スカイマーク
概要
1996年11月に、当時のエイチ・アイ・エス社長である澤田秀雄らの出資により設立される。1986年から始まった日本の航空輸送業における規制緩和政策による新規参入航空会社の第1号である。2011年12月21日にスターフライヤーが東京証券取引所第2部に株式上場するまでは、規制緩和による新規参入航空会社で唯一の株式上場会社であった。1998年9月19日に羽田 - 福岡線で運航を開始する。日本国内定期航空運送事業の新規参入は、1963年の長崎航空以来35年ぶりであった。
機内サービスを簡素化して普通運賃を他航空会社の普通運賃の半額程度に抑え、平均搭乗率80%以上を記録する。しかし、大手航空会社がスカイマーク便前後の自社便の割引運賃をスカイマークと同一水準へ値下げするという対抗策をとった結果、次第にスカイマーク便の搭乗率が下がって平均搭乗率が60%を切ることが多くなり、赤字経営となる。その後、自社による副操縦士の教育プログラムや自社整備の拡大、航空運賃の見直しを図るなどして一時的に黒字を出すまで回復するものの、その後も経営は低迷する。2004年にインターネットサービスプロバイダ (ISP) のゼロ株式会社会長、西久保愼一が増資を引き受け、同社がスカイマークと合併、西久保が社長に就任する。2005年には運航トラブルが続発し、経営状態はさらに悪化するが、最新鋭機のボーイング737-800型機への機材更新や整備、運航、サービス体制の全社的かつ抜本的見直しなどにより業績は回復し、2008年3月期には黒字を確保する。
しかし2014年7月31日に開示した平成27年3月期第1四半期決算短信では、格安航空会社同士の競争や円安による燃料費負担の増加の結果、4 - 6月期決算で55億円の営業損益ベースでの赤字を計上する、エアバスとの機材購入に関するトラブルから多額の違約金を請求されているという2点を理由に「継続企業の前提」について「重要な疑義が生じている」と表明する。
規制緩和による新規参入航空会社のなかでは春秋航空日本と並んで、全日本空輸 (ANA) グループおよび日本航空 (JAL) グループの大手2社の系列に入り高度な業務提携は行わず、独立性を保ち続けながら航空事業を継続していたが、2014年の経営悪化に伴いJAL、ANAに支援要請を行う（#日本航空、全日本空輸とのコードシェアも参照）  
2015年1月28日、臨時取締役会において民事再生法適用を申請することを決議し、東京地方裁判所に申請した。
2016年3月28日付で、東京地方裁判所からの監督命令の取り消し決定と民事再生手続きの終結が発表された。
保有機材
いずれもGECAS、ILFCなどのいずれかの会社からのリース機材である。日本航空や全日本空輸などの競合他社も多数のリース機を運航しており、航空業界で運航機材のファイナンス・リース、オペレーティング・リースは珍しいことではない。ただし日本航空などでは新造機の発注・受領は自社で行い、受領後リース会社の名義にしているのに対し、スカイマークは自社での発注・受領を行っていない点が異なっている。
スカイマーク保有機の登録（レジ）番号登録の下1桁部分 のアルファベットは、概ねアルファベット順となっている。ただしアルファベットの"I"（アイ）・"O"（オー）・"S"（エス）は、それぞれ数字 の"1"（ワン）・"0"（ゼロ）・"5"（ファイブ）に似て使えないため、用いられず、なおJA737A - JA737G（ソラシドエア）およびJA737J（日本航空）とJA330C（個人所有）は、すでに使用されているため用いることができないこともあり一廻りJA737Zまで導入後はJA73NAからN～をアルファベット順で登録使用している。
客室乗務員
2009年4月1日から、経費削減のため運航乗務員、客室乗務員、地上職員の制服を廃止。ポロシャツやウインドブレーカーの着用に切り替えている。日本の航空会社では制服廃止は過去に例がないが、アメリカやスイスなどの一部の航空会社ではすでに実施されている。
2014年にはエアバスA330型機の就航に合わせてキャンペーンとしてミニスカート制服を採用した。この制服はA330型機で運航される便の乗務員のみがキャンペーン期間のみ着用するもので、終了後は通常のウインドブレーカー・ポロシャツ着用に復帰した。
2016年11月12日より、女性スカイアテンダント用がワンピース、シャツ、ベストスタイルにスカートまたはパンツを組み合わたもので、ジャケットと2種類のスカーフを共通アイテムとして着用。男性スカイアテンダント用はジャケットにシャツと2種類のネクタイとベスト、同色のボトムスの組み合わせの新制服となった。この制服は社内からデザイン案を募集、スカイアテンダントを中心としたプロジェクトチームによる絞り込みや各空港でのヒアリングを経て決定したもの。最終的なデザインと機能面の監修はユナイテッドアローズが行なっているものの、ベースとなる部分はすべて社員が関わるなど独自性にこだわったものとなっている。
飲み物
就航以来、清涼飲料水（ミニペットボトル5種・パックジュース）、機内誌、紙おしぼりなどに加え、菓子（飴やチョコレート、おかき）を機内で無償提供していた。
2005年10月12日発表の「第二の創業」と位置づけられた経営方針転換により、2006年2月1日から大幅な運賃値下げを実施。サービスの簡素化が行われた。機内サービスは、ブランケットと幼児向け絵本の貸出、自社時刻表の配布、機内誌の配布、希望者への紙おしぼり配布に限定し、飲料や茶菓の提供、新聞、雑誌の貸出などは全て廃止された。
その後、機内で有料無料を問わず飲料が全く提供されない状況への対応として、那覇線での試験販売の後、2007年2月1日より100円のソフトドリンク・ミニペットボトル7種・キリン「のどごし生」と300円の神戸ワイン赤・白の機内販売を開始、2015年時点のサービススタイルへつながっている。
2017年7月現在、ソフトドリンクおよびアルコール類の機内販売が行われている。ペットボトル入りのソフトドリンクやコーヒー、スープ類は全品100円。アルコール類はおつまみ付きで500円以内（2016年2月現在）と、シンプルかつ廉価な価格設定となっている。また一部の路線限定ではあるがネスカフェコーヒーの無料サービスを復活させるなどしている。
2017年10月からはネスレ日本と提携し、全路線でオリジナルデザイン「キットカット」を無料、「ネスカフェ フラジール」を1杯100円（税込）で販売販売し、最前列席「足のばシート」の6席を対象に、タブレットを貸し出し。一部路線で「ネスカフェ」を無料提供している。
機内誌
機内誌『SKYMARK』は2007年4月1日より、企画・宣伝協同組合の協力により復刊。毎月発行され、乗客は自由に持ち帰ることが可能。
その他
希望者にはブランケット貸出や飴(マルエ製菓製)の提供が無償で行われている。
チェックイン
搭乗手続きは空港の自動チェックイン機、カウンターのいずれかで行い、預託手荷物がある場合、手荷物タグの取り付けは利用者自身で行う。

航空券の座席予約システム（CRS）は自社のものを使用している。ANAの出資を受けている新規航空会社（AIRDO、ソラシドエア、スターフライヤー）はすべてANAのシステム「able」（エイブル）を利用しているが、スカイマークはANAの出資を受けた後も自社のシステムを使い続けて独立性を担保する予定である。
搭乗手続き
搭乗順序として、身体障害者（車いす利用者など）やお子様、お年寄りなど、「フォワードシート」（旧「足のばシート」）利用者の優先搭乗が行われる。

また、機内混雑緩和と搭乗時間短縮のため、分割搭乗（セパレートボーディング）を実施し、客室窓側/後方からの搭乗案内を行っている。
搭乗券には二次元コードが印字されており、改札機にかざして搭乗する。
マイレージサービス
2015年現在、スカイマークではマイレージサービスを実施していない。UFJカードと提携したクレジットカードの「スカイマークカード」を発行していた時期には、ポイントを貯めて航空券と交換できるようになっていたが、ポイントの有効期限は1年と短かった。一方で、2011年6月からデルタ航空のマイレージプログラム「スカイマイル」の上級会員（メダリオン）および提携クレジットカード所有者を対象にスカイマーク便の座席を提供するサービスを開始している。また2014年1月からの国際線進出と国内幹線への大型機（エアバスA330-300型機）の導入に伴うマイレージサービスの導入の意向を表明していたが、その後の導入取りやめと経営破綻により、実質的に白紙となっている。
就航路線
2019年 現在
深夜・早朝便
2005年から2007年にかけ、夏季限定で深夜・早朝便の運航を実施した他、2010年 - 2012年に就航していた羽田 - 北九州線と、2011年に一時期就航していた羽田 - 中部線は深夜帯のみの運航となっている。
日本で他に深夜・早朝時間帯に国内線定期便を運航するのはスターフライヤーの羽田 - 北九州線のみである。
障害者雇用促進法第47条に基づく企業名公表
2012年3月30日、厚生労働省は、繰り返しの指導にかかわらず障害者の雇用状況に改善が見られないとして、平成23年度特別指導対象企業となっていたスカイマーク株式会社の企業名を障害者雇用促進法第47条に基づき公表した。その後の厚生労働省による企業名公表を前提とする指導により、平成24年度からは該当企業となっていない。
日本航空、全日本空輸とのコードシェア
2014年11月にA380の違約金や燃料費の高騰などによる経営の悪化を改善するため、A330運航の羽田発着の幹線を中心に日本航空（JAL）へ業務提携を要請していることを明らかにした。しかし、JALは会社更生に伴って2016年度まで路線計画や投資計画が国土交通省航空局の監視下にあり（8.10ペーパー）、国交相が許可するか不透明なうえ、スカイマークが大幅な赤字を抱えていること、またスカイマーク側が独立経営を望んでいることから、JALによる直接出資は行われず共同運航（コードシェア）程度の提携に留まるものとみられていた。その後、国土交通省はスカイマークがJALのみに業務提携を要請したことに対して「公的資金で再生したJALだけに路線を拡大させるわけにはいかない」として難色を示し、5年間に限って3社（スカイマーク、JAL、全日本空輸）で共同運航させる意向を示した。スカイマークはJALのみとのコードシェアを、ANAはJAL抜きでのコードシェアを望んでいたが、結果的にスカイマーク側は国交省の意向を受け入れ、2015年夏ダイヤを目途に羽田空港発着のスカイマーク便においてJAL、ANAと3社で共同運航を実施する方向で協議することが決定した。共同運航によってスカイマークが提供する座席の20%が国内大手2社に提供される見込みである。なお、「共同運航」と称されてはいるが、スカイマークの座席の一部をJAL、ANAが自社便名を付与して販売するのみであり、運航乗務員の融通や整備の共同実施などは実施されない（詳細はコードシェア便を参照）。
なお、2014年のJALへの業務提携についての国土交通省の反対は、スカイマークから国土交通省への事前連絡、いわゆる「仁義を切る」ことを軽んじたからではないかという見方もされている。スカイマークの記者会見は2014年11月21日に行われたが、この日は衆議院解散と第47回衆議院議員総選挙の発表の日でもあった。議員にとっての大イベントど同日開催となることについて、事前連絡が無かったため、国土交通省とその背後に存在する族議員を反感を買い、理由を付けられて反対したのではないかという見方が存在している。
民事再生法の申請
2015年1月28日、臨時取締役会において民事再生法適用を申請することを決議し、東京地裁に申請した。事業は継続し、運転資金については投資ファンドのインテグラルがつなぎ融資の実施を行う。社長である西久保は退任し、取締役会長であった井手隆司が代表取締役会長に、取締役であった有森正和が代表取締役社長に就任した。
1月29日、新社長である有森が記者会見を行った。経営破綻の理由として、A330のリース料負担が円安の影響で増大したことや、A380の契約解除に伴う7億ドルの違約金の存在を挙げ、ANAやJALなど同業大手からの出資については「第三極」の立場から否定した。また、2月から座席数が多くコストがかかるA330の運航を取りやめ12路線で減便し、3月29日以降は沖縄県の石垣空港および宮古空港から撤退する意向を明らかとした。一方、ANA、JALとのコードシェアについては、予定通り3月末から開始したいとしている。
民事再生法適用申請を受け、東証では2015年3月1日をもってスカイマークを上場廃止とすることを決定し、同1月28日付で整理銘柄に指定した。 同日以降、2月になって前社長で筆頭株主であった西久保は株式を売却しており、2日に1702万株（18.63%）、3日に116万株（1.27%）、4 日に80万株（0.88%）を売却した。6日に関東財務局長に提出した大量保有報告書では保有比率は9.78%まで減少し、さらに19日までに保有していた同社株を市場で全て売却したことが2月26日に提出した報告書で判明した。また、同社設立時に親会社となり出資していたエイチ・アイ・エス （H.I.S）も株式を売却しており、4日に492万株を売却し、6日に関東財務局長に提出した報告書では保有比率は1.09%まで減少した。最終売買日は上場廃止日前日の2月28日が土曜日のために2月27日となり、2月に一部報道で100%減資が報道されたが最終日終値は14円となった。
2月4日、債権者説明会が開催され、債権者としてエアバス、A330のリース会社のイントレピッド・アビエーション(#保管（ストア）機材の一覧参照）、737のリース会社GEキャピタルアビエーションサービス、AWASアビエーション・キャピタルなど（#運航機材の一覧参照）の出席のなか、東京地裁による民事再生手続き開始が決定し、5月29日が再生計画案提出期限とし、6月の債権者集会によって決議され、7月には再生計画が実施される見通しを発表。
2月19日に再建を支援する（航空以外の）企業の申し出を、23日には支援する航空会社の申し出を締め切った。航空会社としてANAホールディングス、エアアジアが正式に支援表明しており、アメリカのデルタ航空、アメリカン航空がコードシェアなどの提携を検討していることが報道された。その他には元親会社だったエイチ・アイ・エスをはじめ航空機リースを行っているオリックス、商社で航空機の取扱のある双日、航空貨物の取扱のある福山通運、タクシー大手の日本交通なども支援を表明し、それぞれの分野での協力も申し出た。また資金面では新生銀行や大和証券グループが金融機関として支援を表明し、ほかにも航空会社以外では計20社近くが支援の表明している。
さらに 3月1日から客室乗務員の社内規定を変更し、従来の「メイクや髪形は自由」や「丁寧な言葉遣いを義務づけない」などを撤廃し、つけまつげやカラーコンタクトなども禁じた。2日には社内に安全の維持・向上および経営改革のために「経営・安全改革会議」を設置し、傘下に「事業改善」「サービス向上」「営業推進」「職場環境改善」の4委員会を設置。それぞれで10人前後の社員を委員とし現状の課題や解決策を部門横断的に議論すると発表した。
メインバンクを持たなかったスカイマークは西久保が第三者割当増資や個人融資を引き受けることで経営を続けてきたが、それによって巨額投資を敢行する西久保の経営判断に周囲が口出しできなくなったのではないかという指摘もある。