水曜ミステリー9
第1期
地上波TXN系列各局とBSジャパンで同時放送されている『年忘れにっぽんの歌』と同様に、BSジャパンも制作に参加している。これにより、地上波民放の番組を系列BSデジタル局で二次使用する際の障壁となっている権利上の問題（主に出演者の肖像権）をクリアしていた。
地上波TXN系列各局では毎週水曜日21:00から『水曜ミステリー9』のタイトルで、BSジャパンでは毎週日曜日21:00から『BSミステリー』のタイトルで、それぞれ放送されていた。オープニングCGとメインテーマ曲は『水曜ミステリー9』『BSミステリー』共に同一のものを使用し、タイトルロゴのみ差し替えられていた。また、テレビ東京・BSジャパンを除く系列局(再放送)と非TXN局(番販)が番組タイトルを独自のものに差し替えられる様、オープニングCGにタイトルロゴ(曜日)が入っていないバージョンも用意されていた(前身の旧「女と愛とミステリー」及びドラマ枠としての旧「水曜シアター9」についても同様)。
次回予告は、番組終了時の他、途中のCM枠内でも放送されていた。前者は次回のみ、後者は次回と次々回の作品の予告が流れていた。
同時・時差に関係なく、TXN系列局以外での放送は、提供スポンサー（コマーシャル）が各局独自のものへ差し替えとなっていた。BSジャパンは地上波TXN系列と若干スポンサーが異なり、ノンスポンサーで放送される場合もあった（この場合は提供クレジット部分にBSジャパンのロゴが表示される）。地上波との間でCM枠が共通化されていた番組開始当時に比べて、BSジャパンに番組を提供しているスポンサーの数は次第に減少。先行放送が廃止されて番組の後半（22時台）がノンスポンサード扱いとなった2008年以降、（BSの）番組宣伝や旧公共広告機構（現：ACジャパン）の啓発広告、通販会社の商品紹介などでCM枠を埋めざるを得なくなっていた。
同枠は、2009年3月4日の松本清張原作の『黒の奔流』の放送をもって一旦終了し、4月からは同じく3月で終了となる『木曜洋画劇場』と統合する形でサスペンスドラマや映画を放送する『水曜シアター9』となる。なお、統合にあたって当番組は存続番組に当たるため、終了や番組名変更に関するアナウンスは一切行われなかった。しかし、水曜シアター9への移行から約1クール（3ヶ月）は一切サスペンスドラマが放送されなかった。同年7月1日放送分の「密会の宿7」（岡江久美子主演）より3週連続でサスペンス作品が放送される事になったが、これら3作品は元々水曜ミステリー9の作品として数ヶ月前に放送される予定だったものであり、オープニングCGもバラの花をモチーフにした新しいものに変更されていた。
権利上の問題で地上波の旧木曜洋画劇場から継承された洋画作品についてはBSジャパンでの時差放送は見送られ、旧水曜ミステリー9（BSミステリー）枠で放送されたサスペンス作品の再放送に差し替えられていた。新作サスペンスに関してはこれまで通り「BSミステリー」として、地上波（水曜シアター9）と同じデザインにオープニングCGを変更して放送を継続していた。
第2期
2009年4月から『水曜シアター9』が放送されていたが、2010年秋の大幅改編で終了。それと同時に、2001年にスタートした『女と愛とミステリー』から続いていたテレビ東京の水曜日の21・22時台の2時間枠が、ミニ番組を挟んで1時間枠ずつの2番組へと分割されることになった（21時台は新番組『料理の怪人』が開始〈2011年2月9日で終了〉→『シアターGOLD』、22時台は『やりすぎコージー』が月曜21時から移動）。
「水曜シアター9」の終了→枠分割により、『木曜洋画劇場』以来42年半続いてきたテレビ東京系列における21時スタートの2時間枠も一旦消滅。代替番組として2010年10月から、月曜20・21時台で単発特別番組枠『月曜プレミア!』が開始された。
2011年秋の改編で、同年4月から始まった水曜21時台の『シアターGOLD』は9月21日放送分、22時台の『やりすぎコージー』は9月14日放送分をもって終了。それと同時に同年10月5日から当番組が第1期と同じ21:00 - 22:48の放送で再開する事が決定、同年10月5日放送の「鉄道警察官・清村公三郎7」（主演・小林稔侍、共演者は戸田恵子、丘みつ子、近藤正臣、根岸季衣ほか）が再開第1弾作品となった。
これにより、テレビ東京の水曜日の21・22時台の2時間枠が1年ぶりに復活した。
OPのタイトルロゴ（字体）は第1期・水曜シアター9期で採用されていた斜体から立体に、CGアニメーションは蝶をモチーフにしたデザインにそれぞれ一新されたものの、メインテーマ曲は第1期と同一であり、テレビ東京・BSジャパンによる共同制作体制も維持されている。但し、1週間以内の時差で遅れネットがBSジャパンでも実施されていた第1期とは異なり、第2期では他系列の地方局及び県域独立局への番組販売取引の拡大を図る目的でBSでの放送は一旦見送られ、未放送状態が続いていたが、2012年4月1日より第一期と同じ「BSミステリー」のタイトル（ロゴも第2期に合わせたものに変更）で、対地上波比約半年遅れの時差放送が再開される事になった（字幕放送は第1期とは異なり実施されない）。なお、キー局（テレビ東京）では、第2期の開始に併せる形で再放送枠（『日曜ミステリー』と『傑作ミステリー』）のOP（作品名のみ表示）も第2期版（上記）をベースにしたものに変更されている。
他局の類似枠（テレビ朝日系列の土曜ワイド劇場など）で実施されている視覚障害者向けの解説放送はこれまで行なっていなかったが、2012年4月18日放送の「作家探偵・山村美沙 京都・東山 密室トリック殺人事件」（主演：浅野ゆう子）で初めて実施される（解説放送ナレーションは村山明が担当）。その他、サスペンスドラマ番組としての「水曜シアター9」が終了した2010年3月以前に制作された作品を「日曜ミステリー」枠（テレビ東京の場合）など再放送する際に追加される場合がある。
同年11月には「松本清張特別企画」が3週連続で放送され、復活ぶりをアピールしたが、歴史的な低視聴率で短命に終わった『旧月曜22時枠連続ドラマ』に替わる番組として急遽再開が決まった経緯もあり、準備期間の不足は否めず、ほとんどの作品が完成とほぼ同時にオンエアに回される状態が続いている。
また、番組の安定的な継続にはその協力が不可欠とされるスポンサー企業の獲得も順調に進んでいるとは言い難く、ネットセールス枠は普通2時間番組ならば12分が一般的だがその半分程である。
次回予告は、22時20分前後辺りの途中のCM内に放送される。また、番組終了時では、次回予告と次々回の作品の予告が流れている。
2012年6月から『日曜ミステリー』枠でも第2期の再放送が行われることになった。また、当番組で行われていなった視覚障害者向けの解説放送が追加されている。
2012年12月12日は当初、麻生祐未主演の『特命おばさん検事! 花村絢乃の事件ファイル』が放送される予定だったが、『松本清張没後20年特別企画　事故～黒い画集～ 』に変更になったため、『特命おばさん検事! 花村絢乃の事件ファイル』は同年12月26日に放送されることになった。
2013年5月1日は『水曜ミステリー9 400回記念 捜査検事 近松茂道13 せとうち望郷殺人事件』が放送された。前述の通り『水曜ミステリー9』としては200回余りのため前身の『水曜女と愛とミステリー』と『水曜シアター9』で放送された一部を合算した数になっている。
2013年10月より1クールの予定で、テレビ東京開局50周年記念企画の一環として、現水曜21時枠で制作中の人気シリーズ「刑事吉永誠一 涙の事件簿」(船越英一郎主演)の連続ドラマ版が金曜20時枠で放送される。
2014年1月から再開以来使われていたタイトルロゴやCGアニメーション、そして第1期から使われていたメインテーマ曲が2代目に変更される（タイトルロゴのみ公式サイト上では放送に先駆け2013年12月25日より変更されている）
2014年9月17日から10月8日までの4週間は「～特選! 秋の旅情サスペンス～」として放送された。
2015年9月16日をもって本枠の単独扱いでの放送を終了した。
水曜エンタの一企画時代
2015年10月7日より『水曜エンタ』を放送開始することとなり、その第1回が『水曜ミステリー9』の「逆転弁護士ヤブハラ2 京都・十七年前の真実」である。当初10月7日は「多摩南署たたき上げ刑事・近松丙吉」を放送する予定だったが、「逆転弁護士ヤブハラ2 京都・十七年前の真実」に変更になった。なお、『水曜エンタ』では、それ以降も不定期で本枠内・外のドラマも放送する。なお、当初2015年10月7日に放送する予定だった「多摩南署たたき上げ刑事・近松丙吉」は2016年6月1日に変更する予定だったが、1週間前の2016年5月25日に放送する予定であった『共犯 元刑事 永井耕作の誘拐捜査』が『2016年全仏オープンテニス』中継に差し替えられたため休止となり、同年6月1日に変更になったため、2度の放送延期になった。
また同日からは、20:00番組（通常は『ソレダメ!〜あなたの常識は非常識!?〜』）からの接続はステブレレスに変更、同時にOPタイトルも廃止され、いきなりドラマ本編（10月7日のみドラマの内容紹介の後ドラマ本編）になったため、開始時にタイトルロゴが左上に5秒ほど表示される。
2015年10月28日から11月11日までの3週間は「～特選! 秋の旅情サスペンス～」として放送された。
2016年7月6日は「水曜ミステリー９特別企画　乃南アサ サスペンス」『鎖　女刑事　音道貴子』として放送された。
2016年7月6日から番組公式サイトで番組特製クオカード5000円分が当たるプレゼントクイズを開始した。
2016年9月14日に「検事・沢木正夫4 自首」が放送されて以降3ヶ月にわたりミステリーが1回も放送されていなかったが、2016年12月14日に「駐在刑事4」が放送されてからは、2017年1月4日を除いて新作を2017年2月8日まで毎週放送された。
2017年4月改編で、『家、ついて行ってイイですか?』が土曜19:54 - 20:54枠から枠移動・拡大が決まり、『水曜エンタ』そのものが同年3月22日をもって終了したため、同番組の一企画扱いの『水曜ミステリー9』は2017年2月8日に放送された『トカゲの女3 警視庁特殊犯罪バイク班』が最後となった。なお、新作のミステリーは3月5日・19日・26日の『日曜ミステリー』（関東ローカル）の枠で放送された。
同枠終了後の2017年4月以降は、同時間や『金曜8時のドラマ』枠などで不定期に特別企画として、ミステリーなどの2時間ドラマが放送されている。
公式サイトではそれらの情報も随時更新されている。
2017年4月から同時間に放送されている『家、ついて行ってイイですか?』が、2018年2月から水曜21:00 - 22:48の２時間から水曜21:00 - 21:54の54分番組に変更し、水曜21:54 - 22:48に連続ドラマ『バイプレイヤーズ〜もしも名脇役がテレ東朝ドラで無人島生活したら〜』が放送されるため、当番組から続いてきた水曜21:00 - 22:48の２時間枠が廃止され、2011年9月以来6年5か月ぶりに1時間枠ずつの2番組へと分割されることになると同時に、水曜22時台のみドラマ枠になったが、2018年4月から水曜21:54 - 22:48の連続ドラマ枠と月曜22時台の『日経スペシャル 未来世紀ジパング〜沸騰現場の経済学〜』との事実上の枠交換により、月曜22時台が6年半（7年）ぶりに連続ドラマ枠『ドラマBiz』として復活。
第1期
放送開始以来全編ハイビジョン(HD)制作となっているが、16:9のHD画質で観るには地上デジタル（又はBSデジタル）帯で番組を視聴する必要があった。従来の地上アナログ帯では4:3（サイドカット）のSD（標準）画質にダウンコンバートされた状態での放送となる。県域独立局の一部（ぎふチャン・びわ湖放送）で行われている地上波TXN系列局との同時放送についても放送回線の更新（デジタル化）後はHD・字幕放送対応になった。
上記2局を除く県域独立局及び他系列の地方局に向けて納品されている時差放送用のビデオテープに関しては未だ2つの仕様（16:9のHD収録と4:3のSD収録）が混在している状態で、SD仕様のテープをデジタル帯でアップコンバート再生している放送局が少なくない。地上デジタル放送開始後も4:3のSD画質による放送が主流だった旧『水曜女と愛とミステリー』時代の作品についても地上波各局が放送設備のデジタル化を急ピッチで進める中、16:9のHD画質で放送される事が多くなっているが、レターボックス(LB)のSD画質で収録されたテープをそのままアップコンバートする事に起因する「額縁放送」（受信機器の仕様によっては「超額縁」となる場合も）の問題も一部の局では発生している。
地上波での放送がすべて4:3のSD画質（アップコンバート）で、16:9のHD画質で視聴するにはBSジャパンを受信する以外になかった女と愛とミステリー時代の作品は、アスペクト（縦横）比に応じてサブタイトル（作品名）・EDロールなどの位置が異なっていたが、地上波での送出マスターの更新（HD化）後に始まった当番組は、サイドカット処理（アナログ帯での同時放送）に対応するため、あらかじめ挿入位置がカット・ラインの内側に収まるように調整されていた。
ステレオ放送と聴覚障害者向けの字幕放送は3つの帯域すべて（地上デジタル・地上アナログ・BSデジタル）で行われていたが、再放送回も含めて字幕放送を完全に実施しているのは当初テレビ東京だけであったが、後にテレビ愛知とテレビ大阪でも実施するようになった。テレビ北海道、テレビせとうち、TVQ九州放送及びBSジャパンでは通常初回放送に限り字幕の有無を選択できていた。
第2期
デジタル方式への完全移行に伴いサイドカット処理（地上波）が一切不要となった為、かつてBSジャパン向けに納品されていた旧女と愛とミステリー作品と同様、OPアニメーションやタイトルバック、EDロールなどのデザイン・レイアウトが16:9のワイド画面を意識したものに変更された。
また、第2期では番組ロゴがOPアニメーションとの一体感をより強調したデザインに刷新。系列外・県域独立局(同時ネット局を除く)に対しても、オリジナル版(ロゴ入り)と同じものが供給される様になった為、第1期に比べ独自の判断でオープニングのカットを行う時差ネット局が増えている。
第1期
TXN系列局及び地上波で同時ネットを実施しているぎふチャンとびわ湖放送の放送開始時刻はこれまでの20:54から21:00に変更されたが、終了時刻が従来通り22:48のまま据え置かれたため、結果的に放送時間が6分短縮、現行の2時間サスペンスドラマ枠では最も尺長が短い番組となってしまった。
年度切り替え期間中（3月下旬から4月上旬）は特別番組（地上波限定）の放送に伴う休止が特に多く、BSジャパンでの時差放送が4日遅れ又は先行放送に急遽変更となる場合も珍しくなかった。番組がスタートした2005年4月下旬から2007年9月末までは原則的にBSジャパンでの放送がTXN系地上波各局より3日先行していたが、同年10月第1週よりBSでの放送が地上波より4日遅れのディレイ放送に変更される。翌11月第3週より一旦はBS先行に戻ったものの、『BSミステリー』の22時台（後半）がノンスポンサード扱いとなった2008年以降は地上波先行に再変更された（2009年3月下旬の『水曜ミステリー9』終了まで）。ちなみに、後継番組『水曜シアター9』で放送中のサスペンス作品も地上波での放送がBSより4日先行で実施されているため、民放キー局系のドラマ番組のうち系列BS局での放送がキー局より先行しているものは現在1本もない。
年に数回『水曜ミステリー9』枠で放送されていた（『水曜シアター9』開始後も継続）いわゆる「ドラマスペシャル」に関しては、BSジャパンでの時差放送を前提とした権利処理手続きの対象外となるため、BSでは放送されず、別番組（『BSミステリーアンコール』など）への差し替えが行われていた。
1ヶ月に1回程度『いい旅・夢気分』の3時間（又は2時間）特番などで番組自体が休止となっていた。また、番組後期にはスポーツ中継に伴う休止も増えていた。
日曜日に国政選挙の開票速報又はスポーツ中継の延長に対応するための別番組が組まれている場合、BSでの放送が前日（土曜日）に繰り上げられる事があった（4日遅れ→3日遅れ）。
第2期
TXN系列局及び地上波で同時ネットを実施しているぎふチャン・びわ湖放送・テレビ和歌山の放送開始時刻は、第1期と同じ21:00から22:48のままである。第1期は1ヶ月に1回程度『いい旅・夢気分』の3時間（又は2時間）特番などで番組自体が休止となっていた。しかし再開以降2011年10月から2013年2月までの間、2011年10月19日（『懐かしの昭和メロディ』）、2011年11月23日、2012年3月21日、2012年10月10日、2012年11月21日、2013年3月20日（『いい旅・夢気分3時間スペシャル』）、2012年3月14日（『向田邦子ドラマスペシャル蛇蠍のごと』）、2012年3月28日（『世界卓球2012』）、2012年4月25日（『感動シネマ特別企画「毎日かあさん」』）、2012年8月8日（『ロンドンオリンピック2012中継』）、2012年9月5日（『「アウトレイジ　ビヨンド」公開記念シネマスペシャル「アウトレイジ」』）、2012年9月12日（『ドラマスペシャル　親父がくれた秘密～下荒井５兄弟の帰郷～』）、2012年12月5日（『激録・警察密着24時!!』）、2013年1月2日（『新春ワイド時代劇 白虎隊〜敗れざる者たち　』）、2013年1月16日（『真相解明!久米宏スペシャル第５弾・実は日本人はデフレが大好きだった!』）のわずか15回の休止にとどまり、ほぼ毎週休まず新作を放送し続けていた。2013年3月以降は第1期と同様1ヶ月に1回程度『いい旅・夢気分』→『にっぽん!いい旅』などの3時間（又は2時間）特番などで番組自体が休止となっている。
2014年春の改編で、2001年10月から12年半続いた水曜19時台のアニメ枠が終了し、2014年4月から音楽バラエティ番組『THEカラオケ★バトル』になったため、『にっぽん!いい旅』の2時間特番は18:57 - 20:49枠で放送されるようになったため、『にっぽん!いい旅』の特番での休止は減っている。
2012年4月1日より、制作に係わりながら放送していなかったBSジャパンが時差放送で再開したが、各作品の放送順序は地上波のそれと必ずしも一致していない。また、CM・番宣などを合算した放送枠の尺長が地上波では第1期(及びドラマ番組としての旧水曜シアター9)と同じ108分となっているのに対し、BSジャパンでは地上波よりも約7分長い115分となっている(第2期 - )。タイムCM枠の定着が進まず、番組が事実上ノンスポンサード化する中、本編とは無関係なパーティシペーション(PT)で穴埋めせざるを得ない状況が続いている事に加え、後者には通販系を中心に尺が1分以上あるスポットCMが少なくない為である。2015年1月以降、BSでの新作の放送は滞りがちとなっており、旧作の再放送が2時間繰り上げ（19時 - ）で実施されたり、これまで再放送枠と位置づけられていた「傑作ミステリー」枠(日曜12時 - )に新作が割り振られる週もあるなど、枠そのものが流動化している。
第1期
初回放送（リニューアル第1作目）は松本清張原作『渡された場面』（三浦友和主演）で、30分拡大放送となった。BSジャパンで2005年4月17日（日曜日）に先行放送、続いて地上波（TXN系列局・ぎふチャン・びわ湖放送）で同月20日（水曜日）に放送された。
旧『月曜・女のサスペンス』（月曜21時枠）の制作スタッフ（局側）でもあった佐々木彰氏（初代統括プロデューサー）らが再結集する形で立ち上げられた旧『女と愛とミステリー』が原作に忠実な作劇に徹していたのに対し、『水曜ミステリー9』ではオリジナル脚本に原作の設定・トリックを組み込むパターンが増加。この傾向は日本テレビ系列で放送されていた旧『火曜サスペンス劇場』の制作スタッフが同番組の終了（2005年秋）に合わせる形で活動の場を水曜21時枠（テレビ東京系列）に移した事でさらに強まる。故に、旧枠（女と愛とミステリー）から引き継いだシリーズであっても、リニューアルの前と後では作風が大きく異なるケースが珍しくない。
第2期
初回放送（復活第1作目）は「鉄道警察官・清村公三郎7」（小林稔侍主演）で、2011年10月5日（水曜日）に放送された。
2011年10月～2011年12月までは、主に、『女と愛とミステリー』や『水曜ミステリー9（第1期）』でシリーズ化された作品を中心に放送されている。
2012年1月からは、旧水曜21時枠時代にシリーズ化された作品と共に、新シリーズへの将来的な昇格を目的としたものと思われる単発作品の放送にも力を入れている( - 現在)。
2001年1月以降(中断期間を除く)、番組枠の前半(21時台)が『テレビ朝日水曜21時枠刑事ドラマ』枠と裏表で対峙する関係に置かれている為、東映が制作に携わったドラマ作品の放送は皆無となっているが、映画との混合編成枠であった『水曜シアター9』時代には、同社制作の邦画作品が一度だけ放送された事がある。
水曜エンタ・水曜ミステリー9
『水曜エンタ・水曜ミステリー9』での初回放送（第1作目）は「逆転弁護士ヤブハラ2 京都・十七年前の真実」（長塚京三主演）で、2015年10月7日（水曜日）に放送された。
『水曜エンタ・水曜ミステリー9』では、主に、2012年以降に開始したシリーズ作品を中心に放送されている。
ネット局
なお、水曜エンタ開始前、すなわち当番組の第1期・第2期は以下の時間帯に新作の放送及び再放送が行われていた。