研修医
地位
法律上「研修医」という資格は存在しない。研修期間中であっても、医師法・歯科医師法上「医師」「歯科医師」であることに変わりはなく診療内容の制限は全くない。ただし基礎研究に専念するなどの臨床とは関わらない道を選ぶ医師以外については、医師で2年以上、歯科医師では1年以上の臨床研修が義務付けられており、その期間に相当する医師を「研修医」と呼ぶ。一般に「研修医」の語を使う場合、厚生労働省が定めた2年間の臨床研修に従事する「初期（前期）研修医」を指すが、病院独自に「前期・後期研修医」の名称を使用することもある。後期研修医とほぼ同義の語として、専修医、修練医、などがあるが、各々の病院独自のものである。
制度
日本では大学において6年間の医学教育が行われているが、医師免許・歯科医師免許を持たない学生は法律的に医療行為を行えないため、大学卒業時点では医師・歯科医師としての実地経験はないに等しい。歯学部は、文部科学省高等教育局医学教育課長通知「歯科医師卒前臨床実習についての考え方について（15高医教第12号　平成15年6月11日）」に基づき、「歯科医師卒前臨床実習については、患者の同意の下で、歯科医師としての資質向上を目的として卒前教育の一環として行われるものであり、侵襲性が相対的に小さいことや指導医の指導・監督の下に行われることなど、適正な体制の下に相当な手段で実施される場合には、社会通念から見て相当であり、歯科医師法上の違法性は阻却されるものと考えられること」との考えのもと、歯学部・歯科大学の附属医療機関内等で指導者の指導・監督の下に臨床実習生（歯学部学生）が歯科医業の一部を実施することが許容されている。しかし、それだけでは不十分であるため、診療に従事しようとする医師・歯科医師に対し、免許取得の後に、臨床研修の名で指導医（指導歯科医）・上級医（上級歯科医）の指導の下に臨床経験を積む卒後教育が制度化された。臨床研修を受けることは以前は努力規定であったが、医科では2004年から義務化され、歯科では2006年より義務化された。
研修先と研修プログラム
研修医・研修歯科医が研修できる施設は指定されており、医学部や歯学部に附属する大学病院。または厚生労働大臣指定の臨床研修施設（病院・診療所等）でのみ実施することが定められている。臨床研修施設として指定を受ける病院には、様々な基準が求められ、その基準を満たせない場合は指定が取り消され研修医を招聘することが出来ない。研修は研修プログラム責任者が作成し厚生労働省によって認可されたプログラムに沿って行われ、臨床研修協力施設としてへき地・離島診療所、中小病院・診療所、
保健所、介護老人保健施設、社会福祉施設、赤十字社血液センター、各種検診・健診の実施施設等も含めることができる。
診療アルバイト禁止
研修期間中に他医療機関などでの診療アルバイトは禁止されている。医師法第16条の3に「臨床研修を受けている医師は、臨床研修に専念し、その資質の向上を図るように努めなければならない。」と規定されており、明文化されていないものの、これを根拠に厚生労働省は2年間の初期研修期間においては、研修先の関連施設であっても定められたプログラム外の診療業務に関わることを禁止している。しかし2004年以降も研修医が医療機関でアルバイトをしていたという案件は数多く報告されており、厚労省はアルバイトのあった研修先に対して管理徹底を指導している。なお診療外の非医療分野のアルバイトは禁止について言及されていない。
劣悪な研修環境が社会問題化
この法改正により、大学卒業後すぐに医師国家試験を受けて医師免許を得ることが可能になった。臨床研修制度も改正され、医師免許取得後に2年以上の臨床研修を行うよう努めるものと定められた（努力規定）。こうして研修医は医師としての身分の保障はなされたものの、依然として労働面や給与面での処遇には問題も多かった。特に私立大学病院の大半では労働者としての扱いすらされておらず、社会保険にも加入できなかった。研修医には長時間の過酷な労働の対価として月額数万円程度の「奨学金」が支払われるに過ぎず、生活費を当直などのアルバイトに依存せざるを得なかったのである（実際、大阪・兵庫両府県の大学病院などで働く研修医のうち、98人もの多数が、別の病院などでアルバイト診療をしていたことが、厚生労働省近畿厚生局が2008年に行った実態調査で発覚している）。
大学病院における専門分野に偏った研修の弊害も指摘されるようになり、36年ぶりに臨床研修制度が改正されるに至った。
なお、2005年6月、最高裁にて「研修医は、教育的な側面があるとはいえ、病院の開設者のために患者の医療行為に従事することもあり、労働基準法に定める労働者にあたる」とした判断が下され、最低賃金の保障など待遇の向上が期待される。（詳細は関西医科大学研修医過労死事件を参照）
地域医療への影響
マッチング制度の導入によって、研修先を自由に選べるようになった結果、研修医は都市部へ集中し、地方の医師数は（病院数および患者数に対して）決定的に不足している。さらに、研修医のアルバイトが禁じられることで、夜間および休日の当直業務を行う医師の確保が非常に困難となっている。また、労働力としての研修医を多く抱えることのできなくなった大学病院が人手確保のため関連病院へ派遣した医師を引き上げ始めており、人口過疎地では医療そのものが成り立たなくなるなどの問題も出始めている。このため、2009年4月より、大学病院に限り、地域医療に影響を及ぼしている診療科について、特別コースに基づいた研修プログラムを実施できるようになった。また、2010年4月からは臨床研修の必修科目を内科や救急など数科目に絞り、期間を実質1年間に短縮し、2年目から志望科で研修させることで医師不足に対応するプログラムも実施可能となった。
もっとも今までの医局人事が崩壊しつつあることで、病院の経営者である医療法人や地方自治体は地元医学部に気を使うことなく採用活動を行うことが可能になり、特に地方の病院は新人研修医に対して各大学で説明会を開いたり、病院見学会を行うなど積極的な求人活動を行うようになった。今までのブラックボックス的医局人事を捨て、病院経営者による自主的な人事権の行使による公正な病院作りが可能となるか、注目されている。
また、和田秀樹（精神科医・国際医療福祉大学教授）は「実は現行の臨床研修制度が始まってから、研修医がいちばん増えたのは沖縄県、2番が岩手県、3位が島根県で、むしろ東京の研修医は2割も減っている」と主張している。
財源問題
新制度では研修医に対する適切な処遇の確保を謳っているが、実際には国は十分な財源の確保をしておらず、それをうやむやにするために給与も諸経費も一括して研修施設に交付し、その後の使い道は各施設に丸投げしてしまった。すなわち研修医の給与にどれだけ回すかに関して各施設の裁量を認めており、適切な処遇がされない可能性を残している。
実際には、国は各研修施設に月30万円程度の給与を支払うよう求める一方で、補助されるのは経費込みで月10数万程度である。厚生労働省の調査で全国平均30万円を達成しているとされているが、これは高待遇の地方の民間病院と、給与の低い都市部の大学病院やその関連施設との平均に過ぎず、実態を反映していない、との指摘がある。
研修の質の確保
幅広い診療能力の習得を目的に、内科・外科・産婦人科など複数の科で研修するカリキュラムを組むこととされているが、こうした研修を初めて実施する施設も多く、研修の質の確保が今後の課題とされる。また、短期間ローテーションしたところで本当に基本的な診療能力を習得できるのかといった根本的な問題点や、ローテーションしたくない科でも研修しなければならないことによる研修医・指導医双方の意欲低下も指摘されている。
診療科の選別
新臨床研修制度により、新任医師は志望科にかかわらず多くの科をローテーションするようになった。しかし、特に外科系では、長時間に及ぶ手術など、本来の目的である幅広い診療能力の習得とはかけ離れた内容の研修が行われているのが現状である。その結果、現実を直視し、過重な専門科・訴訟リスクの高い専門科・QOMLの低い専門科を選択しなくなってきた。そのため、多忙な科や、常に緊急対応の必要な科ほど不人気になり、人員不足に陥る悪循環が発生しつつある。