本藩である越後長岡藩、最大の門閥に連なる。文化元年（1804年）、稲垣氏の増長・慢心を藩主が怒り家老罷免・改易（取り潰し）。のちに許されたが、大きく格式を下げた。稲垣氏の遠祖は、伊勢国の住人であったが、16世紀頃に三河国宝飯郡に渡来して、地侍化したものである。本姓は清和源氏とするものが多数であるが、平姓・藤原姓とするものもある。小諸家臣稲垣氏は、源姓を称している。稲垣氏の嫡家は、志摩国鳥羽藩主であるが、牧野康成に仕えていた稲垣長茂が、繰り返し殊功をあげたため、徳川家康の目にとまり召し出しを受け、諸侯に列した。この分家となる稲垣平助家は、長岡藩牧野氏の家老首座連綿となり、その分家の稲垣太郎左衛門家も、家老職に抜擢され、後に家老連綿の家柄となった。このほか稲垣氏には支族が長岡藩内にあり、本藩の御家中において、最大の門閥勢力である。小諸家臣稲垣氏の家系図、由緒書は、詳細なものが藩に提出されていたものとみられるが、公開されている古文書・目録等には、簡約なものしか収載がないため、小諸藩文書などの記事を寄せ集めると次のような家系・由緒であったことがわかる。長岡藩家老・稲垣太郎左衛門家の庶子である稲垣源左衛門は、分家として分出され長岡家臣（足軽頭200石）となった（のちに加増100石があり計300石となったとみられる）。長岡家臣の稲垣源左衛門の惣領、稲垣源左衛門（300石）は、一説によると謀反の疑いにより、浪人となり、与板に暮らしていたが、与板藩主・牧野氏に仕官して、給人・50石級の家臣となった。その後、稲垣源左衛門家は惣領の不行跡により改易・取り潰しとなった。取潰された年は不明であるが、元禄から享保前期にかけての小諸藩一次史料の中に、記事が存在する。この稲垣源左衛門家に名跡再興があったか否かは史料がなく、不明である（後述の稲垣貢家を参照のこと）。稲垣源左衛門家の分家が、稲垣源太左衛門家であり、小諸藩主牧野氏の家祖が、長岡から、与板に分家・立藩にあたり、番頭として移動した。当初の与板藩には用人・加判は設置されていなかったので、番頭は家老に次ぐ役職である。弟家系の稲垣源太左衛門家は、与板立藩以来、家老職に次ぐ役職を勤めることが多かったが、正徳5年（1715年）に初めて家老職に抜擢され、退役までに計320石となる大加増を受けた。用人の家柄・格式の者を家老職に就任させることもあったが、ここまでの加増はないため、用人の家柄から、家老の家柄に格式昇格があったことが理由と見られる。その後、3代は享保4年（1719年）、宝暦2年（1752年）、寛政元年（1789年）にそれぞれ家老職に就任した。享保4年に家老職となった稲垣氏は、真木氏400石が家を分けて隠居し、若輩の真木権左衛門（小諸市誌には権右衛門と記載）が320石となったことで、家臣筆頭となった。家老稲垣源太左衛門正良は藩主康満が側室と儲けた女子を養女に迎えて、本藩である長岡藩の家老首座・稲垣平助家に嫁がせたほか、寛政2年、藩主康満が駿河国浪人水野兵庫の女子に産ませた男子を養子として迎え、元服のうえ、稲垣此面（春之丞）と通称させたが、家督相続前に死亡した。家老の家柄となって、4代目の稲垣源太左衛門（正良）は文化元年（1804年）7月18日、御内存により退役・隠居が命じられたが、家督相続を認められず改易・取り潰しとなった。文化3年（1806年）、実子とみられる惣領の稲垣此面某に名跡再興が認められ持高50石、中小姓に列した。しかし、文化6年、町方女（まちかたおんな）と身持ちを崩し、稲垣貢宅でおこした不祥事により15石を減石され持高35石、中小姓末席に降格された。文化10年、家老を罷免された父と共に許されて元席となり、後に班を進めて番頭職となった。時に持高63石、役高加増分93石の計156石であった。家老職であった父が許されても家禄・持高・席次は元には復さなかった。しかし、文政年中ごろに僅かではあるが加増となり、併せて格式昇格となり、持高67石・給人格連綿の家系となった。持高は4石加増であるが、給人地を込みで考えると実質、約10石の世襲家禄の加増となった。9代藩主による改革後の持高50石（給人格）。稲垣此面某から家督を相続した養子・稲垣市右衛門は、嘉永6年（1853年）、町方の敷地を昼夜問わず占拠して通路を塞いで私的利用をしたことにより、同年隠居を命じられて、持高15石を減石の上、2男に家督相続が許された（持高35石）。減石理由は長男を廃して2男に家督を相続させたことではない。9代藩主によって、隠居・減石を命じられたが、家督相続後、稲垣此面正利（異に乎次郎）は、9代藩主に用いられて、班を進めた。表中小姓を勤めた後に給人席を経て、2度にわたり加増。奏者格（持高70石）に格式が回復した。小諸騒動時、加藤・牧野求馬派に属して、参政（用人・加判）に抜擢された。彼らが失脚時、元席戻ったが、入牢や謹慎などの処罰は受けなかった。そして民政幹事（小諸町奉行・郡奉行）に格下げとなったが、まもなく少参事（用人・加判）に栄転した。小諸藩は騒動による経費増を徴税強化で乗り切ろうとしたが、稲垣此面正利は、これに反発・批判した被支配層を弾圧した実務責任者であった。小諸家臣・稲垣貢家の初見は、明和4年（1767年）、稲垣貢が養父稲垣貢から家督を相続した記事を記載した分限帳である（時に80石、寛政4年から奏者）。実家は真木九馬左衛門家（実父は真木造酒右衛門）である。 当家は、兄家系の稲垣源左衛門家の名跡を継承している家系なのか、もしくは、小諸藩家老稲垣氏から分家として分出された家系なのかは、史料がなく不明である。 小諸家臣・稲垣貢家は持高70石で給人・側用人などを勤めていたが、当家は文化5年（1808年）12月8日に、町方女（まちかたおんな）に屋敷の出入りを許し、稲垣此面等に当家屋敷内で不祥事をおこさせたことを責められ、文化6年に一時失脚。その後、大きく班を進めて、家老に次ぐ重臣、用人・加判職に抜擢された（文化12年の分限帳に用人、180石、稲垣左一兵衛とあり）。 文政11年（1828年）、稲垣貢家（稲垣桂次）は、稲垣此面から養子入りした男子に家督を相続させて、給人となった。内室（妻）は、文政7年に輿入れした真木兵橘2女であるため、婿養子ではなかった。前後するが用人に抜擢された稲垣左一兵衛から、稲垣桂次に家督を相続した記事については、史料がなく不明である。天保9年（1838年）、稲垣源次は家族が出奔・家出して騒動になり、家内不取締を責められて、一時降格されたが、まもなく元席に戻った。この稲垣源次とは、誰の改名・異名なのかは、史料がなく不明である。小諸家臣・稲垣貢家の家督を相続した稲垣左一兵衛重禮は、相続時の持高94石で、家の格式は奏者格・役職は給人席であったが、9代藩主に用いられて持高100石・役料と80俵となり、元治・慶応年間に、家の格式は番頭格で、役職は用人・加判に班を進めて家老職に次ぐ地位まで進んだ。小諸騒動前期には、役職にあり康済を廃することには反対する一方で、牧野八郎左衛門・太田に対して批判的であった。真木要人則道とは従兄弟の続柄にあり、当初はともに中間派的立場であったが、一方の稲垣は加藤・牧野 求馬派に、他方の真木は牧野八郎左衛門・太田派に組み込まれていった。稲垣左一兵衛重禮は、小諸騒動の渦中で病気のため致仕となり死亡した。父から家督を相続した稲垣左織重為は、小諸騒動後期に加藤・牧野求馬派に属して小諸騒動によって謹慎となったが、明治3年6月19日赦免となり、復権して少参事となった。稲垣左織重為は、古畑氏等とは異なり、謹慎のみで閉門の懲戒処分は受けていない。また小諸家臣斬首の謀議に参加はしているが、斬首執行に難色を示していたとする指摘も一部にある。この指摘が正しければ謀議に参加した連帯責任を問われたことになる。よって稲垣氏は、家老の家柄でありながら、改易・取り潰しを経験して、名跡再興となった稲垣氏と、この同族である稲垣貢家の稲垣氏の2家があり、幕末・維新期には士分上禄2家を数えたが、化政期以降から廃藩までは、家老末裔の稲垣氏（通称は源太左衛門・此面・市右衛門等。中小姓末席・馬廻り格まで格式を下げられたのちに、紆余曲折を経て幕末に奏者格連綿まで戻す）より、稲垣貢（通称は源次・左織・左一兵衛等。奏者格から幕末に番頭格連綿に昇格）家系のほうが格上であった。稲垣氏2家は、加藤・牧野求馬派に属したが、廃藩時、少参事（用人・加判）・士分上禄に名を連ねて重臣の列にあった。稲垣左織重為は、廃藩後に東筑摩郡長に就任したが、長野県の郡長の中では在職期間が最も長かった（在職期間は明治12年から同24年）。また明治15年には南安曇郡長を兼任した。同氏の先祖代々の墓地は小諸市古城二丁目南側隣地（同市乙）には存在しない。養子の稲垣乙丙（農業学者・東京帝国大学農学部前身の名誉教授・帝国農科大学教授）は、東京都多摩霊園に眠る偉人・著名人に掲載があり、養父・重為の姓名も明らかにされている。他方、先祖が家老職を勤めた稲垣此面正利の先祖代々の墓は、小諸市古城二丁目南側隣地（同市乙）に存在するほか、江戸にも壇寺と葬地を持っていた。