一方、艦艇建造で繁忙化した民間造船所における商船建造の調整を図る目的で、海軍艦政本部は1942年（昭和17年）2月から、海軍管理工場で施工する、長さ50m以上の鋼船の建造修繕の監督権を掌握し、さらに、海軍艦政本部は、逓信省が1941年（昭和16年）12月に立案した戦時造船計画「第1次線表」を受け継いだ後、改訂を重ね、1942年（昭和17年）4月、「改4線表」として公表した。これが国家的に承認された最初の具体的な戦時造船計画であった。この「改4線表」に沿った商船大量建造のため、新規建造は海軍艦政本部選定の10種類の戦時標準船に限定され、それ以外の特殊目的の船は政府が認めたもののみ、その規格も政府が決める、とされた。しかしこの10種類の戦時標準船は、戦後の使用も考慮し、粗製乱造を避ける旨うたわれ、うち貨物船6種類は船舶改善協会が1939年（昭和14年）に不定期貨物船用に制定した平時標準船で、残る鉱石船1種類と油槽船3種類も当時建造中の適当な型を一部簡易化した程度であった。これに先立つ1942年（昭和17年）初頭、戦時標準船への移行促進のため、当時未起工あるいは工事準備の進んでいなかった戦時標準船以外の船舶、ならびに重要度が低いと見なされた船舶の建造は打ち切られたが、1941年（昭和16年）8月6日起工で、当時建造中であった第四青函丸の工事は継続された。鉄道省から、この時期に出された上記の青函航路向け車両渡船4隻の建造要請に対して、艦政本部は、10種類の戦時標準船に該当しないうえ、速力15.5ノットも出せるのに特定の航路にしか使えず、船の大きさの割に積載能力の小さい車両渡船の建造など論外、小型機帆船を多数建造し、荷役港湾も分散して戦災リスクを分散すべし、と主張し、これを却下した。これに対し、鉄道省は、1,900総トンで速力10ノットの一般型貨物船のD型戦時標準船就航と車両渡船就航との比較検討を行い、片道数時間以内の鉄道連絡船航路における、車両渡船の圧倒的な荷役時間の短さと、それによる、船と岸壁の稼働率の高さを示して、貨車航送の優位性を艦政本部に訴えたが、受け入れられず、しばし膠着状態となった。しかし、1942年（昭和17年）6月のミッドウェイ海戦敗北を転機に、以後、日本商船の戦損は急増し、海運輸送力はさらに逼迫、従来からその多くを内航海運に頼っていた国内炭輸送は危機的状況に陥った。ここに至って、ようやく鉄道省の説得工作が功を奏したのか、政府は1942年（昭和17年）10月6日の閣議で、“石炭など重要物資の海上輸送を陸上輸送に転移させる。北海道炭輸送については、青函間貨車航送力を最大限度に活用するほか、現に建造計画中の貨車航送船4隻を急速に竣工させる。”と決定した。この4隻には、当時建造中の第四青函丸も含まれていた。なお、この青函連絡船増強の滞っていた期間の貨物輸送量は、1941年（昭和16年）度は前年比101%の213万6106トン、1942年（昭和17年）度は同109%の234万2457トンと輸送能力限界で滞貨の山を築いての頭打ち状態であった。この時期、太平洋戦争開戦前に起工し、建造を続行していた船舶は「続行船」と呼ばれ、前述1942年（昭和17年）初頭の「続行船」切り捨てを免れ、なお建造中であった「続行船」224隻（71万総トン）中、37隻（8万1000総トン）が同年10月、戦時標準船建造への移行の障害となる、として切り捨てられたが、ようやく石炭輸送の陸上転移が理解され、第四青函丸建造は継続された。しかし船舶喪失量は1942年（昭和17年）10月以降、月間10～20万総トンに急増し、対する当時の月間建造量は2～3万総トン程度に留まり、従来の10種類の艦政本部指定戦時標準船（第1次戦時標準船）では簡易化不十分で大量建造に適さず、喪失船舶の補充困難は明白となった。このため、建造中の「続行船」ならびに第1次戦時標準船では、二重底の廃止や隔壁、第二甲板の一部廃止、諸室艤装の簡易化などの設計変更が行われた。この喪失船舶急増に対応して1942年（昭和17年）12月に公表された戦時造船計画「改5線表」では、当座は上記の第1次戦時標準船の簡易化設計変更で対応せざるを得ないが、船型の簡易化なくして大幅な工事簡易化は達成できないとし、二次曲面を避けた簡易船型を開発するとともに、耐用年数や運航性能、安全性を軽視してまで、使用鋼材節減と工数減少による工期短縮を行い、「船体3年、エンジン1年」と言われた 第2次戦時標準船建造への移行が示された。この「改5線表」で、第四青函丸の建造続行と、第四青函丸をこの第2次戦時標準船に準じ、徹底的に簡易化した車両渡船1隻（第五青函丸）の新規建造がようやく承認され、第五青函丸の竣工予定は1943年（昭和18年）度末とされた。この第五青函丸型は「雑種船」と分類されながらも、戦時標準型車両渡船として、WAGON（貨車）の頭文字をとって、W型戦時標準船の名が与えられ、造船所建造符号として建造順にW1、W2・・と呼称された。1943年（昭和18年）3月には、第2次戦時標準船建造を盛り込んだ「改6線表」が公表されたが、この計画で前年10月6日の閣議決定以来積み残されていた残り2隻（W2（第六青函丸）、W3（第七青函丸））の建造が承認された。これら2隻の竣工予定は1944年（昭和19年）度とされた。1944年（昭和19年）3月30日の大本営政府連絡会議で、3隻（W4（第八青函丸）、W5（第九青函丸）、W6（第十青函丸））の建造と、さらに2隻の追加建造を検討中との報告が海軍省からあり、この前年の1943年（昭和18年）12月公表の「改7線表」に、これら3隻も盛り込まれ、1944年（昭和19年）度竣工予定としてW型4隻と記載された。この4隻とは、1944年（昭和19年）度竣工予定船のうち、W2（第六青函丸）が1943年（昭和18年）度内の1944年（昭和19年）3月7日竣工済みのため、W3（第七青函丸）からW6（第十青函丸）までの4隻を指す。なお、1944年（昭和19年）1月から、青森、函館両港の岸壁増設や操車場工事が順次竣工しつつあり、このときから、函館本線と東北本線が飽和するまで車両渡船を建造する、とされた。1944年（昭和19年）4月の「改8線表」では、この検討中の2隻が4隻（W7（第十一青函丸）、W8（第十二青函丸）、W9（第十三青函丸）、W10（第十四青函丸））に増やされて建造が承認され、うちW8（第十二青函丸）までの6隻が1944年（昭和19年）度竣工予定とされた。1944年（昭和19年）6月にはさらに1隻（W11（第十五青函丸））の建造が承認され、これをもって函館本線と東北本線が飽和する隻数に達したとされた。このとき同時に博多と釜山を結ぶ博釜航路用車両渡船として、H型戦時標準船4隻の建造も承認されている。しかし1944年（昭和19年）9月の「改9線表」では、資材確保困難から、1944年（昭和19年）度竣工はW6（第十青函丸）までとし、W7（第十一青函丸）、W8（第十二青函丸）の2隻は1945年（昭和20年）度へ持ち越すと決定され、1944年（昭和19年）11月公表の「改10線表」には、1945年（昭和20年）度竣工予定としてW型5隻（W7（第十一青函丸）、W8（第十二青函丸）、W9（第十三青函丸）、W10（第十四青函丸）、W11（第十五青函丸））、H型7隻と記載された。しかしその後のさらなる戦況の悪化により、W6（第十青函丸）までは戦時中に竣工できたが、W7（第十一青函丸）とW8（第十二青函丸）は建造中の浦賀船渠で終戦を迎え、H型もH1（石狩丸（初代））が三菱重工横浜造船所で建造中終戦を迎えた。それ以降のW型H型は着工には至らなかった。しかし終戦約1年後の1946年（昭和21年）7月に至り、W型およびH型戦時標準船の基本設計を引き継ぎながら、二重底復活やボイラー増強などの改良を施した、W9（北見丸）とW10（日高丸（初代））のW型2隻と、H2（十勝丸（初代））とH3（渡島丸（初代））のH型2隻の建造がGHQに承認され、4隻とも1948年（昭和23年）に竣工している。国鉄部内では、W型戦時標準船にこれら戦後新造のW型2隻も加え「青函型船」または「W型船」と呼び、石狩丸（初代）、渡島丸（初代）、十勝丸（初代）の3隻を「石狩型船」または「H型船」と呼んで分類する場合もあった。