叙任権闘争によって神権を失った帝国は、教皇と皇帝という2つの頂点を持つことになった。ザーリアー朝断絶後、ズップリンブルク朝の皇帝ロタール3世は教皇に臣従したが一代で絶えた。そこでロタール3世に対抗していたホーエンシュタウフェン家がザーリアー朝の流れをくむ新王朝となった。ロタール3世のシュタウフェン家との争いは娘婿のヴェルフ家に引き継がれた。ホーエンシュタウフェン朝と、それに対抗するヴェルフ家の主導権争いは長く続いた。イタリアでは両家の争いが皇帝派と教皇派という都市国家間の争いに変化し、15世紀末まで続いて諸都市を分裂させている。皇帝の権威と権力は保たれ続けたがあくまでもホーエンシュタウフェン朝皇帝たちの個人的な有能さによるものであり、制度的な帝権は教皇との争いで弱体化の一途を辿った。一方、フランスでは1180年に即位したフィリップ2世尊厳王によって王権の強化が進み、ドイツとフランスの力関係は逆転しつつあった。ロタール3世は先帝存命時に皇帝を無視した半ば独立した勢力を誇ったが、国王即位後はすぐさま逆の立場に立たされた。王と対立するシュタウフェン家は当主の弟コンラートを対立王に擁立し、1127年より軍事衝突に入った。王はシュタウフェン家を抑え込んだ後、ローマ教会の要望で南イタリアのシチリア王国に遠征した。その過程で1133年に58歳前後で皇帝に戴冠され、教皇に臣従した。しかしシチリアを打倒できぬまま、1139年に62歳で死去。嫡子無くズップリンブルク朝は一代で断絶した。皇帝は自身のザクセン公を継ぐことになる娘婿、ヴェルフ家のバイエルン公ハインリヒ10世（傲岸公）を後継者に望んだ。しかし国王選挙ではシュタウフェン家のコンラートが返り咲いて、コンラート3世として45歳前後で即位した。ここに帝国全土を巻き込むシュタウフェン家とヴェルフ家の対立が始まり、イタリアでは皇帝派（ギベリン）と教皇派（ゲルフ）の抗争となる。コンラート3世はホーエンシュタウフェン朝の基礎を築いた。その治世はヴェルフ家との内戦から始まった。ヴェルフ家の傲岸公はコンラート3世の即位を認めず、王も傲岸公のザクセン・バイエルン公位没収を決定したため、ヴェルフ家とシュタウフェン家の戦争となった。傲岸公は捕縛されて2年後に死んだが戦争は続き、結局は傲岸公の子のハインリヒ獅子公にザクセン公のみ返還した。その後、1147年には第二回十字軍へ参加して大敗した。軍事面では冴えない王だったが内政面では皇帝権力の強化、シュタウフェン家の領土拡大に成功を収め、巧みな外交戦略をもってドイツ諸侯と提携を図った。1152年、王は58歳前後で死去。皇帝として戴冠できなかった最初のローマ王（ドイツ王）となった。嫡子はいたが僅か6歳であったため、甥である30歳前後のシュヴァーベン公をフリードリヒ1世として後継者に指名して帝国とシュタウフェン家を託した。フリードリヒ1世赤髭王（バルバロッサ）は貿易で豊かになっていたイタリア諸都市に対する帝権の回復を目指した。赤髭王は即位するとまずヴェルフ家の獅子公と和解した。1155年、一回目のイタリア遠征において赤髭王は33歳前後で皇帝に戴冠されたが、教皇へ臣従する儀式を強制された。帰国した赤髭帝は「神聖帝国」（Sacrum Imperium）の国名を用い、皇帝は教皇と対等であって直接神の祝福を受けていることを示した。赤髭帝は1158年から十年に渡る二〜四回目の遠征でミラノを初めとする都市国家群を征服し、ロンカーリャの帝国議会にて多額の貢納を強制した。諸都市は激しく抵抗し、新教皇アレクサンデル3世は皇帝を破門した。諸都市はロンバルディア同盟を結成し、本国の獅子公も四回目の遠征からは参加を拒否するようになった。そして1176年、五回目の遠征におけるレニャーノの戦い (en) でついに赤髭帝は惨敗を喫し、1177年のヴェネツィア条約 (en) で教皇に屈服した。しかし赤髭帝はこれを逆に好機とし、敗戦の責任を非協力的な獅子公におしつけて1180年に国外追放した。1183年、イタリア諸都市に自治を認める代わりに貢納金をせしめた。1184年からの六回目の遠征では子のハインリヒ6世をシチリア王女コスタンツァと結婚させて同盟を結び、教皇領を南北から圧迫した。赤髭帝は中欧でもポーランド、ハンガリー、ボヘミアに対して皇帝の権威を認めさせた。さらにオットー3世時代に失われた北東部ノルトマルクをブランデンブルク辺境伯アルブレヒト熊公に再征服させた。1189年、赤髭帝は第3回十字軍の総大将となってイスラム軍に圧勝するも、不幸にも水難事故により68歳前後で死去した。ハインリヒ6世が24歳で後を継いだ。ハインリヒ6世は南イタリアにあるノルマン王朝のシチリア王国の併合を企てた。元々1189年にシチリア王グリエルモ2世が子を残さずに死去した際、王位は叔母婿のハインリヒ6世に回るはずであった。しかし反ドイツ派は庶子筋のタンクレーディを擁立した。さらに先帝時代からの宿敵・獅子公が密かに帰国し、反乱を起こし始めた。1191年、王は獅子公を牽制しつつシチリア遠征を決行。その途上、ローマにて25歳で皇帝に戴冠した。情勢は苦しかったが、ここで事件が起こる。先帝死後も第3回十字軍を続行した挙句にパレスチナから敗走してきたイングランド王リチャード1世がオーストリアで捕縛され、皇帝に引き渡されたのである。イングランドから多額の身代金を得た皇帝夫妻は軍勢を整え、1194年にシチリアを制圧した。皇帝は獅子公とも講和して先帝の追放令を解除し、改めて諸侯の一人として認めた。しかしザクセン公位は返還しなかった。ザクセン公位は先帝時代に東方辺境のアンハルト伯に渡っており、ザクセン公領は大幅に縮小した上で東方に移動した。1197年、皇帝は31歳で急死。前年にドイツ王に選出されていた2歳の息子フリードリヒ2世が後を継ぐが、教皇派は獅子公の子で22歳前後のオットー4世を擁立した。皇帝派はこれに対応するため、ハインリヒ6世の弟にあたる20歳のシュヴァーベン公フィリップを王に推戴した。フリードリヒ2世のドイツ王位は排除されてシチリア王のみとなり、教皇インノケンティウス3世の後見を受けた。フィリップの治世は対立王オットー4世との戦いに終始した。1207年にはほぼ勝利を収めつつあり、ローマで皇帝として戴冠する手はずを整えたが、翌年に娘の結婚問題から31歳で暗殺された。教皇の手引きであったともされる。代わりにオットー4世が1209年にイタリア王、ついで皇帝として戴冠し、ついにシュタウフェン家に代わってヴェルフェン朝（ヴェルフ朝）が開かれた。オットー4世は即位にあたって多くの帝権を放棄して教皇の権威に服する誓約をした。しかし守る気は無く、たちまち教皇との関係が悪化した。1210年、皇帝は教皇が後見するフリードリヒ2世のシチリア王国へ遠征に向かったため、激怒した教皇から破門されてしまう。フリードリヒ2世も既に15歳に成長しており、翌々年には教皇とフランス王フィリップ2世の支援を受けて対立ローマ王に選出された。窮地に陥った皇帝は、叔父のイングランド王ジョンと組んでフィリップ2世を挟撃するが、1214年にブーヴィーヌの戦いで大敗した。1215年にオットー4世は皇位を失い、1218年に43歳前後で病死した。ヴェルフ朝は1代限りとなり、シュタウフェン朝が復活した。フリードリヒ2世は1220年に25歳で皇帝に戴冠された。フリードリヒ2世は明確なビジョンのもとにローマ帝国の復興を志した。ドイツを小勢力が分立する属州と見なした上で、本拠シチリアを含むイタリアの本土化を試みたのである。ドイツでは既成事実化していた諸侯の特権に法的根拠を与えて支持を得るとともに、各々の領地の経営に専念させた。勢力を拡大した諸侯によってドイツ農民や商人による東方移住が促され、神聖帝国の影響力はポメラニアやシレジアにまで拡大した。1226年にはプロイセンのキリスト教化のためにドイツ騎士団がポーランドに招聘されて修道会国家ドイツ騎士団国（Deutschordensstaat）を建国、神聖帝国と密接な関係を保った。一方でシチリアにおいて皇帝は中央集権化を推し進め、官僚の養成、公共事業の実施、財政改革などによって500年後の絶対王政を先取りした革新的な国家建設に努めた。シチリアは地中海交易の要地のため文化交流地でもあり、ルネサンスに200年先がけた古代ローマ文化の復興も行われた。さらに先進的なイスラム文化を受容しての多民族・多宗教国家の建設が目指された。こうした態度はやがて教皇庁との対立を招き、十字軍出兵を渋ったことからグレゴリウス9世の怒りを受けて破門される。仕方なく1228年に第6回十字軍を興してアイユーブ朝のスルタンアル＝カーミルと交渉し、無血でエルサレムの奪回とエルサレム王位の獲得に成功した。しかしイスラムと闘わなかったことで教会のさらなる怒りを買い、ついには反キリストとまで非難された。十字軍以前から皇帝は教皇派諸都市とも紛争を起こしており、1232年にはドイツ総督（名目的にはローマ王）の嫡男ハインリヒも反乱を起こした。皇帝は忠実なる直属のイスラム兵をもって戦いを優勢に進めたが、教皇派は20年近くにわたって徹底抗戦を続けた。ついに皇帝は勝利を確定させることなく1250年に68歳で死去した。後を子のコンラート4世が23歳で継いだ。コンラート4世は父帝の戦いを継続した。1237年には9歳でローマ王となっていたコンラート4世だが、父帝存命時から教皇派が選出したテューリンゲン方伯ハインリヒ・ラスペ、ホラント伯ヴィルヘルム・フォン・ホラントといった対立王との戦いに明け暮れていた。当然教皇からの支持は得られず、皇帝に戴冠されないまま僅か4年で1254年に25歳で死去した。その後、ローマ教皇からの支持を受けたフランス王族のシャルル・ダンジューによってシチリア王国は奪われ、幼い息子のコッラディーノや弟のマンフレーディも殺され、ホーエンシュタウフェン朝は断絶した。このため、フリードリヒ2世によってシチリアの属国群とされていたドイツは、宗主を失うことで解体してしまった。部族公領もこの時代にはバイエルンを除いて分裂し、縮小し、あるいは消滅してしまっていた。イタリアでも諸都市が皇帝の支配をはね除けたことで実態的な政体としての王国が消滅し、多数の都市国家群に分裂した。それでも神聖帝国という枠組みと普遍的支配権を持つ皇帝という概念は残っていた。