日本プロ野球
観客数
以下に、2005年以降のペナントレース（リーグ戦＋セ・パ交流戦）における、主催試合（ホームゲーム）での、1試合あたり平均観客数（人/試合）の変遷を示す。同年以降に記載を限ったのは、2004年シーズン中に発生したプロ野球再編問題の結果、翌2005年シーズンより、観客数の発表が実数に切り替わったこと、かつ、セ・パ交流戦が開始されたことによる。
2005年シーズンよりパ・リーグでは、従前のオリックス・ブルーウェーブ（兵庫県神戸市）と大阪近鉄バファローズ（大阪府大阪市）が合併し、オリックス・バファローズ（移行措置としてダブル・フランチャイズ期間あり）という1つの球団になって参戦している。また同シーズンより、東北楽天ゴールデンイーグルス（宮城県仙台市）が新規参入で加わった。この結果、同リーグは従前同様、6球団で維持されている。
買収により、2005年シーズンより福岡ダイエーホークスが福岡ソフトバンクホークスに、2012年シーズンより横浜ベイスターズが横浜DeNAベイスターズになった（いずれも本拠地球場に変更なし）。
本拠地球場変更例として、広島東洋カープが、2009年シーズンに広島市民球場（収容人数：31,686人）からMAZDA Zoom-Zoom スタジアム広島（収容人数：33,000人）に移転している（いずれも広島県広島市）。因みに2004年シーズンより、現行の北海道日本ハムファイターズが東京ドーム（東京都文京区）から札幌ドーム（北海道札幌市）に本拠地球場を移転しているが、さらなる移転の構想がある（参照）。本拠地球場の変更がなくとも、フィールドシート設置や改築による座席増設なども行われているため、平均観客数に影響を与えている。
なおNPB12球団は、8球団が三大都市圏に所在し、4球団が札仙広福（地方中枢都市）の各都市（★）にある。
独立リーグ
2004年に起こったプロ野球再編問題と四国アイランドリーグ（現・四国アイランドリーグplus）誕生の影響もあって、当時は全国各地に独立リーグ構想が持ち上がった。ベースボール・チャレンジ・リーグのように実現した独立リーグもあるが、資金面などの問題もあって実現までに至っていないものも複数存在する。
社会人野球を統括する日本野球連盟は、リーグ所属選手について2005年から2008年までは社会人などアマチュアと同等に扱っていた。しかし、2009年に日本野球連盟は「国内の独立リーグに関する取扱要領」を制定し、NPB同様プロ選手として扱われる（退団者の社会人野球選手登録は1チーム3人以内）ことになった。2010年からは、独立リーグ退団者は退団翌年度に社会人野球選手登録ができない制限も追加された。その後、2014年11月に、すべての独立リーグ退団者に対して登録者数制限が適用外となり、日本独立リーグ野球機構所属リーグ（四国アイランドリーグplusとベースボール・チャレンジ・リーグ）の退団者に対しては登録期間制限も適用外となった。
一方、日本野球機構（NPB）は、外国人（日本の学校卒業者を除く）およびNPB在籍経験のある独立リーグ選手に対しては「移籍」の形でNPB球団と契約することを認めているが、それらに該当しない選手についてはプロ野球ドラフト会議での指名を受けなければ契約できない。この点について、独立リーグ（アイランドリーグとBCリーグ）側は、選手の経歴によらず移籍可能にしたいという意向を持っていると報じられている。
独立リーグの選手もNPB同様にプロ契約を交わして球団から報酬を受け取っているものの、その額はNPBと比べ極めて少ない。解散時点の関西独立リーグ (初代)は完全無給制で、同リーグを脱退した球団によって設立されたBASEBALL FIRST LEAGUE→関西独立リーグ (2代目)も同様である。そのため、オフシーズンに副業を認めるリーグも存在する。
関西独立リーグ (初代)
関西独立リーグ (初代)は2009年シーズンより開始。大阪エキスポセブンティーズや三重スリーアローズが加入する予定があったが、いずれも独自にリーグを結成する方針に変更した（大阪エキスポセブンティーズはリーグ発足に至らず）。また、初年度参加の大阪ゴールドビリケーンズは2009年のシーズン終了後に脱退し、2010年シーズンから韓国人選手主体のソウル・ヘチ（旧コリア・ヘチ→韓国ヘチ）が加盟した。2011年からは大阪ホークスドリームのほか、2010年限りで休止した神戸9クルーズの選手を引き継いだ兵庫ブルーサンダーズ、チームの権利を引き継いだフォレストホームの設立による神戸サンズが参加した。一方、明石レッドソルジャーズは代表者の死去などに伴い、2011年から活動を休止した。2012年度は06BULLSと大和侍レッズの2球団が加入する一方、大阪ホークスドリームやソウル・ヘチはリーグ戦への参加を休止した。2012年度終了後、大阪ホークスドリームはリーグを脱退してクラブチームに変更、神戸サンズと大和侍レッズは活動を休止した。このため、リーグ発足当時から残っている球団は紀州レンジャーズのみとなっていた。2013年度は紀州・兵庫・06BULLSの3球団であった。シーズン終了後、紀州と他の2球団が運営方針をめぐって対立し、全球団が脱退したためリーグは事実上活動を停止した。兵庫と06BULLSは、新たにBASEBALL FIRST LEAGUE（ベースボール・ファースト・リーグ、現・関西独立リーグ (2代目)）を設立した。
女子プロ野球
女性によるプロ野球リーグとして、1950 - 1951年にかけて日本女子野球連盟が存在した。
2010年より日本女子プロ野球機構によるリーグが開始され、59年ぶりに女子プロ野球リーグが復活した。
ドーピング対策
ドーピングに対しては平成19年（2007年）から機構独自の検査を行い、罰則を設けている。日本アンチ・ドーピング機構（JADA）には加盟していない。2017年度シーズンからは血液検査も実施される。
暴力団排除活動
2003年に「暴力団等排除宣言」。12球団や球場等で「プロ野球暴力団等排除対策協議会」を結成。2016年、前年に野球賭博問題があり、改めて反社会的勢力の遮断の必要性があるとのことから、各球団に身元確認などを強化するよう要請。野球協約の改定も検討課題と報じられた。
公式戦海外遠征
古くは日本運動協会と天勝野球団が、1923年にソウルでプロ球団同士の海外試合を行っている。
プロ野球リーグ戦開始後、初の公式戦海外遠征開催は、1940年に行われた満州リーグ戦である。満州（現在の中華人民共和国・東北部）に参加全9チームが総遠征し、7-8月にかけての夏季リーグ戦（事前の練習試合・オープン戦含む）を開催した。翌1941年も開催する予定だったが日中戦争の戦局悪化の影響で取りやめとなった。
戦後は1961年5月20日に当時アメリカ占領下の沖縄・奥武山野球場で西鉄ライオンズ対東映フライヤーズ戦で戦後初の海外遠征が開催された（1962年6月13、14日にも阪急ブレーブス対大毎オリオンズ戦が同じく沖縄遠征を実施）。
2002年5月14、15日には台湾（中華民国）の台北市で福岡ダイエーホークス対オリックス・ブルーウェーブ戦が開催された。
2005年にも韓国のソウルの蚕室（チャムシル）球場と釜山の社稷（サジク）球場で千葉ロッテマリーンズ対福岡ソフトバンクホークス戦が6月28、29日に予定されていたが、韓国プロ野球のLGツインズと斗山ベアーズが蚕室球場を本拠地として使っているため、空き日がなく試合が不可能となり、代わりに仁川の文鶴（ムナク）球場で試合することに決めたが、採算が取れないと判断し、同年3月9日に開催取りやめを発表した（実際はロッテの本拠地・千葉マリンスタジアムで開催）。
このほか、2014年の開幕戦「巨人対阪神」を日本プロ野球創立80年記念としてアメリカ合衆国で開催する計画もあったが、予算その他の理由により同年度の開催を見送っている。なおアメリカ開催に際しては当時の日本プロ野球コミッショナー・加藤良三が強く熱望していたといわれている。
中継番組
NPBによるプロ野球中継は巨人戦ナイターをメインとして、黎明期からラジオやテレビ（NHK・各民放）の地上波で全国放送されてきた。しかし、ゴールデンタイムの視聴率低迷で放送が減少しているが、報道量上位競技ではプロ野球の比率が非常に高く、視聴率の低さに対して報道量は多い。2007年から2009年にかけては、2位3位に対して約2倍の報道量である。近年の全国放送は開幕戦や週末デーゲーム、日本シリーズなど少数だが、衛星放送の多チャンネル化で民放系BS放送局やJ SPORTS、トゥエルビ、FOXスポーツ&エンターテインメント（FOX bs238）などで、特にパ・リーグ主催試合を中心に放送が増えている。2000年代後半からはインターネットで配信する事例も多くなった。
2012年には、地上波の視聴率が低いことから、読売ジャイアンツが日本シリーズに進出したにも関わらず、日本テレビ系列のラジオ日本が日本シリーズの放送を行わなかった。また、2017年にはTBSラジオが関東キー局では初となるプロ野球中継から全面撤退している。また、衛星放送局の日本BS放送(BS11)では、四国・九州アイランドリーグとベースボール・チャレンジ・リーグ（BCリーグ）による一部の公式戦も中継していた（現在はNPBを含め、BS11でのプロ野球・セミプロ野球の放送はしていない）。NPBでは基本的に試合の放映権は各球団が管理している。