第二次世界大戦時のギリシャ
3分割占領
ギリシャはドイツ、イタリア、ブルガリアの3国で分割占領されることになった。ドイツ軍は戦略的に重要な地点、すなわち、アテネ、マケドニア中部のテッサロニキ、クレタ島を含むエーゲ海の島々を占領した。また、ブルガリアは以前より、その領有を主張していたギリシャ北東部（エヴロス県を除くマケドニア東部とトラキア西部）を占領、併合した。そして、イオニア島、及びギリシャの3分の2はイタリア軍が占領することとなった。1943年9月、連合国のイタリア侵攻によりイタリアが連合国に降伏、イタリア方面からの連合軍の侵攻を恐れたヒトラーは素早くイタリア本土を占領、さらにイタリアが占領していた地域もドイツ軍が占領したが、その際にイタリア軍との間で戦闘が発生することもあった。イタリアの降伏に伴ってエーゲ海へ侵攻しようとするイギリス軍の目論見はレロス島の戦いにより失敗に終わった。
ナチス・ドイツのギリシャ観
ナチス・ドイツにおいて古代ギリシャは憧れの的であった。そのため、ギリシャを占領していた時期、ドイツの政府要員、将兵たちがギリシャへ『戦争観光』に訪れていた。その中には親衛隊全国指導者であるハインリヒ・ヒムラーも含まれていた。しかし、古代ギリシャへの憧れは存在していたものの、近代ギリシャ人が古代ギリシャ人の後継者であるという点には疑問を抱いており、さらに19世紀ドイツの中世史家ファルメライヤーの『古代ギリシャ人の血統は7世紀のスラブ人の侵入により断絶した』という説も支持されていた。そのため、ナチスは近代ギリシャ人はスラブ人より上位であったが、『バルカンの野蛮人』であり、古代ギリシャの『高尚なヘレネス』とは別であるとされた。
ナチスの蛮行
占領以降、ドイツ軍に対するギリシャパルチザンの攻撃が増加したが、これにたいしてドイツ軍は報復として、一般市民の大量処刑で応じ、ドイツ兵1人が殺害されたならば、50人のギリシャ人を殺害するよう命じていた。それらの中で有名なものを列挙する。
1943年8月3日、en:Szczurowa massacre。
1943年8月16日、アルタ県のコンメノ（Kommeno）でドイツ第1山岳師団に行われたもので317人の村人が殺害され、村が焼かれた事件。
1943年9月21日、en:Massacre of the Acqui Division。1943年9月、連合軍のイタリア上陸によりイタリアが降伏、さらに国王ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世がイタリア南部で連合国側の政府を形成したことにより、ドイツ軍がイタリア占領区域を制圧したが、その際、ケファロニア島とコス島においてイタリア軍将兵がドイツ軍に大量虐殺されていた。ケファロニア島では降伏を拒否したイタリア軍アクイ師団（第33山岳歩兵師団、アントニオ・ガンディン中将指揮）の将兵約12,000名が駐屯していたが、9月13日、ドイツ軍のスツーカの支援を受けた第1山岳師団の攻撃により、約1,300名の死傷者を出した後の9月21日、降伏を余儀なくされた。その翌日、4,500名以上の捕虜となったイタリア将兵がドイツ軍によって殺害された。その後、約4,000名の生存者がギリシャ本土へ輸送されることとなったが、イオニア海で輸送船が機雷に接触して沈没、約3,000名が犠牲となった。このケファロニア島での事件は小説「コレリ大尉のマンドリン」の元になっている。イタリアでも2005年に、同事件を題材にしたテレビ映画「対独パルチザン戦線1943 -ナチス包囲の島- 」が製作・放映された。
1943年12月13日、アカイアのカラブリタで行われた「カラブリタの大虐殺」、これはドイツ第117猟兵師団によって行われ、町のほとんどの男性が殺害され、町は完全に破壊された。
1944年6月10日にボイオーティアのディストモで発生した「ディストモの大虐殺」、これはSS警察部隊が218人の市民を殺害し、村を略奪して燃やし尽くされた。これらと同時に行われたパルチザン制圧作戦のために、何百もの村々が焼かれ、100万以上のギリシャ人が難民となった。
イタリア占領区域
イタリアはギリシャ本土とエーゲ海の大部分の島を占領した。ギリシャの領土を併合する提案がローマでなされたが、結局実行されることはなかった。これはイタリア国王ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世からの圧力によるものであり、また、ドイツがブルガリアによるギリシャ領土併合を強く否定していたことも関係している。
イタリアが長くその標的としてきたキクラデス諸島、イオニア諸島のギリシャ行政当局は、イタリアに併合されることを考え、行政権をイタリアへ譲渡した。アルバニア国境近くのエピルスにはアルバニアの少数民族、チャム＝アルバニア人が在住しており、その地域をチャメリアとしてアルバニア統一主義者が権利を主張していた。第二次世界大戦以前、イタリアはチャメリアとコソボの民族主義を煽ることにより、アルバニア人の支持を得ようとしており、ギリシャに対するイタリアの中傷はチャメリア問題を大きく取り扱っていた。 そのため、イタリアはチャメリアをアルバニアに併合したいと考えていたが、ドイツはこれを拒否した。アルバニアの高等弁務官にヂェミル・ディーノ（Xhemil Dino）が任命されたが、その権限は制限されており、占領期間中、アテネの軍政当局から直接支配された。
ギリシャ内でイタリアが支援を行っていた少数民族のもう1つの例が、アルーマニア人であり、マケドニア西部、テッサリア北部、エピルスを含んだピンドス公国が、アルキヴィアド・ディアマンディ（en:Alchiviad Diamandi di Samarina）、ニコラ・マトゥーシ（en:Nicola Matushi）、 チェスネキー・ジュラらによって建国された。しかし、アルーマニア人の大部分が統一を拒否、また、公国はディアマンディの支持者である、いわゆるローマ帝国の再来を夢見るイタリアの属州以上になることはなかった。そして、1943年に入ると、ギリシャパルチザンの激しい抵抗が始まり、9月に公国の後ろ盾であるイタリアの降伏を受けたドイツ軍の占領により、公国は事実上消滅した。
しかし、イタリアの占領区域はドイツ、ブルガリアの占領区域と比べて穏やかなものであった。ドイツ軍とは異なり、一部を除くイタリア軍は大規模報復を行わず、また、ユダヤ人保護も行った。しかし、イタリアがギリシャの大部分を占領していたため、イタリアは1942年−1943年から始まったギリシャパルチザンの活動に直面したが、それに対処することができなかった。1943年中頃までには、パルチザンはイタリア軍が駐屯していた町を含む山岳地帯からイタリア軍を追い出すことに成功、そして自由な地区「自由なギリシャ（Free Greece）」を作り上げた。
1943年9月、イタリアが降伏するとドイツ軍が占領を開始した。その結果、ドイツ軍によるパルチザン掃討作戦と反ユダヤ主義政策が行われた。
ブルガリア占領区域
ブルガリアは「領土問題」を解決するために、第二次世界大戦に枢軸国側で参加しており、第二次バルカン戦争で失ったマケドニア西部、ヌイイ条約で失ったトラキア西部を取り戻し、「大ブルガリア」の回復を目指していた。1941年3月1日、ブルガリアは枢軸同盟に参加、ギリシャにおけるブルガリアの領有権主張へのドイツの支持を要請した。
1941年4月20日、ブルガリア軍はギリシャへの侵攻を開始、ドイツ軍の後衛として進撃し、ギリシャ北東部のストルマ川以東のマケドニア東部、西トラキア（トルコ国境のエビロスはドイツ軍が占領した）を占領した。ドイツ、イタリアと異なり、ブルガリアは1941年5月14日、ブルガリアの民族主義者の悲願であった同占領区域を正式に併合した。その後、大規模な「ブルガリア化」が行われ、ギリシャ側の市長、教師、裁判官、弁護士、聖職者、憲兵らが追放され、ギリシャ語の使用は禁止、地名はブルガリア語に書き換えられた。さらに、ブルガリア政府はギリシャ人の強制労働、経済制裁を行ってギリシャ人を追放して土地家屋を奪い、ブルガリア人の移民を奨励、同地域のブルガリア化を行い、民族の入れ替えを図った。 1941年9月後半、ギリシャのドラマ（Drama）周辺で発生したギリシャ人の抵抗運動はブルガリア軍によって徹底的に鎮圧された。 そのため、1941年後半までに、100,000名以上のギリシャ人がブルガリア占領区域から追放された。
1943年5月、ブルガリア占領区域からのユダヤ人追放が始まった。1943年、ギリシャからイタリア軍が撤退した後、ドイツの管理の元、マケドニア中部にブルガリア軍が駐屯した。 しかし、1944年10月、ソビエト赤軍がブルガリア方面へ進撃し、また、ドイツ軍がギリシャより撤退、イギリス首相ウィンストン・チャーチルとソビエト連邦書記長ヨシフ・スターリンとの間で取り交わされた『（勢力範囲における）パーセンテージ協定』により、ブルガリア軍はマケドニア、トラキアから撤退することを強制された。そして、戦後のブルガリア占領地区の回復の困難を残してギリシャは再出発することとなった。
傀儡と協力
ドイツとの降伏交渉を行ったゲオルギオス・ツォラコグル将軍は、ドイツ傀儡政権の首相に任命され、アテネに滞在した。その後、首相の座はドイツに協力した著名なギリシャ人、コンスタンディノス・ロゴセトプロス、イオアニス・ラリスらに後を継がれる事となる。なお、イオアニス・ラリスはギリシャのドイツ協力部隊「防衛大隊（Security Battalions、Τάγματα Ασφαλείας）」の創設に責任を負っていた。抵抗運動の強かったギリシャではあったが、対独協力者は存在しており、国家社会主義、反共主義、そして日和見主義の発展のためにドイツへの協力を行った者が存在した。さらにドイツは、協力者を求め、ギリシャのファシズム組織、EEE（Εθνική Ένωσις Ελλάδος、Ethniki Enosis Ellados）、ゲオルグ・S・メルクーリ（George S. Mercouris）が指導者を務めるEEK（Ελληνικό Εθνικό Σοσιαλιστικό Κόμμα、 Elliniko Ethniko Sosialistiko Komma、）などやその他、ファシズムのESPO（Hellenic Socialist Patriotic Organization）や反ユダヤ主義のSidira Eirini（「鉄の平和（Iron Peace）」）などの小派閥も利用した。
ギリシャの少数民族の中ではチャム＝アルバニア人がエピルスにおいて枢軸国軍に協力した。 そのため、その後の1944年、ギリシャ解放後、民族協和ギリシャ連盟(Εθνικός Δημοκρατικός Ελληνικός Σύνδεσμος、 EDES)はこれを口実として、チャム＝アルバニア人をギリシャから追放した。
マケドニアにおいてはスラブ系少数民族はOhranaのような準軍事組織を創設して、ギリシャ人の追放を行い、ブルガリア軍に協力した。
ギリシャにおけるホロコースト
第二次世界大戦以前、ギリシャのユダヤ人には大きく分けて、2グループが存在しており、1つ目が古代ギリシャより存在していたロマニオット、そして中世にスペインの宗教裁判から逃れて、テッサロニキに在住したセファルディムでこちらは50,000人以上、存在した。特に後者は5世紀の間、都市において経済において顕著な活動を見せており、第一次バルカン戦争の間に各都市がギリシャの州に統合されたが、彼らはそれに統合されることはなかった。
ギリシャ降伏後、テッサロニキはドイツの管理下となり、トラキアはブリガリアの管理下となった。当初の保証にも関わらず、ドイツ、ブルガリアは徐々に反ユダヤ活動を行うよう圧力をかけ始めた。ユダヤ系新聞社は事業停止を命令され、各地方に反ユダヤ主義の宣伝を行うよう奨励された。またドイツ、ブルガリア占領域のユダヤ人はギリシャ人と区別できるよう、ダビデの星の着用を強制された。ナチス統制下のマスコミがユダヤ人への敵意を煽り、ユダヤ一家は家を追い出され、検挙された。1942年、ドイツ軍はテッサロニキの古いユダヤ人墓地を破壊、その墓石は歩道、壁などの建築資材として使われた。現在、その古い墓地はテッサロニキのアリストテレス大学（Aristotle University of Thessaloniki）のキャンパス内に静かに佇んでいる。
その後、告示されたユダヤ人追放の予告にも関わらず、大部分のユダヤ人は家を離れることを嫌がっていたが、数百のユダヤ人は町から逃げ出すことに成功した。1943年3月、ドイツ、ブルガリア両国は大規模なユダヤ人追放を開始、テッサロニキとトラキアのユダヤ人をアウシュビッツやトレブリンカの強制収容所へ鰯を積むような有蓋貨車に詰め込み、長旅を行わせた。夏までにはイタリア占領区域を除く、ドイツ、ブルガリア占領区域のユダヤ人は、ほとんど存在しなくなった。テッサロニキのユダヤ人資産は特別委員会（YDIP、Service for the Disposal of Jewish Property、ユダヤ資産処分委員会）が設立され、特別委員会によって指定されたギリシャの「管理人」に分配された。さらに、委員会は、大勢の難民に住処や仕事を与える代わりに、委員、またはその家族、親類、協力者にその利益を分配した。そして、全盛期に『マルカ・イスラエル（イスラエルの女王）』と呼ばれたテッサロニキのセファルディム・コミュニティは消滅、生き残ったものは少数であった。
1943年9月、イタリア降伏後、ナチス・ドイツはイタリア占領区域へ侵攻、その地域のユダヤ人も標的となることとなった。しかし、ロマニオットのユダヤ人はギリシャ社会によく溶け込んでおり、ドイツはキリスト教徒と区別することが容易でなく、また、キリスト教徒の間でもドイツへ反感が強かったため、反ユダヤの宣伝も効果が少なかった。ユダヤ共同体のリーダーたちがラリス首相に訴えたとき、ラリスはテッサロニキのユダヤ人が破壊活動を行ったために、追放されたと説明することにより、彼らの恐れていることを緩和しようとした。同時に、アテネの大ラビ、エリアス・バルジライ（Elias Barzilai）はユダヤ事務部に呼び出され、ユダヤ人コミュニティのメンバーの氏名、住所のリストを提出するよう命令された。しかし、バルジライ はリストを含む書類を破棄、このため、何千人ものアテネ在住のユダヤ人は命を救われることとなり、さらにバルジライはユダヤ人たちに逃亡するか、隠れるよう要請した。数日後、バルジライは民族解放戦線、民族人民解放軍らに救出され、ギリシャパルチザン活動に身を投じることとなる。このように民族解放戦線、民族人民解放軍らは何百人ものユダヤ人の逃亡を援助したが、その多くのユダヤ人たちはパルチザンに加わった。
戦前のユダヤ人の内、犠牲となったのはテッサロニキでは91%、アテネでは丁度50%、ヴォロス（Volos）のような少ない地域でも36%に及び、全体では約81%（約60,000人）が犠牲となった。また、ブルガリア占領区域では90%を越えるユダヤ人が犠牲となった。一方で、イオニア諸島のザキントス島ではユダヤ人はかくまわれ、275人全員が生き残った。
戦後文化への影響
ギリシャ、特に島々が枢軸国に占領されたことにより、英語書籍、映画において重要な地位を占めることとなった。『将軍月光に消ゆ』（Ill Met by Moonlight）では実話に基づくイギリス軍特殊部隊によるクレタ強襲が描かれ、『ナバロンの要塞』（The Guns of Navarone）や『オフサイド7』（Escape to Athena）、『断固戦う人々』（They Who Dare）では虚構のイギリス軍特殊部隊の活躍など、イギリスの活躍が描かれている。その中でも『コレリ大尉のマンドリン』（Captain Corelli's Mandolin）は秀逸な作品である。