一揆勢のうち獄門の判決を受けたのは切立村喜四郎、前谷村定次郎、歩岐島村四郎左衛門、寒水村由蔵の4名であったが、うち切立村喜四郎は牢死して遺体は取り捨て処分を受けていたため、実際に処刑され獄門となったのは前谷村定次郎、歩岐島村四郎左衛門、寒水村由蔵の3名であった。判決直後に処刑された3名の首は首桶に入れられて郡上へと運ばれ、宝暦9年1月18日（1759年2月15日）から宝暦9年1月20日（1759年2月17日）にかけ、穀見刑場で獄門にされた。獄門の開始時には3名の親族を呼び出し獄門に処することを申し渡したところ、親族からは「空しく牢死した者の多い中、裁判の結果を聞いた後に処刑された上に、首をここまで持ってきていただいて獄門にされるのは、一揆勢の中でもこの上もない幸せ者であり、本懐を遂げたことを本当に嬉しく思います」との大胆不敵な声が上がり、役人たちから追い立てられたとの逸話も残っている。獄門、死罪や追放を言い渡された農民の土地や家屋は競売にかけられることになり、美濃本田代官川崎平右衛門が欠所検使役を命じられ、宝暦9年2月28日（1759年3月26日）までに19名の土地が競売された。その際、競売には同じ村の者でしかも立者の参加しか認められず、他村の者、寝者は競売から排除された。この温情ある計らいに獄門、死罪や追放を言い渡された農民の家族や村人たちは大層喜んだ。土地の競売に続いて家屋の競売も進められたが、やはり他村の者、寝者は競売から排除された。一揆勢の帳元クラスの幹部の中で、大間見村田代三郎左衛門は用心深く行動したこともあって評定所御詮議懸りによる取調べから逃れることができた。大間見村田代三郎左衛門は判決を見届けた後、帳元クラスの中で田代三郎左衛門以外では最も軽い追放刑を言い渡された剣村庄右衛門とともに関寄合所へ向かい、両者で一揆勢の資金についての最終精算を行った。宝暦8年12月26日（1759年1月24日）、芝の金森屋敷は大混乱の中で午前10時頃までに引き払われ、藩別邸など江戸にあった他の郡上藩関連の施設とともに同日中に召し上げられた。大晦日の宝暦8年12月30日（1759年1月28日）には、藩主世子であった金森頼元が渋谷の祥雲寺に江戸詰めの家臣を集め、一同に離散を言い渡し、藩士は散り散りとなった。また宝暦8年12月26日（1759年1月24日）には江戸から郡上へ飛脚が送られ、大晦日の宝暦8年12月30日（1759年1月28日）夜、郡上に到着した。年も押し詰まった大晦日の夜にお家断絶を知らされた金森藩士は大騒ぎとなった。宝暦9年1月5日（1759年2月2日）には側用人の三浦連が江戸からやって来た。三浦は藩士全員を集めてこれまでの経緯を説明した上で、金森頼元の命としていたずらに動揺しないよう、そして金森家の所有する家宝などを全て売却し、売却益を藩士などに分配するよう指示した。改易された金森頼錦の後釜として、宝暦8年12月27日（1759年1月25日）、幕府より丹後国宮津藩の青山幸道が新たな郡上藩主として転封を命じられた。青山氏が郡上に入るまでの間、近江国信楽代官の多羅尾四郎左衛門が郡上を一時支配することになり、宝暦9年2月7日（1759年3月5日）、多羅尾四郎左衛門一行は郡上に到着した。多羅尾四郎左衛門の郡上到着後、郡上八幡城引き渡しの準備が急ピッチで進められた。宝暦9年（1759年）2月、幕府からは引き渡しを受けるための人員が派遣され、宝暦9年3月1日（1759年3月29日）には幕府からの使いが郡上に到着し、主に郡上領内の治安に関する高札を立て、更に旧金森家家臣を集め、今後30日以内に立ち退きを行うよう命じ、もし事情により30日間に立ち退くのが困難な場合には借宅証文を渡すと伝えた。郡上八幡城の接収と青山氏入部までの在番は、岩村藩藩主松平乗薀が命じられた。宝暦9年3月1日（1759年3月29日）には岩村藩の先遣隊が郡上に到着し始め、城受け取りの準備を開始した。松平乗薀は宝暦9年3月12日（1759年4月9日）郡上に到着した。翌宝暦9年3月13日（1759年4月10日）午前6時頃、松平乗薀は多羅尾四郎左衛門らとともに郡上八幡城に入城し、城引き渡しを受けた。旧金森家家臣らは泣く泣く城を後にし、離散していった。金森家改易の結果、数百人の郡上藩士が浪人となった。彼らは金森浪人と呼ばれ、一部は金森家の後に郡上藩にやって来た青山家に仕えることが出来たが、郡上で町人となった者も多く、そして数多くの金森浪人が郡上を離れ他国へと流れていった。宝暦9年（1759年）4月には青山氏の先遣隊が郡上に入った。5月末から6月にかけて青山家家臣が続々と郡上に到着し、宝暦9年6月17日（1759年7月11日）、城の引き渡しが行われた。郡上に入った青山氏に対して、幕府は切添田畑についての調査を行うよう命じた。これは郡上一揆の判決で、農民が一揆を起こした主因が切添田畑を隠すことが目的であったと断定したことによるもので、藩は郡上郡内の各村に調査が命じられた。宝暦10年（1760年）6月の各村からの届出によれば、郡上郡内全体で333石あまり、郡上郡内全体の石高の約1.5パーセントに当たる切添田畑が明らかとなった。また郡上一揆最大の闘争目標であった検見法についても、宝暦9年（1759年）10月には正式に採用が言い渡されている。そして農民には厳しく質素倹約を命じて年貢の確保を図った。また村々の庄屋の上に数人の大庄屋を置き、村で発生した問題はまず庄屋が解決を図り、それでも解決が困難な場合には大庄屋が、更に解決困難な問題は藩が解決に乗り出すことにするなど、農村支配体制の強化を図った。農業生産性が高いとはいえない郡上藩では、青山氏の時代も厳しい財政難が続くことになる。しかし農民たちの願いに応じて村ごとに三ヵ年限定の定免法採用をしばしば認め、飢饉時には農民に対する支援も行った。また歴代藩主は領内を巡検して農村事情を確認するなど、厳しい財政状況に悩ませられながらも、青山氏はきめ細かい農村への配慮を欠かさなかった。青山家の農民支配は厳しい統制を行う反面、農民たちに対する配慮も見られた。また青山氏が郡上に転封となった郡上一揆直後、領内は立者、寝者の厳しい対立や、一揆によってお家断絶となった旧金森家家臣である金森浪人の存在など様々な反目が渦巻いていた。実際、金森氏改易後、青山氏の着任までの間郡上を治めた代官の多羅尾四郎左衛門に対し、立者たちが多数を占める村で寝者が孤立して難儀しているとの訴えが多く出され、また金森浪人の指示で一揆勢の墓石を破壊した上、川に投げ捨てるといった事件も発生している。このような藩内がずたずたとなった状態を和らげ、人々の融和を図るため、郡上に転封された青山幸道が夏の盆踊りを奨励したことが、郡上おどりの起源であるとの説がある。郡上一揆後、農民たちは一揆で犠牲となった人々の供養を行うようになった。明和元年（1764年）に七回忌が行われたのが最初の供養とされ、嘉永2年（1849年）から嘉永3年（1850年）にかけ、郡上郡内全域で百回忌が行われた。しかし江戸時代に村方三役や藩などと厳しく対立した郡上一揆の参加者を顕彰することはやはり無理であり、ようやく明治以降になって一揆の顕彰が始まるようになった。本格的な顕彰の動きは、明治44年（1911年）北濃村の三島栄太郎が「濃北宝暦義民録」を刊行し、義民顕彰碑建立の計画を立てたことに始まり、現在郡上市内各地には、「宝暦義民碑」「郡上義民碑」など、一揆に加わった農民たちを顕彰し、記憶にとどめるための記念碑が数多くある。昭和39年（1964年）、岐阜の劇団はぐるまのこばやしひろしは戯曲「郡上の立百姓」を製作した。郡上の立百姓は昭和40年（1965年）の第二次訪中日本新劇団公演のレパートリーに採用され、主役の定次郎は滝沢修が演じ、評判となった。戯曲郡上の立百姓はその後も折に触れ公演が行われ、岐阜県の農家出身の映画監督神山征二郎は郡上の立百姓を原作とした映画、「郡上一揆」を平成12年（2000年）に完成させた。