荒廃したニューヨーク。そこは復活したウルトロンによって支配され、徘徊するウルトロン・センチネルが逃亡者を探し回っていた。アウルとハマーヘッドに捕まっていたスパイダーマンは探しに来たホークアイによって救助される。ホークアイは攻撃してきたウルトロン・センチネルを破壊し、セントラル・パーク地下に避難しているアイアンマン、エマ・フロスト、シー・ハルク、ルーク・ケイジ、インビジブルウーマン、ウルヴァリンと合流する。勝手に救出に行ったことを非難されたホークアイは少なくとも自分はまだ諦めていないと反論する。アイアンマンは壊れた盾の傍で塞ぎ込むキャプテン・アメリカを彼に見せ、まだ策がないだけであると述べる。崩壊したサンフランシスコで顔面に傷を負ったブラック・ウィドウがニック・フューリーの古い隠れ家でムーンナイトと会う。ニューヨークではスパイダーマンが目を覚まし、世界が滅亡した過程を振り返る。ヒーローたちはなぜウルトロンがアウルやハマーヘッドと取引をしたのかを疑問に思い、キャプテン・アメリカは策が練上がったことを宣言する。彼はスパイダーマンの例にヒントにし、ヒーローたちが仲間をウルトロンに差し出すことで敵要塞内部に侵入して攻撃する計画を立てる。その役割にはルーク・ケイジとシー・ハルクが志願した。ルークはシー・ハルクを差し出し、ウルトロン・センチネルが2人を要塞へと連れて行く。彼らはそこでウルトロン軍を指揮しているビジョンの姿を目にし、衝撃を受ける。ビジョンは未来世界にいるウルトロン本体によって操られていることが明らかとなる。この情報を得るとシー・ハルクによってケイジは要塞から投げ出され、彼女は殺害される。他のヒーローたちがマンハッタンから脱出する間、ケイジは核爆発に巻き込まれるもなんとか生存する。サンフランシスコ基地でブラック・ウィドウとムーンナイトはウルトロンによる地球侵略を含む様々な人類滅亡シナリオに備えたフューリーのフェイルセーフ計画を発見する。その後ヒーローたちはサベッジ・ランドに到着してケイザーと会い、安全地帯へと案内される。彼らがそこでルーク・ケイジから情報を得た後、彼は急性放射線症候群により死亡する。レッドハルク、ムーンナイト、ブラック・ウィドウも到着し、フューリーによるウルトロン討伐計画を明かす。ヒーローたちはサベッジ・ランドに隠されていた基地でニック・フューリーと会い、彼はドクター・ドゥームのタイム・プラットフォームを使って未来のウルトロンを倒す計画を明かす。一方でウルヴァリンは過去へ遡ってウルトロンを作る前のヘンリー・ピム殺害を提案するが、他のヒーローたちは反対する。ヴァルキリーはウルトロンを作らないようにピムを説得することを提案したが、ウルヴァリンはピムにそれを警告しても必ず作るだろうと反論した。アイアンマン、キャプテン・アメリカ、ニック・フューリー、ストーム、クエイク、クイックシルバーは未来へと出発する。彼らが発った後、ウルヴァリンは自身の計画実行を決意する。ヒーローたちが未来へ行っている間、ウルヴァリンは過去へ到着し、密かに同行していたインビジブルウーマンの存在を知る。彼の計画に賛同していなかったものの彼女は彼に同行し、若いニック・フューリーからS.H.I.E.L.D.のホバーカーを盗んでニューヨークへと向かう。未来でヒーローたちがウルトロン・センチネル軍に倒されている一方、ウルヴァリンとインビジブルウーマンはドラゴンマンを調べているヘンリー・ピムの前に現れる。インビジブルウーマンは最初は反対し、別の方法を探すべきだと言うが、結局ピムを殺害するウルヴァリンを止めなかった。ウルヴァリンとインビジブルウーマンが現代に帰還するとサベッジランドは墜落した宇宙船だらけになっていた。彼女はそれらがクリーのものであると認識し、この新しい時間線ではクリー・スクラル・ウォーが地球にまで及んだものであると推理する。2人はニューヨークへ行くと空を飛ぶいくつものS.H.I.E.L.D.のヘリキャリアを目にし、そしてディフェンダーズ（隻眼のキャプテン・アメリカ、ドクター・ストレンジ、ハルク、ウルヴァリン、シング、隻眼のケーブル、キャプテン・マーベルの衣裳を着たワスプ、スター・ロード）に襲われる。シングはスーザンが「戻った」のを見て驚き、他の者たちは2人をスクラルであると疑った。こちらの世界のウルヴァリンがタイムトラベルしてきた自分に刃を向けると戦闘が始まる。ディフェンダーズは2人がスクラルではないと認識すると、しぶしぶながら「彼」との話し合いを検討する。ちょうどそこへサイボーグのトニー・スタークがロボットの小隊を率いて現れ、事情を尋ねる。アイアンマンはウルヴァリンとインビジブルウーマンに心理スキャンを施した結果、2人が別世界の記憶を持っていることを知り、彼はモーガナ・ル＝フェイが彼らに偽の記憶を植え付けてスパイとして送り込んだのだと疑う。アイアンマンは元の時間線のウルヴァリンと会い、ラトベリアとアスガルドの戦争の際に大怪我を負い、ソーは消息を経ち、ル＝フェイが世界の半分を征服したことを説明する。ウルヴァリンがヘンリー・ピムを殺害した際の監視映像を見せつけられると、アイアンマンは彼が死んだ影響でアベンジャーズが解散し、魔法が科学を圧倒したと述べ、「お前が世界を破壊した」と指摘する。ヘリキャリアでこの世界のウルヴァリンはもうひとりの自分との対話を決意し、他のディフェンダーズのメンバーもインビジブルウーマンを助けるためにエマ・フロストを押しのけて行く。アイアンマンは自分とヘンリー・ピムならばウルトロンを停止できる時限式ウイルスを開発可能だったと述べ、ピムを殺したウルヴァリンを責める。インビジブルウーマンは姿を消し、ル＝フェイの魔法に見せかけてアイアンマンを攻撃して逃亡を図る。その直後、ル＝フェイのドゥームボットの大軍が総攻撃を仕掛ける。ディフェンダーズと共に戦うアイアンマンはウルヴァリンを送り込んだとしてル＝フェイを非難するが、彼女は無実であると言い、そしてニューヨークの中心部にヘリキャリアが墜落する。爆発によりほとんどのヒーローは死亡し、生き延びたウルヴァリンが瓦礫の中から脱出する。もう一度過去へ戻ろうとするウルヴァリンに瀕死のアイアンマンは時間は生き物であり、あまりに多くの歴史改変を行うと破壊されてしまうと警告する。過去へ戻ったウルヴァリンは昔の黄色いコスチュームを身につけ、ピムを殺そうとする以前の自分を止めに入る。彼は自分の正体を説明し、ピムを殺せば事態をより悪化させると警告する。ピムはウルトロンの創造を辞めると言うが、ウルヴァリンは正しい歴史を送らせるために続行すべきだと主張する。ピムは人工知能を造るが、必要ならば停止機能が作動する仕組みにすると言う。そこへやって来たインビジブルウーマンはピムが自分自身の記憶を消さなければならないと言う。話を終えたインビジブルウーマンと2人のウルヴァリンはサベッジ・ランドへと戻る。2人のウルヴァリンは洞窟へと入り、未来のウルヴァリンはより悪化した世界を見てしまった記憶に耐えられないと過去のウルヴァリンに言い、自分を殺害させる。それをインビジブルウーマンは唖然とし、そして2人は元の時代へと戻る。研究所でピムは初代ウルトロンを組み上げ、そして「お父さん」と呼ばれる。ウルトロンの攻撃の数ヶ月前、ヘンリー・ピムは研究所に侵入したインビジブルウーマンが置いた包を受け取る。中に入っていたビデオを見たピムは映っていた若い頃の自分からウルトロンを停止させるための方程式を教えられる。アベンジャーズは後にウルトロン復活に繋がることになるスパイダーウーマン救出のためのインテリゲンシアとの戦いを迎える。ウルトロンが復活するとピムはアイアンマンと通信してコードを教え、それをウルトロンにアップロードさせる。コードのアップロードが完了するとウルトロンは破壊される。ウルヴァリンとインビジブルウーマンは正常に戻った現代のニューヨークへ帰還する。彼らが作戦の成功を祝おうとした直前、巨大な衝撃波が時間と空間を横切り、世界が一瞬砕け散ったように見えた後に元に戻る。アベンジャーズ・タワーでヘンリー・ピム、アイアンマン、ビーストはウルヴァリンの歴史改変のせいで時空連続体の損傷が限界に達し、様々な別次元に裂け目が広がってしまったのだと推測する。アルティメット・マーベルの世界では、マイルズ・モラレスがスパイダーマンとして活動しているところに閃光は走り、直後にその中からギャラクタスが姿を現す。ヘンリー・ピムは何が間違っていて、何をすべきかを理解したとつぶやく。地球の遥か上空ではアンジェラが出現し、自分を元の世界から引き離した何者かへの復讐を誓う。ヘンリー・ピムは2つの破滅的な時間線の誕生に自分が関与していたことで自己嫌悪を抱き、自殺まで検討していた。だがピムがいなくなった世界はより破滅的であったことを理解すると彼は世界をより良く動かせる存在であると確信する。再挑戦の機会を与えられたと感じたピムは科学者、ヒーローとしての新たな活動を開始する。