この伝承の背後に潜む意味を説明するために、多数の説が提出されてきた。ウィリアム・マンチェスターの『炎のみに照らされた世界』(A World Lit Only by Fire, 1992) は、笛吹き男は精神異常の小児性愛者だったと述べている。マンチェスターはこの事件が起こったのは1484年の6月20日であり、この犯罪者はハーメルンのザクセン人の村から130人の児童を誘拐し、「口に出して言うのも憚られる目的」に用いたのだと断言している。更にマンチェスターは「ある子供達は二度と姿を見せず、ある子供たちは五体バラバラにされて、森の繁みの中や木の枝から吊り下がっている所を発見された」と付け加える。しかし、マンチェスターがまことしやかに述べ立てる事件を裏付けるような資料は一切発見されておらず、彼は事実と断言するこの説に対して出典を提示していない。マンチェスターの説は、少なくともその120年以前から現れている物語のバージョンを無視している。ハーメルンの新門にあるラテン語の碑文には、この笛吹き男の正体はマグス（魔法使い）であったと刻まれている。いくつかの説では、子供たちは何らかの自然的要因により死亡したのであり、笛吹き男は死神の象徴であったとされている。死神はしばしば笛吹き男のようなまだら模様の衣装を身にまとった姿で描かれる。この説に関連付けられる類似のテーマとして、子供達の行進は中世の基本的な美術様式である死の舞踏の表現であるとの説がある。自然要因説に含まれるいくつかの説として、子供たちはヴェーザー川で溺死したとする説、土砂崩れにより死亡したとする説、流行病により病死したとする説がある。別の説として、子供達は何らかの巡礼行為か軍事行動、あるいは新規の少年十字軍運動（少年十字軍運動は1212年というこの事件のやや過去に起こっている）の一環として街から去り、二度と両親の元へ戻らなかったとする説がある。18世紀後半から20世紀前半まで広く信じられていたのは、1734年にヨーハン・クリストフ・ハーレンベルクが唱えた、1260年のゼデミューンデの戦いで壊滅したハーメルン市民軍の記憶が変形し、笛吹き男に引き連れられた130人の子供達となったとの説である。1940年にハインリッヒ・シュパヌートが執筆した『ハーメルン市史』Geschichte der Stadt Hameln では、ハーレンベルクや1741年のレーガーの解釈に基づき、この説が採用されている。これらの説では、名前のない笛吹き男は運動のリーダーか新兵徴募官であったと見なされている。最も広く支持されている説は 、子供達は東ヨーロッパの植民地で彼ら自身の村を創建するために、自らの意思で両親とハーメルン市を見捨て去ったとする説である。この時代に創建された幾つかのヨーロッパの村と都市は、ハーメルンの子供達による開拓者としての努力の結果であると考えられる。この主張は、Querhameln（ハーメルン製粉村）のような、ハーメルンと東方植民地周辺の地域それぞれに存在する、対応する地名によって裏付けられている。この説でも笛吹き男は、運動のリーダーであったと見なされている。この説のバージョンの一つは1955年にサタデー・イブニング・ポスト誌で発表された。植民説の裏付けとなるのは、ハーメルンの旧家の壁から発見された文章である。その述べるところによれば、1284年6月26日に、笛吹き男が130人の子供を街の外へ連れ去り、おそらくはその笛吹き男はモラヴィア（現在のチェコ共和国の一地方）への植民運動を組織していたオロモウツの司教ブルーノ・フォン・シャウンブルクの代理人であったという。シャウンブルク司教自身もまたボヘミア王オタカル2世の代理人として行動していた。更なる考察を加えれば、植民説は13世紀のドイツ地域はあまりにも多くの人口を抱え込んでいたため、長男のみが土地と権力のすべてを相続し、他の者は農奴となるしかなかったとの考え方に基づいている。後に黒死病がこの不均衡を破壊した。また、子供の移民が記録されていない理由の一つとしては、子供達は東ヨーロッパのバルト地方からやって来た植民請負人に売られたためであるとの説が提言されている（児童売買は当時は珍しい習慣ではなかった）。エッセイ『笛吹き男の再訪』Pied Piper Revisited において著者シェイラ・ハーティーは、東方植民地に見られる姓とハーメルンで見られる姓は類似しており、ハーメルンの街で養育できなかった私生児や孤児、その他の児童が売られたというのは納得のいく説明であると述べている。更にハーティーは、これがハーメルン町史におけるこの事件の記録の欠落への説明になるかもしれないと述べる。ヴォルフガング・ミーダーは自著『笛吹き男ハンドブック』The Pied Piper: A Handbook において、ハーメルンを含む地方の人々がトランシルヴァニアの一部への移民を支援した事を示す歴史的文書が存在すると述べている。トランシルヴァニアはモンゴルによる中央ヨーロッパ侵略を受けており、その時期は笛吹き男伝説が歴史に現れる時期と前後している。ハーメルン市の公式ウェブサイトに掲載されている笛吹き男伝説のバージョンでは、移民説の別の側面が提示されている。様々な解釈の中で、低地ドイツ地方から出発した東ヨーロッパへの移民説がもっとも説得力のある解釈である。「ハーメルンの子供たち」とは、モラヴィア、東プロイセン、ポメルン、チュートン地方への移住を募集する地主達により、移民の意思を抱いていた当時のハーメルン市民の事だったのであろう。過去の時代には、現代でもしばしば行われているように、町の住民すべてが「○○の子供達」あるいは「○○っ子」と呼ばれていたのだと推測される。やがて「子供達の集団失踪の伝説」は「ネズミ駆除の伝説」に統合された。この伝説はまず例外なく、中世の製粉所のある町の最大の脅威であったネズミの集団発生と、時には成功を収め時には失敗する職業的ネズミ駆除人について述べている — The Legend of the Pied Piper Rattenfängerstadt Hameln September 3. 2008 参照この解釈では、「子供達」とは単に移民の道を選んだハーメルンの住民のことであり、特に若年層の事を指していた訳ではないのだろうと述べられている。言語学者ユルゲン・ウドルフの研究を出典として、歴史学者のウルズラ・ザウターは移民説の根拠となる以下の仮説を述べている。「1227年にボルンホーフェトの戦いにおいてデンマーク軍を撃ち破った後」とウドルフは説明する。「スラブ民族が住んでいた南バルト海沿岸がドイツの植民地として利用可能になった」。ポメルン、ブランデンブルク、ウッカーマルク、プリクニッツの司教や公爵達は、口先の巧みな「ロカトール」、すなわち中世期における植民請負人を送り出し、新天地への移住を望んでいた人々に高収入を約束した。数千人に及ぶ若者が低地ザクセンとヴェストファーレンを後にして東に向かった。その証拠となるのは、東方植民地に見られる1ダースものヴェストファーレン由来の地名である。事実、ヴェストファーレンからポメルンに至る街道にはヒンデンブルクと呼ばれる村が5ヵ村、同じく東シュピーゲルベルクと呼ばれる村が3ヵ村あり、ハーメルン南のベフェルンゲンに由来するベルリン北西のベフェリンゲン、現代のポーランドにあるベヴェリンゲン等の地名が存在する — Ursula Sautter, "Fairy Tale Ending." Time International, April 27, 1998, p. 58. ウドルフはハーメルンの若者達が現在のポーランドまで移住したとの仮説を提示している。系図学者のディック・イーストマンは、ウドルフのハーメルン出身の姓がポーランドの電話帳にも見られるとの研究を引用する。言語学教授のユルゲン・ウドルフの述べるところでは、1284年の6月にドイツの村ハーメルンから130人の子供達が消失した。ウドルフ教授は当時のハーメルンの村で知られていた全ての姓を記録し、それと一致する外部の姓を探し始めた。どちらもベルリン北部途上にあるプリクニッツとウッカーマルクに驚くほど頻繁にハーメルンと同じ姓が現れるのを教授は見出した。彼はまた現代のポーランドの一部であるかつてのポメルン地方にも同じ姓があるのを発見した。ハーメルンから消えた子供達とは、実際のところは東ヨーロッパへの移民を募集するドイツ植民運動に利用された職の無い若者達であったのだと、ウドルフは推測する。伝説の笛吹き男などは実在しなかったのかもしれないが、教授はこうも述べる。「東方への植民者を募るためにドイツ北部を歩き回っていたロカトール(Lokator、植民請負人)なる者達がいた」。ロカトールはいずれも弁舌巧みであり、ある者は鮮やかな衣装で着飾っていた。ハーメルンからの脱出は、デンマークが東ヨーロッパの支配権を失った1227年のボルンホーフェトの戦いに関連しているのかもしれないと、ウドルフ教授は示唆している。これによりドイツ植民への道が開かれ、13世紀後半には身体壮健な若者らをブランデンブルクやポメルンに連れてこようとする組織的な試みが行われた。教授の姓名や町名の調査に従えば、この移民運動は現代のポーランド北西部にあるスタロガルト近辺まで到達した。一例を挙げれば、ハーメルン付近の村ベフェルンゲンには、ベルリン北部やプリツヴァルク付近のベゲリンゲンや、スタロガルト付近のベヴェリンゲン等の対応する地名が存在する。ポーランドの電話帳には当地で予想されるような典型的なスラヴ名ではなく、13世紀のハーメルンの村で一般的であったようなドイツ由来らしき姓が多数列記されている。事実、今日のポーランドの電話帳には、Hamel、Hamler、Hamelnikow と言った、ハーメルンに由来を持つと思われる姓が掲載されているのである — Eastman's Online Genealogy Newsletter: A Weekly Summary of Events and Topics of Interest to Online Genealogists Vol. 3 No. 6 – February 7, 1998 Ancestry Publishing — Pied Piper of Hamelin. September 5, 2008 参照