シイタケ
命名
かつてはマツオウジ属（genus Lentinus）に入れられていたが、菌糸構成などの違いから分離された。
本菌の原記載論文はチャレンジャー号探検において1875年に日本で採集された標本に基づく。
なお、シイタケの種小名の edodes を「江戸です」から採ったとする説があるが、イギリスの菌類学者マイルズ・ジョセフ・バークリーによる1878年の原記載論文には学名の由来は記されていない。
ギリシア語で「食用となる」という意味の語は εδωδιμος であり、ラテン文字に置き換えると edodimos となり、これに由来すると考えられている。なお、江戸にちなんで命名された学名では yedo と表記されるソメイヨシノがある。
生態
自然界では、主にクヌギやシイ、コナラ、ミズナラ、クリなどの広葉樹の枯れ木に発生するが、希にスギなどの針葉樹にも発生する。短い円柱形の柄の先に、傘を開く。枯れ木の側面に出ることも多く、その場合には柄は大きく曲がる。傘の表面は茶褐色で綿毛状の鱗片があり、裏面は白色で、細かい襞がある。子実体の発生時期は初夏と秋で、適温は10〜25℃と幅があり菌株によって異なる。
類似の毒キノコ
よく似た条件で発生し、やや姿が似た毒キノコとしてツキヨタケがある。これをシイタケと間違えて食べて中毒になり、入院するまでの病状になる事が多い。外観は似ており、夜間や暗い場所では青白く光ることで区別がつくが、古くなったものは光らないこともあるので注意を要する。　
評価
シイタケは古来より食材として重用されてきたが、独特な風味や食感を苦手とする者も多く、好き嫌いが分かれやすい食材としても広く知られる。ゆえに、シイタケ嫌いを訓練によって克服できる者は少ないともいわれる。
生椎茸
生椎茸（なましいたけ）は遠火で炙り焼きにしたり、鍋料理、スープ、茶碗蒸し、うどん、巻き寿司などに入れたり、炒め物、天ぷらなどにして食べる。鮮度が落ちやすい食材で、切り口や傘の裏が茶色く変色したものや、開封すると刺激臭のあるものに至っては食さないことが望ましい。
干ししいたけ
干し椎茸（ほししいたけ・乾椎茸とも）は、しいたけを乾燥させた食品である。椎茸は乾燥によって旨み・香り成分が化学的に増すという特徴がある。出汁をとったり、水で戻してから煮物や佃煮にしたりする。もどし汁も出汁として利用される。また、陽に当てて干すことによって、ビタミンD₂の含有量も増える。
成長程度の違いから、肉厚でかさが開ききっていない(傘の開きがおおよそ七分まで)冬菇（どんこ）と、薄手でかさが開いている香信（こうしん、本来は香蕈と書く）、さらに両者の中間的存在の香菇（こうこ）の区別がある。いずれも中国での呼び方を取り入れたもので、どんこは中国語の発音「dōnggū」を模している。かさの表面に亀裂の様な模様がひろがっているものは花冬菇（はなどんこ、中国語では花菇）と呼ばれる。この他、スライスしてから乾燥させた製品もある。
シイタケエキス（出汁）
椎茸のうまみ成分・風味は熱に弱いため、出汁を取る際には冷水に5時間以上漬けておくことが望ましいとされる。また、超音波照射は干し椎茸の水戻しに効果があり、食品加工業者向けには、超音波霧化分離技術を利用した加熱の不要なシイタケエキスの抽出装置が開発され、生椎茸栽培の盛んな徳島県内にて2014年に実用化されている。シイタケエキスは麺類のたれなどの食品のほか、保湿作用や美白作用があり、化粧品にも利用されている。
生薬
中国医学では香蕈（こうしん）と称して生薬ともした。益気、健脾、健胃、化痰の作用があり、貧血や高血圧に効くとされる。近年は、β-グルカンの免疫強化、抗癌作用の研究も行われている。その他の医療的利用ではシイタケ属から抽出されたAHCCが健康食品として利用されている。代替医療科学研究センターの発行する資料によると、シイタケ菌糸体には免疫抑制細胞を軽減する働きがあり、肝機能保護作用があることも報告されている。
健康被害
生シイタケを食べた場合、しいたけ皮膚炎と呼ばれるアレルギー反応が発生することがある。体幹部に掻痒が強い紅斑や丘疹が発生し、掻痕に一致した線状の皮疹も呈する。この線状皮疹は Flagellate erythema (Flagellate dermatitis、Scratch dermatitis) と呼ばれる。しいたけ皮膚炎以外では、原因は不明だがシイタケに含まれるレンチナンに対するアレルギー反応だという説があり、この場合は掻痒がない。

干しシイタケの戻し汁などでも症状が発生することが確認されている。特にアレルギー体質の児童に対しては注意を要する。
栽培と流通
古来日本では古くから産したものの、栽培は不可能で自生したものを採集するしかなかった。その一方で精進料理において出汁を取るためには無くてはならないものであり、道元が南宋に渡った際に現地の僧から干し椎茸を持っていないかと問われた逸話があるほど高価な食材であった。
江戸時代から、原木に傷を付けるなどの半栽培が行われ始めた。シイタケの胞子が原木に付着してシイタケ菌の生育が見られるかどうかは全く不明であり、シイタケ栽培は成功した場合の収益は相当なものであったが、失敗した場合は全財産を失うほどの損害となる一種の博打だった。
人工栽培の方法は20世紀に確立されたが、最近では原木栽培または菌床栽培されたものが市場流通品の殆どを占める。2006年10月1日からは、商品に必ず原木栽培品か菌床栽培品かを表示する事が義務付けられている。
現在では人工栽培の方法が諸外国にも普及しているものの、日本産干し椎茸は本場ものとして台湾、香港などで人気があり、各地の業者が輸出をしている。
人工栽培
一般的にシイタケの原木栽培（ほだ木を利用する栽培）では長さ1m程度に切断した広葉樹を原木として利用する。作業性を考慮し直径10〜20cmの樹を利用する事が多い。原木は秋から初冬に伐採、過度な乾燥を避け保管され、翌早春に種菌が接種される。種菌が接種された原木を、約1年を森林の下に寝かせ菌糸体の蔓延を待つ。種菌の接種から16〜18ヶ月経過後に「ほだ場」と呼ばれる栽培場所に移し、柵に立てかけるように原木を並べて子実体の発生を待つ。子実体が発生するのは、通常種菌を植え付けてから18〜24ヶ月後で、3〜4年間収穫（採集）が可能である。品種改良が進んでおり、シイタケが発生するのに最適な時期はそれぞれの品種によっても異なっている。その地域の気候に最も適した品種を選択し栽培することが大切である。
原木栽培に於いて、落雷が発生するとその周囲でシイタケが異常発生することが、生産者の間では経験的に知られている。この発生の理由は高電圧によってほだ木内の窒素が固定(窒素固定)され、亜硝酸塩等の窒素化合物が生成され、菌糸の養分になるからである。伏込んだほだ木に人工的に交流の高電圧パルスを与えた栽培実験では、2〜3倍の収量が得られた事が報告されている。
日本国内の主な産地
生産量ではエノキタケに及ばないが、日本でもっとも生産額が多いキノコである。2010年（平成22年）には生しいたけが77,079トン・721億円、乾しいたけが3,516トン（生換算重量24,614トン）・151億円生産された。乾椎茸は大分県が、生椎茸は徳島県が日本一の産地である。そのほか鳥取県、島根県、岡山県、愛媛県、熊本県、宮崎県、群馬県、栃木県、静岡県、長崎県、岩手県、新潟県などで栽培が盛んである。
名称
干し椎茸は収穫するタイミングによって呼び名が変わり、商品価値に差が出る。傘が7分開きのものを一般的にどんこと呼ぶ。どんこは僅かな時間しか収穫出来ないため、少しでも傘が開くと普通の椎茸になってしまう。そのため普通の干し椎茸と比べて倍以上の価格となり、高級品として扱われる。
中国の産地
中国（中華人民共和国）においては、浙江省・安徽省・江西省・福建省・湖南省などの華中から華南地域が主産地となっている。日本産に比べ、乾燥した感じで比重が軽く、匂いも弱い。近年、不正に日本から持ち出された日本国内の優良品種の種駒で栽培を行い、安価な輸入品が増えている。
中国では1980年代から輸出を大きく伸ばし、日本産の半値以下の価格で世界の消費市場を席巻していた。1987年頃から中国産が内外市場に急増する。その年は893トン、1990年は2404トン、1995年は7539トン、2001年は9253トンと鰻登りに上昇する。中国産は国産の半分以下の価格で、欲しい時に入手できる利便性もあり、また、中国産の国産偽装もあった。消費者の乾しいたけ離れ、中国産の急増、輸出の激減と日本産の干し椎茸は三重苦というべき、苦難に陥った。2000年に朱鎔基首相が来日した時に、TBSは市民対話を行った。朱首相は両国の輸出入を正しい方向に導くことが重要と述べた。その後2007年に中国製食品汚染問題が生じたが、問題は依然として残っている。1995年には中国からの輸入量が日本国内生産量を凌駕した。
日本国外での普及
英語、フランス語などでもそのまま日本語に基づき「シイタケ」と呼ばれる。フランスでは秋に流通する多くのキノコ類の中にシイタケも含まれ、伝統的な食品流通である朝市のほか、大手スーパーマーケットでは菌床栽培品のパッケージが売られている。ブラジル、フィンランド、アメリカ、オランダ等でも栽培するようになってやはりshii-takeの名で販売している。
ブータンではキノコの消費が多く、西岡京治の農業指導によってシイタケがもたらされて以降広く普及している。