日本の特許制度
日本での特許制度は、専売特許条例が施行された1885年（明治18年）7月1日から始まった。ただし、それ以前の1871年（明治4年）に専売略規則が公布されたが、施行されることなく翌年に廃止されている。日本の特許制度で、保護の対象になるのは、「発明」である（特許法29条1項柱書）。「発明」の定義は困難であり、諸外国の法制では「発明」の定義を判例・学説に委ねる例が多いが、日本の特許法は2条1項において「発明」を「自然法則を利用した技術的思想の創作のうち高度のもの」と定義している。以下この項では、この定義に基づいて解説する。
特許出願手続
特許権の付与を請求するためには、意思表示たる特許出願（特許法36条）という要式行為をする必要がある。特許を受けようとする者は、願書、明細書、特許請求の範囲及び要約書並びに図面（任意）を特許庁に提出する必要がある。
特許請求の範囲
特許請求の範囲とは、発明の概念を文章化したものであり、この特許請求の範囲に記載された文章によって画定される技術的範囲の権利が、当該発明が特許要件を満たしている場合に出願人に付与される。特許請求の範囲には発明の単一性を満たす限度で複数の発明を記載することができるが、その場合、各々の発明をそれぞれ一つの「請求項」に区分して記載する。
なお、実務上、個々の「請求項」のことを「クレーム」(claim) ということがあり、さらには特許請求の範囲全体を指して「クレーム」（この場合正しくはclaimsであるが）ということもある。この呼び方は、特許請求の範囲の記載をWhat is claimed is:で始めていた米国の伝統的な特許実務に由来する。
審査主義
特許制度において、権利成立のために実体審査を要するか否かは、国によって考え方が異なる。実体審査を経た後に特許登録を行うのが「審査主義」である。審査主義をとることには、成立した権利が特許要件を満たしていることが保証された安定した権利であるという大きな利点がある一方、権利成立までに時間がかかり、多大な行政コストを要するという欠点もある。しかしながら裁判による事後調停、第三者監視負担を勘案すると社会全体のコストとしては無審査主義に比べ遙かに低コストとなる。
「特許」という名称から特に許可を得るものと考えがちであるが、特許は審査を経て登録するものであって、許可するものではない。したがって、早口言葉にある「東京特許許可局」なる部署は、現在・過去において特許庁に存在しない。
ちなみに、実用新案、意匠、商標については、「実用新案登録」、「意匠登録」、「商標登録」と言うが、「特許登録」とは言わない。これらと同列に扱われる用法は「特許」である（「特許」自体が「登録」であるため）。ただし、「特許権設定登録」は用法として正しい。
現在、ほとんどの国が特許について審査主義を採用している一方で、日本の実用新案のように、特許とは別の無審査登録の制度を採用し又は補完的に有している国も存在する。
無審査主義では、早期に権利が発生するという出願人にとってのメリットはあるが、第三者への権利行使に際しては自らの権利が新規性・進歩性を具備し、有効であることの立証が不可欠となる。なお、日本の実用新案では、権利行使に当たっては所定の技術評価書を提示し（実用新案法29条の2）、権利行使後にその実用新案権が無効にされた場合には、相手方に与えた損害を賠償しなければならない旨の規定が設けられている（実用新案法29条の3）。
出願審査請求制度
日本では、特許の審査を受けるためには、単に特許出願を行うだけでなく、出願審査の請求を行う必要がある（特許法48条の2）。つまり、全ての出願が自動的に審査されるわけではない。
このような制度が設けられたのは、特許出願から審査までの間の技術的・経済的環境の変化などによって特許化の必要がなくなる出願があるためである。また、特許出願は、原則として、出願後1年6月で自動的に公開され（特許法64条）、当該特許出願に開示された発明や、それにより自明な発明が後に特許されることを防ぐことができるため（特許法29条、39条）、競合他社等の特許取得を防止するには十分である。このような消極的な出願はいわゆる防衛出願といわれる。
出願審査の請求は、出願から3年以内にしなければならない（特許法48条の3）。また、請求は出願人のみならず何人もすることができる。
なお、特許に携わる人は、出願審査請求を単に「審査請求」ということが多いが、一般的には、「審査請求」といった場合は、行政不服審査法に基づく請求（行政不服審査法3条、5条等）をさすことが多いので、注意しなければならない。
手続の実際
出願審査の請求を受けて、審査官が審査を行う。そして、特許できない理由が発見された場合には、拒絶の理由を通知して（「拒絶理由通知」という）、一定の期間を指定し、出願人に意見を述べたり出願内容を補正する機会を与える（特許法50条、17条の2）。具体的な拒絶理由は特許法49条各号に列挙されており、これ以外の理由で拒絶理由・拒絶査定を受けることはない。審査官の恣意を防ぐためである。
拒絶理由に対して、意見等が提出されない場合や、提出された補正・意見等を勘案しても拒絶理由が解消されなかった場合には、審査官は「拒絶をすべき旨の査定」（通称「拒絶査定」、特許法49条柱書）を行う。したがって、反論の機会もなく、突然に拒絶査定がされることはない。
また、拒絶理由が発見されなかったり解消された場合には、「特許をすべき旨の査定」（「特許査定」、特許法51条）が行われる。
実際には、審査請求された出願のほとんどに対して拒絶理由通知が発せられており、それに対する応答（意見と補正の内容）が特許の成否を分けることが少なくない。拒絶理由通知に対して、出願人がとる対応として、意見書（特許法50条）や手続補正書（特許法17条、17条の2）の提出、出願分割（特許法44条）、出願変更（特許法46条）、当該出願を基礎とする国内優先権の主張を伴った新たな出願（特許法41条）、出願の放棄や取り下げなどがある。分割出願は、単一性違反（特許法37条）の拒絶理由を解消するために有効である。
出願する上で、重要となるのは、多くの観点からの請求項を含む特許請求の範囲や、上位概念的な請求項から実施例に対応した請求項まで多段階にわたる特許請求の範囲を、出願時に作成しておくことである。このような幅の広いクレームを作成することによって、審査上の進歩性の判断ラインを見極め、有効な特許を取得することができる。
また、審査請求時に、自社や他社の製品動向に沿って特許請求の範囲を補正することも有効である。ただし、補正にあたっては、新規事項の追加にあたることがないように留意が必要である。
特許権
「特許すべき旨」の査定又は審決の後、所定の期間内に特許料を納付することにより、特許権の設定登録が行われて特許権が発生する（特許法66条）。
この特許権は、特許発明を独占排他的に実施できる権利である（特許法68条）。つまり自らの発明の実施を独占でき、許諾等をしていない（権限のない）第三者の実施を排除できる。そのため、このような第三者の実施に対しては、その違法な実施行為、つまり特許の侵害行為を中止させる権利（差止請求権、特許法100条）およびそのような侵害行為により発生した損害の賠償を求める権利（損害賠償請求権、民法709条）を行使することができる。
特許権の存続期間は、原則として出願日から20年である（特許法67条1項）。なお、薬事審査等により、特許発明を実施できる期間が短縮された場合は、最大5年を限度として存続期間が延長されることがある（特許法67条2項）。
発生
専用実施権は特許権者により設定される事で発生する（特許法七十七条1項）。それに対し通常実施権は、その発生原因により、許諾による通常実施権、法定通常実施権、裁定実施権の3種類に分類される。許諾による通常実施権高橋5版には特許権者自身の許諾によって発生するものと特許権者の承諾を得た専用実施権者からの許諾により発生するものとがある。専用実施権と許諾による通常実施権とをあわせて、許諾による実施権高橋5版といい、これは日常的な意味でのライセンス契約に相当する高橋5版。
特許権には積極的権利としての実施権と消極的権利としての禁止権があり高橋5版、このうち実施権に関しては特許権者自らが実施するだけでなく、他人に実施させる権利も有する高橋5版。この他人に実施させる権利で他人に与えた権利が許諾による実施権である。
法定通常実施権は特許権者や専用実施権者の意志とは関係なく、公益上の必要性や当事者間の衡平の為に法律の規定によって発生する高橋5版。裁定通常実施権は裁定という行政処分により強制的に設定される通常実施権の事で高橋5版、強制実施権とも呼ばれる高橋5版。これらは有償か無償かなど、許諾による通常実施権とは多くの点で異なる高橋5版。
設定行為・効力要件
（専用若しくは通常）実施権を許諾する場合には、特許権者と実施権が契約等で特許権者と実施権が契約等で設定行為を行い、実施権者が特許発明を実施できる場所、期間、内容等を自由に決める事ができる（特許法第七十七条2項、特許法第七十八条）逐条20版 高橋5版。専用実施権の場合はその排他性から。場所、期間、内容が同一の条件を2者に設定する事はできない。
専用実施権に対する権利変動である設定、保存、移転、変更、消滅又は処分の制限は特許原簿への登録が必要であり、設定の際には設定条件も登録する必要がある。一部例外を除き、特許原簿への登録がこれらの権利変動の効力発生要件である（特許法二十七条1項二号、特許法九十八条1項二号。例外についての詳細も九十八条1項二号）。一方、通常実施権の設定には登録を必要とせず、当事者間の意思により効力が発生し、第三者対抗要件は民法の規定が適用される（通常実施権の当然対抗制度）特許庁1。
独占的通常実施権
専用実施権はその強力な権利が嫌われて高橋5版、2012年1月間で295件しか登録がない高橋5版。専用実施権が設定されるのは、特許権者と専用実施権者が密接な関係にある場合がほとんどで高橋5版、たとえばある会社の代表取締役である特許権者が自身の経営する会社を専用実施権者に設定するような場合や高橋5版、特許権者である外国企業が国内系列企業を専用実施権者に設定する場合などがある高橋5版。
そこで専用実施権を利用する代わりに、通常実施権を許諾した上で他のものには通常実施権を許諾しない旨の契約を特許権者と結ぶ事がある。このような通常実施権を独占的通常実施権という。実施権者が一人しかいないという点で、独占的通常実施権は専用実施権と類似しているが、あくまで通常実施権であるので、特許権者自身も発明を実施できる。特許権者自身の発明実施をも契約で禁止した独占的通常実施権を完全独占的通常実施権という。なお、特許権者が独占的通常実施権を許諾後、他者に通常実施権を許諾しても、契約違反ではあるが特許法上は適法であるので注意されたい高橋5版。
以上に述べたこと以外にも独占的通常実施権と専用実施権では、差止請求権、損害賠償請求権があるかに関して差異がある。専用実施権では差止請求権、損害賠償請求権の双方とも認められる。独占的通常実施権の場合は、独占的通常実施権者固有の損害賠償請求権を許容するのが通説であり高橋5版、多くの裁判例でも肯定されているが高橋5版、独占的通常実施権者に差止請求権を認めるか否かには議論があり、判例が分かれている村井2012。
仮専用実施権・仮通常実施権
仮専用実施権・仮通常実施権は特許出願の段階で設定・許諾する仮の専用実施権・通常実施権である。専用実施権・通常実施権と同様、設定・許諾する範囲に条件を課す事ができるが、この条件は特許出願の願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内でなければならない（特許法第三十四条の二1項、特許法第三十四条の三1項）。
仮専用実施権は特許を受ける権利を有するものが設定でき、仮通常実施権は特許を受ける権利を有するもの、及び特許を受ける権利を有するものから承諾を得た仮専用実施権が許諾できる（特許法第三十四条の二1項、特許法第三十四条の三1項、特許法第三十四条の二4項）。
出願が特許登録されたら、仮専用実施権者・仮通常実施権者はそれぞれ、前述した条件範囲に対して専用実施権の設定、仮通常実施権の許諾がなされたものとみなす（特許法第三十四条の二2項、特許法第三十四条の三2項 、同法同条3項）。
審判・再審
審判には、拒絶査定不服審判（特許法121条）、無効審判（特許法123条）、延長登録無効審判（特許法125条の2）、訂正審判（特許法126条）がある。
拒絶査定不服審判
拒絶査定（特許出願についての拒絶査定又は延長登録についての拒絶査定）に不満がある場合には、その謄本の送達後3ヶ月以内に拒絶査定不服の審判を請求することができる（特許法121条1項）。審判の請求書には、請求の趣旨およびその理由等を記載する。請求の理由については、追って補充することができるが、審査官及び審判官が請求人の主張を迅速かつ的確に把握する上で重要であることから、審判請求時において審判請求の理由を実質的な内容をもって明確に記載することが望ましいとされる。
審判請求は、審決が確定するまでは取り下げることができる。
拒絶査定不服審判の請求と同時に、明細書、特許請求の範囲、又は図面の補正が可能（自発補正書提出）である（特許法17条の2第1項第4号）。また、拒絶査定の謄本の送達後3ヶ月以内は、その出願を分割することができる（特許法44条）。分割出願を行うことにより、拒絶理由のない請求項につき迅速な権利取得を図ることができる。
請求の理由を記載せず（若しくは上述の追って補充する旨を記載した）審判請求した場合は、特許庁長官又は審判長より補正命令がなされる。補正命令の指定期間内に審判請求書の補正を行わない場合は、審判請求は却下される。
拒絶査定不服審判請求における特許請求の範囲の補正は、特許請求の範囲の限定的減縮、請求項の削除、誤記の訂正、明瞭でない記載の釈明のみ認められる。
拒絶査定不服審判の請求と同時に明細書、特許請求の範囲、又は図面について補正があった場合は、特許庁長官は審判に先立ってその請求を審査官に再び審査させる（前置審査、特許法162条）。通常はもとの審査官が審査することになるが、別の審査官であってもかまわない。審理の結果、審査官は請求に理由があるとする場合は拒絶査定を取り消し、特許査定を行う。
拒絶査定不服審判の審理方式は書面審理による。ただし、審判長は、当事者の申立により又は職権で、口頭審理によるものとすることができる（特許法145条）。
審判に関する費用は請求人が負担する（特許法169条）。
審判の判断（審決という）に不満であれば、この謄本送達後30日以内に特許庁長官を被告として知財高裁に審決取消訴訟を起こすことができる（特許法178条第1項）。裁判所において審判の審理が不適法であったことが明らかになった場合には、特許庁の審決は取り消される。それでもだめなら最高裁へ上告できる（民訴311条第1項、312条、318条）。
拒絶査定不服審判を請求できるのは、拒絶査定を受けた者又はその承継人である。また、特許を受ける権利が共有の場合は、共有者の全員が共同して審判請求しなければならない（特許法132条第3項）。
特許無効審判
平成15年に、公衆審査機能を有する特許異議申立てを無効審判に一本化する法改正が行われた。ここでの特許異議申立ては、行政不服審査法上の異議申立てではなく、特許法上の特許異議申立てであることに注意しなければならない。
改正後の無効審判においては、何人も特許無効の審判請求をすることができる。ただし、権利帰属の無効理由については、特許を受ける権利を有する者のみが審判請求することができる。
無効審判は、特許権の消滅後においても請求することができる（特許法123条3項）。また、請求項ごとに請求することができる（同123条1項柱書）。
共有に係わる特許権について審判を請求するときは、共有者の全員を被請求人として請求しなければならない（特許法132条第2項）。
審判請求理由：特許要件違反、不特許事由違反、補正要件違反、共同出願要件違反、正当権利者でないものの特許、後発事由等。
無効審判の請求があったときは、請求書の副本が被請求人に送達され、特許権者は答弁書を提出できる。答弁書提出のための指定期間は60日、在外者は90日である。請求人から弁駁書が提出された場合は、審判長はそれが審決の判断に影響を及ぼす場合には被請求人に送達し、相当の期間を指定して、第二答弁書を提出する機会を与える。答弁書に対する弁駁書を提出する機会は必ず与えられるというものではない。
審判長は、事件が審決をするに熟したときは、審理の終結を当事者に通知する（審決は、審理の終結から20日以内に行わなければならない。）。この通知がされた以後に当事者が攻撃防御方法を提出しても、それを審理の対象にすることはできない。
審判請求は審決が確定するまでは取り下げることができる。しかし、答弁書の提出があった後は、相手方の承諾を得なければ取り下げることができない（特許法155条）。
特許を無効にすべき旨の審決が確定したときは、特許権は初めから存在しなかったものとみなされる（特許法125条）。
審決に不服があるときは知財高裁へ出訴することができるが、確定審決に対して審判手続きの重大な瑕疵があったことが発見されたり、その判断の基礎資料に異常な欠陥のあることが見過ごされていた場合には、再審を請求できる（特許法171条、172条）。
訂正審判
特許権の設定登録後に、特許権者が明細書又は図面の記載事項の訂正を請求する。審判合議体による審理がなされ訂正棄却審決又は訂正認容審決が下される。
訂正の審判の結果、訂正を認める審決が確定したときは、その訂正の効果は出願時まで遡及する（128条）。
訂正審判は、特許権の消滅後においても請求することができる（特許法126条第5項柱書）。
延長登録無効審判
特許権の存続期間の延長登録の無効を求める審判である（特許法125条の2）。
再審
再審（特許法171条、172条）は、非常の不服申し立て手段である。
再審を請求することができるのは確定審決に対してであり、知財高裁に審決取消しを求める訴えを提起することができるものや、その訴えを現に提起しているものは審決が確定していないので再審を請求することはできない。
侵害訴訟等（民事訴訟）
特許権の知的財産権関係の民事事件たる侵害訴訟（民事訴訟）は、第1審が、東京地方裁判所または大阪地方裁判所のいずれかの地方裁判所が専属管轄である（民事訴訟法6条1項）。特許権を巡る民事訴訟としては、特許権者（または実施権者）が侵害者と疑われる者に対して提起する侵害差止請求訴訟、損害賠償請求（または不当利得返還請求）訴訟と、侵害者と疑われる者が特許権者または実施権者に対して提起する侵害差止請求権や損害賠償請求権等の不存在確認訴訟が多いが（以下、これらをまとめて侵害訴訟という）、職務発明の帰属や対価を巡る訴訟もある。以下の項では、主に侵害訴訟において論点となる部分について説明する。
技術的範囲
特許発明の技術的範囲とは、当該特許権の権利範囲をいう。
特許法70条1項は、「特許発明の技術的範囲は、願書に添付した特許請求の範囲の記載に基づいて定めなければならない。」と規定している。
特許発明の技術的範囲、すなわち、特許権の権利範囲を判断する基準となるのは、当該特許発明に係る特許公報の【特許請求の範囲】に記載された内容である。
一般に、【特許請求の範囲】に記載された内容は、当該特許発明の権利範囲を広く確保するため、単に文理的に読み取るだけでは理解することが出来ないことが多い。特許発明の内容が理解できないと、特許権がいかなる権利を有するのか確定することが出来ず、特許権の及ぶ範囲が規定し得ないこととなり、不都合である。そこで、特許法では、「特許請求の範囲の記載に『基づいて』」と規定して、【特許請求の範囲】に記載された内容を単に文理的に判断するのではなく、特許発明を説明する明細書及び図面の内容も参酌して、特許発明の技術的範囲を定めるよう規定している（同条2項）。また、均等論によって、特許請求の範囲に記載された範囲を超えて特許発明の技術的範囲が認められることがある。
特許発明の技術的範囲について、特許庁に判定を求めることも出来る（特許法71条）。なお、この判定により示された内容に法的な拘束力はない。
差止請求権
特許の侵害行為をする者に対し、その実施の差止め（停止）を請求できる権利である。侵害自体の停止および予防を請求する権利（特許法100条1項）だけでなく、侵害の行為を組成した物の廃棄や侵害の行為に供した設備（例えば、発明品を作るための機械）の除却等を請求することが認められている（特許法100条2項）。特許の独占排他権に起因する権利であり、また侵害者の故意または過失を必要としないことにより、直接かつ効果的に特許の保護を図るものである。
損害賠償請求権
不法行為に基づく損害賠償請求として、侵害によって生じた損害につき侵害者に対し賠償請求できる権利である（民法709条）。一般的に、不法行為による損害賠償が認められるための要件は、（1）故意又は過失、（2）権利侵害、（3）損害、（4）相当因果関係、（5）責任能力が必要である。しかしながら、無体財産権たる特許権の侵害は、故意または過失を立証することが困難なため、特許法103条で過失を推定する規定が設けられている。また、損害額を算定することも困難な場合が多く立証が容易でないため、特許法102条で損害額を推定等する規定が設けられている。
不当利得返還請求権
法律上の正当な理由なく、他人の財産によって財産的利得を受け、これによって他人に損失を与えた者に対し、自己の損失を限度として、その利得の返還を請求することができる権利である（民法703条、704条）。
信用回復措置請求権
侵害行為により特許権者等の業務上の信用が害された場合、信用回復の措置を請求することができる権利である（特許法106条）。