1948年（昭和23年）1月、政岡憲三、山本善次郎らにより日本動画株式会社設立。設立当初は成城高校の空き教室約100坪を使って制作が行われた。1952年（昭和27年）8月、日動映画株式会社に商号変更した。1955年（昭和30年）、日動映画の藪下泰司と山本善次郎が東映の今田智憲営業課長を訪ね、「自分たちは日動というアニメの会社を24、5人でやっているんだが、どうも難しい。協力してもらえないか」と相談があり、国際的な映像の仕事としての大きな可能性を感じた今田が大川博東映社長に「東洋のウォルト・ディズニーになりましょう」と進言し日動映画の買収を決めた。1956年（昭和31年）1月、東映は東映動画の設立に向け「漫画映画製作研究委員会」を立ち上げ、委員長は大川社長で、設立準備の実務担当委員として赤川孝一管理課長や、今田智憲らが任命された。ところが、事業計画案を巡り赤川と今田の意見が対立した。今田は「カラー長編制作に加え、ディズニー社を始めとするアメリカの長編アニメ制作会社と提携し、その制作技術を導入すること」「作品制作事業だけでなく、関連商品販売やテーマパーク運営など、広範囲にわたる事業展開を図るべし」「絶対に天然色で、長編漫画でなければ収入はあがらない」などと提案。今田は今日のキャラクター・ビジネスやマーチャンダイズに近い発想を既に持っていたが、結局赤川の教育映画部の意見が優先され、今田の意見は却下された。同年7月、東映が日動映画を買収。1956年（昭和31年）8月1日、東映動画株式会社が発足した。設立に森康二、藪下泰司らも参加した。これ以前にも商業アニメーションは細々と存在したが、東映が買収したことで初めて日本のアニメーションに光が当たった。発足当時の35名の社員はほとんどが旧日動の社員で、会社住所も日動と同じ新宿区原町であった。東映動画の発足にあたっては短編・中編制作の事業計画のみが記載され、長編の記載はなかったが、もとは香港からの持ち込み企画であった『白蛇伝』の制作をスタートさせた。当時、日本国内にアニメーション制作会社はごく少なく、長編制作の経験もほとんどなかった中で、東映は日動映画を買収することによりアニメーション制作のノウハウを得ようとしたのである。発足から4ヵ月後の1956年（昭和31年）12月、まだ武蔵野の面影が残る閑静な東京都練馬区の東映東京撮影所南側に隣接してスタジオが完成。東映動画は1957年（昭和32年）1月9日、この新スタジオに移転。日本に於ける本格的アニメーションの製作が開始された。スタジオ完成とともに新たに採用された東映動画第一期生の中には大塚康生、楠部大吉郎らがいた。スタジオ竣工時就業人員80人。また1958年から手塚治虫が『西遊記』の製作のために嘱託として参加している。この時のノウハウが旧虫プロダクションで活かされることとなる。東映動画の遺伝子は後の日本のアニメーションの歴史に大きな影響力を持った。岡田茂は「東映が日本のアニメーターを養成したようなもの」と述べている。新スタジオでは『白蛇伝』制作のためのスタッフ急増とCMフィルムの需要の増加に対応して同年末に第1次増設工事に着工して同年4月10日に竣工し、その2年後の1959年（昭和34年）6月15日には第2次増設工事竣工した。さらに『狼少年ケン』などのテレビアニメーション（テレビ漫画）の制作に対応するため1964年（昭和39年）6月2日には第3次増設工事が竣工して現在のスタジオに成長した。スタジオの完成によって長編アニメーション制作の体制が整い、まず手慣らしとして旧日動映画スタッフの指導の下で、1957年（昭和32年）5月に初の短編作品『こねこのらくがき』を制作した。続いて1958年（昭和33年）10月には『白蛇伝』を完成した。日本でテレビ放送が始まって5年8ヵ月後のことで、当時としては破格の製作費4000万円、製作期間9ヶ月を費やした。東映動画は「日本でもここまでできる」と後進を刺激し、家内制手工業の動画制作を近代産業に発展させ、同時に日本アニメーションの戦後を終わらせた。その後、『わんぱく王子の大蛇退治』、そうして宮崎駿などの『白蛇伝』に影響を受けたスタッフらも制作に参加した『太陽の王子 ホルスの大冒険』、『長靴をはいた猫』などの長編作品を発表し、1960年代における東映動画の長編時代が築かれた。輸出向けに日本人の顔や言語のデメリットを克服する漫画映画は、子供向けの壁を超えて、家族映画のマーケットを確保していく。社員総数は1959年（昭和34年）には250名にまで増えたが、そのうちCMアニメの制作に100名が従事しており、東映動画の主たる仕事は常にCMアニメの制作であった。1961年（昭和36年）虫プロダクションが設立されると、手塚治虫にアニメ制作の才能を請われたアニメーターたちが虫プロに移動したり、両方の作業をするという混乱期があった。虫プロは設立に当たり、人材の大半を東映動画からの引き抜きに依存した。東映動画という先行者がなしでは、虫プロも手際よく発足し、設立から一年半の間にテレビ漫画シリーズをスタートさせることはできなかった。一時期の虫プロは、東映動画のスタジオが一部分そのままそっくり移転したかのような様相を呈した。東映動画は作画関係者だけに限らず、演出家、美術家、カラープランナー、カメラマン、プロデューサーに至るまで抱えて育んでいたため、東映動画はアニメーション業界に、人材をつぎつぎと送り込む供給源になっていった。手塚も『西遊記』『シンドバッドの冒険』『わんわん忠臣蔵』の東映動画の製作に誘われ、実際の作業の現場を経験したことにより、アニメーション制作の意を強くした。東映動画に残ったクリエーターの多くは劇場公開アニメーションの制作など、東映動画の従来のアニメ制作の方針に拘った者であった。当時、連続テレビ漫画番組は、制作に占める人件費の割合が多く、テレビ劇映画に比べて三倍の制作費がかかるといわれ、毎週テレビ放送されるアニメシリーズの制作を企画したプロダクションやテレビ局はなかった。手塚は破格の安値で明治製菓に「鉄腕アトム」のスポンサーになってもらい、低い放映権料で番組制作を請け負った。赤字分は自分の漫画の収入で補填した。手塚は「漫画は本妻、アニメは愛人」と冗談半分に言った。このしわ寄せで「鉄腕アトム」の作業者（アニメーター）は徹夜に近い作業の連続。「アニメーターは低賃金で長時間労働、好きでなければやっていられない」という産業構造を生み、手塚アニメの安値受注が業界の水準となったため、後々までアニメ業界は受注金額が低く抑えられる状態が続くことになった。また「鉄腕アトム」の例から、漫画雑誌に掲載された漫画作品を元にすれば知名度の点から人気が取れることが分かり、動画の技術としては手抜きな作品であっても視聴率が取れるとされ、東映が劇場用で目指したのとは異なる種類のマーケットが確立し、拡大していくことになった。1961年（昭和36年）秋には東映動画に労働組合が結成され、1962年10月、東映東京撮影所の敷地内に置く東映動画、東映テレビ・プロダクションなどの組合員を糾合して全東映労連が結成される。過密労働と低賃金の改善という一般的な労組の目的の他、作品本数や出来高で賃金を払う契約者と呼ばれる個人請負の労働者の待遇改善、東映本社が企画権を握り、漫画映画らしい作品の企画とその制作が制限されている状況を打開したい等の要求が増していく。1959年（昭和34年）就業人員270人。1964年（昭和39年）就業人員575人。1963年（昭和38年）頃から赤字を出し始めた。1960年代はテレビの普及に伴い、劇場用アニメーションからテレビ用アニメーションへ主流が交代していった時代であったが、この時代に『狼少年ケン』や『魔法使いサリー』『ゲゲゲの鬼太郎』『ひみつのアッコちゃん』『タイガーマスク』などを手掛け、テレビ用アニメーションの市民権獲得に貢献した。東映動画が主体的に関わった「東映まんがまつり」で育った親たちが、自分の子供たちを安心して連れて来れる「まんがまつり」に連れて行ったという評価もある。『ガリバーの宇宙旅行』が製作された1965年2月から毎週テレビ番組『狼少年ケン』『少年忍者風のフジ丸』『宇宙パトロールホッパ』の三本製作態勢に入ったため、業界関係者からは長編動画の製作は事実上終了だろうと見られた。時間も手間もかかる長編動画は群小プロには製作は不可能で、東映動画一社だけが長編動画の製作を続けていた。1965年に親会社である東映が定期採用を止めたことに倣い、東映動画も1965年を最後に正社員の定期採用を中止し、以降1991年まで26年間採用をしなかった。これに伴い、1965年から長編動画製作は、原則として正社員の作画職が従事し、テレビアニメ製作は、作業量に基づいて個人別に業務委託契約を結ぶ契約者が行うことが定められた。これはスポンサー動向からの影響を受けるテレビアニメ製作と違い、東映本社を発注元とする長編動画製作は、東映動画の経営能力を証明しなければならないという特徴を持つものだったからである。翌1966年に白川大作の提言で、夏休みのまんがまつりから、長編動画の呼び名「A作」に対して、「A作」とTVアニメの中間に位置する「B作」と呼んだ60分前後の中編『サイボーグ009』がプログラムに加えられた。これが他作品と合わせて大ヒットことで、テレビアニメや人気漫画原作の低予算映画に観客のニーズが高いと判断され、長編動画の存在意義が激しく揺らいだ。長編動画の製作がなお続けられたのは、長編動画が日本の映画文化に果たした業績も極めて大きく、長編動画を楽しみにしている子供たちもいる、長編製作の火を消してはならない、長編動画は東映の良心、という考えが大川社長にあり、大塚康生は「大川社長は脚本もよく読んでなかったんじゃないかでしょうか。『君たち、任せたよ』という感じでね。これは作り手にとって一番いいタイプの経営者であり、一番怖い経営者でもある」などと話しているが、長編動画を含めた東映動画の赤字は大川が黙認することで不問に付されていたといわれる。東映動画の外部導入は1966年（昭和41年）から始まる石ノ森章太郎とのコラボレーション『サイボーグ009』から漫画家との企画段階からの共同作業に至り、『仮面ライダー』の変身ブームや、永井豪とのコラボ『マジンガーZ』はロボットアニメの興隆を生み出した。東映アニメーションのマスコットキャラクターは、『長靴をはいた猫』・『ながぐつ三銃士』・『長靴をはいた猫 80日間世界一周』の主人公ペロである。