同人誌
流通形態
関連する商業誌に紹介ページが用意され、発行同人に連絡をとって入手することが多い。また『宇宙塵』のような中核的同人誌に掲載されることで他の同人の存在が周知されることもある。また、同人になることでしか入手できない場合・または購読会員という形で同人に所属することを必要とする場合もある。
文芸系
文芸系同人誌は、発行同人に連絡をとる、委託書店で購入する以外の方法は極めて少ない。また、出版形式はもちろん連絡手段や宣伝などを含め、コンピュータの利用は漫画・アニメ同人誌と比べると非常に低いことは大きな特徴である。「文学フリマ」「本の杜」「福岡ポエイチ」「資料性博覧会」「Text Revolutions（テキレボ！）」など、文芸系・文章系同人誌主体の即売会も少数ながら存在する。
また「九州文学」（昭和13年・1938年9月創刊）のように芥川賞・直木賞両候補作品を多数輩出した地方文芸誌の例もある。
漫画・アニメ・ゲーム系二次創作
漫画・アニメ・ゲームなどの同人誌は、商業化が進行しコミックマーケットなどの同人誌即売会・同人ショップ・ネット販売などで流通市場が成立している。大手サークルではニュースペーパーを発行、購読会員の囲い込みを行うことも少なくない。
一次創作系
一次創作系同人誌は既存のマンガやゲーム、アニメなどのキャラクターや設定などを題材としないものである。コミックマーケットなどオールジャンル同人誌即売会のほか、COMITIA（コミティア）、そうさく畑などの創作系同人誌即売会、同人誌ショップ、一部の一般書店で販売される。
コミティアなどの同人イベントでは商業出版社がプロ志望者を対象に作品持込を会場で受け付ける出張編集部が設けられることもある。これは一次創作系以外の即売会にはグレーゾーン問題などがあり、あまり見られない傾向である。
個人誌
全体が1人の作者（主に同人作家や同人漫画家）による作品により構成された同人誌を指す。他者の原稿が掲載されている場合でも、その全体に占める割合が少なければ個人誌に分類され得る。近年の同人誌で主流の発行形式である。
合同誌
特定のジャンル（創作を含む）を元に複数の作者により作られる同人誌。特に、それぞれ独立したサークルとして活動している作者複数の作品が掲載された同人誌を指すのが一般的で、商業誌たるアンソロジーとの類似点がある。ただし、同一のサークルに所属する複数人の作品が掲載されている場合（つまり本来の意味での同人誌）をこう呼ぶこともある。
ファンジン
ファンジン (fanzine) はfan（ファン）＋magazine（雑誌）からなる造語で、ファンが集まって評論・創作などを載せる雑誌。特にSF関係のものをいう。同人誌の発祥がSF関係であり、かつては同人誌をファンジンと呼んでいたという説もある。
印刷方法による分類
個人がコピー機などを用いて製作する「コピー本（コピー誌）」と、印刷業者に印刷や製本を委託する「オフセット本」に分類されるが、業者の印刷方法は版を用いるオフセット印刷とプリンター出力によるオンデマンド印刷がある。過去にはこれ以外の形態も見られた。
近年はパーソナルコンピュータの普及に伴い、CD-ROM、DVD-ROM、インターネットからのダウンロードなどで同人作品を頒布する方式が増えているが、これらは本の形態でないため厳密には同人「誌」ではなく「デジ同人」「同人ソフト」などと呼ばれる。
他には便箋、抱き枕、バッジなどのアクセサリーや日用品も製作され頒布されている。これらは「同人グッズ」と呼ばれる。
同人誌市場の拡大
当初、同人誌を頒布する機会はほとんどなく、わずかにSF大会や、学漫であれば文化祭などで頒布する以外は制作者近辺でしか流通しなかったが、1975年（昭和50年）、第1回コミックマーケットが開催されたことで状況が一変する。当初のコミックマーケットは一般流通で頒布することのできない素人による同人誌専門の流通市場の創設を開催目的に掲げていた。32サークル参加者700人で始まった同人誌即売会という市場の出現は、それまで制作者と読者が同一だった同人の世界に明確な「読者」という存在を作り出した。翌年、同即売会の運営母体だった迷宮発行の『萩尾望都に愛をこめて』に掲載された萩尾望都作品『ポーの一族』のパロディ『ポルの一族』によって、エロ要素を含むパロディが同人誌において重要な存在となっていく。
そしてパロディが主流となっていく中、廃れ行く創作系においても新たな展開を模索する動きがあり、京都を中心に活動した球面表着（きゅうめんひょうちゃく）のように漫画以外に特集コーナーなどの雑誌的要素を取り入れるものもあった。
その後、イベントの大型化、市場の拡大により同人誌印刷を行う印刷所も増え、それに伴う印刷コストの低減、DTPの普及、コピー・プリンターなどの低価格化によって形態は多様化していった。同時に内容も創作漫画・漫画批評・アニメファンジンに止まらず、パロディやサブストーリー、エロティックな描写や小説など多様化した。1980年代前半にはロリ、アニパロが、後半にはやおいがキーワードとなる同人誌が流行した。また、1990年代に入ると、コンピューターグラフィックが十分な性能を備え出したことからかゲームに対しても攻略、サブストーリー、エロパロなどの同人誌が増えていった。対象も広がり、鉄道やコンピュータ、モバイルなどあらゆる分野について技術的な内容（特に裏情報）を深く掘り下げたもの、噂やパロディなど商業誌では取り上げられない内容を扱うものも出現している。
商業作家の参入と営利化
市場が拡大した一方、同人誌活動には営利化の課題が起こり活動を取り巻く状況が変化した。元々作成と頒布が行われていた同人誌だが、コミックマーケットなどの同人誌即売会の利用者増大やマーケットの拡大などより特に人気同人誌の売り上げ額は非常に大きくなっていき、一定数の売り上げが見込めるほど流通市場が拡大したことにより、プロやセミプロの作家が同人誌を収入確保の一手段として利用する光景も見られるようになった。その反面、同人誌は商業誌が採算性等の問題によって切り捨てた部分を補う役目を果たすようになっている。商業誌で人気が無いため連載が打ち切りになったり、出版社の倒産などで掲載誌そのものが廃刊となった場合に、作家が自己の作品の続きをオリジナル同人誌で発表したり、単行本化されない作品を同人誌で発行する形も見られる。原稿が散逸したり、出版権などの権利関係が複雑で商業ベースでの復刻が事実上不可能になっている作品の同人誌での復刻も行われている。
さらに他方では、コミックとらのあななどの同人誌を中心に扱う書店（同人ショップ）が台頭し、自店舗での独占販売を前提としたいわゆる合同誌を企画することも見られている。このような形態の同人誌では知名度の高いプロの漫画家やイラストレーターを中心に作家の人選が行われることも多く、一般的な商業流通のルートに乗っていないだけで商業流通しているアンソロジー本と実質的な内容差が無いものまで見られるようになっている。
また、こういった発行物を大量に仕入れ、ネットオークションや漫画専門の古書店に売りさばく「転売屋」と呼ばれる存在もある。
所得税の申告と実情
同人誌販売やグッズ販売などで得た所得も無論課税の対象となる。年間を通して反復継続して販売行為を行えば事業所得、そうでなければ雑所得として、一年間の所得を合算して申告する必要がある。なお特例として、これら収入から必要経費を差し引いた後の所得金額が20万円以下で、年末調整を受けた給与所得以外の収入が無い者には申告不要制度を利用することが可能である（国の税務経費削減が目的で条件がある）。また他に所得が全く無い場合基礎控除（年間38万円）以下の所得であれば計算上所得税は発生しないため、申告義務は発生しない（住民税はこれ以下でも発生する場合がある）。
税務調査の実態として、同人誌即売会による収入の捕捉は難しいため以前は税務当局による厳しい処分がなされないケースが多かったといえる。しかし近年は専門店などへの卸行為や委託販売行為も幅広く行われており、これらは振り込みにより決済されるケースが多いため収入が捕捉されやすく、同人作家で6000万円の追徴課税を受けた者が現れて以降は同人作家に対して課税の強化を行っている。
同人誌と青少年を取り巻く問題
特にコミックを中心とする同人誌での性描写に対し、青少年の健全な育成を主張する立場から表現規制を求める声が毎年強まっており、後述の著作権よりも一層深刻な問題となっている。
その一例として、「児童の保護」を目的として「東京都青少年の健全な育成に関する条例の改正案」で規定されている「非実在青少年」と、各道府県の「青少年保護育成条例」、「児童買春、児童ポルノに係る行為等の規制及び処罰並びに児童の保護等に関する法律（通称児童ポルノ禁止法）の改正案」で導入を進めている「準児童ポルノに対する規制」を根拠に、同人誌を含むコミックの性表現を規制しようとする運動があり、可決されるだけでも規制の論拠として足りるものとなる。
さらに、前述の改正案が可決されて性表現の規制が厳しくなれば、今度は「コミックの規制に乗じ、暴力・犯罪などの表現も合わせて規制」しようとする動きもある。
これらの運動は、同人誌には文学系のものなど芸術性の高いものも含まれることと、また必ずしも全ての同人誌の内容が卑猥かつ反社会的とは言いきれないにもかかわらず、「同人誌や同人ソフトは全て低俗で反社会的なもの」という、誤った認識や偏見に基づく不当な運動である場合もある。
アメリカなどの先進国では、表現の規制こそ日本より緩いように思われるが、そもそも成人向けの作品は「成人しか入場できない店舗」でしか販売できないように区別し、なおかつ児童連れ（保護者同伴）の入店を禁止している。また、児童への販売が発覚した場合は販売者も処罰される。
しかし、成人向けではないものを含む全ての同人誌即売会について、高校生も含めた児童の参加を一律に禁止すべきとするモラル・パニックに近い批判の声まで上がっており、仮に性描写のある同人誌の販売を一切禁止するよう規制ができても、そのような状態に陥っている層からの理解は到底得られないともみられており、同人に対する汚名の返上が困難を極めている。
特に2000年代の情勢を考慮して、2006年（平成18年）以降のコミックマーケットでは修正関連も含めて規則を強化している。また、2007年（平成19年）8月23日に起きたわいせつ図画頒布容疑での同人作家の逮捕や、同年10月下旬に起きた同人誌即売会に対しての会場（東京都立産業貿易センター）の貸し出し拒否の波及などを受け、印刷業組合や各同人誌即売会の主催者などはガイドラインの制定や規則に沿った修正を確実にするよう促している。
なお、日本（世界）最大の同人誌即売会であるコミックマーケットに固有の安全性や地域住民の理解・会場確保に関する問題についてはコミックマーケットの項を参照されたい。
著作権紛争の発生事例
ことの発端は2005年（平成17年）のことで、田嶋安恵が「田嶋・T・安恵」名義で事実無根の都市伝説をベースにして制作した同人誌「ドラえもんの最終回」を発表したことである。当初は注目を集めなかった同作であるが、これがしばらく間をおいてから各メディアから注目を集め出し、同作について問い合わせを受けるなど反響の大きさや悪影響を懸念した出版元の小学館と著作権元の藤子プロが2007年（平成19年）に著作権侵害を通告し、田嶋は在庫の廃棄処分と同作の著作権侵害によって得た利益の返還を命じられた。この一件に限れば、原作者が故人という状況下における事例である上、また、原作に酷似させた製本デザインや、ブログの無断転載などで有名化したことにより、「公式・公認の作品」「原作そのもの」「正規の権利関係者が制作した作品」などの誤解を多くの一般人に招いたことなど特徴的なこともあり、この一件の事例による影響がただちに他へ波及するとは考えにくい状況ではあったものの、同人誌における二次創作物への各出版社の今後の対応が注目される契機となった。
かつてはBEMANIシリーズのアレンジ同人音楽CDが多数発表されていたが、2010年末のコミックマーケットにおいて、コナミデジタルエンタテインメントから、同人大手サークル「Diverse System」に販売停止を受けた以降は同様のCDの配布が激減した。その後、コナミが同人音楽をテーマにしたSOUND VOLTEXが発表されたため、一部からダブルスタンダードの批判が起きている。
また、2014年にはブロッコリーが無許可で同人グッズを製作・販売しているサークルに警告を出したり、ニトロプラスが二次創作についてのガイドラインを改定し頒布個数や売り上げに制限を盛り込んだ（後日見直され同人誌は範疇から外されている）ことで論議を呼んだ。このような行動が起きた背景として、同人グッズを作っているサークルの中には、ファン活動の域を超えた営利目的のものが増えているという認識であり、一定の線引きが必要と言う意図がある。こうした同人の範疇を超えたグッズの製作・頒布については、著作権者からは公式商品と混同される海賊版であると見なすことができるため、同人誌即売会主催者側からも注意喚起が出されており、特にコミックマーケットでは同年末の87のコミケットアピールにおいて、共同代表からの挨拶で注意がなされ、著作権に関する注意の記述についてもより明確に記載されている。