クラブの経営危機により前任者らは去ったが、クラブに残ったミヒャエル・ツォルクや、CEOに就任したハンス・ヨアヒム・ヴァツケらが中心となって経営再建を進めることになった。また、2008年に引退したラーシュ・リッケンがユースチームを担当し、チームは若手育成中心の体制となった。2006-07シーズン、トマーシュ・ロシツキーをアーセナルへ、ヤン・コレルをASモナコへ放出。リーグ戦での不振によりファン・マルワイクは前半戦終了を待たずに解任された。最終的に9位で終えるも一時は残留争いに巻き込まれた。2007-08シーズンはDFBポカールで準優勝しUEFAカップの出場権を得たものの、国内リーグでは1999-2000シーズン以来の二桁順位となる低迷が続いたが、平均観客動員はブンデスリーガで1位、欧州主要リーグ全体でもレアル・マドリードやマンチェスター・ユナイテッドFCに続く3位となる7万3000人弱を記録している（ホームスタジオの最大観客数8万3000人）。シーズン限りでクリスティアン・ヴェアンスが現役引退。2008年夏、1.FSVマインツ05を躍進させたユルゲン・クロップ監督を招聘した。新加入のDFネヴェン・スボティッチがブレイクを果たし、リーグ2位の37失点と鉄壁を誇った守備陣を支えた。25節から7連勝で順位を上げ、UEFAヨーロッパリーグ出場権まであと一歩の6位に入った。ホームでは8勝9分と無敗で、シーズンを通しての敗戦数5はリーグ最少だった。2008-09シーズン終了後にFWアレクサンダー・フライが母国のFCバーゼルに復帰したが、CSDコロコロで36試合出場34得点を挙げたパラグアイ代表FWルーカス・バリオスを獲得するなど、戦力維持に努めた。2010年夏、Jリーグ1部・セレッソ大阪のMF香川真司らを獲得。香川を始めケヴィン・グロスクロイツ、マリオ・ゲッツェ、ロベルト・レヴァンドフスキらがブレイクし主力の多くが23歳以下、スタメンの平均年齢が22～24歳という若いチームが完成、序盤から勝ちを積み重ねたチームは2010-11シーズン前半戦終了時点でブンテスリーガ史上第2位となる勝ち点43を達成し首位で折り返し、圧倒的な強さで9シーズンぶり7度目の優勝を飾った。2011年11月のチームの収支報告では、収入は前のシーズンの1億100万ユーロから大きく増えて1億5000万ユーロに、利益はチーム史上最高額の950万ユーロを記録した。一時は1億4000万ユーロ近くまで膨れ上がった負債額も、5600万ユーロと大幅に減らしている。2011-12シーズン、UEFAチャンピオンズリーグ 2011-12ではグループ最下位で敗退、リーグ戦も低調なスタートに沈むも、その後はブンデスリーガ新記録となるリーグ戦28試合無敗・勝ち点81を成し遂げ、優勝を争うバイエルン・ミュンヘンとの直接対決を香川の活躍などで2戦2勝と制するなど安定した強さを見せ、2シーズン連続8回目の優勝を達成した。さらに、DFBポカール決勝でもバイエルンを破りクラブ創設史上初の国内2冠を達成した。2012-13シーズン、マルコ・ロイスを獲得。香川真司をマンチェスター・ユナイテッドへ放出。リーグではバイエルンの独走優勝を許し3連覇を逃す。DFBポカールは準決勝で敗退した。UEFAチャンピオンズリーグ 2012-13では、グループリーグでレアル・マドリード、マンチェスター・シティといった強豪と同組となるもグループ1位で突破。決勝トーナメントでも準決勝でマドリードを下し決勝に進出するも、決勝でバイエルンに敗れ16シーズンぶりのCL制覇を逃しチームは3シーズンぶりの無冠に終わった。2013-14シーズン、マリオ・ゲッツェをバイエルンへ放出したが、シャフタール・ドネツクでリーグ得点王となったアルメニア代表MFヘンリク・ムヒタリアン、ASサンテティエンヌからガボン代表FWピエール＝エメリク・オーバメヤンを獲得した。リーグでは前年に引きつづき2位。UEFAチャンピオンズリーグ 2013-14では、決勝トーナメントに進出するも、準々決勝でマドリードに1勝1敗、得点2戦計2-3で敗れる。ベスト8止まりで終わる。2014-15シーズン、バイエルン二冠のため、ドルトムントがリーグ2位として出場した2014 ドイツスーパーカップでは2-0で勝利した。ロベルト・レヴァンドフスキをバイエルンへ放出したが、トリノFC所属でセリエA2013-2014シーズン得点王のチーロ・インモービレ、ヘルタからアドリアン・ラモスを獲得し、マンチェスター・ユナイテッドから香川真司が2シーズン振りに復帰した。対戦相手に戦術が研究され尽くしたことや、放出したレヴァンドフスキの穴を埋められず、新戦力が軒並み不振に陥ったことで、リーグ戦では前半戦を最下位で折り返すなど混迷を極め、シーズン途中にしばしばクロップの解任論が出ていた。しかし、ウインターブレイク後の後半戦から、マルコ・ロイス、ピエール＝エメリク・オーバメヤンが得点を重ね、ヘンリク・ムヒタリアンと香川を加えた攻撃陣を中心にチームは息を吹き返して徐々に順位を上げていく。シーズン中の2015年4月15日、本拠地であるジグナル・イドゥナ・パルクで記者会見を開き、ユルゲン・クロップ監督の今季限りでの退任を発表した。クロップとの契約は2013年10月の時点で、期間を2018年まで延長していたが、今季の状況を受けハンス・ヨアヒム・ヴァツケ (CEO) などと会談、最終的にそれを途中解除の形での辞任となった。後半戦での最下位からのV字回復によって最終的にリーグ戦は7位に終わり、CL出場権は逃したもののEL出場権を獲得。チャンピオンズリーグでは決勝トーナメント初戦でユヴェントスに合計スコア1-5で敗れベスト16で終了。DFBポカールでは、準決勝でバイエルンをPK戦の末に破って決勝進出するものの、ヴォルフスブルクに敗れて優勝を逃し、クロップの最終年をタイトルで飾ることは叶わなかった。シーズン終了後にセバスティアン・ケールが現役引退。クロップは、2008年にドルトムントの監督に就任して以降、「ゲーゲンプレッシング」と呼ばれる特徴的なプレッシングと選手の平均年齢が若いことを踏まえ、走力と速度を活かす戦術を創りあげ、その結果、7年間で3つのタイトル（ブンデス2度、ポカール1度）を得る結果をもたらすなど、チームの｢復興｣を印象づける功労者といえる存在だった。しかし、クラブの厳しい財政事情により、成長し活躍する選手を強豪チームに売却するというクラブの方針から、チームのやりくりには都度工夫を強いられた。2015年4月19日、後任として元1.FSVマインツ05監督トーマス・トゥヘルを新監督に迎える旨発表があった。契約は2015年7月1日より3年間。2015-16シーズンは、トゥヘルが監督に就任。昨シーズン後半戦に活躍した主力選手の多くが残留した。移籍市場ではゴンサロ・カストロ、ユリアン・ヴァイグル、アドナン・ヤヌザイらを獲得した。また、昨年まではゲーゲンプレスをベースにしていたが、4-3-3をベースに4-2-3-1、4-4-2、3バックなどさまざまなシステムを使用した。UEFAヨーロッパリーグでは、決勝ラウンドでポルト、トッテナムを下し躍進をしたが、8強でユルゲン・クロップ率いるリバプールに敗退。2016-17年、トゥヘル体制2年目。夏の移籍市場ではフンメルス、ギュンドアン、ムヒタリアンといった主力が流出。そのため、ローデ、バルトラ、ゲッツェ、シュールレを獲得。また、ゲレイロ、ウスマン・デンベレ、モルといった若い選手を中心に戦力を補強した。2017年4月12日、欧州CLの試合の前に爆発事件によってDFマルク・バルトラが負傷する事態に見舞われるも香川真司の活躍もあってASモナコを相手に2-3と健闘を見せたが、成績不振により2016年度をもって退任。2017-18シーズンはアヤックスで指揮をしていたピーター・ボスを新監督に迎えた。夏の移籍市場ではマフムド・ダフード、エメル・トプラク、マクシミリアン・フィリップらを獲得した。2月4日、ライプツィヒ戦で、相手クラブや幹部らを侮辱する垂れ幕が、ドルトムントサポーターにより大量に掲げられた。これによりドイツ連盟は、18日ホームでのヴォルフスブルク戦でスタンド全体の無観客試合と罰金１０万ユーロ（約１２００万円）を科しており、クラブ側が受け入れを発表した。序盤は好スタートをきったものの徐々に失速し、ボス監督が成績不振により解任。後任には前ケルン監督のペーター・シュテーガーが就任した。就任時には8位だったクラブを4位へ押し上げ、UEFAチャンピオンズリーグ 2018-19の出場権を獲得し、シーズン終了後に退任した。2018年5月22日、リュシアン・ファーヴルの監督就任が発表された。夏の移籍市場ではトーマス・デラネイ、アブドゥ・ディアロ、マリウス・ウォルフ、アクラフ・ハキミ、アクセル・ヴィツェルなどを獲得した。ヴィツェル、ディアロら新戦力が早々とチームにフィットして守備が安定、また攻撃もトップ下で新境地を開拓した主将ロイスを絶対的な軸に、途中出場から驚異的なペースで得点を重ねるパコ・アルカセルや期待の若手ウインガー、ジェイドン・サンチョがブレイクし、攻守ががっちり噛み合ったチームは開幕から15戦無敗(12勝3分)をキープし15勝3分1敗の首位でリーグを折り返し、CLでもアトレティコ・マドリードをホームで4-0で粉砕するなどしてグループステージを首位通過と前半戦は「無敵」とも形容される結果を出した。冬の移籍市場では香川真司をベシクタシュへレンタル、クリスティアン・プリシッチのチェルシーへの完全移籍が決まった。後半戦も勢いを保っていたが、2月5日のDFBポカールラウンド16・ヴェルダー・ブレーメン戦でロイスが負傷、1ヶ月離脱。するとその間、リーグは3連続引き分け、CLはラウンド16でトッテナムに0-3で敗れるなど一転して全く勝てなくなった。ロイス復帰後も他の故障者が増えてパフォーマンスが落ち、CLも成すすべなく2戦合計0-4で敗退。リーグも第28節のバイエルン戦に0-5で完敗すると、すぐ後の「ルール・ダービー」も落とし、とうとう2位に転落、そのままバイエルンに追いつけず2位で終了した。