民営化が事実上決まった後に実施された1986年11月1日ダイヤ改正以降、各地域の特性に合わせたダイヤの設定や新型車両の投入が行われた。そのほか、縦割り的なダイヤ設定の解消が図られたことにより、ニーズに合った列車設定がなされるようになった。また、増発や新駅の設置、駅舎改良も積極的に実施されたことにより混雑は大幅に緩和された。また、折からのバブル景気の追い風もあって利用者は本州3社は約20%増となり、国鉄時代は減少が続いていた3島でも九州約10%増、四国約20%増、北海道約25%増（1987年 - 1995年比）と大幅に増加した。また、都市近郊区間を中心に複線化や電化が行われている。国鉄時代は、それまで運賃値上げが抑制されていたこともあり、1976年10月に約50%もの運賃値上げを実施し、1978年以降、1983年を除き、1986年までほぼ毎年運賃値上げを繰り返した。しかし、民営化以降は本州会社は基本制度としての運賃値上げを行っていない（消費税導入時の1989年、1997年と2014年の消費税率改定時に、運賃に消費税分の金額上乗せを実施）。一方、経営環境が厳しい三島会社は1996年の一度のみ運賃値上げ、及び本州会社とまたがって乗車した場合の加算運賃追加が実施され、これ以降運賃体系は三島会社と本州会社間をまたがって乗車した場合を除き全国一律ではなくなった。国鉄の輸送機関別のシェアは凋落の一途をたどり、鉄道は「斜陽産業」とも言われた。だが、民営化以降は減少が止まり、微増に転じたことから「鉄道の復権」とも言われるようになった。国土交通省は広報文書の中で、「国鉄末期には、国が多額の補助金（1985年で6000億円）を投入しても、なお1兆円を超える赤字を計上していたが、JR7社で2005年度には約5000億円の経常黒字となり、国及び地方自治体に対し、法人税等として約2400億円（2005年度）を納めるまでになった」と評価している。既述のように、分割民営化以前に決定された特定地方交通線の整理は民営化から3年以内に完了したが、その後地方ではそれ以外の赤字ローカル線についても過疎化や少子高齢化、道路網整備によるモータリゼーション化の進展による利用者の減少により一部で廃止された。1999年に鉄道事業法が改正され2000年3月から施行されたことにより、赤字路線の廃止手続きが、これまでは国の許可が必要であったものが、届出で可能に改正され簡略化された。法改正以降は、JR地方交通線のうち、可部線の末端部が2003年に廃止され、2010年の災害から運休となっていた岩泉線が2014年3月限りで廃止、2014年5月12日に江差線の木古内駅 - 江差駅間も廃止された。江差線と岩泉線は沿線地元自治体の同意を得て廃止届が出されている。このほか、2009年に災害で運休となった名松線の末端区間について、JR東海が廃止を地元に打診（その後自治体の協力を条件に存続）したり、2010年4月にJR西日本社長が定例会見で一部のローカル線のバス転換について関係自治体に打診済と述べるなど、一部に廃止を検討する動きが2010年代より出始めた。JR北海道は、江差線に続いて留萌本線の末端部に当たる留萌駅 - 増毛駅間を廃止する意向を2015年8月に表明し、2016年6月29日に提出した廃止届により、同区間は2016年12月5日付で廃止となった。JR西日本は三江線について、2016年9月30日に廃止届を提出し、2018年4月1日付で廃止した。JR北海道は経営難から、乗客の少ない13の路線・区間を「維持困難路線」として2016年11月に発表して路線の所在する自治体と協議に入り、そのうち石勝線夕張支線（新夕張駅 - 夕張駅）は2019年3月限りで廃止となった。東日本大震災で被災した路線のうち、気仙沼線と大船渡線は一部の路盤を専用道路に転用の上、バス・ラピッド・トランジット(BRT)で暫定復旧された。この2路線について、JR東日本は2015年7月にBRTでの運行を継続し、鉄道としての復旧をおこなわない意向を表明した。同じく運休中であった山田線（宮古駅 - 釜石駅間）については、2014年12月に地元がJR側の示した三陸鉄道への運行移管案の受け入れを表明し、JRからは分離されることになった（2019年3月23日より、三陸鉄道リアス線として復旧）。また、幹線であっても、整備新幹線の開業を理由として、第二の国鉄を造らないため赤字になる幹線をJRから経営分離する路線も出てきた。新幹線開業により観光客やビジネス客が大幅に増加し、地元経済の発展に大きく寄与したが、在来線を利用していた地域住民にとっては、新幹線が開業しても手放しでは喜べないという事態も一部で生じた（小諸駅や阿久根駅の項目も参照）。国鉄時代より、並行する大手私鉄との激しい競争に晒されていたJR西日本では、ローカル線で日中に保線を行う際に列車を運休する。なお、対象となる時間帯は閑散時間帯とされる平日日中で、あらかじめ告知された月1回のみの実施である。信楽高原鐵道列車衝突事故やJR福知山線脱線事故などの事故は、市場原理を優先するあまり安全性を軽視したことが遠因ではないかとの指摘がある。これに対しては、国鉄時代でも事故は多発していたこと、統計によれば民営化後に鉄道事故は減少していること、JRグループよりも私鉄各社の方が事故が少ないことなどから、民営化とは関係ないという反論がある。国鉄時代の安全投資については、自動列車停止装置(ATS)について見た場合、大手私鉄は1967年（昭和42年）1月に運輸省から出された通達により「速度照査機能」の付加と「常時自動投入」が義務化されたのに対し、国鉄は都市部の区間に導入されたS形を除いて速度照査をおこなわず閉塞区間への進入時に非常制動がかかるのみであった。国鉄末期、自立再建が不可能なことが明らかになったことで新職員の採用はできなくなり、JR発足当時も再生できるか不明で、新入社員の採用どころではなかった。採用再開後のJR各社は、社員の年齢構成が30代後半から40代前半（2010年現在で）の中堅社員が極端に少ないという現象を生んだ。そのため、例えば運用指令に20代の現場採用の職員が配置されるといったことも、国鉄時代と比較して珍しくなくなったと言われる。労使関係では、分割民営化に協力した全日本鉄道労働組合総連合会（JR総連）が現場の主導権を握った。後に方針の対立から、鉄労系中心の日本鉄道労働組合連合会（JR連合）が分裂発足する。どちらも連合に加盟している。なお、国労は全労協に加盟している。加えてバブル崩壊により、JRも含めた公共交通での先鋭的な労働争議は困難となった。結果として、ストライキや順法闘争の影響力をほぼ皆無にすることには成功した（ただし、国鉄時代は違法であったストライキは民営化によって合法的なものになっているため、ストライキ後に経営側が出す「おわび」からも、国鉄時代にあった「違法なストライキ」という言葉が消えた）。唯一の例外は動労千葉の組合員が運転士の多数を組織している、千葉県の房総半島地域である。JR総連が多数派の会社では、他労組へ移籍した者に対し戻るよう執拗に詰め寄ったり、他労組の者と交流をした組合員を非難し、退職させた事例もあった。一方、JR連合が多数派の会社においては、他労組に所属する者に対して昇進差別や日勤教育で、恫喝や罵声を浴びせて自殺に追い込ませる事例が報告されている。2002年5月27日、国労組合員である中核派幹部や活動家が、同じ国労組合員に殴る、蹴る、首を絞めるなどの暴行をしたとして、10月7日、警視庁公安部は国労組合員8人を逮捕した。東京地方検察庁は勾留満期の10月28日に6人を起訴、さらにその翌日の29日、警視庁公安部は、中核派幹部である国労組合員2人を逮捕した。11月18日、2人とも起訴された。分割民営化に反対したため、採用されなかった国労などの組合員のうち、解雇時まで清算事業団に残った1,047名が「国労闘争団」を組織。不当労働行為であるとして、地方労働委員会に裁定を申立てた。地労委はJRに救済命令を出したが、JRは拒否して再審査を申立てた。中央労働委員会でも闘争団側の主張は大部分認められたが、JRは逆に労働委員会を東京地方裁判所に訴えた。民営化に賛同したJR総連やJR連合も、その経緯から会社側に対し、裁定を受け入れないよう迫った。2004年、最高裁判所はJRの主張を認め、JRに責任は無い判決が確定した。先鋭化した闘争団と、国労本体との対立も深刻化した（詳細は国鉄労働組合を参照）。少数派に転落した国労は、「国鉄」がなくなった現在でも「国鉄労働組合」を名乗っている。ただし、JRが国労を相手に提訴していた損害賠償を取り下げる条件のため、国鉄の分割民営化を1995年になって認めた。分割民営化に反対した組合の労働者の排除が認められたことで、累積債務は37兆円以上に達していたが偽装倒産による解雇を可能にする前例を作ったと主張するジャーナリストもいる。国鉄の分割民営化は、その後の日本道路公団や郵政民営化の手本となった。実際にJR東日本の松田昌士会長が、国鉄分割民営化の成功者としての実績が認められ、道路公団民営化推進委員に選ばれている。