レゴで出来た世界「レゴワールド」、魔法使いウィトルウィウスの城に危機が押し寄せてきていた。ウィトルウィウスは、マスター・ビルダーたちの自由を奪う世界最強の武器・スパボンを隠していたから、おしごと大王がスパボンを奪いに来たのだった。ウィトルウィウスの抵抗はむなしくレーザー攻撃を受け、視力を奪われ、スパボンはおしごと大王の手に渡った。しかし彼は、いつしか黄色い顔の若者の選ばれし者が奇跡のパーツを見付け出し、世界を救うであろうと予言した。それから8年半後、エメットは、ブロック・シティに住む、ごく普通の建設作業員。彼は毎朝決まった時間に起き、決まった時間に仕事に行くという、きわめてマニュアル通りな暮らしに何の疑問も抱かず、毎日を能天気に過ごしていた。しかしある日の夕方、エメットが仕事仲間と一緒に帰宅しようとしていたところ、大事なマニュアルが風で飛んで行ってしまう。マニュアルを追って行くと、工事現場に人影を見つけ、声をかけても立ち去ろうとしないフードを被った人影を通報しようとしたエメットはその人影が美女と知るや彼女に一目惚れし、謎の美少女を追って、足を滑らせて巨大な穴にうっかり落ちてしまい、不思議な世界に迷い込んでしまい、その奥にはブロックではない怪しげなパーツを見つける。そのパーツに触れた瞬間、エメットは頭の中に謎の巨大な手と指のヴィジョンを見て、気絶してしまう。気がつくとエメットは、バッドコップというおしごと大王の手下に捕らえられていた。厳しい取り調べに訳がわからなかったが、背中にくっ付いているパーツを指摘され、初めてその事に気付く。それは、穴の底で見つけた奇跡のパーツだった。バッドコップはエメットを「選ばれし者」と断定、このブロックシティの有力者、おしごと大王の野望である世界の終わりの邪魔になると告げる。おしおき部屋でレーザーによる拷問で苦しめられるエメットだったが、そこへ颯爽と怪しい美女が現れ、エメットを助け出す。美女はワイルドガールと名乗り、手近なパーツで奇想天外なバイクを作り出し、エメットを連れ逃走を図る。彼女はその際、その手助けを出来ないエメットを不審に思い彼に質問をする。するとエメットは物を想像できるマスター・ビルダーではなく、ただの普通の人であった事に気付く。エメットとワイルドガールは境界の壁を越えて、西部の町に逃げ込む。レゴワールドは昔、何でも自由に行き来し、物が作れる世界だった、それを良しとしないおしごと大王がそのテーマごとに世界を区切る国境の壁を作ってしまい、マスター・ビルダーたちを次々に捕らえてしまった。その頃オフィスタワーでは、おしごと大王が表の顔であるおしごと社長として、もうすぐブロックシティで開催するタコスデーに備えていた。愛とタコスを振舞うタコスデーと吹聴しているが、実はタコ型メカで世界を自分の理想の形に固めてしまおうという計画だった。ワイルドガールはマスター・ビルダーの一人、ウィトルウィウスにエメットを会わせた。ウィトルウィウスはエメットの頭の中に入り込み、彼の想像性を確かめるが、エメットの頭の中は見渡す限りの地平だった。エメットの想像力を試すために何か作らせてみると、出てきたのは二段ソファでまったく役に立たない代物だ。落胆するワイルドガールだが、それでも巨大な手と指、マスター・ビルダーが上の人と呼ぶヴィジョンを見たと言う彼に、ウィトルウィウスは空っぽの頭だからこそ全てを受け入れる事が出来るはずだと言う。エメットたちは、西部の町まで伸びたバッドコップが率いる超秘密警察の追跡を振り切り、バットウィングに乗ったバットマンの助けもあって、マスター・ビルダーたちが隠れているユニキャットの国、雲の上の楽園に向かう。マスター・ビルダーたちの前でエメットは、おしごと大王を倒すために結束を促す演説をするが、以前攻め込んだが惨敗したロボヒゲの反発もあり、マスター・ビルダーで無いことで信頼を得られなかった。そのうち超秘密警察が追ってきて楽園は破壊され、多くのマスター・ビルダーたちが捕らわれの身になってしまう。エメットは、脱出に成功したマスター・ビルダーたちがそれぞれの想像性で組み立てたメチャクチャな潜水艦で海に潜るが、しかしそれ故に不具合があり、浸水して圧解してしまう。逃げたエメットを捜索するバッドコップは、潜水艦の残骸の他に二段ソファしか確認できないと、「選ばれし者」は死んだものと思い引き上げていく。しかしエメットたちは、誰もが役に立たないと思っていたそのソファの中に潜んでいた。ロボヒゲがそのソファごと彼らを引き上げた。最初反発したロボヒゲだったが、ソファの想像性、実用性のなさに、逆に意外性を見て、マスター・ビルダーたちはエメットに協力する事にした。エメットは、マスター・ビルダーの弱点はチームワークのなさだと説明し、自分の長所は、想像性は無いがマニュアルに沿って物を作る創造性の高さだという事を説明する。そして、大王を倒すためのマニュアルを作り、マスター・ビルダーたちを導いていく。マスター・ビルダーたちは、エメットが作ったマニュアル通りに創造し始め、オフィスタワー侵入作戦を進める。エメットたちはスパボンまであと一歩の所まで辿り着くが、奇跡のパーツを取り付けようとしたその瞬間、バッドコップに見つかり、全員捕まってしまう。最後まで抵抗したウィトルウィウスもおしごと大王のコイン攻撃で首を切られて倒されてしまった。彼は亡くなる直前に、予言はウソ、自分のアドリブとデマカセだったと告白し、息絶える。大王は奇跡のパーツをコレクションに飾ろうとしたが、誤ってオフィスタワーの下に広がる無の世界に落とし、マスター・ビルダーたちの処刑準備を整えると、スパボンで世界を固め始めた。絶望に浸るエメットにウィトルウィウスの幽霊が現れ、「予言はウソだが、誰もが選ばれた者になれる」と語りかける。エメットはその言葉を信じて、自身は巻かれている処刑用の電池を道連れに、無の世界に落ちる事でマスター・ビルダーたちの処刑を解除した。ワイルドガールはその勇姿をレゴワールドの人々に伝え、共に大王を倒すために立ち上がろうと訴えた。エメットは無の世界の底に落ちていった。そこにはレゴブロックで遊ぶ、人間の少年フィンが居た。無の世界とは、ブロックで遊ぶ人がいる現実世界だった。そこに少年フィンの父親が会社から帰ってくる。父親は自分のコレクションで遊ぶ少年フィンを叱る。彼にとって世界ごとに区切られ、整頓されたレゴのジオラマは、完璧なものだった。それをバラバラにして、想像の赴くままに組み替える子供に我慢ができなかった。少年フィンはおもちゃで8歳から14歳向けと書いてあると遊んでいい物だと訴え、父親は頑として受け入れず、遊べないようにスーパーボンドで固定し始める。その姿は正に、世界を固定化するおしごと大王だった。エメットは力を振り絞って体を動かし、少年フィンに存在をアピールする。それが実り、少年フィンはエメットを見付け、エメットに奇跡のパーツ、スパボンを防ぐスーパーボンドのフタを託して彼をレゴワールドに戻した。レゴワールドでは大王の野望が達成目前だった。そこにエメットが無の世界から舞い戻る。彼はマスター・ビルダーとしての力に目覚め、想像性を駆使して大王に挑む。それを見て諦めかけていたマスター・ビルダーたちも息を吹き返し、大王に最後の対決を挑んだエメットだが、大王にスパボンに固められてしまう。絶体絶命のピンチにエメットは最後の力、選ばし者パワーを使うと宣言する。どうしようもない状況のエメットを笑う大王、エメットはそんな大王にそっと手を伸ばし、握手を促す。それがエメットの選ばし者パワーだ。現実世界でも、少年フィンが作ったレゴに心打たれた父親がいた。この想像性と創造性は父であるあなたを見て学んだものだと少年フィンは訴える。父親は少年フィンに促されるままに、オフィスタワーの最上階を見る。そこには、おしごと大王と対峙し、手を差し伸べるエメットがいた。仕事に明け暮れて想像を忘れて創造だけに勤しむおしごと大王に自分を重ねた父親は、少年フィンにエメットは何と言っているかと聞く。エメットとは少年フィンで、おしごと大王とは父親自身であると気づいた父親は、エメットは何と言っているかと聞く。おしごと大王にも想像性とユーモアはある、誰にでも選ばし者になれる、と少年フィンは言う。改心したおしごと大王は、エメットに歩み寄り、親子が抱きしめ合うようにエメットの手を取ると、奇跡のパーツを自らスパボンに取り付けた。父親は少年フィンと和解し、共にレゴを楽しみ始めた。そこに母親が今夜のご飯はタコスと呼びかける。親子はご飯を食べるためにその場を離れようとしたが、父親は思い付いたように「もう一人にも遊ばせる」と宣言をした。その頃レゴワールドでは、新たな危機が訪れていた。低年齢向けブロックでできたデュプロ星人が来襲してきたのだ。デュプロ星人は地球侵略を宣言するのだった。