この州教会の歴史は、ブランデンブルクとシュレージエン（シレジア）の歴史、むしろ、プロイセン王国後半の歴史と分かちがたく結びついている。1539年以降、ブランデンブルク選帝侯国において、宗教改革が導入された。1572年、ルター派教会共同体が最初の教会法令(教憲)を制定した。加えて、並行する形で、改革派教会共同体も存在した。数百年の間、二つの宗派の教会共同体が存在していた。1613年、選帝侯ヨハン・ジギスムントはルター派から改革派に宗旨替えをおこなった。Confessio Sigismundiにおいて、選帝侯ヨハン・ジギスムントは彼の家臣（ブランデンブルクの住民）たちに、自身の改宗に従わず、そのままでいることを許した。そして、1555年のアウクスブルクの和議において決定されたCuius region,eius religioの適用外にすることを根拠づけた。それでも、改革派王家とルター派領邦教会の間で、パウル・ゲルハルトの事例のように、再三再四、対立が生じた。オーバーラウジッツにおいて、1521年から1550年に間に福音主義の信仰告白が幅広く受け入れられた。しかし、特殊な政治的事情によって、福音主義領邦教会の形成はおこなわれなかった。ウィーン会議（1815年）以降、オーバーラウジッツの東側地域がプロイセンに属することになり、プロヴィンツ（州）・シュレージエンとなった。オーバーラウジッツの教会共同体はシュレージェン・プロヴィンツ(州)教会と統合された。最初の教憲制定と教会巡察が1742年、1748年にはじまった。1815年以降、プロイセン政府はプロヴィンツ（州）ごとに福音主義教会担当省を置いた。ブランデンブルクとシュレージエンに関して、ベルリン、ブレスラウから管理する形になった。さらに、1881年、プロヴィンツ＝ブランデンブルクからベルリンを切り離して別の教会担当部署ができたが、両方の教会担当省は、共にキルヒェンプロヴィンツ（教会州）＝ブランデンブルクという教区を担当した。ルター派と改革派教会の首長(summus episcopus)はプロイセン王であった。1817年、フリードリヒ・ヴィルヘルム3世はこの二つの教派の行政的統合を命じた。同時に、プロイセン王国内において、統一された領邦教会、プロイセン福音主義教会が設立された。この教会は数十年に渡って、数回、名称を変えた。1918年/1922年になるまで、この教会は、次のようなキルヒェンプロヴィンツ（教会州）から成立していた。東プロイセン、西プロイセン、ブランデンブルク、ポンメルン、ポーゼン、ザクセン、シュレージェン、ラインプロヴィンツ、ヴェストファーレンである。ブレスラウの神学教授、ヨハン・ゴットフリート・シャイベルの指導の下、少数のルター主義者が神学的理由を言い立てて、合同を拒んだ上、プロイセンにおける新たな福音主義教会に加入しなかった。1830年から1840年までの間に実現した是認措置導入まで、古ルター派のプロイセン福音ルター派教会に対して弾圧がおこなわれた。最終的には1845年に、福音ルター派（古ルター派）教会に対して公的認可が下りた。第1次世界大戦後、君主制が終焉すると同時に、領邦君主による教会統治(summus episcopus)も終了した。1922年、プロイセンの領邦教会とそこに属する各州（プロヴィンツ）の教会は、古プロイセン合同福音主義教会を設立した。ただ、ポーゼン州（プロヴィンツ）にある相当数の教会の分離によって、以前よりは縮小された規模で設立されている。その教会（古プロイセン合同福音主義教会）は多くの総教区長(Generalsuperintendent)と最高宗務局長(Präsidenten des Oberkonsistoriums)によって、ベルリンから運営されていた。第2次世界大戦後、オーデル・ナイセ線がドイツの東部地区に引かれた。このことはプロヴィンツ＝東プロイセンと、プロヴィンツ＝ポンメルンとプロヴィンツ＝シュレージェンのかなりの部分、並びにブランデンブルクのオーダー川以東の地域との分離を意味している。この地域はポーランド、並びにソ連政府の行政管轄下になった。残された6つの古プロイセンのプロヴィンツ（州）教会は、1947年までにプロイセンの正式な解体によって、領邦から独立した州教会になった。一人の監督に率いられたマルク・ブランデンブルク＝キルヒェンプロヴィンツ（教会州）教会は、1948年に新たな教会法令(教憲)を制定し、それに従ってベルリン＝ブランデンブルク福音主義教会と呼ばれることになる。ベルリン＝ブランデンブルク福音主義教会はドイツ福音教会（EKD）に加盟した。シュレージエンでは、1945年の段階では、エルンスト・ホールニヒ監督がシュレージエン・プロヴィンツ教会における教会的伝統を維持していた。1946年において、シュレージエン福音主義教会総会がポーランド政府による行政統治の下で、開かれた。しかしながら、1946年12月4日において、エルンスト・ホールニヒ監督はブレスラウを離れなければならず、同じ様に、1947年にはブレスラウにおいて存続していた教区を、ゲルリッツに移すことになった。ドイツ人追放の行列に中、オーダー川東部にある大半のシュレージエン福音主義教会共同体は解体された。福音主義教会とカトリック教会共同体の大多数がこの状況を受け入れた。このような状況下で、ポーランド・アウクスブルク信仰告白・福音主義教会に組み込まれた福音主義教会共同体のみが存続できた。ドイツ国内のナイセ川以西に位置しているシュレージエン・プロブィンツ(州)教会の存続している地域は、差し当たり、ベルリン＝ブランデンブルク教会が受託する形で管理された。1947年5月1日、シュレージエン福音主義教会という教会名で独立した州教会が設立された。後に、ドイツ福音教会（EKD）に加盟した。シュレージエン教会の霊的指導は、1918年以降、総地区長たちと監督たちの職務になっており、1951年11月14日、教会法令(教憲)が議決された。1954年、6つの古プロイセンの州教会(ベルリン＝ブランデンブルク、シュレージエン、プロブィンツ＝ザクセン、ポンメルン、ラインラント、ヴェストファーレン)は、1922年設立された古プロイセン合同福音主義教会の後継教会として、福音合同教会(EKU)を設立した。同様に、ドイツ福音主義教会(EKD)にも加盟した。 ベルリンの壁構築以後、ベルリン＝ブランデンブルク教会内での協同した働きが恒常的に困難になってしまった。それゆえ、1972年、西部区域（西ベルリン）と東部区域（東ベルリンとブランデンブルク）に、ベルリン＝ブランデンブルク教会が分けられた。どちらの区域の教会も独自の教会宗務局をベルリンに置き、監督をトップに選出した。二つのドイツ国家の再統合に際して、ベルリン＝ブランデンブルク福音主義教会も再び統合された。1991年以降、再び一人の監督が州教会を率いている。シュレージエン教会に際して、当時の政治的事情がさまざまな変更事項をもたらした。1968年、シュレージエン教会は教会名称をゲルリッツ福音主義教会に変更することを強いられた。なぜなら、当時のドイツ民主共和国（東独）政府が教会名に含まれるシュレージエンという地名に、ポーランドとの新しい国境線に向けた報復主義と国境線不承認の意図があると見なしたからである。二つのドイツ国家の再統一後、州教会は再び名称を変更した。その際、シュレージシェ・オーバーラウジッツ福音主義教会という名称を州教会は採用した。2004年1月1日、この二つの教会はベルリン＝ブランデンブルク＝シュレージシェ・オーバーラウジッツ福音主義教会に統合された。