2015年（平成27年）1月7日から8日にかけて、猛烈に発達した低気圧が北海道を直撃した。これに伴う高波による土砂流出の影響で、鵡川駅 - 様似駅間が不通となっている。2016年（平成28年）9月16日現在、列車が運行されているのは苫小牧駅 - 鵡川駅間（下り8本・上り9本）のみで、鵡川駅 - 静内駅間（下り8本・上り7本）および静内駅 - 様似駅間（6往復）は代行バスが運行されている。代行バスは静内駅において系統分割されており、2016年（平成28年）8月17日以降、同駅で乗り継ぎが可能なのは下り3本・上り2本のみである。被災区間については護岸工事を要するため復旧の見込みが立たず、JR北海道は工法検討を鉄道総合技術研究所に委託し、そのコンサルティング報告に基づき、根固工の施工や消波ブロックの設置などのほか、護岸改築などの抜本的な対策が不可欠だと判断。同年4月28日に概算工事費と必要工期について2案を発表した。しかし、同年9月12日の台風17号による影響で、豊郷駅 - 清畠駅間および厚賀駅 - 大狩部駅間でさらなる路盤流出が発生したため、2016年（平成28年）1月14日に修正後の概算工事費の算定結果を発表した。2016年（平成28年）8月9日、新冠町役場で開かれた第4回沿線自治体協議会で、JR北海道は鵡川駅 - 様似駅間の復旧後の維持に向け、「単年度赤字分11億1千万円と、年間の防災・老朽対策費の5億3千万円、合わせて年間16億4千万円をJR北海道と管内7町で負担することが必要だ」との考えを示した。これを受けて、北海道知事の高橋はるみはJR北海道に対して、「維持費の詳細な内訳や積算根拠を明らかにすべきだ」との認識を示した。9月8日に開かれた第5回沿線自治体協議会では、JR北海道が年間3億円を負担し、残りの年間13億4千万円を沿線自治体が負担するように求めた。JR北海道は列車本数を減らすなどしても、維持費は年間1億3千万円しか減らせないと説明しており、「上下分離方式」を導入した場合も地元負担は同額だとされる。これを受けて、10月25日までに沿線の7町は「JR北海道が示した地元負担の要求は受け入れられない」として大筋で合意した。その後、2016年（平成28年）に発生した一連の台風被害による影響でさらに復旧費が増加し、同年11月に合計で約86億円になり、さらに運行を再開した場合の沿線自治体の負担が年間13億4,000万円に上るとの試算を発表した。同年11月7日、沿線7町は「JRから示された（上下分離方式を含む）地元負担額は極めて大きな金額であり、継続的に負担できない」として拒否することを正式に表明し、同時にJR北海道に対して「今後の日高線のあり方について鉄道事業者として責任ある回答をいただきたい」と求めた。これを受けて、JR北海道は11月9日の定例会見にて、「（日高本線の『将来像』については）直接、関係自治体の皆さんに答えを返したい」と返答した。豊郷駅 - 清畠駅間の被災現場の海岸沿いには、波による浸食を防ぐため、金網で石を包んだ高さ1メートルほどの「石かご」が約100メートルにわたり2列並べられていたが、うち1列が台風10号の影響で流失し、応急処置として80個設置されていた消波ブロックも約50個流失したため、同年11月に設置し直された。大狩部駅付近では台風による高波でコンクリート護岸が倒れ、高さ3メートルにわたり土砂がえぐられた。厚賀駅 - 大狩部駅間の被災現場は5か所ほど存在し、国道235号から最も近い現場から西には工事車両さえ入ることができず、残る4カ所は手つかずの状態となっている。むかわ町・新冠町、浦河町は全線復旧および維持を求める立場を崩さず、日高町は「被災していない線路はすぐにでも運行を再開すべきだ」と早期の部分再開を求めたのに対して、平取町は「（廃線方針には反対だが）現実的な状況を踏まえて協議していかなければならないだろう」、様似町は「限りなく全線再開は難しい状況だ」とし、えりも町では「議論の長期化はすでに限界に来ている。バス転換もやむを得ないのではないか」、「たとえ復旧しても被災すれば不通を繰り返すだけ。鉄道存続にこだわるより、住民の足をどう守るかの議論が大切ではないか」との意見も出され、将来にわたる地域交通の在り方への考え方には各町でずれが生じている。また、新ひだか町では鵡川駅 - 様似駅間の廃止は避けられないとの考えから、「同区間のバス転換による新たな交通体系の再構築」や「国道整備や高規格道路の早期延伸」に向けた住民有志の市民団体「日高の公共交通を考える有志の会」が発足している。なお、苫小牧側の日高町など一部の自治体では、一連の災害でも大きな被害が発生しなかった鵡川駅 - 日高門別駅間の部分的な運行再開を望んでいるが、日高門別駅への折り返し設備工事等にも約1億円を要するとの試算が出されている。2016年（平成28年）11月22日、日高町長は「全線復旧を求める考えに変わりはない」と前置きしながらも、「日高門別まで再開できれば隣接する平取町も不便が解消される」、「13億4千万円は巨額だが、大きな被害がなかった鵡川駅 - 日高門別駅間の部分負担なら話は違ってくる」として、JR北海道に対して「仮に日高町内まで運行再開できるのであれば、（折り返し運行に必要な設備の新設費用や赤字補填、施設維持費などの）費用はどのくらいかかるか試算してほしい」と伝え、沿線自治体の中では初めて、一定の地元負担に前向きな考えを示した。また、岩倉博文苫小牧市長は同日開かれた東胆振の1市4町（苫小牧、むかわ、厚真、安平、白老）の首長懇談会において、「（鵡川駅 - 日高門別駅間の復旧について）日高町から1市4町の首長懇談に参加したい意向が正式に示されれば、連携を視野に検討する」という考えを示した。2016年（平成28年）10月21日、沿線の7町が代替バスへの転換を前提に、鵡川駅 - 様似駅間の一部廃線を容認することで合意したことが北海道新聞で報じられたが、10月25日の苫小牧民報では7町の首長が「そのような事実はない」と否定した。2016年（平成28年）11月18日、JR北海道は厳しい経営状況を理由に10路線13区間を「自社単独で維持することが困難な路線」として発表した。日高本線は全線が『自社単独では老朽土木構造物の更新を含め「安全な鉄道サービス」を持続的に維持するための費用を確保できない線区』とされ、経費節減や運賃値上げ・利用促進策・上下分離方式への転換などを軸に沿線自治体と協議する予定であるとした。2016年（平成28年）12月15日、JR北海道は少なくとも日高門別駅 - 様似駅間の鉄道による復旧を断念し、廃止およびバス転換とする方針を固め、同年12月21日にその旨を沿線8町（むかわ町、浦河町、日高町、平取町、新冠町、新ひだか町、様似町、えりも町）に伝達した。JR北海道の島田社長は廃止およびバス転換する方針を廃止時期には言及しなかったが、JR北海道の方針が「一方的だ」などとして、同日の説明会には公務や体調不良を理由に新ひだか、浦河、様似、えりもの4町長が欠席し、担当課長らが代理で出席した。なお、前述する鵡川駅 - 日高門別駅間については「別途試算を出し、地元負担などで運行再開が可能かどうかを引き続き検討する」ともコメントしている。この復旧断念のプレスリリースを受けて、北海道知事高橋はるみは「この度のJRの方針は、極めて残念」とのコメントを発表した。2017年（平成29年）2月18日、沿線の7町が協議会において、新ひだか町からデュアル・モード・ビークル (DMV) 方式の導入を提案されたことを受けて、DMVなど代替交通機関のあり方を調査、研究する新しい組織を近く設置することを決めた。2018年（平成30年）7月31日、沿線7町の協議会で検討されていたDMV、およびその後検討されたバス・ラピッド・トランジット (BRT) 方式の導入が断念された。2018年（平成30年）11月17日、沿線の7町が臨時会議において、日高門別駅 - 様似駅間の復旧を断念することを決めたが、同年12月25日には浦河町が全区間を復旧したい意向を示した。2019年（平成31年）1月28日、新ひだか町で開かれた沿線7町の会議において、北海道庁の幹部より、JR北海道が鵡川駅 - 様似駅間を廃止・バス転換した場合、海岸保全などを目的に、被災した鉄道護岸の復旧に着手する意向であるという説明を行った。2019年（平成31年）2月27日、新ひだか町で開かれた沿線7町の会議において、JR北海道と各町が個別協議に入ることを決めた。2019年（令和元年）9月19日、平取町が鵡川駅 - 様似駅間の廃止・バス転換を容認する意向を示した。2019年（令和元年）9月24日、新ひだか町で開かれた沿線7町の臨時会議において、平取町、新冠町、新ひだか町、様似町、えりも町の5町が「鵡川駅 - 様似駅間の廃止・バス転換」、日高町が「鵡川駅 - 日高門別駅間の復旧および日高門別駅 - 様似駅間のバス転換」、浦河町が「鵡川駅 - 様似駅間の復旧」を主張した。