謎の多い『豊饒の海』への論究は非常に膨大な数があり、様々な観点から研究論がなされている。三島の他の作品との共通点を探る比較論的なもの、典拠となった『浜松中納言物語』との比較論や、作品世界の構造を論じたナラトロジー的なもの、『竹取物語』や『源氏物語』と重ねる研究論、個別の作中人物（本多、清顕、勲、ジン・ジャン、透、聡子、みね、蓼科、鬼頭槇子）の行動や内面を探ったもの、誰が贋物の転生者であるかを探ったもの、輪廻転生と唯識論の宗教論的な観点からのもの、結末部の解釈を巡っての解釈論、日本の近代史などの歴史や社会的な背景（神風連、二・二六事件や天皇）との相関関係から論じたもの等々、多岐にわたって論究されている。奥野健男は、最終巻『天人五衰』の終り方が、三島の初刊行小説『花ざかりの森』の終結部で老婦人が、〈どこへ行つてしまひましたやら。あんなものずきなたのしい気分。……わたくしのどこかにでも、そんなものがのこつてゐるやうにおみえでせうか〉と言った後に、客人を庭に案内し、〈生がきはまつて独楽の澄むやうな静謐、いはば死に似た静謐ととなりあはせに。……〉という末尾と酷似していることを指摘している。奥野は「三島由紀夫の文学の華やかで激しい三十年は、同じ空夢の幻影から空夢の幻影への夢のまた夢というであったのであろうか。それが真の文学というものなのかもしれない」と述べている。井上隆史は、三島の自死の日が、『仮面の告白』の起筆日の日付と同じことに着目し、『仮面の告白』の執筆動機が、〈私が今までそこに住んでゐた死の領域〉を超克することで、〈飛込自殺を映画にとつてフィルムを逆にまはすと、猛烈な速度で谷底から崖の上へ自殺者が飛び上つて生き返る〉ような〈生の回復術〉だと三島が位置づけていたことから、以下のように論考している。三島が死の日付として、また『天人五衰』の擱筆日として11月25日を選んだのは、フィルムを逆回転する前の状態、つまり自殺者が谷底で死んでいる状態に戻るということを意味する象徴的行為ではないだろうか。すなわち、『天人五衰』において『春の雪』にまで遡ってすべてを虚無で覆い尽くそうとしたのと同様に、三島はその文学活動の最後に、自分の作家的アイデンティティを確立させた『仮面の告白』まで遡り、その後の創作活動のすべてを解体し、虚無へと導いたのである。 — 井上隆史「虚無の極北の小説」佐伯彰一は、三島が「純粋情念こそ歴史をふみこえ、時間をのりこえ得るという思念」に繰り返し心惹かれていた作家であったことを鑑みて、『豊饒の海』の「時間の流れ」自体の定着に三島の意図はなく、むしろ「時間から脱け出し、時間を超えること」に三島の的があり、「時間の超克、棄却」が目指されていたとし、「近代小説の大前提と常識に向って正面切った反抗をくわだてた作品」で、「三島流の壮大な反・小説の試み」がなされていると解説している。柴田勝二は、『金閣寺』や『憂国』『英霊の聲』など三島文学には、主人公を行動に駆り立てる「他者的な精神や霊魂的な浸透」や、「別個の人間間で、その精神や魂が憑依する関係性」があるとし、『春の雪』の煮え切らなかった清顕が、聡子への強い恋情を自覚する「変身」も、「烈しい恋愛者の霊魂が入り込んだ」場面だと考察し、その〈みやび〉の烈しさや荒々しさは、倭建命や王朝貴族に底流し、〈非常の時には、「みやび」はテロリズムの形態をさへとつた〉という三島が『文化防衛論』で言及している意識と同じだと解説している。また、『サド侯爵夫人』にも見られるように、三島が作中の年や日時にメッセージを込める傾向を鑑みながら、聡子と皇族の婚約の勅許が下るのが5月15日で、清顕が月修寺の聡子を訪れる日に雪が降り、2月26日だという、「五・一五事件」と「二・二六事件」との連携性を柴田は考察し、転生する主人公たちの寿命が〈二十歳〉であるのは、伊勢神宮の式年遷宮が20年ごとに行われるという神道的な意味合いで、三島が『文化防衛論』で展開している、〈いつも新たに建てられた伊勢神宮がオリジナルなのであつて、オリジナルはその時点においてコピーにオリジナルの生命を託して滅びてゆき、コピー自体がオリジナルになる〉という関係性がそこに反映されているとし、本多が勲を見て〈清顕がよみがへつた！〉と感銘するのは、清顕が勲に「再生」していることの表われだと柴田は解説している。そして『天人五衰』の入稿日と自決の11月25日の意味については、「昭和天皇が摂政に就任した日」という安藤武の考察と、松本健一の「（三島が）じぶんだけの〈美しい天皇〉を抱きしめ、その〈美しい天皇〉の歌をもはや誰にも歌わせまいとして、一人あの世へと走り去ってしまったのではないか」という考察を敷衍しながら、「時代への抗議」と共に三島が、昭和天皇が事実上〈神〉になった日に自決することで、人間天皇の代りに自らが「〈神〉の連続性」を掴んで、「神になる」行為であったとし、自国の主体性がなくなった時代背景を基調に書かれた最終巻の意味について柴田は以下のように論考している。『天人五衰』においては転生が受け継がれず、憑依も狂女の上に劇画的にしか現われない。それはとりもなおさず、転生者たちに秘かに託されていた「天皇霊」の継承を、主人公ではなく、三島自身が担おうとしたからであっただろう。作品の末尾に記された「昭和四十五年十一月二十五日」という、四部作の完結と決起の日を結びつける日付は、自身の最期の鍵がこの作品自体にあることの表明にほかならなかった。また藤原定家を主人公として、人間が「神になる」主題を追求する作品はついに書かれなかった。それは三島自身が「神になる」行為を全うするゆえに、書く必要がなくなったからでもあったに違いないのである。 — 柴田勝二「〈神〉となるための決起――『天人五衰』と1970年11月25日」松本徹は『天人五衰』の最終場面について、生まれ変わりの連鎖にずっと立ち会い、それに囚われてその連鎖から脱け出せない本多と、輪廻の連鎖から逃れたところの解脱の立場にいる聡子が「向き合っている」ということが肝心だとし、最後の〈何もない。記憶もなければ何もないところ〉は、「世界すべて消えるのではなく、輪廻の一つの輪が終わろうとしているところ」だと説明しながら、そこには「輪廻する生を根底で成り立たせているところのものが、露わになっている」と解説し、以下のように論じている。冒頭の、透が望遠鏡で見た、なにも見えず、「いつもしたたかに存在の用意を蓄えてゐる」海に照応する、阿頼耶識そのものが、露わになって日に晒されているのです。さらに言えば、もろもろの存在を出現させるべく用意している存在の基底が、露出しているのです。唯識論に拠った「究極の小説」にふさわしい最後です。また、それだからこそ『豊饒の海』は、なにがなんでも完結させなくてはならなかったのです。この世なるもの、さらには小説なるものを出現させている、大本の大本が、ここには顔を覗かせているのです。 — 松本徹「究極の始まり『豊饒の海』（二）」佐藤秀明は、この松本の論を敷衍しながら、本多の自意識の〈悪〉（直接手を下さずに世界を〈虚無〉に陥れる）についても考察し、本多が聡子に再会しようとしたのは、聡子から世界を肯定されることで、「その時本多の自意識は、世界を無に陥れようと図っていた」とし、以下のように論じている。聡子によって世界が肯定され、本多の自意識がそれを無に移し変える、ただそれだけのことに老齢の本多は賭けたのである。本多の気配に異様なものを察知したのかどうか、門跡は唯識の立場で話をした。〈松枝さんといふ方は、存じませんな〉。世界は肯定されず、空である。本多の最後の目的は潰えた。世界は空である。しかし、阿頼耶識は世界を存在させる。だから〈庭は夏の日ざかりの日を浴びて〉そこに存在するのである。 —  佐藤秀明「〈作品解説〉豊饒の海」宮崎哲弥は、第三部『暁の寺』でさかんに説かれている仏教は「中観ではなく、唯識仏教」だとして、「（阿頼耶識を個我の根本識、対象世界の諸法の根本因と看做す）唯識説が仏教哲学の精華として礼賛されて」いるとし、ナーガセーナの見解も「不徹底な立場と決めつけられている」と批判しつつ、「かかる仏教観が、そっくり三島自身のものでもあったとしたら、彼の仏教理解は、極めて浅薄なものであったと断ぜざるを得ない」としている。小室直樹は、第三部『暁の寺』について、「仏教のエッセンスは、ここにつきていると言ってよい」とし、三島が『ミリンダ王の問い――インドとギリシャとの対決』の一節を説明して、〈ナーガセーナ長老は、はるかはるか後世になつてイタリアの哲学者が説いたのとほとんど等しく、《時間とは輪廻の生存そのものである》と教へるのであつた〉と導いてゆく件りについて、以下のように評している。日本人はすぐに『般若心経』こそ仏教の真理のダイジェストだと言いたがる。（中略）三島由紀夫の仏教理解が、いかに徹底したものか。三島は決して、そこらへんの日本人がやりたがるように、『般若心経』の解説なんぞしはしない。宗教音痴の日本人に仏教の神髄を理解せしむるために、『ミリンダ王の問い』を引用し解説する。これのみにて三島の仏教理解の深さ、はるかに日本人を超えていると評せずんばなるまい。 — 小室直樹「戦後天皇制に挑戦した三島由紀夫」また小室は、第四部『天人五衰』冒頭で三島が海の波を描き「万物流転」を表現していることについても、「仏教における因縁のダイナミズムを、これほど見事に表現した文章をほかに知らない」と評している。