1982年3月から6月にかけて、アルゼンチンはイギリスとの間でマルビナス紛争を戦っており、イギリス政府によって停戦宣言が出されたのは1982 FIFAワールドカップ大会期間中だった。スペインで開催されたこの大会では、1978 FIFAワールドカップのチームを基盤とし、国内タイトルを獲得していたマラドーナとラモン・ディアスを加えた。カンプ・ノウで行なわれたベルギーとの初戦に0-1で敗れたが、2戦目のハンガリー戦には4-1で勝利し、最終戦のエルサルバドル戦には2-0で勝利した。2次リーグではイタリア、ブラジルと同組となり、イタリア戦には1-3で、ブラジル戦には1-2で敗れ、大会からの敗退が決まった。特にイタリア戦でクラウディオ・ジェンティーレなどから執拗なラフプレーを受けたマラドーナは持ち味を発揮できず、ブラジル戦ではジョアン・バティスタを蹴ったとして退場処分を受けた。その他にはフアン・バルバス、ガブリエル・カルデロン、パトリシオ・エルナンデス、フリオ・オラルティコエチェア、エンソ・トロッセーロ、ホルヘ・バルダーノなどがいた。1982 FIFAワールドカップの失敗により、メノッティ監督は退任したが、メノッティ監督が指揮した9年間でA代表・ユース代表それぞれが世界王者となった。アルゼンチン代表が明確で重要な目標を持つ長期的な仕事を計画・実行したのは、メノッティ監督時代が初めてのことである。協会はメノッティ監督の後任として、エストゥディアンテス・デ・ラ・プラタでプリメーラ・ディビシオン・1982メトロポリターナを制したカルロス・ビラルドを選んだ。ビラルド監督は完璧主義であり、自身の戦術と戦略に固執することで有名だった。1983年5月に行なわれた初采配試合のチリ戦には2-2で引き分け、就任後すぐにコパ・アメリカ1983を迎えたが、エクアドルとブラジルに対して1勝3分で敗退した。この大会のメンバーはもっぱら国内リーグ所属選手で構成され、キーパーのフィジョールとネリー・プンピード、ディフェンダーのネストル・クラウセン、ホセ・ルイス・ブラウン、トロッセーロ、オラルティコエチェア、ロベルト・モウソ、ミッドフィールダーのクラウディオ・マランゴーニ、ホルヘ・ブルチャガ、アレハンドロ・サベーラ、ホセ・ダニエル・ポンセ、フォワードのリカルド・ガレカ、アルベルト・マルシコなどだった。コパ・アメリカ閉幕後、アルゼンチンはインドのコルカタに飛んでネルー・カップに出場し、1986 FIFAワールドカップ・南米予選前の親善試合を行なった。その後のヨーロッパ遠征では西ドイツ戦の3-1での勝利を含め、3試合に勝利した。1986 FIFAワールドカップ・南米予選は対戦国のラフプレーに苦しんだ。アウェーのペルー戦では、マラドーナへのラフプレーでクラウディオ・レイナが退場処分を受けている。3勝1分1敗で最終節のホーム・ペルー戦を迎え、試合終盤までリードしたペルーが本大会出場に手をかけたが、試合終了間際にガレカが同点ゴールを決め、本大会に出場する南米の4枠目にアルゼンチンが滑り込んだ。かろうじて本大会出場を決めたものの、予選の過程での低調なプレーぶりから、ビラルドのチームはメディアからの大きな批判にさらされた。ショートパスとドリブルを重視するアルゼンチンの伝統的なスタイルとはかけ離れているとして、守備的に戦うビラルドを非難するジャーナリストもいた。アルゼンチンでもっとも人気のある新聞であるクラリン紙も、ビラルド監督に対して厳しい論調であり、ビラルドは「クラリン紙は協会のフリオ・グロンドーナ会長に電話し、（私の）監督解任を求めた」と断言した。FIFAワールドカップ前、アルゼンチンはヨーロッパに遠征し、優勝候補の一角であるフランスとノルウェーに敗れたが、イスラエルには7-2で大勝した。前評判は高くなかったが、マラドーナというひとりの選手の存在によって、アルゼンチンは大きな希望を胸に1986 FIFAワールドカップに臨んだ。アルゼンチンはグループるーグでイタリア、ブルガリア、韓国と同組となり、初戦では韓国を3-1で破った。2戦目のイタリア戦では6分に先制を許したが、34分にマラドーナが同点ゴールを決めて1-1で引き分けた。最終戦のブルガリア戦には2-0で勝利し、グループ首位で決勝トーナメント進出を決めた。決勝トーナメント1回戦では南米のライバルであるウルグアイに1-0で勝利し、準々決勝ではイングランドと対戦。序盤は互角であり、互いに決定機を作ったが得点を決められなかった。前半のボール支配率はアルゼンチンが上回ったが、イングランドの堅固な守備陣に手を焼いた。後半6分、マラドーナが論争を呼ぶ得点を挙げた。試合後、マラドーナは疑いの余地なくハンドの反則だったこの得点を、「神の手」によるものであると述べた。この得点は、スティーヴ・ホッジがクリアミスしたボールがキーパーのピーター・シルトンに向かったところから始まる。走り続けていたマラドーナはシルトンより早くボールの落下点に達し、左手を使ってボールをゴールに押し込んだ。「神の手」ゴールの4分後、マラドーナは後に「ゴール・オブ・ザ・センチュリー」と呼ばれる得点を挙げた。ハーフウェーライン付近からドリブルを開始し、10秒間のダッシュで相手選手のべ5人とシルトンを交わしてシュートした。この得点が決勝点となり、アルゼンチンが2-1で勝利した（この試合の詳細は1986 FIFAワールドカップ準々決勝 アルゼンチン対イングランドを参照）。歴史的なライバルだっただけでなく、4年前にイギリス軍の手によってマルビナス諸島を奪われていた経緯があったため、この勝利はアルゼンチンで大きく祝福された。準決勝ではベルギーを2-0で下して決勝に駒を進め、決勝の西ドイツ戦ではスリリングな試合を制して2度目の優勝を果たした。ブラウンが先制点を挙げ、バルダーノが追加点を挙げた。カール＝ハインツ・ルンメニゲとルディ・フェラーに得点されて2-2に追いつかれたが、83分にブルチャガが勝ち越し点を決めてアルゼンチンが3-2で勝利した。アルゼンチンは6試合中5試合に勝利し、大会を無敗で終えた。1979年のFIFAワールドユース選手権の優勝の立役者であるマラドーナが活躍を見せ、チームトップの5得点を挙げて大会最優秀選手賞を受賞した。ディフェンダーの軸となったのがブラウンとオスカル・ルジェリ、中盤の軸となったのがエクトル・エンリケとブルチャガ、フォワードの軸となったのがバルダーノだった。決勝の先発メンバーはキーパーがネリー・プンピード、ディフェンダーがブラウン、ホセ・ルイス・クシューフォ、ルジェリ、オラルティコエチェア、ミッドフィールダーがリカルド・ジュスティ、セルヒオ・バティスタ、エンリケ、ブルチャガ、フォワードがマラドーナ、バルダーノだった。1986 FIFAワールドカップでの優勝後、選手たちには休暇が与えられ、1987年のコパ・アメリカ1987までアルゼンチンは試合を行なわなかった。コパ・アメリカは単一の開催国で行なう方式に戻され、アルゼンチンが開催国に選ばれた。ヨーロッパでプレーする選手とアルゼンチン国内でプレーする選手を合わせたチームで大会に臨み、グループリーグ初戦のペルー戦には1-1で引き分け、2戦目のエクアドル戦には3-0で勝利したが、準決勝では優勝することになるウルグアイに0-1で敗れた。1987年末にはエスタディオ・ホセ・アマルフィターニで西ドイツと対戦し、1年前と同じく1点差 (1-0) で勝利した。1988年にはフォー・ネイションズ・カップに出場したが、ソビエト連邦には2-4で、西ドイツには0-1で敗れた。この大会の直後にはオーストラリアに飛び、オーストラリア・ビセンテニアル・ゴールドカップに出場した。勝利はサウジアラビア戦のみに終わり、オーストラリア戦には1-4で大敗した。アルゼンチンに戻ると、ブラジルで開催されるコパ・アメリカ1989の準備を行なった。グループリーグではチリとウルグアイにそれぞれ1-0で勝利し、またエクアドルとボリビアにそれぞれ0-0で引き分けたが、決勝リーグではブラジルとウルグアイにそれぞれ0-2で敗れ、勝ち点はパラグアイ戦 (0-0) で獲得した1に終わった。決勝リーグ3試合では1得点も挙げられず、最終結果は3位となった。ワールドカップ優勝メンバーのプンピード、ブラウン、ルジェリ、クラウセン、クシューフォ、ブルチャガ、マラドーナ、エンリケ、ヒウスティなどに加え、クラウディオ・カニージャ、アベル・バルボ、ルイス・イスラス、ロベルト・センシーニ、ガブリエル・カルデロン、ネストル・ゴロシート、ペドロ・トログリオなどが出場した。1986 FIFAワールドカップで優勝したため、1990 FIFAワールドカップは南米予選を戦わずに前回大会優勝国枠で出場した。大会前には5試合の親善試合を戦ったが、メキシコとスコットランドにそれぞれ0-2で敗れ、わずか1勝と良い結果を残せずに大会開幕を迎えた。さらに、前回大会の最重要選手のひとりであるバルダーノはほとんど練習に参加せず、ビラルド監督はバルダーノを出場メンバーに加えない決断を下した。バルダーノは「私は大洋を泳いで渡ったが、（たどり着いた）海岸で溺死した」という珍言を残して選考漏れへの不満を訴えた。グループリーグの初戦はミラノのスタディオ・ジュゼッペ・メアッツァで行なわれたカメルーン戦だったが、2回目の出場となる相手に0-1で敗れたことで、次の試合からは大きなメンバー変更が行なわれ、前回大会で優勝したメンバーがベースとなった。2戦目のソビエト連邦戦には2-0で勝利したが、キーパーのプンピードが深刻な負傷を負ったことで、これ以後はセルヒオ・ゴイコチェアがゴールマウスに立った。3戦目のルーマニア戦には1-1で引き分け、1勝1分1敗で2次リーグに進んだ。トリノのスタディオ・デッレ・アルピで行なわれたブラジル戦ではブラジルが優勢に試合を進め、ミューレルとカレカが何度もシュートを放った。アルゼンチンは2度もゴールポストに救われ、またゴイコチェアは何度もセーブを強いられた。マラドーナはコンディションが悪く、アルゼンチンは何とか0-0で前半を終えた。後半になるとブラジルの攻撃は前半ほどでなくなり、アルゼンチンはこの好機をうまく利用した。試合終了の9分前、マラドーナがピッチ中央でボールを受けると、ドリブルで3人を交わしてカニージャに正確なパスを送り、カニージャがキーパーのクラウディオ・タファレルをも交わしてゴールにボールを流し込んだ。アルゼンチンはFIFAワールドカップ本大会の舞台で初めてライバルに勝利したため、この試合はアルゼンチン代表の歴史でもっとも輝かしい瞬間のひとつとされている。準々決勝ではユーゴスラビアをPK戦の末に下し、ラスト2本のPKを止めたゴイコチェアがヒーローとなったが、マラドーナはPKを外している。準決勝は開催国のイタリアとの対戦となった。イタリアのサルヴァトーレ・スキラッチは得点ランキングの最上位に位置し、またアルゼンチンはマラドーナなど多くの選手が負傷していたことから、試合前にはイタリアに分があると考えられていた。しかし、アルゼンチンはこの大会中最高のプレーを見せて90分を1-1で終え、延長でもスコアが動かなかったため、試合の行方は2試合連続でPK戦にもつれ込んだ。ゴイコチェアがアルド・セレーナとロベルト・ドナドーニのPKをセーブして再びヒーローとなり、アルゼンチンが2大会連続で決勝に進出した。決勝ではフランツ・ベッケンバウアー監督率いるドイツと対戦。イタリア戦で警告を受けたカニージャは決勝が出場停止となった。アルゼンチンはイタリア戦を除けば試合内容に不満が残るが、ドイツは開幕前から優勝候補とみなされ、効果的で正確なプレーを見せて決勝に勝ち上がってきた。マラドーナなど何人かの選手が負傷していたアルゼンチンとは異なり、ドイツの選手はコンディションも良好な状態だった。試合は終盤までスコアが動かなかったが、83分にメキシコ人のエドガルド・コデサル・メンデス主審はセンシーニがフェラーに対してファールを犯したとして、83分にドイツに疑惑のPKを与えた。この判定は議論を呼び、アルゼンチンの選手は強く抗議したが、アンドレアス・ブレーメがPKを決めてドイツが先制し、ドイツに3度目のタイトルをもたらした。前回大会の優勝メンバーたちは4年前のハイレベルなプレーを繰り返せず、深刻な怪我を負いながらも全試合に出場したマラドーナのパフォーマンスは特に低下した。同じく負傷していたルジェリやブルチャガも、マラドーナ同様にプレーに精彩を欠いた。この大会でもっとも活躍したアルゼンチンの選手はキーパーのゴイコチェアであり、PK戦で卓越した活躍を見せた。