神祇官
神部
伴部のうち神部の職務は祭祀神事の諸般の実務を行うことだが、令には明らかな定めがない（『令集解』職員令讃説）。斎部広成の『古語拾遺』には、以前は中臣・斎部・猿女・鏡作・玉作・盾作（たてぬい）・神服（かんはとり）・倭文（しとり）・麻績などのいわゆる「名負氏」（なおいのうじ）が任命されたが、今は中臣・斎部ら2・3の氏族のみで他の氏族は絶える恐れがあると記載があり、『古語拾遺』が成立した9世紀初頭の状況と考えられる。また、『令集解』の記載（讃記）により、忌部のみから選ばれたとする説もある。
卜部と宮主
卜部（うらべ）は、主として亀卜を行うほか、大祓の解除（はらえ）や6月・12月の道饗祭・鎮火祭に奉仕した。これらの儀式の性格から、神部が伝統的神道的な祭祀を行うのに対して、卜部は陰陽道的な祭祀を行うとする説がある。卜部は20人全員が地方から選ばれ、うち対馬から10人、壱岐および伊豆から5人ずつ卜術に優れた者を任命するとされた（『延喜式』臨時祭式）。さらに卜部の中から天皇個人に亀卜を行う大宮主（おおみやじ）が1人任じられたと思われ、704年（慶雲元年）にこれが才伎長上とされた（『続日本紀』慶雲元年二月癸亥条。天平勝宝9年8月8日太政官奏によれば従八位相当）。宮主職は大宮主以外に中宮（職）宮主、御宮宮主、太皇太后宮宮主、皇太后宮宮主、春宮宮主などが『日本三代実録』や『類聚三代格』、『類聚符宣抄』にみえ、個人に付属したとわかる。
前史
大宝律令制定以前の史書にも記載があるため、飛鳥浄御原令等で既に設置されていたと考えられるが、記録がないため、詳細は不明である。
律令国家下の神祇官とその後
平安時代初期までは律令制の原則が守られたため、伯の職も独占ではなかったが、その後、忌部氏や大中臣氏（藤原氏とは同族）が神祇官の要職を占めるようになった。のちに花山源氏白川家が神祇官の長である神祇伯に代々就任した。神祇伯になったものは実際は臣下でも王を称したので、白川伯王家などといわれる。
上述のように神祇官の地位が時代とともに低下したのに対し、宮主職は9世紀半ば頃から重要視され、同職に就いた卜部（占部）雄貞（858年没）や卜部（伊伎）是雄（872年没）の卒伝によれば、彼らは（外）従五位下に叙されている。本来亀卜という特殊技能を扱う職だったために宮主に任じられる氏族は限られ、10世紀後半には対馬出身の直氏（あたいうじ）と卜部氏のみだったが、その後直氏が没落し、卜部氏の独占となった。陰陽道が浸透し、重視されて安倍氏や賀茂氏が宗家として定着する10世紀末には、宮主として卜部兼延が活躍し、卜部氏としてはじめて神祇大副に任ぜられ先例となるなど亀卜道宗家としての地位を確立した。13世紀初頭に著された有職故実書『官職秘抄』には、神祇副や祐には重職である宮主職を経験したことをもって卜部氏や直氏を任じたが、直氏は近年では絶え、また伊岐氏も以前は祐に任じられたが近年は絶えたと記載がある。さらに神祇官の職のうち、宮主以上の重職はないとも記され、卜部氏（のちの吉田卜部氏）と宮主職の地位向上は同時に進行している。 神祇官は大内裏の最後の建物として天正13年(1585年)まで残っていて、寛永期にも仮建物が作られた。
神祇官の復興
慶応4年1月17日（1868年2月10日）に他の6つの事務科とともに神祇事務科が設置され、七科の筆頭に置かれた。同年2月3日（2月25日）に七つの事務科は総裁局のもとに事務局として再編成され、神祇事務科は神祇事務局となった。
明治神祇官
同年閏4月21日（6月11日）、古代の律令制に基づく官制に倣って政体書が公布され、太政官制がしかれた。神祇官も正式に復興して太政官の下に置かれた。
明治2年（1869年）6月には、神祇官は太政官から独立して、行政機関の「筆頭」に置かれた。
明治の神祇官の職掌は古代の神祇官と同様の祭祀、祝部、神戸などのほか、新たに諸陵と宣教が加えられた。諸陵は天皇陵など陵墓を管轄する業務で、古代の官制では、継嗣、婚姻、祥瑞、喪葬、外交などを司る治部省の諸陵司が担ったが、明治になり神祇官の下の諸陵寮の管轄となった。神事を司る中枢の神祇官が、従来、死者の穢れがあり神事から遠ざけるべきだとされた、天皇陵の祭祀を行うようになったのである。一方、もう一つの新しい職掌である宣教では、神祇官のもとに宣教使という役所が置かれた。宣教はキリスト教防御と維新後の国の在り方を国民に宣布することが主目的であった。だが、官員同士で教導の方法や内容を巡って深刻な対立があり、また神祇官の規模と能力も全国的な宣教には不足したため、成果を挙げられなかった。
また、本来の職掌である国営の祭祀を行うための八神殿の造営が神祇官内で提案された。中世以来本来の姿を失った八神殿の復興は祭政一致の具体的な実現を意味した。特に平田派出身の官員は強く造営を主張したが、当時権勢を振るった津和野藩出身の福羽美静は新時代の祭政一致のモデルは天皇親祭にあるとし、八神殿の復興には消極的だった。また、当時の政府は東京奠都や大嘗祭の東京執行などの問題を抱え、流動的な状況下で太政官も八神殿の造営に慎重だった。
それでも、「神殿」の意義は大きいとされ、明治2年（1869年）12月に当面の間の祭祀を行う仮神殿が完成。中世の廃絶以来白川・吉田両家で奉斎された八神殿の霊代が奉献された。仮神殿に明治天皇の親祭を仰ぐ計画もあったが、天皇が風邪をひいていたため実現しなかった。翌1870年1月3日には鎮祭が行われ、明治天皇は勅使として三条実美を遣わした。仮神殿には律令制神祇官が祀った八神に併せて歴代の皇霊と天神地祇が祀られた。この際に鎮祭の詔と大教宣布の詔が発せられ、神祇官の八神殿祭祀と宣教師の宣教政策は勅命で行うとされたが、神殿はその後も「仮」のままで、宣教の打開策も出なかった。
なお、一般に明治神祇官は平田派の国学者が主導したとされるが、政府内で要職についていた平田派の矢野玄道・角田忠行・丸山作楽・権田直助は明治4年（1871年）に国事犯の嫌疑により追放されたため、明治神祇官が平田派主導だったとは考えにくい。平田派の活躍は神祇官再興前であり、再興後は大国隆正の教えを受けた福羽美静ら津和野派の国学者が主導したとするのが妥当である。このことは、復古のみを強力に主張した平田派に対し、新時代の開明的なビジョンを持っていた津和野派が受容されたことを示すと思われる。
神祇省
明治4年（1871年）8月、神祇官は神祇省に降格し、太政官の下とされた。この措置は神祇行政の地位の低下ではなく、むしろ、降格前に太政大臣三条実美が神祇伯を兼任するようになるなど、密接な祭政一致を意図していた。神祇省は大中少の掌典による神殿祭祀と宣教使による宣教とで明確に分掌された。同年9月14日（10月27日）に神祇奉安の詔が発せられ、八神殿から皇霊を宮中に奉遷することとなった。同29日（11月11日）には神祇官中に御巫、権御巫が設置され、翌30日（11月12日）に皇霊が賢所に遷座された。
神祇省の廃止と教部省の設置
明治5年3月14日（1872年4月21日）、神祇省は廃止された。これは、神殿造営に関して福羽美静が唱えたように、新時代の祭政一致は天皇親祭とされ、天皇自らが行うことが理想とされたためである。神祇省が担当した祭祀業務は宮内省式部寮が行うとされた。同年3月18日（4月25日）に先に遷座された歴代皇霊を除く八神殿の祭神は宮中賢所に仮遷座され、同年11月27日（12月27日）に神殿・皇霊殿が完成し、八神は天神地祇と併せて神殿に祀られ、歴代皇霊は賢所から皇霊殿に奉遷された。また国学、儒学中心の宣教は不可能とされ、仏教勢力の地盤と教化能力を取り入れる為に神仏儒の合同布教体制となり、国民教化の専門機関として教部省が設置された。
教部省設立後の動き
学校教育制度の拡充と共に意義が希薄となった教部省は明治10年（1877年）1月11日に廃止され、管掌した任務の一部は内務省社寺局に受け継がれた。だがその後、神祇官興復運動、神祇特別官衙設置運動が盛んとなり、明治33年（1900年）に社寺局より神社局が独立した。
1910年（明治43年）、帝国議会は阿里山森林開発関連法を成立させ、台湾総督府は阿里山森林鉄路を建設し、神社建築などに用いる巨木を台湾から運び出した。1911年には樺太神社も建設された。
満州事変後
昭和15年（1940年）には皇紀二千六百年記念の際神社局に代わって神祇院が設置されたが、目立った成果を挙げないまま、終戦を迎えた。神祇院は昭和21年（1946年）2月2日に廃止され、全国の神社の管轄は翌日設立の宗教法人神社本庁に引き継がれた。
神祇事務局
（慶応4年・1868年）
神祇官
（慶応4年（1868年）閏4月 太政官内に再興）
神祇官
（明治2年（1869年）7月 政体書改正に伴い太政官から特立）