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リンカーンとその同僚達は戦争中にも占領した南部州をいかに連邦に再加盟させるか、またアメリカ連合国指導者たちと解放された奴隷の運命をどう決めるかという問題があることを予測していたので、レコンストラクションは戦争中に始まっていたと言うことができる。リーが降伏した直後、ある将軍がリンカーンに敗北したアメリカ連合国国民をどう扱うかを尋ねると、リンカーンは「彼らを安心させろ」と答えた。その感覚を保つために、リンカーンはレコンストラクション政策については穏健さを貫き、ほかの問題ならリンカーンの政治的同盟者だった急進派共和党員のタデウス・スティーブンス下院議員、チャールズ・サムナー上院議員およびベンジャミン・ウェイド上院議員の反対を受けた。リンカーンは国を再統一して南部州を疎遠にしないやり方を見つけることにしていたので、戦争中も保持された寛大な条件で迅速な選挙を急がせた。1863年12月8日に出した恩赦声明ではアメリカ連合国の公職に就かず、北軍捕虜を虐待せず、忠誠の誓約書に署名した者には恩赦を与えるとしていた。南部州が制圧されると、その指導者について、またその管理体制が再編されるために重要な判断をしなければならなかった。特に重要なのはテネシー州とアーカンソー州であり、リンカーンはそれぞれアンドリュー・ジョンソンとフレデリック・スティールを軍政府長官に任命した。ルイジアナ州では、ナサニエル・バンクス将軍に、有権者の10％が同意すれば、州を連邦に再加盟させる計画を促進させるよう命令した。民主党の政敵達はこれら任命を非難の対象にし、リンカーン自身と共和党の政治的願望を確保するために軍隊を使っていると非難した。一方で、急進派共和党員はリンカーンの政策を生ぬるいと批判し、1864年には独自のウェイド・デイビス法案を成立させた。リンカーンがこの法案に拒否権を使うと、急進派はルイジアナ州、アーカンソー州およびテネシー州から選出された代議員に議席を与えることを拒否して報復した。リンカーンの行った人事は中道派と急進派を共につなぎ止めておくよう配慮されていた。故人となった最高裁判所長官ロジャー・トーニーの空席を埋めるために、奴隷解放を支持し紙幣政策を続けると考えられた急進派のサーモン・チェイスを選択した。全州には適用されなかった奴隷解放宣言の発布後、リンカーンは憲法の修正によって全国で奴隷制を違法とさせるよう連邦議会に対する圧力を強めた。リンカーンはそのような修正が「全事項に結びつけられる」と宣言した。1863年12月までに、奴隷制を絶対的に違法とする憲法修正提案が議会の審議に移された。修正の最初の試みは1864年6月15日に下院の3分の2以上を獲得できずに通過しなかった。提案した修正条項を通すことは1864年選挙で共和党すなわち統一党の綱領の一部になった。下院での長い議論の後、1865年1月13日に2回目の提案が議会を通り、批准を求めて各州議会に送られた。この批准が成立し、アメリカ合衆国憲法修正第13条は1865年12月6日に憲法に追加された。戦争が終わりに近づくと、リンカーンの南部レコンストラクション政策は流動的になった。連邦政府は数多い解放奴隷に対する責任が限られていると考えていた。元奴隷の物質的需要に対応するために考案された暫定連邦機関を設置するチャールズ・サムナー上院議員の解放奴隷局法案に署名した。この法は土地を解放奴隷が3年間賃借すれば購入権限を与えるとして、その土地を割り当てていた。リンカーンはルイジアナ州に適用した計画はレコンストラクション中のすべての州には当てはまらないと述べた。その暗殺直前には南部のレコンストラクションについて新しい計画があると述べていた。その閣僚との議論の中で、南部州に短期間軍政を布き、南部の連邦主義者の統制下に連邦に再加盟させるという計画を明かしていた。
各州を連邦に再加盟させることは国の名前を保つことだった。「合衆国」という言葉は昔から使われており、複数形("these United States")で使われることもあれば、単数形で使われることもあり、特に文法的な一貫性はなかった。南北戦争によって、19世紀末までに単数形を用いるようにさせる大きな推進力になった。近年、歴史家達はリンカーンによる共和制の価値再定義について論じてきた。1850年代にはすでに、大半の政治的修辞で合衆国憲法の神聖さをうたっていた時に、リンカーンはアメリカの政治的価値の基礎として独立宣言に目を向けさせ、共和制の「頼みの綱」と呼んだ。独立宣言があらゆる人の自由と平等を重視しているのに対し、憲法は奴隷制を容認していたので、論点を移した。1860年初期の影響が大きかったクーパー・ユニオン演説に関してディギンズが結論づけているように、「リンカーンはアメリカ人に共和主義自体の理論と宿命に豊富な提案を行う歴史の理論を提示した。」その立場は共和主義の法的な意味合いよりも道徳を基礎に置いたので強さを得た。それでもリンカーンは1861年に法治主義で戦争を正当化し（憲法は契約であり、それゆえにある者が契約を抜けようとすれば、他の全ての者の合意を必要とする）、続いて各州政府の共和政体を保証するために国の任務として正当化した。1861年3月、最初の就任演説では民主主義の性質を探索した。脱退を無政府主義だと非難し、多数決のルールはアメリカンシステムにおける憲法的拘束によって平衡を保たれるべきと説明した。「多数派は憲法上の制限と制約とによって抑制され、輿論と人々の感情の慎重な動きに従って順次に変化してゆくのでありますが、これこそ自由なる国民の唯一の真の君主（主権）であります」と言っていた。
1864年8月別荘からホワイトハウスへの馬での出勤途上、狙撃され帽子を貫通された。これを機にシークレットサービスが1865年4月15日に組織された。1865年4月14日フォード劇場で「Our American Cousin」（イギリス貴族遺産相続にアメリカ人の甥がからむ喜劇）という現代劇を妻メアリー・トッド、従者・チャールズ・フォーブスとヘンリー・ラスボーン少佐、少佐のフィアンセのクララを伴って観劇中、北軍のメリーランド州出身の俳優ジョン・ウィルクス・ブースに1.2mの至近距離から拳銃で後頭部左耳後5cmを1発撃たれた。ブースはラテン語: "Sic semper tyrannis!"（専制者は常にこのように。当時の直訳英語: "Thus always to tyrants,"はバージニア州のモットー）と叫び（"The south is avenged!" 「南部は復讐される!」と叫んだとする説もある）、ラスボーン少佐がとびかかるもナイフで腕を切られ振り払われ、ブースはバルコニーから階下にジャンプし脚を折った。狙撃時刻は午後10時13分または11時17分の2説ある。ほぼ同じ時刻に、国務長官ウィリアム・スワードやその息子の国務次官補フレデリック・スワードも自邸でルイス・パウエルに襲われ負傷したが、命を取り留めた。共謀者は、リンカーンとともにワシントンに帰還したグラント将軍のほか、多数の政府高官を同時に殺害することを計画していた。しかし、グラント将軍夫妻は当日夕方に観劇を中止しており、実行されたのはリンカーンとスワードの襲撃だけであった。ブースは、足を引きずりどうにか用意した馬に乗って逃走した。致命傷を負った大統領は通りの向かいのテラスハウス、ピーターセンハウスに運ばれた。しばらくの昏睡の後、1865年4月15日午前7時22分にリンカーンの死亡が宣告された。ブースは10日間以上の逃走の後、4月26日ギャレッツ・ファームの小屋の中で共犯デイヴィッド・ヘロルドと隠れているところを発見された。29名の警官隊に包囲されてヘロルドは投降したがブースは拒否し、放火され首の後ろを撃たれ殺された。共犯者は軍法会議によって裁判にかけられ、暗殺の罪でデイヴィッド・ヘロルド、ジョージ・アッツアーロット、ルイス・パウエル（またはルイス・ペイン）、およびメアリー・サラットの四人が絞首刑にされた。メアリー・サラットはアメリカで処刑された最初の女性だった。マイケル・オローリン、サミュエル・アーノルドおよびサミュエル・マッドの三名に終身刑が宣告された。エドマン・スパングラーは6年の懲役が宣告された。一般法廷によってその後裁判にかけられたジョン・サラットは無罪と宣告された。有罪宣告の公平性、特にメアリー・サラットに対する暗殺の共謀への関与の程度に関しては疑問が唱えられている。さらに処刑者の絞首時の写真が隠し撮りされて残されており、今日では多くの文献でそれが紹介されている。国旗に包まれたリンカーンの遺体は、無帽の北軍士官たちによって雨の中をホワイトハウスまで護送された。その間市中の教会の鐘が鳴り響いた。副大統領のアンドリュー・ジョンソンは、暗殺翌日の午前10時に就任宣誓を行い、大統領となった。リンカーンの遺体はイーストルームに安置され、その後4月19日から21日は議会議事堂ロタンダに安置された。21日にリンカーンの棺は特別列車に乗せられ、北部の各都市を回ってスプリングフィールドに向かった。リンカーンに弔意を捧げるために訪れた人は数十万人といわれた。リンカーンはケネディ大統領との共通点も注目されている。議員に選ばれた年や暗殺者の生年月日がちょうど100年の差があったり、二人とも金曜日に妻の前で暗殺されていたりなど、共通する事柄が多いとされている。共通点についての項目:リンカーン大統領とケネディ大統領の共通点
彼の死後、遺体盗掘と身代金要求未遂事件が発生した。1900年ごろにロバート・トッド・リンカーンは、遺体の盗掘を防ぐために、地下墓所の構築を決定した。リンカーンの棺は数フィートの厚さのコンクリートに囲まれ、岩スラブをすぐ下に埋めた。1901年9月26日に、新造された地下墓所に再埋葬するためにリンカーンの棺は発掘された。しかしながら、出席したロバート・リンカーンを含む23人は、遺体の盗難を心配した。彼らは遺体を点検するため棺を開くことを決定した。棺を開いたとき彼らはその光景に驚嘆した。リンカーンの遺体はほぼ完全に保存されていた。遺体は時間をかけて処理されていたため腐敗していなかった。実際、死後30年以上経過していたが、完全に認識可能だった。彼の胸には、赤、白、青のかけらを見ることができた。それは埋葬時のアメリカ国旗の残りだった。リンカーンの遺体を見た23人は、全員がすでに他界している。最後の一人は1963年2月1日に死んだフリートウッド・リンドレーだった。死ぬ3日前にリンドレーはインタビューを受け、彼は「はい、彼の顔は白墨のように白かったです。彼の服にはカビが生えていました。また、私たちはコンクリートが注がれる前に棺を支えていた革バンドのうちの1つを持つことを認められました。私はそのとき怖くありませんでしたが、次の6か月の間は眠るときにリンカーンが思い起こされました」と言った。
学者たちはリンカーンの信仰と哲学について広範な話題を記してきた。たとえば、リンカーンがしばしば宗教的なイメージや言葉を用いたのはその個人的信仰を反映したのか、あるいは聴衆に対するアピールの道具だったのか、である。彼は聖書批判の論文を記したことがあり、無宗派を生涯貫いたが、聖書には親しみ、そこから多くを引用し、内容を賞賛した。1840年代、リンカーンは「宿命論」を信じた。これは人の心は高い力によって制御されることを主張する信念だった。学者の中には1850年代にリンカーンが一般的方法における「神の摂理」を認め、福音主義の言葉やイメージをめったに使わなかったと主張する者がいる。その代わりに建国の父達の共和制をほとんど宗教的な畏敬の対象にした。また歴史家の中には息子のエドワードに死なれたとき（1850年）、神に縋る必要性をより多く認めたとする者もいる。リンカーンが年を取るにつれて、人との関わりがその信条や公の表現に影響を与えるようになったのは神の意思という観念であった可能性がある。個人レベルでは1862年2月に息子ウィリーが死んだことが答や慰めを求めて宗教に傾かせた可能性がある。ウィリーの死後、1862年夏あるいは秋に、リンカーンは神の見地から戦争の厳しさが必要である理由について個人の考えを文書に記そうとした。このとき、「神は人間の争いなしに連邦を救い、あるいは破壊できただろう。しかし争いが始まった。始まってしまえば、神はいつかはどちらかに勝利をもたらす。しかし、戦いは進んでいる」と記した。1864年4月、奴隷解放を検討する中でリンカーンは「私は事態を制御していなかったと主張するが、事態は私を制御していたと明白に白状する。今、3年間の闘争の果てに、この国の状態はどちらの側も、あるいはいかなる人も考えあるいは予測したものではない。神のみがそれを主張できる。」と記していた。なお、リンカーンは、どの宗教を信仰しているかを公表していない。自らの信仰を公表しなかったアメリカ大統領は、数人のみである。
学者達による歴代アメリカ合衆国大統領の評価では、リンカーンはトップ3に入っており、1位となることが多い。2004年の調査では歴史学と政治学の学者がリンカーンを1位に推し、法学の学者はワシントンに次いで2位とした。リンカーンが暗殺されたことで、国家の殉教者となり、神話の一部という認識を与えられた。奴隷制度廃止論者からは人の自由を推進した者と見られた。共和党員はリンカーンの名前をその党に結びつけた。南部ではリンカーンを傑出した能力の人物として見なす者が多いが、すべてではない。歴史家のバリー・シュワーツは、「リンカーンの評価が19世紀後半から進歩主義の時代（1900年-1920年代）までに緩りと大きくなっていき、アメリカ史の中で最も尊敬される英雄の一人となった。これは南部白人も同意している。その頂点は1922年であり、ワシントンD.C.のモールにリンカーン記念館が除幕されたときである」と主張している。ニューディール政策の時代に、リベラル派はリンカーンがそれほどたたき上げの者でもなく偉大な戦争を指導した大統領でもないが、疑いもなく福祉国家を支えたであろう普通の人を提唱した者として評価した。冷戦時代、リンカーンのイメージは共産主義体制に抑圧される人々にとって希望をもたらす自由の象徴を強調する方向に移っていった。近年のリンカーン研究では、その激しいナショナリズム、事業に対する支持、自由のない状態（奴隷制）の拡大を止めることに固執したこと、ジョン・ロックやエドマンド・バークの哲学に従って行動したこと、および建国の父達の原則に献身したことにより、政治的保守主義の英雄になってきた。ホイッグ党の行動家として、リンカーンは事業家の利益の代弁者であり、高関税、銀行、内国改良、および鉄道を支持し、農本民主主義に反対した。ウィリアム・C・ハリスはリンカーンの「建国の父たち、憲法、その下の法、および共和国とその制度の維持に対する敬意が保守主義を補強し、強化した」と見ている。ジェイムズ・G・ランドールは「秩序ある進展を好んだこと、危険な扇動を嫌悪したこと、および改革のこなれていない計画に対して躊躇したことに」寛容と特に中庸さを強調している。ランドールは「彼は南部の人身虐待、奴隷所有者に対する憎しみ、報復の渇望、党派的な策略、および南部の制度が外部の者によって一夜にして変換される狭量な要求の中にあるいわゆる「急進主義」のようなものを完全に避けようとしたことで保守的である」結論付けている。1960年代後半までにリベラル派は特にリンカーンの人種問題に関する見解について違った見方をするようになった。黒人歴史家のレローヌ・ベネットは、1968年にリンカーンを白人至上主義者と呼んだときに広く注目を集めた。批評家はリンカーンが民族的な中傷を用い、黒人を冷笑するジョークを話し、社会的平等に反対すると主張し、解放奴隷を別の国に送ることを提案したことに苦情を言っている。リンカーンの擁護派は、彼が大半の政治家ほど悪くはなく、政治的に可能な限り奴隷制廃止論の側で巧みに進展させた「道徳的先見家」だったと弁護している。論点は奴隷解放者としてのリンカーンから離れて、黒人が自ら奴隷制を離れた、あるいは少なくとも政府に解放への圧力をかけたものであるという議論に移ってきた。歴史家のバリー・シュワーツは、2009年にリンカーンのイメージは「20世紀において、風化し、権威が衰え、無害な冷笑の対象に」なっていると記した。一方でデイビッド・ドナルドはその1996年に表した伝記で、リンカーンはジョン・キーツが定義する消極的受容力のある性格を明らかに与えられ、不確実性と疑念の中で満足し、事実や理由付けの方向に向けられなかった」特別な指導者とされていると記述している。
多くの都市、町および郡がリンカーンにちなんで命名された。最も有名なのはネブラスカ州の州都リンカーン市である。最初に建てられた記念物は暗殺から3年後の1868年にワシントンD.C.の市役所前に建立された彫像である。ワシントンD.C.には生誕100周年を記念して計画され、1922年に完成したリンカーン記念館があり、5ドル紙幣および1セントコインに彼の肖像が採用されている。これはアメリカ合衆国で最初に人物の肖像を使った流通貨幣だった。また、サウスダコタ州のラシュモア山国立記念公園に顔を彫られている4人の大統領の一人である（他の3人はジョージ・ワシントン, トーマス・ジェファーソン, セオドア・ルーズベルト）。ケンタッキー州ホーゲンヴィルの生家、少年時代を過ごしたインディアナ州リンカーン市の記念公園、青年時代のイリノイ州ニューセイラムの記念公園、スプリングフィールドの居宅、暗殺されたフォード劇場と息を引き取ったピーターセンハウスはすべて博物館として保存されている。またスプリングフィールドにはエイブラハム・リンカーン大統領図書館博物館もある。スプリングフィールド市オークリッジ墓地の墓にはリンカーンと妻のメアリー、および4人の息子達のうちロバートを除く3人の遺骸が納められている。エイブラハム・リンカーンの誕生日2月12日は国民の祝日ではなかったが、30もの州で祝日として祝われていたことがあった。1971年にジョージ・ワシントンの誕生日と併せて大統領の日とされ、州単位に行われていた祝賀から置き換わった。1908年にはリンカーンの生誕100周年を記念してエイブラハム・リンカーン協会が結成された。2000年、連邦議会は2009年2月の生誕200周年を祝うために200周年委員会を結成した。テネシー州ハロゲートにはリンカーンを記念してリンカーン・メモリアル大学が設立された。大学内にはグラント将軍、リー将軍にちなんだグラントリーという建物がある。また、玄関にはリンカーン南北戦争博物館がある。ジョージ・ワシントン級戦略ミサイル原子力潜水艦の5番艦エイブラハム・リンカーン (USS Abraham Lincoln, SSBN-602) と、ニミッツ級航空母艦の5番艦エイブラハム・リンカーン (USS Abraham Lincoln, CVN-72) は彼にちなんで命名された。
スペイン領テキサス（スペインりょうテキサス、英: Spanish Texas）は、1690年から1821年まで存在したヌエバ・エスパーニャの1地方である。名目上スペインが、メディナ川とニュエセス川の北の土地を含み現在のテキサス州の一部である領土の所有権を主張していたが、1689年に失敗したフランス植民地サンルイ砦の残骸を発見するまでこの地域に植民しようとしていなかった。1690年、アロンソ・デ・レオンが数人のカトリックの宣教師を護衛してテキサス東部に至り、テキサスでは最初の伝道所を設立した。インディアンがスペイン人の入ってきたことに抵抗したとき、宣教師達はメキシコに戻り、その後の20年間はテキサスを放棄していた。スペインは1716年にテキサス東部に戻ってきて、幾つかの伝道所と1つの砦を建設し、スペイン領とフランス領ルイジアナの緩衝地帯を維持しようとした。その2年後に伝道所とそれに最も近いスペイン開拓地との中継点として、サンアントニオに初めての文民による開拓地が設立された。この新しい町は直ぐにリパン・アパッチ族インディアンの襲撃目標になった。この襲撃はほぼ30年間周期的に続いた後、1749年にスペインとアパッチ族が休戦協定を結んだ。この休戦協定はアパッチ族の敵部族を怒らせ、コマンチェ族、トンカワ族およびハシナイ族によるスペイン開拓地への襲撃に繋がった。インディアンからの攻撃と、副王領から遠いことで、開拓者達はテキサスに行くことを躊躇うことになり、ヌエバ・エスパーニャの中でも人口の最も希薄な地域の一つのままだった。インディアンからの攻撃の脅威は1785年まで続き、この年スペインはコマンチェ族と和平合意に達して、スペイン開拓者達にとって問題を与え続けていたリパン・アパッチ族やカランカワ族をその後に破るときにコマンチェ族が役立った。この地域に伝道所の数が増したことで、他の種族を平和的存在に変えることが進み、18世紀が終わるまでにこの地域でキリスト教に改宗していない狩猟採集型部族はほんの少数のみとなった。フランスは、フランス領ルイジアナをスペインに割譲した1762年に、正式にテキサスに対する領有権主張を放棄した。ルイジアナを獲得したことはテキサスがもはや実質的緩衝地帯ではないことを意味し、テキサスの最東端にあった開拓地は解体されて、住民はサンアントニオに移った。しかし、1799年、スペインはルイジアナをフランスに返還し、その直後にナポレオンがルイジアナをアメリカ合衆国に売却した。アメリカ合衆国大統領トーマス・ジェファーソンは、この買収にはロッキー山脈の東でリオ・グランデ川より北の土地全てを含むと主張した。これに伴う論争は1819年のアダムズ＝オニス条約で、アメリカ合衆国がサビーン川をテキサスの東境界と認める替わりに、スペインがフロリダをアメリカ合衆国に割譲することで解決された。1810年から1821年のメキシコ独立戦争の間、テキサスは多くの騒擾を経験した。マヌエル・マリア・デ・サルセド知事は1810年の反乱で転覆させられたが、看守を説得して釈放させ、反クーデターの動きを助けさせた。3年後に主にインディアンやアメリカ人によって構成された北部共和国軍が再度テキサス政府を転覆させサルセドを処刑した。スペインの反撃は残酷なものとなり、1820年までにテキサスにいるヒスパニック系市民は2,000人足らずになった。スペインは1821年にヌエバ・エスパーニャの支配を放棄せざるを得なくなり、テキサスは新しく創られた国家、メキシコの1州となり、メキシコ領テキサスと呼ばれる時代になった。スペインはテキサスに深い足跡を残した。ヨーロッパから連れてきた家畜はメスキートが内陸部まで拡がる原因となり、農夫達が土地を耕し灌漑を施したことで風景は一変した。多くの川、町および郡の名前にスペイン語が使われ、それらは現在でも使われている。スペイン風建築の概念は今でも通用している。テキサスは最終的にイギリス系アメリカ人の法体系を採用したが、家産差し押さえ免除や夫婦共有財産などスペインの法習慣の多くが残っている。
1519年にアロンソ・アルバレス・デ・ピネダがテキサスの領有権を主張していたが、この地域は17世紀後半まで大半がスペインの手を付けないものになっていた。1685年、フランスがヌエバ・エスパーニャとフロリダの間のどこかに植民地を1つ設立したことをスペインが知った。フランスの植民地はスペインの鉱山や通商路の脅威になると考え、スペイン王カルロス2世の戦略会議は「アメリカの心臓部に突き出てきたこの棘を除去するためにスペインは迅速な行動を取る必要がある。行動が遅れれば遅れるほど、行動の困難さが大きくなる」と推奨した。スペインはどこに行けばラ・サールを見つけられるか分からず、1686年に海からの1隊と陸からの2隊の遠征隊を送り植民地を突き止めようとした。これらの遠征隊はラ・サールを見つけられなかったが、リオ・グランデ川やミシシッピ川の間の地域を隈なく探した。翌年にはさらに4つの遠征隊が出て、ラ・サールを見つけられなかったが、スペインにとってメキシコ湾岸地域の地形を理解するには役立った。1688年、スペインはさらに海から2隊、陸から1隊の遠征隊を派遣した。アロンソ・デ・レオンが指揮した陸の遠征隊がフランス植民地から脱走してテキサス南部でコアウイルテカン族と住んでいたジャン・ゲリーを発見した。デ・レオンはゲリーを通訳と案内人に使って1689年4月に遂にフランスの砦を発見した。砦はカランカワ族によって破壊されていた。デ・レオンの遠征隊はトリニティ川とレッド川の間の地域に住んでいたカド族の代表とも会った。カド族はキリスト教を学ぶことに興味を示した。デ・レオンはその発見したことの報告書をメキシコシティに送り、「即座に楽観論を生み、宗教的熱心さを速めることに」なった。スペイン政府は、フランス植民地の破壊が「神の『恩恵と助け』の証し」だと確信した。デ・レオンの報告書ではリオ・グランデ川、フリオ川およびグアダルーペ川沿いに砦を建設し。テキサス東部にいるスペイン人が「テハス」と呼ぶハシナイ族インディアンの中に伝道所を設立することを推奨していた。カスティーリャのスペイン語ではこの「テハス」（Tejas）が音声的に同音である「Texas]と書かれることが多く、これが将来の州の名前になった。ヌエバ・エスパーニャの副王は伝道所の設立は承認したが、ヌエバ・エスパーニャが慢性的に資金不足になっていたことが主な理由で砦の建設というアイディアは拒否した。1690年3月26日、デ・レオンは100名の兵士と数人の宣教師と共に出発した。この集団はまずサンルイ砦に立ち寄ってそれを焼き尽くし、その後にテキサス東部に進行した。5月遅くに、テハスの聖フランシスコ伝道所がハシナイ族インディアンのナベダチェス集落近くに完成し、6月1日には最初のカトリック教会ミサが行われた。宣教師達は規則に従わない兵士達が伝道所近くに留まることを認めず、デ・レオンがその年遅くにメキシコに戻ったとき、100名いた兵士のうち僅か3名が僧侶達を支援するために残った。伝道所の指揮を執ったダミエン・マサネット神父が伝道所の北に住んでいる部族に会うために6月2日にそこを離れ、その後に14人の神父と7人の平修士の追加を要請するためにメキシコに戻った。1691年1月23日、スペインはテキサスの初代知事としてドミンゴ・テラン・デ・ロス・リオス将軍を指名した。テランは全部で7カ所の伝道所、2つはテハス族に追加し、4つはカドハドチェス族の中、1つはグアダルーペ川に近い部族に設立するのを手伝うよう命令された。テランは修道士10人と平修士3人を徴募できただけだった。その遠征隊は1691年8月に既にある伝道所に到着し、そこにいた神父達が聖フランシスコ伝道所の東5マイル (8 km) に2番目の伝道所サンティスモ・ノンブル・デ・マリアを設立していたのを知った。神父達の1人が既に死んでおり、残った2人に伝道所の運営を預けていた。インディアンは度々伝道所の牛や馬を盗み、横柄になり始めていた。食料が尽き掛けていたので、テランはそれ以上伝道所を造らないことにした。テランがその年遅くにテキサスを離れるとき、宣教師団の大半は彼と共に戻ることを選び、伝道所には3人の宗教人と9人の兵士だけが残った。この集団は天然痘も残していった。インディアンにはこの病気に対する生来の免疫力が無く、当初は洗礼水を疫病流行の原因と非難した。先住民数千人が死んだ後、生き残った者達は伝道所に対抗して蜂起した。1693年、カド族はフランシスコ会宣教師達にこの地域から立ち去らないと殺されると警告した。宣教師達は鐘を埋め伝道所を焼き払ってメキシコに戻った。スペインがテキサスに入植するという最初の試みは失敗したが、スペインにとって、テキサスの地形、川および海岸線に関する知識を増やし、政府は「インディアンの中でも最も従順な者でも」「強制と説得の組合せで」改宗させるのがやっとだと確信した。その後の20年間、スペインはサイドテキサスを無視していた。
アガヨがメキシコに戻ってから間もなく、ヌエバ・エスパーニャの新しい副王カサフエルテ侯爵フアン・デ・アクナが領土の北部の防衛のために増加した費用を切り詰めるよう命令された。アクナはペドロ・デ・リベラ・イ・ビラロン大佐を指名して北部辺境全体を調査させた。リベラは1724年11月に現在のカリフォルニア州となった所から始めて、その後の3年間を北部辺境の調査に費やし、1727年8月にサンアントニオに到着した。リベラはロス・アダエス、ヌエストラ・セニョーラ・デ・ロレタ砦、およびサンアントニオの砦については満足したが、誰もいない伝道所を25名の守備兵が守っていたデ・ロス・テハス砦については不満だった。インディアン達は伝道所周辺の社会に集まることを拒み、死に際でなければ洗礼も拒んでいた。インディアンはしっかりと武装していたので、フランシスコ会宣教師は伝道所に加わるよう強制することもできなかった。憤懣を覚えた宣教師達が遂にスペイン政府に請願して、50名の兵士達にインディアンの礼拝所を燃やさせ、伝道所近くにその家を建てさせたいと願った。しかし、軍隊は来なかった。リベラはデ・ロス・テハス砦を閉鎖し、他の砦の兵士数を減らすよう推奨した。その提案は1729年に認められ、全部で125名の兵士がテキサスから外され、わずか144名でロス・アダエス、ラ・バヒアおよびサンアントニオの砦を分け合うことになった。デ・ロス・テハス砦に依存していたテキサス東部の伝道所3カ所は1731年5月にサンアントニオ川沿いに移され、サンアントニオ地域の伝道所は5カ所に増えた。サンアントニオ伝道所には通常300人足らずのインディアンがいた。伝道所で暮らす者達の多くは他に行くところが無く、その後絶滅した小さな部族に属していた。スペインはその植民地で製造業の発展を阻止し、スペインの商人が取扱いスペインの船舶で運んできたスペインの商品の輸入に制限した。テキサスの港を含め港の大半は密貿易を止めさせることを期待して商船に対しては閉鎖した。法律によってテキサスに向かう商品全てはベラクルスに運ばれ、山越えでメキシコシティに運ばれてからテキサスに送られる必要があった。このことでテキサスの開拓者にとっては商品が大変高価なものになった。フランスのナカタシュにある砦は蓄えが豊富で、商品はそんなに遠くから運ばれてくる必要がなかったので、テキサスの開拓者達は物資の補給をフランスに頼ることが多かった。しかし、スペインの他の宣教師達や植民地人は交易できる多くの商品が無かったので、フランスの交易業者に忠誠なままであるインディアン達に提供できるものがほとんど無かった。
インディアンの部族は自由に交易を行い、間もなく多くの者がフランスの銃を手に入れ、スペインの馬を手に入れた者もいた。どちらの国にも接近できなかった部族は不利な状況に置かれた。季節によって農業を行っていたリパン・アパッチ族は、馬を持っているコマンチェ族や銃を持っているウィチタ族に圧迫されるようになった。アパッチ族はテキサス東部のテハス族の旧敵であり、テハス族と友好関係にあるスペイン人にその敵意を向けた。アパッチ族は1720年にサンアントニオを発見した後、繰り返しその地域を襲って特に馬を中心に家畜を盗んだ。アパッチ族による攻撃の結果、テキサスでは毎年平均して3人のスペイン人が死に、約100頭の家畜が奪われた。その報復のためにスペイン人はアパッチ族に何度も攻撃を掛け、馬やラバ、隠匿物やその他の略奪品を取り返し、アパッチ族を捕虜にして、家事を行う従僕に使った。しかし、1731年までにサンアントニオの守備兵はインディアンとの和平交渉を手助けしてくれるよう政府に嘆願するようになった。スペイン政府は開拓者達がその資産を守り、幾つかの砦の必要性を軽減するものと思っていた。しかしテキサスは、武装した放浪の部族、高い物価および貴金属が出なかったことのために、開拓者の大半にとって魅力のある所ではなかった。1731年、スペイン政府はカナリア諸島からサンアントニオに大半が女性と子供ばかりの55人を移住させた。当時サンアントニオにはわずか300人のヒスパニック系開拓者がおり、他に200人が植民地中に散らばっているだけだった。新しい移民は農業を始め、町の名前をサンフェルナンド・デ・ベハールと改名し、テキサスでは初の市と唯一の文民政府を設立した。開拓者の中で最長老だったフアン・レアル・ゴラスが最初の市長に指名された。市の最初の開拓者として、島民とその子孫はイダルゴ（貴族）と呼ばれた。既にいた開拓者達は島民達が新しい肩書きを持ち、市政府の中で排他的特権を持つことに不満だった。新しく到着した者達は馬の扱い方を知らず、アパッチ族に対抗して馬で戦闘するときには使えなかった。放牧に依存する古くからの開拓者とは異なり、島民達は主に農業を行っており、家畜が畑を踏み荒らした時に古くからの開拓者が塀を作ることを拒んだために多くの者が不満を抱いた。しかし、1740年初期までに民族間の結婚と経済的に密接な結びつきができたことで、内部闘争をいくらか和らげることになり、当初から居る開拓者達も市の役人や委員会メンバーとして働くことを認められた。アパッチの襲撃による脅威はサンアントニオを常に不安定な状態にしており、その地域を離れる家族がおれば、その家畜の世話をするために町の安全性を放っておくことを拒む家族もいた。この問題は1745年6月30日、その数ヶ月前にスペインの軍隊が行った作戦行動の報復として、350人のアパッチ族がサンアントニオに深夜の襲撃を掛けたことで最高潮に達した。この攻撃部隊はバレロ伝道所から100人のインディアンが応援したことで撃退できた。アパッチ族はデッドーズ族やトンカワ族など、他の部族も餌食にした。1740年代、これら弱い部族はスペインが攻撃から守ってくれることを期待して、サンガブリエル川沿いの伝道所に救いを求めた。1746年1月に、デッドーズ族、メイアイ族およびココ族インディアンに奉仕するためにサンガブリエル川とブッシー・クリークの合流点に聖フランシスコ・ザビエル伝道所が設立された。1748年だけでも、アパッチ族は4回伝道所を襲撃し、3人の兵士とインディアン住人4人を殺した。インディアン住人の多くは攻撃を恐れて伝道所から逃げ出した。それでも宣教師達を挫けさせることはなく、翌年その地域にサンイルデフォンソとヌエストラ・セニョーラ・デ・ラ・カンデラリアの2つの伝道所を追加した。それから6ヶ月以内にサンイルデフォンソで改宗する可能性のあった者全てが立ち去った。1755年までに、その伝道所はサンマルコス川の新しい場所に移された。
1749年アパッチ族酋長の1団とスペインの役人が、サンアントニオの広場に武器を埋めることで「両者の間のトラブルを象徴的に埋める」儀式があり、遂に休戦が宣言された。スペインはアパッチ族に軍事的な援助も与えることを約束した。リパン・アパッチ族は数回伝道所を求め、1777年に元サンガブリエル伝道所の全ての資産と、短期間彼等を守った守備隊をサンアントニオの北西、サンサバ川沿いのサンタクルス・サンサバ新伝道所に移した。丸太の柵で囲んだ陣地が伝道所から3マイル (5 km) の地の川の対岸に建設され、兵士達がインディアンと結託しないようにされた。この陣地には兵士に伴われて237人の女性と子供を含む400人を収容できた。アパッチ族は伝道所に寄りつかずにおり、1758年3月16日、スペインが敵部族を援助していることに怒ったコマンチェ族、トンカワ族およびハシナイ族インディアンの1隊が伝道所を略奪して火を付け、8人を殺した。サンサバ伝道所はテキサスのスペインによる伝道所の中で唯一インディアンによって完全に破壊されたものとなり、再建されることは無かった。インディアンの部隊は2,000人もいたが、砦を攻撃しようとはしなかった。スペイン政府は、そのような行動がスペインを弱く見させることを恐れ、その地域を完全に放棄することは拒んだ。スペインが報復を計画している間に、インディアンはサンサバの馬の群れを襲撃し、馬やラバを全て盗み、20名の兵士を殺害した。1759年10月、スペインはサンサバの指揮官ディエゴ・オルティス・パリーリャ大佐をレッド川北への遠征に派遣し、攻撃の借りを返そうとした。インディアンは前もって報せを受けており、パリーリャの軍隊を木柵と堀で囲まれ防御の施されたウィチタ集落に誘導し、フランスの銃を示し、フランス国旗を振った。スペイン兵52名が戦死、負傷または脱走した小戦闘の後で、スペイン軍は撤退した。サンサバ砦は石灰岩の塀と堀のあるものに置き換えられたが、コマンチェ族とその同盟部族は近くに留まっており、外に出てきた兵士を誰でも殺した。1769年までにスペインはこの砦を放棄した。1762年、宣教師達がサンサバの南ニュエセス川流域に承認を得ていない伝道所を2カ所設立した。その後数年間、アパッチ族は1年の大半を伝道所の中で暮らし、冬にはバッファローを狩りに出かけた。伝道所の1つは、アパッチ族が狩りから戻って来なかった1763年に閉鎖された。1766年1月、北方部族の400人の部隊が攻撃してきて6人のアパッチ族を殺し、25人を捕虜にし、流域にいたあらゆる家畜を連れ去ったときに、残っていた伝道所も閉鎖された。北方部族がテキサス東部に戻るときに41人のスペイン兵とその小さな大砲で待ち伏せした。スペイン兵が退却を強いられるまでに200人以上のインディアンと12人のスペイン兵が戦死した。この戦闘後、アパッチ族は伝道所に戻ることを拒み、サンアントニオ近くでの襲撃に戻った。しかし、北方部族による襲撃は減った。
ロス・アダエス近くに住んでいた500人のヒスパニック系開拓者が1773年にサンアントニオに再入植させられた。ルビによる調査から開拓者の移動までの6年間で、テキサス東部の人口は200人のヨーロッパ人から、スペイン人、フランス人、インディアンおよび数人の黒人を含み500人にまで増えていた。開拓者達はサンアントニオに移住するためにわずか5日間の準備期間しか与えられなかった。彼等の多くは3ヶ月の行程の間に死に、他の者も到着後間もなく死んだ。彼等は抗議を行った後で、翌年テキサス東部に戻ることを許されたが、ナカタシュから175マイル (282 km) のトリニティ川までとされた。アントニオ・ジル・イバルボに率いられた開拓者達は、「サンアントニオからロス・アダエスに向かう道がトリニティ川と交わる所」にヌエストラ・セニョーラ・デ・ピラール・デ・ブカレリの町を建設した。開拓者達はルイジアナからサンアントニオに向かう密輸品を運ぶことを手伝い、また兵士達が海岸を偵察するのを手伝った。1776年、カルロス3世はテキサスを含む地域を統率する新しい役職として、ヌエバ・エスパーニャ内陸部軍政府長官を創設した。最初に任命されたのはテオドロ・デ・クロワであり、1776年から1783年まで地域の知事および総司令官を務めた。クロワが職に就く準備をしているときに、前任者のリッペルダ男爵は1777年4月27日付けでテキサスの開拓地について詳細報告書を書いた。その報告書の3分の1はブカレリ集落の詳細に割かれ、そこを「無人であることと同じくらい広範に海岸に関する報告を得る手段として大きな重要性」があるものと見ていた。ブカレリの開拓者達は定期的に海岸の探検を行い、海岸沿いで外国人のいかなる兆候も報告するビダイ族との友好関係を作っていた。1777年夏、ジル・イバルボは一群のイギリス人が海から現れてネチェズ川近くに穀物を植えるだけ十分長く滞在した跡を見付けた。彼は遠征隊を率いてイギリス人を見付けようとしたが、畑は見付けたものの、開拓者は誰も見付けられなかった。1779年、コマンチェ族がブカレリ地域への襲撃を始め、そこの開拓者達は古いナコグドチェス伝道所があった東に移動することを選び、同じ名前の町を設立した。この新しい町は直ぐに密輸品の中継基地になった。開拓者達は移動する許可を得ていなかったし、1795年までは新しい町を守る軍隊も割り当てられなかった。
1776年、バヒア伝道所でインディアン達が、グアダルーペ川河口近くで難破したヨーロッパ人をカランカワ族が虐殺したと兵士達に伝えた。兵士達は、イギリスの商業用フリゲートの残骸を発見した後、カランカワ族に水夫達を攻撃しないよう警告した。この兵士達は海岸の探索を続け、外国勢力が本土からの接近が難しい防波島に容易に小さな拠点を建設し、その後にトリニティ川やサンジャシント川を遡ってテキサスの心臓部に入ってくることができる、と報告した。ラ・バヒア砦の指揮官ルイス・カソーラ大尉は、スペイン政府が防波島に小さな砦を建設し、喫水の浅い船で継続的に海岸を偵察するよう提案した。この砦は血に飢えたインディアンとイギリス人の双方に抑止する効果を狙ったものだった。スペイン政府は密貿易を恐れており、テキサス海岸に港の建設や船が航行することを認めようとはしなかった。デ・クロワは新しい植民地に不満であり、「秩序のない1つの集落、2つの砦、7つの伝道所および両性、全年齢を合わせてわずか4,000人という人口で、ロス・アダエスの放棄された砦からサンアントニオまでの広大な荒れた国を占領するというのは、...テキサス植民地という名に値せず、...その保護に伴う利害にも値しない」と不平をこぼした。デ・クロワはその地域が気に入らなかったにも拘わらず、植民地内陸の兵力を50％増強し、重い装備を全て持たず徒歩で戦うことのできる「軽部隊」を創設した。デ・クロワの統率でインディアン部族との同盟を構築し、コマンチェ族やウィチタ族と共にアパッチ族の襲撃者を排除しようと計画した。スペインがフランスやアメリカ独立推進者と同盟してアメリカ独立戦争に参入し、金や兵力がアパッチ族の掃討よりもフロリダを攻撃することに向けられたので、この計画は棚上げされた。しかし、コアウイラの兵士達がリパン・アパッチ族に対抗するためにメスカレロ族と同盟した後で、スペインはリパン・アパッチ族と休戦協定を結ぶことができた。コマンチェ族はより恥知らずにもなり、1781年にラ・バヒア砦を攻撃してきたが撃退された。1777年にイギリス人ジョージ・ゴールドがメキシコ湾岸をガルベストン湾まで調査したということを聞いたベルナルド・デ・ガルベスはフランス人技師ルイ・アントニオ・アンドリーを指名して、スペインのために同様な調査を行わせた。アンドリーは1778年3月にその調査を終え、危険なくらい食料が不足してきた後でマタゴルダ湾を離れようとした。このときにカランカワ族が援助を申し出て船から数人を誘い出し、マヤ族のトマス・デ・ラ・クルスという水夫を除いて皆殺しにした。カランカワ族は船にも火を付け、おそらくはスペインにとって初めてのテキサスからルイジアナに至る海岸の新しい詳細地図が船と共に失われた。数ヶ月後、ラ・バヒア砦に近いロザリオ伝道所に住んでいたインディアンが逃亡してカランカワ族に合流し、家畜を襲い、開拓者達に嫌がらせを始めた。知事が逃亡者の多くに特赦を発すると、その多くは伝道所に戻った。カランカワ族はスペインに対して問題を起こし続け、1785年に暫定軍政府長官ジョセフ・アントニオ・レンゲルが、カランカワ族が辺りを支配する限り、マタゴルダ湾を探検することはできないと述べた。スペインは再度その海岸線地図を作る手配を行い、1783年9月、ホセ・デ・エビアがハバナを発ってキーウェストからマタゴルダ湾までの海岸線地図を作った。エビアはその航海の間にその後援者であるガルベスに因んでガルベストン湾という名前を付けた。エビアは後に、その一部がテキサスに属することになったマタゴルダ湾からタンピコまでのヌエボ・サンタンデル海岸の地図も作った。
1770年代の大半はコマンチェ族がニューメキシコで襲撃を行っていた。1779年にニューメキシコ知事フアン・バウティスタ・デ・アンサによって広範な襲撃があって、コマンチェ族はニューメキシコを追い出され、防御力の弱いテキサスにその活動の鉾先を向けた。同じ頃、カランカワ族から受け取った銃をため込んでいたアパッチ族がテキサスの開拓地に対する襲撃を再開し、和平条約を破った。コマンチェ族は直ぐにアパッチ族に宣戦布告した。ガルベスは1785年にヌエバ・エスパーニャの副王になり、内陸植民地の支配権を取り戻した。ガルベスは、交易によってのみ得られるアルコールをインディアンに飲ませるよう奨励させ、さらに交易で手に入れる火器は粗末に作らせて、インディアンがそれを使うことに尻込みし容易に打ち破ることのできるようにせよと命令した。スペインはインディアン部族に贈り物を提供する金を持たなかったので、その戦術が実行されることはなかった。その替わりにスペインは1785年遅くにコマンチェ族と条約交渉を行った。この条約でコマンチェ族に対して毎年の贈り物を約束し、その結果としての和平はその後30年間続いた。1786年遅くまでに、テキサスの北部と西部の安全は確保され、ペドロ・ビアルと1個中隊で「サンアントニオからサンタフェまで、700マイル (1126 km) の道を安全に開発した。」コマンチェ族は新しい友人の敵と進んで戦い、間もなくカランカワ族を攻撃した。その後の数年間でコマンチェ族はその地域にいたカランカワ族の多くの者を殺し、他の者はメキシコに追い出した。1804年までにカランカワ族が本拠にしていた防波島にはほとんどインディアンが住まなくなった。1790年1月、コマンチェ族はサンアントニオの西、ソレダード・クリークでメスカレロ族とリパン・アパッチ族に対する大会戦でスペインを助けた。1,000人以上のコマンチェ族戦士が1791年と1792年のアパッチ族に対する襲撃に参加し、アパッチ族はメキシコの山間部に散らばらざるを得なかった。1796年、スペイン当局はアパッチ族とコマンチェ族が平和に共存できるように調停を始め、その後の2年間で部族間の闘争は下火になった。1791年と1792年、フライ・ホセ・フランシスコ・ガルサがカランカワ族やその他のインディアン部族と友好関係を作った。その友好関係により、ガルサはそれまで訪れるのも危険だった海岸地域の大半を探検できた。インディアン達はサンアントニオからグアダルーペ川に突き当たる所に伝道所を造るよう要請し、1793年2月にサンアントニオ湾奥のミッション湖近くにヌエストラ・セニョーラ・デル・レフジオ伝道所が開設された。当初230人以上のインディアン達がその伝道所に住んだが、2年間のうちに洪水の恐れが少ない場所に移動させられ、そこはルフジオと呼ばれることになった。18世紀が終わるまでに、テキサス内の狩猟採集型部族で洗礼を受けていない者は極少数になった。1793年、サンアントニオ・デ・バレロ伝道所が宗教色を無くされ、翌年にはサンアントニオに残っていた4つの伝道所の一部が宗教色を無くされた。
1783年の第2パリ条約でアメリカ独立戦争が終わり、アメリカ合衆国が設立された。この条約は新しい国の西側境界をミシシッピ川にまで拡げ、条約の締結から1年以内に5万人のアメリカ人開拓者がアパラチア山脈を越えた。山脈を越えて東部に戻るのは困難だったので、開拓者達はその収穫物を売る対象としてスペイン領テキサスやルイジアナの方向を見始めた。スペインは、1790年に合衆国のトーマス・ジェファーソンが戦争を始めるぞと脅したにも拘わらず、1784年から1795年までミシシッピ川河口を外国人に対して閉ざしていた。アメリカ人は逮捕される危険を冒してテキサスに入り、その多くはテキサス西部で野生のマスタング（小型の馬）を捕まえることやインディアン達と交易することを望んだ。1791年、フィリップ・ノーランがテキサスで馬の取引を求めた最初のイギリス系アメリカ人となり、スペイン境界内にいるところを何度も逮捕された。スペインはノーランがスパイであることを恐れ、1801年に150人の軍隊を派遣して、ノーランとその6人の隊を捕まえようとした。ノーランはそれに続く戦闘で殺された。1810年までに、多くのアメリカ人がテキサスのインディアン、特にコマンチェ族とその家畜と引き換えに銃や弾薬を売った。インディアンの何人かの酋長は交易を拒みアメリカ人の動きをスペイン当局に報告したが、その他のバンドは新参者を歓迎した。干魃で放牧地が少なくなり、コマンチェ族の家畜は殖えなくなった。コマンチェ族はアメリカ人の求める家畜のために、サンアントニオ周辺の襲撃に向かった。スペイン政府は人口を多くすれば安全性が保てるようになると考えたが、スペインあるいは新世界の他の植民地から植民者を惹き付けることができなかった。18世紀終盤までに、テキサスは人口密度が1平方リーグあたり2人（1平方kmあたり0.1人）に満たない、ヌエバ・エスパーニャの中でも最も人口の少ない地域だった。この人口は比較的停滞気味であり、1777年の3,103人から1790年の3,169人と僅かに成長しただけだった。人口の半数以上がスペイン人であり、入植したインディアン達が次に大きな集団だった。黒人は大半が奴隷であり、1777年の人口構成比1％足らずから1793年の調査で同2.2％と僅かなものだった。テキサスの成人のうち3分の2以上が結婚しており、独身男性の数が独身女性の数を上回っていたが、未亡人の比率も高かった。人種間結婚は極めて普通にあることであり、白人男性と混血女性の結婚が多かった。この組合せから生まれた子供は白人として遇されることが多かった。非嫡出子の数は18世紀を通じて着実に増えており、1799年には全出産数の20％に達した。しかし、テキサスの人口が少なかったにも拘わらず、スペインはテキサスへの移民を活発には奨励せず、1790年にナコグドチェスに置かれた恒久的守備隊が、外国人が地域内に入ってくるのを停めた。アメリカ合衆国からの移民は忠誠の誓いをした後でルイジアナやフロリダへの入植を認められたが、ローマ・カトリックへの改宗までは求められなかった。1799年、スペインはイタリア中部における王座を得るという約束と引き換えにフランスにルイジアナを返還した。この協定は1800年10月1日に署名されたが、1802年まで実効あるものにならなかった。翌年、ナポレオン・ボナパルトはルイジアナをアメリカ合衆国に売却した。ルイジアナ植民地に移動していたスペイン人の多くが、テキサスやフロリダなどスペインの領土に移動した。スペインとフランスの間にできた当初の協定はルイジアナ植民地の境界を明確にしておらず、文書の中の表現は曖昧で矛盾を孕んだものだった。ルイジアナとテキサス両植民地がスペインの支配下にあった時でも、境界を何処にすべきかについて意見の不一致があった。1793年、スペイン国王はフランス人から推薦されていたように境界をナカタシュからサビーン川に動かす必要はないと決めた。アメリカ合衆国は、その買収した範囲に西フロリダの大半とテキサスの全部を含むものと主張した。トーマス・ジェファーソンはルイジアナ領土が西はロッキー山脈まで、ミシシッピ川とミズーリ川およびその支流の全流域を含み、南の境界はリオ・グランデ川だと主張した。スペインは、ルイジアナ領土がナカタシュまでであり、イリノイ領土を含まないと主張した。テキサスは再び緩衝地帯と見なされたが、今回はヌエバ・エスパーニャとアメリカ合衆国との緩衝地帯だった。1804年、スペインはテキサスの人口を増やすために数千の植民者を送り込む計画を立てた（当時の人口はヒスパニック系住民で4,000人）。この計画は、政府に開拓者を移動させる金が無かったために頓挫した。テキサスを防衛する責任は内陸植民地の軍政府長官に新しく着任したネメシオ・サルセドに委ねられた。サルセドはテキサスへの移民を奨励し、トリニティ川がサンアントニオからナコグドチェスに至る道と交わる場所に、トリニダード・デ・サルセドという新しい町が設立された。短期間、サルセドはルイジアナからのスペイン臣民がテキサスに入ってくることを許した。ダニエル・ブーンを始め、スペインに帰化した少数のアメリカ人がこの時期にテキサスに入植した。しかしサルセドは「外国人は我々の目を突くカラス以外の何者でもないし、将来もならない。」と警告した。スペイン国王カルロス4世は真の国境を決定するためのデータを集めるよう命じた。その国境が設定される前に、両国共に論争のあった地域に武装した部隊の遠征を行い、スペインはテキサスに駐屯する軍隊の数を増強し始めた。1806年までにテキサスにいるスペイン兵士の数は883名と2倍になり、ナコグドチェスとその周辺に駐屯した。1806年末、地元の指揮官が一時的な協定の交渉を行い、スペインもアメリカもサビーン川とアロヨ・ホンドの間には立ち入らないことになった。この中立地帯は直ぐに無法者の天国になり、個人が境界を越えて入ってくるのをとめられなくなった。アメリカ陸軍の任務でルイジアナ買収地の中の論争のあった地域を探索しているときに、リオ・グランデ川でキャンプしていたゼブロン・パイクがスペイン人に逮捕され、ナカタシュまで送り返された。パイクの地図やノートは没収されたが、記憶していた範囲で作り直した。テキサスの土地と動物に関するパイクの生き生きした報告によって、多くのアメリカ人がこの土地の支配に憧れるようになった。