1974年6月に鴨井達比古が天尾からシナリオの発注を受けた時点では、菅原文太主演のオールスターものという企画であったという。鴨井単独でシナリオ執筆を始め、現地取材を行ったが、石川に親交のあった人たちの話を聞いても石川力夫像が上手く掴めなかった。手探りの苦しい模索の中、5ヶ月後の1974年10月12日、何とか350枚の第一稿を書き上げ東映に提出。東映はこの第一稿で基本的にOKという結論を出し、その線に沿って鴨井は脚本を短縮し280枚の第二稿を10月27日に書き上げた。この後突如、路線が変更され、かねてより交渉していた渡哲也の東映主演が決まり、監督は渡の希望で深作欣二となり、鴨井のシナリオがそれに採用されることになった。渡は1974年の大河ドラマ『勝海舟』の主役を途中降板し、その後9か月、国立熱海病院に入院し11月に退院した。主演・渡、監督・深作が正式に決まったのは1974年11月とされ、1974年11月28日、東映本社会議室にて製作発表が行われた。渡の他、渡の所属する石原プロモーション社長・石原裕次郎も列席した。「長い療養生活を送った渡哲也のカムバック第一作」と報道された。「仁義なき戦いシリーズ」は東映京都撮影所製作のため、深作にとって東映東京撮影所での撮影は、1972年10月公開の『人斬り与太 狂犬三兄弟』以来となる。　鴨井は深作との打ち合わせが必要となり11月17日に、深作が『新仁義なき戦い』撮影中の京都に赴き、深作と初めて会う。ここから約1ヵ月滞在し、深作との打ち合わせの機会を持ったが、深作は撮影で忙しくて具体的な打ち合わせができなかった。このような状況で鴨井は12月15日、自分でも納得がいかないという第三稿まで書いた。12月24日、『新仁義なき戦い』の撮影を終えた深作が東京に戻って来たため、新宿の旅館で打ち合わせに入った。鴨井と深作に吉田達プロデューサーを交え、「テーマをどこに置くかという基本問題に立ち返り、青春とは何か、破滅感とは何かに始まり、暴力の問題、生き方の問題など、方法論の解明に至らぬまま時間切れ解散となった。その後、鴨井単独で第四稿まで書き上げた。これが第四稿として雑誌『シナリオ』1975年3月号に掲載されている。シナリオ編集部はこれに「『仁義の墓場』のシナリオは、印刷期日内に最終決定稿が出来上がらず、やむを得ず改稿中途の第四稿を掲載しましたので、御了承下さい。映画化には、松田寛夫氏、神波史男氏も加わって作成されたシナリオが使用されるとのことです」と注釈を付けた(松田、神波が手を入れた決定稿は公刊されていない）。以降、第四稿、決定稿（撮影台本）まで分けているが、後述する深作や吉田達の話は、この第四稿とされる物を第一稿と説明している。鴨井と深作が折り合えなかった原因として、鴨井が最初に東映から受けた依頼では、「スケールの大きな実録モノ」との注文が付いていて、『仁義なき戦い』の新宿死闘編のようなシナリオを書いていたとされ、「個」を究めたいとする深作の意に添わなかったとされる。深作は「僕としては今度は『仁義なき戦い』のような政治的群像ドラマではなく、孤絶した一人のヤクザの情念に焦点を当てた方が渡君の主演作として相応しかろうと考えた」、「（鴨井の）シナリオが石川力夫を中心としたヤクザの抗争図になってる。新宿のでかい抗争なんて嘘っ八なんですよ。新宿周辺は、ヤクザも愚連隊もいて、いろんな形で縄張りはあったけど、大きな勢力はなくて入り組んでいましたから。石川力夫のせこさはそのことの反映なんです。彼は勝手なことばかりやってるわけで、それと抗争図が合わない。『仁義なき戦い』シリーズでやったような、西日本を二つに分けた山口組と対抗勢力の戦争という構図が、ここには当てはまらないというか、無理なんです。じゃあ代わりにどうするかといってもドラマツルギーが立たない。鴨井君が書いたホンはそれなりに一つの流れを持っていて、動かせないようになっていた。今までの『仁義なき戦い』シリーズの流れから見れば新味がない。そこで鴨井君とは初めてだったから多少は遠慮もあって、もう駄目だ、俺にはできないと逃げにかかったら、引き止められた。吉田達プロデューサーがやってきて、松田寛夫でも何でも投入する、間に合わせてくれないと東撮が年明けに撮影に入る作品がなくなる。せっかく捕まえた渡哲也を手放すわけにはいかない。そんな話をする間に大晦日になってしまった。新年（1975年）早々、荻窪の旅館・木村館に松田寛夫と一緒に放り込まれ、神波史男を呼んで三人であれこれ話した。西のヤクザ戦争が東へ行っただけでは新味がなくて、リアリズムも迫力もない。何か別の切り口を見つけないといけない。藤田五郎の原作を忠実にするのではなく、ヤクザの哀れさを描きたいという話になり、助監督の梶間俊一が水戸に行って戸籍を追跡調査し、少年期の足取りがつかめた。冒頭のドキュメンタリー仕立てで、石川の近所の人たちの証言は写真は本物ではないが、声は隠しマイクで取った本物で、これを基調に話をつなぐところから始めてみるかとなった。つないだからといってどこへ行けるかは分からないけど、少なくとも抗争図はよんどころないとなれば入れていいけど、大した問題じゃない。いちばん大事なのは石川力夫というヤクザは何だったのかということで、いっさい説明抜きでやった方が面白いんじゃないかとなった。勝算はまったくなかったです。一番強いモチーフになったのは、泣きだしたら二時間でも三時間でも泣き続けるということです。それが大人になったらどうなるだろうかと、と。そんなわけで、鴨井君の第一稿は気の毒だけど目茶苦茶になっちゃって、結局、松田と神波で撮影台本（決定稿）を纏めてくれたんです。石川力夫のことをいろいろ調べていくと、暴力人間としての哀れさがそくそく伝わってきて、渡哲也というすごくナイーブな柔らかな感性を持っているスターにはいいんじゃないかと、非常に孤絶した男の哀しみを渡君のパーソナリティとダブらせてみると、これはいけるぞと思ったんです。最初がこのホン（決定稿）だったら企画は通らなかったと思う。鴨井君が書いた最初のホンはちゃんとしていた」などと話している。神波史男は、「今まで何回も期日ギリギリの仕事をしてきたけれど、これは俺と松田にとってもかつてない凄まじいスケジュールだった。1月17日のクランクインまで一週間。鴨井氏の準備台本があって最初に深作さんから渡されて『どや？俺はブラックユーモアを要求したんだけど、違うんだよなあ』と言うわけ。未だに何でブラックユーモアなのか僕も松田もよく分からねんだけど『ブラックユーモア、ブラックユーモア』と呪文のように唱えながら取り掛かった。この時はさすがに深作さんも博奕はしなかったね。不眠不休でワワワーッとやって、ちょっと仮眠して、ロケハンに出て行くんだよ。で、夕方帰って来てまたワーッだよ。その繰り返しで、こっちもいつどうやって書いたのかも覚えてない。もう無我夢中というか何というか。その勢いのままクランクインして、それであんなもん作っちゃったんだよ。まあ、傑作と言われてるけど、確かになかなかのもんだと思うね」などと述べている。『キネマ旬報』1978年6月下旬号で鴨井と田山力哉との対談があり、鴨井が本作に対する不満をぶちまけた。鴨井は当時30歳過ぎで、最も若い部類の脚本家でもあり、「深作さんは、さあどう撮ろうかという時にならないと、具体的なイメージが出てこない人なんですね。基本的なことは話し合いましたけど、抽象論では分からないわけですよ。ぼくは深作さんとは決定的に合わなかった。深作さんは石川力夫と同世代で戦後の闇市を知る世代でもあり、その観点で石川を捉えていこうとする。ぼくの方は時代設定が昭和20年代であっても昭和40年代に引っ張り込もうとする。そのあたりが決定的に違ってました」などと述べ、食い違いは消えず。鴨井の主張では、深作は鴨井のシナリオのどこが気に入らないか指摘するわけではなく『どこか感覚的に違うんだな』と言っただけで鴨井脚本では撮れないと土壇場になって気心知れた神波史男、松田寛夫を呼び、一週間ぐらいで手を入れた。鴨井は激怒し、こっちは半年かかってるのに撮影直前になってこのホンでは撮れないなんてプロじゃない、僕に一言も断りもなく直してしまうなんて失礼な話、僕のホンで撮ればもっと傑作になった、深作さんがスター監督になると、何をやってようと深作批判はタブーだという風潮が出てくるけど、それは間違い」などと話した。この鴨井の言及に対して、神波史男が『キネマ旬報』1978年7月下旬号で松田寛夫と相談した上で、としてこれに反論。無論スタート時に鴨井氏のシナリオは読まされてはしたが、我々の狙う表現とは対極のものとして、完全に捨ててかからざるを得なかった、我々は鴨井氏のシナリオを全く使っていない、その作業の内実たるや、決して手を入れてしまった程度のものではない、一週間の執筆期間しかなかったのは事実だが、半年かけられた鴨井シナリオとは別個に自立するものである、曲がりなりにも一週間で書けたのは、藤田五郎の的確な原作、改めて基礎的な調査をやり直すために、現地まで走ってくれた梶間俊一ら助監督諸氏の力に加え、我々が既に前作『人斬り与太 狂犬三兄弟』に於いて石川力夫を射程に入れていたこと等の結果である、『仁義の墓場』のシナリオ作者はあくまで我々であって鴨井氏ではない、我々としても、当時東映に対して鴨井氏のタイトルを外すよう強く要求しなかった点を反省するが、鴨井氏も、今になってこのような発言をされるのなら、あの時点で、潔くご自分のタイトルを降ろすべきでなかったか、などと反論した。多岐川裕美が演じたヒロイン地恵子は、鴨井シナリオでは強い女として描かれていたが、神波、松田版では、自らの意思を持っているのか、よく分からない人形のような女に変更され、無表情な地恵子がいきなり自殺してしまう不気味さにより、石川の不気味さが際立つように書かれている。これに対して鴨井が『キネマ旬報』1978年8月上旬号で補足説明を行った。神波が主張した鴨井のシナリオを全く使っていない、鴨井シナリオとは別個に自立するものという件についての反論はなく、その間のすべての状況を知っているのは多分プロデューサーの吉田氏だけで、状況の一部しか知れされていない我々が脚本家どうしで、泥を投げ合ってもプラスにならないと話し、タイトル問題については、ホン直しをやっていると知らされた時点で天尾完次部長と吉田達プロデューサーに、私の名前を外してくれるよう強く申し入れたが、両氏の説得で私の名前は残ってしまったと説明。しかし深作に対しての批判は一切撤回せず、自身への礼節を欠いたものとして再度批判した。神波は2001年に10歳下の鴨井が先に亡くなってしまったため、後で「俺が鴨井さんだったら、そりゃ同じこと言うよ。今にして思えば悪いことをしたと思うけど」と話した。吉田達プロデューサーの証言は、天尾完次が鴨井を脚本に選んだが、天尾は深作と仕事をしたことがないので吉田に「深作と鴨井を京都に連れて行って脚本を書いてもらってくれ」と頼み、深作と鴨井で40日かけ、ハコ書きまで行ったところで、深作が「これで脚本化しておいてくれば撮るよ」と言ったため、吉田と深作は東京に戻りここで鴨井の第一稿が出来た。この第一稿を読んだ深作が「これじゃ撮れない。これは全部違う」と言うので鴨井が怒って脚本を降りた。それでいつものメンバー、松田寛夫と神波史男を呼べとなり二人が投入された。松田と神波は深作が自分たちに発注せず、鴨井に発注したことに激怒し、さらに吉田に「一週間で書いてくれ」と言われ憤慨したが吉田がなだめ、「チーフ助監督の小平裕を入れて松田、神波、小平で三等分して書き直し、直しながら出来たのが決定稿」、「鴨井さんが書いたものを深作、松田、神波と小平らと手を加え、僅か一週間で撮影台本を書き上げました」と吉田は述べている。　改稿中途の第四稿が『シナリオ』に掲載され、その注釈の影響なのか、脚本クレジットが文献やウェブサイトでまちまちとなっている。『映画芸術』で神波史男が荒井晴彦に「『仁義の墓場』は神波さんはクレジットされてない」と言われ、「一応されてるでしょ」と言い返したこともある。東映ビデオは鴨井の単独クレジットとしているが、映画封切り時のポスターや、ビデオパッケージ、DVDパッケージ、及び、東映チャンネルでは、松田、神波、鴨井の3人のクレジットとしていて、東映内でも統一されてなく、日本映画製作者連盟では、鴨井と神波のダブルクレジットながら、画像の封切り時のポスターには、松田、神波、鴨井の3人のクレジット表記がある。文化庁日本映画情報システムでは鴨井の単独クレジットで、鴨井の単独クレジットが多いようであるが、杉作J太郎、植地毅著『仁義なき戦い 浪漫アルバム』では、深作と鴨井のダブルクレジット、深作・山根貞男共著『映画監督 深作欣二』や大高宏雄著『仁義なき映画列伝』などでは、鴨井、松田、神波の3人のクレジットとなっている。鴨井、松田、神波、深作の4人のクレジットとするものは見当たらない。1975年1月1日、まず深作と松田とで、翌1月2日に神波が加わり、夜中にシナリオのディスカッションが行われ、その正月に深作と助監督らは水戸でのロケハン及びロケ(冒頭部分)も行い、石川力夫の生家など水戸で取材を重ねた。深作が朝出かけて夕方帰ってくるまで松田と神波は寝たが、深作は全く寝る時間はなかったという。冒頭のイントロは水戸で取材した音声をそのまま使っているため、深作自身のセリフも入る。石川について語っているのは、実際に石川の子どもの頃を知る近所の人だが、そこに被さる映像は無関係な人物である。石川に関しては水戸で調べたが、石川が大阪に流れてからの行動は時間がなくて調べきれず。別班も立てて取材もしたが、大阪時代に知り合った田中邦衛扮する小崎勝次などは、ほとんど分からなかった。有名な女房の遺骨を齧る逸話は、石川の話ではなく、俳優・山本禮三郎の実話という。取材する時間も短く実録といってもかなりの部分はフィクションとなる。神波がシナリオ作成に加わったのは「松田が呼ばれた次の日」と話しているものがあり、これだと1975年1月2日になるが、別のインタビューでは1975年1月10日と話している。ここから1月16日までの7日間で、撮影台本（決定稿）を書き上げた。1975年1月17日のクランクイン前日であった。