日本における特許取得手続
特許出願
特許出願は書面主義を採用しており、発明品の現物を提出したり、口頭で出願したりする事はできない中山3版。
外国語書面出願
明細書、特許請求の範囲、及び図面に含まれる説明を日本語で記載したものの代わりに経済産業省令で定める外国語で記載したもの（外国語書面）と、要約書の代わりにそれを外国語で記載した書面（外国語要約書面）を願書に添付して出願する事もできる（特28年三十六条の二１項）。これを外国語書面出願という（同条２項）。
以降の流れ
特許出願を行った当初は出願内容の秘密が担保されるが、出願から１年６ヶ月が経つと出願内容が公開する出願公開がある。
また特許庁における審査は、出願が法令で定めた形式に合致している事を確認するもの方式審査と、特許の中身を審査する実体審査（あるいは単に「審査」出願29年度）とに分かれ、前者は出願後に自動的に審査が始まるのに対し、後者は審査請求という、実体審査の実施を請求する行為によって開始される出願29年度。こうした審査の結果として、若しくは出願人の自発的な意思により、出願書類を補正する行為を手続の補正（特28年十七条）という。手続の補正は行える時期と種類が詳細に決まっている。
以上で概説した事項を次節以降で順に説明していく。
方式審査
特許出願があると、出願書類に対して特許庁の側で以下の二種類の確認が行われる。１つ目は特28年十七条３項に規定されている、手続き上の不備の有無のチェック（詳細後述）であり、このチェックに引っかかった場合、特許庁長官は、相当の期間を指定して、手続の補正をすべきことを命ずる補正指令出願29年度を出願人に対して出すことができる（特28年十七条３項）。
また提出すべき書類が欠けていたり、提出されていても不明瞭であったりする場合（詳細後述）、特許庁長官は、その書類を保管するよう命ずる補完指令出願29年度を通知しなければならない（特28年三十八条の二２項、特28年第三十八条の四１項）。
ただし補正や補完ができないと判断された場合、特許庁長官はこれらの指令は送らずに、出願手続を却下する（特28年十八条の二１項）。その際却下する理由を通知し、相当の期間を指定して、弁明を記載した書面（弁明書）を提出する機会を与えなければならない（特28年三十八条の二２項）。
制度概要
特許出願を行った当初は出願内容の秘密が担保されるが、出願日から１年６ヶ月後経過すると出願内容が公開される（特28年六十四条１項）。公開方法は、特許公報に掲載されるというものである（特28年六十四条２項）。外国語書面出願の場合は、外国語のものも公開される（特28年六十四条２項１号）出願人が請求すれば、１年６ヶ月経過する前に公開することも可能である（特28年六十四条の二１項）。なお一度提出した公開請求は、取り下げることができない（特28年六十四条の二２項）。
必要書類が揃っていない場合は公開請求は却下される（第六十四条の二１項２、３号。外国語書面で出願した後その翻訳文を提出していない等）。また、出願内容が公序良俗に反すると特許庁長官が認めるときは、出願公開番号や発明者の氏名等の最低限の情報のみを公開し、明細書本文等は公開しない。さらに、請求があった若しくは１年６ヶ月後経過した事により、すでに特許公報に載ったことのある特許出願は、その後請求があるか若しくは１年６ヶ月後経過しても、再び特許公報に載せる事はない（特28年六十四条１項、同法六十四条の二１項１号）。
要約書の内容に不足があると判断された場合は、特許庁の側で書いた要約書が公開される（特28年六十四条３項）。なお、要約書は特許発明の技術的範囲の確定には考慮できないので（特28年七十条）、これにより出願人が有利・不利になる事はない。
なお、公開を１年６ヶ月後としたのは、優先権出願とそれ以外を平等に扱うため、優先権証明書の提出期間（１年4ヶ月）＋出願公開の準備期間（２ヶ月）として算出したものである逐条20版。同様の早期公開制度を採用しる諸外国がいずれも１年６ヶ月である事も理由である逐条20版。
公開は、出願が特許庁に係属している限り、審査を行うか否かによらず強制的に行われる中山3版。しかし公開前に出願の取下げ、放棄、却下、若しくは拒絶査定が確定したときは、すでに特許庁に係属していないので、公開されない逐条20版。ただし、出願人の側から公開請求がなされた場合は、これらの場合でも必ず公開される逐条20版。また、すでに特許掲載公報（後述）に載ったものを、改めて公開公報に載せる事はない（特28年六十四条１項柱書）。
また外国語でされた国際特許出願に関しても、翻訳文が提出された後、遅滞なく、国内公表している（特28年百八十四条の九）。
保証金制度
出願が公開された後、特許権の設定の登録前までの間、業としてその発明を実施した者に対して出願人は補償金の支払を請求できる（特28年六十五条１項）。補償金の支払を請求するには、事前に特許出願に係る発明の内容を記載した書面を提示して警告する必要がある（同項）。ただし請求相手が出願公開がされた特許出願に係る発明であること知った上で業としてその発明を実施していた場合は、警告は必要ない（同項）。なお、仮専用実施権者又は仮通常実施権者がその設定行為の範囲内で発明を実施する場合は、この者達に補償金の支払を請求できない（特28年六十五条３項）。また先使用権者や職務発明の場合の使用者等も補償金支払い義務を追わない逐条20版。
請求権を行使するのは特許権の設定の登録後でなければならず（特28年六十五条２項）、時効は登録の日から３年である（特28年六十五条６項）。出願公開後に特許出願の放棄、取り下げ、却下、拒絶査定の確定、拒絶審決の確定等のときは、初めから生じなかつたものとみなす（特28年六十五条５項）。また、一度出願人が警告を出したとしても審査中に特許請求の範囲を補正した場合は、補正後に再度警告が必要になる中山3版。
請求権はあくまで特許登録前の実施に対するものなので、請求権の行使は特許登録後の特許権の行使を妨げない（特28年六十五条４項）。すなわち、保証金を支払うという事は特許登録までの期間に出願人からライセンスを受けていたのと同じ扱いであり中山3版、特許登録後のライセンス料は別扱いである。また保証金はライセンスと同じ扱いになる事から、保証金を支払っての登録前実施中に作った物を、特許登録後に販売しても問題ないはずである中山3版。
請求できる額は、その発明が特許発明である場合にその実施に対し受けるべき金銭の額に相当する（特28年六十五条１項）。請求方法は特許侵害の際の諸規定を準用する（特28年六十五条５項）。ただし請求には悪意または警告を要件としているので、特許侵害の場合の過失推定規定（特28年百三条）は準用されない中山3版。これは第三者が実施する際、特許広報の調査を義務付けていない事を意味する中山3版。
制度概要
所定の期限Xまでに特許庁長官に審査請求をすれば、出願の審査が開始される（特28年四十八条の三１項）。審査請求は任意である為、出願人の意思により、あえて期限までに審査請求しない事も可能である。ただし、所定の手数料を納めさえすれば（特28年第百九十五条関係別表の九）、何人も審査請求が可能であるので（特28年四十八条の三１項）、出願人でも発明者でもない全くの第三者が審査を請求する可能性もある中山3版。なお、この場合であっても審査手続きを行うのは出願人である中山3版。また特許庁長官は、特許出願人でない者から出願審査の請求があつたときは、その旨を特許出願人に通知しなければならない（特28年四十八条の五２項）。一度行った審査請求は、取り下げることができない（特28年四十八条の三３項）。
審査請求を開始する為の所定の期限Xは、出願日から３年以内である（特28年四十八条の三１項）。ただし分割出願の子出願、実用新案登録や意匠登録からの変更出願、実用新案登録に基づく特許出願の場合、ここでいう「出願日」は遡及により原出願日になってしまう為逐条20版、分割等を行った時点ですでに３年が過ぎている事もありうる。そこでこのような場合であっても（原出願日ではなく分割等を行った方の）出願日から三十日以内に限り、出願審査の請求をすることができる事が定められている（特28年四十八条の三２項）。
所定の期限Xまでに審査請求をしなかった場合は、出願は取り下げたものとみなされる（特28年四十八条の三４項）。ただし審査請求をしなかった場合であっても、正当な理由があれば、経済産業省令で定める期間内に限り、出願審査の請求をすることができる（特28年四十八条の三５項）。この場合の審査請求日は、前述の期限Xの満了する時であるとみなす（特28年四十八条の三６項）。
出願公開前に出願審査の請求があつたときは出願公開の際又はその後遅滞なく、出願公開後に出願審査の請求があつたときはその後遅滞なく、その旨を特許公報に掲載しなければならない（特28年四十八条の五１項）。
法定通常実施権
期限Xが来た段階で出願が取り下げられた旨が特許公報に載ってしまうので、これを見たものが出願が取り下げを信じてその出願発明を実施（若しくはその準備を）してしまう事が起こりうる。しかしこれと並行して、出願人が上述の期限延長を用いた場合、実際には取り下げにならず、その後特許が成立してしまった場合、こうした発明実施（準備）者は、所定の条件を満たせば、通常実施権が与えられる（審査請求期間徒過後で救済が認められるまでの間の実施による通常実施権、特28年四十八条の三８項）。
優先審査・早期審査
出願審査は、原則として審査請求が行われた順番で行われるが、優先審査制度や早期審査制度を利用する事で例外的に審査の時期を早める事ができる。
優先審査制度
出願公開後に第三者が業として出願発明を実施している場合、その特許出願を優先的に審査するよう特許庁長官は指示できる（特28年四十八条の六）。
特許庁長官は、出願公開後に特許出願人でない者が業として特許出願に係る発明を実施していると認める場合において必要があるときは、審査官にその特許出願を他の特許出願に優先して審査させることができる。
優先審査制度
出願公開後に第三者が業として出願発明を実施している場合、その特許出願を優先的に審査するよう特許庁長官は指示できる（特28年四十八条の六）。
出願公開になった発明を第三者が実施している場合、又は出願人からの警告を受けた場合、事情説明書の提出により、優先審査を行うのがこの制度の狙いである出願29年度。
ただしこれはあくまで特許庁長官の裁量であるので、優先審査が許可されなくても不服申立てはできない中山3版。
実体審査
特許出願の実体審査は、特許庁長官が指定した審査官が行う（特28年四十七条）。審査官はもっぱら書面で審査を行うが高橋5版、面接やテレビ面接で行うこともできる高橋5版面接ガイド。なお、審査官には除斥規定があり、その詳細は審判官の除斥規定（特28年百三十九条）が準用されている（特28年四十八条）
先行技術文献情報開示要件
既に述べたように、文献公知発明で特許を受けようとするものが知っているものがあれば、その文献を明細書に記述しなければならないが（特28年三十六条４項２号）、この要件が満たれていないと審査官が認めるときは、特許出願人に対し、その旨を通知（第48 条の7 の通知）し、相当の期間を指定して、意見書を提出する機会を与えることができる（特28年第四十八条の七）。
拒絶理由通知
拒絶理由が見つかった場合、拒絶の理由を通知する拒絶理由通知を審査官は特許出願人に対して送る（特28年五十条、十七条の二１項１号）。拒絶理由通知は最初の拒絶理由通知（特28年十七条の二１項１号）と最後の拒絶理由通知（特28年十七条の二１項３号）の二種類に分かれる。なお出願人にはじめて通知する拒絶理由を含むものは最初の拒絶理由であるので逐条20版、出願人とのやり取り内容によっては「最初の拒絶理由通知」が複数届く場合もある。これは本来一回目に通知すべきであった拒絶理由を含んでいるという意味で「最初の拒絶理由通知」と呼ばれているのである審査基準27年度。
拒絶理由通知を受け取ったら、出願人は拒絶理由に対する意見を表明した意見書（特28年五十条）と出願書類の内容を変更する手続補正書（特28年十七条４項）の両方若しくは一方のみを提出する事ができる。ただし手続補正書は提出できる時期が限定されており、しかも最初の拒絶理由通知の場合と最後の拒絶理由通知の場合で補正できる範囲が異なる（詳細は次節）。
審査官は意見書や手続補正書を読み、拒絶理由が全て解消したと判断した場合にはその出願に特許が与え（特許査定、特28年五十一条）、拒絶理由が解消しない事を結論づけた場合はこの出願を拒絶する（拒絶査定、特28年四十九条）。
手続の補正
出願手続をした者は、事件が特許庁に係属している場合に限り、出願書類を補正をすることができる（特28年十七条１項）。これは自発的に行うこともできるし、補正指令に対応する為に行う場合もある。ただし時期によって補正できる範囲は制約を受ける場合がある。
外国語書面出願の場合
外国語書面出願の出願人は、外国語書面及び外国語要約書面について補正をすることができない（十七条２項）。外国語書面出願の出願人は、誤訳の訂正を目的として明細書、特許請求の範囲又は図面について補正できる（特28年十七条の二２項）。この際その理由を記載した誤訳訂正書を提出しなければならない（特28年十七条の二２項）。外国語書面出願の場合は、前述した「添付した明細書、特許請求の範囲又は図面」とは外国語書面の翻訳文に記載したものを指す（特28年十七条の二３項）。誤訳訂正書を提出した場合は訂正後の外国語書面の翻訳文の事である（特28年十七条の二３項）。
分割出願
特許出願が二以上の発明を包含していた場合、出願人は出願の一部を１つ以上の別の特許出願に分割できる（特28年四十四条１項柱書。パリ条約四条Ｇ⑴⑵にも同趣旨の規定がある）。これを出願の分割といい、分割元となる出願を親出願若しくは原出願、親出願から分割された出願を子出願若しくは分割出願という。
分割出願の出願人は原出願の出願人と同一でなければならない審査基準27年度。また出願の分割をするには後述する時期的要件と実体的要件とを満たすときでなければならない。
実体的要件
分割する上での実体的要件は下記のとおりである。まず、特28年四十四条１項には、「出願の一部」とあるから、原出願の分割直前の明細書等に記載された発明の全部が分割出願の請求項に係る発明とされてはならない審査基準27年度。
また子出願の明細書等に記載された事項は、親出願の出願当初の明細書等に記載された事項の範囲内でなければならず、同時に親出願の分割直前の明細書等に記載された事項の範囲内でなければならない審査基準27年度。