遊☆戯☆王VRAINS
ハノイの騎士編（1話～46話）
本編の5年前、イグニス6体の内5体はリボルバーに捕らわれていた。唯一難を逃れていた闇のイグニスは仲間の5体を助けだし、再び捕らえられないために自分たちの暮らすサイバース世界を封印した。その過程で、闇のイグニスはクラッキング・ドラゴンに眼球以外の肉体を奪われてしまう。5年後、LINK VRAINSで活躍しているカリスマデュエリストのGo 鬼塚とブルーエンジェルがデュエルを始めようとしたところ、ハノイの騎士が現れてLINK VRAINSの襲撃を始めた。その一方、現実世界にいる藤木遊作と草薙翔一はある目的の為にハノイの騎士を追いかける中で、謎のAIを入手した。その後遊作はPlaymakerの姿をとり、LINK VRAINSにてハノイの騎士とスピードデュエルを行う。スピードデュエルの最中に謎のAIが呼び起こしたデータストームによって、Playmakerはスキル「Storm Access」を発動、手に入れたデコード・トーカーを使用しハノイの騎士に勝利する。
その後LINK VRAINSにスピードデュエルが普及し始めた頃、遊作はカリスマデュエリストの鬼塚剛/Go 鬼塚と財前葵/ブルーエンジェルと出会いデュエルを行い、彼らと面識を持つ。
ある日ブルーエンジェルはPlaymakerとのデュエル中に電脳ウィルスに侵された。現実世界の葵はLINK VRAINSからログアウトできず、昏睡状態のまま病院に搬送される。その事を知った兄の財前晃はこれがPlaymakerの仕業だと誤解し、別所エマ/ゴーストガールと手を組んで罠を仕掛け、捕らえたPlaymakerを尋問していた。そこにハノイの騎士の首領・リボルバーが乱入し、葵の電脳ウィルスの除去プログラムとの交換条件でPlaymakerにデュエルを申し込む。PlaymakerとリボルバーのデュエルでPlaymakerが勝利し、Aiの本体プログラムと電脳ウィルスの除去プログラムを入手、入院していた葵は目を覚ました。
遊作と翔一はロスト事件の真相を掴んだと言うゴーストガールからのメールを受けた。SOLテクノロジー社のデータバンクの鍵を掛けてデュエルし、Playmakerはゴーストガールに勝利する。SOLテクノロジー社に侵入したPlaymakerはデータバンクまでの道すがらに追っ手に追われるも、後からやってきたブルーエンジェルと協力して敵を分散させ、データバンクの最深部にまで到達する。ロスト事件の真相を先に知った晃はデータバンクの最深部に立ちはだかりPlaymakerとデュエルすることとなるが、勝利したPlaymakerはデータバンクの中身を全て採取しログアウトする。現実世界に戻った遊作は翔一と共にロスト事件を解明する中で、元SOLテクノロジー社の科学者でかつ事件の最高責任者だった鴻上聖が既に亡くなっているのを知る。
LINK VRAINSにログインしたまま現実世界に戻れなくなる「アナザー事件」が多発する中、Go 鬼塚は事件の実行犯であるドクター・ゲノムとデュエルを行い勝利する。アナザー事件の首謀者の一人で、葵に電脳ウィルスを仕組んだバイラはブルーエンジェルとデュエルを行うが、ブルーエンジェルが勝利しバイラがワクチンをばら撒くことでアナザー事件は解決した。
アナザー事件解決後、島直樹のデッキにサイバース・ウィザードが何者かによって入れられる。島がLINK VRAINSにログインした矢先にハノイの騎士に属する一般兵とデュエルすることになり、島は勝利する。それを見たファウストは島を人質に取ってPlaymakerとデュエルするも、Playmakerが勝利する。
LINK VRAINSに不穏な気配を感じ取ったPlaymakerとAiは地下下水道に侵入し、ゴーストガールと共に調査をする。途中から別行動をとったゴーストガールはPlaymakerより先に最深部に到達しハノイの塔の動力源を調べていたところ、リボルバーと対峙しデュエルを行うこととなる。Playmakerは追ってくる巨大なモンスターを回避しながら最深部に到達する。リボルバーとデュエルしていたゴーストガールは敗北し、ハノイの塔のデータをPlaymakerに託してハノイの塔に吸収された。
地下から地上へと出現したハノイの塔は6時間かけ6段の塔となり、塔が完成するとLINK VRAINSや全てのネットワークが崩壊し、現実世界に混乱が起こることが分かる。それを阻止すべく、遊作・葵・鬼塚はLINK VRAINSに入りハノイの塔を目指して別行動をとる。ブルーエンジェルはスペクターとデュエルを行い敗北するが、後からやってきた晃はスペクターの罠に掛かるのと同時にLINK VRAINS内に蘇った鴻上博士と遭遇する。Playmakerの前にもスペクターが立ちはだかりデュエルを行うが、スペクターは自身もロスト事件の被害者であること明かし、更に晃を人質にとってPlaymalerに迷いを生じさせる。晃はPlaymakerの迷いを断ち切るため自身をデータ化しハノイの塔に吸収されたことで、Playmakerはスペクターとのデュエルに勝利する。
ハノイの塔の目の前に到達したGo 鬼塚はリボルバーとデュエルを行うが、敗北する。Playmakerはリボルバーとスピードデュエルを行い、両者ともにスキル「Storm Access」で新たなモンスターを手に入れた。リボルバーが入手した「トポロジック・ガンブラー・ドラゴン」の効果で、両者ともに引き分けで終わると同時に強制的にログアウトされる。
ハノイの塔が自動構築で完成していく中、現実世界に戻った遊作は翔一と共にスターダスト・ロードが現れる海岸の上にある家に向かい、リボルバーの正体鴻上了見と対面する。了見はロスト事件とイグニス誕生の真実を語る。真実を知った遊作はハノイの塔を止めるよう説得するが了見は受け入れず、2人は再びLINK VRAINSに入り完成間近のハノイの塔にてマスターデュエルを行う。リボルバーは5体のリンクモンスターを揃えEXリンク状態となり、Playmakerは窮地に陥るも、Playmakerもリボルバーのモンスターを利用してEXリンク状態となった。攻撃力9200まで上がったデコード・トーカーの攻撃でPlaymakerが勝利し、同時にハノイの塔は消滅した。その後、現実世界に戻った了見はハノイの騎士の解散と同時に旅立ち、Aiはサイバース世界へと帰った。
イグニス編（47話～103話）
LINK VRAINSはハノイの塔の被害が大きかったものの、3ヶ月後には新生LINK VRAINSへとリフォームしていた。その頃、草薙仁はボーマンによって意識を奪取される。それを見た兄の翔一は遊作に連絡し、遊作は新生LINK VRAINSにてボーマンとデュエルを行う。その際、Aiが遊作の元に戻り、サイバース世界は何らかの理由で既に崩壊していたことを告げる。ボーマンは「裁きの矢」を使用してモンスターの攻撃力を強化するが、Playmakerが勝利し追い詰めようとしたところビットとブートが立ちはだかり邪魔をする。Playmakerのデュエルを見ていたSoulburnerはビットとブートを引き付けてデュエルを行い勝利する。PlaymakerとSoulburnerは引き続きボーマンを追うも、新生LINK VRAINSの最下層に逃げ込まれてしまいそれ以上追いかけられず、2人はやむを得ずログアウトする。その翌日、Soulburnerの正体である穂村尊と炎のイグニス不霊夢が遊作の仲間に加わり、サイバース世界崩壊の真実を追うため、仁の意識データを奪還するために新生LINK VRAINS最下層の調査を始める。
新生LINK VRAINSの最下層で、PlaymakerとSoulburnerはブラッドシェパードと賞金稼ぎに転属したGo 鬼塚に遭遇し、それぞれデュエルを行い勝利する。その後、風のワールドへと入りこんだ2人は謎の建造物で風のイグニスウィンディと出会い、新生LINK VRAINSに吹く風を和らげるよう説得する。その頃、ブルーガールとなった葵はゴーストガールと共に風のワールドに入りこんでおり、Soulburnerはブルーガールとデュエルし勝利して、不霊夢が持つ強制ログアウトプログラムで彼女たちをログアウトさせた。Playmakerはボーマンを見つけデュエルするが、ボーマンはマスターデュエルでは使えないはずのスキル「Storm Access」を発動し、「トライデント・ハイドライブ・ロード」を入手した。デュエルにはPlaymakerが勝利するが、決着と同時に風のワールドが崩壊したため、PlaymakerはSoulburnerと共にログアウトする。
Den Cityへと戻り、再びイグニスの捜索を始める彼らは、ある日怪しげなゲートを発見する。出現したゲートへと向かい調査を始めるPlaymakerたちだったが、なんとそのゲートはブラッドシェパードが仕掛けた罠だった。ゲートの中に捕らえられたSoulburnerは、ブラッドシェパードとのデュエルを開始する。だが、闘いの中でゲートに仕込まれた装置が作動し、Soulburnerは過去の記憶を暴かれてしまう。ロスト事件で植え付けられたトラウマがよみがえったことで動揺し、危機に陥ったかに思われたSoulburnerだったが、不霊夢の協力により、ブラッドシェパードの裏をかくことに成功したSoulburner。そのままデュエルの決着をつけようとしたその時、ゴーストガールが草薙の用意した救助プログラムを書き換え、ブラッドシェパードの罠を解除する。Den Cityへと戻り再びネットワーク内の情報を探す遊作たちは、ある時ネット上で「地のイグニス」を名乗る書き込みを発見し、書き込んだ人物とコンタクトを取る。指定された現場へと向かうと、そこには地のイグニスであるアースが待ち構えていた。アースは、人間の真意を見極めるために、Playmakerへ勝負を挑む。屈強な「Gゴーレム」によってアースに追い込まれるもPlaymakerはアースに勝利する。
アースとの闘いが終わり、再びボーマンに関する情報を集めようとした遊作は、ある日デュエルディスクからAiが姿を消してしまった事に気付く。遊作は原因を探るために、草薙と協力してデュエルディスクのデータを解析し、Aiがアクセスしたサイトを発見する。残された手掛かりから、Aiの居場所を特定し現地へと向かったPlaymakerは、Aiと接触するウィンディ、そして光のイグニスであるライトニングと遭遇する。ライトニングたちは、イグニスが目指す「人類の後継種」への道を歩むために、Aiを仲間に引き入れようとしていた。人類とイグニスが共存できる方法を模索するPlaymakerとAiは、ライトニングの誘いを断りその場を去ろうとするが、思惑を知られたライトニングはPlaymakerたちを捕獲、始末しようとする。窮地に追いやられたPlaymakerだが、その時激しい雷と共にリボルバーが現れる。イグニス殲滅のため「ハノイの騎士」としての活動を再開していたリボルバーはウィンディとデュエルを始める。壮絶な闘いが繰り広げられる中で、リボルバーはウィンディがパートナーに危害を加えた事を明かす。残虐性を露にしたウィンディに対し、リボルバーはイグニスと闘うための新たな切り札「ヴァレルロード・S・ドラゴン」を呼び出しウィンディのモンスターを撃破する。リボルバーの襲撃を受け、人類を敵とみなしたライトニングは人類に宣戦布告した。ライトニングと決着をつけようとするPlaymakerだが、ボーマンによって行く手を遮られてしまい彼とデュエルをする。ボーマンはさらに研ぎ澄まされた戦術で強力になった「ハイドライブ」によって、Playmakerを瞬く間に追い詰める。窮地に立たされたPlaymakerだったが、Aiが秘密裏に用意していた新たなスキル「ネオストーム・アクセス」を発動し、手にした「サイバース・クアンタム・ドラゴン」を召喚、引き分けに持ち込んだ。Playmakerは力が飛躍的に向上したボーマンを見て、今後の闘いがより厳しくなることを痛感する。
今後の戦いにより、「LINK VRAINS」に多大な被害が及ぶと想定するPlaymakerは、SOLテクノロジー社の財前を呼び、イグニスとの全面戦争が始まった事を告げる。一方、ライトニングによって捕らえられていたアクアの救出に成功したアースは、AIチップを脳に埋め込み極限の状態になっていたGo鬼塚に急襲される。アースは自身のスキルを発動しトドメをさそうとするが、スキルを無効化する力を得たGo鬼塚に敗れSOLテクノロジー社に捕らわれてしまい、解体されてしまう。一方で、アースに解放されたアクアは、ブルーガールと遭遇。自身が生まれた元であるパートナーにして、葵の旧友・美優の想いを伝える。美優の気持ちを知ったブルーガールは、アクアと共にライトニングと戦う決意を改め、ブルーメイデンとなる。ライトニングは人間側の結託を看過する事を許さず手始めにイグニスを狙うブラッドシェパードを破り、人間側の陣営を減らした。
動き出したライトニングに対抗するために、リボルバーはPlaymakerたちを「LINK VRAINS」へ呼び出し、一時的な共闘を提案する。結託したPlaymakerたちは、ハノイの塔の力を使い、ライトニングたちが潜む「ミラーLINK VRAINS」の存在を解き明かす。ボーマンのシステム同期の時間を稼ぐために現れたハルたちの攻撃を退けるPlaymakerたちだったが、ライトニングの作戦によって散り散りになってしまう。そしてライトニングは、分かれて行動する事となったPlaymaker陣営の中から、スペクターを標的に選ぶ。ライトニングのリンクマジックを奪い、デュエルを優位に進めるスペクターだったが、リンクマジック対策を見越していたライトニングの戦術に敗れてしまう。さらに、ウィンディが動き出しSoulburnerへと襲い掛かる。自身のパートナーの存在を否定し、危害を加えたウィンディに対し、Soulburnerは怒りの炎を燃え上がらせる。イグニスとの絆を信じる彼は、不霊夢と協力して窮地を突破し見事ウィンディを撃破する。Soulburnerの戦いを見届けたブルーメイデンは、ボーマンと遭遇しデュエルを始める。ボーマンの猛攻を耐え凌ぎ、ブルーメイデンは持てる力の全てボーマンにぶつける。だが、「LINK VRAINS」と同期し、人知を超える力を手にしたボーマンには敵わず敗れてしまい、アクアを吸収されてしまう。
ライトニングたちとの交戦で次々に仲間が倒れていく中、Playmakerの前に、突如翔一が姿を見せる。彼はライトニングに弟・仁を人質に取られたことで、Playmakerと戦うように仕向けられていた。これまで支え合った翔一との戦いを受け入れられず、攻撃を躊躇するPlaymakerだったが、戦いの中で草薙と交わした約束を思い出し、決意し勝利を収めた。しかし、翔一との戦いによって精神的なダメージを受けたPlaymakerは、その場で力尽きてしまう。非道な手段でデュエルをさせた事によりSoulburnerは怒りを燃やし、ボーマンとデュエルを行う。ボーマンの圧倒的な力の前に敗れたSoulburnerは後の事をPlaymakerに託し消滅した。Soulburnerのデュエルを見届けたリボルバーはライトニングを呼び出し、デュエルを進めながらライトニングの悪行を明かしていく。イグニスに関する騒動は全てライトニングによるものと明かしたリボルバーは勝利目前までいくも、ライトニングの決死の反撃にあい引き分けに終わってしまう。リボルバーはPlaymakerにライトニングはボーマンに全てを託し消滅した後、Playmakerとボーマンとの最終決戦が始まる。
AIが人間に代わる支配者になるのを目指すボーマンはPlaymakerを全力に潰しにかかっていく。LINK VRAINS内にいる人間の意識データを利用し作中初のリンク5モンスターを召喚し、圧倒的な力を見せつける。しかしハノイの三騎士や財前・ゴーストガールの協力によりボーマンの力の一端を阻止する。Aiもボーマンの中に侵入し吸収されてしまった同胞のイグニス達を助けようとするも叶わず、逆に最後の想いを託されてしまう。イグニス達の想いがこもったリンク5モンスターをPlaymakerは召喚しボーマンに逆転勝利を収める。ボーマンはAiに意味深な事を伝えると、吸収していた人間達の意識データを解放し、自身はミラーLINK VRAINSと共に消滅した。
Aiの反乱編（104話～120話）
ボーマンとのデュエルを終え、唯一の生き残りのイグニスとなったAiは遊作から離れ、サイバース世界で消滅した仲間達の墓標を建てていた。Aiはイグニスとしての姿を捨て、人間の容姿に変化し意志を持つようになったロボッピと共に意を決して行動を起こす。
AiはSOLテクノロジー社の現トップ・クイーンを襲撃しコードキーを手に入れる。もう一枚のコードキーを持つ財前に3日後に襲撃を予告する。襲撃予告を受けた財前はPlaymakerを始めとするデュエルの実力者やハノイの騎士に自身の警護を依頼する。Aiとの戦いに遊作は最初戸惑いを見せる。3日後、財前・Soulburner・ブルーメイデン・Go鬼塚・ゴーストガール・ブラッドシェパード・リボルバー・スペクター・ハノイの三騎士と実力者が勢揃いのなか、Aiとロボッピは2人で予告通り襲撃する。そこに相棒としてAiを止めることに決意を固めたPlaymakerが現れる。しかし次々と阻んでくるデュエリスト達をAiとロボッピは打ち倒して行き、遂に財前までも倒しコードキーを手に入れる。
その後、AiはSOLテクノロジー社のコンピューターを制圧。ロボッピに一つのデータと、LINK VRAINS内に『家電の王国』を与える。彼を讃える家電たちに喜ぶロボッピの元にSoulburnerが現れ、彼とデュエルをする。序盤はSoulburnerがデュエルを優勢に進めるも戦いが進むに連れてロボッピの知能が徐々に進化し、場を逆転するもデュエルの情報量による負荷とイグニスのプログラムに自身が耐えられず、Aiに出会う前の家電ロボットに戻ってしまい、デュエルを続行出来なくなり敗北。戦いの後、SoulburnerはAiが予めロボッピに持たせておいた自身の居場所を記したデータを手に入れる。そこにリボルバーが現れ、データを渡すようにSoulburnerに迫るも拒否し、自身の因縁との決着を含めたデュエルを行い、熾烈を極めた戦いの末にSoulburnerが勝利を収め、リボルバーに罪を償う為に自首をするのでは無く、ロスト事件を忘れる事の無い為にネットワークの監視者になるように諭し、リボルバーはそれを受け入れて去って行く。その後、SoulburnerはデータをPlaymakerに託した。
後日、遊作はデータが示した場所へと向かう。その場所とはAiが制圧したSOLテクノロジー社のソルティス製造工場であった。そこで遊作は大量に生産されたAiの人間体を模したソルティスを目撃する。Aiはこのソルティスに自らの意志を与え、世に放つ事が最終目的だと遊作に教える。それを阻止するため、AiとPlaymakerと互いの存在を賭けた最後のデュエルを行い、Playmakerが勝利する。その後、Aiはデュエルで勝利して奪った人間達の意識データを解放し、最期に遊作が自身に付けてくれた名前である「Ai（アイ）」を気に入っていた事とその名前の意味を教えてくれた遊作への感謝の言葉を告げると共に消滅した。
三ヵ月後、平和を取り戻したLINK VRAINSにログインするPlaymakerと何処かのネット空間で目を醒ますAiの姿が描かれ、物語は幕を閉じる。