日本では2016年1月12日にフルモデルチェンジが発表され、同日より販売を開始した。安全性能では、初代モデルから継続されている装備に加え、アダプティブクルーズコントロール「ACC」、レーンキープアシストシステム「Lane Assist」、「プロアクティブ・オキュパント・プロテクション」、プリクラッシュブレーキシステム「Front Assist」、後席一体型チャイルドシート「インテグレーテッドチャイルドシート」、アクティブボンネット、ポストコリジョンブレーキシステムなどを採用して強化を図り、初代では6つだったエアバックも9つに強化された。前述のようにMQBプラットフォームを導入したことで、初代・後期型モデルに比べて全長で130mm、全幅で35mmそれぞれ拡大し、全高は最大で30mm低くなった。ホイールベースも110mm拡大されたことで、室内空間が広くなった。また、フラットフォールドシートの採用により2列目・3列目の独立シートと、1列目助手席のバックレスト（「TSI Trendline」を除く）が簡単な操作ですべて折りたたみ、フロントシートから後ろのすべての部分をフラットで段差のないひとつながりのラゲッジスペースにすることができ、最大で1,857Lの大容量を実現。3列目シートのみを折りたたんでも最大917Lの大容量を確保している。2列目シートの前後スライド量が初代モデル比で40mm増え、3列目シートのレッグスペースを54mm拡大。ドア開口部の拡大と2列目左右シートをワンタッチ操作で前方にスライドするイージーエントリー機能の採用により3列目シートの乗降がより容易となった。ボディサイズやホイールベースを拡大しながらも車両重量は20kg軽量化されたほか、Cd値0.296のエアロダイナミクス、最高出力・最大トルク共に向上された新開発のオールアルミ製1.4L TSIエンジンの採用によりJC08モード燃費を3.5km/L向上（18.5km/L）させ、「平成32年度燃費基準+10%」を達成した。グレード体系は初代・後期型モデルから継承される「TSI Comfortline」と「TSI Highline」に加え、初のエントリーグレードとなる「TSI Trendline（受注生産）」を加えた3グレードとなり、ボディカラーは「カリビアンブルーメタリック」と「アトランティックブルーメタリック」の2つの新色を加えた5色を設定する。同年6月21日には、新グレードとして「TSI R-Line」を追加発売。上級グレードとなる「TSI Highline」をベースに、外装はバンパー（フロント/リア）とサイドスカートを専用品に変えるとともに、専用クロームパッケージ、クロームデュアルエキゾーストパイプ、専用17インチアルミホイール（5ダブルスポーク）を採用。内装は専用プラスティックデコラティブパネル、専用ファブリックシート、専用レザー3本スポークマルチファンクションステアリングホイール（オーディオコントロール付）、専用ドアシルプレート、アルミ調ペダルクラスター（アクセル/ブレーキ）を装備した。ボディカラーは新色の「ハバネロオレンジメタリック（有償カラー）」を含む5色を設定する。同年7月19日に一部改良。「TSI R-Line」専用色だった「ハバネロオレンジメタリック（有償カラー）」を「TSI Comfortline」と「TSI Highline」にも設定可能としたほか、「TSI Trandline」はレザーシフトノブを標準設定。「TSI Comfortline」・「TSI Highline」・「TSI R-Line」はプリクラッシュブレーキシステム「Front Assist」に歩行者検知機能を追加したほか、メーカーオプションの「"Discover Pro"パッケージ」は「Discover Pro」の機能強化を行い、Googleの「Android Auto」を含む3つのサービスに対応したコネクティビティ機能「App-Connect（アップコネクト）」と、フォルクスワーゲンの日本仕様車では初導入となるテレマティックス機能「Guide & Inform（ガイド アンド インフォーム）」を追加した。2017年1月6日に一部改良。フォルクスワーゲンのミニバンでは初採用となる渋滞時追従支援システム「Traffic Assist（トラフィック アシスト）」を「TSI Highline」と「TSI R-Line」に標準装備、「TSI Comfortline」はセットオプションの「セーフティパッケージ」に追加した。このシステムはドライバーがあらかじめ設定した先行車との間隔と車速を自動で保ちながら走行レーンの維持も同時に行う機能で、交通渋滞時やストップ&ゴーが多い状況において、アクセル・ブレーキ・ステアリングを自動的に制御し、ドライバーの運転を支援するものである。また、ドライバーの両手がステアリングを握っていてハンドル操作に関与することでシステムが作動するようになっている。なお、「Traffic Assist」の追加に伴う車両本体価格やオプション価格の変更は無く、据え置きとなる。併せて、「TSI Comfortline」のセットオプションである「アップグレードパッケージ」には、クロームパッケージ（サイドウィンドー）とシルバールーフレールを追加した。同年6月13日に特別限定車「TSI Comfortline Tech Edition」を発売。「TSI Comfortline」をベースに、アダプティブクルーズコントロール「ACC」、渋滞時追従支援システム「Traffic Assist」、レーンキープアシストシステム「Lane Assist」、プリクラッシュブレーキシステム「Front Assist（シティエマージェンシーブレーキ機能、歩行者検知対応機能付）」、駐車支援システム「Park Assist」、オプティカルパーキングシステム、パークディスタンスコントロール（フロント/リア）、リアビューカメラ「Rear Assist」、LEDヘッドライト（オートハイトコントロール、LEDターンシグナル付）、3ゾーンフルオートエアコンディショナー（運転席/助手席/2列目独立調整/自動内気循環機能付）、純正インフォティメントシステム「Discover Pro」、モバイルオンラインサービス「Volkswagen Car-net（コネクティビティ「App-Connect」+テレマティクス機能「Guide & Inform」）」、パワーテールゲート（挟み込み防止機能、「Easy Open」機能付）、スマートエントリーシステム「Keyless Access」を特別装備した。ボディカラーは「ピュアホワイト」と「ディープブラックパールエフェクト」の2色で、各色150台ずつ、計300台の限定販売となる。同年7月20日に一部改良。全車で純正インフォテイメントシステムの機能向上を行ったほか、「TSI Comfortline」はアダプティブクルーズコントロール「ACC」とレザーファンクションステアリング/パドルシフト付の2点を、「TSI Highline」と「TSI R-Line」はパークディスタンスコントロール（フロント/リア、前進/後退時衝突軽減ブレーキ機能付）、リアトラフィックアラート（後退時警告・衝突軽減ブレーキ機能）、レーンチェンジアシストシステム「Side Assist Plus」の3点をそれぞれ標準装備し、「TSI R-Line」は更に18インチアルミホイール（225/45 R18）、マイクロフリースシート、ヘッドライトウォッシャー/ヒーテッドウォッシャーノズル（フロント）、シートヒーター（運転席/助手席/2列目左右）も標準装備した。オプションメニューも変更され、「TSI Comfortline」に設定の「セーフティパッケージ」はレーンチェンジアシストシステム「Side Assist Plus」を追加し、リアトラフィックアラートに後退時警告・衝突軽減ブレーキ機能を追加。「TSI Highline」と「TSI R-Line」には、駐車支援システム「Park Assist」、パワーテールゲート（挟み込み防止機能、「Easy Open」機能付）、ダイナミックコーナリングライト、LEDテールランプをセットにした「テクノロジーパッケージ」を新たに設定した。同年8月29日に、限定車「Milano Edition（ミラノ エディション）」を発売。上級グレード「TSI Highline」をベースに、過去にゴルフの限定車にも採用されていたヴォルケーノブラウンのマイクロフリース&ナパレザーシートをゴルフトゥーランとして初採用したほか、ベースグレードではメーカーオプション設定となっている「テクノロジーパッケージ」と「Discover Proパッケージ」を標準装備。さらに、17インチアルミホイールを専用デザインに変更した。ボディカラーは「ピュアホワイト」と「ディープブラックパールエフェクト」の2色で、各色150台ずつ、300台の限定販売となる。2018年6月19日、一部仕様変更が発表された。「TSI Highline」、「TSI R-Line」に設定のオプションパッケージ「テクノロジーパッケージ」において、ハイビームアシスト機能を「ダイナミックライトアシスト」へ変更された。同年9月25日に、2.0Lディーゼルターボエンジン「TDI」搭載モデルが発表された（10月1日発売）。グレード体系は「TDI Comfortline」と「TDI Highline」の2種類が用意される。同年10月30日に、限定車「TDI Premium」が発売された。「TDI Highline」をベースに、ゴルフトゥーランで初のレザーシートが採用され、さらに、ボディカラーで「インジウムグレーメタリック」を選択した場合にはレザーシートカラーとして初となる「ストームグレー」が採用された（「オリックスホワイト マザーオブパールエフェクト」選択時は「ブラックレザー」となる）。そのほか、「Discover Proパッケージ」、「テクノロジーパッケージ」、電動パノラマスライディングルーフ（電動サンシェード、UVカット機能付）が特別装備された。ボディカラーは2色で、各色150台ずつ・300台の限定販売となる。2019年2月19日、一部仕様変更。「TSI Comfortline」と「TDI Comfortline」において、従来は「セーフティパッケージ」での設定だったレーンキープアシストシステム「Lane Assist」、渋滞時追従支援システム「Traffic Assist」、レーンチェンジアシストシステム「Side Assist Plus」、リアトラフィックアラート（後退時警告・衝突軽減ブレーキ機能）、プリクラッシュブレーキシステム「Front Assist」の5点が標準装備化され、「Front Assist」は歩行者検知機能を追加する改良も実施。これに伴い、「セーフティパッケージ」はインテグレーティッドチャイルドシートの単体オプションに変更された。エントリーグレードの「TSI Trendline」は従来装備されていなかった「Lane Assist」、「Traffic Assist」、歩行者検知機能付「Front Assist」及びアダプティブクルーズコントロール「ACC」が標準装備されるとともに、パドルシフトとレザーマルチファンクションステアリングホイールも標準装備された。2019年10月1日、一部仕様変更。「TDI Comfortline」・「TSI Highline」・「TDI Highline」・「TSI R-Line」において、4グレード共通で純正インフォテイメントシステム「Discover Pro」、ETC2.0対応車載器、モバイルオンラインサービス「Volkswagen Car-Net」、リアビューカメラ「Rear Assist」、サンブラインド（リア左右）を標準装備。さらに、「TDI Comfortline」・「TSI Highline」・「TDI Highline」はアルミホイールが新デザインに変更され、「TDI Comfortline」はスマートエントリー&スタートシステム「Keyless Access」も標準装備された。「TSI Comfortline」はオプションの「アップグレードパッケージ」にサンブラインド（リア左右）とスマートエントリー&スタートシステム「Keyless Access」が追加され、アルミホイールが新デザインに変更された。