星のカービィ ウルトラスーパーデラックス
ゲームモード
SFC版から既に存在するモードの詳細も表記。
白き翼ダイナブレイド
SFC版と違って最初からプレイできず、「はるかぜとともに」のステージ1をクリアすると遊べるようになる。難易度は★★★。ダイナブレイド戦の音楽が『カービィのエアライド』でのダイナブレイド登場イベントの編曲版（初代カービィのステージ2「キャッスルロロロ」のアレンジ版）となっており、ゴールゲームで残機アップしなかった時にもらえる得点が大幅に下がっている。
激突! グルメレース
SFC版と違って最初からプレイできず、「はるかぜとともに」のステージ1をクリアすると遊べるようになる。難易度は★★。新しく対戦モードが追加され、DSワイヤレスプレイで2人対戦が可能になっている。2Pで操作するのは黄色カービィ（キービィ）になっている。また、タイムアタックモードで現れるゴーストは『参上!ドロッチェ団』のゴーストカービィの姿となっている（SFC版では前の結果の追っかけものは星であった）。
メタナイトの逆襲
SFC版と違い、DS版では「白き翼ダイナブレイド」クリアに加えて「激突! グルメレース」のグランプリで勝利して「洞窟大作戦」で初めてセーブすると遊べるようになる。難易度は★★★★。メタナイト達の会話の内容が微妙に変わっている箇所があり、鳥の姿をしたキャラクターが「バル艦長」と呼ばれるようになる。また、空中戦艦ハルバードのデザインが『スマブラX』のモチーフになっている。下画面には現在のハルバードの損傷状況が表示される。SFC版と違い、「つづきから」でクリア済みの過去のチャプターからのプレイも可能になった。また、ヘビーブロスター戦において専用のBGMが用意され、ペイント能力を使用した後、ヘビーロブスターの目にペンキが付着し、メタナイツとバル艦長が慌てるセリフが追加された。
銀河にねがいを
SFC版と違い、DS版では「洞窟大作戦」「メタナイトの逆襲」に加え「はるかぜとともに」をクリアすると遊べるようになる。難易度は★★★★★。ステージ中で入手したコピーのもとデラックスのコピー能力の切り替えは下画面をタッチすることでSFC版より簡単に切り替えやすくなった。また、夢の泉のデザインが『スマブラDX』のモチーフになっている。敵の配色が今までのゲームと異なり、使い捨ての能力を除き敵を飲み込んでもコピーができない。SFC版と異なり、ボスの体色も変化している。なお、SFC版にはなかった新ムービーが追加されており、ノヴァ内部はスクロールスピードの上昇、ステージの一部地形のカット、通過するのに狭い部分が多くなったなど、細かな調整が加わっている。バトルウインドウズのレッドドラゴンが「グランドドラゴン」に変更（配色も赤から茶色に変更）され、さらにマルクの体力が増えた。
格闘王への道
「銀河にねがいを」をクリアすると遊べるようになる。難易度は★★★★★★。SFC版では一度回復アイテムのマキシムトマトを取ると完全に消滅していたが、今回はマキシムトマトを一度取った後にボスを倒して休憩所へ戻ってくると取ったマキシムトマトの所に普通のトマトが出てくるようになった（そのトマトは一度取ったら消滅する）。そのため多少難易度は下がっている。また、速かったクリアタイムのベスト3が記録されるようになった。ボスは原作版と同じく19体で、19戦目が必ずマルクである以外は登場順番がランダムである点も共通するが、1戦目のボスが下画面に表示され分かるようになった。なお、休憩部屋のBGMが「洞窟大作戦」のセーブ部屋のものに変わっており、タイトル画面の曲は新規のものに変わった（元のタイトル曲はオープニングムービーからの最初のコピー選択部屋に用いられた）。
大王の逆襲
「銀河にねがいを」をクリアすると遊べるようになる新モード。難易度は★★★★★。ストーリーはデデデ大王がプププランドの秘宝「きらきらぼし」を奪ってカービィをおびき寄せ、リベンジを挑むというもの。新キャラや、初代のエクストラモード、星のカービィ 夢の泉デラックス以来の登場となる敵が登場する他、敵の体力が全体的に上がっていたりと難易度が上昇している。全5ステージ。ステージは全て新作であるが、一部地形は初代「星のカービィ」を忠実に再現している。
メタナイトでゴーDX
「大王の逆襲」をクリアすると遊べるようになる新モード。難易度は★★★★★。「DX」とあるのは『星のカービィ 夢の泉デラックス』の「メタナイトでゴー！」の続編扱いのためである。ストーリーは「メタナイトの逆襲」にてカービィに負けたメタナイトが自分を鍛えなおすために修行の旅に出るというもの。
メタナイトを操作して「はるかぜとともに」「白き翼ダイナブレイド」「洞窟大作戦」「メタナイトの逆襲」「銀河にねがいを」をプレイするが、一部変更が加えられている箇所もある（詳細は後述）。各モード間でのみセーブが可能（1つのモードの中ではセーブできない）。敵を倒すとポイントが溜まり、それを消費する事で4種類の技が使えるようになっている。
メタナイトの能力はカービィのコピー能力であるソードとほぼ同じだが全体的に強化されている。カービィのホバリングは攻撃判定のある「はばたき」にへんこうされたほか、剣は紐を斬るだけでなく、導火線への着火と、杭を打つことも可能。さらに、カービィでは使えない「うえつき」を繰り出すこともできる。その代わりに通常の回復アイテムがなくなり、マキシムトマトやコピーのもとが通常の回復アイテムになるため、ステージとしての難易度は上昇している。
なお、先述したように一部のステージは変更が加えられている。例えば、「洞窟大作戦」では一部のマップに行けない、「メタナイトの逆襲」では実質イベント戦闘だった最初のヘビーロブスターを倒さなくてはならなくなった代わりに、時間制限が無くなりリアクターを倒せばクリアとなる、「銀河に願いを」では星の攻略順が選択できず固定される、ギャラクティック・ノヴァ戦とマルク戦がなくなり、代わりに新ボスギャラクティックナイトと戦うことになる、など。
ヘルパーマスターへの道
「格闘王への道」をクリアすると遊べるようになる新モードで、難易度は★★★★★★。
各コピー能力のヘルパー（＋ソードナイト）を使ってボスを倒していくモードで、途中でヘルパーを変更することはできず、最後までコピー能力を固定して戦わなければならないほか、ヘルパー毎に移動速度やジャンプ力など基本的な能力が変わってくる（プラズマウィスプのように浮遊しているものもある）ため、それも把握しておく必要がある。最後のボスを倒すと、各ヘルパーごとの個別、全ヘルパー総合の2種類のクリアタイムのベスト3が記録される。
ボス数と回復アイテムの数が「格闘王への道」より減っている。また、「銀河にねがいを」に登場したボスは色違いになっており、体力も増加している。ボスの順番はすべて固定で、最後のボスは魔人ワムバムロックと、新ボスのワムバムジュエルの2連戦となる。使用キャラクターを問わず1回でも勝ち抜けばモードをクリアしたと扱われるが、全キャラでクリアすると「ヘルパーマスター」の称号が手に入り、SFC版で使われたムービーを見ることが出来るようになる。
タッグでプレイすることもできる（1人プレイの場合、残りの1人はCP）。その場合、2Pは1Pが選んだヘルパーと同じヘルパーで挑むことになる。基本的に1Pと同じで、受けたダメージは引き継がれるが、2Pは途中で体力が0になってやられた場合、そのボスを倒した後の休憩所で復活する。ただし、復活したときの残りHPは、1度目に復活したときは通常の1/2、2度目以降に復活した場合は通常の1/4となっている。
真・格闘王への道
「格闘王への道」「ヘルパーマスターへの道」「メタナイトでゴーDX」をクリアすると遊べるようになる新モード。難易度は★★★★★★★。計10体の新登場ボスとのバトルを勝ち抜き、優勝を目指す。回復アイテムもあるが、マキシムトマトではなく普通のトマト5つのみで戦わなければならず、また1度取ると2度と復活しない。また、このモードでの休憩所では、2つのコピーのもとの内どちらか一方は必ずスリープになっているため、コピーの変更がしにくくなっている。
「大王の逆襲」に登場したボス計6体がランダムに登場した後、各新アクションモードのラストボス計3体（マスクド デデデ、ワムバムジュエル、ギャラクティックナイト）が決められた順番に登場、そして本モードにのみ登場するマルクソウルが10体目として立ちはだかる（ちなみに、これら4体のラストボスは"四天王"と呼ばれ、彼らが姿を現すまで毎回［?］になる）。なお、これらの四天王戦前では休憩部屋のBGMが不穏なものに変わる。
スーパーファミコン版との違い
基となったスーパーファミコン版との明確な変更点などを挙げる。ただし、前述してきた追加要素はここでは省略する。