1938年（昭和13年）6月、日蒙混血の青年・ウムボルトが建国大学（建大）に特別研修生として編入するところから話が始まる。彼は幼い頃にトロツキーに似た何者かに家族を虐殺され、自身も記憶を失っていた。ウムボルトは周囲とぶつかりあいながら、自らの失った記憶と混血故に曖昧なアイデンティティを求めている。ウムボルトは後見者でもある関東軍の石原完爾や合気道師範の植芝盛平らから、亡き父である深見圭介が陸軍の大陸工作に関わっていたことや、それが記憶を失う原因につながっていることを掴むが、はっきりしたことは分からずじまいだった。その後、石原が病気療養のため本国に帰還したことで、ウムボルトの後見は石原の部下であり信奉者でもある辻政信に一任される。もともと石原自身がウムボルトの記憶を利用して「トロツキー計画」を実現させようとしていたとはいえ、石原は謀略の犠牲となったウムボルトへの贖罪の意図もあって建大に編入させていたようだが、辻はウムボルトを謀略のための手駒としてしか見ていない。ウムボルトは辻からの命令を反故にして故郷に戻り、幼馴染で抗日運動家の孫逸文ことジャムツや、彼と行動を共にする麗花と出会い、彼らと今後も同志として情報を交換する旨を約束する。建大に戻ったウムボルトは、記憶を失う原因を知りたいという探求心から、あえて「トロツキー計画」の渦中へと飛び込んでいく。ウムボルトは辻とともにハルビンへと赴く。その矢先、ウムボルトは「トロツキー計画」を危ぶむユダヤ評議会の手の者によって拉致され、ハバロフスクに送られそうになるが、ジャムツ、麗花ら抗日戦線のメンバーによって救出される。抗日戦線の宋丁良らの密告によってウムボルトの生存を確認した辻も、かつて抗日運動をしていた時に一度ウムボルトを逮捕したことのある奉天特務機関の楠部金吉に指示を出し、ウムボルトの確保に乗り出す。混乱の中、ジャムツとはぐれたウムボルトは、直接対決の末に楠部を殺害することになる。これにより表社会に戻れなくなったウムボルトであったが、堂々と日本人と戦い勝利する姿を見た宋丁良は、自分たちの頭目に迎える。ウムボルトは「真の五族共和を成し遂げたい」と理想を掲げ意気込むも、宋は組織としての行き詰まりを打開するべく、抗日聯軍第八軍を率いる謝文東を頼ることを進言する。1939年（昭和14年）1月、牡丹江で謝の第八軍に合流したウムボルトは、建国大学で学習した知識や技術によって活躍、宋の死後は部隊を名実ともに引き継ぎ、その実績によって謝からも信頼を置かれるようになる。一方で第八軍は寄せ集めの集団でしかなく、敵となった満州国軍も満州民族により構成された軍隊であり、ウムボルトは戦いに空しさを覚える。また、謝の方針に異を唱えるものが現れるなど離反者が続出、日本軍の工作により組織壊滅は時間の問題となる。こうした状況の中、ウムボルトは露営する雪山の中で、かつての師匠・植芝に伴われた安江仙弘大佐と対面し、聯軍としての活動を終えることになる。同年3月、ウムボルトは父のかつての同僚でもあり、関東軍大連特務機関長にしてユダヤ通である安江に「トロツキー計画」と呼ばれる謀略の阻止と辻政信参謀の暴走を止めるため協力するように要請される。ここで、ウムボルトは初めて自分の父が関わっていた謀略「トロツキー計画」について部分的に知ることになり、なぜ母が（トロツキーに似た人物に）殺されたのか、彼は何者だったのかを知るために、安江に従うことになる。安江のもう一つの目的は石原同様に謀略の犠牲になった同僚（深見圭介）の息子を保護することにあり、そのため、ウムボルトは満州国軍に少尉として任官し満州国の士官学校である興安軍官学校に赴任する。軍官学校では初めて同僚として赴任する日本人とも交流を深め、モンゴル人の生徒と相対する中で自らのアイデンティティへの認識を深めていく。さらに、校長代理であり幼少期に親しくしていたウルジン将軍と再会して、過去の断片的な記憶を取り戻すとともに、ここでもまた「トロツキー計画」について聞かされる。その際、ウルジンはウムボルトに対して彼の中に隠された記憶の危険性から、仇討ちを思い留まり、現実と折り合いをつけることこそが、最善の道だと忠告をする。その後、ウムボルトは安江大佐の命を受けて上海へ渡り、「トロツキー計画」を阻止するべく幼い日の記憶に残る謎の男「偽トロツキー」と対面する。が、既のところで阻まれた上、ウムボルトは頑なに「幼い日のトロツキーと偽トロツキーが同一人物」とは認めようとはせず、安江らによる妨害工作は失敗に終わる。ウムボルトはこのあたりで「トロツキー計画」と自分の家族に起きた事件の全貌をほぼ掴んだのだが、事件の真犯人は分からない。そのことは安江も気づいており、これ以上ウムボルトを工作活動や「トロツキー計画」と関わらせていては（ウムボルトにとって）危険との犬塚惟重大佐（安江とともにユダヤ人工作をしていた）の判断により、ウムボルトは再び興安へと戻される。上海から興安へと向かう汽車の中でウムボルトはジャムツと再会する。ウムボルトは上海で何者かに命を狙われていたが、それが満州国軍人・ジョンジュルジャップの指示によるものだと伝えられる。さらに彼から、日ソ間でまもなく大規模な戦争が始まるという情報を伝えられ、「中国戦線で孤立を深める日本に大義はなく、やがてソ同盟による正義の鉄槌が下される」と裏切りを勧められる。一方、ウムボルトは「言い分はもっともだが、ソ連の側にのみ正義がある訳ではない」と断り、安江大佐宅から失踪した後にジャムツの下に拘束され洗脳を受けていた麗花を助け出し、彼と袂を分ける。同年5月、満蒙国境付近では関東軍と外蒙古（モンゴル人民共和国）との小規模な戦闘が続いていた。その外蒙を支援するソ連軍がハルハ川を越えて進軍中という情報を得た辻は功名心にかられ、国境付近への増派を決定。同僚の服部卓四郎らとともに内地の陸軍省ばかりか関東軍司令部までも欺き、独断で大規模戦闘を開始すべく次々と作戦立案を実行し、ついにノモンハンでの軍事衝突へと発展する。この直前、蒙古少年隊へ派遣されていたウムボルトは、少年隊付きのままノモンハンにかり出されることになる。ノモンハンでは少年隊と軍官学校生徒隊という練度・経験ともに低い部隊が最前線に配置され、ほぼ捨て駒の状態に置かれてしまうが、戦場という極限状態での共同生活、恩師辻権作少将との再会や花谷正大佐ら関東軍司令部と野田又雄少佐ら末端司令官の対立を目の当たりにして、ウムボルトは民族的なこだわりすら超越した認識を持つようになっていく。同年6月、ウムボルトら少年隊・生徒隊は壊滅的な被害を受けるが、野田らの立案・ウムボルトの実行による満州国軍正規部隊との連絡と、正規部隊を率いるウルジンの進言によって、ようやく配置転換と補給が発令される。この後、ウムボルトはジョンジュルジャップの手引きにより関東軍司令部を訪れ花谷大佐と対面、「帝国陸軍の総意の下、対外工作に関わり張作霖爆殺事件の首謀者となった河本大作大佐を、さらなる嫌疑の露見から守るため、田中隆吉の手により両親は殺害された」という、自らの失われた記憶に関する事件の真相が明らかとなる。さらに「帝国陸軍の大義と国家の繁栄のために、犠牲は必要だった」と弁明する花谷に対し、ウムボルトは「他者に犠牲を強いるような大義に、正義はない」と憤りを見せ、刀の柄に手をかけるが彼を倒すまでには至らない。が、これによって危険視されたのか、少年隊や生徒隊の後方送致後もウムボルトだけは連絡役として前線に残されることになる。ソ連軍の攻勢が展開され刻々と戦況が悪化する中、ウムボルトはソ連に投降しようとする日本兵に拳銃で撃たれ、その傷がもとで戦場に倒れる。それから時が経ち、舞台は現代の東京へと変わる。1992年（平成4年）9月、建大OBと彼の下に取材に訪れた作者との対話の中で、ウムボルトの戦死が伝えられ、麗花は一人息子とともにウルジン将軍の庇護を受けてハイラルに住み、丘の上からノモンハンの方向を見つめていたという後日談が語られる。2年後の1994年（平成6年）秋、ウムボルトと生き写しの息子が父の死の真相を知るべく、東京秋葉原に現れる場面で物語は終わる。