1944年（昭和19年）1月11日、特設運送船御嶽山丸（鏑木汽船、4,441トン）他輸送船3隻からなる第4111船団を、駆逐艦白露（第27駆逐隊）、駆潜艇第29号駆潜艇と共に護衛してトラックを出港する。21日1630、船団は横須賀に到着した。25日0700、平戸、海防艦石垣、駆潜艇第52号は、海軍徴用船花川丸（川崎汽船、4,739トン）他輸送船2隻からなる第3125甲船団を護衛して横須賀を出港する。30日、船団は北緯21度12分 東経149度28分のウラカス島の東方600km地点付近でアメリカ潜水艦スピアフィッシュ(USS Spearfish, SS-190)に発見される。スピアフィッシュは1005に雷撃を行い、特設運送船玉島丸（飯野海運、3,560トン）の右舷中央部に魚雷1本が命中。10時30分、玉島丸は沈没した。スピアフィッシュは他に護衛艦1隻にも打撃を与えたと判断した。平戸は爆雷46発を投下するが、スピアフィッシュに損害はなかった。2350、対潜掃討の支援のため特設駆潜艇第8京丸（極洋捕鯨、970トン）が船団に合流。31日、第8京丸は船団から分離してサイパンに向かった。2月7日、船団はトラックに到着した。2月9日、輸送船2隻からなる輸送船団(番号なし)を護衛してトラックを出港し、12日にサイパンに到着。その後引き続き船団を護衛して横須賀に戻った。その後、平戸は東京湾に移動。3月上旬、平戸は松輸送に従事する。第十一水雷戦隊司令官高間完少将座乗の軽巡洋艦「龍田」以下、護衛艦艦艇（軽巡龍田、駆逐艦野分、朝風、夕凪、卯月、海防艦平戸、敷設艇測天、巨済、第20号掃海艇）は、陸軍輸送船高岡丸（日本郵船、7,006トン）他輸送船11隻からなる東松二号船団を護衛、サイパン・グアム方面への船団護衛任務に就くことになった。船団は3月12日未明に木更津沖錨地を出港した。13日未明、旗艦龍田および輸送船国陽丸はアメリカ潜水艦サンドランス(USS Sand Lance, SS-381)の雷撃により沈没する（国陽丸沈没0329、龍田沈没1536）。卯月と平戸は米潜水艦に対し爆雷攻撃を行い、この間に高間司令官（東松二号船団指揮官）は龍田から駆逐艦野分に移乗して旗艦を変更した。横須賀鎮守府部隊は艦艇や航空機による支援を実施する。龍田生存者は卯月から夕雲型駆逐艦玉波に移乗した。平戸は国陽丸の生存者を救助した後、玉波と共に東京湾に戻った。3月22日、平戸は海軍徴用船乾安丸（乾汽船、3,129トン）他輸送船11隻からなる東松三号輸送船団に所属して東京湾を出撃する。船団旗艦は、修理を終えたばかりの軽巡洋艦夕張（船団部隊指揮官、第一特設船団司令官伊集院松治少将）。夕張以外の護衛艦艇は、駆逐艦（旗風、雷、玉波）、海防艦（平戸、能美）、水雷艇鴻、駆潜艇3隻。25日、駆潜艇54号がアメリカ潜水艦ポラック(USS Pollack, SS-180)に撃沈される。平戸は対潜掃蕩をおこなった。27日、平戸は硫黄島南方で敵潜水艦撃沈を報告した。28日、パラオ行船団（護衛艦〈玉波、平戸、能美〉、船舶〈辰浦丸、乾安丸、富津丸、長白山丸、南洋丸、早埼〉）はサイパン行船団（夕張他、3月30日着）と分離する。だが米軍機動部隊出現の報によりパラオ行船団（玉波以下）も4月2日サイパンに避退した。4月7日、船団はサイパンを出港し、米軍機動部隊来襲の情報により、船団はヤップ島に避泊したあと、14日パラオに到着した。5月15日、平戸は第一海上護衛隊の作戦指揮下にはいった。5月28日0600、平戸、特設砲艦華山丸（東亜海運、2,103トン）、急設網艦白鷹は、貨物船豊岡丸（鏑木汽船、7,097トン）他輸送船5隻からなるマユ02船団を護衛してマニラを出港した。6月1日0400、マユ02船団部隊は海南島楡林に到着した。3日1920、護衛隊3隻（平戸、華山丸、白鷹）は、豊岡丸他輸送船9隻からなるテ06A船団を護衛して楡林を出港する。13日、船団は門司に到着した。0800、特設運送船万光丸（日本郵船、4,471トン）を護衛して門司を出港し、同日中に佐世保に到着、佐世保海軍工廠で修理をおこなう。20日、平戸は佐世保から門司に移動する。1930、特設運送船浅香丸（日本郵船、7,398トン）他輸送船11隻からなるヒ67船団を、駆逐艦朝顔、呉竹、海防艦平戸、倉橋、第2号、5号、13号、急設網艦白鷹が護衛して門司を出港する。29日、ヒ67船団部隊は北緯17度13分 東経118度18分のルソン島サンフェルナンド沖で、アメリカ潜水艦バング(USS Bang, SS-385)に発見される。バングは1517にヒ67船団部隊に向けて魚雷を5本発射。特設運送船みりい丸（三菱汽船、10,564トン）の左舷船橋下、陸軍配当船さらわく丸（三菱汽船、5,135トン）の左舷船首にそれぞれ1本ずつ命中した。みりい丸、さらわく丸とも損傷したが、沈没は免れた。攻撃後、バングは125発もの爆雷を投下されたものの被害はなく、浮上した時には船団の姿は消えていた。30日1900、ヒ67船団部隊はマニラに到着した。7月3日0600、損傷したさらわく丸、みりい丸他マニラ止まりの輸送船2隻を分離したヒ67船団部隊はマニラを出港する。9日1640、シンガポール（昭南）に到着した。7月14日0720、海防艦平戸、倉橋、第13号、20号、28号、急設網艦白鷹は、特設運送艦聖川丸（川崎汽船、6,862トン）他輸送船6隻からなるヒ68船団を護衛してシンガポールを出港する。航海中の7月18日、第二海上護衛隊の解隊に伴い、平戸は第一海上護衛隊に編入される。20日1300、ヒ68船団部隊はマニラに寄港した。この時、軽空母3隻（神鷹、大鷹、海鷹）による第一航空艦隊むけ航空機輸送をかねたヒ69船団部隊がマニラに到着した。加入船の顔ぶれを一部改め、大鷹がヒ68船団に加入、23日0600にマニラを出港した。11.5ノットの速力で北上したが、25日に至ってアメリカ潜水艦アングラー(USS Angler, SS-240)、フラッシャー(USS Flasher, SS-249)およびクレヴァル(USS Crevalle, SS-291)からなるウルフパックの攻撃を受ける。この攻撃で陸軍輸送船安芸丸（日本郵船、11,409トン）および東山丸（大阪商船、8,666トン）、逓信省標準TM型タンカー大鳥山丸（三井船舶、5,280トン）が沈没し、聖川丸が損傷するという被害に見舞われた。平戸は損傷により後落した聖川丸を護衛した。27日1100、ヒ68船団部隊は台湾高雄に到着する。聖川丸と平戸は正午過ぎに到着した。ここで損傷した聖川丸他輸送船2隻が分離。28日2000、ヒ68船団部隊は高雄を出港した。8月3日、ヒ68船団部隊は門司に到着した。ヒ68船団部隊に参加した海防艦各艦は、佐世保海軍工廠で修理をおこなう。8月9日1600、平戸は佐世保を出港し、2230に伊万里湾に到着した。10日0500、特設運送船(給油)旭東丸（飯野海運、10,051トン）や給糧艦伊良湖など、タンカーおよび輸送船合計20隻からなるヒ71船団を、大鷹型航空母艦大鷹、夕雲型駆逐艦藤波（第32駆逐隊）、神風型駆逐艦夕凪（第30駆逐隊）、海防艦平戸（梶岡少将旗艦）、倉橋、御蔵、昭南、第11号という戦力が護衛して伊万里湾を出港した。平戸には第六護衛船団司令部が乗り込み、梶岡定道海軍少将がヒ76船団部隊の指揮を執った。15日1830、船団は馬公に寄港して加入船の顔ぶれを一部改め、17日0800に出港する。本船団の重要性を考慮し、駆逐艦朝風と佐渡艦長指揮下の第三掃蕩小隊（佐渡、松輪、日振、択捉）が追加された。しかし、18日明け方にヒ76船団部隊はアメリカ潜水艦レッドフィッシュ(USS Redfish, SS-395)の攻撃を受け、タンカー永洋丸（日本油槽船、8,673トン）が損傷、夕凪の護衛下で台湾高雄市に撤退した。同日夜から翌19日朝にかけて、レッドフィッシュの通報で集まってきた米潜ラッシャー(USS Rasher, SS-269)、ブルーフィッシュ(USS Bluefish, SS-222)の2隻からなるウルフパックと、単独で哨戒中に通報を受けた米潜スペードフィッシュ(USS Spadefish, SS-411)の攻撃を受ける。この攻撃で空母大鷹、給油艦速吸、貨客船帝亜丸（帝国船舶、17,537トン）、陸軍特殊船玉津丸（大阪商船、9,590トン）、特設運送船(給油)帝洋丸（日東汽船、9,850トン）が沈没し、特設運送船能代丸（日本郵船、7,184トン）、貨客船阿波丸（日本郵船、11,249トン）が損傷するという被害に見舞われた。船団各船はばらばらになり、サンフェルナンドに集結するよう命令を受けて19日正午までに集まったのは輸送船5隻と護衛艦4隻だけだった。21日0637に船団はサンフェルナンドを出港し、午後7時頃マニラに到着した。その他の船はバラバラにマニラへ到着した。また、対潜掃討を終えて船団に合流するべくマニラに向かっていた海防艦松輪、佐渡、日振は、22日早朝、マニラ入港直前にアメリカ潜水艦ハーダー(USS Harder, SS-257)とハッド(USS Haddo, SS-255)の攻撃を受けて全滅した。マニラで加入船の顔ぶれを改めた船団は25日1650にマニラを出港。途中でミリ行きの艦船を分離し、9月1日午後2時に昭南に到着した。