藻岩山
地質と地形
藻岩山の基盤を構成する地質は、650-300万年前、第三紀の中新世末から鮮新世に浅い海底に溶岩が噴出した際に形成された西野層と称される堆積岩であり、角閃石デイサイト質溶岩・貫入岩、ハイアロクラスタイト（水冷破砕岩）、安山岩質軽石凝灰岩、泥岩からなる。その後、280-230万年前にかけて、鮮新世末から第四紀の更新世初頭に起きた三度の噴火により安山岩質溶岩が噴出し、山体を作った。最も古い下部の藻岩溶岩 3（軍艦岬溶岩）は「軍艦岬」と呼ばれる北尾根突端部に見られるが、山体の大部分は2度目の噴火による山頂付近から北側尾根にかけての藻岩溶岩 2（藻岩山溶岩 II）に覆われる。山頂から南側の尾根沿いには最も新しい藻岩溶岩 1（藻岩山溶岩 I）が認められる。
藻岩山は後志山地の東端に位置する。藻岩山の山頂からは、崖錐状堆積物（山麓緩斜面堆積物）の見られる幅広い谷を挟んで、南東に向けて尾根が北側と南側に並んで延びる。藻岩山の北東面は直線状の斜面を形成し、豊平川扇状地面（札幌面）に接している。山麓に近いところが山鼻という地区で、その北方に札幌市中心部が発展している。市街にビルが立ち並ぶ以前に札幌の人々が馴染んだ藻岩山の姿は、この方面から見たものである。
北側の尾根は、札幌市街方面から見ると裾野が長く緩やかに延び、先端が岬のように急に落ちて見える。この姿が軍艦の舳先の形に似ていたことから、北尾根の先端は明治時代より「軍艦岬」と呼ばれた。岬と呼ばれるが、崖下は海や湖ではなく山鼻川が流れている。南側の尾根の先端は「割栗岬（わりぐりみさき）」と呼ばれ、崖下を豊平川が流れる。2つの尾根に挟まれた浅い谷は藻岩下という地区で、山鼻川が流れ出る。軍艦岬から割栗岬に至るこの地は地形上古くから交通の要衝であり、1870年（明治3年）に東本願寺が「本願寺道路」（山鼻 - 八垂別〈はったりべつ、現在の川沿〉間「ハッタルベツ新道」）を開削した後、石山からの札幌軟石の輸送などにも使われた。現在は国道230号が通じている。
インカルシペ
現在の藻岩山は、アイヌ民族からアイヌ語で「インカルシペ（インカルシュペ）」（いつも登って見張りをするところ）と呼ばれていた。この山はアイヌにとっての聖地であり、尊い神の山であった。山腹にはカムイシュネ（神の灯火）が灯るさまが眺められたという。山鳴りがするような時は、大吹雪や天然痘（疱瘡）の流行などの兆しとして警戒し、本当に天然痘の流行が始まればこの山に逃げ込み、神の加護を願った。江戸時代末期、松浦武四郎は、1859年（安政6年）の『後方羊蹄日誌』において、「エンガルシベ」は往古より深く信仰される山であり、ここに「蝦夷総鎮守の宮」を建てるよう意見を記している。
明治時代に入植した初期の和人たちは、インカルシペ山（インカルシペヌプリ）の意味および発音から、当初は「眺臨山」や「笑柯山（えんがるやま）」と称した。しかし、「モイワ」（小さな山）と呼ばれていた隣の小山に「円山」の字があてられると、「円山」はモイワやインカルシペのある山岳の総称ともなった。やがてモイワとインカルシペを取り違え、「インカルシペ」を藻岩山、「モイワ」を円山と呼び習わすようになり、そのまま地名として定着してしまった。
藻岩原始林
開拓使は1871年（明治4年）より7種（イチイ・ハリギリ・イヌエンジュ・ヤマグワ・トドマツ・カツラ・エゾヤマザクラ）の立木の伐採を禁じ、1873年（明治6年）に官林を定めると、藻岩山や円山は禁伐林として保護された。しかし、1882年（明治15年）の開拓使の廃止による三県一局時代を経て北海道庁（1886年〈明治19年〉-1887年〈明治20年〉）となると、樹木の伐採禁止は緩和され、針葉樹など一部が伐採されるようになる。明治時代中頃には南側で木材が伐採され、この藻岩山は札幌に近いこと、近くの豊平川を用いた水運が利用できることから、北の沢川から豊平川、創成川を経由して札幌まで流された。
1892年（明治25年）に来日したアメリカの植物学者サージェントは、札幌農学校出身で藻岩・円山を研究フィールドとした植物学者の宮部金吾の案内で藻岩山を訪れ、その狭い地域における植生の多様性を『日本森林植物誌』（英: “Forest flora of Japan”、1894年）で世界的にも珍しいと紹介した。その後、明治時代末から大正時代初頭になると北海道の主な原始林の保存が検討され、北東斜面にあるシナノキ、ミズナラ、ダケカンバなどの広葉樹が生い茂る「藻岩原始林」が、1915年（大正4年）に北海道庁より原生天然保護林に指定された。その後、1921年（大正10年）3月3日、「円山原始林」とともに北海道で最初の天然記念物（史蹟名勝天然紀念物）に指定された。指定区域は284.7ヘクタール (284.68ha) の国有林であり、天然記念物になる以前、開拓使時代から伐採などの利用が禁止されてから今日まで、一度も人の手が入ったことのないという厳密な意味での原始林ではなく、原生林に近い天然林にあたる。1969年（昭和44年）11月、文部省と北海道教育委員会により「天然記念物 藻岩山原始林」碑が、藻岩山山頂、ロープウェイ終点広場、慈恵会病院登山口に建立されている。
南（南西）斜面の原生林は明治時代の数度の山火事により焼失し、天然記念物区域に指定されておらず、太平洋戦争後はスキー場などに利用された。
藻岩観音
山麓にある新善光寺の初代住職が、1885年（明治18年）に北海道新西国三十三番観音安置の許可を受けたことより、山道が開かれ、1886年（明治19年）、参道が整備されると、同年6月1日に山開き大祭がとり行なわれた。1901年（明治34年）には2代住職により、各所に西国三十三所観音霊場を模した33体の観音像が置かれ、山頂に石堂が造られた。以来、6月1日には「藻岩山山開き」として、信者が山頂に参拝する行事が毎年行われ、明治時代末頃には、山開きは札幌の年中行事として親しまれた。参道の幅は1932年（昭和7年）に拡張された。その後、石堂は観光施設建設のために山頂の別の場所に移設され、1973年（昭和48年）に六角堂として再建された後、山開き大祭108回となった1992年（平成4年）に本格的建築として落成し、今日の藻岩観音奥の院（正式名称「浄土宗観音寺藻岩観音奥之院」）になった。堂内には竜頭観音が安置されており、堂の傍らにある水かけ観音は、かつての石堂に安置された石像である。山頂に至る藻岩観音の参道は、今日の主要な藻岩山登山道（慈啓会病院前コース）となっている。
旧札幌スキー場
戦後占領期の1946年（昭和21年）に北東の山腹（ロープウェイ沿線の北側）を切り拓いた進駐軍専用の札幌スキー場が建設されるとともに、1947年（昭和22年）1月、長野県の志賀高原丸池スキー場と並んで日本初のスキーリフトが導入された。当時、宮部金吾およびその後の舘脇操が同地の保全を提唱した。そして、1958年（昭和33年）の第13回国民体育大会における使用を最後に、自然保護のため立ち入りが禁止されたことで、現在は植生がある程度回復しており、スキーリフトの台座などの遺構が残るのみである。
仏舎利塔
北東側の山麓に近い標高178メートルの位置に、白い仏舎利塔（通称「平和の塔」、正式名称「札幌平和塔」）が建っている。太平洋戦争の犠牲者の冥福と世界・日本の平和を祈る目的で、日本山妙法寺の藤井日達の発願により、1959年（昭和34年）に建立され、その後、改装されている。高さ33メートル、基底幅28メートル。インドのネール首相から贈られた仏舎利が安置されている。
この平和塔の南側の中腹（ロープウェイの沿線下付近）には、かつてエゾシカ園が設けられていたが、その後、「森永牧場」（1966年〈昭和41年〉森永乳業開設）と呼ばれる乳牛牧場となり、北海道の形状をした浅い池も存在していた。現在は撤去され、跡地は「はらっぱ」と呼ばれる広場になっている。
また、山麓の観光スポットとして「ちざきバラ園」があったが、2009年（平成21年）10月に閉園した。現在、同地にはローズガーデンクライスト教会（2010年〈平成22年〉6月完成）が建つ。
藻岩山神社
ロープウェイ中腹駅の近隣にある藻岩山神社は、1987年（昭和62年）に建立されたもので、現在の中央区伏見の山麓に位置する札幌伏見稲荷神社の境外末社となる。オーストリア＝ハンガリー帝国の軍人レルヒからスキーを学んだ学生数人が1912年（明治45年）3月に藻岩山スキー登山を決行したことが北海道の山スキーの発祥とされることから、伏見稲荷大神とともに、ウルの神（北欧神話のスキーの神）、レルヒの神（スキー術を伝授したレルヒ）、ブランデージの神（札幌オリンピック時の国際オリンピック委員会〈IOC〉会長）を祀り、藻岩山スキー客の無病息災と安全を祈願して建立された。
行政区域としての「藻岩山」地区
2015年（平成27年）国勢調査によれば、行政町名としての「藻岩山」地域は、調査時点で人口0人である。
動物
藻岩山周辺の大型哺乳類としては、エゾシカのほかヒグマも挙げられる。リス類は、エゾリス、エゾシマリスのほかエゾモモンガが生息する。また、エゾユキウサギも認められるが、キタキツネの増加により減少したといわれる。このほか特定外来生物であるアライグマも定着・拡大している。ネズミ類は、アカネズミ類であるヒメネズミ、ハントウアカネズミ（カラフトアカネズミ）、アカネズミ（エゾアカネズミ）、ヤチネズミ類のエゾヤチネズミが生息するほか、ヒメヤチネズミ（ミカドネズミ）も認められている。また、ネズミとは別系統であるトガリネズミ類としてバイカルトガリネズミ（エゾトガリネズミ）、オオアシトガリネズミが生息する。
鳥類
鳥類は藻岩山・円山でほぼ同様に120種余りが認められ、夏鳥を含む繁殖期に種数および個体数が最大になる。特に天然記念物のクマゲラの繁殖例が有名であるが稀であり、減少が懸念されるヨタカやエゾライチョウも1980年（昭和55年）以降の記録としてあるが21世紀以降は不明である。留鳥としては、カラ類、キツツキ類、ヒヨドリ、シメ、カケス（ミヤマカケス）、猛禽類のフクロウ（エゾフクロウ）やタカ類などが生息する。また、多くの夏鳥が繁殖するほか、渡り鳥の要地として多くの旅鳥も見られ、冬鳥としては、ツグミ、レンジャク類、アトリ類などが知られる。
藻岩山観光自動車道
1958年（昭和33年）夏開催の北海道大博覧会を視野に、観光と市勢の伸展を目的として1957年（昭和32年）より藻岩山の中腹に至るロープウェイとともに山頂を通る観光有料道路の新設が進められ、陸上自衛隊の手により同年10月末には貫通し、翌1958年（昭和33年）7月、北ノ沢から山頂までの自動車道が開通した。
その後、観光自動車道は2011年（平成23年）の藻岩山山頂施設の改装に伴い、中腹駐車場までに縮小された。
藻岩山の日
藻岩山山開き（6月1日）の前日である5月31日が、標高の531メートルに符合することから、近年は毎年5月31日を「もいわ山の日」として、この前後の数日には藻岩山観光運営委員会が企画したイベントが催されている。