はたらく細胞
『はたらく細胞』
ここはとある「人」の体内。その中では数十兆個もの細胞が年中無休で働いている。赤血球は酸素を身体中に運び、免疫細胞たちは細菌やウイルスなどの身体を脅かす異常と戦い、その他の細胞も自分たちの働きを全うしている。小さなことから大きなことまで様々な騒動が起こる身体の中で、新米の赤血球「AE3803」や白血球「U-1146」などを中心に、そんな細胞たちの日常を描く。
『はたらく細菌』
とある女子高生の体内。「宿主」の女子高生は食生活が不安定で、その腸内では善玉菌、悪玉菌、日和見菌たちが日夜、陣取り合戦を繰り広げている。
『はたらかない細胞』
とある人の骨髄の中。ここではマクロファージによって赤芽球たちが育てられ、一人前の赤血球となって旅立っている。しかし、とあるマクロファージのところには、もう成人して赤血球になれるのにも関わらず、何かと理由をつけては赤芽球のままでいようとする5名の問題児たちがいた。立派に働けるはずなのに働かない問題児たちに、マクロファージが時にキレて、時に笑っての和みありの日常を描く。
『はたらけ！アニメ化見学』
ひょんなことから体外に出た赤芽球の5人は、等身大の姿でカートに乗ったり、マクロファージ先生に引率されたりして、アニメ制作現場を見学する。脚本打ち合わせから、都内の編集スタジオでのカッティング、多摩地区にある「デイヴィッドプロダクション」での作画、アフレコ現場などを見学。最終回は、5人の「まだ余裕でレポートできる」発言を「アニプレックス」の取材同行スタッフに録音され、いくらでも続編が作れるような終わり方になっている。
『はたらく細胞BLACK』
体中に酸素や養分を運ぶ、新米赤血球の男性。しかし彼の職場（体）は不摂生で、細胞たちの労働環境は、極めてブラックだった。赤血球は体の主が摂取したアルコールで酔っぱらったり、肝臓でストレス発散したり、時に同僚たちの死にも直面しながら、苦悩しつつ激務をこなしていく。
『はたらく細胞フレンド』
人間の体内では、様々な細胞が働いたり休みには友達と遊んだりしている。その中で「班長」と呼ばれるキラーT細胞は、他の細胞とうまく馴染めないでいた。
『はたらく血小板ちゃん』
血小板の日常系ショート。血小板が主役。本編と異なり、各個体に名前がついている。
『はたらく細胞BABY』
妊娠40週目、出産間近の胎児の身体の中で働く、ちいちゃな細胞たちは全員新米。そんな彼らの毎日は、知らないことがいっぱいで、てんやわんやの大忙し。遊びたい盛りのおちびたちが一生懸命働くファンタジー。
読切作品『細胞の話』
とある人間の腎臓においてがん細胞が出現するが、免疫細胞たちは喧嘩とそれに伴うストライキを起こしており、まともな対応がとられていなかった。そんな折、腎臓への酸素運搬の仕事を抱える主人公の新米赤血球は、たまたま知り合った白血球（好中球）とともに腎臓に向かう。
腎臓において、白血球・キラーT細胞・NK細胞の3名が戦いを挑むも、がん細胞はいつものものよりも手強く、さらにキラーTとNKの連携が壊滅的に悪いため、なかなか退治できずにいた。そんな窮地を知りながらも救援に行こうとしない他の免疫細胞たちに業を煮やした赤血球は、彼らを強引に戦場まで連れ出し、協力し合うべきだと主張する。そして、赤血球の説得に折れて一時休戦し、連携を取り戻した免疫細胞たちにより、がん細胞は駆除される。
平和が戻ったものの、この仕事の完了により白血球は寿命を迎え、分解されて新しい血球として生まれ変わることになり、赤血球は再会を約束して彼と別れる。後日、かつての白血球と似た姿の白血球と出会った赤血球は、彼と一緒に仕事へと向かう。
本編の登場キャラクター
劇中では、体内の細胞がもつ様々な機能が職業や技能として表現されており、個々の細胞はその職種に所属する人物として描写されている。同種の細胞でも外見や性格は違い、特に赤血球と好中球には個別の識別番号も存在する。登場キャラクターとして明確に区別されている個体についても個別に記述する。「声」はテレビアニメ版における担当声優。
スピンオフ・読切・アニメ作品のキャラクター
スピンオフおよび読み切り独自のキャラクター、本編に未登場の種族、本編と（容姿などの）設定が大きく異なるものなどについて解説している。
主にキャラクターとしての解説を行い、本編で同種が登場するものについての現実での役割は本編のキャラクター節に譲っている。
製作
本放送開始前の2018年7月4日にコミックナタリーのもとで行なわれた原作者の清水茜と監督の鈴木健一の対談によれば、清水はアニメ化の第一報を担当者から聞かされた際、実感や当事者意識が芽生えなかった。一方、鈴木は監督就任への依頼が来てから初めて原作を読んだが、「細胞の擬人化」のインパクトに惹かれて快諾した。鈴木が本作までに男臭い作品ばかりを担当してきたこともあり、シリーズ構成には男臭さとのバランスを取りたいという彼の要望で柿原優子が起用された。
本放送終了後の2018年9月から10月に開催された『マチ★アソビ vol.21』でのトークステージによれば、キャラクターの動きの印象という点では原作を超えることは難しいため、背景は原作よりハイディティールにしたいという意欲があった。また、血小板や背景、原作の小ネタなどを描くに際してはアニメーターからも悲鳴が上がったものの、その分素晴らしい絵が上がってきて満足がいったほか、放送後のTwitterやニコニコ動画でのコメントなどに細かい描写への反応が見られたり、楽しんでいる声を目にしたりして「次の話数も頑張ろう」と活力になったという。なお、鈴木が第3話の制作段階でインフルエンザに罹患して以来、病気で不在のスタッフは「ロケハンに行っている」と言われるようになったそうである。
反響
ライブラ株式会社のニュースサイト「STANDBY」によれば、ニコニコ動画の第1話無料放送では100万回再生を突破し、「生きているだけで聖地巡礼できるアニメ」「推しが体内にいるアニメ」として話題を集めているほか、インターネット内では「流血シーンがなかったら朝に放送してほしい」「アニメのおかげで子供にしつけや教育がしやすくなった」との好評が挙がっているという。
ビッグローブ株式会社のニュースサイト「BIGLOBEニュース」によれば、癌研究者の大須賀覚がTwitterで第7話「がん細胞」を解説し、「癌研究者目線でも、とても正確な内容だったと思います」などと称賛したと伝えている。
第13話（最終話）放送後には、全国の学校や学会などから寄せられた「作品を授業やレポートの資料として使用したい」との反響に際し、教育機関や医療施設などの関係者を対象とした画像素材の無償提供が開始された。
2018年10月10日には、ビリビリ動画における全話の累計視聴総数が1億回を突破したことが報じられ、中国メディアでも好意的に報道された。また、同年10月15日にはドワンゴのニコニコアンケート「ネットユーザーが本気で選ぶ！アニメ総選挙 2018 夏」にて、作品部門では第1位、キャラクター部門では血小板が第1位をそれぞれ獲得したことが報じられた。
プロモーション
アニメ公式サイトでは、各話の放送後に代々木ゼミナール生物講師・鈴川茂による解説動画「はたらく細胞ゼミナール」を公開している。
2018年11月18日には舞浜アンフィシアターにてステージイベント『はたらく祭典』が開催され、主要声優陣が担当キャラクターの衣装を着て登壇したうえ、終盤にはClariSも登壇してエンディングテーマ「CheerS」を歌唱し、主要声優陣がオープニングテーマ「ミッション！ 健・康・第・イチ」を歌唱した。
舞台
『体内活劇「はたらく細胞」』のタイトルで、2018年11月16日から25日までシアター1010にて上演された。
内容は原作第1話「肺炎球菌」、第3話「インフルエンザ」、第4話「すり傷」、第8話・第9話「がん細胞（前・後編）」を基に構成されており、各エピソードの合間には原作第11話「風邪症候群」のシーンの一部が挿入されている。
2019年3月27日、本編及び特典映像を収録したBD/DVDが発売された（特別編「風邪症候群」のBD/DVDと同時発売）。