文学からサブカルチャー、政治、社会、宗教（親鸞や新約聖書）など広範な領域を対象に評論・思想活動を行い、多数の著作がある。1960年代、1970年代、日本で圧倒的な影響力を持っていたことから、戦後思想の巨人とも言われている。実際、海外の著名知識人が来日した際にも吉本は呼ばれることが多く、ミシェル・フーコー、フェリックス・ガタリ、イヴァン・イリイチ、ボードリヤールなどとの対談が出版されている。アカデミックな経歴を持たない吉本は、自身の著述活動・知的探求を独学で身に付けた知識で支えた。またマルクス主義、スターリン主義の教条主義は否定するが、マルクスその人の影響は公言するその姿勢は、さまざまに影響を与えた。ちなみに原書を読めない吉本は、欧米の学識はすべて翻訳書に頼っている。そうした翻訳による誤解や思い込みをアカデミズムの学識者からしばしば指摘されたが、「「誤読」しか与えないとしたら、まず外国文学者の翻訳の拙さ等を自省すべき」「現在の欧米のめぼしい文学者や哲学者の本が、全部日本語に翻訳されてわれわれの前におかれたら、（外国文学者の存在価値は）ほとんど「無」に帰してしまう。」「しんどい難しい手仕事」を怠る中での「キザな語学自慢」の方が問題だ」、と反論している。なお1978年フーコーが訪日したときには、吉本は蓮實重彦の通訳のもと、対談を行っている。フーコーはそのとき二人で往復書簡を行うことを提案し、吉本は「道元とヘーゲル」に関する論考をフーコーに送ったが、議論は以後生産的に展開されえず、人文知における多言語コミュニケーションの難しさを示すにとどまった。ちなみに『共同幻想論』は中田平によって1980年代後半フランス語に訳されている。もっとも、吉本の思想に対して、同世代からも疑問をはさむ声も少なくなかった。小熊英二『<民主>と<愛国>』によれば、竹内好は、吉本の論じ方は「非常に文学的とか、あるいは詩的発想」だと述べ、鶴見俊輔は、すべてを「全否定」して純粋さを追求する姿勢に「非常に宗教性を感じる」と指摘し、吉本の「擬制」批判は「『すべてのニセモノを倒せ』というスローガンに読み替えられて」「学生の純粋好みを結びついた」と評している。また、その独特の用語を使用した晦渋な文章は、1960年代後半に学生だった吉田和明によると、「私たちのような並の学生には、とうてい読んでも理解しうるようなナンパな本でもなかった。そして事実解らなかった」と回想されている。やはり当時の大学生だった社会学者の桜井哲夫も、『共同幻想論』について、「わからないのに無理に飛ばし読みをして、理解できるわずかな部分からのみ、この本を理解しているにすぎなかった」と述べている。それにもかかわらず、吉田によれば、当時の大学では、吉本の著作を「胸にだいじそうにかかえて歩く女子学生、男子学生の姿が流行していた」。吉田はその理由として、学生たちは内容が理解できなくとも、そこにこめられたメタ・メッセージを、「詩でもよむかのように」「心の奥底で感じてしまっていた」からだと述べている。歴史的な内容を基盤にした著書は、さまざまな時代の事象や言説を、当時の歴史的事情を考慮せず、超時代的にまとめあげたものが多いとも評されている。人類学者である山口昌男は、『共同幻想論』発表当時、同書中の重要概念「対幻想」について、「それは近代の核家族にのみ通用するものではないか」と批判したが、吉本は「チンピラ人類学者」として罵倒を返したのみであった。また、批判に対して吉本の側では、過剰なまでに反応して罵倒に至ることもしばしばだった。有名なところでは、戦後最大の文学論争とさえ形容される花田清輝との論争、また、盟友だった作家で評論家の埴谷雄高などとの1980年代の論争では激烈な言葉の応酬が続いた。花田清輝との論争では、感情的な罵倒を取り除けば、純粋に議論内容的には、花田が優位であり、論破したとはいえないとの絓秀実による指摘すらある。1970年代に谷沢永一との間にかわされた論争では、谷沢の理路整然とした反論に、感情的な言葉を返すのみであり、「吉本の数少ない敗北」とされた。また、社会的・共同的に何かをしようとする「知的な」ものたちを、論争において、「ファシスト」「スターリニスト」として一括して切り捨てることも多かった。これは、1960-80年代のみならずソ連の解体・冷戦構造崩壊後の1990年代も続いた。小熊英二は、吉本は、1961年には、弱者への罪責感をかきたてることで党への献身をひきだす「『前衛』的なコミュニケーションを拒否して生活実態の方向に自立する」ことを主張し、1960年代中期から、家族と恋愛関係の中にこそ、国家をこえる「私」的な共同性（「対幻想」）を見出し、「生産の高度化がうながした大衆社会の力」「大衆の政治的アパシーの力」を賞賛していくことになった、と論じている。また宮台真司は、「吉本の意図とは全く無関係に生じたこと」だが「大衆から遊離した素朴な党派的政治運動を批判する「自立思想」は、全共闘世代が党派的運動や政治運動一般から離脱し、等身大の生活世界に退却していくことを正当化する口実を与え」たと述べている。竹内洋は、吉本は京橋区の下町の船大工の家庭に生まれ、東京府立化学工業学校、米沢高等工業学校、東京工業大学の学歴を歩み、東京府立化学工業学校は実業学校、米沢高等工業学校は専門学校であり、旧制中学や旧制高校を正系とする戦前の学歴では傍系学歴となり、大学卒業後、会社に勤めたが、組合活動をおこない馘首、隔日の特許事務所に勤務し生計を立てつつ作家活動をおこない、その後フリーランスとなり、大学教師の経歴はなく、山の手に対する下町、正系学歴に対する傍系学歴と、「正系」（丸山眞男）、「正系的傍系」（清水幾太郎）、「傍系」（鶴見俊輔）でもない、正系にもっとも遠い立ち位置にいた「傍系的傍系」と評している。竹内によると、吉本は傍系について島尾敏雄との対談で「……ひとつは、ぼくなんかもそのくちなんですが、島尾さんの少年から青年までの経歴の特徴のひとつは、たえず傍系の学校から傍系の学校へというふうにゆかれたことでしょう。（中略）……ぼくなんかはどこにいてもたえずよそ者みたいな意識が伴ってやまないわけですが、島尾さんの場合はどうですか。」（「傍系について」『海』|1970年5月号）と述べている。1980年代は、エコロジストや反文明論、疑似科学に批判的であった。情報技術については、「科学的にはそれほど難しいもの」ではないのに、富や商売と結合して「科学は単なる機能になりはて、役に立つものだけが有効だ、と考えられる風潮」に「冗談じゃねぇよ」としている。なお、吉本は1998年の『アフリカ的段階について』の出版以来、現在に至るまで一貫して、「アフリカは文明の未発達な、そこから脱すべき一段階ではなく、むしろ現在のアフリカの中に人間のモラルや宗教や生活の原型がそろっているのではないか」という考えを持っており、「今の（2008年）世界を考えるには、資本主義の「アフリカ的段階」を勘定にいれないといけない」としている。また2002年の『超戦争論』においては、先のことは分からないとしながらも、「21世紀の半ばくらいには、(...)「資本主義はこの先どうするんだ?」という(...)課題が、より本格的な形ででてくる」「世界の資本主義の全体的な行き詰まり、全体的な地盤沈下ということが予測される」「世界の資本主義が全体的に地盤沈下するという、その一番の兆候は何かっていえば、それこそ、G7に集う各先進資本主義国が同時多発的に不況に陥ったときである」「近代主義経済学とは違った等価交換のあり方を21世紀には模索しなければいけない」と述べている。