健康保険
被保険者
被保険者には、適用事業所に使用される者である「被保険者」（以下、「一般の被保険者」と表記）、及び「日雇特例被保険者」、適用事業所に使用されなくなった後に任意で加入する「任意継続被保険者」及び「特例退職被保険者」との4種類がある（第3条1項、2項、4項）。被保険者資格の取得・喪失は、原則として保険者等の確認によってその効力を生じ、事業主が資格取得の届出を行う前に生じた事故であっても、さかのぼって資格取得の確認が行われれば、保険事故となる。
派遣労働者
派遣労働者は、派遣元の事業所における被保険者となる。
登録型派遣労働者の就業と就業の間の待機期間が、1月を超えないと確実に見込まれる場合は、待機期間中も引き続き被保険者資格を存続させて差し支えない。1月以内に次回の雇用契約（1月以上のものに限る）が締結されなかった場合には、その雇用契約が締結されないことが確実になった日又は当該1月が経過した日のいづれか早い日をもって使用関係が終了したものとして資格喪失する。
特例退職被保険者
厚生労働大臣の認可を受けて、「特例退職被保険者」制度を設けている健康保険組合（特定健康保険組合）がある（附則第3条）。厚生年金受給権がある者で、被保険者期間が20年以上または40歳以降10年以上ある者が継続加入できる（任意継続被保険者と異なり、「2年間」といった期間制限はない）。なろうとする者は、年金証書等が到達した日の翌日から起算して3月以内に申し出なければならない（健保組合が新たに特定健保組合の認可を受けた場合はこの限りではない。規則第168条4項）。申出が受理された日に特例退職被保険者の資格を取得する。任意継続被保険者である者は特例退職被保険者となることはできない。任意性の保険であるため、保険料納付や資格喪失等に関しては任意継続被保険者と共通している。但し、この制度を持つ健康保険組合は全国約1,500組合のうち70弱の比較的大規模な組合だけである。現役世代を圧迫するとして廃止や廃止の検討をしている組合が出てきている。
保険料
一般の被保険者に係る保険料は、厚生年金保険料と同様、事業主と被保険者とで保険料を折半して負担する。被保険者に支払うべき報酬がなくても、事業主は被保険者分も含めた全額の支払い義務を負う（第161条）。事業主は原則として被保険者の負担すべき前月分（月の末日に退職し、報酬もその月に支払われる場合については前月分及び当月分）の標準報酬月額に係る保険料を報酬から控除することができる（第167条）。支払期日は翌月末日（前納不可）である。
任意継続被保険者に係る保険料は、本人が全額負担しなければならず、支払期日はその月の10日（初めて納付すべき保険料については、保険者が指定する日）である（第164条）。なお、任意継続被保険者は将来の一定期間（1年又は6ヶ月）の保険料を前納することができる（第165条）。
健康保険組合は、規約で定めるところにより、一般保険料、介護保険料とも事業主の負担割合を増加させることができ（第162条）、協会けんぽに比べ保険料率が低い組合が多いが、中には協会けんぽの保険料率を超える財政基盤の脆弱な組合が存在する。なお事業主が負担割合を増加させた場合、その増加割合相当額は「報酬」には含まれない。
保険料は被保険者の標準報酬月額及び標準賞与額に保険料率を乗ずることにより計算される（第156条）。
一般保険料額 = 標準報酬月額 × 一般保険料率

（介護保険第2号被保険者については、これに介護保険料額（標準報酬月額 × 介護保険料率）が加算され、あわせて徴収される）
保険料の免除
前月から引き続き一般の被保険者である者が少年院、刑事施設、労役場その他これらに準ずる施設に収容・拘禁された場合、その月以降該当しなくなる月の前月までの保険料は徴収されない（第158条）。ただし同月中に収容等されなくなった場合は保険料は徴収される。事業主は、被保険者がこれらに該当する（しなくなった）場合は、「第118条1項該当届（非該当届）」を5日以内に機構又は組合に提出しなければならない。
育児休業等（育児介護休業法による育児休業もしくは同法による育児を理由とする所定労働時間の短縮等の措置等をいう。以下同じ）をしている一般の被保険者が使用される事業所の事業主が保険者等に申し出たときは、育児休業等開始日の属する月から、終了日の翌日が属する月の前月までの期間、当該被保険者に関する保険料は徴収されない（第159条）。被保険者が育児休業等期間を変更したとき、または育児休業等終了予定日の前日までに育児休業等を終了したときは、速やかに機構又は組合に届出なければならない。法人の代表取締役・専任役員たる被保険者は育児休業等による保険料免除は認められない（育児介護休業法は対象を「労働者」に限っているため。平成21年12月28日雇児発1228第2号）。なお労使協定により子が3歳に達する日以降の育児休業等を定めている場合であっても、免除は3歳未満の子を養育するための育児休業等に限られる。
平成26年4月30日以降に産前産後休業が終了となる一般の被保険者が使用される事業所の事業主が保険者等に申し出たときは、産前産後休業開始日の属する月から、終了日の翌日が属する月の前月までの期間、当該被保険者に関する保険料は徴収されない（第159条の3）。被保険者が産前産後休業期間を変更したとき、または産前産後休業終了予定日の前日までに産前産後休業を終了したときは、速やかに「産前産後休業取得者変更（終了）届」を機構又は組合へ提出する。育児休業等とは異なり、法人の代表取締役・専任役員たる被保険者も産前産後休業による保険料免除が認められる。
免除は事業主負担分、被保険者負担分双方について行われる。なお、任意継続被保険者、特例退職被保険者については免除は行われない（これらに該当しても保険料は徴収される）。
国庫の負担・補助
国庫は、毎年度、予算の範囲内において、健康保険事業の事務の執行に要する費用を負担する（第151条）。したがって事務費は全額国庫負担である。また、健康保険組合に対して交付する国庫負担金は、各健康保険組合における被保険者数を基準として、厚生労働大臣が算定することとされ、この国庫負担金については、概算払をすることができる（第152条）。
協会けんぽに対しては、主な保険給付の支給に要する額に給付費割合を乗じて得た額の合算額の13～20％を国庫が補助することとされ（第153条1項）、当面の間国庫補助率は16.4％とされる（附則第5条）。
これらのほか、国庫は、予算の範囲内において、健康保険事業の執行に要する費用のうち、特定健康診査及び特定保健指導の実施に要する費用の一部を補助することができる（第154条の2）。
保険給付
下記に掲げるもののほか、健康保険組合の場合は規約に定めることで付加給付を行うことができる（第53条）。被保険者の資格取得が適正である限り、その資格取得前の疾病、負傷等に対しても、保険給付は行われる（昭和26年10月16日保文発4111号）。事業主が資格取得の届を行う前に生じた事故であっても、さかのぼって資格取得の確認が行われれば、保険事故となり給付の対象になる（昭和31年11月29日保文10148号）。
受給権の保護
保険給付を受ける権利は、譲り渡し、担保に供し、又は差し押さえることができない（第61条）。租税その他の公課は、保険給付として支給を受けた金品を標準として課することができない（第62条）。健康保険に関する書類には、印紙税を課さない（第195条）。
なお、健康保険法には未支給の給付についての規定がないので、被保険者が未支給給付を残して死亡した場合は、民法の原則に従い、受給権者の相続人が未支給給付の請求権者となる。
不服申立て
健康保険における被保険者の資格、保険料の納付については厚生年金とセットになっていることから、不服申立てについても厚生年金と手続が一元化されている。
被保険者の資格、標準報酬又は保険給付に関する処分に不服がある者は、各地方厚生局に置かれる社会保険審査官に対して審査請求をすることができる（第189条）。この審査請求は処分があったことを知った日の翌日から起算して3ヶ月以内にしなければならない（社会保険審査官及び社会保険審査会法第4条）。また、被保険者の資格または標準報酬に関する処分に対する審査請求は、原処分のあった日の翌日から起算して2年を経過したときは、することができない。以上の処分については、当該審査請求に対する社会保険審査官の裁決を経た後でなければ、取消の訴えを提起することはできない（審査請求前置主義、第192条、行政事件訴訟法第8条1項但書）。
社会保険審査官の決定に不服がある者は、社会保険審査会に対して再審査請求をすることができる（二審制）。この再審査請求は、社会保険審査官の決定書の謄本が送付された日の翌日から起算して2ヶ月以内にしなければならない（社会保険審査官及び社会保険審査会法第32条）。また、審査請求をした日から2ヶ月以内に決定がないときは、審査請求人は、社会保険審査官が審査請求を棄却したものとみなして、社会保険審査会に再審査請求をすることができる。いずれの場合であっても、当該再審査請求は口頭で行うことができる。2016年の法改正により、再審査請求と処分の取消の訴えの提起のいずれを選択するかは申立人の任意となった。
保険料の賦課もしくは徴収の処分又は滞納処分に不服がある者は、社会保険審査会に対して審査請求をすることができる（一審制、第190条）。この場合は2016年の法改正により、審査請求前置主義は適用されなくなったので、審査請求をせずに処分の取消の訴えを提起することが可能である。
審査請求・再審査請求は、時効の中断に関しては裁判上の請求とみなされる。
時効
保険料を徴収し、又はその還付を受ける権利及び保険給付を受ける権利は、2年を経過したときは時効により消滅する（第193条）。これは金銭の徴収・給付にかかる規定であるので、療養の給付のような現物給付については消滅時効の適用はない。保険料の納入の告知又は督促は、時効中断の効力を有する。
事業主から被保険者に還付すべき保険料過納分の被保険者の返還請求権については、健康保険法の適用はなく、民法の一般原則に従って10年の消滅時効にかかる（民法第167条）。
他の医療保険制度と健康保険の関係
疾病や負傷が業務や通勤を原因とするために労働者災害補償保険（労災保険）または公務災害の補償が適用される場合、および介護保険の適用により支給がなされる場合には、同一の疾病・負傷については健康保険が適用されずその支給が全額カットされる場合がある。例えば傷病手当金はその全額が支給されない（第55条）。
少年院、刑事施設、労役場その他これらに準ずる施設に収容・拘禁された被保険者又は被保険者であった者については、疾病、負傷、出産につき、原則として保険給付は行われない（公費治療との調整、第118条）。ただしこの場合でも、死亡に関する給付及び被扶養者に係る保険給付は行われる。なお、未決勾留者については傷病手当金・出産手当金は支給される。また、結核、精神病、原爆症等、公費負担治療の対象となる疾病、負傷については、公費負担の範囲内で健康保険の保険給付は行わないこととされている。ただ、健康保険と公費負担が競合する場合、一般的には健康保険を優先して給付し、自己負担分について公費負担が行われている。
健康保険と、その他の保険・医療制度（労災、公務災害、介護保険、公費治療、公費負担治療）との関係については、いずれかの制度を選択したり、支給調整が行われると言った性格のものではなく、その他の保険の一からの給付を受けなければならない。例えば労災であるにも関わらず健康保険での給付を受けると、その給付相当額を一旦保険者に返納した上で労災の申請をしなければならなくなる（労災は申請してもすぐには支給されない）ので、二度手間でありかつ一時的にでも療養費等の自己負担をすることになる。なお、「労災隠し」の問題については労働災害の項目を参照のこと。
第三者行為との関係
疾病や負傷が交通事故などの第三者行為を原因とする場合、ただちに健康保険が適用できると言うわけではない。第三者行為による傷病に対して患者本人が健康保険による給付を希望する場合、第三者行為による被害の届出（通称「第三者行為の届出」）を行うことで、保険者による医療給付が行われる。保険者が給付した医療費は、求償を介して加害者から保険者へと弁済されるものと想定されている。具体的には、保険者は、その給付した金額を限度として、第三者行為の相手方に対する損害賠償請求権を代位取得する（第57条第1項）。第三者行為届の届出を行う義務者は被保険者で（患者本人とは必ずしも一致しない）、遅滞なく提出するものと定められている（施行規則第65条）。
第三者行為による傷病の場合には、疾病等の完治や症状固定などにより保険給付が終結するまでは、相手方との示談等を行うべきではなく、その旨、保険者からも指導がある。それは、被害者と相手方との示談等（口約束を含む）を先に行なうことにより、被害者の持つ損害賠償請求権が確定（限定）されてしまい、保険者が代位取得できる賠償請求権も限定されてしまうからである。訴訟外の先行賠償により（自動車保険の人身傷害など）賠償額を受領し、または訴訟等により賠償額が確定しその受領を受けた場合には、その受領額を限度として健康保険からの給付に対して支給調整が行われる（第57条第2項）。なお、第三者行為と各種保険との関係については、労災保険、公務災害による保険、介護保険においても同様である。