2000年代のJRダイヤ改正
1月22日
九州では、筑肥線で下山門駅 - 筑前前原駅間の複線化によるダイヤ改正が行われた。増発用としてJR九州が開発した車両で初の直流型電車となる303系が投入された。
4月21日
山陽新幹線で「ひかりレールスター」の所定の編成がそろったため、「ウエストひかり」の運転が終了した。これに伴い、0系のグリーン車が運用を離脱した。
3月1日
西日本では、ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ) のプレオープンに伴って桜島線にユニバーサルシティ駅が開業し、3月1日・2日は桜島線と大阪環状線が特別ダイヤで運転された。また、桜島線には「JRゆめ咲線」の愛称が与えられた。
3月29日
西日本では、3月31日のUSJのグランドオープンを前に、大阪環状線からJRゆめ咲線への直通運転列車の所要時分を見直すなどのダイヤ修正を実施。
4月1日
東日本の仙台地区の東北本線・仙山線・仙石線でダイヤ改正を実施。このうち仙山線では平日ダイヤと土休日ダイヤの運用を開始。土休日ダイヤでは特別快速が復活。あわせて同線から455系が定期運用から離脱した。
4月21日
西日本の山陽新幹線でダイヤ改正を実施。ひかりレールスターの増発が行われた。
6月4日
西日本の芸備線でダイヤ変更。広島発志和口行きの最終が繰り下がり、志和口駅への到着が日付変更後になった。この影響で三次駅の最終の広島駅到着が繰り上げになった。
7月7日
西日本の山陰本線でダイヤ改正を実施。高速化により米子駅 - 益田駅間の快速にキハ126系が投入されたが、運行本数の見直しで本数が微減した。鳥取駅 - 益田駅間の特急「くにびき」が西日本初の新型特急形気動車キハ187系に置き換えられ「スーパーくにびき」に変更された。同時に特急「いそかぜ」の発着駅が益田駅になった。このほかに木次線・三江線では時刻変更が行われた。
7月20日
西日本では、大阪環状線からJRゆめ咲線への直通列車の西九条駅における停車ホームの変更とJRゆめ咲線のUSJ輸送ピーク時における運転間隔の見直しなどのダイヤ修正を実施し、USJへの利便性を向上させた。
9月29日
東日本では、東北本線（仙台地区）に国府多賀城駅が開業した。
3月16日
北海道で改正。旭川方面から新千歳空港方面へ直通するエル特急が「スーパーホワイトアロー」に変更された。
7月14日
3月にJR東日本が東京モノレールを買収したことにより、東京モノレール羽田空港線との乗換駅である浜松町駅に京浜東北線の快速が停車するようになった。
7月20日
西日本では、USJへのアクセス向上の一環として、特急「くろしお」・「スーパーくろしお」・「オーシャンアロー」の一部列車を西九条駅にも停車させるダイヤ修正を実施 した。
10月21日
西日本の北陸本線で、北陸新幹線建設工事に伴って東金沢駅 - 森本駅間のルートを変更し、ダイヤが修正された。営業キロは0.1km短くなった。のと鉄道では列車の削減が行われ、七尾駅発着の急行を廃止した。
11月2日
西日本の紀勢本線でダイヤ改正。和歌山駅 - 紀伊田辺駅間の普通が朝晩を除いて御坊駅で系統分割され、御坊駅 - 紀伊田辺駅間を往復する列車として113系2両編成によるワンマン運転が設定された。
3月29日
東日本では、小田急電鉄のダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線でダイヤ修正。相模大野駅・本厚木駅発着列車（小田急線内準急）の一部が唐木田駅発着（小田急線内は多摩急行）に変更された。これにより、3社直通の準急が消滅した。また、相互直通の中央・総武線各駅停車 - 地下鉄東西線では、E231系800番台が投入され（営業運転開始は同年5月1日）、103系・301系が直通運用を離脱した。
6月1日
西日本でダイヤ改正を実施し、大阪駅 - 米原駅間の「びわこライナー」（485系）を特急に格上げし、「びわこエクスプレス」（681系または683系）に変更した。また、特急「はるか」も米原駅発着が設定された。
7月7日
九州では、鹿児島本線に千早駅が開業した。
10月1日
東海道新幹線に品川駅が開業したことに伴って大幅な改正を実施した（後述）。東海道区間の輸送体系は「ひかり」主体から「のぞみ」主体に改められた。
9月1日
西日本の三江線で落石が相次いだため、速度を落とすダイヤ改正を実施した。
11月9日
貨物では、大阪環状線貨物支線の境川信号場 - 浪速駅間（通称：大阪臨港線）が同日付で休止となり、浪速駅を発着する貨物列車（不定期）も同日付で休止となった。この区間は2006年4月1日付で正式に廃止となった。
12月11日
東日本では、小田急電鉄のダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線でダイヤ修正。小田急との直通運転が早朝・深夜にも拡大された。
12月19日
西日本の加古川線が電化され、所要時間の短縮や初終電の繰上げ・繰り下げを実施 した。電化用として125系が4両新製投入されたほか、103系の改造車（3550番台）が16両投入された。
6月19日
西日本では、4月25日に発生した福知山線脱線事故のため不通だった宝塚駅 - 尼崎駅間の復旧に伴い、福知山線（JR宝塚線）を中心に若干の時刻修正を行った。このときはダイヤに余裕を持たせることを目的とした小規模の改正であったため、「ダイヤ改正」ではなく「ダイヤ修正」という文言が使用された。北近畿タンゴ鉄道直通の「タンゴエクスプローラー」はATS機器の関係でKTR8000形（タンゴディスカバリー）の車両に置き換えられた。また、117系の福知山線運用が廃止された。
7月9日
東日本では、常磐線の新たな競合路線となるつくばエクスプレスの開業を8月24日に控え、それを前に異例の常磐快速線単独での改正を行った。新型車両E531系の新規投入およびこの車両を用いて上野駅 - 土浦駅間を最速55分で結ぶ特別快速の新設、特急「フレッシュひたち」の増発及び停車駅の変更・統一が行われた。
7月17日
西日本の岡山地区で、岡山駅改良工事によるダイヤ変更が行われた。
9月11日
西日本では、奈良駅周辺の高架化工事進捗（仮線への切り替え）に伴い、関西本線（大和路線）・奈良線・桜井線でダイヤ修正を実施した。当初は同年5月22日に実施される予定であったが、福知山線脱線事故の影響により延期になっていた。
11月27日
西日本では、南海電気鉄道の大規模ダイヤ改正（関空アクセスの拡充）に伴い、りんくうタウン駅 - 関西空港駅間で南海と線路を共用する関西空港線および阪和線でダイヤ修正を実施した。
5月21日
西日本では、阪和線で大阪市内の下り線高架化・待避駅の変更（長居駅→鶴ヶ丘駅）に伴うダイヤ修正を実施した。
6月1日
四国で改正を行い、牟岐線の徳島駅 - 阿南駅間で夜に特急「ホームエクスプレス阿南」を増発した。また同年5月より徳島地区に1500形気動車が投入された。
12月10日
西日本の岡山地区のみでダイヤ改正を実施。岡山駅の改良工事の進捗で各線のホームが変更となった。また快速「マリンライナー」の妹尾駅に停車する列車が増えた。木次線では上り列車2本の時刻変更が行われた。また、津山線では暫定ダイヤを実施した。
12月15日
西日本の三江線の浜原駅 - 三次駅の復旧に伴い、暫定的なダイヤ改正を実施した。浜原駅での列車と代行バスの接続を重視した改正であった。
6月16日
西日本の三江線の江津駅 - 浜原駅間が復旧した。1往復を山陰本線の浜田駅まで直通させ、江津駅での接続も改善されることになった。土曜・日曜運休の早朝・夜の江津駅 - 石見川本駅間の列車は廃止された。
6月30日
豪雨で一部不通となっていた越美北線（九頭竜線）が全線復旧した。
8月27日
JR西日本・JR神戸線の甲子園口駅バリアフリー工事が着工した。これに伴い、甲子園口駅折り返し列車の運行が廃止され、尼崎駅発着・芦屋発（明石品質管理センターから回送）に変更された。（工事完了後の2009年3月14日より再開）。
6月15日
西日本では、米子空港の滑走路拡張工事に伴って境線のルートを一部変更、大篠津駅が米子空港駅に、御崎口駅が大篠津町駅にそれぞれ改称された。
6月29日
西日本では、奈良駅周辺の高架化工事進捗（大和路線部分が高架線に切り替え）に伴い、大和路線・奈良線・桜井線などでダイヤ修正を実施した。同時にJR宝塚線に223系6000番台が投入された。
10月18日
西日本でダイヤ変更。JR京都線に桂川駅が開業、普通（高槻駅 - 大阪駅間で快速になる列車を含む）が停車するようになった。
6月1日
西日本の一部（北陸地区）でダイヤ改正を実施。特急「サンダーバード」に新製車両683系4000番台を投入したほか、特急「はくたか」を1往復増発して13往復とし、1時間に1本程度運転されるようになった。
このほか、東海・西日本圏内の特急・急行列車（通勤ライナーや他社にまたがる列車も含む。東海道・山陽新幹線と寝台特急は除く）が全面禁煙となった。