2005年までに14年連続（ストライキによりシーズンが途中で終了した1994年を除く）で地区優勝を遂げるが、2000年以降は6年連続でリーグ優勝を逃した。2002年からスモルツがクローザーに転向（2005年から再び先発に復帰。2009年にボストン・レッドソックスに移籍）、2003年にはグラビンがメッツに移籍（2008年にブレーブスに復帰）、2004年にはマダックスがカブスに移籍するなど、先発三本柱も過去のものとなった。2006年には地区3位となり、史上最長のポストシーズン連続進出記録は14年で途切れた。2007年もポストシーズンまであと一歩と迫ったものの、地区3位でシーズンを終えた。2008年にはチームは生え抜きのスター選手であるアンドリュー・ジョーンズをロサンゼルス・ドジャースに放出。チームの刷新を図るも、結果は72勝90敗と大きく負け越し、地区4位に終わった。この年にはチッパー・ジョーンズが6月中旬まで4割を超える高打率を維持し、シーズン4割超えの期待がかかったが、その後の故障の影響もあり最終的に打率.364で首位打者を獲得するに留まった。シーズンオフには、デレク・ロウ、ハビアー・バスケス、川上憲伸らを獲得している。2009年シーズン終了後には、ビリー・ワグナー、斎藤隆らを獲得している。2010年は地区2位となり、ワイルドカードでポストシーズンへ5年ぶりに進出したが、ディビジョンシリーズでジャイアンツに敗れた。1990年より長きに渡ってチームを率いたボビー・コックス監督がこの年限りで勇退し、かつてコックスの下でコーチを務めたフレディ・ゴンザレス監督が就任した。2011年はダン・アグラを加え4番不在を解消し、7月にはマイケル・ボーンを迎え機動力を強化しポストシーズン進出圏内だったが、終盤に突然失速しポストシーズン進出を逃した。2012年は、3月にジョーンズがこのシーズン限りで引退を表明。自慢の投手陣を軸に地区優勝はワシントン・ナショナルズにさらわれたものの、ワイルドカードで2年ぶりのポストシーズン進出を果たした。ポストシーズンでは同年から新設されたワイルドカードゲームでセントルイス・カージナルスと対戦したが3対6で敗れ、ディビジョンシリーズ進出はならなかった。2013年は得点力不足解消の為、タンパベイ・レイズから兄B.J.、アリゾナ・ダイヤモンドバックスから弟ジャスティンのアップトン兄弟を獲得した。怪我人が続出し、苦しいシーズンだったが若手の台頭もあり、8年ぶりの地区優勝を果たした。ディビジョンシリーズでロサンゼルス・ドジャースと対戦するが1勝3敗でシーズンを終えた。11月10日、新築される総工費6億7200万ドルのサントラスト・パークに、2017年シーズンから本拠地を移転すると発表した。2014年は、生え抜きのブライアン・マキャンがFAでニューヨーク・ヤンキースに移籍し、長くチームを支えたティム・ハドソンがサンフランシスコ・ジャイアンツに移籍した。2月4日、フレディ・フリーマンと球団史上最高額となる8年1億3500万ドルの契約を結んだ。この年は長打力を中心とした打線と、安定したブルペンを維持し、シーズンの連覇が期待された。しかし、シーズン前の3月に先発ローテーションの一角であった、クリス・メドレン、ブランドン・ビーチーが怪我のためシーズンを全休。急きょアーロン・ハラング、アービン・サンタナを獲得する。4月は好調で首位に立ったが、5月初めには7連敗、8月には8連敗を喫し、シーズンで5割を維持するのが精一杯であった。特にビジターの対西地区には弱く、4勝18敗で3度のスウィープを喫した。それでも、9月の前半まではワイルドカードを狙える位置にいたが、チームに9月を乗り切る勢いは無く、勝ち越したカードは最終のフィラデルフィア・フィリーズのみで、それ以外のカードは全て負け越し、シーズン79勝83敗で、フレディ・ゴンザレス監督が就任以来初めての負け越したシーズンとなった。シーズン終了を待たずして、GMのフランク・レンは解任され、新しいGMにジョン・ハート（John Hart）が就任した。その後は急激にチームの再建モードに入り、トレードで多数の主力選手を放出し、有望な若手の獲得を試みた。トレードで放出された主な選手としては、2014年オフにエバン・ガティス、ジェイソン・ヘイワード、ジョーダン・ウォルデン、アップトン兄弟（メルビン・アップトン・ジュニア、ジャスティン・アップトン）、クレイグ・キンブレル、2015年のシーズン中にアレックス・ウッド、ルイス・アビラン、2015年のシーズンオフにアンドレルトン・シモンズ、シェルビー・ミラーなどである。これらの影響で2015年は両リーグワースト3位となる95敗を喫した。2015年10月には新しいGMとして、36歳のジョン・コッポレラ（John Coppolella）と4年契約を結んだ。2016年は開幕9連敗でシーズン序盤からつまずいた。9勝28敗となった5月16日にはゴンザレス監督が解任され、三塁コーチのブライアン・スニッカーが監督代行に就任した。1990年以来26年ぶりの地区最下位でシーズンを終えたが、後半戦は37勝35敗と勝ち越した。10月2日のデトロイト・タイガースとのシーズン最終戦がターナーフィールドでの最後の試合となった。2017年は本拠地をサントラスト・パークに移してからの最初のシーズンとなった。チームは先発陣強化の為、バートロ・コローンやR・A・ディッキーを獲得。野手ではマット・ケンプやブランドン・フィリップスを獲得してシーズンに臨むが、期待通りの成果が中々出ない上に若手の伸び悩みなどもあって4年連続負け越しの72勝90敗でナショナルリーグ東地区3位の成績に終わった。またシーズン終了後の11月20日にはGMのジョン・コッポレラが海外選手獲得に関するMLB規則に違反した為、球界永久追放の処分を受けた。コッポレラの後任には元ブルージェイズＧＭのアレックス・アンソポロスが就任した。GMの不祥事などもあり決して評価が高くない状態で迎えた2018年であったが、オジー・アルビーズやロナルド・アクーニャ・ジュニアなどの若手が台頭しチームも好調を維持。フィラデルフィア・フィリーズと熾烈な優勝争いを繰り広げるも、直接対決に連勝して5年ぶりの地区優勝を果たした。ディビジョンシリーズでは奇しくも5年前と同じロサンゼルス・ドジャースと対戦したがまたも1勝3敗でシリーズ敗退となった。2019年は連覇を狙うシーズンだったが、地区優勝を予想した解説者がいないなど評価が低い中で野手ではジョシュ・ドナルドソンを獲得してシーズンに臨んだ。開幕戦ではフィラデルフィア・フィリーズにスウィープされるなど、波乱の展開であったが徐々にチームは順位を上げていった。特にロナルド・アクーニャ・ジュニアが昨年以上の活躍を見せるなど若手選手の活躍と、フレディ・フリーマンらベテラン勢の好調が上手く噛み合いチームは首位を守ったまま9月21日に2年連続で地区優勝を決めた。ディビジョンシリーズでは中地区を制したセントルイス・カージナルスと2012年のナショナルリーグワイルドカードゲーム以来の対戦となり、3戦目に王手を掛けるも4、5戦を落として2勝3敗でまたもシリーズ敗退となった。特に第5戦では先発のマイク・フォルテネービッチが初回に1死しか取れずに7失点で降板し、1回だけで合計10点を失うポストシーズン新記録を作り結果として13対1の屈辱的な大敗を喫した。現在、チーム方針として、マイナー組織の強固を第一に掲げており、大物選手を次々とトレードで放出し、有望株の若手を獲得している。そのため、ファーム組織はMLB屈指の充実度を誇っている。かつては高校生の指名が中心だったものの、近年は高校生の契約金高騰や、大学のトレーニングプログラムの充実で、大学生の質が上がったことから指名は大学生の比率が増えてきている。