伏見稲荷大社
平安期の隆盛
天長4年（827年）、淳和天皇が病に倒れたため占わせたところ、東寺の塔を建てるために稲荷山の樹を伐ったことの祟りであることがわかり大中臣雄良が派遣され、それまで秦氏の私社であった稲荷大神に初めて従五位下の神階が下賜された。以来、京の人々から巽の福神（東南方向の福の神）との崇敬を集めた。現在の東寺との関係はここに端緒があるとする。社では稲荷山に明神が鎮座した和銅4年2月壬午を記念日として初午大祭を興し、稲荷祭もこの頃から始まったとされている。稲荷祭は神幸祭（稲荷のお出で）が、旧暦3月中の午の日に、還幸祭（稲荷のお旅）が旧暦4月上の卯の日、と定められていた。
延喜8年（908年）には藤原時平の寄進により社殿が造営され、延長5年（927年）の『延喜式神名帳』には名神大社、また二十二社の上七社に列し、天慶5年（942年）に正一位が授けられた。当時は伊勢神宮は天皇以外の参拝が禁止されており、京からも近い当社が多くの参詣者を集めるようになった。平安時代の隆盛が『今昔物語』などにも見え、『枕草子』は初午に7度も詣でる元気な女性がいて羨ましかった、とある。こうして稲荷祭は下鴨の葵祭、八坂の祇園祭とならぶ人気を博したという。延久4年（1072年）、後三条天皇が初となる行幸があった。神社ごとに勅使を送る奉幣では久安6年（1150年）の左大臣・藤原頼長が初めてである。
山麓への遷座
この頃、地方領主や軍事貴族からの荘園の寄進の倣いが起こり、有力となった寺社が独自の僧兵や神人を持つようなると武家同士や寺社同士の争いに巻き込まれるようになる。社家一族のうち、羽倉氏はこの頃、南北朝の混乱時に荷田氏を仮冒して社家を継いだことが疑われているが、江戸期の国学の大家である荷田春満はこの氏族から出ている。
永享10年（1438年）、後花園天皇の勅命で、室町幕府6代将軍足利義教により、それまで山頂にあった稲荷の祠を山麓に移した、とする伝承が藤森神社に伝わっている。これによると、現在社地となっている稲荷山麓の当地に天平宝字3年（759年）から藤尾社という舎人親王、その父の天武天皇を祀る神社があったが、これを稲荷社地にするために藤尾社を南にある藤森神社境内の東殿へ遷座した、現在の藤森にあった真幡寸神社を藤森から西に移した（現在の城南宮）、という。つまりそれまで稲荷社は稲荷山山中（現在の一ノ峰、二ノ峰、三ノ峰）に限る狭い範囲にあった。このことは、現在でも稲荷大社が藤森神社氏子圏のほぼ中央に位置し、かつ自身の氏子圏ははるか西方の東寺近辺に限られることからも首肯される。また清少納言が「枕草子」に記すところでは、稲荷参拝に際してあえぎあえぎ登山している様子が伺え、このころやはり稲荷社は山上の社であったと考えられる。現在、山中四つ辻から北に下る道を「御幸道」と呼び、さらにその下方に「車坂」の地名が残るのも、かつての参宮路の名残だと考えられる。なお、藤森神社には永享10年に将軍足利義教から寄進された重要文化財の「八幡宮」「大将軍社」二棟が建つが、これも義教による稲荷遷座に伴うものと推測される。
応仁の乱が始まると、東軍の細川勝元側の足軽大将骨皮道賢が稲荷社に陣を置き、後方から西軍の山名宗全側を撹乱・攻撃するゲリラ戦を展開していたが、翌応仁2年（1468年）3月に西軍の攻撃を受けて道賢は討死し、稲荷社は山上の建物を含めてすべて焼きつくされた。
勧進による復興
応仁の乱の戦渦は甚大であり、文明18年（1486年）に起きた土一揆では伏見稲荷大社の神宮寺の役割を果たしていた東寺の伽藍も焼失、終戦後は稲荷祭でさえ執り行えなかった年があったという。そこで伏見稲荷本願所に真言宗東寺の末寺であった愛染寺を改めて神宮寺とし、稲荷山では仏教系の稲荷として荼吉尼天も礼拝され、また愛染寺が伏見稲荷大社の社殿造営や修復、勧進、出開帳を管理、円阿弥によって諸国勧進も進められた。このころの勧進とは、寺社造営のために寄進を募ることだった。伏見桃山城を築城した豊臣秀吉は、天正16年（1588年）、母の大政所の平癒を祈願、成就したことから大規模な寄進を行い、現在の楼門はその折の建立という。
商人に人気となる江戸時代
戦国時代を経て江戸幕府を開いた徳川宗家は浄土宗に帰依し、幕僚として仕えた天海は天台宗の僧であり、稲荷神の崇敬は朝廷の他、専ら町人や商人によって行われた。特に活発となった商いの成功（結願）を祈る商人には人気があった。狐が棲む穴ぐらを見つけては稲荷神を勧請する者まで現れる。併せて、勧請された稲荷神社に「正一位」を冠するものが出てくるのもこの頃である。これは徳川家康が死後東照宮へ神格化されて正一位を追贈されたように朝廷が認める神格の最高格を意味し、奉行所から当社へ名の使用について問い合わせがあったことも記されている。そして結願の礼として本社に赤い鳥居を奉納する習慣が広まり、膨大な千本鳥居を形成するに至るのである。
現在伏見稲荷大社の楼門内に、江戸時代に社家から出た国学の大家・荷田春満の旧宅が保存されている。隣設して荷田春満を祭神とする東丸神社（あずままろじんじゃ）があるが、この神社は旧宅の一角に建てられているため、伏見稲荷大社の摂末社ではなく独立した神社である。明治36年（1903年）に規模の割に高い社格の府社に列し、学問の神として信仰されている。
明治から現在まで
慶応4年（＝明治元年、1868年）の鳥羽・伏見の戦いでは再び戦場となりかけたが、幕府軍は早々に戦闘行為を諦めて大坂に退却したため、稲荷社の被害はほとんどなかった。しかし、同年の神仏分離・廃仏毀釈によって愛染寺や社内の仏殿、本殿内の仏像類は廃された。文化財の保存の点では戦禍よりも神仏分離のほうが影響は大きかったわけである。ただし、祭礼時の東寺神供だけは現在も残っている。また、明治政府は稲荷社から領地をすべて召し上げ、境内地も4分の1に減らされた。
明治4年（1871年）には近代社格制度のもとで官幣大社に列格するとともに正式社名を「稲荷神社」とし「官幣大社稲荷神社」となった。
文学者の坂口安吾は「伏見稲荷の俗悪極まる赤い鳥居の一里に余るトンネルを忘れることが出来ない。見るからに醜悪で、てんで美しくはないのだが、人の悲願と結びつくとき、まっとうに胸を打つものがあるのである。これは、「無きに如かざる」ものではなく、その在り方が卑小俗悪であるにしても、なければならぬ物であった。」と評価している。
戦後の昭和21年（1946年）に近代社格制度の廃止に伴い宗教法人化したが、神社本庁とは独立した単立宗教法人となった。これは神社本庁が伊勢神宮を本宗とするのに対し大社側として別の見解を取ったためで、神社本庁との関係は良好である。宗教法人化とともに社名を「伏見稲荷大社」と改称したが、これは近代社格制度の廃止に伴い、そのままでは社名が単に「稲荷神社」となり、他の多くの稲荷神社と混同することを避けるためである。
しるしの杉
平安時代後期に熊野詣が盛んになると、京の公家や民衆は参詣の途中で伏見稲荷に立ち寄り、縁起に因む杉木の枝を頂いて身体につけることが流行した（『為房卿記』など）。『平治物語』でも平清盛が急な六波羅への警備にも「先ず稲荷の杜にまいり、各々杉の枝を折って、鎧の袖にさして（略）」とある。初午参詣で皆が杉木の枝をとっていくので稲荷山の杉はすっかり葉がなくなった」と詠んだ藤原光俊の歌が残っている。
拝観
24時間稲荷山を含む境内に入り参拝できる。拝観料の類はなく無料で参拝できる。ただしお守りなどを販売する「授与所」は、7:00〜18:00頃のみにしか開いていない。稲荷山の茶屋等の営業時間や休日はそれぞれ異なる。また、荷田春満旧宅が観光シーズンなどに特別公開されることがあるが、この時は特別公開部分のみ有料となる。
参集殿
境内駐車場脇に伏見稲荷大社が経営する宿泊施設である「参集殿」があり、設備はかなり古いが比較的安価で宿泊できる。ここに宿泊して夜の稲荷山を体験する観光客も増えている。ただし、22時の門限と21時の浴場の終了時刻は考慮しなければならない。
また、日中は食堂を営業している。玄関ロビーにはコインロッカーがあり、JR駅よりも安い値段で利用できる。
外国人観光客の増加
近年は外国人観光客からも観光地として人気があり、トリップアドバイザーによる2013年の「外国人に人気の日本の観光スポット」調査では2位を、2014年の調査では広島平和記念資料館を抜いて1位を獲得し、その後も2019年まで6年連続で1位となっている。これは、駅のごく近くに赤い鳥居が続く風景が非常に日本的な上、拝観料不要で閉門時間が無いことも理由であり、稲荷山のお山巡りで欧米人が好むウォーキングができることも高評価の理由とされる。平日のほとんどの日で外国人観光客の方が日本人よりも多くなっており、夕暮れのあとも稲荷山に登る外国人が多くなっている。なお、本殿付近はライトアップされており、稲荷山への参道も脇道以外は全区間で街灯が1晩中点灯されているため夜間の参拝は容易であるが、夜間はイノシシが出没することがあり注意を呼びかける表示がある。