確定申告
個人の確定申告
個人事業主、農業従事者、不動産賃貸業を営む個人、不動産の譲渡による利益がある者や、一定の受取保険金がある者などは、収入や費用を自ら計算し申告しなければならない。今日では、技術革新による電子申告の普及化に伴い、安く迅速簡単に書類が作成出来る等のメリットが尊ばれ、クラウド会計ソフトが利用されている。
申告時期は、毎年度、翌年2月16日から3月15日までの1か月間である。期日が土曜日・日曜日と重なると順次繰り下げ、月曜日までとなる。
ただし、源泉徴収税額が所得税額より多く、還付を受ける場合（＝還付申告）は申告時期前にあたる翌年1月1日（税務署の窓口に提出する場合は、官庁御用始めとなる1月4日以降の最初の平日）から2月15日までの間でも申告書を提出することができる。なお、納税申告となる者が早まって2月15日以前に申告書を提出した場合も、税務署は通常の確定申告書として受理するが、申告時期前に納税した場合、その税金は申告時期が到来するまでは税として納付すべき原因がないのに納付済みになっている「過誤納金」として扱われることになる。（納税者からの申し出があれば返還する義務が生じる税金となるが、納期が到来した時点で充当されるため、納税者が申し出をしなくとも特に問題が生じるわけではない。）
確定申告により納付すべき税金がある場合、期限後の申告には無申告加算税が加算されることがある。また、納付期限後の納付には延滞税が加算されることがある。
広報案内や確定申告の手引き等には通常「所得税の確定申告の提出期間は2月16日から3月15日までです」といった表現がされており、提出期間を過ぎた後の申告書の提出の取り扱いについては何も記されていなかったため、「確定申告期限を過ぎると確定申告の提出を受け付けてもらえなくなる」と誤解している納税者が多い。しかし、確定申告書の提出自体は無申告加算税や延滞税の賦課を承知の上で行うのであれば、時効が訪れない限り、一年中いつでも可能である。また還付申告の場合も、一部の例外を除き課税対象期間の翌年から5年後の時効までであればいつでも提出できる。なお、2014年（平成26年）分以降の確定申告書作成の手引には「期限内に申告することを忘れていた場合には、できるだけ早く申告するようにしてください」との文言が、加算税や延滞税が賦課される場合があることと併記される形で新たに追加されている。
2017年2月より、所得税等の確定申告書にはマイナンバーの記載及び本人確認書類の提示等が必要、との旨が手引き等に記載された。
更正の請求・修正申告・訂正申告
確定申告期限後に申告書の税額等に誤りや変動などが判明し、納めるべき税金が過大となる場合は「更正の請求」、過少となる場合は「修正申告」を行う。
更正の請求は、納付すべき税金がある確定申告の場合には当該年度申告期限から、還付すべき税金がある確定申告（還付申告）の場合には還付申告をした日と当該年度申告期限のいずれか遅い日から、それぞれ5年以内となっている（2011（平成23）年12月2日より前に法定申告期限が到来する国税は、法定申告期限から1年以内。また、更正の請求の期限が過ぎても増額更正の期間内なら「更正の申出」で対応）。
修正申告は、税に関する時効の成立まで期限はない。税務署による税務調査を受けた後に修正申告をしたり、税務署より税額の更正（増）を受けた場合は、過少申告加算税が加算されることがある。修正申告の追納付には延滞税が加算されることがある。
なお、確定申告後に誤りを訂正するため法定期限内に再度申告することを、「訂正申告」という。法定期限内に2度確定申告したときは後の申告が有効となり、期限内に納税が完了すれば加算税や延滞税はかからない。納め過ぎた税金があるときは、手続きにより還付されることになる。
確定申告を行うと税金が戻る場合
次のようなケースでは確定申告をすると算出された税金が戻る（還付される）場合がある。
年の中途で退職しその年の年末調整を受けていない場合、所得が少ない人で配当所得や原稿料収入、公的年金等の雑所得から税金が源泉徴収されている場合には、確定申告（還付申告）ができる。所得控除や税額控除の金額、源泉徴収税額や税率により、本来納めるべき税金よりも源泉徴収税額が大きく差し引かれていた場合には、申告することにより税金が戻ってくる。予定納税をしたが、確定申告の必要がなくなった場合でも申告によって税金が戻ってくる。
なお、年収2,000万円以下の給与所得者が確定申告をしなくてもよい20万円以下の所得があっても、還付申告をする場合には、その20万円以下の所得も併せて申告をする必要がある（非課税にならない）。また、ふるさと納税のワンストップ特例制度を使った人が確定申告をすると特例制度は無効となるため、改めて寄附金控除を受ける必要がある。
申告と納税
作成した確定申告書は、申告時点での住所地を管轄する税務署へ郵送するか、直接持参するか、e-Taxで申告する。所得税の確定申告は2月16日から3月15日までだが、並行して行われる個人消費税の確定申告は1月4日から3月31日までである。また、所得税の確定申告をした者は併せて住民税や事業税の申告の必要はない。2013年（平成25年）分から復興特別所得税の確定申告が必要だが、所得税の申告書上で合算計算をして申告する。
確定申告した所得税額は、申告期限内に金融機関等で納付しなければならない。事前申請をすれば、口座振替納税や電子納付が認められる。さらに確定申告で延納の届け出をすれば、納税額の1/2を限度として、5月31日まで納付期限を延期することができる（利子税が課される）。
予定納税
前年分の確定申告で一定以上の申告納税額を申告した場合に、その年の所得税の一部を前払いする制度を「予定納税」という。前年分の所得や税額等を基準に算出した予定納税基準額が15万円以上である場合には、その3分の1を7月1日から7月31日までに（第1期分）、同額を11月1日から11月30日までに（第2期分）納付しなければならない。
予定納税が必要なときは所轄税務署から通知書が送付される。なお、その年の所得税の見積額が予定納税基準額よりも少なくなるときは、所定の期限までに「予定納税額の減額申請書」を提出し承認を得られれば予定納税額が減額される。
準確定申告
確定申告をすべき納税者が申告書を提出せずに死亡した場合、年の中途で死亡した納税者に確定申告すべき所得があった場合には、その相続人は相続開始を知った日の翌日から4か月以内に、死亡した納税者の確定申告と納税をしなければならない。3月15日の申告期限は関係ない。
意義
納税意識が高まり、税金の用途への関心を傾注する傾向が増大するとされる。日本国民の政治意識を高めるには全給与所得者を確定申告の対象にすべきだという主張もある。アメリカ合衆国では、全国民・居住者が個々に確定申告を義務付けられており、給与・事業所得のみならず、投資、資産形成、寄付行為などのあらゆる場面で「節税」を意識した課税に対する効果が論議される。
アメリカ合衆国
アメリカ合衆国では、給与生活者、自営業者にかかわらず課税所得のあるすべての国民と居住者が年一度の内国歳入庁 (IRS) への確定申告 (Tax return) を義務付けられている（外交官やトレーニングビザなどの例外を除く）。日本の給与所得者に対する年末調整に相当するものはなく、給与支払者は従業員からのW4フォームによる控除申告に基づいてIRSの定めるパーセンテージを源泉徴収するだけである。合衆国市民（国籍保持者）と永住者（グリーンカード保持者）は合衆国に居住していなくても全所得を申告しなければならない（ただし居住国での納税分の控除などがあり実際に合衆国に納税するかどうかは場合による）。
確定申告の締切日は毎年4月15日（4月15日が連邦休日に当たる場合は翌業務日）で、自分で申告書を作成するか、または街の資格をもった業者に依頼する。21世紀に入りPC上のソフトウェアによる電子申告が普及する以前は、郵便局や図書館に用意された申告用紙付のブックレットに従って作成した申告書（と納税不足分がある場合はその分の小切手）の郵送が唯一の申告手段だったので、4月15日は朝からラジオが確定申告締切日であることを繰り返し、深夜近くになると郵便局員が投函ポストのわきでベルを鳴らす（4月15日の消印まで有効）など季節の風物詩的存在でもあったが、電子申告時代になり、以前は申告後数週間かかっていた過剰納税分の還付小切手(Refund Check) の郵送が数日後に直接銀行振込（Direct Deposit、不足分の追加納税も銀行口座から電子送金可能）に変わるなど効率化が進んでいる。
所得税のある州の州税も連邦税と同日（4月15日）が申告締切日で、州の申告書に連邦申告書を添えて居住州の徴税当局に申告する。
電子申告は徴税当局に直接行うのではなく徴税当局と契約している民間会社（PC上の申告書作成ソフトウェア提供者）を経由して行う。例えば、PC上の申告書作成プログラムで圧倒的なシェアを占めるIntuit社のTurbo Taxでは、手で入力するデータだけでなく、同社のQuicken会計・家計簿プログラムからのデータのインポートに加えてADPなどの給与計算会社から源泉徴収データをダウンロードでき、誤りや矛盾の検査をしてアップロード可能になる。Intuit社のサーバにアップロードされた申告データは最終検査を受けた後徴税当局のサーバに転送され、問題がなければ申告完了となり申告者には電子メールで報告される。申告書作成プログラムは紙の申告書と同じイメージも作成し、実際に印刷するかPDFファイルで保存できる。Intuit社は、給与所得だけで住宅ローン利子控除や利子・配当所得、事業所得などのない納税者向けのウェブを使った簡易申告も提供している。
電子申告に際しての本人の認証は、社会保障番号や生年月日に加えて前年の納税額など簡易なものが使われICカードリーダーなどの負担はないが、申告書作成ソフトウェアは当該申告年度専用であり税制度も毎年変更されるのが通例なので、毎年その年専用のバージョンのソフトウェアを購入しなければならない。