日本のヤクザは通常、親分（組長）に対して弟分と子分が絶対的に服従する家父長制を模した序列的・擬制的血縁関係を構築することを特徴とし、この関係によって暴力団の強固な結合を確実なものにする。一般に、代表者である組長（会長、総長、総裁などとも）と構成員である組員（組織名が、会、一家であっても組員と呼ばれる）とは、盃事と呼ばれる儀式を経ることによって強い絆で結ばれる。組員は、組長から見て弟分（舎弟）と子分（若中、若衆など）の2つに大別される。舎弟の方が序列は上だが、跡目継承権は子分が上である。組員がさらに自らを組長とする団体を組織した場合、この団体は2次団体と呼ばれる（この場合、最初の組長と組員のみの組織を1次団体と呼ぶ）。2次団体の組員もまた、自らを組長とする3次団体を組織する。これを繰り返すことによって暴力団はピラミッド型の階層構造を形成する。例えば山口組は、5次団体までの存在が確認されている。各階層の団体において、当該組長と盃を交わした組員を特に直参と言う。直参より下の下部団体組員について、暴力団側は「上部団体とは関係のない者」と主張しているが、外部社会からは「上部団体の統制下にあり、上部団体組長の指揮監督下にある者」と見られており、損害賠償請求訴訟でも上部団体組長の使用者責任を認める判決が出されてきた。暴力団組織においては子分相互の間においても厳重な上下関係があり、「分違い（ぶちがい）」といって暴力団社会における一種の人物的な重みの違い、すなわち「貫目（かんめ）」の違いによって上下的な関係がきまり、兄弟盃（的屋系暴力団では義兄弟盃）と言われる盃事によって擬制の兄弟分となる。組長が引退したり死亡した場合には、組員の中から新たな組長が決められる。個々の組織の状況にもよるが、長男に当たる第一の子分（若頭、若中頭、若者頭、理事長など）が選ばれる場合が多い。新たな組長が就任すると、他の組員との間で盃直しと呼ばれる儀式が行われ、新たな序列に基づく擬制的血縁関係が再構築される。先代組長が跡目を指名しなかった場合には、組員同士の話し合いや入れ札（投票）で決められる。跡目選定を巡る内部対立から組織分裂に到った例としては、山口組からの一和会の分裂が挙げられる。ただ、近年は警察の監視が厳しく、武力による跡目争いを行うと警察が介入し、組織解体につながるため、武力抗争は減っている。暴力団はヤクザ者のギルド、または相互扶助団体のようなものであり、組に入りたての時期に組長の家などに住み込んで雑務を行う「部屋住み」の時に組長や兄貴分から貰える小遣いを除けば企業のような組織のように組員に対しての給与のようなものは存在せず、各組員は自分で自身の生活資金を含めた金を稼がなければならない。親分・子分関係は徒弟制度という側面もあり、建前上は「食うや食わずの若者に世にしのぎ方を教える」ということになっており、部屋住みの時期に親分や兄貴分について資金獲得の手段を学ぶ。組員となるのは個人によって事情は違うが、組員である親しい人間からの紹介・勧誘であることが多い。年齢の近い組員と遊んでいるうちに組事務所に出入りするようになって勧誘される、少年院・刑務所で親しくなった者（すでに組員である場合や、将来組員になる者）からの勧誘、暴走族等の先輩・後輩関係のように上下関係があり暴力団と親和性の高い集団に所属していた場合の、後に組員となった先輩からの勧誘等がある。組織は組員から「子が親を養う」（孝養）の建前のもと「組織によって庇護すること（トラブル時の対処、人員の融通等）への見返り」、「代紋の使用を認める（資金活動の際に組織の名前を使用する等）ことの対価」として一定額の会費を集め運営経費に充てる。組員の上納金に関しては2015年の山口組分裂騒動が起こった時点では、直参組長たちに月100万円以上もの上納金が課せられていることが話題となり、同時期の文献には幹部で月40万 - 50万円、二次団体の若頭クラスで月25万円、平組員だと1万円弱を組に収めるとある。また、義理掛けなどの慶弔費（香典には税金がかからないので課税対策になり、高額の香典のやり取りがなされる）も これとは別に徴収する。また各組織ごとに企業舎弟や顧問先などをもち、そこで得られた利益は上納金として上部組織に納められるようになっている。近年では高額な会報や上部組織の関連企業が扱う各種備品の購入を強要されることもあり、度重なる上納金の強要が組織内の対立と分裂の要因ともなっている。大組織の親分になると自らの手で違法な金儲けをする必要はなく、上納金を組織の運営費や活動資金に充てるほか、豪邸を構え、愛人を囲い、高級外車を乗り回すなど、豪奢な生活を送る資金として使用しているのが実態であり、麻薬や覚醒剤の密売、恐喝、ゆすり、たかり、振り込め詐欺、ノミ行為、強盗、置き引き、密輸、殺人、追剥、万引き、窃盗、誘拐、闇金融、管理売春、美人局などの犯罪行為は任侠道をわきまえない不心得者の下部団体の組員などが個人的に行っているという建前をとっている。逆に組員だからといって犯罪行為をしなければいけないということでは無く、一般企業に組員であることを隠して就職し、給料を上納金に当てている者も見られる。なお、警察庁は暴力団の収益源のうち、特に覚せい剤取締法違反、恐喝、賭博及びノミ行為等の4種類の犯罪によるものを「暴力団の伝統的資金獲得活動」と整理している。組織犯罪そのものは淵源的には悪政を敷き苛斂誅求を求める為政者からの自警や相互扶助的な目的で結成された場合が多く、このように弱きを助け強きをくじき仁義を重んずる「任侠道」を標榜する暴力団もあるが、その任侠がお題目に過ぎない組もあり、前者の場合は組織内は相互扶助的な色彩が強いが、後者の暴力団社会は弱肉強食である。組織内での制裁は指詰めから除籍、破門、絶縁、所払いに至るまで多岐に渡る。2015年の時点の暴力団員の証言によると、金のない組員が指を詰めるといい、そのまま縫合してもらえるので病院の屋上で行うことがあるという。指はホルマリン漬けにしてガラスビンに保管しておくというが、カタギに見えないと仕事がしにくいため基本的にはやることが少なく、暴力団員にとっては指詰めはされた側が必ず許さなければならないほど重い行為だ、とも証言している。現行法では暴力団や組員に対しては住居の自由などの基本的人権の侵害すら懸念されるほどの規制が行われているが、イタリアのマフィア対策統合法のような暴力団の存在自体の非合法化はなされていない。暴力団の不法行為に対し「暴力団員による不当な行為の防止等に関する法律」（平成3年法律第77号、暴対法）が1992年3月に施行された。その後、暴力団や関連団体に携わる者のうち、構成員については右肩下がりで減少していたものの、逆に準構成員の数が増えて補完する形となり、1991年から2004年までは9万から8万人の横ばいで推移していた。しかし、2004年以降はともに数を減らしており、2010年から2016年は毎年5,000人～8000人程度、2017年は約4,600人、2018年は約4,000人減少し、2018年末時点で約30,500人である。このように暴力団の活動に打撃を与え、目に見える範囲では効果を上げている一方、資金活動が行えなくなった暴力団の犯罪の地下組織化も懸念されている。また、資金活動が行えなくなったことによる困窮化により、複数の暴力団の関係者によるATM不正引き出し事件を1例に困窮する組員が、別の組織の組員や犯罪グループと手を組むことで、より巧妙で悪質な犯罪に手を染めるようになった。また、暴力団による集団万引きやサケやあさり、なまこの密漁、生活保護費を巡る詐欺、拳銃を担保に借金、結婚式場で売上金の窃盗、電気料金を抑えるためにメーターの違法改造する等、困窮を理由に見境なく犯罪を犯す事例が出ている。組員が暴力団を辞めても暴対法の規制が数年間続き、その間は元組員は就業できないという状態となるケースも多く、辞めたくても辞めることができない組員も存在する。辞める意向を示す組員に対し支援する動きや支援制度を設けようとする動きも見られるが、一般人には困窮する元組員に対し「自業自得」とみる向きも多い上、支援制度が暴力団に利用される恐れも多く進展していない。また、警察などの支援で離脱した元組員は、過去10年間で約6,120人。一方で、支援を受けて就労に至ったのは147人と約2%にとどまっている。「生活保護を受けたい」などと働く意欲のない者も多く、昔の仲間との関係が切れなかったり、無職のまま金に困って出戻りする例も少なくない。更に、暴力団を辞めたものの詐欺グループの誘いに乗って、詐欺犯罪をするなど、犯罪の世界に再び染める者もいる。