2004年2月、ラマダンはノートルダム大学の国際平和研究を目的としたジョーン・B・クローク研究所での、宗教、紛争、平和構築のヘンリー・R・ルイス教授の勤務を承諾した。彼は5月5日に非移民ビザを取得した。しかし、7月28日、彼のH-1Bビザ(専門職向けビザ)は国務省によって取り消された2004年8月、アメリカ合衆国移民・関税執行局の広報担当者は、ラマダンのビザ取り消しの根拠として、米国愛国者法の「deological exclusion provision(イデオロギー入国拒否規定)」を示した。10月には、ノートルダム大学がラマダンに代わってH-1B申請を提出した。 12月までに政府からの反応がないことを聞いた後、ラマダンは大学を辞任した。2005年9月、ラマダンはBビザ申請書を提出し、さまざまな団体や大学との講演に参加した。政府はラマダンのビザ申請についての決定を出さなかったため、アメリカ自由人権協会(ACLU)とニューヨーク自由人権協会(NYCLU)は、2006年1月25日にラマダンと会談を予定していた米国宗教学会とAmerican Association of University ProfessorsとPENアメリカンセンターの3団体を代表して、ラマダンに対するイデオロギー入国拒否の取り消しを求め米国政府に対して訴訟を提出した。ACLUとNYCLUは、イデオロギー除外規定は、合衆国憲法修正第1条とアメリカ合衆国憲法修正第5条に規定された権利を犯しており、政府の行為は連邦行政手続法に違反していると主張した。決定がなく2ヶ月が経過した後、原告は仮差止命令を提出した。差止命令に基づき、ニューヨーク州南部地区連邦地方裁判所United States district courtは、2006年6月23日に、ラマダンが保留中のBビザ申請の決定を90日以内に行うよう政府に命じた。2006年9月19日、政府はラマダンのビザ申請を正式に拒否した。国務省の声明は「タリク・ラマダン氏のビザ申請は米領事当局が拒否しており、ラマダン氏のテロ組織への物質的支援という行動のみに於いてもその行動は受け入れられないと結論づけた」と述べた。 1998年12月から2002年7月までに、ラマダンは、「パレスチナ人慈善支援委員会（CBSP）」や「パレスチナ人協会(ASP)」、等の慈善団体に総計940ドルの寄付を行っていた。米国財務省は、2003年8月22日にハマスとの関係を根拠にCBSPとASPの両組織をテロ資金調達組織と指定していた。米国大使館は、慈善団体がハマスに資金を提供したことを「当然知っていたはずだった」とラマダンに語った。ワシントンポスト紙の記事においてラマダンは「米国政府自身が知る前に、彼らの活動についてどのように”当然知っていたはず”だったのだろうか？」と述べた。2007年2月に2、ACLUとNYCLUは、主張を訂正しラマダンのビザ申請を拒否する政府の説明は正当ではなく、愛国者法のイデオロギー入国拒否規定は、修正第1条及び第5条に違反していると。彼らはまた、ラマダンへの入国拒否は、彼が話すことを聞きたいと考える人の修正第1条に規定された権利に違反していると主張した。 2007年12月20日の判決で、ポール・A・クロティ地裁は、ラマダンのビザを否定する政府の正当性について「正当なものである」と判断し、裁判所には政府の領事判決を無効にする権限がないと指摘した。2008年1月、ACLUはCrottyの判決に対し控訴した。 ACLUの国家安全保障プロジェクトの責任者であり、この事件の弁護士のJameel Jaffer氏は、"The government's shifting positions only underscore why meaningful judicial review – the kind of oversight that the district court failed to provide – is so important. In Professor Ramadan's case and many others, the government is using immigration laws to stigmatize and exclude its critics and to censor and control the ideas that Americans can hear. Censorship of this kind is completely inconsistent with the most basic principles of an open society(政府の流動的な姿勢は、意味のある司法審査（それは地方裁判所が提供できなかった監視機能のようなものである）がなぜ重要なのかを強調しているだけだ。ラマダン教授の事件やその他の多くの事件で、政府は批評家を非難したり排除したり、アメリカ人が聞くことのできる考えを検閲したり規制したりするため移民法を利用している。この種の検閲は、自由な社会の最も基本的な原則とは完全に矛盾している。)."ラマダン自身は"The U.S. government's actions in my case seem, at least to me, to have been arbitrary and myopic. But I am encouraged by the unwavering support I have received from ordinary Americans, civic groups and particularly from scholars, academic organizations, and the ACLU. I am heartened by the emerging debate in the U.S. about what has been happening to our countries and ideals in the past six years. And I am hopeful that eventually I will be allowed to enter the country so that I may contribute to the debate and be enriched by dialogue.(私に対する米国政府の行動は、少なくとも私にとって、恣意的で近視眼的であるように見える。しかし、私は一般のアメリカ人、市民団体、とりわけ学者、学術団体、ACLUから受けた揺るぎない支持によって励まされている。私は、過去6年間にわれわれの国と理想に何が起こったのかということについての米国の新たな議論に勇気づけられている。そして、最終的に入国を許可され、議論に貢献し、この国が対話によって豊かになることを期待している。)"と述べた。2009年7月17日、米国連邦控訴裁判所は、下地方裁判所の判決を取り消した。ジョン・O・ニューマン裁判官、ウィルフレッド・ファインバーグ、レイナ・ラッギからなる第2巡回控訴裁判所の3人の裁判官は、裁判所が「領事の審査不可能主義にもかかわらず、この主張を検討する管轄権」を行使していたと判断し、全面的にラマダン側の主張が認められた。判決を受けラマダンは「I am very gratified with the court's decision. I am eager to engage once again with Americans in the kinds of face-to-face discussions that are central to academic exchange and crucial to bridging cultural divides.(私は裁判所の決定に非常に満足している。私は、学術交流の中心である面と向かった議論の中で、文化的分断の架け橋としてアメリカ人と再び関わりたいと思っている。)」と述べた。2010年4月8日、ラマダンは、入国禁止が解除されて以来、初めてニューヨークで開催されたクーパー・ユニオンのパネルディスカッションの一環として講演を行なった。この団体では、西側諸国でのイスラム教徒の人口の適応について議論した。