着々と特攻開始に向けて準備が進むなか、7月中には鉾田教導飛行師団に九九双軽装備、浜松教導飛行師団に四式重爆「飛龍」装備の特攻隊を編成する内示が出た。9月25日、大本営陸軍部の関係幕僚による会議で「もはや航空特攻以外に戦局打開の道なし、航空本部は速やかに特攻隊を編成して特攻を推進してもらいたい」との大本営の強い要請が航空本部になされた。大本営参謀からは「航空がボヤボヤしているから戦争に負ける」とする強い非難もあり、航空本部からは強い反発もあったが、サイパン失陥の責任をとって首相の東條とともに退任に追い込まれた後宮のあとを引き継ぎ航空総監兼航空本部長となった菅原は、本来は特攻に消極的であったが、「今や対米勝利を得がたしとするも、現状維持にて終結するの方策を練らざるべからず。之れ、最後に於ける敵機動部隊に対する徹底的大打撃なり」と日記に記述しているなど、急速な進撃を続けるアメリカ軍艦隊に「徹底的大打撃」を与えるための作戦について、開戦初頭の南方作戦の航空作戦などで絶大な実績を上げて陸軍航空の第一人者と評されていた菅原も特攻の他は手段がないと考えており、9月28日から大本営から航空本部になされた特攻隊編成の指示に従うこととなった。10月4日に航空本部は、鉾田教導飛行師団長今西六郎中将に特攻部隊編成の準備命令を下した。今西は特攻に批判的であり、この命令に苦悩して人選が進まず、10月13日に隊員の人選方法について部隊幹部と協議したが、結論は出なかった。しかし10月17日にレイテにアメリカ軍が来襲し捷号一号作戦が発令されると、20日には正式な編成命令があり、今西中将は苦悩の末、最初の特攻は確実を期さなければいけないと判断し、陸軍航空隊きっての操縦技量を持ち、特攻には批判的であった岩本を中隊長とした佐々木友次伍長ら精鋭16名を指名した。志願を募らなかったのは、鉾田教導飛行師団首脳らの「志願者を募れば、全員志願するであろう」という考えに基づくものであった。指名ののち、岩本ら士官には今西ら司令部から特攻についての説明はあったが、下士官以下には「特殊任務」という曖昧な説明しかなかった。下士官らは、風防ガラスから3本の角を突き出すような異様な姿に改造された九九式双発軽爆撃機を前にして、士官らから「特殊任務」とは体当たりのことで、突き出た3本の角が搭載爆弾の起爆管であると説明を受けて動揺している。岩本は、海軍初の航空特攻神風特別攻撃隊「敷島隊」隊長となった関行男大尉と同じく1943年12月に結婚したばかりの新婚であった。10月21日に自宅に帰宅を許された岩本は新妻和子と親しい友人に別れを告げた。特別攻撃用に改造された九九式双軽は、空中で爆弾が投下できない状態になっていたが、司令の今西はその用法を不審に思って爆弾を空中投下できるように改修する許可を出した。10月22日に陸軍航空審査部に立ち寄った岩本大尉は、竹下より爆弾の安全装置離脱と緊急時の爆弾投下を可能にする改修方法の説明を受けて、立川航空敞で安全措置の改修も加えられた。同日に岩本らは改修を終えた九九双軽で立川を出発、途中各務ヶ原飛行場、雁ノ巣飛行場、台湾の嘉義飛行場を経由し10月29日にルソン島バタンガス州リパへ進出し、現地で「万朶隊」と命名された。部隊名は幕末時代の水戸藩藩士藤田東湖の漢詩「正気の歌」の一節「発いては万朶の桜と為る」を出典としており、万朶とは多くの花の枝、または多くの花、という意味であるが、万朶の花の散り際のあわただしさが愛惜されるので、散り際がまことに清いことを表現しているという意味もあるとされる。同じ頃浜松教導飛行師団において四式重爆撃機「飛龍」装備の特別攻撃隊「富嶽隊」も編成され、ルソン島のクラーク飛行場に進出していた。いずれも飛行学校改編の教導飛行師団の精鋭であった。両隊がフィリピンに向かっていた10月25日、レイテ沖海戦中に関ら神風特別攻撃隊が空母撃沈を含む大戦果を挙げたと報じられ、その情報を聞いた陸軍特別攻撃隊員たちは衝撃を受けている。その知らせを聞いた「万朶隊」の佐々木は「海軍には負けてられん」という気持ちになったという。フィリピンに到着した特別攻撃隊「万朶隊」と「富嶽隊」は第4航空軍の指揮下に入り出撃の機会をうかがった。10月30日には岩本の要請により、リバに進出していたマニラ航空敞の第3分敞が、九九双軽の3本の突き出た起爆管を1本にする改造を行っている。このときに爆弾投下装置に更に改修が加えられ、手元の手動索によって爆弾が投下できるようになった。この改修は岩本が命令に反して決行したとの主張もあるが、既に鉾田教導飛行師団司令の今西が許可していた。この改修ののち、「万朶隊」隊員に対して岩本は「体当たり機は、操縦者を無駄に殺すだけでなく、（敵艦を）撃沈できる公算は少ない。出撃しても、爆弾を命中させて帰ってこい」という指示を出したとする証言もある。その後は出撃に備えて訓練を繰り返していたが、11月4日に第4航空軍の司令官富永恭次中将から、「11月7日にネグロス島から帰ってくるので申告（到着の挨拶）をするように」という命令があった。富永は個人的に部下を褒めるのが好きであり、特攻隊員を呼んで宴会を開いて酒を振る舞いたいという意図での命令であった。翌5日の早朝からアメリカ軍の艦載機による空襲があっており、岩本らの身を案じた第4航空軍司令部は「飛行機は危ないから車で来るように」と指示していたが、岩本は司令部の忠告を聞くことも無く、朝8時に将校全員となる4名を乗せると自ら特攻機仕様の九九双軽を操縦してマニラに向かった。岩本機は離陸後まもなくF6Fヘルキャットから攻撃を受けた。ニコルス飛行場でその様子を見ていた海軍の津田忠康少尉は敵の激しい空襲のなかで爆撃機単機で飛行していた岩本機を訝しみ「今頃、飛んでくるなんて、おかしな双軽だな」などと心配して見守っていたが、F6Fヘルキャットの銃撃を受けた岩本機は大きく姿勢を崩して、黒煙を噴き上げながらモンテルンパ付近の畑のなかに墜落した。墜落地付近はゲリラの勢力が強いため、第4航空軍は武装兵を入れた救援隊を編成し救助に向かったが、岩本、園田芳巳中尉、安藤浩中尉、川島孝中尉の操縦士士官は全員即死、唯一、通信士官の中川勝巳少尉が重体で収容されたがのちに死亡した。岩本らが指示を破って航空機で戦死したという報告を聞いた第4航空軍司令部は全員落胆し、高級参謀の松前未曽雄大佐は「あれほど自動車でこいと指示しておいたのに」とがっかりとした表情で話していたという。「万朶隊」は岩本以下の操縦士将校全員が出撃前に戦死してしまうという不運に見舞われた。「万朶隊」の不運は続き、同日のアメリカ軍艦載機による空襲で2名の隊員が負傷、鵜沢邦夫軍曹もフィリピン到着時に不時着して入院しており「万朶隊」で健在な搭乗員はたった4名になってしまった。意気消沈した「万朶隊」隊員を激励するため、第4航空軍司令官富永は同じ特攻隊の「富嶽隊」隊員と共に全隊員をマニラでの会食に招いた。その席で富永は自ら「万朶隊」の隊員ひとりひとりに酒を酌して回り、「とにかく注意してもらいたいのは、早まって犬死にをしてくれるな」「目標が見つかるまでは何度でも引き返してかまわない」「それまでは身体を大事にしてもらいたい」と声をかけた。岩本の指示通り、体当たりをせずに爆弾を投下して帰還しようと密かに考えていた佐々木は、富永の「何度でも引き返してかまわない」という言葉に心をひかれた。富永はさらに「最後の1機には、この富永が乗って体当たりする決心である。安んじて大任を果たしていただきたい」という言葉をかけたが、それを聞いた佐々木は「これほど温情と勇気がある軍司令官なら、自分の決死の計画も理解してもらえる」と意を強くした。富永は最後に「御国の柱たらんと生れ来て君らの姿今ぞ輝く」という詩を隊員に贈っている。