前述のように、稚マナマコの飼育水槽にはしばしばシオダマリミジンコが発生し、稚マナマコの生残率を大きく損なうことがある。稚マナマコの生長を促し、シオダマリミジンコからの加害を防ぐためには、飼育用の海水温度を高めに設定するのが効果的であるが、これは同時に、シオダマリミジンコの繁殖を促進することにもつながる。防除には、シオダマリミジンコの発生が確認された場合には、飼育水槽の海水にメトリホナート乳剤を加える（濃度は 1 ppm以下）のが有効であるというが、メトリホナート製剤は農薬としての登録が失効しているうえ、平成18（2016）年5月の「薬事法に基づく動物用医薬品の使用規制の強化」によって稚ナマコへの使用が禁止されている。いっぽう、pH 5.2以下の炭酸ガス通気海水におよそ30分浸漬することで、シオダマリミジンコ（幼生・成体とも）が100 %斃死することが判明しているが、炭酸ガス通気海水の使用は稚マナマコの側にも悪影響を及ぼす（1時間浸漬では稚マナマコの斃死はなかったが、2時間の浸漬では斃死個体がみえ始め、4時間の浸漬では斃死個体が増加し、全滅する試験区もみられた）ため、実際には応用し難いとされている。現状では、稚マナマコの飼育水槽への海水供給路に、シオダマリミジンコをトラップするフィルター（メッシュ50μm以下のカートリッジフィルターと、メッシュ45μmのプランクトンネットとの組み合わせ）を設けるとともに、飼育用の海水温度を15℃前後に調整し、あるいは稚マナマコを着底させる付着板を塩化カリウム水溶液で処理するなどの方法を併用して、シオダマリミジンコの大量発生を抑制する試みがなされているが、完璧な対策とはなり得ていない。北海道では、繊毛虫の一種Miamiensis avidus （マイアミスクーチカセンモウチュウ）による養産稚マナマコの減耗発生が確認されている。M. avidus による稚マナマコの減耗は、通常では体長 l.5 mm 未満の飼育初期にみられるが、シオダマリミジンコによる加害などによって稚マナマコの体表が損傷している場合は、体長10 mm に達した個体であっても発症する場合があるという。M. avidusは、ヒラメ・マダイなどの海産魚に発症するスクーチカ症の病原体で、ヒラメの稚魚（生体重 8-10 g）に対して濃厚に接種感染させた場合の死亡率は80-100％に達することから、水産養殖界で広く問題視されている。M. avidus は気相との接触に対して耐性が低いことが示唆されており、水槽内の海水を定期的に抜いて内部を清掃することで感染の危険を低減させる対策がとられているが、商業的養殖の対象として大規模に飼育されている海産動物を別の水槽に頻繁に移し替えての作業は、その労力や経費が多大となるばかりでなく、飼育されている動物そのものの流失や受傷を招く恐れも大きく、現実的な対策であるとは言い難い。M. avidus の駆除には紫外線照射あるいはオゾンによる飼育用海水のオキシダント処理が有効であるとされる。具体的には、1.0×10⁴μW・sec/cm²の紫外線照射量のもとで、M. avidus 虫体数の99.9%が減少したという。また、照射量1.0×10⁵μW.sec/cm²では、生残した虫体からの再増殖が認められたが、2.0×10⁵μW. sec/cm²の紫外線照射量で処理した虫体を新しい細胞に接種しでも，活動あるいは分裂増殖が認められなくなり.死亡(殺虫)が確認されたと報告されている。中国の養殖業界にあっては、マナマコの表皮の浮腫と潰瘍とを病徴とする病変が問題になっている。2004年12月から翌年4月にかけ、中国大連市内において、屋内のマナマコ養殖池での大量死が問題になった。病徴としてまず内臓の吐出があり、次いでマナマコの口周辺に腫脹をきたし始める。また、管足が委縮して他物への吸着機能を失い、軟化・褪色が起こる。体壁は体表面・体腔内面を問わずに点々と粘液状となって潰瘍を形成するに至る。罹患したマナマコの組織片を生理食塩水中でホモジナイズして調製した懸濁液を、健全な稚マナマコの飼育水槽へと投入すると、10時間ないし5日間には病徴が認められ始め、最終的にはすべての稚マナマコが斃れて 100％の死亡率を示した。また、ある種の細菌とともに二重接種すると、病徴発現がさらに明瞭かつ迅速になったという。罹患マナマコの病理学的所見として、細胞の核（クロマチン）の凝縮・小胞体の萎縮・ミトコンドリアのクリステおよび外膜の崩壊などが認められた。罹患マナマコの組織片の電子顕微鏡観察の結果、一種のウイルスが検出された。このウイルスは直径60～100 nmの球形をなし、 エンベロープをまとっており、同時に、直径200 nm程度でヌクレオカプシドを有するビリオン (virion)が少数見出された。さらに、ポーリ嚢を含めた水管系や筋肉組織・消化管の上皮組織や呼吸樹の構成細胞・体壁の結合組織の細胞などの細胞質は、封入体を有したビリオンをおびただしく含んでいた。いっぽう、青島市内の4か所の養殖施設では、マナマコの触手の機能消失・背面の疣足の崩壊・口周辺の腫脹・腹面への潰瘍形成などをきたす病変が見出されたが、その病原体としては、二重のカプセルにおおわれた径100-250 nm程度のウイルスが見出されている。なお、これらのウイルスの分類学的帰属については、まだ結論が出されていない。また2008年12月には、青島市仰口のマナマコ養殖池（上述とは独立した別個の施設）でも大量死が起こった。この事案では、罹患したマナマコのおもな病徴は、体表背面と管足とに潰瘍を生じ、それが次第に数を増すとともに拡大・融合していくというものである。罹患したマナマコから分離培養された微生物を用いた、健全なマナマコへの再接種試験によって、病原体は Pseudoalteromonas tetraodonisおよび Pseudoalteromonas sp. と同定されている。池塘养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠含物、附着基和底泥中的菌群结构及其相关性シェワネラ属 （Shewanella）に属するグラム陰性桿菌の一種 S. marisflavi もまた、マナマコに一種の感染症を起こすことが報告されている。S. marisflavi は、もともとは黄海の海水から純粋分離された菌株に基づいて記載・命名された好塩菌で、新種記載された時点では病原性には言及されていなかったが、注射による接種と再分離とによって、マナマコやマウスあるいはソードテールに対する病原性を有することが確認されている。マナマコに対するLD₅₀相当菌数は、マナマコの生体重（ｇ）当り3.89 ×10⁶CFUであるという。なお、S. marisflavi による養殖マナマコへの病害発生を予防するために、S. marisflavi に対して特異性を持つファージを用いるのが有効であるとの研究成果が公にされている。PSM-1と命名されたこのファージを、稚マナマコの体腔内に注射するか、またはファージを懸濁させた海水中で稚マナマコを飼育し、さらに S. marisflavi を感染させると、ファージを与えない対照群では死亡率が90％に達したのに対し、処理群では50～90％が生存し得たという。また、S. marisflavi への感染後にファージを与えた群では生存率が低下し、さらにファージを与えるのが遅くなるほど生存率が落ちることから、ファージ処理は予防接種として用いるのが実用的であると結論されている。マナマコの体表面への潰瘍形成や内臓の吐出を病徴とする感染症をもたらす細菌としては、 ビブリオ属（Vibrio）に属する V. splendidius や、V. alginolyticus および V. cyclitrophicus もまた、無視し難い問題となっている。これらの細菌は、レボフロキサシン・セフォビッド・ドキシサイクリン・ノボビオシンなどの抗生物質に対して感受性を示すが、オキサシリンナトリウムやアミノベンジルペニシリン、スペクチノマイシンあるいはセフラジンは無効である。また、V. splendidius は、病毒性においてP. tetraodonis を凌ぐとされている。V. alginolyticus 感染症への対策として、PVA1およびPVA2と命名された二種類のファージを混合投与することによって、発症後のマナマコの生存率を大きく向上し得るとの研究がある。また、枯草菌とセレウス菌 とを飼料に添加したものをあらかじめ与えることで、マナマコの免疫系の活性を上げ、V. alginolyticus 感染後の生存率を80％程度にまで向上させることが可能となるとも報じられている。日本では、飼育されているマナマコの大規模な病害発生や、それによる集団的な斃死の例はまだほとんど記録されていないが、養殖用種苗としての稚マナマコ飼育水槽内で、表皮の糜爛（末期には剥離して死にいたる）を症状とする斃死例が報告されている。この例では、培養試験や分離・再接種試験による病原体の同定はなされていないが、同様の罹患例が東海地方以西から数例確認されており、今後の警戒を要する。