東日本旅客鉄道
路線
青森県（海峡線を除く）、岩手県、宮城県、秋田県、山形県、福島県、茨城県、千葉県、栃木県、群馬県、埼玉県、東京都、神奈川県（御殿場線を除く）、新潟県（大糸線を除く）、山梨県（身延線を除く）、長野県（飯田線、中央本線塩尻駅以西と大糸線南小谷駅以北を除く）、静岡県（東海道本線熱海駅以東と伊東線のみ）の各都県の旧国鉄の在来線と、東北新幹線・上越新幹線・北陸新幹線の新幹線、および山形新幹線・秋田新幹線の通称を持つ新幹線直行特急が運営基盤である。
JR東日本が運営している路線を以下に示す。
JR線の他社分界駅
JR6社の中で唯一、全ての他社分界駅の在来線部分が自社管理となっている。
ダイヤ
JR東日本管内全域に及ぶダイヤ改正については、JR発足後から1993年までは他のJR各社に合わせて毎年3月にダイヤ改正を行っていたが、1994年は全国的なダイヤ改正がこの年に限り12月に実施され、1993年と1995年から2005年、2010年は12月にダイヤ改正を独自に実施していた（1997年・2003年・2004年は10月に実施）。2006年以降は一部（特に北海道旅客鉄道〈JR北海道〉、四国旅客鉄道〈JR四国〉）を除くJR各社に合わせる形で毎年3月に実施している（2011年を除く）。
列車
JR東日本発足以降に同社の路線で運行されている、もしくはかつて運行されていた愛称付きの列車を挙げる（2019年3月16日改正時点）。種別が変更された列車は変更後のもので記載し、他社の車両による運行のものはその会社名も記載する（廃止列車は廃止時点）。詳細は各列車の記事を参照。
特徴
1994年10月より自社で新津車両製作所（のちの総合車両製作所新津事業所）という車両製作部門を保有し、2012年4月2日には東京急行電鉄傘下の東急車輛製造から鉄道車両製造事業を組み入れ、総合車両製作所とするなど、車両製造には力を入れており、国鉄からの承継車両および、分割民営化直後に製造され経年の進んだ車両の大規模な置き換えが進められている。2014年4月1日には会社分割により、新津車両製作所の車両製造事業等を総合車両製作所新津事業所とした。
総合車両製作所発足後は、JR東日本の在来線車両は川崎重工業製のTRAIN SUITE 四季島用車両7両とGV-E400系電気式気動車、新潟トランシス製のキハE130系気動車、日立製作所製のEV-E801系蓄電池駆動電車、日本車輌製造製のキヤE195系気動車型レール輸送車を除き、総合車両製作所で製造されている。ただし、新幹線車両については川崎重工業・日立製作所での製造が現在も継続している。また在来線特急形車両ではデザインを主体に携わっていたことから近畿車輌でもE657系まで製造を担当していた。なお、東京モノレールのモノレール車両はJR東日本傘下入り後も日立製作所のみで製造している。
新型の車両群はコンピュータによる集中管理・制御装置 (TIMS) などを装備し、動作状況や運行管理の常時集中監視を可能としている。またこれらの車両群のうち、在来線用電車の主制御装置は一部を除き通勤型車両では三菱電機製、近郊形・特急形車両では日立製作所製を採用している。
気動車用のエンジンでは、当初は新潟鐵工所 (DMF13HZ)、小松製作所 (DMF11HZ)、カミンズ (DMF14HZ)の3社が採用され、その後はカミンズ製のみとなっていたが、2007年のキハE130系以降の車両はすべて小松製作所製（ただし、DMF11HZではなく、DMF15HZが採用されている）を搭載している。また、1988年3月のサロンエクスプレスアルカディアの車両火災事故を受けて、当時所有していたキハ58系などDMH17系エンジンを搭載していた車両に対して新型エンジンへの換装も実施されている。
なお、JR東日本は2014年時点でJR旅客6社では唯一転換クロスシートを有した車両を保有していない。過去には特急形車両である185系電車や急行形車両において転換クロスシート車を保有していたが座席交換や廃車などにより消滅した。なお、一般形（近郊形）車両においては転換クロスシート車を保有した実績がない。ただし、JR東日本の路線にはJR東海が保有し、転換クロスシートを装備する213系電車や313系電車が定期運用で乗り入れることがある。
普通列車用
旧国鉄から大量に引き継いだ103系は2009年10月に最後まで残った仙石線を含めすべての運用を終了し、他の旧国鉄型車両を中心とする老朽車両も首都圏では順次E231系、E233系、E531系などを導入して淘汰を進めている一方で、程度の良い車両は他地域の経年車両の置き換えに充てている（209系、211系など）。これは、国鉄時代には車両置き換えに際して東京・大阪の大都市圏を優先し、経年車両の置き換えに際しては比較的程度がよい車両を地方に転用させていて、JR発足後もこの体制を維持しているためである。
電車では、1990年代まで普通列車用車両の用途別の区分は通勤形と近郊形に二分されていたが、2000年に営業運用を始めたE231系で初めて通勤形と近郊形の形式上の区別を廃止し、「一般形」に統一している。詳細は「一般形車両 (鉄道)#一般形電車の登場とその後」を参照。
同社の都市圏内輸送用の一般形車両は、従来の車両から設計や製作手法を大幅に見直し、製造コストの低減を図った経済車をベースにしたものである。これは時代の趨勢をサービス提供に即座に反映する目的から、車両置き換えサイクルを短く設定するための手法で、1992年（平成4年）の京浜東北線901系（後の209系）を嚆矢とする。この設計指向は同社のみならず一部の関東地区他社局車両にも取り入れられ、E231系やE233系の基本設計などは他社局の複数の車両に採用例があり、車両の製作コストの削減にも寄与している。
通勤圏の拡大に伴い、近郊路線においても混雑緩和のためロングシート車を投入し、1列車あたりの収容力向上を図った。この方針は地方路線にも波及し、収容力向上とあわせ車両所要数の適正化を図っている。一方、非電化線区では輸送量が小さいこともあり、気動車ではキハ40系の一部がロングシート化された他は左沢線用のキハ101形と久留里線用のキハE130系100番台のみにとどまっている。ただ、地方路線にまで投入するという極端なロングシート化はさすがに行き過ぎであったこともあってか、2000年代後半以降、地方路線においてはセミクロスシート車主体に再び回帰しつつある（701系→E721系の流れがその一例。209系の房総地区転用に際しても一部をセミクロスシートに改造している）。
優等列車・新幹線用
特急形車両は、使用路線ごとに仕様を特化した車両を導入する当初の方針から、設計を共通化し汎用的な使用を可能とする方針に転換しつつある。これは新幹線車両についても同様で、線区によって使用車両を統一するという方針のもと、1990年代後半以降はフル規格のE2系、ミニ新幹線のE3系を中心に導入している。また2016年現在、気動車特急の定期運用を設定していないため、JR旅客6社では唯一特急形気動車を保有していない。
なお、特急形車両の車体は普通鋼またはアルミ合金を使用していることが多く、JR他社と比べて特急形へのステンレス車体の使用例が少ない。形式としての採用はE26系客車のみとなっている。
グリーン車については特急形車両においてはJR発足後の車両では2+1人掛けの3列配置とし、他のJR各社も追随したが、255系電車以降の車両では一部を除いて2+2人掛けの4列配置となっている。これは首都圏ではグリーン車の利用が多いことから定員確保を重視したものとされる。
バス
BRT区間用のバス車両については、首都圏事業者から購入した中古バスと日野自動車・いすゞ自動車から購入した新車が使われ、新車は全車ハイブリッドノンステップバスに統一している。
社歌
社歌は「明け行く空に」。1988年4月制定。歌詞は社内公募で選ばれたものに伊藤アキラが補作詞し、作曲は森田公一による。歌手はサーカス（非売品のカセットテープやCDが存在する）。
関係会社
グループ会社としては、清掃会社や整備会社といった鉄道に直接関連する部門だけではなく、以下のように多岐にわたる。
住宅事業
宅地・マンションの分譲などを行っている。宅建業の免許番号は国土交通大臣(5)第5287号。
分譲マンション
1997年から2004年にかけて、完全子会社のジェイアール東日本住宅開発と共同で「びゅうパルク」ブランドのマンション開発していた。社宅跡地や事業遊休地などに建築しており、ほとんどの物件で販売は三菱地所リアルエステートサービス、分譲時のマンション管理は三菱地所コミュニティへ委託していた。
また、駅前や線路沿いの再開発によって、幕張ベイタウン（一部住戸）・ラムザタワー・びゅうサイトタワーなどの開発に参画している。
賃貸マンション
正社員の減少により余剰となった社宅をジェイアール東日本都市開発がリノベーションを行い、賃貸マンションとして運用されている。