2000年には、株式会社ソフパルの女性向けゲームブランド・プラチナれーべるよりBL初の商業PCゲーム（18禁）「好きなものは好きだからしょうがない!!― FIRST LIMIT―」が発売、男性向け美少女ゲームの老舗アリスソフトが女性向けBLゲームブランド「Alice Blue」を立ち上げ、「隠れ月」（全年齢向け） を発売。（コンシューマー機やパソコンというプラットフォームを採用した初期のBLゲームは、販売面では苦戦した）WOWOWで「グラビテーション」（村上真紀原作）が連続アニメされる。地上波放送はないが、これがボーイズラブ初の連続TVアニメといわれる。喬林知著・松本テマリ挿絵のライトノベル「まるマシリーズ」が角川ビーンズ文庫で刊行開始（登場人物の多くがイケメンのライトファンタジー。主人公は男子高校生だが、異世界で魔王になり美少年と婚約する。男同士の恋愛要素は薄い）。この頃から、携帯電話でBLの電子書籍が読めるようになる。2001年には、アメリカのカリフォルニア州で総合イベント「Yaoi-Con」が開催され、日本のBL作家たちがゲストとして招かれる。「マガジンBE×BOY」の2002年1月号に「夢見る BOYS LOVE マガジン★」というキャッチコピーが付けられ、以降表紙キャッチコピーに「BOYS LOVE」を盛り込むようになった。2003年に、週刊少年ジャンプ（集英社刊）で連載された許斐剛の少年漫画『テニスの王子様』を舞台化したミュージカル・テニスの王子様（通称・テニミュ） 初公演。出演者は男性だけである。（監督などの女性キャラが登場する場合、音声や映像のみという演出。）2004年にライトノベルの 「まるマシリーズ」が『今日から㋮王!』としてNHK教育テレビでアニメ化。「ぱふ」（雑草社）5月号の文中で、女性を対象にしたアニメグッズや同人誌などを扱う店舗が密集する池袋の通りに対して、初めて「乙女ロード」の名称が使われる。2005年、PCゲーム「好きなものは好きだからしょうがない!!」が地上波でアニメ化される。おそらくボーイズラブ初の地上波アニメである。ミキマキによる4コマ漫画『少年よ耽美を描け -Boys be tambitious-』（腐女子の彼女に振られたモテ男の主人公が、彼女を見返すために友人たちとBL漫画を描こうと奮闘するギャグ）が連載開始。雑誌「Newtype」（角川書店）12月号で、乙女ロードが「通称・腐女子ストリート」として紹介される。この頃からSNSサイトも作られており、それまでひっそりBLを愛好していた人も、仲間を気軽に探して交流できるようになった。2005年頃にはよしながふみやオノ・ナツメ（basso）が先駆的にBLと一般誌両方で活躍するようになり（二人とも同人作家だった）、以前はBLやパロディをかいている漫画家に対して一般のマンガはかけないといった偏見もあったが、BLやパロディ同人誌での経歴も肯定的に捉えられるようになっていった。2006年、BLの大手出版社ビブロスがグループ会社の自己破産のあおりを受け倒産、ビブロスのBL事業を引き継ぐために、アニメイトグループのアニメイト・ムービック・フロンティアワークスの3社共同出資によりリブレ出版が発足。小島アジコがチベット801名義で腐女子の彼女の生態を描く漫画ブログ『となりの801ちゃん』を開設。市川染五郎、片岡愛之助のコンビで、男同士の純愛を描いた歌舞伎『染模様恩愛御書』が復活上演された。2007年には雑誌「ユリイカ」で、関連論客による見識を集大成し「総特集　腐女子マンガ大系」（6月）という特集が行われ、「いまBLというジャンルが熟していてアツいんじゃないか？」という認識のもと、さらに「BLスタディーズ」（12月）という特集が組まれた。韓国のBL漫画イ・ヨンヒ『絶頂』が日本で翻訳出版される。宙出版より『この BL （ボーイズラブ）がやばい！ 2008年腐女子版』が刊行される。ごとうしのぶのBL小説「タクミくんシリーズ」『そして春風にささやいて』、紺野けい子のBL漫画『愛の言霊』、国枝彩香のBL漫画『いつか雨が降るように』が実写化。この頃から携帯電話でのBLゲームが流行。2008年には、BL誌に連載された漫画としては初めて、中村春菊の「純情ロマンチカ」の地上波でアニメ化される。堺市立図書館で、匿名市民とその意向を受けた議員たちがBL本を図書館から排除するよう要求し、図書館は意向を受け「BL」と判断した約5500冊の本を開架から除去する事件が起こる（後述）。2009年、2006年にドイツで出版されたドイツ人漫画家ユニット・ピンクサイコ（ Heath & Nheira ）のBL漫画『In the End 〜最果ての二人〜』が日本で翻訳出版される。2010年頃には、ヤマシタトモコや雲田はるこなどが一般誌とBL両方でヒットを飛ばし、どちらのジャンルにも偏らず活躍し続ける漫画家も増えた。2012年には、短歌ブームの中、Twitter上で「#BL短歌」タグによるBL短歌が始まって流行し、同人誌も作られる。秋月こおのBL小説原作の『富士見二丁目交響楽団』が実写化。『コミック JUNE 』（ジュネット刊）2013年2月号（2012年12月刊行）で休刊し、定期的に刊行されるJUNE ブランド雑誌がなくなる。2013年、BL作家のぢゅん子が少女漫画誌『別冊フレンド』（講談社）で、腐女子が主人公で、コンセプトは「もっとも主人公になりたくない人物が主人公になってしまった乙女ゲーム」という恋愛コメディ漫画『私がモテてどうすんだ』の連載を始める。好きなキャラが作中で死んだショックで激ヤセし急に美少女になった主人公が、それまで妄想の対象だった4人のイケメンとボーイッシュな美少女からアプローチされるようになるが、本人は変わらずディープな腐女子で逆ハーレム状態に困惑するというストーリー。一般向け少女漫画誌掲載であるが、腐女子の文化や行動がリアルかつ詳細に描かれている。2014年には、ヨネダコウのBLマンガが原作の実写映画『どうしても触れたくない』（2014年5月31日公開）が、BL実写映画で初めてオリコンのDVD映画週間ランキング（2014年9月15日 - 2014年9月21日）で1位になる。美術雑誌「美術手帖」で「ボーイズラブ"関係性"の表現をほどく」という特集が行われ、売り上げを伸ばした。2015年には、ミュージカル・テニスの王子様の累計動員数が200万人を突破。平凡社より、19世紀末〜20世紀半ばの独仏英などの女性作家による男同士の物語を集めた笠間千浪編『古典BL小説集』 (平凡社ライブラリー)が出版される。アメリカのコメディアニメ「サウスパーク」で、BL（やおい）を扱った「トゥイーク×クレイグ（Tweek x Craig）」というエピソードが放送された。学校でアジアで流行っている文化としてBL（やおい）が紹介され、その例として生徒トゥイークとクレイグのBLイラストが出され、周囲は二人は本当に付き合っているゲイのカップルだと思い込み、東アジア系の腐女子の生徒たちは大喜びでイラストを量産、当人たちは大迷惑、町中でふたりの恋を応援するのが流行り・・・という話。作中には事前に募集された実際の腐女子によるファンアートが使用された。成人男性向けのイラストを扱うSNS「ニジエ」を運営する株式会社ニジエが、18禁BLイラストSNS「ホルネ」をリリースし、サービス開始から6日でユーザー数が3万人を超えた。桜日梯子原作のBLCD「抱かれたい男1位に脅されています。」（販売元：リブレ出版、レーベル：Cue Egg Label）がBLCD初のオリコン週間TOP10入りし1位になる。2016年には、中村明日美子のBL漫画が原作の劇場アニメーション『同級生』が全国30館で上映をスタート、上映開始から43日で動員数13.5万人、興行収入2億円を突破した。井原西鶴の男同士の恋愛をテーマにした短編小説集『男色大鑑』（1687年出版）がアンソロジー形式で漫画化される。7月に日本の2015年度センス・オブ・ジェンダー賞大賞を「オメガバース現象 Omegaverse」が受賞と発表される。『私がモテてどうすんだ』が秋にアニメ化。2017年4月にカンテレ・フジテレビ系全国ネットで栗山千明主演のドラマ『でも、結婚したいっ！〜BL漫画家のこじらせ婚活記〜』が放送された。