三島文学の金字塔、近代日本文学の傑作として評価が定着している『金閣寺』には、数多くの評論や研究分析が尽きることなく、文芸的なもの、三島の気質や人生との関係から捉えたもの、実際の放火事件と比較したもの、精神分析的な見地のもの、語りの性質、小説の構造や論理を解明したもの、など多岐にわたっている。まとまった論文で最初のものは、三島と同時代の作家・中村光夫の評論があり、三島の破滅願望やそれが不可能となった戦後社会に対する反感を看取しながら分析したものの先駆としては野口武彦や磯田光一の論がある。『金閣寺』を三島の作品の中でも「出色の作」「傑作」と評する中村光夫は、三島が自身で、本職の小説を書くときより戯曲の方が〈はるかに大胆素直に告白できる〉とし、それが〈現在の私にとつて、詩作の代用をしてゐるからであらう〉と語っていることから、三島が従来の常識とは逆に、「枠のしっかりきめられた」形式の方が、「ポエジー（詩）」＝「告白」ができることを鑑み、実際に起った事件という明確な「輪郭」の制約も、同じくその形式の役割をなすとし、『金閣寺』も「金閣寺放火事件」という「事実」（ノンフィクション）の「仮面」により、三島の「大胆素直な告白」を可能にしていると解説している。そして、この事件に「自己を含めた時代の狂気の〈象徴〉」を見出し、それを「確実に所有するために、この〈象徴〉を芸術によって再現すること」を希った三島にとって、「現代で正気を保つ方法は、その狂気を芸術的に生きて見るほかはなかった」と中村は考察し、三島が放火僧の青年に同時代人としての「連帯感」を感じ、その狂気に「挫折した英雄の行為」を見ているゆえに、主人公の「内面生活」を、自身の「内面の論理で代償することほど自然なこと」はなく、「自分の文体で彼に告白させている」ため、そこには三島自身も「なかばしか意識しない〈詩〉が生まれている」とし、この三島が試みた「偽者の告白」ともいえる「自我の社会化」は、「日本の小説の方法の上でひとつのすぐれた達成である」と解説している。佐伯彰一は、三島の諸作品に見られる「敗戦による断絶の意識」は『金閣寺』の中にも、「重要な劇的な契機」としてあり、「日本の伝統美の象徴」を放火するに至る主人公の「内的な動因」の中に、「敗戦は欠くべからざる重要な一環」としてしっかり組みこまれ、それが主人公にとって、金閣の「永続的な伝統美を一きわ魅力的なもの」とすると同時に、「やり切れぬ反撥をもかき立てずにおかぬもの」とする要因の一つになると解説している。そしてそれは、敗戦下の「頼るべきものを失った日本人」にとり、「自国の美的伝統」が、「自信回復のためのほとんど唯一の手掛り」であったと同時に、「焦ら立たしいかぎりの内的呪縛の象徴」と映った奇妙な「二重性」とも重なり、「そうした伝統に対する愛憎共存の微妙なアンビヴァレンス」を、三島は『金閣寺』において、まことに鮮やかに小説化して見せた」と佐伯は評している。伊藤勝彦は、「戦時下の非日常」と「戦後の日常性」とで、金閣の像が大きく変貌する点から三島の問題性を捉え、主人公が終戦の日に〈金閣と私との関係は絶たれた〉と実感し、〈美がそこにをり、私はこちらにゐるといふ事態〉が再現された戦後の金閣に、〈不満と焦燥を覚え〉、〈疎外された〉ことに着目しながら、戦時下における軍人たちが求めた「自我滅却の栄光の根拠」である「絶対者」への帰一が、「一つの世界の全体を象徴しうるようなもの」（「神格天皇」）という形であったことを鑑みつつ、そういった性質の「自分を超えた絶対者」「絶対の他者」という存在が、常に三島の前に厳然とあり、その「他者と自己との間の橋を見いだすこと」が、三島の「唯一の文学的課題」だったとし、「自分はこちら側におり、向うには永遠に自分を拒みつづけている世界」があり、「それから隔てられてある」ことは三島にとって耐えがたく、それゆえに、「相手をこわしてもいいから、その中に没入してゆきたいと思う」のが、『金閣寺』のテーマだと考察している。そして「完璧な全体性」はこの世で絶対不可能であり、三島にとって「神としての天皇」も、「自分がそれから拒まれているところの〈なにものか〉」であり、〈金閣寺（美）と私〉という関係は、〈天皇と私〉という関係に置き換えられると伊藤は考察し、三島の実人生を鑑みて、「三島はずっと戦時下の理念を引きずって生きてきた男であった」と述べ、以下のように論じている。天皇は私の側へ、つまり人間へと近づいてきては絶対にならないものであった。なぜなら、天皇は神であることによってのみ、ある全体を象徴することができ、私もまた、その天皇との関わりにおいて全体性に参与することができるからである。もちろん、そのような全体性がもはや再現不可能な幻影にすぎないことを彼も充分承知している。けれども、戦争中では、すべての人が死によって天皇に帰一することを願っていた、あの死の共同体ともいうべきものの中に生きることを願わずにはおれなかった。戦時下において、彼自身はそれに参加することを逸してしまったのであるから、それだけに、よけいに、あの集団的悲劇に参与することの苦痛と恍惚を大いなるものと想像せずにおれなかったのである。 — 伊藤勝彦「三島由紀夫の問題作」（『最後のロマンティーク 三島由紀夫』）田坂昂は、〈美〉が〈金閣〉、〈人生〉が〈女〉によって象徴され、主人公が「人生における異常者・異端者」の象徴となり、その構造が『仮面の告白』と相似性があることや、「〈金閣〉と〈私〉との関係」が「〈私〉の存在の根本的規定を示すメルクマール（指標）」であり、それがまた「〈世界〉と〈私〉との関係」と相関関係の中にあるという視点から『金閣寺』の論理を考察し、美の象徴である金閣が、「現実の金閣」と「心象の金閣」とに分裂するのと同様、世界も〈私〉の「内界」と「外界」に分裂し、「それらが統一的にあらわれるためには何かの契機が必要なのである」と説明しながら、「世界が滅びる日」といった「危機的状況」こそが、〈私〉から疎外感を消し去り、「現実の金閣」が「心象の金閣」と重なり、美しく光り輝く時となると論考している。そして金閣が放火される直前に、〈虚無がこの美の構造だつたのだ〉と記され、溝口が金閣の前で、米兵の女を踏んだ時の記憶を〈悪の煌めき〉と呼んでいることから田坂は、「美とは虚無であり、虚無が金閣の美の構造であり、美とはまた悪」でもあるとし、「美・悪・虚無の三位一体のうえにそれを象徴して立つ建築」が金閣であり、その「美の世界」に完全に縛られてしまえば、「完全に自閉して、現実の人生とは完全に絶たれた世界の住人」となるが、〈私〉は〈美〉に惹かれながらも、その「呪縛」を脱し、〈人生〉へ行きたいという欲求も持ち、そこに「〈私〉の金閣にたいする愛憎併存」があると解説している。また田坂は、主人公が人生（女）への〈関門〉をくぐろうとすると現れる金閣は、〈人生への渇望の虚しさ〉を知らせる告知者であり、その出現により、人生は〈塵のやうに飛び立つ〉てしまうのは、美の目から見た人生が「俗塵」にすぎず、金閣の出現の意味は、「〈美の永遠的な存在が真にわれわれの人生を拒み、生を毒する〉ものとしてあらわれること」であり、その毒は〈生そのものも、滅亡の白茶けた光りの下に露呈してしまふ〉という」構図を解説し、結びの一句〈生きようと私は思つた〉の「生」については、作中で主人公・溝口が言う〈別誂への、私特製の、未開の生がはじまるだらう〉という「掴みどころがない」生の意味を、「ほとんど人生とは無縁」に思えるとし、「〈生きる〉としても、それは生なのか死なのかわかちがたいような〈生きる〉なのである」と考察している。橋川文三は、自身が三島と同世代だという立場から、三島が「戦中戦後の青年の血腥い精神史」、「自己の精神史」を精確に「告白」する見事な語り手であり、稀な存在だという視点で考察し、戦時中に少年・青年であった者にとり戦争は、「あるやましい浄福の感情なしには思いおこせないもの」で、それは「異教的な秘宴（オルギア）の記憶、聖別された犯罪の陶酔感をともなう回想」であり、「永遠につづく休日の印象」だったと振り返り、その「倒錯した恣意の時代」では、三島が海軍工廠の寮で〈小さな孤独な美的趣味に熱中〉することも、何ら「非愛国的異端」でありえなかったとし、以下の『金閣寺』の記述を引きながら、少年たちにとり敗戦は「不吉な啓示」であり、「死の共同体」から「日常的で無意味なもう一つの死――いわば相対化された市民的な死がおとずれるまで、生活を支配する人間的な時間」が始まり、その平和は「どこか〈異常〉で明晰さを欠いていた」と当時を分析しながら、徐々に確立する平和の「底意の知れぬ支配」により、「三島の美学が権利を感じ始める」と解説している。敗戦は私にとつては、かうした絶望の体験に他ならなかつた。今も私の前には、八月十五日の焔のやうな夏の光りが見える。すべての価値が崩壊したと人は言ふが、私の内にはその逆に、永遠が目ざめ、蘇り、その権利を主張した。—三島由紀夫「金閣寺」そして橋川は、「金閣寺と主人公の共生」が断たれた敗戦の日、金閣寺は、「失われた恩寵の時間を凝縮して、永遠の呪詛のような美に化生」し、主人公は、「美の此岸にとりのこされ、もはや何ごととも共生することができない」という関係性が描かれているところは、「戦中から戦後へかけての青年の絶望と孤独の姿が、比類ない正確さで描き出されて」いるとし、以下のように解説している。金閣＝美を戦中の耽美的ナルシシズムにおきかえるならば、戦後もなお主人公を支配する金閣の幻影が、青年にとって何であったかを類推するに困難ではないであろう。そこから、金閣寺を焼かねばならないという決意の誕生もまた、戦後の三島の精神史にあらわれた「裏がえしの自殺」の決意にほかならないことも明らかになるであろう。こうして、この作品は、実際の事件に仮託しながら、三島の美に対する壮大な観念的告白を集大成したような観を呈しており、美の亡びと芸術家の誕生とを、厳密な内的法則性の支配する作品の中に、みごとに定着している。『仮面の告白』に遙かに呼応する記念碑的な作品である。 — 橋川文三「主要作品解説 金閣寺」（『現代日本文学館42 三島由紀夫』）