ドラフトで1巡目15位でミルウォーキー・バックスに指名され入団した。2013-2014シーズンにオールルーキーチームの2ndチームに選出された。2015-16シーズン、2015年11月19日のクリーブランド・キャバリアーズ戦では、自己最高で両チームでも最多の33得点を記録し、マッチアップを組んだレブロン・ジェームズからも絶賛され、2015年12月13日のゴールデンステート・ウォリアーズ戦では11得点12リバウンド10アシストのトリプル・ダブルを記録し、チームも108-95で勝利。ウォリアーズの記録的な連勝を24で止めた試合において活躍をみせた。2016年3月よりヘッドコーチ・ジェイソン・キッドによりポイントガードとして起用され、それ以来トリプルダブルに近い成績を記録している。2016-17シーズン開幕前の2016年9月、バックスと2021年までの4年1億ドルで契約延長した。11月29日のクリーブランド・キャバリアーズ戦では、自己最多タイの34得点に12アシストを記録し、前シーズンチャンピオンのキャバリアーズに118-101での勝利に導いた。12月23日のワシントン・ウィザーズ戦では、自己最高の39得点を記録した。更に2017年1月4日のニューヨーク・ニックス戦では、103-104で迎えた第4クォーター残り数秒の場面から、逆転のブザービーターショットを決め、逆転勝利に導く。当シーズンの活躍もあり、1月19日には、NBAオールスターゲームにファン投票で先発選手に選出され、バックスの選手としては2004年大会のマイケル・レッド以来のオールスターゲーム出場、更にファン投票での選出は2002年大会のレイ・アレン以来の快挙を達成した。さらに、主要5項目のスタッツすべてでチームリーダーを記録し(史上5人目)、"リーグトップ20"に入るという史上初の快挙も成し遂げ、攻守でチームの要となり大きく飛躍した一年となった。2017-18シーズントレーニングキャンプ中に父親が心臓発作で他界するという悲劇を遭遇するも、気持ちを取り直し、シーズン開幕戦のボストン・セルティックス戦で37得点13リバウンドの活躍を見せ、開幕戦勝利に導く。同月21日のポートランド・トレイルブレイザーズ戦では、自身初の40点越えとなる44得点を記録した。2018年2月18日にロサンゼルスのステイプルズ・センターで行われるNBAオールスターゲームに先発出場することが発表された。バックスの選手が2年連続でオールスターに先発するのは1979年と1980年のマーカス・ジョンソン以来の事となる。2018年1月26日に行われたブルックリン・ネッツ戦で41得点、13リバウンドを記録、試合はバックスが116-91で勝利した。2018年2月15日に行われたデンバー・ナゲッツ戦で今季初のトリプル・ダブルとなる36得点、11リバウンド、13アシストを記録、勝利は134-123でナゲッツに敗れた。また、このトリプル・ダブルによりヤニスはキャリア通算で9回目のトリプル・ダブルとなりカリーム・アブドゥル＝ジャバーのチーム最多トリプル・ダブル記録を更新した。2月24日に行われたトロント・ラプターズ戦で26得点、12リバウンドのダブル・ダブルを記録、試合はバックスがオーバータイムの末122-119で勝利した。3月4日に行われたフィラデルフィア・76ers戦で35得点、9リバウンド、7アシストを記録、試合はバックスが118-110で勝利した。3月14日に行われたオーランド・マジック戦で38得点、10リバウンド、7アシスト、3スティールを記録、試合はマジックに126-117で敗れた。3月17日に行われたアトランタ・ホークス戦で33得点、12リバウンドを記録、試合はバックスが122-117で勝利した。3月19日に行われたクリーブランド・キャバリアーズ戦で37得点、11リバウンドを記録、試合はキャバリアーズに124-117で敗れた。プレーオフ1回戦、対ボストン・セルティックスの初戦で35得点、13リバウンド、7アシストを記録、試合はオーバータイムの末、113-107で敗れた。第2戦目では30得点、9リバウンド、8アシストを記録したが、試合は120-106で敗れた。第6戦で31得点、14リバウンドを記録、試合は97-86で勝利しシリーズの決着は最終第7戦に持ち込まれることになった。第7戦で22得点、9リバウンドを記録、試合は112-96で敗れバックスは3勝4敗で1回戦敗退となった。2018-19シーズン、2018年10月24日、ヤニスはフィラデルフィア・76ersとの試合に123-108で勝利し、32得点・18リバウンド・10アシストを記録した。そして、バックスにとって2001-02シーズン以来となる、シーズン最初の４試合で4連勝を成し遂げるのに貢献した。また、シーズン最初の４試合で平均２5得点・15リバウンドを記録したのは、NBAではウィルト・チェンバレン （1964年 - 65年、フィラデルフィア76ers時代）以来である。11月4日、彼はサクラメント・キングス戦で 144-109で勝利し、26得点・15リバウンド・11アシストで今シーズン2度目のトリプル・ダブルを記録した。11月19日から25日までの全4試合で、11月23日にフェニックス・サンズに対してシーズンハイの35得点を含め、少なくとも29得点以上を記録した。彼は10月と11月のイースタン・カンファレンスプレイヤーに選ばれた。12月14日、バックスはクリーブランド・キャバリアーズに114-102で勝利し、ヤニスはキャリアハイとなる44得点を挙げた。12月29日、彼はブルックリン・ネッツ戦で31得点・10リバウンド・10アシストで今シーズン3度目のトリプル・ダブルを記録し、129-115でバックスが勝利した。その後、彼は12月のイースタン・カンファレンスプレイヤーに選ばれた。ヤニスは2018年のユーロスカー・ユーロピアン・プレイヤー・オブ・ザ・イヤー（その年で最も優れた男子ヨーロッパのバスケットボール選手に授与される賞）に選ばれ、1987年のニック・ガリス以来となる、この賞を受賞したギリシャで2番目のプレーヤーとなった。2019年1月5日、ヤニスはトロント・ラプターズとの試合で123-116で敗れたが、43得点・18リバウンドを挙げた。1月9日、彼はヒューストン・ロケッツ戦で27得点を記録し、 シーズンハイとなる21リバウンドを挙げ、チームも116-109で勝利した。1月15日、彼はマイアミ・ヒートに124-86で勝利し、12得点・10リバウンド・10アシストで今シーズン4回目のトリプルダブルを獲得した。 2月4日、彼は6回目のプレイヤーオブザウィークに選ばれた。2月6日、彼はワシントンウィザーズに対する148〜129の勝利で43得点を記録した。2月13日、彼はインディアナ・ペイサーズ戦で106-97で勝利し、33得点・19リバウンド・11アシストを記録し、今シーズン5度目のトリプルダブルを記録した。この試合で、彼は今シーズン中13回目となる25得点・１５リバウンド・5アシストを挙げ、1976-77シーズンにシャキール・オニールが成し遂げた記録を更新した。オールスターゲームではカイリー・アービング、カワイ・レナードらを抑えて最多得票を獲得し、イースタンカンファレンスのキャプテンとなった。彼は2月のイースタン・カンファレンスプレイヤーに選ばれた。3月2日、彼はユタ・ジャズに115-111で敗北したが、43得点・14リバウンドを記録した。3月17日、彼はフィラデルフィア・76ersに130-125で敗れたが、キャリアハイとなる52得点・16リバウンドを挙げた。4月4日、彼は76ers戦に128-122で勝利し、45得点・13リバウンドを記録し、バックスがイースタン・カンファレンスで第1シードを獲得するのに貢献した。プレーオフ第1回戦、デトロイト・ピストンズとの第4戦目に127-104で勝利し、彼は41得点を記録し、2001年以来初めてのプレーオフ第2回戦進出に貢献し、彼はカリーム・アブドゥル ・ジャバー 、 テリー・カミングス 、 レイ・アレン 、 マイケル・レッドバックスに続き、ミルウォーキー・バックスの選手としてプレーオフで40得点を記録した史上5番目のプレーヤーとなった。ボストン・セルティックスとの第2回戦、第4戦で、彼は39得点・16リバウンドを記録し、バックスが113-101で勝利するのに貢献し、3-1でリードを奪った。その後、バックスはイースタン・カンファレンス決勝に進出した。イースタン・カンファレンス決勝では、カワイ・レナード率いるトロント・ラプターズと対戦し、最初の2試合で勝利したが、続く４試合でラプターズに４連敗し、4-2で敗退した。6月24日 、2019年のNBAアウォーズでMVPに選出された。彼は、カリーム・アブドゥル・ジャバー以来MVPを獲得した2番目のバックス選手となり、デリック・ローズ、レブロン・ジェームズに続き、過去40シーズンでMVPを獲得した3番目に若いプレーヤーになった。また、米国外出身でMVPを受賞した史上5人目のプレーヤーになった。さらに、MIPも過去に受賞したため、MIPとシーズンMVPの両方を受賞した史上初の選手となった。