ファンタシースターZERO
世界観
『PSO』、『ファンタシースターユニバース』（以下、PSU）同様、ヒューマン・ニューマン・キャスト3種族を軸として物語が展開する。『PSU』で登場した種族ビーストは今作には登場しない。前述の作品、『PSU』は「差別」が主軸であるのに対し、こちらは「絆」がテーマとなっている。そのためストーリーモードでは余計な複線や対立の描写はなく、プレイヤーが世界観に入っていきやすい、親しみやすい作りとなっている。また『PSO』はアメコミ調のSFタッチであったが、今作はコミカルなアニメ調の雰囲気で、全体の様子としては、アメリカの西部開拓時代を髣髴とさせ、プレイヤーキャラクターもそれに準じたデザインとなっている。
キャラクター作成
プレイヤーはゲーム開始時にキャラクターを作成する。作成可能な種類は『PSO』の全種族に加え、ヒューマンの女性ハンターであるヒューマール、およびニューマンの男性ハンターであるハニュームを加え計14種類が作成可能となっている。
自由度はヒューマン、ニューマンはヘッドタイプ4種類、ヘアカラー3種類、コスチュームカラー5種類、スキンカラー3種類、キャストはヘッドパーツ4種類とボディーカラーA3種類、B5種類、C3種類とそれぞれボイスを8種類（無効化含む）とマグカラー（ゲーム開始時のみ）の中の組み合わせから自由に選ぶ事が出来る。キャラクターの体格は設定する事が出来ない。
名前は平仮名、カタカナ、全角英数と記号から6文字以内で自由につける事が出来る。キャラクター作成後も無条件で無制限（マグの色以外）にこれらの設定を変更する事が可能である。
また、セクションID制度は廃止された。作成可能な人数は最大3人である。『PSU』同様、カウンターストップの概念は存在しない。以下にその全貌を述べる。
敵と耐性について
武器での攻撃の耐性について敵側に打撃耐性、射撃耐性という概念が加わった。この値はエリアごとに偏っている傾向が多く、エリアによってはハンターが銃で戦ったり、逆にレンジャーも剣で戦ったりと言う事が求められる。
全体的に見て射撃耐性を持つ敵が多く、間に障害物や谷間・溝などがあったりすると銃で攻撃しても無効化されるため接近戦を求められる傾向が高い。
レアブロック
一部エリアの通常の行き止まりであり、カードキーが存在しないという場所に限って一定の確率でレアブロックが出現する事がある。ストーリーモードでしか出現しないものと、それ以外のモードでも出現するものがある。ストーリーモードでしか出現しないものは、店系統（レアアイテムや回復アイテムが購入できる）ファンタシースターオンラインシリーズからの伝統の「ナウラのケーキ屋」と「ココ・ハット」の2種類。
どんなモードでも登場するのは、 - の巣形「ラッピーの巣」、「ウサニーの巣」、「ブーマの巣」の三種類と、中間エリアで出現する中ボスとその亜種計三体と2連戦する「アリーナ」がある。
クエスト
クエストにはストーリーモードにおけるメインクエストと、何度でも選択できるクエストが存在する。前者は各キャラクター一度しかプレイ出来ないのに対し、後者は何度でもプレイできる。
後者のクエストには一部特殊なエリアを除いて各エリア2種類ずつ存在し、片方はエリア半分しかないものである。これはボスと手っ取り早く戦いたい場合や、前後半によって出現する敵の種類が変わるものでそこの敵から出るレアアイテムを狙っている場合などに有効である。ただしこのクエストではエリアの中継地点に出現する特殊エリアが出現しない。
ストーリーモード
『PSO』、『PSU』のオフラインモードに相当。メインストーリークエストを攻略することによって、進めるエリアが増えていく。攻略済みエリアは何度でも攻略する事が出来、メインではないクエストも同様である。一部オフラインでしか選択できない・出現しないエリアも存在する。
難易度はノーマル、ハード、スーパーハード3種類存在し、ハードモードはノーマルのメインクエストをクリアすることによって、スーパーハードは一部イベントクエストを除く全てのハードモードクエストをクリアすることによって到達可能である。
作戦
ストーリーモードでNPCと冒険する場合、作戦によって指令を出す事が可能である。ヒールオーダー、アタックシフトなどがあり、回復・補助重視、攻撃重視などNPCの武器や行動などが変わる。またこれらをビジュアルチャットのショートカットの様編集することも可能である。
ワイヤレス通信モード
ニンテンドーDS本体とファンタシースターZEROを人数分持ち寄ることで、育てたキャラクターを集結させて4人まで同時にゲームをプレイすることができる。基本的にはWi-Fiモードの「フレンドとあそぶ」モードと同様にプレイ可能で、マルチプレイ専用クエスト・ビジュアルチャット・ロビーアクションが可能である。
ゲーム開始時は親機となるプレイヤーが募集をかけ（部屋をつくり）、そこに子機となるプレイヤーが接続するという形式をとっている。親機となったプレイヤーはリーダーとなり、プレイするクエストおよびフィールドを選択する権利が与えられる。ただし親機の接続が切れると強制的に子機もゲームのプレイを中断させられてしまうので注意が必要である。なお、この場合もゲーム中断時にセーブするかどうかの確認が行われるので、すでに取得した経験値やアイテムが失われることはない。
ゲームシステム
『PSO』のゲームシステムを基本としつつ、『PSU』から導入されたフォトンアーツや緊急回避など新要素も加わってアクション性が高くなった。
アクションパレット
ファンタシースターZEROでは、アクションパレットに必要なアクションを登録してゲームを進める。
テクニックに関してはPSOのようにショートカットウィンドウから発動する事は出来ず、アクションパレットに登録していないと発動すら出来ないため6種類しかないアクションパレットに何を入れるかが重要な戦略となる。通常アイテムやトラップ、武器変更に関しては直接選択メニューを表示できるショートカットが用意されているが、メニュー表示中は一切動くことができないため使いこなすには多少の慣れが必要である。
通常攻撃、緊急回避
攻撃に関してはノーマルアタック、ヘビーアタックの2種類が存在し、それぞれ3段階まで出す事が出来る。『PSU』と同様、攻撃中に方向転換する事も出来る。EXアタックは廃止され、武器に付属しているエレメントは攻撃時に武器ごとに定められた確率で発動する。
攻撃力倍増系攻撃は確実に発生し、HPを減少させて高威力の攻撃を発動するものに関しては『PSO』のように対数関数的にHP消費量が減少し、攻撃を受けたりしない限り絶対にゼロにはならないものからHPがゼロになって死亡するようになったため注意が必要である。
更に、緊急回避というアクションが今作から追加された。高速な前転を行い、一瞬の無敵時間を発生させ窮地を逃れる事が出来るが、直後の硬直もあるため使いどころを誤るとかえって不利になってしまう。
フォトンアーツ
派手で強力な必殺技を発動するフォトンアーツは、今作ではドロップした武器毎に設定されており、『PSU』のようにレベルは存在せず、任意で入れ替えることもできない。また『PSU』とは異なり近接系の武器以外の射撃武器、法撃武器にもフォトンアーツが用意されている。
各武器のカテゴリごとに3種類ずつ割り振られており、レアアイテムでも固定のものから変動するものまであり、フォトンアーツが存在しない武器も存在する。
ノーマルアタックもしくはヘビーアタックボタンを押し続けチャージすることによって発動される。チャージ時間は武器により異なるが、チャージ時間を短くするアイテムも存在する。また、一部武器には武器のエレメントとは別に固有の効果を持つものも存在する。
ステータス異常
『PSU』同様、基本的に時間回復する。回復に関してはソルアトマイザーかアンティ系で完治可能（ソルアトマイザーによる死亡回復は不可能だが）。また、氷の状態異常がいわゆるレバガチャで治療不可能となったため、氷を回復するにはあらかじめメニューを開いておくか、NPCや他プレイヤーに解除してもらったり、凍る瞬間にアンティを掛けなければならない。キャストは再び毒状態にならなくなり、麻痺と感電が統一され、『PSO』の麻痺に近いものとなった。氷に関しては攻撃されれば解除されてしまうため、『PSO』のフリーズトラップや凍結武器のような凶悪さが無くなり、バランスが取られている。
複数の状態異常になることが無いため、既存の状態異常が他のプレイヤーの攻撃により上書きされやすくなっており、トラップで状態異常にしても他者に上書きされてしまう事も少なくない（ただし、能力上昇および下降、状態異常は別枠である）。
L注目
『PSU』と同様敵をオートロックする機能が無いが、Lボタンで敵をロックオンする事が出来る。いわゆるZ注目。
後述するように短銃、機関銃はこのまま撃ち続ける事が出来るため、HPの高い中ボスクラスの敵には有効な手段である。また、盾を使っても防御し続けながら隙を見て攻撃する、といった戦法も可能である。
ただし仕様上、現在ロックオンしている敵よりも近い敵が現れると自動的にターゲットが移行してしまうためセイバー系などの接近武器でロックオンを多用していると思わぬアクシデントに見舞われることも多い。
BGM
『PSO』同様、敵の出現によってBGMが変換する。
武器
武器は大きく分けて剣系、銃系、法撃系（杖系）が存在する。以下に詳細を述べる。
ファンタシースターZERO Mini
セガの初参入作品のニンテンドーDSiウェア。2009年3月25日配信開始（要200ポイント）。
ゲームの目的は、グラーシア渓谷を再編成したステージを舞台に、レイバーン撃破までのスコアアタックとなっている。本編ではNPCだったカイ、オギ、サリサをプレイヤーキャラクターとして使用する。DSワイヤレスプレイに対応しているが、本DSiウェア同士のみの対応で、本編である『ファンタシースターZERO』との通信は出来ない。また、Wi-Fi通信プレイには対応していないが、DSワイヤレス通信時に最大4人まで遊ぶ事が出来る。