長良川事件の被害者遺族夫妻（同事件で殺害された、当時19歳のCの両親）は事件当初、息子を殺害したKMらの実名さえも報道では知ることができないという苦悩を、第3回公判で初めて公判を傍聴するまでの約1年にわたって抱え続けた。また、事件当時は犯罪被害者に対する支援制度がなく、人々から「殺される側にも理由がある」と冷たい言葉を浴びせられることもあった。Cの父親は1995年、『週刊文春』の取材に対し「犯人らは少年とはいえ、息子たちと同年代で、半年以内には20歳になっているような年齢だったが、あれでも少年だというのか。百歩譲って子供だとしても、せめて犯人らの親たちが謝罪し、線香の1本でもよこすのが筋だろう。しかし、無責任なことに親たちは何も言ってこない。一体誰が息子たちの死に責任を取るのか」と、被害者遺族の「殺され損」へのやり場のない怒りを口にしていた。3人全員の死刑を望んだCの両親は、月2回ほどの公判に通い続け、第一審・名古屋地裁での公判は仕事の都合で傍聴できないこともあったが、3人全員を死刑としなかった一審判決に納得できなかったため、控訴審・名古屋高裁での公判は全法廷を傍聴したという。夫妻は控訴審初公判を控えた2003年、長良川河川敷で発見された息子の遺体の写真を初めて名古屋高等検察庁で閲覧した。高検検事からは「見ないほうがいい」と注意されたが、控訴審での証人尋問を前に「息子がどう息を引き取ったのか確認しておきたかった」（母親）ために閲覧を決意したという。控訴審では3人は傍聴席の被害者遺族に会釈するようになったが、夫妻からは裁判官の心証をよくするための演技にしか見えなかったという。父親は控訴審では前述のように意見陳述で「私は貴様らが社会に出てくるのを望んでいない」などと3人を厳しく問い詰め、母親も「私たちは息子を殺されるために育てたのではない。私の大事な宝物を元気な姿で返してもらいたい」と訴えた。控訴・上告中のKMら3人や弁護人からの謝罪の手紙の申し出に対しても「誠実な理由が伝わってこない」として受け取りを拒否した。3人が控訴審での死刑判決を不服として上告した4日後、父親は中日新聞社に「判決翌日の『中日新聞』朝刊紙面に掲載された、被告人の『遺族への謝罪文』（3人のうち1人が、判決前に中日新聞社に寄せた手紙）を見せていただけないでしょうか」とメールを送った。これを受け、その1か月後に同社司法担当記者の後藤厚三が、被告人から許可を得て、原稿用紙3枚分になる謝罪文全文のコピーを、Cの両親に閲覧させた。その後、後藤から謝罪文の感想を尋ねられたCの父親は「（判決を不服に）上告したという事実が全てを打ち消している。結局、すべてが綺麗事でしょう」と語り、被告人らの謝罪に対しても「あの（死刑）判決が真実なのです。死刑という重い判決の中に、すべての謝罪・贖罪が含まれているのだと受け止めています。これ以上のものは何も必要ありません」と厳しく述べ、応じる気持ちはないと語った。控訴審判決後の12月21日、事件の証拠品として検察側が保管していた、Cが事件当時身に着けていた遺品の衣服や靴、腕時計などが「事実審が終わり、証拠調べを行う必要がなくなった」ことから、C・Dそれぞれの遺族の要望を受け、事件から11年ぶりに名古屋高検から遺族のもとへ返却された。KMらとの面会を続けている青木理の取材に対しても、父親は「彼らの、まるで通り魔のような凶行で私たち家族の未来と夢はズタズタに切り裂かれ、不幸のどん底に突き落とされたんです。生い立ちなんて言い訳になりますか？もっと大変な生い立ちの子でも、真っすぐに生きている子はたくさんいるでしょう。彼らから謝罪の手紙も来ていますが、書かれているのは綺麗事ばかりに見えてしまう。死刑を免れるための『情状狙い』としか思えないんです。（責任を擦り付け合うような）法廷での態度と、あまりにもギャップがありすぎるんです」「はたして彼らが言っていることは、本当の意味での反省なのか。内省を深めていると言えるのか。私だって、死刑が必ずしもいいと思っているわけじゃない。ただ、死刑でしか償えない罪というものもあるんじゃないでしょうか」、母親も「どうしてあんなひどいことができたのか。あんな風に殺されて、（息子が）どれだけ苦しんだのか、どれだけ辛い思いをしたのか…私たちも言葉にできないくらい辛いです。毎日ずっとそんな思いで過ごしてきて、明けても暮れてもあの子のことが頭から消えません。今になって反省や更生したところで、それは当たり前のことです。もう、絶対死刑しかないという気持ちです」と語った。夫妻は「KAからの手紙に『自分の行いが、自分の父親の死期を早めた』などと綴られていたのを読んだ際には、境遇に同情しかけたこともあった。自分たちも人間だから葛藤もあるし、情に流されることもある。KM・HMの悲惨な家庭環境も重々に承知している。しかし、それとこれは別だ。情とか育ちとか関係なく、犯したことの責任はきっちり償うべきだ」と語っており、謝罪・反省の手紙を受け取った際、悲惨な生い立ち・家庭環境に思いを馳せた際には、気持ちが乱れることはあるが、そのような時は事件の判決文などを読み直し、3人が引き起こした犯罪の凶悪さを改めて思い起こしているという。また、死刑存廃問題についても父親は「1つの方向ばかりから物を見てはいけないだろうと思い、両方の意見を平等に考えようと、死刑反対論・賛成論双方の意見を取り入れ続けた。それでも『木曽川・長良川』という事件に戻ってきてしまい、被害者の感情が強くなる。私たちがこんな被害を受けずにいれば、それぞれに一長一短あるんだな、と思うことができたのかもしれないが、やっぱり事件に戻ってきてしまう」という。夫妻は事件後、犯罪・交通事故の被害者遺族が集う活動「生命のメッセージ展」に参加し続け、全国各地で開催される集会などで生命の大切さを訴え続けてきたが、2008年頃の青木の取材に対し、父親は「その活動は本来、命の大切さを訴えるものだ。そんな中で、私たちが死刑を求めても良いのだろうか…たとえ加害者でも命の重さはある。その命を私は『奪ってくれ』と言っている。彼らの死刑が確定すればいずれは執行される。それは私の頭から消えないが、だからと言って赦せるわけでもない。謝ればいいなんて問題とは違う。死刑しかないという気持ちの方がまだ強い」と、活動への参加を止めた方が良いのではないかと思う心境を語った。上告審口頭弁論公判期日決定後の2010年10月初旬、夫妻は息子が殺害された輪之内町の長良川河川敷を含め、事件の経過と同じ時刻に息子がKMらに連れ回された5つの現場を「追悼というより、上告審の前に気持ちを再確認したい」として初めて巡った。上告審口頭弁論公判直前や判決直後には『中日新聞』『朝日新聞』の取材に対し「私たちの気持ちは事件当時と少しも変わらない。この16年間は長く、負担でした。（死刑）判決が確定しなければ、新しい一歩を踏み出せないのです」（母親）、「（控訴審で死刑の）判決が出た以上、（謝罪の）手紙はいらない。謝罪も贖罪も死刑の二文字にすべて含まれる」（父親）と語っていた。Cの父親は2008年に定年退職していたが、KMら3人の死刑が確定したことを機にこの事件に区切りを付け、「新しい一歩を踏み出そう」と中野の渡し（事件現場の一つである木曽川で今も続く渡し船）の船頭として、3年ぶりに仕事を始めた。後述のように3人が再審請求を起こしたことについても、Cの父親は『中日新聞』の取材に対し「死刑判決の確定から6年近く経ち、新しい視点や証拠があるとは考えられない。再審請求は、遺族を苦しめるだけで、これまでの反省の言葉は信用できない」と話した。Cの父親は健全育成をうたう少年法の理念には理解を示した上で、『中日新聞』の取材に対し「被害者や遺族にとって犯人が何歳だろうと苦しみに変わりはない」と語っている。