日本フットボールリーグ
概要
プロ化を考慮していないアマチュアチーム（企業や大学のサッカー部、ならびに地域のアマチュアクラブチーム）にとっては、唯一の全国リーグであり、最高峰のカテゴリーである。
Jリーグとの関係と位置づけ
日本サッカーのリーグ構成の最上位カテゴリである日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）とJFLとの関係については、Jリーグが同リーグの3部に当たるJ3リーグ発足時の2013年12月の公表資料において、JリーグとJリーグ以外のアマチュアリーグは別のヒエラルキー構造とした上で、J3リーグをJFLと同格と位置づけている。また、JFL自身も公式サイトにおけるリーグ構成を示した資料において同様の認識を持っている。
一方で、2015年4月に改定されたJリーグの公表資料「Jリーグ入会（J3リーグ参加）の手引き【新たに入会を目指すクラブ向け】 (PDF) 」では「JFLからJ3へは最大2クラブが昇格します」「J3での順位が悪かったとしてもJFLに降格することはありません」と、JFLがJ3より下位のリーグであるかのような表現も用いられている。
誕生
1999年、Jリーグの2部制移行と同時にジャパンフットボールリーグ（旧JFL）が1998年をもって終了。第7回ジャパンフットボールリーグに参加したチームのうちJ2に参加しなかった7チームおよび前年10月に日本サッカー協会によって参加が承認された横河電機 の計8チームで日本フットボールリーグ（JFL）は発足した。その後、横浜FCが特例としてJFLから準会員扱いでスタートすることが認められたため、1999年の第1回大会は9チームによってリーグ戦が行われた。チーム数は第2回（2000年）は12チーム、第3回（2001年）は16チーム、第4回（2002年）は18チームで開催された。第5回（2003年）に16チームに減少したが、第8回（2006年）から、アルテ高崎が退会した影響で17チームとなった第14回（2012年）を除いて、第15回（2013年）まで18チーム体制であった。
2014年のJFL参加チームの決定
J2の下に設けられたJ3リーグ発足の動きに付随して、J3発足前の3部リーグであるJFLについて、J3参加クラブの数の動向にもよるが、2013年度の18クラブから6つ程度減らし、2014年度は12クラブ前後 ないしは14クラブ で行う方針であると報道されていた（JFL側から明白に縮小を伝えたわけではなく、JFL側はあくまで、J3創設によりJFL運営上、編成が必要になった場合、クラブ数の増減も起こりうると発言している）。
なお、JFLの参加クラブ数の確保の観点から、2013年度の成績下位のクラブに対する地域リーグへの降格は行わず、第37回全国地域サッカーリーグ決勝大会の上位3クラブを自動昇格し、残り9クラブについてはJFLのチーム数が足りない場合に4位以下から補充するという報道もある。12月の同大会後の理事会で改めて対応を協議する方向であると報じられている。
この後、JFLに加盟する準加盟クラブのうち10クラブがJ3ライセンスを取得したことを受けて、JFLは2014年度の新規参加希望クラブを地域リーグ以下に属するクラブに対し募集 し、北海道を除く全国8つの地域から25クラブ（内訳：北海道0、東北3、関東4、北信越3、東海4、関西5、中国4、四国1、九州1）が加盟申請を行った。今後は、J3加盟クラブの正式決定や第37回全国地域サッカーリーグ決勝大会の結果を踏まえて、12月4日をめどにJFL理事会で参加チームを正式に決定するとしている。
2013年11月7日、JFLは2014年シーズンの参加チーム数を14とすることを発表した。その後、JFLからJ2・J3への参入により10チーム減ることが確定し（J3リーグ#審査結果を参照）、JFLへの新規加入は6チームとなった。2013年12月4日に、JFLへの昇格チーム6チームが発表された。第15回日本フットボールリーグ#地域リーグとの入れ替えを参照。
参加条件
参加できるのはJFAの第1種登録チーム（社会人・地域クラブ、大学など）である。JFAはJFLに参加するチームに対し、試合会場として5,000人以上収容可能でかつ有料試合が開催できる規模のスタジアムを用意することを奨励している。また原則としてJFA公認のA級指導者ライセンス以上の者を監督として用意する必要がある。
試合・リーグ形式
試合は前後半90分で行い、同点なら引き分けとなる（延長戦なし）。勝ち点は勝ち3点、引き分けは双方に1点ずつ、負け0点。
2014年度 - 2018年度（2014年度は参加14チーム、2015年度 - 2018年度は参加16チーム）は2ステージ制で行われる。ファーストステージ（前期）・セカンドステージ（後期）それぞれ1試合総当たりのリーグ戦を行い（2014年シーズンは13試合、2015年 - 2018年は15試合）、前後期を同一チームが優勝した場合はそのまま年間優勝、異なるチームが優勝した場合は、ホームアンドアウェーによるチャンピオンシップ（決勝戦）を行う。年間順位は上位2チームは決勝戦の結果により決定、3位以下（1位が同一チームである場合は全チーム）については、年間を通した2回総当たりの総合成績により決める。
2013年度までは、リーグ戦は2回戦（ホーム・アンド・アウェー）の総当りで1チーム34試合を行い、最終的に勝ち点の最も多いチームが優勝となる。
勝ち点が同点の場合は「得失点差→総得点→直接対戦の成績→決定戦」の順で決定する。
決定戦については主催者が特に必要と認めた場合（自動降格、あるいは入れ替え戦出場チーム決定など）に限って行う。行わない場合、2004年までは抽選で順位を決定していたが2005年からは同順位となった。
2011年度までは後述の天皇杯出場枠の決定などの便宜上1回ずつの総当り（17試合）を前期と後期に分けているが、順位は通年で決定しており、前期・後期の優勝などは争わない。2012年度も天皇杯出場決定は1回総当り終了時点（第17節）の順位で行う ものの、節数の表示には「前期・後期」を用いなくなり、Jリーグと同じく1年間通しで表示（最終は第34節）となった。
試合方式については2000年までは90分で決着がつかない場合Vゴール方式の延長戦を行っていた。その際の勝ち点は「90分勝利で3点、延長戦での勝利で2点、引き分けで1点、負けで0点」となっていた。
またリーグ戦については1999年は3回戦の総当たり戦（9チーム）、2002年は2002 FIFAワールドカップの影響でスケジュールの確保が難しいことから1回戦のみの総当たり戦（18チーム）で行われた。
大学チームの参加
大学チームは旧JFL時代の1998年に国士舘大学サッカー部が試験的に参加しており、このテストの結果を受けて1999年の第1回JFL開幕以後、大学サッカー連盟の推薦を得れば参加できるレギュレーションが定められた。これまでに国士舘大学、静岡産業大学、流通経済大学が参加した。
当初は大学チームは社会人リーグと大学リーグで選手の二重登録（掛け持ち）が認められていたが、2010年の規約改正に伴い二重登録が禁止された。このため、2010年シーズンの流通経済大学は個別のクラブチーム「流通経済大学フットボールクラブ」を編成した上で参加した。また、全国地域サッカーリーグ決勝大会についても、2009年までは大学生チームの参加希望があった場合、全国大学サッカー連盟の推薦が得られれば推薦枠として出場することが可能であったが、2010年の規約改正により推薦出場は不可能となった。
強化費
JFLでは賞金に代わり「強化費」が支給されるが、支給形式及び金額は開催回ごとに大きく変わっている。詳細は各開催回のレギュレーションの項を参照（2010年は各試合の勝利チームに5万円の強化費が支給された）。
天皇杯のシード権
第15回大会（2013年）までは天皇杯全日本サッカー選手権大会においてJFL所属チームに対する「シード枠」があり、第17節終了時の1位チームは都道府県予選が免除されていた。シード権が獲得できなかったチームは所属する都道府県の予選大会に出場し、天皇杯出場を目指すことになる（2011年は前期第7節から11試合終了時点での上位2チームが予選を免除され、本戦2回戦から参加した）。
2014年の第94回天皇杯からは、シード枠が「前回の天皇杯に出場したアマチュアチームで、最も成績が優秀だったチーム」に置き換わったことから、JFL所属チーム限定のシード枠が一度は消滅した が、2015年度第95回 から、アマチュアシードは大学との隔年交替制となっている。
JFLからJリーグへの昇格・JリーグからJFLへの降格
Jリーグ入会によりJFLを退会したクラブについては#Jリーグ入会による退会節を参照。
2012・2013年度
2012、および2013年度については、JFLの上位原則2位以内のクラブがJリーグ準加盟クラブであった場合、J2の最下位クラブとJFLの1位クラブが自動入れ替え、J2の21位クラブとJFLの2位クラブが入れ替え戦を基本とする。ただし、JFLからの参加は原則としてJリーグ準加盟を認められるだけでなく、J2昇格基準の案件を満たしていること（J2クラブライセンスの取得）が必須条件となる。