1993年（平成5年）日本プロ化以前は、協会は長年にわたり赤字続きで自転車操業であった。1970年代後半の財務の規模は10億円に満たず、収入は天皇杯などの競技会開催収入が大部分を占めていた。日本代表海外遠征費を捻出できず、旅行代理店への支払いを手形で行うことがあったほどである。当然、協会から出る給料はなく、会長を始め協会役員は無給で働いていた。協会役員の多くがアマチュア全国リーグ日本サッカーリーグ所属クラブからの出向だった為、給料は企業が出していた。従って、役員は経済的余裕がある者しか務まらなかった。なお、会長をはじめ、協会(JFA)役員が無給という状況は日本プロ化以降も、一部は続いた。2001年ごろ、副会長の下の専務理事が有給となり(会長、副会長は無給)、2002年7月、プロ化後9年目の第10代川淵三郎会長からJFA会長に3000万円ほどの給料が支給されるようになった。また、1969年時点では協会職員は5〜6名で、給料は年齢×1000円しかなく、他の職を兼務し、その収入で生計を立てていたという)。財政の確立が至上命令だった協会(JFA)は1976年、新日本製鐵社長の平井富三郎を第5代会長に迎えた。平井会長は本業の社長業で多忙だったため、長沼健専務理事が実質的リーダーとして、さまざまな改革を断行した。協会の運営を円滑に進めるため、古河の経理部門にいた小倉純二を抜擢し、オフィシャルサプライヤー制度を開始、デサント、アシックス、プーマと契約した。1977年に結成した「日本サッカー後援会」 の会費と1978年に開始した個人登録制度（登録料徴収）、国際試合の興行収入、日本体育協会からの補助金と合わせ財政基盤確立をもたらした。1977年(昭和52年)9月ペレの引退試合のために、当時ペレ、ベッケンバウアー、キナーリヤなど世界のスーパースターを擁していたニューヨーク・コスモスが来日し、古河電工（Jリーグのジェフ市原・千葉の前身）、日本代表（日本代表との試合は釜本邦茂日本代表引退試合でもあった。当時は日本代表の試合でも、ほとんどテレビ中継がなかったなか、全国にテレビ中継された）と連戦し、人気を博した。この際に、広告代理店の電通が清涼飲料水のCMに試合の宣伝を乗せ、宣伝費を使わない新手法を編み出し、さらに、一連のゲームを「ペレ・サヨナラゲーム・イン・ジャパン」と名付けるなどした結果、観衆6万5000人と国立競技場が初めて満員になり、7000万円の純益を出した。以降、日本サッカー協会は赤字体質から脱却した。この1977年を境に協会はJリーグ発足直前まで一度も赤字にならず、Jリーグ発足直前の収入は約40億円となった。また、1978年に開始したジャパンカップが赤字だったため、当時、渋谷区神南の岸記念体育館の一室にあった協会の部屋の窓から線路を挟んで目と鼻の先にかつて本社のあったキリンビールに、長沼が「ああいう（大きな）会社に支援をお願いできないものか」と思案し、当時の同社・小西秀次社長に直談判した。結果、冠スポンサーとなり、同大会は1980年第3回大会からキリンカップサッカーと名称変更となった。以降、キリンホールディングスはJFAの公式スポンサーを続けている。1993年のJリーグ誕生後、Jリーグにより競技力が向上し、それが日本代表強化につながり、強化されたことで、観客が増加、入場料収入が増大し、日本代表戦のブランド価値が生まれ、それによりスポンサーとテレビ局が集まるという正のサイクルが生まれた結果、収入が飛躍的に増大。例えば、Jリーグの前哨戦Jリーグヤマザキナビスコカップが行われた1992年（平成4年）度収入は約40億円（総資産は14億円程度）であったが、2002年（平成14年）度収入は約125億円と10年で3倍強に増え、2012年（平成24年）度収入は約165億円(総資産は140億円程度)と見込まれるなど、20年で4倍以上に増えた。収入が増えたことで、JFA事務局のある施設はグレードアップし、JFA職員の数も増えた。1992年当初、JFA事務局は渋谷区神南の岸記念体育館の一室を間借りし、JFA職員は15人だったが、2012年ではJFA事務局はJFAハウスというJFA自前のビルにあり（2003年に移転）、JFA職員は200人を超えている。2010年（平成22年）度予算は前年度より約14億円多い約176億円。南アフリカW杯ベスト4を想定し、FIFAからの賞金（ベスト4賞金1800万ドル〈約16億円〉。全32出場国が受け取るグループリーグ全3試合の出場給は800万ドル〈約7億円〉で、同じく全出場国が受け取る経費が100万ドル（約8837万円）） などの収入約28億円、滞在費などの支出約15億円を計上した。なお、グループリーグ敗退の場合（その場合は、FIFAから貰う賞金はグループリーグ全3試合の出場給と経費のみ）、収入は11億円、支出は9億円と見込まれていた。実際は南アフリカW杯ベスト16で、FIFAから受け取った賞金および経費総額が900万ドルで、南アフリカW杯総収入は約11億円だったが、南アフリカW杯で日本代表選手に支払った給料や賞与（W杯出場権獲得ボーナス除く）が総額約2億5000万円。これにスイスでの事前キャンプの運営費、ベースキャンプ地に設置したメディアセンターの建設費、協会関係者の出張費等を合わせた南アフリカW杯での総支出は12億円で、南アフリカW杯単体としては赤字となり、2010年度決算でも日本サッカー協会は赤字となった。2011年（平成23年）度決算は、事業活動や投資活動を合わせた収入が165億5227万円、支出が165億3981万円で約1250万円の黒字を計上し、2年ぶりの黒字決算となった。東日本大震災の復興支援で支出が増えたが、なでしこジャパンが出場した2012年2月29日から3月7日に開催のアルガルベ杯など海外遠征のテレビ放映権を国内で販売でき、さらに復興支援寄付のおかげで収入が増えたため、黒字となった。震災の復興支援特別会計は個人寄付や協賛社の寄付、欧州サッカー連盟(UEFA)の義援金などを含めた収入合計が3億5400万円あり、被災地のフットボールセンターや被災クラブの本拠スタジアムの改修などに充てられた。部門別収支では、2011年独女子W杯のFIFAからの優勝賞金100万ドル（2011年7月11日のレートで8013万5千円）のため、女子サッカーが初めてプラスに転じた。2013年度からは事業年度を3月決算から12月決算に変更した。2014年度予算では、2014年ブラジルワールドカップのベスト8進出を想定し、ベスト8賞金1400万ドルと大会準備金150万ドル計1550万ドル（約16億5400万円）のFIFAからの収入 を盛り込み、収入約183億7300万円、支出約179億6100万円でと収入・支出共に当時の過去最大額で計上したが、2014年Ｗ杯はグループリーグ敗退で終了し、800万ドルと大会準備金150万ドル計950万ドル(約9億6919万円)の収入に留まった。ところが、Ｗ杯関連のロイヤリティ収入が大幅に増加し、予算外だったＷ杯前のコスタリカ戦、ザンビア戦、Ｗ杯後のジャマイカ戦、ブラジル戦の各親善試合4試合の収入と合わせ、収入が予想外に上がった。さらに、U-22アジアカップ（2014年1月開催）、アジア大会、AFC U-19選手権といった各年代別大会が軒並み想定外の低調な成績に終わったことで、選手への大会ボーナス（A男子代表のＷ杯、U-23男子アジア大会）や遠征費などの諸経費が大幅に下がった。最終的には、収入約188億8000万円、支出約167億7000万円となり、皮肉なことに約21億円の黒字となった。2018年3月27日時点では、収入は2016年度の約203億円が最高額で、支出は、2017年度の約196億円が最高額である。日本代表はロシアＷ杯ベスト１６の成績だったので、ロシアＷ杯でのFIFAからの収入は、賞金1200万ドル（約13億3009万8000円）と大会準備金150万ドル（約1億6629万3000円）計1350万ドル（約14億9661万円）であった。