数え切れない程の絶望を何度も乗り越え、ついに訪れた平和な日々。ミネルバは、甲児やさやか達とともに穏やかな時間を過ごしていた。そんな中、世界各地では差異次元の影響からか奇妙な事象が起き始め、甲児たちの前にも謎の預言者が現れ、新たな敵への警告を促していた。そして遂に新たな敵、暗黒大将軍率いるミケーネ帝国が姿を現した。古代ミケーネ人がマシンと融合した戦闘獣の力は圧倒的で、世界各地のスーパーロボットのみならずマジンガーZまでもが超合金Zを無力化されて大きな損傷を受けてしまう。さらに、平和な日々に戻るためにほぼ生身の体となっていた甲児も瀕死の重傷を負ってしまった。大手術でなんとか一命を取り留めた甲児は、事態を把握するために謎の預言者を探し、先の戦闘で廃墟となった街で再会を果たす。その正体は、この世界では既に死んでおり、多次元融合でこの世界に現れた甲児の父・兜剣造だった。彼は元の世界では暗黒大将軍率いるミケーネ帝国との戦いの準備を進めており、そして多次元融合でこの世界にも暗黒大将軍が現れると予想していたという。その最中、戦闘獣襲来の報を受けた剣造は、暗黒大将軍に対する切り札を持っているが完成までにあと24時間かかること、マジンガーZの魔神化を避けるために甲児はこれ以上出撃しないように告げて姿を消した。光子力研究所に戻った甲児たちは、光子力バリアで24時間を凌ごうとしたが、超合金Zを無力化したミケーネ帝国の科学力であっさりと破られてしまう。重傷をおしてマジンガーZで出撃しようとする甲児だったが、今こそ自分たちが甲児を支えるべきというボスによって気絶させられてしまう。半日後、甲児が目を覚ました時には、研究所の地上施設は壊滅、特殊隔壁で守られた地下施設も大半が破られていた。多数の職員たちが殺され、弓教授やボスたちも命を落とし、さやかも死に瀕する中、甲児は遂にマジンガーZで出撃するが、十数体に及ぶ戦闘獣の圧倒的な力の前にも魔神化を選ばないマジンガーZはなす術もなくやられてしまう。さらに暗黒大将軍が遂に姿を現し、絶体絶命の状況で甲児は気を失う。その状況を目にした兜剣造は、まだ未完成の切り札・剣鉄也とグレートマジンガーの投入を決意する。自在に変形する超合金ニューZで作られたグレートマジンガーは、戦闘獣の攻撃を意にも介さず圧倒的なパワーで一蹴し、暗黒大将軍との一騎討ちを始める。その最中、大破していたマジンガーZに異変が起こる。グレートマジンガーの力を脅威と認め、甲児の意志を無視して魔神化を始めたのだ。そして甲児も、差異次元で鉄也に抱いていた感情に突き動かされるようにグレートマジンガーとの戦闘を始めてしまう。そして激しいぶつかり合いの中、マジンガーZは遂に第7の魔神パワーを開放し、甲児を取り込み始めてしまう。甲児は鉄也にわび、さやかとミネルバがこの状況を打開する鍵と言い伝えて取り込まれてしまう。完全に魔神と化したマジンガーZは、自らを「唯一無二のスーパーロボット・マジンガーZERO」と名乗る。その力によって地球が滅亡に向かう中、鉄也はさやかとミネルバに甲児の言葉を伝える。その直後、さやかとミネルバは仮想空間で甲児とマジンガーZの意志と邂逅する。魔神化の影響で差異次元すべての記憶を持つという甲児の意識は、このループを抜け出すための作戦を2人に伝える。現実に意識を戻したさやかとミネルバに作戦を伝えられた鉄也は、マジンガーZEROとの戦いを再開する。激しい戦いの中、グレートブースターと合体したグレートマジンガーは、魔神パワーを呼び起こしグレートマジンカイザーへと変貌する。カイザーは鋭い剣撃でZEROに迫るが、決定的な一太刀を入れることができない。そこに、戦いに巻き込まれ瀕死に陥っていた暗黒大将軍の一撃が入り、その隙を突いてカイザーはZEROに肉薄することに成功する。しかし、ここでZEROの力が完全にカイザーを凌駕する。至近距離からのブレストファイヤーでカイザーは大破するも、鉄也は最後の力でZEROのキャノピーを破壊、その役目を果たす。作戦とは、イレギュラーで全ての記憶を持った甲児の意識を光子ルストハリケーンで過去に送ることで、このループの打破を狙うというものだったのだ。破壊されたキャノピーに取り付いたものの、また自分の存在が忘れられるのではないかと恐れるミネルバに対し、甲児は全てを決して忘れないと約束し、光子の塵となった。ミネルバもまた自身の意識を光子に変えて過去に戻るが、起動するとそこはいつものようにミネルバが製作された直後ではなく、兜剣造の率いる科学要塞研究所の内部、そしてグレートマジンガーとミケーネの戦いの最中であった。起動からゴードンヘル戦までの記憶の欠落に困惑を覚えながらも、ミネルバはこの世界の情報を集め始める。そしてわかったのは、ミネルバの知る過去とかなり相似しているものの、Dr.ヘルに殺された人類の数が30億と大幅に減っていること、魔神パワーが6つまでしか確認されていないこと。そして太平洋に落下したはずの甲児とマジンガーZが、さやかたちの必死のサルベージにもかかわらず行方不明となっていることであった。甲児不在の間、ミケーネとの戦いを繰り広げていた剣鉄也とグレートマジンガーは、既に甲児を超える英雄として世間に認知されていた。激闘で毎度のように瀕死の重傷を負いながらも、半日足らずで回復する鉄也に疑問を抱くミネルバ。さやかから鉄也の戦いについて教わっていた彼女は、グレートと暗黒大将軍が協力して謎のUFO軍団を撃滅したという映像の背景に、行方不明となっていたはずの甲児の姿を見つけた。アメリカのNASAに設置されたTFO研究所、甲児はそこにいた。久しぶりの再会に駆け寄り、一緒に帰ろうと言うさやかに対し、甲児は衝撃の返事をする。「それはできない。助けてくれたマリアと結婚したから」と。あまつさえ、前回の世界でのミネルバとの約束もマジンガーZの行方も覚えていないという甲児にブチ切れるさやかとミネルバ。特にミネルバの怒りは凄まじく、甲児が製作中だった地球製UFOことTFOを完膚なきまでに破壊し、そして甲児を置いて帰っていった。怒りを抱いたまま科学要塞研究所に戻った二人を待ち受けていたかのように、ミケーネ七大将軍のジェネラルクラス3体が同時に姿を表した。この事態に対し剣造は、これまで秘密としていた鉄也の回復の謎をみなに打ち明ける。鉄也は回復していたのではなく、出撃のたびに死ぬことを前提に調整されていた戦闘用の量産型クローン人間だったのだ。一方その頃。甲児はTFO試作二号機の瞬間物質移動システムとステルス機能を使い、ミケーネの居城に潜入しようとしていた。差異次元の記憶からグレートとジェネラルクラスの戦いを知っていた甲児は、居城が手薄になるこのタイミングを狙っていたのだ。そして「何度も世界をやり直した末に」ついに闇の帝王、そして謎の戦闘獣の姿を垣間見た彼は、これまでに何度策を弄しても敵にそれを見破られた理由を察し、取り込まれるのを覚悟の上で再びマジンガーに乗らなければならないという決意を固める。ジェネラルクラス1体を倒しながらも、既に満身創痍の鉄也。次の鉄也を出すように命令する剣造に、ジュンは鉄也の命を弄ぶ権利はないと詰め寄る。しかし剣造は譲らない。「権利はある。鉄也は私のクローンだ」と。そうしている間にも手足をもがれ、絶体絶命の鉄也とグレートマジンガー。その窮地に現れたのは甲児とTFO試作二号機だった。TFOの自爆と、その隙を突いたグレートの攻撃でジェネラルクラス2体は打ち倒された。直前に脱出していた甲児は、戦闘終了後にみなに土下座して謝罪し、これまでの経緯を語り始めるのだった。一方、ミケーネの闇の帝王も地獄大元帥というボディを手に入れ、最終決戦を挑んでくる。科学要塞研究所の海底に、秘密裏に建造された空中戦艦サイエンスフォートレス・ラングーンと無敵要塞デモニカ、暗黒大将軍とグレートマジンガー、そして地獄大元帥とマジンガーZの間で壮絶な戦いが繰り広げられるが、地獄大元帥の中枢であるDr.ヘルの精神はマジンガーZに潜むZEROと共闘を図り、マジンガーZEROは甲児を排除、Dr.ヘルと一体化し真マジンガーZERO 地獄（ヘル）モードとなる。暗黒大将軍を討ったグレートマジンガーが救援に駆けつけ、地獄モードを一時は圧倒する。甲児はミネルバXにもう1度、甲児を過去に戻すよう依頼する。最後の世界。甲児は幼い頃から特殊な子どもであった。通学中の如月ハニが事故に遇うのを偶然のように防いだり、南米でアステカの星を発掘したり、犯罪集団の証拠を集めて、匿名で警察へ連絡したり。十蔵、剣蔵が同行しようとしていたバードス島の遺跡調査も出資者であるDr.ヘルの犯罪歴が明らかになったため中止された。十蔵はマジンガーZを建造するが、甲児の指示で研究所の耐震工事を行っていたため、十蔵が死ぬこともなかった。甲児はマジンガーZに乗り、まだ世界征服の準備中だったDr.ヘルやあしゅら男爵らを倒し、ここに繰り返しの歴史は終わったかに見えた。時は流れ、十蔵は光子力エンジンの強化試験で被曝し重篤に、剣蔵は建造中の第2マジンガーが「個人が持つには巨大すぎる戦力なのではないか」と国際的に問題視されていた。甲児も「光子力タイムトラベル」の理論を発表するも、誰も再現試験が行えず、世間からはペテン師呼ばわりされるようになった。光子力タイムトラベル公開実験の日、甲児は姿を現さずに失踪した。更に時は流れ、一心不乱に紙に数式を記して何かを計算していた甲児が発見され、保護される。その甲児の前に、若き甲児の姿をしたカウンセラーを自称して現れたのはZEROであった。ZEROは更に遠い未来において、ZEROが神となり、運命の円環が閉じたことを甲児に告げる。甲児はZEROに再びの「やり直し」を提案する。次の世界では、漫画を原作とするアニメ『マジンガーZ』が世界的に大ヒットし、超ロングランを続けていた。機械獣の襲来も、それを撃退するマジンガーZの活躍も全てはフィクションの中の出来事。ZEROの作りあげた「マジンガー以外の存在を許さない世界」であった。何か忘れてはいけないものを忘れたような生活に甲児は違和感を覚えていた。あんパンを食べていた甲児は、「あんパンを食べる」→「あんこを食べる」→「あんこ食う」→「あんこくう」→「暗黒」→「暗黒大将軍」という連想から、ついに差異次元の知識を思い出す。甲児はネット上に無数に公開されているフリー素材も活用し、「マジンガーZが暗黒大将軍に破れ、グレートマジンガーがそれを救う」というこの世界ではあり得ない作品を造り、ネットで公開する。神聖なマジンガーへの冒涜という反対意見も多かったが、これなら俺のほうが巧いと創作意欲を沸かせる者もいた。そして、剣鉄矢、ミネルバXと再会した甲児は再び、地獄モードとの決戦へと時を巻き戻した。神となったZEROと、マジンパワーを持たないマジンガーZ、グレートマジンガーとの戦いは、ZEROの圧倒的な有利かに思えたが、差異次元からZEROにすらはっきりとは認識できないなにものか、ゲッターロボ、鋼鉄ジーグ、ガンダム、イデオン、コンバトラー、ボルテス、ライディーン、ザンボット3、ダイターン3、マクロス（バルキリー）、オーガス、グレンラガン、レイズナー、ガオガイガー、エヴァンゲリオン、ジプシー・デンジャーといった人々の想像から、『マジンガーZ』から産まれたロボット作品たちのパワーがZEROに挑む。