2006年に、保守派の加藤晴之が編集長に就任し、現代の論調は左寄りから右寄りに大きく変化した。食肉利権の内情や、大相撲の八百長疑惑などのスクープが見られたが、2年弱の在任中に部数が激減したばかりか、多くの名誉毀損訴訟を抱え、後に過去最高額の損害賠償を命じられる結果となった。加藤晴之自らがテレビ、ラジオ等に出演することもあった。「愛と勇気の」といった自画自賛的なキャッチフレーズも登場した。2006年春に誌面リニューアル。表紙を一新し、ヌードグラビアを自主規制した。その際大橋巨泉の「内遊外歓」など多数の連載が唐突に打ち切られ、「内遊外歓」の最終回ではその事情が明かされた。（巨泉は加藤が週刊現代を去った2008年10月から新たな連載をスタートさせている）2006年3月25日号で、格闘技イベントPRIDEを主催するDSEとフジテレビと暴力団の関係についての記事を掲載。6月にフジテレビはPRIDEの放送の契約解除を発表した。DSEは4月に週刊現代を名誉毀損で提訴し、フジの放送契約解除を受けてイベント興行に関する損害賠償請求訴訟、さらに刑事事件として威力業務妨害罪で告訴すると発表した。しかし、損害賠償請求は提訴されることなく、2007年にDSEは外国人（他団体「UFC」のオーナー）が中心となる新会社にすべての権利を売却することを決定。実質的に同社は消滅した。2006年5月発売分より、ジャーナリストの溝口敦が、細木数子の暴力団との交際疑惑を告発する連載をスタート。これに対して週刊文春が細木を擁護する連載を始めたが、溝口は細木が連載を中止させるべく脅迫をした事実なども記述し、報道合戦は実質的に週刊現代の勝利となった。2006年6月3日号の「小沢一郎の“隠し資産”を暴く」では小沢が政治資金で個人資産を購入していたことを追及。その後、小沢と民主党は名誉を毀損されたとして、講談社と著者の長谷川学らを訴えたが、東京高等裁判所（柳田幸三裁判長）は「記事は真実であり名誉毀損に当たらない」として小沢側の請求は棄却され、講談社側が勝訴した。2006年7月から13回にわたって発売分より、「テロリストに乗っ取られたJR東日本の真実」と題して、JR東日本の労働組合の一つである東日本旅客鉄道労働組合（JR東労組）が、革マル派の支配下にあると報じた。JR総連とJR東労組らは、事実無根として週刊現代とライターの西岡研介を名誉毀損で提訴し、JR東日本は中吊り広告の契約を解除した。2007年1月19日、福島地方裁判所はJR総連の請求を棄却。しかし、2009年10月26日の東京地裁では「労組を私物化しているとの記述に真実と信じる理由がない」として、JR東労組の松崎明・元委員長の訴えを認め、名誉毀損の損害賠償として500万円の支払いを命じた。2010年2月23日、東京地裁は講談社側にそれぞれ220万円ずつ合計440万円の支払いを命じた。2012年3月27日、最高裁判所は上告を棄却し、名誉棄損の成立を認めて講談社などに770万円の賠償を命じた週刊現代側敗訴の判決が確定した。2006年8月から10月にかけて、フリージャーナリストの松田賢弥による連載記事「安倍晋三『空虚なプリンス』」を掲載した。この中で、安倍首相とその実兄が、岸家の養子となっていた2人の実弟、岸信夫の参院選出馬に際し、血筋を理由に反対したと書いた。これに対し、安倍の兄が謝罪文の掲載と5000万円の損害賠償請求訴訟を起こし、広島地方裁判所で200万円の賠償命令が出る。2009年2月25日、広島高等裁判所の控訴審判決でも「実兄は取材の際、記事にあるような趣旨の発言はしておらず、真意と乖離している」として、地裁判決を支持し松田の控訴を棄却した。同年8月28日、最高裁判所は松田の上告を棄却し、一・二審判決が確定した。2006年から現在まで、大阪市を始めとした自治体や金融機関の同和問題に関して、頻繁に告発記事を掲載する。大手週刊誌として初めて食肉利権と被差別部落との関係に正面から取り組み、多くの問題提起を行った。2006年9月16日号で「ホリエモンが興じたヒルズ族『高級闇カジノ』一部始終」としてライブドアの堀江貴文元社長が違法カジノに参加したと報じた。堀江は「事実無根」として5,000万円の慰謝料を求めて提訴する。2008年12月24日、東京地裁は「裏づけとなる証拠がない」として講談社に400万円の賠償を命じた。2006年11月4日号・11月11日号で、ジャーナリスト草薙厚子による「16歳名門私立高校生『シャーペンで僕の頭を刺した父』」にて、奈良医師宅放火殺人事件の記事を掲載。2007年10月、この取材に基づく草薙の著書で、情報源の医師が秘密漏示罪で逮捕・起訴された。後の社内調査で、この記事は少年容疑者の精神鑑定をした監察医の許可を取らず、草薙と週刊現代の副編集長、記者、カメラマンが無断で写真撮影した供述調書に基づいていたことが明らかになった。加藤編集長は、医師の公判で証言台に立ったが、社内調査などでも自身の責任は一切認めず、著者と他部署の編集者に問題があると主張した。2006年12月9日号の「受動喫煙は子供の発がん率下げるはウソだった!」として、週刊ポストが2006年11月17日号に掲載した「受動喫煙は子供の発がん率を低下させる」という特集記事を全くの誤報だと主張した。2007年1月22日号・2月3日号で、ノンフィクションライターの武田賴政が、横綱朝青龍らの大相撲九州場所での八百長疑惑を報道。これに対して、疑惑とされた力士と日本相撲協会は、講談社や武田に対して総額4億8,437万9,000円の損害賠償と謝罪広告の掲載を求めて東京地裁に提訴した。その後、原告力士は計32人（後に、解雇された露鵬と白露山は取り下げて30人）、賠償金額は計6億1,600万円となる。2009年3月26日、東京地裁は「取材は極めてずさん」「記事の内容は真実でない」として、講談社側に名誉毀損訴訟で過去最高額となる4,300万円の支払いと記事の取り消し広告の掲載を命じた。他にも、2007年3月10日号で、武田の記事「北の湖理事長がナメられる『八百長相撲』の過去」が掲載されたが、これに対して北の湖前理事長と協会の起こした裁判の判決でも、東京地裁は「ほとんど裏付け取材をしていない。記事が真実だと信じる相当の理由はない」として、講談社側に1,540万円の賠償と記事取消の広告掲載を命じた。ところが2011年2月、大相撲八百長問題が発覚。春日錦孝嘉が当時関与していながら、否定する陳述書を裁判所に提出していたことが判明した。大相撲では他にも、6月2日号で、宮城野親方の不倫疑惑について、愛人だった坂本直子による証拠テープを取り上げた。また、10月27日号で時津風部屋力士暴行死事件で死んだ序二段力士の傷跡が残る遺体写真を掲載した。2007年4月7日号で、タレントで未成年の加護亜依の男性との温泉1泊旅行と喫煙をスクープ。加護は、2006年2月に「フライデー」に喫煙姿を掲載され芸能活動を自粛中だった。週刊現代の発売日に、所属事務所のアップフロントエージェンシー（現：アップフロントプロモーション）は「喫煙は事実」と報道内容を認めた上で、「未成年者の2度目の喫煙」を重く見て加護の契約解除、懲戒解雇とした。なお、この記事は雑誌発売前にネット上に全文転載されたため、講談社は転載した人間を被疑者不詳のまま著作権侵害で警視庁に告訴した。2007年4月7日号で、『吉本興業副社長を○暴（＝マルボウ、暴力団）が脅迫!』として、吉本興業と暴力団との癒着関係を掲載する。この報道では、当時の経営陣と創業者一族との経営権をめぐる内部抗争について、暴力団関係者が絡んでいるとお笑い芸人の中田カウスが証言したが、会社側はこれを否定した。また、カウス自身も暴力団関係者と付き合いがあることを誌面で認めた。2007年4月21日号で、NHKの人気情報番組「ためしてガッテン」の捏造疑惑を掲載する。NHKは4月9日に「週刊誌には、東海大学大櫛陽一教授の証言として、NHKの番組スタッフが「捏造」を認める発言をしたかのように書かれています。番組スタッフは今年2月に大櫛教授に電話取材をしましたが、そのような発言はしていません。また、番組スタッフは、この番組には全く関わっておらず、実験データを知る立場にはありませんでした。」等と全面的に反論し、番組でデータの改ざんや捏造をした事実は全くないとし、週刊現代に強く抗議し謝罪と訂正を求める見解を発表した。2007年4月28日号で、『コムスンは介護保険ドロボー』という記事で、介護サービスのずさんさを報道した。この記事ではコムスンの元社員が、不正行為の実態を証言した。2007年5月5・12日号で、『野村克也東北楽天ゴールデンイーグルス監督「野間口投手“巨人入団”の裏巨額謝礼金」疑惑』、さらには5月19日号で、『まだまだある球界汚染 巨人の内海哲也選手に裏金疑惑』と続けて報じ、汚染の原因は巨人と報じた。これに対し野村克也や巨人は「裏金工作はありえない」と抗議文書を送付した。なおこの巨人の契約金問題は週刊現代が報じた時はあまり大きな騒ぎまでにならなかったが、朝日新聞が2012年3月14日付の朝刊で改めて報じた時に大きく騒がれる事になった。また朝日の記事では週刊現代で報じた野間口と内海に加え、他4人の選手の名前も加わっている。2007年6月2日号で、「『テレビ朝日』次期副社長の封印されたスキャンダル」を報じた。テレビ朝日と当時の専務が講談社などに総額2億円の損害賠償と謝罪広告の掲載を求めて訴訟を起こし、2008年8月26日に、事実に反することを認めて謝罪広告の掲載で和解した。2007年7月14日号で、JRの架線切断事故の男性運転士について報じた。この事故は6月22日、JR東日本の東北線大宮駅-さいたま新都心駅の間で架線が切れて停電。湘南新宿ライン、宇都宮線、高崎線、京浜東北線が次々と止まってしまったものである。中には5時間以上も運休となった。事故原因は、2つの変電所からの架線が約90mにわたって並走するエアーセクション区間で誤って停車したため、過電流で架線が溶けたことによる。ダイヤの乱れは運休162本、遅延43本となり、乗客約18万5,000人に影響した。また駅間で立ち往生した列車に約1万8,000人、最大4時間半閉じ込められるなどの被害が起きた。記事では、同日にJR東日本の株主総会が行われていることに注目していた。この総会では、1,047人の元社員を復職させるなどの目的をもつJR東日本株主会が提出した株主提案（合計361株、第5号〜第12号議案）もあって、4時間半の長時間総会となった。これらの事から、記事は単なる事故ではなく、計画されたものであると示唆する内容であった。さらに、この記事について反論に訪れた運転士の写真や実名、所属勤務地、年齢を掲載したため、運転士は肖像権や人格権を侵害されたとして前橋地方裁判所に220万円の損害賠償請求訴訟を起こした。2007年7月28日号から3号連続で、「テレビ朝日『ロデオボーイ2』で激ヤセ捏造」などのタイトルで、テレビ朝日の通販番組「セレクションX」で紹介したフィットネス機器の紹介ビデオについて、「実際は食事制限で痩せた」とする疑惑を報じた。テレビ朝日は疑惑を全面否定し、8月23日に講談社などに1億円の損害賠償請求訴訟を起こした。その後、公正取引委員会がテレ朝にロデオボーイの放送に「景品表示法違反（優良誤認）」の疑いがあると警告すると、2008年9月16日、逆に講談社は「誹謗中傷などと報道されて名誉を毀損された」として、テレビ朝日に6,000万円の損害賠償を求めて反訴した。2009年8月28日、東京地裁は「別の商品の出演者に取材をしだけの記事で、発言内容の裏付けがない」として、講談社に330万円の支払いを命じた。2007年10月20日号で、「社史から消えた創業者キヤノン御手洗冨士夫会長と731部隊」とする記事を掲載。これについてキヤノン株式会社と御手洗冨士夫会長が名誉棄損として講談社と著者の斎藤貴男に対し2億円の損害賠償請求訴訟を起こす。2008年12月25日、東京地裁は「根拠がないのに、直接的な関係をほのめかした」として、講談社側に200万円の支払いを命じたが、東京高裁でキヤノン側が逆転敗訴、2009年12月10日、最高裁でも御手洗らの上告が退けられた。2007年11月10日号で、中田宏前横浜市長が「私の中に“指入れ”合コン」と「口封じ恫喝肉声テープ」として女性スキャンダル疑惑を報じた。さらに、11月18日号で、「公金横領疑惑と黒い人脈」として中田の公金横領疑惑を報じた。12月22日号・12月29日号では、中田の「消えた選挙資金1,000万円」「税金ネコババ」というタイトルで公職選挙法違反と税金申告漏れを報じた。11月22日、中田は「事実無根で無責任な記事」として名誉毀損で講談社社長と週刊現代を東京地検に告訴し、講談社と編集長らに6,200万円の損害賠償請求訴訟を起こした。2008年2月、リニューアル失敗と部数低下の責任をとって総合編纂局（旧事典局）へ異動となる。