征夷大将軍
奈良・平安時代
征夷将軍（大将軍）は、「夷」征討に際し任命された将軍（大将軍）の一つで、太平洋側から進む軍を率いた。これとは別に、日本海側を進む軍を率いる将軍は征狄将軍（鎮狄将軍）、九州へ向かう軍隊を率いる将軍は征西将軍（鎮西将軍）という。これは、「東夷・西戎・南蛮・北狄」と呼ぶ中華思想の「四夷」を当て嵌めたためとされている。
「東夷」に対する将軍としては、和銅2年（709年）3月6日に陸奥鎮東将軍に任じられた巨勢麻呂が最初であり、「征夷将軍」（通常、征夷大将軍と同一とされる）の初見は、養老4年（720年）9月29日に持節征夷将軍に任命された多治比縣守であるまた同日、「北狄」に対する持節鎮狄将軍に阿倍駿河も任命された。「征東将軍」の初見は、延暦3年（784年）2月に鎮守将軍から昇格した大伴家持 であり、「征東大将軍」の初見は、延暦7年（788年）12月7日に辞見した紀古佐美である。
延暦10年（790年）7月13日に、大伴弟麻呂が征東大使に任命された。延暦12年（792年）2月17日に、「征東使」を「征夷使」と改められた。「大使」はまた別に「将軍」とも呼ばれていた。『日本紀略』に「延暦13年（794年）1月1日に征夷大将軍の大伴弟麻呂に節刀を賜うた」とあり、これが「征夷大将軍」の初見とされ、意味合いとしては天皇に任命された軍事指揮官である。
大伴弟麻呂の副使（副将軍）だった坂上田村麻呂は、延暦15年（796年）10月27日に鎮守将軍に任命され戦争を指揮し、翌延暦16年（797年）11月5日に征夷大将軍に昇格した。坂上田村麻呂はそれまで頑強に戦ってきた胆沢の蝦夷の阿弖流為を京へ連れ帰り、東北地方全土を平定した。その後陸奥按察使だった文室綿麻呂が、蝦夷との交戦に際して弘仁2年（811年）4月17日に征夷将軍に任命され、同年 閏12月11日蝦夷征討の終了を奏上、鎮守将軍には副将軍だった物部足継が昇格。弘仁5年（814年）11月17日には文室綿麻呂が再度征夷将軍に任じられたものの、実際には征討は行われなかった。
征夷大将軍の意義
しかし、頼朝にとって征夷大将軍職は、奥州藤原氏征討のためにこそ必要とされた官職であって、奥州合戦を経て実際に任官した建久3年（1192年）にはすでに必要なくなっていたという見方もある。実際に頼朝は征夷大将軍職にあまり固執せず、2年後には辞官の意向を示している。
また、嫡男の頼家は家督継承にあたり、まず左近衛中将、次いで左衛門督に任官しており、征夷大将軍に任官したのはその3年後である。頼家が失脚する比企能員の変の際、惣追撫使・惣地頭の地位の継承が問題となった一方、征夷大将軍職は対象とされていない。従って、この段階の征夷大将軍は、武家の棟梁たる鎌倉殿や日本の軍事的支配者たる惣追撫使・惣地頭の地位と不可分なものではなく、さほど重視されていなかったことが伺える。ただ、頼家の弟実朝の家督継承の際にはまず征夷大将軍に任官している。
頼朝は朝廷の常設最高職である左大臣に相当する正二位でこの職に就き、同時に一部で朝廷との二重政権状態を残しつつ全国に武家支配政権を形作ったため、以降その神格化とともに「天下人」としての征夷大将軍の称号が徐々に浸透していく。また、後年に至るまで執権、管領、大老などの幕府次席職の官位は従四位どまりであり、将軍のみが隔絶して高い権威として全ての武士に君臨する（たとえ実権がともなわなかったとしても）慣習もこの時期に確立されている。
近年明らかになった新事実
これらの通説を覆す新史料として、『三槐荒涼抜書要』所収の『山槐記』建久3年（1192年）7月9日条および12日条に頼朝の征夷大将軍任官の経緯の記述が見つかった。それによると頼朝が望んだのは、「前右府」の号に代わる「大将軍」であり、それを受けた朝廷で「惣官」「征東大将軍」「征夷大将軍」「上将軍」の4つの候補が提案されて検討された結果、平宗盛の任官した「惣官」や、義仲の任官した「征東大将軍」は凶例であるとして斥けられ、また「上将軍」も日本では先例がないとして斥けられ、坂上田村麻呂の任官した「征夷大将軍」が吉例であるとして、頼朝を「征夷大将軍」に任官することにしたという。つまり、頼朝にとって重要なのは「征夷」ではなく「大将軍」で、朝廷が消去法で「征夷大将軍」を選んだことが明らかとなった。そのため、頼朝が「征夷大将軍」を望んだという前提で、「征夷」に重点を置いた解釈がされてきたこれまでの研究には再検討の必要が出てきている（同時に、義仲が任官したのも『吾妻鏡』などの伝える「征夷大将軍」ではなく、『玉葉』に記されている「征東大将軍」であったことが明らかとなった）。
頼朝が「大将軍」を望んだ理由としては、10世紀 - 11世紀の鎮守府将軍を先祖に持つ貞盛流平氏・良文流平氏・秀郷流藤原氏・頼義流源氏などが鎮守府「将軍」の末裔であることを自己のアイデンティティとしていた当時において、貞盛流の平氏一門・秀郷流の奥州藤原氏・自らと同じ頼義流源氏の源義仲・源行家・源義経などといった鎮守府「将軍」の末裔たちとの覇権争いを制して唯一の武門の棟梁となり、奥州合戦においても意識的に鎮守府「将軍」源頼義の後継者であることを誇示した頼朝が、自らの地位を象徴するものとして、武士社会における鎮守府「将軍」を超える権威として「大将軍」の称号を望んだとする説が出されている。また、将軍職が武家にとり、戦いを指揮統制する地位で重んじられ、それらを上に立ちまとめる「大将軍」が、武門の棟梁として指揮統制するのに重要だったという説がある。
また、頼朝が征夷大将軍を望んだものの後白河法皇に阻まれたとされる点については、『吾妻鏡』建久3年（1192年）7月26日条の「将軍事、本自雖被懸御意、于今不令達之給、而法皇崩御之後、朝政初度、殊有沙汰被任之間。」等の記述から長く信じられてきたが、近年になって『吾妻鏡』の寿永3年（1184年）4月10日条の記事がこれと矛盾する内容を持つことが指摘された。この記事は頼朝が3月27日の除目で正四位下に叙されたことを源義経の使者が知らせるもので、同条には除目の経緯が書かれている。それによれば、義仲討伐の戦功として、藤原忠文の先例に倣って征夷将軍の地位を与えることを後白河が検討したものの、議論によって叙位のみとなったとされている。ところが『玉葉』の寿永3年（1184年）2月20日及び3月28日条には頼朝からの申状によって、後白河から与えられるはずであった全ての官職を辞退して叙位のみを受けたことが記されている。この『吾妻鏡』と『玉葉』の記述を説明するには、後白河が既に終わった合戦の戦功として征夷将軍（＝征夷大将軍）を与えようとしたものの頼朝が辞退したと解する他なく、平安時代初期の蝦夷征討が終わって久しい当時において、後白河・頼朝が共に征夷大将軍を名誉的な官と見なし、「武家の棟梁」「東国の支配者」の官職としては認識してはいなかった可能性がある。
さらに、寿永以後頼朝の征夷大将軍補任までの間に征夷将軍・征夷大将軍の地位や職権について議論された形跡が、京都・鎌倉双方の同時代史料からは確認できず、鎌倉殿の持つ権限は特定の官職によるものではなく、寿永二年十月宣旨や文治の勅許等、鎌倉殿が朝廷によって承認されてきた東国支配権や諸国守護権等各種の軍事的・警察的諸権限によるものであり、頼朝・頼家・実朝3代の征夷大将軍自体は職掌・実権のない空名の官職補任以上のものではなかったとされる。この説によれば、『吾妻鏡』による3代の征夷大将軍補任記事は征夷大将軍の権威が確立した後の脚色記事であり、実際に征夷大将軍補任が政治的意味を持つようになるのは、河内源氏嫡流が断絶して武家源氏ではない鎌倉殿（摂家将軍）を迎えた時とされる。摂家将軍を擁立した執権北条氏ら鎌倉幕府側は、鎌倉殿の後継者の地位及び頼朝以来認められてきた諸権限を頼朝以来の3代が共通して補任されてきた空名の官職である征夷大将軍の職権として結びつけた上で、新たな鎌倉殿である摂家将軍や宮将軍への継承を求め、承久の乱後に親幕府派によって掌握された朝廷もこれを認めたことにより、征夷大将軍が「武家の棟梁」「東国の支配者」の官職に転換されたとする見解を採っている
摂家将軍・宮将軍
鎌倉時代以降、幕府の政治力は徐々に高まっていった。しかし、頼朝の実子として将軍・鎌倉殿に就いた源頼家・源実朝は権臣の北条氏に対抗できる力を持たなかった。頼朝の直系血統が絶えると、当初北条氏は皇族の将軍就位を求めたが、最終的には拒絶された。このため頼朝妹の血統をもつ摂関家から2歳の三寅を鎌倉殿に迎え、北条政子が後見した。正室となったのは頼家の娘であり、実朝正室坊門信子の猶子であった竹御所であった。三寅は6年後に元服した後に藤原頼経を名乗り征夷大将軍に就くが、実権は乏しく、傀儡であったと見られている。しかし北条泰時死後の混乱につけこみ、反得宗家の御家人を糾合して長子北条経時の執権就任に反対するなどの動きを見せた。この直後、子の藤原頼嗣が6歳で元服し、将軍職を譲らされるが、これはその影響であったと見られている。しかし頼経はその後も隠然とした勢力を保ち、名越光時ら反得宗勢力と連携して北条時頼と対立し（宮騒動）、その直後京都に送還された。また頼嗣も、僧了行らの謀反事件の煽りを受けて廃位されている。
その後、皇族が将軍として迎えられ、いわゆる「宮将軍」となったが、「得宗専制」と称される幕府の中では、得宗家の傀儡に過ぎなかったという見方が支配的である。六代将軍宗尊親王は正室の密通事件が発生する中で謀反の嫌疑をかけられて京都に送還され、七代将軍惟康親王は『増鏡』において「将軍宮こに流され」と表現されるように、ほぼ罪人扱いで京都に追放されている。久明親王は理由は不明であるが33歳で辞任して京都に戻り、守邦親王は鎌倉幕府の滅亡とともに出家した。
建武政権・室町時代の将軍
建武新政で天皇公家の親政と国衙復活を目指して朝廷の独裁政治となり、恩賞や領地を巡り武家との対立が勃発した。足利尊氏の叛旗で建武政権は瓦解し、尊氏は北朝を奉じて征夷大将軍に就任し京都に室町幕府を開くが、有力守護の細川氏・斯波氏・畠山氏などとの連立政権となり、公武政権の特色が増した。だが、室町幕府3代将軍足利義満は公武両権力の頂点に立った。それ以降、征夷大将軍は武家の最高権威となった（ただし、実質的権力については、前将軍である室町殿や大御所が握っている場合もあり、必ずしも征夷大将軍が握っていた訳ではない）。足利義満の王権簒奪で朝廷は統治権を失い、政治権力は史上最も低下した。将軍職は嫡男の義持へ譲ったが権力は治天の位置を占めた義満に集中したままだった。応永15年（1408年）5月、義満の急死後に将軍の権限が急速に回復し細川管領と斯波義将ら宿老との連携の中、将軍権力と幕府機能が復活し義満の政庁北山第も現・金閣を残し取り壊した。以降に天皇と朝廷は揺り戻しや戦国大名の貴族化と猟官への接近による権威再建はあったが、統治権のない権威としての政府となり、幕府こそが日本全土を実質統治する政府となった。足利義教の代には頻繁に守護大名家の相続に介入して独裁的な権力を行使したが、その暗殺と守護大名主導の叛乱鎮圧により再び将軍権力は低下した。足利義政の代には、守護大名間の武力抗争に対し、朝廷のように半ば超然と振舞う存在となった。その子の足利義尚は実権回復を図り六角氏討伐軍を自ら率いたが、中途で病死し果たせなかった。
南北朝時代には、南朝の北畠顕家が鎮守府将軍を鎮守府大将軍と名乗ることを認められているが、これは清華家の家格を有する北畠家にとっては、鎮守府将軍は明らかに卑職であることを顕家が嫌ったためである。
戦国時代の将軍
将軍足利義材は義尚の果たせなかった六角親征に成功したが、これで自信を高めたことで細川政元と対立し、畠山征伐として河内に出兵した留守にクーデターを起こされ将軍職を失った（明応の政変）。幕政は細川氏支配が確立し、また幕府と将軍の全国統治の権力は消滅して室町幕府は畿内を支配する地方政権となる。武家に対する将軍の権威はある程度は残ったが、戦国大名が成立して、将軍は有力大名の意向には逆らいにくく、敵対すると大永元年（1521年）頃から出奔逃亡し京都に常にとどまれず「流れ公方」と嘲笑された。将軍の守護補任権が断続的になり天皇の国司任命が復活し、官位の朝廷取次権限が行使できず直奏となり、将軍権力が縮小した。天文22年（1553年）、三好政権を成立させた三好長慶に13代将軍の義輝は反撃を試み、洛外の近江国朽木に追放され5年後和睦し戻ったが、永禄8年5月（1565年6月）永禄の変で二条御所を軍勢で襲われ殺害され、将軍といえども不犯の存在ではなくなった。そのため弟の足利義昭は織田信長の協力を得て、三好政権が擁立した14代将軍足利義栄が急死する中、奉じられ上洛し15代将軍となり、室町幕府を再建し畿内支配を復活させた。だが、義昭は室町幕府創設時からの伝統の、武田信玄など他の有力大名との複数提携を目指し、やがて信長と対立し、義昭は兵を挙げ、捕らえられ京都から追放され、室町幕府は官僚の奉公衆の伊勢氏など多くは明智光秀に引き継がれ、実質消滅した。だが足利家の家職化した将軍を朝廷は積極的に解官せず、その後の織豊政権は、征夷大将軍・幕府体制とは違う政権樹立をしたので、義昭は豊臣政権の初めに辞官するまで将軍職だった。
江戸時代の将軍
慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いに勝利し、豊臣政権内での対抗勢力を一掃した徳川家康は、豊臣氏に従属しない独自の公儀としての名目を確立するために、慶長8年（1603年）に征夷大将軍に就く。さらに2年後には嫡男の徳川秀忠に将軍職を譲り、かつての足利氏のように将軍職を家職とし、豊臣家に替わり徳川家が代々の武家の棟梁たることを示した。この徳川政権は後に江戸幕府と呼ばれる。かつての鎌倉幕府・室町幕府と異なり、江戸幕府では幕閣の権臣の力が徳川将軍家を凌駕する事態は起こらなかった。しかし19世紀中頃に開国問題を契機として朝廷の権威と幕閣外の西南雄藩の政治力が高まり、対応して将軍の公儀としての力が失墜し、公武合体や大政委任論で公儀の再定義を試みるも行き詰まる。慶応3年（1867年）、徳川慶喜は征夷大将軍を辞任し、「大政」を朝廷に返上すること（大政奉還）で、徳川家当主が征夷大将軍ではなく「上様」として公議政体の指導者たらんことを狙ったが、直後の王政復古で旧将軍家を締め出した新政権が発足し、また征夷大将軍職を含む従来の官職の廃絶が行われた。
内大臣源朝臣
左中辨藤原朝臣光廣傳宣 權大納言藤原朝臣兼勝宣 奉　勅件人宜爲征夷大將軍者
慶長八年二月十二日　中務大輔兼右大史算博士小槻宿禰孝亮奉
（訓読文）
内大臣源朝臣（徳川家康62歳）
左中弁（烏丸）藤原朝臣光広伝へ宣（の）り、権大納言（広橋）藤原朝臣兼勝宣（の）る。 勅を奉（うけたまわ）るに、件（くだん）の人、宜（よろ）しく征夷大将軍と為すべし者（てへり）
慶長八年二月十二日　中務大輔兼右大史算博士小槻宿禰孝亮奉（うけたまわ）る。
 — 徳川家康征夷大将軍の辞令（官宣旨）、日光東照宮文書
源平交代思想と源氏将軍
源頼朝が東国の軍政（地方統治権）という意味に注目し征夷大将軍という官職を望んだという説以外にも、日本史上の武家政権は、平氏（桓武平氏）と源氏（清和源氏）が交代するという源平交代思想や、源氏であることが征夷大将軍に任ぜられる条件であるという源氏将軍説が存在した。しかし実際には、頼朝以降に限っても、摂家将軍や皇族将軍の例があり、清和源氏以外に藤原氏や皇族も就任しており、平氏を自称していた織田信長も天皇によって征夷大将軍に推任されたとされる（三職推任）など、征夷大将軍になれるのは源氏に限られている訳ではない。また征夷大将軍イコール源氏長者のような印象があるが、これは足利義満以降の事である。
豊臣秀吉
豊臣秀吉は近衛前久の猶子となって関白に任ぜられたとされる。秀吉は自ら征夷大将軍就任を断っており、また朝廷にとって関白就任の方が征夷大将軍就任よりも遥かに抵抗感が強く、秀吉はむしろ征夷大将軍就任よりも困難である関白就任を実現させている立場である。
なお、織田・豊臣期の征夷大将軍に関しては、当時の人々の間に征夷大将軍は足利家の家職と認識されており、源氏云々とは別の意味で「将軍職は足利家以外にありえない」という概念が存在していたために、京都を追放されて実権を失った足利義昭が征夷大将軍として認められ続け、朝廷も積極的な解任を行わなかったとする見方もある。