年、ヴォルテールはユダヤ人のイザーク・ピントへの批判に対して「シボレットを発音できなかったからといって4万2千人の人間を殺したり、ミディアン人の女と寝たからといって2万4千人の人間を殺したり、といったことだけはなさらないでください」と「キリスト者ヴォルテール」と署名して答えた。1764年の『哲学辞典』ではヴォルテールは、ユダヤ人は「地上で最も憎むべき民」「もっとも忌まわしい迷信にもっとも悪辣な吝嗇を混ぜ合せた民」等と非難した。しかし、ヴォルテールは啓蒙主義の進展に寄与したため、当時のユダヤ人側から厳しい評価が寄せられなかった。モンテスキューはオランダ人の一部の人以上にユダヤ的なユダヤ人はいないと旅行記で述べた。無神論者ドルバックはユダヤ人は脆弱でみじめな存在であり、その熱狂的、非社交的な宗教と常軌を逸した法の犠牲者で、迷信的な無分別の結果であるとし、卑しく常軌を逸した迷信は愚鈍なヘブライ人や堕落したアジア人にまかせておけばいいと論じた。
1776年、自由主義神学者のゼムラーは「無能にして不信心なユダヤ人」は「誠実なるギリシア人やローマ人とは比較の対象にすらならない」として、旧約聖書、とりわけエズラ書とネヘミヤ書にはキリスト教的精神が欠如しており、聖書として永遠に必要不可欠なものであるのかと問いかけた。1779年、フランソワ・エルがアルザスのユダヤ人を「国家内国家」として非難した。「国家内国家」という表現はユグノーに対して使われたもので、1685年にはナントの勅令が廃止された。啓蒙専制君主フリードリヒ2世は1740年の『反マキャベッリ論』で、モーセが「神感を受けていなければ、大極悪人、偽善者、ないし作者が困っているときに劇に大団円をもたらしてくれる機械仕掛けの神を用いる詩人のように、神を利用していた詐欺師としか」みなしえない、「モーセはたいへん稚拙だったので、ユダヤ人を導くのに、六週間で非常に通れたはずの道に四十年もかかった。彼は、エジプト人たちの知識をほとんど利用しなかった。」「ユダヤ人の先導者は、ローマ帝国の建国者（ロムルス）、ペルシア帝国の大王、ギリシアの英雄たち（テセウス）よりも、はるかに劣っていた」と述べた。フリードリヒ2世はモーセ、キリスト、ムハンマドを詐欺師とする『三詐欺師論』などの無神論の影響を受けていた。ただし、フリードリヒ父王はユダヤ人が一般職業に就くことを禁止したが、フリードリヒ2世はユダヤ人取扱を改善しており、ロスバッハの戦勝記念（1757年）に際しモーゼス・メンデルスゾーンはユダヤ人保護法のもと建設されたベルリンのシナゴーグで、ユダヤ人解放を実現した国王として祝福した。フリードリヒ2世は、1780年に『ドイツ文学論』 をフランス語で著述し、ドイツ文学の惨状の原因として戦争の影響があり、またドイツが政治的な統一国家を作れないこと、さらにドイツ語が多種の異なる方言をもつ未発達な言語であり統一言語がないことなどにあるとした。クラインは、フリードリヒ大王のプロイセンでは、言論の自由が保障されているが、服従が国家の核心にあったと述べ、またカントは日常の職務では自由を制約されると論じて、ハーマンはこれを批判した。プロイセン王国枢密顧問官クリスティアン・コンラート・ヴィルヘルム・ドーム は、エルのユダヤ人非難文書に刺激されて、メンデルスゾーンとともにユダヤ人の解放と信教の自由を訴え、1781年9月に『ユダヤ人の市民的改善について』を発表し、ユダヤ人が特別な許可がなくては結婚もできず、課税は重く、仕事や活動が制限されていることを批判した。ただし、ドームはユダヤ教の棄教を解放の条件とした。ゲッティンゲンのルター派神学者・ヘブライ学者ヨハン・ダーフィト・ミヒャエーリスは、悪徳で不誠実な人間であるユダヤ人は背が低く、兵士としても役立たずで、国家公民になる能力を欠いており、さらにその信仰は誤った宗教であるのに、ドームは職業選択の自由だけでなくユダヤ人が固有の掟に従うことまでを許しているとして、ドームを批判して、ユダヤ人解放を拒否した。ミヒャエーリスは聖書と普遍史を批判したことでも高名だが、すべての言語が一つの言語、特にヘブライ語であったとは証明されていないとした。1782年、オーストリアの神聖ローマ皇帝ヨーゼフ2世がボヘミアとオーストリアのユダヤ人の市民権を改善する寛容令を公布した。ユダヤ人の工場経営者で哲学者であったモーゼス・メンデルスゾーンはユダヤ啓蒙運動を展開して、詩篇とモーセ五書をドイツ語に翻訳し、ユダヤ人子弟の教育では従来の律法重視を改めて世俗的な科目や職業訓練を訴えて、ユダヤ人のキリスト教社会への同化を進めた。1770年にはメンデルスゾーンは街路を歩くと罵声を浴びせかけられるのが日常であったため、外出しないようにしていた。1782年、メンデルスゾーンはメナセ・ベン・イスラエルの『イスラエルの希望』のドイツ語訳前書きで、国家が宗教への介入をやめるという政教分離原則を主張しながら、ユダヤ人社会の宗教的権威から独自の裁判権を放棄するよう求めた。
フランスのアルザスでは、1784年、地方領主が徴収していたユダヤ人通行税が廃止され、同年7月にはユダヤ人への農地所有が認められた。これは外国人のユダヤ教徒の排除が目的であり、ユダヤ人の当地の人口を抑制するための政策であった。1787年、メッスの王立学芸協会は「ユダヤ人をフランスでよりいっそう有益かつ幸福にする手段は存在するか」で論文を公募し、アンリ・グレゴワール神父とザルキント・ウルウィッツのユダヤ人擁護論が表彰された。グレゴワール神父は1789年ジャコバン派の三部会議員となり、ユダヤ人解放に尽力し、ウルウィッツは著書『ユダヤ人擁護論』を書いて、ミラボーに注目された。ミラボー伯爵はドームとベルリンのサロンで親交して影響を受けて、フランス革命でユダヤ人解放を実現した。1791年1月28日、フランス革命中のフランスでは、イベリアから移住したポルトガル系ユダヤ人と、アヴィニョン教皇領のセファラディームの職業と居住地が保障された。反対者によって国民議会は分裂寸前となったが、1791年9月27日にユダヤ人解放令は議決し、11月に発効した。しかし、革命の動乱でユダヤ人が解放されることはなく、ユダヤ人の解放政策が進展したのはナポレオン時代以後のことであった。フランスの覇権が拡大するなか、ドイツではドイツ至上主義・ゲルマン主義が台頭すると同時に、反フランス主義と反ユダヤ主義が高まっていった。ドイツの教養市民はゲーテを例外として、フランス革命を「理性の革命」として熱狂的に当初は歓迎したが、革命後の恐怖政治が現出すると革命を憎悪するようになった。詩人クロプシュトックはフランス革命を称えた数年後に「愚民の血の支配」「人類の大逆犯」としてフランスを糾弾した。当初革命を称賛したフリードリヒ・ゲンツは1790年にバークの『フランス革命の省察』をドイツ語に翻訳した。プロイセンではヴェルナー宗教令への反対者は「ジャコバン派（革命派）」として糾弾され、シュレージエンでは革命について語っただけで逮捕され。オーストリアでは外国人の入国が制限された。フランス以外の国が反革命国家となった要因としては、アルトワ伯などのフランスの亡命貴族たちの活躍があった。アルトワ伯はコーブレンツに亡命宮廷をひらき、ラインラントを拠点として反革命運動を策動した。1791年6月、ルイ16世とマリー・アントワネット国王一家がフランスを逃亡しようとしたが、国境付近で逮捕されたヴァレンヌ事件が起きた。啓蒙君主であった神聖ローマ皇帝レオポルト2世は妹のマリー・アントワネットを危惧し、プロイセン王フリードリヒ・ヴィルヘルム2世と共にピルニッツ宣言を行い、フランスに王権復旧を要求した。神聖ローマ帝国とプロイセンの反革命宣言はフランスへの挑発となって、1792年3月1日、フランスの好戦派はオーストリアに宣戦布告し、プロイセンもオーストリアの同盟国として参加して、革命戦争がはじまった。フランスの革命勢力は、外国の反革命勢力を倒し、また「自由の十字軍」として好戦的であり、ジロンド党のブリソは「戦争は自由をかためるために必要である」と演説した。革命側は短期決戦による勝利を期したが、軍の貴族将校の半数が亡命しており、フランス軍は敗退すると、革命派は国王一家がオーストリア・プロイセン軍と内通しているとみなして宮殿を襲撃して国王一家を幽閉する8月10日事件が起こった。また、反革命派1200人が虐殺される九月虐殺が起こった。9月、フランス国民軍はヴァルミーの戦いで傭兵を中心としたプロイセン軍に勝利して、フランスでナショナリズムが高揚した。この勝利によって、革命戦争が革命対反革命の戦争から、フランスの大陸制覇戦争へと性格を変えていった。1793年1月にルイ16世が処刑されると、ドイツ側にイギリス、スペイン、イタリアなどの反革命諸国家が参加し、第一次対仏大同盟が形成された。フランスは1793年8月23日に国家総動員法を発令して徴兵制度を施行し、史上初の国民総動員体制をもって恐怖政治のもとに戦時下の非常処置がとられた。戦争はフランス軍に有利な情勢となり、1794年9月、フランス軍はオランダへ侵攻し、ネーデルラント連邦共和国は崩壊、1795年1月にはフランスの傀儡国(姉妹共和国)としてバタヴィア共和国が宣言された。バタヴィア共和国ではユダヤ人にも公民権を授与した。1794年から1795年にかけてウィーンでは「ドイツ・ジャコバン派」が処刑された。ゲオルク・フォルスターたちはマインツ共和国をつくったが、マインツがプロイセンとオーストリアの連合軍に占領され崩壊した。1795年4月、フランスはプロイセンを破り、バーゼルの和約でプロイセンはフランス革命政府によるラインラント併合を承認して対仏連合から退き、ポーランド分割に関心を向けた。これによりオーストリアは単独でフランスと対峙した。1796年以来、ナポレオン・ボナパルト率いるフランス軍はオーストリア軍を連破し、1797年10月のカンポ・フォルミオ条約によって、フランスはイオニア諸島とネーデルラント、ライン川左岸地区を保有し、オーストリアはヴェネツィア共和国を領有した。これによって、対仏大同盟は崩れ、各地にフランスの衛星国がつくられた。ナポレオンは征服した土地でナポレオン法典を施行してユダヤ人を「解放」していった。イタリア、ローマ教皇領、ライン地方のユダヤ人は市民権を授与された。他方、以前の身分制度に満足していたアムステルダムのセファルディは市民権を不必要としたがユダヤ共同体も分裂状態となっている。各地のユダヤ人はナポレオンを解放者として歓迎し、フランスはユダヤ人解放者としての名声を確立した。しかし、ナポレオンはユダヤ人はイナゴの大群のような臆病で卑屈な民族であるとして「ユダヤ人の解放はこれ以上他人に害悪を広めることができない状態に置いてやりたいだけだ」と述べ、ユダヤ人の非ユダヤ教化を望み、さらにユダヤ人とフランス人との婚姻を進めればユダヤ人の血も特殊な性質を失うはずだとユダヤ人種の抹消を目標としていた。なお、ナポレオンのユダヤ政策の作成過程では、好ましくない偏見があるので公文書から「ユダヤ人」名称を一掃することが提案されたこともあり、ドイツ諸邦では行政で「モーゼ人（Mosaiste）」が奨励されたが定着しなかった。1798年、ロシア、トルコが参戦し、オーストリアも戦列に復帰して第二次対仏大同盟が結ばれ、1799年11月、ナポレオンがクーデターによって政権を握った。
ドイツ観念論の哲学者イマヌエル・カントは、モーゼス・メンデルスゾーンなどユダヤ人哲学者と交流していたが著作では反ユダヤ主義的な見解を繰り返し述べており、『単なる理性の限界内での宗教』（1793年）で、「ユダヤ教は全人類をその共同体から締め出し、自分たちだけがイェホヴァ−に選ばれた民だとして、他のすべての民を敵視したし、その見返りに他のいかなる民からも敵視されたのである」 と述べ、また晩年の『実用的見地における人間学』（1798年）でも、「パレスティナ人（ユダヤ人）は、追放以来身につけた高利貸し精神のせいで、彼らのほとんど大部分がそうなのだが、欺瞞的だという、根拠がなくもない世評を被ってきた」と書き、『諸学部の争い』ではユダヤ人がキリスト教を公に受け入れればユダヤ教とキリスト教の区別が消滅し、ユダヤ教は安楽死できると述べている。カントは、啓蒙思想によるユダヤ人解放を唱えながら、儀礼に拘束されたモーセ教（ユダヤ教）を拒否した。他方のモーゼス・メンデルスゾーンはラファータ−論争でキリスト教への改宗を断じて拒否した。また、カントは、フランス革命を賛美しつつも、教会や圧政などの「外界からの自由」というフランス革命の自由観を批判して、自律的な自己決定という概念によって、外界の影響に左右されない「完全な自由」観を生み出した。カントは、人間は外なる世界ではなく、自己の内なる世界、自律的な精神の中の道徳律に従うときに自由であると論じたが、このようなカントの哲学が政治に適用されると、自律性と自己決定をもって道徳に従う政治がよい政治とされ、自決権の獲得が政治目標となる。こうしたカントの思想はフィヒテによって継承された。当初、フランス革命の熱心な支持者であったドイツの哲学者ヨハン・ゴットリープ・フィヒテは「フランス革命についての大衆の判断を正すための寄与」（1793年）で革命を理論的に根拠づけるとともに、ユダヤ人がドイツにもたらす害について述べた。フィヒテは「ユダヤ人から身を守るには、彼等のために約束の地を手に入れてやり、全員をそこに送り込むしかない」「ユダヤ人がこんなに恐ろしいのは、一つの孤立し固く結束した国家を形作っているからではなくて、この国家が人類全体への憎しみを担って作られているからだ」とし、ユダヤ人に市民権を与えるにしても彼らの頭を切り取り、ユダヤ的観念の入ってない別の頭を付け替えることを唯一絶対の条件とした。フィヒテは、世界は有機的な全体であり、その部分はその他の全ての存在がなければ存在できないとされ、個人の自由は全体の中の部分であり、個人より高いレベルの存在である国家は個人に優先すると論じて、個人は国家と一体になっ たときに初めてその自由を実現すると、主張した。このようなフィヒテの国家観はシェリング、ミューラー、シュライエルマッハーによって支持され、他方20世紀初期のシオニストもフィヒテを国民としての強い自覚によって道徳性を高める思想の先駆者とみなし、反シオニストのユダヤ系哲学者ヘルマン・コーエンもフィヒテは国民が全体の自由に奉仕するという旧約聖書の理想を認めたと称賛した。フィヒテと同じく当時はまだフランス革命の熱心な支持者であったフリードリヒ・シュレーゲルは「共和主義の概念にかんする試論」（1793年）で民主的な「世界共和国」を論じて、革命的民主主義に疑念を呈したカントの『永遠平和のために』（1795年）を乗り越えようとしたが、シュレーゲルもナポレオン時代にはドイツ国民意識を鼓舞する役割を果たした。1799年、自由主義神学者ゼムラーの弟子シュライアマハーは宗教論第5講話で、ユダヤ教は聖典が簡潔し、エホバとその民との対話が終わったときに死んだと述べた。また1804年、国家は道徳的権威であり祖国は生きることに最高の意味を与えてくれると論じた。ヘーゲルはユダヤ人解放を支持した。しかし、『宗教哲学講義』でユダヤ人の奴隷的意識と排他性について論じ、『精神現象学』（1807年）でユダヤ人は「見さげられつくした民族であり、またそういう民族であった」、1821年の『法の哲学』ではイスラエル民族は自己内へ押し込められ無限の苦痛にあるのに対して、ゲルマン民族は客観的真理と自由を宥和させるとした。『キリスト教の精神とその運命』ではユダヤ人は「自分の神々によって遂には見捨てられ、自分の信仰において粉々に砕かれなければならなかった」「無限な精神は牢獄に等しいユダヤ人の心の中には住めない」と批判した。さらにヘーゲルは、ニグロはあらゆる野蛮性を持った自然人であり、その性格の中に人間を思い起こさせるものは何もないとした。ヘーゲルによれば、世界史はアジアに始まり、ヨーロッパに終わるが、アフリカは世界史の外にとどまる。東洋ではひとりだけが自由であり、ギリシア・ローマ世界は幾人かが自由であるのに対して、ゲルマン世界ではすべての者が自由であるとした。ゲルマン民族は純粋な内在性を持ったため精神が解放された。しかし、ラテン民族は分裂を保持していたため魂という精神の全体性がないため、自己の最も深いところで自己にとって外的存在なのであるとした。またヘーゲルは若い頃の未刊論文で「キリスト教はヴァルハラをさびれさせてしまい、神聖は小森を伐採し、民衆の空想を恥ずべき迷信、悪魔的な毒として窒息させた」と書いた。哲学者シェリングは白人種は最も高貴な人種であり、「ヤペテの、プロメテウスの、コーカサスの人種の祖先のみが、その行為によって観念（イデー）の世界の中に入り込むことできる唯一の人間である」とし、他の人種は奴隷になるか絶滅する運命にあると論じた。また、ユダヤ人は民族をなさず、純粋な人類の代表であり、他の者よりも観念の世界に近づくことができるとした。哲学者ショーペンハウアーは白人種と新約聖書の起源はインドであるとし、「インドの知恵から出たキリスト教の教義は、粗雑なユダヤ教というまったく異質な古い幹をおおった」「人類は、アダムにおいて誤りを犯し、その時以来罪、堕落、苦悩、死の絆の中に捕らえられていたが、救世主によって罪をあがなわれた。これがキリスト教や仏教の見方である。世界はもはや『すべては良い』としていたユダヤの楽観主義の光の中に現れることはない」と述べた。ショーペンハウアーにとって、シナゴーグも哲学の講堂も本質的に大差はないが、ユダヤ人はヘーゲル派よりも質が悪いと考えていた。ショーペンハウアーは「ユダヤ人は彼らの神の選ばれた民であり、神はその民の神である。そしてそれは、別にほかのだれにも関係のないことである」と述べている。またショーペンハウアーは、西欧はユダヤの悪臭によって窒息させられており、ユダヤ思想の影響を呪い、「いつかヨーロッパがあらゆるユダヤ神話から純化される。おそらくアジア起源のヤペテ系の人びとが彼らの生地の聖なる宗教を再び見出す世紀が近づいている」と述べた。ショーペンハウアーはアーリア主義とセム主義の二元的な対照をドイツで普及させた。
1800年、ナポレオンがマレンゴの戦いやホーエンリンデンの戦いでオーストリア軍を撃破し、1801年のリュネヴィルの和約で神聖ローマ帝国はライン川西岸のラインラントを喪失した。講和後に作家シラーはドイツ帝国とドイツ国民は別であり、「ドイツ帝国が滅びようと、ドイツの尊厳がおかされることはない」と述べた。1803年2月25日の帝国代表者会議主要決議により、帝国騎士領は全て取り潰され、聖界諸侯ではマインツ選帝侯のみレーゲンスブルクに所領を得たが、ケルン、トリーアの聖界諸侯は消滅した。アウクスブルク、ニュルンベルク、フランクフルト・アム・マイン、ブレーメン、ハンブルクおよびリューベックの6都市と、ライン左岸4都市をのぞく41の帝国自由都市が陪臣化された。ナポレオンは西南ドイツを自立させて、プロイセンとオーストリアに対する政策をとった。バーデン、ヴュルテンベルク、バイエルンなど西南ドイツ諸国は、失ったライン左岸の補償として領地を拡大することとなった。1803年、イギリスとフランスは再び開戦し、ナポレオン戦争(1803年–1815年)がはじまる。イギリスは、オーストリア帝国、ロシアなどと第三次対仏大同盟を結成した。1804年、ナポレオンがフランス皇帝を称したのに対してフランツ2世はオーストリア皇帝を称した（オーストリア帝国）。この1804年、オーストリア帝国外相メッテルニヒの秘書官を務めたフリードリヒ・フォン・ゲンツ（Friedrich von Gentz,1764-1832）は、ユダヤ人サロンの常連であったが、「近代世界のすべての害悪が最終的にすべてユダヤ人に起因している」と書簡で本音を述べた。ゲンツは、フランス革命が起きた時には、「理性の革命」であり、「哲学の最初の勝利」として熱狂的に歓迎したが、やがて反革命の騎手となっていた。1805年からの第三次対仏大同盟戦争で、フランス軍は1805年10月のウルム戦役でオーストリアを降伏させ、12月アウステルリッツの戦い（三帝会戦）でオーストリア・ロシア連合軍に勝利した。プレスブルクの和約でドイツは「帝国」ではなく「連盟」と呼ばれ、皇帝は「ローマ=ドイツ皇帝」でなく、「「ローマ=オーストリア皇帝」を名乗り、また、フランスの同盟国であったバイエルンとヴュルテンベルクとバーデンは選帝侯国から王国・大公国に昇格し、バイエルン王国にはオーストリア領チロル、バーデン大公国にブライスガウが割譲された。1806年7月12日、バイエルン、ヴュルテンベルク、バーデンなど西南ドイツの16領邦諸国家はナポレオンを保護者とするライン同盟（ラインブント）を結成し、帝国脱退を宣言した。1806年10月、フランツ2世はオーストリア皇帝の称号は保持したまま、神聖ローマ皇帝としての退位を宣言し、こうして1512年以来の「ドイツ国民の神聖ローマ帝国」は終焉を迎えた。この頃のドイツは大半がフランスの支配下にあり、マインツ、ケルン、トリーアなどのライン左岸地域は1794年以来フランス軍政下にあり、1801年にフランスに割譲された。ナポレオンはライン同盟をプロイセンやオーストリアに対する緩衝地帯として、またフランスはライン同盟と軍事援助協定を結んで、ライン同盟からの軍事協力を確保した。ライン同盟はその後、ナポレオンの傀儡国家であるヴェストファーレン王国、ザクセン王国など39のドイツ連邦が加盟した。
1806年にプロイセンが、そして1807年にプロイセンの同盟国ロシアがフランスに敗北した。ティルジットの和約によってプロイセンは、エルベ川以西の領土とポーランドを失い、国の面積は半分以下となり、巨額の賠償金を課せられたうえに、15万のフランス軍が進駐した。プロイセン旧領の北西諸邦にはナポレオンの弟ジェロームを王とするヴェストファーレン王国が置かれた。1807年にプロイセンがフランスに敗北するとオーストリアは独力で模索することとなり、1808年には一般兵役義務制度が導入され、正規軍とならんで民兵制が施行された。オーストリア外相シュターディオン伯爵は国内で愛国主義キャンペーンを実施して、バークの『フランス革命についての省察』を翻訳していた政論家ゲンツや、フリードリヒ・シュレーゲルもこのキャンペーンに協力した。しかし1809年、オーストリアはフランスに敗れ、シェーンブルンの和約でオーストリアはザルツブルク、ガリツィア、チロルを放棄し、巨額の賠償金を課せられた。ナポレオン占領地域では、反フランス的報道は厳しく弾圧され、バーデンでは1810年に新聞発行が停止され、プロイセンでは検閲局が作られ、ラインラント新聞はフランス語との2言語表記が義務づけられた。ニュルンベルクの書店主パルムは『奈落の底にあるドイツ』 というビラを配ったために1806年に銃殺された。ナポレオンにライン左岸を奪われ、神聖ローマ帝国が解体し、40のドイツ領邦が支配され、新聞や出版の統制が進むと、ドイツ人は自分たちの弱さを自覚し、失望が広がるとともに、反ナポレオン運動はドイツ国家とドイツ民族を復古させるドイツ国民運動となっていった。他方、戦勝国のフランスでは、1807年にユダヤ陰謀説が取沙汰されるようになり、その後、フリーメイソン陰謀説と交代して取沙汰されていき、これが19世紀以降の反ユダヤ主義の潮流と合流していった。プロイセンでは1810年から宰相ハルデンベルク指導のもと、改革が進められた。ハルデンベルクは「リガ覚書」で「不死鳥よ、灰の中からよみがえれ」と書き、君主政治における民主的原則の実現が目指された。プロイセン改革では、フランス革命の刺激を積極的に受け止められ、自由と平等が主張されたが、「フランス革命の血まみれの怪物どもがその犯罪の隠れみのした『自由と平等』」ではなく、君主国の賢明な方法によると説かれた。
1812年にプロイセン王国がユダヤ教徒解放勅令を出す。前年の1811年にハルデンベルクの改革でユダヤ人の土地所有権が認められると、プロイセン王国の貴族は、国家の敵であるユダヤ人はやがて国の土地を買い占め、プロイセンはユダヤ人国家になってしまうと抗議した。法学者サヴィニーは1815年にユダヤ人解放令を批判して、従来のユダヤ人例外措置を復活して、ユダヤ人をゲットーに再送するべきだと主張した。ゲーテもユダヤ人解放はドイツ人の家庭の倫理を台無しにすると批判し、ユダヤ人解放の背後にロスチャイルド家を見ていた。またゲーテは1811年に刊行した『詩と真実』において、フランクフルトのユダヤ人ゲットーに対して「少年時代だけでなく青年になっても、私の心を重くした無気味なもの」として、「狭くて、不潔で、騒がしく、いやらしい言葉のアクセント、 それらが一つになって、市門のそばを通りすがりにのぞいて見るだけで、 なんともいえず不快な印象をあたえられた」と書いたが、ユダヤなまりのドイツ語を学習してもいる。1829年に刊行した『ヴィルヘルム・マイスターの遍歴時代』でゲーテは「人間は避くべからざるものに順応するがよい」として、キリスト教はそれを助勢して忍耐、「つまり、たとい願わしい享楽のかわりに最も厭わしい苦悩が負わされるにしても、存在がなおどんなに貴い賜ものであるかを感じる甘美な感情」を生み出し、教育によって幼い時からキリスト教の長所を教え、最後に知識を与えて、始祖イエスに関する報道は神聖なものとなるが、「この意味で、われわれはいかなるユダヤ人をもわれわれの仲間に許容しない。」「なぜなら、ユダヤ人がこの至高の文化の起源と由来を否認しているのに、どうしてわれわれはユダヤ人がこの至高の文化に関与することを許せるだろうか」と書いている。ドイツでのユダヤ人解放は、ユダヤ人のドイツ人への同化とキリスト教への改宗を前提にしており、1822年に創立された「ユダヤ人・キリスト教普及協会」などが改宗を後押しした。ユダヤ人解放の時代のドイツのユダヤ人は、理性を使えば誰でも人間性を高めることができるとする啓蒙思想と、ドイツ社会に融和しようとドイツのビルドゥング(教養による人間形成)を新しい信仰心として受けいれた。進取的ユダヤ人のうち3万人はキリスト教社会に同化するために率先してキリスト教へ改宗した。ベルネやハイネはドイツ人名に改名して改宗し、ユダヤ人法学者エドゥアルト・ガンスや作曲家フェリックス・メンデルスゾーンも改宗した。しかし、多くのユダヤ人はドイツの神話や感情の世界を退けがちであったためユダヤ人はドイツの民衆から孤立していった。
ドイツ・ロマン主義ではフランスの啓蒙主義に対抗して、ドイツ固有の国民文学の創造が主張された。1799年の『キリスト教世界あるいはヨーロッパ』でフランス革命は神聖なるものを根こそぎにしたと考えたノヴァーリス、ヘルダーリンにも「選民としてのドイツ人」という概念が見られた。フィヒテの思想的影響を受けた作家エルンスト・モーリツ・アルントは農奴制廃絶運動を行った後、1806年の著書『時代の精神』や1813年の歌「ドイツの祖国とは何か」などで、ナポレオンのドイツ支配を批判した。アルントはナポレオン批判のなかで、ゲルマン人種が選民であると論じ、自由で誠実なゲルマン人の血の純粋さの根拠として、タキトゥスや創世記を引き合いに出して、主の怒りである大洪水は雑種化に対するものであったとする。ただし、アルントはドイツ人種への脅威としては主に「フランス人種」を見ており、ユダヤ人に対しては、ユダヤ系ポーランド人のドイツ受け入れには反対したものの、ユダヤ人は改宗すれば消滅すると考えていた。アルントの「ゲルマン人の血」の思想は、ハインリヒ・フォン・クライスト、ケルナー、愛国詩人のマックス・フォン・シェンケンドルフ（Max von Schenkendorf）と並んでドイツ国民に武器を取るよう促したが、他方のフランスでも革命後の国歌「ラ・マルセイエーズ」の歌詞では「汚れた血」についてあるなど、民族の血を優劣でみることに両国で違いはなかった。ナポレオン戦争での敗北がドイツ人にとって屈辱的であったことから、ゲルマン性への狂信が教科書でも載せられるようになっていった。教育家コールラウシュ の教科書「ドイツ史」（1816年）ではドイツ人の純潔性が、ユダヤ人、ギリシア人、ラテン人とは好対照をなすとされた。政治経済学者のアダム・ミュラーはエドマンド・バークをタキトゥスと並べて賞賛し、またノヴァーリスはゲルマン詩の精神によって世界を征服しようとしたと称賛して、宗教改革とフランス革命によって崩壊していく中世的ゲルマン的な世界と中世の普遍的な団体「ゲマインデ」を賛美した。ミュラーは「いつの日か、ヨーロッパ諸民族からなる一大連邦が築かれるであろうが、その色調はなおドイツ的なものとなるであろう」と予言して、ヨーロッパの政体の偉大なものはすべてドイツに由来すると主張した。アダム・ミュラーはナポレオン支配に対してドイツ民衆の抵抗運動（ヘルマンの戦い）を呼びかけ、またハルデンベルクの改革を批判した。ミュラーは1811年にウィーンに亡命して、メッテルニヒに仕えた。1806年から1815年にかけて、作家のブレンターノ、アルニム、『ドイツ民衆本』を刊行したヨハン・フォン・ゲレス、グリム兄弟たちが寄り集まったハイデルベルクでドイツ民族主義の「ドイツの火」が点火された。アルニムとブレンターノはドイツの民謡をあつめて『少年の魔法の角笛』(1806-8)を出版した。ゲレスは『ドイツの没落とその再生の条件』（1810年）で、かつてのユダヤ王国のようにドイツは現在の聖なる土地であるとした。グリム兄弟は民話を蒐集し、『子供と家庭のための童話』(1812-1822)、『ドイツの伝説』(1816 -18)を出版し、『ドイツ語辞典』(1852)ではユダヤ人を「利得ずくで、暴利を貪り、不潔である」と解説した。ヤーコプ・グリムは1835年に『ドイツ神話学』を刊行し、ワーグナーにも影響を与え、また1848年革命でのドイツ憲法動議では、ドイツ憲法はドイツフォルクの信条でなくてはならないと述べた。1807年12月から翌1808年にかけてフランス軍占領下のベルリン学士院講堂において、哲学者フィヒテは『ドイツ国民に告ぐ』を連続講演し、フランス文化に対するドイツ国民文化の優秀さを説き、また、ドイツ国民の統一、ドイツ人の内的自由、商業上の独立を主張し、ドイツ国民精神を発揚しドイツ解放戦争を準備する力となった。フィヒテはすでに、個人は、個人より高い存在である国家と一体化することによって自由を実現すると論じていたが、『ドイツ国民に告ぐ』では、民族・国民（ネーション）に個人が没入することによって自由を達成すると論じられ、唯一正統な統治形態は国民による自治であると主張した。ドイツでは出版の自由が著しく制限されていたが、フィヒテの講演やシュライエルマッハーの説教は口コミで反響が広がった。1808年、ベルリンでクライストが『ヘルマンの戦い』を書き、ナポレオンへの憎悪とドイツ民族の蜂起を託し、ドイツの解放戦争が期待された。進歩主義的な教育者フリードリヒ・ルートヴィヒ・ヤーンはアルント、フィヒテ、シュライアーマッハーとならんでドイツ国民運動の有名な組織者であった。ヤーンは1810年に秘密結社ドイツ同盟（Deutscher Bund）を結成しドイツ全域にわたる愛国組織の模範となり、またトゥルネンというドイツ国民体育を始めた。ヤーンは、1810年に著わした『ドイツの国民性』で、ドイツの国民性に基づいた全人教育をめざして体育を提唱するなかで、「混血の民は国民再生産の力を失う」として、フランスの影響力を排除する国民革命を目指して、ドイツ語からの外国起源の人名の抹消、民族衣装の着用などの民族浄化を訴え、原始ゲルマン人の末裔であるドイツ人と古代ギリシア人だけが聖なる民であると論じた。ヤーンに先立って教育学者ヨハン・クリストフ・グーツ・ムーツが1793年にルソーの影響下に執筆した『青少年のための体育』において原始ゲルマン人の身体を理想的な目標として称賛した。ヤーンは「ドイツを救うことができるのはドイツ人のみである。異邦の救い主はドイツ人を破滅に導くことしかできない」とした。1813年、言語学者でプロイセン政府大使であったフンボルトは、「ドイツはひとつの国民、ひとつの民族、ひとつの国家である」と断言し、ドイツは自由で強力でなければならない、「ただ外にむかって強力な国民のみが、すべての内的聖化がそこから流れ出る精神を内に蔵することができる」と宣明した。
フランスの支配下にあったプロイセンでは反ナポレオン感情が保持され、ドイツ解放戦争（ナポレオン戦争）となった。1812年、ナポレオンは60万の大陸軍を率いてロシア遠征を開始した。ナポレオン軍の3分の1は、ライン同盟諸邦、プロイセン、オーストリアなどのドイツ人であった。ドイツ軍のなかではナポレオン側に立つことを潔しとせずに寝返る者もおり、『戦争論』で知られるプロイセン将校クラウゼヴィッツはロシア軍へ身を投じた。1812年12月30日、プロイセン将校ヨルク・フォン・ヴァルテンブルク(ヨルク)将軍は、国王フリードリヒ・ウィルヘルム3世の同意を待たずに専断して、ロシア軍とタウロッゲン協定を結んで部隊を中立化し、ナポレオン軍から離脱した。プロイセンとロシアが停戦すると、ヨルク軍が入った東プロイセンから北ドイツ諸邦でフランスの支配への蜂起に繋がっていき、プロイセン王国の元首相でロシア帝国の皇帝顧問カール・シュタインがロシアを説得して1813年2月27日にプロイセンとロシアが同盟した。プロイセンでは一般兵役義務が布告され、国軍と義勇軍が組織された。3月16日に、フランスへ宣戦が布告され、翌日プロイセンでは国王フリードリヒ・ウィルヘルム3世が「わが国民へ」で祖国解放のための国民の決起が訴えられた。3月25日のカーリッシュ宣言では、ライン同盟の解散が宣言され、「ドイツ国民の本源的精神からうまれる、若返った、強力な、統一されたドイツ帝国」の再興が約束された。ドイツ解放戦争の中心にいたのはシュタインであり、「祖国はただひとつドイツ」とするシュタインはライン同盟諸君主を軽蔑し憎悪し、ライン同盟諸国家の主権剥奪を計画した。愛国記者アルントはシュタインとともにして、フランスの殲滅を鼓吹し、戦死した詩人ケルナーはドイツの聖戦を歌った。そして、学生、手工業者、農民の若者たちが、身銭を切って武装し、志願兵団や義勇兵団に身を投じ、反ナポレオン感情がこれまでになく高まった。ドイツ解放戦争で教育者フリードリヒ・ルートヴィヒ・ヤーンは1813年、リュッツォウ少佐と抗仏組織リュツォー義勇団を創設し、体操など体育教育を普及させ、「体操の父」としてドイツの国民的英雄となった。ヤーンの傘下には学生結社ブルシェンシャフトもあった。ただし、リュツォー義勇団にはユダヤ人の参加者もおり、ユダヤ人を排斥していたわけではない。1813年6月にイギリスが、7月にスウェーデンのベルナドットがプロイセンとロシアの同盟に参加し、8月11日、オーストリアもフランスへ宣戦して、第六次対仏大同盟が成立した。10月の最大規模の戦闘ライプツィヒの戦い（諸国民の戦い）で、36万の対仏連合軍はグナイゼナウの指揮下、19万のフランス軍を破った。メッテルニヒはライン川で講和しようとしたが、アルントはライン川はドイツの川で、国境ではないと論じ、ゲレスも反ナポレオンの論陣を張った。1814年にメットラーカンプと共同してハンブルク市民軍を創設したフリードリヒ・クリストフ・ペルテス(Friedrich Christoph Perthes) はゲレスへの手紙で「ドイツ人は選ばれた民、人類を代表する民である」と述べた。対仏連合軍は1814年3月30日にパリへ入城し、ナポレオンはエルバ島に流され、こうしてナポレオンのドイツ支配は打倒された。