カール・マルクスが「宗教は阿片である」と説いたように、中世の封建時代から絶大な権威を持ち、貴族や大地主と結んで支配者の側に立つキリスト教のカトリック教会と、宗教や迷信を排し、労働者や農民による階級闘争や武力革命を主張するマルクス主義は宿命的な対立関係にあった。ロシア革命やその後の内戦の結果、ソビエト政権はカトリックが多数派のポーランドやリトアニアの独立を認め、新たなソビエト連邦の領土は概ねロシア正教会・グルジア正教会などの正教会やアルメニア教会などの東方諸教会などのキリスト教諸派とイスラム教スンニ派の信徒が多い地域に限られた。革命前のロシア帝国ではロシア正教会がロマノフ朝とのツァーリを最高指導者とする政教一致体制をとり、ロシア正教会は国教となっていたが、ソビエト政権はこれを厳しく非難し、その反動から急進的な無神論的主張を唱え、宗派を問わず既存教会・礼拝所の破壊や教会資産の没収を徹底的に進めた。これによりカトリック側の反共主義はより強固になった。1929年には、ソ連はカトリック色の強いグレゴリオ暦に代わるソビエト連邦暦を導入するほどだった（1940年にグレゴリオ暦を復活）。1929年、イタリアのムッソリーニ政権と結んだコンコルダート（政教協約）のラテラノ条約でローマ教皇庁はバチカン市国として独立国家となったが、スターリンの独裁体制が確立していったソ連との国交は結ばれず、両者は世界各地で対立を続けた。一方、バチカンはソ連以外とは積極的な外交政策を展開し、ナチス・ドイツともコンコルダートによる政教共存関係を結んだ。1936年からのスペイン内戦では、ソ連が支援する人民戦線の共和国政府に既得権益を奪われそうになったカトリック教会が右派の反乱軍を支援し、フランコ将軍による軍事独裁政権の成立に貢献した。1939年3月にバチカン外交の責任者だったジョバンニ・パチェッリ枢機卿がピウス12世として教皇に就くと、直後の第二次世界大戦では不偏中立を宣言したが、これはナチスによるソ連共産主義打倒を期待したための措置ともみられ、バチカンはナチスによるユダヤ人虐殺（ホロコースト）を食い止められなかったという批判を浴びる事になった。一方、カトリック信徒の中には反ファシズム運動に参加した者もいたが、ソ連を中心とした共産主義運動との広汎な協力は実現しなかった。第二次世界大戦による世界情勢の変化で、ソ連とバチカンの間には新たな問題が発生した。ソ連はリトアニアを併合し、東ヨーロッパ諸国を衛星国として自らの覇権下に置いたが、その中には国民の90%以上がカトリック信徒のポーランドや、やはりカトリックが多数派を占めるチェコスロヴァキア・ハンガリーが含まれていた。各国のカトリック教会は新たな社会主義政権と対立し、特にハンガリーではミンゼンティ・ヨージェフ (en:József Cardinal Mindszenty) 大司教がラーコシ・マーチャーシュ (hu:Rákosi(Roth) Mátyás), (en:Matyas Rakosi) のスターリン主義的支配に反抗して終身刑を受け、ピウス12世がその解放を強く求めた。ポーランドでも一般国民からのポーランド統一労働者党政府批判がしばしばカトリック教会を通じてなされ、両者の背後にいるソ連とバチカンの関係は険悪なままだった。結局、ミンゼンティは1956年のハンガリー動乱により解放されたが、その後のソ連軍の介入で首都ブダペストのアメリカ大使館に逃れ、15年間の軟禁（外交特権による保護）の後にオーストリアのウィーンへ出国が認められた。彼はこの地で客死する事になった。また、ソ連国内では東方典礼カトリック教会（帰一教会）の問題が拡大した。ロシア正教会はスターリン体制との妥協により、ソ連共産党によるプロレタリア独裁支配や革命時の教会資産没収などを認めさせられたが、一方では一定範囲内での宗教活動や他のキリスト教各宗派に対する優位性を認めさせ、ソ連政府の宗教政策に影響力を持つようになっていた。独ソ戦でロシア正教会は祖国防衛を呼びかけてスターリンに協力した事も、ロシア正教会の立場を強化した。そして、ロシア正教会からカトリックに復帰した帰一教会は、ロシア正教会の意向を受けたソ連政府が活動許可を下さず、非合法状態に置かれた。第二次世界大戦の際のポーランド分割により、東方カトリック教会で最大の勢力を持つウクライナ・ギリシャ＝カトリック教会の本部があるリヴィウがウクライナの一部としてポーランド領からソ連領に編入された事で、東方カトリック教会の問題はより大規模になり、同時にウクライナ西部での民族主義運動との関連が見られるようになった。一方、ローマ教皇庁があるイタリアでもカトリック勢力と共産主義の対立が起こった。第二次世界大戦後のイタリアは共和制となり、1948年からはキリスト教民主主義 (DC)を中心とした保守中道連立政権が続いていたが、構造改革論やユーロコミュニズム路線で国民の幅広い支持を得たイタリア共産党が常に議会内の有力な野党であり、特に1970年代には総選挙での政権獲得が現実味を帯びていた。この時、バチカンは共産党への投票者を破門にすると発表し、キリスト教民主党政権を事実上支持して、その存続に力を貸した。中南米や東南アジアでは、バチカンとソ連の対立関係は全く違った様相になった。これらの地域では伝統的な大土地所有制が温存され、カトリック教会はその少数の富裕層からの援助を受けているが、一部の神学者や司教は制度的抑圧や社会全体の貧困に目を向け、貧者の救済を重視する解放の神学を主張し始めた。これはあくまでキリスト者としての論説であったが、農村改革や利潤の再分配などを重視した解放の神学派の司教達の問題設定は結果的にソ連やキューバが支援する社会主義的な民族解放闘争に近づいた。この解放の神学は教皇パウロ6世などから批判されたが、これらの地域の民衆に根強く支持され、農村における社会主義グループの活動を助けた。1978年10月16日、バチカンはポーランドのクラクフ大司教だったカロル・ヴォイティワ枢機卿を教皇に選出した。ヨハネ・パウロ2世と称した新教皇は455年ぶりの非イタリア人教皇で、ポーランド人としては初となった。これはポーランド国民のカトリック信仰をより一層強め、反ソ感情を含んだナショナリズムを大きく高揚させた。ソ連は1979年1月にアンドレイ・グロムイコ外相をローマに派遣してヨハネ・パウロ2世と会見したが、ヨハネ・パウロ2世が同年6月に就任後初めてポーランドに里帰りして熱狂的歓迎を受け、1980年には説法中に母国での独立自主管理労働組合「連帯」による広汎な民主化運動へ精神的支持を与え、次いで連帯のレフ・ワレサ議長と会見した事は、ソ連にとっては重大な問題であった。1981年5月13日、ヨハネ・パウロ2世はバチカンのサン・ピエトロ広場で謁見中にトルコ人テロリストのメフメト・アリ・アジャに狙撃され、瀕死の重傷を負った。逮捕されたアジャはブルガリアの情報機関から支援を受けたと供述した。その背後にはソ連の情報機関・KGBが関与していたという主張は多くの人に信じられている。ヨハネ・パウロ2世が死の直前の2005年にソ連の関与を認めたとも報道されたが、現時点でも確定した事実とはなっていない。いずれにしても、ヨハネ・パウロ2世は一命を取り留め、1983年のポーランド里帰りで当時の最高指導者だったヴォイチェフ・ヤルゼルスキへ戒厳令解除を働きかけた。同年に戒厳令は解除され、その後統一労働者党と連帯側の対話再開（円卓会議開催）から始まったポーランド民主化運動の平和的進行を導くきっかけになった。その後も社会主義諸国の民主化に精神的影響力を維持した。また、東西冷戦の激化に対しては絶対平和主義を唱えて戦争の阻止を呼びかけた。これはむしろアメリカ側の対ソ先制核攻撃論を抑止する効果があった。ソ連は1985年2月にグロムイコ外相が6年ぶりに教皇と会見し、同年3月にはそのグロムイコが推薦したミハイル・ゴルバチョフが新しい指導者となった。ゴルバチョフは自らをキリスト教徒と告白し、無神論者と見られていたソ連の歴代指導者とは違う印象を与えた。一連の東欧革命が続く1989年12月、ゴルバチョフはマルタ共和国でのブッシュ（父）大統領との会談に先立ってバチカンを訪問し、ヨハネ・パウロ2世との間で初のソ連・バチカン首脳会談を実施した。1990年3月15日に両国は外交関係を樹立（コンコルダートを締結）したが、ソ連国内ではロシア正教会からの強い抵抗があり、活動が合法化されたウクライナ・ギリシャ＝カトリック教会に関する諸問題は1991年12月のソビエト連邦解体で独立した新生ウクライナに引き継がれる事になった。