63丁目線
運行系統の変遷
この路線の最初の区間は1989年10月29日に開通した。IND側の路線は57丁目駅と21丁目-クイーンズブリッジ駅の間、BMT側の路線は57丁目-7番街駅とレキシントン・アベニュー-63丁目駅の間で開業した。BMT63丁目線は旅客営業には用いられなかった。INDの路線はB系統とQ系統が走り、この時点ではQ系統はマンハッタン橋の修復工事のためにIND6番街線経由で運行されていた。Q系統は21時30分までINDの路線を走り、B系統は深夜と週末に運行した。F系統が1997年まで深夜に運行された。JFKエクスプレスは、1990年4月14日に廃止されたためIND路線を運行したのは短期間のみであった。1995年4月から11月まで、マンハッタン橋修理工事の一環として、日中と週末にマンハッタン橋北側の6番街線用線路を閉鎖し、Q系統はこの期間、BMTブロードウェイ線を経由し、レキシントン・アベニュー-63丁目駅の西側でBMT63丁目線からIND63丁目線へ転線し、クイーンズへと運行した。
1997年5月に、IND6番街線経由で63丁目シャトルが運行開始し、深夜のF系統を置き換えた。1998年2月22日から1999年5月22日まで、IND路線の建設のために、6番街線と63丁目線を結ぶ系統が運行を中断した。B系統とQ系統は57丁目駅までで打ち切られ、深夜帯のシャトルは運行中止となった。この時期、21丁目-クイーンズブリッジ駅とBMTブロードウェイ線の間で異なるシャトルが常時運行していた。1999年5月22日に、B系統とQ系統が21丁目-クイーンズブリッジ駅に運行を再開した。
2001年7月22日に、マンハッタン橋北側の6番街線の線路が閉鎖された。IND路線経由のB系統とQ系統は、6番街線経由の常時運行シャトルに置き換えられた。2001年12月16日に、INDクイーンズ・ブールバード線への63丁目連絡線が公式に開通し、F系統がIND路線を常時経由するように変更され、シャトルを置き換えて現在の運行系統となった。
2017年1月1日に2番街線の最初の段階が開通し、Q系統（BMTブロードウェイ線経由）が延長され、一部のラッシュ時のN系統の途中駅折り返し列車がBMT63丁目線を経由し北へ2番街線連絡となった。2017年に2番街線が開通する以前は、非常時および他路線の建設工事（前述の1995年および1998年の時期）に伴う迂回を除いては、BMT側路線は旅客営業には用いられなかった。1989年から2016年まで、定期運行には用いられていなかったことから、1995年と1998年を除いて、公式の地下鉄地図には掲載されていなかった。2011年以前は、この線路はラッシュ時以外に車両を留置するためにも用いられていた。
建設
63丁目線の計画は1969年6月3日に予算委員会の承認を得た。起工式は、クイーンズブリッジ・パークのバーノン・ブールバードと21丁目の交差点で1969年11月24日に開催され、トンネル工事はクイーンズから西へ、そしてウェルフェア島（現在のルーズベルト島）から両方へ向けて開始された。38フィート（約12メートル）四方の4本の組み立て済みトンネル部品がイースト川の下に設置され、最初のものは1971年5月に現地に運ばれた。最初の区間は1971年8月29日に所定の場所に降ろされ、最後の区間は1972年3月14日に設置された。2層構造で全長3,140フィート（約960メートル）のイースト川河底トンネルは、各部分の接続が行われて、1972年10月10日に貫通した。
この路線のセントラル・パークを通過する区間は、1,500フィート（約460メートル）にわたって開削工法でのトンネル工事が必要となるため議論を呼んだ。セントラル・パークに大きな溝を掘ることになるためである。マンハッタン第8コミュニティ委員会は、構成員がプロジェクトの影響に関する意見を述べるための会合を1970年5月に開催した。翌月、リンゼイ市長は技術者たちに対して、プロジェクトの影響を軽減する方策を検討した報告書を作成するように命じた。この報告書は1971年1月に公表され、影響軽減のためにセントラル・パークの下でトンネルボーリングマシンを使う方法を提案した。1971年2月にニューヨークシティ・トランジット・オーソリティは新聞広告で、セントラル・パーク地下にトンネルを建設する入札を公示した。その広告の3日後、当局はコミュニティの反対を受けて撤回した。同月、当局は当初提案されていた75フィート（約23メートル）の溝幅を半分に減らして、影響を受ける公園の面積を半分にすることで最終的に合意した。当局はまた、提案の地下鉄トンネル経路の上にあるヘックシャー・アドベンチャー遊園に対して、建設期間を3年から2年に短縮し、建設中の一時的な遊園を近くに造ることで、影響を緩和することでも合意した。3月に当局は再度入札を公示した。既存のブロードウェイ線、6番街線に接続する区間は1973年10月11日に貫通した。5番街からパーク・アベニューまでの区間の工事は1974年8月に着工された。これには通りの下に45フィート（約14メートル）の高さの穴を掘る工事が含まれていた。
1975年3月20日、エイブラハム・ビーム市長は計画の大幅な削減を発表した。南東クイーンズへの延長は1981年まで延期、63丁目トンネル下層を使ったロングアイランド鉄道の延長は無期限延期となった。しかし、クイーンズ・ブールバード急行線とアーチャー・アベニュー線のパーソンズ/アーチャーまでの延長は依然として建設することになっていた。これらのクイーンズでのプロジェクトは、削減されたとはいえ、建設のかなりの段階まで進んでいたことから、優先度を高くつけられた。
1976年1月までに、トンネルは95パーセントまで完成していた。5月には、レキシントン・アベニュー駅の近くで木を切ることに対して抗議して、住民たちが事業用の坑道に飛び込んだため、一時的に建設が中断された。連邦判事が5月13日に建設中断命令を発行したが、5日後に建設続行を許可する新たな命令を発行した。3週間に及ぶ抗議ののち、5月25日に工事は再開され、結局木は切り倒された。
1976年夏に当局は、「新たなマンハッタン-クイーンズ幹線をセントラル・パークから63丁目トンネル経由でジャマイカまで完成させるには、さらに5年か6年かかり、1987年か1988年までかかる」と発表した。この遅延の主な原因は、5.8マイル（約9.3キロメートル）におよぶ急行線によるもので、一方アーチャー・アベニュー線の3駅についてはより早く完成すると見込まれていた。一時的な方策として、クイーンズ・プラザ駅に隣接してノーザン・ブールバードに新駅を1983年または1984年までに開業できるとして、提案した。しかし、連邦政府の資金も欠けていたため、これもすぐに完成させることはできなかった。この時点までで、63丁目線とアーチャー・アベニュー線を合わせて全部で7駅になる予定であった。この時点では、これらの2本の路線は63丁目-南東クイーンズ線という同じ系統の一部であった。
この路線のマンハッタン側の区間は1976年に完成した。タイムズ紙は以下のように言及した。
セントラル・パークの地下に不気味に静かな2本の線路がある。これまでの230マイル（約368キロメートル）の路線網では使われていなかった先進の設備、溶接されたレール、蛍光灯照明、レール下のゴムパッドなどが採用された。
これらのトンネルは1976年に完成した。今年、請負業者は30万ドルをかけてセントラル・パークの2階建てのオフィスを取り壊し、5番街近くのフェンスを撤去し、これまでに壊してしまった木々と鳥小屋を復旧する。
トンネル完成から5年となる1981年までに、交通当局はこのトンネルを使用開始したいとしている。この新しい静かな線路は、車両の留置に使われる予定である。
ズーヨークの壁
ズーヨークの壁は、1970年代にストリートアーティストらが自分たちの絵を描いた、セントラル・パーク内を走るこの路線の区間にある落書きされた壁である。ニューヨークシティ・トランジット・オーソリティが、セントラル・パーク動物園の地下を走る63丁目線の現場に無断で入れないように封鎖するために、1971年に造られた一時的な壁であった。名前は当初は63丁目トンネルであったが、続いてズーヨークトンネルと呼ばれるようになった。1971年から1973年にかけてのトンネル建設中には、このトンネルはセントラル・パーク周辺をうろついていた初期の地下鉄アーティストたちの集合場所となっており、落書き集団のソウル・アーティスト創始者ALIによってズーヨークと名付けられた。ニューヨークにある動物園（ズー）ということで、ズーヨークと名付けられたものである。
磨かれたアルミニウムの壁は、スプレーやインクを弾くように期待されていたが無駄であり、10代の落書き書き手たちに対しては、建設中に壁を乗り越えてトンネル内に入り込むのを阻止する効果もほとんどなかった。また落書きの書き手たちは、建設現場の周囲に張り巡らされた壁に印をつけることで、それぞれの領域を明確化した。1973年に地下鉄が完成すると、このズーヨークの壁は取り壊された。
当時のセントラル・パーク動物園は、19世紀の古典的な見世物型の動物園であり、露天の檻に入れられた動物たちが、閉じ込められた領域の外の世界を知らないながらも、常に逃げ出そうと思いながら神経質に棒の上を行ったり来たりするものであった。ALIは、自分自身も含めて、自由な社会に生きる「野生」のティーンエイジャーたちが、深く暗い地下の穴に心の底から集まりたがることと、動物園の状況を対比した。この倒錯した都市心理学を考察し、ALIはすべての都市部の住民たちは、小さなアパート、事務所、地下鉄の電車やそれに類するものに閉じ込められたがる障害を持っており、ニューヨークの街そのものが「ニューではなくズー」であると宣言し、トンネルそのものをズーヨークを名付けることになった。
開業
1987年まで、MTAの契約業者はトンネルは構造的に健全であると結論を出したが、連邦政府の資金は再開されないままであった。1987年2月6日に、MTAは1989年10月までにトンネルが開通させる新たな計画を承認した。また当局は、5億5000万ドルをかけて、INDクイーンズ・ブールバード線急行線・緩行線の双方につなぐ1,500フィート（約450メートル）の連絡線を提案した。この計画では、クイーンズ・ブールバード線は逆方向の信号を出せるようにされ、朝ラッシュ時には4本の線路のうち3本をマンハッタン行きの列車に使い、夕ラッシュ時には逆にすることになっていた。計画のこの部分は1990年代以前には始まらないことになっていた。
1987年6月に、連邦政府はプロジェクトの評価を完了した。政府の雇った検査官がトンネルは健全であると判断し、63丁目線とアーチャー・アベニュー線に6000万ドルの最終的な資金を解放することになったことから、「先週、MTAの63丁目トンネル『どこにもつながらないトンネル』の出口にわずかながら明かりが見え始めた」とタイムズ紙が報じた。
この延伸線を最初に走った列車は、レールの研削を行う非営業車両で、1989年8月1日のことであった。
20年に及ぶ建設の末に、1か月の試運転が始まり、8億9800万ドルのかかった双方の路線は1989年10月29日に、レキシントン・アベニュー/59丁目、ルーズベルト・アイランド、21丁目-クイーンズブリッジの新駅とともに開業した。INDの路線は、平日にQ系統が、週末にB系統が運行された。1,500フィート（約450メートル）の長さのクイーンズ・ブールバード線接続線は、この時点では建設開始されていなかった。この時点では、BMT側の路線は使用されていなかった。この路線は、将来IND2番街線と接続して、アッパー・イースト・サイドからロウアー・マンハッタンまでの列車を走らせるために建設されたものであった。1995年5月から11月まで、マンハッタン橋の北側の線路が改良工事のために日中と週末に閉鎖され、Q系統の列車はこの時期ブロードウェイ線経由となっていた。BMT63丁目線を使ってIND63丁目線に入り、レキシントン・アベニュー/59丁目駅、ルーズベルト・アイランド駅、21丁目-クイーンズブリッジ駅へと運行した。1998年2月から1999年5月までIND側の路線の改良工事に際しては、63丁目シャトルが設定され、この路線を経由して21丁目-クイーンズブリッジ駅と57丁目-7番街駅を結び、のちにさらに34丁目-ヘラルド・スクエア駅まで延長された。1998年から1999年にかけての改良工事は、線路の枕木の欠陥により8年間の使用で傷んでしまったレールを交換するものであった。枕木は、「薄くエポキシと砂のパッド」を使った「革新的な」設計であるとされたが、これがレールの基底面を傷めてしまった。
クイーンズ・ブールバード線連絡
INDクイーンズ・ブールバード線への連絡線の計画は1990年12月に始まり、1992年12月に最終設計契約が結ばれた。緩行線のみに接続するというものと、緩行線と急行線の両方に接続するという、2件の選択肢が評価された。このプロジェクトの目的は、クイーンズ・ブールバード線の容量を33パーセント増やし、21丁目-クイーンズブリッジ駅の行き止まり線を除去することであった。またサニーサイド車両基地を通じたバイパス線を将来建設できるように、準備工事も実施された。
1994年9月22日に着工した。21丁目-クイーンズブリッジ駅からクイーンズ・ブールバード線への残りの区間は6億4500万ドルがかかった。2000年12月に、建設のために63丁目連絡線の列車の迂回が開始された。この連絡線は2001年1月までに開通すると見込まれた。しかし、2001年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件によって開業は遅れることになった。2001年12月16日に使用を開始し、F系統の列車が常時63丁目線に運行されるようになった。
この建設プロジェクトでは、下層にあるロングアイランド鉄道用トンネルも延長し、換気設備を統合し、下水用サイフォンを50フィート（約15メートル）下げ、既存の路線の部品の交換をし、地下水を緩和し、この区間を営業していた列車を迂回させ、クイーンズ・ブールバード線に進入する区間を6線に拡大した。この連絡線により、マンハッタンから過密となっていたクイーンズ・ブールバード線に達する新たな経路ができ、マンハッタンとクイーンズの間を運行する列車本数を増加させることができるようになった。F系統の列車が63丁目線を通るようになり、53丁目トンネル（クイーンズ・ブールバード線）を経由する系統は、新たに6番街線とクイーンズ・ブールバード線を通って設定された各駅停車のV系統になった。この系統は、M系統の列車の延長によって置き換えられて、廃止されていたものであった。
2番街線接続
63番街線は、IND2番街線をBMTブロードウェイ線、IND6番街線およびクイーンズへと連絡する構想となっていた。BMT63丁目線が2番街線の北側から直接ブロードウェイ線につなぐことになっていた。IND2番街線の建設は1972年に始まっていたが、ニューヨーク市の財政危機により1975年に中断された。この結果として、BMT63丁目線は完成せず、レキシントン・アベニュー-63丁目駅で唐突に終点となっていた。2007年に2番街線の建設が再開され、2011年にはレキシントン・アベニュー-63丁目駅の拡張・改修工事が始まり、2番街線への連絡を完成させることになった。この改良工事により、プラットホームに建てられていた壁が撤去され、3番街側への新たな出入口が建設された。2番街線第1段階のトンネルを建設するために用いられたトンネルボーリングマシンは2011年9月22日にBMT63丁目線の下層への壁を掘りぬいた。
2017年1月1日に2番街線第1段階区間が開通し、Q系統とN系統がセントラル・パーク地下を抜けて東にレキシントン・アベニュー-63丁目駅に達し、そこから北に向きを変えて2番街線へと運転するようになった。これによりBMTブロードウェイ線からアッパー・イースト・サイドへ直通運行されるようになった。2層構造になっている歴史では、IND/BMTの63丁目線同士で対面乗換ができるようになった。北行の列車が下層階を、南行の列車が上層階を使う。
現状では予算が付いていない2番街線の第3段階では、IND63丁目線から2番街線へ南向きに、独立した連絡を設けることが提案されている。この連絡線ができれば、INDクイーンズ・ブールバード線から来た列車が2番街線に直通し、ミッドタウンやロウアー・マンハッタンへと達することができるようになる。しかし、MTAには現状ではこの連絡線を通じて旅客列車を走らせる計画がなく、非営業列車の回送にのみ用いられる予定であり、追加の系統を設定できるほどクイーンズの地下鉄輸送量が増加すれば、こうした旅客輸送も可能となる見込みである。