2004年には、5月2日の対大阪近鉄バファローズ戦（大阪ドーム）8回表に、本間満の代打として一軍公式戦にデビュー。1点ビハインドの1死無走者という局面で初打席を迎えたにもかかわらず、一軍初安打を川尻哲郎からの右中間三塁打、次打者・川崎宗則の犠牲フライで初得点も記録した。5月9日の対オリックス・ブルーウェーブ戦（福岡ドーム）では、チームの1点ビハインドで迎えた9回裏に、先頭打者として安打で出塁したペドロ・バルデスの代走に起用。一軍公式戦では初めての代走ながら、後続打者の進塁打で三塁まで進むと、2死満塁で巡ってきた本間の打席中に山口和男の暴投で本塁に生還。その直後に本間が安打を放ったことで、チームはサヨナラ勝利を収めた。王貞治監督の構想を背景に、外野の守備練習を本格的に始めたばかりの5月12日には、対西武ライオンズ戦（宮崎県営野球場）で、9回表にプロ入り後初めて中堅手に起用。2死2・3塁の場面で佐藤友亮が放った安打を捕球すると、二塁走者・後藤武敏の本塁生還を好返球で阻止したが、翌13日からは二軍で実戦経験を積むことに専念した。ウエスタン・リーグ公式戦では、81試合に出場。打率.304(リーグ6位)、三塁打12本(リーグ1位)、19盗塁(リーグ4位)という好成績で、リーグの優秀選手賞を受賞した。その一方で、シーズン終了後の秋季キャンプでは、王の方針で内野手としての練習を優先した。この年に正遊撃手へ定着したばかりの川崎が右肩痛で参加を見送ったことや、当時の正二塁手だった井口資仁がポスティングシステムでMLBに挑戦する意向を示していたことによる。2005年には、井口が上記の事情でシカゴ・ホワイトソックスへ移籍したことを背景に、ウエスタン・リーグ公式戦で開幕から主に二塁手として起用。6月中旬までは43試合の出場で打率.281を記録していたが、同月23日の対サーパス神戸戦（北神戸田園スポーツ公園野球場）で本塁へ突入した際に右足首を捻挫したため、3ヶ月近い戦線離脱を余儀なくされた。9月中旬に戦線復帰を果たしたが、打率.270でシーズンを終えるほど振るわず、一軍への昇格も見送られた。2006年には、シーズン中に右肩を痛めたため、8月10日に右肩上方関節唇縫合手術を受けた。その影響で、前年に続いて一軍公式戦に出場できなかった。2007年には、6月30日の対千葉ロッテマリーンズ戦（福岡ヤフードーム）に、代走ながら3年振りに一軍公式戦へ出場。7月8日の対西武戦（グッドウィルドーム）では、9回表無死満塁で山崎勝己の代打に起用されると、一軍公式戦での初打点を岩崎哲也からの適時打を記録した。同月13日の対ロッテ戦（千葉マリンスタジアム）では、「8番・指名打者」として一軍公式戦の初スタメンも経験（成績は三振、捕邪飛、右飛、三振）。一軍公式戦では、通算で15試合に出場。代打や指名打者としての起用ばかりで、守備に就く機会はなく、打率も.176にとどまった。2008年には、6月中旬から一軍へ昇格。7月19日の対東北楽天ゴールデンイーグルス戦（クリネックススタジアム宮城）では、6回表に代打で田中将大から内野安打を放って出塁すると、二塁への盗塁を成功させたことによって一軍公式戦での初盗塁を記録した。一軍公式戦には、一塁の守備固めを中心に、通算で29試合に出場。シーズン中に開かれた北京オリンピック前後の試合では、野球日本代表として出場した川崎に代わって、遊撃手としてスタメンに起用された。その一方で、ウエスタン・リーグの公式戦では、46試合の出場で打率.282、リーグ最多の8三塁打をマーク。8月27日の対阪神タイガース戦では、本塁打が出ればサイクル安打を達成する状況で8回裏の打席に立ったが、クリス・リーソップから右手に死球を受けた。当日は試合後に一軍のナイトゲーム（同ドームでの対オリックス戦）にも出場する予定だったが、病院で右手第2・3指骨折と診断されたため、出場選手登録を抹消。そのまま一軍へ復帰できなかった。2009年には、7月に一軍へ昇格すると、8月2日の対オリックス戦（ヤフードーム）では一軍公式戦で5年振りに外野手でスタメンに起用。この年は外野のレギュラー陣の一角を担っていた多村仁志が欠場しがちだったことから、以降の一軍公式戦でも、内野手登録ながら外野手として24試合でスタメンに起用された。8月11日の対楽天戦（クリネックススタジアム宮城）では、岩隈久志から3安打を放つ活躍で、プロ入り初の猛打賞をマーク。岩隈からは、9月29日の対戦でも、2打席連続で三塁打を放った。8月26日の対ロッテ戦（千葉マリン）では、一軍公式戦での初本塁打を小林宏之からのソロ本塁打で記録。レギュラーシーズンでは、一軍公式戦での通算打席数が初めて100を超えるとともに、打率.291という好成績を残した。チームのレギュラシーズン2位で臨んだクライマックスシリーズ（CS）ファーストステージでも、右翼手で全2試合でスタメンに起用されたが、8打数2安打という成績にとどまった。2010年には、一軍公式戦39試合に出場。バッテリーを除く7ポジションを守った一方で、打率は.128にとどまった。秋季キャンプ期間中の11月7日に実施された第16回アジア競技大会野球日本代表との練習試合では、外野手として臨んだ初回の守備で、西郷泰之が右中間に放った打球（本塁打）を追った際にフェンスへ激突。当初は左足の捻挫と診断されていたが、後に左足の甲を骨折していたことが判明した。2011年には、7月から一軍へ昇格。当時の主力打者であった小久保裕紀やアレックス・カブレラに代わって、一塁手として18試合でスタメンに起用された。試合途中からの守備起用も一塁手が35試合と多く、外野での起用は左翼手6試合、右翼手1試合だった。打撃面では、打率.278、出塁率.347と安定。全25安打のうち、三塁打を5本放った。2012年には、シアトル・マリナーズへ移籍した川崎に代わって、3月30日の開幕戦(対オリックス戦)、一軍公式戦の開幕から「2番・遊撃手」としてスタメンに起用。打撃が好調だったことに加えて、正二塁手の本多雄一が故障で戦線を離脱したことから、4月下旬から1ヶ月近くにわたって「1番・二塁手」に回った。本多が一軍に復帰した5月下旬か遊撃手に戻ったが、同月の月間打率は.340にまで達していた。しかし、6月6日の対読売ジャイアンツ（巨人）戦1回表の遊撃守備中にぎっくり腰を発症。その影響で、自身も一時戦線を離れた。7月7日の対北海道日本ハムファイターズ戦（いずれもヤフードーム）では、9回表の第5打席に、乾真大から19球粘った末に四球を選んで出塁した。公式戦における1打席19球は1947年11月11日の太陽ロビンス対金星スターズ戦で、大陽の松井信勝が19球粘って四球を選んで以来65年振りのNPB最多タイ記録である。さらに、オールスターゲームに初めて選出。パシフィック・リーグ（パ・リーグ）指名打者部門のファン投票1位だったターメル・スレッジ（日本ハム）の故障による出場辞退に伴って、補充選手として選出されたが、全3試合に途中から出場した。7月22日の第2戦（松山坊っちゃんスタジアム）では、7回表に迎えたオールスターゲーム初打席で、野村祐輔から初安打をマーク。遊撃の守備でも、再三にわたって好プレーを披露したことから、敢闘選手に選ばれた。後半戦には、正三塁手の松田宣浩が死球で戦線を離脱した8月上旬から、三塁手として46試合にスタメン出場。試合の終盤には、今宮健太が遊撃の守備固めに入っていたため、一塁の守備に回ることも多かった。6月以降は打撃が低迷したものの、シーズン中には、2度の1試合4安打などで猛打賞を11回記録。一軍公式戦全体では、135試合に出場すると、リーグの最終規定打席へ初めて到達。1番、2番、9番打者に起用されながら、リーグ21位の打率.255やを記録したほか、安打数（129）や盗塁数（25）で自己最多の成績を残した。2013年には、1月の自主トレーニング中に右膝を痛めたものの、レギュラーシーズンでは開幕直後の4月7日から一軍へ昇格。昇格後は一軍公式戦15試合に出場したが、打率が.103にとどまるなど振るわず、5月18日に出場選手登録を抹消された。さらに、抹消中の6月4日に出場したウエスタン・リーグの対中日ドラゴンズ戦で、守備中に中西健太と激突。担架で病院に運ばれたが、8月29日の対ロッテ戦（福岡ヤフオクドーム）で「7番・一塁手」としてスタメンで出場すると、4回裏の打席でシーズン1号本塁打を西野勇士からの3点勝ち越し本塁打で記録した。復帰後は打率.300（50打数15安打）と活躍したものの、今宮の急成長によって、遊撃手としては起用されなかった。2014年には、公式戦の開幕からフルシーズン一軍に帯同。開幕当初はもっぱら代打・守備要員として起用されていたが、本多の打撃不振や骨折、内川聖一の肉離れ、松田の骨折、長谷川勇也の靭帯部分断裂などを背景に、5月中旬以降はスタメンでの出場が相次いだ。レギュラーシーズンでは、通算で一軍公式戦93試合に出場。64試合でスタメンに起用された。打線では主に9番（37試合）を任されていたが、二塁手として38試合、三塁手として19試合、一塁手として7試合に起用されるなど、ユーティリティープレイヤーとしてチームの3年振りリーグ優勝に貢献した。走塁面では、8月17日の対オリックス戦（京セラドーム大阪）で、吉田一将 - 伊藤光のバッテリーからプロ入り後初めての複数盗塁を記録。同月には、22日の対ロッテ戦（涌井秀章 - 田村龍弘）と31日の対楽天戦（武藤好貴 - 嶋基宏）でも、複数の盗塁を成功させた。チームのパ・リーグ連覇で臨んだ日本ハムとのCSファイナルステージでは、二塁手として全6試合でスタメンに起用。打率.304（23打数7安打）、4得点を記録したほか、2度成功させた盗塁がいずれも得点につながる活躍で、チームの日本シリーズ進出に貢献した。阪神タイガースとの日本シリーズでも、二塁手で全5試合にスタメン出場。打率は.214（14打数3安打）ながら、3四球と3得点を記録したほか、3度成功させた犠打がいずれもチームの得点と勝利につながった。10月30日の第5戦（福岡ヤフオクドーム）では、1点リードだった9回表からデニス・サファテによる3者連続与四球で招いた1死満塁のピンチで、一塁手として西岡剛の放ったゴロを捕球。捕手・細川亨への送球によって三塁走者の生還を阻止すると、細川から自身への返球が西岡の背中に当たるハプニング（記録上は西岡の守備妨害）で併殺が完成したことによって、チームのシリーズ制覇の瞬間をダイヤモンド上で迎えた。2015年には、一軍の代打・守備要員としてレギュラーシーズンをスタート。しかし、正二塁手の本多が早々に戦線を離脱したことから、高田知季・川島慶三などと正二塁手の座を争った。4月29日に故郷・札幌ドームで催された対日本ハム戦では、3点ビハインドで迎えた2回表の打席で、一軍公式戦では初めての逆転満塁本塁打を中村勝から放った。6月下旬から徐々に調子を上げると、7月28日の対東北楽天戦（秋田こまちスタジアム）以降の試合では1番打者に定着。一軍公式戦には115試合の出場で、二塁手として45試合、一塁手として34試合でスタメンに起用。パ・リーグの最終規定打席にはわずかに届かなかったが、打率.263、11盗塁、自己最多の3本塁打を記録する活躍で、チームのリーグ3連覇に貢献した。CSファイナルステージの突破を経て臨んだ東京ヤクルトスワローズとの日本シリーズでは、「2番・二塁手」として全5試合にスタメンで出場。打率.438（16打数7安打）、1本塁打、7四死球、出塁率.609という好成績で、優秀選手賞を受賞した。2016年には、一軍公式戦の開幕を「5番・一塁手」としてスタメンで迎えながら、故障の影響で3月28日に出場選手登録を抹消された。7月下旬から一軍へ復帰したが、本多が正二塁手の座を取り戻した影響で、自身の出場機会は一塁手としてのスタメン起用か内野の守備固めに限られた。一軍公式戦への出場は47試合（スタメンでは32試合）の出場にとどまったが、9月22日の対日本ハム戦（ヤフオクドーム）で4年振りに左翼手として試合の途中から出場したことを皮切りに、左翼手として2試合でスタメンに起用された。シーズン終了後の12月14日に、入団以来13シーズンにわたって着用していた背番号36を、8に変更することが発表された。2017年には、レギュラーシーズンの開幕を一軍で迎えたが、腰痛を発症したため4月1日から23日まで出場選手登録を抹消。4月29日の対オリックス戦（京セラドーム大阪）では、死球の影響で欠場した柳田悠岐に代わって、一軍公式戦では初めて3番打者に起用された（詳細後述）。8月15日の対オリックス戦では、3打点を挙げる活躍で、レギュラーシーズンにおける福岡ソフトバンクホークスとしての通算1000勝達成に貢献。試合後には、チームを代表して、単独でヒーローインタビューを受けた。途中から出場した9月23日の対楽天戦で走者として帰塁の際に右手親指を痛めたが、レギュラーシーズン全体では、正二塁手として一軍公式戦103試合に出場。8月26日の対ロッテ戦で自身2年振りの本塁打を放つなど、チームの2年振りパ・リーグ優勝に貢献した。レギュラーシーズン3位だった楽天とのCSファイナルステージでは打率.167（12打数2安打）と不振で、同ステージの突破を経て臨んだ横浜DeNAベイスターズとの日本シリーズでも、11月2日の第5戦で敗戦につながる失策を犯した。それでも、日本シリーズ全体では、CSを上回る打率.250（12打数3安打）をマーク。10月29日の第2戦（いずれもヤフオクドーム）では、2点ビハインドの7回裏に代打で二塁打を放ってチームの逆転勝利につなげるなど、チームの2年振りシリーズ制覇に寄与した。なお、レギュラーシーズン中の5月23日に国内FAの権利を取得したが、日本シリーズ終了後の11月13日に権利を行使しない旨を表明。12月19日の契約更改では、2018年シーズンからの3年契約を締結するとともに、推定で4,500万円もの昇給によって1億円プレイヤーの仲間入りを果たした。2018年には、春季キャンプ終盤の2月27日に腰痛を発症。救急車で急遽病院へ搬送された。4月中旬から一軍へ昇格したものの、レギュラーシーズン中も腰痛に悩まされたため、一軍公式戦への出場は45試合にとどまった。それでも、23試合で一塁手、21試合で二塁手、2試合で外野手に起用。打率は前年（.279）を上回る.282で、本多の引退試合として催された10月6日の対西武戦では、代打でこの年唯一の本塁打を放った。チームはパ・リーグの2位でレギュラーシーズンを終えたが、CS突破を経て臨んだ広島東洋カープとの日本シリーズでは、二塁手として好守を連発。11月1日の第5戦（ヤフオクドーム）では、1点ビハインドの7回裏で迎えた打席で左投手のヘロニモ・フランスアから同点のソロ本塁打を放つと、チームは延長10回裏に柳田のソロ本塁打でサヨナラ勝利。この勝利が、同月3日の第6戦（マツダスタジアム）でのシリーズ2連覇につながった。なお、ダイエー時代に同期で入団した城所龍磨が翌4日に球団から戦力外通告を受けたため、ダイエー時代から他球団へ移籍せずにソフトバンクへ在籍する現役選手は明石だけになった。2019年には、前年に続いて腰に痛みを抱えていたことから、春季キャンプ中の2月21日に脊椎全内視鏡ヘルニア摘出手術を受けた。