新石垣空港
着工までの経緯
旧石垣空港は第二次世界大戦中に造られた海軍飛行場を基にしていたが、滑走路の長さは1,500 mと短く、年々大型化する旅客機の発着に耐えられなくなっていた。DHC-8やボーイング737-400/-700をはじめとした、小型の旅客機が暫定的に就航していたが、滑走路の長さが不十分なため、旅客数、貨物、燃料の搭載量を制限されていた。石垣発の東京/羽田・大阪/関西線は目的地までの燃料を搭載できないため、直行便であっても燃料補給のために宮古や那覇を経由する運航を余儀なくされ、那覇などで乗り換えた場合と比べても所要時間があまり変わらないという状態が続いていた。
このように扱える旅客数・貨物数が少ないため、島の産業・観光に支障をきたすこと、長距離便が離着陸できず、東京・大阪など大都市からの直行便が増便しにくいこと、空港の周りの市街地化が進み、騒音で学校の運営などに影響が出るようになったことから、島内の別の場所にボーイング737〜767-200・エアバスA300クラスの小・中型機も離着陸できる、2,000 m級の滑走路を有する新空港建設の機運が高まった。
巨額の工費を必要とし環境破壊も懸念される新空港建設の代わりに、旧空港の滑走路延長を求める声もあったが、旧空港の周辺地域からは騒音被害のために空港移転の要望が強く、また、旧空港の周囲や滑走路の先にはフルスト原遺跡や市街地があり、滑走路の延長は困難であったため、新設することになった。
白保海上案と反対運動
1979年3月、沖縄県は石垣島東部の海岸に面する白保集落の沖合（白保地先）に2,500 mの滑走路を備えた新空港を建設する許可を得て計画を発表した。白保集落の住民には事前の話はなく、空港建設はサンゴ礁（リーフ）内側の海（礁池）での漁業を長年続けていた住民には死活問題であり、同年暮れには集落は反対運動を始めたものの島内では新空港建設支持の意見が多く、島全体の漁協もこれを支持し、集落以外に反対運動が広がらず計画は着々と進行した。
1983年までに測量や漁協に対する漁業補償などが進み、あとは公有水面の埋め立て免許が下りれば着工する段階になっていた。しかし集落住民や自然保護団体、研究者などの市民団体が「八重山・白保の海を守る会」を結成。東京での国会議員や官庁に対する陳情・マスコミへの取材依頼・空港反対の署名運動などを始め、新空港の経済効果再計算を行い利益は大して出ずに採算が取れないとして、現空港の拡張という選択肢もあることを示した。この反対運動により、沖縄のサンゴ礁が農業や公共工事による赤土流出で消失しつつあるなかで、白保サンゴ礁は数少ない良好な生態系を残したサンゴ礁であると認識され、さらに守る会による一坪地主運動が行われる中で環境庁（現・環境省）が沖縄県に計画変更を要請。滑走路は2,000mに短縮されたが同じ場所を埋め立てる方針は変わらず、守る会は1988年に国際自然保護連合総会で危機を訴える手段に出た。国際的な自然保護団体の調査や圧力が強まる中、1989年に白保埋め立て案は撤回された。
計画地変更と迷走
その後も計画は二転三転し、1989年4月には、白保海上案の代わりに、島東部の白保北部にあるカラ岳の海側に空港を作る案（カラ岳東側案）が発表されたが、これも白保と連続したサンゴ礁の海域を埋め立てる案であり、市民団体の反対はなおも続いた。1990年に大田昌秀沖縄県知事は複数の立地案を住民や専門家に示し、1992年11月26日に白保から離れた島内陸部の農業地帯である宮良牧中に建設する案が選定された。この案には賛成する住民団体もあったが、1996年に反対闘争を行った団体50名の抗議により計画が進まず頓挫した。
計画地の決定と着工
1998年、稲嶺惠一が沖縄県知事となり、再度複数の立地案の中から候補地を決めることとなった。2000年3月には専門家の集まる位置選定委員会において、カラ岳東側案、宮良牧中案などの候補地の中からカラ岳陸上案が選定され、4月26日には、選定委員会の提言を受けて、沖縄県がカラ岳陸上案とすることを決定した。
新空港の建設用地は平和相銀傘下の日誠総業の沖縄出先機関の沖縄日誠総業が保有、平和相銀が設立した太平洋クラブが「太平洋Ｃ石垣島コース」として整備運用していたものを全日空が購入し、全日空グループの旧石垣全日空リゾート（ANAインターコンチネンタル石垣リゾート）が「石垣島ゴルフ倶楽部」として運営していたゴルフコースが半分以上かかっていたので2006年7月14日沖縄県議会は最終本会議において沖縄県がゴルフ場用地78万1198平方メートルを10億9400万円で買収する用地買収案が最終本会議において全会一致で可決された。
この案は白保集落の北部に空港を建設し、海上埋立てを伴わない案である。県は赤土流出を防ぐため、滑走路予定地の土砂（赤土）流出を防ぐ措置や海への泥の流出を食い止める遊水池などを建設し、建設予定地の動植物の移動なども行い、生態系への打撃を防ぐこととした。建設中・開港後の環境への影響を長期にわたってモニタリングする事後調査委員会が設置された。専門家や地元住民からはサンゴ礁と一体の生態系をなす海辺の林を伐採すること、カラ岳を頂上近くまで削り取ってしまうため赤土流出による白保サンゴ礁への打撃が心配されることを理由になおも懸念や反対の声もあり、建設が決まった以上現場の監視を自主的に行おうとする者や、建設差止め訴訟を行う者もいた。
着工後
2004年12月に、新石垣空港整備に平成17年度の新規事業として国の予算が内示され、2005年12月には、飛行場及び航空灯火設置許可が認可された。
2006年10月20日には、起工式が行われ、建設工事に着工。
2009年6月28日には、2008年6月に工事現場から大量の赤土が海へ流出していたこと、空港予定地の地下にある洞窟を流れる川の環境調査が行われていないことが報道された。沖縄県は、赤土の流出は不測の事態によるもので、その後防止対策を適切に実施しているとともに、赤土の流出は洞窟からのものではなく、必要な環境調査は実施している旨反論した。2009年9月17日には、赤土流出の懸念も指摘されているカラ岳の切削工事に、着手。
2010年2月4日、新空港建設地内にある白保竿根田原洞穴遺跡で見つかった人骨が約2万年前のものである、と報道された。沖縄県教育庁の担当者は、この遺跡が文化財保護条例で保護される可能性を指摘し、土木建築部新石垣空港課の担当者は、空港本体からやや外れているので大きな影響はないと考えられるが、影響が及ぶ場合には協議したいとした。
2011年11月27日には、新石垣空港建設用地で、バーベキューのギネス世界最長記録に挑戦するイベントが行われた。長さは当初、2011年4月にアメリカのテキサス州で記録された8.74 mを上回る25.37 mが予定された。これは新空港の開港予定日が2013年（平成25年）3月7日であることからの語呂合せである。しかし、大会3日前にレバノンで97.5 mの世界最長記録が8月に達成されていたことを知らされて急遽挑戦する長さを変更、レバノンの記録を上回る107.6 mの世界最長記録を達成した。この挑戦には石垣牛が使用された。
2011年3月末には、用地買収済み面積は約204ha、用地取得率は100%となり、全体面積の取得が完了した。工事の進捗は事業費ベースで約89%となった。
開港
2012年10月19日に、国土交通省航空局の検査機サーブ 2000で初めて飛行検査が行われ、翌日10月20日には初めて滑走路へ着陸した。
2013年2月7日には、官報2013年2月7日号外第24号にて、供用開始日が2013年3月7日と告示。 2013年3月2日には、供用に先がけ、開港式典が開かれた。式典に際し、地元の八重山毎日新聞は「位置選定作業から紆余曲折の30年余、八重山郡民が待ち望んだ一番機が飛び立つ歴史的瞬間が、日刻々と近づいている」と喜びとそれまでの苦悩を表して、白保の海と宮良牧中の農地を残して苦悩と闘いの歴史に終止符を打てたことを祝っている。
2013年3月7日には、新石垣空港が供用開始。滑走路が旧石垣空港より500 m長い2,000 mとなったことで、ボーイング777-200（運用制限付き）・767-300・787-8クラスの中型ジェット旅客機も離着陸可能となり、首都圏への直行便も運航可能になった。それにより、首都圏までの飛行時間は約1時間近く短縮された。
開港後は、格安航空会社（LCC）の就航やメディアへの露出増によって、東京や大阪からの観光客が増加。2007年の79万人をピークに右肩下がりで減少していた八重山（石垣市・竹富町・与那国町）入域観光客数は、新石垣空港が開港した2013年度には過去最高の94万人にのぼり、観光消費額は580億1000万円を記録。開港初年度には大きな経済的恩恵を受けることになった。また、沖縄県全体で見ても、2013年度の入域観光客が685万300人（うち、日本人は595万3,100人、外国人は62万7,200人）となり、過去最高の593万4,300人だった前年度を65万5,600人上回る大幅増加で過去最高を記録。増加の要因には、景況感が上向いたことや、円安による海外から国内旅行へのシフトに加え、新石垣空港の開港も挙げられた。
沖縄県では、石垣新空港建設のために、1983年4月1日に新空港建設事務所を設置。1996年4月1日の組織改正で八重山支庁新石垣空港建設課となった後、2009年4月の八重山支庁廃止により新空港建設事務所に戻っていたが、新空港の開港によって役割を終え、2013年3月31日に廃止された。
2015年3月29日には、スカイマークが撤退する一方で、ソラシドエアが那覇空港線を開設。2017年4月1日には、税関空港に指定され国際航空貨物の輸出入ができるようになった。
2018年7月1日から、バニラエアが石垣-成田、石垣-那覇に就航。
就航路線
2019年10月1日現在。航空会社が2社以上の場合は、冒頭に記載されている航空会社の機材・乗務員で運航する共同運航便（コードシェア便）である。
空港へのアクセス
石垣市街から約15 km北東に位置しており、旧空港への車での所要時間が約10分であるのに対して、新空港へは約30分を要する。このため、現在海岸近くを湾曲して通っている国道390号に代わり、石垣市街と新空港をほぼ直線で結ぶ沖縄県道214号石垣空港線の建設が計画されている。この道路が開通すれば、所要時間が約13分短縮される見込みである。開通は新空港の開港には間に合わず、2016年度末（2017年春頃）となる見込みとされたが、2018年時点では2022年度末の全面開通が予定されている。
市街地と新空港間の交通手段としては、ライトレール（軽量軌道交通、LRT）の導入も検討されたが、2017年時点では計画は具体化していない。
広報
2013年3月8日、スキューバダイビングのライセンスを取得して以来毎年石垣島を訪れているナインティナインの岡村隆史を、石垣市公認「新石垣空港PR大使」に任命した。
周辺
空港北西の隣接地に白保竿根田原洞穴遺跡が存在する。