宇治淀線
運行開始以前
宇治淀線のルーツは1926年に開設した京阪淀駅～新田駅間の路線である。この路線は昭和初期に奈良電気鉄道（現・近鉄京都線）開業により大久保駅に立ち寄る様になった。当初は地元のバス事業者の淀自動車商会が運営していたが、後に京阪バスに路線免許を譲渡されている。
運行開始初期
1951年、宇治田原自動車（後の京阪宇治交通。現在は京阪バスに合併し会社解散）は宇治より小倉、久御山町北部を経由して淀に至るバス路線の免許申請を行った。この理由は沿線住民の要望があったのと宇治地区と淀地区（当時は久世郡淀町）との往来が多いものの淀より宇治までのバス路線が存在していなかった事によるものである。
しかし既に大正末期より上記の淀より大久保・新田までの路線を運行していた京阪バス（当時の京阪自動車）がこの新路線に強く反対した。理由は京阪バスは過去に設定されていた伏見桃山駅～京阪宇治駅の路線との連絡を目的として、この路線の宇治延長を計画し免許申請も行っていたが、宇治市中心部は宇治田原自動車のエリアと判断され免許が降りなかった事からである。
またこの際に、宇治田原自動車の計画に対し「当社の大久保経由の路線を開設させない限り、（途中の経路が違うとは言え）宇治田原自動車の淀乗り入れには反対する」と京阪バス社内でも強く意見があった事もある。
これにより宇治田原自動車と京阪バス間で運輸協定を締結し、宇治田原自動車の宇治～小倉～淀間の路線の開設及び淀～大久保・新田間の路線の宇治延長を認める事に合意し、締結後の1953年4月1日に宇治淀線（小倉経由）を開業した。京阪バスは同年9月5日より新田～宇治間を延長し宇治淀線（大久保経由）を開業した。運行区間は何れも京阪淀駅～京阪宇治駅である。
しかし京阪バスの不当とも取れる行為によって宇治田原自動車の経営に影響が出た。これは宇治田原自動車の15円区間を京阪バスは10円としたり、宇治田原自動車エリア内の国鉄宇治駅前に京阪バスは国鉄宇治駅前案内所（現在廃止）を設けて定期乗車券発売や京都定期観光バスの旅客誘致を行った事によるものである。この為宇治田原自動車は1955年10月28日付けで陸運局に営業妨害行為として京阪バスを相手取り調停を申請した。その結果、京阪バスは宇治田原自動車と同一運賃とする事と京阪バスの案内所も廃止する事が言い渡された。
1954年8月11日に宇治淀線（小倉経由）は久御山町内の経路を一部変更し、西一口（にしいもあらい）の集落への立ち寄りを開始した。西一口界隈の道路幅は当時より狭く狭隘路線であった。1955年4月1日には淀より途中の市田で折返す系統も新設した。
この当時は京阪バスは淀（現在廃止）、宇治田原自動車は宇治の各営業所が担当していた。
1959年6月25日に宇治田原自動車は京阪グループとなり京阪宇治交通に社名変更された。
1960年代～1980年代
開業より1950年代から1960年代前半までは両路線共上記以外は停留所の改廃・改称（1963年10月1日に奈良電大久保を近鉄大久保、奈良電小倉を近鉄小倉に改称等）と便数の微増があった程度であるが、1960年代後半以降は両路線共動きが出て来る様になった。1967年には当時京阪バスのみの運行であった大久保経由路線に京阪宇治交通が運行を開始する様になった。理由は京阪バスと京阪宇治交通両社間での路線調整である（この時期には路線調整で御蔵山線等の路線も京阪バスより譲渡された）。京阪宇治交通の経営規模の適正化と京阪バスの赤字路線の整理を目的としたものであった。同年12月10日より京阪宇治交通の大久保経由の路線がワンマンバスにより運行を開始する。後に京阪バスもワンマンバスとなった。これにより宇治淀線の京阪宇治交通管轄の路線は旧来の小倉経由と京阪バスと共同運行する新規の大久保経由との2路線となった。
1968年10月31日にバイパス市田（後の村東。1988年11月11日改称）を新設。同年12月6日には京阪宇治～宇治車庫間を京阪宇治交通担当便に限り延長する（大久保経由・小倉経由共）。これにより宇治淀線の宇治側の発着地が京阪宇治（京阪バス）と宇治車庫（京阪宇治交通）の2箇所となった。
京阪バスは1969年5月10日より淀営業所の廃止により洛南営業所の管轄となる（同営業所が管轄していた八幡志水線と八幡田辺線は枚方営業所に移管）。同年10月11日より京都競馬場での競馬開催日は一部の便が淀新町～京阪淀で迂回運行される様になった。尚、洛南営業所への入出庫の目的もあり、京阪淀駅～近鉄大久保～近鉄小倉～御香宮（ごこうぐう）～京阪藤ノ森駅口～東福寺～京都駅の経路もこの前後に設定されている（洛南1号経路）。又、1号経路は1980年3月頃より向島駅及び向島ニュータウンも経由する様になった。
尚一時期宇治淀線の長距離系統として京阪バスにより国鉄山崎駅前～京阪淀駅～京阪宇治駅を運行する便も設定されていた（山崎宇治線）。翌1969年、日本レイヨンのユニチカへの社名変更により日レ前をユニチカ前（後にユニチカ）に停留所名を変更する。
以後は1970年代～1980年代は系統番号の設定（京阪バスは淀宇治線は11号経路（途中折返しは11A号経路）、山崎宇治線（1980年代初期頃に廃止）は12号経路。京阪宇治交通は大久保経由が21系統、小倉経由が31系統、淀～市田の区間運転系統が32系統となる。）と市役所前（現・総合庁舎）～宇治橋西詰間の経路変更（1970年3月30日に宇治市の都市計画道路（若森線）の一部完成で小倉経由のみ同道路に、同道路の完全完成により1976年7月10日に大久保経由も含む全便が同都市計画道路に載替。これにより同区間は現行の経路となる）、1978年11月13日の宇治郵便局停留所の新設以外はそれ程変化は無かった。
1976年には久御山団地完成により京阪バス15号経路の京阪淀駅～久御山団地北及び初代4号経路の久御山団地北～近鉄大久保～近鉄小倉～京阪藤ノ森駅口～東福寺～京都駅を僅少の本数ながら開設した。この間、宇治淀線の延長系統として、京阪淀～京阪六地蔵の25系統が京阪宇治交通によって運行されていたが、設定開始及び廃止時期は不明であるものの、1978年4月には運行されているのが当時の公式路線図で確認されている。25系統の経路は宇治車庫までは現行21系統とほぼ同一、宇治車庫以北は宇治車庫～新田～黄檗（現・JR黄檗）～木幡山手町～町並町（後の町並（初代）。現・JR六地蔵）～京阪六地蔵であった。25系統はラッシュ時の他に昼間時にもごく少数運行されていた。
1985年4月には京阪宇治交通で最後までツーマンバスで運行されていた小倉経由路線がワンマン化され、同社は100%ワンマンバスとなった。この時、宇治淀線の西一口の立ち寄りを一旦廃止した。この改正より1988年11月10日までの間は西一口を経由するバス路線は京阪淀より運行の一口右回り（32系統）/一口左回り（32C系統）のみとなり一口地区からの宇治直通を廃止した。運行区間は京阪淀～淀新町～北川顔～西一口～中島～坊ノ池～北川顔～淀新町～京阪淀（32系統の場合。32C系統はこの逆となる）であった。尚、ほぼ同時期に御牧橋を北川顔に統合した。その後同年12月1日には京阪バス便の管轄が再度変更され、枚方営業所の管轄となる。同時に極少数設定されていた京阪淀駅/久御山団地～京都駅の経路が廃止され、宇治淀線は京都駅乗り入れが無くなった。
1988年11月11日には大久保駅の駅前広場整備により近鉄大久保折返しが京阪淀駅（当時の11A号経路）と久御山団地（2代目4号経路）より京阪バス便のみ設定された。また京阪宇治交通でも西一口経由の便を一部復活した（但しこの時点では経由しない便も存置したので系統番号は当時と違い31B系統で設定）。この時、京阪宇治交通でも途中折返し系統が設定された（31A系統 京阪淀～西一口～村東。その後32系統 京阪淀～西一口～市田も設定）。この改正時またはその前後に、近畿放送前～下津屋口間に下津屋を新設、田井（初代）を久御山町役場に、近畿放送前を田井（2代）に改称している。
尚一時期は八幡宇治線が大久保経由で運行されていた。1976年4月13日に大久保経由を取り止め、小倉経由となるが、その後も久御山地区で一部経路変更を行う。
1990年代～2000年代
1990年代後半以降になると更に動きが出た。1996年2月25日には京阪バスの枚方管轄便が再度洛南に移管された。同年11月頃に京阪宇治バスターミナル暫定使用開始により同場所に立ち寄りを開始した。
1997年7月26日以降は朝ラッシュ時及び夕方ラッシュ時以降に於いて京阪宇治交通便の一部に宇治車庫～近鉄大久保の折返し便（27・27C系統）が設定される。27系統と27C系統との違いは近鉄大久保のバス停留所の乗り場設置箇所の関係及びその後の折返し系統の運用の関係によるものに起因する運行方法である。1968年12月6日に廃止された京阪宇治～近鉄大久保路線の事実上の復活である。
1999年1月11日に京阪宇治交通の宇治営業所は子会社への事業譲渡で京阪宇治交サービスの宇治営業所となったがエリア調整の為京阪宇治交通便も残す事になり田辺営業所（当時）の車両も大久保経由の便に主に昼間時に限り運用され、3社運行体制となった。尚この改正より小倉経由便で小型車の運行も行われる様になる。同年6月29日には小倉経由路線が村東～鈴間（すずま）間の経路を変更し、ジャスコ久御山店前にも立ち寄る。この際、村東を発着地としていた31A系統はジャスコ久御山店前まで延長された。
2000年5月10日のダイヤ修正で田辺管轄便が撤退した為京阪宇治交通便は無くなり、再び2社運行となった。この間1999年4月1日より京阪バスは洛南営業所の路線バスを別会社に分社化して京阪シティバスの運行となった。京阪宇治交サービスも2003年より京阪宇治バスに分社化されて現在に至る。尚この時期に京阪シティバスの運行経路番号の内京阪宇治バスと重複する路線に関しては京阪宇治バスに合わせて21号経路（21A/21B号経路も含む）となった。またほぼ同時期に宇治車庫～近鉄大久保の折返し便が終日運行となる。
2004年4月1日には1997年以降徐々に減便が続いていた小倉経由路線の内、西一口を経由せずに北川頭（きたかわづら）より直接坊ノ池（ぼうのいけ）に向かう31系統が廃止。同年8月13日には32系統も廃止され31A・31B系統のみの運行となる。翌年2005年8月1日に小倉経由の路線が全面的に廃止されこれ以降は宇治淀線は大久保経由のみの運行となる。これは久御山町のってこバス設定による重複区間の整理が主な理由である。この時に大久保経由路線の内、京阪宇治～城南荘～近鉄大久保～緑ヶ原口間は昼間時30分ヘッドから27系統の京阪淀への延長により20分ヘッドに増発された（これにより27・27C系統は2007年11月10日改正まで再びラッシュ時間帯のみとなる）。これと前後して京阪シティバス21B号経路の京阪淀駅～下津屋口の系統も設定された（洛南車庫への入出庫を理由とする）。
2007年11月10日ダイヤ改正で27系統の一部が運用の都合により京阪宇治バス田辺営業所の管轄となった。また27系統の昼間時（10時～15時台）の運行が僅か3往復ながら2時間ヘッドで再開した。但し27C系統はこの改正で廃止された。
2009年3月7日、京阪宇治バスの運賃改定が行われ、その関係で京阪シティバス便も同調して値上げされた。この際、全線の片道運賃が360円から430円に大幅に値上げされている。同年9月1日改正で時刻改正も行った。この改正では27C系統が宇治発の片道1本のみ復活しているが、朝ラッシュ時と昼間時の27系統の運行が無くなり、夕方ラッシュ時以降も27系統は大幅に減便している。尚、この時は京阪シティバスではダイヤ改正を行っていない。
2010年代以降
2010年4月26日、京阪宇治バスは宇治淀線等、宇治地区のダイヤ改正を実施し、数分程度の時刻変更と一部便数の調整を行った。
2011年5月28日改正では閉校後も名称のみが残っていた城南高校の停留所名を宇治支援学校に改称した。同年12月11日改正では宇治淀線に久方振りの新系統として宇治車庫 - 久御山町役場間の区間運行となる21C系統が設定された。この系統の路線名は「宇治久御山町役場線」である。
2012年11月19日より近鉄大久保駅前広場開業により同駅前のバスターミナルの使用を開始した。これにより大久保駅口と大久保が廃止となった。またこれに関連して、27C系統は27系統に一本化されて廃止された。同時に21C系統も廃止された。
2014年2月8日に淀新町 - 京阪淀間のルートと競馬開催日の迂回ルートを正式なルートに格上げして狭隘であった従来の正式なルートを廃止し、ルートを一本化したことにより乗り場を変更する。この時、淀新町 - 京阪淀間の格上げルート上に於いて、金井病院付近に淀木津町と、京阪淀手前に従来ルートの下津（ルートと共に廃止）の代替として淀下津町を設置した。この時、京阪シティバスでは京阪淀駅と京阪淀とを統合し、京阪宇治バスでも停留所名を京阪淀駅に変更した。
2014年4月1日より、京阪宇治バスは京阪シティバスを吸収合併し、新社名「京都京阪バス」となり、同時にダイヤ改正を実施し2社共同運行から1社単独運行に変更され、また全便が洛南営業所と宇治営業所（他1営業所）とが移転集約された京都京阪バス八幡営業所の担当に変更され、京阪宇治 - 宇治車庫間は廃止された。京阪シティバスの4号経路は京都京阪バスが引き継いだが、系統番号は22C号経路に変更された。また、八幡車庫への入出庫目的として、佐山発着の21C号経路が新設された。同日に消費税率引上げに伴う運賃改定。と、旧・京阪宇治バスでの名称の京阪宇治や京阪淀の停留所名を、旧・京阪シティバスでの名称の京阪宇治駅や京阪淀駅とするなどの、一部停留所名の改称を実施した。なお、京都京阪バスへの移行を機に、系統番号の呼称をこれまでの「XX系統」より旧・京阪シティバスと同様の「XX号経路」に、正式名称を「系統番号」より「運行経路番号」にそれぞれ変更した。よって、以降の記述についても「運行経路番号」及び「XX号経路」として記述する。
2017年2月25日より、京阪宇治駅 - 田井間の区間便として21D号経路が、佐山 - 近鉄大久保間の区間便として21E号経路が設定された一方で、宇治側の区間便である27号経路を減便した。わずか1年後の2018年3月17日改正で21E系統は廃止された。
2019年4月6日、京都京阪バスでは全国的に顕在化したバス運転手の著しい不足および在籍運転手の労働環境改善の観点から、八幡営業所管内全路線で大幅にダイヤを改定することとなり、早朝及び深夜時間帯に於ける減便と運行区間短縮による運行経路番号の変更、最終便の繰上げと始発便の繰下げを宇治淀線の全運行経路に対しても実施した。これにより宇治淀線では京阪宇治駅発の最終バスは大幅に繰り上がり、平日は21時36発、土曜・休日では20時49分発の21D号経路となり、また京阪淀駅発の最終バスは平日は22時10分発、土曜・休日では21時16分発の21B号経路となり、その他の時間帯でも夕方ラッシュ時終了後を中心に減便となった。
車両
現在運行している京都京阪バスでは、中型車/中型長尺車（京都京阪バスでは中型長尺車は大型車扱いとなる）/大型車の各種で運用されている。時折ワンロマ車及び路線・貸切兼用車での運行を行う場合もある。尚1999年1月11日改正より2005年8月1日改正までは小倉経由路線で小型車及び中型短尺車（旧・京阪宇治交サービスや京阪宇治バスでは中型短尺車は小型車扱いとなる）が中型車と共に運用されていたが、小倉経由路線の廃止により宇治淀線での小型車運用の設定は現在では行っていない。小倉経由路線では31A/31B/32系統の運行区間の途中の西一口界隈に狭隘区間があり、同区間での大型車の入線は禁止されていた。
2019年、塗装は一般車と同様ではあるが、後方の座席を茶室風に再現した貸切車兼用の一般路線バスの特別仕様車「宇治茶バス」が導入され、同年3月27日より暫定的に運用を開始した後、同年4月6日の全線ダイヤ改正で土曜ダイヤ及び休日ダイヤ時に運用を限定して運行開始したが、本路線では土曜ダイヤのみ宇治茶バスが運用されており、京阪宇治駅15時10分発の21号経路とその折返しの京阪淀駅16時29分発の21A号経路で充当されている（休日ダイヤでは本路線への宇治茶バスの運用は存在していない）。但し、自社の都合や整備により一般車両で運行する場合がある。尚、平日ダイヤ実施日でも運用される場合があるが、土曜ダイヤ及び休日ダイヤ実施時とは異なり、運用は限定されておらず、また貸切車として運用されることもあるため、本路線で運用されない場合もある。
京阪シティバスが運行していた頃は、京阪淀駅 - 近鉄大久保間で同社で運行していた一部の便に小型車を使用していたこともあったが、京阪シティバスの京都京阪バスへの合併の際のダイヤ改正で小型車は運用を終了している。