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江西省赴任当初、蒋経国には熊式輝がつけてくれた少数の部下の他には、ソ連留学の同窓生が部下となっていた。しかし同窓生らはソ連留学歴から共産主義者と疑われ逮捕拘留経験がある上に、国民党の特務からマークされ続けていた。先日まで共産党の根拠地があった江西省で、しかもリーダーである蒋経国自体がソ連留学組で共産主義者ではないかと疑いの目で見られている状況では、ソ連留学経験者が蒋経国の手足となって働くのには無理があった。また先述のように日中戦争の主要戦場の一つであった江西省には、抗日を旗印に国民党の各派閥が集結しており、各派は省の主導権を握ろうと争っていた。そのため省内の官吏の多くは既存の派閥に色分けされた状況となっており、蒋経国が新贛南の建設という新政策を推し進めるにはどうしても新たに自らの人脈、派閥を形成する必要に迫られた。蒋経国は国民党各派閥の色に染まっていない青年層を組織して、自らの派閥形成を行おうと考えた。蒋経国は三民主義青年団江西支団を人材抜擢の場所に選んだ。1939年8月、三民主義青年団江西支団準備所が組織されると、蒋経国は準備主任に就任する。三民主義青年団江西支団準備所の発足当初、各派閥の力が働き蒋経国の思い通りの運営が出来なかったが、やがて各派閥の息がかかった人材を排除していき、自派の勢力を伸ばしていくことになる。1939年9月、三民主義青年団江西支団が正式に発足し、同時に三民主義青年団江西幹部訓練班（江西青幹班）という幹部養成組織が発足する。江西青幹班の教官、訓練生は各派閥の影響力を排除するために厳選され、主任は蒋経国自らが兼任し、訓練所に泊り込んで幹部養成に当たった。江西青幹班では精神訓練、政治訓練、業務訓練、軍事訓練が課され、蒋経国本人が精神訓練の教壇に立ち、蒋介石の威光を背負った蒋経国に対する絶対的服従を説いた。また訓練生たちに蒋経国の忠実な耳目となるように強調した。これは蒋経国の特務、情報工作に組み込まれることを意味しており、蒋経国人脈に連なる条件の一つとなった。蒋経国の江西青幹班の運営方法はかつて学んだモスクワ中山大学のやり方をまねたものであり、共産主義の代わりに三民主義を学び、更には蒋経国が幼少期、故郷渓口鎮で学んだ中国の伝統的な価値観を植えつけようとしたものであった。ここ江西青幹班を舞台に蒋経国は自らの派閥を形成し始めることになる。1940年4月には江西青幹班の第一期訓練生が訓練を修了する。修了生の中には蒋経国の晩年まで補佐し続ける王昇、蒋経国の側室となり二子を儲ける章亜若といった幹部候補生がいた。蒋経国は優秀な江西青幹班修了生をどしどし抜擢していった。若い訓練生上がりが抜擢されるのを面白く思わない人たちも多く、「蒋経国の学生たちは元気はよいがまた乳臭いガキにすぎない」などと揶揄した。しかし蒋経国は「乳臭い子であっても悪事に長けた老鬼よりマシだ」といって取り合わなかった。そして江西青幹班の第一期以降、二期生、三期生と修了者が増えていく中で、蒋経国と修了生、そして修了生同士のネットワークが形成された。王昇、章亜若らはこのネットワーク作りでも主要な役割を果たした。1944年1月、蒋経国は三民主義青年団の中央幹部学校の教育長に就任し、重慶での業務も兼務するようになり、1945年7月には贛南を離任し、江西省での職務は無くなる。江西省で養成した蒋経国派の人材の中から、蒋経国は自らの手足となる人材を引き連れていくとともに、自らの息がかかった人材を江西省の各部門に配置し、権力基盤の一つとして維持し、派閥を更に発展されることをもくろんだ。なお、江西青幹班の第一期修了生の中で幹部候補生となった章亜若は、訓練終了後は蒋経国の秘書となった。彼女は秘書としての業務とともに、蒋経国の視察時には必ず随行するようになった。やがて事実上の側室となり、妊娠が判明する。章亜若は桂林で出産することになり、1942年1月、双子の男の子を出産する。蒋孝厳と章孝慈である。しかし章亜若は1942年8月、毒殺とも噂されたなぞの死を遂げる。その後、蒋孝厳と章孝慈は母親の一族の元で成長していく。
多くの成果を挙げた建設新贛南第一次三年計画に続き、1944年からはより野心的な第二次五年計画がスタートした。しかしあまりに野心的な計画は実現性に欠けており、蒋経国自身も後に計画性が足りなかったと反省した。また日本軍が第二次五年計画期間中に贛南地域を占領し、先述したように蒋経国自身も、三民主義青年団の中央幹部学校の教育長としての重慶での活動に力点が移っていたことも計画遂行に大きな支障となり、結局第二次五年計画は頓挫していく。また贛南で人望を集め、自派の形成を進めていた蒋経国に対して国民党の各派の警戒も高まっていた。中でもかつて上海時代の蒋経国の後見人の一人であった陳果夫とその弟、陳立夫が率いるCC系が蒋経国の活動の妨害を始めていた。まずCC系メディアは蒋経国が贛南で人望を集め、「蒋青天」と呼ばれるようになっていると大々的に宣伝した上で、陳果夫は蒋介石に対して息子蒋経国の活動の突出振りを注進し、蒋介石が息子の活動にブレーキをかけるよう仕組んだ。更にCC系は江西省内で共産党の残党狩りと称して、省内の蒋経国系メディア幹部を逮捕した。贛南以降中央政界に出た蒋経国は、やがてCC系との深刻な対立を経験することになる。蒋経国は江西省の贛南で政治活動をスタートさせた。新贛南の建設に蒋経国は若き日の情熱を傾け、青年たちを教育する中で自らの派閥形成に着手した。1944年以降の失敗や改革が進まなかった分野もあったが、新贛南の建設はおおむね成功を収め、特に若い世代からの支持を集めることに成功した。こうして蒋経国は幸先の良い中国政治デビューを遂げ、更には自派の形成に着手することも出来た。そして蒋経国の贛南での経験は、1970年以降、国際的孤立が高まる中、台湾で掲げた十大建設に生かされていくことになる。
江西省の贛南で順調な中国政治デビューを遂げた蒋経国のために、父、蒋介石はもっと大きな仕事を用意しようと考え始めていた。蒋経国の次の活躍舞台として当初、候補に挙がったのは新疆省であった。この地は中国中枢から遠く、ソ連と国境を接しており、多くの民族が雑居している。新疆省は当時、軍閥化した盛世才が独裁的な権力を振るっており、ソ連と密接な関係を維持し、中国共産党とも緊密に連携して、蒋介石、国民党中枢部の威令が全く行き届かない状態が続いていた。しかし独ソ戦の勃発が事態を大きく変えた。ソ連は対ドイツ戦に集中せざるを得なくなり、新疆方面への関心は薄くならざるを得なくなる。この機を蒋介石は逃さず、盛世才へ圧力をかけた。盛世才は反共に転向し、新疆に国民党中枢部の威令が及ぶようになった。そこで蒋介石は盛世才に替えて蒋経国を新疆省の主席にしようと考えた。蒋経国は12年間ソ連生活の経験があり、ロシア語が堪能であったため、新疆と境を接するソ連との交渉には最適任者であった。しかし、蒋経国の新疆省主席就任案は周囲の反対があって実ることはなく、蒋介石は代わりに蒋経国を新疆へ特使として派遣し、新疆の実態調査を行わせた。1944年1月に三民主義青年団中央幹部学校教育長に就任し、蒋経国は新たな任務に携わることになる。蒋介石自身、国民党の魅力が薄れてきていることを察知しており、三民主義青年団を組織して青年幹部の養成に期待を寄せるようになっていた。蒋経国は父の期待を担い、三民主義青年団中央幹部学校で人材育成に携わることになった。当時蒋経国はまだ30台前半であり、贛南での成功と父の威光を背負い、青年幹部の養成には最適任者と目されていた。中央幹部学校は蒋経国がソ連で学んだモスクワ中山大学と似た形態のものとなった。「革命の学校として革命幹部の養成」を目標とした中央幹部学校は、校長を兼務した蒋介石の意思をその意志とし、学生は三民主義青年団、中央幹部学校を我が家とするよう、教育長の蒋経国は指示した。つまり領袖蒋介石、そして息子の蒋経国に忠実な部下「直系の直系」を養成することにあった。また、実際の中央幹部学校でのカリキュラムには、ソ連式の大衆運動をモデルとしたものも多かった。中央幹部学校には研究部という幹部の中の幹部を養成する組織があった。この研究部は中央幹部学校の中でも最初に設立され、蒋経国はまず幹部の中核を担う人材育成を目指したことを表している。中央幹部学校研究部の門には蒋経国によって「高官を望む者は入るなかれ、金持ちになりたい者は出て行くべし」と、大書された看板が掲げられていた。後に王昇と並ぶ蒋経国の側近となり、「文の李煥、武の王昇」と呼ばれるようになる李煥は、この言葉に深く感動して政治の世界に入っていく。蒋経国が中央幹部学校の教育長として、青年幹部の養成に努力するようになる時期、世界の情勢は大きく動きつつあった。第二次世界大戦の趨勢がほぼ見えてきて、戦後の処理が大きな課題となってきたのである。1945年2月にはヤルタ会談が行われ、その中で中国を含む極東の戦後処理についても話し合われた。しかし中国はヤルタ会談に参加できなかった。ヤルタ会談の中で中国にとって大きな問題となったのが、ソ連の対日参戦の条件交渉となったヤルタ密約であった。密約の中でも外モンゴル（モンゴル人民共和国）の現状維持、ソ連が東北地方（満州）の権益を確保することを認める条項が問題であった。結局ソ連と中国は交渉を行うこととなり、1945年6月末、蒋経国は宋子文を主席代表とするソ連との交渉団に、蒋介石個人の代理として随員の資格で加わり、ソ連との交渉に当たることになった。蒋介石とすれば息子を派遣することでソ連側に友好姿勢をアピールするとともに、ソ連生活が長くロシア語が堪能な蒋経国ならばソ連側の意図を把握しやすく、宋主席代表を補佐できると考えた。しかし交渉は難航し、蒋経国はスターリンとの直接交渉に臨むなど、途中中断を含み7次にわたる交渉の結果、8月14日には中ソ友好同盟条約が締結された。問題の外モンゴル問題、満州におけるソ連の権益についてはほぼヤルタ密約通り、ソ連側の言い分が認められる形となり、中国側は大きな譲歩を余儀なくされた。その一方で、中ソ友好同盟条約は東北地方の主権はあくまで中華民国にあることを認めており、ソ連政府は軍需品を始めとする援助物資は全て、国民党を主体とする国民政府に提供することを定めていた。満州国があった東北地方では、第二次世界大戦の終結とともに関東軍はソ連に降伏した。そこで東北地方を占領しているソ連軍の撤収と国府軍の進駐、旧満州国の資産等の接収を円滑に行うため、蒋経国は1945年9月、国民政府軍事委員会東北行営外交部特派員に任命され、長春に派遣されることになった。蒋経国が東北地方に派遣された理由は、やはりソ連との交渉に際して堪能なロシア語とソ連体験が生かせると判断されたためであった。蒋経国自身も東北地方で実績を挙げて政治基盤の一つとし、政治家としてステップアップしようと意気込んでいたが、蒋経国の側近たちはスターリンの野心を考えると間違いなく難交渉になると、東北行きを思いとどまらせようとした。しかし側近たちの忠告を振り切り、蒋経国は東北地方へと向かった。側近たちの予想通り、ソ連との交渉は困難を極めた。まずソ連軍は旧満州国内の工業設備を「戦利品」と称してかたっぱしからソ連国内に運び出していた。また、あれこれと理由をつけてソ連軍の撤収時期を先延ばしにしてきた。しかも国府軍の満州進駐に大連港の使用を拒否するなど、物理的にも進駐に困難な情勢を作り出していった。そうこうしているうちに中国共産党の軍勢が華北から東北地方へと移動してきて、後背地に拠点を築いてしまった。中国共産党に東北地方への浸透を許してしまったことは、続く国共内戦で国民党が敗北する要因のひとつとなった。蒋経国の対ソ交渉で成果を挙げ、東北地方に政治基盤を構築する目標は全く実現できず、大きな挫折を味わうことになった。蒋経国は意気消沈して東北地方を後にした。1946年4月、国民政府は臨時首都の重慶から南京に帰還した。翌月には政府機構が南京で業務を開始したが、これまでの戦時体制の機構から、機構改革が行われることになった。ここで国民党中央党学校と三民主義青年団中央幹部学校の統合が課題となった。結局、両校は統合して中央政治大学となることが決まったが、新設の中央政治大学は中央党学校が主導権を握るのか、それとも中央幹部学校が主導権を握るのかで争いとなった。中央党学校は陳果夫、陳立夫兄弟が率いるCC系の牙城であり、一方中央幹部学校は蒋経国の息がかかっている。両者はともに主導権を握ろうと争ったが、やはり出来てからまだ日が浅い中央幹部学校側の旗色が悪かった。結局蒋経国は中央政治大学の教務長となることで妥協が成立した。ところが蒋介石が中央政治大学の学長名で蒋経国の教務長就任を発表するや、学生たちが騒ぎ出した。これはCC系による煽動活動によるもので、結局全校学生大会で蒋経国の教務長撤回が決議されるに至った。結局蒋経国は中央政治大学の仕事を行うことなく辞表の提出を余儀なくされた。国民政府軍事委員会東北行営外交部特派員に続く大きな挫折を味わった蒋経国は、酒と女に溺れる日々を過ごすようになった。
1946年夏から本格化した国民党と共産党との国共内戦は、ソ連の手引きで戦略的要衝の東北地方に足場を築き、国民党の勢力を抑えた共産党側が次第に優勢となってきた。共産党の支配地域の拡大は裏を返せば国民党の支配地域の減少を意味する。支配地域が狭くなるにつれて国民政府の税収は落ち込み、一方軍事支出は増大の一途を辿った。そのうえ国民政府を悩ませたのが難民の発生である。共産党支配を嫌い、共産党支配地域を離れた難民たちが国民党支配地域に流入していた。国民政府は難民に人道支援を行わざるを得ず、これも支出の増大に拍車をかけた。頼みのアメリカは国民政府の統治能力に疑問をつきつけ、援助をためらっていた。税収が落ち込む中でますます増える支出を賄うため、国民政府は通貨の発行量を増やすことで対応せざるを得なかった。結局発生したのは天文学的なインフレであった。すさまじいインフレは庶民の生活を直撃し、更なる国民党離れを引き起こすというまさに負のスパイラルに陥っていた。状況が悪化の一途を辿る中、1948年8月、国民政府は経済改革を断行する。まずこれまで流通していた法幣を通用停止とし、替わりに金本位制に基づき金円券を発行した。そればかりではなく国民が所有している金、銀、銀貨および外貨を金円券と強制兌換し、金、銀、銀貨、外貨の私的な所有を禁じ、また国外資産を登記させ、その上で財政管理、経済管理を強化して物価の安定と、国家予算、国際収支の収支バランスを取ることにした。経済改革を円滑に進めるために行政院直属の経済管理委員会が設けられ、蒋経国は委員の一人に選ばれた。そして経済の中心地である上海の経済統制を行うため、蒋経国は上海経済督導員に任命され、部下を引き連れて上海に乗り込んだ。経済改革法では物価を1948年8月19日の水準で凍結することが謳われていた。中央銀行に事務所を構えた蒋経国は、物価統制、隠匿物資の摘発、そしていわゆる悪徳商人の摘発などに取り組んだ。軍と警察力を動員して厳しい取り締まりを行った上に、ソ連生活の中で宣伝活動に習熟した蒋経国は、「国を滅ぼす堕落漢を打とう！」などといったわかりやすいスローガンを掲げ、不正行為の告発を受け付ける組織を立ち上げ、贛南時代からの部下である王昇に青年たちを選抜させ、大衆運動を組織しようとした。経済統制は当初、比較的順調に行われ、上海市民たちの信頼も得て、蒋経国の努力が報われるかに見えた。しかし蒋経国のやり方に大きな反発が巻き起こりつつあった。まず上海市長の呉国楨が南京に赴き、蒋介石に市長の辞表を叩きつけた。上海市の職員たちも蒋経国に反発した。更に上海を拠点としていた浙江財閥の抵抗も強くなっていった。その上、共産党の勢力も暗躍し、蒋経国の足を引っ張った。蒋経国はまず物資、とりわけ生活必需品である食糧不足につまづくことになる。物資の隠匿をいくら取り締まっても、商人たちは取り締まりの網の目をかいくぐって物資を隠匿する。そもそも強制的に物価の凍結がなされている状態であり、商人たちが真面目に商売をしても利益が上がらないようになってしまっている。必然的に物資の流通は停滞しており、そこに物資の隠匿が広範囲に行われるようになると、上海は慢性的な物不足に陥った。とりわけ生活必需品の食料品不足が上海市民の生活を直撃した。蒋経国にとって悪いことに、蒋介石夫人の宋美齢の実家である宋家とつながりのある、浙江財閥の揚子公司を取り締まろうとしたところ、宋美齢の干渉に遭って取り締まりが頓挫するという事件が起こった。この事件によって上海市民の蒋経国への信頼は一気に失われ、上海は物資の買占めパニックに襲われる。これまで蒋経国は軍と警察力を動員して悪徳商人に対する厳しい取り締まりを行ってきたが、パニック状態に陥った上海市民たちを前に軍も警察も無力であった。このような情勢下で国民政府内では、新経済政策の推進に対しての疑問が急速に膨らんでいた。結局1948年11月初めに、物価統制、金元券改革などを柱とした経済改革は終了となり、蒋経国は上海経済督導員を辞任した。蒋経国は上海経済督導員辞任の約一週間前から酒浸りとなり、号泣したり笑い狂ったりした。国民政府軍事委員会東北行営外交部特派員、中央政治大学に続く大きな挫折であった。しかし蒋経国にとって上海経済督導員の挫折は経済を学ぶ機会となり、そしてまもなく国民党の敗北、台湾撤退によって新たな運命が開けていくことになる。
1928年に国民党による中国統一政権が成立したが、北伐の過程で各地に勢力を張っていた地方勢力が国民政府に帰順していった経緯があり、実際には国民政府は各地方勢力が温存されたままの一種の連立政権であった。蒋介石は孫文亡き後、国民党の最高指導者になっていったが、中国大陸時代の蒋介石は国民党を十分に把握しきれなかった。例えば張学良を中心とした東北派は日本の進出に強い危機感を持ち、蒋介石を監禁した西安事件を引き起こした。国民党の中枢もまた一枚岩とは言い難かった。国民党中央には蒋介石に忠実であった黄埔軍官学校の教官、卒業生からなる黄埔系以外に、陳果夫、陳立夫兄弟を中心としたCC系という大派閥があった。その他にも小派閥があって、蒋経国をリーダーとする蒋経国系ないし太子系と呼ばれる派閥も育ちつつあった。さすがに日中戦争中は国民党内の争いは一種の政治休戦となっていたが、戦争終結を目前に控えた1945年5月に開催された中国国民党六全大会では、戦後の体制での主導権を握るべく、各地方の地方派と中央の各派閥は熾烈な派閥抗争を繰り広げた。各派閥から人事要求の突き上げを食らった蒋介石は国民党の役職の定員を大幅に増やし、各派を取り込むという妥協策を余儀なくされ、蒋介石の党内での威光は大きく傷つく結果に終わった。このような国民党のバラバラ状態に危機感を持つ人は少なくなく、六全大会前から国民党内では党の革新について論議が交わされていた。六全大会でも党の革新について数々の提言がなされ、六全大会後も民主化による党の革新を求める声は大きかった。このような中で先述のCC系による蒋経国の中央政治大学教務長排斥事件が発生した。この事件以降、蒋介石はCC系の排除を決心したと考えられている。また民主化による党の革新よりも、党内で自らが独裁的な権力を振るうことによって派閥抗争を抑圧し、共産党の攻勢に立ち向かうことによって事態打開を図ろうともくろんだ。国民党内の深刻な不協和音に加え、国共内戦により窮地に追い込まれつつあった蒋介石は、1947年12月に中華民国憲法を施行し、憲法施行に伴い「中央民意代表」として立法委員の直接選挙、中華民国総統を選出する国民大会代表選挙などを実施し、1948年4月には国民大会により中華民国総統に指名される。これは憲法に基づく体制「憲政」の確立を内外にアピールし、政権の正統性を高めることによって自らの立場を優位にするもくろみであった。しかし国民大会による副総統選挙では、蒋介石の意に染まぬ地方派「広西派」の李宗仁が当選してしまい、結局憲政の確立による局面打開の試みは、逆に国民党の分裂状態を改めて浮き彫りにする結果に終わった。また正副総統選挙直前、動員戡乱時期臨時条款が可決された。これは反乱すなわち共産党との戦いが継続する間、総統に強大な権限を与えるものであり、非常事態を理由に憲法の一部棚上げを意味し、せっかく開始された憲政を骨抜きにするものであった。この動員戡乱時期臨時条款は国民政府の台湾撤退後も増補が繰り返され、後述する1949年5月に施行される戒厳令とともに、台湾における国民政府の強権支配を支えた。そして国共内戦が国民党側の連戦連敗状態となる中、蒋介石は副総統の李宗仁らを中心とする共産党との和平派から引退を迫られ、1949年1月、総統を引退し、李宗仁が代理総統となった。しかし蒋介石は国民党総裁は辞任しておらず、国民党内の反蒋介石派、そして共産党との戦いを継続する意志を固めていた。むしろ蒋介石は自らが総統を引退することによって、李宗仁ら共産党との和平派を困難を極める事態解決の矢面に立たせて大失敗をさせ、責任を全て押し付けた上で復帰することを狙っていたと考えられる。蒋経国や蒋介石の部下たちは、蒋介石の意を挺して蒋介石の再起に尽力することになる。
1945年8月、連合国最高司令官のダグラス・マッカーサーは台湾の日本軍に対し、中国戦区最高司令官たる蒋介石に降伏するよう命じた。蒋介石は陳儀を台湾省行政長官兼台湾省警備総司令に任命し、台湾の接収を命じた。1945年10月には陳儀が台湾に着任し、台湾は中華民国に編入される。国民政府は台湾の特殊事情を考慮するとして中国本土と同様の地方自治制度は採用せず、陳儀に台湾の行政、立法、司法、軍事を統括する独裁的な権力を与えた。陳儀は日本統治時代の台湾総督とほぼ同様の強大な権限を握った。陳儀はまず旧台湾総督府機構の接収と再編、そして旧日本資産の接収に取り掛かった。陳儀は台湾在住者をほぼ排除し、陳儀とともに大陸から渡って来た者たちばかりを重用した。台湾では大陸から縁者を呼び寄せ官吏としたり、大陸からやって来た官吏が台湾在住者の倍の給料を貰うといった事態が発生した。また旧日本資産の接収は日本人経営の中小企業にまで及び、単に旧敵国資産の接収に止まらず、工場設備を上海に売り飛ばすなどといった事態まで発生し、台湾社会からの富の収奪という状況に陥った。そして行政経費を紙幣の増刷で賄ったり、上海との交易で中国本土のインフレが波及したことが原因で、台湾にも中国本土と同様のインフレが襲った。更に悪いことには中国本土での国共内戦のために台湾で大量の米を徴発したため米不足が台湾の庶民生活を直撃した。中国本土での国共内戦に有能な人材を取られてしまったため、陳儀とともに中国大陸から渡って来た多くの官吏の水準は低く、台湾では官吏の腐敗も蔓延した。台湾在住者の国民党に対する怒りは「犬が去って豚が来た」、つまり小うるさいが番犬としては用を足せた日本が去り、ただ食って寝るだけの国民党がやってきたという言葉に象徴される。このような中で1947年2月28日、二・二八事件が発生する。台北市内のヤミ煙草売りの取り締まりの際に発生したトラブルに端を発した二・二八事件は、あっという間に台湾全土に暴動が広まり、台湾在住者たちは陳儀らに状況の改善を要求した。しかし中国本土から蒋介石が送り込んだ部隊によって暴動は徹底弾圧され、とりわけ台湾における社会的エリート層が大弾圧を受けた。またこの二・二八事件以降、台湾在住者すなわち本省人と、中国からの新たな移住者である外省人との溝、いわゆる省籍矛盾は決定的となった。二・二八事件の後、蒋介石は陳儀を解任し、台湾省の機構を中国大陸の省と同様にして、台湾省幹部に本省人を抜擢するなど善後策に乗り出した。この頃には中国本土の影響を受け、台湾にも共産党の地下組織が根を下ろしつつあった。このような台湾に、中国大陸を追われた国民政府本体がやって来ることになる。
蒋介石がいつの時点で台湾への撤退を決意したかははっきりとしない。ただ、いくつかの状況証拠から1948年の間のことと考えられる。早くも1948年5月には空軍が台湾への撤退計画を練り始め、9月頃から総統府は重要公文書の台湾移送を始めていた。また1949年1月に総統を辞任した直後の蒋介石は、秘密裏に蒋経国に命じて上海近くの舟山群島に定海飛行場を建設させた。蒋介石の度重なる催促によって突貫工事で完成させた定海飛行場は、上海付近からの湯恩伯系部隊の撤退時などに活躍する。また蒋経国は上海での経済統制に失敗した直後の1948年12月、国民党の台湾党部主任に任命された。そして翌1949年1月、蒋介石は蒋経国を秘密裏に上海に派遣した。これは中央銀行が保有している金、銀、米ドルを極秘に台湾へ移送するためであった。この移送計画が表沙汰になれば、蒋介石の下野後に総統代理となった李宗仁らが反発することは目に見えていた。上海から台湾への金、銀、米ドルの移送は、上海に置いたままにして中国共産党の手に落ちることを防ぐとともに、総統代理の李宗仁がそれらの資産を利用することができなくする狙い、更には台湾での経済改革を進めるための資金とすることを目指したものであった。そして蒋経国らは台湾にアメリカからの援助物資など多くの物資を集中させる措置も取った。蒋経国は国民党の台湾党部主任に任命されたものの、台湾に赴任することはなく、総統下野後の蒋介石の側に常に居て補佐するようになった。蒋介石もこれまで重用してきた腹心たちは信用できず、息子である蒋経国のみが信頼できる相談相手であると考えるようになった。蒋経国にとってみれば、父はかつて生母と離婚し、ソ連時代には絶縁状をたたきつけたこともあったが、中国大陸から追われるという危機を前にして父子の距離は縮まり、側近筆頭の地位を占めるようになった。
蒋介石は台湾への撤退を決意したものの、肝心の台湾の情勢は二・二八事件以後、国民党からすっかり人心が離れてしまったままであった。このままでは台湾に逃げ込んだところで早晩どうにもならなくなるのが目に見えている。実際台湾にも共産党勢力が徐々に浸透しつつあった。蒋介石は、かつての黄埔軍官学校教官であり黄埔系の代表的軍人で、腹心の陳誠に台湾を任せる決断をした。胃潰瘍を患っていた陳誠は、1948年末、台湾で療養中であった。そこに突然蒋介石から台湾省主席に任命するとの辞令が届いた。突然の命令に驚いた陳誠は辞退を申し出たが、結局蒋介石からの強い就任要請を受けることになった。台湾省主席となった陳誠は台湾警備総司令を兼任し、また先述のように1948年12月には蒋経国が国民党の台湾党部主任となっていたが、1949年3月には陳誠が蒋経国から国民党台湾党部主任を引き継ぎ、文字通り台湾の政治、軍事、国民党の総責任者となって台湾について一任された形となった。陳誠はかつて湖北省主席を務めていた時に農地改革に取り組んだ経験があり、台湾省主席となった陳誠は思い切った農地改革に踏み切る決断をした。1949年4月、小作料を一律37.5パーセントに引き下げる三七五減租を断行する。この三七五減租によって国民党政権は大多数の農民たちからの支持を集めることに成功する。その一方で陳誠は5月19日、台湾全土に戒厳令を布告する。この戒厳令は蒋経国死去直前の1987年7月まで38年間、継続することになる。そして5月27日には反体制運動を取り締まる根拠として後に台湾で濫用されることになる懲治叛乱条例が制定された。二・二八事件の恐怖体験と戒厳令施行に代表される当局の治安維持施策によって、農地改革への地主階級の反発は抑えつけられた。また台湾在住者の支持を集めるために、農地改革とともに地方自治制度の導入に着手した。更に陳誠は台湾を襲っていたハイパーインフレの解決に取り組んだ。1949年6月15日にはデノミネーションを断行し、旧台湾元の使用停止、そして中国大陸で使用されている金元券との交換も停止され、貨幣の過剰流動性を吸収すべく、定期預金金利の4倍引き上げなど高金利政策を行った。この経済改革の裏づけとして、上海から移送された金、銀、米ドルが役立ったのはいうまでもない。台湾情勢の安定化と並ぶ陳誠のもう一つの重要な任務は、中国大陸からの国民党、国民政府、軍隊などの撤退を取り仕切ることであった。陳誠は台湾に撤退してくる中央政府機関に対する管轄権が与えられ、台湾に敗走してくる部隊の武装解除、再編を行った。また1949年2月に台湾と中国本土との民間人の往来にストップをかけた。陳誠はその後、1949年8月には台湾のみならず江蘇省、浙江省、福建省も管轄する東南軍政長官に就任し、台湾海峡両岸の管轄権を掌握するようになった。たとえ腹心であるとはいえ、このような台湾についての極めて重要な任務を陳誠に任せるのは蒋介石にとって一種の大きな賭けであり、実際、アメリカ側から陳誠に対して蒋介石から自立してはどうかと促されたこともあったとされる。結局陳誠はアメリカの誘いに乗ることはなかったが、やがて蒋介石と蒋経国は、大きな実績を挙げた結果、強くなりすぎた陳誠の権力の抑制に腐心するようになる。
1949年4月、蒋経国は家族を台湾に避難させていた。また翌5月には章亜若が生んだ蒋孝厳と章孝慈も蒋経国の指示で台湾へ逃れ、新竹に落ち着くことになる。しかし蒋介石、蒋経国父子は絶望的になりつつある国共内戦の戦線を何とか立て直そうと、各地で精力的な督戦を行っていた。その一方で台湾への撤退を睨み、蒋介石、蒋経国父子は台湾へしばしば滞在するようになる。陳誠が台湾の体制固めと中国大陸からの党、政、軍の撤退の仕切りに奔走している頃、蒋経国は蒋介石の側近筆頭として父を補佐するとともに、台湾での特務組織の立ち上げに携わり始めていた。先述のように台湾では共産党の地下組織が根を張り出してきており、国民党、国民政府が台湾を根拠地とするにあたり、特務組織の充実が急務であった。1949年5月17日、蒋介石、蒋経国父子は澎湖諸島の馬公に向かい、続いて1949年5月末から6月にかけて高雄に滞在する。蒋介石は高雄滞在中に、蒋経国らごく少数の側近を集めて特務組織再編について話し合った。この話し合いをもとに蒋介石は特務関連組織の幹部を高雄に招集し、高雄会議と呼ばれる特務組織再建を議題とする会議を行った。そして高雄会議で決められた方針に基づき、1949年8月には台北で「政治行動委員会」と呼ばれる特務機関の統合、充実、強化を図る秘密組織が結成される。蒋経国は父の指名により政治行動委員会の委員となる。1949年10月、陳毅に率いられた第三野戦軍は廈門を占領し、10月25日には金門島攻撃を敢行した。いわゆる古寧頭戦役である。しかしここで国共内戦で初めてともいうべき国民政府軍の頑強な反撃に遭遇する。旧日本陸軍中将の根本博による作戦指導や陳誠直系の軍人である胡璉らの奮戦の結果、第三野戦軍は撃退され、共産党軍の海への進撃は押しとどめられた。約10日後、国民政府軍は登歩島戦役でも勝利を収め、国民政府、国民政府軍の士気は高まり、地すべり的な敗北にはストップがかけられ、蒋介石、国民政府にとって台湾での体制固めのための貴重な時間が与えられた形となった。しかし古寧頭戦役の勝利も国民政府軍の頽勢をひっくり返すには至らなかった。共産党軍は四川省など中国西南部への本格的な攻撃を開始した。11月14日、蒋介石、蒋経国父子は台湾から重慶へ向かい、督戦に努めたが11月30日、重慶は共産党軍に占領された。蒋介石、蒋経国父子は辛くも成都に逃れたが、ここにも12月10日、共産党軍が押し寄せてきた。蒋介石、蒋経国父子は宿舎としていた軍官学校から中華民国国歌を合唱しながら退去し、飛行機に乗り込み中国本土を後にして台北の松山空港へ向かった。
1949年12月10日以降も、国民政府軍は共産党軍に敗北を重ねていった。蒋介石は1950年1月末に国民党軍が抵抗を続けていた西昌に蒋経国を派遣し、督戦を行わせたものの効果は無く、3月末には西昌を放棄して中国大陸での国民党軍の抵抗はほぼ終了し、1950年4月末には海南島、そして5月には上海近くの舟山諸島が共産党軍の手に落ちた。いよいよ共産党軍は「台湾解放」を目指し、兵力を台湾対岸に集中させて上陸訓練を繰り返していた。高まる緊張感の中、台湾では台湾解放についての流言が飛び交い、共産党の地下活動も活発化していった。ところでアメリカのトルーマン政権は蒋介石率いる国民党政権の無能ぶりを厳しく批判しており、CIAの見通しではアメリカの介入が無ければ1950年中に台湾も共産党の手に落ちるであろうと予測していた。1950年1月、トルーマン大統領は台湾への不介入方針を発表し、ディーン・アチソン国務長官もまたアメリカの西太平洋防衛ラインから台湾を除外することを示唆した。しかしこの頃になると、トルーマン政権の無策が中国を共産圏に追いやったとの批判が共和党を中心に各方面から噴出し、このままむざむざと台湾を共産党側に渡すことに反対する意見が高まってきており、蒋介石はアメリカの態度好転に期待を繋いでいた。台湾に本格的に腰を据えた蒋介石は、1949年12月に台湾省主席を陳誠からアメリカの受けがよい呉国楨に変え、台湾省の幹部に台湾籍の人材を大量登用した。これはアメリカ受けの良い人事を行うと同時に、台湾シンパのアメリカ人からのアドバイスに基づき、台湾籍人材の登用に踏み切ったものであった。また台湾省主席の交代は強大になっていた陳誠の権力を削ぐという目的もあった。1950年3月には蒋介石は中華民国総統に復職するが、その後まもなく陸軍総司令官にやはり米軍に受けがよい孫立人を指名した。一方陳誠は行政院長に任命された。蒋介石がアメリカ受けが良い人事を行った理由は、アメリカからの援助再開を期待したものであった。蒋介石の総統復職に伴う人事の中で、親米派の孫立人の陸軍総司令官登用と並んで大きな核となったのが蒋経国の特務トップへの事実上の就任であった。蒋経国は国防部政治部主任となり、軍内の政治組織の総元締めとなるとともに、政治行動委員会の秘書長となって特務組織を牛耳ることになる。海南島、舟山諸島の失陥後、台湾は臨戦態勢に入った。蒋経国は各部隊を慰問して、たとえ死すとも領袖蒋介石に忠誠を尽くすとの血盟宣誓を行うキャンペーンを繰り広げており、台湾全土が事実上、蒋介石と運命をともにすることを強要された。台湾全土が極度の緊張に包まれていく中、1950年6月25日、突如として事態が急変する。朝鮮戦争の勃発である。トルーマン大統領は朝鮮戦争勃発のわずか2日後の6月27日、台湾への不介入方針の破棄を宣言し、共産党軍の台湾攻撃阻止のために第七艦隊の台湾海峡出動を命じた。蒋介石が期待したアメリカの態度好転は、朝鮮戦争勃発によって達成された形となり、台湾の国民党政府はアメリカの援助再開によって息を吹き返した。しかしアメリカの援助再開によって蒋介石率いる国民党政府が息を吹き返した現実は、国民党政府、蒋介石、そして蒋経国がアメリカとの関係に振りまわされ続けることも意味していた。
蒋介石を指導者とする国民政府が台湾に撤退する過程で、国民党内の情勢は激変する。まず国民党内の地方勢力は壊滅する。これは中国大陸を失うことは地方勢力にとって地盤を失うことに等しく、更に蒋介石の意を受けた陳誠が、台湾へ撤退する党、政、軍の仕切りを行う中で地方勢力の解体が進められた。例えば後述する中華民国陸軍部隊の台湾撤退時には、地方勢力の部隊の武装解除、整理が積極的に行われた。台湾撤退後の国民政府から地方勢力は一掃された。これは蒋介石が台湾への撤退を利用して国民党、国民政府の統合を阻害していた地方勢力の一掃を図り、それが成功したことを意味している。一方、国民党中央の派閥の一掃は、地方勢力のようには上手くはいかなかった。これは中華民国があくまで中国の正統政権であるという主張と密接に関連している。先述したように1947年12月に中華民国憲法を施行し、憲法施行に伴い「中央民意代表」として立法委員の直接選挙、中華民国総統を選出する国民大会代表選挙などを実施するなど、憲法に基づく体制、いわゆる「憲政」を確立していることが中華民国の中国正統政権たる大きな根拠であった。そのため国民大会代表、立法委員など、憲政を運営するために不可欠な構成員が、少なくとも法定必要人数は台湾に来てもらわなければならなかった。これは国民党の党組織についても同じことが言え、国民党党中央執行委員の確保が必要であった。現実、国民党、国民政府とともに台湾に撤退した以外、共産党側に寝返った者、そして日和見をしていた者も少なくなかった。共産党側に寝返った者はともかく、政府、党の正統性、いわゆる「法統」を守る必要性から、日和見をしている国民大会代表、立法委員、国民党党中央執行委員らに一人でも多く台湾に来てもらうため、国民党中央の派閥に対し、地方勢力に対して行ったような来台時の整理統合を断行するのは無理があった。結局、国民大会代表は過半数が台湾に来なかったものの、立法委員は7割以上来台し法定必要人数を満たした。立法権を持つ立法委員が確保できれば、法の修正を通じて「法統」を装うことが可能であった。中国共産党による「台湾解放」が呼号される中、台湾と中国本土との往来は厳しく規制され、また外国への渡航も厳しく制限された。いったん台湾に来た以上、国民大会代表、立法委員といえども台湾に留まり続けるしかなくなった。そして朝鮮戦争勃発によって、アメリカがこれまでの台湾不介入の方針を放棄したため、蒋介石、国民政府、国民党は息を吹き返す。蒋介石はこの機を逃さず国民党の「改造」を断行する。蒋介石は1949年1月の総統辞職、下野後まもなく国民党の改造についての構想を練り始めていた。やがて台湾に出入りするようになった蒋介石は、1949年7月1日、台北に蒋経国ら蒋介石に近い人物を中心とした総裁弁公室を立ち上げ、改造案を練り上げていった。しかし7月18日には改造案が国民党の中央常務委員会で可決されたものの、党内から多くの反発が寄せられ、更に情勢の逼迫によって改造案を実行する余裕は失われていった。1949年12月以降、台湾に腰を据えた蒋介石は改めて国民党の改造事業に乗り出し、1949年の年末から1950年の年始にかけて、蒋介石は日月潭で休暇を過ごす傍らで蒋経国ら側近を召集し、党の改造についての再検討を命じた。しかし中国大陸、海南島、舟山諸島と敗北を重ねる中では、蒋介石が思うような国民党の改造は困難であった。結局、国民党の改造が動き出したのは、1950年6月25日の朝鮮戦争勃発によって蒋介石が求心力を回復した後のことであった。蒋介石は1950年7月の国民党中央常務委員会で党の改造案を可決した。この改造案は1948年に蒋経国が蒋介石に提言していた党務整理案と同一の内容であり、改造期間中は国民党の中枢機関である中央執行委員会、中央監察委員会の機能を停止させ、蒋介石が任命する中央改造委員がその機能を代行し、党の改造が完遂した段階で国民党七全大会を開催するというものであった。この段階で総裁蒋介石は国民党内での独裁を確かなものとした。このとき蒋介石は16名の中央改造委員を指名したが、中央改造委員にはもちろん台湾での国民党立て直しに大きな功績を挙げた陳誠、そして蒋経国の名もあったが、CC系のリーダーである陳果夫、陳立夫、その他台湾に逃れてきた地方派の大物などは選ばれなかった。中央改造委員会は蒋介石の側近で固められた陣容であり、また国民党中央の各人事も陳誠派と蒋経国派中心の構成となり、国民党が領袖蒋介石に絶対服従する体制がこうして確立された。CC系のリーダーである陳果夫、陳立夫兄弟は、兄の陳果夫は重病であり、1951年に病没する。弟の陳立夫は中央改造委員会成立直前にアメリカに事実上追放の憂き目に遭い、その後長い間アメリカで生活することになる。中央政治大学教務長排斥事件でCC系に恨みを持つ蒋経国ばかりではなく、CC系との激しい派閥争いを繰り広げた黄埔系の代表的軍人である陳誠もまた、党の改造を通じてCC系の追い落としを図った。1952年10月には改造が終了した国民党は七全大会を開催し、大会終了直後の第一回中央執行委員会（七期一中全会）で選出された10名の中央常務委員の中で、陳誠は序列一位、蒋経国は序列二位を占め、国民党は領袖蒋介石に極めて近い陳誠、蒋経国の派閥以外は完全に排除された。
1950年3月1日の蒋介石の総統復職後、特務機関の統合、充実、強化を図る秘密組織である政治行動委員会は、対外的に「総統府機要室資料組」を名乗るようになり、総統府下の公式組織に編入された。蒋経国は総統府機要室資料組、すなわち政治行動委員会の秘書長として特務組織の事実上の最高責任者となる。蒋介石は自らの息子である蒋経国を特務の事実上のトップの地位に据えたのであるが、特務が持つ負のイメージから、蒋経国の側近の中には特務とは距離を置くべきであると主張する者もいた。実際蒋経国も特務の仕事に関わるのは総統の命によるものであり、仕方が無いことであると語っていた。蒋介石とすれば中国共産党との対決において極めて重要な役割を果たす特務を、最も信用できる自らの息子に任せることにしたものと考えられる。一方、蒋経国にとってみれば、当時の台湾において大きな力を持っていた特務を掌握できることはプラスであるものの、後年、政治的成功のために特務の最高責任者が持つ負のイメージを払拭していかねばならないという極めて大きな課題を背負うことになった。国民党政権が中国大陸にあった時期には、中統と軍統と呼ばれる特務機関があった。中統は陳果夫、陳立夫兄弟のCC系が牛耳り、一方軍統は黄埔系がその中核となっていた。しかし国民党政権の大陸失陥の過程で特務機関の組織は大きな打撃を受け、とりわけ中統の受けた打撃は大きかった。先述のように国民党政権の台湾撤退時、台湾にも共産党の地下組織が構築されつつあり、また台湾へ撤退してくる人たちの中にも共産党のスパイが紛れ込んでおり、特務組織の建て直しは急務であった。特務組織を指揮することになった蒋経国はCC系と仲が悪く、その結果、蒋経国は台湾に渡った後の中統に掣肘を加えた。また黄埔系の代表的人物であった陳誠行政院長もライバルであったCC系が中心である中統の予算を抑制するなどしたため、台湾での特務機構は軍統中心に構成されていった。蒋経国は政治行動委員会秘書長になるとともに、情報教育、訓練を行い特務の要員を養成する石牌訓練班主任も兼任する。石牌訓練班主任となった蒋経国は、まず前任者の教育、訓練方針を否定し、これまでの修了生のことを認めず、自らが養成した生徒のみを修了生として認める方針を打ち出した。このように特務機関の事実上の最高責任者となった蒋経国は、特務組織を自らが完全に掌握する姿勢を鮮明にした。なお石牌訓練班は通算57期の研修を実施し、約5900名の修了生を送り出し、蒋経国派の発展に寄与していくことになる。政治行動委員会（総統府機要室資料組）は、国民党、行政院、軍の全ての情報、特務工作機関、計24組織を管轄下に置いており、情報、特務工作全般を指揮、調整していた。各組織は諜報活動、スパイ、反政府活動等の摘発、治安維持そして大陸工作を担っており、蒋経国はこれらの組織を通じて党、政、軍ににらみを利かせるようになった。実際、政治行動委員会（総統府機要室資料組）は「地下の小朝廷」とも呼ばれ、総統府機要室資料組の蒋経国の印が捺された公文書は、特務組織を越えて党、行政の各組織に威令が行き届いた。蒋経国に率いられた特務組織は台湾の共産党地下組織摘発に大きな貢献をした。蔡孝乾台湾省工作委員会書記を中心とした台湾における共産党組織は、呉石国防部参謀次長のような国民党政権内に入り込んだ共産党スパイが摘発され、更には蔡孝乾自身も逮捕されてその後転向し、その自白などから組織は壊滅状態に陥った。しかし特務の取り締まりは真の共産党組織関係者の摘発数を遥かに上回る冤罪を生み出していた。特務が共産党スパイとして逮捕した人数には諸説あるが、一説によれば約4万人であり、その中で実際の共産党スパイは約2000人に過ぎなかったため、特務が共産党のスパイとして逮捕した人物の約95パーセントが冤罪であったと言われている。当時の台湾では、住民は共産党スパイを密告、摘発する義務を負い、スパイであることを知りながら密告、摘発を行わない、ないしは放任していた者にも懲役刑が科せられた。また共産党スパイが所有していた財産のうち30パーセントが密告、摘発者に賞金として与えられるとされ、35パーセントがスパイを摘発する際に尽力した者たちへの賞金、および捜査費用に当てられるとされた。密告、摘発によって密告対象者の財産の一部が賞金となる制度は密告を奨励する結果を呼び、結果として大量の冤罪を生み出す温床となった。その上、中国本土での共産党の支配が安定するにつれて特務機関が中国大陸での工作で成果を挙げるのは困難になりつつあったため、各特務機関は競って台湾での「赤狩り」に精力を傾け、これが冤罪発生に拍車をかける結果となった。そして住民にスパイの摘発、密告を義務化し奨励する他に、台湾全土に網の目のような特務組織の監視網が張り巡らされた。摘発された共産党スパイは通常の裁判ではなく軍法会議で裁かれることが多く、1950年代前半には家族、友人にも知らされないままに逮捕され、起訴状、弁護士はもちろん裁判の傍聴者も無く、秘密裏に逮捕、尋問が進行し、裁判は秘密かつ即決で上訴も無いといった状況であった。これは特務機関が確実に共産党スパイを取り締まることが出来るならば、いくら冤罪を生み出しても構わないという考え方に基づいていた。二・二八事件に続く極めて強圧的な共産党スパイの取り締まりは、いわば恐怖による政治教育であり、台湾社会全体に政治に触れることは危険であるとの根深い観念を植え付けた。この政治に対する強い自己規制は「ひとりひとりの心の中の警備総司令部」とも呼ばれるようになった。このような厳しい取り締まり、住民監視の最深部に、特務の元締めである蒋経国の視線が光っていたのはいうまでもない。共産党スパイを摘発するために、通信傍受、盗聴、郵便物の開封検閲などの捜査も容認されていた。蒋経国は少将以上の軍人、次長以上の文官の全ての手紙を写真撮影し、提出するように指示したと伝えられている。蒋介石の官邸の客間には盗聴器が仕掛けられていて、妻の宋美齢ですら官邸内では客と自由に会話が出来なかった。国民党中央本部の電話も全て盗聴されており、また呉国楨台湾省主席によれば、呉国楨の使用人、更には陳誠行政院長の使用人も蒋経国に買収されていた。このようななりふり構わぬ情報収集の上に、共産党スパイ摘発のために秘密逮捕、秘密裁判が容認されているのである。蒋介石、蒋経国父子は共産党スパイの摘発ばかりではなく、国民党、政府、軍内の政敵打倒にもこの無制限ともいうべき特務の活動を利用することになる。
国共内戦での国民党側の敗北、台湾撤退を通じ、まず国民政府軍の空軍は中央主導で創立された経緯もあって、ほぼ完全に中国大陸から台湾への移転を成功させた。海軍については空軍ほどには中央の統制が行き届いていなかったために、一部に共産党側への寝返りも見られたものの、主力は台湾への撤退を行うことができた。問題は共産党軍との激しい戦闘、そして敗退を繰り返していた陸軍である。現実問題として敗退を重ね、極度の混乱状態の中にあった陸軍にとって、台湾までたどり着くのは至難の業であり、チャンスに恵まれた部隊のみが来台できたという状況であった。結果として台湾に来た国民政府軍の中には中央軍ばかりではなく地方派の軍も混在していた。台湾にたどり着いた陸軍部隊を待ち受けていたのは「整編」である。地方派の軍は改編ないしは解体され、中央軍の指揮下に統合されていった。こうして台湾撤退を利用して地方派を排除することによって、中国大陸では成し遂げることが出来なかった国民政府軍の中央軍化が実現した。軍隊における地方派の影響力の排除に成功した蒋介石は、更に軍隊へのコントロールを強める方策を採った。まず1950年3月の総統復職直後、蒋経国を国防部政治部主任に任命する。もともと蒋介石は1923年のソ連視察時以降、国民政府軍内に政治委員、つまり政治工作系統の人員を配置する政工系統の導入を行っていた。軍内の政治工作組織はいわゆる革命軍に特徴的に見られるものであり、軍の士気を高め、敵のスパイ侵入を防ぐため、軍内で政治的自覚の喚起、及び政治的な監視活動をその役目としている。国共内戦における国民政府軍のみじめな敗北を見た蒋介石は、敗因として軍隊の非国民党化とそれに伴う共産軍への寝返りの続発を挙げていた。そのため台湾撤退後、蒋介石は国民政府軍の建て直し策として軍隊の政治工作系統の再建、強化を図ることになった。国民政府軍の政工系統、すなわち政治部の責任者として蒋経国が最適任者であったことは疑う余地は無い。蒋経国はソ連留学時にトルマトコフ中央軍政学院で学び、ソ連仕込みの軍内の政治統制についての深い知識を有しており、そのうえ領袖蒋介石の長男として領袖が最も信を置くことができる人材であった。また蒋経国にとってみれば、軍の政治工作組織を掌握することは自らが軍隊を掌握し、その結果として権力基盤を強化することに繋がることになる。国防部政治部主任に任命された蒋経国は、ソ連方式をコピーした政治工作組織を国民政府軍内に導入する。つまり政治工作組織についての人事は通常の軍令系統から外されて国防部政治部が握り、その活動は国防部政治部が掌握するという、ソ連軍における一長制と呼ばれる制度とほぼ同一の機構を導入したのである。蒋経国が主導した国民政府軍の政治工作系統の再建、強化がソ連方式に倣ったものになったのは蒋経国の経歴を考えると当然のことであったが、その結果として軍の司令官といえども、人事権を行使できない政治部要員の監視下に置かれ、いつ密告、摘発されるかわからないという状況が生み出された。更に蒋経国は軍内の政治工作を担う人材を養成するため、1951年11月に台北郊外に政工幹部学校を設立させ、自らが校長を兼務した。政工幹部学校は軍内の政治工作を担う人材ばかりではなく、国民党、政府などへ蒋経国派の人材を送り込む役割も果たすようになり、1960年代以降にはマスメディア、教育などを通じて社会動員を図るようになっていった。このように政工幹部学校は蒋経国派の形成そして政治工作に大きな役割を果たすようになる。また政工幹部学校で蒋経国を補佐した代表的な人物が贛南時代からの部下であった王昇である。王昇はその後も主に軍隊の政治工作関係でのキャリアを積み、蒋経国派の実力者となっていった。また中国大陸時代、蒋介石は師団長以上の人事を決定していたものの、多くの場合推薦に基づいて任命をしていた。しかし1951年以降、旅団長以上の人事は蒋経国が決裁してそれを蒋介石が追認するようになり、蒋介石、蒋経国父子は国民政府軍の人事権の掌握に成功した。また蒋介石、蒋経国父子は制度面からも軍への統制を強めていった。まずアメリカの軍事顧問団からの国民政府軍の精鋭化を求めるアドバイスを利用して国民政府軍の「整編」を進め、軍内の派閥を一掃した。そして参謀総長など軍内の主要ポストの任期を2年とし、総統の許可があった場合のみ一度だけ再任を認めるという「主管官任期制度」を導入した。しかし実際には蒋介石、蒋経国に敵対的な軍幹部は主管官任期制度によって退役を余儀なくされたのに対し、蒋経国との関係が良い軍幹部は主管官任期制度を無視して重任を繰り返しているなど、敵対者を排除する反面、自らに都合のよい人材を優遇しており、結果として蒋介石、蒋経国が軍を掌握する手段として用いられた。
国共内戦中、中国本土の多くの学生運動は中国共産党系の組織に牛耳られ、国民党側は完全に劣勢に立たされた。台湾に移転した国民党は国共内戦時の反省に基づき、学生、青年対策に力を入れることにした。また青年は当局の教化、宣伝に乗りやすく、学校組織を活用すれば動員も比較的容易である。また未来ある青年層を国民党シンパにしていけば、台湾における国民党の基盤を強化することができる。このようなもくろみから国民党七全大会後の1952年10月、中国青年反共救国団（救国団）が発足した。救国団は国防部総政治部に属するとされ、正式な立法措置が取られることなく成立し、団長は蒋介石、主任は国防部総政治部主任の蒋経国が兼務した。救国団の組織対象は中学生以上の学生及び同世代の勤労青年であり、主任として救国団の実務を掌握した蒋経国には「青年導師」の称号が与えられた。救国団では高校以上の教育機関における軍事教練、三民主義の浸透などの思想教育、そして反共キャンペーンなどが行われ、学生及び青年の動員そしてコントロール機関としての役割を果たした。言い換えれば、台湾の青少年は「青年導師」蒋経国の影響下に置かれることになった。また蒋経国は蒋経国派の形成に救国団を利用した。例えば重慶の中央幹部学校研究部以来の蒋経国の側近であった李煥は、救国団の運営において蒋経国の右腕として活躍し、やがて蒋経国の側近中の側近として「文の李煥、武の王昇」と呼ばれるようになる。そして李煥に代表される救国団組織による蒋経国派の育成ばかりではなく、救国団員の中からは本省人の幹部候補生も育成していった。こうして立法措置がなされることなく成立し、反対派からは蒋経国の闇機構とまで呼ばれた救国団は、蒋経国派の牙城として台湾政界に大きな影響力を持つようになり、国民党の党組織の階段を上り詰めるという通常の出世コースを圧迫するに至った。
政治行動委員会秘書長、国防部総政治部主任、中国青年反共救国団主任と、いわば裏方として活躍していた蒋経国に対し、国民政府、国民党、国民政府軍の台湾撤退の仕切りを任された陳誠は、その後行政院長として表舞台に立って台湾の体制固めに尽力していた。まずは農地改革の推進である。陳誠によって1949年4月に断行された三七五減租に引き続き、1951年6月には接収した日本人所有の土地を農民に売却し、1953年1月には政府によって地主所有の土地が買い上げられ、農民へ売却されることになった。陳誠が務めていた台湾省主席の地位を引き継いだ呉国楨は農地改革に消極的であったが、蒋介石、陳誠らは基本的に改革姿勢を貫いた。農地改革はおおむね成功を収め、多くの自作農が創出された結果、農業生産性が高まり、更には一部の旧地主階級は買い上げられた土地代金を元に産業資本家へと転換していった。陳誠は経済改革でも着実に成果を挙げていた。1949年に断行したデノミネーション、高金利政策、中国大陸の金元券との交換停止に引き続き、日本との貿易支払い協定の締結、そして朝鮮戦争勃発に伴うアメリカからの援助復活によって、中国大陸の南京、上海経済圏から切り離された台湾は、主としてアメリカ、日本との経済関係の中に活路を見いだしていくことになる。これは国共内戦の敗北、東西冷戦という当時の時代背景から見てやむを得ない成り行きであった。1952年頃から猛威を振るったインフレも沈静化し、先述の農地改革の成果もあって農業生産性も上がり、台湾経済は国民党とともに大陸からやってきた多くの人々を支えることが可能となり。更なる飛躍の足がかりを築いていくことになった。また農地改革、経済復興とともに台湾では地方自治制度が確立された。1949年1月、蒋介石から台湾統治を委任された直後、陳誠は「民生第一、人民至上」のスローガンを掲げ、農地改革、地方自治の確立を二大政治目標として掲げていた。反共を掲げ、自由中国を名乗る以上、国際的に支持を集めるために、たとえ限定的なものであるとはいえ、台湾住民たちに政治参加の機会を与えざるを得なかった。地方自治の確立はこうして台湾における国民党政権の大きな目標の一つとされた。陳誠の後に台湾省主席となった呉国楨は、1950年4月に台湾省地方自治要綱を制定し、10月には第一期の県、市長、県・市議会選挙が施行され、翌年末には第一期省議会臨時選挙が行われ、その後地方選挙が定着していく中で、台湾社会に蒋介石、蒋経国父子を頂点とする外省人の政治エリート集団と台湾住民との間に立つ「地方派系」ともいうべき新興政治勢力が育っていくことになる。なお国民政府は「中国の正統政権」であるという建前上、1947年末から48年にかけて行われた選挙によって選出された議員、国民大会代表が職権を行使しつづけており、国政レベルの選挙は1969年にようやく一部実施された。蒋経国、陳誠は呉国楨が押し進めた地方自治の推進に脅威を覚え、反対した。そしてより深刻な問題は「地方自治」を標榜する以上、行うべきである省主席公選に関して発生した。これはいくら「中国の正統政権である中華民国」を標榜してみたところで、実際の統治地域はほぼ台湾のみである矛盾に起因している。この状態で台湾省主席を公選してしまったら、中華民国大多数の有権者となる台湾住民によって選ばれた省主席は、民意という観点から言えば総統を上回る権威を獲得するのは火を見るより明らかであった。しかも呉国楨は外省人であるが妻が廈門出身で、台湾で広く使われている台湾語を理解し、省主席として台湾各地を視察して民衆とのコミュニケーションを図っていた。更に先述したように呉国楨はアメリカ受けがよく、このような中で省主席公選を実施すれば、呉国楨が当選して蒋経国、陳誠、ひいては蒋介石にとって深刻な脅威となると考えられた。結局省主席の公選は凍結されることになった。結局のところ台湾時代の国民党、国民政府において「領袖」蒋介石のもとで自派の形成が出来たのは、台湾省主席、行政院長といういわば表で治績を挙げ、政策遂行を進めたテクノクラート層を押さえた陳誠と、特務のリーダーといういわば裏、政治のダーティな面を掌握した長男の蒋経国の二名のみであった。このように領袖蒋介石の後継者となり得る人物は陳誠、蒋経国の二名に絞られていた。