日本の農業土木教育は、明治の近代化の課程で近代的学制の施行が行われ、近代農業土木もこれまでの水田農業体系を踏まえて成長する制度的基盤が与えられて、欧米の科学技術を輸入しつつ、公的に教育研究する学制を築き上げていく。前期農業土木は独自の水田農業体系をつくり上げたが、その知識体系のなかでも水利技術などが役人の世襲的な行政知識のなかに閉じ込められていて、近代的公教育のなかで一般化される必要があった。欧米科学技術の輸入に基づく近代学制の創出期においては、日本的水田農業体系は視野の外に置かれていて、前期農水利の知識体系の継承については、武士の解体に伴い制度的には断絶することになる。ただしこの部分は実際のところ、農村の指導層あるいは水利組織等によって受け継がれていった。札幌農学校は設立時マサチューセッツ農科大学をモデルにして基礎的学理を教授しつつ、極めて実践的な開拓指導者の養成を志向していた。当時の科目には、農業土木学あるいは土地改良学という名前は見出せないが、基礎的科学に加えて、測量学、土工学、経済学、農業・園芸学等もあげられ、全体としての性格は基礎科学を重視したアメリカ的開拓学の体系であり、いわば今日の農業土木の性格に近い面を持っていたのである。札幌農学校より2年後開設される駒場農学校の初期の授業科目では、農業土木あるいは土地改良についての授業科目はほとんどなく、わずかに測量と土木工学が一年次にあげられるにとどまった。札幌農学校は、その後、東北帝国大学農科大学（1907年）、北海道帝国大学（1918年）と拡充されていくが、アメリカ的開拓学の体系を日本独持の水田農業体系と結びつけて、開拓科学の体系を拡充していくことにはならず、次第に分化を進めて、一般の分化科学を並列させる高等教育機関に変わっていく。札幌農学校の持っていた農業土木的性格は、一方には土木工学に吸収され、他方には農業物理学に継承されている。そのため、近代農業土木学を創り出す主流とはならずに終わった。1886年、駒場農学校は東京山林学校と合流して東京農林学校となる。このときには、農業土木と土地改良論が科目として上げられた。1890年、文部省の憩い要請により、東京農林学校は帝国大学農科大学（後の東京大学農学部）となる。これは農学を単科大学としては認めても、総合大学に属するものではないとしてきたヨーロッパ流の伝統を超えたものであり、日本政府の農学建設への意欲を示すものである。1893年、農科大学に講座制が敷かれるが、農業土木学は農学の講座に属する授業科目にとどまる。ところで当時、田区改正の気運は盛り上がっており、1887年から4年間にドイツに留学した農務官吏酒匂恒明は、1892年に「米作新論」を著し、外国と日本の土地整理の比較を行い、翌1893年には「土地整理論」を公刊している。この情勢の中で学生時代を過ごし、1895年に帝国大学農科大学を卒業した上野英三郎は、大学院で耕地整理の研究を続け、耕地整理法制定の翌1900年に、農学第二講座分担の講師に任命され、農業工学関係の講義を担当することになった。農業土木の大学教育への登場である。このころ、ヨーロッパの土地整理をモデルにすることについて議論が起こり、横井時敬などによる日本の水田農業体系に照合する耕地整理や土地改良を論説も現れた。農商務省は1905年の耕地整理法改正を機に耕地整理を奨励、そして耕地整理技術者養成のための耕地整理講習制度を定め、東京高等農学校（東京農業大学の前身）に依頼して中学校卒業者を対象に講習を開始した。翌1906年には、帝国大学農科大学にも依頼、第一種としては在学生または学士、第二種としては高等農林学校卒または高等工業学校土木科卒を対象とし、本格的な講習を行うようになった。これにより、耕地整理受講者という形で、農業土木技術者集団が形成されるようになった。これを基盤にして、1907年には耕地整理研究会が発足した。これは農業土木技術者集団のソサエティとなり、後の農業土木学会を生む母体となった。耕地整理新法成立の翌々年（1911年）、東京帝大農科大学に農業工学講座が認められ、農業土木は近代的学制の中に正式に位置を占める。ただし耕地整理事業そのものは地主による土地投資が中心であった。したがって、大規模に展開するものではなかったのである。そのため1914年、耕地整理法はまたまた改正され、湖海の埋立ておよび干拓を加えて、耕地整理とはいいながら、戦後の土地改良の範囲にほぼ近いものになった。1914年から始まった第一次世界大戦は，工業の一層の成長、都市の拡大を促し、新たな米需要の増大をもたらした。米騒動（1918年）を契機として、政府は積極的な食糧増産政策に乗出し、1919年開墾助成法を発布し、開墾事業に利子補給を行うことを決めた。さらに1920年には、これまで控えていた朝鮮産米増殖計画を打ち出す。1921年には、臨時治水調査会が設けられ、農地防災の重要性が強調され、1923年には用排水幹線改良補助要項が打ち出された。これにより、灌漑排水事業は、国の補助を受けつつ、県営の事業として、中小河川改修も含めて大々的に行われるようになった。このころ、文部省は特色のある高等農林学校（高農）の建設をめざしていたが、このような背景の中で農業土木は注目され、1921年、新設の三重高等農林学校に農業土木学科が初めて設けられた。1922年には九州帝国大学農学部に農業工学講座が設置され、さらに1923年、京都帝国大学に農学部を新設する際には，新しく農林工学科が設けられることになり、1924年、農業工学第一、第二講座が設置された。東京帝大には1925年に、農業土木学専修が設置される。この時までの農業土木の成長に常にかかわってきた上野英三郎は、1925年5月、職務中に倒れ急逝（上野の愛犬の話は忠犬ハチ公として知られる）。新しい体制、農業土木教育のスタートを後進に委ねる。上野の偉業を記念して農業土木学会は、1971年、農業土木学会賞のなかに上野賞を設けた。昭和に入ると、一連の国庫補助のほか、1929年には開墾助成法が改正され、事業費そのものに補助が出されるようになった。同年には、耕地整理研究会を発展的に解消して農業土木学会が設立され（2007年に農業農村工学会へ名称変更）、農業土木学の体制が大学・学会の両面において整う。翌5年には、国営の農業土木事業が始まり、巨椋池干拓事業が着手された。時の蔵相高橋是清は積極的な公共投資政策を打ち出し、諸々の諸政策とともに1932年には救農土木事業を大々的に実施する。農業土木の役割が情勢のなかで大きな変化を遂げ、単に作物生育の場を整備する技術にとどまらず、農村振興そのものにかかわる事業となり、また地主の土地・利水条件整備に必要な技術にとどまらず、国民経済発展に向けての財政政策が必要とする事業へと変わる。1935年、東京帝大の農業土木専修は正式に学科として認められ、1938年には九州帝大に農業土木学専修が認められた。1941年に、農地開発法が制定、農地の開発改良が強力に進められることが決まるとともに、実施機関として農地開発営団が設立する。農業土木技術者の養成は急務となり、同年に宇都宮高等農林学校、東京農業大学専門部に農業土木学科が設けられ、翌1942年には岐阜高等農林学校にも設立された。現代農業土木の母体および発展の基礎条件は、戦前の昭和期に形成されたのであるが、戦争へ突入という事態のために、その開花は戦後に委ねられた。戦後は農地開発営団が解散させられ、緊急開拓事業はこれまでの開墾、干拓、灌漑排水等に加えて集落計画、公共施設計画も必要とした。この期の農業土木は、1970年代以降に本格的に現れる農村計画、地域計画をいち早く体験している。折から農地改革の実施、その関連において1949年土地改良法が制定。土地改良事業の主体が地主から農業者に移されるとともに、土地改良事業への公共の援助が約束され、国営土地改良事業の実施も定められた。さらにこれまで事業は耕地整理組合（農林省所管）、施設の管理は普通水利組合（内務省所管）と分裂していたのを、土地改良区に一本化された。これらは土地改良を国の施策として重視することを意味し、土地改良発展の制度的整備であった。このような動きは、農業土木技術者養成にも反映し、終戦直前の盛岡農林専門学校・愛媛県立農林専門学校の農業土木科新設に続いて、終戦直後から学制改革期（1949年）に向けて、北海道大学農業物理学科（後の農業工学科）をはじめとして新たに4農専に農業土木科が誕生するが、戦後の学制改革は、学制そのものの変革を進め、1947年に教育基本法、学校数育法が新たに制定され、農専は次々と新制大学農学部へと移行していく。なお、農業土木学/農業農村工学というのは日本の独自の分野である。諸外国では畑地であれ水田であれ、灌漑排水はあくまで土木工学の一分野であり、工学部の出身者が農学部（農業工学）の出身者と共同で担う分野となっている。今日の日本では、もっぱら農学の中にあり、農学部の出身者が実務を担っている。日本でこのようになったのは、上野英三郎博士という卓越した科学者・教育者が農学にいてこの学術の創始者となり、工学部土木に頼ることなく、土木工学の基礎についても農学部の内部で教育をすることで、多数の農業土木技術者を養成したという歴史的な事情があり、上野博士はその後工学部土木学の分野からも一目を置かれ、工学部でも講義を担当していた。1971年（昭和46年）に、上野博士誕生100年を記念して旧農業土木学会の学会賞のなかに上野賞が設けられ、「農業土木に関する事業の新しい分野の発展に寄与すると認められる業績」に対して、毎年送られている。翻って、大正期の関東大震災の復興支援（広範に渡る土地区画整理事業）や2011年（平成23年）3月の東日本大震災の津波被害と原発事故にともなう農地と環境の放射能汚染に対して、沿岸地域の農業と農村の復興、ならびに農地の除染および放射性物質の土壌や環境中の挙動の研究に、農業農村工学分野の技術者と研究者が尽力をしており、大災害への対応についても上野英三郎博士が創始した学術分野の伝統が引き継がれているのである。