諫早湾干拓事業
諫早湾干拓事業（いさはやわんかんたくじぎょう）とは、有明海内の諫早湾における干拓事業。諫早湾での干拓は古くから行われてきたが、本項目では主に1989年（平成元年）に着工した農林水産省による国営干拓事業とそれを巡る論争について記載する。
着工 
1989年より「国営諫早湾干拓事業」の工事が行われ、諫早湾奥に潮受け堤防が建設された。1997年4月14日に潮受け堤防の水門が閉じられた。干拓の工事前に漁業補償として、総額279.2億円が支払われ、各漁協の漁業権は消滅（潮受堤防内八漁協）又は一部放棄・制限された。
2000年に有明海の養殖ノリが不作となると、本事業との関連が疑われ、2002年有明海沿岸の漁業者らが、潮受け堤防の閉め切りが不漁の原因であるとして工事中止などを求めて佐賀地方裁判所に提訴した。工事中止の仮処分申請も行った。2004年に佐賀地裁は漁業被害との因果関係を一部認め、工事中止の仮処分も決定されたが、2005年の福岡高等裁判所判決では仮処分を取り消され工事が再開された。
完成 
潮受け堤防の締め切りから約10年後の2007年11月20日に完工式が行われた。同年12月22日午後5時、潮受け堤防の上に全長8.5kmの諫早湾干拓堤防道路が開通した。水門閉鎖により潮受け堤防内側の調整池は有明海から分離され淡水化された。調整池は農業用水源として使用された。調整池のさらに内側に内部堤防が築かれ、中央干拓地と小江干拓地が造成された。水の流れは干拓地の調整池から有明海への一方通行であり、調整池の水位が海面より+0.2mになると有明海への放流がなされた。潮受け堤防の締め切りにより高潮の被害は無くなった。水害の回数も減り、農民らは、水害に備えて多めに苗準備することを止めた。「ミオ筋」を干拓地に掘る作業も不要になった。干拓の副産物として、干陸地への花の植栽、本明川の競技用ボート場整備、堤防道路を生かしたウオーキング大会やフルマラソン構想などもあり、諫早市では地域活性化に役立てようとしている。以前は大雨のたびに水田は水没し家屋は床下浸水していたが、平成30年7月豪雨では1日に250ミリの降雨があったが、大きな被害は無かった。
干拓に伴う漁業被害の報道
潮受け堤防の水門閉鎖後、深刻な漁業被害が発生していると報じられるようになった。主な被害として、諫早湾近郊海域での二枚貝タイラギの死滅、海苔の色落ちなどがあるとされ、自然保護団体や沿岸の各漁業協同組合が反対運動を行った。原因は干潟の浄化作用が機能しなくなった為とされたが、海苔養殖業者が消毒目的に散布した酸や化学肥料による影響との主張もあり、海苔養殖業者同士の紛争も発生した。タイラギ貝の大量死は干拓工事開始の翌年1990年からが始まり、1993年からは休漁となっている。島原市でタコ漁などを営む漁民の一人は、水揚げによる年間売り上げが2006年にピークと比較して1/5に低下したと訴える者もいた。これらの被害を受けて、水門を開放して再び調整池を海水化したり、水門を撤去することを要求する運動が高まった。
2010年12月福岡高裁判決
2008年6月27日、漁民側が起こした干拓事業と漁業被害と関連を問う裁判で佐賀地方裁判所は漁業被害との関連を一部認め、潮受け堤防排水門について調査目的で5年間の開放を行うよう命じる判決を言い渡した。5年間という月日については開門によって生態系が回復するのに2年、その調査に3年とされた。これに対して国と主張が認められなかった漁民51人は福岡高裁に控訴した。赤松広隆農相（当時）は、未だ水門は開門されていないが、潮受け堤防排水門の開門調査に向けた環境アセスメントの結果を待たずに開門する可能性について「あり得る」と述べている。2010年12月6日、福岡高等裁判所は佐賀地裁の一審判決を支持し、「5年間の潮受け堤防排水門開放」を国側に命じる判決を下した。判決は潮受堤防の閉め切りと漁業被害との間に因果関係を認め、期間中は高潮などの沿岸の防災上やむをえない場合を除き、水門は常時開放されるべきとした。また堤防の撤去と無期限開門については却下とした。国の責任については、「大型公共工事による漁業被害の可能性がある以上、率先して解明し適切な施策を講じる義務を負う」として、「中・長期開門調査は不可欠で、これに協力しないのは立証妨害である」とし、国の主張はことごとく退けられた。
菅直人の上告見送り
菅直人はかねてより自民党が推進していた本事業を「無駄な公共事業」として強く批判しており、政権を取る前にも市民運動家やTVカメラを伴って水門に押しかけて水門をただちに開けるように要求するなどの行動を行っていた。2009年9月民主党政権が誕生すると、民主党の検討委員会が「開門調査を行うことが適当」という見解を2010年4月にまとめた。2010年6月に内閣総理大臣に就任した菅は、2010年12月15日、福岡高等裁判所の国が敗訴した判決について上告を断念すると表明した。これに対して中村法道長崎県知事は「国営事業として進められたのに（地元に）一切相談・報告がなく、報道で初めて聞いた。大変遺憾だ」として不快感を示した。政府内でも福岡高裁判決はあまりにも一方的であるとして上告する意見が大勢であった。諫早市長の宮本明雄（当時）や仙谷由人官房長官（当時）や鹿野道彦農水相（当時）が説得を試みたが、菅は「私が決断したことだ」と意見を変えず高裁判決を確定させた。長崎県議会・諫早市議会・雲仙市議会・大村市議会・地元商工団体・農業関係者は、菅の判断に対する抗議の決議書を提出した。産経新聞は、この判断により諫早湾干拓事業の問題が混迷化したと批判した。諫早市長の宮本明雄は、判決確定の直前に首相官邸に菅を訪ねて長崎県知事の中村法道や地元住民代表らを連れて陳情に行ったが、問題に精通していると自認していた菅が、実は問題に精通しているどころか殆ど何も理解していなかったと述べ、菅直人元首相の「私なりの知見」に基づく独断と暴走が問題をこじれにこじれさせていると批判した。
開門に反対する運動
堤防の治水機能の重要性を指摘する地元住民や営農者は開門に反対であった。自治体としては長崎県・雲仙市・諫早市などが開門に反対である。2010年の福岡地裁の開門命令を受けて、農水省は長崎県の地元関係者の元に職員を派遣し戸別訪問を行った。その回数は、2013年度（平成25年度）当初予算成立後の同年5月15日から2014年度（平成26年）3月3日の約10カ月の間に、本省係官によるものが45回、九州農政局係官によるものが368回の合計413回にもなった。しかし、地元住民らの開門に反対する意思は強く、2013年9月9日に国有地で農水省が開門調査のために工事をに実施しようとしたところ、長崎県選出国会議員や県議、諫早市議らを含む住民ら約350人が集結してこれを阻止した。9月27日、10月28日にも開門に反対する地区住民のべ1700人に阻止されて、工事ができない事態となった。対策工事の予定地は開門反対派である民有地や県有地（長崎県と諫早市も開門に反対）が多く、それらの場所については着工する目処が立たず、開門に向けた対策工事は実施不可能となった。2002年4月から5月にかけて短期間の開門調査では、汚染された調整池の水やヘドロによって漁業被害がでることが懸念された。開門判決から5年経過した2015年9月の段階でも、開門に必要な工事は地元住民の反対運動に阻まれて全く着手できなかった。諫早市長の宮本明雄は、「開門調査は百害あって一利なし」と述べ、開門に向けての調査は工事は一切認めない考えを示した。また農水省が開門を求める裁判にも、地元住民の証言を認めないなど、干拓に対する政府の態度に変化が生じている点を指摘し、「民主党政権になってから諫早湾干拓事業は地元の意見を置き去りにして「無駄な公共事業」の象徴にされてしまった」と述べた。農水省職員が設置した工事看板を、長崎県職員が撤去するなど、役人同士が直接対峙する場面も見られた。
開門を差し止める判決 
2011年4月19日、長崎県諫早市側の干拓地の入植者や後背地の住民、長崎県農業振興公社ら352の個人と団体が、国を相手に開門の差し止めを求める訴訟を長崎地方裁判所に提訴した。2013年11月12日、長崎地裁は、福岡高等裁判所の判決を受けて国が実施しようとしている開門によって、多数の住民が農業漁業の生活基盤を失い重大な影響を受けるとし、開門に向けて作業の差し止め命令（仮処分）を出した。国側は開門によって漁業環境が改善される可能性があるとしたが、長崎地裁はその可能性は低いと判断し、開門にともなう環境調査についても公共性の程度は高くないとした。2010年までは水門閉鎖と漁業被害との関連を一部認める判決があったが、その後の調査や漁獲高の推移より、水門との因果関係を疑う判断に傾いた。2015年の福岡高等裁判所では、タイラギやアサリ漁で漁獲高が減っていることは認定したが、「漁業環境の悪化が、開門しないことに起因するとは立証されていない」として1審の漁業者16人への計1億1100万円の賠償命令を取り消した。
間接強制の申立
2014年4月に漁業者（開門派） の申し立てにより佐賀地裁は開門に向けた制裁金（間接強制）を命令した。また2014年6月に営農者（閉門派）の申し立てにより長崎地裁も開門時の制裁金を命令した。その結果、開門しなければ漁業者に1日45万円（福岡高裁判決）と、開門すれば営農者に1日49万円（長崎地裁仮処分）という2つの制裁金（間接強制）が確定した。国は抗告したが2015年1月の福岡高裁はいずれの決定を支持した。国は許可抗告を行ったが、2015年1月、最高裁判所はいずれの制裁金も有効として棄却し、開門の有無に関わらず制裁金支払いが必要となる状態が確定した。決定では「審理すべき立場にない」として開門の是非には踏み込まず、「民事訴訟では当事者の主張により審理で判断が分かれることが制度上あり得る」とし、「国が開門について相反する義務を負うことになっても、根拠となる司法判断がある以上、間接強制を決定できる」とした。
制裁金の増額と課税
2015年3月24日には佐賀地裁は間接強制決定が奏功せず国が支払う制裁金額が不適当として、漁業者側に支払う間接強制の制裁金を日額90万円（1人当たり日額2万円）に増額することを決定した。これに対して税務署は「民事の制裁金は課税対象である」として、納税するように指導した。漁業者代表は、納得できないが一時的に納税することにする。納税の是非を巡っては司法の場で争うとした。2019年9月現在で、2014年7月から漁業者に計12億3030万円が支払われている。。漁民1人当たり年間730万円の額であるが原則弁護団が管理している。このため、制裁金を受け取れない一方で、年収増による医療費や介護保険料の減額措置が受けられなくなったという不満が漁業者側に強い。制裁金は農水省が漁協に支払っており、年間3億2850万円を概算要求で毎年政府に予算化要求している。
漁獲高の推移
環境省での調査や、NPO法人有明海再生機構、西海区水産研究所、農水省統計などによる有明海の環境調査では、「有明海のうち、諫早湾及びその近傍部を除く海域については、本事業と環境変化の関係を認めることができない」という調査結果が出された 。また、農水省も「諫早湾干拓事業による水質変化は、諫早湾に限られていた。」と発表した。
魚
環境モニタリングでは、潮受堤防の締切り後に諫早湾内の魚卵や仔稚魚の出現数が減少した結果は見られなかった。また、10種類の魚類について生態・生息分布・漁獲量の推移等を個別に調査・検討されたが、潮受堤防の締切り後に漁獲資源量が減少した事実も無かった。もともと有明海では、1987年頃より漁獲高は減少傾向にあったが、干拓事業の開始された時期に漁獲高が更に急激に減少した事実は調査の結果確認されなかった。
海苔 
日本陸水学会と日本水環境学会が2003年に開催した合同シンポジウムでは、海苔の不漁や色落ちの原因について様々な仮説を唱えて「諫早湾干拓事業の影響」とする一方で、豊漁については養殖管理技術の向上や天候の影響だと説明した。一方、有明海の海苔は諫早湾干拓事業後も2016年までに13年連続で販売額日本一を達成している。1989年から2007年まで、有明海の海苔の生産高は上昇基調である。特に有明海の佐賀県沿岸での海苔の生産は、18年間で倍増している。海苔の色落ちや不作の主な原因となっているのは赤潮による栄養塩濃度の急激な低下や秋の水温上昇であり、それらは諫早湾干拓事業との関連性は指摘できなかった。例えば2002年には6回の赤潮被害が発生しているのに、2005-2006年には赤潮の被害は0件となり、その後一転して増加して2011年には6回に増加した後に減少に転じるなど一貫性のない動きを見せている。2000年度の有明海の海苔は大不作であり、珪藻類のR. imbricataの大発生による赤潮がその原因とされたが、その後2019年までR. imbricataによる赤潮は発生していない。
タイラギ 
タイラギについては工事開始時期に諫早湾周辺で漁獲高が激減した。ただし、諫早湾周辺で減少が始まったのは工事に着手される以前の1970年代後半からであった。1979年・80年には9000トン前後の水揚げあったが、その後著しい不漁となり、以後もその状態が続いている。また近隣海域である八代海区でもかつて2000トン以上が水揚げされていたものが干拓工事の開始以前より殆ど収穫できない状態が続いていることが報告され、不漁が今に始まったことではなく、また他地区でも同じことが以前より観察され、その原因も不明であることが指摘された。ナルトビエイによる食害も影響も示唆されているが、農林水産省九州農政局が学識経験者を招聘して諫早湾漁場調査委員会結成して行った調査・検討でも原因は特定されていない。
アサリ 
アサリも、諫早湾近傍で漁獲高が減少している。長崎県や国は、アサリの「へい死」の原因を赤潮と貧酸素水塊であるとしているが、堤防に近い程漁獲量が減少していることより、漁業関係者の中には水門から排出される調整池の水が原因ではないかと疑う声もある。2007年8月には諫早湾の小長井漁協の養殖アサリの70％に該当する1200トンがへい死したことが報告されているが、当時の総理の福田康夫は、水門から調節池の水が排出される以前よりアサリのへい死が認められていることを指摘した。有明海全体のアサリの生産量は、1989年から2007年までの期間で変化は認められなかった。
開門に関する最高裁判決 
福岡高裁は「2013年12月20日までに水門を開けろ」と命令し（上告せずで2010年12月に判決確定）、長崎地裁は「当面開けてはならない」と命令（2013年11月仮処分命令）した。国は基本的に開門しない方向であったが、菅首相は上告を見送ったことにより、国は相反する司法判断を突き付けられることになった。いずれを優先するか明確な取り決めは無く、その後も裁判が続くことになる。農水省での開門問題の対処は、諫早市への出向経験もあり、2015年から農村振興局長を務めた末松広行が陣頭指揮を執った。
「水門を開けろ」と判決を下した福岡高裁は、2015年9月の逆に長崎地裁の上告審判決で「漁業被害と、開門しないこととの間に因果関係は認められない」として開門を求める漁業関係者の請求を退けた。また長崎地裁が認めた一部漁業者への賠償も取り消した。この判決を受けて、菅義偉官房長官は、改めて最高裁での統一的判断を速やかに求めていき、国が背負っている相反する義務を解消に努力する方針を示している。
2017年4月、国は漁業補償と復興のために100億円の漁業振興基金を創設して和解する提案をするが、2018年3月、福岡高裁での和解協議で長崎県漁業者側弁護団はこれを拒否し、和解交渉は5月に打ち切られた。一方、福岡・熊本の漁協は国の和解案の受け入れ表明をしている。反対派だった佐賀県漁協も2018年5月に和解案容認の方針に転じ、残るは長崎県漁協とその同調者のみとなった。2019年6月6日、原告団は部分に開門を行う「部分開門」の和解案を提出するが、宮本明雄諫早市長は「大雨のときだけ水門を閉めて水害を防ぐというが、そう都合よく対応できるはずはない。調節池に海水が入って農業水源として使用できなくなることには変わりなく、ありえない和解案である」として、これを拒絶した。
2019年6月、最高裁第2小法廷（菅野博之裁判長）は漁業側（長崎県諫早市小長井町などの漁業者を中心とした原告団）の上告を棄却し、最高裁判決では初となる「開門せず」の判断を示す。また同月、最高裁は別の原告団による開門請求裁判でも、同様に「開門せず」の判断を下した。
請求異議訴訟
「開門しろ」「開門するな」「開門してもしなくても制裁金はどちらかに払え」という「捻じれた司法判断」を受けた国は、その解消に向けて確定判決を無力化する請求異議訴訟（民事執行法第35条）を起こす。2014年12月の1審佐賀地裁では国側は敗訴したが、2018年7月30日、福岡高裁は、制裁金の支払いを認めた一審佐賀地裁判決を取り消す決定を示し、漁業者側への制裁金の支払い停止を認めた。判断の理由としては開門の是非には踏み込まず「開門請求権の根拠となる共同漁業権が既に消滅している」ということを理由として挙げた。農水省で陣頭指揮を執っていた末松は、2018年からトップの農林水産事務次官になっていた。諫早市長の宮本は判決を歓迎するコメントを発表し、末綱を訪ねて今後の協力を要請した。一方、漁業者側は支払いの再開を求めて最高裁へ上告した。2019年9月の上告審では、「漁業者側が開門を求める前提となる漁業権は再び与えられる可能性もある」として、漁業権が消滅するという理由だけで以前の判決の無力化は認められないとの判断を示し、2018年7月の高裁判決を破棄して福岡高裁に差し戻した。この判決では開門の是非に言及しなかったが、開門を命じた確定判決の無効化もあり得ると示唆した。国は開門しない前提で、100億円の基金を元に和解を求めていく方針だが、2019年9月時点でも漁業者側弁護団はこれを拒否する態度を強めている。判決後に都内の憲政記念館で開催された開門派の集会には、菅直人も駆けつけ「開門確定判決が（今回の差戻しで）ある意味で生き返った。潮受け堤防を全部壊して撤去すべきだ」とコメントした。
特記事項
諫早湾干拓事業による漁業被害は、科学技術振興機構（JST）のまとめた失敗知識データベース「失敗百選」において「ノリを始めとする漁獲高の減少など、水産業振興の大きな妨げにもなっている」として公共事業（建設事業）での失敗例として事例提供され、この結果に至ったシナリオ（経緯）として「組織、管理、企画、戦略不良、利害関係未調整で事業開始、誤判断、狭い視野、社会情勢に未対応、調査検討の不足、事前検討不足、環境影響調査不十分、計画・設計、計画不良、走り出したら止まらない公共事業、裁判所による工事差し止め命令、二次災害、環境破壊、赤潮発生、漁業被害、社会の被害、人の意識変化、公共事業不信」としている。ただし、この文章は、2005年頃に作成されたもので、その後の裁判で明らかにされた事実や環境アセスメントの調査報告書の事は勘案されていない。添付された図表も反対派住民団体が用意したものであり、農水省統計の事実と異なる。貧酸素水塊や潮流の変化・海苔の生産高など、数多くの事実誤認が含まれている（本頁の該当項目などと参照比較のこと）。