クライマックスシリーズ
ファーストステージ（旧称：第1ステージ）
「ファーストステージ」ではレギュラーシーズン2位球団と3位球団が、2位球団の本拠地で3試合制で対戦する。勝利数が多い球団が勝者となり、ファイナルステージへ進出する。引き分け試合が発生し、3試合終了時点での対戦成績が「1勝1敗1分」或いは「0勝0敗3分」と同じ勝敗数になった場合は、2位球団が勝者となる。2試合終了の時点で勝者が決定した場合（「どちらかの球団の2勝」もしくは「2位球団の1勝1分」）3試合目は行わない。
現称となった2010年以降も、新聞等では旧称と同じく第1ステージと表記されることがある。
ファイナルステージ（旧称：第2ステージ）
「ファイナルステージ」（新聞等では、「最終ステージ」の表記も）ではリーグ優勝球団とファーストステージの勝者が、リーグ優勝球団の本拠地で6試合制で対戦する。リーグ優勝球団にはレギュラーシーズンの成績を反映し、1勝のアドバンテージが与えられる。このアドバンテージによる1勝を含め先に4勝した球団を「クライマックスシリーズ優勝球団」とし、日本選手権シリーズの出場権を得る。ファーストステージ同様、引き分けて同じ勝ち数になった場合は、リーグ優勝球団がクライマックスシリーズ優勝となる。また、リーグ優勝球団がクライマックスシリーズを優勝する事を「完全優勝」と呼ぶ事もある。1位球団の五分以上または負け越しのいずれかが決定した時点で終了し、残りの試合は行わない（実例として2008年セ・リーグ第2ステージの巨人対中日がある。第3試合に引き分けが生じ、第4試合で巨人が3勝目（アドバンテージ1含む）を挙げ、残り2試合に中日が連勝しても3勝3敗1分のタイにしかならないため、巨人のステージ突破が決まった）。
ただし初年度の2007年は、前述のアドバンテージを与えない条件下で5試合制（3戦先勝）で対戦した。プレーオフ制度を先行導入していたパ・リーグ側はアドバンテージ制の導入を提案していたが、セ・リーグ側が興行面を理由に消極的だった為、導入は見送られていた。当初は「当面アドバンテージは採用しない」としていたが、その年のセ・リーグ第2ステージで中日がレギュラーシーズン優勝の巨人に3連勝したことをきっかけに、アドバンテージ「復活」（セ・リーグの場合は「新設」）となったという経緯がある。
主催
NPB（日本野球機構）の主催となる日本シリーズと異なり、主催はレギュラーシーズン同様にホームチームである。そのため、テレビ中継も基本的にレギュラーシーズンの中継を行っている放送局（BS・CS放送など、球団制作映像を全試合放送する放送局）が実施する。BSの無料放送がない場合はNHK BS1でも放送する場合がある。また、地域によっては地上波での中継も実施される。放映権も参照。
チケットについても同様にホームチームが発売する。試合が中止になった時のチケットの取り扱いについては、レギュラーシーズン同様開催日に対して有効とする場合と、日本シリーズ同様に第○戦に対して有効とする場合の両方がある。雨天等により中止となった場合、前者の場合は払い戻しとなり、後者の場合は有効日繰り下げとなる。同日に中止が発生した2019年のファイナルステージでは、リーグによって扱いが異なったため注意喚起が行われた。なおリーグによって統一されているわけでは無い（2018年のヤクルトは日付優先とした）。
チケットの価格は球団によって違いはあるがレギュラーシーズンより高めになるケースが多い。例外として西武は「応援感謝価格」と称して安価に設定することが多い。
試合開始前の中止決定権は主催球団には無い（後述）。
中止・ノーゲーム及び振替試合
開催日程には予備日が設けられ、悪天候等で中止・ノーゲームとなった場合は原則として翌日以降に順延される。ただし、予備日を含めた日程で全試合を開催できなかった場合には、予備日以降の順延は行わずに開催打ち切りとなり、その時点の勝敗でステージ勝者を決定する。勝利数が同数の場合は、レギュラーシーズン上位チームがステージ勝者となる。中止の有無がステージの勝敗に関わるため、レギュラーシーズン終盤同様、試合開始前までは各リーグの責任者が中止決定権を持つ。試合開始後はどの試合とも同じく審判団が判断する。
パ・リーグでは2試合以上の試合が中止・順延となり、予備日最終日の1日前までに決着がつかない場合はダブルヘッダーを行う場合がある（ただし勝敗によっては1試合目のみで終わる）。2013年のファイナルステージでは、中止試合が発生したことで初めて開催の可能性が生じたものの、中止はその1試合のみで、予備日前にステージ勝利チームが決定した。
一方、セ・リーグではダブルヘッダーは実施していない。台風の接近が予測された2014年の1stステージにおいても、パ・リーグでは実施の可能性があったものの。セ・リーグでは実施予定がなかった。このため、仮に2位チームが第1戦に勝利しその後2日間中止になった場合には、予備日の試合を行うことなくステージ勝利が決定する可能性もあった。なお、結果的には台風接近前に開催した2試合でステージ勝利チームが決まったため、試合を消化せずに打ち切りとなる事態は回避された。2017年にも天候不良でセ・リーグ1stステージの開催が危ぶまれ、2位チームが第1戦に勝利した後の第2戦はグラウンドが水浸しの中で強行され物議を醸した。
2017年の事例を受けて2018年の日程のあり方が検討されたが、上位の優位性を保つなどの理由で変更せずに実施することとなった。
選手登録
出場できる選手は当該シーズンの8月31日時点で出場球団に支配下選手登録され、且つCS開催時点においても引き続き出場球団に支配下登録されていることが条件となる。レギュラーシーズン同様、29人以内の出場選手登録された選手の中から25人以内のベンチ入り選手が出場でき、登録抹消となった選手は10日間再登録できない。なお、この規定はレギュラーシーズンから継続して適用される。期間前に改めて白紙から登録されるわけではなく、レギュラーシーズン終了からCS開幕までの間に出場選手登録を抹消された場合、CSが開幕しても抹消日から10日経過しないと再登録できない。2017年より導入された引退試合特例制度を用いて出場選手登録し、抹消された選手は本シリーズに出場できない。
予告先発
予告先発は2007年から2017年までは、パ・リーグでのみ実施され、セ・リーグは実施されていなかった。2018年より両リーグとも予告先発が実施された。
ただし、パ・リーグでは第2戦以降の予告先発の発表は、レギュラーシーズンとは異なり、当日の試合終了後となる（翌日にも試合が行われる場合のみ）。このため、翌日の先発候補投手を複数名準備させておき、当日の勝敗に応じて翌日の先発を決めるといった戦略も可能となる。
一方のセ・リーグでは第2戦以降の予告先発の発表は、レギュラーシーズンと同様に、当日の試合開始までに既に行っている。これは当日の試合結果次第で打ち切りとなり、行われない可能性のある試合であっても発表される（例として2018年のセ・リーグ1stステージでは、第2戦終了で打ち切りとなったものの、試合開始時点では既に第3戦の予告先発が発表された）。
延長・引き分け
延長戦のイニング制限はセ・パともにレギュラーシーズンと同じ12回と定められており、12回を終えても同点の場合は引き分け試合となるが、引き分けが生じても再試合は行わない。引き分けを含め、ステージ勝者が確定した場合には残りの試合を開催しない。
また、セ・リーグでは2013年より、パ・リーグでは2015年より、勝つか引き分けで上位チームのステージ勝利が確定する試合では、12回表終了または12回裏途中で同点となった時点で試合を打ち切り、コールドゲームとする事に改正された。該当事例は2014年のセ・リーグの1stステージで初めて発生した。なお、この改正前の2011年にパ・リーグで該当する事例があり、この時は通常通り12回裏を実施した（結果は1位チームのサヨナラ勝ち）。
2011年・2012年のレギュラーシーズンで採用していた特別ルール（延長戦に関しては、試合開始から3時間30分経過後は新しいイニングに入らない）はクライマックスシリーズでは適用せず。時間制限なしで最大12回まで行った。
クリンチナンバー
2009年までのシーズン終盤には、共同通信社がクライマックスシリーズ進出決定となる3位以内（いわゆるAクラス）が確定するまでの最少勝敗数を「クライマックスシリーズ進出マジックナンバー」として配信し、各メディアはこれを両リーグの順位表等と共に表示していた。これはリーグ優勝が確定するまでの勝利数を示す「マジックナンバー」に準ずるものだが、3位以内が条件となるとマジック点灯チームもマジック対象チームも複数となる上、最少勝数を求めるにはリーグの残り全試合の勝敗パターンをシミュレーションする必要があるなど計算方法が非常に複雑で、また引き分け試合が多く発生した場合など特定の条件では計算がより複雑になり、最少勝敗数に達しない可能性もあるなど算出はシステム的に困難で、特に2009年9月には共同通信社の計算プログラムに不具合が発生し、進出マジックの算出を巡って混乱が生じたことなどから「目安としては相応しいものではない」と指摘されていた。
こうした経緯から2010年、共同通信社は情報・システム研究機構、統計数理研究所と共同でクライマックスシリーズ進出までの目安を算出する方式「クライマックスシリーズ・クリンチナンバー」を開発。最適化手法を用いて計算の必要のないパターンを排除することによって、短時間で最小数を計算することが可能となった。クリンチナンバーとはクライマックスシリーズ進出を確定するために必要な最少の勝利数で、ゼロになると進出決定となり「☆」で示される。逆にクリンチナンバーが残り試合数を越えた場合は自力での進出の可能性が消滅する。この場合はクリンチナンバーも消滅し、「△」で示される。さらに、進出の可能性が完全に消滅する4位以下（いわゆるBクラス）が確定した場合は「×」で示される。
「クリンチ (Clinch) 」には「決着を付ける」という意味があり、メジャーリーグベースボールでは地区優勝やプレーオフ進出決定までの目安の数字を「クリンチナンバー」と呼んでいる。なお共同通信社はこのクリンチナンバー開発にあたって同年7月28日に特許申請を行い、8月10日から各メディアへの配信を開始している。
チーム賞
優勝チームに対し、主催連盟よりセ・リーグは優勝盾（銀皿）、パ・リーグは優勝旗を額に入れた物を贈呈する。
課題
レギュラーシーズンの後に上位チームによるトーナメントを行うリーグは日本国内だけでなく世界でも珍しくないが（プレーオフ参照）、豊田泰光など実施自体に反対を表明する者も少なくない。また広澤克実など出場条件に批判を唱える者もいる。
これらの意見ではレギュラーシーズン1位以外のチーム同士の対戦になることや、勝率5割未満のいわゆる「借金」チームでも日本シリーズに駒を進める（ひいては同シリーズで優勝してしまう）という可能性があること、6チーム中3チームが出場できることなどが批判の対象となっている。
しかしシリーズ自体の入場者数が多いことや消化試合が少なくなるなど興行としての効果は高く、クライマックスシリーズ開始後からは運営・経営側から運営見直しについて意見が公表されることは皆無である。