「ジャイアントサイズ X-メン」#1で、プロフェッサーX はウルヴァリンをX-メンの新たなメンバーとして招き入れた。クリス・クレアモントと他のライターはやがて彼のキャラクターに複雑さを付け加えた。例えば、日本語の読み書きができ、また個人的な尊敬に対して鋭い感性を持っており、彼の尊敬は滅多に与えられるものではないことなどが明らかにされた。シリーズ中で、ウルヴァリンはしばしばX-メンのリーダーであるサイクロップスと衝突した。それは遠い昔に死んだローズに似た容姿を持つチームメイト、ジーン・グレイとの関係に起因していた。格闘では狂戦士的な怒りに駆られる傾向があったが、次第に野生の衝動を制御する術を会得していった。チームメイトのバンシー以外には誰にも自分自身のことを明かさなかった。当時英国政府のエージェントをしていたバンシーは、ウェポンX時代の前のローガンと遭遇しているが、彼の爪が肉体的にくっついていることは分からなかった 。ジェームズ・ハドソンは強化服をまとったヒーローヴィンディケイターとしてウルヴァリンと戦い、彼をデパートメントHに連れ帰ろうとしたが、即座に打ち負かされた。その後すぐ、ウルヴァリンは東京で、かなり強力なヤクザ一家の跡継ぎであるヤシダ・マリコという女性と出会う 。庭園で親しくしている場面で、ウルヴァリンはマリコに対して自分の名前を言いかけたが、マンドロイド達とモーゼス・マグナムに邪魔される。戦いの後、日本を去る前に彼はマリコに白菊を贈るとともに、ついに自分の名がローガンであると告げた 。彼が自分自身を指す名前を明かしたのはこの時が初めてである。時が経ち、彼はマリコに惚れ込み、ジーン・グレイは彼に愛情を持つようになった。カナダのスーパーヒーローチームアルファフライトのリーダー・ヴィンディケイターが、チームの最初のミッションとしてウルヴァリンを捕獲するために戻ってきたが、X-メンはアルファフライトに勝利した。その後しばらくして、キティ・プライドがX-メンの新メンバーとして参加する。その直後、ジーン・グレイがフェニックスとして暴走し、死亡した（「ダーク・フェニックス・サーガ」事件）。サイクロップスは彼女を失った悲しみのあまりチームを去り、ストームが新たなチームリーダーとなった。ウルヴァリンは初めて黄色と茶色の衣装を着用し（アンキャニィ・X-メン #139）、今回はナイトクロウラーと共にウェンディゴを捕え、アルファ・フライトと和睦するための旅に出た。この冒険の最中、ヘザー・ハドソンはウルヴァリンがローガンという名前であることを明かし、他の者が彼の名前と過去、そして彼の隠れた本性を明かした。その時ナイトクロウラーは「なぜ名前を言わなかったのか」と尋ねると、ウルヴァリンは単に「誰も聞かなかったから」と答えた。ウェンディゴが倒され、二人は（本質的にまるで違っていたが）すぐに親友になった。彼の最初のソロシリーズ（クリス・クレアモント作、フランク・ミラー画）で、既婚者となっていたマリコと再開したウルヴァリンは、その爪を駆使して彼女の父親である暗黒街の顔役(crime lord)ハラダ・シンゲンを襲撃する。マリコはローガンには話をしないと決めていた。ツメを抜くhonorを持っていなかった。彼女の夫が殺され、シンゲンとの再戦し打ち勝ったことでローガンの名誉は回復され、二人は婚約した。しかし結婚式はバイパーとシルバー・サムライ、この一件の黒幕であったマスターマインドによってめちゃくちゃにされた。別の物語では、ウルヴァリンは東京でのX-メンと巨大なドラゴンの戦いの余波で殺された女性の娘コバヤシ・アミコの世話をする責任を負った。後の物語では、ローガンは彼の親しい友人や恋人のユキオの保護の元にいるアミコの元へ何度も訪れた。それからウルヴァリンはキティ・プライドと共に日本に旅立った。それはかつての指導教官Ogunと対決するためであり、数年前に殺され彼の悪意ある魂は宿るべき主を必要としていた。Ogunはキティに取り憑き、彼女を彼の暗殺者に仕立てたが、ローガンは彼女が克服するのを助け、Ogunを彼女の身体から追い払った。その後、ローガンとキティは親しい友人になり、キティは彼の娘のような存在になる。ストームの力が失われ一時的にX-メンを去った時、ウルヴァリンはX-メンの弱体化したチーム（主なメンバーはハボック、サイロック、ロングショット、ローグ。時にはコロッサスもいた。）のリーダーを継いだ。このチームは主に「フォール・オブ・ミュータンツ」や「インフェルノ」などのクロスオーバーイベントで活躍した。「フォール・オブ・ミュータンツ」事件の後、死んだと思われていたX-メンのメンバーたちは世界各地で離れ離れになって復活した。復活直後のウルヴァリンはレディ・デスストライクとリーヴァーズによる攻撃を受け、若きミュータント、ジュビリーによって命を救われる。ジュビリーは後にキティやアミコと同じく、ウルヴァリンの娘代わりの存在になった。この頃ウルヴァリンは、パッチという偽名を名乗ってマドリプール（架空の街）でかなりの時間を過ごした。オーストラリアにいる時に、アポカリプスはウルヴァリンをだましてサヴェッジランドへと旅立たせた。そこで、現地の一族の女首長Gahckとの関係をスタートさせた。そこで彼はアポカリプスのバージョンの狂ったロボットをみつけた。それはアポカリプスが望んだ時に破壊した者だった。彼は一族へのアポカリプスの実験を終わらせ、知らないうちにGahckとの間に息子をもうけ、彼女は彼にEristaと名付けた。X−メンがアメリカに戻ってから、ウルヴァリンはカナダのウェポンX基地に戻った。そこで彼は自身の記憶の多くが埋め込まれたものだと知り、彼の性格はより暗くなり、ロボットのShivaと戦った。ウルヴァリンは日本に戻りマリコと再会したが、彼女は自分の組が違法な活動を全て止めるまで彼への愛を再発火させるのを拒んだ。しかし、彼女は間もなくウルヴァリンを恨むマツオ・ツラヤバの元で働くヤクザの殺し屋にフグ毒を盛られる。マリコはウルヴァリンに、毒によってゆっくり苦しんで死ぬのではなく、介錯してくれと頼み、ウルヴァリンは渋々これに応じた。この出来事はウルヴァリンのキャラクターを劇的に変え、彼をより抑制され、他人に心情を表さないようにした。ウルヴァリンはマツオに、マリコの命日には彼の元に訪れて、何も残らなくなるまで身体の一部をスライスしてやると断言した。マリコが死んで間もなく、ウルヴァリンとジュビリーは、ウェポンX計画のハインズと共にかつて所属していたチームXのメンバー（セイバー・トゥース、マーベリック、ジョン・ライス、マストドン、シルバー・フォックス）と再会した。サイ・ボーグ(Psi-Borg)としても知られた強力なサイキックで、彼らの多くをウエポンX計画のために洗脳したアルド・フェロ(Aldo Ferro)を捕えるためであった。Ferroとハインズはセイバー・トゥースにシルバーフォックスを殺させてまもなく死亡した。ウェポンXの精神的干渉とマリコとシルバー・フォックスの死に起因する精神的衰弱を被った。かつてチームXでテリー・アダムズを暗殺するミッションについていたことを考えて、ウルヴァリンはロシアの宇宙計画施設に侵入し、遺伝子操作され強力なサイキック能力を持つ宇宙飛行士Episilon Redに遭遇した。レッド、つまりウルヴァリンが追うテリー・アダムズは施設の脱出を助けてくれたお返しにウルヴァリンの精神の心理的な壁の多くを破壊した。どの記憶が真実でどの記憶が虚偽なのかと言うこの更なる知識によって、ウルヴァリンは遂に粉々になった人生の欠片を取り出すことが可能になった。この幸せは長くは続かず、「フェイタル・アトラクション」事件の最終局面で、ウルヴァリンの骨格を覆うアダマンチウムはマグニートーの金属操作能力によって強制的に引き剥がされた。ウルヴァリンはこれにより深く傷つき、彼はヒーリングファクターをほとんど使い果たしてしまった。これによって、それまでウルヴァリンが持っていた力、スタミナ、反射能力などのほとんどは弱められてしまった。ひどく弱体化した己の状態を受け入れるのを拒んだウルヴァリンは、X-マンション（X-メンの基地）にある訓練施設・デンジャールームでのトレーニングを始めた。彼の怒りと葛藤に呼応して、彼の爪は彼の腕を引き裂いて肉体の外へ突き出した。これにより彼の爪は後からインプラントされたものではなく、骨質で、元々の肉体の一部であることが明らかにされた。更に彼が爪を出す度に、爪は彼の腕の皮膚と肉を突き破り、大きな傷と流血を伴うものとなった。これに不便を感じたローガンは、ジュビリーに対する置手紙を残して単独の冒険へと旅立った。この冒険の最中、彼は幾人かのかつての敵（アダマンチウムの肌を持つ怪人サイバー、リーバーズの生き残りCylla、吸血鬼ブラッド・スクリームなど）と遭遇した。この単独行の間にウルヴァリンは、若きミュータントチーム、ジェネレーションXとの合同トレーニングに参加したりもした。マドリプールでかつての戦友マーベリックとX-メンでのチームメイト・ガンビットと出会うと、セイバートゥースがエグゼビアの元にいることを知った。帰還したウルヴァリンは、セイバートゥースと死闘を演じ、この戦いはウルヴァリンがセイバートゥースの脳を爪でえぐって終わり、ケガが完全に治るまで一時的にセイバートゥースの邪悪な人格を置き換えた。次のいくつかの号の途中で、プロフェッサーXとビースト、ヘザー・ハドソンらによって行われた試験と研究は、ウルヴァリンのミューテーション（変異）はいまだに継続していることを示した。ほとんどのミュータントと違い、彼は生涯をかけてゆっくりと変異が継続しているのだ。この変異の進行により、ウルヴァリンのパワー、高められた感覚はゆっくりと強化されている。しかし、ウルヴァリンの骨格にアダマンチウムが組み込まれた後、この変異は完全に停止させられていた。この研究はまた、アダマンチウムの存在が、継続する変異の抑制の他に、彼の持つヒーリングファクターを阻害していたことも明らかにした。骨格に織り込まれた異物であるアダマンチウムに対して、彼のヒーリングファクターは恒常的にそれを取り除こうとする多大な努力を強いられ、他の怪我からの回復を遅らせていた。マグニートーがウルヴァリンの骨格からアダマンチウムを抜き取った結果、彼の身体が完全に怪我から癒えると、変異が非常に早いスピードで進行し始めた。彼のミューテーションの進行によって彼の能力がどれほど強化されたかについては、ウルヴァリンが車にひかれ、多くの内臓が損傷し全身の骨の半数が折れた際にはっきりした。彼はほんの数秒で完全に回復してみせたのである。またこの変異はウルヴァリンを将来、肉体的に原始的で野獣のような状態への退化を引き起こすであろうことをも示している。その後、ケーブルの息子ジェネシスがウルヴァリンを拉致し、アポカリプスの部下フォー・ホースマンのひとりへと改造するために再度アダマンチウムを彼の骨格に結合させようとした。この試みは成功せず、この強引な再改造プロセスはウルヴァリンの身体を野蛮で動物的な本能に支配された野獣にまで退化させた。怒りに駆られたウルヴァリンはジェネシスとfleesを含むダークライダーズを殺害した。美貌の暗殺者エレクトラと盲目の師父スティックの助けを借りて彼は人間性を取り戻し、退行の大部分を逆転することができた。ウルヴァリンはアダマンチウムなしでアポカリプスにさらわれるまで幾らかの時間を過ごした。アポカリプスはフォー・ホースメンの新たなリーダーを決めるために、ウルヴァリンをアダマンチウムを結合させたセイバー・トゥースと対決させた。彼はこの勝利が、洗脳とこれまでの仲間を敵に回すことを意味するのを知っていたが、セイバートゥースは抵抗することができるかもしれないが殺戮マシーンとして解放されることを楽しむだろうと思った。ウルヴァリンは勝負に勝ち、アポカリプスはセイバートゥースのアダマンチウムをはぎ取ってウルヴァリンの骨格に再結合させた。ウルヴァリンはフォー・ホースマンの一人デスに改造され、X-メンと戦うこととなったが、ウルヴァリンはジュビリーの助けを借りてアポカリプスの洗脳から脱した。ウルヴァリンは、かつて元々のウェポンXの施設から脱出する時に失踪した兵士であるDr.マルコム・コルコードの指揮により再開されたウェポンX計画に捕えられた。元々の計画で埋め込まれた精神的なインプラントは未だに機能しており、コルコードはそれらをウルヴァリン追いつめてかつての計画のメンバーを消させるために使った。しかし、かつての監督の暗殺の間に、ウルヴァリンの精神的なインプラントはついに破壊されたようだ。グラント・モリソン作の一連のエピソード（一時的にNew X-Menと改名された）では、ウェポンXの「X」がアルファベットではなくローマ数字であることが明らかになり、ウルヴァリンはイサイア・ブラッドレイとキャプテン・アメリカ（ウェポン1）に始まる生きた超兵器シリーズの10番目・ウェポン10であることが判明した。ウルヴァリンを実験台としたウェポンX計画は、副産物としてより大きなウェポンプラス計画に発展し、謎めいた人物ファントメックス（Fantomex、ウェポン13）はサイクロップスとウルヴァリンを、ウェポンプラス計画を挫き、ウルヴァリンの真の素性を見つけるためのミッションに参加させた。ウェポンプラス基地への襲撃の最中、ウルヴァリンはウェポン15ことウルティマトンを殺害した。その時、ウルヴァリンは自身の起源を記したウェポンXのファイルへのアクセスを得たが、大部分がコマの外にあり、読者には彼が何を知ったかを正確にはハッキリしていない。分かっているのは彼は生きたセンチネルになることを意図されていたことと、彼は彼の能力の試験として中東の小さな街ロアノークの全住民を根絶やしにすることを強いられたと言うことである。この新事実はウルヴァリンに自身がかつてモンスターであり、唯一の目的は殺すことであったと信じさせたが、ジーン・グレイはこのような考えはやめるように説いた。ウルヴァリンが洗脳され、世界的規模の犯罪集団HYDRAのエージェントにされた時、彼はS.H.I.E.L.D.の助けを借りてそれらの洗脳計画を打破することができた。その見返りにウルヴァリンは時々HYDRAの計画を阻止するを手伝うためにS.H.I.E.L.Dのエージェントになっている。ウルヴァリンはその時アベンジャーズに引き抜かれた。"cross the lines they refuse to cross"（皆が渡ることを拒むラインを渡る）することを望んでおり、「アベンジャーズ・ディスアッセンブル」事件の後、アイアンマンは再びスカーレット・ウィッチに起きたようなことが再発するのに備えて、チーム内にチームメイトを殺す覚悟がある人物を配する必要性を認識していたからだ。彼はキャプテン・アメリカやアイアンマン、スパイダーマン、ルーク・ケイジのような著名なマーベルヒーローたちと並んで働いている。M・デイ以降、激的にミュータント情勢が悪化した事から、アステロイドMを改造したミュータント国家である「ユートピア」をサイクロップスが建国したが、次第にサイクロップスは、「ミュータントの自由」を建前として、目的の為には手段を選ばない冷酷な独裁者と化してしまう。普段から衝突しがちとはいえ、彼のリーダーとしての器を認めていたウルヴァリンは、不安を募らせていくも、反対勢力を容赦無く殺害し、平気で仲間を犠牲にする等、サイクロップスの独善極まりない暴走はどんどん悪化していく。遂には、10代の子供のミュータントまで、巧みに言い包めて戦場に借り出そうと考えているサイクロップスに、我慢の限界を迎えたウルヴァリンは、これまで以上にサイクロップスと対立。プロフェッサーXらと共にユートピアを去り、新たにミュータントを保護する場所として、亡きジーンの名を冠した「ジーングレイ学園」を設立する。それを見て時代の変化を悟ったプロフェッサーXからは、指導者として一線を退く事を告げられるのだった。