熊本市
森の都
当市の雅称「森の都」は、1930年（昭和5年）制定の熊本市歌の歌詞に取り入れられている。また、高度経済成長期からの急激な都市化で緑地が減少した1972年（昭和47年）10月2日、熊本市議会にて『「森の都」都市宣言に関する決議』が採択され、同市を「森の都」と称することが公式決定された。都市計画にも自然と共存した街づくりが盛り込まれており、「美しく活力ある森の都くまもと」をテーマに都市景観の形成を進めている。
一方で熊本市は、中心部を流れる白川・坪井川・井芹川の3本の川や水前寺成趣園、あるいは豊富な地下水、水前寺江津湖湧水群（平成の名水百選）などを称えて「水の都」とも呼ばれている。
その他、市民が「水と森の都」、市が「水と緑の都」と呼んでいる例が見られる。
古代から加藤清正入国まで
豊かな土壌や有明海の海の幸にはぐくまれた熊本市地区は古来からの居住形跡があり、旧石器時代から古墳時代にかけての遺跡（貝塚、古墳なども含む）が市内各所で多数確認されている。
律令制下では、概ね肥後国の飽田郡・託麻郡の区域に当たる。8世紀、水前寺成趣園そばの砂取に肥後国の国府（託麻国府）が置かれ、その近くに国分寺・国分尼寺も設置されたとされる。その後国府は城南の益城国府を経て、平安時代中期までに二本木（飽田国府）に移転しているが、すべて現在の熊本市域内での移転であることから、少なくとも奈良・平安期の時点で熊本市地区が肥後国の中心として機能していたことがわかる。また、神話時代からの歴史とされている健軍神社をはじめ、8世紀には城南に熊本県内で最古の寺院とされる「陳内廃寺」や味噌の神様として名高い「味噌天神」が、9世紀には池上町に山岳寺院として「池辺寺」が、10世紀には現在の藤崎台県営野球場の位置に藤崎八旛宮がそれぞれ設置され、同じころには北岡神社も創建されている。
古代官道（駅路）も熊本市域を縦断しており、大宰府から南下してきた西海道の延長として立田山の西から蚕養駅（子飼）を通って託麻の国府へ、さらに城南方面へ進んでいた。律令政治の崩壊とともに一時肥後の中心地としての機能は失うが、二本木はその後も大きな集落として継続し、古国府と呼ばれることになる。その後、現在の熊本市北部には寄進型荘園で有名な鹿子木荘が拓かれる。
南北朝の騒乱の一端として1378年（南朝：天授4年、北朝：永和4年）、託麻原の合戦が市内東部で繰り広げられ、京塚など合戦の故事が由来の地名も残っている。その後、応仁年間（1467年 - 1469年）に出田氏が千葉城（現在のNHK熊本放送局所在地）を居城とし、1496年（明応5年）、豊後守護大友氏に属する鹿子木氏が茶臼山西南麓に隈本城を築城した。やがて鹿子木氏が菊池氏についたため、1550年（天文19年）、大友氏配下の城親冬（じょう ちかふゆ）が入った。
戦国時代の肥後国は数十の国衆が割拠していたが、安土桃山時代に入り豊臣秀吉の九州平定により、1587年（天正15年）に佐々成政が肥後49万石に封ぜられ、隈本城へ入る。しかし、失政により肥後の国衆一揆が起きると、翌年改易され、代わって加藤清正が肥後北半24万石に封ぜられ、隈本城を居城とし統治を開始。治山、治水や干拓による土地開発などを積極的に行い、荒廃していた土地を改良し生産力を向上させた。
一方、鎌倉時代に河尻実明が河尻城を築いたことから発展した、現在の川尻地区は港町として栄え、早くから海外交易も行われていた。中国、明の時代の地理書にも「開懐世利」として記述されている。また、城南町では隈庄城が築かれ、益城地方の中心としての役割を担った。
江戸時代
清正は1607年（慶長12年）に新たな隈本城を築き、その後、当地の呼称を隈本から熊本へと改名した。これ以降、熊本は近世城下町として発展していくことになる。加藤氏は清正の子、忠広の代で断絶し、1632年（寛永9年）以降は小倉藩から移封され熊本藩主となった、細川氏の城下町として発展していくことになる。
近世城下町としての整備は、清正が肥後に入国した天正時代に開始された。まず水害対策と内堀としての活用のため坪井川をつけかえ、古国府の商家も一部移す形で、城の南側（現在の市電呉服町電停一帯）に町人・職人町が作られた。その後城の西側にも町人・職人町が拡大するが、従来からの町人・職人町が「古町」と呼ばれたのに対し、城の西側に開かれた新しい町人町は「新町」と呼ばれることになる。熊本城下町の特徴として碁盤の目状に区画された町の中に寺院が1つずつ設置されており、現在でもこの町のつくりが引き継がれている。有事の際の防衛上の観点からも見逃せない形態となっている。なお、古町界隈は明治以降、昭和戦前期まで熊本市の繁華街の一つとして賑わいを見せていた。
一方、武家屋敷は、城の東側の山崎から高田原（現在の熊本市の繁華街一帯）・坪井にかけての一帯や、城の北の台地上にあたる京町に造成された（京町は、関ヶ原の戦いで敗れた小西行長の家臣や柳川藩の家臣を清正が引き取って住まわせた町である）。このうち、上級武士は城内（二の丸）や内坪井・山崎に居を構え、下級武士は手取・千反畑・高田原エリアに住んだとされる。
また、1601年（慶長6年）に初代の長六橋（橋名は架橋された1601年 = 慶長6年より）がかかり、薩摩街道や日向往還、南阿蘇へ向かう南郷往還の分岐点として迎町が賑わいを見せ、幕末には安政橋（当時の安巳橋）の対岸に新しい武家屋敷町 = 新屋敷が造成される。これらの区域が近代における熊本区 - 熊本市としてのおおまかな輪郭となる。
郊外では薩摩街道の宿場町、緑川水系の物流集積地（港町）として前代から引き続いて、川尻が栄えた。藩の奉行所や税関、軍港（御船手）がおかれたほか、薩摩藩の参勤交代路として本陣もおかれた。稲荷神社の所在地として発展した高橋は、坪井川の付け替え後に熊本の外港としても繁栄した。川尻と高橋は熊本（城下町）、高瀬、八代とともに肥後の五ケ町の一つに数えられることになる。
また、北へ向かう豊前街道と三池街道の分岐点に元禄時代、「味取新町」という宿場町が造られたが、ここが後に植木の中心商店街となる。参勤交代道として整備された豊後街道には里数木として黒髪に一里木が、龍田に二里木が植えられ、現在もバス停名として名残をとどめる（菊陽町にある三里木は駅名にもなった）。二里木のすぐ東側には17世紀半ば、細川藩に招かれた宮本武蔵ゆかりの史跡である武蔵塚がある。東へ向かう木山往還沿いには17世紀後半、桃山式回遊庭園の水前寺成趣園（水前寺公園）が造られた。
明治時代 - 第二次大戦前
幕末から明治にかけて、開明思想家として知られる横井小楠の活躍や熊本洋学校の設置、熊本の自由民権主義を牽引した植木学校の開校、熊本バンド結成など熊本に近代化の波が押し寄せる一方で、旧体制側である士族の反乱も勃発する。1876年（明治9年）には神風連の乱がおこり、そして1877年（明治10年）の西南戦争により植木の田原坂では激しい戦闘が繰り広げられ、さらに主戦場となった熊本の町は熊本城の天守閣を含め灰燼に帰した。また、1889年（明治22年）には大地震（熊本地震）にも見舞われた。
しかし、その後の熊本市地区は、熊本県（一時期は白川県）の県庁所在地としてだけでなく、九州の中央部にある主要都市ということで「九州の中核都市」と位置づけられ、熊本鎮台・第五高等学校など、九州域内を管轄する国家機関・教育機関が相次いで設置されていく。1878年（明治11年）設置の熊本区を経て、1889年（明治22年）、市町村制度施行により市制施行。当初の人口は42,725人。1900年（明治33年）に成立した鉄道唱歌第2集山陽・九州編で「九州一の大都会 人口五万四千あり」と歌われるに至った。そのため、新聞発行や電灯設置、放送局の開局などで熊本が九州初の事業地となることも多く、また第五高等学校が設置されたことから、夏目漱石や小泉八雲などの著名な作家が教師として熊本に赴き、熊本を舞台とした作品を残している（なお、森鴎外も数日ながらも熊本を訪れ、熊本にも関わりが深い作品（「阿部一族」）を残している）。
市内中心部の山崎には明治以降、武家屋敷を取り壊した跡地に練兵場をはじめとした軍施設が設置されたため、市街地が軍施設で分断されてしまい都市発展の障害となっていた。その後軍用地は、大正時代までに城内を除いてほとんどが大江や渡鹿など郊外に移転し、その跡地には新市街をはじめとした新しい商業・娯楽の中心地が形成された（軍用地であった名残として練兵町という町名が残っている他、軍用地の移転に力を入れた当時の市長・辛島格の名前を取って辛島町という町も誕生している）。
大正に入ると近代都市としての整備に拍車がかかる。熊本軽便鉄道・菊池軌道・御船鉄道・熊本市電・バスといった交通機関の拡充は市街地の拡大にもつながり、1921年（大正10年）には春日や黒髪、島崎など周辺町村を大合併して人口は13万となり、これまで旧城下町内だけにとどまっていた市域が郊外へ大きく広がることになった。また、1922年（大正11年）当時の市長・高橋守雄は市三大事業（上水道の整備・市内電車の開業・歩兵第23連隊の完全移転）を掲げ、これを実行に移すことに成功した。それまで南千反畑にあった市役所も、1923年（大正12年）に手取本町の現在地に移転している。
昭和になると桜町一帯に勧業館や公会堂といった施設が立ち並び、隣接する新市街には当時の最新の娯楽である映画館が多数オープンし、それまでの古町にかわる新たな都市核として急発展する。市内中心部には「千徳百貨店」や「銀丁百貨店」といった百貨店も開業。
熊本市は九州一の大都会となり、代表する都市として発展を続けていった。
産業
2007年（平成19年）度の市内総生産は2兆1507億円である。熊本県全体の約37%を占めており、パラグアイの国内総生産を凌ぐ経済規模を有する。
農業・水産業
熊本市は日本でも有数の農業王国。農家総数、専業農家数、農業就業人口、経営耕地面積は九州1位、農業産出額は日本の市町村中6位である。江津湖以南の市南西部 - 西部の田園地帯では米をはじめ、ナス、メロンを含む園芸作物各種が作られる。中でも、米とメロンは九州で1位、ナスは日本で2位の産出額である。金峰山山麓の河内地区、小島地区、北部地区は温州みかんの一大生産地となっており、周辺地区には選果場や加工工場も多い。市北部 - 植木町はすいかの名産地として名高い。また東部地区（戸島地区など）では、メロンなどの畑作のほか、近年かなり数は減ったものの酪農も行われている。
水産業としては、有明海の干潟ではノリやアサリなどが水揚げされるほか、白川河口や江津湖では河川漁業、錦鯉などの養殖も一部で行われている。
繁華街・商業施設
熊本市の中心部には、上通商店街・下通商店街・サンロード新市街の3つの繁華街がある。特に下通は、県内最大かつ九州でも上位の賑わいを見せており、平日50,000人、日曜日65,000人の来街者を有し、（一地点での通行量は（2010年（平成22年）8月調査で休日に約3万人）、核的中心専門街としての商業集積は県内でも群を抜いている。これらの繁華街は、上通北側に熊本電気鉄道の藤崎宮前駅が、上通と下通の間に熊本市電通町筋停留場や鶴屋、パルコをはじめとする百貨店が、サンロード新市街の周辺には熊本市電辛島町停留場、バスターミナルの桜町バスターミナルがそれぞれ立地し、それらの間を行き来させる回廊の役割を果たしている。ただし近年は郊外に大型商業施設が進出し、これらの中心部繁華街の人通りは減りつつある。歩行者数は2003年度から2011年度の間に3割減り、空き店舗の割合も1割を超える状況となっていた が、2011年以降は九州新幹線開業などによる観光客増加の要因もあり通行量は再び反転している。上通・下通・新市街の空き店舗率も3.9%にまで改善しているが、以前と比べ飲食店やカラオケ店の割合が増え、1990年からの約20年で半数の店舗が入れ替わり、全国チェーンの店の割合が増加するなど商店街の新陳代謝が進んでいる。
2013年に入り、後述の桜町・熊本交通センター地区の再開発に加え、ダイエー熊本下通店周辺の再開発計画やJR九州による熊本駅の大規模再開発（駅ビル建設）が発表されるなど、熊本市中心部地区は2010年代後半〜20年を目処とした新たな局面を迎えている。
郊外型の大型商業施設としては、地元スーパーのニコニコ堂がサンピアンシティーモール（1996年）、クリスタルモールはません（1998年）をオープンしたが、ニコニコ堂の破綻後はイズミがこれを引き継ぎ、現在ではゆめタウンとなっている。このほか、熊本市外だが菊池郡菊陽町にゆめタウン光の森（2004年）が、上益城郡嘉島町にダイヤモンドシティ・クレア（現 イオンモール熊本、2005年）がある（双方とも熊本市との境から数百mほどの位置）。
イズミは2012年2月、熊本市中央区大江の日本たばこ産業（JT）熊本工場跡地約7万3千平方メートルも取得しており、熊本県内での出店攻勢を強めている。
合志市には双日主導のショッピングモールを出店の計画が持ち上がってはいるが、現在のところ動きは止まっている。
郊外店の一大集積地帯は国道57号（熊本東バイパス）沿線であり、熊本都市圏北東端の菊池郡大津町から国道3号と交わる熊本市近見までの約25キロの区間は、イオン系（ジャスコ）が2軒、イズミ系（ゆめタウン）が3軒、他にもコジマやエディオン、ミスターマックスなどの郊外型大型電器店やロードサイドショップなどが乱立する激戦区となっている。
このような大型店とは別に、郊外商店街もみられる。市電終点の健軍町停留場前に立地するアーケード商店街・ピアクレス（健軍商店街）や、市内中心部に程近い老舗商店街・子飼商店街などである。ただし近年は大型店の集客力に押され、往時の活気はみられない。
また先述の通り、熊本駅前はホテルや受験予備校が複数立地しているものの、駅ビル内の商業施設「えきマチ一番街」を除けばショッピングを満喫できるような場所がなかったが、2013年12月25日、JR九州の唐池社長は熊本駅の0番線ホーム敷地と駅南側に隣接していた駐車場の3ヘクタールの敷地を再開発し、商業・オフィス・娯楽の機能を集積した駅ビルを2020年を目処に建設する予定であると発表した。
新市街・桜町
下通と市電辛島町電停を結ぶ幅広のアーケード街が、サンロード新市街である。映画館の街として戦前から栄えたが、近年は郊外に乱立するシネマコンプレックスの攻勢に押され、現在ではTOHOシネマズ以外にはDenkikanしか残っていない。また、ここはパチンコ店やゲームセンターなどが多数出店しており、下通よりも歓楽街的要素が強い。ベスト電器熊本本店はこの通りにある。
辛島町電停の北西側、「桜町」の一帯には熊本の交通の要、熊本桜町バスターミナルがあり、併設にSAKURA MACHI Kumamotoがある。新市街入口と産業文化会館、熊本交通センター、県民百貨店とは、地下道で結ばれていたが、産業文化会館方面、県民百貨店・熊本交通センター方面は建物解体のため閉鎖。2015年10月現在、新市街入口〜辛島公園地下駐車場間のみ通行できる。現在、九州新幹線全線開通後を見据え桜町・花畑地区の大規模な再開発事業が動き出している。同地区では地域・再開発事業者・行政が連携協力し、桜町・花畑周辺地区再開発検討協議会を2008年（平成20年）11月に設置。周辺地区を含めたまちづくりの整備イメージや、その検討課題について協議を重ねている。
2006年（平成18年）12月、桜町地区周辺では相次いで再開発事業構想が発表された。九州産業交通ホールディングスは、熊本交通センターを中心としたエリアに高層複合ビルに建てる開発構想を明らかにした。従来の建物を取り壊したうえで、商業施設やバスターミナル、マンション、ホテルを組み合わせた高層の複合ビル等を建てる予定で、再開発ビルは総床面積約10万2000m²以上の規模になる模様。また2011年（平成23年）1月には、熊本市より同じ敷地内にコンベンションセンターの設置を要請された。さらに、交通センター東側の産業文化会館のあるエリアには、求人情報誌を発行する雇用促進事業会が中心となって劇場、シアター、商業施設などが入る複合ビルを建設するとの発表もあった。雇用促進事業会の再開発（花畑町）は2013年（平成25年）、九州産交ホールディングスの再開発（交通センター）はやや遅れて、2014年（平成26年）以降の完成を目指していたが、景気情勢などにより計画が遅れている。なお、花畑町の再開発用地にはNHK熊本放送局の移転が決定した。
その他
市電花畑町電停から下通とも交差し、国道3号線まで続く通りが「銀座通り」である。福岡銀行や鹿児島銀行など近県の地方銀行の支店や、JTBや日本旅行などの旅行会社、ビジネスホテル、ファーストフード店、ゲームセンター、立体駐車場、雑居ビル、飲み屋店の集合ビルなどが混在する通りで、一部片屋根式のアーケードが設置されている。
下通南側には1990年（平成2年）前後のバブル期に、熊本のファッションストリートして有名になったシャワー通がある。
各通りの詳細については、下通#その他の通り、上通#その他の通りを参照されたい。
交通
中心市街地を九州の大動脈たる国道3号が南北に貫く。中心市街地の西側を鹿児島本線、九州新幹線が縦貫し、その鹿児島本線の熊本駅から、市街地の南端を迂回して北東方向へ進み、阿蘇・大分方面へ向かう豊肥本線が伸びている。中心市街地は、熊本駅および北隣の上熊本駅間の線路から東側の一帯と、豊肥本線の沿線周辺に発達している。熊本駅は、中心市街地の西南端部に立地しているが、地域的に自動車への依存度が高く、熊本市が（駅とは反対方向の）東部・北東部方面を中心に市街地化が進んできたため、大多数の市民にとっては不便な立地条件となっている。
そのため熊本駅は乗換の拠点に過ぎず、新興住宅地「光の森」として発展を続ける市北東部に位置する光の森駅（ただし、駅は熊本市と菊陽町の境界にまたがる）や、中心市街地に近く市電との乗り換えのできる新水前寺駅を利用する人が多く、新水前寺駅は乗車人員数は4,000人を超え、熊本市内の駅では熊本駅に次いで利用客が多い。そのため、中心駅となる熊本駅は、都市規模の割には乗降客数は決して多くはない（乗車人員:15,098人。2017年度）。その一方、九州新幹線の全線開業や、インバウンド需要の高まり、熊本駅周辺への集積も進んでいる影響で、市内のJR各駅の利用者数は大幅な増加傾向にある。
また熊本市内には、熊本駅および上熊本駅から市中心部と、水前寺成趣園を経て熊本市東部の拠点である健軍に至る熊本市電が走っている。高頻度で運転され、市民の足として定着している。全車冷房、VVVFインバータ車両、超低床電車など日本で最初に導入・達成されたものも多い。さらに、上通の北側の藤崎宮前駅および上熊本駅から合志市御代志にいたる熊本電気鉄道も走っている。
「TO熊カード」（ツーユーカード）という各社のバスと熊本市電で共通に使える磁気式のプリペイドカードが発行されているほか、2012年12月1日にJR九州が熊本地区（熊本市内は全駅）に「SUGOCA」を導入した。2014年3月28日より熊本市電に「でんでんnimoca」が導入され運用開始した。2015年春にはバス各社に「熊本地域振興ICカード（くまモンのIC CARD）」が導入された。
バス
熊本市の中心部にある日本最大規模のバスターミナル、熊本桜町バスターミナルを中心に路線網が展開されている。九州では唯一のオムニバスタウン指定を受けており、ノンステップバス導入を中心としたバス交通環境の整備を進めているが、他事業者からの中古車の購入、また熊本県内の最有力バス事業者である九州産業交通が経営悪化により産業再生機構の支援を受け、また熊本電鉄も経営難に陥るなど、厳しい状況も見られる。
空港
最寄り空港は、熊本空港（阿蘇くまもと空港）。熊本市内や肥後大津駅から連絡バスが運行されている。1971年3月31日以前は熊本市内に空港があった。
マクドナルド
熊本地区店舗では、しばしば新商品の試験販売を行っており、マック・フルーリーやクォーターパウンダー等は全国に先駆けて販売されている。また、マクドナルドの九州初出店は熊本市である（1975年〈昭和50年〉、下通の熊本大洋店）。