日本のコンテナ輸送
船舶輸送
わが国は全てを海に面した世界的にも屈指の海運国である為に、国内各地は無論、全世界へは海上輸送が大きく係わっている。この為に船舶輸送は、国内または国外を問わず輸送日数こそ掛かるものの、その輸送力は圧倒的な存在である。
船舶による海外への国際輸送
日本の国際輸送は、近年過熱するコンテナ船の巨大化の恩恵を受けやすく、また世界有数の貿易大国の為に、コンテナの大量輸送はある意味、日本にとっては至上命題となっている。
詳しくは、
トラック輸送
日本初の国際海上コンテナ輸送がマトソン社のフル・コンテナ船で、昭和42年8月(1967年)より開始された事に付随する日本国内での陸上輸送方法として、トレーラーによる輸送が始まった。
以来、航路開設に合わせて新規に設立された日本コンテナ輸送（ 昭和42年 《1967年》 6月15日設立 ）や、国際コンテナ輸送（ 昭和43年 《1968年》 5月11日設立 ）等の海上コンテナ輸送専門の運送会社他、日本通運等の既存業者による新事業としての参入が相次いだ。またその時々の社会情勢や道路事情により、輸送出来る専用シャーシーの開発や、関連する車両の車体寸法・強度や安全輸送上の構造・積載重量等の運用ルールの制定、更には高速道路等での通行許可の緩和優遇処置等、幾多の関連法律や各種利用制度の新設及び、改訂などを経て今日に至っている。
詳しくは以降の個別項目を参照して下さい。
車高規制
いわゆる『背高コンテナ』を日本国内で使用されている輸送専用シャーシに積載した場合、コンテナを直接載せる荷台部分となるシャーシの最大地上高、約1,200ミリメートルを含めれば約4,100ミリメートルとなり、日本の道路交通法で定められた通常の車高規制値である全高3,800ミリメートルを超えてしまう。しかしこの種のコンテナを積載した状態で、高さが3,800ミリメートル以下となる超低床車体の開発が不可能（荷台を車輪以外の部分で落とし込み式として全高を下げることは可能であるが、40フィートの場合に牽引車体全長が現行の車両規制値を超過する）であることや、海上と陸上を一貫輸送するコンテナの性格から貨物が分割できない現状などの事情から、道路交通法第57条3項の規定の対象としない特例措置として取り扱うこととなり、事前に定められたルートに限り通行が可能になった。
大型コンテナ積載車の通行が必要とされる「幹線道路網」は日本で約29,000キロメートルとされており、そのうちの560キロメートル 47区間でいまだ通行が制限されている。これについて国土交通省は、2010年代半ばまでに解消する計画を持っていた（2006年6月現在）。事業費は約9,000億円。
背高コンテナに関しては、
重量規制
これまで海上コンテナの陸上輸送は、道路交通法上20フィートで20,320 kg、40フィートで24,000 kgまでのものに限られていた。これは当時の世界的な最大積載基準を大きく下回っていたために、世界基準に準じて国外から輸入されて来た、いわゆるフル積載されたコンテナは、そのままでは日本国内においては陸送できないことを意味している。つまり、場合によっては国内基準に合わせるために、輸出元の国内で事前に態々減量させたり、世界基準のままで輸入された場合には、国内輸送前に一度これらのコンテナを開封し、国内基準に合うように複数個の別のコンテナへ振り分ける等の、膨大な手間隙と、当然ながら追加の人件費や、コンテナ使用料 ・ 運送料が発生するなどの弊害が起こっていた。この様に国土の狭い日本特有の交通事情等の弊害が改善さけなければ、本来のコンテナ輸送の目的である、陸海一貫輸送が円滑にはできないとの関係者からの不満が強かった。
これら長い間の根強い不満に対して政府は、1995年（平成7年）3月に閣議決定された規制緩和推進計画によって、認定を受けた3軸仕様のコンテナ輸送専用シャーシと、トラクタの組み合わせによる輸送がようやく認められるようになり、20フィートで24,000 kg、40フィートで30,480 kgまでの輸送が合法となった。
なお、認定を受けた3軸仕様のコンテナ輸送専用シャーシと、トラクタへ切り替える輸送業者の負担を考慮し、既存の車両に必要な構造変更を施したものについては、2008年（平成20年）3月末まで使用の継続が認められていた。
また特記事項として、20フィートコンテナは、ほぼ自重が約3,000kg（汎用コンテナ）から3,500kg（冷凍コンテナ等）未満のため、空コンテナの回送や中古として空コンテナの売買に伴う輸送では、中型自動車免許で運転できる4トン積み程度の、単体トラックで可能である。
物流改善研究の試験輸送
2005年にISO規格に定められてから、中国航路やアメリカを筆頭に世界的に普及が進んでいる45フィートコンテナを、国内で本格的に運用するために平成22年11月16日-11月20日にかけて、仙台塩釜港高砂コンテナターミナルから約30キロメートル離れた、岩沼市の東洋ゴム仙台工場との間で試験輸送を実施した。
これに際して、輸送を担当した東北菱倉運輸(株)が購入したコンテナ輸送専用シャーシ（平成22年6月20日に製作発注）はオランダのブロソイス社製で、このシャーシの特徴は前部も後部も伸縮する、20／30／40／45フィート兼用の特殊な3軸シャーシである。これに日本国内の法規に準拠するよう一部改造を加えて本実験では、45フィート用シャーシとして平成22年10月27日に車検合格および、ナンバープレートを取得して公道を走行出来る様になった。
海上コンテナ取扱量の現状
日本全国では、62港もの港で国際用海上コンテナが扱えるためコンテナを利用する利便性は非常に高いが、これは国内での陸上輸送費が非常に高いために、例えばアメリカから金沢や新潟地区へ外国貨物を輸入する場合は、大型コンテナ船で太平洋を越えて東京港で陸揚げして陸上を運ぶよりもいったん釜山港などでコンテナを積み替えて日本海側の中規模の港に運ぶまたは、東京港で陸揚げして更に内航船に積み替えて二次的に海上輸送するほうが何れも金沢や新潟の各地方港へ一度に大量に輸送出来る為に、トータルコストが安いといった事情も関係している。
62港のうちの13港は年間のコンテナ扱い数が1万TEU以下である。釜山港が韓国のコンテナの80%を扱っているのとは対照的である。
2002年に国土交通省はスーパー中枢港湾政策を打ち出し、2004年に東京湾・伊勢湾・大阪湾を日本の中枢的な港湾として指定して、投資と開発によって国際競争力を回復しようと図っている。下記のデータでは確かに地方の港湾は数字の上からも切捨てに成功したことが読み取れるが、集中されたはずの東京・名古屋・大阪でのコンテナ扱い数はそれほど良い数字とは見られずアジアでの主要港の地位は過去の栄光となって久しい。2010年には、さらなる「選択」と「集中」に基づいた国際コンテナ戦略港湾として、阪神港および京浜港が選定された。
定義と現状
日本には全国的に多くの離島が存在するが、その中で幾箇所の離島では独自のコンテナ輸送が離島の生活を支えている。例えば、フェリーを使用した本土と沖縄本島を結ぶ長距離航路や、新潟と佐渡島を結ぶ近距離航路の他、九州地区に散らばる離島や関東地区の伊豆諸島など、フェリーが就航していない航路では、貨客船や小型貨物船で生活物資輸送を行っている。これらの離島航路に使われているコンテナは、内航コンテナ呼ばれている。
内航コンテナは国際海上コンテナとは別に、10 〜 12フィート型の国内専用コンテナを主体としてその地域の流通事情に応じて、地区によっては5 〜 8フィート型等の小型のコンテナもあり、この様な多種多様な内航用コンテナが多く使われて、日本国内独自の流通体系を確立している。世界的に展開している海上コンテナ輸送に例えると、使用されるコンテナの種類やサイズなどが各地域や国々で大きく異なるように、内航用コンテナでも西日本地域や東日本地域或いは、全国的に共通して見かけるタイプもあれば、ごく限られた特定の区間だけを限定で孤立した状態（一例として、対馬列島地区や佐渡島地区等）で輸送され、他地域では絶対にお目に掛かれない様な珍品的なコンテナの事例も多々ある。例えば海上用のコンテナ#リーファー・コンテナ（冷凍コンテナ）でも、冷凍機付タイプであれば日本国内の到る所でも普通に見かける。しかし同じリーファー・コンテナでもコンテナ#ポートホール型は、ニュージーランドなどではごく普通の光景であるが、日本国内では滅多に見られない事情と同じである。
この様な様々の地理的事情や環境により、これらの内航用コンテナの荷役作業は多くの場合、 埠頭に在るジブ・クレーンまたはトラッククレーン車や、船に装備しているクレーンで、入港時に積み下ろしをする光景が見られる。また離島以外にも代表的な例として、九州 ⇔ 北海道 ・ 北海道 ⇔ 関東 ⇔ 関西 ⇔ 九州等、本土間の中長距離を定期的にフェリーや内航コンテナ船を中心に、各種船舶を利用し大量に輸送している。
ただし、本州と四国との南北間に挟まれた瀬戸内海地区では、大小無数の島々が散らばっている所謂、瀬戸内海国立公園に指定されている日本一の離島地区ではあるが、瀬戸内海の東側より明石海峡大橋ルート ・ 瀬戸大橋ルート ・ しまなみ海道ルートの3ルートで主要な島々や、特に西側のしまなみ海道ルートでは数多くの島々が結ばれている。さらに東西に約450キロメートル、南北に約15 〜 55キロメートル前後の長大な大運河の様な特殊な地理的環境にも恵まれているので、台風等の特別な気象条件ではない限り海上は波も穏やかであり、仮に強風で海上が荒れても他の遠海の離島の様に長く高波が続く事も殆どない。
また元々、橋の掛かっていない多くの島々は無人島も多く、有人の島々でも最寄の本土の港から遠くても精々一時間程度で渡れるような比較的狭い海域の範囲に点在している為に、昔から小型フェリーや、更には上陸用舟艇タイプで乗用車が2 〜 3台位しか積載出来ない小型の自家用船や、同様の渡し船などの流通手段も多く、逆に専用コンテナを態々利用する為の時間的な手間隙や維持管理費の方が高く付くと言った事情がある。
これらの瀬戸内海地区特有の事情により、豊島 (香川県)で不法産廃を漏れの無い様に管理輸送する為に専用コンテナが特別に作られた事例や、積荷の関係で他方からの内航コンテナがトラックに載せられて配達に来島したり、元々のコンテナの利点を生かして全国的にも見られる倉庫代わりや、物品の冷凍・冷蔵での保管等で設置されている等の特例を除き、事実上は流通していないに等しい。
内航用コンテナの種類
別ページとなる国際用、海上コンテナ（ISO規格）と基本的には変わらないが、あくまでも通関業務の無い日本国内専用に運用されているので、例えば日本のコンテナ輸送#ペン・コンテナのように、使い古したドライコンテナ等の外壁部分の一部を切り取って格子窓や、金網窓を取り付けた継ぎ接ぎだらけ状態の応急的に改造した何かほのぼのとする様な光景のコンテナや、逆に思わずギョッとする一部の離島輸送ならでの超特殊コンテナを含め、実に多種多彩である。
ハイ・キューブ・コンテナ
税関検査が絡まない日本国内の内航専用コンテナは、強度や本体を固定するためのツイストロック用の四隅ホール位置等に一定のコンテナのJIS規格で国内用規格があるものの、例え小さな通風孔を取り付けるネジを特殊な樹脂で固めてしまう等、ネジ一本の取付け加工方法まで厳格に国際規格で規定され、そして運用されている国際海上コンテナとは大きく異なっている。これらの事情や、殆どの内航専用コンテナが特定の関係業者しか携わらない他、輸送される地域や区間ですら非常に限られている為に、ハイ・キューブコンテナの目安となる警告色等による表記類は、全国的に展開している日通の（DM-）の本体番号で始まるコンテナ以外では、殆ど見かけない。この為に概観から見分けるには、他のコンテナと高さを比較する様な曖昧的なのが現状である。
リーファー・コンテナ
国内専用で運用されている電源が必要な冷凍・冷蔵コンテナには、日本国内のリーファー・コンテナで触れている方式とほぼ同じ複数の方式が取られている。しかし、基本的には船舶とトラックだけで輸送する為に、鉄道と違い、常にコンテナ外部からの給電が出来る環境が圧倒的に整っているので、殆どのコンテナが外部からの給電のみで作動する電気モーター方式が大多数を占めている。
また、ごく少数であるコンテナ個々に独立装着した小型発電機で、直接給電するディーゼルエンジン付の単独方式でも、基本的にはディーゼルエンジンを止めて、代わりに専用の電気ケーブルを接続し外部からも給電出来るような併用式が原則である。
船舶で輸送中は、例えばトラックに積載してカーフェリーへ乗船している場合でも、逆にコンテナ単体で船舶輸送中であっても、ディーゼルエンジンは船舶火災防止の為に原則、停止状態にする様に法律で規制されているからである。つまり、大小かかわらず、輸送船舶自体が走る電源車となるので、まるで室内の手元に近いコンセントに扇風機を繋ぎ涼んでいる状態と同じ様に、僅か数メートル程の給電ケーブル一本で何日でも連続給電が出来る。このためにむしろ海上を長時間にわたって船舶輸送がメインである為に、完全なディーゼルエンジンだけの単独方式では海上輸送は出来ない。
しかし、日本の鉄道輸送では、逆にディーゼルエンジンの付いていない外部給電式輸送が失敗し、僅か数年で消えてしまった訳には、同じ様に長時間走る鉄道は輸送する貨車自体が走る電源車になりきれなかった為である。

※ #集中式クールコンテナシステムも参照。
モーター駆動式 ・ オゾン発生装置装備単室タイプ
近年の冷凍冷蔵コンテナでの革新的技術は目覚しく、生鮮野菜や生鮮果物輸送用として国内輸送でも採用され始めている。
例えばプラズマ放電による、生鮮果物の高鮮度品質維持輸送（福岡県での日本通運による事例）や、左記画像の様にJA宮崎経済連による、オゾンを利用した生鮮野菜の高鮮度品質維持輸送(コンテナ所有と輸送業務は、子会社のJA物流みやざきが担当)も行われている。
海上コンテナでの冷凍コンテナには、バナナ輸送等でのエチレンガス除去装置や、ミスト噴霧による生鮮食品の品質保持を追及した特殊な仕様も存在しているが、国際的な輸送にも引けを取らぬ電気的な新技術としての採用も始まっている。
日本国内での鉄道コンテナの定義と現状
国内の地域によっては、中小の私鉄各社がJR貨物からの輸送委託を受けて輸送区間限定で運用するも、日本国内での鉄道で輸送されるコンテナは、すべてJR貨物単独一社のみで総括管理している。このために事実上は、たとえ前項の国際海上コンテナ【#鉄道輸送参照】も含めてどのような形式のコンテナであれ、JR貨物での輸送用コンテナ形式としての承認登録（ 正規の形式又は、臨時の形式を問わず ）と、完全な輸送管理下に置かれる事になる。
旧、国鉄所有のコンテナ
詳しくは、「 #旧、国鉄コンテナ登録規格 」 を参照。
JR貨物所有のコンテナ
日本国内の事情（道路上の輸送規制値、輸送単位など）に基づく独自の12フィートの各種コンテナが主体であるが、ごく一部の形式に 15フィート（24A形・積載重量8t、10個登録）のように、特殊な大きさのドライ・コンテナも在ったが発展する事無く、現在は形式消滅となっている。2012年から正式に導入された31フィート（積載重量13.8t）は2016年9月までに140個が導入された。また、12フィートの各種コンテナは、向きを変えることで新幹線と在来線の両方に対応できるよう配慮されている。ただし新幹線によるコンテナ輸送は計画はされたものの、実際には行われていない。
（詳細は新幹線#新幹線による貨物輸送参照）
特記事項として、1995年に発生した兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）をきっかけに、災害時等の輸送障害などを考慮し、鉄道代替手段として震災以降に登場した12フィートコンテナには、内航船による海上輸送ができる様に、船舶積載時の吊り上げ荷役に使用する隅金具装備のコンテナが、今日までに多数増備されて来ている。
（輸送事例は#平成30年7月豪雨参照）
鉄道用コンテナの登録規格
日本の鉄道コンテナ輸送を全国で展開するには、鉄道貨車での輸送は無論、関連する荷役機器や輸送トラック等において全国共通のルールを制定し、円滑なコンテナの流通を図る事が必須となる。その要となるのが、使用するコンテナの基本的な大きさや重量などの約束の他、関係者が何処にいてもその流通の仕組みを容易に理解して、コンテナ取り扱いのスムーズな作業ができる様にある意味、車に取り付けられているナンバープレート的な表記ルールが必要となる。この表記ルールは、1959年3月に鉄道コンテナ輸送の原型となった10ft型のドライコンテナが登場して以来、60年間に渡り、幾多の諸問題を解決しながら「コンテナの登録規格」として発展し続けてきた。
以下では旧、国鉄時代及び、現在のJR貨物時代それぞれの組織的な時代の流れでの、主なコンテナ登録規格を記する。
私有コンテナ登録規格
私有コンテナ登録規格には旧、国鉄時代に制定されるも、今では登録が終了した 「旧式登録規格」 と、現行のJR貨物で制定されて日々登録が続いている 「新式登録規格」 の二通りが存在している。
以下にそれぞれの形式事例をモデルにして、具体的な細分された内容に振り分けていく。
以後の各種コンテナ記述統一に付いて
日本の鉄道輸送の運営母体は、旧、国鉄から始まり、その後の民営化により現在では、JR貨物と言う民間会社が一手に担っている現状下では、JR貨物以外の民間会社が所有している私有コンテナの一部には、旧、国鉄時代に新規に制作・登録されたコンテナも僅かではあるが、多少なりとも未だに現役で運用されている。しかしこの様な運営母体が途中で変わったという特殊な事情故に、種類によっては元々、旧、国鉄時代での種類区分が無く、JR貨物発足後に新たに生まれた種類も多少ある。
この現状に即してそのような場合のみ 『 ※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。』 または、『 ※このコンテナは、過去には混在していたが淘汰されて、現在はJR貨物での登録のみ。』 旨の注釈を付け、それ以外では特に注釈は付けず旧、国鉄と、JR貨物それぞれで登録されたコンテナが混在している現実として表記を進める。
ドライ・コンテナ
積荷は国際用、海上ISO規格と同じである。運用形態はJR貨物が所有するコンテナと、JR貨物が輸送を認め私有コンテナとして登録した官民が所有する形態に分かれている。
使用するコンテナは、別記【#JR貨物コンテナ登録規格参照】の通りのサイズ規格により厳格に別けられており、国内鉄道での運用が基本のため、また、日本の商慣習や顧客イメージおよび、コンテナ内での貨物の積み付諸事情を反映して海上ISO規格や内航で主流を占める鉄板むき出しはほとんどなく、逆に湿気防止のベニヤ貼り付け等の内張りがあり、積付け用のフック・ラッシングレール等の装備が充実している。
ただし、内張りのない代表例として、旧国鉄時代に国鉄所有で当時の危機的財政難の折に製作コスト節約のために、新形式として登場したC35形がある。しかし、登場間もなくからこのコンテナを使用する荷主や輸送関係者から積荷の変質や、むき出し鉄板との摩擦による積荷の棄損事故・苦情が多発し、通常の輸送には不向きとされその後、内張りを急遽復活させた新形式C36形に移行し、大量に余剰となったC35形は早々と淘汰されたり、産業廃棄物輸送等に振り替えられた。
またJR貨物への移行にあたり各コンテナ種類や形式付与ルールが大幅に変わり、ある意味細分化された為に煩雑感も否めなくなってしまった。この影響下で時代の流れと共に、取り扱う貨物内容も旧、国鉄時代では思い付かない様な事例が多発し、またそれに対処する為にも全く新しい構造をしたコンテナも次々と開発されて来た。元々このドライコンテナ自体が、コンテナの生まれた基本形である『 箱型 』である為に、工夫次第では以後に触れるホッパ・タンク・冷蔵・通風・自動車用等の、極端に言えば多くの特殊コンテナの代用にもなりうる。その様な汎用特性から極一部の事例（完全通風仕様等）を除き、基本的には『ドライコンテナ』と言う原則を超えない範囲で特殊な構造仕様も登場してきた。
特殊事例【 ウイング仕様 】
このウィングボディ仕様で日本の鉄道輸送用コンテナとして始めて登場したのは、旧、国鉄から民間会社としてのJR貨物に移行して二年目となり、また昭和時代末期となる1988年11月に、20ft型フルウイングタイプの１枚壁仕様としてJR貨物東北支社発注により、日本トレールモービル社の製造で登場した。本来ならばJR貨物関連の自社所有コンテナではあるが、何故か私有コンテナ登録となるU28A-1として登録された。また通常、汎用コンテナに多く見られる後妻壁側（トラックでの後部積み込み口部分）のドアは付いていおらず、両側のフルウイング開口部のみの二方向開閉仕様であった。なお、全てのタイプ共にウイング部位の開閉はトラック等からの24V電源で開閉する。この為にトラックに接続する電源ケーブル及び、開閉コントロールスイッチ類が電源モータや油圧ポンプを収めた収納箱と一緒にコンテナの片妻側に装備されている。また作業の便宜上、コンテナを積載するトラックにもコンテナとケーブルを繋いだ時に使用できる、開閉コントロールスイッチ類が装備されている。
参考までに、これらのウイングコンテナを製造しているメーカーの日通商事では、開発経験を生かし国際運用とはなるが、40ft国際海上コンテナにおいて過酷な環境で使われることを想定して、ウイングの開閉にはあえて電力を使わず、代わりに市販のインパクトレンチ（電池駆動のドリル工具）でコンテナの油圧ポンプを回して開閉すると言う、ユニークな構造を開発している。これらの事例により、確認は取れてはいないものの、これを応用してトラックからの電源で開閉させる鉄道用ウイングコンテナで万一の電源トラブルに備えて、非常手段で対応できる裏ワザ的として装備される可能性は十分に考えられる。
以下にタイプ別の詳細を、コンテナの登場順で記す。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
フルウィング側面一枚仕様
このタイプは、冒頭で説明した経過により日本で始めて登場したウィングコンテナで採用された仕様である。構造的には既に二 〜 四トントラック等で幅広く採用されていた側面壁全体が一体となって上部に跳ね上がる構造となっているが、その構造ゆえに跳ね上がる重量が増し、その為に開閉用モーターの負荷が大きくなるのでモータも大きくなり、これらの機器を納めるスペースがトラック仕様とは大きく異なり極端に制約される。この為に30ft級の製作には不利になってくる。
また跳ね上がった側壁が、片側又は両側へ２ｍ弱程度せり出すので、屋根の無い屋外での雨天等での荷役時には重宝されるが、逆に狭い通路側や道路沿いの倉庫等へこのコンテナを積載した状態で横付け（プラットホームへ電車が止まっているイメージ）した時に、建物と車体の間が約２ｍ位取れない場合には、側壁の開閉自体が出来ない恐れがある等の制約が多い。この為にこのタイプがトラックで採用されるのは、例えば特定の部品工場から特定の倉庫間等、両方の施設状況が分かっている様な事例で多く採用され、逆に荷役先の施設状況のつかめない不特定多数向けには不利となるので、このタイプは敬遠されやすい。
これらの事からこのタイプとしての登録は、現状ではウィングコンテナとして初登場したJR貨物東北支社ながらも、なぜか私有コンテナとして登録された【 U28A-1 】だけに等しい状況である。
特殊事例【 屋根片側ハッチ仕様 】
コンテナ本体の長手側の片側のみに取り付けられている通常の観音開きドアより、コンテナの室内高さギリギリの高さに製作されている専用ラックに積まれた積荷（主に二輪車等）をフォークリフトで出し入れする時や、専用のラックに積まれた商品の上部をコンテナに積み込んだままの状態で結束する作業空間確保の為に、コンテナの積み込み口側真上の屋根を片端側でつっかえ棒状態で固定して持ち上げる様に考案されている。イメージとしては、コンビニのセルフコピー機の真上の原稿カバー蓋を上に押し上げる感じであるが、開閉角度は45℃まては開かない。
現状では、12ft型でJR貨物で試作的に20A形一個製作され、私有コンテナではその特殊な運用特性の為に現状では全国通運ただ一社のみが、U20A-0番台と、U20A-500番台の両番台で合わせて数十個程度と、非常にレア的な存在である。また運用区間も限定されている。しかし、近年の二輪車需要減退の影響で、現在は利用されていない。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
リーファー・コンテナ
日本国内の鉄道貨物独自の冷凍機付冷凍コンテナの仕様には、外部発電機から電気ケーブルで給電する電動機付冷凍コンテナ「集中式クールコンテナシステム」（以下「集中式」）と、コンテナ個々に独立装着した小型発電機で直接給電するディーゼルエンジン付冷凍コンテナ「分散式クールコンテナシステム」（以下「分散式」）、更に両方式を纏めた「併用式クールコンテナシステム」（以下「併用式」）がある。
国際コンテナ山陽筋ルート
1997年に山陽本線を使用して旧、神戸港駅 - 旧、浜小倉駅 ・ 福岡（タ）間で、国際規格のコンテナが積載できる様に、コキ104形改造コンテナ貨車を現す【Ｍ】マーク付20両編成で、積載する長さ20ft ・ 40ftコンテナサイズでは通常となる高さ、8ft6インチを対象として輸送を開始した。積載する冷凍コンテナへの給電サービスは、既に頓挫していた#集中式クールコンテナシステムで余剰となった20ft型電源コンテナ、ZG形を再利用した。しかし、輸送実績は予定の半分以下と思わしくなく、取り扱いの三駅には35t級のトップリフターを配置するなどしていたものの、わずか一年間の運行であっけなく終了してしまった。
主な原因は、関門トンネルや既存のトンネル等のルート設備が古く、現在の様な低床貨車も充実していない当時、既に需要のあった9ft6インチサイズのいわゆる、ハイキューブコンテナが輸送出来ず十分な貨物量が確保出来なかったためである。
国際コンテナ東北筋ルート（その１）
東北本線を利用して関東（神奈川県/横浜本牧駅） - 東北地方（宮城県/仙台港駅）間で、国際海上コンテナの9ft6インチサイズの背高コンテナ(ハイキューブコンテナ)も輸送できる事が確認され、1998年3月のダイヤ改正から国際海上コンテナ列車が新たに登場し、2000年10月からこの列車を利用して国際冷凍コンテナの輸送が計画された。なお一度の輸送個数が数個程度のために、従来の電源コンテナ（G30A形 ・ ZG形）は一切使用せず、新たに中村荷役所有の私有2tタイプの電源供給用専用電源コンテナUG8D形を2000年に5個新規に製作し、この電源コンテナから給電していた。この一連の国際冷凍コンテナ輸送が事実上、第二世代の「集中式クールコンテナシステム」となった。しかし、2010年3月ダイヤ改正により、更なる新しいルートへシフトすると言う国の物流改善政策の影響で廃止されてしまい、10年間の輸送実績を残して横浜本牧駅 - 仙台港駅間での冷凍コンテナ輸送は終了した。
国際コンテナ東北筋ルート（その２）
#国際コンテナ東北筋ルート（その１）と時を同じくして、横浜本牧駅 - 仙台港駅間のルートと設備一式が入れ替わる形で新たにJR貨物の子会社であった、ジェイアール貨物・インターナショナル社が主体となり、東京(タ) - 盛岡(タ)間の新ルートを開設して、前回と同じ様に冷凍コンテナへ電源を供給する為に、一回り大きくなった電源コンテナを新形式となるUG15D形として、25個配備した。これにより事実上、第三世代の「集中式クールコンテナシステム」となり、現在も輸送されている。ただし、その後諸般の事情により取扱量が縮小されたために、2015年からは直通運転ではなく、宇都宮(タ)でコンテナを積載した貨車をそのまま別の列車と合流させる、いわゆる【貨車継送】の輸送方式に変更されている。
また参考までに、ジェイアール貨物・インターナショナル社( 通称、JRFI )は、2016年3月にJR関連会社である、日本フレートライナーに吸収合併されている。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
分散式
そこで集中式の欠点を解消すべく、既に国鉄時代に試作的に開発されていた各コンテナに独立した小型ディーゼルエンジン発電機を搭載して、冷凍機を駆動する分散式が再認識され本格的に導入された。先ず前記述の集中式がまだ開発・運用されていなかったJR貨物移行初期に、国鉄時代に運用していたコンテナに発電機を固定装着した20ftタイプ10t積載のUR5形や、JR貨物以降にそれまでの実績を引き継いで新開発された12ftタイプ5t積載のUF15A形などが大量投入された。しかしその後に登場した集中式との兼ね合いで一時期増備が止まっていたが、集中式の終焉が色濃くなる頃より新たに登場した新形式UF16A形と共に再び大量増備が始まり、その他にも20ftタイプ10t積載、31ftタイプ10t積載など多くの新形式が続々と大量に登場し、現在国内で流通しているJR貨物指定の鉄道私有冷凍コンテナは、大多数を占める分散式と、次節で述べる併用式の二種類で運用されている。
この方式だと、貨車やトラックに発電機を積む必要が一切なく、コンテナ内部の温度センサーでの完全自動運転により、発送者から荷受人に渡るまで最大約100時間程度の無給油連続運転輸送ができる。ただし、これらの機器を組み込むためのコンテナ側面スペースの関係から発電機は1台のみで、集中式のようなシステムの冗長性は一切ない。また、発電機設備が12ftタイプUF15A形・UF16A形の場合は、非常に狭いスペースに押し込まれているので、発電エンジンの高温排気熱や激しい振動に長時間晒されており、日頃のメンテナンスが重要になってくる。これを怠ると発電停止による積荷の変質事故のみならず、最悪は走行中に火災を起こしコンテナ本体や貨車、周りの環境に多大な被害を及ぼすことになる。
なお、近年では連続運転時間に問題があったり冷凍機器の故障が多いUF15A形の廃棄が急速に進んでいる。
併用式
前記、二種類の方式を纏めた所謂、デュアルモードではあるが、現状としては近年新しく開設された福岡県博多港 ⇔ 中国間の高速フェリー輸送専用に運用されている極稀なケースで、UF15A形の5t冷凍コンテナで使用されている。福岡貨物タより国内への鉄道輸送中は、各コンテナに搭載されている独立した小型ディーゼルエンジン発電機で冷凍機類を駆動させ、博多港のコンテナヤード 〜 フェリー積載時は、コンテナに内蔵しているケーブルにより、外部より給電を受け冷凍機類を駆動させている。
なお、本体番号は集中式に適用されている番台区分の1000〜ではなく、通常の割り当てである UF15A-841 - 850 が付与されている。
青函トンネル対策
本州と北海道を結ぶ青函トンネル内では、走行火災事故やエンジンからの排熱による火災報知器の誤作動を防ぐためにエンジンを完全に一時的に止めなければならない。エンジンの停止・始動は、青函トンネル前後の地上に設置された装置からの指令を無線受信することにより行なわれるが、受信装置が付いていないエンジン付冷凍コンテナもある。リモコン装置が付いていないコンテナは、青函トンネルの通過を禁止されており、それらの冷凍コンテナ両側面には「青函トンネル通過禁止」の表記が義務付けられているが、古いタイプには未表記も多数存在する。
変わった使用方法
リーファー・コンテナの変わった使用方法としては、冬場の寒冷地で特に凍結等を嫌う各種物資を凍結防止に、保温目的で使用する場合もある。この輸送方法は、鉄道での冬場の北海道向けJR貨物用冷凍・冷蔵コンテナ輸送でも良く用いられている。
また、冷凍機を切ってしまえば"ただの箱"となるので、季節や単発運用等で特定の地域に偏ってしまった場合にも、空コンテナとして回送する無駄な費用を抑える為に通常のドライコンテナと同様に、帰り荷を確保し前項の"保温"以外にも年間を通して、全国的に冷凍以外の通常貨物も輸送している。
冷蔵コンテナ
旧、国鉄時代より国鉄の自己所有として、R10形を主役として登場し、その後昭和47年より民間事業者へも登録が解禁されると、UR1形として時代と共に発展し続け、続くJR貨物移行後もコンテナ容積単位を新形式として数多くの派生形式が登場していく。その中でも特に特記事項として、以下のほぼ専用輸送用として保冷性能の向上や、荷役面での使い勝手等も考慮されながら更に進化し続けている。
冷蔵・通風兼用タイプ
元々は国鉄時代に所有していた旭川地区全通協会や日通のコンテナのドアや横壁の一部分に、冷媒として使用されるドライアイスのガス抜き用として、台所用換気扇位の口径をしたスライド式シャッター内蔵式の、簡易的な通風孔が取り付けられたのが始まりである。その後JR貨物に移行後から、日本石油輸送が新型の改良型通風孔を取り付け、冷蔵・通風兼用タイプとして今日に至るまで、大量に供給し続けられて主にレンタル用として広く効率的に利用されている。
改良型超高性能冷蔵タイプ
更に2010年代に入ってからは、断熱材の新素材が開発され続け、使用条件によっては性能のやや落ちる冷凍コンテナにも匹敵する様な更に高性能冷蔵コンテナも開発され、形式から「スーパーUR」と呼ばれる新形も登場している。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
フラット・ラック・コンテナ（両壁折たたみ型）
特殊鋼輸送用としてUM11A-8000番台として数個の存在が確認されていたが、現在は消息不明である。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
フラット・ベッド・コンテナ
日本国内の鉄道輸送に関して、現在はこのクラスに該当する形式は存在していない。
ドライ区分タイプ
コンテナの屋根がかまぼこの様に丸みを帯びた箱型で、上下二段に別れる20ftタイプ【 U38A形-0番台】および、【U41A形-9500番台】と、丸みを帯びた箱型で一体形で30ftタイプ【U60A形-39500番台】、他に通常のドライコンテナの庫内を改造して乗用車一台と、小荷物を混載出来る『引越し用』の20ftタイプなど、三通りの方式に分かれていた。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
無蓋区分タイプ
【M11A形  M15A形 ・ M20A形】および、私有コンテナ形式として【UM5形 ・ UM20A形-30000番台】が存在していた。
通風区分タイプ
私有コンテナ形式として、軽自動車輸送専用に【 UV42A形-20000番台】が存在していた。しかし、軽自動車の車体寸法規格が変わり輸送出来なくなってしまった為に、早々に淘汰され現在は存在していない。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
事業用コンテナ
ごく一部の民間所有事例を除き、基本的にはJR貨物が所有して貨物輸送鉄道事業業務を陰ながら支えている、黒子役の非常に珍しいコンテナ類を指す。
交換用台車枠輸送タイプ
コキ50000形式コンテナ貨車の台車枠(TR223F)で発生した亀裂対策の為に行われた台枠取替え工事に伴い、輸送用に急遽特別に製作されたラック型のコンテナ。短期間に大量の台車枠をメーカー等で修繕工事を行う必要が生じた為に、およそ100個ほどが新形式、ZM6形として1993年に作られた。構造としては、平らな床上の平面四隅にそれぞれ独立して垂直に立っている柱に装備されている専用の留め金で、交換用台車枠を平行に支え、これを三段積載できるある意味、ラック形のコンテナである。
しかし、亀裂事故が多発し、それに伴う安全確保の観点から取替え工事を急いだ為に、僅か二年にも満たないごく短い期間のみ活躍するも、交換作業完了後は不要の物となりその特殊な構造ゆえに、転用される事もなく全て廃棄されてしまったと言う、日本の鉄道コンテナ史上でもっとも悲運なコンテナとなってしまった。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
死重搭載タイプ
コンテナ積載車両の性能や、線路等の輸送耐久測定等で実際に加重をかける時に使う為に、規定重量の貨物の代わりに大型の砂袋やコンクリートの塊り等を積み込んだ所謂、重り役の専用コンテナ。
※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
その他、特殊事項
旧、国鉄時代にはその時々の時代に応じた非常にレア的な事業用や試作的なコンテナも、少数形式ながら存在していた。
代表的な事例としては、当時は貨物列車に車掌乗務の制度があったので、編成末端につけるコンテナ緩急車（コキフ10000形など）が存在していたが、最初から合造車にするのではなく「車掌室部分を5ｔ級のコンテナとして積載し、コキをコキフ代用にする。」というもの（車掌室コンテナー）が考案され、外見は前述のコンテナ緩急車の車掌室部分に似ているが、別パーツであるためコキフ10000形と違い車軸発電機が使用できないことから内部に発電装置が搭載されている（このためコキフではトイレがある部位の下部に金網状の開口部がある）こと、テールライトもデッキではなく妻面にあること、屋根が5ｔコンテナのように平らになっていることなどが異なる。詳細は「国鉄S90形コンテナ」を参照。
他に、現代の駅バリヤフリー化の為に設置されるエスカレーター輸送用コンテナと同じ様に、大規模な鉄道用電話網の敷設に使うクロスバー式交換機の輸送の為に、専用の5t積み14ftタイプの特殊な構造をしたC93形コンテナも二個作られていた。
航空用コンテナ
航空機用コンテナは、その飛行機と言う脆弱且つ繊細な構造的な要素や、全ての機体が航空管制されている為に例えば、海上用コンテナの様に国際用と国内用での違いがある訳ではなく、航空コンテナとして管理されているので詳しくは、【コンテナ#航空貨物用コンテナ】を参照されたい。
災害とコンテナの関わり
災害の多い日本では、災害とコンテナとの関わりは非常に深く、特に阪神・淡路大震災以降も度重なる巨大地震や、全国各地で発生している近年の大水害による大量の瓦礫・土砂等の搬出輸送他、初期対応時の緊急支援物資や車両の輸送にもその真価を発揮している。これはある意味、阪神・淡路大震災以降、この20数年間の間に各種の新しい素材や製作及び、応用技術の飛躍的な進歩があり、また多大な犠牲者や甚大な財産的損害を受けた官民が一体となっての法律改正や、各種の規制緩和等により、産廃や土砂等を効率よく運ぶ新型の各種コンテナや、JR貨物の12ftドライコンテナの上部四隅吊り上げ用装備の重点配備が劇的に進んだと言っても過言ではない。
左側の画像は、神戸市 ⇔ 大阪市間を繋ぐ国道43号線の真上を走っている、阪神高速三号神戸線上を走行中に、一本柱状の高架橋が数キロに渡り横倒しになり、運悪く巻き込まれ横転したコンテナトレーラーを神戸市が記録したものである。
伊豆大島・土石流災害
平成25年10月の台風26号に伴い発生した伊豆諸島大島町の災害廃棄物を、平成26年1月30日から平成26年10月16日まで、東京都内7つの清掃工場で受入処理をする事となった。
これに伴い、先の東北地震で震災瓦礫輸送の一環として使用され、その後に輸送が終了し余剰となっていたJR貨物認定の鉄道輸送用UM8A形式の無蓋コンテナ166個を、新たにリースで借り受け、大島元町港 ⇔ 東京都の辰巳埠頭間の船舶輸送用として準備した。尚、このUM8A形は元々、コンテナ下部を大型フォークで持ち上げての荷役作業を想定していた為に、船舶輸送で必要となるコンテナ上部四隅には、吊り上げ用のフックホール等が無いので、輸送工程の半数以上を占める海上輸送での吊り上げ荷役作業を円滑に進める必要性から、急遽コンテナ上部四隅の柱を切断してツイストロック用のホール付ブロックを１コンテナ当たり四個を溶接加工して、吊り上げ荷役が出来る様に改造を施し、輸送体制を整えた。
熊本地震
『平成28年熊本地震』より発生した大量の災害廃棄物を、県外の廃棄物処理施設において広域処理するため、東北震災で始めて登場し、輸送終了後に待機状態となっていた大栄環境社所有のハード・トップ・コンテナを再利用して輸送する事となった。
28年6月より熊本市内の仮置場においてに詰め込まれた災害廃棄物を、井本商運株式会社が熊本港から三重県の廃棄物処理施設に向けて大阪港まで海上輸送し、大阪港からは陸路で輸送された。画像は今回の輸送のために熊本港コンテナターミナルに積上げられた、大量のハード・トップ・コンテナ群。
概略
北海道を含む国内各地から中国地方及び、沖縄を除く九州地方全域へ接続する唯一の鉄道貨物輸送ルートである、日本貨物鉄道（JR貨物）が運行する物流の大動脈となる山陽本線では、7月8日8時までに東海道本線・山陽本線・北陸本線を走行する列車を中心に、355本の貨物列車が運休となった。山陽本線の被災が長引いているため、関西以東と九州間の貨物列車が長期にわたり運休となり、トラックによる代行輸送（福岡・北九州ターミナル - 広島・岡山ターミナルなど）と、内航船による代行輸送（門司港 - 水島港 《 後に、岡山港 →→ 新岡山港へ変更 》 や、博多港 - 大阪港など）の各ルートを確保した。。
貨物を運ぶだけではない役目を負うコンテナ
コンテナの本来の目的は、貨物を運ぶ事である。 しかし、近年の産業構造の大きな変化や、日々生まれ続ける革新的技術等を組み合わせて現代ではコンテナとは貨物を運ぶ容器では事足りなくなり、以前では想像もつかなかった使われ方もしている。その代表事例が、世界的な流れとして従来の貨物輸送だけではなく、各種の機器類や設備そのものを運び臨時の設備あるいは、それらを収めてそのまま据え付けて、固定した設備の一部として利用する事である。 
例えば、2000年代後半からは日本国内でも各種の通信技術や、新しい自然エネルギー開発による発電等の飛躍的な発展に連動して、電力系統の蓄電池類や非常用発電機他、サーバー設備や離島・僻地・山間部等でのライフライン設備を収納するなど、それらを必要とする有人・無人を問わず幅広い施設での新しい利用方法が生まれている。