モンゴル帝国では、ジュヴァイニーが述べるように、モンゴル帝国軍によって征服された地域には、遊牧民での軍制に倣って人口調査を行い、全ての人々を十戸、百戸、千戸単位で区分してこれに正税（māl 現金納による税）を課した上で、それ以外にも軍役や駅站維持のための夫役（ジャムチ）、臨時経費、糧秣等の負担が課せられ、これに加えて、さらに遊牧民固有の家畜税に由来するコブチュル税（クブチュル  qūbjūrī）が課された。モンゴル帝国では征服地域にこれらの徴税業務を統括する軍政官であるダルガ（ダルガチ）が置かれ、現地に残る等して支配に下った現地住民らの監督を行った。これらの軍政官をモンゴル語ではダルガ（darγa, داروغه dārūgha）と呼び、テュルク語ではバスカク（ بسقاق basqāq）、アラビア語ではシャフナ（ شحنه shaḥna）と称された。しかし、通常の課税や軍役、賦役に加え、このコプチュル税は臨時課税としてたびたび反復徴税される傾向にあったため、支配地域にとっては甚だしい負担であった。1231年にホラズム・シャー朝のスルターン・ジャラールッディーン・メングベルディーが横死し、チョルマグン率いるモンゴル帝国のイラン駐留軍は1235年までにはジャラールッディーンがかつて駐留していたムーガーン平原に冬営するようになった。1236年になるとチョルマグンはグルジア王国への侵攻を本格化し、グルジア王国の諸都市は多くが陥落・征服されて行った。アタベク・アヴァク（Avag Mkhargrdzeli）が籠城していたカエン城が陥落してアヴァクがチョルマグン旗下の将軍チャガタイに投降したが、同1236年秋にモンゴル軍がムーガーンの駐留地に一時帰還すると、この年の戦闘で征服された地域にはシャフナ、すなわちモンゴル帝国の軍政官であるダルガ達が配置された。1230年代、チョルマグンのイラン駐留軍とほぼ同時に、皇帝オゴデイ・カアンによってイラン高原以西の地域の財政任務を統括するべくチン・テムルが派遣された。（チン・テムルとその後継の高位官僚達は、管轄領域がイラン高原周辺である事や、本拠地がイラン北東部のホラーサーン地方であった事から、イラン総督、ホラーサーン総督などと便宜上呼ばれる）。チン・テムルは1236年に死去し、その後任はケレイト部族出身のノサル・ノヤンが就いたが、ノサルは高齢であったため、イラン総督府の実権はチン・テムル隷下のウイグル人官僚クルグズ（Kūrkūz）が握った。クルグズはオゴデイの信任も篤く、オゴデイ宮廷の筆頭書記であったチンカイの庇護もあり、チン・テムルが統括していたホラーサーン、マーザンダラーンに加え、チョルマグンが征服しその軍政下にあった地域の徴税監督権もオゴデイの勅令によって手中にした。オゴデイ宮廷の書記のひとりであったオイラト部族出身のアルグンがクルグズの僚友（ノコル）としてホラーサーンに着任したが、ホラーサーン地方ではクルグズの執政を巡ってクルグズと現地の官僚達やモンゴル将兵達との対立から混乱が生じており、1242年にオゴデイが死去すると、モンゴル帝国中枢は権力の空白とドレゲネ監国時代にはさらなる混乱に突入した。1240年にはノサルが死去した事でクルグズは実質第3代イラン総督に就いたが、程なく最大の庇護者であったオゴデイが死去すると、クルグズは彼に反発するモンゴル将兵やホラーサーンの官僚達によって逮捕・失脚した。新皇帝即位までの中継ぎとして監国となった皇后ドレゲネは、クルグズの後任としてモンゴル高原に戻っていたアルグンを新総督に任命した。監国ドレゲネは自らの実の子息グユクを新たなモンゴル皇帝として即位させるべく、クリルタイの開催とその出席をモンゴル帝国の諸王家に要請していたが、新総督アルグンはドレゲネの信任に応える形で、イラン高原周辺のモンゴル帝国軍に接触や投降していた諸勢力の子弟や使者達を同伴し、グユクを新モンゴル皇帝に選出するクリルタイに出席した。グルジア王国はルスダン女王の治世ではあったが、モンゴル軍の侵攻には有効な対策がとれず、王国各地はチョルマグンらモンゴルの駐留軍の侵攻に次々と投降する事態となっていた。チョルマグンらモンゴルのイラン駐留軍は各地で投降するグルジア貴族達に万戸隊長待遇を与えて庇護下に置いていたようである。一方、1239年末にオゴデイの勅許を得たイラン総督クルクズは、従来のホラーサーン、マーザンダラーンに加え、イラーク・アジャミー、アーザルバーイジャーン、カスピ海沿岸のアッラーンまでは管轄下に置いていたようだが、グルジアは含まれていなかったようである。1243年の新イラン総督アルグン着任の最初期の段階では、グルジア方面はチョルマグンおよびその後任のバイジュ・ノヤンらイラン駐留軍の軍政・庇護下にあって帝国への納税は少額に留まり、軍政官らによって徴収された税はチョルマグンらに渡っていたため、モンゴル帝国中枢から見るとグルジア方面はさながら彼らの私領のような状態であったという。。イラン総督アルグンはグルジア、ルーム・セルジューク朝領内に対してもイラン高原同様の徴税を敢行して、自らの隷下の軍政官達を各地に派遣し、その財政上の統括圏をイラン高原以西のモンゴル帝国軍の影響下にある地域全体に拡大させた。グルジア王国がモンゴル帝国の支配に下った時期は、皇帝オゴデイの治世後半からキョセ・ダグの戦いを挟んで新皇帝グユク即位までの時期にあたり、グルジア王国の立場は同じ時期のイラン高原周辺の諸勢力と同様、この時期のモンゴル帝国のイラン駐留軍やイラン総督府の動向、さらにはモンゴル帝国中枢の動向に大きく左右されるようになった。また、1250年代のフレグの遠征軍のイラン入部以降はフレグを開祖とするイルハン朝の政局のも大きく影響されるようにもなった。モンゴル帝国・イルハン朝側の資料であるジュヴァイニーの『世界征服者史』やラシードゥッディーンの『集史』では、グルジアはペルシア語で単に「グルジスターン（ گرجستان Gurjistān）」や「グルジスターン州」程の意味である「ウィラーヤティ・グルジスターン」（ ولايت گرجستان wilāyat-i Gurjistān ウィラーヤト）と呼ばれている。イルハン朝では租税台帳上の行政区分ではおおよそ20の管轄領域に区分けされていた。グルジア周辺はアブハズ地方とともに言及されたりした。そこにグルジア（現、ジョージア）と全南コーカサスを含め、グルジア王国の領主たちを通じて間接統治をおこなった。これはのちに領主の逝去にともない大ハーンによって正式に承認された。1245年の女王ルスダンの死によって、空位期間が始まり、コーカサスは8つのトゥメン（万戸）に分割されることとなった。さらに、モンゴルは王位継承にまつわる困難な問題に介入してグルジア貴族を2つの政治勢力に分断し、それぞれの勢力は自分たちの推す候補を王であると主張した。候補とは、ギオルギ4世の庶子ダヴィド7世「ウル」と、その従兄弟でルスダンの息子であるダヴィド6世「ナリン」の2人のことである。ダヴィド7世ウルは存命中の女王に対し王位を自分に委ねるよう要求したが、ルスダンは息子のダヴィド6ナリンを王位後継者として認めるようモンゴル帝国にはたらきかけていたのである。1246年にカラコルムで開かれたモンゴル帝国第3代皇帝グユクの即位式には、皇帝一族、直属軍の首領、モンゴル領中国の軍政・民政における長官、ペルシア総督などに加え、ウラジミール大公のヤロスラフ2世、ルーム・セルジューク朝のスルタンの弟、アルメニア王の代理などをはじめとする周辺諸地域の王侯貴族が集まったが、そのなかにはグルジアの王座を争っていた2人のダヴィドの姿もあった。グルジアにおける、1245年のモンゴル支配抵抗勢力による陰謀が失敗したのち、グユク・ハンは1247年、グルジア王国を東半部と西半部に分け、2人の主張者にそれぞれを与えて共同王として両者を公認した。すなわち、ダヴィド7世ウルには東部のカルトリを、ダヴィド6世ナリンには西部のイメレティをあたえ、ルスダンの子ナリンはみずからの国のためにギオルギの子ウルに臣従を誓わなければならなくなった。トゥメンの制度は廃止されたが、モンゴル軍の勢力は租税・年貢の安定収入を獲得し、軍政強化をはかるため、グルジア人権力の監視をおこたらなかった。グルジスタンからの派遣軍はモンゴルの旗の下、1256年のアラムト、1258年のバグダード、1260年アイン・ジャールートなどの戦闘でグルジアとコーカサスの一般兵1万を失った。これは、重税や重い軍役負担に抵抗して自然に噴出してくる反乱を鎮圧するために派遣しなければならない、本来的な防衛の担い手をのぞいたものである。皮肉なことに、1243年のキョセ・ダグの戦いにおいては、モンゴル勢力がルーム・セルジューク朝を押しつぶすなかで少なくとも3,000のグルジア兵が外人部隊として動員された一方、迎えうつ側では、グルジアのアハルツィヘのシャマダヴル公がセルジューク軍の指揮官を務めた。1256年、グルジアはモンゴル帝国差配のもとイルハン朝の支配下に入った。1259年から1260年にかけて、ダヴィド・ナリン6世に率いられたグルジア貴族たちは、モンゴル勢力に抗し、モンゴル統制下に置かれた（東部の）グルジアから、西グルジアにイメレティ王国として分立することに成功した。ダヴィド・ウル7世は彼の従兄弟が起こした反乱に参加することを決めた。しかし、ゴリ付近の戦闘で敗退し、再度モンゴル支配を受け入れることになった。1261年以降は、コーカサス地方はイルハン朝とサライに都を置くもう一つのモンゴル帝国、すなわち、低地ヴォルガ川地方に成立したジョチ・ウルス（キプチャク・ハン国）との間で引き起こされた一連の紛争の舞台となった。グルジアの統一は打ち破られた。貴族たちはモンゴルの統制のもと王に抗して自立することが奨励された。1266年、サムツヘ（首都はアハルツィヘ）大公でジャケリ家のサルギス・ジャケリ1世はフレグの子アバカ・ハーンより特別な保護と後援をあたえられ、グルジア王家からの実質的な独立を得た（アタバク領サムツヘ国）。次の（東）グルジアの王デメテル2世（「献身的」、1259年-1289年）は、密計をめぐらしイルハン朝を分断する術策を通して、みずからの国を再生しようと試みた。しかし、アルグン・ハーンに対する謀反が疑われて陰謀は頓挫し、彼はモンゴルの侵奪からグルジアを守るため降伏し、刑を甘んじて受けなくてはならなくなった。その後、王国はほとんど無政府状態に陥った。西部グルジアはイルハン朝から万全とはいえぬ独立をかろうじて保ち、東部グルジアは重い貢租と不安定な政治情勢にあえいだ。宗教政策の面では、モンゴル支配は多くの教会や修道院への課税をともなっていたとはいえ、概して寛容であった。ダヴィド8世（1292年-1310年）による蜂起は長期にわたったものの、グルジアの解放にはつながらず、懲罰遠征による一連の破壊を促しただけであった。モンゴル人たちは対抗するグルジア君主の力を引き上げたり、引き下げたりすることによって内戦を煽り、グルジアに対する統制を保とうとした。しかし、ペルシアにおいてイルハン朝が解体していったため、グルジアに対する影響力はしだいに弱まっていった。