ティーン・ヒーローチーム「ニューウォリアーズ」のメンバーたち（ナイトスラッシャー、ネイモリータ、スピードボール、マイクローブ）はリアリティ番組が撮影される中コネチカット州スタンフォードでコバルトマン、スピードフリーク、コールドハート、ニトロの4名と戦った。その最中に自らを爆発させる能力を持つニトロが周囲を巻き込む大爆発を起こし、小学生やニューウォリアーズのメンバーを含む600人以上の死者を出した。他のスーパーヒーロー達がスタンフォードに駆けつけ生存者を捜索したがニューウォリアーズで生き残ったのはスピードボール唯一人であった。市民に超人達の存在を危険視する意見が大きくなり、ニューウォリアーズで活動していないメンバー達は一方的に人殺し呼ばわりされた。チームから距離を置いていたヒンドサイト・ラッドはネット上に彼等の正体を暴露し、幾人かが攻撃される。ニューウォリアーズ以外の超人にも市民の怒りの矛先が向かい、ヒューマントーチ（ファンタスティック・フォーのひとり）が市民の襲撃で重傷を負う。アイアンマン主導のもと、議会は素早く『スーパーヒューマン登録法(SHRA),6 U.S.C. § 558, 』を可決し超人的能力を持つ全ての人間に合衆国（アメリカ）政府への登録とリスト化、スーパーヒーローとして活動を望む者にはトレーニングを課した。同法は先天的に超人的能力を持った者、科学や魔法によって能力を得たもの（宇宙人や神々を含む）、科学兵器を使っている普通の人間（アイアンマンなど）に適用される。連邦法の施行は州の犯罪規定（ニューヨーク州の刑法40章120条120節及びカリフォルニア州の刑法245節(d)）の修正を引き起こした。この法律に反対する超人たちを捕えるS.H.I.E.L.D.のストライクフォースへの参加をキャプテン・アメリカは拒否。その後彼は逃亡し、レジスタンスチーム「シークレットアベンジャーズ」を組織した。ハーキュリーズ（チャンピオンズの一員。ギリシャ神話のヘラクレス）、ファルコン、アイアンフィスト（当時はデアデビルの替え玉を演じていた）、ルーク・ケイジ、ヤングアベンジャーズが参加して地下活動を開始。アイアンマン、Mr．ファンタスティック、ヘンリー・ピム（アントマン＝ジャイアントマン）、シー・ハルクは登録法に賛成。一方スパイダーマンは記者会見で自らマスクを脱ぎ、同法の支持を表明したが、これに対しドクター・ストレンジはどちらの派閥にも属さない事を望み、アイアンマンとMr.ファンタスティックに二度と彼（スパイダーマン）のところへ訪れないことを伝えて立ち去った（政府はドクター・ストレンジを同法から免除すると宣言している）。かくして政府の後ろ盾を得たヒーロー達は登録していない超人達を狩り立て、拘留または登録を強いて行った。シークレットアベンジャーズは「社会の敵」と成り果て、ニック・フューリーが用意した極秘のセーフハウスを転々としながらスーパーヴィラン達を逮捕し続け（大体は彼等を縛って当局へ残していった）、且つ捕われた超人達を載せたコンボイを優れた連携の元 襲撃し、超人達を解放していた。ある日ヤンシーストリート（登録法に反対する市民たちの温床）にコンボイが迂回し、偶々そこにいたザ・シング（ファンタスティック･フォーのひとり。本名ベン・グリム）は古い友人を訪ねていただけであったのに騙されて群衆を宥める破目となった。さらにヤンシーストリートのギャングの若者が暴力によって命を落とし、グリムは両陣営に失望して故郷のフランスへと去って行ってしまう。シークレットアベンジャーズは偽のエマージェンシー・コールに誘き出され、登録賛成派によって待ち伏せされる。不利な戦いを強いられる中、賛成派の援軍として「プロジェクト・ライトニング」（ソーの毛髪から作られたクローン）が加わる。ゴライアス（ビル・フォスター）の前に立ち塞がったソーのクローンは電撃を放って彼を殺害。キャプテン・アメリカは自軍に全員退却を命じ、スー・リチャーズ（ファンタスティック･フォーのひとり。インビジブル・ウーマン。Mr.ファンタスティックの妻）はエネルギーシールドを張って、集合したシークレットアベンジャーズを守り、彼等の脱出を手助けした。ビル・フォスターの死は両陣営を激しく揺さ振った。スタチューとナイトホークは政府に投降し、登録に従った。ヒューマン・トーチとインビジブル・ウーマンは逆に登録法反対派に移籍する。アントマンは戦力増強の為に、投獄されたスーパーヴィランを強制的に従わせ「サンダーボルツ」（かつて元ヴィランによって構成された偽ヒーローチーム）を再結成させた。スパイダーマンはネガティブゾーン（ファンタスティック・フォーが発見した異次元世界）にある収容キャンプ42を見学する許可を要求し現場を訪れた。結果、アイアンマンが捕らえた反対派のヒーローを投獄していることを知り、彼は登録法賛成派に加わったのは間違いだったと考えグループからの離脱を試みた。だが、脱退をしようとしたスパイダーマンにアイアンマンその人が立ち塞がる。スパイダーマンは脱出に成功するが、S.H.I.E.L.D.が派遣したサンダーボルツがスパイダーマンを捕らえ、サンダーボルツのメンバー内にスパイダーマンと因縁のある者がいた事もありスパイダーマンは酷く打ちのめされてしまう。その後パニッシャーがスパイダーマンを助け出し、シークレットアベンジャーズのセーフハウスへと運んで行く。スパイダーマンは怪我を回復させると同時にシークレットアベンジャーズへ参加し、登録法との戦いを誓う声明を出した。のちにパニッシャーもシークレットアベンジャーズに加勢を申し出たが、彼はその理由に心境の変化があったと主張。（「登録したヒーロー達の働きにより犯罪率は大幅に減少したが、政府が登録法を押し進める目的から悪名高い殺人者達の多くをサンダーボルツとして雇い入れる決定をした事が、これまで隠れていた自分を表の社会に出る気を起こさせた」というのが彼の言い分であった。） シークレットアベンジャーズのメンバーの多くは悪人を問答無用で殺害するパニッシャーを加勢させる事に反対したが、キャプテン・アメリカは先々のことを考え、渋々ながら彼を受け入れた。パニッシャーはキャップの指令で、ネガティブゾーン監獄に囚われたヒーロー達を解放する計画のために、ある設計図を求めてバクスター･ビルディング（ファンタスティック・フォーの本部）へ潜入し、スー・リチャーズは、ネイモア・ザ・サブマリナーにシークレットアヴェンジャーズへの助力を請うため、海底王国アトランティスへ赴いた。この時、現場に密かに合流したスーパーヴィランのゴールドバグ(Goldbug)とプランデラー(Plunderer)がシークレットアヴェンジャーズに加わろうとしたが、例によってパニッシャーが皆の前で二人を即処刑した為、これに怒ったキャプテン･アメリカはパニッシャーをシークレットアベンジャーズから外してしまう。シークレットアベンジャーズ、新たに加わったストーム、ブラックパンサーはネガティブゾーン監獄へ押し入ったが、既にハルクリングがハンク・ピムに成り済まして監獄に潜入しており、収容されたヒーローたちを独房から解放し戦いに参加させる。ドクター・ストレンジは瞑想の中でウォッチャーのウアトゥ（全宇宙の歴史を非干渉で観察する異星人の一人）と話し合い、ウアトゥは「何故、その計り知れない力を紛争の解決に役立てないのか」と尋ねた。ドクター・ストレンジはウアトゥに対し「人類の内紛に対して自分は干渉する権利を持たないが、この犠牲が人類に恩恵を与え、流される血が最も少なくなるように祈る」事を約束する。最終決戦が始まった。クロークが出入り口が閉鎖されようとしているネガティブゾーンから唯一の出口があるニューヨークへ戦闘要員をテレポートさせ、市街地でヒーロー同士の大乱戦が始まる。ネイモア・ザ・サブマリナーとアトランティスの軍勢がシークレットアベンジャーズに加勢し、チャンピオンズとソーのクローン、キャプテン・マーベルがアイアンマン側に助太刀。Mr.ファンタスティックはタスクマスターが放った弾丸からインビジブル・ウーマンを庇い、ハーキュリーズがソーのクローンを撃破。ザ・シングは一般市民を戦闘の巻き添えから護る為にフランスから帰還。キャプテン・アメリカとアイアンマンは1対1の対決に入る。キャプテン・アメリカがアイアンマンにとどめを刺そうとした時、警官隊とEMT、消防隊員が彼を取り押さえようとする。キャプテン・アメリカは、戦闘で破壊された市街を見、「この戦いが『自分が護ろうとしていた人々』に身勝手な考えと理想を押し付けてしまっていた」という現実とその犠牲の大きさを悟り、自らマスクを脱いで投降。その際にシークレットアベンジャーズへ退却を命じた。