ジョイフルトレイン
現状
バブル崩壊以降、少人数での旅行やバスでの旅行が主流となった現在では団体専用列車を使う機会は減り、JR各社では大人数に対応した畳敷きのお座敷車両や個室・サロンを備えた欧風列車といったジョイフルトレインと呼ばれていた車両は減少傾向にある。
その先駆けとなったのは九州旅客鉄道（JR九州）で、特急列車のグレードアップや運転方法の改善、速度向上に伴い、1994年6月をもって一部の列車を除いてジョイフルトレインが全廃された。このうち1993年8月に登場したキハ58系「しらぬい」は登場から1年も経たずに廃止されている。また、東海旅客鉄道（JR東海）もジョイフルトレインと呼ばれていた車両が姿を消している。
一方、2000年代以降は列車そのものの魅力付け及び地域振興という観点から、ターゲットを個人旅行客へシフトし、個人旅行でも当該列車の指定席券の購入、あるいは旅行商品を購入すれば、地元の名産品・銘酒や車内イベントを気軽に楽しめる“観光列車”の開発が盛んに行われており、「ジョイフルトレイン」の呼称を使わず、「のってたのしい列車」（JR東日本）・「D&S列車」（JR九州）といった独自のカテゴライズを行う鉄道会社も見受けられる。
車両については機関車の付け替えおよび機回しにかかる手間や車両自体の老朽化により、客車によるジョイフルトレインは廃止される傾向にあり、JR東日本では2008年に「SLばんえつ物語」編成を除く客車車両が消滅した。種車もキハ40系など、一般形車両から改造された車両も登場するようになった。
ノースレインボーエクスプレス
1992年（平成4年）に「アルファコンチネンタルエクスプレス」の置換え用として登場したキハ183系気動車5200番台の5両編成。キハ183-5201・5202、キハ182-5201・5251、キサハ182-5201で構成しており、苗穂運転所に所属。
くつろぎ
1999年（平成11年）に登場した札幌運転所に所属するキハ183系気動車6000番台のお座敷気動車。2017年現在は専用色（キハ183-6101）と一般特急色（キハ183-6001）の2種1両ずつが存在。
JR東日本
JR東日本が「のってたのしい列車」と呼称する車両について記載するため、団体専用列車用以外にも一般の臨時列車に充てられる特殊な外観や内装の車両を含む。基本的には全国のJRの電化区間なら走行できるが、信号などの制約がある一部路線（津軽海峡線など）は自走できない。また、新幹線電車を改造した車両を保有しているのも2017年現在JR東日本のみである。
華
12系和式客車「なごやか」の老朽置換え用として、1997年4月に土崎工場で改造された和式車両で、高崎支社が保有し、高崎車両センターに所属している。485系電車を改造した6両編成で、クロ485-2、クロ484-4、モロ485-4・5、モロ484-6・7 で構成されている。
室内は全車掘ごたつ式になっている。団体列車で運用されることが多いが、臨時列車の運用も多い。
きらきらうえつ
2001年11月に土崎工場で改造された座席車で、新潟支社が保有、新潟車両センターに所属している。485系を改造した4両編成で、クハ485-701・モハ484-702・モハ485-702・クハ485-702で構成。落成当初より転落防止用外幌を備えている。
新潟駅 - 酒田駅・象潟駅・羽後本荘駅・秋田駅間で金曜・土曜・休日を中心に運行される快速列車「きらきらうえつ」で運用される。また時に団体臨時列車としても使用されることもある。老朽化およびHB-E300系「海里」導入に伴い2019年末で引退予定。
和（なごみ）
客車や貨車が主に配置されている尾久車両センターで、唯一の電車である。
2007年にE655系電車が製造された。「特別車両」を抜いた「ハイグレード車両」のみの5両編成で団体列車など一般の乗客も利用できるように設計されている。
発電用のディーゼルエンジンを装備しており、非電化区間にも機関車牽引で乗り入れが可能であるが、2018年9月現在、営業運転での非電化区間乗り入れ実績はない。
リゾートやまどり
1999年（平成11年）に登場したお座敷電車「やまなみ」のうち中間の2両と、2001年に登場したお座敷電車「せせらぎ」の全4両を2011年に再改造した座席車である。グリーン車から普通車に格下げされたため形式はロからハへと変更されているが、車内は座席が1+2の3列となっておりグリーン車並みの設備となっている。
485系電車の6両編成でテーマは「癒しと郷愁」で、編成は上野方からクハ484-703・モハ484-703・モハ485-703・モハ484-704・モハ485-704・クハ485-703。群馬デスティネーションキャンペーンに合わせ、2011年夏から吾妻線を中心とした高崎支社エリアを中心に運用される。高崎車両センターに所属している。
ジパング
1999年（平成11年）に登場したお座敷電車「やまなみ」のうち先頭の2両と、特急「つがる」等で運用されていた中間車2両の全4両を2012年に再改造した座席車である。
485系電車の4両編成で「東北地方の歴史と自然」と2011年に世界遺産に登録された「平泉」への期待をデザインし、「落ち着き」「重厚感の中にあるさりげない煌きらびやかさ」をテーマとしている。編成は上野方からクハ485-704・モハ485-3014・モハ484-3014・クハ484-704。いわてデスティネーションキャンペーンに合わせて2012年4月に登場し、東北本線を中心とした岩手県エリアを中心に運行される。いわてDC期間中は、「平泉世界遺産号」（盛岡 - 一ノ関間）と「世界遺産リレー号」（一ノ関 - 水沢間）の他、桜の季節に合わせて「展勝地さくら号」（一ノ関 - 北上間）などで運行されている。
BOSO BICYCLE BASE
2018年1月6日から登場した千葉支社幕張車両センター所属の209系改造の列車。元南武線2200番台を再改造した6両で構成されている。略称は『B.B.BASE(ビー・ビー・ベース)』。
いろは
2018年4月1日から登場の大宮支社小山車両センター所属の205系600番台改造の列車。元京葉線車両を再改造した4両で構成される。主に日光線で運用される。
とれいゆつばさ
2014年に登場した仙台支社山形新幹線車両センター所属の車両である。新幹線E3系電車を改造した6両編成でE321-701・E326-701・E329-701・E328-701・E325-701・E322-701で構成されている。
フルーティア
2015年に登場した仙台支社仙台車両センター所属の車両である。719系電車を改造した2両編成で、クモハ719-701・クシ719-701で構成されている。
現美新幹線
2016年4月29日登場の新潟支社新潟新幹線車両センター所属の新幹線車両である。新幹線E3系電車を改造した6両編成でE321-702、E326-702、E329-702、E328-702、E325-702、E322-702で構成されている。
伊豆クレイル
2016年7月16日登場の横浜支社国府津車両センター所属の車両である。651系1000番台を再改造した4両編成で、クロ650-1007・モハ650-1007・モロ651-1007・クロ651-1101で構成されている。
CRUISING TRAIN
旧リゾートしらかみ「青池」編成のキハ48 533・キハ48 540で構成。塗装と内装はリゾートしらかみ時代のままで、2011年2月6日から団体臨時列車で再デビューした。
あきたクルーズ号
秋田支社の車両で、リゾートしらかみ「ブナ」編成を改造したもの。秋田駅へのアクセスの他、五能線エリアなど秋田支社管内の各エリアの輸送に使用される。
内装はリゾートしらかみ時代のままで、2018年4月18日に「秋田港クルーズ列車」として運行を開始した。
びゅうコースター風っこ
2000年に登場したキハ40系気動車を改造したトロッコ列車。キハ48 547・1541で構成。
みのり
2008年に登場したキハ40系気動車を改造した車両。キハ48 546・549・550で構成されている。現在、仙台駅 - 小牛田駅 - 新庄駅間の臨時快速列車「リゾートみのり」として運転されている。
越乃Shu*Kura
2014年に登場したキハ40系気動車を改造した車両。キハ48 558・1542とキハ40 552で構成されている。「越乃Shu*Kura」として上越妙高駅 - 十日町駅間（上越線・飯山線経由）で運転を開始した。
リゾートビューふるさと
2010年10月2日から登場したHB-E300系気動車による新造車両。HB-E301-2 - HB-E302-2で構成されている。
リゾートあすなろ
2010年12月4日から登場したHB-E300系気動車による新造車両。HB-E301-3・4 - HB-E302-3・4で構成されている。
海里
2019年10月5日に新潟駅 - 酒田駅間で運行を開始したHB-E300系気動車による新規製造車両。4両編成で構成されている。
リゾートうみねこ
2011年に登場のキハ48形気動車「き・ら・き・ら みちのく」を改造した車両。キハ48 1505・1506・1534で構成されている。八戸線を中心に臨時列車「リゾートうみねこ」として運行され、繁忙期は三陸鉄道北リアス線の宮古駅まで直通運転されている。
POKÉMON with YOUトレイン
2012年に登場のキハ100形気動車を改造した車両。キハ100-1・3で構成されている。大船渡線の臨時列車「ポケモントレイン気仙沼号」を中心に運行されている。2017年に内装の更新と塗色の変更が行われている。
SL銀河
2014年に登場したキハ141系気動車を改造した4両編成。キハ142-701・キサハ144-702・キサハ144-701・キハ143-701で構成されている。盛岡支社が保有、盛岡車両センターに所属している。
1973年5月より40年間岩手県営交通公園（県営運動公園内の南側）に保存された後、2014年に現役復帰を果たしたC58 239が牽引する釜石線花巻駅 - 釜石駅間（当時）の快速列車「SL銀河」の専用列車として登場。元々は50系客車（オハフ51形）を改造して製作されたキハ141系を、再び客車として使用している。しかし、C58 239単機では釜石線の上り急勾配区間での走行が困難であることから、札沼線電化に伴い余剰となったキハ141系のうち4両（キハ142-201・キハ143-155・キサハ144-101・キサハ144-103）をJR北海道から購入し、動力装置を残したまま改造して使用することとした。
外装は「銀河鉄道の夜」をイメージしており、4両ごとに半分ずつ、それぞれ異なる濃度の色合いを用いたグラデーションになっている。これは「夜が明け、朝へと変わりゆく空」を表現したものであり、花巻寄りの1号車の先端が明るい青色で、釜石寄りに進むにつれて色調が濃くなり、4号車の先端が濃紺色になっている。また、それぞれ星座や動物をシンボル化しているが、シンボル化された星座は真鍮による別貼り式となっており、「SL銀河」のロゴも含めて立体感を演出している。
おいこっと
2015年に登場したキハ110系200番台気動車を改造した車両。元北上線特急「秋田リレー」用300番台のキハ110-235（313）, 236（314）で構成されている。しなの鉄道北しなの線・飯山線を中心に臨時快速列車「おいこっと」として運行されている。
ばんえつ物語
新潟支社新潟車両センターに所属する客車である。12系客車を改造した7両編成で、スハフ12 101・オハ12 313・オハ12 314・オハ12 1701・オハ12 316・オハ12 315・スロフ（元スハフ）12 102で構成されている。
1969年（昭和44年）10月12日より31年間新津第一小学校に保存された後、1999年（平成11年）に現役復帰を果たしたC57 180が牽引する磐越西線新津駅 - 会津若松駅間（当時）の快速列車「SLばんえつ物語号（現在のSLばんえつ物語）」の専用編成として、6両編成で登場。改番はされていない。2000年（平成12年）12月よりイベント車を兼ねたハイデッカー形展望車1両（オハ12 1701）を増結したのを機に、運転区間を新潟駅 - 会津若松駅間に変更している。
2007年4月からは塗装を「オリエント急行」をイメージした青系に変更し座席を交換、車内販売スペースを5号車に移設（5号車の定員は36名減）といったリニューアルを行った。
なお、機関車を含めて、高崎線・上越線（上野駅 - 水上駅間）の快速「ELSLみなかみ物語号」や、信越本線（長岡駅 - 直江津駅間）の快速「SLえちご日本海号」、白新線・羽越本線（新潟駅 - 村上駅）の快速「SL村上ひな街道号」などで使用されることもある。
2013年には、スハフ12 102がスロフ12 102に改造された。また、2014年にはスハフ12 101がフリースペース車に改造され、塗装も全車スロフ12 102と同様の黒と茶褐色の塗装に変更した。
瀬戸内マリンビュー
2005年に登場したキハ47形気動車を改造した2両編成で、キハ47 7001・7002 で組成されている。
2020年秋頃に、新たな観光列車と置き換わる形で当列車は運行を終了する予定である。
花嫁のれん
2015年に登場したキハ48形気動車改造の2両編成。キハ48 4とキハ48 1004 で組成されている。
ベル・モンターニュ・エ・メール（愛称：べるもんた）
2015年に登場したキハ40形気動車改造の1両編成。キハ40 2027で組成されている。
ノスタルジー
2016年に登場したキハ47形気動車改造の2両編成。キハ47 47とキハ47 1036で組成されている。同年10月からキハ40 2134も追加投入された。こちらは観光列車のほか、定期運用の普通列車にも使用される。
○○（まるまる）のはなし
2017年に登場したキハ47形気動車改造の2両編成。キハ47 7003とキハ47 7004で組成されている。
あめつち
2018年7月1日に登場したキハ47形気動車改造の2両編成。キロ47 7005とキロ47 7006で組成されている。
うみやまむすび
「天空の城 竹田城跡号」として運転されていたキハ40 2007を再改造したもので、「しあわせ結び宝箱」をコンセプトに、「宝箱」をイメージしたデザインとする。2019年7月13日から城崎温泉駅 - 天橋立駅(京都丹後鉄道直通)の臨時快速「城崎・天橋立ダイレクト」として運行を開始した。
La Malle de Bois（ラ・マル・ド・ボァ）
2016年に登場した213系電車を改造した2両編成で、クモロ213 7004とクロ212 7004で組成されている。
サロンカーなにわ
1983年（昭和58年）に登場した14系客車改造の欧風列車の7両編成。「サロンエクスプレス東京」に続いて登場した。スロフ14 703・704、オロ14 706 - 710 で組成されている。近畿統括本部の大阪支社が保有し、網干総合車両所宮原支所に所属している。
初期の塗装は濃緑を下地に金帯を塗ったものだったが、1994年（平成6年）春にリニューアル工事を受け、金帯を黄帯に変更し、「トワイライトエクスプレス」に似た塗装になっている。防弾仕様などを備えたVIP車両に整備されており、お召し列車として運転された実績も多い。登場から30年以上経つ現在も運行される機会が多く、ジョイフルトレインとしては現役最長寿となる。また、列車によっては一部の車両を外した5両・6両で運転されることもある。
奥出雲おろち号
1998年に登場し、米子支社が保有し、後藤総合車両所に所属している。12系改造の2両編成。スハフ12 801、スハフ13 801で組成されている。木次線で運転される臨時列車「奥出雲おろち号」で運用されているほか、団体専用列車として広島駅まで入線したことがある。スハフ13 801には運転台が設置されており、この運転台から牽引機のDE15形・DE10形を制御できる（プッシュプル方式）ため、客車列車ではあるが機回しは不要である。スハフ13 801はトロッコ風車両に改造されている。
専用機関車にはDE15 2558が塗色変更され運用されている。この機関車は冬期にはラッセルヘッドを取り付け除雪作業を行うこともある。2010年4月よりDE10 1161も専用機関車として使用されている。
SLやまぐち号
山口線で運転される快速列車「SLやまぐち号」専用の客車。JR西日本では「レトロ」と称される。SL列車のほか団体列車や臨時列車としても使用されたことがある。
2017年から12系客車の代替として、旧型客車の外観で新造した35系4000番台が登場し、同年9月から運用を開始した。
アイランドエクスプレス四国II
1999年（平成11年）8月に登場したキハ185系気動車キロハ186改造の2両。キロ186-4・8 で構成されている。2両とも中間車で運転台・トイレがないため、キハ185形2両（主に11・12）と組んで運用される。
老朽化により廃車となった50系客車改造の「アイランドエクスプレス四国」の後継車。列車定員は60名。車内は先代からの発生品の360度回転リクライニングシートが1+2配列で1280mmのシートピッチがあり、AV機器なども設置されている。
キロ186-4は、2017年1月に四国まんなか千年ものがたりのキロ186-1002に再改造されて、現在はキロ186-8が残る。
団体専用列車で運転されている。2001年に土讃線の高知駅 - 土佐山田駅間をC56 160牽引による臨時列車「SL土佐龍馬号」として運転された。その際はマイテ49 2が連結された。
海洋堂ホビートレイン
2011年6月に登場したキハ32形改造の車両で、キハ32 4で構成されている。フィギュアメーカーの株式会社海洋堂が高知県四万十町で運営しているミュージアム『海洋堂ホビー館四万十』とコラボレーションしたもので、外観・内装ともにテーマに沿ったデザインがされている。運行区間は、予土線の窪川駅 - 宇和島駅間と江川崎駅 - 宇和島駅間のそれぞれ1往復。当初は2011年4月29日運行開始予定であったものが延期となり、同年7月9日からの営業運転開始となった。登場当初の外観は赤をベースに恐竜や動物の画像を貼り付けたものとなっていた。
2013年、SFをコンセプトに橙と紺をベースとした2代目デザインにリニューアルされた。外観はタイムマシンと太古をイメージした恐竜や未来をイメージした宇宙を描き、時空を超えた旅を表現している。車内内装は恐竜デザインで統一し、さらに一部の座席を撤去したうえで四万十ひのきを使用した展示スペースを設け、約500体にも及ぶ大小さまざまなフィギュアを展示している。
2016年、同年に予土線沿線地域で「2016奥四万十博」と「えひめいやしの南予博2016」が開催されるのに合わせて3代目デザインにリニューアルされた。コンセプトは四万十川に住む「かっぱの世界」で、列車名も「海洋堂ホビートレイン『かっぱうようよ号』」となる。外観は清流を泳ぐかっぱのラッピングとなり、車内に「かっぱうようよジオラマ」やカッパ造型大賞作品などを展示しているほか、座席に土佐弁を喋る「かっぱの親子」の人形を設置し、一緒に記念写真が撮れるようするなど「かっぱと一緒に楽しめる空間」としている。
しまんトロッコ
1984年に国鉄初のトロッコ列車「清流しまんと号」用車両として登場したトラ45000形貨車（トラ152462）改造車をリニューアルし、「しまんトロッコ」と改め2013年10月に登場した。トロッコ車両は動力を持たないため、「清流しまんと号」では一般車両と連結していたが、「しまんトロッコ」では専用車両としてキハ54（キハ54 4）が専用塗装を纏っている。
予土線の窪川駅 - 宇和島駅間の一往復を臨時運転するが、2013年までの運転時は定期普通列車を置き換える形で運転されていた。トロッコ車両乗車可能区間は、ダイヤ改正の際に変更になることがあったが、2013年は土佐大正駅→江川崎駅間（1号）と十川駅→土佐大正駅間（2号）だった。2014年からの運転では、全席指定の臨時快速列車となり、トロッコ車両に乗車できるのは、窪川駅→江川崎駅間（1号）と宇和島駅→十川駅間（2号）となっている。2016年の運転では、途中停車駅は近永、松丸、江川崎、土佐大正のみ、トロッコ車両乗車可能区間は、窪川駅→江川崎駅間（1号）と宇和島駅→土佐大正駅間（2号）となっている。
鉄道ホビートレイン
2014年3月15日に運行開始したキハ32形（キハ32 3）の改造車である。予土線の全線開通40周年と宇和島駅 - 近永駅間の開通100周年を記念して製作された。外観は0系新幹線を模したものとなっている。車内は0系新幹線登場時の転換シートを2席配置したほか、一部の座席を撤去し、鉄道模型の展示スペースを設けている。
運行区間は、予土線の窪川駅 - 宇和島駅間（下り2本・上り1本）、江川崎駅 - 窪川駅間と宇和島駅 - 江川崎駅間（それぞれ上り1本）。土休日は宇和島駅 - 近永駅も1往復する。
2014年2月にJR四国が「鉄道ホビートレイン」を同年3月15日から運行を開始することに伴い、それまでに運行していた「しまんトロッコ」と「海洋堂ホビートレイン」を合わせて観光列車のユニットとして「予土線3兄弟」と名付けた。長男を「しまんトロッコ」、次男を「海洋堂ホビートレイン」、三男を「鉄道ホビートレイン」とし、同時にロゴマークを発表した。通称は「YODO LINE BROTHERS」である。2015年3月7日にはデビュー1周年記念として、宇和島運転区機関庫前に予土線3兄弟を展示した。また予土線3兄弟を連結したイベント列車を2014年10月には「なかよし3兄弟 はじめての遠足号」として、2015年10月には「予土線3兄弟 2015秋の遠足号」として運転した。
伊予灘ものがたり
松山駅 - 伊予大洲駅・八幡浜駅間を愛ある伊予灘線伊予長浜駅経由で結ぶ観光列車として2014年7月26日より運行されており、JR四国では初めて車内で本格的な食事や観光案内サービスを提供する。種車は徳島運転所のキハ47で、みかんと夕日をイメージした黄金色、茜色に塗装が変更されているほか、山側の席を一段高くしてどの席からも海が見えるように改造されている。
四国まんなか千年ものがたり
2017年4月1日から運行を開始したキハ185系気動車改造の車両で、キロ185-1001＋キロ186-1002＋キロ185-1003で構成されている。中間車のキロ186-1002は、元「アイランドエクスプレス四国Ⅱ｣キロ186-4の再改造車である。
運行区間は、土讃線の多度津駅 - 大歩危駅間一往復で、特急「四国まんなか千年ものがたり」号として運行される。
志国土佐 時代(トキ)の夜明けのものがたり
2020年春から、土讃線の高知駅 - 窪川駅1日1往復運行予定のキハ185系気動車改造の2両編成で、蒸気船をモチーフとし、文明開化のロマンを感じる外観となっている。
和式客車
旧型客車を改造したジョイフルトレインである。
1960年、盛岡鉄道管理局でスハシ29形を改造して登場したスハ88形が国鉄和式客車の嚆矢である。翌1961年にはオハ61形を改造したオハフ80形0番台が増備された。この2両は主に定期列車に増結されて運用されたが、1969年には名古屋鉄道管理局に6両編成の和式客車オハ80・オハフ80形2000番台がオハ35形・オハフ33形を改造して誕生した。1970年には長野鉄道管理局に6両編成1本が増備された。1972年にはスロ81系の登場によりグリーン車に形式変更が行われたが、車両構造上振動が激しく、冷房取付も不可能であったことからこれら形式は1974年から1975年にかけて全車廃車された。
一方、1972年には金沢鉄道管理局にスロ62・スロフ62形を改造種車とした初の冷房付和式客車スロ81・スロフ81形6両編成が登場した。以後1980年までに7編成42両が登場し、金沢・静岡・門司・長野・名古屋・大阪・東京南の各鉄道管理局に1編成が配備された。これらは大多数が国鉄分割民営化までに、12系または14系客車改造車に置換えられて廃車となった。最後まで残った東京南鉄道管理局所属のスロ81-2125 - 2128・スロフ81-2113・2114編成（いわゆる「シナ座」）は、「江戸」の投入により1986年に水戸鉄道管理局→JR東日本水戸支社に転属。「ふれあい」と名を変えて、晩年は茶色に緑帯に塗装変更されて活躍するも老朽化著しく、「リゾートエクスプレスゆう」の導入決定に伴い1990年に廃車、スロ81系客車は形式消滅した。
これらのほか、形式称号の変更を伴わずに和式に改造されたものとして、金沢鉄道管理局で改造されたオハフ61-436（1970年改造、半室和式）とスロフ53-2025（1971年改造、全室和式）がある。これらの車両は、七尾線・能登線で1970 - 1973年に蒸気機関車牽引で運行された臨時急行「ふるさと列車おくのと」に使用された。これらの車両にはカウンターと簡単な供食設備がついており、郷土料理などが提供されていた。
みやび
14系客車を改造したジョイフルトレインである。
1986年に登場し、14系初の和式客車の7両編成であった。老朽化したスロ81系客車の置換え用として1986年2月から4月にかけて国鉄鷹取工場で改造された。オロフ14 801・802、オロ14 801 - 805で構成されていた。
オロ14 803は、車内に日本庭園を設けたサロンカーとなっていた。しかし、1986年12月28日に余部鉄橋から強風にあおられて転落、1987年2月10日付で事故廃車となり、JRに引継がれることはなかった。
くつろぎ
1973年4月に登場した初の和式気動車。登場時はキハ27形気動車改造の3両編成（キロ29 1 - 3 で構成）のみで塗装も国鉄気動車急行色にグリーン帯を配した外観だった。1984年4月に新たにキハ56形気動車改造の2両（キロ59 1・2）が追加されるとともに、外観もVパターンに塗分けた塗装になり「くつろぎ」という愛称名も付けられた。1987年4月に2度目の塗装変更を行い、道内の団体臨時列車や晩年は函館駅 - 札幌駅間の快速「ミッドナイト」のカーペットカーの代役として1998年の引退まで20年以上の長きにわたり活躍した。
その代役として、1998年に登場したキハ400形気動車500番台の3両編成（キハ400 501 - 503）が誕生したが、キハ400-502,503は2015年3月に廃車となり、5月中〜下旬に苗穂工場で解体された。
アルファコンチネンタルエクスプレス
通称「アルコン」。1985年に登場したキハ56形・キロ26形気動車改造の4両編成。キハ59 1・2・101、キハ29 1 で構成されていた。1995年に廃車された。
フラノエクスプレス
1986年に登場したキハ82系気動車改造の4両編成で、キハ84 1・キハ80 501・キハ83 1・キハ84 2 で構成されていた。それぞれ種車は、キハ80 164・キハ82 110・キハ82 109・キハ80 165 であった。通称「フラノ」。
翌1987年に全日空とタイアップとして「ANAビックスニーカー号」としても運転され、この年にはジョイフルトレインとして2度目のブルーリボン賞を受賞した。本編成専用のキハ183系気動車改造車を増結していたこともあった。1998年には「ラストラン・フラノ」を最後に引退した。引退後、長らく保留車となっていたが2004年に廃車された。
トマムサホロエクスプレス
1987年に登場したキハ82系気動車改造の5両編成で、キハ84 101・キハ83 102・キシ80 501・キハ83 101・キハ84 102で構成されていた。それぞれ種車は、キハ80 160・キハ82 80・キシ80 29・キハ82 86・キハ80 166 であった。通称「トマサホ」。
1988年にキハ83 102、キシ80 501 を挿入し5両編成となった（登場時は3両編成であった）。1999年にその2両を脱車し再び3両編成とし「マウントレイク大沼」用として塗装を変更した。2002年には引退を前に再び登場時の塗装へ戻された。食堂車であるキシ80 501が苗穂運転所に保留車として在籍していたが、2007年6月6日付で廃車された。
ニセコエクスプレス
1988年に登場したキハ183系気動車5000番台の3両編成。キハ183-5001・5002、キハ182-5001 で構成され、苗穂運転所に所属。2017年11月4日をもって引退した。
クリスタルエクスプレス トマム & サホロ
1989年（平成元年）に登場したキハ183系気動車5100番台の4両編成。キハ183-5101・5102、キハ182-5101、キサロハ182-5101 で構成。苗穂運転所に所属。
2019年9月29日に営業運転を終了した。
宴
1994年6月に東急車輛製造で改造された和式車両で、高崎支社が保有し、高崎車両センターに所属している。485系電車を改造した6両編成で、クロ485-1、クロ484-3、モロ485-2・3、モロ484-4・5で構成されている。1号車は「いこい」、2号車は「ろばた」、3号車は「はなやぎ」、4号車は「にぎわい」、5号車は「ほほえみ」、6号車「へいあん」の愛称が付けられている。
485系初の和式電車で車内は掘ごたつであるがモロ484形はフラット式の座敷になっている。主に首都圏を中心に団体列車として運用されており、横軽対策が施されている。
2019年2月23日に営業運転を終了。同年4月25日に長野総合車両センターに廃車回送された。
なのはな
1986年に登場した165系電車改造の6両編成。クモロ165-1・2、クロ165-1・2、モロ164-801・802で構成されていた。旧千葉鉄道管理局、のちに千葉支社が保有していた。初の和式電車であった。
各車両ごとに千葉県に咲く花の愛称名が付けられており、1号車から「すみれ」（クロ165-1）、「あやめ」（モロ164-801）、「きんせんか」（クモロ165-1）、「すいせん」（クロ165-2）、「あじさい」（モロ165-802）、「ゆり」（クモロ165-2）で構成していた。
6両編成が基本であるが、3両単位での分割運用も可能である。しかし実際は6両編成での運用がほとんどであった。外観は房総半島をイメージした塗装が施され、また登場当初の前面は原形ライト（通称「デカ目」「出目金」）を保っていたが後に前面強化工事によりシールドビームへ改造された。
老朽化と、直流区間しか走れなかったことにより1998年2月に後継車両である交直両用485系多目的車両「ニューなのはな」に置換えられることになった。ニューなのはな登場後もしばらく活躍していたがこの年の8月に房総地区で運転された「さよなら運転」をもって引退した。引退後、6両編成のうちクロ165-1が千葉県内某所で保存されたが場所は非公表であり、ネット上にも情報は少ない。現在は解体された模様。
ニューなのはな　
1997年に「なのはな」の後継として485系をベースに誕生。千葉支社・幕張車両センター所属。お座敷仕様・座席仕様のどちらでも運用が可能。
老朽化により2016年8月に運用を終了、同年9月25日に長野総合車両センターへの廃車回送を兼ねた「さよなら運転」をもって引退した。
パノラマエクスプレスアルプス
1987年3月に登場した165系電車改造の欧風列車の6両編成。クモロ165-3・4、クロ165-3・4、モロ164-803・804 で構成されていた。旧東京西鉄道管理局、のちに八王子支社が保有していた。先頭車は展望車となっており、先頭車のみ構体が新製されている。
団体列車のみならず、中央本線臨時急行としても運転された。山梨観光キャンペーンの一環として中央本線で運用された際には、中間に167系アコモデーション改善車4両編成を挟み込み、10両編成で運転されたこともある。この運用のために、挟み込まれた167系は、アルプスと同一の塗装が施された。1997年9月30日をもって廃線となった信越本線横川駅 - 軽井沢駅（碓氷峠）の最後の団体臨時列車としても活躍していた。
長らく団臨や多客臨などで活躍していたものの、車両の老朽化などにより2001年9月に引退し、富士急行に譲渡。その後は富士急行2000形電車として「フジサン特急」に使われていたが、こちらでも老朽化のため2016年2月をもって引退した。
アルファ
1990年に登場した165系電車改造の3両編成で、クモハ165-129・モハ164-852・クハ165-194で構成されていた。改番はされていない。新潟支社が保有していた。京葉線で「シャトル・マイハマ」専用車両として運用されていたものが1995年に上沼垂運転区（現・新潟車両センター）に転属、塗装も変更された。以後、新潟支社管内を中心に青梅線など首都圏で運用や、山梨観光キャンペーンの一環として中央本線で「ときめき山梨号」として運用されたこともあるが、車両の老朽化により2001年5月8日に廃車された。
リゾートエクスプレスゆう
81系和式客車「ふれあい」置換え用として、1991年3月に余剰グリーン車の改造により登場した和式のジョイフルトレインである。水戸支社の勝田車両センターに所属していた。
デビュー当初の内装は欧風仕様だったが、首都圏の和式列車の需要が高まり、1998年10月に先頭車のラウンジおよびイベントカーをのぞき畳敷きに改装された。専用電源車（マニ50形・水郡線営業所所属）を連結のうえで、ディーゼル機関車牽引による非電化区間への入線も可能としていた。
2018年9月5日に長野総合車両センターに回送された。
シルフィード
1988年に火災により廃車・転属となった「サロンエクスプレス アルカディア」の実質の後継車両である全席グリーン車のジョイフルトレインで、新潟支社が保有し、新潟車両センターに所属していた。
1990年8月に登場した485系電車の3両編成で、クモロ485-1、クロ484-1、モロ484-1 で構成されていた。485系ではあるが、車体は当時計画されたものの、結局は中止となった「187系特急形電車」用に確保されていた、189系電車のグリーン車サロ189形のものが改造されている。2001年1月に3両とも普通車に格下げされた後、同年6月24日に運用終了し、カーペットカーに改造されて「NO.DO.KA/のどか」と改称された。
NO.DO.KA/のどか
2001年10月に登場したカーペット車のジョイフルトレインで、新潟支社が保有し、新潟車両センターに所属していた。
485系電車の3両編成で、クモハ485-701・モハ484-701・クハ484-701 によって構成されている。1990年8月に新津車両所（現在の総合車両製作所新津事業所）でサロ189形の改造により登場した「シルフィード」が経年変化で普通車格下げした後、キハ58系カーペット車の置換え用に再改造した車両である。非電化区間でもディーゼル機関車の牽引で走行できるよう、クハ484形に電源用ディーゼル発電機を搭載していた。「シルフィード」時代には同色のDE10 1701（現在は廃車）が非電化区間を牽引していた。NO.DO.KAへの改造後もしばらく旧色のまま牽引実績がある。
2018年1月7日の臨時団体列車「惜別 NO.DO.KA」をもって運行を終了した。
四季彩
2001年4月に登場した201系電車を改造した4両編成で、クハ201-134・モハ201-263・モハ200-263・クハ200-134 で構成されていた。豊田車両センターに所属。通勤用車両を改造した初のジョイフルトレインで、改番はされていない。2005年7月に外観塗装が白を基調に一新された。
改造当初から青梅線で運転されていた。また、四季彩河口湖号として富士急行線にも頻繁に乗り入れていた。しかし老朽化のため2009年6月28日をもって定期運用から退き、7月20日の団体臨時列車を最後に運用を終了し、廃車された。
やまなみ
12系和式客車「くつろぎ」の置換え用で、高崎支社が保有し、高崎車両センターに所属していた。
「ハイグレードな日本調空間」をコンセプトに、1999年6月に郡山工場で改造されて登場した485系ベースの4両編成。クロ485-4+モロ485-8+モロ484-10+クロ484-6で組成され、後述の「せせらぎ」と併結運転が可能であった。
2010年12月で営業運転を終了し、新型ジョイフルトレイン「リゾートやまどり」への再改造のため2011年1月に中間車2両のみが東急車輛製造へ入場。同年5月に「やまどり」となって出場。未改造の先頭車2両は盛岡支社に新たに配置されたジョイフルトレイン「ジパング」の先頭車両に転用されることになり、2011年12月に郡山総合車両センターへ入場し、「ジパング」への改造後2012年3月に出場した。
せせらぎ
「日本の四季を巡る空間」をコンセプトに、12系客車「やすらぎ」の置換え用として2001年3月に大宮工場で改造された485系電車ベースの4両編成。クロ485-5+モロ485-9+モロ484-11+クロ484-7で組成。高崎支社保有で高崎車両センターに所属していた。
2010年1月で営業運転を終了。新型ジョイフルトレイン「リゾートやまどり」への再改造のため、同年7月に東急車輛製造へ入場。2011年2月に全車が出場した。
前述の「やまなみ」と併結運転が可能となっており、号車番号は「やまなみ」の1 - 4号車に続く形で予め5 - 8号車とされていた。
彩野
2003年に登場した座席車のジョイフルトレインで、大宮支社が保有し、当初は小山車両センターに所属していたが、2006年3月からは大宮総合車両センターに所属していた。
189系電車を改造した6両編成で、クハ189-2・モハ188-43・モハ189-43・モハ188-45・モハ189-45・クハ189-511で構成されていた。内装や外観の変更・改番はされていない。
日光方面への臨時列車のほか、京葉線方面への臨時列車として舞浜駅発着列車にも充当された。2006年からは485系を使用していた東武線直通特急の予備車（検査などでの車両不足を補う場合や東武鉄道100系「スペーシア」の乗入れが不可能なJR線区間を発着する臨時増発列車用）となり、車体の塗装を東武鉄道100系「スペーシア」色に塗分けている。
2011年6月より東武線直通特急に253系1000番台が投入されたことにより、8月31日に廃車となった。
ふるさと
1995年に「漫遊」として登場した水戸支社の和式気動車。2000年に仙台支社に転属し、「ふるさと」と改称した。キハ40 2501・キハ48 2501・キハ48 2502 で構成されているが、改造当初はグリーン車扱いであった。
2016年8月28日をもって営業運転を終了した。
おばこ
1984年に登場したキハ58・28形気動車を改造の3両編成で、キロ59 501・502、キロ29 501 で構成されていた。
登場時の愛称は「こまち」であったが、秋田新幹線開通で名前を新幹線特急に譲り、新幹線の愛称公募で2位だった「おばこ」に改名した。2001年に外観をリニューアルされ普通車扱いとなった（キロ59 → キハ59・キロ29 → キハ29、車番は同じ）。2004年6月以降運用に就かず運行休止状態であったが、2006年3月に廃車となった。
秋田鉄道管理局が保有し、のちに秋田車両センターに在籍していた。
エレガンスアッキー
1985年に登場したキハ28・58形気動車改造の3両編成。キロ59 503・504、キロ29 502 で構成されていた。愛称は旧国鉄秋田鉄道管理局のマスコットである豹の「アッキー」から由来する。
室内は1・2人掛のリクライニングシートを配置された。団臨・多客臨の他、1986年には新幹線連絡急行として運転された実績がある。ディーゼル機関の更新をしたが、老朽化により1997年に廃車された。
サロンエクスプレスアルカディア
1987年登場のキハ28・58形気動車改造の3両編成。キロ59 508・509、キロ29 505で構成され、キロ59形はアルファコンチネンタルエクスプレスと同形態であった。旧国鉄新潟鉄道管理局のちに、新潟支社が保有していた。
1988年3月30日、上越線越後中里駅 - 岩原スキー場前駅間で火災を起こし被災した2両のうちキロ59 508が全焼したため廃車され、残り2両は盛岡支社に転属し、1992年再改造され、「Kenji」（普通車扱いのため旧車号に復した）として復帰した。後継車両は「シルフィード」。
Kenji
1988年に登場したキハ58系気動車を改造した3両編成。キハ58 650・1505・キハ28 2010で構成されている。盛岡支社が保有、盛岡車両センターに所属。
キハ58 1505以外の2両はかつて新潟支社に配備されていた「サロンエクスプレス アルカディア」である。同車両は1988年3月30日、越後中里駅 - 岩原スキー場前駅間で火災事故を起こし、被災した2両のうちキロ59 508が全焼してしまい除籍になっていた。焼失を免れた2両はその後盛岡支社に転属。1992年（平成4年）に再改造を受け、同時にキハ58 1505を新たに改造して3両編成のジョイフルトレインとして復活した。形式・番号は「アルカディア」改造前のものに戻された。愛称名は詩人・宮沢賢治の名を取ったもの。外観塗装は白をベースに明るい青色のいでたちであったが、2005年4月に「義経北行伝説号」の運転開始を機にグリーンを基調に金帯を配した外観に変更された後、2014年にグリーンからブルーへ塗装変更を行った。
団体臨時列車に使用されたほか、近年では盛岡支社内で「さんりくとれいん○○」など臨時快速列車にも使用されていた。2018年現在、JR全社において営業運転がなされている唯一のキハ58系であったが、2018年9月8日の団体臨時列車を以て運行を終了した。
エーデルワイス
1988年に登場したキハ28・58形気動車改造の3両編成。改造に伴う改番はされずJR東日本初の普通車ジョイフルトレインとなった。内装は洋風仕様で、当初は明るい塗装だったが1991年に落着いた外装に変更。多客臨時列車としても活躍したが2001年に廃車された。
グラシア
1989年に登場したに登場したキハ28・58形気動車改造の3両編成。キロ59 510・511、キロ29 506 で構成されていた。仙台支社が保有していた。
当初はグリーン車扱いだったが普通車扱いに変更（キロ59 → キハ59、キロ29 → キハ29・車番は同じ）。2003年5月を最後に「グラシア」としては引退し同年7月に「こがね」としてリニューアルされた。
こがね
2003年7月に前述の「グラシア」をリニューアルして登場したキハ58系気動車の3両編成。キハ59 510・511・キハ29 506で構成されていた。仙台支社が保有、小牛田運輸区に所属していた。
土休日に仙台駅 - 気仙沼駅間の臨時快速列車「こがねふかひれ号」として運転されたほか、仙台駅 - 鳴子温泉駅間の臨時快速列車「湯けむりこがね」に使用されることがあった。しかし、老朽化に伴い、2010年12月26日で運転終了となった。
うみねこ
2002年に登場したキハ48形気動車を改造した車両。キハ48 555・1549で構成されていた。「き・ら・き・らみちのく」改造の「リゾートうみねこ」登場後は、臨時快速「まさかり」として青い森鉄道線・大湊線を経由し八戸〜大湊間を運行している。2017年11月に運用を離脱し廃車されている。
き・ら・き・ら みちのく
2002年に登場したキハ48形気動車を改造した車両。キハ48 1505・1506・1534で構成。「リゾートあすなろ」の登場により、2010年11月で「き・ら・き・ら みちのく」としての運転は終了した。
2011年4月より八戸線・三陸鉄道八戸駅 - 久慈駅 - 宮古間にて「リゾートうみねこ」という新愛称で運転されることが決定した。3両編成で指定席車は先頭車のみの設定になった。
なごやか
1981年5月に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロフ12 803・804、オロ12 805 - 808 で構成されていた。東京北鉄道管理局のちに、東京支社が保有し、尾久客車区に所属していた。当初愛称名がなく「オク座」とも呼ばれた。
各車には関東地方の旧国名にちなんだ愛称名が付けられた。登場当初の外観は一般の12系と同じ塗装であったが、後に白と赤の斜めのストライプが配され、このときに初めて編成に愛称名が付いた。1992年に青と白の対角線に塗分けられ、駒や折鶴などが描かれたデザインに変更された。1997年に485系改造の和式電車「華」に置換えられ廃車となった。
「お座敷列車」（カヌ座）「サロン佐渡」
1981年9月に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロフ12 805・806、オロ12 809 - 812 で構成されていた。国鉄新潟鉄道管理局のちに、新潟支社が保有し、上沼垂運転区(略号:新カヌ)に所属していた。愛称はなく、ファンなどは「カヌ座」と呼んでいた。
各車には新潟の山にちなんだ愛称名が付けられた。1985年に内装が洋風仕様のサロンカー「サロン佐渡」（オロ12 706）を新たに連結し7両編成になった。需要に応じて3両と4両に分割されて
運転されることも多く、後にオロ14 702（後述）が増備されたことにより、短期間ではあったが4両ずつの運転も見られた。
1988年に白ベースに濃淡のオレンジ色の帯を巻く塗装へと変更、さらに1996年に深緑色を基調に金帯に変更され、同じくJR東日本に存在した「白樺」（後述）やJR九州に存在した「海・山編成」（後述）を彷彿される外観となった。1999年には元「サロンエクスプレス東京」のオロ14 702を「サロン佐渡」として組込み最大8両編成へと増強した。
2000年から「サロン佐渡」をのぞく6両が普通車扱いとなった（スハフ12 1805・1806、オハ12 1809 - 1812 に改番）が長く続かず「サロン佐渡」を含む3両が廃車され晩年は5両編成に短縮された。2002年2月のさよなら運転をもって引退した。
白樺
1983年8月に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロフ12 819・820、オロ12 837 - 840 で構成されていた。スロ81系の老朽置換え用。国鉄長野鉄道管理局のちに、長野支社が保有していた。
各車には中部6県の県花にちなんだ「すいせん」「つつじ」「かきつばた」「れんげ」「くろゆり」「りんどう」の愛称名が付けられた。両端部には展望室はないものの1号車にソファ、6号車に2人掛リクライニングシートを配したサロンルーム構造となっている。
外観塗装はクリーム色を基調に窓周りに黄緑を配色されていが、1986年にやや濃い緑を経てその後も塗装変更を続け最終的に深緑を基調とし金・赤帯を配したシックな外観に姿を変えた。老朽化により1995年11月に14系座席車改造の「浪漫」へと置換えられ廃車された。
くつろぎ
1983年に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロフ12 821・822、オロ12 841 - 844 で構成されていた。国鉄高崎鉄道管理局のちに、高崎支社が保有していた。
各車には高崎局および周辺の山にちなんだ愛称名が付けられた。3・4号車の一部に、ソファテーブルを配したサロン風のコーナーが設けられていた。登場当時の外観塗装は青を基調に太い白帯をまいて登場したが、1987年3月からぶどう色を基調に車体中央に白帯・窓周りと車体裾が金のシックな塗装とされ、これにあわせ電気機関車EF64 1001が牽引指定機としてぶどう色に白帯の塗装に変更された。後に登場した「やすらぎ」との併結運転もしばしば見られたが、老朽化により485系電車改造の「やまなみ」に代替される形で1999年9月29日に蒸気機関車D51 498牽引によるさよなら運転を行った。
スロフ12 822とオロ12 841の2両は、「碓氷峠鉄道文化むら」で休憩施設を兼ねて静態保存されている。残る4両も横川駅構内に留置されていたが、2006年1月に解体された。
ふれあいみちのく
1986年8月に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロフ12 823・824、オロ12 845 - 848 で構成されていた。国鉄盛岡鉄道管理局のちに、盛岡支社が保有していた。
両端は洋風・和風の展望室で、6号車の和風仕様ではいろりが設けられている。老朽化により2002年5月に臨時列車としてさよなら運転を実施した。この編成の引退によりJR東日本に所属していた12系改造の和式客車は消滅した。
江戸
1986年3月に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロ81系和式客車の老朽置換え用。スロフ12 825・826、オロ12 849 - 852 で構成されていた。東京南鉄道管理局のちに、東京支社が保有していた。
各車には江戸情緒あふれる愛称名が付けられた。1・6号車の両端は「サロンエクスプレス東京」に準じた展望サロンが設けられていた。しかし老朽化により2000年3月31日に「スーパーエクスプレスレインボー」とともに引退した。
やすらぎ
1986年4月に登場した12系客車改造の和式客車の6両編成。スロフ12 827・828、オロ12 853 - 856 で構成されていた。国鉄高崎鉄道管理局のちに、高崎支社が保有していた。
各車には高崎局管内の川の名前が愛称名として付けられた。「江戸」と同様に1・6号車の両端が展望サロンになっている。「くつろぎ」と同様、老朽化により485系電車改造の「せせらぎ」に代替される形で2001年3月31日にさよなら運転を行った。
その後わたらせ渓谷鐵道に譲渡され、スロフ12 827・828、オロ12 853の3両が「サロン・ド・わたらせ」に再改造されて使用されていた。また、オロ12 855は二つに切断され、半分は栃木県にある「スーパーカーミュージアム」に展示、もう半分は群馬県安中市で飲食店に利用されている。なお、電気機関車EF60 19が「やすらぎ」と同色の、白地に赤・青の細帯の専用塗装とされていた。
オリエントサルーン
1987年1月に登場した12系改造の6両を改造したオリエント調の和式列車。スロフ12 829・830、オロ12 857 - 860 で構成されていた。国鉄仙台鉄道管理局のちに、仙台支社が保有し、仙台電車区に所属していた。内装は和洋折衷の構造で他の和式編成のように各車両ごとに愛称名は付けられていない。
老朽化により、2000年10月30日から11月5日にかけてさよなら運転を行い、廃車となった。専用牽引電気機関車としてED75 707・711・751・766・767が専用塗装となっていたが、最後まで残っていたED75 767が2005年に一般色に変更され、オリエント専用機は消滅した。
サロンエクスプレス東京
通称「SET」。1983年8月に登場した14系客車改造の欧風客車の7両編成で、ジョイフルトレインとして初のブルーリボン賞を受賞した。スロフ14 701・702、オロ14 701 - 705 で構成されていた。この列車がジョイフルトレインの原点となった。
改造工程の都合で、当初は暫定的に5両編成で登場、後に7両編成化された。5両編成時代には大井川鐵道にも入線した。団体臨時列車のほか多客臨時列車及びそれに類似する臨時特急としても活躍した（東海道本線「サロンエクスプレス踊り子」、高崎線・信越本線「サロンエクスプレスそよかぜ」など）。大井川鐵道をはじめとするSLによる牽引運転も少なくなく、JR東日本では1996年9月にD51 498牽引による臨時列車も運転された（その後の「ゆとり」への改造後も、同機牽引のSL臨時列車が一時期定着化している）。
1997年1月を最後に欧風列車としての運行を終え、リニューアルをかねて和式車両に改造するとともに、オロ14 702を抜いた6両編成で新たに「ゆとり」と改称した。オロ14 702は、「サロン佐渡」に改造された。
ゆとり
1997年に欧風個室列車だった上述の「サロンエクスプレス東京」から1両（オロ14 702）脱車のうえ和式車両にリニューアルして登場した14系客車の6両編成である。スロフ14701・702、オロ14 701・703・704・705で組成されていた。東京支社が保有し、尾久車両センターに所属していた。スロフ14-702も軽食コーナーやソファーが撤去され畳敷きとなった。
晩年は485系改造の和式列車の登場で稼働回数が低下していた。臨時列車での使用は、毎年春に運転された「ELSLお座敷ゆとり」（SLは上越線高崎駅 - 水上駅間でD51 498牽引）、2007年は9月の運転となり列車名は「お座敷ゆとり水上」、高崎駅 - 水上駅間はEF60 19牽引、2007年12月1日, 2日は「お座敷ゆとり碓氷」として上野駅 - 横川駅間でEF60 19とEF64 1001牽引であった。それ以外は団体専用列車として使用されていた。
2008年3月9日をもって引退し、31日に中間車オロ14 705が、10月23日にオロ14 701・703・704が土崎工場へ廃車回送された。スロフ14701・702の2両のみが所属していた尾久車両センターにて長らく留置されていたが2015年に長野工場へと廃車回送された。
スーパーエクスプレスレインボー
通称「SER」。1987年3月に登場した12・14系客車改造の欧風列車の7両編成。スロフ14 705・706、オロ14 711 - 715、オロ12 715で構成され、オロ14 711・714はリクライニングシートが並び、オロ14 712・713は3.6人用のコンパートメント室になっている。またオロ12 715はサンルーフを新設したイベントカーで赤い車体には大きく「RAINBOW」と白文字で描かれている。
牽引専用電気機関車としてEF65 1019（1987 - 1998年）・1118（1997 -　2015年）、EF81 95（1987年 - ）が赤い車体に白文字でそれぞれの形式が描かれている。機関車は客車が廃車された後もイベントや臨時列車などで活躍しているが、2019年現在はEF81　95が残るのみとなっている。
本州だけでなく北海道・四国・九州まで遠征実績がある他、1997年9月には多客臨として「さよなら碓氷峠レインボー号」としても、信越本線横川駅 - 軽井沢駅（碓氷峠）を走行している。
車両の老朽化や機関車の牽引速度、機回しなどで時間と手間がかかるなどの理由により12系和式客車「江戸」とともに2000年3月31日に引退し、しばらく保留車となっていたが、2001年7月15日付で廃車された。
ノスタルジックビュートレイン
1990年に登場した50系客車を改造・改装した五能線の観光列車。オハ50形を改造した眺望客車のオハフ50 2501・2502と一般型車4両で構成されていた。眺望車は1989年に土崎工場で改造され、オープンデッキを設けて側窓を大形複層ガラスに取替えた。車内は難燃処理した秋田産天然ナラ材を使用してレトロ調にまとめている。床下にはAU34形冷房装置と電源装置を搭載している。
1991年7月には「アメリカントレイン」に使用していたオニ50 2306・2314をリクライニングシート取付などの改造を施して指定席用車オハ50 3001・3002が登場している。上記「スーパーエクスプレスレインボー」と同様の理由によりキハ40系眺望気動車「リゾートしらかみ」に置換えられることになり、1996年11月で運転を終了。使用車両のうちオハフ50形2500番台は高崎運転所に転属して、SL列車などのイベント列車に使用されたが、2001年6月に廃車となった。
浪漫
1995年11月に登場した14系客車改造の和式客車6両編成。12系客車改造の「白樺」の置換え用として登場した。スロフ14 801・802、オロ14 801 - 804で組成されていた。長野支社保有で長野総合車両センターに所属。2000年に畳の張替えなどを受けたリニューアルと同時に塗装を変更。当初の車体塗装は紺色+ゴールドであったが、塗装変更の際に紺色の部分がワインレッドに変更された。
前述の「ゆとり」では走行不可である青函トンネル・関門トンネルに対応できることから、長野地区周辺のほか日本国内各地への団体列車にも投入され、北は網走、南は鹿児島中央までの乗入れ実績がある。2000年には磐越西線でC57 180によって牽引されたほか、D51 498牽引による「ELSL浪漫」も運転された。また、24系25形寝台車との併結運転の記録もある。
1・6号車は展望車、4号車はサロンカーとなっており、一般客室は掘りごたつを採用したほか、各車両にテレビモニタ・カラオケを搭載した。
牽引専用機関車は特に指定されていないが、2006年にEF64 41が中央本線での旧形客車を使用したイベント列車の牽引も兼ねて茶色に変更されて以降は浪漫を頻繁に牽引したことから、専用機的存在となった。2007年1月に一般営業最終運転となった「お座敷浪漫碓氷号」にも投入された。
老朽化のため485系改造の「彩（いろどり）」に置換えられ、2007年3月4日に運用終了。同月下旬、長野総合車両センターでEF64 42とともに廃車・解体となった。
彩
長野支社が保有し、長野総合車両センターに所属している座席車のジョイフルトレイン。老朽化した14系客車改造の和式客車「浪漫」の後継車両として485系電車6両編成1本を改造し、2006年12月に登場した。内装は1・6号車が座席車、2・3・5号車が簡易コンパートメント車、4号車がイベントカーで、車内構成が東海旅客鉄道（JR東海）の欧風列車「ユーロライナー」に類似する。
クロ481-1503（1号車：紫）・モロ484-1024（2号車：黄）・モロ485-1024（3号車：ピンク）・モロ484-1007（4号車：水色）・モロ485-1007（5号車：紫）・クロ481-1502（6号車：ピンク）で構成された6両編成で、種車は新潟車両センターに配置され快速「くびき野」で運用されていたT21・22編成である。改造時に余剰となったクハ481-333・1507は廃車された。
狭小トンネル区間である中央本線・篠ノ井線への入線対策として、改造時に運転台上のヘッドライトの撤去、静電アンテナの移設が行われた。パンタグラフもシングルアーム式のPS32形に変更された。ヘッドマーク掲出部は市販の40インチ液晶テレビをそのまま使用し、表示情報はDVDやCD-Rで読取る仕組みとなっている。2007年1月21日より営業運転を開始した。
2015年7月1日付で直流固定化されたのに伴い、車両番号が元番号+4000された。
2017年9月30日の「ありがとういろどり号」をもって営業運転を終了した。
ゆうゆう東海
1989年7月に登場した165系電車改造の3両編成。クモハ165-701+モハ164-701+クハ165-701で組成される。静岡運転所所属。8月3日の「ゆうゆう東海森林浴列車」で営業運転を開始した。
先頭部の大形曲面ガラスのほか、ハイデッキ構造に改造された客室は2人掛リクライニングシートを採用。モハ164-701の中央部にはイベントステージを設置し、鉄道車両では初めてボディソニックシステムも搭載。団体のみならず静岡地区の多客期臨時列車のほかホームライナーでも運用された。車両の老朽化や団体需要の減少により、1999年11月11日の急行「静岡葵博号」を最後に運用を終了、廃車・解体された。
トレイン117
飯田線の観光列車に運用するため2010年に登場した117系電車改造の車両。
登場当初はクハ116-203・モハ116-45・モハ117-45・クハ117-23（S9編成。原番号から変更なし）の4両編成で、大垣車両区に所属。後に先頭車がATS-PT対応のクハ116-207とクハ117-28にそれぞれ差し替えられた。
2号車のモハ116は「ウィンディスペース」と称したフリースペースとなっている。車内は元の座席を撤去した上で木製のベンチが窓を向いて置かれているほか、側扉には南海2200系「天空」のように展望柵が設置されそよ風を取り入れられるようになっている。1・3・4号車は一般席とし、一部の座席（3列につき1つ）が撤去されその部分に大型のテーブルを設置している。
塗装は当初2号車のみ緑系と青系のブロックパターンとしていた（他の車両は改造前と同じくJR東海色）が、先述したクハの差し替えに合わせる形で残りの3両もラインカラーが2号車と同じパターンのものに揃えられている。
2013年7月20日・21日のジェイアール東海ツアーズ主催の臨時団体列車の運用をもって引退した。
リゾートライナー
1988年に登場したキハ80系気動車改造の3両編成。キロ80 701・801、キロ82 801で組成されていた。名古屋車両区に所属していた。
先頭車はハイデッキ構造で中間車の中央部にイベントステージが設置されている。エンジンの換装は行われなかったため、出力不足を補う意味でキハ58形・キハ65形との併結運転もしばしば見られた。1995年3月に廃車された。
いこい
1982年に登場した12系客車改造の和式客車の6両編成。スロフ12 811・812、オロ12 821 - 824で構成されていた。沼津運輸区のちに、名古屋車両区に所属していた。JR東海の和式客車は他の編成とは違い、引退するまで12系客車塗装のまま活躍。1997年2月に最終運用を終え、3月に廃車となった。
国鉄・静岡局に所属していたスロ81系和式客車に「いこい」の名称が与えられていたため、名称としては二代目となる。
お座敷列車
1983年4月に登場した12系客車改造の6両編成。4月10日から営業を開始。スロフ12 915・916、オロ12 829 - 832で構成されていた。名古屋車両区に所属していた。
ジョイフルトレインとしては初めて、窓ガラスのないオープンデッキの展望車を連結したことで知られる。展望車は、後の改造車では車掌室を連結面側に方向転換のうえでトイレ・洗面所部分を台枠から切断して、そこに新規に製作した構体を接合させる工法をとっていたが、この車では車掌室を後位出入台部へ移設させて、元の車掌室部をデッキに改造する手法をとっていた。そのため発電機関の排気管がデッキに立ち上がっているなど、少々苦しいレイアウトとなっていた。一部から「ナコ座」とも呼ばれるが、正式な愛称はなかった。1999年度に廃車となった。
ユーロライナー
1985年（昭和60年）に登場した12系客車改造の欧風客車の7両編成。スロフ12 701・702、オロ12 701 - 705で構成されていた。名古屋車両区に所属していた。
両端の車両は開放室の展望車、中間車のうちの4両は4人用・6人用個室で、4両目（編成中央の車両）にはビュフェとホールがあった。ほかにもスキーの収納スペースが設けられている、テーマソングが車内で流される、などの特徴があった。臨時列車としては、冬に「シュプール号」として名古屋駅 - 妙高高原駅を運転していたほか、中間個室車がスハフ12形（電源用）、マニ44形とともに「カートレインユーロ名古屋」として運転など、編成を崩しての運転も多く見られた。2005年（平成17年）4月の団体臨時列車を最後に廃車されている。なお、ユーロライナーにあわせた専用塗装の機関車 EF64 35・EF64 66（2両ともに廃車）、EF65 105・EF65 106・EF65 112（3両ともに廃車）、DD51 592・DD51 791・DD51 1037（3両ともに廃車）も存在したが、最後まで残っていたEF64 35が2008年（平成20年）4月に運用を終えて廃車となったため、専用塗装機は全て消滅した。
ユーロピア
1990年（平成2年）に登場した14系客車改造の6両編成で、美濃太田車両区に所属していた。「ユーロライナー」と同様の塗装であった。スハフ14 701、オハフ15 701、オハ14 701 - 704で構成されていたが、2000年（平成12年）にスハフ14 701が廃車になり、代わりにスハフ14 5が内装を改造せず塗装のみを変更して組込まれた。単独で、あるいは「ユーロライナー」と混結して団体列車および「シュプール号」など多客臨時列車で運用された。その後、スハフ14 5はJR四国に譲渡され高松運転所に配置された。改修前の塗装（いわゆる国鉄色）に復元された後、2016年に東武鉄道へ再譲渡され、南栗橋車両管区に配置のうえ「SL大樹」に使用されている。
スーパーサルーンゆめじ
1988年に登場した211・213系電車の3両編成。クモロ211-1・モロ210-1・クロ212-1001で組成され、岡山支社が保有、岡山電車区に所属していた。臨時列車以外では瀬戸大橋線の快速電車「マリンライナー」のグリーン車でも使用されていた。
「マリンライナー」運用終了後は団体専用列車を中心に使用されていたが、2010年3月7日に岡山駅 - 大野浦駅間で実施されたさよなら運転「ファイナルラン　さよなら！スーパーサルーンゆめじ号」での運用をもって引退、同年6月30日付けで廃車となった。
ゆぅトピア
1986年に登場したキハ65形気動車改造の2両編成。キロ65 1・1001 で構成されていた。
外観は先に登場した「アルファコンチネンタルエクスプレス」に似たデザインのハイデッカー式で、デビュー当時は、大阪駅 - 金沢駅間は、同区間で運転されているエル特急「雷鳥」の後部に併結されて無動力で牽引され、当時の未電化区間であった金沢から和倉温泉までは自力走行して運転された。この運転方法があとに登場する「ゴールデンエクスプレスアストル」「エーデル丹後」にも受継がれる。しかし1991年に金沢駅 - 和倉温泉駅間が電化され「雷鳥」との併結運転は終了した。その後はもっぱら団体臨時列車として運転されてきたが、団体臨時列車運転中にエンジンの不具合が発生し、エンジン修復されず1995年3月31日に廃車された。
リゾートサルーン・フェスタ
1988年に登場したキハ28・58形気動車改造の3両編成。キロ59 552・553、キロ29 553 で構成されていた。広島支社・広島運転所に所属していた。
1988年7月に落成し、23日にデビュー。先頭車が魚の顔のようになっており、開閉する口の部分にはLEDの電光掲示板が設置されているのが特徴だった。また、スピーカーが付いており、デビュー当時は「はじめまして、僕はフェスタです…」などと喋っていた。2001年11月11日の「快速さよならフェスタ号」の運転をもって引退。2001年8月にタイ国鉄へ無償譲渡されることが決定していたが、予想以上に老朽化が進んでいたことや、タイ国鉄の幹部交代による方針変更などを理由にタイ側から最終的な調整の話が得られず破談。2003年7月25日に廃車となり、2004年3月までに解体され、特徴的な前頭部の一部が主な走行区間であった山口県長門市の民家に保存されている。朝日放送の『探偵!ナイトスクープ』で取り上げられたことがあった。
ビバ・ウエスト
1989年8月に登場したキハ58・28形気動車改造の2両編成。キハ59 501、キハ29 501 で構成されていた。なお、この車番は「おばこ」の普通車扱となったあとのものと重複していた。「ふれあいパル」と同じく小郡運転所に所属していた。
団臨のみならず多客臨としても運転されていたが1999年3月に廃車された。
セイシェル
1989年11月に登場したキハ58形気動車2両、12系客車1両を改造した3両編成。キロ59 554・555、キサロ59 501（12系「いこい」からの再改造車）で構成。通常の58系の2両編成に客車を挟んだのでやや出力不足ぎみとなっており、ほかの一般車を伴って運用されることも多かった。
キロ59形は長い連続窓で構成され、前面は改造車種であるキハ58形1100番台のままで貫通扉に小型の表示板が付いていた。2号車であるキサロ59形は、1両のみで構成するスハフ12形701号車「いこい」から再改造された車両で、室内は「くつろぎコーナー」というコーナーが設置されていた。
所属区は当初福知山運転所だったが後に豊岡鉄道部に転属。団臨以外にも多客臨時列車にも使用されていたが、2005年1月の団臨を最後に引退、3月31日付で廃車になった。
ゴールデンエクスプレスアストル
1988年に登場したキハ65形、キハ28形気動車改造の3両編成。キロ65 551・1551、キロ29 552（元「能登路」用座席指定改造車）の3両で組成されていたが、1998年のリニューアル時にキロ29 552は廃車、代わりにキロ28形改造のキロ29 554が新たに連結された。金沢支社が保有、金沢総合車両所に所属していた。
車体は「ゆぅトピア」に似ていて、先頭車前部にフリースペースの展望席を有し、キロ29形を外せば485系電車の後部に連結されての運転が可能で、「ゆぅトピア」が検査のときに「ゆぅトピア和倉」で運転されたこともある。1998年に外観塗装も含めリニューアルを受けた。
2006年11月5日・12日・26日の日曜日に金沢駅 - 猪谷駅間に運転された臨時快速列車「ありがとうアストル号」を経て、12月8日をもって運用を離脱、2007年3月8日付けで廃車となった。
ふれあいパル
1986年に登場したキハ58系気動車改造の2両編成。キロ29 504、キロ59 507 で組成されている。広島支社が保有、山口鉄道部に所属していた。助士側前面の窓が大きくなっており、前方の景色が見やすくなっていた。車内は掘ごたつ式であった。
利用率の低下と車両の老朽化のため、2007年10月28日に広島駅 - 新山口駅間で運転された臨時快速列車「さよならふれあいパル号」をもって運用を離脱し、11月9日付で廃車された。
ふれあいSUN-IN
1986年に登場したキハ58系気動車改造の3両編成。キロ29 503、キロ59 505・506で組成されていた。米子支社が保有、後藤総合車両所に所属していた。和式列車だが、各車両にはソファーが設けられている。名前の通り、山陰地方を拠点として運転することが比較的多い。車体の塗装のデザインは、側面から見ると片側は赤い塗料、反対側は青い塗料で「SUN-IN」と描かれている。下記の「ほのぼのSUN-IN」と連結して4 - 5両で走行することもあった。使用する機会はなくなっているのにもかかわらず、タブレットキャッチャーが設置されたままである。
2007年7月にキロ29 504、キロ59 506が廃車解体となった。残ったキロ59 505は「ほのぼのSUN-IN」と編成を組んで3両で活動していたが2008年7月に検査期限切れとなり、2009年1月に車両事故を想定した救助訓練に使用されて（一部の窓を破砕され、車体をエンジンカッターで切断された）廃車となった。
ほのぼのSUN-IN
1987年に登場。キハ58系気動車改造の2両編成。キロ29 551、キロ59 551で組成されていた。米子支社が保有、後藤総合車両所に所属していた。車内は「ふれあいSUN-IN」に似ている。山陰地方を拠点として運転することが比較的多かった。
2009年10月から11月にかけての土日に運転された「ありがとうお座敷ほのぼのSUN-IN」と、11月28日 - 29日に運転された「さよならお座敷ほのぼのSUN-IN」での運用をもって引退した。
みすゞ潮彩
2007年に登場したキハ47形気動車改造の2両編成。キハ47 7003・7004 で組成されていた。
2017年1月29日に運行終了したのち「○○のはなし」に再改造された。
天空の城 竹田城跡号
2015年に登場したキハ40形改造の1両編成。キハ40 2007 で組成されていた。
2019年5月6日に運行終了したのち「うみやまむすび」としてリニューアルされることが発表された。
ホリデーパル
1984年7月に登場した 20系客車改造の8両編成。簡易個室化された ナハネ20 701 - 705、ナハネフ22 701と、14系食堂車オシ14形をサロンカーに改造したオハ14 701、電源車カヤ21で構成されていた。
登場当初は国鉄色のままだったが、1990年末に白を基調に淡い藤色（あとに水色）ブルー・ピンクの帯を配した外観に変更された。波動用の車両のため、一般の20系と同様に扱われ、多客シーズンには臨時列車にも充当され、時に原色または本車両と同色に塗色変更された一般形との混結も見られた。老朽化のため、1996年2月18日を最後に運転を終了し、1997年に廃車された。
ジョイフルトレイン
1981年7月に登場した12系客車改造の和式客車6両編成である。スロフ12 807・808、オロ12 813 - 816 で構成されていた。改造種車には12系のトップナンバー（スハフ12形・オハ12形）も含まれていた。1989年に「いきいきサロンきのくに」へ再改造された。
国鉄・大阪局所属のスロ81系和式客車に「ジョイフルトレイン」の名称が与えられていたことから、名称としては2代目となる。
いこい
1985年4月に登場したスハフ12形客車改造車で、スハフ12 701の1両のみで構成されていた。
車内はアコーディオンドアで仕切られ半分が和式、半分が洋式と和洋折衷となっていた。定期客車列車に増結や気動車に挟まれての運用があった。1989年に「セイシェル」の中間電源車キサロ59形に再改造されている。国鉄 - JR東海の和式客車「いこい」（初代・スロ81系/二代・12系）と同じ愛称を名乗るが、同車とは、種車が12系客車であること以外関連はない。
わくわく団らん
1982年に登場した12系客車改造の6両編成の和式列車。国鉄金沢鉄道管理局、後に金沢支社・金沢総合車両所に所属していた。当初は愛称はなく、「サワ座」と呼ばれていた。
1993年末にリニューアルされ、編成両端に展望室を新設し、「わくわく団らん」の愛称が与えられた（愛称が決まるまではテールマーク掲出部に「JR」の文字が入っていた）。マロフ12 853（イベントカー）、スロフ12 814（展望室）、オロフ12 801（展望室）、マロ12 825・827・828 で組成されていた。マロフ12 853のみ、塗り分け方が異なっていた。
JR西日本に所属するジョイフルトレイン客車の中でも稼働率が比較的高かったが、末期には老朽化もあってか度々トラブルを起こし、金沢支社は修理に必要な部品を調達することができないことから引退を発表。2006年12月14日をもって運用を離脱、2007年3月8日付けで廃車となった。
いきいきサロンきのくに
1989年に登場した12系客車改造の和式列車の6両編成。スロフ12 807・808、オロ12 813 - 816 で組成されていた。元は1981年7月に登場したお座敷列車「ジョイフルトレイン」である。大阪支社が保有、宮原総合運転所に所属。車内は掘ごたつ式。
12系のトップナンバー車を含むため車齢が高く、また利用率の低下もあったため2007年6月限りで運用を離脱し、11月5日付で廃車となった。
きのくにシーサイド
1999年4月29日から9月19日に和歌山県南部を中心に開催された「南紀熊野体験博」にあわせて登場した列車である。12系・24系客車を改造した4両編成で、スハフ12 128、オハフ13 27、オハ12 228、オハ25 57 で組成され、和歌山支社が保有し、新和歌山車両センターに所属していた。
車体塗装は、南紀をイメージした橙色・青色・灰色を組み合わせて、白色の帯が加えられていた。専用牽引機関車にはDE10形 (1152) が塗色変更され運用されていた。オハフ13 27には運転台が新設され、この運転台から牽引機のDE10形を制御できるため、客車列車ではあるが機回しが不要であった。
12系を用いた座席車は3両連結され、381系電車を更新した際に発生したグリーン車の座席が使用され、すべて4人用ボックス席であった。24系は展望車に改造され、側窓は天井部分までに広げられ、山側にはテーブルとストールが設置され、車端部には車内販売スペースが新設された。
紀勢本線の快速「きのくにシーサイド」で運用されていたが、山陰本線で運転された客車快速「湯巡り山陰」「萩・長門ブルーライナー」などでも使用された。ほかにも「呉線100周年記念祝賀列車」「下関ふくふく号」（このときの牽引機はEF65形）、JR四国の琴平駅までの入線実績もあった。
2007年8月26日の「さよならきのくにシーサイド号」を最後に運用を離脱し、11月5日付で廃車された。
旅路
1981年に登場した12系客車改造の6両編成。スロフ12 809・810、オロ12 817 - 820で組成されていた。広島支社が保有、下関地域鉄道部に所属していた。
車内は和式仕様となっていた。デビュー当初は12系客車と同じ塗装だったが1987年3月に赤をベースに金帯を配した外観となり、1994年にリニューアルされ、1・6号車に展望ラウンジを新設、3号車はイベントラウンジへ改造された。快速「ハリウッドエクスプレス」にも使用された。
利用率の低下と車両の老朽化のため、2007年9月30日の「さよなら旅路号」を最後に運用を離脱し、2008年1月18日付で廃車された。
ゆうゆうサロン岡山
1985年に登場した12系客車改造の欧風列車の6両編成。スロフ12 703・704、オロ12 707 - 710で組成されていた。岡山支社が保有し岡山電車区に所属。
当初は茶色をベースに金帯を配した「サロンエクスプレス東京」に類似した塗装だったが1994年にリニューアル工事を受け白を基調にしたものと明るい外観となった。客車にあわせた専用牽引機としてEF65 123が用意されたが2002年に廃車され、以降は客車のみの存在となった。
2011年3月26・27日に実施された日本旅行の企画列車「ありがとう！“ゆうゆうサロン岡山”ファイナルラン」ツアーをもって引退し、2011年10月31日付けで廃車になった。
あすか
JR西日本となって初めて登場したジョイフルトレインで、近畿統括本部の大阪支社が保有し網干総合車両所宮原支所に所属していた。
余部鉄橋事故で全車廃車となった7両編成の14系800番台和風列車「みやび」（1986年4月登場→同年12月28日事故廃車）の代替車両として1987年に登場したジョイフルトレインである。12系客車と14系客車改造の7両編成で、マロフ12 851・852、マロ12 851 - 854、オロ14 851で組成されている。
車体は灰色をバックに扇形が描かれている。1996年 - 1997年にかけて、リニューアルを行い、客室内では、トイレの増設、更新。展望室のデフロスタ取り付け、展望室およびラウンジへのカーテン新設が行われた。外観はベース色のシックグレーがウォームグレーになり、雨樋の一体化が行われている。
2016年9月5日に展望車であるマロフ12 851とマロフ12 852が、同年11月17日にオロ12 851、オロ12 852がそれぞれ廃車された。残り3両のオロ14 851、オロ12 853、オロ12 854も2018年3月31日付で廃車され、これにより全車廃車となった。
SLやまぐち号（12系）
1988年に登場した12系改造の5両編成。「レトロ客車」と称する。オハフ13 701「展望車風客車」、オハ12 701「欧風客車」、オハ12 702「昭和風客車」、スハフ12 702「明治風客車」、オハ12 703「大正風客車」で組成されている。広島支社が保有し、山口鉄道部に所属していたが、2017年9月に35系4000番台の登場で引退した。
2018年2月に大井川鐵道に譲渡されることが発表された。具体的な営業開始時期については未定。
旅立ち
1988年1月に登場したキハ58系気動車改造の4両編成。キハ58 305・306、キハ28 2153・2432 で構成されていた。高松運転所に所属していた。
内装を改良され、キハ58 306には自動車電話付の添乗員室も設けられ、定員は76名。その他は84名。座席は折畳テーブル付の改良ボックスシートとなり、塗装は白を基調に2種青系の曲線でまとめていた（このデザインは、その後同社自動車部門の貸切バス・高速バスのデザインにも使用された）。本四備讃線用の無線アンテナを持っていたため本州方面にも団体列車として運転されたり、四国内で急行・普通列車、団体列車で運用された。
レインボー
1988年3月に登場したキハ58系気動車改造の4両編成。キハ58 464・649、キハ28 2490・2491 で構成されていた。高松運転所に所属していた。
内装を改良され、座席はリクライニングシートに交換され、定員は52名。カラオケも搭載された。塗装は白の車体にピンクと水色の曲線ラインだった（このデザインは、その後同社自動車部門の貸切バス・高速バスのデザインにも使用された）。「旅立ち」と同様に本四備讃線用の無線アンテナを持っていたため本州方面にも団体列車、臨時列車として運転されたり、四国内で急行・普通列車、団体列車で運用された。
アイランドエクスプレス四国
1987年に登場した50系客車改造の5両編成。オロフ50 1 - 3、オロ50 1・2 で構成されていた。専用塗装のDE10形ディーゼル機関車（1014・1036・1148号機）が3両存在した。高松運転所に所属していた。
1987年、国鉄分割民営化と同時に登場した四国初の本格的なイベント専用列車。列車定員は128名、各種AV装置を搭載、床は絨毯敷で360度回転式リクライニングシートが並んでいた。1995年末に大幅なリニューアル工事を施工。1999年5月31日にさよなら運転を行い、同年度中に廃車となった。その後キハ185系キロハ186形改造の「アイランドエクスプレス四国II」が登場している。
そのほか
「アイランドエクスプレス四国」に続くジョイフル車両第2弾として1988年5月、波動輸送用として高松運転所に配置されていた12系のうち、スハフ12形2両（3・6）、オハ12形4両（5・6・9・10）の計6両をグリーン車に改造した。オロ12 6・9は車内がカーペット敷きとなり、他の4両は座席がシートピッチ1400mm、2+1列配置、読書灯・足置き付きのリクライニングシートに取り替えられた。番号は「ハ」を「ロ」に変更したのみである。
改造後は高松駅 - 大歩危駅間の臨時列車「秘境・大歩危号」や団体列車として使用されたが、「ムーンライト高知」に転用するために6両とも高知運転所に転属し、2008年冬まで臨時快速「ムーンライト高知」・「ムーンライト松山」に使用されていた。
2009年に保留車になっていたが、2010年3月31日付でオロ12 5・10が廃車され、残りの4両も同年4月30日付で廃車された。
BUNBUN
1987年3月に登場したキハ58系気動車改造の2両編成。キハ58 8001、キハ28 8001 で構成されていた。外観は余り手を加えず塗装に凝った編成で前面に愛称名を英文字で描かれているのが特徴。車内は掘ごたつ式の和式列車だった。JR九州ジョイフルトレイン全面廃止の1994年6月まで活躍した。
らくだ号
1983年登場したキハ58系気動車改造の2両編成。1984年と1986年に2両ずつ増備された。キハ58 140・190（1983年改造）、キハ28 2420・2436（1984年改造）、キハ58 1131、キハ28 3015（1986年改造）で構成され、鹿児島運転所に所属していた。
座席はそのころ廃車が進行していた481系普通車の回転クロスシートを流用し、カラオケ装置も設置した。愛称名の「らくだ」とは、当時の国鉄の「トクトクきっぷ」のイメージキャラクターであったラクダからの命名である。1986年に 185系電車を模した斜めストライプを車体の両サイドに配した塗色に一新されている。
団体列車のほか定期普通列車にも使用されたが、一部車両は「ゆ〜とぴあ」「吉四六」に再改造され、残存車両は室内を近郊型仕様に改造されて普通列車用となったが、2007年までに全廃されている。
ゆ〜とぴあ
1987年3月にキハ58系気動車改造の「らくだ号」のうちのキハ58 140、キハ28 2436 を再改造した車両。外観は「ふれあいパル」に酷似している。改造による改番はされていない。鹿児島運転所に所属していた。同時期に金沢地区に登場した同名の気動車ジョイフルトレイン（「ゆぅトピア」）とは無関係。
キハ58 140がロビーカータイプの洋風、キハ28 2436がお座敷の和式というで構成されていた。主に団体用として運用されていたが、1993年にジョイフルトレインの整理・見直しによりキハ28 2436と「ジョイフルトレイン大分（旧吉四六）」のキハ58 190を組合せた「しらぬい」に再改造され、キハ58 140は廃車になった。
吉四六
1987年3月にキハ58系気動車を改造した2両編成。キハ58 190・キハ28 2487 で構成され、大分運転所に所属していた。
外観は鳥と花をデザインしたものが採用されていた。キハ28形の客室は半室和式・半室座席に分かれ、元「らくだ号」のキハ58形の客室は全室和式仕様になっている。この改造による改番は行われていない。
1989年に「ジョイフルトレイン大分」へ改称され塗装も変更されたが、1993年にキハ58 190が「しらぬい」に再改造され、キハ28 2487 は廃車になった。
しらぬい
1993年8月に「ゆ〜とぴあ」のキハ28 2436と「ジョイフルトレイン大分」のキハ58 190の2両を再改造して登場した。JR九州の最後のジョイフルトレインだった。熊本運転所に所属していた。しかし、1994年6月のジョイフルトレイン全面廃止に伴いわずか1年足らずで廃車された。
サウンドエクスプレスひのくに
1986年に登場したキハ58系・キハ65形気動車改造の4両編成。キハ58 700・701、キハ65 61、キハ28 2485 で構成され、熊本運転所に所属していた。
車体には手を加えず、改番もされていない。白の車体に緑の帯を配したデザインが特徴。レーザーディスク方式のカラオケ装置を鉄道車両として初めて搭載している（列車愛称の「サウンドエクスプレス」は、これに由来する）。1992年にキハ65 61とキハ58 700はハウステンボス色に変更されて転出、残る2両は1994年まで運用された後、一般車へ改造され普通列車として活躍していたがすでに廃車されている。
ふれあいGO
1988年10月に登場したキハ58・65形気動車改造の2両編成で、キハ58 8002・キハ65 8001 で構成されていた。筑豊気動車区に所属していた。車体は、白を基調にそよ風が舞うようなデザインだった。和洋折衷の室内が特徴で、JR九州ジョイフルトレイン全面廃止の1994年6月まで活躍した。
サルーンエクスプレス
1988年に登場したキハ58・65形気動車改造の2両編成。キハ58 7001、キハ65 7001 で構成されていた。熊本運転所に所属していた。
室内は山小屋風に改造されているのが特徴でダミーのペチカのあるロビーも完備され、客室からの展望を良くするため、座席は通路よりやや高くしている。側窓は固定され、照明式のヘッドマークが設置されている。団体臨時列車のほか臨時列車にも活躍し、晩年は普通列車として運用されたが1994年3月に廃車された。
ジョイフルトレイン長崎・ジョイフルトレイン熊本
1988年にキハ58・65系を改造した2両編成。キハ58 7002、キハ65 7002 で構成されていた。長崎運転所のちに、熊本運転所に所属していた。
白を基調に大きく描かれた龍（ドラゴン）が特徴。1992年に長崎から熊本に転じたが外観はそのまま維持し、1994年3月に廃車となった。
アクアエクスプレス
1988年7月に登場したキハ58系気動車改造の3両編成で、キハ58 7003・7004、キハ28 7001 で構成されていた。熊本運転所に所属していた。
水戸岡鋭治率いる「ドーンデザイン研究所」のJR九州におけるデビュー作。この後、JR九州の各車両のデザインを手がけるようになった。当初は香椎線の定期普通列車に使われたが、1993年3月 - 2000年3月まで急行「くまがわ」として使われた。1998年（平成10年）には中間車のキハ58 7003が廃車され、先頭車は「くまがわ」から撤退後、保留車となっていたが、2002年に廃車された。
あそ1962
2006年7月に登場したキハ58系気動車の2両編成。キハ58 139とキハ28 2401で組成され、熊本車両センターに所属していた。
車両の内外を昭和30年代風に改め、塗装は黒をベースに金色の帯と各種ロゴを配した。各車の後位側（運転台の無い側）にある一部の座席を撤去し、自転車持ち込み用スペースを設けている。列車名の「あそ1962」は沿線にある阿蘇山からの「あそ」とキハ58 139が製造された「1962年」から採られたもの。
2006年7月22日から豊肥本線の熊本 - 宮地間で運行を開始し、新規設定の観光列車「あそぼーい!」に後を譲る形で2010年12月26日に引退した。
TORO-Q
2003年に運行が開始されたトロッコ列車で、両端が気動車（キハ65 36・キハ58 569）、中間3両がトロッコ車両のトラ70000形無蓋貨車 (74858,72792,74319) の5両編成となっていた。
専用車両の老朽化などにより、2009年（平成21年）11月29日の運転をもって運行を終了した。
お座敷列車・海編成/山編成
12系客車改造の6両編成。1980年に登場した12系客車初の和式列車だった。海編成がスロフ12 801・802、オロ12 801 - 804、山編成がスロフ12 817・818、オロ12 833 - 836でそれぞれ構成されていた。門司港運転区に所属していた。
海編成は九州の海の名（1号車「有明」、2号車「西海」、3号車「玄海」、4号車「周防」、5号車「日向」、6号車「錦江」）、山編成は九州の山の名（1号車「桜島」、2号車「高千穂」、3号車「九重」、4号車「阿蘇」、5号車「雲仙」、6号車「開聞」）が付けられており、各車両の側面にはイラストとともに車名を掲出していた。外観塗装も青を基調に淡緑帯を配したものを経て深緑色を基調に金帯を配した外観となった。JR九州のジョイフルトレイン廃止を受け1994年6月末をもって2編成共に引退した。
パノラマライナーサザンクロス
1987年4月に登場した12系客車改造の欧風客車の6両編成。スロフ12 705・706、オロ12 711 - 714 で構成されていた。門司港運転区に所属していた。
両端展望車の展望室部分が客車として初めてハイデッキ構造となったのが特徴。専用牽引機にED76 78とDE10 1131があった。専用機関車を2両用意するなど、新生JR九州のフラッグシップを担った車両であり、稼働率が高く九州内のみならず本州・四国にも入線した実績がある。JR九州のジョイフルトレイン廃止を受け1994年3月24日に廃車された。