米国愛国者法はその施行以後、大きな論争を巻き起こした。愛国者法に反対する者たちは、それが9月11日のテロ攻撃事件の後にご都合主義的に成立したと声高に主張した。彼らは愛国者法が上院を通過したのは拙速であり、成立前の変更はほとんど行われなかったと考えていた。（パトリック・リーヒ上院議員とラッセル・ファインゴールド上院議員は法律の最終案の改正を提案した）。愛国者法それ自体が本当に問題視されたのは、マイケル・ムーアが彼の物議を醸した映画である『華氏911』で取りあげてからであった。映画において、彼はジム・マクダーモット下院議員が上院議員で法案を読んだものはいないと主張している場面や、ジョン・コニャーズ・ジュニアが「我々は法案をほとんど読んでいない。君は我々が成立させようとしている法案をすべて読んでそれが本当に必要であると思っているのか？」と語っているシーンを撮影した。コニャーズ議員はそれから彼のレトリカルな質問について答え、彼らがしていることがあるとすればそれは「立法過程を遅らせることだ」と主張した。ドラマのような手法を使い、ムーアはそれからアイスクリーム屋を雇い、ラウドスピーカーとともにワシントン周辺をドライブし、通行人、それには数人の上院議員も含まれる、に対して愛国者法について読んで聞かせた。しかしながら、多くの人が愛国者法を読んだことがないことについて気づかせた批評家はムーアだけではなかった。ダリア・リトウィックとジュリア・ターンは、スレート誌に「とにかく、愛国者法はどれくらい悪いの？」と訊ねられたとき、彼女たちはそれが「言うことが難しい」と考え、そして次のように述べた。ACLUは、新しい概況報告書の公開を司法省に求めていますが、愛国者法が私たちの基本的な自由権のほとんどを危険にさらすものであるということを信じてほしいと思っています。アシュクロフトと彼の部下たちは法律の変化について、「わずかだが増えつつある」と言っています。ほとんどの人が法律を読んでいないので、それについて私たちが考え、知っていることのほとんどは間接的なものです。法律を擁護する人も反対する人も恐怖をあおり、ゆがめる罪を犯すことになるのです。愛国者法の論争で最も重要な例のひとつは、アメリカ合衆国対アントイン・ジョーンズの判例において示された。あるナイトクラブのオーナーが自宅で麻薬の取引に関わっていたことが彼の車に取り付けられていた法執行機関のGPS追跡装置を通じて分かり、その人物は起訴された。それが取り付けられたのは令状によるものではなく、そのことは裁判において連邦政府の検察官が量刑を要求する際において深刻な障害となった。裁判は数年にわたり、合衆国最高裁判所まで持ち越され、被告に対する有罪判決は覆された。裁判所は愛国者法のような法律が憲法によって保障された容疑者の権利が直接的な危険にさらされ、そのような監視による疑いが高まったと判断した。電子プライバシー情報センター（Electronic Privacy Information Center、EPIC）は、特に「法に従うアメリカ市民の私的な通信が偶発的に傍受されている可能性がある」愛国者法は違憲であると批判し、電子フロンティア財団は、無数の無実のアメリカ人の通信の秘密を侵す盗聴を許可するかどうかは「FBIに『白紙委任』する」ような低い基準が適用されているという意見を持ち続けていた。ロービング・タップを認める法律に問題はないと考える者もいる。ジョージタウン大学ローセンターのデビッド・D・コール教授は、愛国者法の多くの条項について批判している者のひとりであるが、プライバシーは敏感な問題であるが、やむを得ない代償であるという結論に至り、ヘリテージ財団法律司法研究所の法律研究部門シニアフェローであるポール・ローゼンズバイグは、ロービング・タップは迅速に変化する通信技術に対する単なる対応であり、特定の位置や装置に対する改善の必要はないと主張している。愛国者法の第2章はまた、盗聴の命令ではなく、捜査令状を通じたボイスメールへのアクセスを許可している。センター・フォー・デモクラシー・アンド・テクノロジーのジェームズ・デンプシーは、憲法修正第4条と愛国者法第2章に基づく盗聴は告知の重要性が不必要に見過ごされていると信じており、電子フロンティア財団は告知の条項の欠如について批判している。しかしながら、電子フロンティア財団の批判はもっと進んだものだった。彼らは改正「は合衆国憲法修正第4条に違反している可能性がある」と信じていた。なぜなら以前にFBIがボイスメールを違法に聴取していたなら、 それは被告人に対する証拠としてそのメッセージを使ってはならないからである。他の者たちはこれらの考えに同意しなかった。ジョージ・ワシントン大学法学研究科のオリン・カー教授は、ECPAが「インターネットサービスプロバイダによって蓄積されたボイスメールを規制するためにかなり奇妙なルールを採用した」と信じていた。なぜなら「ECPAによれば、もし政府がある人の寝室に公開されていないプライベートなメッセージのコピーがあり、別のコピーが彼らの手元に蓄積されたボイスメールがあることを知っていたら、FBIはただ単純にボイスメールを獲得しただけで法令違反を犯したことになる。法律は警察に実際に家宅捜索をさせ、寝室をくまなく捜索することによって獲得することを求めており、プライベートなボイスメールについて、これ以上障害となるようなことはない」。カー教授の意見において、これはほとんど意味をなさず、米国愛国者法による改正は適切なものであり意義のあることだった。米国愛国者法に対する裁判による司法権の介入の拡大により、全国規模の捜査令状の発行を許容したことは、電子フロンティア財団の意見の正しさを証明した。彼らは当局が「捜査令状に関して法執行機関に対する強い偏見を持つ裁判官、それらの裁判官が少なくともノーと言いそうであるということを利用するだけで、、もし令状が憲法修正第4条の厳しい要求を満たしていなくても、『選ぶ』ことができ」、そしてそれにより、より小さなISPまたは電話企業が裁判で令状に異議を申し立てることによって彼らの顧客のプライバシーを保護しようとすることを少なくすることができるようになるだろうと信じていた。彼らがそう考えた理由は「ニューヨークの裁判所が令状を発布する前に、そのような令状による命令を受けたある小さなサンフランシスコのISPは公表できるような記録を持っていないだろう」というものだった。彼らはこれは悪いことだと信じていた。なぜなら通信事業者がそのことを知ることができないばかりに、令状に異議を申し立てることができるないだけだからである。多くの令状は一方的に発布され、それは命令の対象者は、命令が出されたときにその場にいないことを意味する。一時的に、米国愛国者法は「スネーク・アンド・ピーク 」捜査令状の発布を許可した。EPICやACLUは修正第4条違反だとして愛国者法を強く批判し、ACLUはそれを批判する広告を流し続け、その廃止を呼びかけた。しかしながら、 マンハッタン政策研究所の研究員であり、ニューヨーク・シティ・ジャーナル誌への寄稿者であるヘザー・マクドナルドなどの改正を支持する者たちは、それが必要であるという信念を述べた。なぜなら捜査命令の通知における一時的な遅れは捜査の対象となっているテロリストの当局への密告の妨げとなるからである。2004年、FBIのエージェントは捜索のためにこの条項を利用し、マドリードの列車爆破事件に関与しているとの容疑がかけられ、2週間もの間、誤って収監されていたブランドン・メイフィールドの家を秘密裏に調査した。アメリカ政府はメイフィールドと彼の家族に対して公式に謝罪し、メイフィールドはそれ以上裁判にかけられることはなかった。2007年9月26日、アン・エイケン裁判官は、実際には、愛国者法により、メイフィールドに対する不適切な捜査が行われ、修正第4条に違反していたと判断した。テロリズムへの物質的な支援を規制する法律は、議論の余地があることが証明された。それは電子フロンティア財団により、結社の自由を侵害していると批判された。電子フロンティア財団はこの法律が施行されたのはアパルトヘイト政策が行われていた頃であり、アメリカの市民はアフリカ民族会議（ANC）を支援することができなかったと主張した。電子フロンティア財団はアフリカ民族会議がテロリスト組織として分類されていたと信じている。彼らはまた、イスラエルとパレスチナの紛争により傷ついた子供をどのように救護するかをハマスのメンバーに訓練することができない人道的な活動を行うソーシャルワーカーや、IRAのメンバーに国際法について教えることができない弁護士、効果的な平和交渉や人権侵害を国連へ申請する方法を教えることができない平和維持活動に従事する職員を例にとりあげた。別の組織、人道法プロジェクトもまた、テロリストに対する「専門家による助言と支援」を禁止する条項に異論を唱え、アメリカ政府に対してそれが違憲であることを明らかにするために訴訟を提起した。彼らの訴訟は成功し、連邦裁判所は、愛国者法が相当の理由がある人が法律に違反しているかどうか予想することができないほどあいまいであると判断した。こうして彼らは、愛国者法が修正第1条によって保障されているアメリカ市民の権利を侵害し、それを無意味なものにしていることを明らかにした。おそらく最も大きな論争を巻き起こしたもののひとつは、FBIによる国家安全保障書簡の使用である。なぜならそれらは裁判所が命令することなくFBIに電話、Eメール、資産管理記録を捜索することを許容したからであり、それらは多くの集団から批判された。2005年11月、ビジネスウィーク誌は、FBIがラスベガスの企業を標的として、1万通の国家安全保障書簡を発行し、1000万件の資産、信用、雇用、医療記録を獲得したと報じた。標的となった企業のなかにはカジノや倉庫業者、レンタカー会社が含まれていた。司法省の職員は匿名で、そのような要求は米国愛国者法の第505条によって認められており、要求の数の多さにもかかわらず、「我々は裁判所を裏でせかすようなことはしていない」と主張した。しかしながら、このことが明らかになる前までに、ACLUは裁判で国家安全保障書簡の合憲性について争っていた。2004年4月、彼らは政府が明らかにされていない理由で、ある不明のインターネットサービスプロバイダに国家安全保障書簡を送り付けたことについて、政府を相手に訴訟を提起した。ACLU対司法省事件において、ACLUは、国家安全保障書簡は合衆国憲法修正第1条違反であると主張した。なぜなら米国愛国者法はすべての法的な過程について詳細に説明しておらず、 それによって電話またはインターネット会社が国家安全保障書簡の召喚令状について裁判で争うことができなかったと主張した。裁判所はこれに同意し、召喚令状の受取人が裁判で争うことができないことは違憲であると判示した。議会は後にこのことを再認証法のなかで改善しようとしたが、彼らは非公開条項を取り除かなかったので、連邦裁判所は再び国家安全保障書簡は違憲であると判示した。なぜならそれらは裁判で意義のある司法審査を妨げていたからである。別の米国愛国者法の条項は、図書館の職員たちを大いに驚愕させた。第215条は、FBIが捜査において国際的なテロリズムまたは秘密裏に行われる諜報活動から国家を保護するため、支援のための物資の生産に対する命令のために適用することを許容している。対象となりうる「有形物」のなかには、「書籍、記録、文書、資料や他の品目」が含まれる。条項の支持者たちは、これらの記録は第三者によってが所持されているものであり、それゆえ市民のプライバシーに対する適切な期待から免除され、FBIによって条項が濫用されることもないと指摘した。それを証明するため、ジョン・アシュクロフト司法長官は2003年に情報を公開し、第215条による命令は未だかつて使われたことはないことを示した。しかしながら、抗議とは裏腹に、アメリカ図書館協会は条項に強く異議を唱え、図書館帯出記録は企業活動記録とは根本的に異なっており、条項が言論の自由における萎縮効果をもたらしていると信じていた。協会は非常に警戒し、彼らは米国愛国者法を非難する声明を発表し、会員に言論の自由と利用者のプライバシーの保護を守ることを求めた。彼らは図書館の職員に捜査令状に従う前に法的な助言を求めることを模索し、会員には法的に必要とされるまで可能な限り長く記録を手渡さないことだけを助言した。その後、図書館の職員は、記録をばらばらにしてそのような命令に従うことを避けるようにしたと報告された。2005年、ACLUとともに図書館帯出記録の口外禁止規定に対して立ち上がり、コネチカット・フォーとして知られるコネチカット州の図書館の27か所の非営利目的の協会は、米国愛国者法について世論を喚起しようとした4人の市民を黙らせるための第505条に基づく政府の権限について、訴えを提起した。この事案はジョン・ドウ対アルベルト・ゴンザレス事件として知られるようになった。2006年5月、 政府はついに口外禁止規定を維持するための法廷闘争を諦めた。コネチカット・フォーと彼らによる米国愛国者法との戦いの結末について、バーバラ・ジョーンズは次のように記している。「図書館の職員は彼らの国における表現の自由の保護と国家の安全保障の保護とのあいだの法的な均衡について理解する必要があった。多くの図書館の職員は、国家の安全保障の保護法益と同じくらい読書の自由に対する萎縮効果は重要であるという根拠になったと信じていた」。米国愛国者法の論争の側面について示すもうひとつの事例は、司法長官がテロリストによる行為の原因となりうると判断したすべての外国人に対してあいまいな拘束を許容する移民条項である。米国愛国者法が成立する以前、ワシントン大学法科大学院の法学部助教授であり、シドラー法律商業技術センターの所長であるアニタ・ラマサストリーは、合法的な永住権を持つものを含め、アメリカへの移民の基本的な権利を奪う法律を告発していた。彼女は、「秘密の証拠によるあいまいな拘束、米国愛国者法が許容する、とはターリバーンのような組織の正義ではなく、我々のものである。我々の主張は、もし我々が同盟国の国民をも投獄するような基本的なアメリカの公正と正義の保障を欠く法律の成立を許すなら、テロリストに対する国際的な連携を構築しようとする我々の試みが、深刻な打撃を受けるだろうというものである」と警告した。多くの他の者もまた、強く条項を批判している。ラッセル・ファインゴールドは、上院本会議において、条項は「基本的な憲法が求める手続の過程と公正さの水準さえ欠いた審査不足の状態に陥っており、もしそのままなら、司法長官がわずかな容疑によって人を拘留することを許容しかねない」と主張した。カリフォルニア大学はあいまいな拘束を（その他のことよりも）非難する決議を可決し、ACLUは「移民の運命を決める予測のできない新しい権限...状況はより悪くなる、もし外国人が彼らを受け入れる国を持たなければ、彼らは裁判を受けることなく拘留されてしまう」権限が司法長官に与えられたことを告発した。米国愛国者法のもうひとつの憲法上の論点は、ブリティッシュコロンビア州に在住カナダ人のプライバシーへの影響である。ブリティッシュコロンビア州プライバシー委員会の委員長は、米国愛国者法は、アメリカ政府が、外注されたアメリカの企業にカナダ人の医療記録のようなプライベートな情報へのアクセスを許容するのではないかと危惧している。ブリティッシュコロンビア州政府は、アメリカ政府当局が情報を獲得することを防ぐための手段を講じ、法律の整備によりカナダにおける米国愛国者法の権限の拡大の問題は克服された。ブリティッシュコロンビア州プライバシー委員会のデビッド・ルウキデリス委員長は、報告書において、米国愛国者法の問題の結末について、「かつて情報は国境を通って送られていた、それは難しいことだが、それが不可能でないならば、制御することはできる」と述べた。彼らのプライバシーを守るための努力の一環として、2004年10月21日、ブリティッシュコロンビア州は情報の自由とプライバシーの保護法（Freedom of Information and Protection of Privacy Act（FOIPPA）の改正法を成立させた。これらの改正は、「サービスの提供者によるブリティッシュコロンビア州の公的機関のデータの格納、アクセス、および公開」について、より厳しい制限を設けることを目的としている。これらの法律はカナダの公的機関のデータのみを対象としており、国境をまたがるあるいは民間企業のデータは対象の範囲ではない。公的機関の組織には、2000に上るとみられるの「政府省庁、病院、保健所、大学や短大、教育委員会、特別行政区政府といくつかの王立企業と協会」が含まれる。これらの法律により、多くの企業は、現在特に彼らが所有している敏感なデータの取り扱いについて、アメリカ以外の国に発注先を求めている。ノバスコシア州では、米国愛国者法によるデータ収集の手段から州を守るための法的措置が講じられた。2007年11月15日、ノバスコシア州政府は、ノバスコシア州の住民の個人情報が米国愛国者法によって持ち出されることを防ぐことを目的とした法律を成立させた。法律は、「個人情報が国際的に公開されることを防ぐための新しい法律（The new Personal Information International Disclosure Protection Act）」と題された。法律の目的は、個人情報が公開されることから保護することとともに、それができなかった場合の処罰を定めることである。マーレイ・スコット司法大臣は、「この法律は、ノバスコシア州の住民の個人情報の保護を確実にすることに役立つだろう」と述べた。法律の概要は、公的機関、特別行政区とサービス提供者の義務と、これらの責任が果たされなかった場合のその後について述べている。2013年6月にNSAとそのPRISMプログラムによるアメリカ人の通話記録の収集が明らかになり（詳細はen:Global surveillance disclosures (2013–present)を参照）、米国愛国者法の濫用が疑われ、2001年に愛国者法を議会に提出したウィスコンシン州選出で共和党所属のジム・センセンブレナー下院議員は、国家安全保障局はその限界を超えてしまったと述べた。彼は声明を発表し、「私は国家の安全保障と公民権とのバランスについて、おおよそ愛国者法を信じていたが、私は濫用の可能性についても常に懸念していた」と述べた。彼は加えて、「何百人もの無実の人々の通話記録を収集することは行き過ぎであり、アメリカにとってふさわしくないことだ」と述べた。