1944年（昭和19年）10月20日午前10時、大西が神風特攻隊の訓示と命名式を行い、初の特攻隊である敷島隊・大和隊・朝日隊・山桜隊が編成された。大西は敷島隊に「日本は今、危機でありこの危機を救えるのは若者のみである。したがって国民に代わりお願いする。皆はもう神であるから世俗的欲望はないだろうが、自分は特攻が上聞に達するようにする」と訓示した。同日、一航艦司令部に帰った大西は神風特攻隊編成命令書の起案を副官の門司親徳に命じたが、門司は不慣れであったため、大西と猪口も手伝って起案され、命令書は、連合艦隊、軍令部、海軍省など中央各所に発信された。機密第202359番電　1944年10月20日発信「体当り攻撃隊を編成す」1. 現戦局に鑑み艦上戦闘機26機（現有兵力）をもって体当り攻撃隊を編成す（体当り13機）。本攻撃はこれを四隊に区分し、敵機動部隊東方海面出現の場合、これが必殺（少くとも使用不能の程度）を期す。成果は水上部隊突入前にこれを期待す。今後艦戦の増強を得次第編成を拡大の予定。本攻撃隊を神風特別攻撃隊と呼称す。2. 201空司令は現有兵力をもって体当り特別攻撃隊を編成し、なるべく十月二十五日までに比島東方海面の敵機動部隊を殲滅すべし。司令は今後の増強兵力をもってする特別攻撃隊の編成をあらかじめ準備すべし。3. 編成　指揮官海軍大尉関行男。4. 各隊の名称を敷島隊、大和隊、朝日隊、山桜隊とす。10月21日、大西は甲板撃破のために時間的猶予を得るため、第一遊撃部隊突入時期の延期を南西方面艦隊司令長官三川軍一中将と協議するが、既に同月25日と定めて行動しており、困難であることを知った。また、10月22日には第二航空艦隊司令長官・福留繁中将に二航艦でも特攻を採用するように大西は説得したが、福留はこれを断った。神風特別攻撃隊の初出撃は10月21日で、敷島隊・大和隊・朝日隊・山桜隊の計24機が出撃したが、悪天候などに阻まれてほぼ全機が帰還したものの、大和隊隊長・久納好孚中尉が未帰還となった。そのため、「特攻第1号」は敷島隊隊長・関行男ではなく、久納好孚中尉を未確認ながら第一号とする主張も戦後現れた。第一航空艦隊航空参謀・吉岡忠一中佐によれば「久納の出撃は天候が悪く到達できず、山か海に落ちたと想像するしかなかった」「編成の際に指揮官として関を指名した時から関が1号で、順番がどうであれそれに変わりはないと見るべき」という。軍令部部員・奥宮正武によれば、久納未帰還の発表が遅れたのは、生きていた場合のことを考えた連合艦隊航空参謀・淵田美津雄大佐の慎重な処置ではないかという。また、久納が予備学生であったことから予備学生軽視、海兵学校重視の処置とではないかとする意見に対し「当時は目標が空母で、帰還機もあり、空母も見ていない、米側も被害がないので1号とは言えなかった。10月27日に目標が拡大したことで長官が加えた」と話している。各隊は出撃を連日繰り返すも敵艦隊と遭遇できないまま、同月23日には大和隊・佐藤馨上飛曹が未帰還となる。10月25日6時58分、レイテ突入を目指していた第一遊撃部隊（指揮官栗田健男第二艦隊司令長官、戦艦大和座乗、いわゆる「栗田艦隊」）が、サマール島沖で上陸部隊支援を行っていたクリフトン・スプレイグ少将指揮の第77任務部隊第4群第3集団の護衛空母群（タフィ3）を発見し攻撃を開始した。離れた海域にいた第77任務部隊第4群第1集団（タフィ1）はタフィ3を援護するため航空機の発進準備を行っていたが、7時40分に菊水隊、朝日隊、山桜隊の4機の零戦がタフィ1上空に到達した。このときにはタフィ1各艦のレーダーには多数の友軍機影が映っていたため、この4機が日本軍機と気づくものはおらず、気づいたときにはそのうちの1機が高度2,500ｍから40度の角度で護衛空母サンティに向かって急降下していた。急降下してきた零戦は舷側から5ｍ内側の飛行甲板に命中して貫通し、飛行甲板下で搭載爆弾が爆発して、42m²の大穴を飛行甲板に開けて、16名の戦死者と47名の負傷者を生じさせたが、幸運にも火災が航空燃料や弾薬に引火することはなかったので致命的な損傷には至らなかった。続く2機は、護衛空母サンガモンとペトロフ・ベイに向かってそれぞれ急降下したが、いずれも対空砲火を浴びて両艦の至近海面に墜落した。残る1機は護衛空母スワニーに急降下。スワニーは対空砲火で応戦、零戦は火を噴いたものの、そのまま後部エレベーター付近の飛行甲板に命中、機体と爆弾は貫通して艦内で爆発して、71名の戦死者と82名の負傷者という大きな損害を発生させた。特攻機が命中したサンティとスワニーの損害は大きかったが、いずれもサンガモン級航空母艦であり、排水量基準：11,400t　満載：23,235tと大型で、護衛空母のなかでも非常に強固に建造されていたため、このあとも任務を続行した。しかし、10月28日にスワニーはもう1機特攻機が命中して、「艦設計の際に考慮されていなかった程の甚大な損傷」を被って戦線離脱している。栗田艦隊との海戦（サマール沖海戦）で護衛空母ガンビア・ベイと2隻の駆逐艦、1隻の護衛駆逐艦を失い、護衛空母ファンショー・ベイやカリニン・ベイなど損傷艦多数を抱えることとなったタフィ3は、栗田艦隊の突然の変針により、戦闘配置命令を解除していた。命中弾を1発も受けなかったセント・ローの乗組員たちは、沈没したガンビア・ベイの艦載機の収容準備などをしながら、自分たちの幸運について語り合っていた10時49分、関が率いる敷島隊5機が急降下してきた。このときもタフィ1が菊水隊の突入を受けたときと同様に、各艦のレーダーには多数の機影が映っており、日本機の接近に気づくものはいなかった。敷島隊の先頭の1機が、戦艦の巨砲の命中でいくつもの傷口が開いていたカリニン・ベイめがけて突入し、飛行甲板に数個の穴をあけて火災多数を生じさせたが、搭載していた爆弾は不発であった。この最初にカリニン・ベイに突入した機が関の搭乗機であったという説もある。カリニン・ベイにはもう1機が海面突入寸前に至近で爆発して損害を与え、2機の突入により5名の戦死者と55名の負傷者が生じさせたが、カリニン・ベイは栗田艦隊との海戦で15発以上の命中弾を浴びていたにも関わらず、沈没は免れた。護衛空母ホワイト・プレインズに向かって急降下していた零戦1機がホワイト・プレインズの対空砲火が命中し損傷したため、目標をセント・ローに変更し、セント・ローの艦尾1,000ｍから高度30ｍの低空飛行という着艦するような姿勢で接近してきた。セントローは搭載していたMk.IV20mm機関砲とボフォース 40mm機関砲で応戦したが、零戦はそのまま、発見1分後に、飛行甲板中央に命中した。零戦が命中した瞬間に航空燃料が爆発して、猛烈な火炎が飛行甲板を覆い、搭載していた250kg爆弾は飛行甲板を貫通して格納庫で爆発した。その爆発で格納庫内の高オクタンの航空燃料が誘爆し、その後も爆弾や弾薬が次々と誘爆した。あまりの爆発の激しさに、付近を航行していた重巡洋艦ミネアポリスの乗組員が海中に吹き飛ばされたほどであった。手が付けられないと判断したフランシス・J・マッケンナ艦長は特攻機が命中したわずか2～3分後の10時56分に総員退艦を命じ、その後も何度も大爆発を繰り返して30分後に沈没した。114名が戦死もしくは行方不明になり、救助された784名の半数が負傷したり火傷を負っていたが、そのうち30名が後日死亡した。このセント・ローを仕留めた零戦が関の搭乗機だという説が広く認知されている。他にも護衛空母キトカン・ベイに1機命中したが、爆弾が艦を貫通して海上で爆発したため大きな被害は与えることができなかった。また、ホワイト・プレインズ直上で特攻機が爆発して同艦に火災を生じさせた。この日、護衛空母艦隊は戦死1,500名、負傷1,200名と艦載機128機を喪失するという大損害を被り、さらに、母艦を失うか大破して着艦できなくなった67機の艦載機が、占領したばかりで整備不良のレイテ島タクロバン飛行場に緊急着陸を余儀なくされたが、そのうち20数機がぬかるみに脚をとられて失われた。しかし、このときにはすでに栗田艦隊はすでに反転しており、特攻戦果は作戦成功にはつながらなかった。大西は「神風特攻隊が体当たりを決行し、大きな戦果を挙げた。自分は、日本が勝つ道はこれ以外にないと信ずるので今後も特攻を続ける。反対するものは、たたき斬る」と語った。