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1991年（平成3年）9月28日の夜、BとCは2人組の客に買われ、それぞれ同じホテルでの売春を終えて、翌29日3時ころ一緒にアパートに戻った。アパートには、Xと、この日は客の付かなかったAがおり、他のタイ人女性は泊まりの客が付いたなどで不在であった。29日6時ころ、AはCを起こし「逃げよう」と声を掛けた。CはBを起こして仲間に加えたが、AはBも一緒に逃げるとは考えておらず、CがBを誘ったことを不審に思ったと後に語っている。7時ころ、3人はありあわせの凶器を持ち寄って寝ているXに近づいた。Aによれば、この時、部屋に飾ってあったタイ国王の写真に向かって手を合わせ、「もしXの運命もこれまでなのならば、どうか静かに眠ってください」と祈ったという。Xが寝返りを打って上を向いた瞬間、まずBが果物ナイフをXの首の右下に突き刺した。次いでAが酒瓶でXの頭部を強打し、酒瓶は割れて飛び散った。その後3人はさらに鍬や包丁でXを執拗に攻撃した。Xが動かなくなると、3人はXがいつも肌身離さず持ち歩いていたウェストバッグとカバンなどを奪った。3人はこの中に自分たちのパスポートが入っていると考えていた。さらに、Xが身に着けていた貴金属を外して持ち去った。そして、急いで自分たちの荷物をまとめるなどして、一部はXの返り血を浴びた服のままアパートから逃げ出した。うち1人はパジャマであった。アパートから逃げ出した3人は、近所のスーパーマーケットの公衆電話からタクシーを呼んだ。そして、Aが以前に働いていた茨城県つくば市のスナックに向かった。しかし、店は閉まっていたため、3人はAがそのスナックでの売春で利用していたラブホテルに入った。そこで血の付いた服を着替えるなどした3人は、入室してわずか20分後の9時15分ころ、再度タクシーを呼んだ。3人は日本の地理は不案内で、どこに逃げたらいいのか全く分からなかった。3人は、Aが以前の店で客からもらっていた名刺をタクシー運転手に示し、運転手はそこに記された市外局番を頼りに千葉県市原市に向かい、市原市五井のビジネスホテルで3人を降ろした。3人は11時30分ころホテルにチェックインするとシャワーを浴びてホテル備え付けの浴衣に着替え、途中で買った弁当を食べた。また、Xの血が付いた貴金属類を洗うなどしていた。そして、Xから奪ったカバンなどを開けると、そこには3人のパスポートとともに約700万円もの現金が入っていた。3人はそれを分け合った。
事件は、同居していたタイ人女性が帰宅したことで発覚した。この女性はすぐに隣のマンションに住むY1に伝え、Y1は直ちに自分の車でXを下館市内の病院に連れて行ったが、Xはすでに死亡していた。発見当時、Xの右頸部には果物ナイフが突き刺さったままであった。なお、後日Xの遺体は行旅病人及行旅死亡人取扱法にもとづいて火葬された後、その遺骨は11月末になって身元を確認した父親と妹によって引き取られた。事件発覚を受けて茨城県警察は緊急手配を敷いた。早くも事件当日の1991年（平成3年）9月29日午後には、3人を市原市のビジネスホテルに運んだタクシーの運転手から情報が寄せられた。ホテルの支配人に問い合わせると、確かにタイ人らしい不審な女性3人が滞在しているということであった。ただちに下館警察署の警察官と市原警察署の警察官がこのビジネスホテルに向かった。13時ころ、市原警察署の警察官がホテルに到着した。警察官はホテルの支配人と部屋へ向かい、ホテルの支配人が部屋のドアをノックしたが反応がなかったため、捜査令状はとっていなかったがマスターキーで鍵を開けさせて室内に入った。部屋に入ると、警察官は3人に英語でパスポートの提示を求め、3人からパスポートを受け取った。13時25分ころには下館警察署の警察官も到着し、英語や身振りを交えて所持品を見せるよう求め、バッグの中に血痕の付着している衣類や貴金属類を発見した。そして、3人に身振り手振りで服を着替えるように指示し、英語や身振りで任意同行を求めた。3人は特に抵抗することもなくこれに従った。14時ころ、3人を乗せた捜査車両はホテルを出て市原警察署に向かった。3人をホテルまで運んだタクシー運転手に面通しさせるためであったが、市原警察署に着くと、面通しはつくば中央警察署で行うとの連絡が入り、すぐにつくば中央警察署に向かった。つくば中央警察署でタクシー運転手から、つくば市のホテルから市原市のホテルまで乗せた3人に間違いないとの証言を得た後、3人は下館警察署に連行され、17時5分ころ到着した。下館警察署では、通訳人を介して事情聴取が行われ、所持品を任意提出させて領置手続きをとった。3人は、22時30分ころ強盗殺人の容疑で緊急逮捕され、10月21日に同罪で起訴された。
事件が新聞で報道されると、これを見た真宗大谷派の僧侶である杉浦明道がいち早く支援に動いた。杉浦は、1988年（昭和63年）に名古屋入国管理局からの依頼を受けて自殺未遂を起こした仏教徒のタイ人女性を寺で約1か月間保護したことをきっかけに、「滞日アジア労働者と共に生きる会」（あるすの会）の事務局員・「仏教国際連帯会議」の女性問題担当としてタイ人女性の支援に関わっていた。1989年（平成元年）には、愛媛県松山市で発生した同様の事件道後事件の支援活動を行った経験もあった。また、同じく新聞報道で事件を知った「つくばアジア出稼ぎ労働者と連帯する会」のメンバーも、10月1日に下館警察署を訪れて面会と差し入れを行っている。杉浦や「連帯する会」のメンバーらは、女性の家HELPの顧問弁護士であった加城千波に弁護を依頼したことを皮切りに、支援体制を構築していった。加城は10月11日に加害者と初めて接見したが、ここでBから強制売春の実態を聞かされて衝撃を受けた。さらに、3人は強盗目的や事前の謀議は強く否定した。加城弁護士は、その内容を取り調べで供述することと、自らが話していない内容の調書には署名せず訂正を求めるよう助言した。これに対して彼女らは、調書には自分たちの主張通り書かれているから大丈夫だと繰り返し述べた。1992年（平成4年）12月には、「アジア出稼ぎ労働者を支える会」「アジアの女たちの会」「仏教国際連帯会議日本会議」などが呼び掛けて「下館事件タイ3女性を支える会」（支える会）が結成され、在日外国人を支援している様々な民間団体が参加した。
起訴後に開示された供述調書は、弁護団らによってタイ語に翻訳されて3人に渡された。そこには、事前に被害者を殺して金を奪って逃げようと相談して実行したと、3人の主張とは異なる内容が記載されていた。3人は驚き、弁護団に対して「こんなことは言っていない」「『殺しました』『バッグを持って逃げました』と言っただけだ」と供述調書の内容を否定した。1991年（平成3年）12月18日、水戸地方裁判所下妻支部で初公判が開かれ、3人は罪状認否で「お金をとるために殺したのではありません。逃げるために殺したんです」と強く主張し、「強盗殺人」とした起訴状の一部を否認した。弁護団も、場当たり的な犯行や逃走過程からも事前に共謀した事実は認められず、また、「殺害以前に金品を奪う意思はなく、強盗殺人は成立しない」として殺人と窃盗であるとし、殺人は、人身売買や暴行、強姦の被害から逃れるためのものであり、「合法的な手段での逃亡や救出を期待できない状況下の正当防衛である」と主張した。さらに、1992年（平成4年）2月12日の第2回公判では、弁護団が意見書を提出し、市原市のホテルで客室や所持品を調べた際に捜索令状もなく警察手帳の提示もされなかったこと、通訳が同行していなかったため下館警察署への連行が任意であることも伝えていないことなどから、検察官が証拠申請している供述調書や3人の所持品は違法に収集されたもので証拠能力がないと主張するなど、裁判の冒頭から検察側・弁護側は激しく対立した。7月1日の第6回公判、8月19日の第7回公判には、スナックの日本人経営者Y1とY2が証言に立った。2人は、スナックでは売春行為は厳禁だったと証言した上で、スナックの従業員には時給3,000円を払っており、3人の給料も被害者に渡していたと主張した。さらに、被害者と3人は親子のような関係で、時に厳しく接することもあったが、事件当時は外出も比較的自由だったとして、3人が監禁状態だったことを否定した。この証言に対して、3人や弁護側は、客が従業員を連れ出す際には店に迷惑料として5,000円を払っており、被害者がいないときはY2が代わりに売春代金を受け取っており、何より客を売春に誘う言葉を教えたのは経営者らであるとして、経営者らが売春行為を強いられていたことを知らなかったはずがないと反論している。3人の取り調べには、留学生を含む地元に住む多くのタイ人が通訳人として関わっていた。1993年（平成5年）2月17日の第13回公判には、取り調べ段階でのCの通訳人が証人として出廷した。このタイ人の通訳人は、メモも取らずに正確に訳したと証言したが、「供述調書の意味が分かりますか？」と問われて、「わかりやすいセツメイ、してもらえますか。わかりません。」と答えた。さらに、Aを担当した別の通訳人は、日本の刑事手続きについては「知りません」と述べ、「『（被害者）を殺したあと現金や貴金属を奪おうと考えた』という文の意味が、『点』をどこに打つかによって二通りの意味になることがわかりますか？」との質問への答えは「イミ、ひとつ。（被害者）死んでる」であった。弁護側は、取り調べ時の通訳人は著しく能力や適性を欠き、供述調書はこうした通訳人を通じて誤った内容が記載されたものであるので、供述調書は信用性に欠けると強く主張した。なお、この時Cは「3人が事前に共謀していたと話していたことははっきり覚えている」旨を証言したが、それは「今回証人に立つにあたって、検察から事前に話を聞いた」「今日午前中に検察に行って、検察官から『3人が事件の前に相談をしていたことを覚えていますか？』など、事件についてある程度説明され、そのことが記載されている調書を見せてもらったから」であると述べている。その後、支える会のメンバーの証人尋問などを経て、9月22日の第18回公判以降被告人尋問が行われて第1審の審理を終えた。
1994年（平成6年）2月6日、第23回公判が開かれ、検察の論告求刑が行われた。その内容は、3人の法廷での主張を「弁解のための弁解」であると否定し、供述調書とY1・Y2の証言に拠るものであった。論告では、まず取り調べ時の通訳人について「日本に長期間（短い人で六年間）滞在し十分な通訳能力を有する」と主張し、取り調べ時の通訳人は能力・適正に欠け供述調書には任意性・信用性がないとする弁護側の主張を、「取調べ及び読み聞け時の通訳が客観的かつ正確になされたことは、被告人らの取調べに立会通訳した、四名のタイ人通訳の当公判廷での証言で十分証明されている」と一蹴した。供述調書の内容も「内容的にも無理がなく自然なもの」で高い信用性がある一方、被告人らの法廷での「殺害後に初めて財物奪取の意思を生じた旨の弁解は極めて不自然で、到底信用することはできない」と主張した。また、弁護側の正当防衛の主張については、被害者は就寝中に無防備な状態で一方的に殺害されたもので「（被害者）による被告人らに対する急迫不正の侵害など全く存在しなかったことは明らかである」と反駁し、違法捜査の主張にも、「捜査にあたった警察官は適法な捜査をして」いるとして、問題ないとの認識を示した 。そして、3人は「売春の明確な目的を持ち若しくはその覚悟で」不法に入国し「逃走資金と多額の利得を得るために、同じタイ国女性である（被害者）を殺害し、現金や貴金属を奪い取ったもの」であると断定し、「犯情は悪質で、被告人らの本件犯行動機に酌量の余地はない」と強調。計画的犯行で、犯行態様も「冷酷にして残虐なもので、極めて悪質」とし、さらに、「スナックで稼働していたタイ人ホステスが、タイ人抱え主（ボス）を殺害し、金品を強奪した事件として新聞などに大きく取り上げられ、社会的影響も大きい」「被告人らのように売春に従事するタイ人ホステスに限らず日本に残留する不法就労者」と「それら外国人による犯罪も増加の一途をたどっている」と指摘し、「それら外国人に対する一般予防の見地も十分に考慮に入れ、司法の厳正な処罰が要請される」として、3人に対して無期懲役を求刑した。この論告求刑に対して、弁護団や支える会は 、「タイ人は売春婦だ。好きで売春しているんだ。外国人は犯罪を犯すのがあたりまえ」という差別的な偏見に基づく「驚くべき排外主義的な見解」であると反発した。
1994年（平成6年）3月30日の第24回公判で、弁護側の最終弁論が行われた。弁護団は、改めて、金品を強奪することが目的の強盗殺人ではなく殺人及び窃盗であること、殺人については人身売買と強制売春から逃れるための正当防衛であること、窃盗についても証拠品は違法収集されたもので証拠能力がないことを主張し、無罪を求めた。弁護団は、まず「下館事件を正しく評価するためには、まず被告人らが受けたこの想像を絶する恐怖、絶望、悲しみ、苦しみ、そして痛みを、同じ人間として理解することが必要である。被告人らの受けたこれら甚大で深刻な被害は、下館事件の重要な背景であるとともに事件の本質でもあり、これを抜きに論ずることはできない」として、人身売買と強制売春の実態から論じた。国際的な人身売買組織とタイ人女性を日本に送り込むシステムの存在を指摘し、「売春の強要」は被告人らの立場から見れば「強姦の被害」であり、そこからの脱出や救出は現実的に極めて困難であると主張した。そして、被告人それぞれの来日に至る経緯や来日後の状況を述べた後、強盗殺人罪で無期懲役を求めた求刑に対して、検察は被告人らが国際的人身売買の被害者であるという事件の本質を否定ないし無視しており、「かりに捜査段階での自白調書をすべて信用するとしても、犯行動機は『被害から逃れること』であり」「重刑を規定した法が予期している『強盗殺人罪』とは異質な犯行であることは明白である」と主張。論告の言う「一般予防の見地」「同種事犯の再発を防止するため」とは、被告人らと同様の状況に置かれている人身売買の被害者に対して「『逃亡を企てるなどすべきでない。被害に甘んじるべきだ』と言っているに等しい」と批判した。さらに、事件の過程で莫大な利益を得た人身売買組織のブローカーやY1・Y2といった事件の背後にいる巨悪を放置し、「三女性のみを処罰したり、重刑で臨むことがいかに法の正義にかなわないことか、一見して明白である」「この事件を女性たちと（被害者）との関係にのみ集約することは許されない」と指摘した。最後に、「犯行の動機は、最大限に情状酌量されるべき」「周到な計画的犯行であるとは到底言えない」「彼女たちに前科前歴は」なく「再犯のおそれはまったくない」などの情状を述べた上で、改めて無罪を訴え、「正義にかなった判決」を求めて最終弁論を終えた。
1994年（平成6年）5月23日、14時過ぎから判決公判が開かれた。小田部米彦裁判長が言い渡した判決は、「被告人三名をそれぞれ懲役一〇年に処する。未決勾留日数のうち八〇〇日をそれぞれの刑に算入する」であった。判決は、まず、捜査段階での通訳人の能力について、「これまで相当回数にわたり法廷外における通訳を経験している者であり」、「通訳の正確を期しており、被告人らの述べる言葉、取調官の質問を適当に省略したり、故意に誤訳したりなどしたような形跡は窺われない」「被告人らの立場を理解し、これに同情を寄せている者で、敢えて被告人らに不利に、事実を曲げて通訳をするなどと言うことは到底考えられない」などとして、「通訳の正確性、公正性に疑いを差し挟む余地はない」と弁護側の主張を退けた。また、供述調書の任意性については「任意性を疑うべき余地は全くない」、信用性についても「具体的かつ詳細で、迫真性、臨場感に富んでおり」「前後矛盾なく、極めて自然、かつ、合理的である」「客観的な事実関係や諸状況ともよく符合している」ことなどから「信用性は優にこれを認めることができる」、押収品などが違法収集されたもので証拠能力がないとの主張は「一連の手続きに何ら違法とすべき事情は認められず」「証拠能力を否定すべきいわれは全く存しない」などとしていずれも弁護側の主張を退けた。最大の争点であった金品を強奪する意思の有無についても、「被告人ら三名は、（被害者）を殺害してパスポートや現金、貴金属等を奪うことについて最終的に意思を通じ合い、前記認定どおりの犯行に及んだ」と認定し、「被告人ら三名の間に、本件共謀が成立したもの、と認めるのが相当である」とした。さらに、正当防衛の主張についても、被害者が就寝中の犯行であることから「急迫不正の侵害が現存しなかったことはもとより、防衛の意思すら存在しなかったものであることが明らかであって、正当防衛の概念を入れる余地は」ないとして、これも弁護側の主張を退けた。その上で、「翻って本件をみるに、その発端、要因は、非合法なルートを通して被告人らを買い取った被害者において、法外な利益を収めようとして、被告人らに有無を言わせず、前述のような人権を全く無視した非情、苛酷な扱いをしたことにあるのであって、責められるべき点は被害者の側にも多々存するといわなければならない」「被告人らは、無法な人身売買組織の手にかかり日本に入国し、法外な値段で取引の対象とされ、被害者の管理下に置かれ、（中略）その精神的、肉体的苦痛、屈辱、不安は極めて大きかったものと思われる」などとし、特にAは6か月の長期にわたってこのような状況に置かれ「その間の苦痛、屈辱等も想像を絶するものがあったと思われる」と指摘。「広く各地で、右同様、外国人女性に対し被告人らに対すると同様の行為を強いて暴利を得るなどしている者らに対し、改めてその非を悟らしめる契機となったであろうことも優に窺われるところであり、この点も、被告人らの情状を考えるにあたって看過することはできない」などの情状を認定して、「無期懲役刑を選択し、酌量減軽のうえ、被告人らをいずれも懲役一〇年に処する」と判断した。人身売買と虐待の事実を認定し、死刑または無期懲役が法定刑の強盗殺人に対して情状酌量して懲役10年とした判決を、報道機関各社は「温情判決」と伝えた。しかし、裁判長が判決理由の朗読を終え法廷通訳人がタイ語で要旨を読み上げると、被告席からの嗚咽の声が法廷に響いた。3人は何より「強盗殺人」と認定された判決に納得できなかった。6月6日、3人は東京高裁に控訴した。支える会の中心メンバーの一人である千本秀樹は、「仮に量刑がもう少し重くても、殺人および窃盗とされていれば、控訴するかどうかについて、もっと悩んだのではあるまいか」と3人の心情を推し測っている。
1992年（平成4年）12月に結成された支える会は、3人に対する面会や差し入れ、手紙のやり取りなどの活動を進めた。1993年（平成5年）3月2日には拘置所に対して待遇に関する要望書を提出。同月6日には新小岩事件・茂原事件の支援団体と合同の集会を開催するなど、同様の事件の支援団体と交流して集会やデモ活動などをともに行うこともあった。こうした活動がマスメディアで報道されたこともあって、支える会には学生や研究者、ジャーナリストなど多様な立場の個人が参加し、支援の輪は大きく広がっていった。多様な人たちが参加したことで、事件を主題とした演劇の上演や3人の手紙を中心とする書籍の出版など活動の幅も広がった。また、支える会は、公平な裁判を求める署名運動にも取り組み、1993年（平成5年）10月時点で4,000筆、1995年（平成7年）3月時点で5,000筆を集め、最終的には9,000筆を超えている。1994年（平成6年）3月12日・13日の2日間、早稲田大学の国際会議場で「女性の人権アジア法廷」が開催された。ここでの報告をきっかけに下館事件はアジア諸国からの注目を集めることになった。すでに第一審の終盤であったが、急遽タイなど東南アジア各国で公正な裁判を求める署名運動が行われ、在タイ日本国大使館と水戸地裁下妻支部に合わせて2,000筆超の署名が提出された。また、バンコクでは判決直前にデモ活動も行われた。
1993年（平成5年）8月22日、支える会と弁護団は、3人をタイから日本へ連れてきた現地のリクルーターやタイと日本のブローカー、スナック経営者Y1・Y2に対する告訴状を作成して水戸地方検察庁に持参した。罪名は、誘拐罪・監禁罪・売春防止法違反であった。検事の対応は、「タイ人の名前がわからないのは話にならない」「誘拐はタイの問題」「監禁罪と売春防止法違反なら受けても良い」などとしたうえで、地検では捜査人員が少ないので茨城県警察本部へ行った方が良いというものであった。県警本部では所轄署に提出するように言われ、支える会のメンバーらは下館警察署に向かった。対応した下館警察署の担当者は、すでに裁判が始まっていることを理由に「警察としては終わった事件」との認識を示した。支える会のメンバーは誘拐罪・監禁罪・売春防止法違反であると主張したが、最終的には「売春について重要な情報があったということで内偵に入る」との言質と引き換えに告訴状のコピーを渡すだけで引き下がった。ただし、その後スナックに捜査が入ることはなく、事件時から店名こそ変えたが、その後もそれまでと変わらない営業を続けた。刑事告発が不調に終わったのを受けて、3人は支える会の支援のもと、9月16日に水戸地方裁判所土浦支部においてスナック経営者Y1・Y2に対する未払い賃金および慰謝料を求める民事訴訟を起こした。3人はスナックで、開店時間には出勤してホステスとして接客し、買春客と店外へ出ても閉店時間前であれば店に戻り、閉店後には掃除もしていた。第一審で証言に立ったY1・Y2は、女性たちはあくまでスナックのホステスとして雇っていたのであって、3,000円の時給も支払っており、3人の分も被害者に渡していたと証言していた。3人は、労働基準法の直接払いの原則をもとに被害者へ支払いは違法であるとして時給3,000円で計算した賃金と、Y1・Y2が売春の強制に関与していたことに対する慰謝料を加えて合計1,500万円を請求した。当初Y1・Y2は全面的に争う姿勢を示したが、審理が進むと証人尋問を欠席するようになり、さらにY1・Y2の弁護人も辞任して、自らの主張の立証を事実上放棄した。裁判は1995年（平成7年）3月に結審し、同年6月、水戸地裁土浦支部はY1・Y2に1,200万円の支払いを命じる原告勝訴の判決を下した。
1994年（平成6年）12月9日、東京高裁で控訴審がはじまった。弁護側は、1審に続いて強盗殺人を否認。捜査段階で強盗の意思や共謀を認めた供述調書は能力に欠ける通訳人によって作成されたものであり信用性に欠けると主張した。控訴審でも一審に続いて通訳人らの証人尋問が行われたが、弁護人を務めた加城千波弁護士によると、裁判所からは尋問内容を事前に書面で提出するよう求められ、「通訳人を試すような質問をしてはいけない。侮辱するような質問もしてはいけない」と念を押されたという。このほか、弁護側は、令状もないまま、千葉県市原市のホテルの客室に侵入し、遠く離れた下館警察署まで連行し、貴金属などを提出させたのは任意捜査の限界を超えて違法であり、これらによって収集された証拠には証拠能力がないと改めて主張。さらに、殺人については正当防衛ないし過剰防衛にあたるとする主張の裏づけとして刑法学者の意見書を提出した。この意見書は、被殴打女性症候群という心理学的理論によりアメリカ合衆国では虐待から逃れるための殺害も正当防衛にあたると認められていると指摘し、下館事件でも適用されるべきだとするものであった。また、3人が被害者から奪ったとされるパスポートや身分証明書は本来3人自身のものであり、財産罪で刑法上保護されるべき財物とは言えないとし、3人がパスポートや身分証明書を取り返そうとしたことをもって強盗罪は成立しないと主張した。そして、これらや3人の置かれていた状況などの情状に照らして、一審の懲役10年は重過ぎるとして量刑不当を訴えた。
1996年（平成8年）7月16日、東京高裁で控訴審判決が言い渡された。松本時夫裁判長の言い渡した判決は、「原判決を破棄する。被告人3名をそれぞれ懲役8年に処する。被告人らに対し、原審における未決勾留日数中各八〇〇日をそれぞれの刑に算入する」であった。判決理由で松本裁判長は、まず捜査段階における通訳人に求められる能力について論じ、「捜査段階においては、捜査官らの取調べも、これに対する被害者等の供述も、犯罪に関するとはいえ、社会生活の中で生じた具体的な事実関係を内容とするものであり、特別の場合を除いて、日常生活における通常一般の会話とさほど程度を異にするものではない」とした上で、「日常生活において、互いに日本語で話を交わすに当たり、相手の話していることを理解し、かつ、自己の意思や思考を相手方に伝達できる程度に達していれば足りる」とし、「捜査段階である限り、漢字やかなの読み書きができることまで必要ではなく、法律知識についても、法律的な議論の交わされる法廷における通訳人の場合と異なり、通常一般の常識程度の知識があれば足りる」と判示した。また、弁護側が主張する通訳人の能力や基本姿勢について「いわば完璧なものを求めるに等し」いものであるとし、「捜査官に対して迎合的であったり、被疑者、あるいはその他の関係者等に対し予断や偏見を抱いたりすることが許されないのは当然である」が「現在多数の刑事事件で通訳の行われている実情に照らし、結局のところ、誠実に通訳にあたることが求められているというだけで足りる」と判示し、捜査段階での通訳人らの能力は「通訳能力を欠如していたものではないことは十分に肯認できる」と判断して弁護側の主張を退けた。また、ホテルでの捜査や下館警察署への連行、所持品の領置等が違法捜査でありそれらで得られた供述や証拠品に証拠能力がないとの弁護側の主張についても、そのいずれの時も「警察官らが被告人らに強制にわたるような実力を行使したということは全く認められ」ないなどと認定し、「被告人らの入っていた客室に鍵を開けて立ち入り、被告人らに職務質問をしたり、パスポートの提示を求めたりし、次いで、被告人らを自動車で下館警察署まで同行し、さらに被告人らにその所持する現金や貴金属類などの任意提出を求め、被告人らの提出した所持品につき領置手続をとった一連の行為は、警察官職務執行法の要件を備え、また、任意捜査として許容される範囲を逸脱したものでないことが明らか」とした。3人が最も強く否定していた強盗の意思については、「被告人らが、（被害者）においては未だ血が流れ、肌も温かく、果してすでに絶命したかどうかはっきりしない状態にあるのに、その体からその身につけていた貴金属類を次々と奪い取っていったということは、当初からそのような行為に出る意思があったことを強く窺わせる」とし、「本件が、金銭的な利得のみを目的とした犯行でないことは明らかである。被告人らが、（被害者）を殺害しようとした動機は、主として、（被害者）の下で束縛されて売春などを強制されているという状態から逃れたいということにあったことは確かである」と認めつつ、「従たる目的とはいえ、殺害することを手段として、（被害者）から被告人ら名義のパスポートを含め、これを入れていると窺える前記ウエストポーチと皮製赤色手提鞄、さらには（被害者）の身につけている貴金属類を強取する意思のあったこと、また、右のような意味での強盗の共謀が（中略）、（被害者）を殺害することの共謀と一体となって成立したことは、十分に肯認できる」と判断した。そして、パスポートや身分証明書も一般論として「強盗罪の客体たる財物となる」として「強盗罪における保護法益については、財物を事実上所持する者が法律上正当に所持する権限を有するかどうかにかかわらず、現実にこれを所持している以上、物の所持という事実状態を保護し、不正の手段、例えば暴行脅迫という実力行使によってこれを侵害することは許されないと一般に解されている」と判示し、「（被害者）の所持していた右各パスポート等を被告人らが実力で奪取する行為は許されないというべきである」として「右各パスポートについても、強盗殺人罪が成立することは明らか」と断じた。最後に、弁護側の量刑不当の主張については、「犯行の態様も、極めて残虐」「本件の犯情は極めて悪く、被告人三名の刑事責任はいずれも重大」とする一方で、犯行に至った事情として以下の事実を認定した。被告人三名が本件犯行に至った背景には、被告人らの置かれていた悲惨な境遇があり、そのような境遇の中で被告人らが味わされた苦悩の深刻さは絶大なものであったことは否定できない。すなわち、被告人らは、いずれも、日本で働けば金になるという誘いに乗って日本に来た者であるが、日本に到着すると、直ちにパスポートを取り上げられ、事情も分からぬまま、被害者から三五〇万円という多額の借金を返済するよう要求され、スナックでホステスとして無報酬で働かされながら、借金返済のために過酷な条件で売春を行うことを強制されるに至っていたものである。そして、被告人らが、このような境遇に落ち込むに至ったことにつき、背後にかなり大がかりな人身売買組織や売春組織があるものと思われる。また、被害者のもとで無理やり働かされるようになった後は、売春の相手方となった男たちからも自分の人格を無視され、屈辱的な行為を強制された上、売春の対価として得た金もすべて被害者に取り上げられるに至っている。日常の生活においても、被害者とともに同じ家屋に住まわされ、勝手な外出や電話を禁止され、かつまた、部屋代や買い与えられた衣類などの代金も借金に上乗せされ、三日間売春の相手方が見つからなければ罰金を科されることにもなっていたのである。加えて、被害者は、被告人らに対し、もし逃げ出すようなことがあれば、必ずお前たちを探し出して殺すし、タイに住むお前たちの両親も殺すなどと言って、被告人らの逃げ出すのを抑えつけようと図り、一方、被告人らにおいても、タイ語しか話すことができず、日本にやって来てから日の浅かったこともあり、日本の社会の仕組みなどについてもほとんど知らず、その意味でも、法的にも私的にも他に助けを求めようとするには、実際上著しく困難な状況にあったことはたしかである。その上で、「強盗殺人罪の法定刑のうち無期懲役刑を選択して酌量軽減の上、被告人三名をそれぞれ懲役一〇年に処した原判決の量刑は、なお重過ぎ、このまま維持することは相当でない」として原判決を破棄、懲役8年とした。3人が強く否定していた強盗殺人罪の認定は変わらず、弁護側の主張のうち量刑不当だけを認めた判決であった。弁護側が、被殴打女性症候群を示して主張した正当防衛についても、「正当防衛行為に当たらないことが明らか」とし、踏み込んだ言及はなかった。
控訴審判決後、3人は上告せず懲役8年とした控訴審判決が確定した。3人は服役し、刑期を終えて出所するとタイに帰国した。支える会は控訴審判決を受けて3人に上告の意思がないことを確認すると活動を停止。事実上解散した。ただし、この時の支援者同士のつながりはその後も継続されている。
支える会の支援活動は、逮捕直後の差入れや面会に始まり、起訴状や裁判資料の翻訳、拘置所での処遇改善を求める申し立て、スナック経営者に対する民事訴訟など多岐にわたった。支える会は、3人を殺人事件の加害者としてではなく人身売買の被害者であると位置づけ、講演会やシンポジウム、事件をテーマにした演劇の上演、3人の手紙を中心とした書籍に出版など、一般市民に向けた啓発活動も行った。また、下館事件前後には同種の事件が続いており、そうした他の事件の裁判の支援団体とも積極的に交流することでネットワークを広げ、新小岩事件や茂原事件の支援団体とは署名運動やデモ活動、集会などを共催している。支える会の支援活動は、同種の事件の中で初めて人身売買を前面に出した支援活動であった。そして、当時は裁判支援と同時に啓発運動も行う団体は珍しかった。こうした取り組みがマスメディアで報道されたこともあって、支える会には在日開国人の支援団体だけでなく、学生や研究者、ジャーナリストなどさまざまな人々が参加し、多様な活動の展開を可能にした。同種の事件の支援活動の中でも、支える会の活動は大規模かつ多岐にわたるものとなった。支える会の活動は、民事訴訟での全面勝訴の要因にもなったと評されている。支える会のこうした活動は、先進的な取り組みとしてその後の支援活動のモデルとなった。また、支える会の構築したネットワークは、支える会の解散後も継続している。
控訴審判決では、「捜査段階においては、捜査官らの取調べも、これに対する被害者等の供述も、犯罪に関するとはいえ、社会生活の中で生じた具体的な事実関係を内容とするものであり、特別の場合を除いて、日常生活における通常一般の会話とさほど程度を異にするものではない」とした上で、「日常生活において、互いに日本語で話を交わすに当たり、相手の話していることを理解し、かつ、自己の意思や思考を相手方に伝達できる程度に達していれば足りる」とし、「捜査段階である限り、漢字やかなの読み書きができることまで必要ではなく、法律知識についても、法律的な議論の交わされる法廷における通訳人の場合と異なり、通常一般の常識程度の知識があれば足りる」と判示した。また、「捜査官に対して迎合的であったり、被疑者、あるいはその他の関係者等に対し予断や偏見を抱いたりすることが許されないのは当然である」が「現在多数の刑事事件で通訳の行われている実情に照らし、結局のところ、誠実に通訳にあたることが求められているというだけで足りる」とした。これは、捜査段階における通訳人に必要とされる能力について判示した裁判例として知られている。法務省刑事局付検事（現在は弁護士）の甲斐淑浩は、この判決で示された通訳人に求められる能力や姿勢については妥当なものであると評価している。一方で弁護団の加城千波は、「多数の刑事事件で通訳が行われている実情に照らし」とされたことに対して、「『そうでなくても通訳人が足りない。日常会話さえできれば日本語が読めなくても法律知識がなくてもいい』と言っているに等しい」とし、「被疑者・被告人の権利よりも捜査の実情を重視」するものと批判している。刑法学者の田中康代は、本件について「パスポートを取り戻すという意思がいつ彼女等に生じたかを正確に認定するにはその内心面をかなり詳細かつ具体的に問いただすことが必要」と指摘し、「相当高度な日本語の理解力及び表現力が必要だったのではなかろうか」と判決に疑問を呈している。さらに、判決で「『尋問に対する答えにかなり誤訳』があったことを認めながらも、通訳人の能力を認めているが、その根拠が筆者には読み取れない」と評している。また、法廷通訳人を長く務めてきた長尾ひろみは、1990年代半ば以降、法務省や検察庁、裁判所が希望する通訳人に対してセミナーを開いているが質量とも伴っていないとして、下館事件のような事例は「程度の差はあれ、似たような問題は日常的に起こっている」可能性があると指摘している。この点に関しては、甲斐淑浩も「捜査段階においても、適正な通訳を行うためには、通訳人が日本の刑事手続きの概要や基本的な法律用語に関して基本的知識を有していた方が適切であるので、通訳を依頼した際に適宜日本の刑事手続等を説明したり、通訳人を対象とする研修の場などを通じて、理解を深めてもらうことが大切である」と述べている。
1968年（昭和43年）、文芸雑誌『文學界』12月号に掲載され、同年12月5日に新潮社から単行本刊行された。初演は翌年の1969年（昭和44年）1月18日、劇団浪曼劇場第1回公演として紀伊國屋ホールで上演された。翻訳版は佐藤紘彰訳（英題：My Friend Hitler）、イタリア（伊題：Il mio amico Hitler）で行われている。
舞台は、1934年（昭和9年）6月30日夜半の「レーム事件」前後のベルリン首相官邸の大広間。登場人物は、アドルフ・ヒトラー、エルンスト・レーム、シュトラッサー、グスタフ・クルップの実在人物の男性4人のみ。第1幕と第2幕は事件数日前。終幕の第3幕は6月30日夜半。突撃隊幕僚長・レームはあくまでヒトラーを友と信じる右翼軍人。社会主義者・シュトラッサーはナチス左派。エッセン重工業地帯の独占資本を象徴する鉄鋼会社社長・クルップはヒトラーにうまく取り入る死の商人として描かれる。三島は、〈レームに私はもつとも感情移入して、日本的心情主義で彼の性格を塗り込めた〉と述べ、『わが友ヒットラー』の主題について、ヒットラーへの興味というよりも「レーム事件」が書きたかったとしている。政治的法則として、全体主義体制確立のためには、ある時点で、国民の目をいつたん「中道政治」の幻で瞞着せねばならない。それがヒットラーにとつての一九三四年の夏だつたのであるが、このためには、極右と極左を切り捨てなければならない。さうしなければ中道政治の幻は説得力を持たないのである。この法則は洋の東西を問はぬはずであるが、日本では、左翼の弾圧をはじめてから二・二六事件の処断までほぼ十年かかつた。いかにも計画性のないお国柄を反映してゐる。それをヒットラーは一晩でやつてのけたのである。ここにヒットラーの仮借ない理知の怖ろしさがあり、政治的天才がある。（中略）そしてレーム大尉は、歴史上の彼自身よりも、さらに愚直、さらに純粋な、永久革命論者に仕立ててある。この悲劇に、西郷隆盛と大久保利通の関係を類推して読んでもらつてもよい。 — 三島由紀夫「作品の背景――『わが友ヒットラー』」また、先行で発表された『サド侯爵夫人』（女性のみ6人の登場人物）を書いている時から、それと〈対をなす作品〉として男性のみの登場人物の作品を創作しようと考えていたとし、〈女らしさの極致〉の『サド侯爵夫人』の奥に、〈劇的論理の男性的厳格さ〉が隠され、〈男らしさの極致〉の『わが友ヒットラー』の背後に、〈甘いやさしい情念〉が秘められているとしている。『サド侯爵夫人』における女の優雅、倦怠、性の現実性、貞節は『わが友ヒットラー』における男の逞しさ、情熱、性の観念性、友情と照応する。そしていづれもがジョルジュ・バタイユのいはゆる「エロスの不可能性」へ向つて、無意識に衝き動かされ、あがき、その前に挫折し、敗北してゆくのである。もう少しで、さしのべた指のもうほんのちよつとのところで、人間の最奥の秘密、至上の神殿の扉に触れることができずに、サド侯爵夫人は自ら悲劇を拒み、レームは悲劇の死の裡に埋没する。それが人間の宿命なのだ。 — 三島由紀夫「一対の作品―『サド侯爵夫人』と『わが友ヒットラー』」
『わが友ヒットラー』は、戯曲としての出来は悪くはないが、ヒットラーを扱っているというタブーから、海外では上演が行われない傾向がある。発表当時も作品自体のことよりも、俳優が観客にウケるためカーテンコールの挨拶でやっている「ナチス式敬礼」について批判し、「今通じる洒落と通じない洒落がある」と秋山安三郎が述べている。しかし、そのような中でも小島信夫は、「古典演劇のようなレトリックの多い文章でしゃべらせているので、福田恆存氏訳のシェークスピアを読むような感じがするが、非常に充実感がある」と評価している。マイコウィッチ・ミナコ・Kは、三島がヒットラーへの興味よりもレーム事件に興味を持ち、〈レームに私はもつとも感情移入して、日本的心情主義で彼の性格を塗り込めた〉と説明している創作意図を鑑み、「この戯曲はかなり日本化されたヒットラー劇という特性を備えている」と説明しながら、この劇のヤマ場が第2場の、レームが断固としてヒットラーを信じる場面だとし、「それだからこそ、〈わが友ヒットラー〉という表題の意義が大きく浮かび上がるわけである」と解説し、最後のヒットラーの台詞を「三島の技倆を遺憾なく発揮したもの」と評している。佐藤秀明は、ヒットラーに厚い友情を抱く突撃隊のレームと、ナチスの私兵・突撃隊の処分を考えていたヒットラーを比較し、全体主義の移行のために一旦中道政治の方向を示して国民の支持を取りつけようとするヒットラーよりも、私兵「楯の会」を率いる三島は当然突撃隊のレームと重なるとし、そこに必然的に浮上してくる「政治的敗北」ということを考え併せ、「三島は政治的な敗北を予言したのだろうか」と疑問を呈しながら、むしろ三島が告白しようとしたのは、「政治的勝利や政治的権謀術数への訣別の意志」であり、「粛清される側に立つ三島」が、ヒットラーを「わが友」と呼んだのは、レームの言う「軍隊への郷愁」を、敗者になることでそのまま享受しようという「心情」があったからだと考察している。伊藤勝彦は、三島の死後に彼の「親友」を自認する「エセ親友」がぞくぞくと出てきたことから、三島が生前にそういった多くの取り巻きの者たちの媚態や偽善を見抜き、華やかで社交的な振舞いの中でも孤独を感じて「真の友」を欲していた人であり、いわばシュトラッサーのようにヒットラーの裏切りを事前に敏感に察知できるような「明察」の人だったとして、それゆえ三島は、自身とは異質の他者である「愚直で、誠実で、人を信じきることができる男」であるレームになりたいと思い、愚直に美に邁進してそれを体現する悲劇的な人物に憧れていたと考察している。そして三島の造型したそのレーム像について伊藤は以下のように解説し、レーム同様に「楯の会」を率いていた三島も、「戦士共同体の再現はもはや帰らぬ夢であることを知りぬいていた」が、それにもかかわらず、「それを信じることにいのちを賭けてみたかった」のだとしている。レームにしても、まるっきりのバカではない。ヒットラーの裏切りの可能性を知らないわけではなかった。（中略）しかし、“わが友ヒットラー”を裏切ることだけは絶対にできない。彼はいわば戦士共同体を夢みる男だった。その夢が無残にこわされるくらいなら潔く死んだほうがましだった。（中略）たとえ裏切られてもいい。最後まで“わが友ヒットラー”を信じ、ヒットラーの信頼に応えるような、誠実な行動をとりつづけたい。こう考えたからこそ、シュトラッサーに同調しなかった。そうして見事に裏切られ、壮烈な死をとげたのである。 — 伊藤勝彦「わが友ヒットラー」（『最後のロマンティーク 三島由紀夫』）また伊藤は、ヒットラーの造型については、決して「狂気の人」ではなく、「冷酷無残な政治的人間」であり、そこに「現実政治の実態」を三島が描いているとして、その観点でいくと、「ヒットラーが異常性格で狂人にひとしい存在であるという常識」に妥協していた公演（石沢秀二の演出、平幹二朗の演技）は、三島の原作の「真精神を裏切っていた」と劇評している。そして、「もっとも冷静で、正気な人間のうちにも、狂人以上の冷酷無残がひそんでいる」という「正気という名の狂気」がこの劇の主題であり、三島が言いたかったのも、「あなたはヒットラーを自分とは無縁な特殊人間に仕立てあげ、ヒューマニズムの中に安住していたいのだろうが、そのあなたの中にもヒットラーが生きている。あなた自身、“ヒットラーの友”なのかもしれませんよ」ということだろうと伊藤は考察し、しかしながら演出家の強調点が三島の真意と噛み合っていないにもかかわらず、『わが友ヒットラー』で交わされる台詞には、三島の精神が躍動し、演劇空間の中に三島が甦り、「三島由紀夫は生きている」と実感できるとして、「すぐれた芸術作品はかくも不出来な演出の中においてすら、真価を発揮する」と評している。
1968年（昭和43年）暮、『わが友ヒットラー』の来年上演予定の告知として新聞紙上に、ヒットラーに扮した村上冬樹や、勝部演之のレームの写真が掲載され、そのコスチュームが上野の中田商店あたりで買ったような米軍の中古の執務服に、二級鉄十字勲章のレプリカをつけただけだったのを見た、当時中学3年だったヒットラー・マニアの少年が、劇団「浪曼劇場」に電話をかけて来たという。将来ドイツ現代史の研究家を志していたその少年・後藤修一は、歴史の時代考証上の協力を申し出た。三島はその申し出を喜び、その晩さっそく少年の家に電話をかけ稽古場へ来てもらうこととなった。ナチスの制服や突撃隊の軍服や勲章、ヒットラーの仕草、朝食のメニューなど細かい考証を助言した後藤修一は当時を振り返り、「三島さんは革のジャンパーにGパンという軽装で現れ、僕は最初、大道具の方かと見まがったほどだった」と回想し、後藤が「三島先生！」と呼びかけると、三島は笑い「先生と呼ばれるほどの馬鹿でなし。三島さんで良い」と言ったという。後藤は、「だから、僕は今でも一貫して“三島さん”である」と述べている。当時、舞台監督をしていた和久田誠男によると、当初原稿で、「シュトラーサー」となっていたのも後藤少年に指摘され、再版で「シュトラッサー」に改められたという。和久田は、「その時、三島さんもいたんだよね。その子から、これはシュトラッサーですよ、って指摘を受けたんです」と述懐している。また、公演閉幕後、高校生となった後藤修一は友人と共に閉幕パーティーに招待された。後藤はその時のことを回顧し、以下のように語っている。三島さんが、当時の田辺茂一紀伊国屋書店社長に「こちらが今お世話になっている後藤さんです」と詰襟の高校生の僕を紹介されたことはとても感銘を受けた。三島さんは大学教授だろうが、高校生だろうが分け隔てをしない人だったのだ。真に偉大な人は外見や肩書に捉われないのだ。（中略）それから約一年十ヶ月後、三島さんは壮絶な諌死をされた。三島さんとの出会いは僕の人生を決定づけた。僕は生涯愛国者として生きようと決意したのだから。 — 後藤修一「『わが友ヒットラー』の時代考証―三島さんとの出会い」
イリノイ州シカゴにおいて自動車整備士の母と家具職人の父の間に生まれる。母はユダヤ人、父は「ペンシルバニアのとっつきにくいWASP的な一族」の出だったが、クロウズ自身は宗教的な教育を受けなかった。1979年にシカゴ大学附属の高校を卒業後、ニューヨーク市ブルックリン区にあるプラット・インスティテュートに入学し、1984年に美術の学士号を取得した。クロウズ研究者のKen Parilleによると、4歳の時にSFコミックブック『ストレンジ・アドベンチャー』の表紙で登場人物一家が焼き殺されているのに衝撃を受け、泣きながら壁に頭を打ち付けたという。後に兄から「アーチーやファンタスティック・フォーなど、山と積まれた50年代と60年代の古典コミック」を譲り受けた。また、伝説的なアンダーグラウンドコミック作家ロバート・クラムと出会ったのも兄を通じてだった。1985年、最初の商業作品が『Cracked』誌に掲載された。その後1989年まで同誌への寄稿を続けた。同誌では「Stosh Gillespie」をはじめとして多くの筆名を用いたが、最後には本名を名乗るようになった。原作者モート・トッドとの共作 The Uggly Family シリーズはたびたび同誌に掲載された。1985年、ロイド・ルウェリン（Lloyd Llewellyn）というキャラクターを主人公とするコミックの第一作をファンタグラフィックス社の編集者ゲイリー・グロスに送った。同作はほどなくヘルナンデス兄弟のコミックブックシリーズ『ラブ・アンド・ロケッツ』第13号に掲載された。1986年と1987年にはファンタグラフィックスから雑誌サイズ白黒印刷のコミックブック『ロイド・ルウェリン』が6号発行された。ルウェリンシリーズは1988年の特別号『オールニュー・ロイド・ルウェリン』で終了した。
1989年、ファンタグラフィックスからクロウズの個人コミックブックシリーズ『エイトボール』が発刊された。クロウズが創刊号の扉ページに書いた紹介文は「悪意と復讐心、閉塞感、絶望と性倒錯の狂宴」であった。初期の発行部数は3000部だったという。シリーズは2004年に全23号で終了したが、米国のオルタナティブコミック界で最も称賛を集めたタイトルの一つであり、20回以上賞を受けたほか、連載された長篇はすべてグラフィックノベルとして刊行されている。第1～18号は短編を主体とした構成で、そのジャンルはコミカルな独白やフロイド的分析からおとぎ話や文化批評まで幅広い。またこれらの号には長編の一部が掲載され、完結とともにグラフィックノベルとして刊行された。『鉄で造ったベルベットの手袋のように』（1993年）、Pussey!（1995年）、『ゴーストワールド』（1997年）の三編である。第19号からは形式が一新された。大判白黒印刷で刊行された第19～21号は長篇 David Boring を1幕ずつ分載したものだった。同作は2000年にグラフィックノベルとして刊行された。再び形式が変更された第22号は『エイトボール』初のフルカラー印刷で、グラフィックノベルの長さの単発作品 Ice Haven が掲載された。最終号となった第23号でもフルカラーの単発作品「ザ・デス・レイ (The Death Ray)」が掲載された。1990年代初頭にシアトルのレコードレーベルサブ・ポップと関係を持ち、ジー・ヘッドコーツやスーパーサッカーズなどのバンドや、『ジョン・ピール・セッションズ (The John Peel Sessions)』や The Sub Pop Video Program のようなコンピレーションのアートワークを手掛けた。クロウズがデザインしたマスコットキャラクターのパンキー (Punky) はTシャツやパドルボール、時計などの商品にプリントされた。1994年にはラモーンズのミュージック・ビデオ「大人なんかになるものか (I Don't Want to Grow Up)」にイラストレーションを提供した。
2004年の『エイトボール』終刊以降はフルカラーのグラフィックノベルに発表の場を移した。その皮切りとなった2005年の Ice Haven は『エイトボール』第22号に掲載された作品の改訂版である。2010年、ドローン&クォーターリー社から初の書き下ろしグラフィックノベル『ウィルソン (Wilson)』が刊行された。翌年、パンテオン・ブックスから Mr. Wonderful が刊行された。2007年から2008年にかけて『ニューヨーク・タイムズ・マガジン』誌に週刊連載された作品のフォーマットを変更したもので、クロウズによれば「恋愛もの」であった。同年にドローン&クォーターリーは『エイトボール』第23号初出の『ザ・デス・レイ』をハードカバーで刊行した。この時期から『ニューヨーカー』誌の表紙を描き始めた。また、ゼイディー・スミスが編集したアンソロジー The Book of Other People（2008年）や有力な芸術系コミックアンソロジー Kramers Ergot（第7号、2008年）にコミックを寄稿した。2006年、健康の危機に直面して、心臓切開手術を受けた。2016年3月には過去最長のグラフィックノベル Patience が米国で発売された。現在、クロウズは妻エリカ、息子チャーリーとともにカリフォルニア州オークランドに住んでいる。
1990年代末から脚本家としての活動が始まった。入り口となったのは、同題のクロウズ作品を原作とする2001年の映画『ゴーストワールド』である。クロウズは同作の脚本を監督テリー・ツワイゴフと共同で執筆した。同作の主人公イーニド（ソーラ・バーチ）とレベッカ（スカーレット・ヨハンソン）はどことも知れないアメリカの小都市に住む親友どうしで、ハイスクールの同級生のほとんどをバカにしている。卒業後、二人は進学せずに同居生活を始めようと計画するが、大人になることの重圧が互いとの関係をぎくしゃくさせていく。二人はレコードおたくのシーモア（スティーブ・ブシェミ）をからかい始めるが、イーニドは案に相違して彼と実際に親密になり、一方でレベッカとの距離は離れていく。同作は2002年のアカデミー脚色賞をはじめとして多くの賞にノミネートされ、様々な「2001年のベスト」リストに載せられた。2001年、ファンタグラフィックスから Ghost Word: A Screenplay が刊行された。 クロウズの映画第2作『アートスクール・コンフィデンシャル』は1980年代の初めにプラット・インスティチュートで得た経験を下敷きにしている（同題の4ページの漫画作品でも経験の一部が語られている）。監督は前作と同じくツワイゴフ、脚本はクロウズで製作された。世界一の芸術家になることを夢見る芸大生、ジェローム（マックス・ミンゲラ）を主人公とする作品である。同作は『ゴーストワールド』ほどの好評を得ることはなかった。2006年、ファンタグラフィックス社から Art School Confidential: A Screenplay が刊行された。このほか、企画が検討された、もしくは製作が開始された映画のプロジェクトが少なくとも4本ある。その1本目はミシェル・ゴンドリー監督、クロウズ脚本によるルーディ・ラッカーの小説『時空の支配者 (Master of Space and Time）』の映画化である。クロウズによると同作の企画は具体化せず、「2006年のサンディエゴ[コミコン]でお蔵入りの告知をした」という。2006年からは、ジャック・ブラック監督のブラック&ホワイト・プロダクションのプロデュースのもとで『ザ・デス・レイ』を原作とする脚本を書き始めた。クロウズはまた、3人の少年が7年間かけて『レイダース/失われたアーク』を全ショット原典通りにリメイクしたという実話に基づいて脚本を書いた。2014年現在、これら2篇のプロジェクトはいずれも正式に始動していない。2016年にはフォーカス・フィーチャーズのために自作 Patience の脚色を行う予定である。
1993年から1994年にかけて、米国コカコーラ社は社会に幻滅を抱くジェネレーションXを主要なターゲットとした飲料ブランド、OKソーダを展開した。その広告戦略は、製品の長所を強調しなかったり、禅の公案のような謎めいたメッセージを添付するなど、広告やマーケティングに不信感を抱く層を正面から対象としたもので、『タイム』誌によって「もっとも奇妙な広告キャンペーンの一つ」と評された。OKソーダのメインイラストレーターとして起用されたのが、ともにオルタナティブ・コミック作家であるクロウズとチャールズ・バーンズだった。クロウズのイラストレーションは缶やボトル、パックケースのほか、ポスターや自動販売機その他の商品、さらにはPOP広告宣材に広く用いられた。しかし、OKソーダは1994年から1995年まで米国の数都市で試験的に販売されたのみで、それ以上の展開は中止された。クロウズが自ら述べたところでは、シニカルでヒップな文化にすり寄ろうとした広告キャンペーンが成功するとは思わなかったが、十分な報酬を提示されたために承諾したという。クロウズはいたずらとしてチャールズ・マンソンをモデルとする男性のイラストレーションを缶パッケージ用に提出し、採用された。
2013年12月、シャイア・ラブーフの短編映画 Howard Cantour.com がオンライン公開された。その直後、独立系コミックのファンにより、クロウズが2008年にチャリティ・アンソロジー The Book of Other People に寄稿した Justin M. Damiano と同作が酷似していることが指摘された。ラブーフは公開を取り下げたが、「盗作」とは認めず、「参考にした」「創作活動に夢中だった」と述べた。ラブーフは後にTwitterで数度の謝罪を行った。「アマチュア映画監督として気持ちが高ぶっていて経験もなかったので、創作活動に没入して、適切な認定を怠ってしまった」「こんなことになって本当に残念に思う。@danielclowesにわかってほしいんだけど、彼の作品には大きな尊敬を抱いている」これを受けてクロウズは以下のように述べた。「その映画については今朝知った。誰かがリンクを送ってきたんだ。ラブーフ氏とは会ったことも話したこともない […] 彼がどういうつもりだったのか想像もつかない」法的問題に対するクロウズの代理人は、クロウズを盗作した映画を再び制作するというラブーフのツイートを問題視し、著作権侵害の停止通告書を送付した。