畠山氏
平安時代・鎌倉時代
坂東八平氏の一族・秩父重弘の子である秩父重能が武蔵国男衾郡畠山郷（はたけやまごう、現在の埼玉県深谷市畠山周辺）に所領を得て畠山姓を称したことに始まる（平姓畠山家）。治承・寿永の乱において、その子畠山重忠は、はじめは平家方についたが後に源頼朝に従い、一ノ谷の戦いや奥州合戦などで活躍した。重忠はのちに北条時政と対立し、元久2年（1205年）に武蔵国二俣川で北条義時の軍との戦闘で敗死した（畠山重忠の乱）。
その後、重忠の旧領と畠山の名跡は、足利義兼の庶長子・足利義純が重忠の未亡人である北条時政女と婚姻し、継承された。義純はもともと新田義兼（足利義兼と同諱の従兄弟）の娘と婚姻し子も儲（もう）けていたが、その妻子を義絶した上での継承であった。これによって桓武平氏のひとつ秩父平氏の流れをくむ平姓畠山氏は消滅し、清和源氏のひとつ河内源氏の一系・足利家の一門として存続することとなった。
義純の家系（源姓畠山家）は名門・畠山家の名跡を継承したことから、後に足利一門の家臣筋分家の中で斯波家に次いで高い序列に列せられ、細川家など他の家臣筋分家とは異なる待遇を足利宗家から受けることになる。
紀伊および河内・越中の守護をおおむね務め、分家は能登守護を務めた。
室町時代以降
建武3年（1336年）に足利尊氏が室町幕府を創立すると、畠山家はこれまでの功績によって越中・河内・紀伊の守護に任じられた。足利家の内紛である観応の擾乱では、庶流の畠山国清は足利直義方に付くも後に尊氏方に鞍替えして家勢を保ち、その一方で畠山家嫡流の畠山高国・国氏父子は、観応2年（1351年）直義派の吉良貞家に敗れ自害し、国氏の子二本松国詮は二本松に移った（奥州畠山家）。
本来の嫡流である奥州畠山家が衰退する中で、畠山国清の家系（金吾家）が畠山家の惣領格となる。国清は関東管領に任命されて東国で南朝方と戦うが、その後鎌倉公方の足利基氏と対立し、康安元年（1361年）に失脚した。国清はそのまま没落するが、国清の弟の畠山義深がのちに守護に任命され畠山家を再興させる。義深の子・畠山基国は明徳2年（1391年）の明徳の乱で功績を挙げるなどして足利義満の信任を受け、能登の守護を任されるなど守護大名として力をつける。
応永5年（1398年）には管領に任じられ、同じ足利一門の斯波武衛家や細川京兆家とともに三管領家として名を連ねる家柄となった。基国の子・畠山満家は義満には冷遇されたが、足利義持の代になってから表舞台に復帰して管領に就任する。満家の子・畠山持国（徳本）は、将軍権力の強化を目論む足利義教の干渉に苦しめられるが、畠山家の内紛を鎮めて細川家や山名家と拮抗（きっこう）する勢力を維持した。
しかし、持国の子畠山義就と甥畠山政長との間で家督をめぐっての激しい争いが起き、それが後の応仁の乱の一因になった。文明9年（1477年）に応仁の乱の終息後も義就流（総州家）と政長流（尾州家）は内紛を続け、この対立は両細川家の乱と共に畿内を内戦状態とする主因となった。また、畠山政長（畠山尾州家）や畠山義堯（畠山総州家）は管領に就任したが、戦国末期に両家でそれぞれ、木沢長政（畠山総州家）や遊佐長教（畠山尾州家）による下克上が起こった。
越中国は守護代の神保氏に奪われ、河内国も度々守護代の遊佐氏に脅かされたが、尾州家の紀伊だけは最後まで勢力を保った。江戸時代においては旗本や高家として数家が残った。
出自
七尾畠山家ともいわれる。歴代の当主が修理大夫に任じられたため、その唐名より畠山匠作家とも称された。修理大夫は畠山国清が称した官位であることから、没落した畠山国清系統の再興を意図したのではないかとの指摘がある。
能登国は、当初は吉見家が守護を務めていたが、康暦の政変において細川頼之派であった吉見氏興が失脚し、代わって守護となった本庄宗成（義満の寵臣の一人で元々日野家の家人）もまた統治に失敗があったため、足利一門にして足利義満の信頼の厚かった畠山基国が守護となり、以降は畠山家の分国となった。
室町時代
初代当主である畠山満慶は、父である畠山基国の没後、当時足利義満の逆鱗に触れて蟄居していた兄・畠山満家に代わって畠山家本家の家督を継いでいたが、義満の没後に満家が赦免されたため、満慶は家督を兄満家に返還した（当時は「天下の美挙」と言われた）。兄の満家は感謝の意から分国のうち能登一国を満慶に与え、応永15年（1408年）に畠山満慶を初代とする能登畠山家が創設された。
満慶と第2代当主・畠山義忠は、在京守護であり、所領の支配は守護代の遊佐家に委ねられていたが、応仁の乱後、第3代当主・畠山義統が能登に下向したことで在国大名となり、強力な領国支配体制を築き定着していったことで、他国の守護大名分国で起こったような下剋上が能登では起こらなかった。
しかし、第4代当主・畠山義元の時、弟の畠山慶致との間で兄弟争いが起こり、明応9年（1500年）には慶致派の守護代の遊佐統秀によって義元は追放され、第5代当主に弟の慶致が擁立された。だが、一向一揆など戦国の状況が能登でも差し迫ってくると、永正3年（1506年）、両者は和解して義元は復帰して再び当主となった（その代わりの条件として、慶致の子・義総が義元の後継者と設定された）。
戦国時代
第7代当主・畠山義総は名君であり、畠山氏のお膝元である七尾は都から貴族も転居してくるなど小京都と呼ばれるほどに栄え、能登畠山家もまた大いに繁栄した。
しかし義総が死去し第8代当主として畠山義続が家督を継ぐと統制が乱れ、畠山七人衆と呼ばれる重臣の権力者グループに実権を握られ大名は傀儡化されてしまう。第9代当主・畠山義綱のときに一時、内乱を鎮圧し大名権力を奪回し大名専制支配を行ったが、重臣たちの反発を招き、当主の追放というクーデターに発展した。その後はまた重臣たちに権力を握られ、内部紛争が続き衰退の道をたどった能登畠山家は、天正5年（1577年）に越後の上杉謙信の侵攻を受けて滅亡した。義綱の弟・畠山義春（上杉義春）は上杉景勝に仕え、その姉を正室に迎えて上条上杉家の名跡を継いだ。
桃山時代
上杉義春（入庵）は豊臣秀吉の直臣となり、天正15年（1587年）、河内国高安郡のうち500石を与えられる。天正18年（1590年）摂津国豊嶋郡に300石を加増され、文禄・慶長の役では肥前国の名護屋城に在陣している。翌年、河内国交野郡に700石を加増され、父の遺領を合わせて1500石を知行した。
関ヶ原の戦いで義春は東軍に属し、1601年、自領とは別に次男の上杉長員に下総国印旛郡ほか1,490石を加増。長員は高家旗本の上杉家の祖となる。
源姓畠山氏の系譜
太線は実子、細線・二重線（縦）は養子、二重線（横）は婚姻関係。
　　秩父重弘
　　　 ┃
　　畠山重能　　　　　　　北条時政　　　　 足利義兼　　　　　新田義兼
 ┏━━╋━━┓　　　　　　　┃　　　　　　　 ┃　　　　　　　　┃
重清　重宗　重忠 ========= 六女 ======== 足利義純 ======== 女子
 ┏━━┳━━┳━━┳┻━┓　　　　　┃　　　　　　　　　┣━━━━━━━┓
重政　重慶　重俊　重季　重保　　　畠山泰国　　　　　　岩松時兼　　　　田中時朝
　　　　　　 ┏━━━━━━━━━━━┫　　　　　　　　　┃　　　　　　　┃
　　　 （美濃畠山家）　　　　　　 （嫡流）　　　　　（岩松氏へ）　　（田中氏へ）
　　　　　　義生　　　　　　　　　　時国
　　　　　　 ┃　　　　　　　　　　　┃
　　　　　　 ┃　　　　　　　　　　　┣━━━━━━━━━━━━━━┓
　　　　　　 ┃　　　　　　　　　　　┃　　　　　　　　　　　（嫡流・奥州家）
　　　　　　義方　　　　　　　　　　貞国　　　　　　　　　　　　　高国
　　　　　　 ┃　　　　　　　　　　　┃　　　　　　　　　　　　　　┣━━━━━━┓
　　　　　　宗義　　　　　　　　　　家国　　　　　　　　　　　　　直泰　　　　　国氏
　　　　　　 ┃　　　　　　　　（河内守護家）　　　　　　　　 　　　　　　　（奥州管領）
 ┏━━┳━━┫　　　　　┏━━┳━━╋━━┳━━━━━┓　　　　　　　　　 　　 ┃
直顕　宗国　宗生　　　　国清　国頼　義熈　清義　　　　義深　　　　　　　　　　　国詮
　　　 ┃　　　　　┏━━┫　　　　　┃　　　　　　　　┣━━┳━━━┓　　　　　┣━━━━┳━━━━┳━━━┓
　　　直宗　　　　宗基　義清　　　　満熈　　　　　　　基国　深秋　石垣満国　　本宮満国　鹿子田満詮　満泰　新城氏泰
　　　　　　　　　 ┏━━┫　　　　　　　　　　　　　　┣━━━━━┓　　　　　　　　　　　┏━━━━╋━━━┓
　　　　　　　　　満純　清貞　　　　　　　　　　　　　満家　　　　満慶　　　　　　　　　　満盛　　　持重　高玉家重
　　　　　　　　　 ┃　　┃　　　　　　　　　　　　　　┃　　（能登守護家）　　　　　　　　┃　　　　┃
　　　　　　　　　 ┃　　┃　　　　┏━━━┳━━┳━━┫　　　　　┣━━┓　　　　　　　　┃　　　　┃
　　　　　　　　　持純？清純？　西方国賢　持富　持永　持国　　　　義忠　教国　　　　　　高倉政泰　　政国
　　　　　　　　　 ┃　　┣━━━┓　　　　┣━━┓　　┃　　　　　┃　　　　　　　　　　　┏━━━━┫
　　　　　　　　　成純　政栄　松倉満友　　政長　政久　義就　　　　義有　　　　　　　　　　村国　　新城村尚
　　　　　　　　　　　　 ┃　　　　　　　　┃　　　　　┃　　　　　┣━━┓　　　　　┏━━┫　　　　┃
　　　　　　　　　　　　家俊　　　　　　　尚順　　　　義豊　　　　義統　政国　　　　家泰　義氏　　＊義国
　　　　　　　　　　　　 ┏━━┳━━┳━━╋━━┓　　┃　　　　　┣━━┳━━┓　　　　　｜
　　　　　　　　　　　　昭国？晴熙　政国　長経　稙長　義英　　　　義元　慶致　義智　　　＊義国
　　　　　　　　　　　　 ┃　　┏━━╋━━┓　　　　　┃　　　　　｜　　┃　　　　　　　　┃
　　　　　　　　　　　　頼国　昭高　政尚　高政　　　　義堯　　　　義総＊義総　　　　　　　義継
　　　　　　　　　　　　 ┃　　　　　┃　　　　　　　　┃　　┏━━┫　　　　　　　　　　　┣━━━━┓
　　　　　　　　　　　阿多盛淳　　　貞政　　　　　　　在氏　義繁　義続　　　　　　　　　　義綱　二本松義孝
　　　　　　　　　　　　 ┃　　　　　┃　　　　　　　　┃　　　　　┣━━━━━┓　　　　　
　　　　　　　　　　　　忠栄　　　　政信　　　　　　　尚誠　　　　義綱　　　　義春
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ┣━━┓　　　　　　　　　　　┣━━┓　　┣━━┓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　基玄　義玄　　　　　　　　　　義慶　義隆　義真　長員
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ｜　　┃　　　　　　　　　　　　　　┃　　┃　　┃
　　　　　　　　　　　　　　　　　　基祐　基祐　　　　　　　　　　　　 春王丸 義里（上条上杉家へ）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ┃　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┃
　　　　　　　　　　　　　　　　　　国祐　　　　　　 　　　　　　　　　　　　 義寧
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ┣━━┳━━┓　　　　　　　　　　　　　　┣━━┓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　政如　義福　国儔　　　　　　　　　　　　　義躬　知義
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ｜　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜
　　　　　　　　　　　　　　　　　　国儔　　　　　　　　　　　　　　　　　　　義紀（米沢藩主・上杉吉憲3男）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ┃　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┝━━┳━━┓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　国祥　　　　　　　　　　　　　　　　　　　義福　資施　義周
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　    ┣━━┓
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　   義一　義宣
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　          ┃
　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　         義勇
その他
平姓畠山氏の一族については畠山氏 (平姓)秩父氏を参照。
源姓畠山氏の祖である足利義純の子孫のうち、義絶した新田家の娘との間の子らは岩松氏となる。岩松家は新田一門として活動し、後に新田家の末裔を称した（詳細は岩松氏を参照）。
鎌倉時代に源姓畠山氏から分かれた一族としては、日向に畠山家の庶流の一族がある。また、失脚し没落した畠山国清の子孫の系統も存続したとされる（西谷内畠山家）。薩摩に下向した一族もあり（阿多氏）、島津氏の家臣長寿院盛淳（阿多盛淳）はその子孫である。
三河畠山氏（足利氏の一族）は、室町時代に、室町幕府の奉公衆として、畠山宗元が、三河国志貴荘に下向。志貴荘の荘館である安城古城を本拠にした。その後、和田氏と改め、和田親平の代に、安祥城を築城して移る。安祥城は、松平信光の奇襲で落城した時の城主は、徳川実紀によると、畠山加賀守某という。