第二次ネオ・ジオン抗争
背景
宇宙世紀0089年1月、ネオ・ジオンの自滅的敗北によるエゥーゴの勝利という形で第一次ネオ・ジオン抗争は終結した。事態は鎮静化したように見えたが連邦は何の対策も講じてはおらず、度重なる戦争で生じた難民に対する救済措置も老朽化したコロニー2基を改造してつなぎ合わせたものに強制的に収容するといったおざなりなものだった。アースノイドとスペースノイド間の軋轢は少しも解消されておらず、8月25日にはスペースノイド寄りのコロニーに対する経済制裁も加えられた。この時期の反地球連邦運動はかつてのサイド3のときのような狂騒状態には至らなかったものの、広くスペースノイド全体に敷衍されたものとなっていき、連邦政府に対する反感も徐々に人々の中に醸成されていった。
宇宙世紀0090年に入り、反地球連邦組織の活動は激化していった。エグムやNSPなどの大掛かりな規模を持つ組織もあり、MSや宇宙艦艇まで調達し連邦への妨害工作も顕著になった。テロや小規模な戦闘が頻発し、その対応に迫られた連邦は同年の3月21日付けで連邦軍の外郭新興部隊ロンド・ベルを再編し、装備と人員の拡充を行った。しかし、実働部隊としてのロンド・ベルは組織規模が依然として小さく、空コロニーなどが点在する月軌道内外の暗礁空域などの捜索は物理的に不可能であった（これに加えロンド・ベルはシャアの反乱までの2年間で全部のコロニーの調査を行ったが、大多数のスペースノイドは宇宙から地球を支配している地球連邦政府を嫌っており、ロンド・ベルが調査に行っても民間人がガードしてしまい、シャアの軍事準備を発見することはできなかった）。
また、当時の連邦軍の戦略は有事を想定しておらず、国家規模の戦争には到底、迅速な対応ができるものではなかったのである。
一方、シャアは反地球連邦組織やハマーンのネオ・ジオンの残党らを糾合し、さらにアナハイム・エレクトロニクスに新型MSなどを製造させるなど軍備の増強を進めていた。
ネオ・ジオンの蜂起
0092年12月22日、総帥シャア・アズナブル率いる新生ネオ・ジオン艦艇がサイド1のスウィート・ウォーターを占拠した。これを受け、地球連邦政府の高官ジョン・バウアー（ロンド・ベル隊の主力MSであるジェガンタイプの量産指示を宇宙世紀0089年当時に強行したのも彼である）の指示により同年の12月25日にロンド・ベル隊の増強が行われ、組織的にも実戦部隊として機能できるように再編成された。大気圏周回用ガルダに配属されていたブライト・ノアもそれまでの経験を買われ、旗艦ラー・カイラムの艦長としてロンド・ベル隊に編入されたがそれでも戦力は十分ではなかった。
一年戦争から第一次ネオ・ジオン抗争に至るまで、総力戦や物量戦を除いた重大な戦局でのニュータイプ専用MSの重要性を熟知していたロンド・ベルのMS隊隊長アムロ・レイ大尉は、ネオ・ジオンがニュータイプを戦闘に投入してきた場合を想定して、Zガンダムの量産機であるリ・ガズィを導入した。しかし、それでも戦力不足であると判断したため、アナハイム・エレクトロニクスのフォン・ブラウン工場の協力を取り付けてサイコミュ搭載のνガンダムを開発していた。
0093年2月27日、シャアはインタビュー番組内で地球連邦に対する事実上の宣戦布告を行う。
開戦
0093年3月3日、スウィート・ウォーターを発進したネオ・ジオン艦隊は連邦政府の油断をつき、少数精鋭をもって電撃的に地球の衛星軌道上にあった小惑星5thルナを占拠。連邦政府を恫喝するため、当時の連邦本部が置かれていたチベットのラサへ5thルナ落下を決行する。ロンド・ベルは5thルナ落としを阻止するべくネオ・ジオン軍と交戦するが、5thルナの核パルス・エンジンを破壊することはできなかった。両軍のMSが撤退した後は、ロンド・ベルは各サイドに5thルナへ向けて攻撃要請を行ったが、コロニーの内乱を恐れたサイド1はこれを聞き入れなかった。サイド2からはレーザー攻撃が行われたが数が少なく到底5thルナの破壊には至らず、レーザー攻撃をしている部分はネオ・ジオンのシンパが潜り込み自爆攻撃によって破壊されてしまった。そして5thルナはラサへと落着し、避難の完了していなかった多くの一般市民が犠牲となった。
リ・ガズィに搭乗したアムロ・レイは5thルナ落としを阻止する際にシャアのサザビーと交戦していた。戦闘で圧倒されたアムロはモビルスーツの性能差を痛感し、自身が開発に関与していたνガンダムを受領するため、アナハイム・エレクトロニクス社のフォン・ブラウン工場へ赴いた。
偽りの和平交渉
ラサへの隕石落とし後、ネオ・ジオンは和平交渉を連邦政府に申し入れ、和平交渉がサイド1のロンデニオンで極秘裏に行われることとなった。この和平交渉には総帥のシャアが立ち会うこととなり、シャアがロンデニオンへ潜入することをロンド・ベルに悟られないため、ネオ・ジオンはロンド・ベルへ陽動攻撃を仕掛ける。攻撃中に完成したνガンダムが戦列に加わったが、シャアのロンデニオン潜入は成功し、ネオ・ジオンは撤退する。ロンド・ベルはネオ・ジオンが攻撃を仕掛けた意図を看破できなかった。
3月6日、ロンデニオン内のホテル・キャンベラにて和平交渉は行われた。アデナウアー・パラヤ以下の地球連邦政府代表とネオ・ジオンの参謀ホルスト・ハーネス、そして総帥のシャア・アズナブルが会談のテーブルに着いた。交渉はネオ・ジオン艦隊がルナツーで武装解除し、ネオ・ジオンが買い取ったアクシズを自らスウィート・ウォーターに輸送するという内容で合意した。しかし、この和平交渉は欺瞞だった。この後、ロンデニオン内にてシャアとアムロが偶然再会し、アムロはシャアを殺害しようとするがクェス・パラヤの妨害にあい失敗している。
アクシズ落とし
3月12日、ネオ・ジオンは艦隊を二手に分け、一方はダミーバルーンで艦艇数を偽装した上で、武装解除地点である連邦軍宇宙基地ルナツーへ向かい、和平成立と思い込み油断していた連邦軍を少数戦力による騙し討ちで壊滅させ、ルナツーを占領した。ネオ・ジオン軍の武装解除に立ち会うためにルナツーに来ていた連邦側の代表アデナウアー・パラヤ参謀次官もロンド・ベル隊の艦艇に乗艦していた為この戦闘で死亡する。一方、シャアに率いられた残りの艦隊はアクシズを占領した。
ロンデニオンでの和平交渉に立ち会っていた地球連邦政府監査局のカムラン・ブルームは、旧知のブライト・ノア大佐にシャアのロンデニオン潜入をリークする。また、アムロは武装解除に向かうネオ・ジオン艦隊の中継画像から、艦隊にダミーが混じっていることを見抜く。ブライトたちはシャアがアクシズを地球に落下させると判断し、カムランの協力を得てルナツー以外に保管されていた核兵器15基を調達し、アクシズ落下を阻止するため向かった。
ルナツーとアクシズを占拠したネオ・ジオンは、ルナツーに貯蔵されていた核兵器をアクシズに移送し、アクシズの核パルスエンジンに点火し地球への落下コースに乗せるが、ロンド・ベル隊の活躍によってアクシズは二つに大きく分断された。しかし、爆発の威力が強すぎた為に分断されたアクシズの後部がもはや阻止不可能と見えるほどに地球に接近しており、その巨大な影が地表から目視できるほどであった。それにもアムロはνガンダムでアクシズを押し戻そうとした。その上、命令が出たわけでもないにも関わらず、周辺空域を警戒していた連邦軍の艦隊が引きつけられるようにアクシズに集結する。多数の連邦軍兵のみならず、アクシズを地球に落とすために戦っていたネオ・ジオン兵までがアムロの行動に同調し、敵同士のはずの双方が死を覚悟しながらアクシズ落下阻止に尽力するという奇跡的な事態となった。そしてνガンダムの機体から突如として発せられた“虹色の光”はアクシズのみならず地球全体を覆うほどのオーロラへと拡大し、その超常的な力でアクシズは地球への軌道を離れていった。
終戦
アクシズの地球落下は阻止されたが、アムロとシャアの二人は行方不明となった。交戦団体としてのネオ・ジオンの活動はこの作戦の終結をもって終了し、後にジオンの残党をまとめ上げた武装集団「袖付き」の登場まで沈静化することとなる。
アクシズが逸れた原因
アクシズが地球から逸れた説には大きく分けて二つある。ミノフスキー力場共鳴説とサイコ・フィールド説である。サイコ・フィールドという単語の初出である『機動戦士ガンダムUC』やその外伝作品、『機動戦士ガンダムUC』で起きた事件の直後を描いた作品『機動戦士ガンダム Twilight AXIS』内ではサイコ・フィールド説を採用している。
ミノフスキー力場共鳴仮説
アムロの搭乗するνガンダムのスラスター推力で、アクシズの破片の軌道変更を行うのは物理的に不可能である。この現象は、周辺に大量に散布されていたミノフスキー粒子の立体格子状構造が、サイコフレームから発振するアムロとシャア二人のニュータイプの感応波によって振動、導電性物質であるアクシズの破片に対して反発力として働いた。つまり偶発的にミノフスキー・クラフトに似た現象が大規模に起こったものだと推測されている。
サイコ・フィールド説
νガンダムそしてサザビーに搭載されていた新素材「サイコフレーム」は受信するパイロットの感応波が許容量を超えると発光現象を引き起こす。そしてその光は時に物理的エネルギーに転化し正体不明の力場を形成するというもので、その力場「サイコ・フィールド」の力でアクシズは逸れたとする説である。
アムロ一人の感応波が為したということではなく、アクシズ落下で地球が失われるという恐怖によって、あの時全人類が共有した危機感が無意識的に集積しνガンダムのサイコフレームを依代にして莫大なエネルギーに転化した。νガンダム一機のサイコフレームにそれほどの受信能力があったとは考えにくいが他にあの現象を説明する術はないというのが連邦軍が用意した調査班の下した一応の結論だった。
アクシズ・ショック
第二次ネオ・ジオン抗争時に、νガンダムが莫大な質量を持つアクシズを弾き返した現象を指す。命名者は連邦軍上層部であり、世界のパワーバランスを容易に覆す恐るべきその力はショックと言う他あるまいと語っていた。
連邦政府上層部としてはこの異常事態を落着させる論法を見出さねばならなかった。サイコミュを媒介にして人類の集団無意識がエネルギーになったなどと発表するのは論外だった。なぜなら、アムロ・レイとシャア・ダイクン、アクシズと共に消息を絶った二人のニュータイプが人柱となって現代に顕現させた奇跡の業、それはジオニズムに血肉を与える神の御業でもあった。それはようやく一つになった人類を分断する毒であり、人類は神の世紀を捨て宇宙世紀へと移行したいま神はいらないというのが連邦政府上層部の意向である。
ニュータイプ神話が文字通りの神話となれば対ジオニズム闘争は、人が起こす戦争の中でもっとも調停が難しく長く残酷な殺し合いである宗教戦争と化す（第二次ネオ・ジオン抗争最中には、ロンド・ベル隊内でシャアというカリスマが古代の人類の国家のように王は神託を受けたものという流行り方をすれば宗教戦争になる可能性も議論されていた）よって連邦軍上層部は事件の調査研究は継続するにしてもサイコフレームの開発は中止、今回の事件は「アクシズの軌道が逸れたのはロンド・ベルの分断作戦が成功したからに他ならない。地球を取り巻いたあの光は爆発で飛散した破片が大気の摩擦熱で焼かれ生じたものだ」という発表を行い事態の収束を図ろうとした。
歴戦のニュータイプの鼓動を間近に感じてきたロンド・ベル隊司令のブライト・ノアはアクシズ・ショックに関する連邦軍上層部の隠蔽工作に対して反発。アムロが見せたあの光を消すわけにはいかず、第二時ネオ・ジオン抗争時に機体を無断搭乗した息子ハサウェイ・ノア、核兵器を無断で持ち出したカムラン・ブルーム、連邦上層部によって実質人質扱いをされていた両名を犠牲にしようとするものの、ブライトの脳内に突如アムロ・レイ、カミーユ・ビダン、ジュドー・アーシタ三人のニュータイプが現れた。彼らが言うには、ニュータイプが生きるにはこの世界はまだしがらみが多すぎるので、これから生まれてくるニュータイプ（バナージ・リンクス）を手助けしてくれる、自分達がなれなかった大人になるようブライトに頼んで消えていった。これを受けブライトは連邦軍上層部に、自分をロンド・ベル隊司令として留任させることを条件としてどんな調書にでもサインをするし、公聴会などで望み通りの発言をすることを確約した。これによりブライトにかけられた国家騒乱罪の嫌疑、カムランと息子ハサウェイに関する訴追は自動的に免責されることになった。
ブライトがシナリオ通りに地球へのアクシズ激突阻止を行った偽物の英雄となったことで地球連邦軍上層部の懸念はひとまず消え去った。そして地球連邦軍とアナハイムはUC計画を発動することになった。