タケミナカタ
系譜
『古事記』においては大国主神（オオクニヌシ）の御子神で、事代主神（コトシロヌシ）の弟神とされている。しかし大国主の系譜を記した箇所にはタケミナカタの記載がないため、母は明らかでない。
『先代旧事本紀』「地祇本紀（地神本紀）」では大己貴神（大国主）と高志沼河姫（コシノヌナカワヒメ）の御子神とされる。ただし『古事記』において、大国主は兄の事代主神を生む神屋楯比売命より先に沼河比売を娶っている。
国譲り
タケミナカタは『古事記』では葦原中国平定（国譲り）の場面で記述されている。これによると、天照大御神・高御産巣日神（タカミムスビ）らによって派遣された建御雷神（タケミカヅチ）と天鳥船神（アメノトリフネ）が大国主神に葦原中国の国譲りを迫った際、大国主神は御子神である事代主神が答えると言った。事代主神が承諾して隠れると、大国主神は次に建御名方神（タケミナカタ）が答えると言った。タケミナカタは千引の石（千人もの大勢の力を必要とするような巨大な岩）を手先で差し上げながら現れ、タケミカヅチに力競べを申し出た。そしてタケミカヅチの手を掴むと、タケミカヅチの手は氷や剣に変化した。タケミナカタがこれを恐れて下がると、タケミカヅチはタケミナカタの手を若葦のように握りつぶして、放り投げた（詳細は後述）。タケミナカタは逃げ出したが、タケミカヅチがこれを追い、ついに科野国の州羽海（すわのうみ）まで追いつめてタケミナカタを殺そうとした。その時に、タケミナカタはその地から出ない旨と、大国主神・事代主神に背かない旨、葦原中国を天津神の御子に奉る旨を約束したという。
一方『日本書紀』ではタケミナカタが登場せず、大己貴神（大国主）は事代主神の意向を聞いた後に国譲りを承諾する。ここでは高皇産霊尊（タカミムスビ）に遣わされた神々は武甕槌神（タケミカヅチ）と経津主神（フツヌシ）である。
『先代旧事本紀』「天神本紀」では『古事記』と『日本書紀』の記述が組み合わされたものが書かれており、使者は『書紀』と同様に武甕槌神と経津主神となっている。
異伝・変奏
『旧事本紀』における国譲り神話は『諏方大明神画詞』（1356年成立）の冒頭に採用されているが、タケミナカタの敗戦と逃亡、追いつめられ殺されようとした話は見られない。諏訪大社の祭神として『画詞』には載せるには不適当と考えたもので編纂者の諏訪円忠が削除したと考えられる。
それ日本信州に一つの霊祠あり。諏方大明神これなり。神降の由来、その義遠し。
竊（ひそ）かに国史の所説を見るに『旧事本紀』に云ふ、天照大神みことのりして、経津主の（総州香取社）神、武甕槌の（常州鹿嶋社）神、二柱の神を出雲国へ降し奉りて、大己貴の（雲州杵築・和州三輪）命に宣はく、「葦原の中津国は我が御子の知らすべき国なり。汝、まさに国を以て天照大神に奉らんや。」
大己貴の命申さく、「吾が子、事代主の（摂州長田社・神祇官〔第八〕）若神に問ひて返事申さん」と申す。

事代主の神申さく、「我が父、宜しくまさに去り奉るべし。我〔も〕違ふべからず」と申す。

「又申すべき我が子ありや。」

又我が子、建御名方（諏方社）神、千引の石を手末に捧げ来りて申さく、「誰、この我が国に来たりて忍び忍びにかく云ふは。而して力競べせんと思ふ。」

先づ、その御手を取りて即ち氷を成り立て、又剣を取り来て、科野の国・洲羽の海に至る時、建御名方の神申さく、「我、この国を除きては他処に行かじ」と云々。これ則ち〔当社〕垂迹の本縁なり。
中世以降に書かれた『信濃国日向社伝記』や『上社権祝本諏訪縁起断簡』には、大国主がタケミナカタに科野国の平定を命じたという異伝が見られる。また春瑜筆『日本書紀私見聞』（1426年）には、山王の三男である「諏防大明神」は日本国を我が物にしようとして軍を起こすも天照大神に打ち負かされ、降参後に信乃（信濃）国に鎮座することを約束するというバリエーションが録されている。
長野県内各地にはタケミナカタの逃亡・諏訪入りにまつわる伝承のある場所がいくつか存在する。下伊那郡豊丘村に伝わる伝承によれば、タケミカヅチがようやくタケミナカタに追いついたところ、タケミナカタが降参し、タケミカヅチと和睦を結んだ。同村にある御手形神社には、終戦の印として両者の手形を彫り残したといわれる石がある。その後、タケミナカタが豊丘村から隣の大鹿村に移って、しばらくそこに滞在したという。このことから、大鹿村鹿塩梨原にある葦原神社はかつて「本（もと）諏訪社」と呼ばれていた。また、塩尻市の小野神社や、上田市の生島足島神社にもタケミナカタが諏訪に入る前に一時滞留したという伝承が語られている。北安曇郡小谷村にある大宮諏訪神社も、タケミナカタの信濃入りの際の神跡と伝えられる。
徳島県名西郡石井町にある多祁御奈刀弥神社にも「元諏訪」伝承がある。社伝によると、『古事記』に書かれている「州羽」は当社の事を指し、長野県にある諏訪大社はこの神社から宝亀10年（779年）に移遷されたものであるという。
明神と大祝
諏訪上社の祭神であるタケミナカタは神氏（じんし・みわし）の祖神とされ、神氏の後裔である諏訪氏はじめ他田氏や保科氏など諏訪神党の氏神としても信仰された。
明治の初め頃まで、諏訪上社には大祝（おおほうり）という職位があり、これをつとめる諏訪氏氏身の者（主に童男）は諏訪明神（タケミナカタ）の身代わり、すなわち神体ないし生き神として信仰の対象であった。
伝承によると、諏訪明神が8歳の童男に自分の装束を着せて、自分の「御正体」として定めたことにより大祝職が成立した。このことから大祝は代々、御衣着祝（みそぎほうり）とも呼ばれ、「神」という姓を名乗り、即位式を行い職を相次いできた。
『信重解状』では、天降った後の諏訪明神のあり方としてこの伝承が語られているが、時代も初代大祝の名前が書かれていない。
一 大祝を以て御体と為す事
右、大明神御垂迹以後、人神（ひとがみ）と現れ御（たま）ひ、国家の鎮護眼前たるの処、機限に鑒み、御体隠居の刻、御誓願に云はく、「我に別鉢無し、祝を以て御体と為すべし。我を拝せんと欲せば、須らく祝を見るべし」云々。仍て神字を以て祝の姓に与へ給ふの刻、明神の口筆を以て、祝をして神事の記文を注し置かしむ。（大宣（おほのつと）と号す）而して宗たる御神事の時は、毎年大祝彼の記文を読み上げ奉り、天下泰平の祈請を致す十ヶ度なり。社壇の明文只（ただ）之にあり。（原漢文）
いっぽう『諏方大明神画詞』「祭第一 春上」と『神氏系図（前田氏本）』においては、有員という人が初代大祝とされている。
祝（はふり）は神明の垂跡の初め、御衣を八歳の童男に脱ぎ着せ給ひて、大祝と称し、「我に於いて体なし、祝を以て体とす」と神勅ありけり。
これ則ち御衣祝（みそぎはふり）有員（ありかず）、神氏の始祖なり。家督相次ぎて今にその職を忝くす。
他文献では、有員は桓武・平城天皇の時代の人物とされている。桓武天皇の皇子とする文書もある。なお、実在したかどうかは定かではなく、大祝家の始祖ではなく中興の祖とする説や、中世に創作された人物とする説がある（後述）。
これに対して『異本阿蘇氏系図』と『神氏系図（大祝家本）』は、科野国造家（金刺氏）出身の神子（くまこ）、または乙頴（おとえい）が初代大祝で、用明天皇2年（587年）に社壇を設けたとしている。『大祝家本神氏系図』では有員が神子の子孫とされている。
天竺波提国王
諏訪明神の出自を異国（天竺）に求める中世の説話も存在する。
嘉禎4年（1238年）の奥書を識す『諏訪上社物忌令之事』によると、「建御名方明神」は本来、天竺にある波提（はだい）という国の王であった。王が7月末頃に鹿野苑で狩りを催したとき、「守屋逆臣」が反乱を起こす。王はその難を逃れて、広大なる慈悲の名を世に示した。後に波斯国で悪龍を倒し、「諏訪皇帝」となる。「東方金色山」で善苗を殖え、成仏した皇帝はやがて日本に渡来し、摂津の海辺（住吉）、西宮、美濃の高山（南宮）を経由して信濃にある諏訪郡にたどり着き諏訪明神となった。
同じような話は『諏方大明神画詞』「祭第六 秋下」にも御射山祭の由緒として説かれている。ここでは逆臣の名前が「美教」となっており、狩りこそが畜類済度の方便である、と王が天に訴えると、梵天に遣わされた四天王が逆臣を誅して王を救った、と書かれている。
『上社物忌令』における悪龍の退治の話が『画詞』には見られず、同じ編者による『諏方大明神講式』では採り上げられている。しかし、「当社縁起」といいながらも、作者が分からず、そうかといって無視・黙殺もできないシロモノ扱いされている。（一方、『旧事本紀』におけるタケミナカタの諏訪への隠棲の記述を「不可疑（疑フベカラズ）」と言い切っている。）これは『画詞』が典拠にこだわりながら撰述されたものが故に、出典不明のこの話を『画詞』に載せるのに躊躇したのかもしれないと思われる。
『講式』では、波提国王が釈迦如来の祖父である獅子頬王の玄孫とされている（日光輪王寺蔵『諏訪神道縁起』にも同じ説が見られる）。また、天竺で謀反を起こした美教大臣が日本に渡り、明神と相争った「洩矢の悪賊」になったとも述べられている。
諏訪明神の口述といわれ、中世の御射山祭に大祝が読み上げた『陬波御記文（すわみしるしぶみ）』では、「陬波大王」が甲午を期して姿を隠したと言われている。更に『御記文』の注釈書『陬波私注』（鎌倉時代末期）によれば、陬波大王が生まれたときの干支も同じく甲午だったという。
なお、『陬波私注』では大祝有員が諏訪明神をともなって天竺から日本へやってきて、明神の叔父にあたる「続旦（そくたん）大臣」とされている。
蝦蟆神退治
『上社物忌令』と『陬波私注』には以下の伝承が見られる。
正月一日の蝦蟆狩之事
蝦蟆神成大荒神、乱悩天下時、大明神彼ヲ退治御座し時、四海静謐之間、陬波ト云字ヲ波陬（なみしづか）なりと読り、口伝多し。望人ハ尋へし、于今年々災を除玉ふ、謂ニ蟇狩是ナリ。
 — 『上社物忌令』（神長本）より
つまり、諏訪明神が大荒神となって天下を悩ませている「蝦蟆（蛙）神」を退治して、四海が静謐となった。このことから「波しずか」とも読める「陬波（すわ）」という名を得た。口伝によると、元旦に行われる蛙狩神事はこの出来事を模した神事である。
更に明神が退治した蝦蟆神を竜宮城に通ずる穴に閉じ込め、石でふたをし、その上に座した、ともいわれている。
この話については、蛇神としてのタケミナカタと土地神（ミシャグジあるいは洩矢神）による神権争奪を意味するという説や、陬波大王の悪龍退治の同系異伝もしくは変奏とみる説、あるいは諏訪明神と同定される降三世明王と宇賀神の三毒退治を表すという説などがあげられている。
諏訪の龍蛇神
昔から諏訪神社の神体は蛇で、神使も同じく蛇であるといわれている。『諏方大明神画詞』の中で、諏訪明神やその眷属が龍、もしくは蛇の姿を取るという逸話がいくつか採り上げられている。『太平記』（巻三十九）にも、蒙古襲来の時に、
都（すべ）て六十余州大小の神祇、霊験の仏閣に勅使を被下、奉幣を不被捧（ささげられず）と云所なし。如此（このごとく）御祈祷已（すで）に七日満じける日、諏訪の湖の上より、五色の雲西に聳（たなび）き、大蛇の形に見へたり。
と見えている。
諏訪の神が巨大な蛇あるいは龍として登場する民話も長野県や群馬県などでは存在する。とある話によると、神無月に神々が出雲に集ったとき、諏訪明神が龍（蛇）の姿で現れたが、体があまりにも大きすぎて集いの邪魔になった。それ以来、明神は出雲に行かなくなった。龍となった明神の尾は諏訪湖の高い木（尾掛松）に掛かっていたといい、そこから大和（おわ、諏訪市）と高木（下諏訪町）の地名が生まれたという。
諏訪神社の龍蛇信仰の弘布に大きな役割を果たしたのは、『神道集』に収められた「諏訪縁起」（甲賀三郎伝説）といわれるが、持統天皇の時代から既に諏訪神社は「蛇を象徴動物とする水神」として中央政府に認識されていた形跡も濃い。
中世まで行われた諏訪上社の冬祭りでは、御室（みむろ）と呼ばれる竪穴住居らしき土室が作られ、その中に藁、茅、またはハンノキの枝で作られた数体の蛇形が安置され、翌春まで大祝がそこに参籠し、神長官とともに祭事を行った。一説によると、「そそう神」と呼ばれるこの蛇形は「祖宗神」、すなわち神氏の祖霊としての諏訪明神をあらわす。
上社裏山にあるフネ古墳（5世紀前半）に発見された蛇行剣も諏訪の蛇信仰と関係があると思われる。
明神の武勲
『梁塵秘抄』（平安末期成立）に「関より東の軍神、鹿島、香取、諏訪の宮」とあるように、中世以降になると諏訪社の社家の武士化とともに諏訪明神は軍神として信仰されるようになり、その武功を語る説話が広まった。
『源平盛衰記』『諏方大明神画詞』等によると、天照大神に遣わされた諏訪明神と住吉明神は神功皇后の三韓征伐に協力した。諏訪明神が坂上田村麻呂による蝦夷征討（安倍高丸追討）に参加したという伝承も、『画詞』のほか『神道集』や『信重解状』等に見られ、諏訪社の御射山祭または流鏑馬の由来として語られている。
更に、源平合戦の際に大祝がどちらに味方するか考えていたところ、諏訪明神が夢で手にしていた梶の葉の軍配を白旗（源氏）のある方向へと振り下ろしたため、諏訪の武士集団が源頼朝に加勢したという伝承もあり、諏訪上社・下社の大祝家が用いる「梶の葉」の家紋の起源譚となっている。この内乱に功を立てた諏訪武士団は頼朝から取り立てられるようになり、諏訪明神も鎌倉幕府や武家衆から篤く崇敬された。
元寇の際には神風を起こしたとする伝承、または鎌倉後期に起こった安藤氏の乱の際には龍に乗って反乱を鎮定した伝承もある。
力競べ
タケミカヅチとタケミナカタの力競べは古代の神事相撲を象徴したものとする説が知られている。このことから、諏訪大社は相撲界から篤い信仰を集めている。毎年9月15日、諏訪大社上社本宮では青年力士11名が相撲踊りを奉納する行事がある。
タケミカヅチがタケミナカタの手をつかんだ時に、「若葦を取るが如く、搤（つか）み批（ひし）ぎて投げ離ちたまへば、（タケミナカタが）即ち逃げ去（い）にき」とあるが、タケミカヅチがタケミナカタの手（腕）をちぎり取って、それを投げ捨てたという意味と、タケミカヅチがタケミナカタの手（腕）をつかんで、タケミナカタを投げ飛ばしたという意味という2通りの解釈ができる。
タケミカヅチとタケミナカタの勝負は当麻蹴速と野見宿禰の一戦と比べて荒々しさがなく、むしろ比較的に紳士的で実施されていることから、『古事記』が書かれた時代には既に相撲ないし力比べのルールが確立しており、それを反映しているという説もある。
入諏神話について
諏訪に伝わる入諏神話は、諏訪上社の神長官を務めてきた守矢氏が外来侵入勢力（後の神氏）に降伏して統治権を委譲した出来事に基づいていると考えられている。
諏訪にやって来た神氏を稲作技術をもたらした出雲系民族（弥生人）とする説や、金刺氏（科野国造家、後に諏訪下社の社家）の分家、または大神氏（三輪氏）の一派あるいは同族とする説がある（詳細は後述）。前者の場合は入諏神話を縄文時代と弥生時代の変わり目、後者の場合は弥生時代または古墳時代に起こった出来事に基づいていると解される。
古墳時代中期（5世紀前半）に守屋山の麓（上社本宮の近く）にはフネ古墳が築造された。千曲川中流域や伊那谷の古墳群（この内千曲川中流域の埴科古墳群は科野国造勢力のものと思われる）とは異なり竪穴式墳墓や土器を特徴としているため、諏訪と上伊那地方を支配する強大な豪族によって作られたものと考えられている。また、この古墳から出土した蛇行剣と鹿角製品は諏訪上社の龍蛇信仰や狩猟儀礼と関係があると考えられている。フネ古墳より少し後に諏訪湖周辺に同じタイプの古墳が築造されるが、6世紀後半に下伊那の横穴式古墳文化（馬具の副葬品が特徴）が諏訪にも見られるようになり、在地型の墳墓に取って代わる。このことから、伊那谷から諏訪への馬飼集団の移動があったと推測される。
この移動した部族を金刺氏とする説はあるが、伊那谷の古墳は一つの様式で占められず、いろんなタイプがあるという指摘もある。つまり、伊那谷には一つの氏族ではなく、文化の異なるいくつかの集団（畿内の豪族とそれに結び付いた在地勢力）が存在したとも考えられる。この中に、神氏となる氏族がいたのかもしれないのである。ただしこの時期に畿内より豪族が移遷したとする文献は存在せず、また在地豪族として大御食神社社家にも繋がる阿智祝部氏が見られる。一説では、伊那谷から進出した神氏（＝ミワ氏）は『和名抄』では「美和郷」といわれていた上伊那を一旦本拠とし、そこから天竜川を遡って現在の岡谷市から諏訪盆地に入った。一方で天竜川側から進入したとする主張は同意見でありながらも、神氏の諏訪入りは神武東征によって磯城県主・大神氏系のタケミナカタや伊豆速雄命が大和から敗走した弥生時代の頃とする説もある。実際に記紀から想定されるタケミナカタの逃走経路上に、龍蛇信仰を持つ海神族の祭器であった銅鐸が多数分布し、塩尻市からも三遠式銅鐸が出土している。また長野市三輪の地に式内美和神社を祀り、諏訪大社上社北方の大和（大輪）が諏訪郡美和郷と呼ばれ、上伊那郡辰野町にも三輪神社が鎮座し、更に諏訪大社に鉄鐸が伝わっていることに注目される。
入諏神話をもとに守矢氏を土着の勢力集団と考えるのが一般的だが、外部から流入してきたという説もある。物部守屋の次男が丁未の乱（587年）の後に守屋山に忍んで、のちに守矢氏に養子入りしたという伝承があり、守屋山の南麓（伊那市高遠町藤澤区片倉）にある守屋神社の膝元には物部守屋の子孫と名乗る家が多く存在することから、守矢氏を物部氏の支流、あるいは物部氏と親近関係にあった在地勢力とすしてみる説がある。ただし、守矢氏を神氏よりも前に諏訪の先住部族を征服して、物部守屋の末裔と名乗る勢力とは無関係かつ対立的でありながらその伝承を半ば意図的に利用した氏族とする見方もある。
造作説
入諏神話は史実を反映しているという説は今やほぼ定説となっているが、中世に流布していた他の説話に影響された、あるいは中世説話をもとにして創作されたのではないかという意見も近年になって現れている。
井原今朝男（2008年）は、中世の頃には『古事記』や六国史は安易に講読できない史料であったことから、中世前期の文献に見られる「諏訪縁起」は『古事記』や『日本書紀』の影響なしに新たに編纂されたものであるという。
青木隆幸（2012年）は、入諏神話は諏訪の神に「軍神」という新たな性格が追加された際（平安末期以降）に作られたという説を挙げており、この説話を考古学的知見と結びつけようとする見解を批判している。
『信重解状』における入諏神話に洩矢神が「守屋大臣」として出てくる。また、『神氏系図（前田家本）』序文にも諏訪明神と初代大祝が「守屋」と争ったのは用明天皇の時代であったとあるが、これは丁未の乱が勃発した時代と符合する。このことから、入諏神話は中世に広く流布していた聖徳太子にまつわる伝承の影響を受けている、あるいは聖徳太子伝説をもとにして造作されたという説が挙げられている。
『信重解状』について
『信重解状』においては、諏訪明神が神宝を携えて天から守屋山に降ったとされている。これとニニギ（天孫降臨）やニギハヤヒの天降り神話との類似点が指摘されている。真澄の鏡（銅鏡）・八栄の鈴・唐鞍・轡を持参して降臨する諏訪明神が、諏訪に横穴石室古墳文化と飼馬技術を持ってきた人々の姿と重なるという見解もある（ただし、現存する上社の神宝のほとんどが奈良・平安時代のものである）。
『画詞』よりも100年以上前に成立していたことから、『信重解状』に書かれている内容は鎌倉中期以前の諏訪上社の在り方や伝承を知る手掛かりになる重要な史料と評価された。しかし、提出先が「御奉行所」になっていること（宝治年間以前に「御奉行所」を宛先とする訴状はない）、箇条書きで祭祀の由来を詳しく説明していること（これは鎌倉時代の訴状にしては不自然）、またはほぼ同時期に書かれた『広疑瑞決集』（建長8年・1256年）には見られない、つまり時代にしてはかなり進んでいる殺生功徳論（殺生は成仏の方便という理論、詳細は後述）が出てくることなどという不可解な点が多いため、『信重解状』を後世の偽作とする見解もある。
藤と鉄
『信重解状』には諏訪明神と守屋大臣が「藤鎰」と「鉄鎰」を持ち出し、「懸此処引之（此処に懸けて之を引く）」とある。『解状』本文では「鎰（イツ）」に「ヤク」と振り仮名をしてあるため、「鑰（鉤、かぎ）」の代用字と考えられる。つまり、この文は「明神と守屋は土地（守屋の所領）に鉤を引っ掛けて綱引きのように引き合った」と解釈できる。ほかには、「鎰（ここでは祭祀権を象徴する「鍵」と解されている）」での引き合いは「祭祀権の争奪戦」を表しているという見解や、「鎰」による争いを「呪術比べ」を象徴するという見方もある。
前述の通り、『画詞』では「藤鎰・鉄鎰」が「藤の枝・鉄輪」に変わっている。これは、『画詞』が書かれた時代には「藤鎰」と「鉄鎰」がどのようなもので、それによってどのような葛藤があったのか分からなくなったためと考えられる。「輪」を「鑰」の誤字（写し間違い）とする説もある。
神話上の「鉄鎰（鉄鑰・鉄輪）」は、上社に伝わる鉄鐸（さなぎの鈴）を表し、これらが守矢氏が製鉄に関わった氏族で、やはり鍛冶技術に長じた物部氏とは何らかの関係があったことを示唆するという見解もある。守屋山中にも鍛冶場の跡と思われる「鋳物師（いもじ）ヶ釜」の地名が残っている。この諏訪と鉄の関係を暗示させる事例から、真弓常忠はタケミナカタを製鉄の神とし、明神と洩矢神の争いをスズ（褐鉄鉱）から砂鉄への製鉄技法の進歩、すなわち新旧文化の対決を意味すると解釈していた。
一方、諏訪明神が手にしていた「藤」は明神自身の表象ともみられる。山本ひろ子（2016年）は、凄まじい繁茂力のある藤とそれへの強い畏怖こそが入諏神話の発祥を解く鍵とし、「〔天竜川の〕両岸からせめぎあう藤の「抗争」（絡み合い）と、土着神（守矢一族）と今来の神（神氏一族）の「抗争」。どちらか一方なくしては、こうした所伝は生まれ得なかったし、命脈を保てなかったろう」と主張している。
妃神
タケミナカタの妻とされるのは下社の主祭神・八坂刀売神（ヤサカトメ）である。
ミシャグジ
守矢満実の記述で見られるように、諏訪上社の祭事に登場するミシャグジも中世の諏訪には諏訪明神の御子神（王子神）または眷属神として理解されていた。土地開発の功を立てたとされることから「13柱の御子神」を草分けをつかさどるミシャグジと同視される場合もある。明治時代の神社明細帳においては、諏訪地域内にあったおよそ40のミシャグジ社のほとんどがタケミナカタ（諏訪大神）の御子神を祀る神社として記録され、ミシャグジも「健御名方命御子」として出てくる。また、『守矢神長古書』には「当社にて御社宮神というのは皆御子孫の事言う也」とある。
祭神の配当
古くから上社は男神、下社は女神とする信仰が一般的に伝わっているが、中世から近世にかけては混乱が生じ、タケミナカタを下社に、兄神のコトシロヌシを上社に当てる場合もあった。現在は、タケミナカタを上社本宮、ヤサカトメを上社前宮の祭神とする場合がある。一方、下社の方ではヤサカトメとともにタケミナカタが主祭神となっており、コトシロヌシが配祀されている。
信仰
タケミナカタは、前述の諏訪大社のほか、諏訪大社から勧請された全国の諏訪神社で祀られている。軍神のほか、農耕神・狩猟神・風の神としても信仰された。
風の神として
『日本書紀』の持統天皇5年（681年）8月の条に、「使者を遣わして、龍田風神、信濃の須波・水内等の神を祭らしむ」とあり、諏訪の神は奈良時代以前に既に朝廷に風の神・水の神として崇敬されていたことが分かる。その影響か、平安時代に入ると諏訪には風鎮めを祈願した「風の祝（ほうり）」がいるという流説が広まった。
諏訪地方には古くから、暴風を凪ぎる（鎮める）ために鎌を竿の先に結びつけて風の方向に立てる習慣があるが、このために使われる鉄製の薙鎌（なぎかま）は諏訪明神の御神体ないし御神幣とみなされる場合もある。薙鎌は蛇（龍）または鳥にも見える形をしているが、これは五行思想では金気（鳥＝酉は金気）が木気（風）に勝つもの（金剋木）と考えられていたからである。
御柱祭関連の祭事にも薙鎌が用いられる。上社の方では、御柱用材を正式に見立てる際には薙鎌が木に打ち付けられる。一方、御柱祭の前年に北安曇郡小谷村にある大宮諏訪神社には下社神職（明治時代までは下社大祝）が「薙鎌祭」を行い、1枚の薙鎌を奉納する。この翌日、信越国境にある戸土諏訪神社の杉の神木に薙鎌を打ち付ける神事が行われる。上社里曳きの初日に御柱を迎える神輿にも薙鎌が2枚あり、かつては上社造営（社殿の建て替え）の時に新築の宝殿にも打ち付けられた。
『画詞』には「薙鎌、衆魔催伏の利剣なり」とあるように、薙鎌には諸悪（台風・土砂災害など）を抑え付ける効力があると信じられ、以上のように木や建物を守る魔除けとして使用された。このほかに、諏訪大社の分社を行う際、御霊代として薙鎌が分与されることもある。
神仏習合
本地垂迹説が広まると、上社の男神は普賢菩薩、下社の女神は千手観音の垂迹とされていた。『画詞』によると、
爰（ここ）に信州諏方大明神は、本地を訪へば普賢大士の応作（おうさ）。恒順衆生の願、余聖にこえ、懺懈滅罪の益、諸凡にかうぶらしむ。（中略）下宮は大慈大悲の薩埵、千手千眼の示現なり。泥梨（ないり）には極苦にかはり、娑婆には無畏を施す。（中略）この上下両社は、世俗に准じて陰陽の儀を表す。またこれ定慧の法門なり。
諏訪盆地の地形が胎蔵界曼荼羅の中核をなす中台八葉院と比定され、諏訪湖（＝中尊の大日如来）の東南にある上社の地点には右上の普賢菩薩、その北西にある下社には左下の観音菩薩が配された。上社と下社をそれぞれ胎蔵界と金剛界とみたてることもあった。
諏訪に本地垂迹説が入った時代に、上社本宮には4つの別当寺（神宮寺・如法院・蓮地院・法華寺）ができ、守矢氏の神長は両部神道を学び祭事に密教要素（真言・印相など）を導入して、天皇の即位灌頂や神道灌頂を参考にして大祝の即位式を密教風にした。また、上社本宮の拝幣殿の奥には南天鉄塔をもとにした「石之御座多宝塔」（「お鉄塔」とも）と呼ばれる石製の仏塔が安置され、大祝のほかに神体に相当するものとして篤く崇敬された。毎年1月15日にこの塔に『法華経』を納める仏事が行われていたが、納められる経巻は龍神（諏訪明神）が受け取りに行くため、次の年には全部なくなっていると信じられていた。また、諏訪明神の本地仏を祀る「普賢堂」は上社神宮寺の奥の院として多くの参拝者を集めた。
明治の神仏分離の時、上社と下社の仏教寺院のほとんどが取り壊されてしまい、破壊されなかった仏像・仏具は他の寺に移された。「お鉄塔」は温泉寺（諏訪市湯の脇）に移動され、現在は境内の多宝塔に安置してある。