1994年10月12日、福岡ダイエーホークスの監督に就任（1990年夏アマチュア野球ワールドオールスターゲームで山中正竹監督を名誉監督として補佐し後にホークスでも王監督の下でプレーする佐藤真一がMVP選出される活躍でアーロン名誉監督の西軍破った。同年オフ、オリックスから監督就任の誘いを拒否、1992年には日本ハム・横浜両球団の監督就任の誘いを拒否）。この年チームは4位ながら貯金9と躍進しており、1995年は大物助っ人のケビン・ミッチェルや、西武ライオンズから工藤公康・石毛宏典が加入するなど期待は大きかったが、故障者続出などにより借金18の5位に終わる。翌1996年5月9日、日生球場で行われた対近鉄バファローズ戦では、この頃最下位を走るダイエーファンから、王や球団代表・瀬戸山隆三を強烈に批判する内容の横断幕が掲げられた。試合は初回、秋山幸二の本塁打で先制したものの、先発の吉田豊彦が逆転を許し、9回表に吉永幸一郎の本塁打で1点差まで迫るが、2-3で近鉄に敗れた。その後球場から出てきたナインの乗ったバスに、「お前らプロか?」と言う罵声を皮切りに次々と生卵がぶつけられる事件が勃発した（いわゆる「生卵事件」）。この事に対し、王は「俺はこんな仕打ちをされるために、博多に来たんじゃない!」と激怒した。この時、王は「我々が卵を投げ返すのは簡単だが、これをファンの意見と取るならば、勝つ事しかないんだよ」とコメントした（この試合は、日生球場で行われた最後のプロ野球公式戦である。それから10年後の2006年5月9日、日生球場の跡地で「生卵事件を偲ぶ会」を当時の近鉄ファンとダイエーファンが行っている）。巨人監督を辞任する際にV逸の責任を「球団フロントから問われた」のとは違い、「チームのファンから」心無い仕打ちを受けるという、スター街道を進んできた王にとっては今まで味わった事のないほどの耐え難き屈辱を受ける時期が続いた。王はそれらに対し、ひたすら「俺は辞めない」「我々は勝つしかない。勝てばファンも拍手で迎えてくれる」と発言しながら耐え忍び続けた。1998年は、かつてのチームメート・黒江透修を助監督に迎え、シーズン残り5試合まで優勝の可能性を残す奮闘を見せる。その5試合には全敗したものの、オリックス・ブルーウェーブと同率で21年ぶりのAクラスとなる3位に入った。1998年オフに尾花高夫投手コーチの招聘で投手陣の整備が進み、1999年の開幕前に根本陸夫球団社長の「お前達、何を構えてるんだ。この人は、今では『世界の王』と言われているが、昔はラーメン屋の倅だったんだ。お前達と何も変わりゃしない。そう思ってやりなさい」という言葉で王とコーチ・選手の溝が埋まった、といわれる。王も「選手というのは想像以上に俺の顔色をうかがっている。だから俺もあまり難しい顔をせず、選手が失敗を恐れず、のびのびできるようにしないと」と選手に歩み寄る発言をした。このあたりから、ホークスの台頭が始まったという。この経緯で団結した力が実を結び、1999年に球団創設11年目にして初のリーグ優勝、さらに中日との日本シリーズも制し監督として初の日本一になった。両リーグ優勝監督は三原脩、水原茂、広岡達朗、野村克也に次いで5人目。翌2000年はリーグ優勝してV2を成し遂げるも日本シリーズで敗退するが、2003年に再び日本一に輝く（日本一になった年の対戦チームの監督はいずれも星野仙一であった）。1999年の日本一時は同日に偶然ZONEでダイエーホークスを取り上げておりエンディングでは日本一と胴上げのシーンが挿入された。2000年の日本シリーズは長嶋茂雄が監督を務める巨人との「ON監督対決」として注目された。なお、この年の福岡ドームでの日本シリーズが変則日程で行われたが、3年前に福岡ドームを先約していた日本脳神経外科学会の日程を優先させたためである。上述のように、1997年までのホークスはBクラスの常連で、その当時はホークスの躍進が予想できず、学会の予約を承諾してしまったためだと言われている。2001年にはタフィ・ローズが本塁打記録に並び、王は試合前の練習の際に直接ローズに対して本塁打新記録達成を望む声を掛けた。ローズは記録更新に挑んだが、ホークスはコーチの主導によりローズを敬遠して阻止しており、これを止めなかったとして再び非難された。2002年のドラフトで、スキャンダルが発覚して横浜ベイスターズに指名回避された多田野数人を事実を知った上で獲得しようとし、球団社長・高塚猛もGOサインを出したがオーナー・中内正の強い反対にあって実現はしなかった。2003年は前年の秋山引退や若田部健一の移籍があり、開幕直前に精神的支柱であり主砲小久保裕紀が大怪我でシーズン絶望と判明するも、前年のドラフト自由獲得枠の和田毅・新垣渚の両投手が大車輪の活躍をし、斉藤和巳20勝や村松有人・川崎宗則の打棒開花などでかえって戦力の底上げが実現した。2004年6月7日の対日本ハム戦で監督通算1000勝を達成。監督就任11年目となる2005年1月28日、ホークスのソフトバンクへの正式譲渡と同時に取締役副社長兼ゼネラルマネージャーに就任（監督もそのまま兼任）し、就任間もない時期からは考えられないほどの長期政権となった。なお、指揮を取るホークスは2003年から3年連続レギュラーシーズン1位となったが、パ・リーグにおけるプレーオフ制度導入となった2004年、2005年と2年連続でプレーオフ第2ステージで最終戦まで行きながらも2004年は西武ライオンズに、2005年は千葉ロッテマリーンズにリーグ優勝を譲っている。10月10日に翌2006年3月開催の「第1回 ワールド・ベースボール・クラシック」日本代表チーム監督に就任。3月21日の決勝戦でキューバを10-6で破り、日本を初代チャンピオン（世界一）へと導き、監督としても「世界の王」となった。この偉業が讃えられ、2006年12月12日、毎日スポーツ人賞の感動賞をWBC日本代表チームと共に受賞した。12月20日、日本プロスポーツ協会からWBC日本代表として日本プロスポーツ大賞を受賞した。また、個人として日本プロスポーツ特別賞も同時に受賞している。なお、WBC期間中のオープン戦の監督代行は、チーフ兼内野守備走塁コーチである森脇浩司が務めた。2006年7月5日の対西武戦（福岡Yahoo!JAPANドーム）後に記者会見を開き、胃に腫瘍ができていることを発表。翌日より胃の上部に生じた癌の治療のためチームを離れ休養に入った。監督代行はWBC開催時同様、森脇が務めた。術前診断は粘膜下層までの浸潤、1群リンパ節転移。7月18日、慶應義塾大学病院で腹腔鏡下に胃全摘・Roux en Y法再建と2群までのリンパ節郭清が行われた。8月2日に退院・記者会見。ファンを大切にする王らしく「みなさんの激励に支えられて生還できた」と喜びを語った。なお、術後の病理診断結果は公表されていない。2006年9月29日、福岡ドームで行われたホークス2006年最終戦セレモニーに出席し、85日ぶりに公式の姿を現した。2007年春の宮崎キャンプから監督業に復帰した。2007年シーズンは3位で、クライマックスシリーズでも第1ステージで敗退。試合終了後、選手達へ「来季はラストシーズンのつもりでいる」と、成績次第で2008年シーズン限りの退任を示唆した。2008年5月6日、陳水扁総統より、無任所大使に任命される。なお、2001年にも無任所大使に任命されている。2008年6月6日の交流戦で現役時代に日本シリーズで5度戦った「南海ホークス」の復刻ユニフォームを着用して指揮を執った。「南海ホークス」のユニフォームを着た初の外様指揮官（現役時代は所属経験無し）となった。復刻した濃緑のユニフォームに袖を通した際、「最近は派手なユニフォームが多いけど、こういう色はいいねえ」と感想を述べた。2008年・7月1日〜3日開催のセ・リーグ公式戦「巨人-ヤクルト」は永久欠番シリーズで「王貞治シリーズ」となっている。永久欠番シリーズとして開催されたものの「当事者は他球団のユニフォームを着て指揮」している唯一の監督となった。この日程はトレードマークである一本足打法が誕生した日（7月1日）にちなんでいる。同年7月8日の西武ドームでの対埼玉西武ライオンズ戦で、西武捕手の細川亨のブロックが走塁妨害だとして、5分近くにわたる審判団への抗議を行い、もし遅延行為と認められた場合は現役・監督時代通じて初の退場処分になると心配されたが、杞憂に終わった。王は「あんなラフプレーはいかん。世界中にあの映像を流してもいいくらいだ」と激怒したが、これは前年にも対西武戦で多村仁が同じく本塁上のブロックを掻い潜る際に負傷していただけに、警戒感が高まっていたからだといわれる。7月26日に史上8人目となる監督通算1300勝を達成。しかしこの年はオリンピックに強行出場をした川崎宗則が疲労骨折するなど選手の故障が相次ぎ、シーズン終盤の9・10月には27戦で21敗という大失速をし、12年ぶりの最下位という不本意な結果となった。この終盤での低迷が王自身に監督退任を決断させる一因となった。9月23日、試合終了後に記者会見を開き、体力的な問題を主な理由にシーズン終了で監督職を退くことを表明した。「50年、いい野球人生でした。50年間ひとつの道にこれだけどっぷりつかって、心をときめかせて68歳までやれたことは、とても幸せでした」と述べた。10月7日、シーズン最終戦となるKスタ宮城での対楽天戦が最後の試合となった。この日の天気予報は雨。対戦相手の楽天・野村克也監督（当時）は「今日は涙雨やな」、王自身は「俺に涙雨ってのは似合わないよ」とコメントした。試合終了後には「勝負師としては最後を飾れず残念」、「野球好きな僕にふさわしく、12回もやれた。その点では良かった」と語った。試合後には敵地にもかかわらず王の引退セレモニーが行われ、現役時代からライバルであった楽天・野村監督から花束の贈呈を受けた。監督としての通算記録は、2507試合で1315勝（プロ歴代8位）1118敗74分となった。