クリスチャントゥデイ
報道内容・論調
国内ニュースは、プロテスタントと関係のあるニュース、中でも福音派（教会派）に関係のあるニュースが主要な位置を占めているが、エキュメニカル派（社会派）、カトリック、正教会のニュースも扱っている。国際ニュースは、国内の他のキリスト教系新聞よりも豊富で、こちらも同じく福音派の報道が目立つが、世界教会協議会（WCC）などエキュメニカル派のニュースも扱っている。世界キリスト教情報からの配信も受けており、「CJC」とクレジットが付いた記事は世界キリスト教情報からの配信記事である。世界キリスト教情報ではカトリックのニュースが多く（主に、ローマ教皇の動きなど）、そのため、国際ニュースでもカトリックのニュースをある程度カバーしている。また、キリスト教と直接関わりがなくても、社会的に話題となっている問題、事件などは報じている。
また宗教分類学上でキリスト教系の新宗教であり、異端とするか両論のあるセブンスデー・アドベンチスト教会についても報道している。
疑惑の提起と訴訟
救世軍の山谷真少佐（牧師）が、クリスチャントゥデイが、統一教会の学舎長であり鮮文大学の設立に関与した張在亨牧師と関係があるカルトであるという主張をブログ上で行ったことから、論争に発展した。クリスチャントゥデイは、2007年4月、東京簡易裁判所に、山谷に対して1000万円の損害賠償請求、調停申立を行った。調停が不調に終わったため、2008年4月、名誉棄損などで210万円の損害賠償を求める民事訴訟を東京地方裁判所に起こした。
キリスト教メディア各社の報道
この論争は、日本のキリスト教系新聞で取り上げられた。この論争により、新聞創刊時に祝辞を書くなど、クリスチャントゥデイを応援していた山北宣久（当時・日本基督教団総会議長）は、疑惑解消まで関係を持たないとする声明を出した。一方、クリスチャントゥデイは、これらの論争は競合関係にあるクリスチャン新聞の根田祥一編集長（当時）によって主導された異端捏造だと反論しているが、これまでクリスチャン新聞や根田氏はクリスチャントゥデイ以外のキリスト教メディアに攻撃的な態度をとったことはなく、キリスト新聞と合同でシンポジウムを行うなど、むしろキリスト教界の土壌を広げる取り組みを行っている。
クリスチャン新聞は紙面上で、クリスチャントゥデイとその他の複数の団体が、韓国人牧師・張在亨の影響下にある団体であるなどと報道。また、張在亨はかつて世界基督教統一神霊協会（統一協会）の幹部であり、自らを「再臨のキリスト」と信じさせていたなどと報じた。韓国やオーストラリア、香港、アメリカなどで報じられた報道や、「脱会者」とされる人物らの証言、韓国の教団の発表などを伝えた。
論争に対する2008年の信仰告白
クリスチャントゥデイ創業者、前代表の高柳泉氏は論争に応える形で2008年に信仰告白を公表した。『張ダビデ牧師は再臨のキリストではありません。』とし、張牧師が在日大韓イエス教長老会・合同福音教団宣教部が韓国の教団本部を通して聞いていた質疑に対し、『イエスご自身を私の唯一の救い主として受け入れ、罪を赦された後、一度たりもイエス・キリストへの信仰を捨てたことがありません。』『イエス・キリスト以外の福音を伝えたことも無く、ましてや自分自身をキリストと称したことなど一度もありません。』と返答（信仰告白）していることを紹介している。
東京地裁判決
東京地方裁判所は、「認定事実のとおり、張在亨が自らを再臨主であるとの異端的教義を伝道している疑惑が広まったが、張在亨の再臨疑惑については，韓国キリスト教総連合会の異端対策委員会（CCK）が、証拠がなく事実でなく異端性が全くないとの判断を示し，世界福音同盟においても同趣旨の通知が公表されたことにも照らせば、原告会社において張在亨が再臨主であるとの異端的教義が信奉され教え込まれていると認めることは出来ない」「認定事実のとおり、張在亨は統一教会が関係する学校ないし大学に勤務し神学を教授していた経歴が認められるもの、CCKが2002年から統一教会疑惑についての調査を行い、1997年以降の嫌疑を立証できざず張在亨の疑惑についての問題は終結したことを公表したことが認められるので、張在享が統一教会の幹部信者であったとの表現は、真実性を認めることが出来ない」として、山谷の主張が客観的な資料に基づき慎重な分析されたとは言い難いと判断。また、「キリスト教に関する情報提供を目的とする団体にとって、カルト団体である旨の評価がされることは、その活動の信憑性を著しく損なうおそれがある」と指摘し、山谷の行為は「意見ないし論評としての域を逸脱したものとして違法性が認められる」として、95万円の損害賠償の支払いと名誉棄損表現の削除を命じた。山谷は、クリスチャントゥデイに賠償金を支払った上で控訴を断念したため、敗訴が確定した。なお、クリスチャントゥデイは、山谷が支払った賠償金等全額を救世軍の社会鍋に寄付している。
判決後の報道
根田は裁判の結果についてクリスチャン新聞で「引き分け」と伝えた。またクリスチャントゥデイが削除を要求した87箇所のうち41箇所は「事実として認められた」と報じ、山谷氏のブログ内の「クリスチャントゥデイ問題とは？　統一教会核心メンバーであった張在亨氏が、自分自身を『来臨のキリスト』として若者たちに教え込み、張氏が設立した関連団体と関連企業に献身させて、無賃労働をさせている上、そうした実態を糊塗しつつ、世界福音同盟（ＷＥＡ）への浸透を企て、成功を収めつつある、という疑惑」との表現については、真実であると信じるにつき相当な理由があったと、「認められた」と報じた。しかしこの表現は、裁判後に仮処分によって山谷氏に対し削除が命じられた、毀損表現一覧に含まれるものである。
また、クリスチャン新聞は、クリスチャントゥデイ側の否定にも関わらず、裁判では「クリスチャントゥデイは、キリスト教メディアの世界的ネットワークとして、アメリカ、イギリス、日本、韓国等の世界各国の主要土地に記者を有し、新聞を発行している。原告会社は、上記ネットワークの一部として、日本において『クリスチャントゥデイ』という新聞を発行する組織である」と「認められた」と報じたが、クリスチャントゥデイはこれらのネットワークを否定しているわけでは無い。
一方クリスチャントゥデイは、「46カ所にも及ぶ名誉棄損表現を認めた今回の判決を重く受け止めるべきだが、根田氏はこの判決内容自体を著しく歪曲し、まるで引き分けたかのように伝えた」と非難した。
またクリスチャントゥデイは『クリスチャントゥデイを異端・カルト団体と指摘し、従業員がマインドコントロールを受けているなどと主張してきた山谷氏の数々の記述は、「合理的な根拠があるとはいえない」「裏付ける証拠はない」「意見ないし論評としての域を逸脱したものとして違法性が認められる」』と判断され、山谷が敗訴と報じた。
韓国における動向
韓国基督教総連合会から分裂した韓国教会連合（CCIK）は、2014年発行の「正しい信仰のための韓国の異端予防白書・総合資料Ⅰ」において、加盟主要教団が、張在亨の異端疑惑を過去に総会決議している事実を、いくつか掲載した。なお、2019年1月31日に、CCIKとCCKが同年6月までに合併することが発表された。
2019年9月、韓国クリスチャントゥデイは、「ニュースNジョイが『CCIKが張在亨を異端決定した』と報道したことの事実確認をCCIKに対して行ったが、『張在亨牧師を異端決定はしていない』との答申があった」と報じた。また「9月5日に韓国教会百周年記念館で行われた大韓イエス教長老会統合の異端対策委員会では、本紙には問題がなく、張在亨牧師の再臨主疑惑はすでに解消されことが明確にされた」と報じた。。　
日本基督教団総会議長の声明
2018年1月27日に日本基督教団の総会議長は、クリスチャントゥデイを含む張在亨関係団体における異端的な教えとカルト的な実践が複数（公けの証言では１名しか確認されていない）の脱会者の証言で確認されたとして、クリスチャントゥデイを含む張在亨関係団体とはキリスト教として同一線上に立つことができないとの声明を公表した。
有志教職者による抗議文
1月29日、日本基督教団総会議長声明に対して同教団の有志教職者6名が抗議文を発表し、議長声明の中で言及されている脱会者証言を公開するよう要求した。
2019年1月6日、抗議文を出した有志教職者の1名が疑義を撤回し、総会議長声明に同意し、謝罪と悔い改めをする旨を表明した。
声明発表後のクリスチャントゥデイ側の反論
2月9日、クリスチャントゥデイは「前編集長との雇用契約が１月末日で満了」「論説主幹の宮村武夫氏が２月より編集長に再就任」と表明した。
2月15日クリスチャントゥデイは、張在亨牧師を「来臨のキリスト」とする異端疑惑を全面的に否認すると共に、日本基督教団の議長声明に根田の関与があったとの疑いを報道した。
2月17日には、日本基督教団の議長声明に根田の関与があった事実を、同教団の統一原理問題全国連絡会の齋藤篤牧師が認めた、と報じた。
2月18日には、クリスチャントゥデイ現役従業員の声明の背後にも根田の扇動があった疑いがある、と報じた。
日本基督教団によるクリスチャントゥデイ問題説明会
2月23日、日本基督教団宣教委員会は、日本キリスト教会館において、「クリスチャントゥデイ問題説明会」を開催した。席上、大韓イエス教長老会合同福音教団が日本で設立した宣教団体の状況を証言する、元インターン牧師の証言のビデオ録画が上映された。
会場には、張在亨牧師が中心になって設立された、ワールド・オリベット・アッセンブリーの日本支部教団である「あいのひかり教団」の関係者が多数来場した。出席者はビデオ録画の元インターン牧師の証言の内容を否定する発言を行なった。声明会終了後、「あいのひかり教団」は、日本基督教団本部の近隣にある「東京あいのひかり教会」で独自に説明会を開催し、抗議と釈明を行った。
脱会者の会による声明
クリスチャントゥデイを含む張在亨関連団体の脱会者で構成される「ビオラの会」(代表世話人・日本キリスト教異端相談所 張清益所長)は、2018年9月に声明を発表し、巧妙な講義の誘導でダビデ牧師こと張在亨がキリストであると悟り、その最大の使命である地上の神の国の建設に人生を捧げる過程で、絶対服従、多額のローン、聖婚の強要、無賃金労働など深刻な人権侵害の被害を受けた、とした。
クリスチャントゥデイによる実態不明な自称「脱会者」の会への反論
クリスチャントゥデイは2018年10月26日、「ビオラの会」は今年7月に結成されたと伝えられているが、その内容はすでに十数年前に提起された問題を焼き直ししたようなもので、「疑惑再熱」を願う一部の人々がけしかけたようにも見える。さらにメンバーは全員が匿名で、本紙に寄せられた情報によると、日本の別のキリスト教紙は声明を入手していたが、匿名で会の実態が分からず、掲載を見送ったという。他にも、一時掲載した後に削除した在日韓国キリスト教紙もある、と報じた。
クリスチャントゥデイは2018年12月29日、キリスト新聞掲載記事に実体が不明な「ビオラの会」に所属しているとする人物が登場するが、本紙がその内部情報を入手して数日間にわたり調査した結果、本紙元スタッフが「カルトプログラミング」の手法を使って組織した仮想の団体であることを確認した、と報じた。
クリスチャントゥデイは2019年10月2日、「ビオラの会」代表世話人の張清益牧師が、牧会する単立とねりキリスト教会で複数の信徒に対し暴行を加えていたことが、元信徒らの証言で明らかになったと報じた。また同紙は同月9日に、張氏を宣教師として派遣していた韓国の教会は何らかの問題のため張氏の派遣をすでに打ち切っており、張氏の所属教団である大韓イエス教長老会（合同）の宣教会も、張氏の暴行問題について調査することを明らかにしていると報じた。なお記事の公開日は、張清益牧師が代表を務める情報サイト「異端カルト110番」の開所礼拝の前日であったため、「意図的な妨害報道だ」などの投稿がSNS上で見られたが、それらの投稿に根拠は何も無い。
日本福音同盟の通知
日本福音同盟（JEA）は2018年12月18日、JEA加盟団体に向けて「『クリスチャントゥデイ』に関する報告」を発表し、「クリスチャントゥデイ」の取材を「一切受けないこと」を再確認すると共に、最近の動きについて紹介したが、紹介された報道のうちクリスチャン新聞報道は、暴行事件を起こしたの疑いのある張清益へのインタビュー記事である。
ウェスレアン・ホーリネス教団の動き
ウェスレアン・ホーリネス教団は2019年3月26～28日に浅草橋教会で開催された年会でクリスチャントゥデイ問題を審議し、クリスチャントゥデイ問題に関する調査委員会の設置を決議した。