上海協力機構
成立過程
1996年4月に初めて集った上海ファイブ（中華人民共和国・ロシア・カザフスタン・キルギス・タジキスタンの5か国首脳会議）を前身とする協力機構で、加盟国が抱える国際テロや民族分離運動、宗教過激主義問題への共同対処の外、経済や文化等幅広い分野での協力強化を図る。2000年の会議にウズベキスタンがオブザーバーとして参加し、翌年に6カ国によって発展発足した。2001年10月にアジア太平洋経済協力 (APEC) 首脳・閣僚会議が上海で開催されたが、これに先立ち上海の存在を国際的にアピールする結果となった。
中華人民共和国政府にとっては、ソ連一国と長大な国境線を持っていたものの、ソ連崩壊により多くの国と国境を接することになった。これらの分離独立した新興国の内情は、独立国家共同体 (CIS) の影響力不足もあって非常に不安定であり、国家統制の及ばない武装勢力から中央アジアとの国境を共同で管理したい中国の思惑があったと見られ、国防上の要求もあり発足させた軍事同盟的な側面も持つ。またこれらの国に一定の影響力を持つことで、ロシアと対等な立場を保って、長期的な安全保障を確立したいものと見られる。またエネルギー問題に関しても、消費国である中華人民共和国としては、石油・天然ガス産出国であるロシアや中央アジアの関係を強化したいものと考えられる。
2002年6月7日、対テロ戦争が始まった世界情勢を受け、サンクトペテルブルクにおいてSCO地域対テロ機構の創設に関する協定が署名された。SCO地域対テロ機構執行委員会の書記局を上海に、本部はアメリカ合衆国軍の基地が当時開設されていたキルギスの首都ビシュケクに設置した。また同時に、同年初頭のアメリカ合衆国のブッシュ大統領の悪の枢軸発言に始まる対テロ戦争のイラク戦争などへの拡大の動きを牽制した。中露が対米同盟を組むことを懸念したブッシュ政権はSCOにオブザーバー加盟を申請したが、2005年にSCOはこれを却下している。
軍事同盟として
SCOは名目の上では特定の国を対象とした軍事同盟ではないと述べているが、発足から経過するにつれて次第に単なる国境警備の組織としての枠組みを越えつつあると危惧する声は多い。
2007年には上海協力機構に加盟している6カ国による初の合同軍事演習（平和への使命2007）（中国語:和平使命、ロシア語:Мирная миссия、英語:Peace Mission）を行った。同軍事演習は中国陸軍1600名、ロシア陸軍2000名を中核に各国の陸軍部隊が一堂に会する大規模なもので、中露以外にはカザフスタン・キルギス・タジキスタンが特殊部隊や空挺部隊を派遣した他、ウズベキスタンが軍高官からなる将校団を派遣した。その後も2009年、2010年、2012年、2013年、2014年、2016年と1～2年に1回のペースで「平和への使命」合同軍事演習が行われ、恒例化している。2018年8月には上海協力機構に加盟している中国・ロシア・インド・パキスタン・中央アジア諸国による初の合同軍事演習（平和への使命2018）を行った。歴史的に印パ戦争で争ってきたインドとパキスタンにとって史上初の国連平和維持活動以外での軍事協力となった。
当初から加盟国間の共同軍事演習も複数回行われ、2005年8月には初の中露共同軍事演習「平和への使命2005」を大規模に行い、平行してオブザーバーであったインドとの露印軍事演習も開催され、成功した二つの軍事演習に自信を深めたロシアはSCOの軍事協力に積極的な行動を見せた。中露はこれを皮切りに東シナ海、日本海、地中海、オホーツク海、南シナ海、バルト海など海洋でも合同軍事演習を行うようになった。2018年9月に中国とオブザーバーのモンゴルが初参加したロシア史上最大の軍事演習「ボストーク2018」はソビエト連邦最大の軍事演習である「ザーパド81」を超える規模であり、その際にロシアのセルゲイ・ショイグ国防相がモンゴルと中国を「同盟国」と呼んで注目され、視察に訪れたロシアのウラジミール・プーチン大統領も「我々は必要であれば同盟国を支援する」と演説して中国軍兵士4名とモンゴル軍兵士2名に褒章のメダルを与えた。
世界の多極化
SCOの正規加盟国の領域は発足当初は中国以外はロシアや中央アジアといったユーラシア経済共同体の国々のみだったが、インド・パキスタンの正規加盟に伴ってユーラシア大陸の5分の3に達し、加盟国の総人口は30億人を超える規模で世界人口の半分近くを占め、面積と人口では世界最大の地域協力組織となった。中華人民共和国・ロシア・インドといったユーラシア大陸における潜在的超大国 (BRICs)を抱え、モンゴル、アフガニスタン、イラン、トルクメニスタン、トルコ、東南アジア諸国連合 (ASEAN) も様々な形で参加するなど、北アジア、西アジア、中央アジア、南アジア、東アジアに勢力を広げて一大連合体に発展する可能性を持つSCOは、いずれ欧米主導のNATOに対抗しうる勢力として成長することを、アフリカやラテンアメリカの発展途上国（G77プラス中国）から期待されている。
SCOはアメリカのオブザーバー加盟申請を拒否した他、アフガニスタンのハーミド・カルザイ政権が半ば「アメリカの傀儡」である事を理由に加盟申請を拒否したり、加盟国ウズベキスタンからの駐留米軍撤退を要求するなど、米国との対立路線を形成しつつある。過去のサミット（2007年のビシュケク・サミットを含む）では、たびたび間接的に「ワシントンへの反感」が示されている。
2004年に国際連合から国連総会のオブザーバーの地位が付与された。
2005年、ASEAN・SCO間、CIS・SCO間で協力に向けた合意を締結した。
2006年、ユーラシア経済共同体と協力協定を締結した。
2007年、ASEAN理事会は協力関係を更に拡大する為に、両者の関係を事務局レベルから政府高官の直接対話に格上げする事を決定した。同年にはSCOは集団安全保障条約機構（CSTO）と共同活動に向けた合意を締結した。
2008年の上海万博ではパビリオンを出展した。
2009年のサミットではイランのマフムード・アフマディーネジャード大統領がSCO議会でアメリカを批判、対米同盟としてのSCOに強い期待を寄せる演説を行った。
2014年にアジア相互協力信頼醸成措置会議（CICA）の上海での首脳会議で議長国中国の習近平国家主席は「アジアの安全はアジアの国家と人民が築くべき」とアメリカを牽制する演説を行い、CICAとSCO間で協力に向けた合意が結ばれた。
2015年にはウファのサミットで第7回BRICS首脳会議をユーラシア経済連合（EAEU）と合同で開き、インド・パキスタンの正規加盟を決定した。同年12月、ロシアのプーチン大統領はSCOとASEANとEAEUを統合する経済協力機構を提案した。
2016年6月17日にロシアのプーチン大統領は中国・インド・パキスタン・イランなどのSCO構成国とユーラシア経済連合を軸に築く大ユーラシア・パートナーシップとその第一段階として中国との連携を目指す構想をサンクトペテルブルグ国際経済フォーラム（SPIEF）で発表し、25日のプーチン大統領の訪中で同構想の共同研究と中国とEEUの貿易経済協力協定交渉開始が合意され、2017年5月14日に北京での一帯一路国際協力サミットフォーラムの開幕式でプーチン大統領は一帯一路、SCO、EAEUなどは同構想の基礎となると演説し、翌2018年5月17日に、EEUは中国との貿易経済協力協定とイランとの暫定自由貿易協定を同時に結び、2019年6月のSPIEFでプーチン大統領と習国家主席は大ユーラシア・パートナーシップの構築で協力することを表明し、中露共同声明に盛り込まれた。
2017年6月のアスタナのサミットで、インドとパキスタンは手続きを完了して正式に加盟国となり、一帯一路への支持などを掲げるアスタナ宣言が採択された。また、同時期のアスタナ万博にはパビリオンを出展した。
2017年10月、2009年に中断されていたSCOアフガニスタン連絡グループの活動を再開し、モスクワで会議を開催した。
2018年6月の青島のサミットでは、米国のドナルド・トランプ大統領による保護貿易主義などの政策で意見対立が起きていた同時期のG7の対抗軸としてアピールし、アフガニスタン紛争やシリア内戦の問題の他、北朝鮮核問題やイラン核問題などに共同で取り組む姿勢で一致した。訪中したプーチン大統領は中国最高位勲章を贈られ（前年7月の非旧ソ連圏の外国要人初のロシア最高位勲章の習主席の授与への返礼）、2014年にロシアによるクリミア・セヴァストポリの編入でロシアを除外したG7を人口や購買力などで上回るSCOの枠組みを重視する意向を述べた。また、オブザーバーのモンゴル、イラン、ベラルーシ、アフガニスタンの大統領も出席した。
2018年12月、アフリカ連合（AU）と対テロ協力の合意を締結した。
2019年6月、ビシュケクのサミットでの共同宣言で加盟国が参加しているアスタナのシリア和平協議とSCOアフガニスタン連絡グループやイラン核合意への支持、中露も配備しているS-400の導入撤回を加盟国のインドやトルコに迫っているアメリカを念頭に一方的なミサイル防衛強化への牽制などが盛り込まれた。
指揮系統
上海協力機構 (SCO) は加盟国の国家元首から構成される元首評議会 (The Council of Heads of State) を最高意思決定機関とする。
元首協議会は毎年加盟国の首都の一つで開催する規定となっているSCOサミットで召集され、機構方針の最終決定を行う。その次の意思決定を行う政府首脳評議会 (The Council of Heads of Government) も同様に年一回のサミットで召集されて、加盟国政府間での連絡行儀、機構の予算承認等を行っている。政府首脳評議会の直轄組織である外務大臣会議 (The council of Foreign Ministers) は元首評議会及び首脳評議会の意向を通じて他の国際組織への交渉、国際情勢に対する対処などを決定する。
SCOサミット時以外の平常時における機構運営については下部機関により行われる。国家調整協議会 (council of national coordinators) は組織内の調整機関として機能し、各組織との連絡協議を担当する。機構事務局 (sco secretary) は事務局長を頂点とした執務組織であり、元首評議会及び首脳評議会・外務大臣会議の決定事項の具体的実行を担当する。機構運営上、最も重要な機関であると見なされる機構事務局は中国の北京に設置され、現在の事務局長はキルギス大統領顧問ムラトベク・イマナリエフ。
国家調整協議会及び機構事務局の指揮下に置かれている地域対テロ機構 (Regional Anti-Terrorist Structure, RATS) は加盟六カ国の国軍による対テロ任務の執行、及び執行に必要と判断される軍事協力（情報提供、軍事演習、共同作戦）を行う。地域対テロ機構の作戦目標はテロリズム・過激派・分離主義の「三つの害悪」を加盟国間から排除する事にあるとされている。
安全保障
SCOは加盟国による中央アジア（ユーラシア）一帯の安全保障の確立を主な議題としている。しばしばそれはテロ・宗教問題・分離主義についての意見交換へと発展している。SCOは加盟国による軍参謀総長会議や国防相会議も行っている。ウズベキスタンのタシケントで2004年6月16日から17日にかけて開催されたSCOサミットでは、地域対テロ機構 (RATS) が正式に設立された。2006年4月21日、SCOはテロリズム対策の一環として国境地帯での麻薬密輸の摘発を行う事を決議した。2007年8月にビシュケクで行われた首脳会談で、テロ組織や分離独立運動など、加盟国に脅威を与える勢力に協力して対抗する長期善隣友好協力条約など8条約に調印した。2015年10月に初のサイバーテロ対策合同演習を行った。2017年12月には上海協力機構に加盟している8か国による初のサイバーテロ対策共同訓練を行った。
経済協力
加盟国による実業家委員会や銀行連合体などが設置されている。
文化交流
加盟国による軍楽祭や芸術祭などを行っている。
加盟審査
SCOへの加盟の希望については上述の理由から年々増加の一途をたどり、2004年のモンゴルに始まり、2005年にインド・パキスタン・イランがオブザーバー出席の地位を得た。特に印パ両国の加盟申請は中印パ3国間の対立の解消が期待されたが、2006年6月の会合では4カ国の正式加盟は見送られオブザーバーに留まった。理由については「正式加盟に対する明確な規定がなく、法的手続きに時間を要する為」とされている他、加盟国の急速な増大が機構運営に支障をきたす事と、中露と周辺四カ国の利害調整という本来の意味合いからユーラシア大陸全土を包括する国家連合へと大きく変化を遂げる事に迷いがある為だと指摘された。
現在の所は正規加盟やオブザーバーになるのに必要な資格となる対話パートナーなどの段階的な参加制度を設ける事で加盟要請に対処している。2008年には客員参加枠が新たに設立され、加盟申請で留められていたアフガニスタンが、ASEANやCISなど統合を検討している国家連合の代表らと共に会議参加を許可された。2012年にはアルメニア、アゼルバイジャン、バングラデシュ、ベラルーシ、ネパール、スリランカが加盟を申請し、2013年には対話パートナーのトルコも正規加盟を要請し、2015年にアルメニア、アゼルバイジャン、スリランカ、ネパール、カンボジアは対話パートナーとなり、ベラルーシは対話パートナーからオブザーバーに昇格した。2014年には加盟国の拡大に向けた合意文書を採択し、2015年にインド・パキスタンの正規加盟が決まった。2015年と2016年にはシリア・エジプト・イスラエルといった中東諸国からも参加申請が出され、2017年にはペルシア湾に接するアラブ諸国であるカタールとバーレーン、2019年にはサウジアラビアの参加申請も発表された。
将来的な正規加盟国の増加は十分に考えられる想定であり、オブザーバー国の多くも正規加盟を希望している。