沖縄貝塚文化
旧石器時代
沖縄貝塚時代に先行する、沖縄諸島や先島諸島における旧石器時代の遺跡等は、山下洞人（約32,000年前、前3万年頃）、港川人（約18,000年前、前1万6000年頃）、伊江島ゴヘス洞人（約2万年前）、先島ではピンザアブ洞人（約26,000年前、前2万4000年頃）や白保竿根田原洞人（約27,000年前、前2万5000年頃）などがある。その一方で、沖縄諸島では前1万年頃 - 前5000年頃の、先島では前2万年頃 - 前1世紀頃の遺跡が断絶しており、これら旧石器時代人と貝塚時代人（先島先史人）との関連が考古学的に実証されていない空白の時代がある。
形質論
埴原和郎の「二重構造モデル仮説」によれば、旧石器時代から縄文時代にかけては南方系アジア（スンダランド説）から琉球弧を通って日本列島に縄文人が広がり、弥生時代以降には渡来人が本土西日本から広がる一方で北海道や琉球弧には及ばなかったため、琉球人は縄文的形質を残したとされる。更新世（洪積世）最終氷期（旧石器時代とそれ以前）に、琉球弧が大陸とある程度地続きもしくは狭い海峡を挟んで大きな列島状であったことを示唆する地質学上の研究も、埴原仮説を支持している。
埴原仮説に対して形質人類学上の研究では、琉球人は形質・遺伝的には「南方系由来の縄文人」とするよりは、むしろ北方系（すなわち日本本土の縄文人や渡来系弥生人由来）の形質が優勢であるとされ、土肥直美は、琉球先史時代の人はいわゆる本土縄文人とは異なる形質を持っていることや、中近世になって琉球人が骨格上も本土大和人に近似してくることを指摘している。
沖縄貝塚文化
安里進は、この時代の沖縄貝塚文化を「九州縄文文化の影響を受けつつ独自の経緯をたどった縄文文化」という趣旨で総括している。また、弥生時代の九州の農耕文化が沖縄諸島周辺では定着せず、漁労・採集が中心の貝塚文化が継続したとし、貝塚時代に続くグスク時代が現代琉球人と直接関連があり、中世、近世を通して現代に至るまで、文化面や集落の継続性が見られるとしている。
貝の道の交易
グスク時代より前の奄美・沖縄および先島は、後述の出土品から大和（九州）との交易が主体であったと考えられている。主要交易品は奄美以南に産出する珍しい貝殻類であった。「貝の道」の交易である。後期貝塚時代の前半はゴホウラやイモガイを交易品とし大和側は土器（弥生土器か）と取引していた。後半はヤコウガイを交易品とし、大和側はこれを螺鈿細工に加工して中国と交易していた。後述の肥前産の石鍋はヤコウガイとの取引により流入したと見られている。また、硫黄は薩南の硫黄島から産し、日本が中国に輸出していた（これに対し琉球王国では硫黄を硫黄鳥島から産した）。
後期貝塚時代
紀元前4世紀頃以降、本土の弥生時代以降に相当する。
前半
後期貝塚時代の前半（本土の弥生時代 - 古墳時代ごろ）は、ゴホウラやイモガイの貝殻を交易品とし、大和側は土器（弥生土器か）と交換していた。九州では貝殻を貝輪などの装身具に加工して使用していた。本土の弥生時代の初期に北九州で貝製腕輪が使用され、弥生時代中期に銅製腕輪の使用により一旦衰微するが、古墳時代が到来し畿内政権から古墳文化の広がりに伴い再び貝製腕輪が本土で広く使用され隆盛を見た。そして古墳時代晩期までには九州以外の本土では使用されなくなり再び衰微していく。
後半
後期貝塚時代の後半から晩期（本土の奈良時代 - 平安・鎌倉時代ごろ）には交易品の主体がヤコウガイに替わったと考えられている。6 - 8世紀頃の奄美大島の土盛マツノト遺跡、用見崎遺跡、小湊フワガネク遺跡遺跡からヤコウガイが大量に出土している。沖縄諸島でも久米島でヤコウガイが大量に出土している。ヤコウガイが大量に出土した遺跡は現時点で奄美大島北部と久米島を中心として偏在しており、残りは沖縄本島北端、伊江島、与那国島に点在している。久米島の遺跡からは開元通宝も同時に多く出土しており、この時代の南島交易路については様々な説がある。またヤコウガイの使途としては、大和向けに貝匙、酒盃、大和・中国向けに螺鈿細工の原料が挙げられているほか、貝肉の消費（交易は中近世以降）などである。
この時期、『続日本紀』等により698年から727年にかけて大和朝廷と南島との交流が日本の史料に残っている。699年には「多褹・掖玖・菴美・度感」（種子島から徳之島までに比定）、715年には「奄美・夜久・度感・信覚・球美」（屋久島から石垣島までに比定）から来朝があったとする。
晩期
後期貝塚時代晩期の10世紀、960年に成立した北宋は、周辺諸国との貿易振興策を取ったため、これ以降、日本、宋、高麗、南島の間で貿易が盛んとなった。この頃、日宋間で宋との交易通貨となっていた東北の金の供給が滞り、代替として朝廷へ献上される貢祖品を充てるため、太宰府が受領などを通じてその徴収に当たった。997年（長徳3年）に長徳の入寇（新羅の入寇の一）があり、高麗のほか「南蛮の賊、奄美島人」が汎く九州に入寇、襲撃しており、翌長徳4年（998年）には太宰府から喜界島（城久遺跡）に対し反乱を起こした南蛮人（奄美大島）を征伐する命が下りているが、これは太宰府の徴税、統制強化に対する反乱とも考えられている。城久遺跡からの9 - 11世紀頃の出土品は、九州系土師器、須恵器、越州窯系青磁、白磁、灰釉碗陶器が主である（第I期）。
11世紀頃、日本の朝廷と高麗との間には正式な国交がなかったが、この頃から九州の太宰府が非公式に高麗との貿易を始めている。太宰府側は対馬、壱岐や九州の豪族名主の許可書の下、高麗、李氏朝鮮と交易を行っていた。
以上のように太宰府を結節点として日宋貿易、日麗貿易、南島貿易が盛んとなり、本土はもとより南島交易の中継点となる喜界島（後述）や南島社会に対し、交易のみならず人的、質的な変化をもたらした可能性が指摘されている。これにより南島の貝塚時代が終焉をむかえ、グスク時代への転換期を迎えたと考えられている。
グスク時代へ
貝塚時代に続くグスク時代の出土品として、徳之島産のカムィ焼と九州肥前産の石鍋が、奄美・沖縄から先島までの広い地域で見つかっており、これらの文化がグスク時代の基盤になったとされる。グスク時代は貝塚時代に比べて、農業技術の普及と顕著な集落の内的人口増加が観測され、その根本的原因は琉球弧への北方系形質（大和人）の流入・分布に求められる。またカムィ焼の生産には高麗の陶工が関わっていたと考えられている。
喜界島城久遺跡からの、グスク時代に入る11世紀後半 - 12世紀頃の出土品は、九州系土師器、須恵器、白磁器、初期竜泉窯青磁器・同安窯系青磁器（南宋産）、初期高麗青磁器、朝鮮系無釉陶器、滑石製石鍋（肥前産）、滑石混入土器（朝鮮産）、カムィ焼などである（第II期）。これらは沖縄諸島のグスクからの出土品と類似している。
このように宋産磁器、肥前産の石鍋とカムィ焼がセットで出土する事から、喜界島が太宰府と南島（琉球弧）との間の南島交易の中継点になっていたとともに、当時の日宋貿易、日麗貿易と結節していたと考えられる。
先島先史時代
先島先史時代は、概ね3000年前（前1000年）頃の下田原貝塚に代表される前期と、紀元前4世紀以降の後期に分かれる。
前期
前期は、3000年前（前1000年）頃の下田原貝塚から出土した広底土器と扁平石斧に代表される。この時代の広底土器は、当時の中国華南・台湾の粟の農耕文化との関連性が、扁平石斧はフィリピンなど南方系先史文化との関連性がそれぞれ指摘されている。
後期
前期には土器が見られたが、後期の遺跡からは土器が出土しないため、無土器期とも呼ばれる。仲間第一貝塚などから出土のシャコ貝斧、焼石料理など、フィリピン、マレー・ポリネシアなど南方系文化との関連性が指摘されている。
なお、貝の道の交易を通じて肥前産石鍋が流通し、グスク時代の始まる11 - 12世紀までには先島まで到達したが、それは先島先史時代の晩期に相当する。与那国島の遺跡からはヤコウガイが大量に出土している。
それまでは200kmほどある宮古海峡や造船技術の程度から、沖縄諸島と先島の間の文化的交流はほとんどなかったと考えられており、貝の道による石鍋・カムィ焼の流通が交易の契機になったとされる。