C.E.73年10月2日、ザフトの新造艦ミネルバ進水式を翌日に控えたプラントの軍事工廠アーモリーワンが、所属を秘匿した正体不明の部隊（地球連合軍所属部隊ファントムペイン）に襲撃され、新型のMS三機(カオス、ガイア、アビス)が強奪されるという事件が起こった。ミネルバに配属されていたシンはこの時、三機を捕獲する任務を受けて出撃。同じくミネルバ所属の赤服パイロット、レイやルナマリアと共に追撃するが、ファントムペイン隊長ネオの妨害もあり失敗。ミネルバは取り逃がしたファントムペインを追跡する事になる。その道中、成り行きからアスランと共にミネルバに同乗する事となったオーブの国家元首カガリに対し、カガリの支持するオーブの理念を、怒りを顕わにしながら否定する。直後にユニウスセブン落下テロが発生、ミネルバはジュール隊のユニウスセブン破砕作業に協力しながら、血のバレンタインの復讐を誓うサトーらパトリック・ザラ派の残党と交戦。ミネルバは破片を可能な限り細かく破砕するため、艦首ビーム砲を撃ちながら破片とともに地球に降下する。整備が必要となったミネルバは太平洋に降下、オーブへ入港する。この時、休息を与えられて街へと繰り出す友人らとは別に、シンは2年前に家族を亡くした港へ赴き、慰霊碑の前でキラ・ヤマトと出会っている。ブレイク・ザ・ワールド後の混乱の中オーブは大西洋連邦との同盟を締結し、その後地球連合はザフトに対して一方的に開戦を宣言した。その同盟締結をめぐり、自分の不甲斐なさをタリアに詫びにきたカガリに対して、シンはオーブ首脳陣に対する怒りを交えた辛辣な言葉を浴びせている。ミネルバがオーブを出港した後、待ち構えていた地球軍との交戦のさなか、シンはSEEDを覚醒させ、巨大MAザムザザー及び空母2隻を含む地球軍の艦艇6隻を撃破し、ミネルバの危機を救った。その後はザフトに復隊したアスランがミネルバ搭載のMS部隊隊長となり、シンもFAITHである彼の指揮下に置かれる。インド洋の前線基地において地球連合軍に徴用され、逃亡しようとして銃殺された現地民を目撃したシンは、アスランの命令を無視して連合勢力に攻撃を行った事で彼に叱責される。この出来事をきっかけに、シンは事ある毎にしばしばアスランと喧嘩するようになる。ディオキアにて休暇を与えられたシンは、ステラが崖から転落するのを発見し、溺れている彼女を救助する。この時、パニックに陥った彼女を落ち着かせるため、自分が彼女を『守る』と口にする。この何気ない一言が大きな意味を持つ約束となり、最後まで二人を繋ぎ続ける事になった。二人は再会を約束して別れる。ミネルバはディオキア出航後、ダーダネルス海峡で地球連合･オーブの同盟軍と交戦。激化する戦いの最中、カガリの意志でアークエンジェルが戦闘を止めるために武力で乱入。シンは両陣営のどちらにも属さない姿勢をとって戦闘を妨害するアークエンジェル、特にすれ違いの一瞬でインパルスの腕を斬り落としていったフリーダムに対して強い敵愾心を抱くようになる。ミネルバが連合のSOS通信を傍受、調査に赴いた先で、シンとレイは廃棄されたエクステンデッドの研究所を発見。施設の調査中、単独で襲撃してきたガイアを撃破するが、操縦していたのが海岸で出会った少女・ステラである事に気付き、負傷した彼女を無断でミネルバの医務室に運ぶ。その後の検査の結果、彼女がエクステンデッドであった事、さらにステラの記憶からディオキアでの思い出が消されている事に驚くシン。しかしステラはシンと触れ合うことで記憶を取り戻し、シンは頻繁に医務室に通うようになる。クレタ沖で、待ち伏せしていた地球連合･オーブの同盟軍と交戦した時、フリーダム、ストライクルージュと共にアークエンジェルが再び乱入。この戦闘で、オーブの理念を訴えるカガリに対する怒りの中、再びSEEDを覚醒させたシンは、アビスを撃墜、オーブ軍旗艦タケミカズチを撃沈した。なおこの時、総員を退避させたタケミカヅチ艦橋内には、かつてオノゴロで家族を亡くしたシンを保護し導いた恩人ともいえるトダカ一佐が一人残っていたのだが、シンはその事実を知らない。その後、生死を問わずステラはプラント本国に証人として送られる事、またエクステンデッドの身体に施された強化改造の詳細が不明であるため、プラントの技術では定期的に必要な延命措置を行う事が出来ず、身柄を地球軍に返さなければ遠からず死んでしまう事を知ったシンは、彼女を『守る』ために軍規を破り、二度と戦争に関わらせないという条件のもと、彼女をネオに引き渡した。捕虜解放は重大な軍規違反で本来は銃殺もありうるが、デュランダル議長の差配により不問とされる。この事が原因で「自分は上から認めてもらっているのだ」と考えたシンは傲慢になり、先の戦闘でフリーダムにセイバーを破壊されたアスランを見下すようになって彼との喧嘩も更に激しく続く。その後、無差別な破壊活動を行うデストロイを撃墜するため、ミネルバはベルリンへと向かい、シンが出撃する。交戦中、デストロイのコクピットにいるのがステラだという事を知ったシンは必死に彼女へと呼び掛ける。シンの記憶を僅かに思い出したステラが行動を止めたかに見えた矢先、偶然フリーダムがステラの視界に入った事で錯乱、再びデストロイは暴走する。再度の呼び掛けも叶わず、シンがデストロイに撃墜されそうになった寸前、フリーダムがデストロイを撃破する。腕の中でステラを看取ったシンは遺体を抱いて号泣し、「二度と彼女が周囲の思惑に弄ばれる事のないように」と山中の湖に水葬した。そしてフリーダムのパイロットへの怒りを一層募らせる。ついに、プラント本国はアークエンジェル討伐をミネルバに命じる。復讐を誓い、レイと共に対フリーダムの戦闘シミュレーションを重ねていたシンは、フリーダムの攻撃方法の裏をかきつつ、インパルスの機体特性を活用して、遂にフリーダムを撃墜する。その瞬間、シンはステラを想いコクピットにて半ば放心状態で涙を流す。ミネルバに帰投したシンが、フリーダムを撃墜した事とアスランを侮辱した事から彼とより激しい喧嘩になり、シンとアスランの対立は更に深まった。ジブラルタル到着後、シンの操縦ポテンシャルに機体性能が追い付かなくなっていたインパルスに代わって、デュランダル議長より直々にデスティニーを受領する。その夜、アスランがザフトを脱走する。アスランが乗るグフイグナイテッド撃墜を命じられたシンは、デスティニーで出撃し、降伏を勧告しながらアスランを追い詰めるが、ザフトとデュランダル議長に対する不信を訴えるアスランの言葉とレイの恫喝の間で挟まれ苦悩する。精神的に追い込まれたシンは未熟さを垣間見せ、最終的には感情の爆発とアスランの裏切りによる激怒でグフを撃墜した。シンの帰還後、ルナマリアは妹メイリンと上官として仰いだアスランの仇であるシンの背中を頼り泣き崩れた。ルナマリアは「あなたは軍人として命令を実行しただけだから」と、激しい自責の念に苛まれるシンを庇う。これによりシンは何に変えてもルナマリアを守ることを決意する。親しい者を撃った者・撃たれた者として同じ痛みを共有する両者はこれを機にして一挙に距離を縮めてゆく。しかしアスランを自分の手で撃墜した影響から、以降シンの精神は常に不安定な様相を見せるようになる。デュランダルは世界に向けた演説の中で、一連の戦争の黒幕としてロゴスを告発し、その拠点であるヘブンズベースを陥落させるべく、オペレーション・フューリーを発動する。この戦闘でシンとデスティニーはスティングが駆るデストロイを撃破するなど大きな戦果を残し、ヘブンズベース陥落に貢献した。この作戦での功績により二つ目のネビュラ勲章の受勲、及びFAITH就任を果たす。次にプラントは、ヘブンズベースを逃れたブルーコスモスの盟主ジブリールを匿うオーブに対して宣戦を布告する。「俺がオーブを討つ」と心に決めたシンは、オーブのMS部隊を撃破、カガリの操縦するアカツキに、撃墜寸前まで肉薄したが、宇宙から駆け付けたキラのストライクフリーダムに阻まれ、熾烈な争いの末、エネルギー切れに追い込まれている。補給を受け再度出撃した際には、シンが撃墜したはずのアスランのインフィニットジャスティスの参戦によりデスティニーは片腕を落とされ、ザフトは撤退する。結局、戦闘の最中に当のジブリールは宇宙へと逃亡し、大義名分を失ってザフトは軍を退く。カガリが中心となって親ロゴス派は排除され、オーブはロゴスと決別するが、シンのオーブに対する憎悪は続いた。宇宙へと上がったミネルバは、プラント首都アプリリウスに向けられた大量虐殺兵器レクイエムの発射を阻止すべく奮戦。シンの駆るデスティニーは、地球軍機動兵器部隊を瞬く間に撃破して、ダイダロス基地司令部を制圧、単騎の奇襲作戦を成功させ、プラント本国を救う活躍を見せた。そんな中、議長の提示するデスティニープランが発表される。その内容に戸惑いを隠せないシンだったが、レイから自身がクローンである事、そしてもう永くない事を打ち明けられる。彼はシンに、「理不尽な運命を背負わされた自分やステラのような子供達がもう二度と生み出されないようにするために、議長の提示する未来を信じるように」と、そして「自分の代わりに議長の力となってそれを実現させるように」と強く促す。最終決戦では、月面上でアスランのインフィニットジャスティスと交戦。SEEDを発動させ、序盤こそ互角の戦いを展開するものの、徐々に劣勢に追い込まれてゆく。戦いの中でシンはアスランの言葉に動揺し続け、家族やステラの死、アスランやオーブに対する複雑な思い、フリーダムに対する憎しみなどを脳裏に浮かべながら煩悶する。そこへ、両者の戦闘を止めようと割って入ったルナマリアのインパルスにフリーダムの幻影を重ねて錯乱、これを討とうと攻撃に出る。間一髪のところでアスランがこれを防ぎ、デスティニーを破壊してその戦闘能力を完全に奪う。月面に墜ちて擱座する機体のコクピットからルナマリアによって救出されたシンは、朦朧とする意識の中でステラとの邂逅を経て、目を開き、ルナマリアとともに遥か「メサイア」の陥落するさまを見つめながら号泣する。『FINAL PLUS』や『小説版』・『スペシャルエディション』、『HDリマスター』ではその後ルナマリアと共にアスランによって回収され、オーブの慰霊碑を再度来訪。そこでキラと再び邂逅し、アスランから、彼こそ自分が憎んでいた（ストライク）フリーダムのパイロットであったことを聞かされ戸惑うが、キラの言葉に同意し、握手を受け入れた。その後、軍服着用のシーンではFAITHの階級章は着けていない。「機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX3」初回限定版に、特典として封入された両澤千晶書き下ろしの新作ドラマCD「OMAKE quarters Vol.3」では、ユニウス戦役の停戦後にルナマリアと共にザフトからオーブ軍に交流出向しており、オーブ軍大佐であるムウが2人を預かっている。戦後もアスランとの間には感情的なしこりが残っており、ムウが2人の仲立ちをしている。ほか、「機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX4」初回限定版に、特典として封入されたドラマCD「OMAKE quarters Vol.4」では、シンとルナマリアが「現在進められてる新たな安全保障の枠組み」の交流出向プログラムに志願したことにより、オーブ軍に交流出向することになったことが明らかにされている。