湖のほとりで母の妃英理を見付けた蘭は、思わず彼女のそばへ駆け寄ろうとするが、英理は大声で蘭を止める。するとどこからともなく銃声が聞こえ、英理が地面に倒れこんでしまう。そんな夢の中から焦るように抜け出した蘭は、不安になり英理に電話をかける。それを笑う英理だったが、蘭が夢の中の母が今より少し若く見えたことを伝えると、なぜか英理は表情を曇らせる。一方、コナンは少年探偵団と航空博物館に向かうことになり、阿笠博士を待つ間、歩美は占いのゲーム機でコナンの恋を占う。表示された結果は「Aの予感」、古い隠語で"A"はキスを意味するものである。1週間後、公園をジョギングしていた目暮警部が何者かにボウガンで狙撃される事件が発生。現場には紙で作られた西洋の短剣らしきものが残されていた。その後、今度は英理がチョコレートを食べた途端に苦しみだし倒れる。命に別状はなかったが、事務所の郵便受けに紙製の花が入っていた。阿笠博士の家で、今回の事件について考えるコナンだが、突然、玄関のガラスが割れ、外を見に行った阿笠博士がバイクに乗った何者かにボウガンで狙撃される。コナンは犯人を追うが取り逃してしまい、現場には剣のようなものが残されていた。コナンは数々の遺留品から、これらの襲撃事件がトランプの札に倣って名前に「十三」から「一」までが入る人間が順に襲われていることと、その犯行が小五郎に関連した人物を狙っていることを突き止める。目暮警部はその情報から、仮出所したばかりの村上丈を犯人だと考えた。探偵事務所まで車中、コナンと蘭は白鳥刑事から、かつて取り調べから逃げようとした村上が英理を人質にとり、小五郎が拳銃を発砲したが、その弾丸が英理の足をかすめたことがあったと聞く。村上の確保には成功したものの、人質にかまわず発砲したことが問題となり、ほどなく小五郎は警察を退職したのであった。蘭はこの事件が英理との別居に至った原因であると考え、新一の声で電話をしてきたコナンに小五郎への信頼が揺らいだことを訴えるが、コナンは「小五郎が英理を撃ったのは事実でも、それが真実とは限らないのではないか」と諭す。日は変わり、「十」のつくゴルファー・辻弘樹に事件のことを知らせ、忠告する目暮だったが、辻はヘリコプターのフライトを止めようとしない。仕方なく小五郎と目暮警部も同乗することを条件としてフライトに許可を出し、コナンも潜入に成功する。その後、米花町上空を飛行中に、辻が目の不調を訴えヘリは墜落の危機に陥る。コナンの助けを借りて不時着を決行し惨事は免れたものの、辻は次の大会の欠場を余儀なくされた。さらに、スペードの10のカードが発見される。小五郎が「九」のつく知り合いに心当たりがなかったため、「八」の標的たりうる、ソムリエの沢木公平を訪ねる。沢木はレストランを任せてもいいという打診を受け、新たにオープンする海洋娯楽施設「アクアクリスタル」に行くのだと語り、コナンたちはそこのオーナーとして、「九」のつく旭勝義の名前を目にする。小五郎は旭とも面識があったものの、些細な依頼を受けた程度の縁で、知り合いというほどではなかった。しかし、犯人もそう考えるかは不明であり、沢木を護衛する必要もあったことから、コナンたちも「アクアクリスタル」に同行する。現地に到着すると、一行は他の招待客である小山内奈々、仁科稔、宍戸永明、ピーター・フォードと出会う。彼らもそれぞれ名前に「七」、「二」、「六」、「四」の数字を持っていた。さらに白鳥刑事の名前に「三」が入っていることと、「一」はここにはいない工藤新一ではないかという推測も語られる。彼らに事情を説明し、村上との関係を聞いたところ、仁科と宍戸は仕事で村上に取材した経験があることを語る。奈々はなにか思うところがあるようだったが、村上の出所が八日前ならば関係ない、と独り言をいう。彼女は三ヶ月前、接触こそなかったものの、バイクの運転手を転倒させる事故を起こし逃走していたのだった。旭が不在の中、奈々が土産として貰ったマニキュアでワインのコルクに落書きをして遊んでいると、フォードが足元に旭名義で沢木宛のメモが落ちているのを見つける。そのメモに従いワインセラーへ赴くと、ブービートラップが仕掛けられており、ボウガンが発射される。気付いたコナンが叫び、沢木が身をかわしたため命中することはなかったが、既に犯人たる村上がアクアクリスタル内にいることがわかったため、建物から避難することを決める。しかし、建物は入口も非常口も塞がれており、さらには旭の遺体が発見される。コナン以外の男性陣が手分けして脱出口を探していると、建物の電気が落とされ、マニキュアに仕込まれていた夜光塗料を目印に奈々が刺殺される。遺体を見て、右利きの人間による犯行だと判断したコナンは、阿笠の襲撃犯も右利きだったが、村上丈は左利きであったことに気付き、一連の事件の犯人が村上とは別人であり、招待客の中にいると気付く。さらに電気が落とされた際、犯人が床に置いたジュース缶を蹴り飛ばしていたことから、裾についた染みによって犯人を特定する。一行にミネラルウォーターを配ることで犯行動機を確認したコナンは、犯人を追い詰めるための証拠を探し、発見する。ところがそこで爆発が起こり海水が流入、一行のいる海中レストランが水没する。泳げない仁科は小五郎が助けるが、蘭だけが浮上してこない。コナンがペットボトルに空気を入れて潜ると、蘭は飾ってあった自動車に足を挟まれ抜け出せないでいた。コナンはペットボトルを蘭の口にあてがい窮地を救うが、自身も足を引っ掛けてしまう。息が続かなくなったところへ蘭が口づけをし、今度はコナンへ直接空気を渡す。それによって息を吹き返したコナンは、なんとか足を引き抜き、改めて蘭を救う。一行は爆破された箇所から泳いで外へ脱出するが、仁科が溺れてしまう。沢木が人工呼吸を買って出るが、コナンは小五郎の声で白鳥警部がやるように命じ、眠りの小五郎推理ショーを始める。犯行は、自身や標的の名前に数字が入っていると気付いた者が村上の経歴等を利用して起こしたもので、目暮たちを襲ったのはカモフラージュであり、真の標的は辻や旭、奈々であるという。さらに「人工呼吸するふりをして鼻と口を塞げばどうなるか」と問い、真犯人として沢木の名前をあげる。証拠として、奈々を襲撃した際に紛れ込んだ、彼女が落書きしたコルクをポケットから出させ、さらに工藤新一のカードであるスペードのエースを持っているはずであることを指摘する。沢木は自らエースを出し、犯人が自分であることを認める。動機は「味覚障害」。沢木が唐辛子を味見していたところを目撃していたコナンは、沢木のミネラルウォーターに塩を混ぜ、沢木が味覚障害に陥っていることを確かめていた。奈々が誘発した交通事故の被害者であった沢木は、ほどなくして味覚障害を発症。視覚と嗅覚で仕事をこなすことは出来たが、挟持からソムリエであることを諦める。事故のほかストレスが原因の可能性もあると言われたため、奈々とストレス要因である仁科、旭、辻への復讐を決意した。宍戸とフォードは数合わせである。小五郎に謝罪に訪れたものの、不在のため会えなかった村上とたまたま遭遇した沢木は、彼を利用しようと考え、殺害を決める。自白を受け、目暮たちは沢木を逮捕しようとするが、沢木は更に爆弾を爆発させ、衰弱していて抵抗できない蘭を人質にとり、ヘリポートへと逃走を図る。建物全体が崩壊を始める中、宍戸たちを避難させ、目を覚ました小五郎、コナン、目暮、白鳥は沢木を追う。崩落の危険からヘリコプターが着陸できず、立ち往生していた沢木の元へコナンたちが追いつき、白鳥が拳銃を構えるが、腕に自信のない白鳥は発砲できない。再度辻を殺しに行き、自身も死に、蘭も道連れにすると笑う沢木は、拳銃をコナンを介して自身に渡すよう要求する。蘭の窮地を前にして拳銃を手にしたコナンは、かつて小五郎が英理に発砲した真意を悟り、同じ行動を起こす。足を怪我した人質は逃走の障害にしかならないため、小五郎はわざと英理の足を撃ったのだ。拳銃を構えるコナンに新一の面影を見た蘭、誤解していた白鳥もこの「真実」に思い至る。目暮が沢木に手錠をかけたようとしたところで建物がさらに崩壊をはじめ、沢木が海へ落下しかける。傷口が開いていた目暮の手に支えられた沢木は「離せ、死なせろ」と叫ぶが、小五郎に手を掴まれ、「死なせはしねぇ、てめぇに自分の犯した罪の重さを分からせてやる」と言われると、驚愕したような表情を見せる。事件は終わりを迎え、救急車で搬送される蘭は、沢木が持っていたスペードのエースを握りしめ、「新一が守ってくれたのかもしれない」と語るが、それを聞いたコナンは、「エース」＝「A」＝「キス」によって空気を貰い、助けられたのは自分のほうだ、と感じるのであった。