ヤマトヤシキ
創業と戦後復興
1906年（明治39年）4月18日に米田徳次が兵庫県姫路市二階町に洋品雑貨店米田まけん堂を開いたのが始まりである。
農家出身ながら近衛師団に配属されて東京に居たときに知った新しい小売のやり方を取り入れて、開店当初から陳列式の店舗で正札制と返品制を採っており、規模や品揃えこそ違うものの百貨店と同一の形式で営業していた。
屋号のまけん堂は正札制を表したもので、キャッチコピーの「ねぎっちゃいけねえ まけん堂」やネクタイや帽子などの輸入雑貨の並ぶショーケースが並んだハイカラな店舗が人気を集め、同じ二階町の一角の御幸通りへ移転拡張して二階町商店街ではトップの売上を誇るようになった。
1945年（昭和20年）に第二次世界大戦が終わると、米田光夫は空襲で焼け野原になっていた周辺の土地を買い集めて現在の百貨店とほぼ同じ敷地を確保し、1946年（昭和21年）10月に木造2階建て約3,000m²で約36の店舗とやまとやしき洋裁学校が入ったショッピングセンターやまとやしきを開業し、復興への第一歩を踏み出した。
この屋号は数多くの商店が仲良く…という意味で「やまと(=大和)」、一つ屋根の下という意味で「やしき(=屋敷)｣と名付けたものとされている。
百貨店の開業
1947年（昭和22年）3月28日には株式会社やまとやしきを設立し、従来からの洋品雑貨店に加えてショッピングセンターから独立して外部に店を構えるようになった店舗の跡に直営の売り場を広げて食料品や呉服など販売品目を拡張し、村野藤吾設計の1951年（昭和26年）11月に鉄筋コンクリート造4階建ての新店舗を完成させ、旧制姫路商業学校（現在の姫路商業高等学校）時代からの米田光夫の念願だった百貨店やまとやしきを開業した。
「播州のお買い物センター」をキャッチフレーズとした播磨地方初の百貨店であったこの店舗は、予め敷地を「田」の字に分けて増築が行えるようにされており、1957年（昭和32年）に姫路城の見える展望レストランを8階に置いた地上8階高さ43mの播磨一の高層ビルの増築を含め、1981年（昭和56年）までに4回の増築を行って売り場面積約17,000m²にまで拡張して長らく姫路市内最大の百貨店として営業を続けた。
その間の1953年（昭和28年）7月に国鉄姫路駅前に建設された鉄筋コンクリート造4階建ての電鉄姫路駅（現在の山陽姫路駅）ビルに山陽電気鉄道が山陽百貨店を開業したため、品揃えや物産展などの催事や店舗拡張･冷暖房導入などを巡ってその後は激しい競争を繰り広げると共に、6,7階に設けた「やまと会館ホール」で洋画展や演劇などの開催やショッピングセンター時代から続いていた洋裁学校(1963年（昭和38年）まで)など文化の発信地にもなり、姫路では大きな存在感を発揮していた。
こうした積極策により買い物客などの支持を集めたものの、資金繰りに困って取引先に手形の期日延長を依頼したり、他の小売業者の反対で削減されて思い通りに売場面積を拡張できないこともあったが、新日本製鐵（現在の新日鐵住金）の進出などで人口が急増したことを背景に売上を伸ばし続けた。
スーパーやモータリゼーションへの対応
スーパーマーケットが登場して姫路のフタギをルーツの一つとするジャスコが相次いで出店するとその将来性を見込んで自社でも進出することとし、1963年（昭和38年）に創業者の出身地であった加古川市の国鉄加古川駅前の映画館跡に「カコガワストアー」としてスーパーマーケットを開業し、さらには神戸市垂水区などにも進出させたものの、百貨店の問屋からの仕入では価格競争に対応できなかったため、1964年（昭和39年）に垂水区の店を閉店し、加古川の店は後に百貨店化して1972年（昭和47年）からはヤマトヤシキ加古川店としたものの、施設の老朽化などもあって1979年（昭和54年）に閉店するなどスーパーへの進出は失敗に終わった。
また、姫路本店のモータリゼーションへの対応として、国道2号から立体交差の進入路を御幸通り上に設けて屋上駐車場まで導く壮大な駐車場建設を計画したが地権者の反対などで実現せず、1974年（昭和49年）に近くにダイエー姫路店が開業するなどして経営環境が厳しくなると、何でも揃う「播州のお買い物センター」の看板を降ろして転換を図り、家電製品や家具などの売場を廃止して代わりにブランドの導入など女性向けを中心としたファッション関連を強化するなど品揃えを絞り込んで専門特化する方針を採って売上を伸ばし、1985年（昭和60年）には売上高200億を超えるまでに成長した。
加古川そごう跡への進出
2000年（平成12年）7月にそごうが民事再生法の適用を申請して経営破綻したことに伴って10月に加古川そごうが12月25日に閉店することが発表されると、当時の加古川市長木下正一らの招致を受けて2001年（平成13年）初めに後継の店舗として百貨店を開業することを表明し、わずか3ヶ月ほど後の3月30日に「22年ぶり」となるヤマトヤシキ加古川店の開業に漕ぎ着けた。
そごう跡の受け皿第1号として注目を集め、不動産を買い取った第三セクターから初年度は無料、2･3年目は坪1,000円という家賃優遇を受けたものの、そごう時代の売上が姫路本店に匹敵していたことや引継ぎ期間が短かったため、フロア構成もほぼ同じでテナントの80%を引き継ぎ、約半年後の10月に大規模な改装をして独自色を出した。
初年度の売上はそごう時代の60%に落ち込むなど当初は苦戦したが、開業5年目の2005年（平成17年）には年商約120億円を上げ、中心市街地の空洞化に伴う商店街の集客力の低下で売上が減少していた姫路本店を上回り、営業の中核を担う存在にまで成長させた。
また、2006年（平成18年）に約3,000m²を改装し、同じビルに入居するカピル21専門店会と活性化委員会を立ち上げるなど、新たなてこ入れを行った。
売上減少と経営再建
1997年（平成9年）2月期には姫路店のみだったにもかかわらず売上高220億を超えていたが、かつて年商約180億だった加古川そごうを引継いだ加古川店を併せた売上で2008年（平成20年）2月期に約226億円にまで減少した。
そこにリーマンショック以降の消費低迷が加わり、2009年（平成21年）2月期に約1.5億円の赤字に転落したため、宣伝広告費の削減などコストダウンに取り組み、2010年（平成22年）2月期には前期比約15％減の約180億円とさらに落ち込んでピークの半分以下となったものの黒字を確保したとしていた。
そして、2010年（平成22年）には早期退職を30人募集したほか、姫路店でほぼ毎週休業日を設けるなど経費削減策を進めた。
しかし、最終損益では2010年（平成22年）2月期から2014年（平成26年）2月期まで5期連続の赤字が続いた。
その結果、債務超過に陥ることになり、負債総額は2014年（平成26年）11月末時点で約65億円に達した。
こうした経営状態の悪化を受けて、2014年（平成26年）春から主要取引銀行などとの間で経営再建策の検討を進め、盛岡市の中三盛岡店跡をななっくとして再生させた投資ファンド「マイルストーンターンアラウンドマネジメント」に経営権を委譲して立て直しを図ることになった。
そして、2014年（平成26年）12月4日に事業再生ADRを申請して受理されたことを発表した。
これに伴い、同月17日に第1回債権者会議を開催し、債権者である11の取引金融機関に事業再生計画案を提示して債権放棄などを求める協議を開始。
2015年（平成27年）3月27日の債権者会議で債権者である11の取引金融機関全てが事業再生計画案を承認して債権放棄に応じることになったことから、「事業再生ADR」が成立した。
これを受けて、2015年（平成27年）4月16日に「マイルストーンターンアラウンドマネジメント」を引受先とする第三者割当増資を実施し、同月20日に臨時株主総会を開催して同日付で、創業者一族の米田徳夫会長と米田譲社長が退任すると共に、「マイルストーンターンアラウンドマネジメント」の早瀬恵三社長が代表取締役に就任する形で経営陣を刷新した。
なお、創業者一族が保有する当社の親会社となっている持ち株会社「ヤマトヤシキリテイリング」の株式を全て投資ファンド「マイルストーンターンアラウンドマネジメント」に無償で譲渡して、当社の経営から離れることになっている。
その一方で、屋号と従業員の雇用は現状を維持して姫路と加古川の両店舗ともに営業を継続すると共に、商品の納入業者からの仕入れ代金や一般顧客が積み立てている「友の会」の積立金を債権カットの対象としない方向で手続きが進められる見込みとなっている。
また、同日付で、当社の従業員から執行役員を務めていた伊角賢一が代表権を持たないものの、取締役社長として日常業務遂行の責任者となると共に、上席執行役員を務めていた加古川店長の中村公則も取締役に就任した。
親会社の異動と姫路店閉店
2017年（平成29年）8月31日、免税店大手のラオックスがヤマトヤシキの7億円の新株予約権（うち3億円は社債に付属）を取得した。付与された新株予約権が全て行使された場合、ラオックスの持株比率は約8割近くとなり、親会社がマイルストーンターンアラウンドマネジメントから異動することになる。
一方、マイルストーンターンアラウンドマネジメント主導による経営立て直しで、姫路店では2016年に食品売り場のリニューアルや大塚家具の誘致などを進めたものの、店舗売り上げは10年前に比べ約6割の減少となっていた。さらに開店から60年が経過した建物の老朽化が新規テナント誘致の障害になっていることを踏まえ、ビル自体を建て替えることを決断し、姫路店を2018年2月28日に閉店することとなった。ただ、新しいビルの完成時期については「少なくとも3年以上かかる」と表明されただけで、具体的なスケジュールは決まっていない。
2018年（平成30年）1月27日には、マイルストーンターンアラウンドマネジメント・ラオックス両社が設立する新会社に加古川店を譲渡し、ヤマトヤシキ（現法人）を清算することを検討していると報じられた。ヤマトヤシキでは「正式な取材を受けた事実はない」とした上で、報道各社に訂正および謝罪を申し入れる予定としている。実際には報道とは多少異なり、ヤマトヤシキ100%出資の子会社「株式会社加古川ヤマトヤシキ」が2月19日に設立され、姫路店閉店の翌日（3月1日）にヤマトヤシキ社から店舗を譲り受け業務を開始した。
提携関係
百貨店大手の高島屋を主体に構成される「ハイランドグループ」に加盟しており、ヤマトヤシキのローマ字ロゴは、高島屋と似た字体を使用している。過去にはデザインは異なるものの、高島屋と同じく「バラの包み」をシンボルとしていたため、姫路で「バラの包み」と言えばヤマトヤシキを指していたが、現在の包装紙・ショッピングバッグのデザインはYとハートをあしらったものである。ストアカラーについても競合店である山陽百貨店のコバルトブルーに対し、ヤマトヤシキはローズレッドと対照的である。
商品券
現在の発行商品券は全国百貨店共通商品券、ヤマトヤシキ商品券1000円券である。なお、過去のヤマトヤシキ商品券は高島屋を中心とする共同仕入機構であるハイランドグループ各社で利用が可能であった。また、ヤマトヤシキ発行の全国百貨店共通商品券には“姫路・株式会社ヤマトヤシキ”と表記されており創業の地である姫路市を強く意識していることが窺える。