共和国の貴族階級の文化的な画一化とポーランド化が民族的マイノリティを巻き込みながら進み、17世紀までに貴族階級の大部分がローマ・カトリックに改宗し、また以前からカトリックだった者たちも同宗派にとどまった。1570年、ポーランドではヨーロッパに先駆けてプロテスタントとの協調主義を実現させたサンドミェシュ協約が成立した。この協約は当時その影響力を高めていた対抗宗教改革の圧迫に対する共和国の自己防衛という性格をもっていた。協約はプロテスタントの地位を高め、1573年のワルシャワ連盟における宗教的自由の実現を可能にした。共和国における宗教改革の絶頂期は16世紀で、およそ1000にも上るプロテスタントのセクト（信徒団）が存在し、その半分近くがカルヴァン主義を奉じていた。半世紀後、プロテスタント信徒は最盛期の50％しか残っておらず、都市民が主に信仰したルター主義の信徒が激減しており、シュラフタが受け入れたカルヴァン主義と反三位一体主義がプロテスタント内で主流となっていた。共和国において宗教戦争が起きず、国家が国教であるローマ・カトリック教会と協同して少数派の宗派を根絶ないし抑圧する動きが無かったのは、当時のヨーロッパの基準からすればかなり不可解な現象だった。この原因として、小作農などの住民の大部分がプロテスタントへの改宗に消極的であり、国王が親カトリック的立場をとり、一旦は宗教的解放が実現した貴族階級もプロテスタント運動への参加の度合いが低く、プロテスタント運動に内部分裂が存在していて、カトリック教会のプロパガンダが熱心に展開されていたことなどが挙げられる。プロテスタント運動が、カトリックの巻き返し時期には既に自然な形で衰えを見せていたのである。また、大学などのアカデミズムがカトリック教徒の人々によって運営されており、ポーランドではルネサンス時代前後から自由主義の気風を持つ先進的知識人の多くがカトリック教徒の内から次々と輩出されていたことも原因であり、16世紀半ばまではカトリック最右翼のイエズス会の勢力がまだポーランドに根を下ろしていなかった。プロテスタントとカトリックの両陣営の間のイデオロギー闘争は、当初は共和国の知的生活をより豊かにするものだった。カトリック教会はトリエント公会議で方向性を決め、1577年には公会議の方針をポーランドの全教会に公的に受け入れさせたが、1589年以後は17世紀を通じて方針が実施継続が差し止められていた。ポーランドのカトリック教会の上層では意見の多様性を認める自由主義が主流であった。初期の対抗宗教改革は下級聖職者たちの間で始まり、1551年からはヴァルミャの司教スタニスワフ・ホジュシュによって採用された。ホジュシュの運動は当時の教会内では全くの孤立無援であったが、彼は熱心な改革者だった。17世紀に入ると、ローマで教育を受けた多くの司教たちが共和国の各教区に配属されて対抗改革を実行するようになり、対抗宗教改革の運動は急速に教化されていった。ホジュシュはポーランドにイエズス会を呼び寄せ、1564年にはブラニェヴォに同会に運営させるためのコレギウムを設立した。続いて、多くのイエズス会の教育機関と拠点が、主にプロテスタント運動の中心地となっていた地域の周辺に設置された。イエズス会の聖職者たちは厳格に選別され、十分に教育され、そして貴族階級か市民層の出身だった。同会は国王の宮廷に強い影響力を持つ一方で、全社会集団に熱心な働きかけを行った。イエズス会の教育プログラムと対抗宗教改革のプロパガンダは印刷物・版画などの新しいメディアを利用する戦略を採用し、特定の聴衆にはしばしば慣習通りの形式で語りかける一方で、人文主義教育では革新的な手法を採用した。説教師のピョトル・スカルガと、聖書のポーランド語訳を手掛けたヤクプ・ヴュイェクは、この時代のイエズス会士たちの中で最も有名な人物たちである。カトリック教会はプロテスタントに対抗して人々を引き寄せるために、自らをポーランド化された国民教会とする理念を生みだし、様々な民族的要素を取り入れた共和国におけるカトリック教会の国民化は、人々にとってカトリック教会をより受け入れやすく魅力的にした。教会の上層部もこの理念に協賛していた。17世紀の間に続いた変化は、続く世紀におけるポーランド・カトリシズムの性格を決定づけた。しかし対抗宗教改革も17世紀に入ると全盛期を過ぎた。この時期はジグムント3世の治世初期にあたり、国王はイエズス会といくつかの教会派閥と組んで王権強化改革を試みていた。国王は高級官職に与れる者をカトリックのみに制限しようとし、反プロテスタント暴動が数都市で発生した。1606年にゼブジドフスキの反乱が起きると、プロテスタントたちは大挙して反国王派の味方についた。しかし、シュラフタたちのカトリックへの大量改宗の流れが止まることはなかった。共和国の東部に住んでいた東方正教会のキリスト教徒たちとの同盟を結ぼうとしたプロテスタントの運動が失敗に終わると、プロテスタント勢力は没落していった。ポーランドのカトリック指導層は東方教会との合同の機会を見逃さなかったが、その最終的な目標は東方典礼教会をローマ教皇に服従させること（そもそも、東西教会の分裂は教皇権の支配欲が引き起こしたものだった）、そして共和国をカトリック権力の中心にすることだった。当時、東方典礼教会の司教たちの最高権威であるコンスタンティノープル総主教座がオスマン帝国との深刻な紛争を引き起こしており、また1598年にモスクワ総主教座が創設されてその権威を主張し始めたため、正教会の指導層たちは危うい立場にあった。合同構想はジグムント3世や共和国東部の貴族たちに支持された。しかし東方正教会では、教会と俗人の指導層との間で合同に関する意見が分裂していた。1595年から1596年にかけて、ブレスト合同に関する条約の交渉がなされ、正式に結論と合意が成立した。ローマ・カトリックと東方正教会の合同は実現しなかったが、東方典礼カトリック教会（ギリシア・カトリック教会）の一つであるユニエイト教会が成立した。ビザンティン典礼を採用する新教会は、教皇の首位権を認めるものの、東方典礼を多くの面で残したという特徴があった。この妥協による合同は当初から問題を抱えており、ギリシア・カトリックの司教たちは、ローマ・カトリックの司教たちのようにセナト（元老院）に席を占めることを許されず、また東方典礼に加わっている者はローマ・カトリック教徒と同格とは扱われなかったため、合同に参加した人々は失望を味わうことになった。共和国のベラルーシ人とウクライナ人の社会（ルテニア）では、未だに東方正教会が最も重要な宗教的権威であったため、ブレスト合同によって彼らの共同体内には対立が生じた。既に明確化していた民族的、階級的な亀裂に、「宗教」という新たな内部抗争の火種が加わったことは、共和国を平和からさらに遠ざけた。「非合同派」の烙印を押されて法的な地位と身分を剥奪された東方正教徒の貴族たちは、コンスタンティ・ヴァシーリ・オストログスキを指導者として権利回復のための運動を開始した。結果として、1607年、1609年および1635年のセイムが公布した法令によって正教会信仰は再び認められ、2つの東方系教会の一方としてユニエイト教会と平等な地位を与えられた。正教会の職階級および教会行政構造の復活はきわめて困難だった。（指導すべき司教の大半がユニエイトに移っていた）正教会復興はヴワディスワフ4世の統治期に当たっていたが、彼の治世に正教徒貴族たちの多くがカトリックに改宗したため、正教会の指導権は、信徒会によって組織された都市民や、東部で力を持ち始めていたコサック戦士層の手に渡った。キエフの府主教ペトロー・モヒラが精力的に正教会の再建と改革に努めた。