1942年（昭和17年）8月31日、日本海軍は「長波」（同年6月30日竣工、藤永田造船所）と「巻波」により第31駆逐隊を編制した。初代駆逐隊司令に清水利夫大佐（当時、第21駆逐隊司令。海軍兵学校46期）を任命する。司令駆逐艦は「巻波」となった。第31駆逐隊は第二水雷戦隊に編入された。さらに金剛型戦艦（金剛、榛名）と第31駆逐隊（巻波、長波）で前進部隊待機部隊を編成、内海西部で訓練を実施した。9月6日、第三戦隊司令官栗田健男中将（海軍兵学校38期）指揮のもと戦艦金剛（第三戦隊旗艦）と榛名、第31駆逐隊は豊後水道を出撃した。9月10日にトラック諸島に到着した。連合艦隊司令部（旗艦「大和」）で打ち合わせを行い、並行して補給を受ける。前進部隊本隊に編入後、9月11日にトラック泊地を出撃する。前進部隊（指揮官近藤信竹第二艦隊司令長官）に合流した。9月中旬の日本陸軍ガ島総攻撃は失敗、日本海軍各艦隊はトラック泊地にもどった。第31駆逐隊はトラック泊地での警戒任務につく。9月29日、第五戦隊の重巡洋艦「羽黒」が修理のため佐世保に戻ることになり、「巻波」は同艦をトラック泊地近海まで護衛した。10月1日、第31駆逐隊に夕雲型駆逐艦6番艦「高波」（同年8月31日竣工、浦賀船渠）が編入され、同隊は3隻編制（長波、巻波、高波）となる。清水司令は司令駆逐艦を「高波」に指定した。10月11日、前進部隊（第二艦隊）はトラックを出撃する。第二水雷戦隊司令官田中頼三少将（海軍兵学校41期）が指揮する第二水雷戦隊（軽巡五十鈴〈二水戦旗艦〉、第15駆逐隊〈親潮、黒潮、早潮〉、第24駆逐隊〈海風、江風、涼風〉、第31駆逐隊〈高波、巻波、長波〉）は、ガダルカナル島ヘンダーソン飛行場に対し艦砲射撃を実施予定の戦艦金剛と榛名を護衛する。挺身攻撃隊（指揮官栗田健男第三戦隊司令官）としてトラック泊地を出撃した。応援の第19駆逐隊（哨戒任務）と共に、10月14日飛行場砲撃（ヘンダーソン基地艦砲射撃）を援護した後、前進部隊（第二艦隊）に合流する。ヘンダーソン飛行場は損害を受けたが、日本軍が知らなかった新規飛行場は離着陸可能であり、ガ島揚陸中の輸送船団に空襲を加えた。輸送船団の苦戦を知った連合艦隊は、前進部隊の重巡「妙高」と「摩耶」に飛行場砲撃を命じ、これを二水戦（五十鈴、高波、巻波、長波）が護衛する。10月15日夜、5隻は艦砲射撃を敢行した。発射弾数は妙高476発、摩耶450発、第31駆逐隊253発と記録されている。戦場を離脱後、10月17日夜に第二艦隊（近藤信竹中将・海兵35期、旗艦「愛宕」）および第三艦隊（南雲忠一中将・海兵36期、旗艦「翔鶴」）主力と合流し、補給を行いつつ敵を求めて進撃を続けた。10月26日の南太平洋海戦における第二水雷戦隊は、前進部隊（指揮官近藤信竹第二艦隊司令長官）に所属し、第四戦隊（愛宕、高雄）、第三戦隊（金剛、榛名）、第五戦隊（妙高、摩耶）、第二航空戦隊（司令官角田覚治少将：空母隼鷹）と共にアメリカ軍機動部隊と交戦した。二水戦は10月30日にトラックへ帰投した。11月3日、巻波を含め支援部隊の一部部隊は外南洋部隊（指揮官三川軍一第八艦隊司令長官）に編入され、トラックを出撃してショートランドに向かう。11月5日、ショートランド泊地において外南洋部隊増援部隊指揮官の職務は、第三水雷戦隊司令官橋本信太郎少将から第二水雷戦隊司令官田中頼三少将に引き継がれた。ガダルカナル島への鼠輸送に従事していた第三水雷戦隊は、トラック泊地へ戻る。これ以降、ガ島への駆逐艦輸送作戦は田中頼三少将が指揮することになった。11月6日深夜、第15駆逐隊司令佐藤寅治郎大佐指揮下の甲増援隊はショートランド泊地を出撃する。甲増援隊の編成は、第15駆逐隊（親潮、早潮、陽炎）、第24駆逐隊（海風、江風、涼風）、第31駆逐隊（高波、巻波、長波）、第10駆逐隊（夕雲、風雲）であった。途中で米軍爆撃機と小型機20数機の空襲を受け、長波と高波が損傷した。甲増援隊は深夜にタサファロング沖に到着して糧食を降ろし、傷病兵と便乗者を乗せて帰投した。11月10日朝、第10駆逐隊司令阿部俊雄大佐が指揮する第10駆逐隊（夕雲、巻雲、風雲）、第31駆逐隊（巻波）、第24駆逐隊（涼風）は第十一戦隊弾着観測員と陸軍兵・物資を載せてショートランド泊地を出撃した。魚雷艇を撃退し、輸送任務も成功する。11日午前中に帰投した。この頃、ガダルカナル島の戦いは一つの山を迎えつつあり、日本軍は第三十八師団の一部が乗った輸送船団をガダルカナル島へ送ることとなった。11月13日以降、増援部隊（第15駆逐隊〈早潮〔二水戦旗艦、田中司令官座乗〕、親潮、陽炎〉、第24駆逐隊〈海風、江風、涼風〉、第31駆逐隊〈高波、巻波、長波〉、吹雪型天霧、睦月型望月）は輸送船11隻を護衛し、ガダルカナル島に向かった（第三次ソロモン海戦）。だがアメリカ軍機の波状攻撃を受け輸送船6隻が沈没、「佐渡丸」が大破して駆逐艦「天霧」と「望月」に護衛されてショートランド泊地へ退避する。「巻波」も陸軍将兵多数を艦内に収容、記録では1020名となっている。田中司令官は残存輸送船4隻と駆逐艦9隻を指揮してガ島への進撃を続行した。11月15日未明に輸送船4隻（廣川丸、山浦丸、鬼怒川丸、山東丸）はガダルカナル島タサファンログ泊地に座礁揚陸を強行するが、アメリカ軍機と米艦艇の攻撃で全滅した。揚陸できたのは人員だけで、重機材や弾薬はほとんど失われた。増援部隊各艦は15日22時になりショートランド泊地へ戻った。ショートランドに帰投後、息つく暇も無く、日本軍側は鼠輸送、連合軍側は東京急行と呼称するドラム缶輸送に従事した。外南洋部隊増援部隊の大部分はニューギニア方面への作戦に従事しており、ショートランド泊地に残っていたのは駆逐艦5隻（高波、巻波、長波、黒潮、満潮〈損傷修理中〉）だけだった。11月22日（途中引返し）と24日午前3時、「巻波」と峯風型駆逐艦「羽風」は輸送船3隻（千早丸、神威丸、寶運丸）を護衛し、ショートランド泊地を出撃する。同日19時ニュージョージア島のムンダに到着した。25日午前2時30分出発、夕刻ショートランド泊地に帰投した。米潜水艦襲撃時には、「羽風」と共に応戦している。11月30日、外南洋部隊増援部隊指揮官田中頼三少将（第二水雷戦隊司令官、旗艦「長波」）の指揮下、駆逐艦8隻はドラム缶輸送任務のためショートランド泊地を出撃、ガダルカナル島へむかう。部隊編成は。警戒隊（長波、高波）、第一輸送隊（黒潮、親潮、陽炎、巻波）、第二輸送隊（江風、涼風）である。これをカールトン・H・ライト少将率いる第67任務部隊が迎撃、アイアンボトム・サウンドにおいて夜間水上戦闘となった（ルンガ沖夜戦）。「巻波」は魚雷を発射しなかった。日本側は駆逐艦1隻（高波）が沈没し、アメリカ側は重巡ノーザンプトン (USS Northampton, CA-26)を喪失、重巡3隻（ミネアポリス、ペンサコラ、ニューオーリンズ）も大破という損害だった。一方でドラム缶輸送作戦自体は失敗し、外南洋部隊は第二次ドラム缶輸送作戦を行うよう指導する。本戦闘で「高波」（第31駆逐隊司令駆逐艦）が沈没する。清水大佐（31駆司令）が戦死。第31駆逐隊は長波と巻波に減少した。12月3日、田中二水戦司令官（長波）指揮下、第二次輸送作戦が実施される。第15駆逐隊（親潮、黒潮、陽炎）、第31駆逐隊（巻波、長波）、第24駆逐隊（江風、涼風）、第4駆逐隊（嵐、野分）、第27駆逐隊（夕暮）という編成だった。航行中、「巻波」は米軍機の空襲により損傷した。戦死者7名。投下ドラム罐1500個のうち、回収されたのは310個だった。作戦終了後、「巻波」は修理のためラバウルに回航されている。12月16日、第一次第一回ムンダ輸送のため、駆逐艦6隻（長波、巻波、親潮、黒潮、陽炎、谷風）はニュージョージア島ムンダ輸送を実施した。揚陸作業中に夜間空襲を受け「陽炎」が小破した。12月21-22日、第17駆逐隊司令指揮下の駆逐艦4隻（谷風、浦風、巻波、陽炎）はムンダ輸送を実施した。つづいて駆逐艦4隻（江風、涼風、巻波、陽炎）をもって第二号哨戒艇（旧駆逐艦〈灘風〉）を護衛、同艦をガ島に擱座させようという12月27日のラバウル出撃は、ガ島に向け航行中に中止となる。各艦はショートランドを経てラバウルに戻った。12月29日附で第二水雷戦隊司令官は田中頼三少将から小柳冨次少将（海軍兵学校42期）に交代した。30日、小柳の着任にともない田中は退隊した。この人事にともない、外南洋部隊増援部隊指揮官も田中少将から小柳少将に交代した。