FMW追放後は、新日本プロレスへ参戦。1999年1月4日の東京ドームでの佐々木健介戦を皮切りに、蝶野正洋、グレート・ムタ、長州力らトップレスラー相手に、メジャーの新日本マットで電流爆破マッチも実現。「大仁田劇場」と称された、真鍋由アナとのやりとりは、視聴者を楽しませた。新日本参戦とほぼ並行して、一部のインディー団体やFMWのOB・OGたちの協力を得て「大仁田厚プロレスリング」と銘打った自主興行を開催。小規模ながらも団体並みにシリーズを組んで、地方巡業も行った。2001年に「ジャイアント馬場三回忌追悼興行」で古巣・全日本に16年ぶりの参戦。テリー・ファンクと組み、アブドーラ・ザ・ブッチャー、ジャイアント・キマラ組と対戦した。2003年にWJプロレスに参加して越中詩郎と電流爆破マッチを行う。2005年3月26日は、午前中に日本武道館での明治大卒業式に出席し、午後は後楽園ホールでプロレス興行「プロレス卒業試合」を行う。試合は矢口壹琅と組んで天龍源一郎&越中詩郎と対戦する「ノーロープ有刺鉄線ストリートファイトトルネード・バリケードマット・ダブルヘル・フライパンデスマッチ」で、これで3度目の引退となったが、すぐに「曙太郎とデスマッチをやりたい」と発言するなど、誰も本当に引退したとは思っていなかった（曙とのデスマッチは後述の通り2012年に実現している）。大方の予想を裏切らず、2006年に「国のために死んでいった方々に礼を尽くす、記念すべき大会。もし良かったら参加させてほしい」と、4月1日の靖国神社奉納プロレス大会への参加を中村祥之代表らに直訴し、「大仁田厚提供奉納試合」として3度目の復帰戦を行う（大仁田、田中将斗、ランジェリー武藤組 対 ケルベロス、ヤヤ谷口、イチローキング矢口組）。当初はやはり「この一試合限り」ということだったが、2007年1月に正式にプロレスラー復帰を宣言。2月に行われるプロレス団体・二瓶組復活興行に参戦。それまで認める発言をしていた曙に対し「プロレスにはいらない存在、年内に葬り去る」と発言。2007年4月29日に夕張市でチャリティー興行を自主興行で開催する。自らも出場したメインの有刺鉄線デスマッチに、衆議院議員の鈴木宗男を特別レフェリーに迎えて破天荒な試合を繰り広げた。2008年2月5日、都内会見にて現役復帰を発表（通算5度目）。同月24日のLOCK UP後楽園大会に予告通り乱入し、長州力宛てにタッグ結成を申し出る手紙を渡す。乗り気な発言は見られなかった長州だったが、後日、リキプロ道場にて長州と対面しタッグ結成をほのめかした。4月、金村キンタローの強制猥褻事件からの復帰を思わしくないとする発言に、金村本人が激怒。後に開かれた大仁田の会見に金村が乱入し一触即発となった。5月、LOCK UPの大会にて、金村・折原昌夫vs大仁田・越中がメインに組まれたが、結果は大仁田が毒霧攻撃で反則負けとなった。この2月の会見後、フリーとなった若林健治アナ（元・日テレ）との掛け合いから、「大仁田劇場」も復活となった。2008年12月18日、「昭和プロレス 第2弾興行」後楽園ホールでメモリアルタッグマッチ（20分1本勝負）に出場。栗栖正伸とタッグを組み、グラン浜田・鶴見五郎組に敗退した。2009年9月26日 『大仁田興行』新木場大会。メイン終了後にターザン後藤が姿を現し、大仁田と握手した。2010年5月5日、『大仁田興行』新木場大会で、ターザン後藤と組みザ・グレートパンク＆初代ザ・シューター組と対戦し、『6度目』の引退試合を行うが、すでにカムバックを匂わす発言もしている（過去にプロレス雑誌で“生涯現役”と豪語しており、カムバックの可能性大だと予測されている。ターザン後藤から大仁田の引退はFMW時代から全く認められていない）。2010年11月22日、ミス・モンゴルのデビュー15周年記念興行で、田中将斗＆黒田哲広＆ミス・モンゴルと組み、ミスター・ポーゴ＆リッキー・フジ＆ジ・ウインガー＆保坂秀樹組と対戦。2012年初頭からは、リアルジャパンプロレスでの佐山聡、ZERO1での曙との抗争を立て続けに宣言したことをきっかけに、「邪道軍」としての活動を活発化。主に矢口壹琅、保坂秀樹を手下として行動を共にする機会が増加する。6月20日に初代タイガーマスクとデンジャラス・スペシャル・ランバージャックデスマッチで対戦するが敗北、曙との抗争でも、8月26日「横浜大花火」（横浜文化体育館）にノーロープ有刺鉄線バリケードマットダブルヘルメガトン電流爆破デスマッチで対戦し敗れ、この2件の抗争は継続する。2012年8月より大仁田の興行は「○○大花火」（○○は開催地や開催地の名産品などが入る）となり、ファースト・オン・ステージが協力し、ファースト・オン・ステージが運営するZERO1が協力している。2013年2月8日「なにわ大花火」（大阪府立体育会館第一体育館）において、曙と再戦。そのときの試合形式は、「ノーロープ有刺鉄線電流爆破なにわ地獄デスマッチ〜有刺鉄線電流爆破バット＆有刺鉄線電流爆破椅子〜」で、従来の電流爆破デスマッチのシチュエーションに加え、衝撃を加えることで電流爆破が発生する有刺鉄線を巻きつけたバット及びイスをリング上に設置した状態で行う前代未聞のものであった。この試合で大仁田は有刺鉄線電流爆破バットでの一撃で曙を下し、リベンジを果たす。8月31日「横浜大花火」（横浜文化体育館）おいて、大仁田厚の化身「グレート・おおニタ」と、曙の化身「KILLER "ANY" WHERE」による「ノーロープ有刺鉄線メガトン電流爆破＆史上初！ 人間爆弾デスマッチ」も行われ、大仁田は全日本プロレスの白石伸生オーナーを人間爆弾に指名。この人間爆弾とは、爆破ベストを着た人間が衝撃を受けると、ベストが電流爆破されるという仕組みで、その人間爆弾を先に爆破させた者が勝利するという特別ルールが設けられる。試合では、白石オーナーが自らおおニタにタックルを浴びせ被爆、ダウンした白石オーナーにおおニタが覆いかぶさりカウント3が取られる形で幕を閉じた。同年5月からは、葛西純による大仁田への批判コメントをきっかけとして、彼が率いる「unchain」と邪道軍による抗争がプロレスリングFREEDOMSにて勃発。この最中に同団体の所属レスラーであるマンモス佐々木が邪道軍へ寝返ったことから、FREEDOMS全体との抗争へ発展した。10月14日「越後大花火」（朱鷺メッセ）、12月13日「常陸国大花火」（茨城県立スポーツセンター体育館）、2014年3月21日「とんこつ大花火」（博多スターレーン）を開催した。2014年に、東スポ紙上で「還暦電流爆破を持って一線を引く」と発言し7度目の引退を示唆し、電流爆破を引き継いでもらいたいとして後継者探しをしていることも明らかになった。2015年から大花火を爆破規模を2倍にパワーアップした「超花火プロレス」として3年以内の団体化を宣言（ZERO1およびFOSとの提携関係は継続）。新たなベルト「爆破王」を製作し、1月23日「なにわ超花火」（大阪府立体育会館第二競技場）において初代王座戦が髙山善廣との「ノーロープ有刺鉄線電流爆破ダブルバット・ダブルヘルデスマッチ」によって行われ、髙山が初代王座に輝いた。3月21日「とんこつ超花火」（博多スターレーン）において、爆破王選手権「ノーロープ有刺鉄線電流爆破マッチ」で勝利して第二代爆破王を戴冠した。3月22日に行われた全日本プロレス博多スターレーン大会に来場、全日本プロレスの若手につまみ出されそうになるもチケットを誇示し観客であることをアピール（FMW時代の「チケット持ってますか」事件のオマージュ）。秋山準社長へ電流爆破への招待状を持参した（タッグパートナーの大森隆男が受け取った）。4月に旗揚げされた「超戦闘プロレスFMW」に参加。5月23日「大江戸超花火」（大田区総合体育館）において、同郷の長与千種とのコンビでダンプ松本&TARUとの「男女混合電流爆破デスマッチ」に勝利。6月25日、超花火プロレス・ZERO1・FMWの業務提携を発表。2016年8月26日、ファイヤープロレスリングを旗揚げしたが、同年11月29日に、2017年10月ごろに富士通スタジアム川崎で開催予定の「さよなら大仁田、さよなら電流爆破」興行で現役引退の意向を表明。大仁田の引退は7年ぶりで通算7度目である。なお、正式な引退試合は10月31日後楽園ホール大会となり、大仁田はKAI&鷹木信悟と組み藤田和之&ケンドー・カシン&NOSAWA論外組を相手に戦い最後は論外に勝利した。2018年9月28日、ファイトマネーを貰わないボランティアレスラーとしてだが7度目の現役復活を宣言した。2019年2月19日、『ジャイアント馬場没後20年追善興行』第3試合に出場。同年2月22日、変形性膝関節症の治療のため、佐賀県内の病院で両ヒザの人工関節置換術を受けた。