アルジェリア内戦
1993年
1993年にアブデルハク・ラヤダは自身のグループのシェブティの独立を宣言した。新しい集団はイスラム武装集団(GIA,Groupe Islamique Armé)と呼ばれた。この集団はアルジェとその近郊の都市環境では特に突出したものとなった。「政治的多元主義は煽動に等しい」と断言し、政府とFISの双方に反対の立場をとる強硬路線をとった。
 
そしてFISとMIAの指導者の何人かを殺害もしくは脅迫した。イスラム武装集団はMIAよりも注意深くなく、思想的訓練を主張していた。治安警察は定期的にGIAに潜入しており、 立て続けに指導者を殺害すると、素早くGIAの指導部を転覆させる結果を出した。
1993年はゲリラ運動の中での党派はいっそう別々に分化することとなった。マキに集中する、MIAとMEIは国家に対する軍事戦略の発展を試みた。とくに治安当局を標的にし、政府の施設を爆破もしくは破壊した。
しかしながら、この端緒からも、都市に集中していた、GIAは公職に就くものは誰でも殺害するように呼びかけ実行した。その対象は教師や公務員のような公職についている民間人も含まれていた。
GIAは、「ペンでイスラム主義と戦うジャーナリストたちは剣によって非業の死を遂げるだろう」と言い、タハール・ジャウトのようなジャーナリストや知識人も暗殺した。

GIAは彼らの禁令によって住まいを追われた民間人を標的にすることによって攻撃を激化させた、1993年の終わりには「この期間（1か月）を過ぎるものは皆、自身が急死するこのに責任を負うであろう」と宣言し、外国人の殺害も開始した。
 
目立った殺害事件ののち、ほぼすべての外国人がアルジェリアを離れた。じつに（しばしば違法）アルジェリア人出国者も実際に増加した。人々は退避の方法を探していたのである。同時に、他国がアルジェリア人に与えるビザの数も落ち込んだ。
政治の再開と自警団の登場
FISとの交渉の決裂のあと、政府は大統領選挙を実施した。1995年11月16日、リアミン・ゼルアリ が60％の得票率で大統領に選ばれた。
選挙はイスラム主義者のマフムド・ナフナー (得票率25%)とヌルディン・ブクルーを含む多くの候補者で争われた。 
結果は様々な人気のある意見、政策は言うに及ばず世俗主義からの支援と、暴力を終息させたいという欲求にたいするイスラム主義にたいして反対意見を反映した。
アルジェリアの政治が正常化する希望が高まった。
ゼルアルは1996年の新憲法を進めることで、これを追認し、さらに大統領の権限を強化し、選挙で選ばれた代表者と大統領が任命した者からなる二院制を加えた。 
1996年11月、草案は国民投票で可決された。
公的な得票率は80%とされるが、この選挙の投票はモニターされておらず、この高い得票率の主張はほとんど信じがたいものだと考えられた。
政府の政治的動きは、前政府の軍の輪郭の実体ある増加と統合された。
単に「愛国者」と呼ばれた「自警団」は、軍によって訓練され、政府から武器を与えられ、委託された地域住民からなり、はゲリラが活動している場所の近くに設立され、国営テレビにおいて推進された。
プログラムは国のいくつかの地域でよく受け取られたが、不評もあった。自警団は翌年以降に増加し特に1997年の虐殺以降は急増した。
選挙の結果は武装集団はへの阻止である。武装集団は選挙のあと急速に具体的に際立った増加を見せた。
FISのラバー・ケビルは、一層懐柔的な政府へのトーンによる人気のあるモードへの明らかなシフトにたいして返答したが、彼はFISとAISの一部によって非難された。
GIAは内訌が先鋭化した。選挙の直後、その指導者は、GIAの乗っ取りを試みたと非難し、GIAと一緒だったFISの指導者を殺害した。。
このパージはGIAの崩壊を加速させた。
最後まで公的には離脱はしなかったのだが、ムスタファ・カルタリ、アリー・バンハジャールとハッサン・ハッターブの党派は皆、1995年に始まったジトゥニの指導体制を拒否した。
12月、GIAはAISの中央アルジェリアの指導者アズディーヌ・バアを殺害し、1月にAISを敵の一つとして、戦うことを誓った。特に西部で。
虐殺と和解
1996年にGIAのリーダージャムル・ズィトゥーニが旧GIAの派閥から離脱した者の一人に殺された。そしてアンタル・ズアーブリが後継者となった。彼は前任者と同様の血まみれのリーダーになるのであった。
1997年の議会選挙は3月5日に開催された。選挙はこの年に Zéroualの支援で結成された国民民主連合 (RND)が制し、380議席中156議席を占めることになった。続いて「平和のための社会運動」（MSP） (ハマスは改名の必要があったので)はじめとする政党とFLNが60議席以上を獲得した。
この選挙に関する見方は様々で、野党のほとんどが不満を示した。そしてきわめて新しいRNDの躍進は疑いを以って驚かれた。
RNDとFLNとMNPは連立政権を樹立し、RNDのアフマド・ウヤヒーヤがこの政権の首相となった。ここにFISに対する政権側の歩み寄りのヒントがあった。アブデュルカドゥール・ハシャーニは釈放され、アッバーシ・マダニは拘留を解かれた。
イスラム武力集団の壊滅と「説教と戦闘の為のサラフィー主義者集団」の継続
行動に対ための国際的なプレッシャーを受けたのち、EUは二つの代表団を派遣した。その一つはマリオ・ソアレス元ポルトガル大統領によって率いられた代表団であり、1998年の上半期にアルジェリアを訪問し虐殺を調査した。この代表団のレポートはイスラム武装団を非難していた。町々はすぐに平穏になったが、虐殺は農村部では継続されていた。民間人虐殺のGIAの方針は、このときすでに虐殺を拒否する指揮官たちの離反を発生させていた。このGIA内部の不和は1998年の9月14日の説教と戦闘の為のサラフィー主義者集団 (GSPC)の結成によって公のものとなった。彼らはカビラ西部の山岳地帯を拠点としておりハッサン・ハッターブに率いられていた。
9月11日ゼルアルの辞任に人々は驚いた。1999年4月15日に選挙が行われ、かつての独立戦争の闘士であったブーデフリカが選挙で選出され、政権に復帰した。当局によれば74%の得票率であった。他の全ての立候補者は違法選挙を懸念して、すぐに選挙から手を引いた。
ブーデフリカはAISとの交渉を継続し、6月5日には、原則としてAISは解散するとの合意にこぎつけた。ブーデフリカは「市民和解法」を推進し、軽微な犯罪で有罪判決を受けて収監されている多数のイスラム主義者に恩赦を与えた。「市民和解法」は殺人あるいは強姦を犯していないイスラム主義戦士はあらゆる訴追から免れることを保障したものであった。
1999年の9月16日の国民投票で「市民和解法」は承認され、ムスタファ・カルタリを含む多数の戦士が同法を利用して、投降した。彼らはゲリラに苦しめられてきた人々の怒りを買いながらも通常の生活に復帰した。
この結果にFISの指導部は不満を表明した、AISがなんら問題を解決しないままに戦闘を停止したと感じたからであるが、 アブドゥルカードゥル・ハーシムのような監獄の外の主な声は11月22日に暗殺された。暴力は減少したが完全になくなったわけではなかった。正常化への第一歩はじまったのである。 
2000年1月11日に、政府との恩赦に関する特別な交渉があり、AISは完全に解散した。翌年からGIAは軍事作戦によって徐々に消滅させられ、2002年のアンタール・ズワブリの死で完全に無力化した。政府のこのような努力は2001年の9月11日の同時多発テロののち評価を押し上げ、アメリカ合衆国のアルジェリアへのシンパシーを増大させた。それはGIAとGSPC の活動資金の凍結と、軍への赤外線ゴーグルの供給によって具体的に表れている。
GIAの減少とともに、GSPCは最大の反政府勢力ではなくなった。2003年には戦士の数は300人ほどであった。
 
彼らは、警察や軍の孤軍に対する暗殺テロをそこの地域で継続させ、また南部のサハラ地域へと拡大させようとしており、アマリ・セフィー (通称"Abderrezak el-Para",「落下傘のアブドゥルザク」)に率いられた集団は、人口がまばらなマリ、ニジェール、チャドのサヘル地域への逃走を余儀なくされる前の2003年に多数のドイツ人旅行者を誘拐した。サヘル地域で「落下傘のアブドゥルザク」は逮捕され、2003年までに集団の創設者は、いっそう過激なナービル・サラウィにとって替えられた。彼はアルカイダ支援を表明したため、強硬な態度のアルジェリア政府はアメリカ合衆国と手を結んだ。仄聞によれば彼はその後まもなく殺害され、2004年にアブー・モッサーブ・アブドゥルウアドゥードが指導者の地位を継承したという。
2004年大統領選挙と恩赦
2003年のイスラム救国戦線の指導者、マダニとベルハディジュの解放は状況に明白な影響はなく、2004年の大統領選挙で深まるであろう新政府の自信を示しており、ブーデフリカは二大政党と第3の政党の派閥の支援により85%の得票率で再選された。
投票は、ブーデフリカの対ゲリラ政策と長期間の暴力の終結の成功に対する強力な人気の確認として見られた。
2005年9月、「1999年法」同様に、もはや戦闘を停止している個人に対する法的な審理の終結と、政府軍に殺された人々の遺族への補償の付与ために、ブーデフリカの提唱で、恩赦を下す是非を問う国民投票が行われた。、 
この物議を醸す「平和と国民和解のための憲章」は国民の80%の参加と97%の賛成票を以って成立が宣言された。アルジェリアにおけるキャンペーンの条件はフランスの報道機関、とくに『ル・モンド』や『リュマニテ（w:L'Humanité）』などに批判された。
例えば、行方不明者の家族を代表するNGO「ソムー（Somoud）」の創設者で弁護士のアリー・ムラーベは、この憲章は「犠牲者に加害者に対する許しを与えるのを強要するもの」と反対した。彼はイスラム救国戦線が真に消滅するまで疑念を維持し、人々がもはやイスラム救国戦線を支援しなくなるときにさえなお、彼が否定するイスラム救国戦線の事業、すなわちイスラム国家の樹立、は存在し、その脅威は残ると記している。
この提案は大統領令によって2006年2月に実装され、2006年9月29日に採択された。特に、物議をかもしたのは、投降した反政府軍の兵（凶悪犯罪は除く全てに対する）にと軍の個人に（国家防衛行為のすべてに対する）への起訴阻止条項であった。
アルジェリアの新聞「エル・カバル（El Khabar）」によれば、 400人以上のGSPC兵士がこの条件のもとに投降した。これによって2005年のGSPCの規模の見積もりは300人から1000人となった。  国際人権連合 (FIDH)はこの恩赦に反対した。
戦闘は下火になったが、非常事態宣言は維持された。 非常事態宣言が解除されるのは2011年の2月のアラブの春という新たな反政府運動の進行によってである。
犠牲の代償
ブーデフリカ大統領は1999年には、のべ10万人の人々が死亡したと述べ、のちに2005年2月25日の演説ではこの内戦においておよそ15万人もの人々が殺害されたと述べた。これらの数字は 反政府軍の兵士だけでなく、国軍と民間人合わせた内戦の代償として一般的な見解である。しかしこの見積もりは多すぎるかもしれない。2008年には、戦闘、作戦、虐殺、暗殺を通じて、およそ2万6000人が殺害され、ほかに1万8000人が「行方不明」であり、秘密裏に殺害されたと推測されるとの研究結果が示された。これらを合わせると4万4000人が犠牲になったことになる。