一年目の1995年、主に二塁手の守備固めとして出場。日本シリーズにも全試合途中出場を果たしている。1996年には池山隆寛に代わって遊撃手として出場するようになり、シーズン後半には完全に固定されたが、ヤクルトの野手陣の層の厚さから8番を務めることが多かった。1997年にはゴールデングラブ賞を受賞する。同年オフに経営コンサルタントの誘いに乗り、脱税行為をしていたことが発覚し刑事告発を受ける。判決公判で懲役10ヶ月、執行猶予3年、罰金350万円の有罪判決が言い渡され、コミッショナーからは1998年の開幕日から4週間の出場停止と制裁金100万円の処分を受けた。球団は開幕前日に代役として日本ハムファイターズから城石憲之を獲得した（交換要員は捕手の野口寿浩）。出場停止処分が明けた後はレギュラーとして出場した。入団当初の監督だった野村克也に厳しく指導されたため、野村に早く監督を辞めて欲しいと思っていたという。1999年のキャンプで臨時コーチを務めた中西太からアドバイスを受けて努力した結果、2番としての出場も多くなり、2000年に初めて打率3割を記録した。後2012年にプロ通算2000本安打を達成した際に「通算300本ぐらいの時に、中西太さんと出会った。それがなければ、2000本になんて到底届かなかったと思います」と語っている。2001年には2番打者として固定され67犠打でシーズン最多犠打の日本記録を打ち立てるなど、ヤクルトの日本一に貢献。ちなみに、シーズン67犠打は世界タイ記録でもある（1917年にレイ・チャップマンがメジャーリーグベースボールのシーズン最多犠打記録67を樹立）。1999年から2003年まで5年連続でゴールデングラブ賞を受賞した。2004年のアテネオリンピック野球日本代表では、予選より長嶋茂雄代表監督よりキャプテンの指名を受け、予選では普段守らない二塁手のポジションを危なげなくこなした。予選前のミーティングで「これは一生懸命やって負けたから仕方ないという戦いじゃない。絶対勝つんだ」とナインを鼓舞。地元開催に加え今回からメンバー全員がプロで構成され、アマチュア選手の夢を奪っていることにもなるので、負ければアマチュア球界にも顔が向けられないからと語っている。ちなみに予選突破を決めた後のシャンパンファイトでは「負けなくてよかったね」とも言っている。オリンピックでは遊撃手としての守備、走塁もさることながらチームトップの打率5割と大活躍し、長嶋ジャパンを牽引した。2005年、1番打者に指名されるが、2番を打っていた青木宣親が台頭したため入れ替わりで2番に戻る。同年オフ、日本プロ野球選手会会長だった古田敦也が選手兼任監督になったため、会長職を引き継がれた。2006年、WBC代表にも井口資仁の代表辞退後に追加選出された。出場要請は大好きなパチンコをしている最中だったという。この時の背番号は多村仁と重複のため10番をつけた。準決勝の韓国戦では代打として結果を残し、その後の守備では本職ではない三塁手として出場した（守備機会は無し）。決勝のキューバ戦ではその試合で2度失策をした川崎宗則に代わり、9回に本職である遊撃手として出場した。ただし宮本への交代は前の攻撃の回で川崎がホームへ生還した際、右ひじを痛めたためであり、失策が原因で交代したわけではない。シーズンでは開幕から好調だったものの怪我での2度の離脱により73試合出場にとどまる。2007年、手薄な野手のリーダーとしても期待され、これまでの出塁・進塁役から、走者を返す役割を期待される事も多くなり5番や6番での出場が多くなった。その重圧にも負けず3割5本塁打の活躍。しかし、この年の巨人の優勝決定試合では巨人の一打サヨナラのチャンスにおいて清水隆行のゴロをとった後に一塁へ悪送球をしてしまい、優勝を決定させるサヨナラタイムリーエラーを犯してしまった。シーズンオフには再び日本代表のキャプテンに指名され、チーム首脳陣と選手をつなぐ重要な役割を果たした。星野仙一監督からは「成績に関係なく代表に選ぶつもりだった」と絶大な信頼を寄せられており、またナインからも監督の次に胴上げされている。契約更改では球団社長にスコアラーの増強や二軍室内練習場の早期設置などチーム強化を直訴した。2008年はシーズン途中から三塁手にコンバートされる。北京オリンピック野球日本代表では、前回のアテネに続きキャプテンとしてチームを牽引し金メダル獲得を目指したが4位に終わり「キャプテンとして責任を感じる」と涙で敗戦の弁を語った。シーズンオフの契約更改で39歳の2010年のシーズンまで年俸2億2000万円をベースに、各年最大8000万円の出来高で合意した（金額は推定）。また将来の監督候補のため来シーズンから一軍打撃コーチ兼内野手として、指導者としての第一歩を踏み始めることになった。ちなみに幅広く経験を積むために打撃や守備・走塁などの担当部門に分けず全てを指導していくこととなった。コーチ就任により3年続けてきた日本プロ野球選手会会長職は同年オフ、新井貴浩に譲っている。2009年、三塁手に固定されたが、他の選手の故障などで遊撃を守ることもあった。打順は主に6番だったが、青木宣親の不調時には様々な打順をこなした。三塁手で守備率.993を記録し、三塁手として初めてゴールデングラブ賞を受賞し、遊撃手での受賞とあわせると、7度目の受賞となった。2010年、前年とほぼ同じ起用となった。前年に続き、2年連続で2度目の三塁手部門でのゴールデングラブ賞を受賞したが、この年は球足の速い打球やイレギュラーバウンドの処理に苦しむ場面が多く見られ、1996年以来の二桁失策を記録。守備率も.959と前年から4分近く数字を落とした。2011年、開幕から16試合で14安打を記録し、4月の月間最多安打（22本）、最高打率（.400）を記録し、初めて月間MVPを受賞。40歳5ヶ月での初受賞はリーグ最年長記録となった。133試合に出場し、打率は3年ぶりの3割となる.302を記録。41歳になる年での打率3割越えは史上4人目の記録となった。守っても292回の守備機会で失策をわずか1つに抑え守備率.997を記録し、三塁手の守備率のプロ野球新記録を更新した。また、自身初のベストナインと3年連続のゴールデングラブ賞を受賞（いずれも三塁手として）。40歳11ヶ月でのベストナイン受賞はセ・リーグ史上最年長、ゴールデングラブ賞受賞はプロ野球史上最年長記録である。37三振は前年の31に続き2年連続セ・リーグの規定打席到達者の中では最少であった。2012年、5月1日の横浜DeNAベイスターズ戦の3回裏に失策をしてしまい、三塁手の連続守備機会無失策のセ・リーグ記録が257で途切れた。5月4日の広島東洋カープ戦（投手福井優也）で、プロ通算2000本安打を達成した。41歳5ヶ月での達成は、41歳4ヶ月で達成した落合博満の記録を抜く最年長記録であり、大学卒・社会人を経ての2000本安打は、かつてチームメイトであった古田敦也に次いで2人目である。また、2000本安打到達時点での通算本塁打数59本も新井宏昌の86本を下回る最少記録となった。さらに、1976試合目での2000本安打達成は、ヤクルトに同期入団し宮本より6日早く達成した稲葉篤紀と同じ試合数である。9月26日に史上3人目となる通算400犠打を達成した。名球会入りした打者で通算400犠打を達成したのは宮本が初めてである。10月22日、来シーズンより選手兼任コーチになることが発表された。2013年、7月以降は代打での出場が多くなっていた。8月25日に今季限りで現役引退する事が報道され、翌26日に正式に今季限りでの現役引退を表明し、理由について「レギュラーで出られないのは引く時かなと感じた」と述べた。10月4日の対阪神戦（神宮）が引退試合となり、2番遊撃手で先発出場。5打席無安打に終わっているが、11回裏にはあわやサヨナラ本塁打かという大飛球を放つなど延長12回まで出場した。試合後には引退セレモニーが行われている。翌5日に登録抹消され、残り試合をコーチとして帯同し、シーズン最終戦の10月8日の対巨人戦（東京ドーム）の試合後に両チームの選手による胴上げが行われている。2013年11月26日に任意引退選手公示。