チャコ・キャニオンには、渓谷の底の部分に沿って14kmにわたり遺跡が分布している。月が昇る場所と月が沈む場所が18.6年の周期で変化する位置にあわせて壁が造られた建物がある。9ヶ所のグレート・ハウスは、チャコ・キャニオンの乾燥した渓谷の北端の巨大な砂岩でできたメサのふもとに位置する。他のグレート・ハウスは、メサの頂点か渓谷の近くないし流域に位置する。14ヶ所のグレート・ハウスが確認されていってチャコ・キャニオンに関しては、後述するように地理的に分類できる。チャコ・キャニオンの中央部には最大級の構築物がある。最も研究が進んでいる遺跡にプエブロ・ボニート（Pueblo Bonito、美しい村）がある。8,000m²にわたる面積を持ち少なくとも650の部屋をもっている。プエブロ・ボニートは、グレート・ハウスのなかで最大のものである。プエブロ・ボニートの一部には4階建てになっている部分があり、壁の芯の部分と表層部を美しく石積みで仕上げた建物や複数階にわたるような構築物を造るには、厚さ1mに達するような分厚い壁の石積みが必要であった。プエブロ・ボニートは、大小36のキヴァをもち、南北方向に走る壁によって二つに区分される。大キヴァは、チャコ・キャニオンにある多くのグレート・ハウスと呼ばれる遺跡では、そのような壁のどちらか一方の端に設けられている。プエブロ・ボニートは完成した時点で、ローマのコロッセウムと大体同じくらいの大きさであった。プエブロ・ボニートの近くにあるプエブロ・デル・アロヨ (Pueblo del Arroyo) は、1050年から1075年の間に造られ12世紀初頭に完成した。プエブロ・デル・アロヨは、プエブロ・ボニートのある流域の出口の南渓谷と呼ばれる場所にある。シェトロ・ケートル (Chetro Ketl) は、プエブロ・ボニートの近くに位置し、他の集落遺跡にみられるように典型的なDの字形をしている。しかし大きさはやや小さい。1020年から1050年の間に建設され一つの大キヴァに対し450から550の部屋で構成されている。研究者たちは、シェトロ・ケートルだけでも1時間あたり29,135人の労力を要したと考えている。Hewettは、5,000本の木と50万個の石のブロックを建設に要したと考える。キン・クレッツオ（Kin Kletso、黄色の家）はプエブロ・ボニートから西へ0.8kmの場所に位置する中規模の集落である。キン・クレッツオには、北方のサン・ファン盆地から来た人々が建設して住みついた可能性が強い。キン・クレッツオの長方形の形と集落の規模は、プエブロIII期の様式や変形というよりもプエブロII期の文化の担い手たちとの関係がうかがわれる。キン・クレッツオは、55の部屋と地表面を床面にしているキヴァないし宗教的な中心施設として使われたと思われる二階建ての円柱形の塔がみられる。黒曜石を加工した工房跡がこの集落遺跡の近くから発見されている。キン・クレッツオは、1125年から1130年の間に建設された。プエブロ・アルト (Pueblo Alto) はチャコ・キャニオンの中央部に位置し、89の部屋をもつグレート・ハウスのひとつであってプエブロ・ボニートから1kmのメサの頂上に築かれた。広々とした立派な建物をたてる建築ブームがキャコ・キャニオン全体に普及し始めた1020年から1050年の間に建設活動が始まった。プエブロ・アルトの位置は、サン・ファン盆地のどこに住民が住んでいるかを見渡せる場所で、渓谷の反対側にあるツィン・クレツィンから北方3.7kmの位置である。ツィン・クレツィン (Tsin Kletsin) は、Chacra Mesaの上に築かれ、カサ・リンコナーダの上流、プエブロ・アルトから南方3.7kmに位置する。ツィン・クレツィンは、ツィン・クレツィンの人々が生活するための水を供給してきたと考えられる壮大な土木構築物であるWeritosダムの近くに位置する。Weritosダムは豪雨によってもたらされた伏流水を貯めておく貯水池として用いられた。もし突然の洪水があれば膨大な量の水路が造られていき、ツィン・クレツィンの住民はダムを造り直し、その際に把握しうる範囲をさらってダムにせざるをえなかったであろう。ここはチャコ・キャニオンの全ての集落の発展に影響を及ぼしたビーズやトルコ石製品をつくる工房がある集落である。チャートを材料とする道具の加工もおこなわれていた。考古学者のトム・ウィンデスが指揮する調査結果からツィン・クレツィンには、わずか5つから20くらいまでの一握りの家族しか住んでいなかったと推察される。このことは、プエブロ・アルトも第一義的に人が住むために建設されたものではないことを示しているのかもしれない。他のグレート・ハウスと呼ばれるものとしてはヌエボ・アルト(Nuevo Alto) が挙げられる。ヌエボ・アルトは、プエブロ・アルトの北方にあるメサの上に建設された。ヌエボ・アルトはチャコ・キャニオンでの人口が減少してきた時期に当たる1100年代の後半に建設された。チャコ・キャニオンの北限に当たる場所には、チャコ・キャニオン中央部とは別のグレート・ハウス群がある。そのうち最大のものは、カサ・チキータ（Casa Chiquita、小さい家）であって、雨が豊富に降った湿潤期にあたる1080年ごろに建設された集落である。カサ・チキータの構造は小さく正方形の断面である。さらには、中庭部分がなく以前に造られたキヴァを分割している様子がうかがわれる。渓谷の中央部地域のものよりも大きく正方形に近い石塊を用いて石積みがなされている。キヴァは北方のメサ・ヴェルデ伝統に似た形に設計されている。渓谷を3.2km下流へ行くとペニャスコ・ブランコ (Peñasco Blanco) というチャコ・キャニオンの渓谷を見下ろす南岸の先端部分に弧状に築かれた構築物が造られた。時期的には900年から1125年の間であり5期に区分される。ペニャスコ・ブランコは壁画で知られ、1054年7月5日に観測されたかに星雲の超新星爆発の光景を記録したかもしれないと考えられている。フンゴ・パヴィ (Hungo Pavi) は、ウナ・ヴィーダの北方2kmの位置にあり、周囲266mの規模をもつ。最初の調査によってフンゴ・パヴィの建物は4階建てで一ヶ所円形のおおきなキヴァを持ち地表に72ヶ所の部屋が造られたことが分かった。9世紀ないし10世紀ごろ建設されたと思われる。キン・ナハスバス（Kin Nahasbas）は、北のグレート・ハウス群に属する主な遺跡のひとつである。ウナ・ヴィーダのわずか北方にあり、北側にはメサがあってその麓に位置する。部分的に発掘調査がなされた。チャコ・キャニオンの奥のほうへ行くと900年前後から造られ始めた最も古い三つのグレート・ハウス群のうちひとつのウナ・ヴィーダ (:en:Una Vida|Una Vida) がある。ウナ・ヴィーダは、同時代に構築された遺跡であるペニャスコ・ブランコやプエブロ・ボニートのように弧状ないしD字状のプランをしているものに分類できる。しかし、ウナ・ヴィーダは、構造的に「犬の足」と呼ばれる独特なものが必要だったことが特筆される。ウィジジ（Wijiji, アカザ科の低木、グリースウッド（油脂を持つ木）にちなんでこう呼ばれる）は、グレート・ハウスの中では最も小さく、100くらいの部屋で構成される。1110年から1115年の間に建設された。ウィジジは、隣にあるグレート・ハウスであるウナ・ヴィーダから2kmの位置にありチャコ・キャニオンでも最も奥まった部分に孤立的に建設された。カサ・リンコナーダは、大キヴァを持ち他のチャコ・キャニオンの遺跡からは独立した存在になっている。また立地としては、Chacra Mesaの頂点へ向かう急な階段につながるチャコ文化の道路の近くにあるとともにチャコ・キャニオンの南端部分にも位置している。キヴァは独立していてキヴァを支える人々の住む場所や構築物を伴っているわけではない。キヴァには地下のキヴァから地上より高いところへ行く12mの通路があった。チャコ・キャニオンから直線的に北上するとサーモン遺跡やアズテック遺跡にみられるような集落がある。そういった集落は、1100年ごろから始まる湿潤期の30年の間に建てられた。チャコ・キャニオンの100km南方には主要交易路であるグレート・サウス・ロードに沿って別の集落群が位置している。そのうち、もっとも大きなものは、Kin Nizhoniであり、湿地帯のような場所のかなにある標高2,100mのメサの頂上に築かれた。