信長の野望・嵐世記
知行制・軍団制の復活
『覇王伝』の知行制が形を変えて復活している。今回のシステムは勲功があった武将に与えた知行でその武将の兵力が決まるようになっている。ただし『覇王伝』とは異なり知行高は領国一括での数値としてのみ表されるため、転封を行うことはできない。また「家臣の要求する知行に対して石高は低いため、常に領土拡大をしないと知行不足になり、出奔する武将が続出する」、「勲功がなければいくら統率が高くても多くは知行を与えられないため、武官にはなかなか知行を与えられず、内政主体の文官にばかり知行を与える結果になる」など問題点も多かった。
『天翔記』で採用された軍団制も復活した。前述の奉行も大名の能力値により任命できる奉行数の上限数は変わるので、領土が拡大していくと軍団長を任命することになる。第2軍団以降は通常はコンピュータに委任となり大まかな方針しか与えられないが、血縁武将ならば自分で命令を出すことも可能である。第2軍団以下の奉行数の上限数もやはり軍団長の能力値で決まる。
奉行制の導入
前々作『将星録』および前作『烈風伝』に採用されていた箱庭内政システムは本作では採用されず、『天翔記』までの数値で表す方式に回帰した。と言っても『天翔記』までとは異なり毎月コマンドを指定する必要はなく、いったん武将を例えば開墾奉行に任命しておけば、解任するまで、あるいは石高が上限に達するまでずっとその武将が開墾を継続するようになる。領内開発だけではなく訓練や領内警戒など軍事、浪人登用や武将引抜など計略についても同様に奉行を任命して行う。ただし奉行を毎ターンごとに任命する必要がないとは言っても、配下から特定のコマンドをその月に行うべき、あるいは控えた方がいいと助言がある場合もあるため、それに応じて奉行任免を適宜行うことでより効率的にはなる。
また開発が進むとともに城下のグラフィックも立派になっていくが、グラフィック変化はターン切り替わりの際に行われ、またそれを知らせるメッセージなども表示されないため、開発の進行が分かりづらい面があり比較的達成感は薄くなっている。なお城下の人々をクリックすることで話し掛けることができ、ゲームのヒントや他国情報を教えてくれることもある。
パラメータ
本作での武将の能力パラメータは隠しを含めて「政治」「統率」「知略」「野望」「義理」「相性」、前作までの「智謀」が「知略」に変更され、戦争に関するパラメータが「統率」のみになった。
特技の数は「開墾」「商業」「改修」「訓練」「登用」「引抜」「外交」「回復」「検地」「治水」「貿易」「奉仕」「茶湯」「剣豪」「混乱」「収拾」「説得」「激励」「捕縛」「逃亡」「攻城」「影」「軍神」「三段」「雨撃」「鉄壁」「槍衾」「突撃」「守戦」「連射」と大幅に増加した。ただし前作までは武将に（家宝のある限り）いくらでも家宝を与えることができたのに対し、本作では2つまでしか与えられないので、後述のPKのエディタを使っても家臣自身がもともと持つ特技（最大）4つ＋家宝により付加される特技（最大）2つの6つまでしか特技は持たせられない。
寺社衆
寺社衆は交渉の際に大名の改宗を求めてくる場合もある。改宗することでその宗派との交渉は容易になるが、他宗派との交渉は難しくなる。また布教活動を行い、武将を改宗させることもある。
寺社衆の中でも特に一向宗は鉄砲隊を率いることがあるため実に厄介で、また一揆を起こして新大名となった場合には本願寺が存在するシナリオでは本願寺に自動的に従属する。そのため本願寺が存在するシナリオでは本願寺はかなりの割合で勢力を伸ばす（なお『天翔記』でも本願寺は強かった）。
水軍衆
水軍衆は交渉の際に他の水軍との縁切りを要求してくることもある。また水軍衆との関係が悪いと沿岸の海域で海賊行為を起こされ金や米を略奪されることもあるが、関係が良ければ明との貿易をすることもでき、成功すれば家宝などを入手できる。また合戦で渡海が必要な場合、関係が「仇敵」だと渡海を拒否され、通行を許された場合でも、関係が悪いほど通行料や渡航部隊数が不利になる。また、合戦では通行を許した水軍衆が敵に回ってしまうこともある。水軍衆は自分と親密な大名領への通行を許さないため、自分と親密になっておけば、その水軍衆の支配する海域からの侵攻を恐れる必要はなくなる。水軍衆同士の合戦もあり、海域を失った水軍衆は滅亡する。しかし、プレイヤーはどちらかに肩入れする以上の介入はできない。滅亡した水軍衆の頭領は、浪人になる。
忍者衆
忍者衆は情報収集やさまざまな謀略実行に必要な忍者の貸し出しをしてくれる。本作では他大名の情報はあらかじめ忍者を潜り込ませておき、数ターン経過して初めて全てが分かるようになっているため、また敵国への工作活動のためにも、忍者衆との関係は重要である。また関係が良好だと有能な忍者やくのいちを借りられるようにもなる。
忍者と他の大名の武将、あるいは忍者同士で戦闘が発生することもある。戦闘の結果忍者が負傷・死亡することもあれば、忍者のレベルが上がることもある。
自治都市（商人）
自治都市との関係が良くなると、商人との取引で有利になる。また茶器を持っている武将に取引を行わせた場合、ランダムで茶会が開かれ茶器をもらえたり他国情報を入手したりもできる。
なお商人については武将などと異なり史料が不足していることもあって、ゲーム開始時から架空の商人がいる。
朝廷
領国に使者として公家が訪れ、資金援助や御料所返還を求めてくることがある。御料所返還に応じると石高（兵糧収入）は減少するが、朝廷との関係は良くなる。朝廷との関係が良くなると官位叙任をしてくれる。逆に朝廷との関係が悪化すると、朝廷の使者が軍団長をそそのかし、謀反を起こさせてしまう。
朝廷工作は無印の場合こちらから行うことはできないが、（朝廷のある）近畿圏の諸勢力に自家の宣伝を依頼することで使者の訪問頻度を高めることができる。
幕府
征夷大将軍になっている大名がいる場合は幕府も諸勢力の一つとなる。大名討伐令や役職就任を受けるかどうかで、その大名との友好度が左右される。討伐令を出された大名は、他大名との友好度が軒並み低下する。また役職就任により名声も上がるが、幕府の権威が低下すればその上昇幅も小さくなる。
プレイヤー大名自身も征夷大将軍となり幕府を開くことができる。条件は「朝廷と親密であること」、「正三位以上の官位を持っていること」、「石高が6万以上あること」である。幕府を開けば他大名を役職に就けることや討伐令を出すことで外交戦略の手段にできる。ただし役職を与えることで、別の大名の友好度が下がることもある。
幕府を開いた勢力が存在しても、別の大名が新たに幕府を開く条件を満たした場合には朝廷は旧将軍を解任し、新たに条件を満たした大名が将軍宣下を受け、幕府を開くことになる。
本作は、シリーズで初めて江戸幕府がシナリオ開始時から存在するが、幕府役職は室町幕府のもののみが用意されている。
戦闘システム
戦闘面ではこれまでの敵味方が交互にコマンドを出すターン制から、リアルタイムで指示を出し、指示に従い半オートで戦闘を行う、リアルタイムストラテジーの要素を取り入れたものになった。また各部将に「槍」「弓」「騎馬」「鉄砲」「大筒」「荷駄」という兵種が設定され、非所持の兵種の部隊は率いることができない。
以上のようにこれまでの信長の野望シリーズにはなかった新方式に変わった戦争だったが、敵総大将のみを狙い打ちにすればいい点など粗が目立ち、発売直後から不評だった。
また武将小隊を壊滅させるとPC版では即部隊壊滅だったのに対し、コンシューマー版では最寄の味方拠点もしくは退却ポイントへ壊走するようになるなど、システムが多少変更されている。
パワーアップキット
パワーアップキット（以下、PK）版では新武将・新家宝の登録エディタの他、自作の歴史イベントが作成できるエディタが新しく設けられた（PS2版では自動作成方式）。新武将（前田慶次など）や新シナリオ（「信長元服」など）も追加された。前作のPS版『烈風伝』のwithパワーアップキットにもあった日本・海外の古武将が登場する架空シナリオ「諸王の戦い」も引き続き収録されている（一部の古大名の変更・追加あり）。次作『蒼天録』においても歴史イベントエディタは搭載されたが、本作のものよりも簡略化された。なお『天下創世』および『革新』にはイベントエディタは搭載されていない。
無印からのゲームシステムの変更点は、無印では一度親密になった勢力とはなかなか下がらなかった友好度が時間経過とともに下がったり、ある宗派と親密になると他宗派とは交渉不可能になったりするようゲームバランスを変更可能になった。更にイベント頼りだった幕府担当時の大名討伐令発令や公家来訪時の朝廷工作がコマンドに追加された。また武将ごとに設定された出身国では合戦の間だけ統率が高くなる。その他の点でもシステム面がより強化された。
コンピュータの思考も変更された。無印では、好戦的で守りを考えず、また内政と戦争がそれぞれフェイズとして分離していたため、互いに攻め入った先の城を落とし、結果として領土を交換するという場面がしばしば見られた。また、諸勢力にもあまり投資せず、付け入る隙が多かった。パワーアップキットでは、防御中心の思考になり、諸勢力の懐柔にも力を入れるようになった。そのため、合戦の頻度は下がった反面、一つ一つの合戦では手強くなった。また、この思考の変更によって諸勢力の成長が早くなり、その取り込みの重要性が増した。
前作のショートシナリオモードの発展型であるミッションチャレンジモードも追加された。一定の条件下で所定のミッションのクリアを目指すものである。各ミッションのクリアには新武将や新家宝・新シナリオ（「決戦」「大坂の陣」）などが賞品となっている。
Windows版ではファンクラブ専用サービスで配布されている顔変更エディタにより、新武将に既存のCGを利用できるようになり、これを利用して自作の絵の利用や他社作品の人物などの登録も可能になっている。ただし、武将の顔は256色なので、ゲームで使用していない色のCGを使うと、若干色化けを起こす。
なお、コーエー公式ではWindows版PKのWindows2000以前のOSに対応としており、XP以降での動作保証はしていない（XPでも一応不安定ながら動作はする）。2008年に発売されたソースネクスト版withPKでは正式にXPへ対応しているが、Vistaへの対応は言及されていない。