日本国初代天皇神武天皇の即位前の時代は神代とされるため神話扱いされているが、鵜草葺不合命とその母・豊玉毘売の妹（つまり叔母）である玉依毘売との間に神武天皇は生まれたとされている。ただし古代に異世代は考えられず、他氏族との世代数との乖離もあるため、実際には鵜草葺不合命と神武天皇は異母兄弟で、記紀の系譜は原典が改変されたものであるとされる。欠史八代の実在性には疑問が投げかけられているものの、孝安天皇は姪である押媛との間に孝霊天皇をもうけている。記録上は皇族の義理の母子結婚も存在しており、孝霊天皇の息子孝元天皇の妻伊香色謎命は、孝元天皇の息子である開化天皇に嫁ぎ崇神天皇を産んでいる。大塚ひかりは、孝元天皇の妻と結婚したということは、開化天皇は孝元天皇の後継者とほとんど目されていなかったか、あるいは本当は親子でなかったかであると推測されるとしている。伝説性が強い人物ではあるが、ヤマトタケルはオバである両道入姫命との間に仲哀天皇をもうけている。仁徳天皇は異母妹である八田皇女と宇遅之若郎女を妻としている。また、『古事記』には景行天皇が玄孫である迦具漏比売命（ヤマトタケルの曾孫）を妻とし、子供であり来孫でもある存在の大江王をもうけたという内容があり、記録上の年代を無視して子孫が20歳で結婚し子供をもうけ続けたと仮定した場合、100歳まで生きることができれば理論上は可能なのだが、現実的にこのような関係が成立するとは考えにくく、これについて『古事記伝』は伝記の混乱によるものだとしている。なお、古代日本では同母兄妹（または姉弟）の間の性関係はタブーであったとされる。有名なものでは木梨軽皇子と軽大娘皇女が挙げられる（詳しくは「衣通姫伝説」の項を参照）。しかし、異母の場合およびおじ＝姪・おば＝甥の関係はかなり普通にあり、むしろ理想の結婚と考えられていたようである。また、記紀には、木梨軽皇子、長田大娘皇女、境黒彦皇子、安康天皇、軽大娘皇女、八釣白彦皇子、雄略天皇、橘大娘皇女、酒見娘皇女が同父母兄弟姉妹であるという記載があるのだが、『古事記』によれば、安康天皇が臣下の嘘の証言を信じ、大草香皇子を殺しその妻であった長田大娘皇女を妻としたとされているため、これは姉弟姦なのではという意見もある。ただし『日本書紀』の雄略紀では安康天皇の妻は履中天皇の皇女である中磯皇女とし、亦の名は長田大娘皇女と註を付けるという言い方をしている。この場合はいとこ婚となる。一方で『日本書紀』では木梨軽皇子と軽大娘皇女のロマンティックな絡みは見られず、人間的に木梨軽皇子寄りの記述が『古事記』ほどうかがえないのも特徴的である。この部分は記紀の記述が異なっている有名な事例の一つである。このため、山上伊豆母は記紀に書かれた記述はあくまでも記紀編纂者の観念の反映であり、それよりも200年も前の木梨軽皇子の時代にも同じ倫理観（同母兄妹（または姉弟）の間の性関係に対する禁忌）が存在していたとする確証はないとしている。なお、安康天皇は後に長田大娘皇女の連れ子である眉輪王に暗殺され、弟の雄略天皇が即位する。雄略天皇はオバである草香幡梭姫皇女を妻とするが彼らの間に子供は産まれなかった。記紀に記述されている兄の狭穂彦王に「お前は夫と兄のどちらが愛しいか」と尋ねられ「兄が愛しい」と答えた狭穂姫命の説話は、兄との血の結び付きの方が夫婦の契りよりも強かったということを表した話であるが、兄の中大兄皇子（天智天皇）の跡を追って夫である孝徳天皇を残して難波京を去った間人皇女や、斎宮である姉を訪ねた大津皇子のような例もあり、古代においては夫婦の契りを超える兄妹姉弟の関係、血の絆があった。夫婦以上に強い兄妹の関係は考古学の研究からも明らかにされており、弥生時代終末期から5世紀代までの古墳時代前半期の被葬者は同世代の血縁者だけで構成されるのが基本で、血縁関係にない配偶者は6世紀まで同じ墓に葬られなかった。生前では同世代の男女であったと考えられる場合でも歯冠計測値等による分析を行うと、被葬者間は兄妹や姉弟等血縁関係にあるという結果が得られる。これらの被葬者は兄、妹いずれの配偶者も共に葬られておらず、骨盤の寛骨前耳状溝から経産婦と推定される女性もきょうだいと共に葬られている。このことは統治・経営が男女のきょうだいで共同して行われた可能性を示しており、卑弥呼と弟で共同統治を行ったという魏志倭人伝の記述との一致が指摘されている。また、狭穂彦王と狭穂姫命による叛乱の説話における「もしこの御子を、天皇の御子と思ほしめさば、治めたまふべし」という記述から、狭穂姫命が「この子は天皇の子である」と言わずに「この子が天皇の子と思うなら」という回りくどい言い方をしたのは不自然だとして、狭穂姫命の子である誉津別命は夫の垂仁天皇との子ではなく、実兄の狭穂毘古との子であるという説がある。この頃は一般的な日本人にも近親婚がみられたことが、『日本書紀』の第15巻の仁賢天皇6年の、国策で夫が高句麗に送られることを嘆く難波（現在の大阪）での女性の逸話に見られる。その記録によれば、その女性の母と母方の祖父は既に死去してはいるのだが、彼女の夫は彼女の父と彼女の母方の祖母との間に生まれた息子であるため、彼女にとって夫は母方の叔父でありかつ異母兄弟なのだということを伝えている。さらに、『古事記』によると用明天皇の皇子である田目（多米）皇子の母親は「オオキタシヒメ（意富芸多志比売）」となっており、名前を素直に解釈すると用明天皇の母親の「キタシヒメ（堅塩媛）」の姉ということになり、皇子は伯母と甥の結婚で生まれた子供ということことになる。ただ、池澤夏樹は「意富芸多志比売」なる名前について、このような続柄の人物同士が結婚するとは考えられないとして、誤伝の可能性を指摘している。聖徳太子は欽明天皇の息子である用明天皇と娘である穴穂部間人皇女の間から生まれたと「記紀」共に認めているのだが、聖人として認められている。また、『日本書紀』によると用明天皇の母堅塩媛は、穴穂部間人皇女の母小姉君の同母姉にあたり、蘇我稲目の娘であると記す。つまり兄妹であり従兄妹であったということになる。しかしながら、一方で『古事記』は、小姉君を堅塩媛のオバと記している。これについて『捜聖記』においては、堅塩媛が「媛」なのに対し、小姉君が「君」であることから、小姉君は稲目の養女なのではないかと推測しているが、これは推測の域を出ない。なお、聖徳太子の母である穴穂部間人皇女は用明天皇の没後、その皇子である田目皇子と結婚している（『上宮記』による）。これは今で言うところの義理の母子結婚に当たるし、田目皇子は異母兄の子であるため叔母と甥の結婚でもある。豊田有恒は、田目皇子と穴穂部間人皇女の関係は近親相姦ではないとしつつも、聖徳太子からしてみれば耐えられたものではないだろうと論じている。欽明天皇は姪の石姫皇女との間に敏達天皇をもうけ、敏達天皇は異母妹である推古天皇との間に竹田皇子をもうけるも、竹田皇子は皇位に就くことなく亡くなってしまう。聖徳太子と推古天皇の死後は、舒明天皇が即位するが、舒明天皇の両親である押坂彦人大兄皇子と糠手姫皇女は敏達天皇の腹違いの息子と娘で異母兄妹とされている。舒明天皇は姪である寶女王（後の皇極天皇）を妻とし中大兄皇子（後の天智天皇）、間人皇女、大海人皇子（後の天武天皇）をもうけたとされる。大化の改新が起こり、孝徳天皇は姪の間人皇女を妻とするが、『万葉集』に孝徳天皇が間人皇女に宛てたとする歌の中に、間人と同母兄である中大兄皇子との不倫を示唆しているとも解釈できる歌が収録されている。中西進の『天智伝』は、中大兄皇子が間人皇女のことを女性として見ていたという解釈に基づき書かれている。直接的な証拠はないが、このことで批判されたため中大兄皇子は天皇位になかなか就けなかったのではないかとも言われている。入江曜子は、そもそも間人皇女が皇極天皇によって孝徳天皇と結婚させられたのも、中大兄皇子との恋愛問題が原因だったのではないかと推測する。同時期、大海人皇子は鸕野讃良皇女（後の持統天皇）及び3人の天智天皇の娘、すなわち姪を妻にしているほか、阿閇皇女（後の元明天皇）は甥の草壁皇子の妻となっている。他にも異母近親婚、おじ・おばとの近親婚の例は多い。また、葛城王（後の橘諸兄）の妻藤原多比能は異父妹とされ、事実ならば同母の兄弟姉妹でも場合によってはタブー視されていなかった可能性もある。信憑性に問題はあるものの『水鏡』には井上内親王が藤原百川の推薦で、光仁天皇の息子、すなわち自分の義理の息子である山部親王時代の桓武天皇と性的関係を結んだという話が乗せられている。この件があったため、光仁天皇は山部親王を皇太子にすべきだという藤原百川の提案を受け入れるのを渋ったのだと『水鏡』はしている。平安時代初期にも異母近親婚は行われる。桓武天皇は異母妹酒人内親王を妃にした。ただ、これは当時緊張感が漂っていた朝廷を鎮めるための政略結婚だったと言われる。桓武天皇は父光仁天皇の妾高野新笠（『続日本紀』によると朝鮮半島の亡国百済の王族の子孫）の息子であるのに対し、酒人内親王の母井上内親王は聖武天皇の子であるため、妹とあえて結婚することで天皇としての正当性を高めようとした、という説である。彼らの間には朝原内親王が生まれたが、彼女も異母兄平城天皇の妃となった。また、桓武天皇の息子である嵯峨天皇も異母妹である高津内親王を妻にはしたのだが、皇后には橘嘉智子が選ばれ後の仁明天皇を産むことになる。橘嘉智子は橘諸兄と藤原多比能の夫婦の息子である橘奈良麻呂の孫娘に当たる存在である。また、同じく桓武天皇の息子である淳和天皇も異母妹である高志内親王を妻としているが、彼らの息子である恒世親王は父親の存命中に亡くなってしまった。