ウェストバージニア州は、南北戦争中にアメリカ連合国の州（バージニア州）から分離した唯一の州となった。1861年4月17日、リッチモンドで開催されたバージニア州のアメリカ合衆国からの脱退を問う会議では、後のウェストバージニア州となる部分からの49代議員の内、17人が脱退条例に賛成し、30人が反対、2人が棄権した。バージニア州議会でアメリカ合衆国からの脱退を進めることが大勢を決した、そのほぼ直後に、クラークスバーグで開かれた大衆集会で、1861年5月13日を期してホィーリングで開催される会議に北西部バージニアの各郡が代表をおくることを推薦した。第一次ホィーリング会議が開催されると、25の郡から425人の代議員が出席した。ただし代議員の3分の1以上が北部パンハンドル部の者であり、考え方に分裂が生じた。代議員の中には、即座に新州の設立を望む者もあれば、バージニア州の脱退がまだ住民投票を通過していないときであり、そのような行動がアメリカ合衆国に対する反乱となると論じる者もいた。脱退条例が採択された場合（この時点で採択に疑いはほとんど無かった）、選挙で選ばれた議員を含み新たな会合を6月にホィーリングで開催することが決められた。1861年5月23日の住民投票で脱退が圧倒的多数で批准されたが、西部の郡の場合、34,677票が反対、19,121票が賛成だった。第二次ホィーリング会議は約束された6月11日に開催され、脱退会議は住民の同意無しに招集されたものだったので、その行動は全て無効であり、それに固執する者はその役職を去らなければならないと宣言した。ホィーリング会議と代議員そのものは、バージニア州西部のために行動すべく、住民投票で選出されたものではなかった。6月19日に政府を再組織する案が成立した。翌日、代議員の互選でフランシス・H・ピアポントがバージニア州知事に選出され、他の役職者を選出して会議は閉会された。議会の代議員数は103人であり、そのうち33人は5月23日にバージニア州議会に選ばれていた者達だった。代議員の中には1859年から州上院議員を務めていた者も含まれており。ホィーリングに出席するためにその職を辞してきていた。他の代議員は様々な形で選ばれていた。ある者は大衆集会で、ある者は郡政委員会で選ばれ、またある者は自薦によっていた。この不揃いの議会は6月20日に開催され、連邦維持論者を残っていた州の役職に選出し、対抗する州政府を組織し、2人のアメリカ合衆国上院議員を選出して、速やかにワシントンD.C.の連邦政府に認知された。この時点でバージニア州には2つの州政府があり、1つはアメリカ合衆国に忠実なできたばかりの政府、1つはアメリカ連合国の州政府だった。8月6日まで休会とされたホィーリング会議は8月20日に再招集され、新州設立を住民投票にかけること、その結果が賛成と出た場合に憲法を定める会議を招集することを決めた。1861年10月24日に住民投票が行われ、賛成18,408票、反対は僅かに781票だった。この投票結果の信憑性が疑問となってきた。そのときすでに北軍が地域を占領しており、北軍はアメリカ連合国の同調者が投票しないよう投票所に待機していたからだった。賛成票の多くは北部パンハンドル部周辺の16郡で投票されたものだった。5万以上の票が脱退条例を問うたときに投じられており、州設立に対する投票は19,000票を越えたに過ぎなかった。ホィーリングが所在するオハイオ郡では、有権者の約4分の1が投票しただけだった。1861年11月に開催された憲法制定会議では、オハイオ郡のラムとカースカドンが、ハンプシャー郡では投じられた195票のうち30票のみが州民により、残りは北軍兵によって違法に投じられたと伝えた。ウェストバージニア州となるはずだった地域の大半で、投票が全く無く、領域の3分の2は脱退に賛成であり、郡役人はアメリカ連合国に忠誠なままだった。脱退賛成郡の票は、これらの郡から逃げた連邦支持派が他所で投じたものだった。憲法制定会議は11月26日に始まり、1862年2月18日に作業を終え、1862年4月11日の住民投票で、賛成18,162票、反対514票で批准された。1862年5月13日、再編成された議会が新州の成立を承認した。アメリカ合衆国への加盟申請が議会に提出され、同年12月31日、ウェストバージニア州を加盟させる構成法をエイブラハム・リンカーン大統領が承認した。ただし、奴隷制度を段階的に廃止する条項を憲法に含めることが条件とされた。ウェストバージニア州が州として加盟することは違法であり、違憲であると考える者が多かったが、リンカーンは「ウェストバージニア州加盟に関する意見書」を発行し、「ウェストバージニア州の加盟に同意する政体はバージニア州の議会である」と述べ、それ故にその加盟は合憲であり、適切であるとした。会議は1863年2月12日に再招集され、アメリカ合衆国政府からの要求について合意された。改訂された憲法は3月26日に採択され、4月20日、リンカーン大統領が60日後（1863年6月20日）に州の加盟を認めるという宣言を発した。一方で新州の役人が選ばれ、ピアポント州知事は州都を北軍が占領しているアレクサンドリアに移し、バージニアの全郡の管轄権が北軍の前線内側にあるよう確保した。新州設立に関する合憲性の問題はアメリカ合衆国最高裁判所で争われた。バークレー郡とジェファーソン郡はポトマック川沿い、山岳より東にあり、1863年、再編されたバージニア州政府の同意で、ウェストバージニア州への併合が決められた。脱退派の強かった郡の多くの有権者が南軍に入っていて投票が行われたときは留守であり、戻ってきたときにその移行を承認しようとしなかった。バージニア州議会は脱退決議を撤廃し、1866年には、ウェストバージニア州に対して、ウェストバージニア州の州としての加盟を違憲であると宣言した郡は、バージニア州の部分であると宣言することを求める訴訟を起こした。一方1866年3月10日、連邦議会は移行を認知する合同決議を行った。最高裁判所は1870年にウェストバージニア州有利の判決を下した。南北戦争の間、ウェストバージニア州にはあまり影響が及ばなかった。北軍ジョージ・マクレラン将軍の軍隊がリッチマウンテンの戦いを頂点とした1861年夏には領域の大部分を支配し、同年、南軍のロバート・E・リーが侵略を試みたものの、北軍支配が大きく揺るがされることは無かった。1863年、南軍ジョン・D・インボーデン将軍の5,000名の部隊が州内のかなりの領域に侵入した。ある地区ではゲリラ部隊が家を焼き略奪を行った。それらは終戦まで完全に制圧されなかった。東部パンハンドル部は戦争の影響を受けた。この地域の支配権は何度も入れ替わった。ウェストバージニア州となった地域から、実際には南北両軍に22,000人から25,000人のほぼ同数の兵士を拠出した。ホィーリング政府はその支配を守るために、1865年には南部から戻った者の選挙権を剥奪する必要性があることを理解した。この法を提案したジェイムズ・ファーガソンは、これが法制化されなければ、自分は500票差で落選すると語った。南軍支持者の資産も押収され、1866年には南軍に支援や便宜を与えた者全てから選挙権を剥奪する憲法修正案が採用された。アメリカ合衆国憲法に修正第14条と同第15条が追加され、修正が必要になった。1870年には民主党が支配権を取り戻し、1871年には1866年憲法修正が無効とされた。この変更への最初のステップは共和党が1870年に行っていた。1872年、全く新しい憲法が採択された。レコンストラクション時代とその後の数十年間、バージニア州とウェストバージニア州は、南北戦争前にバージニア州政府が負っていた負債をどのように分割負担するかで揉めた。その負債の大半は運河、道路、鉄道などバージニア公共事業局の下で進められた公的インフラの改良に関するものだった。元は南軍の将軍だったウィリアム・マホーンは再編党とよぶ政治連衡を形成した。ウェストバージニア州の最初の憲法はバージニア州負債の一部を肩代わりすると決めていたが、1870年にバージニア州によって交渉が始まり、1871年にはバージニア州が負債の3分の2を引き受け、残りをウェストバージニア州に一律割り当ててきた。この問題は最終的に1915年に決着し、アメリカ合衆国最高裁判所がウェストバージニア州に12,393,929.50米ドルの支払を命じた。この負債を完済したのは1939年だった。