日本サッカー協会には評議員会と理事会とJFAから完全に独立した司法機関（規律委員会、裁定委員会、不服申立委員会）がある。理事会の下に常務理事会、さらにその下に常設委員会、専門委員会、大会実施委員会、特別委員会、があり、評議員会と理事会と司法機関の3つのさらに下に共通の事務局が置かれている。2013年、FIFA傘下の全サッカー協会（2018年時点では211）は、「FIFA標準規約」にある三権分立（立法（評議員会）、行政（理事会）、司法（規律委員会・裁定委員会））の原則に従うことが求められたため、2014年4月1日、司法機関（規律委員会、裁定委員会、不服申立委員会）をJFAから完全に独立させ、JFAは上記のような組織となった(JFA組織図参照)。評議員会は、法律並びに定款に定められた重要な事項の決定を行う意思決定機関（立法）。評議員会は、理事及び監事並びに会計監査人の選任または解任、司法機関（規律委員会、裁定委員会及び不服申立委員会）の委員長、副委員長及び委員の選任または解任、理事及び監事の報酬等の額、貸借対照表及び損益計算書（正味財産増減計算書）の承認、定款の変更など、協会に関する重要事項を決議する。評議員会の構成メンバーの評議員（但し就任時70歳未満の者）の報酬は、各年度の総額が200万円を超えない範囲で、評議員会の定めた基準に従って算定した額を支給する。評議員の任期は4年で、JFAの理事、監事、職員、司法機関又は常設委員会委員との兼職はできない。評議員(但し就任時70歳未満の者)の定員は７０名以上８５名以内とされ、2018年3月25日時点で75名で構成されている。47都道府県サッカー協会の場合は、各県協会の会長、副会長又は専務理事のいずれかの現職から1名（各県代表1名）の47名が評議員に推薦される。さらに「Jリーグ」、「J1クラブ現18チーム(各クラブ1人。（評議員を選任する定時評議員会開催時のJ1クラブ)」、「日本フットボールリーグ」、「日本女子サッカーリーグ」、「日本フットサル連盟」、「全日本大学サッカー連盟」、「全国社会人サッカー連盟」、「全国高等学校体育連盟」、「日本クラブユースサッカー連盟」、「日本中学校体育連盟」、「日本プロサッカー選手会」これら各評議員推薦加盟団体から各1名（J1クラブ計18名）計28名が評議員に推薦される。2018年3月25日時点で、各都道府県協会47名と評議員推薦加盟団体28名の合計75名が推薦されている。 法人法及び公益認定法の整備法 に基づき、推薦された者が評議員会において評議員に選任される。評議員会の議長は、評議員の互選によって定め、開催の都度、その評議員会の出席評議員の中から選出する。2014年まで評議員会は、理事及び監事の選任機関並びに重要事項の諮問機関であり、評議員は、47都道府県サッカー協会から各1名の計47名のみであった。理事会はJFAの業務執行機関（行政）である。JFA業務執行や理事の職務の執行の監督や会長、副会長、専務理事及び常務理事等の選定及び解職を協議・決定する。理事会は、原則として毎月開催される。必要がある時は、臨時理事会を開催する。また、重要な業務運営事項について検討する会議体として、常務理事会が置かれる。常務理事会は、会長、副会長、専務理事及び常務理事で構成する。なお、会長は案件ごとに、常務理事以外の理事又はその他の者を常務理事会に出席させることができる。常務理事会は、原則として毎月1回開催される。理事は日本国籍を有するFIFA理事を含む23名以上30名以内、監事は3名以内が評議員会により選任される。理事には、地域サッカー協会の推薦9名（各9地域ごとに各1名計9名）を含まなければならない。先述の通り、会長（1名）、副会長（4名以内）、専務理事（1名）及び常務理事（3名）は、常務理事会を構成する。会長は法人法及び公益認定法とその整備法に基づく代表理事とされ、副会長・専務理事は、同法の業務執行理事とされる。理事及び監事の任期は2年、会計監査人の任期は1年で、定年がある。原則として、会長・副会長は就任時に満70歳未満、その他の役員は満65歳未満でなければならない（ただしFIFA理事はこの限りでない）。従来、役員(理事及び監事等の役職についている者)は地域協会の職員や元選手などサッカー関係者で占められてきた。しかし、2008年（平成20年）にはサッカー以外のスポーツ出身者として、元ラグビー日本代表監督の平尾誠二、現役女子プロテニス選手のクルム伊達公子の2名が初めて理事に選出された。当時は「サッカーを中心としたスポーツの総合的な発展を目指す」目的で選出されたが、結局両名とも1期で退任している。このほか、名誉役員を若干名、置くことができる。名誉役員は、名誉総裁、名誉会長、相談役、顧問および参与とする。このうち顧問は、最高顧問および顧問の2区分ある。名誉役員は、理事会が決議する。この内、名誉会長は、JFA会長選挙の際に「会長予定者」の選出事務等を管理・運営する「会長予定者選出管理委員会(略称：選出管理委員)」の委員長となる。なお、選出管理委員は、名誉会長、理事のうち3名、評議員のうち3名、JFAから完全に独立した立場の有識者2名からなる。理事会の下に、各事業を進めるにあたり、常設委員会、専門委員会、大会実施委員会、特別委員会の４つの各種委員会が置かれている。各種委員会の委員長及び委員は、JFA役員、地域及び都道府県サッカー協会役員のほか、JFAの事業に関し、知識、経験及び熱意を有する者のうちから、理事会の承認を経て会長が委嘱する。任期は2年で、再任は可能。常設委員会は、9つの委員会からなり、そのうちの1つが技術委員会(旧強化委員会)である。技術委員会は、日本代表監督候補者の推挙、日本代表編成案の作成、日本代表強化、その他日本代表に関する事項、選手育成及び強化、ユース年代の普及、強化方針に基づく技術指導、指導者養成、指導に関するビデオ、書籍等の認定、推薦、その他技術指導に関する事項を担当する。2006年ドイツＷ杯以降は、日本代表監督を、技術委員会が推薦し、理事会が承認・決定している。日本代表監督決定後は、日本代表監督及び日本代表をサポートする。1998年フランスＷ杯頃までの強化委員会時代は、当時の規則で、日本代表監督を決定及び評価する権限（場合によっては監督交代）があった。司法機関（規律委員会、裁定委員会、不服申立委員会）は、JFAの諸規定等に関する司法機関である(司法)。2014年4月1日に、JFAから完全に独立した。この内、規律委員会は、JFAの諸規定等に対する違反行為のうち、競技及び競技会に関するものについて調査、審議し、懲罰を決定するところである。 裁定委員会は、JFAの諸規定等に対する違反行為のうち、競技及び競技会に関するもの以外の違反行為について、調査、審議し、懲罰を決定するところである。但し、Jリーグに関しては、Jリーグ規約 に従う。また、ドーピング禁止に関する違反行為に対する懲罰については、日本ドーピング防止規律パネル が決定する。不服申立委員会は、規律委員会、裁定委員会又は司法機関組織運営規則第１９条 に基づき懲罰権を委任された都道府県サッカー協会、地域サッカー協会、各種連盟及びJリーグのそれぞれの規律委員会及び裁定委員会（但し、Jリーグの裁定委員会を除く）において決定された懲罰に関して、当事者からの不服申立に基づき、これを再審議し、新たに決定を下すところである。 司法機関（規律委員会、裁定委員会、不服申立委員会）は、全て任期は4年である。評議員会と理事会と司法機関の３つのさらに下に共通の事務局が置かれている。事務局は、国際部、女子部、代表チーム部、審判部、財務部、フットサル・ビーチサッカー部など全17部に分かれ、各部には、事務局長及びその他の職員が置かれ、その任免はJFA会長が行う。任期の定めはないが、一般の会社と同じ定年がある。2018年3月25日の時点で、評議員は75名 で、理事は28名（会長1名、副会長2名、専務理事1名、常務理事3名を含む）、監事は2名である。司法機関の内、規律委員会は5名（委員長1名、委員4名)、裁定委員会は4名（委員長1名、委員3名)、不服申立委員会は5名（委員長1名、副委員長1名、委員3名)である。また、同時点で、名誉総裁は1名、名誉会長は1名、相談役は1名、最高顧問は1名、顧問は3名、参与は19名である。