恵林寺
恵林寺の創建
鎌倉時代の元徳2年（1330年）に、甲斐国の守護職であった二階堂貞藤（道蘊）が笛吹川上流の所領牧荘を寄進し、五山派の夢窓疎石を招き開山。二階堂氏邸を禅院としたのが始まりとされる。もとは円覚寺派に属し、関東準十刹の寺格を有していた。
恵林寺は甲斐における臨済宗の中心となり、古先印元、青山慈永、龍湫周沢や絶海中津らが勅命を奉じて輪番住持となる。後には足利義満により鎌倉禅林十刹に準ずる寺格を与えられた。応仁の乱で荒廃するが、甲斐武田氏の菩提寺に定められて復興し、京都から高僧が招かれる。
甲斐武田氏と恵林寺
戦国時代に恵林寺は武田晴信（信玄）により再興される。天文10年（1541年）には臨済宗妙心寺派の明叔慶浚（みんしゅくけいしゅん）が28世として招かれる。明叔慶浚は飛騨国の国司・姉小路氏の被官である三木直頼の弟で、美濃大円寺（岐阜県恵那市岩村町）の住職であった。明叔慶浚は景堂玄訥の法嗣で、晴信に招かれるまで駿河国の今川義元に招かれ駿府の臨済寺（静岡県静岡市）住職として駿河に滞在していた。明叔慶浚は天文16年（1547年）に武田領国となった信濃伊那郡の那恵寺に招かれるが、飛騨へ戻ると禅昌寺（岐阜県下呂市）を再興した。
天文13年（1544年）には第29世として鳳栖玄梁（ほうせいげんりょう）が入寺し、開山派の僧として初の住職となった。鳳栖玄梁は岐秀元伯（ぎしゅうげんぱく、甲府長禅寺住職）・希庵玄密（きあんげんみつ）の法兄で、天文15年（1546年）には積翠寺（甲府市上積翠寺町）における晴信主催の連句会にも出席している。
『葛藤集』によれば、永禄6年（1563年）には、明叔慶浚と同様に美濃大円寺の住職であった希庵玄密が恵林寺と継続院両寺の住職として招かれる。希庵玄密はこれに応じるが、恵林寺に入寺するとすぐに弟子の快川紹喜に住職を譲り、大円寺へ戻った。希庵玄密の甲斐における足跡では、同年5月には大井夫人13回忌の香語を読んでおり、永禄10年（1567年）には武田家御一門衆の穴山信君の求めに応じ、信君の父である穴山信友の肖像に讃文を寄せている。
永禄7年（1564年）には武田氏により寺領が寄進された。永禄7年（1564年）11月に美濃崇福寺から快川紹喜が招かれる。快川紹喜は美濃土岐氏の一族で、臨済宗妙心寺派・開山派の仁岫宗寿の弟子。快川紹喜は天文22年（1553年）にも恵林寺へ入山し、天文24年（1555年）5月7日には信玄の母・大井夫人の年忌を務めており、この翌年に美濃へ戻り崇福寺住職となっていた。
快川紹喜は恵林寺住職となると、恵林寺を信玄の菩提寺と定めているほか、美濃斎藤氏と武田氏との外交関係にも携わっている。『武家事紀』によれば、天正3年（1575年）4月には武田勝頼が喪主となり信玄の三年秘喪明りの葬儀が行われ、快川紹喜は導師を務める。七回忌法要の際には香語「天正玄公仏事法語」を読んでいる。快川紹喜は勝頼の代にも政務顧問的な役割を果たしている。
武田氏滅亡と恵林寺
天正10年（1582年）3月、織田・徳川連合軍の武田領侵攻（甲州征伐）により武田氏は滅亡する。武田氏滅亡後、織田氏は恵林寺に逃げ込んだ佐々木次郎（六角義定）の引渡しを要請するが、寺側が拒否したため織田信忠の派遣した津田元嘉・長谷川与次・関成重・赤座永兼らによって恵林寺は焼き討ちにあった。この際、快川紹喜が燃え盛る三門の上で「安禅必ずしも山水を須いず、心頭を滅却すれば火も自ら涼し」と、『碧巌録』第四十三則の偈を発して快川紹喜は火定したといわれる。後代には快川の遺偈（ゆいげ）として広く知られ、再建・改築された三門の両側にも、この偈が扁額として掲げられている。一方で、これは『甲乱記』では快川と問答した長禅寺僧高山と問答した際に高山が発した言葉で同時代の記録においては見られず、近世には臨済宗の編纂物において快川の遺偈として紹介されており、佐藤八郎は快川の遺偈でなく後世の脚色である可能性を指摘している。
同年6月には本能寺の変により信長が討たれ、甲斐・信濃の武田遺領を巡る天正壬午の乱を経て三河国の徳川家康が甲斐を領する。武田遺臣を庇護した家康は織田氏による焼き討ちを逃れ、那須の雲巌寺に遁れ潜んでいた末宗瑞曷（まっしゅうずいかつ）を招き、恵林寺を再建した。
恵林寺の門前市
恵林寺周辺は秩父往還・金山道が交差する交通・流通の要衝地で、金峰山へ向かう参詣客も多く、このため古くから市場が存在していた。永禄6年（1563年）の『恵林寺領御検地日記』『恵林寺領米穀并諸納物日記』によれば、恵林寺の寺領には「三日市場」「九日市場」のふたつの市場が存在しており、定期市として開かれていた。
三日市場は恵林寺が所在する塩山小屋敷南に塩山三日市場の町名として残されている。「九日市場」については寺領内のいずれかに存在していたと見られているが、地名・伝承いずれも見られず正確な所在地は不明。双方とも戦国時代に門前市として、恵林寺創建年代の鎌倉時代末期から室町時代初期には成立していたと考えられている。「三日市場」に関しては明応8年（1499年）時の存在が確認される。
『御検地日記』『諸納物日記』によれば三日市場は軒数26間半で、恵林寺に「公事」を納入する公事屋敷が14間であったという。九日市場は軒数21間半で、公事屋敷が16間と記している。「公事」は恵林寺の年中行事や仏事、月ごと・季節ごとに納入される公事物を指し、門前市の住民に納入が義務付けられ、恵林寺の寺院経済を支えていた。市場には武田氏によって設けられた「陣屋」「御蔵」があり、年貢・公事物などが納入され、市場において銭貨と交換され、武田家の財政を支えていた。この点は徳川氏時代にも引き継がれており、塩山三日市場に所在する十組屋敷は武田家の陣屋であったという。
門前市の住民（「名請人」）は三日市場と九日市場で共通する人物がおり、恵林寺の経営に深く関わる僧であると考えられている。また、武田氏の下級家臣となっている禰宜やその一族も見られる。その他の百姓も惣百姓と呼ばれる有力農民で構成されており、専業の商職人ではなく地侍・有力農民が商業に携わっている事例が多いことが甲斐国の特徴であることが指摘される。
門前市の住民は借家人であり、別に屋敷を貸し与える家持層がいたと考えられている。両市場とも定期市であることから、住民は普段は農業等に従事し、市日には屋敷地において商業を行っていたと見られている。
江戸時代の恵林寺
江戸時代の寛文12年（1672年）は武田信玄百回忌に際して恵林寺で法要が実施され、武田遺臣の子孫である曲淵吉貸・三枝守俊らが主導して武田家ゆかりの旗本や諸大名家の家臣・浪人らから奉加を集め信玄供養塔が造立された。この際に作成された『恵林寺奉加帳』には上野国館林藩家臣に柳沢安忠（形部左衛門）とその子息である弥太郎（吉保）の名が見られる。
柳沢吉保の主君である館林藩主・徳川綱吉は徳川将軍家を継承し、吉保は綱吉の「側用人」となる。さらに宝永元年（1704年）に吉保は甲府藩主となる。吉保は武田信玄を崇拝し、柳沢氏系図では柳沢家の祖を武田家に連なる一族として位置づけている。宝永2年（1705年）4月12日に吉保は恵林寺において信玄の百三十三回忌の法要を実施し、伝信玄佩刀の太刀銘来国長を奉納し自らが信玄の後継者であることを強調している。
また、吉保は同年に柳沢家の系譜を記した「甲斐少将松平吉保家世次第」と恵林寺へ奉納した和歌「法性院殿百三十三回忌詠歌」を作製している。「甲斐少将松平吉保家世次第」では、柳沢家が甲斐源氏の始祖である源義清・清光から一条信経・時信の甲斐一条氏、さらに時信の子・時光からはじまる青木氏を経て柳沢氏に至る系譜を強調している。
「法性院殿百三十三回忌詠歌」は吉保が信玄の百三十三回忌の法要の際に奉納した和歌を記したもので、吉保が詠んだ「百あまりみそしみとせの夢の山かひありていまとふもうれしき」の歌が記されている。これは、吉保が武田家に関わる歌枕である夢山（山梨県甲府市の愛宕山）の地に133年の歳月を経て訪問がかなったことを感激する内容であるとされる。
さらに、吉保は一蓮寺など甲斐国内の寺院に自身の肖像画を奉納しており、宝永7年（1710年）には黄檗宗の僧・悦峯道章（えっぽうどうしょう）を招き現在の甲府市岩窪町に永慶寺を創建している。永慶寺と恵林寺には法量・像容がほぼ同一な彫像としての柳沢吉保座像を奉納している。吉保は正徳4年（1714年）に死去し永慶寺に埋葬されたが、享保9年（1724年）に柳沢氏が大和郡山藩へ転封された際に永慶寺も大和へ移転され、吉保は恵林寺内に改葬された。吉保の子・吉里も自ら手がけた武田信玄像を恵林寺へ奉納している。
恵林寺に伝わる史料として、検地帳簿である『恵林寺領検地帳』が残されている。
近現代の恵林寺
明治4年（1871年）の信玄公三百回忌に際しては、山梨郡中萩原村（甲州市塩山中萩原）出身の幕臣・真下晩菘（ました ばんすう）が松本楓湖（まつもとふうこ）筆の「武田二十四将図」を奉納している。
明治5年（1872年）には、明治政府による地租改正に際して、江戸時代以来の甲州三法のひとつである大小切税法を廃止する案が浮上し、これに対して甲府盆地の旧田安家領の村々を中心に反対運動が発生した（大小切騒動）。
山梨県令の土肥謙蔵は当初一揆勢に対する融和路線を取っていたが、後に陸軍から派遣された兵が到着すると一転して果断な処置を行い、この時に土肥は一揆勢の村役人を恵林寺に集結させ、一度与えた黒印状を没収した。騒動はこれにより収束するが、土肥は免官により辞職し、藤村紫朗が新県令として後任として着任すると、藤村県政を展開した。
1905年（明治38年）には火災に見舞われて壮大な堂宇の大半を焼失。その後再建され現在に至る。
武田不動尊
武田信玄の菩提寺である恵林寺明王殿には武田不動尊と称される不動明王坐像及び二童子像が安置されている。
『甲陽軍鑑』『甲斐国志』巻七五に拠れば武田不動尊像は信玄が京から仏師康清を招聘し、信玄と対面して彫刻させ、信玄自らの頭髪を焼いて彩色させたものであるという。像内は内刳りされ、像底には布張り漆塗の底板があることから、未確認ながら、像内の空洞に像内納入品を納めている可能性も考えられている。
中尊の不動明王坐像は像高92.9センチメートル。胸前の条帛には金泥で武田家家紋である花菱文が描かれている。『軍鑑』『国志』では信玄の姿を写した像であるとする伝承が記されているが、武田不動尊は左手に索、右手に剣を持つ儀軌どおりの造形で、相貌も伝統的な不動明王像の表現であることが指摘されている。
仏師康清は本像以外に県内でいくつかの作品を残しており、大井俣窪八幡神社（山梨市）の旧蔵であると考えられている清水寺（山梨市）の勝軍地蔵像や、円光院（甲府市）の勝軍地蔵像・刀八毘沙門天像などが知られる。