セント・ジョーンズ大学は1870年にカトリックの男子修道会であるラザリスト宣教会によりブルックリンにおいてSt. John's Collegeとして創設された。ブロンクスにあるフォーダム大学も1841年にSt. John's Collegeとして設立され、1905年にフォーダム大学に改称されている。2001年にロウアーマンハッタンにあるリスクマネジメント研究及び教育で知られるカレッジ・オブ・インシュアランスをペーター・J・トービンカレッジに組織編入した。2001年9月11日、アメリカ同時多発テロ事件のワールドトレードセンターの悲劇の際には、現場からほど近いこのマンハッタンキャンパスは救助のために使用された。学士、修士、博士課程がそれぞれあり、在籍している20,000人以上もの学生には哲学、リベラルアーツ、薬学、情報工学、グラフィックデザイン、教育、法律、ペーター・J・トービンビジネススクール(MBA)やロースクールなどの100以上に渡るプログラムが用意されている。卒業生にはHip Hopカルチャーを80年代に築いたRUN D.M.C.のダリル・マクダニエルズ、2011年のBillboard 200にて初登場1位を記録したJ・コール、ニューヨーク州知事を1975年から1982年まで務めたヒュー・L・ケアリー、1983年から1994年まで務めたマリオ・クオモなど20年間にわたる2人のニューヨーク州知事を輩出した。また、マリオ・クオモの子供であるアンドリュー・クオモがデビッド・パターソンの後を引き継ぎ、第56代ニューヨーク州知事に選ばれた。さらに第30代(1993-1996)アメリカ合衆国商務長官を務めたロン・ブラウン、第26代(2001-2003)アメリカ証券取引委員会 (U.S. The Securities and Exchange Commission:SEC)委員長を歴任し、在任中に上場企業会計改革および投資家保護法（Public Company Accounting Reform and Investor Protection Act of 2002：サーベンス・オクスリー法、SOX法）の制定に尽力したハーヴェイ・ピットなどがいる。2011年度版のU.S. News & World Reportで全米の総合大学(National University)の中で大学でTier 1(上位8%)に位置づけられる評価を受け、大学院の薬学(School of Pharmacy and Allied Health Professionals)が全米61位、教育学(School of Education)が74位、ロースクールが72位、ペーター・J・トービンビジネススクールが"Best Business School"に選ばれた。2016年度版のU.S. News & World Reportではロースクールが82位にランクインした。2017年度版のU.S. News & World Reportでは、会計学、税法のオンライン大学院プログラムが全米35位、教育学が22位にランクインした。2017年-2018年のインシュアランス&リスクマネジメント部門(15 Best Bachelor of Insurance and Risk Management Degree Programs 2017-18)では全米2位にランクインした。　スポーツはシンシナティ大学、ジョージタウン大学、ノートルダム大学、ラトガース大学、シートン・ホール大学、シラキューズ大学等の17 Big East(ビッグ・イースト・カンファレンス)、全米大学体育協会のDivision I (NCAA)に所属。しかし、2013年に、旧ビッグ・イースト・カンファレンスはビッグ・イースト・カンファレンスとアメリカン・アスレチック・カンファレンスの2つに分裂した。セント・ジョーンズ大学はジョージタウン大学、シートン・ホール大学、ビラノバ大学らの"カトリックセブン(The Catholic 7)"とともにビッグ・イースト・カンファレンスに残った。バトラー大学、クレイトン大学、ゼイビア大学が新たに参加し、新しいビッグ・イースト・カンファレンスは10大学から組織される。1952年にはバスケットボールチームが「3月の狂乱(March Madness)」と呼ばれ、全米から選ばれた68校によるNCAAトーナメントでカンザス大学に次いで準優勝、1985年にはこの年の準優勝校であるジョージタウン大学に敗れたものの、ファイナル４となるベスト4入りをとげている。NCAAトーナメントへの出場回数は全米第7位となる27回、2017-2018シーズンまでのNCAAの試合勝数は全米9位となる通算1,833勝(勝率.643)をあげる大学バスケットボールチーム名門校である。全米大学バスケットボールの招待大会であり、大学バスケのポストシーズンの大会として親しまれているナショナル・インビテーション・トーナメント(NIT)では1943年、1944年、1959年、1965年、1989年に優勝し、準優勝は3回を数える。ナショナル・インビテーション・トーナメントの優勝回数は全米1位となる5回である。卒業生には1984年のロス五輪、1992年のバルセロナ五輪の金メダリストであるクリス・マリン、またマーク・ジャクソンなどがおり、北米のプロバスケットチームリーグであるNBAに59人の卒業生を輩出している。ニックネームはRed Stormである。2015年度より、クリス・マリンが男子バスケットボール部Red Stormのヘッドコーチを務める。大学ベースボールチームも全米強豪チームであり、カレッジ・ワールドシリーズ(College World Series)に6回出場し、ビッグ・イースト・カンファレンスで6度の優勝、NCAAトーナメントへの出場回数は36回、フランク・バイオーラ、ジョン・フランコ、リッチ・オーリリア、ジョー・パニックなど70人以上のプロ野球選手を輩出している。サッカーチームは1996年に全米NCAAサッカーチャンピオンシップでフロリダ国際大学を4-1で破り、初優勝した。2003年には通算8度の優勝している強豪インディアナ大学に2-1で敗れNCAAサッカーチャンピオンシップで準優勝。2001年、2008年は全米3位である。セント・ジョーンズ大学は全米NCAAサッカーチャンピオンシップには2017年度までに19回の出場を数える。フェンシングでは2008年北京オリンピックの銀メダリストのキース・スマート、2016年リオネジャネイロオリンピックの銀メダリスト、ダリル・ホマー、全米チャンピオンになったイヴァン・リーなどを輩出している。2001年にはフェンシングチームはNCAAでチーム優勝、1995年、2000年、2002年、2007年、2010年には準優勝している。個人出場では、NCAAチャンピオンタイトルを通算22回獲得している。プロゴルファーに、2011年にゴルフ4大メジャー大会のひとつ全米プロゴルフ選手権(U.S. PGA Championship)で史上3人目となる初出場初優勝を遂げ、翌年2012年には同じ全米プロゴルフ選手権で3位タイ、2014年に４大メジャー大会の全米オープン(U.S. Open Championship)で４位タイにつけ、PGA4勝をあげているキーガン・ブラッドリーがいる。2010年にはコカ・コーラのインターネットでのCMとして制作された2分3秒の「Happiness Machine」と題される動画がクイーンズキャンパスで撮影され公開された。Youtubeでの閲覧数は2019年で1,000万件を超える。カフェテリアに設置されたコカ・コーラの自動販売機と、コカ・コーラのCMとは知らずにコーラを購入した学生のアメリカの学生のリアクションを収録したCMが人気になった。