えきねっと
インターネット予約の特徴
みどりの窓口で購入可能なJR全線の乗車券や座席指定券などが、インターネットから予約・申込・決済が可能である（寝台券や個室など一部の券種・列車については非対応のため予約不可）。座席位置の希望については、属性指定（窓側・通路側など）ができるほか、一部の列車ではシートマップからの指定も可能である。
予約可能な列車・券種
パソコン版ではJR全線、携帯電話版では九州新幹線以外の新幹線、中央本線の特急（あずさ・かいじのみ。しなのは不可）、常磐線の特急ひたち・ときわ、成田エクスプレス、中央ライナー・青梅ライナーの予約が可能である。なお中央・青梅ライナー券の予約は、えきねっとへの登録クレジットカードがビューカード（TypeIIカードを除く）であることが条件となる。また、携帯電話版では2列車改札内乗継の予約はできないほか、携帯電話版では山陽・九州新幹線みずほ・さくらの九州新幹線を含む区間は予約できない。
新幹線回数券など指定席が利用可能なトクトクきっぷの指定席予約も可能である（一部例外あり）。トクトクきっぷを利用のうえ5枚以上の指定券を受け取るとき、2つの新幹線列車を改札を出ずに乗継ぐ場合（但しえきねっと上で「2列車の乗継申込」からの操作で予約した場合は指定席券売機での受取りも可能）、一部のトクトクきっぷの座席指定券を発券する場合は指定席券売機の利用はできない。
2008年2月24日より、座席指定券を伴わない乗車券のみでの申込、受け取りも可能になった。当初は経路等の誤発売（規則上購入できないはずの乗車券が購入できるなど）がしばしば発生したが、システム改修を実施し、発生しなくなった。
JRのチケット類のほか、JR東日本の国内旅行びゅう商品もえきねっとから予約できる（会員登録は不要）。チケット類は宅配または指定席券売機で引取りのいずれかが選択できる。このびゅう商品の予約部門はJR東日本グループの旅行会社「びゅうトラベルサービス」が運営している。
決済
決済にはビューカード・VISA・JCB・MasterCard・アメリカン・エキスプレス （AMEX）・ダイナースクラブのマークが付いたクレジットカードが必要である（au walletカード・おさいふPontaカードは受取時決済のシステムの関係で登録そのものができないが、VISAなどのデビットカードは登録可能）。但し、アメリカンエキスプレスカードのビジネスカードの一部は指定席券売機では非対応。
変更・払い戻し
変更は1回までは、券面上の乗車駅発車6分前までに完了することで可能である。2回目以降はできないので一旦払い戻すことになる。但し「えきねっと特典」が適用される座席指定券（JR東日本・JR北海道管内完結もしくは北陸新幹線の座席指定券変更（異区間申し込み、乗継申込の場合は予約された全ての券がこれらの区間完結の場合に限る））に関しては、初回に申込んだ列車の乗車日から3ヶ月以内であれば何度でも同様に券面上の乗車駅発車6分前までに完了することで変更できる。
払い戻し手数料は、乗車券・自由席特急券については無料であり、座席指定席券は通常のJRの切符と同じ（2日前までは330円。前日から発車時刻前まで又は前日から発車時刻前になってから乗車変更されたものの場合は料金券の3割相当額かつ最低330円）である。予約したきっぷを受け取らなかった場合でも払い戻しの操作を行わないとクレジットカードに購入予定の金額が全額請求されるため、旅行取り止めの際など、注意が必要である。また、変更などにも一部制限があるので注意されたい。
但し、えきねっと特典が適用される座席指定券（異区間申込、乗継申込の場合は予約された全ての券種がえきねっと特典適用範囲内完結の場合に限る。また変更された座席指定券の場合、変更前がえきねっと特典適用範囲内完結の座席指定券に限る）に関しては、発券前であれば1席310円で払い戻しできる。トクだ値の場合は、「発券後の取消」または「えきねっと特典対象外座席指定券から変更後の取消」は割引率分の払戻手数料が掛かる。
トクだ値・お先にトクだ値・お先にトクだ値 スペシャル
えきねっと会員限定かつ枚数限定で発売される、JR東日本・JR北海道が指定した日時・区間の新幹線（東北・山形・秋田・北海道・上越・北陸）および在来線特急列車が割引となる、乗車券と特急券一体型の特別企画乗車券である(特急券部分のみの料金券タイプも設定されることがある)。『トクだ値』は乗車券付の場合は乗車日の1ヶ月前から当日の午前1時40分前、料金券タイプの場合は乗車日の1ヶ月前から当日の列車出発時刻の6分前でかつ午後10時56分まで、『お先にトクだ値』は乗車日の1ヶ月前から13日前の午前1時40分前まで、『お先にトクだ値 スペシャル』は乗車日の1ヶ月前から20日前の午前1時40分前まで予約が可能である。『お先にトクだ値』は新幹線（北陸はあさまのみ）・あずさ・かいじ・いなほに設定されている。また、『お先にトクだ値』はゴールデンウイーク・お盆・年末年始の帰省ラッシュ時の下り列車・Ｕターンラッシュ時の上り列車は設定されない。
割引率は『トクだ値』が新幹線用が5% - 20%、JR東日本エリア特急列車用が10% - 40%、JR北海道エリアの特急列車用が15 - 55％、『お先にトクだ値』は25% - 40%である。なお期間・列車限定で50%引きとなる『お先にトクだ値 スペシャル』も設定されることもある。新幹線用には一部区間において、グリーン車用も設定されている(やまびこ・なすの・とき・たにがわ・あさま。グランクラスは設定なし)。普通車指定席用の発売額は、通常期・繁忙期・閑散期が設定されている場合はそれらの時期に応じて発売額が異なるが、一部の在来線特急列車に設定されている料金券のみ商品には通年同額となるものもある。グリーン車用の発売額は通年同一額である。
年末年始やゴールデンウィークといった他の特別企画乗車券が利用できない期間でも設定されているが、かつては指定された列車に乗り遅れた場合は特急券部分だけでなく、乗車券としても無効となっていた。現在は予約した列車に乗り遅れた場合は特急券部分のみが無効になり、乗車券は乗車日の当日に限り有効である。なお、途中下車は不可能であり、途中駅で改札を出た場合は前途放棄として扱われる。また、設定区間の内方乗車は認められるが、返金の扱いはない。
えきねっとチケットレスサービス
2010年3月13日より「成田エクスプレス」向けに導入されたサービス。携帯電話から、えきねっとのページにて予約することで乗車が可能となるものである。同列車では座席指定席券の発売状況が車掌の携帯端末で確認できるため、指定された席に座っている限りは車内改札を受けることは基本的にない。通常の特急券を購入するよりも安く、かつ特急券の受け取りが不要で、発車直前まで何度でも予約変更が可能といったのメリットがある。利用に際しては、乗車券を別途用意する必要がある。2013年11月18日からは、「あかぎ」の指定席にも対応した。
ちなみにJR西日本では、自社の「J-WESTカード」会員専用（（新）e5489）サービスとして、一部の在来線特急を対象とした「チケットレス特急券サービス」を提供している。他の私鉄各社でも、京成電鉄・東武鉄道・西武鉄道・小田急電鉄・近畿日本鉄道・南海電気鉄道などが同様のサービスを行っている。
また操作・利用方法は異なるが、「モバイルSuica特急券（東北・上越新幹線向け）」や、東海道・山陽新幹線の「エクスプレス予約」に導入された「EX-ICサービス」も、これに類するものと言える。
掲載情報
駅設備、駅案内、駅別時刻表案内、路線情報、乗車券・定期乗車券等の運賃案内、JR東日本主催のキャンペーン情報等が掲載されている。また、@Stationを利用したインターネットショッピングを提供しており、鉄道関係グッズから各都県の名産品・銘菓等まで、幅広い買い物ができる。