1997年にニューヨーク・ジャイアンツ時代スーパーボウルを制覇しているビル・パーセルズ（ニューイングランド・ペイトリオッツヘッドコーチ）を招いた。前年ドラフト全体1位指名のWRキーショーン・ジョンソンの活躍などでQBのニール・オドネルは17TDパスを投げ、エイドリアン・マレルが1000ヤードラッシャーとなった。チームは9勝7敗だったがプレーオフ出場は逃した。1998年にはペイトリオッツRBのカーティス・マーティン、控えQBとしてビニー・テスタバーディを獲得しチームは1960年代以来となる地区優勝を果たした。この年パーセルはチームロゴやユニフォームを60年代に活躍した時代のものに戻す決定を行った。グレン・フォーリーが2試合先発した後、パーセルは先発QBをテスタバーディに変更、彼は29TDパスを投げてマーティンは1287ヤード、8TDランをあげた。キーショーン・ジョンソンとウェイン・クレベットは共にレシーブで1000ヤードを越えて最後の12試合で11勝をあげたチームは12勝4敗でNFL加入後初の地区優勝を果たした。ディビジョナルプレーオフでジャクソンビル・ジャガーズを破りAFCチャンピオンシップゲームでデンバー・ブロンコスと対戦した。この試合10-0とリードしたがテスタバーディの2つのインターセプト、相手RBのテレル・デービスが167ヤードを走る活躍で10-23で逆転負けした。翌1999年にはテスタバーディが開幕戦のペイトリオッツとの試合でアキレス腱を断裂、リック・マイアー（4勝6敗）、レイ・ルーカス（4勝2敗）が代わりに先発した。1999年、シーズン前にレオン・ヘスオーナーが85歳で亡くなっておりシーズン終了後チームはジョンソン・エンド・ジョンソンのウッディ・ジョンソンが買い取った。2000年のドラフトでは1巡指名権4つを利用してDEショーン・エリス、ジョン・エイブラハム、TEアンソニー・ベクト、QBチャド・ペニントンを獲得した。この年、パーセルズの下でアシスタントコーチを務めていたビル・ベリチックがヘッドコーチに昇格するが、翌日、ペイトリオッツのヘッドコーチとなるため退団し、後任のヘッドコーチには長年アシスタントコーチを務めたアル・グローが昇格した。グローはキーショーン・ジョンソンをタンパベイ・バッカニアーズにトレードしドラフト1巡指名権と交換した。この年のドルフィンズとのマンデーナイトフットボールでは第3Q終了時点で7-30とリードされたがオーバータイムの末、40-37で逆転勝利した。この試合はマンデーナイト・ミラクルと呼ばれている。シーズン終盤の9試合で3勝しかあげられず、9勝7敗でプレーオフを逃しグローは母校のバージニア大学のヘッドコーチとなるために辞任した。フロント入りしていたパーセルズもこのシーズンでチームを去った。2001年、タンパベイ・バッカニアーズのヘッドコーチ、トニー・ダンジーの下でアシスタントコーチを務めていたハーマン・エドワーズが新ヘッドコーチとなった。エドワーズコーチ就任1年目からプレーオフに進出したチームはこのシーズン53ヤードの決勝FGを決めて勝利したオークランド・レイダーズ戦と再戦した。チャーリー・ガーナーの87ヤードTDランなどで24-37でチームは敗れた。このプレイでヴィクター・グリーンに対するホールディングがあったのではとジェッツファンは思ったが反則はコールされなかった。2002年はAFC東地区全4チームが12月になっても地区優勝を争う混戦になった。シーズン当初はテスタバーディが先発し1勝3敗になったところから、ペニントンが先発の座を奪い。22TD、6INTの成績をあげてチームは地区優勝を果たした。コルツに41-0で勝利した後、ディビジョナルプレーオフでレイダーズに敗れた。2003年シーズン開幕前に多くの選手がフリーエージェントでチームを離れた。ワシントン・レッドスキンズに移籍した選手が多く彼らは"jetskins"と呼ばれた。プレシーズンゲームでペニントンが手首を脱臼および骨折してシーズン半ばまで欠場、それまでテスタバーディが先発しチームは6勝10敗でシーズンを終えた。2004年には開幕から5連勝した後、続く3試合中2試合を落としたが10勝6敗でプレーオフに進出、プロボウルに選出されているドリュー・ブリーズ、ラダニアン・トムリンソン、アントニオ・ゲイツらを擁するサンディエゴ・チャージャーズと対戦した。17-10とリードした残り20秒、4ダウンでブリーズのパスは不成功に終わったがエリック・バートンがラフィング・ザ・パッサーの反則を取られて1ヤードからのチャージャーズの攻撃となり次のプレイでゲイツへのTDパスが決まり試合はオーバータイムに持ち込まれた。オーバータイムではチャージャーズの新人キッカーのネイト・ケディングの40ヤードのFGが失敗し、ジェッツはダグ・ブライエンが28ヤードのFGを成功し勝利した。続くディビジョナルプレーオフではシーズン15勝1敗のスティーラーズと対戦、サンタナ・モスのパンとリターンTD、レジー・トングのインターセプトTDなどで17-17と同点で迎えた第4Q、ブライエンが47ヤードのFGを狙ったがクロスバーに当たり失敗、デビッド・バレットがその後相手のパスをインターセプト、ブライエンが43ヤードのFGを狙ったがまたもや失敗に終わり、試合はオーバータイムにもつれ、スティーラーズのキッカージェフ・リードの33ヤードのFGが決まりジェッツは敗れた。このシーズン、ブライエンは40ヤードから49ヤードのFGを11回中10回成功していた。2005年にはワシントン・レッドスキンズからラヴァーニアス・コールズが復帰し、ペイトリオッツのタイ・ロー、ドルフィンズの先発QBだったジェイ・フィールダーを控えQBとして獲得した。またドラフト1巡目指名権と引き換えにレイダーズからダグ・ジョリーを獲得したがこのトレードは批判されヒース・ミラーを取るべきだったと言われた。この年のドラフト2巡目でオハイオ州立大学のキッカー、マイク・ヌジェントをブライエンの後任として獲得した。この年もフリーエージェントでラモント・ジョーダン、カリーム・マッケンジーなど多くの選手がチームを離れた。スーパーボウル出場が期待されて始まったシーズンの第3週、ジャクソンビル・ジャガーズ戦でペニントンが負傷退場、6プレイ後にはジェイ・フィールダーも負傷してしまった。急遽第3のQBであるブルックス・ボリンジャーが出場し、翌週からは引退したテスタバーディと控えQBとして契約した。第5週のバッカニアーズ戦からテスタバーディが先発し勝利をあげたがその後7連敗した後、第14週のレイダーズ戦がシーズン最後の勝利となった。このシーズンはRBのデリック・ブレイロック、コーナーバックのデビッド・バレット、ウェイン・クレベット、クリス・ベイカー、ジェイソン・ファビーニ、ケビン・マワイなど主力選手の多くを怪我で欠きその内の何人かはシーズン絶望の怪我を負った。シーズン終了後、ハーマン・エドワーズはイーグルスでアシスタントコーチをしていた時のヘッドコーチ、ディック・ヴァーミールの後任としてカンザスシティ・チーフスのヘッドコーチとなるため退団した。後任のヘッドコーチにはペイトリオッツのディフェンスコーディネーターだったエリック・マンジーニが就任した。ケビン・マワイ、タイ・ロー、ジョン・エイブラハムが退団し再建期と見られていたチームは、2006年シーズン10勝6敗でプレーオフに第5シードで進出し周囲を驚かせた。またペニントンはカムバック賞を獲得した。ペイトリオッツとのワイルドカードプレーオフはジェリコ・コッチェリーへの77ヤードTDパスなどで一時10-7とリードしたが16-37で敗れた。2007年9月10日、ペイトリオッツのヘッドコーチ、ビル・ベリチックがジェッツのディフェンスシグナルを盗撮していたことが明らかになりNFLより罰金が課せられた。この年ジェッツはシカゴ・ベアーズのランニングバック、トーマス・ジョーンズを獲得した。ペニントンの怪我もあり、2007年シーズン開幕から1勝7敗となったところで、2年目のQBケレン・クレメンスが先発するようになった。この年オフェンスラインが十分なパスプロテクションを行なえず、チームは4勝12敗でシーズンを終えた。2008年8月6日、グリーンベイ・パッカーズで活躍したQBブレット・ファーヴを獲得した。エースQBのペニントンは翌日解雇された後、ドルフィンズと契約した。ファーヴはアリゾナ・カージナルス戦では6TDパスを投げて56-35と勝利し、開幕から11連勝していたテネシー・タイタンズの連勝をストップするなど8勝3敗の好スタートを切ったが終盤5試合では2TDパスに対し9INTと不振を極め、チームは最後の5試合中4試合に敗れて9勝7敗でプレーオフ出場を逃した。トーマス・ジョーンズは1312ヤードを走り、13タッチダウンをあげた。シーズン終了と共にマンジーニヘッドコーチは解任され後任にはボルチモア・レイブンズのアシスタントヘッドコーチのレックス・ライアンが就任した。2009年ドラフト1巡目で指名したマーク・サンチェスやコーナーバックのダレル・リーヴィスの活躍でチームはワイルドカードでプレーオフに進出、シンシナティ・ベンガルズ、サンディエゴ・チャージャーズを破りAFCチャンピオンシップゲームに進出したがインディアナポリス・コルツに敗れスーパーボウル出場は逃した。チームの躍進のさなかジョンソンオーナーの娘のケイシー・ジョンソンは2010年1月4日急死した。シーズンオフにはトーマス・ジョーンズなどを放出したもののラダニアン・トムリンソン、サントニオ・ホームズなどを補強している。2010年もチームはプレーオフに進出、AFCチャンピオンシップゲームまで進出したが、ピッツバーグ・スティーラーズに敗れ、スーパーボウル出場はならなかった。2011年、最後の3試合で連敗し、8勝8敗となりプレーオフ出場を逃した。シーズン終了後、ブライアン・ショッテンハイマーオフェンスコーディネーターが退団、ドルフィンズのヘッドコーチを務めていたトニー・スパラノが後任となった。2012年、オフシーズンにティム・ティーボウを獲得した。ダレル・リーヴィスがシーズン開幕早々にシーズン絶望、さらにエースWRのサントニオ・ホームズも戦列を離れた。プレーオフ出場が絶望となった後、第16週では不調のマーク・サンチェスに代わって、グレッグ・マッケロイが先発した。6勝10敗の地区3位でシーズンを終えた。シーズン終了後、マイク・タネンバウムGMが解任されたが、レックス・ライアンヘッドコーチは続投することが、ウッディ・ジョンソンオーナーより発表された。2013年、プレシーズンゲームでマーク・サンチェスが負傷してシーズン絶望となったため、新人QBジーノ・スミスが先発QBとなった。この年チームは8勝8敗でシーズンを終えた。2014年、オフシーズンにマーク・サンチェスを解雇し、マイケル・ヴィックを控えQB待遇で獲得した。この年チームは4勝12敗に終わり、シーズン終了後、ライアンヘッドコーチは解任された。2015年1月13日、トッド・ボウルズがヘッドコーチに就任することが発表された。同年はプレーオフに進出したが、2016年、2017年、2018年は、ドラフト1巡目指名のサム・ダーノルドを先発QBとして起用したが、三年連続して地区最下位となった。2018年オフHCのボウルズは解雇されて、後任は同地区ライバルのマイアミ・ドルフィンズHCを辞任したばかりのアダム・ゲイズとなった。2019年5月にはGMのマイク・マッカグナンが更迭された。同年6月、ジョー・ダグラスがGMに就任した。