LINK VRAINSはハノイの塔の被害が大きかったものの、3ヶ月後には新生LINK VRAINSへとリフォームしていた。その頃、草薙仁はボーマンによって意識を奪取される。それを見た兄の翔一は遊作に連絡し、遊作は新生LINK VRAINSにてボーマンとデュエルを行う。その際、Aiが遊作の元に戻り、サイバース世界は何らかの理由で既に崩壊していたことを告げる。ボーマンは「裁きの矢」を使用してモンスターの攻撃力を強化するが、Playmakerが勝利し追い詰めようとしたところビットとブートが立ちはだかり邪魔をする。Playmakerのデュエルを見ていたSoulburnerはビットとブートを引き付けてデュエルを行い勝利する。PlaymakerとSoulburnerは引き続きボーマンを追うも、新生LINK VRAINSの最下層に逃げ込まれてしまいそれ以上追いかけられず、2人はやむを得ずログアウトする。その翌日、Soulburnerの正体である穂村尊と炎のイグニス不霊夢が遊作の仲間に加わり、サイバース世界崩壊の真実を追うため、仁の意識データを奪還するために新生LINK VRAINS最下層の調査を始める。新生LINK VRAINSの最下層で、PlaymakerとSoulburnerはブラッドシェパードと賞金稼ぎに転属したGo 鬼塚に遭遇し、それぞれデュエルを行い勝利する。その後、風のワールドへと入りこんだ2人は謎の建造物で風のイグニスウィンディと出会い、新生LINK VRAINSに吹く風を和らげるよう説得する。その頃、ブルーガールとなった葵はゴーストガールと共に風のワールドに入りこんでおり、Soulburnerはブルーガールとデュエルし勝利して、不霊夢が持つ強制ログアウトプログラムで彼女たちをログアウトさせた。Playmakerはボーマンを見つけデュエルするが、ボーマンはマスターデュエルでは使えないはずのスキル「Storm Access」を発動し、「トライデント・ハイドライブ・ロード」を入手した。デュエルにはPlaymakerが勝利するが、決着と同時に風のワールドが崩壊したため、PlaymakerはSoulburnerと共にログアウトする。Den Cityへと戻り、再びイグニスの捜索を始める彼らは、ある日怪しげなゲートを発見する。出現したゲートへと向かい調査を始めるPlaymakerたちだったが、なんとそのゲートはブラッドシェパードが仕掛けた罠だった。ゲートの中に捕らえられたSoulburnerは、ブラッドシェパードとのデュエルを開始する。だが、闘いの中でゲートに仕込まれた装置が作動し、Soulburnerは過去の記憶を暴かれてしまう。ロスト事件で植え付けられたトラウマがよみがえったことで動揺し、危機に陥ったかに思われたSoulburnerだったが、不霊夢の協力により、ブラッドシェパードの裏をかくことに成功したSoulburner。そのままデュエルの決着をつけようとしたその時、ゴーストガールが草薙の用意した救助プログラムを書き換え、ブラッドシェパードの罠を解除する。Den Cityへと戻り再びネットワーク内の情報を探す遊作たちは、ある時ネット上で「地のイグニス」を名乗る書き込みを発見し、書き込んだ人物とコンタクトを取る。指定された現場へと向かうと、そこには地のイグニスであるアースが待ち構えていた。アースは、人間の真意を見極めるために、Playmakerへ勝負を挑む。屈強な「Gゴーレム」によってアースに追い込まれるもPlaymakerはアースに勝利する。アースとの闘いが終わり、再びボーマンに関する情報を集めようとした遊作は、ある日デュエルディスクからAiが姿を消してしまった事に気付く。遊作は原因を探るために、草薙と協力してデュエルディスクのデータを解析し、Aiがアクセスしたサイトを発見する。残された手掛かりから、Aiの居場所を特定し現地へと向かったPlaymakerは、Aiと接触するウィンディ、そして光のイグニスであるライトニングと遭遇する。ライトニングたちは、イグニスが目指す「人類の後継種」への道を歩むために、Aiを仲間に引き入れようとしていた。人類とイグニスが共存できる方法を模索するPlaymakerとAiは、ライトニングの誘いを断りその場を去ろうとするが、思惑を知られたライトニングはPlaymakerたちを捕獲、始末しようとする。窮地に追いやられたPlaymakerだが、その時激しい雷と共にリボルバーが現れる。イグニス殲滅のため「ハノイの騎士」としての活動を再開していたリボルバーはウィンディとデュエルを始める。壮絶な闘いが繰り広げられる中で、リボルバーはウィンディがパートナーに危害を加えた事を明かす。残虐性を露にしたウィンディに対し、リボルバーはイグニスと闘うための新たな切り札「ヴァレルロード・S・ドラゴン」を呼び出しウィンディのモンスターを撃破する。リボルバーの襲撃を受け、人類を敵とみなしたライトニングは人類に宣戦布告した。ライトニングと決着をつけようとするPlaymakerだが、ボーマンによって行く手を遮られてしまい彼とデュエルをする。ボーマンはさらに研ぎ澄まされた戦術で強力になった「ハイドライブ」によって、Playmakerを瞬く間に追い詰める。窮地に立たされたPlaymakerだったが、Aiが秘密裏に用意していた新たなスキル「ネオストーム・アクセス」を発動し、手にした「サイバース・クアンタム・ドラゴン」を召喚、引き分けに持ち込んだ。Playmakerは力が飛躍的に向上したボーマンを見て、今後の闘いがより厳しくなることを痛感する。今後の戦いにより、「LINK VRAINS」に多大な被害が及ぶと想定するPlaymakerは、SOLテクノロジー社の財前を呼び、イグニスとの全面戦争が始まった事を告げる。一方、ライトニングによって捕らえられていたアクアの救出に成功したアースは、AIチップを脳に埋め込み極限の状態になっていたGo鬼塚に急襲される。アースは自身のスキルを発動しトドメをさそうとするが、スキルを無効化する力を得たGo鬼塚に敗れSOLテクノロジー社に捕らわれてしまい、解体されてしまう。一方で、アースに解放されたアクアは、ブルーガールと遭遇。自身が生まれた元であるパートナーにして、葵の旧友・美優の想いを伝える。美優の気持ちを知ったブルーガールは、アクアと共にライトニングと戦う決意を改め、ブルーメイデンとなる。ライトニングは人間側の結託を看過する事を許さず手始めにイグニスを狙うブラッドシェパードを破り、人間側の陣営を減らした。動き出したライトニングに対抗するために、リボルバーはPlaymakerたちを「LINK VRAINS」へ呼び出し、一時的な共闘を提案する。結託したPlaymakerたちは、ハノイの塔の力を使い、ライトニングたちが潜む「ミラーLINK VRAINS」の存在を解き明かす。ボーマンのシステム同期の時間を稼ぐために現れたハルたちの攻撃を退けるPlaymakerたちだったが、ライトニングの作戦によって散り散りになってしまう。そしてライトニングは、分かれて行動する事となったPlaymaker陣営の中から、スペクターを標的に選ぶ。ライトニングのリンクマジックを奪い、デュエルを優位に進めるスペクターだったが、リンクマジック対策を見越していたライトニングの戦術に敗れてしまう。さらに、ウィンディが動き出しSoulburnerへと襲い掛かる。自身のパートナーの存在を否定し、危害を加えたウィンディに対し、Soulburnerは怒りの炎を燃え上がらせる。イグニスとの絆を信じる彼は、不霊夢と協力して窮地を突破し見事ウィンディを撃破する。Soulburnerの戦いを見届けたブルーメイデンは、ボーマンと遭遇しデュエルを始める。ボーマンの猛攻を耐え凌ぎ、ブルーメイデンは持てる力の全てボーマンにぶつける。だが、「LINK VRAINS」と同期し、人知を超える力を手にしたボーマンには敵わず敗れてしまい、アクアを吸収されてしまう。ライトニングたちとの交戦で次々に仲間が倒れていく中、Playmakerの前に、突如翔一が姿を見せる。彼はライトニングに弟・仁を人質に取られたことで、Playmakerと戦うように仕向けられていた。これまで支え合った翔一との戦いを受け入れられず、攻撃を躊躇するPlaymakerだったが、戦いの中で草薙と交わした約束を思い出し、決意し勝利を収めた。しかし、翔一との戦いによって精神的なダメージを受けたPlaymakerは、その場で力尽きてしまう。非道な手段でデュエルをさせた事によりSoulburnerは怒りを燃やし、ボーマンとデュエルを行う。ボーマンの圧倒的な力の前に敗れたSoulburnerは後の事をPlaymakerに託し消滅した。Soulburnerのデュエルを見届けたリボルバーはライトニングを呼び出し、デュエルを進めながらライトニングの悪行を明かしていく。イグニスに関する騒動は全てライトニングによるものと明かしたリボルバーは勝利目前までいくも、ライトニングの決死の反撃にあい引き分けに終わってしまう。リボルバーはPlaymakerにライトニングはボーマンに全てを託し消滅した後、Playmakerとボーマンとの最終決戦が始まる。AIが人間に代わる支配者になるのを目指すボーマンはPlaymakerを全力に潰しにかかっていく。LINK VRAINS内にいる人間の意識データを利用し作中初のリンク5モンスターを召喚し、圧倒的な力を見せつける。しかしハノイの三騎士や財前・ゴーストガールの協力によりボーマンの力の一端を阻止する。Aiもボーマンの中に侵入し吸収されてしまった同胞のイグニス達を助けようとするも叶わず、逆に最後の想いを託されてしまう。イグニス達の想いがこもったリンク5モンスターをPlaymakerは召喚しボーマンに逆転勝利を収める。ボーマンはAiに意味深な事を伝えると、吸収していた人間達の意識データを解放し、自身はミラーLINK VRAINSと共に消滅した。