Halo 2
序章、コヴナントによる地球侵攻
宇宙に浮かぶコヴナントの首都ハイチャリティ。そこでは一人のエリート族の裁判が行われようとしていた。
惑星リーチ攻撃部隊の司令官だった彼――ゼル・ヴァダムは、聖なるリング、ヘイローの破壊を許した責任を問われ、「異端者」の烙印を押された。異端者はコヴナントたちに救済をもたらす「大いなる旅立ち」に取り残される運命にあり、それは死刑も同然の宣告であった。
ゼル・ヴァダムが刑を科せられているその頃、地球軌道上のステーションカイロでは、帰還したマスターチーフ、ジョンソン軍曹らの表彰式が行われていた。チーフにコロニアル十字勲章が授与されるその時、地球圏へとスリップアウトしてくるコヴナントの艦隊が確認される。コール議定書も空しく、母星の場所がコヴナント軍に知られてしまったのだ。地球軍は、焦燥に駆られながらも、全力で防衛作戦を展開する。「悔恨の預言者」を名乗る司令官に率いられた艦隊は比較的小規模で、地球軍の思わぬ反撃に戸惑いながらも地上へとその軍を降下させていた。ステーション内に潜入したコヴナント達を撃退したチーフはニューモンバサシティに降下、コヴナント軍と交戦、苦戦を強いられながらも多脚兵器スカラベを撃破する。しかし、その時地表近くでコヴナント艦がスリップスペースに入ろうとしていた。「絶対に逃がさない」キース艦長の娘、ミランダ・キースはチーフらを乗せたままスリップスペース圏内に飛び込む。瞬間、閃光はニューモンバサシティ全域を飲み込んだ。都市は甚大な被害を受けてしまった。
一方その頃、真実の預言者の前に引きずり出されたゼル・ヴァダムは、命と引き換えに「アービター」（調停者）としての役割を賜れていた。アービターとはコヴナントの結束に危機が訪れた時、その身を犠牲にして障害を排除すべく任命される者の総称であり、その危険な役割は死刑と同様の意味を持っていた。アービターは「預言者」達に反旗を翻したエリートである「真の異端者」抹殺の命を受け、ガス採掘プラントに向かう。ガスプラント内を逃げ回りながら「大いなる旅立ち」の欺瞞を語る異端者だったが、とうとうアービターに追い詰められ息の根を止められる。そこに現れたのは、コヴナントからは「オラクル」と呼ばれるヘイロー管理ユニット、アルファヘイローの爆発を生き延びた「343ギルティスパーク」だった。アービターに「大いなる旅立ち」と呼ばれる現象は、その呼び名に不適切であると話し出すオラクルだったが、それを終わりまで語ることはなく、突如現れたブルート族の首領・タルタロスがオラクルを回収し、アービターと共に撤収を開始した。
デルタ・ヘイローの発見と争奪
スリップスペースに巻き込まれたチーフらの前に現れたのは、もうひとつのヘイロー（デルタヘイロー）だった。悔恨の預言者を追い強襲軌道降下を開始するマスターチーフ。降下地点の敵を掃討し、上陸部隊を迎えたチーフらは寺院らしい遺跡へと足を踏み入れる。そこで悔恨の預言者の目的はヘイローの起動にあることを知ったミランダ中佐とジョンソン軍曹は、それを止めるためにインデックスを取得すべくライブラリに向かい、チーフはそのまま悔恨の預言者を追うことにする。そんな中、コヴナントの通信を傍受したコルタナは悔恨の預言者の地球侵攻はフライングで、コヴナントの総意ではなかったことを話す。コヴナント自身、地球に人類の存在は予想していなかった。では来訪の目的は? そんな疑問も晴れぬままコヴナント大艦隊がハイチャリティと共にデルタヘイロー上空にスリップアウトしてくる。わずかなチャンスを生かして悔恨の預言者を抹殺したチーフだが、コヴナント艦隊からの攻撃を受けそのまま水中深くに沈んでしまう。水面の光が遠ざかる中、チーフの耳に語りかけてくる何者かがあった…。
インデックスを求めてライブラリに向かうミランダ中佐らだが、それを求めているのは彼らだけではなかった。オラクルから情報を得た真実の預言者は、アービターにインデックスの回収を申し渡す。だが、コヴナントの結束にも乱れが出始めていた。アルファヘイローの大破、悔恨の預言者の死亡と相次ぐ不祥事の責任として、親衛隊の座をブルート族に追われるエリート達。それを不服としてコヴナント評議会脱退をちらつかせるエリート族代表に対し、不信感を露にする真実の預言者。そんな混乱を尻目に、アービターはインデックスを求めてデルタヘイローへと向かう。フラッドに覆われた大地を進みライブラリにたどりついたアービターは、そこで既にインデックスを取得したミランダ中佐を発見する。護衛を打ち倒しインデックスに手を伸ばしたその矢先、ミランダ中佐の体が浮き上がり、インデックスごとタルタロスの手に奪われてしまう。「これも預言者様の意思だ。お前達エリート族には血塗られた道が待ち受けているだろう」そう言ってタルタロスはアービターを奈落に突き落とし、自らの手でインデックスを持ち帰るのだった。
アービターはここで死ぬはずだった。しかし、彼は何者かの手の内にあった。「私はお前達全ての罪の記念碑だ」その巨大なフラッドの手には、アービターとマスターチーフが握られていた。悔恨の預言者をその身に取り込み、デルタヘイローのモニター「2401ペネテントタンジェント」までも保持したそれ「グレイブマインド」は語った。「リングは救済をもたらさない。建造者の意思を誤解すると、再び全てが無に帰すことになる」　そして、鍵が使用される前にそれを見つけることをチーフとアービターに指図する。「われわれは敵として巡りあった。リングがわれわれを味方に変えるだろう」グレイブマインドは、チーフとアービターをそれぞれの役割を果たすべき場所に転送した。
その頃、ハイチャリティではエリート族の追放に反対するグラントやジャッカルの間に混乱が広がっていた。聖なる鍵を手に「大いなる旅立ち」の意義を説く預言者だったが、突如その目前に転送されたマスターチーフを前に逃亡を図る。立ちふさがるブルートたちをなぎ倒してその後を追うチーフ。囚われた海兵隊の面々を救出しながらハイチャリティ内部の長い通路を進む中、地球巡洋艦アンバークラッドが上空へスリップアウトする。コルタナが応答を試みるも返信はなく、その内部には多量のフラッドに寄生された人間達がいるばかりであった。ハイチャリティに墜落し、その中から湧き出るフラッドたち。インデックスを託されたタルタロスは、ミランダ中佐とジョンソン軍曹を引き連れデルタヘイローに向かおうとしていたが、そこに出現したフラッドに慈悲の預言者が襲われてしまう。しかしそれを冷たい目で見捨て去る真実の預言者。「大いなる旅立ち」は目前に迫る。
大いなる旅立ち
コヴナントは二つに割れていた。評議員たちを抹殺されたエリートとそれに脅されたグラントらと、ブルートと共に「大いなる旅立ち」を目指すジャッカル達。両者が争う中、アービターはリングの作動を止める為にインデックスを追う。
同じくインデックスを追うチーフとコルタナは、あと一歩のところでタルタロス、真実の預言者の両者を取り逃してしまう。瀕死状態の慈悲の預言者から、真実の預言者の行き先を聞き出したチーフは驚く。彼はハイチャリティ中心部にあるフォアランナーの巨大シップに乗り込み、大艦隊と共に地球へ向かおうとしていたのだ。あれだけの大艦隊に襲われれば、地球はひとたまりもない。なんとしても真実の預言者を止める必要がある。だが、同時にタルタロスを止められなければ、ヘイローが作動してしまい銀河全体の知的生命が消滅してしまう。結局チーフは真実の預言者を追い、コルタナはハイチャリティに残り、リングが作動しそうならばアンバークラッドの核融合炉を爆破して作動を止める道を選んだ。フラッドで溢れるハイチャリティ内部を進むチーフは、なんとか発進寸前のシップに乗り込むことに成功した。コルタナを残して発進するシップ。行き先は地球。
ヘイローの作動を停止させることができるのは、もはやアービターだけだった。ブルートの防衛に苦戦しつつ、囚われのハンターらを解放しながらコントロールセンターに向かうアービターは、スカラベに乗り込んだジョンソン軍曹と出会う。「俺はお前が嫌いだ。お前も俺が嫌いだ。だが、このままじゃリングが作動して俺達は全滅だ」 コントロールルームの分厚い壁を破る為、スカラベを駆る軍曹をバンシーで援護するアービター。宿敵同士の共闘が実を結び、コントロールルームへの道は開いた。ミランダ中佐にキーの作動を強制するタルタロスを追い詰める2人。そこでオラクルに「大いなる旅立ち」の真実を聞かされたタルタロスはそれを信じなかった。真実の預言者と共に「大いなる旅立ち」を実行するのはあくまで自分だとばかりに、リングを作動させてしまう。人類とエリートが力を合わせてタルタロスの息の根を止めるが、ヘイローは既にその機能を果たそうとしていた。必死のミランダ中佐がキーを抜き取ったその瞬間、青い光が天空を包む。しかし、それはヘイローの起動ではなかった。ギルティスパークは語る。あれはビーコンだと。起動中にヘイローを強制停止することで、宇宙全域にある6つのリングがスタンバイ状態となり、遠隔操作で作動可能になると。そして、そのコントロールが可能な施設のある場所、それは「アーク」であると。
その頃、チーフを乗せたフォアランナーのシップは地球、すなわちアークへとスリップアウトした。そこでなにをしているのかと問う司令官にチーフは伝える。「ケリをつけに来た」と。
キャンペーンモード
シングルプレイ用で、ストーリーに沿って戦っていくモード。
マルチプレイヤーモード
複数のプレイヤーが参加して、各種ルールの下で戦うモード。システムリンクのみに対応していた前作とは異なり、本作ではシステムリンクだけではなくXbox Liveを利用したオンラインでのマルチプレイが可能となっている。またWindows Vista版ではGames for Windows - Live対応となっている。
サウンドトラック
Haloシリーズの音楽はシリーズを通して評価が高く、今回もその例外ではない。前作のメインテーマは男性コーラスのみだったが、今回はその逆で女性コーラスとなっている。『Halo ２』の音楽は前作と比べ、ロック要素などが入れられており、前作とは一味違った部分も感じられる。また、それらの楽曲にはスティーヴ・ヴァイやインキュバス、フーバスタンクが参加している。