1735年（享保20年）3月21日、墓前では、楠公400年祭が行われ、1835年（天保6年）には墓前で500年祭が有志により行われている。このように光圀による墓碑建立以来、墓前では祭祀が行われるが、江戸時代後期になると、広く勤皇家の間で墓前とは限らない正成への祭祀が行われるようになる。現在の湊川神社に繋がると思われる正成の国家による祭祀を提案したのは、会沢正志斎の『新論』『草偃和言』だろう。会沢正志斎は水戸藩の儒学者である。尊皇攘夷を唱え、中でも『新論』は維新志士たちの思想的根拠となり、討幕運動に大きな影響を与えたことでも有名である。『新論』は1825年（文政8年）に書かれた政論書である。当初、水戸藩主徳川斉脩に献じられたが、斉脩は幕府を恐れて公表を禁じた。しかし、写本として広がることとなり、その思想は尊皇攘夷論とともに維新志士たちに広まっていった。この『新論』下の「長計」の章で会沢正志斎は、国家に功績のあった諸王・諸臣を神として祀るべきだと主張している。古代の日本では、大鳥神社・宇都宮二荒山神社・鹿島神宮・香取神宮・春日大社・北野天満宮のように国家に功績のあった人物を神として祀っていたとし、しかし、現実にはそうした祭祀も行われなくなり遺憾であるとしている。この祭祀を復興して、忠孝心・敬祖心を起こし、神徳奉斎の念・敬神の念を生じさせれば、民衆もそれに感化されていくだろう、という。史実に即すると、これらの神社に対する会沢の理解は必ずしも妥当なものとはいえないが、この頃の儒学者の神社観が垣間見える。この後の1834年（天保5年）秋に書かれた『草偃和言』では、年中行事を列挙し国民が祀るべき祭日を挙げて、その意義を解説している。『新論』での思想を受け継いで、祀るべき人物の祭祀を具体的に挙げている。古代の国家祭祀や釈奠とともに東照宮（徳川家康：2月12日・4月17日）・菅公（菅原道真：2月25日）・大織冠（藤原鎌足：10月16日）・天智天皇（12月3日）・義公（徳川光圀：12月6日）を挙げ、そして、5月25日には楠贈中将を挙げている。次いで創建に直接の影響を与えたと思われるのは真木保臣（真木和泉）の『経緯愚説』である。久留米の水天宮の祠官であった真木保臣は、『絵本楠公記』を読んで少年のときより正成を深く敬慕し、今楠公とも呼ばれたほどの正成崇拝者であった。1841年（天保12年）に真木は、水戸で学んだ木村三郎が久留米に持ち帰った会沢正志斎の『新論』を読み、感銘を受け1844年（天保15年 / 弘化元年）7月に水戸へ遊学して会沢正志斎に面談した。水戸に向かう途中には楠公墓に参拝している。真木保臣の正成への崇敬心は確固たるもので、いつから始めたかは定かではないが、彼は毎年正成の命日には楠公祭祀（楠公祭）を行っていた。史料で確認できる最初の事例は1847年（弘化4年）であるから、それ以前より行っていたのだろう。幽閉の身になっても、吐血するほどの不調のときでも、欠かさずに楠公祭を行っており、その崇敬の度合いを知ることができる。真木保臣は会沢正志斎の思想を受け継ぎ、1859年（安政6年）5月に書かれた『経緯愚説』の「緯」の章で「古来の忠臣義士に神号を賜ひ、或贈官位、或其孫裔を禄する事」という一条を掲げている。それによると、過去、外征に功績のあった崇神天皇、応神天皇、神功皇后の山陵に奉幣し、武内宿禰には神号を賜いて神社を建て、外冦と戦った藤原隆家、北条時宗、河野通有、菊池武房や、南北朝時代の義士である楠木正成、足助重範などに官位を贈り、墓がある場合は勅使を送って、このたびの攘夷に助力することを請う宣命を賜うのがよい。その子孫には、士族の場合は召してそのことを命じ、庶民に落ちてしまっている場合は士に召すか、恩賞を与えるかするとよいだろう、としている。同書は参議野宮定功を通じて朝廷に献じられ、朝廷内部にも正成崇拝を広げる一助となったと思われる。1862年（文久2年）、真木保臣は、寺田屋事件に関わる。真木保臣はこの年大坂で行った楠公祭において、寺田屋事件で斬殺された有馬新七・田中謙助・柴山愛次郎・橋口壮介・西田直五郎・弟子丸龍助・森山新五左衛門・橋口伝蔵ら8柱の霊を慰霊のために正成とともに祭っている。後述するように有馬新七も真木保臣と同じく正成崇拝者であったことが知られ、1860年（万延元年）には薩摩に楠社を建てている。まさしく、有馬新七は楠木正成と同様に勤皇のために戦死したのであり、楠公祭において楠木正成に続く勤皇殉難者という位置付けで、祭祀されたのである。楠木正成を崇拝・祭祀した有馬は、正成のように殉国し、彼を祭った真木保臣ものちの禁門の変で自刃し殉国するわけだが、同じ目的に向かう者として祭る側が祭られる側を理想とし、その目的の実現に祭神人物の力を借れるように願い、ときには祭神のように殉難することも厭わないと誓うという、この思想は靖国神社に受け継がれるのである。翌1863年（文久3年）、八月十八日の政変によって三条実美を始めとする三条西季知、東久世通禧、澤宣嘉、四条隆謌、錦小路頼徳、壬生基修の七卿は京都を追われて、長州に向かう。三条実美らは、長州へ逃れる際に湊川の楠公墓碑を参拝しており、朝廷内部にも楠公崇拝が広まっていたことが分かる。長州逃避後の1864年（元治元年）5月25日には、周防の湯田の旅舎で、楠公祭を行っている。七卿落ちには長州藩に接近していた真木保臣も同行しており、この楠公祭にも参加している。もしくは真木が楠公祭を提案したのかもしれない。1866年（慶応2年）とその翌年の楠公祭は大宰府で行った。七卿の一人である東久世通禧はのちに湊川神社創建に関与することとなる。真木保臣の影響を受けてか、1864年（元治元年）には長州藩でも楠公祭を行っている。長州藩主毛利敬親は明倫館を祭場として楠公祭を行った。注目されるのは、このとき、真木の大坂での楠公祭と同様に藩に殉じた村田清風・吉田松陰・来原良蔵など17柱もあわせて祀っていることである。1865年（慶応元年）5月14日には佐甲但馬が楠公祭には殉難者を従祀することを上申。この上申に基づいて、その後、1869年（明治2年）に至るまで毎年長州藩では楠公祭に合わせて殉難者を祀るようになる。長州藩は殉難者の祭祀を早くから始めている。ほかの各藩の楠公祭を見て行くと、石見の津和野藩では、1867年（慶応3年）に初めて楠公祭を行った。藩主亀井茲監は養老館を祭場として、正成を始めとする元弘・建武に殉節した忠臣を祭った。1869年（明治2年）にはそれらの神霊を養老館の鎮守として鎮座させた。津和野藩は直接湊川神社創建には関わりないが、藩主亀井茲視と藩士福羽美静は、維新後、神祇官の要職についており、楠公祭の形式などに影響を及ぼしている可能性は高い。佐賀藩では深江信渓が楠公親子決別の像を作り、早く1663年（寛文3年）に佐賀郡北原村の永明寺に祀ったと言われている。それを1816年（文化13年）に高伝寺梅林庵に移したという。1850年（嘉永3年）、枝吉神陽、相良宗左衛門、島義勇、大木喬任らが政治結社楠公義祭同盟を結成し、梅林庵で楠公祭を毎年行った。これを知った家老鍋島安房は1854年（安政元年）には藩の鎮守竜造寺八幡宮の末社のひとつを取り払い、楠公社に改めた。1860年（万延元年）2月には、前述したように薩摩藩で有馬新七が町田久成と協議して、町田家が1777年（安永6年）より祭祀していたと伝える楠公小祠を町田家の領地である石谷村（現在の鹿児島市石谷町）へ移して、改めて小祠を立てた。この楠公社の鎮座式には大久保利通、岩下佐次右衛門、伊地知正治、有村治左衛門などが参列している。岩下方平（岩下佐次右衛門）はのちに湊川神社創建に関わる人物である。この楠公社は明治になって西郷隆盛が鹿児島の軍務局に遷座したが、廃藩置県による軍務局廃止後は西郷の私学校に祀られた。1876年（明治9年）に至って、辺見十郎太の請願により宮之城に移されて、現存している。尾張藩では1862年（文久2年）、国学者植松茂岳が藩許を得て、洲崎神社境内に楠公、物部守屋、和気清麻呂を祀る三霊神社を立てている。その後、名古屋の富士浅間神社（現：名古屋市中区大須2-17）の境内に移されている。また、1865年（慶応元年）9月に丹羽佐一郎が私祀していた楠社を藩許を得て、名古屋の神明社（現：名古屋市東区徳川2）に遷座し境内社に祀った。1867年（慶応3年）、子の丹羽賢、田中不二麿、国枝松宇が社殿改築している。