プロ入り当初は全く期待されておらず、阪急の先輩たちに「それ（小柄、非力）でよう来たな。誰やスカウト、こんなん獲ったら可哀相やろ」と散々な言われようだったという。しかし、1年目の1969年から一軍に出場。初出場は1969年4月12日の開幕戦（対東映フライヤーズ）、長池の代走で盗塁を試みるも、宮崎昭二・鈴木悳夫のバッテリーに盗塁刺され、翌日の同一カードダブルヘッダー第2試合でフランシス・アグウィリーの代走に起用された際、桜井憲・種茂雅之のバッテリーからプロ初盗塁を記録した。このため、プロデビューは、腰痛の治癒を待って8月に入団した山田や、初年度は2軍で多くを過ごした加藤（1969年の公式戦出場は9試合）よりも早かった。だが、オールスター戦前に監督の西本幸雄から「一度ファームへ行って、盗塁の練習でもして来い」と2軍行きを命じられる。2軍ではひたすら打撃練習（寮でも「植木の葉の先にバットを当てる素振り」をしたという）に励んだ。入団当初の福本は周囲のレベルの高さを見て「自分は（ドラフト）7位でそれほど期待もされていない。3年間だけ我慢してそれなりの結果が出なければ、プロ野球は諦めよう」と考えていた。2年目は力のある打球を飛ばせるようになり、本塁打も8本記録した。2年目のキャンプ時、見違えるようなスイングを西本監督に「誰に教えてもろたんや？」と言われ、「いやだなぁ、監督ですよ。監督に言われたとおりに素振りしていたらこうなりました」と答えたという。1970年からレギュラーに定着し、同年75盗塁で初の盗塁王を獲得。1972年から背番号を7に変更し、同年には日本プロ野球史上唯一の3桁、達成当時はMLBの記録（モーリー・ウィルスの104盗塁）も破るシーズン106盗塁 を記録、史上初となるMVPと盗塁王のダブル受賞を果たした。1977年7月6日の対南海ホークス戦（西宮球場）の4回に二盗に成功し、それまで広瀬叔功が保持していた通算最多盗塁の日本記録（596個）を更新（このとき、広瀬は中堅手の守備に就いており、グラウンド上で記録更新を目撃した）。その後も1982年まで13年連続で盗塁王を獲得する。初めて盗塁王を獲得してからは、特別なケースを除いてベンチから盗塁の指示（サイン）が出ることはなくなり、福本の判断で走れるようになった（いわゆるグリーンライト）。出塁すれば「自動的にツーベースヒットと同じ意味を持」ち、加藤秀司が「三振さえしなけりゃ、どんな形でも三塁から」生還できると評した。福本は、1971年からの8年間で6度のリーグ優勝、さらに3年連続の日本シリーズ優勝に大きく貢献した。阪急が初めて巨人に勝った1976年の日本シリーズでは打率.407（11安打）、2本塁打でシリーズMVPに選ばれている。1977年の日本シリーズ第2戦では初回に四球で出塁すると、盗塁と二つの内野ゴロによりノーヒットで先制点を挙げ、著書で「これこそ、僕らが公式戦でやってきた普段着の野球」と記している。1983年6月3日の対西武ライオンズ戦（西武ライオンズ球場）の9回に三塁への盗塁を決め、当時ルー・ブロックが保持していたMLB記録を上回る通算939盗塁を記録。福本は新記録を本拠地の「西宮球場の競り合ったゲームで作る」と決めており、球団からも「西宮での達成」を求められていた。試合はその時点で大差のリードを許し走る気もなかったが、西武の遊撃手である石毛宏典がたびたび牽制のベースカバーに入ったことで「ついカッとなって」走ったという。福本は「何とも気の重い世界記録になってしまった」と記している。記録を達成した瞬間には、同球場で初めて西武以外の選手を祝福するための花火が打ち上げられた。盗塁のMLB記録を超えた後、当時首相の中曽根康弘から国民栄誉賞を打診されたが、固辞した。この際、「立ちションもできんようになる」と言ったと報じられた。真意として、賞の第一号であった王貞治のような「野球人の手本」になれる自信がなかったこと、麻雀や喫煙もたしなむため他の受賞者に迷惑がかかると考えたことを、2013年の取材に対して述べている。ただし、大阪府知事賞詞（現：感動大阪大賞）の受賞は受け、大阪府知事の岸昌から賞詞を受け取っている。また、記録達成を記念して特例による名球会入会が認められたがこれも固辞し、同年9月1日の対ロッテオリオンズ戦で田村勲から中前打を放ち、史上17人目となる通算2000本安打を達成して正式に入会した。このシーズンの盗塁は55に終わり、60盗塁を記録した大石大二郎（近鉄）に連続盗塁王の記録を13年で阻まれた。福本によると、939盗塁の達成前に「しんどかった」ことに加え、大石が自分と同じタイプの選手で「西本さんの教え子」でもあることから、「もう走れへんから、（タイトルを）お前にやるわ」と言ったという。連続記録に「こだわりはなかった」というが、相手が大石でなかったら「きっと14年連続を目指して、頑張っていたと思う」とも述べている。1984年8月7日には1000盗塁に到達。その後は記録を1065まで伸ばした。1000盗塁を超えてからは、誕生日（11月7日）にちなんだ通算1107盗塁を個人的な目標にしていたという。1985年頃からはレフトを守る機会が増え、盗塁のサインがダグアウトから出されるようになる。1987年4月18日の対ロッテ戦（川崎球場、先発・山田久志）で佐藤健一のライナーを無理に取ろうとして右肩を脱臼する。救急搬送された病院での診断は「全治2か月」であったが、かかりつけの整体師（愛知県在住）に「任せてダメなら引退する」覚悟で2日おきに診察を受け、2週間で復帰した。福本にとって最初で最後の大きな故障離脱であった。この年のオールスター戦には監督推薦で出場、盗塁を試みたが失敗に終わる、これについて「知らないうちに足が動いていた」とコメントしている。これが福本が出場した最後のオールスター戦となった。1988年のシーズンにはスタメンに入ったのは23試合にとどまり、出場試合数も92に減った（福良淳一、ダラス・ウイリアムズなどが主な1番打者となる）。それでも福本は現役を続行する意思があり、山田が引退を表明（10月10日）してから数日後、千里阪急ホテルに監督の上田利治と球団常務の矢形勝洋に呼ばれて面談した際にそれを「伝えたつもりでいた」が、その場に記者が来たときに矢形の指示でテーブルの下に隠れたという。シーズン終了間際の10月19日、ブレーブスのオリエント・リースへの売却が伝えられた。後の福本の回想によると、その日は来季の身分を、選手兼任コーチと専任コーチのいずれにするかの回答を球団から伝えられる予定だったが、売却により白紙になったという。阪急球団が作成していた1989年カレンダーには1月の箇所に「外野手」として打席での福本の写真があしらわれていた。10月23日、阪急ブレーブスとしての西宮球場最終戦があり、試合後の挨拶で監督の上田が「去る山田久志、そして残る福本」と言うつもりだったものを、間違えて「去る山田、そして福本」と言ってしまい、チームのみならずファン・マスコミを巻き込んだ大騒動に発展した。福本は殺到するマスコミを前に「上田監督が言ったなら辞めます」と言い、そのまま40歳で現役を引退した。早くから引退を示唆していた山田に対して、急に引退すると決めた福本は周囲から「冷たい奴や」と言われたと回顧している。後年、この時のことについて「引退を取り消すのが面倒くさかった」とも、「体力的にはあと3年はやれたけどね」とも語っている。また、『ベースボール・マガジン』など一部メディアでは、前日にコーチ要請を受け、阪急もなくなると言うことで引退を決めたと書かれている。『週刊ベースボール』でのインタビューによれば、当初は自由契約を希望したものの、受け入れられず任意引退の形を取られ（取らされ）、それならばと思いコーチ兼任を希望したが拒否されたという。結果的に知人のアドバイスにより引退を決意した。一時は阪神タイガースへの移籍も考えていたという。他方で、その8日前、阪急身売りが公表される前の10月15日、毎日放送の野球中継中（南海対近鉄第25回戦）、門田博光の活躍に触れる際、同年代の選手として引き合いに出す形で福本がその年限りで辞めると述べていたことが井上光央アナウンサーによって言及されている。現役最末期の福本は盗塁数が極端に減っていたが、これは出塁しても「待て」のサインが出るようになったためで、これにプライドを傷つけられていたことも引退の一因になっていると語っている。1989年3月の引退試合（対巨人オープン戦・西宮球場）では、山田とともに阪急のユニフォームで出場し、福本は打席に入って香田勲男と対戦した。その後、コーチとして携わるオリックス・ブレーブスのユニフォームに着替えてベースコーチを担当した。