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ジューコフは参謀総長のアレクサンドル・ヴァシレフスキー大将とともに、100万人の将兵と戦車980両で両側面のルーマニア軍を粉砕し、スターリングラードの第6軍を逆包囲するという「天王星」（ウラヌス）作戦を立案した。1942年9月12日、モスクワに戻ったジューコフはヴァシレフスキーと共に参謀本部で反攻計画の立案を開始したと回顧録に記している。回顧録によると朝から晩まで作戦を検討した結果、攻撃的防御でドイツ軍を疲弊させた後、スターリングラード周辺で大規模攻勢を実施する反攻計画をスターリンに提出した。スターリンはすぐには裁可せず、検討を約束し、9月末に承認した。しかしスターリン執務室の面会記録によるとこの時期にスターリンとジューコフが面会した記録はない。1957年ジューコフが失脚した時、フルシチョフはエリョーメンコと共に天王星作戦は自分達が立案したと主張し、ジューコフは不当に手柄を盗んだと批難された。ジェフリー・ロバーツは回顧録を執筆したジューコフが自身の名誉を守るために、この逸話を作ったと分析している。ジューコフは10月序盤には各指揮官を集めて作戦の説明をしており、作戦に参加したドン・スターリングラード・南西の三戦線がジューコフに意見書を提出している。ジューコフが天王星作戦の立案・実行において大きな役割を果たした事実を裏付ける資料は多い。反対にフルシチョフとエリョーメンコが作戦立案に関わったことを裏付ける資料は存在しない。天王星作戦は1942年11月19日、ドン・スターリングラード・南西の三戦線が協同して始まった。3500門の火砲が作戦の火蓋を切り、北からヴァトゥーチン指揮下の南西戦線が、南からエリョーメンコが指揮するスターリングラード戦線が攻勢を開始し、ロコソフスキーが指揮するドン戦線が両戦線を支援する。ヴァトゥーチンとエリョーメンコはカラチを到達目標とし、スターリングラードの第4装甲軍と第6軍、さらにドン丘陵に展開する敵部隊を包囲する壮大な二重包囲作戦だった。作戦は極秘とされ、入念なマスキロフカ（欺瞞作戦）が実施された。赤軍の欺瞞工作は見事にドイツ軍を欺き、天王星作戦は想定以上の大成功を収めた。包囲した第6軍、第4装甲軍、ルーマニア軍約20万の生存者9万を1943年2月2日に降伏させ、ドイツ東部戦線の転換点を実現した。一方で中央軍集団の殲滅を試みた火星作戦は失敗に終わっている。デビッド・M・グランツはジューコフの立案した作戦は楽天的であまりに野心的だったと述べている。ジューコフはヴャジマ・ルジェフの突出部を切り取り2個軍を殲滅する計画を建てた。第一段階でコーネフの西部戦線とプルカエフのカリーニン戦線がルジェフの第9軍を殲滅、第3打撃軍がヴェリーキエ・ルーキを奪還しヴィテプスクに到達する、第二段階でスモレンスクまで到達して包囲網を形成、中央軍集団を一気に殲滅する。第一段階の攻勢は火星作戦と命名され天王星作戦と並行して準備が進められた。西部戦線とカリーニン戦線は南北からルジェフを攻撃し包囲を試みたが、ドイツ第9軍は抵抗拠点を複数形成し十分な数の機動予備を備えていた。スターリングラードのような両翼包囲には失敗し、機動予備を投入した第9軍の反撃で逆に赤軍の攻勢部隊が包囲された。ヴェリーキエ・ルーキを攻撃した第3打撃軍も攻めあぐみ火星作戦は作戦中止を余儀なくされた。一方で第9軍の損失も大きく、包囲殲滅を恐れたヒトラーはルジェフ突出部の放棄を命令。第9軍は後方の水牛線に撤退し、新たな機動予備22個師団を抽出したが、同時にモスクワへの新たな攻勢は完全に潰えた。デニス・ショウォルターは火星作戦が作戦的戦術的には転機となり、主要戦区において赤軍が若気の過ちを犯した最後の機会になったと述べている。ジューコフは自身の回顧録で火星作戦は天王星作戦支援のため、中央軍集団の戦力を誘引する事が目的だったと記している。デビッド・M・グランツはジューコフの主張に異を唱え、火星作戦は天王星作戦と同規模の独立した大作戦であり、ジューコフは天王星作戦よりも火星作戦に時間をかけたと主張している。ソ連のメディアでも火星作戦は天王星作戦と同格に扱われたが、失敗が明らかになると紙面から消えた。一方でジェフリー・ロバーツは火星作戦は中央軍集団に打撃を与え戦線を縮小させたと評価し、火星作戦の成果を過小評価してはならないと述べている。天王星作戦と火星作戦の成果はスターリングラードやヴャジマ・ルジェフにおける包囲だけではなかった。より大きな包囲網の中に中央軍集団と南方軍集団を捕えることこそ重要な課題だった。スターリンとジューコフはこれらの作戦で戦争そのものに勝利しようと考えていた。1942年12月、ジューコフは「スターリンのお気に入り」としてタイム誌の表紙を飾った。1月18日には天王星作戦の功績でソ連邦元帥の称号を授与され、28日には1等スヴォーロフ勲章を授与された。政府機関紙イズベスチヤはジューコフを将軍達の筆頭にすえ、モスクワ、レニングラード、スターリングラードで勝利した才能あふれる勇敢な指揮官と称賛した。
1943年1月にはレニングラードに戻り、最高司令官代理としてレニングラード・ヴォルホフの両戦線がレニングラードの解放を目指す閃光（イスクラ）作戦を統括した。1月12日に作戦は始まり、18日にはレニングラードと郊外を結ぶ道路と鉄道の確保に成功した。確保したルートはわずか数マイルに過ぎず、デヴィッド・M・グランツは包囲にひびを入れた程度だと表現している。1月下旬にモスクワに戻ったジューコフはドイツ北方軍集団を包囲する北極星作戦の準備に取り掛かった。チモシェンコが指揮する北西戦線はナルヴァとプスコフへと進撃し、レニングラード・ヴォルホフの両戦線が支援する。一個野戦軍と一個戦車軍からなる特別軍集団がスタラヤ・ルーサ周辺に展開し、内側の包囲網を挟む重大な役割を担った。作戦が始まるとジューコフは北西戦線に移り、全てを統括した。デミャンスク突出部のドイツ第16軍の殲滅を目指し、第1打撃軍が攻勢を開始したが失敗した。ジューコフはスターリンに、作戦目標を縮小しスタラヤ・ルーサ周辺の制圧にとどめると電報を送った。数週間かけてスタラヤ・ルーサ周辺の制圧を試みたが失敗し、北極星作戦は失敗に終わった。
ジューコフは大祖国戦争の分水嶺となったクルスクの戦いで3つの役割を果たしている。第一に戦闘計画の母体である戦略構想を策定した。第二に主力となる中央戦線、ヴォロネジ戦線の戦闘準備を統括した。第三に戦闘時に最高司令官代理としてブリャンスク、中央、ステップの各戦線の関係を調整し、作戦を成功に導いた。戦略、作戦、戦術と全ての次元でジューコフは大きな役割を果たした。エーリッヒ・フォン・マンシュタインの南方軍集団がハリコフで反撃に転じると、ジューコフはスターリンに呼び戻された。ジューコフは戦略予備の投入でマンシュタインの反撃を食い止め、クルスクに大規模な突出部が形成された。最高司令官代理として各方面の作戦を指導する一方で、ジューコフは赤軍の改革にも尽力した。各野戦軍には最高司令部直轄の支援特科部隊が配属され、全ての軍が可能な限り砲兵と工兵による支援が保障された。また1941年に廃止された機械化軍団が復活、1943年1月には最大単位の戦車軍が複数編成され新たな攻勢の主役を担った。指揮系統上問題となっていた二重指揮権も解消され、政治将校の権限は抑制され軍の一元的指揮が復活した。3月中旬スターリンはジューコフをヴォロネジ戦線に派遣、ドイツ軍の調査を命じた。1943年夏の戦いに備えジューコフは参謀総長ヴァシレフスキーと共同で防御戦に転じて、ドイツ軍の兵力を吸収・消耗させる新たな戦略案を提出した。4月8日ジューコフはクルスク突出部に対するドイツ軍の攻勢計画を予想し、スターリンに防御戦の有効性を説明した。「我が軍が先手を取って、敵に先んじて攻勢を行うのは得策とは思えません。敵は依然として強力な戦力を保持しているからです。よって、我が軍は防備を固めて敵に先手を取らせ、無理な攻勢で敵の戦車を消耗させ、敵が疲弊して限界に達した段階で、温存していた予備兵力を投入して逆襲に転じ、敵主力を一気に撃滅するのが得策であろうと考えます」4月12日の戦略会議でスターリンはジューコフの作戦計画に反対し、即時攻勢を求めた。ジューコフはヴァシレフスキーと共に防御は新たな攻勢への布石だと説明し、スターリンを納得させた。戦略会議にはジューコフとヴァシレフスキーに加え参謀本部作戦部長のアレクセイ・アントーノフ大将も参加した。ジューコフはアントーノフを高く評価し、「アントーノフは類まれな才能に恵まれた将軍である。教養も深く人をひきつける。参謀本部の戦略や戦術に関する話を彼から聞くのは、いつも楽しかった。」と述べている。参謀総長のヴァシレフスキーが前線の調整に赴くと、アントーノフが事実上の参謀総長として役割を果たした。スターリン、ジューコフ、ヴァシレフスキー、そしてアントーノフが西へ攻勢を続ける赤軍を戦略的に操る頭脳だった。クルスクへの防衛戦に備える一方で、防衛後の攻勢計画であるクトゥーゾフ作戦と、ルミャンツェフ作戦が立案された。最高総司令部は複数の作戦を連動させて、一つの戦役をデザインし、最終的な戦略的勝利を目指していた。一連の戦略会議の後、ジューコフは北カフカースに派遣され、タマン半島に立て籠もるドイツ第17軍を排除する作戦を統括した。その際ジューコフはセルゲイ・シュテメンコと出会い、彼の前でアコーディオンを披露した。シュテメンコは決して上手くはないがジューコフなりの情感がこもっていたと証言している。5月にモスクワへ戻ると、スターリンは戦線に出す命令を出す権限を、自身を除いて最高司令官代理のジューコフとヴァシレフスキーに限定した。この決定は機械化部隊、砲兵、空軍、騎兵、工兵など各種兵科に通達され、各兵科司令部による戦線への干渉は禁止となり、最高軍司令部による一元的な戦略指導が確立された。次にジューコフは中央戦線、ヴォロネジ戦線の防御、攻撃の態勢を整える準備の取り掛かった。オリョールとクルスクに大量の資材が搬入され、三層からなる強力な防御陣地が構築された。総延長5000キロ以上、深さ160キロという巨大な縦深を備え、2万門の火砲、3300両の戦車、カチューシャ・ロケット300基、64万個の地雷が配置され、2個戦線130万の将兵が待機していた。後方には戦略予備であるステップ戦線50万人が配置され、クルスクでの諸兵科連合戦闘の準備は十分に整えられた。戦史上最も手強い大規模防御体系が完成した。天王星作戦と同じく入念なマスキロフカが実施され、戦闘能力と反撃部隊の存在を徹底的に秘匿した。部隊の移動は夜間に限定され、各施設は偽装が施され、偽の施設が多数建設された。ドイツ軍は縦深防御の奥行きと、戦闘能力の実態は戦闘が始まるまで把握出来なかった。この時期のジューコフの働きぶりを中央戦線司令官ロコソフスキーは「ジューコフは中央戦線に来て、相当長い時間を使って準備を進めた。部隊編成、防御指揮、反撃について、我々は一緒に決定を下していった。彼のおかげで要望の多くがモスクワに受け入れられた。」と高く評価している。ジューコフの運転手だったブーチンは「毎日、そして毎週、ジューコフはクルスク突出部を歩き回った。遮蔽物の建設、組み合わせや配置のごく細部にまで目を光らせた。」と証言している。一方でドイツ軍の攻勢計画は延期に延期を重ね、クルスクでの防衛戦を不安視する赤軍将校も多かった。ヴォロネジ戦線司令官ヴァトゥーチンは赤軍側の防衛計画が見抜かれたのではないかと考え先制攻撃を主張した。スターリンもヴァトゥーチンに賛同したがジューコフは再びヴァシレフスキーと説得し、防衛戦略の保持を認めさせた。1943年7月15日ドイツ軍はツィタデレ（城塞）作戦を発動、戦闘が開始された時ジューコフは中央戦線司令部にいた。戦場の有様をジューコフはさながら地獄の交響曲のようだったと語っている。彼の役目は中央、ブリャンスク、西部の各戦線を指導し、防御と攻勢を成功させることだった。ドイツ軍はほとんどの戦線で赤軍の防御を抜けなかった。ヴァルター・モーデルの第9軍は1日2～3kmしか前進出来ず、善戦していたマンシュタインの第4装甲軍もプロホロフカの大戦車戦で力尽きた。プロホロフカの激戦が終わった直後、ジューコフはパーヴェル・ロトミストロフの指揮所を訪れた。その時のジューコフの様子を、ロトミストロフは「ジューコフは長い間、戦車の残骸やえぐられた大地を見ていた。元帥は目の前の世界に気圧されたように頭を振り、帽子を取った。英雄として散った我が戦車兵に、哀悼の意を伝えているかのようだった。」と証言している。
7月12日、赤軍は攻勢に転じオリョール地区の解放を目指す、クトゥーゾフ作戦が発動した。西部・ブリャンスク・中央の3個戦線が投入され、ドイツ第9軍の包囲殲滅を目指した。モーデルは懸命に防戦したがクルスクで消耗した戦力では攻勢に耐えられず、オリョールから撤退した。ジューコフは増援を送れば、モーデルを完全に包囲出来ると主張したが、スターリンは敵を撤退させる方が大事だと判断して提案を退けた。ジューコフはクトゥーゾフ作戦には直接関わらず、ルミャンツェフ作戦の統括を担当し、ヴォロネジ戦線とステップ戦線を指導した。7月16日ルミャンツェフ作戦が発動、南部、南西の2個戦線が南方軍集団南翼のミウス河へ攻勢を開始、ヴォロネジ、ステップの2個戦線がベルゴロド北方から攻勢を開始した。8月23日にはハリコフを奪還、各方面軍はドニエプルを目指した。 8月初旬にはスヴォーロフ作戦とチェルニゴフ＝プリピャチ作戦が発動、西部戦線とカリーニン戦線がスモレンスクの奪還を目指し、中央戦線とブリャンスク戦線がブリャンスクの奪還を目指した。9月中旬にはスモレンスクとブリャンスクを奪還し、白ロシアでの攻勢は成功に終わった。ウクライナ方面ではルミャンツェフ作戦の後、ドニエプルを目指し、ウクライナ全土の解放が赤軍の最終目標となった。エヴァン・モーズリーはウクライナ解放をめぐる戦いについて「規模において前例のない戦いだった。1943年8月～44年4月に及ぶ八か月の作戦は、この戦争で最も長い戦闘だった。戦場も広大だった。ドイツ国防軍はまずドニエプル東岸まで退き、その後はるかカルパティア山脈まで後退、さらに1938年当時のポーランド国境まで撤退した。」と述べている。ジューコフはウクライナ解放戦の最初から最後まで、一貫して重要な役割を担った。ウクライナでの作戦でジューコフは機動戦でドイツ軍を包囲殲滅する作戦を重視したが、スターリンは包囲戦は危険が多いと嫌い、広大な戦線でのローラー作戦を好んだ。1943年8月26日、中央、ステップ、ヴォロネジの三戦線がチェルニゴフ＝ポルタヴァ作戦を開始、ドニエプルを渡りキエフの奪還を試みた。秋になると赤軍はドニエプル西岸に橋頭保を確保し、キエフを包囲して奪還する準備を整えた。ジューコフはヴォロネジ戦線とステップ戦線の調整を担当していたが、9月28日にヴォロネジ戦線と中央戦線の調整役となった。ジューコフは役割分担を見直し、ヴァトゥーチンが指揮するヴォロネジ戦線にキエフを奪還する栄誉を任せた。中央戦線を指揮するロコソフスキーは激怒して、スターリンに直訴したが、スターリンはぞんざいに、ジューコフの決定であると答えた。この時期のジューコフはヴォロネジ戦線の政治委員であるフルシチョフと良好な関係を保っていた。しかしジューコフの回顧録には後に政敵となるフルシチョフの働きは軽くしか触れられていない。スターリンはジューコフに10月7日までにキエフを奪還せよと命じたが、ジューコフはドイツ軍の防御は縦深が豊かで地形は防御側が有利だと説明し、1個野戦軍と1個戦車軍の増強を求めた。赤軍はウクライナでの作戦に中央、ヴォロネジ、ステップ、南西、南部の5個戦線を投入し、10月にヴォロネジ、ステップ、南西、南部の四戦線を第1～第4ウクライナ戦線に改組した。ヴォロネジ戦線は第1ウクライナ戦線として再編成され、スターリンは戦力の増強と認め、キエフ攻略の期限をボリシェヴィキ革命の記念日である11月7日に延期した。11月3日、第1ウクライナ戦線は開戦以来最大の砲火力を投入し、6日にはキエフを奪還した。ジューコフはヴァトゥーチンと共にキエフ攻略の朗報をスターリンに打電した。1943年末まで赤軍はドニエプル西岸を押さえ、ドイツ軍をさらに50～80マイル後退させた。12月、ジューコフはモスクワに呼ばれ、最高総司令部の戦略会議に参加した。この会議は戦争の現状を確認し、次の大攻勢に向けて取るべき措置を決める会議だった。参謀本部のデータによると、赤軍はこの時点でドイツ軍占領地の半分を奪還し、スターリングラード以降の攻勢でドイツ軍の162個師団に決定的な損失を与えた。またドイツを中心とする枢軸軍に大規模攻勢を実施する余力は既にないが、500万の兵員、5400両の戦車と突撃砲、3000機以上の航空機を有し、攻撃的防御は可能である。赤軍は兵員で30％、砲で70％、航空機で230％、枢軸軍を上回っている。この会議の後、ジューコフは包囲戦の有効性を主張したが、スターリンは全戦線での同時攻勢を採用した。最も重要な作戦はドニエプル以西のウクライナ全域を解放する作戦だった。12月中旬、ジューコフは第1ウクライナ戦線に戻ると、ヴァトゥーチンと共にジトーミル＝ベルディーチェフ作戦を指揮した。1月になるとコーネフの第2ウクライナ戦線と共同でコルスン＝シェフチェンコフ突出部を包囲する作戦に参加、ジューコフは二つの作戦を統括した。コルスン＝シェフチェンコフでの包囲作戦は自分の発案だったと回顧録で述べているが、コーネフは回顧録で自分の発案だと反論している。包囲中、スターリンは作戦の難航に苛立ち、ジューコフを叱責した。包囲下のドイツ軍を殲滅する任務はコーネフに任せられ、ジューコフは包囲の支援を担当した。コーネフは包囲下のドイツ軍を一週間で殲滅し、スターリンはコーネフを称賛した。ジューコフは後にスターリンの指示に不満を持ち、「第1ウクライナ戦線には、全く言及がなかった。私は最高総司令官が誤りを犯したろ感じた。敵を包囲殲滅する作戦は、内側の部隊と外側の部隊の双方が機能して初めて成功する。疑いようのない事実だ。ヴァトゥーチンの戦線とコーネフの戦線が、ともに同等の働きをしたから双方成功を収めたのである。」と語っている。1944年2月に前線視察中のヴァトゥーチン大将が反共ゲリラの襲撃で死亡すると、代って第1ウクライナ戦線の指揮をとった。ジューコフは回顧録でヴァトゥーチンの死を深く悼んでいる。ジューコフが前線で指揮を執るのは、モスクワで指揮した西部戦線以来だった。ジューコフの任務はドニエストル河に到達し、南方軍集団の退路を断つことだったが、彼の関心は次の戦略的攻勢であるバグラチオン作戦に移っていた。
バグラチオン作戦はドイツ中央軍集団を殲滅し、白ロシアから駆逐するために策定された。中央軍集団は東部戦線で唯一、ほぼ無傷で残る強力な戦闘集団だった。第1～第3白ロシア戦線と第1ウクライナ戦線が主攻勢を担い、四戦線による総攻撃を想定していた。四戦線の戦力は、兵員240万、戦車5200両、砲3万6000門、航空機5300機を有し、ドイツ軍に比べ兵員で200％、戦車で600％、航空機と砲で400％優越していた。第1白ロシア戦線はブレスト、ワルシャワを、第2白ロシア戦線はミンスクを、第3白ロシア戦線はリトアニアの首都ヴィリニュスを目指し、レニングラード、バルト、第1ウクライナ戦線が支援の役割を担った。1944年5月15日、スターリンは複数の戦線を統括させるためジューコフをモスクワに呼び戻し、第1ウクライナ戦線の指揮はコーネフを後任とした。5月25日～27日にかけて、スターリン、ジューコフ、ヴァシレフスキー、アントーノフらがモスクワで戦略会議を開き、白ロシアでの新たな戦略攻勢を決定した。5月31日には、作戦に参加する各戦線に詳細な計画書を作成する指示が出され、指示書にはスターリンとジューコフの署名がある。ジューコフはバグラチオン作戦の構想をまとめ、作戦前の各戦線の準備、そして作戦開始後の各戦線の攻勢の統括を担当し、作戦の立案、準備、実施において大きな役割を果たした。作戦ではジューコフが第1白ロシア、第2白ロシアの調整を担当し、ヴァシレフスキーが第3白ロシア、第1バルトの調整を担った。ジューコフが最も長い在任期間を過ごしたのは第1白ロシア戦線だった。クルスクの時と同様に、作戦準備と視察に長い期間を費やした。諸兵科の連携に力を入れ、毎日訓練に明け暮れ、前線司令部、指揮所、監視所を複数設置し攻勢に備えた。いつものように兵站には相当の力を注ぎ、十分な量の食料、燃料、弾薬を蓄積した。6月中旬、ジューコフは各野戦軍司令官や参謀を集めて、図上演習を繰り返し、各司令官の特徴を把握した。ジューコフは作戦準備の合間に、配下の士官や政治将校を連れて、趣味の狩猟を楽しんだ。独ソ開戦からちょうど3年目の、1944年6月22日、バグラチオン作戦が開始された。四戦線が500マイルの戦線で、一斉攻勢を開始、中央軍集団を分断・包囲して破滅的な打撃を与えた。7月3日にはミンスクを奪還、ミンスク東部で10万のドイツ兵を捕虜にした。7月13日にはヴィリニュスを奪還、コーネフ指揮の第1ウクライナ戦線がリヴォフ＝サンドミエシュ攻勢を開始し、ジューコフも最高司令官代理として作戦を統括した。7月27日にはリヴォフも奪還された。中央軍集団は6月22日～7月3日の間に、25個師団30万人を喪失、その後の数週間でさらに10万人を喪失し、47人いた将軍は31人が戦死・捕虜・行方不明となり7月末には事実上壊滅状態となった。赤軍は白ロシアとウクライナを奪還し、開戦前領域の大半を回復し、ポーランドに軍を進めた。ジューコフは白ロシア、ウクライナ解放の功績でソ連邦英雄の称号を再度授与され、7月29日に、第1白ロシア、第2白ロシア、第1ウクライナを調整する権限に加え、作戦上の決定権を与えられた。この決定権を与えられたのはジューコフとヴァシレフスキーのみであり、二人の地位は赤軍内部でも特権的な地位となっていた。
バグラチオン作戦は当初白ロシア解放が主目標だったが、中央軍集団の崩壊により、行く手を阻む者がいなくなった赤軍はポーランドになだれこんだ。複数方面からワルシャワに迫り、バルト方面では東プロイセンに到達していた。ジューコフは7月19日に、東プロイセンを占領するか、ドイツ本土から切り離す作戦を提案した。最高総司令部の戦略会議で、東プロイセンの早期占領は困難であるとの結論に達し、主目標はワルシャワに変更された。ジューコフはこの時、東プロイセン攻略を後回しにしたことが余計な犠牲を出したと回顧録で語っている。将来の大攻勢に備え、足場を築くことが目的であり、第1白ロシア戦線がワルシャワのプラガ地区に橋頭保を確保する命令を受けた。ドイツ軍はワルシャワで頑強に抵抗し、国内や西欧から師団をかき集めて中央軍集団を素早く再編した。また赤軍の補給線は数百㎞伸び切り、攻勢は限界をむかえていた。ヴィスワ河西岸に築いた橋頭保は排除され、プラガ地区からも撤退を余儀なくされた。8月8日、ジューコフと第1白ロシア戦線司令官ロコソフスキーはワルシャワへの再攻勢計画を最高総司令部に提出した。ワルシャワの北、プウトゥスク＝セロツク地区で新たな橋頭保を作り、南部ですでに確保した橋頭保を強化し、ワルシャワを占領する計画だった。作戦は8月25日に開始予定だったが、29日に延期となり、ロコソフスキーはプラガ攻撃を再開した。ヴィスワ河西岸に橋頭保を確保したが、ドイツ軍の頑強な抵抗で安定した拠点は築けず、10月初旬にはワルシャワ攻略作戦は中止となった。赤軍は兵站線の再編成を余儀なくされ、ポーランドへの攻勢は1945年1月まで実施されなかった。8月末、ジューコフはブルガリア侵攻作戦を統括し、侵攻を担当する第3ウクライナ戦線司令官トルブーヒン元帥と共に、9月4日に作戦計画を最高総司令部に提出した。ブルガリア政府に戦意はなく、住民と軍は解放軍として赤軍を歓迎した。9月9日、ソ連が支援する共産主義政権が成立し、ブルガリアはドイツに宣戦布告した。9月中旬にはポーランドに戻り、第1白ロシア、第2白ロシア戦線の調整役に復帰した。
1944年11月18日ジューコフは第1白ロシア戦線司令官に任命された。スターリンは自身の代理として、レニングラード、モスクワを救い、スターリングラード、クルスクで勝利し、ウクライナ、白ロシアを解放したジューコフがベルリン攻略の栄誉を担うべきだと考えていた。ベルリン攻略の大任を任せられた栄誉ではあるがジューコフ自身は最高司令官代理として戦線を統括できなくなったことを残念がった。ロコソフスキーはベルリン攻略を目前に、第2白ロシア戦線に転任となり、ジューコフを深く恨んだ。ジューコフは回顧録で「ロコソフスキーと私は、長年の温かい友情を失ったかのように思われる。第1白ロシア戦線司令官の地位を私が望んだのだと彼は考えたらしい。もしそうなら、彼の疑念は的外れだった。」と記している。最高総司令部がドイツ本土への侵攻計画に着手したのは、1944年秋だった。1945年2月までにベルリンを落とし、ナチス体制に終止符を打つ。最高総司令部はドイツ本土への攻勢計画に二つの攻勢を準備していた。一つは東プロイセンを占領してドイツ中央軍集団の殲滅を目指す攻勢。もう一つはワルシャワ～カルパティア山脈の中間で実施する主攻勢でありジューコフとコーネフの第1ウクライナ戦線が参加した。両戦線は赤軍の兵員45％、戦車の70％、火砲43％が割り当てられ、ジューコフとコーネフには二つの親衛戦車軍が与えられた。第一段階でヴィスワ河～オーデル河まで到達し、第2段階でエルベ河を突破してベルリンを占領する。ジューコフはワルシャワを攻略、ポズナンを経由して、ベルリンに直進する。コーネフはブレスラウから工業地帯のシレジアに進出する。ロコソフスキーの第2白ロシア戦線はポーランド北部を進撃、ダンツィヒを目指し、イワン・チェルニャホフスキーの第3白ロシア戦線は東プロイセンのドイツ軍を撃破して、ロコソフスキーと合流、バルト海沿いに進撃する。最高司令官代理ヴァシレフスキーは各戦線の調整を担当したが、実際の調整はスターリンが担った。この作戦はヴィスワ＝オーデル作戦と命名された。1945年1月12日、ヴィスワ＝オーデル作戦が開始され、バラノフ橋頭堡から出撃したコーネフ軍は準備砲撃でドイツ軍の守備隊を粉砕、第48装甲軍団を撃破した。一方ジューコフもマグヌシェフ橋頭堡とプワヴィ橋頭堡から出撃し、ドイツ第9軍の防衛線を破り、モドリンまで兵を進めた。わずか1日で赤軍の攻勢部隊はドイツ軍の砲兵陣地にまで到達した。一方ジューコフはワルシャワを占領し、ウッチを経由してポズナンを占領、2月上旬にはオーデル河を渡りキュストリンに到達した。コーネフもチェンストホヴァ～ラドムスコ～クラクフの一線に進撃後、ブレスラウとオーバーシュレジエンに到達した。赤軍は街道をひた走り、ドイツ軍陣地を無視して電撃的にオーデル河まで進撃した。極めて短期間にドイツ軍の戦線は数百Km押し返され、ポーランド各地の軍事工場や航空基地は避難させる間もなく赤軍の手に落ちた。東プロイセンへはロソコフスキー指揮下の第2白ロシア戦線が侵攻し、ドイツ中央軍集団を分断・包囲していた。
5月19日、モスクワに呼び戻されたジューコフは、ソ連のドイツ占領軍の最高司令官に任命された。同時に連合国管理理事会のソ連代表を担い、ドイツの分割占領をめぐって協議した。6月9日、ジューコフはベルリンで記者会見に臨み、ソ連や外国記者の質問に答えた。ある記者がノモンハンの戦いをどう思うか？、日本兵とドイツ兵の違いはなにか？と質問した。ジューコフはドイツ兵について、もはや敵ではないと巧みに質問をかわしつつ、1939年に戦った日本兵より技量は優れていたと答えた。記者団の中にいたサンデー・タイムズのモスクワ特派員アレクサンダー・ワースは、「ジューコフは傑物という感じがした。態度が素朴で快活だった。」とその時の様子を語っている。6月中旬、再びモスクワに戻り、三度目のソ連邦英雄の称号を授与された。赤の広場で実施された戦勝記念式典では、スターリンに代わって全軍の閲兵司令官を務めた。馬の専門家であるブジョーンヌイ元帥が推薦した、アラブ種の堂々たる白馬に乗り、式典に参加した。全ての戦線と各種兵科の連隊が隊列を組み、ロコソフスキー、ヴァシレフスキー、コーネフ、エリョーメンコ、トルブーヒンら将星達が隊列に参加する中、ジューコフは全軍を閲兵した。モスクワの式典が大成功に終わると、9月にはベルリンでソ連主催の戦勝記念式典が開催され、ジューコフはベルリンでも閲兵司令官を務めた。式典に参加したアメリカ合衆国のジョージ・パットン大将は妻への手紙に、「彼の盛装はまるで喜劇のオペラのようで、メダルだらけだ。チビでデブだ。あごは類人猿のようにつかみ易い。だが目は青く澄んでいる。」とジューコフの印象を記している。ジューコフはポツダム会談の準備も任された。乾杯が始まると、ジューコフはイギリス首相ウィンストン・チャーチルと語りあった。チャーチルがジューコフの功績をたたえてグラスを上げると、ジューコフはうっかり同志と呼んでしまった。すぐに戦場の同志たる連合国のために、と言い直しその場を乗り切った。翌日スターリンは新しい同志が出来たな、とジューコフをからかった。ジューコフがベルリンで最も親しくなったのは、アメリカ代表のアイゼンハワー元帥だった。連合国は占領区画を事前に決めていたが、戦闘の影響で流動化していた。英米はドイツの最高権力を占領軍に移譲する文書に署名を求めたが、ジューコフはソ連占領地区からの英米軍の即時撤退を求め、アイゼンハワーと交渉した。両国の主張は食い違ったままだったが、両者の関係は良好だった。アイゼンハワーはジューコフと初めて会った時、彼に司令官勲功章を授与した。数日後、ジューコフはアメリカ軍司令部を訪問、返礼に勝利勲章を送っている。8月、アイゼンハワーは息子ジョンと共にモスクワに招待された。ジューコフはアイゼンハワーに付き添い、二人はモスクワの道中で大いに語り合い、アイゼンハワーはソ連に先駆けてベルリンを攻略する意図はなかったと釈明し、チャーチルがそのような疑惑を招いたと批判した。モスクワ訪問時、アイゼンハワーはジューコフとスターリンの関係を語っている。「ジューコフとスターリンはとても馬があった。二人は親しげに言葉をかわし、心もかよいあわせていた。」同時期、アメリカのハリー・Ｓ・トルーマン大統領もジューコフを招待した。トルーマンはジューコフを心から尊敬し、アメリカ国民は彼と赤軍に親愛の情を抱いていると伝達した。ソ連は訪問は9月か10月になると返答したが、一度目の訪問は実現せず、1946年4月に再びジューコフを招待した。しかしすでに米ソ両国は冷戦に突入しており、ジューコフは職務を理由に断っている。アイゼンハワーは回顧録でジューコフを高く評価した。「ジューコフ元帥は間違いなく誠実な人物である。我々の時代で彼ほど、責任ある指揮官として数多くの大戦闘を経験した人物はいない。間違いなく百戦錬磨の軍人と言えよう。」と語っている。ジューコフもアイゼンハワーの人格を高く評価し、「彼の素朴で気取らない人柄とユーモアの感覚に、私は好感を抱いた。」「ソ連国民が、多大な犠牲を払ったことを、彼はよく分かっているようだった。」と回顧録で語っている。
ジューコフは1946年3月にソ連地上軍最高司令官に就任、名実ともに軍のトップに君臨した。しかしジューコフの名声および人気は、スターリンの独裁政治にとって少なからぬ脅威となった。モスクワに戻った彼を待ち受けていたのは、中央軍事会議での批判と左遷だった。ジューコフは自己顕示欲におぼれ同志を侮辱したと会議で批判され、罪状が朗読された。軍事会議はジューコフを地上軍総司令官から解任し、傘下の部隊が少ないオデッサ軍管区司令官に左遷した。ジューコフ失脚の直接的な要因となったのは、1946年4月に逮捕されたアレクサンドル・ノヴィコフ空軍司令官の供述だった。治安機関の尋問を受けた彼は、ジューコフは異常な権力志向と自尊心の人物であり、栄誉にこだわり称賛と従属を要求し、意見の相違を認めないと供述した。スターリンの死後、ノヴィコフはジューコフへの批判は拷問で治安機関に強要されたものだと語っている。スターリンはノヴィコフの供述を利用し、最高総司令官への不適切で有害な行為を理由に、ジューコフを左遷した。ジューコフ自身は左遷の理由を、妬みが原因だと語っている。ジューコフはNKVD（内務人民委員部）長官ラヴレンチー・ベリヤと軍事人民委員のニコライ・ブルガーニンをやり玉にあげている。回顧録によるとジューコフは、命令伝達や予備役の指揮をめぐり、ブルガーニンと衝突したという記述がある。6月中旬、オデッサに赴任したジューコフはコンスタンチン・シーモノフに心中を語っている。「冷静さを保とうと強く自分を戒めていた。私が我を失い地方の司令官として一日も務まらない事態になれば、彼らを喜ばせるだけとわかっていた。そうはさせるものかと思った。もちろん何と言っても名声は名声であり、かけがえのないものだ。しかし同時に諸刃の刃となって、わが身に振り下ろされる時もある。痛手を受けても、私は以前と変わらぬ振る舞いを懸命に心がけた。」ジューコフは8月に、戦後で初めての休暇をとり、保養地のソチで家族と過ごした。その中にはロコソフスキー元帥の姿もあった。8月23日、ブルガーニンはドイツ製家具を梱包した85個の荷物を積んだ馬車が税関で取り押さえられ、受取人はジューコフだとスターリンに報告した。1947年2月、ジューコフは共産党中央委員候補の地位を追われた。ジューコフは2月23日と27日に、スターリンに書簡を出し、自信の潔白を主張した。スターリンはジューコフの書簡を無視し、二度と彼に会うことはなかった。6月には歌手のリーディア・ルスワーノラが1945年にベルリンを訪れた際、軍記章を授与したことが問題にされた。ジューコフは彼女と共演し、アコーディオンで演奏し、ルスワーノラは元帥にしては演奏が上手かったと語っている。政治担当として長年ジューコフに仕えたチェレーギン中将が責任をとらされ、退役に追い込まれた。1948年にはチェレーギンとルスワーノラの夫であるクリューコフ少将が、ジューコフとの関係を理由に逮捕された。ジューコフは回顧録で「1947年の私は毎日、逮捕を恐れていた。いつでも持ち出せるように下着を入れたバッグを用意していた」と語っている。さらにドイツ駐留司令官時代に、戦利品を不当に着服したとの嫌疑がかけられ、1948年1月、スターリンは国家保安相ヴィクトル・アバクーモフにジューコフの住居と別荘の捜索を命じた。アバクーモフは住居から多数の宝石、金、銀食器、絹、毛皮、外国製家具が見つかったと、スターリンに報告した。戦争中ジューコフの副官だったショーモチキン大佐が、責任を問われて逮捕され、ジューコフ自身も取り調べを受けた。ジューコフはショーモチキンの供述を突き付けられたが、証拠品は国家保安省が後から持ち込んだものだと述べ、潔白を主張した。取り調べを担当したアンドレイ・ジダーノフは不誠実な責任逃れと断定し、ジューコフはさらに格下のウラル軍管区司令官に左遷された。
ジューコフはベリヤとアバクーモフを批判したが、スターリンだけは責めなかった。ジューコフは自身が逮捕されないのは、スターリンが守ってくれたからだと信じていた。実際、スターリンはアバクーモフがクーデター計画の容疑でジューコフの逮捕を要請しても、「ジューコフがクーデターを計画したなどとは、誰が言っても信じられない。ジューコフのことはよく知っている。誰に対しても率直に物の言える、真っすぐで、頭の切れる人物だが、中央委員会に逆らうような人物ではない。」と語り、応じなかった。アバクーモフはスターリンの死後、職権濫用の罪で処刑されている。ジューコフは党が編纂する大祖国戦争の歴史からも抹消された。戦勝記念パレードの絵からジューコフの姿が消え、モスクワ攻防戦を描いた映画でもジューコフの姿はなかった。プラウダ紙の列挙したソ連邦元帥の中からジューコフの名前だけが除かれた。スターリンのジューコフに対する仕打ちを批判したワシーリー・ゴルドフ大将とルイバリチェンコ少将は逮捕後に銃殺された。1949年ヴァシレフスキーが国防相に就任すると、ジューコフへの嫌がらせは止まり、状況は改善した。プラウダ紙ではジューコフの名が復活し、1950年にはソ連最高会議の代議員に選ばれた。1951年には政府代表団のメンバーに選ばれて、ポーランドを訪問、ポーランド国防相となっていたロコソフスキーと再会した。1952年10月、中央委員候補の地位を回復し、スターリンも「ジューコフの欠陥を我々は非難してきた。しかしベルリンでは優れた仕事をした。どこでも、それなりの仕事をした。」と語り、態度を軟化させた。一方私生活では新たな愛人を作った。妻のアレクサンドラと共にウラルへ移った時、愛人のリーダ・ザハロウもウラルまでジューコフを追ってきた。しかしジューコフには新しい愛人が出来ていたので、リーダはモスクワに去った。1950年夏、心臓疾患で入院したジューコフは若い担当医ガリーナ・セミョーノワに惹かれ、彼女と不倫した。ジューコフはガリーナに夢中となり、彼女なしの生活は考えられないと手紙に記している。彼女がモスクワへ行くと、ジューコフは何度も手紙を出した。ジューコフの気持ちはガリーナに移っていたが、1950年後半になるまで同居はしなかった。別の愛人と産んだマルガリータがモスクワ国立大学の法学部に進学し、偶然長女のエラも同じ大学の同じ学部にいた。腹違いの姉妹は親交を深めたが、アレクサンドラはマルガリータとの付き合いを禁止した。
1953年3月4日、ウラルにいたジューコフは突然、ブルガーニンにモスクワへ呼び戻された。ジューコフは党会議に参加し、そこでスターリンが危篤状態にあると知った。スターリンはその日のうちに息をひきとり、ジューコフは党会議で国防次官に任命された。国防相には因縁のあるブルガーニンが就任した。ジューコフはブルガーニンに、「君のせいで私は嫌というほど不愉快な目にあった。スターリンの攻撃に私をさらしたのも君だ。しかしもし心から協力しようと思っているのなら、過去の遺恨は忘れよう。」と声をかけている。スターリンの国葬は3月9日に実施され、ジューコフは「大祖国戦争の後、スターリンは私に酷い仕打ちをした。それでも私は彼の死が心の底から悲しかった。」と述懐している。1953年6月26日の朝、ジューコフはブルガーニンからクレムリンに呼び出された。マレンコフ、フルシチョフ、モロトフらの幹部が集まっており、マレンコフが保安機関を束ねるベリヤに国家転覆の陰謀があると告げた。ジューコフは自らベリヤの逮捕役を請け負い、信頼する部下数人を集めて、党指導部がベリヤと会談している部屋の外で待機した。マレンコフが合図をしたら、踏み込む手筈だった。合図がでると、ジューコフはつかつかとベリヤに歩み寄り、身柄を拘束すると告げ、彼の両腕をつかんだ。ジューコフの働きでベリヤは逮捕され、銃殺された。ジューコフは後に、生涯で最も大変な仕事はベリヤの逮捕だったと語っている。ベリヤの逮捕は軍部と共産党の関係を象徴する出来事となり大きな意味を持った。スターリン体制下では軍部は冷遇され、治安機関が体制維持の要となったが、新体制では軍部が国家の切り札として期待され、政治の領域でも発言権を拡大した。ジューコフは軍と党の好ましい関係を体現した存在となり、軍部はトゥハチェフスキーの粛清以来、はじめて政治の領域で復権をとげた。ジューコフは国防次官として核戦力も統括していた。1953年秋、ソ連軍はウクライナのカルパチア軍管区で、核攻撃を受けた事態を想定し、野外演習を実施した。ジューコフは準備段階から本番まで演習に関与し、実際に核爆弾を爆発させ、部隊行動への影響を見極めた。核におびえて兵士も指揮官も委縮し、戦車の動きも緩慢だった。ジューコフは戦車の指揮官達を集めて、対独戦で戦ったように動けと命じた。演習は全体として大成功に終わり、演習での教訓は核戦力の運用を前提とする新しい戦闘規範にも盛り込まれた。核兵器の管理と製造もジューコフの提言通り、産業省の管轄から国防省に移された。
1955年、ソ連邦首相のゲオルギー・マレンコフが失脚すると、ニキータ・フルシチョフが党の実権を握った。フルシチョフはジューコフを国防相に推薦した。ジューコフ自身はヴァシレフスキーを推薦したが、ヴァシレフスキーはジューコフが適任だと述べた。国防相に就任したジューコフは当初フルシチョフと良好な関係を保っていた。大祖国戦争でも二人は、天王星作戦やウクライナ解放をめぐる作戦で協力していた仲だった。1955年2月7日、ジューコフは正式に国防相に就任し、アメリカ記者団を相手に会見を開いた。記者が核兵器について質問すると、ジューコフは、核抑止力が世界を安全にしたとは言えないと言明した。同時に核兵器だけでは戦争には勝てないとも語った。大祖国戦争に対する話題になると、ヒトラーの過ちはなにか？という質問にたいし、ソ連の力を見くびる戦略的な誤りを犯し、戦術的には各種兵科を統合運用する重要性を十分に認識していなかったと答えている。またスターリングラードの戦いよりモスクワの勝利がより重要であったか？との質問に対し、モスクワ、スターリングラード、クルスクと続いた一連の戦いが戦争の潮流を変えたと答えた。ジューコフは会見で米ソ関係の融和を訴え、かつて親しかったアイゼンハワー大統領との関係に触れ、友好的な米ソ関係を取り戻したいと語った。国防相になったジューコフの最重要課題は、軍の削減問題だった。大祖国戦争の後、ソ連軍は1100万の人員を300万まで削減していた。しかし冷戦が激化すると540万人まで増加し、スターリンの死後に再び軍縮が始まった。核抑止力を重視するフルシチョフ政権は通常戦力の人員整理を推進、ジューコフは国防相として200万人の人員を削減し、フルシチョフの期待に応えた。フルシチョフは、「軍服を着た多くの偏執狂と異なり、ジューコフは軍事費削減の必要性を理解していた。」と語り、その働きを高く評価した。ジューコフは軍縮に誰よりも積極的であり、最終的に150万人規模への縮小を目指していた。ソ連は国際連合に、軍備と兵員の大幅削減を訴え、軍縮の履行を監視する国際機構の設立を求めた。アメリカ政府が軍縮履行を確認するため、ソ連領内での偵察機の飛行許可を求めると、ジューコフはソ連機のアメリカ領での飛行を認めるなら応じると答えた。ソ連政府は長年、欧州全土を包括する集団安全保障条約の締結を熱心に訴えていた。西ドイツがNATOに加盟すると、ソ連政府は東欧諸国を集めてワルシャワ条約機構を設立、ジューコフはモロトフと共同で条項を起案した。
1955年7月、東西両陣営はポツダム会談以来となる首脳会談を、ジュネーヴで開催した。首相のブルガーニンがソ連代表として出席、フルシチョフ、モロトフ、ジューコフが同行した。フルシチョフはジューコフの出席について、アイゼンハワーとの親しい関係を考慮したという。西側のメディアの関心は、ジューコフとアイゼンハワーの再会に集中した。首脳会談の開催が決まると、タイム誌はジューコフを取り上げ、ジューコフの写真が表紙を飾った。「ジューコフはソ連国民の英雄的存在である。戦争に勝利した赤軍は唯一、国民の尊敬を集める組織であり、スターリン死後の混乱した権力状況において、体制が安定を装えるのは、ジューコフと赤軍のおかげである。」とタイム誌は、ジューコフを高く評価した。戦後の各国指導者たちは、ジューコフがいなければソ連はドイツに勝てなかったと思っていた。アメリカの駐ソ大使チャールズ・E・ボーレンはジュネーヴ会議の数週間前に、イギリス大使館の招宴でジューコフと出会い、ジューコフに関する報告書を本国に送っている。ジューコフは米ソ関係の改善と軍備削減に大きな熱意を持っていると評価された。ボーレンは回顧録でジューコフについて、「見るからに軍人らしく、ロシアのオーク材のように、がっしりと頑丈な体つきをしていた。顔色はやや赤く、澄んだ青い目をしていた。感じのいい笑みをつかべつつも、非常に用心深かった。特に外国人には心を許さなかった。合衆国には寛大な態度で尊敬の念さえ示した。アイゼンハワーには心から親愛の情を抱いているのだとはっきり分かった。」と語っている。ジューコフはジュネーブでアイゼンハワーと二回会談し、一度目はアイゼンハワー主催の昼食会で語りあった。ジューコフは大戦期にヒトラーが米ソ間の関係を引き裂こうと試みたが、失敗したと述べ、自分は大統領に会って米ソ関係を改善させるためにジュネーヴに来たと語りかけた。一方アイゼンハワーは冷戦の深刻化はソ連の挑発的な行為にあると返した。ジューコフは双方に誤りがあり、過去にこだわるより未来を見据えようと呼びかけた。欧州の集団安全保障の話題になると、アイゼンハワーは軍備管理と軍縮の維持を管理するには、具体的な検証が必要だと述べ、ジューコフも同意した。ジューコフはアメリカに中華人民共和国の承認を求め、欧州全体を包括する集団的安全保障体制が構築されれば、ソ連は東西ドイツの統合に応じると伝えた。二回目の会談は7月23日に実施され、首脳会談の議題制定と優先順位を話し合った。ドイツ統一を優先するアイゼンハワーの主張と、欧州全土の集団安全保障を優先するジューコフの主張は相いれなかったが、会談自体は穏やかに進み、お互いが協議の継続と米ソ関係の改善に合意した。一方で両者の相手に対する評価は大戦期とは異なっていた。アイゼンハワーは後に、「戦争中に付き合った彼は、共産主義を固く信奉しつつも、自立して自信に満ちていた。喜んで私と会い、いかなる作戦上の問題でも、妥当な解決策を一緒に探そうとしてくれた。しかし歳月は流れ、ジュネーヴで会った彼には闊達さや自信がみられなかった。教えこまれたことを完璧に繰り返すばかりだった。表情に乏しく、以前のように笑もしなけらば、冗談も言わなかった。古い友人は上司の指示を遂行するだけの男になっていた。彼と話していても、悲しくなるばかりだった。」と語っている。ジューコフも会談で通訳を務めたオレーク・トロヤノフスキーに、「アイゼンハワー大統領は、もうアイゼンハワー将軍ではない。」と語った。また外務次官アンドレイ・グロムイコの証言によると、ジューコフはアイゼンハワーに失望し、会談の帰りにソ連は不測の事態に備えなければならないと語ったという。
1956年に勃発したハンガリー動乱の解決にジューコフは大きな役割をはたした。フルシチョフのスターリン批判はソ連の支配に反発する東欧諸国を刺激した。ポーランド人民共和国では改革を求める国民の暴動が生じ、ポーランド統一労働者党指導部は追放されたヴワディスワフ・ゴムウカを指導者に据えて、様々な改革を実施した。ゴムウカがポーランド国防相ロコソフスキー元帥の解任を試みると、モスクワ指導部は激怒し、フルシチョフやジューコフらがワルシャワに乗り込み、ゴムウカに政治改革の穏健化を求めた。ゴムウカに統一労働者党支配の継続とワルシャワ条約機構にとどまることを約束させたが、ロコソフスキーの解任阻止には失敗した。ハンガリー人民共和国では国民の大規模な暴動が発生、10万人規模の暴徒が首都ブダペストで武装蜂起し、ハンガリー勤労者党はモスクワにソ連軍の介入を要請した。ジューコフはオーストリア駐留ソ連軍とハンガリー駐留ソ連軍を統合し、中央直轄の特別軍団に改編し、有事に備えていた。モスクワ指導部はハンガリーの特別軍団に出動を命じ、1956年10月24日、兵員3万人、戦車1千両のソ連軍がブダペストの重要拠点を占拠、オーストリアとの国境を封鎖した。しかし軍事介入は、武装蜂起の火に油を注ぐ結果となり、早期の秩序回復は困難だった。モスクワの幹部会では、介入軍の撤退が浮上したが、ジューコフは部隊の増強と現状の維持を主張し、撤退に反対した。改革派の共産主義者ナジ・イムレが政権を掌握すると、蜂起派もソ連との政治的妥協に応じ、情勢は安定した。ジューコフは幹部会でナジ政権の支持と介入軍の部分的撤退を主張、モスクワ指導部もハンガリーとの停戦合意に応じ、ソ連軍はブダペスト郊外の兵舎へ撤退を開始した。ジューコフは国防相として会見を行い、「ハンガリー情勢は好転している。我々が信頼する政権が樹立された。」と答え、ハンガリーを含める全ての社会主義国と平等な関係を築くと声明を発表する決定を行った。しかし、ナジ政権がワルシャワ条約機構の脱退と中立を宣言すると、モスクワ指導部は態度を硬化させた。同時期に英仏とイスラエルがソ連の同盟国エジプトを攻撃したことも、モスクワ指導部に危機感を募らせた。フルシチョフは10月31日の幹部会で、「我々がハンガリーを去れば、アメリカ、イギリス、フランスの帝国主義者を喜ばせるだけだ。奴等は我々が弱気になったとみて、攻勢を強めるだろう。エジプトの次はハンガリーが狙われるだろう。」と述べ、ジューコフに第二次軍事介入の計画策定を命じた。ジューコフが策定した暗号名「つむじ風」作戦はコーネフが指揮し、ハンガリー駐留軍に加え、ルーマニア駐留軍、カルパチア軍管区、オデッサ軍管区の戦力が参加、総勢17個師団がハンガリー各地の反乱鎮圧に乗り出した。小火器で武装した暴徒は瞬く間に鎮圧され、ハンガリー側は2万5000人の犠牲者をだし、20万の国民がオーストリアに亡命した。介入から数日間でブダペストは秩序を回復、カーダール・ヤーノシュ新政権が樹立した。ハンガリー動乱で決定的な役割をはたしたジューコフは、ソ連指導部における地位を向上させ、四個目のレーニン勲章を授与された。
1957年1月から2月にかけて、ジューコフはインドとビルマを訪問している。ジューコフの歴訪は、両国とソ連の関係を深め、大成功に終わった。インド滞在中、軍大学で核戦争についての講演を実施している。3月には東ドイツに訪問し、ドイツ政府と国防協定に調印、ドイツ駐留ソ連軍の高級士官の前で講演をした。ジューコフは従来の防御戦略にこだわらず、NATOの攻撃意思を確認した段階で、先制攻撃に踏み切り、2日以内に英仏海峡に進出すべきだと述べた。ドイツ軍の攻撃が始まるまで有効な手を打てなかった大祖国戦争での教訓を踏まえた新たな戦略だった。ソ連は欺瞞工作として偽の講演内容を西側に漏えいさせた。偽の講演ではジューコフは通常戦力よりも核戦力を重視した新戦略を述べたことになっていて、NATOの核戦力使用を躊躇させるための情報操作だった。9月にモスクワで実施された高級士官の会合でも、ジューコフは先制攻撃論を提唱した。大祖国戦争での教訓を踏まえて、敵の計画と意図を知るために高度な防空体制を維持し、敵の意図を粉砕するために陸海空どこでも攻撃に移れる準備が肝要であると述べた。10月にはアルバニア人民共和国とユーゴスラビア連邦人民共和国を訪問した。ユーゴスラビア訪問時は、ソ連の最新鋭巡洋艦クイブイシェフに乗り、セヴァストポリから海路ベオグラードに赴いた。ボスポラス海峡の通過時、ジューコフ一行はアメリカ第6艦隊の一群と遭遇し、アメリカ海兵は甲板に整列してジューコフに敬意を表した。ジューコフは、「なぜ彼らがこの海域にいるのだ？なぜアメリカの艦艇は自国の海にいないのだ？」と随行した将校に語った。航海中は自ら得意のアコーディオンを弾いて音楽会に参加した。10月8日、ユーゴスラビアのザダル港に到着し、ヨシップ・ブロズ・チトーと会談を行った。二人はチトーの故郷であるクロアチアの町で顔をあわせ、猟をしながら時間を過ごした。ジューコフは後に、「私の猟は大成功だった。獲物は四頭だった。チトーは一頭だけだったので、面白くない様子がありありと見えた。」と語っている。チトーとの会談内容をモスクワに報告すると、10月17日、ベオグラードからアルバニアの首都ティラナにむかい、アルバニア労働党第一書記エンヴェル・ホッジャと会談した。同時期にソ連の議会代表団が中国を訪問していたので、アルバニア、ユーゴスラビアに訪問したジューコフら軍事代表団はプラウダ紙で小さく扱われた。ジューコフは中国に配慮した指導部に対応に不満を持ち、「我が国は大国である。世界の共産主義者の物質的、精神的よりどころである。我々はたとえ中国のためでも小さな国々を怒らせてはならない。」とフルシチョフに書簡を送っている。
フルシチョフがスターリン批判を開始すると、ヴャチェスラフ・モロトフらのいわゆる「反党グループ」との権力闘争が勃発した。ジューコフはフルシチョフを支持して、中央委員会幹部会員候補に選ばれた。党大会が始まると、ジューコフはソビエトの新たな軍事戦略について演説を行った。航空機やミサイルが大量破壊兵器の運搬手段となり、新たな形態の戦争に備えて、空軍力と防空体制の強化に力を注ぐべきだと語った。一方で陸海空の通常戦力も、戦争の最終局面で勝利を決する手段として重要性を失っていないと語った。またフルシチョフのスターリン批判に歩調をあわせ、戦前の赤軍大粛清や大祖国戦争序盤の惨状について、スターリンの責任を追及する演説草案を作った。西部戦線司令官ドミトリー・パヴロフ上級大将の処刑は不当だったと主張し、スターリンの元捕虜に対する扱いを批判、不当に処刑された将兵の名誉を回復すべきだと締めくくった。1957年までに粛清された多くの将兵が名誉を回復した。1956年6月、外相を解任されたモロトフは11月に政府省令を点検する国家統制省に就任、その地位を利用して派閥を形成しフルシチョフに権力闘争を挑んだ。スターリンの寵臣だったラーザリ・カガノーヴィチ、マレンコフ、ブルガーニンがモロトフを支持し、マレンコフはジューコフに協力を求めたが、ジューコフは断固としてフルシチョフを支持した。1957年5月、フルシチョフがレニングラードで、5年以内に肉、バター、ミルクの生産でアメリカを抜くと演説すると、モロトフ派は幹部会越しに行われた演説は幹部会の権威を損なうと批判した。集団指導体制から抜けだそうとするフルシチョフの姿勢は、議決権を持つ幹部会の多数派を敵にまわした。6月18日、緊急幹部会を開いたモロトフ派はフルシチョフを呼び出し、即時解任を要求した。ジューコフはアナスタス・ミコヤンと共にフルシチョフを最も強く擁護し、即時解任要求はなんとかはねつけられた。危機を救われたフルシチョフは、「ゲオルギー、君は危ない所を助けてくれた。君でなければ出来ない芸当だった。このことは決して忘れない。」とジューコフに感謝した。フルシチョフは国防相であるジューコフの助けを借りて、巻き返しを図り、軍用機で中央委員をモスクワに集め、中央委員会総会の開催を要求した。中央委員の圧倒的多数がフルシチョフを支持していたので、幹部会では多数派だったモロトフ派も中央委員会総会では少数派だった。総会ではフルシチョフ派によりモロトフ派がスターリン時代に犯した罪が徹底的に追及された。ジューコフも追及の急先鋒にたち、モロトフ、カガノーヴィチはスターリン時代に3万8679人もの政治犯の処刑を裁可し、彼らの権力乱用について説明を求める必要があると演説した。ジューコフは演説が終わるとさかんにヤジを飛ばし、自分の失脚に関わったブルガーニンが演説を始めると、「そんなふうに物事を捻じ曲げるから、正直者になれないんだ。」と声を張り上げた。総会はフルシチョフの完全勝利に終わり、モロトフ派は政府の職責と中央委員会、幹部会から追われ左遷された。フルシチョフ体制の確立に大きく貢献したジューコフは正式の幹部会員に昇格した。
ジューコフ批判のキャンペーンは中央委員会の後も、規模を拡大して継続された。1957年11月3日、プラウダ紙はジューコフに対する個人崇拝が大祖国戦争の歴史を捻じ曲げ、外交でも冒険主義に走ったと批判した。またプラウダ紙はジューコフの軍歴を否定するコーネフ元帥の論評を掲載した。コーネフはソ連の序盤における敗北はジューコフの責任だと語り、スターリングラードやベルリン攻撃での役割は過大視されていると主張した。また大祖国戦争における数々の成功は、幾多の前線指揮官の功績であり、スターリンやジューコフらの最高総司令部の役割は限定的だったと主張した。ジューコフの後任となった国防相マリノフスキー元帥やフルシチョフは、ジューコフにはナポレオンのような異常な権力欲があると批判し、彼らの見解が党の公式発表となった。各軍人達も自身の回顧録で、ジューコフは最新の軍事技術を理解せず同僚をぞんざいに扱ったと書きたて、指導部の方針に同調した。また党が編纂した多くの歴史書からもジューコフの名は抹消された。スターリングラード、レニングラード、モスクワ、ベルリンとジューコフが輝かしい戦功をたてた戦いから、彼の名は消え去った。フルシチョフが編纂した何巻にもわたる大祖国戦争史でもジューコフの名はなかった。人格も功績も否定する攻撃に耐えかねたジューコフは、1950年代後半から回顧録の執筆を始める。引退したジューコフに出来る反撃はペンしかなかった。ジューコフは1958年に幹部会決定で退役し、引退後は住居と年金が供与されたが、KGBの監視を受けた。KGBの報告によるとジューコフは自宅でしばしばフルシチョフ体制を呪う言葉をはいたという。1963年5月に国防相のマリノフスキー元帥を「お調子者」と自宅で罵倒し、宇宙計画や外国人への贈り物など、スターリン時代になかったものに無駄金をつぎ込んでると批判した。KGB報告は最期にジューコフ一家が旅行に出かけたので、彼の執筆している回顧録の内容を調べられる機会が訪れたと記している。1963年6月、幹部会はKGBの報告書を受けて、レオニード・ブレジネフをジューコフの自宅に派遣、体制批判を止めなければ党籍をはく奪して逮捕すると警告した。ジューコフは警告を拒絶し、1957年の中央委員会総会の決議には納得出来ないと述べ、批判に反論する機会を要求した。また党への忠誠は終生変わらないし、回顧録の内容はなんら恥じるところはないと断言した。