一万年前、星間戦争が行われていた時代。惑星ミクタムの衛星軌道を周回する工業衛星内において、開発段階にあった完全自立型の新兵器が意図しない暴走を起こした。その新兵器は工業衛星を破壊するにとどまらず、惑星ミクタムに侵攻し、人類側に甚大極まりない被害を発生させた。人々は新兵器を停止させ各ブロックごとに分解し、生き残った人々と共に恒星間移民船エルドリッジに収容し、移民と暴走事故の調査のために他星系に向けて恒星間移動していた。しかしその途中、分解保存されていたはずの新兵器デウスが突然再起動し、恒星間移民船エルドリッジの中枢システムにアクセスし、航行システムおよび火器管制システムを占拠した。さらに搭乗していた人々の殺戮と空間歪曲によるワープの実行を試みる。ワープ座標は、人類発祥の星「ロスト・エルサレム」であった。だが、艦長が最後の手段として整備用システムを強制始動したため、エルドリッジは各ブロックに分割されてワープは失敗に終わった。そして幾多ものブロックに分解されたエルドリッジは、名も無き付近の惑星に墜落した。それから年月が流れ、創始暦9999年。北の大陸イグニスを舞台に東西の国家が戦争を繰り広げていた。東のキスレブと西のアヴェの両国は、約300年もの長い間、泥沼の戦争を続けていた。両国は過去の遺跡からギアと呼ばれる巨大な人型戦闘兵器を発掘し、技術解析をしながら戦争を拡大していった。戦局は遺跡の数が多かったキスレブが有利となっていったが、いまだ戦争を終結させるほどのものではなかった。永きに渡る膠着を憂いたアヴェの王はキスレブとの和平を実現させつつあったが、宰相シャーカーンがクーデターを起こしたことで頓挫した。更にゲブラーと呼ばれる高度な科学技術を持った正体不明の組織がアヴェ側に付き、アヴェは圧倒的不利だった戦局を五分まで回復させる。そんな中、戦争とは関係の無い辺境の村ラハンで暮らしていた主人公フェイ。彼は3年前、15歳の時に謎の男性に連れられてラハンの村長に預けられた過去があった。しかもその前後の記憶が消失しているため家族の顔どころか己の素性すらも知らず日々を過ごしてきていた。親友二人の結婚式が迫ったある日の夜、ギアと呼ばれる人型巨大兵器がラハンに落下。それを追ってきた他のギアも現われ村は戦場と化し、親友の一人が流れ弾に当たって倒れてしまう。フェイは戦いを止めるべく放置されていたギアヴェルトールに乗り込むが、突如として暴走し、敵味方関係なく村そのものを破壊してしまった。これによりもう一人の親友も命を落とし、フェイは失意の中、村を追われる形で世界に旅立つこととなった。旅の途中でモンスターに襲われていた少女エリィ（エレハイム）を助け、互いに求めるように親密な仲となっていく。また自分と父親の素性を知るという男グラーフとも遭遇。彼は父親を殺したと述べ、以後もフェイに試練を与えるかのように要所要所で現れていた。為すべきことも見出せず、ただ生きているだけのフェイだったが、アヴェの王子バルト（バルトロメイ）と親交を結び、彼に協力することを考え始める。そして多くの仲間との出会いを通じてフェイは立ち直り、やがて仲間たちと共に戦争を終結。ゲブラーを操り、歴史の陰に隠れて暗躍していた真の敵国「ソラリス」との戦いに関わっていく。混迷する時代の中、フェイは己の素性を知ることとなる。仮面の男ワイズマンはフェイの父親の友人を名乗り、父親が空の国家シェバトの武官ウォン・カーンであることを告げる。シェバトはソラリスと敵対していた。そこでシェバトと接触したフェイたちは手を組むことに。そのソラリスを統治していたのは天帝カイン。そして兄弟であるガゼル法院と呼ばれる老人たちの人格を宿したデータだった。ただし事実上のトップはカレルレンという青年であり、彼こそガゼル法院たちの精神をデータ化して復活させた人物だった。実はこの惑星の「ヒト」とは、前述のデウスが自身を修復するために生み出した生体部品であり、その部品の中で一番最初に生み出されたのが天帝カインと法院たちだった。ところが両者の思惑や目的は異なっており、カインはデウスの部品となるヒトの運命を変えようとし、法院はデウスを復活させ共に宇宙へ旅立つことを考えていた。デウスの復活を目論むカレルレンにとってもカインの存在は邪魔となっていた（ヒトはカインに従属しやすいように遺伝的に組まれており、逆らうことができない）。そこで法院とカレルレンは手を組みカインの暗殺を決行。こうして原初のヒトはその生を終え、後を追うようにガゼル法院もデータを消去され、カレルレンによって葬られた。彼の目的を達成するためにはカインも法院も邪魔だったからだ。なお、眠りについてデウスの封印（マハノン）を管理していたのは法院たちであり、カレルレンは目的のためにデウスを必要としていた。言葉巧みに封印を解かせた後、用済みだったこともあり始末したのである。マハノンにてフェイたちはグラーフと激突。しかし彼の力は圧倒的であり、敗北したフェイたちは囚われの身となってしまった。救出に来たエリィはカレルレンの配下を倒すも意識を失い、ソラリスに連れ去られてしまう。グラーフに圧倒され、愛する者を守れなかったことでフェイはすっかり無力感に囚われてしまう。そこへ現れたのは、父の友人を名乗る男ワイズマンだった。彼はグラーフの強さの正体が想いの強さであり、フェイにはそれに対抗できるだけの想いがなかったから敗れたと告げた。立ち直ったフェイは仲間たちと共に戦艦メルカバーへと突入。エリィの救出に向かう。そこでカレルレンと謎の美女ミァンからこれまでの真実を聞かされる。デウスとはゾハルという機関が組み込まれた、自我を持つ戦略兵器であり、幾多の惑星を侵略するために生み出された存在だった。しかしエルドリッジがこの星に落下した際に大きく損傷してしまい、その部品となる「人間」を生み出し、やがてその人間たちが繁栄し、完全修復できるようになるその時まで眠っていた。またゾハルの正体は「神」を内包した「推し量ることのできない物質」であり、デウスによって「神」はゾハルごと取り込まれてしまっていた。フェイが授かった力とは、「神」が自分をデウスから解放するものとして託した「デウス（ゾハル）を破壊するための力」だった。そしてエリィの正体はミァンの上位存在であり、デウスが生み出した半身とも言える存在だった。ミァンは死んだが、彼女はエリィと一体化。カレルレンとミァン（エリィ）、そしてフェイたちのギア・バーラーはデウスと一つになり、吸収されてしまった。こうして無力化された彼らを置き去りにし、カレルレンたちは去った。実はフェイはゾハルの力を継承した影響で三つの人格を有していた。主人格は深層意識の底に引き篭もって表には出てこず、3年前までは狂気の第二人格である「イド」が現れていた。「フェイ」はその下位人格にあたる。ラハンを破壊したのもこのイドの仕業だった。グラーフが幼少のフェイを狙ってきた際、接触者の力が暴走し、母カレン（実は先々代のミァンに憑依されていた）が犠牲になっていた。このため主人格は深層意識に引きこもり、代わりにイドが表出していた。そこでグラーフは暗殺者としてイドを鍛え上げていたが、憑依する段階になってカーンに阻まれる。イドは敗れ、カーンによって記憶を封印され、そこへ新たなる人格である「フェイ」が生まれた。こうしてフェイはラハンへと預けられた。事実を知ったフェイだが、時既に遅く完全にイドに乗っ取られてしまう。イドは自分を生み出した元凶たる全てを破壊しようと画策。ゾハルの力をより完全なものにするために「原初の地」に安置された「ゾハル」と接触する。ヴェルトールは真紅の機体へと変貌し、駆けつけた仲間たちとワイズマンを圧倒的な力で追い詰める。ワイズマンを見て激昂したイドは、彼こそ父カーンであると見破る。グラーフから息子を守れなかったことで「息子に合わせる顔がない」として仮面をつけ正体を偽っていた。一方、フェイもイドの精神に飲み込まれ自分を見失いつつあった。しかし、仲間と父の声によってフェイは己を取り戻し、イドと「主人格」を逆に説得。イドは自分の力が母を殺したことで「全てを破壊することでしか一体感を得られない」と思い込んでしまっていた。しかし、実際には主人格が暴走させた力はフェイを滅ぼすはずだった。母は先々代のミァンに支配されていたが、息子の危機に自分を取り戻し、身代わりとなって命を落としたというのが真相だった。母の愛を知ったイドは改心し、すべての人格は1つに統合され「フェイ」となった。直後、フェイはイドが持っていた前世の記憶を知り己の正体を知る。フェイの前世は上述した恒星間移民船エルドリッジの唯一の生き残りアベルであり、この星に初めて降り立った人間であった。エルドリッジに搭載されていたシステム「ゾハル」と接触したことで戦略兵器デウスを倒すだけの力を得ており、その力と記憶は「輪廻転生」という形で受け継がれてきていた。そしてエリィ（エレハイム）とは、亡き母親を求めるアベルの精神が反映されたことでゾハルから生まれた存在であった。そのためゾハルと接触した接触者とエレハイムは二人で一つの存在でもああった。しかし、これまでの歴史の中でエリィは幾度となく悲劇による死を繰り返していた。今から500年前に起こったソラリスとの戦いにフェイとエリィの前世は深く関わっていた。この時代におけるフェイの前世はラカン。そしてエリィはニサンのトップに立つ女性ソフィアと呼ばれていた。ニサンはシェバトと共同戦線を組みソラリスの支配から逃れようと戦争を起こしたはずだったが、人々の信頼と尊敬はソフィアに集まりつつあった。これを快く思わなかったシェバトの高官たちは秘密裏にソラリスと取引を行い、ソフィアたちニサンの人々を抹殺しようとした。ソラリスの軍勢に囲まれ窮地に陥ったラカンたちを救ったのは、ソフィアによる捨て身の戦艦特攻であった。死に際にラカンに対して「生きて……」と言葉を残し、彼女は敵の戦艦と共に消え去った。このことから二人の男の人生の歯車が狂い始めてしまう。一人はラカン。自分の弱さがソフィアを死なせたとして異常なまでに力を求めるようになってしまう。彼はデウスの半身とも言える女性ミァンと出会う。ゾハルが安置された原初の地へと導かれ接触するが、精神状態が不安定だったこととソフィア（エレハイム）を失っていたことで不完全な接触となってしまい、ディアボロスと呼ばれる悪魔のようなギアを無数に生み出してしまう。ラカンはそれを率いて世界を滅ぼすことで復讐を行おうとしたが、かつての仲間たちに倒される結果となってしまい、やがて孤独な旅の中で死亡した。しかし「ラカンの怨念」はグラーフとして存在し続け、彼は他者の肉体を奪うことで500年間生き続けてきた。グラーフの正体とは、ゾハルとの不完全接触によって生まれた「ラカンの怒りの人格」であった。そしてもう一人の男はカレルレン。ソフィアの愛に触れ、彼女の寵愛を求めた男であった。ソフィアを失ったことで「神がいないのならばこの手で創り出してみせる」と述べ、仲間たちから離れてソラリスへと身を投じた。己の体にナノマシンによる延命処置を施し、500年もの歳月を生き続けてきた。カレルレンがデウスを求めたのはこういう経緯からだった。そしてフェイは精神世界にて「波動存在」と呼ばれる神に等しい存在と接触。彼はデウスによってエネルギーとして吸収されてしまい、自由を奪われてしまっていた。デウスを倒し、自分を解放してくれる存在としてアベルに力を授け、1万年近くものの間フェイのことを待っていたと語った。人格の統合によってフェイはゾハルの力を完全なものにし、真紅の機体は清浄なる白の機体「ゼノギアス」へと変異進化を遂げ、全ての元凶たるデウスを倒し得る唯一の存在となった。父との再会を迎えたフェイだが、突如、父カーンはグラーフへと豹変し襲い掛かってきた。実は3年前、肉体に限界が来ていたグラーフはカーンに憑依しており、その支配が弱まったときだけカーンの人格が表れていた。グラーフはエレハイムとミァンはデウスの代弁者などではなく、デウスの本体であると語る。すべてのヒトの女性は、誰もがミァンの因子を持っている。だからミァンが死ねば即座に代替わりし、新たな女性がミァンとなる。エリィもそういう手段で肉体を支配された。グラーフは完全な力を得たフェイの肉体を奪い、ゼノギアスによってデウスを破壊し、ヒトも消し去り、二度とミァンが生まれることのない世界にしようとしていた。フェイはゼノギアスに搭乗しグラーフの駆る「真ヴェルトール」と死闘を演じ、勝利。フェイは自分が戦っているのがグラーフではなく「父親」であると気づいており、止めは刺さず和解の手を伸ばす。その最中、完全なるゾハルの力を求めたデウスの呪縛によってフェイは吸収されそうになる。だがフェイの前世であるグラーフが庇う形で吸収され、一時的にデウスの呪縛を解くことに成功する。確かにグラーフは「ラカンの怒り」を持っていたが、息子を守り教え導くという「父の想い」も持っていた。彼は最後に、デウスを破壊し、犠牲になった大切な人たちを救ってほしいと「息子」にすべてを託して消え去った。フェイはエリィを救うべく、そして父との約束を果たすべく仲間たちと共に最後の戦いに赴く。星そのものを兵器に改造するべく惑星と一体化を始めたデウスの内部へと突入。かつての親友から大切な人の行方を賭けた最後の戦いが幕を開けた。フェイはゼノギアスの力を以ってデウスを破壊し、ゾハルこと「神」の解放に成功する。そして、フェイとエリィの愛を試すべくカレルレンが生み出した刺客「ウロボロス」をも撃破。デウスの内に取り込まれたエリィを救出し、更に改心したカレルレンの手助けによりデウスから脱出する。フェイはカレルレンにも手を差し伸べたが、彼はデウスに残ることを選び、異次元へと転移した波動存在と共に姿を消した。ゼノギアスに乗ってフェイとエリィが仲間たちのもとへ帰還するところでこの物語は幕を閉じる。