数多くあるパラレルワールド（並行世界）の1つで、妖精たちが住むスウィーツ王国。そこの長老ティラミスが何らかの邪悪な気配を察知する。そして、ティラミスはその阻止を「伝説の戦士」プリキュアに託すことを考え、プリキュアの森へ赴き祈りを捧げ、プリキュアに変身する力を与える妖精ピックルンの封印を解く。目覚めた4体のピックルン（ピルン・ブルン・キルン・アカルン）は、プリキュアを探し求め次元を越え四つ葉町へと飛び立つ。さらにティラミスはプリキュアに覚醒した人物をさがすため、同国の王子タルトと妖精の赤ちゃんシフォンも四つ葉町へと向かわせる。ティラミスの予想は的中し、国民が国によって管理された夢も希望もないもう1つのパラレルワールド・管理国家ラビリンス。そこの総統メビウスが全パラレルワールドの征服を目論んでいた。そして、メビウスはそれに必要なインフィニティと呼ばれる無限メモリーの入手をイース、ウエスター、サウラーの三幹部に命じる。3人は四つ葉町郊外にある森の中に占い館と称する洋館をアジトに構え、さらに偽名（イース→東せつな・ウエスター→西隼人・サウラー→南瞬）を使い不幸のゲージに不幸の液を集める行動を始める。四つ葉町にあるクローバータウンストリート（旧称:四つ葉町商店街）に到着したピルンは、四つ葉中学校2年生の桃園ラブを見つける。ラブは他人を思いやる優しい性格でダンスが大好きな女の子。好きなダンスユニットはトリニティで、特にリーダーのミユキには強い憧れを持っている。ある日、森に迷い込んだラブは偶然占い館を見つけ、そこでせつな（イース）に運勢を占ってもらい顔見知りになる。占い後、イースは「あの子は敵になる」と予言する。案の定、ラブがトリニティのダンスイベントを観覧していたとき、突然イースが乱入し怪物ナケワメーケを使役して人々に襲い掛かる。ラブは逃げ遅れたミユキを救うべく立ちはだかるが、自身もピンチに陥ってしまう。しかし、ピルンが彼女の携帯電話に乗り移り、プリキュアに変身するアイテム・リンクルンに変わる。それでラブは「愛の戦士」キュアピーチに覚醒してナケワメーケを撃破する。その後、彼女の幼なじみで鳥越学園に通い読者モデルもこなす蒼乃美希と、同じく白詰草女子学院に通う動物好きで少々引っ込み思案な山吹祈里（以下ブッキー）の2人もピンチに陥るが、美希はブルンの力で「希望の戦士」キュアベリーに、ブッキーはキルンの力で「祈りの戦士」キュアパインに覚醒し、2人ともピーチと共闘することを誓う。そして3人はラビリンスと三幹部の野望を打ち砕くためフレッシュプリキュアを結成する。さらにラブはミユキから助けてくれたお礼としてダンスレッスンを受けることになり、さっそく美希とブッキーを誘ってダンスユニット・クローバーを結成し、プリキュアとダンスの両立に勤しむことになる。暫くするとイースがリンクルンを奪うべく商店街へ赴き、せつなとしてラブと再会する。だがラブはそれを気にせず親友になるが、美希はせつなに疑念を抱いていた。また3人はシフォンからピックルンが4体あることを聞き、すなわちプリキュアもあと1人いることに気付く。その後3人はアカルンと4人目のプリキュアをさがすべく町内を奔走するも、ラブたちを尾行していた三幹部が4人目の覚醒を阻止すべく立ちはだかり争奪戦となるが、その合間にアカルンが行方不明となる。戦闘後、3人はミユキが4人目のメンバーだと予測を立てる事となる。そんな矢先、イースはナキサケーベのカードをメビウスより授かり、それから誕生させた怪物ナキサケーベを使役する。ナケワメーケより強力だが「寿命が縮む」というリスクも伴う。しかし、プリキュアの打倒を固執するイースはそれを使役してラブたちに襲いかかる。だが、3人もシフォンとの絆を深めてピックルンを出現させ、それより生まれたキュアスティック（ピーチロッド・ベリーソード・パインフルート）を用いて応戦する。その後、ラブたちはナキサケーベに襲われていたミユキの目の前で変身して正体を明かし、さらにこれまでの経緯も話してメンバーに誘うが辞退される。イースはナキサケーベの使役に伴う苦痛に耐えながら「メビウスさまのためなら自分の命が無くなってもいい」と述べるが、ラブに「本当はそう思っていない」と見透かされる。その後、イースはカードを使いきり自身も度重なる使役で疲労困憊になるが、心配するラブを振り払う。後がなくなったイースは自身とせつなが同一人物だと3人に明かし、さらに「お前らを倒すために近づいた」と非情な言葉をぶつけ、それを聞いたラブはショックのあまり部屋に引きこもってしまう。一方、メビウスは任務失敗に終わったイースの制裁として、側近のクラインにイースの管理データの変更（寿命の終焉）を命じる。イースもその旨をクラインから転送された手紙で知り、ウエスターとサウラーに「やり残したことを終わらせてくる」と告げ、ラブと決着すべく占い館を出る。一方のラブも美希とカオルちゃんの助言で奮起し、「せつなを改心させる」と決心して占い館へ向かう。その途中、2人が森で出会い決闘が始まる。その後、決闘に駆けつけた美希、ブッキー、タルトは「ラブがイースを倒すためではなく、改心させるために戦っている」と理解し、それに気づいたイースも次第に心が揺れ始める。戦闘後、イースは「本当はラブたちのような幸せな人生を羨望していた」と告白し和解するが、変更された寿命を迎えてしまう。ラブ、美希、ブッキーが悲しみにくれていたそのとき、シフォンの力で呼び寄せられたアカルンがイースの体内に入る。そして、イースはアカルンの力で3人がさがしていた4人目のプリキュアこと「幸せの戦士」キュアパッションに覚醒し、同時にせつなとして転生も果たす。しかし、せつなはラビリンスを別離した苦悩や自身が犯した罪に苛まれ、プリキュアとして戦うのを躊躇いラブたちの前から姿を消す。だが、捜しにきたラブたちの友情や食事に誘った桃園家を見て「幸せ」の素晴らしさを感じ、また「自分の罪を償いたい!」という気持ちが芽生え、ついにラビリンスを離反し戦うことを決める。改心したせつなを3人は祝福し、せつなは改めて親友になり、フレッシュプリキュアとクローバーへ加入する。そして桃園親子の計らいで桃園家に同居することになり、四つ葉中学校へも編入しラブとクラスメイトになる。それによりタルトとシフォンは当初の目的である「プリキュア4人を探す役目」を完遂したため、ティラミスの命で王国へ一時帰郷するも、タルトたちは国民と両親、フィアンセのアズキーナと再会。その後、面会したティラミスにシルコアマの森でクローバーボックスの入手を命じられる。任務完遂後、タルトたちはティラミスにそれを託され、また「ラビリンスの猛攻を阻止する役目」も命じられたためラブたちとともに四つ葉町へ帰る。ラブたちとの生活にも慣れたせつなだったが、ラビリンスを離反したことに解せないウエスターの執拗な説得やサウラーの報復、さらに送り込まれた最高幹部であるノーザ（北那由他）の唆しに遭う。しかし、4人の強固な友情によりそれらを打破しことなきを得る。その後、不幸のゲージが満杯になったと同時にシフォンがあてもなく漂うようになる。シフォンの異変に気づいたティラミスは四つ葉町へ赴き、ラブたちとタルトに「シフォンは王国の予言書に記されていた『世界の命運を握る、四つ葉の赤子』かつ『インフィニティの正体』」と明かす。それを知ったノーザたちもソレワターセの実から誕生させた怪物ソレワターセを使役してシフォンを奪いにかかるが、ラブたちもクローバーボックスを用いて応戦するなど激しい攻防戦となる。その後、パッションのパッションハープにより異空間に隠蔽されていた占い館を発見し不幸のゲージもろとも破壊するが、ノーザの草笛によりシフォンが強制的にインフィニティに覚醒され強奪されてしまう。インフィニティを手に入れたメビウスは全パラレルワールドの総攻撃を開始し、それを知ったラブたちは急いでスウィーツ王国に向かうが、既に国王をはじめティラミスや国民たちはラビリンスの管理下に置かれていた。しかし、唯一難を逃れたアズキーナを救出し四つ葉町へ戻るが、ついに魔の手は四つ葉町にまでおよび始める。業を煮やした4人はラビリンスに乗り込むことを決意し、心残りが無いよう両親や町のみんなにプリキュアだと明かす。その後、家族や商店街の人々の声援を受け四つ葉町を出発する。ラビリンスに乗り込んだピーチたちは、ウエスター、サウラー、ノーザ、クラインと死闘を繰り広げる。その後、ウエスターとサウラーがメビウスに捨て駒と見なされデリートホールで抹消されそうになるが、シフォンの力で生還を果たしプリキュアたちに新たな生物ホホエミーナを使役して加勢する。一方、ピーチたちはソレワターセの実を食べて最終形態化したノーザ、命令に従わなくなった国民たちを見て危惧したクラインが戦闘形態化したドラゴン・クライン、その2人が合体した怪物ノーザ・クラインに苦戦していたが、ラビリンスの管理から解放された国民たちの声援を受ける。彼らの思いが通じ、4人は伝説にもない奇跡のプリキュア・キュアエンジェルに変身を遂げノーザ・クラインを撃破する。そして、ついにメビウスがプリキュアたちの前に姿を現す。キュアピーチ、キュアベリー、キュアパイン、キュアパッションの4人、そしてタルトとアズキーナの2匹、さらにメビウスに謀反したウエスターとサウラーの2人は四つ葉町、スウィーツ王国およびラビリンスを含むパラレルワールドの平和と、奪われたシフォンを取り戻すべくメビウスとの最終決戦に挑む。そこで6人と2匹はラビリンスの真実とメビウスの正体を知り驚愕する。メビウスは容赦ない攻撃でひれ伏せようとするが、ピーチ一行もそれに怯まずそれ以上の反撃で攻め立て勝利を物にする。しかし、負けを悟ったメビウスが自爆に踏み切り一行も道連れにされ万事休す。だが、その直前に全員の力でシフォンをインフィニティの覚醒から解いて彼女のワープで生還を果たす。そして、ついに全パラレルワールドと四つ葉町に平和が訪れる。その後、6人と3匹は四つ葉町へ帰り家族と商店街の人々からあたたかく迎えられる。数日後、タルト、シフォン、アズキーナはラブたちとの記念写真を持ってスウィーツ王国へ帰郷する。せつなはダンス大会の優勝を手土産に、ラビリンスの再建に励むべく隼人と瞬とともに四つ葉町を後にした。ラブ、美希、ブッキーはせつなたちやタルトたちと過ごした日々を思い出の1ページに刻み、それぞれフレッシュな未来を完璧になるよう信じて、しあわせゲットな毎日を送るのであった。