入来祐作
プロ入り前
実父は元自衛官。小学校2年生の時に、兄・智が所属していた少年野球チーム「五十市タイガース」で野球を始めた。
中学進学後に野球部へ所属してからは、投手として完全試合を2,3回、ノーヒットノーランを6回記録。3年生の時には、全国26の高校から進学の誘いを受けるほど注目された。しかし、夏季休暇中に、兄・智が所属していた三菱自動車水島硬式野球部（現在の三菱自動車倉敷オーシャンズ）の練習へ参加。智の勧めで紅白戦に登板したところ、1イニングを三者凡退に抑えた。この光景を井元俊秀（当時はPL学園高等学校硬式野球部スカウト、元・同部監督）が見ていたことから、同部のセレクションを受験。セレクションでの合格を経て、同校へ進学した。
PL学園高校時代には、中村順司監督の下で、宮本慎也などと共にプレー。3年生の時には、寺前正雄（北陽高等学校）・宮田正直（上宮高等学校）・後藤章浩（近畿大学附属高等学校）と共に、「大阪のピッチャー四天王」と称された。ただし、在学中には春・夏とも、甲子園球場での全国大会出場を果たせなかった。
井元の勧めで亜細亜大学に進学後は、1年生から硬式野球部のエースとして活躍。同級生に沖原佳典、1年後輩に養父鉄がいた。在学中には、東都大学1部リーグの公式戦で、通算54試合登板、23勝21敗、防御率3.22、234奪三振を記録。一時はプロ野球ドラフト会議の上位指名候補に挙げられたが、4年生（1994年）の秋に右肩の血行障害が生じたことから評価が急変。同年のドラフト会議でどの球団からも指名されなかったため、右肩の手術を経て、卒業後に本田技研へ入社した。
本田技研への入社2年目に当たる1996年には、アトランタオリンピック野球日本代表との練習試合で、先発投手として5回を被安打1と好投した。この好投でエースの座をつかむと、第67回都市対抗野球大会でチームを優勝に導くとともに、橋戸賞（最優秀選手賞）を受賞。ドラフト会議では、当時の逆指名制度によって、1位で読売ジャイアンツに入団した。
巨人時代
1997年、主に中継ぎ要員として、一軍公式戦ではチーム最多の57試合に登板した。勝利数は1勝に留まったものの、セットアッパー、ストッパー、ロングリリーフ、敗戦処理、谷間の先発まで経験。投球回数を上回る94奪三振を記録するなど、潜在能力の高さを示した。また、シーズン終了後には、河原純一・原俊介と共にハワイのウィンターリーグへ派遣。この時の経験から、メジャーリーグへの挑戦を志すようになった。
1998年、開幕から中継ぎ要員として一軍に帯同したものの、調子が上がらず6月下旬に二軍へ降格。しかし、先発ローテーションを担っていた趙成珉が故障で戦線を離脱したことから、7月29日の対ヤクルトスワローズ戦で一軍で自身2度目の先発登板。9回まで投げてから、延長10回にチームが勝ち越したことによって、先発での初勝利を挙げた。さらに、7月31日にエース格のバルビーノ・ガルベスが乱闘事件で出場停止処分を受けたことから、先発ローテーションに定着。シーズン通算では、中継ぎで1勝、先発で6勝を挙げた。さらに、11月6日に東京ドームで開かれた日米野球の親善試合・全米選抜対巨人戦で、巨人の投手として先発登板。同年のメジャーリーグ公式戦で66本塁打を記録したサミー・ソーサから、2打席連続で三振を奪った。
1999年、兄・智が近鉄バファローズから移籍。巨人の球団史上初めて、現役選手として兄弟で在籍することになったため、スコアボードの表記が入来弟に改められた。しかし、祐作は自主トレーニングの初日に右足首を捻挫。先発ローテーションの一員として開幕を一軍で迎えたものの、捻挫の影響で一軍と二軍を何度も往復した。二軍では8月24日の千葉ロッテマリーンズ戦でイースタン・リーグ史上15人目のノーヒットノーランを達成したが、一軍公式戦では19試合の登板で1勝6敗に終わった。シーズン終了後には、右足首の靱帯が2本断裂していたことが判明したため、靱帯の修復手術を受けている。
2000年、右足首の手術を受けた影響で二軍生活が長く、一軍公式戦では7試合の登板にとどまった。しかし、二軍調整中のガルベスや亜細亜大学時代の監督・内田俊雄からのアドバイスで「捕手目線による投球術」を確立。イースタン・リーグの公式戦では、8勝0敗という成績を残した。シーズン終了後には、兄・智が、球団からの戦力外通告を経てヤクルトへ移籍。祐作も、一軍での登板機会を求めて、契約更改の際に他球団への移籍を直訴している。
2001年、本田技研時代のトレーナー・大森浩司に指導を仰ぎながら、投球動作に関連したトレーニングを春季キャンプ前に敢行。下から上に浮き上がる「ライジングボール」の威力が増したうえに、ガルベスから教わったチェンジアップで投球に緩急を付けられるようになった。開幕一軍こそ逃したものの、桑田真澄の故障離脱を受けて、4月12日の対中日ドラゴンズ戦（ナゴヤドーム）に先発。8回1/3を1失点に抑えた結果、一軍では722日振りの勝ち星を挙げた。5月2日の中日戦では、約3年振りの完投勝利。5月8日の対広島東洋カープ戦では、佐々岡真司と投げ合った末に、一軍での初完封を記録した。前半戦で3連勝を含む8勝を挙げたことから、オールスターゲームには、セントラル・リーグの監督推薦選手として、7月20日の第1戦（福岡ドーム）に先発。2回裏途中で兄の智に交代したことで、オールスター史上初の「兄弟継投」を実現した（尚、兄・智がヤクルトに在籍した二年間でシーズン中での兄弟対決の実現はなされなかった）。8月1日の対中日戦では、川上憲伸との投げ合いを制してシーズン2度目の完封勝利。シーズン通算では、チーム最多となる13勝を挙げるとともに、リーグトップの勝率を記録した。終盤には藤井秀悟（ヤクルト）との間で勝利数を争ったが、和田豊の引退試合になった10月1日の阪神タイガース戦（甲子園）で敗戦投手になったことから、1勝差で最多勝利のタイトルを逃した。また、当時はセントラル・リーグが最高勝率投手を表彰しなかったため、キャリアハイの成績を残しながらタイトルと無縁に終わった。
2002年、4月中旬に左足内転筋足の故障で1ヶ月ほど戦線を離脱。一軍公式戦では、規定投球回に到達せず5勝4敗に終わった。防御率は自己最高の3.05を記録したものの、クオリティ・スタートを満たした先発登板試合のうち、7試合で勝ち星が付かなかった。7月25日の対阪神戦（甲子園）では、ジョージ・アリアスへの投球が背後に大きく外れたことから、乱闘に巻き込まれたあげく危険球で退場処分を受けた。
2003年、地元・宮崎で開催されたオープン戦の初戦に先発した際に、右腿裏の肉離れで戦線を離脱。翌シーズン以降の再起に向けて筋肉トレーニングで体重を8kg増やしたが、一・二軍を通じて公式戦での登板機会はなかった。シーズン終了後の契約交渉では、球団の方針で認めていなかった代理人交渉制度の利用を申し入れた。
日本ハム時代
2003年12月12日に、井出竜也との交換トレードで北海道日本ハムファイターズに移籍。移籍交渉の際には、代理人を通じて、ポスティングシステムによる2年後のメジャーリーグ球団への移籍を容認することを求めた。
2004年、1月の入団会見で、メジャーリーグへの挑戦を白紙に戻すことを表明。トレイ・ヒルマン監督の方針で、シーズンを通じてほぼ一軍に帯同した。しかし、春季キャンプ中からイップスに見舞われた影響で、公式戦では11試合の登板で2勝4敗という成績にとどまった。シーズン終了後には、地元・宮崎で開催の教育リーグや、メキシコのウィンター・リーグへ参加している。
2005年、開幕を2軍で迎えたが、中継ぎ要員としてすぐに一軍へ昇格した。先発投手に故障や不調が相次いだ5月からは、先発ローテーションに定着。2003年に取り組んだトレーニングの効果で球速が5km/h近く上がったことや、前年のウィンター・リーグでツーシームを習得したことが功を奏した。7月17日の対東北楽天ゴールデンイーグルス戦では、勝利投手にならなかったものの、10回を1安打無失点に抑えたことからヒーローインタビューを受けている。8月13日の福岡ソフトバンクホークス戦では、杉内俊哉との投げ合いの末に、一軍では3年振りの完封勝利を達成。その結果、シーズン通算で勝ち運に恵まれず勝敗は6勝7敗の成績だったが、チームトップの防御率3・35を記録した。
メッツ傘下時代
2005年のシーズン終了後に、改めてメジャーリーグへの挑戦を表明した。日本ハムは当初、祐作を自由契約にしたうえで、2年契約・年俸総額2億円（推定）という条件で祐作に残留を打診。しかし結局は、祐作の意思を尊重する格好で、ポスティングシステムの利用を容認した。
2006年 ポスティングシステムで入札したニューヨーク・メッツとの間で、1月中旬にメジャー契約で合意した。春季キャンプでメジャーリーグの開幕40人枠に残れなかったため、4月20日に同球団とマイナー契約を締結したうえで、傘下球団のノーフォーク・タイズ（3A）に所属。チームメイトには、ホセ・リマ、ヒース・ベル、ラスティングス・ミレッジ、オーランド・ロマンなどがいた。しかし、サプリが禁止薬物にあたるとして、同月28日には50試合の出場停止処分を受けた。マイナーリーグにおける日本人選手の薬物違反による出場停止処分は、2005年2月に2Aバーミンガムへ所属していた藪以来2例目。6月に復帰してからは、3Aの公式戦19試合に登板。4勝8敗、防御率4.70という成績で、メジャーへの昇格を果たせないまま、11月5日にメッツとの契約を解除された。なお、シーズン終了後には、FA権の行使を申請。その一方で、ベネズエラのウィンター・リーグへ参加した。
ブルージェイズ傘下時代
2007年、トロント・ブルージェイズのエクステンデッド・キャンプで入団テストに合格したことから、3月31日に同球団とマイナー契約を締結したうえで、傘下球団のダニーディン・ブルージェイズ（A+）に所属。シーズン初登板になった5月9日の対パームビーチ・カージナルス戦では、先発で4回2/3を投げて4安打4失点という結果に終わった。5月14日のタンパ・ヤンキース戦でシーズン初勝利を挙げると、同月18日にはニューハンプシャー・フィッシャーキャッツ（2A）への昇格を経て、翌日に2A初先発。6月20日にシラキュース・スカイチーフス（3A）へ昇格すると、翌日には先発登板を果たした。しかし、その試合の投球中に右腕の肉離れを起こした影響で、7月にはニューハンプシャーへ降格。メジャーリーグでの登板が叶わないまま、8月に契約を解除された。
横浜時代
2007年10月に、横浜ベイスターズとオリックス・バファローズの入団テストを受験。横浜のテストに合格したため、3年振りのNPB復帰を果たした。
2008年には、先発要員として調整していた春季キャンプで、再び右腕の肉離れが発生。中継ぎ要員として開幕を一軍で迎えたものの、公式戦では3試合の登板で、0勝0敗、防御率8.53に終わった。10月1日に球団から戦力外通告を受けたことを機に、現役引退を表明。
現役引退後
2008年12月に、チームサポーターとして横浜球団と契約。打撃投手を1年間務めた後に、2010年から2012年夏まで二軍の用具係、2012年秋から2014年秋まで一軍の用具係を担当した。
横浜DeNAベイスターズの一軍用具係だった2014年には、「BOSS レインボーマウンテンブレンド」（サントリー）のテレビCM「宇宙人ジョーンズの地球調査シリーズ」第41弾『用具係篇』（4月22日から放送）に、「用具係　入来祐作」として出演。DeNAのホーム用ユニフォーム姿で、俳優のトミー・リー・ジョーンズ（宇宙人ジョーンズ役）および菅谷哲也（若手投手役）と共演した。また、スポーツ選手に密着するミニドキュメンタリー番組『みらいのつくりかた』（テレビ東京）にも出演（5月22日放送分）。8月29日には、自身の半生を綴った著書『用具係 入来祐作 〜僕には野球しかない〜』が講談社から発売された。
2015年に福岡ソフトバンクホークスの三軍投手コーチへ就任。7年振りの現場復帰を果たすと、2016年から二軍投手コーチを務め、2017年は三軍投手コーチに異動となった。2018年、2019年も3軍投手コーチを務める。2019年10月7日、今季限りで退団することが発表された。
選手としての特徴
プロ野球選手としては小柄ながら、緩急を生かした投球が持ち味で、投球の際に気持ちを前面に出す。巨人での現役時代には、アリアスに対する危険球などから、「ケンカ投法」というイメージを持たれることが多かった。