ネプリーグ (深夜時代)
『ネプリーグ』（深夜時代）は、2003年4月16日から2005年3月30日までフジテレビで毎週水曜23:00 - 23:30に放送されていたバラエティ番組である。本項では深夜時代についてのみ扱う。ゴールデン進出後については『ネプリーグ』を参照。
番組概要
2003年4月16日に放送開始。放送時間は毎週水曜日23:00 - 23:30。メインはネプチューンで新たな冠番組になった。内容はリーグ（対決）と言うこともあり、｢様々なゲームで対決する。｣企画が中心であった。
放送開始当初は『Matthew's Best Hit TV』に押されていたが、1年後に｢ファイブリーグ｣が始まったあたりから人気が上昇し視聴率が「Matthew's…」を凌ぐこともあった。2004年9月15日には当時の番組最高視聴率となる16.8%を記録（ビデオリサーチ調べ）。2004年10月頃 - 2005年3月頃は独走状態になりマシューTVを逆転した。
2005年2月15日に「カスペ!」枠で「ファイブリーグスペシャル〜芸能界常識王決定戦〜」と題して、初のゴールデン2時間スペシャルを放送。初めてゴールデン進出後と同様の形で放送され、14.5%の視聴率を記録した。
ファイブリーグの人気が定着したことでゴールデンタイムへの進出が決定。水曜23時での放送は、2005年3月30日の「ファイブリーグ総集編SP」で終了した。番組の最後に4月から「ファイブリーグは"月 曜 夜 7 時"に移動!」と、5文字クイズ形式で発表された。月曜19時枠の同時ネットを行わない局では伊藤のナレーションと共に、ネプチューンの3人と「ネプリーグ END」の文字が映った映像が表示された。
ゴールデンタイム進出後はクイズ番組となり、ファイブリーグ以外のコーナーは一切行われなかったが、2007年12月24日に「ネプ大リーグ」内で「WORLD STAR IN JAPAN」と「Let's Study J-POP English」がチーム戦のクイズコーナーとして復活した。また、2008年2月11日にも放送された。
2009年4月から2011年3月までフジテレビONEにて再放送を行っていた。
コーナー
深夜番組時代のコーナーは、ファイブリーグ（ルール変更）を除き、ゴールデン移行と共に終了となった。各コーナーのナレーションは佐藤アサトが担当していた。
ネプセレクション
2つの「体験してみたいもの」のうち、どちらを体験したいか、ネプチューンとゲストの多数決で決定。多数派を選んだ人が、スタジオで選んだものを体験できる。
たけのこニョッキ
六角形のテーブルで6人で行うゲーム。「たけのこ、たけのこ、ニョッキッキ!」という掛け声で始まり、「1ニョキ」から始まり、2ニョッキ、3ニョッキと続けていく。言う順番やタイミングは自由だが、他の人と言うタイミングがかぶったらドボン。「6ニョッキ」（最後まで「ニョッキ」を言えなかった）になってもドボン。3ドボンで失格。たとえ1ドボン以下であったとしても、リーチ（2ドボン）の人とかぶったら道連れで失格。また、生放送版では1ドボンで即失格となる一発勝負ルールが採用される。
開始当初は、失格者に罰ゲーム「たけのこドカーン」（失格者の近くで爆竹を爆発させる）が用意されていたが、のちに罰ゲームは、豪華料理が食べられないというルールが多くなった。また生放送版では失格者の関係者への生電話をかけるという罰ゲームがおこなわれた。
天の声（ナレーション、進行役）の正体は長らく伏せられていたが、2004年7月14日の放送で青木さやかであることが公表された。ただし、国仲涼子がゲスト出演した時は「国仲のファンだから」という理由でビビる大木が担当した。
2004年9月には、バンダイより『たけのこニョッキゲーム』が発売された。
潜入!!秋葉カンペーさん
秋葉原在住のアイドルおたく・秋葉カンペーさん（堀内）が、奇想天外なカンペ（テレビ番組スタッフが出演者に向けて指示を出すのに用いる）でアイドルの販促イベントや公開収録をフォローする人気コーナー。カンペのみならず、後半に進むにつれ手の中に目玉が書いてある等の奇抜なパフォーマンスも増える。ターゲットには秋葉カンペーさんの存在は知らされておらず、カンペでフォローされたターゲットは戸惑うばかり。
アイドル以外に、女子プロレスの納見佳容選手や叶姉妹、プリンセス天功などもフォロー。長野放送の生放送番組にも潜入した。また秋葉カンペーさんと渋谷飛鳥がショートドラマを演じた。2005年3月23日放送が最終回となり、この回では杏さゆり、小阪由佳、上戸彩の三人（小阪に関しては、あくまで楽しませるため）をフォローした。秋葉カンペーさんは調子に乗ってカンペを集めた本「秋葉カンペーのアキバボ～ン!!」を発売。
最終回の最後に「パート2で会おう」と書いてあったが、ゴールデンタイム以降後はこの企画を一切やっていない。理由は「ゴールデンにはもったいない」。
また、この番組とは関係の無いところで、アイドルのイベント等でカンペーの真似をしてウケを狙おうとする一般人が続出し、マネをしないでほしいと注意を促すテロップが番組内で流れたこともあった。
細木数子の人生診断
細木数子がゲストの家相や人生を占い、アドバイスする。料亭で行われたり、2004年4月7日・8月17日・10月22日にはスペシャル版の『細木数子の人生ダメだし道場』も放送された。これら3回の特番が高視聴率だったため、2004年11月5日から2008年3月14日まで『幸せって何だっけ 〜カズカズの宝話〜』としてレギュラー化されていた。ネプチューンの3人もレギュラー出演していた。
キスリーグ
no kiss man（泰造）とアイドルのファンが腕相撲で対決、ファンが勝てばそのファンがアイドルからキスをもらえる。アイドルから電話がかかってきた人が挑戦権を得る。過去によゐこの有野晋哉が出演したことがある。
ファンの中にはサクラもいる。アイドルからの電話を受ける男性陣はみな自分の携帯電話を持っているが、局内なのでサクラの携帯は圏外となっていた。ファンだけに局内で通じる専用携帯電話を持たされる仕組み。
ファイブリーグ
正解が5文字になる問題を出題、5人の答えがその正解に一致し、5問全問正解すれば50万円獲得（獲得した回は無かった）。ルールは現在と同じで、1人でも間違えればそのラウンドは終了となる。1セットにつき5ラウンドまで挑戦ができる。現在のファイブリーグと同じで、基本的にチャンスは1セットだけとして進行しているが、間違えるとネプチューンやゲストが頼み込んだり（伊藤がもう一度挑戦するための条件を提示したこともあった）して、実質2セット（計5ラウンド）行われた。
2004年2月4日放送分に初登場、このコーナーが放送される回は視聴率が良く、2004年9月15日放送分で16.8%の当時の番組最高視聴率を記録（その週において、ビデオリサーチの「その他の娯楽番組」第9位にランクインした）。2005年2月15日にはゴールデンタイムで放送された。
後期では2週に分けてスペシャルを行うこともあり、その際は1週目にネプチューンチームとゲストチームが、2週目に優秀な5人や出来の悪い5人等、チーム編成を組み替えて行う、ゴールデンでのチーム対抗の基礎を作った。なお2チームが挑戦するため、この時はルール通り、各チーム1セットしか挑戦できない（2週目で1チームだけ挑戦する場合は通常通り、暗黙の了解で2セット実施）。

2005年3月30日の23時台最後の放送では「ファイブリーグ総集編SP」と題して、ゲスト、ネプチューンの珍解答を振り返りながら、正解率がもっとも低い非常識人を決定した。結果は1位はカンニングをしたドン小西となった。ちなみに堀内健は20位、原田泰造は15位にランクインされていた。
企画開始当初は、『痛快!明石家電視台』のクイズコーナーで行われていた「みんなで五文字」の盗作だという指摘が少なからずあった。これついて『お台場明石城』の放送の中で、『痛快!…』で「みんなで五文字」が打ち切られたため、同企画を放送作家が売り込んだ所、『ネプリーグ』に拾われたという真相が語られた。
インテリーグ
ネプチューンとゲスト1人が、どれだけインテリ語（流行語、高度な専門用語等）を正しく使えるかを競うコーナー。1人ずつ順番に、5×5に区切られた25マスから1マスを選んで、そのマスに書かれたインテリ語を使って軽くトーク。正しく使えていれば、そのマスを獲得。使えていなければ、そのマスは獲得されないまま。最初に自分のマスを縦横斜めのどれか1列で3マス揃えた人に賞品。
30セカンズ
2005年1月26日に初登場したコーナー。
名倉潤・中野美奈子が司会とし、今更聞けないようなことを30秒で説明できるか!?というコーナー。
モンキーブレイン
猿に扮した原田(ゴリゾー)・堀内(ホリウッキー)とゲスト1人が協力して、知恵を要する問題を解くコーナー。問題には制限時間が設定されており、時間内に正解できれば猿の仮装をしたモデルに祝福される。正解できなければ、アメージング・コングら猿の仮装をした女性プロレスラーに殴打され、人間代表の老紳士役に扮した名倉(ニンゲン)が正解を実演。