「ステラ」と呼ばれる世界にて、人間を生んだ神「ネメアー」と魔物を生んだ神「ザルガ双神」が対立していた。互いの神は、それぞれの種族を世界に産み落とし続け、その勢力を拡大させていたが、人間側に比べて魔物側の増殖のほうが圧倒的に早かった。そこでネメアーは、世界のバランスを崩さない為にザルガ双神の説得を試みた。ザルガ双神のうち、妹マグダレーネは説得を受けて休眠に入ったものの、姉マグダレナは説得を受け入れず、戦いへと発展していった。その末にネメアーはマグダレナを打ち倒し、マグダレナが死の間際に生んだ三凶神「アン・ルー」「ネブルザグ」「ヴァダガラ」もまたネメアーによって同様の運命を辿った。しかし眠りから覚めたマグダレーネがこの事を知ると、マグダレナ同様にネメアーへ戦いを挑んだ。そしてネメアーは人間の中から優れた戦士を選び出し、戦士「ゲート」とその後継者たちによってマグダレーネは倒された。しかしマグダレーネは双子の神としての能力を死の間際に発動させた。それは、互いの事象を入れ替える能力と、過去へ遡る能力であった。事象の転換によってマグダレナの死亡が無かった事になり、また過去へ遡ったことで三凶神へ「三相一体の神」となる知恵を吹き込む結果をもたらす。本来ならば、アン・ルー、ネブルザグ、ヴァラガラは束になってもネメアーには決して勝てなかったが、三相一体の神という形に合体したことで、逆にネメアーを圧倒する。敗北を余儀なくされたネメアーは、自身の持つ神力の全てを放出することでヴァダガラから兄妹神を引き剥がした。互いを引き剥がされたことで元通りに引きちぎられた三凶神は、ネメアーの攻撃による無数の傷から魔力が溢れるのを止めることができなかった。結果、アン・ルーの凍結、ネブルザグの空間制御、ヴァダガラの重力の力がそれぞれ暴走し、ネメアーはこの力を利用して、異なる次元から多くの町や人々、果ては新たな魔物などが引き寄せらた複合世界「ディスノミア」を構築したのち、力つき肉体を四散させた。三凶神の魔力は、ディノスミアを覆いつくしながら魔物を増強させる性質を持っており、世界は魔物が跋扈したことで人々は脅威にさらされる。しかしネメアーの意思は、ヴァダガラを倒すために異世界から人々を呼び集め、ヴァダガラに対抗できる力を作ろうとしていた。やがてネメアーの血を引き継ぐアルタメノス帝国の皇帝アデルが、これら異世界の人々から家臣を集い、彼らを率いて抵抗戦を重ねる日々を続けるようになった。しかしネメアーの思惑とは裏腹に、呼び集められたのは人間だけでなく、魔物や神々といった類も含まれており、中にはヴァダガラへ与する勢力も存在していた。そして、アデルの前に異世界の神々の一人であるデスが冥府を拠点として立ちはだかる。アデルは果敢にデスへ戦いを挑んだが、その末にデスの最後の力によって相討ちになる。そこで、アデルはその死に際に、異世界の秘法である「伝承法」を発動させ、信頼のある家臣へ自身の魂を引き継がせることで、帝国はヴァダガラとの戦いをさらに続けることになる。帝国は、ヴァダガラとの戦いを制するために、力を失ったネメアーの肉体である「魂の欠片」を集めながら、魔物や邪神たちとの戦いを進めていく。しかし、邪神サルーインが己の魔力をヴァダガラへ捧げる計画を発動させていたことで、傷を癒したヴァダガラは散り散りになっていた兄妹神を再び取り込み、三相一体の神として復活する。これにより地上はいよいよもって魔物に全面的に占領され、人々は最後の地下都市へ逃げ込むほかなかった。抵抗する意思をなくしていた人々が大多数を占める中で、帝国に切り札がもたらされる。アデルは極秘裏に預言者との間に子を作っており、アデル同様に皇帝の素質を強く持っていた。長いこと行方がわからなかったが、この局面でついに発見したことで、最後の皇位継承者とした。やがて迎える決戦にて、これまで出会った人物たちの協力もあり、帝国は主要な家臣の大部分を失いながらも、総力戦の末に三相一体の神を打ち倒した。「魂の欠片」の最後の一つはヴァダガラの体内に埋め込まれていたため、これを以って復活したネメアーの力によって次元の扉は開かれ、人々は元の世界へと帰っていった。だがディスノミアは、ネメアーによって次元の扉が何度開かれても、ザルガ双神によってステラへの解放が妨げられていた。ネメアー自身もこの影響下にあるため、「ヴァダガラとの戦いの末に敗北する歴史の発端」をそのたびに繰り返させられ、その数だけ平行世界が作られていった。無数の平行世界では、人々のたどる歴史はそれぞれ異なるものとなっていた。ある世界では、アデルの子が闇の道を歩んだことで、計略のもとにヴァダガラは「魂の欠片」を先に奪われた末に死亡し、復活したネメアーもまたヴァダガラの闇に侵されて自我を失った末、皇帝となった子によって全ての力を吸収され、帝国によって闇の治世が進められていた。またある世界では、正体不明の遺跡から「エッグ」と呼ばれる意思を持った古代種の遺物が発掘され、この世界を手に入れるための暗躍がエッグによって進められ、帝国もヴァダガラも巻きこまれていった。他にも、アデルが子を作らず、なおかつ伝承法が限界を迎えたことでこれ以上無縁の後継者に引き継がせることが出来ない状況に追い込まれながらも、協力者によってアデルが蘇生し、再び帝位に就いたことでヴァダガラを迎え撃つ平行世界も存在した。そのような無数の平行世界の一つで、重大な転換が訪れようとしていた。ネメアーとヴァダガラの戦いは創世の神話として石碑にも刻まれていたが、この石碑を調査した帝国の家臣が違和感を覚える。詳しい調査の結果、石碑に隠された「世界の成り立ちを含めた真相が書かれた真の文章」を知る。それまで帝国の家臣が知っていたのは石碑に書かれていた表向きの内容だけであり、ザルガ双神に関連する事柄はその存在自体を含めてまったく知る機会がなかった。その中でも特に問題になるのが、結末の違いはあれどヴァダガラとの戦いが繰り返されているこれらのディスノミアの並行世界群は、ザルガ双神が覚醒するとその力の影響を受けて互いに衝突させられ、そこにいた人々は魂を含めた全てが完全に消え去ることであった。そこで、事実を知った家臣の手によって、未来から過去へ夢を投射する特殊な術が使われ、この事実はアデル存命の時代の平行世界へと送り込まれた。そして、ついに運命の日が近づこうとしていた。それは、他の平行世界と同じように、アデルが諸侯をまとめて立ち上がるためアルタメノス帝国へと帰還する最中であった。しかしその夜に異変が起こる。新月であったはずの夜空に満月が明滅し、この怪現象を目にしたアデルが、その月光の力によって消し去られた。これは、アデルがネメアーの系譜を持つことによりディスノミアの中核人物になっていたからである。そしてこの事件は、ザルガ双神による次元衝突が始まる狼煙でもあった。帝国はリーダーを失い混乱するが、ミルリクと名乗る者が助けに現れる。アデルと同様に帝王の風格を持つこの人物の手により、未来から投射された真実およびザルガ双神の計画が語られる。それを打破するためには、ディスノミアを覆う次元の檻を破壊し、ステラへと渡る必要があり、その手段であるネメアー復活のための戦いが始まる。しかし残された時間が少なく、したがって「魂の欠片」もまたごく短期間で集める必要が生じ、戦いは困難を極めた。ネメアーを蘇らせた帝国は、真の歴史が辿るはずだったステラ世界へと攻め上る。真の歴史とは、アルタメノス帝国もそこに生きる人々もこのステラ世界に存在するというもの。しかし、ザルガ双神にとって都合の悪い人物が全てディスノミアへと隔離されていた結果、ステラはもはやザルガ双神自身および配下の魔物たちしか存在せず、生気が一切無い更地のような世界になっていた。もしもディスノミア同士が次元衝突を起こして消滅すれば、ステラ世界はこの更地のような状態から二度と覆らなくなる。ミルリクたちはついにザルガ双神と対峙し、マグダレナを打ち倒す。残ったマグダレーネは、この事実をなかったことにするため再び過去へ遡ろうとしていた。しかし、片割れが倒されたことで次元干渉能力が不十分なものとなった結果、一度は月の光に飲み込まれ消えたはずのアデルが、無数の平行世界でそれぞれアデルの後を継いだ継承者たちを引き連れて、次元の壁を破り戻ってきた。彼らの一斉攻撃を受けたマグダレーネが過去へ遡ることもできないまま滅ぼされたことにより、ザルガ双神は、自身が歴史を書き換えようとした余波で生まれた数千数万の平行世界に生まれた皇帝たちによって滅ぼされたのである。