2013年は、春季キャンプ中に左外腹斜筋の肉離れを起こした影響で、開幕一軍入りを逃した。しかし、イースタン・リーグでは、公式戦の開幕直後からクリーンアップに定着。4月中旬の公式戦で3試合連続本塁打を記録した。5月19日にプロ入り後初の出場選手登録を果たすと、5月20日の対オリックス・バファローズ戦（京セラドーム大阪）8回表に代走として一軍公式戦にデビュー。「日本最北の野球場（旭川スタルヒン球場）で初めて開催されたナイトゲーム」である6月2日の北海道日本ハムファイターズ戦では、「6番・三塁手」として、一軍で初めてのスタメンに起用された。この試合では、第1打席の2点適時打によって、一軍での初安打と初打点を記録。8回裏の第4打席では、この年のセントラル・リーグの新人選手では最も早く、一軍での初本塁打を放った。シーズン通算では、一軍公式戦33試合の出場で、2本塁打、5打点、打率.250を記録。三塁手として11試合、4試合で二塁手として4試合にスタメン出場した（いずれも無失策）。また、61試合に出場したイースタンリーグの公式戦では、7本塁打を放っている。2014年は、オリックスバファローズから移籍したアーロム・バルディリスや、シーズン途中に入団したユリエスキ・グリエルが、いずれも内野のレギュラーに定着。他の日本人内野手が一軍で台頭したこともあって、一軍公式戦への出場は5試合にとどまった。シーズン初の出場選手登録2日後の4月26日には、二塁手として阪神タイガース戦（横浜）に出場。9回表無死1塁で大和が投前犠打を試みた際に、一塁のベースカバーへ入った。しかし、犠打を捕球した山口俊投手が二塁に送球すると思い込んで目をそらしたため、山口から一塁への送球を捕れなかった。このプレーで一軍初失策を記録すると、内野手出身の一軍監督・中畑清から「野球の世界にないボーンヘッド」と酷評されたあげく、出場選手登録からわずか2日で登録を抹消。結局、一軍公式戦では5試合の出場にとどまった。2015年は、シーズン中盤以後、従来の正二塁手・石川雄洋に代わって、主に二塁手として一軍公式戦のスタメンに起用される機会が増えた。7月20日の対東京ヤクルトスワローズ戦（神宮球場）では、「3番・二塁手」としてスタメンに起用されると、9月10日の同カードではトニー・バーネットからソロ本塁打を放った。宮崎がこの年に一軍公式戦で放った本塁打も、バーネットが公式戦で浴びた本塁打も、この一打のみであった。一軍公式戦通算では、58試合の出場で打率.289を記録。二塁手として35試合、一塁手として3試合、三塁手として1試合でスタメンに起用された。2016年には、レギュラーシーズンの開幕当初から正二塁手の座を石川と争った後に、セ・パ交流戦からスタメン起用の機会が増加。6月14日の対日本ハム戦（札幌ドーム）からは、主に5番打者を任される一方で、8月上旬には一時7番打者としてスタメンに起用された。一軍公式戦では、レギュラーシーズンにおけるセントラル・リーグ（セ・リーグ）の最終規定打席に届かなかったものの、101試合の出場（スタメン起用83試合）で打率.291、11本塁打、36打点とプロ入り後自己最高の成績を記録。36試合で5番打者、24試合で3番打者を務めるなど、打線の中軸を担いながら、チームを球団史上初めてのクライマックスシリーズ（CS）進出に導いた。守備面では、二塁手として36試合、三塁手として27試合、一塁手として20試合でスタメンに起用されている。チームのレギュラーシーズン3位で迎えたポストシーズンでは振るわず、クライマックスシリーズ・ファイナルステージでの敗退が決まった直後には、アレックス・ラミレス監督がシーズン終了記者会見の席上「（4番打者の）筒香嘉智との勝負を余儀なくされるほど（相手投手に警戒される力量）の打者を5番に据える必要がある」というコメントを残した。2017年には、一軍公式戦の開幕から5番打者として打率3割を記録していたが、4月中旬に脇腹を痛めて一時戦線を離脱した。5月3日の対巨人戦（東京ドーム）から一軍に復帰すると、6月11日の対埼玉西武ライオンズ戦（メットライフドーム）で規定打席に到達するとともに、打率（.327）でセ・リーグの2位に急浮上。6月15日の対千葉ロッテマリーンズ戦で唐川侑己から一軍公式戦初の満塁本塁打、7月5日の対阪神戦で一軍公式戦初の1試合5安打を記録するなどの活躍を背景に、オールスターゲームにもセ・リーグの監督推薦選手として初出場を果たした。8月22日の対広島戦（いずれも横浜）では、3点ビハインドで迎えた9回裏無死1塁から3番打者の筒香による2点本塁打、4番打者のホセ・ロペスによる同点ソロ本塁打に続いてソロ本塁打を記録。2年連続の一軍公式戦レギュラーシーズン2桁本塁打を達成するとともに、チームをサヨナラ勝利、8回表からの登板で2イニングを無失点に抑えていた新人投手・尾仲祐哉を一軍公式戦初勝利へ導いた。DeNAで3人以上の打者が一軍公式戦で連続本塁打を放った事例は（前身球団を含めて）12年振り10度目だが、NPBのチームが3者連続本塁打によって逆転サヨナラ勝利を収めた事例は、パシフィック・リーグを含めても一軍公式戦史上初だった。なお、横浜スタジアムでは、9月6日の対ヤクルト戦でも延長11回裏に先頭打者として松岡健一からサヨナラ本塁打を放っている。さらに、シーズンの中盤から打率でセ・リーグの首位に立つと、最終打率.323で首位打者のタイトルを初めて獲得した。「首位打者&盗塁ゼロ」は2001年の福浦和也、2012年の阿部慎之助に続いて史上3人目の珍記録であった。チームの2年連続レギュラーシーズン3位で臨んだCSでは、阪神とのファーストステージ突破を経て、広島とのファイナルステージ全5試合で打率.368、2本塁打をマーク。チームを19年振りの日本シリーズ進出へ導いた。福岡ソフトバンクホークスとの日本シリーズでも、全6試合で打率.400、2本塁打と好調を維持したが、チームは2勝3敗で迎えた第6戦に延長11回サヨナラ負け。それでも、シリーズの終了後には、セ・リーグの三塁手部門でベストナイン受賞した。2018年には、レギュラーシーズンの開幕戦から、主に「5番・三塁手」として活躍。オールスターゲームでは、前年に続いてセ・リーグの三塁手部門ファン投票1位で出場すると、第2戦で同ゲーム初安打を菊池雄星からの本塁打で記録した。8月17日の対広島戦では、3点ビハインドで迎えた8回裏に、4番打者・筒香の満塁本塁打に続いてソロ本塁打。6番打者のネフタリ・ソトもソロ本塁打を放ったため、横浜スタジアムでの同カードにおける3者連続本塁打記録に2年連続で名を連ねた。一軍公式戦全体では、全143試合中1試合に欠場しただけで、チームトップの打率.318、自己最多の71打点、自己最多にしてチーム3位の28本塁打という好記録をマーク。前年からのベストナインに加えて、ゴールデングラブ賞もセ・リーグの三塁手部門で初めて獲得した。シーズン終了後の契約更改では、前年から倍増の年俸（推定1億6,000万円）を球団から提示された末に、1億円プレーヤーの仲間入りを果たした。2019年には、レギュラーシーズンの開幕から打撃が振るわず、4月終了の時点で打率.165、得点圏打率.048、4打点と低迷。それでも、ラミレスの方針で正三塁手としての起用が続いたところ、5月には月間打率.367、5本塁打を放つほどにまで復調した。以降も打線の中軸を担っていたが、8月7日の対広島戦（マツダ）6回表の打席でファウルを放った際に左手を痛めたため、翌8日付で出場選手登録を抹消。同月9日に、左手の有鉤骨を摘出する手術を受けた。手術の当初はシーズン中の実戦復帰が困難と見られていたが、実際には9月12日の対巨人戦（横浜）から一軍に復帰した。