アエギュプトゥス
キリスト教の伝播
アエギュプトゥスの歴史に大きく影響した出来事のひとつが、キリスト教が広まったことである。エジプトのキリスト教徒の間では、アレクサンドリア教会は福音記者マルコが33年頃に創設したと信じられている。しかし実際には、アエギュプトゥスにキリスト教がいかにして伝わったのかは、ほとんどわかっていない。聖書学者ヘルムート・コエスター（en: Helmut Koester）は、いくらかの資料を手がかりに、アエギュプトゥスに伝わったキリスト教は当初はグノーシス主義に強い影響を受けていたが、アレクサンドリアのデメトリウス（en:Demetrius of Alexandria）によって一般的なキリスト教信仰に変わった、と説明している。キリスト教が伝わった初めの1世紀について記録が少ないことは、当初のグノーシス主義が異端とみなされていることが原因と考えると説明できるが、一方では、このような記録の空白はローマ史に多いことなので特別ではないという意見もある。
アエギュプトゥスでは過去に宗教をめぐる争いが起きていたので、ローマ人支配者達は、新たな宗教争いを巻き起こしかねないキリスト教を当初は厳しく迫害した。それでも間もなく、キリスト教は特にアレクサンドリアのユダヤ人の間に、信者を増やしていった。キリスト教はまずユダヤ人に伝わり、ユダヤ人からギリシア人に、そして現地エジプト人にも広まった。エジプト人、特に下層階級の人々は、ギリシアとローマの厳しい支配によって自然崇拝の古来宗教への信頼を無くしていたと思われ、「全ての人は神の前では平等で救済される」というキリスト教の教えに魅力を感じた。この結果、200年頃までにアレクサンドリアはキリスト教の中心地のひとつに発展した。キリスト教の著名な神学者（弁証学者）であるアレクサンドリアのクレメンスとオリゲネスは、ともにこの街で生まれ、この街で生涯の多くを過ごし、著作を記し、教えを広め、議論した。 
ローマ皇帝デキウス治世の250年、キリスト教は再び迫害を受けたが、それでも信者は増えていった。また、ディオクレティアヌス帝は303年に禁令を発し、キリスト教は再び迫害の時期を迎えたが、これが本格的な迫害の最後となった。ローマ皇帝コンスタンティヌス1世が312年に発したミラノ勅令 により、キリスト教の迫害は終わりを告げた。4世紀を通じてキリスト教は地位を高め、修道士パッラディウス（en:Palladius）が著述したように、その他の宗教の信者は減っていった。そして390年には、国教となったキリスト教以外の異教を禁じる勅令が発令された。ただし、エジプト南部のフィラエ神殿に残る落書きなどを見ると、異教崇拝は隠れて残り、5世紀になっても女神イシスが祭られていることがわかる。アエギュプトゥスに住むユダヤ人の多くはキリスト教徒になったが、国教を拒み改宗しなかったユダヤ人もまたかなり多く残っていた。
キリスト教会が公認され自由に活動できるようになると、今度はシスマ （教会の内部分裂）に悩まされることになった。シスマは長期にわたり、これを原因とした内乱まで起きた。アレクサンドリアの司祭アリウスの新しい教説にしたがってアリウス派と呼ばれる一派が広がり、これがアタナシオスを代表とする通説派と反目しあった。これは世界的に見ても初めての大分裂であり、第1ニカイア公会議が開かれてアリウス派の思想は異端とみなされることに決定し、会議の翌年（326年）にアタナシオスがアレクサンドリアの司教に任命された。アリウス派の争議によって、4世紀の間は暴動が繰り返され、異教徒が拠点としていたセラピスの大神殿も破壊されたりした。司教アタナシオスも、アレクサンドリアからの追放と復職を5～7回も繰り返した。
アエギュプトゥスにはいわゆる正統派のキリスト教は根付き難く、アリウス派が広まっただけでなく、グノーシス主義やマニ教などの異端の信仰も、あるものは現地で発生し、またあるものは外部から導入されて信者を集めた。またアエギュプトゥスでは、砂漠の父（en:Desert Fathers）と呼ばれる、キリスト教に全てを捧げるために修道院で貧困生活を送るような宗教活動の方法が生まれ育った。アエギュプトゥスであまりに多くのキリスト教徒が修道院生活を始めたので、ローマ皇帝ウァレンス（364年-378年）は修道僧の人数に制限を加えなければならなかった。修道院生活というキリスト教活動は、アエギュプトゥスから世界中に伝わっていった。さらに同じ時期には、古代エジプト語の一種であるコプト語が発達した。コプト語は、ギリシア文字にエジプト語独特の発音を表すいくつかの記号を補った文字で書かれる言葉で、ギリシア魔術書と呼ばれる異教の魔術書にある呪文を正しく発音するために発明された。このコプト語が、初めの頃とのキリスト宣教者が現地エジプト人に福音の言葉を伝えるために利用され、やがてアエギュプトゥスのキリスト教の礼拝式の言葉となり、現在でも使われている。
東ローマ帝国時代
コンスタンティヌス1世の治世に、ローマ帝国の新しい首都としてコンスタンティノポリスが建設された。そして4世紀のうちに帝国は東西2つに分裂し、アエギュプトゥスはコンスタンティノポリスを首都とする東ローマ帝国に含まれることになった。東ローマ帝国は、7世紀に入ると公用語がラテン語からギリシア語に変わった。また392年にローマ皇帝テオドシウス1世がキリスト教を国教に定めた影響により、キリスト教以外の異教は完全に駆逐された。古代エジプトの司祭は消え、ヒエログリフ（神聖文字）を読める者はいなくなり、異教の寺院は教会に改築されたり放置されて砂漠化したりした。
古代ローマ後期以降、旧来のグレコ・ローマンの風土が薄れるにつれ、ローマ帝国の政治体制は東方のサーサーン朝などの影響が見られるようになっていった。市民が権利を持つギリシア流の政治制度は形骸化し、新しい名前が付いた官職の多くは、地主階級の一族の世襲となった。アレクサンドリアは帝国の第2の大都市として繁栄し、一方では宗教上の論争や暴動の面でも中心であった。 ユダヤ人が多くのキリスト教徒を殺害する事件が起きて、それに反発したアレクサンドリア教会のキュリロスは暴徒と共に町の長官に掛け合い、アレクサンドリアからユダヤ人を追放させた（415年）。哲学者ヒュパティアはキリスト教徒に異教徒として殺されたが、これによって古代ギリシアから受け継がれる学問は、アエギュプトゥスでは途絶えた。他にも教会分裂を原因とする内紛は延々と続き、そのために帝国の中でもアエギュプトゥスは異質な存在となった。
また宗教的に、「イエス・キリストが人性と神性の二つを持つか、一つしか持たないか」を論点にして新しい論争が巻き起こった。当時のキリスト教では、これは帝国を二分するような大問題に発展した。381年の第1コンスタンティノポリス公会議の後、アエギュプトゥスでは単性説の主張が盛んになったが、451年のカルケドン公会議で両性説が採用されるに至った。単性論者はこの決定に納得できず、自分達は正教派と同じ立場をとっているのに誤解されていて、カルケドン公会議の決定は政治的になされたものだと主張した。この後もアエギュプトゥスとシュリア属州では単性論者が隠れ潜んで正統派に抵抗し、その抗争は570年代に鎮圧されるまで続いた。
ペルシアおよびアラブによる征服
7世紀に、東ローマ帝国とサーサーン朝（ペルシア）との間で争いが起こり、その結果のひとつとして、618年または619年からアエギュプトゥスはペルシアに占領されるようになる。争いのきっかけは東ローマ皇帝マウリキウス（582年-602年）が内乱で殺されたことで、マウキリウス帝と和睦を結んでいたペルシア皇帝ホスロー2世パルウィーズは、その報復として進軍を開始した。ホスロー2世は当初は勝ち続け、614年にエルサレムを征服し、619年にアレクサンドリアを征服した。しかし、皇帝ヘラクレイオス（610年-641年）が率いる東ローマ軍が622年に反撃を開始すると戦況は逆転し、628年2月25日にホスロー2世が死去して終戦を迎えた（Frye, pp. 167-70）。ホスロー2世の息子カワード2世はエジプトを含むペルシア軍の占領地を9月に東ローマ帝国に返還した。
ペルシアが支配している間に、アエギュプトゥスでは隠れていた単性論者が再び公然と現れた。しかし再び東ローマ帝国の支配下に入ったため、表面化した単性論者達は迫害され、彼らの長は追放された。このようにアエギュプトゥスが宗教的にも政治的にも東ローマ帝国から遊離しているときに、新たにイスラム帝国が侵攻してきた。
預言者ムハンマドの政治的後継者である第2代正統カリフのウマルは、新宗教のイスラム教を西側に広めるために、将軍アムル・イブン・アル＝アースと4,000名のアラブ人からなる軍を派兵した。イスラム軍は639年にパレスチナからアエギュプトゥスに侵入し、すぐにナイル川の三角地帯まで達した。ローマ側の皇帝駐留軍は町の城壁内に撤退し、そのまま1年間（またはそれ以上）持ちこたえたが、増援を受けたイスラム軍が641年4月にアレクサンドリアを陥した。
アエギュプトゥスの人々は東ローマ帝国の教会から迫害を受けていたため、多くの住民が新しい支配者に代わることを歓迎した。東ローマ帝国はアエギュプトゥスを奪還するために艦隊を組織し、645年にはアレクサンドリアを取り戻したが、646年には再びイスラム軍に奪われた。これによってアエギュプトゥスはイスラム支配下に入り、ギリシア・ローマによる975年間にわたったエジプト支配は終わりを告げた。