1944年（昭和19年）1月1日、第八戦隊は解隊（八戦隊司令官岸福治中将は軍令部出仕）。この再編により利根型重巡2隻（利根、筑摩）は第七戦隊に編入される。当時の第七戦隊司令官は西村祥治中将。隊番号は、1番艦熊野、2番艦鈴谷、3番艦利根、4番艦筑摩。ただし、利根・筑摩は臨時に第五戦隊司令官橋本信太郎少将の指揮下に入り、カビエン（ニューアイルランド島）への輸送任務をおこなう。1月2日、戊号二号輸送部隊（重巡《妙高、羽黒、利根》、駆逐艦《白露、藤波》）はトラック泊地を出撃。4日にカビエンに到着。同部隊は第22駆逐隊（文月、皐月）の支援を受けていた。米軍機動部隊艦載機約80機は利根以下戊二号輸送部隊を発見できず、第22駆逐隊（皐月、文月）を襲撃。両艦とも損傷、皐月艦長の飯野忠男少佐も戦死した。1月5日、戊二号輸送部隊は被害なくトラック泊地に戻った。1月25日附で利根は『敷島部隊』に編入され、2月1日、トラック泊地出撃。2月3日（4日とも）、パラオ入港。16日、パラオを出発。シンガポールに向け移動し、21日にリンガ泊地到着。利根型2隻（利根、筑摩）は南西方面艦隊（司令長官高須四郎中将）の指揮下に入り、27日にリンガ泊地を出撃。スマトラ島南東方のバンカ泊地へ移動、第十六戦隊旗艦の青葉型重巡洋艦1番艦青葉で『サ作戦』の打ち合わせを行う。1944年（昭和19年）3月2日、第七戦隊（利根、筑摩）は南西方面艦隊麾下の第十六戦隊司令官左近允尚正少将（青葉座乗）指揮下でバンカ泊地を出撃。重巡3隻（青葉、利根、筑摩）、軽巡2隻（大井、鬼怒）、駆逐艦数隻（敷波、浦波、天霧）等でインド洋方面通商破壊作戦（サ号作戦）に従事する。日本軍の船舶不足を補うため、連合国軍の商船を拿捕することを作戦目標としていた。中央が青葉、右が利根、左が筑摩という横一列陣形で索敵中、3月9日午前11時30分にイギリスの武装商船ビハール号（ベハー号）と遭遇した。拿捕を試みた利根はアメリカ巡洋艦に偽装して接近。ビハール号武装射程圏外の距離9000mで軍艦旗を掲げ停船命令を発したがビハール号は救難信号を発信しつつ逃走を試み、拿捕を諦めた利根は同船を砲撃により撃沈することにした。沈没現場で生存者115名を救助した。戦闘詳報によると104名または129名。3月15日、利根はバタビアに入港。サ号作戦部隊における戦果はビハール号の撃沈のみであった。サ号作戦を指揮した南西方面艦隊は捕虜処刑命令を出しており、黛治夫大佐（利根艦長）は捕虜35名をバタビアへ送ったものの、サ号作戦終了と部隊解散により残80名の処遇が宙に浮いてしまった。第十六戦隊の指揮下を離れ、3月18日にジャワ島バタビア(ジャカルタ)を出港してシンガポールへ回航。当時利根乗組員（黛艦長、天野軍医長、小勝上等兵曹）によれば、後部甲板に応急の木甲板を設置。捕虜を「涼しい場所へ移す」という名目で艦内から後甲板へ一人ずつ連れ出し、選抜した利根武芸部員（有段者含む）が捕虜80名の処刑を実行した。当身と木刀で気絶させたのち斬首・とどめに刺殺という方法で、3月19日午前零時から約3時間かかったという。戦後、黛治夫（当時利根艦長）は「利根としては彼らにたいしては正当な待遇をして来たつもりだ。別に誇るわけではない。国際法の規定する範囲で訊問し、ある程度の情報を得たことはもちろんである。(中略)利根は戦闘において重巡第一の真価を示したばかりでなく、はからずも日本の海軍は国際法を尊重し、俘虜は人道的にあつかう精神であったことを、世界の記録にとどめることとなった。」と回想している。3月25日、第七戦隊司令官は西村祥治中将から白石萬隆少将に交代（西村少将は9月10日より第二戦隊司令官）。白石は黛治夫（利根艦長）が古鷹副長時代の古鷹艦長であった。利根は3月のインド洋における通商破壊戦に従事した後（前述）、リンガ泊地およびタウイタウイ泊地で待機。機動部隊に所属しマリアナ沖海戦（1944年6月）に参加した。本海戦で前衛部隊（指揮官栗田健男第二艦隊司令長官）所属の各艦（第四戦隊《愛宕、高雄、鳥海、摩耶》、第一戦隊《司令官宇垣纏中将：大和、武蔵》、第三航空戦隊《千歳、千代田、瑞鳳》、第七戦隊、第二水雷戦隊等）が小沢機動部隊本隊の攻撃隊を誤射、利根も誤射した。6月24日、内地帰投。射出された利根偵察機は各地を転々とし、7月中旬になって母艦に戻ってきたという。7月8日、陸軍部隊輸送を兼ねて内地を出撃。陸軍輸送物資を積載した戦艦部隊（大和、武蔵、長門、金剛）、重巡熊野等を護衛してリンガ泊地へ向かった。14日午前3時頃、白露型駆逐艦6番艦五月雨（第27駆逐隊）が悪天候の中で落伍し、行方不明となった。五月雨は捜索に出た利根に発見されて艦隊に戻り、事なきを得た。第一戦隊司令官宇垣纏中将（1941年時の第八戦隊司令官）は、『五月雨にスコール続く輸送かな』『スコールの後に五月雨忘れけり』と俳句を詠んでいる。10月、第七戦隊は捷一号作戦に参加。出撃前、利根が武蔵に横付けして給油した際、黛（利根艦長）は猪口敏平少将（武蔵艦長）と寺岡正雄大佐（鈴谷艦長）と歓談、黛は手紙や私物を安全と思われた武蔵に預けている。10月22日、ブルネイを出港した。10月23日朝、栗田艦隊はパラワン島沖でアメリカの潜水艦2隻（ダーター、デイス）から襲撃され、重巡2隻（愛宕《第二艦隊旗艦》、摩耶）が沈没、重巡1隻（高雄）が大破して駆逐艦2隻（朝霜、長波）に護衛されて離脱という被害を出した。愛宕沈没後の第一遊撃部隊指揮官栗田健男中将は、第一戦隊司令官宇垣纏中将が座乗する戦艦大和（第一戦隊旗艦）に将旗を掲げた。10月24日、シブヤン海にて栗田艦隊はアメリカ軍機動部隊（第38任務部隊）艦載機の空襲を受け、第一遊撃部隊・第二部隊（第三戦隊《金剛、榛名》、第七戦隊《熊野、鈴谷、筑摩、利根》、第十戦隊《矢矧、浦風、浜風、磯風、雪風、野分、清霜》）は旗艦（指揮官鈴木義尾第三戦隊司令官、金剛座乗）を中心とする輪形陣を形成。利根は中心（金剛）の斜め右前方3kmに配置された。一連の戦闘により、大和型戦艦2番艦「武蔵」（艦長猪口敏平少将《黛が海軍砲術学校時代の同校教頭》、副長加藤憲吉大佐《黛とは海軍兵学校同期》、砲術長越野公威大佐《黛が古鷹副長時代、同艦砲術長》）が沈没。損傷を受けた3隻（妙高、浜風、清霜）が艦隊から離脱した。戦闘中、黛（利根艦長）は第二部隊（第三戦隊）司令部に「武蔵を掩護する必要ありと認む」と意見具申した結果、武蔵への掩護を命じられる。利根では武蔵掩護中に爆弾1発が命中したが不発、小型爆弾の被害も限定的だった。利根と共に武蔵掩護中の清霜にも爆弾が命中して速力低下をきたした。日没後、黛（利根艦長）は原隊復帰を幾度か意見具申、栗田長官より下令があり第二部隊に復帰した。その際、艦首から沈みつつあった武蔵（猪口艦長）に対し『（ユトランド沖海戦における）ザイドリッツの戦例にかんがみ、艦首浮力の保持に努められよ』と信号、武蔵（猪口）からは了解の返信を貰っている。武蔵は便乗していた摩耶の生存者を駆逐艦島風に移乗させたあと、駆逐艦2隻（浜風、清霜）の支援を受けたが19時35分に沈没。猪口艦長も戦死した。10月25日、利根はサマール沖海戦に参加。護衛空母から発進した戦闘機や雷撃機の妨害に悩まされ、機銃掃射により黛も負傷した。408発の主砲弾を発射、うち7発を敵艦に命中させた（黛はさらに命中していたと主張）。利根はカサブランカ級航空母艦19番艦ガンビア・ベイの至近距離まで進出し、砲撃でガンビア・ベイを撃沈した。沈没地点北緯11度31分 東経126度12分。利根は漂流するガンビア・ベイ生存者達の至近距離を通過したが、機銃掃射することなく、利根乗組員は敬礼して米兵を見送った。戦後、黛治夫（利根艦長）はガンビアベイ生存者会に、同艦の奮戦を称える手紙を送っている。一方、米艦隊の反撃により、第七戦隊では重巡3隻（熊野、鈴谷、筑摩）が落伍。第二艦隊長官栗田健男中将から反転命令がでると、黛（利根艦長）は第五戦隊司令官橋本信太郎少将（重巡羽黒座乗）に「現状、砲撃中の敵空母を追撃すべき」を意見具申しようとしたが、最終的に断念した。つづいて酸素魚雷の誘爆により大火災となった鈴谷より白石第七戦隊司令官を受け入れる。利根は鈴谷の救援のためカッターボートを派遣した。利根短艇乗組員11名（艇指揮、田中春雄中尉）は夕雲型駆逐艦14番艦沖波に救助されたが、同艦における対空戦闘で4名が戦死した。一方、第七戦隊旗艦となった利根では午後1時40分頃、爆弾1発が後部に命中し一時舵故障となるが復旧に成功した。本海戦における戦死者は19名（愛宕乗員2名を含む）、負傷者81名（黛艦長を含む）と記録されている。レイテ沖海戦後、栗田艦隊はブルネイに退避していた。利根は駆逐艦島風（第二水雷戦隊所属）に便乗中だった摩耶生存者を受け入れ、内地に戻ることになった。損傷のため、速力は20ノットに制限されていたという。利根は輸送任務のためマニラへ向かう空母隼鷹、軽巡木曾、第30駆逐隊（夕月、卯月）と合流。11月10日、隼鷹輸送隊はマニラで木曾(木曾は11月13日のマニラ空襲で大破着底)と、スリガオ海峡夜戦から生還した白露型駆逐艦2番艦時雨を入れ替え、内地へむかった。11月15日、隼鷹隊はアメリカの潜水艦バーブから雷撃されたが命中しなかった（木俣滋郎はアメリカの潜水艦ジャラオとする。）。隼鷹隊と別れた利根は11月17日に舞鶴へ戻った。舞鶴海軍工廠で損傷箇所の修理と機銃の増設を行う。残存重巡2隻（利根、熊野）となった第七戦隊は11月21日附で解隊された（白石萬隆中将は軍令部出仕）。