めちゃ×2イケてるッ!の企画
100kmマラソン
加藤が救助犬のバリーとともに27時間100キロメートルマラソンに挑戦した。途中TBSの『スーパーサッカー』への生出演のため、一旦TBSへ移動。スーパーサッカーには加藤に加えバリーも出演した。スーパーサッカー放送終了後、『さんま・中居の今夜も眠れない』のトークで明石家さんまらのトークに10分おされ、移動。再びマラソンにチャレンジするが、27時間テレビの放送終了時間に間に合わず87.2キロメートル地点でエンディングを迎えた。番組放送終了後も走り続け、深夜にフジテレビに到着。その模様は後日めちゃイケで放映された。TBSへの出演と移動に要した約6時間10分と、休憩中にそうめんを食べ過ぎてパワーダウンした事が大きく影響したとされる。25日の8:00には西川のりお・ぼんちおさむの「にせ狩人」が加藤の100キロメートルマラソンの伴走に挑戦した。放送中のゴールとはならなかったが、加藤がゴールしたことを想定した予定の感動演出はお台場のスタジオで滞りなく行われた。身重の妻（カオリちゃん）と娘が感動の手紙の朗読をし、加藤が歌う予定だった「あの素晴しい愛をもう一度」は、深野が代理で熱唱した。加藤が中継先で唖然としている状況でスタジオ全員で大合唱。ただし深野の歌声は輪唱のように伴奏からどんどんずれまくり、感動とともに爆笑も呼び起こした。この企画は2008年の27時間テレビにて「最も残念だった企画トップ3」の3位に選ばれた。またこの際、山本には「自粛」のモザイクが入り、明石家さんまは「ある意味最も残念」とコメントした。また、加藤自身も2013年の27時間テレビの生爆烈お父さんで「（間に合わなかったため）飛鳥さん（片岡飛鳥）が怒られていた」と言っていた。
山本劇団
「とぶくすり」からストリート系ダンサーの岡村隆史とともに、系統は違うがショーパブ系ダンサーとしてのダンステクニックを披露し続けてきた山本圭壱が山室奈美恵や『めちゃイケ〇〇王は誰だ⁉︎』を経て、ついに結成した劇団。1998年1月17日放送の「街角ちょっといい話」企画では、C-C-Bの『Romanticが止まらない』に合わせて大量のダンサーとともに見事にダンスをキメてみせた。
「ホワイトデー記念 オレの女のオトし方」の企画で女優の伊藤かずえが参加。『実録ちょっと怖い話』で山本が宙を舞う演出などを見せつけた。
緊急スペシャル 岡村40歳に今何が起きているのか
2010年7月10日放送。岡村が体調不良のため休養し、7月3日に放送予定だった誕生日企画の収録が中止となった。加藤のジンギスカン屋に集まったメンバーが緊急討論会を開催し、岡村への日頃の不満をぶつけ合った。欠席裁判の途中では「めちゃtwitter」（一時復帰していた岡村が病院のセットで放送内容についてつぶやくショートコント）が流れた。
その内容は「本業でない映画とそのプロモーションに力を入れ過ぎ」「他人に厳しく自分に甘い」「ドケチ」など。「プレッシャー星人の収録中に負った怪我を気にしていたのを慰めたところ、理不尽に怒鳴り返された」「花屋でバイトする新垣結衣似の処女が理想のタイプ」「江角マキコを母親のように慕っている」「売れっ子ホストのような部屋に住み、福山雅治とお揃いの電化製品を持っている」などの暴露もあった。しかし終盤に武田がこれまでめちゃイケのエースとして、そしてナインティンナインとして常に笑いに全力投球してきた岡村へしばらく体を休ませてあげようと結論付ける。それでも納得しない加藤は最後に濱口の「極楽とんぼなんかもう5年ぐらい休んでるようなもん」の一言に絶句、矢部と「サービス残業コンビ」として頑張ることを決意した。
岡村は一時復帰した後、療養のための長期休養に入ることになった。その際のナインティナインのオールナイトニッポンには岡村の代理として加藤やオアシズが出演している。
ナイナイどっきり企画 ハガキ職人大作戦
2000年5月13日放送。よゐこの二人が『ナインティナインのオールナイトニッポン』にハガキを送り採用させナイナイを驚かすために企画した。ハガキを送る時のペンネームは過去に二人がめちゃイケで演じたキャラの名を使用した。
しかしまったく採用されず加藤や光浦や武田達に手伝ってもらったり、番組でよく採用されているハガキ職人の谷口まさとまで呼んでハガキを送り続けたが一年経っても一向にハガキは採用されず、ついには企画のお蔵入りにまで追い込まれたが（ハガキ代を含め一千万円の制作費がかかったため）、最後の最後で武田がペンネーム「お台場シンディ」で出したハガキが採用され企画は成功したが、よゐこの出したハガキは1枚も採用されることなく終了した。
企画終了後に有野が出したハガキが2枚採用されたが、すでに企画が終了していたため撮影はされておらず、結局放送されることはなかった。
よゐこvsTKO ガチンコ水泳対決
2008年9月6日放送。TKOが大磯ロングビーチにめちゃイケメンバーを呼び出し、半年先輩のよゐこに水泳対決を申し込むが、TKOが惨敗してグダグダに終わる。全体的にTKOの芸歴の古さを強調する演出がなされたが、笑わず嫌い王決定戦からブレークしたTKOを祝福する企画でもあった。
中嶋Pプレゼンツ企画
面接形式で、佐野アナとめちゃイケメンバーに「喝を入れる」（原文ママ）。作家のネタがない場合に適用。
時の記念日企画
2005年6月11日放送（時の記念日は6月10日）。中嶋Pが、遅刻してきたメンバーの時計を預かってしまい、（女性メンバーは手袋をはめて）手探り抽選で当てさせるというもの。
2005年8月13日放送の「めちゃイケ名場面ベスト100」で1位に選ばれ、ナレーターの木村が謝罪していた。
インフルなめんなよ!
2005年12月10日放送。年末年始の特番シーズンを乗り切ろうと、インフルエンザ注射をしようとメンバーを呼び寄せた中嶋P。インフルエンザ注射を前日にしてきたという有野は自ら志望し看護婦姿になり居残り。インフルエンザ注射のつもりが、山本にはホルモン注射（太い注射）、加藤と矢部には栄養剤注射（加藤は山本と同じ太い注射）をさせる羽目に（矢部は尻にルーマニアのチロビターゼを打たれた（後に中島Pも注射する羽目になった）。加藤は喘息を患っているためインフルエンザワクチンが出来なかった）。
女子メンバーvs.中嶋P
2008年11月15日放送。同年10月25日の中嶋デスノートにて「女子メンバーの気持ちは気にしないでOK！」と中嶋Pが女子メンバーを軽視していることが発覚したことから、女子メンバーがフジテレビの玄関で中嶋を襲撃し対決を挑む。光浦と手芸対決、雛形とパン生地成型対決、大久保とワープロ早打ち対決を行うが、どれも途中で乱闘に発展する。最後に雛形が空のペットボトルで中嶋の頭に強烈な打撃を与え「スナイパー」と呼ばれた。
お台場冒険王/お台場合衆国/お台場新大陸関連
イベントでの展示概要が決まると、岡村がゼネラルプロデューサーとなってメンバーに紹介する企画を放送（2007年を除く）。また冒険王開催期間中はPRのためのミニコーナーが放送される。
2007年 めちゃ×2バケてるッ! -What A HORROR we are!-
2007年7月14日、「おかもんたの朝メチャッ!」内で放送。
開催中にはラップ娘の（小島あやめ）が冒険王の随所でロケするミニコーナーを放送した。ラップ娘（めちゃガス）を参照。
この年より開催場所がお台場・シンボルプロムナード公園内ウェストプロムナードにて行われるようになる。なお、めちゃイケ・冒険王内では、ウェストプロムナード内にある「自由の炎」というオブジェを目印にして名づけられた「シュッとした金のオブジェの先ランド」として案内される。
2008年 めちゃイケ海の家
2008年7月12日放送。「冒険王知事」に就任した岡村が経費節減を旗印に展示物を紹介。橋下徹大阪府知事と各市長の対立をパロディ。武田の私物のサックスをシャワーヘッドに改造、光浦の私物のメガネをトイレットペーパーホルダーに、矢部とものまねタレント達が桑田佳祐のマネでレコーディング、加藤の妻が調理したイマイチカレー、どぜうモンのバカバーガー試食など。またソフトバンクモバイルのCM「白戸家の人々」に出演するダンテ・カーヴァー（白戸小次郎役）と白い犬のカイくん（白戸次郎役〈当時〉）が登場し、ソフトバンクモバイルが海の家前に白い砂を敷き詰める予算を出すスポンサーになったことを発表。
冒険王開催中はソフトバンクモバイル×めちゃイケオリジナルCMを放送（既存のCMにアフレコで声を変えたものが中心だが、ダンテやカイ君が海の家で撮影した新作もあり、エスパー伊東や『はねるのトびら』のフンコロガシ（鈴木拓）も登場した）。その他ユニクロのCMパロディや「レインボーブリッジ発」（『FNNレインボー発』のパロディ）等でも海の家をPRした。
その他単発企画
コーナーが無く、一企画だけで丸々1時間行う放送も。こちらも他のテレビ番組のパロディが多いのが特徴。
めちゃイケ運輸
1997年5月10日放送。フジテレビ社屋の引越しも無事終わり、旧社屋の取り壊しが始まろうとしている中、『16日 藤井フミヤ邸でボヤ騒ぎ』という書かれた番組のスタジオや『めざましテレビ』のメインキャスター大塚範一の証明写真、共同テレビの茶の湯セット一式、社長（当時は日枝久）専用トイレに置きっ放しにされていたイソジン等、新宿区河田町の旧社屋に残された社員の忘れ物を届けるという企画。低価格での確かな配達を売りとするが、日枝社長のときは賃金のあまりの安さに驚かれたことから5万近くまで値上げした。岡村の探検隊、フジテレビ警察のメンバー同様、岡村、加藤、濱口がボケ、矢部がツッコミ。別名カウンタックの宅急便。このフレーズは荷物を届け終わる際に流れたが、当時番組スポンサーにヤマト運輸があったため、「クロネコヤマトの宅急便」と同じ曲が使用された。
それから13年後の2010年12月18日の放送にて復活。メンバーも新メンバー込み（岡村以外）の17人に増えた。また、当時骨折療養中の加藤も『スッキリ!』の放送終了後に参加（いつもの岡村レプリカジャージの三中以外はつなぎ着用）。入居5年目の岡村宅に突撃し、最近岡村に災難（長期休養のほかに入居してすぐ熊が出没していた）が降りかかったのは家がいけないからと引っ越しを決行（半分は岡村の希望）。いつもはメンバーの私物にいたずらする岡村も、メンバーからのいたずらに困惑していた。また、梱包後は泊まる場所がないということで近くの矢部宅に泊り、5年前に決めた「40歳になるまでナインティナインを解散しない」という契約の5年延長を結んだ。また、このとき音声のみではあるが矢部の交際相手（青木裕子）が出演している。
めちゃイケの残暑お見舞い 実録ちょっと怖い話
1998年8月29日放送。街角三部作の一つ。心霊マニアの桜金造を審査委員に迎えた。岡村の持ち込み企画。矢部MC。岡村、よゐこ、極楽がロケバスにのり一人一人怖い話を披露していく企画。
披露するまえにろうそくを消していく。岡村は、『ひょうきん族』の中で西川のりおのオバＱに扮し「ばかぁー」とギャグをパクった。加藤は「十面鬼」というキャラクターに扮した。濱口は、のっぺり顔、有野は普通に再現してボケた。山本は他の3人より時間をかけて映画「ゴースト」をアレンジして、山本劇団を呼びミュージカルを披露。
どっちのADショー
2000年10月21日放送。当時アシスタントディレクターだった明松功（カガリ）と中嶋優一の公開ディレクター昇進試験を『どっちの料理ショー』（読売テレビ(ytv)制作・日本テレビ系列）形式で行った。
審査員は大竹まこと、松居直美の二人（当時松居の夫がディレクター。）。この時、黄チーム司会の加藤はカガリを推薦、赤チーム司会の岡村が中嶋を推薦した。両者の見切れ集を紹介し、両者が企画プレゼンを行った。中嶋が番組の企画会議をサボって茅ヶ崎までサザンオールスターズのコンサートに行っていた事をバラされ、カガリが勝利となった。また、罰ゲームとして『ウンナンの気分は上々。』（TBS系列）のパロディで岡村と中嶋がとある無人島へと向かい滞在した。
この時はカガリが昇進を勝ち取ったが、中嶋も後にAP（2002年）→プロデューサー（2004年末）に栄転している（なお当企画の勝者であったカガリは中嶋より5年以上遅れの2010年春に『フジ算』でようやくプロデューサーに昇進し、当番組でも中嶋の後を受けてプロデューサーに昇進した）。
¥マネーの犬
2003年6月14日放送。『マネーの虎』（日本テレビ）のパロディー。メンバーが犬社長に扮し、志願者の愛犬に様々な試練を与え、クリアできれば「マネー成立」。できなければ「ノーマネーでフィニッシュです」となる。挑戦者は奈美悦子、ビビる大木、デヴィ夫人の3人。
マネージャー・ラブ・アタック
高島彩アナをめぐり、放送当時の極楽とんぼのマネージャー・片山勝三、よゐこのマネージャー・コズモ難波（難波規精）（現・松嶋尚美の個人事務所社長）らがラブアタック!形式でアピール合戦を繰り広げた。2004年6月19日、26日放送。
岡村・山本がモデルに挑戦
モテないブラザーズの2人に、UOMOから雑誌撮影を依頼。めちゃイケメンバーから「大ヤジ小ヤジ」山本が革ジャンを着用時には、「ゼロ戦のパイロット？」「紅の豚じゃん！」など散々なイジりようだった。
バスローブを巻いた撮影に至っては、「病院内の風景じゃん」とつっこまれていた。
2005年9月3放送。
芸能界ケーキNo.1決定戦 ケ-1グランプリ
2008年2月23日放送。同年1月19日放送の矢部オファーシリーズで評判となった矢部オリジナルケーキ「みかんブラン」に対抗すべく参戦した芸能人とケーキ作りで対決（『料理の鉄人』の要領）。選手は王者矢部、岡村、假屋崎省吾、セイン・カミュ、保阪尚希。審査員は他のめちゃイケメンバーと叶姉妹。MCは倉田大誠アナ。
セインは味噌、保阪はうなぎ、假屋崎はエディブルフラワー（食用花）を使用、矢部を含めてハイレベルな争いとなったが、岡村は生姜をテーマ食材に選び、叶恭子らにスイーツの材料としては平凡だとあしらわれる。また他の選手から食材を盗んだり、紅生姜やガリをケーキに盛りつけて非難を浴びた。王者矢部の「みかんブラン」の他に、假屋崎は「花のババロア」、保阪は「うなぎタルト」、セインは「味噌ロール」、岡村は「しょうがショート」というふうになった。審査の結果、王者矢部のみかんブランが優勝。岡村のしょうがショートは0票で最下位。この結果を不服に感じた岡村は矢部のみかんブランや審査員席のテーブル、撮影用カメラやモニターの上などに生姜を乗せるという嫌がらせをし、他の選手や審査員達から「犬のマーキングか！？」等と批難を浴びながら、スタジオから逃げ去った。これに伴いみかんブランは以後の「やべっち寿司」のお品書きに加わることとなった他、高円寺の洋菓子店「メルベイユ」の定番メニューとして通年発売される事になった。
めちゃイケ禁煙デー
2008年5月31日（世界禁煙デー）に放送。MCは倉田アナと高島彩アナ。出演者は現役喫煙者のナイナイ（岡村・矢部）・加藤に禁煙を迫る企画。リラックスルーム（マッサージ器、漫画、雑誌、お菓子、飲み物、ゲーム、DVD、アロマ各種有り）の中で過ごし、どうしてもタバコを吸いたくなったら緊急ボタンを押し、リラックスルーム外の喫煙所にてスタッフ等によるビンタ一発と引き換えに一服することができる。
大久保が前室にてタバコを見つけ、実は倉田アナも喫煙者ということが発覚し、高島アナのきついお仕置き（ビンタ）を受け、倉田アナも一服した。
収録終了後の楽屋でも喫煙を見つけるとビンタを食らわせ、オカピー（小道具担当者の岡田寿也）の意外なビンタの威力がフィーチャーされた。またスタジオから帰った加藤を行きつけの店まで追跡してビンタした。
なお、岡村は2010年に禁煙に成功している。
スター夫婦誕生!
2008年12月13日放送。芸人と一般人の夫婦をフジテレビの人気番組のスタッフが審査し新たなスター夫婦にしようという企画。『スター誕生!』のパロディであり『三枝の愛ラブ!爆笑クリニック』のような往年の番組の要素を取り入れている。ゲストは山田よし（COWCOW）夫妻、小堀裕之（2丁拳銃）夫妻、若井おさむ夫妻、ノッチ（デンジャラス）夫妻。トークや嫁の特技披露などを行い、最終的にはノッチ夫人が感動的な手紙を読み上げノッチが号泣した。
ゆく江頭くる江頭
2010年1月9日放送。NHKの年越し特番『ゆく年くる年』のパロディ。江頭が新年初ゲストのAKB48に「一言物申」そうとするが、「ゆく江頭くる江頭」という年越しをイメージしたタイトルのため、「除夜の鐘にちなんで108言」物申すことに。しかし江頭はAKBのエース、前田敦子のことしか知らず、他のメンバーに対し他の情報を全く用意していなかった上、収録日に第60回NHK紅白歌合戦のリハーサルと本番の合間を縫って出演したAKB48の空き時間が1時間しかなかったためパニック状態に陥り、AKBに圧倒される（特に大島優子には野次られ、合気道2段の秋元才加にはメンバーを追い回したところを蹴りで2度倒された上2度目には尻を踏まれ、宮澤佐江には「普通」とコメントした後「からの〜」と煽られる）等、散々な状態に。終盤では、オリエンタルラジオの「武勇伝」のパクリを挟み、その後はメンバーの名字と同じ人物の名前を言うだけ（例：鈴木まりやに「おさむ」、菊地あやかに「桃子」、小野恵令奈に「ヤスシ」、増田有華に「ますだおかだ」など）になり、佐藤夏希に至っては、その前から佐藤亜美菜（「B作」）、佐藤すみれ（「蛾次郎」）と続き3人目の佐藤だったためネタ切れし「（サトウ）のごはん」と人物ですらなくなってしまった上、田名部生来にも「エージェンシー」、梅田彩佳にも「花月」と続け、米沢瑠美に対しては人物以外の候補すら思い浮かばず意味不明な文章を口走るなどグダグダとなり、挙句108言に達しないというコーナー史上最悪の結果に終わった。その後、NHKに戻ろうとするAKB48メンバーの乗るマイクロバスの運転手を引きずり降ろし自ら運転しようとするが、フジテレビ敷地内でめちゃイケメンバーに引きずり降ろされてしまった。
ツッコミリーグ
2010年2月20日放送。『ネプリーグ』のパロディ。
挑戦者、矢部・庄司・岡田圭一・ほんこんのメンバーが様々な画像やシチュエーションでアカデミックなツッコミを入れていく企画。モニター室には、岡村・加藤・品川・有野・世界のナベアツが見守る。
東京ギャグコレクション
2010年3月6日放送。東京ガールズコレクションをパロディしたお笑いコンテスト企画。東西の「ギャガー」と呼ばれる芸人たち（原西孝幸、世界のナベアツ、ホリケン、椿鬼奴など）が、ファッションショー形式で「春の新作ギャグ」として、テレビでまだ使っていない一発ギャグを披露する企画。会場では500人の女性客（うち1人は芸人の未知やすえ）がギャグを観覧し、「自分で使いたい」と思った一発ギャグ（の使用権）を携帯電話を使いその場で「購入」（岡村曰く「1ギャグ120円くらい」）することができ、芸人間で「購入」人数を競った。最後はホリケンの暴走に激怒した未知がステージに上がり説教を始めたがホリケンの暴走は止まらなかったため強烈なビンタを与えて終了となった。
サンナカチャポン
2011年7月2日放送。『サンデージャポン』（TBS系）のパロディ。三中がジャーナリスト役で、FNS27時間テレビの予告も兼ね、出演者の予告を行った。なお裏番組の都合により名倉潤（ネプチューン、奇跡ゲッター ブットバース!!）は外国人・上田晋也（くりぃむしちゅー、世界一受けたい授業）はものまねタレントで対応した。また、明石家さんまのものまねタレント・ほいけんた、タモリのものまねタレント・コージー冨田も出演した。
VS隆史
2011年7月2日放送。『VS嵐』のパロディ企画。
新メンバーと岡村隆史がまだ親しくないというところからこの企画が始まり、様々なゲームで岡村と対決する企画。
エンディングの最後に、習字を大きく書くゲームで岡村は墨をいっぱい浴びて惨敗した。
芸能人ハロウィンゾンビ仮装
2016年11月4日放送。秋に行われる予定だった「なんらかのパーティー」は「ハロウィンパーティー」として行うことに。しかし会場は見つからないままハロウィン前週の夜を迎える。渋谷のスクランブル交差点に停めたロケバスの車中で岡村はメンバーの家を借りようと電話するも全員が断る。ところが岡村は電話口で「周りにあるものでゾンビの格好をして渋谷まで来るように」とメンバーや芸能人たちに言う。そしていつの間にかパーティーの会場探しはゾンビの格好をして渋谷スクランブル交差点を飛び歩いて点数を競う企画となってしまった。具志堅用高と哀川翔が参戦した。
君の心は。
映画「君の名は。」のパロディ企画。2015年の27時間テレビにキングコングの西野が出演しなかったことをナインティナイン岡村隆史のオールナイトニッポンでリスナーからのメールで取り上げた際、岡村が「態度が気に食わない」と発言。それに対し西野も「岡村さんが嫌い」と犬猿の仲になってしまった。その仲を修復すべく、作品のような「入れ替わり生活」を体験し、お互いを理解してもらってわだかまりを解消してもらう企画。
それぞれ相手の顔を模した精巧なマスクをかぶって、相手の生活を体験。岡村は西野として本のサイン会やルミネtheよしもとでの梶原とのネタ打ちあわせを、西野は岡村としてオールナイトニッポンでのネタハガキのチェックやめちゃイケ収録前の現場を体験。また、岡村は西野の自宅兼アトリエで西野のブレーンでもある構成作家と、西野は岡村の地元である大阪・茨木で岡村の友人と会話。最後は岡村にとっては同期であり、西野にとっては親しい先輩でもある博多大吉がそれぞれ別々に飲み会を行って2人を諭した。
最後は本家さながらに2人が会い、お互いの本心や思っていたことをさらけ出し、ハグをして完全に和解…したものの、その光景を濱口による「笑う男」によって笑い飛ばされるオチとなった。
芸人戦力外通告！〜俺たちは、まだやれる！〜
TBSの特番プロ野球選手戦力外通告のパロディ企画。
テレビ界から消えた、芸人たちを主役に大手企業にネタ見せをしスカウトを狙う。
出演した芸人は、波田陽区、あかつ、ジョイマン、天津木村、とにかく明るい安村、GO!皆川など出演。
波田とあかつの二人は事前に密着ロケを敢行。高評価を受けあかつは、『さんまのお笑い向上委員会』のパネラー芸人のオファーをゲットした。
女芸人、超豪華バイキング巡りの旅！
オアシズ、たんぽぽ、いとうあさこ、尼神インター（誠子、渚）、安藤なつ（メイプル超合金）が楽屋でダラけていてロケにやる気がないとナイナイの2人が怒鳴る。ピコ太郎の格好に着替えさせられた女芸人はやる気がみるみるうちに低下していたが美味しそうなバイキングを目の前にすると豹変して食べ物を食べまくる。そして、矢部がツッコミを下す企画。2017年2月17日放映。
過去に、めちゃイケメンバーとデヴィ夫人が参加してパイレーツオブカリビアンのジョニーデップ格好して同類の企画を行ったことがある。
2代目江頭2:50オーディション
2017年7月1日放送。50歳を迎え、老化も始まってきた江頭2:50の今後のためにに、ワッキー（ペナルティ）・サンシャイン池崎・白間美瑠（NMB48）・加藤一二三など様々な芸能人が「2代目江頭2:50」を目指し本人の前でアピールを行うオーディションを行った。
結果はオーディション参加者ではなく矢部に決定。実は江頭のブレイクには『笑っていいとも!特大号』のものまね歌合戦にて矢部がまだメジャーではない江頭の真似をしてくれたことということを恩義に感じていたという理由からであった。最後は黒タイツに着替えた矢部とともに2人で会場となるプールに飛び込んだ。
シリーズ企画
#単発企画は好評に応じてシリーズ化されることもある。
ゴクラク少年愚連隊
2016年7月30日放送の「夏休みの宿題スペシャル!!」にて放送。番組放送開始20周年の節目に、「番組が決着を付けなければならない夏休みの宿題」として山本と10年ぶりの再会をするドキュメント。なお、番組内では数回にわたり、10年前に被害者との和解が済んだ事、逮捕ではなく不起訴処分であったこと、及び10年に及ぶ謹慎という十分な社会的制裁受けた事を加味し、多くの関係者の理解と協力を得たうえで実現したことを説明している。
また、山本に対する出演の許可が下りたことなどを含む一連を、8日前の7月22日に日本版が配信され大ブームとなった『Pokemon GO』にちなみ「ヤマモトGO」と名称、番組内の説明枠もポケモンGO風に進行した。
関係各所との調整により、ついに山本のテレビ出演及び再開が叶うこととなったが、10年間も音信不通だったことに岡村は激怒し「どついたるねん!」と息まく。
まずは相方である加藤の家に赴き、今回の企画を報告。そこで、加藤が山本には内緒で一緒にライブツアーを計画していたことを明かす。
気づかれないよう「豚しゃぶ ともまや亭」と改造したロケバスに乗り込んだナイナイと加藤は「明治神宮近辺にいるらしい」という情報を基に移動。
そこではあの頃と体格がほとんど変わらぬ山本の姿を10年ぶりにカメラを通して発見。自身が率いる草野球チーム「神様」の選手兼任監督としてプレーしていた。
草野球では素手でのキャッチや盗塁などのプレーに「反省していない」と岡村が噛みつくが、10年謹慎していた中、ようやく唯一の趣味として再び草野球を始められるようになり、「趣味を楽しんでいることと反省しているかどうかは別」として大目に見ることに。また、今回の企画は「気持ち」として、加藤が「今回自分はノーギャラ」であると宣言する。
2日目はモニタリングによゐこ・オアシズも加わり、宮崎サンシャインエフエムでの仕事を隠し撮り。10年前と違い打ち合わせもしっかり行い、大久保がラジオネームを使って投稿した、山本自身の境遇に似せた内容のメールにも自分の気持ちに乗せて真摯に回答するなど、成長した瞬間を見せた一行は思わず涙ぐむ。
が、モニタリング終了後、加藤はスッキリ!のため帰京しなければならなかったが、既に最終便が出てしまったこと、スッキリ!を欠席するとまた何か勘ぐられてバレるかもしれないということから、440万円のプライベートジェットを自腹でチャーターし帰京することに。
最終日は雛形・紗理奈・武田も加わり、パチンコ店での営業（番組が店舗を貸切った、実質的にニセ営業）をモニタリング。トークショーの予定だが、同席する予定だった梅宮辰夫が来られず、また店内にも怖そうな客が多数いる（全て番組が用意したエキストラ）という試練の状況にも、全力で仕事を行う山本。
しかし、山本が客に絡まれた瞬間、「パチンコ営業のキング」こと江頭2:50が乱入。その場で『フリースタイルエガジョン』としてエガラップや動き対決を行い、山本のキレがまだまだ健在であるということを見せる。
会場が再び盛り上がり、ステージに上がった5人の客が服を脱ぐと、その背中には「おい山本! 夜8時 お台場市民球場に 来い!!」の文字と岡村の顔をした猿（番組開始時の番宣広告に描かれたもの）のタトゥーが描かれており、その言葉に山本は涙ながらに了承する。
新メンバーも加えてついに山本と対面の時。遠くから現れた山本は笑いながら挨拶したことに、メンバーは疑問を抱く。
改めて岡村とベンチに座り、囲炉裏を囲みながら話す『金スマ』スタイルで、改めて10年間の間に何があったのかを話し、初めてカメラの前で被害者の方に土下座で謝罪した。
それでも怒り冷めやらぬ岡村は当初の宣言通り「どつく」ため、舞台を倉庫に作られたリングに移し、山本とのボクシングを実施。本当は殴られても立ち上がる姿を見せたかった岡村だが、一方的に攻撃を受け続ける山本に対しキリがないとして加藤に交代。
改めて加藤が「当たり前じゃねぇからな!!この状況!」と怒りと涙の説教を行い、その中で本当は「10年間音信不通」ではなく、岡村の休養時にやりとりがあったことを明かし、改めて出演者・後輩である軍団山本の面々（田村淳・遠藤章造・庄司智春・ワッキー・武井壮）・スタッフに対し加藤とともに謝罪し、最後は視聴者に向けて2人で土下座をして謝罪した。
謝罪後、加藤はこれで山本がメンバーに復帰できると喜ぶが、実際は「テレビ出演が可能になっただけ」であり、メンバー復帰も吉本復帰もないことを知らされる。しかし、加藤が内緒でコントツアーを計画していたことを知らされ、改めて「懺悔コントツアー」として一緒に取り組むことを決める。
最後は11年ぶりとなる2人での「極楽ケンカコント」を行い、2人とも泥まみれになりながら再開を祝した。
その後は「抜き打ちテスト」に「加藤の身内」として自宅参加するなど、間接的に出演し、同年11月20日の「懺悔ライブツアー」最終日に山本の吉本復帰が発表、26日には番組内の「爆裂お父さん」でも発表された。そして2018年1月2日放送回の3時間半SPにて、番組終了予定である2018年3月までの3ヶ月間限定で、実に約11年半ぶりとなる山本の「めちゃイケ」レギュラー復帰が発表された。
また、加藤が発した「当たり前じゃねぇからな!!」という言葉は、その後も「抜き打ちテスト」など番組内でしばしばネタにされた。更にものまねタレントの原口あきまさがこの放送以降、加藤のものまねをする際に様々な番組でこの言葉を多用するようになった。時折原口はめちゃイケや他番組内で加藤と共演する度に前述のフレーズを使用しての物真似は加藤を困らせてる。
はじめてのおつかれ
『はじめてのおつかい』のパロディであり、岡村扮する「岡所ジョージ」と加藤綾子アナ（第1弾・第2弾）・西尾由佳理（第3弾、日本テレビ元アナウンサー）が司会進行を務める。芸能界に入りたてで、人のことを信じやすい三中に対し、思わず「おつかれ!」と声をかけてあげたくなりそうになるドッキリを仕掛ける。
お笑い芸人歌がへたな王座決定戦スペシャル
『お笑い芸人歌がうまい王座決定戦スペシャル』のパロディ。通称「歌へた」。『お笑い芸人歌がへたな王座決定戦スペシャル』を参照。
世界一受けたくない!?授業
2009年6月27日放送開始。裏番組『世界一受けたい授業』（日本テレビ系列）のパロディであり、一種のコント企画（放送時間が本家と重なる）。表面上は本家を真似た様々なジャンルの歴史、雑学を学ぶ教養企画ではあるが、「はなから勉強なんかしたくないメンバー」のやる気は全く無く、授業そのものも講師の独りよがりな解説が大部分を占めるため、番組途中から半ば学級崩壊の様相を呈す。
国立め茶の水女子第48高等学校
かつての岡女。のリメイク版とも言える企画。岡女。でのフォーマットのまま、AKB48のメンバーが生徒となり、抜き打ちテストや体育祭に挑戦する。2014年12月6日放送のスペシャルは、めちゃの水女子第48高として行われていないが、センターバカ→クソセンターに続く「どっきりセンター」、バカ7→クソ7に続く「どっきり7」が発表されるという流れがとられた。
嫌いになった人
日本テレビ系列で放送されている『好きになった人』のパロディ企画。本家とは逆で、めちゃイケメンバー及びゲストがこれまでに「嫌いになった人」もしくは「対象者を嫌っている人」の年表を作成。そのうち1人がスタジオに登場し、真相の説明や謝罪・決着を付け和解してもらう。
裏めちゃイケ（27時間テレビ）
27時間テレビの深夜コーナーとして、1997年、1998年、2001年の三度、生放送で行われた。過激なエロと極度の演出が生放送で行われた（めちゃイケ大百科事典p26より引用）。『殿様のフェロモン』のハケ水車、2001年で打切りになったコーナー「七人のしりとり侍」など。