ドイツやイタリア、タイ王国や南京国民政府、フランス（ヴィシー政権）、自由インド仮政府、満州国などの同盟国の外交官や駐在員、ジャーナリストや留学生は、日中戦争後や英米間との開戦後もこれまで通りの生活を送ったが、1939年以降はヨーロッパ各地も戦火に見舞われたことから、同地域の同盟国の外交官や駐在員の多くも本国への帰国もままならなくなった。さらに1941年の独ソ戦、同12月の日英米の開戦で、本国との連絡も潜水艦やそれによる手紙、無線に限定されることになった。しかし満州国や南京国民政府、タイ、フランス（仏印）や自由インド仮政府の国民は、同盟国であり距離的な問題も少ないことから英米の開戦後も比較的自由に移動できた。約3,000人の在日ドイツ人は外交官のみならず、オランダ領東インドからの引揚者や、シーメンスやボッシュ、バイエルやコメルツバンクなどの駐在員、大学院や大学の教員、留学生の多くが対英米戦開戦後も日本に残留した。またドイツ人は、食料の配給では1945年に入り日本人への配給が厳しくなってからも、優先的に食料品や缶詰などを配給されていた(これはドイツにおける日本人についても同様であった)。また、日本やその占領地を拠点にしていた仮装巡洋艦やUボート、封鎖突破船などが拿捕したイギリスやアメリカなどの貨物船より、ソーセージやコンビーフ、ピーナツバターなど日本人が好まぬものを廻してもらうことも多くあった。東京だけで500人いたナチ党を中心とした住人組織が置かれ、相互監視が行われた。また、反ナチス的なドイツ人を取り締まるために、駐日ドイツ大使館付警察武官兼国家保安本部の将校であるヨーゼフ・マイジンガーが駐在し、反ナチ的なドイツ人は捕えられ18人が収容所に入れられたほか、ヴィリー・フェルスターのような在日ドイツ人が危険人物として監視下に置かれた。また、1943年6月にジャーナリストのイヴァル・リスナーは、マイジンガーの調査により友人のヴェルネル・クローメ、日本人秘書およびドイツ人秘書と共にスパイ容疑で逮捕された。リスナーは憲兵に引き渡され日本の刑務所で2年間を過ごした。しかし1945年5月のドイツの敗戦後には、ドイツ本国が連合国の占領下に置かれたことで、外務省の命令でナチ党の解散、さらに党員バッジもつけることが禁止された。また占領地で日本軍への協力の継続を表明したドイツ軍人以外の在日ドイツ人が軟禁状態におかれ、さらに6月8日、日本政府は「ドイツ政府はもはや存在しない」として、ドイツ大使館並びにドイツ領事館の職務執行停止を正式に通告したことで、駐日ドイツ大使及び外交官としての地位を喪失した。なおこの際に日本政府は「独逸国大使」のスターマー宛に、5月25日の東京大空襲で焼失した旧ドイツ大使館の跡地を外務省の管理下に移すことを通知している。東京や関東にいたドイツ人は、6月以降戦争終結まで富士五湖近辺や軽井沢などの地方の別荘地などに送られた。その頃はもはや日本人よりこれらの地に「収容」されている感じはなく、旧同盟国人が「軟禁」されている状況で、行動は許可が必要になったが軍機以外の場所は比較的自由で、撃墜された連合国軍のパイロットと間違われるのが唯一避けるべき行動であったという。今や国家として存在しなくなったドイツが日本にとって事実上の「敵国」となり、ハインリヒ・ゲオルク・スターマー大使以下全ての大使館員らが軟禁された6月以降も、マイジンガーは日本の憲兵隊や特高と一種の協力関係を持ち、自動車の利用も許され、東京と大使らが軟禁されていた箱根の富士屋ホテル、他の大使館員らが軟禁状態に置かれた河口湖の富士ビューホテルを行き来しつつ、「反ナチス的」と目された在留ドイツ人の情報を憲兵隊や特高に流した。ドイツの敗戦後に河口湖や箱根、軽井沢に軟禁されたドイツ人は、8月の日本の終戦後に今度は関東を占領地域に置いたアメリカ軍により監視下に置かれた。その後連合軍によりナチス党関係者やマイジンガーら約50人が逮捕された。またこれまでの日本政府の様に自由な行動は厳しく制限され、居住県外に出る際は理由と許可が必要になった。最終的にユダヤ系、もしくは日本に第二次世界大戦前から住んでいた人を除くドイツ人（日独戦ドイツ兵捕虜の残留者など）は、1947年までに強制的にドイツに強制的に帰国させられた。約300人の在日イタリア人は、1943年9月のイタリアの敗戦後まではドイツとともに同盟国の国民として安泰な地位にいたが、敗戦後にはイタリア王国側につくかイタリア社会共和国側に付くかでその地位が振り分けられた。民間人のうち190人はイタリア社会共和国につき、イタリア王国側についたたために抑留されたのはわずか10人にも満たなかったが、イタリア大使館内でイタリア社会共和国側につくことを拒否したものはマリオ・インデルリ大使以下武官を含む50人で、2人のみがイタリア社会共和国側についた。イタリア社会共和国側につくことを拒否したものは、警察の監視下のもとで外交官は東京の田園調布にあるサンフランシスコ修道院に、民間人は京都大学の講師のフォスコ・マライーニのように、名古屋とその後は秋田の収容所で終戦までの間を過ごした（1943年9月9日に自沈したイタリア特務艦「カリテア」の150人ほどの軍人は兵庫県姫路市広畑区の捕虜収容所に収容された）。なお、イタリア王国側についた商務参事官のローモロ・アンジェローネは、抑留されたことを日本政府に強硬に抗議したが、これは当然のことと跳ね付けられた。アンジェローネ参事官自身は熱心なファシスト党員であり、日伊の通商に大いに貢献した外交官であるが、日本政府のイタリア王国側についたものに対する態度は冷静であった。なお、上海に停泊中の「コンテ・ヴェルデ」は、連合国に降伏したイタリア王国政府の指令に基づいて船底を爆破し横転した。この時、日本占領域にあった「コンテ・ヴェルデ」を含む合計17隻のイタリア艦船がイタリア社会共和国につくことを拒否し自沈している。この事件は日本政府の心証を悪化させ、その後イタリア社会共和国につくことを拒否した在日イタリア人に対する冷静な処遇の一因になったとされる。また、ミルコ・アルデマンニ館長の元、九段に1941年3月にオープンしたばかりのイタリア文化会館も閉館を余儀なくされた。1945年8月以降に運航される予定であった第三次日米交換船には、イタリア王国側につくかイタリア社会共和国側につくかは関係なく、1943年9月に連合国に降伏した後に日本で抑留されていた在日イタリア大使館員や、第一次日米交換船に使用されたイタリア客船「コンテ・ヴェルデ」の乗組員ら民間人、さらに降伏に伴い日本海軍に接収（その後ドイツ海軍に貸与）されたイタリア海軍潜水艦の「ルイジ・トレッリ」などのイタリア海軍の軍人も含まれることになっていた。しかし第三次日米交換船は8月の終戦により運航されなかった。なお、マリオ・インデルリ大使やカルロ・バルサモ提督、ローモロ・アンジェローネ商務参事官以下、イタリア王国側についた大使館関係者50人弱と民間人10数人、また横浜から疎開した27人のイタリア人が、秋田の敵国抑留所で終戦を迎えている。イタリア社会共和国についた代理大使オメロ・プリンチピニも、富士屋ホテルで抑留されたまま終戦を迎えている。これらのイタリア人外交官や将官の多くが、1945年の暮れから1946年初頭にかけて帰国している。なお日本に残ったイタリア人もおり、カルロ・バルサモ提督の専属料理人のアントニオ・カンチェーミは神戸に在留後、東京都港区に本店を構えるイタリア料理レストラン「アントニオ」のオーナーとなった。数百人の在日フランス人は1940年7月のヴィシー政権の成立後や、1941年12月の英米開戦時も、駐日大使館とフランス領インドシナの植民地政府がヴィシー政権に就き日本との友好関係を保っていたために、自由フランス（ドゴール派）に付くことを表明した少数の外交官以外の在日フランス人は、中立国民と同様の扱いを受けていた。さらに、1944年8月に行われた連合国軍によるフランス本土解放ならびに、シャルル・ド・ゴールによるヴィシー＝日本間の協定無効宣言が行われた後も、フランス領インドシナ植民地政府は日本とともにインドシナ統治を継続するという微妙な位置についていたため、敵国人となることは逃れた。その後1945年3月に行われた、日本軍によるフランス領インドシナの植民地政府への攻撃（明号作戦）以降は敵国人となったために、軽井沢などで警察の監視下のもと軟禁状態におかれることとなった。原則としてフランス人以外との接触は禁止されたが、軽井沢にいた数千人の中立国人との接触は自由に行われ、また地元の住人との接触も寛容であった。8月15日以降は自由となり、8月下旬以降に「戦勝国民」として連合国と接触した。なお満州国やタイ王国、自由インド仮政府や汪兆銘政府、ドイツとヴィシー政権麾下が長かったフランス、イタリア社会共和国側についたものが多かったイタリアについては、その殆どが「旧枢軸国国民」として扱われたうえ、戦後の連合国の占領時や帰国時の混乱から、明確な記録が残されていない。