ライプツィヒの戦いで連合国軍が勝利を収めた後、今後の方針についてカール・ヨハンは他国の首脳陣と協議を行った。王太子はフランスの領土を自然国境に基づいて維持するよう連合国に主張したが、列強の君主たちはナポレオンとの交渉から彼を排除しようとした。その後王太子はイギリスのジョージ王太子を手助けしてハノーファーの領地回復とハンブルクのダヴーの脅威を取り除くため軍を北に向けたが、本当の目的はホルシュタインを攻撃してデンマーク国王フレゼリク6世を降伏させることにあった。他方、メッテルニヒ主導でナポレオンと交渉をしていた和平案（フランクフルト和平案）が締結される見込みが無くなったため、連合国軍はフランスに侵攻する。小規模な戦闘を経て、1814年1月6日、スウェーデン軍に対抗するための軍資もナポレオンの援助も無いと判断したフレゼリク6世は降伏を決定する。1月14日にキール条約が締結され、代償としてスウェーデンはポメラニアとリューゲン島を手放すことになったうえで、ノルウェーはスウェーデン国王に割譲されることとなった。キール条例の締結後、スウェーデン国民は目的が果たされたのだから王太子が帰国することを望んだ。しかしながら、カスルリーがナポレオンを決定的に排除する前にスウェーデン軍を連合から引き上げることに対し警告を持って反対したため、再度軍を南に向けた。2月末、王太子はベルギーのリエージュに司令部を置く。依然としてナポレオンと連合国は交戦中だったが、王太子はそこから先に進もうとはしなかった。その理由の一つは戦役の動向と戦後処理に関しての連合国との意見の不一致であり、また王太子自身が軍を率いて母国フランスに踏み込むことをためらったからでもある。リエージュで待機している間、ブルボン家の使者が彼に接触し、彼らの復古を手助けすればフランス王国軍総帥の座を約束すると伝えてきた。また、義兄ジョゼフからの使者が来てナポレオンの今後はどうあるべきか尋ねられると、王太子は一刻も早く和平を結ぶよう助言した。加えて使者から、王太子が連合国のいずれよりも早くパリ入城をすれば、ブルボン朝の復古を怖れる多数の国民からフランスの救世主として歓迎されるだろうと告げられると、「内戦を誘発する行為は決してするつもりはないが、国家の集合をなす人々の求めには応じたい」と返答をした。こうして彼がリエージュで行動せずにいる間、ノルウェーとの統合関係に危機が訪れていた。スウェーデン軍の不在は、キール条約以前にノルウェー総督を務めていたクリスチャン・フレゼリク（後のデンマーク王クリスチャン8世）に反乱の機会を与えた。スウェーデンとの連合に反対する勢力の後押しを受けた彼はノルウェーの主権を握ろうとし、自ら摂政就任を宣言し、エイズヴォルで4月10日に開かれた議会でノルウェー国王との承認を得る。1814年3月31日、アレクサンドル1世に率いられたロシア軍がパリ入城を果たす。アレクサンドル1世はフランスの外務大臣タレーランとナポレオンの後継者をどうするか協議した。タレーランは正統主義に基づいてブルボン朝の復古が妥当とみなしていた。アレクサンドル1世はブルボン朝の復古王政よりもカール・ヨハンによる立憲君主制の方が良いのではないかと提案したが、「ベルナドットは革命の新たな段階になります」とタレーランは言い、そして「なぜ最も強大な軍人を廃した後に、別の軍人を選ぶ必要があるのでしょう？」と続けた。こうしてナポレオンの退位とルイ18世の即位が確定された後、4月12日になって王太子はパリにやって来た。戦後処理に関して、王太子は自分の中のスウェーデンとフランスへの忠誠心のバランスを取ることに努める。彼は連合国がフランスに要求した講和条件を支持することはせず、スウェーデンとフランスは個別に和平を締結した。パリ訪問の主な目的はノルウェー統合を確定するため他の連合国首脳と外交的調整を行うことだった。イギリス外相カスルリーとは反乱を起こしているノルウェーに対しイギリス艦隊による港湾封鎖を行うよう約束を取り付けた。パリ滞在中に、ネイ、ルフェーブル、オージュロー、マルモンら元帥やラファイエット、タリアンら政治家の出迎えを受け、またジョゼフィーヌ、オルタンスを訪ねている。また彼は祝いの手紙を多く受け取っていることから、後世言われるほどフランス人全体から裏切り者として手厳しい扱いをされた訳ではなかった。フランスを去る前に、亡命先から帰国したルイ18世と面会し、「この国は治めることが難しい国です。外柔内剛の姿勢で臨まれると良いでしょう」と述べたという。こうして5月1日にカール・ヨハンはフランスを出国する—これが彼と母国フランスとの永遠の別れとなった。1814年6月10日、王太子とスウェーデン軍はストックホルムに凱旋する。しかし王太子は早急にクリスチャン・フレゼリクのもと独立を宣言したノルウェーへの対応に取り掛かかる。秋に開催されるウィーン会議の前にノルウェー統合を事実化せねば不利になるからである。ノルウェー人の抵抗は統合を平和裏に締結させるのが不可能に見え、両国の国民とも戦争は避けられないと予想していたが、王太子はスウェーデン側からの侵略は後々まで続く恨みを買うだけだと気付いていた。スウェーデンが占領者と見なされるのは避けるべきであり、よってノルウェーに実体性のある自治権を与えることにした。対外的な評判に配慮しても、また彼自身の国家元首としてのあり方を考慮しても、スウェーデンとノルウェーが対等な2国の連合であるとの認識を得ることは重要であった。7月末、王太子はノルウェーに進軍する。王太子の注意深い用兵によって不要な流血を見ることなく、8月14日にモス条約が両国間で締結された。クリスチャン・フレゼリクはノルウェーをスウェーデンに連合させること並びに自身の退位を受け入れた。代わりに王太子はノルウェーが独自の憲法を持つことと、連合の形態は先のキール条約ではなくこの度のモス条約に基づく事を受け入れた。スウェーデン国内ではこうした寛大な条件を与えることに反対意見もあったが、王太子にとってノルウェーが被征服地としてではなく独立した国家として自発的に連合に加わることが望ましかった。その後ノルウェー議会は憲法修正を行い、11月4日に制定された憲法（11月憲法）にてカール13世をノルウェー国王として採択し、両国は同じ君主を推戴する同君連合となる。スウェーデンの境遇はカール・ヨハンが来た1810年から急速な変貌を遂げた。この新しい王太子はグスタフ4世アドルフが退位させられた後の荒廃したスウェーデンを立て直し、あらゆる困難を克服し、『1812年政策』の目標であるスウェーデンとノルウェーの統合を成し遂げたのである。その年秋のウィーン会議において、スウェーデン＝ノルウェーの連合は参加国の承認を得ることができたが、その一方でカール・ヨハンのスウェーデン王位継承者としての正統性に関して、ルイ18世とメッテルニヒから異議が差し込まれる。彼らは廃されたグスタフ4世アドルフの嫡男グスタフ・ヴァーサに同情的な姿勢を見せた。しかしアレクサンドル1世やイギリス、そしてタレーランもそれらに同調しなかったため事なきを得る。会議のさなかナポレオンのエルバ島脱出の報が届く。各国は大慌てで第7次対仏大同盟を結成して対抗姿勢を取るが、ストックホルムのカール・ヨハンは中立維持の原則と国内の反対意見から軍を動かすことなく静観した。彼はナポレオンの百日天下は失敗に終わると見越していたが、ナポレオンが領土的野心を示さず自然国境内に国土を維持するならば、反動的なブルボン朝より有用だろうと状況の推移を面白そうに眺めていたという。この時のカール・ヨハンはまだフランスの救済者として呼び声がかかる望みを無くしていなかったと言われる。またパリとサンクトペテルブルク間の調停役となることで、スウェーデンの国際政治上の威信を高めようと考えたが、ワーテルローの戦いで連合国軍がナポレオンに対し決定的勝利を収めたことはその可能性を失わせた。ナポレオン再退位後は白色テロの嵐を憂慮し、多くの亡命者をスウェーデンに受け入れた。元同僚ミュラのナポリ王位剥奪を食い止めようと列強国に掛け合っていたが、最終的にミュラは銃殺された。また親友ネイの処刑には衝撃を受け、遺児をスウェーデンに招き息子オスカルの副官に付け共に養育した。他にもフーシェやドルエの息子らをスウェーデン政府に士官させている。そして妻デジレの姉にしてジョゼフ・ボナパルトの妻ジュリーをイギリスのジョージ王太子の助力を得てフランクフルトに移し保護した。またリュシアンの娘をスウェーデンの外交官に縁付けており、さらに後年ナポレオンの継子ウジェーヌの娘ジョゼフィーヌをオスカルの妃に迎えていることから、ナポレオン没落後もボナパルト一族とある程度の関係を維持できていたと推測される。再開されたウィーン会議ではスウェーデンは脇に追いやられ、列強主導でナポレオン戦争の戦後処理は進む。カール・ヨハンがフランス時代に所有していた個人資産の代償として1813年にイギリスから割譲されたグアドループ島がフランスに返還されることになった。ただしその代わりイギリスから100万ポンドを得ており、カール・ヨハンはこれを債務処理や公共事業にあてた。スウェーデンは政治面においては更に孤立しており、大陸の列強国の首脳の中ではアレクサンドル1世のみがカール・ヨハンの確固たる支持者であった。ナポレオン戦争後の政治的反動の中でカール・ヨハンの統治は長続きしないと目されていたのである。実際のところ、そのような諸外国の疑念にかかわらず解放戦争の勝利とノルウェーの統合はスウェーデン国内における王太子の人気を絶大なものにしていた。だがそれでも王太子時代の終盤には自分の置かれた状況に不安を募らせている。フランスの王政復古と神聖同盟が引き起こした欧州における反動主義の高まりはこの『革命の申し子』を排除しようとした。ある対抗者の一人は彼のことを「かつて美しかったヨーロッパに付着した醜い染み」と呼んだという。