アリー・ハサンは2004年7月1日、イラク特別法廷にて、人道に対する罪、大量虐殺罪、民族浄化などで訴追される。予審では、終始強気な態度でアッラーの美名を唱えながら廷内に入るや判事にいんぎんにあいさつし、クルド人への化学兵器使用などの罪状を読み上げられると、『罪状が軽いようなのでハッピーだ』と軽口をたたき、『いずれ私が無罪とわかる』と自信を見せたという。しかし、予審前日の6月30日に面会したサーリム・チャラビー特別法廷長官によると、アリー・ハサンは震えながら『疲れた』と繰り返し言っていたという。2006年にはアンファール作戦の事例を裁く、イラク高等法廷の公判に出廷し、陳述において当時、クルド人は中央政府に対して武装蜂起していたこと、交戦国であるイランに協力していたことなどを挙げ、あくまでクルド人武装組織を標的とした、対ゲリラ作戦であると正当性を主張し、一般市民に対する化学兵器使用についても無罪を主張した。しかし、2007年1月8日の公判で検察側が、サッダームとアリー・ハサンが軍高官や政権幹部と電話で会談する様子を録音したテープを公開。テープは1991年に政権に蜂起したクルド人ゲリラが、キルクークを占領した際に手に入れたもので、テープには『私は化学兵器を使用して、彼ら(クルド人）を全員殺す。』、『誰が何を非難する？国際社会がか？クソ食らえだ』と話すアリー・ハサンの声と、『防毒マスクを付けない人々にはそれ(化学兵器）は非常に効果的だ』と話すサッダームの声が記録されていた。もう一つのテープには、サッダームがクルド人数千人を一掃して意図的に飢餓状態にし、最終的にクルド人が自発的に国外に立ち去るまでは弾圧の手を緩めないように言明している様子やアリー・ハサンが当時、クルド人勢力の指導者だったジャラル・タラバニ現大統領を「邪な紐」と呼んで罵倒し、クルド人ゲリラを捕まえ次第、即刻処刑するといった会話の内容が録音されていた。これについてアリー・ハサンは、テープの会話にある捕虜の即時処刑やクルド人に対する「追放」や「殲滅」といった言葉は、「彼らに精神的打撃を与えるため」と会話内容は認めたが、実際に一連の会話内容を実行したことについてはあくまでも否定し続けた。1月11日の公判でアリー・ハサンは『住民を移住させる命令はすべて私の決定だ』と述べ、クルド人の強制移住や移動命令に応じなかった住民の処刑を命じたことを認めた。『強制移住は自分に責任があり、独断だった』とした上で、『軍にはクルディスタンにいる者は誰でも捕らえて捜査の後で殺害するよう指示した』と述べた。また、28日の公判では『（イラク北部には）多数のイランの手先がおり、これを孤立させなければならなかった』と強制移住政策を正当化している。その後の公判では一貫して陳述を拒否した。4月2日、検察側はアリー・ハサンを含む被告5人に「人道に対する罪」「ジェノサイド罪」において死刑を求刑した。アリー・ハサンは、最終弁論で「自分は化学兵器の使用を指示しなかった。もし、実際に使用されたなら誰が、命令を出して、使用したのかは分からない」と述べた。またアンファール作戦についても「クルド人がイラン軍のイラク領内の侵攻に協力していたので、それを防ぐため」と作戦の正当性を改めて主張した。また、『私は弁解はしない。謝罪もしない。間違ったことはしていないからだ』と強気の姿勢を最後まで崩さなかった。6月24日、イラク高等法廷はアリー・ハサン・アル＝マジードに対してジェノサイド罪、人道に対する罪、戦争犯罪で死刑の判決を言い渡した。判決の朗読中、アリー・ハサンは微かに体が震えていたが、朗読後、「神に感謝」とだけ述べた。7月14日、イラクのバルハム・サレフ副首相（クルド人）は、アリー・ハサンはハラブジャにて刑が執行される可能性があると述べた。8月21日、アリー・ハサンは1991インティファーダを弾圧する際、シーア派住民の虐殺を指揮・命令したとして、他14人の被告と共に「人道に対する罪」等の容疑で再度、イラク高等法廷に出廷した。アリー・ハサンは裁判長の人定質問に対して『私は戦士アリー・ハサン・アル＝マジード』と答えた。検察側は、アリー・ハサンが1991年のシーア派住民虐殺の実行責任者であり、自ら銃で少年を射殺するなど、数多くの住民虐殺を直接実行したと非難し、軍に対して動くものは何でも殺害するように命じたと述べた。また、検察側証人も出廷し、息子を殺されたという女性証人が、アリー・ハサンがヘリコプターから彼女の息子をペルシア湾に突き落として殺害したのを生存者から聞いたと話し、アリー・ハサンに怒りをぶつける一幕もあった。一方、バスラ市内のサッカー場で、息子を含む地元住民の銃殺をアリー・ハサンが命令するのを見た、との証言では、『お前は、どこでその様子を見てたのか？』と声を荒らげて反論する場面も見られた。2008年4月22日、アリー・ハサンの弁護を担当するアーリフ弁護士によると、4月18日からアリー・ハサンを含む1991年シーア派住民虐殺事件の共同被告14人が、同事件の公判開始まで、米軍の拘置所から裁判所建物内部の狭い独房に押し込められているとして、待遇改善を求めるハンストを起こし、20日にアリー・ハサンは心臓発作を起こし、同じ独房で暮らしているアブドゥルガニー・アブドゥルガフール元内相と共に意識を失ったと述べた。米軍の医療施設に運び込まれたが、状態は安定し、23日に退院して米軍拘置施設に戻されたという。6月15日、アリー・ハサンは、公判で弁論を行い、裁判長に対し、検察側証人によるバスラの広場において平和的な反政府デモを無差別銃撃で鎮圧し、十代の少女を含む一般市民を殺害したという証言に対して反論。バスラでは平和的なデモは開かれておらず、暴徒が偽の検問所を設けてイラク軍を襲撃していたこと、自分の任務が武装集団を排除することだったこと、また広場で自分が処刑するよう命じたのは広場にいたイラン人1人であり、自分はイラクへのイランの侵略を防いだと抗弁したが、12月2日、高等法廷は1991年のシーア派住民大量虐殺の容疑で有罪とし、アリー・ハサンに対して死刑の判決を言い渡した。判決の朗読後アリー・ハサンは「神に感謝」とだけ話した。また、2008年4月29日には、1992年に食品価格を不正に値上げしたとして42人の商人の処刑を命令した容疑で、裁判に出廷する予定であったが、アリー・ハサンが糖尿病と高血圧を患っており、健康を理由に今回は出廷を見送られ、2回目の公判から出廷、2009年3月11日に高等法廷はアリー・ハサンに禁固15年の刑を言い渡している。2008年11月23日、1999年にイラクのシーア派指導者の一人であるムハンマド・サーディク・アッ＝サドル師の暗殺事件を契機に発生したシーア派住民による反政府蜂起を弾圧し、大量虐殺を行ったとして、アリー・ハサンは被告として出廷し、2009年3月2日、高等法廷は人道に対する罪などで有罪とし、アリー・ハサンに死刑判決を下した。アリー・ハサンへの死刑判決はこれで3件目である。2009年1月26日に開かれた、イラン・イラク戦争中に北部ファイリー村に住むシーア派クルド人（ファイリー・クルド）を組織的に迫害した容疑を裁く公判でも被告として出廷した。検察側はアリー・ハサンが、ファイリー・クルド人の強制移住やクルド人家族の引き離しを主導したと主張した。3月17日は、1988年にハラブジャで化学兵器を使用して住民を虐殺した容疑で裁く審理が高等法廷で始まり、アリー・ハサンも被告人として出廷した。この日はハラブジャ事件が起きてから21周年に当たる日であった。2010年1月17日、法廷はアリー・ハサンをハラブジャ事件において主導的役割を果たしたと認定し、人道に対する罪で4度目となる死刑判決を言い渡した。この日の判決公判にはハラブジャ事件の犠牲者遺族も傍聴しており、死刑判決が言い渡された瞬間、遺族たちは歓喜し、『神に感謝』と裁判長に感謝する言葉をかけた。一方、当のアリー・ハサンは一言も発せず、静かに判決内容を聞いていた。しかし後に処刑された際のBBCの報道ではアリー・ハサンは判決言い渡しの瞬間、裁判長が「絞首刑に処する」と発した際に「神の御加護あれ」と一言発しており、BBCもそのように伝えている。8月2日には、旧政権が1980年代にイラク北部で推し進めた「アラブ化」政策を実行し、同地に住むクルド人に対して強制移住と民族浄化を行ったとしてアリー・ハサンは禁固7年の判決を言い渡された。これ以外にも、アリー・ハサンは、1991年にイラク南部の湿地帯に住む「マーシュ・アラブ人」に対して化学兵器をも使用した大量虐殺を行った容疑で起訴されており、8月7日、42人の共同被告と共に裁判所に出廷していた。