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コロンブスの発見でスペインはアメリカとアフリカのほぼ中間の子午線より西の新しく発見した土地をスペイン領とするローマ教皇の勅旨を得た。南北アメリカ大陸をすべてスペイン領とするものである（ただし、当時はアジア大陸東端の大半島と思われていた）これにポルトガルはただちに反発。交渉の結果、ヴェルデ岬諸島の西370レグアを通る西経46度37分にあたる子午線をスペイン・ポルトガル領の境とするトルデシリャス条約が1494年に結ばれた。この結果、ブラジルはポルトガル領、ブラジル以外の南北アメリカはスペイン領となったのだが、トルデシリャス条約によるスペイン・ポルトガルを分ける子午線が地球の裏、アジア側ではどこを通っているかは定かにはなっていなかった。当時スペインとポルトガルはライバルとして激しく競っていたが、同時に両国は隣国でもあり、両国の国王は親戚関係でもあり、トルデシリャス条約による領土の取り決めには敏感であった。フォンセカとアロが西回りの航海者として見出したエステヴァン・ゴメスは優秀な航海者であったが、トルデシリャス条約に関わるような微妙な政治情勢には疎く、ゴメスの渡航計画ではフェルナンド王の後を継いだスペイン王・カルロス1世（後の神聖ローマ帝国皇帝・カール5世）を政治的に安心させること（すなわちポルトガルの領分を侵さないということ）ができず、ゴメスを指揮者として艦隊を派遣するフォンセカとアロの計画は頓挫する。ゴメスを指揮者として艦隊を派遣するフォンセカとアロの計画が頓挫するのと相前後して、セビリアでスペイン王に仕えていたポルトガル人デュアルテ・バルボーザはスペインの関心事が西回りでの香料諸島到達であることを知り、ポルトガルで失意の元にある古い友人であるマゼランに白羽の矢を立てる。セラーンの手紙によってもとより香料諸島への渡航を希望していたマゼランは、盟友である天文学者ルイ・デ・ファレイロの同行を条件にデュアルテ・バルボーザの誘いに乗ることになる。1517年のことである。また、マゼランはデュアルテ・バルボーザの妹ベアトリスを妻にむかえている。
ゴメスで失敗したフォンセカとアロはデュアルテ・バルボーザの推薦するマゼランの存在を知り、ただちにマゼランを新たな探検隊の指揮官に推すことに決め、マゼランはスペイン王・カルロス1世の謁見を得て、その航海の計画を説明することになる。スペイン王に謁見したマゼランは、自分の西回りでの香料諸島への渡航計画について、大アジア半島の南に香料諸島・インドへ通じる海峡があること、東回りよりもはるかに航路の短い西回りルートはポルトガル人よりはるかに安いコストで香料を手に入れることができることを自信をもって説明する（実はマゼランの自信の根拠となるマルティン・ベハイムの世界観はまったくの誤りであった）。また従兄弟のセラーンの知らせでは香料諸島はマラッカのはるか東方であることを知らされていた（これも実際の距離よりも誇張されていたのだが）。その情報によって香料諸島がトルデシリャス条約で定められたスペインの領域内にあることも保障し、マゼランの自信を持った説明にスペイン王は納得し、マゼランに艦隊を預ける決断をするのであった。スペインからみればライバル国のポルトガル人であるマゼランにスペイン王が艦隊を任せる決断をした背景にはフォンセカとアロという有力者の推薦があったことはたしかであろう。その推薦の見返りにフォンセカは自分の意に沿う者たちをマゼランの艦隊の幹部に据え、主導権を握ろうと画策する。いわば、マゼランの航海技術のみをもとめ、その艦隊を自分の統制下におき、利益はマゼランではなくフォンセカとアロで握ろうとしたのである。マゼランの盟友である天文学者ルイ・デ・ファレイロも艦隊から外され、これに反発したマゼランはスペイン王に交渉し自分の親族や自分の意に沿うポルトガル人を幹部に入れることに成功するが、しかし、それでも幹部の大半はフォンセカの息のかかった者たちであり、艦隊に同行し世界周航の記録を書いたアントニオ・ピガフェッタはその記録のなかでマゼランの指揮下の船長達は何故か最初からマゼランを憎んでいたと書いている。マゼランの母国ポルトガルでは、ポルトガル人のマゼランがポルトガルの利権を危うくするスペインの企画を指揮することに反発し、ポルトガルの駐スペイン大使はマゼランを説得や脅しを行い、果ては暗殺まで考え航海を止めさせようと試みる。また、ポルトガルはマゼランの航海を妨害しようと様々試みる。
有能な商人であるアロは、マゼランが艦隊の指揮を執ることに決まると、資金調達に奔走する。結局は艦隊の費用の大半をアロとアロが代理を務めるフガー商会が出したと言われる。東洋交易に通じ、商務に長けたアロは船そのものの調達や艤装、艦隊の装備品、武器、食料、交易品などの調達をすべて指揮したと言われる。マゼランとアロが用意した船と装備品・物品のリストは明細で現在に残っている。艦隊は旗艦トリニダード号（110トン）以下、サン・アントニオ号（120トン）、コンセプシオン号（90トン）、ビクトリア号（85トン）、サンティアゴ号（74トン）の中古船５隻に人員は約270人、食料はたっぷり2年分を用意し、主食である航海用ビスケット（堅パン）は21万3800ポンド(約100トン)、塩漬牛肉7万2000ポンド（30トン強)、塩漬豚肉5万7000ポンド(約25トン)、エジプト豆1万80ポンド(5トン弱)、ほか塩漬魚、アンチョビ、干し豆、干しぶどう、干しイチジク、米、蜂蜜、ナッツなど。ワインも船員1人に一日に1パイントの割り当てで2年分の用意をしている。香料との交易品としては銅2万ポンド(10トン弱)、水銀2100ポンド(約1トン)、ドイツ製の小刀4800本、鏡1000個、鋏600個、櫛1500個、鈴1800個、水晶500ポンド、銅や真鍮の腕輪挿み4000個、釣り針1万本、色布1万束など。これらの選択は東洋の事情に通じたマゼランとアロの経験に基づいたものであり、東洋でとりわけ喜ばれるものであった。武器も大掛かりに積んでいる。5隻の大砲が合計で71門、火縄銃50挺、槍1000本、兜と甲冑100組、それぞれに360本の矢をつけた大弓60張などである。しかし、これを知ったポルトガルは妨害工作を行い、もともと極めて長期の航海になることが予定され大掛かりな準備が必要だったので当初の見込み以上に手間取り、当初の出発予定の1518年末はもちろん、1519年8月になっても準備は終らなかった。ついにしびれを切らしたスペイン王は1519年8月10日を出帆日と決め、準備が整っていなくとも出発するように命じた。
マゼランの艦隊は王の命令通り1519年8月10日にセビリアを出発する。しかし、準備が整っていない艦隊は120キロメートル先のサンルーカル・デ・バラメーダ港に留まって準備を終え、1519年9月20日にいよいよ航海に旅立つ。艦隊はカナリア諸島に立ち寄り、そこからマゼランは南に進路を取った。予定の航路は南西であり、南に向かうマゼランの指示は当初の計画からは外れていたが、これに、艦隊の総監察官でサン・アントニア号の船長でもあるスペイン人のファン・デ・カルタヘナが異議を唱えた。マゼランはカルタヘナの異議を無視し、反抗的な態度を取ったカルタヘナを逮捕する。マゼランはサン・アントニオ号の船長にスペイン人の経理官アントニオ・デ・コカを一旦当てたがまもなく更迭し、ポルトガル人でマゼランの従兄弟のメスキータを任命する。やがて南西に進路を取った艦隊は12月13日、現在のリオ・デ・ジャネイロ地方に到着する。リオ・デ・ジャネイロ地方でマゼランたちは裸族トゥピナンパ族と出会う。ピガフェッタによるとトゥピナンパ族は人食いの習慣を持ち、男女ともに裸で恥部も隠さず、全身に着色し、オウムの羽で作った腰飾りを付け、男は下唇に穴を開けそこに顔飾りの石をはめ込んでいる。トゥピナンパ族は16世紀ではカニバリ（人食い族）と呼ばれる人々であったが、マゼランたちはトゥピナンパ族とは極めて友好的な交友を持ったようで、住民が多く参加するミサも2回行い（トゥピナンパ族がキリスト教を信仰したわけではない）、トゥピナンパ族はマゼランたちが長期滞在できるようにマゼランたちのための家も建てている。ピガフェッタはトゥピナンパ族女性のあるエピソードを書き残している。ある日のことである。私が旗艦にいるとき一人の美しい若い女性がやってきた。あてずっぽうな目的で来たらしかったが、副長の部屋を眺めやると、指よりも長い1本の釘が落ちているのに気が付いた、女はひどくうれしそうにして上手にそれを拾い、陰唇のあいだにそれを差し込み、深くお辞儀をしてすぐ帰っていった。総司令官も私もこの情景を眺めていた。 — 増田(1993)、p.117
リオ・デ・ジャネイロ地方を後にした艦隊は香料諸島へ通じる海峡を探して南アメリカ東岸を南下する。ソリスも探索しおそらくは海峡でなく川であろうと結論したラプラタ川をマゼランは探るがやはり海峡ではなく、さらに南下しパタゴニアのサン・フリワン湾に到達する。厳しいパタゴニアの冬を迎えしばらく停泊している艦隊にマゼランは食料の節約を命ずる。しかし、豊かで友好的な交流を持ったリオ・デ・ジャネイロ地方での良い経験に比べ厳しく寂しいパタゴニアでの停泊に船員達には不満がつのっていった。その雰囲気の中でスペイン人幹部が反乱を起こす。航海出発早々マゼランと衝突し逮捕された艦隊の総監察官でサン・アントニア号の元船長でもあるスペイン人カルタヘナは同じスペイン人のガスパル・デ・ケサーダが船長を務めるコンセプシオン号に囚われていたが、ケサーダおよびサン・アントニオ号の前船長のスペイン人コカと謀ってサン・アントニオ号を急襲、ポルトガル人船長メスキータを拘束し副長を殺してサン・アントニオ号を手中にする。さらにビクトリア号のスペイン人船長も加わって5隻の内3隻が反乱側に付く事態となった。しかしスペイン人幹部は反乱は起こしたもののスペイン王の信任で総司令官の地位にあるマゼランを完全に退けることも躊躇しているうちに、マゼランはすばやく反撃、ビクトリア号の船長を刺殺して反乱を制圧する。反乱の首謀者カルタヘナと加担した司祭は追放、ケサーダを斬首、その他反乱側は鎖につながれ船の補修作業に従事させ反乱を収めた。これ以降スペイン人はしぶしぶマゼランに従うが、マゼランへの反感は根強く残り、後にフィリピン・マクタン島でマゼランが敵の大軍に囲まれているときにスペイン人は救援を出さずマゼランを見殺しにすることになる。反乱を収めた後、停泊中のマゼランたちはピガフェッタが巨人と呼ぶ原住民に出会う。マゼランは彼らにパタゴンと名付けるが、これはパタゴニアの地名の由来となっている。艦隊は1520年8月24日に航海を再開、香料諸島へ通じる海峡を探してさらに南下を続けるが、それまでの調査航行中にサンティアゴ号が難破して失われてしまった。そして1520年10月21日、ついに西の海へと抜ける海峡を発見した。これは後にマゼランの名前をとってマゼラン海峡と呼ばれることになる。しかしマゼラン海峡を抜ける途中で艦隊最大の船であったサン・アントニオ号（エステバン・ゴメスが航海長である）がはぐれた。サン・アントニオ号の船長メスキータはあくまで艦隊を探し合流することを主張したが航海長ゴメスが反対して船長を拘束、艦隊に残る食料の多くを積んだまま、スペインに引き返し、1521年5月6日スペインに帰国した。艦隊は2年分積み込んだはずの食料が2重に領収する手違いもあってマゼラン海峡の途中時点で既に残り3ヶ月分しかなく、ゴメスはたった3ヶ月分の食料で未知の海洋に乗り込むことを恐れ反対したがマゼランに退けられてマゼランへの反抗心を持ち、サン・アントニオ号が艦隊とはぐれたことをきっかけにスペインへの帰国を主張したゴメスを乗組員も支持したものとされている。世界周航達成後にこのことを知ったピガフェッタはその背景にゴメスが一度は手にしそうになった艦隊の指揮権をマゼランに取られたことで憎しみを持っていたからだと推測している。マゼランの艦隊がマゼラン海峡を進むと左側の島でおびただしい数の火が見えた。マゼランたちは艦隊を見つけたこの地方の住民がたがいに合図の烽火を上げているのだろうと推測している。しかし、マゼランたちは住人の姿は見ていない。このエピソードから後にティエラ・デル・フエゴ（火の島）と名付けられたこの島は人が住む世界最南端の地である。ゴメスの反乱でサン・アントニオ号が勝手に帰国してしまい艦隊は3隻となってしまったが、そのことを知らないマゼランは海峡のなかでサン・アントニオ号が戻ってくるのを待つ。待っている間に海峡の前途に小艇を偵察に出すが、3日後に戻ってきた小艇は海峡を抜けたところに広大な海を見つけたと報告する。マゼランはついに大西洋から太平洋につながる航路を発見したのだった。ピガフェッタは「提督は喜びのあまりはらはらと涙を流し、水路の出口の岬を「待望の岬」と命名した-ピガフェッタ(2011)、p.49」と伝えている。やがてサン・アントニオ号の捜索をあきらめた艦隊は先に進み11月28日ついに太平洋に到達する。狭いが複雑に入り組んだ海峡を慎重に探りながら進んだことと、勝手に帰国したサン・アントニオ号をはぐれてしまったのだと思って待ち続けたことで海峡を抜けるのに1ヶ月以上もかかってしまった。
太平洋に出たマゼランはしばらくはチリ沿岸に沿って北へ進みやがて北西に進路をとる。海面は穏やかであったが食料を補給できる島にめぐり合わなかった太平洋での航海をピガフェッタは次のように記録している。1520年11月28日水曜日にわれわれはあの海峡から抜け出て、太平洋のまっただ中に突入した。3ヶ月と20日のあいだ新鮮な食べ物は何ひとつ口にしなかった。ビスコット（乾パン）を食べていたが、これはビスコットというよりむしろ粉クズで、虫がうじゃうじゃ沸いており良いところはみな虫に食い荒されていた。そして、ネズミの小便の臭いがむっと鼻につくようなしろものだった。日数がたちすぎて腐敗し黄色くなった水を飲んだ。また、主帆柱の帆桁に張り付けてあった牛の皮さえも食べた。(中略) それからまたわれわれはオガクズもしばしば食べた。ネズミは半デュカート（当時の金貨）の値段がつけられ、しかもなかなか手に入らなかった — ピガフェッタ(2011)、p.60太平洋の航海でマゼラン艦隊では19人の乗組員とブラジルで乗せたインディオ、パタゴニアで乗せたパタゴンが壊血病と栄養失調で死んでいる。トゥアモトゥ諸島やライン諸島の無人島をいくつか通り過ぎ、餓死寸前のマゼランの艦隊は1521年3月6日、マリアナ諸島のグアム島にたどり着いた。ピガフェッタによるとグアム島に着き、上陸の準備をしていた艦隊を島民の小船多数が取り巻き、さらに船に島民が忍び込んできて手当たり次第に装備品を盗んでいった。それに酷く立腹したマゼランは武装兵40人を上陸させ島民を7人殺害し家屋を40から50軒焼き払い、島にラドローネス諸島（Islas de los Ladrones 泥棒諸島）と名付けたとされる。トランシルヴァーノは曖昧な記述しかしていない。1521年3月9日泥棒諸島を後にした後、マゼランたちは1週間後の3月16日にフィリピン諸島に到達した。
フィリピン諸島での最初の寄港地には安全な無人島（ホモンホン島）を選んだ。翌3月18日、初めてフィリピン人つまり近くのスルアン島の住人に出会うが、マゼラン達は出会ったフィリピン人を「ものの道理が分かる人」と評価している。つまり、王の元での秩序ある社会を築き、文化を持っている人々とみなしたのである。3月28日にはレイテ島付近で出会ったフィリピン人にマゼランの奴隷であるマレー人エンリケが試しに呼びかけるとマレー語で答えが返ってきた。マレー人と交流のある地域に達したのだった。この後、レイテ島南端沖のリマサワ島で王コランプに出会うが、コランプはマレー語に通じ、エンリケの通訳を介して会話が可能になったマゼランとコランプは親密になりコランプは食料、マゼランは赤と黄色のトルコ服、赤い帽などを贈りあう。マゼランとコランプはリマサワ島でフィリピン最初のミサをあげ十字架を立てている。さらにコランプは艦隊が補給をするのに最適な地としてセブ島を紹介し案内する。4月7日セブ島に達したマゼランはまずは大砲を撃ってセブ島民を驚かせ、上陸したマゼランはセブ王が付近の王（首長）たちの中でも有力であることを見て熱心に布教を始める。マゼランが熱心に説くキリスト教の教えにセブ王をはじめ500人が洗礼を受けた。また、マゼランとセブ王は何度も抱き合うほど親しくもなり、このことに気を良くしたマゼランはセブ島周辺の王（首長）たちにもキリスト教への改宗と（先にキリスト教徒になった）セブ王への服従を要求するようになる。いわば現地の政治情勢に到着したばかりのマゼランが首を突っ込んでしまったのである。
セブ島に3週間滞在しセブ王の王宮にもたびたび招かれ食料を補給し多くのセブ島民を改宗させたマゼランだが、何故か目的の香料諸島へ向かわず布教を続けている。セブ島民を改宗させたことで気をよくしたマゼランは強硬になり布教に当たって武力をちらつかせるようになっている。セブ島周辺の王たちのほとんどはマゼランに従ったが、改宗と服従を強要するためにセブ島対岸の小島マクタン島では町を焼くこともしている。このことでマクタン島民は反感をつのらせたようである。その後マゼランは4月27日マクタン島に突然出撃した。ピガフェッタによると、マクタン島の王の一人ズラは「マゼランの要求に従う気はあるが、もう一人の王ラプ＝ラプが従わないので困っている。小艇に兵を満載して救援に来てほしい」と伝えてきたからだとしている。これを聞いたマゼランはラプ＝ラプ王を従わせようと3隻の小艇に60名の兵を乗せてマクタン島に乗り込んだのだが、ラプ＝ラプ王は既にこれを察知しており、60名の内11名を小艇の警護に残して上陸したマゼランの49人に対して1500人の軍勢を配置していた。しかしマゼランは圧倒的に多数の敵を前にして部下に諸君、われらの敵であるこれらの住民たちの数に恐れをなしてはならない。神が我らを助け給うであろうから。諸君、思い出すがよい、あのエルナン・コルテス隊長がユカタン地方で、200人のエスパニャ人でもって、しばしば20万、30万の住民たちを打ち破ったということを我々が耳にしたのはつい最近のことではないか — ピガフェッタ(2011)、pp.303 fと演説し、寡兵にもかかわらず戦闘に突入。しかし、30倍の数の敵に対しマゼランの兵はやがて敗走、マゼランの周りにはピガフェッタやエンリケを含め6から8人ほどが踏みとどまって戦うだけになる。多勢のラプ＝ラプ王の兵の竹槍はマゼランたちの甲冑に通じず戦いは1時間に及んだが、ラプ＝ラプ勢は防具をつけていない足に攻撃を集中し始め、遂にマゼランは戦死する。
マゼランの死後、艦隊はマゼランの親族に当たる者を後継の指揮官にしていたが、後継の指揮官を含め艦隊幹部多数がセブ王に殺される。アントニオ・ピガフェッタの記録やトランシルヴァーノの調書によれば、マゼランの死後、負傷したエンリケは通訳の仕事を放棄して艦内で横になっていた。マゼランの後を継いだ艦隊の指揮官は仕事を放棄しているエンリケを主人のマゼランが死んだからといって自由になったと思ったら大間違いだ。スペインに帰ったら未亡人のベアトリス様の奴隷になるのだ。今上陸しなかったら鞭を食らわすぞ — ピガフェッタ(2011)、p.122と脅し、エンリケはセブ王の元に使わされた。戻ってきたエンリケは艦隊首脳に「セブ王が宴会へ招待」の報をもたらしたが、宴会に出席した艦隊首脳24人のほとんどが殺されることとなってしまった。ピガフェッタや同行の乗組員の推測ではエンリケがセブ王と謀って、マゼランの遺書ではエンリケはマゼランの死後には解放されるはずなのに遺書を無視して自分の解放を認めようとしなかったマゼランの後継者に復讐を遂げたのだとされている。その後のエンリケの消息は分かっていない。大幅に人員が減り3隻の運行が難しくなった艦隊はコンセプシオン号を破棄、残るトリニダード号とビクトリア号は迷走しながらも1521年11月8日香料諸島にたどり着く。香料諸島では王の厚遇を得て大量の丁子(クローブ)を積むが、丁子を積みすぎてトリニダード号は浸水。艦隊は修理に取り掛かったトリニダード号を香料諸島に残し（4ヶ月後に修理がかなったトリニダード号だが結局はポルトガルに拘束され、3年後に乗組員のうち4人が帰国するのみである）、フアン・セバスティアン・エルカーノを船長としてビクトリア号1隻60人の人数で香料諸島を出発する。ポルトガルの勢力圏内で途中の港に立ち寄れないスペイン船ビクトリア号は壊血病と栄養失調で多くの死者を出しながらも1522年9月6日スペインに帰国する。スペイン帰国時の乗組員は21名、内3人は途中で乗せたマレー人なので、出発時約270人の乗組員のうち世界周航を達成できたのはエルカーノや艦隊の記録を書いたピガフェッタら18人だけであった。ほぼ3年にわたる航海であった。なお、ピガフェッタは出航以来毎日欠かさず日記を付けているが、ビクトリア号が世界一周達成を目前にアフリカの西にあるヴェルデ岬諸島に立ち寄ったとき、ピガフェッタの日記では水曜日であるはずがヴェルデ岬諸島では木曜日であることを知り大変驚いている。21世紀の現代人にとっては地球を西回りに1周すれば日付が1日遅れるのは当たり前であるが、人類初の世界一周の記録者ピガフェッタは地球一周による日付のずれを実感した最初の人にもなったのである。その後、スペインは上流貴族ガルシア・ホフレ・デ・ロアイサを名目上の指揮官、マゼラン艦隊での最終的な指揮官エルカーノを実質上の指揮官にした西回りでの第二の艦隊を送り出すがロアイサの艦隊はマゼラン艦隊以上の損失を出し失敗。ロアイサもエルカーノも太平洋上で死んでしまう。その後も西回りで送り出すスペインの艦隊はことごとく失敗。マゼランが発見した西回り航路は危険が大きすぎるためにポルトガルへ売却されることになり、ポルトガルも西回りでの航海には興味は持たず、結局はヨーロッパから西回りでの香料貿易ルートは閉ざされることになる。こうしてマゼランが開拓しようとした西回りでのアジア航路は失敗に終った。しかしマゼランの功績は世界史的な意味では、大洋としての太平洋を発見し（海洋の存在はバルボアが発見したが、バルボアは太平洋が大洋であることは認識しておらず、見つけた海の名もMar del Sur「南の海」としている。）、地球の大きさを直接に認識（間接的にはエラトステネス以来の測定があった）し世界に指し示したことだと考えられている。ヨーロッパ人に伝わる伝説ではマゼラン海峡で南米大陸から分かたれたフエゴ島は、南半球に広がる仮説上の「未知の南方大陸」の一部とみなされた。フエゴ島、オーストラリア、南極大陸を包括した架空の大南極大陸は、Terra Australiaと呼ばれることも多いが、メガラニカ(MAGALLANICA)と呼ばれることもある。
マゼランの時代の航海は現代の船旅のように快適ではなかった。大航海時代の船旅は、まず食べ物は前述のように航海用ビスケット（堅パン）と塩漬の肉や魚が主であり、他には各種の豆類、干しぶどう、干しイチジク、米、蜂蜜、ナッツ、小麦粉、チーズなどを食していた。船には簡単なかまどがあり、海が穏やかであれば暖かいものも食べることはできたが、新鮮な野菜や肉は無くあまり美味しいものではなかった。それは塩漬肉を豆や米などと共に煮込んだようなもので、マゼランの航海の50年後のスペイン人航海者エウヘニオ・デ・サラサールは「腐っているかのような、未開人のシチューのような味がした-引用　-ドルネー(1992)p.179」と形容している。しかし、海が荒れるとそれすらも食べられなくなる。堅パンや穀類、チーズは日が経つと蛆やコクゾウムシが湧き、塩漬肉は悪臭を放つ。ピガフェッタもネズミや虫に彼らのビスケットを食い荒されている様を記述している。ただし、船上では魚釣りが盛んに行われ、釣り上げた魚は貴重な生鮮食品であった。マゼランらはパタゴニアではペンギンやアザラシも捕り、とくにペンギンは大量に捕まえ食料にしていた。コロンブスの航海のように1ヶ月強の航海であるならばともかく、バスコ・ダ・ガマやマゼラン、フランシス・ドレークらのように数ヶ月も寄港しない航海者達は壊血病に苦しむことになり、この時代の船員の死亡率は非常に高かった。主食が堅パンや塩漬の肉のようなものであるにもかかわらず、船では真水は貴重であり、トマス・デ・ラ・トルレという司祭が1544年の航海について記した記録では、1日に約1リットルしか配分されなかったとしている。マゼランの艦隊は、太平洋の真ん中で食料が尽き、訪れた上陸先で手に入るもので間に合わせるしかなくなった。彼らの寄港地はパタゴニア以外はほとんどは熱帯であり、食料は豊富であったが、保存がきく食べ物は米くらいしかなく、アジアから喜望峰経由で帰国するインド洋と大西洋の航海ではピガフェッタらのビクトリア号の食料は米ばかりであった。その米も途中で尽き香料諸島を出発した時には60人いたビクトリア号の乗組員だが、半数以上は航海途中で壊血病と栄養失調で死んでいる。船室について、船長や副長など指揮官クラスは船室を与えられていたが、一般の乗組員には特に乗組員用の船室はなく、暖かいときは甲板で、寒いときには荷物を積んだ船倉で荷物の間にスペースを見つけて休んでいたらしい木造の船で各種の荷物を満載した船では油虫やネズミも発生する。体を洗う設備もなく、海水を汲み上げて体や衣服を洗っていたが、着替えが沢山あるわけでもなく、石鹸も無い環境ではシラミに悩まされ、悪臭が常にまとわり付いていたと思われている。トイレについて、大航海時代の船には特にトイレはなかった。排泄は舷側から海上に張り出した箱のようなものを使用していたが、その箱は真ん中が抜けていて真下は海である。直接、海に落とすわけである。しかし小さな船ではそれさえなく、ロープにつかまり舷側から尻を海側に突き出して排泄したらしい。嵐の中では海上に張り出した底の抜けたような箱を使ったり、ロープにつかまって尻を海上に突き出すような排泄はできず、船倉は悪臭が漂うことになる。航海中の勤務は3交代、日の出から日没まで、日没から夜半まで、夜半から日の出までの3組に別れて勤務に就いた。また、長期間の航海で傷んだ船は、陸に引き上げ横倒しにして船底の保守も必要であった。彼らはこのような過酷な航海によって未知の海洋や大陸を探検していたのである。
フランツ・ツィライス（Franz Ziereis、1905年8月13日‐1945年5月24日）は、ナチス・ドイツのマウトハウゼン強制収容所の所長。親衛隊（SS）の隊員であり、最終階級は親衛隊大佐（SS-Standartenführer）。
ミュンヘン出身。彼の父は第一次世界大戦で馬車の運転手をしていたが、戦死した。小学校を卒業後、デパートで見習いのメッセンジャーボーイをしていた。さらに1922年からは大工店で働いた。1924年からヴァイマル共和国陸軍に勤務。12年近くここで働き、軍曹まで昇進したが、1936年9月30日には除隊させられた。しかしまもなく強制収容所の維持にあたる親衛隊髑髏部隊（SS-Totenkopf）に親衛隊中尉（SS-Obersturmführer）の階級で招かれた。髑髏部隊員のトレーニングインストラクターとして勤務した。1937年には髑髏部隊の百人部隊（Hundertschaft）隊長となる。1937年に一時的にトレーニング中の負傷で入院しているが、1938年からはオーストリアで再び勤務し、若き髑髏部隊員たちのトレーニングにあたった。1939年2月9日にマウトハウゼン強制収容所の所長に就任し、第二次世界大戦でのドイツの敗戦までこの地位を保持した。8月25日には親衛隊少佐（SS-Sturmbannführer）に昇進。 さらに1944年4月20日に親衛隊大佐（SS-Standartenführer ）に昇進している。1941年4月、マウトハウゼン強制収容所にハインリヒ・ヒムラーとエルンスト・カルテンブルンナーが視察に訪れており、その際にヒムラー達の収容所内を案内役を務めた。ヒムラー・カルテンブルンナーと並んで歩く彼の姿を収めた写真が複数存在する。マウトハウゼン強制収容所がアメリカ軍により解放された後、彼と彼の妻と息子はオーバーエスターライヒ州のピールン山地へ逃亡したが、1945年5月23日になって発見された。この際に彼はさらに逃亡しようとしたために撃たれ、グーセンに置かれていた米軍の病院へ搬送された。しかし翌日には息を引き取った。彼の遺体はかつての囚人たちによりマウトハウゼンの付属収容所グーセン収容所のフェンスに吊るされた。
ニコラ・ザッカリア（Nicola Zaccaria, 1923年3月9日 - 2007年7月24日）は、ギリシャ出身のバス歌手。本名はニコラス・アンゲロス・ザカリウー(Nicolas Angelos Zachariou)。ピレウスの生まれ。地元の聖歌隊でメネラウス・パランティウの指導を受けた後、アテネ音楽院でミルトス・ヴィシノーの薫陶を受ける。1943年から歌劇場の合唱要員として経験を積み、1949年のアテネ国立歌劇場に於いて、ガエターノ・ドニゼッティの《ランメルモールのルチア》のライモンド役でデビューを果たした。1953年にはジュゼッペ・ヴェルディの《リゴレット》のスパラフチーレ役を歌ってミラノ・スカラ座に初出演を飾った。翌年にはクリストフ・ヴィリバルト・グルックの《アルチェステ》の伝令役としてマリア・カラスと初共演している。1957年にはカラスの歌うヴィンチェンツォ・ベッリーニの《ノルマ》でオロヴェーゾ役を歌い、コヴェントガーデン王立歌劇場に初出演した。同年、ザルツブルク音楽祭に出演し、ルートヴィヒ・ヴァン・ベートーヴェンの《フィデリオ》のドン・フェルナンド役やヴェルディの《ドン・カルロ》の宗教裁判長役を務め、以後度々出演を果たした。1958年にはイルデブランド・ピツェッティの《大聖堂の殺人》の初演にも参加している。1974年にはダラスでアンブロワーズ・トマの《ミニョン》のロターリオ役でマリリン・ホーンと共演し、後にホーンと結婚した。アテネにて死去。
正式名称は Republik Indonesia （インドネシア語: レプブリク・インドネシア）、略称は RI（インドネシア語: エール・イー）。公式の英語表記はRepublic of Indonesia、略称は Indonesia （[ˌɪndoʊˈniːziə] または [ˌɪndəˈniːʒə]）。日本語表記はインドネシア共和国、略称はインドネシア。漢字表記は印度尼西亜、略称は尼。国名インドネシア（Indonesia）のネシア（nesia）は諸島を意味する接尾辞。ギリシャ語で島を意味するネソス (nesos) の複数形ネシオイ (nesioi) に由来する。オランダ領東インド時代の1920年代に定着した。
インドネシアの国旗は上部に赤、下部に白の2色で構成された長方形で、縦と横の比率が2:3である。モナコ公国の国旗と類似しているが、こちらは縦横比が4:5と異なる。ポーランド国旗とも似ているが、赤と白の配置が上下逆である。国章は、「ガルーダ・パンチャシラ」と呼ばれる。ガルーダはインド神話に登場する伝説上の鳥で、ヴィシュヌ神の乗り物と言われる。鷹のような図柄である。尾の付け根の羽毛は19枚、首の羽毛は45枚で、尾の羽毛は8枚、翼の羽毛は左右それぞれに17枚ずつあり、独立宣言をした1945年8月17日の数字を表している。
大航海時代の16世紀になると、香辛料貿易の利を求めてヨーロッパのポルトガル、イギリス、オランダが相次いで来航し、17世紀にはバタヴィア（ジャカルタ）を本拠地としたオランダ東インド会社による覇権が確立された。オランダ人は18世紀のマタラム王国の分割支配によりジャワ島、19世紀のアチェ戦争によりスマトラ島のほとんどを支配するようになる。この結果、1799年にオランダ東インド会社が解散され、1800年にはポルトガル領東ティモールを除く東インド諸島のす全てがオランダ領東インドとなり、ほぼ現在のインドネシアの領域全体がオランダ本国政府の直接統治下に入った。ただし、オランダ（ネーデルラント連邦共和国）は1795年にフランス革命戦争でフランス軍に占領されて滅亡。バタヴィア共和国（1795年-1806年）、ホラント王国（1806年-1810年）と政体を変遷した。インドネシアは、1811年から1815年のネーデルラント連合王国建国まで英国領であった。1819年、イギリスのトーマス・ラッフルズがシンガポールの地政学上の重要性に着目し、ジョホール王国の内紛に乗じてイギリス東インド会社の勢力下に獲得したことにオランダが反発し、1824年、イギリス・オランダ両国が英蘭協約を締結。オランダ領東インドの領域が確定した。日本は南進論の影響もあり、1925年には田邊宗英らの発起の三ツ引商事などがスラバヤへ進出した。
オランダによる過酷な植民地支配下で、20世紀初頭には東インド諸島の住民による民族意識が芽生えた。ジャワ島では、1908年5月20日にブディ・ウトモが結成され、植民地政府と協調しつつ、原住民の地位向上を図る活動に取り組んだ。設立日である5月20日は「民族覚醒の日」と定められている。1910年代にはイスラームを紐帯とするサレカット・イスラームが東インドで大規模な大衆動員に成功し、1920年代にはインドネシア共産党が労働運動を通じて植民地政府と鋭く対立した。この地の民族主義運動が最高潮を迎えるのは、1927年のスカルノによるインドネシア国民党の結成と、1928年の「青年の誓い」である。インドネシア国民党の運動は民族の独立（ムルデカ）を掲げ、「青年の誓い」では唯一の祖国・インドネシア、唯一の民族・インドネシア民族、唯一の言語・インドネシア語が高らかに宣言された。しかし、インドネシア共産党は1927年末から1928年にかけて反乱を起こしたことで政府により弾圧され、スカルノやハッタが主導する民族主義運動も、オランダの植民地政府によって非合法化された。スカルノらの民族主義運動家はオランダにより逮捕され、拷問を受けた末に長く流刑生活を送ることになり、以後の民族主義運動は冬の時代を迎えることになった。
1939年、ヨーロッパで第二次世界大戦が勃発。翌年、オランダ本国はナチス・ドイツに占領された（オランダにおける戦い (1940年)）。アジアでは、日中戦争激化に伴い英米は日本に対して厳しい態度で臨むようになり、オランダ植民地政府もいわゆる対日「ABCD包囲網」に加わった。1941年2月初め、日本は東南アジア地域を占領地とした場合を想定して、軍政を研究し始めた。陸軍参謀本部第一部の中に研究班が設けられ、密かに南方占領地行政に関する研究が行われた。3月末、「南方作戦に於ける占領地統治要綱案」を始めとする一連の軍政要綱案が作成され、この研究をもとに同年11月20日付けの大本営政府連絡会議で、東南アジア軍政の「経典」と言うべき「南方占領地行政実施要綱」が策定された。この「実施要綱」の基本は、「占領地に対しては差し当たり軍政を実施し、治安の恢復、重要国防資源の急速獲得及び作戦軍の自活確保に資す」ことに置かれていた。そして、「国防資源取得と占領軍の現地自活の為、民生に及ぼさざる得ざる重圧は之を忍ばしめ、宣撫上の要求は右目的に反せざる限度に止（とど）むるものとす」とされていた。すなわち、日本軍の占領目的は物資確保であり、その結果生ずる犠牲はあげて占領地の民衆に転化するというものだった。したがって独立運動に対しては「皇軍に対する信倚（しんい）観念を助長せしむる如く指導し、其の独立運動は過早に誘発せしむることを避くるものとす」とした。これが「東亜の解放」「英米の支配からの解放」をスローガンに、「大東亜共栄圏」の実現を叫んだ日本の本心だった。続く11月26日には、東南アジア占領地域についての陸海軍の担当地域の取り決めである「占領地軍政実施に関する陸海軍中央協定」が定められ、蘭印地域のうち、スマトラ・ジャワ地域は陸軍担当、それ以外の地域については海軍担当とされた。日本時間の1941年12月8日午前2時15分（真珠湾攻撃の約1時間前）、日本軍は英領マレー半島のコタバルに上陸し（マレー作戦）、太平洋戦争が開戦した。緒戦の南方作戦は日本軍の圧勝であり、翌1942年1月11日には今村均陸軍中将を司令官とする、日本陸軍第16軍の隷下部隊がタラカン島へ上陸し、蘭印作戦（H作戦）を開始。続く2月14日にはスマトラ島パレンバンに日本陸軍空挺部隊が降下して同地の油田地帯・製油所と飛行場を制圧。上述の「重要国防資源」たる南方大油田を掌握し、太平洋戦争の開戦目的を達成した。3月1日にはジャワ島に上陸、同月9 - 10日には蘭印の中枢であるバタビア（現：ジャカルタ）を占領し作戦は終了した。インドネシアにおける日本の軍政については、ジャワ島を3つに分ける省制度を廃止したほかは基本的にオランダ時代の統治機構を踏襲した。州長官に日本人を配置し、オランダ時代の王侯領には自治を認め、ジャカルタは特別市として州なみの扱いとした。軍政の実務は日本人の行政官が担い、州以下のレベルには地方行政はインドネシア人が担当した。同時に日本海軍はボルネオの油田を、日本陸軍はスマトラの油田を保有した。そして日本の統治は、オランダ植民地政府により軟禁され、流刑地にあったスカルノを救出して日本に協力させ、この国民的指導者を前面に立て実施された。スカルノは日本に対して懐疑心を抱いていなかったわけではなかったが、開戦前に受けたインドネシア独立に対するオランダの強硬な態度に鑑み、オランダの善意に期待できない以上、日本に賭けて見ようと考えたのであった。1943年中盤以降、日本はアジア・太平洋地域における戦局悪化の趨勢を受けてジャワ、スマトラ、バリの現地住民の武装化を決定し、募集したインドネシア人青年層に高度の軍事教練を施した。それらの青年層を中心に、ジャワでは司令官以下の全将兵がインドネシア人からなる郷土防衛義勇軍（ペタ）が発足した。このような日本軍政期に軍事教練を経験した青年層の多数は、後の独立戦争期に結成される正規、非正規の軍事組織で、中心的な役割を果たすことになった。インパール作戦の失敗によって、ビルマ方面の戦況が悪化すると、日本は1944年9月3日には将来の独立を認容する「小磯声明」を発表。さらに1945年3月に東インドに独立準備調査会を発足させ、スカルノやハッタらに独立後の憲法を審議させた。同年8月7日スカルノを主席とする独立準備委員会が設立され、その第1回会議が18日に開催されるはずであったが、8月15日に日本が降伏したことによって、この軍政当局の主導による独立準備は中止されることとなった。
しかし、1945年8月15日に日本がオランダを含む連合国軍に降伏し、念願の独立が反故になることを恐れたスカルノら民族主義者は同17日、ジャカルタのプガンサアン・ティムール通り56番地で独立を宣言した（独立宣言文の日付は皇紀を用いている）。しかし、これを認めず再植民地化に乗り出したオランダと独立戦争を戦うことを余儀なくされた。インドネシア人の側は、外交交渉を通じて独立を獲得しようとする外交派と、オランダとの武力闘争によって独立を勝ち取ろうとする闘争派との主導権争いにより、必ずしも足並みは揃っていなかったが、戦前の峻烈な搾取を排除し独立を目指す人々の戦意は高かった。独立宣言後に発足した正規軍だけでなく、各地でインドネシア人の各勢力が独自の非正規の軍事組織を結成し、降伏後に日本軍兵器庫から奪ったり、連合国軍に対する降伏を潔しとしない日本軍人の一部が提供したりした武器や弾薬で武装化した。これらの銃器の他にも、刀剣、竹槍、棍棒、毒矢などを調達し、農村まで撤退してのゲリラ戦や、都市部での治安を悪化させるなど様々な抵抗戦によって反撃した。また、この独立戦争には、スカルノやハッタら民族独立主義者の理念に共感し、軍籍を離脱した一部の日本人3,000人（軍人と軍属）も加わって最前列に立って戦い、その結果1,000人が命を落とした。他方で政府は第三国（イギリスやオーストラリア、アメリカ合衆国）などに外交使節団を派遣して独立を国際的にアピールし、また、発足したばかりの国際連合にも仲介団の派遣を依頼して、外交的な勝利に向けても尽力した。結果として、1947年8月1日に国際連合安全保障理事会で停戦および平和的手段による紛争解決が提示された。独立戦争は4年間続き、オランダに対する国際的な非難は高まっていった。最終的に、共産化を警戒するアメリカの圧力によって、オランダは独立を認めざるを得なくなった。
こうした武力闘争と外交努力の結果、1949年12月のオランダ-インドネシア円卓会議（通称、ハーグ円卓会議）で、オランダから無条件で独立承認を得ることに成功し、オランダ統治時代の資産を継承した。これによって国際法上、正式に独立が承認された。しかし、この資産には60億ギルダーという膨大な対外債務（うちオランダ向け債務20億ギルダーについては、オランダが債務免除に同意した）も含まれており、財政的な苦境に立たされることとなる。その解決のために円卓会議の取り決めを一方的に破棄、外国資産の強制収容を行うなど強攻策をとり、さらには国連から脱退するなどスカルノ政権崩壊まで国際的な孤立を深めていくこととなる。現在でも8月17日を独立記念日としており、ジャカルタを中心に街中に国旗を掲揚して様々なイベントを開催し、祝賀ムードに包まれることが恒例となっている。
オランダからの独立後、憲法（1950年憲法）を制定し、議会制民主主義の導入を試みた。1955年に初の議会総選挙を実施、1956年3月20日、第2次アリ・サストロアミジョヨ内閣が成立した。国民党、マシュミ、NUの3政党連立内閣であって、インドネシア社会党（PSI）、インドネシア共産党は入閣していない。この内閣は5カ年計画を立てた。その長期計画は、西イリアン帰属闘争、地方自治体設置、地方国民議会議員選挙実施、労働者に対する労働環境改善、国家予算の収支バランスの調整、植民地経済から国民の利益に基づく国民経済への移行により、国家財政の健全化を図ることなどである。しかし、民族的にも宗教的にもイデオロギー的にも多様で、各派の利害を調整することは難しく、議会制は機能しなかった。また、1950年代後半に地方で中央政府に公然と反旗を翻す大規模な反乱が発生し（ダルル・イスラム運動、セカルマジ・マリジャン・カルトスウィルヨの反乱、カハル・ムザカルの反乱、プルメスタの反乱）、国家の分裂の危機に直面した。この時期、1950年憲法の下で権限を制約されていたスカルノ大統領は、国家の危機を克服するため、1959年7月5日、大統領布告によって1950年憲法を停止し、大統領に大きな権限を与えた1945年憲法に復帰することを宣言した。ほぼ同時期に国会を解散して、以後の議員を任命制とし、政党の活動も大きく制限した。スカルノによる「指導される民主主義」体制の発足である。この構想は激しい抵抗を受け、中部・北・南スマトラ、南カリマンタン・北スラウェシのように国内は分裂した。ついに、スカルノは全土に対し、戒厳令を出した。スカルノは、政治勢力として台頭しつつあった国軍を牽制するためにインドネシア共産党に接近し、国軍との反目を利用しながら、国政における自身の主導権を維持しようとした。この時期、盛んにスカルノが喧伝した「ナサコム（NASAKOM）」は、「ナショナリズム(Nasionalisme）、宗教（Agama）、共産主義（Komunisme）」の各勢力が一致団結して国難に対処しようというスローガンだった。1961年12月、オランダ植民地のイリアンジャヤに「西イリアン解放作戦」を決行して占領。1963年5月にインドネシアに併合されると、反政府勢力（自由パプア運動やen:National Committee for West Papua）によるパプア紛争（1963年–現在）が勃発した。スカルノの「指導される民主主義」は、1965年の9月30日事件によって終わりを告げた。インドネシア国軍と共産党の権力闘争が引き金となって発生したこの事件は、スカルノからスハルトへの権力委譲と、インドネシア共産党の崩壊という帰結を招いた（これ以後、インドネシアでは今日に至るまで、共産党は非合法化されている）。
1968年3月に正式に大統領に就任したスハルトは、スカルノの急進的なナショナリズム路線を修正し、西側諸国との関係を修復。スカルノ時代と対比させ、自身の政権を「新体制 (Orde Baru)」と呼んだ。スハルトはスカルノと同様に、あるいはそれ以上に独裁的な権力を行使して国家建設を進め、以後30年に及ぶ長期政権を担った。その間の強引な開発政策は開発独裁と批判されつつも、インフラストラクチャーの充実や工業化などにより一定の経済発展を達成することに成功した。その一方で、東ティモール、アチェ、イリアンジャヤなどの独立運動に対しては厳しい弾圧を加えた。1997年のアジア通貨危機に端を発するインドネシア経済混乱のなか、1998年5月にジャカルタ暴動が勃発し、スハルト政権は崩壊した。
スハルト政権末期の副大統領だったユスフ・ハビビが大統領に就任し、民主化を要求する急進派の機先を制する形で、民主化・分権化の諸案を実行した。スハルト時代に政権を支えたゴルカル、スハルト体制下で存続を許された2つの野党（インドネシア民主党、開発統一党）以外の政党の結成も自由化され、1999年6月、総選挙が実施され、民主化の時代を迎えた。
その結果、同年10月、最大のイスラーム系団体ナフダトゥル・ウラマーの元議長、アブドゥルラフマン・ワヒド（国民覚醒党）が新大統領（第4代）に就任した。メガワティ・スカルノプトリは副大統領に選ばれた。しかし、2001年7月、ワヒド政権は議会の信任を失って解任された。
代わって、闘争民主党のメガワティ政権が発足した。その後2004年4月に同国初の直接選挙で選ばれた第6代スシロ・バンバン・ユドヨノが2009年に60%の得票を得て再選され、2014年までの大統領の任にあった。
2014年7月の選挙で当選した闘争民主党のジョコ・ウィドドが第7代大統領に就任した。（歴代の大統領については、インドネシアの大統領一覧を参照）。2019年8月16日の議会演説で首都を現在のジャカルタから、インドネシアのほぼ中央に位置するカリマンタン島の東カリマンタン州「北プナジャム・パスール県」「クタイ・カルタネガラ県」に遷都する考えを表明した。。遷都は2024年に開始される予定。
国家元首たる大統領は、行政府の長を兼ねる。その下に副大統領が置かれる。首相職はなく、各閣僚は大統領が指名する。特徴的なのが「調整大臣府」と呼ばれる組織で、大統領と各省の間で複数の省庁を管掌しており、2014年発足のジョコ・ウィドド政権では政治・治安担当調整大臣府、経済担当調整大臣府、海事担当調整大臣府、人間開発・文化担当調整大臣府が置かれている。第五代までの大統領と副大統領は、国民協議会（後述）の決議により選出されていたが、第六代大統領からは国民からの直接選挙で選ばれている。任期は5年で再選は1度のみ（最大10年）。憲法改正によって大統領の法律制定権は廃止された。各種人事権については、議会との協議を必要とするなど、単独での権限行使は大幅に制限された。また議会議員の任命権も廃止され、議員は直接選挙によって選出されることになった。
立法府たる議会は、(1) 国民議会（インドネシア語: Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), 英語: Peoples Representative Council, 定数560）、(2) 地方代表議会（インドネシア語: Dewan Perwakilan Daerah (DPD), 英語: Regional Representatives Council, 定数132）、そして (3) この二院からなる国民協議会（インドネシア語: Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR), 英語: People's Consultative Assembly）がある。まず、(3) の国民協議会は、2001年、2002年の憲法改正以前は、一院制の国民議会の所属議員と、各州議会から選出される代表議員195人によって構成されていた。国民協議会は、国民議会とは別の会議体とされ、国家意思の最高決定機関と位置づけられていた。国民協議会に与えられた権限は、5年ごとに大統領と副大統領を選出し、大統領が提示する国の施策方針を承認すること、1年に1度、憲法と重要な法律の改正を検討すること、そして場合により大統領を罷免すること、であった。このような強大な権限を国民協議会に与えていることが憲政の危機をもたらしたとして、その位置づけを見直す契機となったのは、国民協議会によるワヒド大統領罷免であった。3年余りの任期を残していた大統領を罷免した国民協議会の地位を改めるため、メガワティ政権下の2001年と2002年に行われた憲法改正により、国民協議会は国権の最高機関としての地位を失った。立法権は後述の国民議会に移されることになり、国民協議会は憲法制定権と大統領罷免決議権を保持するが、大統領選任権を国民に譲渡し、大統領と副大統領は直接選挙によって選出されることになった。これらの措置により、国民協議会は国民議会と地方代表議会の合同機関としての位置づけが与えられ、また、国民議会と地方代表議会のいずれも民選議員によってのみ構成されているため、国民協議会の議員も全て、直接選挙で選ばれる民選議員となった。(1) の国民議会は、2000年の第2次憲法改正によって、立法、予算審議、行政府の監督の3つの機能が与えられることになった。具体的には立法権に加えて、質問権、国政調査権、意見表明権が国民議会に与えられ、また、議員には法案上程権、質問提出権、提案権、意見表明権、免責特権が与えられることが明記された。比例代表制により選出される。(2) の地方代表議会は、2001年から2002年にかけて行われた第3次、第4次憲法改正によって新たに設置が決まった代議機関であり、地方自治や地方財政に関する立法権が与えられている。先述の通り、総選挙で各州から選出された議員によって構成されている。
スハルト政権期には政府・司法省が分有していた司法権が廃止され、各級裁判所は、司法府の最上位にある最高裁判所によって統括されることになり、司法権の独立が確保された。最高裁判所は法律よりも下位の規範（政令等）が法律に違反しているか否かを審査する権限を有する。他に憲法に明記される司法機関としては司法委員会と憲法裁判所がある。司法委員会は最高裁判所判事候補者を審査し国会に提示する権限及び裁判官の非行を調査し最高裁判所に罷免を勧告する権限を有する。憲法裁判所は法律が憲法に違反しているか否かを審査する権限を有する。憲法改正以前には大統領に属していた政党に対する監督権・解散権が憲法裁判所に移された。これにより、大統領・政府による政党への介入が排除されることになった。
インドネシア共和国国軍（Angkatan Bersenjata Republik Indonesia - 略称ABRI）の兵力は、2003年に30万2000人（陸軍23万人、海軍5万5000人、空軍2万7000人）であり、志願兵制度である。その他に予備役が40万人。軍事予算は2002年に12兆7,549億ルピアで、国家予算に占める割合は3.71パーセントである。スハルト政権以来、アメリカを中心とした西側との協調により、近代的な兵器を積極的に導入してきたものの、東ティモール問題の悪化により米国と軋轢が生じ、2005年まで米国からの武器輸出を禁じられた。この間にロシア・中華人民共和国と接近し、これらの国の兵器も多数保有している。
旧宗主国オランダとの武力闘争によって独立を勝ち取り、独立当初から外交方針の基本を非同盟主義に置いた。こうした外交方針は「自主積極 bebas aktif」外交と呼ばれている。独立達成後の、外交にも様々な変化がみられるものの、いずれの国とも軍事同盟を締結せず、外国軍の駐留も認めていないなどの「自主積極」外交の方針はほぼ一貫しているといってよい。1950年代後半のスカルノ「指導される民主主義」期には、1963年のマレーシア連邦結成を「イギリスによる新植民地主義」として非難し、マレーシアに軍事侵攻した。国際的な非難が高まるなかで、1965年1月、スカルノは国際連合脱退を宣言し、国際的な孤立を深めていった。インドネシア国内ではインドネシア共産党の勢力が伸張し、国内の左傾化を容認したスカルノは、急速に中華人民共和国に接近した。1965年の9月30日事件を機にスカルノが失脚し、スハルトが第2代大統領として就任すると、悪化した西側諸国との関係の改善を進めた。また、スカルノ時代に疲弊した経済を立て直すために債権国の協力を仰いだ。1966年9月、日本の東京に集まった債権国代表が債務問題を協議し、その後、援助について協議するインドネシア援助国会議（Inter-Governmental Group on Indonesia - 略称 IGGI）が発足した。1967年8月、東南アジア諸国連合（ASEAN）発足時には原加盟国となった。総人口や国土面積は東南アジア最大であり、ASEAN本部は首都ジャカルタに置かれている。域内での経済・文化交流の促進を所期の目標とし、他のASEAN加盟国との連帯を旨としている。その一方で、時折のぞく盟主意識・地域大国意識は、他国からの警戒を招くこともある。今日に至るまで日本をはじめとする西側諸国とは協力関係を維持しているが、スハルト体制期においても一貫して、ベトナムなど近隣の社会主義国や非同盟諸国とは良好な外交関係を保った。1999年の東ティモール独立を問う住民投票での暴動に軍が関与したと見られ、その後の関係者の処罰が不十分とされたことや、2001年のアメリカ同時多発テロによって米国との関係が悪化し、2005年まで武器禁輸などの制裁を受けた。このため、ロシアや中国との関係強化に乗り出し、多極外交を展開している。中国とは南シナ海にあるスプラトリー諸島（南沙諸島）の領有権を巡る係争はないが、中国が海洋権益を主張する九段線がインドネシア領ナトゥナ諸島北方海域にかかっている。このため、同海域の「北ナトゥナ海」への改称やナトゥナ諸島への軍配備などで対応している（詳細は「ナトゥナ諸島」を参照）。日本とインドネシアの関係は良好であり、1800社を超える日本企業がインドネシアで事業を展開している。特に近年、日本文化がブームとなっており、日本企業の投資や、日本語を学ぶ人が増えている。大相撲やアニメなど、日本文化のイベントも開催されている。
MIKTA（ミクタ）は、メキシコ (Mexico)、インドネシア (Indonesia)、大韓民国 (Korea, Republic of)、トルコ (Turkey)、オーストラリア (Australia) の5ヶ国によるパートナーシップである。詳細は該当ページへ。
世界で最も多くの島を持つ国であり、その数は1万3466にのぼる。島の数は人工衛星の調査により算出されたもので、かつては1万8,110とも言われていたが、再調査の結果、2013年に現在の個数が明らかになった。当地を含む周辺では、ユーラシアプレートやオーストラリアプレート、太平洋プレート、フィリピン海プレートなどがせめぎあっており、環太平洋火山帯（環太平洋造山帯）の一部を構成している。そのため国内に火山が多く、活火山が129ある。スマトラ島北部にあるカルデラ湖のトバ湖を形成したトバ火山は、有史前に破局噴火を引き起こしたほか、クラカタウ大噴火に代表されるように古くから住民を脅かすと共に土壌の肥沃化に役立ってきた。火山噴火によって過去300年間に15万人の死者を出しており、この数は世界最多とされる。スマトラ島のクリンチ火山が最高峰（3805m）である。スメル山はジャワ島の最高峰（3676m）で、世界で最も活動している火山の一つである。また、地震も多く、2004年のスマトラ島沖地震、及び2006年のジャワ島中部地震は甚大な被害を与えた。スマトラ島とジャワ島は、約60,000年前は陸続きであったが、11,000年前の大噴火があり、スンダ海峡ができて両島は分離した。これらの島々の全てが北回帰線と南回帰線の間に位置しており、熱帯気候である。
国土を「林業地区」（国有林）と「その他の地区」に区分している。大気中の二酸化炭素を吸収する役割を担う森林は、適切な利用・管理により地球温暖化防止に役立つ。
IMFによると、2013年のGDPは8,703億ドルであり、世界第16位である。一方、一人当たりのGDPは3,510ドルであり、世界平均の40%に満たない水準である。2011年にアジア開発銀行が公表した資料によると、1日2ドル未満で暮らす貧困層は1億1743万人と推定されており、国民のおよそ半数を占めている。