北海道旅客鉄道
概況
1987年（昭和62年）4月1日の国鉄分割民営化時に、鉄道21路線3,176.6 km、航路113.0 kmおよび自動車（バス）事業を承継した、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（JR会社法）による特殊会社で、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構を介して日本国政府が全ての株式を所有している。
発足後、鉄道路線は特定地方交通線等の整理により12路線876.7 kmを廃止、新幹線1路線148.8 kmおよび在来線2路線90.4 kmを開業、線路付け替え等により3.2 km減少し、2019年（平成31年）4月1日時点で鉄道14路線2,535.9 kmを保有する。うち新幹線が1路線148.8 km、幹線が5路線1,311.8 km、地方交通線が8路線1,075.3 kmである（詳細後述）。
航路（青函連絡船）は津軽海峡線（青函トンネル）の開業に伴い1988年（昭和63年）3月13日に廃止され、自動車事業（バス事業）は2000年（平成12年）4月1日に100%子会社のジェイ・アール北海道バスへ移管された。1995年（平成7年）に廃止した深名線はJR北海道が運行する代替バスに転換され、バス事業分社化後はジェイ・アール北海道バスが運行している。
営業概況
国鉄分割民営化で発足したJR旅客各社のうち、本州以外で営業するJR北海道を含む3つの「三島（さんとう）会社」（他はJR四国、JR九州）は当初から経営基盤が脆弱であった。北海道の人口は減少が続き人口密度は日本一低く、札幌市への一極集中の傾向が続いており、札幌以外の道内市町村では人口減少が深刻化している。他のJRグループ各社と比較しても人口希薄地帯を走る路線が大半を占め、札幌一極集中による単価が高い長距離利用者の少なさ、道路網延伸や自家用車の普及（モータリゼーション）、航空や高速バスとの競争も逆風となった。加えて全道が豪雪地帯・寒冷地であるため、除雪や車両・施設の維持管理費や光熱費等をはじめとして膨大な経費を要し、経営基盤は非常に弱い。2013年（平成25年）3月期の連結決算では、営業収益約1650億円に対し、営業損失（約241億円）だった。後述する経営安定基金の運用益収入などの政策的補填による営業外収益（約259億円）により、辛うじて経常利益（約17億円）は確保しているが、最終的に、当期純損失（約26億円）となっている。
全14路線のうち、2008年（平成20年）度の路線別営業係数が黒字なのは僅か3路線（千歳線、海峡線、石勝線）のみで、全国のJRグループ約200路線のワースト3を占める（留萌本線、日高本線、釧網本線）などワースト10の中にJR北海道が最多の5路線を占めている。2013年（平成25年）度の輸送密度（1キロメートル当たりの1日平均利用者数）においても、採算ラインとされる8000人を割り込む路線が約87%を占める。
2014年度は全区間の営業収支が公表され、全区間が赤字だった。管理費を含む営業赤字は合計400億円、営業係数154であった。管理費を除いても札幌圏の区間以外は全区間赤字であった。なお、2008年度とは異なり、Kitacaエリア（千歳線、函館本線、札沼線の一部区間）については路線別の営業収支ではないことに留意する必要がある。2016年（平成28年）度に廃止された留萌本線留萌駅 - 増毛駅間は、営業係数が4161、1日の平均乗車人数は9駅中7駅が10人以下で、そのうち5駅が1人以下だった。

会社発足以来、高速バスや航空など競合交通機関への対抗策として、新型車両（785系電車、281系気動車など）の投入によるスピードアップや、割引きっぷなどの各種商品展開により収益増を図ってきた。その一方で、地方ローカル線区におけるワンマン運転の拡大や、社員数の発足当時の14,000人から7,100人への半減、各種営業・保線管理業務等の外注化による人件費削減など徹底したコストカットを実施してきた。このほか、JRタワーに代表される駅ビル・不動産関連事業等からの利益創出に努めてきた。しかし、道内では無料区間を含む高速道路（道央自動車道、道東自動車道など）の延伸開通が次々と予定されており、さらなる苦境が続くことが予想されている。
北海道新幹線の開通がJR北海道の経営を直ちに改善するわけではなく、当面はむしろ負担となる。想定乗車率が26 %であり、年額50億円の赤字が続く見通しである。また1988年（昭和63年）3月13日開通の青函トンネルの維持に年間21億円をかけている。
経営問題
前述の通り、現在、北海道には札幌・道内の主要都市と各地を結ぶ特急・ローカル線が多数走っており、道民の生活や経済を支える上で不可欠なものである。しかし、これらの路線は老朽化が目立っており、線路の破断や亀裂など大事故に繋がりかねない問題が発生している（「事故や不祥事の頻発」の節も参照）。
これに対し、JR北海道は2015年（平成27年）3月20日に国鉄形をはじめとする老朽化している車両の更新、路線施設の維持、社員教育・人材育成などを軌道修正した5年間計画を国土交通省に提出している。また、同年11月27日にはキハ40系気動車の老朽化に伴い、2016年（平成28年）3月26日のダイヤ改正で列車本数を見直し、全79本の列車の減便を検討しているとして該当沿線の地方自治体に説明を行っていると発表した。なお、2017年度よりキハ40系の老朽取り替え用に新型一般気動車の試作車が、2019年度より同じく量産車が投入される予定である。特急列車についても、老朽化車両の置き換えにおいてキハ261系（1000番台）の新造編成数が予算面から同じ編成数を見込めず、キハ183系（0番台）のような状態が厳しい車両があることや、高規格道路の延伸による特急列車の利用客減少により、使用車両数が減る前提で特急のダイヤ編成の見直しを行わざるを得ず、沿線住民への配慮から列車の廃止ではなく減便の方向で検討がされている。
そして、前述の車両の老朽化による列車本数の見直しや利用者数が極端に少ない駅の廃止を検討しているものの、北海道新幹線開業前の2015年（平成27年）11月6日に発表された平成27年度第2四半期決算についても、新幹線開業準備に対する費用が嵩んだ結果、鉄道事業本業の営業損益は前年よりも悪化した。また、JR北海道での収支想定に関しても、2016年（平成28年） - 2018年（平成30年）度において差し引き損益でマイナス収支が見込まれている。
2016年（平成28年）度での北海道新幹線の収支は、運賃等の収入が約110億円で、これに対して約160億円の支出を見込んでいる。その影響もあり、JR北海道での2015年（平成27年）決算においても4期ぶりの経常赤字としており、連結赤字が58億円も悪化した。
さらに2016年（平成28年）度は発足後30年を経過しており、札幌圏内では利用増加がある一方で、札幌圏以外では利用減少している状況となっている。札幌圏内である石狩振興局エリア以外では人口の減少も影響があり、高速・大量輸送を適している鉄道輸送に対し、鉄道輸送よりも利便性と効率性の多い線区の二極化が進んでいるためにある。また、鉄道開業当時の鉄道施設が多く、経年・老朽化により維持に多額の費用負担が必要になってきている要因もある。そのための対応策として、経営安定基金評価益の実現化、グループ企業の株式売却、土地・建物（宿泊施設）の売却、鉄道事業の効率化、合併によるグループ企業の効率化を進める予定である。
2017年（平成29年）3月28日の社長会見では、北海道新幹線開業により全体で前年比164%乗客が増加したにも関わらず100億円の減収に加え、2016年台風10号による不通路線を中心をした復旧費用も嵩み、営業収益は909億円を見込んでいる。そのため、経営安定基金の運用益、国からの助成金、資産売却、経営の効率化があっても、2年連続での最終赤字となった。一方で前述の路線老朽化に加えて、函館本線・千歳線において高架橋からコンクリート片落下が相次いで起きたことへの安全対策として、新札幌駅を中心とした千歳線の高架橋の耐震強化を行わなければならない状況である。さらに予算面では安全関連投資では295億円を計上した。この安全関連投資を含む設備投資は2016年度より2億円増の346億円を計画し、2017年度に国から入る安全投資・修繕に対する支援の530億円のうち、316億円（その半分の158億円は返済が必要な無利子の貸付）を当てた。また、2017年度末に借入金が30%増の1046億円に膨らんでおり、国の支援が一部終了する2019年度末にはさらに1400億円を超える見通しで、引き続き改善策を進めて資金の確保を目指すとしている。
経営安定基金
営業概況の節で示したように会社発足当初から厳しい経営環境が予想され、営業損益ベースでは全く経営が成り立たないことから、国による政策的経営支援スキームとして、経営安定基金 が設けられている。さらに固定資産税減免などの各種支援措置を受けている。また、JR四国や日本貨物鉄道（JR貨物）と同様に独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構国鉄清算事業本部（発足当初は日本国有鉄道清算事業団）が株式を100%保有しており、2013年（平成25年）時点では株式上場の目途は立っていない。
バブル景気の只中であった会社発足当時と比較すると、約25年間で市中金利は大幅に下落（一例として日銀発表の長期プライムレートは1987年3月の5.2%から、2013年（平成25年）4月の1.2%まで下落）しており、当初スキーム策定時に見込んだ運用益が大きく減少している。営業面でも当面大きな好転要素がない厳しい状況にあることを鑑み、2011年（平成23年）6月、改正旧国鉄債務処理法により経営安定基金の積増し（20年後に返済）が行われた。また、鉄道・運輸機構から無利子貸付される2200億円を元手に鉄道・運輸機構の債券を購入（10年間は年率2.5%固定）することによって債券の利率を補助代わりに得るスキームが新たに設けられた（債券の金利である年間55億円が経常利益として計上される）。同時に老朽化した設備更新のため、600億円の助成金および無利子貸付（1/2を助成金、1/2を無利子貸付）が行われた。
さらに2018年7月28日、国土交通省はJR北海道に対して経営改善努力を求めつつ、安全投資費用などとして2019 - 2020年度に400億円程度の財政支援を行う計画を公表した。
個別営業施策等
事業は、新青森駅（青森県）で境界を接する東日本旅客鉄道（JR東日本）と提携することが多く、2社共同企画の旅行商品を発売するなど、経営上の重要なパートナーとなっているが、既に2002年（平成14年）6月21日に完全民営化を達成し堅固な経営基盤を有するJR東日本と比較すると、事業環境には大きな開きがある。2016年（平成28年）3月26日に新函館北斗駅まで開業した北海道新幹線は東北新幹線と相互直通運転を行っている。
JR東日本が導入している「Suica」などと同様の非接触型ICカード乗車券として、2008年（平成20年）10月25日に「Kitaca」が札幌圏の55駅で導入された。2009年（平成21年）3月14日からは「Suica」との相互利用が、2013年（平成25年）3月23日には「PASMO」、「manaca」、「TOICA」、「PiTaPa」、「ICOCA」、「はやかけん」、「nimoca」、「SUGOCA」との間で相互利用がそれぞれ可能となった。一方で、札幌市交通局（札幌市営地下鉄・札幌市電）の「SAPICA」とは2013年（平成25年）6月22日に片利用が始まったが、相互利用については現時点で未定である。
北海道内は1968年（昭和43年） - 1980年（昭和55年）にかけて道央地区で電化が進められたが、青函トンネルを除き、いずれの電化区間も非電化区間直通の関係で特急を中心に気動車列車を多く運行している。
駅のホーム内にある駅名標は1990年代にJR東日本の各駅で用いられていたものに類似するデザイン、西日本旅客鉄道（JR西日本）のものに類似するデザイン、北海道新幹線のみで使用される独自デザインの3種があり、JRグループ内ではサインシステムが明確なマニュアルやデザインコード等で統一されていない状況にある。 
平成後期においては、札幌圏を中心にJR東日本に類似したデザインをJR西日本に類似したデザイン（両隣の駅の表示部の背景を自社のコーポレートカラーで塗りつぶしたデザイン）に置き換える動きがあったが、近年ではJR西日本に類似したデザインの新規採用を取りやめる傾向にある。新千歳空港駅は、開業当時はJR西日本に類似したデザインを採用していたが、2011年（平成23年）夏頃にJR東日本に類似したデザインのものに交換された。高架化により駅名標を新調した旭川駅や新函館北斗駅（在来線ホーム）においても、JR東日本に類似したデザインを採用した。
2006年（平成18年）3月、鉄道総合技術研究所・川崎重工業との共同開発による「ハイブリッド車体傾斜システム」を発表した。これは、従来の制御付き自然振り子（曲線ガイド）式と、空気ばね圧制御式の車体傾斜システムとを組み合わせた世界初の技術であり、従来の振り子式を上回る最大8度の傾斜度を実現させることで重心の移動を抑え、乗り心地を維持したまま曲線部のさらなる速度向上を可能とするものである。2015年（平成27年）度の北海道新幹線の新函館北斗駅開業時に合わせ、函館駅 - 札幌駅間の特急列車への導入が目指され、実用化されればほぼ全線での最高速度140 km/h 運転が可能となり、函館駅 - 札幌駅間で約20分の所要時間短縮が見込まれていた。試作台車をキハ283系気動車1両に取り付け走行試験が行われていたが、試験終了後は元に戻され、定期運行に復帰した。2014年（平成26年）9月に次世代車キハ285系の試作車が落成したが、後述にあるように事故や不祥事が相次いだことから、速度向上より安全性を優先させ、運用実績のある既存のキハ261系の継続増備で対応していく方針に変更されたため開発中止となり、試作車の活用方法も検討されたが、一度も使用しないまま2017年（平成29年）3月に解体処分された。
また、JR北海道は早ければ2015年（平成27年）頃の実用化・運行開始を目標として2002年（平成14年）より鉄道の線路と道路の両方を走行できる車両デュアル・モード・ビークル (DMV) の開発を進めていた。これについても同様の理由により、2013年（平成25年）9月27日に運行線区の選定作業中断を発表し、翌2014年（平成26年）3月を最後に試験運転を含めた準備作業が凍結となり、同年9月には導入を断念することが発表され、さらに翌年の2015年（平成27年）8月には、後述のような事故や不祥事が相次いだことから、安全対策と北海道新幹線に経営資源を集中させるため、DMV開発にこれ以上資金を投入し続けることはできないとの判断から実用化自体を断念し、DMV事業から撤退することが発表された。なお開発の過程においてJR北海道が蓄積した関連データなどは求めに応じて外部へ提供するとしており、2017年（平成29年）2月には、徳島県の阿佐海岸鉄道において、2020年までに世界で初めて、DMVの運行を開始することが発表された。
列車内の禁煙化については、2004年（平成16年）3月13日のダイヤ改正で特急「ライラック」「スーパーホワイトアロー」「すずらん」と特別快速「きたみ」が全車禁煙となり、2006年（平成18年）3月18日のダイヤ改正から、道内完結の全列車と急行「はまなす」が全面禁煙となった。さらに2007年（平成19年）3月18日のJR東日本のダイヤ改正に伴い、JR東日本も特急列車の全面禁煙に踏み切り、「スーパー白鳥」「白鳥」が禁煙化された。それ以降、北海道内を走る列車で喫煙車のある列車は寝台特急「北斗星」「カシオペア」「トワイライトエクスプレス」のみとなったが、「トワイライトエクスプレス」は2015年（平成27年）3月13日を最後に運行終了、「北斗星」は同年3月14日に定期運行を終了し、同年8月21日上野発・8月22日札幌発を最後に臨時運行も終了、寝台特急「カシオペア」も2016年（平成28年）3月20日上野発・3月21日札幌発を最後に運行を終了し、同年3月26日のダイヤ改正で廃止されたため、現在は北海道内は一般販売分の全列車が禁煙となった。また、電子たばこについても2009年（平成21年）5月1日より使用禁止としている。ただし、2016年（平成28年）6月以降に「カシオペア」用のE26系客車を使用する団体専用列車「カシオペア紀行」「カシオペアクルーズ」が道内で運行されることがあり、これらの団体専用列車が北海道内で喫煙可能な唯一の列車となっている。しかし、団体臨時列車のツアーとしても2017年2月26日の札幌始発を以って、北海道内でのE26系客車での運行が終了した。
維持困難路線の公表
2016年（平成28年）11月16日、社長の島田修らが記者会見を開き、この時点で営業している2,500km余りの半分にあたる1,236kmについて、JR北海道単独で維持することが難しいとして、バスへの転換や運行にあたって自治体からの財政支援が不可欠だと明らかにした。
路線1kmあたりの平均乗客数である輸送密度で2,000人に満たない路線が対象となっていて、特に200人に満たない3区間についてバスへの転換、それ以外の区間は自治体の財政支援を求め、今後協議を進めていくとしている。
一方で、同年11月26日に北海道経済連合会の高橋賢友会長は「道内の公共交通ネットワークのあり方についての『提言書』概要」をまとめ、JR貨物が第二種鉄道事業路線として北海道支社が利用している区間においての線路使用料設定が低水準であり、制度見直しと国に支援策を要求する事とした。また、研究者や会員企業の代表による「社会資本プロジェクトチーム」（座長＝石井吉春・北海道大学公共政策大学院院長）を発足し、約1年にわたり調査・研究を実施した。その過程で道内では近年の空港運営を民間委託する空港民営化についてを経済界が提言でのまとまった議論により複数の交通体系を総合的に考察した。その結果、食関連産業や観光を基幹産業での将来的な道内の発展において、道路・鉄道・航空・港湾に関しての代替手段や相互補完を考察しながらの整備・活用することが必要とされた。
2017年3月28日の地域公共交通検討会議においては、JR北海道の経営状況から維持困難路線を公表している事を考慮した上で、2017年度中に交通政策の新方針を画策することとした。この報告書案は北海道新幹線の札幌開業が予定される2030年を想定したものとし、道内交通網を、中核都市間の「幹線交通」、観光移動を支える「広域交通」、市町村の生活に密着した「市町村交通」に3分類し、最適な交通機関・事業者を充てるべきとしている。航空については訪日外国人の増加を考慮した需要喚起や路線誘致の戦略への取組みを求めている。
2017年5月11日には、維持困難路線に指定した線区のうち宗谷本線、根室本線（滝川駅-富良野駅間）、石北本線、釧網本線、室蘭本線、日高本線、富良野線の無人駅を、地元のPRや販売・イベント・会議室などに活用してもらうことを目的に、地方自治体などに開放することを発表した。
2017年10月12日には、上記の内の「輸送密度200人未満の線区」である札沼線（北海道医療大学駅-新十津川駅間）については線区・経営状況を沿線市町に、根室本線（富良野駅-新得駅間）については「根室本線対策協議会（事務レベル検討会議）」に、留萌本線は線区状況を沿線市町に説明することとしている。また、沿線市町に協議開始している石勝線（新夕張駅-夕張駅間）ではバス転換での協議を検討しており、日高本線（鵡川駅-様似駅間）についてはバス転換支援およびDMV・BRT・乗合バスでの代替交通機関を方向性の方針を協議している。また、「輸送密度200人以上2000人未満の線区」である宗谷本線、石北本線、釧網本線については各線協議会での利用促進を説明し、根室本線（富良野駅-新得駅間以外）では「根室本線対策協議会」での線区・経営状況を説明し、日高本線（苫小牧駅-鵡川駅間）については経営情報を各市町を説明することとしている。
2017年12月6日にはJR北海道再生会議の有志からJR北海道および北海道知事、道内市町村長、道民、国土交通大臣に向けて声明が出された。JR北海道に対しては事業者としてできること、できないこと、よい情報も悪い情報も道民に徹底的に開示する姿勢を求め、維持できない路線については「もっと便利になる」「具体的な提案」を積極的に提示すべきとし、これに対しJR北海道は国に甘えない体制を作ると発表した。
事故や不祥事の頻発
2010年（平成22年）頃より、会社としての経営管理・安全管理面等に影を落とす事象が頻発しており、2011年（平成23年）5月27日には石勝線で特急「スーパーおおぞら14号」の脱線火災事故（負傷者39名）を起こした。その後も信号故障や運転士の居眠り、三六協定違反（違法残業）といった重大インシデント・不祥事が次々と発覚し、国土交通大臣から事業改善命令を受けている。また、JR北海道が2011年（平成23年）度に実施した車両検査について、延べ約3,100回中28%が検査項目の一部が未実施であるなど、社内基準を遵守しない状態だったことが、会計検査院から2012年（平成24年）11月に指摘されている。国土交通省のまとめによると、2011年（平成23年）度までの5年間で車両や設備の不具合などJR北海道自らに起因する輸送障害（運休や30分以上の遅れ）の発生件数は、他のJR旅客5社平均の約2倍にのぼっている、JR北海道社員からも「人員の削減が進み、必要な保線作業が行き届いていない」と長年続く合理化で現場の疲弊を指摘する声があがっている。
2011年（平成23年）9月12日、当時の代表取締役社長であった中島尚俊が行方不明になり、同年9月18日に遺体となって発見された。中島の後任人事は難航し、結局は前任者の小池明夫会長が社長に再就任するが、その間約2か月間にわたり社長不在という異常事態となるなど、企業統治全般において不安を残す状況が続き、2013年（平成25年）の定時株主総会を機に新たに野島誠が取締役専務から代表取締役社長へ就任し、小池は会長職へ戻る人事を行った。
2013年（平成25年）に入っても、室蘭本線の特急列車が、乗客の20歳代女性の腕をドアに挟んだまま走行。7月に特急列車出火事故、8月・9月には2か月連続で保線ミスによる走行中の貨物列車脱線、ほかにも運転士の覚醒剤使用、運転士が車両に搭載のATSを破損させる、などの事故や不祥事が続いている。同年9月には、レールの異常を放置した問題で鉄道事業法に基づき国土交通省による再度の特別保安監査が入った。
一連の不祥事との関連ははっきりと分かっていないが、2014年（平成26年）1月15日にJR北海道相談役で北海道新幹線の計画などに貢献してきた坂本眞一が北海道後志管内余市郡余市町の余市港で遺体となって発見された。同月21日には国土交通省が2013年（平成25年）9月19日に発生した函館線貨物列車脱線事故等による3回の特別保安監査の結果等を整理・分析し、「JR北海道の安全確保のために講ずべき措置―JR北海道の再生へ―」 (PDF) を取りまとめ、発表した。これにより、JR北海道の再生に国が関与することが明示され、以降5年間は再生の状況を監視することも明記された。この文書に基づき、政府は2014年（平成26年）4月1日付で経営陣を刷新し、経営トップの若返りとJR東日本からの外部出向による主要ポストへの就任が実施された。
2014年（平成26年）10月29日には、苫小牧駅、石狩当別駅、新十津川駅など11か所の副本線で、検査や補修が実施されていなかったことが、会計検査院の指摘により判明している。
2015年（平成27年）4月3日には、青函トンネル内にて特急「スーパー白鳥」34号の5号車の床下から煙が発生し、竜飛定点（旧竜飛海底駅）から青森側に約1 kmのトンネル内で緊急停車するという事故が起きた。青函トンネル内から列車の乗客が避難する事態は、1988年（昭和63年）3月のトンネル開業以来。列車の乗客は124人・乗務員は5人で、乗務員の誘導で降車し、事故地点から旧竜飛海底駅まで歩いて移動。さらにケーブルカー（青函トンネル竜飛斜坑線）を使い乗客全員が地上に避難した。
北海道新幹線開業後の2016年（平成28年）4月19日、これまでの事故を踏まえ、消防機関、JR北海道、道南いさりび鉄道の三者で鉄道災害に関する安全対策について協定を結ぶことを決定し、トラブル発生時に消防へ「直ちに通報する」ことを鉄道事業者側に求め、鉄道事業者が可能な限り、消防活動に必要な現場の情報を提供することとした。
2016年6月16日には、千歳発札幌行き普通列車が苗穂駅で200 mオーバーランして、緊急停止したが、JR北海道は30分以上の遅れがないことから公表しなかった。またこの前の5月末にも同駅でオーバーランを起こしていたが同社はこちらも公表していなかった。現在でもJR北海道のオーバーランは頻繁に発生している。
2017年（平成29年）3月28日発表の事業計画によると、2018年3月期（2017年度）には2016年度よりも22%増の民営化過去最大の295億円の安全投資を行う。この295億円の内訳は輸送設備の維持更新が6 %増の180億円、車両更新が58 %増の115億円である。高速軌道検測車を新調（マヤ34形に代わってマヤ35形を導入）し、加えてJR東日本が開発した保線管理システムを2年掛けて段階的に導入し、タブレット端末を利用して管理部門と工事部門で検査データを共有することによりデータの改竄防止を図る。土木構造物の強化でも高架橋・駅舎の耐震化やPC枕木導入を実施し、信頼回復を図ることとした。
また、2015年3月期からの5年間で安全対策と修繕の計画に2600億円の予算を見込んでいる。車両老朽化対策においても205両の一般形気動車のうち、使用開始から32年経過している車両が67 %の138両も存在することから、JR東日本と共同開発する電気式気動車を試験的に導入し、特急車両も北海道新幹線開業の影響で需要が増えている「スーパー北斗」をキハ261系へ置き換える計画を前倒しする。
2017年8月7日には、札幌市厚別区の函館本線厚別駅と森林公園駅の間で滝川行き普通列車の配電盤から煙が出て車内に煙が充満するトラブルが起きた。
2018年（平成30年）11月9日には、札幌市厚別区の千歳線新札幌駅構内で線路脇の信号機が突如倒れ上下線の線路を塞ぐ事故が発生し、運輸安全委員会は重大な事故につながりかねない重大インシデントと認定した。
ダイヤ
JR北海道管内全域に及ぶダイヤ改正については2012年までは他のJR各社に合わせてダイヤ改正を行うことは少なく、他のJR各社と同時期にダイヤ改正を実施したのは近年では2009年3月に実施したほかは独自にダイヤ改正を実施することが多く、特に10月にダイヤ改正を実施することが多かった。ただし、2013年11月実施分は、列車の減速等従来ダイヤからの後退があったことから、「改正」ではなく「変更」と称した。なお、2014年3月以降は他のJR各社と同時に3月に実施されることが多く、2016年3月26日ダイヤ改正は他のJR各社との同時改正で、JR北海道だけではなく全国規模で見ても北海道新幹線開業関連が最大の改正点であった。
JR北海道では全線とも基本的に定期列車は毎日同じダイヤで運行されるが、一部列車は土休日運休となる。
列車
JR北海道発足以降に同社の路線で運行されている、もしくはかつて運行されていた愛称付きの列車を挙げる。種別が変更された列車は変更後のもので記載し、他社の車両による運行のものはその会社名も記載する（廃止列車は廃止時点）。詳細は各列車の記事を参照。
車両
道内の半数以上の路線が非電化のため、所有車両の多くは気動車である。気候条件に鑑み、当該地域で使用する車両は国鉄時代から特別の寒冷対策を施している。一般的な仕様として、小型化のうえ二重窓とした客室窓、開口幅の小さい片開き式の客用扉・出入台と客室を仕切るデッキ扉などが挙げられる。車体各部には凍結を防止するヒーターが設けられ、暖房容量も本州以南の車両に比べ大きい。電車も所有しているが、電化区間がすべて交流電化であるゆえすべて交流型電車である。JR旅客6社で両開き扉の車両と直流型電車を全く所有していないのは、JR北海道が唯一である。
JR北海道発足後に開発された車両ではデッキ扉に代わる寒冷対策として、エアカーテンの設置・客用扉の開閉を乗客のボタン操作で行う「半自動扉」の装備など、室内を物理的に分断せずに外気流入を最小限に抑える工夫がなされている。また、1991年（平成3年）1月8日に発生した日高本線での踏切脱線転覆事故を契機として乗務員保護対策が進められ、運転席を高い位置に設ける「高運転台仕様」としたうえで衝撃吸収構造とした車両が相次いで開発された。
高速バス・航空機などの競合交通機関や自家用自動車への対抗策として、優等列車の所要時間短縮・増発の対策もなされた。JR北海道発足後に開発された特急用気動車では、曲線区間の多い路線向けに振り子式の281系・283系気動車、車体傾斜式の261系気動車を投入して曲線通過速度を向上させ、札幌 - 室蘭・旭川間および新青森 - 函館間の特急用電車では785系・789系電車の投入によって、それぞれ所要時間の短縮と増発を実現している。
しかしながら、一年を通じて寒暖の差が大きい厳しい気候下で相当の連続した高速運転を行うことから、本州以南と比較して車両や設備に金属疲労やアイドリングなどエンジンへの負荷が大きく、さらに厳しい経営から保守管理費が1996年33.4億円から2010年は17.7億円（47.1％減）、輸送管理費が1996年約154億円から2010年は約92億円（40.5％減）と大幅に削減されたことから営業運行中の発煙事故や出火事故がたびたび発生しており、識者からは整備体制の問題が指摘されている。2013年（平成25年）11月1日からは、車両や設備への負担を抑えることを目的に、本数の減便とスピードダウンに踏み切ることとなった。さらに2014年（平成26年）8月30日からは、特急気動車におけるすべてのダイヤで最高130km/h運転を廃止すると共に、曲線通過速度を向上させる機構の使用停止に踏み切ることとなる。
2016年（平成28年）3月26日に新函館北斗駅まで開業した北海道新幹線の車両については、2014年（平成26年）2月に4編成40両を発注し、同年内に納入が始まることが同年3月12日に明らかにされた。同年4月16日にはその車両H5系のデザイン・仕様が発表され、11月1日には最初の2編成が函館総合車両基地（現・函館新幹線総合車両所）で公開された。
民営化後の車両は、川崎重工業（735系以外の電車全形式。キハ261系1000番台の車体・台車、キハ285系、新幹線H5系も含む）・日立製作所（721系・731系・735系・785系・新幹線H5系）・東急車輛製造（721系・789系）・富士重工業（気動車のみ）・新潟鐵工所（→新潟トランシス）で製造されている。例外として、キハ281系の一部を日本車輌製造で製造したこともあった。
今後は、気動車特急の車両を全列車ともキハ261系に統一し、キハ183系、キハ281系、キハ283系を置き換える予定。また、特急「白鳥」「スーパー白鳥」で使用された789系電車（基本番台）をリニューアルし、特急「スーパーカムイ」「すずらん」用の785系を置き換える予定。その過程の一つとして、2017年（平成29年）3月4日のダイヤ改正で札幌駅 - 旭川駅間の特急「スーパーカムイ」を約半数ずつ「ライラック」と「カムイ」に改称して、元「スーパー白鳥」の789系0番台を「ライラック」として運用する。宗谷本線の特急は、札幌駅 - 稚内駅間の1往復のみを「宗谷」と改称し、旭川駅 - 稚内駅間の2往復を「サロベツ」として原則としてキハ261系で運用することとした。一方の石北本線特急は、札幌駅 - 網走駅間の2往復を「オホーツク」として運転し、旭川駅 - 網走駅間の2往復を「大雪」と改称して運転することとした。「サロベツ」「大雪」は旭川駅で「ライラック」と接続可能なダイヤとし、特急「北斗」でも1往復をキハ261系化して「スーパー北斗」とすることで、キハ183系の運用本数を減らしている。
キャンペーンガール
民営化された1987年度から、JR北海道の開催するイベントやキャンペーン活動への参加やポスター撮影などの活動を行うキャンペーンガールを採用してきた。当初は「JR北海道フレッシュガール」の名前で、途中から「ミス・ツインクル」と改称された。当初の採用人数は本社で4人、各支社で3人ずつの13人で、2008年度から各支社の採用を2人に減らして合計10人とした。しかし応募者の減少やイベントへの参加機会の減少などもあり、経費削減の観点から2009年度一杯で採用を打ち切った。
関係会社
JR北海道の関連会社で「JR」が社名に付き、かつ正式な会社名が「アルファベットの『JR』を片仮名に読み替えたもの」である会社は、レンタカー会社と構造物設計調査会社を除き、いずれも片仮名表記が「ジェイ・アール」と間に「・」（中黒）が入るのが特徴である（他社は入らず、「ジェイアール」と表記する）。