1960年に77th SFGは「第7特殊部隊グループ（7th SFG）」と改称され、南ベトナムの軍事顧問として派遣され、現地で4番目の部隊「第5特殊部隊グループ（5th SFG）」が編制される。また、ユタ州フォート･ベニングで1961年5月1日に「第19特殊部隊グループ（19th SFG）」が編制される。同年9月25日、当時のアメリカ合衆国大統領ジョン・F・ケネディが議会で「冷戦下では秘密戦争が主で特殊部隊が必要である」と発言、これにより5th SFGがフォート・ブラッグで「特殊部隊」として制式に創設され、ベトナム戦争で特殊作戦に従事した。また、ケネディ大統領は同年10月12日にフォート・ブラッグを訪れた際、特殊部隊員たちを激励している。これ以降、特殊部隊グループに所属している将兵には、緑色のベレー帽の着用が認められ、後に「グリーンベレー」の通称で呼ばれるようになる。だが、伝統を重んじる軍上層部は、当初着用には反対だった。だが、ケネディー大統領が、「彼らは特別だ。期待している。」と言って決まった。5th SFGは、ベトコン対策を支援するため、南ベトナムに派遣される。ちなみに、同時期に陸･海･空･海兵隊において、不正規戦部隊の編成が開始される。グリーンベレー設立当初、正規部隊の指揮官たちは、自身の部隊の優秀な兵士が特殊部隊に編入されてしまうため、グリーンベレーを嫌っていた。元々、正規軍からの叩き上げ軍人は特殊部隊を嫌悪する傾向があり、特殊部隊に志願しようとする兵士に嫌がらせが降りかかる程だった。ベトナム戦争を通じ、グリーンベレーが一貫して行っていた任務は、ベトナミゼーション（戦争のベトナム化）である。これは、《ベトナム戦争をベトナム国内の問題として、できる限り米国の軍事介入を避けるため、現地人の手に委ねよう》という試みである。1961年11月のブオンエナオでグリーンベレーはCIAの支援を受け、民間不正規戦グループ（CIDG）計画をスタートする。この計画は、ベトナム中部山岳地帯に住む少数民族モンタニヤール（モンタニヤード）に軍事訓練を施し、南ベトナム軍不正規戦部隊として活用するというものである。彼らは訓練の他に、モンタニヤールと共に生活しながら医療活動などを通じて信頼関係を築き、その結果、CIDG計画は成功を収めた。1963年の終わり頃には、米軍特殊部隊に忠誠を誓う18000名のCIDG攻撃隊員が120個中隊で編制され、グリーンベレーによる指揮のもと、国境周辺のパトロールや監視を行った。最大で、80もの前線基地で40000人のCIDG隊員が北ベトナム軍や南ベトナム解放民族戦線と戦闘を繰り広げた。ちなみに、当初アメリカ軍は、CIDG部隊を南ベトナム軍の指揮下に置くつもりであったが、彼らのような山岳少数民族は差別を受けるため、トラブルが絶えなかったという。そのため、CIDG部隊はベトナム戦争が終結するまで、米軍の指揮下で活動した。この様に、ベトナム戦争では大きな人的損耗出すこともなく、価値ある軍事支援を行ってきた。少数の軍事顧問によって、敵地に大規模戦闘部隊をつくりあげる、彼らが『戦力増強部隊』と自称する所以である。また、現在では地元人との意思疎通のため、現地語も学ぶ。だがベトナム戦争時は任務のため語学訓練が不完全なまま現地入りしなければならなかったので、臨機応変な対処が必要だった。1962年2月、ついにアメリカは南ベトナム軍に対して本格的な訓練を開始するため「MACV（U.S. Military Assiatance Command, Vietnam：南ベトナム軍事支援米軍司令部）」が創設される。同年9月、ベトナム各地で活動している1st SFG、5th SFG、7th SFGを統括するため、「ベトナム派遣アメリカ特殊部隊司令部」がニャチャン（ナトラング）に設立される。1963年2月、アメリカ軍事顧問団は顧問軍と名称を変更し、1964年に南ベトナム軍特殊部隊（LLDB）の訓練を開始する。それまでは、各グリーンベレー部隊のAチームが半年交代の一時派遣であったが、戦闘が拡大したため、部隊ごとベトナムへ赴くことになる。1963年にパナマのフォート･ギュリックで「第8特殊部隊グループ（8th SFG）」が創設され、12月5日にもフォート･ブラックで「第3特殊部隊グループ（3rd SFG）」が編制される。1964年5月、「プロジェクト･デルタ（デルタ計画）」が始動する。この計画は、CIDG隊員とLLDB隊員に長距離偵察訓練を施すものだったが、実戦に投入されたのはCIDG隊員とグリーンベレー隊員の志願者の混成部隊だった。彼らは「ロードランナー」という通称で呼ばれ、チャールズ・ベックウィズ（後のデルタフォース創設者）の指揮下で行動した。初期編制は12個の偵察チームだったが、後期には16個へと拡大された。1個偵察チームは、グリンベレー2名とCIDG4名の計6名で構成される予定であったが、実際にはグリーンベレー4名、CIDG6名の計10名となった。この「特殊長距離偵察パトロール（LRRP）」は多大な戦果を上げ、後の1967年にはより攻撃的な戦闘偵察パトロール部隊へと発展。プロジェクト・シグマ、オメガ、ガンマの各部隊が誕生する。1964年7月6日に、ナム・ドン前哨基地で5th SFG分遣隊チームA-726の隊員12名とモンタニヤードの民兵が約300名、他数十名が、北ベトナム軍約900名と激しい攻防戦を展開（ナム・ドンの戦い）。1967年11月、「MACV-SOG（U.S. Military Assiatance Command, Vietnam Studies and Observation Group：南ベトナム軍事支援米軍司令部/研究・偵察グループ）」がグリーンベレー、海軍のNavy SEALs、海兵隊のフォース・リーコン、空軍の第90特殊作戦飛行隊などの各不正規戦部隊を指揮・統制を行うため、新たにサイゴン近郊のタンソニェット空港内に設立された。ちなみに、名称のSOGは、実際には秘密裏に不正規・非合法活動を行うための特殊部隊司令部であることをマスコミに隠すためのカバーネームである。指揮権はアメリカ国防総省、CIAが握っていたとされる。ベトナム戦争においても活動内容は秘匿性が高く、MACVや各部隊が所属している原隊についても作戦内容は一切明かされておらず、MACVの統制下というのは形式上であり、実際はCIAの秘密作戦を行うものだった。なお、ベトナム戦争において、SOGがどのような任務を行ってきたかは現在でもほとんど公開されておらず、謎が多い。北ベトナム、ラオス、カンボジアへの越境潜入作戦、捕虜の情報収集や救出、北ベトナム側の要人の誘拐・暗殺などを行っていたとされる。1968年にプロジェクト･フェニックス（フェニックス計画/作戦）に参加。1969年12月1日、3rd SFGが解散される。1970年には、LRRPは1200名のCIDGを指揮下に置き、越境作戦などを実施した。また、北ベトナムの敵戦線後方の偵察のみならず、ラオス、カンボジアにも侵入していたといわれている。1970年11月20日、アイボリー･コースト作戦（ソンタイ捕虜収容所奇襲作戦）に参加。1972年、8th SFGが解散。アメリカ国内の反戦運動が過熱し、1973年1月にアメリカはパリ和平協定でベトナムからの撤退を公式に決定した。同年3月12日に、その後の特殊作戦は南ベトナム軍に引き継がれたが、1975年に北ベトナムの勝利で戦争は終結する。CIDGの損害は不明。米軍撤退後も彼ら山岳少数民族はベトナム新政府と1992年まで戦い続けた。パリ和平協定で、1973年3月には完全に米軍は撤退したが、南ベトナムが崩壊する1975年4月まで、第69統合整備･支援中隊のカバーネームで、特殊部隊をアメリカ大使館に陸軍掩護部隊として活動していた。作戦内容は、CIAの指揮下でラオス、カンボジア、北ベトナムに潜入する作戦であった。14個の地上戦部隊にそれぞれ2名のアメリカ人、4名の現地人で編制されており、その他にも数名の非戦闘員で構成された。この間の戦闘で戦死した者は、戦闘中行方不明者扱い、または軍籍を除外されていた可能性がある（一人は名誉勲章追贈の際に、ようやく事実が公表された。）。ベトナム戦争において、グリーンベレーはCIAの指揮下での活動ではラオスでの特殊作戦が中心で、パテト・ラオの共産軍に対抗するため、ラオス王国軍やメオ族におよそ3万人に訓練を施していた。補給については、エア・アメリカというCIAが管理していた航空会社が行った。1975年には、ベトナム統一、カンボジアでの民主カンプチア成立に伴い、アメリカはラオスから手を引いた。この際、CIAの協力者8万人が処刑された。