女性天皇
「女性」天皇と「女系」天皇
上記のように女性天皇とは、個々の天皇の性別に基いて区別する概念であるが、全く別の概念である女系天皇と混同されることも少なくない。女系天皇とは、その天皇自身の性別にかかわらず、母方から皇室の血統を受け継ぐという血筋に着目した概念である。2つの概念を組み合わせると、男系の男性天皇（歴史上、最も多い）、男系の女性天皇（本項で列挙）、女系の男性天皇（過去に存在せず）、女系の女性天皇（過去に存在せず）の4通りがあり得ることになる。
歴史上の女性天皇の役割
一般的には記紀の記述を尊重し、過去に存在した女性天皇は全員が男系血統であり、また女性天皇が皇族男子以外と結婚して誕生した子が践祚したことは一度としてないとされている。歴史学界では、女性天皇は男系男子天皇と男系男子天皇の間をつなぐために存在していたとする「女帝中継ぎ論」が通説であるが、孝謙天皇のように女性皇太子を経て正式に即位した女性天皇も存在する。ただし、その孝謙天皇についても、彼女を皇太子とした父の聖武天皇が遺詔において道祖王を皇太子として指名（後、廃太子）していることから、彼女もまた適切な候補者が見つかるまでの中継ぎであったとする説がある。
即位の背景
詳細は、各天皇の項目を参照のこと。
第33代推古天皇
欽明天皇の皇女。夫で異母兄の敏達天皇の崩御後、同母兄の用明天皇が皇位に立つが2年で崩御。その次は異母弟の崇峻天皇が即位するも5年後に暗殺。諸皇子の候補擁立勢力に対立が予想されたことから、これを抑えるため周囲に薦められ自身が天皇となる。甥の厩戸皇子（聖徳太子）を皇太子とする。
第35代皇極天皇
敏達天皇の曾孫。夫で叔父の舒明天皇の崩御後、後継の有力候補に対立があったことから、各勢力の妥協案として、皇后から天皇となる。皇太子は立てなかった。皇極4年、乙巳の変により、蘇我入鹿も含め蘇我氏本宗家が滅亡。この政変により、同母弟の軽皇子（第36代孝徳天皇）に譲位した（初の譲位）。孝徳天皇は、皇極天皇の子で乙巳の変の首謀者であった中大兄皇子を皇太子にした。
第37代斉明天皇
孝徳天皇の崩御の前年から、皇太子・中大兄皇子との不和が表面化しており、次期天皇への即位は皇位の強奪に見える恐れがあったため、前天皇である再び皇祖母尊（皇極天皇）が第37代斉明天皇として62歳で即位した（重祚）。また、これまで通り中大兄皇子が皇太子の地位にあったほうが実権を持ちやすいと判断したという説もある。即位した斉明天皇は、全権を皇太子・中大兄皇子に委任した。斉明天皇はそのまま崩御するまで即位し続けた。
第41代持統天皇
天智天皇の皇女。天武天皇の皇后。皇后時代から政治に参画した。天武天皇には皇子が10人おり、このうち5人は天智天皇の皇女を母に持っていた。皇后の子・草壁皇子が皇太子となっていたが、皇后の姉・大田皇女の子である大津皇子も有力な後継候補と期待されていた。天武天皇の死の約1ヶ月後、大津皇子と30余名が謀反の罪で逮捕され、翌日に大津皇子は処刑された。一味として逮捕された者の殆どは放免されたことからも、草壁皇子の対立候補を抹殺したのは明らかだった。こうした混乱から即位が見送られるうちに3年後、近親婚の結果として病弱であった草壁皇子が薨去してしまった。そのため、その翌年、天皇として即位した。太政大臣に、母の出自は劣るが天武天皇の長子で実績ある高市皇子を据えた。高市皇子は実質の皇太子と目されていたが、7年後に薨去。これを受けた群臣の協議により、草壁皇子の遺児で14歳の軽皇子を皇太子とした。半年後、軽皇子（文武天皇）に譲位し、日本史初の「太上天皇」となった。
第43代元明天皇
天智天皇の皇女。草壁皇子の妃で文武天皇の母。文武天皇が25歳の若さで崩御し、遺児・首皇子（のちの聖武天皇）はわずか7歳であったため、即位した（第43代元明天皇）。首皇子は、父・文武天皇と同じく14歳で立太子した。翌年元明天皇は譲位したが、次代は皇太子・首皇子ではなく娘の氷高内親王（元正天皇）だった。
第44代元正天皇
草壁皇子と元明天皇の皇女。文武天皇の同母姉。元明天皇の譲位により即位した元正天皇この時すでに36歳であったが、未婚であった。なぜ未婚だったのかと言う仮説の一つが元正天皇の即位が早くから予定されていたからではないかということである。文武天皇が早世する可能性を見越して備えており、もし元正天皇に夫がいた場合この皇配にも即位の可能性が出てきてしまうため、これを避け直系継承を続けるために結婚しなかったというものである。以後の女性天皇たちもこれを踏襲し生涯独身を貫くこととなる。元正天皇は9年在位した。藤原不比等及び元明太上天皇の死から2年後、45歳の元正天皇は首皇子（聖武天皇）に皇位を譲った。
第46代孝謙天皇
聖武天皇の皇女。聖武天皇と光明皇后（藤原不比等の娘）との間には皇子が1人生まれたが夭折した（基王）。皇后に皇子の誕生を待つため、皇女の阿倍内親王（のちの孝謙・称徳天皇）が立太子した。初のそして史上唯一の女性皇太子である。中継ぎ的に阿倍内親王を即位させることを狙ったものだった。しかしその後も皇后に皇子は生まれず、皇后所生ではないが、聖武天皇の唯一成長した皇子の安積親王も17歳の若さで薨去した。
元正太上天皇崩御の翌年、聖武天皇は自身の出家に伴って皇太子・阿倍内親王に譲位した（男性天皇で譲位したのは初）。こうして第46代孝謙天皇となった。即位した孝謙天皇だが、実権は光明皇太后にあった。聖武太上天皇は崩御に際して、道祖王（天武天皇の孫）を皇太子にする遺言を残したが、しかし翌年には道祖王は廃太子となる。その後に立てられた大炊王に譲位した（第47代淳仁天皇）。
第48代称徳天皇
淳仁天皇への譲位の2年後に光明皇太后が崩御すると、元々関係が良くなかった孝謙太上天皇と淳仁天皇の状況が緊迫化する。この2人はそれまでの太上天皇・天皇間とは違い、孝謙が淳仁を自分で選んだわけではなく、続柄も7親等も離れている遠い親戚にしか過ぎなかった。764年淳仁天皇と縁の深い藤原仲麻呂が反乱を起こして敗死した。そして淳仁天皇も皇位を追われ、淡路に配流した。こうして孝謙は史上2人目・現在でも最後の例となる重祚をし第48代称徳天皇となった。・
第117代後桜町天皇
桜町天皇の皇女。桃園天皇の異母姉。桃園天皇が22歳の若さで崩御。皇子の英仁親王（のちの後桃園天皇）が5歳の幼さだったこと、摂関家が宝暦事件の時のように天皇との対立を恐れたことから即位。8年後甥である後桃園天皇に譲位して上皇となった。
女性天皇の子孫
推古には敏達天皇との間に二男五女いるが男子は竹田皇子は若くして薨去、尾張皇子は聖徳太子の妃である橘大郎女を儲けているものの詳細は謎である。
皇極（斉明）には舒明天皇との間に天智天皇や天武天皇がいる。その天智の娘・持統には天武天皇との間に草壁皇子が、同じく天智の娘の元明には草壁皇子との間に元正天皇・文武天皇・吉備内親王がいる。しかし持統・元明の男系子孫は孝謙らを最後に途絶えてしまっている。
元正・孝謙（称徳）・明正・後桜町は生涯独身だったため子はいない。
女性天皇と祭祀
宮中においては今なお、何人たりとも常に清浄な状態でなくてはならない。賢所で祭祀に携わる内掌典は、外出時には下界の「穢れ」を宮中に持ち込まないよう専用の衣服に着替える。死も「穢れ」とされるので、内掌典は拝命時、身内が危篤に陥った際にはまだ命のあるうちに宮中を離れるようあらかじめ厳命される。身内の訃報を宮中で聞いた内掌典は「穢れ」となるので、着ていた着物などは全て処分しなければならないという。そして、女性特有の出産や月経も、神道においては「穢れ」である。月経は「まけ」と呼ばれ、最も穢れた状態とみなされる。
さて、天皇は「祭祀王」であり、歴史的に見るとその最も重要な務めは神事であった。しかし、女性であるがゆえの「穢れ」が定期的に生じるのを避けられないがために、江戸時代の女帝たちは、天皇の本質的部分である祭祀を、不安定、不十分な形でしかおこなえなかった。
女帝に「御障り」がある際には、代行できるものは摂政や神祇伯が代行した。しかし、天皇自身がおこなわねばならない祭祀は中止された。明正天皇は、在位中に四方拝や小朝拝をおこなわなかった。後桜町天皇は、四方拝にも新嘗祭にも出御しなかった。後桜町天皇の大嘗祭は、当日が「御障り」になった際には後日おこなうという二段構えの計画が立てられた。
こうした事情を踏まえると、仮に女性天皇が今後実現した場合、日本国憲法に規定される象徴としての世俗的な公務についてはなんら問題なく果たせるであろうが、伝統的な宮中祭祀に関しては問題が生じることが予想される。代理がきかない祭祀は延期・中止にせざるをえず、代理がきく祭祀とて完全に任せることはできない。昭和天皇は大正時代後期に摂政として代拝をおこなったが、天皇同様の祭祀行為はできず、新嘗祭では供物奉納までしかできなかったという。
女性天皇に関する動き
先述のように女性天皇では宮中祭祀に差し障りがあることが指摘されているが、そもそも日本国憲法は天皇の伝統的な宗教的性格を考慮していない。法的には、象徴天皇としての本質的仕事は国事行為だけであって、たとえ歴史的に天皇の本質的部分とされてきた祭祀を満足にこなせないとしても国家としては構わない。
現行の皇室典範第1条には、「皇位は、皇統に属する男系の男子が、これを継承する。」と定められている。皇族男子は秋篠宮文仁親王以来、40年間誕生せず、皇太子徳仁親王の第一子も女子である敬宮愛子内親王であったことから、女性天皇や女系天皇を認めるように皇室典範を改正しようとする動きが見られていた（皇位継承問題を参照）。平成18年（2006年）9月6日に41年ぶりの男性皇族である悠仁親王が誕生したが、若い男性皇族が不足している問題は解決されていない。