『菜穂子』は、永年「ロマン」を目指していた堀辰雄の生涯唯一の長編小説となり、晩年の代表作である。『菜穂子』以後、病苦のために長編が書かれることなく、堀は亡くなるが、釈迢空（折口信夫）はその死を悼み、以下の弔歌を詠んだ。菜穂子の後　なほ大作のありけりと　そらごとをだに　我に聞かせよ—釈迢空菜穂子の物語であったはずの『菜穂子』が、徐々に都築明の比重が大きくなっていったのは、立原道造の夭折に関わりがあり、明の比重が増すにつれて本当の小説に近づいていったと小久保実は解説している。堀の創作ノートによると明と菜穂子は、「冬の旅（Winterreise）彼の生き方は、彼の死によつて、一層完成す。夭折者の運命。 雪（The snow）彼女の生は、彼女の耐へた生によつて、一層完成す。生者の運命。」という対位法的な主題となっている。また、「秋 絶望視せられてゐた荒地からの真の夫婦愛の誕生。貧しけれども匂なけれども、誇らかに美し。――このあたりより、Rembrandt-ray を与へよ」と記されていたが、この主題は実現されなかった。この最後の主題が暗示的な予感のままだけで終わってしまったことについて佐藤泰正は、日本的な風土において、「〈受胎告知〉的なモチーフ」、「神の人間界への問いかけ」という一種メタフィジックなテーマの実現が難しいことを、この作品は逆説的に示しているとし、この困難な課題は、最も日本的な風土と背景を用いた堀の最後の小説『曠野』でも試みられていると解説している。少年時代に堀文学を愛読していた三島由紀夫は、『菜穂子』の副主人公・都築明と石原慎太郎の『亀裂』の主人公が同姓同名であるという着眼から、書かれた時代も作風も青年の性格も全く異なる二作品を詳細に比較し評論している。三島は、石原の『亀裂』がその破天荒な悪文にもかかわらず、「為体のしれない活力」の効果により「現代小説」として成功している一方、堀はその優れた文体の名文家にもかかわらず、『菜穂子』は成功作とならずに息切れしてしまい、都築明が老人か子供のようで、黒川圭介に凡俗の悪が足りないことを指摘しつつも、堀の動植物の描写が美しく巧緻な点や、都会人や別荘人種の描写が得手と思われている堀が、実は村娘・早苗のような素朴な田舎の人物の描写に長じ、ある意味、早苗が菜穂子より「ヴィヴィッド」に描かれている利点を挙げている。また、都築明と黒川圭介の人物造型に、逆にもっと「多量のアクテュアリティー」を与え、実在感を持たせてみる修正案を三島は提示しながらも、ヒロイン菜穂子については、「どんなに周囲の物語が変貌しても、菜穂子だけは古びない」とし、その理由は、「菜穂子だけが作者が真に創造した人物であり、作者の文体にしつくり合つて、その文体と共に呼吸してゐる人物だから」だと解説している。そして、堀が『風立ちぬ』で試み、さらに『菜穂子』で「もつと徹底的に試みたこと」は、フランス古典小説の手法や日本の王朝女流日記（蜻蛉日記や和泉式部日記）の伝統に沿って、「小説からアクテュアリティーを完全に排除し、古典主義に近づかうとしたこと」だったと指摘し、もしも自分（三島）の修正案のように、副人物に「多量のアクテュアリティー」を与えてしまうと、菜穂子と副人物が「異質異次元」の「別の星の住人」になるため、「（堀）氏が決然と小説のアクテュアリティーと身を背けたことは、氏として正しかつたのであり、日本における古典性（これは西欧的な古典といふ意味とは大いにちがふ）の達成においても正しかつた」とし、その理由は、「日本で小説が成立する方向は、文体を犠牲にしてアクテュアリティーを追究するか、アクテュアリティーを犠牲にして文体を追究するかのどちらかに行くほかはないから」だと説明し、「堀氏はその一方向を徹底した点で立派なのである」と解説している。さらに三島は、『菜穂子』を支えている三つの「方法論」として、「情念の純粋化による菜穂子の創造（フランス的方法）」、「形而上学的な生の模索の主題」、「自然描写」を挙げ、堀は、「二つの異質の抽象化と自然描写とを一応みごとに結合させ、氏一流の文体のうちに、さしたる不自然もなく融解させてしまふ」と説明し、それは堀の中に、雪舟や光琳や宗達と同じ東洋人の風土的な「抽象衝動」が本能的に潜在していたためで、それゆえに「形而上学と自然と人間との、東洋人らしい、また日本人らしい混同と融和が可能であつた」とし、堀の文体についても、「いかにも西欧的な文体と見えながら、氏は根本において、知的・精神的なものと無縁な抽象衝動によつて動かされ、独自の装飾的文体を創始した」と論考している。そして最後に、「現代における純粋行為の不可能」という、『亀裂』と『菜穂子』に共通性のある主題に三島は触れ、『亀裂』の「現実」の意味は、「はしなくも菜穂子があのやうに誘はれあのやうに追ひ求めた“生”の意味に似通つてくる」と解説し、『亀裂』も『菜穂子』も共に、「暗い穴の記念碑」であり、「到達不可能の現実に対する絶望的な模索の試み」であるとし、その点で『菜穂子』は、「小説の広義の自然主義的要請をしりぞけず、それにこたへ得てゐるのかもしれない」と考察しながら、「作家の信じた“生”や“現実”の存在は、それへの到達が不可能であることによつて、却つて作品の鞏固な存在条件をなす」と論じている。また三島は『菜穂子』の先蹤的作品として、芥川龍之介の短編『秋』を挙げ、そこにはすでに「近代心理小説の見取図」が出来上っていて、「あとは作者のエネルギーの持続を待つだけだつた」と解説している。竹内清己は、母・三村夫人が自己省察する、「自己の外貌が自己の実在なのか、第三者の目にみえない自己の内界が実在なのか」という問題は菜穂子にも引き継がれているとし、三村夫人が、自己の内面が「気まぐれな仮象にしかすぎない」のではないかという疑問を持つ点に触れ、以下のように解説している。この「仮象」の内界を生の準拠としようとすることこそが三村夫人の存在律である。その「仮象」の表象としての、「絶えず生の不安に怯やかされてゐる」「悲劇的な姿」こそ彼女の本体なのである。娘の菜穂子も全く同様の存在様式を持っている。小説『菜穂子』における唯一の実在は、菜穂子その人の「内面仮象」（もはや仮象ではない実在）である。さらに明も圭介すら例外でなく、自己の内面に目覚め、菜穂子との対位関係に入ってはじめて実在性を獲得している。小説の内在律即菜穂子の内面の律動であるといってよい。 — 竹内清己「堀辰雄『菜穂子』論――存在様式の極北」また、この存在様式は、堀が「生をかけて得ようとした芸術的形象」であり、「ロマネスク」とは、作中に見られるそういった感応の想念のドラマを「古雅な静謐のなかに存立させること」だと竹内は解説し、そのロマネスクを帯びていた母に反発しつつも菜穂子の内界は、「母への同化回帰を志向」し、この二律背反が菜穂子の孤独や虚無を厳しくする、「大いなるクラシシズムを喪失した近代そのものの悲劇」であり、「ロマネスクなるものをもはや望みえない近代人の実存」だと考察している。そして竹内は、その堀が求めてやまない、ロマネスクなものを抱ける「新しいクラシシズム」は、リルケの『愛する女性』に見られる「ついに苦しみがきびしい氷のよな美しさに変貌」していくような、「心の中だけは自分一人の杳かな世界を守る孤独な方法」を、『かげろふの日記』のヒロインに付与したものであったが、『菜穂子』においてはそれが、「その戸口に立っただけで終り、“孤独な方法”をみいだし生活のなかで実践しうるかどうか今だ提示していない」と解説している。また竹内は、三島由紀夫が、ヒロイン菜穂子が新しく古びないと解説したのは正しいとし、それをさらに敷衍し、菜穂子が古びないのは、「菜穂子の生が人間の存在様式の極北を示している」からだ考察している。