吉田寮の在寮期限を昭和六十一年三月三十一日とする — 京都大学評議会1982年12月14日、京都大学の最高意志決定機関である評議会はこのように決定した。つまり吉田寮を1986年3月31日をもって廃寮にするというのである。なお、廃寮の理由には「正常化」ではなく「老朽化」のみを挙げた。当日、吉田寮と同学会のデモ隊が時計台二階に押しかけ評議会の開催を実力で阻止しようとしたが、職員も実力でデモ隊を排除し、学生8名を2階から突き落として重軽傷を負わせた。12月15日、沢田総長は京大広報に「学生寄宿舎をめぐる問題」を掲載し、廃寮の理由に「正常化」を付け加えた。この時点で、大学当局は1983年度に吉田寮の入寮募集を停止し、熊野寮にも同様の在寮期限を設定するつもりでいた。しかし学内の合意形成を欠いた在寮期限の設定は学生や教員の反発や不信を買った。吉田寮自治会や他の学生自治会は文学部・教養部・農学部・理学部の学部長や協議会の評議員を説得し、部長らは学生部の独走を非難し、数名の評議員は自己批判した。大学当局が内部分裂を起こしたのである。これを受けて、大学当局は1983年度の吉田寮の入寮募集停止ならびに熊野寮への在寮期限の設定を見送らざるを得なくなった。1983年4月15日、吉田寮と熊野寮の寮生数名が時計台2階の総長室に乱入し、沢田総長の前で抗議文を手渡した。1ヶ月後の5月18日早朝、機動隊が2寮を急襲し、時計台2階に上がったことをもって建造物侵入で3名を逮捕し、1名を指名手配した。寮生らは「緊急抗議集会」を開き、集会後の午後1時頃、学生部棟に抗議に訪れた。学生部長は退去を命じ、寮生らは渋った。1時5分、大学当局は出入り口を塞いで寮生を建物に閉じ込め、機動隊を呼んで一網打尽にした。結局、8名が建造物侵入や公務執行妨害で逮捕され、うち5名が起訴された。吉田寮はこの事件の公判維持に限られた人的資源を割いたため、以前ほど在寮期限撤回運動に注力できなくなった。戦況は膠着した。在寮期限を1年後に控えた1985年5月、吉田寮自治会は運動方針を大胆に転換した。これまでは在寮期限の撤回に向けて運動してきたが、これからは吉田寮南側への新寮建設を積極的に推進する。ただし①在寮期限が到来したからといって吉田寮の機能をただちに停止しないこと、②大学当局が新寮に関する全ての事柄に関して吉田寮自治会と話し合いを続けること、③吉田寮生全員が新寮に移行することを条件として。吉田寮自治会の狙いは、大学当局との交渉を通じて新規格寮四条件（学生部長の入退寮権完全掌握、負担区分完全適用、全室個室で集会所がない、寮食堂がない）を骨抜きにした新寮を建設し、新寮に寮生と自治会を移行させて自治寮化することであった。そしてもう一つの狙いは、新寮建設の目処が立ち、吉田寮と大学当局が学生寮正常化に向けて努力している（ように見える）かぎり、大学当局は吉田寮の在寮期限および在寮期限に伴う措置を延期せざるを得なくなるであろうということだった。加藤幹太学生部長は①については頑なに否定したが、②と③については譲歩の余地を見せた。そこで吉田寮自治会は新寮予算の確保に必要な新寮予定地の埋蔵文化財調査を学生部に要求し、学生部は7月29日以降に埋文調査の予定を入れた。しかしここで思いもよらない事態が発生した。この頃、吉田寮自治会は自主管理と反差別の共同性を重視し、「自主管理が可能な新寮を獲得することで共同性を破壊する在寮期限の効力を無効にしよう」と主張していた。一方、熊野寮自治会は反戦や大学や寮の治外法権的自治を重視し、「先制的に巨大な大衆をつくり、何千人の学生決起で学生部を実力包囲することによって、在寮期限を実質的に粉砕しよう」と異なる主張を持っていた。吉田寮と大学当局が埋文調査に合意すると、熊野寮自治会書記局は吉田寮自治会の方針転換を「決戦から逃亡」して「自治を売り渡」す「ペテン」だと非難した。そして埋文調査当日の7月29日、熊野寮自治会書記局の寮生数名は「『埋文』実力阻止『在期』決戦勝利」を唱えて埋蔵文化財研究センターの玄関に座り込み、職員を建物内に釘付けにした。さらに、翌日にはヘルメットや旗竿で武装して吉田東寮（現棟）に侵入し、卓球室に立てこもった。熊野寮自治会書記局の実力行使により埋文センターは調査を中止し、新寮の予算化も無期延期され、今まで新寮獲得を前提に活動していた吉田寮は在寮期限との全面対決を強いられた。その後も熊野寮自治会書記局は吉田寮自治会に繰り返し干渉し、吉田寮自治会は熊野寮の「自治破壊行為」を非難して共闘関係を打ち切った。9月、吉田寮は「あらゆる隔離・分断・差別・抑圧を許さず、『在寮期限』を粉砕しよう」をスローガンに掲げ、在寮期限と在寮期限に伴う措置の撤回に全力を挙げた。同月、吉田寮は朝尾直弘学生部長に「『在寮期限』到来後も寮の機能を一切停止しないこと」「『在寮期限』到来後も吉田寮の入寮募集を停止しないこと」などの四項目を要求した。10月からは四項目（＋一項目）要求の署名運動を、同月24日からは時計台正面で抗議の座り込みを行った。しかし、学生部長は四項目要求への回答や吉田寮自治会との交渉を一切拒否し、吉田寮生本人や父兄に在寮期限を通告する文書を繰り返し送付した。12月、沢田敏男総長が退任し、西島安則工学部教授が総長に就任した。西島総長は京大新聞社の取材に対して「在寮期限はそもそも新寮を前提にしていないので、新寮が建っていないから在寮期限は実施できない、ということにはならない」「ただ、一方で百四十人もの寮生が住みたいと言っているのだから、単純に筋道だけでは割り切れないものがあることもわかっています」「寮生・大学の京大らしさや、われわれの誇りとする学問の府という理念を念頭においてこの問題に腐心してゆく必要があると思います」と述べ、柔軟に問題に対処する考えをにじませた。在寮期限が迫る中、吉田寮自治会や熊野寮自治会、各学部自治会その他多数の学生団体は猛烈な反対運動を繰り広げた。その甲斐あってか、在寮期限2日前の3月29日、学生部長は「4月1日以降も吉田寮生を強制的に退寮させず、引き続き交渉を行う」と約束し、寮生百四十名の即時の叩き出しは回避された。その一方で、大学当局は4月1日以降は寮機能を縮小する措置をとりつつ、寮生には自主的な退寮を求める方針を固めていた。ついに在寮期限が到来した。3月31日、大学当局は「在寮期限執行中」として事務員1名を除く吉田寮の寮内労働者（守衛1名と炊フ2名）を他の施設に配置転換し、吉田寮食堂を営業停止にした。また、吉田寮の入寮募集を禁止し、寮外生には入寮しないように、在寮生（と父兄）には速やかに退寮する（させる）ように繰り返し呼びかけた。だが大半の寮生は退寮を拒否し、入寮募集も独自に実施、相当数の入寮希望者が現れた。このため寮生数は減少せず、むしろ増加し、1988年5月には150名に達した。また、吉田寮の訴えが学生の共感を集めたことや営業停止中の寮食堂で寮外団体がバンドや演劇、講演等を開催することを許可したこと（後述）、女子学部学生の入寮を可能にしたこと（後述）は吉田寮の利害関係者を増やし、寮運動の大衆化に一役買った。とはいうものの、大学当局は1986年4月以降の入寮者を正規の寮生と認めなかったので、1985年入寮の「正規寮生」一回生が最短修業年限を迎える1989年3月前後に大学当局が廃寮化に向けたアクションを起こす恐れが高まった。1988年7月22日、学生部は極度の老朽化で1985年以降居住放棄されていた「吉田西寮第Ⅳ棟」を撤去することを吉田寮に通知した。一方、吉田寮は「Ⅳ棟の老朽化は大学当局の長年にわたる補修のサボタージュが原因である」として、この決定を撤回し、寮生・学生と話し合うまで取り壊しを延期するよう要求した。しかし学生部は話し合いに応じず、8月4日午前8時頃、Ⅳ棟を奇襲的に強制撤去しようとした。寮生と支持者らは大学関係者や業者を締め出して抵抗し、午前10時、学生部は強制撤去を諦め、話し合いに応じた。話し合いの中で、学生部は「Ⅳ棟は廃棄物だから処理について寮生と話し合う必要はない」などと主張し、寮生は「空き缶などゴミの処理だって寮生と合意の上で処理しているんだぞ」「（そもそも）Ⅳ棟は廃棄物かどうかも寮生と話し合って決めるべきだ」「（そもそも）人が住めない状態になってしまったのは誰のせいだと思っているんだ」などと反論した。交渉の結果、大学当局は「これまでの吉田寮への補修を行ってこなかったことを認める」「今後吉田寮の補修を行うよう努力する」「老朽化の抜本的対策としての新寮建設の具体的プログラムを示すよう努力する」「話し合いの議題も含めて、寮に関することはすべて寮自治会と話し合い、合意の上決定する」と文書で確約。この文書に満足した吉田寮はⅣ棟の取り壊しに同意し、Ⅳ棟は8月4日から6日にかけて取り壊された。この事件で吉田寮と大学当局の間に雪解けムードが生まれ、以後、両者は紛争終結を目指して話し合いを重ねた。1988年11月、河合隼雄学生部長は吉田寮との話し合いの席上で「終戦協定」の素案を提案した。それは「吉田寮は寄宿料の納付および寮生名簿の提出を行う。大学当局は西寮を撤去し東寮を補修する。これをもって『在寮期限の執行完了』とする」というものだった。吉田寮は河合案にいくつか注文を付け、1989年1月24日に大学当局と合意に達した。最終的な合意事項はおおむね以下である。「大学は東寮の補修を行う。西寮代替スペースとしてプレハブを設置する。現寮の補修を行ってこなかったこと、及び今回設置するプレハブが西寮代替スペースとして不十分であることを認め、今後も寮機能の回復、維持、発展に努める。その抜本的解決策として新しい寮の建設に努める。入寮募集停止を解除する。西寮撤去を理由に吉田寮の寮内労働者の削減を行わない。一方、吉田寮自治会は西寮を明け渡す。在寮者名簿の提出と寄宿料の納付を行う。また、大学は今後も継続して学生との話し合いを行う。他の厚生施設に関しても、当事者と話し合うことなく一方的な決定を下さない。また、大学は寮自治会と確認した以上の諸点に関して学生部長名文書に記述し次期以降の学生部長に引き継ぐ」1989年3月、吉田東寮中庭にプレハブが建設される中、吉田西寮第Ⅰ・Ⅱ棟が撤去され、以後、吉田東寮は吉田寮と呼ばれるようになった。4月14日、吉田寮は在寮者名簿の提出及び寄宿料の納付を行い、4月18日、評議会は在寮期限の執行完了を了承した。吉田寮は存続した。