YS-11
国産航空機計画
連合国軍占領下の日本では連合国軍最高司令官総司令部（GHQ/SCAP）による航空禁止令が布告されて、日本にあるすべての飛行機を破壊され、航空機メーカーを解体され、航空会社を潰され、大学の授業から航空力学の科目を取り除かれていた。1952年（昭和27年）にサンフランシスコ講和条約の発効で再独立すると、日本企業による飛行機の運航や製造の禁止が一部解除され、この年の7月に航空法や航空機製造事業法が施行された。
民間航空会社は1951年（昭和26年）に日本航空がGHQの意向で発足し、翌年の1952年（昭和27年）には全日本空輸の前身である日本ヘリコプター輸送、極東航空が発足し、その翌年の1953年（昭和28年）までに東亜国内航空の前身となる日東航空、富士航空、北日本航空、東亜航空が発足した。
戦後の日本の航空路線は、ダグラス DC-3やDC-4、コンベア440などのアメリカ合衆国製や、デ・ハビランド DH.114 ヘロンなどイギリス製の航空機が占めており、戦前の航空機開発・製造で実績のあった日本で、自国製の航空機を再び飛ばしたいという思いは、多くの航空関係者の抱くところであった。
戦後の日本の航空機産業は、1950年（昭和25年）に勃発した朝鮮戦争で米軍機の整備・修理の受注を皮切りに、1955年（昭和30年）4月には、川崎航空機（現川崎重工業航空宇宙システムカンパニー）と新三菱重工業（現三菱重工業）で自衛隊向けの機体（ロッキードT-33Aジェット練習機、ノースアメリカンF-86F）の国内ライセンス生産が決定するまでになっていた。当時の航空機産業の監督官庁である通商産業省（通産省、現・経済産業省）は、商品サイクルの長い輸送機の開発生産に取り組ませることで、その産業基盤を安定させる思惑があった。加えて、利用客の増加が見込まれた国内航空の旅客機に国産機を用いることで、軍用機と民間機を共通化すれば開発コストが低下すると考え、「国内線の航空輸送を外国機に頼らず、さらに海外に輸出して、日本の国際収支（外貨獲得）に貢献する」との名目で国産機開発の計画が立ち上げられた。
世界的には国家から軍用機の開発を受注した航空機メーカーが技術を蓄積し、それを旅客機に転用する例が多く、通産省も開発コストを下げて価格競争力を持たせて販売するビジネスモデルを構想していた。当時は運輸省でも民間輸送機の国内開発の助成案があり、通産省の国産機開発構想と行政の綱引きの対象となって権限争いが行われていた。閣議了承により、運輸省は耐空・型式証明までの管轄、通産省は製造証明と生産行政の管轄の、二重行政で決着した。
国内線用の旅客機の本格研究は新明和工業（旧・川西航空機）で始まっていた。1956年（昭和31年）に運輸省が発表した「国内用中型機の安全性の確保に関する研究」の委託を受けて基礎研究を行い、後にYS-11の設計に参加する菊原静男、徳田晃一が中心となって進められた。この研究はDC-3の後継機種の仕様項目を研究するもので、レシプロエンジン双発の第一案（36席）、第二案（32席）、ターボプロップエンジン双発の第三案（52席）、第四案（53席）の設計案が提案され、最適とされた案は第三案とされ、その後のYS-11の叩き台となった。
輸送機設計研究協会発足
1957年（昭和32年）に日本企業による飛行機の運航や製造の禁止が全面解除される事を見越し、1956年（昭和31年）に通産省重工業局航空機武器課の赤澤璋一課長の主導で国産民間機計画が打ち出された。通産省は各航空機メーカーと個別会談を行い、各社から賛同を得たことから、日本航空工業会に中型輸送機計画案を提出するように要請した。日本航空工業会がこの要請で開発案を提出したことから、通産省は中型輸送機計画開発の5カ年計画として、1957年（昭和32年）度予算で8,000万円を要求したが、第1次から第3次折衝まで予算請求が認められず、1957年（昭和32年）1月20日、水田三喜男通商産業大臣と池田勇人大蔵大臣の大臣交渉で予算を獲得することができた。鉱工業技術研究補助金の名目で3,500万円の予算を獲得した。
同年5月、理事長に新三菱重工副社長の荘田泰蔵が選任され、専任理事に木村秀政東京大学教授を迎えた「財団法人 輸送機設計研究協会」（通称「輸研」）が東京大学内に設立され、小型旅客輸送機の設計が始まった。輸研に参加したメーカーは新三菱重工業（現・三菱重工業）、川崎航空機（現・川崎重工業航空宇宙カンパニー）、富士重工業、新明和工業、日本飛行機、昭和飛行機の機体メーカーと、住友金属（現・住友精密工業）、島津製作所、日本電気、東京芝浦電気（現・東芝）、三菱電機、東京航空計器の部品メーカー各社であった。複数企業のジョイントとなった理由は、国内新型航空機開発と言う大型プロジェクトを、特定の企業一社に独占的に任せることで起こる他社の反発を懸念したためである。
輸研には、零式艦上戦闘機（ゼロ戦）や雷電、烈風を設計した新三菱の堀越二郎、中島飛行機で一式戦闘機「隼」を設計した富士重工業の太田稔、先述の川西航空機で二式大艇や紫電改（及び紫電）を設計した新明和工業の菊原静男、川崎航空機で三式戦闘機（飛燕）や五式戦闘機を設計した川崎重工業の土井武夫といった戦前の航空業界を支えた技術者が参加、設計に没頭した。航空業界ではこれに航研機の製作に携わった木村秀政を加えて「五人のサムライ」と呼んだ。
設計案として、日本の国内線需要を勘案して1,200mの滑走路で運用できるもの、航続距離は500マイルから1,000マイル（800km-1,600km）、整備性から低翼、経済性から60席以上、双発ターボプロップエンジン、開発期間は4年、開発費用は30億円の基本設計で固まった。当初、開発期間は5年であったが、当時国内の旅客機の残余寿命が3-4年の機体が多く、代替時期を勘案すれば5年では長過ぎるとの運輸省の主張から4年に短縮された。
国産旅客機製造の理解と国からの予算獲得のため、1958年（昭和33年）12月11日に日本飛行機の杉田工場でモックアップを完成披露した。試作機の予算を獲得するためのデモンストレーションであり、技術的な検討を目的とするものではなかった。このため、客室の艤装に力を入れ、航法士席や二つの化粧室を設け、横列5席の構成とし、内装は当時の有力デザイナーの渡辺力に依頼して、表皮を西陣織とした座席が設置された。この座席は当時の価格で一脚50万円以上したと言われている。
このモックアップを作るのにかかった費用は5,500万円（当時）に達し、ランプの点滅機構までは用意できなかったため、担当者が隠れてスイッチを入れたり切ったりしていた。
名称
機種名であるYS-11の「YS」は、輸送機設計研究協会の「輸送機」と「設計」の頭文字「Y」と「S」をとったもの。一方、「11」の最初の「1」は搭載を検討していたエンジンの候補にふられた番号で、実際に選定された「ダート10」の番号は「1」であった。後ろの「1」は検討された機体仕様案の番号で、主翼の位置や面積によって数案が検討されていた。機体仕様案の中には第0案もあった。
先述のモックアップ完成披露キャッチフレーズが「横浜・杉田で11日に会いましょう」であった。これはYに横浜、Sに杉田を掛け、11に合わせて公開日を11日にした語呂合わせであるが、これによって数値2桁「11」を「じゅういち」と読み発声することが一般に広まった。こうした経緯もあって、関係者のあいだでは当初正規に「ワイエス・いちいち」と呼ばれていたが、いつしか「ワイエス・じゅういち」と呼ばれるようになった。
日本航空機製造株式会社設立
モックアップ公開後、航空機メーカーの業界団体による設計組合的な輸送機設計研究協会から官民共同の特殊法人として日本航空機製造（日航製、NAMC）を1959年（昭和34年）6月1日に設立し、輸研は解散した。資本金を5億円とし、政府が3億円、民間からの出資は2億円であった。初代社長には輸研理事長の荘田康蔵が就任した。民間分の出資は輸研に参加した機体メーカー6社と材料・部品メーカーに加え、新たに商社、金融機関が出資した。
日航製は輸研の残留スタッフの30名と、出資各社からの出向者に役員13名の総勢125名で発足した。「五人のサムライ」は実機製作には携わらないと宣言したため、1960年（昭和35年）からの実機製作は三菱から技術部長として出向してきた東條輝雄に任せられた。東條は父親で陸軍大臣や首相を歴任した東條英機の勧めで、軍人ではなく技術者を目指し、かつて堀越の元で「零戦」の設計にも携わっていた。
設計部は、1.庶務及び設計管理、2.全体計画（空力、性能、基礎研究）、3.胴体構造、客席艤装、胴体強度、4.主翼、エンジンナセル、エンジン艤装、燃料供給装置、5.尾翼、脚、油圧、6.電気、無線、計器、与圧、防水、客室艤装の各6班に分かれて分担した。
日航製は設計開発、生産管理、品質管理、販売、プロダクトサポートを行い、生産は機体メーカー各社が分担し、最終組立は三菱重工業が行うこととした。
中型輸送機開発を正式に決定すると、アメリカのコンベアや、オランダのフォッカー、イギリスのBACなどの欧米航空機メーカーが、自社との共同開発、もしくは自社機のライセンス生産への参画、つまり独自開発の計画中止を求めて殺到した。これらの企業はみなDC-3の後継となる機体の開発計画を持っており、競合機種が増えることを望まなかったからである。特にフォッカーは自社のF27 フレンドシップと日本の機体の規模が競合するためしつこく食い下がってきたが、通産省はこれらをすべて一蹴した。
設計・各種計算には、富士通のリレー式計算機FACOM 128B等が使われた。FACOM 128Bは同型機が現在、富士通沼津工場の池田敏雄記念室に展示・動態保存されている。同様の計算機の動態保存機としては世界最古である。
試作機
耐空性審査要領に規定された荷重に耐える強度と耐用寿命を持つことを証明するために試験機が2機、01号機（静荷重試験用）・02号機（疲労試験用）が製造された。01号機を使用して1962年（昭和37年）に静荷重試験が実施され、破壊試験では制限荷重の153%で主翼が破壊するという好結果が得られた。02号機（疲労試験用）を使用した疲労試験は1961年（昭和36年）7月に開始された。安全寿命3万時間を目標としたYS-11の場合は、当時の統計理論より導かれた安全寿命係数（主翼は6.3胴体は22.5）を適用して1965年（昭和40年）4月までに、世界でも例のない20万回を越える疲労強度試験が行われた。胴体は9万時間まで、主翼は6万4000時間まで主要構造部には疲労被害は生じなかった。一方この時代にジェット旅客機が出現し安全寿命の考え方では設計が困難であるとの認識が一般的になり、フェールセーフ設計により耐用寿命を与えるように対空性審査要領も改訂された。YS-11の疲労試験でも、後半ではフェールセーフがあることを証明するために生じたクラックの進展データを得ることに重点が置かれた。胴体は22万5000時間、主翼は18万9000時間の疲労試験時間内では致命的な疲労被害が生じないことが確認された。
飛行試作機1号機（1001）は1962年（昭和37年）7月11日に三菱小牧工場でロールアウトした。1か月に渡る電子機能検査、平衡試験、燃料試験、プロペラ機能検査、超短波（VHF）検査を経て、8月14日にエンジンに初点火し、8月25日からは滑走路での地上試験、ブレーキテストを行った。
8月30日、日航製は200人以上のマスメディアを招き、実況中継放送が行われる中、1号機は初飛行した。「YS-11 PROP-JET」と描かれた機体には、テストパイロットとして正操縦士に飛行整備部飛行課長の近藤計三、副操縦士に長谷川栄三が搭乗、名古屋飛行場から伊勢湾上空を56分間飛行し、各種試験、およびマスメディアへのデモンストレーションは成功裏に終了した。
10月には全日本空輸（以下・全日空）との間で20機の予備契約が調印され、量産を開始した。しかし、全日空は後述する試作段階での三舵問題等の諸問題の発生から、正式な購入契約が交わされたのは2年後の1964年（昭和39年）であった。全日空では第一次受領分は3機とし、開発の遅れや日航製の改善要求の対応のまずさから不信感を増し、生産ラインが安定する10機目以降とするとの要求に加えて、一定の運航実績を積むまでは契約価格の一割の支払いを留保する条件とした。日本国内航空や東亜航空も全日空と同様に、初期の導入機体は一定の運航実績を積むまでは契約価格の一割の支払いを留保するとの条件を出していた。また、日本航空も初期の開発段階の1963年（昭和38年）に5機の仮発注を行っていたが、国際線主体の日本航空では自社路線の適性となる路線が少ないことから本契約に至ることはなかった。国家プロジェクトにナショナル・フラッグ・キャリアとして協力する姿勢を表明する、アドバルーン的意味合いが強かったと言われている。
問題と克服
開発段階から操縦性の悪さが露呈していた。12月18日には皇太子明仁親王を招いての完成披露式典が羽田空港で開かれ、その数日後に試作機2号機（1002）が初飛行を実施、2機による本格的な飛行試験が開始されたが、空力特性が悪いため振動と騒音が発生し、性能にも重大な影響を与えていた。横方向への安定不足は特に深刻で、プロペラ後流によって右方向へ異常な力が働き、全ての舵も効きが悪く、操縦性は最悪の癖を抱え、試験中にきりもみを起こして墜落の危機に直面することもあった。いわゆる「三舵問題」である。
これらは、輸出に必要なアメリカ連邦航空局（FAA）の型式証明の取得の審査でも問題が指摘され、大規模な改修を余儀なくされた。この改修が予想以上に手間取ったため、マスメディアからは「飛べない飛行機」などと散々にこき下ろされた。全日空は納入の遅れがはっきりしたため、競合機種であったフォッカーF27 フレンドシップを導入した。
初飛行を見届けて三菱に戻っていた東條も問題解決のため再び日航製に復帰し、改修作業に加わった。横安定については主翼の上反角を4度19分から6度19分に持ち上げればよいとの結論を出したが、設計の変更と再組み立てには1年かかると見込まれた。そこで、川崎の土井の提案により主翼の付け根に角度2度のくさび型部品（通称：土井のくさび）を挟み込むことで上反角を変更した。これにより機体を前方より見ると、主脚が「八」の字のようながに股のようになっている。操縦性の悪さは方向舵のバランスタブを、新考案のスプリングタブに変更して、右偏向はエンジン取り付け部（エンジンナセル）の後ろに三角形の突起（通称、三味線バチ）を取り付けることで解決、また、地上でのステアリングの効きを良くするため、主脚を後方へ傾斜させ、車輪の位置を後退させた。
これらの大改修により、FAAの型式証明取得の再審査では耐空類別T類に必要な片発離陸（離陸直後のエンジントラブルで片方のエンジンが停止しても安全に離陸できるかを試すテスト）をクリアし、FAAの型式証明を取得している。
就航
1964年（昭和39年）8月に運輸省（現国土交通省）の型式証明を取得し、国内線向けの出荷と納入を開始した。初飛行から型式証明取得まで、1号機の試験飛行は540時間、2号機は460時間であった。9月9日には全日空にリースされた2号機（JA8612）が東京オリンピックの聖火を日本全国へ空輸し、日本国民に航空復活をアピールした。この聖火輸送に因んでその後、全日空が導入したYS-11には機首に「オリンピア」の愛称がマーキングされたが、機体や全日空の時刻表には「YS-11」の型式名や機種名は記されていない。表面上は聖火輸送の実績に由来した名称と説明されていたが、当時の日航製の開発が遅れていたことや、日航製の経営資金の枯渇から経営不安説も流れ、倒産した場合、倒産した会社の飛行機の名称をそのまま使う事態を避ける思惑が全日空にあったと言われている。他にも、米国の最有力顧客となったピードモント航空も、当時の米国では日本製品の信頼性が高くなかったことから、乗客のイメージを配慮して、広告宣伝や時刻表には「ロールスロイス・プロップジェット」と表記し、日本製航空機であることや、YS-11の機種名の表示は行わなかった。
1965年（昭和40年）3月30日に量産1号機（2003）を運輸省航空局に納入、4月からは航空各社への納入が始まった。9月にはFAAの型式証明も取得して、輸出の体制が整った。
民間航空会社に最初に納入されたのは1965年（昭和40年）4月10日に東亜航空に引き渡された量産型2号機JA8639（S/N2004）であったが、納入した国内の航空会社で最初に定期路線で就航させたのは日本国内航空である。運輸省の量産一号機の翌々日の4月1日に、東京（羽田） - 徳島 - 高知線で定期航空路線の運用を開始した。
日本国内航空は量産機の発注を行っていたものの、納入が路線開設に間に合わず、試作2号機を1965年（昭和40年）3月11日に日航製からリースして間に合わせたものである。この試作2号機は全日空が聖火の輸送で使用したものであり、日本国内航空では自社塗装に塗り直し、「聖火号」（初代）と命名して就航させた。因みに日本国内航空が最初に受領したのは量産型4号機（S/N2006）JA8640で、1965年（昭和40年）5月15日に納入され、「真珠号」と命名されている。同年12月8日に量産型14号機（S/N2006）JA8651を受領し、「聖火号」（二代目）と命名し、初代「聖火号」を日航製に返却した。
その後、YS-11の定期運航は日本国内航空に続き、1965年（昭和40年）5月10日に東亜航空が広島 - 大阪（伊丹）線、大阪 - 米子線に就航、同年5月31日に南西航空がリース契約で受領し、同年6月8日に那覇 - 宮古線に就航した。同年7月29日には全日空が受領し、同年9月20日に大阪 - 高知線で就航した。南西航空がリース契約となったのは、本土復帰前の沖縄では航空機登録制度が未整備で、南西航空への売却であっても表面上はリース契約とせざるを得なかったからである。南西航空は本土返還後に正式に購入した。
遅れて1969年（昭和44年）4月1日に、日本航空が日本国内航空よりウエットリースで福岡 - 釜山間で初の国際線の就航を始めて、当時の主要国内航空会社がYS-11の定期旅客運航を行ったことになった。日本航空では同路線の就航をボーイング727で計画していたが、同じ路線を運航する大韓航空の機材がYS-11であったことから、機材に差が出ることを嫌った韓国政府の意向から日本航空も同じとせざるを得なくなり、日本国内航空から調達したものであった。
YS-11-100は運航を重ねるにつれ、主脚の異常、脚開閉扉の設計ミス、外板継ぎ目からの雨漏りによる電気系統不良などの欠陥が判明し始めた。そのたび、日航製職員や航空会社の整備士は改修のため徹夜の連続となった。この経験は、1967年（昭和42年）のYS-11A（2050以降）の設計に生かされた。
1968年（昭和43年）にはトラブルもほとんど解消し、1機あたりの飛行時間は月300時間以上、定時出発率99パーセントを誇る、高い信頼性を持つ航空機となった。
輸出
1964年（昭和39年）1月15日に日本機械輸出組合と日本航空工業界による「航空機東南アジア・豪州市場調査団」が日本国外に派遣されたのを始めとして、日航製による日本国外の営業が繰り返された。しかし、日航製には航空機販売のノウハウがないことから、総合商社の販売ネットワークに頼ることとなった。
YS-11の最初の輸出は1965年（昭和40年）10月にフィリピンのフィリピナス・オリエント航空であった。戦争賠償の一環として2012号機が引き渡された。同社はその後最大4機のYS-11を保有した。
無名で実績のない日航製が日本国外で販売するには実機を見せるほかに宣伝の手段はなく、YS-11は積極的に日本国外へ飛行し、デモンストレーションを行った。まず、1966年（昭和41年）9月15日から10月13日にかけて北米へ渡航、アメリカ合衆国のサンフランシスコ・デンバー・セントルイス・ワシントンD.C.・マイアミを飛び、近距離路線を運航する中堅航空会社であるピードモント航空やハワイアン航空からまとまった数の受注を得ることができた。しかし、ピードモント航空では使用機材を例に機体仕様で多くの改善オプションを要求され、ハワイアン航空からリース契約で3機の輸出を行ったものの、搭乗口の低さ、騒音、振動、キャビンのデザインが不評で、僅か一年で全機が返却されてしまった。この反省が後のYS-11Aの開発で活かされることになった。
1967年（昭和42年）は1月25日から3月15日にかけて南アメリカのペルー・アルゼンチン・チリ・ブラジルをデモ、10月11日と12日にベネズエラ、12月2日から12日にカナダ、1968年（昭和43年）8月27日から10月28日にかけてはイギリス・西ドイツ・スウェーデン・イタリア・ユーゴスラビア・ギリシャ・サウジアラビア・パキスタン・ネパール・ビルマ・タイ・マレーシアを精力的に回ったが、アジアの多くの途上国では購入予算がないため受注をほとんど得ることはできなかった。その後ブラジルやアルゼンチン、ペルーでまとまった数の受注を獲得した。しかし、ヨーロッパでは競合機が多いため、ギリシャのみの受注となった。
1968年（昭和43年）のデモフライトではイギリスのファーンボロ・エアショーにも出展した。この出展でギリシャのオリンピック航空との商談が成立した。オリンピック航空では短期リースの2機を含め、最盛期には10機のYS-11を保有した。当時のファーンボロ・エアショーでは、欧州の航空機メーカーの出展に限定されていたが、YS-11はロールス・ロイス社製のエンジンを搭載していることから、英国製に類するとして特別に出展が認められ、デモフライトを実施することができた。
1969年（昭和44年）にも2月27日から3月1日にメキシコ、12月3日から1970年（昭和45年）2月14日にかけてモロッコ・セネガル・カメルーン・ガボン・ザイール・中央アフリカ・ザンビアを飛行、同時に1月18日から22日にシンガポール、6月20日から7月9日にかけてエジプト・ケニア・スーダン・南アフリカ、7月28日から8月3日にベトナム戦争中の南ベトナムサイゴンへ飛行し、いくつかの受注を獲得することができた。
相次ぐ受注
デモフライトが功を奏し、知名度が高いピードモント航空からのオプションを含む20機の発注により信頼を得たことも手伝い、アメリカやブラジルを中心として日本国外からの受注が相次いだ。生産数は徐々に伸び、1967年（昭和42年）末には小牧工場は月産1.5機から2機に増産した。1968年（昭和43年）末に確定受注が100機を超え、この年だけで50機以上を新たに受注している。1969年（昭和44年）4月17日には全日空に量産100号機（通算102号機）を納入し、輸出は7カ国15社に達した。7月には当初の量産計画（150機）を上回る180機の量産計画が認可された。小牧工場は月産3.5機となり、順番待ちで発注から納入まで1年以上かかることもあった。しかし、この好調な日本国外への販売がその後の生産中止の引き金となった。
日本国内定期路線からの引退
定期運航に処する航空機体への空中衝突防止装置（TCAS）の装備を義務づけた航空法改正により、改修経費の関係で2006年（平成18年）9月30日のラストフライトをもって日本国内の民間定期路線より引退した。
日本国内の民間定期路線のYS-11の最終便は、日本エアコミューターが2006年（平成18年）9月30日に同社が最初にYS-11を飛ばしたのと同じ沖永良部空港 - 鹿児島空港でのフライトが、沖永良部発15：55に行われ就航以来無事故での運航完了となった
。なお、9月30日の引退の時まで運航していたのは、日本エアコミューターの福岡 - 松山、高知、徳島、鹿児島の4路線であり、松山、高知の2路線は9月29日の福岡行きが最終運航となった。徳島、鹿児島線は30日が最終運航で、徳島 - 福岡便は10:00徳島発、鹿児島線は同日12：10福岡発の便であった。なお、YS-11の初運行から最終運航まで一度も運行から離脱しなかったのは全国で徳島空港だけである。
沖永良部空港では地元の踊り子によるエイサーで最終便を送り出し、鹿児島空港到着時には空港消防隊によるウォーターアーチと、ファイナルフライトの到着後に引退記念セレモニーが行われ、多くのパイロット、整備士、客室乗務員をはじめとする日本エアコミューターの社員、元日航製の社員などが多数出席し引退を惜しんだ。セレモニーには日本中のテレビや新聞、雑誌の取材が殺到し、ファイナルフライトと引退セレモニーの記事が多くの新聞の一面を飾った。
これらの9月30日のファイナルフライトに使用された機体はJA8766とJA8768で、JA8768は徳島から福岡への飛行後に鹿児島へ、JA8766が沖永良部への最終フライトを行った（ちなみにこの機体は「レッド&グリーン塗装時代」には「とくのしま」、つまり隣の島の愛称がついていた）また、この機体の操縦桿を握ったのは航空雑誌や日本エアコミューターからも「ミスターYS」の愛称で親しまれていた本村栄一で、総飛行時間2万時間以上のうち、23年間をYSに捧げた人物であり、彼もこのフライトを最後に引退した。奇しくもYSの座席数と同じ64歳での出来事であった。運航終了後のYSについて保存の声も根強かったものの、機体性能には問題なく、十分に現役で飛べるため、2機ともフィリピンへ売却された。
民間定期路線のYS-11最終便となった、日本エアコミューターの沖永良部空港発鹿児島空港行は2006年（平成18年）7月30日の発売開始から3分で完売した、しかしその後インターネットオークションに『2006年（平成18年）9月30日・日本エアコミューター・沖永良部発鹿児島行YS-11最終便搭乗券』1枚が出品されるという出来事があった。インターネットオークション運営会社と航空会社側が協力してインターネットオークションから「強制削除」され、出品された搭乗券は「無効扱い」とされた。なお、出品時の価格は「10万円」だったと言われている。
2007年（平成19年）8月には新幹線0系電車などと共に機械遺産（13番）に認定された。
国土交通省航空局が所有していたJA8709（製造番号2084。中古機を航空局が取得し1985年に登録）は2007年4月に用途廃止され、長らく東京国際空港（羽田空港）にて保管されていたが、2014年12月に一般競争入札にかけられ、大阪府八尾市の航空機部品販売ならび整備会社エアロラボインターナショナルが落札した。日本では航空法などの規制に適合しないおそれがあるため機体記号をアメリカ籍のN462ALへ変更する形で登録を行い、2015年3月にはエンジンの始動に成功。同年5月24日に連邦航空局（FAA）から飛行を許可されたと発表。羽田へこれ以上駐機できなくなったことで、同月27日に羽田空港から高松空港の飛行を実施した。
その時点では本機は未だ完全な修復には至っておらず、エアロラボインターナショナルは引き続き整備を継続すると共に再飛行と本格的な動態保存に向けた寄金を募っていた。その後は同社が時折、エンジンを動かすなどして整備していたが高松空港が4月に民営化し、民営化に伴って定められた空港の供用規定で、機体を駐機できる期間を上限10日間とする項目が新設されたため、4月中旬からは違反状態になったことで運営会社が離陸を求めたことから高松空港での保管が難しくなった。そのため、能登空港に隣接する日本航空学園の敷地内に移して保管されることになった。なお、同学園は保管場所の無償提供を申し出ている。2018年5月11日午前11時に離陸して付近を約30分間試験飛行した後、能登空港へ向けて再び飛行し同日に着陸した。
その後の国産旅客機プロジェクト
実質的にYS-11プロジェクトの後継となる国産旅客機としては、2014年にロールアウトした三菱航空機の「Mitsubishi SpaceJet」（三菱スペースジェット、旧称：MRJ）が挙げられる。また、YS-11に対しては正式に発注せずに終わった日本航空（JAL）も32機のSpaceJetを確定発注しており、2020年代前半から国内定期路線に投入予定である。
2015年11月11日にはかつて53年前にYSが初飛行を行ったのと同じ名古屋飛行場においてMRJ（当時）が初飛行に成功し、9年ぶりに国産旅客機が日本の空を舞った。
三菱重工業は、2006年（平成18年）5月31日に開催された経済産業省主催の民間機開発推進関係省庁協議会において、YS-11を業務運用している防衛庁・国土交通省・海上保安庁に対して、開発段階であったMJ（現在のMitsubishi SpaceJet）の採用を要望した。これに対して各省庁は「ニーズが合えば購入する」との認識を示したことから、官公庁ではSpaceJetの開発経過を観察しながら、後継機選定を行うものと思われる。
機体
機体の設計者たちは戦前に軍用機設計に携わってはいたが、旅客機の設計をしたことがない（それどころか乗ったこともない）者がほとんどであった。このため設計は軍用機の影響が強く、信頼性と耐久性に優れる反面、騒音と振動が大きく居住性が悪い、（後述する理由で）操縦者に対する負担が大きいという、民間旅客機でありながら軍用輸送機に近い性格の機体となってしまった。快適性・安全性・経済性が重視される民間機としては好ましくなく、運用開始した航空会社側からは、非常に扱いにくいという厳しい評価を受けた。
それでも日本の航空業界側は「日本の空は日本の翼で」という意識のもと、改修に改修を重ね、機体を実用水準に高めた。航空業界によって使える機体に育ったとも言える。やがて東亜国内航空では日本国外に輸出された機体を購入しなおすなど、YS-11に対する信頼性は大いに上がった。
機齢が40年を超えた機体も現れ始めたが、自衛隊や日本国外のエアライン等では2013年現在も使用され続けている。航空大国アメリカでは「日本製の飛行機」、「ロールス・ロイス製エンジンを搭載した飛行機」、「ピードモント航空が使っていた飛行機」という形で知られている。
頑丈さと過大重量
YS-11の軍用機的性格が良い方に働いた例として、機体の頑丈さが挙げられる。航空先進国であった欧米では、民間輸送機開発に際してすでに耐用年数などを踏まえた合理的な機体設計を行うようになっていたが、YS-11は戦後日本で初の本格的旅客機であるため、安全率を過大なまでに確保していた。主翼については約19万飛行時間、胴体は約22万5千時間に相当する疲労強度試験を行っている。東京・調布市にある航空宇宙技術研究所（NAL, 現JAXA）では26か月にわたり大きな水槽の中に胴体を沈め、内圧の増減を繰り返す胴体強度試験を行った（コメット連続墜落事故の検証で使われたものと、ほぼ同じやり方である）が、9万時間までどこも損傷することはなかった（最終的に試験装置の方が損傷し、終了した）
しかしその頑丈さは重量増加という欠点にもなって跳ね返ってきた。近代旅客機の常道通りに総ジュラルミン製のモノコック構造であるが、強度重視で重量過大となり、出力の限られたエンジンに対しては重すぎる機体となった。元テストパイロットの沼口正彦は退役後のインタビューにおいて、「YS-11はパワー不足が目立った」とも語っている。YSの出力不足は、沼口に限らず多くのパイロットから指摘されている弱点である。全日空の機長としてYS-11に乗務したことがある内田幹樹はその著書『機長からアナウンス』で「最初はあまりのパワーのなさに驚いた」、「そのうえコクピットの居住環境も、寒すぎたり暑すぎたりとほんとうに最悪だった」、「飛行機マニアにいまでも人気が高いようだが、これはまったく理解できない」、「クラウンに軽自動車のエンジンを乗せたような飛行機」、「パイロット仲間でもYS-11に愛着のある人をほとんど知らない」と酷評している。また重量のためタイヤに負担がかかり頻繁に交換が必要だという。
量産1号機にあたるJA8610は国立科学博物館によって羽田空港のT101格納庫に保管されているが、同機はYS-11で唯一の動態保存機で、現在展示こそされていないものの、定期的にエンジンに火が入れられる予定となっており、「頑丈さを証明し、100年先も飛べるYSとして保存する」と言ったコメントも出されている。
操縦性
操舵系統には戦後主流になりつつあった油圧を使わず、操縦桿と動翼をケーブルにより直接つなげており、自動操縦装置もなく（後に一部機体にはオートパイロット装備）、ほとんどを人力で動かしているため、沼口正彦を始め多くのパイロットが「世界最大の人力飛行機」と評している。信頼性確保と軽量化を目的としての人力操舵採用であったが当然の結果として操縦に力を要し、通常は低速になると軽くなる動翼は常に重く、特にエルロンが最も重いという。また気流が乱れると自衛官ですら「腕がパンパンになる」と評するほど悪化し、展示飛行で急旋回する際には「ワイヤーが切れると思うほど」引く必要があるという。海上自衛隊ではオートパイロットが装備されていない機体で訓練を行う際、30分ごとに交代するなどの対策を行っていた。
離着陸に関してはパイロットから「上昇もしないんですけど、降りるのも降りてくれない」と評されており、主翼が長めであるため滑空性能が強すぎることが指摘されている。
このように特有の問題を抱えていたため、管制官も降下指示を早めに出したり急かさないなど配慮をしていたという。
客室設備
トイレを装備しているが、当時の輸送機にはまだ多かった蓄積方式（いわゆる汲み取り構造で、消毒・消臭液を汚物タンク部に溜めてある）を採用しており、便器に水を流す設備はなかった。汚物の液体分だけを漉し取って消毒液を混ぜ、便器の水洗に利用する「循環式」は、YS-11では採用に至っていない。トイレ内の照明はかなり暗めに設定されていた。この他にも冷暖房が必要な時期になると空調関係が不安定になりやすいなど、快適装備は旧来型で信頼性も高いとは言えなかった。
荷物棚が座席上部に存在するが、ここは帽子ぐらいの大きさのものしか収納できない（いわゆるハットラック）ため、大きな荷物は搭乗前に手荷物として預けるか、座席の下に置く必要があった。機内の照明には丸形の蛍光灯が使用されており、一昔前のバスを思わせる内装となっていた。日本国外で活躍している機体もほぼ機内は無改造のまま使用されていることが多く、カーゴ設備や機内サービス器具、座席上部の読書灯などにその名残を見ることができる。
一方で、初期の機体には内蔵式のタラップ（エアステア）が用意されておらず、地上設備の貧弱な地方空港での運用に難があるなど、ここでも旅客機としては使い勝手の悪い面が見られた。なお、後にユーザーの要望を受けて、内蔵式タラップも装備されている。
派生型
YS-11にはいくつかの派生型式が存在する。機体の用途による違いで分かれているが、さらに納入先によって細かく区分されている。また、製造番号が付けられており、先行試作機2機は1001・1002、以下量産機は2003 - 2182である。
YS-11A
1967年（昭和42年）製造の2050（通算50号機）以降の機体で、輸出を見込んで大幅に改良を施した。これはアメリカ中西部の中古機や航空部品販売を行うディーラーであるシャーロット・エアクラフト社がアメリカでの販売代理権の取得を目指して提案してきたことを受け入れた仕様であった。同社がコンサルタントを使い競合機（フェアチャイルドFH-227）との比較において、運航コスト、離着陸性能が優れ、短距離ローカル線で需要があると判断したが、ペイロード（有償荷物重量）が少ないとの指摘を受けて改良されたものであった。
エンジンはタービンの耐熱性向上とプロペラ減速歯車の強化によって出力を10%増加させ、ペイロードを1トン増やした。合わせて各部の設計変更を行い、主脚ドアの内面を平滑にして脚下げ時の速度を289km/hから389km/hへ向上、同時に急降下の際に脚をエアブレーキとして使用できるようにした。座席の座面クッションを着水時の浮き具として使用できるものとし、座席間隔も860mmから790mmに改めて、64席に増やした。
2070からは内装をレザー張りからプラスチックに改め、カーテンもシャッター式ブラインドとして、ライバルになると目されたフォッカーF-28などに対抗した。また、オプションとして補助動力装置（APU）を搭載可能とし、空調・発電・油圧装置・エンジン始動を地上設備なしで作動可能とした。これは地上設備の貧弱な日本国外の地方空港乗り入れを目指したものである。2075からは乗降口高さを体の大きな欧米人に合わせて1.6mから1.75mに拡大、2078からはエンジンを、タービンブレードの材質変更で高温時の最大出力を4%増加したダートMk542-10Jに 、2092からは減速歯車を補強して耐久性を向上したダートMk542-10Kに変更した。
運用
合計182機（国内民間機75機、官庁34機、輸出13カ国76機など）が製造され、日本をはじめとする各国の航空会社や政府で使用された。一方で日本国内だけで4件の事故（うち墜落3件）を起こした。
日本国内ではローンチ・カスタマーとなった全日空で1970年代30機の保有がピークとなり、1980年頃より順次退役し、1991年（平成3年）8月31日の新潟 - 仙台間・ANA720便が最後の運航となった。一方、1971年（昭和46年）に日本国内航空（JDA）と東亜航空（TAW）が合併した東亜国内航空（TDA）では、1980年代には42機を保有する最大のオペレーターとなっていた。既に機体は生産中止となっていたことから、日本国外の中古機を買い戻して調達していた。これはTDAが抱える多くの路線が、騒音問題や空港施設の関係から、YS-11に依存しなければならなかったことが理由である。
しかし、経年と共に整備費用（維持費）が上昇したことで、YS-11の経済効率の悪さが顕著になって行き、搭乗率が高くとも運航経費の上昇で赤字となる路線が多かった。1975年（昭和50年）の整備費の指数を100とすると、1977年（昭和52年）には193.7、1978年（昭和53年）に228、1979年（昭和54年）には249.1となり、加えて、燃料費の高騰、公租公課の上昇と、経済性は下がる一方となり、YS-11の就航路線で黒字を計上する例は僅かとなり、ほとんどが赤字路線へと転落、1994年（平成6年）3月8日の南紀白浜 - 東京便を最後に同社（JAS）から引退した。
日本国内の民間航空機としては引退したが、その頑丈なつくりのため、各国に輸出された機体にはまだ現役にあり続けるものも少なくなく、タイやフィリピンなどではまとまった数の機体が各航空会社で活躍している。また、ギリシャでは、海運王アリストテレス・オナシス率いるオリンピック航空への輸出機が転籍を経て、現在もギリシャ空軍機として使用されている。政府専用機として国家元首の移動に使用された機体もある。また、大韓航空にリースされた1機はハイジャックされ北朝鮮に抑留状態となり、その後中国の整備工場にて修理が行われているものの、用途や以降の消息は不明である（大韓航空機YS-11ハイジャック事件参照）。
日本国内の官庁向けでは、10機が海上自衛隊、13機が航空自衛隊、5機が海上保安庁、6機が国土交通省（旧運輸省）航空局に納入され、通常の輸送任務のほか練習機や各種任務機として配備運用されている。航空自衛隊ではC-1輸送機導入までのつなぎとして導入したのが始まりだが、後にエンジンをより強力なゼネラルエレクトリック（GE）製のT64に換装して性能を向上したYS-11EA/EBが登場した。これらは俗に「スーパーYS-11」と呼ばれる。1990年（平成2年）海上保安庁のYS-11「おじろ」は樺太（サハリン）から全身火傷のコンスタンティン・スコロプイシュヌイを搬送する作業に使用された。
日本国内の民間航空会社においては、日本の航空法が設置を義務付ける空中衝突防止装置（TCAS）が搭載されていないため、機体寿命より早く引退した。特例期間として2003年（平成15年）9月30日まではTCASの装備なしでも飛行可能であったが、当時運航していた2社の内、エアーニッポン機材は同年8月31日をもって全機退役させることになり（最終フライトはJA8772で女満別から新千歳）、日本エアコミューターはTCASの簡易版である空中衝突警報装置（TCAD）の装備により、法律上は2006年（平成18年）12月31日まで運航可能の特例が認められた。上記によって2004年（平成16年）には、日本国内において就航させていた航空会社は日本エアコミューターのみとなり、2006年（平成18年）9月30日に法律上の期間を満了することなく全路線から撤退した。しかし日本国外では中古機を含めて当分は旅客機として活躍すると思われる。また、TCAS設置が義務付けられていない自衛隊においては、航空自衛隊にて現役で使用されているほか、日本航空学園では地上訓練用の教材として現役を続けている機体が存在する。
導入航空会社（リース含む）
日本の主要航空会社の他、アジア、南北アメリカ、ヨーロッパ、アフリカの航空会社に新造機として導入された他、ギリシア政府やフィリピン政府専用機および空軍機としても運航されていた。その後転売を重ねられた機体も多く、2010年7月現在、各国の航空会社で運航されている機体は10-20機程度とみられ、その他に同数程度の機体が動態保存されているとみられる。
自衛隊
自衛隊では1965年（昭和40年）から1973年（昭和46年）までにYS-11を23機導入した。内訳は航空自衛隊13機、海上自衛隊10機であった。この採用には、世界への信頼誇示のため、防衛庁に進んで採用してほしいとの強い要望が通産省から寄せられたという話もある。空自の一部の機体はゼネラル・エレクトリック社製 T64-IHI-10J を搭載し、プロペラを3枚に変更した「スーパーYS-11」となっている。航空法改正により日本の航空機は空中衝突防止装置の装備が義務付けられたが、自衛隊機は対象外であり追加装備費を要さず、かつ民間機より飛行時間が短いことから傷みも少ないため、民間YS-11が引退した後も運用されている。
記録
YS-11は以下の記録を持っている。
定時出発率
エアーニッポンで使用していたYS-11は、1997年（平成9年）に定時離陸率99.6 - 99.8%、日本エアコミューターで運航されていたYS-11も2004年（平成16年）に定時出発率91.8%を達成している。これは世界の最新鋭飛行機でもなかなか達成できないものである。
飛行時間と飛行サイクル
日本エアコミューターで使用されていた登録番号JA8717（製造番号2092）の機体は、登録されたのが1969年（昭和44年）2月で、2006年（平成18年）9月11日までの総飛行時間は71,220時間47分、総飛行サイクルは72,359回と世界一の記録となっており、このことからもYS-11の頑丈さがわかる。また、この機体は一時日本航空に当時のJDAから乗務員を含むウエット・リースされて唯一日本航空のフルカラーとなり、福岡 - 釜山線を1969年4月1日から一年間の定期国際線運航を行った唯一の機体である。因みに日本航空はYS-11を保有したことはなかったが、2例だけYS-11で運航を行っていた。いずれもJDAからウエット・チャーターであり、日本航空が運航した夜間郵便専用機としての運航とこの国際線定期運航であった。
2004年（平成16年）9月には、台風により伊丹空港で垂直尾翼の方向舵や補助翼が脱落するなどの被害を受け、かなり大掛かりな修理が必要になった。これが他の機体であればそのまま部品取りにしていたところであるが、8717の実績と歴史的価値によって修理が決行され、ラインには同年10月に復帰した。この機体は2006年（平成18年）9月11日、YS-11の日としている最後の日に、奄美 - 鹿児島線のチャーター便を最後に、37年もの間一度の事故も起こすことなく有終の美を飾った後、9月12日に羽田へフェリーされフィリピンのアボイティズ航空へ売却されたのち、フィリピンでは部品供出機となり、現在はBAE-ATPや737-200とともにフィリピンのニノイ・アキノ国際空港B滑走路脇の滑走路付近の草地に留め置かれており、その様子は同空港第3ターミナルからも見ることができる。
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大衆的評価
総生産数は決して多くはないが、日本の高度経済成長期を象徴する存在の一つとしてのノスタルジーや、武骨な構造・独特のエンジン音などを持つ個性的な機体として、日本には多くのファンがいる。
日本国内の航空専門誌では「日本の名機」「日本初の名国産機」などとも評しているが、実際にはエンジンを初めとして計器類などパーツのほとんどは海外製で、重量過大や操縦性の問題といった未熟さを指摘する意見もある。
鉄道雑誌では同じ1964年東京オリンピックの前後にデビューした日本の乗り物として、陸の新幹線0系電車と対をなす存在として語られることがある。両者にはかつて軍用機製造に携わっていた人々によって作られた（YS-11については同じ航空分野のため自然な経過であるが、新幹線については三木忠直や松平精らのエピソードが著名）、という共通点がある。