ホーンズビー自身のツアーバンドメンバーは1998年から2000年にかけて大きく入れ替わった。中でも、長年ホーンズビーバンドのドラマーとして活動してきたジョン・モロが、フィル・レッシュのバンドフィル・レッシュ・アンド・フレンズに加入し、ホーンズビーとの活動を終了したことが大きい。この頃はライブに関して革新的な発展を遂げた時期であり、自身のバンドを率いてカリフォルニア州オークランドのジャズクラブで連続20公演を開催した。ホーンズビーと彼のバンドは「完全に自然発生的な調子で曲という曲を演じて回ることが可能」であったのである。この時点から現在に至るまで、ホーンズビーは公演前にセットリストを用意することすらしなくなり、代わりに聴衆からのリクエストによって演奏曲を選ぶというスタイルになっている。ホーンズビーはそれまでと違ったタイプのサウンドを試そうとして、ギターのスティーヴ・キモックや、強いエフェクトが特徴の木管楽器奏者ボビー・リードといったミュージシャンたちとの共演につながり、これが現在のバンドブルース・ホーンズビー・アンド・ザ・ノイズメイカーズ (Bruce Hornsby & the Noise Makers) を形成することになった。2000年、これらのライブからとられた演奏を、ライブアルバム『ヒア・カム・ザ・ノイズメイカーズ〜ライヴ・ベスト』としてまとめ、またさらにこの新たなバンドと共に長期間のツアーにも出た。ザ・ノイズメイカーズのメンバーは、キーボード・オルガンのジョン・“J・T”・トーマス (John "J. T." Thomas)、サクソフォン・木管楽器・フルートのボビー・リード、ベースのJ・V・コリアー、ギター・マンドリンのダグ・デリーベリー (Doug Derryberry) と、数人の前任者から引き継いで正ドラマーになったサニー・エモリーである。『ヒア・カム・ザ・ノイズメイカーズ』はホーンズビーのコンサートの雰囲気をよくとらえているというだけでなく、彼の力強い気質やそれまで追い求めてきた真に多様なスタイルを反映し、ライブパフォーマンスがあたかも完全な音楽的瞬間を求める旅のようになっている。このアルバムは、ジャムバンドのやり方の中にロック、ジャズ、クラシックを含んだスタイルを作り上げるというホーンズビーの強い意志が表れている。本作では、フルバンドという構成の中、完全に自然発生的な即興演奏や、ホーンズビーのソロによって元の曲が何なのか分からないほどにまでアレンジが加わっているのが見て取れる。また、ジョージ・ガーシュウィン、サミュエル・バーバー、ビル・エヴァンス、バド・パウエルそしてボブ・ディランといった、ホーンズビーが影響を受けているアーティストの曲のカヴァーも収録されている。そして、デッドの「レディ・ウィズ・ア・ファン」("Lady with a Fan") や「ブラック・マディ・リバー」("Black Muddy River") といった曲も演奏し、その影響を直接的に認めているほか、デッドの「ワーフ・ラット」("Wharf Rat") から「そのまま出てきたかのような」アレンジの「ザ・ヴァレー・ロード」も演奏している。ホーンズビーの次のスタジオアルバムは、2002年の『ビッグ・スウィング・フェイス』であった。これはホーンズビーのキャリアの中でも最も実験的な作品であり、彼のアルバムの中で唯一、まったくピアノを弾いていない。ポストエレクトロニカのビートやドラムループ、Pro Toolsによる編集、密度の濃いシンセサイザーのアレンジが中心である。本作はまた、「意識の流れ的な言葉遊び」を用いた、それまでの作品よりもエキセントリックかつユーモラスな歌詞を用いている。それまでのホーンズビーらしさが見えるのは「カートゥーンズ&キャンディ」("Cartoons & Candy") でのフュージョンジャムや、スティーヴ・キモックの長いギターソロにジャムバンドの影響が見られる「ザ・チル」("The Chill") 程度であり、逆に1曲目の「スティックス&ストーンズ」("Sticks and Stones") ではレディオヘッドの「エヴリシング・イン・ イッツ・ライト・プレイス」("Everything in its right place") にオマージュを捧げたりもしている。『ビッグ・スウィング・フェイス』は「新しい、進歩したブルース・ホーンズビー」という賞賛から、「誰か他の人物が歌っているようだ」「2002年の変なレコードナンバーワン」という批判まで、毀誉褒貶さまざまであった。RCAの宣伝が不足していたこともあってセールスは芳しくなく、結果的に本作が同レーベルにおける最後の作品となった。2004年、ホーンズビーは19年在籍したRCAレコードを離れ、さらにアコースティックでピアノを中心に置いたアルバム『ハルシオン・デイズ』をコロムビア・レコードから発表し、批評家から「純粋なホーンズビー」と評価された。ゲストにスティング、エルトン・ジョン、エリック・クラプトンを迎え、「ゴナ・ビー・サム・チェンジズ・メイド」("Gonna Be Some Changes Made")、「キャンディー・マウンテン・ラン」("Candy Mountain Run")、「ドリームランド」("Dreamland") そして「サーカス・オン・ザ・ムーン」("Circus On The Moon") といった、ホーンズビーの即興演奏やノイズメイカーズのライブサウンドの多様性を示した収録曲は、すぐにコンサートでの定番となった。一方で、ホーンズビーのソロピアノによる曲「ホワット・ザ・ヘル・ハップンド」("What The Hell Happened To Me")、「フーレイ・フォー・トム」("Hooray For Tom")、「エアー・ゴードン」("Heir Gordon") は「ランディ・ニューマンの作品のよう」とも評された。本作は『ビッグ・スウィング・フェイス』に比べればさほどリスクを冒した作品ではなかったが、「（ホーンズビーの）彼らしい曲と冒険的な面の絶妙なバランス」と評価された。本作発表後の、ノイズメイカーズとのツアーおよびホーンズビー自身のソロツアーでは、歌手・演奏家として成長すること、ピアノという楽器の可能性をあらゆるジャンルで広げることへの欲求を見せた。この時期には、デジタルリマスターしたライブ録音をCDのボックス・セットやウェブサイトからのダウンロードによって提供することも始めた。サイト「Bruce Hornsby Live」では、2002年より一部のライブ音源がダウンロードできるようになっている。2006年7月、CD4枚組にDVDを加えたボックス・セット『インターセクションズ』を発売。内容は「Top 90 Time」「Solo Piano, Tribute Records, Country-Bluegrass, Movie Scores」「By Request (Favorites and Best Songs)」の3パートに分かれており、収録曲の3分の1は未発表の音源、その他も大部分がシングルのB面曲や他アーティストとの共演作、映画サウンドトラックの曲である。この中で特筆すべきものとして、サックス奏者オーネット・コールマンとのデュエット、ロジャー・ウォーターズと共演したピンク・フロイドの「コンフォタブリー・ナム」がある。このボックス・セットはまた、ホーンズビーの自作曲を再アレンジする能力の高さ、とりわけライブ時のそれがよくわかるものでもあり、例えば「ザ・ヴァレー・ロード」は、ブルージーなファンク調のノイズメイカーズ・ライブバージョン、ニッティ・グリッティ・ダート・バンドによるグラミー賞を受賞したブルーグラスバージョン、そして緩い感じながらもグルーヴのあるブギのグレイトフル・デッドバージョンと、3つの異なるバージョンが収録されている。このほか、2007年のグラミー賞最優秀ポップインストゥルメンタル賞にノミネートされた曲「ソングH」("Song H") も収録されている。2006年のソロピアノツアーのチケット購入者には、もれなくこのボックス・セットが配られた。批評家は、ホーンズビーの異なるジャンルをまとめあげる力や、彼自身の楽曲を違った形で再構成しようとする熱意が、多くの人にとって「未だかつて聞いたことがない」であろうタイプの音楽、さもなくば「他に誰も作らないようなタイプの音楽」を作り出していると分析している。最近のコンサートでは、クラシック曲を演奏する試みも始めている。2007年のミズーリ州セントルイスでのコンサートでは、「ザ・ウェイ・イット・イズ」の中にヨハン・ゼバスティアン・バッハのゴルトベルク変奏曲をドラムの伴奏付きで盛り込むという一幕もあった。同じツアーでは、他の公演で「ゴナ・ビー・サム・チェンジズ・メイド」のイントロのドラムにかぶせる形で、ゴルトベルク変奏曲を5曲連続で演奏した。