かつて神々の戦いと呼ばれる大戦があった。マナの力を用いて非常に高度な文明を地上に構築した人類は繁栄を極めていた。しかし、やがて文明により世界中のマナが枯渇すると世界中の国々は残り少なくなったマナエネルギーの使用権利を巡った争いにより戦争が絶えなくなり、戦乱の中で後世「マナの要塞」と呼ばれる空中要塞ギガントが生み出された。マナを動力とするそれを用いて絶大な力を手にするが、驕り高ぶった人類に対し神は一匹の獣「神獣」を遣わせた。要塞と神獣の戦いにより世界中は炎と毒に包まれ、多くのマナが失われ、地上の文明は破壊されたが、聖剣を携えた一人の人間によって要塞は落とされ、神獣も人々の前から姿を消し、世界は再び平和になった。そして時は流れ、歴史が繰り返されようとしていた。主人公ランディは幼少の頃、母親と共にポトス村へやってきた。しかし母親はすぐに行方不明となり、みなしごになったランディは村長に引き取られていた。やがて16歳になったランディは村の悪ガキ・ボブとネスに連れられ、滝にあるという「お宝」探しに向かう。滝つぼに落ちたランディは謎の声に導かれ、安置されていた聖剣を引き抜いてしまう。途端、モンスターたちが暴れ出し村にまで姿を見せる。とある国の騎士ジェマのアドバイスによりランディはモンスターを撃破。彼から聖剣に関する話や今後のアドバイスなどを受けるが、ランディはジェマに聖剣を押しつけようとする。しかし、聖剣は力を失っており、取り戻させられるのは引き抜いた張本人しかできないと拒否される。そこで水の神殿の巫女ルサ・ルカに会うように言われる。直後、ランディは村を混乱に陥れた張本人として追放されてしまった。ルカによれば聖剣は本来なら引き抜けないものであり、ランディが手にできたのは世界からマナが減少したためだという。聖剣は最後の力を使って（理由は不明だが）ランディを選び、その結果、マナのバランスが崩れモンスターが暴れ出したという。マナが減少した原因は「ヴァンドール帝国」なる勢力の仕業であり、彼らはマナの要塞を復活させようと暗躍していた。かつて神々の戦いに使われたという要塞が復活すれば世界は滅亡しかねないとして、ランディはルカから「聖剣を扱うに相応しい勇気ある人間」になることを諭される。始めは孤独な旅であったが、恋人ディラックを探す少女プリム、故郷に帰れなくなってしまった妖精族の少年ポポイと出会う。プリムの恋人ディラックが魔女エリニースの討伐に向かったまま帰って来ないため、一行は魔女の居城を訪れ、パンドーラ王国を狙うヴァンドール帝国の陰謀を知る。エリニースはパンドーラの人々の生気を抜き取って骨抜きにしており、王都の戦力が低下した頃合いを見計らい、帝国軍が攻め込む算段になっていた。エリニースの裏で糸を引いていたのは、ヴァンドール皇帝直属の親衛隊である四天王の一人タナトス。ランディたちはエリニースを改心させるも、ディラックは既にタナトスのもとへ転送された後だった。その後、一行は古代遺跡で内偵していたジェマと連絡が取れなくなったことをルカから聞く。更にプリムは、古代遺跡の近郊で親友パメラの豹変と消失を目撃。謎を解くべく一行は古代遺跡へ向かう。そこで待っていたのは、ディラックを洗脳したタナトスであった。ジェマやパメラも生気を抜き取られてしまっていた。タナトスの罠を退けたランディたちだが、またもやディラックを連れ去られてしまう。しかし、祭壇地下に潜んでいたモンスターを倒したことで奪われた生気が解放され、ジェマやパンドーラの人々は復活。それを知った国王と王妃は、ランディを聖剣の勇者と称えた。だがパメラだけは消息不明のままだった。そんな中、水の神殿に安置されていたマナの種子が何者かに盗まれてしまう。ランディたちはルカの言葉に従い犯人を見つけ出す。敵の正体は世界征服を企てる「スコーピオン団」であった。女ボス・スコーピオンは種子を動力にしたロボット・ガーディアンを起動させてランディたちを倒そうとするが、パワーがあり過ぎて暴走したため補助動力に切り替える。これを打ち破るランディたちだが、スコーピオンたちは逃げ出した後だった。種子を取り戻すもルカは帝国四天王ゲシュタールに囚われてしまっていた。彼女の身柄と引き換えにランディたちは種子を渡すとゲシュタールは撤退していった。その後、記憶を取り戻したポポイを上の大地にある妖精村まで送り届けることに。更にルカから真の勇気を得るために賢者ジャッハを訪ねるように言われる。妖精村は既に帝国によって滅ぼされており、いたのはポポイのじっちゃんのみだった。マナが消えれば妖精たちも消える運命にあると聞き、ポポイは散り散りになった仲間たちがいつか帰って来れるように帝国と戦うことを決意する。じっちゃんの助言に従い、ランディたちはマタンゴ王国を訪れることに。国王トリュフォーに会うなり、強引に北の洞窟にいる白竜の様子を見てきてほしいと頼まれる。次の神殿の在り処と引き換えにということになり、ランディたちは洞窟へと向かう。その深部に巣食っていたグレートボアを倒し、白竜の子供を保護するも親竜は既に殺されてしまった後だった。トリュフォーから火の神殿の場所を教えてもらい、一行はカッカラ王国へ。砂漠についたランディたちだが道に迷ってしまっていた。そこで火の神殿を警護していたサンドシップを発見。助けを求めたところモリエール中佐に無理やり捕虜にされ、雑用係としてコキ使われることに。そんな折、ゲシュタール率いる帝国軍が襲来。戦う前から泣き叫んで降伏を口にするモリエールに愛想を尽かし、兵士たちは戦意喪失。ランディたちはゲシュタールを撃退するが、サンドシップは失われてしまった。火の神殿からマナの種子が盗まれ、更には精霊サラマンダーまで拉致されたと聞き、ランディたちは氷の国を訪れる。サラマンダーを拉致したのはスコーピオン団だった。サラマンダーの力を悪用して南国のようなリゾート地を築き、金儲けに利用していた。スコーピオンたちは撤退し、次にランディたちはクリスタルパレスに巣食っていたフロストギガースを撃破。彼の正体はサンタクロースであり、マナの種子を盗んだまではよかったがマナの影響でモンスターに変異してしまった。子供たちに夢と希望を取り戻させてあげようと種子を育て、巨大なクリスマスツリーを作ろうとしていたが、過ちを認めランディたちに返却した。次にランディたちは敵の本拠地である帝国に乗り込む。レジスタンスのリーダー・クリスと知り合い、ディラックが遺跡で人々の生気を抜いていることを聞く。そこではプリムの親友パメラが待っていた。彼女は自分もディラックに恋い焦がれていたことを口にし、プリムを罵倒・挑発する。プリムに叩かれて気絶したパメラはクリスに保護され、一行は遺跡の調査へ向かう。深部ではディラックが待っていたが、彼は突如プリムを手にかける。タナトスにより洗脳されていた。しかし、激昂したランディの一撃により正気を取り戻し、タナトスの手に落ちかけていたプリムに力を送り復活させる。こうしてタナトスは撤退した。帰還したランディたちは、ヴァンドール皇帝からレジスタンスに和解の申し入れがあったことを聞かされる。訝しむクリスだが側近たちに説得され、皇帝のもとへ向かう。続けてランディたちも赴くが、そこにクリスたちの姿はなく。実は聖剣の勇者一行を始末するための罠であった。一時は囚われの身となるが、ランディたちは辛くも脱出に成功。再び皇帝のもとへ向かうが、逃げられてしまう。そこへゲシュタールが前回の雪辱を果たすべく戦いを挑んでくる。ゲシュタールを倒したランディたちだが、彼は死の間際に罠を発動させ、道連れにしようとする。そこへ成長した白竜の子供ことフラミーとトリュフォーが救援に駆けつけ、一行は帝国を後にした。トリュフォーを送り届けた後、賢者ジャッハの居場所がマンテン山の頂上であることを教えられる。早速賢者のもとを訪ねるも、ジャッハはおらず弟子のジーコしかいなかった。ジーコに言われるまま、闇の神殿、黄金の町、月の神殿、タスマニカ共和国と回るランディたち。共和国ではスパイが入り込んだと騒ぎになっており、ランディたちは国王からスパイ容疑をかけられ処刑されそうになる。しかし駆けつけたジェマが国王が偽物であると見抜く。国王は帝国の刺客ダークストーカーに乗り移られていた。これを打ち破ったランディたちは、再び賢者のもとを訪れる。ジーコから真の勇気を得るための試練を課せられ、ランディたちは自分自身である「シャドウ」を打ち倒す。実はジーコこそが賢者ジャッハであり、彼らが精神的に成長するまであちこち振り回しながらも見守っていた。勇気、知恵、愛の三つの力を合わせれば、どんな困難も乗り越えて行けると諭された後、帝国がマナの神殿へ向かったことを教えられる。サンゴ礁にあるマナの神殿へ向かうランディたちの前に四天王のリーダー格であるシークが立ち塞がる。先日、共和国の王に憑依していたダークストーカーが彼であった。その怨みを晴らすべく魔物「メガゾーン」の姿となり襲い掛かかってきた。メガゾーンと化したシークは、皇帝と四天王が魔界と契約したことを明かし、魔界の力を手にした自分が子供に負けるはずがないと豪語する。しかし、所詮は借り物の力。幾多の困難を得て成長したランディたちの敵ではなかった。シークを倒し祭壇へ向かうと、そこにはタナトスに力を封じられた精霊ドリアードがいた。気落ちした彼女を励まし、仲間に加えるが既に各地の神殿の封印は解かれてしまっていた。マナの神殿が浮上する中、ランディたちは脱出。皇帝の狙いは神殿地下にあるマナの要塞にあった。ジェマやクリスたちの力を借りつつ、ランディたちは地底都市へと乗り込む。そこへスコーピオン団が立ち塞がる。ランディを偽勇者と決めつけ、聖剣を奪い取ろうとデスマシーンをけしかけるが、障害にすらならず大破。ランディを本物の勇者と認識を改め、慌てて逃げて行った。地底都市を経由し、ランディたちはマナの神殿内部へ再度突入。祭壇にて皇帝の姿を発見するが、彼は既に何者かによって殺された後だった。そこへタナトスとファウナッハが立ち塞がる。二人は共謀して皇帝を殺害し、マナの要塞を我が物にしようとしていた。タナトスは要塞区画へ向かい、ランディたちの前に皇帝を暗殺したファウナッハが立ち塞がる。シークとゲシュタールの仇を討つべく魔物「ラミアンナーガ」の姿となり、戦いを挑んできたがランディたちはこれを打ち破る。ファウナッハは自身の敗因をタナトスに問うが、目先の栄誉と復讐に狂った女に返る声はなかった。ランディたちは、タナトスを追ってマナの要塞区画へと足を踏み入れる。そこへ現れたのは、死んだはずのゲシュタールであった。彼はタナトスによって魔法機械生物として甦らされ、ゲシュタールであってゲシュタールではない、命令に従う人形になり果てていた。意志を持たず戦うだけの人形と、それぞれの想いを胸に戦う少年たち。どちらが勝つかなど目に見えており、今度こそゲシュタールは討ち滅ぼされた。しかし、ついにマナの要塞が浮上を始めてしまう。無辜の民を踏みにじり、皇帝すらも欺いたタナトスによる野望が世界を恐怖に陥れようとしていた。このままでは、かつての大戦のように神獣が現れ、要塞と神獣の戦いで地上が破壊されてしまう危険性があった。そこでジェマは、マナの聖剣に本来の力を取り戻させるべくマナの聖域を目指すように助言する。聖域は普段は分厚い雲に覆われていて進入できないが、要塞が復活した今ならマナの減少の影響を受け、雲も晴れているはずだという。マナの聖域深部にてランディたちはマナの木を発見するが、タナトスが放った要塞からの一撃により崩壊してしまった。途方に暮れるランディたちに応えたのは、マナの木そのものであった。実はマナの木の正体はランディの母親であった。彼女は精霊の血を引くマナの種族に生まれたため、子を生した後は大樹となって世界を見守り続けるという宿命にあった。そして、夫セリンもまたマナの種族であり、タスマニカ共和国の騎士であった。15年前の戦いで魔界の力を得た皇帝と刺し違える形で倒すも、後に皇帝は復活。セリンは対抗するべく聖剣を求めたが、叶わず力尽きてしまっていた。ランディを聖剣に導いた謎の声は、他ならぬセリンのものだった。聖剣はマナの種族の男によって振るわれるもの。その血を引くランディだからこそ聖剣を手にできた。このままマナが失われれば世界中に散っていた「神の獣」が一つに合一し、「神獣」が生まれる。神獣はマナを回復させる唯一の手段だが、余りにも急速にマナが失われると反動で凶暴化するという危険性があった。母は最期の力を用いて聖剣の力を解放し、真の力を取り戻させる。母親らしいことを何もしてあげられなかったとを我が子に謝り、夫の後を追って行った。母の死に嘆き悲しむランディだが、仲間たちの励ましによって立ち直る。こうして名実ともに聖剣の勇者となったランディは、プリム、ポポイと共に世界を救うべく最後の戦いの地、マナの要塞へと突入する。要塞深部ではタナトスが待ち構えていた。その隣にはディラックの姿が。タナトスの目的はディラックに乗り移り、若い肉体を得た後、要塞の力によって世界を統べることにあった。プリムの怒りの前にタナトスの肉体は滅んだが、ディラックへの乗り移りが行われてしまう。しかし、ディラックは最期の力を用いて抗い、タナトスの正体を暴く。古代の魔法使いだったタナトスは、永遠の命を求めた末に魔界と契約し、不滅の魂を得た。しかし、肉体は朽ち果ててしまうため、他者に乗り移る術も手にする。常人ではタナトスの力に耐えられず爆発してしまうため、数十年に一度生まれるという「闇の血」を引く者に憑依を続けていた。今の世にてその血と力を持つのがディラックだった。永き刻を生きたタナトスは、やがて精神を蝕まれ、生への執着と怨念の魂「ダークリッチ」と化してしまった。これらの真実を告げたディラックは、プリムのことをランディに託し自害。肉体を失ったタナトスは怒り狂い、イチかバチかランディたちの肉体を奪おうとダークリッチとしての正体を現した。しかし、他者に頼らなければ生きられないにもかかわらず他人を利用し斬り捨ててきたタナトスが、仲間と力を合わせたプリムたちに勝てる道理はなく、不滅の魂は怨念諸共消え去った。タナトスを倒すも既に神獣は降臨してしまっていた。このままでは凶暴化した神獣によって地上は破壊し尽くされてしまう。それを止めることができるのは、マナの聖剣を持つランディのみ。しかし、神獣は枯渇したマナを回復させられる唯一の存在。ポポイはマナの減少の影響により身体に変調をきたしており、消滅の危機が迫っていた。神獣を倒すことはできないと悲しみに暮れるランディだが、ポポイの言葉によって奮起。タナトスが倒れたことでドリアードの力も復活し、プリムとポポイの魔法によってマナの聖剣は完全に蘇った。こうして神獣は聖剣の勇者によってその身を砕かれ、世界は救われた。神獣を狂わせ世界を危機に陥れたのは、マナの力に魅入られた人間たち。しかし、邪悪な野望を打ち砕き、神獣を討ち滅ぼしたのもまた勇気と知恵と愛を胸に成長を果たし、手を取り合った人の子たちであった。崩壊した神獣の破片が雪となって降り注ぐ中、ランディたちはポポイの姿を探す。しかし、仲間の姿はどこにもない。歴史は繰り返されたものの、ポポイとディラックの犠牲の末に世界の滅亡は避けられた。ランディとプリムは、ポポイのことは決して忘れないと誓い、世界を回り、戦いの終わりを仲間たちに報告。プリムとパメラはパンドーラ王国へ、ランディはポトス村へと、それぞれあるべき場所へと帰って行った。役目を果たした聖剣はランディの手により、再びポトス村の滝へと戻された。そして、ポポイもまた故郷へ戻ってきていた。マナが消えたことで世界は二つに別れ、ポポイは姿こそ見えなくなってしまったが確かにそこに存在していた。