聖バーソロミュー病院
初期
バーツは1123年に、ヘンリー1世の寵臣だった、ラーヘレによって設立された（彼は1144年に亡くなり、病院近くのセント・バーソロミュー・ザ・グレート教会に葬られている）。
ヘンリー8世の行った修道院解散は、バーツの病院経営には影響しなかったものの、収入が目減りしたことで、バーツを危機的立場に追い込んだ。バーツは、1546年12月に、シティ・オブ・ロンドン共同体から認可を受ける合意に調印したことで、ヘンリー8世により再設立されることになる。この内容は、1547年1月に発行され、バーツが不動産や金銭の寄付を受けると定めた専売特許証でも、再確認されている。病院は法的に、『ヘンリー8世設立・シティ・オブ・ロンドン・ウエストスミスフィールド救貧院』（英: House of the Poore in West Smithfield in the suburbs of the City of London of Henry VIII's Foundation）と命名されたが、この名称が一般に使われたことは無い。初代病院長は、ヘンリー8世の侍医（外科医）で、初期の解剖学者でもあったトーマス・ヴィカリーが務めた。
この病院では、医学進歩に繋がる研究が多数行われた。例えば、17世紀に、ウィリアム・ハーヴィーは血液循環説に関する研究をバーツで行っている。また、18世紀には、パーシヴァル・ポットとジョン・アバーネシーによって、近代外科学の重要原理が定められた。更に、19世紀には、バーツ所属のベッドフォード・フェンウィック夫人が、看護職の発展に尽力している。
1839年から1872年にかけてのバーツの死亡率報告書によると、この時期の死因として最も多いのは、術中の外傷と、術後の感染である。これらの外傷性の死亡を除いた場合には、結核が死因のトップとなっている。
1948年に国民保健サービスが設立されると、バーツは正式に『聖バーソロミュー病院』の名で知られるようになる。
閉鎖の危機
1993年にロンドンの病院に関するトムリンソン・レビュー (Tomlinson Review of London hospitals) が発行され、ロンドン中心部は病院過多である、と結論付けられた（このレビューには賛否両論が存在する）。このレビューでは、居住地域のなるべく近くで医療サービスを受けることが推奨されていた。バーツは、通院区域に人口が少ない病院とされ、閉鎖の危機に遭っている。病院を存続させるため、病院スタッフや地域住民、国会議員そしてシティ・オブ・ロンドン・コーポレーションなどが支援した『Save Barts Campaign』が、シティの30万人以上に上る日雇い労働者たちに医療提供するため、総合病院がこの場所に必要であることを訴えてキャンペーンを展開した。
ほとんどの部門は廃止の危機を免れたものの、事故・救急救命部 (the accident and emergency department) は1995年に閉鎖され、 王立ロンドン病院の救命部と統合された（王立ロンドン病院はバーツと同じトラストグループに所属しているが、数マイル離れたホワイトチャペルに位置する）。バーツには、軽症患者を処置できる軽傷処置部が設けられたが（救急医療の大部分は軽症患者である）、緊急や重症の患者は、別の病院へ搬送する必要がある。2001年のアメリカ同時多発テロ事件や2005年のロンドン同時爆破事件に際しては、シティが未だテロの重要標的であるとして、地域医療サービスの不足に対する不安が巻き起こった。
バーツを循環器治療とがん治療の拠点センターとして発展させる案が練られたこともある。この発展計画は、2006年にPFI資金に関するレビューが出された時に再び頓挫の危機に瀕している。このレビューは、"Save Barts Campaign" 再展開の引き金を引いている。この問題は解決され、現在バーツはがんケア治療部と新・バーツ心臓治療センターを附設している。更に王立ロンドン病院に新しい一般病棟が設置された。バーツは、チャーターハウス・スクエアに位置する付属医学学校での優れた研究・教育で、長い間評価されている。
クイーン・メアリー・ウィングは現在取り壊されているが、ジョージ5世棟のファサードは病院の新棟に保存されている。入院用の病室は、1部屋4床である。新しいメイン・エントランスは、キング・エドワード街に面している。ギブス・スクエアは改装される予定で、この区画から駐車場が取り去られた。
バーツは、王立ロンドン病院・ロンドン・チェスト病院と共に、バーツ・ヘルス・NHSトラスト (Barts Health NHS Trust) の一角を成している。病床数は、バーツが388床、王立ロンドン病院が675床、ロンドン・チェスト病院が109床である。この3病院は、2012年3月1日に、ウィップス・クロス病院（英: Whipps Cross hospital）・ニューアム病院（英: Newham hospital）と『合併』する形で、「バーツ・ヘルス・NHSトラスト」（英: "Barts Health NHS Trust"）を形成した。
医学教育
聖バーソロミュー病院メディカル・カレッジは、19世紀初頭にジョン・アバーネシーによって創設されたと考えられていた（病院はこの時、彼の講義のために講堂を設置している）。しかし、医師の育成機関として実際にこのカレッジが創設されたのは、1843年のことである。
1995年には、王立ロンドン病院のカレッジと合併し、クイーン・メアリー・ユニバーシティ・オブ・ロンドンを形成したが、今日に至るまで2つのカレッジは明確な独立性を保っている。現在このカレッジは、バーツおよびロンドン医科歯科学校として知られている。校舎は、チャーターハウス・スクエアに程近い、スミスフィールド地区のバーツ敷地内に存在する。医学部の主要な臨床前教育を行う部門は、ホワイトチャペルのブリザード・ビルディングに入っている（この建物は建築賞を受賞している）。
現在の、看護・助産学部は、1994年に、聖バーソロミュー病院・王立ロンドン病院それぞれの付属学校が合併する形で、聖バーソロミュー病院付属看護・助産学部（英: St Bartholomew School of Nursing & Midwifery）として設立された。1995年には、シティ大学ロンドンへ編入されている。どちらの学部も、120年以上前に遡ることのできる堅固で立派な歴史を持ち、多くのナース・リーダーや教育者を輩出している。この学部は、シティ大学ロンドンの健康科学部（英: The School of Health Sciences, City University）として編入されている。
ホスピタル・ミュージアム
バーツ博物館では、病院の歴史と、病院での傷病人治療について展示が行われている。博物館のコレクションには、歴史的な外科器具や、彫刻作品、中世の古文書、そしてウィリアム・ホガースの絵を含む絵画コレクションなどが存在する。博物館は北ウィングのアーチ道下に位置し、火曜日から金曜日の10時から16時まで開館している。入館料は無料だが、寄付は歓迎されている。
この博物館は、ロンドン・ミュージアムズ・オブ・ヘルス・アンド・メディスン（英: The London Museums of Health & Medicine）の一員である。
シャーロック・ホームズとワトスン医師
バーツの化学実験室は、シャーロック・ホームズとワトスン医師が、アーサー・コナン・ドイルの1887年の小説『緋色の研究』で初めて会った場所である。バーツはワトスンの出身校であった。この架空の設定は、1990年代に "the Save Barts Campaign"が巻き起こった際に、日本のホームジアンたちがキャンペーンへ寄付をするきっかけとなっている。
因みに、バーツには『ホームズとワトスンが初めて会った場所』としてプラークが設置されているが、研究室の中にあるため、一般の観光客が訪れることはできない。
BBCが制作したTVドラマ『SHERLOCK』では、バーツが幾度となく登場している。登場人物の一人で法医学者のモリー・フーパーは、バーツのモルグに勤めている。また、ドイルの原作通り、シャーロックとジョンは、バーツのラボで初対面する。2012年に放送された第2シリーズ第3話『ライヘンバッハ・ヒーロー』でも舞台として言及されているほか、2014年に放送された第3シリーズ第1話『空の霊柩車』でも、前回に引き続きバーツが登場している。