ザフトの艦船及びその他の兵器
降下カプセル輸送艦
衛星軌道上からMSを大量かつ迅速に降下揚陸させるために建造された宇宙輸送艦艇。扁平な形状をした艦体下面にMSを4機ずつ収納可能な三角錐型の降下カプセルを11基懸架し、最大44機ものMSを地表に向け一挙に投下する。武装は艦首ブリッジ両脇に設置された連装対空砲2基。推進機関として2×2発のロケットモーターを持つ。
設定を担当した森田繁はインタビューにおいて、『宇宙の戦士』に登場する降下兵をオマージュしたものであると語っている。
補給潜水艦
『SEED』第29話などで登場。
約180メートル級の補給艦であり、容積の大半を貨物スペースに割り当てているため、単独の1隻だけで、ボズゴロフ級数隻分の補給が可能。
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アジャイル
MSの支援を目的とする戦闘ヘリで、アジャイルとは「俊敏、素早い」などの意。テールローターを持たず、メインローターは後方に向けて固定する事で安定翼として機能し、この状態でも時速615キロをマークする（この速度は中途半端といわれる）。主兵装は対地攻撃ミサイルを搭載している。バルトフェルド隊に配備され、有線制御ミサイルによるバクゥの支援に当たっていた。
哨戒ヘリコプター
『SEED』第31話などで散見された、地上基地に常備されるグリーン色のVTOLの一種。地球軍やオーブの同類種とは異なり、フロート（浮き袋降着装置）を持つ水陸両用機なのが最大の相違点。人員も5名強の収容が可能で、救難活動にも対応出来る。無人島に遭難したアスランを捜索するのにニコルが操縦したヘリでもある。
連絡用ジェットファンヘリ
『DESTINY』第1、19、21話などで散見された水平式ダクテッドファン2基を用いて飛行する小型ヘリで、定員は4名（前2×後2席）。どれもギルバート・デュランダルが公務の移動機として利用した。
物資搬送用支援航空ヘリ
『DESTINY』第8話などで散見された、4発のローターを有する長方形の中型ヘリ。ブレイク・ザ・ワールド事件の被災地へ食料や医療品の人道支援を行った。
インフェストゥス
『SEED』第21話、『DESTINY』第20話などで散見された大気圏内用VTOL戦闘機で、インフェストゥスとは「有害、危険、不安全」などの意。
洋上母艦を持たないザフトが、レセップス級やピートリー級、ボズゴロフ級の艦載機とすべくこのように特殊な構造の機体を開発した。先尾翼半双胴、双発、タンデム複座を採用し、主翼のみならず機体全体を複雑に折りたたむことで非常にコンパクトとなり、優れた艦載収納性を実現している。しかしその代償として、火力、航続距離は地球連合軍のスピアヘッドに劣るとされる。そもそも、ザフトはMSを中心とした兵器体系となっており、航空戦力もディンやグゥル搭乗のジンが主力とされ、本機を含む在来型兵器はその支援用とされる傾向にあった。武装は機首の12mm機関砲2基と主翼付け根の25mm機関砲2基。主翼下面にハードポイントが左右2基ずつ、計4基見られるが、作中何らかの装備を牽下した例はない。
バルトフェルド隊によって運用され、ヘンリー・カーターと共にアークエンジェルの背後から奇襲を仕掛けるが、ムウ・ラ・フラガ搭乗のスカイグラスパー1号機と交戦し撃墜されている。また、ザフト兵のアカデミースクールで教習機としても使用されている。
グゥル
正式名称は「モビルスーツ支援空中機動飛翔体 グゥル」。大気圏内用のサブフライトシステム（以下SFS）として運用される。中央部から折り畳める構造で、ボズゴロフ級潜水空母などへの搭載時には収納容積を小さくする事が出来る。搭乗MSからの無線コントロールにより、強大な推力を活かし飛行する。武装として6連装ミサイルランチャー2基を装備している。
デザイナーの山根公利が図説した『FROM G(THE) FIELD #9』では、元々局地輸送機だったものをMSの支援機に転用したものとされ、上述のSFS用途に限らず、ボズゴロフ級などの潜水艦との共同作戦も可能な潜行・水中機動能力もあり、それを活かしたグーンなど局地戦用機の実用化以前のMS向け水中スクーター用途や、小型の戦闘艇などを載せて空輸する用途なども描かれている。
中型輸送機
ヴァルファウより小型の輸送機。頭を上げた鳥のような外見が特徴。サイズゆえにMSは専用のキャリアに寝かされる形で輸送され、ハッチは機体後部にある。武装は連装対空機銃2基。人員輸送の為の客室も設けられており、12名程度が乗員可能。
アスラン等、クルーゼ隊のメンバーが各々の乗機と共に搭乗するが、アスラン搭乗機は、モラシム隊との交戦を終えたカガリ搭乗のスカイグラスパーと交戦し被弾、機長の判断でアスランをイージスと共に脱出させたが、その後の消息は不明。
ヴァルファウ
MSを直立したまま輸送可能な大型輸送機。4枚の主翼にそれぞれ1基ずつ大型ローターを搭載し、垂直離着陸が可能。機首に観音開き状のハッチがある。『SEED』本篇ではバルドフェルド隊に合流する際イザークとディアッカが搭乗した他、ザフト基地のシーンで散見された。
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連結合体6輪装甲車
『SEED』第16、19、42話、『DESTINY』第1、32、35話などで散見された、前部の指揮車輌と後部の砲台類の分離機構を有した装甲車。用途に応じて単装ミサイル・牽引火砲セットのタイプ（主カラー設定画の状態）、「リニアガントレーラー」タイプ、小型備砲・投光器セットの「パトロールトレーラー」タイプの3種へと換装され、前部側の車輌にはリニアガンの充電能力も備えられている。主にプラント市街における治安維持や交通規制、地上戦の支援機として運用された（戦闘シーンは『DESTINY』の第32話が初）。なお、両本篇ともにパトロールタイプのものはデフォルト色であるはずのグリーン系ではなくシルバーグレー配色で描かれていた。また、ザフト正規軍以外では、密売品と思しきものが『SEED』に登場する武器商人のアル・ジャイリー宅を警備していたり、『DESTINY』では反ロゴス運動で暴徒化した民間人が所有し襲撃に用いていた。
電源車 / 弾薬運搬トレーラー / 給水車
限られた電力で可動するモビルスーツを、基地や母艦から離れた戦域で運用させる際に欠かせない存在となっている支援車輌。連結合体6輪装甲車のように、充電バッテリータイプの荷台の他にも様々なバリエーションが存在しており、大型のコンテナを連結させた「弾薬運搬トレーラー」や、貯水タンクに載せ変えた「給水車」（DESTINY第33話など）として運用される事もある。
戦闘指揮車輌
『DESTINY』第25話などで散見された支援車輌。簡易な前線司令部として活用される。
指揮車
電気駆動式の2人乗り6輪オープンカー。車体にドアとバケットシートはなく座席後部は荷台になっており、バンパー部に牽引用のフックが1対2基ある。アンドリュー・バルトフェルドが使用した車体はサンドイエロー、その他の車体はグリーンに塗装されている。MSバクゥの移動速度に追随できるだけのスピードで走行が可能である。
『SEED』ではバルトフェルドが部隊の陣頭指揮をする際に乗車し、『DESTINY』ではザフト基地内においてルナマリア・ホークやその他兵士が盛んにフィールドカーとして使用していた。
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作業用宇宙機 / 警備無人ポッド
『SEED』第7、42話、『DESTINY』第5話などで散見された、宇宙ドックやプラントの宇宙港などで稼動しているアーム付き無人ポッド。艦船をメンテナンスする薄紫色の汎用タイプと、手持ち式バルカンで武装した黒灰色の警備・侵入者排除タイプがある。
前者はアルテミス沖挟撃戦で損傷したヴェサリウスをメンテナンスした宇宙ドックで見られたり、後年のブレイク・ザ・ワールド事件ではサトーらテロリスト集団がユニウスセブンにフレアモーターを設置する作業に使用していた。後者はアスランを救い出したダコスタがエターナルへ向かう道中で遭遇した。
レールガン
『SEED』第47、最終話などで散見された、ボアズやヤキン・ドゥーエに配備されていたトーチカの一種。発射されるのは実弾かビームかは不明だが、劇中ではビーム兵器を示すグリーンの射線でも描かれていた。
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グングニール
強力なEMP（Electo Magnetic Pulse＝電磁衝撃波）発生装置であり、電離層の乱れを引き起こす事により、通信や精密機器を使用不能にする対電子機器用特殊兵器。
宇宙でしか製造できない特殊な圧電素子を周囲に設置した点火装置（イグナイター）によって急激に爆破する事で強力なEMPを発する事が可能となる。外部から点火装置の組み立て設置と暗証番号の入力が必要な事から、MSとの運用が前提とされている。
C.E.71年5月25日のパナマ攻略戦において、ザフトがその兵力の劣勢を補うために使用。ザフト側の兵器はEMP対策を施しており影響を受けないが、連合軍は即時に施設、兵器が使用不能になり、パナマ基地陥落の最大の要因となる。また、グングニールによりパナマ基地にあったマスドライバーもEMPに対し無防備であったため超伝導体レールが磁場に耐えられず破壊されている（本来、マスドライバーはザフトにとっても貴重な施設だが、アラスカ戦での敗退によって大きなダメージを負っていたためにパナマを占領し続ける戦力が残されていなかった事が、本装備によるマスドライバー破壊に踏み切った要因とされる）。
連合軍の施設には、EMP対策が施されていたがグングニールの電磁衝撃波が強力過ぎたために対抗しきれず使用不能となっている。
ジェネシスα
ジェネシスの小型プロトタイプ。本来の用途であるX線を用いた宇宙船加速装置としての機能があり、主にリジェネレイトのレーザー推進システム「ライトクラフト・プロパルジョン」の要として使用された。
第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦後、ジェネシスαはジャンク屋組合により接収された。ザフト軍がこれを破壊すべく攻撃をかけるが、傭兵部隊サーペントテールらによって撃退されている。その後、ロウ・ギュールは、ジェネシスαを用いて火星へと旅立った。また、ジェネシスαはジャンク屋組合の宇宙における本部となった。
ユニウスセブン落下テロ事件の際には、ジェネシスαを用いて地球に落下していくユニウスセブンを破壊しようとしたが、テスタメントのコンピューターウイルスによる妨害を受けて失敗した。事件の直後、地球連合軍の総攻撃を受けた末に放棄され、ジャンク屋組合の手によって自主解体された。その後、ジャンク屋組合によってジェネシスαの残骸を寄せ集めた「ジャンクα」と呼ばれる宇宙施設が作られた。