地上波での放送終了を受け、2001年4月からスカイパーフェクTV!（後のスカパー!プレミアムサービス）、スカイパーフェクTV!2（後のスカパー!）のフジテレビ739（後のフジテレビONE スポーツ・バラエティ）で新生「プロ野球ニュース」が始まった。（2009年以降は題名の後に西暦を付記する〈2011年の場合は『プロ野球ニュース2011』〉）。CS移行時に佐々木信也がキャスターに復帰し、佐々木を含め解説者がキャスターを務める形式に変わった。曜日別の担当キャスターが不在の際（地上波『すぽると!』などへの出演の都合で出られない時）は、他の解説者が司会を務める（平松政次、谷沢健一、高木豊ら）。佐々木信也が週末のキャスターを担当していた時期には、佐々木不在時の代役として福井謙二が出演することがあった。さらにCS移行によって、地方局のアナウンサー・解説者（フジテレビと兼務している者は除く）は出演しなくなった。2007年から、一部曜日を除き、司会ペアリングは男性は番組解説者、女性はフジテレビのアナウンサーを原則とするようになった。ただし女性がフリーアナウンサーであったり、男女ともフジテレビのアナウンサーの場合もある。2011年度の土曜・2012年度の日曜のみ、形式上の司会は関根潤三とアナウンサーのペア（2011年度・田淵裕章、2012年度・松村未央）となっていたが、実際は司会席にはアナウンサーが1人で担当し、関根は「ご意見番」という位置づけで他の解説者と同じコメンタリー席（右端。実際には司会席とコメンタリー席の中間）に陣取っていた。2012年（谷岡慎一）以後、土曜日の司会は原則として男性アナウンサー1人で担当する（まれに解説者1人で担当する日もある。2014年度は他の曜日と同じように男女ペアになることもあった）。2013年以降、関根はレギュラーシーズン中は毎月最終日曜日と開幕直前SPと年末反省会SPに「ご意見番」として出演している。プロ野球中心のスポーツニュース番組だったフジテレビ時代とは違い、CS移行後はプロ野球専門番組となった（一時期メジャーリーグの日本人選手の成績を伝えていた）。プロ野球の試合がある日は毎日放送されるが、オフシーズンは原則週1回の放送になる（2008年はオフシーズンの放送を休止）。試合解説のVTRは、権利関係の問題からフジテレビおよび系列局が収録した試合を除いてJ SPORTSをはじめとするCS放送局の映像を使うことが多く、そのため当初は実況時のテロップやアナウンスが載ったまま放送されていた。その後実況アナウンスが入った試合映像はなくなったが、テロップについては一部球団の試合映像でいまだに載ったままになっている。解説には主にフジテレビ解説者が登場するが、土橋正幸や笘篠賢治などフジテレビ及び系列局専属ではない、またはかつて専属だった経験がある解説者 も度々登場する。フジテレビ専属解説者でありながら、江本孟紀は初期に出演していたものの、それ以降は2015年まで出演せず、『すぽると!』で解説を務めるのみとなっていた。地上波時代までは出演していたにもかかわらず、CS放送に移って以降出演しなくなったのは「ギャラが安いから」（本人の弁）というのがその理由である。2016年4月1日で『すぽると！』が終了となり、2016年シーズン（2016年3月24日放送・開幕直前SP）から本格的に解説に復帰した。2014年から2018年までフジテレビ専属解説者であった石井一久も当番組には出演せず、『すぽると!』のみ出演していた。2016年4月以降も後継番組の『スポーツLIFE HERO'S』のコメンテーター(日曜日版)と『ユアタイム』のコメンテーターを務める傍ら、NHK BS1の『ワールドスポーツMLB』の土曜日版コメンテーターに出演していた。2016年3月時点で当番組及び『すぽると!』の両方に出演していたのは高木豊のみであった。地上波時代まで出演していた豊田泰光は、『プロ野球ニュース』の地上波撤退に抗議し、後継番組『すぽると!』出演には応じず、結局フジテレビ解説者を降板する引き金となった（2002年度までは本数契約という形でまれに出演する場合があった）。2006年5月12日から2007年シーズンまで、フジテレビ On Demandにおいて有料配信があった（1回分105円、または月1,050円）。2006年シーズンのみは巨人（日本テレビ）・横浜（TBS）主催試合の映像に関する部分は両球団からの著作権許諾が開始当初得られなかったので配信されなかった。2009年4月からのフジテレビCSチャンネルの再編に伴い、放送チャンネルがフジテレビ721の後継である「フジテレビTWO」に移行した。これにより、プロ野球パックのみ契約している場合は「フジテレビONE」での再放送（翌日昼）以外視聴できない状態となった。この状態は、2010年度に初回放送がフジテレビONEに変更となったことにより解消された（フジテレビTWOでは翌朝再放送の1回となったが、2011年は再放送していない）。通常時（公式戦中）の放送スタイルとしては原則、MCの他に解説者2名、アナウンサー4名が出演する（アナウンサー4名体制のため、最大2名は2試合担当する）。重要な試合（原則としてセ・パ1試合ずつ）は特集コーナー「Zoom Upゲーム」と称して解説付きで伝えられる（特に、勝敗を分けた場面については「解説者の熱視線」 として、そのシーンをノーカットで紹介し、解説者が多角的に分析を行う。残りの試合はアナウンサーのみで試合内容を伝える。試合VTRを終えると、その試合についての感想や注目点について出演者全員で質疑応答が行われる。なお番組の終わりに、翌日（試合がない場合は次の開催日）の試合カードと、CSでの放送スケジュールが発表される。オールスター・日本シリーズのみならず、レギュラーシーズンやポストシーズンにおいても1試合しか行われない場合はその試合の解説者を2名にすることもまれにある）。オールスターでは解説者3名に増員し、1 - 3回、4 - 6回、7 - 9回で、それぞれ分担。日本シリーズでは解説者2名で前半部と後半部の分担。CS番組の特長を活かして、解説者のコメントの比重を高めて地上波の『すぽると!』とは差別化を図っている。試合数が極端に少ない日（1 - 2試合以下）である場合は、ある特定のチーム や選手を題材にした特集や、交流戦の全日程終了後には「投手のヒット集」などの企画をすることがあるほか、8月か9月には「モルツ球団」（プロ野球OBによるチーム）のエキシビションゲーム「モルツドリームマッチ」を通常の試合速報フォーマットに沿って特集することもある。2012・2013年度は、初回生放送が23:00-24:00、再放送は当日深夜（翌日未明）1:00 - 2:00、翌日6:00 - 7:00、翌日12:10 - 13:10となっている。また、NOTTVでの同時生放送を開始した（再放送は翌日7:00 - 8:00）。公式戦開催がない日（あらかじめ最初から組まれていない場合。主に月曜日と交流戦の第2試合の翌日）は前日（前々日）の放送分をリピートする。予備日の復活開催が発生した場合は放送されないか、交流戦の場合前日再放送を休止して当日の生放送か撮って出しとなる場合もある。SWALLOWS BASEBALL L!VE（ヤクルト主管試合中継）やEnjoy! Baseball（巨人ビジター試合のうち中日・阪神・広島戦の中継）が極端に延長された場合は初回放送と翌日昼休みの時間帯の放送を一部カットして対応するか、放送休止となる場合がある。番組内で野球シーズンに流れる「今日のホームラン」のタイトル映像は、地上波時代からものが使用されている。そのため、2009年4月のチャンネルHD化後もこの部分のみ両サイドに黒枠が出ていたが、2011年シーズンからは、「16:9」に編集されている。日本シリーズ終了後のシーズンオフからキャンプ・オープン戦にかかる年度下半期は2008年度（この年はオフシーズンの放送なし）を除き、週1回更新（2007年まで土曜日23時、2009年以後は月曜23時の初回放送のみ生放送、以後随時再放送）という体裁をとっている。2007年までのオフシーズンは佐々木信也の司会であったが、2009年以後は司会者はシーズン中の曜日に関係なく毎週ランダムで交代出演する。シーズンオフは現役選手をゲストに迎えるほか、年末の最終放送は3時間にわたるシーズン総集編（解説者総出場による「年末大反省会」）が行われている。そしてシーズンオフバージョン最後となる、新年度シーズン開幕前日にも解説者総出場による3時間のペナントレース展望が行われ、新年度シーズンの帯番組につなげる。