憲法擁護庁によるテログループの監視、特にチューリンゲン州憲法擁護庁と当時の長官ヘルムート・レーヴァーの役割が、政治でもメディアでも議論になっている。NSUを監視しているなかで起こったたくさんの失敗について、依然として多くの矛盾、疑問が残っている。2012年9月にヴェルト・アム・ゾンターク紙は、トーマス・Sという人物が1995年と1996年に1.1kgのTNTをウーヴェ・ムントロースに届けたことを報じている。彼は2000年から2001年までベルリン州刑事局のVメン「VP 562」として努めていた。連邦検事局は、捜査を始めたが、トーマス・Sをそれ以上追求することはできなかった。Sは、1995年から1996年にチェーペと恋愛関係にあったが、自分はNSUの犯罪行為には一切加担していないと主張している。2011年11月13日にメディアは、放火された家の残骸で、いわゆる「合法的違法文書（legale illegale Papiere）」が押収されたと報じており、その文書から、情報機関が協力者を偽装するために偽造身分証明書を発行したことがわかった。しかし、この文書は、NSUの幇助者の一人が、住民登録課でウーヴェ・ムントロースの写真をこっそり差し替え、合法的に名前を取得した証明書であったと、2011年11月22日、ドイツ通信社は訂正した。2011年11月18日、中部ドイツラジオ放送は、1998年か1999年にチューリンゲンのSWATが、3人の容疑者を見つけ出して逮捕する準備をしていたと報じた。ケムニッツで刑事局の調査官が3人の容疑者に気づいて報告したものである。このことは、容疑者3人を逮捕する可能性があったということである。しかしSWATの介入は出動する直前に中止となった。中部ドイツラジオの報道によると、関係当局からチューリンゲン州刑事局のトップに激しい抗議があったためである。その後、チューリンゲン内務省の高官と刑事のあいだで話し合いが持たれたそうであるが、中止の理由が伝えられたかどうかは明らかになっていない。チューリンゲン州刑事局は、捜査員が犯人の居場所を突き止めていたということ、ならびにSWATが出動体制にあったということを否定している。当時のチューリンゲン州内務大臣リヒャルト・デーヴェスも、「そのことについての意見は何もない」と述べ、当時の大臣として「法にのっとったルール」に配慮しなければならいのだと説明した。シュピーゲル紙は、1990年代にはムントロース、ベーンハルト、チェーペの周辺に少なくとも3人のVメンがいたことを報じている。12月半ばに、チューリンゲン州憲法擁護庁は、潜伏した犯人グループの居場所を少なくとも一時的には突き止めていたことが明らかになった。2000年5月15日にケムニッツに居た3人を監視する際に撮った写真が見つかったためである。チューリンゲン州憲法擁護庁長官のヘルムート・レーヴァーは、11月時点では、1998年に潜伏した極右たちの捜査は「残念ながら成果をあげていない」と説明していた。さらにビルト・アム・ゾンターク紙によると、チューリンゲン憲法擁護庁は、仲介人を通じて、3人に2,000DM以上の金を偽造身分証明書のために支払ったという。このことは、憲法擁護庁の協力者が2011年12月6日にチューリンゲン州議会の秘密監査委員会で報告した。憲法擁護庁は盗聴電話から、ネオナチ・グループが当時、新しい身分証明書を手に入れるための金を急ぎで必要としていたということを知っていた。お金を支払うことで、彼らの滞在場所と彼らが使っている偽名を突き止めるヒントを得られるだろうと確信していたのである。しかし憲法擁護庁は、住民登録課にこの事情を打ち明けていなかったので、チェーペとムントロースとベーンハルトは、新しい身分証明書を手に入れ、誰にも見つからずに潜伏することができたのだった。さらに擁護庁は、仲介者が支払金を自分で使ってしまったため、この作戦が失敗したことを認めた。ベルリン新聞の記事によると、チューリンゲン州憲法擁護庁は1990年代終わりに警察の捜査をサボタージュで妨害していた。擁護庁は、Vメンティノ・ブラントに進行中の監視情報を渡していた。不信と情報隠蔽が関係当局間で続いており、そのため監視を続けていた警察は、擁護庁の協力者に尾行されているということもあった。2000年から2002年のあいだに6枚のメモが作られていて、それによるとチューリンゲン州内務省がチェーペとムントロース、ベーンハルトの逮捕を妨害していたということが、チューリンゲン司法委員会の会合が行われているあいだに明らかになった。チューリンゲン州だけでなく、他の州憲法擁護庁も、批判にさらされている。カッセルのインターネットカフェ経営者のHalit Yozgatが殺害されたとおき、犯行現場にヘッセン州憲法擁護庁の職員が居合わせており、発見者として通報することなく、その場を立ち去ったため、ヘッセン憲法擁護庁のあり方についても疑念が持たれている。2006年4月21日、カッセルでヘッセン州憲法擁護庁の協力者が、Halit Yozgatへの殺害に関与した疑いで逮捕された。彼は犯行直前にインターネットカフェに居あわせたとされ、それにも関わらず警察に報告しなかった。警察は家宅捜索をしたが、裏を取ることができなかったため、捜査は証拠不十分で打ち切りとなった。しかしこの憲法擁護庁員の事件によって、ヘッセン州議会調査委員会が作られることになった。ヘッセン州議員たちは、このことをメディアから知らされたため、自由民主党州議員統一会派の会長イェルク＝ウーヴェ・ハーンは、内務省の説明方法に「我慢ならない」と述べた。2011年11月以降の捜査の流れで、擁護庁員の役割についての調査を連邦検察庁は始めた。2011年11月14日のフランクフルター・アルゲマイネ紙の発表によると、その男は犯行時にカフェに居たのであり、犯行直前に立ち去ったわけではないのではないか、という疑いがあるという。さらに憲法擁護庁員は若いころに「強い右翼的心情」を持っていたことがあり、2006年の家宅捜索時に極右系書籍とたくさんの銃器が押収されたことが明らかになった。カッセルの州検察局は新たに、その容疑者がNSU連続殺人の犯行場所の殆どに居合わせていたこと、彼は2007年以降は憲法擁護庁を離れ、カッセル行政管区へと移動したこと、そこで「世間への影響を持たない裏方の仕事」をしているという。当局の発表によると、それ以上の新しい情報は、2007年以降出ていない。ニーダーザクセン州当局も、テロに協力したとされるホルガー・ゲルラッハの張り込みの際に、極めて重大なミスがあったことを認めている。バイエルン州内務大臣ヨアヒム・ヘルマンは、2012年1月に行った声明から、ティノ・ブラントはすでに1990年代初めから2002年までバイエルン州憲法擁護庁によって監視されていたが、しかし接触はしなかったことがわかった。さらにこれに関してチューリンゲン州とバイエルン州との憲法擁護庁のあいだで情報交換があった。2011年12月、テログループ3人に関する重要な証拠を無くしてしまったということが明らかになった。フランクフルター・ルントシャウの情報によると、1998年1月にチューリンゲンの捜査当局は、押収した4つのパイプ爆弾と3人の潜伏を幇助した人たちの音声テープを規則に応じて処分してしまい、その後の捜査を極めて困難にした。操作上のミスが徐々に明らかになってくるなか、様々な省庁間での協力が不足しているということが問題になった。南ドイツ新聞の報道によると、各州は連邦検察庁を「組織的に訴訟に関与」させないようにしていた。連邦検察官が、介入の条件が揃っているかどうか、新聞の記事だけでしか調査することができなかった。2011年にムントロースとベーンハルトが死んだ後、チューリンゲン州内務大臣イェルク・ガイベルトは、当時の連邦裁判官ゲルハルト・シェーファーの指揮下で調査を開始し、1998年に逮捕に失敗したときの性格な状況を解明しようとした。2012年5月15日、最終報告書が公開され、チューリンゲン当局（憲法擁護庁、警察、州検察局）には「構造的欠陥」と「技術不足」があったと調査委員会は批判した。特に不足していたのは、調整、情報交換、情報評価であった。しかし、ベーンハルトとムントロースとチェーペが、州規模で匿われたか、あるいはVメンとして働いていたのではないかという疑念を晴らすことはできなかったようである。2011年11月11日に、本拠地ケルンの連邦憲法擁護庁で、以前連邦通常裁判所付・連邦検察局が請求した「レンシュタイク作戦」の記録書類が処分されていたことが、2012年6月、連邦議会の調査委員会で明らかになった。作戦内容は、NSUを生み出すきっかけになったとされる「極右団体『チューリンゲン郷土保全運動』と憲法擁護庁が共同作業」するというものであった。2012年7月2日、ベルリン新聞は、イタリアの国内情報・安全保障機関からの2011年12月14日の手紙を所有しているということを発表した。その手紙の内容は、イタリア情報機関がドイツ連邦憲法擁護庁にNSUについての情報を知らせるものであり、すでに「ヨーロッパ・ネオナチのテロ・ネットワーク」がありうると指摘していた。もちろん連邦憲法擁護庁は、この件を調査していない。2012年11月、南ドイツ新聞によると、バイエルン州憲法擁護庁は、ある協力者を極右団体に潜入させて、資金を援助して極右系サイトトゥーレ・ネットの立ち上げに協力したという。その協力者は、毎月約800ドイツマルクと、さらにサイトの技術や運営に必要な資金も貰っていた。それによると、15万マルク以上の金がカイ・Dという人物に支払われた可能性もあるという。ミュンヘン反ファシズム情報・記録アーカイブサイトは、この協力者が極右団体で「再重要幹部」のひとりであるとしている。彼が憲法擁護庁のために働いたということは、バイエルン州議会のNSU調査委員会の報告によって明らかになっていた。連邦検察局と連邦憲法擁護庁は、2013年3月に、NSUの支持者と目される129人のリストを公開した。リストは、「犯人」、「容疑者」、「犯人・容疑者たちとのコンタクトが確かにあった人物」、「犯人・容疑者たちとのコンタクトがなかったとは言えない人々」などの様々なカテゴリーに分けられていて、そこには憲法擁護庁のVメン8人の名前も載っている。ベルリン反ファシズム報道アーカイブ・教育センターは、200人以上の支持者がいたと見ている。2013年4月に南西ドイツ放送は、マインツ・レポートの番組で、50人のVメンについて報道した。そのうちの15人が、5～6桁の報酬を情報機関から貰っており、少なくともそのうちの6人はNSUのために動員されていた。2013年5月に、バーデン・ヴュルテンベルク州憲法擁護庁が、「Krokus」という名前の諜報員を介して、極右勢力に情報を渡していたことが明らかになった。極右勢力は、殺された女性警察官キーゼヴェッターの同僚で共に現場にいて重症を負った警官の様態を知ろうとしていた。当局はこの件について、もちろんコメントを出していない。