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昭和24年（1949年）、日本の降伏から4年が経ったが、アメリカとソ連の「冷たい戦争」が表面化する中で、アメリカは日本をアジアにおける「反共の砦」とする必要に迫られていた。こうして、いまだ連合国（事実上は米軍）による占領下の日本では、GHQと日本政府主導によるドッジ・ライン政策と呼ばれる経済合理化政策が推し進められていた。大企業は次々に大量首切りを発表、労働組合側は反対闘争に立ち上がり、その中心となる最大勢力が60万人を擁する国鉄労働組合（国労）であった。6月1日に国鉄が発足したが、7月1日に国鉄初代総裁・下山定則は職員10万人の解雇を発表した。これに対して国労は大規模なストライキで闘う構えを示した。国労は、共産党とともにドッジ・ライン反対闘争を展開したのだ。国労10万人首切りの成り行きいかんは、ドッジ・ラインの成功・不成功が懸かっていた。7月4日、下山は国労に対して、第一次整理の3万700人の解雇を通告した。
国鉄の大規模ストライキを前に世間が騒然としている7月5日、昭和日報の社会部記者・矢代（仲代達矢）は、上野に集結するシベリヤからの復員兵たちの集会を取材していたが、その時、下山国鉄総裁が行方不明になっていることを知らされた。運転手の証言によれば、下山は、朝に会議のために公用車で自宅を出た後、日本橋の三越に立ち寄り、そこで消息を絶っている。7月6日午前0時25分頃、東京都足立区にある常磐線（北千住駅－綾瀬駅間）が東武伊勢崎線と交差するガード下で、下山の轢断された死体が発見された。内閣官房長官（仲谷昇）は、即日、下山が他殺されたのではないかとの声明を出した。「下山事件特別捜査本部」が設置された。このうち警視庁捜査一課では自殺説、捜査二課および東京地検の特捜部では他殺説に傾いていくことになる。
東大の法医学教室での遺体解剖では、他殺の根拠となる「死後轢断」の判断が出された。矢代記者が取材すると、出血などの「生活反応」がまったく見られないので死後轢断にまちがいない、とのことであった。一方、5日の現場付近で下山総裁らしい人物を目撃したとの情報が数多く寄せられた。東武線の五反野駅で下山らしい人物が下車したと駅員が証言した。矢代と同僚（役所広司）は、下山らしい人物が滞在したという末吉旅館で女将（菅井きん）に取材したが、女将の証言には疑問点や他の証言者との食い違いが見られた。「3時間もいたなら煙草好きの総裁なら吸い殻がいっぱいのはずだ」というが、覚えていないという。矢代は社会部で議論し、目撃されたのが下山の替え玉だとしたら、この事件は労働組合や共産党など左翼のせいにする右翼の「稀に見る計画知能犯罪」かも知れない、と推測する。だが、川田記者（浅茅陽子）の取材によれば、慶應大の館野教授（浜田寅彦）は、出血がないのは「生体轢断」によく見られるとして、自殺説を主張していた。
7月15日、中央線の三鷹駅で無人の列車が暴走する「三鷹事件」が発生。社会部の遠山部長（中谷一郎）は矢代に、下山はもはやニュースじゃないので三鷹へ取材に行け、と説得するが、矢代は東大の法医学教室に通い続けた。三鷹事件と下山事件は関連があると見られた。三鷹事件では、共産党員2名が逮捕された。政府の吉田茂首相ら は、下山・三鷹両事件などが続発する情勢に対し、これらのいわゆる社会不安は共産党の運動方針に源を発していると扇動者として名指しし、反共政策を正面に出して治安対策に当たると声明した。世論も下山他殺説を支持し、国労 左派の犯行と噂した。これにより、ドッジ・ライン反対闘争を闘っていた国鉄労働組合らの勢力は左右に分断され、GHQと日本政府は国鉄に職員9万5000人を整理解雇させることに成功した。ドッジ・ライン反対の中心勢力である国労の敗北を契機として、大量首切りが政府の計画通り実施されていった。
矢代記者は東大で、ある教授から特ダネを聞き込んだ。米軍もこの事件を捜査していて、GHQの犯罪科学研究室が事件現場で血痕を見つけたというのだ。血痕は轢断場所の手前にあったという。矢代は、夜間に血痕を発光させる「ルミノール反応」のことを聞かされ、夜に事件現場で大量の血痕を発見した。血痕の血液型は、下山と同じA型と判った。矢代から報告を受けた東京地検の伊庭次席検事（神山繁）らはこの血痕を重視し、矢代記者に正式な身分で捜査に加わってほしいと依頼する。捜査の一員になれば、記者の身分は拘束され、記事は書けなくなる。矢代は、現場から血痕が発見されたということを記事にした。夜、電車に乗ろうとホームで待つ矢代を、尾行してきた謎の男が突き落とした。幸い、電車は大きく飛んだ八代の隣の線路で止まった。遠山部長はデスクにならないかと矢代に勧めるが、下山事件から離れることを意味するので矢代は「俺はこの事件と心中するつもりなんだ」と断った。矢代は、東大法医学教室の研究員として正式に下山事件の科学捜査に加わることになった。血痕の検査が進み、矢代が現場で発見した血痕は、下山総裁のものらしいという検査結果になった。他方で、奥野警視総監（平幹二朗）は、事件の2日前に下山総裁に会っており、官房長官から護衛をつけるように言われていたのだが、「労組側の情報が取りにくい」と、あえて護衛をつけなかったために事件が起こってしまったことを後悔していた。事件から1ヶ月が経過するので、総監は自殺説で幕を引こうと考えるが、東大との見解統一をどうするかで悩む。警視庁が自殺と発表するといったんは報道されるが、記者会見で捜査続行が告げられる。
下山総裁が着ていた衣服や靴には、ヌカ油や色素などが付着していた。東大衛生裁判化学教室の秋田教授（近藤洋介）から裁判化学的に研究したいと申し出があり、警視庁捜査二課の若い大島刑事（山本圭）が担当することになった。その間にも逮捕者が出るが、そのほとんどが共産党員であった。矢代は、大島刑事とともに聞き込み捜査を続けた。ヌカ油を扱う工場は都内に多数あった。あるとき立ち寄った国原鋼材という会社は、ピアノ線を製作していたが、そこの主任（信欣三）によると、これは米軍が山の中の戦闘で使用するものだという。このとき、謎の男が窓の外から矢代たちを覗いて監視していることに、矢代は気づいた。ふとあることで、大島と矢代は、ヌカ油と色素は同じ工場で付着したのではないかと思い至り、その工場の数は限られていることを突き止める。いよいよ総動員態勢を決めた地検の伊庭次席検事らは、捜査の見通しが出てきたので喜び、前祝いを兼ねて忘年会をしようという。
矢代は、下山邸に未亡人（岩崎加根子）を訪問する。未亡人によれば、事件の翌日に糸賀と名乗る自称・政治家（小沢栄太郎）が来訪し、「遺書があるでしょう、なかったら遺書を書きなさい」と自殺説を裏付ける遺書を書いて発表するように勧めた。このとき、彼女は下山が殺害されたと悟ったという。矢代が糸賀を訪ねて事情を訊くと、国の将来のためにそういう行動を取ったのだ、「あのままに放置しておいたら今頃は間違いなく革命が起きていただろう」と話す。糸賀は殺しのプロではないように見えるが、背後の勢力に操られているのだろうと、矢代は推測する。
下山事件から1ヶ月が経った昭和24年8月頃、事件の3日前に大韓民国代表部に李中漢（井川比佐志）という韓国人の情報屋が現れて、事件の予告を垂れ込んだ。李は米軍のCIC（米陸軍情報部隊）にも垂れ込んだが、虚偽の情報で扇動したとして、米軍が接収していた長崎県の針尾収容所に収容されていた。昭和25年初夏、韓国代表部の書記官から知らされた矢代は収容所の李に面会して、事件の謎を聞き出そうとした。李が「嗄(しゃがれ)声の男」から得たという情報によれば、下山総裁は7月5日に数人の男により誘拐されて、脇の下の血を抜かれて殺害され、死体は午後11時頃に列車に轢かれたという。米軍憲兵（MP）の監視が厳しいために李の話せることには縛りがあり、また捜査で判ったこととは細部に食い違いがあったが、興味深い内容であり、検察も興味を示した。遠山部長の情報によれば、李はその後に米軍のヘリコプターで本国に送還されたらしい。遠山は、李は真相を知りすぎたために海へ落とされて消されたのだと推測し、矢代に消される前に事件から手を引くべきだと説得を試みる。昭和25年（1950年）6月、朝鮮戦争が勃発、昭和28年（1953年）まで続いた。日本は米軍の兵器廠となって、特需景気に沸き、戦後復興が進む。
松川事件の一審・二審では、多くの被告が有罪となり、死刑5名・無期懲役5名というかつてないほどの重刑の判決を受ける。東京地検特捜部に報告書を持参した矢代は、伊庭次席検事に向かって、下山総裁自殺発表の中止命令がどこから出たか、また捜査本部解散の理由を訊いた。伊庭によれば、G2（米軍参謀本部第二部）からの圧力があったらしい。下山他殺捜査があんな結果になったのも、松川事件の重刑も米軍の圧力ですか、と詰め寄る矢代。昭和26年（1951年）9月、吉田茂首相はサンフランシスコ講和条約および（旧）日米安全保障条約に調印し、ここに第二次世界大戦は終結し、日本は独立を回復した。昭和27年（1952年）5月、血のメーデー事件で2名死亡。昭和28年（1953年）7月、板門店で朝鮮戦争の休戦協定調印。昭和29年（1954年）3月、マーシャル諸島の米水爆実験、いわゆる第五福竜丸事件で（日本では）1名死亡。日本の各地で、在日米軍の基地に対する反対闘争が盛り上がりを見せていた。
昭和32年（1957年）、昭和日報の矢代の元へ、堀内と名乗る男から手紙が届く。それによれば、北海道から上京して國原鋼材という会社に勤務した彼は、あの7月5日に駆り出されて、日本橋の三越で下山総裁の誘拐に関与させられたという。事後、憲兵（MP）に銃で脅され、台湾に連行されると聞かされた堀内は夜に脱走し、各地を隠れて転々と移りながら疲れ果て、麻薬患者となって、死ぬ間際に矢代に告白の手紙を書いたのだ。國原鋼材を訪ねた矢代記者と大島刑事は、そこがかつてヌカ油の捜査で来た工場だったと気づく。ここは、かつて小さな町工場だったが、今は大工場になっていた。あのときの米軍が山中の戦闘で使うピアノ線は朝鮮戦争の戦争準備だったことに感づく。下山総裁を誘拐した4人の男がここで働いていたとすれば、単なる偶然ではないだろう。堀内の手がかりはなかったが、その会社には謎の男・唐沢（大滝秀治）が出入りしていた。大島によると、唐沢は米軍の工作員として戦後の日本で暗躍し、警察の取調べを受けるも、米軍によって釈放させられた謀略家であるらしい。矢代と大島は、堀内の消息を求めて北海道を訪ね回るが、行方はまったく判らなかった。ある宿屋でくつろいでいると、見知らぬ男から仲居を通じて「お前たちもいつか抹殺される」という脅迫状が届く。何者が彼らを脅すのか、まったく不明。矢代は、糸賀、彼を駅で突き落とした男、國原鋼材で覗いていた男、唐沢らを思い浮かべる。大島は下村がヌカ油か染料のある場所に監禁されていて、替玉が旅館に向かったと推理する。
昭和35年（1960年）、安保闘争で騒然とする日本。政府自民党は5月19日に警官隊を導入して、新安保条約を単独強行採決。6月4日夜、3波にわたるゼネスト。6月10日、ハガチー事件（アイゼンハワー米大統領訪日の打ち合わせで来日したジェイムズ・ハガティ大統領新聞係秘書が安保闘争のデモ隊に包囲され、羽田から米軍ヘリで脱出）。6月15日、警官隊とデモ隊が衝突して1名（樺美智子）が死亡。社会部のデスクとなっていた矢代に、小野記者（橋本功）が、横田基地の近くで丸山という労務者を見かけたと報告する。その男は、下山事件の後に窃盗で拘置され、寝言で「下山総裁なんてそんな偉い人を殺してない」などと奇妙なことを口走った男だという。矢代と大島は、丸山（隆大介）を執拗に追及し始めた。丸山は、知らぬ存ぜぬを繰り返す。丸山の妻の西田佐知子の「アカシアの雨がやむとき 」の歌が聞こえてくる。八代は丸山の働くダム工事現場まで訪ねて行く。昭和38年（1963年）9月、松川事件裁判の最高裁判決で、全員逆転無罪となった。下山事件は時効の前年だ。二人の説得に、ついに丸山は、50万円（当時としてはかなりの高額）と引き換えなら、知っていることを話してもよいと告げる。命の安全のために生まれたばかりの子どもと妻と逃げ回らなければならないから必要だというのだ。矢代は、前年に刑事を辞めて病院の事務長になっていた大島とともに、丸山から事情を訊く。下山総裁が誘拐されたあの日、丸山は李も話していたボスの「嗄（しゃがれ）声の男」（草薙幸二郎）に命じられて、生暖かい死体あるいは仮死状態の男の体を、仲間とともに事件現場の線路上に運んだのだという。下山総裁とは知らずに男の体を線路上に運んだ丸山は、腰を抜かして線路脇にしゃがんだまま、列車に轢断されるのを驚愕しながら見つめていたのだ。細かい事実が違うのでもっと訊きたいことがあるとの矢代らの追及に、「命が危ないのにそんなやばい作り話をするか」と激怒し、丸山は50万円を受け取り、慌てて姿を消した。昭和39年（1964年）、日本は東京オリンピックに沸いた。開会式のテレビを見て盛り上がる社会部の矢代の元に、ある駅から電話があった。驚いて駅に駆けつける矢代。あの丸山が駅のホームから線路に転落して電車に轢かれ、八代の着く直前に息絶えていた。彼の妻は、売店に行っていたので、転落を見ておらず、ほかに確かな目撃者はいないという。何者かに突き落とされて、口を封じられたのか。死ぬ間際に、丸山は矢代に何かを告白したくて面会しようとしたのか。矢代が丸山の手を握り締めて何かを大声で叫び続けたが、その声は通過する列車の轟音にかき消された。この年、下山事件は公訴時効となった。（終）
レアル・ソシエダのカンテラで育成され、2クラブへのレンタルを経て2007年9月にトップチームデビュー。2012–13シーズンは28試合に出場し20年以上ぶりとなるUEFAチャンピオンズリーグ出場権獲得に貢献した。2014年3月のUDアルメリア戦でプロ初ゴール。2017年7月、ヘタフェCFにレンタルで加入。
1934年、埼玉県生まれ。1971年、早稲田大学大学院文学研究科博士課程史学線香単位取得退学。早稲田大学教育学部教授。2003年、名誉教授。
推古天皇36年（628年）に推古天皇が崩御すると、皇嗣を巡って、敏達天皇の孫・田村皇子（のち舒明天皇）を推す蘇我蝦夷と、用明天皇の孫・山背大兄王を推す境部摩理勢とが争う。泊瀬王は兄の山背大兄王を支持して、境部摩理勢を自邸の泊瀬王宮に匿うなどその後ろ盾となった。しかし、山背大兄王の説得により摩理勢は泊瀬王宮を退去し、さらに泊瀬王は病気となり間もなく没した。泊瀬王は斑鳩の地に泊瀬王宮（飽浪葦牆宮 - あくなみのあしがきのみや）を置き、泊瀬部（長谷部）も所有していたと見られている。
分子モデリングの文脈における力場（りきば、英: force field）は、粒子の系（通常分子および原子）のポテンシャルエネルギーを記述するために用いられる関数の式および媒介変数を意味する。力場関数および媒介変数（パラメータ）セットは、実験ならびに高レベルの量子力学計算に由来する。「全原子」力場は水素を含む系の全ての種類の原子のパラメータを提供するが、「融合原子 (united-atom)」力場は、メチルおよびメチレン基中の水素および炭素原子を単一の相互作用中心として扱う。タンパク質の長時間シミュレーションに頻繁に使用される「粗い (corse-grained)」力場は、計算の効率性を上げるためにより粗い表現を用いる。化学および計算生物学における「力場」という用語の用法は、物理学における標準的な用法とは異なっている。化学では、ポテンシャルエネルギー関数の系であり、物理学で定義される力場はスカラーポテンシャルの勾配である。
ポテンシャルの関数型に加えて、力場はそれぞれの原子の種類のための一連のパラメーターを定義する。例えば、力場はカルボニル基やヒドロキシ基中の酸素原子のための異なるパラメーターを含んでいる。典型的なパラメータセットは個別の原子について原子質量、ファンデルワールス半径、部分電荷の値を、結合した原子のつながりについて結合長、結合角、二面角の平衡値を、それぞれのポテンシャルについての有効バネ定数に対応する値を含む。現在のほとんどの力場は、それぞれの原子の電荷に局所的な静電環境によって影響されない単一の値が割り当てられている「固定電荷」モデルを用いている。次世代の力場では、近隣の原子との静電相互作用によって粒子の電荷が影響を受ける分極性モデルが取り込まれている。例えば、分極性は誘起双極子を導入することによって近似できる。また、ドルーデ粒子（それぞれの分極可能原子にバネ様の調和ポテンシャルによってつながれた質量のない電荷を持つ仮想部位）によって表現することもできる。一般的に使用される力場への分極性の導入は局所的静電場の計算に関連する高い計算コストによって阻害されてきている。多くの分子シミュレーションがタンパク質、DNA、RNAといった生体高分子を含むが、任意の原子の種類についてのパラメータは実験的研究および量子計算によってより扱いやすい小さな有機分子の観測から一般に得られている。種々の力場は、気化のエンタルピー（OPLS）や昇華のエンタルピー、双極子モーメント、様々な分光学的パラメータといった異なる種類の実験データから得ることができる。パラメータセットおよび関数形式は自己無撞着となるように力場開発者によって定義される。ポテンシャル項の関数形式は非常に類似した力場間（あるいは同じ力場のバージョン間）でさえも大きく異なっているため、ある力場からのパラメータは異なる力場からのポテンシャルと共に決して用いてはならない。
全ての力場は数値的近似に基づいており、種々の実験データから得られる。したがって、これらは「経験的」であると言われる。一部の力場は、原子の部分電荷の静電的相互作用を顕著に減少させる環境の電子的分極を考慮してない。この問題は「分極力場」を開発することによって、あるいは巨視的誘電率を用いることによって解決することができる。しかしながら、単一の誘電率の値の適用は、タンパク質や生体膜の高度に不均一の環境では疑問の余地があり、誘電体の性質は用いられるモデルに依存する。ファンデルワールス力の全ての種類も、これらの力が誘起双極子と「瞬間的」双極子の相互作用に由来しているため、環境に強く依存している。これらの力に関する最初のフリッツ・ロンドンの理論は真空中においてのみ適用可能である。凝集媒質中でのファンデルワールス力のより一般的な理論は1963年にA. D. McLachlanによって開発された（この理論は元のロンドンのアプローチを特殊な場合として含む）。McLachlan理論は媒質中でのファンデルワールス力が真空中よりも弱く、異なる種類の原子は同じ種類の原子よりも弱く相互作用すことを意味する「like dissolves like」則に従うことを予測する。これは古典力場の開発に応用された連結則（スレイター＝カークウッド方程式）と対照的である。「連結則」は、2つの異なる原子（例えばC…N）の相互作用エネルギーは、対応する同一原子の対（すなわちC…CおよびN…N）の相互作用エネルギーの平均である、と述べる。McLachlanの理論によれば、媒質中での粒子の相互作用は、液体ヘリウムについて観察されるように、完全に反発的にもなりうる。McLachlanの理論の結論は、異なる材料間の引力（ハーマーカー定数）の直接的測定によって支持される。Jacob Israelachviliの著書「Intermolecular and surface forces」では、「水中での炭化水素間の相互作用は真空中での相互作用の約10%である」と結論付けられている。こういった効果は標準的な分子力学では考慮されていない。もう一つの批判は、タンパク質構造の精緻化といった実際的応用から来ている。CASP（Critical Assessment of protein Structure Prediction）の参加者らは、「分子力学の主要な問題、すなわちエネルギー最小化あるいは分子動力学が一般的に実験構造とは似ていないモデルを導くこと」を避けるために彼らのモデルを精緻化を試みていなかったことは有名であった。実際のところ、力場は種々のX線結晶構造解析およびNMR分光法において、特にXPLORプログラムを用いたタンパク質構造の精緻化にうまく適用されてきた。しかしながら、このような精緻化は一連の実験的制約によって主に決定され、力場は単に原子間障害を取り除くために使われるに過ぎない。計算の結果はDYANAプログラムに実装されている剛球ポテンシャル（NMRデータからの計算）あるいはエネルギー関数を用いない結晶構造精緻化のためのプログラムによるものと実質的に同じである。力場の欠陥はタンパク質のホモロジーモデリングにおける主要な障害であり続けている。このような状況から、リガンドドッキングやタンパク質折り畳み、ホモロジーモデルの精緻化、計算によるタンパク質設計、膜中のタンパク質のモデリング専用の経験的スコアリング関数が開発されることとなった。分子力学法はタンパク質折り畳みあるいはリガンド結合に対して的外れなエネルギーを用いて動いているという意見も存在する。典型的な力場のパラメータは昇華のエンタルピー、すなわち分子結晶の蒸発のエネルギーを再現する。しかしながら、タンパク質折り畳みおよびリガンド結合は結晶化あるいは液体-固体転移と熱力学的に非常に似ていることが認識されていた。これは、これらの全ての過程が凝集媒質中での運動性の分子の「凍結」を表わすためである。したがって、タンパク質折り畳みあるいはリガンド結合の間の自由エネルギー変化は融解熱（分子結晶の融解の間に吸収されるエネルギー）、配座エントロピーの寄与、溶媒和自由エネルギーに似たエネルギーの組み合わせに相当するはずである。融解熱は昇華エンタルピーよりも著しく小さい。ゆえに、タンパク質折り畳みあるいはリガンド結合を記述するポテンシャルは分子力学法におけるポテンシャルよりも弱くなければならない。実際に、タンパク質中の水素結合のエネルギーは、タンパク質工学あるいはαヘリックスからコイルへの遷移データから見積った時は ~ -1.5 kcal/molであるが、分子結晶の昇華エンタルピーから見積った同じエネルギーは-4 ～ -6 kcal/molであった。また、タンパク質工学データに由来する改良レナード＝ジョーンズ・ポテンシャルの深さは典型的な力場のものよりも小さく、McLachlanの理論によって予測されるように「like dissolves like（似たもの同士はよく溶ける）」則に従った。
分子力学法あるいは力場は1949年にHillおよびWestheimerによって独立に発表され、歪みエネルギーといった性質を推定するために主に有機化学分野に応用された。生物系に適用される力場の関数型は1960年代にLifsonによって確立された。半世紀にわたって、力場は我々の役に立ち、生体分子の構造および機能について有用な見識ならびに解釈を与えてきた。間違いなく、力場は、その計算効率の高さから、これからも広く使われ続けるであろう。一方でその信頼性も改良され続けるであろう。けれでも、上述したように力場には多くの周知の欠陥が存在する。加えて、任意の力場で用いられるエネルギー項の数は一意的に決定することは出来ず、高度に重複した自由度の数が通常用いられている。その結果として、異なる力場における「パラメータ」は大幅に異なっている。もちろん、標準の一対ポテンシャルへの分極の導入は非常に有用であろう。しかしながら、分極の量子力学的起源により、分子力学法において分極を取り扱うための固有の方法は存在しない。その上、我々は分子ゆらぎにおける力場自身の動的依存性に由来する性質により興味があることが多い。一つの可能性は将来、力場を構築するために量子力学を露に用いることによって現在の分子力学的アプローチを超えて力場が発展する、というものである。密度フィッティングや結合分極といった後述する数多くの「分極力場」は、既にこの目標に向かう重要な要素のいくつかを取り入れている。明示的分極（X-Pol）手法は、量子力場のために基礎的な理論的枠組みを確立しているように見える。次の段階は、古典力学よりも正確な結果に達するために必要なパラメータの開発である。
種々の力場が種々の目的のために設計されている。MM2は、主に炭化水素とその他の小有機分子の配座解析のためにノーマン・アリンジャーによって開発された。MM2は分子の平衡構造をできるだけ正確に制限するように設計されている。MM2には多くの異なる有機化合物の分類のために継続的に改良、更新された多くのパラメータが実装されている（MM3およびMM4）。CFFは、一般的な分子ならびに分子結晶のエネルギー、構造、振動を統合的に研究するための一般的手法としてWarshel、Lifsonらによって開発された。LevittおよびWarshelによって開発されたCFFプログラムは全原子の直交座標表現に基づいており、多くの後続のシミュレーションプログラムの基盤となる。ECEPPはペプチドおよびタンパク質のモデリング専用に開発された。ECEPPはポテンシャルエネルギー表面を単純化するために固定されたアミノ酸残基の幾何構造を用いている。ゆえに、エネルギー最小化はタンパク質のねじれ角の空間において行われる。MM2およびECEPPはどちらも水素結合のためのポテンシャルと単結合の周りの回転を記述するためのねじれポテンシャルを含んでいる。ECEPP/3はInternal Coordinate Mechanics (ICM) およびFANTOMに実装されている。AMBER、CHARMM、GROMOSは高分子の分子動力学のために主に開発されてきたが、エネルギー最小化には一般的に適用されている。したがって、全原子の座標が自由変項として考慮される。
水あるいは水溶液のモデル化のために用いられる一連のパラメータ（基本的には水のための力場）は、水モデルと呼ばれる。水はその独特な性質と溶媒としての重要性によって大きな注目を集めてきた。これまでに多くの水モデルが提唱されている（TIP3P、TIP4P、SPC、Flexible SPC、ST2等）。
テーマパーク、特に東京ディズニーランド、東京ディズニーシーのアトラクション、イベント、レストラン、周辺情報や裏情報などの連載をメインコンテンツとする情報サイトで、全記事がオリジナルである。一般人からしており、の筋金入りのディズニーファンや元従業員もライターとして参加している。現在はディズニー系の情報のみだが、「日本最大のテーマパークメディア」をコンセプトにしている。
住所：〒899-8699 鹿児島県曽於市末吉町本町1-7-2民営化直前の集配業務再編において、多くの集配普通郵便局は統括センターとなったが、当局は配達センターとされたため、民営化後も郵便事業株式会社の支店は併設されず、集配センターが併設された。
乗鞍高原の中心地、即ち鈴蘭地区から番所地区に至る一帯に引湯され、温泉地が広がる。この一帯には他にも温泉が存在し、これらと併せてのりくら温泉郷を名乗っている。旅館、ホテルのみならずペンションへも配湯されており、その数は約100軒存在する。中心地にはスキー場（Mt.乗鞍）が存在し、ウィンタースポーツも盛んである。日帰り入浴施設としては、市営の「湯けむり館」「銀山荘」があるほか、民間ペンションでも日帰り入浴が可能なものがある。また、無料で入浴可能な露天風呂、「せせらぎの湯」が存在する（季節営業）。
乗鞍岳の山腹から自然湧出する。源泉は古くから存在が知られ、湯畑が源泉付近にあり、昭和9年頃から湯川源泉での湯の花採りが行われ地域の収益の27％を占めており、昭和20年頃にも湯の花で生計を立てるものありとの歴史書の記述がみられる。湯の花は、硫黄沈殿物を主体とするもので、春夏の年2回採取が行われた。現在も源泉は湯の河原である湯河原に湧出するが、硫化水素ガスの発生のため入域・入浴できない。昭和20年頃から引湯の話はあったが実現せず、1974年から2年がかりで温泉地までの引湯設備を整備し、1976年にようやく完成。その際、源泉から7Ｋｍ以上の距離、高低差550ｍ弱の急峻な斜面と豪雪、酸性硫化水素泉という特殊な泉質による技術的問題をクリアする必要があった。現在の温泉地界隈の旅館やペンションなど100軒の施設に配湯が始まった。2005年より、温泉地の宣伝に用いる名称に平仮名表記の「のりくら温泉」を用い始めた。
福島県会津生まれ。東京都育ち。國學院大學久我山高等学校卒。明治学院大学法学部中退。1982年『無冠の疾走者たち』で日本ノンフィクション賞受賞。
前作が、テレビやネットにおいて特集が組まれたのをきっかけに発表された第2弾。前作同様電車をはじめとする鉄道の様々な音をクラシックで表現している。ジャケットにはカツミ製の近鉄30000系（ビスタEX）が使われている。また、中面ジャケットには、いろいろな車両に顔が描かれているが、これは『きかんしゃトーマス』が元ネタ。
大沖（だいおき、1984年2月6日 - ）は、日本の漫画家。広島県江田島市出身。男性。『まんがタイムきららキャラット』にて数回の読み切りを経て、2008年2月号から『はるみねーしょん』の連載を開始。『月刊コミックブレイド』にて、2009年2月号から『ひらめきはつめちゃん』の連載を開始。現在に至る。また「ダイオキシン」というサークルで同人活動も行っている。
絵柄は線が少なく、キャラクターの等身は低め。等身の高い人物を描く事もある。「＼すげえ／」「＼やべえ／」といった独特な吹き出しを使用する。キャラクターの目の描き方としては、丸で黒部分が多い、もしくは一本線のみのシンプルなものを描く。
よく筆名の読みを「おおおき」と間違われるらしく「はるみねーしょん」1巻の作者紹介の所では「だいおき」であることを強調したり、名前部分に振り仮名が付記されることがある。漫画家のかきふらいとは同人時代より交流がある。また一時あらゐけいいちのアシスタントと言われていた時期があったが実際にやっていたのはデジタル作業の代行程度であり、師弟関係ではなく同業仲間の先輩・後輩の関係にある。大学時代は、アーチェリー部の主将を務めていた。アーチェリーは高校からの経験者であり、主将を任されたとの事。広島出身であるためか広島東洋カープのファンである。
スイス連邦工科大学チューリッヒ校の応用数学研究所のエドゥアルト・シュティーフェルの下で大学院生だった1949年にコンピュータの調査のためにハインツ・ルティスハウザー (Heinz Rutishauser)と共に派遣され、ハーバード大学の会合でハワード・エイケンと面会して、プリンストン大学のジョン・フォン・ノイマンに会ってHarvard Mark IIや当時、開発中だったIASマシンの資料を入手した。帰国後、1950年に彼らは応用数学研究所で独自のアーキテクチャのERMETH (Electronic Calculating Machine of the ETH)の開発に着手して1955年に1500本の真空管・6400個のダイオード・多数の継電器を使用したスイスで最初の真空管式コンピュータであるERMETHを完成させた。同年、IBMに入社してIBMチューリッヒ研究所で勤務した。1962年にスペイゼルは教授に就任して計算機科学の講座で教鞭をとった。
2001年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件後45日間で成立し、米国内外のテロリズムと戦うことを目的として政府当局に対して権限を大幅に拡大させた法律である。この法律において電話やEメール、医療情報、金融情報や他の記録について当局に対し調査する権限を拡大し、アメリカ合衆国国内において外国人に対する情報収集の制限に対する権限を緩和し、財務省に対し金融資産の移転、とりわけ外国人や外国法人について規制する権限を強化し、テロに関係する行為をとったと疑われるものに対し司法当局や入国管理局に対し入国者を留置・追放する権限を高めることを規定している。さらに、「テロリズム」の定義を拡大し「国内テロ」をも含め、その結果本法は司法当局の拡大された権限を行使する場面が飛躍的に拡大している。2009年3月2日にアメリカ合衆国司法省が公開した、ブッシュ政権の政府高官達が作成した対テロ政策秘密メモ類によれば、“テロ容疑者”に対する捜索は大統領の政策であり憲法修正条項（第1条・第4条）の制約を受けず随時行なわれてよいし、また“戦時に人権は制限され得るべき”と記されていたという。
9月11日の攻撃と炭疽菌事件によってアメリカ人の間に不安が広がり、議会は安全保障を強化する法案の成立を急いだ。2001年10月23日、共和党のジム・センセンブレナー下院議員は、その月の初めに下院と上院に提出されていた法案を組み合わせ、下院3162号法案H.R. 3162として提出した。翌日の2001年10月24日、愛国者法は賛成357票対反対66票で下院を通過し、民主党の議員が提出した法案に圧倒的な差をつけた。その翌日の2001年10月25日、愛国者法は賛成98票対反対1票で上院を通過した。法案に反対する者たちは、その移民の拘留についてのあいまいな定義の権限、法執行機関の職員による所有者または占有者の同意または通知のない家宅捜索の許可、連邦捜査局（FBI）による令状のない通話、電子メール、資産管理記録の捜査を可能にする国家安全保障書簡の拡大利用と法執行機関による資料や資産の記録を含む企業活動の記録の捜査について批判した。議会を通過した後、愛国者法にはいくつかの法律上の課題に直面し、連邦裁判所は多くの条項が憲法に違反しているという判決を下した。愛国者法の多くの条項は、その通過からおよそ4年が経過した2005年12月31日の日没の開始に期限を迎えた。日没の日に先立つ数か月のあいだ、愛国者法の支持者たちは日没条項を恒久的なものにするために働きかけ、愛国者法を批判する者たちは市民が持つ自由を保護するために愛国者法の様々な部分を改正しようと模索した。2005年7月、アメリカ議会上院は、愛国者法のいくつかの重要な部分を変更した法案を可決したが、下院はもともとの表現を維持した法案を支持した。2つの法案はそれから、調停のために開かれた両院協議会において、共和党と民主党双方の上院議員から市民が持つ自由を無視していると批判された。2006年3月2日、上院に提出された法案から変更されたほとんどの部分を取り除いたものが可決され、2006年3月9日と10日に、ジョージ・W・ブッシュ大統領によって署名され、発効した。
愛国者法は多くのアメリカの法律に変化を与えた。重要な法律には、1978年の外国諜報活動監視法（Foreign Intelligence Surveillance Act of 1978、FISA）、1986年の電子通信におけるプライバシー保護法（Electronic Communications Privacy Act of 1986、ECPA）、1986年の資金洗浄規制法（Money Laundering Control Act of 1986、MLCA）、1970年の銀行秘密法（Bank Secrecy Act of 1970、BSA）、と1952年の移民国籍法（Immigration and Nationality Act of 1952、INA）がある。愛国者法それ自体は9月11日のニューヨーク市とペンタゴンに対する攻撃に対応するためのものである。これらの攻撃のあと、司法省が2001年の反テロリズム法（Anti-Terrorism Act of 2001）と呼ばれる法案を提出する前に、議会はただちにテロリスト対策の法案を作成するために動きだした。この法案は2001年のテロリズムの阻止と回避のために必要な適切な手段を提供するための法律（the Provide Appropriate Tools Required to Intercept and Obstruct Terrorism (PATRIOT) Act of 2001）として下院に提出され、のちにアメリカを統合し強化するための法（the Uniting and Strengthening America (USA) Act、H.R. 2975）として10月12日に下院を通過した。 そしてそれはラス・ファインゴールド上院議員が提案した多くの修正が加えられたあと、上院にUSA法（the USA Act、S. 1510）として提出され、それらはすべて通過した。法案は最終的に、米国愛国者法（the USA PATRIOT Act）として10月23日に下院に提出され、 下院2975号法案H.R. 2975、上院1510号法案S. 1510と下院3004号決議（2001年の金融反テロリズム法、the Financial Anti-Terrorism Act of 2001、H.R. 3004）の多くの条文と併合された。それはラス・ファインゴールド上院議員ただひとりだけが激しく抵抗し、反対票を投じた。パトリック・リーヒ上院議員もまたいくつかの懸念を表明した。しかしながら、反対する者も支持する者も法案の大部分は必要なものであると考えていた。最終的な法案には、2005年の12月15日の日没に期限を迎える多くの条項が含まれていた。論争のために数多くの法案は通過しなかったが、それらは米国愛国者法の改正を提示した。これらのなかには個人の権利を保護するための法律（Protecting the Rights of Individuals Act）、ベンジャミン・フランクリン真実の愛国者法（Benjamin Franklin True Patriot Act）や安全保障と自由を確実にするための法律（Security and Freedom Ensured Act、SAFE）が含まれる。2003年1月下旬、センター・フォー・パブリック・インテグリティ（社会の健全性のためのセンター）の創設者であるチャールズ・ルイスは、政府が成立を目指していた2003年の国内の安全保障の充実を図るための法律（Domestic Security Enhancement Act of 2003）のコピーを暴露した。この大いに議論となった書類はすぐに、メディアや電子フロンティア財団のような組織によって「第2の愛国者法」または「愛国者法の息子」とに呼ばれた。法案の内容は司法省の10の部門にわたり、さらに米国愛国者法の改善と拡大を提示していた。司法省はそれがただの法案に過ぎず、さらなる計画は含まれていないと主張したが、それは幅広く非難された。
第1章はテロリズムを予防するため、国内における安全保障の対処能力を向上させることを目的とするものである。この章によって、FBIが所轄するテロリズム活動への対策とテロリストを識別するための本部を設置するための基金が設けられた。大量破壊兵器が関わる状況において司法長官による要求があったとき、軍隊による支援を提供することが認められた。テロリズムが発生した場合の大統領の権限とともに、国家電子犯罪タスクフォース（The National Electronic Crime Task Force）の権限が拡大された。この章はまた、9月11日のテロリストによる攻撃の直後に、アラブ人やムスリムのアメリカ人を差別するものであると非難された。さきの法案で多くの条項のきっかけとなり、差別の非難となった一例は、かたちは違っていたが、トム・ハーキン上院議員(D-IA)がもともと提案した2001年のテロリズム退治法（the Combatting Terrorism Act of 2001）による修正である。それはもともと「ニューヨーク市、ワシントンD.C.とペンシルベニアで起こったテロリストによるハイジャックと攻撃の直後に行われた2001年9月12日のミサにおけるわが国と犠牲者のためのワシントン大司教区のセオドア・マキャリック枢機卿の祈りは、すべてのアメリカ人に『我々は犯人を探し出し、無辜の民を傷つけてはならず、また我々は道徳を欠き、正しい道に導こうとしないような人々のようになってはならない』ことを思い起こさせる」という表現が含まれていた。特定の人種に対するさらなる中傷や暴力への非難は、第10章でも、9月11日のテロリストによる攻撃の後に、ムスリムと間違えられ、そのような行為への非難があったシク教徒のアメリカ人の例が詳細に説明されている。
それにより司法省は、テロリズムを退治し、テロリストの行為を予防するための支援を呼びかける広告に従う者に対して、司法長官が報奨金をと支払うことができるようになった。25万ドル以上の報奨金は司法長官または大統領の個人的な承認がなければ支払われないか提示されず、報奨金が承認された場合、司法長官は上下両院の商務・司法・司法科学関連機関小委員会の委員長と少数派党の委員に通知しなければならない。1956年の国務省基本権限法（State Department Basic Authorities Act of 1956）は改正され、国務省は報酬を提供できるようになり、司法長官と相談しながら、テロリスト組織の完全な解体あるいは大幅な縮小、そしてテロリスト組織の重要人物の特定を行う。アメリカとカナダに対するテロリストの行為を防ぐことができると国務長官が判断した場合には、500万ドル以上の懸賞金を支払う権限が与えられた。DNA分析未処理サンプル排除法（DNA Analysis Backlog Elimination Act of 2000）は、連邦政府が作成するテロリズムまたは暴力的な犯罪を行った者のリストに掲載された人物のサンプルを含めるよう改正された。また、連邦政府の省庁は法執行機関と情報を共有することができるようになり、もうひとつの障壁が取り除かれた。こうして愛国者法は今や、電子機器を使用した監視または物理的な捜索を通じて情報を獲得した連邦政府の職員が、起こりうるあるいは実際の攻撃、破壊活動、国際的なテロリズム、諜報機関または外国勢力のネットワークによる秘密の諜報活動から国を守るために行われる審査において、連邦政府の法執行機関の職員と相談しながら調整を行うことを可能にした。シークレットサービスの管轄権は、コンピュータ犯罪、 アクセス装置犯罪、虚偽の身元証明書または装置、アメリカの金融機関に対するすべての犯罪活動を含むよう拡大された。教育総則法（General Education Provisions Act）は、テロリズムの連邦犯罪であると定義されている攻撃的な行為に対する審査または手続きのために、司法長官または司法次官が関連する教育記録を収集、保持し、教育省または機関が所有することを認めるよう改正された。司法長官または司法次官は、「教育記録が『テロリズムの連邦犯罪に関与しているかもしれない』情報を含んでいるおそれがあると信ずるに足る特定の明瞭な事実があるかどうかを確認しなければならない」。教育記録を残す教育機関が、そのような要請があった場合に記録を提出することによる法的責任はすべて免除される。愛国者法で最も論争を呼び起こしたもののひとつが第5章とそれに関連する国家安全保障書簡（National Security Letter、NSLs）である。FBIによる国家安全保障書簡は行政府による召喚令状の形式をとり、CIAと国防総省を含む他の省庁もまた同様であると伝えられている。令状は特定の法人または組織に属する個人について審査に必要な様々な記録とデータを収集するために発布される。それらは相当な理由または司法による監督を必要とせず、また令状の受取人が令状が発布されたことを公開することを禁止する裁判所による命令（口外禁止規定、Gag order）が含まれている。第5章により、以前はFBI長官または副長官しかできなかったそのような要請による国家安全保障書簡の発行が捜査局の特別職の職員もまた発行できるようになった。愛国者法のこの条項は、不特定の集団に対するアメリカ政府による国家安全保障書簡の発行が、憲法修正第1条および第4条に違反しているとしてアメリカ自由人権協会が訴訟を起こした。なぜなら国家安全保障書簡の発行に対して裁判で反対する法的手段がないこと、そして書簡の口外禁止規定のために命令について書簡の対象となる人物に対して司法長官から知らせることが許されていないのは違憲であるからである。裁判所はアメリカ自由人権協会の主張を受け入れ、 違憲であるとの判決を下した。のちに米国愛国者法は再認証され、国家安全保障書簡に対する司法による審査の手続を明記するよう改正された。国家安全保障書簡の受取人は、司法長官または他の必要な部署に対し、命令を受け入れるかまたは不服を申し立てるために書簡を受領したことを公開することができるようになった。しかしながら、2007年合衆国地方裁判所は再認証された国家安全保障書簡ですら無効を宣言した。なぜなら口外禁止規定に対する有意義な司法による審査はなされず、違憲状態にあると判断されたからである。
第6章は、アメリカ犯罪被害者支援基金（U.S. Victims of Crime Fund）を創設し、管理するために、1984年の犯罪被害者支援法（Victims of Crime Act of 1984、VOCA）を改正するものである。犯罪被害者支援法の改正は、公安省の職員またはその家族に対する経済的な支援の速度を改善し、促進するために行われた。法律の改正により、公務の遂行中にけがまたは死亡した職員に対する支援金は30日以内に支払われなければならなくなった。司法次官の権限は、米国愛国者法の第614条により、公安省職員共済プログラム（Public Safety Officers Benefits Program）を含む司法計画室（Office of Justice Programs）のすべての組織に対して許可を与えることができるよう拡大された。犯罪被害者支援基金に対する予算は増額され、給付を受ける方法が変更された。犯罪被害者補償プログラムによって給付を受けるための資格を満たした者に対する犯罪被害者支援基金を通じた給付の金額は、基金の総額の40％から60％へと増額された。犯罪被害者補償プログラムは、海外で被害に見舞われたアメリカ国民に対する補償も行う。補償の適用を求める者に対してはミーンズテストが行われる。犯罪被害者法により、監督官は犯罪被害者支援基金から給付を受ける者に対して、1年ごとに犯罪被害者支援プログラムへと適用の変更を求めることがある。犯罪被害者支援法の改正は、コロンビア特別区、 プエルトリコ自治連邦区、アメリカ領ヴァージン諸島またはその他のアメリカの領土に居住する犯罪被害者に対しても行われた。犯罪被害者支援法はまた、テロリズムまたは大規模な暴力事件における被害者に対する補償と支援も提供する。この改正により、監督官は、犯罪被害者補償制度と犯罪被害者支援プログラムの資格を満たす者と、被害者支援組織の職員、連邦政府、州、または地方の公共団体の職員、または犯罪の被害者に支援を提供する非政府組織の職員で被害に見舞われた者に対する精神的なケアの提供を要請することができるようになった。基金は、緊急救助、緊急事態に対応するための努力や支援、補償、訓練とテロリズムの審査と起訴手続における技術援助に対しても利用される。
第7章には1つの節がある。この章の目的は、国境付近におけるテロリストの活動に対するアメリカの法執行機関の能力の向上である。それは1968年の包括的犯罪取締及び街頭安全法（Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968）を改正することによってなされた。
第8章では、テロリズムの定義またはその新たな刑の創設または再定義を扱う。それにより、「国内におけるテロリズム」という用語は、テロリストの活動として、大量破壊兵器を用いた活動、暗殺または誘拐が含まれるよう再定義された。その定義はまた、 「アメリカまたは他国の刑法に違反する人間の生活にとって危険な」活動であるとされ、さらに、アメリカ国内において、「一般市民を恐怖に陥れることまたは何かを強要すること」、「脅迫してまたは強制的に政府の政策に影響を与えようとすること」、または「政府が指揮する活動に対して大量破壊兵器、暗殺、誘拐によって影響を与えようとすること」であるとされた。テロリズムにはまた架空の問題を解決する詐欺の定義が含まれている。「保護されたコンピュータ」、「被害」、「刑」、「人」、「損失」などの用語を含め、サイバーテロリズムに関連する用語もまた再定義された。公共交通機関に対して攻撃を行う者に対する刑罰が新設された。乗客のいない車両に対する攻撃に関与した者は、最大で20年の懲役が科される。しかしながら、乗客がいたときに公共交通機関の車両またはフェリーを攻撃した場合、または攻撃の結果死者が出た場合には、刑罰は無期刑となる。この章により、予防医学、善意による研究またはその他の平和的な目的以外で、生物兵器になりうる薬物、毒物、または流通システムを武器として使用することについて定義するよう生物兵器に関する法律は改正された。生物兵器になりうる薬物、毒物または流通システムを使用しながら、正当な理由なくそれらを取り扱っていた者は、10年の懲役または罰金またはその両方が科せられる。テロリズムを支援すると思われる予防あるいは刑罰に処すべき活動に対する多くの措置が導入された。テロリストをかくまうかまたは隠した者は、罰金または10年以下の懲役、またはその両方が科せられる。アメリカまたはアメリカの市民に対するテロリズムの活動に関与することを計画しているすべて集団または個人のすべての外国または国内の資産を凍結する権限を与えるよう、アメリカの資産凍結に関連する法律は改正された。また、さらなるテロリストの活動の目的のために、彼らが個人または組織によって資産を獲得し、維持していた場合には、その資産は凍結される。愛国者法の第805節は、テロリストに対する「物質的な支援」、および、特に「テロリズムに関する専門的な知識の助言または支援」を禁じている。これは人道法プロジェクト（Humanitarian Law Project）がアメリカ政府に対して民事訴訟を提起した後、アメリカ合衆国連邦裁判所によって違憲であると判断された。裁判では、それが合衆国憲法修正第1条に違反しており、その条項は平均的な知能を持つ人がそれらが法律に違反しているかどうかを予想するためには非常にあいまいであり、こうして違法であることを知らずに攻撃に関与する状況が起こることにつながると判断された。裁判所は、これが恣意的なまたは差別的な法律の執行を許す効果を持つ可能性があるだけでなく、修正第1条によって保障された権利が萎縮してしまう可能性があると判断した。議会はその後「物質的な支援または資源」、「訓練」、「専門的な助言または資源」の意味を明確に定義することによって法律を改善した。サイバーテロリズムは様々な方法によって取り扱われた。保護されたコンピュータに対して損害を与えた者、または権限が与えられていないにもかかわらず、コンピュータにアクセスし、攻撃に関与した者には、刑罰が適用される。これらの攻撃には、他人に合計5000ドル以上の損害を与えること、または誰かの医療的な診察、診断、または治療を受けるような悪い影響を与えることが含まれる。また、他人にけがをさせること、公衆の衛生または安全にとって脅威となること、または裁判、国防、または国家の安全保障の手段として使われている政府のコンピュータに損害を与えることなどの行為も含まれる。保護されたコンピュータを通じて強要、強奪を企てることもまた禁じられている。コンピュータウイルスまたは他のソフトウェアのメカニズムによって保護されたコンピュータに被害を与えようとする者には10年以下の懲役が科せられ、権限が与えられていないにもかかわらず保護されたコンピュータにアクセスし、その後保護されたコンピュータに被害を与えた者にはさらに5年以上の懲役が加算される。しかしながら、2度目の攻撃を行った場合には、刑罰は最大20年の懲役に増加する。はまた、サイバーセキュリティにおけるフォレンジクス能力の向上と支援を明記している。愛国者法は、押収したコンピュータ内に残っている犯罪活動とサイバーテロリズムに関連する証拠を調査する能力を持ち、連邦政府、州および地方公共団体の法執行機関の職員とコンピュータ犯罪が専門の検察官に訓練と教育を施す能力を持つ地域的なコンピュータ・フォレンジクスの研究所を設立し、「複数にまたがる管轄権を持つタスクフォースを利用することを含め、連邦政府の法執行機関と州および地方公共団体の法執行機関の職員と検察官によるコンピュータに関連する犯罪についての手続において、コンピュータ犯罪に関連する調査、分析と手続についての専門的知識と情報の共有を促進、奨励する」ことを司法長官に命じている。そのような研究所を設立するための予算として、合計5000万ドルが割り当てられた。
第9章は、中央情報局長官（Director of Central Intelligence、DCI）に、外国諜報活動監視法のもとで収集された外国の諜報活動の情報の必要条件と優先順位を創設することを求め、物理的な捜索または電子機器を使用した監視によって得られた情報を精度の高いものにし、司法長官に助言を提供するため、1947年の国家安全保障法（National Security Act of 1947）を改正するものであり、効率的で効果的な外国の諜報活動の情報収集を行うことを目的としている。それは法執行機関が審査している案件を危うくする情報を除外しながら、司法省が獲得した外国の諜報活動の情報をすべて公開するよう、司法長官または法律の執行に責任を負う連邦政府の他の省庁の長官に要求した。司法長官と中央情報局長官は、インテリジェンス・コミュニティーからの情報に基づいた外国の諜報活動の情報および起こりうる外国の諜報活動による犯罪活動の審査の意図を司法長官に通知するための手続きを速やかに改善することを命じられた。国家安全保障法のもとでは、国際的なテロリストの活動の情報収集は外国の諜報活動に焦点をあてたものに限られていた。多くの報告書の作成が様々な諜報活動に関する政府の省庁に委託された。委託されたもので最善の手段のひとつとして、アメリカのインテリジェンス・コミュニティーからの諜報活動の情報の断片をタイムリーかつ正確に翻訳し、コミュニティーの活動の支援するための自動翻訳装置の開発を目指した国立仮想翻訳センター（National Virtual Translation Center、NVTC）の設立が挙げられる。2002年2月1日、愛国者法はこれに対し提供するよう求めた。しかしながら、「中央情報局長官による国立仮想翻訳センターについての報告、インテリジェンス・コミュニティーの外国語能力の向上」と題された報告書が2か月以上経った後受理され、そのなかで上院諜報活動特別委員会は「遅れたうえに、この法律を作成する際に、それによって委員会にタイムリーかつ価値ある情報が提供されるという条文の文言に明らかに違反している」と報告した。別の委託された報告書では、財務省の外国テロリスト資産追跡センター（Foreign Terrorist Asset Tracking Center）と外国資産管理局（Office of Foreign Assets Control）の再構成による実用可能性と望ましさについて触れられている。それは期限が2002年2月1日までだったが、未だ書かれていない。上院諜報活動特別委員会は後に「中央情報局長官と財務長官は報告することができず、今回、米国愛国者法の節に直接違反した」と不満を述べ、彼らはさらに「法律によって義務づけられている報告はただちになされなければならず、それは法律が義務づける要求の報告をなぜ監督官がすることができなかったのか状況を説明する節が含まれていなければならない」と命令した。その他の措置として、2002年2月1日までに職員または社員が職務のテロリズム対策を妨げるような認可の準備と提案に関わっていた場合、諜報活動と諜報活動に関連する問題についてのいくつかの報告は、2002年2月1日または2002年2月1日の後のある日まで延期されることが許された。そのような延期は、それが認められる前に議会による承認を必要とする。司法長官は、外国の諜報活動の情報を確認し、利用することを職務とする専門家としての職員の訓練に携わる。政府の職員には、通常は外国の諜報活動について接したり伝達したりする機会がない連邦政府の職員、および職務の遂行中にテロリストの活動または外国による諜報活動の現場に遭遇する可能性のある州および地方公共団体の職員も含まれる。インテリジェンス・コミュニティーの職員および従業員が合法的な諜報活動を行い、インテリジェンスに関わるすべての人、法人または集団と関係を築き、維持する努力を奨励する議会声明が発表された。