シャルリー・エブド襲撃事件以降、フランス各地では「報復」ともみられる、嫌がらせや暴力・発砲事件が数十件起きている。イスラム教徒やその関連施設などが標的となっており、南部のコルシカ島ではイスラム教徒が食べることを禁じられている豚の頭と脅迫の手紙がモスクの入り口に置かれ、西部ポワチエや北部のベチューヌなどでは「アラブ人に死を」、「アラブは出て行け」などの落書きが見つかっている。事件に発展したケースもあり、南東部の町ではアラブ系の男子高校生が4、5人のグループに殴られ、南部ボークリューズ県ではイスラム教徒の家族が乗った乗用車が銃撃された。南東部サボア県では夜中にモスクが放火され、南西部ポルラヌーベル（ナルボンヌ近郊）では無人のモスクに銃弾 数発が撃ち込まれた。東部ビルフランシュシュルソーヌではモスクのそばにあるケバブの店で爆発事件があり、西部ルマンではモスクに手投げ弾3発が投げ込まれた上、銃撃されて窓などが破壊された。シャルリー・エブド襲撃事件後に同紙のムハンマド風刺画を転載していたドイツ・ハンブルクの日刊紙ハンブルガー・モルゲンポストの社屋が、1月11日未明に放火された。独警察は容疑者2人を逮捕して、背景を調べている。1月11日に開催された第72回ゴールデングローブ賞授賞式において、積極的な政治活動を行っている俳優のジョージ・クルーニーを筆頭に参集したセレブリティが「Je Suis Charlie」缶バッジを装着。クルーニーは映画という表現手段から「表現の自由」を訴えたことで、一気に全米での共通意識が芽生えたとされる(動画)。1月12日、シャルリー・エブドは、襲撃事件後初となる1月14日発売号の表紙に、「すべては許される」とのメッセージの下で「私はシャルリー」と書かれたカードを掲げて涙を流す預言者ムハンマドの風刺画を掲載すると発表した。これに対して、エジプト・カイロにあるイスラム教スンニ派の最高権威機関アズハルは、「憎悪をかき立てる」だけと警告した。声明で、「（同風刺画は）平和的共生に資するものではなく、イスラム教徒が欧州や西側社会に溶け込むのを妨げる」と述べた。アズハルは、シャルリー・エブド襲撃事件を最初に非難したイスラム団体のうちの一つで、「イスラム教はいかなる暴力も糾弾する」と批判していた。また、ジュネーヴに本部を置くジャーナリスト系NGO団体「プレス・エンブレム・キャンペーン」もこの最新号について「配慮に欠ける行為。プロのジャーナリストは中傷や侮辱をしてはいけない」と反対を表明した。1月12日、フランス政府は、国内の治安確保のため仏軍を1万人規模で全土に展開するほか、ユダヤ教関連施設に警官ら約4700人を当てる厳戒態勢を発表した。1月13日、犠牲となった警官の追悼式典がパリ警視庁で営まれ、オランド大統領は「彼らはわれわれが自由に生きられる環境を守るために亡くなった。フランスが（テロの脅威に）屈することは決してない」と演説した。1月13日、『シャルリー・エブド』の1月14日発行の特別号表紙となるムハンマドの風刺画を描いた風刺画家のリュズ、ジェラール・ビヤール、パトリック・プルーらが記者会見した。リュズは、一部のイスラム教徒などが風刺画掲載続行に懸念を示している状況について、「表現の自由は、条件や制限がついたものではない」と述べ、風刺やユーモアへの理解を求めた。また、「テロの実行犯は、ユーモアが欠如している」と言論を封殺しようとした行為を厳しく非難した。1月13日、フランス議会は、イラクやシリアで勢力を広げるイスラム過激派組織「イスラム国」への攻撃継続を、賛成488、反対1、棄権13の圧倒的賛成多数で議決した。フランス軍は2014年9月以降、イラク国内でのアメリカ軍のイスラム国空爆に参加しており、フランス議会では（空爆参加から）4カ月後に攻撃継続に関する議決が義務付けられていた。バルス首相は同日、仏下院で演説し、「フランスはテロとの戦争に入った」と宣言、治安対策の強化に乗り出す方針を表明。フランスはイスラム国への欧州最大の戦闘員供給国となっており、イスラム国による勧誘の主要手段となっているソーシャルメディアの監視強化などが議論される見通し。1月14日、『シャルリー・エブド』はムハンマドの風刺画を表紙に掲載した特別号を発行した。同紙の風刺画転載に関しては、事件直後の各国主要メディアでも対応が割れており、日本ではほとんどの新聞社が掲載を自粛し、掲載した2社もイスラム教団体からの抗議を受けて謝罪文を載せたが、フランスではリベラシオンが1面の全面を使って転載し、社説で転載を自粛したり絵柄をぼかして掲載した外国紙を批判、「ライシテ（政教分離）はシャルリー紙だけでなく、フランスの方針でもある」と主張した。ル・モンドは1面でイスラム、ユダヤ、キリスト3宗教の信者が共に風刺画を楽しむ様子を漫画で掲載。一方、保守派のフィガロは転載を見送った。イギリスでは主要5紙のうち、ガーディアン、インデペンデント、タイムズの3紙が紙面に『シャルリー・エブド』最新号の表紙を掲載した。ドイツではビルトが最終面の全面を使って転載したのに対し、フランクフルター・アルゲマイネは、『シャルリー・エブド』最新号が山積みになった写真を小さく載せたにとどまった。米主要メディアは「宗教的な感情を害する」などとして風刺画を転載しない慎重姿勢が主流で、ニューヨーク・タイムズやAP通信は掲載・配信をしない方針。一方、ワシントン・ポスト紙は風刺画を転載し、記事の中でマーティン・バロン編集主幹は「ムハンマドの描写そのものが侮辱的だと考えたことはない。宗教グループに対して明白に、故意に、または不必要に侮辱的な表現は避けるという方針は変わらないが、今回はそれに当たらない」と説明している。2005年のムハンマド風刺漫画掲載問題で知られるデンマーク紙ユランズ・ポステンは、社説でムハンマドの風刺画はどんなものであっても二度と掲載しないと発表し、「我々はこれまで、テロの恐怖におびえてきた。暴力や脅迫に屈してしまったということだ」と説明した。1月15日、事件をきっかけに世界中で言論の自由をめぐる議論が広がっていることに関して、ローマ法王は記者団から意見を求められ、「神の名において人を殺すのは愚かしい」と事件を強く非難すると同時に、「あらゆる宗教に尊厳」があり、何事にも「限度というものがある」と指摘して、「他人の信仰について挑発したり、侮辱したり、嘲笑したりしてはいけない」という考えを示した。また、言論の自由は信仰に対する敬意があれば自制されてしかるべきものだとして、「言論の自由は権利であり、また義務でもあるが、他人を傷つけることなく表出されなければならない」と諭した。これに対して、デーヴィッド・キャメロン首相は、「自由な社会では宗教について他人の感情を害する権利がある」とし、「私はキリスト教徒であり、誰かがイエスについて不愉快なことを言ったら侮辱的だと思うだろうが、自由な社会ではこれを言った相手に復讐をする権利はない。新聞、雑誌などは法に違反しない限り不愉快な意見を掲載することができることを認めなければならない。これこそ我々が守るべきことだ」と、ローマ法王の見解に反対した。また、『シャルリー・エブド』編集長のジェラール・ビヤールも「ムハンマドの漫画を描くたび、預言者の漫画を描くたび、神の漫画を描くたびに、私たちは宗教の自由を擁護しているのです」「それは言論の自由でもあります。宗教は政治的な争点となるべきではありません」などと反論した。1月16日、事件後も『シャルリー・エブド』が預言者の風刺画を載せたことに対して、アフリカ各地で抗議デモが発生した。アルジェリアでは数千人がデモに参加し、一部が暴徒化して警官と衝突した。ニジェールではデモのほか、キリスト教の教会が襲撃され、フランスの文化センターが焼き討ちにあった。なお、アルジェリアもニジェールもフランスの元植民地である。1月16日、ポントワーズで元編集長シャルブの葬儀が執り行われ、クリスチャーヌ・トビラ法務相、ナジャット・ヴァロー=ベルカセム教育相、フルール・ペルラン文化相、アンヌ・イダルゴ パリ市長、左派戦線のジャン＝リュック・メランション党首、ピエール・ローラン共産党全国書記、「国境なき記者団」のクリストフ・ドロワール（Christophe Deloire）事務局長らが出席した。トビラ法務相のほか、『シャルリー・エブド』の風刺画家・コラムニストらも追悼の辞を述べ、舞台に上がった仲間らはシャルブが好きだった陽気な音楽を演奏し、肩を抱き合いながら踊った。反ユダヤ主義的な発言で過去に何度か有罪判決を受けているコメディアン、デュドネが、同紙本社襲撃事件直後に「私はシャルリー」をもじった一文「私はシャルリ・クリバリのような気分だ」（「シャルリー」とユダヤ食品スーパー襲撃事件の犯人アメディ・クリバリの姓を組み合わせた一文）をネットに書き込んだとして捜査対象になっていた件の判決が3月18日に下され、テロ礼賛の罪で執行猶予付き禁錮2月の有罪となった。