日本医師会
活動内容
医道の高揚、医学教育の向上、医学と関連科学との総合進歩、医師の生涯教育などを目的としており、その目的を達成するため医師の生涯教育や公開の健康セミナーなどの学術活動、医療・保健・福祉を推進する為の医療政策の確立、生命倫理における諸問題の解決等の幅広い公益事業を行っている。また、自由民主党の支持母体で政治組織である日本医師連盟を通して政治活動を行っている。
医師の職能団体であり、医師の権益を守り、医学および医療情報を提供する組織」であるが、圧力団体としてのイメージが喧伝され、「ヒポクラテスの誓い」に象徴されるような職種の団体として、公益法人として地道な活動をしていることは余り知られていないのが実情である。日本医師会への加入は任意であるので、会員数約16万5千人とその組織率は全医師の約6割強に留まっている。
「日本医師会 赤ひげ大賞」の主催となっている（産経新聞社と共同）。
会長
日本医師会の会長は医師会員の代表決議機関である日本医師会代議員会で、代議員による選挙により選出され、任期は約2年間である。この代議員の選挙は都道府県医師会に委託される為、代議員会は比較的高齢の会員（平成14年1月現在平均年齢68.7歳）で構成されている。
1957年から連続13期25年間会長を務めた武見太郎は、医師会代表として保険医総辞退、全国一斉休診（事実上のストライキ）を強行するなど、厚生官僚との対決をも辞さない強い姿勢から喧嘩太郎と呼ばれた。
2006年、前年の第44回衆議院議員総選挙で郵政民営化反対派を支援して当時の内閣総理大臣（自由民主党総裁）小泉純一郎らから「抵抗勢力」と見なされた会長植松治雄が、政府与党との関係修復を強調した東京都医師会長唐澤祥人に敗れ、一期のみで退陣した。
会員
1947年の発足時、約5万人であったが、2012年12月1日現在、165,650人を擁している。
そのうち、開業医が84,051人、勤務医等が81,599人とほぼ半数ずつを占めており、世界医師会が認めている日本で唯一の医師個人資格で加入する団体である。
ノーベル生理学・医学賞を受賞した山中伸弥も日本医師会員である。
公益活動
国民に直接的な公益活動である災害医療チームや治験促進センター等の活動と、会員である医師への研修等により保健医療を充実させる活動を行っている。
日本医師会災害医療チーム
日本医師会災害医療チーム（JMAT）は、2011年に日本医師会により組織された災害医療チームである。
厚生労働省が設置する災害派遣医療チーム（DMAT）は、発災後72時間までの活動を前提した災害の急性期活動を担うものに対し、それ以降の災害医療を担っている。
東日本大震災における医療支援活動では、避難所の状況把握と改善、在宅患者・避難者の医療・健康管理を行い、今なお続く避難生活に重要な役割を果たしている。
なお、東日本大震災では米軍による支援活動「トモダチ作戦」が大きな成果を上げたが、その先駆けが日本医師会による被災地への医薬品の輸送であったとされている。
日本医師会治験促進センター
日本医師会治験促進センターは、2003年に設立され、海外では既に承認されている、あるいは既に標準薬として確立されている薬物で、わが国の臨床現場でも必要性があるが、採算性等の理由により製薬企業が治験を行わない薬物への治験のため、医師主導治験の実施支援及び大規模治験ネットワークの構築・整備等を行っている。
日本医師会生涯教育制度
日本医師会生涯教育制度は、1987年に、医師の生涯学習の支援体制整備を目的として発足し、カリキュラムに基づいた講習会への参加、e-ラーニング、体験学習、学会参加・発表、論文執筆等の業績・結果を評価し、基準に達した医師には日本医師会長が日医生涯教育認定証を交付している。
日本医師会認定産業医制度
日本医師会認定産業医制度は、1990年に、産業医の資質向上と地域保健活動の一環である産業医活動の推進を図るために発足した。所定のカリキュラムに基づく研修を修了した医師を日本医師会認定産業医として認定しており、5年毎に更新が行われている。
日本医師会認定産業医は、労働安全衛生規則において産業医になるための要件として位置づけられている。
日本医師会認定健康スポーツ医制度
日本医師会認定健康スポーツ医制度は、1991年に、運動を行う人に対して医学的診療のみならず、メディカルチェックや運動処方を行い、各種運動指導者等に指導助言を行い得る医師を養成するために発足した。
所定のカリキュラムに基づく講習を修了した医師を日本医師会認定健康スポーツ医として認定しており、5年毎に更新が行われている。
日本医師会医学図書館
日本医師会医学図書館は、著作権法上、大学附属図書館と同じく資料の複製が認められる図書館であり、専門雑誌や書籍などの資料を揃えている。
また、日本医学図書館協会等の相互利用ネットワークにより、全国の大学附属図書館や専門図書館、海外の図書館との連携を行っている。
日本医師会女性医師支援センター
日本医師会女性医師支援センターは、2006年に活動を開始し、「女性医師バンク」による就業継続、復帰支援(再研修を含む)や、講習会への託児サービス併設促進と補助等を行い、女性医師の活躍を支援している。
綱領
2000年4月1日に医の倫理綱領、2013年6月26日に日本医師会綱領を定めている。
日本医師会への批判
日本医師会は診療報酬にしか興味がない圧力団体である、との批判もある。『誰も書かなかった日本医師会』にも、過去に日本医師会を牛耳っていた会長武見太郎が著者に対して「会員の3分の1は欲張り村の村長だ」とコメントしたとの記述も見られる。また、その医療政策についても、開業医の利益を優先し勤務医をないがしろにしているとの批判もあった。
日本医師会の最高意思決定機関は代議員会だが、その代議員の選挙が都道府県医師会に委託されている為、階層的組織である現況のもと、必然的に長年会務に携わった比較的高齢の会員のみで構成され、若手の会員からは甚だしく年齢構成が偏っているとの批判がある。一方で若い医師は非常に業務に多忙であり、ボランティアに限りなく近い医師会業務を嫌う会員が大半である。
医療費削減の流れもあり少なくなる報酬を確保する動きもあり診療報酬改定時には他医療職団体を批判するような発言を幹部が行い波紋を引き起こす事が多い。近年では医科である診療報酬とは別の調剤報酬について意見する事もみられ、2013年には大手調剤薬局チェーンの役員報酬が６億円超との報道を受け「医師は粥すすり、薬剤師はすき焼き三昧」と日本薬剤師会の学術大会である日本薬剤師会学術大会で発言し波紋を残した。2015年にはドラッグストアチェーンが「薬のカルテ」と呼ばれる薬剤服用歴（薬歴）を記載せずに患者へ薬を出していたことを受け、これまで積極的に関与してこなかった薬剤師の調剤報酬の改定にも積極的に関与する方針を示し「行きすぎた医薬分業、押し戻す」と発言をし、中医協において医薬分業批判の発言を行った。
薬局業界からの診療所の無資格調剤の批判に対して、「医師の指示があれば問題ない。薬剤師とは法の組み立て異なる」と診療所において無資格調剤がある事を認めた形となり、診療所の無資格調剤は問題ない旨の発言をし、これに対して日本薬剤師会から「調剤は少なくとも薬剤師の仕事」とし発言に対して「誤解が生じているのではないか」と反論されるなど波紋を引き起こす事になった。2016年にも日本医師会傘下の日本医師会総合政策研究機構が同様の発表をし日本薬剤師会が医師の調剤行為は例外を除き禁止であると反論するなど波紋を呼んだ。なおこの件に関しては昭和47年及び昭和59年の国会答弁内で「医師の監督権はない」と厚生大臣や局長が答弁している。
2017年においても中医協の場で医師会所属の委員から大手調剤薬局の社名を名指しして「患者からの同意を得たかかりつけ薬剤師が不在の時、他の薬剤師が対応し、かかりつけ料を算定していないか心配だ」などと不正請求の疑惑をかける発言をし、大手調剤薬局側が公式に否定のプレスリリースを出す異例の事態を招ている。2018年7月5日に開催された厚生科学審議会・第4回医薬品医療機器制度部会においてこれからの薬剤師の在り方に対する議論をする際、日本医師会副会長である委員が「医薬分業自体を見直す時期に来ているのではないか」と発言をし、2015年3月12日に開催された内閣府の規制改革会議より医薬分業を推進すべきとしてきた意見とは正反対の意見を表明し過去の議論を蒸し返すような発言をした。７月25日の同審議会でも「医薬分業の根本的な議論をすべきという議論が多々あったと思うが、それはどのように反映されるのか」と指摘、さらに「薬剤師が働きを変えれば医薬分業のメリットが感じられるとは誰も言っていない」と、不満を述べた。また今まで発言してこなかった病院薬剤師においても「病院薬剤師が輝いていない」と発言し異論が噴出他の委員から「病院の薬剤師は輝いて活躍している」と反論を受けた。
関連する組織
行政と同様、通知等が上意下達されてきた為、一般的には日本医師会の下部組織と理解されている47の都道府県医師会、更には約920の郡市区医師会と大学医師会等がある。しかし、いずれも独立した公益法人であり、夫々地域医療の主な担い手として、行政等と協議しつつ医師会病院、老人保健施設、看護師養成学校、健診センター、検査センター、訪問看護ステーション、地域産業保健センターなどの医療・介護・福祉・教育施設を持ち、活発に事業を展開している。近年、インターネットの普及により、従来、都道府県医師会を経由しないと届かなかった日本医師会からの情報の一部が直接、郡市区医師会にも届くようになり、上意下達的体質にも変化の兆しが見られる。
日本医師会定款第10章第40条に「日本医師会に日本医学会を置く」とあり、日本医学会は、日本医師会と密接な連携の下に「医学に関する科学および技術の研究促進を図り、医学および医療の水準の向上に寄与する」ことを目的として活動している。
日本医師会総合政策研究機構（日医総研）は、1）国民に選択される医療政策の企画・立案、2）国民中心の合意形成過程の創出、3）信頼ある情報の提供を達成することを目的として活動している。
日本医師連盟は、日本医師会会員相互の全国的連絡協調の下に、日本医師会の目的を達成するために必要な政治活動を行うことを目的として活動している。