2局放送体制となり、巨額な放映権料や興行収益により経営は引き続き好調を維持していたが、一部幹部に横領などの疑いがもたれ始める。一部の経営陣について「会社の金庫を勝手に開けて、そこから札束を鷲掴みにして、そのまま毎夜、銀座のバーに繰り出す」、「幹部達はほとんど仕事もせず、自分達の給料を言い値で決めて、馬場や猪木よりも高い給料を貰っていた。」「莫大な収益にもかかわらず、放漫経営のために金庫に金がなく、経営は火の車だった。」、という逸話がある。1971年に、これを憂えた馬場・猪木ら選手は、幹部に経営改善要求を突きつける。しかしその結果、会社乗っ取りを図ったとして猪木が除名された（詳しい経緯は上田馬之助の項を参照のこと）。猪木は日本プロレス脱退組である山本小鉄、柴田勝久、北沢幹之（魁勝司）、木戸修、藤波辰巳、レフェリーの ユセフ・トルコと共に1972年3月に新日本プロレスを創立し、日本プロレス退団後は東京プロレスや国際プロレスに参戦していた豊登も新日本を助けるべく参戦した。日本プロレスは、退団組の猪木や豊登などが参戦した新日本プロレスに対しても国際プロレス同様に外国人招聘ルートなどで妨害をかけた。これに困ったのがNETである。猪木除名後の日本プロレスは大木金太郎や坂口征二をNET向けの中心選手としてプッシュし、好カードをNETへ優先的に放送するよう手配したが、猪木時代のような視聴率をとる事が出来ず低迷。放送の中心であった猪木が除名されたため、目玉選手が日本プロレス側の都合でいなくなったことを盾にNETは1972年1月から必然的に馬場の試合中継を要求する。当時のプロレス中継は視聴率も高かったため「馬場の試合をNETで放送しても、日本テレビ自体での視聴率も高かったので放送を打ち切ることはないだろう」という意見が日本プロレスの幹部会で大勢を占めたため、NET中継をつなぎ止めるためにこれに応じた。これに日本テレビとスポンサーである三菱電機が激怒、「契約不履行」を理由に、1972年5月15日にはついに『日本プロレス中継』（最後の中継は5月12日の東京都体育館大会の生中継）を打ち切る事を正式発表した。その結果、日本プロレス中継は以降NETのみの放送となり、同年7月28日からは金曜でも『NET日本プロレスリング中継』のタイトルで放送を開始し、同年9月29日から『NET日本プロレスリング中継』に一本化された。プロレス中継の打ち切りを決定した日本テレビは、極秘裏に報復手段に近い形で日本テレビと関係が近かった馬場に接触し、独立を促し、それを受け馬場は日本テレビを後ろ盾に独立し8月に全日本プロレスを創立。同時に日本テレビの中継も『全日本プロレス中継』に移行する。全日本プロレスは、日本テレビだけでなく、日本プロレスの若手選手であった百田光雄や取締役兼リングアナウンサーとして百田義浩ら力道山の子息と、役員として力道山未亡人の百田敬子が旗揚げに参加したことで「力道山（百田）家のお墨付き」を得ることにも成功。日本テレビと百田家がバックにつき、なおかつ外国人レスラーの招聘ルートも確保できた全日本プロレスに対し、日本プロレスは過去に東京プロレスや国際プロレスや新日本プロレスへ行ったような、外国人レスラーの招聘ルートでの妨害や、後楽園ホール等の会場使用を不可にするような圧力をかけることができず、結果全日本プロレスに対する妨害工作は失敗。その後、全日本プロレスは国際プロレスと交流を持ち、地盤をさらに固めていく。馬場と猪木という興行の二枚看板を失った日本プロレスは一気に弱体化することになり、可能な限りの豪華な外国人レスラーを招聘するなど打開策を講じたが、観客動員やNETにおける視聴率の減少に歯止めはかからず、全日本プロレスが旗揚げした1972年10月以降はこの傾向が加速し、後楽園ホールにおける興行も全日本プロレスよりも観客数を下回るようになり、地方においても国際プロレスとの興行戦争において、10月の都城、11月の札幌中島スポーツセンターと愛知県体育館などで、それぞれ国際プロレスに惨敗してしまう。この時期から交代で選手を4〜6人欠場させる事態に陥り、若手や新人レスラーは食費にも事欠く有様で、アルバイトで生活費を稼がねばならない状況に追い込まれる。このような状況の中、ついにはNETが中継打ち切りをちらつかせるようになると同時に、NETは幹部や選手会に極秘で猪木と坂口との新日本プロレス中継開始に関する協議を開始した。同時期には中堅選手のうち、星野勘太郎、永源遙、安達勝治（ミスター・ヒト）、林牛之助（ミスター林）、戸口正徳（タイガー戸口）の5人を海外武者修行に出発させた一方で、海外武者修行を行っていた高千穂明久（ザ・グレート・カブキ）と松岡巌鉄が日本プロレスを救うべく緊急帰国した。猪木と坂口の会談を契機に、新日本プロレスと日本プロレスを合併する方向で交渉が進められた。坂口によれば、NETが「猪木・新日本プロレスとの合併を認めなければ中継を打ち切る」と強硬姿勢に出たため合併交渉が急速に進展し、日本プロレスの選手会もグレート小鹿が窓口となりこれに同意したという。その結果、1973年2月6日には両社による新団体設立の記者会見を京王プラザホテルで行なった。会見では、「新日本プロレスを発展解消し、合併後の新社名を日本プロレスとする」「社長は猪木が、副社長は坂口がそれぞれ就任する」「テレビ中継はNETテレビが行う」と発表した。しかし当時、韓国に滞在していて不在だった大木金太郎（当時日本プロレスの選手会長）が反発し、1973年2月16日に日本に戻り「ダイナミック・シリーズ」後楽園ホール大会で大々的に「猪木と坂口との合体は聞いていない。合体話は猪木が日本プロレスを乗っ取りを企んだことを認めることになり、絶対に反対だ。」と会見したために、一度は合併に承諾した選手会の総意を大半の選手とフロント勢が覆して大木の意見に賛同したため、合併は破談となる。一方のNETテレビは4月から新日本プロレス中継を開始する方針に変わりはなかった。坂口は「裏切り者」扱いされた形で、木村聖裔（木村健悟）、小沢正志（キラー・カーン）、大城勤（大城大五郎）とレフェリーの田中米太郎とともに日本プロレスを離脱し、新日本プロレスへ合流した。1973年3月9日には、ついにNETが坂口らの移籍に併せた形で『NET日本プロレスリング中継』を3月30日をもって打ち切ると同時に、4月6日から新日本プロレスの中継（『ワールドプロレスリング』へ再改題）へ移行することを正式発表した他、メインレフェリーの沖識名も辞表を提出し日本プロレスを退団した。NETテレビにおける日本プロレス中継打ち切り決定後に大木は菊池孝に対し、「NETテレビは日本プロレスを見捨てないだろう。新日本の中継を開始しても、NETのプロレス中継は日プロ・新日本の隔週となり、引き続き日本プロレスの試合を中継してくれると思う。」と話していた。だが、NETによるテレビ中継も、3月30日放送の『ダイナミック・シリーズ』最終戦佐野市民会館大会（打ち切り発表前日である同年3月8日に開催）の録画中継をもって打ち切られ、日本プロレスはテレビ中継やそれに伴う放映権料を完全に失った。それに加え、主力選手の離脱で観客動員も激減したことによる入場料の減収により会社経営も立ち行かなくなり、『アイアンクロー・シリーズ』開幕前に長谷川淳三社長は『NET日本プロレスリング中継』終了と同時に興行活動を断念する意向を示していた。長谷川の方針に対して、大木ら選手会は『アイアンクロー・シリーズ』を6戦の日程で各選手の貯金を取り崩して選手会主催興行として強行。しかし、開幕戦の大阪府立体育会館大会（1973年4月13日、メインは大木vsフリッツのインターナショナル・ヘビー級選手権試合）が記録的な不入り（主催者発表は4000人）に終わり、翌4月14日に池上本門寺で百田家同席のもと解散記者会見を行い、第3戦後楽園ホール大会（1973年4月17日、メインは小鹿&松岡vsキラー・カール・クラップ&ジェリー・モンティのアジアタッグ選手権試合）も主催者発表で観衆1000人という不入りとなり、4月18日には焼津市民体育館でインターナショナル・タッグ選手権試合（大木&上田vsフリッツ&クラップ）を、4月19日には横浜文化体育館でUNヘビー級選手権試合（高千穂vsクラップ）をそれぞれこなしながらシリーズを消化し、4月20日の『アイアンクロー・シリーズ』最終戦群馬県吉井町体育館大会（メインイベントは大木&小鹿vsフリッツ&クラッシャー・リバース）をもって興行活動を停止した。