時間外労働
官公署の事業に従事する国家公務員及び地方公務員について公務のための場合
第33条第3項は、労働基準法の適用がある一部の国家公務員及び地方公務員についてのみの条文である。
「公務のために臨時の必要がある」か否かについての認定は、一応使用者たる行政官庁に委ねられており、広く公務のための臨時の必要を含むものである（昭和23年9月20日基収3352号）。
災害等の場合と異なり、事前許可・事後届出は不要である。また非現業官公署においては三六協定は不要である（昭和23年7月5日基収1685号）。
限度時間の延長
三六協定においては、上記に掲げる事項のほか、当該事業場における通常予見することのできない業務量の大幅な増加等に伴い臨時的に限度時間を超えて労働させる必要がある場合において、1ヶ月について労働時間を延長して労働させ、及び休日において労働させることができる時間並びに1年について労働時間を延長して労働させることができる時間を定めることができる。この場合において、1ヶ月について労働時間を延長して労働させ、及び休日において労働させることができる時間については、三六協定に定めた時間を含め100時間未満の範囲内としなければならず、1年について労働時間を延長して労働させることができる時間については、三六協定に定めた時間を含め720時間を超えない範囲内としなければならないものであること。さらに、対象期間において労働時間を延長して労働させることができる時間が1ヶ月について45時間（対象期間が3ヶ月を超える1年単位の変形労働時間制により労働させる場合は42時間）を超えることができる月数を1年について6ヶ月以内の範囲で定めなければならないものであること。（第36条5項、平成30年9月7日基発0907第1号）。これが例外的な時間外労働の上限となる。これまで「限度基準告示」に定めてきた特別条項を、平成31年4月の改正法施行により、厳格化したうえで法本則に規定することとした。また「限度基準告示」では2か月、3ヶ月の限度時間を定めていたが、改正法では1ヶ月と1年のみ、限度時間として定めることとなった。なお「100時間未満」については休日労働の時間を含めて判断するが、「720時間を超えない」については休日労働の時間を含めずに判断する。
「通常予見することのできない業務量の大幅な増加等に伴い臨時的に限度時間を超えて労働させる必要がある場合」とは、全体として1年の半分を超えない一定の限られた時期において一時的・突発的に業務量が増える状況等により限度時間を超えて労働させる必要がある場合をいうものであり、「通常予見することのできない業務量の増加」とは、こうした状況の一つの例として規定されたものである。その上で、具体的にどのような場合を協定するかについては、労使当事者が事業又は業務の態様等に即して自主的に協議し、可能な限り具体的に定める必要があること。なお、第33条の非常災害時等の時間外労働に該当する場合はこれに含まれないこと（平成30年12月28日基発1228第15号）。
これらの事項は、いずれも法律において定められた要件であり、これらの要件を満たしていない三六協定は全体として無効である（平成30年12月28日基発1228第15号）。
第36条4項に規定する限度時間及び5項に規定する1年についての延長時間の上限は、事業場における三六協定の内容を規制するものであり、特定の労働者が転勤した場合は通算されない（平成30年12月28日基発1228第15号）。
罰則
第36条6項の規定に違反した者は、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金に処せられる（第119条）。
法定労働時間内の時間外労働
就業規則、労働協約で定められた各事業所の労働時間（法定労働時間を超えない所定労働時間）を超えて行われる時間外労働は、法定労働時間を超える時間外労働と一致しないことがあり、そのうち法定労働時間の枠内で行われる時間外労働については三六協定を必要とせず（昭和23年4月28日基収1497号）、また、割増賃金の支払いも義務付けられていない（昭和22年12月15日基発501号、昭和63年3月14日基発150号）。しかし、日において超えていなくても、週において、あるいは、変形労働時間制にあっては変形期間において、法定労働時間を超過していないか、確認する必要がある。割増義務のない所定時間外労働における賃金の支払い根拠は労働協約・就業規則他に定めるところによる（昭和23年11月4日基発1592号）。
労働者が遅刻をした場合に、その時間だけ通常の終業時刻を繰り下げて労働させる場合には、時間外労働は発生しない（昭和29年12月1日基収6143号）。また交通機関のストライキ等のために始終業時刻を繰上げ・繰下げすることは、実働8時間の範囲内であれば時間外労働の問題は生じない（昭和26年10月11日基発696号、昭和63年3月14日基発150号）。またこれらの場合に割増賃金の支給も不要である。
医師による面接指導等
事業者は、月80時間超の時間外労働により疲労の蓄積が認められる労働者（算定期日前1月以内に面接指導を受けた労働者その他面接指導の必要がないと医師が認めた者を除く）に対し、当該労働者の申出により、医師による面接指導を行わなければならない（労働安全衛生法第66条の8）。事業者は面接指導が行われた後、遅滞なく（おおむね1月以内。緊急に就業上の措置を講ずべき必要がある場合には可能な限り速やかに）当該医師から意見を聴かなければならない。事業者は、医師の意見を勘案し、その必要があると認めるときは、当該労働者の実情を考慮して、就業場所の変更、作業の転換、労働時間の短縮、深夜業の回数の減少等の措置を講ずるほか、当該医師の意見の衛生委員会若しくは安全衛生委員会又は労働時間等設定改善委員会への報告その他の適切な措置を講じなければならない。
労働災害の認定にあたってはその基準が時間外労働の時間数で例示されていて、過労死を引き起こす脳・心臓疾患の場合、発症前1ヶ月に100時間を超える時間外労働、あるいは直近の2~6ヶ月間の平均で80時間を超える時間外労働をしている場合には、その業務と発症の関連性が強いと判断され、労働基準監督署が業務災害を認定する可能性が高くなる（平成22年5月7日基発0507第3号）。うつ病などの精神障害の場合、発症前2ヶ月間につき120時間以上、あるいは発症前3ヶ月間に月100時間以上の時間外労働がある場合、強い心理的負荷（ストレス）があったと判断され、やはり労働基準監督署が業務災害を認定する可能性が高くなる（平成23年12月26日基発1226第1号）。
立入調査等
労働基準監督官による臨検（強制立入調査、第101条以下）が行われた場合、三六協定が未締結であったり、三六協定に定める限度時間を超えて時間外労働をさせている、三六協定の労働者代表の選任方法が妥当ではない等の事実が認められると、36条違反を是正するよう指導される。世間の求めに応じ、近年監督実施件数は増加傾向にある。原則として臨検を拒否することは出来ず、監督官の臨検を拒んだり、妨げたり、尋問に答えなかったり、虚偽の陳述をしたり、帳簿・書類（法定帳簿・書類のみならず、第109条でいう「その他労働関係に関する重要な書類」を含み、使用者が自ら始業・終業時刻を記録したもの、タイムカード、ICカード、パソコンの使用時間の記録等の客観的な記録も含まれる（平成29年1月20日策定労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン））を提出しなかったり、虚偽の帳簿・書類を提出した場合は、30万円以下の罰金に処せられる（第120条）。
割増賃金
第三十七条　使用者が、第三十三条又は前条第一項の規定により労働時間を延長し、又は休日に労働させた場合においては、その時間又はその日の労働については、通常の労働時間又は労働日の賃金の計算額の二割五分以上五割以下の範囲内でそれぞれ政令で定める率以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。ただし、当該延長して労働させた時間が一箇月について六十時間を超えた場合においては、その超えた時間の労働については、通常の労働時間の賃金の計算額の五割以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。
○３　使用者が、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合があるときはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がないときは労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、第一項ただし書の規定により割増賃金を支払うべき労働者に対して、当該割増賃金の支払に代えて、通常の労働時間の賃金が支払われる休暇（第三十九条の規定による有給休暇を除く。）を厚生労働省令で定めるところにより与えることを定めた場合において、当該労働者が当該休暇を取得したときは、当該労働者の同項ただし書に規定する時間を超えた時間の労働のうち当該取得した休暇に対応するものとして厚生労働省令で定める時間の労働については、同項ただし書の規定による割増賃金を支払うことを要しない。
労働基準法における労働時間に関する規定の多くは、その長さに関する規制について定めている（ことぶき事件、最判平成21年12月28日）。使用者が労働時間を延長した場合、通常の労働時間（休日労働の場合は、労働日）の賃金の、時間外労働については2割5分以上、休日労働については3割5分以上の割増賃金を支払わなければならない（第37条1項、平成12年6月7日政令第309号）。第33条・第36条に定める手続を取らずに時間外・休日労働をさせたとしても、割増賃金の支払い義務は生じる（昭和63年3月14日基発150号）。第37条は強行規定であるので、割増賃金を支払わない旨の労使合意は無効である（昭和24年1月10日基収68号）。
また、使用者が午後10時から午前5時まで（厚生労働大臣が必要であると認める場合においては、その定める地域または期間については午後11時から午前6時まで）の間に労働させた場合においては、通常の労働時間における賃金の計算額の2割5分以上（時間外労働が深夜に及ぶ場合は5割以上、休日労働が深夜に及ぶ場合は6割以上）の率で計算した割増賃金を支払わなければならない（第37条第3項、労働基準法施行規則第20条）。なお、休日労働とされる日に時間外労働という考えはなく、休日労働が深夜に及ばない限り、何時間労働しても休日労働としての割増賃金を支払えばよい（昭和22年11月21日基発366号、昭和33年2月13日基発90号）。
時間外労働が継続して翌日の所定労働時間に及んだ場合、たとえ暦日を異にする場合であっても一勤務として取り扱い、その勤務は始業時刻の属する日の「1日」の労働とされる。したがって、時間外労働の割増賃金は、翌日の所定労働時間の始期までの超過時間に対して支払えばよい（昭和26年2月26日基収3406号）。一方、翌日が法定休日であった場合は、翌日の午前0時以降の部分は休日労働としての割増賃金を支払わなければならない（昭和23年11月9日基収2968号）。どちらの場合においても、深夜時間帯については、深夜労働に対する割増賃金を合わせて支払わなければならない。
1ヶ月における時間外労働、休日労働及び深夜業の各々の時間数の合計に1時間未満の端数がある場合に、30分未満の端数を切り捨て、それ以上を1時間に切り上げることとすることは、事務を簡便にするという考えから第24条・第37条違反として取扱わない。また1時間当たりの賃金額及び割増賃金額に円未満の端数が生じた場合や、1ヶ月における時間外労働、休日労働、深夜業の各々の割増賃金の総額に1円未満の端数が生じた場合、50銭未満の端数を切り捨て、それ以上を1円に切り上げることも同様に第24条・第37条違反とはしない（昭和63年3月14日基発第150号）。
年俸制による時間外労働
年俸制の場合でも同法では時間外労働をした場合には年俸とは別に時間外手当を支給しなければならないことになっている。しかし、あらかじめ時間外の割増賃金を年俸に含めて支給することもできる（例：1ヶ月に45時間の時間外労働を含めて年俸制で支給する）。実際に時間外労働が発生しなくても支払われるこの制度を「固定残業制」などと呼び、割増賃金を「みなし残業手当」などと呼ぶこともある。この場合でも、その決定明記した時間外労働時数を超えて時間外労働をした場合については、毎月払いの原則があるため、その差額をその月の給与に加算して支払わなければならない。
国際労働機関
国際労働機関の第1号条約（日本は未批准）では、例外規定はあるが「家内労働者を除いた工業におけるすべての労働者の労働時間は1日8時間、1週48時間を超えてはならない」と決められている。
主な批准国は、オーストリア、ベルギー、カナダ、フランス、ギリシャ、イタリア、ルクセンブルグ、ポルトガル、スペイン、ニュージーランド、スロバキア、チリ、イスラエルなど52か国。
ドイツ
ドイツでは時間外労働を後の勤務時間へ振り分ける制度があり、自動車産業のように繁忙期と閑散期の差が大きい業種においてバッファとして使われている。
ハンガリー
2018年、ハンガリーは、時間外労働の上限時間を年間250時間から400時間に引き上げることなどを柱とする改正労働法を成立させた。2010年代の欧州において時間外労働の制限を大きく緩和させることは稀であるが、ハンガリー政府は、労働力不足対策や長時間勤務を希望する労働者にも恩恵をもたらすとしたほか、アーデル・ヤーノシュ大統領は、欧州連合加盟国の残業に関する法律に類似しており、労働者の権利は弱められていないと主張した。