1960年代中盤、英語圏の国々において、サイエントロジーは論争の的となった。イギリス、ニュージーランド、南アフリカ、オーストラリア連邦ビクトリア州、カナダオンタリオ州などすべてがサイエントロジーの活動の調査を行った。1966年、ハバードは自身をセシル・ローズの生まれ変わりだと主張して、ローデシアへと移り住んだ。イアン・スミスの単独の"独立"宣言を追ってハバードは多額の金を出資することを申し出たが、"独立"は国連ばかりか国際社会の受け入れるところとならず、そればかりかスミス政府から国外退去を迫られた。1967年、L.ロン・ハバードは協会の執行役員の職を辞し、自身をサイエントロジー信者が操作する小型船隊の「海軍准将」に任命し、次の8年間を地中海を航海することで過ごした。この間に、ハバードは「海の組織」または「シー・オーグ」として知られる宗教的な秩序を、肩書きや制服とともに形成した。シー・オーグは後にハバードのサイエントロジー帝国の管理集団となった。ハバードは「海軍准将の使者たち」と呼ばれる10代の少女たちに世話された。彼女たちは様々な仕事をハバードのために行い、それにはシャワーを彼に向けること、彼に服を着せること、彼のタバコの灰を受け止めることが含まれていた。彼は不機嫌のため頻繁に叫びまわり、罪を犯したと考えた者を船の汚いチェーン・ロッカーに何日か、または何週間か目隠しをして縛り上げて閉じ込め、船から海中へ放り投げるといった厳しい罰を与えた。これらの虐待のうちいくつかは大人同様に、子供にも行われた。1967年ごろ、ラス・パルマス県にいたハバードは彼の3番目の妻、メアリー・スーに以下のような手紙を書いた。「僕はたっぷりのラム酒を飲んで、目玉の飛び出るようなLSDとかいろんな酒をやっているよ。...」 非公式のハバードの伝記によると、彼はこうも言っている「ジョン・マクマスターズが旗艦のアポロに乗っていた1960年代の終わりに、ハバード様の薬品供給を見て俺にこう言ったんだ『これは俺が見た中で一番大きな薬箱だ。ハバードは何でも持ってる！』」。この発言はゲリー・アームストロングによって、「1967年、ハバードがラス・パルマス県に、薬物で完全に衰弱して帰ってきた」と述べたバージニア・ダウンズボローを通じて、確証された。ハバードの薬物使用の報告は1967年よりも前に出ている。ハバードは1番目の妻へあてた手紙において、彼がアヘン中毒者だったことを言っている。その手紙の最後の部分で、以下のように述べてある「...本当に愛してるよ。たとえ僕が昔、アヘン中毒者だったとしても 。」1969年3月にギリシャ政府は、ハバードと200名の門弟を「好ましからざる者」と指定した。一団は3千3百トンのパナマ船アポロに乗って生活していて、ケルキラ島の港に埠頭につけていた。3月18日、地元政府は24時間の最後通牒をサイエントロジー信者に出したが、ハバードはエンジン故障による期間延長を認められた。その退去命令はアメリカ、イギリス、そしてオーストラリアの外交官による、アポロ乗船者調査への圧力の結果であった。ほとんどの乗船者はアメリカ人で、他のものはイギリス人、オーストラリア人、そして南アフリカ人であった。1977年、アメリカの東西両海岸のサイエントロジーの事務所がFBIの踏み込みを受けた。FBIはサイエントロジーが極秘で非合法な手段を用いて政府から情報を得ようとした「スノー・ホワイト作戦」の証拠を探していた。ハバードの妻、メアリー・スーと数十人のサイエントロジー上級幹部が1979年、アメリカ合衆国連邦政府に対する陰謀の罪で起訴された。ハバード自身は連邦政府の検事に「起訴されていない陰謀共謀者」として名前を挙げられていた。この時アメリカ合衆国内国歳入庁も、ハバードが何百万ドルもの脱税を協会の会計で行い、資産を秘密裏に海外へと送っていた証拠をつかんでいた。1978年、3人のフランス人サイエントロジー信者に対して起こされた訴訟で、ハバードは虚偽の誓約をした罪で有罪判決を受け、4年の懲役と3万5千フランの罰金をフランスの法廷に命じられた。裁判のときハバードは法廷におらず、法的な援助を得ずにともかく裁かれ、欠席のまま有罪判決を受けた。その裁判は後に他の罪人のうちの一人によって上訴され、その上訴のでは有罪にされた者すべては、もし彼らの嘆願書を元の判決に対して提起すれば、その罪を軽減されうることが示されていた。2審が1981年に行われ、詐欺罪は1981年11月9日に取り消されたが、それはハバード以外の2人についてのことだった。ハバード自身は何の行動もとらず、罰金が強制されることも無かった。ハバードはイギリス移民局職員とこの有罪判決について会話をすることを拒否した。この拒絶は後にイギリス・ホーム・オフィスが、「ハバードをイギリスから追放する決断」の再確認を引き起こしたと言われている。しかし1989年になって、ホーム・オフィス次官のティム・レントンは、「1980年から彼の死ぬ日まで、ハバードは普通の移民法の下、自由にイギリスに入国することができ、国外退去の処分は1980年7月に取りやめにした」ことを文章で承認した。ハバードによる自身についての説明の正確さは、1984年のサイエントロジー信者と彼の元妻による2人の子供の養育権をめぐる裁判で、試されることとなった。ロンドン高等法院 (イングランド・ウェールズ)の家事部が下した判決では、ジャスティス・レイティの次のような意見が引用された。「[サイエントロジーは]危険で、不道徳で、邪悪で腐敗しており、ハバード氏のために現金と権力を持っている。」オーストラリア連邦ビクトリア州でのサイエントロジーについての査問委員会報告書によると、ハバードはサイエントロジーを科学的であると偽り、他の信用証明物やハバードの正気は「重大に疑われる」とされた。報告書は、「ハバードの信者はその信仰を疑ってもよいとされてはいるものの、彼らはその教えが正しいと信じるように訓練されている」と結論付けた。報告書は、ハバードが放射能の治療を発見したという主張は、根拠に基づいていないことも指摘した。サイエントロジー信者の反応は「カンガルー法廷」(Kangaroo Court)という名のパンフレットに書かれた。そこで信者たちは、ビクトリア州を、「ロンドンのスラム街のクズである [...] とても原始的な共同体で、どこか未開人のようである」と描写した。「フェアゲーム(標的)」という概念が、ハバードによって「サイエントロジーまたはその信者を痛めつけようとする、抑圧的な攻撃活動」に対抗するものとして導入された。彼は以下のように定義した「ENEMY(敵) ―SP(抑圧者)の集団。「フェアゲーム(標的)」。その敵は、財産を奪われても、信者によってどんな方法でどんな規則の下で傷つけられてもよい。罠にはめられても、告訴されても、嘘を吐かれても、破壊されてもよい。」1968年7月、ハバードはこの定義をもっと穏やかな言葉遣いに改定した。「ENEMY(敵) ―抑圧者の集団。倫理担当幹部社員からも、先任衛兵伍長からも、審査官からも、評議員会からも、委員会からも情報を伝えなくてよい。拘束されても、投獄されてもよい。彼が他者を破壊または正当な実務を妨害しようとするので、規則や法によって保護されなくてもよい。どこのサイエントロジーの事務所(オーグ)からも訓練または進行または存在を認められなくてよい。」この「Fair Game(狩るべき獲物)」という表現は1968年10月に完全に取り消された。そのことに寄せてハバードはこう述べている人々を「フェアゲーム(標的)」と呼ぶ慣行は中止する。「フェアゲーム(標的)」はどんな倫理指示書にも現れないだろう。これは広報的に悪印象を与える。この方針書はSP(抑圧者)の取り扱いの方針の取り消しをもたらすものではない。 — 「『フェアゲーム』の取り消し」、1968年ハバードは後に以下のように説明しているこれらの方針(またはその事実に関する他の文書)を書くことによって「非合法または嫌がらせのような行為をする権限」を与えるような試みや意図は、自分の書いた部分においては、決してなかった。上記の「フェアゲーム(標的)」という概念が無知な人々によって誤解され、サイエントロジストに法律に違反したり、その他の良俗を乱す許可を与えるものと思われていたことが明らかになったので、これらの方針はすぐさま取り消された。 — 1976年、デービット・V・バレット『新しき信者──セクト・カルト・対抗教団の実態調査』からの引用数々のいわゆる汚い策略または非倫理的な行動に関係する事件が何年も続く間、何人かの裁判官と陪審員は、信者たちの決断や発言を通じて、1968年のハバードによる「フェアゲーム(標的)」という用語の取り消し命令を越えて、この戦術が引き続き用いられてきたと主張してきた。