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倭国は三国の中で百済との贈答が盛んとなり、百済から贈られたとされる七支刀は石上神宮に現存する。朝鮮半島からは工芸品や技術者、倭国からは兵や武器、穀物、繊維品が贈られた。朝鮮半島から日本列島に来た渡来人には工人もおり、4世紀に帯金式甲冑、4世紀後半に馬具が製作されるようになり、農具や工具も輸入された。ヤマト王権による日本の統一と新羅の朝鮮統一により、日本と新羅は遣新羅使と新羅使が管理貿易を行なった。これが外交の緊張で使節が滞るにともない、新羅の海商が活動した。安史の乱によって唐の政情が不安定になると、陸上より海上の貿易が増加して、日本、新羅、唐、中国沿岸のイスラーム商人などが航海をした。海域の安全保障に貢献したのは、新羅の張保皐だった。張保皐は海賊の奴隷貿易を取り締まり、耽羅や莞島を拠点として日本・新羅・唐で貿易を行う。新羅商人を通じ、中国に入ってくる波斯国、天竺などの産物も日本にもたらされた。律令法では購入権が朝廷、官司、貴族の順番で決められており、貴族が新羅の輸入品を買うには買新羅物解（ばいしらぎもののげ）という文書で申請が必要であり、こうした記録が正倉院文書として残っている。日本の輸出品は真綿、絹などで、新羅の輸出品は朝鮮人参、佐波理と呼ばれる合金製の食器、顔料、黄金、香料などだった。最後の遣唐使の一員として留学をしていた僧の円仁は、張保皐や新羅商人の助けにより唐からの帰国を果たした。円仁の旅行記『入唐求法巡礼行記』には、治安が悪化する長安での生活、唐人や新羅人との交流、新羅商人の航海の様子が書かれている。
日本では無文銀銭や富本銭などの貨幣の鋳造が始まっていたが、最初に全国的な通貨となったのは和同開珎とされる。和同開珎の発行は元明天皇の時代に武蔵国秩父郡で和同（にぎあかがね）と呼ばれる純度の高い自然銅を発見して献上したことが契機であった。これを記念して和銅という元号が定められて、和同開珎が発行された。この自然銅の発見に貢献した３名のうち１人が、渡来人である金上无であった。金は702年に従五位下に叙されたが、和銅を発見した功績によるものと見られている。
日本列島に中国式の暦が伝わったのは5世紀後半となる。中国は冊封した国に暦学を送っており、倭の五王が中国南朝の宋に朝貢をした時に暦を与えられた。『日本書紀』は、456年から697年まで中国の元嘉暦にもとづいて書かれており、中国との交流が絶えていた期間は、百済から暦博士が来日して暦本も送られた。百済の僧観勒は、暦本、天文地理書、遁甲方術書をもたらし、陽胡玉陳、大友高聡、山背日立らの師匠となった。
百済からを中心として仏教が伝来した。百済は仏舎利のほかに僧侶、寺師、鑪盤博士、瓦博士、画工などの技術者をもたらした。百済の聖明王が欽明天皇に仏像、仏画、経典などを送り、高句麗は僧を送った。百済から倭国に経論や律師、造仏工も献じられ、新羅も倭国に対し調と仏像を献じた。こうして三国の文物は日本の飛鳥文化に影響を与えた。入朝した僧には、百済からの観勒、高句麗からの曇徴や、厩戸皇子の師になった慧慈がいた。日本から朝鮮半島に渡った僧もおり、百済で受戒して日本最初の尼僧となった善信尼や、高句麗で修行をした慧慈らがいる。高麗は仏典を収集して印刷するという国家事業を行い、高麗の精緻な仏典は有名となり、中世には大蔵経を求める日本からの使者が相次いだ。応神天皇時代に、百済から招かれた博士の王仁が、儒教における四書の1つ『論語』をもたらしたという伝承がある。百済からの渡来人としては王辰爾も儒教の普及に貢献した。王辰爾や王仁のように「王」を姓にもつ者は、中国を出自にもつ百済人の可能性もある。
王仁は、『論語』とともに漢文の長詩『千字文』をもたらしたという伝承もある。『千字文』の成立は6世紀であるため、百済からの渡来人によることが王仁の説話に加えられたとされる。渡来人の歌人では、『万葉集』に歌を収録された田辺福麻呂や背奈行文らがいる。中国との外交において重要な交流の要素だった漢詩は日朝外交でも用いられて、新羅使や渤海使などの使節をもてなす際に漢詩の唱和が行われた。使者の回数が多かった渤海は楊成規や裴頲らの詩才のある使者を選び、日本からは在原業平、菅原道真、紀長谷雄らが唱和に参加して競い合う場面もあった。百済からは味摩之（みまし）の入朝により仮面劇の伎楽が伝えられて、外来芸能として発展していった。
13世紀、高麗はモンゴル帝国（のちの元）のクビライに服属すると、高麗は日本に対してもモンゴル帝国への服属を迫ったが、日本の鎌倉幕府に拒絶された。そのため、高麗はモンゴル帝国に日本侵略を提言し、その尖兵となって日本を攻撃したが、迎撃されて失敗に終わった。
モンゴル帝国は6度にわたるモンゴルの高麗侵攻によって高麗を服属させた。『高麗史』や『元史』によれば、高麗の官僚趙彜や、のちに忠烈王となる王世子の要請があったために日本攻撃が決定された。高麗国王はモンゴル軍によって王権を回復した際に、モンゴルの出征に積極的な協力をするという方針を定められており、そのため日本攻撃を進言したとされる。元の世祖クビライは高麗統治の方針を軟化させて、高麗軍は元軍とともに日本を攻撃する決定を下す。
元に服属した高麗は、日本へ元の国書を送るなど外交交渉を担当した。高麗の使者から国書を受け取った鎌倉幕府では、返書を送らないことを決定する。18歳の北条時宗が幕府執権となるが、さらに強硬な使者の来訪にも幕府は返書をせずに元の攻撃への対策を進め、元軍による攻撃が行われた。元軍は高麗人のほかに南宋人や女真人も含む多民族構成で、壱岐・対馬や博多において九州の御家人を中心とする鎌倉幕府軍と戦った。元軍の侵略は2回に渡って行われたが、2回とも日本の抵抗により九州への上陸は阻まれて季節的な暴風に襲われて壊滅した。日本の捕虜となった元・高麗軍の兵は、日宋貿易で交流があった南宋人は優先して助命されたが、モンゴル人、高麗人、女真人については処分が決まるまで各御家人に預けられた。元・高麗軍の捕虜は奴隷にされた他に、職能のある者は軍事技術者や大般若経の筆写事業などに採用されて、富豪になった者もいた。弘安の役の11年後に高麗使節の金有成が来訪し、高麗人の捕虜が日本で生きている点について感謝する国書を送っている。
日本の南北朝時代から室町時代、朝鮮の高麗から朝鮮王朝にかけては倭寇と呼ばれる海上勢力が活発になり、中国や朝鮮半島の沿岸で海賊や密貿易を行った。14世紀から15世紀にかけての倭寇は前期倭寇とも呼ばれる。倭寇の原因としては、各国の治安悪化や貿易政策があげられる。日本は鎌倉幕府の滅亡後は南北朝の分裂や応仁の乱などで政情が不安定であり、高麗では元軍による占領の影響で国内が疲弊していた。このため両国では海域の治安を維持できなかった。中国では元のあとに建国された明が海禁政策を行ったため、沿岸の商人が密貿易や海賊行為に手を出していた。倭寇は日本人、朝鮮人、のちの16世紀には中国人やポルトガル人も混在した。「倭寇」という文字は、古くは高句麗の好太王碑に見られる。中世における倭寇と同様の用例は元の時代からであり、藤原定家は『明月記』で、松浦党が高麗を攻撃したために高麗の恨みを買うことを憂慮している。『高麗史』には、忠定王の時代に倭寇の襲撃が始まったという記録があり、日本では観応の擾乱が起きていた時代にあたる。倭寇が固城・竹林・巨済・合浦などに侵入して高麗の崔禅らが迎撃しており、「倭寇の侵」の始まりとしている。前期倭寇の拠点は対馬、壱岐、松浦、済州島、舟山列島であり、襲撃した土地の人間を拉致して強制的に部下にする場合もあった。14世紀の倭寇は、米穀など必需品を狙っており、次第に大規模となって高麗の首都開京付近に迫った。藤経光の誘殺未遂事件による倭寇の活動の活発化も指摘されている。高麗では、倭寇の略奪から防ぐために政府の倉庫を内陸へ移して、全羅道や楊広道の沿岸は生活に適さない地域となった。沿岸部が荒廃して人口が減少すると、倭寇は騎馬隊でさらに内陸へと侵攻して、高麗で差別されていた水尺や才人の中にも倭寇に参加する者が出た。
室町幕府は高麗と倭寇対策で協力する。高麗使節の金逸と金竜が派遣されて、室町幕府に倭寇対策のために交渉が行われた。九州探題として派遣された今川貞世は高麗の鄭夢周らと協力し、大内氏らとともに倭寇を討伐した。倭寇の捕虜となった高麗人の送還も行われて、高麗と対馬宗氏との通交も始まった。高麗と室町幕府の使者と国書に対する返礼は、のちの朝鮮王朝では朝鮮通信使として始まった。倭寇との戦闘で名を馳せた高麗の李成桂は、のちに朝鮮王朝（李氏朝鮮、李朝）を建国する。
高麗は衰退する元の支配から脱し、武官の李成桂が紅巾軍、元軍、倭寇との戦いで功績をあげて台頭する。高麗は、元に替わって建国した中国王朝の明と対立するが、李成桂は明への進軍を命じられたのちに引き返して朝鮮王朝（李氏朝鮮、李朝）を創建した。李朝は建国時から明と関係が深く、国号の「朝鮮」は明から下賜されており、冊封関係は明の滅亡まで続いた。李朝は儒教の朱子学を信奉して華夷秩序を厳格に守る方針をとり、華夷秩序の中心である明に忠実な国となった。李朝からの朝鮮通信使は室町幕府の将軍に対して行なわれた。天皇は将軍の上位にありつつも国政を行わず、実権は将軍にあると李朝では解釈した。
李朝は倭寇対策として壱岐と対馬の討伐を命じて、1396年の攻撃を行った。李朝は室町幕府に対して倭寇の禁圧を求め、中国からは明も同様の要請をした。要請を受けて、室町幕府では3代将軍の足利義満が倭寇を鎮圧した。義満は朝鮮へ使節を派遣し、管理貿易として日朝貿易が行われる。李朝の倭寇への懐柔策は効果をあげて、海賊行為から貿易へと変化したり、朝鮮に渡航する者が増えたが、同時に李朝の財政の負担が増えたために渡航者を制限した（後述）。明からも倭寇対策を求める使者が来訪して、室町幕府の第3代将軍足利義満は朝鮮と交隣関係を結び、明とは冊封関係を結んだ。対馬は倭寇の拠点でありつつも、宗氏は倭寇対策で李朝に協力した。李朝は宗氏に使節を派遣し、日本の密航者の取り締まりを求めた。対馬は貿易の利益と自国の防衛のために、倭寇の情報を李朝へ送るようになる。対馬は各地の商人のネットワークを活用して、壱岐、博多、赤間関、肥前が情報源となった。
李朝は、倭寇の拠点となっていた対馬を応永の外寇で攻撃する一方で、朝鮮半島に倭館を建設した。倭館は日本人（倭人）向けの客館であり、貿易で来航する日本人の居住や、倭寇の活動を貿易に変えて沈静化する目的も兼ねていた。李氏朝鮮は倭寇の懐柔策を行い、降伏して定住する日本人が増えて投化倭人と呼ばれた。こうして、さまざまな役割で李朝と交流をする日本人が増えた。朝鮮の官職を持って貿易も許された受職倭人や、港に定住する恒居倭人、日本の豪族の使者で使走船に乗る使走倭人などもいた。商人は興利倭人と呼ばれて、商船は興利倭船と呼ばれた。明が海禁政策で日本との貿易を公認しなかったこともあって興利倭人が急増して、李朝は対馬、壱岐、九州の諸大名の渡航許可書を義務づけた。李朝は対馬国に在留期限を超えた恒居倭人の帰国を求める使節の派遣を予定していたが、島主の宗材盛の急逝で使節派遣を延期した。15世紀末には恒居倭人は3000人近くに達して、恒居倭人の暴動は対馬も巻き込んで三浦の乱となった。三浦の乱ののちは、三浦での日本人居住が禁止されて、李朝が軍事機関の備辺司を設置するきっかけとなった。倭寇の影響もあってたびたび国交は断絶して、丁未約条や丁巳約条で貿易が再開される。入港地は釜山浦に制限されて、秀吉による朝鮮出兵まで続いた。
対馬は日本列島と朝鮮半島の中間に位置することを利点として、古代から貿易を行なっていた。耕作可能な土地が少ない点も、貿易の必要性を高めた。朝鮮国王の世宗は倭寇の根拠地だった対馬を攻撃して、対馬守護の宗貞盛による反撃で撃退された。これを応永の外寇（己亥東征）と呼ぶ。室町幕府は李朝の方針を確かめるために無涯亮倪を世宗への使者として送り、李朝は回礼使として宋希璟を4代将軍足利義持のもとへ送った。宋希璟は、外寇の原因は倭寇にあることを説明して義持の理解を得た。のちに宗貞盛と李朝との間で嘉吉条約（癸亥約定）が締結されて通交が始まり、宗氏は年50艘の歳遣船を認められて活発に貿易を行った。加えて宗氏は特別時に使者を送る特送船も認められた。中世の貿易では中国の陶磁器が重要な商品であり、14世紀以降の対馬は高麗青磁をはじめとする朝鮮半島産の陶磁器も多く輸入された。のちの豊臣秀吉や徳川家康の時代には、対馬が李朝との外交を担当するようになる。
日本と高麗に外交はなかったが11世紀から貿易が行われ、対馬の人間が最多で、ほかに筑前や薩摩がいた。日本は真珠、刀剣、水銀、柑橘類などを輸出し、日本船は進貢船とも呼ばれて年1回渡航した。元寇によっていったん貿易は途切れる。李朝では、応永の外寇以降に貿易の管理を進めて、貿易を許可された日本人は受図書人と呼ばれた。日朝貿易は大きく分けると、(1)公式な通交である使節の進上と回賜、(2)官僚による公定価格を用いる公貿易、(3)商人同士による市場価格を用いる私貿易の3種類がある。取引額は(2)と(3)が大部分を占めた。(1)や(2)には九州探題・守護・国人のような外交と公貿易を兼ねた通交が許可されて、公式な使節は使送船を用いた。(3)には興利倭人と呼ばれた商人が多数おり、小規模な者は対馬の海産物や塩を穀物と交換して食料を入手していた。大規模な興利倭人は豪族の早田氏・中尾氏・小島氏のように朝鮮-対馬-筑前・肥前を結ぶルートで貿易を行った。日本が入港できる場所は、太宗の時代には富山浦と乃而浦で、世宗の時代に塩浦が加わって三浦とも呼ばれた。三浦の乱や倭寇の影響で、最終的には入港地は釜山浦となる。倭銀の生産が増えてからは、日本の輸出品は銀、朝鮮の輸出品は木綿布だった。木綿布は帆船の帆布や衣料品として日本に普及した。もっとも貿易を活発にしたのは対馬の宗氏であり、他の地域は歳遣船が年1-2艘であるのに対して年50艘が認められていた。朝鮮からの輸出品は博多から国内に流通しており、対馬と博多の間は日朝貿易の往来が多かった。他に大内氏、九州探題の渋川氏、肥前の宗像氏、肥後の菊池氏、薩摩の島津氏なども渡航した。日朝貿易は一時中断したのちに15世紀中頃に再開されるが、これは李朝が密貿易に統制をかけようとした目的があった。中世の東アジアでは中国の陶磁器が大量に流通する一方で、朝鮮半島からは高麗青磁が輸出された。高麗青磁は、朝鮮半島に近い対馬のほかに、東北の安東氏が治めた十三湊でも発見されている。
琉球王国では明に朝貢していたほかに、日本や東南アジアと中継貿易を行っており、高麗の時代に中山王の察度が使節を送って朝鮮半島とも通交した。琉球は日本との関係を参考にして、高麗に対しても朝貢を行った。朝鮮側では琉球を四夷の一つと見ていたが、李朝になると形式的には対等の関係となった。琉球は日朝の貿易ルートに加わる形で、対馬や博多と共同で通交した。琉球船が対馬の倭寇に襲撃されたのちは、朝鮮への航海を停止する。そして安全保障のために倭寇を警固として雇い、通交を再開した。再開時の船主は、対馬の賊首とも呼ばれた早田六郎次郎だった。琉球は通交についても委託をして、博多商人の道安や佐藤信重らが琉球の使者として李朝を訪れた。琉球の朝鮮通交の目的の一つは『大蔵経』であり、李朝からの下賜で入手した。琉球と李朝の交流については李朝の歴史書『朝鮮王朝実録（李朝実録）』にも多数の記事がある。
外交で漢詩を用いる習慣は中世でも続いており、交渉において詩が用いられる場合があり、外交官には詩文の能力が求められた。宗希璟『老松堂日本行録』にも日本人との漢詩の唱和が多数記されている。宗希璟の唱和の相手は僧であり、一般人には詩を贈ってもいる。朝鮮に行った日本使節の唱和は『朝鮮王朝実録』に無涯亮倪が世宗に詩を献上した記録がある。室町時代以降には、掛軸に漢詩と水墨画を一体化して表現する詩画軸も日朝の交流に用いられた。詩画軸は下部に水墨画、上部に詩句を載せる構図であり、雪舟の「山水図」には朝鮮の官人李蓀と朴衡文の賛がある。相国寺の画僧の周文が李朝への日本人使節に参加し、朝鮮に最長で4ヶ月の滞在をしたことから、その作風に朝鮮の水墨画が影響を与えた可能性について指摘があるが、室町時代の日本側史料に朝鮮絵画への関心を示す記録がなく、朝鮮側にも当時に制作された絵画の現存数が少ないことから、厳密な考証を欠いた曖昧な説となっている。
高麗では仏教勢力が私有地を拡大したために財政難に陥り、のちの李朝では朱子学が広まるにつれて仏教が排斥された。日本では禅宗が幕府に保護されて隆盛していたため、経典や仏具をはじめとする高麗時代の仏教文化財が日本へ流出した。中でも『高麗八萬大蔵経』は、誤りが少ない良本として日本の諸勢力が求めており、朝鮮通交の大きな目的にもなっていた。木版印刷の『大蔵経』や鐘楼などは高値で取り引きされたために大量に日本に輸入された。
中世から続く日朝貿易は、間接的に明に大きな影響を与えた。日本が輸出した銀は、李朝を通して明と朝鮮の中間に位置する遼東にも流通しており、遼東の交易には女直（女真）が参加していた。女直は高麗人参や毛皮などの高級品を輸出して栄え、ヌルハチの支配によって勢力を拡大した。秀吉による朝鮮出兵以前にヌルハチは挙兵して、民族は満洲族と名を変え、やがて明に代わって中国を支配する王朝となる（後述）。
日本を統一した豊臣秀吉は中国の明の征服を企図し、対馬の宗氏を介して朝鮮に服従と明征伐の先鋒となることを求めた。対馬の宗義智は、秀吉の命令を変えて、朝鮮には秀吉の天下統一を祝賀する朝鮮通信使を送ってほしいと要請した。こうして約150年ぶりに通信使が派遣されて秀吉に謁見したが、秀吉は対馬が命令を変えたことを知らないために、李朝が降伏しに来たと錯覚した。秀吉は朝鮮国王に対して明の征服を先導するように求める書を渡す。李朝には、通信使の派遣前から秀吉の朝鮮侵攻の噂が伝わっていた。そのため通信使の目的は、名目上は秀吉の日本統一を祝いつつ、噂の真偽を確かめることだった。しかし、通信使の正使黄允吉と副使金誠一は、それぞれ西人党と東人党という異なる党派に属して対立関係にあった。西人党の黄允吉は侵攻があると報告し、一方で東人党の金誠一は侵攻はないと報告をした。当時の李朝では東人党が力を持っており、金誠一の意見が採用された。のちに日本軍が一気に進軍できたのは、この誤情報も一因とされる。文禄の役ののちに通信使をつとめた黄慎は、関白は人臣であるため礼分の面では対等ではないが、天皇は政治に無縁であると観察した。秀吉は明に行くために朝鮮半島を通行する要求を行ったが、李朝から良い回答がなかったため、朝鮮半島を攻撃した（文禄・慶長の役）。緒戦で日本軍は各地の朝鮮軍を破って平壌や咸鏡道まで進撃したが、伸びた戦線に対して義勇軍の抵抗を受け、李朝が宗属している明軍も参戦する。戦争の長期化を望まない小西行長などの領主がおり、明や李朝との講和交渉を優先させて、戦線を後退させたまま戦局は膠着した。秀吉の死去にともない日本軍が撤退して終戦となり、日本と中国・朝鮮軍との間で展開したこの戦争は16世紀東アジア最大の戦闘ともいわれる。交戦と治安悪化、食糧再分配と生産の崩壊と民衆反乱などもあり、朝鮮の国土は疲弊した。また、この時の騒動で役所に保管されていた戸籍なども燃やされ、その結果朝鮮半島では白丁が低減し、両班を自称する者が増加したと言われている。文禄・慶長の役で荒廃した朝鮮半島の様子は、日本軍に従軍した僧の慶念による『朝鮮日々記』や、興福寺の僧による『多聞院日記』にも書かれた。
秀吉の死後、日本では徳川家康による武家政権である江戸幕府が成立した。徳川家康は、秀吉の「唐入り」には消極的で朝鮮半島に派兵せず、朝鮮との国交回復を望み、宗氏を介して使節を派遣した。こうして徳川家康と李朝の間で国交回復の交渉が進められた。光海君は捕虜の送還や貿易交渉に応じ、己酉約条が結ばれて貿易が再開された。李朝は日本との正式な国交がある通信国となった。日朝の交渉を仲介した対馬藩は、早期の国交回復をさせるために徳川幕府の国書やそれに対する李朝の返答書を偽造、改竄していた。改竄が発覚して関係者が処罰される柳川一件が起こり、柳川一件ののちに貿易は幕府が管轄した。日本人が国交のない地で救助された場合は帰国が保証されておらず、滞在が長期にわたったり帰国できない場合があった。日本、琉球、李朝、清では漂流民の送還が行われるようになり、朝鮮に漂着した日本人は、保護のもとで比較的に短期間で帰国できた、秀吉後の断交状態でも日朝相互の漂着民の送還は行われており、江戸幕府の寛永期には両国で漂流民を送還する体制が整えられた。1618年から1872年までに朝鮮から送還された日本人は1200人を超える。外国に漂着した者は、帰国後に他国への往来を禁じられて死亡時は幕府に届け出る必要があったが、朝鮮からの帰国者は緩和が進み、漂着前と同じ生活が送れるようになった。若狭国以西では、畠山氏のように漂流民の送還とともに李朝との貿易を行おうとする大名や、李朝に使者を送った大名もいた。
正式な国交がある通信国として、外交使節である朝鮮通信使も再開した。室町幕府に対しては4回訪日した朝鮮通信使が、江戸幕府では将軍の代替わりごとに将軍家を祝賀するために来訪して、公式の外交関係が保たれた。通信使は第2代将軍徳川秀忠の時代から始まり、国交回復までの回答兼刷還使3回と通信使が9回、約200年に渡って合計12回の来訪を行った。李朝では文禄・慶長の役の影響で警戒をしており、朝鮮半島での外交交渉は倭館に滞在する対馬藩の使者との間で行われ、将軍の使者は直接に朝鮮国王には派遣されず、日本使節は漢城や内陸部には入らなかった。李朝は江戸幕府の政治について、室町幕府と同じく国政を行うのは天皇ではなく将軍だと解釈した。そこで、室町時代と同様に将軍に対して通信使が派遣された。交渉の実務記録は、対馬藩の記録が宗家文庫として残っており、他に対馬藩儒の雨森芳洲による『交隣提醒』や『交隣始末物語』、松浦霞沼『朝鮮通交大紀』、草場佩川『津島日記』などがある。室町時代の外交文書『善隣国宝記』に続いて、江戸時代には『続善隣国宝記』も書かれた。対馬藩の藩儒である雨森芳洲は、第9次通信使の申維翰と親交を結び、申維翰は体験記として『海游録』を書いた。日本は徳川家定が将軍となる頃に江戸城の西の丸の火災、凶作、マシュー・ペリーの浦賀来航が起きており、李朝では凶作により通信使の費用調達が困難となった。日朝双方で財政難や外圧の困難がありつつも、対馬での聘礼を合意する。しかし徳川家茂が将軍となる頃には、日米修好通商条約の調印やロシア軍艦対馬占領事件などが相次いだため、通信使の計画は実現されず、釜山の倭館や対馬の厳原で交流を保った。朝鮮通信使は、のちに世界の記憶に登録された（後述）。
李朝は16世紀末に南方の日本から攻撃され、17世紀には北方の清から攻撃を受ける結果となった。中国で成立した清は、日本と朝鮮双方の外交方針に変化をもたらした。遼東地域の女真が勢力を拡大して清となり、明が滅亡すると、日本では華夷変態と呼ばれた。中華の明が夷狄の清に変わったという意味であり、夷狄でも中華となり得るという概念が生まれた。李朝は清と宗属関係を結び、日本とは交隣関係を結んだ。李朝は清の藩属国となりつつも、朱子学のもとで清に対する批判も起きる。漢王朝の明の滅亡によって、中華の継承者は自国にあるという尊華攘夷・尊明排清の思想が主張されるようになり、これを小中華思想とも呼ぶ。幕府と李朝の外交では、名称が問題となった。幕府の将軍は「日本国大君」を用いており、大君という称号は日本では諸侯の長を意味して国王と対等以上を意味したが、李朝では臣子に与える職号であり国王の下位にあった。両国は互いに都合のよい解釈をしており、交渉の窓口は対馬藩が担当していたので深刻な対立とはならなかった。この問題は、幕府が倒れて明治政府となった時に表面化する（後述）。
倭館は豊臣秀吉による文禄・慶長の役で閉鎖されたのちに己酉約条によって再開された。釜山には日本人が生活する倭館が建設され、敷地は10万坪、人口は400人から500人ほどだった。江戸時代から明治初期にかけては、倭館が唯一の公認の日本人町だった。李朝は鎖国政策をとっていたが、日本とは正式な国交を保った。ただし文禄・慶長の役からの警戒もあって、日本人は首都漢城府には入れず、李朝が準備した釜山の倭館まで往来ができた。そのため、朝鮮からの情報は入手しづらい状態であった。秋田藩の家老による『梅津政景日記』によれば、秋田の院内銀山には高麗にゆかりのある人物がいたという記録もある。
対馬藩は幕府から朝鮮との貿易を許され、日朝貿易の窓口になった。また、薩摩藩によって武力で幕藩体制に組み込まれた琉球王国とも通交があったようである。朝鮮は中国産の生糸や、薬用として重宝された高麗人参を輸出して、日本は慶長丁銀で購入した。幕府では貿易による貴金属の流出が問題とされ、銀の含有率を低くした銀貨に切り替える。李朝では含有率が低い銀貨の受け取りを拒否したため、幕府は高麗人参専用の銀貨として人参代往古銀を発行した。日本は輸入品によって貴金属の流出が続いたために、輸入額が大きい品物を国内生産するという、現在の輸入代替にあたる政策も行われた。第8代将軍徳川吉宗の時代には、中国からの砂糖と朝鮮からの高麗人参が国産化された。吉宗の命令で草梁倭館は調査をすすめて、やがて日本では、お種人参という名で国産が実用化された。高麗人参の貿易で多大な利益を得ていた対馬藩にとっては、経済面で衰退する一因となった。
朝鮮通信使は日朝の文化交流のきっかけともなった。迎賓館として福禅寺の境内に客殿の対潮楼が建立されて、日本の漢学者や書家らとの交流の場となった。『海東諸国紀』には日本の地図も収められており、江戸時代には日本で同書の写本が流通した 。大名行列とは異なり、朝鮮通信使は外交官の他に、美しく着飾った小童や楽隊、文化人、医師、通訳などが随行員に加わっており、異国情緒を持った一種の見世物として注目された。揮毫（現代で言えばサイン）を求める者が多数にのぼって通信使の負担となったため、天和時以降は直接に頼むことは禁じられた。
トウガラシなどの作物は17世紀以降に日本から朝鮮へ持ち込まれており、サツマイモは趙曮が対馬で栽培を学び、凶作にも役立つ作物だと『海槎日記』に記した。対馬藩は朝鮮の食文化情報を幕府や各藩に提供して、通信使用の饗応料理を発展させた。やがて日本でも朝鮮料理本として『信使通筋覚書、朝鮮好物附之写』が刊行されて、焼肉、モツ料理、きみすい（キムチ）の作り方が解説された。朝鮮には許浚の東洋医学書『東医宝鑑』があり、日本の医師は通信使と情報交換をした。幕府は良医を派遣するように要請して、李朝は内医院正から良医を選んで派遣した。日朝の問答は『桑韓筆語』や『倭韓医談』にまとめられている。
通信使来日の際には行列絵巻が描かれて、『洛中洛外図』や『江戸図屏風』にも通信使が登場する。通信使を描いた画家には狩野安信、狩野益信、英一蝶、奥村政信、羽川藤永、歌麿、葛飾北斎らがいる。通信使の名前や肩書などの情報を載せた浮世絵版画はガイドブックとして人気を呼んだ。通信使の画員は日本画家と親交して、その活動は『古画備考』にまとめられて、日本からは狩野派の屏風絵を贈った。通信使は各地に墨蹟も残しており、徳川家光を祀る大猷院霊廟には『霊山法界崇孝浄院』が贈られた。文禄・慶長の役において、大名は朝鮮から儒学者などと共に多くの陶工も連れ帰り、日本各地で陶芸が盛んになった。中でも肥前国の伊万里焼は、長崎貿易でオランダ東インド会社がヨーロッパへ輸出する品物にもなった。滋賀県東近江市五個荘の小幡人形などには、随行員である小童や楽隊を人形にした唐人人形もある。
日本は江戸時代末期に欧米諸国に対して開港した。王政復古により成立した明治政府は近代化を目指し、李朝では国王高宗の父である興宣大院君のもとで鎖国体制が維持されていた。李朝は、欧米からの開港要求に対しては、清が宗属国であるとして独自の外交は行わず、武力行使も辞さなかった。李朝の宗主国である清や、南下政策を続けるロシア帝国に対する政策の一環として、日本は朝鮮半島に注目する。明治政府はまず王政復古を李朝に伝えるために、李朝の東莱府に国書（書契）を送るが、李朝は華夷秩序の観点から受理を拒否した。文書の中に「皇」「勅」などの文字があり、これらは天子である清の皇帝だけが使える文字であり、対等である日本が使うなら交隣はできないという理由だった。閔氏政権となっても交渉は進展せず、日本は武力によって江華島事件を起こして日朝修好条規を結んだ。明治政府はそれまでの対馬藩による交渉を曖昧私交として廃止して、明治時代以降の交渉は対立が先鋭化した。日朝修好条規について、日本側は独立国同士の外交と解釈していたが、李朝側では日本との交隣関係の復活であり、宗属関係には清があるという解釈をした。
清は、日本とロシアの朝鮮進出を抑えるために、李朝に欧米との条約締結をすすめる。清の駐日公使館の黄遵憲は、修信使として来日していた金弘集に『朝鮮策略』という書物を渡して外交の助言を与えた。しかし清と李朝が宗属関係を強化すると、同等の待遇を求める他国が李朝との不平等条約を強化する結果をもたらした。兵士への俸給遅滞が原因で壬午軍乱が起きると清軍が朝鮮半島への駐屯を始めて、李朝では開化政策をめぐる対立が激化した。清への藩属を守ろうとする事大党と、清からの独立を目指す独立党が対立して、清仏戦争の影響で清軍が減少すると金玉均らの独立党はクーデターを計画する。竹添進一郎日本公使は独立党に協力をして、公使館の日本軍もクーデターに参加する。しかし、独立党と日本軍の攻撃を受けると事大党は清軍と協力して反撃し、日本軍は撤退して独立党は敗北した（甲申政変）。日本はクーデター失敗後に公使館の損害賠償を李朝に求めて漢城条約を結び、清とは天津条約を結んだ。甲申政変後の朝鮮半島では、財政が悪化して収奪をする李朝政府や、不平等条約のもとで進出を強める日本と清に対する反発が高まる。それまでの政府内の運動ではなく、生活を脅かされた民衆の反乱が頻発して、農民軍による甲午農民戦争が起きる。日本軍と清軍は農民軍を鎮圧するために出兵したが、鎮圧後の撤退をめぐって日本と清が対立する。日本軍はクーデターによって閔氏政権を倒し、李朝政府を従属下におき、日清戦争が勃発した。日本軍が清軍に勝利すると農民軍は再蜂起したが鎮圧された。日本と清は下関条約を結び、李朝は清との冊封体制から離脱した。日清戦争中に成立した金弘集政権は、近代化政策として甲午改革を進めるが、日本の干渉で実現した政権であるため日本への従属が進む内容となった。井上馨公使の着任後に日本の内政干渉が強まり、大院君や王妃の国政関与の禁止、日本人顧問の大量採用、円借款などが行われた。
三国干渉後の李朝では、日本の勢力を抑えるためにロシア帝国に接近する派閥ができて、閔氏が中心となった。金弘集政権を支持する日本は高宗の妃である閔妃と対立して、三浦梧楼公使らの計画により乙未事変で閔妃が暗殺される。三浦公使と金弘集政権は閔妃事件の隠蔽を試みるが、アメリカ人やロシア人に目撃されたために露見して国際問題となり、民衆が日本と金弘集政権への反発を高める結果となった。各地で義兵が起きて政府軍や日本軍との戦闘が起き、金弘集は殺害される。李完用らはロシアと協力してクーデターを起こし、高宗をロシア公使館へと移す。高宗は1年以上ロシア公使館で執政を行い、露館播遷と呼ばれた。ロシアは鉱山や森林の権利入手、政府軍の訓練、露韓銀行の創設などで進出して、欧米諸国もロシアに続いた。李朝では高宗が権力を強化して独立の維持をはかり、国号を大韓と改めて、高宗は皇帝に即位した。ロシアへの接近や政府権限の弱体化は改革派の懸念を招き、徐載弼や李完用を中心とする改革派は近代化と自主独立を確保するために独立協会を設立する。独立協会は法治主義、産業の育成、皇帝権力の制限、政府権限の強化、愛国心などを主張して、公開討論会である万民共同会を開催した。独立協会は立憲君主制のもとでの国政改革を目的としたが、共和制の樹立が目的であるとする誤情報が守旧派によって流布され、皇帝勅令で独立協会は強制解散となる。のちに大韓民国の大統領となる李承晩も独立協会に参加しており、弾圧によって逮捕された。独立協会の活動の一部は、一進会や愛国啓蒙運動に引き継がれた。ロシア帝国は清で起きた義和団の乱の後も満洲の占領を続け、朝鮮半島にも影響を強めて日本と対立した。日露戦争が始まると、日本軍は漢城を制圧して韓国政府に日韓議定書を調印させて、朝鮮半島での軍事行動と内政干渉を強めた。日露戦争で日本が勝利した結果、ポーツマス条約においてロシアは大韓帝国への日本の優越権を承認した。こうして日本は朝鮮半島への植民地政策を開始して、東洋拓殖という国策会社を設立する。東洋拓殖は、日本列島からの移民と大土地所有の農業経営を行った。ロシア帝国以外の列強にも、日本の大韓帝国支配を承認させるために、日露戦争中にアメリカ合衆国と桂・タフト協定、イギリスと第二次日英同盟を結ぶ。引き換えとして、日本はアメリカ領フィリピンとイギリス領インド帝国を承認した。
朝鮮半島では抵抗が続いた。活貧党は両班や富豪、日本の鉱山主や鉄道事業者を襲撃して、小作農や貧民の生活改善のための政策を要求をした。要求には穀物輸出の禁止や開港場以外の外国商人の進出禁止、鉄道敷設権の禁止なども含んでいた。日露戦争後にも義兵運動が起き、日本軍も治安維持に出動した。武装闘争とは異なる路線として、独立協会を継承して国権回復を目的とする愛国啓蒙運動が起きた。愛国啓蒙運動は自国の歴史を知って愛国心を高めることを目的として、都市の住民や各地の両班が参加して、教育や出版による言論活動を行った。義兵や愛国啓蒙運動は、日本統治時代に朝鮮独立運動の基盤となった。朝鮮からロシアへ移住をして抗日運動を行う朝鮮人も増えて、ウラジオストックには新韓村という朝鮮人街ができて抗日運動にも活用された。日本は第一次日韓協約により、韓国の財政と外交の顧問に日本の推薦者をおいた。第二次日韓協約により、韓国は外交権を日本に譲渡し、日本の保護国となった。高宗はハーグ平和会議に、日本の干渉を排除し韓国の外交権保護を要請する密使を派遣するが、既に日本の権益を認めていた列強からは認められなかった。このハーグ密使事件により、李完用らの勢力が皇帝退位へと動き、大韓帝国議会は高宗を退位させる。第三次日韓協約で日本が設置した韓国統監府によって内政も日本の管理下に入り、韓国軍は解体された。統監となった伊藤博文は、経済面から日韓併合に反対して保護政策の継続を主張した。伊藤は同じく併合反対派の曽禰荒助を次期総監とするが、伊藤の暗殺と曽禰の療養によって山縣有朋らの陸軍閥が対韓政策を主導する。こうして日本は日韓併合条約によって韓国併合を行った。
日本は朝鮮総督府を通じて朝鮮半島全域を統治し、当初は軍事力を前面に押し出した武断政治を行った。第一次世界大戦は、産業構造の変化や労働者需要の急増など日朝に影響を与えた。第一次大戦末期にアメリカのウッドロウ・ウィルソン大統領が十四か条の平和原則を発表し、この原則に含まれていた民族自決は、日本の朝鮮人留学生に注目される。留学生は民族自決にもとづいて朝鮮半島の独立活動を行い、集会を警察に阻止されつつ、二・八独立宣言を出す。この宣言は、朝鮮半島での三・一独立運動にも影響を与えており、日本では吉野作造らや東京帝国大学の学生が連帯を表明した。三・一独立運動はソウルから全国に波及したが、朝鮮総督府によって鎮圧される。日本内地における大正デモクラシーの影響もあって、武断政治は民生面の安定を重視した内地延長主義である文化政治に転換した。穏健派の斎藤実が朝鮮総統として派遣され、斎藤は公明正大で寛容な施政を行う一方で、反日運動に厳しい態度で接した。このため、朝鮮半島の統治下での反日運動は沈静化した。併合の結果、満洲の朝鮮系住民に対する支配権や、間島では朝鮮と満洲の国境問題が生じた。日本で普通選挙法と治安維持法が制定された時は、朝鮮には普通選挙法は施行されなかった。普通選挙法は属地主義のために、朝鮮半島に住む者は日本人と朝鮮人ともに適用されなかった。内地と呼ばれた日本に住む朝鮮人は選挙権・被選挙権があり、選挙で議員に当選する朝鮮人もいた。
この期間に日本は朝鮮半島のインフラの整備と産業の振興をすすめた。朝鮮人にも高級将校や高級官僚への門戸を開放し、後の朝鮮発展の礎となる人材を養成した。朝鮮人は、日本軍の陸軍士官学校に入学することができた。朝鮮人士官の多くはのちに韓国軍に引き継がれて、第二次大戦後の韓国独立後は朴正煕大統領を筆頭に政界に進出する者もいた。独立後に第4代大統領となる尹潽善は、高宗時代に皇帝のもとで財をなし、日本の統治下でも繁栄した資産家の出身だった。朝鮮総督府のインフラ整備と並行して、朝鮮半島への植民政策が進められた。日本からの移住者は、日韓併合後に33万人に達した。朝鮮総督府の土地政策（後述）によって確保された土地にも移住して、最終的には北部に27万人、南部に50万人となった。
併合後の大韓帝国の皇族である李王家については、皇帝に対して「大公」という尊称を用いる案を外務省が出した。これは日本の皇太子の下、親王の上に位置する地位を意味しており、アルファベット表記は Grand Duke で、西欧の身分制度を参考にしていた。皇帝を天皇の臣下とするのは反発が予想されたため、その対策も兼ねていた。大韓帝国側では、「韓国」という国号と、清と冊封関係にあった時代の「王」を踏襲を求めた。交渉により、最終的に大韓帝国皇室は王公族となった。日本の植民地では皇民化政策が進められ、朝鮮総督府では朝鮮半島と内地を平等に扱うという内鮮一体が提唱された。満洲国の民族協和である五族協和にも朝鮮人が含まれており、「和・韓・満・蒙・漢」となっていた。しかし実態としては平等ではなく、満洲国では非公式に日本人が1等、朝鮮人が2等、中国人と満洲人は3等とされ、食事や賃金にも格差があった。実質的に満洲を支配した関東軍は日系官僚への指導において、朝鮮人と中国人を疎遠にさせて統治するという方法が書かれた冊子を配布した。
朝鮮人は住所に関わりなく1945年まで兵役は免除されていたが、朝鮮人にも志願兵の募集が行われ、軍人・軍属として戦地に赴いた者も存在した。当時陸軍を中心に、アジア・太平洋戦争における日本民族の人的消耗を避けるため外地民人の人的資源の活用は避けられないとする意見が広まっており、朝鮮における徴兵制はその帰結であった。終戦前には徴兵制が施行され朝鮮人が入営し訓練が行われたが、終戦により戦闘に投入されることはなかった。国家総動員法は在日朝鮮人も対象となったが、労働力不足は解消されず、石炭、土木、金属鉱業の企業では朝鮮半島からの労働者を募集した。しかし劣悪な労働環境や条件の情報が広まると募集に応じる人数は減り、企画院は強制的に朝鮮半島から労働者を連行する労務動員計画を開始して、在日朝鮮人には国民徴用令、朝鮮半島では一般徴用令を適用した。これらの日本統治時代の朝鮮人徴用は朝鮮人の反発を招き、警保局の資料によると1944年から紛争が急増して毎日約1件の争議が発生した。また、入国管理局の資料によれば、1939年-1945年までに22万人以上が逃亡した。密航で内地に向かった労働者や、慰安婦として働く女性も存在した。
最初の朝鮮町は、現在は大阪市の生野区内の地域が1909年に記録として残っている。日本人の家主が朝鮮人への賃貸を避けようとしたため、当初は海抜ゼロメートル地帯や工場付近など日本人の少ない場所で定住が進んだ。朝鮮半島での不況と農民層の解体、そして内地の労働需要によって、内地へ渡航する者や出稼ぎで往来する者が急増した。特に第一次世界大戦後には日本の労働需要が高まり、内地の大学に留学する者もいて、在日朝鮮人は1915年の約4000人から1920年には3万人、1923年には9万人と急増して、1920年代に在日朝鮮人社会が形成された。日本人との朝鮮観をめぐる争いも起き、東京府立第一中学の校長を批判して退学処分となった者の中には、三・一独立宣言に署名した崔麟もいた。朝鮮人への蔑視は日本人側からも問題視されて、駐韓日本大使の林権助が日本人への訓令を発する事態となった。朝鮮人は安価な賃金で働き、日本の労働者からは就業機会を奪うとして反発を招いた。また、朝鮮半島の民族運動が内地では不逞行為として報道されて悪印象につながり、これらが原因となって関東大震災では朝鮮人虐殺事件が起きた。震災後の9月1日午後には、警察や軍隊は朝鮮人に関する流言を是認して、朝鮮人の殺傷を行った。警察は9月3日に流言の打ち消しをしたが、軍隊や民間の自警団は殺傷をやめず、多数の朝鮮人、中国人、そして誤認された日本人が犠牲となった。日本政府は自警団のみの責任を追及して検挙して、個々の犠牲者についての公的な調査は行われなかった。官庁記録による犠牲者数は578人、朝鮮総督府の官憲調査による犠牲者数は813人にのぼった。1920年代には家族での定住が増えていき、1930年の国勢調査では40万人のうち3万人が内地出身の二世となった。1940年に予定されていた東京オリンピックの際には、東京の深川や塩崎に在日朝鮮人が集められた。日本政府が植民地政策の結果である朝鮮人を海外の目から遠ざける目的で、朝鮮総督府の費用で埋立地の上に長屋が建設された。
かつて独立協会に参加した李承晩は、高宗の使者として渡米したことがきっかけでアメリカへ留学する。李承晩はウッドロウ・ウィルソンと親交し、日韓併合条約後は上海で大韓民国臨時政府の初代大統領となった。やがて李承晩は内紛により臨時政府を離れ、日中戦争が起きると金九が指導する臨時政府は重慶へ移って、蒋介石の中国国民党と協力した。李承晩は韓国を国際連盟の委任統治領にする要請をしており、韓国の独立のためにはアメリカの支援が不可欠とも考えた。このために即時独立を目指す独立運動家からは反発を受けたが、日本の降伏によって李承晩の主張に近い形で韓国が解放されて評価を高めた。李承晩の亡命生活は通算40年におよび、大戦後に帰国して大韓民国を建国する。
朝鮮半島内では、民族運動家の呂運亨や、共産主義運動家の朴憲永らがいた。呂運亨は、総督府に監視されながらも連合軍の情報を傍受して日本敗戦後の建国準備を進めており、朝鮮建国同盟という地下組織を結成した。こうした活動が、終戦後の朝鮮建国準備委員会に結実する（後述）。
第二次世界大戦の連合国は、アメリカ、イギリス、中国国民政府によるカイロ会談 (1943年)を開催して、カイロ宣言を発表した。会談では朝鮮半島の安定を望む蒋介石によって朝鮮独立が求められ、宣言には連合国の対日方針として朝鮮半島の独立が言及された。カイロ宣言の内容は、のちのポツダム宣言に引き継がれた。連合国の中で民族自決と植民地解放を率先していたのはアメリカのみで、植民地を持つイギリス、フランス、オランダや多民族国家のソ連や中国は関心を示さなかった。
日朝は日朝修好条規にもとづいて日朝通商章程を結び、日本は甲申事変後に政治的進出が後退する一方で、経済的進出を活発にした。日本の輸出はイギリスの綿製品で、紡績業の発展によって日本製へと移行した。朝鮮の輸出は米や大豆などの穀物が中心だった。日本の業者は朝鮮商人の客商に資金を提供して穀物を買い集め、朝鮮では米不足と米価高騰が起きた。朝鮮の地方政府は食糧問題を解決するために日朝通商章程で承認されていた防穀令を発令して穀物の域外搬出を禁じる。しかし前貸で穀物を買い付けていた日本の業者は、域外搬出禁止に対する損害賠償を求めて紛争となった。李朝の商人は不平等条約による日本と清の商人の進出に反発して、漢城で撤市（ストライキ）を行った。日清戦争で清が敗北すると、朝鮮は清への朝貢を終え、日本は朝鮮の植民地化を進める。朝鮮の輸出の80％から90％、輸入の60％から70％が日本向けとなった。
世界恐慌が起きると、中小の企業の倒産や工場の閉鎖が相次ぎ、朝鮮人労働者の多くはそうした職場であったため失業が急増した。中でも在阪朝鮮人の失業率は高く、日本人の約3倍となった。このため朝鮮人による労組の組織や、労働争議にも発展していった。在日朝鮮人労働総同盟が結成されたが、日本労働組合全国協議会との一体化を指示されると、3万人いた組合員数は2600人まで減少する。運動の過激化は一般の日本人の悪印象にもつながり、指導部の混乱や運動家の検挙によって衰退した。運動家には特高警察による拷問を受けた者もおり、日本の敗戦まで釈放されなかった。釈放された運動家には朝鮮総連の幹部となる者も多く、同組織の闘争的な方針につながる結果となった（後述）。
日朝修好条規によって、日本の通貨が朝鮮の開港場で使用できるように定められた。日本の国立銀行である第一銀行韓国総支店は業務を拡大して、第一銀行券を発行して大韓帝国の通貨として流通させた。のちに設立された中央銀行の朝鮮銀行は、創立事務を日本政府が行い、重役が日本人であり、韓国銀行券は金貨または日本銀行兌換券と交換できる点など、日本への従属を前提とした金融機関であった。世界恐慌後の日本は、自国の経済を保護するためにブロック経済を進めた。日本円を中心とする日満支経済ブロックに朝鮮も含まれて、朝鮮銀行は朝鮮銀行券を発行した。朝鮮の通貨として日本円を導入する案もあったが、朝鮮で混乱が発生した場合に日本に波及するとの理由で採用はされなかった。日本は日中戦争や太平洋戦争の戦費を調達するために、銀行間で預け合い契約という手法をとり、朝鮮銀行は中華民国臨時政府の中国聯合準備銀行と契約をした。預け合いによって日本国内のインフレーションは避けられるが、同時に中国では通貨の濫発によるインフレーションが悪化した。
朝鮮半島から日本への留学は1880年から始まり、集団留学は1883年に慶應義塾と陸軍戸山学校で始まった。併合前の愛国啓蒙運動の一環として、両班や地方有力者が近代的教育の私立学校を各地に設立して、民族教育の普及にも貢献した。日本は韓国政府を通して私立学校令などの法令を定めて、愛国啓蒙運動の教育を規制した。朝鮮総督府による統治が始まると、初等教育をはじめ日本語教育とともに朝鮮語の教育が行われ、ハングルの普及が進んだ。日中戦争以後、内鮮一体の名の下、それまで公教育で必須科目として教授されていた朝鮮語は朝鮮教育令の改正によって1938年には随意科目となり、皇民化教育の一貫として行われた。小学校にあたる国民学校や、現在のソウル大学校の前身にあたる京城帝国大学は、独立後は韓国政府に引き継がれた。
李朝時代から欧米や日本の近代文芸作品が読まれるようになった。日清戦争後に朝鮮から日本に来た留学生は、ヨーロッパ文学を日本語に翻訳しており、多数の作品が和訳からの重訳で紹介された。やがて翻訳や翻案に続いて独自の作品を書く作家が現れて、在日朝鮮人文学が開拓されていった。朝鮮語と日本語の双方で作品を発表する作家も登場し、金史良は「光の中に」で芥川賞候補となり、李箱は難解さで物議をかもす小説や詩を発表した。ほかに九人会に参加して純文芸を追求した詩人の鄭芝溶、近代化を志向して『無明』で朝鮮藝術賞を受賞した小説家の李光洙らがいる。朝鮮初の文芸同人誌とされる『創造』は、東京で発行された。朝鮮農民の離農や流浪が急増した1930年代に活動した姜敬愛は、植民地政策を告発する『人間問題』や『塩』、日本人と朝鮮人の友情を描いた日本語作品『長山串』を書いた。独立から韓国建国までの過渡期には、張徳祚が日本統治時代末期を舞台に『喊声』を書いた。これは、娘が女子挺身隊で内地へ送られようとする母親の抵抗が主題となっている。甲午農民戦争後に抗日運動をした活貧党は、許筠が17世紀に書いたハングル小説『洪吉童伝』の義侠洪吉童をモデルとした。日露戦争時の日韓議定書によって、日本軍に不利益となる集会・結社・言論活動は死刑以下に処すると布告して制限された。独立協会が発行した独立新聞は、ハングルのみで書かれた初の新聞となったが発行禁止となった。独立協会の路線を引き継いだ愛国啓蒙運動は、アーネスト・ベセルが社長となった大韓毎日申報や皇城新聞などの新聞を発行して言論活動を行った。日本は韓国政府のもとで新聞紙法を定めて、愛国啓蒙運動の言論を規制した。日本統治時代の朝鮮で娯楽用に広く読まれた本としては、タクチ本がある。在日朝鮮人社会の新聞としては、大阪の猪飼野で発行された民衆時報や、東京で発行された朝鮮新聞などがあった。
朝鮮半島は冷戦の影響によって南部がアメリカ、北部がソ連のそれぞれ占領地となる（連合軍軍政期）。1945年8月14日、日本政府はポツダム宣言を受諾して連合国への降伏を決定した（日本の降伏）。朝鮮総督府では翌8月15日の玉音放送前に独立運動家の呂運亨らと交渉して、行政機構を移管して混乱を最小限に防止しようと計画を立案する。呂運亨は朝鮮建国準備委員会を結成して朝鮮人民共和国の樹立を宣言するが、日本軍に代わってソウルを含む南部をアメリカ軍が、北部をソ連軍が軍事統治を敷いた。ソ連が占領した北朝鮮では金日成がソ連軍の士官として朝鮮北部の平壌に入城し、アメリカが占領した南朝鮮では李承晩や金九などの独立運動家がソウルへ戻った。アメリカの支持を背景に李承晩が権力基盤を固める一方で、金九の大韓民国臨時政府や、呂運亨の朝鮮人民共和国は実現せずに頓挫する。呂運亨は李承晩派の人物により暗殺され、解放の3年後に李承晩と金日成によって南北に2つの国家が建国された。金九は南北統一国家を主張し続け、独立後に暗殺された。実は降伏後の日本についても朝鮮半島と同様に、分割統治計画が存在していたが実行はされず、ダグラス・マッカーサー率いる連合国軍最高司令官総司令部（GHQ/SCAP、実質上アメリカ軍中心）のもとで日本国政府を通じた間接統治が実施された。そのような中、1946年2月3日に朝鮮人を主体とする共産主義勢力により日本人数千人が虐殺される通化事件が起きた。1948年4月3日に起きた済州島四・三事件では、多数の済州島民が南朝鮮政府の虐殺から避難するため日本に密入国した。また、経済的な成功を目指して南朝鮮から日本に密入国する者も多数いた。密入国者による外国人登録証の偽造が横行したことが、指紋押捺制度の設立理由とされ、これが後の時代には差別的待遇として指紋押捺拒否運動となった。
満洲国（現在の中国東北部）、関東州（現在の中華人民共和国・遼寧省大連市一部地域）、占領地域の民間人の保護や引き揚げは大東亜省の管轄であった。大東亜省は在留日本人については現地定着の方針をとり、朝鮮人や台湾人は追って指示があるまで従来通りとした。朝鮮、台湾、樺太を管轄する内務省もこの方針にならい、結果的に日本政府は各地の民間人の生命財産の保護を放棄した。降伏後の日本軍部や大企業では、強制徴用をした在日韓国・朝鮮人の帰国を急いだ。戦犯としての処罰を回避するためと、暴動の発生を回避したいという理由があった。連合軍兵士の捕虜たちを労働に従事させていた地域では、戦時中から米軍機が捕虜虐待を警告するビラを投下しており、事情を知る企業は終戦直後に捕虜や強制徴用者の資料破棄と強制徴用者の送還を行った。戦後の混乱で政府の方針が決定される前に送還が急がれる中で、犠牲も発生した。終戦直後の1945年8月24日には、大湊警備府の軍用壕建設のために強制徴用されていた者を含めて3700人以上の朝鮮人を送還する輸送艦が爆沈して、乗組員を含め549人が死亡する浮島丸事件も起きた。中小の炭鉱や工場では強制徴用者は放置され、漁港から自力で帰国を試みて難破する事故も起きた。政府はこうした事態を受けて、1945年9月1日に「朝鮮人集団移入労務者の緊急措置の件」という通達を出した。その後も、朝鮮半島から引き揚げる日本人が乗用した貨客船が爆沈して545人が死亡する珠丸事故が起きた。朝鮮半島内には在朝日本人が80万人近くおり、加えて満洲からも12万人が逃亡してきて、引き揚げは難航した。もと朝鮮軍の軍人や警察官の関係者は輸送手段を使えたものの、多くの日本移民は自力での帰国が必要だった。半島南部ではアメリカの主導により1946年に本国輸送が終了したが、半島北部では計画的な輸送がなく、1946年には3万人以上が死亡した。在日朝鮮人は終戦時に200万人おり、1946年内に150万人が帰国した。樺太や南洋群島にも、朝鮮人が徴用などで生活していた。南洋群島には朝鮮人が7千人、サハリンとなった南樺太には2万3千人の朝鮮人がいた。南洋群島の朝鮮人は本国へ直接引き揚げとなった。南樺太の朝鮮人の多くは南朝鮮の出身だったが、ソ連は北朝鮮への帰国のみを認めたため、1990年の韓ソ国交樹立まで帰国を待つことになる。
日本降伏後の朝鮮半島は、北緯38度線を境界として北部にソ連軍、南部にアメリカ主導の連合国軍が進出して、冷戦の対立が朝鮮半島にも影響する。1948年8月15日に南の大韓民国（韓国）と同年9月9日に北の朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）がそれぞれ独立を経て分断国家が誕生し、北朝鮮が38度線以南の韓国へ侵攻を行い、朝鮮戦争（1950年6月25日 - 1953年7月27日、以後休戦中）が勃発した。アメリカは国連軍を創設して韓国を支援し、ダグラス・マッカーサーが国連軍司令官となる。当時の日本は連合国軍占領下であり、東京都内に国連軍司令部が設置された。在日米軍が韓国に投入されると、マッカーサーは日本の治安を維持するために事実上の「再軍備」を実施させるにあたって警察予備隊を創設して、のちに保安隊、現在の自衛隊に改組された。日本は日本特別掃海隊や港湾労働者を韓国に派遣し、日本国内での韓国軍（大韓民国国軍）の軍事訓練を受け入れるなど韓国を支援した。経済面では、アメリカ軍の物資調達のために日本では特需が起きた（後述）。朝鮮戦争は日本国内の在日コリアン社会にも「韓国派」と「北朝鮮派」という対立をもたらし、韓国系の在日本大韓民国民団（韓国民団）は義勇兵を派遣し、北朝鮮系の在日本朝鮮人連盟（現在の朝鮮総連の前身）は占領当局と衝突した。北朝鮮側にはソ連の援助に加えて、1949年10月1日に建国された中華人民共和国が参戦し、北朝鮮軍（朝鮮人民軍）の援軍として中国人民志願軍を派兵して、国連軍と中朝連合軍は朝鮮戦争休戦協定によって休戦したが、あくまで「休戦」であって「終戦」ではないため、名目上は現在でも戦時中となる。
1948年8月15日、朝鮮半島の南部に大韓民国（韓国）が建国され、李承晩が初代大統領に就任した。ただ実際は、アメリカの強い影響下にあり、反共主義を掲げる西側諸国の一員であるという点では韓国は日本との共通性が高かったが、韓国では独立運動家出身の李承晩を筆頭に反日感情を持つ政治家が主導権を握った。李承晩政権は亡命していた運動家を閣僚にする一方で、行政、軍、警察には日本統治時代の親日的な人員を再雇用した。反李承晩政権の思想をもつ市民に対する弾圧が行われ、麗水・順天事件のような韓国軍の反乱事件の際にも日本への密航者が生み出された。1949年1月17日、李承晩は対馬の韓国領を主張し日本に返還要求する。
金日成率いる北朝鮮から侵攻を受け、朝鮮戦争（韓国側呼称：韓国戦争、韓国動乱あるいは6・25戦争）が勃発すると、反政府的な立場をとる多くの韓国人が日本へ密入国した。朝鮮戦争の休戦交渉が行われ戦闘が終息し1953年7月27日に休戦状態になると、李承晩は韓国領域周辺の公海上に李承晩ラインを設定して、韓国政府による日本漁船への銃撃・拿捕事件が多発し、数十人が殺傷され数千人が抑留された。1954年には同ラインで韓国側に取り込んだ日本固有の領土竹島（韓国名：独島）に軍隊を送り込んで同島を占拠した。その後も現在に至るまで韓国の武装警察が駐在し、日本はこれを韓国の武力による不法占拠と抗議している（竹島問題）。在日朝鮮人の帰還事業が開始されると、韓国の工作員が北朝鮮への帰還を阻止しようとして新潟日赤センター爆破未遂事件が起きた。両国間の関係は、李承晩失脚までは大きな改善は見られなかった。
5・16軍事クーデターで韓国大統領に就任した朴正煕は、大日本帝国陸軍士官学校出身で旧日本軍軍人の経歴があるなど、日本の事情にも精通していた。また、北朝鮮の圧迫から国家を守るためには、日本との国交回復による経済支援の実現が不可欠と判断していた。一方、日本の自由民主党政権も、北東アジアでの反共同盟強化や第二次世界大戦における負の遺産の清算のために、韓国との国交回復を望んでいた。1964年3月24日にソウル大学・高麗大学・延世大学の学生5000人余りが「対日屈辱外交」反対デモを行う。1965年に日韓基本条約と日韓請求権協定が締結され、日韓両国及びその国民間の請求権に関する問題が完全かつ最終的に解決されたこととなることを確認するとともに、日本は韓国に5億ドルを支払った。この支払いに関して日本政府は賠償ではなく経済協力と位置づけている。日本は「大韓民国（韓国）」を「朝鮮半島唯一の合法政府」と認めた。