ばいきんまん
人物
アンパンマンの宿命のライバル。アンパンマンを倒すために、バイキン星から赤ちゃんの時に卵の状態でやってきた黴菌。バイキン城を根城とし、当初は一人暮らしだったが、現在はドキンちゃんや、かびるんるん等の手下と生活している（ホラーマンは居候で、いたりいなかったりする）。
ばいきんまんが登場することになったのは、やなせたかしが『アンパンマンに“何か”が足りない』と思い悩んでいた頃、やなせの友人だったいずみたくが演出したミュージカル「怪傑アンパンマン」が上演された時に、その観客の様子を観察していたやなせが「悪役が必要だ」と思い至ったことによる。
自身の顔を分け与える自己犠牲のアンパンマンに対して、ばいきんまんは自己の欲求を満たそうとするはたらきを担っている。人間にも良い心と悪い心の両方がバランスを保って存在しているように、両者は「光と影」「プラスとマイナス」のような関係で片方だけでは存在できなくなっていると言われている（「#アンパンマンとの関係」を参照）。やなせは、ばいきんまんの人気について、「怠けたい、いたずらをしたい等という人間の欲求不満を表現している」「ばいきんまんは時にはいいこともする。悪に徹しきれないところがある」「決してばいきんまんは死ぬことはない。人間が風邪を一度ひいて、またかかるように、やられても平気な顔をして次に出てこられる」等と語っている。
名前
一部のキャラクターグッズや一部メディア等で見られるカタカナ表記の「バイキンマン」は間違いであり、正確にはひらがな表記の「ばいきんまん」である（ただし、原作者のやなせたかしは『アンパンマン伝説』等、自著でよくカタカナで『バイキンマン』と表記していた）。
かつぶしまんやルビーなど、一部の人々によく名前を言い間違えられる（「ばいまんきん」「ばんざいまん」「まんきんまん」「まんざいまん」「きんばいまん」等）。初めて間違えられたのは、かみなりピカタンに会った時であり、この時は「バッチイマン」と言い間違えられていた。
外見
悪魔のような黒い体に2本の角、胸に紫のボタン、矢印のような尻尾を持ち（先端は鋭利で、ロープを切ることができる。また、避雷針のように雷を寄せ付ける）、白目は薄いピンク色、歯はギザギザの形状で、舌は青く長い。手足や鼻、唇は紫色。背中にハエのような小さな羽があり、アニメ初期では主にこの羽を使って飛行していたが、現在は1人乗りのUFO型の乗り物「バイキンUFO」に乗っているため、ほとんど使用しない。本人もたまに羽があること自体を忘れている時があるが、飛び方を忘れてはいない様子で、現在でもバイキンUFOが無い状況などで飛行することがある。身長は角を含めてもアンパンマンより低い。
胴の黒い部分は服、胸のボタンはマイクロフォン、手足は手袋と靴ということになっているが、その上から服を着ることも多い。冬の季節になるとコートを着る。コートの色は初期は紫系のコートだったが途中から黄緑に変更されている。例外として、TV第7話B「アンパンマンとかぜこんこん」では、青いコートを着ていた。また、『アンパンマンとらーめんてんし』『アンパンマンとたんこぶまん』等では別の赤い防寒具を身に着けていた。
ばいきんまんのモチーフはハエであり、絵本に登場する初期のばいきんまんは頭部と羽が非常に大きく、角には毛が生えており、ギザギザした歯はまだ存在せず、体は痩せており、胸にボタンが2つあった。
性格
いたずらや悪さが大好きで、いつもみんなを困らせることばかりする。「卑怯はオレさまの得意技」と公言し、他人に変装もしくは騙したり人質を取ったりなど、後述するような汚い手を好んで使うことが多い。不潔を好み、風呂や掃除など清潔に関連することが嫌い。一度罠にかかりアンパンマン達に捕らえられ洗濯機に入れられてしまった際には非常に弱体化し、身長が縮んでしまった。また、アニメ版における『アンパンマンのマーチ』や『アンパンマンたいそう』等、アンパンマンに関連する主題歌も嫌っており、ひどい場合には曲を聞いただけでじんましんが発症したこともあった。花や宝石などの綺麗な物も「大嫌い」と発言しているが、満天の星やオーロラ姫のオーロラに見惚れる描写もある。その他に嫌いなものとして雷を挙げているが、バイキン城の周辺では頻繁に落雷が発生しており、TV第2話A「アンパンマンとばいきんまん」では雷からパワーを得ている描写まである。
単純で間抜け、短気な面もあり、そこを指摘されると大声で「うるさい、うるさーい!」と言って激怒し、指摘されてばかりいると理性が切れ、冷静さを失ってアンパンマンたちに襲いかかってくる。他人を騙すことが多いが、ばいきんまん自身も騙されやすく、映画『キラキラ星の涙』ではドロンコ魔王にあっさり騙され彼に協力してアンパンマンたちを倒そうとしており、アンパンマンたちとドキンちゃんの説得にも全く聞く耳を持たなかった。相手の挑発や煽動に乗せられやすい傾向にあり、あざみちゃんの悪口にも人一倍反応しやすい。
その一方でかなりの努力家でもあり、アンパンマンを倒すためにはどんな苦労も惜しまず、幼少より密かにトレーニングに明け暮れている。
可愛い女の子や美しい女性が大好きで、彼女らの前では紳士的に振る舞ったり、悪事を控えることもある。悪役らしからぬ面も多いが、彼自身は自分が悪であり「正義の敵」であることに誇りを持っている。アンパンマンたちにいたずらしたことを謝ったことがある（もちろんばいきんまんの策略である場合が多い）。しかし本人は謝ること、謝られることを拒む傾向がある。
アンパンマンと同様、極度の上がり症で、大勢の前で舞台に立つと緊張してしまい、まともな演技ができないが、しらたまさんには「悪役専門の俳優」だと思われており気付かれていない（ばいきんまんが本気でアンパンマンたちと戦っているのを、演技だと勘違いしているため）。
いたずら好き
普段は暇を持て余して町をうろついていたり、パン工場でのアンパンマンたちの会話を盗み聞きしたりしており、その中で数々のいたずらを思いついては実行に移している。いたずらの内容としては、登場する2人のゲストキャラクターの一方に変装してもう一方に対して悪さを行い本物のキャラがその犯人だと疑わせる、アンパンマンとあまり面識のないゲストキャラに対してアンパンマンが悪者だと嘘を吹き込んで敵視させる等がある。
だが、いたずらはいつも失敗に終わる。失敗のパターンとしては、ストーリーの序盤でゲストキャラの何らかの攻撃によって一旦退けられ、その後ゲストキャラから攻撃手段を奪ったり、拉致したりしてピンチに陥れるも、アンパンマンによって再び敗れる、といったものが見られる（初めのゲストキャラの攻撃がない場合や、ゲストキャラではなくアンパンマンがアンキックなどで撃退する場合もある）。アンパンマンについても、顔を濡らす等して弱らせることに成功することがあるが、新しい顔が用意されることで必ず形勢が逆転する。そうするとばいきんまんは自暴自棄になって、主に体当たりを実行するがアンパンチで確実にやられてしまう。また、逃げたりすることはほとんどない（アニメ初期は退却することも多かった）。変装でごまかして難を逃れようとすることもあるが、アンパンマンの目の前で変装してしまうことで正体がばれてしまう。ただし、必ずアンパンマンにやられるわけではなく、自身の発明したメカが暴走して自身のUFOと激突した爆発で吹っ飛ばされたり、自身の間抜けな性格で自滅してしまうこともある。
まれに、いたずらをするわけでもなく他のキャラと特別に絡んだりもせずに、第三者的な立場で登場するだけで終わる場合もある。また、いたずらをする話の場合でも必ずしも本人の意思でいたずらをしているとは限らず、単にドキンちゃんのわがままに振り回されて使い走りにされ、渋々ゲストキャラを拉致してくることも少なくない。キャラクターの過失に被害を受け、しかえしすることもしばしばある（ホラーマン、にんにく小僧等）。そのしかえしをのぞけば、悪さを全くしていない話も存在する（『ばいきんまんとクレープマン』等）。いたずらをしても、結果的にアンパンマンたちと打ち解けて仲良く踊ったり、食べ物を分けてもらえる、お願いを受け入れてくれるなどの彼にとってプラスな結果になる回もある。
ただの悪党として思われるのは嫌いなようで、町中に指名手配された時は激怒していた。
アンパンマンよりジャムおじさんやパン工場を優先して襲うこと（拉致含む）もある。TV第468話A「ばいきんまんとシーボーズ2号」では、ジャムおじさんやバタコさんたちもろとも、パン工場を海底深く沈めて2度とアンパンマンの新しい顔を焼けないようにしようと企んだり（海底の火山近くまでジャムおじさんたちは引きずりこまれ、水圧でパン工場の外壁は損傷していた）、TV第95話A「アンパンマンとバイキンヘリコプター」ではアンパンマンやジャムおじさんたちもろともパン工場を非常に高度のある場所から地面に叩きつけようとしたり等である。
食いしん坊
非常に大食いで、食い意地も人一倍である。アニメ初期はさほど大食いではなく、てんどんまんとカツドンマンの頭の丼だけでお腹がいっぱいになっていたが、その後徐々に消費量が増えていき現在では何十人前もの料理も一気に平らげてしまう。
基本的に好き嫌いはなく、ドキンちゃんが嫌いな野菜サラダも残すことなく味わって食べている。ただし、辛い物(カレー、辛子や山葵等の香辛料等)、酸っぱい物（梅干し等）、苦い物（ニガウリジュース等）、殺菌作用のある物は苦手。それら以外で本人が「嫌いだ」と公言したのはニンジンとあんパンくらいしかない。また、綺麗な物が嫌いであるためか豆腐のような純白な食べ物にも些か抵抗がある様子。現在では激辛でなければカレーライスも食べられ、おくらちゃんやこむすびまんと一緒に梅干しおむすびを「酸っぱい」と言いながらもおいしく食べたエピソードがある。中でも特に好きな料理を挙げたことはないが、「おむすびより肉が食べたい」と発言をしたことがある。また、甘い物には目がなく、星の子ルルンを金平糖のような味がすると気に入って舐めたことがある。
お腹を空かせているエピソードも多く、空腹が悪事を働く動機となることが大半である。お腹を満たすためにしょくぱんまんから配達用のパン、カバオくんたちからおやつや弁当を狙うことが多い。料理が得意なゲストキャラクターを直接拉致して無理矢理料理を作らせようとすることもあるが、お腹を空かせた子供に変装したり、2人のゲストキャラの料理の味を比べてやる等と言って料理を食べ尽くしたりする場合もある。素直に頼んでいる場合に限り、大抵のゲストキャラは快く料理を提供してくれるが、ばいきんまんは自分の分だけでは満足できずに皆の分も独り占め・横取りしたり武器で脅かそうとするので、アンパンマンたちに止められてしまう。訳を言って頼むのは自分らしいと思えず、他人から奪って得ることが自分らしいとのこと。
残さず賞味することの大切さに理解があり、持ってきた野菜を味わって食べないドキンちゃんに対して味わって食べるよう説いたりしている。食事の前の「いただきます」も欠かさず述べる。たとえ戦闘時においても、料理を差し出されたり口へ放り込まれたりすると、戦闘そっちのけでひたすらおかわりを要求する。この食い意地が災いし、アンパンマンにとどめを刺せなかったり、ジャムおじさんたちが助けに来るまでの時間稼ぎに利用されたりしてしまうことがしばしばである。
食いしん坊なだけに人一倍舌が肥えており、ホラーマンのパスタ料理や鉄火のコマキちゃんの鉄火巻きを食べた際には、それらの問題点を具体的に説明した上で「まずい」と評している。その反面、自身の料理の腕は悪いらしく、自分で蕎麦を作って食べた時はあまりのまずさに青ざめていた。プリンちゃんとエクレアさんが作ったケーキを食べた時に至っては、あまりのまずさにケーキがトラウマになってしまっていたが、現在は消えている。
体質
ばいきんまんはいわゆる「黴菌」であるため、前述の通り清潔にすることを極度に嫌い、殺菌作用のある食べ物にも弱い。また、風呂に入ったり石鹸で洗われたり浄化作用のある物質に当たると体が小さくなったり、白くなってしまう。ただし、彼自身に健康や衛生を脅かしたり食品を汚染させたりする描写はあまりなく、そのような不衛生行為（特にアンパンマンの顔を汚し力を奪う行為）は主に手下のかびるんるん等が代わりに行っていることが多い。また、自身も黴菌でありながら風邪をひいたり虫歯になったりすることがある。
バイキンメカに搭乗した時のばいきんまんは非常に勇ましく、時として残忍性をも匂わせ、アンパンマンたちを幾度と無くピンチに追い込んで来た。その反面、生身のばいきんまんは強いとは言えず、チーズに尻尾を噛み付かれ手も足も出なくなったり、メカを破壊され打つ手を無くし大勢の人々に詰め寄られた途端及び腰になるなど、情けない姿を見せることもある。一度雷に打たれてアンパンマンと身体が入れ替わった際、ばいきんまんの身体になったアンパンマンにパンチ技を繰り出されたが、体を優しく叩かれるだけで、この時アンパンマンの身体になったばいきんまんは「何て情けないパンチ。こんなのでアンパンマンを倒そうとしていたのか」とがっかりしていた。前述の通り、アンパンマン打倒のために日夜鍛錬に励んでおり、修行の末、肉弾戦でアンパンマンと互角に戦ったり、変身やパワーアップによる姿でアンパンマンを後一歩というところまで追い詰めることもあった。ただし、カナヅチで、溺れる描写が何度か見られる。運動神経や体力は逸脱しているとは言えないが、連続した岩の柱を軽々と飛び移り、マントが使えないアンパンマンと互角に渡り合ったことがある。また、いざと言う時は火事場の馬鹿力のように、根性で乗り切る。
特技
特技は変装や発明で、これらを駆使してアンパンマンやゲストキャラクターを罠にはめたりやっつけたりする。
その他にも、剣の腕もなかなかのもので、アンパンマンやナガネギマンとフェンシングでほぼ互角に戦ったことがある。また、音楽好きの一面もあり、特にチェロはチェロヒキーさんに仕込んでもらったことで、コンサートで聴衆をうっとりさせたほどの腕前である。また催眠術をかけることもでき、ゲストキャラを操って悪事に加担させることもある。
日頃からバイキンメカを作っているためか、物作りに関しては器用で、TVスペシャル『アンパンマンとクリスマスの星』では、吊り橋の床板を使って2人乗りのそりを作ってみせアンパンマンを感心させた。
頭脳
間が抜けているが、メカやコンピュータに関する科学力・技術力は非常に高く、主に金槌等を使って奇妙ながらさまざまな武器や機能を備えたメカやロボット（バイキンメカと称される）を次々と造り、またそのメカをまるで自分の手足のように動かせる。メカ以外ではバイキン光線を発射する光線銃や巨大なハンマー等を使って戦う。隙を見つけるのも上手く、アンパンマンが彼のメカの攻撃を防いでる途中や二次災害に巻き込まれたり人質にされて空中に投げ飛ばされた人を助けた直後を狙い顔を濡らしたり汚すことも多い。アンパンマンと同等の実力者と戦う時は最初は大抵は彼らの攻撃を一度は食らってしまうが、再び戦う時は彼らの攻撃手段をさまざまな手段で防御したり未然に封じるなどと同じ轍を踏むことはあまりない。
「天才科学者」を自称しており、前述のメカ開発の他に悪巧みにも長けており、いい作戦が思いつくと「オレさまは何て頭がいいんでしょ〜!!」と自画自賛する。しかしそれ以外の知識には相当のムラがあり、ドキンちゃんに簡単な足し算の問題を出されても答えられなかった（ただしTV第63話『アンパンマンとクリスマスの谷』で、サンタクロースが筆記体の英語で書いた文章を訳しながら読んでいるシーンがある）。また、自身が作ったもの以外の乗り物はまともに乗りこなすことができない。
一方で、アンパンマンたちより知識に長けている描写もある（ばいきんまんが化けた考古学者に対してアンパンマンは考古学自体を知らなかった、アンパンマンが知らなかったスカシカシパンについて知っている等）。バイキン城のモニターで映し出された場所を即座に当てたり、城の中には相当の蔵書数がある図書館のような部屋がある描写もある。おくらちゃんの手伝いをしたためか、野菜栽培にも詳しい。
新兵器を作る時や実験を行う時は、白衣、眼鏡、黄色のカツラとつけ髭をつけ「バイキン科学者」に扮することが多い（本人は「バイキン博士」「ドクター・バイキーン」等と名乗る）。
人物関係
日頃の行いにより、町の人たちや子供たちからは恐がられたり、近付いただけで避けられたり、馬鹿にされたりしている。ただし、1997年TVスペシャル『メレンゲシスターズのクリスマス』では、ばいきんまんが瓦礫の下敷きになった際に住民たちは悲しみ、瓦礫を掘り起こしたり彼の無事を願ったりしている。
仲間・部下思いなところもあり、かびるんるんたちに対してはご飯をあげないせいで家出された時、心配でたまらず、UFOに乗って探しに行った（その様子をドキンちゃんに見られた時、一人称が「僕」になったり、「ドキン君」と呼びかけたりと動揺している）。メカかびるんるんが暴走した時に、かびるんるんが自分のために戦ったのを見て、許している。また、かびるんるんが無事帰ってきたことに涙し、主従抱き合ったこともあった。しかし、普段はおやつを取り合ったり等もすることもあり、まずまず仲良くバイキン城で暮らしている。
自身を全く警戒しない人々とは、エピソードによっては友達付き合いをしている。また、簡単にあきらめない性格からチェロヒキーさんやヒヤリコ等、失敗にくじけそうになっている人々を励ますこともある。チェロヒキーさんとは成り行きで彼の過去の失敗を聞き、最初は嫌々だったが前述の性格上放っておけず、協力して一緒にコンサートを開いたことで彼に自信を取り戻させ、以降ばいきんまんにとって希少な友人関係を築き、たまに一緒に演奏することもある。
やなせたかしの絵本では、アニメほどアンパンマンたちと敵対しているわけではなく、アンパンマンの誕生日にジャムおじさんたちと共同でアイディアを出し合い、盛大なパーティーを開くエピソードもある。
女の子との関係
ドキンちゃんに対しては、当初は「居候」として強気に接していたが、メロンパンナがレギュラーになった頃には夫婦漫才のようなやりとりが多くなり（初期にもTV第37話A『アンパンマンとくじらのクータン』等ではそうしたやりとりが見られる）、ロールパンナが加わった頃からは完全に尻に敷かれている。「○○が欲しいから持って来て」とねだる彼女に対し、時には「自分で行けば?」と冷たく返すこともあるが、脅されたり大声で怒鳴られたり泣き落としをかけられたりして結局行かされる羽目になる。苦労して手に入れたご馳走もドキンちゃんに全て横取りされて落ち込むことも少なくない。行方不明になると夜を徹して探しに行く等、何だかんだで仲は良く、彼女が死んだと思ったりした時は号泣している。また、ドキンちゃんには何らかの感情を抱いている様子で、彼女のしょくぱんまんへの好意を見ると嫉妬したり悔しがったりして、彼を困らせようとすることも多い。
恋多き男でもあり、前述の通り可愛らしい女の子や容姿端麗な美女にはめっぽう弱く、ドキンちゃん以外にも、りんごちゃんを筆頭に、ポットちゃん、ナプキンさん、おダンゴちゃん、おことちゃん等数多くの女性に一目惚れをしてきた。しかし、その恋が成就することはなく、現在では好意を抱くことなく他のゲストキャラクターと同様の態度で接していることが多い。OVA「いっしょにおべんきょう」シリーズでは、巻毎に登場する女の子ゲストキャラクター全員に恋心を抱いており、最後まで心の内が伝わることはなかったもののそれぞれと友達としての関係を築いていた。映画『くろゆき姫とモテモテばいきんまん』では、くろゆき姫と終始いい雰囲気になっていたが、最終的には呪いの解けた彼女の誘いを「オレさまは悪役だから」と潔く断っている。
か弱い女の子、お転婆な女の子（ドキンちゃん、ルビー等）、何をするかわからない子（コキンちゃん、ミントちゃんなど）、自分を叱責するみみせんせいには弱い。自分を警戒しなかったり欲求を素直に聞き入れてくれたりすることを嫌う。そのため、プリンちゃんとエクレアさんやしらたまさんなどの押しの強い子や、自分の悪事を全て良くとってしまう極端にポジティブな考えの人（おくらちゃん、マダム・ナン、おしんこちゃん等）も苦手としており、彼女らから「いい人」と思われてしまうエピソードも多い。女の子の涙に弱い節もありもらい泣きしてしまうことも。
シチューおばさんやチーズフォンデュさんなどの年配の女性からも好印象を持たれている。ミス・マリーネやさくらもちねえさんなど、大人っぽい雰囲気を持った女性からは「坊や」と呼ばれることがある。本人はそれを嫌っている。てんどん母さんからは「あたしがあんたのおっ母さんになってやるよ」と言われ、散々説教を受けたためやはり苦手としている。ちびぞうくんの母親であるでかこ母さんも苦手だが、彼女の持つ母性に甘えるエピソードや、ゆきんこゆきちゃんやメロンパンナと仲良くしているエピソードもある。
アンパンマンとの関係
自分の手でアンパンマンを倒すことを夢に見ているが、アンパンマンに助けられたり顔を食べさせてもらったときは協力する（アンパンマンに助けられた＝負けたことを認めたくないと言うのも理由の1つである）など、潔い一面もある。しかし、ばいきんまんはアンパンマンのことを永遠に敵だと思っているため、一度借りを返せばまた元の関係に戻る。
TV第4話B「アンパンマンとおむすびまん」では、悪さをした罰としておむすびまんに岩を投げられてしまうが、「こっちも助けてください」と素直に頼んだため、アンパンマンに助けられる。また、初めてアンパンマンに協力したのは、TV11話A「アンパンマンとイタイノトンデケダケ」である。ばいきんまんは、奪ったイタイノトンデケダケを持ってアンパンマンから逃げる際に洞窟の川に落ちてしまう。アンパンマンは、最初は川に流されているばいきんまんを無視して、ばいきんまんと共に川に流されているイタイノトンデケダケのみを拾おうとしたが、アンパンマンに何度も助けを求めるばいきんまんを結局は放っておくことが出来ず、ばいきんまんを助ける。ばいきんまんはアンパンマンに無事に助けられるが、イタイノトンデケダケは滝に流されてしまう。疲れて気絶したアンパンマンを最初は嘲笑したが、自分を助けてくれたアンパンマンを放っておけなかったのか、洞窟の中で別のイタイノトンデケダケを見つけ、それをアンパンマンの元に置いて隠れる。その後、目を覚ましてそれに気づいたアンパンマンは、ばいきんまんへのお礼を口にしながら帰って行き、それを隠れて聞いていたばいきんまんは「礼を言われたくてやったんじゃないやい、バーロー」と頬を染めながらつぶやいていた。
TV第48話B「アンパンマンととぶ木馬」では、自分が作った飛ぶ木馬にドキンちゃんが乗って遊ぼうとしたが、その木馬をドキンちゃんが壊してピンチになり、アンパンマンの協力を拒否して一人で助けようとするが、UFOが岩場にぶつかって壊れて助ける方法がなくなり、アンパンマンもドキンちゃんを助ける途中で滝の水をかぶって顔を濡らしてしまう。このことで、ばいきんまんは悔しがっていたがドキンちゃんを助けられるのはアンパンマンしかいないと判断し、自らジャムおじさんたちのいるアンパンマン号の元に向かい、アンパンマンの新しい顔を受け取り、アンパンマンを助けるという一面を見せた。このおかげでドキンちゃんはアンパンマンに無事救出される。アンパンマンは自分を助けてくれたばいきんまんに感謝し、ジャムおじさんたちも彼にお礼を言い、ドキンちゃんも自分を助けてくれたアンパンマンにお礼を言った。ばいきんまんは、「これぐらいのことで、アンパンマンと仲良くなると思うなよ」と呟き、ドキンちゃんと共にUFOに乗って去って行ったが、その去り際にはまんざらでもないような笑顔を見せていた。 
自分がピンチに陥って、その場にアンパンマンがいるとつい助けを求めてしまうこともある。映画『キラキラ星の涙』では、さかさまんの糸で縛られた際、アンパンマンに「アンパンマーン!助けてー!」と助けを求め、偶然通りかかったアンパンマンの隣を飛んでいたひのたまこぞうのお陰で助かった。カバオくんたちがばいきんまんが新しく作ったもぐりんに興味を持ち、もぐりんを乗っ取られた時は、自らアンパンマンたちと手を組んでもぐりんを取り返そうとすることもあった。
TV第899話A「ばいきんまんとハテナのとう」では、夢の中とはいえアンパンマンに勝利したが、「自分はアンパンマンと戦うのが一番の楽しみだった」と気づき、虚しくなっていた。その後、倒したはずのアンパンマンが駆けつけた時はうれしそうな反応をしていた。
「アンパンマンに一度も勝ったことがない」とばいきん仙人やドキンちゃんたちに言われているが、初めてアンパンマンと会った時など、全身を泥だらけにしてダメージを与えたことがある。ただし話の最後でアンパンマンにアンパンチをされる、他のキャラクターに悪事の邪魔をされたり戦意喪失の状態にされたりする、災害の発生や他の強敵によって戦いが不成立になったりと、ばいきんまんが優勢のまま物語が終わるのは極めてまれである。
CDブック『手のひらを太陽に 50周年記念CD』に収録されているばいきんまんとカビルンルンコーラスが歌った『手のひらを太陽に』には、「オレさまがいなきゃアンパンマンは活躍できない」「影が無ければ光もない」といった台詞があり、ばいきんまんとアンパンマンの両者の存在が互いに敵対しながらも、持ちつ持たれつの関係で共存していることを肯定している。本来明るい歌を嫌うばいきんまんが『手のひらを太陽に』を歌った理由として、自身が前述のような存在であることで世の中の役に立つ黴菌として“生きている”から、と台詞の中で説明している。
また、映画の予告編などで普通に会話していたり、知育ビデオや番外編などで敵対せず一緒に行動していたりするなどと本編以外では仲良くしていることが多く、周囲からは素直じゃないのを指摘されたことがある。アニメのエンディングでもアンパンマンたちと仲良く体操を踊っている。アンパンマンもアニメ本編では敵対していることが多いが心の奥底から憎んでいるわけでもなく、クラスメイトみたいな存在だと語っている。
変装
前述のように、悪さをするに際して変装をすることが多い。この変装はどれもよく見ればわかりそうなものなのばかりであるが、いかなる者たちも初めはばいきんまんの変装に気づかない。変装によっては極端に声が高くなったり（主に女装時）する場合があり、その最中につい通常の声で喋ってしまって怪しまれてしまうこともある。変装がばれる場合は、カツラ等が取れる、2本角やしっぽが見えてしまう、ばいきんまんが成り済ましたキャラクターの本人が現れる、めいけんチーズに匂いで変装を見破られる等がほとんどである（前者2つは火傷を負った時、驚いた時、壁にぶつかった時、転んだ時、くしゃみをした時、彼と共に変装したドキンちゃんと食べ物の取り合いになった時にばれることが多い）。アンパンマンやゲストキャラクターを上手く陥れた場合は自ら正体を明かすこともある。アニメ初期のアンパンマンはばいきんまんの声で変装を見抜くことが多かった。変装のバリエーションは下記のように非常に多い。
アンパンマン列車
四国旅客鉄道（JR四国）はJR四国2000系気動車にラッピングを施し、ばいきんまんをテーマにした車両である「ばいきんまん号」（2000形2005）を「予讃線アンパンマン列車」として運行していた。車内も指定席の区画にはバイキン城をイメージした装飾が施されていた。
2000系のアンパンマン列車は大きく予讃線系統と土讃線系統があり、予讃線には11両のアンパンマン列車が配属されていたが、
2016年3月26日のダイヤ改正により「予讃線アンパンマン列車」はJR四国8000系電車で運行されることになり、「ばいきんまん号」を初め、大半の車両が予讃線の2000系アンパンマン列車から引退した。「ばいきんまん号」はラッピングを解除され、一般色である四国色に戻された後、松山運転所から高知運転所に転属された。運行開始より何度かデザインが変更され、廃止直前のデザインは四代目であった。