1965年オフ以降、恩師であった鶴岡一人との確執が表面化しはじめ、同年11月に自身の理解者であった蔭山が急逝する。1968年からはコーチ兼任となり、同年オフに母親と死別。また、この頃に関係がうまくいっていなかった前妻とは別居状態となった。野村は別居状態になった理由は前妻の浮気であると語っている。戦後初の最下位に終わり飯田徳治監督が辞任。後任監督には西沢道夫・青田昇が候補にあがっていたが、川勝傳オーナーから「南海再建を託せるのは君しかいない」と熱心に口説かれ1969年11月1日、34歳の若さで選手兼任監督に就任した。この時に野村が挙げた条件がドン・ブレイザーをヘッドコーチにすることであり、野村は「ブレイザーがヘッドじゃなきゃ監督は引き受けなかった」と語っている。捕手というポジションで野球を突き詰めて考えていた野村は、以前からブレイザーの野球への知識に感銘を受け、共感できる部分が多いと思っていた。監督と選手を兼任するプレーイングマネージャーとして「4番打者」「捕手」「監督」の3つの重責をひとりで担うことになった。野村の著書によると、このときの年俸は選手、監督分を合わせて1億円を超えていたという（当時の南海は給料を税金分天引きした手取りで渡していたため、1億円を超えていなかったが税金分を含めた給料は1億円を超えている）。投手コーチに日通名古屋の監督であった古谷法夫、打撃コーチには日刊スポーツ記者の傍らTBS解説者として人気を博していた沼澤康一郎を招聘。監督兼任となってからも打棒は健在で、1970年シーズンは42本塁打を記録。この年は大杉勝男と最後まで本塁打王を争い、ともに42本でそれぞれのシーズン最終戦を迎え、ここで大杉が2本塁打を放ち、44本として野村に2本差をつけた。これに対し野村は打席数を増やすためにそれまで全試合座っていた4番を捨てて1番打者として出場したが、本塁打を記録できず、大杉に及ばなかった。同年10月18日の西鉄戦では史上4人目となる通算2000本安打を達成。1972年には打点王を獲得した。この頃には、後の妻、野村沙知代との愛人関係が始まっている。監督就任1年目は新人・佐藤道郎を抑えでフル回転させ、何とか投手陣をやり繰りして2位となったが、2年目は勝率が5割を切って4位で終わる。ここで野村は他球団で燻っていた投手たちの獲得を目指すことにした。トレードで東映から江本孟紀、巨人から山内新一、松原明夫を獲得した。弱体化していたチームを立て直し、1973年にリーグ優勝を果たした。当時パ・リーグで採用していたプレーオフ制度を最大限に利用し、実力は南海より上と見られていた阪急を退けての優勝だった。監督兼任でありながら、選手としても.309、28本塁打、96打点の成績を残し、MVPに選ばれた。しかし、日本シリーズでは巨人に敗れ、V9を許す結果となった。阪急の1番打者として活躍していた福本豊の盗塁を阻止するため、投手に素早いモーションで投球させた。これが後のクイック投法の原型である。クイック投法の重要性自体は三原脩が既に提唱していたが、南海投手陣にその意識をもたせてリーグ戦で使い、パ・リーグ全体に普及させたのは野村だった。この頃は現役生活も晩年に差し掛かって肩が衰えており、それを補うために考え出した策である。監督としての野村はトレードに対しては積極的であった。トレードの理由としては単に戦力的な面だけではなく、実は選手を借金地獄から救うためや、チーム内での交友関係を思い、移籍先に頭を下げて引き取ってもらったこともあったという。西岡三四郎は投手コーチと衝突したためトレードに出して欲しいと直訴してきた。野村は「自分が球を受けているから、主力でいられるんや」と慰留したが、本人の意思が堅かったために止むなく放出する。西岡はわずか数年で2球団を渡り歩き、ユニフォームを脱いだ。逆にトレードで迎えたある選手には、飲み屋のツケを全て調べ、「お前は南海に野球しにきたんやろ、これで全部（ツケを）払ってから、球場にこいや」と言ってポンと現金を渡した。以来その選手は「この人のためなら」という気持ちになったという。一方で放出した選手の一部には恨まれることもあった。1972年、チームでは、一部選手が野村の指導にはついていけないと首脳陣にこれまでの方針撤回を迫り、クーデターが起こった。それに対して野村は代表して意見を具申してきた三浦清弘に対して、強制的に任意引退の手続きを取るという強硬な手段に打って出た（最終的に三浦は、同じ大分出身の稲尾和久のいる太平洋クラブに引き取られた）。1975年オフ、長嶋茂雄が監督に就任した巨人はこのシーズン最下位に沈むと、コーチ陣のテコ入れのため、極秘で野村に接触、巨人の当時球団常務だったロイ佐伯、広報担当の張江五が交渉し、選手兼任ヘッドコーチというオファーを打診。当時、チーム内の派閥抗争に巻き込まれ孤立していた本人は快諾した。ところが肝心の長嶋が同意しなかったため、“巨人・野村克也”は幻に終わった。1976年に江本らとのトレードで阪神から獲得した江夏豊が、移籍1年目に思うような成績が挙げられなかったことから、江夏をリリーフ専任投手として再生することを決断。「プロ野球に革命を起こそう」という決め台詞で江夏を説得し、江夏は1977年6月からリリーフに転向。この年19セーブを挙げて最優秀救援投手に輝いた。江夏は「『革命』と言われなかったらリリーフ転向はOKしなかったと思う」と語っている。投手分業制を提唱し実践していた近藤貞雄の存在や、江夏のこの活躍などがあってリリーフの役割の重要性を球界に認識させ、先発、中継ぎ、抑えというピッチャーの分業を本格的に定着させるきっかけとなった。1977年9月28日、シーズン終了まで2試合を残して解任される。当時はまだ愛人関係にあった沙知代（当時は伊東芳枝）の「チーム・選手への口出し、および度重なる公私混同」が理由で、このことが野村を大事にしていた川勝オーナーの耳にも入り解任に至った。野村が「鶴岡元老らOBの政治的圧力があった」と述べているように、監督退任後も依然として支配力を発揮していた鶴岡との確執が原因の一つと考えられる。広瀬叔功は著書の中で「南海の監督を辞めてから鶴岡親分が監督人事に口を挟むことなど考えられなかったし突拍子もない言いがかりだと思った」、「当時を思い起こせば監督夫人が球場へ出入りしていろんなことに口出していてチーム内に不協和音が満ちていた。川勝傳オーナーが『泣いて馬謖を斬る』と、自分がもっとも信頼をおいていたノムやん解任に踏み切ったのも無理はなかったろう」と記している。江本は著書の中で沙知代が大阪球場に電話をかけてきて「なんであんな選手を使ってるの！」、「コーチを出しなさい」などと怒鳴り、選手起用が悪いからバッティング・コーチを電話口に呼び出せと言ったと言う。「えらいこと言うオバハンやな」、「公私混同でひっかきまわないでくれや」と選手もウンザリしていたという。1975年オフに選手会が緊急会合をもち、「野村監督に忠告しよう」と決議したもののベテランは尻込みし、中堅選手も次々に腰が引けたため、結局最後まで残った江本、西岡三四郎、藤原満の3人が大阪のホテルで野村に直談判し「監督、プレーイングマネージャーなんですから、公私の区別をきっちりつけて選手が納得できるよう収めてください。」と話をして野村は神妙な面持ちで聞き「やっぱり話の分かる人だな。」と江本ら安心して引きあげたが江本、西岡は同年オフトレードで移籍している。なお、後任の監督に広瀬が決定するまでの残り2試合は、当時二軍監督だった穴吹義雄が指揮を執った。1978年（昭和53年）、前妻との離婚が成立した野村は沙知代と再婚した。この時のことについて野村は著書やテレビで後援会長の葉上照澄と会った時に、「野球を取るのか女を取るのか」と聞かれ、「女を取ります」と答えたと言っている。監督解任時の会見でも沙知代の「チーム・選手への口出し、および度重なる公私混同」を否定。「コーチ会議に出した覚えもないし、それほど常識のない女とも思っていません」と発言している。解任後は進退について大いに悩み、多くの知人にも引退を勧められたが、現役続行を選び、以前より誘われていたロッテに移籍した。南海の選手のうち、野村の解任に反対していた柏原純一と江夏豊はそれぞれ日本ハム、広島に移籍。打撃コーチの高畠康真も南海を退団し、野村と共にロッテに移籍した。この年を最後に南海はAクラスに入ることなく1989年にダイエーに身売りされた。また、ホークスの連続Bクラスは1997年まで20年続いた。