長崎高等商業学校
設立の経緯
長崎高等商業学校は、1905年（明治37年）3月、勅令第96号により東京の第一高等商業学校（東京高商）、神戸の第二高等商業学校（神戸高商）に次ぐ、全国で3番目の官立高等商業学校として官制公布され、設立された（なお、設置自体は山口高商に次ぐ4番目であるにも関わらず「官立第三高商」を自称している経緯については後出「「第三高商」としての長崎高商」を参照のこと）。本校の設立には、地元の長崎県による高等教育機関設置運動があり、同県は1901年、官立長崎医学専門学校（現在の長崎大学医学部）の誘致に成功した後、1903年には九州帝国大学の誘致を福岡・熊本両県と争って敗れたため、官立高等商業学校の誘致に目標を切りかえ、福岡・熊本・佐賀の3県と争った結果、長崎での設置が決定したものである。初代校長には東京大学理学部出身の隈本有尚が就任し、同年9月の開校後、1905年1月までに校舎などが完成して1907年7月には開校式が挙行され、1908年7月には第1回卒業式を行った。
教育・研究の拡充
長崎高商は、先行の東京高商にならい商業学校出身者よりも中学出身者からの入学者を中心としたが、教育に関しては神戸高商と同様、実務の習得を中心とする方針が取られた。特に商品知識を学ぶための商品学が重視され、工業製品・商品を陳列する「商品館」が設置された。この結果、本校の卒業者は半数近くが銀行・会社・商店員の職に就いた。
また本校は設立時より「清・韓・南洋方面に雄飛活躍すべき人材」の育成を標榜しており、開校当初は第二外国語として「清・韓・独」の3言語の選択が指定され、1907年度より清・韓方面への修学旅行を開始した。第一次世界大戦開始にともなう日本の東南アジアへの経済進出拡大により、各官立高商で、貿易実務者の養成課程が設置されるようになると、1917年（大正6年）5月には長崎高商でも「海外貿易科」が設置され、高商卒業生を対象として国際貿易・国際商業業務に従事する人材の育成がすすめられ、1923年以降、本科でも東南アジアでの活動を念頭に第二外国語としてオランダ語・スペイン語・マレー語の3言語が追加された。1923年1月には中国からの留学生を対象に5ヶ月間の準備教育科が設置され、同科はその後の改編を経て、最終的には修業年限1年の「特設予科」となった。さらに1929年（昭和4年）3月には中等学校卒業者を対象とする修業年限1年の「貿易別科」が設置され、「支那・南洋貿易」業務が速成学習を目的とした。
以上のような教育課程の充実と並行して、研究活動も活発化した。1919年11月に竣工した「研究館」は、先述の海外貿易科の研究拠点とされ、1921年4月より年報『商業と経済』を刊行した。
戦時下の改編
1941年12月、太平洋戦争が開始されると、学徒出陣に向け修業年限が2年9ヶ月に短縮され、卒業式は繰り上げて実施された。さらに、戦時体制のもとで高商は軍部から不要不急の教育機関とみなされるようになり、1944年4月には国内の官立高商のうち3校が工業専門学校に転換され、残りも経済専門学校と改称された。長崎高商は工専への転換は免れたが工業経営専門学校を併設することとなり、長崎経済専門学校と改称し卒業までの高商生の受け入れ機関として扱われることとなった。また戦時色が強まるなか研究館も1942年9月には「大東亜経済研究所」と改称された。
しかし戦局の悪化とともに1944年5月以降、学徒動員が開始され、生徒たちが三菱兵器製作所、三菱造船所、川南造船所などに交替して出勤するようになると、経専・工経専での教育は次第に形骸化していった。戦争末期の1945年8月9日の原爆投下に際しては、経専の校地は爆心地から離れていたため学校自体の被害は僅少で、壊滅状態となった長崎医大の臨時本部が設置されることとなったが、動員先での被爆により27名の犠牲者を出した（後出）。
新制移行
戦争終結にともなって学徒動員が解除、1946年4月には工業経営専門学校が廃止され、大東亜経済研究所が産業経営研究所と改称されるなど、戦時体制からの離脱が急速に進行した。また工経専の設置によって休止となっていた貿易別科も1947年に再開された。そして戦後、官立高商（経専）のなかでは歴史が古く、名門意識も強かった長崎経専は、学制改革のなかで単独での大学昇格をめざしたが実現しなかったため、同じく長崎県下の長崎医大・（旧制）長崎高校・長崎師範・長崎青師の4校とともに新制の国立総合大学に統合されることとなった。そして1949年5月、国立学校設置法に基づき新制長崎大学が発足すると、その経済学部の構成母体となるとともに、同校に包括され長崎大学長崎経済専門学校と改称された。そして1951年3月、最後の卒業式が挙行され長崎経専は廃止となった。
新制移行後の長崎大経済学部は、長崎医大を継承し新制長崎大で学長を輩出した医学部への対抗意識が強く、そのことが本部と独立した位置にある片淵（西山）校地への愛着につながり、キャンパスの移転に対して強い抵抗を示した（後出）ことから、現在に至るまで校地の統合は実現していない。
高商・経専の「海外貿易科」は新制移行後、1968年に設置された経済学部貿易学科の基礎となり、長崎高商「研究館」を継承した産業経営研究所は、1962年設置の長崎大学経済学部東南アジア研究所に継承され、現在に至っている。また戦時期の1944年6月、『商業と経済』から『経営と経済』に改題された長崎経専（工経専）の研究年報は、新制移行後は長崎大学経済学部の紀要誌として継承され、現在は同学部経済学会を発行主体として刊行が継続している。
校地とその継承
設立時の校地は長崎県西彼杵郡上長崎村字片渕郷（現在の長崎市片淵町）。1903年（明治36年）の官制公布後、この地に1万2,912坪の敷地が求められ、工費36万8,800円で同年4月に着工、1905年（明治38年）1月に校舎が完成した。
その後片淵校舎の所在する上長崎村は、1920年10月に長崎市に編入され住居表示が変更されたが、第二次世界大戦後の学制改革を経て長崎大学経済学部キャンパス（片淵キャンパス）として継承された。新制移行後の1964年、長崎大の本部キャンパス（文教キャンパス）に所在していた工学部との校地交換が画策された際、経済学部は一致してこの計画に反対したため校地移転は実現せず、現在に至るまで経済学部キャンパスとして利用されている。
高商・経専時代の施設のなかにはいくつか現存・現役使用されているものがあり、高商の「研究館」（1919年造）は、現在は同窓会事務所「瓊林会館」として内部の調度も含め旧観を保っている。また高商正門と校舎の間に流れる西山川（中島川の支流）に架けられた「拱橋」（こまねきばし / 1903年造）が現役で使用されており、高商時代の煉瓦造り倉庫（1907年造）も現存する。また旧制時代の「表門衛所」もグラバー園に移築され現存している（ギャラリー参照）。
原爆による被害
1945年8月9日の原爆被災時、長崎経専の片淵校舎は爆心地から3km程度離れており、また金比羅山に遮られる位置にあった。そのため校舎は中破程度の損壊に止まり、被爆者の救護所に充てられた。9月以降は爆心地近くで壊滅的打撃を受けた長崎医科大学（長崎大学医学部の前身）の臨時本部がここに移転された。
しかし三菱兵器製作所大橋工場（爆心地から1.5km程度で現在の長崎大学文教キャンパス。ただし経専生の動員先は0.5km程度の城山国民学校内の事務所）などに教職員･学生が勤労動員されていたため、これを中心として多くの死傷者が出た（引率教官1名・学生26名が死亡）。
「第三高商」としての長崎高商
長崎高商は公式の校史などではしばしば「（官立）第三高商」とされているがそれは以下のような事情に基づくものである。すなわち、山口高商は明治38年（1905年）2月24日勅令第40号に基づき山口高等学校（旧山高）から転換された一方、長崎高商は同年3月28日勅令第96号により開設され同年9月に授業を開始した。このため法的設置順、開校順とも山口が長崎に先行していたが、同勅令第96号（改正文部省直轄諸学校官制）中の記載順序が、山口高商が高等学校からの改称であったため第七高等学校造士館の次位のままとなっていたのに対し、長崎高商は新設であったことから東京高商・神戸高商の次位とされていた（山口高商も参照のこと）。
なお、官制上の記載順序は、3年後の明治41年勅令第86号「『長崎高等商業學校』ノ次ニ『山口高等商業學校』ヲ加ヘ『第七高等學校造士館』ノ次『山口高等商業學校』ヲ削リ『第八高等學校』ヲ加フ：他略」によって見直された。この勅令改正の理由書には、「本案中山口高等商業學校の順序を變(変)更せんとするは本校は元山口高等學校の改稱なるが故に其位置從來の儘なるも東京、神戸、長崎の各高等商業學校は一所に列記しあり獨り山口高等商業學校のみ第七高等學校造士館の次位にあるか為め他の高等商業學校と組織及程度等全く別種のものとの誤解を來すの恐あり随て生從募輯(集)上及卆業生就職等に不便尠からさるに依る」と記されている。