アデノ随伴ウイルス
利点と欠点
野生型のAAVは、病原性の欠落を主とする様々な特徴のために、遺伝子治療の研究者から多くの興味を集めてきた。このウイルスは、分裂していない細胞へと感染し、宿主細胞の19番染色体上のAAVS1と呼ばれる領域に挿入される。この特徴は、ランダムな遺伝子挿入とそれによる突然変異や細胞の癌化を引き起こすレトロウイルスに比べて優れたものである。AAVの遺伝子の挿入はAAAVS1において発生するものがほとんどであり、ランダムな挿入は無視できる割合でしか発生しない。しかし、ウイルスベクターとしてのAAVの研究が進むにつれて、rep遺伝子とcap遺伝子を取り除くことで、この遺伝子の挿入能力も取り除かれている。
遺伝子治療のために作られた遺伝子配列は、プライマーの働きをする末端逆位配列(ITR)の間に挿入される。ウイルスによって作られた一本鎖DNAは、宿主細胞のDNAポリメラーゼによって二本鎖DNA になり、コンカテマーを形成する。分裂していない細胞においては、コンカテマーはそのままの状態で保存される。一方で分裂する細胞においては、エピソームDNAは宿主細胞によって複製されてないのでAAVのDNAは失われる。また、AAVは免疫原性をほとんど持っていないために抗体があまり産生されない。そのために、抗体依存性細胞傷害が明確には見られない。
一方でこのウイルスベクターを持ちることによるデメリットも存在する。AAVに搭載できる遺伝子配列は比較的限られており、多くの場合この遺伝子の4.8 kbpの配列を完全に置き換える必要がある。したがって大きな遺伝子はAAVベクターの使用には適していない。また、ウイルスの感染による液性免疫系の活性が発生することもデメリットとなる。免疫系によりAAVが無力化されるため、いくらかの用途ではAAVのメリットが制約される。そのため、多くの臨床実験では、免疫系の活性が弱い脳で行われている。
以上のように、AAVは、ウイルスベクターとして優れた特徴を持つために変種もつくられている。例えば自己相補型AAV(scAAV)は、二本鎖DNAを最初から形成するAAVの変種であり、通常のAAVと違い二本鎖DNAを形成する時間がかからないために効率に優れている。しかしながら、scAAVは二本鎖DNAを形成するため二本分の遺伝子配列を搭載するために通常のAAVにくらべて搭載できる遺伝子の大きさが半減する。またscAAVは通常のAAVより高い免疫原性を保有しており細胞傷害性T細胞をより強く活性化させてしまう。
病理学
AAVはいかなる疾患も引き起こさないと考えられている。しかし、AAVのDNAが変異した精子を含む精液においてよくみられることから、男性不妊症との関与が示唆されている。しかしAAVの感染と男性不妊症との因果関係は今のところ見つかっていない。2015年、ヒト肝細胞癌の特定の遺伝子にAAV-2が挿入されていることが明らかになり、肝細胞癌への関与が強く示唆されている。
ゲノムの構造
AAVのゲノムは、4.7 kbpの一本鎖DNS(ssDNA)から成る。DNA鎖の末端には末端逆位配列(ITR)をもち、rep遺伝子とcap遺伝子の2つのオープンリーディングフレーム(ORF)を持つ。rep遺伝子は、AAVの生存に必要なRepタンパクをコードしており、cap遺伝子は、VP1,VP2,VP3という3つのカプシドタンパクをコードしている。cap遺伝子がコードするカプシドタンパクにより正二十面体のカプシドを形成する。
ITR配列
ITRは両末端に存在する145 bpの配列である。ITRはAAVの増殖に必要とされる。
ITRはヘアピン構造をとり、この領域が複製開始点となるために、DNAプライメラーゼ無しでDNA合成を行なう事ができる(セルフプライミング)。また、ITRは野生型AAVにおける宿主細胞への遺伝子挿入や、 DNAase耐性を持ったカプシドの形成にも関与している。
遺伝子治療に用いる範囲では、ITR配列唯一のシスエレメントであり、capとrepがトランスエレメントであるように見える。しかし、ITRはウイルスの複製及びカプシド形成の過程での唯一のシスエレメントでない可能性が示唆されている。一部の研究においては、rep遺伝子の配列の中にRep依存型シスエレメント(CARE)が存在することが示さておりCAREはシスエレメントとして増殖とカプシド形成を調整するとされる。
rep配列
ゲノムの左末端にはp5及びp19プロモーターと、イントロンを含むmRNA領域が存在する。したがってスプライシングの結果分子量の異なるRep78,Rep68,Rep52,Rep40の4つの転写産物が合成される。

Rep78とRep68はITRのヘアピン構造に結合する。またRepタンパクはすべてATPと結びついてヘリカーゼ活性を発揮する。またp40プロモーターによって転写がアップレギュレーションされ、p5,p19プロモーターによって転写がダウンレギュレーションされる
cap配列
The right side of a positive-sensed AAV genome encodes overlapping sequences of three capsid proteins, VP1, VP2 and VP3, which start from one promoter, designated p40. The molecular weights of these proteins are 87, 72 and 62 kiloDaltons, respectively.  All three of them are translated from one mRNA. After this mRNA is synthesized, it can be spliced in two different manners: either a longer or shorter intron can be excised resulting in the formation of two pools of mRNAs: a 2.3 kb- and a 2.6 kb-long mRNA pool. Usually, especially in the presence of adenovirus, the longer intron is preferred, so the 2.3-kb-long mRNA represents the so-called "major splice". In this form the first AUG codon, from which the synthesis of VP1 protein starts, is cut out, resulting in a reduced overall level of VP1 protein synthesis. The first AUG codon, which remains in the major splice, is the initiation codon for VP3 protein. However, upstream of that codon in the same open reading frame lies an ACG sequence (encoding threonine) which is surrounded by an optimal Kozak context. This contributes to a low level of synthesis of VP2 protein, which is actually VP3 protein with additional N terminal residues, as is VP1.
Since the bigger intron is preferred to be spliced out, and since in the major splice the ACG codon is a much weaker translation initiation signal, the ratio at which the AAV structural proteins are synthesized in vivo is about 1:1:20, which is the same as in the mature virus particle. The unique fragment at the N terminus of VP1 protein was shown to possess the phospholipase A2 (PLA2) activity, which is probably required for the releasing of AAV particles from late endosomes. Muralidhar et al. reported that VP2 and VP3 are crucial for correct virion assembly. More recently, however, Warrington et al. showed VP2 to be unnecessary for the complete virus particle formation and an efficient infectivity, and also presented that VP2 can tolerate large insertions in its N terminus, while VP1 can not, probably because of the PLA2 domain presence.
The crystal structure of the VP3 protein was determined by Xie, Bue, et al..
AAVの血清型
2006年時点で、11種類のAAVの血清型が報告されており、11番目は2004年に報告された。 既知の血清型のすべてが様々な種類の組織細胞に感染することができる。 組織特異性は、カプシドの血清型によって決定され、AAVベクターのシュードタイピング（pseudotyping）による指向性（tropism）の範囲は、治療上重要となる可能性がある。
AAV2
Serotype 2 (AAV2) has been the most extensively examined so far. AAV2 presents natural tropism towards e.g. skeletal muscles, neurons, vascular smooth muscle cells and hepatocytes.
Three cell receptors have been described for AAV2: heparan sulfate proteoglican (HSPG), aVβ₅ integrin and fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR-1). The first functions as a primary receptor, while the latter two have a co-receptor activity and enable AAV to enter the cell by receptor-mediated endocytosis.)  These study results have been disputed by Qiu, Handa, et al.. HSPG functions as the primary receptor, though its abundance in the extracellular matrix can scavenge AAV particles and impair the infection efficiency.
AAV2とガン
試験により、血清型が2型のウイルス（AAV-2）は健常細胞を障害することなく、明らかにがん細胞を破壊する。
Studies have shown that serotype 2 of the virus (AAV-2) apparently kills cancer cells without harming healthy ones.  "Our results suggest that adeno-associated virus type 2, which infects the majority of the population but has no known ill effects, kills multiple types of cancer cells yet has no effect on healthy cells," said Craig Meyers, a professor of immunology and microbiology at the Penn State College of Medicine in Pennsylvania. This could lead to a new anti-cancer agent.
他の血清型
Although AAV2 is the most popular serotype in various AAV-based research, it has been shown that other serotypes can be more effective as gene delivery vectors. For instance AAV6 appears much better in infecting airway epithelial cells, AAV7 presents very high transduction rate of murine skeletal muscle cells (similarly to AAV1 and AAV5), AAV8 is superb in transducing hepatocytes and AAV1 and 5 were shown to be very efficient in gene delivery to vascular endothelial cells. AAV6, a hybrid of AAV1 and AAV2, also shows lower immunogenicity than AAV2.
Serotypes can differ with the respect to the receptors they are bound to. For example AAV4 and AAV5 transduction can be inhibited by soluble sialic acids (of different form for each of these serotypes), and AAV5 was shown to enter cells via the platelet-derived growth factor receptor.
免疫学
ヒトにおいて、AAVによって惹起される免疫応答は明らかに限定的であることから、AAVは特に遺伝子治療専門家の興味の対象である。この要因は、免疫関連症状の発生リスクを低減する一方で、ベクターの形質導入の効率性に肯定的に影響するであろう。
自然免疫
AAVベクターに対する自然免疫反応はの特徴は、動物モデルで明らかにされている。
The innate immune response to the AAV vectors has been characterised in animal models. Intravenous administration in mice causes transient production of pro-inflammatory cytokines and some infiltration of neutrophils and other leukocytes into the liver, which seems to sequester a large percentage of the injected viral particles. Both soluble factor levels and cell infiltration appear to return to baseline within six hours. By contrast, more aggressive viruses produce innate responses lasting 24 hours or longer.
液性免疫
The virus is known to instigate robust humoral immunity in animal models and in the human population where up to 80% of individuals are thought to be seropositive for AAV2. Antibodies are known to be neutralising and for gene therapy applications these do impact on vector transduction efficiency via some routes of administration. As well as persistent AAV specific antibody levels, it appears from both prime-boost studies in animals and from clinical trials that the B-cell memory is also strong. In seropositive humans, circulating IgG antibodies for AAV2 appear to be primarily composed of the IgG1 and IgG2 subclasses, with little or no IgG3 or IgG4 present.
細胞免疫
The cell-mediated response to the virus and to vectors is poorly characterised and has been largely ignored in the literature as recently as 2005. Clinical trials using an AAV2-based vector to treat haemophilia B seem to indicate that targeted destruction of transduced cells may be occurring. Combined with data that shows that CD8+ T-cells can recognise elements of the AAV capsid in vitro, it appears that there may be a cytotoxic T lymphocyte response to AAV vectors. Cytotoxic responses would imply the involvement of CD4+ T helper cells in the response to AAV and in vitro data from human studies suggests that the virus may indeed induce such responses including both Th1 and Th2 memory responses. A number of candidate T cell stimulating epitopes have been identified within the AAV capsid protein VP1, which may be attractive targets for modification of the capsid if the virus is to be used as a vector for gene therapy.