2003年10月には新エスタディオ・ダ・ルスに移転。同時期にルイス・フィリペ・ヴィエイラが新会長に就任し、ホセ・アントニオ・カマーチョ監督に率いられた2003-04シーズンには、タッサ・デ・ポルトガル決勝でジョゼ・モウリーニョ監督率いるポルトを破り、実に8年ぶりとなるトロフィーを獲得した。2004年にはジョバンニ・トラパットーニ監督が就任し、スーペルタッサ・カンディド・デ・オリベイラで4回目の優勝を飾って幸先よいスタートを切ると、2004-05シーズンのリーグ戦では11年ぶりに優勝した。しかし、同シーズンにエスタディオ・D. アフォンソ・エンリケスで行なわれたヴィトーリア・ギマランイス戦では、ハンガリー代表フォワードのフェヘール・ミクローシュが試合中に倒れ、病院で死亡が確認された。ルスには多くの人々が弔問に訪れ、ハンガリーで行なわれた埋葬にはヴィエイラ会長やキャプテンのヌーノ・ゴメスが参列した。フェヘールが背負っていた背番号29はクラブの永久欠番となったが、ポルトガルのクラブで永久欠番を持つのはベンフィカのみである。タッサ・デ・ポルトガルでは2シーズン連続で決勝に進出したが、ヴィトーリア・セトゥーバルに敗れて2連覇を逃した。なお、同大会決勝にはポルトガル大統領が列席することが慣例となっているが、ジョルジェ・サンパイオ大統領（1996年-2006年に在職）は熱心なスポルティングファンであり、準決勝でベンフィカがスポルティングを下したことで決勝の列席を拒んだ。2005-06シーズンのUEFAチャンピオンズリーグ・グループリーグではマンチェスター・U、ビジャレアルCF（スペイン）、LOSCリール・メトロポール（フランス）と同組となった。グループ突破のかかったマンチェスター・U戦に2-1で勝利し、ビジャレアルに次ぐグループ2位で決勝トーナメント進出を決めた。決勝トーナメント1回戦では前回大会王者のリヴァプールFC（イングランド）と顔を合わせたが、2試合合計3-0で準々決勝進出を決めた。準々決勝ではバルセロナと対戦し、結果的に優勝するクラブに2試合合計0-2で敗れた。2006-07シーズンのUEFAチャンピオンズリーグでは再びマンチェスター・Uと同組となり、またもやグループ突破をかけてマンチェスター・Uと対戦したが、今度は1-3で敗れてグループリーグ敗退となった。2007-08シーズン開幕戦後にはフェルナンド・サントス監督が解任され、カマーチョ監督がクラブと2年契約を結んでベンフィカに復帰した。2007-08シーズンのUEFAチャンピオンズリーグ予選3回戦では、前年度のグループリーグでも対戦していたFCコペンハーゲン（デンマーク）と顔を合わせ、ホーム&アウェーの2試合ともに勝利して本選グループリーグ出場を決めた。グループリーグではミラン、FCシャフタール・ドネツク（ウクライナ）、セルティックFC（スコットランド）と対戦したが、3位でグループリーグ敗退となり、UEFAカップに回った。UEFAカップではラウンド16でヘタフェCF（スペイン）に敗れ、カマーチョ監督はその数日後に辞任した。リーグ戦ではSCブラガの後塵を拝し、トップ3でのフィニッシュを逃した。2007-08シーズン終了後にはレジェンドのマヌエル・ルイ・コスタが現役引退し、そのままスポーツディレクターに就任。手始めに元バレンシアCF監督のキケ・サンチェス・フローレスを監督に招聘すると、ホセ・アントニオ・レジェスやパブロ・アイマールなどの実力者獲得に尽力した。2008-09シーズンのタッサ・ダ・リーガでは決勝でスポルティングを破り、同大会初優勝を飾った。同シーズンのリーグ戦では3位となり、UEFAヨーロッパリーグ出場権を獲得した。2009年6月8日、監督・クラブ双方合意の上で契約を解除し、キケ・フローレス監督が退任。6月17日、元SCブラガ監督のジョルジェ・ジェズスが監督に就任した。2009年夏には過去最大級の投資を行ない、ハビエル・サビオラ、ハビ・ガルシア、ラミレスなどを獲得。パブロ・アイマールやアンヘル・ディ・マリアなど既存戦力も合わさって豪華メンバーとなった。2009-10シーズンは過去最高となる1試合平均50,033人の観客を集め、勝利したポルト戦ではシーズン最高の58,659人を集めた。2010年3月21日、タッサ・デ・ポルトガル決勝ではポルトに3-0で快勝し、同大会2連覇を達成した。同シーズンのUEFAヨーロッパリーグ準々決勝ではリヴァプールと対戦。ルスで行なわれたファーストレグには2-1で勝利したが、アンフィールドで行なわれたセカンドレグに1-4で敗れ、2試合合計3-5で敗退が決まった。リーグ戦のホームゲームでは圧倒的な成績（14勝1分）を残し、リーグ最多得点・最少失点で32回目のリーグ優勝を決めた。UEFAチャンピオンズリーグ・グループリーグの出場権を獲得し、26得点を挙げたパラグアイ代表のオスカル・カルドソが得点王に輝いた。2010-11シーズンのUEFAチャンピオンズリーグ・グループリーグではシャルケ04（ドイツ）、オリンピック・リヨン（フランス）、ハポエル・テルアビブFC（イスラエル）と同組となり、2勝4敗の勝ち点6でグループリーグ敗退となった。グループ3位枠でUEFAヨーロッパリーグに回ったが、UEFAヨーロッパリーグでは決勝トーナメント1回戦でVfBシュトゥットガルト（ドイツ）、決勝トーナメント2回戦でパリ・サンジェルマンFC（フランス）、準々決勝でPSVを下し、欧州カップ戦では18年ぶりに準決勝に進出した。ベスト4にはポルトガルから3クラブ（ベンフィカ、ポルト、ブラガ）が残り、ブラガと対戦した準決勝では1990年以来の欧州カップ戦出場を目指したが、2試合合計2-2（アウェーゴール差）で敗退が決まった。同シーズンのタッサ・ダ・リーガ決勝ではFCパソス・デ・フェレイラを下して3連覇を達成したが、リーグ戦は2位に終わった。2011-12シーズンのUEFAチャンピオンズリーグ・グループリーグではマンチェスター・U、FCバーゼル（スイス）、FCオツェルル・ガラツィ（ルーマニア）と同組となり、3勝3分の負けなしで首位通過を決めた。決勝トーナメント1回戦ではFCゼニト・サンクトペテルブルク（ロシア）に2試合合計4-3で勝利したが、準々決勝では結果的に優勝するチェルシーFC（イングランド）に敗れた。同シーズンのタッサ・ダ・リーガでは4連覇を果たしたが、リーグ戦では再び2位に終わった。20得点を挙げたカルドソが2度目の得点王に輝いた。2012-13シーズンのUEFAチャンピオンズリーグ・グループリーグではバルセロナ、セルティックFC（スコットランド）、FCスパルタク・モスクワ（ロシア）と同組となったが、勝ち点8のグループ3位でUEFAカップに回った。2012-13シーズンはUEFAチャンピオンズリーグのグループリーグにおいて3位となったことからUEFAヨーロッパリーグの決勝トーナメントへ出場し、決勝戦においてチェルシーFCに敗れ準優勝となった。このシーズンではリーグ戦においても優勝を勝ち点1の差で逃しており、またタッサ・デ・ポルトガルにおいても決勝でヴィトーリア・ギマランイスに敗れ準優勝に終わったことから、「準三冠」を達成したもののタイトルを獲得することはできなかった。2013-14シーズン、国内ではプリメイラ・リーガを制覇、タッサ・ダ・リーガでリオ・アヴェFCを決勝で破り優勝。タッサ・デ・ポルトガルでもリオ・アヴェFCを決勝で破り優勝という文句のつけようのない結果を残した。UEFAチャンピオンズリーグでは、グループリーグにおいてオリンピアコスと勝ち点10で並ぶも得失点差で敗退し、グループ3位となった。UEFAヨーロッパリーグでは、ホームスタジアムで決勝戦開催ということで優勝を期待されたユヴェントスFCを準決勝で撃破するも、決勝戦でセビージャFCにPK戦で敗れて2年連続での準優勝に終わった。