リンカーンの企画・コーナー
リストランテリンカーン
料理をほとんどやったことがない芸人がシェフ（第2弾の山口は料理長、第3弾の宮迫は板長）となり、高級食材を使い料理に挑戦する企画。レギュラーメンバーは客として作った料理を食事し、その料理を評価する。支配人（司会）はレギュラーメンバーの中で唯一料理を得意とする天野。調理中はその様子を別室のモニターで観察している。リンカーンのレギュラー放送では最も長期間続いた企画となった。
ルールとして厨房にいるスタッフは助言・手伝いは一切せず、トラブルも含め全て自己責任で処理しなければならない。ただし、ヒントとして作る前に天野がシェフに食材に関するアドバイスをくれる。他にもその季節に合った食材や、超高級調味料などを教え、さりげなく使うようにさせている。食事は3時間後に予定されているが、実際にはそれ以上の時間がかかっているとみられる。出来立てではないため天ぷらや春巻きなどの油で揚げた料理はギトギトになってしまう事も多い。作られる料理に関しても下ごしらえや調味料による味付け、出汁やブイヤベースを使う事が少ないため、良くて「味がない」という評価、無論それ以下の酷い料理になることがほとんどである。なお、制作中に正しい調理法（下ごしらえや、捌き方、一般的な作り方）を紹介している。
第1回から第8回まではリンカーンメンバーから1人がシェフとなり4品のフルコース料理を製作し、最後に評価を行う。第1回（浜田編）のみ「今回のフルコースに対しいくら払えるか?」を各個人が出し、その合計金額をギャラとしてシェフに支払われるという形式。第2回から第8回までは他のリンカーンメンバーが「〇（美味しかった）」か「×（まずかった）」で評価し、全員が〇を出せば海外旅行を獲得。1つでも〇があれば個数に応じて賞品が与えられる。この形式ではウドがパーフェクトを達成し海外旅行を獲得（ただし、スタッフも想定していなかったか「旅行券の目録」が手渡された）。逆にさまぁ～ずは両者とも逆パーフェクト（全員×）を受けている。
第9回以降はゲスト芸人3組による料理対決企画になり、3組の料理を試食後一番美味しかったと思う人の札を上げ優勝者を決定、優勝者にはお食事券10万円分が与えられる。逆に最下位も札上げで決定（札の数次第では優勝者を決める時点で決定することもある）し、最下位には「バカ舌へのお仕置き」として「番組特製激辛ソース」「超すっぱ水」（梅干し100個分の酸っぱさがある無色無臭のドリンク）、「激クサドリアン爆弾」（密閉した状態でドリアンのにおいがする無害のミストを嗅がされる）、「冷え冷えドリンク」（頭痛必至のカチカチに冷やした特製ドリンクを一気飲み）といった罰が執行される。
第10回以降は新番組または映画の宣伝を兼ねてのゲスト出演も出演していた（天野曰く「他にゲストを呼べるコーナーが無い」）。
芸人大運動会
お笑い芸人が2チームに分かれ本気で運動会を行う企画。
第1弾は36歳以上の初老組と35歳以下の中年組、第2弾は松本率いるボケ組と浜田率いるツッコミ組、第3弾以降は浜田組と松本組に分かれて運動会が行われる。
キャプテンはダウンタウン（浜田、松本）が務めるが、第1回での中年組のみよゐこが担当した。色は浜田（初老、ツッコミ）組が赤、松本（中年、ボケ）組が白。
番組の人気企画であり、2013年の番組最終回では「来年に特番で芸人大運動会を開催する」と発表。翌年2014年以降は毎年10月に特番として放送されている。
司会進行・場内アナウンスは小学生が担当。これは浜田の提案である（松本と放送作家・高須光聖が出演するTOKYO FMのラジオ番組『放送室』より）。
芸人大新年会
リンカーン新年1発目の収録で、レギュラーとゲストの芸人が招待されるダウンタウン司会の新年会企画。
衣装争奪ツアー
真夏と真冬に行われる企画。浜田・さまぁ～ず・蛍原（初回は不参加）・ウドのレギュラーメンバーとゲストの芸人が、ロケ先で着る衣装争奪戦を繰り広げる。まず、ロケ先毎にくじ引きでメンバーの中から司会者を決定。更に司会者が残りのメンバーの中からアシスタントを指名、司会者とアシスタント（初回はゲームで1位になった人も含む）は通常の衣装を着る事が出来る。残ったメンバーはゲームで順位毎にテーマに沿った衣装を獲得、それに着替えてロケをする。だが1位でも微妙な衣裳の場合があり、2位であってもハズレである事が多い。三村は一回は順位に関わらず、顔を覆う全身タイツになることが多い。この他にも、日村は毎回、視界を遮るような西洋の鎧をかぶせられ、ここでも浜田は一度『リンカーン』では由美かおる（かげろうお銀）の衣装を着させられた。司会者になった場合は先輩も後輩もなくなるため態度が横柄になる。最後のブロックでは浜田が司会者になることが多く、いままでの鬱憤を晴らすかの如く恐怖政治になるのがお約束。
NOカーナビラリー
赤坂のTBS本社からリンカーンメンバーが2人から3人のチームに分かれて、目的地のお店にどれだけ早く到着できるかを競う。各チームには華を添えるため、運転経験や土地勘が無い女性ゲストも1人ずつ加わる。しかし、浜田のみこの企画に欠席することが多い（計5回あるのに対し、浜田は第3・4回しか参加していない〈他のリンカーンメンバーは全ての回に参加している〉。浜田が欠席している回では松本や宮迫が「NO浜田ラリー」と言う事がある）。
運転中はカーナビと地図の使用が一切禁止。また、各チーム3枚の「通行人カード」を所持しており、1枚使用するたびに代表者1人が道行く通行人に対し道を尋ねることができるが、それがどんな情報（分からない場合）でもカウントされる。実際に接触できれば出演者の身内（三村の）に尋ねても構わないが、宅配業者や郵便配達員などの道のプロに聞くのは禁止。また複数の通行人に会っても、カード一枚につき会話できるのは一人だけである。ただし、通行人のほうから自ら教えてくれた場合はカウントされない。第2回からは各自携帯電話が支給され、他のチームに電話をして探りを入れても構わない。また、高速道路の使用も禁止。
お店を発見した後は、駐車場に車を止めて（駐車場がない店舗の場合は付近のコインパーキングで車を止める）店に到着したらゴール。最下位以外のチームは目的地のお店で料理食べ放題。最下位のチームは上位チームが食べた食事代に加え、視聴者サービス用の代金を支払わなければならない（こちらは回によってはない事がある）。
東京探し物ラリー
浜田・大竹・天野の「浜田チーム（青）」、松本・蛍原の「松本チーム（黒）」、三村・宮迫・ウドの「三村チーム（白）」に女性ゲストを加えた3チームで争う。指定された「昔は良く見たけど今では見ることが難しい物」を都内で探し出す。
各チームには通行人に聞けるチャンスが与えられており、それを基に探し出していく。通行人には連続して3回聞くことができ、3回聞いた後は20分聞くことができない。指定された物を見つけたら証拠として写真を撮影。ゴールとなる店舗に向い、上位2チームに豪華料理。最下位が食事代と視聴者サービス用の代金を支払う。ただし、撮影交渉なども自分たちで行わなければならず、NGが出た場合は不可。また、「現役で使用しているもの」といった制約が課されることもある。NOカーナビラリーと違い、地図・高速道路は使用可能。
2019年5月1日のスペシャルでは3チーム（浜田・大竹・ウド・乃木坂46高山一実の『浜田チーム』（青）・松本・三村・蛍原・岡田結実の『松本チーム』（赤）・宮迫・天野・夏菜の『宮迫・天野チーム』（白）、宮迫・天野チームには人数調整として藤本敏史が加入）で対決。お題も「理髪店のサインポール（2ポイント）」「井戸（50ポイント）」など時間内に見つけるたびに難易度ごとのポイントが加算されるルールで行われた。1位の松本チーム(378P)は10万円分の叙々苑食事券、2位の宮迫・天野チーム(314P)は5万円分のいきなり!ステーキ食事券、3位の浜田チーム(310P)はビーフジャーキーを獲得した。
なるほど!共感ゲットカーペット
爆笑レッドカーペットのパロディ。司会は浜田と青木アナ。松本、さまぁ～ずなどの「共感ゲッター」達が動くカーペット（本家と違い右から左に流れる）に乗って登場し、思わず共感できることを発表。共感できたかをパネラー7人が5点満点で評価し、点数によって「小共感」「中共感」「大共感」「満点大共感」に分けられる。「満点大共感」を獲得した共感ゲッターには金一封が送られる。
共感ゲッターたちにはかなりプレッシャーがかかる企画でもあり、松本や大竹ですら狼狽することもある。
ワンフレーズカラオケ
ある曲の最も盛り上がるワンフレーズのみカラオケで歌い、観客審査による点数で勝敗を決める企画。初期の頃は個人戦だったが、第3弾以降は主に2チームに分かれて戦うチーム戦となっている。第7弾はスペシャル版として本物の歌手とリンカーンメンバーが勝負した。
リンカーンTRENDY
アンジャッシュが司会を務め、レギュラー陣が購入者となる企画。流行の最先端を行く人気商品が登場し、それらが特別価格で提供される。欲しいと思った場合は購入の意思を示し、即金（足りない場合は借金も可能）で支払うことで購入することができる。VTRには「日本直販」でお馴染みのやのぱん、「ジャパネットたかた」の高田社長に扮するビューティーこくぶが登場する。第2回ではリンカーンメンバーのそっくりさんが登場した。
コレナンダッケ?
浜田チームと松本チーム各10人（2013年6月11日放送分からは6人）による対抗戦クイズ。
絶対に見たことはあるが名前が出にくい人や物の名前を答える。各チーム代表者1名に出題され解答。解答はひらがな及びカタカナで行い、文字数も発表されている。
　賞金は1万円からスタートし、両者正解の場合は賞金1万円が上乗せされ次の解答者へ交代。一方のみ正解の場合は正解したチームにその時点で積み立てられた賞金が加算される。両者不正解の場合は賞金は維持された状態で次の解答者に交代する（2013年6月11日放送分からは正解したチームに賞金1万円が加算され、不正解の場合は加算なし）
　1stステージは人名の「コレ誰ダッケ?」、2ndステージは物やキャラクター名の「コレ何ダッケ?」を行い、ファイナルステージは両方のジャンルから出題、賞金の上乗せ額も倍の2万円に上がる。
獲得賞金の多いチームが勝利となり、獲得賞金を山分け。負けチームは賞金を全額没収される。
芸人正解あたりまえチャンス
『全員正解!あたりまえクイズ』のパロディ。芸人であれば正解して当然の問題に全員が3問連続正解すれば100万円獲得。2006年8月29日放送分では19人（さまぁ～ず、雨上がり決死隊、山口、品川庄司、バナナマン、おぎやはぎ、FUJIWARA、フットボールアワー、中川家、スピードワゴン）全員が3問連続全員正解できたので賞金100万円…と思いきやキャイーンがいなかったことに、松本が気づき、浜田が座ったので賞金なしとなった。
朝までそれ正解選手権
　それ正解ゲームをゲストとともに行い「それ正解王」を決定する、企画サミット発の企画。レギュラーメンバーが3グループに別れ、各グループゲストを含めた6人で開催。正解は出演者で決定し、正解した人に1ポイント、さらに1人勝ちした場合は2ポイント獲得。
　6問行い各グループ獲得ポイント上位3人が決勝に進出。ボーダー上に複数人が並んだ場合は決勝進出決定問題を行い勝者を決定する。決勝では9人で行い得点を一番獲得した人が優勝。優勝は山崎樹範。
リンカーン芸人タワー
若手芸人が高層ビルの各階を占拠し、松本、三村、宮迫、天野（山口も当初参加）がエレベーターで芸人毎に付けられたタイトルの気になった階に止まり順番に若手芸人のネタを見ていくという企画。第1回、第2回まではジャンル問わず様々な芸人がネタを披露していたが、第3回からはものまねやカラオケなどジャンルが固定されるようになった。
トレンディエンジェル、渡辺直美、チョコレートプラネット、GO!皆川、永野、花香よしあき、ゴー☆ジャスなどブレイクした芸人も数多く出演している。
侍PANGがネタ中に同フロアのレストランの従業員から怒られてしまう、楽珍トリオがネタをことごとく失敗するなどのハプニングが起こった。