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オックスフォード伯説は、初め1920年にジョン・トマス・ローニー(J. Thomas Looney)が提案し、これを支持したチャールトン・オグバーン(Charlton Ogburn)が1984年にさらなる研究成果をつけ加えたことで強化された。この学説は、オックスフォード伯の個人史とシェイクスピアの正典の劇中で起こる多くの出来事との間に見られる著しい類似点や、オックスフォード伯がロンドン劇場や同時代の劇作家と繋がりを持っていたことなどにその根拠を置いている。またオックスフォード派は、同時代の人々が伯爵の詩作や劇作の才能を賞賛していたこと、女王エリザベス1世や宮廷の生活にも近しかったこと、該博な知識と教養を備えていたこと、伯爵の書簡と正典の間に語彙や慣用表現、思考などの点において類似点が散見されること、伯爵の所蔵していた聖書の所々でアンダーラインを引かれた箇所が、シェイクスピアの戯曲で聖書が引用されている箇所と対応していることなどといった証拠を提示する。ローニーがオックスフォード伯説を展開した1920年の著書"Shakespeare Identified in Edward de Vere, 17th Earl of Oxford"は、フロイトやオーソン・ウェルズ、マーガレット・ガブリエル・ロング（Margaret Gabrielle Long、マージョリー・ブラウンやジョゼフ・シェアリングといったペンネームでヴィクトリア朝時代を舞台とした小説を多く書いた作家）を初めとする、20世紀初頭の知識人の多くを納得させた。この著書により、オックスフォード伯を真の作者とする考えが急速に支持層を広めることとなったのである。1984年に出版されたチャールトン・オグバーンの著書"The Mysterious William Shakespeare"は、オックスフォード伯説を裏づける新たな研究成果を数多く提示したばかりでなく、正統派の研究者が依拠する理論や方法に対する批判をもその内容に含んでいた。フォルガー・シェイクスピア図書館(Folger Shakespeare Library )の発行する研究誌"Shakespeare Quarterly"の書評の中で、同図書館の教育プログラム・ディレクターであるリッチモンド・クリンクレイ(Richmond Crinkley)も、オグバーンが提唱した研究理念に同意している。曰く「シェイクスピアに対する疑念は昔から存在し、急速に広まった。しかもそれらの疑いには単純かつ直截なもっともらしさがあった」「このもっともらしさは、これに応じた伝統的な学術研究の論調や方法論によって助長された」(Vol.36: p.518)。つまり、従来の保守的な研究者の「馬鹿馬鹿しくて真面目に論ずるに値しない」とでもいいたげな態度こそがこの疑念を促進させたのである。
他の候補者と同様、オックスフォード伯を正典に直接結び付ける証拠文書は存在しない。しかしオックスフォード派の人々は、伯爵の生涯とシェイクスピアの戯曲の間に見られる多くの類似点は、両者の関連を証明すると主張している。例えば、ハムレットの相談役ポローニアス(Polonius)のモデルとして知られる人物に初代バーリー男爵ウィリアム・セシルがいるが、オックスフォード伯をハムレットに見立てれば、バーリー卿は伯爵の後見人であったことから2人の登場人物の関係と重なる。そのうえ、『ハムレット』のヒロインであるオフィーリアはポローニアスの娘であるが、オックスフォード伯の妻はまさしくバーリー卿の娘アン・セシルであった。また、アン・セシルの兄トマス・セシルはオックスフォード伯のライバルであったが、これもハムレットに対するオフィーリアの兄レアティーズに該当する。バーリー卿が息子トマス・セシルのために書き送った家訓と、ポローニアスがレアティーズに与えた訓戒が酷似していることもしばしば指摘される（なお、全くの偶然ながら、バーリー卿は別の真作者候補ベーコンの叔父でもあり、マーロウがケンブリッジ大学に通っていた頃には同校の総長でもあった）。また伯爵の一人娘は第三代サウサンプトン伯ヘンリー・リズリー(Henry Wriothesley)に嫁いでいる。サウサンプトン伯はシェイクスピアのパトロンであり、物語詩『ヴィーナスとアドーニス』や『ルークリース陵辱』を献辞で奉げられた人物である。また『ソネット集』の献辞で「この作品の唯一の生みの親であるW.H.氏に」としてイニシャルで献呈を受けている人物や、同作品中に登場する美青年"Fair Youth"のモデルとなった人物も、サウサンプトン伯であるという説が最も有力である。さらに、シェイクスピアの二折判を刊行した二人の出版人はオックスフォード伯の義理の息子にあたる人物であった。また、伯爵のヨーロッパ旅行中に妻が身ごもったため伯爵は妻の不貞を疑っていたこと（『オセロー』）や、ヴェニス滞在時に借金せざるをえなくなったこと（『ヴェニスの商人』）、晩年に隠居して3人の娘に家督を譲ったこと（『リア王』）、フランスへ旅行した際に海賊の襲撃を受けたこと（『ハムレット』）など、伯爵の生涯には作中の事件を連想させる出来事が数多く見受けられる。その上、伯爵の紋章は槍(speare)を振る(shake)獅子の絵であった。その後の研究の中で発見されたオックスフォード伯説を裏づける最も有力な証拠は、伯爵が所有していたジュネーヴ聖書(Geneva Bible)である。ジュネーヴ聖書とは、過酷なカトリック復興運動を推進しイングランド国教会やプロテスタントを弾圧したメアリー1世治世のイギリスを逃れてスイスへ亡命していたカルヴァン派の神学者達が校訂・翻訳して1560年に出版した聖書である。これはイギリスへももたらされて高い人気を得ており、シェイクスピアもこの聖書を参照している。オックスフォード伯所蔵の聖書の中には所々下線を引かれた箇所が存在するが、これらの多くがシェイクスピアの作品中における聖書の引用箇所と一致していたのである。
オックスフォード派にとって最も不利な証拠は、伯爵が1604年に死去しているという事実である。少なからぬ戯曲が伯爵の死後に書かれていることを示す従来の研究は、彼らにとって致命的であるといえる。こうした不利な証拠に対しオックスフォード派は、執筆年代を特定した過去の研究は全てストラトフォード派の学者によってなされたものであるため、利己的な結果に偏ったものであると反論し、「作者が1604年ごろには死んでいた可能性」や「後期作品が1604年以前に書かれていた可能性」を数多く例示している（詳細は後述する「1604年問題」の節を参照）。
作者の没年の他にも、正統派にとっては受け入れがたい点がオックスフォード説には多く存在する。特にオックスフォード伯の生涯とシェイクスピア作品の間の関連が、全て推測に過ぎないということは正統派にとって譲れない事実である。また同時代の人々が伯爵の文才を賞賛していたとのことだが、実際には控えめな評価であり、絶賛といえる程のものではない。またオックスフォード派の人々を歓喜させたジュネーヴ聖書に関しても疑問が呈されている。伯爵による注記を詳細にリストアップして、該当するシェイクスピアの引用部分と比較研究してみると、当初喧伝された程の相互関係やパターンはないに等しいことが判明した。伯爵が下線を引いた部分に含まれるのと同じ語をシェイクスピアの作品中から探し出しただけであり、その数も伯爵の注記約1000箇所のうち正典中に類似した表現の見られるものが約2割、シェイクスピアが作中で聖書に触れた約2000箇所のうち伯爵の聖書において下線の引かれたものが約1割というのが「一致」の実数である（シェイクスピアと同時代の別の作家の作品を調査して同程度の結果が出ても不思議な数ではない）。これによって伯爵の聖書を真の作者の用いた聖書であったと断定することに対する正統派の反対の声は大きく、オックスフォード派の希望的観測にすぎないとの反論がなされている。また、オックスフォード派やベーコン派が依拠している仮定の1つに根本的な反対意見を述べている批評家もいる。すなわち、シェイクスピアは無学であり宮廷の生活に詳しくなかったので、あれらの作品を書くことはできなかったはずだという仮定である。彼らの主張するところによれば、宮廷での上演経験もあり貴族のパトロンもいたシェイクスピアは確実に宮廷に通じており、その一方でオックスフォード伯やベーコンは一般庶民の使う俗語を聞き知る機会に恵まれていなかったと考えられるとのことである（詳細は「シェイクスピアの階級」の節を参照）。
1595年頃にベーコンが代書人を雇ったことが知られているが、この代書人がベーコンの正体を隠して国王一座と交渉した人物である可能性がある（国王一座の同僚でファースト・フォリオの編集人であるヘミングスとコンデルは、その序文で「私たちが受け取った原稿にはほとんど書き損じがなかった」と書いているが、上述の通りシェイクスピアはまともに読み書きができたのかさえ疑われている程であるため、プロの代書人の存在が仮定されている）。ベーコン派の強調するところによれば、ベーコンが司法長官に就任した1613年は、シェイクスピアが作品の発表を止めた時期と一致している。また、ベーコンは多くの候補者の中で唯一ファースト・フォリオ刊行時（1623年）にも存命だった人物であり、これもベーコンが政治的に失脚して暇な時間が増えたため、後代のために自分の著書を次々と公刊していた時期（1621年 - 1626年）と一致するのである。『ヘンリー八世』は1613年の作品であるが、ベーコンの失脚（1621年）への言及が含まれており、シェイクスピアが1616年に死んでから5年以上後に改訂された可能性があるという解釈がなされている。この議論は登場人物の枢機卿ウルジーが国璽尚書から罷免されるという劇中の事件に基づいており、これがベーコン自身の罷免という歴史的事実を反映していると解釈したものである。ベーコンは収賄容疑で失職したのに対し、ウルジー枢機卿が罪に問われたのは国王ヘンリー八世と王妃キャサリンの離婚を認可するのを先延ばしにしてほしいと教皇に請願したための失寵が直接の原因であった。しかし、ウルジーが国璽を剥奪される直前の第3幕第2場で、ヘンリー八世は偶然手にしたウルジーの財産目録に関心を寄せている。King Henry. The several parcels of his Plate, his Treasure,Rich stuffs, and ornaments of household, whichI find at such a proud rate, that it outspeaksPossession of a subject.ヘンリー国王 食器が数組に、宝石類。上質な織物に、家具調度。いずれを見ても一臣下の個人所有とは信じられぬほどの高級品ばかりではないか。 — 『ヘンリー八世』第3幕第2場数行後のト書き（「ノーフォーク公、サフォーク公、サリー伯、宮内大臣、再びウルジー枢機卿の元へ登場」）において登場した4人の人物によってウルジーは国璽を剥奪される。しかし、史実においてこの1件に関わったのはノーフォーク公とサフォーク公の2人だけであるにもかかわらず、なぜかシェイクスピアはサリー伯と宮内大臣を同時に登場させている。ベーコンの場合には、国王ジェームズ1世がこの任を引き受けるよう依頼したのは大蔵卿、王室執事長、宮内大臣、アランデル伯トマス・ヘイワード (Thomas Howard) である。アランデル伯はサリー伯でもあったので、シェイクスピアが付け加えた2人の貴族はベーコンを落魄の身に追いやった4人の内の2人と一致するのである。
ベーコンが正典の作者にふさわしい適性をもっていたことを示す証拠が存在する。シェイクスピアの豊かな語彙に関連した一例を挙げるならば、最初の英語辞典を編纂したサミュエル・ジョンソンによる次のような言葉がある。「英語の辞典は、ベーコンの著書からだけでも編纂が可能であるかもしれない」。詩人のP・B・シェリーは、ベーコンの飾り気のない正式な文体について証言している。ベーコン卿は詩人であった。彼の言葉は甘美で堂々としたリズムをもって感官を満たし、同様にほとんど超人的とさえいえるその知識は知性を満足させる……。 — P・B・シェリー Defense of Poetryベン・ジョンソンは、ファースト・フォリオにおいてシェイクスピアに宛てた献辞で「あの横柄なギリシアや傲慢なローマが生み出したすべての作品(Of all, that insolent Greece, or haughtie Rome...)」よりもシェイクスピアの作品を高く評価しているが、後年の著作において、ジョンソンはベーコンを讃えるのに同じ表現を用いている。ベーコンは横柄なギリシアや傲慢なローマに比肩しうる、もしくはそれにもまさるすべての作品を我らの言語で生み出した。([Bacon] performed that in our tongue which may be compared or preferred either to insolent Greece or to haughty Rome...) — ベン・ジョンソンベーコンが国家の歴史を書くことに関心を抱いていたことは、1621年の著書"History of the Reign of Henry VII"や、1608年の論文"Memorial of Elizabeth"、グレート・ブリテンの歴史を書くための財政支援を無心した1610年のジェームズ国王宛の書簡などからも明らかである。ベーコンとシェイクスピアはいずれも1377年から1603年の君主とその治世を（ベーコンは歴史学として、シェイクスピアは史劇として）、互いに歴史観を重ねることなく描き出した。そして1623年、ベーコンはチャールズ王太子（後の国王チャールズ1世）に対して、ヘンリー8世に関する論文の執筆依頼を辞退するという返事を出している（シェイクスピアは1613年の時点で既に『ヘンリー八世』を脱稿していた）。
グレイズ・イン法学院(グレイ法曹院; Gray's Inn)で伝統的に催されていたクリスマス・パーティでは、舞踊や宴会の他に、余興として芝居と仮面劇を上演することになっていた。1594年から翌年にかけての冬に開催された祝祭では、上演されたアマチュア演劇の全てが記録に残されている。この記録文献『グレイズ・イン法学院録』("Gesta Grayorum")において、執筆者のデズモンド・ブランドはこれらはみな上流階級の人間が身に付けているダンスや音楽、演説、演技力といったことの訓練にするつもりであることを記している。ジェームズ・スペディングは、この記事の執筆にベーコンが関与していたと考えている。『グレイズ・イン法学院録』は1688年に公刊された68ページのパンフレットである。この中で、1594年12月28日（幼な子の日。イエス・キリスト生誕直後のこの日にヘロデ大王の命令でベツレヘムの幼児が大量虐殺された）に「プラウトゥス(Plautus)の『メナエクムス兄弟』("Menaechmi")によく似た『間違いの喜劇』という作品が上演された」との記述があり、これが記録に残っている限りでは『間違いの喜劇』の最初の上演である（なお、実際にこの作品はほぼ同時期に英訳・上演された『メナエクムス兄弟』を種本として書かれている）。問題は、舞台に立ったのが誰であるにせよ、シェイクスピアとその劇団でなかったことだけは確実であるという証拠の存在することである。シェイクスピアの所属していた宮内大臣一座は、同じ日にグリニッジで女王のための上演を行っていたことを示す1595年3月15日付の文書が宮廷に残っている。E・K・チェンバースによれば、宮廷での上演は常に夜間開催され、午後10時頃に始まって翌日の午後1時まで続いたとのことであり、宮内大臣一座が両公演に出演することはおよそ不可能である。しかも、実行委員会による全ての出納を記録したグレイズ・イン法学院の帳簿からは、この戯曲の上演にあたって作家や劇団に報酬を支払った形跡が一切見られない。ベーコン派研究者の考えによると、これは『間違いの喜劇』がこの祝宴のための出し物として、法学院のメンバーによって執筆・上演されたものだからに他ならない。この議論に難点があるとすれば、『法学院録』の記述では出演者達のことを「本職の一座と一般の人たち」と述べていることで、これはプロの劇団を指すことはあっても法学生を指すことはないという点である。しかし、『法学院録』の陽気な語調と、「魔法使いだか手品師だか」が「ドタバタ喜劇をメチャクチャにした」と非難されていることから、「本職の一座」というのは法学院の学生劇団のことを冗談めかして表現したものだろうとベーコン派研究者は解釈している。実際法学院は祝宴の前後に劇団を設けており、1595年2月11日の出納簿にも「100マルクの支出：この懺悔季節（shrovetide、灰の水曜日前の三日間）における女王陛下の御前での運動競技会と公演への報酬として」という記録がある。この役者達がベーコンの指導下にいたという証拠がある。バーリー男爵ウィリアム・セシルに宛てた1598年以前の書簡で、ベーコンは「四法学院（グレイズ・インの他にミドル・テンプル(Middle Temple)、インナー・テンプル(Inner Temple)、リンカーンズ・イン(リンカーン法曹院; Lincoln's Inn)の四学院が存在していた）主催の仮面劇に参加できなくて残念です…（中略）…グレイズ・インからは12人が参加して仮面劇を行なう予定です」云々と書いているのである。また1613年にホワイトホールで上演された仮面劇でフランシス・ボーモントが書いた献辞でベーコンはグレイズ・インとインナー・テンプルの両法学院における上演の「主要立案者」と呼ばれている。またベーコンは1594-95年の祝祭より前に会計係を務めていたこともあった。一方、『間違いの喜劇』を上演したのはやはり宮内大臣一座であったろうと考える研究者は、その居所に関する矛盾は宮廷の記録ミスであると解釈している。W・W・グレッグは以下のような説を提示した。「宮廷の財務官の記録によれば、宮内大臣一座は12月26日と12月28日の御前公演の報酬を受け取っている。しかしこれらの記録では、海軍大臣一座に対しても12月28日に支払いがなされている。御前公演が一夜に二度行なわれた例がないわけではないが、財務官が27日と書くべきところを28日と間違えて記載したと考えるのが妥当であろう」。
『法学院録』の最終段落（右図参照）では'greater lessens the smaller'という構文が用いられているが、これは『ヴェニスの商人』（1594年–1597年）の第5幕第1場で使用されているのと同じものである。Nerissa. When the moon shone we did not see the candle.Portia. So doth the greater glory dim the less,A substitute shines brightly as a KingUntil a King be by, and then his stateEmpties itself, as doth an inland brookeInto the main of waters.ネリッサ 月が輝いていたときにはロウソクが見えませんでした。ポーシャ そう、強い光は弱い光を霞ませてしまうのよ。代理人が国王として輝いていられるのも、正当な国王が戻ってくるまでのこと。そうなれば代理人の立場なんて無意味になってしまうわ。小さな川の流れが大きな海へ溶け込んだときのように。 — 『ヴェニスの商人』第5幕第1場『法学院録』は、『ヴェニスの商人』のこの一節と同じテーマや例を3つ用いている。貴族のために影の薄くなってしまう臣下、天体の輝きによって霞んだ淡い光、海へ溶け込んで薄められる川などである。ベーコンもまた1603年以降のエッセイにおいて、これらの例の内2つを使用している。「完全な混和の第二の状態は、より強いものがより弱いものを弱めるというものである。したがって二つの光が合わさったときにはより強い光がより弱い光を暗くするということが分かる。そして小さな川は大きな川へ流れ込み、それ自体としての名前も流れも失うのである」。「名前も流れも失う」とよく似た表現が『ハムレット』（1600年 - 1601年）の第3幕第1場にも見られる。Hamlet. With this regard their currents turn awryAnd lose the name of action.ハムレット 大事業もこうして流れをよどませ、行動を起こす名分を失ってしまう。 — 『ハムレット』第3幕第1場ベーコンは自分の参照した資料に言及するのを注意深く避け、自身の著作においてシェイクスピアの名に触れることは一度もなかった。『法学院録』が1688年の出版以前に回覧されていたとしても（そのような事実は知られていないが）、手にすることができたのは法学院の関係者に限られていただろうともベーコン派は主張している。
ことわざや比喩、警句、定型の挨拶文などを集めた1655篇の手稿からなる『慣用表現と上品語の宝庫』（"Promus of Formularies and Elegancies"、略称『プロムス』）と題された雑記帳が19世紀に発見された。自作の断章も含まれてはいたが、大半は他の文学者の引用であった。出典には、セネカやホラティウス、ウェルギリウス、オウィディウスといったギリシア・ローマの古典文学者や、ジョン・ヘイウッド(John Heywood)の"Proverbs"（1562年）、モンテーニュの『エセー（随想録）』（1575年）、その他フランスやイタリア、スペインの文学者が含まれる。エドワード・トンプソン卿(Edward Maunde Thompson)は、この『プロムス』（最終部分を除く）はベーコンの手になるものだと結論を下した。実際、原稿第115葉の裏にはベーコンの署名がある。この雑記帳の内、原稿に日付が入れられているのは3枚目（1594年12月5日）と32枚目（1595年1月27日）の2箇所だけである。『プロムス』中に書き込まれた表現の多くが、シェイクスピアのファースト・フォリオにおいても使用されている。以下、若干の例をあげる。So I say both of Galen and Paracelsus.ペーローレス「ガレノスもパラケルススも口を揃えて」 — 1603年–1605年作『終わりよければ全てよし』第2幕第3場Galens compositions not Paracelsus separations. — 『プロムス』84葉目裏Then may I set the world on wheels, when she can spin for her living.（ラーンス「あの女が糸車を回す仕事をしてくれればうまくいくな、金は天下の回りものってくらいだからな」） — 1589年–1593年作『ヴェローナの二紳士』第3幕第1場Now toe on her distaff then she can spynne/The world runs on wheels.  — 『プロムス』96葉目裏O, that right should o'rcome might. Well of sufferance, comes ease.（女主人「ああ、無理を通せば道理が引っ込むってやつかしらね。まあ、人生苦もありゃ楽もあるでしょうよ」） — 1589年–1593年作『ヘンリー四世 第2部』第5幕第4場Might overcomes right/Of sufferance cometh ease. — 『プロムス』103葉目表正統派研究者の見解としては、これらの語句は上記の例を見ても分かる通り極めてありふれたものであり、全く別の人物によって書かれた『プロムス』と正典の中でこれらが同時に使われていたとしても不思議なことではない。
『トロイラスとクレシダ』（第2幕第2場）には、アリストテレスの思想に関してシェイクスピアがベーコンと全く同じ解釈を下している箇所がある。Hector. Paris and Troilus, you have both said well,And on the cause and question now in handHave glozed, but superficially: not muchUnlike young men, whom Aristotle thoughtUnfit to hear moral philosophy:The reasons you allege do more conduceTo the hot passion of distemper’d bloodパリスにトロイラスよ、よくぞ申した。しかし、いま直面している原因と問題についてはまったく表面的で深みのない議論であった。アリストテレスが倫理学を学ぶのにふさわしくないといった若者のいうことと大差がないのではないかな。お前たちの申し立てる理屈はむしろ、狂った血をよりいっそう情熱に沸かすことにしかならないだろう。 — 『トロイラスとクレシダ』第2幕第2場ベーコンの著書においてもこれと類似した見解を見出すことができる。実際、『ニコマコス倫理学』においてアリストテレスは「したがって、青年は政治学講義の聴講者にはふさわしくない。そして青年は熱情に流されがちであるため、その勉学は失敗し無利益に終わることだろう」と書いている。シェイクスピアとベーコンの著作それぞれにおいて、この一節に情熱や熱気という比喩を用いている上に、「政治学」を「倫理学」に置き換えるという改変を加えているところまで一致しているのである。シェイクスピアの戯曲はベーコンの著書の刊行に先立っているため、後者が前者の表現を借用したと考えられないことはない。ただし、アリストテレスは政治学と倫理学を同等視していたことから、2人揃って同じテキストから同じ（「解釈」という程のこともなく）推論をしたと見なすこともできる。アリストテレスの著書を精読すれば、そこで述べられていることを「青年は倫理学のみを勉強するべきであり、唯一政治学だけは勉強するべきではない」と解釈することは不可能である。また「情熱」の語も、青年について用いられる語句としては全くありきたりなものであり、アリストテレス自身も使用している。
クリストファ・マーロウ（Christopher Marlowe、1564年 - 1593年）はエリザベス朝演劇の基礎を築いた劇作家の1人である。このクリストファー・マーロウを真の作者と考える人々もまた少なくない。しかしマーロウがオックスフォード伯やベーコンと決定的に異なっているのは、シェイクスピアと同年の生まれながらシェイクスピアよりも早くから人気作家としての地位を確立し、シェイクスピアが劇作を始めた1593年の時点で既に死去していることである。マーロウ派の人々は、この死は偽装であり、生き延びたマーロウが「シェイクスピア」という別の名前で劇作を続けていたのだと主張している。
マーロウ説が浮上したのは1895年頃であり、20世紀初頭からアーチー・ウェブスターらによって広められた。しかしマーロウを真の作者とする最も詳細な理論を構築したのはアメリカのジャーナリスト、カルヴィン・ホフマン(Calvin Hoffman)とその著書"The Murder of the Man who was Shakespeare"（1955年）である。マイケル・ルボ(Michael Rubbo)によるドキュメンタリー映画"Much Ado About Something"（2001年）においても、マーロウが真作者であった可能性を検証している。
1593年、居酒屋でイングラム・フライザーという男と口論から喧嘩になり、ナイフで刺されて死亡した後無縁墓地に埋葬された。歴史にはこう書かれているが、実はこのマーロウの死は偽装であるというのがマーロウ派の考えである。この頃マーロウは無神論者（当時は犯罪者である）の嫌疑を掛けられていた。当局の調査により逮捕されて死刑になる可能性が高まったため、パトロンであったトマス・ウォルシンガムが中心となって偽装殺人事件を演出し、うまくイタリアへ逃げ遂せたマーロウはその後「シェイクスピア」という筆名で執筆活動を続けたのだというのがマーロウ派の考える筋書きである。殺害犯のフライザーがトマス・ウォルシンガムの使用人であることや、トマス・ウォルシンガムが後の国務大臣フランシス・ウォルシンガム卿(Francis Walsingham)の従兄弟であったため諜報機関との繋がりがあったこと、またマーロウの周囲には舞台関係者が大勢いたため偽装殺人事件の演出くらいならばお手の物であったことなどがその状況証拠である（なお、マーロウは学生時代からスパイとして活動していたという噂もある謎めいた人物であったため、ウォルシンガムが口封じのためにマーロウを謀殺したのだという説もある）。マーロウの死が偽装であり1593年以降も存命であったことを示す証拠文書として提示されるのは、1599年と1602年にスペインのバリャドリッドで「クリストファー・マーロー」(Christopher Marlor)なる人物が逮捕されていたことを記録した外交文書である。また1604年にゲイトハウス監獄(Gatehouse Prison)に短期間拘留され、やはり諜報機関の幹部であった初代ソールズベリー伯ロバート・セシル（オックスフォード伯の義父であった初代バーリー男爵ウィリアム・セシルの次男）に保釈金を出してもらうことで釈放された「ジョン・マシュー」(John Mathew)なる人物こそ、偽名を用いていたマーロウだとされる。正統派研究者からは、マーロウだのマーレイだのといった名前は極めてありふれたものであり、それらの文書に記載されたのが果たしてマーロウその人であったかどうか確かめようがないとの反論がなされている。マーロウ派の人々をとらえて離さないのは、シェイクスピアとマーロウが同年の生まれである上に、シェイクスピアの公的な経歴の始まりが、マーロウが死んだ（とされる）時期とほぼ一致するという事実である。シェイクスピアの処女出版である『ヴィーナスとアドーニス』は1593年4月4日に刊行許可が下りている（実際に配本となった日付は記録されていない）。初版本には"William Shakespeare."との署名でサウサンプトン伯への献辞がある。また俳優としてのシェイクスピアに関する記録は1594年の12月から始まるのである。マーロウ派研究者は、マーロウとシェイクスピアの作品を他の作家による作品と比較して計量文献学（Stylometry、コンピュータを用いて、各語の平均的な字数や語彙、前置詞の用法や特殊な用語の使用頻度などを比較する。近代的かつ実証的である反面、ジェイムズ・ジョイスの『ユリシーズ』の著者は5人おり、いずれも『フィネガンズ・ウェイク』の著者とは別人であるなどという結果が出ることもある）の見地から調査を行った。最初にこの方法で検証を行ったのはトマス・メンデンホール(Thomas Corwin Mendenhall)であり、その後Louis Uleとジョン・ベイカーがさらに徹底的な研究を重ねた。その結果、対象となった何人かの作家の中でマーロウとシェイクスピアだけが語彙や使用頻度の一致を見せ、しかも一文の平均語数が4.2と全く同じ数値を示したのである。正統派の研究者は、そうした類似点が見られるのはシェイクスピアの若い頃から人気のあったマーロウの影響が現れたためとも考えられ（事実、『ヴェニスの商人』などはマーロウの作品『マルタ島のユダヤ人』（"The Jew of Malta"、1589年？)を種本としており、類似点が多いことはむしろ当然といえる）、2人が同一人物であったことを示す有力な証拠とはなりえない、また2人の作品はたとえ語彙が似通っていたとしても、文体や完成度の高さが全く異なると答えている。シェイクスピアの複雑な人物造形の才能や、散文及び弱強五歩格(Iambic pentameter)だけでなくそれ以外の韻律を用いた韻文の技術、喜劇作家としての天賦の才能などの痕跡は、マーロウが残した7本の戯曲からは見出すことができないのである。こうした文体や主題の不一致に関してマーロウ派は、マーロウは野心的な作家であり大胆な文体実験を行っていたのだ、当局の目をごまかし続けるためには文体を変える必要があったのだと説明している。
21世紀に入ってからも新たな候補者が現れた。シェイクスピアの遠い親戚に当たる同時代の外交官、ヘンリー・ネヴィル（Henry Neville、1562年 - 1615年）である。プリマス大学(University of Portsmouth)の非常勤講師ブレンダ・ジェームズとウェールズ大学アベリストウィス校(University of Wales)教授ウィリアム・ルビンシュタインによる共著"The Truth Will Out"（2005年）において提唱された学説で、ネヴィルの経歴を調べてみると、多くの戯曲の書かれた時期に、作中の舞台となる場所をネヴィルが訪れていること、ネヴィルの生涯と作中の事件に暗合が見られることなどがその論拠である。ネヴィルは1599年にフランス大使を務めていることから、同じ時期に書かれた『ヘンリー五世』にフランス語が頻出している事実と符合する。外交官であれば、シェイクスピアに備わっていたはずのない外国語や宮廷に関する知識を持っていたことは明らかである。他にもネヴィルは諸外国を公務で訪れているが、ウィーン（『尺には尺を』）やヴェローナ（『ロミオとジュリエット』『ヴェローナの二紳士』）、デンマーク（『ハムレット』）など、シェイクスピア作品の舞台となった国が多い。特にジェームズとルビンシュタインが強調するのは、シェイクスピアの史劇は密かに前王朝のプランタジネット朝を支持するものだという点である。ネヴィルは、1601年に第2代エセックス伯ロバート・デヴルーが企てたクーデターに連座したため、ロンドン塔に幽閉されている。作風が重くなっていった時期と一致しており、当時の現体制であるテューダー朝に忠実なものでないことにも説明がつく。そもそもネヴィルはプランタジネット朝の血を引いており、その上政治犯とあっては著者として表に名を出す訳にいかなくなったため、遠い親戚のシェイクスピアに名前を借りて作品を発表していたのだという説である。またジェームズとルビンシュタインは、ロンドン塔幽閉中にネヴィルが記した文書の内容が『ヘンリー八世』の中で使用されている、また計量文献学による両者の文体比較から、シェイクスピアとネヴィルの文体や語彙、特殊語の使用頻度などには類縁性が見られるとも主張している。
それ以外の人物を真作者とする学説も数多く提案されている。作家・翻訳者としてのみならず文学者の庇護者としても知られるペンブルック伯夫人メアリー・シドニー(Mary Sidney)、第6代ダービー伯ウィリアム・スタンリー(William Stanley)、サー・エドワード・ダイアー(Edward Dyer)、第5代ラトランド伯ロジャー・マナーズ(Roger Manners)などがその主な顔ぶれである。ラトランド伯の場合には、サー・フィリップ・シドニー（Philip Sidney、詩人としても有名であった）の娘でもある夫人のエリザベス・シドニーや、その伯母に当たるペンブルック伯夫人メアリー・シドニーとの共著説もある。そもそも別人説の起こる理由の1つに「平民にこれだけすばらしい作品を書くことができたのか」という疑念があるため、いずれも貴族が多いが、アイルランドの反乱軍兵士ウィリアム・ヌージェント(William Nugent)のような風変わりな説も合わせると、50人を優に超える人物が候補として挙げられている。その中には、ファースト・フォリオに掲載されたシェイクスピアの肖像画と似ているからというだけの理由で提示されたエリザベス1世説や、マルコムXによるジェームズ1世説なども含まれる。2016年10月25日時点の研究では、共著説が最有力となっており全集にもその但し書きが付される。
マーク・アンダーソン(Mark Anderson)は著書"Shakespeare by Another Name"においてシェイクスピアの作品それぞれの執筆年代を調べ、作者が1604年に謎の休筆をしていることに注目した。1593年から1603年にかけて、シェイクスピア作品は少なくとも年に1作、多い時には4作もの割合で出版されていたのだが、その後1604年に入ると、シェイクスピアは突如として沈黙期に入り、約5年間新作の発表が途絶えたのである。初期の史劇の再版も1604年を1つの転換点としている。1593年から1604年までの間、シェイクスピア作品の劣悪な海賊版が数多く出版されては、その直後に増補ないし改訂された公式の再版本が刊行されるといういたちごっこが続いていた。ところが1604年を過ぎると、この新しい増補や改訂が行われなくなったのである。この点においてもシェイクスピアの仕事が1604年に中断されていることが見て取れるが、当時存命であったストラトフォードのシェイクスピアが作者であるならば、名声の頂点に達していた頃に筆を折るべき理由がないのである。アンダーソンはさらに、シェイクスピアは16世紀の終わり頃まではその時点で最新の科学的発見や出来事を作品の中へ盛り込んでいたのにもかかわらず、オックスフォード伯の死去した1604年頃から科学に関しても沈黙を守るようになったことに喚起を促している。いくつかの例の内目立ったものを挙げるならば、1604年の10月に見られた劇的な超新星（SN 1604）や、1609年に発表されたケプラーの惑星軌道に関する画期的な研究について、作品の中で全く触れられていないのである。W・R・チェトウッド(W.R.Chetwood)は1756年に、著書"Memoirs of the Life and Writings of Ben Jonson"において、上演記録に基づきながら「1603年の終わりもしくは翌年のはじめに、シェイクスピアは作家としても役者としても、舞台に別れを告げたのだ」と結論付けている。1874年、ドイツの文学史家カール・エルツェ(Karl Elze)は、シェイクスピアの最後期の作品とされる『テンペスト』と『ヘンリー八世』はいずれも1603年から1604年に掛けて書かれたものだと述べている。さらに、18世紀から19世紀の研究者の多くが『ヘンリー八世』の執筆年代を1604年以前としている。ただし、シェイクスピア作品の執筆年代はいずれも推測であり、完全に年代を特定された作品は極めて少ない。1604年以降執筆をしていないというのはオックスフォード派による研究成果であり、ストラトフォード派の研究者の多くは『冬物語』や『テンペスト』を1610年頃に書かれた作品と考えている。しかしそれでも、1590年以降毎年少なくとも1作は執筆していたシェイクスピアの書誌の中で、1604年と1605年だけが空白となっていることに関しては従来の研究者も同意している（ストラトフォード派の書誌とオックスフォード派の書誌を比較されたい）。オックスフォード派の研究者は、それに加えて以下のような証拠を例示することで、シェイクスピアのものとされる戯曲や詩を書いた人物は1604年頃、遅くとも1609年までには死去していたはずであるという結論を出している。これらの見解の真実性が明らかになれば、正統的ストラトフォード派の学者がその拠り所を失うことになるのは確実である上、ベーコンやネヴィルも真作者候補から外されることとなるため、この問題はオックスフォード派にとって最重要の立脚点であるばかりなく、反ストラトフォード派全体にとって極めて重要な論点となっている。
オックスフォード派は、作者は遅くとも1609年までに死んでいたはずであると主張しているが、この1609年とはShake-Speareの『ソネット集』出版の年であり、冒頭に置かれた献辞がその証拠である。この献辞は著者によってではなく「T.T.」というイニシャルの人物によって書かれており、これが出版人トマス・ソープ(Thomas Thorpe)であるということにはほとんどの研究者が同意しているが、問題は"'our ever-living Poet'"なる言葉である。刊行者から著者である「我らが不滅の詩人」に奉げるという意味であるが、この「不滅の」なる語が存命の人物に対して冠せられることはめったになく、通常は死者に対してしか用いられない言葉であり、1616年まで生きたストラトフォードのシェイクスピアには当てはまらないのである。ストラトフォード派の研究者は、それよりももっと早い時期、作者が（その正体が誰であれ）まだ生きていたとオックスフォード派も認めざるをえない1598年に、明らかにシェイクスピアに言及した詩の一節、"Live ever you, at least in Fame live ever: Well may the Body die, but Fame dies never"（永遠に生きよ。少なくとも名誉のもとで永遠に。肉体が死んでも、名誉は決して死にはしない）を引用することをもって答えている。しかしこれはあくまで類似の表現であり、ストラトフォード派の人々は「不滅の」という語が存命の人物に対して用いられた例を発見するには至っていない。
（詳細は後述する「ストレイチー書簡」の節を参照）主流の研究者達によって、『テンペスト』は1610年に書かれた難破事件に関する記録から着想を得たものであることが示されている。1609年、アメリカ植民地へ向かうイギリス船Sea Venture号が嵐に巻き込まれて難破し、消息を絶った。乗員は全員死亡したものと考えられていたが、翌年になって無事に帰還し、大きな話題となった。生存者ウィリアム・ストレイチーによる書簡（出版されたのは1625年）の写しやシルヴェスター・ジョーダンの『バミューダ島発見記』（"A Discovery of the Bermudas"、通称「バミューダ・パンフレット」）が1610年に広く出回っていたので、嵐の描写の類似などからシェイクスピアがこれらを参照していたというのが定説になっている。しかし、文学者のケネス・ミューアが「私が思うに、バミューダ・パンフレットがこの作品に及ぼした影響の大きさは誇張されているのではないか」と疑義を表明したのである。ミューアは、ストレイチーの報告書よりも前に書かれたセント・ポールによるマルタでの難破報告書と『テンペスト』との間で共通する13の主題や言い回しを引用している。加えてオックスフォード派は、『テンペスト』に登場する言葉やイメージの引用元として、リチャード・エデンの"The Decades of the New Worlde Or West India"（1555年）やエラスムスの"Naufragium"（"The Shipwreck"、1523年）の存在を強調する。これらはいずれも『テンペスト』に影響を与えたかもしれない資料として従来から知られていたが、オックスフォード派はこれこそが種本であったということを証明するために新しい調査を進めている。
ストラトフォード派研究者の間では、『ヘンリー八世』が1612年から1613年の作品であるということは了解事項となっている。1612年にエリザベス王女の結婚式のために書かれたらしいことや、翌1613年の上演のさいに第3幕第4場で祝砲を鳴らしたところ、飛び散った火薬から引火してグローブ座が全焼したという事件があるためである。しかしオックスフォード派研究者は、それから50年後の1663年に書かれたサミュエル・ピープスの日記に『ヘンリー八世』を「新しい」作品と称している箇所を見つけ出した。つまり、とうの昔に上演された作品であることを知らない人は多かったのである。ということは、1612年よりも前（具体的には1604年以前）に書かれた作品である可能性がない訳ではない。さらには、18世紀から19世紀の大多数の研究者（サミュエル・ジョンソン、ルイス・シオボールド(Lewis Theobald)、ジョージ・スティーヴンス(George Steevens)、エドモンド・マロウン(Edmond Malone)、ジョン・ハリウェル＝フィリップス(John Halliwell-Phillipps)など）は、いずれも『ヘンリー八世』の執筆年代を1604年以前としている。
またストラトフォード派は、オックスフォード説にとっては根底を覆されるほど不利な証拠となる作品として『マクベス』を挙げる。この作品は伯爵死後の1605年11月に露見した火薬陰謀事件の余波の中で書かれたものであると考えられるためである。とりわけ、第3幕における門番のセリフに出てくる"equivocation"（二枚舌。同一の曖昧な言葉を複数の意味で使用するという虚偽はどこまで許容されるかという議論も意味する）が、この事件に関与して処刑されたヘンリー・ガーネット神父(Henry Garnet)を指している可能性が高いことも指摘される。オックスフォード派は、この"equivocation"はエリザベス1世の宰相ウィリアム・セシルによる1583年の政治論文もしくは1584年にスペインの高位聖職者マルチン・デ・アツピルクェタ(Martin de Azpilcueta)によって書かれ、ヨーロッパ中に広まって1590年代にはイギリスへも流入していた綱領で扱われていたテーマでもあると反論している。ニュー・ケンブリッジ版全集においてA・R・ブラウンミュラー(A. R. Braunmuller)も、1605年以降の作品と断定するには根拠が薄弱であり、遅くとも1603年以降と見ておくのが妥当であると述べている。またオックスフォード派は、王の殺害と王位簒奪を主題としている作品であることから、『マクベス』がジェームズ1世の即位（1603年）を祝うために書かれたという定説をも疑問視している。
1969年と1977年に刊行されたペリカン叢書(Pelican Books)版のシェイクスピア全集において、編集責任者のハーバード大学教授アルフレッド・ハーヴィッジ(Alfred Harbage)は、従来シェイクスピアの後期作品と見なされてきた『マクベス』『アテネのタイモン』『ペリクリーズ』『リア王』『アントニーとクレオパトラ』の執筆年代はいずれも1604年を越えるものではないという見解を示した。本当の執筆年代は従来考えられてきたよりも前であると主張するオックスフォード派研究者は他にも多い。執筆時期を特定するための証拠として、作品中に現れる時事的な隠喩を判断材料とするのは当然のこととされているが、こうした時事的な問題を反映させたり、特定の人物や政治的事件に敬意を表したりするために、俳優や劇団の配慮で台本が修正されるという、舞台芸術の世界では伝統的に行われていた改変が加えられている可能性を無視しているというのがその論拠である。しかしオックスフォード派研究者の中にも、『ヘンリー八世』『アテネのタイモン』『ペリクリーズ』といった後期作品の推定執筆年代は従来の見解と大きく異なるものではないと考える者はいる。これらの戯曲はシェイクスピアの未完成作品であり、1604年に作者が没した後に別の人物が補筆して完成させたのだという立場からである。事実、これらの作品がシェイクスピア単独の著作ではなく別人の手が入っている（『ヘンリー八世』はジョン・フレッチャー、『アテネのタイモン』はトマス・ミドルトン、『ペリクリーズ』はジョージ・ウィルキンズ(George Wilkins)による）ことは主流派研究者の間でも共通の見解である。シェイクスピアが1604年以前に単独で完成させたのか、1604年に没してから別人が加筆したのか、あるいは1604年以降も存命のまま別人と共同執筆したのかを断定する決定的証拠はいずれの学派も発見していない。
もはや信仰に近いとさえいえる難解な解釈をする研究者は、シェイクスピアの正典の中に暗号の形で隠された秘密のメッセージを見出すことでこの問題を解決しようと考えている。彼らが発見したと主張する暗号の多くは、ベーコン説を裏づけるものであるが、これはベーコンが暗号解読法に精通していたという事実に照応させたものである。アメリカの連邦議会議員にしてSF作家、またアトランティス大陸理論家でもあるイグネシアス・ドネリー(Ignatius L. Donnelly)は、著書『偉大な暗号文：シェイクスピア作と称されたる戯曲に含まれたフランシス・ベーコンによる暗号』（"The Great Cryptogram: Francis Bacon's Cipher in Shakespeare's Plays"、1888年）とその続編『戯曲および墓碑の暗号』（"The Cipher in the Plays, and on the Tombstone"、1899年）において、シェイクスピアの戯曲の中に作者がフランシス・ベーコンであることを示す暗号化されたメッセージを発見したと書いているが、この暗号はドネリーにしか理解できないものであった。19世紀におけるシェイクスピア別人説の議論の多くが、シェイクスピア作品の中に隠された真の作者を明らかにする暗号の発見とその解読のために割かれた。この頃研究された暗号は主にクリプトグラム(cryptograms)と呼ばれるものであり、文章中の単語を構成するアルファベットを、数文字ずつ前後のアルファベットに置換することによって作られるものである（例として、『2001年宇宙の旅』に登場するコンピュータHAL 9000の名は、IBMの3文字を、Iの前のH、Bの前のA、Mの前のLに置き換えたものだという根強い風説などがある）。またエリザベス・ウェールズ・ギャラップ(Elizabeth Wells Gallup)は、ベーコンによる「バイリテラル暗号」がファースト・フォリオに含まれているとの見解を発表した。バイリテラル（二文字）暗号とは暗号化の方法として2つの書体を用いたものであり、ベーコンが1605年に著書『学問の進歩』において記した「aとbという2つの記号を5個組み合わせることによって暗号を作ることができる」（2進法で5桁あれば 2⁵ = 32通りの組み合わせができるので、その内26組でアルファベット全てを対応させることができる）という記述に基づいたものである。この暗号は"great cryptogram"のような形で表される。斜体の文字を0、立体の文字を1と置き換えるとこの文字列は"011000100100101"となる。これを5文字ずつに分けると"01100 / 01001 / 00101"となり、2進法の数と見なして10進法に置き換えると"12 / 9 / 5"である。アルファベットで12番目、9番目、5番目の文字に変換すれば"lie"という言葉が現れるというのがこの暗号法である（Bacon's cipherも参照）。ギャラップ夫人は正典中のこうした暗号を調べた結果、ベーコンはシェイクスピアのものとされている作品の真の著者であり、その上ベーコンとエセックス伯はエリザベス女王とレスター伯ダドリーの間に生まれた私生児であるとの説を発表した。しかし、この「2つの書体」なるものを判別できるのはやはりギャラップ夫人だけであった（そもそもファースト・フォリオには使い回しの活字が3種類以上用いられている）。作中の暗号メッセージ（であるかもしれないもの）として最も有名な例は、『恋の骨折り損』に登場する"Honorificabilitudinitatibus"という不可解な単語である。これが他にも多く「発見」された暗号の中でもとりわけ重要視されるのは、この単語がラテン語の"HI LUDI F.BACONIS NATI TUITI ORBI"（「これらの戯曲はF・ベーコンの作りて世に残すものなり」）という文章のアナグラムとなっていることがエドウィン・ダーニング＝ロレンス(Edwin Durning-Lawrence)によって明らかにされたためである。ただし、コンピュータのない時代のアナグラム研究は、文字を配列する順序が解読者の恣意に任されている（例えばB、A、C、O、Nの順に拾い、残った文字で辻褄を合わせる）ため、解読者の望む通りの答えに至りやすいこと、解答は全ての可能な配列の内の1つでしかないことが忘れられがちであることなどには留意する必要がある。事実、この単語は"UBI ITALICUS IBI DANTI HONOR FIT"（イタリア人がいれば、名誉はダンテのもの）などとも並べ替えることができ、やがて"ABI INIUIT F.BACON HISTRIO LUDIT"（ベーコンよ去れ。あの俳優が登場して演技中だ）という別解を示されてダーニング＝ロレンスは自説を撤回した。そもそもこの単語はシェイクスピアの造語ではなく、シェイクスピア以前からごくまれにではあるが他の作家によっても使用されていたため、ベーコン説を強く支持するものとはなりえない。Honorificabilitudoという語が1187年に書かれたラテン語の憲章にあり、1300年にはhonorificabilitudinitasという語が現れている（いずれも意味は「面目」「敬意に値すること」など）。ダンテの『俗語論』（1304年 - 1307年）にも、長い単語の例としてhonorificabilitudinitateが挙げられている。『オックスフォード英語辞典』によると、シェイクスピアと同時代（1599年）にはトマス・ナッシュ(Thomas Nashe)が同じHonorificabilitudinitatibusの語形でこの語を使用している。スコットランド語で書かれた作者不詳の書物"The Complaynt of Scotland"（1549年）や、ジョン・マーストン(John Marston)の戯曲"The Dutch Courtesan"（1605年）でも使用されているが、これらの作品をベーコンが書いたものだと主張している者はいない。シェイクスピアに関連する暗号は、欽定訳聖書の詩篇第42篇などでも見られる。この詩篇の冒頭から46番目の単語"shake"と、末尾から46番目（詩篇の最後に置かれる、休止符のようなものと解釈されている語義不明の単語"Selah"を除く）の単語"spear"を繋げるとシェイクスピアの名前が現れる。なお、シェイクスピアが4歳のときに刊行された主教訳聖書（Bishops' Bible、1568年）ではそれぞれ47番目と48番目、ジュネーヴ聖書(Geneva Bible)では47番目と45番目、マイルズ・カヴァデール(Myles Coverdale)が1540年代に訳出した祈祷書の中の詩篇では、46番目と48番目である。これらの事実から、シェイクスピアは欽定訳聖書の訳出・編纂に携わって暗号を盛り込むことのできる立場にいた人物であると推測する者もいる。『ソネット集』にも同様の暗号が散見されるとの研究がなされているが、シェイクスピア自身を示すものとマーロウを示すものの両方が発表されている。こうした議論は、本当に「隠されたメッセージ」なるものが意図的に作品中へ織り込まれたものであるのか、そうであるとしてもシェイクスピアが書いたオリジナルのテキストに校訂者の手が加えられている可能性を一切排除してよいのか、そもそもそのような暗号を潜ませる必要があったのかといった疑問を差し置いたものであることは否めない。