少年魔法士
第一部 香港ジャック・ザ・リッパー
［1巻 - 2巻］夏。香港では、1888年にイギリスで起きた事件「切り裂きジャック」と酷似した犯罪が続いていた。若い女性ばかり無惨な死体となる殺され方をされていたのだ。その凶行を行っていたのはアーネスト・藍・グィノー。魔法使い集団「グィノー家」にかつて所属していた魔法使いである。持って生まれた魔力を世情に反映させようと、グィノー家の秘術で香港の将来を占っていたのだった。
6人目の犠牲者が出た直後、香港にいた魔法使いローゼリット・グィノーは、弟子のカルノ・グィノーを呼び出す。藍の行いによるグィノー家への恥辱をすすぐため、2人で藍を倒そうというのだ。しかしカルノは12年かけて魔法の修行をしているが、魔法を感知することも低級呪文を成功させることも出来ていない、未熟な魔法使いだった。そしてローゼリットは、カルノに人殺しをさせるために呼んだのでは無いと言う。ローゼリットは最後に藍に会った時に腹を裂かれ、今は魔法により内臓を補っており、もう命はほとんど残されていなかった。次の藍の被害者にされそうになっていたモニカという女性を、カルノとローゼリットは保護する。
香港に台風が近づいた嵐の夜、風使いのローゼリットは風の魔法の竜で藍の居場所を見つけ出し、藍は水の魔法の竜で応戦、ローゼリットは敗れる。藍の居場所へたどり着いたカルノは念動力で藍と戦っている最中、昔家族を殺され、悪魔と融合したことを思い出し、融合した悪魔の力を暴走させてしまう。自分が「何」なのか混乱し、自己を保てなくなるが、ローゼリットの最後の想いにより暴走は収まる。
カルノの力で大きな被害が出たため、制御不能の「魔物」と判定されたカルノは、グィノー家を追放され神聖騎士団に連行された。
第二部 破幻の眼
［2巻 - 5巻］秋から冬。東京都在住の敷島勇吹は、北山にある祖父の神社で掃除をしていた。その途中、お神酒を持ち逃げし飲んでいたところ、外人の人間に見えるナギに声をかけられ、一緒に酒を飲む成り行きとなった。それからは、頻繁に北山で晩酌を交わす仲となる。冬休み頃から勇吹の弟・勇歌は、悪魔・サムソンが神霊眼を持つ勇吹を手に入れようと、罠を張り監視し始めた気配に気付く。
その頃、神聖騎士団は、悪魔達の動向から日本に神霊眼を持つ能力者が居ると知り、ハイマンを筆頭に神霊眼の能力者を捕獲するため、徒党を組んで東京へ向かった。カルノは神聖騎士団で、騎士のリチャード・ハイマンの管理下に置かれ、囚人同様の扱いを受け、訓練を受けさせられていた。勇吹を追うハイマン達と共に日本へ連れて行かれ、そこで自分が神聖騎士団にとって役に立つ存在だとアピールし生き残る最後のチャンスを与えられる。しかしカルノは、ローゼリットの死による喪失感から、自分の人生に価値を見出せないでいた。
念写の能力を持つヒューバートは、記録係として騎士団に同行し、勇吹がトカゲ風の悪魔を撃退し、神霊眼で二つの生物に造り変えるところを目撃し、神聖騎士団上層部に報告した。上層部はその強力すぎる力を恐れ、カルノに殺させろと命令。ヒューバートはハイマンに隠れてカルノに拳銃を渡し、「勇吹を殺さなければ、君は直ぐさま殺される」と持ちかけ、勇吹を殺しに向かわせる。
勇吹はカルノと戦い、成り行きで共に悪魔サムソンと戦い撃破。カルノは結局勇吹を殺さなかった。戦闘の後家に帰り着くと、家は破壊され、巨大な手でえぐり取られたようになくなっていた。父・義母・弟は行方不明となり、勇吹は家族と平穏な日常を失い、残された家族の安全のため、カルノと家を去った。
第三部 パッションフラワーズ・ブルー
［6巻 - 7巻］冬。レヴィは11年ぶりに神聖騎士団の大祭の祭司を務めることにし、その場で人を不死にする“奇跡”を起こすと公言する。レヴィの奇跡の力は幼少時に一番強く、成長とともに弱まり成功しなくなっていたため、母のアンヌら騎士団の幹部は困惑する。
回想の形でレヴィの過去が語られる。生まれつき人間を不死の肉体にする“奇跡”の力を持っており、“奇跡”を受けた人間は、どんな怪我や病をしてもたちどころに治癒する。赤ん坊の頃、母・アンヌに“奇跡”を起こし不死にしたことで、神聖騎士団にアンヌと共に招かれ、神聖騎士団の象徴・最高祭司として崇められることとなる。15歳までは、神聖騎士団の大祭において、神聖騎士団一の勇者に“奇跡”を受けさせる行事が通例になっていた。しかしレヴィの“奇跡”を起こす能力は加齢と共に成功率が低くなってゆき、失敗すると人間の形を止めない不死の醜い肉塊に変えてしまっていた。その事実を知ったレヴィは追い詰められ、母に詰め寄るが、母にレイプされる。自分の精子を使った受精卵を作られ、母がいくらでも身代わりがいると語るのを見てしまう。15歳の時、神聖騎士団の上層部が“奇跡”の失敗を隠蔽するために、不死の肉塊を悪魔の巣穴に捨てようとしていたところを目撃したレヴィは、自暴自棄になって肉塊と一緒に悪魔の巣穴に飛び込んだ。神聖騎士団が「悪魔の巣穴」だと推定した次元の穴は、天使でも悪魔でもない高次の心霊生物ナギの気に入りの場所だった。レヴィはナギと出会い、さらに炎のような少年魔法使いのナギへのメッセージを見る。ナギとの対話から自分の望みが母を断罪することだと悟り、ナギと契約し、彼女に決して自分の行いが正しいか否か教えないでくれと頼む。それから11年、レヴィは隠れてナギに魔法の指導を受け、命と力をギリギリまで削り、魔法を身の内にため込んでいった。
大祭の日、レヴィは母に別れを告げ、貴方の真意は何一つ見えない、それは貴方にとって何もかもどうでもいい、虚無だからだと語る。レヴィはナギの封印を解除し、結界を作り騎士団の結界にぶつけて破壊。お飾りだったレヴィの高度な魔法に幹部たちは驚き、取り押さえようとするが、レヴィは現れたナギと共に騎士団を去り、レヴィの脱退は大スキャンダルになる。レヴィは母を断罪せず、それを悔いるが、ナギはそんなレヴィの心が好きだと告げる。
騎士団を去ったレヴィは新しい魔法組織を作り、家族を殺された勇吹と、神聖騎士団を去ったカルノを勧誘する。レヴィはナギに同じ異能を持つカルノと勇吹の存在を教えられ、騎士団を出たら彼らを愛し守ろうと決めていたのだ。
第四部 春の蝸牛
［8巻］春。ロバート・ブラウニングの詩「春の朝」をモチーフとした章。神聖騎士団から抜け出てきたレヴィは「新しい魔法組織」を作るとし、それに勇吹とカルノをスカウトする。日本のマンションで勇吹、カルノ、レヴィ、ナギの4人での同居生活が始まる。レヴィは誰も気がついていなかったカルノの魔法の才能を見抜いて鍛え、魔法関係の仕事をこなしていった。
第五部 アエトニキ事変
［9巻 - 15巻］幾人もの世界有数の占者が「人王が死ぬ」と予言し、予言した占者たちは能力を失う。予言を受けてエディンバラに主だった魔法使いが集まった。しかしレヴィやラフィトゥは、その予言に不信を抱き、ナギは人王アークの策略だと考える。エディンバラ城を観光していた勇吹とカルノは、大人の姿の人王アークの幻影に、指輪を探してほしいと依頼される。
会議が始まるが、退屈したカルノは抜け出し、ナギに会う。ナギは自分の一部とアークの指輪をカルノに無理やり喰わせ、カルノはナギの誕生とアークと過ごした日々のヴィジョンを見る。心霊生物であるナギは、人の心を写す鏡やオウムのような存在だった。アークはナギを愛し、永遠に生きるなら永遠に持ち続ける価値があるものだけを覚え、いつかそれを教えてくれと頼む。すぐれた魔法使いだったアークは、その時代の唯一の人王の継承者で、世界を守るためナギと別れ、世界に災いをもたらす72の英霊の封印を引き継いだ。魔法使いの頂点である人王は、世界のための人柱だったのだ。
会議中、突然少年の幻影が姿を現し、勇吹を聴衆の面前に引っ張り出した。彼は人王であり、勇吹を次の人王に指名する、勇吹が引き継がなければ誰も生き残れないと伝える。そして実家もろとも勇吹の父と義母をヒマラヤ山脈に移動させ殺した、勇吹のやる気を出させるためだと告げ、契約の残っていたナギを連れて去った。調査の結果、勇吹の両親はヒマラヤで死亡しており、弟の勇太は騎士団のヒューバートだったことがわかった。勇太は過去に飛ばされて記憶を失い、アメリカで生きてきたのだ。
ラフィトゥの指導を受けた勇吹は、すべての生き物がエーテルで構成されていること、自分は全てを作り替え、人間すら再生できることに気がつき、失った家族を生き返らせることができる事実に打ちのめされる。ヒューバートは保身のために、表向き騎士団を追放され、勇吹達のもとに身を寄せた。
世界中の魔法使いたちのもとに、アークから羽の形でメッセージが送られる。アークはカルノと勇吹を利用して、この世のすべてを再構成して神を作る、選ばれた魔法使いを神の頭にすると告げた。レヴィの母アンヌやヒューバートは人王の提案を拒否したが、多くの魔法使いたちがそれに追従した。魔法使いたちは封印された人王の結界を破ろうとし、勇吹たちを襲うようになる。ラフィトゥの組織三山の連中に襲われた勇吹たちは、シェーラの退魔組織キタブ・エル・ヒクメトの拠点に移動。カルノはシェーラの父が作った死者たちからなる「骸骨寺」を喰い、死んだ魔法使いたちの大量の情報を取り込み、急速に魔法使いとしてのレベルが上がるが、同時に人間としての身体機能を失っていった。アークにダンジョンタイプの結界に閉じ込められ、カルノはキタブ・エル・ヒクメトを脱走したユーハと戦い撃破。カルノは知らぬ間にユーハの魂を喰い、自失したカルノをレヴィが導きアークのもとに向かう。アークはレヴィを殺害して魂をカルノに喰わせ、首をナギに贈った。
勇吹とカルノは以前遊びに来たネス湖を訪れ、その頃があまりに遠いことに愕然とする。二人はナギを取り戻し、人王を倒し、二人で生き延びることを誓う。
インターバル 魂の腫瘍
［15巻］
カルノはレヴィとナギとの契約を用いてナギを呼び出す。その時、レヴィが戦い続けるカルノの心を、自分の魂をもって内側から守るために死んだことを知る。カルノはアークから勇吹を守るため、ナギの戦う力を欲し、ナギと契約する。
最終章 THE NEOPLASM（ネオプラズム）
［15巻 - ］勇吹とカルノ、カルノと契約したナギ、彼らを監視する勇歌（ヒューバート）は、誰もいない荒野で暮らしながら、アークとの戦いに勝つため、ソロモンの72の英霊にも砕かれないような凝固なエーテルの砦を造り出す訓練をしていた。カルノはナギを囮にし悪魔の群れを呼び寄せ、集まってきた悪魔達を喰い、自らの力を増幅させ続けていた。勇吹はエーテルを分解し、意図する物に再構成させる方法を身につけ、空中から何でも造り出せるようになっていた。しかし、アークに実家を破壊され家族を失ったトラウマから、完全な砦を実現できない袋小路に陥っていた。
魔法使いたちはアークの影響で意思を失っていき、組織は崩壊していった。そんな中意思を保つアンヌは、騎士団を掌握し騎士団長を殺害、鉄の処女で人を殺してエーテルを集め、レヴィの再生をもくろみクローンを育てていた。
勇吹は昔に戻りたいと願う自分の弱さに自己嫌悪に陥るが、カルノは別に悪くない、嫌いじゃないと告げる。その言葉に勇吹は気持ちの踏ん切りをつけ、ナギの翼のエーテルで高密度のエーテルの指輪を鍛え上げる。それは人王の10個の指輪と同じもので、人王の継承が可能であると証明するものだった。同じころアンヌが作った偽物のレヴィは、本物のレヴィの契約を利用してナギの片翼から指輪を作ろうとする。アンヌの神霊眼の力は弱く、自らの体にエーテルを取り込んで、血を吐き骨を砕きながら指輪の錬成を試みた。そのおぞましい情景を見たハイマンは、絶望を覚えながらも、今度こそ逃げずにレヴィに最後まで仕えなければと思う。
勇吹とカルノは英霊の継承のため、英霊がいるという山のふもとでラフィトゥたちと待ち合わせる。しかし、いくら時間がたっても誰も来ない。閉じ込められたことに気がついた勇吹たちは、待つのをやめて山に向かう。ラフィトゥとヒューバートはアークに殺害されていた。これを皮切りに世界中の魔法使いの殺戮が始まった。ナギは、人王はいつでも好きな時に好きな者を作れるので、なにも維持する必要はない、これは黙示録という名の整理整頓だと語り、シェーラもハイマンも殺される。勇吹とカルノは英霊のもとにたどり着き、勇吹だけでなくカルノも人王候補であり、継承者が一人になるまで戦えと告げられる。アークはカルノに家族を殺し悪魔を喰わせたのは自分で、すべては自分自身を超えるためであり、それが人の生きる目的だからと告げ、謝罪する。カルノは、勇吹は人王には向いておらず、普通の世界で生きるのがいい人間だと言い、アークの分身を喰って神霊眼の力を継承して去った。一人残された勇吹は、周囲の人が全て消え、自分を導く人もいさめる人もいなくなったことに呆然とし、ナギという永遠に生きる最愛の存在を持つアークに憎しみを感じる。そして、久しぶりに祖父の元に戻り、カルノのことを話した。
カルノは作られた偽のレヴィの前に現れ、神霊眼の練習台として、レヴィを生き返らせる材料として利用しようとする。人の姿を失い、髪の毛の輪のようなものになっていたアンヌは、そんなカルノに進んで喰われ、偽レヴィは母の愛が本物のレヴィに向いており、彼のために自分をためらいなく殺そうとしていることに気がつき絶望の中で死んだ。レヴィを再生したカルノは、続いて自分が取り込んでいたユーハの魂を彼女の体に戻す。生き返ったユーハは、自分はもう自分ではないと言い、魔法の世界から手を引いた。復活した少年の体のレヴィは勇吹の家を訪れ、カルノが君の役目を肩代わりしようとしているのは、自分たちのように人を殺してほしくないからだと語る。