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D1は、新団体を画策するメンバーが勧誘したがっているという情報の下で騒動に巻き込まれた選手である。『週刊朝日』2012年8月17–24日合併号は、20代前半でWBA・WBCの世界王座を獲得し、その後、WBO・IBFの4団体制覇を狙って主戦場を国外に移していたD1が、JBCから「『新団体設立を企てた』などと、クーデターの汚名を着せられ」、JBCを近く名誉毀損で提訴する構えであると伝えた。記事中の写真キャプションには「JBCの“ミスジャッジ”ぶりは五輪の比じゃない」とある。JBCは2012年4月から6月にかけて4名の職員を懲戒解雇もしくは通常解雇したが、解雇通知書に理由として共通に挙げられていたのが「別の団体を設立しようとした」ことであり、その「共犯者」としてD1の実名が記されていた。D1の関係者はJBCに抗議し調査を求めたが謝罪はなく、JBCからは「2011年10月23日、米国のIBF本部で［D1］が（IBFの）会長らに新団体設立の働きかけをした」という内容の回答書が送付された。D1はその時期、日本で練習をしており、関係者は「英語も話せない一介の選手がIBF会長に直談判できるはずない」と発言している。同誌はD1のパスポートを確認した上で、その時期には国外へ渡航した形跡がないことから「JBCの主張は無理がある」と判断。JBCに取材を申し込んだが、担当者は「訴訟の可能性があるということなら、コメントは控えたい」と話すのみであったため、誌面にはD1と「共謀関係」とされた安河内から書面で得られた「［D1］選手とはここ数年、会ったこともありません。JBCは虚偽の事実によって、私以外にも職員3人の未来を奪いました。全員がすでに訴訟を提起、ないし準備中です。こうした事態を招いたトップの責任は、免れ得ません。」とのコメントを掲載している。D1はJBCがIBFに加盟する2日前にメキシコで同団体の世界王座を獲得したが、これについて『ボクシング・マガジン』2013年5月号は次のような見解を示している。きちんと根回しして引退届を出し、その上でWBOタイトルに挑んだ石田順裕［略］と［D1］のケースは異なる。［D1］側は独自のルートを開拓し、日本のボクシング界とはまったくの別路線で、今回のタイトル獲得にまでつなげたのだ。つまり日本から一時的に完全に離脱しているのである。その間には日本未公認のままIBFタイトルに2度も挑戦している。わかりやすさを求めるのなら、一刻も早い［D1］のタイトル獲得の承認ということにもなるのだろうが、日本国内のルールを遵守して、あえて遠回りを選んだ選手がいるとしたら、事情は十分に議論されなければならない。 — 宮崎正博、「JBCがIBF承認加盟を発表」※引退届を提出した上で日本国外においてJBCが認可していない世界王座に挑戦したことについては、D1も石田と同じである。
前掲『ボクシング・マガジン』2013年7月号では編集部が次のように被害感情を訴えている。本稿を掲載するまでの間、元JBC職員3氏や［略］マッチメーカー［C1］氏からは本誌編集長や本誌の発売元であるベースボール・マガジン社社長宛の書面が、内容証明郵便や社長への受取人限定郵便で複数回にわたって送られてきた。彼らによる［D1］選手陣営への働きかけを詳細に知る城島氏に対しては、脅迫とも受け止められるメールやネット掲示板への悪質な書き込みが続いている。こうした一連の行為は出版・表現の自由を脅かす行為と考えざるをえない。各書面に対しては返信していないケースもあるが、すべての書面内容を慎重に検討した結果、記事掲載を躊躇する事柄はないと判断した。 — ボクシング・マガジン編集部、「日本ボクシング界の秩序を守るために ―― 一国一コミッション制を揺るがした動きについて」差出人の明らかな内容証明郵便や受取人限定郵便と「脅迫とも受け止められるメールやネット掲示板への悪質な書き込み」を「一連の行為」と一括して「出版・表現の自由を脅かす行為」との認識を示しているが、「［D1］選手陣営への働きかけ」については上述の通り、陣営自身が「事実無根の話」と否定している。同誌と軌を一にするJBCもまた怪情報に過大な影響を受け、安河内・A1・A2の起こした3件の訴訟のすべてで怪情報に基づく主張がみられたが、「被告［JBC］は、A3らが被告に関する虚偽の内容のスレッドを立てた旨主張するが、A3らが実際にインターネットに被告主張に係る書き込みをしたと認めるに足りる証拠はないから、この点に関する被告の主張は、原告［安河内］の関与の有無を問題とするまでもなく、理由がない」、「被告が指摘するA3のスレッドについては、原告［A2］は、これに関連するメール［略］を受信しておらず、また、そもそも被告主張に係るスレッドをA3やA1が実際にインターネットに立てた事実も認められないから、原告につき解雇事由に相当する行為の存在を認める余地はない」、「虚偽内容のスレッドを立てたなどと指摘する点についても、A3らが実際にインターネットに被告主張に係る書込みをしたと認めるに足りる証拠はなく、採用できない」などといずれも否定されている。
2011年4月18日、当時本部事務局長であった安河内がタイでの世界戦に立会人として出張していた間、安河内を誹謗中傷する内容の匿名の怪文書が全国のボクシングジムとJBCの各地区事務所に送付され、「ごく一部」のメディアがこれを報じた。その内容は安河内が、(1) JBC内部で不正経理を行って個人的に流用していること、(2) 愛人をJBCの関西事務所に入社させ、本部事務所にも愛人がいること、(3) 私利私欲にボクシングを利用していること、(4) 部下への過度なパワーハラスメントが繰り返されていたことなどであった。関西事務所に愛人を入社させた証拠として写真が4枚添付されており、内容はプライベートに関するものが主であったが、問題となったのは公費の私的流用についての指摘であった。本部事務所には同じ装丁でB5のみを除いた事務局員6名全員に封筒入りの怪文書が届き、これらのうちA1とA2宛ての封筒にだけ、家族や自分を守りたければ安河内のパワーハラスメントがあったと認めろと示唆する脅迫的文言や、「安河内との関係を揶揄する低俗な文言」が記載された文書が同封されていた。B5らはこれが送付されてきたことを強く問題視する姿勢を示した。専務理事を務めていたB2が翌日、JBCの関西事務所に赴き、怪文書に添付された写真に写っていた女性職員に事情を尋ねると、女性職員は怪文書が出回っていることについて申し訳なく思っていること、安河内とは愛人関係などではないこと、関西事務局の職員を辞めることなどを話した。安河内がJBCで反社会的勢力の根絶に向けた活動をしていた関係で、同様の文書を送りつけられたことが以前にもあったため、A1やA2は動じずに冷静に過ごしていたが、B5ら本部事務局の他の職員は、この怪文書が届いてからは毎日この件で「本来の業務もなおざりになるほど」騒ぎ、席を外して事務所の応接室で相談等をすることが繰り返された。出張から戻った安河内はB2に対し、怪文書記載の内容を強く否定し、その内容等から内部の者の手によるものであるとの疑いを持った。
2011年5月9日、「JBC東京試合役員・事務局員合同調査委員会（幹事　B7・B5）」を作成者とし、「調査報告書」と題する書面（以下、「通告書」）がB1に提出された。「JBC東京試合役員・事務局員合同調査委員会」はJBCが正式に認めた組織ではなく、その構成員や調査方法等、通告書が作成された経緯については証拠上明らかにされていないが、通告書の冒頭には「怪文書の真偽について、JBC東京試合役員会及び事務局は合同調査委員会を立ち上げ、真相究明のための調査を行ったので結果を報告する」「決して個人を陥れるためではなく、意図的な事実の歪曲や誇張は含まれておらず、報告書に記載したすべての事項は、複数の関係者の証言と物的証拠による裏付けによって証明可能な客観的事実である」と記し、怪文書の内容を上回る業務上の問題点が明らかになったなどと記載した上で安河内に関して勤務懈怠や不正経理など業務上の問題点があると指摘し、JBCに対し、厳正な調査を早急に行うことを求めるとされていた。5月10日にはB11を筆頭にB5やB7らが署名し、「財団法人日本ボクシングコミッション　東京試合役員会・事務局員一同」を差出人とする「真相究明と安河内事務局長の解任を求める連判状」（以下、「連判状」）がB1宛てに提出された。連判状では怪文書で指摘された疑惑について徹底した真相解明を行うこと、すべての疑いが晴らされない限り安河内を解任することを求めるとされていた。
2011年5月12日、専務理事のB2は各地区事務局長・職員とB11を本部事務局に集めて協議会を開き、通告書の内容を改めて調査するための調査委員会を設置することなどを説明し、不満を述べるB5ら職員に対し、安河内を1か月休職させることを前提として、その1か月の間に調査委員会が結論を出す方針なのだから理解してもらわないと困るなどと話した。B11は「ここで原告が辞任すると言えば別の問題になりますね」と述べ、安河内に「はっきりしてくれ。これ以上男の出処進退をおまえここまで、どうすんだよ。おまえ。二度と言わないぞ。今ならおまえまだ立ち直れるよ。これが出たら分かんないよ。［略］お前が決めろ。」などと迫り、安河内が「上の裁定に従うと決めた」と答えると、B11はさらに「そうじゃねえよ、自分自身で決めろってんだよ」「そうしなかったらコミッション終わるぞ」「明日から試合できなかったらどうするんだよ」「申し訳ないけれども僕はライセンスを返さなくちゃいけなくなる」「そうすると全員がなるよ」などと大声で言い募り、安河内に自主退職を迫った。B5も、「お茶を濁すような裁定が出た場合に、試合役員がそれでは納得しないと言ってライセンス返上となった場合はどう考えるか」などと質し、同様に自発的離職を迫った。安河内はこれに応じなかった。
JBCは2011年5月16日の理事会で、組織内弁護士である谷口好幸を事務局長とし、外部の弁護士である堤淳一・俵谷利幸ら有識者5名で構成される調査委員会を設置し、安河内について不正経理問題等の調査を実施することを決定した。この日、B1からの示達により、安河内は5月10日から1か月の休職を命じられ、その間の事務局長職をB2が代行することになった。調査委員会は証拠収集のため、本部事務所から会計伝票やタイムカード、給与一覧表などを持ち出して調査。安河内を含めた本部事務局員8名と関西事務局員2名の計10名から事情聴取を行い、5回の委員会を開催した。その後、調査経過についてのB2の談話として不正は見つからなかったと報道されたことを受けて、試合役員会は猛反発。B11は5月19日、「財団法人日本ボクシングコミッション東京試合役員会会長　B11」名義で「公正なる調査を求める申し入れ」と題する書面をB1に提出し、調査委員会設置後のJBCの対応が中立性を欠くとして、通告書に記載された事実関係の認定に当たっては本部事務局・関西事務局の職員全員から事情聴取を行うことや、証拠保全のため、安河内との関与が疑われるA1とA2を調査が終わるまで休職扱いとすることなどを申し入れた。JBCに対してB5は5月24日、「安河内事務局長の言動と行動」と題する書面で安河内とB2に関する17項目の言動を報告し、また、B6も同月26日、安河内から受けたとするパワーハラスメント行為を書面で提出した。
2011年5月31日、B5・B8・B9とJBC関西事務局員のB10は、報道関係者と協会加盟各ジムに宛てた「財団法人日本ボクシングコミッションに関する公益通報について」と題する書面で、2009年12月6日の大阪での試合後に安河内、関西事務局長のB14、試合役員ほか1名の計4名で食事をした飲食代1万7180円をJBCの経費として処理した行為が背任罪に当たると主張し、JBCに無断でマスメディア向けの記者会見を開いて公益通報と称する外部告発を行った。この日は「いつにも増して、B5らは、本来の業務もなおざりに、職場で席を離れては戻りと慌ただしく過ごしていた」。理事のB4は記者会見でJBCに代わって国内試合を統括する新団体を設立する意向を表明した。同日、B11が会長を務める東京試合役員会も記者会見を開き、報道関係者に向けた「財団法人日本ボクシングコミッション東京試合役員会会長　B11」名義の、「JBC試合役員会が、安河内事務局長の解任を求め、公益通報職員を支持する意見を表明」と題する書面でB5らを支持するとともに、東京試合役員会の緊急会合を開き、安河内の解任を求める意見書をB1とJBCの各理事に提出する方針を固めた旨を報道各社に発表した。この日の記者会見について、『ボクシング・マガジン』2011年7月号は次のような見解を述べている。5月31日、JBC職員有志と試合役員会が「安河内氏解任と［B2］氏の管理責任を問う」旨の記者会見を行った。その際に［略］、同氏がJBCの資金を私的に使ったこと、また懇意の女性を職員として雇用した等についての詳細資料が配られた。その内容は実に生々しいもので、「これを公表する必要があるのか」といった批判が噴出。ボクシング界のイメージダウンがむしろ大きかった。 — 「JBCで内紛勃発」
2011年6月2日、B11は「財団法人日本ボクシングコミッション東京試合役員会会長　B11」名義で、JBCの理事・調査委員・評議員に「安河内事務局長問題に関する意見について」と題する書面を提出し、東京試合役員会が緊急会合を開いた結果の意見として、安河内の事務局長解任および調査委員会が経費の使途を明らかにした上で厳重な処分を下すことを求め、B5らを強く支持するとともに、B2の管理責任を追及した。同日、試合役員会会計担当のB13が、調査委員に安河内への不信感を訴える「『安河内事務局長に関する意見について』〜事務局長に求められる資質、JBCの存在意義について〜」と題する書面を提出した。同月5日、B9は怪文書が届いてからの経緯や経理関係などにおける安河内の行動等を記載した書面を谷口に提出した。同月8日、「財団法人日本ボクシングコミッション関西試合役員会一同」の名義でB1に「安河内事務局長問題に関する東京試合役員会の意見を全面的に支持し、同問題に関する真相究明を求める連判状」が提出され、同月12日には東京都所在のaジムが翌日の同ジム主催興行における安河内の会場立入りを拒否する書面をJBCに提出した。6月9日、B2が本部事務所で職員らに対し、翌10日で安河内の休職期間が終わると話すと、B5は安河内が出勤するなら自分は出勤しないと言い、有給休暇をB2に届け出た。6月10日、安河内は谷口から専務理事付事務局長代行補佐に降格する旨のB1による示達を伝えられた。安河内とB2はこの降格について本部事務局員に説明するため本部事務所に向かったが、B5ら一部職員から本部事務所への入室を妨害された。本部事務所に入室し、B2が職員に対してB1の示達を読み上げると、B5らが示達の内容に反発して騒ぎ出したため、B2は安河内に調査結果が出るまで出社を控えるよう指示し、安河内はこれに従った。B2はこの日、本部事務所で記者会見を開き、この示達の内容を発表した。6月13日、B11は東京試合役員会会長名でB1に「中間答申及び示達に対する公開質問状」と題する書面を提出し、調査委員会の同月8日付中間答申とB1の同月10日付示達は調査委員会やJBCの姿勢を疑わせるものであるとしてこれらに対する質問を行った。谷口は同日、B11に対し、調査委員会が中間答申を出した事実はないと回答した。6月16日、東京都に所在するbジムがJBCに対し、翌日開催の興行にB2と安河内の会場立入りを禁じる書面に手書きで「協会より要望書に返答あるまで」と追記したものを提出した。『ボクシング・ビート』2011年7月号では、前編集長の前田衷が約5年間の安河内体制について、亀田騒動で父・史郎を永久追放にして事態を収束させたことについては批判があったことにも言及しながら「『よくやっているじゃないか』というのがこれまでのJBCに対する内外の評価だった」と振り返り、「こうなると、JBC内部で権力闘争が起きているようにも見える」「業界では今度の『お家騒動』を至極冷めた目で見る向きも多い。これはJBCへの信頼が揺らいでいるということではないか」と業界の内情を危惧するとともに、「財団法人であるJBCは、公益法人としての義務を負っているが、財団であろうとなかろうと、JBCは常に審判と同じクリーンさが維持されるべきものと、我々は考える」「長い年月をかけて築き上げられてきたJBCの信頼を、軽率な行為によってぶち壊しにすることのないように、関係者には節度ある言動をしてもらいたい」と戒めている。
B2は安河内の休職期間中、本部事務局長代行を務めることになっていたが、復職しようとした安河内が自宅待機を指示されたことをふまえ、自らが試合の運営・管理について詳しくなかったことから、B1と協議の上、同月20日、B4に試合の運営・管理を主管とする事務局長代行を自分と兼任してほしいと打診した。B4は76歳の高齢を理由に固辞したが、2011年6月23日午前、本部事務所でB2と面談し、短期リリーフ役でならという条件付で承諾した。穏やかな人柄で知られる国際審判のB4はJBCの理事も務め、試合役員会会長の経験もあり、業界での評判もよかった。B4は試合役員の説得に当たるとみられていたが、途中で「安河内君がJBCに残るのなら、自分は事務局長代行を引き受けない」と態度を変え、その理由を試合役員へのアンケート結果によるものと説明している。6月23日、B4はB11・B5とともにJBCに無断で記者会見を開き、「JBCとは別に、プロボクシングの統括団体を立ち上げる。ただし、JBCが安河内らを排除すれば、現状維持を考える。」と幹部に迫り、新団体の事務局長には自らが就任する予定であると発表した。この席上、B11は試合役員の大半が新団体に移ると明言し、また、大半の事務局員も新団体に移る見込みであるとした。記者会見の前、B4は本部事務局の応接室でB5らとともに数時間にわたり会見の準備をしていたが、A1・A2には何も知らされなかった。同日、東日本ボクシング協会の緊急理事会が開かれ、B4の新団体設立を支持することが決議され、「早期の収束は不可能で、試合運営に支障をきたす」として「JBCの内情が安定するまで」の「暫定的な試合管理機構」を作る考えを示した。各紙は「ボクシング界分裂危機」「JBC分裂も」などの見出しの下で報道した。6月24日、B4は再度記者会見を開き、前日発表の新団体設立について慎重な考えを示し、27日にもB1に辞表を提出する予定だが、本当は1つの団体でやるのが当然であるとして、28日の理事会で安河内をJBCから排除する処分が下されれば新団体設立を中止することを改めて示唆した。B1は辞表を提出しようとしたB4と試合役員に対し、28日の理事会で処分が決定するまで待つようにと言い渡して辞表を受け取らなかった。『ボクシング・ビート』2011年8月号はこの新団体設立の動きについて「B2専務理事と安河内氏が辞めない場合の苦肉の策であり、一種のブラフだったと思える」との見方を示している。
2011年6月23日発売の週刊誌では、怪文書に添付されていた写真のうちの1つを見開き2頁の大きさで掲げ、記事にはB11の意見として「（安河内の一連の疑惑は）ボクサーや職員を愚弄する行為で許せません。本当にボクシングを愛しているなら自ら身を引くべきです。これは、現場で働く我々の総意なのです。」と掲載された。同日、安河内はこの怪文書が名誉毀損にあたるとして警視庁練馬署に被害届を提出し、受理された。
2011年6月23日付の一般紙朝刊社会面には、厚生労働省の職員（労働基準監督官）が14年にわたって偽名（リングネーム「山田一公」）を使い無許可でプロボクシングのレフェリーを務め、報酬を受け取っていた行為が、兼業を禁止する国家公務員法に抵触するのではないかという記事が掲載された。山田は1997年2月から2011年6月までにOPBF東洋太平洋タイトルマッチなど459興行でレフェリーを務めていた。試合役員会にはこれを安河内側のリークと信じ、「なんて卑劣なことをするのか！」と激昂する人物もいた。『ボクシング・ビート』2011年8月号はJBCの騒動を特集する記事の中で「このタイミングで山田審判の個人情報を知る者が厚労省に通報し、［略］記者に情報をリークしたものと推察される」としている。その後、JBCが保管する山田の登録データは大幅に改竄され、履歴書は紛失していたことが判明。JBC内部で隠蔽工作を行った可能性があると報じられ、6月24日にはB5が「隠蔽が目的ではなく、情報漏洩を防ぐためだった」「厚労省に報告していない個人データが同省に流出した。個人情報の問題があるため、私が事務局長代行の許可を得て消しました」と説明した。JBCは6月26日、内部調査の結果、何者かが個人情報を持ち出していたと認めて謝罪し、リークした人物を特定して処分する意向を表明した。山田は7月17日付でJBCに辞表を提出し、同月29日、東京労働局に6か月間の懲戒処分と10分の1の減給処分を受けた。
2011年6月27日、安河内は谷口同席の下でB1から、安河内を本部事務局長から平職員に降格し、代わってB4を本部事務局長とすること、給与の減額、国際業務をはじめとするそれまでの業務からの排除、他の事務所への配置転換など、翌日の理事会で決議される処分の内容等を知らされた。安河内はB1に対し、怪文書や通告書に記載されているような不正行為は一切行っていないこと、国際業務や暴力団排除を含む社会貢献活動など自分がこれまで取り組んできた業務の必要性や重大性を訴え、考え直してほしいと要請した。配置転換に関しては前例がなく、配置転換するような事務所もなく、またA1やA2に累が及ぶことを心配したためである。しかしB1がこれを聞き入れなかったため、安河内はB1に対し、「怪文書の件以降、JBCがガバナンス機能を失ってきた。今後、この騒動が不必要に拡大していった原因を調査し、その原因を作った職員らに対してしかるべき処置をしてほしい。」と依頼し、退出した。調査委員会は最終報告書をまとめ、「一部、部下への接し方に行き過ぎがあった」ものの怪文書の内容は事実ではないと結論づけた。同委員会は1か月以上にわたって会計帳簿等の経理関係書類を精査し、関係者からの事情聴取など綿密な調査を行った結果として、(1) 不正経理を通じて横領行為や背任行為に及んだとする事実、(2) 情実により権限を濫用して女性職員を不正に採用した事実、(3) 本部事務局員の女性職員に対し程度を越えて親密に接し事務局長としての体面を汚した事実、(4) 執務上の職務を懈怠し、または職場を離脱したり職務を放棄したとの事実はいずれも認められないとし、安河内については今後、JBCの国際化等に向け、組織の発展に尽力させることが望ましいとの見解を示した。さらに調査報告書の付言として、調査の過程でJBCの組織および内部統制の脆弱性を示す事象がいくつか認められたので今後JBCで改善を図るべきとされた。この調査結果について『ボクシング・ビート』2011年8月号は「パワハラについては認定したのである。この点は意外だったが、他は大体想定内の結論である。」と印象を伝えている。6月28日に開かれたJBCの臨時理事会では谷口が調査報告書の内容について説明を行い、協議の結果、安河内を同日付でB1の名の下に事務局長職から正式に解任し、理事からも解任することが決議された。JBCは安河内に降格・減給処分を下すとともに、本部事務所と試合会場に立ち入らないよう要請した。同時にJBCは本部事務局で行われるすべてのミーティングから安河内のみを除外し、8月6日以降は本部事務局の職員全員が参加している業務連絡用のメーリングリストからも安河内のみを除外した。
『ボクシング・マガジン』2011年8月号は、JBCの決定にいたるまでの所感を次のように記し、「安河内氏は2006年に事務局長就任後、わずか5年間でさまざまな貢献を重ねた。［略］それらの業績を不名誉とともに、苦界に沈めるとしたら残念に過ぎる。」と書いている。ボクシング界はとりあえずの平穏を取り戻した形だが、スキャンダルとともに深刻な対立を世間にまき散らしたJBC自体、一つのスポーツを取りしきる機関として、空白を作った責任は重い。信用回復のために早急に、そして全力を尽くしてもらいたい。（リード文より）こんな事件は 日本ボクシング史上でも前代未聞であり、きわめて後味も悪い。信じる、信じないは別として調査委員会の調査では、金銭的な疑惑は晴れているように、騒動の主なるところは安河内氏と事務局員、役員会の人間関係にあった。選手、ファン不在のままの対立、抗争を世間にさらす必要はあったのか。［略］その役員会の動きとはまったく別物ながら、内々で済ませられない事情を作ったのが、“告発文”というより怪文書と言っていい代物だったことも不愉快の素である。文書には安河内氏とJBC関西事務局に試用採用された女性との交際をにおわせる写真が同封され、その上で公的資金流用を暗示されている。『こんな悪いことをする人なんだ』と思わせておけば、あとはトリモチがベッタリの風車を回すように、虚実とり混ぜての疑惑と悪意が次々にとりついてくる。それこそスキャンダリズムの基本だが、いざ、ボクシング界に持ち込まれてみれば、気持ちがいいはずはない。最後に山田一公レフェリーの［略。上述の通り］が公になったのも、反発を強める役員会に対し、報復行為とファンにみなされたはず。なんと気持ちの悪い悪意の連鎖なのか。（本文より） — 宮崎正博、「大揺れJBC内紛が呼んだ波紋」同日発売の『ボクシング・ビート』は次のことを明かしている。それにしても、「安河内氏が残るのなら、我々は辞める」と主張したほど強硬だった試合役員会が、拍子抜けするほどあっさりとJBCの決定を受け入れたのはなぜか。関係者の話を総合すると、安河内氏が以前のような形ではJBCの業務にはタッチしないとの確約があったというのである。 — 「『JBC騒動』その顛末と教訓」同誌はさらに、試合役員会としては「名実の、実のほうをとった」という審判員の声を紹介し、詳しい説明もないまま、7月1日の日本タイトルマッチで「コミッション席に［B4］事務局長と［B3］専務理事が座り、何ごともなかったように新体制がスタートした」ことを報告。「安河内氏の進めようとしていた改革路線をすべて否定するのではなく、良いものは踏襲するよう望みたい。［B4］事務局長の最大の仕事はバトンを渡す後任の事務局長をみつけること。」とした上で、関係者の間では「結局誰もいなくて、また安河内氏にお願いということになるのでは」と囁かれる状況であったと結んでいる。『ボクシング・ビート』2014年8月号は3年経過後のB3体制について、「日本ボクシングコミッションは一時『亀田に甘い』と批判されることもあったが、当時と比べれば、格段に厳しい姿勢を維持している。以前は目立つことがなかった『専務理事（B3理事長）』が毅然として対応していることもあるだろう。」と評している。5年が経過した2016年7月には、JBC関係者が「［B3］はこの［B11］の動きを差配できず、安河内氏が［B11］に追い落とされる中で、［B11］の提言にしか耳を貸さなくなっていった。その結果、［B3］—［B11］の強権的な体制が築かれ、結果、安河内氏はJBCを解雇されたのです。」と語り、相次ぐ批判にも省みることのないB3・B11ら執行部の運営について、業界の実力者として畏怖される帝拳ジム会長の本田明彦も、史上最悪だと吐き捨てたという。
安河内は2011年7月からボクシングと無関係な関連会社への配置転換を命じられた。配転先は新宿の雑居ビルの管理室で、そこの社員3名が常駐する隣に安河内の席が置かれ、JBCの一般財団法人または公益財団法人への移行手続に関する業務を命じられた。来客があった際には安河内はただ下を向いている状態であり、社員全員がビルの巡回に出る際には安河内が室内にいても外から施錠され「巡回中」の札がドアに掛けられた。7月中旬ないし8月頃、B3とB4が安河内の配転先を訪れ、新たな就業の場所や賃金を記載した雇用契約書に署名を求めたが、記載内容についての説明をせず署名を要求するだけであったため、安河内は拒否した。安河内はJBCの一般財団法人または公益財団法人への移行手続に関し、それぞれのメリット、デメリットや移行認可のポイント等を検討し、「公益認定に係る問題点についてのご報告」と題する書面にまとめ、10月17日、11月2・11・22日に堤・谷口・B3らとJBCの公益認定に関する打合せを行い、11月1日には公益法人関係のセミナーに出席し、その間、定款案や各種規則案を作成し、堤とメールで定款案等のやりとりをしたり、10月30日にはJBCの公益認定に関する問題点をまとめた書面を堤にメールで送付し確認を依頼するなどした。12月26日には堤に対し「公益認定に関しての方向性について何か動き等があれば連絡をいただきたい」とメールで要望し、2012年2月17日には「移行認定に関し、基本的には一般財団で準備し、移行後改めて公益認定を目指すという方向と聞いたが、その理解でよいか」と堤にメールを送り、JBCの方針について確認をとろうとしたが、回答はなかった。2012年2月28日、JBCの理事会では一般財団法人に移行する方針が報告されたが、安河内には伝えられなかった。安河内は2011年12月7・8日に業務の引継ぎやアドバイスをさせてくれるようB4にメールで懇願したが、B4からは何の反応もなかった。
B4は、B5から「JBCの財政状況は厳しく、関西事務局を3名体制とする余裕はない。A3は試用期間中であるから、同期間満了前にA3を解雇すれば2名体制にすることができる。」と聞き、2011年7月14日、関西事務局長のB14にA3の解雇を指示したが、A3を解雇する理由がないとして拒否された。B5はB4の了解を得て「本部事務局長　B4」名義でA3に8月15日をもって解雇する旨の通知書を送付した。B5がこの解雇通知についてB3に事後報告をすると、B3は試用期間であっても解雇は重大なことであるから解雇理由がなければ解雇できないと注意するのみであった。B14とA3は連名で7月16日、B3・B4・B5を被通報者とし、A3への解雇通知が労働契約法第16条違反であるとして公益通報を行った。7月20日、JBCはA3への解雇通知を撤回することとし、翌日、B4がB14（同年8月15日付でJBCを自主退職）にその旨を電話で伝えた上で、同月25日付で解雇撤回の通知書をA3に送付した。B5らは「安河内派」とされた職員を一掃する動きを見せ、B5がA3に対して理由のない解雇通知をしたことで、A2は次に解雇されるのは自分かもしれないと不安を募らせた。
A1は2011年9月29日、B2を被通報者とし、2009年2月24日の理事会で処理した損金処理の不当性を指摘するB1宛ての公益通報を行い、これに先立ち、安河内・A2・A3との間で公益通報書面の原案等に対する意見をメールでやりとりするなどしていた。またA1は11月7日、B3・B4を被通報者とし、10月14日にB4がA1に対して関西地区試合役員のB15に月額［略］万円を給与として振り込むよう指示した業務命令は背任罪に当たるとして、意見具申書を添付してB1に対する公益通報を行い、これに先立ち、これに添付する意見具申書の案を安河内に送付して内容の確認を依頼し、安河内はB4によるA3の解雇の際に理由とされた事情との矛盾を書き加え、また外部通報の可能性を示唆する原案の記述を削除し、人事が一部職員や試合役員に左右されること等は組織のガバナンスにおいて極めて憂慮すべき事態であるとの指摘を加えた。その後もA1と安河内・A2・A3等のやりとりで公益通報およびその添付資料の原案を適宜修正した。A1はこのやりとりと並行して、JBCの外部弁護士である石田茂に対し、公益通報の対象事実であるB15との業務委託契約について契約書の問題点や意見具申書の有効性について問い合わせた。これらについては2012年2月3日、堤・谷口とJBC理事2名で構成される公益通報調査会による調査結果が説明された。9月29日の公益通報については、B2に金員着服の事実は認められず、通報者であるA1のその他の指摘について確たる証拠はなく、立替金返還請求権の消滅時効期間を満了させたことにつきB2・安河内・A1の責任は免れないとされ、加えて、同公益通報は虚偽告訴罪または名誉毀損罪が成立しかねないものであり極めて軽率であるとして、通報者であるA1に対し強く反省を促すとされた。また、11月7日の公益通報については、公益通報調査会の場でA1が業務委託契約書を閲覧して同公益通報における通報事実を撤回し、「A1はJBCのガバナンスの健全化を繰り返し求めるところであって、必ずしもA1が故意にJBCを混乱させることを図ったものとは認められず、当調査会はあくまでA1がJBCのガバナンスを慮って、公益通報［略］を行ったものと考える」との評価を下した。
2011年8月18日頃、A3は7月14日付で解雇通知を受けたことに関して文部科学省に相談し、同省の担当者から客観的な資料を揃えて出すよう指示されたため、これをA1に引き継いだ。A1は担当者の指示を受けながら必要書類を文科省に提出し、さらに9月30日に上述の29日付公益通報の資料一式を提出し、その旨を安河内・A2・A3にメールで報告した。9月22日には、文科省の担当者からB4に事情確認等の電話があり、B4らが文科省に出向くことになったが、その旨をA1からメールで報告された安河内は「後で必ずこちらもしっかり準備して文科省に出向きましょう」とA1にメールで回答した。10月18日、A1は文科省から「文科省として法人個別の内部統制問題に対して直接指導するのは困難であり、対応できるとすれば口頭での注意程度である」と回答されたことを安河内・A2・A3にメールで連絡した。安河内は、口頭であっても文科省からB1に話がされれば、B1が現状を認識することができると考え、「監督官庁としての責任は内部統制が取れていない以上生じます。あきらめずに巨像を動かしましょう。」などと記載したメールをA1に返信し、あわせてA2にCCで送信した。安河内は文科省の回答に対し、A1・A2・A3名義で「財団法人日本ボクシングコミッション（JBC）の組織ガバナンス機能の不全についての陳述書」と題する書面を作成し、これをA1・A2にメールで送信して加筆を依頼した。この陳述書には、JBCのコーポレート・ガバナンスが機能を失っているため主務官庁である文科省に調査・指導を願い出ていることを記載した上で、機能喪失の根拠として、世界タイトルマッチで指定暴力団のリングサイド席での観戦が発覚したこと、JBCはこれを確認していたにも関わらず黙認していたこと、警察から厳重注意を受けたにもかかわらずいかなる調査も実施せずに放置していたこと、プロボクサーの覚醒剤不法所持等ボクシング関係者による犯罪行為が発覚してもJBCは調査らしい調査を一切行っていないこと、資格審査もせずにライセンスを付与していること、プロボクサーの移籍やレフェリングのミスに関する紛争において裁定機関としての機能を喪失していることなどが挙げられていた。2012年1月10日、B9がA1・A2・B6・A3・安河内に関して問題とする11項目を指摘する「JBC事務局の現状についての報告書と改善のお願い」と題した書面をJBCに提出。安河内は2月6日、専務理事であるB3・谷口と面談、同月10日にはB4と面談し、一日も早く本部事務局に戻し、通常の業務を行わせてほしいと訴えた。
A1は安河内に相談しながら、2012年2月18日、労働組合（全労協全国一般東京労働組合。以下、「組合」）に加入した。組合は同日付でJBCに「要求書並びに団体交渉の申入書」を提出し、A1の組合加入を通知するとともに、試合担当業務への復帰や、今後は配置転換、業務変更等の不利益取扱いをしないこと等を要求し、団体交渉を申し入れた。A2が3月1日に組合に加入すると、A1・A2は同日、A1を分会長とする分会を結成した。組合は同日付でJBCに「要求書並びに団体交渉の申入書」を提出し、A2の組合加入と分会結成を通知するとともに、職場環境の整備や、今後は配置転換、業務変更等の不利益取扱いをしないこと等を要求し、団体交渉を申し入れた。
2012年3月21日、組合は団体交渉を行わないまま同月13日付の配置転換が一方的に行われたこと等につき抗議した。同日、B5はJBCにA1の解雇を求める要望書を提出した。B3・B4・B11の協議を経て、第1回団体交渉の翌日の同月23日、B11は、就業規則違反の事実を調査するためとして、A1に翌日から4月12日までの自宅待機を命じた。B4・B11はA1の自宅待機中、A1の出退勤の状況を調べ、B5・B9・B7からの聞き取り調査などを行った。4月9日、JBCは自宅待機中のA1を呼び出し、後楽園飯店の個室でB4・B11・石田が約50分間の聞き取り調査を行った。JBCはA1に対し、事実確認としてあらかじめ用意した質問事項に簡潔な回答をするよう求め、A1が弁明や詳細な説明をすることを認めなかった。また、A1はJBCに対し、聞き取り調査に自分の代理人弁護士を同席させるよう事前に要請し、調査後は同月12日までの有給休暇を申請したが、JBCはいずれも認めず、B3・B4・B11の協議を経て、同月12日付でA1に懲戒解雇処分（第1次）を下した。4月12日夕方、第2回団体交渉が開催され、組合からはA1も出席したが、B11は懲戒解雇を受けたA1の姿を確認し、A1が出席したら帰っていいと言われているなどと述べた。
2012年6月1日、安河内はA2・A3と同時に、自宅待機を命じられた。A2はこの日、B5から突然、新たな経理担当者を採用したため本部事務局での経理業務を説明するよう指示され、これに従ったが、同日午後4時頃、B5に呼ばれ、就業規則違反の疑いがあるから調査委員会を設けて調査するとして翌日から6月15日までの自宅待機を命じられていた。6月5日、組合は東京都労働委員会に対し、A1の懲戒解雇処分やこれに関する団体交渉にJBCが応じないこと等が不当労働行為に当たるとして、不当労働行為救済申立て（都労委平成24年不第38号事件）を行うとともに、同審査が終了するまでA2を懲戒解雇しないよう求める審査の実効確保の措置申立て（不当労働行為の審査手続中、放置すれば救済の実効が阻まれるおそれがある場合、労働委員会規則第40条に基づき労働委員会が当事者に必要な措置をとるよう勧告を求めることができる制度）を行い、担当三者委員が協議した上で同月11日、使用者委員がJBCに電話で慎重な対応を求めた。6月6日、JBCは自宅待機中のA2を呼び出し、B4・B11・B5の3名が聞き取り調査を行った。この聞き取り調査はA2に対し、「あなたは、JBCで管理している個人情報を第三者であるC2氏に開示しましたね」などとあらかじめ決めつけるような方法で質問し、面識のない関係者との共謀等を指摘するものであった。A2は同月14日、JBCに意見具申書を提出し、質問方法が不適切であったことを指摘し、関係者への事情聴取によってA2との関係を明確にするよう求めたが、関係者への事情聴取は実施されなかった。同日、B11はA2にメールを送信し、翌15日に出頭するよう求めたが、A2は体調不良で出社できないと返信した。JBCは6月16日付の解雇通知書をA2の自宅に送付し、A2を解雇（第1次）。同日付でA3を懲戒解雇した。
2012年6月12日、安河内に対する聞き取り調査が行われた。JBC側からはB11・B5・石田が出席し、主にB11が質問をした。JBCとは別に新たな団体の設立を画策したのではないかとの質問に対し、安河内は理由を説明しながら否定したが、B11は「かしこまりました。はい。」と述べるのみで次の質問へ移った。再びB11が別の団体の設立を画策したのではないかと問い質したのに対し、安河内は、「違います。こんなのは設立できません。100パーセント無理です。」と答えている。1時間11分程度経過した時点で、石田が「はい、じゃあ今日はとりあえず」と終了を告げたのに対し、安河内は「少し自分の弁明もさせてもらっていいですか」と前置きした上で、「A1のメールについて、自分が言ったことでA1に不都合が生じるのはよくないので、A1にも必ず聞き取りをしていただきたい。社内調査では断片的な事実しか出てこないため、それで重大な処分を受けるのは自分としては承服できないため、関係者にもきちんと聞き取りをし、その上で慎重に判断していただきたい。」「［新団体は］実体はない。それを、誰かが何かをしようとしたかどうかは、調べていただければわかる。」などと述べ、開始から1時間13分の時点で聞き取りは終わった。6月14日、安河内は、B1宛てで「平成24年6月12日実施された調査委員会・聞き取り調査に関し、下記の通り、意見具申いたします。」と記載した書面を提出し、調査でのB11の質問の仕方がすべてにおいて根拠のない仮説を前提として一方的に結論を押し付けるものであり調査手法として著しく公平性を欠くものであったこと、調査で質問のあった新団体設立の件等についてはすべての関係者から聞き取りを行うなどした上で事実関係を明らかにすべきであることを訴えた。しかし、JBCは6月15日、安河内に解雇通知書を送付し、新団体を設立する動きや選手の個人情報漏洩の就業規則違反があったとして懲戒解雇（第1次）した。B9・B8はB11が職員として採用され、B5が主任に昇格した3月13日付の人事異動に不満を持ち、ともに6月15日付でJBCを退職した。安河内は6月22日、記者会見を開き、JBCの主張する安河内の就業規則違反には根拠がなく解雇は不当であると主張し、5月に起こした訴えに懲戒解雇の無効確認請求を追加した。
A1は2012年6月25日、東京地裁に対し、JBCを債務者として賃金仮払いを求める仮処分命令申立てを行ったが（東京地裁平成24年(ヨ)第21076号。2013年2月7日に取下げ）、JBCは新たに懲戒事由が判明したなどとして、仮処分手続における9月18日の第3回審尋期日にA1を同日限りで懲戒解雇（第2次）するとの意思表示をした。また、JBCは9月19日の第3回口頭弁論期日に、当初の解雇の解雇理由に新たな事由を追加する旨主張し、さらに懲戒事由が判明したとして、2013年8月30日の第9回口頭弁論期日にA1を同日限りで懲戒解雇（第3次）するとの意思表示をし、同口頭弁論期日に当初解雇の解雇事由に別の事由を追加する旨主張した。6月28日、組合は東京都労働委員会に対し、A2の解雇処分やこれに関する団体交渉にJBCが応じていないこと等が不当労働行為に当たるとして、不当労働行為救済申立ての追加申立てを行った。A2は8月17日、JBCに対し、雇用契約上の権利を有する地位にあることの確認等を求め、東京地方裁判所に提訴した。JBCは2013年8月27日の第9回弁論準備手続期日に準備書面を陳述する方法によりA2に対し、解雇事由を追加し、追加した解雇事由を理由とする新たな解雇処分（第2次）を行った。組合は11月29日、東京都労働委員会に対し、A1に対する第2次解雇等が不当労働行為に当たるとして、不当労働行為救済申立ての追加申立てを行った。東京都労働委員会はJBCの不当労働行為を認定し、全労協全国一般東京労働組合は2013年11月5日付でJBC代表理事に命令書を交付した。
JBCは安河内に対し、2013年4月23日の第7回弁論準備手続期日に、準備書面を陳述する方法で懲戒解雇の理由に別の事由を追加した新たな懲戒解雇事由による懲戒解雇処分（第2次）を行った。安河内がJBCに対しこれらの懲戒解雇が無効であると主張し、雇用契約上の権利を有する地位にあることの確認を求め、請求を追加的に変更する一方、JBCは2013年11月26日、安河内の職務専念義務、秘密保持義務、競業避止義務等に違反する行為により懲戒解雇処分までに損害を被ったと主張し、安河内に対し、債務不履行または不法行為に基づく損害賠償を求めて反訴した。『週刊朝日』2013年12月20日号ではボクシング関係者が「安河内さんの、身内にも厳しい態度で臨む姿勢を疎ましく思った一部職員が、彼の不正経理疑惑に飛びついたのです」「安河内派とされる職員3人も解雇し、現在、彼らから訴訟を起こされているのです」と解説し、『ボクシング・ビート』2014年8月号は「安河内前事務局長の解任騒動の後、『コミッションはちゃんと機能していない』と業界から反発も出たが、この件は裁判も含めてまだ完全決着がついていない。JBCに対する批判が高まるたびに、安河内氏に対する『カムバック論』が起きる。メディアの一部にもそういう声があるのは確かだ。」と業界内部の状況を伝えている。
2015年2月24日、B1に代わって東京ドーム代表取締役社長のB16がJBCの代表理事・会長・コミッショナーに就任した。B16は2016年4月27日付で同社の代表取締役会長となり、B1は相談役を退任した。2013年7月1日より事務局長代行を務めていたB11はB16のコミッショナー就任と同日付で本部事務局長となった。同年10月6日、臨時理事会で本部・各地区事務局長の上位に「統括本部長」の職位を新設することを決議。同日付でB11が本部事務局長との兼務で就任し、同日の評議員会ではこれにともなう定款の一部変更が承認可決され、翌7日付で定款変更が行われた。同時に人事管理規定が変更され、事務局長職は人事権と予算執行権を失った。これに先立って、2011年6月28日以降は従前の事務局長の権限の一部がB3（理事長）に移されていることは上述の通りである。「現代ビジネス」の2015年12月24日付の記事では協会関係者が「安河内を失脚に追い込んだのは、現在のJBC事務局長の［B11］らの獨協大学閥のグループで、彼らには改革派で知られる安河内への遺恨があった」と明かしている。『ボクシング・ビート』2016年8月号は統括本部長職の新設とB11就任について、「安河内氏が本部事務局長に戻るのを見越して、手を打ったのは明らか」としている。
調査委員会の報告では、B6に対して有給休暇を認めず欠勤扱いとしたことと、説明が不十分なまま雇用契約の不利益変更を行ったことの2点については、行き過ぎがあったと判断されたが、B5らが主張する安河内の不適切な言動については、B5らに対する叱責を含む対応はいずれも理由があり、特に問題はないものと判断されている。「このように本件調査委員会でも理由があるとされた叱責等について、B5は、『全く落ち度がないのに繰り返されたもの』、『ちょっとした連絡ミスでも、それをしないと重大な結果になるからと、30分から1時間かけて執拗に責められた。』などとしか認識しておらず［略］、選手の命にも関わる試合管理業務に対する意識の低さもうかがわれるところであり、試合管理業務について厳しい考え方をしていた原告［略］からの叱責等の意味を理解しないまま、又は理解しようとせず、原告に対する不満等を募らせていたものと推認することができる。したがって、被告が本件において主張するパワーハラスメントについては、本件調査委員会で不相当と判断された上記2点以外は、理由がないというべきである。なお、B11やB4は、原告がB5、B6等の職員やアルバイト職員に対して威圧的言動をとっていた旨述べるが［略］、B11やB4自身がその場面に居合わせたわけではなく、B5やB6等から一方的に話を聞いただけであって、原告には全く事実関係を確認していないのであるから［略］、原告によるパワーハラスメントの存在を裏付ける根拠とはなり得ない。そして、本件調査委員会で不相当と判断された上記2点についても、原告がB6に対してこのような対応をした背景として、B6の勤務態度には従来から問題があり、他の職員もこれを問題視していたことが認められるのであり［略］、また、雇用契約の不利益変更については、本件調査委員会においても、実質的には雇用継続を前提とした変更であると認められており、かつ、教育的効果を期待して不利益変更を行うのは行き過ぎであると判断しつつ、不利益変更が原因でB6が抑うつ状態に至ったとしてもレフェリーを務められる以上、重篤な状態であるとまでは認められないとも判断されている［略］。これらの事情に照らせば、上記2点について、原告の対応に行き過ぎがあったと評価せざるを得ないとしても、原告が部下に対し理由もなく不適切な対応をとっていたとまでは認められない。」
「被告は、［略］怪文書に、『安河内はボクシング関係者すべてに対して背信行為を行っている。』、『新たな愛人の入社』などと記載されていること及び添付写真4枚に写っている女性との写真を指して『不適切な行動』、『不祥事』と主張しているものと解されるが、そもそも、［略］怪文書の記載自体、添付写真に女性と2人で写っていること以外は、何ら客観性のない内容であり、［略］怪文書のみから、そこに記載された内容がすべて原告の『不適切な行動』であるとも『不祥事』であるともいえないことは当然である。」B11は2011年4月22日の東京試合役員会での総意が信頼できない事務局長の下で試合運営はできないというものであったと述べるが、決議がとられたわけではなく、参加者の大半がB11が述べる通りの意見であったと直ちに認めることはできない。仮に試合役員会で参加者の大半が「信頼できない事務局長の下で試合運営をすることはできない」との意見に賛成したとしても、この試合役員会ではB11の主導により怪文書が急遽、議題とされ、あらかじめ用意された怪文書のコピーが全員に配付された上で、B11らが安河内はJBCを辞めるべきだと繰り返し主張していたこと、B11は東京試合役員会の会長で、その発言力は大きいと考えられること、安河内は辞めるのが当然だと思っていたB5が試合役員会で安河内のこれまでの言動について参加者に話をしていたこと、試合役員会の当日に突然怪文書のコピーを渡されて「安河内はJBCを辞めるべきだ」というB11らの意見を聞いた他の試合役員にとっては客観的な状況の把握が必ずしも容易でなかったと考えられることなどの事情を総合すれば、他の試合役員らについては怪文書の内容の真偽自体が不明であるにもかかわらず必要以上に安河内の事務局長としての適格性に問題があると煽られた可能性も考えられ、参加者の大半が客観的事実を認識した上で安河内が事務局長として信頼できないと真摯に判断した結果であるとは断定できない。2011年5月9日に提出された通告書は、作成名義の「JBC東京試合役員・事務局員合同調査委員会」が架空のものであること、通告書の作成経緯について、B11が「中身に異論を挟むことはないので了承した」と述べ、B5が「本部事務局職員5名で作成した」と述べていることからすれば、主としてB5ら本部事務局職員5名で作成し、B11が上記名称の使用を認めたに過ぎず、必ずしも東京試合役員会の大半の認識を反映したものとは認められない。また、連判状については試合役員20名程度が署名しているが、この連判状は「告発文で指摘された疑惑について徹底した真相究明を行うこと」「全ての疑いが晴らされない限り、安河内事務局長を解任すること」を条件に安河内の解任を求める内容であるから、この連判状に署名した時点で署名者が安河内は本部事務局長として不適任であると真摯に判断していたと認めることはできない。「以上によれば、平成23年4月22日の東京試合役員会を経て通告書及び連判状が提出されたことをもって、試合役員の大半が、［略］怪文書及び通告書記載の事実の真偽が明らかになる前の段階で、原告が本部事務局長として不適任であると真摯に判断していたものとは認められないのであり、また、いくつかのボクシングジムから原告の試合会場への立入りを禁ずる書面が提出されていることをもって、ボクシングジムの大半や東日本ボクシング協会が原告に対して強い不信感や拒否感を従前から抱いていたとは認められず、その他本件全証拠によってもこれらの事実を認めるに足りないというべきである。」
2011年4月24日の時点で、東日本ボクシング協会の理事会では怪文書の問題をJBCの内紛と判断して静観の姿勢をとっており、同月26日頃の時点でB1は怪文書の問題について安河内に5パーセントの減給処分を考えていたのであって、同年5月16日の理事会でも安河内が怪文書の問題で混乱を起こしたことが就業規則違反に当たるなどといった議論は全く出ていなかったが、通告書や連判状の提出を受けてB1・B2が協議した結果、調査委員会を設置して真相究明せざるをえないと判断し、同月12日の協議会でB2がB1の示達として職員らに対し、安河内を1か月の休職とし、B2を事務局長代行とすることを伝え、調査委員会を立ち上げて調査を行うことを説明している。このように通告書や連判状で求められた真相究明のための調査をJBCが実施することになったにもかかわらず、B11やB5らは、JBCによる調査を踏まえた判断には必ずしも従わない態度を示し、試合役員のライセンス返上の可能性を示唆しつつ安河内に対して自ら辞任を決めるよう迫り、立て続けにJBCの対応が中立性を欠くとする書面や安河内の従来の言動を批判する書面等を各方面に提出し、2011年5月31日には調査委員会による調査や安河内の不正経理疑惑についてマスメディア等に対して意見表明し、同年6月10日には休職明けの安河内に対して事務局長代行補佐を命ずるとの示達がB1から出されたにもかかわらず、これにB5らが強く反発し、安河内が出勤できない状態を継続させている。これらの事実経過によれば、当時のJBCでは通告書や連判状の要望を受けて手続を踏んで問題を解決しようとしたものの、手続を無視したB11やB5らの安河内排除へ向けた強硬な態度を適切に制することが全くできない状況に陥っていたものと認められる。調査委員会による調査結果が明らかにされる直前の2011年6月23日にはB4・B11らがマスメディア向けの記者会見を開き、JBCに代わって国内試合を統括する新団体の設立等の意向を表明した結果、分裂の危機と報道されている。この新団体設立について、B11はあくまで試合運営のための暫定的なものであるなどと述べるが、試合役員各位に宛てたB11名義の2011年6月23日付の文書に、B2および安河内の排除を条件にJBC体制堅持の要請があれば現行のJBC体制を維持することについて検討をすると明記されている以上、B2および安河内がJBCから排除されない限り、別の新組織体制を維持していく意向であったことは明らかであるから、設立しようとする新団体が暫定的なものであるとのB11の証言は採用できない。安河内に対し本部事務局長の職を解く降格処分までする必要性は見出しがたく、B3本人尋問の結果、証人B4・B11・B2の証言その他全証拠によっても合理的な必要性があるものとは認めがたい。「なお、本件調査委員会において不相当と判断された労務管理に関する2点については、［略］何らの理由もなく行われたものとまでは認められず、かつ、雇用契約の不利益変更後も被告とB6との雇用契約は継続しているところ、［略］B4及びB5が権限を有しないにもかかわらず正当な理由なくA3に対し解雇を通知した行為については、被告はB4及びB5に対し口頭で注意するのみで終わらせているのであるから、B4及びB5に対する被告のこのような態度に照らせば、上記の労務管理に関する2点を主たる理由として本件降格処分をすることは、著しく不均衡であり、重きに失するというほかない。そして、被告は、本件降格処分に続けて本件減給処分及び本件配転命令等を行い、原告を被告の中心的業務から実質的に排除したと評価し得る対応をとっているところ、［略］本件降格処分につき合理的な必要性を見出しがたいことに加え、本件降格処分に至るまでの状況［略］を考え併せれば、被告は、B11らによる新団体の設立を阻止して被告の分裂を回避するため、本件降格処分を本件配転命令等と併せて行い、もって、原告の排除を求めるB11らの要求に実質的に応じたものと評価せざるを得ない。」「本件降格処分は、B11らによる新団体の設立を盾にした要求に対し、被告が分裂を回避するために、B11らの要求を受け入れ、原告を被告から実質的に排除することを主たる目的として行ったものと認めるのが相当であり、人事権の適切な行使によるものとは認められないというべきである。よって、本件降格処分は、被告の人事権の濫用に当たると認めるのが相当であり、違法、無効である。したがって、原告は、本件降格処分がされた平成23年6月28日以降も、被告の本部事務局長たる地位を有し、かつ、月額基本給［略］の支払を受ける地位を有するものと認められる。」