日本国との平和条約
正文
この条約の後文には「千九百五十一年九月八日にサン・フランシスコ市で、ひとしく正文である英語、フランス語及びスペイン語により、並びに日本語により作成した」との一文があり、日本語版は正文に準じる扱いとなっている。日本語が加えられているのは当事国であるためである。日本では外務省に英文を和訳させ、これを正文に準ずるものとして締約国の承認を得たうえで条約に調印した。現在条約締結国に保管されている条約認証謄本は日本語版を含む4カ国語のものである。
ソビエト連邦と中華民国がこの条約には加わらなかったことから、ロシア語と中国語での条約認証謄本の作成は行われていない。活動休止であったが事実上は国際連盟下であり、同年10月24日に発足する国際連合の公用語とされる英語・フランス語・スペイン語・ロシア語・中国語の5カ国語は、後のものである。
領土
ポツダム宣言の8項（カイロ宣言は履行されるべきこと）を受けて規定された条項である。日本には領土の範囲を定めた一般的な国内法が存在せず、本条約の第2条が領土に関する法規範の一部になると解されている。国際法的には、「日本の全ての権利、権原及び請求権の放棄」とは、処分権を連合国に与えることへの日本の同意であるとイアン・ブラウンリーは解釈している。例えば台湾は、連合国が与えられた処分権を行使しなかったため条約後の主権は不確定とし、他国の黙認により中国の請求権が凝固する可能性を指摘している。
沖ノ鳥島に関する記述
この条約においては、沖ノ鳥島の存在、取り扱いについて明記されている。
北方領土問題
第二章第二条(c)において日本が放棄した千島列島の範囲について、特に南千島（択捉島、国後島）を含むかどうかに解釈上の争いがある。
「外地人」の日本国籍喪失
条約に基づき領土の範囲が変更される場合は当該条約中に国籍の変動に関する条項が入ることが多いが、本条約には明文がない。しかし、国籍や戸籍の処理に関する指針を明らかにした1952年（昭和27年）4月19日法務府民事局長通達・民事甲第438号「平和条約の発効に伴う朝鮮人台湾人等に関する国籍及び戸籍事務の処理について」により本条約第2条(a)(b)の解釈として朝鮮人及び台湾人は日本国籍を失うとの解釈が示された。1961年（昭和36年）の最高裁判所判決でも同旨の解釈を採用した。もっとも、台湾人の国籍喪失時期については本条約ではなく日華平和条約の発効時とするのが最高裁判例である。
東京裁判の受諾問題
東京裁判の「受諾」について書かれた11条について議論が行われている。
著作権保護期間の戦時加算
戦時中は連合国・連合国民の有する著作権の日本国内における保護が十分ではなかったとの趣旨から、本条約第15条(c)の規定に基づき連合国及び連合国民の著作権の特例に関する法律が制定され、著作権法に規定されている保護期間に関する特例（戦時加算）が設けられている。
冷戦と朝鮮戦争
第二次世界大戦終結後、ソ連とアメリカは対立するようになり、冷戦構造が戦後の国際社会で形成されてゆく。中国大陸では国民党政権と共産党政権が対立し、内戦に発展した。内戦中、ソ連は中国共産党政権を支援した。1949年9月末の時点で、共産党政権は、中華民国（国民党政権）が主張する領域のうち、チベットと新疆省を除く大陸部を占領した。1949年10月に北平（今の北京）において共産党政権は中華人民共和国の建国を宣言し、12月に国民党政権は台湾に移った。
その後、1950年に朝鮮戦争が勃発した。ソ連と中国共産党政権は北朝鮮を支援し、アメリカ、イギリスなどは大韓民国を支援した。こうした背景があり、ソ連とアメリカの関係は悪化し、連合国構成国間の講和条約締結にむけた交渉は混迷した。最終的にソ連の代表は講和会議に出席したものの講和条約には署名しなかった。中華民国（国民党政権）および共産党政権の代表は招待されなかった。
アメリカとの事前交渉
1950年6月21日から27日にかけて国務長官顧問のジョン・フォスター・ダレスが来日した。また1951年1月29日には吉田・ダレス会談が行われている。
吉田は朝鮮戦争勃発を講和の好機到来と直感し、秘密裏に外務省の一部に講和条約のたたき台を作らせていた。更に表向きは経済交渉という触れ込みで池田勇人を訪米させ、この講和条約案を直接アメリカ国務省と国防省の高官に内示することにより、講和促進を図ったことが明らかになっている。
講和会議への招請
1951年（昭和26年）7月20日、米英共同で日本を含む全50ヶ国に招請状を発送した。8月22日、フランスの要求を容れインドシナ三国（ベトナム、ラオス、カンボジア）にも招請状が発送された。連合国構成国の中華民国（中国国民党政権）、それと対立する中国共産党政権の両代表は招請されなかった（後述）。
非参加国
インド、ビルマ、ユーゴスラビアは招請に応じず、講和会議に参加しなかった。インド首相のジャワハルラール・ネルーは、条約に外国軍の駐留事項を除外すること、日本が千島列島や樺太の一部をソ連に、澎湖諸島や台湾を中国に譲渡する必要があること、沖縄や小笠原諸島の占領継続などを理由に、日本に他の国と等しく名誉と自由が与えられていないとして、不参加を決めたとされる。
中華民国・中国共産党政権
蒋介石率いる中華民国は第二次世界大戦中連合国の一員として日本と戦い勝利に貢献した。しかし条約締結当時、中華民国と中国共産党政権は内戦状態にあり、いずれを代表政権にするかついては米英の意見が一致しなかった。アメリカは中華民国のみを国家として承認していたため中華民国のみの参加を主張した。それに対してイギリスは、当時中華民国との国交を維持しながらも中華人民共和国を「承認」しており、中華人民共和国の参加も主張した。一方また1950年6月25日から発生した朝鮮戦争において中華人民共和国とソ連は北朝鮮を支援し、英米韓などの連合軍と交戦状態にあった（朝鮮戦争は1953年7月27日に休戦）。結局、日中間の講和については独立後の日本自身の選択に任せることにして「中国」の招請は見送られた。
講和会議直前の1951年8月15日に、中国共産党政権の周恩来外相はサンフランシスコ平和会議開催に対し批判する声明を発表した。対日平和条約の内容が連合国共同宣言、カイロ宣言、ヤルタ協定、ポツダム宣言、降伏後の対日基本政策などの国際協定にいちじるしく違反しているとし、同条約がソ連を抜きにして米英側で決められたこと、中国共産党政権も講和会議に参加する権利があることを主張した。
韓国の参加要求と拒否
大韓民国は、「署名国」としての参加を度々表明し、一時は署名国リストにも掲載されていたが、当時の大韓帝国は日本に併合され、大韓民国臨時政府を承認した国も存在せず、また他の亡命政府のような「大韓民国臨時政府」の指揮下にある軍も存在しておらず、日本と交戦していなかったため招請されなかった。
韓国が「講和条約署名国としての資格がある」とアメリカ側へ訴え、これを受けて1949年（昭和24年）12月3日、駐韓アメリカ大使ジョン・ジョセフ・ムチオは、中国国民党軍の朝鮮人部隊、大韓民国臨時政府の存在、「韓国を署名国にすれば非現実的な対日請求要求を諦めさせることができること」等を理由に韓国の参加をアメリカ国務省に要請した。これを受けて1949年（昭和24年）12月29日の条約草案では、韓国が締結国のリストに一旦加えられた。
日本政府としては、「在日朝鮮人を連合国民として扱わないことが保証されるならば、韓国の条約の署名への反対に固執しない」とジョン・フォスター・ダレス国務長官補に述べた。1950年6月25日に朝鮮戦争が勃発し英米も参戦するなか、1951年（昭和26年）5月の米英協議等において、第二次世界大戦において韓国が日本と戦争をしていなかったことを理由に、イギリスが韓国の条約署名に反対した。イギリスの方針表明を受けて、アメリカも大戦中に韓国臨時政府を承認したことがないことから方針は変更された。
1951年（昭和26年）7月9日、ダレス国務長官補は韓国大使との会談で「韓国は日本と戦争状態にあったことはなく、連合国共同宣言にも署名していない」ことを理由に、韓国は講和条約署名国となれないことを再度正式に通知した。この会談で、韓国側は日本の在朝鮮半島資産の韓国政府および米軍政庁への移管、竹島・波浪島の韓国領編入、マッカーサー・ラインの継続などを記した要望書を提出したうえで「十分な信頼と信任により平和を愛する世界の国々との機構への日本人の受け入れに反対する」と、日本を国際社会に復帰させようとする対日講和条約締結に反対した。しかしアメリカは8月10日にラスク書簡で最終回答を行い、在朝鮮半島の日本資産の移管についてのみ認め、韓国のほかの要求を拒否した。しかしこの通知後も韓国は「署名国」としての地位の要求を継続した。これに対してダレスは、8月22日に韓国大使の署名要求を再度拒否するとともに、講和会議へのオブザーバー資格での参加も拒否した。ただし、「非公式に代表を送るのであれば宿泊や会場入場等の便宜をはかる」と回答した。
講和会議と条約調印
9月4日から8日にかけて、サンフランシスコ市の中心街にあるオペラハウス（ウォーメモリアル・オペラ・ハウス）において全52カ国の代表が参加して講和会議が開催された。
日本の全権団は首席全権の吉田茂（首相）、全権委員の池田勇人（蔵相）・苫米地義三（国民民主党最高委員長）・星島二郎（自由党常任総務）・徳川宗敬（参議院緑風会議員総会議長）・一万田尚登（日銀総裁）の6人。吉田はできるだけ「超党派」の全権団にしたいと考えていたため、野党国民民主党の主張する臨時国会の召集要求を呑むなど、妥協の末、委員参加を取りつけた。また、日本社会党に対しても全権委員参加を要請したが、左翼陣営は基本的に「全面講和」を主張していたため不参加となった。
9月7日、吉田茂首相により、条約を受諾する演説が日本語でなされた。英語で行う予定で準備されていたが、直前になって日本語で行うことになり、急遽原稿が差し替えられ、長大な巻物式の急造原稿は現地のメディアからトイレットペーパーとも言われた。
セイロン代表ジュニウス・リチャード・ジャヤワルダナは、戦争中の空襲を指摘した上で、責任の所在・謝罪・反省を受け入れて、心の問題としての憎しみの連鎖が戦争に成る事を戒めた「憎悪は憎悪によって止むことはなく、慈愛によって止む」という仏陀の言葉を引用して、日本に対する賠償請求を放棄する演説を行った。
ソ連、ポーランド、チェコスロバキアの共産圏3国は講和会議に参加したものの、同じ共産主義国の中華人民共和国の不参加を理由に会議の無効を訴え署名しなかった。
9月8日、条約に49カ国が署名し講和会議は閉幕した。調印は、国名の英語表記のアルファベット順にこれを行い、講和当事国の日本が最後に調印した。署名は各国とも全権として会議に参加した者全員でこれを行った。
日米安保条約（旧）締結
同9月8日、講和条約に続いて日本とアメリカ合衆国の代表は、サンフランシスコ市内のプレシディオ陸軍基地内にある下士官集会所に移動、日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約に調印した。
日米安全保障条約には首席全権代表・吉田茂が単独で署名した。吉田は無理に同行した池田勇人蔵相に対して、「この条約はあまり評判がよくない。君の経歴に傷が付くといけないので、私だけが署名する」と言い、署名の場に同席することは許さなかった。
条約締結後
1951年（昭和26年）10月26日、衆議院が締結を承認。11月18日には参議院が締結を承認、内閣が条約を批准した。11月19日、奈良において昭和天皇が批准書を認証。11月28日にはアメリカ合衆国政府に批准書が寄託された。
条約第23条第1項のの規定により、アメリカ合衆国が批准書を寄託した1952年（昭和27年）4月28日 日本標準時で22時30分（アメリカ合衆国東部標準時で8時30分）に条約が発効した。
全面講和論のその後
他方、冷戦構造に対して中立をとろうとする全面講和論はその後も展開され、山川均らの非武装中立論は社会党の党是ともなり、その後の日本をめぐる安全保障および日米同盟に関する議論を形成していった。なお条約の発効をもってレッドパージの一環として占領軍により発行を禁止されていたしんぶん赤旗が再刊された。
非武装中立論を批判する永井陽之助は長期的目標として非同盟＝中立が正しいとしても米ソ中三国の緊張緩和のテンポを考慮するべきだと論じた。このような議論は講和条約と同日に締結された旧日米安保条約を改定した日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約が1960年に締結される前後、安保条約に反対する政治運動として安保闘争が繰り広げられた。

また在日米軍の問題は、沖縄の在日米軍基地問題に関して今日の日米関係の重要な外交上の争点となっている。沖縄県では、条約が発効した1952年4月28日を、引き続き1972年までアメリカの占領統治下に置かれることになった「屈辱の日」とし、2013年4月28日に日本政府主催の主権回復の日の記念式典について、沖縄から批判的な意見が出た。この問題には、昭和天皇が御用掛・寺崎英成を通じてGHQのウィリアム・ジョセフ・シーボルド宛てに伝達した、“天皇は租借条約によって沖縄が引き続き―最低でも100年―アメリカ占領下に置かれる事を希望している”旨の、いわゆる「沖縄メッセージ」も深く関係している。
全面講和論はその後も再評価されることがあり、2001年に朝日新聞紙上で坂本義和は当時、全面講和は1951年でなく朝鮮戦争やベトナム戦争の休戦協定時点であれば可能であったはずだと主張し、また、日米安保条約を「有事駐留」方式にすれば、ソ連が北方領土を認めた可能性もあるし、また沖縄への米軍基地集中も起こらなかったかもしれないと述べた。これに対して伊藤祐子は、戦後の日本はアメリカによって単独占領されており、したがって占領下の日本が独自の外交権も持てずに実質的に制限されていたことを考慮すれば、日本がアメリカの対日政策と無関係にみずから行動を起こすことは不可能であったと考えるべきだと批判した。また、全面講和が可能になる条件としては、アメリカの冷戦的思考と枠組みをソ連が受け入れるか、またアメリカが共産主義諸国を敵視しないことが必要であったが、それらはいずれも不可能であったため、全面講和は実現できなかっただろうと述べた。
中華人民共和国による日本領土縮小案
太平洋戦争における対日本の公式な宣戦布告国家ではなく、且つ条約調印に招聘されなかった周辺国による条約否認・改定への動きもある。尖閣諸島問題で日中関係が悪化する中、2012年11月14日に中華人民共和国、韓国、ロシアによる「東アジアにおける安全保障と協力」会議が開かれた。席上、中華人民共和国外交部直属の中国国際問題研究所副所長郭憲綱は「日本の領土は北海道、本州、四国、九州4島に限られており、北方領土、竹島、尖閣諸島にくわえて沖縄も放棄すべきだ」と公式に演説した。そのためには中華人民共和国、ロシア、韓国による統一共同戦線を組んでアメリカの協力を得たうえで、サンフランシスコ講和条約に代わって日本の領土を縮小する新たな講和条約を制定しなければいけない、と提案した。
モスクワ国際関係大学国際調査センターのアンドレイ・イヴァノフは、この発言が中華人民共和国外交部の公式機関の幹部で外交政策の策定者から出たことに対し、多かれ少なかれ中華人民共和国指導部の意向を反映していると述べている。