旧満州旅順生まれ。海軍軍医だった父の転任に伴い、長崎県佐世保市、対馬、広島県呉市、神奈川県横須賀市、京都府京都市、広島市で育ち1928年、県立山口中学校卒業後二年浪人。少年期から映画に熱を上げ映画館に通いつめ「塚本靖」名で「キネマ旬報」に映画批評を投稿したりした。「塚本靖」名では東宝の新人時代、アイデアを出した数本の映画に原作者としてのクレジットがある。1934年慶應義塾高等部在学中に三映社でアルバイトをして映画の宣伝を担当、ルネ・クレールの『巴里の屋根の下』(1930年)やリーフェンシュタールの『青の光』(1932年)などを手掛けた。慶應卒業後は明治製菓で3年間宣伝の仕事を担当。そこで明治製菓とタイアップしていた松竹蒲田撮影所に出入りして五所平之助や成瀬巳喜男と知り合う。宣伝映画を頼んだ成瀬とその映画に出演した松竹大船の子役だった高峰秀子と親しくなり後に引き抜くこととなる。成瀬・高峰とはその後、盟友として多くの名作を生み出し、また終生の友人として付き合った。藤本が明治製菓を辞めた後に入ったのが戸板康二。1936年、森岩雄に誘われて東宝の前身であるP.C.L.映画製作所に入社。1940年助監督となるが、関連会社の南旺映画に出向して撮った1941年の『結婚の生態』（原作石川達三、監督今井正、主演原節子）を初プロデュースして製作に転じた。終戦までに成瀬巳喜男監督の『秀子の車掌さん』や島津保次郎監督の『母の地図』、今井正監督の『望楼の決死隊』、山本薩夫監督の『翼の凱歌』などをプロデュースした。戦後1947年、東宝争議で製作責任者となり、翌年の警官隊導入の責任をとって東宝を退社する。1949年独立プロ・「藤本プロダクション」を設立して各社の製作を請け負う。東宝が争議後の混乱で自主製作能力がなく、東宝で製作を中絶されていた『青い山脈』を引き受け大ヒットを記録する。あまりにも有名な主題歌を監督の今井正は嫌で嫌で仕方なかったというが、喧嘩して今井が編集室から飛び出した間に藤本が助監督に指示して入れさせ、ラストシーンに延々と流し続けた、というエピソードが残っている。明治製菓の元宣伝マンという経験から主題歌を作ることで、映画の宣伝効果が格段に上がることを知っていた。出版社・新聞社にも顔が広く原作物の映画化権を次々獲得、作家が小説を書き始める前に映画化権を獲得したといわれる。特に慶應の先輩・石坂洋次郎作品の映画化権を独占した。1951年、東宝に復帰。この年サラリーマン小説第1号・源氏鶏太原作「ホープさん」を映画化し翌年の『三等重役』を契機としてサラリーマン喜劇を多く製作、これが1956年からの『社長シリーズ』につながる。これは高度経済成長期を背景として大ヒットした。同年製作した『めし』は成瀬が長いスランプから脱出した作品。大ヒットし成瀬は一気に巨匠の1人となった。1953年には「藤本プロダクション」を置いた銀座に有志として株主を集め、名画座「並木座」（映画上映1953年10月-1998年9月）をオープンさせた。1955年に東宝の取締役製作本部長となる。1950年代の日本映画黄金時代では次々にヒット作を量産した。同じ東宝プロデューサーの田中友幸がアクション映画、東宝特撮、時代劇などを得意としたのに対して、藤本は『社長シリーズ』などのサラリーマン喜劇、『若大将シリーズ』『お姐ちゃんシリーズ』などの青春もの、セクシー・コメディ、成瀬巳喜男監督作品などの文芸作品を主として製作し、共にドル箱路線を確立したふたりは東宝映画の両輪として会社を支えた。稲垣浩監督『日本誕生』『忠臣蔵 花の巻・雪の巻』、松林宗恵監督『世界大戦争』、岡本喜八監督『日本のいちばん長い日』など、東宝が社を挙げて大作映画を製作する時は、藤本と田中が共同でプロデュースに当たった。藤本と田中は同学年だが、田中が演劇活動を経て映画界入りが遅かった上に、吸収合併組の大宝を経由して東宝入りしたため、その時藤本は既に第一線で活躍中だった。このため田中は藤本の助手をした経験があり、藤本が兄貴分という関係となる。この懸隔は生涯変わらず、藤本が引退したころには既に60台半ばだった田中は結局東宝本体の役員には就いていない。藤本の製作した作品数は227本、田中は240本にも及ぶ。東宝には田中、藤本の他、佐藤一郎、森田信義と、4人のプロデューサーがいたが、その中で、藤本が一番力があり、企画のゴーサインは藤本が実権を持っていたという。森岩雄が導入したアメリカのプロデューサー中心のシステムを実践した人物で、徹底したディレクター・システムの松竹と対極にあった。予算や撮影日数をオーバーする監督を信用しないと著書で述べている。そのためか1958年の黒澤明監督『隠し砦の三悪人』で大幅な予算・日数超過が出て以降、黒澤作品のプロデュースは行っていない。また、豊田四郎監督にも不信を抱いて、東宝の重役になってからは一度も一緒に仕事をしなかった。監督やスタッフ・俳優の売り出しは数多い。三人一組のアイドルの元祖・美空ひばり・江利チエミ・雪村いづみの〈三人娘〉の生みの親。越路吹雪、久慈あさみ、新珠三千代などのタカラジェンヌを映画女優としてスター化。くすぶっていた森繁久彌を『三等重役』で大スターにし河村黎吉、三木のり平らを抜擢した。『三等重役』は"三等○○"という流行語が出来る程大ヒットした。大映でこれもくすぶっていた小林桂樹を移籍させ「ホープさん」で売り出し、全盛期を過ぎた上原謙を成瀬作品に起用し演技派として成功させた。加東大介を大番シリーズに抜擢。堀江史朗に命じ『女殺し油地獄』で中村扇雀を売った。他に加山雄三、田中邦衛、池部良、若山セツ子、司葉子、団令子、杉葉子、島崎雪子、角梨枝子、宝田明、尤敏、小泉博ら。島崎雪子は『青い山脈』で原節子がやった芸名を藤本が付けた。加山を売り出した『若大将シリーズ』は、戦前松竹で製作された「若旦那シリーズ」の主演、上原謙、佐分利信、佐野周二の三人を一人にして焼き直した藤本のアイデア。加山が「若大将」と呼ばれる切っ掛けとなったシリーズ第1作『大学の若大将』のタイトルは、藤本が週刊誌で見た黒岩重吾を「北浜の若大将」と書いた記事から連想したもの。加山は藤本を「僕を育ててくれた恩人」と述べている。星由里子は宝塚ファンを対象にしたコンテストに出場してきた星をスカウトしたもの。1951年当時新東宝にいた市川崑を東宝に戻す。1958年、三橋達也を東京映画から東宝に移籍させた。また大御所・栗島すみ子を1956年の『流れる』で18年ぶりに映画出演させたり、森、田中、川喜多長政と共に三船プロダクション設立に尽力、三船敏郎に命令し三船プロの第1回作品『五十万人の遺産』の監督をさせた。石原慎太郎を石原裕次郎より俳優に向いていると初主演（『日蝕の夏』）、初監督（『若い獣』）に抜擢した。当時は異業種の監督というのは在り得ない時代で、助監督の経験のない石原をいきなり監督に起用した事で揉めに揉めたが、結果として岡本喜八、恩地日出夫ら自社の新人監督の他、各社から新人監督が世に出た。なお石原裕次郎を最初に石原慎太郎から紹介されたのは藤本というが、タイプでないと断ったという。1958年の『裸の大将』は山下清の半生を初めて映像化、仲代達矢を主演に抜擢した1959年の『野獣死すべし』は大藪春彦が流行作家となる切っ掛けとなった。1961年の『みな殺しの歌より 拳銃よさらば!』は、まだ若い歌人だった寺山修司が初めて映画（脚本）に関わった作品、クレジットには無いが森岩雄が酷評した寺山脚本を藤本が強引に映画化した。監督では堀川弘通、松林宗恵、松山善三、須川栄三、岩内克己ら。プロデューサーでは金子正且ら。脚本家では井出俊郎、水木洋子、笠原良三、田波靖男、星川清司ら。渡辺晋が本格的に映画製作に乗り出すのは、藤本が晋と渡辺美佐のふたりを契約プロデューサーに招いたことが切っ掛け。1969年に手掛けた『御用金』は、日本初のテレビ局（フジテレビ）との共同製作で、近年隆盛を極めるテレビ局製作による劇場用映画の最初のもの。売り出しとは違うが、1961年の小津安二郎唯一の東宝（製作は宝塚映画）監督作品『小早川家の秋』は、小津の大ファンだった藤本が酒の席で小津を口説き、1979年の黒澤明監督『影武者』は藤本の企画で、黒澤と勝新太郎の橋渡しをしたのも藤本といわれる　勝の降板は、ビデオカメラの持ち込みといった些末な事ではなく、藤本の急逝によって黒沢と勝のパイプ役がいなくなってしまったのが原因という見方もある。1953年の五社協定では推進のリーダーであった。顔の広さからテレビの台頭による俳優の出演問題の対策や、五社の映画をテレビ局に提供する規定の確立、1954年の日本映画製作者協会（現・日本映画テレビプロデューサー協会）の発足、1958年の映倫の規定改正、同年の「映画の日」制度発足、新著作権法施行による原作者に関わる各団体との折衝などにも奔走。税制改変や補助金などの折衝では国会への陳情活動にも尽力した。1968年藍綬褒章受章、映画の日特別功労賞受賞。1968年に東宝専務、1971年11月に東宝映画社長、1974年には東宝副社長。1975年には東宝映画社長の座を田中友幸に譲りプロデューサー一本にかける事になる。立花隆と共に田中角栄を追及、失脚に追い込んだジャーナリスト児玉隆也を主人公にした映画を畢生の仕事にすると取り組んだが、社命により中止させられた。強い政治力の介入があったといわれる。1975年10月東宝副社長を辞し、自ら取締役に降格。1978年から始まった日本アカデミー賞の第1回総合プロデューサーを務めたのち、1979年逝去。死後正四位勲三等旭日中綬章が贈られた。全生涯を映画の製作に捧げた藤本の功績を讃え、東宝は藤本の死後藤本賞を設立。1981年より、毎年功績著しい活躍をした映画製作者に対して同賞を授与している。映画界において唯一プロデューサーを顕彰する賞である。生涯独身を通したが、寂しがり屋な性格で豪酒でもあり、藤本プロ以来の盟友でもある越路吹雪や前記のスタッフ・俳優の他、南海ホークスファンで鶴岡一人ら、気の合った仲間と毎晩飲み食い歩いていたという源氏鶏太の小説「東京一の淋しい男」は藤本がモデルといわれる（1964年『裸の重役』として映画化）。