1991年初頭、クニンでの危機とともに、ボスニア・ヘルツェゴビナ、クロアチア、マケドニア、スロベニアで選挙によって独立寄りの政府が誕生した。スロベニアは住民投票に従っての独立を求めた。クロアチアでは戦闘が発生していた。また、クロアチアの独立路線も明確化してきた。ユーゴスラビアは切迫した崩壊の危機に直面していた。ヨヴィッチは緊急議会を召集し、この中でヨヴィッチとユーゴスラビア軍の参謀総長ヴェリコ・カディイェヴィッチは共同で、国家を破壊する企てが進行中であるとして、次のように述べた:ユーゴスラビアを破壊するための卑劣な計画が作り上げられている。その第一段階は内戦であり、第二段階は外国の介入である。そして傀儡政権がユーゴスラビア各地に作られる — ヴェリコ・カディイェヴィッチ、1992年3月12日この声明は、独立を志向する各共和国の政府は西側諸国の手先であり、排除されなければならないということを意味している。クロアチア代表のスティエパン・メシッチはこれに怒って反発し、ヨヴィッチとカディイェヴィッチは大セルビアを実現するために軍の力を使おうとしているとし、「それは戦争だ」と非難したヨヴィッチとカディイェヴィッチは各共和国の代表者らに戒厳令に賛成するよう求め、戒厳令なしではユーゴスラビアは崩壊するだろうとした。この会合では、クロアチアでの危機を終わらせるために、セルビア人を守るための軍事行動をとることを認めさせるための、戒厳令の実施の可否を問うた。採決では、ボスニア代表のセルビア人の反対によって否決された。ボスニア代表は、武力によらない平和的解決の可能性はまだ残されているとして、戒厳令に反対した。評議会はその後まもなく閉会された。ヨヴィッチが大統領評議会議長としての任期を終えるとヨヴィッチは、次の議長となったクロアチア人のスティエパン・メシッチを妨害し、代わりにミロシェヴィッチに近しいモンテネグロ政府のブランコ・コスティッチ（Branko Kostić）を議長の座にすえた。1991年5月、クロアチアの独立を問う住民投票が実施された。クロアチア人の多数はユーゴスラビアからの独立を支持する一方、クロアチアに住むセルビア人たちは投票をボイコットした。スロベニアとクロアチアの両国はともに1991年6月25日に独立を宣言した。スロベニアでの衝突は短期間に終わり、ユーゴスラビア連邦はスロベニアの独立を認めた。しかしクロアチアでは、クロアチアに住むセルビア人たちが住民投票をボイコットし連邦に留まることを望んだため、連邦政府は独立を認めなかった。このため、クロアチアとユーゴスラビア連邦の間での戦争が始まった。また、ユーゴスラビア連邦を復旧する交渉は欧州共同体の加盟国とピーター・カリントン（Lord Peter Carington）による議論の間に失敗に終わった。カリントンの計画では、ユーゴスラビアは解体段階にあるものとして、連邦を構成する共和国の独立を他の共和国は認め、代わりにミロシェヴィッチ政権に対してはセルビア国外のセルビア人の保護は欧州諸国が保障するとした。しかしミロシェヴィッチはこの計画に同意せず、欧州共同体はユーゴスラビアを解体する権利を持たず、またこの計画はセルビア人たちをセルビア、モンテネグロ、ボスニア・ヘルツェゴビナ、クロアチアの4国に分断するものであり、セルビア人の利益に反するものとして反対した。カリントンは、この計画を全ての構成共和国で住民投票にかけることを提案して応じた。モミル・ブラトヴィッチ（Momir Bulatović）政権下のモンテネグロもはじめはこの計画に同意していた。しかし、セルビアのミロシェヴィッチからの圧力によって、モンテネグロはその立場を変化させ、ユーゴスラビア解体を進めるこの計画に反対した。ユーゴスラビア分解における異民族嫌悪と民族間の緊張はクロアチアの独立戦争で明確化した。クロアチアとセルビアの双方によるプロパガンダはそれぞれお互いに対する恐怖を与え、彼らが自分たちの中で支持を得るために我々の民族を弾圧し、彼らの死者数を誇張していると宣伝した。戦争初期の数ヶ月の間、セルビア人に支配されたユーゴスラビア陸軍や海軍は、UNESCOの世界遺産に登録されているクロアチアのドゥブロヴニクの町や周辺の村々を包囲した。セルビア側のプロパガンダとして、ユーゴスラビアのメディアは、ドゥブロヴニクの町に「ウスタシャ」の軍や国際テロリストがいることを攻撃の理由として宣伝した。国連の調査では、そのような戦力はドゥブロヴニクにはいないことが明らかにされた。クロアチア軍の戦力は後に増加していった。当時ミロシェヴィッチと盟友関係にあったモンテネグロの首相ミロ・ジュカノヴィッチ（Milo Đukanović）はモンテネグロの民族主義に訴え、ドゥブロヴニクの制圧によって、モンテネグロの領土をドゥブロヴニクへと拡大できると喧伝した。モンテネグロの民族主義者らは、ドゥブロヴニクは歴史的にモンテネグロに属すると主張していた。そして、現在のモンテネグロの国境は古く無教養なボリシェヴィキの地図製作者によって引かれたものであるとした。同時に、セルビアの政府は、その盟友であるモンテネグロの政府のこのような言説を否定した。セルビアの首相ドラグティン・ゼレノヴィッチ（Dragutin Zelenović）は、ドゥブロヴニクは歴史的にセルビアであり、モンテネグロではないとした。各国のメディアはドゥブロヴニクへの爆撃に強い関心を寄せ、ミロシェヴィッチがユーゴスラビア解体の中で大セルビア建設を目指している証拠として報じた。これらの報道では、ミロシェヴィッチはモンテネグロにおける自派の盟友であるブラとヴィッチとセルビア民族主義者らの支援の下、ドゥブロヴニクの奪取のためのモンテネグロの支援を取り付けようとしているとされた。ヴコヴァルでは、クロアチア人とセルビア人の民族間の緊張は、ユーゴスラビア軍が町に入ったときに暴力に発展した。ユーゴスラビア軍とセルビア人の準軍事組織は市街戦によって町を制圧し、クロアチア人の資産を破壊した。セルビア人の武装勢力はクロアチア人たちに対して蛮行を働き、200人以上を殺害し、その他のクロアチア人たちはヴコヴァルからの脱出を強いられた。これは後にヴコヴァルの虐殺として知られる事件である。このヴコヴァルで行われた蛮行に対して、クロアチア人たちはセルビア人に対する蛮行で応じ、ゴスピチ虐殺と呼ばれた。クロアチア人、セルビア人双方による相手民族に対する蛮行はこの後数年にわたって続くことになる。1991年から1992年にかけて、多民族が暮らすボスニア・ヘルツェゴビナでも民族間の緊張が高まった。ボスニア・ヘルツェゴビナ議会は多数派のボシュニャク人（ムスリム人）と少数派のセルビア人、クロアチア人の党派によって分断された。1991年、セルビア人の党派で最大の勢力となったセルビア民主党の指導者で過激な民族主義者のラドヴァン・カラジッチは、ボスニア・ヘルツェゴビナのボシュニャク人の大統領に対して、ボスニア・ヘルツェゴビナのユーゴスラビアからの分離は、同国と同国に住むボシュニャク人にとって破局的なものとなるとして直接警告し、次のように述べた:この、あなた方のしていることは、良いことではない。ボスニア・ヘルツェゴビナを我が物としようとするあなた方の歩む道は、スロベニアやクロアチアがたどったのと同じ、地獄への高速道路だ。あなた方がボスニア・ヘルツェゴビナを地獄へと導くことはないなどと思っていたら、ムスリム人たちは絶滅に向かうことになるだろう。もしここで戦争になったら、ムスリム人たちに自衛の術はない — ラドヴァン・カラジッチ、1991年10月14日1991年、セルビアのミロシェヴィッチ大統領とクロアチアのトゥジマン大統領が、ボスニア・ヘルツェゴビナをセルビア人とクロアチア人の支配地に分割することでボスニア・ヘルツェゴビナでの戦争を回避しようと秘密裏に交渉をしていた。トゥジマンは、ボスニア・ヘルツェゴビナやクロアチアのクロアチア人たちから、ミロシェヴィッチと交渉したことを非難された。