ドゥークー伯爵率いる独立星系軍は、共和国軍との戦争で銀河各地に争いの種を蒔いた。結果、多くの文明的な惑星を荒廃させ、共和国の政治・行政指導能力を壊滅寸前にまで追い込んだ。疲弊した民主主義の中で、大権によりあらゆる手続きを省き迅速に対処するパルパティーンの強権政治は人気を博した。少なくとも表向きには平等な人物であったパルパティーンは強い指導者として銀河に欠かせぬ存在となっていた。戦争の早期終結の大義名分の元、任期満了後も元老院から留任を求められる形で最高議長の座に留まり続け、幾度も法律を改正して多くの権限を手中に収めていった。そして、独立星系軍が劣勢となりつつあったクローン大戦末期、パルパティーンは一つの大きな賭けに出た。ドゥークーとグリーヴァス将軍が率いる大艦隊に、共和国の首都惑星であるコルサントを襲撃させ、自分自身を誘拐させる自作自演に出る。片やドゥークーは、ジェダイを誘き寄せて殲滅し、アナキン・スカイウォーカーを暗黒面に誘惑するという作戦と聞いていたが、そこにはドゥークーよりも更に若く、より強力な力を見せていたアナキンを据えようとしていたパルパティーンの二重の陰謀があった。パルパティーンの思惑通り、アナキンは無抵抗のままのドゥークーを殺害し、暗黒面へと堕ちる片鱗を見せた。この際、始末される筈であったオビ＝ワンは生き延び、逆に捕らえる筈のグリーヴァスは逃亡するという二つの誤算が生じた。ともあれ、謀られた救出劇でのアナキンの活躍を絶賛したパルパティーンは、ジェダイ評議会に対して彼を「最高議長の代言人」として評議員に加えるよう提案。ジェダイ評議会はこれを渋々承認するが、逆にアナキンに対してパルパティーンのことをスパイするよう命じた。評議会はパルパティーンの独裁的な姿勢に疑問を持ち、彼の近くにシスがいるのではないかと疑っていたのである。アナキンはパルパティーンへのスパイ任務を承諾したが、評議会への不信感を抱くようになる。反対に長年父のように慕い、常に自分の実力を評価し、励ましてくれるパルパティーンをアナキンはこれまで以上に信頼するようになっていた。また、評議員に加えながらマスターの地位は与えないというジェダイ評議会の決定もスパイ任務と同様にアナキンのジェダイに対する不信感を増大させた。そんなアナキンの立場を見透かしたかのようにパルパティーンはアナキンに繰り返し助言し、シスには人を死から守る術（ダース・プレイガスの秘技）が存在すると吹き込んだ。そしてアナキンが分離主義者達の最後の柱であったグリーヴァス将軍と共和国軍が交戦状態に入ったと報告に現れた時、パルパティーンは自分がシスの暗黒卿「ダース・シディアス」であることを暴露し、自分の弟子になれと提案する。自分の人柄に心酔し、最愛の妻であるパドメ・アミダラの死を恐れ死を欺く術を会得したがっているアナキンが既に弓を引くことができないとの確信があったからである。アナキンから報告を受け、ジェダイ・マスター、メイス・ウィンドゥは、同行を申し出たアナキンをジェダイ聖堂に留め置き、エージェン・コーラー、セイシー・ティン、キット・フィストーらジェダイの騎士と共にパルパティーンを拘束するため、彼の元へ乗り込んだ。メイス達と対面したパルパティーンは、自分が逮捕されることを聞くと、長い間溜め込んでいたジェダイに対する憎悪を開放するかのごとく奇声を上げて跳躍しながらジェダイに襲い掛かった。真紅のシスのライトセーバーを振るい、瞬時にエージェン・コーラーを倒し、次いで仲間の死にひるんだセイシー・ティンを殺害し、続いて数太刀打ち合っただけでキット・フィストーも倒した。だが、ジェダイの中でも屈指の実力を誇り、特にライトセーバー戦においては最強とも評されたメイスには苦戦し、ライトセーバーを蹴り落とされて（小説版では斬り捨てられて）危機に瀕した。その時、アナキンが現れた。アナキンはパルパティーンがメイスによって殺され、愛する妻の死を避ける唯一の方法である死を欺く術が永遠に失われてしまうことを恐れてやってきたのである。パルパティーンは、メイスの勝利宣言に怒りを覚え、フォース・ライトニングを放つが、メイスのライトセーバーで偏向され、顔は醜く歪み、顔色は白く、黄色い眼となった。メイスと、パルパティーンは互いを反逆者と呼び合いアナキンは混乱する。だが、アナキンの目にはパルパティーンはメイスに必死に抵抗する丸腰の弱々しい老人にしか見えなかった。そして必死に命乞いをするパルパティーンを殺そうとするメイスを説得しようと試みるが、それに構わずメイスはパルパティーンを殺そうとしたその時、アナキンはとっさにライトセーバーを振るいメイスの手をライトセーバーごと切り落としていた。この時を待っていたパルパティーンは全身全霊を込めたフォースの電撃を放ち、メイスはコルサントの摩天楼に向かって吹き飛ばされた。弱ったふりをしていたのは、アナキンを暗黒面へと引き込むための作戦であり、嘘の命乞いであった。こうして許されざる行為に全てを失ってしまったアナキンをシスの暗黒面に引き入れることに成功し、シディアスはアナキンをシスの弟子としダース・ベイダーという名を与えた。機は熟したと見たシディアスは、全銀河のクローン・トルーパーに対して「オーダー66」を発令した。これは銀河各地のジェダイを共和国に反旗を翻した反逆者として急襲し抹殺せよという、クローンに製造段階で密かに組み込まれたプログラムである。ベイダーことアナキンに対しては、ジェダイ聖堂に残る全てのジェダイの抹殺と、惑星ムスタファーに立て籠もるヌート・ガンレイ総督をはじめとする分離主義勢力の幹部たちの殺害を命令した。オーダー66によって、銀河全体に広く散らばっていたジェダイは大半が殺され、ジェダイ聖堂にいた者たちはベイダーとクローン・トルーパーの特殊部隊・第501大隊によって、子供のパダワンまでもが皆殺しとなった。ここで元老院に立ったパルパティーンは、ジェダイに襲われて自らの顔が醜く歪んだと非難し、ジェダイが共和国に対し反乱を起こしたことを議員達に説明して、ジェダイ抹殺を正当化した。そして銀河の平和と新たな秩序の構築の為に、自ら全権を以て事にあたる為、旧来の共和国による統一的支配を継承する旨を宣言した。この提案は、元老院での彼の支持者達の大喝采により承認され、銀河共和国を法的に継承する銀河帝国の終身皇帝として全銀河の頂点に君臨した。なお、この宣言とほぼ同時に、以前からパルパティーンへの権力集中を危惧し、その独裁に異議を唱えていた元老院議員達は、一方的に「国家の敵」とのレッテルを貼られ、全員身柄を拘束されたとされる（ただし、ベイル・プレスター・オーガナやモン・モスマのように、表面上は新帝国の支持者を演じることで、その難を逃れた者もいる）。こうしてシディアスは歴代のシス卿達が果たせなかった、ジェダイの殲滅と銀河系支配の確立とを、合法的に行うことに成功したのである。こうして、長きに亘り共和国の平和と秩序を守って来たジェダイ騎士団が壊滅し、銀河系の経済に大きな影響力を持つ通商連合等の巨大企業（分離主義勢力を構成）の巨頭達が命を落とし、更に、自らに異議を唱える元老院議員達を排除したことで、シディアスの銀河支配の障害となる存在の大半は消滅した。しかし、銀河皇帝となったパルパティーンの下へ、ジェダイ・マスターヨーダが単身乗り込んで来る。彼は「オーダー66」から逃れたジェダイの一人であり、銀河唯一のグランド・マスターの称号を持つ実力者であった。ヨーダは「お前の支配は今日限りだ」と宣告し、皇帝もこの最後の障害を取り除くべく全力で迎え撃った。だがシスの暗黒卿の力は、ヨーダの予想を遥かに上回っていた。激闘の末に最早勝ち目は無いと悟ったヨーダは、クローン・トルーパーによる捜索の手を逃れ、密かにベイル・オーガナ議員の手引きによって元老院ビルから脱出した。とうとう決着を付けることは出来なかったが、皇帝は最後の障害を取り除くことに成功したのであった。一方同じ頃、ムスタファーではダース・ベイダーがもう一人のジェダイの生き残りオビ＝ワン・ケノービと戦って敗北し、サイボーグになることを余儀なくされた。シディアスはそれより少し前にベイダーの危機をフォースで予見し、ヨーダの捜索をクローン・トルーパーに任せ、自ら救援を指揮して彼の命を救った。彼はベイダーがかつての自分と同じように、師である自分を倒し、皇帝の座と銀河の支配権を手に入れようと欲していることもまたフォースによって見抜いており、以後、サイボーグ化されていない完全な、そしてより従順な弟子を手に入れることを密かに望み始めたのだった。