10年前に両親が亡くなった後、ロンドン近郊のサレーに住むダーズリー家に引き取られていたハリー・ポッターは、おじ・おば（母親の妹ペチュニア）に半ば虐待され、同い年の従兄ダドリー・ダーズリーにもいじめられる孤独な毎日を送っていた。しかしハリーには、いたぶろうと追いかけてくるダドリーから瞬間移動で逃げたり、蛇と会話してダドリーにけしかけるなど、困ったことになると起きる自分でも分からない不思議な力があった。1992年。11歳を目前にしたとき、ホグワーツ魔法魔術学校からハリー宛に入学許可証が届く。しかし、ペチュニアと夫のバーノン・ダーズリーはハリーに手紙を見せず、挙句の果てに毎日山のように送られてくる手紙を避けるために家から逃げ出してまで、ハリーの魔法学校入学を阻止しようとするが、送り主は遠い逃亡先のホテルにさえも手紙を送ってきた。そして、ようやく人里離れた海の上の小屋を見つけて逃げ込んだダーズリー一家の前に、見知らぬ大男が現れる。大男の名はルビウス・ハグリッド。ホグワーツ魔法魔術学校の森番をしていると言う。ハグリッドは、ダーズリー夫妻がハリーにひた隠しにしていたハリーの本当の生い立ちを告げる。交通事故で亡くなったと聞かされていた両親は実は高名な魔法使いであり、当時強大な勢力を誇った史上最凶とも言われる闇の魔法使い、ヴォルデモート卿に殺害されていた。ヴォルデモートは生後間もないハリーも殺そうとしたが、何故か魔法が自身にはね返り、ハリーは生き延び、ヴォルデモートは肉体を失って逃げ去った。ヴォルデモートから、唯一逃げ延びたハリーは、魔法界で「生き残った男の子」として有名だった。ハリーは、ホグワーツ魔法魔術学校入学式で組分け帽子にスリザリンへの入寮拒否を依頼し、勇気ある者が住まうグリフィンドール寮に所属する。新学期の汽車「ホグワーツ特急」で出会った友人・ロン・ウィーズリーやハーマイオニー・グレンジャーも同じ寮に所属することになった。一方、ダイアゴン横丁で出会った魔法界の名家の出であるドラコ・マルフォイはスリザリン寮に決まった。入学式の挨拶でアルバス・ダンブルドア校長は「禁じられた森」と4階の廊下へは立ち入らないよう、全校生徒に告げた。ハリーとロンはすぐに親友になった。ロンは純血の魔法使いで、ハリーにいろいろな魔法界の習慣を教えてくれた。一方、両親ともマグル（非魔法使い）である優等生のハーマイオニー・グレンジャーとは、彼女の規則に厳格でお節介ともいえる性格からそりがあわない。しかし2人はハロウィンの日にハーマイオニーを助ける為にトロールを倒す。この日を境にハーマイオニーと和解し、後々まで三人は行動を共にするようになる。三人は、ホグワーツ魔法魔術学校魔法薬学教師であるセブルス・スネイプが、禁じられた廊下に隠された「なにか」を盗もうとしていると疑っていた。スネイプは、ハロウィーンの日のトロール騒ぎの中で一人だけ4階に向かい、待ち受けていた三頭犬に足を噛まれていた。そしてハーマイオニーによると、スネイプはハリーの初めてのクィディッチの試合で、ハリーを箒から落として殺そうとしたという。だがハグリッドは、ダンブルドアの信頼を理由にスネイプを疑おうとしない上に、「なにか」については何も話そうとしなかった。三人は図書館に足繁く通い、ハグリッドがうっかり漏らしたニコラス・フラメルの事を調べようとした。クリスマス休暇に学校に残っていたハリーは、送り主不明のプレゼントを受け取った。それは着ると目に見えなくなる透明マントで、ハリーの父が所有していたものらしい。ハリーはこれを着て深夜の図書館に行き、フラメルについて調べようとするが、魔法がかかっている禁書の棚の本を開いたために、学校の管理人アーガス・フィルチに見つかりそうになり、手近な教室へと逃げ込んだ。そこには鏡があり、覗くとハリーの死んでしまった家族を映し出した。これに魅了されたハリーは翌日ロンを誘って鏡を見せるが、ロンは将来の栄光に輝く自分自身を見た。そして、三たび鏡を見に来たハリーはダンブルドアに遭遇。彼はその鏡が人の心の奥底の望みを映す「みぞの鏡」であり、その鏡に魅入られて発狂した者がいた事を説明し、もう鏡を探してはいけないとハリーに忠告する。学期が再開され、三人はようやくフラメルがダンブルドアの友人の著名な錬金術師であることを突き止める。唯一彼だけが所有するという「賢者の石」（どんな金属も黄金に変え、飲めば不老不死になる「命の水」を作り出す）こそが、学校に隠され、スネイプに狙われているものだと確信した。そしてハリーは深夜の校内で、スネイプが「闇の魔術に対する防衛術」の神経質な教師クィリナス・クィレルを脅しているところを目撃する。クィレルは脅しに屈しなかったが、それも時間の問題に思われた。三人からそれを聞かされたハグリッドは、スネイプがホグワーツの教授陣とともに守りの魔法を仕掛けたことからスネイプへの疑いをなお否定するが、三人のもとに別の新たな問題を持ち込む。ホグズミードにある酒場「ホッグズ・ヘッド」で、見知らぬ男から入手した非合法のドラゴンの卵を孵し、家で隠して育てるというのだ。案の定ドラゴンは素人の手に負えない大きさになってしまい、彼らは苦境に落ちる。だがロンの兄チャーリー・ウィーズリーとその友人のおかげで、夜間にドラゴンをこっそり逃がすことに成功する（映画ではダンブルドアが取り計らったことになっている）。しかし、その場面を見ていたマルフォイの密告によって、マルフォイ諸とも夜中に校内を出歩いている所をフィルチに捕まってしまう。罰則として、仲間と一緒に禁じられた森でハグリッドの仕事を手伝うことになったハリーだが、森の中でマントを着た正体不明のものに襲われる。ケンタウルスのフィレンツェに辛くも助けられたハリーは、ハリーを襲ったものがヴォルデモート卿で、失った肉体を取り戻すため学校に隠された賢者の石を狙っていると仄めかされる。ヴォルデモートが石を手に入れることを危惧する三人。進級試験の最終日、ハグリッドが酒場でドラゴンの卵をくれた男に、賢者の石が隠された場所を守っている三頭犬に対処する方法を教えてしまったことを知る。守りの秘密が完全に漏れたことを悟ったハリーたち三人は、マクゴナガル教授に危険を伝えようとするが、まともに取り合ってもらえず、さらにはダンブルドアが緊急に魔法省へ呼び出されて不在だということを聞く。ダンブルドアが不在となるその夜を狙って、スネイプが「賢者の石」を盗みに入ることを三人は確信する。彼らは内通者の後を追って、ポモーナ・スプラウト教授の悪魔の罠、フィリウス・フリットウィック教授の空飛ぶ鍵などの仕掛けを突破しながら石が隠された一室へと迫る。ロンは途中、ミネルバ・マクゴナガル教授が仕掛けた巨大チェスと勇敢に戦うが、ハリーを勝利に導くために自分が犠牲になって、ロンは気絶してしまう。一方ハーマイオニーは、スネイプの罠である薬の論理パズルを見事に解く（映画ではカットされた）。ハリーはハーマイオニーに自分が賢者の石を盗もうとしている者の後を追ったことをダンブルドアへ知らせるよう依頼し、ついに辿り着いた最後の部屋でハリーが見たのは、スネイプではなくクィレルだった。実は彼こそがヴォルデモート卿の内通者だった。クィレルは体の一部にヴォルデモートを憑依させていた。クィレルはなぜか部屋に設置されていた「みぞの鏡」から賢者の石を取り出そうとするがどうしても取り出せなかったが、ハリーが鏡を覗くと石は簡単にハリーのポケットに入った。ヴォルデモートはクィレルにハリーを殺させて石を奪おうとするが、クィレルはハリーの体に触れただけで火傷を負ってしまい、ハリーを殺せないままに死亡する。ヴォルデモートは憑依した人間が死んだために、再び体を持たないままの姿で逃げ去った。ハリーが気がつくと医務室に横たわっており、ダンブルドアが見舞いに来ていた。彼は魔法省で偽の呼び出しに気づいてホグワーツに急いで戻り、ハリーを救い出したのである。ダンブルドアは、フラメルと話し合って賢者の石を壊してしまったことを語った。ダンブルドアは、クィレルがハリーに触れられなかったのがハリーの母親であるリリーの守りの魔法のおかげであったこと、そして、クィディッチの試合でスネイプはハリーを殺そうとしたのではなく、むしろクィレルの呪文に抗してハリーを救おうとしていたことなどを語る。ハリーだけが石を取り出すことに成功した理由は、「みぞの鏡」が賢者の石を使いたい者ではなく、見つけたい者の手に入るように仕組まれていたためであった。学年度末パーティーでグリフィンドール寮は、寮対抗杯の駆け込みの点数として「ロンがホグワーツでも稀にみるチェスの名試合を制した事で50点」「ハーマイオニーが薬の論理パズルを解いた事（映画では冷静さの評価）や友人の危機を救ったことで50点」「ハリーが並外れた勇気と精神力を発揮したことで60点」を与えられ、1位であるスリザリンと同位になる。さらにはネビル・ロングボトムが規則破りをする三人を止めようとした事も勇気のいる行為と評価されて10点をもらい、結果的にグリフィンドールは寮杯を獲得した。