ハバード自身は、彼が4歳の時にブラックフット族インディアンのシャーマンの「オールド・トム」の被保護者になったと自称している。「1985年にモンタナ州のブラックフット族が、[L・ロン・ハバードと]ブラックフット族が血盟の兄弟になった70周年を記念する祝宴が催され、席上3人のたくさんの羽を頂く者がL・ロン・ハバードをブラックフット族の血盟の兄弟として再認識した。」というのもサイエントロジーの信者の間で広く流布されている。これについては、ブラックフット族の歴史家であるヒュー・デンプシーが、血盟の兄弟を結ぶことは「ブラックフット族では行われていない」と述べている。また、ブラックフット部族の当局者は、ハバードを「血盟の兄弟」として「再認識」する企てを拒んでいるし、部族の執行委員会の前副代表であるジョン・イエロー・キドニィも、ハバードを血盟の兄弟として再認識する文章の信用性を疑わしいものとしている。1940年のヨットでの航海がエンジントラブルに終わると、ハバードはケチカンで3ヶ月を過ごした。そこではバードは海のラジオ・ショウのホスト役を務め、「カリスマ的な語り部」と称された。ハバードは催眠術にも興味を持ち、その才能があった。伝記作家のラッセル・ミラーはいくつかの事件、作家のA・E・ヴァン・ヴォークトに行われた残酷な後催眠の「悪ふざけ」を含む事件に言及しており、それらの事件は「ハバードは時に彼の催眠術の才能を、疑いのかけられていない実験材料になる人々に用いたこと」を暗示している。このことと同時期に、第二次世界大戦直後、ハバードは極貧状態で、抑うつ感と自殺願望にさいなまれていた。1947年、退役軍人省に送った援助を求める請願書の中で、彼はこう述べている。私の軍役の終わりに向かって、私は自尊心からいかなる精神検査も避け、あらゆる理由によって私の心は深刻に冒されていると想像しながら、時間が心を中庸に保ってくれると願っていたのです。...。私は長きに渡って気分の落ち込みと自殺願望とが心に立ち上ってきたことを説明できません。最近になって、完全に社会復帰するためには、これらのよくない心を克服しなければならないことに気づいたのです — ハバードの最初の妻はマーガレット・「ポリー」・グラブで、1933年に結婚し、2人の子供をもうけた。L・ロン・Jr.(ロナルド・ドウルフとしても知られる)とキャサリン・メイ(1936年生まれ)である。彼らはカリフォルニア州ロサンゼルスに住み、1930年代後半から1940年代にかけては、ワシントン州ブレマートンに住んだ。後に撤回された1983年の『ペントハウス』のインタビューで、ドウルフは次のように述べている「父と母によると」、ドウルフは失敗した中絶の結果生まれた子で、ドウルフは6歳のとき、父親がハンガーを使って母親に中絶手術を行っているのを目撃している。同インタビューで、ドウルフはドウルフは「サイエントロジーは金と知識を集める遊びだ」と述べ、父親は「金、セックス、大酒、ドラッグしか興味が無かった」と言っている。後になって宣誓供述書の中で、ドウルフは父親による虐待や、彼がドラッグについて述べたことは誤りであり、それらの物語は「作られた」と述べ、『ペントハウス』の話は彼が深く後悔し、父親と彼に多大な苦しみをもたらした一例であると述べた。しかしそれ以前の1972年に、L・ロン・Jr.は彼が父親の過ちについて述べたことを否定する内容の宣誓供述書にすでにサインしていた。戦後になって、1945年8月に、ハバードはカリフォルニア工科大学の研究者で、イギリス諜報機関のオカルト研究家のアレイスター・クロウリーの仲間であるジャック・パーソンズに出会っている。クロウリーの記述によると、ハバードとパーソンズは1946年、魔術の実践に忙しく、それはババロン・ワーキングと呼ばれる女神または「ムーン・チャイルド」を召喚することを目的とした、拡張されたセックスの魔法儀式のまとまりを含んでいた。サイエントロジー教会はハバードは当時アメリカ海軍情報局の任務下で働いていて、その任務とはパーソンズの魔術と想定される行動を終え、パーソンズが「使用」していた少女を「救出」するものだったと言っている。ハバードは後に、彼が言うところの「パーソンズから救出した少女」、サラ・ノースラップと結婚した。クロウリーは彼のノートにハバードはパーソンズの金と女を「取込み詐欺」で騙し取っていったと記録した。1946年4月、サラ・ノースラップはハバードがポリーとまだ結婚している間、ハバードの第2婦人となり、重婚の事実は当時知らなかった。ハバードは海軍を去るとすぐに始めの妻と子供たちを捨て、彼が再婚した年より1年以上経ってから離婚した。サラもポリーもハバードが家庭内暴力を振るったと主張している。後になって、彼はアレクシスを、彼の娘ではなくジャック・パーソンズの子供だとして勘当した。1951年4月23日にサラは、2人の結婚の時と同時に、ハバードはまだ法的に最初の妻に法的に拘束されていたと主張して、離婚を申し立てた。サラは離婚届の中で、ハバードが2人の娘であるアレクシスを誘拐し、拷問したと非難した。1952年、ハバードは彼の3番目の妻であるメアリー・スー・ウィップと結婚し、彼女とは最期まで添い遂げた。続く6年間にわたって、ハバードは4人の子供をもうけた。ダイアナ、クエンティン、スゼッテ、そしてアーサーである。1954年生まれのクエンティンは、いつか彼の父に代わって、サイエントロジー機構の首長になることが期待されていた 。しかしクエンティンは父親の計画には無関心で、そんなことよりもパイロットになりたがっていた。彼は自分がゲイであることに罪悪感を抱き、1976年に自殺した。ハバードは虚栄心を持ちがちで 、1938年、彼はマーガレット・ポリー・グラブに次のような手紙を送っている「俺はすべての本が破壊されても、伝説のような形を残すぐらい激しく、自分の名前を歴史にブチ込みたいっていう高貴な希望を持っているんだ。俺に関していえば、その目標はリアルなゴールなんだ。」1984年、ゲリー・アームストロングに対してサイエントロジー教会が起こした訴訟では、裁判官のポール・G・ブレッケンリッジ・Jr.はハバードを「カリスマ的で、人にやる気を与え、組織を構成し、統制し、操作し、彼の信奉者を鼓舞することができる。」と描写した。しかしその裁判官はサイエントロジー教会の訴えを退け、その中で次のように述べた「証拠が示すところによると、その男は、彼の経歴、背景、そして業績のこととなると、ほとんど病的な嘘つきである。」ハバードは家族のうちのかなりの者と、元関係者から、虐待をする人間だとみなされていた。1946年に2番目の妻、サラ・ノースラップと結婚したときには、最初の妻との結婚の事実と子供の存在を隠していた。この隠し立てが、後にハバードと離婚する理由となった。離婚の法的な手続きの中で、ノースロップはハバードに虐待されたと主張し、マーガレット・「ポリー」・グラブから、「ハバードから受けた扱いについて、詳しく述べる手続き」の中で受け取った手紙を提出した。手紙の一部分は、次のようなものである。ロンは普通ではありません。...。私はあなたが彼を普通にできると願っていました。あなたの告発は一般の人にすると奇想天外なものでしょう―しかし私にも経験があります。―殴打、殺すとの脅し、あなたの告発に見られるハバードのサディスト的な特徴―その経験が12年も。1957年、マーティン・ガードナーは彼の友人達はハバードについての意見を異にしていることを書いた。あるものはハバードは誠実で親切と描写し、あるものは彼を大変な詐欺師と呼び、他の者にとっては、彼は基本的には親切だがハバード自身の精神病の犠牲者だった。何人かの信頼できるガードナーの同僚は、ハバードは取り乱すと感情の発作を起こす傾向があり、その発作の中でハバードは侮辱とわいせつな言葉を用いた。元サイエントロジー信者のアデレ・ハートウェルはかつてそのような感情の噴出を描写したことがある。「私は実際に、ある日彼が帽子を取り、床に踏みつけ、赤ん坊のように泣くのを見た。」サイエントロジーの成功に伴う財政上のもっけの幸いが、ハバードのこの情緒不安定さを隠蔽することを可能にし、現在サイエントロジー信者が褒め称える彼のイメージとは対照的な、彼の様々な人格の諸相を隠すことをも可能にした。サイエントロジー信者はハバードのことを「人類の最も尊い友達」と尊敬している。ハバードの側にいて彼の性格上の欠点や奇癖を目撃したものは少なく、サイエントロジー教会が製作した彼の伝記には反映されていない。