1991年から現在までを低成長期と呼び、実質GDP成長率は、年平均で1.0%である。1991年（平成3年）にバブル経済が崩壊し、資産価格（株価、地価）が一気に下落した。これは日銀が金融引き締めに転じ、必要以上に公定歩合を引き上げ続けたこと、中曽根内閣以降内閣の交代が相次ぎ、国内の政治体制の混乱が続いたこと、住専問題に代表されるバブル後遺症の不良債権処理が後手に回ったこと、アメリカで起こった「リストラ」「ダウンサイジング」と称した整理解雇ブームが日本でも起こったことなどが要因であった。金融機関はBIS規制、金融ビッグバン対策、新たに導入される時価会計制度から不良債権の処理が急務となり、融資の引上げが相次いだ。このため中小零細企業だけでなく大企業の倒産も相次ぎ、経済停滞が長引いた。民間企業は過剰な設備・雇用・負債を抱え込み、経済は停滞し、バブル崩壊後積み重なった不良債権問題に、1997年（平成9年）のアジア通貨危機が加わり、金融危機が発生した。日産生命、山一證券、北海道拓殖銀行、翌1998年（平成10年）には日本長期信用銀行などの名門金融機関の破綻が相次ぎ、大手金融機関同士の合併・統合が進んだ。この年は名目GDP成長率が戦後最悪の-1.5 %を記録し、ジャパン・プレミアムにより邦銀、国内企業の海外における資金調達が困難となった。この危機に対して小渕内閣は総額40兆円を超える経済対策を実施したため、小渕首相自身が「世界一の借金王」と言うほど財政赤字は拡大した。バブル崩壊後の日本経済は、日本的経営慣行が覆され、「リストラ」と称した整理解雇ブームが始まり、終身雇用制度が崩壊し始め、人件費も抑制され、1990年代後半にはデフレーションが発生し、さらには借金経営に対する批判から、企業の資金調達はこれまでの間接金融から直接金融へと転換し、消費や公共事業の低迷から、外需への依存が高まっていった。また、円高不況による製造業の海外移転（特に中国）が相次ぎ、産業空洞化が進んだ。2000年（平成12年）前後になり、BRICs諸国が台頭し、貿易相手国の第一位はアメリカから中国に代わった。それらの経済発展に牽引される形で外需が伸びたこと、規制緩和や金融緩和による経済活性化、IT化の普及による企業経営の効率化やIT関連産業に代表される新興産業の隆盛、及び、公的資金注入による金融機関の財務健全化により、不良債権処理が進み、民間企業の過剰な設備・雇用・負債が解消されたことも相俟って、不況時に生まれた諸問題を解消した。また、世界的にインターネット関連の株が急上昇し、インターネット・バブル（ITバブル）が発生し、日本でも1998年（平成10年）ごろからIT関連の株価が上昇し始めた。しかし、日本では光通信の携帯電話売買を巡る不正発覚をきっかけに株価が暴落、世界的にも連邦準備制度理事会の利上げやアメリカ同時多発テロ事件によってITバブルは崩壊した。このころから旧来の労使関係は見直され、雇用の流動化が進んだ。また、金融緩和が抑えられていたことや、バブル期からの所得税の最高税率引き下げ（約30 %）により、経済格差が拡大する要因となった。更に、国内消費や公共事業の低迷により、企業は海外市場を重視するようになった。2001年（平成13年）には小泉内閣の聖域なき構造改革が始まり、竹中金融行政に迫られ都市銀行は3大メガバンクに統合し、不良債権問題の処理は進んだ。しかし依然としてデフレーションは克服できず、日本銀行はゼロ金利政策から量的金融緩和に踏み切ったが、効果が出るのは、いざなみ景気の終盤になってからであった。当時、ノーベル経済学賞受賞者である経済学者のクルーグマンは「日本政府はインフレターゲットを導入すべきだ」と主張したが、デフレ克服の前例がないため取り入れられなかった。2002年（平成14年）ごろから、円安を背景に好調な輸出系大企業や、外資による活発な設備投資、さらに日銀による量的緩和政策により、中小企業の倒産件数が大幅に減少し、下請け企業や内需企業でも過去最高の売上高を記録する企業が現れた。こういった業績の好調や労働者の高齢化から、特に製造業で労働力不足が叫ばれ、景気拡張期が続いた。この景気拡張期間はいざなぎ景気を超える73か月であり、いざなぎ景気に劣らない好景気であるとのことから、イザナギの妻のイザナミからとり、いざなみ景気（第14循環）と呼ばれた。2003年（平成15年）に行われたテイラー・溝口介入による30兆円規模の円安誘導策もそれを下支えした。しかし、一方で成長率が2 %前後であったことから、ダラダラ陽炎景気とも呼ばれており、大半の国民にとって「実感なき景気回復」という実情が世論調査で示された。人材派遣業法の成立、早期退職などの高齢労働者の人件費削減、労働の非正規雇用の拡大が賃金低下を促し、消費性向は回復したものの、名目賃金が減った為、内需の本格的な成長には至らなかった。政府や日銀が主張した「ダム論」は実現しなかった。また、OECD加盟国中一人当たり国内総生産の順位は、諸外国が大きく経済成長したことや、為替介入による円安も相俟って、為替レートベースで2000年（平成12年）の3位から2006年（平成18年）には18位まで凋落し、6年連続で低下した。2005年（平成17年）6月に商法が会社法に変わり、企業の透明性、社会的責任がより求められるようになり、上場企業はこれまで以上の株主を重視した経営が求められるようになった。契約社員、派遣労働に象徴される非正規雇用の低賃金労働者が増加した一方で、ヒルズ族が持てはやされたこともあり、格差社会が話題となった。好景気であるといわれていた東京でも低所得層が増加し、2006年（平成18年）末に東京都が実施した福祉保健基礎調査によると、年収500万円未満の世帯が初めて過半数を突破した。ただし、OECDの推計によると、2002年（平成14年）以降の景気回復により、貧困率は低下したという結果が出ている。また、このころは景気拡張期であり、2005年（平成17年）の郵政解散を好機として株式市場こそ活況を呈していたが、実体経済には明確な好転がみられず、新興国やアメリカの好景気の恩恵をそれなりに享受する中にいた。しかし、2007年（平成19年）8月頃よりサブプライム問題が顕在化しはじめ、住宅専門会社の中には破綻するものが出始め、世界金融危機に見舞われた。さらに、2008年（平成20年）9月のリーマン・クライシス（リーマン・ショック）で世界同時不況へと陥り、日本もその影響をうけた。リーマン・クライシスが起こった2008年（平成20年）末には、派遣労働者の大量解雇を象徴する「年越し派遣村」が話題となり、小泉改革の負の側面が議論の対象となった。国会も財政出動をともなう景気対策を行うこととなり、エコポイント、エコカー減税、エコカー補助金などを作り、エコ関連商品を買うことを後押しした。それはある程度の効果があり、景気悪化を食い止めた。しかし、各国ではその後も、2009年（平成21年）11月のドバイの政府系企業における不良債権問題を端緒としたドバイショック、ユーロ圏のいわゆるPIIGS諸国における国債の信用不安を端緒とする欧州ソブリン危機（欧州債務危機）、さらにはギリシャ経済危機や米国債ショックなどが起き、その影響は日本にも及び、日本市場にも混乱をもたらした。また、日本が低成長であるのに対し、中国が高成長を続け、GDPは2010年（平成22年）に中国に抜かれて40年近く守り続けてきた2位から3位に転落した。そして、2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災と福島第一原子力発電所事故は、復興費用や補償費用、電力危機など、経済に悪影響を与えており、高度経済成長期の「負の遺産」を浮き彫りにしている。2012年（平成24年）12月26日に総理大臣に就任（復帰）した安倍晋三は、「大胆な金融緩和」・「機動的な財政政策」・「民間投資を喚起する成長戦略」という3つの政策を柱とした「アベノミクス」を推し進め、低迷が続く日本の経済を復活させようと試みている。アベノミクスの金融緩和により急速な円安・株高が起こり2013年（平成25年）3月8日には日経平均株価がリーマンショック以前の水準に戻った。2014年（平成26年）4月1日から消費税増税が施行され、消費税率が5 %から8 %となったが、この政策で国民の消費が再び停滞する事となり、2014年（平成26年）11月18日、安倍首相は2015年（平成27年）10月1日に予定されていた8 %から10 %への消費税再増税を2017年（平成29年）4月1日に先送りすることを正式に表明した。2015年（平成27年）4月22日には日経平均株価が2万円を超えた。2016年6月1日には、再増税をさらに2年半先送りし2019年10月まで延期することが発表された。この経済政策に関しては当初から専門家などの間で賛否両論が入り混じっており、安倍の首相就任からちょうど1年後の2013年（平成25年）12月の産経新聞社・FNNの合同世論調査では81.0 %の人が「景気回復を実感していない」と回答している。その一方で株価や有効求人倍率などの経済指標は改善している。また、アベノミクスの効果は大企業を中心に現れているが、中小・零細企業にはその効果は一部を除いていまだ波及してはいない。。また、2013年（平成25年）に発表した「不動産市場における国際展開戦略」は円安のおかげで成果を上げ、外国人投資家による日本の不動産買いは着々と進んでいる。一方、安倍政権成立後、貿易収支は赤字に転落し、3年連続で史上最大の貿易赤字を更新している。いずれにせよ、安倍の試みはまだ道半ばであり、評価も定まっていない。冷戦終結後、日本の経済の仕組みは大きく変貌を遂げた。そして、これからも確実に変貌を遂げることが予測されている。しかし、今後の日本経済は不安材料が多い状態である。21世紀に入って以降、日本経済を内需ではなく外需に頼るようになったことも懸念材料として挙げられている。内需は少子高齢化や賃金低下などで今後も縮小し続けると見られ、経団連などの財界や大企業は、生き残るために政治への積極的な働きかけ、海外市場の開拓などを行っている。