2013年には、公式戦の開幕から一軍の先発ローテーションに入ると、4月4日の対読売ジャイアンツ（巨人）戦（横浜スタジアム）でプロ初登板。5月7日の対広島東洋カープ戦（MAZDA Zoom-Zoom スタジアム広島）で、プロ初勝利を挙げた。その後は、体重の増加によってで不安定な投球が続いたことから、中継ぎや二軍への降格も経験した。二軍調整中に体重を絞ったり、ストレートの勢いを取り戻したりしたことから、一軍に復帰した8月以降は公式戦5試合で3勝をマーク。9月28日の対巨人戦（横浜）で、一軍初の完投勝利を挙げた。DeNAの新人投手による一軍での対巨人戦完投勝利は、大洋時代の1977年に斉藤明雄が記録して以来36年振りであった。シーズン通算では、一軍公式戦18試合に登板。5勝7敗2ホールド、防御率5.34を記録した。シーズン終了後の11月には、台湾で開かれた「2013 BASEBALL CHALLENGE 日本 VS チャイニーズ・タイペイ」で、日本代表のメンバーとして中継ぎで2試合に登板した。2014年には、2年連続で開幕ローテーション入りを果たすと、3月29日の対東京ヤクルトスワローズ戦（明治神宮野球場）でシーズン初勝利を挙げた。5月9日の対東京ヤクルトスワローズ戦（横浜）では、6回表に1イニング3暴投のNPB一軍公式戦タイ記録を喫する一方で、5月23日の対北海道日本ハムファイターズ戦（札幌ドーム）ではプロ初完封勝利で7勝目を挙げた。DeNAの投手が一軍公式戦で5月までに7勝を挙げた事例は、大洋時代の1992年に佐々木主浩が記録して以来、22年振り10人目であった。さらに、5月を1完封を含む4勝無敗で終えたことから、DeNAの投手では初めてセントラル・リーグ（セ・リーグ）投手部門の月間MVPを受賞した。前半戦の好調を受けて、オールスターゲームには、セ・リーグの監督推薦選手として初出場。7月25日の対ヤクルト戦（神宮）では、DeNAの投手としては初めてのシーズン10勝目を、リーグで最も早く記録した。前身球団を含むDeNA投手によるリーグの10勝一番乗りは、横浜ベイスターズ時代の1993年に野村弘樹が達成して以来21年ぶり。単独での一番乗りは、大洋時代の1985年に遠藤一彦が記録して以来29年振りであった。一軍公式戦では、通算で25試合に登板。防御率は4点台ながら、自身初の2桁勝利（11勝）を挙げたほか、リーグ最多の3完投を記録した。シーズン終了後の日米野球2014では、日本代表に再び選出されると、中継ぎで2試合に登板した。2015年には、3月11日に東京ドームで開かれた「GLOBAL BASEBALL MATCH 2015 侍ジャパン 対 欧州代表」第2戦で、日本代表の2番手投手として4回表から登板。2回を無失点に抑えた。シーズン終了後の11月に開催の2015 WBSCプレミア12でも、日本代表の第1次候補選手に選ばれたものの、最終ロースターの28名に残らなかった。公式戦の開幕当初は、好調なチーム状況を背景に、一軍公式戦での先発で勝ち星を量産。しかし、チームの調子が失速するにつれて、自身の成績も下降線をたどった。一軍公式戦全体では、21試合で5勝8敗を記録。防御率（3.27）を前年から改善させた一方で、被打率が3割を超えるなど、不安定な投球に終始した。2016年には、新任のアレックス・ラミレス監督は、山口を一軍公式戦の開幕投手へ指名していたが、山口が開幕直前の調整登板中に右足首を捻挫。そのため、広島との開幕戦（3月25日・マツダスタジアム）では、井納が急遽先発を任された。井納にとって初めての開幕投手であったが、7回無失点の好投でシーズン初勝利を挙げている。山口がセ・リーグの監督推薦選手として第2戦（7月16日・横浜）での先発が内定していたオールスターゲームでも、山口が選出後の投球練習中に左足首を捻挫した影響で出場を辞退すると、山口の代替選手に選出。第2戦の先発投手にも起用された。レギュラーシーズン通算では、一軍公式戦23試合に登板。通算成績は7勝11敗で、自身初の2桁敗戦を喫したが、先発陣の一角でチーム史上初のクライマックスシリーズ（CS）出場に貢献した。CSでは、巨人とのファーストステージ第1戦（10月8日・東京ドーム）に先発。7回2失点という内容でチームにCS初勝利をもたらすとともに、自身も勝利投手になった。さらに、チームの2連敗で迎えた広島とのファイナルステージ第3戦（10月14日・マツダスタジアム）にも先発すると、7回無失点の好投でチームのファイナルシリーズ初勝利に貢献。しかし、チームは翌15日の第4戦に敗れたため、日本シリーズへの進出を逃した。2017年には、レギュラーシーズンの一軍公式戦初勝利が5月5日の対ヤクルト戦（横浜）まで持ち越されたが、シーズン5試合目の登板であったこの試合を1失点で完投。前半戦では、14試合の登板で、4勝4敗、防御率3.41という成績を残した。さらに、新人投手ながらオールスターゲームのセ・リーグ監督推薦選手に内定していたチームメイト・濱口遥大が故障で出場を辞退したため、前年に続いて補充選手に選出。7月15日の第2戦（ZOZOマリンスタジアム）にセ・リーグ選抜の3番手投手として登板したが、2回1失点という内容で敗戦投手になった。レギュラーシーズン全体でも、先発ローテーションの一角を担いながら、2年連続の負け越しと2桁敗戦を喫した。しかし、10月1日の対広島戦（横浜）では、レギュラーシーズンで唯一救援に起用。7回表の1イニングを無失点で凌いだ結果、チームの2年連続CS進出を確定させることによって、レギュラーシーズンの登板を締めくくった。CSでは、阪神とのファーストステージ第1戦（10月14日・甲子園）に先発で黒星を喫したものの、10月20日には広島とのファイナルステージ第2戦でも先発登板。2回表に自身の適時打でもたらした1点を、6回無失点という好投で守り切った末に、2年続けてファイナルステージで広島から白星を挙げた。福岡ソフトバンクホークスとの日本シリーズでは、10月28日の第1戦（福岡ヤフオク!ドーム）で先発を任されたが、5回裏1死まで7点を失った末にシリーズ初黒星。2日後（10月31日）の第3戦（横浜）から救援要員に回ると、第3戦と11月4日の第6戦（ヤフオク!ドーム）では、ビハインドの局面からの救援登板をいずれも無失点で凌いだ。2018年には、アレックス・ラミレス監督の方針で、「勝利の方程式」を担うロングリリーフ要員へ本格的に転向。4月13日の対中日戦（横浜）では、直近のカードまで5試合連続で登板していた山崎康晃に代わってクローザーを任された末に、一軍公式戦で初めてのセーブを記録した。以降の公式戦でも中継ぎで2勝を挙げたが、5月の登板試合で救援の失敗が相次いだため、同月23日に出場選手登録を抹消された。その一方で、先発要員として二軍で再調整中の7月1日には、イースタン・リーグの対北海道日本ハムファイターズ戦（横須賀スタジアム）で、リーグ史上23人目のノーヒットノーランを達成。野球人生で初めてのノーヒットノーランながら、許した走者は与四球による1人だけだった。後に一軍でも先発ローテーションの一角を担ったが、9月14日の対巨人戦（横浜）でシーズン6勝目を挙げたことを最後に登録を抹消。10月1日に右肘のクリーニング手術を受けた。一軍公式戦全体では、24試合の登板で、防御率3.57、6勝3敗1セーブをマーク。シーズンの負け越しを4年振り、シーズン2桁敗戦を3年振りに免れたが、手術後には推定年俸7,200万円（前年から1,300万円減）という条件で契約を更改した。2019年には、4月7日の対巨人戦（横浜）にて初勝利を挙げたがこの勝利が球団創設4000勝目となる節目の勝利となった。一方、6月15日の対ソフトバンク戦（福岡）で敗戦投手になり、この敗戦が球団創設5000敗目の敗戦であったため、井納はこれら節目の勝利、敗戦で責任投手となった。9月6日には、神奈川県横浜市西区の一般道を自らの運転する車両で走行している最中に交通事故を起こした。方向転換をした際、後方で停車中だった車両と衝突するという事故だったが、幸い双方ともに怪我はなかった。