日露関係史
ロシアの東方進出
モスクワ・ロシアのイヴァン4世は、常備軍ストレリツィを設立すると、1552年のカザン包囲戦でヴォルガ川中流域のカザン・ハン国を併合した。1555年、モスクワ会社が設立されて北極海航路の探検が活発化し、エニセイ川までの航路が開拓された。摂政ボリス・ゴドゥノフは、イェルマークを支援して1598年にシビル・ハン国を滅ぼし、西シベリアの西シベリア平原へ版図を拡げた。
17世紀には東シベリアへの進出を図るロシア・ツァーリ国のコサックによって、レナ川やコリマ川までの航路が開拓された。1632年にはヤクーツクに砦が建設された。1639年にイヴァン・モスクヴィチンがオホーツク海に達し、1643年にセミョーン・シェルコヴニコフ（Семёна Шелковникова、Semyon Shelkovnikov）がオホーツクに町を建設した。1640年代からヴァシーリー・ポヤルコフやエロフェイ・ハバロフなどの探検隊が、ヤクーツクを拠点として、ゼヤ川やアルグン川から農耕が可能なアムール川流域への南下を開始し、清露国境紛争が起きた。
フリースの金銀島探検隊
1643年、オランダ東インド会社のマルチン・ゲルリッツエン・フリースが択捉島と得撫島に上陸し、領有権を宣言した（オランダ領千島）。
デジニョフ探検隊
1648年、セミョン・デジニョフがチュクチ半島（デジニョフ岬）、ベーリング海峡、アナディリ川を発見していた。1649年、オホーツクに砦が建設された。
1651年、アムール川畔のアルバジンに砦が建設された。1654年と1658年の「清露国境紛争」（中: 雅克薩戦役、朝: 羅禅征伐、露: Русско-цинский пограничный конфликт）で清軍が攻撃してアルバジン砦を破壊。1689年にネルチンスク条約を締結。国境がスタノヴォイ山脈に定められた。
アトラソフ探検隊
1701年頃に日本人漂流民の伝兵衛らとウラジーミル・アトラソフが出会って初めて日本に具体的に関わった。1705年にピョートル1世はサンクトペテルブルクに日本語学習所を設置し、伝兵衛が日本語を教えた。1706年、カムチャツカ半島をロシアが占領。カムチャツカ半島を領有したロシア人は、毛皮などを獲る為に千島列島でも活動し、日本も在住のアイヌを通じて部分的には交易を行うなど接触はされていたが、東方に土着したロシア人はヨーロッパから遥か離れたこの地で、物資の不足にあえいでおり、食料物資などの補給のために南方の日本との交易を求めていた。
コジレフスキー探検隊
1711年、イワン・コジレフスキーが千島列島（この時、-Курильские острова-と命名した）を探検し、最南部の国後島に上陸した。
ベーリング探検隊
1739年にヴィトゥス・ベーリングが派遣したマルティン・シュパンベルク隊が仙台湾や安房国沖に接近したものの、徳川幕府は沿岸防備を強化した為、接触に失敗した（→元文の黒船）。日本もこの頃までには、北方に「おろしや」という国があることを知るようになった。
1762年にロシアはエカチェリーナ2世の治世となり、1764年に東方のイルクーツクに日本航海学校を、1768年に日本語学校をそれぞれ設置し、日本付近への航海を積極的に行うようになった。こうして18世紀にはロシアと日本も、ほぼ隣国の関係となり、日本近海、とくに蝦夷地周辺に『赤蝦夷』と呼ばれていたロシア勢力が出現するに及んで江戸幕府の北方開拓を刺激することにもなった。
1771年には阿波国にロシア船が漂着する「ベニョフスキー事件」（「はんべんごろう事件」とも）もあった。
アンチーピン外交
1778年、ロシアの勅書を携えたイワン・アンチーピンの船が蝦夷地を訪れて直に通商を求めたが、翌1779年に松前藩はそれを拒否した。1781年、仙台藩の藩医工藤平助はロシア研究書である『赤蝦夷風説考』を著述し、北方海防の重要性を世に問うた。当時政治改革を主導していた老中田沼意次も北方に関心を抱き、蝦夷地調査などを開始したが、まもなく田沼は失脚した。
ラクスマン外交
1783年、日本の船頭大黒屋光太夫が伊勢白子浦から江戸へ向かう航海の途上に漂流してアリューシャン列島に漂着し、一行はロシア人によって保護された。
1791年に大黒屋光太夫は女帝エカチェリーナ2世と謁見した。帰国を望んでいた光太夫は、1792年にロシア使節アダム・ラクスマンに伴われて根室に着いた。ロシアは漂着民を届けることを根拠に通商交渉を狙ったが、再度断られ、老中松平定信は周辺を巡視させた。光太夫によって伝えられたロシア事情は桂川甫周の手よって『北槎聞略』にまとめられ、幕府にとっては鎖国時代における貴重なロシア情報となった。また、海外事情に通じた林子平がロシアの日本近海進出について説く啓蒙活動を行い、長崎出島でのオランダ通詞からの情報などでロシアに関する認識が深まっていった。
レザノフ外交
1793年11月、仙台藩の津太夫や善六ら16人乗りの若宮丸が石巻から江戸へ向かう航海の途上に漂流してアリューシャン列島東部のウナラシカ島に漂着した。
1799年には松前藩にかわって幕府が蝦夷地の直轄統治を開始し、最上徳内や近藤重蔵に蝦夷地探検を行わせた。
同年、露米会社が勅許を受けロシア領アメリカが成立。ニコライ・レザノフは、アラスカの維持に必要な食料調達のために、日本やスペイン領アルタ・カリフォルニアに交渉を開始する。1804年9月にレザノフは日本人漂流者の津太夫らを伴い、長崎に来航した。渡された国書にはロシア語による正文と日本語・満州語による訳文があったが、日本語の訳文は不完全で意味を取ることが難しく、レザノフに同伴してきたドイツ人の博物学教授ラングスドルフがロシア語をオランダ語に翻訳し、それを重訳する形で日本語に直された。同年10月、シトカの戦い。1806年2月、津太夫によって伝えられたロシア事情が『環海異聞』に仙台藩でまとめられた。ロシアの開港要求を幕府が拒絶したため、レザノフは武力による通商開始を上奏していた。
1806年1月26日、江戸幕府は異国船打払令を廃止し薪水給与令(文化の撫恤令)を発布した。しかし、同年9月にレザノフの部下ニコライ・フヴォストフが蝦夷地の日本側拠点である樺太の松前藩の番所を襲撃(フヴォストフ事件)。1807年5月には択捉島駐留の幕府軍を攻撃した(文化露寇)。そのため、江戸幕府は薪水給与令を撤回し、同年12月にはロシア船打払令を発布した。並びに、幕府は幕府軍の増強を謀ったが津軽藩士殉難事件が起こっている。1807年にレザノフが病死し、1808年にロシア軍の暴挙を聞いた皇帝アレクサンドル1世が全軍撤収命令を下し、フヴォストフは処罰された。1808年には松田伝十郎と間宮林蔵がロシア帝国の動向について調査する為に樺太へ渡り、1809年に間宮海峡を沿海州へ渡って黒竜江下流を調査した記録が『東韃地方紀行』にまとめられた。しかし、日露間の緊張関係を背景に、1811年には千島列島を探検中に国後島に上陸したヴァーシリー・ゴローニンが幕吏に捕らえられ、その報復として日本の商人である高田屋嘉兵衛が連れ去られる事件が起こった（ゴローニン事件）。ゴローニン事件解決後の日露関係は落ち着きを取り戻し、1821年蝦夷地は再び松前藩に返還された。
1828年、シーボルトから最上徳内と高橋景保とへ北方の地図や日本の地図と引き換えにクルーゼンシュテルン（レザノフが後援していた）の『世界周航記』が与えられたことが、シーボルトからの手紙を間宮林蔵が上司に提出したことにより発覚し、シーボルト事件が起った。
ロシアにおける日本語教育の衰退及び日本におけるロシア研究の始まり
1805年にロシア唯一の日本語学校がイルクーツクの中学校に合併され、1816年7月26日にはその日本語学校も閉鎖されることとなった。
1814年、日本において、最初の露日辞書の俄羅斯語小成及び露語文法書の魯語文法規範が編纂された。その後、幾らかの訳書も出たが、ロシア研究熱は長くは続かなかった。
プチャーチン外交
1853年、アメリカ合衆国のマシュー・ペリー提督の浦賀来航（黒船来航）に続くようにロシア使節エヴフィミー・プチャーチンが3隻からなる艦隊を率いて長崎に来航。1853年にニコライ・ブッセが樺太を占領したが、同年3月のクリミア戦争勃発を受けて撤退した。1855年2月にプチャーチンは、伊豆半島の下田で困難な交渉の末、日露和親条約（Симодский трактат、下田条約）を締結した。
19世紀半ばに入ると、ロシアは農奴解放（1861年）を求める国内の改革への圧力と、クリミア戦争などのヨーロッパ方面での南下の試みの挫折を受けて、再び極東への進出を重視してきた。さらにプチャーチンは間をおいて再び長崎に来航し1858年に日露修好通商条約（Едоський договор、江戸条約）を結んだ。これにより、下田・箱館・長崎の3港が開かれ、日露の国境は千島列島の択捉島と得撫島の間にひかれて、樺太は両国これまで通り（雑居地）として日露の正式な国交が開始するが、これが北方領土の帰属問題の起点ともなる。
1861年、ロシアは対馬の芋崎を数ヶ月占領し永久租借を要求、しかしイギリスの介入によって退去した(ロシア軍艦対馬占領事件)。1867年2月、サンクトペテルブルクで日露間樺太島仮規則を仮調印。
明治維新から日露戦争まで
1875年にサンクトペテルブルクで樺太・千島交換条約（Петербургский договор、ペテルブルク条約）が結ばれて千島列島は全島が日本領とされ、それまで両国民混住の地とされていた樺太はロシア領に定められた。
1891年、大津事件で来日中のロシア皇太子ニコライが斬りつけられて負傷し、責任をとって外相青木周蔵が辞任している。
同年、露仏同盟を締結、フランスの資金でシベリア鉄道の建設を開始。日清戦争（1894年 - 1895年）に日本が勝利し、日清講和条約が締結された。1895年ロシアは三国干渉を主導して、遼東半島を清へ返還させると、翌1896年清と露清密約を結んで東清鉄道の施設権を獲得、1898年には遼東半島の旅順・大連を租借した (旅順港・大連湾租借に関する条約)。同年、ロシアは朝鮮から撤退し、日露間で韓国への干渉を制限する西・ローゼン協定が締結された。
1900年、義和団の乱の際にロシア軍が江東六十四屯の虐殺を起こし、その後の混乱に乗じて満州の南北全域を支配した。1902年1月、日本はロシアの清進出を嫌うイギリスと日英同盟を結んだ。同年4月、ロシアは清国と満州還付に関する露清条約を結び満州からの撤兵を始めるものの、その後、対日強硬派のアレクサンドル・ベゾブラーゾフが台頭し、1903年に満州からの撤兵を中断し、また、朝鮮の鴨緑江河口の龍岩浦へ軍事基地を設置しようとした (龍岩浦事件)。
1904年、日露戦争が始まり、日本はそれに勝利する。1905年ポーツマス条約で日本は満州におけるロシアの権益を賠償として取得し、ロシアの極東進出は後退を余儀なくされた。またこの条約で南樺太が日本領となる。アメリカは、ポーツマス条約の仲介により漁夫の利を得て満洲に自らも進出し極東への影響力強化を企んでいたが、このアメリカの影響力を排除することで日本とロシアは利害が一致し、数度にわたる日露協約を結んで満蒙（南北満州と蒙古）における両国の権益・勢力範囲を分割した。ロシアとの協約成立は、ロシアの報復を恐れていた日本政府を安堵させるものであった。なお、日露戦争の最中に日本はロシアの戦争継続を困難にせしめるため、ロシア第一革命への支援工作を行っていた (明石元二郎)ほか、ポーランド独立派のユゼフ・ピウスツキにも支援を行っている。1906年4月、東京において日露協会が誕生した。また、1906年8月にはロシア国技師のカ・カ・ヨーキシ(ロシア語: К. К. Иокиш)が、清国ハルピンにある所有地及び租借地を外国人、特に日本人へ譲渡したいという書簡を日本側に送り、その後、ハルピンが開市場となって日本とロシアの関係が深まった。
1908年、ロシアの軍艦が公海で日本の民間船を拿捕するという三重丸事件が起きた。1911年、日米英露の間でオットセイ及びラッコの保護条約である膃肭獣保護条約が結ばれた。
ソビエト連邦建国と日本
日露戦争後のイギリス・日本とロシアの間の歩み寄りの結果、第二次大隈内閣時1914年にはじまる第一次世界大戦ではともに連合国側に参戦することとなって友好関係が続き、1916年には第4次日露協約を結んで、日露両国は極東における相互の特殊権益の擁護を再確認した。ところが1917年、ロシア革命が勃発してロシア帝国は倒され、日露協約は廃棄されることになる。
ロシア帝国の崩壊後、ロシアでは中央でソビエト政権を樹立したボリシェヴィキの赤軍と、それに反対して地方で抵抗を続ける白軍の間で内戦が続く混乱期に入った（ロシア内戦）。極東への共産主義の波及を怖れる日本は、同じくソビエトを敵視する英仏伊と歩調をあわせ、1918年1月に居留民保護を名目としてロシア極東の主要都市ウラジオストクに艦隊を派遣した。3月には、ロシアが連合国を無視してドイツとブレスト＝リトフスク条約を締結し、日本は中国と日支共同防敵軍事協定を結んだ。さらに内戦によりシベリアで孤立したチェコ軍団救援をアメリカが提案したことを受け、8月12日に日本軍は上陸を開始した。ロシア帝国の消滅を受けてロシア勢力圏の北満州（外満州）・沿海州へと勢力を広げる野心をもっていたとされる日本は、これにはじまるシベリア出兵に7万人以上の兵士を送り込んだ。
この日本の過大な出兵の結果、内戦への協調干渉を断念したアメリカは出兵を打ち切り、日本も1919年から徐々に撤兵を開始した。しかし、同年には日本軍の守備隊がパルチザンと衝突し、日本側は守備隊と居留民を殺害される尼港事件が起こって犠牲を払う。日本はこの事件をきっかけに、さらに北樺太まで出兵を広げるが、結局ソビエト政権の打倒はならず、1922年にソビエト連邦が建国され、ソビエトが沿海州に置いた緩衝国極東共和国もソ連に併合されるに至る。同年、日本はようやくシベリアから完全撤兵するが、列強の一部がソビエト連邦の承認、国交樹立に動く中で関係回復は進展しなかった。また、シベリア撤兵後も石油・石炭資源の埋蔵が期待されていた北樺太には1925年まで駐留を維持していた。
しかし、隣国であるソ連との関係断絶は日本経済界への打撃も強く、また1919年7月のカラハン宣言に基づくソ連の中国への影響力増大から日ソ国交正常化を行ってこそ大陸での日本の権益を守れるとの主張もあらわれた。そのため日本側も国交正常化に前向きとならざるを得なくなり、1925年1月20日に北京で日ソ基本条約を締結した。
一連の動乱の中で、革命に反発してロシアを出国した数多くのロシア人たち、いわゆる白系ロシア人が日本に大量に流入し、ロシア・正教会の文化を日本にもたらした。1917年に元露国大使館内において露西亜人協会が設立され、1918年には会員数300名に達したとされる。また、1920年3月にはユダヤ系ロシア人のアナトリー・ヤコヴレヴィチ・グートマンが反過激派新聞「デイロ、ロシー」(Дело России)の発行を開始し共産主義の危険性を訴え、同年春には在日本露西亜国民統一会の設立を行った。
なお、シベリア出兵によってユダヤ陰謀論の元となるシオン賢者の議定書が日本に伝わった。この本の存在により日本はユダヤ研究を始め、むしろ日ユ同祖論を展開してユダヤ人を保護する方向へと向かった。
同じ頃、日本の社会主義者は在米日本人社会主義者団が中心となって、コミンテルンと接触しはじめた。
戦時下の日ソ関係
日ソ基本条約が結ばれた一方で、ソ連の主導した共産党の世界組織コミンテルンは、1922年に日本共産党を日本支部に指定してその地下活動を援助しており、日本の当局者を刺激していた。また、1924年には外モンゴルでソ連はモンゴル人民共和国を成立させ、モンゴルを勢力圏に置こうとしていた。このような状況を背景にして、日本では軍部を中心に満州を極東に押し寄せる共産主義からの防衛線とすべきであるという考えが芽生え、これが同地を確保して日本の生命線とする構想が進められる一因となっていった。このような時代的な背景により、1932年に満州事変が勃発、日本の後ろ盾のもとに満州を領域とする満州国（満洲帝国）が建国される。ソ連は満州国を承認しなかったが、ロシア帝国から引き継いでいた北満鉄路（旧東清鉄道）を満州国との合弁で経営し、1935年にこの利権を日本の南満州鉄道に売却して、満州からの撤退と勢力圏の整理を行った。
また、ソ連は極東に住む朝鮮人（高麗人）に「スパイ」容疑をかけて中央アジアに追放する一方で、朝鮮半島や満州で抗日パルチザン活動を行う朝鮮人・中国人グループを支援していた。赤軍に編入された朝鮮人部隊の司令官が金日成で、そのソ連滞在中の1942年に生まれたのが息子の金正日であるとされている（金日成と金正日が指導者となった北朝鮮の公式発表では別の説明がされている）。
軍事的には満州国の建国以来、満州に駐留する日本の関東軍とソ連赤軍との間で緊張関係が続き、何度かの武力衝突が行われた（日ソ国境紛争）。1938年にはソ連と満州の国境紛争（張鼓峰事件）、1939年5月からはモンゴルと満州との国境紛争から大規模なノモンハン事件が起こった。両事件では日ソ両軍に大きな損害を出したが、ソ連軍の機甲部隊に大きな損害を与えられた日本側では「敗北」の認識が強く、その後の北進論に否定的な影響を与えた。
1939年9月にヨーロッパで第二次世界大戦が始まり、その直前に独ソ不可侵条約が結ばれるという激変の中、アジアでは日本と米・英・蘭との間での緊張が強まった。そこで、南進論によって英米との対立激化が避けられない日本と、不可侵条約を結んだナチス・ドイツとの関係が常に不安定なソ連の両国は自分の背後を固める必要性に迫られ、1941年4月に日ソ中立条約を結んだ。
しかし、同年6月にドイツが不可侵条約を破棄しソ連と戦争を始めると、7月日本軍は70万の兵士を関東軍特種演習と称して満蒙国境線に配備したが、南進計画決定により8月に中止された。これによりソ連軍は精鋭部隊を満州国境からヨーロッパに投入し、モスクワ攻防戦などでのドイツ軍撃退に成功した。この時期の日本政府の戦略情報はソ連が送り込んだドイツ人スパイ、リヒャルト・ゾルゲなどが作った秘密情報網によってソ連（赤軍参謀本部）に漏れていた。この組織は10月にゾルゲ事件として摘発され、ゾルゲと日本側中心人物の尾崎秀実は1944年11月7日（十月革命記念日）に処刑された。また、1941年12月には太平洋戦争が勃発し、日ソ両国の開戦の可能性は遠のいた。
その後、第二次世界大戦は連合国側の勝利が確実となり、日本では1944年7月に成立した小磯国昭内閣、及び続く鈴木貫太郎内閣の時にソ連を仲介者とした和平交渉の可能性が模索された。一方、ソ連側は対独戦勝利の後に日本に侵攻し、日露戦争でロシア帝国が失った領土や権益を奪回をする事を狙い始めた。1945年2月のヤルタ会談で、ソ連のスターリンはアメリカのフランクリン・ルーズベルト大統領から対日参戦条件として南樺太・千島列島、その後の北方領土を含む）の返還（併合）などを引き出し、ドイツ降伏後3ヶ月で対日攻撃を開始する秘密協定に調印した。これを受け、ソ連は4月に日ソ中立条約の非延長を通告し、1946年4月で同条約が失効することになった。また、近衛文麿元首相をソ連に派遣して和平交渉を行おうとした提案を拒否し、ソ連軍は大量にヨーロッパから極東へと移送された。日本側では関東軍司令部がこの異変を察知して民間人男子の「根こそぎ動員」による消極的防衛策を練ったが、和平交渉の仲介に期待する中央政府は目立った対応をしなかった。
そして8月8日、ソ連は有効期間が残っていた日ソ中立条約を一方的に破棄して対日宣戦布告を行い、日本側勢力圏の満洲帝国、それに日本領の朝鮮半島北部（北緯38度線以北）・南樺太・千島列島を侵攻・占領した。9月2日に日本が降伏文書に調印するまで（歯舞諸島は降伏文書調印後に占領）約1ヶ月続いたこの戦争で多くの日本人が犠牲となり（満州各地の開拓団などの民間人による多数の集団自決事件を含む）、民間人への略奪・婦女暴行事件も頻発した。また、降伏した日本軍（関東軍）将兵は捕虜としてシベリア（一部は中央アジアやヨーロッパ・ロシア）へと抑留された（シベリア抑留）。ソ連側も占守島の戦いなどで大きな損害を出し、スターリンによる北海道分割占領提案は戦後のソ連の強大化を警戒するアメリカのハリー・トルーマン大統領に拒否されたが、対日作戦そのものは勝利に終わり、ソ連はヤルタ秘密協定で示された参戦の見返りをすべて獲得した。
ソビエト崩壊後の日露関係
1991年のソ連崩壊によってロシア連邦がソ連の権益や対外条約を引き継ぐとした為、日本もこれを承認した。1993年にはロシア大統領ボリス・エリツィンが来日、日本の首相細川護熙と会談した。エリツィンと首相橋本龍太郎は特に親密になり、相互訪問を行ってロシアの先進国首脳会議メンバー入りを支持し、北方領土問題にも解決の道筋を示したかに見えたが、返還交渉はまとまらなかった。2000年に就任した大統領ウラジーミル・プーチンは対外強硬派であり、首相小泉純一郎とたびたび会談しているが、北方領土問題を有利に解決したい双方の思惑のずれにより、問題解決には至っておらず、1956年の共同宣言以来の目標である平和条約締結の道筋も見出せない。また、日本・ロシア両国は北朝鮮に関する六ヶ国協議の参加国であるが、日本人拉致事件などを理由に北朝鮮に対する強硬姿勢を堅持する日本側と、拉致事件問題では日本側に理解を示しながらも北朝鮮との友好関係維持に腐心して経済支援に前向きなロシア側との立場の違いが表れている。
2006年（平成18年）8月16日、北海道根室市花咲港所属の漁船が歯舞群島の水晶島付近の海域で操業中に国境を侵犯したとしてロシア国境警備局の警備艇により追跡され、貝殻島付近で銃撃・拿捕され、乗組員1人が死亡する事件が発生した（第31吉進丸事件）。
また、同年9月ロシア政府は、樺太沖で三井物産、三菱商事、ロイヤル・ダッチ・シェルが出資・開発する海底油田「サハリン2」に対し、環境保護を理由に事業認可を取り消すとの方針を示した。このプロジェクトには以前より、国内外から環境問題に対する懸念が示されていたことも事実であるが、むしろロシア側が国営天然ガス会社ガスプロムの参加など、ロシア側に有利なように生産分与契約の改善等を求めるのではないか、との懸念が浮上している。 実際には、ロシア政府から公式に上記のような要求が出された事実は無いが、もしそのような要求がなされた場合にはサンクトペテルブルクサミットにおける合意に違反するとして、アメリカ等からの懸念も招いている。
日露両国間の平和条約締結交渉は難航しているが、1996年から日本の海上自衛隊とロシア海軍の艦艇相互訪問は1999年の防衛交流覚書の調印につながり、2003年には陸上自衛隊とロシア陸軍との交流も開始された。冷戦の終結により米露関係も改善されたため、ロシア軍による北海道侵攻、逆に自衛隊やアメリカ軍によるロシア極東部（樺太・千島列島を含む）への攻撃は非現実的な仮想となり、日本政府は自衛隊の主力部隊を北海道から西日本へと展開した。北朝鮮問題では意見が食い違う両国政府も、他の問題では幅広い協力を行っている。温暖化問題で日本政府が推進した京都議定書については、制定から7年後の2004年にロシアが批准に踏み切り、2005年の発効が実現した。一方、ロシア国内で続くチェチェン問題については、日本はサミットの共同宣言などでテロリズムへの対抗を打ち出し、チェチェンの武装ゲリラに対するプーチン政権の強硬策を支持している。
また、ペレストロイカやエリツィン政権で混乱したロシア経済が、原油価格・天然ガス価格の高騰にも助けられてプーチン政権下で急成長を開始し、ロシアが新興経済発展国のBRICsの一員と見なされるようになると、日露間の経済関係も再び拡大に転じた。2006年の日本からの対露輸出は前年比で65%増、ロシアからの対日輸出は13%増となった。日本企業のロシア進出は、従来の石油・木材などの資源産業にとどまらず、同市出身のプーチンの意向を受けたともされるトヨタ自動車や日産自動車のサンクトペテルブルクへの工場進出などもある。一方、2007年にはロシアの証券会社が日本に支店を開設し、日本の資金はロシアの株式市場へ直接投資できるようになった。また、特にモスクワでは「日本ブーム」と呼べる状況が生まれ、村上春樹・三島由紀夫・吉本ばなななどの作家の作品がロシア語に翻訳されている。
2009年2月18日サハリンでロシア大統領ドミートリー・メドヴェージェフと日本の総理大臣麻生太郎が会談し領土問題を「新たな、独創的で、型にはまらないアプローチ」の下、我々の世代で帰属の問題の最終的な解決につながるよう作業を加速。平和条約交渉に新たな方向性が出てきた。四島の帰属が確定しない限り平和条約は締結しない方針に変更はない。
またソ連崩壊後にウラジオストク入港許可が出たため、シベリア鉄道全線が乗車出来るようになり、日本の鉄道ファンから人気が出ている。
2010年11月、ロシア大統領メドヴェージェフは北方領土を訪問し、工場などを視察した。
2015年3月、鳩山友紀夫（元首相）と木村三浩（一水会代表）は日本政府の方針に反してクリミアを訪問した。4月26日、鳩山と木村はTV番組『西部邁ゼミナール』（TOKYO MX）に出演し、訪問の真意について語った。
日本国内の旧ソ連資産に関する問題
旧ソビエト連邦は、1927年12月に東京都港区麻布台に大使館用の土地を購入。旧ソ連は他にも港区高輪にある通商代表部やタス通信（現・イタルタス通信）東京支局など、日本国内に多くの土地を保有していた。
ソ連崩壊に伴いそれら施設は前述の通りロシア連邦が運営を引き継いでいるが、土地・建物等の固定資産の所有権についてはソ連崩壊時に関係15ヶ国の間で結ばれた「在外資産の帰属と分割に関する条約」が存在するため、日本政府は「条約の当事国全ての同意がないと所有権の名義変更ができない」という立場を取っている。日本国内の固定資産の所有権についてはロシア・ウクライナの両国が所有権を主張していることから、日本政府は名義変更（登記の更生）の申請が出されても「同意がない」ことを理由に全て申請を却下している。
このため既にソ連崩壊から20年以上経過した2014年現在も、在日ロシア大使館などの固定資産の所有名義は「ソヴイエト社会主義共和国連邦」のままという奇妙な事態が続いている。また通商代表部の建物などは老朽化が進んでいるが、同じ理由から再開発のための解体・建て替えもできない状況が続いており、ロシア側の関係者や一部メディアからは「（日本の外務官僚の）保身の論理に過ぎない」と批判されている。