1942年10月6日、タワーズは中将に昇進。これと前後して太平洋艦隊内に太平洋航空部隊が創設された。太平洋航空部隊は前線担当ではなく後方部門をもっぱら担当し、フィッチや、皮膚病の療養から戻ってきたハルゼーが部隊を一時的に指揮していた。フィッチが南太平洋戦線に赴くことになって司令官ポストに空きができると、キングはこれ幸いとばかりにタワーズをフィッチの後任に据えて、体よくワシントンからつまみ出すことに成功した。タワーズの後任には、マケインが就いた。タワーズは、1942年9月15日に伊号第一九潜水艦（伊19）の雷撃で、艦長を務めていた空母「ワスプ」を失って待命状態だったシャーマンを参謀長にして太平洋航空部隊司令官としての任務を始める。航空戦に必要不可欠な空母、航空機、パイロットおよび関連物資を絶えず調達し、パイロット育成を監督。また、最終的に日本を降伏させ、アメリカを勝利に導く戦略の考案を手伝った。一連の働きが評価され、タワーズは殊勲章とレジオン・オブ・メリットを受章した。しかし、タワーズは後方で黙々と任務を遂行するような人物ではなかった。1943年に入り太平洋艦隊では部隊の再編成が行われ、ハルゼーの南太平洋部隊は第3艦隊と呼称されるようになり、中部太平洋方面にいた艦艇を集めた部隊は第5艦隊と呼ばれるようになった。第5艦隊は、将来的には空母を主力とした大部隊となり、中部太平洋方面で日本軍を打ち負かすための艦隊に位置づけられていた。このような部隊の性格から、海軍将官の間では、新しい部隊を指揮するのは航空出身者ではないかという噂が流れるようになったが、詳細はキングや、キングへの進言者となるだろう太平洋艦隊司令長官のニミッツが握っていた。タワーズの持論では、「空母部隊は攻撃の主軸であり、副次的に上陸部隊支援や航空兵力を持たない部隊への支援に任じるべき」、「その司令官には高度に訓練された航空専門の士官をあてるべき」としており、司令官人選に関するヤーネルの質問にもそのように回答している。タワーズは間髪入れず、自分を第5艦隊の司令長官か、最低でも指揮下の空母任務部隊司令官にするよう盛んに運動を行うが、タワーズとキングが不仲であることを承知し、航海局長時代にタワーズに幾度となく煮え湯を飲まされたニミッツからしてみれば、この運動は問題外だった。ニミッツは、自分の参謀長だったレイモンド・スプルーアンス少将（アナポリス1907年組）を第5艦隊司令長官とし、指揮下の空母任務部隊司令官には、かつてタワーズの下で勤務したことのある、航空に「経験の深い」チャールズ・A・パウナル少将（アナポリス1910年組）を据え、タワーズの願望を一蹴した。スプルーアンス自身もこの決定には驚いたが、パイロット出身者たちはさっそく、「スプルーアンスはせいぜい見張り役がふさわしい」などと批判に精を出した。タワーズとニミッツの、人選に関する激論も収穫なく終わったが、のちに態度を軟化させてシャーマンをニミッツの航空参謀として転出させることは同意し、ニミッツもまた航空関連の助言者としてタワーズを重く用いるようになる。この態度の変化が、一つの更迭劇を生む。1943年12月5日、パウナル率いる第50.1任務群はクェゼリン環礁を空襲し、所在の日本軍に打撃を与えた（マーシャル諸島沖航空戦）。タワーズらパイロット出身者の不平不満をよそに、スプルーアンスとパウナルは1943年8月31日の南鳥島攻撃を皮切りに、ウェーク島、ギルバート諸島を連続攻撃して経験を積み重ねた。11月のガルヴァニック作戦ではタラワの戦いで手痛い損害があったものの占領には成功し、クェゼリン攻撃を終えて帰投するまでの間、損害らしい損害は空母2隻損傷だけだった。しかし、一連の攻撃は空母艦長などからは評価されなかったばかりか、逆にパウナルの消極的な面が批判の的となった。艦長連中曰く、パウナルは「パイロット救助に尽くさなかった」、「攻撃が不徹底だった」、「空母任務部隊を指揮を執ったことを後悔する発言を行った」、そして「自分が戦死したときの覚書をわざわざ作った」。不満はタワーズに伝えられ、タワーズ自身がかねがねパウナルの指揮ぶりに不満があったので、ニミッツに対してパウナルの更迭を進言した。そして12月末、ニミッツはタワーズ、太平洋艦隊参謀長チャールズ・マクモリス少将（アナポリス1912年組）およびシャーマンと協議を行い、スプルーアンスに何も知らせずパウナル更迭を決定する。更迭を決定したとなれば、その後任を決めなければならない。候補は第38任務部隊を率いて1943年11月のラバウル空襲を成功させていた「テッド」ことフレデリック・C・シャーマン少将（アナポリス1910年組）、アルフレッド・E・モントゴメリー少将（アナポリス1912年組）、マケイン、そして生粋のパイロットであるミッチャーらの名前が挙がった。このうち、マケインはキングの子飼いで当面手放す気がなく、航空経験が長くないが空母艦長や空母任務群経験のあるテッド・シャーマンと、航空経験が長く空母艦長の経験があるが空母任務群経験のないミッチャーに絞られた。決め手は、タワーズがテッド・シャーマンを「自己中心的で寛容でないため、搭乗員にきわめて不人気。有能ではあるが部下が心から忠誠を尽くそうとしないので、高級指揮官には不適」であると評したことで、ニミッツはミッチャーをパウナルの後任に据えた。この決定にスプルーアンスは怒りを見せた。スプルーアンスはパウナルの一連の働きには満足しており、その後任がミッドウェー海戦の一件以来嫌っていたミッチャーだったのが気に食わなかった。スプルーアンスは、この更迭劇がタワーズやその一派による陰謀だともみなしており、もともと嫌っていたタワーズをいっそう憎んだ。スプルーアンスのタワーズへの憎悪は、続くクェゼリンの戦いに関する作戦計画の論争にも影響し、タワーズがガルヴァニック作戦での空母任務部隊の用法を批判すれば、スプルーアンスは次の作戦でも同じ用法で行くとして意見がかみ合わなかった。度重なるタワーズの口出しにたまりかねたスプルーアンスは、次のように書き残した。もしタワーズを尊敬しておらず、彼の側に立って仕事をするのでない場合、彼が介入できる状況だと非常にやりにくくなる・・・・・・。タワーズは非常に野心的な男だ。 — レイモンド・スプルーアンス、トーマス・B・ブュエル『提督スプルーアンス』342ページスプルーアンスは、少なくとも1944年2月17日のトラック島空襲のころまで待命状態のパウナルを手元に置いて自分の航空助言者とした。間もなくパウナルはタワーズと入れ替わって太平洋航空部隊司令官となった。1944年1月、サンフランシスコでのキングとニミッツの会談で、二つの決定が出される。一つは主要な艦隊や部隊の司令官が水上艦出身者なら参謀長は航空出身者とし、司令官が航空出身者なら参謀長は水上艦出身者という原則であり、もう一つがタワーズの太平洋艦隊副司令官兼太平洋区域副司令官への就任だった。後者は、フォレスタルの要望によるものだった。航空部門でのニミッツの助言者としての役割がいっそう大きくなったタワーズではあったが、6月19日から20日のマリアナ沖海戦は、タワーズがスプルーアンスに噛み付く機会を再び与えることとなった。海戦では、スプルーアンスは指揮下の第58任務部隊の行動に慎重さを求め、6月20日になって索敵機が小沢治三郎中将の第一機動艦隊を発見したときは、彼我の距離は相当離れていた。ミッチャーは攻撃隊の発進を命じたが、距離が離れていたことにより決定的な打撃を与えられず、また第58任務部隊自体も大きく混乱した。アンチ・スプルーアンスの面々は機を逃さず一斉に批判を行い、これに対してキングなどスプルーアンスの擁護者連中は反論を行った。タワーズは、スプルーアンスを更迭して自分を第5艦隊司令長官にするようニミッツに進言したが、何も起こらなかった。この後、太平洋艦隊司令部がグアムに前進したため、タワーズがハワイ方面での最高位の将官となった。タワーズが艦隊を率いる最大のチャンスは、同期の「失態」により訪れた。ハルゼーの下で空母任務部隊を率いていたのはミッチャーとマケインだったが、マケイン指揮下の第38任務部隊は、1944年12月のコブラ台風と1945年6月のヴァイパー台風で戦わずして大きな損害を蒙っていた。台風被害を受けるたびに査問委員会が開かれ、ハルゼーとマケインを更迭すべしという意見が出されていた。キングは査問委員会の意見には同意していたが、ハルゼーの更迭は国民的英雄に傷をつけ、日本を喜ばすだけだとして更迭には反対し、フォレスタルも同意した。このこともあってハルゼーは二度の査問委員会の末に二度とも首がつながったが、マケインに二度目の情けはなかった。マケインは事実上、ヴァイパー台風の件で更迭されることとなり、タワーズがその後任となった。7月15日、交代が公式に発表され、タワーズは正式に第二空母機動部隊司令官（第38任務部隊司令官）となり、マケインは待命ののちオマール・ブラッドレー陸軍大将の下で退役軍人局勤務とされた。同じ日の発表ではテッド・シャーマンが、海軍作戦部入りするミッチャーに代わって高速空母機動部隊司令官（第58任務部隊司令官）になることも発表された。来るダウンフォール作戦では、これまで司令部の異動のみで中身は同じだった第38任務部隊と第58任務部隊が、名実とともに別個の任務部隊として行動することとなっていた。これまでタワーズの要望を拒否し続けたキングとニミッツが、ここにきてタワーズに艦隊を指揮させることにした理由ははっきりしないが、不仲のキングがタワーズの第38任務部隊司令官就任に許可を出したのは事実である。当時、第38任務部隊は日本本土への攻撃を行っている最中であり、8月14日にエニウェトク環礁に帰投の予定だった。カレンダーどおりならば、タワーズは8月14日にマケインから第38任務部隊の指揮を引き継いで戦闘に加わるはずだった。しかし、8月11日に日本がポツダム宣言受諾をスイスを通じて連合国側に通報したことを知ったハルゼーは、日本の降伏近しとして任務部隊のエニウェトク帰投を取り消し、引き続き日本近海に居座った。そして8月15日、日本が降伏して戦争が終わった。戦争では、タワーズがモフェットらとともに一から作り上げた海軍航空隊が、勝利の一翼を担った。紆余曲折を経ながらも種をまき続けた末、勝利という形で花を咲かせたが、タワーズが海軍航空隊および機動部隊を率いて戦う機会は遂に訪れなかった。