崇徳天皇
幼き帝
元永2年（1119年）5月28日に生まれ、6月19日に親王宣下を受ける。保安4年（1123年）1月28日に皇太子となり、同日、鳥羽天皇の譲位により践祚、2月19日に数え5歳（満3歳7か月）で即位した。大治4年（1129年）、関白・藤原忠通の長女である藤原聖子（皇嘉門院）が入内する。同年7月7日、白河法皇が亡くなり鳥羽上皇が院政を開始する。翌大治5年（1130年）、聖子は中宮に冊立された。天皇と聖子との夫婦仲は良好だったが子供は生まれず、保延6年（1140年）9月2日女房・兵衛佐局が天皇の第一皇子・重仁親王を産むと、聖子と忠通は不快感を抱いたという。保元の乱で忠通が崇徳上皇と重仁親王を敵視したのもこれが原因と推察される。一方、この件があった後も崇徳上皇と聖子は保元の乱まで常に一緒に行動しており、基本的には円満な夫婦関係が続いたとみられている。
院政開始後の鳥羽上皇は藤原得子（美福門院）を寵愛して、永治元年（1141年）12月7日、崇徳天皇に譲位を迫り、得子所生の体仁親王を即位させた（近衛天皇）。体仁親王は崇徳上皇の中宮・藤原聖子の養子となっており、崇徳天皇とも養子関係にあったと考えられるため、「皇太子」のはずだったが、譲位の宣命には「皇太弟」と記されていた（『愚管抄』『今鏡』）。天皇が弟では将来の院政は不可能であり、崇徳上皇にとってこの譲位は大きな遺恨となった。崇徳上皇は鳥羽田中殿に移り、新院と呼ばれるようになった。
実権無き上皇
崇徳院は在位中から頻繁に歌会を催していたが、太上天皇になってからは和歌の世界に没頭し、『久安百首』を作成し『詞花和歌集』を撰集した。鳥羽法皇が和歌に熱心でなかったことから、当時の歌壇は崇徳院を中心に展開した。法皇も表向きは崇徳院に対して鷹揚な態度で接し、崇徳院の第一皇子である重仁親王を美福門院の養子に迎えた。これにより近衛天皇が継嗣のないまま崩御した場合には、重仁親王への皇位継承も可能となった。また、近衛天皇の朝覲行幸に際して、法皇は美福門院とともに上皇を臨席させ（『本朝世紀』）、上皇の后である聖子を母親として天皇と同居させるなど崇徳院を依然として天皇の父母もしくはそれに準じる存在と位置づけており、近衛天皇が健在だったこの時期においては、崇徳院は鳥羽院政を支える存在とみなされ、両者の対立はまだ深刻な状況にはなかったとする説もある。
久寿2年（1155年）7月23日、病弱だった近衛天皇が17歳で崩御し、後継天皇を決める王者議定が開かれた。候補としては重仁親王が最有力だったが、美福門院のもう一人の養子である守仁親王（後の二条天皇）が即位するまでの中継ぎとして、その父の雅仁親王が立太子しないまま29歳で即位することになった（後白河天皇）。鳥羽法皇や美福門院は、崇徳上皇に近い藤原頼長の呪詛により近衛天皇が死んだと信じていたといい（『台記』）、背景には崇徳院政によって自身が掣肘されることを危惧する美福門院、父・藤原忠実と弟・頼長との対立で苦境に陥り、兵衛佐局・重仁親王の件で崇徳上皇を良く思わない藤原忠通、雅仁親王の乳母の夫で権力の掌握を目指す信西らの策謀があったと推測される。また、守仁親王が直ちに即位した場合、その成人前に鳥羽法皇が崩御した場合には唯一の院になる崇徳上皇が治天の君となれる可能性があったが、父親でかつ成人している雅仁親王が即位したことでその可能性も否定された。これにより崇徳院政の望みは粉々に打ち砕かれた。
保元の乱
保元元年（1156年）5月、鳥羽法皇が病に倒れ、7月2日申の刻（午後4時頃）に崩御した。崇徳院は臨終の直前に見舞いに訪れたが、対面はできなかった。『古事談』によれば、法皇は側近の葉室惟方に自身の遺体を崇徳院に見せないよう言い残したという。崇徳院は憤慨して鳥羽田中殿に引き返した。法皇が崩御して程なく事態は急変する。7月5日、「上皇左府同心して軍を発し、国家を傾け奉らんと欲す」という噂が流され、法皇の初七日の7月8日には、藤原忠実・頼長が荘園から軍兵を集めることを停止する後白河天皇の御教書（綸旨）が諸国に下されると同時に、蔵人・高階俊成と源義朝の随兵が摂関家の正邸・東三条殿に乱入して邸宅を没官するに至った。これらの措置は、法皇の権威を盾に崇徳院・藤原頼長を抑圧していた美福門院・藤原忠通・院近臣らによる先制攻撃と考えられる。
7月9日の夜中、崇徳院は少数の側近とともに鳥羽田中殿を脱出して、洛東白河にある統子内親王の御所に押し入った。『兵範記』同日条には「上下奇と成す、親疎知らず」とあり、子の重仁親王も同行しないなど、その行動は突発的で予想外のものだった。崇徳院に対する直接的な攻撃はなかったが、すでに世間には「上皇左府同心」の噂が流れており、鳥羽にそのまま留まっていれば拘束される危険もあったため脱出を決行したと思われる。
翌10日には、藤原頼長が宇治から上洛して白河北殿に入り、崇徳院の側近である藤原教長や平家弘・源為義・平忠正などの武士が集結する。崇徳上皇方に参じた兵力は甚だ弱小であり、崇徳院は今は亡き平忠盛が重仁親王の後見だったことから、忠盛の子・清盛が味方になることに一縷の望みをかけた。重仁親王の乳母・池禅尼は上皇方の敗北を予測して、子の平頼盛に清盛と協力することを命じた（『愚管抄』）。後白河天皇方は、崇徳院の動きを「これ日来の風聞、すでに露顕する所なり」（『兵範記』7月10日条）として武士を動員し、11日未明、白河北殿へ夜襲をかける。白河北殿は炎上し、崇徳院は御所を脱出して行方をくらました。
讃岐配流
崇徳院は源為義・平家弘らに擁されて東山の如意山に一旦逃れるが、投降を決意して剃髪し、武士らと別れる（『保元物語』）。13日、崇徳院は仁和寺に出頭し、同母弟の覚性法親王に取り成しを依頼する。しかし覚性が申し出を断ったため、崇徳院は寛遍法務の旧房に移り、源重成の監視下に置かれた。崇徳院が剃髪して投降した背景には、薬子の変で挙兵に失敗して出家した平城上皇が、実権を失いはしたが自ら選んだ隠棲地の平城京で手厚い待遇を受けて余生を送った先例があったとされる。しかし、薬子の変の時代と異なり保元の乱の時代には、上皇が在家出家を問わず院政を行う慣例が確立していたため、出家は権力放棄の保証にならなかった。また、万一に守仁親王が薨じた場合、中継ぎとして即位した後白河天皇の脆弱な立場の根底が崩れ、王家家長として崇徳院が院政を行う可能性を排除できなかった。
23日、崇徳院は武士数十人が囲んだ網代車に乗せられ、鳥羽から船で讃岐国へ下った。天皇もしくは上皇の配流は、藤原仲麻呂の乱における淳仁天皇の淡路国配流以来、およそ400年ぶりの出来事だった。同行したのは寵妃の兵衛佐局と僅かな女房だけだった。その後、二度と京の地を踏むことはなく、8年後の長寛2年（1164年）8月26日、46歳で崩御した。一説には、京からの刺客である三木近安によって暗殺されたともされる。
配流先での生活
『保元物語』によると、崇徳院は讃岐国での軟禁生活の中で仏教に深く傾倒して極楽往生を願い、五部大乗経（『法華経』・『華厳経』・『涅槃経』・『大集経』・『大品般若経』）の写本作りに専念して（血で書いたか墨で書いたかは諸本で違いがある）、戦死者の供養と反省の証にと、完成した五つの写本を京の寺に収めてほしいと朝廷に差し出したところ、後白河院は「呪詛が込められているのではないか」と疑ってこれを拒否し、写本を送り返してきた。これに激しく怒った崇徳院は、舌を噛み切って写本に「日本国の大魔縁となり、皇を取って民とし民を皇となさん」「この経を魔道に回向（えこう）す」と血で書き込み、爪や髪を伸ばし続け夜叉のような姿になり、後に生きながら天狗になったとされている。崩御するまで爪や髪は伸ばしたままであった。また崩御後、崇徳の棺から蓋を閉めているのにも関わらず血が溢れてきたと言う。
一方『今鏡』「すべらぎの中第二　八重の潮路」では、「憂き世のあまりにや、御病ひも年に添へて重らせ給ひければ」と寂しい生活の中で悲しさの余り、病気も年々重くなっていったとは記されているものの、自らを配流した者への怒りや恨みといった話はない。また配流先で崇徳院が実際に詠んだ「思ひやれ　都はるかに　おきつ波　立ちへだてたる　こころぼそさを」（『風雅和歌集』）という歌を見ても、悲嘆の感情はうかがえても怨念を抱いていた様子はない。承久の乱で隠岐国に配流された後鳥羽上皇が、「われこそは　にゐじま守よ　隠岐の海の　あらきなみかぜ　心してふけ」（『遠島百首』）と怒りに満ちた歌を残しているのとは対照的である。
崇徳院は、配流先の讃岐鼓岡木ノ丸御所で国府役人の綾高遠の娘との間に1男1女をもうけている。
怨霊伝説
保元の乱が終結してしばらくの間は、崇徳院は罪人として扱われた。それは後白河天皇方の勝利を高らかに宣言した宣命（『平安遺文』2848）にも表れている。崇徳院が讃岐国で崩御した際も、「太上皇無服仮乃儀（太上皇（崇徳上皇）、服仮（服喪）の儀なし）」（『百錬抄』）と後白河院はその死を無視し、「付国司行彼葬礼、自公家無其沙汰（国司を付けてかの（崇徳上皇）の葬礼を行い、公家よりその沙汰なし）」（『皇代記』）とあるように国司によって葬礼が行われただけで、朝廷による措置はなかった。崇徳院を罪人とする朝廷の認識は、配流された藤原教長らが帰京を許され、藤原頼長の子の師長が後白河院の側近になっても変わることはなかった。当然、崇徳院の怨霊についても意識されることはなかった。
ところが安元3年（1177年）になると状況は一変する。この年は延暦寺の強訴、安元の大火、鹿ケ谷の陰謀が立て続けに起こり、社会の安定が崩れ長く続く動乱の始まりとなった。『愚昧記』安元3年5月9日条には「讃岐院ならびに宇治左府の事、沙汰あるべしと云々。これ近日天下の悪事彼の人等所為の由疑いあり」とあり、以降、崇徳院の怨霊に関する記事が貴族の日記に頻出するようになる。『愚昧記』5月13日条によると、すでに前年には崇徳院と藤原頼長の怨霊が問題になっていたという。安元2年（1176年）は建春門院・高松院・六条院・九条院が相次いで死去している。後白河や忠通に近い人々が相次いで死去したことで、崇徳や頼長の怨霊が意識され始め、翌年の大事件続発がそれに拍車をかけたと思われる。崇徳の怨霊については、『吉記』寿永3年（1184年）4月15日条に藤原教長が崇徳院と頼長の悪霊を神霊として祀るべきと主張していたことが記されており、かつての側近である教長がその形成に深く関わっていたと見られる。精神的に追い詰められた後白河院は怨霊鎮魂のため保元の宣命を破却し、8月3日には「讃岐院」の院号が「崇徳院」に改められ、頼長には正一位太政大臣が追贈された（『百錬抄』）。
寿永3年（1184年）4月15日には保元の乱の古戦場である春日河原に「崇徳院廟」（のちの粟田宮）が設置された。この廟は応仁の乱後に衰微して天文年間に平野社に統合された。また崩御の直後に地元の人達によって御陵の近くに建てられた頓証寺（現在の白峯寺）に対しても官の保護が与えられたとされている。
怨霊としての崇徳院のイメージは定着し、近世の文学作品である『雨月物語』（「白峯」）、『椿説弓張月』などにおいても怨霊として描かれ、現代においても様々な作品において怨霊のモチーフとして使われることも多い。
その一方で後世には、四国全体の守り神であるという伝説も現われるようになる。承久の乱で土佐国に流された土御門上皇（後白河院の曾孫）が途中で崇徳天皇の御陵の近くを通った際にその霊を慰めるために琵琶を弾いたところ、夢に崇徳天皇が現われて上皇と都に残してきた家族の守護を約束した。その後、上皇の遺児であった後嵯峨天皇が鎌倉幕府の推挙により皇位に就いたとされている。また、室町幕府の管領であった細川頼之が四国の守護となった際に崇徳天皇の菩提を弔ってから四国平定に乗り出して成功して以後、細川氏代々の守護神として崇敬されたと言われている（ともに『金毘羅参詣名所図会』・『白峰寺縁起』）。
明治天皇は慶応4年（1868年）8月18日に自らの即位の礼を執り行うに際して勅使を讃岐に遣わし、崇徳天皇の御霊を京都へ帰還させて白峯神宮を創建した。
昭和天皇は崇徳天皇八百年祭に当たる昭和39年（1964年）に、香川県坂出市の崇徳天皇陵に勅使を遣わして式年祭を執り行わせている。
血書五部大乗経
『保元物語』にある五部大乗経の存在を語る唯一の史料は、以下の記事である。   
『吉記』 寿永2年（1183年）7月16日条
   
崇徳院讃岐において、御自筆血をもって五部大乗経を書かしめ給ひ、件の経奥に、理世後生の料にあらず、天下を滅亡すべきの趣、注し置かる。件の経伝はりて元性法印のもとにあり。この旨を申さるるにより、成勝寺において供養せらるべきの由、右大弁をもって左少弁光長に仰せらる。彼怨霊を得道せしめんがためか。…
   
内容は、後白河が五部大乗経の存在を聞いて弁官に供養のための願文を起草することを命じたものである。この時期は怨霊鎮魂のため、菅原道真の例に倣い崇徳を神として祀るべきとする意見が出されていたものの、実現には至っていなかった（『吉記』寿永元年6月21日条）。それから程なく、後白河は神祠（崇徳院廟）の建立を命じる院宣を下している（『玉葉』寿永2年8月15日条）。崇徳が崩御して19年も経過してから経典が出てくるのは不自然であり、経典の実物を見た人もいないことから、血書五部大乗経は存在しなかったとする説もある（山田雄司 『崇徳院怨霊の研究』思文閣出版、2001年）。