漢方医学
呼称
16世紀以降、西洋医学が日本に導入されて南蛮医学、紅毛医学と呼ばれたが、江戸中期には西洋医学をオランダ人がほぼ独占するようになり、蘭方または洋方と称された。これに対して、中国医学系の従来の医学を漢方と呼ぶようになった。幕末から国学と漢学を尊皇的に皇漢学といい、明治14年ころから和漢学と称されたが、それに伴い漢方も皇漢医学、和漢医学と呼ばれた。日清戦争以降、西洋と対になる東洋という用語が定着したと考えられており、昭和25年に日本東洋医学会が設立されて、東洋医学という呼び方も一般的になった。現在日本の東洋医学業界では、漢方医学（古典医学書に基づく薬物療法）と鍼灸医学（経穴などを鍼や灸で刺激する物理療法）を合わせて東洋医学と呼んでいる。
中国医学との違い
漢方医学は、「気血水」「虚実」などの理論や、「葛根湯」などの方剤（複数の生薬の組み合わせ）を中国医学と共有し、テキストとして中国の古典医学書が用いられる。しかし両者には多くの違いがあり、特徴としては具体的・実用主義的な点が挙げられる。
現在の漢方の主流である古方派では、中国医学の根本理論である陰陽五行論を観念的であると批判し排除したため、漢方には病因病理の理論がなく、証（症とも。症状に似た概念）に応じて『傷寒論』など古典に記載された処方を出すのが主流である。証を立てるための診断法としては、脈診を重視し腹診がすたれた中医学とは対照的に、腹診を重んじ脈診はあまり活用されない。また、使われる生薬の種類は中国より少なく、一日分の薬用量は中国に比べて約3分の1である。（これに対して、韓医学（朝鮮半島）で使われる生薬量は中程度である。）
漢方医学の処方は、『傷寒雑病論』（現在では、『傷寒論』（しょうかんろん）及び『金匱要略』（きんきようりゃく）と呼ばれる2つのテキストとして残る）を基本とした古い時代のものに、日本独自のマイナーチェンジを加えたものである。「温病」（うんびょう）など、明から清にかけて中国で確立した理論はほとんど漢方医学には受け継がれていない。
陰陽五行理論
陰陽五行論も中国医学の理論化に用いられた。ただし、現在の漢方は、陰陽五行論を観念的として除した古方派が主流であり、診断・処方にはあまり用いられない。
診断法
症状を含めたその患者の状態を証（しょう）と呼び、証によって治療法を選択する。証を得るためには、四診を行うだけではなく、患者を医師の五感でよく観察することがまず必要である。
西洋医学では、患者の徴候から疾患を特定することを「診断」と呼び、これに基づいて疾患に応じた治療を行う。しかし漢方医学では、治療法を決定すること自体が最終的な証となる。例えば葛根湯が最適な症例は葛根湯証であるという。
証の分類と治療法の選択について、さまざまな理論化がなされた。
古代～中世
日本には遣隋使・遣唐使によって、また朝鮮経由で中国から伝えられた。8世紀に日本に戒律を伝えた鑑真は医学にも精通したとされ、756年に崩御した聖武天皇の遺品を納めた奈良の正倉院には多くの薬物が納められている。982年には現存する日本最古の医書『医心方』が丹波康頼によって編纂された。13世紀頃には禅宗の僧が医学の担い手となった。14世紀を代表する医師として『頓医抄』の梶原性全や『福田方』の有隣が知られている。
中世後期
日本で現在の漢方医学といわれるものが発展するのは16世紀になってからであった。明に留学した田代三喜は当流医学を学んだ。その弟子であり織田信長に重用された曲直瀬道三は『啓迪集』を著わし、また医学舎「啓廸院」を創り息子の曲直瀬玄朔をはじめとして多くの弟子を教えた。この医学はのちに後世派（ごせいは）と呼ばれる。この時代に医学と宗教の分離が行われた。
近世
17世紀には名古屋玄医が『傷寒論』への回帰を訴えた。後藤艮山が玄医の考え方を発展させ、香川修庵、山脇東洋、吉益東洞らがこれに続いた。この流れは古方派（こほうは）と呼ばれる。後世派が陰陽理論や五行理論といった抽象的な理論に基づくのに対し、古方派は実証的に『傷寒論』を解釈することに務めた。これは杉田玄白ら蘭学医にも影響を与え、華岡青洲による世界最初の麻酔手術にもつながっていく。しかし古方派の実証主義が結果的には西洋医学流入に伴い漢方医学が衰退する一因となる。
後世派と古方派はしばしば対立したが、後世派の祖である曲直瀬道三も『傷寒論』を軽視していたわけではなく、古方派の後藤艮山は「一気留滞論」を唱え、香川修庵は医学における陰陽五行説を否定するなど、『傷寒論』などの古典を無批判に肯定していた訳ではない。
近代
明治政府の政策により1874年の「医制」発布以降は西洋医学を学び医師免許を取得しなければ医師と名乗ることができなくなった。現在でもこの規程は有効であり、純粋の漢方医は日本には存在しない（なお、漢方医の運動により1895年に医師法改正案が出されたものの、わずか28票差で否決されている）。ここに至り遂に漢方は壊滅の危機に瀕したが、多くの町の薬剤師、薬種商達のお陰で、伝承が途絶えるのは辛うじて免れ、また、医師免許を取得した医師が漢方医学の研究・診療することまでは否認されていなかった。1910年に和田啓十郎が『医界之鉄椎』、その弟子の湯本求眞が『皇漢医学』（1928年）を著わし漢方医学の復権を訴え、西洋医学を学んだ医師が漢方も学び実践する形で生き長らえた。
また僧侶の森道伯が後世派の流れを汲む一貫堂医学を築き上げたが、森道伯自身は医師免許が無く、矢数格や矢数道明など多くの医師が弟子として一貫堂に入門してきたため、門人たちによって一つの流派を形成するにいたった。なお、矢数道明はのちに大塚敬節と出会い、日本漢方医学会を結成して、ともに昭和漢方の復興を牽引することとなった。
現代
1950年には日本東洋医学学会が発足した。1976年には漢方方剤のエキス剤が健康保険適用になり、広く用いられるようになった。日本東洋医学会発足当初、会員の中心は薬剤師、薬種商の先生方であり、現状においても漢方の担い手の主体は医師というよりは薬剤師や登録販売者、鍼灸師で、特に長年に渡り漢方医学を守り続けている漢方専門薬局、漢方専門薬店であるが、昨今では漢方医学に関心や理解を示す医師も多くなった。ただし、現代医学と体系を異にする漢方医学を十分に理解して実践している医師は一握りと言われている。
世界における東アジア伝統医学
中国医学を源とする医学は、中国（中医学）、日本（漢方）以外にも、朝鮮半島（古くは東医、現在の韓国では韓医学、北朝鮮では高麗医学と呼ばれる）、ベトナム（南医学）などアジアの広い範囲で行われている。東南アジアの伝統医学も、その多くがアーユルヴェーダと共に中国医学の影響を受けている。
また、アメリカ、カナダ、ヨーロッパ、オーストラリアなどでも中国医学系の伝統医学（Traditional Chinese medicine (TCM)）は注目され、広く実施されている。オーストラリアは西洋文化圏で最も中医学が発展しており、2012年には全国で中医の登録制度が実施された。アメリカでは50州の内44州で鍼灸が合法化され、カナダやイギリスでも中医診療所は増加傾向にある。アメリカ国立衛生研究所（NIH）では、中医学中心に伝統医学の研究が行われ、アジアの生薬療法の研究に大きな予算が割かれている。アジアの伝統医学の研究は2003年の段階で、NIHの中のアメリカ国立補完代替医療センター（NCCAM）と国立がんセンター（NCI）を合わせて250億円ほどの規模で行われており、その成果はアメリカに独占されている。
中国医学系の伝統医学は、代替医療・統合医療の分野で世界的に活用され、グローバル化が進んでおり、標準化が課題となっている。中心地である日中韓の伝統医学は、共有する部分も大きいが理論・用語・処方に様々な違いがあり、政治的な影響もあり足並みはそろっていない。これは、アジアのハーバルメディスン（漢方薬）の標準化を目指すアメリカに対し、アジアの伝統医学にとって大きな不安材料となっている。日本は政府・医学会共に、中国医学の国際化・アメリカ主導の標準化の流れに関心が薄く、中国、韓国、香港、台湾などと異なり伝統医学を扱う政府のセクションは存在しない。国際的にも漢方への理解は低く、外交面で大きく立ち遅れているのが現状である。