単行本：55巻～72巻暁と忍連合軍との決戦がついに開戦する。カブトが発動した禁術・穢土転生により歴代の強力な忍達が次々に復活を果たし、連合軍の各部隊はそれぞれの戦場で激戦を繰り広げていく。一方、戦争のことを何も知らされていなかったナルトは、キラービーと共に九尾チャクラをコントロールする修行を続けるが、外で起きている戦争に気付き島から脱走する。そして戦争2日目を迎える中、各戦場では白ゼツ達が連合軍の忍達に次々に成り替わり、混乱が始まっていた。チャクラまでも完全にコピーしてしまうその能力に連合軍は苦戦し互いに疑心暗鬼に陥ってしまう。そんな中、ナルトはビーと共に綱手、そして雷影に認められ戦場へと参戦することになる。その道中に穢土転生で復活したうちはイタチ、長門との戦闘に突入するが、イタチの親友であるうちはシスイが残した瞳力の「別天神」の力でイタチはカブトによる呪縛から解かれる。イタチと協力しナルト達は長門の封印に成功、弟のサスケをナルトに託しイタチは穢土転生を阻止するために単身でカブトの元へと向かうのだった。影分身のナルトが戦場へと散らばり、連合軍を混乱させている白ゼツ達の悪意を感知することで白ゼツ達を撃破、さらに穢土転生で蘇った忍五大国の影の名を持つ忍達も封印、忍連合軍は一気に優位に立つ。しかし、カブトは自身の切り札としてついに本物のうちはマダラを穢土転生で復活させる。復活したマダラは圧倒的な忍術、体術、瞳力を駆使し忍連合を蹂躙する。この最大の危機に連合軍は五影をマダラの元へと転送。五人の影達はナルトに仮面の男との戦いを託しマダラへと立ち向かうのだった。そして、ナルトもビーと共に穢土転生で復活した人柱力達を率いた仮面の男との交戦に突入する。人柱力達の力は非常に強力で、途中カカシとガイが加勢に駆けつけるが、人柱力の尾獣化により次第に追いつめられていく。だが、ナルトはその戦いの中で四尾の尾獣である孫悟空との対話を果たす。対話の中でナルトは九尾の本当の名前が九喇嘛という名であることを知り、同時に尾獣と本気で仲良くなりたいと強い思いを示す。そんなナルトの思いに感化されていった九尾はついにナルトとの初めての共闘を果たす。更にナルトを認め、尾獣と人柱力は自分たちの名前を改めてナルトに明かし、人と尾獣の未来をナルトに託す。彼らの思いを受け取ったナルトは九尾チャクラを完全にコントロールし、人柱力達から尾獣を引き剥がすことに成功する。戦場が激しさを増す中、ついにイタチの眼を移植したサスケは「永遠の万華鏡写輪眼」を開眼。ナルトとの決着の為に自身を見張っていたオリジナルの白ゼツを殺害し外へと脱出する。だがその道中に穢土転生のイタチと再会し、成り行きでイタチと共闘、穢土転生を操っているカブトとの戦いに突入する。大蛇丸、音の五人衆等様々な忍達の細胞を取り込み、仙人モードの力まで手にしたカブトに二人は苦戦を強いられるが、うちはの禁術である「イザナギ」と対を成す禁術「イザナミ」を発動したイタチは、カブトを永遠に決着がつかない自分達との戦いの無限ループの世界に閉じ込め、穢土転生を止める印を幻術で聞き出す。これによりイタチ自身を含む全ての戦場の穢土転生は解除され、縛られていた死者達の魂は昇天するのだった。そしてイタチはサスケとの別れ際にうちは事件の真相や両親の最期を幻術のなかで見せると、サスケに兄としての精一杯の愛情を伝えてこの世を去った。穢土転生の術が解除される中、うちはマダラは昇天する直前に穢土転生最大のリスクである「術者との口寄せ契約を解除する印」を結び、この世に留まり続けていた。死なない体、尽きないチャクラ、カブトにより特別な調整をされたことによる木遁などを含めた強力な術を駆使し五影を蹂躙、瀕死の状態に追い込む。そしてナルト達と仮面の男との戦いも佳境を迎えていた。ナルト、ビー、カカシ、ガイの四人は連携プレーで男の仮面を破壊することに成功。だが、その素顔を見たカカシは驚愕する。うちはマダラを偽り、暁の黒幕として暗躍していた仮面の男の正体はかつて、第三次忍界対戦で戦死したはずのカカシの親友であるうちはオビトだった。当時のオビトは死の間際に地下深くで暗躍していたマダラに救出されていた。厳しいリハビリを経て木ノ葉へ戻るはずだったが、オビトの想い人であるチームメイトのリンは霧隠れの里の陰謀に巻き込まれ、彼女が愛していたカカシの手で命を落とすという悲劇が起きてしまう。この光景を目撃したオビトはこの世界に絶望し、マダラが企てた「月の眼計画」に協力することになり、老衰により死を迎えたマダラが再び復活するまでの間、彼の代わりにうちはマダラとして暗躍し続けていた。変貌した親友の姿にカカシは戦意喪失しかけるも、オビトがかつて残した意志を受け継いでいるナルトを守るため、オビトと戦う決意を固める。五影を戦闘不能にしたマダラはオビトの元へ移動し、残る二体の尾獣・八尾と九尾を回収するために不完全な状態で十尾を復活させることで決着をつけようとする。だが、それと同時に忍連合軍の各部隊が集結、ついに決戦が始まる。連合軍はそれぞれの隠れ里との強力な連携攻撃でマダラ達に挑むが十尾の力は凄まじく、忍連合軍本部が尾獣玉により消滅、更にナルトとヒナタを庇ったネジは二人の目の前で命を落とす。仲間の死とオビトの言葉に動揺を隠せないナルトだったがヒナタや九喇嘛の叱咤を受け再び連合の仲間と共に反撃に出る。一方サスケはイタチとの共闘を通じて、改めて忍世界、里、忍とは何なのかを知りたいと思うようになる。水月と重吾と再会したサスケはカブトに捕われていたみたらしアンコの呪印から大蛇丸を復活させ、過去の火影達から真実を聞き出す旨を伝える。そんなサスケの心境の変化に触れた大蛇丸は協力することを決め、木ノ葉の里へと一行を誘う。大蛇丸が研究していた方法でかつて屍鬼封尽で死神の腹の中に封印されていた初代から四代目までの四人の火影達の魂を解放し穢土転生で復活させる。初代火影である千手柱間は、サスケに自分とマダラの出会いや木ノ葉創設までの出来事、そしてマダラが里を去り終末の谷での戦いを起こした一連の出来事を全て語る。話を聞き終えたサスケはイタチの生き様を守るために木ノ葉を守ることを決意し、火影達と木ノ葉に捕われていた香燐とも合流し戦場へ向かう。戦場は激しさを増していき、カカシはオビトと決着を着けるために時空間へと飛ぶ。そんなナルト達の前に歴代火影、サスケが戦場に参戦。サスケはこれからは自分が火影になり自分のやり方で木ノ葉の里や忍世界を変えていくことを宣言する。突然のサスケの変わり様に戸惑うサクラや同期メンバーだったが、ナルトはそんなサスケを冷静に受け入れ第七班が約3年振りに復活を果たす。そして、時空間でのカカシとオビトの激闘はカカシが制するもオビトは「この戦いはお前の勝ちでいい。だが戦争の勝利は譲らない」として時空間から脱出。満身創痍のオビトを見限ったマダラは、好機として彼に自身を復活させるための輪廻転生の術を発動させようとするが、オビトはそれに逆らい自身が十尾の人柱力となる。そしてナルトやサスケと交戦するが、二人と忍連合軍に一尾から八尾までのチャクラを引き抜かれ、戦闘不能となる。その後、マダラが黒ゼツを使いオビトに輪廻天生の術を発動させ甦り尾獣達と交戦、右腕を捥がれるも白ゼツが発見したオビトが隠していた右眼の輪廻眼を白ゼツの右腕と共に回収、外道魔像を口寄せし輪廻眼本来の力である輪墓・辺獄を使い尾獣を外道魔像に取り込みナルトを瀕死に追いやる。更に自身を殺しに来たサスケをも返り討ちにし瀕死の重傷を負わせ自らは十尾の人柱力となりカカシやガイらと交戦、八門遁甲の陣を発動させたガイに追い詰められるも退けるが、オビトから陰の九喇嘛を入れられ精神世界で大筒木ハゴロモに会い六道の陽のチャクラと六道仙術を受け取りガイの八門遁甲の最期を止めたナルトと、イザナギの無限ループから抜け出したカブトに治療され、同じく精神世界で大筒木ハゴロモに会い六道の陰のチャクラと左眼に輪廻写輪眼を受け取ったサスケと交戦するが、マダラは甦った二人を退けカカシの左眼の写輪眼を奪い、オビトから輪廻眼を奪い返し両眼を揃えて無限月読を発動させるが、直後に黒ゼツに胸を貫かれ大筒木カグヤ復活の触媒にされてしまう。サスケの須佐能乎で術を免れた木ノ葉第七班は真相を知ったオビトとの協力の下、苦戦の末にカグヤと黒ゼツを新たな月に封印することに成功する。マダラは力尽き、歴代火影たちもハゴロモの手により再び浄土へと戻り、全て終わったと思われた中、突如『忍界の革命』を宣言するサスケを止めるべく、ナルトはかつて戦った終末の谷で彼と再び拳を交える。互いの想いをぶつけあいながら戦った二人は和解し、無限月読が解かれたことで長きに渡る戦いに終止符が打たれた。そして月日は流れ、戦争や災害を乗り越え大発展を遂げた木ノ葉隠れの里には、忍界大戦を生き抜いた忍たちの子供たちがいた。そしてそのうちの一人・ボルトを叱りつけていたのは、父親に、そして七代目火影になったナルトだった。