1937年の日中戦争開戦後も、その後の連合国の駐在員や外交官、宣教師や留学生の多くは、日本や外地などで戦前と変わらない生活を行った。しかし1941年12月の対英米開戦後には、日本とその占領地、そして枢軸国として参戦したタイ王国や満州国に取り残されたイギリス人やアメリカ人、オーストラリア人やカナダ人、ギリシア人やオランダ人、グアテマラ人やアルメニア人、ノルウェー人や英領インド人などの敵性国人の民間人は、開戦後次々と抑留所に収容され軟禁された。なお男性のみが抑留所に入れられ、女性は抑留されなかった。また日本の大学などで教員についていたイギリス人やアメリカ人、オランダ人などの外国人は開戦後も抑留所に入れられず、暫くの間はその地について仕事に就き通常の給与が与えられた。これらの男性は戦時国際法に則り軍に管理された捕虜とは異なり、主に警察によって管理された。警備は厳重ではあったが、抑留者に対する取り調べや暴力を伴う違法行為などの国際法違反は皆無で、また妻や娘など家族がいるもののみ外出も認められた。さらに日本という海に囲まれた国にあるため脱走は皆無であった。なお全ての抑留者の情報は、戦時国際法に則りスイスのジュネーブの赤十字国際委員会の中に置かれた中央捕虜情報局に置かれることとなり、委員会駐日代表となったフリッツ・パヴァラッツイーニ博士が各地で数回にわたり中立国の局員の収容所の見学や聞き取りがおこなったが、生活や食事、医療や待遇などについての言動については日本側からは制限を課さず自由に行われた。その結果、苦情は皆無ではなかったものの、おおむね良好であった。抑留、逮捕されるのは45歳以上の男子に限り、女性や子供は対象外であったが、男子でも45歳以上というのは地方では無視されがちであった。また福島県や秋田県、青森県や島根県などの地方では、田舎の警察にありがちな人種差別的、宗教的差別的観点から、独身女性（その多くが修道女であった）も抑留されたが、女性に対する抑留のような逸脱した地方警察の暴走および、国際法違反は本部から問題視され、1942年5月13日に解除、開放の命令がなされている。しかし1942年9月以降方針が変わり、修道女や教師などの女性独身者と、宣教師や教師などの男性高齢者は抑留された。これはアメリカやイギリスが日本人の抑留者を男女問わず強制収容所に入れていたためであり、相互主義に基づくものであった。なお、妻や娘などの結婚女性は例外のままであった。これは日本が英米に比べ紳士的であったといえる。また、戦時中に日本海軍やドイツ海軍、イタリア海軍の軍艦によって拿捕されて、横浜港や神戸港などに連れて来られた連合国の軍艦の民間の乗務員や、民間船の船員や搭乗者なども、抑留者として抑留先に入れられた。なお、これらの敵性国人の多くは、1942年から1943年にかけてアメリカとイギリスとの間に3回運航された交換船で、同じくイギリスやアメリカなどの連合国に取り残され同じく軟禁、逮捕されていた日本人やタイ人、ドイツ人の駐在員や外交官と交換される形で帰国した。だが、フォード・モーターやワーナーメディア、パンアメリカン航空やP&Oなどの大企業勤務の者も、妻や息子、娘などの家族が日本人であることなどの個人的都合や、病気などの理由から帰国せず終戦までの間自主的に抑留された者もいた。宣教師や修道女の多くも、信者を残して帰国できないなどの理由で日本に残った。なお、戦前より日本に進出していたIBMや香港上海銀行、ゼネラル・モーターズやフォード・モーターなどの企業の資産は、日本政府により没収、売却されることもなく、戦中はすべて三菱信託銀行をはじめとする信託銀行に管理が任されていた。首都圏ではバンドホテルやブラフホテルなどの洋風ホテルや、横浜ヨットクラブや根岸競馬場などのクラブハウス、船員会館やバターフィールド・アンド・スワイアーの社宅。神戸ではイースタンロッジなどのホテルやカナディアン・スクールの寄宿舎などの洋風施設など、全国34か所が抑留先に指定されたが、広島県や長崎県、北海道や福島県などの地方では洋風の施設がある抑留先を探すのはままならず、教会や修道院、保育園または自宅などが多かった。また、1943年中頃の第二次日米交換船の行き来により抑留者が劇的に減った後、同年暮れに抑留先が再編され、同時期にバンドホテルがドイツ海軍に借り上げられたことなどから、神奈川県の抑留所が横浜市戸塚区や神奈川県箱根、厚木市七沢、足柄の暁星学園の寮などに抑留先が移ったり、自宅に残っていた無職の老人や、妻などの家庭婦人、子どもまで対象になるなどの変更があった。最終的に日本国内の連合国の民間人抑留所で、一時的なもの含むと北海道から九州まで全国50か所以上に上った。なお、これらの民間人抑留施設の家賃はすべて日本政府から終戦に至るまで支払われていたか、政府により施設そのものが買い取られていた。食事は当初、都会のホテルやクラブハウスでは洋食をベースにした豪勢なものが提供されることも多く、他の抑留先でも外国人ということを考慮し肉やパン、スープなどもあった上に、1日3食で量も比較的考慮されていたため、日本人から「豪勢だ」と批判が出たり、太る者も少なくなかった。なおこれらの代金はすべて日本政府から払われていた。なお妻などの家族や知人の日本人、信者からの差し入れも自由に行われた。1943年中頃の日英米交換船の終了までは、先方に抑留されている日本人や同盟国人への配慮もあり、量や質もそれなりに配慮されたが、1944年以降はその量と質も外の配給とともに少なくなっていったうえに、配給だけでは足らずに、愛知県のイタリア人向け抑留所をはじめ、抑留者自ら農作業をし自らの食料を調達することも多くなった。また抑留所外に住む妻などの家族などの差し入れに対する警察官による横領も多くなっていった。娯楽が無く、男性しかいない中で、抑留所内では、野球やサッカー、ジョギング、卓球、チェスやカードゲームなどが盛んに行われた。また横浜など抑留先が複数ある場合は、抑留先同士の交流を図るため野球などの交流戦が三渓園などで開催された。なお、横浜球場に連合国軍人の捕虜収容所がおかれていたが、それらとの交流はなかった。また、新聞の購読や信仰の自由が保障され、プロテスタントやカトリック、長老派教会、またユダヤ教の僧侶や牧師などによるミサなども自由に行われた。医療も日本側として十分なものが行われており、また病気のために抑留を解かれ病院や自宅などで療養するものも多かった。しかし1944年の末以降は、戦況の悪化とそれによる感情の悪化により医療などの環境が悪くなり、また高度な医療を受けられないことや、長期にわたる療養のために亡くなる例もあった。また1945年以降は連合国軍の空襲を受けて被災する抑留所も増えた。さらに1945年8月9日以降、満州国やスイス、スウェーデンなどの数少ない同盟国と中立国を除く殆どの国が敵対国となってしまったが、15日の降伏まで抑留は続いた。15日にほとんどの抑留所で日本の降伏と解散が申し伝えられたが、16日以降も治安維持の観点や、抑留所や捕虜収容所に対して慰問袋などが連合国軍機から投下されたことから、数日間から数週間は抑留先へ止まるものも多かった。なお全国11か所の抑留所や、数十の捕虜収容所に対して慰問袋を落とす連合軍機などが、停戦後の8月中旬から9月初旬にわたり5機も墜落している。戦時中に3度に渡って行われた日英米交換船により、終戦時には抑留所に置かれた抑留者は609人に減っており、一部のドイツ人やフランス人など、戦況により敵国人となり「軟禁」されたものを含めると抑留者は850人以上が確認されている。