円谷プロダクション
経営母体の変遷
円谷プロダクションの作品は『ウルトラシリーズ』に代表されるように、クオリティの高い作品が多いが、それゆえに1本当たりの制作費が高くなり、作れば作るほど制作費の赤字がかさむという負の連鎖に長年悩まされていた。やがてこの問題は円谷プロダクションの経営にたびたび大きく影響を及ぼしはじめた。
東宝の傘下
円谷プロダクションの設立当初は、創業者の円谷英二の出身の映画会社である東宝との結びつきが強く、円谷プロダクションの筆頭株主にもなっており、東宝役員が非常勤役員を兼ねたり支配人など事務系スタッフを出向させていた。また、東宝の東京都世田谷区砧の撮影所近くにある衣装部の倉庫や東京美術センター（現：東宝ビルト）の提供を受けたり、東宝受注のテレビ映画を孫受け受注するなどしていた。
1969年に『怪奇大作戦』が終了する頃になっても、テレビ局からの新番組の発注はなく、仕事が途絶える。経営に行き詰まった円谷プロダクションは資金調達のために増資し、筆頭株主の東宝はこれを引き受けて円谷プロダクションの60%の株を取得、子会社化した。社長は円谷英二だったが、東宝からは7人の役員が派遣されて、東宝の藤本真澄も代表権を持った。専務取締役は円谷皐、取締役は円谷一と有川貞昌が就任した。東宝はリストラによる経営再建策で、金城哲夫の所属する企画文芸部を廃止して、約150人いた社員を40人にまで圧縮した。滞っていた業者への支払いや借金返済についても、親会社となった東宝の力によって5年間の猶予期間が設けられた。そのおかげで、円谷プロダクションは制作を継続することができた。1970年1月25日に円谷英二が病死し、取締役の円谷一が2代目社長に就任した。円谷一は1973年2月9日に急死し、専務取締役の円谷皐が3代目社長に就任した。
1979年に映画『ウルトラマン怪獣大決戦』が松竹富士系で大ヒットしたが、これに関して『キネマ旬報』に「ライバルの松竹に塩を送った格好の東宝は渋い顔」という内容の記述がある（東宝での配給は断ったという）。1983年に円谷一夫が円谷プロダクションに入社して営業課長に就任する。
経理は東宝の出向重役が管理しており、代表印も東宝が保有していた。これにより、東宝のメインバンクであった三和銀行（現：三菱UFJ銀行）からの融資も容易になっており、経営難を乗り越えることができていた。円谷皐はこの状況を快く思っておらず、1992年にTBSへ期限付きで譲渡していた『ウルトラシリーズ』の販売権や窓口権が戻ってくると、これらの権利を担保に得た資金で、円谷皐の事実上の個人会社であった円谷エンタープライズが東宝の保有する円谷プロダクションの株を買い取り、東宝との資本関係を解消した。
円谷家の経営
東宝の傘下を離れた円谷プロダクションの株は、円谷皐が過半数の株を保有する円谷エンタープライズが45.5%、円谷皐個人が15%を保有した。こうして、円谷皐が株の過半数を握るオーナー社長として円谷プロダクションの経営にあたった。
1995年6月11日に円谷皐が病気により退任し、営業部長の円谷一夫が4代目社長に就任した。21世紀初頭からは特撮テレビシリーズの本格的再開により、制作費は増加となった。しかしその一方で、大ヒットに恵まれなかったことと東宝からの離反に伴い、かつての後ろ盾であった三和銀行が抜けたために経営基盤が弱体化し、加えてTBSとの関係悪化などにより、2007年2月の期決算では売上高約56億円に対して当期純利益は約4400万円に止まった。累積赤字の膨張による倒産を危惧した役員は、円谷一夫から制作部の円谷昌弘への社長交代を要求し、2003年に円谷昌弘が5代目社長、円谷一夫が代表権を持つ会長に就任した。さらに円谷プロダクションを退社していた円谷粲と円谷英明が復帰して、一族で経営にあたることになった。一方で専務取締役の高野宏一は、この過程でバンダイの乗っ取りに加担する「クーデター」を計画したとして、辞表を出すように要求されて円谷プロダクションを去る事態になった。
2004年に円谷昌弘が女性社員へのセクハラ問題により辞任し、円谷英明が6代目社長に就任した。経理の正常化を目指した円谷英明もまた、1年後に役員会で解任動議が出されて、過半数の株を持つ会長の円谷一夫の同意により解任され、東宝不動産の取締役だった大山茂樹が7代目社長に就任した。しかし、2007年6月の取締役会で、大幅なリストラを主張した大山を円谷一夫が解任し、円谷一夫が復帰する形で8代目社長に就任した。
TYOの連結子会社化
円谷プロダクションは銀行からの融資がストップし、30億円の累積赤字を抱えて倒産の危機に直面して、2007年10月に非常勤取締役の森島恒行の紹介により、CM映像のコンテンツ製作などを手がける映像会社のTYOから当面の資金繰りのため数千万円の融資を受けた。しかしそれを返済できず、担保となっていた円谷エンタープライズの過半数の株をTYOが取得した。さらにTYOが第三者割当増資で取得した株と合わせて、円谷エンタープライズの筆頭株主（80%を保有）となった。また、円谷一夫が当時保有していた円谷プロダクションの株の22.5%を円谷エンタープライズに譲渡することにより、円谷エンタープライズにおける円谷プロダクションの株保有比率を45.5%から68.0%に引き上げた。これらのプロセスを経て、円谷プロダクションの経営権はTYOが取得してTYOのグループ入りした。円谷一夫は社長を解任され、森島恒行が9代目社長に就任した。
TYOの経営参画後は、円谷一夫が円谷プロダクションと円谷エンタープライズの取締役会長として残ったものの、円谷プロダクションの設立以来続いてきた設立者一族の円谷家による同族経営に終止符が打たれることとなった。
バンダイナムコグループの資本参加
TYOによる内部的な組織改革などが進み、これらと並行して円谷プロダクションとは『ウルトラシリーズ』で強い縁を持つバンダイナムコグループが資本参加した。2008年1月21日に、TYOは持ち株のうち33.4%をバンダイナムコグループの子会社であるバンダイに譲渡売却した。同年に森島恒行が辞任して制作統括の大岡新一が10代目社長に就任した。2009年7月にはさらなる株式譲渡が行われており（現在のバンダイ持ち株比率は49%）、バンダイナムコグループの円谷プロダクションにおける経営発言力は増加している。
この間に円谷一夫は会長から名誉会長へ退き、その名誉職も2009年に退任となり、これで円谷家は円谷プロダクションの経営から一切排除されることとなった。
フィールズの連結子会社化
2010年4月2日にTYOは保有する51%の株すべてをパチンコの開発販売会社のフィールズに売却し、円谷プロダクションはフィールズの子会社となった。
円谷プロダクション芸能部
円谷浩をマネジメントする目的で設置された。また、円谷浩が他社へ移籍した後も所属タレントのマネジメントを行っていた。
慢性的な赤字体質を脱却できず、経営改革に伴い、2007年10月31日をもって閉鎖。所属タレントとスタッフの大半は、円谷ミュージックの新会社のT.M.Labに移籍した。
なお、T.M.Labは2013年11月をもって所属アーティストと所属タレントのマネジメント業務を終了。所属タレントの大半は新たに設立した芸能事務所のvifに移籍した。
砧社屋
東京都世田谷区砧に存在した円谷プロダクションの初代社屋。元々は東宝スタジオで京都衣裳（現：東宝コスチューム）の衣装倉庫として使用されていた施設であり1964年に東宝が資本参加した際に円谷プロダクションへ提供。京都衣装以前は医療関係の建物であったとされる。
2005年の本社移転により名称をKinuta Digital SymphonyとしてCG部門の編集スタジオとして使用されていたが2008年に解体。
『快獣ブースカ』に登場した大作発明研究所や『ウルトラセブン』第8話に登場した警察署などは砧社屋の建物を使用して撮影されている。
円谷プロダクションの製作以外の作品では『有言実行三姉妹シュシュトリアン』第40話で砧社屋がロケ地の1つとして使用されている。
怪獣倉庫
東京都世田谷区砧社屋2階に存在したヒーローと怪獣の着ぐるみを保管する倉庫。当初は着ぐるみに特化していたわけではなくミニチュアなども保管されていた。
2005年の本社移転に伴い収蔵物の多くも新社屋に移されて、その後、着ぐるみや小道具などの一部を陳列した展示スペースとして不定期に一般公開していた。
2008年の砧社屋の閉鎖により倉庫も解体されたが京都衣装（現：東宝コスチューム）の時代から存在した衣装整理用の札が貼られた柱の一部は円谷プロダクションで保管されている。
怪獣倉庫が『ウルトラファイト』第196話や『ウルトラマンマックス』第24話などの撮影に使用されている。
東宝ビルト
2009年まで存在した東宝の撮影所の1つ。円谷プロダクションの所有施設ではないが『ウルトラQ』以来多くの作品が撮影されて円谷プロダクションの出資により改築も行われるなど関係性は深かった。