1992年2月、イゼトベゴヴィッチはボスニア・ヘルツェゴビナを、ヨーロッパ水準の独立国家として認めるかを問う住民投票を実施した。大統領評議会のセルビア人メンバーらは、ボスニア・ヘルツェゴビナの独立を進めるあらゆる動きは、ユーゴスラビアへの帰属を求めるセルビア人居住地域をボスニア・ヘルツェゴビナから切り離すことにつながると警告した。セルビア人は住民投票をボイコットし、これを憲法違反の動きであるとした。投票では67%の投票率で、99.4%の賛成票をあつめた。これは、ボスニア・ヘルツェゴビナに住むほぼ全てのクロアチア人とボシュニャク人の有権者が投票し、賛成票を投じたことに匹敵する。ボスニア議会では既にセルビア人議員は欠席となっており、議会は2月29日に公式に独立を宣言し、イゼトベゴヴィッチは3月3日に独立すると発表した。独立は1992年4月7日に欧州連合とアメリカがボスニア・ヘルツェゴビナの独立を承認するまで実際の効力は発揮されなかった。国際社会によるボスニア承認の直後から、散発的にセルビア人とボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍による戦闘が始まった。イゼトベゴヴィッチは、独立の承認に伴って国際社会が紛争を食い止めるために平和維持軍を派遣することを期待したが、これは実現されなかった。それに代わって、ボスニア・ヘルツェゴビナ全土の広い地域で、蜂起したセルビア人やユーゴスラビア軍と、装備の貧弱なボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍との戦闘が始まった。はじめ、セルビア人武装勢力は非セルビア人の市民を東部ボスニアで攻撃した。町や村はひとたびセルビア人の手に落ちると、セルビア人勢力（軍や警察、準軍事組織、そして時にはセルビア人の村人まで）が同じパターンに従って行動した。ボシュニャク人の家や住宅は組織的に破壊されるか放火され、ボシュニャク人の市民は追い込まれるか捕らえられ、時に殴打され、殺害された。男性と女性は分離され、男性らの多くは強制収容所に送られた。女性らは各地の拘留地にとどめ置かれ、極めて劣悪な環境の中での生活を強いられ、繰り返し強姦されるなどの虐待を受けた。セルビア人の兵士や警官はこれらの拘留地を訪れ、一人あるいは複数の女性を選んで連れ出し、強姦した。その後3年にわたって、イゼトベゴヴィッチはセルビア人勢力によるサラエヴォ包囲下で、危険な中を生きた。イゼトベゴヴィッチは、セルビア人勢力の攻撃に対して何もしない西側諸国の失態を非難し、かわって反体制活動時代に築いたイスラム世界とのつながりを頼った。ボスニア政府は彼らから資金と軍備の提供を受けた。ボスニアのボシュニャク人に対する、セルビア人やクロアチア人の勢力による虐殺に対して、アラブ人の義勇兵がボスニアに入り、ボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍に加わった。彼らはエル・ムジャヒド（El-Mudžahid）の名で呼ばれた。エル・ムジャヒド義勇軍の正確な数は明らかにはなっていないものの、300人程度から1,500人程度と見られている。これらの外国人兵は、自身をムジャーヒディーンと呼び、1993年にクロアチアの身分証明書、パスポート、IDを持って入国している。彼らは大きな批判の的となり、彼らの存在は危険なイスラム原理主義をヨーロッパの中央に築き上げようとしている証拠であると非難された。しかし、これらの外国人義勇兵はボシュニャク人の間でもあまり知られていない。それは、ボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍は数千人の兵士を擁し、兵士ではなく軍備を必要としていたことによる。多くのボスニア政府軍の士官や指導者たちは、外国の義勇軍がボスニア・ヘルツェゴビナの中心にいたことに疑いを持っている。ボスニア政府軍は頻繁にクロアチア人勢力によって捕らえられているのとは対照的に、これらの「ムジャーヒディーン」たちは、クロアチアのスプリトやザグレブから来て、ボスニア・ヘルツェゴビナ領内にクロアチア人が建国を宣言したヘルツェグ＝ボスナ・クロアチア人共和国を問題なく通過してきていることになる。ボスニア政府軍に所属したクロアチア人の高官である将軍スティエパン・シベル（Stjepan Šiber）によると、これらの外国人兵のボスニア入りのかなめの役割を果たしたのはクロアチア大統領フラニョ・トゥジマンとクロアチアの防諜組織であり、クロアチアによるボスニア紛争への加担と、クロアチア軍による犯罪を正当化する事を目的としているとされる。イゼトベゴヴィッチはこれらの「ムジャーヒディーン」たちを、イスラム世界によるボスニア支持の象徴と見なしているが、彼らは軍事的には大きな貢献となはらず、政治的には重荷となった。ボスニア・ヘルツェゴビナ連邦の領土防衛大臣ハサン・チェンギッチ（Hasan Čengić）は、イランと強い結びつきを持っており、1996年にチェンギッチの更迭は、アメリカ合衆国がボスニア・ヘルツェゴビナ連邦軍に対する資金と装備の支援の引き換えに、強く求めていた要求であった。イゼトベゴヴィッチは中央集権の下での多民族国家としてのボスニア・ヘルツェゴビナを希求した。これは当時の情勢の下では不可能とも思われる構想であった。ボスニアのクロアチア人は、サラエヴォの政府には期待せず、クロアチア政府によって軍事的・資金的に援助を受け、クロアチア人自身による民族国家「ヘルツェグ＝ボスナ・クロアチア人共和国」をヘルツェゴヴィナと中央ボスニア地方にうち立てていた。ほとんどの地域では、局地的なセルビア人勢力とクロアチア人勢力による休戦が結ばれていた（クレシェヴォ (Kreševo)、ヴァレシュ (Vareš)、ヤイツェなど）。クロアチア人勢力は、中央ボスニアの町ゴルニ・ヴァクフおよびノヴィ・トラヴニク（Novi Travnik）において1992年6月、はじめてボシュニャク人に対する攻撃に及んだものの、攻撃は失敗に終わった。グラーツ合意（Graz agreement）はクロアチア人勢力の間に大きな分裂をもたらし、分離主義者の勢力を勢いづかせた。これによって、ボシュニャク人勢力に対するラシュヴァ渓谷民族浄化作戦（Lašva Valley ethnic cleansing）が引き起こされた。この作戦はヘルツェグ＝ボスナ・クロアチア人共和国の政治的・軍事的指導者らによって1992年5月から1993年3月にかけて計画され、続く4月に実施され、1991年11月にクロアチア人民族主義者によって規定された目標の具現化であった 。全般的な混乱に加えて、イゼトベゴヴィッチのかつての盟友であったフィクレト・アブディッチはツァジンとヴェリカ・クラドゥシャ自治体の領域において、サラエヴォの政府に反抗し、スロボダン・ミロシェヴィッチやフラニョ・トゥジマンの協力の下で「西ボスニア自治州」を設立した。アブディッチの一派はまもなくボスニア政府軍によって鎮圧された。この時点で、イゼトベゴヴィッチによるサラエヴォの政府は、ボスニア・ヘルツェゴビナ全土のうち、わずか25%を統制下におき、ボシュニャク人を代表する勢力に過ぎなかった。1993年中ごろ、イゼトベゴヴィッチは、ボスニアを民族ごとに分割したうえでサラエヴォの政府の下に置き、かつボシュニャク人に最大の領土を与える和平案に合意した。ボシュニャク人とクロアチア人の間の戦闘は、アメリカ合衆国の調停によって1994年3月に停止され、それ以降は両勢力は対セルビア人で協力関係となった。この頃から、NATOは紛争により積極的に介入するようになり、ボスニアのセルビア人が停戦を破ったり飛行禁止区域を侵した際には、セルビア人勢力に対する局地的な爆撃などを行った。クロアチア人勢力は、アメリカの軍事コンサルタントMilitary Professional Resources, Inc.によるクロアチア軍に対する指導によって間接的に利益を受けた。加えて、国際連合による武器禁輸にも関わらず、クロアチアはボスニアのクロアチア人勢力に対して大量の武器を供与し、少数をボスニア政府軍にも供与した。多くのボスニア軍の供給はイスラム世界、特にイランから空輸によって運び込まれ、1996年にアメリカ合衆国の調査の際に問題となった。1993年9月、ボシュニャク人知識人会議（Drugi bošnjački sabor）は、歴史的な民族呼称である「ボシュニャク人」を、それまでの呼称であった「ムスリム人」に代わって再導入した。ユーゴスラビア時代、「ボシュニャク人」の呼称は、ボスニアにおける支配力が失われることを恐れたセルビア人によって反対され、その代わりに「ムスリム人」の呼称が導入されていた。ユーゴスラビアによる「ムスリム人」政策は、ボシュニャク人の間では民族性の無視と、ボスニアという地域性の否定であり、彼らを民族性ではなく宗教によって区分するものであったと見なされた。 ボスニアの政治家のハムディヤ・ポズデラツ（Hamdija Pozderac）は、1971年のヨシップ・ブロズ・チトーとの会談の中で、「彼らは、ボスニア性を認めず、代わりにムスリム性を提案してきた。この呼称は誤りであるものの、我々はこれを受け入れ、これを進展の第一歩としよう」としている。