嘉吉の乱
赤松氏の隆盛
赤松氏は播磨の地頭であったが、鎌倉時代末期に赤松則村（円心）は後醍醐天皇の檄に応じて挙兵、鎌倉幕府打倒に大きく尽力し、その功績により守護に任じられた。しかし、恩賞への不満から南北朝時代の争乱では初代将軍足利尊氏に与して室町幕府創業の功臣となり、播磨の他に備前、美作を領し、幕府の四職の1つとなっていた家柄である。
応永34年（1427年）に満祐が家督を相続した時、元将軍足利義持は播磨を取り上げて寵臣である赤松持貞（満祐の又従兄弟でもあった）に与えようとし、満祐が京の屋敷を焼いて領国に引き上げる事件が起こった。義持は激怒して満祐を討とうとするが、幕府の重臣達はこれに反対した。そのうち、持貞は将軍側室との密通が露見したとして処刑されてしまい、満祐は赦免され3ヶ国の守護職を相続している。
義持の死後に弟の義教が6代将軍となると、満祐は侍所頭人に就任し、義教と満祐の関係は比較的良好であった。
万人恐怖
4代将軍義持は、応永35年（1428年）に後継者を定めないまま死去した（嫡男の5代将軍義量は早世していた）。宿老による合議の結果、出家していた義持の4人の弟達の中から「籤引き」で後継者が選ばれることになった。籤引きの結果、天台座主の義円が還俗して義宣と称し（後に義教と改名）、6代将軍に就任した。この経緯から義教は後世に「籤引き将軍」と呼ばれる。
当初は有力守護大名による衆議によって政治を行っていた義教だが、長老格の畠山満家、三宝院満済、山名時熙の死後から次第に指導力を発揮するようになった。
義教は将軍の権力強化を狙って、斯波氏、畠山氏、山名氏、京極氏、富樫氏の家督相続に強引に介入し、意中の者を家督に据えさせた。永享11年（1439年）の永享の乱では、長年対立していた鎌倉公方足利持氏を滅ぼした。比叡山延暦寺とも対立し、最終的にこれを屈服させたものの、僧侶達が根本中堂を焼き払って自殺する騒ぎとなった。
足利将軍の中では父の3代将軍足利義満に比肩しうる権力を振るった義教だが、猜疑心にかられて過度に独裁的になり、粛清の刃は武家だけでなく公家にも容赦なく向けられた。当時の公家の日記には、些細なことで罰せられ所領を没収された多くの者達の名が書き連ねられている。中には遠島にされたり、殺された者もいた。伏見宮貞成親王は『看聞日記』で義教の統治期を「薄氷を踏むの時節」と表現し、比叡山炎上の噂話を禁じた際の記述「万人恐怖」は義教の統治期を物語るフレーズとなっている。
満祐の隠居
この頃、幕府の最長老格となっていた赤松満祐は義教に疎まれる様になっており、永享9年（1437年）には播磨、美作の所領を没収されるとの噂が流れている。義教は赤松氏の庶流の赤松貞村（持貞の甥）を寵愛し、永享12年（1440年）3月に摂津の赤松義雅（満祐の弟）の所領を没収して貞村に与えてしまった。このため満祐は5月頃に病気と称して出仕しなくなった。 同じ頃、大和出陣中の守護一色義貫と土岐持頼が義教の命により誅殺された（大和永享の乱）。 
嘉吉元年（1441年）4月、持氏の遺児の春王丸と安王丸を擁して関東で挙兵し、1年以上にわたって籠城していた結城氏朝の結城城が陥落した（結城合戦）。捕えられた春王丸、安王丸兄弟は、護送途中の美濃垂井宿で斬首される。これより先の3月、出奔して大和で挙兵し、敗れて遠く日向へ逃れていた義教の弟の大覚寺義昭も島津忠国に殺害されており、義教の当面の敵はみな消えたことになった。
6月18日、義教から家督介入の圧力を受けた富樫教家が逐電、弟の泰高が後を継いだ。23日には吉良持助が出奔している。
将軍暗殺
6月24日、満祐の子の教康は、結城合戦の祝勝の宴として松囃子（赤松囃子・赤松氏伝統の演能）を献上したいと称して西洞院二条にある邸へ義教を招いた。『嘉吉記』によると、「鴨の子沢山出来」と招いたという。
この宴に相伴した大名は管領細川持之、畠山持永、山名持豊、一色教親、細川持常、大内持世、京極高数、山名熙貴、細川持春、赤松貞村で、義教の介入によって家督を相続した者たちであった。他に公家の正親町三条実雅（正親町三条公治の父、義教の正室正親町三条尹子の兄）らも随行している。
一同が猿楽を観賞していた時、にわかに馬が放たれ、奥の方から鈍く轟く音が聞こえた。義教は「何事ぞ」とつぶやき、傍らに座していた正親町三条実雅は「雷鳴でありましょう」と答えた。その直後、障子が開け放たれるや甲冑を着た武者数十人が宴の座敷に乱入、義教を斬殺した。義教の首をとったものは安積行秀と伝えられる。
酒宴の席は血の海となり、居並ぶ守護大名・近習達の多くは即座に退出した。抵抗をしたのは、守護大名の大内持世、京極高数、近習の細川持春、山名熙貴、走衆の遠山某のみであったとされる。山名熙貴は即死、京極高数と大内持世も瀕死の重傷を負い、後日死去した。細川持春は片腕を斬り落とされ、正親町三条実雅は、献上された太刀をつかみ刃向うが、切られて卒倒している。庭先に控えていた将軍警護の走衆と赤松氏の武者とが斬り合いになり、塀によじ登って逃げようとする諸大名たちで屋敷は修羅場と化した。赤松氏の家臣が、将軍を討つことが本願であり、他の者に危害を加える意思はない旨を告げる事で騒ぎは収まり、負傷者を運び出し諸大名は退出した。
貞成親王は『看聞日記』において「赤松討たるべき御企て露見の間、遮って討ち申す（赤松を討とうとして、露見して逆に討たれてしまったそうだ。）」「自業自得ノ果テ、無力ノ事カ。将軍此ノ如キ犬死ニハ古来ソノ例ヲ聞カザル事ナリ」と評している。
暗殺後の対応
管領細川持之を始め諸大名達は、邸へ逃げ帰ると門を閉じて引きこもってしまった。彼らは赤松氏がこれほどの一大事を引き起こした以上は、必ず同心する大名がいたに違いないと考え、形勢を見極めていた。貞成親王も「諸大名」が関与していたのではないかと観測している。実際には、義教暗殺は赤松氏による単独犯行であった。満祐ら赤松一族はすぐに幕府軍の追手が来ると予想して屋敷で自害するつもりでいた。ところが、夜になっても幕府軍が押し寄せる様子はなかったため、領国に帰って抵抗することに決め、邸に火を放つと、将軍の首を槍先に掲げ、隊列を組んで京を退去した。これを妨害する大名は誰もいなかった。
翌25日、ようやく持之は評定を開き、義教の嫡子千也茶丸（足利義勝）を次期将軍とすることを決定し、義教時代に失脚した人々の赦免を行っている。26日に義勝を政所執事伊勢貞国の屋敷から室町殿へ移している。しかし幕府の対応は混乱し、赤松討伐軍は容易に編成されなかった。これら幕府の対応の混乱は、義教の将軍親政策の結果という見方もできる。強力な指導力を持つ将軍がいたため、緊急時に管領以下の幕臣が指導力を発揮する機会が無かったということである。実際、赤松満祐を幕政から退ければ、将軍親政はほぼ確立したはずであった。
将軍が殺された時に管領でありながら戦いもせず、真っ先に逃げ出そうとした持之の臆病ぶりは嘲笑され、持之が満祐と結託しているという噂まで流れたが、実際こうした幕府の対応の遅さに、赤松氏に有利に事態を収拾しようとした持之の明確な意図を読み取る見方もある。
本拠地の播磨坂本城に帰った満祐は、足利直冬（足利尊氏の庶子、直義の養子）の孫の義尊を探し出して擁立し、大義名分を立てて領国の守りを固め、幕府に対抗しようとした。
7月1日、季瓊真蘂が坂本城を訪れて義教の首の返還を求め、満祐は首を返還した。真蘂が京都へ首を持ち帰り、6日に等持院で義教の葬儀が行われた。
赤松氏討伐
その後細川持常、赤松貞村、赤松満政の大手軍が摂津から、山名持豊ら山名一族が但馬、伯耆から播磨、備前、美作へ侵攻する討伐軍が決定した。大手軍は7月11日に発向したが、事実上の総大将であった侍所頭人山名持豊はなかなか京を動かなかった。その間に持豊配下の兵士が「陣立」と称して洛中の土倉・質屋を襲撃して財物を強奪した。さらには管領細川持之の軍兵からも押し買いを行うトラブルをおこし、数日たってようやく持豊が陳謝するという事件が起こっている。
7月初旬に山名教清が伯耆から美作へ侵入した。同地の国人はほとんど抵抗せず、美作は山名勢に制圧された。
細川持常、赤松貞村らの大手軍は摂津国西宮まで進出。25日に赤松教康は幕府軍に夜襲をしかけるが、同士討ちが起きて退却している（庫御所合戦）。大手軍は戦意が低く、但馬口の山名持豊が動かないため進軍を止めてしまった。
持豊は7月28日にようやく京を発し、但馬へ向かった。
8月1日、持之は赤松討伐のための治罰綸旨を奏請した。公家の中には満祐に同情する者や、赤松氏は将軍家の家臣であるから討つのに綸旨は必要ないとと反対する議論もあった。しかし後花園天皇は積極的であり、自ら綸旨を添削してこれを認め、正親町三条実雅を介して公人奉行である飯尾為種に手渡された（『建内記』）。また、村上源氏の久我清通がこれを機に足利義満の時代に奪われた源氏長者の地位を取り戻すべく活動をしていたが、幕府は何の対策を打ち出せなかった。11月2日に清通は源氏長者に補任されている（『公卿補任』）。
8月19日、摂津の大手軍が動き、細川持常、赤松貞村は陸路から、細川持親（細川成春の父）は海路から塩屋（神戸市）の教康の陣を攻撃した。教康は陣を放棄して蟹坂へ後退し、大手軍はようやく播磨へ入った。24日、教康は逆襲に出て両軍は激しく戦う。25日、大雨の中を幕府軍は蟹坂の陣へ攻撃を行った。教康は奮戦したが、但馬口が突破されたとの報（虚報であった）を受け、戦意を失って坂本城へ退却した（人丸塚の戦い）。
8月中旬、山名持豊は4500騎をもって但馬・播磨国境の真弓峠に攻め込み、この方面を守る赤松義雅と数日にわたり攻防があった。28日、持豊は真弓峠を突破し、退却する義雅を追撃しつつ坂本城に向かって進軍した。30日、両軍は田原口で決戦を行い、義雅は善戦するが力尽き敗走した。
9月1日、持豊の軍勢は坂本城へ到り、持常の大手軍と合流して包囲した。守護所の坂本城は要害の地とは言えず、3日になって満祐は城を棄てて城山城（兵庫県たつの市）へ移る。赤松一族は城山城へ籠城するが、山名一族の大軍に包囲された。9日、義雅が逃亡して幕府軍に降服し、播磨の国人の多くも赤松氏を見放して逃げてしまった。10日、幕府軍が総攻撃を行い、覚悟を決めた満祐は教康や弟の則繁を城から脱出させ、切腹した。
守護大名の復権
山名持豊は、満祐を討ち果たしたことによって播磨守護職を与えられ、備前守護は山名教之、美作守護は山名教清が任ぜられた。また摂津の中島郡と播磨の明石・加東・美嚢三郡は御料所となり、中島郡は細川持賢、播磨三郡は赤松満政が分郡守護となった。しかし持豊は軍功として播磨一国支配を要求し、文安元年（1444年）1月に満政は失脚して三郡も持豊の支配下となった。満政はこれを不服として播磨で挙兵したが、文安2年（1445年）に殺害された。足利義満時代の明徳の乱で敗れて低下した山名氏の勢力は大きく拡大し、細川氏と力を競うようになる。
義勝・足利義政と幼少の将軍が続いたこともあり、義政成人までの幕政は守護大名の合議によって行われた。8月、討伐軍が西国へ出征している隙を突いて嘉吉の土一揆が発生、要求を認めて徳政令を発布したこともその一環といえる。また、持之は6月25日の評定で義教に処罰された人々の赦免を決定したが、義教に更迭された畠山持国が上洛し、逆に義教に当主とされた持国の弟持永が逃亡して殺され、持之の管領辞任後に持国が管領に就任した。持国は自分と同じく義教に処罰された人々の復権を図り、反発した細川氏と対立、大名家のお家騒動を引き起こしていった。
赤松氏のその後
脱出した教康は義父の大河内顕雅を頼るが拒まれて自害し、満祐が擁立した義尊も討たれている。満祐の弟の義雅は一族である満政の陣に出頭して切腹し、息子千代丸（後の赤松時勝）の育成を託した。またもう一人の弟である則繁は九州に逃亡し、一時は朝鮮に渡るなど活躍したが文安5年（1448年）に河内で討たれている。享徳3年（1454年）に満祐の甥の赤松則尚が赤松氏再興を掲げて播磨に侵入したが、敗れて持豊に討ち取られた。分家の有馬氏出身の有馬持家・元家父子は8代将軍足利義政の側近として活動していたが、それぞれ満政、則尚の反乱に連座して隠居に追い込まれた。
嘉吉3年（1443年）9月、後南朝勢力が御所に乱入し、三種の神器のうちの神璽が奪われる事件が発生した（禁闕の変）。赤松氏の遺臣は後南朝勢力に潜入し、長禄元年（1457年）12月に神璽を奪還して後南朝の後裔を殺害した（長禄の変）。この功により時勝の子赤松政則は赤松氏の再興を認められ、加賀半国守護に任ぜられた。応仁の乱では旧領の三国をめぐって山名氏と争い、三国守護の座を奪還した。