1994年、入団してすぐに肩の故障に悩まされ、投球練習がほとんどできない状態に陥る。当時二軍打撃コーチだった山本功児から呼び出され、同期の小野晋吾と共にフリーバッティングを指示されたところ、快打を連発して打者への転向を打診される。しばらくは投手へのこだわりから固辞するが、山本からの必死の説得で7月に転向を決める。その後は、同期の大塚明らと連日の特守で鍛えられながらも、一軍出場がないまま3年間をファームで過ごす。なお、一軍で通用する守備力を手に入れられたのは、この頃に佐藤兼伊知二軍守備コーチに絞られたおかげだと後年語っている。同年10月8日のイースタン・リーグ最終戦で、横浜ベイスターズの友利結から放った二塁打がファームでの初安打となる。成績は7試合で打率.125、0本塁打、1打点。1995年、入団2年目のシーズンはレン・サカタ二軍監督が若手を積極起用した影響もあり、ファームで76試合に出場し、打率.263、5本塁打、23打点と飛躍し、ジュニアオールスターに出場。また、8月のイースタン月間MVPを受賞する。1996年、3年目も一軍昇格はなく、54試合で打率.235、0本塁打、9打点と低迷したが、9月は打率.333と好調だった。シーズンオフは黒潮リーグで腕を磨いた。また、自分を追い込むためオフに退寮し、自発的にトレーニングを管理するようになる。1997年、春季キャンプの時から近藤昭仁監督に目を掛けられ、7月5日に初の一軍昇格。その日の対オリックス・ブルーウェーブ戦に「7番・一塁手」でスタメン出場し、プロ入り初安打を記録。同月15日の対日本ハムファイターズ戦では初のサヨナラ打、8月1日の対西武ライオンズ戦では初本塁打を放つなど活躍し、「3番・一塁手」としてレギュラーに定着。67試合に出場して打率.289の成績を残した。シーズンオフに高校時代から交際していた女性と結婚。1998年、背番号を9に改め、開幕からレギュラーとして129試合に出場。初の規定打席にも到達し、打率.284の成績で打撃ランキング12位を記録。7月10日の対日本ハム戦では石井丈裕からプロ初のサヨナラ本塁打を放っている。なお、チームは6月13日からプロ野球記録の18連敗を喫するが、その間も全てスタメン出場している。連敗前までは打率3割を超えていたが、連敗中に調子を落としたことに不甲斐なさを感じていたという。「七夕の悲劇」と呼ばれる7月7日の対オリックス戦（グリーンスタジアム神戸）では1安打1打点と奮起するが土壇場で勝利を逃し、後年になっても忘れられない試合として語っている。1999年は、フランク・ボーリックや初芝清などに一塁のポジションを譲り、スタメンでの出場は前年の半分ほどに減少したが、打率.277、得点圏打率.361と安定した成績を残した。また、シーズン終盤からは外野を守ることが多くなった。2000年、石井浩郎の加入で外野での出場が前年よりも増加。オープン戦から好調を維持して、一時は4割近い打率で打撃ランキングのトップに立っていた。シーズン中に母親を亡くすという不幸に見舞われるがレギュラーとして定着し、初のオールスターゲーム出場を果たす。シーズン成績は僅かに3割に届かず、打率.296で終えたことを反省し、ワンプレーを大切にすることを強く意識するようになる。2001年、腰痛で欠場することもあったが、一塁手のレギュラーに復帰。小笠原道大との最終戦にまでもつれる争いを制し、打率.346で首位打者を獲得し、初の二桁本塁打となる18本塁打を放った。対左打率.387と左投手を得意とし、2ストライクに追い込まれた後の打率もリーグトップの.304の成績を残した。この年は「振ればヒット」という不思議な感覚に包まれていたという。なお、2012年に阿部慎之助が達成するまで、日本プロ野球史上唯一のシーズン盗塁0での首位打者であった。オフの契約更改で、1億円プレーヤーとなる。2002年、ストライクゾーンが変更された影響でバッティングを崩したうえに、厳しくなったマークでリーグ最多の17死球を喫するが、2年連続で打率3割を記録。得点圏打率は.247と前年より1割近く落としたが、2ストライク後の打率.272はリーグトップであった。2003年、初の全試合出場を達成し、いずれも自己最多となる172安打・21本塁打・76打点を記録して、3年連続の打率3割を記録。また、歴代2位の50二塁打、史上初の2年連続40二塁打、シーズン2度の1試合5安打を達成。なお、シーズン172安打は2010年に西岡剛に更新されるまで、球団3位の記録であった。守備面では3年ぶりに外野を守る機会もあったが、一塁手部門で初のゴールデングラブ賞を獲得した。2004年、前年韓国で56本塁打を記録した一塁手の李承燁が入団したが、この年も打率.314（リーグ9位）・11本塁打の成績で一塁手のレギュラーを守った。両リーグ最多の42二塁打、史上初の3年連続40二塁打、8月20日の対福岡ダイエーホークス戦では通算1000本安打を達成。6月1日の同対戦では杉内俊哉から満塁本塁打を放った。また、2度目となるオールスターゲームと、シーズンオフに開催された日米野球にも出場した。2005年、故障もありやや低調なシーズンだったが、終盤の追い込みで5年連続の打率3割と3年連続の70打点を達成。本塁打は一桁の6本に終わったが、得点圏打率.333、満塁打率.556、犠飛はリーグトップの9本を記録した。また、5月12日の対阪神タイガース戦では通算1000試合出場を達成している。ボビー・バレンタイン監督による日替わりのマリンガン打線において、唯一福浦だけがシーズンを通して「3番・一塁手」に固定され、チームの31年ぶりのリーグ優勝と日本一に貢献。阪神タイガースとの日本シリーズ第3戦（阪神甲子園球場）では桟原将司からシリーズ史上17本目となる満塁本塁打を放った。なお、優勝したジアシリーズでは腰痛のため選手登録はされなかった。3度目のオールスターゲーム出場と2度目のゴールデングラブ賞受賞を果たす。2006年、3・4月度の成績がリーグトップの43安打、打率.422と好調で初の月間MVPを受賞。入団13年目での初受賞は、リーグ史上2番目に遅い記録であった。7月に死球により左手を骨折し、約1か月間の戦線離脱もあったが、6年連続の打率3割を達成。成績は打率.312（リーグ5位）、4本塁打。なお、前述の理由により出場が決まっていたオールスターゲームは辞退。シーズンオフの日米野球には2大会連続の出場となった。同年、FA権を取得。2007年、開幕直後に右脇腹の肋骨を骨折して1ヶ月間離脱。復帰後は5月まで打率3割を維持していたが、怪我の影響で打率を徐々に落とし、打率.258・4本塁打という一軍では自己最低の成績に終わり、規定打席にわずか1打席届かなかった。前年まで左投手に対して3割近く打っていたが、この年は打率.181に終わった。一方、得点圏打率は.339の成績を残し、打点は前年より多い57を記録。8月3日の対日本ハム戦では、史上46人目の通算300二塁打を達成する。また、守備で見せる動きは健在で、自身3度目のゴールデングラブ賞を獲得。オフには複数年契約が切れ、メジャー挑戦も視野に入れたFA宣言も噂されたが、宣言せずに残留した。2008年、腰痛や首痛などの故障に苦しみ、前年以上に成績を落とす。スタメン出場も減少し、指名打者や代打での出場が多くなった。8年続いていたシーズン100安打も途切れ、二塁打が9本と長打率も大きく減少。一方で、打率.252ながら前年より四球が増加し、出塁率は.352の成績を残した。2009年、シーズン当初はここ数年と同様に低調で、打率は2割台前半、得点圏打率は1割台、長打率も2割台後半に沈み、打順は主に2番や8番で堀幸一やゲイリー・バーナム・ジュニアと併用されていた。しかし、8月から徐々に調子を上げ、8月と9月の2ヶ月間で49安打、打率.363と勝負強さと長打力を取り戻してシーズン終盤には再び3番に定着。3割には届かなかったものの2年ぶりに100安打、3年ぶりに規定打席に到達した。また、5月2日の対福岡ソフトバンク戦で、史上99人目、球団史上10人目の1500本安打、8月19日の対オリックス戦では1500試合出場を達成。2010年、慢性的な腰痛や、金泰均の加入などを考慮して指名打者に転向する。ここ数年の不振から脱却し、序盤は7番や代打で出場していたものの後半戦は里崎智也、サブローの離脱や大松尚逸の不振から6番や5番を打つことも多くなり、9月8日の対オリックス戦では不振の金泰均に代わって、7年ぶりに4番でのスタメン出場を果たした。規定打席には到達しなかったものの最終的に打率.295を記録し、本塁打も13本と2004年以来の2桁を記録。3月22日の対埼玉西武戦では通算100号本塁打を達成。史上258人目だが、1539試合での到達は6番目に遅い記録であった。また、代打率.364と代打の切り札としても結果を残した。5月13日の対横浜ベイスターズ戦（横浜スタジアム）では6回表一死満塁の場面で代打出場し、真田裕貴からライトポール際へ大飛球を放ち、最初は一塁塁審にファウルを宣告されるも、2010年から導入されたビデオ判定により本塁打と認定され「代打逆転満塁ビデオ判定弾」となった。ビデオ判定導入以降ファウルが本塁打に覆ったのは初の事例である。クライマックスシリーズファーストステージの対埼玉西武戦では、延長11回に土肥義弘から勝ち越しソロ本塁打を放ち、勝利に貢献。チームはファイナルステージも突破し、日本シリーズでも中日ドラゴンズを破り、シーズン3位から5年ぶりの日本一を達成。1年を通した活躍で、指名打者部門で初のベストナインを受賞した。2011年、開幕戦で3点本塁打を放つ活躍などで、シーズン序盤は4番を任されるものの不振に陥る。6月は月間打率.346と持ち直したが、7月から9月にかけては1割台と再び低迷。8月以降はスタメンを外れることが多くなり規定打席にも到達しなかった。最終的に80安打で打率.223、本塁打3、打点43と一軍での自己最低の成績であり、三振72と例年より三振率の高いシーズンでもあった。なお、4月13日の対東北楽天ゴールデンイーグルス戦で史上30人目の通算350二塁打を達成。1654試合での達成は歴代3位のスピード記録である。2012年、春先はスタメン出場も多く、4試合連続打点の活躍で一時はチームトップの打点を稼いでいたが、交流戦以後は試合終盤における代打での出場が多くなり、45安打で打率.250、本塁打数は一軍に定着してから初めて0に終わる。一方、代打では5打席連続安打を記録するなど勝負強い打撃を見せ、7月18日の対東北楽天戦で代打サヨナラ犠飛、8月29日の同対戦では9回裏に代打で同点打を放つなど、この年の代打成績は打率.424、打点8の成績を残した。2013年は、2年ぶりに4番に入るなどシーズン序盤は一塁手でスタメン出場することもあったが、井口資仁の一塁へのコンバートや、G.G.佐藤、クレイグ・ブラゼルの加入により、前年を下回る78試合の出場にとどまった。本塁打は0本、打率・打点も前年を下回ったが、9月は月間打率.429と好調で、9月30日の対北海道日本ハム戦では、球団最多11度目のサヨナラ打となる犠飛を放ち試合を決めた。また、8月2日の対オリックス戦で放った安打で通算1828安打となり、堀幸一の安打数を抜いて球団歴代3位となった。2014年は、1997年以来17年ぶりに開幕を二軍で迎えた。6月に一軍登録されると、自己最多となる4打席連続適時打を放つなど、7月は打率.371と好調を維持。8月以降は低迷し、出場試合数および安打数はそれぞれ43試合、26安打と自己最少であったが、打率.283、代打率.474の成績を残した。9月9日の対埼玉西武戦では延長11回に代打サヨナラ二塁打を放ち試合を決める。自身の持つ球団最多記録を更新する通算12本目のサヨナラ打であり、リーグの通算記録では4位タイとなる。2015年、シーズン初スタメンだった4月9日の対オリックス戦で5年ぶりとなる1試合2本塁打を放つが、4月下旬から尿管結石のため一時登録を抹消される。5月に復帰後はスタメン出場もしばしばあり、最終的に73試合に出場で47安打、打率.272の成績を残した。6月15日の対東京ヤクルトスワローズ戦で、史上48人目、球団記録では4人目の通算2000試合出場を達成した。また、クライマックスシリーズファーストステージの対北海道日本ハム戦では、スタメン出場した2試合で7打数4安打の成績を残すが、ファイナルステージでは無安打に終わった。2016年、春季キャンプで左足首を痛めた影響で一軍昇格は7月13日と出遅れるが、その日の対福岡ソフトバンク戦での出場で、本拠地QVCマリンフィールドでの通算1000試合出場となった。その後は、8月19日に左背筋痛で一時登録を抹消されるなどして、一軍では自己最少となる36試合の出場で、20安打、7打点に終わる。2017年、2年連続で開幕一軍からは外れたものの、4月12日に一軍昇格。一塁手を務めた選手の不振や負傷離脱などもあり、一塁手としての出場機会が増えた。7月7日の対オリックス戦では4年ぶりに犠飛を記録。自身が持つ球団の通算記録を75と更新し、パ・リーグでは単独5位となった。その後は一時打率が2割を下回るが、9月は月間打率.304の成績を残す。9月12日の対オリックス戦では5年ぶりに1試合4打点を記録した。また、同日に2018年シーズンも現役続行することが確実になり、球団幹部より通算2000安打達成にむけて後押しする方針が明言された。10月19日には、2018年より選手兼打撃コーチとなることが発表された。監督に就任した井口資仁の現役引退によって球団最年長選手となり、さらに松井稼頭央と並んで球界最年長野手となる。2018年、一軍打撃コーチ兼内野手としてシーズンを迎え、「7番・DH」で5年ぶりに開幕戦のスタメンに名を連ねた。42歳3ヶ月での開幕スタメンは、1978年の野村克也（42歳9ヶ月）に次ぐ球団の年長記録となる。4月10日の対埼玉西武戦が通算2162試合目の出場となり、榎本喜八を抜いて球団の最多新記録となった。5月10日に鳥越裕介ヘッド兼内野守備・走塁コーチのヘッドコーチ専任により、小坂誠二軍内野守備・走塁コーチが一軍に昇格。一軍ベンチ入りコーチ8枠が埋まるため、コーチ登録を抹消して選手専任となった。9月9日の対西武戦で球団史上4人目となる42歳以上での本塁打を記録。そして9月22日の西武戦、第4打席に小川龍也から右越え二塁打を放ち史上52人目の通算2000本安打を達成。チームでは榎本喜八・有藤道世以来3人目、42歳9ヶ月での達成は和田一浩に次ぐ年長記録であり左打者では最年長。投手登録を経験した選手の達成は史上5人目、ドラフト7位の達成者は福本豊に次いで2人目、最終指名選手では初の快挙。一軍初出場が4年目以降の選手が達成したのも初めてである。試合後の会見では来季の現役続行を宣言し、その後は首痛の治療を優先して登録を抹消された。10月8日の試合前には名球会の入会セレモニーが開かれ、連盟表彰、習志野市民栄誉賞、名球会ブレザーが授与された。2019年、上原浩治と並んで球界最年長選手となり、選手兼任で二軍打撃コーチに就任するが、1月24日に今シーズン限りでの現役引退を表明した。球団からコーチに重きを置いてと言われた時点で引退の気持ちが強まったといい、「若手をしっかりと指導をしてチームが強くなって優勝できるように頑張っていきたい」とコメントを発表した。また、球団は背番号9を準永久欠番とすることを決めた。シーズン中はコーチ業に専念したが、4月20日に開催された「福浦和也デー」などのイベントに姿を見せた。5月11日のイースタン・リーグ習志野市秋津球場の試合では習志野高校時代の野球部同期と始球式に登板し、6月14日の「ALL for CHIBA習志野市」の試合では同校野球部の元監督・石井好博による始球式の打席に立った。9月23日、引退試合となる対北海道日本ハム戦に合わせて今季初の一軍昇格。福浦自身はAクラス争いを考慮して出場を固辞するが、井口監督のはからいで「7番・DH」で先発出場した。当日は監督・コーチ・選手全員が背番号「9」を背負い、ストッキングも福浦と同じオールドスタイルで臨んだ。また、球場最寄りの海浜幕張駅職員や京成バス運転手らもユニフォームを着用したほか、駅内やバス車内での応援歌放送、駅電光掲示板へのメッセージ表示、近隣ホテルでのイルミネーションなど、球団史上前例のない取り組みが行われた。試合前の始球式では福浦の次男がマウンドに上がり、福浦が打席に立った。試合は4打数無安打に終わったが（現役最終打席は捕飛）、9回にDHを解除して一塁の守備に入り、2死から平沼翔太の放ったライナーをダイビングキャッチするファインプレーで自らウイニングボールを掴み取った。なお、2000安打ちょうどで現役を引退するのは史上初めてである。試合後の引退セレモニーでは松井稼頭央、高橋由伸、上原浩治をはじめ、ベニー・アグバヤニ、今江年晶、西岡剛、サブローなど福浦とゆかりのある人物からビデオメッセージが流された。福浦は引退の挨拶として「応援が勇気となり、身体を動かし続けることができました」とファンに感謝を述べ、「幸せな野球人生でした」と語った。その後は初芝清らから花束を受け取り、紙吹雪が舞う中を長男と次男を伴って場内を一周。最後はチームメイトからの胴上げで背番号と同じ9回宙を舞った。