植民地軍は収容所送りにされ、インドネシア側の兵士は解放された。日本軍による植民地運営でオランダ人管理者がそのまま維持されることを期待して、大半のオランダ人は去るのを拒んでいた。ところが彼らは強制収容所に送られ、日本人またはインドネシア人の交代要員が上官および技術的地位として動員された。日本軍は港湾や郵便などのインフラおよびサービスを政府の統制とした。10万人のヨーロッパ民間人（と若干の中国人）が拘禁されたうえ、8万人のオランダ、イギリス、オーストラリア、アメリカの同盟軍兵士が捕虜収容所に行き、そこでの死亡率は13-30%だった。（以前オランダ植民地政府に勤務していた現地公務員や政治家で構成された）インドネシア人の支配階級は日本の軍当局と協力し、日本側はそのまま現地の政治エリートたちに権力を維持させて、新たに到着した日本の産業工場や企業および軍隊に彼らを雇用した（蘭印における補助的な軍隊や警察の上級職は日本軍によって運営されている）。インドネシア人の協力により、日本の軍事政権は大規模な群島の水路および空路を確保することができ、その島を連合軍の攻撃（オーストラリアから襲来する可能性が最も高いと考えられる）に対する防衛拠点として使用することができた。日本の植民地支配者はインドネシアを3つの地域に分けた。スマトラ島は第25軍の配下に置かれ、ジャワ島とマドゥラ島は第16軍の配下に、ボルネオ島とインドネシア東部は第二艦隊 (日本海軍)によって統治された。第16軍と第25軍はシンガポールに本部を構え、統治命令がスマトラ島のみに縮小されて本部がブキティンギに移る1943年4月まで英領マレーを統治した。第16軍はジャカルタに本部を置き、第二南方艦隊はマカッサルに本部を置いた。居住地域や社会的地位によって占領の体験には大きな差があった。戦争の遂行に重要だと考えられる地域に住んでいた多くの人々は拷問、従軍慰安婦、恣意的な逮捕および処刑、などの戦争犯罪を経験した。泰緬鉄道やサケティ-バヤ鉄道(en)などでインドネシアから何千人もの人々が日本軍の計画による強制労働者（ロームシャ）として連れ去られ、虐待や飢餓によって苦しんだり死亡することもあった。ジャワでは400万-1000万人のロームシャが日本軍によって労働を強制された。約27万人のジャワ人労働者が他の東南アジアの日本領地に派遣され、ジャワに帰国できたのが5万2千人だけのため、その死亡率は80％とされている。何万人ものインドネシア人が、飢餓状態あるいは奴隷労働者として働いているか、住む家を追われていた。それに続く独立戦争では、独立が達成される前に数万いや数十万の人々が日本軍、連合軍、および対立するインドネシア人との戦いで死亡することになった。後の国連報告は、日本による占領中の飢饉と強制労働の結果、インドネシアでは400万人（3万人の抑留されたヨーロッパ民間人も含む）が死亡したと主張した。オランダ政府の調査は、日本軍がどのようにインドネシアで女性を慰安婦として強制雇用したかを説明した。そこでは日本軍の売春宿で働いているヨーロッパ人女性200人から300人のうち「およそ65人はほぼ確実に売春を強要された」と結論付けていた。 他の若い女性（およびその家族）は、収容所や戦時中の社会で様々な圧力に直面しており、仕事として売春提供したことは認めたが、その性質（強制的だったか否か）が明示的に述べられていないものも多い。事実上、ジャワの全鉄道路線、鉄道車両、および産業施設は接収され、日本や満州に送られた。占領時期のイギリスの諜報機関報告は、戦争の取り組みで使用される可能性がある材料全ての重要な輸送に注目していた。学生(Pemuda)を地下活動に導いたスタン・シャフリルに次ぐ、唯一の著名な反対派政治家は左派のアミル・シャリフディンで、彼はマルクス主義者や民族主義者との関係を通して地下のレジスタンス運動を組織するため1942年初頭に25,000ギルダーをオランダ人より与えられた。1943年に日本軍がアミルを逮捕するもインドネシアで人気があったことから、戦争遂行にとっての重要性が日本側に認識されていたスカルノの介入もあって処刑をかろうじて免れた。スラバヤに拠点を置くアミルのグループ以外で、連合側に味方する最も積極的な活動集団は、中国人、アンボン島民、マナド市民だった。南カリマンタンでは、ポンティアナック事件が起きる前、インドネシア人民族主義者とオランダ人による日本軍への反乱計画が発覚した。一部の資料によると、これは1943年9月に南カリマンタンのアムンタイ(id)で起こり、イスラム国家の創設や日本人の追放が含まれていたが、同計画は（日本軍によって）潰された。1943年に、日本人は王族の一員であるスルターンのTengku Rachmadu'llahを処刑した。1943-44年のポンティアナック事件（マンドール事件としても知られる）にて、日本軍はカリマンタンでマレーのスルターン全員を含むマレー人エリートおよびアラブ人、中国人、インドネシア人、オランダ人、インド人、ユーラシア人の大量逮捕を行った。彼らは日本の統治を倒そうと企てたことで告発され、その後全員処刑された。イスラーム教のペムダ・ムハマディヤ(Pemuda Muhammadijah)などの民族集団や組織のすべてが日本軍を転覆させて「西ボルネオ人民共和国(Negara Rakyat Borneo Barat)」を創設する計画に関与していた、と日本軍はうそぶいて主張した。日本軍は 「互いに敵対していたスルターン、中国人、インドネシア政府関係者、インド人、アラブ人が、日本軍を皆殺しにするため一丸となった」と主張し、計画された反乱の「首謀者」の一人としてポンティアナックのスルターンを名指しした。最大25人の貴族、ポンティアナックのスルターンの親族、ほか多くの著名人が計画の参加者として日本側に名指しされ、その後マンドール(Mandor）にて処刑された。ポンティアナックのほかにも、サンバス、ケタパン、メンパワなど各地のサルターン全員が日本軍によってそれぞれ処刑された。この事案は「12Dokoh（ジャワ語で12の垂れ飾り）」として知られている。ジャワ島で、日本軍はシャリフ・モハマド・アルカドリというスルターンの息子であるシャリフ・アブドゥル・ハミド・アルカドリ(en)を投獄した。処刑時期にジャワにいたため、このハミド2世は彼の家族の中で殺されなかった唯一の男性となったが、一方で日本軍はポンティアナックのスルターンであるムハンマド・アルカドリの男性親族28人全員を処刑した。日本人によって処刑されたポンティアナックのスルターンの親族29人の中には、ポンティアナックの王位継承者がいた。1944年後半に、同事件に関与しておりその残虐行為で知られていた、ナカタニという名前の日本人男性をダヤク族が暗殺した。ポンティアナック・ムハンマド・アルカドリの4番目の息子、ペンゲラン・アゴーンともう一人の息子ペンゲラン・アディパティが、この事件で両方とも日本人に殺害された。日本側は公開処刑にて、この両名を斬首した。日本人によるポンティアナックのマレー人エリートの殲滅は、代わりに新たなダヤク族エリート出現の道を作った。メアリー・F・ソマーズ・ヘイドゥーズによると、1945年5月から6月にかけて、サンガウ(en)にいた何人かの日本人がダヤク族による反乱で殺害された。ジェイミー・S・デヴィッドソンによると、多くのダヤク族および日本人が殺害されたこの反乱は1945年4月から8月にかけて起こり、「マジャン村(Majang Desa)戦争」と呼ばれた。ポンティアナック事件は、学者によって2つの事件に分けられ、異なる日にいくつかの段階で発生した集団殺害や逮捕に従って様々に分類されている。このポンティアナック事件はカリマンタンにいる中国人コミュニティに悪い影響を与えた。アチェ州のウラマー（イスラム法学者）は、1942年2月にオランダ側と対立して反乱を、そして1942年11月には日本側と対立して反乱を起こし、オランダ軍と日本軍の両方と戦った。この反乱は全アチェ宗教学者協会(PUSA)により主導された。この暴動で日本人は18名が死亡したが、一方で彼らはアチェ人を最大100人または120人超にわたり大量殺害した。この反乱はバユで発生し、Tjot Plieng村の宗教学校を中心に起こった。同反乱中の11月10日と13日に、迫撃砲と機関銃で武装した日本軍はBuloh Gampong TeungahおよびTjot Plieng村にて、トンクゥ・アブドゥル・ジャリルの下で刀を振るうアチェ人に襲撃された。1945年5月、アチェ人は再び反乱を起こした。