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当時日米両国は『International workshop of VLFS』など幾つかの研究者の集まりを通じて浮体構造物関係技術の紹介に熱心であった。『International workshop of VLFS』は元々、アメリカでの移動式海上基地（後のMOB）への関心の高まりに伴って1991年にハワイ大学で最初の会合（VLFS'91）が開催された。元がMOBのために開かれたような性格があり、5年ぶり2回目となった葉山での開催（VLFS'96）でもMOB関係の発表が行われている。このような経緯から普天間問題の頃には国内の研究者向けにある程度の情報は入って来ており、VLFS'96は経済誌からも注目されている。なお、MOB関係の発表では国防総省の許諾があった旨が述べられているが、これらは動揺解析など一般的な浮体構造の研究内容ばかりであり、尚且つ日本側の受け皿は主に運輸省傘下の機関であった。自衛隊、防衛施設庁の専門誌が扱うような、攻撃に対する耐久性について掘り下げた研究は発表されていない。
当初、代替施設建設に当該地である名護市長の比嘉鉄也や名護市議会も反対していたが、北部地域振興策などが提起されるに従い、当該振興策を条件に建設容認へと市長・市議会の意見も変化していった。一方、基本案の表明に先立つ9月頃から基地反対派による住民投票実現への動きが活発化し始めた。両派の動きが活発化する中で、比嘉によれば知事である大田の言動は「優柔不断」になっていったと言う。なお、当時の比嘉の現状認識は「『一義的には国と名護市の問題である』と言い続けて、県は国と市の仲介役でありながら、ほとんど形式的であり、逃げていくような格好に私は見えました。そういうことでは、（中略）基地の返還とか、整理、統合、縮小という問題の展望は、全然開けないわけですね。だから、私は住民投票でも何でもいいから、名護市ができる範囲内のことは早く終わってしまった方が、基地問題を前進させる上で一番いいと思いました。」と言う。なお、比嘉は歴史的な南北の経済格差を助長しているとして大田県政に批判的であった。従って住民投票条例の制定に際しても比嘉は妨害をしなかった。当時、名護市議会は与党が優勢で否決しようと思えば可能であり、そのことを知った中央政界からも官房長官を務めた梶山などが要望してきたと言う。しかし、比嘉の見立てでは市政の混乱が増すだけであると判断し、条例自体は制定に至る。名護市条例に基づく「名護市における米軍のヘリポート基地建設の是非を問う市民投票（名護市民投票）」は1997年12月21日に行われた。投票率は82.45%、内訳は反対票16639票（52.85%）、賛成票14267票となり、反対票が半数強を占めた。
比嘉は元々住民投票の結果に拘泥するつもりはなかったが、結果を見て「そんなに負けてはいない」と思ったという。そして投票から2日余りが過ぎた12月24日早朝、比嘉は自宅に支持団体の副会長をしていた仲泊弘次を密かに呼び、「大田知事に会って、『知事が受け入れに対して、賛成だろうと反対だろうと、どちらの考えでもかまわない。受け入れの責任は、自分が一切もってかまわないから。その際、表明の席上に、ただ隣に腰掛けてくれていればいい。泥は地元・名護市長がかぶるから』という話をしたい」と発言した。この時点で辞意については言明していなかったが、杯を交わした後、同じく自宅に呼んでいた助役の岸本を前に「ここにいる岸本建男を、私の後継者として次の市長に立ててくれないか。」と希望し、仲泊がそれに了解した後、比嘉はマスコミの包囲を避けて上京し、官邸に向かった。辞意を橋本に伝えた際、橋本は同じく上京していた知事の大田と引き合わせようとしたが、大田は「県庁や、支持政党などと話し合いをやらないといけない」と述べ、又吉辰雄政策調整官に手を引かれて退室し、会おうとしなかった。これを目の当たりにした橋本は怒ったが、そこへ比嘉は正式に辞意を決意した旨を伝え、「義理むすからん　ありん捨らららん　思案てる橋の　渡りぐりしや」という琉歌を渡した。橋本は歌の意味を知ると涙を流し、比嘉が名護市の振興だけでなく、本島北部、離島を含めての振興策を閣議決定するように希望すると、「分かった」と答えた。その場に居た自民党幹事長代理の野中広務は、比嘉から市長任期が8ヶ月残っていることを聞き出すと慰留したが、比嘉は「私も、日本の海軍にいましたから、責任の取り方は知っています。しかし必ず意中の人を立てて選挙には勝ちます」と固辞した。こうして比嘉は、海上ヘリポート基地受け容れと市長職の辞任を同時に表明した。比嘉の辞任を受けて1998年2月8日を投票日として市長選挙が行われた。岸本は予定通り立候補した。ただし公約では、岸本は基地移設につき「沖縄県知事の決定に従う」とし、受け容れを明言していたわけではなかった。選挙終盤の2月6日には、知事の大田が住民投票結果を理由として反対の姿勢を表明した。岸本陣営に居た比嘉は「どうせ知事は反対するんだな」と見通しを立てており、管子の「備えをもって時をはかり、時をはかって事を起こす」故知に習い、ヤンバルへの愛郷心から「振興策を取ろう」という方針で支持者の女性を集めて市内をデモ行進して盛り上げを図った。選挙の結果、岸本は市長に当選した。
上述のように、沖縄県では知事の大田が1998年2月6日に建設反対を表明した。このため、政府はその後県知事と首相との会談を設定せず、結果として振興策は凍結された。これにより、県内の特に経済界の県知事に対する不満は強まった。1998年11月15日の沖縄県知事選挙では、自民党政権は従来革新陣営を支持して来た公明党の取り込みに成功し、自民推薦の稲嶺惠一が当選した。稲嶺新知事は「建設後15年間は軍民共用の空港、その後の返還・民間専用空港化」を条件として建設を容認する公約を掲げた。当該公約では、施設の概要を「撤去可能なヘリポート」ではなく「『県民の財産になる施設』として恒久的な滑走路を持つ飛行場」とした。なお、当時沖縄開発庁長官を務めていた鈴木宗男は2010年夏に、この知事選で政府側より稲嶺陣営に官房機密費3億円が流れ、選挙支援に使われた旨を述べている。鈴木は金額は当時の官房長官秘書官にも確認したと証言しているが、当時機密費を預かる責任者の官房長官であった野中、および知事候補であった稲嶺は否定している。
埋立案を巡る動きでは人工島案で太田建設が先行したが、続けての動きは基本案が表明された翌年の、1998年春頃から顕在化してきた。これはアメリカ最大の（世界最大の）総合建設大手であるベクテルと伊藤忠商事、及び国内ゼネコンと沖縄の大手建設会社（東京新聞記者の半田滋によれば國場組）が組んだものである。案の概要としては辺野古沖の珊瑚礁リーフの内側200-300haを埋め立てて2400mの滑走路を建設、陸地部分にも基地施設を建設する。総工費は2000-3000億円とされている。ネックとしては当時顕在化したばかりのジュゴン生息海域と言う材料を元に自然保護団体が反対運動を行う可能性があったこと、および集落に近いことである。後者については近隣の丘陵部にニュータウンを建設して集落を移転する案を提唱しており、過去成田空港や小松空港でこの策を実施した例が紹介されている。『Themis』誌によれば本案に先立ち、大田が知事であった1998年4月に、アメリカ本社の副社長と日本支社代表が副知事を尋ね、「沖縄で見込まれる大規模な公共事業に参入していきたい」と申し入れ、国際貿易による振興策を唱えていた大田県政に対して、自由貿易を基礎とする沖縄経済の将来像をまとめた報告書を渡している。稲嶺が立候補した際にもベクテルは関心を示し「陸上部に軍民共用空港を造る」という稲嶺の案はベクテルの提案とアドバイスを基にしていると言う（選挙公約では滑走路は2500m。いずれにせよSACO報告での1500mより引き伸ばされていることを守屋昌武は指摘している）。以降、QIPと沖合いポンツーン式とで入り乱れた状態となる。稲嶺当選後の1999年8月には、知事後援会の政策委員会が、辺野古地区が最も適しているとの見解を打診し、想定工法としてはベクテルの示した混成案に高い評価を与えていると言う（後援会については琉球新報も触れている）。アーミテージは公式に評価する意見を表明し、別の高官は「メガフロート案はもう最良の案ではなくなっている」と非公式に日本政府に伝えてきていたと言う。政治的な面としてはベクテルを通じて国防総省、国務省に太いパイプが存在するという強みがあった。Themisによればベクテル案は沖縄県だけでなく、米軍の意向も反映した案であるため、重要度が高いのだと言う。そのため、外務省、防衛庁にはベクテルの混成案で解決を図ろうと動く向きもあった。
日米政府による具体的な基地建設についてはFIGが検討の場として設けられていたのは上述したが、4回ほど開催した後名護の反対運動が顕在化したため、1997年半ば以降は開かれていなかった。その後1999年11月、稲嶺は移設先を正式に辺野古崎沿岸に決定、名護市長の岸本も知事決定に対応し移設を受け容れ、それに伴い（振興策も含めた）基地建設が閣議決定された。これに伴い、政府－沖縄間の3者協議の場として北部振興協議会、移設先・周辺地域振興協議会が設置され、次に述べる代替施設協議会同様、2000年8月より会合が開始されている。日本政府は沖縄サミット直後の2000年8月25日、沖縄県、名護市などとの間の協議機関として「普天間飛行場代替施設に関する協議会」を開催し、各案の比較検討を開始した。協議会の議事は公開する方針が早々に決められている。一方で、協議会の設置と共に、海上派と埋立派についた双方の地元団体が活発な誘致合戦を再開したことも報じられている。その後アメリカ側の運用所要などと調整を図るため、協議会の進捗と歩調を合わせる為政府間協議の場であるFIGも2000年10月20日に3年ぶりに再開された。なお、沖縄選出の社民党議員・照屋寛徳による質問で15年使用期限問題についてどちらの協議機関で決めるのか質されたが、外相の河野洋平は「日米間の話し合いだと思う」以上の言質を与えなかった。
第3回移設協議会で幾つかの埋立空港の水深が参考に取り上げられ、第5回移設協議会で名護市長の要望により、幾つかの類似例を見学することが提案され、第6回でその結果が報告された。見学先には民間空港で埋立方式のケースとユーザーが米軍である基地が入っている。中でもこの両方の条件を満たし、地元で計画を巡って政治問題化している面でも類似例となっているのが、岩国飛行場であった。埋立が可能と判断されたのは1978年であるが、同飛行場の沖合移設工事は1998年より約10年の工期を以って開始されており、タイミングとしては普天間移設問題と時期が重なりつつも、この時点で既に先行していた。工事を計画したのは移設協議会の政府側メンバーでもある防衛施設庁だった。また、移設協議会にて埋立工法の検討資料作成を委託された日本海洋開発建設協会は1990年代末にミチゲーションの研究を行って各地の埋立工事への反映を図っていたが、岩国飛行場でも計画に環境再生が取り入れられている。また、防衛施設庁は専門誌で岩国の移設工事について書いているが、アメリカ軍の飛行場に対する技術的要求（運用所要）は「舗装工事はコンクリート舗装を基本とし、併せて運用開始後は運用停止を伴うような大規模な補修工事を必要としないような構造とすること」であったと言う。一方で埋立海域は軟弱な沖積層であるため、沈下などを正確に見越すために、工事にはそれなりの技術が必要であることも認めていた。
ブッシュ政権の下国防長官に任命されたドナルド・ラムズフェルドは、ジェラルド・R・フォード政権にても1975年から国防長官を務めた経験があり、軍人出身である事も相まってそれなりに過去の日米同盟について経緯を理解していた。ラムズフェルドは「地球規模での米軍見直し（GPR）」を策定していたが、それを受ける形で2002年12月、2プラス2で日米の役割や兵力構成について協議（DPRI）することが確認され、欧州などで先行して実施されていた海外駐留米軍の再編成（トランスフォーメーションとも称された）の具体的な計画策定が、在日米軍関係でも着手された。それまで普天間飛行場の移設が主体であった基地の整理縮小の過程に、更に31MEUを除く海兵隊歩兵部隊の沖縄からの配置転換が加わったが、それはこの在日米軍再編協議によってである。再編協議自体は2005年2月に発表された「共通の戦略目標」や、2005年10月の中間報告を経て、2006年5月に最終報告を出すまで3年半に渡り継続された。この過程では中間報告で日米の分担を明確にした「役割、任務、能力」などが示され、日本国内のみならず、太平洋軍全体の部隊配置や指揮機構も大幅に変更される。この内容は2006年にアメリカ軍が公表したQDRにも反映された。その意味では、普天間飛行場の移設は巨大なパッケージの一部に過ぎない。
上述のように続けられてきた協議が、いわゆる自民党政権時の「現行計画」に落ち着くことになったのはこの会談がきっかけである。これは、政治的立場を超えて様々なマスコミ、当事者の著述物で引用された。再編協議中の2003年11月、ラムズフェルドは沖縄県を訪問し、稲嶺と会談を行った。この中で、ラムズフェルドは在日米軍の意義や役割について稲嶺に説き、具体的な基地問題の解決策については言及を避け、話を途中で切り上げようとした。稲嶺は退席しかけたラムズフェルドを引き止め、稲嶺が基地負担について説明を始め、引き続き基地の整理縮小を求めた。このやりとりの最中、ラムズフェルドの感情は目に見えて悪化したことなども報じられたが、一方でラムズフェルドは受け入れ国の理解が必要であるとも考える人物であり、屋良朝博によれば会談終了後、側近に「沖縄には海兵隊が何人いるのか」と尋ね、「1万人くらいでどうだ」と、海兵隊地上部隊を含めた沖縄の米軍基地の整理縮小策を考えるように示唆したと言う。
2004年4月、環境アセスメントの手続きが開始された。同年8月に普天間基地配備のCH-53ヘリコプターが大学に墜落するという沖国大米軍ヘリ墜落事件が発生した。大学が夏休み中だったことから幸い大学側の死傷者はなかったが、沖縄全体で普天間基地早期返還要求が強まることになった。墜落から間もない9月、那覇防衛施設局は上記のように辺野古沖建設予定地で環境アセスメントのためのボーリング調査に着手したが、移設反対運動や台風接近等天候不良のため中断され、調査が強行されることはなかった。2005年、移設作業の進行遅滞を理由に政府は移設案の変更の検討を始めた。10月29日、日米安全保障協議委員会において在日米軍及び関連する自衛隊の再編に関する勧告を承認した日米両国は移設先を辺野古崎沿岸部に変更することで合意した。この合意案は、辺野古崎（住宅地域から距離約1キロメートル）に長さ1600メートルの滑走路を設置し、飛行場施設等のための埋立地をL字型に配置するもの（辺野古沿岸案）であり、稲嶺の公約の軍民共用空港ではないため、稲嶺は当該案の受け容れを拒否、岸本もこれに従い同案の受け容れを拒否した。2006年1月22日、岸本が健康問題から2期限りで次の選挙に出馬せず名護市長を退任すると、岸本の後継を名乗り自・公推薦で基地建設容認派が推す島袋吉和が当選した。島袋は当初公約では、前年10月の案（辺野古沿岸案）を拒否していた。
2008年6月の沖縄県議会議員選挙では、辺野古案に反対を公約とする候補が県議会議席過半数を占め、同7月の県議会で辺野古案に反対する内容の決議がなされた。ただし、同決議は全会一致ではなく賛成多数だった（県政野党の多数による）ため、国政への影響は小さいものとされた。2009年8月の第45回衆議院議員総選挙でも、沖縄県では、民主党、社会民主党、国民新党の国政野党（当時）が県外・国外移設を掲げ、県内の全選挙区において辺野古案に反対する議員が当選する一方、辺野古案を容認する候補者（自由民主党、公明党）は全員落選し、辺野古案に理解を示す沖縄県選出国会議員は2010年7月に任期切れで選挙を迎える自民党の島尻安伊子参議院議員1人だけとなった。2010年1月24日の名護市長選挙では、辺野古移設反対派が推す稲嶺進（鳩山政権の連立与党および日本共産党、沖縄社会大衆党、政党そうぞう推薦）が、移設容認派で現職の島袋吉和（自民党、公明党推薦）を破り、初当選した。2010年9月12日に行われた名護市議会議員選挙では、辺野古移設に反対する稲嶺市長派の議員が過半数を獲得した。
元来、民主党は2004年9月に「普天間米軍基地の返還問題と在日米軍基地問題に対する考え」を発表し、普天間飛行場の即時使用停止を柱とする「普天間米軍基地返還アクション・プログラム」を策定していた。2005年の総選挙のマニフェストでは、「在沖縄海兵隊基地の県外への機能分散をまず模索」すると記載し、普天間基地の早期返還を主張していた。また2008年に策定された民主党沖縄ビジョン2008においても、「普天間米軍基地返還アクション・プログラム」の策定をふたたび提唱するとともに、県外移転、最終的には国外移転を求める考えを明らかにした。第45回衆議院議員総選挙は2009年8月に行われた。この際、民主党は米軍再編や基地問題について見直すことを公約とした。この時の選挙活動でも、普天間基地の海外移設を目指す意思を表明し、代表の鳩山由紀夫も7月19日に那覇市で開催された集会において、移設先は「最低でも県外」にすると宣言した。また、すでに選挙後連立を組むことを表明していた社民党は、マニフェストにおいて「普天間基地の閉鎖・返還を求め、辺野古への新基地建設など、基地機能の強化に反対」し、「グアム移転協定」の廃棄を求めていた。選挙の結果民主党は勝利し、社民党・国民新党との連立政権（鳩山由紀夫内閣）が成立することになった。3党連立政権合意書には普天間問題は明記されなかったが、選挙戦において民主党や社民党の責任者から、普天間基地の現行移設案に対する反対論が繰り返し述べられた。一方自民党もマニフェスト違反だと追及をしたが、それに対し、岡田克也外務大臣は「公約というのはマニフェストです。ですから、総理も、望ましいという言われ方はしました。私たちも、それは県外、国外移転ができれば望ましいという思いは強くあります。しかし、あえてマニフェストの中では普天間という言葉も書きませんでしたし、「米軍再編や在日米軍基地のあり方についても見直しの方向で臨む。」という表現にとどめたわけですから、そこは違うということを、我々の公約というのはこのマニフェストですから、私たちの思いの話と公約、マニフェストの話、それをあえて混同して、そして質問されるのは私はおかしいと思います。」と普天間移設問題はマニフェストではないと説明したものの、事実上の政権公約として捉えられたことが、後の連立政権を揺るがす大きな問題となっていった。なお、中央や県の政局が上記のように進む中、県北の経済団体は衆議院選挙中の2009年8月20日、2006年のロードマップで日米合意された案を前提として一般社団法人CSS（キャンプ・シュワブ・サポート）を発足させた。名護市がオブザーバとして参加を表明していたため、発足前には移設に反対する市民団体から名護市に批判的な質問が寄せられた。理事長に就任した荻堂盛秀は「大企業だけが工事を請け負い、地元は基地負担だけを負うというわけにはいかない。もうけるためではなく、地域に還元するための組織だ」と述べた。
先述のように連立政権発足時の三党合意には、普天間問題は明記されなかった。この時点では日米関係における喫緊の課題はインド洋における給油問題であり、移設問題は最重要課題とは捉えられていなかったのである。しかし政権発足後、徐々に移設問題の重要さが認識されていった。最も早く県外移設の困難さを指摘したのは防衛大臣の北澤俊美であり、9月17日にはその旨発言している。また外務大臣の岡田克也も当初は県外移設を模索していたが、アメリカ側との交渉を重ねるにつれ、次第に海外移設が困難であるとの意見に傾き、10月23日には「事実上、県外というのは選択肢として考えられない状況である」と言明した。外務・防衛両省は年内決着を図ることとし、アメリカ側と接触を行った。さらに、2011年にウィキリークスに公開された米国側の公電によれば、外務省の官僚は軒並み、鳩山政権の主張に同意しないように、その頭越しに米国側に働きかけていた。鳩山政権発足直後の9月18日、齋木昭隆アジア大洋州局長は、訪日したキャンベル国務次官補に向かって、日米対等の関係を訴える民主党政権をこのように批判した。「既に対等なのに何が念頭にあるのか分からない」「民主党は官僚を抑え、米国に挑戦する大胆な外交のイメージを打ち出す必要を感じたようだ」「愚か」「やがて彼らも学ぶだろう」。また、藪中三十二事務次官は、キャンベルに「国内には日本が対等に扱われていない、という感覚があり、民主党はそれを政治的に利用した」と言った。そして普天間基地問題については、高見沢将林・防衛政策局長が10月12日、キャンベル国務次官補らとの非公式の昼食の席で、「米側が早期に柔軟さを見せるべきではない」と述べた。また、日本政府の国連代表部で政務担当を務める参事官ら3人の外務官僚は、米国在日大使館の政務担当者に対して「米政府は普天間移設問題では民主党政権に対して過度に妥協的であるべきではなく、合意済みのロードマップについて譲歩する意思があると誤解される危険を冒すべきでもない」と言った。一方、国政与党でも社民・国民新両党は県内移設案に対する否定的方針を明らかにし、県内移設の際には連立離脱をほのめかすとともに、独自に海外移設を模索し始めた。岡田外相は嘉手納飛行場との統合案を模索したが、アメリカと地元側の両方から拒否された。鳩山首相は県外への移設を目指すとしながらも、「辺野古（案）も生きている」と、県内移設の可能性を排除しなかった。沖縄県では失望と不満が高まり、11月には沖縄県政野党（民主・共産・社民・社大・そうぞう）主導による県内移設反対の県民大会が行われ、（主催者発表2万1000人、警察・情報関係者等への取材では8000～1万人以下）が集まった。11月27日、沖縄県議会与党の自民県連は年内に解決しない場合には県外移設に転じることを表明した。11月13日に行われた日米首脳会談で鳩山首相はオバマ大統領に対し、" Trust me."（私を信じて）と語って2010年12月末までに移設問題の解決を約束し、「ハイレベル（閣僚級）のワーキンググループを設置」を提案した。しかし翌11月14日、オバマ大統領が「（ワーキンググループは）日米合意を履行するためのもの」とする会見を行ったところ、鳩山首相は「日米合意が前提ならワーキンググループを作る必要がない」として、日米合意に拘束されないと発言した。12月に開催されたワーキンググループ会合で社民党・国民新党の反発を恐れた鳩山側が翌年6月の参院選後の解決を伝達し、具体的な移設先の交渉は行われなかった。これらの鳩山の対応に米国政府の失望感は強く、日本側が日米首脳会談の開催を申し入れても、米国側は「立ち話程度なら」という消極的な態度を示した。日米関係の悪化を懸念する岡田克也外務大臣は問題の年内解決を主張すると、鳩山由紀夫総理大臣は「何でそんなことを言うんだ」と不快感を漏らし、12月10日、官房長官の平野博文は住民を基地から遠い場所に移動させる案を示すなど閣内不一致が表面化した。
2010年1月22日、衆院予算委員会で「昨年末までに結論を出していたらどうなっていたかと考えたとき、5月末まで（に決める）という形にして、今は良かったと思う」と述べ、結論の先送りを正当化した。2010年1月24日の名護市長選挙では、辺野古への移設反対を公約とする稲嶺進が当選した。これに対して平野博文官房長官は「そのことを斟酌しなければならない理由はない」と発言し「理解は求めなくてはいけないが、合意が取れないと物事を進められないものなのか。日本の安全保障にかかわってくる問題だ」と述べ、沖縄県民の同意の必要性はないとの認識を示した。2月24日には沖縄県議会は県内移設反対・県外国外への移設を求める旨の決議が全会一致でなされた。この頃になると、マスメディアなどで「鳩山首相のブレーン」と称される人物が連日日替わりで紹介され、思い思いの案や見通しを口にするようになり、議論は極度に錯綜していった。この前後にブレーンとして名前が上がった人物は、寺島実郎、田岡俊次、孫崎享、橋本晃和、岡本行夫、小川和久などがいる。鳩山は3月5日に政府案をまとめること約束したが実現できなかった。そのため、3月18日に政府案をまとめること約束したがまたしても実現できなかった。3月下旬になると、3月末までに政府案をまとめると約束したが果たすことができずに、自身で目標を設定したにも関わらず、「いつまでに全部やらなきゃいけないという話ではない。今月中じゃなきゃならないとか、別に法的に決まっているわけではない」と述べて、政府案の成立に期限を設けると発言した自身の発言を全て反故にした。2010年3月、移設先の有力な候補地として徳之島が検討されていることが報道された。同島の3自治体の首長はいずれも移設反対の立場であり、4月18日には同島で移設反対の島民大会が行われ、1万5千人（主催者発表）が集まった。一方4月25日には沖縄県でも県外・国外移設を求める県民大会が行われた。主催者は9万人が参加したと発表したが、実際の参加人数については政府筋より疑問も出されており、都内のある警備会社が航空写真を元に計量したところ、視認可能なのは1万1569人、木陰などに隠れている人を加えても9万人には程遠いとの結果を得たという。ただ、そもそも徳之島案は米側が容認しなかった。元々この問題において、どのような決着を図るにしろ、地元の合意が前提と米側が執拗に歴代政権に念を押してきたのは、太平洋戦争終戦後、米側占領下になった徳之島において本土復帰を求める地元住民の強い抵抗を受けた事が1つの根拠になっており、国防総省は強行策以外において徳之島の現地合意は取れないと判断していた。3月31日、鳩山は自民党総裁の谷垣禎一との党首討論において、「五月の末までに必ず政府の考え方を、政府の方針というものを沖縄を初め日本の国民の皆様方にも理解を求め、さらにはアメリカの皆様方にも理解を求めたものをつくる」と、5月末決着を改めて強調し（後述のようにこれも達成できず、首相辞任に追い込まれた）、「その腹案を持ち合わせている」とした。しかし「腹案」の内容は明かされず、閣僚が「腹案」と理解しているものにもニュアンスの差が見られた。各閣僚と対談した仲井眞は「『腹案』って本当にあるのか。皆言うことがばらばらで」と不信感をあらわにした。ちなみに、首相退陣後の2012年3月12日に鳩山に行われた『日経ビジネスONLINE』からの取材に対しては、（党首討論の際）「何も考えていないんじゃないか」と言われるから、『腹案がある』と言った」と、「腹案」がその場凌ぎの見栄であったものと疑わせる告白を発している。3月頃から移設候補地として徳之島が浮上し、徳之島ではたびたび反対集会が相次いで開かれた。4月19日に開かれた集会では1万5千人が集まった。4月28日には鳩山が徳之島出身の元衆院議員・徳田虎雄と会談し、移設案への協力を要請した。5月4日、鳩山は沖縄を訪問して仲井眞と会談し、日米同盟の関係の中で抑止力を維持する必要があるとして、「（選挙前に掲げた）すべてを県外にというのは現実問題として難しい」として事実上の県外全面移設の断念を明らかにした。また、かねてから問題となっていた徳之島についても「沖縄にも、徳之島にも、普天間移設で負担をお願いできないかとお詫びしてまわっている」とし、徳之島が分散移設の建設候補先であることを明らかにした。また、2009年7月19日の「最低でも県外」発言は当時の党代表としての発言であり、民主党の公約ではなかったとした。また、地元住民との対話集会で「（沖縄の基地負担の軽減について）オバマ大統領として、あるいは米国がどこまで理解しているか、まだ判断がつかない」と述べ、決着が遅れている責任は米国にあるとの見解を示した。5月12日、アメリカ国防総省で日米間実務者協議が開催された。この席で日本側は辺野古周辺への移設を中心とし、キャンプ・シュワブ沿岸地域にくい打ち桟橋（QIP：Quick Installation Platform）方式で滑走路を建設する具体的な計画を初めて提示した。一方アメリカ側はくい打ち桟橋式が環境に良いとは限らない点、さらに桟橋はテロによる攻撃に脆弱である点を指摘した上で、地元と連立与党の合意が必要であると強調した。5月21日、 辺野古地区の行政委員会は現行計画の環境アセスメントのやり直しを必要としない範囲や振興政策実施を条件とした移設容認を決議した。5月23日、首相の鳩山由紀夫は沖縄を訪問して知事の仲井眞弘多と会談し、自公政権時代に合意した辺野古移設で米国政府と合意文書を交わす方針を説明した。これにより、自身の掲げた「最低でも県外」という公約は達成されないこととなった。仲井眞は辺野古移設の方針について「大変遺憾」「極めて厳しい」と述べた。5月28日、日米両政府は米軍普天間飛行場移設に関する共同声明を発表し、移設先を名護市のキャンプシュワブ辺野古崎地区とこれに隣接する水域とした。鳩山は、この日米合意の閣議決定に反対し署名を拒否した福島瑞穂を罷免した。これにより、社会民主党は5月30日の幹事長会議で連立を離脱し、政権離脱することを決定した。離脱した社民党は参議院での首相問責決議案に賛成すると発表し、改選を控えた民主党参議院議員も同調する動きを見せた。政局の迷走は地元の振興活動にも影響を与え、辺野古現行案を前提としていた地元の社団法人CSSは、移転計画が進まないことを理由に一時休業を決定した。6月2日、鳩山首相は民主党両院議員総会を開き、基地問題による社民党離脱と自らの資金問題による混乱の責任をとるとして辞任を発表した。5年後の2015年5月3日、鳩山元首相はテレビ番組『西部邁ゼミナール』（TOKYO MX）に出演し、自らの真意を語った。
2009年から2010年5月までに政府や地元自治体、社民党・国民新党が提案した移設先は、辺野古陸上・勝連半島沖・嘉手納飛行場・大村航空基地・鹿屋航空基地・徳之島・馬毛島・硫黄島・グアム島（既に移転計画があるものを全面移転に拡大する）・テニアン島（地元が移転を容認した）などがあるが、いずれの案も正式な計画として合意されなかった。『読売新聞』によれば、アメリカ政府側は、日本政府が提示した様々な「移設案」に対し「新たな案の詳細や実現可能性を示さず、グーグルの地図ぐらいしか出してこない」「some kind of a joke（何かの冗談）」と評しているという。以下、鳩山内閣期に日米両政府間、あるいは日本政府・与党やその関係者の間で、何らかの形で検討された案を、報道などに現れた範囲で列挙し、説明を加える。
これは正確には鳩山内閣が誕生する直前期の2009年7月末に、鳩山代表が周囲に語ったと報道されたものである。宮崎県内の航空自衛隊新田原基地と、福岡県の航空自衛隊築城基地を候補として検討したという。ただ、報道を聞いた岡田克也幹事長は否定している。鳩山政権が誕生し、移設問題が紛糾する翌年5月ごろに、やはりこれら2つの基地を含む「九州ローテーション案」なるものが鳩山周囲のブレーンらによって提唱されているが（後述）、両者の関連は定かでない。
普天間基地の航空機を近傍の嘉手納基地（アメリカ空軍が使用中）に統合する案。1990年代のSACOでの検討や、県民、自治体からの反対論は別記の通り。軍事・技術的観点からも、元米太平洋軍海兵隊司令官で在沖四軍調整官を務めたヘンリー・スタックポール（Henry C. Stackpole）が2005年、本案に対し「固定翼とスピードの異なるヘリ部隊の嘉手納統合は、事故などトラブルの増加につながる」「宜野湾市民の危険を、嘉手納、北谷町、沖縄市に移すだけだ」と警告するなど、従来からの指摘が引き続きなされている。また、2006年のロードマップでの推進が決まった後になっても、自民党内にも嘉手納統合を主張する者がいる。河野太郎もその一人だが、「克服するべき課題」としてヘリと固定翼の共同運用問題や嘉手納での騒音問題が存在することは認めている。下地幹郎は過去本案を主張していたが、2009年2月にグアム移転協定が署名されたことを受け、同年夏の第45回衆議院議員総選挙の際には、「自分の考え方を捨てて取り組む」と述べて出馬した。政権交代で与党入りしたことで再度提起を行ったが、防衛相に就任した北沢はこの段階で否定的であった。2009年10月には、外相の岡田が度々統合案に言及し、物議を醸した。しかし地元の強い反対にあい、岡田も断念、現行案に傾いていった。
防衛省は2009年10月に移設先としての可能性を検討するための現地調査を伊江・下地両島でおこなっている。同年12月末には、民主党幹事長小沢一郎が両案を選択肢に入れる意向を表明し、社民党党首の福島瑞穂も下地島への移転に言及した。伊江島には1600mの滑走路を持つ伊江島空港、下地島には3000mの滑走路を持ち、民間機パイロットの訓練地となっている下地島空港が存在し、軍事関係者からは度々その価値が言及されている。なお、国民新党で地元選出議員の下地幹郎も本案を推している。なお、中国の軍事関係者にも日米側が戦力の前進配備を行う可能性を指摘している者が居る。これに対し、知事の仲井眞は翌2010年1月9日、両案について「全く考えていない」と否定的な見解を示した。『産経新聞』は、2010年4月末に訪米した民主党の議員団が、上院議員のダニエル・イノウエに対し、伊江島案について「地元は賛成している」と嘘の情報を伝えていたことが判明したと報じている。
防衛省側から出された代替基地案で、新規に海兵隊基地を建設するのではなく、既存の自衛隊基地と共用化することが提案された。その際最も有力であったのが海上自衛隊大村航空基地である。大村航空基地は、佐世保基地に近く、佐世保は海兵隊が使用する強襲揚陸艦の母港でもあるので、有事の際の出動にも適している。ただし、海兵隊の訓練に適した地域が近隣に所在しないためこの案は、見送られている。佐賀に近い大分を地盤とする社民党幹事長の重野安正などは佐賀県連の定期大会で反対し、国外移設を推している。なお、政府内での検討とは独立に、鳩山ブレーンとされていた孫崎享や田岡俊次が大村基地への移設を軸にした案を鳩山に提案している。
2005年、政治学者で当時：大阪大学大学院の助教授をしていた、元在沖縄米軍海兵隊外交政策部次長のロバート・D・エルドリッヂが提案した移設案である。エルドリッジの案は、勝連半島沖に人工島を作り、大規模施設を建築して、那覇空港の航空自衛隊および米軍嘉手納基地のF-15部隊を移して自衛隊管理下の基地に基地機能を集約した「勝連構想」を提案。しかし、うるま市を含め、勝連沖案は海兵隊だけでなく、自衛隊を巻き込む構想なだけに、調整がさらにややこしく反対され、結局、2006年の日米合意には反映されなかった。また、2009年2月、政権交代前に鳩山由紀夫当時：民主党幹事長、沖縄県選出議員に政策提言を行っていたため、その後、鳩山政権時の平野博文当時：官房長官や沖縄商工会議所名誉会頭の太田範雄等が自身の案としてメディア等に喧伝していた。
国民新党が主張した案（ただし同党はテニアン島案の可能性も探る立場であった）で2010年2月に党の案として推すことを固めた。過去折に触れては何度か浮上しその度に棄却されてきた経緯がある。なお、過去メガフロートの旗振り役であった亀井静香も今回は国民新党の一員としてキャンプ・シュワブ陸上案を主張していたが、現行の埋立案には建設業者の利権批判の面から引き続き冷淡であり、自党の陸上案について「米国は（土木）利権に関係ないからな。だから（米国は）辺野古沖に、それほどこだわらないと思うんですよ。」と述べた（メガフロート案については別記）。
洋上に浮かべたメガフロート上に滑走路を建設する移設案は現行計画の策定に当たって一度は放棄されたが、本案を推す意見表明も度々なされている。中には、鳩山内閣が「ゼロベース」からの議論を掲げたことを逆手にとって採用を提言したものもある。自民党政権時代防衛大臣を務めた石破茂は対案の一つとして本案（セミサブ式）の再検討を提案している。なお、亀井と同じく過去メガフロートの旗振り役であった平沼赳夫は2010年に自民党を離党し、たちあがれ日本の結党に参加したが、選挙のために現行案を否定し、その他にも軽率な振る舞いばかりであった旨を指摘するなど、鳩山の批判に留めた。
鳩山が2010年3月31日の党首討論で存在すると主張し、政局と絡めて話題となった。徳之島案のことを指していたと考えられるが、詳細は不明。鳩山は日米合意を受け入れた後、腹案について以下のように語っている。また、腹案ということでございますが、もうこれは、かつての話ではありますが、沖縄と、そして徳之島に関して、さまざま議論がもう、なされていたところでありますが、そのところで機能を移転をするような形での腹案を有しているということで、具体的にはそれ以上申し上げるつもりはありませんし、現実にこのような形に収束をしてきたわけでございますが、その、私側としては細かいところまで決めていたわけではありませんが、地域的なことに関して、このような考え方を持っているということで腹案ということを申し上げたところでございます。 — 鳩山総理記者会見2010年5月28日また鳩山は2013年2月20日の記者会見で、「ヘリコプターを搭載する船を数隻建造し、普天間のヘリを移す案」などをアメリカ側に提案するよう北沢防衛相に話したが、アメリカ側には伝えられなかったとしている。
高度成長時代の開発計画の失敗によって、広大な未利用地が存在する北海道の苫小牧東の名前などが元防衛事務次官の守屋武昌により挙げられている。防衛副大臣の榛葉賀津也は佐賀空港移転案（大村湾移転案に別記）と共に「手記の話だろ。無責任なつぶやきなど聞く必要はない」と否定し平野も同調している。しかし、実際に守屋が受けたインタビューでは検討を試みたが戦略的に無理である旨結論したという経緯を語っており、当時もインタビュー時も苫小牧東については自身で明確に否定している。
これは政府部内で検討されたものではないが、基地の無条件撤去論も、左翼・革新勢力を中心に存在し、鳩山政権下でも根強く主張された。日本共産党の志位和夫委員長は訪米し、2010年5月7日、ケヴィン・メア国務省日本部長、多国間核安全部のジョナサン・サンボアとの会談で、「普天間問題解決の唯一の道は、移設条件なしの撤去しかない」と主張した。しかし双方の見解は平行線に終わった。基地自体の撤去を主張する論者からは、県外・国外への代替案も、基地自体は存続するという意味で批判対象となる。新社会党の片山貴夫は、グァム・テニアンへの代替施設案に対し、「暴力団」同然の米軍基地に移転案を出すこと自体が問題であるとして、「軍事基地をどうしても必要とするというのであれば、アメリカ本土に持って帰ってもらえばよいのです。」という批判を行った。しかし、こうした論が政治日程に上ることはなかった。
2012年（平成24年）12月26日に第2次安倍内閣が成立。政権としては普天間飛行場の県内・辺野古移設を引き続き進めた。2013年の第23回参議院議員通常選挙でも、辺野古移設を公約としたが、沖縄県選挙区で自民党公認を受けた安里政晃候補は党本部に反して県外移設を訴えた。党本部は正式な公約とは認めなかったが、安里が県外移設を訴えることは黙認した。しかし参院選の結果、安里は県外移設派の糸数慶子（社大党）に敗れたが、全国的には自民党は大勝し、衆議院に加え、参議院でも与党の安定多数を回復した。自民党は従来、沖縄県選出の所属議員が県外移設を主張することを黙認していたが、ここに来て石破茂幹事長始め党幹部は、県外移設を主張する党所属国会議員の國場幸之助、比嘉奈津美、宮崎政久および党沖縄県連に対し、辺野古移設を受け入れるよう迫った。また、11月24日には辺野古移設賛成派の「基地統合縮小実現県民の会」（中地昌平会長）が「県民大会」を開き、7万人を越す賛同を得たと発表した。結果として、11月24日には宮崎が、11月25日には國場と比嘉が従った。12月1日には沖縄県連も辺野古移設受け入れを容認し、翁長政俊県連会長は公約を違えたことを理由に会長の職を辞した。自民党は従わない場合の離党勧告や除名処分を明言する強硬姿勢を取り、『沖縄タイムス』は石破を琉球処分官になぞらえ強く批判した。こうして第2次安倍内閣は自民党内の慎重・反対論を封じると、12月25日、普天間飛行場の県内移設実現に向け、安倍晋三内閣総理大臣は沖縄県知事の仲井眞弘多と会談し、日米地位協定に関し環境面を補足する協定を締結するための日米協議開始などの基地負担軽減策を示した。仲井真は「驚くべき立派な内容だ」と評価して移設先である名護市辺野古沖の埋め立て申請を承認する方針を固め、同年12月27日午前にこの申請を承認した。2014年1月19日投開票の名護市長選挙では、仲里利信元県議会議長・元自民党沖縄県連顧問が辺野古移設反対の稲嶺進を支援した。仲里は先に離党届を出していたが、自民党はこれを認めず、追って除名処分とした。名護市長選挙では移設反対の稲嶺が再選されたが、4月にオバマ米大統領が来日すると、安倍首相はオバマ大統領との会談で改めて「（辺野古移設の）強い意志を持って早期かつ着実に工事を進めていく」と述べた。また4月25日発表の日米共同声明では、普天間基地のキャンプ・シュワブへの移設と、長期的に持続可能な米軍のプレゼンス（駐留）を前提とした上での沖縄の負担軽減を表明した。4月27日投開票の沖縄市長選では自公推薦、民主・維新・そうぞう支持の桑江朝千夫が勝利した。菅義偉官房長官は、11月の県知事選に向け「与党にとって弾みになった」と述べた。普天間基地飛行場の運用停止2019年2月までの運用実現を目指す方針を菅官房長官2014年9月17日に那覇市内で記者団に表明。沖縄県が2013年末から5年以内の運用停止を要望してきたことを踏まえ起点は2014年2月と考えていると述べた。11月16日投開票の沖縄県知事選挙で、現職の仲井眞弘多は落選し、辺野古移設反対を公約した翁長雄志が当選した。しかし、菅官房長官は「（辺野古）移設は粛々と進めていく」「辺野古移設の賛成、反対の投票ではなかった」と述べた。12月14日投開票の第47回衆議院議員総選挙では、辺野古移設反対派が県内4小選挙区全てを制した。ただし、自民党候補も全て重複立候補した比例区で当選した（他に維新の党から立候補した下地幹郎も比例区当選）。
沖縄県は普天間基地移設のために仲井眞弘多前知事が出した辺野古沿岸部の埋め立て承認の検証を行う第三者委員会を設置し、2015年7月16日に第三者委員会は翁長雄志知事へ報告書を提出した。報告書は、仲井眞弘多前知事が出した承認は法的に瑕疵があり取り消し可能、としている。また第三者委員会の大城委員長が所属していた沖縄弁護士会は2014年1月15日に、当時の仲井眞弘多知事が出した辺野古埋立承認を反対する声明を発表している。
2015年（平成27年）10月13日、翁長雄志知事は第三者委員会の報告書を根拠に辺野古埋め立て承認を正式に取り消した。日本政府は行政不服審査法に基づく不服審査請求などの対抗措置を取る構えで、法廷闘争は避けられそうになくなった。ただしこの取り消しによって工事が中断する可能性は低いとされた。また10月20日には宜野湾市の市民12人が「辺野古の埋め立て承認取り消しで基地が固定化し住民の生存権を脅かす」として沖縄県と翁長雄志知事へ承認取り消しの無効確認を求め那覇地裁に提訴した。
2018年（平成30年）12月14日午前11時ごろから埋め立て海域への土砂投入開始した。これにより原状回復は極めて不可能となった。岩屋毅防衛大臣は「普天間飛行場の一日も早い全面返還」に向け、工事を進める考えを示した。2019年2月24日に埋め立てに対する賛否を問う2019年沖縄県民投票が行われ、有効票数の71.74％が反対の意思表示を示したものの投票結果に法的拘束力はなく、3月25日には新たな区画への土砂投入が開始された。2019年6月には、2017年の衆議院選挙期間中に自民党議員(西銘恒三郎、国場幸之助、宮崎政久)が辺野古移設の関連工事を受注した業者から献金を受けていた事が分かった
2016年3月、国と県が双方に対する訴訟を全て取り下げた上で、県が提訴するとする和解が成立したが、県は履行しなかった。国は、前知事自体の埋立承認に法的瑕疵がないにもかかわらずそれが取り消した点等が違法であるとして、承認取消し撤回を行わない不作為に対し「是正の指示」を行った。県がこれに従わなかったため、国（国土交通大臣）が同年7月22日に翁長知事を提訴した。内容は、沖縄県知事が指示に従って取消処分の取消しをしないという不作為の違法の確認を求めるものである。
福岡高等裁判所那覇支部（裁判長・多見谷寿郎）は、同年9月16日、承認の取消し処分を撤回しないのは「違法」であるとする初の司法判断を下した。判決は、仮に県の再審査が誤っていたとしても「有効に取り消せる不条理を招く」として承認という行政処分の重さを重視、外交・国防政策については、知事の審査権は及ぶものの、地方公共団体の所管事項ではなく、「国と地方の役割分担の原則」に基づき、「国の説明が具体的な点で不合理が認められない」限り、国の判断を尊重すべきであるとした。また、在沖縄海兵隊や沖縄の地政学的重要性についても国の主張に沿った見解を示し、国の環境対策も合理的であり、辺野古移設は基地負担軽減に繋がるものであるとし、仲井眞前知事の承認に瑕疵はなく、違法とはいえず、それを取り消すことは「許されない違法」で、法定受託事務の履行義務を放棄したものである。是正指示に従わないことも「不作為の違法にあた」る。さらに訴訟を提起して「自らの違法状態を解消」するよう努めなかったことも疑問視。国の主張を全面的に認めるものであった。翁長は、判決を不服として最高裁判所に上告。2016年12月20日、最高裁第2小法廷（裁判長・鬼丸かおる）は、県の上告を棄却し、埋め立て承認の取り消しを撤回しない翁長の対応を違法と認定。国の勝訴が確定した。辺野古移設を巡り、初めて司法判断が下された。国の勝訴確定を受けて、アメリカ合衆国国務省のジョン・カービー報道官は、歓迎すると声明を発表し、「米国と日本は、普天間飛行場の辺野古移設計画を守る立場に変わりない」ことを改めて強調した。翁長は処分の撤回を速やかに進めることを表明、菅義偉官房長官は、「世界一危険といわれる普天間飛行場の危険性除去と閉鎖・返還は絶対やらなければならない」ことを指摘し、処分の撤回がなされ次第、工事を再開する考えを示した。
普天間基地機能の沖縄県内移設案について沖縄県内では、沖縄県知事・名護市長が2010年1月の名護市長選挙にて移設容認派が推す候補が当選したものの移設反対派の声は根強かった。しかし鳩山由紀夫内閣が県外移設を断念し内閣総辞職して以降、尖閣諸島中国漁船衝突事件や尖閣諸島中国船領海侵犯事件の発生もあって、移設反対派の翁長雄志が当選して以降も石垣市等では移設容認派の動きが続いており、2016年の宜野湾市の市長選では、普天間基地移設を推進する第2次安倍政権が推す佐喜真淳市長が当選した。沖縄県内移設に賛成する意見として沖縄本島内では、建設工事が行われることになった場合に地元の中小建設事業者としては多くの工事の受注が期待できること、県知事および市長の受け入れ表明に呼応する形での経済振興策がすでに多数実行されている（九州沖縄サミットの開催、沖縄科学技術大学院大学の設置、国立沖縄工業高等専門学校の設置など）ことなど、経済的便益をもとにする意見がある。また、アジア地域で紛争が現実に発生しているかまたは発生が予想される各地点につき、距離などの点での地政学的において沖縄県の優位性を指摘する意見もある。沖縄本島以外では、日本の漁船が尖閣諸島周辺の日本領海へ侵入した中国公船から追尾を受け、石垣市でも漁業者が漁が行えない状況にあり、石垣島への自衛隊誘致と合わせ、先述の通り辺野古移設を支持する動きがある。軍事的観点以外からの反対意見として度重なる海兵隊員及び関係者による事件とその後処理に対する不信・不安が大きい。また、辺野古海域を埋め立て自然破壊をすることで絶滅危惧種であるジュゴンの生息に大きな影響を与えると言われている。基地建設のための巨額の財政負担も問題として指摘されている。宜野湾市は、米軍再編に当たって米国側が行った環境アセスメントにつき、沖縄駐在の海兵隊のほとんどすべてがグアム島に移転する想定であると指摘し、従ってそもそも代替施設を日本国内につくる必要がない旨主張している。もっとも、当該アセスメントにかかわらず、日本政府の想定ではグアム移転は既存の米軍再編の枠内に留まるものとしている。ただし、市長の伊波が2009年末に一部閣僚に説明を行った際、外相の岡田は「話を少しうかがったが、根拠がよく分からない」と述べた。防衛相の北沢も同様のスタンスをとり、宜野湾市の説に否定的である。
いわゆる「一坪反戦地主」で構成される一坪反戦地主会は、2007年の時点でも普天間基地の辺野古移設に反対する集会などを開いている。なお、受け入れ容認の立場で名護市長を務め、2010年の市長選で落選した島袋は当選した稲嶺が反戦地主であることを指摘しており、自身が反対派より自宅の乗用車のタイヤをパンクさせられるといった嫌がらせを受けたり、重要議案の採決の際などに市役所に反対派が押しかけて圧力をかけてきたため、機動隊を呼ばざるを得ない時もあったことなどについて語っている。また、名護商工会会長の萩堂盛秀によれば、1997年各団体のとりまとめ訳として基地の受け入れを表明したところ、自宅へ無言電話の嫌がらせが殺到し、家人は夜も眠れない状態となったと言う。2007年5月には、辺野古海域調査中、防衛施設庁が委託した調査会社のダイバーが反対派に（ボンベの空気を吸い込む）レギュレーターを外しておぼれさせようとする妨害行為があったとされる。沖縄タイムスによれば当時防衛相だった久間章生は会見で「ダイバーの一人がレギュレーターを抜かれおぼれそうになったが、大したことにならずにほっとしている」と述べた。一方、同年7月には、反対派のダイバーが、調査会社の作業員に酸素バルブを閉められ、生命の危機に陥ったとして、その画像を公開した。防衛施設庁は「そのような事実はなかった」と主張したテレビ朝日の番組「ビートたけしのTVタックル」では、基地移設反対派は選挙のために数千人が現地に引っ越してきたもので辺野古住民ではなく外部から訪れた人々であるという地元民の声を伝えた。これについて前泊博盛沖縄国際大学教授は「大体、500人くらいが動いたという見方はできる」と説明した。
ニュース女子及びDHCによると、辺野古や高江の活動家には、のりこえねっとのチラシによると交通費5万円、証言によると茶封筒で日当2万円が支給されている。2017年12月14日BPO は「日当」という表現の裏付けの確認をしなかったなどの6点を挙げ、ニュース女子を放送したTOKYO MXには重大な放送倫理違反があったと発表した。東京新聞は2018年2月２日付朝刊１面に東京新聞論説副主幹の長谷川幸洋が司会を務めたことについて、「『ニュース女子』問題　深く反省」「論説主幹・深田実が答えます」「沖縄報道　本紙の姿勢は変わらず」との見出しを付けた記事を掲載し、「その内容が本紙のこれまでの報道姿勢および社説の主張と異なることはまず明言しておかなくてはなりません」。その上で「事実に基づかない論評が含まれており到底同意できるものでもありません。残念なのは、そこのことが偏見を助長して沖縄の人々の心情、立場をより深く傷つけ」などとし、「他メディアで起きたことではあっても責任と反省を深く感じています。とりわけ副主幹が出演していたことについては重く受け止め、対処します」とした。「読者だより」として「ニュース女子」問題を掲載。読者らから批判や見解表明を求める声が相次ぎ寄せられ、「電話やファクス、メールや手紙だけでも二百五十件を超えました」。その後ニュース女子はまた問題を起こしてTOKYO MXは制作への関与を求めたが、DHCテレビは拒否したのでTOKYO MXでの放送は2018年春で放送を終えた。詳細はニュース女子の沖縄リポート放送をめぐる騒動。
月刊HANADAによると、「辺野古や高江の活動家の三～五割は在日韓国人・朝鮮人で、在日差別（ヘイトスピーチ）と沖縄差別の差別というキーワードを共有している」。と記載しているが真相は定かではない。沖縄の反基地運動には参議院議員の島袋宗康などを通じて北朝鮮の主体思想の浸透を進めるグループもある。産経新聞は、中国人観光客の中に「基地監視グループ」がおり、普天間や嘉手納などの軍事施設を連日訪れていた事例を挙げ、日本の反戦団体と連携して情報収集活動が行われている可能性もあると報じた。2015年9月には反対運動に参加していた韓国人が警察官を蹴ったとして公務執行妨害容疑で逮捕されている。また、反対運動に参加する団体の中には、警察庁などより過激派として認知されている組織がある。革マル派や沖縄独立を主張し左翼団体と共にデモを行っている政治団体かりゆしクラブなどは、普天間移設に対しての他、米軍再編の根幹にある安保条約の存在そのものに反対している。中核派も基地移設や安保条約について反対の姿勢をとっている。これら団体は時局に応じたプロパガンダを行いつつ、現地の反対集会などを通じて住民運動組織に浸透を試み、或いは連携を図っている。こうした活動の一部は当該団体が公然部門にて公表している他（脚注参照）、警察庁、公安調査庁の発表を通じて確認することが出来る。他にはグリーンピースなどの名も挙げられている。また、警察関係者向けの雑誌『治安フォーラム』では2008年頃より不定期に普天間情勢について記事が掲載されている。2010年5月27日のNHKニュースでは、公安調査庁の長官である北田幹直が国内の治安情勢について「過激派などの団体は、普天間基地の移設問題などの重要政策をとらえて、政府批判を活発化させる動きをみせている」と述べ、警戒するよう求めたと伝えている。なお、韓国政府は2000年代には「世界平和の島」として済州島を指定し、平和推進事業を進めていたが、先行ケースの視察のため同国海軍基地建設やアメリカ軍に反対する研究者が来沖し、普天間を視察している。八重山日報の仲新城誠は、反対派の抗議行動について「沖縄の選挙で県内移設反対派が勝利して民意が示されたのに、政府は聞く耳を持たない。だから実力行使するほかない」という論理で成り立っていると述べ、尖閣周辺海域で実力行使を行う中国と反対派に共通しているのは、「口で分からないならこぶしで分からせる」という「テロリストの論理」だと批判している。また、2013年の与那国町町長選に自衛隊誘致反対を掲げて立候補した男性は、「東京や大阪など内地から教職員や鉄道系の労働組合員が支援者として応援に来た。横断幕とのぼり旗も作ってきてくれた。反対運動のノウハウを教えてくれた。」と述べた。 男性によれば、「県外の支援者ら」は与那国島での自衛隊配備後は普天間基地移設を巡る反対運動に加わっている。
産経新聞の報道によると、一部の基地反対派の人間が、米軍関係者への嫌がらせや暴力行為を行なっている旨を同関係者が証言している。通勤時間に合わせて集合し、米兵の車両に砂や土を投げつけたり道路に寝そべるといった通行妨害のほか、米兵に直接暴行する事例もあるという。また、飛行場の警備担当者が、移設反対派の男性に殴られ怪我をした事案も発生している。正論によると、沖縄県警察はこのような「暴力的」行為を事実上黙認しており、被害届の受理も拒否することがあるという。2015年2月18日、砥板芳行ら石垣市議4人が、キャンプシュワブ前で抗議活動を行っている基地反対派のもとを訪れた。砥板は『夕刊フジ』の取材に対し、訪問の目的は辺野古の基地建設工事海域周辺を警備している海上保安庁に対する抗議の自制を要請するためだったが、演説を始めてから1分ほどで中断させられ、市議4人は駆けつけた警察官に保護されながら現場を去ったと述べた。砥板によると、反対派はメガホンで市議の後頭部をたたいたり、報道陣のカメラに映らないよう足で蹴り上げたりしたという。また、2015年9月にも反対活動をする韓国人が警察官を蹴ったとして公務執行妨害容疑で逮捕されている。
ロバート・エルドリッジ（在沖縄米海兵隊政務外交部次長）は、基地反対派の人間が沖縄に在住する在沖米軍関係者やその家族に対して「ファック・ユー！」または「ヤンキー・ゴー・ホーム！」といった誹謗中傷を投げつけており、ヘイトスピーチにあたると主張した。これに対し、『琉球新報』はエルドリッジの発言を「暴言」として批判した。
青沼陽一郎によれば、反対派が辺野古に構えているテントに出入りしているのは老人が多く、大半が地元民ではなく本土から来た人だと言う。こうした反対派に寄付を行う者が居り、その背景としては「普天間基地を動かされることで不利益を被る人たちが、辺野古の移設反対派を間接的に支援していることになる。高給で優遇されている基地労働者をはじめ、主には基地の地主たちなのだという。」と書いている。金銭目的の動きは移設先でもあり、2000年の時点で誘致派の土建業者には「われわれの希望に反する結論が出れば反対に回る」と述べている者が居たと言う。ただし、この種の批判については1990年代に推進派からけん制する反論もある。