1959年に契約金1,800万円、年俸144万円、背番号「1」という高卒新人としては破格の条件で巨人に入団。背番号1については、中国語で「王」を「ワン」と発音することから、英語のoneにかけてつけられたという説や、南村侑広の引退によって1が空いていたためという説もある。プロ入りの同期には村山実、板東英二、河村保彦、江藤愼一、田中俊幸、張本勲、足立光宏らがいる。もともと投打の才能を買われて入団し、1959年2月のキャンプで初めはブルペンで投球練習に参加したが、王自身が「ブルペンに入ってみて先輩の球との勢いの差があるのが自分でもわかった。ましてやコーチ陣には一目瞭然だっただろう」と後に述べて、キャンプ中に水原茂監督と前年に引退した川上哲治ヘッドコーチそして中尾碩志投手コーチに呼び出されて、水原監督から「王、明日からもう投げなくていい」と言い渡された。しかし打撃に関しては練習でも先輩に負けない飛距離が出て、昨年、ルーキーながらに二冠のタイトルをとった長嶋からもウィークポイントが少ないとの評価をもらっていた。高校生時代は甲子園優勝投手として有名な存在であったが、プロ入団後は投手としての王は首脳陣や先輩から評価は得られなかったが、打者としての評価は太鼓判を押されるほどだった。当時エースの藤田元司はこの時のキャンプでの王の印象として、「甲子園で活躍するなど高校時代に頑張りすぎたのか、僕が見る限り投手としての王君はくたびれていましたね」と述べている。また、この年からコーチになった川上哲治は、「何というか、球筋がやさしいんですね。"おおっ"っていうのがない。しかしバッティングはすごかった」と語っている。川上によれば、王のバッティングは構えからスイングまで全く顔が動かず、新人ながら基本が完成していたという。当時二軍監督だった千葉茂は練習後に王と入浴した際、「王の体格には驚いた、非常にいい筋肉をしておる。ただし、いかり肩で大成した投手はいないだけに、投手としては厳しいだろう」と感じ、水原に「ピッチャーとしてはあきまへん。でもバッターなら川上の半分は打ちます」と野手起用を進言した。王自身は自分が投手として通用しないことは薄々感じてはいたと「現実問題として投手としての私は高校2年を頂点として下っていた。」とし、でもやはり野球をやる者なら誰でも投手に憧れるもので、「野球は何といっても投手だ。一度でも経験した者は『生涯投手』と思うもので未練はあった。」と述べつつ「一方でほっとした自分もいた。」とも述べている。王にとってラッキーであったのは野手のポジション争いで、川上の引退直後で一塁が空いていたことであった。当初は一塁に与那嶺要を外野からコンバートさせて、王は外野のポジションでの起用を水原監督は考え、オープン戦で右翼を守らせ、与那嶺を一塁に起用したが、王には外野は務まらないということで一塁に王を起用し与那嶺はもとの外野に戻った。当時の週刊ベースボールの記事で「ワンさんのバッティングうまいネ。ボクが長い間かかって掴んだ左右打ちのコツを知っている。だから打率いいネ。一塁のポストは取られる。早くワンさんの一塁を決めてもらった方がいい。中途半端で自分が外野の練習できないネ」とハワイ出身の与那嶺のコメントが載っていた。与那嶺はこの時までに首位打者に3度輝き、デビューから7年連続3割を打ち、ベストナイン7回受賞で前年に初めて3割を割ったが打率.293の成績を残していた選手である。王が入団した当時の巨人は、1951年から1953年まで日本シリーズ3連覇した巨人軍第二期黄金時代が去り、前年に西鉄の日本シリーズ3連覇の前に苦汁を飲まされ、川上哲治・千葉茂は引退し、ベテラン投手の別所毅彦はこの年300勝を目指し翌年を最後に引退し、大友工も力が衰えて巨人は新旧交代の時期であった。投手では藤田元司、堀内庄、安原達佳、捕手で藤尾茂(この年に森祇晶が台頭)、内野手では広岡達朗、土屋正孝、長嶋、外野手では坂崎一彦、宮本敏雄、ベテランの与那嶺がいたが、チームを引っ張っていたのは前年にデビューしたばかりの長嶋であった。それだけに王は若手で長嶋に続く次代のホープとして期待されるルーキーであった。開幕前のオープン戦では本塁打5本を放つなど目立った活躍で新人ながら注目を集め、王は前年の長嶋がデビュー前のオープン戦で本塁打7本打ったことを聞いて「行ける」と思った。そして4月11日の開幕日を迎えた。この日宇野光雄監督の国鉄スワローズとの開幕戦で高卒新人ながら7番・一塁で先発出場を果たしし、しかも相手投手はすでに大投手であった金田正一であった。しかし、この試合でエース金田正一と対戦した王は3打席で2三振1四球に終わった。王は「金田さんには前年の長嶋さんでさえ、ああだったんだから、しょうがないや」と思ったという。しかしその後は快音が聞かれず、「公式戦での投手の攻めは違っていた」という。そしてこれ以降、オープン戦とは違って当たりが止まって、デビュー初安打もなく10試合無安打が続き、26打席無安打となった。それでも水原監督は王を起用し続けた。このことで王の父母は「おかげで今のおまえがあるんだよ」と後々まで感謝していた。そして4月26日後楽園球場での国鉄との6回戦（ダブルヘッダー第2試合）で0対0で迎えた7回表二死、敵失で出塁した坂崎一彦を一塁に置いて王に第3打席が巡ってきた。すでに2打席凡退の後で、水原監督は代打を考えたが、この日の王の打順は8番で二死で得点圏に走者が無く次打者が投手なので代打を温存したい事情もあり、王をそのまま打席に送った。王は国鉄村田元一投手が2ストライク1ボールからの4球目に投じた内角低めのカーブをすくい上げると、打球はライトスタンド最前列に落ち公式戦初安打が決勝2ランホームラン（出場11試合目）となった。これが王の記念すべき第1号本塁打となった。それは開幕以来27打席目の快音であった。この試合は巨人の左腕伊藤芳明投手が4安打完封して、巨人が2対0で勝った。同年6月25日の天覧試合となった対阪神戦では、7回に2対4と2点差を巨人が追う場面で阪神のエース小山正明から4号同点2ランを打って、これが長嶋茂雄とのONコンビ・アベック本塁打の第1号となった。しかしそれ以外はほとんど目立った活躍もなく、1年目は打率.161・本塁打7本と当初の期待からすれば物足りない結果に終わった。特に目立ったのが72を数えた三振の多さで（2.7打数に1三振に相当）、「王は王でも三振王」などと野次られるなど、後に本塁打王と呼ばれるとは思えない成績だった。ただし、主力選手でも遠慮していた水原監督の隣の座をいつも占め、「監督、今の一塁手のプレーにはどういう意味があるのでしょうか?」と堂々と質問したり、記者から「（不振の）重圧はありませんか?」と尋ねられても、「別に。使っているのは監督さんですから」と答え、新人としては異例の姿勢だった。また、期待はずれの成績にもかかわらず、2年目の年俸は推定140万円から160万円にアップした。これは練習の球拾い時に自腹で専用の糸を購入し丁寧にボールの破れを修繕していたことを球団代表が評価したため。なお、この球団の評価に感銘した王は、以後現役引退するまで1度も契約更改でもめることはなかった。ただし、後年のV9時代、ある年の契約更改後に球団某幹部から「もう少し（金額を）言ってくれても出したのに」と言われた時はさすがに内心ムッとしたらしく、「だったら契約更改の時にその（上げた）金額を提示してくれればいいのに」と思ったという。翌1960年の2年目は打率.270・本塁打17本（このシーズンのチーム最多）と主軸として恥ずかしくない成績を残し、オールスターゲームにもファン投票選出された。これは、東京六大学野球の早稲田大学から大型一塁手木次文夫が巨人に入団したことで危機感を抱いたことも好影響を及ぼしたといわれる。しかし三振も101個と依然として多かった。最初の2年間は水原監督のもとでの巨人であったが、1年目はリーグ優勝を果たしたが日本シリーズで鶴岡監督の南海ホークスに1勝も出来ずに屈辱の4連敗で敗退し、1956年から日本シリーズを4年連続して敗れ去った。2年目は前年最下位の大洋ホエールズがこの年に西鉄から三原脩を監督に迎えて宿敵巨人を破りリーグ優勝を果たし、巨人は6年連続リーグ優勝は成らず2位に終わった。3年目の1961年、川上哲治が水原の後を継いで監督に就任。川上は王に長嶋に次ぐ中心打者としての活躍を期待したが、打率.253・本塁打13本と2年目より成績を落とし、期待に応えることはできなかった。この年中日に入団し、ルーキーながらエースとして活躍した権藤博は王について「速球はある程度対応してくるけど、カーブを投げておけば簡単に空振りして尻餅をついていた。かわいいもんだと思った」と語っている。高卒3年目としてはそれなりの成績だったが、契約金の額や首脳陣の期待からすれば物足りない数字だった。この時期の巨人はこの年に3年連続首位打者となった長嶋だけが孤軍奮闘して、巨人はリーグ優勝とともに日本シリーズも6年ぶりに制覇した。しかしチーム打率はリーグ最低の.226でそれでリーグ最多の435の総得点を上げており、貧打打線であることには変わりはなく、これは翌年まで続いた。王はこの日本シリーズ第1戦、第2戦で4番に起用されていたが成果はなかった。また、同年オフに、阪急ブレーブスの米田哲也とのトレード話が持ち上がっていたが、不成立で終わった。