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帝国暦488年7月～。ロイエンタール艦隊とメルカッツ率いる貴族連合軍による会戦、貴族連合軍はシャンタウ星域を獲得し開戦以来はじめて勝利した。貴族連合軍は三波にわたってロイエンタール艦隊を攻撃し全て撃退されたが、ロイエンタール艦隊の損害も意外に大きく、ロイエンタールはメルカッツが前線に立った事を見抜いた。そしてロイエンタールはメルカッツと本気で戦うことと貴族連合軍に勝ちを譲ることのリスクを天秤にかけて後者を選び、シャンタウ星域の放棄を決断、7月9日、ロイエンタールは全戦線にわたって攻勢を行い、これに対しメルカッツは迎撃ののちタイミングをとらえて反撃、ロイエンタールは中央部隊を後退させつつ全軍を凹形陣形に編成。敵の動きの不自然さからメルカッツはロイエンタールが逃走する可能性を感じたが、これ以上戦う事なくシャンタウ星域を確保できるとして、貴族連合軍は追撃のスピードをゆるめた。ロイエンタール艦隊はその後も慎重に後退を続け、星域の外縁部に達し敵味方の距離が開くと艦隊をまとめて逃走した。
帝国暦488年8月～。貴族連合軍を挑発によって要塞からおびき出し、ラインハルトとオーベルシュタインがつくりあげた縦深陣によって貴族連合軍の艦隊を叩いた戦い。シャンタウ星域の獲得によって狂喜する貴族連合軍に対し、ラインハルトは古典的な決戦状（内容は非常に挑発的）を送りつけ要塞を出て戦うよう挑発。メルカッツは出撃を禁じていたが、ミッターマイヤー艦隊のたび重なる挑発的な行動に一部の若手貴族が出撃、ミッターマイヤーは偽りの敗北を演じ、以後貴族連合軍もメルカッツの命令を軽視するようになる。そして、もともと貴族連合軍の現状に失望していたメルカッツは失望を通り越して絶望を感じるようになった。そして、盟主であるブラウンシュヴァイク公自身が出撃してきたとき、ラインハルトは貴族連合軍を縦深陣へと引きずり込み、本気を出して包囲殲滅しようとした。貴族連合軍は大打撃を受けて実質的に壊滅し、ブラウンシュヴァイク公の旗艦までもが被弾した（藤崎竜版ではこの時に、箔をつけるために同乗させていた一人娘のエリザベートが死亡した）とき、後衛のメルカッツが来援して退路を確保、ブラウンシュヴァイク公を救った。しかし、ブラウンシュヴァイク公はメルカッツを「なぜ、もっと早く助けに来なかった！」と叱責し、恩を仇で返した。
帝国暦488年8月（宇宙暦797年）。敗北の連続及びヴェスターラントの惨劇による民心の離反によって追い詰められた貴族連合軍が、半ば自暴自棄でラインハルトに艦隊決戦を挑んだ。ファーレンハイトはこの案に反対し出撃を拒否したが、メルカッツは帝国に殉じ、また妻子を人質にとられていたことから出撃した。OVA版ではこの時、メルカッツはファーレンハイトに「自分よりまだ若いので生きよ」と別れを告げた。貴族連合軍の波状攻撃をラインハルトの陣営が要撃する形で一進一退が続き、貴族連合軍の抵抗力が限界に達した時点でラインハルトが総攻撃を命令。キルヒアイスらは高速巡航艦隊を率いて短時間で貴族連合軍に大損害を与えて圧倒し、貴族連合軍を潰走させた。ほぼ同時に、オーベルシュタインが潜入させておいた工作員ハウプトマン大尉の扇動によってガイエスブルク要塞で反乱が発生、主砲室（ガイエスハーケン）を制圧した。この敗戦で貴族連合軍は恐慌を来たし、貴族連合軍陣営では貴族主体の高級士官と平民主体の兵士とに分かれての同士討ちが相次いだ。残存する貴族連合軍の多くは降伏か逃亡した。ファーレンハイトは要塞内で捕虜となったが、後日の謁見でラインハルトに従う事を誓い、ローエングラム陣営に帰順した。メルカッツは自殺しようとしたが、副官のシュナイダーに制止された。シュナイダーは同盟への亡命を薦め、懐疑的なメルカッツにヤン・ウェンリーを頼る事を提案した。それによってメルカッツは決心し、同盟に亡命した。対ラインハルト強硬派のフレーゲル男爵は滅びの美学を唱えて戦艦の一騎討ちを画策したが相手にされず、最後は自分を見限った参謀のシューマッハを射殺しようとして、逆に周囲の部下に射殺された。シューマッハと部下は戦艦ウィルヘルミナを駆ってフェザーンに亡命した。藤崎竜版コミックスでは、先の戦いで一人娘のエリザベートが死亡したこともあり、他メディアよりも急速に貴族連合軍の瓦解が進んだため、その描写は大きく変化した。最後の攻防戦は行われないまま、メルカッツ提督はシュナイダー少佐の勧めに従って亡命。さら一部の貴族が、ラインハルトへの降伏の手土産にブラウンシュヴァイク公爵の首を差し出そうとして自決するよう恫喝した。ブラウンシュヴァイク公爵は他メディアと同様にアンスバッハにラインハルトの簒奪を阻止するよう命令を下した後、服毒自殺目前で命乞いをするが、「滅びの美学の完成」を唱えたフレーゲル男爵の手によって無理矢理毒入りワインを飲まされ自決させられ、直後にフレーゲル男爵自身も同じ毒入りワインをあおって自決した。
帝国暦488年9月9日、ガイエスブルク要塞で発生したテロ事件。この日に至るまでに、ヴェスターラント虐殺の黙認を巡ってラインハルトとキルヒアイスの間にすれ違いが生じ、双方の精神的関係が変化する程の感情的対立を引き起こした。これに加えて、オーベルシュタインがキルヒアイスへの特別扱いを止めるように進言していた事もあって、以前はキルヒアイスのみ許されていた銃器の携行が認められず、キルヒアイスは丸腰で式典会場に入った。捕虜となった高級士官の引見が始まり、ファーレンハイトがラインハルト陣営への帰順を表明して提督の列に加わった後、アンスバッハが服毒死したブラウンシュヴァイク公爵の死体と供に入場してきた。提督達は最初嘲笑をもって迎えたが、その死体にはハンド・キャノンが仕込まれており、アンスバッハはそれを取り出してラインハルトを狙った。だが一瞬早くキルヒアイスが飛び掛り、狙点が狂ったハンド・キャノンはラインハルト後方の壁を爆砕した。OVA版では、更にオーベルシュタインがラインハルトの前に立ちはだかり、盾となった様子が描かれている。ラインハルトの謀殺に失敗したアンスバッハは、それでもキルヒアイスを振りほどこうとしてもがき、指輪に仕込んだレーザー銃でキルヒアイスの胸部と頸部を撃ち抜いたが、それでもキルヒアイスはアンスバッハを離そうとせず、他の提督が二人を引き離すまでその状態が続いた。アンスバッハは自らの失敗を笑いながら歯に仕込んだ毒で自殺し、提督達は後処理に奔走するが、ラインハルトはそれらの一切が耳目に届かない精神状態となり、半ば無意識の様子でキルヒアイスに近づいた。既に視力が失われる状態になりながらも、キルヒアイスは「宇宙を手にお入れ下さい」という、その後のラインハルトにとって神聖不可侵となる誓約の言葉と、アンネローゼへの謝罪の言葉を告げ、そのまま息を引き取った。
帝国暦488年9月に発生した、ラインハルトの配下の提督達による帝国首都制圧作戦。式典から3日を経てもラインハルトが虚脱状態のままでいる事を懸念した提督達は、何らかの対策を講じる必要性を感じたが、謀略の類が苦手な彼らは効果的な手段を思いつけずにいた。ロイエンタールが意を決し、そもそもの原因であるオーベルシュタインにアドバイスを求めるように提案したが、それを待っていたかのようにオーベルシュタインが現れ、アンネローゼに説得してもらう事と、さらにこの期に乗じて帝都を制圧し、かねてから謀略をめぐらしていると情報があったリヒテンラーデをキルヒアイス殺害の主犯に仕立て、先手を打って排除する事を進言した。提督達は、その没義道な策と反省の色も見せないオーベルシュタインに不快と嫌悪を感じながらも半ばリヒテンラーデへの八つ当たりで進言を受け入れ、各艦隊から高速艦艇二万隻強を選りすぐって首都星オーディンに向かった。通常は20日を要する行程を14日で踏破したため脱落艦艇が相次ぎ、作戦開始の時点でオーディンに到達出来たのは3,000隻程度だった。ミュラーがその内の800隻で衛星軌道を制圧し、他の艦艇は首都周辺に強行着陸して帝国中枢に向かった。ミッターマイヤーが宰相府で国璽を奪取した一方、ロイエンタールはリヒテンラーデを拘禁した。この様子を屋敷のバルコニーから眺めていたヒルダは、新しい時代の到来を予感している。なお、リヒテンラーデを処断した事が、後にロイエンタールとエルフリーデ・フォン・コールラウシュとの関係に関わってくる。これと前後して、ラインハルトはオーベルシュタインの手配でアンネローゼと超光速通信で会話を交わし、少なくとも虚脱状態からは抜け出した様子が描かれている。また、その後のロイエンタールとの通信の内容が、後の叛乱の呼び水となっているように描かれている。ラインハルトが一応味方であったリヒテンラーデの親族たちに下した処分は、「リヒテンラーデ本人は自決、女子供は辺境に流刑、そして10歳以上の男子は全て死罪」という過酷なものであった。これにより、ゴールデンバウム王朝を良くも悪くも支えてきた門閥貴族階級は事実上滅亡し、良くも悪くも彼らに支えられてきたゴールデンバウム王朝も事実上滅亡した。
宇宙暦797年3月30日～8月。後にリップシュタット戦役と呼ばれる帝国の内乱で、ラインハルトが貴族を討伐するにあたり、介入を防ぐために同盟に内乱を引き起こすべくクーデターを仕掛けた。エルファシルを巡る戦いで捕虜になっていたアーサー・リンチ元少将が工作員となって同盟に逆潜入し、救国軍事会議となるメンバーを募りクーデターの実行を促した。3月30日にアンドリュー・フォークがクブルスリー大将を襲って重傷を負わせたのを皮切りに4月3日に惑星ネプティス、4月5日に惑星カッファー、4月8日に惑星パルメレンド、4月10日に惑星シャンプールの4か所で次々に反乱が発生し、さらに4月13日、ハイネセンで演習に偽装した兵力展開が行われ、そのまま決起に至った。なお、銀河帝国では4月6日にはリップシュタット戦役に突入している。救国軍事会議の議長はドワイト・グリーンヒル大将。スポークスマンはエベンス大佐。主な参加者は情報部のブロンズ中将、第11艦隊司令官のルグランジュ中将など。しかしヤンが参加を拒否し、さらに救国軍事会議に敵対を表明したため、内乱状態となる。ヤン艦隊はドーリア星域会戦で第11艦隊を全滅させ、更にハイネセンの防宙システム「アルテミスの首飾り」を完全に破壊し、救国軍事会議を無力化させた。これに先んじて、ヤン暗殺に失敗して寝返ったバグダッシュが、ヤンの意を受け、このクーデターが帝国の謀略によるものであると放送した。リンチがそれを認めたため、救国軍事会議は大義名分を失った。グリーンヒルは降伏を決意したが、その前にリンチを始末しようとして逆に射殺される。しかしその数秒後にリンチも射殺された。エベンスはリンチと謀略の存在の秘匿を命じた後、通信でヤンに降伏を宣言・自決、クーデターは鎮圧された。帝国と同盟で相前後して内乱が生じ、いずれも大損害を被ったとはいえ、帝国側ではラインハルト独裁の新体制で社会が活性化したのに対し、同盟側では帝国領土侵攻作戦失敗の傷を更に深めるという反対の結果となる。またヨブ・トリューニヒト政権はクーデターを経て更に権力体制が強化される事となり、同盟の弱体化は更に進むこととなった。
宇宙暦797年5月18日。ルグランジュ中将の第11艦隊とヤン艦隊の戦い。相手の位置の把握に成功したヤンが先手を取って（原作においては第11艦隊が艦隊を2分した所を見はからって）右側面から艦隊中央部を攻撃し、亀裂が生じた箇所にグエン・バン・ヒューの分艦隊が突入。第11艦隊は2つに分断された（原作では元より2分していたので、さらに4分した事になる）。この分断されたストークスの前方部隊を本隊から引き離す役目は、原作ではフィッシャーが、OVAではアッテンボローが担当する。ルグランジュ艦隊の（原作では4分、OVAでは2分割された）本隊は、数的に優勢なヤン艦隊の大部分に包囲されて集中攻撃を受けた。8時間に渡る消耗戦の末、戦力のほとんどを失ったルグランジュはヤンに最後のメッセージを送った後ピストル自殺。おびき寄せられていた前方部隊も降伏を拒否して全滅した。第11艦隊は勝敗が決した後も降伏を拒否して自滅そのものの交戦を続けたために、戦略上意味のない損害をヤン艦隊は被ることとなり、また同盟に残された数少ない艦船も無意味に喪失した。
宇宙暦797年8月。惑星ハイネセンで発生したヤン艦隊の進攻。ヤンが考案した作戦で「アルテミスの首飾り」を破壊して救国軍事会議を無力化し、降伏に至らしめた戦い。バーラト星系第6惑星シリューナガルから1立方キロメートル/10億トンの氷塊を1ダース切り出してバサード・ラム・ジェット・エンジンを装着、光速に近い速度まで加速、相対性理論に添って重量を増した氷塊をアルテミスの首飾りに衝突させ破壊するという戦法が採られた。救国軍事会議メンバーの戦意を挫く心理的・政治的効果を狙い、また、元々アルテミスの首飾りの存在が首都星の傲慢の原因であると見做していたヤンは全ての衛星の破壊を命じたが、これは後に査問会に呼びつけられる口実の一つとなった。
宇宙暦798年/帝国暦489年1月。イゼルローン駐留艦隊の内、アッテンボロー少将が率いる2,200隻の分艦隊が、回廊の帝国領方面を哨戒している最中に、ケンプ艦隊の分艦隊であるアイヘンドルフ艦隊1,630～1,790隻（OVA版において艦内放送で告知された推定艦艇数の最小値～最大値）と遭遇し、戦闘状態に突入した。アッテンボローの分艦隊は兵士の多くが補充されたばかりの新兵であり、その中に、軍曹待遇に昇進してスパルタニアンの搭乗資格を得たばかりのユリアン・ミンツも含まれる。原作ではアッテンボローの初登場の場面である。アイヘンドルフ艦隊は当初ヤン艦隊の名前を恐れて積極的な攻勢を躊躇ったが、8～9時間後、相手の多くが素人であると気づき攻勢に転じようとした。しかし前後してヤン艦隊のほぼ全軍1万隻以上（OVA版でのラインハルトへの報告では帝国軍の10倍の戦力）が援軍に駆けつけたため、急遽撤退に転じた。ヤンは帝国軍が戦意を失って逃走したため、無用な流血を避けるためと元来の性格のため追撃戦は行われなかった。シェーンコップは、これを「戦わずして勝つ」と評した。ユリアン・ミンツは軍曹待遇で初陣となったこの戦いでワルキューレ3機撃墜と巡航艦1隻を完全破壊し、曹長待遇に昇進した。
宇宙暦798年/帝国暦489年10月9日～翌年1月19日。ラグナロック作戦中の陽動として行われた戦闘。しかしロイエンタールが指揮する帝国軍三個艦隊約3万6000隻はヤンをイゼルローンに拘束し、今後の策を立てる余裕を与えぬために、ルッツ曰く「嫌がらせの攻撃」、ロイエンタール曰く「あらゆる布石を惜しまない」、陽動といえども手を抜かぬ攻勢をかけた。最初の戦闘では、ヤンは旗艦ヒューベリオンを囮とすることで帝国軍の突出を誘い、その隙にローゼンリッターがロイエンタールの旗艦トリスタンへの突入に成功、シェーンコップとロイエンタールとの一騎討ちに至った。その後も戦闘は断続的に続き、レンネンカンプがアッテンボローの罠にかかって3割（約2000隻）の損害を出した。12月9日にロイエンタールは援軍の要請（に見せかけたフェザーン侵攻作戦の開始要請）をラインハルトに上申した。フェザーンが占領された後の1月19日に、ヤンが放棄したイゼルローン要塞にロイエンタールが無血で進駐。本戦闘は終了した。なお、ロイエンタールはヤン艦隊の追撃を進言したベルゲングリューンに対し、「野に獣がいなくなれば猟犬は無用になる。だから猟犬は獣を狩りつくすのを避ける…（「狡兎死して走狗煮らる」）」という、極めて意味深な返答をして却下している。
宇宙暦798年/帝国暦489年12月。イゼルローン要塞への陽動攻撃に乗じて、ラグナロック作戦の本隊が行った侵攻作戦。第一陣のミッターマイヤー艦隊が出陣したのは12月9日と推定。当初はイゼルローン方面への援軍という名目で出陣し、兵士にもそう説明されていた。ミッターマイヤー艦隊の全兵士にフェザーン占領が目的であると伝えられたのは12月13日。艦隊がフェザーンの衛星軌道に到達したのは同24日。フェザーンには対抗するだけの軍事力が無いため、第1陣のミッターマイヤー艦隊二万隻強のみで即日無血占領が完了したが、ルビンスキーはいち早く逃走し、拘束には失敗した。第2陣のミュラー到着は同月28日、ラインハルトの本隊到着は同月30日16時50分。この時、駐在武官としてフェザーンに赴任していたユリアンは、ヤンとの事前の打ち合わせでこの事態を予想しており、マシュンゴ及び弁務官のヘンスローとともに逃亡。翌年1月24日に、マリネスクの手引きにより、ベリョースカ号でフェザーンを脱出した。なお、ドミニク・サン・ピエールの手配でデグスビイ司教が同乗しており、フェザーンと地球教に繋がりがある事をユリアンに話した後、薬物中毒で死亡した。
宇宙暦799年/帝国暦490年3月1日～。ヤン艦隊と、帝国軍のシュタインメッツ/レンネンカンプ艦隊との連戦。この直前にゾンバルト少将が護衛する補給艦隊がヤン艦隊によって全滅させられたため、ラインハルトはウルヴァシーの恒久基地化の邪魔になるヤン艦隊を排除するべく、シュタインメッツ艦隊に探査を命じた。そして3月1日、ライガール・トリプラ両星域の中間にあるブラックホールの安全領域ぎりぎりに（危険宙域である半径9億6千kmから僅かに外れた半径10億kmに）ヤン艦隊が凸形陣で布陣している事を知り、本隊に連絡した。これをうけて本隊からはレンネンカンプ艦隊が援軍に赴いた。同日21時にヤン艦隊とシュタインメッツ艦隊が戦闘状態に突入。当初は背水の陣を敷いたヤン艦隊をシュタインメッツ艦隊が半包囲する形での砲撃戦を展開していたが、翌日5時30分にヤン艦隊が中央突破・背面展開戦法を使ってシュタインメッツ艦隊の包囲陣を破り、後方に回ってブラックホールに追い込み始めた。罠にかけられたことを知ったシュタインメッツは果敢に応戦（OVA版では、「態勢を入れ替えられたのなら、また入れ替えればいい」と同じく中央突破・背面展開による反攻まで試みている）するがついに力尽き、ある程度の犠牲が出る事は覚悟して4時方向に転進（つまりヤン艦隊に横腹を見せ）、シュバルツシルト半径ギリギリをかすめて高速を得るブラックホールを利用したスイングバイ航法で脱出に成功した。しかし、その間延々と狙い撃ちにされた上にブラックホールに多くの艦艇を呑まれ、最終的に8割の損害を出した。なお、この戦いの後、亜光速の氷塊や移動要塞やブラックホールといった、SFならではのガジェットを用いた戦いは行われていない。シュタインメッツ艦隊との戦いの後逃走する事を考えていたヤンは、援軍がレンネンカンプ艦隊だと知り予定を変更。「戦うことなく自分からわざと後退する」という艦隊運用で心理戦を仕掛け、タイミングを計って攻勢を仕掛けた。先のイゼルローン攻略戦で後退するヤン艦隊を追撃して罠にはまったレンネンカンプ艦隊は、ヤンの読みどおり疑心暗鬼に陥って今度は後退してしまい、そこにヤンの先制攻撃を受けて潰走。同日13時にようやく秩序を回復したものの、その時既にヤン艦隊に逃げられてしまっていた。この戦いに先立って、ヤンは元帥に昇進し、勤労意欲に目覚めたアイランズ国防委員長の承認により、ヤン及びヤン艦隊がほぼ自由に戦術と戦略を組み立てる事が出来るようになった。帝国駆逐艦乗っ取りという功績で中尉に昇進したユリアンと銀河帝国正統政府を事実上見限ったメルカッツが復帰し、キャゼルヌも中将に昇進してイゼルローンから引き続き同行、シェーンコップは中将に、フレデリカは少佐に昇進した。さらにOVA版ではモートンとカールセン、及び第14/15艦隊の残存部隊が合流している。
宇宙暦799年/帝国暦490年3月。ヤン艦隊とワーレン艦隊の戦い。ゾンバルト少将が護衛していた補給艦隊が全滅したため、ウルヴァシーの物資が不足し始めた。この事態を打開するため、ワーレンが自分自身の艦隊で同盟の補給基地を襲って物資を奪う案を上申し、ラインハルトの消極的な承認を得て進発した。これを察知したヤンはタッシリ星域で護衛が不十分に見える補給コンテナ群を配置し、故意にワーレン艦隊に奪わせた。ワーレン艦隊の中央部分に取り込まれた補給コンテナ群が、自動射撃装置による僅かな反撃を開始したため、ワーレンは物資を奪う事を断念して補給コンテナ群を攻撃した。しかしその補給コンテナ群は液体ヘリウムを満載していたブービートラップであり大爆発が発生（原作では言及されていないが、OVA版において「ヘリウム爆発」との表現がある）。そこにヤン艦隊が砲火を浴びせたため、ワーレン艦隊は大きな損害を出しつつ敗走した。また会戦の後にワーレンは星域から離脱するヤン艦隊を偵察、同盟各地の補給基地を転々として特定の拠点を設けない、いわば同盟領全域を利用したゲリラ戦を展開している事、すなわち正攻法で捕捉撃滅することは出来ないことを突き止めた。
宇宙暦799年/帝国暦490年5月5日。ミッターマイヤーとロイエンタールによる同盟首都星ハイネセンの侵攻作戦。バーミリオン会戦におけるラインハルトの危機を感じたヒルダが、5月2日に独断でエリューセラ星域にいたミッターマイヤーと面談し、「今から救援に行くよりそちらの方が早い」と「同盟首都ハイネセンを占領し、同盟政府にヤンに戦闘停止を命じるよう強要する」策を促した（これはヒルダの持論でもあった）。当初は懐疑的だったミッターマイヤーも説得を受けて同意し、隣のリオヴェルデ星域にいるロイエンタールに連絡して同行を要請した。ロイエンタールは様々な想いを抱きながらも同意し、ミッターマイヤーとともにバーラト星域に急行した。両艦隊とも5月4日にバーラト星系に到着。翌5日にはハイネセンの衛星軌道に達し、同盟政府に無条件降伏を勧告、国防委員長のアイランズとビュコックは最後まで抵抗することを主張した。しかし、それまで職務放棄し、また日頃国民を扇動、最後の最後まで抵抗しろと主張していたトリューニヒトが反対派の抵抗を地球教徒の手を借りて排除し、時間稼ぎ一つしようとせずに降伏勧告を受諾。ブリュンヒルトを眼前に捉えていたヤン艦隊に即時停戦することを命令した。そしてトリューニヒトは苦悩も反省の色もなく、厚顔にも自分と家族の安全の保証、帝国での地位までもを自分から要求した。「アルテミスの首飾りがヤンによって全て破壊されていなければ抗戦できた。ヤンが何だ」というのが、本人の弁であった（ただしOVA版においては、既に帝国軍は過去のカストロプ動乱時にアルテミスの首飾りとまったく同じ防衛兵器を完全に破壊している）。この作戦によって帝国軍はハイネセンを無血開城する事が出来、ラグナロック作戦は成功に終わった。また、この作戦を考案したヒルダの戦略/政略センスが非凡なものである事が知られる事となった。ただしバーミリオン星域の戦闘で負けたまま勝利を譲られた形になったラインハルトのプライドは大きく傷つき、しばらくの間はヒルダに対して複雑な感情を抱かずにいられなかった事を自ら口にしている。
宇宙暦799年/帝国暦490年6月20日。エルウィン・ヨーゼフ二世が「救出」されたあとの帝位は、生後わずか八ヶ月の女児カザリン・ケートヘンが（形の上で）継いでいた。そのカザリン・ケートヘンの父親であり親権代行者でもあるペクニッツ公ユルゲン・オファーは、オーベルシュタインに呼び出され、「女帝」カザリン・ケートヘンの退位宣言書と「帝位をラインハルトに禅譲する」宣言書を突きつけられた。立ち尽くして冷汗と脂汗を流すユルゲン・オファーに対し、オーベルシュタインはペクニッツ家の安泰およびカザリン・ケートヘンへの生涯年金支給の保証書をも提示した。それで冷汗と脂汗は安堵の汗に変わってユルゲン・オファーは二通の宣言書に署名し、かくしてゴールデンバウム王朝は人知れず滅亡した。宇宙暦799年/新帝国暦1年6月22日。ラインハルトは新無憂宮において大々的に即位式及び戴冠式を行い、自ら帝冠を戴いた。ローエングラム王朝が、ここにはじまった。だがその場には、ラインハルトが最も求める二人の姿はなかった。
宇宙暦799年/新帝国暦1年7月6日、ハインリッヒ・フォン・キュンメル邸で発生したラインハルト暗殺未遂事件及び憲兵隊による地球教支部の制圧。7月1日、フランツ・フォン・マリーンドルフが、余命いくばくも無い甥のキュンメル男爵が自邸への行幸を望んでいる事を新皇帝となったラインハルトに打ち明けた。同情したラインハルトはその願いを聞きいれ、6日、16名の随行者を伴ってキュンメル邸を訪ねた。中庭に通された一行は、地下にゼッフル粒子が充満し、スイッチ一つで起爆できる事をキュンメルから聞かされ、騒然となった。だがラインハルトは平然とした様子を崩さず、それがキュンメルの苛立ちを誘った。その一方で、帝国に「保護」されていたトリューニヒトが憲兵隊司令部のケスラーと面会し、キュンメルの計画と背後の地球教の存在を暴露した（この理由については諸説あるが、それを踏み台に帝国の政治に関わろうとした、という説が有力）。ケスラーはトリューニヒトを実質的に拘禁した後キュンメル邸に連絡を入れ、通話不能と分かると、近隣の武装憲兵隊の責任者であるパウマン准将以下2400名を現場に向かわせた。更にラフト准将の隊に、カッセル街19番地の地球教オーディン支部の出動を命じた。支部では戦闘となり、憲兵隊と信者の双方に犠牲者が出たが、最終的に憲兵隊が制圧に成功し、ゴドウィン大司教を逮捕した。この時、膠着状態となっていたキュンメル邸にようやくパウマン准将の隊が到着した。キスリング達はその気配に気づき、機会をうかがっていた。だがその間に、キュンメルはラインハルトが胸の（キルヒアイスの遺髪と写真が入っている）ペンダントを無意識に触っている事に気が付き、それを見せるように命令した。それによって自分の無意識の行動に気が付いたラインハルトは、その命令を拒絶した。シュトライトやキスリング達がラインハルトに時間稼ぎの説得を試みたが、譲れない内容を秘めたラインハルトは頑として応じなかった。逆上したキュンメルは無理に奪おうとし、ラインハルトはキュンメルの横面を殴りつけてそれを防いだ。その空白を突いてキスリングがキュンメルにタックルして起爆スイッチを奪い、身体が衰弱していたキュンメルはその衝撃に耐えられずに危篤状態になり、ヒルダの腕の中で死亡した。さらに邸内に隠れていた地球教の信者がラインハルトを銃撃しようとするが失敗し、ラインハルトは無事に引き上げた。この事件の後、マリーンドルフ親娘は自主的に謹慎したが、ラインハルトは短期間で復帰を命じ、また「殺人犯の凶器まで処罰する必要はない」と、地球教に扇動されたキュンメルの罪も不問に付した。その一方、10日の御前会議で真の「殺人犯」である地球教討伐を決定し、ワーレンにその任を命じた。
宇宙暦799年/新帝国暦1年7月16日～24日。7月16日、マスカーニ少将指揮下の同盟軍工作部隊がレサヴィク星系において、バーラトの和約によって保有を禁止された戦艦と宇宙母艦（空母）の爆破処分の準備作業を行っていた時、素性を隠して「義勇兵集団」と名乗った動くシャーウッドの森の一党が作業部隊を襲撃し、破壊される寸前だった艦艇の内戦艦464隻/宇宙母艦80隻を「入手」した（された側は「強奪」と表現した）。また「義勇兵集団」の呼びかけに応じたハムディー・アシュール少佐以下4,000名もの「お調子もの」が合流した。「この一件はヤンが企ててメルカッツが実行した」という密告が同盟要人によって帝国の高等弁務官府にもたらされ、レンネンカンプはそれを根拠にフンメル首席補佐官と話し合い、同月20日、同盟政府に対してヤンを逮捕するように勧告した（その直後、オーベルシュタインから超光速通信が入り、レンネンカンプに「これを利用してヤン一党を一網打尽にすべき」と更なる陰謀が吹き込まれている）。帝国の勧告を受けたジョアン・レベロは窮地に立たされ、ホアン・ルイのアドバイスでさらに決断に迷ったが、（OVA版では密告者の一人である）オリベイラの提案を受け入れて逮捕した。22日、自宅にいたヤンが中央検察庁の使者（と名乗った半ダースほどのダークスーツの男達）に逮捕された。フレデリカは事前にその危険性を感じていたが、ここに至って我慢の限界を感じ、ヤンを奪回すべく、シェーンコップとアッテンボローに連絡をとった。同盟政府の意を受けた警察が二人を追尾し始めたが、ローゼンリッターの迎撃に遭い壊滅、二人はローゼンリッター（及びバグダッシュ）と合流してジョアン・レベロを拉致し、同盟軍にヤンとレベロの身柄交換を要求した。この時、統合作戦本部長の任にあったロックウェルが応対し、この件が広まれば帝国につけこまれると考え、レベロを見殺しにしてヤンを謀殺することを決断したが、この事を予期していたシェーンコップ達がヤンの監禁場所に向かっていた。間一髪で救い出されたヤンは、シェーンコップやフレデリカ達とともにレベロを監禁している場所に行き、自分達がレンネンカンプを人質にしてハイネセンを離れるので、策謀に加わらなかったキャゼルヌやムライ、フィッシャー、パトリチェフの責任を追及しないでほしいと提案、レベロは不承不承ながら受諾した。翌早朝、高等弁務官府がおかれているホテル・シャングリラをローゼンリッターが急襲、レンネンカンプの拉致に成功したが、自分がヤンに負け、さらにレベロに売られた事を悟ったレンネンカンプは、監禁された部屋で首吊り自殺を遂げた。ヤン達はレンネンカンプがまだ生きている事にして交渉を続行、同盟軍から巡航艦レダIIを手に入れ、24日にハイネセンを脱出している。なお、脱出直前に事態を知らされたキャゼルヌは、迷うこと無く後方勤務本部長代理の職を捨て、家族とともにヤン一党と合流している（後日、冗談の範囲であるが、キャゼルヌ夫人がこの時のことを口にしている）。
宇宙暦799年/新帝国暦1年7月27日。ワーレン艦隊による地球教本部（地球・ヒマラヤ山脈のカンチェンジュンガ山）への討伐作戦。発端となったキュンメル事件の発生は7月6日。出征を決定した御前会議は10日。ワーレン艦隊が太陽系外縁部に到達したのは24日。同日艦隊旗艦サラマンドルの艦橋で討伐を阻止するためにワーレンを狙ったテロが発生。27日に昏睡から脱したワーレンはコンラート・リンザー中佐及び2個大隊に地球教本部の偵察と進路設定を命令。30日までに作戦が終了。8月1日にはワーレン艦隊第1波はオーディンへの帰路に着いた。御前会議においてビッテンフェルトは主戦論を展開し、自分をその任に就けてほしいと願い出たが、ラインハルトはその願いを却下し、ワーレンに討伐を命じた。これはラグナロック作戦でヤンに敗北した3提督の内、ワーレンだけが名誉挽回の機会を得ていなかった事による。命令を受けたワーレンがオーディンを出立した日は明記されていないが、日を置かず高速艦艇だけ（5440隻）で出立し、航行途中で艦隊編成をしている点から、御前会議の翌日もしくは翌々日ではないかと推測される。太陽系外縁部に到達した24日、艦隊旗艦サラマンドルの艦橋で行われた作戦会議の後、ワーレンは兵士に扮した地球教徒に毒を塗ったナイフで襲われた。一命を取り留めたが、毒に侵された左腕を失ったワーレンは、その事から右腕の無いリンザーを思い出し、先行を命じた。これに先立つ7月10日、ユリアン一行が地球に到着し、14日に地球教本部に潜入している。先行の命令を受けたコンラート・リンザーは本部内でフェザーンの商人達であると名乗ったユリアン一行の協力を得て各所を制圧し、地球教本部の内部構造を突き止めた。ワーレンはその情報をもとに一箇所を除く各所出入り口をミサイル攻撃でふさぎ、サラマンドルを強行着陸させて装甲擲弾兵を送り込んだ。戦いは最初から帝国軍が圧倒したが、命を投げ出して反撃してくる教徒の異様な振る舞いに神経が耐えられない兵士が続出した。やがて地球教徒自身による本部の爆破が発生し、戦いは終了した。総大主教が脱出せず生き埋めになった事は、脱出したド・ヴィリエ大主教が後日ユリアンに射殺される寸前に語って判明した。これと平行して、ユリアン達は地球教本部の資料室を発見し、コンピュータに記録されていたデータを一枚の光ディスクにコピーしている。戦闘後に、リンザーから「協力してくれたフェザーンの商人」としてワーレンに紹介されたユリアンはオーディンへの同行を願い出ており、8月1日の艦隊第1波帰還の時に親不孝号で同行している。
宇宙暦800年/新帝国暦2年1月2日～14日。エル・ファシル革命予備軍となったヤン一党によるイゼルローン要塞の攻略、及びイゼルローンに駐留しているルッツ艦隊との交戦。行動部隊の陣容は、艦隊指揮がメルカッツ、突入部隊がシェーンコップとローゼンリッター、ユリアン、ポプラン、マシュンゴ、及び参加希望者。情報操作担当がバグダッシュ。ヤンが直接指揮を執る事に対して独立政府が難色を示したため、ヤン及びアッテンボローがエル・ファシルに残留した。また、カリンが自分の娘だと知ったシェーンコップが、カリンの参加希望を却下した。その理由は明確には示されていない。情報操作のための最初の通信がバグダッシュから発せられたのは1月2日。ラインハルトの名前で、艦隊が第2次ラグナロック作戦に参加する事を命じていた。だが翌3日に、前日とは逆に出撃禁止及び内通者捜索の命令が届き、捜索の結果、幾人かの逮捕者が出た。この事で、ルッツは後者の通信の方を信用し、これ以降に届いた出撃を促す通信を無視するようになった。1月7日、5本目に届いた出撃命令（これがラインハルトからの本当の命令）が届いてもルッツが動かない事を知ったバグダッシュは、脅迫めいた通信を送ってルッツの幕僚を戦慄させた。さまざまな思慮の末、これがヤンの罠だと結論づけたルッツは、逆に罠にかけるべく出撃、要塞を留守にすると見せかけて反転し、要塞と挟み撃ちにする作戦を立案した。ルッツ艦隊の出撃は12日、翌13日にはその報がヤン一党に届き、イゼルローン要塞に向けて出動した。だがルッツの思惑に反して、イゼルローン要塞は、ヤン一党がトゥールハンマーの射程距離に入った時点で、バグダッシュが発した「健康と美容のために、食後に一杯の紅茶」という通信を受領し、要塞の制御システムをつかさどるコンピュータが機能を停止していた。これは「第9次イゼルローン攻防戦」でヤンが要塞を放棄した時に仕掛けた罠であり、これによってゲートの開閉も防御システムの稼動も不可能となった。ヤン一党の突入部隊は要塞の軍港に強行着陸し、白兵戦の末、23時20分にAS28ブロックの第4予備制御室を占拠した。ユリアンが制御卓から「ロシアン・ティーを一杯。ジャムではなくママレードでもなく蜂蜜で」と回路に入力してシステムの制御を掌握し、23時25分、帰還途上のルッツ艦隊にトゥールハンマーを発射。これに気づいたルッツは急遽散開行動を命じたものの、艦隊の1割を失った。そしてその光景を見た要塞守備隊の戦意も失われ、守備隊は次々と潰走・降伏していった。14日0時45分、帝国軍の守将ヴェーラー中将が、部下の安全な退去と引き換えに要塞の放棄に応じる事を打診。意思決定を委ねられたユリアンは7分後に条件を受諾する返答を送り、戦闘は終了した。要塞内の帝国軍、及び損害を被ったルッツ艦隊は撤退した。なお、0時59分に、ピストル自殺を遂げたヴェーラー中将の遺体が執務室で発見された。なお、原作執筆当時（1987年）は、「サイバー攻撃」という用語や概念自体がまだ存在していない時期であった。
宇宙暦800年/新帝国暦2年1月16日。バーラト星系に侵攻を続ける帝国艦隊と、それに対抗しようとする同盟艦隊の交戦。1月8日、ミッターマイヤー艦隊の前方に1,000隻以上の艦艇が出現。同10日、同盟軍が20,000隻以上の戦力を有している事が判明。同13日、帝国軍の前方、恒星マル・アデッタ付近に同盟軍が布陣。同16日に戦闘開始。マル・アデッタは不安定な状態の恒星で周囲に無数の小惑星を従えており、同盟軍はその小惑星帯内の狭い回廊の中に「篭城」していた。マル・アデッタ星域の戦略上の価値は前年に両軍が対峙したランテマリオ星域より低いとされていたが、戦術的には遥かに難所とされていた。そのため、数で勝る帝国軍には「一隊が同盟軍を抑えて、本隊がその隙に同盟首都ハイネセンを陥とす」策もあり、「常識的な事を言わなければならない」という見地で幹部を代表してシュトライトがそれを述べた。しかし、それは文字通り「言ってみただけ」であり、ラインハルトは「老将の死を覚悟の挑戦、受けねば非礼にあたる」とマル・アデッタで戦う事を選び、もともと乗り気だった幹部たちもそれに同意した。その為、会戦当初の地の利は同盟軍に傾くことになった。同盟の艦隊司令官はビュコック。参謀長はチュン。分艦隊司令官はカールセン。参加幕僚はザーニアル少将/マリネッティ少将（この二人はOVA版のみ登場）など。戦力は推定で艦艇20,000～22,000隻/将兵230万～250万人（自由惑星同盟がこの後滅亡するなどの事情で、正確な記録が無いと設定されている）。なお、副官のスールは別の命令を受けてムライ達に同行してヤンの元に向った。戦闘態勢に入った帝国軍の陣容は、中央部がラインハルトの直属艦隊。左翼がミッターマイヤー艦隊、右翼がアイゼナッハ艦隊、後衛がミュラー艦隊、予備兵力がファーレンハイト艦隊、前衛はクナップシュタイン/グリルパルツァーの両艦隊。なお、先行したビッテンフェルト艦隊は連絡が取れず、戦闘開始時には参戦出来なかった。16日10時30分、正面からの砲撃戦開始。第1撃の後、同盟軍が小惑星帯に撤退。グリルパルツァー艦隊が追撃したが逆撃され、3割の損害を出して撤退。ラインハルトはファーレンハイト艦隊を同盟軍の背後に差し向け、同時にクナップシュタイン艦隊に陽動を命じた。13時にクナップシュタイン艦隊が攻撃を開始したが、逆に多くの損害を出して苦戦に陥る。15時40分にファーレンハイト艦隊が同盟軍背後にまわり込む事に成功したが、16時20分、左側背からカールセンの分艦隊が攻撃を開始。ファーレンハイト艦隊は後退を余儀なくされた。20時30分、カールセン艦隊は迂回して帝国軍本隊の背後に回り込み、ミュラー艦隊と戦闘を開始。その背後にはファーレンハイト艦隊が、さらにその背後にはクナップシュタイン艦隊を機雷で足止めしたビュコックの同盟本隊が続いた。その後、2つの同盟艦隊は連携を以って帝国軍本隊攻撃を試みたが、ミュラー艦隊とファーレンハイト艦隊、21時18分に右翼から迂回して戦いに加わったアイゼナッハ艦隊の抵抗に遭い、進軍を止められていた。22時、恒星風の影響で帝国軍の艦列が乱れたのを機に、同盟軍は一気に進撃を試みたが、側面からミッターマイヤー艦隊が突入したためまたも進撃を止められた。そして22時50分、先行していたビッテンフェルト艦隊が戦域に到着し、攻勢が限界に来ていた同盟軍に攻撃を加えた。23時10分、カールセンが乗艦ディオメデスと共に戦死。この時点で8割が失われた同盟軍は敗走を開始したが（OVA版ではビュコックが全鑑に対し戦線離脱を許可している）、艦隊旗艦のリオ・グランデと、その意を汲んだ100隻程度の艦艇が、味方の退路を確保するため戦闘を継続した。23時30分、（ヒルダに説得された）ラインハルトの意を受けたミッターマイヤーが降伏を勧告したが、ビュコックは勧告を拒否。ラインハルトは砲撃を命じ、リオ・グランデは破壊され、ビュコックとチュン、艦長のエマーソンは乾杯しながら消滅した。この会戦の後、自由惑星同盟は国家としては滅亡を遂げ、「銀河帝国軍対自由惑星同盟軍」という戦いの図式はこれを以って終了した。一方ヤンは、ビュコック戦死の凶報を聞いて、己の判断の甘さを心から悔いた。もしヤンが、ビュコックが残存艦隊を率いてラインハルトと戦う事を要塞攻略戦時に知らされていたら、ヤンはおそらく（ビュコックとともに）生涯で初めて勝算なき戦いに身を投じたであろう、という見方も存在する。
帝国軍はマル・アデッタ星域の会戦で最後の同盟軍艦隊を撃破したが、その直後の祝宴のさなかにイゼルローン要塞が再奪取された事を知った。状況の変化に帝国軍は愕然としたが、作戦に変更は無く、そのままハイネセンに向って再発進した。ラインハルトは急行する事を考えていたが、ヒルダの助言によってゆっくりと進行し、同盟の動揺を誘った。意図は的中し、2月2日に同盟元首のジョアン・レベロが統合作戦本部長のロックウェル大将とその部下たちに射殺され、自由惑星同盟は降伏を宣言した。帝国軍はハイネセンを無血開城し、ラインハルトは手始めにロックウェルら裏切者の売国奴たちを許すことなく銃殺に処した。しかし、ラインハルトは彼ら以外の同盟市民には一切危害や処罰を加えず、その予想外の寛大さに同盟の世論は反抗心をくじかれ、帝国支配を暗黙の是とした。そして宇宙暦800年/新帝国暦2年2月20日、ラインハルトは冬バラ園の勅令（正式名称は宇宙暦800年2月20日の勅令）で、一貫して辺境の叛徒扱いだった自由惑星同盟を国家として公認し、同時に同盟の消滅を宣言した。
宇宙暦800年/新帝国暦2年4月20日～5月18日。ヤン一党（エル・ファシル革命予備軍）と帝国軍の戦い。ヤン・ウェンリー最後の戦いであり、ラインハルトが一度に動員した戦力としては最大級のものとなった。元よりこの戦いは、言ってみればラインハルトの私戦の性格が強いものであった。あえて多大な犠牲を払ってイゼルローン要塞を攻略する意味は無く、回廊の出入り口を封鎖しておけば、ヤン一党はいずれ衰退を余儀なくされる。あくまでヤンと勝負してみたいというラインハルトの欲求こそが、戦いの最大の動機であった。ロイエンタール、ミッターマイヤーともにこの戦いにラインハルトが親征することに反対しており、ヒルダに至っては面と向かってラインハルトに反対の意を表明していた。しかしラインハルトは、それを承知で戦いに臨んだ。4月20日の時点で、ヤン一党の兵力は艦艇28,800隻（うち3割近くが修理や整備を必要とする傷物とされている。実戦参加した隻数は記述が無いが、OVAではメックリンガー艦隊を牽制するに当たって2万隻以上を投入して、ナレーションがヤン艦隊のほぼ全軍と解説している）/将兵254万7400人。ヤンは流浪時に乗艦としたユリシーズをそのまま旗艦とし、ヒューベリオンはメルカッツが乗艦とした。アッテンボローはマサソイト、フィッシャーはシヴァ、マリノは引き続きムフウエセを乗艦にしている。
初戦で対決したのは、先発したビッテンフェルト艦隊15,900隻とファーレンハイト艦隊15,200隻、加えて帝国領からイゼルローンに接近したメックリンガー艦隊15,900隻。戦いに先立って、ビッテンフェルトはヤンに挑発的な降伏勧告を送り、ヤンはそれを利用してメルカッツの裏切りという虚偽の通信を送り返した。ビッテンフェルトとファーレンハイトは信用しなかったが、相手の出方を待つ必要に迫られ、結果として受動的な立場に追い込まれた。この策謀で2艦隊の足を止めたヤンは、20,000隻以上を率いてメックリンガー艦隊に向かった。自分の艦隊より大きな兵力の接近により、メックリンガーはヤン艦隊は全体として5万隻以上存在するものと判断し慎重に後退し、それを確認したヤンは反転してビッテンフェルト/ファーレンハイト艦隊に向かい、4月27日、アッテンボローの擬態で回廊に引きずりこまれたビッテンフェルトと交戦状態に突入、平行してファーレンハイトも攻撃を開始した。戦いは消耗戦となったが、狭い回廊のために身動きがとれず、さらにフィッシャーの巧みな運用によってヤン艦隊に包囲される形となり、帝国軍がより多くの損害を出していた。ビッテンフェルトは正面突破に活路を得ようとしたが、ヤンの包囲は崩れず、一旦後退した。代って前線に突出したファーレンハイト艦隊は、おとり役を演じたアッテンボローの艦隊に砲火を集中し、一旦はヤンの本隊に肉薄したが、突出したため反撃を受ける事となった。この時再編成を済ませたビッテンフェルト艦隊が合流したが、一箇所に集まったため逆に集中砲火を浴びる結果となり、ファーレンハイト艦隊は右翼のメルカッツ艦隊に追い込まれた（この時右翼艦隊に所属していたカリンが初めてスパルタニアンで実戦に出陣し、一機を撃墜して無事に生還している）。4月30日23時15分、回廊から脱出する僚艦の援護射撃をしていたアースグリムの艦橋が被弾した。ファーレンハイトは瀕死の重傷を負い、幕僚も死亡した。ファーレンハイトは従卒の幼年学校生に遺言を伝えて死亡。アースグリムは同25分に撃沈した。2艦隊は回廊から撤退し、ラインハルトの本隊に合流に向った。ビッテンフェルト艦隊の損害は艦船15,900隻中6220隻、人員190万8000人中69万5700人、ファーレンハイト艦隊の損害は艦船15200隻中8490隻、人員185万7600人中109万5400人。戦死したファーレンハイトは元帥に昇進し、メルカッツは3日間の喪に服し作戦会議に代理出席したシュナイダーも喪章を胸につけて席に着いた。
帝国軍本隊はビッテンフェルト/ファーレンハイト艦隊の残存部隊と合流し、5月3日に回廊に侵攻した。この時点での帝国軍本隊の兵力は艦艇14万6600隻/将兵1620万余人。対するヤン一党の兵力は2万隻を切っていた。アッテンボローが回廊の入り口に500万個の連鎖式爆発機雷を敷設しており、帝国軍はこれを排除しなければ回廊に突入出来なかった。帝国軍はこれに対して統帥本部総長ロイエンタールの案を採用し、まずブラウヒッチ大将の艦隊が半日をかけて機雷原にトンネル状の通路を穿ち、ヤン艦隊に攻撃を開始、ブラウヒッチがヤン艦隊の耳目を集めている間に指向性ゼッフル粒子を使って同時に5箇所のトンネルを開け、そこから各艦隊を侵攻させる、ヤン艦隊が分散する隙に最初にブラウヒッチが開けたトンネルから本隊が突入した。この作戦によって帝国軍は回廊内に橋頭堡を築くに至った。5月4日12時0分、総旗艦ブリュンヒルトが回廊に突入。分艦隊を指揮するアッテンボローは集中砲火によって対抗し、そこから砲撃戦が展開される。だが狭い回廊内では混乱も多く、ミッターマイヤーの立てた半包囲作戦も通信状態も十分とは言えず、大部隊が行動する空間的余裕も乏しかったため味方が作戦通りに動いてくれず失敗した。これを問題としたミッターマイヤーは、後方では戦場の様子が把握しにくいとして20時15分に総旗艦ブリュンヒルトから自らの旗艦ベイオウルフに移乗して陣頭指揮を執り始めた。疾風ウォルフの戦線参加で帝国軍は勢いづいたが、戦闘自体は膠着したままだった。バイエルラインの部隊約6000隻を突出させてヤン艦隊の一角を突き崩そうとした作戦が失敗に終わった後、ミッターマイヤーは戦力を火力重視と機動力重視の部隊を1000隻程に細分化してヤン艦隊の戦力を削り取る作戦を使ったが、これも遊兵を作り出す結果となった。5月6日、ヤン艦隊はメルカッツの作戦で帝国軍の左翼を集中砲火し、帝国軍本隊が左翼に移動した瞬間を狙ってマリノの分艦隊がブリュンヒルトに向った。シュタインメッツがこれに気づいて防御陣を敷いたが、そのためヤン本隊に向う事が出来ず、ヤンとメルカッツの艦隊の集中砲火を浴びた。11時50分、艦隊旗艦フォンケルが被弾し艦橋が大破、シュタインメッツは破壊された船体の下敷きになり、親しくしていた女性の名前を呼んだ後に絶命した。報告を受けたラインハルトは、シュタインメッツに代ってヒルダを大本営幕僚総監に任じたが、帝国軍の混乱は収まらなかった。戦線崩壊の危機を感じたロイエンタールは、バルトハウザー艦隊に側面攻撃をさせてヤン艦隊の足を止め、その間に本隊を後退させて体勢を整える作戦を献じたが、各艦隊がロイエンタールの思い通りに動かず、逆にヤン艦隊につけ入る隙を与えた。あと一歩でブリュンヒルトを討ち取るという時、ラインハルトが瞬時にヤン艦隊の艦列の攻撃ポイント（OVAでは、俯角30度・2時方向）を見抜き、自ら砲撃を指揮した。効果的に損害を与えられたヤン艦隊は撤退し、ロイエンタールは改めてラインハルトの天才ぶりを認識したが、この時ラインハルトの身体に異変が起こっていた。5月7日23時、一旦要塞に撤収して態勢を整えたヤン艦隊は再び戦闘を開始した。ミュラー艦隊が前線に出て交戦を開始、さらに帝国軍の各艦隊もヤン艦隊に攻撃を加えたが、数が多いゆえに回廊の地形を有効に利用出来ず、戦線は混乱を極めた。8日になっても状況は変化しなかったが、そんな中、ベイオウルフが被弾し、一時はミッターマイヤー戦死の報が帝国を駆け巡った。本人みずから虚報である事を報告したが、この事がきっかけとなり、ラインハルトは戦法の変更を決意。9日の御前会議で作戦の変更が告げられ、10日に戦闘が再開された。一艦隊が縦列突撃しつつ最後の一発まで撃ちまくってから反転し、その直後に次の艦隊が、そして次の次の艦隊も続けて突入し続けるという、単純だが最も効果的なタックマッチ戦法であった。この手段を選ばない物量作戦に直面したヤンは、慎重に艦隊を運用して対抗し、第1陣のミュラー艦隊、第2陣のアイゼナッハ艦隊、第3陣のミッターマイヤー傘下の提督たちが指揮する艦隊（ミッターマイヤー自身は、旗艦ベイオウルフの損傷もあってラインハルトに出撃を禁止された）、15日19時20分の第4陣の黒色槍騎兵艦隊（ビッテンフェルト艦隊に旧ファーレンハイト艦隊を含む）の後退までは持ちこたえた。だがこの時フィッシャーが戦死し、ヤン艦隊は艦隊運用の要を失ってしまう（フィッシャーの艦隊運用に依存する所が大であったヤン艦隊にとっては致命傷であった）。しかし、同時に帝国軍も多大な犠牲を出し、純戦術的には帝国軍の猛攻をヤン艦隊が耐え抜き、帝国軍が一時撤退を余儀なくされたという状況であった。ヤンは意気消沈しつつ機雷を敷設しなおし、帝国軍の撤退を見て、イゼルローンに一時戻る事を決めたが、その途中である18日、ラインハルトから停戦と会見を呼びかける通信文が届き、戦闘は終了した。帝国艦隊と異なり連戦を強いられたヤン艦隊のメンバーは、出番のなかったローゼンリッターのメンバーを除き、過度の睡眠不足となっており、フィッシャーを失ったことによる艦隊運用の困難とあいまって、これ以上戦闘を継続するのは不可能といえる状態まで追い込まれており、この時に帝国軍がさらなる攻撃を行っていれば、ヤン艦隊の敗北は必至の状況（もちろん帝国軍はその事実を正確に把握していないが）であった。この時、帝国軍は200万の将兵と2万2400隻を失った。なお、ラインハルトが圧倒的に有利な状況にありながら停戦と会見を呼びかけたことに対し、ヒルダは、ヤンに対する敬愛、多大な犠牲を出した事への自責の念、戦況の推移に対しての苛立ち、そして戦闘以外で状況を打開できないかというラインハルトの総合的な判断によるものであると推察した。しかし、ラインハルト自身はあくまでも「キルヒアイスが夢に出てきて、これ以上の流血は無用と諌めた」と主張した。そして、帝国軍の誰もがそれで納得した。
宇宙暦800年/新帝国暦2年6月1日2時55分。5月20日、イゼルローン軍はラインハルトからの通信文を討議した上で、会見に応じる事を決定し、5月25日、ヤン及び随員のパトリチェフ、ブルームハルト、スール、加えてロムスキーとその側近達がラインハルトとの会見に応じるため巡航艦のレダIIで出発した。なお、ヤンの副官であるフレデリカは風邪で同行出来なかった。また、明確な理由は不明ながら、ヤンはユリアンを同行させなかった。レダIIが出発して3日後、ボリス・コーネフ達がイゼルローンとの通信可能宙域に到着し、アンドリュー・フォークがヤンの暗殺を謀っているという情報をもたらした。ユリアンやシェーンコップ達は直ちにレダIIの後を追った。5月31日23時50分、3次元チェスを終えたヤンは、自室に向かってシャワーを浴び、翌6月1日0時25分にベッドに入ったが、寝付けないため睡眠導入剤を服用して怪奇小説を読み始めた。0時45分、眠ろうとしたヤンの元に「帝国軍（の内部に浸透していた地球教の暗殺部隊）からフォークの暗殺計画と武装商船の奪取に関する通信が届いたため艦橋に来て欲しい」と連絡が入った。薬のため半分寝ぼけた状態のヤンが艦橋に出向いたのと前後して、フォークが乗っ取った武装商船を帝国軍の駆逐艦が破壊したと通信が入った。挨拶のため移乗したいという駆逐艦からの要請にスールは疑問を口にしたが、ロムスキーやその側近は要請を受諾した。レダIIに移乗した途端に本来の姿を現した地球教徒達は、ロムスキー達を射殺してヤンを探し始めた。事態の急変に気が付いたヤンの随員達は、ヤンを逃がす一方で応撃を開始したが、ヤンを奥の扉に押し込んだパトリチェフが射殺され、続いてスールが負傷した。2時4分、レダIIと帝国軍の駆逐艦がいる宙域にユリシーズが到着し、ユリアンとマシュンゴ、そしてシェーンコップが率いるローゼンリッターの隊員達がレタIIに乗り込んで来た。ユリアン達は敵を倒しながらヤンを探し始めた。2時40分、一人で船内を歩いていたヤンの前に、帝国軍の軍服を来た男が現れ、ヤンを銃撃してそのまま逃走した。太ももの動脈叢（そう）を撃ち抜かれたヤンは、多量の出血によって立っていられなくなり、通路の壁ぎわに座り込んで、そのまま意識を失くし、2時55分に死亡した。33歳であった。3時5分、ユリアンがヤンの遺体を発見した。直後に現れた帝国軍の軍服を着た数名がユリアンの狂乱によって殴り殺された後、マシュンゴが死体を抱きかかえてシェーンコップ達の元に戻った。ブルームハルトの死を見届けたシェーンコップは、続いてヤンの死を知り、震える手で敬礼を施した後、ユリアンに敵が地球教徒である事を知らせた。ヤン達の遺体と生け捕りにした地球教徒をユリシーズに移した後、3時30分、ユリアン達はその場を離れた。6月3日11時30分、ユリシーズがイゼルローンに帰還した。ユリアンはキャゼルヌ夫人に促されて自分でフレデリカに報告し、6日、司令官代行としてヤンの葬儀を行った。同日19時10分、イゼルローンから発せられたヤンの死を知らせる通信文を帝国軍が受信し、25分、ヒルダによってラインハルトの元に届けられた。ラインハルトは憤激にかられてヒルダに八つ当たりした後落ち着きを取り戻し、ミュラーを弔問の使者に指名した。結局ラインハルトは喪中の敵を討つを潔しとせず、またミッターマイヤーはイゼルローン攻略に元より反対だった事から、帝国軍は撤退する事になった。ロイエンタールはヤン存命中の（採るべき）戦略が死後においてもそうとは限らない（ヤンがいたからこそイゼルローン攻略はすべきではなかったのであり、ヤンがいない今は攻略の好機）という事から撤退には賛成では無かったのだが、ラインハルトとミッターマイヤー双方が攻略に反対しているなら自分のほうが折れるべきという事で、撤退に賛成する事になる。翌7日、帝国全軍に撤退命令が発令され、各提督達は戦後処理に奔走する事となった。
宇宙暦800年/新帝国暦2年10月7日。ガンダルヴァ星系の惑星ウルヴァシーで発生したラインハルト暗殺未遂事件。9月9日、新領土の総督となったロイエンタールがラインハルトに行幸を求めた。これと前後してロイエンタールの叛意が帝都で噂になっており、それに基づいてオーベルシュタインが自制を求めたが、ラインハルトはそれを却下し、一個艦隊の護衛も拒絶した。だが今回は、ミッターマイヤー以外の提督達も不安を拭い切れず、ラインハルトに指名されたミュラーに加え、ルッツも、ハイネセンにいる妹とその夫の話を持ち出して同行を志願した。ラインハルトはこれを認め、さらにミッターマイヤーの提案によって50～100隻の護衛が認められた。なお、これに先立って私的な問題が生じていたヒルダはフェザーンに残留した。10月7日、ハイネセンに先立って戦没者慰霊のためにウルヴァシーに立ち寄り、21時10分に司令部に隣接した迎賓館に入った一行は、23時30分になって、ヴィンクラー中将率いる駐留軍50万の動向に不審な様子がある事を知り、とりあえず総旗艦ブリュンヒルトに戻る事を決めた。だが軍事宇宙港に向かう途中で車が襲撃され、さらに通信でブリュンヒルトが攻撃を受けている事が判明したため、一行は近隣の人造湖でブリュンヒルトと合流する事にした。車を捨てて人造湖に向かう途中で、虚報でおびき出されていたリュッケとも合流したが、その直後にラインハルトを狙う帝国軍人達と遭遇した（その上官の言葉でラインハルトに賞金10億帝国マルクがかけられている事が判明している）。その一人が寝返って仲間を撃ち、謝罪の後に同行を許されたが、直後に後続の追撃者に射殺されてしまい、このままでは追撃されると判断したルッツが、居残って退路を守る事を申し出た。ミュラーは反対し、更にミュラーに加えてキスリングも残ると申し出たが、ルッツの決意が固いと察し、苦渋の思いで銃のエネルギー・パックを渡して先を急いだ。ラインハルトはルッツに、最後は降伏しろと命じたが、ルッツはそれに反してブリュンヒルトが離水するまで抵抗を続け、最後は左胸部と側頭部を撃ち抜かれて絶命した。この事件は、グリルパルツァーの調査によって地球教の仕業と判明したが、背後でラングとルビンスキーが暗躍し、ロイエンタールが叛するように仕向けていた様子がうかがえる。しかし、自分の立場を強化することを考えたグリルパルツァーにより、地球教によるものという情報が隠匿され、ルッツの死も重なってロイエンタールは叛逆せざるを得ない状況に追い込まれてしまう。この2つの要素が無ければこの謀略は成功していなかった可能性があるとも言われている。なお、後になってメックリンガーによる再調査が行われ、事件の真相が明らかになった。