鉄道と政治
改軌論争
明治時代後期から大正期にかけて、政界では鉄道のレール幅を現行の狭軌（1067mm）か世界標準軌（1435mm）にするかで論争が繰り返されていた。全線を標準軌に改軌し幹線に全国に大型で高速で走れる列車を導入したい（＝「改主建従」）鉄道院派と、早く地方に鉄道を通し日本全国をつなげていきたい（＝「建主改従」）地方議員派に分かれていた。「我田引水」をもじった「我田引鉄」という言葉は、この頃の論争が由来であるといわれている。後藤新平の指示により島安次郎が国有鉄道改軌計画を立案した。
この時期に造られたトンネルには、政変によって工期途中で規格が変わった遺構が見られる。結局、その後の鉄道敷設は、都市部の一部私鉄を除いて、狭軌によって行われることになる。
昭和に入ると日中戦争などの輸送力増強が目的で、東海道本線・山陽本線の線路増設計画が持ち上がった。しかし大日本帝国陸軍の希望は、更なる高速鉄道化であったため、標準軌による新線建設案が出された。これを『弾丸列車計画』と名づけ、予算を計上し計画チームを立ち上げた。第二次世界大戦激化と敗戦による計画凍結や停滞があったものの、戦後に島安次郎の息子島秀雄らが主導する『新幹線プロジェクト』として再生し、日本国有鉄道の標準軌鉄道として「東海道新幹線」が結実し、続いて全国への新幹線伸延と一部並行在来線の廃線・第三セクター化（＝事実上の改軌）が進行している。
鉄道忌避伝説
鉄道創成期に線路を敷設する際、様々な理由で住民が線路を市街地に通すことに反対したため、鉄道が、従来から存在していた町を無視するようなルートになったり、鉄道の線路や駅が市街地や村落の中心部から離れた場所に設置されてしまった……などという話が全国各地に残されている。これらの話は、各地の地誌や市町村誌類に記載されていることも多い。
しかし、その例として挙げられるものの多くは、新聞、署名、沿線住民の日記などといった当時の文献からは、当局と交渉するほどの反対運動は確認できない。それどころか逆に各地で誘致運動があったことは当時の文献から確認されている。青木栄一などの鉄道史研究者は、鉄道忌避は否定的要素が強いと指摘している。
即ち反対運動の結果でルートが変わったと言われているケースは信憑性の希薄な俗説にすぎず、ほぼ全てが最初から計画されたルートで建設されているだけである。
実際にルート変更があったケースでは上記の大船渡線の例のように誘致運動や政治力でルートが変わってしまったものがほとんどであり、旧ルート案に少なからずとも反対者はいるため、あたかも反対運動の結果で通らなかったと「鉄道忌避」が半ば当然のように語られてしまう例がほとんどである。
以下の文章は「鉄道忌避伝説」の典型的な例である。
鉄道建設用地の確保に際して、農民に対しては補償金や代替地で対応した。しかし、旧東海道沿道の宿泊業者と前近代的な陸運業者（駕籠屋、馬子など）や、京都から大阪の淀川沿いの水運業者は鉄道の開通によりその職を失うため、彼らによる鉄道建設反対運動は激しいものとなり、測量や工事の妨害、通信用ケーブルの切断など実力行使を伴う反対運動も繰り広げられた。
「鉄道忌避」が実際にあった例として、唯一検証できるとされているのは日本における最初の鉄道開業区間の一部である新橋駅 (初代)—品川駅間においてである。大久保利通を始めとする薩摩藩などの反対により、用地買収の不要な当時海中であった土地に鉄道を通している。とはいえ、その大久保も鉄道に試乗して「まさに百聞は一見に如かず。愉快に耐えず。鉄道の発展なくして国家の発展はありえない」と日記に綴っている。
その薩摩藩も1866年（慶応2年）に藩士五代才助をヨーロッパに留学させており、五代は同年12月の帰国に際して知己となったベルギー人の実業家シャルル・ド・モンブランに書簡を送ったが、その中には鉄道建設計画に関することが含まれていた。
一方で仙台市では「鉄道忌避」とは逆に「街中心部に線路を通さなければ伊達政宗公以来の仙台は滅ぶ」と、地元側の猛烈な誘致活動の末、当初ルート（現在の宮城野貨物線ルート）を変更して現在地に仙台駅が設置された、更に東北新幹線も同様に仙台駅を通るルートに変更させている（似たような事例が後の東海道新幹線における京都駅でも起こっている（詳しくは後述））。
また、東京メトロ日比谷線が反対運動の結果、麻布十番駅を経由せずに六本木駅が設置されたと言う説があるが、関東大震災直後にまだ地下鉄が1本も開通していない頃、当時の東京市が計画した地下鉄路線網には恵比寿から六本木を経由して虎ノ門へのルート案が存在しており、戦後に帝都高速度交通営団がそれを踏襲しただけであるため、麻布十番付近でルート変更をした事実は確認されていない。
新幹線と政治
新幹線の路線や駅の建設についても、その時々の政治家の腕力に左右された事が多かったと見られている。そのため、新幹線の駅ができた場合でも、周辺が殆ど整備されないまま放置されている例も存在する。これらの背景には、新幹線の開業は沿線に大きな利害をもたらすため、地元住民の賛否両論が建設前から噴出するためといわれる。また新幹線の建設費に関しても疑惑が存在する（後述）。
一般に政治家の影響を受けたと評される路線・駅を列挙する。
貨物新幹線計画
東海道新幹線の建設費を捻出するため、日本国有鉄道は世界銀行から、8000万米ドル（当時は1米ドル=360円の固定相場制）の融資を受けているが、これと並行して、東京-大阪間を5時間半で結ぶ「貨物新幹線」の運行構想が計画当初から存在した。しかし、インフレーションの影響で、建設費用が当初の二倍近くに膨れ上がったことを理由に、国鉄は用地の買収と一部の工事を実施した後計画自体を断念した。
これに関しては、世界銀行から資金を調達する際、貨物が鉄道輸送の主力となっていたアメリカの理解を得るためのダミー構想であり、最初から貨物輸送を行う予定はなかったとの話に対し、計画立案者の石井幸孝は、完全にそれを否定している。
新横浜駅
新横浜駅は東海道新幹線開業から長らく「こだま」しか停車しなかった。地元側からは特に目立った抗議運動は起こらなかったものの、横浜市会や横浜市民、地元財界の長年の要望に応える形で、次第に停車列車本数を増やし、2008年3月15日のダイヤ改正で品川駅（2003年に新幹線ホームが開業）と共に全列車停車駅となった。
静岡県と「のぞみ」
東海道新幹線の最優等列車である「のぞみ」であるが、2019年時点では静岡県内の各駅には停車しない（現在は政令指定都市に昇格した静岡市の静岡駅および浜松市の浜松駅を含む）。
これに対して、静岡県は不快感を示しており、同県知事の石川嘉延（当時）は2002年12月9日の同県議会・本会議で「県内素通りの『のぞみ号』に対して通過料を取る」と発言し、物議を醸した。しかしその後知事が交代したためこの発言も話題にされなくなった。
中山道ルートと岐阜羽島駅
戦前の新幹線建設計画である通称「弾丸列車計画」が浮上した際、名古屋 - 大阪間を当初は関西本線に沿いながら鈴鹿山脈を越えて、滋賀県野洲市の三上山（近江富士）近傍で東海道本線の野洲駅に再び沿うルートで計画されていたものの、後に工期や技術の問題で米原経由や木津経由のルートを検討するようになった。
戦後の東海道新幹線建設計画においても、再び鈴鹿山脈越えルートが検討されていたが、鈴鹿峠を挟んでの三重県側と滋賀県側との高低差が大きく、それを緩和するためには鈴鹿山脈に20kmを超える長大トンネルを掘削する事が必要となり、それが大きな技術的障害や建設コスト的にも問題になる事や、世界銀行からの融資条件である『1964年東京オリンピック開催までに開業する』という工期の制約などがあり、結局は名古屋から一旦北上して大垣市の南部を通り垂井町の垂井駅付近で東海道本線と並行しそのまま米原へ抜けるルートに落ち着く。また、北陸方面との連絡の利便を図るべく米原駅の設置が決定した。
そして、関ヶ原付近の降雪に伴う雪害対策としての退避施設として、及び地域バランスを取る形で岐阜県内への新幹線駅設置の動きに至ったものの、岐阜県側は県都・岐阜市の岐阜駅に新幹線駅を併設させる願望を描いていた。産経新聞刊の『戦後史開封』(ISBN 459402694X)によると、その岐阜県の要望に対して国鉄側は、予定ルートよりも線路を大幅に北側へ迂回する必要があり、建設予算や名古屋駅以西の区間の所要時間が伸びる関係上、難色を示した。これに岐阜県や地元自治体側は激しく反発し、一時、国鉄は岐阜県内での測量が出来ない状態に陥った。この為、国鉄が地元選出の当時の有力国会議員であった大野伴睦に斡旋を依頼し、新幹線路線を迂回させる必要がない羽島市内に岐阜羽島駅を設置することで妥協案を成立させるというのが用意された筋書きである。
実際は、1958年（昭和33年） - 1959年（昭和34年）に国鉄は岐阜県内の駅設置の必要性を認識して計画を進めていた。乗客の利便ではなく列車運行上の都合（ひかりがこだまを追い抜くための待避駅としてなど）で、名古屋駅近くにもう1駅が必要であった。岐阜県知事が要請した大野と国鉄との交渉の際、国鉄は駅を作ることをあえて伏せ、「一駅作るなら地元を説得しよう」と大野にいわせて顔を立て、羽島市内に駅を設置することで妥協案が成立したように見せかけたのである。
一方で東海道新幹線は岐阜県内のもうひとつの有力都市である大垣市を通過しており、養老鉄道養老線（旧近鉄養老線）と交差している地点があるが、ここは河川沿いの地盤軟弱地帯であり、駅の構造物を設置することが出来ない事から、建設予定当初から新駅設置の候補地には挙がらなかったと言われる。
なお、岐阜羽島駅前には大野夫妻の功績を顕彰する銅像が建てられているが、これは開業の4ヶ月前に逝去した大野の支持者が造立したものである。
南びわ湖駅
滋賀県栗東市下鈎地先、東京駅起点452km050m付近（米原から約43.8km、京都から約24.3km）に設置が計画された東海道新幹線の新駅。設置されると東海道新幹線としては18番目の停車駅となるはずだった。この駅が計画された米原駅 - 京都駅間は68kmあり、駅間の距離が平均30kmの東海道新幹線の中では一番駅間距離が長い区間である。
2002年4月、滋賀県・栗東市・促進協議会と東海旅客鉄道株式会社の四者で、東海道新幹線（仮称）びわこ栗東駅設置にかかる『基本協定書』を締結し、新駅設置が正式決定した。2005年12月にはこの関係四者で「東海道新幹線米原・京都間新駅設置に関する工事協定書交換式」を行い、2012年度の開業を目指し2006年5月に着工した。
しかし、2006年7月に実施された滋賀県知事選挙で、新駅の「限りなく中止に近い」建設凍結を掲げた嘉田由紀子候補が、当時現職で新駅建設推進派だった國松善次候補を破って当選したのをきっかけとして建設工事は中断となった。 滋賀県知事および滋賀県議会の多数派は建設凍結の立場であり、一方、栗東市長および栗東市議会の多数派は建設促進の立場だった。しかし、2006年の栗東市長選や2007年の市議会議員選挙では凍結派+中止派の票数が推進派の票数を上回り、市民の意見が分かれた。 最終的には地元合意締結の期限である2007年10月28日の促進協議会で、凍結・中止を求める滋賀県と建設続行を求める栗東市長の意見はまとまらず、10月末を期限としていた地元意見の集約が図れないため、JR東海との工事協定は白紙となり建設中止が決まった。
京都駅
京都市内への新幹線停車に関しては、現在運行中の東海道新幹線だけではなく、北陸新幹線計画や中央新幹線計画などが俎上に載るたびに議論が起きている。
東海道新幹線については「弾丸列車計画」の頃から京都市内の新駅設置計画について複数の案が考えられていたが、東海道新幹線計画の頃に於いても、大阪への最短ルートを優先させ、また昔から地価の高い京都市の中心部を避けるべく敢えて京都駅を経由させずに京都府南部付近を短絡させて、「超特急（後の「ひかり」）」も京都府内に設置を想定していた新駅には停車しない案が有力視されていたが、それを知った京都市会（市議会）や地元財界などが猛烈な巻き返し運動を開始。結局は国鉄側が地元側に全面的に折れる形で現在のルートへの変更および京都駅を「ひかり」全列車停車駅に追加し、開業を迎える事になった。なお、1992年に「のぞみ」が設定された当初、名古屋駅・京都駅通過列車が1日下り1本（「のぞみ301号」）のみ存在していた事に対し、中京圏では名古屋飛ばし騒動が発生したが、線路そのものの京都駅飛ばし騒動を体験した上に、運転時間帯が京都観光への影響がほとんどない早朝の1本ということもあり、京都では名古屋とは違って抗議の動きはほとんどなかった。社団法人京都経済同友会ホームページ内 提言・レポート一覧に当時の問題を取り上げた題目がある。
しかし、中央新幹線（リニア中央新幹線）の建設については、基本計画路線時点では「奈良県奈良市附近」を主要な通過地とされていたが、これを京都駅経由に変えるよう京都府や京都市などが誘致活動を行っているものの、これに対してはJR東海や日本国政府が、否定的な考えを示しているほか、奈良県は反発しており、周辺府県や市町村の首長からも冷淡な声が多く挙がっている。事業および建設主体となるJR東海の柘植康英社長は2016年7月20日の記者会見で「奈良市付近を通って新大阪駅に至るルート」で作業を進める考えを明らかにしており、京都市内を経由する可能性は無くなっている。関係者によると、京都市を経由するとカーブがきつくなり、走行速度が落ちるなどの弊害が出る恐れもあるとの否定的な考えも示されている。
一方で、北陸新幹線未開業区間のうち、長らくルートが定まっていなかった敦賀駅から大阪に至るルートについては、当初提示された3案のうち2案が京都駅を経由するものとされ、歴史的にも京都との繋がりが深い北陸3県の各知事からも京都駅を経由するルートの要望が上がっていた。唯一京都駅を経由しなかった「小浜（若狭）ルート」についても京都駅を経由する変案の「小浜・京都ルート」が示されたほか、さらなる変案として京都府が中心となって、小浜から舞鶴市を経由して京都に至る「舞鶴ルート」も遡上に登っている。JR西日本社長の真鍋精志は「北陸との繋がりを考えれば京都も重要な拠点」と発言し、北陸新幹線が京都駅を経由するルートを念頭に置いており、2016年に政府・与党での検討を行うに当たってはいずれも京都駅を経由する「米原ルート」「小浜・京都ルート」「舞鶴ルート」での調査が進められていたが、最終的に与党整備新幹線建設推進プロジェクトチームが「小浜・京都ルート」を採用している。
相生駅
西明石駅同様、相生駅は当初山陽新幹線で予定されていた「夜行新幹線運転構想」に備えて（線路保守のために夜間は低速の単線運転とするため、適当な間隔で交換駅が必要）設置された。
新岩国駅
岐阜羽島駅と同じく運用上の配慮から30 - 40km間隔での駅配置が図られた結果、広島駅と徳山駅の中間に当たる位置に新岩国駅が設置された。
中山トンネル
浦佐駅と逆の政治的意図で採用されたルートとしてこの長大トンネルを挙げる者がある。田中の政敵の福田赳夫が推進していた渋川駅への上越新幹線ホーム設置を阻止するために、高崎駅から直線ルートを採らせて中山トンネルを掘削させたというのであるが、一般的な説ではない。ただし、渋川経由では渋川市街地での用地買収に困難が予想され、そして駅間距離が短くなってしまうこともあり、国鉄としても回避する理由となっている。また、沼田ダム計画や上毛高原駅周辺の開発利権の影響を指摘する意見もある。
北陸新幹線
整備新幹線として指定された路線のうち、北陸新幹線に関しては当初、部分的にミニ新幹線やスーパー特急方式を採用しての建設が予定されていたが、並行在来線問題や費用負担問題などを抱える沿線自治体などから納得いかないとして抗議運動が起こり、結局高崎駅 - 長野駅 - 金沢駅間に関しては全線がフル規格で建設される事になった。
また1997年に長野駅までが暫定開業した際は、北陸地方にはまだ達しておらず利用者の混乱の元になるとして、別の通称を用いる事にしていた。しかし「長野新幹線」とした場合、北陸地方の者に長野で打ち切りにされるという印象を与えてしまうとJR東日本は考え、「長野行新幹線」という名称を当初は用いることになった。だがほとんど定着せず、更に「長野新幹線」の呼称が当初から混合されて用いられたこと、北陸地方への延伸も決定してそのような配慮を行う必要もなくなったことから、間もなく「長野新幹線」に正式通称が統一された。
2015年3月、「長野新幹線」が金沢駅まで延伸されて、正式に「北陸新幹線」になった。金沢駅より先、敦賀駅までは建設に着手されているが、敦賀駅より西方についてはルートが長らく確定していなかった。整備新幹線の計画にある、小浜市を経由する「小浜ルート」のほか、米原駅で東海道新幹線に接続する「米原ルート」、琵琶湖西岸を経由する「湖西ルート」のほか、小浜市から京都駅を経由する「小浜・京都ルート」、さらには小浜市と京都駅の間で舞鶴市を経由する「舞鶴ルート」などの案が取りざたされた結果、与党整備新幹線建設推進プロジェクトチームが「小浜・京都ルート」を採用し、京都駅と新大阪駅の間は京都府南部（学研都市線松井山手駅付近）を経由する「南回り案」を採用している。
小諸市と安中榛名駅
在来線沿線でも新幹線ルートから外れた場所に位置する長野県小諸市は、地元の小諸駅について東京直通の優等列車の停車が無くなり、第三セクターのローカル駅に転落する事などを恐れ、建設構想の段階では行政と観光などの諸団体が一致結束してフル規格化に反対し続け、小諸駅が停車駅となるミニ新幹線案を強硬に主張し、関連省庁への請願などを繰り広げた。しかし、小諸市を避けたルート（佐久市経由）でのフル規格建設が正式決定された。小諸市側は佐久市内に新設される新幹線駅（佐久平駅）の駅名を巡って「小諸佐久駅」という駅名とする事を求めて論争を引き起こしたが、結局、新幹線の駅名に「小諸」を入れる事にも失敗している。新幹線誘致に失敗した小諸市とは対照的に、佐久市では佐久平駅を中心に大型商業施設の開業が相次いでいる。
また同新幹線の群馬県にある安中榛名駅も、現在はJR東日本による施工を中心に住宅開発（びゅうヴェルジェ安中榛名）が進みつつあるが、開業当初は駅前に見える建築物がほとんどなく、秘境駅の一つとして挙げられていた。
九州新幹線と筑後船小屋駅
九州新幹線鹿児島ルートのうち新八代駅 - 鹿児島中央駅間が先行して飛び地開業したのは、鹿児島本線で需要の高い博多駅 - 熊本駅間に先に新幹線を作れば、採算性に疑問のある熊本駅以南の建設が行なわれるかどうか分からないとの判断のもとで行われた、鹿児島県側からの働きかけによる。また、鹿児島本線の八代駅 - 鹿児島駅間は大半が単線で、しかも線路が海岸線に沿って敷かれている事から線形が劣悪で、高速運転化には抜本的な改良が必要であった。歴史的にも川内駅（薩摩川内市）経由のルートは現肥薩線経由で鹿児島本線を全通させた後で改めて敷設しなければならなかったほどの難所である。
一方で鹿児島ルートにある筑後船小屋駅は、それまでの船小屋駅を約500メートル南に移設し開業したが、移設前の船小屋駅は、駅周辺に小さな温泉街と公園があるだけの無人駅であった（同じく新幹線駅となる久留米駅までの所要時間は各駅停車で約15分程度）。一説には自由民主党幹事長を務めた古賀誠による影響が大きいとされ、「政治駅」的設置として一部週刊誌では報道されている。ただし新幹線開業前、船小屋駅の両隣の瀬高駅と羽犬塚駅はいずれも特急が、全てではないものの頻繁に停車する駅であった。また船小屋駅は各駅停車のみ停車する駅であったが、筑後船小屋駅は開業後、在来線の快速全列車が停車する駅に昇格となり、駅前のHAWKSベースボールパーク筑後に福岡ソフトバンクホークス2軍本拠地が移転している。
なお、新鳥栖駅 - 武雄温泉駅（仮称） - 長崎駅間のいわゆる「九州新幹線西九州ルート」（長崎ルートとも呼ばれる）に関しては、着工認可の条件とされる『並行在来線沿線自治体すべての着工同意』に対して鹿島市などの複数の沿線自治体が不同意を貫いていたが、並行在来線の一部を上下分離方式によりそのままJR九州が運行することで合意にいたり、2008年にようやく着工となった。
リニア実験線
超電導リニアによる磁気浮上式リニアモーターカーの実験線が長大なトンネルをうがって建設されているのは、設置場所の選定当時の有力政治家であった金丸信の地元山梨県である。実験線建設地選定にあたっては、当初は札幌 ‐ 新千歳空港間が最有力視されていたので、これも政治介入の結果と言える。
1978年以来旅客者数世界一となっている羽田（東京国際空港）線を抱えている新千歳空港と北日本最大の都市である札幌市とのアクセスは決して良好とは言えず、2018年時点でも新千歳空港駅から札幌駅まで快速エアポートの最速達列車でさえ37分を要する。また、快速エアポートが運航されている千歳線は、積雪期以外でも日常的に遅延が発生し、空港利用客への影響がみられる。しかし、リニアが運行された場合は所要時間は8分とされ、大幅にアクセスが改善されると考えられていた。さらに、山梨県ルートのように実験線の10倍以上もの区間を延伸工事することなく、そのまま営業路線に転用できる点も有力視されていた。
その一方で、これもトンネル区間が多い方が技術試験を行う実験線としては有効であり、また人口の比較的少ない山梨県で殆どトンネルの区間を建設するだけならば、用地買収や騒音にまつわる問題や手間が少なくて済むとも考えることもできる。同線は将来、リニアモーターカーによる中央新幹線が開業した場合の予定線上に建設されている。トンネル断面は、仮にリニアモーターカー路線計画が頓挫した場合には、大規模な再掘削を行わずに鉄軌道式の新幹線へと転用できるようにという配慮から、リニア車体に対して大き目のサイズで設計されている。しかし、このような配慮は多額の費用を投じて実験を行う上では必要なことであり、実験線が山梨県であろうが、札幌 ‐ 新千歳空港間であろうが同様になされるものと考えるのが自然である。
ただし、中央新幹線のルートについては、JR東海は南アルプスをトンネルで直進・縦断するルートで建設に着手している。しかし長野県と中央本線沿いの地方自治体は、既存の中央本線に沿って南アルプスを北方に迂回する伊那谷経由のルートによる路線敷設と、県内への複数の駅設置を熱望して対立し、JRの計画線上にある飯田市などの下伊那郡の自治体と、長野県の構想線上に位置し駅設置を主張する諏訪地域（諏訪市など）・上伊那郡の自治体もまた路線誘致で争う状態が見られた。
他方では、この問題について伊那谷経由を主張する長野県庁や、当時の長野県知事である村井仁の態度・主張が余りにも頑なであった事などから、噂程度のものとはしながらも、「JR東海が長野県を忌避して、山梨県から南下し南側の静岡県を通過して愛知県に至るルートを採る可能性」、すなわち、いわゆる鉄道忌避とは逆に「鉄道側が地方政治を忌避してルートを選ぶ可能性」について、一時はマスメディアが言及する状況も見られた。そんな経緯もあり、沿線住民の市民団体が連携して「リニア新幹線沿線住民ネットワーク」が2016年5月20日に採算面・安全性・環境面の問題でリニア着工認可の取り消しを求めた訴訟を東京地方裁判所で起こしている。この訴訟や市民団体活動で川崎市長や静岡県知事には明らかな影響が見られている。（中央新幹線#計画についての反対意見・訴訟・行政対応を参照）