日本貨物鉄道
概説
国鉄のJRグループへの移行に際し、全国6つの会社に分割された旅客事業とは異なり、貨物事業は全国規模での営業を続けることとなり設立された、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（JR会社法）に拠る特殊会社である。一方で北海道旅客鉄道（JR北海道）、四国旅客鉄道（JR四国）と同様、経営基盤が弱いことから、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構国鉄清算事業本部（発足当初は日本国有鉄道清算事業団）が全株式を保有しており、現在までのところ株式上場の目途は立っていない。
設立の際、JR貨物自身が第一種鉄道事業者として保有する路線は必要最小限に抑えられた。一部の貨物専用路線はJR貨物が所有しているが、両端が旅客線に接続する貨物線や、旅客化する計画のある路線、廃止が決定している路線は、その地域を管轄する旅客鉄道会社が保有することとされた。そのため、JR貨物が列車を運行する路線のほとんどは、鉄道施設を保有する旅客鉄道会社の路線や、JR路線を転換した第三セクター鉄道路線の第二種鉄道事業者となっており、それらの会社に線路使用料を払って貨物列車を運行している。旅客鉄道会社への使用料は「アボイダブルコスト」によって決められている。新幹線開業に伴う並行在来線区間の第三セクター鉄道会社への使用料は移行前に比べ上昇しており、その差分について鉄道建設・運輸施設整備支援機構から補填を受けている。
貨物列車の運行については、基本的に自社の乗務員や機関車を使って行っているが、路線によっては旅客会社の乗務員や機関車で運行する場合もある。また、以前は逆にJR貨物の乗務員や機関車で旅客列車を運行する場合も多数あった。旅客会社の客車をJR貨物の機関車が牽引していた例としては客車時代の夜行急行「ちくま」の名古屋駅 - 長野駅間や、「かいもん」の門司港駅 - 西鹿児島駅間、磐越西線、筑豊本線などがある。しかし、少数の夜行寝台列車（ブルートレイン）をのぞいて、客車による定期旅客列車が消滅した後は、一部の臨時列車や車両故障時の救援で運行される程度である。なお、関門トンネルを潜る下関駅 - 門司駅間を走行する客車列車の牽引をJR九州から受託しており、同社所属の機関車EF81形400番台の2両もJR貨物の門司機関区に常駐し、この区所が唯一定期運転でJR貨物の乗務員が旅客列車に乗務する運転区所となっていたが、対九州直通客車列車の廃止以後は団体臨時列車のみの運用となっている。
一方、貨物輸送量は、高速道路整備による大型トラックや、空港整備による航空機での貨物輸送の増加、さらには国鉄時代のスト権ストによる国鉄貨物への信頼失墜などの影響を受けて、年々減少を続けていた。かつて会長を務めた伊藤直彦は、日本において本来鉄道が得意とする500km以上の遠距離輸送においても鉄道貨物が衰退していった理由を幾つか列挙した際、その一つに、このストによる信頼失墜を挙げている。一旦荷主が離れた鉄道貨物の復権は容易ではなく、大阪のある大手メーカーには当時「もう二度と鉄道は使わない」とまで言われたエピソードも残っている。しかし近年は環境に負荷をかけないモーダルシフト政策や、深刻になっているトラック運転手不足問題から、鉄道貨物減少に歯止めがかかり、僅かながら増加に転じている。
JR貨物では、貨物列車の増発やスピードアップ、IT-FRENS&TRACEシステムの導入、貨物駅のE&S方式への改良、M250系貨物電車の運行など、ソフト面・ハード面の充実でサービスアップを目指している。また中国の最大手海運企業である中国遠洋海運集団 (COSCO) と提携を行って、「航空機より安く、コンテナ船より速い」をコンセプトにした国際複合一貫輸送「SEA&RAILサービス」を2006年3月から開始するなど、海外への事業進出も活発である。
1990年代に進んだ利用運送事業（フォワーダー）分野の規制緩和によって、顧客営業と荷主からの料金設定・収受の主体性が通運事業者をはじめとするフォワーダーに完全に移行。フォワーダーが荷主に提示する複数の輸送手段の一部分を事実上下請けの形で担うという、物流企業としては致命的ともいえる弱点・制約を抱える。JR旅客会社の施設を借り受けて、貨物列車を運行するという脆弱性と合わせ、JR貨物が今後経営安定化と株式公開を目指す上で、避けて通れない課題である。
近年のモーダルシフトの推進において、JR貨物の役割は非常に重要と言える。特に鉄道輸送では、貨物1tを1km輸送する際の二酸化炭素排出量が、営業用トラックに比べて約8分の1と試算されている。
社歌
社歌は会社発足20周年を記念して2006年に制定された「春夏秋冬」（歌詞は社内公募で選ばれたものに三浦徳子が補作、作曲と編曲は服部隆之）で、俳優の山本耕史が歌う非売品のCDが存在する。2017年3月29日にキングレコードから発売された『JNR to JR〜国鉄民営化30周年記念トリビュート・アルバム』で廣田あいか（私立恵比寿中学）がカバーした。
営業路線
2019年4月1日現在
営業線区：75線区（うち第一種鉄道事業：10区間）
営業キロ：7,959.1 km （うち第一種鉄道事業：35.3 km ）
保有駅・施設
2017年4月1日時点で、242の駅と36か所のオフレールステーションを保有している。大半の駅は旅客鉄道の旅客駅と共有しており、またおよそ半分の駅では定期貨物列車の設定が無い。
各支社記事の「管内の駅」の節を参照のこと。
上記施設でその都度に引き受けたり、大型工場などと結ぶ専用鉄道で搬出入したりする貨物に加えて、複数企業が入居する物流施設「レールゲート」を各貨物駅構内で全国展開することを計画中である。
ダイヤ
ダイヤ改正については3月に実施することが多く、他のJR各社に合わせて実施される。
車両
全国規模で貨物列車の運行を行っているため、貨物輸送用の機関車・貨車・電車を主に所有する。
電気機関車は、全国に直流・交流電化路線が混在するため、それに対応した直流電化路線専用・交流電化路線専用・交直流電化両用を所有している。北海道を中心とした非電化路線の多い地区ではディーゼル機関車を有する。また国鉄から継承された車両を中心に老朽化が進んでいるため、更新（リニューアル）工事と並行して、独自設計の新車への置き換えも進められている。
貨車は、コンテナ積載用を中心に汎用的な有蓋車、長物積載用などを所有する。近年は高速 (110 km/h) 運転対応貨車や、ISO規格コンテナ（海上輸送用コンテナ＝俗称「海コン」）積載対応貨車の製造が進み、汎用有蓋車などは数を減らしている。
電車では、世界的にも珍しい動力分散方式の貨車であるM250系が在籍している。
車両ではないが、鉄道用コンテナの多くはJR貨物が所有している（JR貨物のコンテナ形式参照）。
鉄道雑誌では、機関車の新車については他の鉄道事業者の車両と同様に紹介しているが、その他の車両の新製・廃車・転配などの消息については、2008年度以前まで他の鉄道事業者と同様に行っていた鉄道雑誌等への公表や資料提供を2009年度以降はしていない。ただし例外的に鉄道貨物協会が発行する貨物時刻表には機関車については毎年3月時点での機関車配置表を掲載している。このため、2009年度以降はJR旅客会社のみに所属している車両以外の機関車・貨車の形式消滅や廃区分番台の特定については、機関車は貨物時刻表からの機関車配置表から特定することで引き続き可能であるが、貨車については独自に調査する以外に方法はなく、貨車の形式消滅を特定することはJR旅客会社のみに所属している車両を除いて極めて困難な状況になっている。