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六条天皇は母の身分が低いことから中宮・育子が養母となり、摂政・近衛基実を中心にして体制の維持が図られた。しかし政権は不安定で、後白河院政派はしだいに息を吹き返していく。12月25日、後白河院は憲仁に親王宣下を行い、清盛を親王勅別当とする。院政期に親王宣下されるのは原則として正妃所生の皇子のみであり、憲仁は皇位継承の有資格者として位置づけられた。永万2年（1166年）7月26日に基実が急死すると、嫡子の近衛基通が幼少のため、松殿基房が新たに摂政・氏長者に任じられた。この時に清盛は、殿下渡領を除く摂関家領を実娘で基実後家の盛子に相続させているが、後白河院はこの措置を容認していたと考えられる。主柱であった摂関家と平氏が後白河院政派に鞍替えしたことで、二条親政派は完全に瓦解した。後白河院は二条親政派を切り崩すと同時に、自派の勢力拡大を強力に推し進める。7月に源資賢が参議に補されたのを皮切りに、8月には藤原成親・藤原光隆が参議、藤原成範・平頼盛が従三位となるなど、院近臣が次々に公卿に昇進した。一方、外戚でありながら離反した閑院流に対しては冷淡な態度をとり、権大納言の徳大寺実定・藤原実長が辞任している。実定は安元3年（1177年）にようやく還任するが、実長は生涯散位のまま留め置かれた。10月10日、後白河院は清盛の協力を得て、憲仁親王の立太子を実現する。立太子の儀式は摂関家の正邸・東三条殿で盛大に執り行われ、九条兼実が東宮傅（とうぐうのふ）、清盛が春宮大夫となり、摂関家・平氏が憲仁を支えていることを誇示するものとなった。11月、後白河院は清盛を内大臣とする。院近臣の昇進は大納言が限界であり、近衛大将を兼ねずに大臣になったことも極めて異例で、破格の人事だった。さらに藤原実長が辞任した後の権大納言には、藤原師長を抜擢する。師長は保元の乱で配流されたが琵琶の才能を認められ、日和見的傾向の強い上流貴族の中では最も後白河院に忠実な人物だった。
後白河院は人事の刷新を済ませると、御所の拡張と軍事力の整備に乗り出した。法住寺南殿は信頼の邸宅を移築したものだったが、手狭で儀式に対応しにくいことから、仁安2年（1167年）正月19日、新しく建て替えられた。法住寺殿は、儀式用の法住寺南殿、憲仁の住む七条上御所、後白河院・滋子の住む七条下御所などに区分され、政治の中枢として機能する。28日には六条天皇の朝覲行幸があり、叙位・除目が行われた。5月10日、後白河院は清盛の長男・平重盛に対して東山・東海・山陽・南海道の山賊・海賊追討宣旨を下す（『兵範記』）。これにより、重盛は国家的軍事・警察権を正式に委任された。重盛は憲仁親王立太子の儀式で後白河院の警護に当たり、9月の熊野詣にも供をするなど、平氏一門の中では後白河院に近い立場にあった。清盛は家督を重盛に譲っても、依然として大きな発言力を有していたが、仁安3年（1168年）2月、病に倒れる。後白河院は熊野詣から戻る途中だったが、日程を早めて浄衣のまま六波羅に見舞いに駆けつけており、その狼狽ぶりがうかがえる。九条兼実も「前大相国所労、天下大事只此の事に在る也。この人の夭亡の後、弥よ以て衰弊か」（『玉葉』2月11日条）と政情不安を危惧している。摂関以外の臣下の病では異例の大赦が行われ、19日、反対派の動きを封じるために松殿基房の閑院邸において六条天皇から憲仁親王への譲位が慌しく執り行われた（高倉天皇）。病の癒えた清盛は政界から身を引き、福原に別荘を造営して退隠する。大嘗会などの即位の行事が一段落して、年が明けた仁安4年（1169年）正月、後白河は12度目の熊野詣に向かう。2月29日には賀茂社にも詣でるが、これらは出家の暇乞いのためであったという（『梁塵秘抄口伝集』）。3月13日には高野山に詣で、帰路の途中の20日、福原の清盛の別荘に立ち寄る。この時に行われた千僧供養は、以後の恒例行事となった。帰京して嘉応と改元された4月、滋子に建春門院の院号を宣下し、6月17日、法住寺殿において出家、法皇となる。出家の戒師など8人の役僧は、全て園城寺の門徒だった。11月25日、新帝の八十嶋祭が行われ、平重盛の室・経子が勅使役として公卿を引き連れて六波羅から出立する。後白河院は滋子とともに七条殿の桟敷で行列を見送っており、平氏との協力体制は磐石なものに見えた。
嘉応元年（1169年）12月23日、延暦寺が藤原成親の配流を要求して強訴する（嘉応の強訴）。後白河院が成親を擁護したのに対して、延暦寺と友好関係にある平氏は非協力的な態度を取り、事態は紛糾する。翌嘉応2年（1170年）2月には終息したものの、双方の政治路線の違いが浮き彫りとなった。4月19日、後白河院は東大寺で受戒するために奈良に御幸する。清盛も合流して翌20日に並んで受戒するが、これは康治元年（1142年）の鳥羽法皇と藤原忠実の同時受戒の例に倣ったものだった（『玉葉』『兵範記』）。御幸から戻った21日、後白河院は平重盛を権大納言、成親を権中納言・検非違使別当に任じる。後白河院と平氏の間に生まれた溝もひとまず解消し、高倉天皇元服の儀式に向けて準備が進められていった。しかし10月21日、参内途中の摂政・松殿基房の車を平重盛配下の武士が襲撃する事件（殿下乗合事件）が起こり、元服定は延期となってしまう。盛子が摂関家領を相続して以来、基房は平氏に大きな不満を抱いていたが、この事件により更なる関係悪化が懸念された。30日、後白河院は近臣・藤原光能を福原に遣わしている（『玉葉』同日条）。九条兼実は「何事なるかを知らず」とするが、殿下乗合事件の処理について清盛と協議するためだった可能性が高い。12月9日、基房が太政大臣となったのは、事件で被害を受けたことへの慰撫と考えられる。翌嘉応3年（1171年）正月3日、摂政・大臣・公卿・平氏一門が臨席する中、天皇元服の儀式が執り行われた。後白河院政は内部に利害の異なる諸勢力を包摂していたため、常に分裂の危機をはらんでいた。前年のような混乱を避けるためには政権内部の結束が不可欠だったが、そのような中で政権の強化・安定策として浮上したのが、高倉帝と清盛の女・徳子の婚姻である。承安元年（1171年）7月26日、後白河院は清盛から羊5頭と麝（じゃ）1頭を贈られる（『百錬抄』）。10月23日には滋子とともに福原に招かれて歓待を受けるが、これらは清盛による徳子入内の働きかけと見られる。後白河院にとって、院政確立のために平氏の支援は必要だったが、平氏の発言力が増大して主導権を奪われることは避けたかったものと推測される。12月2日、入内定が法住寺殿で行われ、徳子は後白河院の猶子として入内することになった（『玉葉』『兵範記』）。白河法皇の養女として鳥羽天皇に入内した待賢門院の例が用いられたが、「かの例頗る相叶はざる由、世以てこれを傾く」（『玉葉』11月28日条）と周囲からは疑問の声が上がった。九条兼実は「法皇の養女では天皇と姉妹の関係になり、忌むべきものだ」（『玉葉』12月14日条）と非難している。徳子入内への反発は大きかったが、この措置で後白河院は徳子を自己の影響下に組み込み、発言力を確保することができた。14日、徳子は法住寺殿に参上して滋子の手により着裳の儀を行い、大内裏へと向かった。
後白河院と清盛の間には、政治路線の違いなど解消できない対立が存在したが、両者には旧来のしきたりや偏見にとらわれず目新しいものを好むという共通点もあった。後白河院は清盛の進める日宋貿易に理解を示し、貴族の反対を抑えてその拡大に取り組んだ。嘉応2年（1170年）9月20日、後白河院は福原に御幸して宋人と会う（『百錬抄』『玉葉』同日条）。日宋貿易は民間で活発に行われ博多には宋人が居住し、越前国の敦賀まで宋船が来航することもあった。しかし畿内まで宋人が来ることは異例であり、外国人との接見は宇多天皇の遺戒でタブーとされた行為であったことから、九条兼実は「我が朝延喜以来未曽有の事なり。天魔の所為か」と仰天した。平氏は代々、博多と大輪田泊をつなぐ瀬戸内海航路の整備・掌握に力を入れていたが、清盛の力だけで宋船を畿内まで入港させることは困難であり、後白河院の助力が必要だった。同年5月25日、藤原秀衡が鎮守府将軍に任じられているのは、日宋貿易における重要な輸出品である金を貢納させる狙いがあったと見られる。前述したように清盛は承安元年において後白河にヒツジとジャコウジカを献上しているが、いずれも日本には生息しない動物であり日宋貿易によってもたらされたものと思われる。承安2年（1172年）9月になると、宋から後白河院と清盛に供物が届けられた。その送文には「日本国王に賜ふ物色、太政大臣に送る物色」と記されていた。「日本国王」は後白河院を、「太政大臣」は清盛を指していたが、「国王」は中国皇帝が周辺諸国に授ける臣下の称号で「賜ふ」というのも日本を見下した文言であり、「頗る奇怪」であると非難の声が上がった。また供物を送ったのが皇帝・孝宗ではなく皇帝の兄で明州刺史であった趙伯圭だったこともあり、貴族は相互に差別の無い外交に反するとして、品物は受け取らず返牒も出すべきではないと反発した（『玉葉』9月17日、22日条）。しかし、翌承安3年（1173年）3月3日、左大臣・大炊御門経宗の計らいで返牒が出され、答進物が送られることになった。返牒は藤原永範が草案を作成し、藤原教長が清書した。内容は進物の美麗珍重を褒めたもので、後白河は蒔絵の厨子に入れた色革30枚・蒔絵の手箱に収めた砂金百両、清盛は剣一腰・物具（鎧）を送った（『百錬抄』3月3日条、『玉葉』3月13日条）。これ以降、日宋貿易は公的な性格を帯びて本格化していく。輸入品である宋銭は国内に大量に流入して、重要な交換手段となった。後白河院が日宋貿易と並んで、積極的に取り組んだのが寺社の統制である。有力寺社はこの時期に荘園領主として発展し、各地で国司と紛争を引き起こしていたが、その中で特に強大だったのが「南都北嶺」と並び称された南都興福寺と比叡山延暦寺だった。興福寺と延暦寺は、藤原鎌足の墓がありながら天台宗である多武峯の帰属を巡って鋭い対立関係にあったが、承安3年（1173年）6月に抗争が激化して「昔より以降、南北大衆蜂起の中、今度より勝ること莫し」という情勢となった（『玉葉』6月23日条）。後白河院は紛争の調停に乗り出し、両寺に大衆の蜂起停止を厳命していたが、6月25日に興福寺が多武峯を襲撃して、鎌足の御影堂までも焼き払った。さらに張本の差し出し・僧綱の召還命令に対しても「三千衆徒張本なり」（『玉葉』7月21日条）と応じなかったため、後白河院は法勝寺八講への興福寺僧の公請を停止し、興福寺別当・尋範らを解任した（『百錬抄』6月26日条、29日条）。その後、興福寺は処分の撤回を求めていたが、10月29日に張本の覚興が配流されたため、11月3日に強訴と延暦寺攻撃の方針を固めて宇治に向かい、天台座主の配流・覚興の召還・七大寺の所領奪取を図る延暦寺僧の禁獄を要求した。後白河院は官兵を出動させて入京を阻止する一方、使者を遣わして大衆の説得を試みるが交渉は平行線をたどり、7日の春日祭は延引となり、11日に予定されていた熊野詣の進発も危ぶまれる事態となった。ここに至って後白河院は官宣旨を発し、東大寺・興福寺以下南都15大寺ならびに諸国末寺荘園の没官という前例にない厳しい処罰を下す（『百錬抄』『玉葉』）。南都15大寺領は2ヵ月後に返還されるが、後白河院の強硬な政治姿勢は寺社に強い衝撃を与えた。平氏は大和国の国検・盛子の摂関家領相続で興福寺とは対立関係にあったため、この強訴では後白河院に同調して迅速に行動したようである。
承安2年（1172年）、法住寺殿の南に滋子御願の新御堂が建てられることになり、2月3日に上棟式が行われた（『百錬抄』『玉葉』同日条）。これに先立つ嘉応2年（1170年）4月19日、後白河院は東大寺で受戒するため奈良に向かう途中、宇治の平等院に立ち寄り、本堂で見取り図を閲覧している（『兵範記』同日条）。承安元年（1171年）11月にも滋子を連れて再訪しているので（『玉葉』11月1日条）、平等院をモデルに造営する計画だったと思われる。しかし、諸国からは御願寺造営で重い賦課が課せられたという訴えが相次ぎ、工事は難航した。承安3年（1173年）10月21日、御堂の完成供養が行われ、最勝光院と名付けられる（『百錬抄』『玉葉』同日条）。その華麗と過差は先例を越えるもので（『玉葉』）、「土木之装麗、荘厳之華美、天下第一之仏閣」（『明月記』嘉禄2年6月5日条）と称されるほど、大規模なものだった。承安4年（1174年）3月16日、後白河院は滋子を伴って安芸国厳島神社に参詣するため京都を出発、福原を経由して26日に到着した。交通手段は福原で清盛が用意した宋船であった可能性が高い。天皇もしくは院が后妃を連れて海路を渡り、遠方まで旅行することは前代未聞であり、吉田経房は「已無先規、希代事歟、風波路非無其難、上下雖奇驚、不及是非」（『吉記』3月16日条）と驚愕した。厳島参詣には清盛に対する政治的配慮の面もあるが、単純に滋子を連れて霊験殊勝な厳島神社を見物したいという願望・好奇心が大きな動機だったと考えられる。後白河院には后妃が何人かいたが、遠方に連れて行ったり、桟敷で共に並んで行列を見物したりするのは、滋子に限られていた。厳島神社では回廊の下の波や山の緑といった風景を楽しみ、内侍の巫女の舞を見て「伎楽の菩薩が舞の袖をひるがえすのも、このようであったろうか」と感嘆する。やがて巫女が「我に申すことは必ず叶うであろう、後世のことを申すのは感心である。今様を聞きたい」と託宣を告げたので、「四大声聞いかばかり、喜び身よりも余るらん、われらは後世の仏ぞと、確かに聞きつる今日なれば（四大声聞の方々はどれほど身に余る喜びを感じただろう、釈尊から後世において仏に成り得ると、確かに保証の言葉を聞いた今日であるから）」と今様を歌う。後白河院は感極まって涙を抑えられなくなり、清盛は「この御神は後世の願いを申すことをお喜びになります」と説明した（『梁塵秘抄口伝集』）。帰京後の7月8日、久我雅通が右大将を辞任する。後任人事では平重盛と花山院兼雅が候補に上がるが、「禅門の心重盛にあり」と清盛の意向が大きく作用した結果、重盛が任じられた（『玉葉』7月9日条）。翌安元元年（1175年）2月、雅通が死去して内大臣が空席となる。後白河院と平氏の間で調整が行われたためか後任はすぐに決まらず、11月10日になってようやく藤原師長が任じられることが決定した（『玉葉』同日条）。師長の後任の大納言には重盛が、重盛の後任の権大納言には藤原成親が昇格している。院近臣と平氏の対立抑止のためには、互いの勢力の均衡を保つことが重要だった。安元2年（1176年）に後白河院は50歳を迎え、3月4日から6日にかけて法住寺殿で賀宴が催された（『百錬抄』『玉葉』『安元御賀記』）。この時期の天皇・院は短命で50歳に達することは稀であり、白河法皇の康和の例に倣って盛大に執り行われた。宴には後白河院・滋子・高倉帝・徳子・上西門院・守覚法親王・関白・大臣・公卿・平氏一門が出席し、初日は舞と楽が披露され、翌日には船を浮かべて、管弦や蹴鞠が行われた。最終日の後宴では高倉が笛を吹き、人々を感嘆させた。賀宴が無事に終わると、後白河は四条隆季を使者として「此度の御賀に、一家の上達部、殿上人、行事につけても、殊にすぐれたる事おほし。朝家の御かざりと見ゆるぞ」と清盛に院宣を下す。清盛は金百両を入れた白銀の箱を返礼として送った（『安元御賀記』）。皮肉にもこの賀宴は、後白河院と平氏の協力関係を誇示する最後の行事となった。賀宴後の3月9日、後白河院は滋子を連れて摂津国・有馬温泉に御幸する（『百錬抄』）。4月27日には比叡山に登り、天台座主・明雲から天台の戒を受け、延暦寺との関係修復を図った。しかし、6月に滋子が突然の病に倒れ、看護の甲斐もなく7月8日に薨去した。相前後して高松院・六条上皇・九条院も死去しており、賀宴の華やいだ空気は一変して政局は混迷に向かうことになる。
滋子の死去によって、後白河院と平氏の関係は悪化の兆しを見せ始める。10月23日、四条隆房が後白河院の第九皇子（後の道法法親王）を抱えて参内、11月2日には平時忠も第十皇子（後の承仁法親王）を連れて参内し、2人とも高倉帝の猶子となった。九条兼実は「儲弐（皇太子）たるべきの器か」（『玉葉』10月29日条）と憶測しているが、これは後白河院による高倉帝退位工作の一環と考えられる。成人天皇の退位自体は白河・鳥羽院政期にもあったことで珍しくはなかったが、平氏にとって徳子に皇子が生まれる前の退位は絶対に認められるものではなかった。2人の皇子が高倉帝の猶子となったのは、後白河院と平氏の対立を回避するための妥協策と思われるが、これは問題の先延ばしに過ぎず、両者の対立は徐々に深まっていく。12月5日に除目が行われ、院近臣の藤原成範・平頼盛が権中納言となる。空席となった参議には蔵人頭の西園寺実宗・藤原長方が昇任したため、後任の蔵人頭の人事が焦点となった。ここで後白河院は、院近臣の藤原定能・藤原光能を押し込んだ。定能は道綱流、光能は御子左家の出身で長く公卿を出していない家系であり、位階上臈の藤原雅長・平知盛を超えたことについて、九条兼実は「希代」と評している（『玉葉』同日条）。一方、翌安元3年（1177年）正月14日には平氏による巻き返しがあり、平重盛・宗盛がそれぞれ左大将・右大将となり、両大将を平氏が独占した。ただし宗盛は滋子の猶子で、後白河院との関係は良好だった。2月3日の宗盛の拝賀には殿上人・蔵人を前駆として遣わしている。3月14日には福原に御幸、千僧供養に参加して滋子の菩提を弔った。平氏との関係は修復されたかに見えたが、ここで新たな要素として延暦寺が登場する。加賀国目代・藤原師経が白山の末寺を焼いたことが発端で、当初は目代と現地の寺社によるありふれた紛争にすぎなかったが、白山の本寺が延暦寺であり、師経とその兄である加賀守・藤原師高の父が院近臣の西光だったため、中央に波及して延暦寺と院勢力との全面衝突に発展した。3月28日、後白河院は師経を備後国に配流するが、延暦寺の大衆はあくまで師高の配流を求め、4月13日に神輿を奉じて内裏に向かった。後白河院は大衆の行動を「大衆已に謀叛を致す」（『玉葉』4月14日条）、「訴訟にあらず。已に謀叛の儀に同じ」（『玉葉』4月17日条）と断じて、平重盛に防御を命じる。ところが重盛の軍兵が神輿に矢を当てるという失態を犯したため、情勢は一挙に不利となった。14日、高倉帝と徳子は内裏から法住寺殿に脱出するが、その様子は「禁中の周章、上下男女の奔波、偏に内裏炎上の時の如し」（『玉葉』同日条）であったという。院御所議定では、内侍所（神鏡）も法住寺殿に移すべきか議論されたが「内侍所が洛外に出た例はない」と反対意見が出たため沙汰止みとなった。後白河院は内侍所の守護を平経盛に命じるが、経盛は「左右は入道の許しにあり」と取り合わず、宗盛も「経盛は一所（天皇）に候すべきの由、入道申す所なり」と弁護したため、やむなく源頼政を内裏に派遣した（『玉葉』19日条）。後白河院は神輿を射た責任を認め、20日、藤原師高の尾張国への配流、神輿を射た平重盛家人の禁獄の宣旨が下された。4月28日、安元の大火が起こり、大内裏・京中の多くを焼き尽くした。5月4日、後白河院は天台座主・明雲を逮捕し、翌5日には座主の地位から解任する。5月11日になると、嘉応の強訴と今回の事件は明雲が首謀者であり、「朝家の愁敵」「叡山の悪魔」と糾弾して法家に罪名を勘申させるとともに、所領を全て没収する（『玉葉』同日条）。後任の天台座主には覚快法親王を任じた。この措置に対して延暦寺が蜂起するという情報が流れ、「洛中驚目、偏に軍陣の如し」と緊迫した情勢となる（『百錬抄』5月13日条）。事態の急転の背景には、藤原師高の配流を嘆く西光の讒言があったとされる。15日、延暦寺の僧綱が法住寺殿に参上して、座主配流の例はないことを理由に宥免を訴えるが、後白河院は拒絶する。法家が、謀叛の罪により罪一等を減じて流罪と勘申したのを受けて、20日、明雲罪名について公卿議定が開かれた。藤原長方は「衆徒訴訟により参陣を企て相禦るる間、自然合戦に及ぶ。偏に謀叛と謂ふべからず」として還俗・流罪の宥免を主張し、他の公卿も同調した（『玉葉』同日条）。しかし後白河院は議定の決定を「時議に叶はず」と一蹴して、21日に明雲を伊豆国に配流した（『百錬抄』同日条、『玉葉』22日条）。23日、大衆は配流途上の明雲の身柄を奪還する。後白河は伊豆国知行国主で配流の責任者だった源頼政を譴責し、延暦寺武力攻撃の決意を固める。ところが兵を率いる平重盛・宗盛が「清盛の指示がなければ動かない」と出動を拒否したため、業を煮やした後白河院は、福原から清盛を呼び出して攻撃を要請する。28日の会談で清盛は出兵を承諾するが、内心は悦ばなかったという。29日、武器を携帯して京中を往来する輩の捕縛、諸国司への延暦寺の末寺・荘園の注進、近江・越前・美濃の国内武士の動員が行われた（『玉葉』29日条）。承安3年（1173年）の興福寺の時と同様に、延暦寺領荘園の停廃を意図していたと見られる。しかし、6月1日に多田行綱が平氏打倒の謀議を清盛に密告したことで状況は激変、西光は捕らえられて斬首、藤原成親は配流、他の院近臣も一網打尽にされた（鹿ケ谷の陰謀）。5日には明雲が召還され、9日には藤原師高が清盛の家人の襲撃を受けて惨殺される。この事件により後白河院は有力な近臣を失い、政治的地位の低下を余儀なくされる。7月29日、天下の物騒は保元の乱の怨霊によるものとされ、鎮魂のために讃岐院の院号を崇徳院に改め、藤原頼長には太政大臣正一位が贈られた（『百錬抄』『玉葉』同日条）。
鹿ケ谷の陰謀により、高倉帝退位工作と延暦寺攻撃は吹き飛んだ。失意の後白河院に更なる追い討ちとなったのが、滋子の一周忌における法華八講の挙行を巡る紛糾である。高倉帝は閑院を里内裏としていたが、清盛の意向で八条殿に行幸していた。後白河院は閑院に戻って法華八講を行うことを命じるが、兼実邸を訪れた日野兼光は「無断で閑院に戻ると清盛が内心どう思うか分からない。八条殿で挙行しても問題はない」と語り、決定は先延ばしにされた（『玉葉』安元3年6月21日条）。後白河院は妻の冥福を祈る仏事の場所すら自由に決められなくなっていた。後白河院の政治力低下に反比例するように、17歳となった高倉帝が政治的自立の傾向を見せ始める。「今度の除書一向に内の御沙汰たるべし。院知ろし食すべからざるの由これを申さると云々」（『玉葉』治承元年11月15日条）と後白河院が全く政務に関与しないケースも現れた。もっとも弱体化したとはいえ院政も継続していたため、かつての二条天皇の時と同じく二頭政治となった。治承2年（1178年）正月、後白河院は園城寺で権僧正・公顕から伝法灌頂を受けることを計画するが、灌頂の賞により園城寺に戒壇が設立されることを恐れる延暦寺は、末寺荘園の兵士を動員して蜂起、園城寺を焼き払う構えを見せる（『玉葉』『山槐記』正月20日条）。後白河院は僧綱を派遣して延暦寺を譴責するとともに、平宗盛を福原に向かわせて清盛を呼び出す。しかし清盛は呼び出しに応じず、後白河院は園城寺御幸と灌頂を断念せざるを得なかった（『山槐記』正月25日条、『百錬抄』2月1日条、『玉葉』2月5日条）。この事件は大きな遺恨となり、5月になると後白河院は報復措置として最勝講への延暦寺僧の公請を停止する（『玉葉』『山槐記』5月16日条）。延暦寺との衝突を望まない高倉帝から再三のとりなしがあったが、後白河院は灌頂を阻止した罪科によるとして耳を貸さなかった。このように院政と親政の並立は困難で、二頭政治は早くも行き詰まる。歴代の治天の君は幼帝を擁立することで二重権力となることを回避していたが、平氏の支援を受けている高倉帝を退位させることは、後白河院にはもはや不可能だった。平氏の意図は高倉帝親政に速やかに移行することで、後白河院を政界から引退させることにあったと推測される。5月24日、平時忠が高倉帝に徳子の懐妊を伝える（『山槐記』同日条）。後継者の不在が高倉帝の弱みだっただけに皇子誕生の期待が高まり、朝廷は出産のための祈祷に明け暮れた。後白河院も徳子を養女としていたことから、平氏へのわだかまりをひとまず解いて安産祈願に参加し、11月12日、高倉帝の第一皇子が無事に誕生する。清盛からの立太子の要請を受けて、後白河院は九条兼実に年内の立太子の是非を諮問した。兼実は「2歳、3歳で立太子の例は良くなく、4歳まで待つのは遅い」と奏上し、年内の立太子が決定される（『玉葉』11月28日条）。12月9日、皇子に親王宣旨が下り「言仁」と命名、15日に立太子するが、立太子の儀式は六波羅で挙行され、春宮坊は平氏一門で固められた。皇太子周辺から排除される形となった後白河院は、再び平氏への不満と警戒を強めることになる。それでも翌治承3年（1179年）3月の段階では、後白河院が厳島巫女内侍の舞を見るため清盛の西八条邸に御幸、翌日にも院御所・七条殿で同じ舞が行われるなど両者の交流は辛うじて保たれていた（『山槐記』3月17日、18日条）。
6月21日、後白河院は小松殿に御幸し、重病の平重盛を見舞った（『山槐記』同日条）。重盛は平氏一門では親院政派であり、清盛との対立を抑える最後の歯止めだった。それに先立つ17日、清盛の娘・白河殿盛子が死去している。盛子の死による摂関家領の帰属問題は、後白河院と清盛の全面衝突を惹起することになる。前関白・近衛基実没後の摂関家領は後家の盛子が管理していたが、これはあくまで嫡男・基通が成人するまでの一時的なものだった。盛子の早すぎる死は、基通への継承という清盛の既定路線を大きく狂わせることになる。この時点で非参議右中将に過ぎない基通が、関白氏長者の松殿基房を差し置いて遺領を全て相続することには無理があった。そこで平氏の打った方策が、盛子が准母となっていた高倉天皇への伝領である。盛子が死去してわずか2日後の19日には、平時忠が中山忠親に「庄園一向に主上に附属し奉られ了はんぬ」と通告し（『山槐記』同日条）、20日には九条兼実も「白川殿の所領已下の事、皆悉く内の御沙汰あるべし」という情報を入手している（『玉葉』同日条）。この措置は、基通が成長して関白氏長者になるまでの時間稼ぎと見られる。この措置に不満を募らせた松殿基房は、氏長者として遺領相続の権利があることを後白河院に訴える。『愚管抄』には「白川殿ウセテ一ノ所ノ家領文書ノ事ナド松殿申サルル旨アリ。院モヤウヤウ御沙汰ドモアリケリ」とあり、基房の訴えを聞いた後白河院が遺領問題に介入したとする。やがて「内の御沙汰」となったはずの盛子遺領は、院近臣・藤原兼盛が白河殿倉預に任じられて後白河院の管理下に入った。これは高倉天皇領に対して、王家の家長の権限を行使したものと考えられる。この時期、在位中の天皇の所領管理は後院が行っており、王家の家長である治天の君が後院を掌握していた。後白河院・松殿基房と清盛の対立は、10月9日の除目で決定的なものとなる。仁安元年（1166年）以来の平重盛の知行国・越前が「入道ニモトカクノ仰セモナク」（『愚管抄』）没収されて院分国となるが、それにも増して衝撃だったのが清盛の推挙する20歳の近衛基通を無視して、基房の子でわずか8歳の松殿師家が権中納言に任じられたことである。この人事は師家がいずれ氏長者となり、後白河院の管理下に入った摂関家領を継承することを意味した。この強引な措置は、摂関家出身の九条兼実でさえも「法皇の過怠」「博陸の罪科」であり国政を乱すものと批判している（『玉葉』11月15日条）。さらに後白河院と基房が平家党類を滅ぼす密謀を練っているという情報も流れた（『百錬抄』11月15日条）。これに対して清盛は、11月14日にクーデターを起こす（治承三年の政変）。松殿基房・師家父子は直ちに罷免されるが、これは天皇の公式命令である宣命・詔書によって執行された。院政は天皇の後見であることを権力の源泉としていたため、天皇の側が独自の支持勢力を背景に攻撃を仕掛けてくると抵抗できないという構造的な弱点を抱えていた。清盛の強硬姿勢に驚いた後白河院は静賢を派遣して「自今以後、万機に御口入有るべからざる（今後二度と政務に介入しない）」（『百錬抄』11月15日条）ことを申し入れるが、20日、住み慣れた法住寺殿から洛南の鳥羽殿に連行されて幽閉の身となった。ここに後白河院政は完全に停止された。
後白河院は鳥羽殿で厳しい監視下に置かれ、藤原成範・脩範・静賢（いずれも信西の子）や女房2、3人以外の御所への出入りは禁じられた。幽閉の翌21日、清盛は院庁年預・中原宗家に院領目録を書き出させ、翌12月には後院庁が設置される（『百錬抄』）。これらは後白河院から院領を没収して、高倉天皇領に組み込むために必要な措置だった。治承4年（1180年）2月21日に高倉帝は譲位、後院庁の院司（藤原隆季・吉田経房・藤原長方）はそのまま高倉院庁別当に異動して、高倉院政が発足する。幽閉生活の後白河院は正月下旬より病気で憔悴状態となり、平宗盛の許可を得て診察に赴いた典薬頭・和気定成に「もう一度、熊野詣に行きたい」と涙ながらに訴えたという（『山槐記』2月27日条）。3月になると高倉上皇は清盛の強い要請により、厳島神社への参詣を計画する。しかし上皇の最初の参詣は、石清水八幡宮・賀茂社・春日社・日吉社のいずれかで行うことが慣例だったため、宗教的地位の低下を恐れる延暦寺・園城寺・興福寺は猛然と反発した。三寺の大衆が連合して高倉院・後白河院の身柄を奪取する企ても密かに進行していたが、後白河院が平宗盛に大衆の動きを伝えたことで露顕する（『玉葉』『山槐記』3月17日条）。宗盛は平通盛・平経正を鳥羽殿に、平知盛を高倉の御所に派遣して警護を厳しくすると、福原の清盛に今後の指示を仰いだ。清盛は後白河院の協力的姿勢に幾分態度を軟化させたらしく、女房2人（京極局・丹後局）の伺候を認めた（『山槐記』3月17日条）。洛南の鳥羽殿は洛中から遠く警備に不安があったため、後白河院を五条大宮の藤原為行邸に遷すことになったが、宗盛が「日次（ひなみ）よろしからず」と判断して延引となった（『玉葉』3月19日条）。
5月10日、清盛が上洛して武士が洛中に充満する。14日、後白河院が武士300騎の警護により八条坊門烏丸邸に遷った（『百錬抄』は藤原俊盛邸、『玉葉』は藤原季能邸とする）。これらの動きは以仁王の謀叛が発覚したことによるものだった。以仁王の挙兵は短期間で鎮圧されるが、その背後には暲子内親王（八条院）の存在があり、後白河院と密接な関係にある園城寺、関白配流に反発する興福寺も与同したことは、成立したばかりの高倉院政にとって大きな脅威となった。6月2日、清盛は敵対勢力に囲まれて地勢的に不利な京都を放棄し、平氏の本拠地・福原への行幸を強行する。後白河院も強制的に同行させられ、福原の平教盛邸に入った。福原での新都建設は準備不足のため難航し、貴族だけでなく平氏一門・高倉上皇・延暦寺からも反対の声が上がった。そして10月の富士川の戦いの大敗で軍事情勢が極度に悪化したことから、清盛も還都に同意せざるを得なくなる。11月23日に福原を出発した一行は、26日に京都に到着、後白河院は六波羅泉殿に入った（『山槐記』同日条）。30日、東国逆乱についての公卿議定が開かれるが、その席上で藤原長方が後白河院政再開と松殿基房の召還を主張する（『山槐記』同日条）。この発言は「長方卿善言を吐く」（『百錬抄』11月30日条）、「時勢に諛はず、直言を吐く」（『玉葉』12月3日条）と貴族から広範な支持を集めたらしい。その効果によるものか、16日夜に基房が配流先の備前国から帰京し、18日には清盛が「法皇天下の政を知し食すべき由」を後白河院に再三申し入れる。後白河院は当初辞退していたが最後には承諾して、讃岐・美濃を院分国とすることも決まった（『玉葉』12月18日条）。この時期、高倉上皇の病状が「今においては起き揚り給ふ能はず」（『玉葉』12月21日条）というほど悪化していたことが、清盛が譲歩した要因の一つとして考えられる。高倉院が崩御すれば幼児の安徳天皇が政務を執れない以上、後白河院の院政再開しか道は残されていなかった。清盛は後白河院の院政を無条件で認めるつもりはなく、園城寺・興福寺を焼き払う（近江攻防・南都焼討）とともに、翌治承5年（1181年）には東大寺・興福寺の僧綱以下の任を解いて寺領荘園を没収（『百錬抄』正月4日条）、院近臣の平知康・大江公朝、甲斐源氏の武田有義などの危険分子を解官するなど（『玉葉』正月8日条）、可能な限り後白河院の勢力基盤削減を図った。
正月12日には高倉上皇が危篤状態となるが、ここで高倉院崩御後に中宮・徳子を法皇の後宮に納めるという破天荒な案が飛び出し、清盛・時子夫妻も承諾したという情報が流れ、見舞いに駆けつけた九条兼実は「およそ言語の及ぶ所にあらざるものなり」と呆然とした（『玉葉』正月13日条）。後白河院も、この平氏の策謀には辟易としたらしく「平に以て辞退」する。徳子の身代わりとして、清盛の別の娘・御子姫君が法皇の猶子として後宮に入るが、「ただ付女の如くなり」と全く省みられることはなかった（『玉葉』正月30日条）。14日に高倉上皇が崩御したため、「天下万機、法皇元の如く聞し食す」ことになり後白河院の院政が再開される（『百錬抄』正月17日条）。高倉院の崩御で平氏の動きは慌しくなり、16日、高倉院の遺詔により畿内惣官職が設置される。これにより平氏は、後白河院政下でも軍事的権限を行使することができるようになった。さらに2月4日には、高松院領がやはり高倉院の遺言により中宮・徳子に伝領される。これは高倉院庁別当・中宮大夫の平時忠が強引に処理したもので、後白河院は内心喜ばなかったという（『玉葉』同日条）。院政再開により治承三年の政変で後白河院から没収した院領は返還しなければならず、皇位に付随する後院領も後白河院の管理下に入ることは目に見えていた。徳子への伝領は、王家領が後白河院に流出することを食い止めるための防衛策であったと考えられる。2月7日、丹波国に諸荘園総下司職が設置され、翌閏2月に関東への追討使として平宗盛が自ら出馬して「一族の武士、大略下向」することが決まり（『玉葉』2月26日条）、反撃の準備が整えられていった。しかし、清盛の病が「十の九はその憑み無し」という状況となり派兵は延期となる（『玉葉』閏2月1日条）。閏2月4日、清盛は後白河院に「愚僧早世の後、万事は宗盛に仰せつけ了はんぬ。毎事仰せ合せ、計らひ行はるべきなり」と申し入れる。しかし後白河が明確な返答を避けたため、清盛は怨みを含む色を見せ「天下の事、偏に前幕下の最なり。異論あるべからず」と言い残して死去した（『玉葉』閏2月5日条）。この夜、後白河院の宮に武士が群集しているという風聞があり、人々は後白河院が平宗盛に変異の心を抱いたのではないかと憶測した。『平家物語』「築島」には、六波羅の南（法住寺殿）から2、30人の「うれしや水、なるは滝の水」と舞い踊り、どっと笑う声が聞こえたという話が記されている。『百錬抄』閏2月4日条にも「八日葬礼。車を寄するの間、東方に今様乱舞の声〈三十人許りの声〉有り。人をもってこれを見せしむ。最勝光院の中に聞ゆ」とある。後白河院は2月2日に最勝光院に遷っているので（『玉葉』同日条）、今様乱舞の中にいたことはまず間違いない。後白河院にとって清盛の死は、絶えず存在した重圧からの解放だった。
清盛の死後、平宗盛は「故入道の所行等、愚意に叶わざるの事等ありと雖も、諫争する能はず。只彼の命を守りて罷り過ぐる所なり。今に於いては、万事偏に院宣の趣を以て存じ行うべく候」（『玉葉』閏2月6日条）と表明して、後白河院に恭順する姿勢を示した。宗盛の発言を受けて、後白河院は公卿議定を開いて追討の中断を決定する。静賢が宗盛に議定の決定を伝えると、宗盛は追討使として平重衡を下向させることを理由に、追討のための院庁下文を発給することを要求した。静賢が「それでは話が違う」と抗議すると、宗盛は「頼盛・教盛等の卿を招き相議し、重ねて申さしむべし」と返答した（『玉葉』閏2月7日条）。親平氏派の四条隆季・中山忠親は、平宗盛の意向に沿った院庁下文の草案を作成する（『玉葉』閏2月9日条）。後白河院は草案を見て「全く拠る所がなく、然るべからざる内容だ」と反発したが、結局は宗盛の圧力に屈して追討の院庁下文を発給することになった。このように軍事問題に関しては平氏が主導権を握り、後白河院の意向が反映されることはなかった。後白河院は東国追討について融和策を考えていたらしく、源頼朝からの密奏を受けて宗盛に和平を打診する。和平案の内容は「古昔の如く、源氏平氏相並び、召し使ふべきなり」と平氏の立場にも配慮したものだったが、宗盛の拒絶により調停は失敗に終わる（『玉葉』8月1日条）。この時期の後白河院は平氏の圧力に対抗するため、八条院と緊密な連携を取っていた。さらに、4月10日に安徳天皇を八条頼盛邸から閑院に遷し（『吉記』）、11月25日に徳子が院号宣下を受けると殿上人を自ら清撰している（『明月記』12月1日条）。天皇と母后を平氏から引き離す狙いがあったと見られる。翌養和2年（1182年）3月には、藤原定能・藤原光能・高階泰経が還任して「去る治承三年解官の人々。去る冬今春の除目、過半還補」（『玉葉』3月9日条）となる。壊滅状態だった院政派が息を吹き返したことで、平氏は後白河院の動きに警戒心を強めていく。4月15日、後白河院が比叡山に御幸した時には、大衆が不穏な動きをしているという噂が流れ、平重衡が兵を率いて出動する騒ぎとなった（『百錬抄』『玉葉』）。ただし、九条兼実に代表される貴族層は日和見的態度を取ったため、後白河院も一挙に主導権を握ることはできなかった。後白河院は平氏に協力的な姿勢を示し、諸国荘園に院宣を下して兵粮米を徴収する（『吉記』3月17日条、26日条）。しかし養和の飢饉の影響で徴収は思うように進まず、吉田経房は「万民の愁い、一天の費え、ただこの事にあるか」と慨嘆している。8月14日、後白河院は第一皇女・亮子内親王を新たに安徳天皇の准母として送り込み皇后とする（『吉記』『玉葉』）。安徳天皇の准母には、それまでは清盛の後押しで近衛通子（基実の娘）が選ばれていた。准母は禁中に伺候し、行幸の際は幼帝と同輿するなど重要な機能を有していたため、政治の主導権を奪還するために必要な措置だったと推測される。9月には大嘗会の準備のため、院宣により追討が停止された（『吉記』9月14日条）。
寿永2年（1183年）2月21日、安徳天皇は初めて後白河院への朝覲行幸を行う（『百錬抄』『玉葉』『吉記』）。後白河院は逆修（生前に死後の冥福を祈る仏事）と日程が重なることから延期を希望していたが、平宗盛の強い要望で予定通りに執り行われた。宗盛は3月に追討使を発向させる準備を進めていたため、日程を変更する余裕はなかった。追討使の発向は遅れ、4月9日にようやく北陸征討が伊勢神宮以下16社に祈願され（『玉葉』）、4月17日、平維盛を総大将とする10万騎とも言われる大軍が北陸道に下向する（『百錬抄』）。しかし、平氏が総力を結集して送り込んだ追討軍は5月11日の倶利伽羅峠の戦いで壊滅し（『玉葉』5月16日条）、これまで維持されてきた軍事バランスは完全に崩壊した。7月22日には延暦寺の僧綱が下山して、木曾義仲軍が東塔惣持院に城郭を構えたことを明らかにした（『吉記』）。24日、安徳帝は法住寺殿に行幸するが、すでに「遷都有るべきの気出来」（『吉記』7月24日条）という噂が流れており、平氏が後白河院・安徳帝を擁して西国に退去する方針は決定していたと思われる。夜になると後白河院は平宗盛に御書を送り、「若し火急に及ばば何様に存じ御しまさしむべきか。期に臨んで定めて周章せしめんか。其の仔細を申さるべし」と探りを入れた。宗盛の「左右無く参入、御所に候ふべし」という返事を聞いて都落ちの意図を察知すると、25日未明、源資時・平知康だけを連れて輿に乗り法住寺殿を脱出、鞍馬路・横川を経て比叡山に登り、東塔円融坊に着御した（『吉記』7月25日条）。後白河院の脱出を知った宗盛は六波羅に火を放ち、安徳帝・建礼門院・近衛基通・平氏一族を引き連れて周章駆け出した。26日には公卿・殿上人が続々と後白河院の下に集まり、円融坊はさながら院御所の様相を呈した。27日、後白河院は錦部冠者（山本義経の子）と悪僧・珍慶を前駆として下山し、蓮華王院に入る。翌28日、公卿議定が開かれ、平氏追討・安徳天皇の帰京・神器の返還が議論された。中山忠親・藤原長方は追討よりも神器の返還を優先すべきと主張するが、木曾義仲・源行家軍が都を占拠しており、天皇・神器の回復の目処も立たないことから、「前内大臣が幼主を具し奉り、神鏡剣璽を持ち去った」として平氏追討宣旨を下す（『百錬抄』『玉葉』『吉記』）。ここに平氏は賊軍に転落し、義仲・行家軍が官軍として京都を守護することになった。
7月28日、後白河院は木曾義仲・源行家に平氏追討宣旨を下すと同時に、院庁庁官・中原康定を関東に派遣した。後白河院にとって平氏が安徳帝を連れて逃げていったのは不幸中の幸いであり、8月6日に平氏一門・党類200余人を解官すると（『百錬抄』同日条、『玉葉』8月9日条）、16日には天皇不在の中で院殿上除目を強行して、平氏の占めていた官職・受領のポストに次々と院近臣を送り込んだ。院殿上除目に反対していた九条兼実も「異議なし」と屈服し、「任人の体、殆ど物狂と謂ふべし。悲しむべし悲しむべし」（『玉葉』8月16日条）と憤慨している。後白河院は平時忠ら堂上平氏の官職は解かずに天皇・神器の返還を求めたが、交渉は不調に終わる（『玉葉』8月12日条）。やむを得ず、都に残っている高倉院の皇子2人の中から新天皇を擁立することに決めるが、ここで木曾義仲が突如として以仁王の子息・北陸宮の即位を主張する。九条兼実が「王者の沙汰に至りては、人臣の最にあらず」（『玉葉』8月14日条）と言うように、この介入は治天の君の権限の侵犯だった。義仲の異議を抑えるために御卜が行われ、20日、四宮（尊成親王、後の後鳥羽天皇）が践祚する。後白河院は義仲の傲慢な態度に憤っていたと思われるが、平氏追討のためには義仲の武力に頼らざるを得ず、義仲に平家没官領140余箇所を与えた（『平家物語』）。木曾義仲に期待された役割は、平氏追討よりもむしろ京中の治安回復だったが、9月になると略奪が横行する。たまりかねた後白河院は19日に義仲を呼び出し、「天下静ならず。又平氏放逸、毎事不便なり」（『玉葉』9月21日条）と責めた。義仲がすぐに平氏追討に向かうことを奏上したため、後白河院は自ら剣を与え出陣させている。木曾義仲の出陣と入れ替わるように、関東に派遣されていた使者・中原康定が帰京する。康定が伝えた頼朝の申状は、「平家横領の神社仏寺領の本社への返還」「平家横領の院宮諸家領の本主への返還」「降伏者は斬罪にしない」と言うもので、「一々の申状、義仲等に斉しからず」（『玉葉』10月2日条）と朝廷を大いに喜ばせるものであった。10月9日、後白河院は頼朝を本位に復して赦免、14日には寿永二年十月宣旨を下して、東海・東山両道諸国の事実上の支配権を与える（『百錬抄』）。ただし、後白河院は北陸道を宣旨の対象地域から除き、上野・信濃も義仲の勢力圏と認めて、頼朝に義仲との和平を命じた（『玉葉』10月23日条）。高階泰経が「頼朝は恐るべしと雖も遠境にあり。義仲は当時京にあり」（『玉葉』閏10月13日条）と語るように、京都が義仲の軍事制圧下にある状況で義仲の功績を全て否定することは不可能だったが、頼朝はあくまで義仲の排除を要求した。
後白河院と頼朝の交渉が容易に妥結しない中、閏10月15日に木曾義仲が帰京する。人々の動揺は大きく「院中の男女、上下周章極み無し。恰も戦場に交るが如し」（『玉葉』閏10月14日条）であったという。20日、義仲は頼朝の上洛を促したこと、頼朝に宣旨を下したことを「生涯の遺恨」と抗議し（『玉葉』同日条）、頼朝追討の宣旨ないし御教書の発給（『玉葉』閏10月21日条）、志田義広の平氏追討使への起用を要求するが、後白河院は拒絶した。11月4日、源義経の軍が不破の関にまで達した。この情報に力を得た後白河院は、7日、木曾義仲を除く源行家以下の源氏諸将に院御所を警護させる。16日には、延暦寺や園城寺の協力をとりつけて僧兵や石投の浮浪民などをかき集め、堀や柵をめぐらせ法住寺殿の武装化を進めた。行家は平氏追討のため不在だったが、後白河院は圧倒的優位に立ったと判断し、義仲に対して最後通牒を行う。その内容は「ただちに平氏追討のため西下せよ。院宣に背いて頼朝軍と戦うのであれば、宣旨によらず義仲一身の資格で行え。もし京都に逗留するのなら、謀反と認める」というものだった（『玉葉』11月17日条、『吉記』『百錬抄』11月18日条）。義仲から「君に背くつもりは全くない」という弁明があったが、17日夜に八条院、18日に上西門院と亮子内親王が御所を去り、入れ替わるように後鳥羽天皇・守覚法親王・円恵法親王・明雲が御所に入っていることから、義仲への武力攻撃の決意を固めたと思われる。19日、法住寺殿は木曾義仲軍の襲撃を受ける。院側は源光長・光経父子が奮戦したものの完膚なきまでに大敗し、後白河院は法住寺殿からの脱出を図るが捕らえられ、摂政・近衛基通の五条東洞院邸に幽閉された。この戦いで明雲・円恵法親王・藤原信行・清原親業らが戦死し、院政の象徴だった法住寺殿も炎上した（法住寺合戦）。義仲との対決は惨憺たる結果に終わったが、後白河院に「歎息の気」はなかったという（『玉葉』11月25日条）。五条殿の警備は「近日日来に陪し、女車に至るまで検知を加ふ」（『玉葉』12月4日条）という厳重なものだったが、12月10日、怪異のためという理由で、六条西洞院の平業忠邸に遷された（『吉記』12月10日条）。同日、後白河は義仲の恫喝により、頼朝追討の院庁下文を発給している。
寿永3年（1184年）正月20日、源範頼・義経軍の攻撃で木曾義仲は敗死した。解放された後白河院はすぐに摂政・松殿師家を解任し、翌21日、公卿議定を開く。最大の議題は、勢力を盛り返し福原まで進出していた平氏への対応だった。この席上で大炊御門経宗と徳大寺実定は、後白河院の叡慮により追討を主張する（『玉葉』正月22日条）。出席者の多くは神鏡剣璽の安全のため使者を派遣すべきという意見だったが、院近臣の藤原朝方・水無瀬親信・平親宗も「偏に征伐せらるべし」と主張した。それは「法皇の御素懐」であったという（『玉葉』正月27日条、2月2日条）。結果、26日に平宗盛追討の宣旨、29日に義仲残党追捕の宣旨が下されることになる（『玉葉』2月23日条）。後白河院にすれば、平氏が政権に復帰すると再び院政停止・幽閉となる恐れがあり、和平はありえなかった。2月7日、源範頼・義経軍は一ノ谷の戦いで平氏軍を壊滅させる。後白河院は捕虜となった平重衡を介して、平宗盛に神器の返還を求めた（『玉葉』2月10日条）。これに対する宗盛の返書には「6日に修理権大夫（修理大夫とすれば、藤原親信）から和平交渉を行うという書状が届いた。合戦してはならないという院宣を守り使者の下向を待っていたが、7日に源氏の不意打ちがあった」という内容が記されている（『吾妻鏡』2月20日条）。事実とすれば、後白河院の謀略が戦局に大きな影響を与えたことになる。2月25日、頼朝は平氏追討と東国安定のため、後白河院に「東海・東山・北陸道諸国への国司補任」「畿内近国からの軍事動員」を申し入れる（『吾妻鏡』同日条、『玉葉』2月27日条）。しかし前年からの平氏・木曾義仲による度重なる軍事動員・兵粮米徴収で、もはや京都の疲弊は限界に達していた。関東の威を募る武士の狼藉も頻発したことから、武士の狼藉停止・兵粮米停止の宣旨が下り（『玉葉』2月23日条、『吾妻鏡』3月9日条）、29日には義経の西国下向が延引となった（『玉葉』同日条）。
平氏追討は一時中断となり、遠征軍の大半は鎌倉に帰還する。義経は頼朝の代官として京都に残り、播磨・美作に梶原景時、備前・備中・備後に土肥実平、伊賀国に大内惟義、伊勢国に大井実春・山内首藤経俊、紀伊国に豊島有経らが配置されて、平氏・木曾義仲残党の追捕、兵粮米の確保に従事した。この時期、後白河院は「もし頼朝が上洛しないのなら、東国に臨幸する」とまで言い出すなど（『玉葉』2月16日条）、頼朝への期待は大きいものがあった。頼朝が上西門院蔵人であったことも、両者の関係に影響を及ぼしたと考えられる。3月27日の除目で、後白河院は頼朝を従五位下から一挙に正四位下に叙し（『百錬抄』同日条、『玉葉』3月28日条、『吾妻鏡』4月10日条）、6月5日には親鎌倉派の平頼盛を権大納言に還任させ、平氏の知行国だった三河・駿河・武蔵を頼朝の知行国（関東御分国）とした（『吾妻鏡』6月20日条）。7月、準備期間を経ていよいよ平氏追討が再開されようとした矢先に、伊賀・伊勢において平氏残党による大規模な蜂起が起こった（三日平氏の乱）。義経は平信兼の子息を邸に呼び出して誅殺すると、反乱鎮圧のため伊勢に下向した（『山槐記』8月10日条、12日条）。その直前の8月6日、後白河院は義経を、京都の治安維持を任務とする検非違使・左衛門少尉に任じている。頼朝はこの人事にすこぶる機嫌を損ねたという（『吾妻鏡』8月17日条）。京都を離れられなくなった義経に代わり、鎌倉に戻っていた範頼が再び西国へ下向した。（『吾妻鏡』8月8日条）。後白河院と頼朝は平氏追討という点では一致していたが、個々の人事になると双方の思惑に差があった。頼朝は平頼盛を介して、九条兼実を摂政にするよう働きかけていたが、後白河院は兼実が朝廷にほとんど出仕せず、諮問にも明確な返答を避けるなど非協力的態度が目立つことから、認めようとはしなかった。後白河院は近衛基通を擁護し、頼朝上洛の折には基通を頼朝の女婿とする計画を立てていたらしい（『玉葉』8月23日条）。9月18日の除目では「中納言十人の例は不吉」という声を無視して、藤原朝方・藤原定能・吉田経房を権中納言に任じている。さらに義経に対しては、治安を回復させた功績により検非違使のまま五位に叙し、院昇殿・内昇殿を許すなど厚遇を示した（『吾妻鏡』10月24日条）。
西国に下向した源範頼軍だったが、兵粮の欠乏・水軍力の不足・平氏軍の抵抗により追討は長期化の様相を呈した。年が明けた元暦2年（1185年）正月8日、危機感を抱いた義経は後白河院に四国に出撃することを奏上する（『吉記』正月8日条）。当初、後白河院は京都の警備が手薄になることを危惧して義経の出京に反対するが、義経は「範頼もし引帰さば、管国の武士等なお平家に属し、いよいよ大事に及ぶか」と反論し、吉田経房も「義経を発向させて雌雄を決するべきだ」と主張した。後白河院も最終的には義経の奏上を認めたらしく、正月10日に義経は出陣する。ところが2月16日に、後白河院は高階泰経を摂津国渡辺に派遣して「京中武士無きに依り御用心のため」という理由により、義経の発向を制止するという行動に出ている（『玉葉』同日条）。後白河院の対応は一貫していないが、木曾義仲に再三に亘り西国下向を命じていたのとは対照的に、義経を京都の治安責任者として信頼していたことがうかがえる。義経は泰経の制止を振り切って四国に渡ると平氏の本拠地・屋島を攻略、3月24日には壇ノ浦の戦いで平氏を滅ぼした。ここに5年近くに及んだ治承・寿永の乱は終結した。4月4日、義経より京都に平氏討滅の報告が届いた（『玉葉』『百錬抄』『吾妻鏡』同日条）。後白河院は高階泰経を介して使者を関東に送り、「追討の無為はひとへに兵法の功によつてなり」と頼朝の功績を称賛した。これに対して頼朝は「殊に謹悦」したという（『吾妻鏡』4月14日条）。21日、左大臣・経宗以下公卿十余人が集まり議定が開かれた。議題となったのは神器の入洛・捕虜の処遇・頼朝の恩賞であり、天皇・宝剣が失われたことが特に問題となった様子はない。25日、神器が京都におよそ2年ぶりに戻り、26日、平宗盛・時忠らの捕虜が見物人が群れを成す中、車で大路を渡された。27日、後白河院は頼朝を正四位下から従二位に叙す（『百錬抄』4月27日条、『玉葉』4月28日条、『吾妻鏡』5月11日条）。正三位は清盛の例、従三位は「指したる功の無い」源頼政の例と重なるため、忌避されたという（『玉葉』4月26日条）。同日、後白河院は追討の指揮官である義経を院御厩司に任じている（『吾妻鏡』文治5年閏4月30日条）。5月7日、平宗盛・清宗が鎌倉に送られた（『玉葉』『百錬抄』同日条、『吾妻鏡』5月15日条）。九条兼実は「配流の儀にあらず」としており、死罪は決定していたと思われる。20日、捕虜となった貴族・僧侶の罪名が宣下され、平時忠・平時実・平信基・藤原尹明・良弘・全真・忠快・能円・行命の9名が流罪となった。武士に対する処罰は厳しく、6月21日に平宗盛・清宗、23日に平重衡が斬首された。23日、宗盛父子の首は検非違使庁に渡されて梟首され、後白河院は三条東洞院で宗盛父子の首を見物している（『玉葉』『百錬抄』同日条）。
元暦2年（1185年）7月9日、京都を大地震が襲い、多くの建物が倒壊した。その後も余震が続いたことから、8月14日に改元が行われる（文治地震）。改元定では「建久」の号にほぼ決定していたが、摂政・基通が「近日武を以て天下を平げらる、文を以て治むるは宜しきに似るか」（『山槐記』8月14日条）と主張して、「文治」の号が採用された。8月27日、後白河院は大仏の開眼供養のため、八条院や公卿・殿上人を引き連れて東大寺に御幸する。翌28日の供養は多数の群集が集まり、盛大に執り行われた。鍍金されていたのは顔だけで未完成だったが（『玉葉』8月30日条）、後白河院は正倉院から天平開眼の筆を取り出すと、柱をよじ登って自らの手で開眼を行った（『山槐記』8月28日条、『玉葉』29日条）。法皇が自ら開眼を行った経緯については次のように伝わっている。8月21日に左大臣・大炊御門経宗と上卿・中御門宗家が式次第を定めた際には、仏師が開眼を行うことになっていた。ところが、開眼供養直前になって急遽法皇が筆に執ることとなった。『東大寺続要録』によれば、前夜に正倉院の勅封倉を開けさせて筆を取り出したと伝えられている。一方『山槐記』によれば、筆者の中山忠親が吉田経房から聞いた話として、式の当日朝に重源の勧めで決意したという。法皇に同行していた経宗は驚いて地震が起これば命の危険があると反対意見も出たが、後白河院は「開眼の際に余震が起きて足場の階段が壊れて命を失ったとしても後悔はしない」と述べて聞き入れなかった（『山槐記』）。後白河院の大仏再建にかける意気込みが感じられる。困り果てた廷臣たちは足場を組んで横板を渡した上、院近臣が先に上がって安全を確認した上で法皇を登壇させた。そのため、下から開眼の様子を覗こうとした参列者は横板に遮られて開眼の瞬間が見られなかったという（『東大寺続要録』）。なお、当日は京都にいた九条兼実は翌日になって事の次第を聞き、「（式次第には仏師が開眼するとあるから）さながら法皇は仏師になったことになる。これはいかなる前例によるのか？」（『玉葉』8月29日条）と呆れ返っている。
「文治」の号や大仏開眼には平和到来への願いが込められていたが、10月になると源義経・行家の頼朝に対する謀叛が露顕する（『玉葉』10月13日条）。後白河院は義経を制止しようとするが、義経は頼朝追討宣旨の発給を迫り、大炊御門経宗も「当時在京の武士、只義経一人なり。彼の申状に乖かれ若し大事出来の時、誰人敵対すべけんや。然らば申請に任せて沙汰あるべきなり」（『玉葉』10月19日条）と進言したことから、やむを得ず頼朝追討の宣旨を下した。しかし宣旨は下されたものの兵は思うように集まらず、11月3日、義経は京都を退去した（『玉葉』同日条）。その後、関東から武士が上洛して「二品忿怒の趣」を伝え（『吾妻鏡』11月5日条）、藤原範季が「法皇の御辺の事、極めて以て不吉」（『玉葉』11月14日条）と語るなど、院周辺は頼朝の報復に怯えて戦々恐々となった。後白河院は頼朝に「行家義経の謀叛は天魔の所為」と弁明したが、頼朝は「日本国第一の大天狗は、更に他の者にあらず候ふか」と厳しく糾弾する（『吾妻鏡』11月15日条、『玉葉』26日条）。頼朝にすれば義経の恫喝による追討宣旨はまだしも、義経・行家をそれぞれ九国・四国の地頭に補任したことは看過できなかった（『吾妻鏡』12月6日条、『玉葉』27日条）。11月24日、北条時政が千騎の兵を率いて入京する。28日には「守護地頭」の設置が奏請され（『吾妻鏡』『玉葉』同日条）、12月6日には「天下の草創」として兼実への内覧宣下、議奏公卿10名による朝政運営、「行家義経に同意して天下を乱さんとする凶臣」である平親宗・高階泰経・平業忠・難波頼経・葉室光雅・一条能成・藤原信盛ら14名の解官を内容とする廟堂改革要求が突きつけられる（『吾妻鏡』12月6日条、『玉葉』27日条）。ただし、平清盛・木曾義仲が40名に及ぶ近臣を解官・追放したり、院政停止や幽閉を断行したことに比べれば、遥かに穏便な措置だった。