ジャクソンはロングストリートが北バージニア軍の残りを連れて到着するまでポープ軍を引き付けておくために、ブローナー農園で戦闘を始めた。ロングストリート軍25,000名は8月29日の午前6時にサラフェアギャップからの行軍を開始した。ジャクソンはスチュアートを派遣して、ロングストリート軍の最初の部隊を誘導し、ジャクソンが予め選んでおいた陣地に就かせるようにした。ジャクソンは到着を待つ間に、ポープ軍がその朝に攻撃してきた場合の防御陣を再配置させ、ストーニーリッジの南に3,000ヤード (2,700 m)の長さにわたって20,000名の配置を終えた。北軍シーゲルの第1軍団がマナサス・サドリー道路に沿って展開しているのに気付き、A・P・ヒルの旅団には左翼のサドリー教会近くの鉄道路盤の背後に就くように命じた。ヒルはその陣地が地形的に弱い（深い森のために大砲の効果的な配置が難しかった）ことに気付き、所属する旅団、マクしー・グレッグ准将のサウスカロライナ旅団とエドワード・L・トーマス准将のジョージア旅団を前に2列に配置した。ジャクソンはその戦列の中央で、イーウェル師団の2個旅団（イーウェルが足を切断したので、アレクサンダー・ロートン准将が指揮を執っていた）を置き、右翼にはウィリアム・B・タリアフェーロ准将、そのときはウィリアム・E・スターク准将の指揮する師団を置いた。ポープの作戦はジャクソン軍の両翼に対して動くことだった。フィッツ・ジョン・ポーターにはゲインズビルに向かって動き、南軍の右翼と考えられるものに攻撃する司令を出した。シーゲルには夜明けと共にジャクソンの左翼を攻めるように命令した。シーゲルは、ジャクソンが再配置したことを知らず、ロバート・C・シェンクの師団を広く展開させて前進させ、ジョン・F・レイノルズ准将の師団（ハインツェルマンの第3軍団）を左翼に、ロバート・H・ミルロイ准将の独立旅団を中央に、カール・シュルツ准将の師団を右翼に配置して支援させた。シュルツの2個旅団がマナサス・サドリー道路を北へ動き、午前7時頃に初めてジャクソンの部隊に遭遇した。シーゲルのA・P・ヒル師団に対する攻撃はその日のストーニーリッジ近くでの全ての戦闘に共通するやり方で行われた。未完成の鉄道路盤は幾つかの場所で自然の防御陣地になっていたが、概して南軍は固定的な防御は避け、北軍の攻撃を吸収しては続いて活発な反撃を行った（これはジャクソンが数週間後のアンティータムの戦いで採った戦術と同じだった）。シュルツの2個旅団（アレクサンダー・シンメルフェニング准将とヴラジミエシュ・クルチザノーフスキー大佐の指揮）がグレッグとトーマスの部隊と激しく衝突し、両軍共にバラバラな戦い方となった。ミルロイが自隊の右手で起こった戦闘の音を聞き、その2個連隊にシュルツ軍の支援を行うよう命じた。彼らは幾らかは成功し、第82オハイオ連隊がダンプと呼ばれる窪地で南軍の前線を突破したが、結局は撃退された。シェンクとレイノルズは激しい砲火を浴びて、大砲で反撃したが、歩兵は前に進めなかった。シュルツは第3軍団カーニーの師団が自隊の支援準備をしていると考え、午前10時頃に再度ヒル軍への攻撃を命じた。しかし、カーニーの部隊は前進せず、2回目の攻撃は失敗した。歴史家達はカーニーのこの日の行動を責めて、カーニーがシーゲルに対して抱いていた個人的な悪意の性としている。午後1時までに、シーゲルの部隊はジョセフ・フッカー少将の師団（第3軍団）とアイザック・スティーブンス准将の旅団（第9軍団）の増援を受けた。ポープも戦場に到着しその勝利の最高の場を見られるものと期待していた。しかし、この時までにロングストリートの最初の部隊がジャクソンの右翼に配置された。ジョン・ベル・フッド准将の師団がターンパイクを跨いでジャクソンの右翼に大まかに連接することになった。フッド隊の右にはジェイムズ・L・ケンパー准将とデイビッド・R・"ニーバー"・ジョーンズ准将の各師団が就いた。カドマス・M・ウィルコックス准将の師団が最後に到着し、予備隊とされた。スチュアートの騎兵隊はマナサス・ゲインズビル道路を移動中のポーター、ハッチおよびマクドウェルの部隊と遭遇し、短時間の銃撃戦で北軍の動きを止めた。このとき、ポーターとマクドウェルに伝言を持った伝令が到着し、「連合命令」と呼ばれることになるポープからの議論の多い命令書を渡した。歴史家のジョン・J・ヘネシーは、この命令を「何十年もの論争の焦点となった矛盾と錯乱の傑作」と表現した。それには既に進行中だったジャクソン軍左翼への攻撃が書かれていたが、ポーターとマクドウェルが何をすべきかが不明だった。ゲインズビル「に」移動しジャクソン軍の無防備と考えられる右翼を攻撃する代わりに、ゲインズビル「へ向かって」動き、（他の師団との）通信が確立され次第、全軍が停止すべきこと。今夜ブルラン川の背後にあるセンタービルまで後退する必要があるかもしれない」と書かれていた。この命令書の何処にも、ポープはポーターとマクドウェルに明白に攻撃を指示していないし、さらに「この命令から逸脱することで、もしかなりの利点が得られるならば、厳密に従わなくともよい」という言葉で締め括られており、軍事命令としては事実上使いようの無いものになっていた。一方、スチュアートの配下でトマス・ロッサー大佐の騎兵隊が、木の枝を1個連隊の馬で引き摺ることで、大部隊の兵士が行軍中に挙げる砂塵に似せ、北軍の将軍達を欺いた。この時、マクドウェルは騎兵隊指揮官ジョン・ビュフォード准将から報告書を受け取っており、17個歩兵連隊、1個砲兵大隊および500騎の騎兵が、午前8時15分にゲインズビルを通過したというものだった。これはサラフェアギャップから移動するロングストリートの部隊であり、2人の北軍将軍にこの先困難さが待ち受けていると警告した。北軍の前進が再び止まった。何らかの理由でマクドウェルはこの報告書をポープに回送することを怠り、ポープに渡ったのは午後7時頃となって、総軍指揮官は2つの甚だしく誤った認識の下に動いていた。つまりロングストリートは戦場から離れたところにおり、ポーターとマクドウェルはジャクソンの右翼攻撃に向かっているという認識だった。ロングストリートの部隊が最終配置に就くと、リー将軍は北軍左翼に対する攻勢を命じた（ロングストリートは後に、リーが実行できればできるだけ速やかに戦わせたいと考えていたが命令はしなかったことを思い出した）。しかし、ロングストリートは北軍レイノルズとシェンクの師団が自軍の前線の半分を包み込むようにウォーレントン・ターンパイクの南に拡がっているのを目にして、この時攻撃を掛けることに反対を表明した。リーは、J・E・B・スチュアートがゲインズビル・マナサス道路の部隊は（ポーターとマクドウェル軍）は手強いと報告した時に、最終的に折れた。ポープは、彼が命令したと思っていた通りにジャクソン軍右翼に対する攻撃が進んでいると思っており、ポーターが最後の痛撃を与えるまで南軍の注意をそらせる意図で、ジャクソン軍正面に4度の別々の攻撃を承認した。キュビエ・グロバー准将の旅団がカーニー師団の支援があることを期待しながら、午後3時ころに攻撃した。グロバーは幸運にもトーマスとグレッグの部隊の間に開いた隙間を偶然に衝くことができた。その猛烈な銃剣攻撃は一時的に成功したが、カーニーは今回も命令されたように前進せず、ポープは主攻撃を支援する意図が無かった。ドーシー・ペンダー准将の旅団が痛撃を加えて撃退した。レイノルズはターンパイクの南で妨害攻撃を行うよう命令されており、ロングストリート部隊に出逢い、その示威行動を中止することになった。ポープはレイノルズの心配を誤った認識として片付け、ジャクソン軍の側面攻撃に備えていたポーターの第5軍団に分け入っただけだと主張した。ジェシー・レノは第9軍団のジェイムズ・ネイグル大佐の旅団に、再度ジャクソン軍前線の中央を攻撃するよう命じた。このときは、アイザック・R・トリンブルの旅団が鉄道の盛り土から後退させられたが、南軍の反撃で前線を回復し、さらに北軍の砲兵隊がその前進を止めるまでネイグルの部隊を開けた戦場まで押し返した。午後4時半、ポープは最終的にポーターに明白な攻撃命令を送ったが、ポープの副官（かつその甥）は道を誤り、午後6時半まで伝言を届けられなかった。いずれにしても、ポーターはその時、その日早くに居た場所よりも攻撃に適した位置にはいなかった。しかし、ポープは襲ってくることのない攻撃を予測して、カーニーにジャクソン軍の最左翼を攻撃するよう命じ、前線の両端に強い圧力を掛けようとした。午後5時、この戦闘では初めて、カーニーの激しい攻撃的性格が現実に出てきて、10個連隊を使って押し寄せ、A・P・ヒルの消耗した師団を襲った。この日の最も激しい戦闘の中で、ローレンス・オブライアン・ブランチとジュバル・アーリー各准将の旅団による反撃で、北軍の前進は撃退された。南軍の右翼では、ロングストリートがその前線から距離を置いたマクドウェル軍の動きを観察していた。第1軍団はレイノルズを支援するためにヘンリー・ハウス・ヒルに師団を師団を動かした。この報告を受けたリーはその地域で攻勢に出る作戦を復活させた。ロングストリートは再度その作戦に反対を表明したが、このときは薄暮前の不適切な時間帯が理由だった。ロングストリートはその代わりに、敵軍の配置を探り、翌朝の攻撃に備えるために、威力偵察を提案した。リーは同意し、フッドの師団を前に押し出させた。これと同時に、ポープは、この時も南軍が退却しているという思いこみに囚われており、ジョン・P・ハッチの師団をターンパイクの西方に送って追求させた。フッド隊とハッチ隊はグラブトンの交差点で短時間衝突したが、短くも激しい対決は暗闇と共に終わり、両軍とも引き返した。ロングストリートとその部下達は再度リーに対して、強固な防御陣を布いていると考えられる敵軍に攻撃を仕掛けるべきではないと主張し、リーはその攻撃作戦を撤回したが、撤回はこれで3度目となった。ポープがマクドウェルからビュフォードの報告について知らされたとき、やっとロングストリート軍が戦場にいることを認識したが、南軍全体が撤退するときにロングストリート軍はジャクソン軍を支援するためにそこにいる、という楽観的な思いこみをしていた。実際にフッドの師団は後退した。ポープはポーターの第5軍団に本隊との合流を命じ、8月30日の攻撃について作戦を練った。歴史家のA・ウィルソン・グリーンはこのポープの判断がこの戦闘の中でも最悪のものだとした。このとき北軍は南軍にたいして勢力的優位に立っておらず、地形的な利点も無かったので、最も分別のあるやり方はブルラン川の後方まで退いて、近くにいた25,000名を擁するマクレランのポトマック軍と合流することだった。この戦闘に関する歴史家の間の議論の一つは、ジョージ・マクレランのポープとの連携に関するものである。8月遅くに、ポトマック軍の2個軍団（ウィリアム・B・フランクリンの第6軍団とエドウィン・V・サムナーの第2軍団）がアレクサンドリアに到着していたが、マクレランは砲兵、騎兵および輸送支援部隊が不適切と考えたために、マナサスへの進軍を認めなかった。マクレランは、ポープの立場を弱らせようと図ったとして政敵に非難され、8月10日にその妻に宛てた手紙の中で「ポープは2日のうちにひどく打ちのめされるだろう。...彼らはその窮状の救済を私に押しつけて喜ぶことだろう。私は全軍の支配を与えられなければ、それを引き受けない」と書いた時、歴史におけるその立場をあやうくした。マクレランは8月29日にエイブラハム・リンカーンに対して、「ポープをその窮地から出してやって、あらゆる手段を尽くして首都の完全な安全を守ること」が賢明だろうと伝えた。