電通と映連を中心に創設したが、電通と日本テレビがイニシアティブを執っているなどと批判され、また短期間での開催で一億円近い運営費の出所が不透明などと、マスメディアに叩かれ評判が悪かった。こうした事情で、なかなか賞を受け取ってもらえないケースもあり、お金もなく運営に苦労した。創設に当たり国内最大の映画賞を作るという意図で、アカデミー賞協会準備委員会が発足され、東映、松竹、東宝など各映画会社を始め、日本を代表する映画人に参加を呼び掛けた。しかし参加を打診された黒澤明が、週刊誌上などでそのネーミングに散々ケチを付け、「アメリカには映画芸術科学アカデミーという組織があって、そこが与える賞だから、アカデミー賞なんだ。そんな実体も無いくせに、何が日本アカデミー賞だ。電通か日本テレビ賞とでもすべきだろう」「アカデミー賞の真似事でくだらない。あんな賞には、なんの権威もない」「大手映画会社抜きで、映画芸術科学会議をぼくたちで作って出直しをやるべき。まず実行委員会を組織して映画研究所の設立から始めるべきでしょう」などと批判した。この黒澤発言に腹を立てた映連会長で東映社長の岡田茂が「黒澤などウチ(東映)では映画は撮らさん」と批判。「黒澤は権威主義だ」などと黒澤バッシングも起こり大きな騒動になった。また黒澤以外からも運営方式、投票方式などで批判が相次ぎ、勝新太郎や石原裕次郎など独立プロを率いる実力者も批判ないし無視した。しかし同じ独立プロを率いる三船敏郎は「年一度のお祭りなんだから出席しなきゃいかん」と何故か協力的だった。各賞は日本アカデミー賞協会会員の投票により、担当部門の選考をするものだが、当初問題となったのは俳優部門の会員の意識が低いことで、ノミネート投票の有効率は全体で60％ぐらいで、俳優会員が25％。アメリカのように俳優のユニオンが確立していないためか、忙しくて映画を観ないのか、自分たちで映画を育てていこうという意識がなさすぎた。一本でも多くの映画を観てもらおうという配慮で、会員は年会費(当初は1万5千円）を払えば、主要映画館で映画を無料で観ることができる会員証が与えられていたが、中にはポルノ映画ばかり見続けた剛の者もいた。　第1回は本場アカデミー賞を意識し、テレビ生中継もアカデミー賞のVTRが流れた翌日の放送にした。第1回授賞式ではアカデミー賞を代表してロック・ハドソンが「私たちのアカデミー賞は創設後半世紀を経た。その間技術のみならず文化、教育に大きく寄与してきたが、日本にも同じ目的の協会が出来て大変うれしい」などと祝辞を述べた。授賞式会場にはノミネートされた映画人全員が出席し、司会は岡田真澄と徳光和夫が務め、高倉健、渥美清、北大路欣也、郷ひろみ、林隆三、武田鉄矢、川谷拓三、若山富三郎ら、男性はタキシードで、岩下志麻、秋吉久美子、大竹しのぶ、倍賞千恵子、山口百恵、桃井かおりら女性は目の覚めるような着物かイブニングドレスで決めた。またプレゼンターを森繁久彌、三船敏郎、山田五十鈴、京マチ子、鶴田浩二、丹波哲郎、原田美枝子、二谷英明、松坂慶子、田宮二郎、田中健、司葉子、市川右太衛門、フランキー堺、三橋達也、八千草薫、上原謙、多岐川裕美、中井貴恵が務め、アトラクションで石坂浩二、小林旭らが登場し、これほどのスターが一堂に会したのは日本映画史上初めてといわれた。ただこの年は各映画賞とも『幸福の黄色いハンカチ』が主要部門を独占したため、主たる映画賞が終わった最後の開催でまた『幸福の黄色いハンカチ』の各賞独占で盛り上がらず、映画賞と関係のない和田アキ子やクレイジーキャッツ、木の実ナナなどの派手なショープログラムが途中に挟み込まれ、そうした場に慣れてない映画人は面食らった。第一回は受賞式の進行も拙く準備不足を露呈し、「来年もやれるの？」という声がマスコミから上がり、長くは持たないという見方もあった。このため第1回の大谷隆三から協会会長が岡田茂に代わり、岡田は「電通色が強すぎたという反省をこめ、本賞の主旨に沿う組織作りからやり直した。映画界にとっての最大のイベントを作る」と抱負を述べた。第1回の赤字1,200～1,300万円は、電通と各映画会社で被ると発表した。また第2回から副会長に森繁久彌を指名した。第2回では最優秀音楽賞を受賞した武満徹が受賞会見で黒澤同様「アメリカのマネをした名が嫌い」と批判し、さらに「撮影、録音、照明、効果、美術などの重要なパートを技術賞一つに押し込んでいる。実際の映画作りにおいて、いかに現場の人たちをないがしろにしているかの象徴」などと製作側からの無茶な仕事の発注を批判し「来年は出ない」と話した。武満の批判を受け、翌年からは技術賞を撮影賞、照明賞、美術賞、録音賞に独立させ裏方的存在だった技術部門にスポットを当てた。第3回の冒頭挨拶で、岡田茂協会会長は「我が協会は、ようやく3歳の幼児であり、まだまだ本当の意味で自立できるところまで成長できていません。日本映画にはお祭りがなさすぎるのでこの祭典を大切にしていきたい」と述べた。また森繁協会副会長は「この催しはお祭りだと思う。固くならないで楽しい会であって欲しい。役者というものは女優は35歳ぐらいまで、男優は40歳ぐらいまでセックスの勉強をして芸の本番が発揮できるのはそれからだし」と笑いを求めたが拍手はお義理で空虚なものだった。第1回の岡田真澄、第2回の宝田明のような真面目な司会ではなく、ショー的要素を高めるという意向で、第3回からは山城新伍が司会を担当。スペシャルゲストにラクエル・ウェルチを招いた。「ハリウッドで最も衣装代が少なくてすむ女優」と評されるウェルチは、日本人にはとても出来ない胸元のVが深々とカットされたグラマラスな姿態を否応なしに見せつけ、受賞者のようにテレることのない威風堂々とした態度と晴れやかなこの表情こそ、ショーアップ最大のポイントであるとアピールをしているようだった。しかしウェルチの登場だけは熱気を帯びたが、全体には熱気に乏しく祭りの感はなかった。閉会の挨拶は三船敏郎が務めた。この第3回では最優秀主演女優賞として桃井かおりが有力候補に挙がったが、桃井が受賞を拒否するという噂が早くから流れたため、全国中継で受賞を拒否すれば一大ニュースになると、それを期待し授賞式当日にマスメディアが大勢会場に押しかけた。この予想に反して桃井は授賞式に出席し最優秀賞を受け、「嬉しいです。以上」の一言で檀上を降りた。記者会見では「私が貰わないという噂が流れてたのよね。貰えると思っていなかったけど、来なかったら騒がれるし、それがイヤで来たわけよ」などと、賞に対するリスペクト0の発言をし、また反発を買った。第6回では同じ最優秀主演女優賞候補だった夏目雅子と田中裕子から桃井は「同席はご免よ」と同じテーブルに着くことを拒否され、松坂慶子といしだあゆみにも「桃井さんの隣はイヤ。怖いもの」などと候補者全員から同席を拒否された。この煽りで桃井は授賞式を欠席し後味が悪いものになった。大きな騒動になったのは第4回。この年の最有力は『影武者』であったが、創設時より本賞の批判を繰り返していた黒澤明がノミネートの発表前に『影武者』を選考対象にしないよう日本アカデミー協会に申し入れてきた。次いで『影武者』に関係し賞にノミネートされていた山崎努や大滝秀治が同調し、スタッフもそれに続いた。仲代達矢は『二百三高地』まで辞退する形をとった。黒澤は『週刊プレイボーイ』のインタビューで、「いま日本映画にとって重要なのは監督、撮影、シナリオ等の各種団体が一丸となる組織が必要だ。そんなものがないからアカデミー協会なんてバカなものが出来る。あれは金もうけでやっているのだろう」などと改めて批判した。これを受けアカデミー協会は岡田茂会長名で黒澤に質問状を発送し、質問状に「巷間、伝えられるところによると、あなたは他の出演者、スタッフに対しても自分と同じようにボイコットをするように働きかけた」と書かれた箇所があり、これに黒澤がカチンときて1981年1月12日に東宝撮影所で記者会見を開き、質問状を報道陣に見せ、「事を穏便に済まそうと思うから、事前にノミネートを辞退するという細かい配慮をしているのにこういうことをされちゃ怒らざるを得ない。強制したなんて全くの事実無根だ」などと烈火の如く怒った。これを受け同じ日に岡田茂も懇談会を開き、その場で痛烈な黒澤批判をブチ上げ「黒澤監督程の巨匠になれば、自分はひいても他の人に賞をやるべきだ。かつての巨匠、例えば田坂具隆にしても内田吐夢にしてもみんなそういう精神でスタッフ、役者を育ててきた。確かに日本アカデミー賞というのは、業界にとっては何のメリットもなく、ただお祭りをやるだけなのだが、日頃、スポットの当たらない人たちにスポットを当てて上げるのが狙いでもある。黒澤監督はカンヌ国際映画祭でグランプリも取り、世界的な名誉も与えられているんだから、日本でも同じように受けてもいいと思う。黒澤監督が辞退すれば、関係者が辞退するのは目に見えていることで、もう少し考えて欲しい」と話した。キネマ旬報は岡田を擁護し「日本アカデミー賞は次第に失われつつある映画への関心度を少しでも回復するのが狙い。黒澤監督も映画人の一人なのだから、他の人たちと一緒に、どうしたら盛り上がるかを考える立場にいるべき人」「岡田さんと黒澤さんは絶対に合わないと思う。一方は『お祭りでいい』、一方は『お祭り騒ぎだけで終始し権威がない』と言うのだから考え方が根本的に違うんで、だから黒澤監督が辞退してもお祭りは出来るんだぐらいの気持ちを持って行動した方がいい」などと評した。田中友幸協会副会長が、岡田・黒澤会談を画策したが、前日になって黒澤側から「質問状の内容に対しての会見は出来ない、やるならその前にキチッと話し合ってから」と回答があり取り止めになり、そのまま黒澤騒動は打ち切られた。　第4回授賞式で司会を務めた山城新伍がテレビ生中継で『影武者』を全員ノミネート辞退させた黒澤を批判した。山城は実は黒澤映画のファンで、山城が親しい勝新太郎と黒澤コンビによる『影武者』への期待が膨れ上がっていたため、勝を降板させた黒澤批判に至ってしまったこと、また「黒澤批判をテレビで言うらしいぜということで僅かに視聴率が増えるということがTVを利用した日本アカデミー賞と称するものが存続していく方法。視聴率が3％、5％だったらすぐに打ち切りです。だから黒澤さんをターゲットにやった」などと発言の意図を述べた。田山力哉は「日本(世界)映画史上に限りない貢献をした先輩に対して、たかが白馬童子の白塗りチンピラ二枚目上りが、檀上からテレビ中継を通して、感情的に黒澤を悪しざまに言うなど許されるのか」と激怒した。黒澤はそれから10年後の第14回『夢』で優秀作品賞と優秀監督賞にノミネートされ今度は受諾し、日本アカデミー賞もやっと黒澤から認知された格好になった。岡田茂は第10回開催の際にキネマ旬報のインタビューで「第9回のとき、日本テレビ以外のテレビ局からウチで放送させてくれと申し出があった。ここまで来るのに色々なことがあったけど、今の日本のメジャー会社ががっちりスクラムを組む大きな役割を果たしているんだ。だから今では各俳優さんに来てくれって言って断る人はいない。僕は途中、あんまり酷い時に『来たくない人は呼ぶな』『賞をもらいたくない人にはやるな』と言ったことがあるんだ。でもこれは何と言っても黒澤監督の"日本アカデミー賞ボイコット事件"が大きかった。あれは日本アカデミー賞を象徴的に押し上げた部分はあったし、各マスコミが取り上げてくれて、黒澤さんにも一理ある面もあったし、色んな面で良かったんじゃないかと思う」などと述べた。第4回のときに黒澤は「お祭り騒ぎのようなことをしても映画の地位は上がらない。政府を動かして国際映画祭を開くべき。映画先進国で国際映画祭がないのは日本だけ」という批判をしたが、結局この国際映画祭も間もなく岡田茂らの尽力で創設されている。第5回では『連合艦隊』で優秀美術賞と優秀録音賞に選ばれた阿久根厳と矢野口文雄が「お祭り騒ぎの賞」と批判し、それぞれ朝倉摂と中山茂二が繰り上げ受賞した。仲代達矢は1982年の『鬼龍院花子の生涯』で第6回優秀主演男優賞を受賞して同賞を受け取り、仲代は「僕は東映に恩義がありますから」と話し、黒澤は非常に落胆していたといわれる。第1回から第6回まで、東映作品の授賞がほとんどなく、1984年の第7回で東映の製作配給映画がごっそり最優秀賞を独占したため、東映会員の投票用紙は東映作品が印刷されてあったなどの噂が立った。また第7回では話題賞で大島渚を犬（『南極物語』）と並ばせたと批判された。1985年の第8回くらいから、特に女優たちからの関心が深くなり、「日本アカデミー賞を取りたい」という意欲が聞かれるようになった。第14回の発表授賞式で松岡功組織実行委員長が「日本アカデミー賞は14年目を迎え映画人がどうしても欲しいと思う権威ある賞に育った」と話した。