1935年に『少女倶楽部』に連載された倉金章介の『どりちゃん バンザイ』、1938年から『少女の友』に連載された松本かつぢの『くるくるクルミちゃん』など、太平洋戦争前の少女雑誌で連載された作品が少女漫画の先駆けである。1953年（昭和28年）には手塚治虫が『リボンの騎士』を連載し、少女漫画にストーリー漫画を導入し、この頃から少女雑誌において従来の絵物語などを押しのけて少女漫画の比重が高まっていった。1950年代後半から1960年代前半にかけては、宝塚歌劇団の影響を受けたり、高橋真琴らの少女画からの影響を受け、少女漫画特有の装飾的な表現が発達した。人物の背景に花を描き込む、キャッチライトが多数入った睫毛の長い目などである。先行した少女小説の影響などもあって、美形の男性・男装の麗人などが登場し、華麗なストーリーを展開した。1950年代から1960年代前半の少女漫画はちばてつやや松本零士など男性作家によって描かれていることが多く、この時期の古典的な少女漫画の様式や技法の追究は、主に前述の高橋真琴を始めとする男性作家や男性編集者によって築かれたものである。しかし一方、当時の代表的な少女漫画雑誌各誌による、女性漫画家を育てる機運の高まりがあり、女性長編ストーリー作家第1号とされる水野英子（1955年）らが現れ、新鮮なテーマやモチーフで少女漫画の表現の幅を広げていった。メディア側の視点では、1960年代前半に週刊誌化(隔週刊含む)したことによる方向の模索もあった。また1960年代なかばごろまでの貸本漫画市場の存在も重要である。こちらは雑誌と違って単行本が主でページ数が多かった。貸本の世界で1960年代半場に雑誌の世界にない表現を行なった矢代まさこなどがある。また1960年代なかばごろ、少女漫画は他人の原作・原案が多かったという噂もある。1960年代なかごろから1970年代はじめごろ、日本は慢性貿易赤字から一転した黒字化の定着など高度成長がより進展を始め、人手不足による格差の大きな縮小、大企業での終身雇用の定着など生活の向上と安定が強まった。象徴的なのはオリンピック、新幹線、モータリゼーション、高速道路、海外旅行の自由化、万博、普及とちゅうのテレビのカラー生産への移行の始まりなどである。反面ベトナム戦争の影響で社会そのものを見直すカウンターカルチャーが生じ、それに伴いメッセージソングが流行り、また大学紛争が起きた。出版界では外貨制限が外れて紙パルプが使いやすくもなった。そして少女漫画はビッグ・バン的な発展を生じた。量的には、以前には少女雑誌の一部分でしかなかった漫画が雑誌のほとんど全てを占めていくようになり、雑誌の数も、隔週刊が毎週刊化、週刊誌から月刊別冊が、さらにそれぞれが増刊誌を出したり、新創刊が次々と生まれた。需要の性質と量の急激な変化と相まって、10代で雑誌デビューする女性新人がとくに多かったのもこの時代である。デビューの仕方も、それまでの持込や人脈によるものから雑誌の中の漫画講座・コンクールからの率が増えていった。これらによって少女の職業選択に少女マンガ家という選択が入ってきた。1970年代には学校にマンガ部ができ始めた。一方で、格段に増えた少女漫画雑誌と経済発展による貸本屋の退潮によって、貸本出版の少女漫画は衰退消滅していく。質的には、この時期の始め(1960年代半ば)に学園もの分野が生じそれは後に少年マンガに波及した。少年マンガに続いてスポーツ根性ものがブームとなった。フィクション性の強い外国もの(主にラブコメ)が無国籍漫画と呼ばれたのもこの時代である。また雑誌という紙の量の増大は作品の描写に用いるコマやページ数の増大でもあった。長ページ化とともに画面の展開手法がより流れるようなものへと変化していった。少年マンガと共に、読む漫画から見るマンガへの変化とも言われた。それまでのユーモア・かわいい・悲しい風の少女マンガのイメージから、ギャグやドラマ性などの作風の振幅が大きくなっていく。劇画的な志向や技法実験的な作品などの動きもあり、高校生以上を主な読者対象とする雑誌も創刊され、それらは少年マンガや青年漫画などの活況と同時代のものであった。また1970年代は価値観の変容した時期に当たる。大学紛争とベトナム戦争が収束、米中接近と円ドル変動相場制への移行があり、人々は海外への団体観光旅行に出かけるようになり、スーパーが広がり、ロックは音楽として定着し、世界的に冷戦中心の図式は大きく変化し、生態系的な環境問題と石油ショックによって成長の有限性が認識され、直後から日本の出生数の低下が始まっている。また1974年の高校進学が90%に達している。音楽芸能では、カウンターカルチャーのフォークソングやロックでない、シンガーソングライターという個人の個性によるニューミュージックと呼ばれる音楽が人気を集めるようになる。少女漫画においては、1960年代的テーマといえる『ファイヤー!』(水野英子)や『ベルサイユのばら』(池田理代子)が始めに一般の注目を浴びて、さらに24年組といわれる個々の文芸的作家性の強い作家が存在を見せ始める。少女趣味的なものも独自の変化を遂げ、作品の文芸性と少女漫画の独自性は高くなり一方広くもなって、1970年代から1980年代前半まででほとんどの分野やその種が現れている。この時期、男性少女漫画家はほぼ消滅し例外が残るだけとなった。また、アニメの発展とともにアニメ化が多く生じるようになった。より詳しく挙げると、少女漫画の変化はその演出技法から物語ジャンルへも広がり、萩尾望都、竹宮惠子、大島弓子、山岸凉子といった花の24年組や土田よしこなど、それまでにないSF、ファンタジー、ナンセンスギャグ、少年同性愛を描く少女漫画家が出て、書くものに制限がないというほど少女漫画の世界が一気に広がった。この点では白泉社雑誌を場とした、柴田昌弘（サスペンス性・SF的要素・メカニック）、魔夜峰央（ミステリ・怪奇・耽美・ギャグ）、和田慎二（主にアクション）など少女漫画デビューの男性作家の貢献も大きい。また、主人公の成長を描く話（教養小説的作品傾向）が長編化と共に広がり、複数の成功作が生まれる。反面、少女漫画の枠に収まりきらない作品群になじめない層に、「乙女ちっくマンガ」と呼ばれる日常の微妙な少女的センスとしての少女趣味的な作品群が支持され、以後の等身大の女性を描く少女漫画の流れにつながる。1970年代後半から1980年代前半は、少女漫画が男性読者にも注目された時期であり、少女漫画の影響を受けた絵柄や心理描写が少年漫画にも波及し始めた。また作家の環境として貸本出版が消滅した代わりに同人誌即売会が広がって発表とファン交流の場を与えた。作家の年齢層も上がっていった。また、漫画道具が多様になっている。昭和30年代にはカブラペンなどわずかだったが、1970年代には多様なペンとスクリーントーンが使われるようになっている。1980年代日本の貿易黒字が世界最高になり、職業選択の幅も広がる、と同時に女性の生き方にも多様性が出てきた。女性向け就職情報誌が誕生、宅配便が発展したり、マイコン技術による多品種小量生産が広がっていき、ビデオやウォークマンという個人化的製品がヒットし、軽薄短小とか分衆という言葉が誕生し、またいじめ問題が注目された。この時代は、中頃から吉田秋生、紡木たくといった、従来の少女漫画と一線を画す画風の漫画家が人気を博し、従来の少女漫画的な装飾的表現は簡略化されていく。等身大の女性を丁寧に描く作家が多くなり、シンプルな背景にキャッチライトが入らない目の人物像を描く漫画家が増えた。それまでよりも性や職業を扱った作品が増え、少女漫画読者層が広がった。また、作家のキャリアが長くなってきていることもあり、大人の女性向けの漫画が成長。レディースコミック、ヤング・レディースがジャンルとして確立した。少年同士の恋愛を描いたボーイズラブ（やおい）も、少女漫画の読者層とのズレが起こり、ボーイズラブ専門のレーベルで刊行されるようになった。また少年漫画にも高橋留美子を皮切りに女性漫画家が進出、少女漫画の読者層であった少女たちも少年漫画や青年漫画を読むことが一般的になっていった。これによって、少女漫画の手法や少女漫画的なテーマが少年漫画や青年漫画の世界にも広く普及することになった。1990年代には80年代末のバブル崩壊の影響で、世相が不安定になり、のちに失われた十年といわれる低迷した過渡期に入る。世界的にも、日本のバブル崩壊、東欧圏とソ連の解体、中国の改革、その後の金融市場の発展と、日本では歴史問題などの世界観の転換があり、後半は授業崩壊など青少年問題の質の変化が語られるようになる。少女漫画では心の問題を描く傾向がさらに顕著になり、また自ら行動を起こす主人公像が求められるようになった。青年漫画が大きく成長したこともあり、少女漫画と青年漫画をともに手がける作家、少女漫画出身の青年漫画家も多く見られるようになる。1990年代後半以降は、若年層の人口減少と読者の嗜好の多様化に伴い (また少女向けの枠で捉えにくい雑誌も増えて) 少女漫画や少女漫画誌の発行部数は減少の傾向にある。が、少女漫画的なテーマや表現手法は日本の漫画で広く定着し、男性を含めた幅広い年齢層に受け入れられている。21世紀のインターネット普及時代に入って雑誌や媒体のさらなる多様化と時代の思考の変化などもあり、かつて男性向けとは別れている媒体と手法を持ち、女性漫画の別名であり中心だった少女漫画は、2010年代現在では多くの隣接分野との境界の薄い、漫画界の連続的な一領域の感がある。