ストップ (オルガン)
呼称
英語においてはorgan stop、ドイツ語ではRegister、イタリア語ではregistro、フランスではjeu d'orgueと呼ぶ。これを操作することにより、各種一連のパイプ列へ送風を供給するのを遮断したりそれを解除したりするものであるため、塞閉器の意味でstopと呼ぶようになった。日本においては、これによって風路に栓をして送風の供給を止めることから、「音栓」とも訳されている。
ドロー・ノブ形
伝統的な引き出し式のノブによるもので、正統派のパイプ・オルガンにおいて最も採用されているものである。あるストップの音を鳴らすときはノブを引き出し、鳴らさない場合には奥に押し込む。先端の中に仕込まれている電球が点灯して、教会などの暗闇でも目視確認がしやすいようになっているものもある。
昨今の新しいパイプ・オルガンにおいては、コンビネーションを使用した切り換えによっても、実際にドロー・ノブが自動で出入りすることにより、ストップの使用状況が目視確認ができるようになっているものもある。それは、TuttiボタンやCancelボタンを押した時や、クレッシェンド・ペダルを踏んだ時においても同様のことが言える。
電子オルガンに採用されることは、コストの面から敬遠されている。教会向けを意識した電子オルガンには視覚的な効果からドロー・ノブが装備されているものの、そのほとんどはプラスチック製であり、バネと電球とを使用した簡易的なものであって、コンビネーションを切り換えてもドロー・ノブが自動で出入りすることがないのが普通である（例：ヴァイカウント「Cuntics」シリーズ,コンテント「Pastorale」シリーズ）。アーレン社の電子オルガンではドロー・ノブは木製で、コンビネーションを切り替えると実際に出入りする。
タブレット形
一般的には、幾分斜め向きに設置されており、上部と下部とを指で押すことによって入・切が切り替わるが、その際に、タブレットの奥に仕込まれている電球が点灯してプラスチック製のタブレットそのものが光ったり、LEDが付いていることによって、教会などの暗闇でも目視確認がしやすいようになっていることが多い。
タンブラー(舌)形
斜めに突き出て並んでいる舌状スイッチの下部を指で下げたり上げたりすることによって入・切が切り替わるものである。上部などにLEDが付いていることによって、教会などの暗闇でも目視確認がしやすいようになっていることもある。
点灯押しボタン形
一度指で押すと入になり、もう一度押すと切になるようにできている。目視確認のため、電球やLEDにより点灯する。
フルー管
フルー管（英: flue pipe）は、エアリードにより発音する管群である。発音原理的にはリコーダーに等しい。オルガンのパイプの主流を占める。
フルー管はパイプの末端が開かれているか閉じているかによって、開管と閉管に分けられる。 開管に対して、閉管では奇数次高調波の多い音質となり、同ピッチを得るためのパイプ長は開管の1/2となる。両者の中間的な性質を持つ半閉管パイプもある。
狭いスケール（パイプの太さ）のパイプは倍音が強くなり弦楽器的な音質となる。 逆に広いスケールのパイプは倍音が少なく純音に近くなる。
スペース節約のために直角曲げを施したパイプもあり、曲げても、総パイプ長の音が出る。
リード管
リード管（英: reed pipe）は、リードにより発音する管群である。クラリネットやサクソフォーンなどと同様の発音原理による。
底穴から風が入ると真鍮製のリードが振動して発音する。 共鳴管は音響インピーダンスを整合し放射効率を高めると共に倍音を整える。円錐形の共鳴管は完全な倍音列を強調し、円筒形の共鳴管は奇数次の倍音を強調する。 リード管のピッチは共鳴管の長さと、リードの長さ、質量、剛性によって決定される。条件が同じであればより長いリードはより低いピッチを与える。 固有振動数に基づいた共鳴管の長さは、円錐形の場合は概ね開管フルー管の長さに相当し、円筒形の場合は閉管フルー管の長さに相当するが、音質上の理由などからそれに従わない長さで作る場合もある。 レガール類のリード管はピッチに対して非常に短い共鳴管を持つ。19世紀には通常の2倍や4倍の長さの共鳴管を持つリード管も作られた。
リードオルガンやアコーディオン、ハーモニカなどと同様のフリー・リードによるものもわずかに使用される。
ダイヤホーン
リード管とは異なり、発音原理的には金管楽器（トランペットやトロンボーン等）に似ている。革を貼った弁が振動源、共鳴管で調律する。低音用の特殊な管でロバート・ホープ＝ジョーンズが発明した。
パイプの材質
金属製：主に鉛と錫の合金が使用される。錫の含有量が多いほど明るく鋭い響きとなる。錫が50％前後のものは斑点模様が現れる。バロック時代までの歴史的オルガンでは、ほぼ純粋な鉛を鍛造処理して使用しているものが多い。オルガン前面のフロントパイプには外観の美しさから純粋な錫のパイプが使われることもある。他に銅、亜鉛、真鍮などが使われることもある
木製：主にフルー管で角筒形の木管が用いられる。
竹製：世界で唯一、フィリピン・ラスピニャスのラスピニャス教会にあるバンブーオルガンに用いられている。1031本あるパイプのうち902本が竹製。
複合ストップ
ピッチの異なる複数列のパイプを束ねたものであり、複数のストップを同時に加えたのと同様の効果が得られる。 通常、何列のパイプが装備されたものかをローマ数字にて併記される。その際、「列」を意味する次の各語、独語：Fach(ファハ),仏語：rang(ラング),英語：rank(ランク),伊語：fila(フィラ)によって呼ばれる。
Mixtureは複数の高いピッチのフルー管のパイプ列からなる複合ストップである。ミクスチュアという語は、Cymbel、Scharf、Fourniture、Ripienoなどの同種の複合ストップを包括的に指す用語としても使われる。ミクスチュアは高次の倍音群を付加することで輝かしい音色をもたらす。一般にオクターヴ系と5度音程系のパイプ列からなるが、3度音程系を含む場合もある。イタリアのオルガンでは複合ストップではなく各列がそれぞれ独立したストップとして存在しており奏者自身が組み合わせて使用する。 ミクスチュアは非常に高いピッチのパイプからなるため、制作上の限界から、一般にミクスチュアを構成する各パイプ列を音域内の適当な段階で低いピッチに折り返す事（ブレイク）が行われる。 ミクスチュアは中世のオルガンのストップ機構を持たず不可分で常に同時に鳴らされたパイプ群（ブロックヴェルク）から、ストップによって低いピッチのパイプ列が分割されたとき、残りの高いピッチのパイプ列がまとめられたものに由来する。
Sesquialteraは2-2/3'と1-3/5'の2列のフルー管からなる複合ストップである。基音のストップにリード的な音色を付加する。
Cornetは8'、4'、2-2/3'、2'、1-3/5'のフルー管からなる複合ストップである。リード的な音色を持ち、ソロで用いるほか、リード・ストップの高音域を補うことにも用いられる。8'や4'は省略されることもある。通常、音域は鍵盤の右半分のみである。
ディヴィジョンと鍵盤
一般に大規模なオルガンでは、パイプ群はそれぞれが独立した小オルガンともいえるディヴィジョンに組織される。各ディヴィジョンごとに鍵盤が設けられ、それによって音色や音量の対比が可能となる。 ディヴィジョンの分け方や内容は様々であるが以下に例を挙げる。
主オルガン
Great Organ（英）, Grand Orgue（仏）, Hauptwerk（独）
3段手鍵盤の場合、一般的には中段に割り当てられる。それ以上の数の手鍵盤がある場合には、3段よりも上に追加されるため、下から2番目が主鍵盤となる。但し、フランス式の3段手鍵盤では、最下段が主鍵盤とされる傾向がある。
ポジティフ
主オルガンよりも小型で、しばしば演奏台の背後に設置される。
スウェル
スウェル・シャッターによる強弱表現が可能なディヴィジョン。元々スウェル・シャッターは、このディヴィジョン特有の仕様であったが、19世紀以降のオルガンの中には、他のディヴィジョンにも個別のスウェル・シャッターが設置されて、独立して強弱が表現できるという設計のものも見られる。
ペダル
足鍵盤用のディヴィジョンは特に北ドイツのオルガンで充実しているが、その他の地域の様式では他のディヴィジョンに比べ簡素であったり、あるいは独立したディヴィジョンを持たない場合もある。
カプラー
カプラーを用いることによって、あるディヴィジョンのストップを他のディヴィジョンの鍵盤からも使用することができる。
震音装置
音を震わせるビブラートの効果を発生させるものである。大きく分けて以下の2種によるものが存在する。
トレムラント
送風の変動によって音の強弱を発生させる。振動速度は共通していないが、例えば1分間に120回ほどの振動を発生させたりする。一般的には振動速度は固定されているが、現代では奏者の操作によって速さを変えられる可変式のトレムラントもある。電気装置のない時代から存在したが、振動速度が均一なため、機械的に聞こえてしまうという短所がある。