1943年（昭和18年）2月24日、公威は学習院輔仁会の総務部総務幹事となった。同年6月6日の輔仁会春季文化大会では、自作・演出の劇『やがてみ楯と』（2幕4場）が上演された（当初は翻訳劇を企画したが、時局に合わないということで山梨勝之進学習院長から許可が出ず、やむなく公威が創作劇を書いた）。3月から『文藝文化』に「世々に残さん」を発表。同年5月、公威の「花ざかりの森」などの作品集を出版化することを伊東静雄と相談していた蓮田善明は、京都に住む富士正晴を紹介され、新人「三島」に興味を持っていた富士も出版に乗り気になった。同年6月、月1回東京へ出張していた富士正晴は公威と会い、西巣鴨に住む医師で詩人の林富士馬宅へも連れていった。それ以降数年間、公威は林と文学的文通など親しく交際するようになった。8月、富士が公威の本の初出版について、「ひとがしないのならわたしが骨折つてでもしたい」と述べ、蓮田も、「国文学の中から語りいでられた霊のやうなひとである」と公威を讃えた。蓮田は公威に葉書を送り、「詩友富士正晴氏が、あなたの小説の本を然るべき書店より出版することに熱心に考へられ目当てある由、もしよろしければ同氏の好意をうけられたく」と、作品原稿を富士に送付するよう勧めた。日本軍とイギリス軍やアメリカ軍との戦争が激化していく中、公威は〈アメリカのやうな劣弱下等な文化の国、あんなものにまけてたまるかと思ひます〉、〈米と英のあの愚人ども、俗人ども、と我々は永遠に戦ふべきでせう。俗な精神が世界を蔽うた時、それは世界の滅亡です〉と神聖な日本古代精神の勝利を願った。なお、公威は同盟国イタリアの首脳のベニート・ムッソリーニに好感を抱いていながらも、ドイツのアドルフ・ヒトラーには嫌悪感を持っていた。同年10月8日、そんな便りをやり取りしていた東文彦が23歳の若さで急逝し、公威は弔辞を奉げた。東の死により、同人誌『赤繪』は2号で廃刊となった。文彦の父・東季彦によると、三島は死ぬまで文彦の命日に毎年欠かさず墓前参りに来ていたという。なお、この年に公威は杉並区成宗の堀辰雄宅を訪ね、堀から〈シンプルになれ〉という助言を受けていた。当時の世情は国民に〈儀礼の強要〉をし、戦没兵士の追悼式など事あるごとにオーケストラが騒がしく「海往かば」を演奏し、ラウド・スピーカーで〈御託宣をならべる〉気風であったが、公威はそういった大仰さを、〈まるで浅草あたりの場末の芝居小屋の時局便乗劇そのまゝにて、冒瀆も甚だしく、憤懣にたへません〉と批判し、ただ心静かに〈戦歿勇士に祈念〉とだけ言えばいいのだと友人の徳川義恭へ伝えている。国民儀礼の強要は、結局、儀式いや祭事といふものへの伝統的な日本固有の感覚をズタズタにふみにじり、本末を顛倒し、挙句の果ては国家精神を型式化する謀略としか思へません。主旨がよい、となればテもなく是認されるこの頃のゆき方、これは芸術にとつてもつとも危険なことではありますまいか。今度の学制改革で来年か、さ来年、私も兵隊になるでせうが、それまで、日本の文学のために戦ひぬかねばならぬことが沢山あります。（中略）文学を護るとは、護国の大業です。文学者大会だなんだ、時局文学生産文学だ、と文学者がウロウロ・ソワソワ鼠のやうにうろついている時ではありません。 — 平岡公威「徳川義恭宛ての書簡」（昭和18年9月25日付）同年10月25日、蓮田善明は召集令状を受けて熊本へ行く前、「日本のあとのことをおまえに託した」と公威に言い遺し、翌日、陸軍中尉の軍装と純白の手袋をして宮城前広場で皇居を拝んだ。公威は日本の行く末と美的天皇主義（尊皇）を蓮田から託された形となった。富士正晴も戦地へ向かう出兵前に、「にはかにお召しにあづかり三島君よりも早くゆくことになつたゆゑ、たまたま得し一首をば記しのこすに、よきひとと よきともとなり ひととせを こころはづみて おくりけるかな」という一首を公威に送った。1944年（昭和19年）4月27日、公威も本籍地・兵庫県印南郡志方村村長発信の徴兵検査通達書を受け取り、5月16日、兵庫県加古郡加古川町（現・加古川市）の加古川公会堂（現・加古川市立加古川図書館）で徴兵検査を受けた。公会堂の現在も残る松の下で、十貫（約40キログラム）の砂を入れた米俵を持ち上げるなどの検査もあった。本籍地の加古川で徴兵検査を受けたのは、〈田舎の隊で検査を受けた方がひよわさが目立つて採られないですむかもしれないといふ父の入れ知恵〉であったが、結果は第二乙種で合格となった（召集令状は翌年2月）。級友の三谷信など同級生の大半が特別幹部候補生として志願していたが、公威は一兵卒として応召されるつもりであった。それは、どうせ死ぬのならば1日でも長く1行でも多く書いていられる方を平岡が選んだのだと三谷は思った。徴兵検査合格の帰途の5月17日、大阪の住吉中学校で教師をしている伊東静雄を訪ね、支那出征前に一時帰郷していた富士正晴宅を一緒に訪ねた。5月22日は、遺著となるであろう処女出版本『花ざかりの森』の序文を依頼するために伊東静雄の家に行くが、彼から悪感情を持たれて「学校に三時頃平岡来る。夕食を出す。俗人、神堀来る。リンゴを呉れる。九時頃までゐる。駅に送る」などと日記に書かれた。しかし、伊東はのちに『花ざかりの森』献呈の返礼で、会う機会が少なすぎた感じがすることなどを公威に伝え、戦後には『岬にての物語』を読んで公威への評価を見直すことになる。1944年（昭和19年）9月9日、学習院高等科を首席で卒業。卒業生総代となった。卒業式には昭和天皇が臨席し、宮内省より陛下からの恩賜の銀時計を拝受され、ドイツ大使からはドイツ文学の原書3冊（ナチスのハーケンクロイツ入り）をもらった。御礼言上に、学習院長・山梨勝之進海軍大将と共に宮内参内し、謝恩会で華族会館から図書数冊も贈られた。大学は文学部への進学という選択肢も念頭にはあったものの、父・梓の説得により、同年10月1日には東京帝国大学法学部法律学科（独法）に入学（推薦入学）した。そこで学んだ団藤重光教授による刑事訴訟法講義の〈徹底した論理の進行〉に魅惑され、修得した法学の論理性が小説や戯曲の創作においてきわめて有用となり、のちに三島は父・梓に感謝する。父は公威が文学に熱中することに反対してたびたび執筆活動を妨害していたが、息子を法学部に進学させたことにより、三島の文学に日本文学史上稀有な論理性を齎したことは梓の貢献であった。出版統制の厳しく紙不足の中、〈この世の形見〉として『花ざかりの森』刊行に公威は奔走した。同年10月に処女短編集『花ざかりの森』（装幀は友人・徳川義恭）が七丈書院で出版された。公威は17日に届いた見本本1冊をまず、入隊直前の三谷信に上野駅で献呈した。息子の文学活動に反対していた父・梓であったが、いずれ召集されてしまう公威のため、11月11日に上野（下谷区）池之端（現・台東区池之端）の中華料理店・雨月荘で出版記念会を開いてやり、母・倭文重、清水文雄ら『文藝文化』同人、徳川義恭、林富士馬などが出席した。書店に並んだ『花ざかりの森』は、学生当時の吉本隆明や芥川比呂志らも買って読み、各高の文芸部や文学青年の間に学習院に「三島」という早熟な天才少年がいるという噂が流れた。しかし、公威が同人となっていた日本浪曼派の『文藝文化』も、物資不足や企業整備の流れの中、雑誌統合要請のために8月をもって通巻70号で終刊となっていた。1945年（昭和20年）、いよいよ戦況は逼迫して大学の授業は中断され、公威は1月10日から「東京帝国大学勤労報国隊」として、群馬県新田郡太田町の中島飛行機小泉製作所に勤労動員され、総務部調査課配属となった。事務作業に従事しつつ、公威は小説「中世」を書き続ける。以前、保田與重郎に謡曲の文体について質問した際に期待した浪漫主義的答えを得られなかった思いを「中世」に書き綴ることで、人工的な豪華な言語による絶望感に裏打ちされた終末観の美学の作品化に挑戦し、中河与一の厚意によって第1回と第2回の途中までを雑誌『文藝世紀』に発表した。誕生日の1月14日、思いがけず帰京でき、母・倭文重が焼いてくれたホットケーキを美味しく食べた（この思い出は後年、遺作『天人五衰』に描かれることになる）。2月4日に入営通知の電報が自宅へ届いた。公威は〈天皇陛下萬歳〉と終りに記した遺書を書き、遺髪と遺爪を用意した。中島飛行機小泉製作所を離れることになったが、その直後（公威の入隊検査の10日）、アメリカ軍の爆撃機による主要目標となって大空襲を受けたため、結果的に応召は三島の罹災をまぬがれさせる結果となった。同年2月6日、髪を振り乱して泣く母・倭文重に見送られ、公威は父・梓と一緒に兵庫県富合村へ出立した。風邪で寝込んでいた母から移った気管支炎による眩暈や高熱の症状を出していた公威は、10日の入隊検査の折、新米の軍医からラッセルが聞こえるとして肺浸潤と誤診され、即日帰郷となった。その部隊の兵士たちはフィリピンに派遣され、多数が死傷してほぼ全滅した。戦死を覚悟していたつもりが、医師の問診に同調したこの時のアンビバレンスな感情が以後、三島の中で自問自答を繰り返す。この身体の虚弱から来る気弱さや、行動から〈拒まれてゐる〉という意識が三島にとって生涯コンプレックスとなり、以降の彼に複雑な思い（特異な死生観や〈戦後は余生〉という感覚）を抱かせることになる。梓が公威と共に自宅に戻ると一家は喜び有頂天となったが、公威は高熱と旅の疲れで1人ぼんやりとした様子で、「特攻隊に入りたかった」と真面目につぶやいたという。公威はその後4月、三谷信宛てに「君と共に将来は、日本の文化を背負つて立つ意気込みですが、君が御奉公をすましてかへつてこられるまでに、僕が地固めをしておく心算です」と伝え、神風特攻隊についての熱い思いを記した。兵役は即日帰郷となったものの、一時の猶予を得たにすぎず、再び召集される可能性があった。公威は、栗山理一を通じて野田宇太郎（『文藝』編集長）と知り合い、戦時下でただひとつ残った文芸誌『文藝』に「サーカス」と「エスガイの狩」を持ち込み、「エスガイの狩」が採用された。処女短編集『花ざかりの森』は野田を通じ、3月に川端康成に献呈された。川端は『文藝文化』の公威の作品群や「中世」を読んでいた。群馬県の前橋陸軍士官学校にいる三谷信を、三谷の家族と共に慰問中の3月10日の夜、東京は大空襲に見舞われた（東京大空襲）。焦土と化した東京へ急いで戻り、公威は家族の無事を確認した。1945年（昭和20年）5月5日から、東京よりも危険な神奈川県高座郡大和の海軍高座工廠に勤労動員された。終末観の中、公威は『和泉式部日記』『上田秋成全集』『古事記』『日本歌謡集成』『室町時代小説集』『葉隠』などの古典、泉鏡花、イェーツなどを濫読した。6月12日から数日間、軽井沢に疎開している恋人・三谷邦子（親友・三谷信の妹）に会いに行き、初めての接吻をした。帰京後の7月、戦禍が悪化して空襲が激しくなる中、公威は遺作となることを意識した「岬にての物語」を書き始めた。1945年（昭和20年）8月6日、9日と相次ぎ、広島と長崎に原爆が投下された。公威は〈世界の終りだ〉と虚無的な気分になり、わざと上空から目立つ白いシャツを着て歩いた。10日、公威は高熱と頭痛のため高座工廠から、一家が疎開していた豪徳寺の親戚の家に帰宅し、梅肉エキスを舐めながら床に伏せった。8月15日に終戦を迎え、天皇陛下のラジオの玉音放送を聞き、「これからは芸術家の世の中だから、やっぱり小説家になったらいい」と父・梓が言った。