2013年3月、全日本柔道連盟が日本スポーツ振興センターからの助成金を不正受給していた問題が発覚した。現場の指導者や選手からも不正の実態を裏付ける証言が相次ぎ、全柔連会長である上村の責任が問われた。上村はメディアからの取材に対し、「（不正受給した理事を）推薦した私の責任はある」と、責任の一端を認める発言をしたが、不正受給そのものが組織的に行われていた疑いが指摘された事から、外部機関の導入などによる事実究明を求める声があがった。4月26日には助成金の不正受給及び流用疑惑を調査していた第三者委員会が中間報告を行い、日本スポーツ振興センターから指導者に支給されていた助成金の一部を強化留保金として飲食費などに使用していた件に関して、全柔連事務局から受給者に拠出金の請求メールや、支払いが遅れた場合には督促のメールがなされていた事、事務局の金庫に留保金の預金通帳が保管されていた事などから全柔連による組織的関与があったと認定した。留保金は「社会通念に照らして不適切」、全柔連は組織として「公金である助成金に対する順法精神を欠いていた」とも指摘した。留保金は強化委員長時代の上村とその後を継いだ吉村和郎に管理権限があり、残高は約2350万円にも上ったが、帳簿類や領収書の管理が杜撰であったために実態を把握するのは容易ではないという。加えて、このような実態を放置していた日本スポーツ振興センターとIOCによる制度運営の不備も指摘した。これを受けて上村は、具体的な時期こそは明らかにしなかったものの、近いうちに全柔連会長を辞任する考えがある事を示唆した。しかし、全日本柔道連盟の臨時理事会が行われた6月11日には、「今、一番の問題は組織の改革改善で、きちんと改革をやっていく事が使命」と話し、当面は従来通り会長を続投する考えを明らかにした。6月21日には第三者委員会が最終報告書を公表して、2007年から指導者27名が3620万円の助成金の不正受給に関わっていた事を明らかにした。これに目的外使用の留保金3345万円も含めると計6055万円にも上る事になった。この問題に全面的に関わっていた当時の強化委員長だった吉村和郎が「最も重い責任を負う」人物と認定されるとともに、強化委員長時代からこのシステムに関与しながら是正する姿勢を示さなかった上村の責任も言及されるに至った。6月24日の全柔連臨時理事会後の記者会見で改革、改善プロジェクトの目途が立った時点で自らを含めた執行部全員が全員辞職する考えがある事を明らかにした。辞任次期としては「4、5カ月後」で、それまでは当面続投する事になった。「組織の管理者として私の責任を感じ、（辞任を）きょうの朝に決断した。改革を軌道に乗せる事が必要で、次の体制に繋げるための準備にある程度時間がかかる。10月の理事会は大きな目途になる。これからも柔道に携わっていきたい」とも語った。全柔連会長の座は辞するとしても引き続き理事には残る可能性があるという。また、講道館は別の組織でり、その館長職は今後も継続する事になった。7月2日に上村と前強化委員長の吉村和郎は、当時衆議院議員の本村賢太郎らによって、強化助成金の不正受給及び強化留保金の不正使用で「日本スポーツ振興センターと国に損害を与えた」として、東京地検に背任罪で告発された。本村は「柔道界のイメージは最悪。根源は上村会長と吉村前強化委員長にある。柔道界だけで処理せず、法の裁きを受けてほしい。」と訴えた。一方、告発された上村は「（告発状が受理された場合）身の潔白を証明したい」と述べた。7月23日には内閣府の公益認定等委員会が、不祥事が続出した全柔連会長の上村春樹を呼び出して、8月末までに組織の改善措置を講じて、執行部や理事会の「責任の所在を明らかにし、体制を再構築する事を求めた、上村ら執行部に対する事実上の辞任勧告とも受け取れる首相の安倍晋三名義による勧告書を手渡した。これに対し上村は「不名誉で、私の責任。心からお詫び申し上げます」と述べたものの、「今すぐにはできない」「柔道を守るため、どっちが正しいか見てもらう。ダメだったら仕方ない」と、当初の予定通りあくまでも改革を推し進めた上で10月を目途に辞任する方針である意向を明らかにした。しかし、25日には8月末までの辞任を示唆すると、26日には全柔連理事で広報委員長の宇野博昌が、「内閣府の勧告を受け、今さら（辞任が）10月目途という話もないし辞めるなら理事も辞める。それが会長の真意です」と述べて、臨時評議員会が開かれる30日に上村が全柔連会長及び理事を辞職する意向である事を明らかにした。7月30日には臨時理事会において、8月中に全柔連会長及び理事から退く事を表明した。理事会後の臨時評議員会では、即時解任案が協議されて、解任動議にかけられたものの否決された。なお、IJF指名理事も併せて退任するが、講道館館長は続ける事になった。8月14日には臨時理事会が開催されて、会長の上村春樹を含む理事23名(6月に新しく就任した6名を除く)と監事3名の計26名が、一連の不祥事の責任を取って21日付けで辞任届けを提出する事になった。理事会後の記者会見で上村は、「一生懸命に改革、改善に取り組んだつもりだが、残念ながらスピード感がなかったのが一番の問題。私の判断も少し甘かった」「日本の柔道界は世界から尊敬され認められる所であってほしい」と語った。8月21日には全柔連会長を正式に辞職した。その後の記者会見では一連の不祥事に関して謝罪しつつも、自身の業績を列挙して、「まだまだ未熟だが、自分なりにいい仕事ができたと思う。違った角度から柔道を支えたい」と話した。なお、新会長には当時新日鉄住金会長兼最高経営責任者の宗岡正二が就任する事になった。2013年8月の国際柔道連盟（IJF）総会において国際柔道連盟理事からも正式に退任し、IJFに日本人理事は不在となった。2014年10月には全柔連から現会長の宗岡正二と理事会の諮問に応じる顧問の就任を要請される事になった。なお、任期は8年で無報酬の名誉職となる。一部の理事からは就任への反対意見も出されたが、会長の宗岡の見解によれば、明確な処分が行われていなければ就任を妨げるものではないという。2014年12月3日に東京地検特捜部は、上村が元強化委員長の吉村和郎とともに詐欺容疑で告発されていた一件に関して、嫌疑不十分のため不起訴にすると発表した。両者は助成金の不正受給やその一部を上納させていた問題により告発されていたが、助成金を詐取する意図があったとまでは言えないと特捜部に判断された。2015年3月4日に全柔連は常務理事会を開き、一連の不祥事により辞任した前会長の上村春樹、前副会長の藤田弘明、佐藤宣践、前専務理事の小野沢弘史の旧執行部を含む8名が、会長や理事会からの諮問に応じる名誉職の顧問に就任した事を発表した。すでに前年10月には要請が出されており、上村のみ態度を保留していたものの年明けの1月になって受託した。任期は2022年3月までとなる。これで顧問は28名となった。8月21日にIJFは世界選手権が開催されるカザフスタンのアスタナで総会を開き、全柔連副会長の山下泰裕とともに上村をIJF会長であるマリウス・ビゼールが指名する議決権を伴わない理事に登用する事を決定した。任期は2年となる。両者を指名理事に加えたビゼールは、「柔道界のレジェンドだ。柔道の発展のため、日本の存在は重要。20年東京五輪で柔道の団体戦が新種目として採用されるチャンスがある。（国際オリンピック委員会などへの）ロビー活動において全柔連と講道館の力は不可欠だ」とコメントした。両者は理事会において教育や普及の分野を担当する事になるという。上村は指名理事を辞任した2013年以来の理事復帰となった。2013年に日本からの理事が不在となった事で、日本の発言権や情報収集力など国際柔道界での影響力の低下を招いていた所だった。理事復帰に関して上村は、「柔道の本来あるべき姿を発信し、世界に正しい柔道を普及させていきたい」と語った。さらに2人は、IJFの殿堂入りを果たす事になった。