三菱UFJモルガン・スタンレー証券
国際証券の三菱グループ入り
前身となる国際証券は1981年に中堅の八千代証券・光亜証券と野村グループで投資信託販売に特化していた野村證券投資信託販売が合併して発足した準大手証券である。野村證券の豊田善一が立役者となり合併が行われたため、同社とは人的・資本関係が親密であるものの、債券と投資信託のリテール向け販売を主力とし、国内最大手である野村證券とは事業分野や客層がある程度棲み分けされ、堅実経営で業績は推移していた。
三洋証券・山一證券破綻、日興證券の外資入りなど金融危機により証券会社が最も苦しんだ1997年（平成9年） - 1998年（平成10年）ごろ、投資信託の販売が絶好調となり、野村證券より株価水準が高いという現象がみられた（野村證券が800円台の時代、国際証券は1100円台をつけていた）。
野村證券上層部と、日興證券の三菱グループ離脱に伴ってグループ内の証券業部門に空白を生じていた当時の東京三菱銀行（2018年現在の三菱UFJ銀行）との利害が一致。1999年に野村證券が保有する国際証券株式を東京三菱銀行に譲渡させ、同行子会社となる。この一連の国際証券の三菱グループ入りにあたっては、国際証券内部に大きな軋轢を生じた。
三菱証券の発足
三菱東京フィナンシャルグループ（MTFG）が発足した2001年（平成13年）に、「国際証券」、東京三菱銀行が金融ビッグバン時代に設立させたリテール証券の「東京三菱パーソナル証券」「東京三菱TDウォーターハウス証券」、三菱銀行の子会社として設立していた「東京三菱証券（旧:三菱ダイヤモンド証券）」、三菱信託銀行の子会社であった「一成証券」の経営統合が発表される。2002年（平成14年）10月1日に合併のうえ「三菱証券」が発足。かつての日興證券に代わりうる三菱グループの総合証券会社として誕生した。MTFGでは三菱信託銀行でしか使われていなかったスリーダイヤをシンボルマークとした。
UFJつばさ証券との合併
2005年（平成17年）10月、MTFGとUFJが経営統合し三菱UFJフィナンシャル・グループとなるのに伴い、UFJ系（三和グループ）のUFJつばさ証券（ユニバーサル証券・太平洋証券・東和証券・第一證券）と合併し、三菱UFJ証券となる。なお、三菱UFJ信託銀行も予定通り同日に合併し発足したが、中核の三菱東京UFJ銀行（現：三菱UFJ銀行）についてはシステム対策に万全を尽くすため2006年（平成18年）1月1日発足へ合併が延期されている。
MUFGの完全子会社化
2007年（平成19年）9月30日に、株式交換によって三菱UFJフィナンシャル・グループの完全子会社となって上場廃止となる。2016年（平成28年）現在、同じ持ち株会社の傘下にある三菱東京UFJ銀行、三菱UFJ信託銀行との共同店舗である「MUFGプラザ（旧：MTFGプラザ）の出店を進めている。銀行の顧客基盤を活かしたアプローチにより、投資信託や国債などの販売額の伸びが顕著である。また、アジア地域の有力金融機関との提携を積極化したりと、投資銀行業務に力を注いでいる。
2009年（平成21年）に、旧UFJつばさ証券出身のシステム担当社員が顧客情報を名簿屋に売却した三菱UFJ証券顧客情報売却事件が発覚。顧客離れの懸念がなされた。
モルガン・スタンレー日本法人投資銀行部門を統合
2009年（平成21年）3月26日、モルガン・スタンレーの日本法人であるモルガン・スタンレー証券と合併することで合意したと正式に発表した。この発表では、2010年（平成22年）3月末に、三菱UFJ60%、モルガン・スタンレー40%出資で全面統合し合弁会社となる予定であったが、2009年（平成21年）11月19日の三菱UFJフィナンシャル・グループの中間決算発表にて、統合計画が1社へ全面統合するというものから、モルガン・スタンレーの投資銀行部門のみ三菱UFJ証券側への統合を行い、モルガン・スタンレーの他部門は別会社として併存させるという2社体制へ変更されることが発表された。
まず、三菱UFJ証券が、2009年（平成21年）12月1日に三菱UFJ証券分割準備株式会社を先行設立し、2010年（平成22年）4月1日に会社分割を行い事業を移管して、中間持株会社三菱UFJ証券ホールディングス株式会社となり、三菱UFJ証券分割準備株式会社が（新）三菱UFJ証券株式会社となった。その後、2010年（平成22年）5月1日に、三菱UFJ証券株式会社にモルガン・スタンレー証券株式会社のインベストメントバンキング部門(100人規模)が合流し、三菱UFJモルガン・スタンレー証券株式会社となった（三菱UFJ証券HD60％、モルガン・スタンレーHD40%出資）。また、インベストメントバンキング部門を除いたモルガン・スタンレー証券株式会社の他部門を継承する会社として、モルガン・スタンレーMUFG証券株式会社が成立した（三菱UFJ証券HD49％、モルガン・スタンレーHD51%出資）。
未確定情報に基づくオーエムシーカード株の取得・転売事件
クレジットカード準大手のオーエムシーカード（現セディナ）の株式について、2005年7月に大株主である消費者金融大手の武富士が三菱証券を仲介にして同株式を売却し、翌8月に株をアコムへ譲渡（転売）した。 このアコムの株式の取得に関しては、同社とアドバイザリー契約を締結していた三菱証券が業務上知り得た情報を基に、武富士とアコム間の正式な売買契約締結前に自己勘定で第三者から取得し、その取得価格でアコムに転売して成功報酬を得ていたことが後で発覚。2007年（平成19年）1月29日付けで証券取引等監視委員会が証券取引法の顧客の注文動向を利用して自らの勘定で有価証券の売買を行うことを禁じた条項に接触するとして、金融庁へ勧告し、金融庁は三菱UFJ証券に対して業務改善命令を発令した。同時期に発覚した飛鳥会事件と共にMUFGの経営に影響を与えた。
顧客情報流出事件
2009年（平成21年）4月、個人顧客情報が同社システム部の元部長代理（事件発覚後に懲戒解雇処分）によって、同社の顧客情報のほぼ全員分に当たる約149万人の顧客情報が不正に持ち出され、うち4万9000人分の顧客情報が3社の名簿業者に売却されていたことが発覚した。その後の社内調査の結果、流出した顧客情報はは少なくとも96社に転売されたことが判明した。2009年6月、システム部元部長代理がアクセス禁止法違反などで警視庁によって逮捕された。なお、元部長代理が不正アクセスの際に利用した同僚のIDは、本来、この同僚が他部署に異動した際に削除されているはずのものであり、同社の杜撰な管理体制が露呈した形となった。2009年（平成21年）6月25日、金融庁は、内部管理体制が不十分であるとして、三菱UFJ証券に対して業務改善命令を出した。
障害者へのセクハラおよびパワハラ問題
同証券に2009年に有期雇用の嘱託として入社した41歳の女性は、入社の際に自身がてんかんを患っていることを明かした上で、てんかんの症状によるストレスや睡眠不足への配慮を求めていた。しかしこの女性に対し、同じフロアに勤務する他部門の部長が、業務と無関係の電子メールを何度も送信したり、不倫の強要を示唆するなどした。このため女性は同証券に通報し、部長はセクハラに相当する行為があったとして移動させられたが、その後も直属上司や役員らから「裁判を起こしたりすると、会社に来られなくなるぞ」「両成敗なんだよ」など威圧的な言動を受けるなどして、その恐怖から睡眠障害を引き起こした。このため女性は、セクハラやパワハラで睡眠障害に罹ったとして、同証券を相手取って、慰謝料などの支払いを求め東京地裁に提訴することになった。