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中世に興起した語りもの芸能である説経節は、「苅萱」「俊徳丸（しんとく丸）」「小栗判官」「山椒大夫」「梵天国」「愛護若」「信田妻（葛の葉）」「梅若」「法蔵比丘（阿弥陀之本地）」「五翠殿（熊野之御本地）」「松浦長者」など中世に起源をもつ物語を主な演目とし、主人公の苛烈な運命と復讐、転生などをモチーフに下層民衆の情念あふれる世界を描いた民衆芸能である。説経節は長らく乞食芸として大道芸・門付芸としておこなわれてきたが、近世に入って、三味線の伴奏を得て洗練される一方、操り人形と提携して小屋掛けで演じられて庶民の人気を博し、万治から寛文にかけて、江戸ではさらに元禄5年（1692年）頃までがその最盛期であった。義太夫節に押されて早々と廃れてしまった上方に対し、江戸は三都のなかで最も説経節がさかんで、元禄年間には天満重太夫、武蔵権太夫、吾妻新四郎、江戸孫四郎、結城孫三郎らが櫓をかかげて説経座を営んだほか、語り手としては村山金太夫や大坂七郎太夫ら著名な説経太夫がいた。しかし、18世紀初頭をすぎると江戸においても説経節による人形操りは衰退し、享保年間にあらわれた2世石見掾藤原守重あたりを最後に江戸市中の説経座は姿を消し、再び、大道芸・門付芸となっていった。この過程で古い説経節のスタイルは消え、構成も詞章も浄瑠璃の影響を強く受けた説経浄瑠璃のかたちになった。
祭文は、神道に主たる起源を有し、本来は祭りのときなどに神祇に対して祈願や祝詞として用いられる願文であったが、神仏習合の進行著しい中世にあっては山伏修験者に受け継がれ、錫杖や法螺貝を伴奏として歌謡化する一方、修験の旅にともない日本列島各地に広がり、下級宗教者や門付芸人の手にもわたって普及した。江戸時代に入ると、祭文は説経節同様に三味線などと結びついて歌謡化し、これを「歌祭文」もしくは「祭文節」と称した。歌祭文（祭文節）は、元禄以降、「八百屋お七恋路の歌祭文」「お染久松藪入心中祭文」などの演目があらわれ、世俗の恋愛や心中事件、あるいは下世話なニュースなども取り入れ、一種のクドキ調に詠みこむようになった。歌舞伎・浄瑠璃の演目として知られる『桜鍔恨鮫鞘』のもととなった古手屋八郎兵衛のお妻殺しの事件も、当初は歌祭文で歌われた作品である。歌祭文に対し、錫杖と法螺貝のみを用いた「デロレン祭文」（貝祭文）は、同様に世俗的な演目を扱いながらも語りもの的要素の強い芸能として残った。やがて、祭文と説経節は結びついて「説経祭文」と称されるジャンルを生んでいる。
放下は田楽法師の伝統を受け継ぐ雑芸である。室町時代から近世にかけてみられた大道芸のひとつで、もともと禅宗の「放下（一切を放り投げて無我の境地に入るの意）」に由来するが、「投げおろす」の原義から派生して鞠（まり）や刀などを放り投げたり、受けとめたりする芸能全般をあらわすようになったと考えられる。放下は、従来の散楽や田楽から学び習った曲芸や奇術を専業化し、人びとが行き交う大道や市の立つ殷賑の地などで演じて人気を博し、演者には田楽法師と同様に僧体をしている者も多く、その場合は「放下僧」と呼ばれた。また、烏帽子をかぶり、笹竹に恋歌の書かれた短冊を吊り下げ、それを背負って歩く放下師もいた。放下は、近世にいたって俗人の手にうつったが、従来の品玉（しなだま）、八ツ玉、手鞠、弄丸（ろうがん）といった曲芸だけではなく、鞠の曲、玉子の曲、おごけの曲、うなぎの曲、枕の曲（枕返し）、籠抜け、皿回しなども演じた。また、放下芸と獅子舞を生業とする伊勢太神楽の集団が成立したのも近世初頭である。いっぽうで小屋掛けがなされるようになり、寄席演芸のひとつとして、大がかりな曲芸や手品もおこなうようになった。手品は、山芋をうなぎにする、籠より小鳥を出す、絵を鶴にするなどといったもので、元禄年間に活躍した有名な手品師、塩の長次郎も放下師の出身であった。また、『京都御役所向大概覚書』という史料によれば、寛文9年（1669年）、豊後屋団右衛門という人物が歌舞伎などの興行に対抗して「放下物真似」の名代が許されている。江戸時代前期にあってはまた、当時流行の歌舞伎や人形浄瑠璃（文楽）との提携も進み、その幕間におおいに演じられた。江戸歌舞伎の座元（太夫元）となった都伝内も放下師の出身であったという。元禄以降、しだいに劇場からはすがたを消し、大道芸に回帰していった。
現代「落語」と呼ばれる「落とし噺」が始まったのも元禄時代であった。上方では辻で、江戸では座敷で人びとを集めて噺を聴かせたのが落語家（噺家）の始まりとされている。京都では天和・貞享のころ、もと日蓮宗の談義僧であった露の五郎兵衛が四条河原や北野などの大道で活躍した。これを「辻噺」といい、五郎兵衛が机のような台（見台）に座って滑稽な話をし、ござに座った聴衆から銭貨を得るというものであった。五郎兵衛は、後水尾天皇の皇女の御前で演じたこともあった。少し遅れて大坂に米沢彦八が現れて人気を博した。彦八は生玉神社の境内で小屋掛けの辻噺をおこない、名古屋でも公演した。『寿限無』の元になる話を作ったのが、この初代彦八であるといわれている。同じころ、江戸の町では塗師職人であった大坂出身の鹿野武左衛門が芝居小屋や風呂屋に呼ばれ、あるいは酒宴など、さまざまな屋敷に招かれて演じる「座敷噺」（「座敷仕方咄」）を始めて評判となった。時期をほぼ同じくして三都で活躍した上記3名は、いずれも不特定多数の観客から収入を得ていることから噺家の祖とされる。ただし、江戸の武左衛門が些細なことから流罪に処せられたことから、江戸の「座敷噺」人気はいったん下火となった。落語が寄席で不特定多数の聴衆から木戸銭を得て興行をおこなうのは、こののちのことである。
江戸期に入り、幕府が能楽を武家の式楽としたことから発展し、とくに将軍徳川綱吉は能狂言に心酔すること論語を愛することにひけを取らないほどであり、江戸城にしばしば観世座・金春座・宝生座・喜多流の太夫を召して能楽を催し、自ら演じて諸大名に観覧させた。やがて聖堂でも護国寺でも演じられ、各座の能楽師たちは御家人の列に加えられるようになった。幕府の高官・旗本・諸大名などでも社交上ないし教養として能を舞い、謡をたしなむ者が多くなった。4代徳川家綱は琵琶や幸若舞を愛好したが、綱吉は能楽を偏愛したため、琵琶や幸若はこれを機に衰退したほどである。貞享年間に彦根藩では猿楽師55人を擁したという記録があるように、諸藩でも能楽師を士分としてかかえることが多かった。加賀藩主前田綱紀もしばしば江戸城内で演能したひとりで、家中の武士や細工所の職人にまで奨励し、宝生流にかぎっため、加賀宝生の伝統が形成された。農村や遊里でも能楽の流行がみられたことは、『好色一代男』などのような文学作品や諸国の記録によっても知られている 。
この時代、永禄年間に和泉国堺に伝来した三味線が歌舞伎や人形浄瑠璃とむすびついて庶民音楽の中心的楽器となり、古来雅楽の楽器であった箏は歌の伴奏楽器として用いられるようになった。琵琶では雅楽や平家琵琶とは異なる琵琶楽が生まれ、尺八では、17世紀中葉以降、従来の一節切に加え普化尺八と呼ばれる太い尺八も用いられるようになった。能楽で用いられてきた能管・小鼓・大鼓・太鼓などは歌舞伎の伴奏でも用いられたが、そこでは能楽では用いられなかった独特なリズムや奏法が付け加えられた。雅楽は公家の音楽、能楽は武家の式学、近世に生まれた歌舞伎や人形浄瑠璃は庶民に愛好された芸能として身分に対応して理解されることが多く、事実その通りであるが、一方では身分を超えた交流も多かった。上方と江戸の文化交流も活発で、こうした交流が相互に影響をあたえあって多様な音楽ジャンルの生成を促した事実は否めない。同時に、素人による音楽活動、稽古事としての音楽が伸張したのも、元禄時代であった。
武家が能役者に扶持や所領をあたえて生活保障をおこなうようになったのは豊臣秀吉にさかのぼるが、江戸幕府もそれを引き継ぎ、能は幕府の式楽としての役割をになうようになった。具体的には将軍宣下の祝賀能や新年の謡初、また公家への饗応の際にもしばしば能が演じられ、上述のとおり、能を愛好した将軍・大名も少なくなかった。平家琵琶（平曲）は、鎌倉時代に琵琶法師によって始められた語りもの音楽であったが、江戸幕府はこれを将軍家の儀式音楽の一つとして採用し、歴代将軍の葬儀や年忌供養にあっては写経を勤めるあいだ平家琵琶を演奏するという頓写法要がこなわれた。諸大名もこれに倣うものが少なくなかった。将軍綱吉自身が平家琵琶の演奏を聴いた記録も残っている。幕府は盲人音楽家たちの組織である当道座に、一種の福祉政策として特権的な地位をあたえた。当道座の音楽家にとって表芸はあくまでも平家であったが、三味線や箏も弾いた。三味線も箏も庶民に愛好された楽器であったが、幕府が正式にお墨付きをあたえたのは当道座所属の盲人男性のみであった。元禄時代の京都では生田検校によって生田流箏曲が生まれた。生田検校は、俗箏の開祖である八橋検校の孫弟子に相当し、正徳5年（1715年）に没したと伝わるが、その生涯はよくわかっていない。雅楽は公家を中心に伝えられてきた音楽であるが、江戸時代にあっては武家の経済的援助で活動が支えられるようになった。戦国時代末期に京都・奈良・四天王寺（大坂）に三方楽所が成立しているが、江戸幕府は三方のそれぞれ17名、計51名に知行をあたえて保護しており、禁裏が扶持をあたえた楽人23名よりも多かった（ただし、重複を含んでいる）。また、幕府は寛永19年に三方楽人の一部を江戸に下向させ、城内紅葉山の祭祀や日光東照宮の祭礼、外国の使臣の饗応などのために演奏をおこなわせており、雅楽は以降紅葉山楽人によって伝承されることとなった。また、三方楽所の総代は年頭挨拶のため下向することが恒例となった。なお、佐賀藩の筑紫箏曲や薩摩藩の薩摩琵琶など、特定の藩と結びついて地域に根ざした音楽もあった。
庶民の音楽活動の中心は三味線音楽であった。楽器の細部を改造した三味線は、浄瑠璃などの語りもの音楽や当時の流行歌である小歌の伴奏に用いられた。さらに、三味線伴奏の小歌で踊る芸能が歌舞伎へと変化していったことで、三味線は劇場音楽に欠かせない楽器となった。上述した義太夫節は大坂で、都一中（都太夫一中）のはじめた一中節は京都で、江戸では半太夫節や河東節などが新浄瑠璃の三味線音楽として隆盛した。三都三様を呈する浄瑠璃の曲節が成立したが、河東節などの江戸節は優雅で淡泊、一中節は優艶、義太夫節は深刻さなど、それぞれ異なる特徴を有した。また、一中門下の 宮古路豊後掾が名古屋や江戸で評判となったのが豊後節で、そこから常磐津節、富本節、清元節が派生している地歌（地唄）では野川検校による野川流や佐山検校による佐山流、市川流、早崎流などが生じて隆盛し、お座敷音楽として長唄が隆盛したのも元禄のころからである。この時期の上方の流行歌に、のんやほ節がある。「のんやほ」という囃子詞が入り、これに合わせて踊る「のんやほほ踊り」があった。
元禄期の絵入りの職業百科事典『人倫訓蒙図彙』によれば、当時、大道芸・門付芸としては、上述した説経節、祭文、放下のほか、念仏や経を独特の節をつけて唱える門経読や歌念仏、鐘を打ちながら念仏踊りをおこなう念仏申・鉢敲・八丁鐘、いたか（卒塔婆書）に曲芸的要素を付加した高履、悪魔を退散させる獅子舞、獅子舞と曲芸を結びつけて伊勢神札を配る伊勢太神楽（代神楽）、人形遣いをともなう夷舞、新年を言祝ぐ萬歳、『太平記』を朗読し、講釈する太平記読み、盲人男性（座頭）・盲人女性（瞽女）による音曲などがあり、これは勧進の範疇（「勧進もらい部」）にあった。同書では、芝居（歌舞伎、浄瑠璃）については遊郭、職人・商人とならび「職之部」に含めており、「能芸部」には歌や俳諧などの文芸、儒・算・医・按摩などの学芸、馬・槍・太刀などの武芸、茶道や庭、立花、将棋などの遊芸のほか、歌舞音曲があった。歌舞音曲には、舞楽、笙、琴、能、地謡、鼓、太鼓、狂言、舞、尺八、一節切などがあり、「能芸部」に属する諸芸の演者は技能者であると同時に、芸能を一般の人に教える師匠の資格を有した。
絵画では狩野探幽が江戸城や名古屋城の障壁画を描き、その一門は狩野派として幕府御用絵師の地位を得た。探幽（守信）・尚信・安信の兄弟とその係累を江戸狩野と称するのに対し、豊臣氏の御用絵師であった狩野山楽・山雪の家系は許されて京に住したため京狩野と称している。江戸狩野はまた、その住所によって鍛冶橋狩野・木挽町狩野・中橋狩野などと呼んでいる。狩野派は殿中の障壁画を描き、将軍に絵の指導をしたり、また諸大名や旗本も狩野派の絵で城郭や屋敷を飾ったので、かたちのうえでは全盛期ではあったが作品は新鮮味に欠けるようになった。一方、大和絵の系統では堺にあった土佐光則と光起が京都に戻り、土佐派の復興がなされた。伝統の手法を復活させた土佐光起は朝廷に召し抱えられて宮廷絵所預となり、大和絵に漢画の手法も取り入れ、題材にも工夫を凝らした。この土佐派からは土佐広通があらわれ、寛文年間に鎌倉時代の名手だった住吉慶忍にあやかって住吉如慶を名乗り、住吉派をおこした。如慶は江戸で大和絵の伝播に努め、如慶の子の住吉具慶は幕府御用絵師に取り立てられて、その流れから久隅守景・多賀潮湖（のちの英一蝶）らを出している。久隅守景・英一蝶はそれぞれ狩野探幽、狩野安信にも学んだが、2人とも狩野派の伝統を破ろうとして破門されている。守景はその庶民的な画風が高く評価されており、一蝶は市井の風俗・行事を軽妙洒脱に描いたことで知られる。しかし、元禄期にはいると、これら保守系の画系は全体的にはふるわなくなってしまった。風俗画の分野では、寛永期の岩佐又兵衛を浮世絵の始祖にあげることがある。彼は生前から「浮世又兵衛」と称されていたようであるが、その全面的な展開は菱川師宣を待たなければならない。また、この時代にあっては木版挿絵本がとくに上方でさかんに刊行された。御伽草子、舞曲、古浄瑠璃正本、古典文学、軍記物などに仮名草子が加わり、当初は稚拙で単一色だったものがやがて技巧的なものや彩色の施されたものが出てきた。これらは浮世絵版画の登場に影響をあたえることとなった。元禄時代には、京と江戸を中心に、都市町人による新しい絵画が生まれた。京都では、高貴な人々を上得意とした呉服商「雁金屋」の次男として生まれた尾形光琳が、大和絵の俵屋宗達のはじめた装飾画を大成した。なお、光琳の弟が陶芸の分野で活躍した尾形乾山であり、2人は本阿弥光悦とは遠い親戚にあたる。光琳の画風を構成する要素としては、第一に、京狩野系の山本素軒から学び、晩年江戸に下った際に江戸狩野からもおおいに摂取しているように狩野派の影響があり、『紅白つつじ図』『維摩図』などにそれが見てとれる。第二に、家業から学んだ構成法があり、抽象的な水紋の表現などにみられる。第三には写生に意を用いていたこと、第四に俵屋宗達の影響であり、『風神雷神図屏風』の模写などに典型的にみられる。そうした諸要素が組み立てられて彼自身の造形感覚で秩序づけられた傑作が『燕子花図屏風』と『紅梅白梅図屏風』である。前者は、総金地の六曲一双の屏風に、濃淡の群青で花を、緑青によって葉を描き、その二色以外は用いずにカキツバタを描いて鮮烈な印象をあたえ、左右のバランスも考慮してリズミカルに配置した逸品である。後者は、うずまき流れる水流を銀で描き、しっかり根を張ったウメの木の静と動の対比を抽象化して装飾的にまとめた傑作であり、ともに光琳の代表作として名高い。光琳の絵は、宗達など王朝風の古典主義的な諸作品から影響を受けながらも、斬新なアイディアと感覚的な意匠にすぐれ、蒔絵の手法なども用いて、あでやかな色調と図案的な抽象性を両立させるところに特徴があり、その華麗な画法は「琳派」とよばれる芸術家群を生んだ。琳派を形成した画家に、渡辺始興、深江芦舟、立林何帠がいる。弟の乾山もまた、作品数は少ないながらも絵を描いている。なお、光琳は漆工や染織など工芸分野でもすぐれた作品をのこした。江戸では、17世紀後半、安房国出身の菱川師宣があらわれた。それに先だって上方でも江戸でも寛文美人図という一連の諸作品が流行したが、やがて表現のマンネリ化が進行した。菱川師宣は、土佐派・狩野派などの伝統的な諸様式を吸収し、職人画の様式も消化して、中国の版画の技法も取り入れて庶民画として独自の画風を確立して江戸絵画に画期をもたらした。師宣は当初『伽羅枕』『武家百人一首』『絵本このごろぐさ』『好色一代男』など印刷された挿絵本で名をあらわした。やがて、民衆の需要増に応じて、個人の独占する肉筆画に加え、大量の木版画を手がけるようになった。当時の人びとは版画よりも肉筆画を貴重なものと見なしたが、浮世絵が様式としての生命を長く維持できたのは木版画に新しい技法や表現の可能性を追求でき、また美術品に商品としての価値もつけられ、多くの人の鑑賞にさらされたからでもあった。版画は当初墨一色であったものがのちに色刷もなされるようになり、師宣によって初期浮世絵派の様式的確立がなされたのである。やがて冊子という形式からも脱し、浮世絵は一枚物の版画として発展していった。その代表作『見返り美人図』は立ち姿の女性がなにげなく振り返った一瞬をよくとらえた肉筆画である。こののち、江戸では美人・役者など都市の風俗を題材とする浮世絵が愛好されるようになった。浮世絵木版画は安価に入手できることもあって、大きな人気を得た。師宣以降は鳥居清信があらわれ、役者絵と美人画に大きな影響をのこした。清信は市村座の看板を描いて以来他の各座の看板絵を手がけ、のちに役者絵の一枚刷りを描いた。鳥居派の画法は、のちに江戸歌舞伎絵の主流を占め、上方にも流布するようになって大森善清や西川祐信などが数多くの名品をのこしている。いっぽう清信の美人画は、鳥居清倍、奥村政信および懐月堂派に影響をあたえた。清倍は役者絵・美人画の分野で清信に劣らぬ才能を発揮し、懐月堂安度は美人の立姿を主として肉筆画で量産した。安度自身は江島生島事件に連座するが、彼の工房には20名以上の弟子や画工がおり、安度追放後も量産をつづけた。また、西川祐信の影響を受けた奥村政信は、丹絵・紅摺絵・漆絵の技法を開発し、次代の錦絵全盛時代を準備した。なお、17世紀後半から18世紀初頭にかけて長崎でおこなわれた特殊な洋風表現として、黄檗画像（長崎派）とよばれる一連の肖像画がある。これは、黄檗宗の僧侶を洋風の陰影法を用い、写実的な要素をもった作品群であり、この作者としては喜多元規、喜多元喬、河村若芝らが知られている。
仏師としては大仏師康猶が日光東照宮や上野寛永寺などの造像にたずさわり、明からおとずれた氾道生は宇治萬福寺の諸像の制作に従事して明末の技法を日本に伝えたものの、その影響は限定的であった。この時代に光彩を放ったのは上方や江戸の専門仏師よりもむしろ、地方の僧や遍歴の僧であった。そのひとりが松雲禅師元慶であり、宝山湛海であった。京都の仏師出身の元慶は諸国行脚ののち五百羅漢制作を発願し、元禄8年（1695年）に五百数体を江戸で完成させた。宝山湛海はきびしい苦行経験を体現させた唐招提寺不動明王像などで知られる。こうしたなかで近年とくに注目されるのが、ほぼ全国を行脚した遊歴の臨済僧円空である。かれは蝦夷地、奥羽、関東、中部など東日本各地を布教するかたわら、ナタやノミの荒々しい感触をのこす鉈彫の技法によって、素朴で力強い神像・仏像を十万体とも十二万体ともいわれる彫像を制作しつづけた。この彫像は当時の伝統的仏教彫刻にはみられない造形であり、その分布は奥深い山あいの地に濃密に分布している。当時にあってそれは、各宗派の教線が未だ十分に及ばない地域であることから、円空は各宗派の勢力圏の空白を埋めるかたちで巡錫し、近世寺院が失った民衆救済としての信仰の場を提供する修験者として造仏活動を展開したのであり、半面では職人である仏師と聖職者である僧侶に区分される以前の仏師僧（造物聖）の姿でもあった。陸奥国八戸はこのような造仏のさかんな地域であり、正徳年間を中心に2,000体もの造仏をおこなった大慈寺の奇峰学秀や同地出身の津要玄梁の活動が知られている。
書道では、和様が桃山時代から江戸時代初期にかけて古典復興の気運にのって発展し、ことに近衛信尹、本阿弥光悦、松花堂昭乗の3人は「寛永の三筆」と呼ばれるほどであったが、元禄期には博覧強記で知られた近衛家熙が藤原行成の書風を深く研究して稀代の能書家といわれた。ただし、彼をのぞくと全体的には停滞傾向にあった。この時期で特筆されるのは、尊円流（青蓮院流）の系統をつぐ御家流が幕府の公用文書の書体として採用されたこともあって、印刷物などを通してひろく民衆に普及したことである。ただし、これはもっぱら実用に徹した書風であって芸術性を指向したものではなかった。天下泰平の世にあって女性も書きものをする機会が増え、「女筆」と呼ばれる手習いが御家流とともに生まれた。女筆の手本としては大橋流と玉置流が知られていたが、ともに男性によるものであり、女性の手になるものとしては慶安5年（1652年）刊行の2代目小野お通（真田信政夫人）筆の『女筆小野おづう手本』が最初である。元禄13年（1700年）に女訓書『女今川』を筆書した沢田お吉もまた能書家として知られる女性であった。一方、中国的な書風では、武家出身の石川丈山の隷書が注目される。また、隠元、木庵らの黄檗僧や儒者朱舜水らによって明の書風が伝えられ、新しい書風として「唐様」が知識人のあいだに流行した。肥後国熊本藩の儒医の家に生まれた北島雪山は唐様の名手として知られている。隠元・木庵は篆刻をよくし、また、承応2年（1653年）に来日した独立性易は学識深く、本国にいたときから篆刻で有名であった。彼は隠元にともなわれて江戸を訪れ、正しい書法を啓蒙し、明代の篆刻を広く伝えている。
茶器の需要が高まり、陶芸の発展も著しかった。有田・唐津を擁する肥前国の窯業では、古伊万里・色鍋島のいわゆる色絵磁器が元禄から享保にかけて大発展を遂げ、技術面でも量産の点でも最盛期となった。有田の酒井田柿右衛門が成功した赤絵付は、濁手と称される乳白色の素地を生かし、赤など鮮明で美麗な色彩と細い描線で人気を呼び、有田一帯で焼かれるようになり、積み出し港である伊万里港の名によって「伊万里」と称された。元禄期には市井・村落の風俗やオランダ船なども描かれるようになり、オランダを経由して未だ磁器を有しないヨーロッパ諸国にも輸出された。また、有田・伊万里を領する佐賀藩では藩直営の窯を有して厳しい監督のもと高級品をつくらせたが、これが色鍋島である。朝鮮から伝来した九州や防長の諸窯に対し、この時代には、国内窯業の伝統を濃厚に保持した京都の陶芸の勃興も著しかった。京都の野々村仁清が上絵付法をもとに色絵を完成して京焼を大成し、清水焼をはじめ洛中洛外の諸窯に影響をおよぼした。仁清は、丹波国出身の陶工で名を清右衛門といい、当初洛東の粟田口焼で修行し、さらに腕に磨きをかけるために尾張国まで出向いて瀬戸焼を学び、茶人金森宗和の推挙で京都仁和寺の門前に御室窯をひらいた。「仁清」の号は窯の所在地である仁和寺と本名の清右衛門より一字ずつとったものである。仁清の作品は、ロクロや彫塑による、神業に似た成形の妙に特色を有した多様な茶器・懐石道具であり、ほとんどが貴族趣味を漂わせる富裕層むきの高級奢侈品であり、日本情緒のただよう名品が多い。とくに、藤、山寺、吉野山、若松、けし、月梅などを図様にした大ぶりの茶壺は彼の意匠の独創性や卓越性を示しており、法螺貝や雉をモチーフとした香炉などは洒脱な彫塑作品である。「雁金屋」の三男であった尾形乾山は、仁清から作陶を学び、元禄12年（1699年）に陶法修得の証として秘伝の陶法書を伝授されている。乾山は、独特の絵付けをおこない、兄の光琳の画風もいかして装飾的で変化に富む高雅な意匠をうみだした。かれの鳴滝窯の作品は、絵と書と陶を融合させた斬新な意匠で知られ、色絵楽焼にも学んで茶陶の世界に新境地をひらいた。光琳が派手好みの芸能を好む道楽者であったのに対し、乾山は隠逸を好む読書人で脱俗的であり、その作品もまた、前者の明快な造形美に対し、後者は滋味豊かな情趣美に持ち味があって、それぞれ好対照をなしている。この作風の違いはしばしば「光琳の金」に対して「乾山の銀」と形容されることがある。乾山はのちに江戸に住し、一時下野国佐野におもむいて作陶したこともあり、その作品はそれぞれ「入谷乾山」「佐野乾山」と呼ばれている。野々村仁清の子の伊八が乾山の養子となって2代目乾山を名乗っているなお、備後国の姫谷焼の色絵は、寛文年間のごく短い間のみ焼かれたものであるが、その清純な美しさは高く評価されている。
桃山文化期にめざましい発展をとげた絞り染や縫箔による小袖・能衣装のデザインは、均等な文様の繰り返しから非対称で流動的なものへと変化したが、その傾向は江戸時代に入っても受け継がれ、寛文年間には寛文小袖と称される、小袖全体を大きな一つの画面と見立てる意匠がうまれた。寛文小袖のデザインは多様で、あらゆるものが大胆に取り上げられ、ここにおいて、中世的・外来的なデザインではなく、独自の日本的意匠の確立がみられる。高級織物や生糸は長きにわたって中国からの重要輸入品であったが、この時代には国内養蚕業の発達により上質な生糸がつくられ、西陣で高級織物がつくられるなど国産化が進んで求めやすくなったことと経済成長によって需要も増えたことで染織の技術も進展したのである。小袖はその形態上、染織による自由な絵模様の発達をうながした。桃山時代の辻が花は必ずしも量産に適さなかったが、17世紀末ころから、扇の意匠を小袖に応用するなかで開発された「友禅染」とよばれる染色技法が流行するようになった。友禅染の名は京都の画家宮崎友禅斎にちなむと伝えられるが、必ずしも明確な根拠にもとづくものではなく、従来一部でおこなわれていた茶屋染など糊防染の手法が開花・進歩したものとみられる。いずれにせよ、これによって、布地に花鳥山水を自由に染色した小袖が量産できるようになり、綸子や縮緬の生地には華やかな模様があしらわれるようになった。光琳風の精巧優美な模様も描かれるようになり、「元禄模様」として人気を博し、この技法は加賀にも伝えられて加賀友禅と称された。友禅染や刺繍によるぜいたくな染色がなされる一方で、かすりや木綿絞り、縞物や小紋、中形など庶民の日常生活に密着した染物もあらわれ、諸藩の産業振興と相まって幾何文を主とする素朴で機能美にあふれた衣服も各地でみられるようになった。
工芸分野でとくに技術の発展が著しかったのは蒔絵である。寛永期の本阿弥光悦は蒔絵に新局面をひらき、その影響を強く受けた尾形光琳もまた装飾的画風をいかしたすぐれた意匠の作品を残した。ことに、「八橋蒔絵螺鈿硯箱」は古典の『伊勢物語』における八橋とカキツバタの意匠を用いた優品で、上段が硯箱、下段は料紙箱となっている。他に、「住の江蒔絵硯箱」、「紅葵硯箱」、「松に山茶花蒔絵硯箱」など、江戸時代のみならず日本工芸史をかざる逸品である。光琳はまた、扇面や団扇などにもすぐれた遺品をのこしている。室町時代以来の蒔絵師五十嵐派では、五十嵐道甫が加賀前田家に招かれて御用蒔絵所の職を任され、加賀蒔絵を創始した。特異な作家としては小川破笠がおり、陶磁と彫漆などの手法を組み合わせた中国趣味の強い図様の蒔絵をつくった。なお、輪島塗、会津塗、津軽塗、出羽能代や飛騨高山の春慶塗、若狭塗、城端塗など地方の漆芸も、この時期以降、生活に根ざした庶民的な工芸品として各地で多彩な発達をみせた。
桃山から江戸時代初期にかけては建物の大規模な造営がつづいたため、建物金具の技術は長足の進歩を遂げたが、やがて他の工芸分野や刀剣装飾などにも精密な技巧がほどこされるようになった。印籠や煙草入れを腰に留める根付などには細密な意匠が凝らされ、一方で刀剣装飾では後藤家が名門として絵画における狩野派のような地位を得、後藤家から分かれた奈良家からも名工があらわれた。装剣金工師の横谷宗珉は、当初幕府の彫物御用の後藤家の下地師であったが、元禄初年の1690年頃に独立し、狩野探幽や狩野安信、英一蝶などの作品を下絵に応用して絵風彫刻を創始して、「町彫 (まちぼり)」と称された。これに対し、後藤家の金工は「家彫」とよばれた。
近世にあっては、木割りや規矩の技術が発達し、職人の諸技術が解析されて技術書が刊行されて広く普及し、台鉋や大鋸などの大工道具も発達したため、寺社建築では全国規模の技術革新がみられ、その技術は均一化して地域的格差が縮小した一方、その高度な技術が駆使されて各地の風土や嗜好にあわせた地方色豊かな建築が各地でみられた 。長谷寺本堂、東大寺金堂、善光寺本堂、萬福寺大雄宝殿などはこの時代の建造物である。奈良の東大寺金堂（大仏殿）は、鎌倉時代に重源によって再建されたものの戦国時代に松永久秀の手によって再び焼失し、大仏は長らく露座のままであったが、宝永6年（1709年）に再建された。宝永4年（1707年）に再建された信濃国善光寺（長野市）の本堂は江戸時代を代表する総檜皮葺の仏殿建築である。また、江戸では元禄10年（1697年）に護国寺が造営され、翌元禄11年には寛永寺の大改造がおこなわれている。17世紀には復古的・保守的な作品ばかりではなく、新様式として黄檗建築と霊廟建築が誕生した。寛文8年（1668年）建立の宇治の萬福寺大雄宝殿は当時の明の建築様式を踏襲した黄檗建築の初期の事例である。黄檗建築は、間取りや細部にいたるまで多様な新要素をもたらしたが、弧を描く垂木の上に湾曲する黄檗天井と大屋根の見せ方はとくに寺院建築を離れても建築の表現手法として定着した。霊廟建築では、3代将軍家光を祀る霊廟として知られる輪王寺大猷院霊廟が下野国日光につくられた。造営には承応元年（1652年）から2年の月日を費やしているが、寛永期の日光東照宮の系譜を引き継ぐもので、権現造である。日光の建築群は、豊かな彫刻と鮮やかな彩色を特徴とする華麗な装飾建築の代表であり、幕府の強大な権力と財力を背景に幕府作事方の大棟梁が建造を差配し、当時の技術の精華が注ぎ込まれたものである。寛永4年（1627年）に藤堂高虎が江戸屋敷内に創建した上野東照宮もまた権現造の建築で、現在の社殿は慶安4年（1651年）徳川家光最晩年の改築によるものである。江戸時代前期の将軍の霊廟は上野寛永寺のほか芝の増上寺や江戸城内の紅葉山に建立されたものの近代以降に取り壊されたり、戦災を受けたりして遺存例は少ない。そうしたなかで、台德院勅額門など3棟は埼玉県所沢市に移築のうえ公開されている。
支配者の住居としては、従来の書院造に茶室建築を加味した数寄屋造がつくられた。別荘建築として京都の桂離宮がすでに元和年間につくられているが、修学院離宮は承応2年（1653年）から承応4年（1655年）に後水尾上皇の指示で造営された別荘建築であり、ここでも数寄屋造が採用されている。また、西本願寺の門主の生活の場としてつくられた黒書院は、明暦3年（1657年）の建造で屋根は寄棟、こけら葺の数寄屋風の造りである。大名邸宅も桃山・寛永風の豪華な書院造が多数つくられたが、火災等により現存する例は少ない。民家では、17世紀中葉から後葉にかけて近世民家が本格的に出現する。近畿以外の地域では、平面形が土間の横に梁行の長さを極限まで広げた空間をとり、その奥に2つの部屋を配置する「広間型三間取り」と称される形式が一般化する。東京都町田市の永井家住宅はその数少ない保存例といえる。いち早く広間型三間取りの成立をみていた近畿では、17世紀初頭から四間取り型住居があらわれ、普及していく。
江戸期に入ると、伝統的な池庭の様式に桃山文化期に確立された露地のはたらきや意匠が付加され、さらに東山文化期成立の枯山水の要素も複合されて総合的庭園様式とも称すべき「回遊式庭園」が成立する。これは、一定の共通認識や教養を有する上層の武家や公家、僧侶などの階層相互において、茶事や宴を催す社交の場であった。回遊式庭園は、池を中心に築山や平場が設けられ、御殿や茶亭、四阿（あづまや）などの建物が配置された。京都では、桂離宮や仙洞御所につづき明暦から万治にかけて修学院離宮が造営され、その御殿や庭園は宮廷文化のサロン的社交の場となった。江戸にあっては、将軍が大名屋敷を訪れる御成の回数が増え、大名の側も屋敷に趣向をこらした回遊式庭園を設けるようになり、これを大名庭園と呼んでいる。明暦の大火後、幕府がリスクの分散のために各大名に複数の屋敷をもつよう奨励されてのちは、いっそう庭園がつくられるようになった。小石川の水戸藩邸にある小石川後楽園は、初代水戸藩主徳川頼房が将軍家光から拝領した広大な屋敷地に造営され、その名も設計思想も、明より亡命した朱舜水の儒教思想の影響がみられる。綱吉の側用人として重視された柳沢吉保の屋敷にある六義園も現存する名園であり、その名称は、紀貫之が『古今和歌集』の序文に書いた「六義」（和歌の六つの基調を表す語）に由来している。楽壽園（旧芝離宮恩賜庭園）、および浜御殿の庭（浜離宮恩賜庭園）は、それぞれ臨海都市である江戸の立地を活かした「汐入の庭」である。大名庭園は江戸のみならず、地方の城下町でもつくられた。岡山市に所在する後楽園は、藩主池田綱政が家臣津田永忠に命じて造らせたものであり、金沢の兼六園、水戸の偕楽園とともに日本三名園といわれる。他に、熊本市の水前寺成趣園、彦根市の玄宮園、広島市の縮景園、宇和島市の天赦園、高松市の栗林荘（栗林公園）などは、現在も良好な状態で保たれている。寺院庭園では、清水寺本坊（京都市東山区）の成就院庭園や観音院庭園（鳥取市）などがこの時代のものとして著名である。これら庭園文化はさらに旗本はじめ各地の上級武家に広がり、江戸時代も中期以降になると、豪商・豪農の屋敷にも拡がっていった。
茶道界では、千宗旦の子の宗守、宗左、宗室がそれぞれ武者小路千家、表千家、裏千家の祖となり、高松藩、紀伊藩、加賀藩の茶頭となった。宗旦の弟子では、山田宗偏が小笠原氏に、藤村庸軒が藤堂氏の茶の師範になるなど、有力な茶人と大名家との接触が深まり、武家の茶湯に影響をおよぼした。これにともない、千家の流れをくむ久保流・松尾流、河上不白の不白流、あるいは藪内流、宗和流など、家元制度が確立し、茶匠の職業化の基礎がすえられた。他方、これら茶の湯の諸流派は町人社会にも浸透し、元禄以降は茶の湯の主導的な地位は富裕な町人の手に移るようになった 。財貨の先行投資と保全をかねて名物道具を収集する豪商もあらわれた。第4代鴻池善右衛門（宗貞）とその一族山中道徳などはその一例である。また、華道・香道ともに東山文化期に端を発しているが、この時代は公家や上級武家のみならず、庶民のたしなみとしておおいに広がった。
将軍家に囲碁をもって伝える家には、本因坊、井上、安井、林の四家があった。本因坊家は豊臣秀吉・徳川家康に仕えた本因坊算砂、井上家は元和から寛永にかけて活躍した中村道碩、安井家は貞享暦で知られる渋川春海の父初代安井算哲、林家は林門入斎を始祖としている。囲碁の四家に対して将棋は、桃山時代に活躍した大橋宗桂直系の大橋家（大橋本家）・大橋分家・伊藤家の三家が家元となっていた。本因坊算砂は将棋も強かったが友誼によって宗桂に将棋家元の地位を譲ったともいわれている。宗桂の子の大橋宗古は、二歩や千日手、打歩詰の禁止など現代につながる規則の制定に尽力した。宗古の弟の大橋宗与が大橋分家の祖となり、宗古の娘をめとった伊藤宗看が伊藤家をなした。なお、伊藤宗看の名は関白近衛信尋によるが、宗看は棋力抜群で3世名人となり、その子宗銀は大橋本家を継いで五代宗桂を名乗り、4世名人となった。五代宗桂の時代が元禄時代に相当し、京都の西沢太兵衛らがさかんに将棋関係の書籍を発行するなど江戸期における将棋全盛の時代であった。盲目の強い将棋愛好者があらわれたのも元禄期で、石田検校のはじめた三間飛車を特徴とする石田流は現在でも戦法として使われることがある。なお、荻生徂徠も将棋が好きでみずから「広将棋」という新しい将棋を考案している。碁所や将棋所は寺社奉行の管轄下にあって、俸給は安く身分も低かったが社会的な尊敬を集めた。囲碁・将棋が一般庶民の娯楽となったのも元禄時代を画期としている。
中国の孔子が創始した儒教は、日常の人間関係を実践的に考える教えである。そして、その政治思想的な側面は、日本では古くから儒学として研究対象となってきた。江戸幕府は家康以来、幕藩体制支配の思想的裏づけとして儒学を重んじ、幕藩体制はまた儒学のもつ意義を増大させた。ここでは、社会における人びとの役割（職分）が説かれ、上下の身分秩序を重ずるべきこととし、「忠孝・礼儀」が尊ばれていたからである。幕府は林家を中心に朱子学を教学として保護したが、諸藩でも幕府にならって藩士らの教育のために藩学（藩校）や郷学（郷校）を設立するところがあらわれた。岡山藩の池田光政による花畠教場、会津藩主保科正之が横田俊益につくらせた稽古堂などは、その古い事例といえる。
朱子学は南宋の朱熹によって体系化された儒学で、宋学とも呼ばれる。日本では京都五山で仏教とともに学ばれていた。儒学のなかにあっても特に朱子学は、大義名分論を基礎とし、主従・父子の別や上下の秩序、礼節を重んじ、身分制度や家族制度など封建的秩序を自然秩序と同様に定まったものとみたので、文治政治をすすめるうえで好適な教学であるとして江戸幕府や諸大名に歓迎された。幕藩体制は、基本的には農村を基礎とする封建的割拠体制であり、鎖国令にいたるまでは比較的自由にふるまえた商業資本もまた、「貴穀賤金」の理念にしたがって農民の下に位置づけられ、農業を本とし、商業を末とする本末論のかたちを有し、この体制を維持すべきものとして朱子学が根本にすえられたのである。家康は、相国寺の学僧であった藤原惺窩をまねいて『貞観政要』『吾妻鏡』などを講じさせ、惺窩の推挙によって、その門人である林羅山（道春）をみずからの侍講として登用した。羅山は家康、秀忠、家光の3代にわたって儒学を講義し、家光の時代には上野忍ヶ岡に学塾弘文館をひらいた。羅山は仏教の彼岸性、超越性を非難して、しきりに排仏論を唱え、最高の道徳として五倫五常を説いた。羅山・鵞峰・鳳岡と続いた林家は、代々幕府の文教政策にたずさわったが、儀礼や外交文書・武家諸法度の起草、刑罰の典礼などもおこなっている。これは室町幕府の将軍足利氏のもとで京都五山などの禅僧がおこなっていた業務を継承したものであった。5代将軍綱吉は元禄3年（1690年）江戸湯島に孔子廟大成殿を建て、儀式の主宰者である祭酒に林鳳岡（信篤）を任じ、ここを湯島聖堂として林家の学塾を移させた。翌年以降、信篤は大学頭を名のり、以後代々、林家の当主は大学頭を称した。惺窩を祖とする京学からは、羅山のほか町儒者として京都の私塾で門人を養成した松永尺五があらわれた。この門からは加賀藩主前田綱紀に用いられ、のちに将軍綱吉の侍講となった木下順庵が出ている。順庵はすぐれた教育者としても知られ、「木門」と称される彼の門下からは新井白石や室鳩巣、三宅観瀾、祇園南海、雨森芳洲などの人材が輩出した。白石は6代徳川家宣・7代家継の、鳩巣は8代将軍吉宗のそれぞれ侍講として幕政にも関与し、観瀾は水戸藩主徳川光圀に仕えた。また、近江国出身の雨森芳洲は対馬藩に仕え、日朝関係の改善に尽くした。戦国時代に南村梅軒が土佐国でおこしたとされる南学（海南学派）も朱子学の一派で、梅軒の弟子で江戸時代初期にあらわれた土佐の谷時中によって大成された。この系統からは、土佐藩の藩政改革に実権をふるった家老野中兼山や、儒学による神道解釈を提唱した山崎闇斎らが出た。闇斎は当初土佐吸江寺の禅僧であったが、兼山や小倉三省らの影響で仏教を離れ朱子学の徒となった。闇斎は会津藩主保科正之に招かれ、正式な藩士とはならなかったものの保科家の家訓の制定にたずさわったといわれている。江戸や京にも多数の門人がおり、その教育法は厳格で、佐藤直方・浅見絅斎・三宅尚斎・遊佐木斎・正親町公通・出雲路信直・土御門泰福・谷秦山・植田艮背などの名が知られている。なかでも、直方、絅斎、尚斎の3名は「崎門三傑」と称された。謹直な人物として知られる保科正之は儒学を尊信しながらも、そこにふくまれる革命思想を嫌悪したが、闇斎もまた明確に革命否定の立場に立った。闇斎はまた、朱子学の道徳的側面を強調する一方で日本古来の伝統を重視して神儒融合の垂加神道を説いた。闇斎はしだいに朱子学に対し批判的態度を示すようになり、佐藤直方や浅見絅斎ら「純儒派」の弟子たちは師の説く朱子学解釈に反対し、晩年の師に忠実な「神道派」と対立、闇斎より破門されるなど師弟相互の確執を生んでいる。京学派・南学派に対し、水戸藩主徳川光圀が明朝帝室から亡命した日本乞師、朱舜水をまねいてその基礎が築かれたのが水戸学派である。ここでは歴史が重視され、大義名分論は水戸学の重要な特徴となった。また、いずれの学派にも属さなかった人物に福岡藩の貝原益軒がおり、『養生訓』などの啓蒙書がある。なお、女子の封建道徳を説いた「女大学」は益軒門下の人々によってまとめられたと考えられている。
陽明学は、明の王陽明（守仁）が朱子学の観念性を批判して提唱した実践を重んじる学問で、行為よりも知識を重んじる朱子学に対し、知識と行為の一致すなわち知行合一の立場で現実を批判してその矛盾を改めようとするなど革新性をもっていた。「近江聖人」といわれた中江藤樹は、当初朱子学を学んだが、それにあきたらず、家父長的な家族倫理である「孝」を中心とした実践倫理を唱え、晩年には陽明学の致良知・知行合一の思想に近づいた。『陽明全書』に接した藤樹は日本で最初に陽明学を信奉した人物であり、近江小川村に建てた私塾藤樹書院では「藤樹規」の徳目が掲げられ、また、修養方法としては、同志が集会してたがいに切磋琢磨する「会座」が重視された。武士・農民問わず教育にあたった藤樹には『翁問答』『翁草』などの著作がある。彼は、禄仕を捨てて郷里にもどったその生き方にふさわしく、近世村落の新しい倫理を打ち立てようとしたのである。藤樹書院に学んだ熊沢蕃山は、藤樹の学問を尊信した岡山藩主池田光政につかえ、藩政に参画して実績をあげた。32歳で3,000石取りの番頭（ばんがしら）という高い役職に取り立てられた蕃山は、新田開発に成果をあげ、藩校のもととなる花畠教場の設立にかかわり、その校則にあたる「花園会約」をつくったといわれている。蕃山は自著『大学惑問』で武士の土着や参勤交代の緩和などを唱えたため、岡山藩退仕後、幕府による圧迫をうけ、諸国を転々としたのち下総国古河に幽閉され、そこで病死した。蕃山は、幕藩体制の矛盾が自給自足経済と貨幣経済の二本立ての社会のしくみそのものに由来し、貨幣経済の浸透が自給自足をきりくずして農民層分解を進展させていることを見抜いてはいたが、その解決策は保守的ないし農本主義的な政策しか打ち出せなかったといえる。ただし、自然環境の保全や世襲制の弊害を説く点では、反体制的な要素をたぶんにふくみ、現代につながるような革新的な性格をもつ経世論の持ち主でもあった。朱子学が「性」と「情」を切り離して「性」は肯定するものの「情」を否定するのに対し、陽明学では「性」と「情」を切り離すこと自体を批判し、「心即理」を打ち出し、人欲を最終的に肯定している。この思想が江戸時代の諸文化にあたえた影響は予想外に大きいものといえる。
朱子学や陽明学のように後世の学者の解釈を通じてではなく、孔子・孟子の古典に直接たちかえって儒学を研究すべきであるという古学派もおこった。その嚆矢となったのが兵学者としても知られる山鹿素行である。素行ははじめ林羅山に学んだが、『聖教要録』を刊行して朱子学を批判、具体的な生活規範を教える学問の必要性を説き、古代の聖賢に立ち戻るべきことを主張した。また、『武家事紀』では、忠信仁義の道徳を修養することによって天下の人倫を正すのが、労働に追われる庶民に代わる武士固有の職分であるという士道論を唱えた。このような素行の主張は幕府政治にそぐわない面があり、家綱を補佐した保科正之によって、朱子学批判の罪により播磨国赤穂に流され、旧主浅野家に禁錮の身となった。素行はまた、明清交替により、清王朝下の中国をもはや「中華」と見なすことはもはやできないとして、日本を「中朝」「中華」と見なすべきであるとの立場に立った。自叙伝に『配所残筆』がある。ついで京都では町人出身の伊藤仁斎・伊藤東涯の父子があらわれ、京都堀川に私塾古義堂をひらいた。門下生は元禄頃には、町人を中心に3,000名におよぶといわれる。仁斎・東涯の古学を堀川学派という。堀川学派は、『論語』『大学』『中庸』『孟子』などを原文にそくしてわかりやすく解釈し、人間の生き方の規範を実社会の人間愛（仁）に求めた点で古義学とも称せられる。仁斎は、孟子の四端説によりながら、四端の心が人間には本来具有され、それを拡充して仁義礼智の四徳に至るのが学問であると説き、四徳を人間の自発性のもとにとらえなおそうとしたところにその学問の特色があった。そして、社会の構成員はそれぞれの分に応じて生きながら、「仁を以て本となす」王道政治がおこなわれれば、和気愛合の社会がつくられるという仁政思想を説いた。江戸では、荻生徂徠が古文辞学を創始した。村居時代に独学して江戸で私塾をひらいた徂徠はときの権勢家柳沢吉保に召し抱えられ、吉保失脚ののちは日本橋茅場町に書斎蘐園を建て、門人たちは蘐園社中と呼ばれた。古文辞学の提唱は、中国古代の聖人の教えは当時の言語によって解釈すべきという考えにもとづいており、後世の主観的判断や解釈を排除し、可能なかぎり正確な語意を復原することによって古代中国に実在した聖人の道を再現するというものであるが、この手法はのちの国学の研究にも影響をあたえた。徂徠はまた明の学者の文学理論を吸収し、彼自身中国語が堪能で、漢文を訓点によってではなく中国語でよむことをすすめている。こうして文献学的研究は東西で隆盛した。徂徠もまた朱子学を「憶測に基づく虚妄の説である」と批判し、学問・生活での個性尊重を説いた。著書『弁道』『弁名』によれば、政治のねらいたる「道」とは、道徳的規範としての道のことではなく「先王の道」のことであり、帝王が天下を治めるために作為した「礼楽政刑」すなわち具体的な政治制度と技術であるとした。こうして道徳主義の政治観を否定し、統治の具体策を説く政治・経済の学（経世論）に道をひらいたのである。徂徠は8代将軍徳川吉宗にも用いられ、享保の改革では政治顧問の役割を果たした。徂徠が吉宗の諮問に応じて著した『政談』には、幕政の立て直し策として、都市の膨張をおさえ、参勤交代の弊害を打破し、武士の土着をすすめることが必要だと説いている。また、「先王の道」をきわめるためには、その時代の実情を知ることが必要であり、そのために詩文・歴史・小説をたしなみ、風雅と文才を身につけることをすすめている。徂徠の弟子の太宰春台は、経世論をさらに発展させ、『経済録』『産語』を著している。かれは、政治の基礎には経済があると説き、農本主義の立場に立ちながらも、年貢過重の実態を批判し、また、武士も商業活動をおこなうことや藩が専売制度によって利益を上げるべきことを提案した。春台とならび蘐園社中の双璧といわれた服部南郭は経政論に興味をもたず、ひたすら詩文を楽しみ、そこに人間性の解放を求めた。徂徠が未だ名を成さない頃からの愛弟子であった山県周南も詩文の才にすぐれた。
吉川神道を提唱した吉川惟足は会津藩主保科正之に招かれ、同藩に仕えた。吉川神道は、神儒一致、皇室を中心とする君臣関係の重視、神人合一を特徴としている。惟足は天和2年（1682年)に江戸幕府神道方に任じられ、彼によって石清水八幡宮と賀茂神社の放生会、および葵祭の再興がなされている。将軍綱吉が貞享元年（1684年）に林鳳岡を中心に定めさせた「服忌令」もまた、神道の強い影響下から出されたものであった。上述した朱子学者山崎闇斎は、儒教と神道の合一を唱え、垂加神道を創始した。「垂加」とは闇斎の別号である。闇斎が保科正之にまねかれて会津におもむいたとき、同様に会津藩に招かれていた吉川惟足と出会い、その影響を受けた。垂加神道は、吉川神道のみならず従来の伊勢神道や唯一神道などからも強い影響を受けた。その特徴はきわめて高い道徳性を有することであり、また、神の道と天皇の徳が一体であることを説いたところから、闇斎一門の崎門学はのちの尊王論に大きな影響をあたえた。保科正之死去の際には惟足と闇斎は協力して神道式の葬儀をおこない、磐梯山の山麓に正之を祀る土津神社を創建している。なお、伊勢神宮の神官であった度会延佳は、伊勢神道を儒教思想中心のものへと大成させた。
仏教は、キリスト教禁圧のため、幕府から特別の保護を受けたものの、教理の面では新たな展開はほとんどみられなかった。一方、明末には多数の唐僧が長崎に渡来した。明が滅亡した正保元年（1644年）には僧逸然が長崎興福寺に入り、将軍徳川家綱の依嘱により福建省黄檗山萬福寺の禅僧隠元隆琦を招いた。隠元は、承応3年（1654年）に20名の僧をひきつれて渡来し、将軍家綱と謁見して山城国宇治に田地・山林をあたえられ、寛文元年（1661年）、同地に萬福寺をひらき、日本に黄檗宗を伝えた。宇治の寺領地は関白鷹司家の寄進によるもので、後水尾上皇が帰依するなど、当時の上流社会にあたえた影響は大きく、ここで多くの「檗癖大名」「檗癖貴族」を生んでいる。黄檗僧は日本の書画に大きな影響をあたえたほか、唐話（中国語）学者を通じて『水滸伝』『三国志演義』など中国の白話小説の翻刻・翻訳が隆盛し、これは、のちの江戸文学に読本というジャンルを発生させる契機のひとつとなった。また、将軍綱吉は仏教とくに新義真言宗の護持院隆光に帰依した。これは、新義真言宗に対するものというよりもむしろ隆光個人とのつながりに重点を置いたもので、綱吉政権下では護国寺・護持院の建立、東大寺大仏殿再建、法隆寺諸堂の修復、寛永寺本坊再建など広く仏教を保護した。
儒学は歴史を重視する傾向を有し、また、政権が安定するにつれ、その正当性を主張する目的もあって、歴史への関心が深まり、歴史書の編集事業がはじまった。3代家光は、諸大名・旗本などから系譜を提出させ、『寛永諸家系図伝』を編纂し、また、正保元年（1644年）林羅山に国史の編修を命じた。羅山はこれを『本朝編年録』40巻にまとめたが、これは神武天皇から平安時代前半の宇多天皇までを漢文編年体で叙述したもので、六国史をベースとしたものにすぎなかった。寛文2年（1662年）、羅山の子の林鵞峯が将軍の命として老中酒井忠清から国史編纂が伝令された。学力では羅山にまさるといわれた鵞峯は寛文10年（1670年）に辛苦の末にこれを完成させ、羅山編修の『編年録』40巻を本編、醍醐天皇の代から慶長16年（1611年）までを対象とした鵞峯編修の230巻を続編、さらに神代史3巻を前編として、これを『本朝通鑑』全273巻として刊行した。その名は、中国通史の名著として知られていた北宋の司馬光による『資治通鑑』にならって付けられた。水戸の徳川光圀も修史作業をこころざしたが、これはたぶんに幕府による史書編修に対して対抗意識を燃やした結果であった。明暦大火直後の明暦3年（1657年）2月、光圀は江戸駒込の中屋敷に史局をもうけ、全国から多数の学者を集めて『大日本史』編修を開始した。安積澹泊を編集責任者として、栗山潜鋒や三宅観瀾らの学者を集めたが、澹泊は明の遺臣朱舜水の直接の弟子で、新井白石や室鳩巣とも親しく、潜鋒は山崎闇斎の孫弟子、観瀾は浅見絅斎と木下順庵に学んだ人物であった。その後、寛文12年（1672年）に史局を小石川藩邸に移して彰考館と称して編纂を継続した。『大日本史』は神武天皇から後小松天皇にいたる漢文紀伝体の史書であり、本紀73巻、列伝170巻、志126巻、表28巻の大著で、享保5年（1720年）に主要部が完成して幕府に献上されたが、最終的な完成は1906年（明治39年）になってからであった。この編纂事業のなかで大義名分論にもつづく水戸学が発達している。水戸学は18世紀末を境に、朱子学的名分論を基調とする前期水戸学と、尊王攘夷論を基調とする後期水戸学とにわけられる。なお、『大日本史』の特徴として、神功皇后を本紀には含めず、大友皇子の即位を弘文天皇として認め、吉野の南朝を正統な朝廷であるとした点が、三大特筆といわれており、これは後世にも大きな影響をあたえた。新井白石は道徳的・教訓的な歴史解釈を排除して実証主義・合理主義にもとづく解釈を示した。甲府城主徳川綱豊（6代将軍徳川家宣）の命により、大名337家の家譜・系図・事績をまとめた『藩翰譜』を著し、16世紀前後の武士たちの行動を記録した。本著作は、人生の真実にせまる、すぐれた叙述との評価がある。将軍となった家宣に進講した『読史余論』では、摂関政治から家康による江戸幕府創建までを「天下の大勢九変して武家の代となり武家の代五変して当代におよぶ」として公家政権から武家政権への変化の正当性を論じ、段階的な時代区分をおこなったうえで各政権の盛衰とその必然性などについて論評を加えるなど、独自の歴史観を展開している。また、『古史通』では「神は人なり」の観点から古代史研究の方法を提唱し、『日本書紀』神代巻の合理的な解釈を試みた。山鹿素行は、古文書を用いた新しい研究法による『武家事紀』や『中朝事実』を著した。後者書名中の「中朝」とは日本のことであり、素行は、明清交替により、従来の中華であった明が滅んだことから、日本を爾今の文明発信国とみなして「中朝」「中華」と称すべきとしたのである。
本格的な日本古典の研究もこの時代からはじまった。近江の医家に生まれた北村季吟は『源氏物語』『枕草子』『伊勢物語』など古典の註釈を集大成し、平安女流文学の質の高さを強調し、平易な註釈を加えた『源氏物語湖月抄』『枕草子春曙抄』等をつぎつぎに著して、従来の学風の偏見をうちやぶって作者本来の意図を探究した。晩年の元禄2年（1689年）には徳川綱吉が設置した幕府歌学方に初めて任ぜられている。江戸の戸田茂睡は『梨本集』などで歌学の革新を唱え、中世歌学で重んじられてきた制の詞（和歌に使えない言葉）による制約の不合理性を説き、俗語を用いることの正当さと歌学の発展のために歌語の自由を主張した。これは、古今伝授によって伝承されてきた二条家（藤原定家の子孫）らの方法とは異なる、因習にとらわれない自由な研究を提唱したものであった。大坂の下河辺長流と僧契沖とは『古今和歌集』『新古今和歌集』に比較して従来軽んじられてきた『万葉集』の研究をすすめた。長流は、独創的な見解をうちだして徳川光圀の援助を受けたが、まもなく亡くなった。そこで、長流の友人で真言宗の僧であった契沖は長流が果たせなかった研究を引き継いで『万葉集』の精密な考証研究をおこない、多くの実例を通して戸田茂睡の考えの正しさを実証した。その結実が『万葉代匠記』であり、和歌を道徳的に解釈しようとしてきた従来の姿勢を批判して、後世「国学の祖」と称された。なお、『和字正濫鈔』は国語学における契沖の大きな業績である。今日、私たちが日本古典文学と称しているものの大部分が、実際には、この時代に広く読まれるようになったのである。また、中世ヨーロッパにおいて聖書が僧侶に独占されていたことで保たれていたローマ教会の権威が印刷術の発展によって破壊されてルネサンスや宗教改革の運動が興起したように、日本で中世以来保たれてきた秘伝や制の詞は、印刷された書籍の流通によって消滅したのである。これらの古典・国語研究は古代精神の探究へと進み、のちの国学の成立に大きな影響を与えた。
自然科学では、本草学や農学・医学など実用的な学問が発達した。「本草」とは「薬のもとになる草」という意味であり、本草学は元来、自然物（植物・動物・鉱物）を人間に役立てるための学問で、とくに薬用効果を研究する中心とする薬学であったが、しだいに博物学的性格を強めた。元禄前後の時期にあって実学がおこり、ものごとを合理的に考える態度が養われたのは、当時の産業の発達や経済発展に刺激されたことを背景にしており、ここでは実証的研究が尊ばれたのである。そこには朱子学的な自然法の影響も考えられるが、当時にあってそれは必ずしも絶対のものではなく、むしろ相対視され、全体としては分裂していたと見なすことができる。換言すれば、朱子学的な文脈での合理主義は、そのまま近代的な合理主義へは結びつかなかった。朱子学における天円地方説は、ヨーロッパからもたらされた地球球体説や地動説とは相容れなかったし、思弁的な李朱医学の立場は近代における解剖学的な説明とは次元の異なるものであった。共通するのはただ、自然の観察において神秘的な存在、超越的な存在を認めないという、ただ一点であった。言い換えれば、日本においては自然科学的思考は、同時代のヨーロッパのようにキリスト教神学との格闘を通じて確立していくという手続きを経ないで得られたということができる。この時代、急速な進展をみたのは、日常生活の上で効用の大きい数学・暦法・農学・本草学（博物学）・医学だったのである。