第3新東京市
旧作
2000年9月13日に発生した「セカンドインパクト」、および同9月20日の新型爆弾の攻撃により首都東京は壊滅した。その復興を断念した日本臨時政府は、2001年に長野県松本市を暫定的な首都として第2新東京市と改称して遷都した。
その後、2004年に国会で「第二次遷都計画」が承認され、2006年に将来の新首都、第3新東京市として芦ノ湖北岸（神奈川県足柄下郡箱根町仙石原地籍付近）に推定50兆円の建設費用をかけて2015年を目処に着工した。完成後は第2新東京市から遷都される予定となっている。
しかし、次期首都という題目は特務機関NERV（ネルフ）が日本政府の予算で建設するための方便であり、その実態は使徒迎撃専用要塞都市であり、その地下にある巨大な半球形の空洞・ジオフロント（本来は巨大な球状であるが、その89%が土砂に埋まった状態であるため、残りの11%というわずかな空間に施設が置かれている）内にNERV本部が置かれ、都市の随所にエヴァンゲリオンの射出口、兵装ビル（エヴァンゲリオンの武装の格納庫および偽装砲台）が設置されている。
第3新東京市は、使徒との戦いで度重なる被害を受け、最終的には第弐拾参話で綾波レイの操るエヴァンゲリオン零号機の自爆により壊滅的な被害を受け、芦ノ湖とつながって水没した。その後、劇場版第25話において、戦略自衛隊によるN²弾道弾の攻撃により完全に破壊され、ジオフロントがむき出しにされた。
新劇場版
新劇場版本編では、第3新東京市が建設された経緯は語られていない。ただし、「将来の首都移転先としてカモフラージュ」という点は旧作と同じである。『破』の終盤で第10使徒の攻撃を受け、壊滅的な被害を受ける。最終的には「ニア サードインパクト」の爆心地となり、遺棄された。
表記
劇中では一部で“第三新東京市”という漢数字を用いた表記がみられる。
テレビアニメ版（及び劇場版）での英称は“TOKYO-3”だが、『新劇場版』では“TOKYO-III”とアラビア数字ではなくローマ数字が使用されている。英語版での名称は「Neo Tokyo-3」。
小松左京原作のSF映画『さよならジュピター』冒頭に登場する長距離旅客宇宙船「TOKYO-III」に因んでいる。
都市機能
非常事態宣言発令時には兵装関連施設を除くすべての建築物がジオフロント内部へと収容される。市街地にはEVA ORDINANCE DEPOT STRUCTURE等エヴァの作戦をサポートする設備が多数配置されており、付近の山中にはミサイル発射装置や砲台が収納されている。ジオフロントへのアクセスはインクラインやケーブルカー、カートレインで行くことができ、NERV職員らはそれらを使って地上と行き来している。ジオフロントが地上と同じ気候を維持出来るのは芦ノ湖寄りに設置されている集光システムビルによるものである。
また、主人公の碇シンジらが通う第3新東京市立第壱中学校2年A組にはエヴァンゲリオンのパイロット候補となる14歳の少年少女が集められているが、この事はNERVの一部の人間を除いて、本人達にも極秘であった。
行政
市議会等の市行政機関は存在するが、実際にはNERV本部に設置されている人工知能スーパーコンピュータMAGIシステムによる決定事項を遂行する傀儡である 。
警察に関しては本編と同じく第3新東京市が舞台のゲーム『名探偵エヴァンゲリオン』では神奈川県内だが、警視庁と描かれたパトカーと警視庁の警察官が登場した。
エリア的に神奈川県内だが、車のナンバープレートでは「山梨」ナンバーが見受けられる。なお『新劇場版:序』では、葛城ミサトのルノーのナンバープレートには「東」と表記されている。
市章はイチジクの葉。
地形
仙石原を中心に碁盤の目状に新市街地が広がり、その周りを旧市街地が取り囲んでいる。『新劇場版』では、旧市街地には血を思わせる赤色に染まった緑地や朽ち果てた高層ビル群、地面に突き刺さった電車等異様な光景が広がっている。使徒襲来時には新市街地を構成するビル群はジオフロント内に収容されて天井都市を構成する。新市街地は人工地盤のブロックで構成されており、非常事態時にはロックボルト(新劇場版では爆砕ボルトと発言)の破砕処置により、人工地盤ごとエヴァンゲリオンを収容可能である。
新市街地には両側6車線の大規模な道路が縦横に走り、路面にはエヴァンゲリオン地上射出用エレベーター坑が設けられている（その地点にはEVA射出口の表記がある）。また緊急時には路面を屹立させて、使徒からの攻撃を防ぐ防御壁（対電磁光波熱線防護跳開式装甲板：路盤擬装型）としても機能する。
テレビアニメ版第弐話で見られる遠景の眺望は金時山からのものであり、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』の特装版DVDでは「新金時山展望台」とクレジットされて紹介されている。次の写真は、箱根町仙石原の金時山からの眺望である。
周辺
周辺は現在の箱根とあまり変わらないが小田原には昔の羽田、その北側に横浜その東側に若洲、そのまた東に川を挟んで中央防波堤埋立処分場のような地形であることがTV版オープニングの画像からわかる。
範囲
都市としての規模や人口・財政は、現在の東京23区よりかなり小さい。第3新東京市の中心市街地は仙石原周辺に限定されているが、行政範囲については明確にされていない。仙石原を中心とした半径3キロの地下にジオフロントが広がっており、箱根山外輪山を越えて一部は現在の御殿場市にまで達している。そのため、御殿場市の一部も第3新東京市に含まれていると思われる。ジオフロント内の地下居住区も、行政上は第3新東京市に所属する。なお、芦ノ湖南岸は神奈川県足柄下郡旧箱根町となっている。第3新東京市の住人は、NERV勤務者とその家族などの関係者に限定されている。
交通機関
第3新東京市周辺には多くの公共交通機関がある。このうち鉄道は劇中に多く登場する。
旧世紀版
旧世紀版では第3新東京市第七環状線というモノレール路線が登場する。車体にはJRのロゴが貼り付けられており、運営しているのは市ではなく、JRが直接行っていると推測される。また第壱話「使徒、襲来」の冒頭では特別非常事態宣言発令によって全線運転休止となってホームに停車中のモノレール車両が登場するが事業者名や路線系統等は不明。
新劇場版
旧世紀版では独特のデザインのモノレール車両が描かれていたが新劇場版ではCGによる非常に写実的なモノレール車両が描かれている。
新劇場版では第3新東京市高速鉄道第二環状線というモノレール路線が登場する。路線は元箱根や仙石原、桃源台、強羅、長尾峠を循環している物と推測される。車両は北九州モノレールの車両と同じ車両が使用されている。車体色は赤色に白色の帯と独自の塗装。車体前面部と側面には第3新東京市の市章が貼り付けられている。『新劇場版:破』では新真鶴方面を結ぶ路線も登場しており、こちらには多摩都市モノレールの車両が使用されている。車体の前面には第3新東京市新交通システムの社章が張り付けられている。
同じく『新劇場版:破』ではシンジが第二環状線に乗車中に「第10使徒」の侵攻によって日本政府より非常事態宣言が発令されたが、このように運行中に発令された場合は「緊急条例」に基づいて最寄りの退避ステーションに退避する。
旧世紀版・新劇場版 共通
旧世紀版・新劇場版とも箱根湯本駅に停車中の箱根登山鉄道の車両（モハ2形110号車）が爆撃によって破壊されるシーンがある。
旧世紀版
小田急電鉄の小田急ロマンスカーや箱根登山鉄道も走っている。旧世紀版では新箱根湯本駅までリニア式小田急ロマンスカー（HiSEに酷似した車両）が敷設されており、第3新東京市と新厚木間を結ぶ政府専用特別急行列車が運行されている。
専用路線
NERV専用路線もいくつか存在する。『新劇場版：序』のヤシマ作戦では、二子山増設変電所地上施設ネルフ専用鉄道下二子山支線（非電化）という専用鉄道が登場する。用途は主に作戦時に必要な兵器や装置類の輸送に使用される。劇中ではDD51形ディーゼル機関車（DD51-1028）牽引の貨物列車が登場する。これに牽引される貨物車両は屋外型275kV超高圧通常変圧器群を搭載したシキ880（B2梁）形大物車（車体はシキ800に酷似）で車体にはNERVのロゴマークが貼り付けられている。同じくヤシマ作戦では御殿場リニア本線というリニア軌道の引き込み線が登場する。こちらはエヴァの輸送専用軌道となっており、劇中ではLM-133エヴァンゲリオン輸送専用リニア軌道電動貨物車というエヴァ専用の大型貨物車両（自走式）が登場する。他にも地上にある貨物駅からはジオフロント方面を結ぶカートレインが運転されている。ジオフロントの天井部には無数のリニアレールが敷設されているが、それらは前述のカートレインやインクラインが走行するための線路である。
その他の路線
ジオフロントへ向かうインクラインやケーブルカー、カーゴトレインの路線もある（劇中では仙石原地下中央駅行C-22特別急行列車と記されている）。
箱根山には箱根ロープウェイ（武装タイプ）があり、市街地と結ばれている。
鉄道以外の交通機関
セカンドインパクトで水没した旧小田原市付近にはSSTOも発着可能な第3新東京国際空港、及び新横須賀港が建設されている。また、芦ノ湖にも国連軍艦艇が停泊している。
新劇場版での違い
『新劇場版』では、街並みや交通機関、兵装ビルの変形などが3DCGにより精密に描写されている。『Q』では、サードインパクトの影響で第3新東京市は壊滅し破棄された。ジオフロントはむき出しになり、大地や建物は赤くコア化し、それに融合するかのように首のない赤いEVAと思われる残骸や赤い十字架が点在している。居住していた市民がどうなったかは不明。
漫画版
貞本義行によるエヴァ漫画版では、使徒捕食によりS²機関を獲得して制御不能になったエヴァ初号機を再捕獲するのに都市の兵装システムが使用されており、元々エヴァ制御の為のシステムであった事が示唆されている。
スーパーロボット大戦
ゲーム『スーパーロボット大戦シリーズ』では、殆どの作品で東京が健在であるため、名称が「第2新東京市」となっている（原作の第2新東京市は存在していない）。「第3新東京市」として本格的に登場したのはラーゼフォンとの兼ね合いで東京に絶対障壁が出来て外界と隔離されていた『スーパーロボット大戦MX』からであった。また、『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』では『スーパーロボット大戦α』で第2新東京市が消滅したため、エンディングにて第3新東京市に民間人に戻ったシンジ達が引っ越してくる描写がある（NERV関連の設備が存在するのかは不明）。また、MX以外のシリーズでは東京から遷都する理由は、主に『マジンガーZ』や『ゲッターロボ』等のスーパーロボットの敵勢力の攻撃（もしくは敵勢力と東京で最終決戦を行った為の被害）が原因とされている。『第3次スーパーロボット大戦Z』では、時空振動によって転移してきた都市が、転移先の世界にすでに第2新東京市が存在していたために第3新東京市という名称に決まったとされている。