明治天皇
幕末の動乱
践祚から間もなく、薩摩藩や一部の公卿を中心に討幕論が形成され、幕府と討幕派はそれぞれ朝廷への工作を強めていた。薩長両藩に討幕の密勅が下されそうになっているのを察知した征夷大将軍・徳川慶喜は討幕の大義名分を消滅させるために慶応3年10月14日（1867年11月9日）に大政奉還を奏上し、翌15日（11月10日）に明治天皇は奏上を勅許した。討幕の大義名分が消滅したため、討幕派は12月9日（1868年1月3日）に王政復古の大号令を発し、新政府樹立を宣言した。新政府軍は、12月11日（1月5日）に下坂した旧幕府勢力と慶応4年（1868年）正月に京都南郊で衝突し、鳥羽・伏見の戦いが発生した。この戦いに勝利した新政府軍は慶喜のことを「朝敵」とし、翌明治2年（1869年）にかけての内戦（戊辰戦争）において旧幕府勢力を鎮圧した。
征韓論を勅旨で収める
明治6年（1873年）に征韓論を巡って政府部内が紛糾した明治六年政変では、勅旨を出して西郷隆盛の朝鮮派遣を中止させてこれを収め、明治7年（1874年）から同8年（1875年）にかけて続いた自由民権運動では、立憲政体の詔（漸次立憲政体樹立の詔）を発して政体改革を進めるなど、天皇は政府内部の政治的対立を調停する役割を果たした。
しかし士族反乱が激化する折、下野した西郷らが西南戦争を起こし逆賊となり新政府軍はこれを鎮定した。またこれが日本最後の内戦となっている。
自由民権運動への対応として、明治14年（1881年）には国会開設の勅諭を発して議会創設の時期を明示し運動の沈静化を図った。
近代国家の確立
宇多天皇による寛平御遺誡以降、天皇が外国人に直に面会することはなかったが、明治天皇は外国要人と頻繁に会談している。まず明治2年（1869年）にイギリスの女王ヴィクトリアの子・アルフレートがイギリス王族として初めて訪日し会談。明治12年（1879年）にユリシーズ・グラントがアメリカ合衆国大統領経験者として初めて訪日し会談。明治14年（1881年）に、ハワイ国王カラカウアが外国元首としては初めて訪日し会談する。
明治2年（1869年）、直轄領であった蝦夷地を北海道として編入。明治12年（1879年）には琉球王国を廃し沖縄県として併合、奄美群島を正式に大隅国として編入している。
明治15年（1882年）、陸海軍を「天皇の軍隊」と規定するとともに、「忠節・礼儀・武勇・信義・質素」という軍人としての5つの基本徳目や、軍人の政治不関与を命じた軍人勅諭を発した。
明治17年（1884年）以降は、間近に控えた議会創設に備えて立憲制に対応する諸制度を創設した。内閣制度、市町村制、府県制、郡制の制定など、官僚制支配体系の整備と並行して莫大な皇室財産の設定を行った。
明治22年（1889年）2月11日、大日本帝国憲法を公布した。この憲法は、日本史上初めて天皇の権限（天皇大権）を明記しており、立憲君主制国家確立の基礎となった。翌明治23年（1890年）10月30日には教育勅語（教育ニ関スル勅語）を発し、近代天皇制国家を支える臣民（国民）道徳の涵養に努めた。帝国議会開設当初は、超然主義を唱える藩閥政府と衆議院に依拠する政党勢力が鋭く対立衝突したが、明治天皇はしばしば詔勅を発し調停者的機能を発揮した。また、藩閥政府内の元勲間にあった政策や感情の上での対立においても、明治天皇は宥和に努めた。
共和演説事件では文部大臣・尾崎行雄に辞表を提出させた。
列強との同盟
外交上は1894年（明治27年）の日英通商航海条約、1902年（明治35年）の日英同盟など大国との条約を締結し、列強の一員たるべく、軍事的・経済的な国力の増強を図った。
日本が初めて直面した外国との近代戦争である日清戦争と日露戦争では、明治天皇は大本営で直接戦争指導に当たった。他方、日露戦争の『宣戦の詔勅』に続いて作成された詔勅草案は、「信教の自由」と「戦争の不幸」を強調していたが、大臣らの署名がないまま交付されなかった。
日英軍事同盟と日露戦争での働きにより、イギリスの首相アーサー・バルフォアの許可を得、1906年（明治39年）にガーター勲章を授与される。また、日清戦争の勝利により獲得した台湾、日露戦争後は韓国併合による朝鮮領有や満州経営（現在の中国東北部）を進め、日本をイギリスやフランス、ドイツなど他の西洋列強のような植民帝国へと膨張させる政策を採用した。
明治44年（1911年）には、開国以来の懸案であったイギリスやアメリカなどの欧米各国との不平等条約の改正を完了させ、名実共に日本は列強の一員となった。
崩御
明治天皇が崩御した公式の日時は1912年（明治45年）7月30日午前0時43分であり、同月30日に刊行された号外でも「聖上陛下、本日午前零時四十三分崩御あらせらる。」とあり、『明治天皇記』でも、「三十日、御病気終に癒えさせられず、午前零時四十三分心臓麻痺に因り崩御したまふ、宝算実に六十一歳なり」とある。持病の糖尿病が悪化して尿毒症を併発し、宝算61歳（満59歳）で崩御した。
明治天皇は明治45年7月11日の東京大学卒業式に出席したが、気分は悪かったという。侍医では対応できなくなり、20日青山胤通と三浦謹之助が診察し、尿毒症と診断した。28日に痙攣が始まり、初めてカンフル、食塩水の注射が始まった。病や死などの「穢れ」を日常生活に持ち込まないという古い宮中の慣習により、また、明治天皇の寝室に入れるのは基本的に皇后と御后女官（典侍）だけであり、仕事柄上、特別に侍医は入れるものの、限られた女官だけでは看病が行き届かないということで、明治天皇は自分の寝室である御内儀で休むことができなくなった。そして、明治天皇の居間であった常の御座所が臨時の病室となった。看護婦も勲5等以上でなくてはいけないので、5位以上の女官が看護した。
宮内省は崩御日時を7月30日午前0時43分と公表したが、当時宮内書記官であった栗原広太によると、実際の崩御日時は前日の7月29日22時43分である。これは登極令の規定上、皇太子嘉仁親王が新帝（新天皇）になる践祚の儀式を崩御当日に行わなければならないが、その日が終わるまで1時間程度しか残されていなかったため、様々に評議した上で、崩御時刻を2時間遅らせ、翌日午前0時43分と定めたという。
明治天皇の崩御に際してその側にいた皇族の梨本宮妃伊都子も、この間の様子を日記に克明に記している。伊都子の日記によれば、伊都子ら皇族は二十八日に危篤の報を聞き、宮中に参内し待機した。二十九日午後十時半頃、奥（後宮）より、「一同御そばに参れ」と召され伊都子らが部屋に入ると、皇后、皇太子、同妃、各内親王が病床を囲み、侍医らが手当てをしていた。明治天皇は漸次、呼吸弱まり、のどに痰が罹ったらしく咳払いをしたが時計が10時半を打つ頃には天皇の声も途絶え、周囲の涙のむせぶ音だけとなった。2,3分すると、にわかに天皇が低い声で「オホンオホン」と呼び、皇后が「何にてあらせらるるやら。」と返事をしたが、そのまま音もなく眠るように亡くなった。
同年（大正元年）9月13日午後8時、東京・青山の大日本帝国陸軍練兵場（現在の神宮外苑）において明治天皇の大喪の礼が執り行われた。明治天皇の柩は遺言に従い御霊柩列車に乗せられ、東海道本線等を経由して京都南郊の伏見桃山陵に運ばれ、9月14日に埋葬された。大喪のためにしつらえた葬場殿の跡地には、『聖徳記念絵画館』が建てられた。
世界における天皇崩御
明治天皇の崩御は、世界各国で報道された。
天皇崩御の代表的論調は、望月小太郎が「明治天皇の一年祭」に際して編纂し刊行された『世界に於ける明治天皇』にまとめられた。各国別全28章にわたり20余国からなり、そこには、イギリス、フランス、帝政ドイツ、アメリカはもとより、中国、イギリス領インド、ベルギー、スウェーデン、ペルーなど世界各国をはじめ、ハワイ、ブラジルなど日系移民と関わりの深い国、在中国外国人の論調まで掲載されている。
日本との軍事同盟を締結し同様に立憲君主制を敷くイギリスは「王朝の臣民として能く日本の君民関係は理解」、革命により王政を廃止し共和制国家となったフランスは「血を以って革命を贖いたる国民なるを以って、神聖なる君主政体と立憲政体の一致とは不可能なる如し想像し、民主主義に重きを措くの先入観あり」、当時は帝政を敷いていたドイツ、オーストリア＝ハンガリーは「深奥なる哲理思想なる国民として多くは、大帝陛下の御治績を科学的分析的に研究」とした。
日露戦争において日本と交戦した帝政ロシアは「沈痛懐疑の口調の中にも能く先帝陛下が常に恋々として平和を愛したる御真情を解得」、近代史上初の共和制国家としての建国由来を持ち、黒船来航を行い日本が明治維新に至るきっかけを作り、日露戦争の際には両国の講和の仲介役を務めたアメリカ合衆国は「其建国の事情を異にし、自ら我が君臣の関係を知らず」さらに、米領フィリピンに対して、共和国でありながら明治天皇のために挽歌をつくり、「祖宗神霊の御加護を失ふ国民は滅亡すべしと謳える如きは最も味ふべき点」と述べ、また南米諸国も共和国であるが、「我が国体の崇高さ」や「先帝陛下の叡聖」などを「憧憬仰慕」として感心していると述べた。
そして、インド、ペルシャ、アフリカなどのいわゆる西洋列強に植民地支配されていた「有色人種」の間では、「明治大帝は亜細亜全州の覚醒を促し給いたる救世主」と賞賛し、「侵略に対してきことして之を防遏」、「土民に事由制度を許した」と明治天皇を高く評価したことを特記した。
著名な御製
明治天皇は和歌を好み、多くの御製（天皇の自作和歌）を遺している。その数は、九万三千首余りといわれる。
よきをとり あしきをすてて外国（とつくに）に おとらぬ国となすよしもがな
よもの海 みなはらからと思ふ世に など波風のたちさわぐらむ
しきしまの 大和心のをゝしさは ことある時ぞ あらはれにける
わが國は神のすゑなり神まつる昔の手ぶり忘るなよゆめ
目に見えぬ神にむかひてはぢざるは人の心のまことなりけり
元号・追号
在位中の元号は、慶応と明治である。在位期間の元号から採って、明治天皇と追号された。明治天皇の代から、一人の天皇在位中に元号を変えず、またその元号を追号とする一世一元の制を採用したので、以後、諡（おくりな）を持つ天皇はいない（追号も諡号の一種とする説もあるが、厳密には異なる）。
陵・霊廟
陵（みささぎ）は、宮内庁により京都府京都市伏見区桃山町にある伏見桃山陵（ふしみのももやまのみささぎ）に治定されている。宮内庁上の形式は上円下方。京都（畿内）に葬られた、最後の天皇である。
皇居では、皇霊殿（宮中三殿の一つ）において他の歴代天皇・皇族と共にその御霊は祀られている。
大正9年（1920年）、明治神宮の造営に伴い御祭神として祀られた。その後、関東神宮（在関東州・廃社）、また朝鮮神宮（在ソウル・廃社）などの海外神社に多く祀られた。戦後、北海道神宮（在札幌）にも合祀された。