1995年にイタリア・セリエAのインテルに移籍した。同年に就任したマッシモ・モラッティ会長が獲得した最初の選手となり、同時にセバスティアン・ランベルトもインデペンディエンテからインテルに移籍している。8月27日、スタディオ・ジュゼッペ・メアッツァで行われたヴィチェンツァ・カルチョ戦でデビュー。2011-12シーズン終了時点で16個のタイトルを獲得しているが、このうちの15個はキャプテンとして獲得したものである。獲得したタイトルは1個のUEFAカップ (1997-98) 、4個のコッパ・イタリア（2004-05・2005-06・2009-10・2010-11）、4個のスーペルコッパ・イタリアーナ（2005・2006・2008・2010）、5個のセリエA（2005-06・2006-07・2007-08・2008-09・2009-10）、1個のUEFAチャンピオンズリーグ (2009-10) 、1個のFIFAクラブワールドカップ (2010) である。2009-10シーズンにはイタリアのクラブとして初めて3冠（セリエA、コッパ・イタリア、UEFAチャンピオンズリーグ）を達成した。1997-98シーズンにはUEFAカップで優勝。決勝のSSラツィオ戦ではペナルティエリア外からのシュートでチームの2点目を記録した。この際にラツィオに所属していたロベルト・マンチーニは後にインテルの指揮を執っている。1999年にはジュゼッペ・ベルゴミが現役引退し、サネッティがキャプテンを引き継いだ。2000年にはリーガ・エスパニョーラのレアル・マドリードへの移籍を考えたが、モラッティ会長と話し合ってインテル残留を決めた。2004年、国際サッカー連盟 (FIFA) 100周年を記念してペレが選出したFIFA 100（偉大なサッカー選手125人）に選出された。2004-05シーズンにはコッパ・イタリアで優勝。リーグ王者のユヴェントスFCを破ってスーペルコッパ・イタリアーナのタイトルを獲得した。2005年8月28日のトレヴィーゾFC戦で右足の筋肉を断裂し、3ヶ月の欠場を余儀なくされたが、2005-06シーズンにはコッパ・イタリアで2連覇を達成。カルチョ・スキャンダルによってユヴェントスのスクデットが剥奪され、インテルが繰り上がりでリーグタイトルを獲得した。スーペルコッパでは延長戦の末にASローマを下して2連覇を達成した。2006年9月4日には、インテルの元キャプテンであり元会長でもあったジャチント・ファッケッティが死去。その直後に行われた2006-07シーズンのセリエA開幕戦では、「貴方は人としてあるべき姿だった。いなくなって寂しいよ...さようなら ジャチント」と刺繍を施したキャプテンマークを巻いて出場した。2002年11月6日のエンポリFC戦以降は約4年に渡って得点がなかったが、2006年11月5日のアスコリ・カルチョ戦で久々に得点した。同年夏にマイコンが加入すると、それまで主に右サイドバックを務めていたサネッティはサイドハーフにコンバートされたが、見事に適応してレギュラーを張り続けた。9月27日、バイエルン・ミュンヘン戦でインテルでの公式戦通算500試合出場を達成した。2006年11月22日、スポルティングCP戦で欧州サッカー連盟 (UEFA) 主催大会通算100試合出場を達成した。2006-07シーズンにはリーグ戦で2連覇を達成。2007年11月24日、ジュゼッペ・メアッツァで開催されたアタランタBC戦で、セリエA通算400試合出場を達成。「400」と大書されたキャプテンマークを巻いて試合に出場した。2008年9月、昇格組のUSレッチェ戦 (1-0) でインテルでの公式戦出場600試合を達成。試合後、副キャプテンのイバン・コルドバに記念皿をプレゼントされた。2008年2月に行われた2位ローマとの直接対決 (1-1) では、88分に同点ゴールを決めて引き分けに持ち込んだ。最終節までもつれた優勝争いを制して3連覇を達成。2007-08シーズンはチームで唯一全38試合に出場したが、イエローカードは1枚も受けなかった。2008年8月24日、ジュゼッペ・メアッツァで開催されたスーペルコッパのローマ戦はPK戦までもつれたが、最後はサネッティがPKを決め、インテルが2-2 (PK 6-5) で勝利した。これはクラブ・代表通じて自身初のPKであったが、「多分、誰も知らないだろうけど、僕がPKを蹴るのは人生で初めてのことだったんだ。幸いにも、上手くいったよ」と語った。9月24日のUSレッチェ戦でインテルでの公式戦出場600試合を達成。サネッティはディフェンダーに分類されることが多いが、2008-09シーズン前半戦はエステバン・カンビアッソやサリー・ムンタリなど中盤の選手に負傷者が続出したため、ジョゼ・モウリーニョ監督は10月のジェノアCFC戦やACFフィオレンティーナ戦などで、サネッティを再び中盤で起用した。これ以来、モウリーニョ監督はマイコン、ルシオ、ワルテル・サムエル、クリスティアン・キヴを4バックのレギュラーに据え、サネッティは主に中盤で起用された。同シーズンには4連覇を達成。2シーズン連続でリーグ戦全38試合に出場した。2009-10シーズンは自身もクラブも好調なスタートを切り、特にミラノダービーではライバルのACミランを4-0で粉砕した。10月17日のジェノアCFC戦 (5-0) では相手のボールを奪ってカウンターの起点となり、チームの2点目に貢献。同シーズンのセリエAで初めて5点差の勝利を挙げた10月24日のカルチョ・カターニア戦 (2-1) はセリエA通算476試合目の出場となり、クラブ歴代2位のジャチント・ファッケッティの記録に並んだ。サネッティはまた、公式戦149試合連続出場のクラブ記録も保持している。2010年3月27日、ローマ戦でイエローカードを貰い、累積警告で翌節のボローニャFC戦は出場停止となったため、リーグ戦連続出場が137試合で途絶えた。4月16日、ユベントスとのイタリアダービーに出場し、インテルでのリーグ戦出場500試合を達成した。セリエA最終節、スタディオ・アルテミオ・フランキで行われたACシエーナ戦では、得意のドリブルからペナルティエリア内のディエゴ・ミリートへパスし、ミリートの得点が決勝点となって優勝が決定。セリエAでは5連覇を達成し、コッパ・イタリアでも優勝した。UEFAチャンピオンズリーグでも順調に勝ち上がり、決勝ではバイエルン・ミュンヘン（ドイツ）を2-0で破って45年ぶりの優勝を果たした。決勝はインテルでの700試合目という節目の試合だった。キャプテンとしてビッグイヤーを掲げ、3冠を達成。2010年夏、インテルとの契約を2013年まで延長した。37歳71日だった2010年10月20日、サン・シーロで行われたUEFAチャンピオンズリーグのトッテナム・ホットスパーFC戦 (4-3) で先制点を挙げ、同大会での最年長得点記録を塗り替えた。なお、この記録は後にACミランのフィリッポ・インザーギやマンチェスター・ユナイテッドFCのライアン・ギグスによって塗り替えられている。サネッティは同大会で2点しか挙げておらず、最初の得点は1998年12月のSKシュトゥルム・グラーツ戦 (2-0) で挙げたものだった。12月には日本で開催されたFIFAクラブワールドカップ2010に出場し、準決勝の城南一和天馬戦では同大会史上最年長（37歳4ヶ月）で得点を挙げた。2011年1月19日のACチェゼーナ戦でセリエAでの出場試合数を520試合とし、ベルゴミが保持する歴代最多出場記録（519試合）を塗り替えた。5月11日、コッパ・イタリア準決勝のローマ戦セカンドレグで、プロ通算1000試合出場を達成した。2011-12シーズン、セリエAの20クラブでイタリア人以外がキャプテンを務めたのはインテルのみであった。11月20日のノヴァーラ・カルチョ戦で、ベルゴミが保持していた公式戦最多出場記録を更新した。12月3日のウディネーゼ・カルチョ戦でキャリア2度目の退場処分を受けたが、キャリア初の退場は1999年2月17日、コッパ・イタリアのパルマAC戦であり、12年以上も退場処分を受けなかった。2011-12シーズン終了時点で、17人もの監督の下でプレーしている。2012年8月23日、UEFAヨーロッパリーグ予選プレーオフ、FCヴァスルイ戦でインテルでの公式戦出場800試合を達成した。