松本サリン事件
真犯人判明
その後、『松本サリン事件に関する一考察』という怪文書が、マスメディアや警察関係者を中心に出回っていく。この文書は冒頭で「サリン事件は、オウムである」と言及するなど、一連の犯行がオウム真理教の犯行であることを示唆したものであった。
翌1995年（平成7年）3月20日に地下鉄サリン事件が発生し、ほどなく公証人役場事務長逮捕監禁致死事件でオウム真理教に対する強制捜査が実施され、以後教団幹部が次々と逮捕されていった。5月17日には土谷正実が松本サリン事件前にサリンを製造し渡したと供述するなど、幹部らは松本サリン事件を含め一連の事件がオウム真理教の犯行であることを自供した。
事件に至る経緯
オウム真理教は長野県松本市に、松本支部道場および食品工場を建設するための土地を取得しようと計画、国土利用計画法による県知事への届け出を避けるため、賃貸契約と売買契約に分けて取得した。しかし反対運動も起き、「株式会社オウム」名義で目的を隠して賃貸契約を結んだという理由で民事裁判が行われた結果、賃貸契約を取り消され、売買契約部分に支部道場のみを建設し食品工場は諦めることになった。1992年の松本支部道場開所式で麻原は裁判所、不動産屋、地主を批判する説法を行う（麻原は逮捕後、この説法はヨーガ理論について語ったものであると弁解している）。
この松本支部道場は、初めはこの道場の約3倍ぐらいの大きさの道場ができる予定であった。しかし、地主、それから絡んだ不動産会社、そして裁判所、これらが一蓮托生となり、平気でうそをつき、そしてそれによって今の道場の大きさとなった。
また水についても同じで、松本市はこの松本支部道場に、上水道、つまり飲み水を引くことを許さず、また下水道においても社会的圧力に負け、何とか下水道を設置することは目をつむったわけだが、実際問題として普通の状態で許可したわけではない。
…（略）…
この社会的な圧力というものは、修行者の目から見ると、大変ありがたいものであるということができる。しかし、これは修行者から見た内容であって、これがもし逆にその圧力を加えている側から見た場合、どのような現象になるのかを考えると、私は恐怖のために身のすくむ思いである。
 — 麻原彰晃（1992年12月18日・松本道場）
サリン噴霧計画
地主側は更に売買契約の取り消しも求め、一度は却下されるも、オウムの反社会性を訴えさらに訴訟を起こした。長野地方裁判所松本支部は、この裁判の判決言渡しを1994年7月19日と指定。教団の弁護士である青山吉伸は麻原に対し、状況は変わっていないが教団の勝訴確実というわけでもないと伝えた。すなわち敗訴の可能性が低いにも関わらず、裁判を延期しようとしたことになるため、早川紀代秀や新実智光は、麻原は裁判の延期云々以前に、サリンの実験をしたかったのではないかと推測している。
準備
この頃、オウムには第三次池田大作サリン襲撃事件を起こすことを目的に、土谷正実が製造した青色サリン溶液（ブルーサリン）が保管されており、1994年5月にブルーサリンを使って滝本太郎弁護士サリン襲撃事件を起こしたが失敗していた。このブルーサリンが本事件にも使用されることとなる。
6月20日頃、麻原は第6サティアン1階に村井秀夫、新実智光、遠藤誠一、中川智正を集め、松本の裁判所にサリンを撒いて効果の実験をしろと指示。井上嘉浩によると、実行日時は占星術で決定された。
村井らは2tアルミトラックを改造したサリン噴霧車の製造を、中川は防毒マスクの製造・予防薬の準備及びサリン噴霧車へのサリン注入を担当した。新実は池田大作サリン襲撃未遂事件で撒いているのを目撃された経験から警察や通行人の対応策を伺い、中村昇、富田隆、端本悟（後に新実とともに自治省所属となるメンバー）を使えとの指示を受けた。なお、村井は実行メンバーに林郁夫も参加させることを提案したが、（地下鉄サリンの時とは逆に）麻原が却下している。
6月26日、水を使ってサリン噴霧機の試験を実施し、端本は新実の指示により松本市に下見に向かう。遠藤と中川は松本ナンバーのレンタカー（ワゴン車）を借りにいった。
決行
6月27日早朝、実行メンバーらは都内のうまかろう安かろう亭で行われた省庁制発足式から上九一色村に帰還。
14時頃、端本らが富士宮市で作業服などを購入して戻ってくると、端本らに対して新実から「では、説明しておきます。」「これから松本にガス撒きに行きまーす！」「マンジュシュリー正大師のワークを邪魔するものはボコボコにして構わない」、などと軽い口調で作戦が伝えられた。端本が警備中に戦闘になったら殺してもいいのかと心配すると新実は「いいんじゃないですかあ。主に闘うのは警官になると思います。闘っている間に我々は逃げますから、あとはよろしく」と適当に答えた。
夕方、一行は端本が運転し村井が同乗したサリン噴霧車と、富田が運転する護衛部隊のワゴン車に分乗し出発。土谷正実によると、この時新実らは教団内の隠語でサリンを指す魔法使いサリーの歌を車内で合唱していたという。
20時頃、塩尻市内のドライブインにて新実と村井が相談の上、長野県松本市北深志にある裁判官官舎への攻撃に作戦を変更、電話で麻原の合意を得た。これはNシステムを避けるため高速道路を使わなかったこと、サリン12リットルの注入に手間取ったこともあって、到着時間が遅くなり、長野地方裁判所松本支部は既に閉まっている時間となっていた為であった。
22時頃、裁判所宿舎付近に到着すると、駐車場にてナンバープレートを偽装しつつ村井が噴霧地点を策定、噴霧を決行した。
22時50分頃、サリンが尽き発車。
麻原は、松本サリン事件後に井上嘉浩に対して「俺も無差別（殺人）はつらいんだよ。でもアーナンダ、ヴァジラヤーナの救済のためには仕方がないんだよ」と語ったという。
発覚
長野県警がサリン生成に必要なメチルホスホン酸ジメチルの流通ルートを探ったところ、唯一個人購入している東京都世田谷区のT.Kという不審な男を発見した。住所に行ってみるとオウム関連の団体が入るビルであった。「ベル・エポック」という会社も同薬品を大量購入していたが、これはオウムのダミー会社であることが分かった。さらに「下村化学」「長谷川ケミカル」「ベック」などの同様のダミー会社も見つかり、オウム真理教のサリン疑惑は深まっていった。
その頃、建設中の第七サティアンサリンプラントの事故により、周辺で異臭騒ぎが発生していた。長野県警は土壌を採取し、1994年11月、土壌からサリンの最終分解物メチルホスホン酸が検出された。1995年（平成7年）1月1日、読売新聞が一面で異臭騒ぎの場所からサリン残留物が検出されたと報じ、怪文書レベルであったオウム真理教とサリンの関係が一気に注目されることとなった。
これに対しオウム真理教は、劇物の処分や薬品購入用のダミー会社の閉鎖など証拠隠滅を急ぐとともに、残留物は地元の肥料会社社長がオウム真理教に対し「毒ガス攻撃を行った証拠である」と主張。肥料会社社長を告訴し訴訟合戦となった上、さらに阪神淡路大震災が発生し注目がそちらに向かったこともあり有耶無耶となった。「地震があったから強制捜査が無かった」と考えた麻原らは、阪神淡路大震災に匹敵する事件を起こすため、地下鉄サリン事件を実行することとなる。
冤罪・報道被害
この事件は、警察の杜撰な捜査や一方的な取調べ、さらにそれら警察の発表を踏まえた偏見を含んだ報道により、無実の人間が半ば公然と犯人として扱われてしまった冤罪未遂事件・報道被害事件でもある。冤罪であると判明したきっかけは地下鉄サリン事件だった。
河野義行の長野県公安委員就任
その後、河野義行は当時の長野県知事田中康夫によって捜査機関において事件の教訓を生かすために長野県警察を監督する長野県公安委員会委員に任命され、これを1期務めた。
しかし、後に生坂ダム殺人事件の長野県警の捜査ミス糾弾において、田中知事の意にそぐわなかったため、河野は事実上の更迭をされた。
「松本サリン事件に関する一考察」
事件後に、マスコミを中心に配布された怪文書。警察やマスコミなど各所に送りつけられた。
「一考察」では、宮崎県資産家拉致事件の被害者が教団に監禁されていたとき「教団が毒ガス攻撃を受けているから外出は許可できない」と言われたことを教団と毒ガスの接点として紹介。そして当時聞きなれない言葉であった「サリン」の解説、亀戸異臭事件などに触れ、オウムがサリン製造ないし入手能力を有することと、河野の無罪を主張している。サリン噴霧の方法についてはドライアイスと有機溶剤を利用した時限爆弾方式ではないかと推測した。後述のサリン残留物発見スクープ後の「追伸」では、もし地下鉄や東京ドームなどでサリンが撒かれた場合大惨事になりうると警告していた。この警告は後に地下鉄サリン事件として現実のものとなった。
作者は「HtoH&T.K」と名乗り、後の怪文書で河野義行が可哀想だったから書いたと語る。「1994年9月某日」となっているが岩上安身によるとその時期に流通していたという証言は無く、流通開始は1994年12月前後ではと推測している。また、直接入手したのは週刊文春、TBS、テレビ朝日程度であった。（1989年にサンデー毎日の特集記事でオウムバッシングを最初に始めた）毎日新聞社は送られて来なかったことを明言している。宮崎県資産家拉致事件を担当していた宮崎県警は、この怪文書でオウムのサリン疑惑を知った。時期はよく覚えていないが1994秋だという。
『松本ケース』が何らかの実験的要素を持っていたことは、否定できない。『解放された空間・オープンスペース』での『結果』が、7人死亡、重軽傷者、200名以上。もし、これが、『閉ざされた空間・クローズドスペース』たとえば、満員の地下鉄や巨人戦の行われている東京ドームなどで、サリンが放出されれば、その結果が目を覆うばかりの惨状となることは、容易に想像が付く。
 — 『追伸』