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前50000年から前30000年頃には、後期旧石器時代の現生人類がナイル河畔や周辺の湖沼沿い、オアシスを移動しながら大型獣を追い、原始的な狩猟採集生活を送っていたと見られる。後期旧石器時代は石刃技法による石器製作技術の導入によって特徴付けられる。1万年単位のスパンにおいてはナイル川流域・北アフリカの気候は大きく変動しており、後期旧石器時代には現在と同じように乾燥していて広大な砂漠が広がっていた。このため、後期旧石器時代の遺跡はナイル川沿いの土地に集中している。2003年現在、最も古い後期旧石器時代の遺跡は、紀元前31000年頃のものと見られるエジプト中部のナイル川西岸のナズレット・カタル遺跡である。前19000年頃に入ると、上エジプト南部からスーダン北部にかけての地域に様々な石器文化が集中的に出現した。これらの文化にはクッバニーヤ文化（ハルファン文化）、セビル文化、カダン文化などと呼ばれるものがある。人々はナマズに代表されるナイル川の豊富な漁業資源や水鳥、貝類や植物に支えられてかなり安定した生活を営んでいた。この後期旧石器時代のエジプトではアフリカ独自の穀物栽培が行われていたという説もあったが、研究の結果現在ではこれは否定されている。前12000年頃、アフリカ北東部は「第4湿潤期」と呼ばれる時期に入った。これは赤道アフリカのモンスーンを伴う降雨帯が南下し、スーダン北部からエジプト南部に至る地域に年間200mm程度の降雨がもたらされるようになった時期である。第4湿潤期のエジプトも決して雨量豊富というわけではなかったが、砂漠地帯の景観は一変し、タマリスクやアカシア、ナツメヤシが繁茂し、ウサギ、ガゼル、オリックスなどが生息するようになった。この時代は考古学的には「終末期旧石器時代（Terminal Palaeolithic）」または「続旧石器時代（Epipalaeolithic）」に分類される時代にあたる。緑化が進んだことで人々の生活圏はナイル川の両岸地帯から離れた地域にまで広がり、西方の元砂漠地帯に居住の痕跡が残されるようになった。こうした居住の痕跡はエジプト南部のナブタ・プラヤ遺跡やエジプト北部のシワ・オアシス、ファイユームなどに代表される。人々の居住はとりわけ、夏季の降水が水たまりを作る低地や湧き水のあるオアシス近辺に集中していた。ナブタ・プラヤ遺跡とその周辺からは小型の石刃、尖角器を含む石器や骨角器、ダチョウの卵で作られたビーズなどが見つかっている。ナイル川流域においては、ナイル川中流域（現：スーダン中部）に特に多数の居住痕跡が確認されており、「カルトゥーム中石器（Khartoum Mesolithic）」と呼ばれる文化が広がっていた。現：エジプト地域では南部のナイル川第2急湍付近にアルキン文化（Arkinian）とシャマルク文化（Shamarkian）が広がっていた。これらナイル川沿いの遺跡では魚類や貝類など、ナイル川の水産資源に著しく依存した生活が営まれていたことが発見された遺物からわかっている。水量の増したナイル川の水産資源は、未だ農耕を知らない終末期旧石器時代の生活文化においてもある程度の定住的生活を可能とした。この頃にエジプトでは磨製石器や土器の使用が開始されたと見られる。2003年時点において確認されている世界最古の土器は日本の縄文土器などを含む東アジアのそれであるが、エジプトにおける土器の使用はそれに次ぐ世界で最も早期のものであり、終末期旧石器時代の早い段階から確認されている。ただし土器の使用は局地的であり、また発見例は断片ばかりで用途ははっきりしない。終末期旧石器時代の後半にはアフリカ北東部全域に土器の使用が広まったが、それでもなお土器が全く出土しないこの時期の遺跡が多数ある。また、前8千年紀には西アジアでムギ類の栽培が、さらに前7千年紀にはヤギの家畜化が始まったと見られているが、エジプトでもこれと同時期かやや遅れて農耕と牧畜が始まった可能性がある。エジプトの農耕と牧畜が西アジアから導入されたのか、独自に開始されたものなのかは多くの学者たちの関心の的であるが、はっきりとはしていない。ただし、特にウシの家畜化についてはエジプト（スーダン）地域で始まった可能性が高いと見られている。確認可能なエジプト最古の穀物栽培の痕跡は前5000年頃に年代づけられるファイユーム出土のエンマーコムギである。これは既に新石器時代の遺跡であるが、より古い時代にナブタ・プラヤ遺跡で栽培が行われた可能性も議論されている。また、アフリカ原生の穀物であるソルガムやミレットが栽培されていた可能性もある。こうした磨製石器の使用、土器の導入、農耕・牧畜の開始は新石器時代を定義づける要素とされており、それらの導入が新石器時代の開始とみなされているが、全てが同時に、同じ場所で導入されていたわけではなく、新石器時代と旧石器時代の境界は明確ではない。考古学者高宮いづみは概説書において、説明上前6千年紀以降を新石器時代と位置付けている。
前4千年紀末から、ローマによる征服まで続いたエジプトの独立王朝、あるいはキリスト教の浸透まで続いた古代エジプト人の「宗教」体系、そして言語などを含む生活文化などは、古代エジプト文明と呼ばれている。古代エジプト史は概ね第1王朝から第31王朝、またはプトレマイオス朝まで至る30余りの王朝に分類されており、これらの王朝は大きく、初期王朝時代（前4千年紀末-前3千年紀前半）、古王国（前3千年紀半ば-前3千年紀末）、第1中間期（前3千年紀末）、中王国（前21世紀頃-前18世紀頃）、第2中間期（前18世紀頃-前16世紀頃）、新王国（前16世紀頃-前1070年頃）、第3中間期および末期王朝時代（前332年頃まで）という時代に区分されている。これらの区分のそれぞれに属する王朝、その期間などについては学者間の見解相違が大きいものの、枠組みとしては通常は上記の分類に沿った説明が行われる。ただし、これはあくまで現代のエジプト学における区分であり、古代エジプトの人々自身がこのような時代区分法を用いていたわけではない。
前4千年紀において最も重要な文化は上エジプトで登場したナカダ文化である。ナカダ文化は北はアビュドス、南はヒエラコンポリスまでの地域から登場し、その後エジプト全域に普及していく。ナカダ文化はかつてイギリス人の学者フリンダーズ・ピートリーによって、土器の形式によって古い順にアムラー期、ゲルゼ期、セマイナー期の3期に分類され、これがエジプト先王朝時代の編年の基準となった。これは現在ではアムラー期はナカダ1期、ゲルゼ期は2期、とされ、セマイナー期は存在が否定されている。ナカダ文化期には農耕・牧畜の重要性が増し、それを中心にした社会が形成され、多種多様な器形の土器が生産されていた。特に現在発見されているナカダ文化の土器は、上流階級の墓地に収める副葬品として生産されたものが中心であるためか、単なる日用品であった後代の王朝時代の土器類よりも品質が良いことを特徴とする。パレットと呼ばれるアイシャドーを磨り潰すための石製品もこの時代に登場している。下エジプトでは恐らくファイユーム文化やメリムデ文化など、より古い時代の文化から発展したマーディ・ブト文化と呼ばれる文化が成長していた。この文化の痕跡はナイル川流域を離れたシナイ半島からも発見されている。エジプトから銅製品が発見されるようになることから、この頃からシナイ半島や東方砂漠地帯からの銅の採集が行われていたと見られている。このシナイ半島からの銅の調達は後の王朝時代において王家主導で行われる大規模事業へと発達する。相互に関係を持ちつつもそれぞれ独自の発達を続けていた上エジプトと下エジプトの文化であったが、ナカダ2期の間までに、下エジプトのマーディ・ブト文化は急速に独自性を失い、エジプト全域にナカダ文化の系譜を引く共通の文化が分布するようになっていった。このためにナカダ2期の終わりには、エジプトが「文化的に統一」（高宮いづみ）されたと言われるような状況が生じた。この文化的な統一が政治上の統一を示すものと見ることができるかどうかはわからないが、これらの状況証拠から、上下エジプトでそれぞれに発達していた文化圏は前4千年紀の間に、上エジプトの人々の主導で統一されていったと考えられている。ナカダ2期に続くナカダ3期（前3300年-前3100年頃）に入ると、上エジプトの墓地でははっきりと階層分化の傾向を見ることができ、西アジアとの接触や交易路の確立、さらに文字の使用の開始が開始されるなど、短期間のうちにエジプトの社会・政治・文化に大きな変化があった。ナカダ3期の後半にはエジプト第1王朝に先行する数名の王（例えばサソリ王）の存在が知られているため、この時期をエジプト原王朝時代、またはエジプト第0王朝と呼ぶ場合もある。ヌビアではヌビアAグループ文化と呼ばれる文化集団が栄えていた。この文化はエジプトのナカダ文化と密接な関わりを持ち、それと匹敵する文化水準を保持していた。この文化ではエジプトの王権概念と通底するモチーフ（例えばホルス神や上エジプトの王冠である白冠、ヘジェト）が用いられていたことから、エジプト文明以前の「ヌビアの失われたファラオ」の存在を巡って議論が行われた。これは現在では学術的には否定的見解が強いが、人種問題やヨーロッパ文明のアイデンティティを巡る議論に影響を与えている。
前4千年紀末頃からエジプトではおぼろげながら文字史料によって歴史を復元できるようになる。後世のエジプトの伝説では、初めて上下エジプトを統合し、エジプトに統一王朝を築いた王はメネス（メニ）である。一方で考古学的見地から統一王朝の最古の王である可能性が高いと見られるのはナルメル王である。ナルメルが興したとされる王朝をエジプト第1王朝とし、以降の時代は第31までの番号で分類される歴代の王朝の歴史として整理されている。ただし、実際にエジプトの「最初の王」が誰であったのかについては今なお定説があるわけではない。伝説のメネス王を第1王朝の王のいずれかの王と同定しようとする試みが続けられており、あるいはメネスは初期王朝時代の複数の王の記憶の習合によって誕生したものであるかもしれない。初期王朝時代の間に（後世の伝説によれば第1王朝）の時代に、上エジプトと下エジプトの結節点にあたる土地にイネブ・ヘジ（白い壁）と呼ばれる都市が建設された。この都市は後にはメンフィスと呼ばれ、古代エジプト時代を通じてエジプトの中心的都市の1つとなった。この都市に建設されたプタハ大神殿の名称、フゥト・カ・プタハ（プタハ神の魂の家）は、後にギリシア語でアイギュプトス（Aigyuptos）と訛り、今日のエジプト（Egypt）の語源となったとする説もある。また、エジプトの王たちは王権の確立に力を注ぎ、公式に用いる王名としてホルス名を用いる習慣が確立され（初期王朝時代の一時はセト名が用いられた）、古代エジプト時代の地方行政区分であるノモス（セパト）の萌芽ともいえるシステムが整備されたと見られるなど、後の古代エジプト世界の基本的要素が形成された。
一般的に第3王朝以降が古王国とされている。古王国の終わりは学者によって見解が異なるが第6王朝までとするのが一般的である。ただし、王朝組織の連続性を考慮して第8王朝までを古王国とする分類を用いる学者もいる。その年代は概ね前3千年紀半ばから後半にかけて、具体的には前27世紀から前22世紀頃までとされる。古王国時代を特徴付けるのは、体系的な国家機構の整備と、それによって可能となった巨大建造物、即ちピラミッドの建設である。初期王朝時代の原始的な組織を整備・拡張し、大規模建築を行う労働力を管理することができるような官僚組織が姿を現し始める。国家機能の整備とともに、ピラミッドの建設が大々的に行われた。ピラミッドはマスタバ墓と呼ばれる大型の方形墳墓から発展したもので、初めてピラミッドを建造したのは第3王朝のジェセル王であった（ジェセル王のピラミッド、サッカラ）。この建造を指揮したのは古代エジプトにおける伝説的な宰相であるイムヘテプ（イムホテプ）であると伝えられており、ジェセル王のピラミッドは階段状の外観を持つ階段ピラミッドとして完成した。第4王朝時代にはいると、ピラミッドの外観は階段状のものから方錐形の真正ピラミッドへと移行した。これはスネフェル王（第4王朝初代）の屈折ピラミッドをその端緒とする。真正ピラミッドはその後技術革新と大型化が続けられて行き、その建造の最盛期に建設された第4王朝のクフ、カフラー、メンカウラーの3王のピラミッドは現在もなおその威容を留めており、古代エジプトを象徴する建造物となっている。ピラミッド建設はこの3王、特にクフ王のそれを頂点として建造物としての構造が粗雑化し、規模が縮小されるとともに定型化されていった。それと同時に第5王朝時代には太陽神殿の建設が始まる。太陽神殿はピラミッドとよく似た付属建造物群（ピラミッド・コンプレックス）を持ち、基壇の上に巨大なオベリスクを据えたものであった。第5、第6王朝時代に入ると、官僚組織がますます拡張整備されたが、組織拡張によって増大した官吏への報酬の確保が困難になり始め、元来葬祭儀礼等に関わるピラミッド複合体の管理職や領地が給与・恩賞として与えられるようになっていった。これは当初は有効に機能した政策であったが、長期的には有力な官吏が王権に対抗可能なほど強大化していく効果ももたらし、また最終的にはやはり財源の不足の問題にも直面せざるを得なかった。そして地方のノモス（州）に土着化していた長官（州侯）たちの勢力と独自性も増大して行き、有力官吏や州侯たちの墓の中には王墓に匹敵する規模のものが登場するようになった。これに、古王国末期の気候の寒冷化（4.2kイベント）およびナイル川の水位低下と、それに伴う農業生産の低下が加わり、古王国の安定と統一は失われた。前22世紀初頭には地方の州侯たちが独自に王を称してエジプトは分裂した。
メンフィスの王朝（第7・第8王朝）が実権を喪失する一方、前22世紀の後半にはヘラクレオポリス（ヘウト・ネンネス）で成立した王朝（第9、第10王朝）が下エジプトを、テーベ（ワセト）で成立した王朝（第11王朝）が上エジプトを支配し、南北にわかれて1世紀余りの間エジプトの支配を争った。この分裂は第11王朝の王、メンチュヘテプ2世が治世21年（前2040頃）にヘラクレオポリスを陥落させたことで終わった。以降のエジプトの統一王朝は一般に中王国と呼ばれる。第11王朝に続く第12王朝の王たちはエジプトの統一後間もなく、ファイユームに近いイチ・タウィへと宮殿を遷したが、テーベ（ワセト）の政権である第11王朝によってエジプトが再統一されたことによって、この都市の重要性が飛躍的に高まった。このことは神々の序列にも表れ、元来上エジプトで地方的な信仰を得ていた神であるアメン（アムン、アモン、アンモンとも）の地位が飛躍的に高まった。中王国時代のうちにアメンは「神々の王」として描かれるようになり、後の時代にはギリシア人・マケドニア人たちはこの神をゼウスと同一視している。太陽神ラーとも習合したアメン・ラー神としても崇拝され、テーベに本拠地を置くその神殿は、長期にわたりエジプトで重要な政治的勢力として存在感を示した。中王国の時代には文語（標準語）としてのエジプト語が完成し（中エジプト語）、言葉の微妙な機微、ニュアンスの表現が可能となったことや、第1中間期の社会的な混乱に伴って大きく変容・発達したオシリス崇拝をはじめとする宗教的観念の変化、そして思想上の「革命」を通じて古代エジプトにおける「古典文学」と言うべき作品が数多く作られた。思想上の「革命」とは、第1中間期の分裂と混乱によってそれまで存在していた秩序と王権が崩壊していったことに付随して発生した社会的・道徳的混乱が伝統的支配階層に衝撃を与え、それに対する反応としての現れた厭世観や享楽主義、神と正義に対する観念の変化、新たな価値観の模索が行われたことを言う。また、そのような状況を通じて人々の間で死生観に関わる新たな信仰が隆盛した。エジプトでは古王国時代より既に死後の復活の観念が存在したが、それを保証していたのは王であり、そのための様々な儀式や葬礼も王と王族、およびその周囲の高官や神官たちのものであった。しかし、統一的な王権の消失とともに、民衆の間にも「人は誰でも死んでオシリス神となり、来世で再生・復活することができる」とする冥界の神オシリス神への信仰が急速に普及した。この過程は葬祭の「民主化」とも呼ばれ、中王国時代以降にはオシリス神への信仰はエジプトの「宗教」において最も重要な部分の1つを構成していく。中王国ではまた、行政組織・官僚機構が整備されて中央集権的体制を構築し、ファイユームでの干拓事業や活発な軍事遠征が行われた。この中王国の官僚制は強力であり、第13王朝時代に入り明らかに同一の家系に属していない王たちによる短命な王が続くようになっても、実質的な統括者である宰相の下で安定的な政治が行われた。エジプト中王国の勢力は南パレスチナやレヴァント地方にまで及び、交易活動や人的交流も活発化した。このためエジプト（特に下エジプト）にも外部の人々、特にアジア人が流入し、定着した。エジプトに移住したアジア人たちは自分達の風習や宗教的習慣をエジプトに持ち込む一方で中王国で地歩を築き、やがて中王国の衰退に伴って下エジプトで彼らによる王朝が樹立されるに至る。この下エジプトに勢力を持ったアジア系の政権はヒクソスと呼ばれている。ヒクソスが下エジプトで権力を確立したことで再びエジプトは南北に分裂し、エジプト第2中間期と呼ばれる時代に入る。エジプト中王国の衰退とヒクソスの王朝（第15王朝）の成立の具体的な経過は詳らかでない。
古代エジプトの伝統的な「歴史」認識においてヒクソスは外部からの侵略者として語られ、エジプトを征服して支配したと描写されるが、実際には彼らは上に述べた通り、長期に渡りエジプトに定着し順応したアジア系の人々から出たと見られる。ヒクソスが下エジプトからパレスチナにいたる地域で勢力を確立（第15王朝）する一方、中王国の伝統を引く王朝はテーベを中心として存続した（第16、第17王朝）テーベ政権はヒクソスを外部からの侵略者として糾弾し、その支配からエジプトを「解放」することを追求した。前16世紀半ば、イアフメス1世（アハメス1世）の時、テーベ政権（第17王朝）はヒクソスを打倒することに成功し、エジプトは再び統一された。これ以降を新王国と呼び、またイアフメス1世以降は第17王朝と同一の家系であるが第18王朝とされる。新王国時代のエジプトは南はヌビア全域から北はレヴァント地方のほとんどの地域にいたるまで勢力を拡張し、帝国的な発展を示した。古代エジプトの代表的な王として名高い人物の多くが新王国時代の王である。それらの中には女王としては古代エジプトで初めて実質的な権力を持ったハトシェプスト、数多くのアジア遠征を行い「古代エジプトのナポレオン」とも評されたトトメス3世、古代エジプト国家の最盛期を統治したアメンヘテプ3世、アメン神を退けアテン神崇拝の導入という「宗教改革」を追求したアクエンアテン（アメンヘテプ4世）、黄金のマスクで名高いツタンカーメン（トゥトゥアンクアメン）、60年以上にわたって在位し最も多くの建造物に名前を残しているラムセス2世（ラメセス・ラーモセとも）などが含まれる。アジア（シリア）への勢力拡張に伴って他のアジアの大国、特にミッタニ（ミタンニ）と争い、後にはヒッタイトがシリアを巡るエジプトのライバルとなった。一方でバビロニア、アッシリアまでも含む西アジアの各国との間で婚姻や貿易など様々な関係が結ばれ、それを通じて西アジアに流入したエジプトの金は西アジアの社会・経済に大きな影響を与えた。南方ではヌビア全域がエジプトの支配下に置かれ、アメン信仰やエジプト風の称号の使用などの習慣がヌビアの地に根付いた。また数多くの大規模建造物が構築された。やはり古代エジプトを代表するものの多くが新王国時代に属する。特に有名な物には、ハトシェプストがデイル・エル＝バハリに建設したハトシェプスト女王葬祭殿、メムノンの巨像として知られるアメンヘテプ3世の座像、アクエンアテンがアテン神のための新たな都として建設したアケトアテン（アマルナ、この地から当時の外交文書が大量に発見され、これによって前15世紀の国際関係が復元されている。）、ほとんど未盗掘のまま現代に残されたツタンカーメン王墓、ラムセス2世がヌビアに建設したアブシンベル神殿などがある。また歴代王の王墓が造営された王家の谷もまた新王国時代から整備されたものである。現在、これらの多くがまとめてUNESCOの世界遺産に登録されている。西アジア・ギリシアを含む東地中海の各地では、前1200年頃に数多くの国や都市が相次いで滅亡し、大きな社会的変動が発生した（前1200年のカタストロフ）。この余波はエジプトにもおよび、同じ頃に「海の民」と呼ばれる人々がエジプトに侵入したことが記録に残されている。しかし、ギリシアのミケーネ文明やアナトリアのヒッタイトが滅亡したのに対し、エジプトの新王国はこの変動を生き延びた。エジプトは撃退した「海の民」の一部を傭兵として自国領内に定住させた。この中でシリアのベドウィンに対する備えとして南部シリアに植民したのがエーゲ海域・ミケーネ文明の人々に起源を持つと目されるペリシテ人（ペルシェト）であった。やがてこの地域はペリシテ人の名にちなんでパレスチナと呼ばれるようになる。このペリシテ人は『旧約聖書』にて古代イスラエル人とパレスチナの支配をめぐって争った人々として言及されていることで良く知られている。しかし、第20王朝の王ラムセス3世（在位：前1182年頃-前1151年頃）の時代を最後に、エジプトの王権は急速に衰え、新王国の統一権力は急速に弱体化していった。前11世紀初頭には新王国時代の間に各種の寄進行為などを通じて勢力を拡大したテーベのアメン大神殿の大司祭が上エジプトで事実上の独立勢力と化し（アメン大司祭国家、アメンの神権国家とも）、また下エジプトでもリビュア人をはじめとした外国からの流入者が実権を握りはじめて行く。
新王国の統一的な支配が崩れた後、エジプトでは南部（上エジプト）でアメン神殿が支配的な地位を維持する一方、北部（下エジプト）ではタニス（第21王朝）、ブバスティス（第22王朝）などの王朝が、アメン神殿と協調し、あるいは対立しつつ支配を維持した。この中で存在感を増していたのが新王国時代末以来西方（リビュア、リビア）から移入していたリビュア人である。エジプトに移入したリビュア人の首長家系に生まれ、第21王朝の王家とも縁戚関係を持っていたシェションク1世は前946/945年に王位につき第22王朝を建設した。以降のエジプトは外国からの移入者たちや、外部から侵入した帝国による王朝に支配された。第22王朝はアメン神殿を抑え、パレスチナ地方へもイスラエル王国とユダ王国の内紛に乗じて積極的な遠征が行われている。第23王朝を始めとした複数の王家が割拠し、権力の分散が進んだ。前9世紀にはエジプトが分裂する一方で東方ではアッシリアがオリエント世界最大の勢力として台頭するようになり、南方ではエジプトの文化を受け入れたヌビアがエジプトに手を伸ばした。ヌビアでは新王国が撤収した後、ナパタを中心に強力な王国が編成されていた。これはクシュ王国、あるいはヌビア王国と呼ばれ、その歴史を前期と後期に分けて前期をナパタ王国（前900年頃-前300年頃）、後期をメロエ王国（前300年頃-後350年頃）ともいう。ヌビア人たちは分裂したエジプトの諸王国を短期間のうちに平定し、前732年頃にはその支配者ピアンキ（ピイ）が上下エジプトの王として即位した（第25王朝）。ヌビア人たちはエジプトの伝統的な規範を踏襲し、古い王家も「知事」としてその実権を奪うことはなかったが、この残存した現地勢力は後の離反の種となった。前671年、ヌビアに続いてアッシリアがエジプトに侵入した。アッシリア王エサルハドンはメンフィスまで進軍してヌビア軍を追い払い引き上げた。前667年には次の王アッシュールバニパルが再びエジプトを席捲し、前663年までにテーベを陥落させてヌビア人の勢力を完全にエジプトから駆逐した。アッシリアはサイスの王家にエジプトを支配させたが、間もなくアッシリア自体が王位継承争いによって弱体化した。アッシリアの傀儡であったサイスの王家はアッシリアの弱体化を敏感に察知し、前7世紀半ば頃にアッシリア軍をエジプトから追い払い独立した王朝を成立させた（第26王朝）。アッシリアは前609年には新バビロニアとメディアの離反によって滅亡した。エジプトはアッシリア亡き後のオリエント世界において新バビロニア、メディア、リュディアと並ぶ強国として君臨した。この時代に、主に傭兵として、また商人として、多数のギリシア人がエジプトに定着した。こうして定住したギリシア人を通じて当時の様子を見聞したヘロドトスによる記録が今日に残されている。ギリシア人との関係をはじめとして、第26王朝時代は従来以上にエジプトが地中海世界との結びつきを強めていった時代であり、この時代からを末期王朝時代とする場合が多い。新バビロニアやメディアなどのオリエントの諸大国は、前6世紀後半の間にイラン高原に新たに興ったハカーマニシュ朝（アケメネス朝）によって全て征服された。この王朝はペルシア帝国ともいわれ、エジプトもまた前525年にはその王カンブージャ2世（カンビュセス2世）によって征服された。この最初のペルシアによる支配を第27王朝（第1次ペルシア支配時代）と呼び、ハカーマニシュ朝が定めた度量衡や公用語としてのアラム語の導入が行われたが、原則的はその王たちは伝統的なエジプトの支配体系を尊重した。その後ハカーマニシュ朝で内紛が発生するとエジプトではサイスで反乱を起こした王たちが前404年に独立王朝を立て60年程度エジプトの自立を維持した（第28、第29、第30王朝）が、前343年にはハカーマニシュ朝によって再征服された（第31王朝）。
前4世紀半ば、ギリシア世界で急速に力をつけたマケドニア王国の王アレクサンドロス3世（大王、在位：前336年-前323年）がハカーマニシュ朝に対する遠征を開始した。彼は前332年にエジプトを無血占領し、ナイルデルタ西端の地点に新都市アレクサンドリアの建設を命じた。アレクサンドロス3世はその後、ハカーマニシュ朝を完全に征服した後、バビロンで歿した（前323年）。以降、ギリシア人・マケドニア人たちは東地中海世界で大きな存在感を発揮し、各地にマケドニア系の王朝が建設された。この時代をヘレニズム時代と呼ぶアレクサンドロス3世旗下の将軍たちは王の死後、その後継者（ディアドコイ）たるを主張して相互に争い、旧アレクサンドロス帝国領内に割拠した。この一連の戦いはディアドコイ戦争と呼ばれ、その中心的人物の一人であったラゴスの子プトレマイオス（1世）がエジプトの支配権を確立し、前305年には王を称して独立王朝を築き上げた。この王朝は一般にプトレマイオス朝と呼ばれる。プトレマイオス朝はギリシア本土から多数のギリシア人を集めて領内に入植させるとともに、現地のエジプト人の伝統的勢力とも密接な関係を結んで、古代エジプトの歴代王朝の中でも最も長く存続した王朝となった。この王朝の時代には入植ギリシア人らを集中的に移住させたファイユーム地方の干拓事業や貨幣制度・税制の整備等を通じて国力の増進が図られた。首都アレクサンドリアにはムセイオンと呼ばれる研究機関とその付属図書館（アレクサンドリア図書館）が設置され、王室の支援の下、多数の学者が集まり、この都市をギリシア文化・学問の中心とした。当時のアレクサンドリアにおける学術的発展と研究成果は後のイスラーム圏を含む西洋世界の学問・哲学に大きな影響を遺しており、そこで活動した学者たちの中には数学者エウクレイデス（ユークリッド）や天文学者ヒッパルコスなどのように、今日でも良く名前を知られている人々もいる。プトレマイオス朝はシリア、メソポタミア、イラン高原を支配するセレウコス朝や、ギリシア・マケドニアを支配するアンティゴノス朝と東地中海地域や南部シリア（コイレ・シリア）の支配権を巡って戦いを繰り返し、一進一退を続けたが、最終的にはエジプトの王朝という大枠に変化はなかった。セレウコス朝との戦いは6次にわたり、シリア戦争の名で知られている。このような戦いを繰り返しつつ、プトレマイオス朝は初代プトレマイオス1世（在位：前305年-前282年）の治世からプトレマイオス3世（在位：前247/246年-前222/221年）または4世（在位：前222/221年-前204年）の頃まで、東地中海・オリエント世界における有力な勢力として権勢をふるったが、前2世紀末までには地中海で大きな勢力を持ち始めていたローマの強い影響を受けるようになった。プトレマイオス朝の王たちはローマの政争に関与するとともに、その地位をローマからの支持に依存するようになり、実質的にその従属国となっていった。プトレマイオス朝の実質的な最後の王となったクレオパトラ7世は、ローマの有力者ユリウス・カエサルに接近し、彼との間に息子（カエサリオン、プトレマイオス15世）を儲けるなど密接な関係を築いたが、カエサルは前44年にマルクス・ユニウス・ブルトゥス（ブルータス）らによって暗殺された。その後のローマの内戦ではクレオパトラ7世はマルクス・アントニウスと結びオクタウィアヌスと戦ったものの、前31年のアクティウムの海戦で敗れ、翌前30年には自殺に追い込まれた。これによってプトレマイオス朝は滅亡し、その後初代ローマ皇帝（アウグストゥス）となったオクタウィアヌスはエジプトを皇帝属州アエギュプトゥスとした。
ローマ帝国の東方諸属州はヘレニズム時代を通じてギリシア語による行政や知識活動が活発に行われていた地域であり、ローマ領に組み込まれてもギリシア文化がその基調となっていた。この状況はアエギュプトゥス（以下、エジプト）でも同様であり、ローマは先行するプトレマイオス朝の行政的伝統を踏襲した。無論なんの変化も無かったわけではなく、ローマ人たちは現地の富裕層を育成して徴税や治安維持を担わせ、財政的負担を軽減するために、社会的なコミュニティの再編などを行ったと見られる。アウグストゥス（オクタウィアヌス）はエジプト征服直後、初代エジプト総督（praefectus Aegypti）を元老院議員ではなく、遠征軍に同行していた騎士身分（エクィテス）であったガイウス・コルネリウス・ガッルスとした。以降、エジプト総督位は属州総督の中でも特殊な位置を占めた。ローマの属州総督位の多くは元老院身分に委ねられており、一時的に騎士身分の総督が任命されるのは小規模属州に限られていたのに対し、エジプト総督位はその属州の規模にもかかわらず長期にわたり騎士身分の総督が任命され続けた。さらにエジプトには3個軍団、および歩兵9個大隊、騎兵3個大隊からなる補助軍とアレクサンドリア駐留艦隊が配置され、伝統的に独立志向の強かったテーベを中心とする上エジプトの反乱も属州設置後、速やかに鎮圧された。古代ローマの歴史家コルネリウス・タキトゥス（120年頃没）によれば、アウグストゥスは特に重要な属州であったエジプトの支配権を独占するために元老院議員と上級の騎士身分（senatoribius aut equitibus Romanis inlustribus）の者が許可なくエジプトに立ち入ることを禁じていたという。アウグストゥス治世下ではさらに、プトレマイオス朝末期に比べエジプトの交易活動も多いに活発化し、アレクサンドリアはローマ帝国の南方貿易の中心となった。当時のエジプトでは紅海沿岸のミュオス・ホルモス港からだけでも120の船がインドへ向けて航海し、また東アフリカ地方まで進出して多くの交易品を持ち帰った。エジプトはローマの属州の中でも屈指の利益をもたらし、ユダヤ人の歴史家フラウィウス・ヨセフスによればエジプト属州から得られる1か月分の歳入はユダエア属州の1年分の歳入を凌駕したと伝えられる。同じヨセフスの記録によれば、ローマ市の穀物消費量の3分の1に相当する穀物がエジプトから供給されていたという。ローマへの主たる穀物供給元はエジプトの他に最も重要な北アフリカ、そしてシチリアがあったが、帝政初期に頻発した飢饉や内乱を通じてエジプトの穀物は重要な位置を占め、ローマにおけるいかなる権力闘争においてもエジプトと北アフリカを掌中に収めることができるかどうかが重要であった。エジプトの穀物はまたローマ市以外の東方諸属州にとっても無くてはならないものであった。エフェソスやユダエアなど、多くの属州・都市が領内での食料不足に対してエジプトを頼った。
1世紀にパレスチナで誕生したキリスト教はエジプトにも伝播し、2世紀末までには根を下ろした。エジプトのキリスト教は現在ではコプト正教会と呼ばれ、伝説では使徒ペトロの伝道に同行した福音書記者マルコに起源を持ち、マルコが初代アレクサンドリア主教となったという。コプトという呼称はギリシア語「アイギュプトス（Aigyptos、エジプト人）」のアラビア語読みである「キィプト（qibt）」に由来し、コプト教会とは広義には「エジプト人教会」のことである。エジプトでは、南部を含め広い範囲で早くから民衆の間にもキリスト教が広まった。このことはローマ帝国において頻繁に行われたキリスト教に対する弾圧と迫害において、3世紀頃にはエジプトの全域から殉教者が出るようになっていることで証明される。ディオクレティアヌス帝（在位：在位：284年-305年）時代のいわゆる大迫害の時代にもアレクサンドリア主教ペトロス1世をはじめ数多くの殉教者を出した。最終的にエジプトの住民が大半がキリスト教徒となった。プトレマイオス朝時代から東地中海における文化・学問の中心であったエジプトのアレクサンドリアの教会は、初期キリスト教の知的活動において中心的役割を果たし、アンティオキア、ローマなどと並ぶ有力教会としてキリスト教思想と布教に重要な役割を果たす教父たちを輩出した。それらの中には膨大な著作を残し、広い範囲で活動したオリゲネスや、キリスト教世界を二分する大論争を巻き起こしたアリウス派の発起人となったアリウス（アレイオス）、そして反アリウス派の議論を主導するアタナシウス（アタナシオス）など、個性溢れる人物たちが並ぶ。コンスタンティヌス1世帝（在位：306年-337年）の時代にローマ帝国でキリスト教が公認されて以降、アリウス派と反アリウス派の論争をはじめ、キリスト教内の権力闘争では、多くの場面でエジプトの教会とアレクサンドリア主教が中核的プレイヤーとして活動した。このグレコ・ローマン期は概ね古代エジプト文明の終焉の時期に位置付けられている。古代エジプト文明の「終焉」をどのように定義づけるのかは明確ではないが、多くの通史的叙述において古代エジプト時代とそれ以降の時代の区切りとして使用されている（叙述の終了となる）出来事は、アレクサンドロス3世によるエジプトの征服（王朝時代の終了）、プトレマイオス朝の滅亡とローマの支配の開始、そしてキリスト教の布教とそれに伴うエジプトの「宗教」の衰滅の3つである。そして、どのような説明においても、エジプトの古代以来の信仰の消滅を超えてエジプト文明を継続しているという描写がされることはない。当然、古代エジプト時代のあらゆる要素が文明とともに終焉を迎えたわけではない。例えばコプト教会の典礼で使用されるコプト語は古代エジプト語から発展した言語であり、16世紀から17世紀頃までは日常語として用いられていたし、その教会暦はエジプト暦をほぼ引き継いでおり現在でも使用されている。しかし、エジプト文明を特徴づけるいくつもの要素がこの時代を通じて消滅していった。古代以来の独立した勢力としてのエジプトはプトレマイオス朝の滅亡とともに終了し、以降はローマ帝国の一属州となった。それでも、ローマの皇帝たちの多くはなおエジプトにおいては伝統的な「ファラオ（王）」として表現され、エジプトに足を踏み入れることは滅多になかったものの、エジプトの神々に供物を捧げ、神殿の整備も行っていた。だが、後期ローマ帝国における宗教的思想の発展やキリスト教の普及とともにラー、アメン、プタハ、オシリスといった神々は忘れ去られて行き、伝統的な神殿の勢力も消滅していった。史上最後となるキリスト教徒迫害を行ったディオクレティアヌス帝は303年に退位し、313年にはキリスト教がローマ帝国で公認され、コンスタンティヌス1世がローマ帝国の唯一の支配者となって以降はただ1人の例外を除き全てのローマ皇帝がキリスト教徒であった。彼らは「異教」の神殿を封鎖し、その神々への儀式を禁じていった。皇帝がもはや「ファラオ」として振る舞うことがなくなった後、エジプトの神官たちはディオクレティアヌス帝の治世が永久に続いているものと見なした。ディオクレティアヌスは「ファラオ」としてその王名が記録されている最後の人物であり、現存する最後のカルトゥーシュは340年の「ディオクレティアヌスの治世57年」のものである。そしてフィラエ島で発見された、2014年現在知られている限り最後のヒエログリフ（エジプト聖刻文字）の碑文には「ディオクレティアヌスの治世110年（394年8月24日）」のオシリス神誕生祭が記録されており、同じく最後のデモティック（民衆文字）の碑文は「ディオクレティアヌスの治世169年（452年）」に作成されたものである。これらが作成されたフィラエ島のイシス神殿はエジプト最後の「多神教」の拠点であったが、これも遂にユスティニアヌス1世（在位：527年-565年）治世下の西暦550年に公式に閉鎖された。
ローマ帝国は3世紀には政治的・軍事的混乱と内乱の時代（3世紀の危機）を経験し、軍人皇帝と呼ばれる皇帝たちの時代を経て、4世紀には複数の皇帝によって分割統治される体制が常態化した。幾たびかの分割の後、395年に史上最後となる帝国の分割が行われた。エジプトは東帝国の管轄となり、東帝国の中枢はボスポラス海峡沿岸のコンスタンティノープル市に置かれた。この東帝国（東ローマ帝国）は一般にビザンツ帝国と呼ばれる。「ローマ帝国」と「ビザンツ帝国」の境界は明確ではないが、本記事では以降、ビザンツ帝国と呼称する（ビザンツ帝国の「開始」にまつわる問題は東ローマ帝国）を参照）。西帝国（西ローマ帝国）がフン族やゲルマン人（ゲルマニア人）諸部族の侵入と戦乱で実態を喪失していく中、ビザンツ帝国は強大な政治勢力として存続した。しかし、首都の教会であるコンスタンティノープル総主教庁の権威が増大する一方で、エジプト教会とコンスタンティノープル教会の対立は深刻化した。アレクサンドリア主教テオフィロス（在任：384年-412年）によって異端とされたエジプト人修道士たちが自分たちの正しさをコンスタンティノープルに訴え出たのを切っ掛けに、最初の本格的な対立が始まった。この最初の論争はアルカディウス帝（在位383年-408年）と皇后アエリア・エウドクシアを巻き込み、最終的にコンスタンティノープル主教ヨハネスの罷免と追放に至った。以降、5世紀前半には権力闘争と一体化した教義論争が繰り広げられた。2度めの激しい対立は428年にコンスタンティノープル主教に就任したネストリウス（ネストリオス、在任：428年-431年）とアレクサンドリア主教キュリロス（在任：412年-444年）の間で発生し、神とキリストの「神性」と「人性」を巡って論争が行われた。これは単なる神学解釈の問題にとどまらず、「ローマ帝国の首都の教会」であるコンスタンティノープル教会と、福音書記者マルコに起源をもつ伝統的教会であるアレクサンドリア教会のどちらが格上であるか、という問題と結びついていた。ネストリウスはコンスタンティノープル主教である自分に対してアレクサンドリア主教「ごとき」が教義について指図していたことに気分を害していた。一方のキュリロスは、何ら使徒たちの伝説と関わらない「成り上がり」の教会であるコンスタンティノープル教会に対し、使徒たちによって設立された伝統あるアレクサンドリア教会が持つ特権を掲げて見せていた。キュリロスはローマ教皇ケレスティヌス1世とも連携してネストリウスを罷免に追い込んだが、もう一つの有力教会であるアンティオキア教会がネストリウス派であったため、自らコンスタンティノープルに乗り込んで政治工作を続け、435年にはネストリウスの見解を支持する人々を異端（ネストリウス派）と宣言させることに成功した。しかしこの結果としてアレクサンドリア教会とアンティオキア教会の間に大きな亀裂が残った。そして単性説の登場によって3度目の対立が燃え上がった。これはキュリロスの影響を強く受けた修道院長エウテュケスが、キリストの神性と人性は受肉によって完全に合一され、ただ一つの本性たる神性のみになったとする教義を説いたもので、それを巡って再び激しい議論と闘争が行われた。この争いは451年のカルケドン公会議において教義の複雑な合成と妥協によって収められたが、一連の議論を通じてコンスタンティノープル教会の特権が確認され、アレクサンドリア教会はローマ・コンスタンティノープルに次ぐ第3の教会に落ちる結果となったため、アレクサンドリア教会にとっては実質的な敗北となった。以降のエジプト教会はエジプト外における影響力を大きく減じていった。しかしエジプト内においてはアレクサンドリア主教がなお大きな力を維持しており、アレクサンドリア主教位を巡って親ビザンツ派（カルケドン派）と反ビザンツ派（反カルケドン派）が激しい対立を続けた。結局、両派の争いは535年頃にそれぞれが別のアレクサンドリア総主教座を設置するという結末を迎え、このうち反ビザンツ派の建てた総主教座が今日も存続しているコプト正教会へと繋がっていく。
ユスティニアヌス1世（在位：527年-565年）は古代末期の混乱の中で失われた西方領土の奪回を目指し、地中海世界各地に建てられていたゲルマン人の諸王国を相次いで征服した。将軍ベリサリウス（ベリサリオス）やナルサスらの活躍によって、533年から始まった遠征でヴァンダル王国（北アフリカ）、東ゴート王国（イタリア）が征服され西ゴート王国（イベリア）の一部も征服された。一方で帝国の東部国境ではメソポタミアとイラン高原を支配するサーサーン朝との間で、数世紀来戦いが続いていた。ユスティニアヌス帝は帝国の行政改革を進めており、エジプトでもそれが行われた。ビザンツ（ローマ）帝国の地方組織は長年にわたり細分化・複雑化、軍事と行政の分離が進んでいたが、ユスティニアヌスの改革はこれを整理し単純化と経費節減、重複する権限の解消による騒乱の解決、地方統治の強化などを志向したものであった。エジプトはこのころまでに、エジプト管区（dioecesis、ディオエケシス）を形成しており、下エジプトのアエギュプトス（アレクサンドリア）、第1アウグスタムニカおよび第2アウグスタムニカ、上エジプトのアルカディア、第1テーバイスおよび第2テーバイス、そして西部の第1リビュアおよび第2リビュアという8州に分かれていた。そしてアレクサンドリアに駐在する管区長官（プラエフェクトゥス・アウグスタリス、Praefectus Augustalis）とエジプト軍事伯（Comes limitis Aegypti）がそれぞれ国境軍と野戦軍を指揮する体制となっていた。この体制はユスティニアヌスの改革によって改められ、従来の管区長官による統治を廃止し各州がオリエント道長官と直結された。さらに5人（アエギュプトス、アウグスタムニカ、アルカディア、テーバイス、リビュア）の軍事公（dux）が置かれ、8つの行政区の行政官が公に従属する形で軍権と行政権が統合された。アエギュプトスを管轄する公はかつてのプラエフェクトゥス・アウグスタリスの任務を合わせ持ち、公兼アウグスタリスとしてオリエント道長官の代理人となった（ただしリビュアは分離され、アレクサンドリア駐在の公兼アウグスタリスから独立した）。
大規模な征服活動によって地中海における「ローマ帝国」を復活させて見せたユスティニアヌス1世であったが、その没後には帝国政治は混乱し、またバルカン半島におけるスラヴ人の侵入やイベリア半島での西ゴート王国の巻き返し、東方におけるサーサーン朝からの圧迫、イタリアへのランゴバルド人の侵入など各方面での外敵の脅威に晒された。エジプトにおける脅威となったのはサーサーン朝であった。ビザンツ帝国とサーサーン朝は恒常的に戦争を繰り返していたが、ビザンツ皇帝マウリキオス（在位：582年-602年）がフォカス（在位：602年-610年）によって暗殺されると、オリエント軍司令官（magister militum per Orientum）ナルセスが反乱を起こしてサーサーン朝を呼び込み、サーサーン朝の王、ホスロー2世（パルヴィーズ、在位：590年-628年）は機会を捉えてビザンツ帝国領に対する遠征を開始した。一連の戦いは当初サーサーン朝の圧倒的優勢の下で進展し、呼応してバルカン半島方面に侵入したアヴァール人の脅威も手伝って、サーサーン朝の軍団は610年までにアナトリア、メソポタミア、コーカサスの大部分を占領した。ビザンツ帝国では一連の危機とフォカスの失政に対して、608年にカルタゴ（北アフリカ）のエクサルコスである大ヘラクレイオスの息子ヘラクレイオスが従兄弟のニケタスとともに反乱を起こし、ニケタスが陸路エジプトへ進軍した。ニケタスの軍勢が現れるとエジプト人たちは彼を支持し、軍の司令官やアレクサンドリアの高級官僚も同調してフォカス派のアレクサンドリア主教が殺害された。フォカスはエジプト奪回を試みて複数回の攻撃を行ったが失敗し、これによってエジプトからコンスタンティノープルへの食糧供給が遮断され窮地に立たされた。610年にはヘラクレイオスが艦隊を率いてコンスタンティノープルを制圧し、フォカスを処刑して帝位についた。東方国境ではサーサーン朝の進軍が続いており、611年から614年にかけて、ダマスカス、アンティオキア、エルサレムなどのシリア地方の大部分の都市が陥落した。617年から619年、あるいは619年から621年の間にサーサーン朝の軍勢はエジプトにも進軍し、これを占領した。シリアではユダヤ人やネストリウス派キリスト教徒たちがサーサーン朝の到来を歓迎したが、エジプトにおいても長期にわたるコンスタンティノープル教会との対立と帝国政府による宗教的圧迫のために単性派のキリスト教徒たちが同じ反応を示した。ヘラクレイオスは一時カルタゴへの遷都を考慮するほど追い詰められたものの、620年代には本格的な反撃に移った。サーサーン朝は626年にコンスタンティノープルを包囲したが、ヘラクレイオスはサーサーン朝の本国を直撃することで事態の挽回を試みて、628年にサーサーン朝の首都クテシフォン（テーシフォーン）に迫り、ホスロー2世を失脚に追い込んだ。その後のサーサーン朝との講和で、占領された全領土がビザンツ帝国に返還され、エジプトもまたコンスタンティノープルの下に戻った。しかし、エジプトがビザンツ帝国に復帰するとただちに単性説を巡る教義論争が再燃し、様々な妥協が図られたがたちまち幻滅が広がった。
ビザンツ帝国とサーサーン朝が共に戦争で疲弊する一方、アラビア半島ではメッカ（マッカ）のクライシュ族に生まれたムハンマドが610年頃、神（アッラー）の啓示を受け、次第に神の使徒としての自覚を深めたとされる。彼に同調する人々はアラブ人の中に次第に増えていき、後にイスラームと呼ばれる宗教が形成されていった。メッカで迫害を受けたムハンマドは622年7月16日にメディナ（マディーナ）へと遷った。これはヒジュラ（聖遷）と呼ばれ、この日はイスラーム暦の起点となっている。ムハンマドが作ったアラブ人たちのイスラーム共同体（ウンマ）はメディナの支配権を握るとともに630年にはメッカを征服し、632年にムハンマドが死んだ後はアブー・バクル（在位：632年-634年）、次いでウマル・ブン・ハッターブ（在位：634年-644年）がカリフ（ハリーファ、代行者の意）としてウンマの指導を引き継いでアラビア半島全域に支配を確立した。イスラーム共同体は633年夏にはサーサーン朝の中枢部（イラク、アル＝イラーク）に侵入を開始し、637年のカーディシーヤの戦い、642年のニハーヴァンドの戦いでサーサーン朝の軍勢を打ち破りこれを崩壊させた。彼らは同時にビザンツ帝国領であったシリアにも襲い掛かり、641年のヤルムークの戦いの勝利によってビザンツ帝国からシリアを完全に奪い取った。シリア各地を転戦していたイスラームの司令官アムル・ブン・アル＝アースは慎重意見を圧して639年に独断でエジプトへの侵攻を開始した。シリアからエジプトへの入り口にあたるペルシウム（アル＝ファラマー）の城塞はサーサーン朝との戦争の後修繕されておらず、1か月で陥落し、641年4月には現在のカイロ南郊にあったバビロンがムスリムの攻撃を受けた。アレクサンドリア主教キュロスとビザンツ軍司令官テオドロスが救援に向かったが敗れ、キュロスはバビロン市内に封じ込まれテオドロスはアレクサンドリアへ後退した。ビザンツ帝国における宗教対立はサーサーン朝との戦いの時と同じようにムスリムとの戦いにも影を落としていた。エジプトの反ビザンツ派（反カルケドン派、コプト）の主教ベニヤミン1世はムスリムの軍隊を受け入れ、キリスト教徒たちは抵抗しないように事前に指示されていたと言われる。キュロスはアラブ人たちへの貢納の支払いに同意し、ムスリム側と会談を持ち、提示された和平条件を皇帝ヘラクレイオスに伝えるべくアレクサンドリアに赴いたが、反逆罪に問われ追放された。まもなくバビロンは陥落し、周辺都市も制圧されて凄惨な殺戮と略奪が繰り広げられた。同年にヘラクレイオスが死去し新たにコンスタンス2世（在位：641年-668年）が即位するとキュロスが復帰したが、彼はエジプトの維持を諦めており定額の貢納、ビザンツ軍の安全なエジプトからの撤退、エジプトの奪回を試みないことなどを約してムスリムと講和を結んだ。同年中にアレクサンドリア（アル＝イスカンダリーヤ）は引き渡され、ビザンツ帝国はエジプトを喪失した。アムル・ブン・アル＝アースがバビロン近郊に構築した野営陣地がエジプトの新たな行政的中心として整備された。これはフスタート（古カイロ、ミスル・アル＝アティーカ）と呼ばれ、その後300年余りにわたってエジプトの首都となった。フスタートという名称は恐らく「野営地」を意味するギリシア語がアラビア語に転訛したものと考えられ、アラブ人たちの初期の入植地の性質を良く示している。ムスリムはビザンツ帝国の行政機構を踏襲してエジプトから利益を得ようとしたが、アムルが十分な成果を上げていないと見たカリフ・ウマルはアムルを解任し、さらに644年に新たなカリフとなったウスマーン・ブン・アッファーン（在位644年-656年）はアムルをエジプトから召喚して乳兄弟のアブドゥッラーをエジプトの統括者に任命した。645年、ビザンツ皇帝コンスタンス2世はムスリムに反抗するアレクサンドリア市民の請願を受ける形で海路アレクサンドリアへ派兵し、エジプトの奪還を試みた。アルメニア人マヌエルが指揮する300隻の艦隊はアレクサンドリアを奪還したが、ムスリム側はこの事態にアムル・ブン・アル＝アースを直ちに復帰させて対応した。両軍は646年にニキウ（現在のミヌーフィーヤ県にあった都市）近郊で遭遇戦を戦い、ムスリム側が圧勝した（ニキウの戦い）。これによってビザンツ帝国のエジプト支配は完全に終了し、エジプトは現在に至るまでムスリムを中核とする政権の統治下に置かれている。
アラブ人たちのイスラーム共同体はエジプトから中央アジアに至る広大な地域を征服したが、ウスマーン治世中には征服活動が一段落した。そのためウスマーンは戦争に伴う戦利品の分配という伝統的な兵士たちへの報酬形態を改め、メディナから各地に徴税官を派遣し、その歳入からアラブ人兵士たちに一定の俸禄（アター、`Aṭā'）を支払うという改革を行った。そしてこれを担当する官庁（ディーワーン、Diwan ）がメディナに設置された。しかし、急激な制度変更に不満が爆発し、兵士たちは貢献度に見合った報酬の分配を強く要求し反抗の機運が高まった。さらにウスマーンが自らの一族（ウマイヤ家）に要職を優先的に委ねていたことが不満をさらに増幅した。各地の急進派がメディナに向けて進発し、エジプトのフスタートにいた不平派も同じくメディナへと向かった。彼らはウスマーンを殺害し、混乱の中で変わってアリー（在位：在位656年-661年）がカリフ位についた。しかし、ウマイヤ家のシリア総督ムアーウィヤはウスマーンの報復を誓い、アリーと衝突した。両者は衝突の後、講和を話し合ったが、これに不満を抱いたアリー軍の一部兵士たちが離脱し（ハワーリジュ派）、彼らによって661年にアリーが殺害された。この一連の過程は第一次内乱と呼ばれ、アリーの殺害をもって正統カリフ時代の終わりとされる。ウマイヤ家のムアーウィヤは既に660年に自らをカリフと宣言していたが、アリーの死亡によってムスリムの大半にカリフとして認められた（在位：661年-680年）。彼は自らの拠点であるシリアのダマスカスに都を定め、以降自らの子孫にカリフ位を世襲させた。これをウマイヤ朝と呼ぶ。さらに746年にはウマイヤ家に反対するアッバース家が反乱に踏み切り、750年にはアブー・アル＝アッバースがカリフとしてアッバース朝を建設した。