琵琶湖
地理
滋賀県の面積の6分の1を占め、流れ出る水は瀬田川、宇治川、淀川と名前を変えて、大阪湾（瀬戸内海）へ至る。また、湖水は淀川流域の上水道として利用され、京都市は琵琶湖疏水から取水している。
陸上から見た地形により最狭部に架かる琵琶湖大橋を挟んだ北側部分を北湖（太湖）、南側部分を南湖と呼んでいる。それぞれ主湖盆、副湖盆という呼び方もある。より面積が大きく深い北湖に、湖水の大半が蓄えられている。 
一方、湖底地形から見ると、北湖盆 (North Basin)、中湖盆 (Central Basin)、南湖盆 (South Basin) に分けられ、北湖盆と中湖盆の境界は沖島北方付近で、鞍状の湖底地形が存在している。
北湖は面積623km²、平均水深41m。南湖は面積58km²、平均水深4m。湖底が最も深い水域は北湖の中央やや北寄り、竹生島の南にあり、これまでに観測された最大水深は104.1mである。琵琶湖の湖底は1000年間に1mというペースで沈降している。
琵琶湖を取り巻く各自治体は、大きく湖南・湖東・湖北・湖西に分けられる。※区分については「滋賀県#地域」を参照。
湖を囲む山地からの流れが源流で、琵琶湖疏水や淀川水系を通じて京阪神に水道水を供給していることから、「近畿の水瓶」とも呼ばれる。また、古くから水上交通路としても利用されており、明治時代に鉄道が開通するまでは、京や大坂から東国・北陸への物資輸送の中継地として利用されていた。
世界で20ほどしかない古代湖の一つであり、世界で四番目に古い湖と言われている。魚類や底生動物など50種以上の固有種を含む生物相に富む。明治から昭和の初期までは、琵琶湖の周囲に大小40数個の内湖が広がり、多くの生物を育んでいた。しかし琵琶湖の洪水防御のため、1943年から始まった河水統制事業により、事業が終了する1952年までに平均水位が数十cm低下したことや、これに前後して内湖の大半が干拓されたこともあって琵琶湖の自然は大きく変化し、固有の風致や生態系が大きく損なわれた。現在、滋賀県は一部の内湖を復元することを計画しており、生態系の回復や水質浄化が各方面から期待されている。（入江干拓・大中湖）
東京湾平均海面 (T.P.) 基準で+84.371 m、大阪湾最低潮位 (O.P.) 基準で+85.614 mの高さが琵琶湖基準水位 (B.S.L.＝Biwako Surface Level ) と定められており、「琵琶湖の水位」とはB.S.L.を±0 mとした水位のことをいう。B.S.L.は、1874年（明治7年）に鳥居川観測点において「これ以上水位が下がることはない」と判断された点として定められたものであるが、その後、瀬田川の改修によって流出量が多くなったことなどにより、水位がB.S.L.以下になることが多くなった。現在では、B.S.L.の値が概ね満水位となるように水位の調整が行われている。
「急がば回れ」ということわざの語源である。湖を渡るには現在の草津と大津の間を結ぶ「矢橋の渡し」という渡し舟があったものの、運休が多かったらしい。「もののふの矢橋の船は速かれど急がば廻れ瀬田の長橋」（急ぎなら瀬田の唐橋まで遠回りするほうが確実）という、室町時代後期の連歌師、柴屋軒宗長の歌が出典。
形成
琵琶湖が形成された時期は、約400万年～600万年前で、現在の三重県伊賀市平田に地殻変動によってできた構造湖であった（大山田湖）。湖は次第に北へ移動し、現在から約100 - 40万年前、比良山系によって止められる形で現在の琵琶湖の位置に至ったという。大山田湖以前、現在の琵琶湖の位置には山（古琵琶湖山脈）があり、鈴鹿山脈は未だ隆起せず、今日の琵琶湖東南部の河川は伊勢湾へ流れていた。それを裏付けるように、鈴鹿山脈の主要な地質は礫岩である。また、琵琶湖に流入する最大の川で、東南に位置する野洲川は、当時西方ではなく、東方へ流れていたという。なお、琵琶湖は世界の湖の中でも、バイカル湖やタンガニーカ湖に次いで成立が古い古代湖であると考えられている。
西岸には、琵琶湖西岸断層帯が東北－南西方向に延び、断層帯北部の最新活動時期は約2800年前から約2400年前頃とされ、活動時には断層の西側が東側に対して相対的に2mから5m程度隆起した可能性がある。断層帯南部の最新活動時期は1185年（元暦2年）の文治地震であった可能性があり、活動時には断層の西側が東側に対して相対的に6mから8m程度隆起した可能性があるとされている。地震に伴う地すべりなどで水没した琵琶湖湖底遺跡が100以上存在する。
生物相
琵琶湖の生態系は多様で、1,000種類を超える動・植物が生息している。長い期間自立したためその中には琵琶湖（およびその水系）にのみ生息する固有種も数多く確認されている。その規模も大きく、独特の漁業が発達した。
その一方で、オオクチバスやブルーギルをはじめとする外来種の侵入や1992年の琵琶湖水位操作規則の改訂、内湖の消失、水田とのネットワークの分断等によって固有の生物相が大きく攪乱を受け、漁獲高が激減した種も多い。それらへの対抗策も講じられ、外来種駆除や生態系に配慮した水位操作、内湖の再生など様々な取り組みが行われているが、まだ十分な効果をあげられていない。また、琵琶湖産の稚アユは日本各地へ放流され、その為に琵琶湖固有種だけでなく稚アユと共に混獲され放流されたハスなどの種が各地で繁殖するという、移入種を生み出す元ともなっている。
湖面の島
竹生島（面積0.14km²）、沖島（面積1.5km²）、多景島、沖の白石、矢橋帰帆島がある。矢橋帰帆島は、下水処理場のために埋め立てて造った人工島である。
湖水
水面に現れる周期30分以上の振動（静振）として主に240.9分、71.9分、65.0分、39.8分、32.3分の5種類がある。湖の容量を流入量で割って求めた、全ての水が入れ替わるまでの時間（滞留時間）は5年程度。
透明度
平均透明度は、6mとされている。年により変化があり、水深の浅い南湖では2m程度、水深の深い北湖では4～6m程度であるが、気象条件によっては16mを超える透明度を観測することもある。
環流
環流と呼ばれる湖全体を循環する大規模な水流（海洋での海流に相当）は、1926年に発見され、1960年代から1995年頃にかけて精力的な研究が行われた。環流は、2つから3つ程度あり便宜的に北から第1環流（反時計回り）、第2環流（時計回り）、第3環流（反時計回り）と呼ばれる。駆動源となるものは海洋における海流と同様にコリオリの力、風、湖心部と沿岸部との温度差気圧などと複雑な要素が考えられ、季節や気象条件により複雑に変動している。なお、環流は常に3つあるとは限らない。
水利用
京阪神の水利用において、琵琶湖は非常に重要である。流出する淀川は京都府南部と大阪府中部を貫いて流れ、また琵琶湖が調節池の役割を果たすことから、年間を通して水量が安定している。1895年、大阪市において近代的な水道が近畿地方で初めて引かれて以来、琵琶湖淀川水系の水は上水道をはじめとしてこの地域の水利用を支えてきた。1998年時点で約1,400万人がこの水系の水で生活をしている。
琵琶湖の環境保全
昭和40年代、高度経済成長に伴って湖水の水質汚濁や富栄養化が進んだ。原因の１つに合成洗剤、リン酸塩が挙げられ、主婦層や女性団体が「石鹸運動」を起こして対策・改善を求めた。このため滋賀県は独自に工業排水と家庭用排水を規制する、いわゆる琵琶湖条例（滋賀県琵琶湖の富栄養化の防止に関する条例）を制定するに至った。このほか琵琶湖に関する滋賀県独自の条例としては、「滋賀県琵琶湖のレジャー利用の適正化に関する条例」や「滋賀県琵琶湖のヨシ群落の保全に関する条例」、景観を守るための「ふるさと滋賀の風景を守り育てる条例」などがある。
1990年から1991年にかけ琵琶湖総合開発事業の一環として水質測定施設である南湖湖心局（大津市唐崎沖1.5km）と北湖湖心局（大津市南比良沖4km及び高島市今津沖3.5km）の3基が設置され、pH値、溶存酸素量、水温、流速などのデータが自動送信されていた。しかし、内部の測定機器が老朽化し、必要なデータ量も確保できたとして2006年度までに稼働が停止された。その後も維持費がかかり、船舶の衝突事故のおそれもあることから2018年度に撤去されることとなった。
琵琶湖を始めとする温帯湖沼では、冬季の湖面冷却によって比重が重くなり、湖水の鉛直混合が起こり、湖中下層へ酸素が供給される（全層循環）。これは「琵琶湖の深呼吸」とも呼ばれる。近年の琵琶湖では、暖冬によって全層循環が不完全となり、酸素濃度の低下で生物が大量死滅する異常事態が発生している。地球温暖化が琵琶湖固有種の生態系に影響を及ぼす事例として、研究が進められている。2019年4月9日、観測以来初めて全層循環が完了しなかったと判断された。
また、琵琶湖の北方に位置する福井県若狭湾岸には、敦賀原発・美浜原発など多数の原発が立地する。琵琶湖との最短距離は20キロメートル程度であるため、原発事故で放射能汚染されれば水の供給に影響する可能性があると指摘されている。
津波
滋賀県によると、西岸湖底断層系南部では最大でマグニチュード7.6の地震が発生し、その場合、4.9メートルの津波が沖島に到達。また、同断層系北部では最大でマグニチュード7.2の地震が発生し、その場合、長浜市沿岸に3メートルの津波が到達すると予測している。ただし、「西岸湖底断層系南部は活断層だが、300年以内に地震が起こる確率はほぼ0％。他の4断層はいずれも活断層ではなく、津波を伴う地震が発生する恐れは極めて小さい」としている。また、1185年7月9日に、実際に津波が発生した可能性がある。塩津港遺跡で発掘調査が行われた際、湖底で神社が発見され、その神社から津波と見られる痕跡が見つかった(柱が全て琵琶湖の岸に傾いていた)。また、『山槐記』には「琵琶湖の水は北に流れた」、鴨長明は「山は崩れて川を埋め、海(琵琶湖)は傾いて陸地を浸せり」と書いている。
蜃気楼
条件が合致すれば初夏には上位蜃気楼が、秋冬には下位蜃気楼が観測できることがある。
境界の設定
琵琶湖の市町境界については、かつて、どの市町にも組み入れられていなかった。2007年5月8日、沿岸の各自治体による共同会議において境界の設定に合意し、各自治体の議会の同意を得た上で総務省に届け出を行い、9月28日付で『官報』に確定が公示された
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境界確定の目的は主に地方交付税交付金の増額である。また、増額された交付金の半分は琵琶湖の保全に使われることが発表されている。
零戦引き上げ
昭和53年、湖底に沈んでいた零戦が引き上げられ京都嵐山美術館が修復、その後は和歌山県「ゼロパーク」、広島県「大和ミュージアム」と引き渡され、展示された。