1939年9月にドイツ軍のポーランド侵攻によって第二次世界大戦開戦したが、ゲッベルスが戦争を望んでいなかったことはほとんど疑いがないところである。もし戦争が始まればあらゆる政治情勢のイニシアチブは軍に握られてしまい、自分はそれを礼賛報道するだけの周辺的存在となってしまうであろうことをゲッベルスはよく理解していた。また政界内におけるゲッベルスの権力の衰退もいよいよ深刻になっていた。所管していた国外宣伝権は開戦後にヨアヒム・フォン・リッベントロップの外務省へと戻され、さらに国内宣伝も新聞については党新聞部長オットー・ディートリヒがヒトラーからの信任を背景にして掌握していた。ゲッベルスは自分こそがヒトラーの第一の側近との自負があったかもしれないが、ヒトラーの方からすれば1932年国会選挙の時に常に側にいて補佐してくれたのも、『ヒトラーとともに権力を』(1933年)という著作によってヒトラーの平和イメージを高めてくれたのもディートリヒであり、ゲッベルスではなかった。ヒトラーがゲッベルスだけを重用してはくれないのは当然だった。それでも戦争が始まった以上、ゲッベルスは自分の管轄に残されたラジオや映画を使って戦意高揚宣伝を行わねばならなかった。1940年2月、軍の宣伝中隊が撮影したポーランド侵攻の映像を映画『ポーランド作戦』にして封切った。この映画はベルリンだけで3日間で32万人を動員し、興行的に大ヒットした。1941年初めにはエミール・ヤニングス主演の英国批判映画『世界に告ぐ』（ボーア人が南アフリカに作ったトランスヴァール共和国に金が出るや否や英国が戦争を吹っかけて南アフリカ連邦を作った事件を題材にしている）を支援。同映画は3月に封切った。独ソ戦開戦直後の1941年6月22日午前5時30分頃、ゲッベルスがラジオで総統声明を国民に向けて読み上げている。しかしこうした努力もゲッベルスの権力の低下を改善することにはなかなか繋がらなかった。ディートリヒは新聞でゲッベルスのラジオ演説と食い違うことを平然と書き、ゲッベルスを苛立たせた。リッベントロップとの摩擦も増え、日記には彼らとのケンカの記事が散見されるようになる。結局、ゲッベルスがディートリヒに対して拒否権を獲得したのは1944年6月になってのことだった。しかし戦況が悪化してくると絶え間なく国民に対するプロパガンダを展開する必要性が増し、ゲッベルスの存在が再度重要性を増した。1943年1月にスターリングラードの戦いに敗れた後の2月18日にベルリンのスポーツ宮殿においてかの有名な「総力戦布告演説」を行った。ドイツ国民同胞諸君! 党員諸君! スターリングラードの英雄たちに対する思い出は、諸君とドイツ国民を前にした今日の私の演説においても、私と我々みんなにとっての痛切な義務でなければならない。国家社会主義で教育され、訓練されたドイツ国民は完全な真実を堪えることができる! 国民は国がいかに困難な状況にあるかを知っている。今はすべてがどうしてそうなったかを問う時ではない。ドイツ国民は戦争の過酷で無慈悲な顔をのぞき見た。ドイツ国民は今や総統と苦楽を共にする決意を固めている。我々の側には誠実で信頼のおける盟友がいる。イタリア国民は我々とともに迷うことなく勝利への歩みを続けるだろう。東アジアでは勇敢な日本国民がアングロサクソンの戦争勢力に打撃また打撃を加えている。我々の勝利の確実さには何の疑いもない。だが真実のために私は諸君に一連の質問をしてみたい。それゆえ聴衆諸君。諸君はこの瞬間外国に対して国民を代表しているのだ。私は諸君に10の質問をしたい。イギリス人は、ドイツ国民は勝利への信念を失ったと主張している。私は諸君に尋ねる。諸君は総統とともに我々とともに、ドイツの武力の最終的な全面的な勝利を信じているか?聴衆（ヤー!（＝イエス））第二に、イギリス人はドイツ国民が戦いに疲れたと主張している。私は諸君に尋ねる。諸君は総統とともに、勝利が我々の手中に帰するまで、激しい決意をもって、そして迷うことなく、この戦いを続ける用意があるか?聴衆（ヤー!）第三にイギリス人は、ドイツ国民がますます増大する戦時労働を引き受ける気はもうないと主張している。私は諸君に尋ねる。諸君とドイツ国民は、もし総統に非常時にそれを命じるならば、10時間、12時間、必要なら日に14時間働く決意を固めているか?聴衆（ヤー!）第四にイギリス人は、ドイツ国民は政府の全面的な戦時処置に逆らっていると主張している。ドイツ国民は総力戦を望んではおらず、降伏を欲していると主張している。私は諸君にたずねる。諸君は総力戦を欲するか?諸君は必要ならば我々が今日想像できる以上にラジカルになることを欲するか?聴衆（ヤー!）（略）さて今、私は最後の第十を尋ねる。諸君は、国家社会主義の綱領が規定しているように、他ならぬ戦時においてこそ同じ権利と同じ義務が支配することを、戦争の重荷が貴賎の別なく、貧富の差なく、平等に与えられることを望むか?聴衆（ヤー!）私は諸君に10の質問を尋ねた。そして諸君は私に答えをくれた。諸君は国民の一部だ。諸君を通じて国民の意思決定が世界の前に宣言されたのだ!この演説にはサクラや演出手法等が駆使され、ゲッベルス自身は「自分の演説活動全体の最高成果になるだろう」と考えており、演説後は「巨大な反響」、「全世界に最大の共感」と自画自賛した。演説は1時間以上におよび、演説前から体重が3kgも減少したという。大戦後期から末期にドイツ軍が本格的に劣勢に転じた後、ヒトラーはすっかり国民の前に姿を現さず、引きこもるようになった。他の政府幹部たちも似たり寄ったりであった。しかしゲッベルスは引きこもることなく、精力的に働き続けた。ヨーゼフは空襲にあった都市の被災者の慰問に頻繁に訪れて励まし、演説さえほとんどしなくなったヒトラーに代わって国民に戦意を鼓舞する演説を行い、連合国軍に対して最後まで抵抗するようラジオで国民に呼びかけた。また空襲を受けた都市のために救援隊を組織したり、徴兵されなかった中年・少年男性を集めて国民防衛隊「人狼」を設立したりして国民の人気を集めた。自らの宣伝省が爆撃によって破壊された時はかなりのショックを受けたと日記に記している。また、空襲を受けたベルリン市民を直接激励するようにヒトラーに何度も進言したが、受け入れられることはなかった。1944年7月20日のヒトラー暗殺未遂事件の時には、たまたま首都ベルリンにいた唯一人のナチ最高幹部として、クーデター派のベルリン防衛軍司令官パウル・フォン・ハーゼの命令に従い自分を逮捕しに来たオットー・エルンスト・レーマー少佐を、電話で直接ヒトラーと会話させることで寝返らせ反乱の鎮圧に大きな役割を果たした。その結果、同年7月25日にヒトラーから総力戦全国指導者（ドイツ語：Generalbevollmächtigter für den totalen Kriegseinsatz。戦時国家総動員総監、国家総力戦総監という訳もある）に任命され、内政全般に大きな発言力を得る。しかし健康状態は悪化して白髪となり、胃潰瘍や腎臓結石、不眠に悩まされた。1945年1月30日にはベルリン防衛総監を兼任して首都防衛の最高責任者となる。しかしゲッベルスは軍を信用せず、首都の防衛の主力には多大なる犠牲を顧みず、装備も錬度も劣る国民突撃隊を投入した。1945年1月には最後の「国民の映画」（ドイツ語: Film der Nation）である『コルベルク』が封切られた。ナポレオン・ボナパルト率いるフランス軍によってプロイセン王国が蹂躙されたとき、コルベルクというポンメルンの小都市が強大なフランス軍に立ち向かったという史実を映画化したものだった。ゲッベルスがこの映画の撮影を監督ファイト・ハーランに依頼したのは1943年6月のことだった。ゲッベルスは国防軍や国家・党機関に援助と助力を要請し、通常の映画の8倍の資金が投じられた。このときゲッベルスは「この映画が公開される時にはそれは、軍事的・政治的状況にぴったり当てはまるだろう」と記しているが、1945年の戦況はまさに「我々の今日の状況と不気味な関係」がみられるほどになっていた。公開に当たっては「銃後と前線が一つになった国民はどんな敵にも打ち勝てる」という「コルベルク精神」を国民に植え付けることを意識された。フランス大西洋岸のラ・ロシェルで孤立して戦っているドイツ軍陣地にパラシュートで映画を届けさせて、ベルリンとの同時封切にするという芸当を実現させた。しかしそのコルベルクはこの頃すでにソ連の占領下に落ちていた。もちろんその事実はゲッベルスによって隠されていた。