エンゲルスのビジネスライフにはマルクスへの金銭面と知的交友面での自己犠牲の他に、自分自身の健康面への自己犠牲も伴った。1850年代末から60年代初頭期にかけて、エンゲルスは過労から深刻な体調不良に悩まされていた。1857年には膿瘍を患った他、膿瘍の回復も待たず続いて腺熱で倒れてもいる。この病は妹マリーの看病によって早期に回復を見せ始め、1857年の経済危機の勃発により革命に近づいているという期待感と共に完治した。しかし、病気による不運はエンゲルスではなく、彼の家族に及んだ。1860年にはフリードリヒ・エンゲルス(父)が世を去った。エンゲルスは嫌っていた父の死に対して特別な感情は抱かなかったが、エルメン一族との経営権をめぐる会社内の確執で神経をすり減らすことになった。続いて母がチフスで倒れた際は母を深く愛していたエンゲルスも強い動揺に襲われた。さらに、弟のルドルフ、ヘルマンが長子フルードリヒを愛する母の病気に乗じて、エンゲルスから収益の大きいバルメン工場の重要部門の経営権をはく奪しようと画策した。母も闘病生活の中で息子たちの衝突を仲裁することはできず、やむなくフリードリヒは弟たちに経営権を譲渡することになる。その結果、エンゲルスは自身の体調悪化も相まって病気がちとなっていたためビジネスから引退することを考えるようになっていく。1863年冬、エンゲルスにとって大きな痛手が襲った。サルフォードの工場で下積みをしていた青年エンゲルスが見染めて、その後二十年に渡って連れ添った最愛の女性メアリー・バーンズが41歳の若さで突如急逝したのである。あまりに突然のことだったため、エンゲルスはマルクスに手紙を送った。「親愛なるムーア。メアリーが死んだ。昨晩、彼女は早く床に就いたのだが、リジーが真夜中少し前に寝ようと思った時には、すでに息絶えていた。なんとも突然のことだ。心不全か脳卒中だろう。僕も今朝はまだ知らされていなかった。月曜の夜は、彼女もまだかなり元気だった。僕がどんな気持ちでいるかとても伝えることはできない。あの可哀そうな娘は僕を心底愛してくれた。」しかし、マルクスの反応はエンゲルスを落胆させた。メアリーの死に驚きを示しつつ、学費や家賃の支払いといった自分自身の経済状況に関する長文を廻らせ、急の資金援助を求めたのである。さすがのエンゲルスも援助を断ったうえで、「こんなときにこのようなひどい話を君にする私は、恐ろしく利己的だ。しかし、これは同毒療法なんだ。何か悪いことがあれば、別の悪いことからは気が逸らされる。それでは！」と絶縁を想起させるような調子で綴り、マルクスに怒りを示した。さらに、マルクスは五日も経ってからバツの悪い態度で返信したため、エンゲルスはさらに激高して「君はそれ（メアリーの死）を自分の〈私情をはさまない気質〉の優越性を主張するのにふさわしい場と考えたのだ。よろしい！」と言い放った。ようやく、マルクスはエンゲルスを本当に怒らせたことに気づき、「君にあの手紙を書いたのは、私がひどく間違いだった。手紙を送ってすぐに後悔したよ。しかし、そうなったのは決して薄情さゆえではない」と述べ、傲慢なマルクスに似つかわしくはない素直さで丁重に謝罪した。エンゲルスもマルクスの謝罪の言葉に免じて、「一人の女性と何年間もずっと暮らせば、打撃を受けないはずはない。……。今回の手紙はその埋め合わせとなり、メアリーを失った挙句に、僕の一番古い親友までも失わずに済んだことをうれしく思う」と語り、その非礼を許した。エンゲルスは援助を乞うマルクスのためすぐに100ポンドを送金している。この出来事の背景には、マルクスがエンゲルスの愛人であるメアリーを良く思っていなかったことが考えられる。マルクスは学のないアイルランド女工のメアリーを内心では軽蔑しており、決して対等には見ていなかったのである。エンゲルスは労働者階級の素朴な女性を好んでいたため、マルクスと女性観・結婚観が大きく異なっていたと考えられる。二人はすれ違いのなかで絶縁寸前のところまで険悪となったが、再び正直な気持ちを打ち明けて和解した。その後、エンゲルスは妹のリディア・バーンズを家政婦からメアリーの代わりになる伴侶（内縁の妻）の立場に据えている。リジーは気性の激しいメアリーに比べて気さくで社交的だったため、マルクス家と親交が深く、とりわけ、マルクス家の末娘エリノアの回想から、マルクス家とエンゲルス家の絆を強める存在となっていたことがわかる。成長していくマルクス家の三姉妹（長女ジェニー。次女ラウラ、四女エリノア）、リジーとその姪パンプス（メアリー・エレン・バーンズ）、加えてマルクス家の家政婦ヘレーネとの交流がエンゲルスの心の安らぎ、マルクスとの友情の証になっていく。だが、中年期のエンゲルスが実業と研究の両立ができなくなっていることに変化は生じなかった。1864年、会社の重役となっていたエンゲルスはエルメン・エンゲルス商会の経営権を完全に弟たちに売却する協定を結んでいる。エンゲルスは退職金をめぐる粘り強い交渉を重ねた後、1869年、1万2500ポンドを一括受取りする約束を受けて、ついに退職を果たした。かくして、エンゲルスは心身の苦痛を伴う工場経営の職から足を洗い、悠々自適な金利生活者になった。立場の変化はエンゲルスの政治運動への復帰を可能にすると同時に、知的活動を大いに刺激して健康状態は劇的に好転した。翌7月1日の母親宛ての手紙でこう語っている。「お母さん。今日は自由の第一日です。この日の活用法としては、すぐさまあなたにお手紙を差し上げること以外にありえません。私は新しい自由を気に入ってます。私は昨日から全く別人になり、10歳若返っています。私は陰気な街ではなく、すばらしく晴れ渡った空のもと、数時間郊外へ出かけました。そして窓辺には花が置いてあり、家の前には木が数本ある……居心地よくしつらえてある部屋の中で、自分の文机に向かって、……倉庫の全く陰湿な部屋とはまったく違った気持で仕事をしています。」エンゲルスは退職の日の爽快感についてよほど嬉しかったのであろう。マルクスにも「万歳！今日で愛しの仕事とおさらばだ、僕は自由の身だ！」と告げ、マルクスもエンゲルスの「出エジプト」を祝した。マルクスの娘エリノア・マルクスはこの日のエンゲルスの様子をこう描写した。「その朝であった。おでかけのため靴をはいていた、そして『ああ、これでおしまいだ』とエンゲルスがいった。それから数時間たって、エンゲルスはステッキをふりふり歌を歌いながら帰ってくるのが向こうのほうに見えた。その顔はほがらかに輝いていた。かれはテーブルの上にご馳走を並べて、いかにも嬉しそうにシャンペンを抜いた。この光景を見たのは私がまだ子供の時であったから、その意味がよく分からなかったが、今となって、あの日のことを思うと、わたくしは涙を止めることはできない。」1870年、エンゲルスは引退生活の場をマルクスが暮らしていたロンドンに求め、喘息持ちのリジーのために、勾配の少ない地区で落ち着いた住宅地を探していた。マルクスの長女イエニー・マルクスの紹介を受けて物件を見つけ出し、再開発によって北ロンドンの一等地となっていたリージェンツ・パーク近くに立地するプリムローズ・ヒルに居を構えることになった。エンゲルスの邸宅は地下を含め五階建ての住宅で、地下にキッチンと浴室、一階に広々したリビングダイニングがあり、二階にはエンゲルスが一日の大半を過ごしていた応接室と書斎があり、三階と四階はリジーとエンゲルスの寝室、女中の部屋、リジーの姪のパンプスの部屋、来客用の部屋があった。エンゲルスは社交的な雰囲気を好み、各国の社会主義者やバーンズ家の親族、マルクス家との家族ぐるみの付き合いを楽しんだ。エンゲルスは日々を規則正しく過ごし、午前中は研究時間と書簡の作成に割き、午後からは家から10分ほどのメイトランドパーク・モデナ・ヴィラズ1番地（英: 1 Modena Villas, Maitland Park）、1875年以降は近くのメイトランド・パーク・ロード41番地に住むマルクスを毎日訪ねていた。エリノア・マルクスは二人の様子を次のように述べている。「エンゲルスは毎日うちの父に会いに来ました。一緒に散歩に出かけることもあったけれど、同じくらいよく父の部屋に籠もったまま、それぞれが部屋の片側をよくゆきつ戻りつして、隅で向きを変えるので、踵で穴が開きました。……。二人が黙ったまま行ったり来たりすることも度々でした。あるいはまた、そのとき自分が最も関心のあることをそれぞれが喋り、しまいに顔を合わせて大声で笑い、それまでの三十分間は正反対の計画について検討していたのだと認めたりするのだ。」1870年代に入り、大英帝国は産業革命後に世界の工場として君臨していた時代は過ぎ去り、帝国主義的な金融資本主義の国家へと変貌を遂げていった。こうした時代のなかで、引退後のエンゲルスは資産を株式購入に充てて運用し、金利生活を営む富裕な株主となっていた。皮肉にも「強欲で利己的な工場経営者」から「寄生的な金融資本家」へと変貌していたのである。エンゲルスは、自分の立場の矛盾についてこう述べている。「人は証券取引人であるのと同時に、社会主義者にもなれるのであり、それゆえに証券取引人の階級を嫌い蔑むことにもまったく問題ない。……。自分がかつて工場主であった事実について、謝罪すべきだと思い立った試しがあろうか？その件で僕を攻めようとする人間は誰でも、手厚くもてなされるだろう！」