1865年京都。新選組は新たに隊士を募集した。多くの志願者が集まる中、一際異彩を放つ美少年がいた。加納惣三郎と名乗るその青年は、新選組きっての剣豪・沖田総司をも手こずらせる程の剣の腕の持ち主だった。そして、もう一人、加納と双璧をなす程の剣の腕の持ち主・田代彪蔵の二人が、その剣の腕を認められる。伊藤は近藤と土方に「剣術だけで測るのは気にくわない」という発言をするが、土方は「新撰組は歯向かうものを斬るための集団」とねじ伏せ入隊させた。しかし、この二人の入隊によって新選組内部の空気は少しずつ変わっていくことになる。田代は衆道（男色）の気を持つ男であり、惣三郎を衆道に引きずり込もうとしていた。隊士の中にも、美男である惣三郎に言い寄る者が現れるなど、隊内の秩序を重んじる土方を悩ませる噂が流れた。土方が近藤にその事を話すが、近藤はあまり気に留めるどころか惣三郎を可愛がるような発言をした。腑に落ちない土方が、河原で子供に小魚をとらせて遊んでいる沖田に、隊士の男衆騒動についてどう思うか尋ねると、沖田は「そういう風潮は嫌いだ。」とキッパリと答える。土方は「血気盛んな男たちが集まって何日も国について空想を語るうちに、それが現実と区別出来なくなりおかしくなる。」と愚痴をこぼした。すると沖田は「悪人が悪人を呼ぶ。その親玉は土方さんだ。」と自業自得さを無邪気に笑い、土方は困惑する。ある日、近藤が広島に呼ばれ、今後について話し合いをするという。周囲に流されのらりくらりとする近藤に土方は「あんたはどう思っているんだ？」とつい怒鳴ってしまう。結局答えが聞けぬまま、土方が沖田と留守を預かる。ある秋晴れの日、寺の前で居眠りをしている老人に惣三郎が注意すると、老人は飄々としている。刀を持つ老人に「流派は何か？」と聞くと老人は宗旨と勘違いするが、惣三郎が正すと「若先生やトシさんと同じだよ。」と穏やかに答えた。驚いた惣三郎は無礼を侘び、その場から立ち去る。すぐに仲間と談笑している沖田にその老人の正体を尋ねると、沖田は「井上さんだよ。近藤さんや土方さんと同じくらい偉い人だよ。まだ40歳前後で老人ではないよ。でも腕は近藤さんや土方さんよりかなり下だよ。」と答えた。しばらくすると、惣三郎を気に入り「お宗旨さん」と名付けた井上は自ら惣三郎に稽古をつけてやると話す。井上と惣三郎が稽古中、明らかに惣三郎は井上より腕が良かった。しかし目上なため、稽古を続けた。すると肥後訛りの男二人が覗きこみ、その様子を鼻で笑い、新撰組に喧嘩を売り、逃亡する。当然騒ぎとなり、山崎から土方にその旨が伝えられた。下の者が注意出来ないため、その日の晩、井戸で自らの衣服を手洗いしている井上に、土方は井上に罰として肥後訛りの男二人を始末するよう命じる。土方は「（腕もないのに）何故加納に稽古をつけたんですか？」と尋ねると、井上は「お宗旨がね…」と気まずそうに答えると、沖田が現れ、自分が加納に井上に稽古をつけてもらうように言ったと井上を庇う嘘をついた。数日間におよび、井上と惣三郎は肥後訛りの男を捜し出し、居場所を突き止める。井上は惣三郎を連れて夜中に男たちの隠れ家に行くが、肥後訛りの男たちの方が強く、井上は足を折り、惣三郎は額を負傷する。幸い、井上と同部屋で乗り込みに行く話を寝たフリをしながら聞いていた沖田が「腕の悪い井上と、新造の加納ではダメだ」と2人が去った後に着替え、土方を起こし「あなたが悪いのですよ、あんな言い方をすれば井上先生は躍起になる。死ぬつもりです。」と土方を注意し、土方の承諾を得た沖田が新撰組を引き連れ、肥後訛りの男たちを斬り殺す。その騒動後、12月22日に近藤が帰宅。帰りの酒宴中に、井上が近藤に謝罪に来る。その際の近藤の発言を土方だけが怪しく感じた。そんな中、惣三郎に密かに想いを寄せ、「お前と一晩共にし、明けの鳥の声が聞ければ満足だ。」と惣三郎と密会していた隊士・湯沢藤次郎が何者かによって斬殺される。斬殺される数時間前まで怪我したままの惣三郎と枕を交わしており、湯沢は惣三郎に「田代と別れろ」と言うが惣三郎は「別れられない」と首を縦に振らない。頭にきた湯沢は惣三郎の首を絞め、殺そうとするが、結局惚れた弱みで殺す事が出来なかった。湯沢の死を土方は湯沢の恋敵であった人間が斬ったのではないかと疑い始める。その事を近藤に話すと「加納を始末しろ。」と言われる。土方は「御法度ではないし、若い隊士にそれは酷だ。」と反論すると、近藤は「誰も殺せとは言っていない。遊郭で女を覚えさせろ。大体何故加納はいつまでも前髪なのだ。」と怒る。そこで土方は、山崎を呼び出し、加納を遊郭に連れて行くよう指示する。いくら近藤や土方の頼みとは言え、当然資金は隊からは出ない、幸い加納は金持ちの息子で自腹が切れる。しかし山崎は実費となるが土方が自ら金を渡し、女好きである山崎は笑顔で承諾した。翌日さっそく山崎が加納を「祇園へ行かないか？」と誘うが、断られてしまう。山崎は土方に金を返し、断られた事を伝えるが「相手はまだ子供だ。それに色んな男に言い寄られた上に山崎にまで言い寄られたら嫌だろう。」と無理に続けさせた。1ヶ月もすると、加納から「山崎さんと祇園に行きたい」と笑顔で伝えてきた。男衆が全くない山崎ですらその笑顔に思わず揺らぐが「いかんいかん」と仕事を全うする。加納を祇園へ連れていく約束をした事を土方に伝えると、土方は笑い出し「加納に惚れられたな」と意地悪を言うが山崎は嫌な顔をし「私にその毛はありません。」と呆れた。しばらくし、加納を祇園に連れていくと、馴染みの茶屋で亭主に「初めてだから気立ての良い娘にしてくれ」と頼む。いつものように花魁をあてがおうと亭主が提案するが、加納が金持ちなため、店一番の太夫を加納にあてがい、本人は遊ばず、他の店で酒を飲み、朝方帰宅する。門番に「加納は帰ったか？」と聞くと、山崎より1時間ほど前に帰宅したと聞き安堵する。しかし翌日、茶屋に行くと女将から「加納が大騒ぎして山崎の名ばかり呼び、結局太夫と遊ばなかった。」と注意を受けた。その帰りに山崎が何者かに襲われる。しかし腕の立つ山崎は提灯を切られただけで怪我はなかった。切られた提灯を探していると、犯人が小刀を落としている事に気付いた。隊に帰り、小刀を無くしたものを探すとそれは田代の物だった。犯人が田代と判明した事で近藤は「加納に田代を始末させる。」と決めた。土方は「それはあまりにも酷だ。」と感じるが、隊士を襲うことは御法度で死に値する事なため、渋々承諾する。近藤は見届け人を土方と沖田を任せる。場所は隊士にわからぬよう夜の河原となった。遠くから2人を見届ける合間に、沖田が奇妙な話をしだす。それは最近体調が悪いため、床に伏せる間暇 潰しに読んだ「菊花の契り」という物語であった。土方は良い話だと言うが、沖田はその話は男衆の話ではないかと推測する。また、それは土方と近藤ではないかと。土方が激昂すると、加納の元に田代がやってくる。加納が斬りかかると田代は「お前が小刀を盗んで、俺を嵌めたな！」と刀を抜いて加納に襲いかかる。犯人が加納と知り、土方は驚く。戦ううちに加納は態勢を崩し、田代に斬られそうなる。その瞬間に加納は憂いを帯びた目で田代に何かを呟く。すると田代が動揺し、その隙をついて加納が田代を斬り殺した。土方は「何を呟いたのだろう？」と沖田に聞くが「聞こえなかったが、聞こえても意味はわからないだろう。2人が枕を交わしている時の言葉ではないだろうか？」と答えた。無言で帰宅する土方と沖田だが、沖田が「用事を思い出しました。先に帰ってください。」と河原へ引き返す。走り去る沖田の背中を眺め、土方は、「沖田が加納に色をかけていたのではなく、加納が沖田に色をかけていたのか。」と気付く。その瞬間、加納が沖田に恋心を帯びた声で沖田を呼ぶ声がしたが、その声は沖田の斬りかかる声で掻き消された。土方は「バケモノめ」と唾を吐き「惣三郎め、美男過ぎた。男たちに嬲られてる間に、バケモノが住み着いたのだろう」と呟くと、早咲きの桜の木を斬りつけた。