1946年、戦後初の衆議院議員総選挙に広島全県区から立候補し当選。この後第23回衆議院議員総選挙から旧広島1区で岸田正記（岸田文雄の祖父）、灘尾弘吉らと競い当選5回。広島の戦後復興に尽力。流暢な英語力を生かしてGHQとの交渉に当たり、旧知の福島慎太郎や平沢和重らと企図して1946年7月、サービス・センタートーキョーというGHQとの間の民間窓口組織をつくり、公職追放者の解除問題に尽くす。鳩山一郎とも懇意で鳩山のパージ解除の他、正力松太郎の早期追放解除も松本とキャピー原田の二つのパイプを使ったものといわれる。GHQ民政局課長・次長を歴任。新憲法起草に尽力したGHQのケーディス、ハッセー、ラウレルらと大学の同窓だった関係で親しかった。私学振興を促すGHQの部局・CIEと明治大学との会談をセッティングし、1946年45歳で最年少の明治大学理事となる。1948年芦田内閣において、栗栖赳夫の経済安定本部総務長官就任の際に大きな役割を果たした。戦後はGHQとのパイプを生かして、政治及びスポーツ界に特異な地位を占めた。特に戦後日本のスポーツ復興に大きな功績を残す。下田武三（後にアメリカ合衆国駐箚日本国特命全権大使、第7代日本プロ野球コミッショナー）は、日本のプロ野球が戦後に再開されたのは、野球好きだったマーカット少将が「日本もプロ野球をはじめたらどうか、そうすればみんな元気になりゃしないか、そのためにはなんでもお手伝いしよう」と、松本に話したのが切っ掛けと話している。そのマーカットやキャピー原田とともに日本のプロ野球、社会人野球、中等野球（高校野球）関係者との折衝を仲介、GHQと様々な交渉を行う。鈴木龍二がプロ野球を再開するにあたって、最初に相談に行ったのは当時片山内閣の外務政務次官のポストにあった松本のところであった。GHQに接収されアメリカ軍人の娯楽場となっていた甲子園球場の返還に佐伯達夫らと尽力し、1947年からの選抜中等学校野球大会再開に貢献。GHQは「中学校全国大会は年に一度にすべき」と命令したが、選抜と夏選手権は日本の中等野球の二本柱と強調する佐伯の懇請を伝えたのは松本の雄弁という。アメリカ第八軍が接収しようとした神宮球場の解除を交渉。しかし解除が難しいなら学生野球のため、未接収だった後楽園球場を代わりに使用すべく交渉にあたった。ところが戦後のプロ野球リーグ再開に執念を燃やす鈴木惣太郎の熱意に折れ、後楽園球場の使用は諦めた。神宮球場が接収解除されたのはこの後大きく遅れ1952年までかかった。1949年、日本社会人野球協会（現・日本野球連盟）発足で顧問。1950年、日本学生野球憲章制定に関与。またマーカットから、ちゃんとした日本の野球のルール、協約を作ったらどうか、とアメリカからルールを取り寄せ参考にしたらと、これを渡されたが、忙しいので福島慎太郎に渡し、福島もやはり忙しいので平沢和重が引き受け、大部分を引き写して出来たのが1951年に発効された「日本野球協約」という。1949年、占領下でマッカーサー元帥が後援し、戦後初の日米親善野球となったサンフランシスコ・シールズ来日にあたり日本側の実行委員長としてその開催に尽力。元々正力松太郎や鈴木ら、讀賣グループを中心に招聘を予定していたが、マーカット少将が松本を委員長に据えたといわれている。やむなく鈴木が副委員長に就任。同年2月、正力の初代日本プロ野球コミッショナー就任時にも立ち会い、マーカット少将の通訳を務めた。しかし、正力はシールズ来日にあたり「松本君みたいに、いままでプロ野球に関係のないものが委員長になるのは、スジが通らない。日本のプロ野球を代表する人物は、連盟会長の鈴木龍二君か副会長の君（鈴木惣太郎）なんだ。...」と憤慨していたといわれ、正力と松本の関係は必ずしも良好でなかったのかも知れない。ノンプロの世界選手権シリーズ（アマチュア野球世界選手権）の開催に尽力した他、1952年には日本とフィリピンのスポーツ交歓としてマニラの社会人野球チーム・マニラ・スターズを来日させた。これは1954年設立されたアジア野球連盟及び、アジア野球選手権大会開催に繋がった。松本は永野護らとともにフィリピン戦後補償「日比賠償協定」に深く関わった。1953年秋からフィリピンに渡り、フィリピン国立大学の教授を務めながら、マニラアジア競技大会（1954年）の準備を進めた。この過程でマニラ体協がスポーツ使節として広島カープを招待するという話を持ちかけ、1954年の広島カープ初の外国遠征を実現させた。当時のフィリピンはまだ日比賠償協定（1956年締結）が成立しておらず、フィリピンは太平洋戦争中、日本軍に占領され甚大な被害を受けたとされ、対日感情が非常に悪く、国家として緊張を残した状態での遠征であった。カープには、モンテンルパ戦犯の釈放に対する日本からの答礼を伝えることと、スポーツを通じた交流により、国家間の賠償問題を円滑に進めるという親善大使としての役割が与えられ、フィリピンとの国交正常化にひと役買った。同年、フィリピンで開催された第1回アジア野球選手権大会の日本チーム副団長。1956年5月には鳩山一郎首相から日本政府全権団全権委員に任命され「日比賠償協定」を締結させた。内藤雅之全日本野球協会専務理事は「松本氏は日本野球の国際交流の先駆者」とその功績を讃えた。松本は戦後の日本野球復興に多大な功績を残したが、「日本人に誇りを持ってほしい」とスポーツの振興に力を入れ、野球以外にもスポーツ各界に大きな影響力を持った。第二次世界大戦後、日本は世界のスポーツ界になかなか復帰できないでいたが、松本は日本が一日も早く国際社会に復帰できることを念願し1947年、親友でホノルルの二世歯科医かつ朝日野球団会長の米谷克巳に「近くローマで開かれる国際オリンピック委員会(IOC)総会に、日本のIOC委員も出席するよう通知を受けたが、日本の現状では旅費が出来ない。日本国民の感情を転換させるためには、スポーツを盛んにするのが一番の早道だと思う。ロンドンのオリンピック大会に選手を送ることは、招待されても実現出来ないと思うが、せめて国際オリンピック委員会に出て、一日も早くスポーツによる国際関係を回復したい、ついては五千ドルあれば足りるから、ハワイの日系人社会に訴えて旅費を作って貰えないだろうか」という主旨の書状を送った。これを受け米谷は活動を開始し、言論機関や、日系人有志の協力を得て、熱心に募金活動を展開し一万一千ドルの浄財が集まった。この募金によって1949年4月に開催されたIOCローマ総会に日本のIOC委員・永井松三を送った。永井が各国との繋がりをつけ、同じIOC委員・東龍太郎を送ることが出来た。これはハワイの日系人社会が、日本のスポーツ界に尽くした最も大きな業績の一つといわれる。日本人の海外旅行が制限され旅券発行が厳しい中、GHQに掛け合い旅券を発行させた。1948年、日本陸上競技連盟のヘッド・コーチで同郷の織田幹雄の5ヶ月に渡る欧米競技会視察に尽力。日本水泳連盟理事として1949年、松本が中心となって、やはりマーカット→マッカーサールートで海外旅行が困難な時代に即座に旅券を交付させ、他の競技団体に先駆け水泳の国際社会ー国際水泳連盟復帰に尽力。1950年の日本水泳チーム米国遠征団長を務め全米水泳選手権に参加した。古橋広之進は松本に感謝の言葉を述べている。1964年東京オリンピック招致などで知られる和田勇（フレッド・イサム・ワダ）は、この時のロサンゼルスの受け入れ側として日本のスポーツ界に関わるようになったもの。戦後の学校柔道の復活に占領軍と折衝。この他、高校野球の応援などで広く使われる立教大学の第二応援歌「St.Paul's will shine tonight」誕生のきっかけとなった「フレスノ野球団」を立教大学に案内したのは松本という。二世連合会会長として灰田勝彦とフローレンス君子の結婚式の仲人も務めている。日本体育協会理事などの要職を歴任、スポーツ外交に大きく貢献し、オリンピックには戦前の1936年ベルリンオリンピック、1952年ヘルシンキオリンピックに本部役員として参加。戦後日本が初めて国際舞台に復帰した1951年、第1回アジア競技大会(ニューデリー)、1954年、第2回アジア大会(マニラ)日本代表役員などを務めた。国民協同党、改進党と親友・三木武夫と政治行動を共にした。1947年片山内閣連立政権、1957年第1次岸改造内閣でそれぞれ外務政務次官就任。1954年第1次鳩山内閣～第3次鳩山内閣で内閣官房副長官を務め、1951年サンフランシスコ講和会議全権随員、日ソ国交正常化全権委員顧問として参加。1956年フィリピン賠償全権委員などを務め、日本の戦後補償にも尽力。またインド・ネール首相など外国からの要人来日時の通訳も務めた。三木武夫夫人の三木睦子は「公職追放の解除にあたって松本さんの世話にならなかった人はほとんどいませんでした。A級戦犯の岸信介さんが総理大臣になれたのも瀧さんのおかげだと思います。第1次岸内閣で、瀧さんを外務政務次官に抜擢したのもそのためです」と話している。副島隆彦は、松本瀧藏は"アメリカのスパイ"と指摘している。この他、ポール・ラッシュが行なった山梨県での開発（キープ協会）にオブザーバーとして参加した。清里高原に松本の名を冠したユースキャンプ場がある。日本社会人野球協会副会長などの要職を歴任。広島では1953年から松本の名を冠した社会人野球大会が続いている。人あたりの良いスマートな紳士で面倒見の良い人物といわれたが、政治家として脂の乗り切った1958年総選挙に落選して程なく57歳で死去した。従四位勲二等旭日重光章。2004年、アメリカンフットボールの日本に於ける普及の功績により、日本アメリカンフットボール殿堂入り。2016年、戦後の野球界復興や国際交流に尽くした功績により、野球殿堂表彰者（特別表彰部門）に選出された。二つの競技に跨る殿堂入りは史上初。松本瀧藏の野球殿堂表彰式は同年5月28日、平成28年春季東京六大学野球リーグ戦最終節の早慶戦（明治神宮野球場）第1戦の試合開始に先立ち、同じく野球殿堂表彰者の山中正竹（法政大学出身）と同時に執り行われた。