1945年8月、広島と長崎に原子爆弾が投下されたという知らせが東インドに入った後、8月17日にインドネシア独立宣言が発表された。これは日本の支配が弱まっていることの証であった。スディルマンはボゴールの駐屯地から蜂起を指導した。仲間の者は日本軍兵士を攻撃するよう求めたが、スディルマンは攻撃は行わないよう説得した。その他の者に彼らの出身地に戻るよう命じた後、スディルマンはジャカルタへと向かいスカルノ大統領と会談した。スカルノはスディルマンに対し、ジャカルタ市内の日本軍に対する抵抗運動を指揮するよう求めた。ジャカルタには馴染みがなかったためスディルマンはこの命令を拒否し、代わりにクローヤでの指揮を求めた。彼は1945年8月19日にこれまでの任務を辞任した。同時に、オランダによるインドネシア奪還の過程で連合軍が闖入してきた。1945年9月8日、イギリス軍の最初の部隊が到着した。8月下旬、スカルノは前郷土防衛義勇軍、日本軍兵補、KNILの軍隊を統合して人民治安団（Badan Keamanan Rakjat、略称：BKR）を設立した。BKRは主に警察組織として機能していたが、これはひとつには新たな国の国際的な認知を受けるため、政治指導者が外交に利用することを目的として設立したという面があり、また一つにはインドネシアに残留する日本軍に対し過度に攻撃的であることを露見することを避けるためであったとも言われる。スディルマンと彼の僚友であった郷土防衛義勇軍の兵士はクローヤでの活動をやめ彼の大隊が解散したことを確認した後、8月下旬にBKRのバニュマス支部を結成した。地域に残留する日本軍将校田村三郎及びバニュマス駐在員の岩重との会合において、武装したインドネシア人の集団が日本軍駐留地を取り囲む中、スディルマンとイスカク・コクロアディスリョは日本軍に対し、投降して彼らの武器を引き渡すよう要求した。これらの武器の多くは後にスディルマンのBKR隊により使用され、インドネシア国内でも有数の良装備を有する部隊となった。余った武器は他の大隊へと渡された。新たな独立国家は未だ職業軍人による軍隊を有していなかったため、1945年10月5日、スカルノは人民安全保障軍（Tentara Keamaanan Rakjat、TKR、現在ではTentara Nasional Indonesiaとして知られている）を創設する法案を発した。ほとんどの将校は以前のKNILの将校であったが、一方で一般兵士はほとんどが郷土防衛義勇軍と兵補により構成されていた。大統領令により陸軍総司令官とされたスプリジャディが名乗り出ることはなく、参謀長のウリプ・スモハルジョ中将が暫定総司令官を務めることとなった。同年10月、イギリス率いる部隊はスマランに到着して日本軍部隊の武装解除とオランダ人捕虜の本国送還を行った後、マグランへと南進した。イギリスが本国へ送還となったオランダ軍捕虜に対し武装を施し始めマグランに前哨基地を作る準備をしているように見えたため、スディルマンはイスディマン中将指揮のもと自分の部隊を派遣し彼らを追い払うよう指示した。作戦は成功し、ヨーロッパの兵士たちはマグランとスマランの中間に当たるアンバラワまで撤退した。10月20日、ウリプがジャワ島を異なる軍事区分へと分割すると、スディルマンは5区の司令官となった。1945年11月12日、軍高官による最初の会合が開催され、スディルマンは2回の投票の後、3回目の投票で軍の総司令官に選出された。3回目の投票では、ウリプが21票を獲得した一方でスディルマンは22票を獲得した。スマトラ島出身の軍区司令官は満場一致でスディルマンに投票し、得票数が割れる原因となった。。当時29歳であったスディルマンは自分が選出されたことに驚き、総司令官の役職をウリプに返上することを申し出たが、会合はそれを許さなかった。投票に先立ち会合を制御できなくなっていたウリプ自身は、軍全体の責任を負う必要がなくなったことに喜んだ。スディルマンはウリプに、自分の下でも引き続き参謀長の職を務めるよう求めた。新しい役職を受け入れたことにより、スディルマンは大将に昇進した。会合後、スディルマンはTKRの指導者として承認を待つためバニュマスに戻り、連合軍を撃退する方法に関する戦略を練り始めた。インドネシア人はオランダ人がオランダ領東インド民政部（Nederlandsch Indië Civil Administratie）を通して再度インドネシアを植民地支配を試みるのではないかと恐れていた。オランダ・イギリス連合軍の兵士は9月にジャワ島に到着し、10月下旬から11月上旬にかけてスラバヤで大規模戦闘が起きた。スディルマンの選考過程に対するスカルノの疑心に加えこの不安定な状況により、スディルマンの総司令官就任は遅れることとなった。総司令官就任の承認を待つ間、スディルマンは11月下旬に第5管区に対しアンバラワに位置する連合軍を攻撃するよう命じ、再度イスディマンと戦闘を開始した。アンバラワには植民地時代に建設された兵舎や訓練施設により、戦略的に重要な拠点であると考えられていた。この攻撃は爆撃と戦車の使用により迎撃され、第5管区部隊は撤退を余儀なくされた。イスディマンはこの戦闘でP-51の機銃掃射により殺害された。その後、スディルマンは第5管区部隊に対し連合軍への再攻撃を命じた。インドネシアの部隊は竹槍や日本軍が使用していた日本刀からライフルまで様々な武器を装備していた。一方、イギリス軍は近代装備を装備していた。スディルマンは刀を振り回しながら正面から突撃した。連合軍側は、ゲリラ戦士がスマランにあるカリバンテン飛行場を襲撃した際、空軍による支援がなく、防戦一方となり、ウィレム砦に立てこもった。12月12日、スディルマンは4日間に渡る包囲戦を展開し、これにより連合軍はスマランへと撤退することとなった。アンバラワの戦いは国家レベルでスディルマンへの注意を大きくひきつけることとなり、軍事経験不足や教師として雇用されていた経歴を理由に、スディルマンは総司令官にそぐわないのではないかという声が口々に聞かれた。結局、スディルマンは忠誠心が嘘偽りないものであるため総司令官に選出された。一方で、ウリプは以前示したオランダに対する忠誠の誓いにより疑念の目を向けられることとなった。スディルマンは1945年12月18日、総司令官として承認された。第5管区部隊長はスティロ大佐に引き継がれ、戦略的な問題に焦点が当たり始めた。これは政治的、軍事的問題の両方に対し一般的な助言を与える顧問会を設立することで部分的には解消された。ウリプは多くの軍事問題に対し対処を行った。スディルマンとウリプはともに行動することにより、旧KNILやPETAの部隊の間の違いや不信感を取り除く事ができたが、いくつかの部隊は中央の命令に従うことを嫌い、代わりに自分たちの人気で選出された部隊長に従うことを選んだ。1946年1月、政府は軍の名称を2回変更した。1度目は人民救済軍（Tentara Keselamatan Rakjat）、2度目はインドネシア共和国軍（Tentara Repoeblik Indonesia、略称：TRI）であった。これに続き、1946年初頭には海軍と空軍を正式に設立した。同期間中、インドネシア政府は1月に、オランダの制御下にあったジャカルタからジョグジャカルタへと拠点を移した。シャフリル首相をはじめとする代表団は4月と5月の大部分をオランダにインドネシアの主権を認めさせる交渉に費やしたが不調に終わった。5月25日、スディルマンは拡張された軍隊の再組織化の後、改めて総司令官として承認された。セレモニーにおいて、スディルマンは「自身の血の最後の一滴が流れ落ちるまで共和国を守る」と誓った。再組織により力をつけた左翼のアミル・シャリフディン国防相は、様々な政党に融資を受け、忠誠を誓う左派民兵部隊（laskar）とともに直接掌握する社会主義者や共産主義者の部隊を集め始めた。国防相は軍に政治教育プログラムを設立したが、これは軍の内部に左派のイデオロギーを広めることを意図していた。異なる軍事経験や背景を持つ兵士に対し平等な扱いを行うことに腐心していたスディルマンとウリプは、このような政治工作のための軍の利用に対し失望した。しかし、民衆の間ではスディルマンはクーデターの準備をしているという噂が広がっていた。1946年7月上旬にクーデターが起こったが、スディルマンの役割があったかどうかは定かでない。7月、スディルマンはインドネシア共和国国営放送（RRI）番組上で、自身はすべてのインドネシア人と同じく国家の僕であり、もし自身に大統領職の要請があったとしてもこれを辞退するというスピーチを通してこれらの噂を一蹴した。後年のキャリアにおいて、スディルマンは「軍は政治の中にいかなる居場所もなく、逆もまた真である」と述べた。