レッドブル・ザルツブルク
1930年代　
1930年代まで存在していたFCラピード・ザルツブルクとFCヘルタ・ザルツブルクの合併により1933年9月13日にSVアウストリア・ザルツブルク（SV Austria Salzburg）として創設された。同じくザルツブルクを本拠地とするSAK 1914ザルツブルクの陰に長年隠れていたが、第二次世界大戦後に徐々に頭角を現すようになり、1953年に1部リーグにあたるオーストリア・ブンデスリーガ（当時のリーグ名は「Staatsliga」）に昇格した。
1960年代-1980年代
1971年にはオーストリア・ブンデスリーガ（以下「リーグ戦」と表記）とミトローパ・カップで準優勝した。一方で、1950年代には1度、1960年代には3度、1970年代と1980年代に1度ずつ2部リーグへの降格も経験し、特に1960年代はオーストリアを代表するエレベーターチームの１つであった。
財政的な理由から1985年には同じくザルツブルクを本拠地とし、当時はSVアウストリア・ザルツブルクよりも好成績を収めていたライバルのSAK 1914ザルツブルクとの合併を自ら希望するものの、先方に断られるなどクラブの将来性が見えず、クラブの存続自体が長年に渡り危ぶまれていた。
FKアウストリア・ウィーン、ラピード・ウィーン、そしてFCヴァッカー・インスブルックの強豪クラブがリーグ優勝やカップ優勝を重ねる中、SVアウストリア・ザルツブルクはオーストリア・ブンデスリーガの弱小クラブの一つであった。
ちなみに1973年よりスポンサー名がクラブ名に付くようになり、クラブ名は"SV Gerngroß A. Salzburg"(1973-1976)、"SV Sparkasse Austria Salzburg"(1976-1978)、"SV Casino Austria Salzburg"(1978-1997)、"SV Wüstenrot Salzburg"(1997-2005)と変更された。
1990年代
長年スポンサーであったオーストリア・カジノ社が積極的に投資するようになり、ヴォルフガング・ファイアージンガー、トーマス・ヴィンクルホーファー、ハイモ・プファイフェンベルガー、ヘリベルト・ヴェーバー、オットー・コンラードなど数多くのオーストリア代表選手が所属するようになる。また、オリバー・ビアホフ（後にサッカードイツ代表に選出）が1991年に入団してリーグ得点王になった。1992年および1993年にはオーストリア・ブンデスリーガで準優勝、1994年にオットー・バリッチ監督の下、リーグ優勝を果たした。
UEFAカップ1993-94では決勝に進出し、イタリアのインテルナツィオナーレ・ミラノに敗れたが、準優勝の成績を残した。
1994-1995年のシーズンで2年連続のリーグ優勝。UEFAチャンピオンズリーグ 1994-95にも出場し、グループリーグでオランダのアヤックスにホームとアウェーで引き分け、ギリシャのAEKアテネには勝利するが、イタリアのACミランに敗れて、同勝ち点ながら得失点差でグループリーグで敗退した。
1995-1996年のシーズンはクラブ内の権力争いもありチームがなかなかまとまらずリーグ戦で8位に終わった。
1996年の夏には数多くの主力選手を放出、中心選手であったヴォルフガング・ファイアージンガーがボルシア・ドルトムントへ、ハイモ・プファイフェンベルガーがヴェルダー・ブレーメンへ、そしてオットー・コンラートがレアル・サラゴサへ移籍したが、レネー・アウフハウザー、ロベルト・イベルツベルガー、ゲルノット・プラスネッガーなど若手も育ち、リーグ戦で3度目の優勝を果たした。
1998年以降はリーグ戦、オーストリア・カップ、そしてヨーロッパカップでも結果を残す事が出来ず、オーストリア・ブンデスリーガでは優勝争いに絡むどころか、2部降格の危機もあった。
2000年代
2000年以降もオーストリア・ブンデスリーガで6位、6位、3位、7位、9位と目立った結果を残す事が出来ず、オーストリア・カップでも当時オーストリア2部に属していたFCケルンテンやザンクト・ペルテンに敗北するなど1990年代の黄金時代を知るザルツブルク・サポーターの期待を裏切り続けた。また財政上も非常に厳しい時期が続き、クラブは破産寸前の状態となり、プロサッカーの維持のみならず、クラブの存続自体が危ぶまれていた。
2005年、レッドブルなどを取り扱うオーストリアの飲料メーカーのレッドブル (企業)（以下「レッドブル社」）がクラブを買収。名称が「レッドブル・ザルツブルク」に変更された。
2005-2006年シーズンはFCヴァッカー・インスブルック、ハンブルガーSV、1.FCカイザースラウテルンなどの監督を務めたクルト・ヤーラが監督に就任。
バイエルン・ミュンヘンから元ドイツ代表のトーマス・リンケとアレクサンダー・ツィックラー、ボーフムからスロベニア代表のアレクサンデル・クナウス、チェコ代表のヴラティスラフ・ロクヴェンツなどが加入、リーグ戦で準優勝を果たす。しかしシーズン終了後、選手の移籍金問題でフロントと対立したためクルト・ヤーラは監督を解雇される。
2006年の夏に元イタリア代表監督のジョバンニ・トラパットーニと元ドイツ代表主将のローター・マテウスがそれぞれ監督とヘッドコーチに就任。また、ニコ・コヴァチ（元バイヤー・レバークーゼン、ハンブルガーSV、バイエルン・ミュンヘン、ヘルタ・ベルリン）、ヨハン・フォンランテン（元PSVアイントホーフェン、NACブレダ、ブレシア）、ティモ・オクス（元1860ミュンヘン）、レモ・マイヤー（元FCルツェルン、1860ミュンヘン）、ホルヘ・ヴァルガス（元レッジーナ、エンポリ、リヴォルノ）、クリスティアン・ティファート（元VfBシュトゥットガルト）、マークス・シュタインヘーファー（元バイエルン・ミュンヘン・サテライト）などを獲得。2006年12月にガンバ大阪の宮本恒靖と浦和レッズの三都主アレサンドロを獲得。オーストリア・カップでは準決勝に進出し、リーグ戦は10年ぶりとなる4度目のリーグ優勝を果たした。
UEFAチャンピオンズリーグ 2006-07は予選3回戦でスペインのバレンシアCFに敗れた。
2007-08年度はリーグ戦で準優勝の成績を残した。
UEFAチャンピオンズリーグ 2007-08は予選3回戦でウクライナのシャフタール・ドネツクに敗れた。
2007年6月12日、様々な見解の違いから（公式ホームページ日本語版）、ヘッドコーチのローター・マテウスを解任した。
2008-09年シーズンよりアヤックス・アムステルダム、FCポルト、AZアルクマールなどで指揮を執ったオランダ出身のコー・アドリアーンセが監督に就任した。
レッドブル社のサッカークラブへの投資
レッドブル社は以前から、モータースポーツやエクストリームスポーツに対して資本提供する事が多かったが、FCレッドブル・ザルツブルクの前身となったSVアウストリア・ザルツブルクの経営権を取得した以外にも、2006年にメジャーリーグサッカーのメトロスターズを買収、ニューヨーク・レッドブルズとして現在でも運営している。
その他にもレッドブル・グループではドイツ・ブンデスリーガのRBライプツィヒ、オーストリア2部のFCリーフェリング、そしてレッドブル・ブラジルを経営している。
また、2007年10月からガーナでレッドブル・ガーナを経営していたが、2013年に経営権を別の運営会社に譲った。しかし新たに命名された「West African Football Academy」とは提携関係を結んでいる。
RBライプツィヒとの関係
2016-17シーズンにレッドブル・ザルツブルクはオーストリア・ブンデスリーガを優勝、RBライプツィヒはドイツ・ブンデスリーガを2位になり、共に2017-18シーズンのUEFAチャンピオンズリーグ出場権を獲得した。しかし、チャンピオンズリーグを主催するUEFAの規約で「同一の出資者または個人が運営する2つのクラブは同時に出場することができない。」とされているため、RBライプツィヒがCLに出場できない可能性があると報じられた。しかし、UEFAは両クラブのCL出場は規約に抵触しないとして出場を認めた。
ラルフ・ラングニックは両クラブのスポーツディレクターを務めていたが、2015年にRBライプツィヒのSD職に専念することになったほか、レッドブルグループのサッカークラブを統括する役職にRBライプツィヒのCEOが就いていたが、2017年からRBライプツィヒに専念することになるなど、両クラブの独立性を高めるための分離が図られた。
レッドブル・ザルツブルクに所属する選手がライプツィヒにグループ内移籍するケースが多くみられる。2016年夏にはナビ・ケイタ、ベルナルドらがRBライプツィヒに移籍した。2019年から過去7年間で18名の選手がレッドブル・ザルツブルクからRBライプツィヒに移籍している。
2018-19シーズンのUEFAヨーロッパリーグでは、両クラブがグループリーグ同組となり直接対決が実現した。2018年9月20日、RBライプツィヒのホームで行われた試合は3-2でアウェーのレッドブル・ザルツブルクが勝利し、11月29日のレッドブル・ザルツブルクのホームでの試合も1-0でレッドブル・ザルツブルクが勝利した。