1981年中野孝次らが発起人となってはじめ、500人以上の文学者の賛同署名を集め、2千万人の署名運動に進展し、翌年には三十五万人が集会に参加した文学者の反核声明を、結局アメリカを「戦争挑発の資本主義国」ソ連を「平和勢力」とすることにしかならない、と反「反核声明」の意思表示した。それに対して批判が巻き起こったが、別に「核戦争」に賛成しているわけではない、反核声明に反対しているだけである。それを行っただけで自分がすぐに原爆賛成派、戦争肯定派にしたてあげられていく状況は、「誰からも非難や批判を受けなくてすむ正義」を振りかざすものがまかり通る、「社会ファシズム」であり「戦前の日本文学報国会」の裏返しだと応じた。1986年チェルノブイリ原発事故から盛り上がった反原発運動を、「原発促進派ではありえないが、反原発には反対」とし、「文明史の到達点」としての「原発を否定する左翼、進歩反動たち」は、「文明史にたいする反動的理念」であり、原子力発電所の安全性・地域経済利害・科学技術・文明史の具体的問題を「反核・反原発・エコロジーなどと一緒くたにして、原始的自然に退行して一点に凝縮させると、とんでもない蒙昧が生み出される。」「みんな絶対的に正しいことをのどから手が出るほど欲しがっている」「現在が不安」で、「自分たちが築いた文明を背負うのに疲れている」とした。また1988年忌野清志郎が反原発ソングを歌い、メジャーレコードから発売中止になった件に関しては、「サブカルチャーの領域では、清志朗を反原発などというハレンチをロックにして歌ったりしない、しなやかで鋭い最後のアーティストと思っていた」が「買い被りかな?」、とした。1980年代の「メディア批評」の時代は、「オールナイトフジ」をいち早く評価するなどして、小林信彦から絶賛された（なお、大塚英志からは「そんな吉本隆明を見るのは痛々しいが、しかし、ある種カワイイ」と揶揄された）。『ロッキング・オン』の渋谷陽一は「僕にとって吉本隆明の影響は巨大であり、吉本隆明が居なければ自分で雑誌を創刊しなかっただろうし、いまのように出版社を経営することもなかっただろう」と2007年に述べている。中上健次に関しては古典的なスタイルの『枯木灘』（1977）を「日本人の感性のまたその奥にある感性の表現になって」いるともっとも評価し、『地の果て至上のとき』（1983）などは評価しない。とくに死ぬ直前の『異族』（1993）は、アニメの作品によく似ていて、「これはひどい」と述べている 。ちなみに中上は角川文庫版『共同幻想論』（1982）に18ページにも及ぶ「解説」を執筆している。また、吉本は、1980年代～90年代、自分を批判した浅田彰、柄谷行人や蓮實重彦に対して、他者や外部としての「大衆」をもたず、知の頂を登りっぱなしで降りてこられない（親鸞でいうところの「還相」の過程がない）「知の密教主義者」として、「知的スノッブの三バカ」「知的スターリニスト」と称した。柄谷行人に関しては、1989年時点で、「せっかくブント体験をもってるのに」「最低のブント崩れ」とも評している。ただし、2005年になって、「今は、どう動くかを考える段階、考えて具体的なものをだすべき段階」「いつまでもつまらない世代論を論じている場合じゃない。そんなことにはあまり意味がない」として、まだ「若くて政治運動家としての素質もやる気がある」人間として、柄谷行人を唯一、例として名前を出し、「やってほしいこと、やるべきこと」の注文をつけている。浅田彰に関しては、浅田が「学生の学力がここ10年くらいで劇的に落ちている。文部省は権威主義的な詰め込み教育を維持したほうがよかった」と言っている事について、「最近の学生の学力のレベルが低いというより、むしろ、浅田彰のレベルが低い、というべきじゃないでしょうか。浅田彰は、専門だという理論経済学の分野でも、学者としてちっとも優秀じゃないですよ。」「つまらない専門外のことはいう浅田彰」と評している。なお親鸞の「還相」を、吉本は2002年『超戦争論』においては、「視線の問題」である、としている。吉本は、「親鸞が還相ということでいっているのは、物事を現実の側、現在の側から見る視線に加えて、反対の方向からー未来の側からといいましょう、向こうのほうから、こちらを見る視線を併せ持つってことだというふうに僕は考えています。こちらからの視線と、向うからの視線、その両方の視線を行使して初めて、物事が全面的に見えてくるというわけです。」と述べている。中沢新一は、自身の「芸術人類学」というコンセプトは、吉本が1998年出した「アフリカ的段階」という概念と非常に深い関係があるとしている。中沢は吉本の『最後の親鸞』文庫版（2002）の解説「21紀にむけた思想の砲丸」を書き、また、2008年には吉本と、「『最後の親鸞』からはじまりの宗教へ」という対談を行っている。1997年、女子高生のブルセラ・援助交際に関わり宮台真司が「朝まで生テレビ」に出演したとき、「正真正銘の馬鹿が出てきた」と述べた。とはいえ、この「馬鹿」は「軽蔑」とか「ほんとにバカ」だと言っているのではなく「隠喩で」あり、「むしろ利口」「吹っ切れている」「ちょっと新しい感性」という意味であり、「援助交際を倫理的に批判する気持ちって全然ない」「どちらかといえば肯定的」「自分の体験上（戦争）の絶対感情の中に全部こういうのは包括してしまいたいというのが、僕の考えの中にある」と述べている。宮台真司は、1970年代半ばの高校時代、吉本の1950～60年代の著作に深く感銘を受け、「私の同世代で私ほど吉本にハマッた人間はいない」「ただの大衆じゃねえか、大衆から遊離しやがって、という二重の倫理的批判は実存的意味を持つ」「原理的であることによって内在せよという吉本的な定言命令は今でも私を拘束して」いると述べている。「吉本の思想は、思想史上の意味論的な意義というよりもむしろ後続してでてきた物書きや思想的営みをしようとする人間の倫理的な立ち位置に、とても大きな影響を与えていて、その意味で時代的な意味を持つ」「その意味で吉本隆明をとても尊敬している」とも述べている。1997年には、『新世紀エヴァンゲリオン』について、大塚英志とともに論じ、いわゆるセカイ系の、日常生活と戦争がきれいに切り離されている感覚に、自身の戦争体験から違和感を述べ、同時に、もしかしてその「切り離されている」ことを描きたかったのかな」と述べている。また、小林よしのりとは歴史認識や戦争観をめぐって対立し、批判されている。小林は、「人は個人を超えねばならぬ時がある」「今の日本人で『個人主義だ』『個の精神だ』と唱えているやつは、アメリカの戦争によって『公』を背負えないフヌケ」と化した者にすぎないと『戦争論』と述べている。一方吉本は、「小林よしのりは国家というものを東洋的に誤解している」、国民国家というのは歴史的な人為的概念、人工的概念であって、「国家は全体を包含する価値の源泉」ではない。したがって「私は公のためなら犠牲になってもいい」とはならない。「個人」や「市民社会のほうが国家や公よりも概念としては大き」く「原則でいえば、三人以上集まって発生した集団や社会の中で生ずる利害問題をどう調整するかということから、「公」の問題が出てくる」「それが「公」の原型」と、小林の考えを否定している。同時に、吉本は「五十万部以上も読まれたということは、どこかにいいところがある」と評価もしているが、「戦後民主主義のアホらしさにたいする裏返しの意味しか」なく「これからのちの時代を読み解くための新しい視点や理念は全然ない」としている。また吉本は、その上で、小林の特攻隊賛美に関連して、日本は、チベットのダライ・ラマや、ネパールなどアジア極東地区の辺境国家に見られる、「生き神様信仰」の国であり、天皇制とは「生き神様信仰」である。すなわち偶然的・相対的な「歴史的・地域的な産物」にすぎず、したがって「なんら絶対視する必要がない」、と述べている。しかし、戦争中は左翼も戦争肯定だったのに、戦後は反省することなくサッサと軍国主義批判に転じたことへの「小林よしのりが『戦争論』で憤っている心情というのは、よくわかるんです。」と述べている。1996年に発足した「新しい歴史教科書を作る会」（西尾幹二・藤岡信勝・西部邁）の運動に関しても、「教科書を作り直せば健全な子供が育つというのは大間違い」としている。