日ユ同祖論
前提知識（アブラハムの家系と聖書の預言）
まずユダヤ教では旧約聖書への理解、子孫への伝承は必須条件とされるが日本ではその内容は口伝すらされていない。
旧約聖書のアブラハム（紀元前17世紀）の孫はヤコブ（別名イスラエル）であり、ヤコブの12人の息子を祖先とするのが、イスラエル12支族である。12支族はアシェル族、エフライム族、ガド族、ベニヤミン族、イッサカル族、ルベン族、マナセ族、ダン族、ナフタリ族、ゼブルン族、ユダ族、シメオン族に分かれているとされる。孫のヤコブ（ヤアコブ）の時代にエジプトに移住した後に、子孫はやがてエジプト人の奴隷となる。400年程続いた奴隷時代の後に紀元前13世紀にモーセ（モーゼ）は民族をエジプトから連れ出し、イスラエル12支族はシナイ半島を40年間放浪し定住を始め、200年程かけて一帯を征服して行く。カナンの地に住み、ダビデ王（紀元前1004年‐紀元前965年）の時代に統一イスラエル王国として12部族がひとつにされる。ソロモン王（紀元前965年‐紀元前930年）の死後、南北に分裂して、サマリヤを首都に10部族による北王国イスラエルと、エルサレムを首都にする2部族による南王国ユダに分かれた。北王国は紀元前722年にアッシリアにより滅ぼされ、10支族のうち指導者層は虜囚としてアッシリアに連行された。この10支族の行方は文書に残されていないため、2部族によって「失われた10支族」と呼ばれた。アッシリアに征服された後、信仰を深めるため、信仰を邪魔されない場所に移るとして、消息不明になったとされる（エズラ第4書13:39〜47）。
ユダ族等の残り2支族は、エルサレムを都として南ユダ王国を建国した後、紀元前586年に新バビロニアに滅ぼされた。指導者層はバビロンなどへ連行され虜囚となったが、宗教的な繋がりを強め、失ったエルサレムの町と神殿の代わりに律法を心のよりどころとするようになり、神殿宗教であるだけではなく律法を重んじる宗教としてのユダヤ教を確立することになる。ユダ族等は離散後、ユダヤ人と呼ばれるようになった。
ユダヤ人とは、現在では、ユダヤ教（旧約聖書のみを信じ、新約聖書を信じない宗教）を信仰する者（宗教集団）、あるいはユダヤ人を親に持つ者（民族集団）という2つの捉え方がある。当時のイスラエル人は有色人種であり、白色ユダヤ人（アシュケナジム）は8世紀頃、ハザール人のユダヤ教への改宗によって、ユダヤ人を名乗ったことに由来するとの説がある。日ユ同祖論でいうユダヤ人とは、有色人種としてのユダヤ人（セファルディム）であるという説もある。そして、同祖とはアブラハムやヤコブを意味すると言える。
エズラ書第4書（第2書とも呼ばれる）13:39〜では、「幻に現れたその群集は…九つの部族であった（写本によって、九部族/九部族半/十部族と異なる）。彼らは異教徒の群れを離れ、先祖がいまだかつて住んだことのない土地に行き、自国で守ることのできなかった規則をせめて守るようにとの計画を互いに持ち合って、さらに遠くの国へ向かった。……それはアルザレト（もうひとつの土地あるいは果ての地）という地方であった。彼らは最後までそこに住み…」とされている。
エゼキエル書37では、「主なる神はこう言われる…わが民よ、わたしはあなたがたの墓を開き…時、あなたがたは、わたしが主であることを悟る。……わたしはエフライムの手にあるヨセフとその友であるイスラエルの部族の木を取り、これをユダの木に合わせて、一つの木となす。…… わたしは、わたしの地イスラエルの山々で彼らを一つの国とする。一人の王が彼らすべての王となる。彼らは二度と二つの国になることなく、二度と二つの王国に分かれることはない。…… わたしの聖所が永遠に彼らの真ん中に置かれるとき、諸国民はわたしがイスラエルを聖別する主であることを知るようになる。」とされている。

旧約聖書においては、セムは黄色人種の先祖であり、ハムは黒人種の先祖となり、ヤペテは白人種の先祖であるとされる。誤解してはいけないのは、当時イスラエルの周辺には古代イスラエル人の他にも様々な民族が住んでいたとされ、旧約聖書はイスラエル人、あるいはアラム人などのセム語族の視点で書かれたものなので、離散した古代イスラエル人(ユダヤ人)はイスラエルの地を離れて他の地域に散らばったということの目安でしかない。古代のユダヤ人は現在のアジア人や日本人と同じような風貌をしていたというわけではなく、ユダヤ人は全人類の先祖であるというわけではない。
起源
明治期に来日したスコットランド人のニコラス・マクラウド（ノーマン・マクラウド）は、日本と古代ユダヤとの相似性に気付き、調査を進め、世界で最初に日ユ同祖論を提唱、体系化した。日ユ同祖論の歴史は、彼の日本での英語の著作The Epitome of The Ancient History of Japan（意味は『日本古代史の縮図』  長崎日の出書房、1878年（明治11年） Illustrations to the epitome of the ancient history of Japan 京都）によって始まった。これは、後の1901年、「ユダヤ大百科事典」ニューヨーク版失われた10支族の項目に引用されたという。彼は韓ユ同祖論も唱えていたこともあって、マクラウドはなんでも失われた10支族と結びつけるいい加減な人物であったと結論する者もいる。彼の主張は、10支族の内の主要な部族は、青森戸来村、沖縄奄美、朝鮮半島らを経由して日本へ鞍馬寺へ渡ったのに対して、ダン族など残りの支族は、そのまま朝鮮半島に留まったというものであり、諸説論理上の整合性は取れている。しかしながら人類学上のDNA類似性などの科学的な面では非常に薄弱な論法である。マクラウド自身の素性についてはニシン商人とも宣教師とも言われるが、生没年含め詳細は不明で、現存する著書（第2版）の献辞がスコットランドのフリーチャーチ（スコットランド自由教会）の聖職者になされていることから宗教的には同派に関係すると推測されている。
明治後期に英語教師の佐伯好郎や牧師の川守田英二らが同調し、1930年代には対日禁輸政策を取る米国への対応策の一環として立案された河豚計画(ユダヤ人難民の満州入植計画)などに利用された。第二次大戦後に新宗教団体の「キリストの幕屋」（1948年設立）が説を支持してイスラエルに接近し、1970年代には英文冊子を作成して同国大統領に進呈するなどして同説を広め、これを基に在米ユダヤ人ラビのマーヴィン・トケイヤーが大々的に宣伝した。宗教学者の大田俊寛は、同祖論普及の背景には、聖書に出てこない日本が神の救済対象に含まれているのかという不安があったと論じている。
この他、反ユダヤ主義から親ユダヤに転向した酒井勝軍は、逆説的に、日本民族がユダヤ人含む全人類の起源であると主張した。
大化の改新の詔
大化の改新は、モーセのトーラーと類似点がある。ヨセフ・アイデルバーグ『日本書紀と日本語のユダヤ起源』（徳間書店）等では以下のように述べられている。
神道の祭司一族であった中臣氏が主導して、専横する仏教派の蘇我氏を滅ぼし、このとき蘇我氏の放火によって全朝廷図書が焼失しつつも、神道を一時的に復興させたのが大化の改新（645年）である。大化の改新から大宝律令（701年）（神祇令）制定にかけては唐の文化を吸収しつつ神道の復興と制度化の過程であり、大化の改新の内容は、当時における神道の重要事項が中心であったと推測されるが、その内容は旧約聖書と類似している。日本で元号として初めて定められた大化は、ヘブライ語のthQWH（tikvah）「希望」（現イスラエル国歌：H・thQWH：その・希望）と似ている。ただし似ているだけである。大化は書経や漢書といった中国の書物からの引用であり、これを根拠とするには証拠能力に欠けている。大化は皇極天皇の4年目の7月1日 (旧暦)に始められたが、ユダヤ暦（古代の教暦ではなく政暦）では7月（ティシュリー グレゴリオ暦では9月から10月）1日はローシュ・ハッシャーナー（新年祭）で1年の始まりにあたる（「第七の月の一日は…聖なる集会の日としなさい」『レビ記』（23:24））。大化政府は7月14日 (旧暦)に神々に捧げる捧げ物を集めたとあり、ユダヤ教での仮庵の祭りは7月15日（ユダヤ暦では日没が1日のはじまりであるためグレゴリオ暦では7月14日の夕方18時頃）から始まる。改新の詔の「男奴隷と女奴隷の間に生まれた子は女奴隷側のものとする」は、『出エジプト記』（21:4）と同じである。また、詔での、土地の分配を家族の人数に応じて行うことと『民数記』（26:54）、親族の死についての断髪等の禁止と『レビ記』（21:5）、借り物に関して賠償すべき場合を限定した定めと『出エジプト記』（22:13）も同様である。
皇室神祇
大化の改新の後、神道の皇室儀式の制度化は進められ、いくつかの定めのうち部分的に現在に伝えられているのが大宝律令（701年）の神祇令等である。神祇令においては、大嘗祭・新嘗祭の他、大祓の儀等が定められていたと推測される。天岩屋戸からアマテラスが出てきたときに祭司コヤネ（天児屋命）がスサノオの罪を清めるために唱えたといわれる大祓はコヤネの子孫といわれる中臣氏が伝えてきた祭儀とされ、大祓の儀は6月30日と12月31日とされており、ユダヤ教の区切りと一致している。ただし記紀共に須佐之男命の罪を祓うために祝詞が詠まれたとする記述はなく、髪・髭・爪を切る罰と貢物を献上する罰が与えられたとされる。また、大祓の祝詞では、天つ罪と国つ罪に分けていくつかの禁止事項が列挙されているが、二種類の種を播く罪（レビ記19:19）、近親相姦（レビ記18:6〜）、人体を傷つける罪（レビ記19:28）、呪術（申命記18:11）、こぶのある者（レビ記21:20）など旧約聖書の禁止事項と一致している。新嘗祭や大嘗祭は収穫を捧げる儀式であり、特に大嘗祭では仮庵を建てる。ユダヤ教で収穫を捧げて祝う祭りは仮庵の祭といわれ、エジプトを出て仮庵に住んだことを代々伝えるため、仮庵を建てて行わなければならないとされる（レビ記23:23〜）。
八咫鏡
八咫鏡において以下の噂が流符している。
森有礼が、伊勢神宮に安置されている三種の神器の1つ、八咫鏡の裏を見たとされる噂は、山根キク（山根菊子）が1943年（昭和18年）に不敬罪で逮捕される理由となったもののひとつである。
ただし伊勢神宮の御鎮座伝記など神道五部書には八咫鏡の形状について「八頭花崎八葉形」とされ、加えて鏡の円周を八咫と考えた場合、現状これに最も近い形状の鏡は大型内行花文鏡と考えられる。
また、きよめ教会（現「基督兄弟団」）の牧師 生田目俊造 （いくため しゅんぞう） のエッセイ「神秘日本」において、恩師に会いにA学院のS博士が聖書学院にきたおり、宮中に古くから神体とされる鏡の裏の模様がヘブル語であるということがわかり、依頼にて解読すると旧約聖書の出埃及（『出エジプト記』）3章14節「我は有て在(あ)る者なり」と刻まれていたと言ったというエピソードを恩師夫人から聞かされたと記述した。
これに関し1953年（昭和28年）1月25日に「在日ユダヤ民会」のミハイル・コーガン宅で行われた日猶懇話会例会でホーリネス教会の尾崎喬一牧師に尋ねられた三笠宮は、昭和天皇も自分（三笠宮）も鏡を見たことがない、いずれ調査するだろうと答えられ、これが1953年（昭和28年）1月26日付け東京イブニングニュース（Tokyo Evening News）で「神鏡のヘブル出所説を三笠宮氏が調査！」（“Mikasa Will Check the Hebrew Words on the Holy Mirror!”）として報道されている。
八咫鏡の裏にあるヘブライ文字については、作意を感じるとの意見もある。しかし、賢所の八咫鏡は既に過去の火災で焼失していることは歴史書にも記載されていることであり、本来は鏡を見たとする説自体が成り立たない。
獅子と一角獣
皇室や神道において獅子と一角獣は重要な意味を持つが、獅子はユダ族の紋章であり、一角獣は北イスラエル王国の王族であるヨセフ族の紋章である。京都御所（清涼殿）には天皇家の紋章として、獅子（ライオン）と一角獣（ユニコーン）の紋章があったとされており、天皇の王冠には一角獣が描かれているとされている（『日本固有文明の謎はユダヤで解ける』、徳間書店）。現在でも京都御所清涼殿昼御座奥の御帳台（天皇の椅子）の前左右には、頭頂に長い一角を持つ狛犬と角のないものが置かれている（『日本名建築写真選集第18巻京都御所』、新潮社の写真）。天皇の即位に用いられる高御座の台座にも獅子と一角獣（麒麟）と思われる絵が描かれている。平凡社の『大百科事典』や平凡社の『世界大百科事典』では、狛犬について、「平安時代には…清涼殿の御帳前や…獅子と狛犬が置かれ、口を開いたのを獅子として左に置き、口を閉じ頭に一角を持つものを狛犬として右に置いた」とあり、京都下鴨神社の左の狛犬には角があると記されている。『狛犬辞典』戎光祥社には、京都御所紫宸殿障子絵として同様のものが掲載されているほか、八坂神社等の一角を持つ狛犬写真が多数掲載されている（下賀茂神社や八坂神社には秦一族の影響がありうる）。ただし奈良時代以前のものは、狛犬の左右に違いは無い。なお、ユダヤ系大財閥であるロスチャイルド家も同様のライオンとユニコーンの紋章を持つ（建物の入り口などに二匹の獅子が置かれる例は世界各地にあるが、これは古代イスラエル神殿（ソロモン神殿）の王座の横の二匹の獅子（I列王記10:19）に由来するといわれる。）。(紋章を参照)
仁徳天皇陵とマナの壷
仁徳天皇陵（大仙陵古墳）は、契約の箱に収められていたユダヤ三種の神器の一つであるマナの壷（pot of manna / jar of manna）を形取ったものではないかとも言われている。論拠の一つに陵に壷の取っ手とおぼしき膨らみが認められる。見方によっては鍵穴のようにも見えるが、向きを変えて見ると壷のような形にも見える。そもそも前方部は台形になった部分であり、後円部とは円形の箇所である(前方後円墳参照)ので、現代の人々が認識している鍵穴という解釈自体が長い時間を経て認識に誤りが生じた可能性がある。しかし前方後円墳自体は首長墓として各地に点在しており、皇室とだけの関連を見るのは難しい。
神社神道とユダヤ教の類似点
神社に関する神道（神社神道）とユダヤ教の類似については、例えばマーヴィン・トケイヤー『ユダヤと日本 謎の古代史』（産業能率大学出版 1975年（昭和50年））や『日本・ユダヤ 封印の古代史』（徳間書店）では多くの類似点が指摘されており、以下のような指摘がある。
留意点（秦氏）
日本とイスラエルの類似点については、ユダヤ系キリスト教徒ともいわれる秦氏（秦一族）の活動が影響している部分があるとの指摘がある。ケン・ジョセフ『日本・ユダヤ封印の古代史2仏教・景教編』徳間書店 では以下のように述べられている。

秦氏は、もともとは、景教徒の拠点であった中央アジアの弓月国に住んでいた。彼らは景教（ネストリウス派キリスト教）を信仰し、アッシリア以降の中東の共通言語であるアラム語を話していたとされる。彼らはユダヤ人と同様に養蚕や絹織物技術にすぐれていたとされる。弓月国には、ヤマトゥという地や、ハン・テングリ山という山があった（「テングリ」はキルギス等の中央アジアの言葉で「神」という意味とされる）。
秦氏は、中国での万里の長城建設の労役を逃れるため、西暦（紀元後）360年頃から数回にわたって日本に渡来した。5世紀末には渡来者は2万人程になったという。5世紀末、秦酒公は日本酒技術を発展させ、また養蚕で成果を挙げてウズマサの称号を得たとされている。秦氏は絹技術や西方知識を持っていたため天皇の保護を受け、天皇に仕え、絹事業（ハタ織り）で財をなし豪族となった。皇極天皇（642〜645）に関する日本書紀（720年成立）には、ウズマサ（アラム語でのイシュマシァ（Ish Mashiach、インド北部ではユズマサに由来するといわれる）また、ヘブライ語ではヨシュア・メシア：選ばれた者ヨシュア、ギリシャ語ではイエス・キリスト）を信仰する豪族として秦河勝という人物が登場する。748年、秦大酒は大蔵長官となり朝廷の財政に関与したといわれる。
秦氏は京都の太秦を本拠地としていた。その一部は大分の宇佐に住み、一説には710年頃に成立したともいわれるヤハダ神（YHWDH：ユダ／ユダヤ）を信仰し八幡神社を創設した。Yahawada (יְהוּדָה)とはアラム語で失われた支族のユダ族を意味する。八幡神社は749年頃に急に勢力を持ち始め、奈良に上京し、このときはじめて神輿をもたらした。これが神輿の起源で、八幡神社は全国に広まったという。
秦氏は平安京の造成に尽くしたとの説がある。仏教勢力から逃れるため794年平安京遷都が行われ、その直後に京都で祇園祭が始まった。また、秦公伊呂具は稲荷神社（イナリ：JNRI/INRI：ユダヤの王・ナザレの・イシュ（イエス）：当時の支配者ローマの公用語ラテン語でのキリストの別称）を創建したとされる。元伊勢には秦氏の関与するものが多く、伊勢神宮の遷宮に関与したとの説がある。松尾大社は秦都理が創建したといわれる。京都の下鴨神社は秦一族の族長を記念して建てられたという説があり、皇室の儀式を多数執り行った。景教はユダヤ教に近いとされるがキリスト教である。このことから秦一族は南王国に由来するユダヤ人との見方が有力である（ただし、秦一族には舟の家紋を持つものが多く、十支族のゼブルン族が舟の紋章を持つこととの関係も指摘されている）。ウズマサ明神を祀る京都太秦の大酒神社は古くは大辟神社といい、大辟は中国ではダヴィといいダビデを意味するとされる。また、秦河勝が弓月から持って来たという胡王面（異国の王の面）はユダヤ人あるいは天狗のように鼻が高い。
なお、神社神道の起源に関して、そもそも神社の創建は仏教の寺院に触発されたものと主張する説がある。神社の創建は仏教伝来（538年）以降で、（『神道概説』学生社）最初の本格的仏教寺院は飛鳥寺（596年）といわれる。一方伊勢神宮の創建は674年であるとする説が多数説とされる。
しかし神道の信仰形態が仏教(人霊信仰)からどのように派生(影響・触発)したのかは解明されておらず、また、神道の社(ヤシロ)の形式を見ると、神道信仰は古代ヘブライの信仰に類似点があると言わざるを得ない。
ヤマト言葉とヘブライ語の類似
古代においてもキリストはアッシリアの言語であるアラム語を話していたとされるなど、言語と血統は必ずしも一致しないが、以下のような主張がある。
日本語の単語と他言語の単語との類似は、朝鮮語、ベトナム語等の多くの言語について報告されていて、日本語とヘブライ語の単語は格別に類似しているわけではない（澤田洋太郎『日本語形成の謎に迫る』）が、朝鮮語はもともと呉、漢、隋、唐などの漢字文化圏の影響を受けている言葉で、日本語の音読みに相当するものは漢語由来の言葉を表している。歴史上古代の日本と中国王朝、朝鮮半島の国々とは交易があった為、日本語と中国語と朝鮮語の単語に似ている点があっても不思議ではない(音読みを参照)。しかし、日本語とヘブライ語に共通する言葉は大和言葉にみられるような訓読み、すなわち和語にみられ、話し言葉に関連しているという主張が見られる(訓読みを参照)と学会会員の原田実は「語呂合わせの域を出ない」としている。民間語源を参照。
古代史・神話
大和朝廷の起源について、騎馬民族征服王朝説を唱えた江上波夫や古代史研究家の澤田洋太郎は、夫余→高句麗→百済→伽耶→大和という流れを想定し、ヤマトは夫余から出ているとしている。夫余の建国神話によれば、建国者である初代王の名は解夫婁（ヘブル）という。
日本人の中の白人的遺伝子
上記Y染色体と同じく、分子人類学的調査として、ミトコンドリアDNAハプログループやJCウイルスゲノタイプを用いた調査も、現代日本人を対象として行なわれているが、これらに依ると、日本人の1-2%に白人系遺伝子が存在している可能性が示唆されている。その一つ、JCウイルスゲノタイプの調査によると、日本人（北海道を除く）の約2%に白人系JCウイルスゲノタイプが見られ、この日本人の白人系JCウイルスゲノタイプと、ヨーロッパに見られる白人系JCウイルスゲノタイプは、1-2万年前（もう少し前後する可能性もある）に分化したと推測されている。これは、日ユ同祖論、或いは日本とユダヤの文化類似を考える上で興味を引かれる研究結果といえる。また、日ユ同祖論に限らず、日本と古代オリエントの文化の顕著な類似を指摘した学者は少なくないが、これを論じる上でも参考となるかも知れない。「鬼」「鬼の正体説」節、「山姥」「山姥＝白人説」の節も参照。