2006 ワールド・ベースボール・クラシック
第1ラウンド
参加16か国・地域を各グループ4か国・地域の4グループに分け、それぞれ3月3日から3月10日まで総当たりリーグ戦を行い、上位2か国が第2ラウンドへ進出。（A組のみアメリカでの2次予選の遠征移動の都合上で3月3日から3月5日、その他の組は3月7日から3月10日に実施）
第2ラウンド
A組とB組、C組とD組のそれぞれ上位2か国・地域が同じ組となり、アメリカ・カリフォルニア州アナハイムのエンゼル・スタジアム・オブ・アナハイムとプエルトリコ・サンフアンのヒラム・ビソーン・スタジアムで3月13日から3月15日までの3日間で総当たりリーグ戦を行った。上位2か国が準決勝進出。
開催までの経緯
元々2005年3月に国際大会スーパーワールドカップ（仮称）が予定されていたが、日本野球機構・韓国野球委員会の「MLB機構主催ではなく、きちんと大会運営組織を作るべきだ」などといった反対意見によって1年延期されたという経緯がある。2006年にWBCが提唱された際も同じ理由を基に日本・韓国等が当初は反対したが、利益分配率が再検証された結果韓国は参加を決定した。その後も日本野球機構は日本の市場規模に対して利益分配率が低いと反発し続け、2005年6月まで大会不参加をチラつかせて協議をしたが、MLB機構が参加の回答期限を2005年6月末と区切った事で、今後も大会運営について協議を続けるという方針ながら大筋で大会参加に同意した（「（野球の）国際的な発展を目指すという大義がある」との説明が機構からなされている）。更にオープン戦が行われている3月の調整時期の開催や補償問題で最後まで大会参加を拒否していた日本プロ野球選手会も、NPB側が出場手当や故障時の年俸補償といった条件を見直して説得した事で折れ、最終的に日本（NPB）の大会参加が決定した。
第1回大会 日本代表チームは基本的にはプロ野球選手を主とした編成とし、監督には福岡ソフトバンクホークス監督兼ゼネラルマネージャー・王貞治が就任した。
参加を表明したメジャーリーガー
12月5日にMLB機構はその時点で出場に合意したMLB所属の177選手を発表した。ドミニカ共和国代表にデビッド・オルティーズ内野手（ボストン・レッドソックス）、アルバート・プホルス内野手（セントルイス・カージナルス）、ロビンソン・カノ内野手（ニューヨーク・ヤンキース）ら29人。オランダはアンドリュー・ジョーンズ外野手（アトランタ・ブレーブス）、プエルトリコはイバン・ロドリゲス捕手（デトロイト・タイガース）、ベネズエラはヨハン・サンタナ投手（ミネソタ・ツインズ）らMLB各チーム主力の名前が並んだ。米国代表にはバリー・ボンズ外野手（サンフランシスコ・ジャイアンツ）、ロジャー・クレメンス投手（ニューヨーク・ヤンキース）らのほかに、オーナーが出場に消極的と伝えられているニューヨーク・ヤンキースのデレク・ジーター内野手ら42人が名を連ねた。
その他の参加・不参加を巡る逸話
当初はオーナーの意向によって参加に消極的なのではと言われていたニューヨーク・ヤンキースに所属する前述の主砲のアレックス・ロドリゲス（彼の辞退理由は当初から国籍問題）をはじめ、主力選手であるデレク・ジーター、バーニー・ウィリアムス、移籍初年度のジョニー・デイモンなどが相次いで参加を表明した。MLB選手会のCOOであるジーン・オルザは不参加を表明した選手に対して、「どの選手も参加するかしないかの選択の自由はある。ただノーと答えた選手はこのトーナメントの意義や参加しない事により引き起こされる結果をしっかり理解している事を望むだけだ。ここに居ることもそして彼が得た新しい契約も我々選手会が居なければ起こりえなかった。彼のような選手ならなおさらだ」と語った他、WBCの親善大使を務めるトミー・ラソーダは広報のために来日した際、「松井や井口が目の前にいたら私はこう言うだろう。『君たちはここに生まれて教育を受け、給料をもらっておいて、自分の国に恩返しをしたらどうか』」とコメントした。
イチローの「30年発言」
日本チームのキャプテン的存在であるイチローが1次リーグ前の公式会見で「対戦した相手が、向こう30年は日本には手は出せないな、という感じで勝ちたいと思う」という発言をした。これは別に特定の国を意識したわけではなく、大会数か月前から今大会に並々ならぬ情熱を見せていたイチローがその自信の程を冗談交じりで発言したものであるが、このことが韓国のマスコミにより「（韓国は）30年間日本に勝てない」という風に言ったと報道されたため、韓国のファン達に「挑発的な発言」ととられ（韓国の監督も準決勝終了後の記者会見でそのことを認める発言をした）、その後3回行われた日本対韓国戦で韓国応援団のイチローに対する激しいブーイングや韓国選手が日本選手を挑発するような行動が再三出現した（その例として準決勝における鄭成勲（現代）のイチローへのボール放り投げ事件、金炳賢による小笠原道大へのデッドボールなど）。
対韓国第2戦敗退後、ベンチで大声を出し、その後のインタビューで「僕の野球人生最大の屈辱」という彼の発言も、同じ相手に2度負けたことや全力を尽くしたにも係わらず準決勝進出が絶望的になったことが主因だった訳だが、これが前記の誤報もあり「韓国に対して2度も負けたのが人生最大の屈辱」と発言したと韓国ファンに取られて対日感情に拍車をかけ、3度目の対戦となる準決勝前の韓国のスポーツ新聞では1面に「（日本を）30年間泣かせてやる」という見出しが出るほど波紋を呼んだ。しかし、準決勝の結果は日本が勝つという韓国にとっては皮肉な結果となってしまった。
表彰式での逸話
第1回大会で日本が優勝し、表彰式で金メダルをかけられた王監督は、スタンドに向かって両手をあげ挨拶をしてそのまま帰ろうとしていたが、優勝トロフィーを贈呈するバド・セリグコミッショナーから呼び止められた。セリグコミッショナーは、トロフィーを二回ほど軽くたたいて、まだこれがあるよという風なジェスチャーをしていた。
決勝戦で先発し、大会最多となる3勝目を挙げて最優秀選手（MVP）に選ばれた松坂は、TVのインタビューで「MVPとったんですけど、これ（＝トロフィーの円盤状の飾り）もうとれちゃったんですね。この辺がアメリカっぽいですけど」と苦笑いしつつ、「後で自分でアロンアルファでくっつけて直しますけど」と冗談を言ってのけた。その後、東亞合成から実際に松坂にアロンアルフアが送られた。なお、アロンアルフアとは東亞合成が製造・販売している瞬間接着剤の商品名である。
敗れたキューバ選手達は一様に落胆した表情であったが、最後には拍手で初代王者を称えた。また何人かのキューバ選手はイチローに記念写真を求め、イチローも笑顔でそれに応えていた。
傾向
全体的に前評判の低い国々の健闘が目立つ大会となった。特にオールアマチュアメンバーで準優勝を飾ったキューバ、リーグ戦で6連勝を記録した韓国、アメリカに競り勝ったメキシコ等の活躍が目立ち、強豪国とのレベルの差は戦前の予想よりずっと小さいと印象付けた。
一方、優勝した日本を含め、強豪国と考えられていた国々は苦戦が目立った。特に優勝候補とされたアメリカは第2ラウンドで敗退し、第1ラウンドでもカナダに敗れるなど大会を通じて不振が目立った。
また、準決勝に残った4か国中ドミニカ共和国を除く全ての国が、オリンピックなどの国際大会で好成績を残した実績のある選手を中心としたチーム編成であった事も注目される。
失点率
失点率とは「失点をその守ったイニング数で割ったもの」で、グループにおける戦績が同じの場合の順位決定方法に当該チーム間の失点率によって決まるとした。
しかし、これがグループでの同じ勝敗での順位決定をわかりづらいものにした。例えば、第2ラウンドの1組（アメリカラウンド）の2敗だったメキシコは2位で準決勝進出するためには、第3戦のアメリカ戦で延長13回までアメリカを無失点に抑えた上で3点以上とって勝利することが必要であった。つまり、少なくとも延長13回までアメリカを0点に抑えると共に自らも意図的に得点を取らず、かつ後攻のため13回以降に3点本塁打または満塁本塁打を打つことが条件であった。これを意図的に達成することは現実的には困難である。しかも、仮に0-0で延長13回裏を迎えたとしても、アメリカが故意に敬遠四球を連発すれば1対0の勝利となってしまい、アメリカがこの条件によって第2ラウンドを突破できる状況にあった場合、メキシコが第2ラウンドを通過できる可能性はなくなる。もっともメキシコも故意四球の場合は空振りを連発して三振をし、アメリカがボークによって走者を出した場合は守備妨害やベースコーチによる肉体的援助を故意に行って走者をアウトにし、イニングを次に進めることは可能である。
そのため、第2回ではダブルイリミネーション方式トーナメント戦が採用され、上位ラウンド進出において前述のようなわかりづらさは無くなった。
キューバ問題
キューバ共和国は大会開催地のアメリカと国交が無く、アメリカ政府が対立するキューバに対して禁輸措置を行っているため、WBCの利益分配が禁輸措置に違反するという理由によりアメリカ合衆国財務省の海外資産管理事務所がキューバ代表チームの入国を拒否した。これよりキューバのWBC出場が危ぶまれていたが、MLB機構と選手会はキューバに利益分配金が入らないという条件で入国の再申請を行い、また、キューバのカストロ議長も、WBCの分配金をアメリカのハリケーン被害者に全額寄付すると表明。こうした各所でのキューバ参加に向けた積極的な動きによって、最終的にはテキサス・レンジャーズのオーナーを務めたこともあるブッシュ大統領の鶴の一声により財務省もキューバ代表の入国を拒否する理由が失われ、晴れて正式にキューバの参加が可能となった。
台湾問題
初期においては台湾のエントリー名は「台湾」とされ、青天白日滿地紅旗（）がその国旗として表記されていた。しかし、中国からの圧力によってチャイニーズ・タイペイと表記され、国旗も五輪旗（）に変更された。
審判の問題
開催国チームが自国の審判団によって判定するシステムにも問題があると言われている。第1回大会では審判が総勢32名配備されているが、その内の22名がアメリカ人である。これに対しても、日本はWBC大会本部に意見書を提出し、次回大会（2009年に行われる予定の第2回大会）では、参加する全ての国と地域から審判や運営委員を派遣することを求め、WBC大会本部は「今後検討する」との回答を示した。
またこの大会の審判は当初、MLBの審判で行う予定であったが、プレシーズンのため契約が不成立となり、マイナーリーグの審判を採用することになった。このことも、一連の誤審騒ぎともあいまって問題点として指摘されている。サッカーのワールドカップの審判員（各国のFIFAのトップクラスの審判、且つどのチームとも関係のない中立国の人間）とは対照的となっている。
2006年 日本-アメリカ戦
第2ラウンドA組初戦での日本－アメリカ戦の3-3の同点で迎えた八回表一死満塁の西岡剛の三塁から本塁へのタッチアップが捕球より早かったとし、二塁塁審はセーフとしたものの、バック・マルティネス監督の抗議に応じ、球審のボブ・デービッドソンはアウトと判定を下して、事実上のダブルプレーとなり3死となった。その後、日本は九回裏にサヨナラ安打を許してしまい、3-4で敗れた。
これに対してテレビ中継を担当したESPNの番組内でもアナウンサーや一部の解説者が球審の判断に疑問を呈した。試合後、王監督は記者会見で「一番近い所で見ている審判（二塁塁審）のジャッジを、いくら抗議があったからとはいえ、（球審が）変えるというのは、見たことがありません」、「審判4人は（球審、塁審に関係なく）同じ権利があると思います。責任を持ってジャッジする立場の人間がしたものを、そういう形（球審の独断）で変えるということは考えられない」と、判定そのものよりも判定に至る過程を批判した上で、「特に野球のスタートした国であるアメリカで、そういうことがあってはいけない」とコメントした。二宮清純は、判定が覆った際にバック・マルティネス監督がガッツポーズしたシーンを取り上げて「アメリカの野球が死んだ日」と評した。
韓国の朝鮮日報はこの判定に対して「アメリカは厚顔無恥な詐欺劇を繰り広げた」と掲載。アメリカメディアも誤審との見解を示し、「Oh, What a bad call」（なんて酷い判定だ）と批判した。なお、「Oh」は王監督の名前を、「What a bad call」はWBCをもじっている。
この問題に関して日本が提出した質問書に対し、WBC大会本部は「判定への権限がある主審（球審）は最初からアウトの判定だった」として、「判定は正当である」、つまり、二塁塁審の判定はそもそも無効であり、球審がアウトを宣告した時点で初めてタッチアップに対する判定が下ったものと考えるという見解を示した。日本や世界では「世紀の大誤審」と呼ばれている。また、この誤審で初めてWBCが世界中に認知されたという皮肉も聞かれた。
2006年 メキシコ-アメリカ戦
第2ラウンドA組最終試合の三回裏、メキシコのマリオ・バレンズエラがアメリカの先発ロジャー・クレメンスから放った打球はライトポールに当った（本塁打となる）ものの、前述のボブ・デービッドソンが二塁打と判定した。メキシコのフランシスコ・エストラダ監督らがポールの黄色い塗料が付着したボールを見せ抗議したものの、抗議は却下された。この件に関してメキシコの監督は「球場全体が本塁打だと思ったはずだが、審判だけがそう思っていなかった」、本塁打を打った選手も、「あれ（ポール）がフェンスに見えたんだろう」とコメントしている。試合はメキシコが2-1と勝利し、当該チーム間の失点率で日本の準決勝進出が決定した。
開催時期の問題
開催時期が世界のプロ野球シーズン開幕前に設定されたため、プレイヤーが怪我をしてしまうとそのシーズンを丸々損ねかねないという危惧がされている。この件に関しても第2回以降の検討項目とされているが、大会終了後に次回も3月に行う方向で検討していることが発表された。
運営上のその他の問題点
第1回大会にはアメリカ偏重のシステムが多々見られた。大会優勝候補とされる中南米・カリブ勢がアメリカと決勝まで当たらないなど不均衡な組み合わせが組まれており、またアメリカは必ず中1日空けての試合で（日本は連戦の時があった）、しかもそれらは抽選等ではなく主催者の一存で決定されている。このあからさまにアメリカが決勝まで勝ちあがりやすいよう意図された組み合わせの結果、同一カードが準決勝までに最大で3戦行われるという奇妙な事態が発生している（日本対韓国がその例である）。このようなリーグ戦を勝ち上がったものによるトーナメントは、改めてその時点で抽選を行うか、同一カードが重ならないようにA組1位対B組2位、B組1位対A組2位というようにクロスさせるのが普通である。韓国は1次予選から唯一6勝全勝だったが、日本に準決勝で敗れたため、特に韓国では不満が大きかった（日本は準決勝までに韓国に2敗を含む計3敗していた。ただし、韓国では準決勝の試合前、それまで2戦2勝していた日本と再戦することを好都合と考える声が大きかったことや、第1ラウンドでの日韓戦は、勝敗に関係なく平等に第2ラウンドに進出できる消化試合であったことも勘案する必要がある）。
そもそも、国際野球連盟（IBAF）が主催するIBAFワールドカップという大会があるにもかかわらず、WBCという新たな大会が開催されたのは、IBAFワールドカップがプロの参加した真の世界一を決める大会となっていなかったためである。これは最大の影響力を持つ団体であるMLB機構が、国際野球連盟に参加していなかったことが影響していた。したがって、MLB機構が音頭をとってプロの参加した真の世界一を決める大会としてWBCが創設されたことは非常に大きな意義を持つ。しかし、MLB機構が主催したためルールの設定、運営がMLB主導でなされることとなった。そのため、参加国から不満が噴出することとなった。
MLB機構はかつて、2004年のアテネオリンピックにMLB所属の選手を出場させない事を決定し、その結果、アメリカのオリンピック地区予選敗退を招いてその責任を問われた事があった。WBCはその屈辱を晴らし、かつアメリカの野球の実力を世界に知らしめる格好の場となるはずであった。だが結果としては、アメリカ有利のシステムを導入したにもかかわらず、第2ラウンド敗退に終わった。その上、2次予選では審判判定問題を引き起こして、大会そのものの信頼性を揺らがせるものとなった。アメリカメディアはこの事態を重く見て、第2回以降の運営を公正化するよう、報道と言う形でWBC大会本部に要求した。
アメリカ国内での放送
準決勝・決勝とも代表チームが進出しなかったアメリカで取り扱ったのはESPN一局だけで、その放送もNCAAの他のスポーツ中継（レスリング＝準決勝時、バスケットボール2次予選、ノートルダム-ミシガン大学戦の延長戦＝決勝時）のため試合途中からの放送だった。