第1話が、美来に背後から密着されながらメイティング候補たちの選択を迫られる怜人の姿を経て、マジックミラー越しに彼女たちが全裸で立ち並ぶ光景をフルカラーで描いた見開きの扉ページで始まることに加え、#概要で述べた経緯を経て扉ページが修正版へ差し替えられたこともあり、Twitterなどでは話題となった。また、第2話はベッド上の怜人に美来が全裸で迫るページが修正版へ差し替えられたため、2016年新連載春の陣第6弾作品『彼方のアストラ』の公式Twitterでもイラスト付きで話題にされた。第1話の公開後、フランス書院の美少女文庫には、「終末のハーレム、ジャンプがやると話題作 わしらがやると埋没凡作 どうも釈然とせん」と評されている。第5話の公開後、三才ブックスの情報サイト「mitok」には、「おバカな舞台設定を成立させるための説明付けは頑張って詰め込まれてはいるものの、現状SF的な新奇性はなく処理自体はざっくばらん。第3話までは前置きが続く印象で、『こういう話なら1話でセックスしなきゃダメじゃね？』という煮え切らなさと力点の不在感は正直あるかも。」と評されている（ただし、このことを報じたmitokは予告ツイートを残したまま、元記事を公開から短時間で削除している）。また、ギャグ漫画『斉木楠雄のΨ難』のテレビアニメ化記念特別描き下ろし漫画には、本作のブロックノイズ修正がネタの1つとして用いられている。第7話の公開後、『WJ』副編集長（当時）兼『J+』副編集長（当時）の細野修平へのインタビューを行なったCNET Japanには、段階的な修正や差し替えを「こうした見せ方の変化は、柔軟にコンテンツを修正したり、配信方法を変えたりできるデジタルならではの利点と言えるだろう」と評されている。また、ITmedia Mobileが行なった細野へのインタビューでは、彼に『J+』のダウンロード数などの現状について「4〜5月の新連載の成果で、毎週のアクティブユーザーが110万から130万に伸ばしました。その起爆剤になったのが『ファイアパンチ』と『終末のハーレム』です。」と評されている。その後、2017年5月16日にdot.が行なった細野へのインタビューでも、「『ファイアパンチ』と、同時期連載開始の『終末のハーレム』で、30万〜40万人ほど読者が増えた」と述懐されている。単行本第1巻の発売後、電子書籍版については『J+』での特集ページ以外にも、各社による販売サイトの一部では内容を詳細に解説する特集ページが開設されている。また、細野にはeBookJapanの『編集長、オススメのマンガを教えてください2016』で「オススメのマンガ」として挙げられている。第10話の公開後、宝島社の漫画情報サイト「このマンガがすごい！WEB」には、荒涼とした世界に怜人と絵理沙の関係を絡めて「セカイ系の影響を受けているのが端々から見える」と評されている。また、サイゾーのオタクニュースポータル「おたぽる」には、極端な男女比に女性たちの欲望を絡めて「ゾンビに保護されているような怖さを感じる」と評されている。第11話の公開後、「このマンガがすごい！WEB」の「11月の『このマンガがすごい！』ランキング オトコ編」では、第7位を記録した。第14話前編の公開後、エブリスタが募集を開始した「小説大賞2016-17 ジャンプ＋【スリリング・エロティック・グロテスク】漫画原作賞」では、「いい意味で『後先は考えてないけど毎話面白い作品』」の参考例として、本作と『カラダ探し』が挙げられている。第14話後編の公開直前、ハンディコミックの「2016年間部門別ランキング 少年・青年」では、第37位を記録した。単行本第2巻の発売直前、コミックナタリーにて宵野へのインタビューと共に連載版と単行本版を比較しながら紹介する特集ページでは、連載時の第1話の扉ページが「とんでもない作品が始まった！」と評されている。第20話の公開後、HONZエンタープライズの書評サイト「HONZ」には、「『いちご100%』よりも”きちんとエロい”」という前置きを経て「PTAに見つかったら一巻の終わりである」と評されたほか、絵理沙への一途さから他の女性とのセックスを拒否してMKウイルスの特効薬開発を模索する怜人は「信じられない決断」「さながら現代のブラックジャックである」、そして本作を総括して「医学の道で努力しながら性欲と戦う友情・努力・勝利を満たした、歴とした少年漫画だ」「天下のジャンプが手がける、ただ”きちんとエロい”少年漫画なのである」などと評されている。第21話の公開後、楽天のスマートフォン向けの電子コミック専門サービス「楽天マンガ」の開始1周年を記念した人気作品ランキングでは、第5位を記録した。第24話前編の公開後、DeNAのニュースアプリ「ハッカドール」のWebマンガ人気ランキングでは、第1位を記録した。第24話後編の公開直前、テレビ東京の情報番組『OHA OHA アニキ』のコーナー「怪人ゾナーのホビーの穴」では、本作が「読んでいると体がビリビリしてくる本」として紹介された。第29話の公開後、ナイルのアプリ情報マガジン「Appliv」が行なったインタビューでは、『J+』編集長（当時）の細野修平に、歴代のトップ3として『カラダ探し』や『ファイアパンチ』と並んで本作が挙げられており、『J+』の目指す先として「億」単位で売れる作品を出したいと思う中、人気を得ている本作については「まだまだ」という印象だそうである。第31話前編の公開直前、後述の英語翻訳版の発売予定がドニカの海外向けメディアサイト「MANGA.TOKYO」によって報じられた際には、本作に先駆けて発売予定の『Yuuna and the Haunted Hot Springs』（原題：ゆらぎ荘の幽奈さん）と並んで読者アンケートで高評された作品であることを、それらの翻訳・発売を担当するセブンシーズ・エンターテインメント社の編集長のアダム・アーノルドが、自社の公式サイトで述べている。第31話後編の公開後、日本出版販売が発表した「このコミックがキテる！既刊5巻以内のおすすめ漫画ランキング」では、第2位を記録した。第32話の公開直前、hontoが発表した「2017年 hontoジャンプコミックスランキング」では、第8位を記録した。第34話の公開直前、ハンディコミックの「2017年間部門別ランキング 少年・青年」では、第3位を記録した。第34話の公開後、booklistaの「年間ランキング2017 コミック部門」では、第9位を記録した。「天才少女の巨乳への道」の公開直前、野球漫画『忘却バッテリー』の番外編1では、本作の0時更新がネタとして取り上げられている。単行本第6巻の発売後、まんが王国の「まんが王国ラボ」では、UW日本支部の存在が物語の裏側を支えていると見たうえで、「お話の目標がはっきりしていて、そこに向かってストーリーが進行していく過程でハーレム展開やお色気展開が繰り広げられているので、展開にマンネリ感も無く読み進められます」「ハーレムやお色気だけでなく裏側や設定なども想像して楽しめる」などと評されている。第46話の公開後、文化庁の文化審議会著作権分科会の法制・基本問題小委員会（第2回）では、本作が海賊版サイトでの検索事例として真っ先に挙げられている。「保健室の勝負下着」の公開後、ラブコメ漫画『俺を好きなのはお前だけかよ』の番外編小説17では、本作のナンバーズがネタとして取り上げられている。第54話後編の公開後、booklistaの「年間ランキング2018 コミック部門」では、第12位を記録した。第61話の公開直前、U-NEXTの「マンガランキング2019年3月度」では、第3位を記録した。第63話の公開直前、『ジャンプ+ GW読切祭15連弾!!』の第15弾『タイムマシンの淫らちゃん』では、本作が作中描写を形容するネタとして取り上げられている。第65話の公開直前、U-NEXTの「マンガランキング2019年5月度」では、第8位を記録した。第66話の公開直前、本作の公式Twitterでは、本作の総閲覧数が1億回を突破したことや単行本の累計発行部数が400万部を突破したことが発表された。第67話の公開直前、U-NEXTの「マンガランキング2019年6月度」では、第13位を記録した。第71話前編の公開後、MARVELと『J+』のコラボレーション読み切り漫画の1つ『デッドプール：SAMURAI』では、本作がネタの1つとして取り上げられている。