現役引退後そのまま所属していたログロニェスの下部組織で指導者としてのキャリアをスタートさせて、その後弱小クラブの監督を複数務めた。CDログロニェスの育成部門の幾つかのカテゴリーで指導を経験したのち、二軍相当の傘下クラブ「ログロニェス・プロメサス」(1992年にログロニェスBへ改称)の監督となる。ここでロティーナは1990年から1993年にかけて好成績を残し、テルセーラからセグンダBへ昇格。指導者として評価を高めた。同時期、トップチームのダヴィ・ヴィダル監督の解任に伴い暫定監督に就任。1992-93シーズンのプリメーラ・ディビシオン第13節のみ指揮を執り（敵地でデポルティーボ・ラ・コルーニャに0-3で大敗）、後任のカルロス・アイマール監督への「つなぎ」を務めた。その後ログロニェスは15位で残留を決めた。1993年、ロティーナは選手・指導者として長年在籍したCDログロニェスを離れ、同じラ・リオハ州の当時まだセグンダB所属の格下クラブであったCDヌマンシア・デ・ソリアの監督に就任した。会長就任と同時にロティーナを招聘した投資家・実業家のフランシスコ・ルビオとその一派は、このカスティーリャ・イ・レオン州の実績と知名度に乏しい小クラブに未曽有の急成長をもたらそうと画策していた。ロティーナに率いられたヌマンシアは、1993-94シーズン、1994-95シーズンと連続でセグンダ昇格プレーオフに進出するが、いずれも敗退した。だが1995-96シーズン、ロティーナ監督の名前と仕事ぶりはメディアを通して全国的に知られるようになった。リーガではプレーオフ出場圏外という期待外れな成績であったが、コパ・デル・レイではプリメーラ所属のレアル・ソシエダ、ラシン・サンタンデール、スポルティング・デ・ヒホンの格上3クラブを相手に立て続けにジャイアント・キリングを起こし、準々決勝でヨハン・クライフ監督が率いるFCバルセロナとの対戦までたどり着く。ソリアでの第1戦は2-2の引き分けと大健闘であったが、カンプ・ノウでの第2戦は1-3で敗れ合計3-5で敗退した。一方、古巣のCDログロニェスはこのシーズンにプリメーラ復帰を果たしていた。しかし監督のファンデ・ラモスがFCバルセロナB監督就任のオファーを受諾してしまったため、1996-97シーズンに向けた監督の座が空席化した。こうしてロティーナはログロニェスの正式監督として古巣に、そしてプリメーラの舞台に復帰した。だが開幕から10試合を終えて勝ち点は10、この時期に喫した4連敗の中にはFCバルセロナ戦での0-8の大敗、そして因縁あるアスレティック・ビルバオ相手の屈辱的な0-6の大敗という試合もあった。この4連敗を決定打にクラブはロティーナを早期解任したものの、結局は最下位で再びセグンダ降格という結果に終わった。1997-98シーズン開幕前にロティーナはセグンダ・ディビシオン所属のCDバダホスの監督に就任することが明らかになった。だが開幕から下位に低迷し、第16節終了後に解任された。1998-99シーズンには同じくセグンダ所属のCDヌマンシアの監督に復帰。リーガ3位の成績でロティーナ個人として、ヌマンシアとしてもクラブ史上初となるプリメーラ昇格を達成した。1999年に就任したCAオサスナでは、監督初年度にチームを1部昇格させると、その後2シーズン1部に残留させた。1994年の降格から6年ぶりにオサスナのプリメーラ復帰を実現し、ロティーナ監督個人としては2年連続でトップカテゴリー昇格を達成した。翌2000-01シーズンも残留が最優先の目標となったが、最終節にアウェーのエスタディオ・アノエタでレアル・ソシエダに0-1と勝利し、辛くもその目標を達成した（13位で残留、降格圏と勝ち点1差）。ロティーナ個人としては選手・指導者時代を通して初めてのプリメーラ残留であった。翌2001-02シーズンも順位こそ下がったものの17位で2年連続残留を果たした。こちらは前年度よりも非常にきわどいギリギリの残留であったが、ともあれロティーナは任期3年間において、プリメーラ昇格という当初課せられたノルマを達成することは出来た。2002年からはセルタ・デ・ビーゴの監督に就任。前任者のビクトル・フェルナンデスとは対照的に守備を重んじるロティーナの就任を疑問視する声も多かった中、クラブをリーガ・エスパニョーラ4位に導き、2003-04UEFAチャンピオンズリーグ予選出場権を獲得。しかしながらCLに出場した2003-04シーズンには、CL本大会ベスト16まで勝ち進むも敗退、さらに国内リーグと欧州カップ戦の両立に選手層が耐え切れず、チームは国内で低迷、19位でセグンダ降格を喫してしまった。なおロティーナ個人はガリシア・ダービー大敗後の批判などでCL決勝トーナメント前に解任された。2004-05シーズンはRCDエスパニョールの監督として終盤までチームにCL出場権を争わせ、リーグ戦5位・UEFAカップ出場権獲得と好成績を残した。2005-06シーズンにはコパ・デル・レイ優勝へとチームを導いた。だが、リーグ戦での低迷もありシーズン終了後に辞任した。2006-07シーズン途中の第7節よりレアル・ソシエダの監督に就任。前任者ホセ・マリ・バケーロ監督の「実験的メンバー編成」で劣悪化していたチーム状態、とりわけ守備をある程度立て直した。就任後の敗戦はすべて1点差負け、GKクラウディオ・ブラーボはリーガ5位の守備率を記録している。その一方で攻撃力までは改善できず勝ちきれない試合が多く、引き分け11試合・勝利数わずか8であった。シーズン初勝利は15節までかかった。チームは低迷し、19位で2部に降格（40年ぶり）。シーズン終了後に辞任した。2007年6月で50歳となったロティーナは、2007-08シーズンからはアスレティック・ビルバオに移ったホアキン・カパロスの後任としてデポルティーボ・ラ・コルーニャで4年間という長期政権を任せられ、指揮を執った。ハビエル・イルレタ監督期にリーガ優勝1回・準優勝4回や欧州カップ戦での躍進などを含む、黄金時代を謳歌した「スーペル・デポル」「エウロ・デポル」も直近数シーズンは凋落傾向にあり、前年度は13位であった。ロティーナはこのクラブをかつてのような強豪へ蘇らせる事は出来なかったものの、重度の負債を抱え経営難に苦しむ中で可能な限り状況を改善する事に努力した。その中には経済的事情に伴う、カンテラ出身選手の積極起用路線などもあり、総計15人のカンテラ育ちがトップチームデビューを記録した。最初のシーズンは開幕から中盤戦まで降格圏に低迷してしまったが、そこから大きく浮上して9位でシーズンを終えインタートト・カップ出場権を得た。この結果はロティーナ自身も満足のいくものであった。夏のインタートト・カップをデポルは勝ち抜き、UEFAカップ出場権を獲得。財政難の中にあって欧州カップ戦の舞台に戻れた事はクラブにとって貴重な事であった。UEFAカップ2008-09ではグループステージで2位となり、決勝トーナメント進出を駆けたプレーオフでデンマークのオールボーBKの前に2戦合計1-6で負け、敗退した。リーガでは欧州カップ戦圏内維持を目標に安定した戦いを続け、前年度を上回る7位でフィニッシュしたがUEFAカップ出場権に手が届かなかった。続く2009-10シーズンも序盤10節ころまでは好調を維持していたが、最終的に10位となり欧州カップ戦出場を逃した。時には5バックを使用するなど、戦力を駆使して残留を続けたが、2010-11シーズンは深刻な得点力不足に陥って18位に終わり2部降格となった。ロティーナにとってデポルでの4年間は自己最長政権となったが、シーズンを通して下位に低迷。27節で降格圏に転落してからは抜け出せず、最終節ホームでのヴァレンシアC.F戦での敗北（0-2）により降格が決定した。シーズン終了後に辞任した。デポルでの任期中は不振の時期もアウグスト・セサール・レンドイロ会長からの信頼が篤く、シーズン途中に解任される事はなかった。最終的にロティーナはハビエル・イルレタ（252試合）、アルセニオ・イグレシアス（190試合）に次いで、デポルの歴史上3番目に多い152試合を指揮した監督となった。2012年3月19日、フアン・カルロス・ガリード監督、フランシスコ・モリーナ監督に次ぐ2011-12シーズン3人目の指揮官として、降格圏近く（17位）に低迷していたビジャレアルCF監督に就任。第28節から指揮を執ったロティーナは残り試合を3勝5分け3敗と善戦した。最終節のアトレティコ・マドリード戦では終了間際までグラナダCFと勝ち点41で並び得失点差で上回っていたが、しかし最後に喫した失点で0-1と敗北。結局18位でセグンダ・ディビシオン（2部）降格となり、この結果、セグンダ・ディビシオンに参戦していたビジャレアルCF Bもセグンダ・ディビシオンB（3部相当）に自動降格となった。これでロティーナは途中解任されたシーズンを含め監督として通算6回目の降格を喫し、以後はスペイン国内で監督を務めていない。