日台関係史
日本統治時代以前（- 1895年）
日本では、戦国時代から江戸時代初期にかけての台湾を「高山国」、「高砂国」と称し、そのいずれもが「タカサグン」からの転訛という。これは、商船の出入した西南岸の打狗山（現・高雄市）が訛ったものと思われる。
1593年（文禄3年）、豊臣秀吉が原田孫七郎に「高山国」へ朝貢を促す文書を届けさせようとしたが、当時の台湾は統一的な政府が存在しなかったため交渉先を見つけることができずその試みは失敗した。
1609年（慶長14年）、幕府を通じ肥前有馬藩が台湾視察のために家臣を派遣。
1616年（元和2年）、長崎代官村山等安が子の村山秋安、臣下明石道友を台湾征討のため13隻の船団と共に台湾に派遣するが、暴風雨のため明国に漂着する。
1628年（寛永5年）、台湾貿易をめぐり、オランダの植民地政府との間に紛争発生（タイオワン事件）、江戸幕府が平戸のオランダ商館を閉鎖。
1639年（寛永16年）、将軍の徳川家光と老中が、江戸に参府した平戸のオランダ商館長であるフランソワ・カロンと会談。幕閣は、明朝政府の渡航許可証を与えられた中国人が台湾に渡航していることをカロンから確認できたことで、マカオから渡航していたポルトガル船の渡航禁止を決定する。
1662年、「反清復明」を唱えて清朝に抵抗していた中国人と日本人の混血である鄭成功の軍勢は、清への反攻の拠点を確保する為に台湾のオランダ・東インド会社を攻撃し、東インド会社を台湾から駆逐した。
1871年12月17日、琉球・那覇を出帆した宮古島船が遭難し台湾南端に漂着、上陸した乗組員が台湾原住民に襲撃され、うち54人が殺害される事件が発生した。
1874年（明治7年）5月、陸軍中将西郷従道率いる征討軍3000名が台湾に上陸し、原住民居住地域を武力で制圧し、占領（台湾出兵）。清国政府が日本軍の出兵に賠償金50万両支払うことと引き換えに、日本軍が撤兵した。
日本統治時代（1895年 - 1945年）
1895年4月、日清戦争後の講和会議で調印された下関条約（日清講和条約）により、清国が台湾・澎湖諸島を日本に割譲。その直後、台湾人らによる台湾民主国の建国宣言がなされる。台湾民主国軍は、上陸した日本軍と武装闘争するも、初代総統唐景崧、第2代総統劉永福が相次いで大陸に逃亡し、約5か月後には完全制圧される。
日本は、1895年5月、台湾総督府を設置、樺山資紀海軍大将を初代総督に任命し、植民地統治を開始した。児玉源太郎第4代総督（1898年 - 1906年）のもとで後藤新平が民政長官に就任し、土地改革、ライフラインの整備、アヘン中毒患者の撲滅、学校教育の普及、製糖業などの産業の育成を行うことにより台湾の近代化を推進。一方で植民地統治に対する反逆者には取り締まりをするという「飴と鞭」の政策を有効に用いることで植民地支配の体制を確立した。
日本の敗戦により、488,000余りの在台湾日本人（軍人166,000人を含む）の大半が本土に引き揚げ、28,000人余りが国民党政権の「留用者」として残った。最後の台湾総督安藤利吉は、戦犯として上海に送られ自害。1946年5月の勅命により台湾総督府は正式に廃止された。
国交回復から断絶まで（1945年 - 1972年）
日本の降伏後、台湾に進駐し実効支配した中国国民党の台湾当局は、日本資産の接収を実施した（接収された資産総額は、当時の貨幣価値で109億9090万円。土地を除く）。日本は、1951年9月8日、サンフランシスコ平和条約で台湾・澎湖諸島の権利、権原及び請求権を放棄したが、この講和条約には中華人民共和国、中華民国のいずれも参加しなかった。その後、日本は、アメリカの仲介により、台湾のみを実効支配する中華民国政府との二国間講和条約の交渉を開始。1952年4月28日、日華平和条約に調印、日本と台湾（中華民国）との国交が回復した（なお、サンフランシスコ平和条約および日華平和条約では台湾の主権の帰属先は未定であるという台湾地位未定論がある）。同条約議定書で中華民国は日本に対する損害賠償請求権を放棄したことは、蒋介石総統の「以徳報怨」の一つとして当時の多くの日本人に受け止められた。また、日本からは白団と呼ばれる有志の軍事顧問団が台湾に渡り、金門砲戦などを指導して台湾の中華人民共和国による併合から守った。
1957年、外相兼任のまま内閣総理大臣に就任した岸信介は、同年5月に台湾などのアジア5カ国を歴訪。
1963年9月7日、中国の通訳周鴻慶が帰国直前に台湾への亡命を求めようとして逮捕され、その後亡命意思を翻意したとして、翌年1月に中国に強制送還される事件が発生した（周鴻慶亡命事件）。中華民国政府は日本側の対応・措置を「親中共行為」として激しく非難し、両国関係は緊張した。
関係修復を図るべく、1964年2月、吉田茂元首相が池田勇人首相の意を受けて台湾を訪問、蒋介石総統と会談した。これを契機に「日華共同反共」などが盛り込まれた「中共対策要綱」なる文書（いわゆる吉田書簡）が極秘に交わされた。さらに、同年3月には、外務省が、台湾の国民政府との断絶は国益に反する等の「中国問題に関する見解」を発表。同年7月には大平正芳外相が訪台し、「日本は中華民国が反攻復国に成功することを非常に望んでいる」と表明した。
1967年9月、佐藤栄作首相は、中国側の激しい批判キャンペーンにもかかわらず、台湾を訪問し、蒋介石総統と会見。同年11月には、後に総統を世襲することになる蒋経国国防部長が日本を公式訪問した。
これまで戦後から国連の常任理事国を務めた台湾は、中国と比べて国際的に認知されていた。しかし、1970年頃からベトナム戦争を背景とした中国と米国との接近、西側主要国（英仏伊加）と中国との国交正常化など、国際社会の中で中国が立場を顕示しはじめた。また、日本国内でも一部の親中派議員による「日中国交回復促進議員連盟」発足等の動きも見られるようになる。
こうした国際情勢の中で、1971年の第26回国際連合総会のアルバニア決議（2758号決議）により常任理事国の権限が中国側に傾き、中国の常任理事国入りが決定され、台湾は国連を追放された。日本は、中国の国連加盟に賛成であるが、台湾の議席追放反対を政府方針とし、アルバニア決議に反対票を投じた。また、二重代表制決議案の共同提案国となり提出したが表決されず、佐藤首相は国内のマスコミや野党から激しく追及された。これを受け、佐藤首相は中国との国交正常化を目指す意向を表明して水面下で中国と交渉を行った。
翌年1972年のニクソン訪中は日本に衝撃を与え、1972年9月29日、田中角栄政権は、中国大陸を支配する中華人民共和国政府を「中国の唯一の合法政府」と承認し、国交を樹立した（日中国交正常化）。その際、日本は、日中共同声明に日華平和条約の遡及的無効を明記することに応じない代わりに、大平正芳外相が「日華平和条約は存続の意義を失い、終了した」との見解を表明。これに対し、中華民国外交部は即日、対日断交を宣言した（日台断交）。
非公式実務関係の形成（1972年 - 1989年）
日本と台湾（中華民国）は、国交断絶から間もない1973年初頭、民間交流を従来通り維持させるため、実務的な窓口機関を相互に設置した（日本側は「財団法人交流協会」。台湾側は「亜東関係協会」。1992年、亜東関係協会東京弁事処は台北駐日経済文化代表処に改称）。続いて同年3月には、日本国会議員150名余りが参加して日華関係議員懇談会（日華懇）が発足（1997年、超党派の日華議員懇談会に改組）。こうして、日台間の非公式実務交流の基本的枠組みが形成された。
国交断絶直後の台湾の中華航空の航空機にある「青天白日満地紅旗」を「国旗」として認めないなどとする見解を表明したことに抗議し、即日、日台間航空路線停止を宣言した。
その後、日華懇の働きかけと青天白日満地紅旗を国旗と認めた日本外相宮澤喜一の国会答弁もあって、1975年8月、約1年3ヶ月ぶりに日台航空路線が再開された
交流の深化（1990年代以降）
1994年5月、李登輝総統は、『週刊朝日』に掲載された小説家の司馬遼太郎との対談で、日本統治時代を「日本が残したものは大きい。批判する一方で科学的な観点から評価しないと歴史を理解することはできない」と評した。李総統が1999年日本語で出版した『台湾の主張』はベストセラーとなって山本七平賞を受賞した。
一方、1994年10月、広島で開催されたアジア大会において、日本政府は、李登輝総統の代理として徐立徳行政副院長らの入国を認めた（行政副院長＝副首相クラスの訪日は初めて）ものの、1995年10月のAPEC大阪会議では、台湾代表として、形式的には民間人である辜振甫海峡交流基金会董事長の出席しか認められなかった。
1999年9月の台湾大地震では日本が国際緊急援助隊を一番手で送り、最大規模の援助活動を実施した。2000年8月には、石原慎太郎東京都知事の提唱で、アジア大都市ネットワーク21が発足、北京市と台北市が同時に加盟した（北京市は2005年に脱退）。2000年12月、台湾高速鉄道計画で、日本企業連合による「新幹線システム」導入が決定した（2007年開通）。李登輝元総統来日の支援運動が契機となって、2002年12月には日本李登輝友の会が設立され、ここで発祥した台湾正名運動は台湾本国にも波及した。
不干渉主義の転換
1995年から1996年にかけて台湾海峡ミサイル危機の勃発など台湾情勢が緊迫したことを契機に、日本政府は「直接対話による平和的解決」を中国に求める立場を明確化させるようになった。1996年5月16日、参議院外交委員会の小委員会は、「中台問題の平和的解決に関する提言」を決議。1996年から1997年にかけて日米安保条約に基づく日米防衛協力のための指針を改訂した際には（いわゆる「新ガイドライン」）、「周辺事態」に中台紛争が含まれるか論争が起こり、1997年8月17日、梶山静六官房長官は「周辺事態は中台紛争を含む」と明言した。さらに1998年11月に江沢民国家主席が来日した際、小渕恵三首相はクリントン米大統領が表明した「三つのノー」（台湾独立反対、「二つの中国」反対、台湾の国連加盟不支持）の表明を拒絶した。
2001年10月、APEC上海会議の際、平沼赳夫経産相と林義夫経済部長が会談し、「日台FTA」の検討開始で合意した（未実現）。2002年末、外務省の内部規則が改訂され、日台間の政府当局間接触が課長補佐から課長レベルに引き上げられた。小泉純一郎首相の私的懇談会が発表した「21世紀日本外交の基本戦略」（2002年11月）では「日台関係強化の研究」の必要性を指摘。2004年以降、日本政府は台湾の世界保健機関（WHO）へのオブザーバー参加を支持する立場をとり、2005年2月には、日米政府当局が日米安全保障協議委員会（2プラス2）で合意した「共通戦略目標」で、初めて台湾海峡問題に明確に言及した。当時の町村信孝外相も、日米安保は台湾地域も対象に入ると言明した。
一方で、2003年12月、日本政府（小泉政権）は、交流協会を通じ、台湾政府（陳水扁政権）に対し、公民投票の実施について、中台関係を徒に緊張させるものであり、台湾海峡周辺の平和と安定のために慎重に対処することを希望する旨、断交後初めて台湾政府に対する「申入れ」を行った。同様の懸念表明は、2006年2月、陳水扁政権が国家統一委員会及び国家統一綱領の運用停止を発表した際にもなされた。
日台関係「正常化」への動き
台湾に対する関心の高まりを反映して、日本のマスコミ各社は1998年10月以降、台北に相次いで支局を開設した。
1999年11月、石原慎太郎東京都知事が都知事として初めて訪台したことを契機に、要人の相互往来が相次いで実現するようになった。まず、2001年4月、日台関係者双方の念願であった李登輝元総統の来日が初めて実現した（その後も4回の訪日が実現）。同年12月には、連戦国民党主席が、国民党のトップとしては戦後初めて訪日した。2003年12月、交流協会台北事務所の主催で、台北で断交以来32年ぶりに天皇誕生日祝賀会が開催。同じ頃、森喜朗元首相が台湾を訪問し、陳水扁総統と会談した。
2004年8月25日、中米の友好国訪問を終えた游錫堃行政院長の専用機が台風接近のため那覇空港に緊急着陸した際には、游行政院長に72時間滞在可能なビザを発給され、牧野浩隆沖縄県副知事らとの会談が実現した。
2005年4月には、断交後初めて台湾人に対する叙勲を授与。2005年8月、台湾住民への査証免除（ノービザ）を可能とする議員立法が成立し、2007年9月には運転免許証の日台相互承認も実現した。2008年3月には、日本アジア航空（JAA）とエアーニッポン（ANK）がそれぞれ完全親会社の日本航空と全日空に統合され、日台航空路線が約32年ぶりに「正常化」した。さらに、2009年7月の入管法改正で、外国人登録証に代わって新たに導入される在留カードにおいて、台湾出身者は「台湾」と正確に表記されることも決まった（2012年施行）。
尖閣諸島等をめぐる摩擦
尖閣諸島（台湾名：釣魚台）問題は、台湾側が領有を主張し始めた1969年頃から、漁業権益や海底資源権益も絡んで日台間の最大の懸念事項となっている。台湾船による領海侵犯事件が繰り返し発生している。2010年5月には、防衛省が日本最西端の与那国島の防空識別圏拡大を決定したことに対し、台湾側が強く反発した。
2012年の日本の尖閣諸島国有化に対しては中華民国行政院海岸巡防署の巡視船12隻と宜蘭県蘇澳鎮から出港した漁船約40隻が同時に尖閣諸島の領海を侵犯させ、尖閣諸島の台湾領有を主張するデモ活動を行った。これに対して海上保安庁は保有する約360隻の巡視船・巡視艇のうち約45隻を出動させて対応し、巡視船が放水して進路規制を行ったが、台湾の巡視船も放水でこれに応戦した。これを受けて、財団法人交流協会の今井正理事長が中華民国外交部を訪れ、楊進添外交部長と2時間にわたり会談、厳重抗議と再発防止の申し入れを行ったが、楊部長は日本の国有化について批判した。また、馬英九総統はこの領海侵犯を「全力で漁民の安全を守った」「釣魚台が我が領土であることを世界に誇示した」と絶賛した。2013年には尖閣諸島周辺の北緯27度以北に暫定措置水域を定めた日中漁業協定に対抗して日本と日台漁業協定を結び、北緯27度以南の操業を日本に認めさせた。
特別パートナーシップ関係へ
2008年5月の馬英九総統の就任に際し、日本政府（福田康夫政権）は交流協会を通じて公式の祝電を手交（断交後初めて）。馬総統は、同年7月末に主要閣僚定例会議「台日関係報告会議」を設置し、同年秋に台日特別パートナーシップ構想により対日関係強化を図る方針を打ち出した。陳水扁政権が新設した外交部の「日本事務会」は解消したものの、亜東関係協会会長に李登輝元総統側近を登用。2009年を「台日特別パートナーシップ促進年」と定め、自由貿易協定(FTA)ないし投資保護協定の締結、ワーキングホリデー制度の導入、国立故宮博物院の日本展覧会開催などを提唱している。馬総統は、日本統治時代に台湾の水利事業で大きな功績を残した日本人技師、八田與一をたたえる記念公園の建設も実現した。
2011年3月11日発生の東日本大震災に際しては台湾がいち早く救援隊派遣を表明。人口が約13倍の米国を大きく上回る義捐金が集まり（同年9月現在200億円超）、菅直人首相からの台湾向けに特別の謝意メッセージを台湾側に寄せた。野田佳彦首相も国会で「菅直人前首相のメッセージで馬英九・総統をはじめとする台湾当局者に謝意を伝えた。ホームページや新聞広告でも謝意を表明している。しかし、あらためて私としても台湾からの友情あふれる破格の心からの支援に対して、深く心から感謝申し上げたい」と答弁した。