応仁・文明の乱の影響が全国に及んだ守護細川勝久の時代、備中でも国内を二分する兵乱が起きた。この兵乱の主役となったのは、京兆家内衆であった伊豆守庄元資である。元資は応仁・文明の乱の最中、文明 3年（1471年）、備後（山名氏分国）・品治郡・柏村（新市町下安井柏）で西軍・宮氏と戦い弟資長を失うなど、東軍・細川氏の利害に準じた行動をしている。また元資は、安芸の東軍・小早川熈平と、備後の西軍・宮田教言・宮若狭守らとの講和の仲介者となるなどしている。しかし時代は下り延徳3年（1491年）10月、庄元資は、備後衆、備前・松田（管）勢に与力を頼むと、備中守護方の倉（河邊之倉・宮内之倉）に討ち入り、守護の郎党、被官、五百余人を討ち取った。ここに備中大合戦と呼ばれる戦乱が始まったのである（蔭凉軒日録）。これに先立つ文明11年（1479年）12月、管領・細川政元が、一宮宮内大輔父子により拉致される事態が生じた。翌文明12年（1480年）3月、政元は一宮賢長により救出され、庄元資は京兆家内衆安富元家らとともに丹波に発向し、一宮父子を討滅したことにより一応の解決を見る。しかし後に政元からの感状をめぐり、元家とは激しく対立した。この後庄元資は備中に下向し、春資が京での庄氏の活動の中心となったようである。さらに延徳2年6月に備中河邊郷の代官職をめぐって安富新兵衛尉（元家）と争ったとの記録もある。両者の間には度重なる因縁が生じており、さらに在地の守護被官とも確執が生じていたことも想像される状況では（守護の相伝領も存在する地域）、庄元資の行動は本格的な反乱を意図するものではなく、鬱憤晴らしに近いものであった可能性も推測される。同年11月10日　進発備中退治庄伊豆守御暇之事　12月2日勝久進発、との記事がある。在京していた勝久は、翌年の明応元年（1492年）に軍勢を引き連れて備中に入国し、備前の援兵（浦上氏）を受け、庄元資らと合戦におよびこれを打ち破った。延徳4年（1492）4月6日の記載では、元資捨城没落。元資に合力した香西五郎左衛門尉は切腹の顛末（てんまつ）となった。勝久は元資らをいったんは国外へ追い出したが、庄氏一門や彼らにくみする者たちは侮りがたく、6月頃両者は講和したようである。そして勝久は乱後の鎮撫（ちんぶ）に努めていたようだが、 明応2年（1493年）頃に死去したようである。勝久は後継に、阿波守護家から細川成之の次子である之勝を迎えていたが、之勝は長享2年（1488年）の実兄・政之の死去により阿波守護家の家督を継ぎ、延徳3年6月には将軍・足利義材より一字を与えられて義春と称している。備中守護家の後継には、細川駿河守（人名不詳）が就任したようである。元資の子・庄兵庫助は、反動か守護と結び家勢拡大に重点をおいたようである。兵庫助は政元被官人領を押領し、元資ら京兆家被官とは対立を深めたようである。政元は京兆家の備中国被官に対して、自重するような意の手紙を出している。明応3年、元資らは遂に兵を起こし、戦乱が再開された。元資は「右京兆依為被官人」と称し、石見・安芸・周防の国人の合力を取り付けると、いよいよ覇権争いの様相を帯びた戦乱に発展し、混乱は続いた。その元資は、文亀2年（1502年）7月頃に死去したらしく、戦乱は下火となったようで、永正8年（1511年）頃までには、義春の子之持が備中守護を兼ねる形で混乱は収束に向かったようだが、翌9年（1512年）に之持は死去している。これ以前に、備中守護家相伝領の安堵状は見受けられず、事実上備中守護家は断絶したものと考えて差し支えないと思われる。守護家の断絶は、兵庫助の権力基盤の消失を意味し、これを機に惣領の地位は北家に移ったものと思われる。以後、備中では中世的権威は大いに衰え、有力国人勢力が台頭してくるのである。ところで永正4年（1507年）に、将軍職を追われていた足利義稙（義材）を戴き、大内義興が中国・九州勢を率いて上洛を開始すると、やがて細川政元の養子の一人・高国はこれに呼応し、永正5年（1508年）春に共に入京した。これにより将軍・足利義澄は追放され、義稙が将軍に復職、高国は管領に就任し、そして義興は管領代として幕政を執行した。ただこれを維持するために義興の在京は長期に及び、参集した諸氏は経済的に、また領国統制にも急激に困窮することになった。この過程の中で野州家の細川政春（高国の実父）が備中守護となったが、戦国時代においては既に守護としての実権はなく、備中は守護代であった庄氏・石川氏、また庄氏との連携を深めていた三村氏ら国人衆が、それぞれ割拠する状況であった。これを助長したのは京兆家のみならず、大内氏、さらには覇を競う尼子氏らの介入が続いたことによる。庄為資の時代に、備中庄氏は最盛期を迎えたと言って良いと思われる。為資は、上記系図によると北家の出身であり、祖父・久資、その兄弟・経郷らは守護代を努めている（父は不詳:守護代家も西家から北家へ移動している。）。この惣領家の交替が一門衆の内部要因か、京兆家の影響力行使かどうかは不明であるが、享禄4年（1531年）頃には、管領家細川晴元とは対立が深まっている。天文2年（1533年）になると、為資は出雲の尼子氏と結んだ。そして庄氏一門である植木秀長の協力により、松山城（高梁）の上野頼氏を打ち破り拠点とし、諸氏と姻戚を結ぶと、備中では抜きん出た存在となる。為資は備中守を称し、備中半国を領有して一万貫を得たという。天文年間ともなると、京兆家は家督争いで大きく影響力を落としており、また幕府職制も有名無実のものとなっている。庄氏の権勢を支えたのは、一門衆と彼らに繋がる人脈であろうか。また吉備津神社社務を司り、これにより国内への影響力を行使しているようである。天文5年（1536年）には、尼子晴久が本格的に備中に侵入し、国人衆を支配下におさめはじめた。やがて圧迫に耐えられなくなった細川通政（輝政）（細川晴国の猶子）は、浅口の地から同じく野州家が所領としていた伊予宇摩郡へ逃れた。天文7年（1538年）に尼子氏はほぼ備中を平定したが、天文10年（1541年）に吉田郡山城を攻めきれず兵を引いてしまうとその威光にも翳りが見え始めた。すると備中では、庄氏の一族である穂井田（穂田とも）実近が、三村氏と争いを起こした。三村家親は毛利元就に助けを請い、これが毛利氏の備中侵入のきっかけとなった。毛利氏は備後平定を図り、天文18年（1549年）には神辺城を支配下に置いた。三村家親もまた一門を糾合し、次第に勢力を増していくのである。同22年（1551年）に、毛利元就・隆元は井原に陣をすえ、吉川元春が出陣し、三村家親を先陣に猿掛城を攻めたが、穂井田実近は勇敢にも城から打ち出すと、家親を追い立て毛利勢に打撃を与えた。その上で庄氏は毛利氏に講和を申し入れ、家親の子元祐を穂井田実近（もしくは庄為資）の養子とすることで庄・三村両氏の和睦が成立したのである。この結果備中の大半は毛利氏の幕下に入ることになり、いよいよ尼子氏の勢力は限定的なものとなった。さらにこのころ備前の浦上宗景（宇喜多氏 ）も尼子氏に従う兄の政宗と袂を分かち、対立勢力として毛利氏の庇護を受けるようになっている。月山富田城にこもる尼子氏が、毛利氏に降伏したのは永禄9年（1566年）のことである。永禄6年（1563年）には毛利隆元が備中守護に任じられているが、その後は誰も任命を受けることはなかった。やがて次第に庄氏をしのぐ勢いとなった三村氏と、宇喜多直家（浦上氏）との対立が深まり、永禄6年（1563年）頃に戦が始まった。宇喜多直家が、三村家親を除いた手段は鉄砲による暗殺であり、このことは両氏の間に遺恨として続いた。永禄11年（1568年）、備中の軍勢が毛利氏の九州進攻に参加していた隙をつき、宇喜多直家が備中に侵攻した。毛利氏にも大内氏に準えられる包囲が生じたのである。「中国兵乱記」によると、松山城の庄高資や斉田城 （佐井田城）の植木秀長らは、本領安堵を条件に降伏し宇喜多氏の幕下となった。また尼子氏の遺臣山中幸盛は織田信長の後援を受けると、伯耆・出雲の毛利属城を攻め落とし、遂に月山富田城を囲んだ。さらには大友氏に支援された大内氏再興軍が、周防へ上陸し山口攻撃を開始するに至り、毛利氏は背腹の敵に苦しむことになった。この状況の打開に、元就は大友氏との講和を図り九州から兵を引き上げると毛利元清（穂井田元清）を備中へ向かわせた。元清は後月・小田・浅口の備中南西部を回復し、諸兵を従えて植木秀長が立て籠もる斉田城を攻めたが、包囲戦となるうち宇喜多直家の援軍と合戦となり、穂井田実近は戦死、三村家親の子・元親も深手を負い、元清は退却した。元亀元年（1570年）冬、（再興）尼子氏の月山富田城攻略は失敗に終わるが、尼子氏と宇喜多氏は手を結び、再び備中を席巻した。津々加賀守・福井孫左衛門らが毛利勢との戦いで落命している（陰徳太平記）。元亀2年（1571年）6月14日、毛利元就は死去する。毛利元清は備中中部で反撃を開始し、松山城を落城させると、元亀3年（1572年）に戦功のあった三村元親を松山城主とした。備中の覇権は完全に庄氏から三村氏に移ったのである。備中と備前の間では、一進一退の抗争を繰り返していたが、将軍足利義昭、織田信長の命令に応じ和睦し、つかの間の平和を得る。