中国共産党とは、いわゆる「上海クーデター」以降敵対関係にあった。1931年に日本の関東軍による満州事変が勃発し、蒋介石は国共内戦があったために建国された満州国を黙認した。蒋介石はそのまま積極的に抵抗せず、国共内戦を優先した。日本の外交官の広田弘毅や有田八郎、川越茂からは、日中共同で防共協定の締結を提案されたが蒋介石はこれを受け入れず、日中の防共協定は破綻になった。1936年12月、蒋介石が張学良を督戦するために西安へやってきた。蒋介石は、「東北軍頼むに足らず」と知り、東北軍を福建に移し、代りに30万人の軍隊と100機の軍用機を集める計画を開始した。このことは、共産党鎮圧政策の強化にとどまらず、東北軍への懲罰、張学良への警告であった。12月4日、蒋介石は再び西安に赴き、共産党・紅軍絶滅の最終決戦態勢をととのえ、東北軍・西北軍を督戦するために、陳誠・衛文煌など多くの軍首脳を招集した。12月10日、蒋介石主導の会議で、張学良の現職を解任し、東北軍とともに福建に移動させることを決定。これによって、中央軍が主力となる。11日夜の蒋張会談の際も蒋は張の提言を拒否する。12月12日、張学良と楊虎城は西安事件を起こして蒋介石を拘束し第二次国共合作を認めさせた。しかし西安事件以前から、蒋介石の日記には柳条湖事件を機に中国侵略の動きを強める旧日本軍への激しい怒りが記述されており、ここで本心を公言すれば、中国が臥薪嘗胆の計を取っており、ひそかに全面的な抗日の準備をしていると日本に教えるに等しく、日本の対中強硬派の本格的な中国侵略の開始を早める結果を招くのは明らかであるため、一般の中国人や張学良にも教えられていなかった。1937年に起きた盧溝橋事件で7月8日、蒋介石は日記に倭寇の挑発に対して応戦すべきと書き、翌日の7月9日には動員令を出し、四個師団と戦闘機を華北へ派遣した。ただち軍政部長・何応欽上将に、部隊の編成に着手し、全面抗戦の準備を整えよと下令するとともに、第26路軍総指揮官・孫連仲将軍に、中央軍二個師を率い北上し、京漢線上の保定または石家荘に集結するように命じた。同時にまた、各軍事機関に総動員を準備させ、戦時体制に入ることを命じ、次のような緊急措置を採った。(1) 戦闘序列の編成は、第一線百個師、予備軍約八十個師とする。七月末までに秘密に大本営及び各級司令部を組織すること。7月19日までに北支周辺に30個師団、総兵力20万人を配備した(当時の朝日新聞報道では7月10日動員令、7月17日までに配備完了)。7月11日、日本側は中国軍北上の情報を知り、「五相会議」を挙行して、関東軍一個旅団と朝鮮駐留の第二十師団、及び航空隊十八個中隊を直ちに華北に派遣することを決定した。蒋介石は、7月13日、宋哲元に電報した。「盧案必不能和平的解決・・・中央決宣戦・・・萬勿単独進行」。いまや盧溝橋事件の和平的解決はあり得ない。政府は対日宣戦を決定した。決して単独行動をとってくれるな・・・との趣旨であり、日本側との和平妥協を禁止する指示である。蒋介石は廬山において「最後の関頭」演説を行い、現地軍の和平交渉を牽引した。7月19日に現地軍で結ばれたが、停戦に積極的な宋哲元を説得するため、熊斌参謀次長を北京に派遣した。その後突如前線の中国軍兵士が暴走し日本軍へ戦闘を起こし、廊坊事件（7月25日、北平・天津間で切断された電線を修復直後の日本軍が国民党軍から銃撃を受けたとされる事件）と広安門事件（7月26日、北平在住の日本人を保護するために事前通告ののち日本軍の一部が城内に入ったところ城門が閉ざされ、国民党軍第29軍が北平城内外の日本軍に放火を浴びせたとされる事件）で衝突が起きた。7月29日には蒋介石が談話を発表し、日本軍に対し徹底抗戦をする意思を示した。蒋介石の時局声明は、改めて時局解決のための四条件（①中国の主権と領土は侵害させない②河北やチャハルの行政組織への不法な変更は許さない――など）にふれ、日本が侵略をやめ四条件をのむなら、交渉に応じる用意があることをほのめかし、逆に日本が軍事行動をここで中止しなければ勝算はなくとも日本に抗戦する決意を表明したものだった。しかし南京政府内部では、事態の拡大を望まず、できる限り早い停戦を求める声が優勢であった。第二次上海事変で蒋介石は日本租界を総攻撃したことで全面戦争に突入し、日本軍の侵攻についても「日本軍は軽い皮膚病、共産党は重い内臓疾患」と例え、当初は国共内戦での勝利を優先していた。しかし、西安事件により第二次国共合作を強いられ、ドイツ流に精鋭化された国民党軍が戦った、上海の四行倉庫での攻防戦は、租界を持つ欧米諸国につぶさに目撃されたが、各国の対日経済制裁を引き出すまでには至らなかった。蒋介石の精鋭部隊は全滅し、上海攻略後、日本は和平工作を開始し、1937年11月2日にディルクセン駐日ドイツ大使に内蒙古自治政府の樹立、華北に非武装中立地帯、上海に非武装中立地帯を設置し、国際警察による共同管理、共同防共などを提示し、「直ちに和平が成立する場合は華北の全行政権は南京政府に委ねる」が記載されている和平条件は11月5日にトラウトマン駐華ドイツ大使に示され、「戦争が継続すれば条件は加重される」と警告したにも関わらず、蒋介石は即座に受理しなかった。蒋介石が受理しなかったのは11月3日から開かれていたブリュッセルでの九カ国条約会議で中国に有利な調停を期待していたためとされるが、九カ国条約会議は日本非難声明にとどまった。国民政府は11月20日に重慶に遷都を宣言し、首都南京からの撤退に蒋介石が反対し、固守方針を定めた。その後、トラウトマン大使は蒋介石へ「日本の条件は必ずしも過酷のものではない」と説得し、12月2日の軍事会議では「ただこれだけの条件であれば戦争する理由がない」という意見が多かったこともあり、蒋介石は日本案を受け入れる用意があるとトラウトマン大使に語り、これは12月7日に日本へ伝えられた。その後、日本は南京攻略の戦況を背景に要求を増やし、賠償や華北の特殊化や日本軍の駐屯などの厳しい条件にした。結果、日中和平交渉は決裂した。その後、近衛文麿は「国民政府を対手とせず」と述べ、日本と蒋介石政府との関係は1940年の桐工作まで最悪の状態になった。台湾の研究者李君山は、このような列強の日本に対する実力制裁を期待する政略のために膨大な中国軍将兵が犠牲となったとして蒋介石を批判している南京事件の際に『倭寇（日本軍）は南京であくなき惨殺と姦淫をくり広げている。野獣にも似たこの暴行は、もとより彼ら自身の滅亡を早めるものである。それにしても同胞の痛苦はその極に達しているのだ』と1938年1月22日の日記に記している。戦争は1938年に入るとさらに激しさを増し、日本軍による海上閉鎖と航空機による爆撃により中華民国軍の重要な貿易港であったポルトガル領マカオが事実上日本軍の手に渡った。日本軍はさらに中国沿岸の港を全て閉鎖し、1938年後半に入ると海上からの一切の補給路の閉鎖に成功した。首都の南京が陥落したため内陸部の 重慶に首都を移動させ抵抗を続けていたが、海上補給路を断たれた後の補給はフランス領インドシナ（=「仏印」、現ベトナム、ラオス、カンボジア）、やイギリス領ビルマ、タイ王国などから陸路と空路で細々と得ることしかできなくなってしまった。（この蒋介石政権を支援する「援蒋ルート（仏印ルート）」を切断するため、日本軍はのちに北部仏印進駐を実施した）。1939年に入り日本軍の作戦範囲は小規模となったが、その間国民党軍は友好関係にあったソ連製の航空機により日本軍の航空機にわずかに損害を与えていた。しかし爆撃機主体の攻撃だったことや、1940年の秋ごろから日本軍の新型機零式艦上戦闘機の投入により、アメリカからの軍事支援を受けて増強されたはずの中国空軍の形勢は一気に不利になり、ほとんどの戦線で活動を停止させられるまでに至った。その後も日本軍の中国進出はさらに進み、最終的には中国大陸全土の実に1/3まで占領されてしまう。さらに国民党政府の臨時首都としていた重慶にも次第に日本軍の圧力が高まりつつあった。一方、自身と決別して日本と和平を望んだ汪兆銘が調印した 日華新関係調整要綱は中国本土を傀儡化させるあまりにも過酷な条件だった。高宗武と陶希聖も和平条件の過酷さを批判し、「要項」の写しを持って香港に脱出した。1940年1月21日、香港の各新聞は一斉にトップ記事で密約の内容を報道した。高宗武らが各新聞社あてに「調整要項の過酷さは、二十一力条要求（1915年）に二倍し、中国を属国にしようとするものだ」と手紙を出して、調整要項のコピーを暴露したのである。これに対し、蒋介石は『敵の軍閥と汪が結んだ中日新関係調整要項の密約を読んで、怒り心頭に発した。国にたいする汪の反逆の万悪が、ついにここまで達したとは、痛苦に耐えない』と述べている。1940年、日本の参謀本部は汪政権と蒋政権の合流を期待して、重慶との直接交渉の可能性を様々なルートを通じて探っていた。桐工作では条件を緩和させ、蒋介石、板垣征四郎、汪兆銘の三者が参加する大物会談に発展する和平工作になった。会談において論議の中心となったのは、満州国の承認問題、華北の駐兵問題、汪兆銘政権の処置問題の三点であったが、いずれも合意に至らなかった。1940年で中国本土の植民地化・傀儡化は免れたものの華北への日本軍の防共駐屯は蒋介石が断固として反対し、交渉中に成立した第2次近衛内閣で陸相に就任した東條英機も日本陸軍の中国からの無条件撤退に断固として反対した。しかし妻の宋美齢を経由して親中派として知られた大統領フランクリン・ルーズベルトをはじめとするアメリカ政府上層部に働き掛けた結果、5月1日にアメリカのルイジアナ州出身の陸軍航空隊大尉であったクレア・L・シェンノートを中華民国空軍の訓練教官及びアドバイザーとして雇い、「アメリカ合衆国義勇軍」という名目でアメリカからの軍事支援を受けることに成功した。