以上のWikipedia全体（または英語版）に対する批判に加えて、日本語版に特有の批判もある。2019年6月現在、ウィキメディア財団から承認済みの国別協会(local chapter)が所在地別に39（さらに検討・準備中が27）ある。日本語版は2001年、英語版の次に作られた13言語版のひとつでありながら、日本には国別協会が2019年現在も存在せず、準備中ですらない。また管理者の不足などから論争の解決のための調停委員会も裁定委員会もない。このような責任者不在の状態のほか、記事内容の正確性、情報操作のおそれ、プライバシー侵害のおそれなどさまざまな面について多数の識者から批判を受けている（おおむね時系列順、肩書き等は発言当時）。芸能人のスマイリーキクチは1999年からネット上で始まったスマイリーキクチ中傷被害事件に関連して自身のウィキペディア記事に女子高生コンクリート詰め殺人事件に関与したと書かれたことを例に挙げ、2017年の新聞インタビュー記事の中でネットの情報は疑うことを助言している。経済学者の野口悠紀雄は2006年の雑誌連載の中でウィキペディアについて“ブリタニカにも匹敵する”と激賞しつつ、自身の項目に事実に反したことが書いてあったことに不快感を示し“誤りに対する責任の所在も明確ではない。ウィキペディア日本語版の管理者は誰であるのか、明確にされていないからである。さまざまな問題が指摘される「2ちゃんねる」でさえ、管理責任者が誰であるかは明確にされている。それと比べると、ウィキペディア日本語版の信頼性は「2ちゃんねる」以下と言わざるをえないのである”と批判している。歴史家の宝賀寿男は清和源氏の項目で個人攻撃を受けた（詳細は当該記事の履歴を参照）と考えた。2007年、自身が会長を務める古代氏族研究会の公認ウェブサイト上で、“匿名の極めて多数の書き手がいる同事典については、これまでも多くの問題点が指摘されてきたことは、周知のとおりである。その意味で、当該記事は無視しておいてもよいとも考えられるが、一般に様々な事項について、ちょっと調べるにはたしかに便宜な事典であり（七，八割方の精度で）、世間的に一定の影響力があることを否定できないものでもある”として逐一反論を述べ、“まったくの余談であるが、本件のように異説がある問題について、自らの説・見解に都合の良いような形で記事を書き込むことは、疑問の大きいところである。とかく問題にされがちなフリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』の声価を下げることにつながることを懸念する”と表明している。放送大学大学院生でウィキペディア管理者の岡田登貴（ユーザーアカウント名は未詳）は2007年の雑誌記事の中で“良識的でものごとを中立的な観点から見ることができる執筆者がふえればふえるほどウィキペディアの正確性はましていくことになる”と評価しながらも、“残念なことに現在の日本語版には、偏った記事、正確性に疑問がある記事、はなはだ百科事典的でない記事が多いのも事実である”と述べている。山本匡紀は2008年の共著書の中で、“匿名性というレベルでは2ちゃんねるもウィキペディアも同レベルにある。いや、発信者情報開示請求に応えない分、2ちゃんねるより匿名性が高いとすらいえるかもしれない”と評価しながら、“もののたとえでも何でもなく、本当に、最終責任者がどこにもいない”とし、“現在、2ちゃんねる以上に、低リスクで違法な書き込みを行える場になりつつある”と懸念している。また山本はイオンド大学の項目が、2007年上旬に同大関係者を称する人物からのクレームを受け管理者の手により実質的に白紙化され保護となった事件（経緯は当該記事のノートおよび過去ログを参照）を“「社会正義よりウィキペディアの存続が優先する」というメッセージだと受け取られても仕方がない”としている。そのイオンド大学の記事白紙化の件によりウィキペディア編集から離れたというプログラマーの吉本敏洋は、同じ本の中でどのようにウィキペディアに接するべきかという問いに“ネット社会をあまり知らない人は見ないのがいいと思いますよ。記事の信憑性をいちいち検討するのもコストをかけることなんです。「2ちゃんねるに書いてあることは本当ですか？」と聞かれるのと同じで、「（2ちゃんねるやウィキペディアを）見ても時間の無駄だから見ないほうがいいですよ」って答えるのが一番正しいと思います。それでも暇つぶしならいいですよというくらいです”と回答している。弁護士の山口貴士も上記山本との共著書の中で、ウィキペディア日本語版を“非常に便利”、“重宝しています”と評価しながら、“責任者を決めない限り、権力からの干渉や不当な圧力に対し、気骨のある毅然とした対応をとることは難しいと思います”と指摘。上記イオンド大学記事白紙化の件についても“日本の関係者だけで素人判断をするのではなく、記事の執筆者に根拠を示し、表現の正当性を主張する機会を与えた上で、ウィキメディア財団に判断をさせるべきだったと思います。クレームをつけた側の言い分を一方的に受け入れることは、ウィキペディアの信用性を損なうだけだと思います”と苦言を呈している。森林総合研究所の明間民央は2008年の雑誌記事の中で“結論から言えば、「ウィキペディアの情報は信頼できる」というのは間違いである”とし、出典なき記事の信頼性や間違い、古い情報がそのまま放置されている問題を指摘。一方で“ウィキペディアの考え方自体は悪くない”とも評価している。早稲田大学メディアネットワークセンター助手の大足恭平は荒らし・悪戯・著作権侵害・論争・編集合戦などが起こっていることを問題点に挙げる。さらに2008年の学会報告書の中で日本語版を“アニメ、鉄道、道路、芸能などの分野に強く、一般の百科事典に載っていないようなことが載っている、ということも特徴の一つとなっており、非常に豊富な情報量を擁しているが、実際にはほとんど検証可能な出典は示されていない”と分析している。作家の畑正憲は、ウィキペディア日本語版の本人の項目に「大麻の栽培許可証を持ち、『ムツゴールド』なる品種を育ててアムステルダムの大麻品評会で準優勝した」という虚偽の内容を書き加えられたことがある。この虚偽内容を真に受けた者がインタビューで畑に直接尋ねたため、本人の知るところとなった。この一件について、畑は2008年の著書『ムツゴロウの東京物語』で以下のように不快感を表明している。「私は、麻薬の類が極端に嫌いであり、手を出すなよと、周りに戒めてきた。多分、フリーライターが書いたものだろうが、私が最も嫌いなものをつけ加えて、裏でニヤリとしているに違いなかった。それは悪意に満ちた人物紹介だった」。参議院議員の白眞勲は2009年ごろ自身の公式ウェブサイト上に「ウィキペディア（Wikipedia）白眞勲の記述における一部誤認、意図的曲解について」とのページを作り、ウィキペディアの白の記事に書かれた内容のうち帰化後の発言・在日コリアン参政権付与運動・防衛政策の3点について「デタラメ」等と反論している。実業家の西和彦は2009年のネットコラムの中で、自己項目の編集をめぐり他の利用者と激論を交わし（経緯は当該記事のノートを参照）、その結果ウィキペディア日本語版を“真実と嘘と無知と偏見と嫉妬と虚栄が混じったネットの肥溜みたいなもの”と認識している。一方で“アメリカの代表はまともな人であった”としている　この批判には赤木智弘が一定の評価を下している。医療ジャーナリストの鳥集徹は2009年の著書の中で出元明美の項目が立項時にきわめて問題が多かったことを指摘（当該記事の履歴を参照）。“だれかがウィキペディアに書き込まない限り、いったん書かれた記事はそのままネットに晒され続ける。「嫌なら自分で書きかえろ」と言われるかもしれないが、好き好んで書かれたわけでもない当人が、なぜそのような労をとらねばならないのか。書かれた側にとっては、はなはだ迷惑な話だ”と断罪している。さらに悪質な書き込みを行っている人間が2ちゃんねるのウィキペディア関係スレッドを利用し情報操作を試みている危険性も示唆している。奈良女子大学教授の栗岡幹英は2010年に大淀町立大淀病院事件の項目が誤情報・誤記に満ちていたとして厳しく批判し（経緯は当該記事のノートを参照）、“他の立場を排除して一定の傾向を持つ政治的な主張群を流通させるという意図に導かれて”いるとしている（ちなみにこの批判はラリー・サンガーの意見とも一致する）。立教大学教授の細井尚子は2011年の他教授・学生との座談会「学習ツールいまむかし」の中で“ウィキは文責もとらない。教員としては、やっぱりそういうのが問題だと思いますね”と批判。なお同座談会では学生からも一様に手厳しい評価が下っている。曰く“書籍とかを見ると、全然違う内容のことが書いてあったり、逆のことが書いてあったりする場合も多々ある”、“内容が浅いと感じています。今から調べるものの概要をとらえるというぐらいでしか使わないと思います。本当に論文を書くというレベルになると、ウィキペディアは使いものにならない”、“ウィキペディアを使うときは、芸能人のことを調べるときだけ”。比較文学者の小谷野敦は2012年のブログ記事の中で“日本のウィキペディアというのは、海外のそれと違って責任主体がはっきりしない。いわば無法地帯だ。誰がやっているか分からない”と批判している。雑誌『AERA』では2012年に井上和典記者が“「AERA」の項を見ても、間違った記述が散見されるほか、すでに終了した連載が「代表的な連載」として挙がっているなど、情報が更新されていなかった”と述べ、ウィキペディアが執筆者の自主性と善意に頼っていることの限界を指摘。“その内容が間違っていても誰の責任も追及できない”としている。成城大学教授の指宿信は2012年、出版社サイト上の連載コラムにおいて“Wikipediaそのものの構想は素晴らしく、「知の共同体、知の集積庫」であり、誰もが利用できるオープンアクセスの見本”と高い評価を下しつつも、官公庁からの編集が相次いだことを引き合いに出し“Wikipediaのような匿名サイトの場合には、あたかも中立的な立場を装いながら一定の見解のみが伝えられてしまうという危険性がある”と指摘。さらに“実はオープンであればあるほど情報の信頼性が損なわれていくという相関関係にあることも見逃せない”というジレンマも指摘している。また“紛争当事者が、自ら、あるいは第三者に依頼させて、紛争に関わる言葉の定義や事実関係についてWikipediaの記事を（極論すれば自己の主張に有利なかたちで）執筆したり、させたりしていたとしても、それをチェックするのは事実上不可能に近い”とも弱点を剔抉している。慶應義塾大学特任教授の西岡孝明は2013年に所属研究所サイトのインタビューにおいて“全く関係のない項目同士で同じような議論があり、お互いに矛盾することが書かれていても、それを探す機能がありません。データベースでは、記述内容が互いに関連していて、その関係がクリアでなければなりません。Wikipediaには出典のリンクがついていますが、あれはページに書きこんだ人がリンクを付けているので、抜けていることもたくさんあるし、他の思わぬところに関連項目があったとしても、書き込んだ人が知らなければリンクはつきません”と、データベースとして欠陥があることを指摘している。愛知大学教授の時実象一は自身、学生への実習としてウィキペディアの編集を行わせながらも、2014年の愛知大学図書館広報誌の中で“たとえば「つり革」（電車の）という記事（2013年9月現在）は、出典がなく、自分の調査結果を記載しているだけで、独自研究の典型である”、“タレントに関する記事や、いわゆる「オタク系」の記事は、うわさ話や聞きかじりが多く、信頼性に乏しい”などと批判している。作家の手嶋龍一は2018年の雑誌インタビューにおいて自身の項目の経歴が寺島実郎と混ざっていたと述べ、間違いが多いと指摘している。武蔵大学准教授でウィキペディアンでもある北村紗衣は、2018年のオンライン雑誌記事の中でウィキペディアにおけるジェンダーバイアスの事例や、時事問題に関連してウィキペディアの記事に荒らしが発生した事例などを紹介している。また北村は、鉄道分野のウィキペディア記事が専門的になり過ぎて一般読者には難解な内容となっていることも指摘している。