1990年に、スウェーデン・ヨーテボリ・ブーヒュース県・ヨーテボリにて、イェスパー・ストロムブラードを中心に結成される。最初期のメンバーは、イェスパー・ストロムブラード (Ds、Key、G)、グレン・ユングストローム (G)、アンダース・イワース (G)、ヨハン・ラーソン (B)の4名であった。当時、イェスパー・ストロムブラードとアンダース・イワースがセレモニアル・オースで活動していたこともあって、当初は目立った活動はしていなかった。1992年にアンダース・イワースが脱退。1993年に、イェスパー・ストロムブラードがセレモニアル・オースから脱退し、活動を活発化。同年にカール・ナスルンド (G)が加入。正式ボーカリストが不在のため、ダーク・トランキュリティのミカエル・スタンネがセッション・ボーカルとして参加して、デモテープ『Demo '93』をリリース。同デモの楽曲の作詞もミカエル・スタンネが担当した。同デモのレコーディングは、スタジオ・フレッドマンで行われ、以降レコーディングはスタジオ・フレッドマンでフレドリック・ノルドストロームによるものとなる。このデモをきっかけに、スウェーデンのインディペンデントレコードレーベルのロング・アゲイン・レコードと契約。翌1994年に1stアルバム『Lunar Strain』をリリースしデビューする。同アルバムでも、引き続きミカエル・スタンネがセッション・ボーカルとして参加した。引き続き、作詞もミカエル・スタンネが担当した。同アルバムのメンバー写真には、ミカエル・スタンネが他のメンバーと共に写っている。その後、カール・ナスルンドが脱退。同年中に、1stEP『Subterranean』をレコーディングしリリース。同EP頃には、イェスパーがドラムスを担当することがほとんどなくなっており、ボーカリストとドラマーに数人のゲスト・ミュージシャンが参加している。『Subterranean』リリース後、正式ドラマーとして、ビョーン・イエロッテ (Ds、G)が加入。2ndアルバムの制作に入るが、ボーカリストは定まらず、アルバム・デモテープ作成の段階では、マーダックのボーカリストのヨアキム・ゴスベルグがセッション参加していた。そのため、ヨアキム・ゴスベルグが2ndアルバム中の楽曲「Dead Eternity」の作詞を手掛けている。その後、1995年中頃に、セレモニアル・オース、元ダーク・トランキュリティのアンダース・フリーデン (Vo)が加入。バンド体制が整う。以降の作詞は、アンダース・フリーデンが担うようになった。1996年に2ndアルバム『The Jester Race』をリリース。リリース後、ウロング・アゲイン・レコードが活動を停止し、ドイツのニュークリア・ブラストに移籍。続いて、1997年に3rdアルバム『Whoracle』をリリース。同アルバムのレコーディング後に、グレン・ユングストロームとヨハン・ラーソンが脱退。脱退は、バンド活動に対する疲れが原因であった。この脱退を受けて、ピーター・イワース (B)が加入。ピーターは、最初期に参加していたアンダース・イワースの実弟である。またギタリストには、ガーデニアンのギタリスト、ニクラス・エンゲリン (G)がライヴ・セッションを経て正式に加入。リリース後、ツアーを行う。このツアー中、1998年2月に初来日している。このツアー後、ニクラス・エンゲリンが解雇される。解雇の理由は、ガーデニアンによって、ニクラスがイン・フレイムスをメインバンドに置くことができないというものであった。ニクラス・エンゲリン脱退後、ドラマーのビョーン・イエロッテがギタリストに転向。この転向を受けて、Sacrilegeのドラマー、ダニエル・スヴェンソン (Ds)が加入。この加入によって、Sacrilegeは解散している。これまで、ラインナップが流動的で、メンバーが中々固定されなかったが、この交代劇を最後に約12年間、不動のラインナップとなる。1999年に4thアルバム『Colony』をリリースする。リリース後の7月には、2度目の来日を果たしている。2000年に5thアルバム『Clayman』をリリース。リリース後の2000年11月にアルマゲドンとザ・ホーンテッドと共に三度目の来日。この来日公演のうち、11月16日に赤坂BLITZで行われた東京公演の演奏がライヴアルバム『The Tokyo Showdown』としてリリースされた。2001年には、スリップノットのサポートで、アメリカ合衆国でツアーを行う。このツアーの後には、アイスド・アース、ジャグ・パンツァーと共に再びアメリカツアーを行う。2002年に6thアルバム『Reroute to Remain』をリリース。同アルバムから、フレドリック・ノルドストロームのプロデュースを離れ、ダニエル・ベルグストランドがプロデューサーとして就いている。リリース後には、スレイヤー、ソウルフライと共にアメリカツアーを行った。引き続き、多数のライヴをこなしつつ、2003年にはEP『Trigger』をリリースし、続いて2004年に7thアルバム『Soundtrack to Your Escape』をリリース。2006年に8thアルバム『Come Clarity』をリリース。同年後半のツアーではイェスパー・ストロムブラードが個人的な理由で離脱し、元メンバーのニクラス・エンゲリンがセッション参加。更に妻の出産を理由にビョーン・イエロッテも離脱。エヴァグレイのヘンリック・ダンヘイジがセッションで参加した。スタジオ・フレッドマンが移転した後のスタジオを、イン・フレイムスが購入。IFスタジオ (IF Studio)を開設した。以降、このスタジオでレコーディングを行うようになる。2007年に9thアルバムのレコーディングを行う。ヴォーカル・プロデュース、レコーディングは引き続きダニエル・ベルグストランドが担当し、この他のパートのプロデュース、レコーディングはロベルト・ラギが担当した。2009年のツアーから、アルコール依存症の治療と個人的問題の解決のためにイェスパー・ストロムブラードがツアーを離脱。ニクラス・エンゲリンが代役を務めた。それから約1年が経過した2010年2月12日、バンドリーダーのイェパー・ストロムブラードが脱退。イェスパー・ストロムブラードの席を空けておくとの理由で、メンバー補充はされず、引き続きニクラス・エンゲリンがセッション参加していた。しかし、イェスパー脱退から約1年が経過した2011年にニクラス・エンゲリンが正式メンバーとしてイン・フレイムスに再加入した。10thアルバムのレコーディングは2010年終わり頃から行われており、ニクラス・エンゲリンは参加していない。センチュリー・メディア・レコードに移籍して、2011年に10thアルバム『Sounds of a Playground Fading』をリリース。10thアルバムリリース後、センチュリー・メディアを離脱。離脱後、レーベル未定のまま2013年12月にスタジオ入りし、11thアルバムをレコーディング。レコーディング後に、ドイツのソニー・ミュージックと契約。同社傘下のエピック・レコードに移籍した。2014年に、11thアルバム『Siren Charms』をリリース。2015年11月、ドラマーのダニエル・スヴェンソンが脱退した。脱退の原因は、家族との時間を大切にするため。脱退発表の時点で、後任は決まっていない。2016年6月に、過去に15年近く所属していたニュークリア・ブラストと再び契約した。同年9月に新ドラマーとして元Redのジョー・リカルド (Ds)の加入が発表された。同年11月、12thアルバム『Battles』をリリース。同月末にはベースのピーター・イワースが脱退した。脱退の理由は、別の試みに注力するためとしている。2018年7月、ジョー・リカルドに代わって、タナー・ウェイン (Ds)が2018年のライヴツアーに参加すること発表した。