ナインティナイン
素人時代
大阪府立茨木西高等学校サッカー部の先輩後輩として出会う。岡村（当時高1）は矢部の兄・美幸（当時高2）とサッカー部の先輩後輩で面識があり、自宅へ招かれたところに矢部（当時中3）がいたのが初対面となる。後に矢部が同じ高校のサッカー部に所属し、練習中に矢部から岡村に「岡村さん、『夕やけニャンニャン』って見てはります? 僕あれ観てるとドキドキするんですよ。」と話しかけたのが初めての会話である。
1990年、矢部が大学受験に失敗したことに伴い、当時吉本興業に先にお笑い芸人として同社に所属していた矢部の兄・美幸の薦めから、矢部も芸人を志す。矢部は吉本の芸人養成学校である吉本総合芸能学院(NSC)に入学を希望する際に、当時立命館大学夜間部の学生だった岡村を誘う。しかし、矢部はNSCへの願書の提出を忘れており、「お笑い芸人になるからには笑いの聖地を見学しに行こう」という理由でなんばグランド花月に足を運んだところ、その日がたまたまNSC入学希望者の二次面接の日で、提出忘れが発覚。当時の担当者だった大崎洋にNSC入学希望の旨を伝えるも、当初は門前払いを食らったが面接終了まで待ち続けて頼み込み、何とか入学を許可してもらうことができた。そして2人は、NSCに9期生（同期はほっしゃん。、宮川大輔など）として入所する。
NSC在学 〜 プロデビュー
コンビ結成時に最初に作ったネタは、岡村がツッコミ、矢部がボケを担当していた。しかしNSCでの最初の「ネタ見せ」の授業で、当時のNSC講師だった漫才作家の本多正識から「（ボケとツッコミが）逆やろ」と指摘されたことにより役割を交替している。
NSC在学中、NSC生が参加したお笑いのコンテスト「2丁目アマチュア大会」で優勝し、優勝特典である吉本興業が運営している心斎橋筋2丁目劇場の舞台出演権を獲得する。しかしその直後、先輩である雨上がり決死隊の宮迫博之や矢部の兄・美幸が「授業料はほとんど払わなかったけど許してもらえた」という経歴を聞いていた2人は、NSCを授業料未納のままで乗り切ろうとしていたところ、岡村いわく「自分たちの年から授業料未納に対する扱いが厳しくなった」とのことで、ナインティナインの2人は授業料未納によりNSC除籍処分を通告される。2丁目劇場の舞台出演権を獲得しながらもNSC退学となってしまったことを報告するために、2丁目劇場の支配人であった木山幹雄のもとを訪れたところ、木山の厚意により2丁目劇場の舞台に立つことを許可される。NSCサイドから「なぜクビになった二人が出演しているんだ」とクレームが来るが、木山は「うちらは面白い芸人をつくるのが仕事です。面白いヤツは出します」などとフォロー。最終的にNSCサイドから「ナインティナインを引き続き出演させる代わりに、NSC生のへびいちごも出演させる」という条件を木山が受け入れる形で、ナインティナインは舞台に出演し続けることができた。
以降も舞台に出演し、NSC9期生の同期として、吉本興業所属の芸人となる。
東京進出後
1991年、吉本の若手コンビ6組で構成されるユニット「吉本印天然素材」に加わり東京進出。1992年には第13回ABCお笑い新人グランプリ最優秀新人賞を受賞し、頭角を現す。程なくして、当時人気番組であった『ねるとん紅鯨団』（フジテレビ系）の芸能人大会にコンビで出演した頃から人気・知名度が急上昇する。
1992年に『新しい波』から選抜されて、1993年に『とぶくすり』が放送開始。
1994年に「天素」から脱退。理由としては、岡村曰く「ミーハーな女性ファンの多さに危機感を持った」とのこと。その後、本格的に活動拠点を東京に置く。東京本格進出1年目の1994年には放送時間こそばらばらなものの、『ナインティナインのオールナイトニッポン』『ぐるぐるナインティナイン』『ジャングルTV 〜タモリの法則〜』と関東放送番組３つのレギュラーになった。途中『銀BURA天国』のメインMCにも抜擢されていたがとぶくすり内の「うのうの団」ですぐ終わったと告げていた。
1995年に『森田一義アワー 笑っていいとも!』のレギュラー、『めちゃ²モテたいッ!』『ASAYAN』が放送開始。1996年10月に『めちゃ²イケてるッ!』が放送開始。1997年〜1999年『ナイナイナ』放送開始。このうち、『ナイナイのオールナイト』『ぐるナイ』『めちゃイケ』の3番組については以後15年以上続くロングランの番組となっている。
1999年にはゴロ合わせで「ナイナイの年」と銘打ち、映画出演や多数のライブイベントなどを精力的にこなした。
2004年、SMAPの中居正広と共に『FNS27時間テレビ めちゃ²オキてるッ! 楽しくなければテレビじゃないじゃ～ん!!』の総合司会を務めた。岡村はこの番組の企画としてボクシングに挑戦。本番にて具志堅用高と対戦した。
2010年、岡村が7月15日から体調不良を理由に休養に入ることを発表。休養期間中のコンビ活動は休止となり、レギュラー番組には矢部が単独で出演していた。岡村は約5ヶ月後の11月27日放送（24日収録）の『めちゃ²イケてるッ!』にて復帰。以降はその他の番組にも順次復帰を果たしている。
2011年、2月26日に放送された『めちゃイケ』ナインティナイン結成20周年記念SPで宣材を撮り直しした。
7月23日・24日に放送された『FNS27時間テレビ めちゃ²デジッてるッ! 笑顔になれなきゃテレビじゃないじゃ〜ん!!』で、マラソンランナーとなった矢部が語った心境で「5カ月近く休んでた相方がスタジオで大丈夫か、という心配もあった」と告白。前年の岡村の病気休養について「一生戻ってこれない覚悟もしてた。そもそも僕がこの世界に誘ったんで、こうなったのも僕のせいやって…」と自らを責めたことを明かし、「復帰後は高校のサッカー部時代に戻った感じ。岡村の表情とか優しさとか…」と語った相方の姿に岡村は生放送中に号泣。一緒に司会を務めたSMAPの中居正広に「岡村君、やべっちを迎えに行ったら？」と誘われた後、「テレビで泣いたらさんまさんに怒られる」と言いつつそのまま矢部を迎えに行き、並走。番組終了間際の20時50分、2人一緒にゴールした。
2013年3月27日、矢部が予てから交際していた元TBSアナウンサーでフリーアナウンサーの青木裕子と入籍。
2015年、『FNS27時間テレビ めちゃ²ピンチってるッ! 1億2500万人の本気になれなきゃテレビじゃないじゃ〜ん!!』（フジテレビ系列）の総合司会を中居正広と共に務めた。
2018年3月31日、『めちゃイケ』放送終了。
コンビ名の由来
岡村によると、コンビ名の由来は岡村が嗜んでいたブレイクダンスの技のひとつである「1990（ナインティーンナインティ）」から引用している。「NSCの9期生2人だから」という説は、後付けとしている。26年間中居正広はずっと、『ナインティンナイン』とコンビ名を書くものだと思っていた事が『めちゃイケ』の企画「日本一周の旅FINAL」で発覚した。
芸風
初期は舞台を中心にコントや漫才を行っていた。岡村の全身を使ったダイナミックなボケと、矢部の「〜じゃないスか」などの冷静な「敬語ツッコミ」が特徴的。岡村が「身長はひゃく○○じゅっ○○センチです」とゴマかす「チビネタ」等も多かった。
ねるとん出演時にて、チビネタには、とんねるずにはハマっていた。
大阪から東京に活動の場を移してからはテレビのバラエティ番組をメインに活動している。岡村が常識的なことをあえて知らないフリをしたり勘違いしたまま暴走し、それを矢部が軽く突っ込みながらも岡村を泳がす「勘違いボケ」などを得意としている。
漫才のネタを考えるのは岡村の担当で、仕切りや司会などは矢部が担当している。仕事の比率で言えば岡村の方の仕事量の負担が多く、ネタを考える岡村の横で矢部が、新聞や週刊誌を読んで休んでいることでケンカになることが多かった。矢部は岡村が苦手としている仕切りや司会の仕事を矢部が練習もせずに見事にこなすこと、岡村のまじめにネタを考え、笑いに真剣に取り組んでいる部分、お互いに長所、短所をカバーしてコンビのバランスをとっている。
お笑いを目指すきっかけ
立命館大学在学中だった当時は国家公務員を目指していた岡村だったが、それは「安定した職についてほしい」という父・治雄の勧めによるものであった。矢部の誘いをきっかけに「俺は親父の敷いたレールの上を歩いていただけやった」（岡村談）と思い直し、お笑いへの方向転換を決意したという。
この時岡村の父は「隆史をヤクザの世界に誘いおって、矢部を絶対に許さへん!」と大激怒し、その後矢部が岡村の家に遊びに行っても口を全く聞いてくれなかった。岡村が休養したのをきっかけに、矢部は岡村の父から「矢部さん、本当に隆史を見捨てんといて下さい」と言われ、2人はメールでやり取りをする仲になったことを元マネージャーとの対談で語っている。
マネージャー
ナインティナイン担当の歴代マネージャーはあだ名を付けられるのが恒例になっている。命名は何故かよゐこの有野晋哉。特にキャラクターが特徴的な人物は『ナインティナインのオールナイトニッポン』で面白いエピソードとして語られてしまうため、リスナーにもネタにされることが多い。
歴代マネージャーのあだ名には、河内マン（河内）・坪倉大臣（ツボクレンジャー、坪倉）・磯塚センターフライ（磯塚）・イトックス（伊藤）・なかなかじま（中島）・お茶子さん（中村）・満喫太郎（織田）・サトスター（佐藤）・居眠り姫（古瀬）・アジアンビューティー（土橋）・大森二等兵（大森）・ジム大谷（大谷）・なうかど（今門）・新車車谷（車谷）などがある。
新しいマネージャーが付いた際に、大阪時代のマネージャーが矢部のファンに手を出して吉本興業をクビになったことがオールナイトニッポンで必ず語られる。
ナイナイのオールナイトニッポンでよくマネージャーいじりをしていた。坪倉が野猿で唯一女性ボーカルで一度だけ参加したCA（あらいちか）と入籍したのを「嫁が野猿」と言ったり、アナウンサーの内田恭子が週刊誌に「吉本のマネージャーKと熱愛（のちに結婚）」を岡村に「河内マンだと思う。」と言われたが矢部に「（河内マネージャーが）体型ちゃうし、河内は角刈りやん！」といじられた。
ナイナイ会議
ナインティナインが今後どのような活動をしてゆくのか、壁にぶち当たったときなどに2人だけで会議がおこなわれている。テレビやラジオ番組で会議がおこなわれる場合もあるが、それ以外に他人に知られたくない議題は主にメールでおこなうことになっている。年齢と共に仕事への向き合い方での修正や活躍のしかた、コンビでの活動などが話し合われる。
ビートたけしによる車の破壊
※コントの一環であり、事件や器物破損等の事案ではない。
岡村、矢部共々愛車がビートたけしによって破壊されており、岡村はアルファロメオ・147GTAを『2008年の27時間テレビ』にて、明石家さんまの愛車（メルセデス・ベンツ・Gクラス）とともに外装をペンキだらけにされ(また､2011年2月26日放送の『めちゃ²イケてるッ!』で､岡村の車はこのせいでまったく動かなくなり､廃車を余儀なくされたことも明かした)、矢部はメルセデス・ベンツ・E63AMGステーションワゴンのドアミラーを2011年2月26日放送の『めちゃ²イケてるッ!』で破壊された。
出演
2018年12月現在、テレビ番組では『ぐるぐるナインティナイン』（24年9ヶ月、日本テレビ系）という長寿番組のレギュラーを持つ。
ライブ
毎年9月9日を「ナインティナインの日」と位置付け、2人の地元である大阪で毎年同日に『ナイナイライブ』と題し2005年まで開催されていた。詳細は『ナイナイライブ』を参照。