ジェイソンとパイパー、アナベスの三人は、巨人たちの動向を探るために、イタキ島にヘイゼルのミストの力を借り上陸し、蘇ってきた亡霊たちの集まりに潜入する。そこで、ジェイソンはガイアがアテネで目覚めようとしているという情報を亡霊から聞き出す。そこから逃げる際、1980年代にアラスカで戦士したマイケル・バルスに帝国の金でできた剣で背中を刺され、重傷を負う。そこへユノが現れ、アテネへ行くには、ペロポネソス半島を迂回する航路を取るしか道はない、と警告する。また、勝利の女神ニケのギリシャとローマの統合失調症が治らない限り、ギリシャとローマの溝は埋まらない、と告げる。そして、オリンピアへ行き、ニケを見つけるよう助言する。その頃、ニコ、レイナ、ヘッジの三人は、アテナ像と共にハーフ訓練所を目指していた。しかし、一回でニコがシャドードライブできる距離には限界があり、途中で力を使い果たしそうになったニコは、誤ってベスビオ火山の上にシャドードライブしてしまう。レイナは母ベローナから与えられた能力パワーシェアで、ニコに自分の力を分け与えることで、ニコは火山から離れたところへのシャドードライブに成功し、三人は火山に突っ込まずにポンペイにたどり着く。ニコとレイナは、ヘッジに最初の見張りを任せ、眠りにつく。夢の中でレイナは、ガイアが放った狩人が自分たちを追っていること、そしてオクタビアヌスがハーフ訓練所の攻撃計画を進めていることを知る。目覚めたあと夕暮れ時に三人は、ガイアが蘇らせた土でできた死者たちに襲われる。ニコがディオクレティアヌスの王笏を使ってローマの死兵たちを操り、死者たちに対抗しようとするが笏は折れ、死兵たちは消えてしまう。間一髪のところでニコがシャドードライブに成功し、三人は危機を脱する。リオ、パーシー、フランク、ヘイゼルの四人は、ニケを探すためにオリンピアに降り立つ。四人はニケを見つけるが、ニケは重度のギリシャとローマの統合失調症にかかっていた。ニケは四人に戦い殺しあうように要求するが、四人は力を合わせニケを捕らえることに成功する。ニケは、その場にいるリオ、パーシー、フランク、ヘイゼルの四人のうち誰か一人が命を犠牲にしない限り、ガイアを止めることはできないと告げる。四人は、死者をも生き返らせるphysician's cure「医者の薬」の材料として、ピュロスの毒、スパルタでしばられた神の心臓の鼓動、デロスの呪いを探すことを決意する。ニコ、レイナ、ヘッジの三人はポルトガルにシャドードライブする。ニコは夢のなかでヒュプヌスの息子クロビスに会い、狩人に関するアドバイスをもらうためタレイアにメッセージを伝えてもらう。また、夢を通してハーフ訓練所の会議の様子を見せてもらう。ハーフ訓練所は、ユピテル訓練所のハーフたちの軍勢にすっかり包囲されていた。また、レイチェルの神託の力が失われてしまったことも知る。夢からさめた後、ニコが幽霊を追って行った先でニコは父のハデスに会う。ハデスはニコに、彼らを追っている狩人がオリオンであること、そして予言の7人のハーフのうち一人が死を避けられないことを教え、アテナ像をシャドードライブでハーフ訓練所に送り届けるのは、ニコの身体がもたないだろうと警告する。ハデスと別れた後、ニコたち三人はオリオンの手下であるリュカオンに襲われる。ニコはリュカオンを刺し殺し、そのせいで生まれた影を通ってシャドードライブする。一方、パイパーとフランクはペリクリメナスの子孫をたずねてピュロスの毒を手に入れる。パイパーの短剣カトプトリスの映像から、次の行き先であるスパルタにはパイパーとアナベスが向かうことが決まる。パイパーは夢で、巨人たちが自分たちの航路を予測していたことを知る。夢の中で、スパルタには巨人ミマスがパイパーたちを待ち受けていることも知る。これを聞いたパーシーは、アナベスとパイパーの二人だけでスパルタに行くことに猛反対するが、アナベスが説得し二人はスパルタへ行く。二人はミマスの攻撃を受けるも、囚われていたマカイを手に入れることに成功する。レイナたち三人は、プエルトリコの首都サンフアンにシャドードライブする。そこはレイナの故郷であった。レイナは誘拐されるが、その犯人はアルテミスのハンター隊だった。誘拐された先で、レイナはアマゾン族の長で姉のハイラに再会する。アマゾン族とハンター隊は、レイナたちを追っている狩人オリオンに長年仲間を殺され続けており、その復讐のためにレイナたちを餌としてサンフアンに引き寄せたのだ、とハイラは説明する。そこへ、オリオンがやって来る。ハンター隊のフィービー、アマゾン族のキンジーはオリオンの手にかかり、戦死する。レイナとハイラたちは力を合わせ、オリオンへと立ち向かう。ニコとヘッジも助けに駆けつけ、タレイアに連れられ三人はその場を脱出する。レイナは町に現れた幽霊たちに殺人者、裏切り者、と罵られるが、その理由はこの時点では明らかにならない。アルゴⅡ号は嵐に襲われ、転覆寸前だった。イタキ島で負った傷が悪化して動くのがやっとなジェイソンもベッドから起き上がり、戦いに参加する。嵐の原因を突き止めるため、パーシーとジェイソンは海に潜る。海底では、ガイアと取引したポセイドンの娘の海嵐の女神キュモポレイアが、嵐を引き起こしていた。そこへポリュボテスが現れ、パーシーを毒で殺そうとする。ジェイソンは、ユピテル訓練所とハーフ訓練所にキュモポレイアを祀る神殿を建てるから、ポリュボテスを殺すのを手伝って欲しい、と取引をもちかける。キュモポレイアはこれを承諾する。このことをきっかけに、ジェイソンはガイアとの戦いが終わったあかつきには、ギリシャかローマに関係なく無名の神々たちを祀る仕事をしようと決める。自分がギリシャとローマ双方のオリンポスの子供なのだ、と認めたとき、ジェイソンの傷が治る。ニコは、レイナが自分の過去について何かを隠していることを感じ取り、相談にのる。レイナは、実は自分の父親を殺してしまったのだ、と告白する。ニコは詳しく話を聞いた後、それはレイナの父親でなく、父親の負の感情が残った狂気の精マニアという存在であり、レイナは実際に父親を殺してしまったわけではない、と慰める。そこへ、オクタビアヌスの手下のブライス・ロレンスが現れ、レイナを捕らえると宣言する。レイナに危害が及びそうになったその時、ニコは怒りを爆発させブライスを幽霊に変え冥界に送ってしまう。力を使い果たしたニコは意識を失ってしまう。目が覚めたニコはレイナとヘッジに自分が闇に溶けかけていたこと、そして三日間昏睡していたことを知らされる。二日後の8月1日になれば、オクタビアヌスはハーフ訓練所への攻撃を開始し、そうすればギリシャとローマの溝を埋めることは不可能になってしまう。ニコは焦るがニコが気を失っている間に、ヘッジは様々な仲間と連絡をとっていた。そして、これ以上シャドートラベルすればこの世から消えてしまうかもしれないニコに代わって、ペガサスの長を始めとしてその仲間たちがアテナ像の輸送の協力に駆けつける。リオ、フランク、ヘイゼルの三人は、デロス島に着きアポロンとアルテミスに会う。二人はゼウスの命令に逆らったため、ゼウスの怒りに触れないようこの島に隠れていたのだ。リオは自分が作った楽器と引き換えに、医者の薬の最後の材料であるデロスの呪いをアポロンからもらう。アポロンは、医者の薬を手に入れるには治療の神で自分の息子のアスクレピオスに会うよう告げる。フランクとヘイゼルは、アルテミスからオクタビアヌスがキュクロプスが作った投石機を使ってハーフ訓練所を一網打尽にしようと企んでいること、ハーフ訓練所の攻撃のために多くの怪物と手を組んでいることを教わる。アルゴⅡ号に戻る前に、リオはフランクとヘイゼルにガイアを倒す計画を話し、協力してくれるように頼む。リオが自らを犠牲にするつもりだと知った二人は反対するが、リオに説得され渋々承諾する。アスクレピオスのいるエピダウロスに到着すると、リオ、ジェイソン、パイパーの三人はアスクレピオスに会い、ついに死者をも生き返らせる医者の薬を手に入れる。アルゴⅡ号に戻ってからリオはパイパーに医者の薬を渡すふりをするが、実際に渡したのはヘイゼルがミストで作り出した偽物の薬だった。レイナたちは、ついにアテナ像をロングアイランドまで運ぶ。海上のヨットに着地した三人はオクタビアヌスの右腕のマイク・カハレ、五番コホルスのダコタ、四番コホルスのレイラに見つかるが、タイソンの奇襲によりレイナたちはその場を切り抜ける。ダコタ、レイラにはレイナを捕らえる意志はなく、二人はレイナに協力を申し出る。ヘッジは妻のメリーの元へ向かい、ニコ、ダコタ、レイラの三人はオクタビアヌスの攻撃開始を遅らせるためユピテル訓練所の野営地へ向かう。一人になったレイナの元に、ハイラとタレイアの攻撃を逃れたオリオンがやって来る。レイナとオリオンは戦い、レイナはアテナ像の加護を受けてオリオンに勝利する。ついにアテネに到着したアルゴⅡ号に、アテネの王と名乗る蛇人間ケクロプスが巨人たちの元への道案内を申し出に来る。しかし、実際はケクロプスはガイアと取引をしていてパイパーたちをはめようとしており、そのことを見破ったパイパーは歌でケクロプスを操って自分たちを裏切ることなく、巨人の元へ連れて行くよう命令する。パーシー、アナベス、パイパーの三人は、ヘイゼルのミストの力も借りて、アテネに侵入するが、パーシーとアナベスは巨人たちに捕まってしまう。アルゴⅡ号で待機していたメンバーが駆けつけるも、パーシーとアナベスの血でついにガイアは目覚めてしまう。ニコ、ダコタ、レイラの三人は、ユピテル訓練所の野営地に潜入する。ダコタとレイラは自らのコホルスにハーフ訓練所を攻撃しないよう説得に向かう。ニコはオクタビアヌスの暗殺を計画するが、同じくユピテル訓練所の偵察に来ていたハーフ訓練所のウィルとルー、セシルと会う。四人は投石機の照準を狂わせる作戦に出るが、途中でオクタビアヌスに見つかってしまう。オクタビアヌスは、投石機をハーフ訓練所めがけて発射するが、ニコたちの作戦のおかげで狙いはそれた。しかし、発射に怒ったギリシャのハーフたちがついに武装して突撃しようとするが、ちょうどその時ペガサスに乗ったレイナがあらわれハーフの丘にアテナ像を据える。像から金色の光が放たれ、ギリシャとローマの溝は埋まったかのように見えた。しかし、目覚めたガイアの魔の手がハーフ訓練所に伸びる。アテネで巨人たちを相手に不利な戦いを強いられていたジェイソンたちの元に、統合失調症から回復した神々が応援に駆けつける。巨人たちを一掃したあと、ゼウスはガイアを止めるために7人をロングアイランドへ吹き飛ばす。巨人の攻撃で既にダメージを受けていたアルゴⅡ号は、その移動に耐えきれず崩壊し始める。ジェイソンたちはリオの言葉に従って、墜落しつつある船にリオだけを残し先にハーフ訓練所へ向かう。ハーフの丘ではギリシャとローマの訓練生たちが、オクタビアヌスが集めた怪物の軍勢により包囲されていた。ジェイソンたちは、レイナやニコたち訓練生に加わり怪物と戦い始める。そこへ、それまでアテナ像の力で抑えつけられていたガイアがついに姿を現す。そのとき、アルゴⅡ号と墜落したはずのリオがフェスタスに乗って現れ、ガイアに火の玉を食らわせる。そしてフェスタスはガイアの身体を掴み飛翔し、戦いの舞台は空中へと移る。一方、ニコはウィルに呼ばれ戦いを抜け、オクタビアヌスの元へ向かう。オクタビアヌスはギリシャ勢を滅ぼしローマを救うことで、ローマの救世主になる夢に取り憑かれていた。そして照準のずれた投石機で、誤って自らを空へ打ち上げてしまう。ジェイソンはパイパーを連れ、リオの後を追う。ジェイソンの嵐でガイアを力の源である地面から遠ざけ弱らせ、リオの炎で砕き、パイパーの話術でガイアを少しの時間眠らせることに成功する。リオは、自らを火の玉と化してガイアを滅ぼす決意を固めていた。そして、リオはジェイソンとパイパーを逃がした後、自分もろとも炎を爆発させる。空へ打ち上がったオクタビアヌスと共に、ガイアは滅び、再び眠りについた。ハーフ訓練所とユピテル訓練所は、友好関係を築く。フランク、レイナはプラエトルとしてユピテル訓練所に帰り、ヘイゼルも五番コホルスの隊長に昇格してユピテル訓練所に戻る。ジェイソンとパイパーはハーフ訓練所に残り、パーシーとアナベスは残りの一年の高校生活をニューヨークで終えた後は、ニューローマに移り住みそこの大学に通うことを決める。ニコもハーフ訓練所に残ることを決める。ハルピュイアのエラ、タイソンはユピテル訓練所へ行き、神託の力を失ったままのレイチェルもユピテル訓練所へ行くことになる。シビラの書を暗記しているエラと共に、レイチェルは未来の解読をすることになる。ニコはパーシーに片思いをしていたことを打ち明ける。ジェイソンたちは、リオの身の心配をするがハデス/プルトの子であるニコとヘイゼルは、リオの死を悟っていた。しかし、その死が普通の死の感覚と違うことに、望みを抱く。自分の身を犠牲にしてガイアを滅ぼしたリオは、フェスタスの背の上で目覚める。そして、オギュギアの島を見つけてカリュプソとの再会を果たす。カリュプソは荷作りを済ませていて、二度とこの島には戻ってこないことを宣言する。リオとカリュプソの二人はフェスタスに乗って飛び立つ。語り手はジェイソン、パイパー、リオ、レイナ、ニコの五人である。これでパーシージャクソンシリーズは完結する模様だが、今度はアポロンが主人公のシリーズ「アポロンと5つの神託」が始まる。作者リック・リオーダンの新作は2015年秋に米国で出版予定のMangus Chase and the God of Asgard,Book One~The Sword of Summer~（マグナス・チェイスとアスガルドの神々　夏の剣）で、題名からわかるように北欧神話が元になっているようである。