武藤遊戯
『遊☆戯☆王』
物語の主人公。当初はひ弱ないじめられっ子で、特に同級生の城之内克也や本田ヒロトからいじめを受けていた。城之内とは、風紀委員の牛尾がリンチをしていたところを遊戯が庇ったことがきっかけで友情が芽生え、やがて大切な親友となり、本田とも友人関係になる。城之内と友情が芽生えた後、祖父・双六から貰って8年前から組み立て続けていた「千年パズル」を遂に完成させる。その瞬間、自身の中にもう一つの闇の人格「闇遊戯」が現れ、自分の周りにはびこる悪人たちに「闇のゲーム」を仕掛け、相手が敗北すれば恐ろしい罰ゲームを下して制裁する闇の番人となる。当初は表遊戯と闇遊戯は互いの存在を認知しておらず、闇遊戯は悪人の行動や表遊戯の危機に対して登場する人格であった。表遊戯は闇遊戯が出現している間の記憶は無く、断片的な記憶喪失は自覚していたものの、闇遊戯の存在自体には気付いていなかった。また、学園編でのシャーディーとの対決で闇遊戯は城之内たちの前にも姿を現しているが、闇遊戯が表遊戯の別人格であることを知ることはなく、さほど気にしてもいなかった。
DEATH-T編にて、本田が犠牲になったことから海馬への怒りが増した表遊戯は城之内たちに闇遊戯の存在を説明し、彼らとの友情を確認した後、闇遊戯の存在を受け止めた。モンスターワールド編にて表遊戯が人形にされた際、表遊戯と闇遊戯は初めて顔を合わせ、城之内たちも正式に闇遊戯を認知するようになった。以降、表遊戯と闇遊戯は互いに会話を交わし、記憶も共有され、人格交代も任意するようになった。王国終了後は千年パズルに紐を通していたのを鎖に付け替える。アニメ第二作では、モンスターワールド編以前の話がカットされたことから、表遊戯たちが闇遊戯の存在を認知するのは、ペガサスとの最終決戦まで待つことになった。
闇の番人としての活躍がしばらく続いた後、「決闘者の王国（デュエリスト・キングダム）」、「バトルシティ」に出場した辺りからはトレーディングカードゲーム「マジック&ウィザーズ」を使って闘う「決闘者（デュエリスト）」としての活躍が大きく増えていく。それと同時に闇遊戯の出番も大きく増える。ほぼ全ての決闘（デュエル）に勝利し、やがて世界最強レベルのデュエリストとなっていく。
終盤の王の記憶編において、闇遊戯の正体が「アテム」という名の古代エジプトのファラオの魂だという事実が判明する。そして、最後の敵、大邪神ゾーク・ネクロファデスを無事封印することに成功するが、アテムは自分の役目を終えたために冥界へ行かなければならなくなる。そのためには、誰かがアテムと「闘いの儀」というデュエルを行いそれに勝利し、魂を安らかにする必要があると説明される。その相手は「武藤遊戯」が自ら引き受け、二人は運命のデュエルをすることになる。二人はどちらも全力を出しあい、武藤遊戯の勝利に終わる。今まで背中を追いかけ続け、絆を築いてきた闇遊戯との別れに遊戯は涙するも、闇遊戯はそれを慰め、冥界への扉を開いて旅立っていく。
『遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX』
伝説の決闘王（デュエルキング）として、その名はデュエリスト達の間に知れ渡っている。前作の最終回から数年経過しており、アテムが既に冥界へ旅立っているため、千年パズルは所持していない。この頃は成長して背も伸びたばかりか声色も落ち着いていて、かつてのアテムに似てはいるが、彼とは違い穏やかな雰囲気を纏っていた。
ある日、道を歩いている際にぶつかって出会ったデュエリストの青年・遊城十代に、「ラッキーカードだ」と言い精霊の宿るモンスターカード「ハネクリボー」を託す（第1話）。その後は旅に出ており、劇中では時折名前は出るものの、長らく姿を見せることはなかった。
しかし、デュエル・アカデミアの卒業式を終えて、一人去って旅立とうとする十代の前に再び姿を現す（第179話）。そして、十代が大人に成長する過程で失ってしまったものを取り戻させるため、「最強のデュエリスト」とデュエルさせると告げ、ハネクリボーとデュエル・アカデミアに展示されていた自身のデッキ（レプリカ）の力で十代を過去の自分の元へ導く。そして、過去の童実野町に辿り着いた十代の前に、千年パズルと神のカードを所有していた頃の遊戯が姿を現した。
過去の遊戯は、十代と互いに一歩も譲らぬデュエルを繰り広げる。しかし、十代が最後に猛追を見せて勝負を制しようとした瞬間、遊戯の千年パズルが光を放つ。そして、現代の遊戯が告げた「最強のデュエリスト」、すなわち闇遊戯（アテム）が姿を現した。
映画『遊☆戯☆王 〜超融合!時空を越えた絆〜』
主人公の一人として登場。最初は表遊戯の状態で登場。ペガサス・J・クロフォードが主催するイベントのゲストに招かれていたが、パラドックスの襲撃に逢う。しかし、タイムスリップしてやってきた不動遊星と十代によってその30分前の時間に戻されたことから彼らの協力を受け入れ、パラドックスと対決することになる。そして対決前に闇遊戯と人格交代をして、パラドックスと闘う。本来は前に進んで闘うタイプだが、本作では二人のバックアップにまわる。
『5D's』の時代においても伝説としてその名は知れ渡っており、「名もなきファラオの魂が宿っていた伝説のデュエリスト」と言われる。遊星からも尊敬の念を抱かれていた。
映画『遊☆戯☆王 THE DARK SIDE OF DIMENSIONS』
主人公の一人。闘いの儀でアテムを冥界に送り出したため、千年パズルは所持していない。高校卒業を間近に控え、将来の夢について城之内や杏子たちと話すなかで、「ゲームクリエイターになりたい」ことを明かす。卒業式では答辞を担当。
劇中では、アテム復活を企てる海馬とそれを阻止しようとする藍神らとデュエルを行う。デッキは原作で登場した「ブラックマジシャン」や「サイレント・ソードマン」に加え、本作オリジナルのカードで構成されたものを使用する。
アテムは基本的に登場しないが、終盤で力が尽きかけてしまった遊戯の目の前に、台詞一切なしという形で現れ、ピンチを救った。その後は千年パズルとともに静かに消えていった。なお、海馬とのデュエルで台詞を喋るシーンがあるが、こちらは海馬の記憶で作られた立体映像である。
表遊戯
漫画『遊☆戯☆王』、『遊☆戯☆王R』およびアニメ『遊☆戯☆王』、『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ』の主人公。非常に独特な髪型と、丸く垂れた大きな目が特徴。主に童実野高校の制服を着用し、スニーカーを履いている。
「童実野町」に住み、「童実野高校」に通う高校1年生（DDM編からは2年生）
一人称は「ボク」だが、ごく初期の頃は「オレ」も使用していた。
年齢の割に、体型は非常に小柄。性格は気弱で幼さが残るが、暴力を嫌い、大切なものを守るためなら、どれほど凶悪な悪人であろうと臆せず立ち向かう強さと、たとえ敵対する人物であっても許し、信じようとする優しい心の持ち主。
弱気な面に隠れがちだが、強い正義感も持ち合わせている。様々な経験をすることで人間として著しく成長していく。祖父の影響もあって、大のゲーム好き。また、パンチラや成人向けなビデオに興味を示すという年相応な面もあり、杏子に千年パズルを語った際には「祖父の形見になる予定」と不謹慎な発言をする一面も見せている。
母親は登場しているが、父親に関しては原作・アニメ版に全く登場・描写されていない。設定では、仕事の関係で単身赴任。ただし、アニメ第1作では双六と二人暮らしと説明されている（東映ホームページ参照）。
初登場時は自身のコンプレックスから幼なじみの杏子以外に「友達」と呼べるような人間がおらず、クラスメイトの城之内克也や本田ヒロトにいじめられていたが、風紀委員の牛尾からリンチを受けた二人を『友達』として庇ったことが城之内の心を動かし、友情が芽生える。以後はお互いに一番の親友として、信頼し合う関係となる。のちに本田とも友人になり、杏子、城之内とともに学校内外問わず、常に行動をともにするようになる。
杏子に想いを寄せるが、彼女の闇遊戯への気持ちに気付き、優先して闇遊戯に交代するなど支援する側にまわっている。
双六から譲り受けた千年パズルを組み上げたことで、もう一人の人格・闇遊戯を宿すようになる。当初は、闇遊戯が出現している間の部分的な記憶喪失には自覚があったものの、闇遊戯の存在に気づくには至っていなかった。だがシャーディーに出会ったとき、彼からもう一人の人格の存在を示唆され、やがて「二つの人格を持つ」という異常な状態に不安感を覚えるようになるが、DEATH-Tでの城之内の言葉によってそれを克服し、「もう一人」の存在を受け入れる。以降の人格交代は双方の意思によるものとなり、記憶も共有されるようになる。闇遊戯との絆はより深いものとなり、彼のことを「もう一人のボク」と呼ぶようになる。
バトルシティ編を経て闇遊戯の正体と自分の使命を認識し、彼を冥界に帰すことを決意する。バトルシティ決勝大会進出決定後、マリクによって洗脳された城之内との死のデュエルを強要され、逡巡する闇遊戯に代わって対決。マリクの部下が仕込んだ使用禁止カードである「デス・メテオ」によって何度もダイレクトアタックされながらも、城之内の相棒ともいうべき「真紅眼の黒竜」を召喚し、自らと城之内との友情と千年パズルをかけた必至の説得を試みた。遂に城之内が洗脳から解放されると闇遊戯からいずれ自分を超える事を暗に告げられ闘いの儀とそれに伴う自身との別れの日が近付きつつあることを示唆された。王の記憶編では、闇遊戯に本当の名前を伝える為にバクラとの闇のデュエルに一人で立ち向かえるまでに成長している闘いの儀においては自ら彼に引導を渡す役目を引き受け、激戦の末に勝利し、去っていく闇遊戯（アテム）を涙ながらに見送った。
デッキは闇遊戯とともに作ったものを二人で使用していたが、最終章からは一人で組んだデッキを使用。最終章にて三幻神、そして「ブラック・マジシャン」を操る闇遊戯とのデュエルで彼を超え、本当の意味で自立した。
アニメ第2作のドーマ編では伝説の竜「ティマイオスの眼」の所持者となり、世界を救うためにドーマと戦った。また、ラフェール戦にて「オレイカルコスの結界」の本質を早くに見抜き、闇遊戯がこれを使うことを止めようとした。デュエルに敗北した闇遊戯の身代わりとなり、結界に封印されることになる。その後、石の荒野において闇遊戯に喚び出され、彼の心の弱さと傲慢さを指摘してデュエルを挑んだが、これは闇遊戯の心が映し出した幻影であり、本人ではない。
劇場版では、闇遊戯を彷彿とさせる聡明さを見せ、終盤に卒業式で答辞を読んだ。卒業後はゲームクリエイターを志し、将来的にはドイツへ渡ることを夢見ている。
人物
もう一人の主人公。遊戯が千年パズルを完成させたことで、パズルに眠っていた人格が所持者の遊戯に宿る形で現世に復活を果たす。あらゆるゲームのプロフェッショナルで、圧倒的なプレイングと強運を誇る。闇の番人として「心の領域を踏み越えた者」、すなわち悪人に闇のゲームを持ちかけ、敗北した者に恐ろしい罰ゲームを与え裁いていく。
一人称は「オレ」だが、ごく初期の頃は「ボク」も使用している。表遊戯と共にペガサスを破ってからは、彼のことを「相棒」と呼ぶ。
表遊戯のときと比べて目つき、顔つきなどが鋭くなり、身長も高い。髪型は表遊戯のものに加えて針のような金色の髪が三本立つ。表遊戯と違い、ヒールのような靴を履いている。学ランをマントのように肩にかけることもある。
初期の頃は顔つきや口調、性格などは傲慢不遜なかなり邪悪なものだった。文庫版では一部、顔つきなどが後期の闇遊戯に近いものに修正されている（文庫版遊戯王第1巻より）。
性格は基本的に真面目、強気、大胆不敵で、仲間を傷つけたり不正をする者には容赦ないが、その一方で真崎杏子とのデート中にカードショップでうれしそうな顔を見せたり、表遊戯に腕にシルバーを巻くように勧めるなど若干軽いところや不良っぽい面もある。
真崎杏子からは好意を持たれるが、その想いに本人が気付くことは最後までなかった。
世界最強クラスのデュエリストであり、ほぼ全てのデュエルに勝利しているが、ペガサス・J・クロフォードとの1戦目、決闘の王国編での海馬瀬人、アニメオリジナル「ドーマ編」における初回のラフェール戦、前述の通り戦いの儀での表遊戯ではそれぞれ敗北の描写が描かれている。挫折したり壁にぶつかると極度に落ち込んだり冷静さを失ってしまうなど気持ちのアップダウンが激しく、表遊戯や仲間たちの言葉を受けて立ち直る描写が多々あった。使用デッキは遊戯とともに構築した、「ブラック・マジシャン」を中心とした上級モンスターが多めの重量デッキ。
仲間達からは表遊戯と変わらぬ友情と信頼を寄せられており、本人も同様の友情と信頼を抱いている。ライバルに対しても基本的には友好的に接するが、何らかの危害を加えてきた相手は徹底的に打ちのめす。

当初より周りからは勿論自分でも遊戯のもう一つの人格だと考えていたが、その正体は古代エジプト第18王朝を治めていた王の魂。その名と記憶は失われていたが、千年アイテムや三幻神のカードに関わっていくうちに己の正体を見出していく。
真の名は“アテム”で、これはエジプト神話の太陽神アテンに由来する。
アテムとしての正体を現したときは、通常より肌の色が黒くなり、古代エジプトらしい格好になる。
先代ファラオであり父親でもあるアクナムカノン王の跡を継ぎ、若くして王座に即位。しかし、盗賊王バクラの襲撃と大邪神ゾーク・ネクロファデスの力で闇の大神官となったアクナディンの謀反により窮地に追い込まれる。そして闇の大神官との戦いの末、自らの魂と記憶を引き換えに闇の大神官を道連れに千年錐（千年パズル）に自身を封印した。アニメでは闇の大神官ではなくゾーク自身を道連れに千年錐に封印している。
古代編ではファラオの名を以って三幻神を束ね「光の創世神ホルアクティ」を召喚し、大邪神ゾークを滅した。
王としての記憶と真の名前を取り戻した後、冥界へ還る為の儀式「戦いの儀」で遊戯と最後の決闘を行う。三幻神を召喚し遊戯を圧倒するが、彼のデッキの必殺コンボにより破られ、更には最強のしもべである「ブラックマジシャン」も倒される。最終的には「死者蘇生」でオシリスを蘇生し勝負をつけようとしたが、遊戯の「封印の黄金櫃」により蘇生は無効。自身の切り札を読んだ遊戯を、自身を超えたんだと認め敗北。涙する遊戯を励まし、最後は仲間に見送られて冥界へと旅立った。
冥界へと旅立った後も伝説的な形でその存在は語り継がれており、数年後の住人である遊城十代はもちろん数十年後の住人である不動遊星も「武藤遊戯に宿った名もなきファラオの魂」としてアテム（闇遊戯）の存在を知っていた。遊星の仲間であるジャック・アトラスは「一度戦ってみたいものだ。まあ、タイムスリップでもしない限り不可能だがな」と言っている。
原作、アニメにおいて「闇遊戯」の名称は一切使われておらずアニメのEDクレジットも一貫して「武藤遊戯」のままである。この名称が初めて使われたのはゲーム版である。
海外版では実年齢が5000歳となっており、遊戯からは「闇くん」と呼ばれている。