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ウイーン会談でフルシチョフのベルリン問題についての言及に苦しめられたケネディ大統領は、その後ベルリンに差し迫った状況が訪れようとしていることを予感していた。アチソン外交顧問（トルーマン政権での国務長官）は、最も強硬な対応策を主張し、核戦争も辞さずとして国家非常事態宣言と戦時のような動員をかけるよう文書で大統領に提出した。しかしアーサー・シュレジンジャー特別補佐官は、この年の4月に行ったキューバのカストロ政権の転覆工作が準備段階で政治問題を過小評価して、軍事的及び作戦的な諸問題に注意を集中しすぎた結果失敗したピッグス湾事件の過ちを喚起して、2人のスタッフ(エイブラム・チェイズとヘンリー・キッシンジャー)とともに、別の案を作成した。この間は政権内部で強硬派と柔軟派との議論が沸騰していた。シュレジンジャー特別補佐官にとってアチソン案は、この危機を引返せないところまで押しやるリスクを含んでいることを危惧していた。それがピッグス湾事件の教訓であった。7月7日にケネディに自身の案を文書で提出した。アチソンの意見は最後の手段を検討しているが、危機が深まるまで交渉はせず、同盟国との協調もなく、軍事行動は述べてもその政治的目的は述べておらず、核戦争に踏み切る大義名分を練り上げることが不可欠であると書き入れた。それはアチソンの影響力を削ぐためであった。7月8日にハイアニスポートのヨット「マーリン号」の中で、ケネディ・ラスク・マクナマラとテーラー軍事顧問が話し合った際には、ケネディは国務長官に声を荒らげて国務省の緩慢な対応に激怒していた。ケネディはこの時に国防長官にベルリンで衝突した場合の核を使用しない抗戦方法についての計画案の提出を命じ、核戦争への突入を避けるためにフルシチョフと語り合う時間を与える練り上げられたものでなければならないと述べた。このハイアニスポートのヨットでの会議から7月25日の大統領声明までの17日間の間に、アチソンの強硬な提案が少しずつ削ぎ落されていった。この後に7月13日と19日に国家安全保障会議が開かれた。とりわけ19日の会議ではアチソンとマクナマラとの間で意見の応酬が交わされて、結局アチソン案は見送られた。そして25日にケネディはテレビ演説を行った。「西ベルリンはコミュニストの海に浮かぶ自由の小島です。西ベルリンは鉄のカーテンの裏側の希望への灯です。（略）我々は西ベルリンの自由な人々を、我々の権利を、彼らの安全を維持しなければなりません。」と決意を表明して、国家非常事態の宣言ではなく、32億4700万ドルの国防費追加要請、陸軍兵力を87万5000人から100万人に増員、海・空軍の実践部隊の増員、そのための徴兵を3倍に増やし予備兵力を招集し、ワルシャワ条約機構諸国に対する経済制裁を課すことを述べて、年内までに対ベルリンへの空輸能力を高め、ヨーロッパへの配備に6個師団を追加することも発表した。この演説において、ケネディは「西ベルリン」、「ベルリン」という語句を区別して使用していた。「西ベルリン」という単語を17回使用した。ベルリンの西部に手を付けない限り、ベルリンの東部は構わない、というメッセージに読めるものであった。この演説の前日に演説草稿文を読んだCIA高官ジェームズ・オドネルは、西ベルリンの安全保障ばかり繰り返しているとしてスピーチライターのセオドア・ソレンセンに文句を言っていた。ベルリンは理論上は4ヵ国の管理下にあるのだが、ケネディはソ連に東ベルリンでのフリーハンドを与えると伝えているようなものであった（この微妙なニュアンスについて、当時のマスメディアは全く気が付かなかった）。これより前に6月のウイーン会談で、アメリカ側の政府高官は首脳2人の会議録を読んで驚いていた。アイゼンハワー大統領まではヨーロッパが東西に分裂している現実についてのコメントは控えていたが、ケネディ大統領は分割されている現実を積極的に受け入れて、分割を受容可能で永続的なものと認め、しかも「世界に生起し勢力均衡に影響を与える変化は、米ソ両国が威信をかけた条約上の誓約に関わりの無い形で起こることが決定的に重要である。」とフルシチョフに語っていた。これはワルシャワ条約機構加盟国など東側に属する国にはアメリカの干渉はあり得ないことを示唆していることになるのである{{Sfn|ケンプ|2014b|pp=311,318,31米国そして8月初め、ケネディは冷静にフルシチョフの言葉を振り返って、ウオルト・ロストウ補佐官に語っていた。「フルシチョフは東ドイツを失いかけている。東ドイツを失えば東欧全体を失うことになる。だから難民流出を止めるために何か手を打つだろう。たぶん壁を築くことになるだろう。我々はそれを阻止できない。だが西ベルリンを守ることは出来る。しかし東ベルリンを塞がせないために行動することは出来ない。」。ケネディはフルシチョフがウイーン会談で突き付けた最後通牒を拒否し、西ベルリンについて、西側軍隊の駐留、自由な通行、自由な政治状況の保持の3点を要求したが、これは米国の関心が西ベルリンの現状維持に限られることを示すシグナルに他ならなかった。
午前5時にハノーファーで夜行列車から急遽降りて、空港から飛行機で西ベルリンに戻ったブラントは、すぐに壁の建設現場に駆けつけた。「それまで何度かの危機でも頭はさめていたのだが、今度ばかりは冷静、沈着でいられなかった。」「何千、何万という家族が引き裂かれ、ばらばらにされていくのを見て、怒り、絶望する以外にはなかった。」と後に自伝で述べている。そしてブラントの目に映ったもう一つの冷たい現実があった。アメリカの冷静な態度であった。西ベルリン駐留のアメリカ軍は国防総省にも国務省にもホワイトハウスにも報告はしていた。しかし伝えられてきたのは「収拾がつかないような反応が起こらないようにせよ。」であった。休暇先からボンに戻ったモスクワ駐在西独大使のクロルは「西側諸国の受け身の態度に西ドイツの失望は大きかった。ベルリン市民は見捨てられたと感じていた。」と語っている。8月13日に、西ドイツも西ベルリンも連合国側の冷静さに驚かされていた。8月16日付けの西ドイツの大衆紙「ビルト」は一面トップで「西側、何もせず」という見出しを出した。西側は口頭での抗議しかなかった。後に有名になったこのビルト紙の見出しは「東側は行動を起こす・・西側は何をするか・・西側は何もせず・・ケネディは沈黙する・・マクミランは狩りに行く・・アデナウアーはブラントを罵る」であった。壁を作った東側への怒り、何の手も打たない西側諸国とりわけアメリカへの失望、さらに西ドイツ政府への幻滅、アデナウアーはベルリンに来ず、15日の選挙演説でブラントの過去を取り上げて個人攻撃をする始末であった。アデナウアー首相は西ドイツ首相として首都ボンに留まり、すぐにベルリンに赴くことはせず、過度に慎重な姿勢に終始した。それどころか、ボンに駐在するソ連大使スミルノフに会い、「西ドイツは状況を危険に曝すような如何なる手段も取らない」と述べ、またタカ派で有名であったシュトラウス国防相でさえ、国民に冷静さを呼び掛けていた。8月16日に市庁舎前の広場で25万人の市民が集まって抗議集会が開かれ、ブラントは抗議の演説をした。しかしまかり間違えば、市民の怒りは連合国側へ向けられることも十分に予測される事態に苦渋に満ちたものであった。ここで「ソ連の愛玩犬ウルブリヒトはわずかな自由裁量権を得て、不正義の体制を強化した。我々は東側の同胞の重荷を背負うことは出来ません。しかしこの絶望的な時間において彼らと共に立ち上がる決意のあることを示すことでのみ、彼らを援助出来る。」としてアメリカに対して「ベルリンは言葉以上のものを期待します。政治的行動に期待しています。」と述べた。ブラントはケネディに書簡を送ったことも明らかにした。
ソ連は東ドイツ軍の後方の第三陣として布陣して、大量の軍事的動員を行うことで、アメリカ軍などの西側への強いメッセージを送った。アメリカ軍が介入してきた場合の代価がどれほどのものになるか、明確に伝えたのであった。東ドイツ駐留ソ連軍総司令官のイワン・コーネフ元帥は、若干の危惧を持っていた。東ドイツ軍及び警察部隊の忠誠がどこまで信用できるのか、西側諸国の軍隊が前進してきたら彼らはどう反応するのか不安を感じざるを得なかった。しかし西側の軍隊は動かなかった。そしてモスクワではフルシチョフが有頂天になっていた。米英仏を出し抜いたことで、最初は安堵しそれから歓喜の情に浸り込んでいった。東ドイツとの平和条約の締結によって得られると思っていたそれ以上のものを得たと感じていた。そしてフルシチョフはさらに突き進んだ。しばらく米ソ間で行っていなかった核実験の再開をアメリカよりも早く行った。
アメリカなど西側諸国はベルリンをめぐる一連の出来事に対して最初から慎重な態度であった。それはこの動きが全て東側の領土内でのことで、ケネディが7月25日の声明で示した3つの条件の侵害はなく、全て向こう側のことであったことがその理由だった。それはまた西側も望んでいたことでもあった。不思議なことに実はアデナウアーも同様だった。8月13日（日曜日）午前10時（ベルリン時間午後4時）にラスク国務長官とコーラー国務副長官が国務省に着いた。ラスクは「東ドイツとソ連が自国内でしたことだから戦争と平和の問題には直結しない。」と考え、「壁は彼らの防衛手段だ。また西ベルリンの位置とそこを包囲する軍事力の差を考えると自滅に追い込まれると予想され、道理に合わない。」と後に述べている。そして現地がソ連に対して抗議声明を出すことを禁じていた。1945年7月7日に米英仏ソの4ヵ国で、ベルリンではお互いの部隊が制限を受けることなく行動できることを同意していた。ベルリン封鎖の後に1949年6月20日にも4ヵ国協定によって再度確認していた。従ってケネディは、この協定に基づいて東ドイツ部隊によって作られた壁を解体せよとアメリカ軍に命令する権利を持っていた。そもそもベルリンで東ドイツ軍が行動する権利はないのであった。しかし西側は動かなかった。この日にハイアニスポートで休暇中だったケネディとラスクが電話で打合せして抗議声明の内容を決めたが、この4ヵ国協定を引き合いに出しているものの予想の範囲内でしかなかった。ラスクはその日の午後に大リーグの試合セネタース対ヤンキースを見に野球場に行った。アーサー・シュレンジャー補佐官はその後の著書の中で「東ドイツの出血を止めることで、壁はベルリンに対するソ連の最大の関心を鎮めた。」と述べている。これはソ連勢力圏内の一現象に過ぎない、下手に介入するとか、脅迫じみた言動をすることは、危険すぎると考えていた。8月14日にハイアニスポートからワシントンに戻ったケネディは午前にモスクワから戻ったトンプソン大使と会い、午後にラスク国務長官と会談した。ベルリン駐在のライトナー公使から何度もメッセージが届き、西ベルリン市民の士気が急激に低下している旨の内容であった。西ベルリンに居住する西側3ヵ国の軍関係者及び家族などの軍属並びに外交官などは従来通り東ベルリンへの通行は妨げられず、3カ所のチェックポイントを通って東ベルリンと往来は出来た。また西ドイツから西ベルリンへの陸路、そして空路もそのままで、西ベルリンに関する西側の権利を侵害することは無かった。そして16日にブラントからの書簡を受け取ったケネディであったが、アデナウアー首相を飛び越えて一つの都市の市長からアメリカ大統領に書簡を送ったこと自体にケネディは怒っていた。しかし西ベルリンではアメリカが裏切ろうとしているという疑念が広まっているという報告を受けて、自分は一貫してクレムリンに立ち向かっていることをベルリン市民にも、ソ連人にも、そして国内のアメリカ人にも示すことが重要である認識に至り、何らかの行動に出ることを決意した。イギリスのマクミラン首相は趣味の狩猟に出かけてスコットランドに滞在し第一報が入ってもそこに留まった。マクミランには状況は改善したと見えていた。これでドイツの分断は固定化し、ベルリン問題は安定化し、ベルリン危機は緩和された。つまりすべて目的は達せられたと考えていた。
8月18日、ケネディはジョンソン副大統領とクレイ将軍をボンに派遣し、副大統領と将軍はそこから翌19日に西ベルリンに飛び、西ベルリン市民は二人を熱狂的に迎えた。ジョンソンは市庁舎前の広場で「今日、新しい危機において、あなた方の勇気は自由を愛する全ての人々に希望をもたらします。」「この都市の存続と未来を、我々アメリカは我々の先祖が独立宣言で誓ったもの、それと同じく我々の生命、財産、神聖な名誉に懸けて誓うものです。」と述べた。この言葉は13日の国境封鎖以来、意気消沈していたベルリン市民を勇気づけ、涙する者もいた。そして西ドイツから陸路アウトバーンで東ドイツを通過してアメリカ陸軍の精鋭部隊が西ベルリンに向かっていることもこの時にベルリン市民に伝えた。8月20日に米軍第八歩兵師団第一戦隊約1600人が西ベルリン駐留部隊を増強するため、ベルリン市民の歓呼の中で西ベルリンに到着した。この精鋭部隊を東ドイツを通って西ベルリンに派遣すること自体がソ連との武力抗争を引き起こしかねない危険を伴うものと危惧する幹部もいたが、ケネディは西ベルリンを徹底的に防衛する決意を示すために実行した。そしてこの結果は西ベルリンへのアクセス権の確保が確かなものであることも裏付けられたが、西ベルリン市民にとってはアメリカが旗幟を鮮明にしたことだけで十分であった。
1961年8月13日に起こったベルリンの壁の建設は、もう一方のアメリカの静観で終わった。しかし10月に入ってただ1つの境界検問所となったチェックポイント・チャーリーで起こった事態は、後に「米ソの最初で最後の直接武力対決の舞台」と言われた。1961年10月に東西境界線で東側警備隊から西側の文民公務員に対し身分証明書の提示を求められるようになった。この対応は4ヵ国協定に違反し、ソ連もマリノフスキー国防相が東ドイツはソ連の許可なしに境界線において何も変更してはならない、と通達を出していた。西側から見ても明らかにウルブリヒト第一書記の意向でそのように変更されていた。この原因は、10月17日のソ連共産党第22回大会でフルシチョフ首相がウルブリヒトに事前に何の相談もなく年末までに東ドイツとの平和条約を結ぶとの主張を取り下げたことで、怒ったウルブリヒトは東ベルリンでの境界線での入国審査の厳格という管理強化に出たのであった。ウルブリヒトは西ベルリンの孤立化と住民の士気を阻喪させる一方で、東ベルリンでの支配を強化し8月の壁建設の勝利を確実なものにするためには、何としても平和条約が必要と考えていた。しかしフルシチョフは聞かなかったために強気に実力行使に出たのだが、8月の壁建設とは違って相手を読み間違えていた。10月22日に、西ベルリン駐在の米国公使のアラン・ライトナーとドロシー夫人は東ベルリンでのチェコスロバキアの実験的劇団の公演を見るため、チェックポイント・チャーリーを通過した際に身分証明書の提示を要求されて拒否した。ライトナー公使は「ソ連の代表を呼べ」と警備隊と押し問答の末に、ドロシー夫人を下してから、強行手段で車を動かして「我々の往来する権利を証明する」ために車を検問所の東側に入れたりした。そこへ武装した米兵と4両の戦車が現れて、戦車は後方のままで米兵が援護しながら、ライトナー公使は警備兵と対峙した。やがてソ連軍政治顧問代理ラザレフ大佐が到着し、東ドイツの振る舞いに陳謝したが、一方で武装米兵のソ連管理地域への侵入について憤然と抗議した。深夜になる頃には双方冷静に収まって、ライトナー公使の車は引き返した。この22日の事件はすぐに新聞などで話題になったが、報告を受けたケネディは「ライトナーをあそこに駐在させているのは、東ベルリンへ観劇に行くためではない。」と苛立っていた。しかもこの行動にはケネディが送ったクレイ将軍の意図が働いていたことにラスク国務長官は苦り切っていた。しかし、ラスクはクレイにアメリカ側の武装及び非武装での護衛付きで境界線での探り行動をすることを許可した。10月25日、米軍憲兵隊の士官2人が民間人の服装をして公用車のナンバープレートを付けた車で、検問所を訪れた。警備隊は旗を振って合図して停車すると車は引き返し、今度は護衛を伴って現れて検問所を訪れた。再び引き返すと今度は米軍の戦車が現れて検問所を訪れた。こうした繰り返しの示威行動で自国の権利の保持を米国は主張した。翌26日も同じことをした。そして10月27日も同じような行動で、戦車を見せて文民公務員の車を兵士が護衛して東ベルリンに送り込んだ。そして午後4時45分に米軍戦車に基地に戻るよう命令が下り、戦車を撤収させた時に、突然ソ連のT34戦車（国籍マークがはずされてあったので最初は東ドイツの戦車かも知れないと思ったという）が現れた。慌てて撤収した戦車を反転させて、午後6時頃にチェックポイント・チャーリーの東西に米ソの戦車が睨み合う形になった。この状況を現場で取材中の西側記者が目撃して、ワシントンポスト紙の記者は「世界最大の強国である二つの大国の軍隊が、史上初めて直接の敵対的対決で向かい合った」と書いた。通りには米軍M48パットン戦車が4両、さらに400メートル後方に4両を待機させている。この他に5両の兵員輸送車と5台のジープがあった。兵隊は防弾チョッキを着け、着剣したライフルを携えている。ベルリン駐在の米軍は全将兵6500人が警戒態勢に入った。仏軍は3000人の兵士全員を兵舎に待機させ、英軍はブランデンブルク門近く550メートルほどの地点に対戦車砲を配備し、武装パトロール隊を有刺鉄線によるバリケードの間際まで進出させた。クレイ将軍は、もし東側がこの行動に対してフリードリッヒ通りを全面的遮断で対抗してきた場合はベルリンの壁の一部を破壊する実力行使に出る旨を国務省宛てに送っていた。これにはNATO軍最高司令官ノースタッドとベルリン駐在米軍司令官ワトソンも承認していた。しかしラスク国務長官は撤退命令を出した。ラスクは今回の行動は「ベルリンに入る権利は強硬手段に訴えるほどの決定的権益ではない。壁の構築を容認したのも同じ理由からである。我々はこの事実をお互い率直に受け入れなければならない。」としてこれ以上の行動を認めなかった。
その間も両軍は互いに同数の戦車を増援させ、ついには同じ20両で対峙した。しかしケネディはリスクを冒すことは消極的であった。チェックポイント・チャーリーのような小さな検問所でのトラブルに関わっている余裕は無かったのである。この時期は彼にとって、政権内で意見が分かれ、ベルリン問題についてもドゴールともアデナウアーとも意見を異にして同盟国間での調整に苦しんでいた時期であった。ベルリンの壁が建設されてから、すぐにラスク国務長官とグロムイコ外相とが会談したことで、ドゴールはソ連の一方的な行動と脅迫をやめない限り一切の交渉は無駄であり、ベルリン問題で協議してもソ連に一層の譲歩を迫られるだけとして批判した。そしてアデナウアーは西ドイツの自由選挙に基づくドイツ統一政策とは違って、二つのドイツを認める方向にアメリカが向かっているとし、また直近に明らかになった西欧諸国への通常戦力の増強という米国の方針についても、核戦力の増強による抑止力を重視する立場からいざとなれば核兵器を使用するという決意をソ連に示さないとソ連を勢いづかせるだけである、とケネディを批判していた。一方フルシチョフはまだソ連共産党大会の期間で、壁の建設でのケネディのシグナルから米国がこれ以上の行動に出ることは無いと確信していた。コーネフ元帥の報告を聞いて、「戦争なんて起こる訳はない」と語った。そしてソ連軍戦車の撤退を米国より先に行うようにコーネフに指示した。ケネディとフルシチョフの間で水面下での交渉があったのである。10月28日、10時30分にソ連軍戦車がチェックポイント・チャーリーから引き揚げ始めた。30分後に米軍戦車も撤退を開始した。20時間近くの睨み合いであった。撤退と同時にラスク国務長官はベルリンに電報を送り、これまでの武装護衛あるいは兵士の警護による境界線通過の試みの中止、文民公務員の当分の間の東側への通行を禁止、軍人が通過する場合は全員が公用車で制服着用の義務付けを厳格に守るように指示した。そして「当該地点においてこれ以上の行動はしない。」と念を押した。これで8月にベルリンにケネディが送り込んだクレイ将軍はやがてベルリンを去った。彼は大統領に直接話が出来る代理人の立場で送り込まれたが、実際は単独行動でケネディを悩ませることが多かった。ベルリン駐在の米国外交官リチャード・スマイサーは後に「壁は東ドイツを強化ないし救済するためのもので、チェックポイント・チャーリーでの事件はある意味でゲームだった。クレイは戦車隊が到着してすぐにそれを察知し、様子を見ることにしょう、と言った。実際戦車が対峙していても緊迫した空気は無かったし、双方とも発砲する気は無かった。この事件で第三次世界大戦を始めようとは思っていなかったし、ロシアもそのつもりは無かった。」と語っている。
ヘンリー・キッシンジャーはその著書「外交」の中で、このベルリン問題について、「フルシチョフが東ドイツとの平和条約を断念し、ベルリンの壁の成功が個別の平和条約を不要にしたと宣言したことで、ベルリン危機は終わった。」と述べた。そして「危機を通じて序盤に鮮やかな動きを見せた後に、相手が進退窮まって投了するのを待つチェスの棋士のように振る舞った。しかし外交記録を読むと、交渉で数多の選択肢が示されて論じられ暗示されているのにそれを少しも利用しなかったことは理解しがたいことだ。」「結局フルシチョフは自分が何度も最終期限を設定しながら何もせず、西側同盟国を交渉に巻き込ませた数々の選択肢についても何もしなかった。3年間の最後通牒と血も凍る脅迫（1958年の自由都市宣言と1961年ウイーン会談におけるケネディへの最後通牒）の後でフルシチョフの成功はベルリンの壁を作ったことだが、これは結局、ソ連のベルリン政策の失敗を象徴するものとなった。」「フルシチョフは自ら作り出した絡み合った罠に自らはまり込んでしまった。」としてベルリン危機は翌年秋に起こったキューバ危機とともに冷戦の転換点となったとのべている。この壁建設は結局1958年の最後通牒から大きく後退し、西側に対決するものでなく、東ドイツ人の利益に対立するものであった。そしてこの時は西側は知らなかったが、東側陣営での中ソ対立で中国との関係が悪化していたことが一定程度西側への態度を軟化させていた、とも見られている。この1年後の1962年10月に、キューバにソ連が密かに核ミサイル基地を建設しようとしていたことを発見した米国はキューバを海上封鎖してソ連にミサイル基地撤去を迫り、核戦争の一歩手前まで行ったがうまく回避しソ連のミサイル基地撤去を勝ち取った。
1963年6月26日にケネディ大統領は最初で最後となった西ベルリンへの訪問を行った。ベルリンの壁建設時は苦境に立たされたケネディであったが、翌年10月のキューバ危機で、フルシチョフと対決して勝利を得て、その後この6月10日にアメリカン大学での「平和のための戦略」演説でソ連との直接交渉を始めたばかりであった。この時期には西ベルリン市民のケネディへの人気は高まっていた。この日、市内のパレードでアデナウアー首相とブラント市長とともに100万人の市民の歓呼に答え、ベルリンの壁近くの市庁舎前広場で30万人のベルリン市民を前に演説した。ベルリンの壁が築かれてまだ西ドイツも西ベルリンも複雑な状況ではあったが、この頃になると次第に状況は安定に向かっていた。そして自由を守り切った西ベルリンの守護者としてケネディは、ここで次の一句を述べた。2000年前、最も誇り高き言葉は「Civis romanus sum（キウィス・ロマーヌス・スム、私はローマ市民だ）」であった。今日この自由な世界で誇り高き言葉は「Ich bin ein Berliner （イッヒ・ビン・アイン・ベルリナー、私はベルリン市民だ）」である。そして共産主義を激しく批判して、最後にまたドイツ語で締めくくった。このベルリンの壁は共産主義の失敗を最も如実に示している。……自由世界と共産世界の差異が分からないという者が多数いる。彼らはベルリンに来てみるがいい。……共産主義は未来の波であるという人もいる。彼らはベルリンに来てみるがいい。……欧州でも他の地域でも共産主義者と協力できるという人がいる。彼らはベルリンに来てみるがいい。……共産主義は悪い制度だが経済的進歩をもたらすという人も少数はいる。Lass'sie nach Berlin Kommen（彼らはベルリンに来てみるがいい）……民主主義は不完全ではあるが、自国民を囲い込んでおくために壁を建設したことは未だ嘗て一度もありません。……自由になる、必ずその日はやって来ますが、その時20年以上も最前線に西ベルリン市民がいたという事実を静かに噛みしめるでしょう。どこに住んでいようと世界中のすべての自由を求める者は皆、ベルリン市民である。だからこそ私はこの言葉に誇りを持っています。Ich bin ein Berliner……この言葉はアメリカの西ベルリンに対する決意の強さを表すものとしてソ連に対する強いメッセージとなった。それは西ベルリンを守ったという自負と、貧しい東から豊かな西へ逃亡しないようにしたのがこの壁であることの勝利の表明であった。1961年8月の時点では見せなかった憤激を露わに共産主義を非難し、そしてこの時にケネディは大統領就任後に初めてドイツ再統一の権利について「これはドイツ人が戦後18年の行動を通じて勝ち得た権利であり、私はベルリンが、ドイツ国民が、そしてヨーロッパ大陸がいつの日か統一されるであろうことを確信するものである。」と述べた。ケネディはこの演説でドイツとベルリンに関するアメリカの政策を新しい決意のもとに変えて、ベルリンを守るべき場所とし、以後アメリカ大統領はベルリンで引き下がることは無かった。この演説は多くのベルリン市民やドイツ国民の心に残ることとなり、やがてこの演説は神話の一部となった。この広場で行った演説は彼の政治活動のなかで最も成功したものだった。そしてケネディ暗殺後にこの広場はジョン・F・ケネディ広場と改名された。
壁の総延長は155kmに達した。1961年8月13日からほぼ1年で体積7,874m³のブロックから長さ約12キロの壁が建設された。その場所はベルリンでも最も複雑に入り組んだ中心部であった。西ベルリンを囲む残り137.5キロは田園地帯・牧草地帯・森林地帯・湖沼が多く、巻いた有刺鉄線の仕切りが二列に並べられた。この二列は間隔が70m開いた部分もあれば、地形や東西の住居の接近如何によってかなり狭まった部分もあった。やがて監視塔が設置され、拡張されて無人地帯となった。この無人地帯の総面積は49,000m²から55,000m²に及び、ほぼ1つの町の総面積に等しいものであった。後に壁は数度作り変えられ、第一世代、第二世代、第三世代と呼ばれて、1976年に第四世代と呼ばれる改造が行われて1980年代に入って完成の域に達したとされている。この最終段階の壁は高密度の鉄筋コンクリート製で頑丈なものであった。映像などを通じて広く知られている西ベルリンに面した壁に加え、東ドイツ側にもう一枚同様のコンクリート壁があった。その2枚の壁の間は数十メートルの無人地帯となっており、東ドイツ当局の監視のもと壁を越えようとするものがいればすぐに分かるようになっていた。すなわち、西ベルリンは二重の壁で囲まれていたのである。東側から見ると、最初の壁が後背壁と呼ばれ、次に金網の柵（アラームつき）、道路（国境警備隊パトロールのため）、柵と道路の間に一定間隔の監視塔（東西ベルリン間48キロの区間だけで302カ所）、柔らかい土のベルト地帯（警備隊でも入れず常に均されて無数の照明に照らされている）、段差（車での突破を防ぐため）、そして西側との国境線近くの壁となる。壁の高さは3m60cmから4m20cmまでで、一番上に大きな筒状の物を縦に割って被せてあり、乗り越えようとしても絶対に摑まる所が無く引っ掛ける所も無い状態であった。一番東側の壁から西側の壁までの距離は60mを超え、警備隊員と番犬以外は全く無人地帯で隠れることが出来ない恐ろしいほど殺伐として光景の一帯であった。また、1970年には仕掛けケーブルに触れると散弾を発射する対人地雷SM70（自動発砲装置と呼ばれ、クレイモア地雷と原理において同じ）も設けられたものの、被害者に大きな苦痛を与えると非難されたため1984年に撤去された。
東西ドイツの間で1961年から1988年までに総計23万5000人が「共和国逃亡」によって西ドイツに逃れた。そのうち4万人が国境の厳重な見張りをすり抜けて越境した者で、その中の約5000人余りがベルリンの壁を乗り越えた者であるが、その大部分はまだ壁の国境管理が甘かった1964年までの数字である。東ドイツ側の国境超えの「逃亡未遂」に関する刑事訴訟の手続きは1958年から1960年までで約2万1300件、1961年から1965年までで約4万5400件であった。そして1979年から1988年までの「逃亡未遂」の有罪判決は約1万8000件であった。これはベルリン以外の東西ドイツ国境での逃亡未遂も含めての数であり、ベルリンの壁を超えようとした未遂及びその準備をした者はおよそ6万人以上とみられ、有罪判決受けて、平均4年の禁固刑であった。そして逃亡幇助の計画準備の場合は実行者より重く終身懲役刑を科されることもあった。壁が破壊されるまでの間、東ベルリンから壁を越えて西ベルリンに行こうとした住民は、運よく西へ逃れた人以外は東ドイツ国境警備隊により逮捕されるか、射殺されるか、あるいは途中で力尽きて溺死か落下死であった。国境が遮断されて有刺鉄線が張り巡らされたが、ある所では道路の真ん中が、あるいは運河が、また橋の真ん中が国境線であった。ベルナウ通りでは道路は西側で、面している建物は東側にあり、そこの建物の部屋は東ベルリンで窓から外は西ベルリンであった。状況がよく分からない建物の住民にとっては戸惑うだけであった。状況が緊迫していることを感知した人は早くに窓から逃げ出して西へ逃れたが、状況がよく理解できない人（特に老人）はこの日まで建物にいつも通り住んでいた。壁建設からほぼ1週間後の8月19日に東ドイツ政府は突然ベルナウ通りの住民およそ2000人に対して強制退去命令を出した。この時、追い詰められた住民が窓から西へ飛び降り始めた。ベルナウ通り1番地の建物の2階に住んでいたルドルフ・ウルバン（47歳）は、当局がドアと窓をレンガで塞ぐ作業を始めたため2階の窓からロープを伝って降りようとして、警察が自室に入ってきたことで慌ててロープから手を放し、3mの高さから落下し、その後病院で死亡した。これがベルリンの壁での最初の犠牲者とされている。同じように8月22日にイーダ・ジークマン（58歳）がベルナウ通り48番地の4階からマットレスを落としその後に飛び降りたが失敗して死亡した。8月24日には壁の付近で最初に射殺された犠牲者がでた。ギュンター・リトフィン（24歳）は、もともと東側に住んで西側で働き、ゆくゆくは西側へ移る予定であったが壁建設で西へ行けなくなったことから、この日に水路で泳ぎながら西岸を目指し、約25m手前の地点で撃たれ水中に沈んだ。9月25日にベルナウ通り34番地の3階からオルガ・ゼーグラー（60歳）が西ベルリン消防隊が拡げた毛布の上に落ちたが負傷し死亡した。からくも助かった例としてはフリーダ・シュルツ（77歳）が窓から下の毛布に飛び降りようとして、部屋の中に入ってきた東ベルリン側の人間と警官に両手を引っ張り上げられて、それを下から見ていた西ベルリン側の人間が彼女の両足首を2人がかりで引っ張り、彼女の上下で東西の人間が引っ張りあう異常な状況となった（この光景はその時にフィルム撮影されている）。やがて彼女は消防隊が張った毛布の上に落下し、救助された。この場面は丁度この現場を通りがかったアメリカ特使団のヘムシング広報官が目撃して「非常に感動的な光景だった」と後に述べ、その時のフィルムはニュース映画に使われて有名な話となった。また4階から夫婦と6歳の男の子が消防隊の毛布めがけて飛び降り、6歳の子は無傷だったが母親は内臓破裂の重傷で父親は脊椎を痛めた。後にこの父親は「もしも同じ状況になっても私はまた飛び降りるでしょう」と語った。ベルリン市街で全く信じられない光景が繰り広げられていたのである。この9月27日までにベルナウ通りの2000人の住民は全て強制退去させられて、全ての窓はレンガで塞がれ、廃屋となり、やがて爆破され、更地となった。東ドイツ政府は9月半ばまでに東ベルリン市民2665人を政治犯罪で連行した。この政治犯の連行は、別に6000人以上が逮捕されその内3100人が刑務所に数年入れられたとする説がある。しかし壁を作っても、命を賭しても東から西へ逃れようと東ベルリン市民は必死で西への脱出口を探していた。ある者は川や運河を泳いで脱出しようとしたが、多くは途中で見つかり、撃たれ傷つき溺死した。
1964年10月に、トンネルを掘って57人が西へ逃れた。計画したのは西側の冒険家で工科大学の学生も含めて組織的に行われ、西からトンネルを掘り、東側では西の連絡員が手引きした大掛かりな脱出作戦であった。場所はベルナウ通りを挟んで西側のパン屋の地下室から3m下へ掘り、そこから145m進んで、ベルナウ通りの向こう側のある家の裏庭の今にも倒壊しそうな屋外トイレまで半年をかけて掘った。穴の縦はおおよそ70cmで、掘り出した土は西側のパン屋の部屋に積み上げていった。連絡員の間では同年の東京オリンピックにかけて「トーキョー作戦」と呼ばれた。1人は入口の見張りとして東側に合法的に入り東側の国境警備隊の動きを見張った。そして西側の連絡員が暗号電報を使って連絡を取り合い、越境を希望する者を探し、トンネルの入口付近の家に案内し、西側から双眼鏡で監視して尾行されていないことを確認してから無線で東側の家の中にいる者に連絡してドアを開けて家の中に入れた(この時の合言葉はトーキョーであった)。そして裏庭から屋外トイレに行き、便器を取り外して下のトンネルに入り、およそ11分から30分かけて西側のパン屋の地下室に達した。時間がかかったのは途中で水が深くなって息をするのが難しい地点があったことと、トンネルに入った人々は一様に恐ろしさに震え、泣き出す女性もいて、無遊状態無遊状態になって足取りが覚束ない人もいたからであった。それだけに脱出した後は激しい感情の波が押し寄せたとされている。こうして10月3日に28人、4日に29人が西ベルリンに逃れた。内訳は男性23人、女性31人、子供3人であった。しかし5日朝にシュタージに発見されて、裏庭で撃ち合いとなり東側兵士が1人撃たれて死亡したが、西側の4人はトンネル入口のトイレから下へ通じ、そのまま西へ戻ることが出来た。この直後に東ドイツ政府は東西間の境界付近の保安活動は国家保安省(シュタージ)のみで行うことを決めた。この作戦行動は後に助かった57人から「トンネル57」として最も有名なトンネル脱出劇となった。
東ベルリン市民にとって西ベルリンに行くことは1961年8月13日から命懸けであったが、西側3ヵ国の軍関係者は8月13日以降も東ベルリンに行くことは可能であり、61年10月のチェックポイントチャーリーでのトラブルなど、多少のイザコザはあったが、戦後の4ヵ国協定で米英仏ソの4ヵ国はベルリンの東西を往来することは認められていた。そしてお互いに車に自国の旗を立てて、他国の占領管理地区をパトロールすることも認められていた。アメリカ軍は1日おきに昼間と夜間に4〜5台が東ベルリンをパトロールしていた。これはソ連占領地域に出入りする権利を持つことを誇示し、その権利を行使することを示していた。1964年頃に、1つの出来事がチェックポイント・チャーリーで起こった。アメリカ軍歩兵師団のビル・ベンツ少尉が乗った車(オペル)がこのフラッグ・パトロールをして西側に戻るためチェックポイント・チャーリーを通過しようとした時に、そこにソ連軍下士官が大勢いて、1人の士官が近づき「車を降りろ」と言った。そこで「降りろ」「降りない」の押し問答の末に、その士官は車の後方に回り、車体を蹴り始めたので、しびれを切らして急発進して木の柵のバーをはじき飛ばして西側に戻った。急いで司令部に行ってこのことを報告しようとした時に、司令部(このとき高いビルに設置されているカメラからチェックポイント・チャーリーの模様は映像として中継されていた)にいた警部が「お見せしたいものがある」として別の場所に案内された。そこにはベンツ少尉が乗った車(オペル)と全くそっくりな車があった。色もナンバーも同じ(ナンバープレートの単語の順番に若干の誤りがあった)であった。実は東ベルリンを走行中に東側市民で越境を望む人々が、常に同じ車でパトロールしていることに着目して、自力で同じ車を作り、同じような軍服を用意し、3人がそれを着て座席に座り、トランク内にそれ以上の人数が隠れて、本物の車が戻る前にチェックポイント・チャーリーを全くノーチェックで通過したのであった。
1962年8月17日にペーター・フェヒター（18歳）がチェックポイント・チャーリーのすぐ近くで越境しようとして撃たれた。一緒に行動した友人は壁を飛び越えたが、彼は撃たれて壁の東側に落ちた。その時はまだ彼は虫の息であったが生きていた。西側からは警官やアメリカ兵や報道陣が押し掛けたが、壁の向こう側に横たわった彼を救い出すことは出来ず、西側からは壁の上の鉄条網から救急箱を投げ入れるのが精一杯であった。そして東側は西側との衝突を恐れて監視所から動かず、その狭間で彼は断末魔の末、息絶えた。撃たれてから45分が経過していた。この一部始終を目撃した人は多く、西ベルリンでは激しい抗議行動が起こった。彼はベルリンの壁の最も有名な犠牲者となった。37年後の1999年にベルリン市はこの場所にペーター・フェヒターの記念碑を除幕している。エドガー・ヴォルフルムは著書『ベルリンの壁』で「今日までベルリンの壁における犠牲者の正確な人数については確実な情報がない。」と述べている。しかし「ベルリンの壁の傍で亡くなった者は122人から200人」として「壁倒壊までに東ドイツから逃れようとして（ベルリン以外を含めて）死んだ人は1200人以上に上る」と推測している。クリストファー・ヒルトンは著書「ベルリンの壁の物語」で、氏名が明確な死亡者について、その越境の行動と死亡に至る状況について克明に記して、氏名不詳の者も含めて165人の被害者の状況を述べているが、その彼も「壁の犠牲者に関しての決定的な情報は得られないかもしれない。」と述べている。彼は1991年にドイツで発行された「Opfer der Mauer（壁の犠牲者）」から多くの情報を得たとしているが、しかしこの文書は東ドイツの事件に関する機密扱いであった公式報告書を用いて調査されたものであるが完全ではないとしている。ある文書では172名の死亡者の一覧があったが、ヒルトンは「全てが亡命を目指していたとは言い難い」として「28年間に亡命を試みて死亡した者の一部は西側に報告されず東側にも記録に残っていない可能性がある」また「誰にも知られずに溺死した者がいた可能性がある」「越境しようとして泳いだが誰にも気付かれず遺体となったが発見もされなかったことが考えられる」と述べている。そして「私は全員の氏名を余さず記し、それぞれに人間らしい逸話を盛り込みたかったが、日付と簡単な説明だけを記すだけで精一杯であった。彼らの多くは無縁仏として埋葬あるいは火葬された」と語った。1990年から2005年にかけてベルリンの壁で越境者を射殺した狙撃兵の裁判の訴訟文書によって解明が進んだとされて、「死亡者数は合計192名」であったり、「少なくとも136名」、「200人以上」、「射殺されたは238名」、「500人以上の人々が厳重に監視された境界で逃亡を試みて命を落とした」、「壁を越えようとして射殺された人は700人を超えると言われている」、「東西ドイツ及びベルリンの境界で命を落とした者は全体で943人にのぼる」などの諸説があり、1961年から63年までの壁建設の初期の期間で把握していない部分があるとしている。1989年2月6日、クリス・ギュフロイ（20歳）の射殺を最後に犠牲者は出なくなった。ただしクリストファー・ヒルトンは、この後の3月3日に気球に乗って西へ飛んだヴィンフリート・フロイデンベルク（33歳）が西で落下して死亡したこと、4月16日に18歳前後と思われる氏名不詳の男性が溺死したことも追記している。
ドイツ民主共和国国境警備隊に従事する兵士の中からも、亡命者が続出し、ベルリンの壁建設直後の6週間で85人が逃亡した。1961年8月15日に人民軍兵士コンラート・シューマンはルピン通りとベルナウ通りが交わる地点の国境線で逃亡を企てる者を阻止する任務についていたが、反対側の西側の多くの人々が見ている前で有刺鉄線を飛び越えて西へ逃れた。この兵士が有刺鉄線を飛び越えた瞬間の写真はその後『自由への飛翔』として有名なものとなった。1968年時点では、総勢8,000人で、ベルリン市民でなく西ドイツに親類がいない者が、「ベルリンの壁」担当の警備兵となっていた。12時間勤務であり、2人1組で行動することが求められていた。銃撃により逃亡を阻止するばかりでなく、逃亡を試みる者から銃撃されることもあり、勤務中に射殺された警備兵は16人であったが、その半数は逃亡を図った警備兵の犯行であった。
東西間の通行が遮断されて、越境が危険を伴うことから、1963年頃から西への逃亡援助が営利事業と化し「逃亡援助を生業とする連中」が牛耳るようになって、西ドイツ側の態度も変わったと言われる。そしてその後に東ドイツ政府と西ドイツ政府との間で裏取引が1964年頃から制度化され、東ドイツ政府の『人道的措置』によって東の刑務所に拘置された政治犯を西ドイツに送ることが可能となった。その人数は1963年から1989年までに男女33,755人に上り、また家族結合の名目で約25万人以上とされている。西ドイツはその見返りに約35億ドイツマルクを支払った。1人について、その人物の教育水準・刑期の長さ・重要度に応じてまちまちの代金が交渉で決められて、40,000ドイツマルクから95,847ドイツマルクになったと言われる。これは見方を変えれば『人身売買』であり、東ドイツにとっては好ましくない市民や反体制分子を追放できて、しかも同時に利益を得るうま味のある『特別ビジネス』であった。
壁建設直後は、射殺や溺死などの犠牲者が相次ぎ、壁付近は緊張に包まれて、西ベルリン市民の抗議や反発は収まらず、西側市民の東側への通行は不可能であった。しかしようやく沈静化に向かった1963年12月に7回に及ぶ予備会談の末、東ドイツとベルリン市との間で「ベルリン通行証協定」が締結されて、1963年12月19日から1964年1月4日までの17日間、一時的に西側市民が東側を訪れることが可能となった。これは東側に親戚がいることが証明された家族のみの限定であったが、クリスマスの期間に一時的に壁を通過して東側の親戚の家を訪ねて再会を喜びあうことが出来た。この時に西側市民の73万人以上が、雪の中で最長12時間から15時間待たされながら東へ行った。それはつつましく、ひそやかな再会で、別れの時は耐え難いものであった。この協定は翌1964年も結ばれて、1964年10月30日から11月12日まで、12月19日から1965年1月3日まで、そして復活祭から聖霊降臨祭までのそれぞれ14日間であった。やがて1967年になって通行証協定が改められて規則が緩和された。しかし東側市民が西へ行くことは出来なかった。ただ親の葬儀に参列することは申請して認められることもあるが、認められない場合もあった。後には誕生日のお祝い訪問も認められるようにはなったが、40歳・50歳・60歳の区切りでの許可であり、これも許可が下りない場合もある恣意的な運用であった。これ以後次第に西側から東側への訪問は手続きを済ませば簡単に出来るようになった。しかし東側に入るときにはビザとパスポートを持ち、西側の印刷物の持ち込みは不可で、また東西マルクを1対1で交換させられ、しかも交換額を記した紙片の携帯が義務づけられた。この東ドイツマルクを使おうとしても、東ドイツには買う物が少なく、物価が安いので使い切れないし、レストランで食べるにしても食べるほどのご馳走は無かった。そして西側へ帰る際に、残った東ドイツマルクは交換されずに没収された。（東側は東ドイツの銀行に預け次の訪問時に引き出せる旨の説明であったが、その際の引き出しの手続きがややこしくて、誰も本気にはしていなかった）また東ドイツ政府は、東ベルリンの他の街を訪問する場合にも、どの街に入る時にも強制両替を行い、残った金額を没収していた。東ドイツはここで外貨を稼いでいたのである。しかも残りのお金を没収された後には、東側で買ったもの全てを書類に書き入れなくてはならなかった。この申請に不備があると後で面倒なことになった。東ドイツは西ドイツからの入国に際しては、親戚訪問、ビジネス、東側団体主催の催し物への参加などだけを認め、外国人には認められた市内見物とかオペラ観劇は西ドイツからの入国者には認めなかった。そして1年間で合計30日以内という制限があった。
壁は東側からは幅100mの無人地帯のため立ち入ることができなかったが、西側からは接近することができたため、壁の西側では壁の建設を非難し撤去を求める政治的な落書きが出現するようになった。やがてさまざまなメッセージや色鮮やかなストリートアートが壁の西側を彩った。1985年にソビエト連邦共産党書記長にゴルバチョフが就任し、それまでの閉塞状況であったソ連にペレストロイカ(改革)を推し進めて、この動きはやがて東ヨーロッパ諸国、とりわけ80年代初めから国内で連帯運動が起こったポーランドとハンガリーに波及し、1988年にポーランドでは非共産党政権が誕生し、ハンガリーでも社会主義労働者党の改革派が政権を担った。これが1989年になると、他の東ヨーロッパ諸国にも大きな影響を及ぼした。1989年5月2日、既に民主化を進めていたハンガリーのネーメト首相がオーストリアとの国境にある鉄のカーテンと呼ばれる国境柵の鉄条網を撤去するとハンガリー経由での国外出国に希望を持った東ドイツ国民が夏期休暇の名目でハンガリーを訪ね、そこに滞留する事態となった。8月19日、汎ヨーロッパ・ピクニックが欧州議員オットー・フォン・ハプスブルクの主催でこれにハンガリー政府の改革派の後援により、ハンガリーとオーストリアの国境付近のショプロンで開催された。これは、秘密裡にハンガリーが東ドイツ市民をオーストリアに越境させることを企図したイベントであった。そしてこの集会のさなかに東ドイツ市民661人がオーストリアへの越境に成功した。その後もオーストリア経由で出国が出来ると考えた東ドイツ市民がオーストリアと国境を接するハンガリーとチェコ・スロバキアに殺到した。8月25日、ハンガリーのネーメト首相は密かに西ドイツを訪れてコール首相と会談し、東ドイツ市民をオーストリア経由で西ドイツへ出国させる決断をしたことを明らかにした。やがて西ドイツ側の受け入れ準備が整った9月11日にはハンガリー政府は正式に東ドイツとの協定を破棄して東ドイツ市民をオーストリア経由で西ドイツへ出国させた。9月30日には、チェコスロバキアのプラハの西ドイツ大使館に集まっていた東ドイツ市民4000人の前に西ドイツのゲンシャー外相が現れて西ドイツへの出国が可能となったことを伝え、月末までに約3万人が出国した。もはやベルリンの壁は有名無実化しつつあり、東ドイツ国内でもデモ活動が活発化していた。こうした国民の大量出国やライプツィヒの月曜デモ等で東ドイツ国内は混乱していたにもかかわらず、最高指導者のエーリッヒ・ホーネッカー社会主義統一党書記長は改革には背を向け続けていた。10月7日の東ドイツ建国40周年記念式典のために東ベルリンを訪問したミハイル・ゴルバチョフがその際行われたドイツ社会主義統一党幹部達との会合で自らの進めるペレストロイカについて演説をしたのに対し、ホーネッカーは自国の社会主義の発展を自画自賛するのみであった。ホーネッカーの演説を聞いたゴルバチョフは軽蔑と失笑が入り混じったような薄笑いを浮かべて党幹部達を見渡すと、舌打ちをし、ゴルバチョフが改革を行おうとしないホーネッカーを否定したことが他の党幹部達の目にも明らかになった。これを機にエゴン・クレンツ（政治局員・治安問題担当書記・国家評議会副議長）やギュンター・シャボフスキー（政治局員・社会主義統一党ベルリン地区委員会第一書記）ら党幹部達はホーネッカーの退陣工作に乗り出した。10月17日、政治局会議でシュトフ首相が提議したホーネッカーの書記長解任動議が可決し、ホーネッカーは失脚し、後継者となったのはクレンツであった。
1989年11月9日、この日エゴン・クレンツ率いる社会主義統一党中央委員会総会で翌日から施行予定の出国規制を緩和するための新しい政令案を決定した。その日の夕方、クレンツ政権の広報担当者シャボフスキーは、この規制緩和策の内容をよく把握しないまま定例記者会見で「東ドイツ国民はベルリンの壁を含めて、すべての国境通過点から出国が認められる」と発表し、いつから発効するのかという記者の質問に「私の認識では『ただちに、遅滞なく』です」と答えてしまった。シャボフスキーは、中央委員会の討議には出席しておらず、クレンツからも細かい説明もなく、また中央委員会で攻撃に曝されていたことで、クレンツ政権内部が混乱したことがその原因とされる(ベルリンの壁崩壊)。この記者会見を各国メディア及び東ドイツ国営テレビ局などが報道し、同日夜には東ベルリン市民が東西ベルリン間の7カ所の国境検問所に殺到した。旅行自由化の政令は実際は査証発給要件を大幅に緩和する法律であり越境にはあくまで査証が必要であったが、殺到した市民への対応に困った国境検問所の国境警備隊の現場指揮官は、政府からの指示もなく、11月9日午後10時45分に止む無く国境ゲートを開放した。査証の確認なども実行されず、ベルリンの壁はこの時に崩壊した。11月10日に日付が変わると、どこからともなく持ち出された重機などでベルリンの壁は破壊された。のちに東ドイツによって壁はほぼすべてが撤去された。ただし歴史的な意味のある建造物のため、一部は記念碑として残されている。ベルリンの壁崩壊により東西両ドイツの国境は事実上なくなり、翌1990年10月3日、東西ドイツは統一した。
ベルリンの壁崩壊とドイツ再統一、更に冷戦の終結にいたりベルリンの壁は名実ともにその存在意義を失った。その一方で、ベルリンの壁は米ソ冷戦の象徴的遺跡としての保存の声が高まりシュプレー川沿いの約1.3kmの壁（イースト・サイド・ギャラリー）は残された。この部分には「ベルリンの壁建設」にインスピレーションを得た24の国の芸術家118人による壁画が描かれた部分であり、その中には「ホーネッカーとブレジネフの熱いキス」を描いた戯画も含まれている。文化財として保存が決まったものの、経年による劣化と観光客の落書きとその場しのぎの上塗りによる補修で保存は危機的状況に陥った。2000年には寄付によって壁の北側は修復され、2008年に残りの補修には250万ユーロの寄付が必要と試算された。2009年には残る部分の修復に着手している。その他、ベルリン中央部のニーダーキルヒナー通り沿いの一帯（ゲシュタポ本部や国家保安本部があったあたり）には、再統一後に「テロのトポグラフィー」という博物館が建てられ、この部分に沿って建っていたベルリンの壁も残されている。さらに記念品としてライン川畔のコブレンツに白い壁を2枚移設し、また日本には宮古島市上野のうえのドイツ文化村に2枚移設している。この時に地下を含む構造が明らかになり、地下のL字型の下のコンクリートが東ベルリン側が数倍長いのは、地下から（＝塀の下を掘り返して）の逃亡を防ぐためだったと見られている。
ベルリンの壁が崩壊し、東西ドイツの統一が実現した後に、ベルリンの壁について、国境警備隊による越境者への狙撃及び射殺に対してどのように扱うかは喫緊の課題であった。壁崩壊の翌年1990年には国境警備兵に対する裁判手続きが進められていった。東ドイツの狙撃兵は東ドイツ国内法にては訴追は出来ない。罪を犯したことにはならない。道義的概念は持ち込めるのか。事後に成立した法に基づく訴追は遡及効禁止と齟齬を及ぼすのか。法が正義に反する場合は実定法に対して正義と道義が優先されるのか。射殺命令を執行した狙撃兵と射殺命令を出した上官との罪の上下は・・・などドイツ国内で様々な議論がなされた。この後にドイツの裁判所はベルリンの壁の死者と射殺命令に関する審理にほぼ15年を費やした。ドイツ連邦議会は1992年に「ドイツにおけるドイツ社会主義統一党独裁の歴史と帰結の批判的総括」を行うための調査委員会を設置した。そして2年後に社会主義統一党独裁のほぼ全局面を明らかにする15,000ページ余りの調査報告書を公表し、この中で東ドイツで行われた国家犯罪や人権侵害など負の遺産についての真相究明、責任や罪の承認、浄化や和解、補償と賠償、そして裁判などが述べられていた。これらには独裁の犠牲者を悼み、犯行者を処罰することも含まれていた。かつてナチス時代の暴力犯罪に対して、法が正義に反する場合に実定法よりも正義と道義性が優先されるのか、といった論争があったが、狙撃兵裁判でもその論争は再燃した。そして越境する者に対して射殺命令をいつ、誰が発したかも焦点となり、1961年夏のベルリンの壁建設の9日後に社会主義統一党政治局が発砲命令を出したと言われるが、それが明確な文書としては残っておらず、当時のブラント西ベルリン市長が東ドイツの国境警備兵に「自分と同じ国の人間を撃つな」と訴えた時に、ウルブリヒト第一書記は「国境を侵す者には、武器を用いてもその行動を慎むように命じなければならない」と語っていた。その射殺命令およびその実行に関して、東ドイツの最高指導者と政権幹部、国境警備隊幹部、現場の兵士に対して、1990年10月からドイツ再統一後のドイツ連邦共和国の裁判所で裁判が行われ、裁判所は社会主義統一党中央委員会政治局から狙撃兵に至るまで途切れることなく責任の連鎖が存在することは確認した。そしてその際に、社会主義統一党指導部は市民の生命を保護し身体無傷性を守る義務を負っていたとして「民主共和国市民の人格と人権は不可侵である」としたドイツ民主共和国憲法と国際人権協定をその字義どおりに解釈した。このドイツ民主共和国の不正を理由として始められた捜査手続きの総数は壁の射殺事件以外も含めて約10万件に達すると見られ、この総数に対しての有罪判決はおよそ133分の1の数であった。この内に両独国境での強行犯罪については総計244件の訴追があり、466人が告発されて385人に判決が下され、110人が無罪で、275人の有罪が確定した。刑の量定は連隊司令官、国境警備隊長、政治局員まで地位に順じて重くなった。しかし大半の被告は執行猶予付の判決で、命令権者の20人は執行猶予の付かない自由刑の有罪判決であった。これらの不正行為と見なしたものの捜査と裁判が最終的な処理が終えたのは壁崩壊から16年が過ぎた2005年であった。