琉球民族
範囲
いわゆる琉球民族論を主張するものは歴史的に琉球王国として日本とは別の国であったため、大和の朝廷を中心とした大和民族とは別の民族であるとも主張している。しかし、その民族範囲はそれを主張する者の中でも異なっており、琉球処分直前の領土であった沖縄県の大半とする主張（この場合、沖縄民族ともいう）と、これに琉球王国統一後の最大版図であった奄美群島を含むとする主張とがある。
この違いは、いわゆる琉球民族を主張する者が沖縄県のみをもって論ずることの多さにある。その理由として、沖縄県内外において文化や歴史を語る上でも沖縄本島中心であることが多く、特に県外である奄美群島は意識の外にあることが指摘されており、そのことは民族論でも現れているといえる。しかし、近年そのなかにも過去の歴史やその文化的近似性に注目して奄美群島住民を取込もうとの姿勢がみられてきた。
分布と歴史
いわゆる琉球民族の先住地は、現在の沖縄県全域と鹿児島県の奄美群島であり、言語学的に琉球諸語と総称される言語の分布とほぼ一致する。歴史的には沖縄県は琉球王国の領域を踏襲しており、奄美群島は、尚徳王による制圧（1466年）から薩摩藩への割譲（1613年）まで琉球王国による支配を経験している。
1879年の琉球処分以降、職を求めて北海道・本州・四国・九州、いわゆる日本本土に移住する者も増加した。日清・日露戦争期の経済成長・工業化に伴い、男子は製鉄・製造業の中心地であり沖縄との定期航路の多かった大阪へ行くものが多く、女子は紡績工として大阪のほか、兵庫・和歌山・静岡などに出向いた。以上のような経緯から大阪には沖縄に出自を持つ者が多く、1935年の時点で本土在住の沖縄出身者32,335人のうち、15,648人が大阪在住であった。
海外への移民は琉球王国時代から募集されていたが、琉球処分後、特に1904年に沖縄を襲った干ばつ以降、人々の目は海外に向かった。1935年の時点で沖縄出身の海外在住者数は、ハワイ12,820人、ブラジル10,668人、ペルー7.647人、フィリピン6,229人、アルゼンチン1841人だった。とりわけハワイは、温暖な気候と、作り慣れたサトウキビ栽培を理由に、出稼ぎ先、移住先として人気が高く、ハワイ各地に「沖縄村」が形成された。ときに広島、山口、熊本、福岡を中心とした本土出身のコミュニティの反感を買うこともあったという。逆に沖縄から海外移民が増加した時期に、米国本土への移民が制限されたため、日系人コミュニティのあるカリフォルニアなどには沖縄出身者は比較的少ない。
言語
琉球王国領域の言葉は言語学的に日本語であるが、独自の琉球語であると主張する者もあり、その場合でも日本語と共に日本語族に属する。一般的には琉球方言とする主張が多く、それ以外の日本語を本土方言と分類し両者をあわせて日本語とする見解が主流である。どちらの主張でもこの地域の言葉は日本の言語を構成する二大要素といえる。琉球諸島の言語も相互での意思疎通が困難なほど地域差が大きく、諸言語の集合と捉えることもある。ただし、エスノローグでは喜界語、北奄美大島語、南奄美大島語、徳之島語、沖永良部語、与論語、国頭語、中央沖縄語、宮古語、八重山語、与那国語として分類し、それぞれを別言語とみなしている。
神話
いわゆる琉球民族はアマミキヨとシネリキヨという女男2柱の祖先神をもち、これをもって日本神話とは神話体系が異なるとし、民族としての文化面の大きな相違点だと主張する者もいるが、日本神話における国産みや神産みのイザナギ・イザナミという夫婦神、アマテラスとスサノオという姉弟神との共通点・類似点も多く、こちらも多くの議論の対象となっている。
音階
沖縄にはいわゆる琉球音階をはじめとする独自の音階が存在し、これをもって大和民族の音階群とは異なるとし、民族としての文化面の大きな相違点だと主張する者もいるが、ド・ミ・ファ・ソ・シ・ドの５音階を琉球音階と呼ぶことは誤解もしくは不十分な理解に根ざし、混乱の原因であるとの指摘もある。
遺伝的系統
以下は遺伝子の研究から、九州以北の日本本土の住民と南西諸島（奄美群島以南）の住民との比較のため参考として記するものである。ただし、遺伝的な近さと遠さは民族概念と一致するものではない（日本人、ユダヤ人も参考のこと）。
九州以北の本土の住民とは同じ祖先をもつことが最近の遺伝子の研究で明らかになっている。また、中国南部及び東南アジアの集団とは地理的には近く昔から活発な交易がおこなわれていたため九州以北の日本本土住民と違いその影響があったと考えられていたが、遺伝子の研究から中国や台湾の集団とはかなり離れていることが判明している。九州以北の日本本土住民との近縁性と共にそれを介して北海道のアイヌ民族との近縁性も指摘されている。父系遺伝子Y染色体ハプログループD1a2を持つのは世界で本土日本、アイヌ民族、沖縄だけであり、お隣の台湾や中国、韓国には全く見られない。むしろ中国、台湾とは非常に離れている。世界的にも珍しいY染色体ハプログループD1a2系統を日本人では30%～40%、アイヌでは90%、沖縄本島では50％もの人が所持しており、日本本土との関係は切っても切り離せない。高宮広士が、沖縄の島々に人間が適応できたのは縄文中期後半から後期以降であるために、10世紀から12世紀頃に農耕をする人々が九州から沖縄に移住したと指摘するように、考古学などの研究も含めて南西諸島の住民の先祖は、九州南部から比較的新しい時期（10世紀前後）に南下して定住したものが主体であると推測され、それまで居住していた奄美・沖縄諸島と先島諸島の2グループの先住民に取って代わったと考えられている。これらのことから九州以北とは遺伝的・人類学的にみても明瞭な境界線を引くことは難しい。
政治的な人種論に対する批判として指摘されることは、日本列島の住民は複数の人種の混血であり、その混血度は地域によって異なることである（沖縄県民を含めた日本人は他国に比べれば混血度は少ないとされる）。
これら以外にも記録や史跡から、中国大陸方面からの移民の子孫や、15世紀の大交易時代の名残からフィリピン系、スペイン系との混血などのルーツを持つ住民も存在し、またアメリカ合衆国による沖縄統治時代に生まれたアメリカ系との混血も多い。
2008年に理化学研究所ゲノム医科学研究センターが、日本全国（含沖縄県、除中国四国地方）7000人のゲノム中にある14万箇所の一塩基多型を統計的に解析したところ、ゲノムの特徴の点で7000人分の標本は「本土クラスタ」と「琉球クラスタ」に明確に分かれることがわかった。特に3番染色体の組織適合抗原（HLA）の遺伝子に大きなちがいがみられ、ゲノム医科学研究センターは、その違いの原因が両人類集団のいずれかが過去に経験した何らかの感染症の有無ではないかと推測した。さらに2012年ごろには、日本列島人類集団遺伝学コンソーシアムが、北海道平取町在住、沖縄在住、東京在住、北京在住の漢族、イバダン在住のヨルバ族、ユタ州在住の西欧系といった複数の人類集団にそれぞれ属する人々のゲノム、100万箇所の一塩基多型を統計的に解析したところ、アイヌ人からみると琉球人が遺伝的にもっとも近縁であり、両者の中間に位置する本土人は、琉球人に次いでアイヌ人に近いことが示された。また、本土人からみると琉球人が遺伝的にもっとも近縁であり、日本列島人（アイヌ人、琉球人、本土人）は、現在の東アジア大陸部の主要な30の人類集団とは異なる遺伝的構成であることも示された。琉球弧を含む日本列島人のルーツを説明する仮説としては、ベルツなどが提唱した「もともと縄文系の人々が住んでいたところに、弥生人が後から大陸経由でやってきたが、沖縄や北海道（アイヌ）の人々は本土の人々とあまり交流がなかったために異なる集団となった」とする二重構造説が存在するが、21世紀前半に比較的新しい研究手法を用いてなされた研究によるこれらの結果も、二重構造説と矛盾しない。
2014年9月17日、琉球大学大学院の研究グループが、琉球列島（沖縄本島だけでなく、八重山・宮古地方も含む）の人々の遺伝情報を広範に分析した結果、台湾や大陸の集団とは直接の遺伝的つながりはなく、日本本土に由来する事がわかったとモレキュラーバイオロジーアンドエボリューションに発表した。
また、いわゆる琉球民族にはATLのレトロウイルス（HTLV-1）が日本列島内でも高頻度で観察される事から、縄文人の血が濃く残っていると考えられる。
2018年に国立遺伝学研究所が発表した核DNA分析における遺伝子研究による民族の遺伝的分布において、アイヌ・本土・沖縄は共に父系を縄文人に持つ同一円内と判明し、他の東アジアとは別種であることが確認された。
日琉同祖論
九州以北とその起源を同じくする、同一民族の支族であるとする考えを日琉同祖論という。いわゆる琉球民族論にとっては対論と看做せる論であり、沖縄県における日本復帰運動では思想の根幹となった。歴史的にはいわゆる琉球民族論よりもはるかに古いが、1609年の薩摩侵入を経て、実質その支配下において書かれた史書などを出所としており、この説には薩摩の意向が反映されている疑いを排除できないと否定する者もある。　しかし、中国の歴史書である「隋書」において、607年に煬帝は朱寛を琉球を送り込んだ際に、「琉球人とは全く言葉が通じず、朝貢を拒んだ」と報告がある一方、日本書紀には616年から少なくとも5回は琉球からの自発的な朝貢が記録されており、続日本紀では698年から少なくとも4回は朝貢した琉球人に位階を授けた記録が残っており、これを証明するかように「大和船で大極殿に上り、瓦や手土産を買った」という歌が『おもろさうし』に掲載されている。これをもって古代琉球人は少なくとも中国よりも日本に対して帰属意識があったと見ることが可能である。薩摩支配下での琉球王国で正史とされる『中山世鑑』や、『おもろさうし』、『鎮西琉球記』、『椿説弓張月』などでは、12世紀、源為朝（鎮西八郎）が現在の沖縄県の地に逃れ、その子が琉球王家の始祖舜天になったとされる。真偽は不明だが、薩摩支配下の琉球では正史として扱われており、この話がのちに曲亭馬琴の『椿説弓張月』を産んだ。大正11年には為朝上陸の碑が建てられた。表側に「上陸の碑」と刻まれて、その左斜め下にはこの碑を建てることに尽力した東郷平八郎の名が刻まれている。摂政羽地朝秀は、摂政就任後の1673年3月の仕置書（令達及び意見を記し置きした書）で、琉球の人々の祖先は、かつて日本から渡来してきたのであり、また有形無形の名詞はよく通じるが、話し言葉が日本と相違しているのは、遠国のため交通が長い間途絶えていたからであると語り、王家の祖先だけでなく琉球の人々の祖先が日本からの渡来人であると述べている。17世紀、羽地朝秀が編纂した『中山世鑑』においてこの説は展開された。明治以降も沖縄県の一部の文化人らの間で展開された論であり、伊波普猷の沖縄学もその流れにある。
瀬長亀次郎は、返還運動のさなか、その著作として、民族三部作の一つ『民族の悲劇』をあらわしているが、そこでの「民族」は明らかに日本民族であって、沖縄県民を異民族支配の下に置かれた日本民族の一部と表現しているのも、同じ流れにあると言えよう。沖縄返還後は沖縄県の独自性たる芸能の保護などについても運動しているが、ここでも彼は、沖縄県の芸能は「日本の宝」と表現した。
民俗学
初期の民俗学者は南西諸島の文化について九州以北との近縁性をとらえ失われた習俗などが残されているとして重視していた。柳田國男は『海上の道』で黒潮の流れから着想を得て沖縄県との類縁を論じ、その弟子の折口信夫もまれびと論・他界観で沖縄県周辺の宗教から多くの論拠を引いている（『古代研究I』など）。昔からあった日琉同祖論の影響もあろうが、地に足の着いた現地研究の成果も見逃せない。