撮影の吉田貞次は、満映時代にニュース映像などを撮っていた人で、何度か登場する実際の商店街でのドンパチのシーンは「ニュース方式」、所謂「ゲリラ撮影」で行われた。他の場所で何度もリハーサルを重ねて、それを現場に持っていき、役者・スタッフとも映画人のような格好はしないで、カメラも隠し、一斉にアクションをかけ、それをカメラがニュースのようにつかまえていく。役者もどこにカメラがあるか分からないから、初めからおしまいまで本気でやる。ときには役者とカメラがぶつかることもあった。カメラは手持ちの小さい物で、アクションに紛れるとカメラがあるかどうかはわからない。現実の商店街でこれが急に始まるので、通行人も本物のドンパチと信じ込み、怯えたり狼狽えたりする通行人の芝居でないリアクションが撮れた。当然110番通報される場合もあり警察に絞られることもあった。第一部で三上真一郎扮する新開宇市が駅のホームで刺殺されるシーンは京都駅でのゲリラ撮影。本来は許可を取ってやらないといけないが、許可が出るわけないので内緒で撮影し、助監督が捕まってさんざん油を絞られている間に他の者は逃げたという。第一部の撮影が終わり、編集段階になって深作が「この映画のラストカットが欲しい。広島に行ってそういうカット撮ってきてくれ」といわれ、吉田と撮影スタッフだけで日帰りで広島に行き、撮影したのがシリーズ中、繰り返し出てくる原爆ドームの映像。原爆ドーム前にホテル（「広島の宿 相生」と思われる）があって許可をもらってそこから撮影したという。また第一部で土居組との抗争がエスカレートし、今後どうするか山守組幹部が山守宅に集まり、山守夫妻を囲んで話し合うシーンで、広能と若杉が「ここにおるもん（幹部）で今から土居組に殴り込みかけちゃろう」と号令をかけるシーンで、新開が「ここんとこ体の調子が悪うて働けるかどうか」、矢野が「ワシャ、他にも手があると思う」、槇原が「ワシャ死ぬゆうて問題じゃないが女房の腹に子がおって、これからのこと思うと可哀そうで、可哀そうで」などと、行きたくない言い訳を繰り返すが、これらは、それまでの任侠映画では決してお目にかかれなかったシーンであった。深作は『深夜作業組』の略という逸話で知られるほど、撮影が長いことで有名であったが このシーンは、向こうの人物とこっちの人物のフォーカスが上手く合わず「リテイク」「リテイク」の連続で撮影に8時間を要したという。本作の出演者はアフレコのヘタな人ばかりで、さらに慣れない広島弁。深作がOKを出しても、横にいた方言指導の人が「ここが違う、ここがこう」などと言い出すから、またやるの繰り返しで気が狂いそうになったと深作は話している。美能幸三は「週刊サンケイ」の連載や映画化にあたり、正式な契約を結んでいない。あくまで了承・黙認だったため、美能に対する原案料は0円である。だが何の見返りもなかったわけではなく、美能は東映の衣装を払い下げてもらい貸衣装屋を始めた。映画で付き合い始めた俳優との交流も続き、それを足がかりとして冠婚葬祭場、ホテル経営へと拡大させ実業家として成功している。「美能」という名前が目立つため、裁判所にいって名字を変えていた。高岩淡は美能が事業を始めた際に便宜をはかり、それが縁で美能が亡くなるまで付き合いがあったという。美能は2010年（平成22年）3月17日に亡くなったが、その数年前まで時折雑誌のインタビューに答えていた。このうち、2003年（平成15年）出版された『東映実録やくざ映画 無法地帯』（太田出版）の中では、驚愕の事実を話している。『仁義なき戦い』は実録・実話と銘打っているものの娯楽映画であるため、ある程度のフィクションの加味は仕方ない。しかし美能は山村辰雄に盃をもらっていないという。「私は山村の子分ではない。盃をもらった親分は一人もいない。第一、山村と親子の盃をしているなら、ああいう手記は絶対に書かん。私は山村の七人衆と言われていたが、山村組に入ったことはない。山村が私のことを「アレはウチの若い衆じゃ」と言うから、みんな、そう思っていただけの話。私はあの人から世話になったことは一遍もない。みんなで集まったということもないし、ただ山村のとこへ出入りしていただけだったというのが本当のところで『組』というほどのものではなかったんだ」と話している。『仁義なき戦い』は、山守と広能の親子関係が大きなテーマとなっているが、これでは根本的な設定からしてフィクションになってしまう。ただ、戦後の混乱期にはセレモニーとしての盃事を執り行った組織は少なかったといわれ、盃事がなかったからといって親分でなかったとは言い切れない。また、美能は広島抗争について「実話時代BULL」1998年3月号の門広・石谷綱朗との対談で、「わしはのう、手記の中で一つ肝心なことを抜かしといた。それは海生さんのことでのう、『わしのことだけは書かんでくれ』と頼まれて伏せたんじゃ、門はすでに海生さんは引退しとったと思うとったかしらんけど、海生さんはまだ現役で呉に君臨しとった。わしは安原さんが持ってきた話で、1963年の4月22日に山本さんと、小原光男さんも加わって3人の盃をする予定をしとったんじゃが、亀井貢が殺されて延期になり、5月に内輪だけで盃をしたんよ。そのときは海生の親分が山村を押さえるために山口組の顧問になるという話もほぼまとまっとったんじゃ。それ書いとったら、抗争事件のいきさつと全容がようわかるんじゃがのう。細かいいきさつを言やぁきりがないが、結局は打越対山村ということじゃが、これに海生さんがいっちょ噛んで来たことが決定的になって、いっぺんに火が噴いたということよ」などと話している。本職のヤクザが撮影に出入りして演技指導をしていたと多くの関係者が証言している。深作は「俳優の中に本物もいた」と話している。伊吹吾郎は「賭場にしろ、手打ち式のシーンにしろ、たいがいは親分が後ろで見ていて、若い人が手順を披露する。ところが、ずらりと並んだ役者に照れがあるのか、少しおちゃらけた感じになる。すかさず親分から『バカヤロー、ちゃんとやれ!』って罵倒される。僕ら役者は、その声を聞くだけでビビってしまうものでしたよ」と述べている。若い頃（1980年前後と見られる）、一年の3分の2を京都撮影所内にある寮で暮らしたという真田広之は、楽屋に本職の人が「ヤァ、お若いの、元気でやってるか」とよく入って来たが、全然大丈夫で、「むしろ守られている」という感じだったと話している。映画の主要キャストにはそれぞれモデルとなった人物がいて、多くが存命でヤクザが撮影をチェックしに来ており、監督である深作がOKを出しても彼らがストップさせることもあったという。東映京都撮影所の俳優会館は 本作がシリーズ化され撮影が始まるとヤクザが出入りして異様なムードに包まれたといわれる。日下部五朗は「監督、脚本、役者、時代、あらゆる意味で今じゃつくれない映画だった」、梅宮辰夫は「だいたい『仁義なき戦い』撮ってる頃は、撮影所はいっつもヤクザでいっぱいだった」、山城新伍は「梅宮辰夫が眉毛を剃ったり、小林旭が常にサングラスをかけて出たりしているのは、役のモデルになった本物のヤクザの人が、毎日撮影を見にきているからなんです。そうすると、メイクや扮装もモデルとそっくりにしてね。みんな、そうですよ。撮影現場では、役者かヤクザかわからなくなってしまって(笑)」、松方弘樹は「『仁義なき戦い』以降、太秦はガラの悪いのが増えた」 などと証言している。深作健太と仁科貴は「僕たちも実録やくざ映画を撮りたいけど、どんどん難しくなっている」、深作健太は「本人の意図とは別に『仁義なき戦い』が撮れた時代性があります。1970年代に入って映画が完全にテレビに負けた時代だからこそ、実際のヤクザの抗争事件をテーマにエンタテイメントが作られたのだと思います」と話している。松方弘樹は『修羅の群れ』（1984年）の次の年に『戦争と平和』という警視庁と合田一家の話を勝新太郎と一緒にやろうと衣装合わせまでしていたが、警察から岡田社長へ圧力がかかってダメになり、それぐらいからヤクザ映画が撮れなくなったと話している。『仁義なき戦い』が興した「実録路線」はさまざまな副産物を撒き散らした。京撮次長だった翁長孝雄はクレーム処理を一手に引き受けた。笠原は「仁義なき戦いシリーズ」において、山口組を架空の「明石組」と名を変え書いたが、明石組は神戸の新開地にれっきとして実在した。明石組は「社長宅を爆弾でぶっ飛ばすぞ」と岡田社長を脅し、翁長は「何とかせい」と岡田に命じられた。翁長は友人である兵庫県警の刑事に連絡し、事態を憂慮した刑事が見張る中、組事務所に単身乗り込んだ。「今回の映画で組の名誉がどれだけ傷つけられたと思う? 亡き先代に顔向けできへん」と訥々と語る組長に「知らなかったとはいえ名義を勝手に借用したことは、申し訳ない」と陳謝し、位牌に焼香して仏壇に少なからぬ御香料を捧げた。これで一件落着となったが、このようなやくざ絡みの揉めごとは北九州でも浜松でも起こり、翁長は東奔西走させられた。美能も波谷守之から「映画でウチの若い者をポン中にしとると何度も電話がかかってきた」、どうやら波谷はフィクションの映画を、ノンフィクションだと思ったらしいと述べている。高田宏治は「やくざは映画になるといちゃもんつけるんですよ。大体やくざは小説や活字は読まない。でも映画で安く扱われると頭に来るんです」と話している。日下部五朗は夜桜銀次をモデルにした『山口組外伝 九州進攻作戦』で大分県別府市の石井組（山口組系） に挨拶にいった時、雪隠詰めにされた。「銀次いうたら、うちの組じゃ三下みたいなもんやないか！おまえ、あいつを何で映画にするんや。アホなことすな、誰の許可でそんな映画撮るんじゃい！おまえここにおれ」と日下部は二日後、東映本社からこのことを知らされた田岡一雄の"鶴の一声"で釈放されるまで、ホテルに軟禁されたという。代々木忠は、広島抗争のきっかけを作ったのは俺たち。直接じゃないかもしれないが、後押しはしたと述べている。小倉でヤクザをやっていた頃、広島でストリップの興行をずっと打っていたが、ストリップは儲かるということが分かると、広島の組の若い衆が来てトップクラスの踊り子を引き抜いていくから、これはその組長を取るしかねえだろう、と殺るつもりで事務所に乗り込んでいった。しかしその組長が引退するつもりだった、というから殺らずにすんだという。それから代理戦争が始まったと話している。安部譲二は広島抗争に参加したと話している。逆に城内実の父親は、広島抗争時の広島県警捜査二課長で、所謂ヤクザと対決する側のトップであったという。『仁義なき戦い』のビデオが出たあと、お巡りさんに「私は全巻持っています」というお巡りさんのファンが多かったと深作は話している。スピード違反で止められたとき、免許証を見せたら「何だ『仁義なき戦い』か、行っていいよ」と言われたことがあったという。