電波利用料
納付方法
無線局の免許の日になると、総務省から無線局免許状の免許人に対して納入告知書が、日本郵便の郵送で送付されるので、納付書を日本銀行・郵便局・銀行の窓口に現金を持参して納付するか、口座振替・インターネットバンキング・Pay-easyの手続きによって納付する。収入印紙での納付は出来無い。
指定された納付期限までに納付できない場合は、督促状が送付され、延滞金が加算される（電波利用料1000円未満の場合は加算はない）。それでも納付されない場合は、国税徴収法の滞納処分の例によって、 強制的に財産差押等の処分がなされることがある。
支出の透明性に対する批判
電波利用料の料額は、電波法で規定されており、国会の議決が必要となっている。電波利用料は一般会計の歳入に属し、広義には「日本の租税の一種」と解釈される場合があるものの、実のところ総務省所管の公的な負担金となっており、財務省による予算再分配の対象とはならない。
年間650億円（2007年実績）と、総合通信局の予算に対しても少ない額ではないため、支出には透明性が要求されるが、当初の目的である総合無線局監理システムや電波監視システムの整備・運用、周波数逼迫対策のための技術試験事務、携帯電話の過疎地での基地局維持・設置などに充てられている額は、電波利用全体の半分程度であり、「その他」の支出項目において、多額の人件費が支出されていることなど、不透明な支出が多いことが問題視されることがある。
2008年（平成20年）5月に、電波利用料が総務省総合通信局にて、職員のレクリェーションやマッサージチェア購入のために電波使用料を流用していたことが、国会での質疑により明らかになり、「道路特定財源制度と同様に『特定財源』のブラックボックスの中で無駄遣いされている可能性がある」という批判を受けた。
支出の効率性に対する批判
電波利用料のうち81.8億円（平成29年度）が法令に反する電波の監視に支出されているしかしながら、法令に反する無線局のためにアマチュア無線を行うことが困難である地域も存在する
これらの無線局に対して日本アマチュア無線連盟（JARL）と総務省総合通信局では監視・啓発・告発を行っている。しかしながら、民間人であるJARLのボランティアに対していやがらせや「放火する」と脅迫した事例すらあり、取り締まり権限がないことと相まって消極的な対応にとどまっている
その一方で総務省総合通信局では「チラシの配布」や「業界団体を招いての啓発会」「電波検問を用いた摘発・告発」などを行っている。しかしながら、「チラシの配布」は確信犯的に犯行を行うものに対しては無効である。また、業界団体を招いての啓発会を行っているが、業界団体の対策の動きは無い。
近年では「無線局に必要な免許を所持したうえで目的外利用を行う違法無線局」が指摘されており、実際にハローワーク「必要な資格・免許」欄に「（業務利用が禁止されているはずの）アマチュア無線」と記載した求人が掲載されている
電波検問についても無線従事者免許と無線局免許の確認を行うのみであり、免許を所持する違法局に対しては無効である。実際に総合通信局の違法局に対する行政処分・告発の実績は無い
占有周波数に対する不公平感に対する批判
2005年（平成17年）9月までは、無線局数に対する徴収であり、携帯電話1台が無線局1つと数えるため、日本国内において最も無線局数の多い移動体通信事業者から、負担のわりに受益が少なく不公平であるという批判が、自民党衆議院議員の河野太郎から挙がった。
また、携帯電話の普及により大幅に収入が増えたため、当初の「電波の規正」などだけでなく、アナアナ変換の費用支出特定周波数変更対策業務が追加されたことで、さらに移動体通信事業者の不公平感が大きく増すことになった。
「特定周波数変更対策業務」は、地上デジタル放送への移行より生じる、アナログテレビ局の周波数指定変更に伴う費用で、総務省の計画ミスにより、費用が大幅に膨らんだことなどから、電波利用料を当てることになった。
「テレビ局に対する電波利用料は、2007年（平成19年）で34億4700万円。アナアナ変換対策にかかる暫定追加電波料30億円。合計64億円であり、移動体通信事業者が多く負担することで、間接的に国民の負担する金額と比較して、テレビ局が負担する額が微々たるものであり、一部で国民の負担が大きすぎるのではないか、各事業者間に不公平感があるのではないか、放送局に対して企業の社会的責任を認識させるには不十分な額であり、放送局の暴走を許しているのではないか」といった指摘が、自民党衆議院議員である河野太郎からなされている。
日本国政府の放送事業歳出費は2百数十億円に及ぶのに、テレビ局が38億円（2007年度）しか払わず、約7倍の格差があるのは不公平との声が、総務省内などからも上がり、現在、テレビ局の電波利用料値上げなどについて議論されている。例えば民主党の2009年版第45回衆議院議員総選挙のマニフェストには、日本版FCCの創設と共に、電波オークションの導入があげられている。
電波オークション
電波オークションとは、周波数帯域の利用免許を競売で電気通信事業者に売却して事業を行わせるものである。有限な公共財である電波を有効利用するための手法である。オークションの方式には様々なものがあるが、1回のオークションは一日から数か月の期間で公開入札形式で実施される。
アメリカ合衆国の移動体通信事業者で、1996年に世界で初めて採用された。その後、ヨーロッパ各国の第3世代携帯電話で採用された。予想以上の高額で落札が行われたため、経営破綻する事業者が続出し、携帯電話事業開始の遅れの原因となったと批判されることもある。また、周波数帯域の需要と供給の実態に即しない「周波数バブル」であるとの批判もある。しかし現在では「オークション理論」を用いて制度は改善されており、国家にとって大きな税収源となっている。
一方で、OECD加盟国の約2/3は既に電波オークションを導入しており、実施されているオークションの大部分は、大きな問題や批判がなく運用できているのも実態である。
日本の電波行政と異なり、アメリカ合衆国などでは、携帯電話のエリアが有線電話のエリアとの兼ね合いで非常に細かく設定されており、日本の様に、方式や事業計画の優劣を十分に時間を採って審議することが出来ないということが、電波オークションに至った理由である。それ以前の有線電話事業などでは、割り当ては「早いもの勝ち」であった。
アメリカ合衆国連邦政府では、連邦通信委員会が2010年3月にNational Broadband Plan（国家ブロードバンド計画）を発表。ブロードバンド用に新たに500MHzの周波数を割り当てることを決定すると共に、その割り当て方式としてオークションを採用している。また、同計画には、インセンティブ・オークションの導入も明記されており、より少ない周波数で従来の放送サービスを提供する技術の利用に自発的に同意する放送事業者に、オークションの収益を分配できる仕組みも明記されている。
この計画の実施は、全て電波オークションからの資金で賄えるとも明言されており、電波オークションの国家財源への影響力の大きさを伺うことができる。
日本の電波利権
テレビ局は社員・退職者に他の業種と比較して高額であると言われ、入社から退職まで手厚い福利厚生があるため放送業界に冠する既得権益（電波利権）があると批判されている。
2013年のテレビ局の事業収入がNHKが6517億円、フジテレビが3468億円、日本テレビが2277億円である。企業でいう「仕入れ」の電波利用料は1993年から導入されたが、NHKが18億7800万円、フジテレビ系が3億9920万円、日本テレビ系が4億3260万円で、事業収入に占める電波利用料はNHK0.28％、フジテレビ系0.11％、日本テレビ系0.18％でテレビ局は確実に大儲け出来る仕組みであることや電波利用料自体が自由化された際の市場価値に対して不当に安過ぎるため電波利権と批判されている。
2015年の電波使用料は、携帯電話キャリアであるNTTドコモ201億円、KDDI131億円、ソフトバンク165億円に対して、公共放送のNHKが約21億円、日本テレビ系列は約5億円、TBS系・フジテレビ系、テレビ朝日系、テレビ東京系は約4億円で利益に対しては電波利用料は1％未満という微々たるものである。2014年11月から翌年1月のオークションで、周波数帯3つが計約5兆円で落札されて、アメリカ合衆国では電波の競売によって連邦政府の歳入の増加に貢献している。民主党政権は電波の自由化をしようとしたが、外資規制を法案に盛り込まなかったことで野党自民党が反対したため廃案になった。
日本の公共放送放送であるNHK関係者の高額給与・福利厚生や社内幹部らが放漫出費してることに日本国民が反感を覚えて受信料拒否が起こっていることの解決策として、イギリスの公共放送BBCへ受信料への受信料義務化以後は、代わりに定期的な民営化の国民投票をするイギリスの制度が提案されている。2017年は自民党政権は電波利用料金の収入増と電波利権と批判されている特定のテレビ局などへの割当の透明性確保した形で、アメリカ・イギリス・フランス・ドイツなど先進国で行われている周波数帯の利用権を競売制度導入を検討していることを発表した。
元NHK職員の池田信夫は、自身の主催するウェブサイト『アゴラ』において、2015年6月に作家の百田尚樹が「沖縄の2つの新聞は潰さないといけない」と発言してマスコミからの批判を受けた報道について、百田の本当の批判対象が新聞の影響ではなく「地上波の既得権」にあるにもかかわらずそのことをどのメディアも触れていないことを指摘。UHF帯だけで30チャンネル以上割り当てられる周波数をたったの7局の寡占して状態を改善すれば報道法第4条の「政治的中立」規定は不要になると述べると共に、池田自身が電波利権を告発した本を出版した以降に突然テレビ局にほとんど招かれなくなったことを踏まえ、『テレビ局なんて、役所の守ってくれる利権にぶら下がって商売している規制産業』『「言論の自由」を振り回して、正義の味方を気取るのはやめるべき』と述べている。
嘉悦大学教授の高橋洋一も、講談社のウェブサイト『現代ビジネス』への寄稿で、日刊新聞法が新聞社の保護につながっている事に加え、クロス・オーナーシップと共に「電波オークション」をやらないことで放送事業への新規参入が阻害されているとして「多様な放送が可能になれば、どんな局が入ってきても関係がない。今は地上波キー局の数局だけが支配しているから、それぞれのテレビ局が異常なまでに影響力を強めている。影響力が強いから放送法を守れという議論にもなる。しかし放送局が何百もの数になれば影響力も分散され、全体で公平になる。そのほうが、健全な報道が期待できるだろう」と述べている。