霧に包まれたロンドンの大法官裁判所では「ジャーンダイス対ジャーンダイス」訴訟が延々と続き、心労が原因でトム・ジャーンダイスが自殺。たまたま弁護士のタルキングホーンが持っていたジャーンダイス訴訟書類を目にしたデッドロック准男爵夫人はその筆跡を見て気を失う。両親を知らぬまま厳格な叔母に育てられ、彼女の死後しばらくジョン・ジャーンダイスの世話で田舎学校にいたエスター・サマソンがロンドンに出てくる。彼女はそこでジャーンダイスの被後見人であるリチャード・カーストン、エイダ・クレアと合流する。三人は裁判の狂気に取りつかれた老婆フライトに出くわした後、アフリカに執心するジェリビー夫人宅に宿泊、娘のキャロライン(キャディー)や息子のピーピィらとも知り合う。彼らは翌日再びフライトに出会い、彼女が間借りしているクルックの古道具店を訪れた後、セント・オーバンズにある荒涼館に移動し、ジョン・ジャーンダイスと顔を合わせる。次いでジャーンダイスの友人である金銭感覚のないスキンポールと豪快なボイソーンに紹介される。エスターはパーディグル夫人に誘われて煉瓦職人の家を訪ね、赤子の死を目撃し、母親のジェニーにハンカチを渡す。ジャーンダイス側の弁護士「お喋りケンジ」の事務員ウィリアム・ガッピーは、デッドロック家の屋敷を見学した際に夫人の肖像画を見て驚く。ガッピーはエスターに求婚するが、あっさり拒絶される。タルキングホーンは法律関係の文具商スナグズビーを訪ね、デッドロック夫人を驚かせた書類を作成した男ネーモーについて情報を求める。タルキングホーンはその書類の作成者ネーモーが下宿するクルックの古道具屋に赴くが、ネーモーは死体となって発見される。青年外科医アラン・ウッドコートらも駆けつけ、検死審問の後、ネーモーは非衛生的な共同墓地に埋葬される。ロンドンの交差点を清掃する孤児ジョーはその一部始終を目撃していた。タルキングホーンからネーモーの死を聴かされたデッドロック夫人は無関心を装う。エイダとリチャードの間に恋愛感情が芽生える。キャディーは婚約者プリンス・ターヴィドロップと「立ち振る舞いの権威」であるその父親をエスターに紹介する。エスターはフライトの下宿でその主治医アラン・ウッドコートと出会い、次第に惹かれ合う。ジャーンダイスはスキンポールに借金の取り立てをしていたネケット(別名コウヴィンシズ)の死を知り、その家を訪ね、残された子供たち(シャーロット(チャーリー)、トム、エマ)に憐れみを覚える。そこにはシュロップシャーの男グリドリーも居合わせていた。ジョーはヴェールを被った謎のメイド姿の女性に頼まれて、ネーモーにゆかりのある場所を案内してやる。リチャードは職業の選択に際して一向に腰を据える様子を見せない。つてのない貧乏医者であったウッドコートは想いを告げずにエスターに花を残し、生計の目途を立てるために船医として東洋へ旅立つ。エスターらはリンカーンシャーのボイソーンの屋敷を訪れ、教会でデッドロック夫人を見かけたエスターは激しい動揺を覚える。ジョージは借金返済のためにスモールウィード宅を訪ねると、ジョージの軍人時代の友人ホードン大尉が話題に上る。ジョーはスナグズビーに謎の女について話し、偶然そこに居合わせたガッピーもそれを耳にする。スナグズビーはその話をタルキングホーンにする。タルキングホーンはバケット警部に同席してもらった上で、デッドロック夫人のメイドのフランス女、オルタンスをモデルに使って謎の女についてジョーに質問する。ガッピーはネーモーについての情報を得るため、友人のトニー・ジョブリングをウィーヴルの偽名でクルックに下宿させる。ジャーンダイスの心遣いで、ネケットの娘チャーリーはエスターのメイドとなる。バケットはグリドリーを逮捕するためにジョージの射撃場を訪れるが、既にグリドリーは息途絶えるところであった。タルキングホーンに促され、スモールウィードはジョージにホードン大尉の筆跡がわかる書類を持っていないか尋ねる。居合わせたバグネット師の助言を得てジョージは協力を断り、タルキングホーンの怒りを買う。レスター・デッドロック準男爵はメイドのローザとラウンスウェル夫人の孫の恋愛に不満を示す。ガッピーはデッドロック夫人にエスターへの気持ちを打ち明け、そのうちホードン大尉(=ネーモー)の手紙を入手して持参するつもりだと伝える。バケット警部らに追われてロンドンから移動させられ、天然痘に冒されたジョーは荒涼館で保護される。しかしジョーは突如姿を消し、天然痘はチャーリー、次いでエスターに伝染する。ガッピーとウィーヴルにホードンの手紙を渡す直前、クルックは自然発火により死亡する。ガッピーはデッドロック夫人に手紙が入手できなくなったと報告する。タルキングホーンは、スモールウィードを通じて借金のあるジョージに圧力をかけ、ホードンの筆跡が確認できる書類を得る。病気のせいで器量が損なわれたエスターは、ウッドコートを諦めようと自らに言い聞かせる。エスターが回復しリンカーンシャーに滞在している際、デッドロック夫人から自分が母親だと告白される。エスターはガッピー宅を訪れ、変わり果てた容姿を見せつけて自分の出生にこれ以上調査しないように懇願する。リチャードはジャーンダイス訴訟に取りつかれ、新たに弁護士ヴォールズを雇って深入りし、ジャーンダイスと対立するようになる。エスターはリチャードがスキンポールと親しくするのを心配する。タルキングホーンはデッドロック夫人に、ホードンに関係した彼女の過去を知ったが今まで通り振る舞うなら当面秘密は守ると伝える。デッドロック夫人に解雇されたオルタンスに付き纏われるスナグズビーはタルキングホーンに泣きついて、激しいやり取りの後彼女を追い出す。エスターの出生を聞かされた後、ジャーンダイスはエスターに「荒涼館の女主人になって欲しい」と求婚し、ウッドコートを諦めたエスターはこれを受け入れる。帰国したウッドコートに再会したエスターは、彼にリチャードについての懸念を伝えてリチャードを見守るよう依頼する。ウッドコートは疲労したジョーに出くわし、彼をジョージに預けるが、そのまま狙撃場で息を引き取る。デッドロック夫人はローザのためを思い、自分のスキャンダルが広まる前に彼女に暇を出すが、タルキングホーンに約束違反だと非難される。その後、タルキングホーンの死体が自宅で発見される。軍人時代の友人バグネットの夫人の誕生会にジョージと共に参加したバケット警部は、帰り道にタルキングホーン殺人罪で逮捕・身柄を拘束する。エスターはエイダの誕生日やキャディーの出産で度々ウッドコートを顔を合わせ、彼の見る目は器量を失った自分への同情なのだと自らに言い聞かせる。エイダはリチャードと極秘に結婚し、やがて彼の子を身ごもる。犯人として逮捕されたジョージは弁護士を雇いたがらず、バグネット夫人は説得のために彼の母親ラウンスウェル夫人を連れてきて親子再会となる。バケット警部は捜査の結果、真犯人はジョージでもその時目撃されたデッドロック夫人でもなく、そのメイドのオルタンスだと突き止める。一方で、デッドロック夫人の秘密が数人の者たちに知られた旨をガッピーから報告され、彼女は失踪する。バケット警部はエスターを連れて夫人を捜索するが、ジェニーと衣服を交換したために手間取り、ウッドコートの協力も得てホードンの墓の前にたどり着くが、既に事切れていた。エスターはウッドコートから求婚されるが、既にジャーンダイスの求婚を受け入れてしまったために拒絶し、彼の見る目が同情ではなく愛情だったと分かった彼女は涙を流し憔悴する。裁判が延々と続く仲、バケット警部はスモールウィードが隠していた重要証拠物件(最新の遺言書)を取り上げ、これで裁判がリチャード達にも有利に進むことを報告する。ジャーンダイスはエスターにウッドコートの新しい家を世話するために呼び出す。ウッドコートの新しい家は「荒涼館」であり、ジャーンダイスは秘密裏に進めてきた計画を話し自分の求婚は間違っていたと婚約を解消し、エスターは愛するウッドコートと結婚する。訴訟は遺産を残らず費用として使い切った形で突然結審し、リチャードは一文の財産も入らないという落胆と失望の中で息を引き取る。ジョージは家族と和解し、デッドロック家の緑地の小屋に落ち着く。ジョンはエイダの世話に余生を送る。最後に「荒涼館の女主人」になったエスターが幸せな結婚生活と共にこの七年間の周囲の変遷を語る。