北陸新幹線
概要
北陸新幹線は1972年（昭和47年）に、全国新幹線鉄道整備法第4条第1項の規定による『建設を開始すべき新幹線鉄道の路線を定める基本計画』により公示され、1973年（昭和48年）11月13日に整備計画が決定された5路線（いわゆる整備新幹線）の路線の一つである。国鉄の財政悪化により建設が一時凍結されたが、1989年（平成元年）に高崎 - 軽井沢間で着工され、1997年（平成9年）10月に高崎駅 - 長野駅間が整備新幹線としては初めて開業した。長野 - 金沢間は一部区間がスーパー特急方式で着工された後、全区間がフル規格化され、2015年（平成27年）3月に長野駅 - 金沢駅間が開業した。鉄道建設・運輸施設整備支援機構が鉄道施設を建設・保有し、高崎駅 - 上越妙高駅間は東日本旅客鉄道（JR東日本）、上越妙高駅 - 金沢駅間は西日本旅客鉄道（JR西日本）により運営されている。JR東日本・JR西日本の施設管理境界は上越妙高駅の金沢方・高崎起点177 km950 m地点である。1997年開業時点では長野駅が終点であり、2015年の延伸まで北陸新幹線は北陸地方に達していなかったことから旅客向けの呼称が変遷している（詳細は沿革を参照）。同一名称の新幹線の路線が複数の鉄道会社によって管轄・運行されるのは、北陸新幹線が初めてであり、現在でも唯一である。また、JR西日本では北陸新幹線とは別に山陽新幹線も運営しているが、1つの鉄道事業者が運営する新幹線の路線が直接つながっていない事例も初めてである。
金沢 - 敦賀間は2012年（平成24年）に着工され、2022年度末に開業する予定である。
なお、未着工区間である敦賀 - 新大阪間については、2019年（令和元年）5月に環境アセスメントのための概略ルートが公表されている。
列車の概要
1997年の高崎駅 - 長野駅間開業時点では旅客向けには「長野新幹線」と案内され、速達タイプも各駅タイプも全て「あさま」としての運行であった。2015年の長野駅 - 金沢駅間の開業にあたり、首都圏と富山・石川エリアを短時間で結ぶ速達タイプの「かがやき」、主に長野駅以東の主要駅と長野以西の各駅間の利便性確保を目的とした停車タイプの「はくたか」、富山駅 - 金沢駅間シャトルタイプの「つるぎ」、東京駅 - 長野駅間運転タイプの「あさま」の4種類になった。原則として、全ての列車がE7系・W7系を使用する。
「かがやき」
「かがやき」は、2015年3月14日に設定された、東京駅 - 金沢駅間で運行される最速達タイプの列車。全車指定席。
途中停車駅は上野駅（一部列車は通過）・大宮駅・長野駅・富山駅である。朝と夜を中心に概ね毎時1本の割合で運行されており、所要時間は最速達列車で東京駅 - 富山駅間が2時間8分、東京駅 - 金沢駅間が2時間28分である。
「はくたか」
「はくたか」は、2015年3月14日に設定された、東京駅・長野駅 - 金沢駅間で運行される停車タイプの列車。
東京駅 - 長野駅間では「かがやき」に次ぐ速達列車の位置づけではあるが、長野駅 - 金沢駅間では基本的に各駅に停車する（一部の列車は飯山駅を通過）。概ね毎時1本の割合で運行されている。
「つるぎ」
「つるぎ」は、2015年3月14日に設定された、富山駅 - 金沢駅間で運行される列車。
それまで運行されていた名古屋・大阪・福井方面から富山方面に直通運転していた在来線特急「しらさぎ」「サンダーバード」の運転区間が新幹線開業に伴い金沢までに短縮されたため、その代替として設定された。富山・金沢両都市間のシャトル列車としての役割を担っている。12両編成だがグランクラスを含む4両（8（一部列車）・9・10・12号車）は締め切り扱いで乗車できない。
「あさま」
「あさま」は、1997年10月1日に運行開始した、東京駅 - 長野駅間で運行される列車。
長野までの開業時点では速達・各駅タイプを問わず全ての列車が「あさま」として運行されていたが、2015年の金沢延伸以降は長野駅までの各駅停車タイプとしての役割が大きくなっている。
車両
長野新幹線時代の2005年からJR東日本管内の新幹線路線に先駆けて全面禁煙化に踏み切っている。金沢延伸後も喫煙車の設定はなく、喫煙スペースを設けた車両も存在しない。
乗務員と車内販売
乗務員（運転士、車掌）は、東京駅 - 長野駅間はJR東日本長野総合運輸区（一部の列車は東京支社の乗務員が担当）、長野駅 - 金沢駅間はJR西日本金沢新幹線列車区が担当しており、管轄境界駅である上越妙高駅ではなく長野駅でJR東日本とJR西日本の乗務員が交代する。これは上越妙高駅に「かがやき」が停車しないため、JR東日本とJR西日本の両社が乗務員を効率的に運用できるよう、敢えて「かがやき」「はくたか」の全列車が停車する長野駅を交代駅と定めたものである。そのため、長野駅 - 上越妙高駅間は新幹線唯一の他社乗務員による運転区間となる。
車内販売ならびにグランクラスアテンダントは日本レストランエンタプライズ (NRE) 金沢列車営業支店及び東京列車営業支店が担当しており、東京駅 - 金沢駅間は通し乗務となる。ただし、「つるぎ」のグランクラスおよび車内販売は非営業、「あさま」や長野駅 - 金沢駅間の「はくたか」はグランクラスがシートのみの営業となっており、車内販売は非営業である。
2019年5月1日以降は「かがやき」「はくたか」共に臨時列車での車内販売を終了する。同年7月1日以降はホットコーヒーや弁当、軽食類、デザート類、土産類、雑貨類の販売を終了し「ソフトドリンク類（ペットボトル）、菓子類、アルコール類、つまみ類」のみの販売となる。
異周波数対応
北陸新幹線沿線の周波数は、群馬県内は50Hz、長野県内は60Hz、新潟県内は50Hz、富山・石川県内は60Hzとなっている。営業中の新幹線路線で異周波数接続が存在する路線は北陸新幹線が唯一である。異なる周波数の電流が混触すると大電流が流れるおそれがあるため、電気的な絶縁を保ちつつ変電所間での電源系統の切替を行うために、新軽井沢き電区分所(SP) 、新高田SP 、新糸魚川SPに周波数切替セクションが設けられている。列車の通過に連動して自動的にき電を切り替えるため、新幹線車両はこれらのセクションを力行したまま通過できる。高崎駅 - 軽井沢駅 - 新軽井沢SP間が50Hz、新軽井沢SP -  佐久平駅 - 上越妙高駅 - 新高田SP間が60Hz、新高田SP - 糸魚川駅 - 新糸魚川SP間が50Hz、新糸魚川SP - 黒部宇奈月温泉駅 - 金沢駅 - 白山総合車両所間が60Hzとなっている。
また、1997年の長野開業時にはアナログATCが導入されたが、その後東北・上越新幹線で導入が進められたDS-ATCは電源周波数が50Hz用であったため、金沢開業を前に新たに60Hz対応のDS-ATCが開発され、北陸新幹線に導入された。
なお、新潟県内の50Hzき電を担う新上越変電所の異常時には、隣接する変電所からの救済き電により、新高田SS - 新糸魚川SS間を60Hzき電に切り替えることが可能である。そのため、この区間では50Hzと60Hzの両対応のATC装置や電気設備が設けられており、周波数に応じて切り替える構成になっている。
冬季対策設備
北陸新幹線の経由する上信越・北陸地方は日本でも有数の豪雪地帯であり、冬季においても安定輸送を維持するための対策が施されている。JR東日本管内ではスプリンクラーによる散水消雪方式が採用されている。飯山エリアでは、東北新幹線で実績があり、厳冬期に早期散水が可能となるよう予め送水本管内に温水を循環させておく「循環方式」を採用している。一方、上越エリアでは、上越新幹線で実績があり、散水終了後に送水本管内の水抜きを行うことで凍結を防止する「水抜き方式」を採用している。また、新規導入設備としてトンネル緩衝口端部より5m幅で散水するトンネル雪庇散水や、下り線側の保守用斜路への散水消雪設備が導入された。
JR西日本管内では、沿線に水源にを確保できる場合はスプリンクラーによる散水消雪を採用し、困難な場合には高架橋の軌道下の路盤コンクリートを高くし、線路の両脇に雪を貯める貯雪方式を採用している。比較的降雪量の多い区間では、高架橋内の降雪を減らすための雪覆いを設けた半雪覆式貯雪型高架橋が採用されている。貯雪可能な量を超える積雪が予想される糸魚川 - 富山間の黒部地区では、夜間にローターリー除雪車で雪を高架下に投下できる側方開床式貯雪型高架橋が採用されている。しかし、道路などがあり高架下への投雪が困難な区間では、高架橋を拡幅して貯雪量を増やした閉床式貯雪型高架橋（拡幅型）、拡幅も困難な場合は高架橋のケーブルダクト上に加温した不凍液を循環させる温水パネルを設置して融雪するなど、周辺環境に合わせた対策を行っている。また、トンネル間の短い明かり区間にはスノーシェルターを設けることで高架橋への積雪を防止している。
金沢駅〜飯山駅では雪害対策のためホーム全体が屋根で覆われている。
地震対策
1975年から国鉄において、P波から地震の規模や位置を推定するアルゴリズム（早期検知アルゴリズム）の研究が行われ、世界初のP波警報システムである「ユレダス (Urgent Earthquake Dtetection and Alarm System)」の開発が進められた。ユレダスは1992年に東海道新幹線で導入が開始され、1998年には北陸新幹線 高崎 - 長野間においても導入された。ユレダス導入によってP波およびS波の2種類の警報判定が可能になり、S波到達より早く新幹線の停止信号を送ることが可能になった。
その後、最新の観測技術や高速ネットワークに対応し、早期探知アルゴリズムを改良した「早期地震防災システム」が開発された。
2004年に発生した新潟県中越地震による上越新幹線脱線事故をうけて、新幹線車両が地震などにより脱線した場合でも、車両がレールから大きく逸脱することを防止する「車両逸脱防止L型ガイド」を開発し、2008年度上期までにすべての新幹線車両に設置を完了した。さらにレールの転倒や大幅な移動を防ぎ、L型車両ガイドが有効に機能するよう、スラブ軌道用やバラスト軌道用などの「レール転倒防止装置」を開発し、敷設工事が進められている。
構想から整備計画の決定
1965年（昭和40年）9月26日、金沢市の石川県体育館で『1日内閣』が開催された。これは後年に言うタウンミーティングのようなもので、現職閣僚が地方へ出向いて実情を聞く公聴会であった。当時内閣総理大臣を務めていた佐藤栄作も出席したこの公聴会において、富山県代表の公述人である岩川毅（中越パルプ工業創業者・当時の砺波商工会議所会頭）は、政府に対して東京を起点とし松本、立山連峰を貫通し富山、金沢を経由して大阪に至る「北陸新幹線」の建設を求めた。この提案に、鉄道官僚出身の佐藤も興味を示した。『1日内閣』での新幹線構想の発表により、北陸地方では新幹線誘致の機運が高まっていった。1967年（昭和42年）7月には、北陸三県商工会議所会頭会議において、北陸新幹線の実現を目指すことが決議された。その後、同年12月8日に「北回り新幹線建設促進同盟会」が発足した。これは、北陸地方の活性化と将来逼迫する東海道新幹線の代替交通機関を目的としていた。1969年（昭和44年）5月30日に「新全国総合開発計画」が閣議決定された。この中で主要開発事業の構想として「北陸地方を首都圏および近畿圏と結ぶ北回り新幹線鉄道の建設を進めるとともに」と現在の北陸新幹線に相当する新幹線鉄道の建設構想が盛り込まれた。
1970年（昭和45年）に全国新幹線鉄道整備法（以下全幹法）が公布された。この法律により、逼迫する幹線の輸送力増強を目的とした東海道・山陽新幹線とは異なり、経済発展や地域の振興を目的とした新幹線の建設が行われるようになった。1972年（昭和47年）6月29日に基本計画が決定、7月3日に全幹法第5条第1項の規定による「建設を開始すべき新幹線鉄道の路線を定める基本計画」（昭和47年運輸省告示第243号）により北海道新幹線（青森市 - 札幌市）、北陸新幹線（東京都 - 大阪市）、九州新幹線（福岡市 - 鹿児島市）の3路線の基本計画が告示された。この基本計画において北陸新幹線は東京都を起点に長野市附近、富山市附近を主要な経過地として大阪市を終点とすることが示された。整備計画決定を受けて「北回り新幹線建設促進同盟会」は1972年7月に「北陸新幹線建設促進同盟会」と改称した。
翌年の1973年（昭和48年）11月13日には前述の3路線に加え、東北新幹線（盛岡市 - 青森市）、九州新幹線（福岡市 - 長崎市）を含む5路線（いわゆる整備新幹線）の整備計画が決定された。北陸新幹線は主要な経過地として「長野市附近、富山市附近、小浜市附近」が示され、その他「東京都・高崎市間は上越新幹線を共用する。」とされ、建設主体は日本鉄道建設公団とされた 。
ルート選定
高崎 - 長野間のルートでは、高崎 - 長野間をほぼ最短距離で結ぶ鳥居峠経由の「長野原ルート」と信越本線に沿って結ぶ「信越本線沿いルート」が考案された。その後の地質調査の結果、「長野原ルート」では活火山である草津白根山に長大トンネルを建設する必要があり、施工はほとんど不可能であるとされた。そのため、距離は長くなるが沿線人口や利用客の多い「信越本線沿いルート」が採用された。
高崎 - 軽井沢間の標高差は約840mあり、信越本線は横川駅 - 軽井沢駅間に存在する碓氷峠を66.7‰の勾配で通過していた。当時の新幹線規格であった12‰勾配で建設するためには延長70 kmの路線を建設して峠を大きく迂回しなければならず、工費や所要時間の拡大につながる。そこで、公団は高崎から左に進み松井田駅上空を橋で通過し、物見山の下をトンネルで抜け、佐久方面に抜ける南回りのルート案を検討したが、当時年間80万人もの観光客を有する軽井沢駅を経由しないため、運営主体となる国鉄から難色を示された。その後、高崎駅を出てすぐ登り始めて30‰の勾配で軽井沢へ向かい、中間に途中駅を設けられるよう1 km程度の水平部分を設けるルートが検討された。その後、公団や国鉄内部で車両工学の面からも検討が重ねられた後、1984年（昭和59年）3月20日に北陸新幹線高崎 - 長野間のルートを公表し、環境影響評価を開始した。
長野 - 富山間については途中の経由地が明示されず、日本国有鉄道（国鉄）は1975年（昭和50年）頃に北アルプス（飛騨山脈）の直下をトンネルで貫通する短距離ルートの建設も検討したが、火山地域のため高熱となる岩盤や最大2000mに達する「土被り」（地表からトンネルまでの距離）で生じる大量の湧水や「山はね」（岩盤破壊）に耐えながら全長約70 kmに及ぶ超長大トンネルを建設するのは困難として、信越本線や北陸本線に沿って上越市などを経由する従来のルートでの建設が決定された。
高崎 - 長野間の建設・開業
1989年（平成元年）1月17日の申し入れを受けて、公団は1985年（昭和60年）12月25日に認可申請した北陸新幹線 高崎 - 小松間の工事実施計画を高崎 - 軽井沢間と軽井沢 - 小松間に分割し、1989年6月23日に高崎 - 軽井沢間の追加申請を行い、6月28日に高崎 - 軽井沢間41.2 kmの工事実施計画（フル規格）が認可された。その後、8月2日に軽井沢駅構内で起工式が行われた。
「運輸省案」では軽井沢 - 長野間について、信越本線を新幹線直通線（ミニ新幹線）化する方式で整備するとしていた。そのため、首都圏と直通する列車の廃止や並行在来線問題を回避できるとして、信越本線沿線で北陸新幹線の駅設置計画がない小諸市や御代田町はミニ新幹線の早期着工を主張した。しかし、長野市が1998年のオリンピック・パラリンピック開催地に決定したことから、1990年（平成2年）の「整備新幹線着工等についての政府・与党申合わせ」において、北陸新幹線 軽井沢 - 長野間については、必要な調整を行ったうえで、標準軌新線で平成3年度において、所定の認可等の手続きを経て、その建設に着工すること。建設着工する区間の並行在来線は、開業時にJRの経営から分離することを認可前に確認することが示された。その後、県による説得が行われ、御代田町が第三セクター化を受け入れ、1991年（平成3年）6月には小諸市も同意した。これにより高崎駅 - 長野駅間が標準軌新線（フル規格）で建設されることになった。1991年（平成3年）8月22日に軽井沢 - 長野間53.6 kmの工事実施計画（フル規格）が認可され、9月17日に起工式が行われた。佐久市と小諸市は佐久（仮称）駅の駅名をめぐっても対立した。詳細は「佐久平駅」を参照。
1997年（平成9年）10月1日に高崎駅 - 長野駅間が開業した。これにより、東京駅 - 長野駅間の所要時間は最短で1時間19分となった。しかし長野開業時点では、東京から富山・金沢などの北陸地方へは越後湯沢駅で上越新幹線からほくほく線経由の在来線特急「はくたか」を乗り継ぐルートが最速ルートであった。このため、JR東日本は東京から北陸方面への旅客の誤乗車を防ぐため、案内名称として長野行新幹線（後に「長野新幹線」と短縮）を用いていた。また、北陸新幹線開業に備え、東京駅のJR東日本の新幹線ホームが1面2線から2面4線に増設された。
厳しい財政状況のなかで建設が開始されたことから、建設費縮減のため様々な新技術が導入された。前述のとおり、勾配の上限を30‰に高めることで路線延長を約20 km短縮し、建設費を約1,000億円圧縮することが可能となった。また、高崎起点約3.3 kmの上越新幹線との分岐点では国内最速の分岐器である「38番分岐器」を導入し160 km/hで分岐器側の通過を可能にした。これにより、上越新幹線の軌道をできるだけ長い区間共用することで、下り線の高架橋約2.2 kmを新設せずに済んだ。この他、橋梁においては新幹線初のPC斜張橋、架線においては従来新幹線で用いられていたヘビーコンパウント架線に比べ、経済的で輸送量に見合った高速シンプル架線（CSシンプルカテナリ式）が初めて採用された。
2014年度末に新規開業する長野 - 金沢間は保安装置がデジタルATCであることから、2013年11月9日夜から10日早朝にかけて、高崎 - 長野新幹線運転所までの区間の保安装置が従来のアナログATCからデジタルATCに切り替えられた。これにより、JR東日本の新幹線の全区間がデジタルATC化された。このATC更新により、2014年3月15日のダイヤ改正から東京 - 長野間で平均して下りで2分、上りで4分所要時間が短縮された。
スーパー特急方式による暫定整備計画
1989年（平成元年）6月に難工事推進事業として、富山・石川県境にまたがる加越トンネルの着工が認可された。
1992年（平成3年）に新幹線直通線（ミニ新幹線）や新幹線鉄道規格新線（スーパー特急）による「暫定整備計画」を決定できるよう全幹法が改正された。北陸新幹線では「運輸省案」に基づき2区間でスーパー特急方式による暫定整備計画が認可され、着工された。
昭和63年の「整備新幹線の取扱いについて」において高崎 - 軽井沢間と並んで着工優先順位1位であった高岡 - 金沢間は、富山県内の自治体が並行在来線の経営分離に反対したため、ルートを変更したうえで着工区間を石動 - 金沢間に短縮した。石動 - 金沢間は北陸本線石動駅西方約1 kmの西石動（仮称）信号所で分岐し、在来線駅に併設して金沢駅を設置し、金沢駅の西方約1 kmで北陸本線に合流する計画であった。1992年（平成4年）7月29日に小矢部市 - 金沢市間の暫定整備計画が決定、8月6日に石動 - 金沢間25.0 kmの工事実施計画が認可され、8月27日に起工式が行われた。その際、加越トンネルはルート変更により不要となり、既に投入された建設費8億円は富山県が負担することになった。石動 - 金沢間においては2007年度末までに富山・石川県境から金沢駅までの土木工事がほぼ完成した。
昭和63年の「整備新幹線の取扱いについて」において着工優先順位4位であった糸魚川 - 魚津間は、北陸本線糸魚川駅西方4 kmの西糸魚川（仮称）信号所で分岐し、新設する新黒部（仮称）駅（現 黒部宇奈月温泉駅）を経て、魚津駅手前の東魚津（仮称）信号所で北陸本線に合流する計画であった。1994年（平成5年）9月13日に糸魚川市 - 魚津市間の暫定整備計画が決定、9月22日に糸魚川 - 魚津間40.5 kmの工事実施計画が認可され、10月13日に起工式が行われた。
新規着工拡大と全区間フル規格化
1996年（平成8年）12月25日の「整備新幹線の取扱いについて　政府与党合意」では北陸新幹線の新規着工区間として長野 - 上越間の標準軌新線（フル規格）が示された。平成8年の合意に基づいて、1998年（平成10年）1月に「政府・与党整備新幹線検討委員会における検討結果」が公表され、従来の整備新幹線計画が維持されていることを確認したうえで新規着工区間の優先順位が示され（1）東北新幹線 八戸 - 新青森間、九州新幹線（鹿児島ルート）船小屋 - 新八代間（2）北陸新幹線 長野 - 上越間とされた。
同年3月には長野 - 上越間約60 kmの工事実施計画（フル規格）が認可された。
2000年（平成12年）12月18日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申合せにおいて、北陸新幹線の長野 - 富山間について「フル化し、今後概ね12年後強の完成を目指す」とされた。今回着工しない区間ついてはについては、東北新幹線（盛岡駅 - 八戸駅間）、九州新幹線（新八代駅 - 鹿児島中央駅間）の開業後に見直しを行うとされた。このうち、富山 - 金沢間は「三、の見直しの際、石動 - 金沢間をすでに着工していることを踏まえて認可に向けた検討を行う」金沢 - 南越間は「福井駅部機能高度化事業を行う」とされた。2001年（平成13年）4月には上越 - 糸魚川間、魚津 - 富山間の新規着工を含む上越 - 富山間全区間がフル規格で着工された。
2003年（平成15年）10月1日に鉄道建設・運輸施設整備支援機構が設立され、日本鉄道建設公団は解散した。これにより北陸新幹線の建設・貸付け業務は機構に引き継がれた。
2004年（平成16年）12月16日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申合せにおいて、北陸新幹線の長野 - 金沢車両基地（現 白山総合車両所）間についてはフル規格で整備するものとし、富山 - 石動間、金沢 - 金沢車両基地間については平成17年度当初に着工し、長野 - 金沢車両基地間で一体的に平成26年度末の完成を目指すとされた。この申し合わせに基づき、2006年（平成17年）4月27日に富山 - 金沢（白山総合車両所）間の全区間がフル規格で認可され、6月26日に起工式が行われた。これにより富山 - 石動間約35 kmと金沢 - 白山総合車両基地間約9 kmが新規着工、石動 - 金沢間約25 kmがフル規格化されることになった。
2006年（平成18年）4月14日に既認可区間である長野 - 上越間、上越 - 富山間、富山 - 金沢間を変更して長野 - 金沢（白山総合車両基地）間の一体的な完成を目指す工事実施計画の変更認可申請が行われ、同月28日に認可された。
2015年（平成27年）3月15日に長野駅 - 金沢駅間が開業し、金沢駅 - 白山総合車両所間の線路も回送線として運用が開始された。これにより、東京 - 富山・金沢間の鉄道での最速ルートは北陸新幹線となり、所要時間は最短で東京駅 - 富山駅間が2時間8分、東京駅 - 金沢駅間が2時間28分となった。旅客向けの案内は「北陸新幹線」に統一されたが、JR東日本管轄区間においては一部で「北陸新幹線（長野経由）」と案内される場合がある。
新潟県の費用負担問題
北陸新幹線の整備費用のうち、新潟県の負担分について国と新潟県との間で一時対立が生じていた。
2009年（平成21年）2月12日、新潟県の泉田裕彦知事は、国土交通省から資材価格高騰などを理由に220億円の建設費追加負担を求められたことに対して、「突然増額を求められても対応は難しい」として、算出根拠について納得できる説明があるまでは増額分の負担に応じない姿勢を表明した。
同年12月25日、泉田知事は前原誠司国土交通大臣と話し合い、「県と国の信頼関係が再構築された」として2009年度分負担金残額計104億円を支払うと表明した。また新潟県が2009年（平成21年）11月6日国地方係争処理委員会に計画の認可に審査を要求し、委員会は同年12月25日却下。新潟県は却下に対して規定の30日内の2010年（平成22年）1月27日までに東京高裁に提訴せず、国との協議は続行されることとなった。
しかし、新潟県は協議が進展しないことを理由に2011年度当初予算案に建設負担金を盛り込まなかった。
2010年9月13日、JRが国側へ支払う貸付料には、並行在来線の赤字解消分が含まれるとして新潟県が行った北陸新幹線貸付料に関する情報開示請求に対して一部開示の決定がなされた。これを受けて同県は、同県区間の並行在来線の赤字解消相当額は、30年で780億円を超えるとの試算を発表した。
なお、新潟県および泉田知事の対応には、大阪府の橋下徹知事（当時）は北陸新幹線自体には賛成ではあるが、直轄事業負担金の観点からこの対応に強い支持を表明した一方、新幹線未開業の富山・石川両県を人質にとるような手法であることから石川県の谷本正憲知事からは強い不快感が表明された。
しかし2012年2月17日、新潟県の泉田知事は前田武志国土交通大臣と会談し、新幹線開業に伴う在来平行線の第三セクター運営において、国内有数の豪雪地域である信越及び越中・越後国境での鉄道運営に関する赤字相当額として県が試算していた「30年間で780億円」という金額を国が追加支援をする事等を条件に、これまで県として支払いを拒否していた地方負担分を支出することに合意した。これにより、北陸新幹線の建設は予定通り2014年度末までの開業計画に遅れることがなくなった。
金沢 - 敦賀間の建設
2004年（平成16年）12月16日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申合せにおいて、北陸新幹線の金沢車両基地 - 南越間では、福井駅部についてえちぜん鉄道の高架化と一体的に工事を行うため、平成17年度当初に着工し平成20年度末の完成を目指すとされた。南越 - 敦賀間については直ちに工事実施計画の認可申請を行うとされた。この申し合わせに基づき、2006年（平成17年）4月27日に福井駅部の工事実施計画が認可され、6月26日に起工式が行われた。また、同年12月には南越（仮称）- 敦賀間の工事実施計画の認可申請が行われた。福井駅部は高崎起点421 km405 mに位置し、北陸本線の東側に高架橋を設置する延長800mの区間であり、2009年（平成21年）2月に高架橋が完成した。その後、福井駅部の高架橋は2015年9月27日から2018年6月24日にえちぜん鉄道単独の高架完成までの間えちぜん鉄道の福井駅 - 福井口駅間の仮線・仮駅舎として使用されていた。
2011年（平成23年）12月26日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党確認事項において北陸新幹線は長野 - 白山総合車両基地間の「平成26年度末の開業」及び新たな着工区間として、白山総合車両基地 - 敦賀間につい営業主体であるJR西日本の同意と並行在来線の経営分離に関する沿線自治体の同意を条件に「長野 ・白山総合車両基地の開業から概ね10年後強」を想定完成・開業時期とする方針を示した。
翌2012年（平成24年）6月に北陸新幹線金沢 - 敦賀間が認可、着工された。
2015年（平成27年）1月14日の「整備新幹線の取扱いについて」の中で整備新幹線の開業前倒しを図る方針が示された。北陸新幹線においては金沢 - 福井 - 敦賀間の「完成・開業時期を平成37（2025）年度から3年前倒しし、平成34（2022）年度末の完成・開業を目指す」とされた。また、在来線との乗換利便性を確保し、十分な開業効果をできる限り早期に発揮する観点から、別途与党において、整備が先行している福井駅の早期活用等について、今夏までに検討を行うこと。金沢 - 敦賀間にはフリーゲージトレインを導入することが予定されているが、フル規格を前提とする整備計画に影響を与えるものではないことも示された。その後、与党整備新幹線建設推進プロジェクトチームの検討委員会において、福井駅及び敦賀駅の乗換利便性向上設備の追加が決定された。福井駅の新幹線ホームは1面2線と狭いことから、乗換利便性向上のため、ホーム開口部を3か所設置することや中2階に在来線との連絡通路を設置すること、ホーム柵の位置を変更しホーム幅を拡張する計画となった 。また、2020年度の福井先行開業も計画していたが2017年3月11日に与党PTにより断念している。敦賀駅では大阪・米原方面の在来線特急との乗り継ぎ時間短縮などを目的に、新幹線駅舎の1階に在来線を引き込み、上下で乗り換えできるように計画が見直された。2017年（平成29年）10月には工事完了を平成32（2022）年度に前倒しすることや、福井駅、敦賀駅の乗換利便性向上施設などを追加した工事実施計画（その2）が認可された。
2019年（平成31年）3月には工事費の増額に伴う工事実施計画の変更が認可され、工事費は現認可額の1兆1,858億円から2,263億円の増加となる1兆4,121億円となった。
フリーゲージトレイン導入計画と断念
金沢駅以西については、フリーゲージトレイン(FGT)による在来線乗り入れとする案が検討されてきた。これは、金沢駅 - 敦賀駅開業後、在来線である湖西線に乗り入れて京都駅経由で大阪（新大阪駅または大阪駅）へ至るというもので、敦賀駅以西の建設の見通しが立たないことにより、2012年2月に国土交通省が提案したものであった。FGTが導入されると、北陸本線・東海道本線経由で米原・名古屋方面への直通も可能になるというメリットもあった。
金沢 - 敦賀間の着工に向けた試算では、金沢 - 敦賀間のフル規格整備に加えて、富山 - 大阪間に軌間可変電車（フリーゲージトレイン）の導入した場合についても想定されていた。
2013年6月からFGTのプロジェクトチームを拡大して開発を本格化するとした。JR西日本もこの案を前向きに検討し、同社は2014年9月、敦賀市において模擬台車による軌間変換試験を同年10月から開始すること、また、北陸ルートに対応したFGT試験車（6両編成）の設計・製作にも取りかかり、2016年度から試験車両による試験を始めることを表明していた。
しかし、FGTは開発途上で技術的な課題があるとともに、仮に実現しても在来線では従来の特急列車と同じ速度でしか運転できない、通常の新幹線より重くなることにより線路の保守費用が膨らみ、車両の製造費が高くなるというデメリットが指摘された。さらに、金沢 - 敦賀間の開業が当初予定の2025年度から2022年度に3年繰り上げられたことで、JR西日本は開業が前倒しされた場合には、導入が間に合わないとの見解を示した。
なお、2012年5月には沿線の富山・石川・福井・滋賀・京都・大阪の各府県と関西広域連合、JR西日本はFGT導入について、新幹線の大阪延伸までの暫定措置として認めるとの申し入れを国土交通省に行っているが、福井県の市民団体は高価なFGT車両の導入により敦賀以西のフル規格での整備が進まなくなる、料金が割高になるとして、導入を見送るように県に対して申し入れを行っている。また、2017年6月17日の定期会見で福井県知事は九州新幹線 (西九州ルート)（JR九州）でのFGT導入見送りを受けて、在来線特急の調整を行う都合から、採用の結論を求めている一方で、同年6月20日にはJR西日本の定期記者会見においては、技術的な問題が解決するまで動向を注視するとして、FGT導入について明言を避けていたが、2018年8月24日の政府与党とJR西日本の会合で「技術的課題があり、開発が難航している」との理由により、導入を断念せざるを得なくなった。
長野県千曲市
長野県千曲市が長野駅-上田駅間に新駅「新千曲駅」（仮称。旧仮称「更埴駅」）を誘致する運動を行っていた。在来線特急「あさま」のうち毎日約半数が屋代駅に、また戸倉駅にはほぼ全便が停車していたが、屋代駅が所在する旧更埴市は、市に特急列車の停車がなくなることの代替措置として「長野新幹線」計画段階から新幹線新駅誘致を構想。宮坂博敏・更埴市長（千曲市発足後は千曲市長）はこれを推進する方針を取り、1992年3月、旧更埴市の対策委員会が鉄建公団との設計協議で更埴市内への駅の設置追加を要望するも、「当初計画に基づき長野オリンピックまでに開業させることを最優先とする」との理由から棚上げとなった。建設工事中の1996年7月には更埴市・戸倉町・上山田町他の陳情を長野県議会が採択、1997年5月には須坂市など近隣自治体も加わった「北陸新幹線（仮称）更埴駅誘致期成同盟会」が結成された。1997年10月の長野駅までの先行開業、2003年の更埴市・戸倉町・上山田町合併による千曲市発足を経て、2007年9月、宮坂市長の後を受けて新駅誘致実行を公約した近藤清一郎・旧更埴市前助役が千曲市長に当選した。市は新駅について五里ヶ峰トンネル長野駅方出口から長野自動車道更埴IC付近までの「明かり部」の区間内への設置を予定している。当初期成同盟会は観光需要などの観点から長野県立歴史館及び森将軍塚古墳・科野の里歴史公園傍の五里ヶ峰トンネル長野駅方出口付近を想定していたが、同市長はパークアンドライド式利用を見込んで新駅を更埴IC（しなの鉄道線屋代高校前駅付近）に接続させる案を示した。更にいわゆる「請願駅」として金沢駅延伸開業までに建設する構想を提起、2009年6月、市の施政方針として示した。2011年9月の市長選挙においては新駅構想が選挙の争点となる情勢であったものの、新駅誘致構想推進を公約した近藤市長に対して反対派からは立候補者がなく、同市長が無投票で再選となった。近藤市長は引き続き新駅誘致構想を進めたが、2012年9月、病気により退任。同年11月の市長選挙において改めて新駅構想が争点となり、推進派候補2名・反対派候補1名が立候補した。選挙戦において反対派候補への支持は低迷、推進派候補2名の争いとなり、岡田昭雄・前千曲市参与が新市長に当選した。この結果新駅誘致推進支持の民意が確認された。2015年3月の金沢駅延伸開業までには間に合わない見通しとなったものの、2013年1月には「北陸新幹線新駅誘致期成同盟会」が設立され、「対策協議会」など他の団体も活動を開始、2014年12月には阿部守一長野県知事が新駅誘致推進支持を表明した。2015年7月には千曲市・同市議会他による「北陸新幹線新駅設置早期実現を求める陳情」を長野県議会が採択し、千曲市への新駅設置構想は事実上長野県の方針ともなった。しなの鉄道線との接続については未定、また建設資金などの問題もあったが、千曲市は2023年の敦賀駅延伸までには開業させたいとの意向であった。2016年10月の千曲市長選挙においても再び新駅構想が争点となった。新駅誘致を推進する岡田市長と反対派候補の一騎討ちとなり、接戦となるも新駅構想を掲げる岡田市長が再選した。2017年2月には阿部守一長野県知事が期成同盟会の顧問に就任。同年3月、期成同盟会はJR東日本長野支社に新駅設置を求める要望書を提出した。これに対し同年10月、JR東日本は新駅設置について「技術的に難しい」と回答。専門家もその回答を妥当と説明した。また新駅設置の課題であった線路の傾きについて、解消には250億から350億円の費用かかることが明らかになり、岡田市長は2017年12月5日の千曲市議会12月定例会において、JRの回答などを踏まえ「新駅設置を進める合理的な理由を見つけることができない」と新駅設置を断念することを明らかにした。長野県も誘致断念を了承。これを受け期成同盟会は2018年2月、活動を終了し3月末をもって解散することを決定した。対策協議会など他の団体も活動を終了した。
石川県白山市
石川県白山市が金沢駅 - 小松駅間に新駅「白山駅」（仮称）を誘致する運動を行っていた。当初、白山総合車両所に新幹線乗降場を設置する案が提起されていたが、その後北陸本線加賀笠間駅周辺に新駅を設置する構想となっていた。「北陸新幹線（仮称）白山駅建設期成同盟会」を地元自治体・経済団体で構成していたものの、2017年4月15日、「白山駅」設置を断念。同年5月に同盟会解散を決定した。
被害の発生
2019年（令和元年）10月上旬、台風19号の接近に伴い日本各地120か所で半日あたりの雨量が観測史上最大を記録するなど大量の降雨があった。北陸新幹線も台風接近前の12日夕方までに計画運休していた。気象庁は東日本を中心とする13都県に大雨特別警報を発令し、長野県に対しては12日午後3時半に発表した。降雨の影響で千曲川の水位は12日昼頃から上がり始め、13日午前0時に氾濫危険水位を超えたのち同日午前3時から5時半の間に長野市穂保地区において堤防が決壊した。
氾濫の被害は北陸新幹線にも及んだ。長野新幹線車両センターは千曲川から1キロほどの距離にあり、センターが位置する赤沼地区では最大約4・3メートル浸水したと推定されている。また長野-飯山間の本線の一部や車両センターに併設されていた信号関係の電源設備、臨時修繕庫、車輪研削庫、確認車車庫、変電所（地下電源室、事務所含む）、センター向かい側の新赤沼き電区分所などでも冠水した。同地区は13日午前0時45分に緊急の避難指示が出されており、車両センターにいた社員などの36人は建物の高い場所に避難した。
長野市のハザードマップでは付近の浸水を最大10メートル以上であると予想していた。また国土交通省北陸地方整備局千曲川河川事務所が2016年に、想定される最大の豪雨の場合10メートル以上浸水する「浸水想定区域」と認定しており、JR東日本も建設を行った鉄道・運輸機構もこれを把握していたものの多大な費用が掛かるとして浸水対策は行っていなかった。周辺は歴史的に氾濫が起きており、赤沼や長沼という地名もそれらの歴史を反映してきているという。日本鉄道建設公団は建設当時の1982年に、県が1982年に作成した浸水被害実績図を参考に、それ以前の水害より90cm高い位置にするため車両センターに2mの盛り土をしたとしており、公団の後継団体となる鉄道・運輸機構も「建設当時は必要な設計をした」との考えを示している。
これらの結果、車両センターに留置されていた車両であるE7系8編成とW7系2編成、場所別だと屋外の留置線で7編成、屋内の仕業検査・交番検査庫で3編成の計10編成が座席の肘掛けの高さまで浸水した。車両センターから車両を退避させる場所や基準を定めたマニュアルなどがなかったことや台風の進路から避難を計画するには至らないと判断していたこともあって、車両の退避は行われなかった。また北陸新幹線では全30編成を運用しており、平常時は24編成を使用しているが、被害編成は全体のうち3分の1を占めており、JR西日本の有価証券報告書は被害車両の製造費は約328億円としている。また、このうちの2編成78軸に脱線が発生しており、うちの1編成は10-15メートル移動していた。
運転再開に向けて
13日は長野駅 - 富山駅間を運休し、富山駅 - 金沢駅間は「つるぎ」を運行し、東京駅 - 長野駅間は20時半以降に運転再開し臨時列車4本が運行された。ただし避難指示が出ている上田駅は閉鎖となった。北陸新幹線の切符をもつ旅客はサンダーバード号としらさぎ号、および東海道新幹線に乗車する際の運賃が免除された。14日は長野駅 - 糸魚川駅間を運休し、富山駅 - 金沢駅間は「つるぎ」、糸魚川駅 - 金沢駅間は「臨時はくたか」を運行し、東京 - 長野駅間は午前6時台から午後11時台まで、おおむね1時間に1本程度の「あさま」の運転がされた。北陸新幹線の切符をもつ旅客は13日と同様に他経路乗車時の運賃の支払いが免除された。15日以降は運休区間が長野駅 - 上越妙高駅間に縮小し、「臨時はくたか」が一部金沢駅から上越妙高駅まで運行された。13・14日発表の経路に加え、少なくとも10時より北陸新幹線、高山本線（特急ひだ）、東海道新幹線利用時、少なくとも12時より北陸新幹線、えちごトキめき鉄道・信越本線（特急しらゆき）、上越新幹線利用時に北陸新幹線の切符をもつ旅客は他経路乗車時の運賃の支払いが免除された。
10月18日、JR東日本は東京駅 - 金沢駅間の直通列車を通常の約9割、北陸新幹線全体では約8割程度を確保して25日に全線で運行再開すると発表した。10月23日、運行再開後の暫定ダイヤを発表し、東京駅-金沢駅間では通常48本に対して46本、東京駅-長野駅間では通常34本に対して23本、金沢駅-富山駅間では通常36本に対して35本と、合計では通常118本に対して104本での運行となった。
他交通機関の対応
前述のとおり、他の一部の迂回ルートを使用した場合においては、JR線内に限って運賃については支払いを免除するという対応を行った。
全日本空輸や日本航空は、新幹線の運休を受け羽田と小松空港・富山空港を結ぶ路線について、機材の大型化や臨時便の運航を行い、またJR西日本もしらさぎの半数以上の列車において6両編成から9両編成への増結を行ったが、航空便や東海道新幹線から乗り換えの京都経由の特急サンダーバード、名古屋・米原経由の特急しらさぎなどで座席の完売や混雑が発生した。
JR東日本は、15日から17日に長岡駅 - 直江津駅間に途中無停車の臨時快速列車を運行した。
北越急行は、16日から25日にかけてほくほく線において、普段は金曜日と土休日に実施している越後湯沢駅 - 六日町駅間と犀潟駅 - 直江津駅間の延長運転を臨時に実施した。
観光需要への影響
長野県、富山県、石川県の宿泊施設では新幹線の運休にともなって多数のキャンセルが出た。全線の運転が再開される18日以降の予約も台風以前の水準には戻っていないという。
兼六園の10月第3週の入園者が前年同期比で２～3割減少したり、黒部峡谷鉄道で18日までに約5200人のキャンセルが出たりと観光需要にも影響が出た。
車両の退避に関する基準・マニュアルの作成
車両基地から車両を退避させる場所や基準を定めたマニュアルなどはなかったことや、避難指示を受けての人命を優先するという方針だったため車両の退避は行わなかった。JR東日本は当初退避を検討する気象条件の基準は定めるとしているとしていたものの、マニュアルの策定に関しては「車両の避難を決めた後、運転士の手配、避難させる場所を決めるなど実現まで時間がかかる。長野では決断から避難開始まで少なくとも7時間かかる」「車両の避難は臨機応変にやらねばならず、マニュアルを作ってできるものではない」と前向きな発言はしていなかったものの、後に策定する方針を示した。
車両
専用設計である車両の不足により、最悪の場合一年以上に及ぶ長期間のダイヤ削減が予想された。JR東日本は10月23日に、全線直通列車が通常の約96%、路線全体では約88%となる暫定ダイヤを発表した。運用の見直しにより、今後増発を検討するとしている。
浸水した車両については、床下の電気系統の機器に重大な被害が発生しておりそのままの運用は困難な状況である。長時間水に浸かっており、廃車や修理、設備や基盤の交換などの可能性が指摘されているが、車両に掛けられている水害に伴う保険の補償範囲はごくわずかであり、使用できるかも不透明である。
金沢 - 敦賀間の整備
金沢 - 敦賀間は2012年（平成24年）に着工し、2022年度（令和4年度）末に開業予定である。
開業後の所要時間について、金沢 - 敦賀間の着工に向けた2012年4月時点での国土交通省の試算では、富山 - 敦賀間の所要時間は緩行タイプで1時間16分30秒、速達（平均的）タイプで1時間1分15秒、東京 - 敦賀間の所要時間は緩行タイプで4時間13分0秒、速達（平均的）タイプで3時間21分45秒と想定されていた。なお、2018年3月時点での鉄道・運輸機構による時間短縮効果の試算では、東京 - 福井間の所要時間は開業前（以下2018年3月時点）の3時間14分から約20分短縮されて2時間53分、大阪 - 金沢間では2時間31分から約25分短縮されて2時間4分、富山 - 福井間では1時間12分から約25分短縮されて44分となる。
航空機との所要時間を比較すると、東京 - 福井間では新幹線のほうが早くなると試算されている。また、金沢 - 敦賀間の整備により、北陸3県（富山、石川、福井）と関東の交流人口が28,000人/日から1.1倍の28,600人に、北陸と大阪の交流人口が13,900人/日から1.3倍の15,400人/日に、北陸地域内では福井と富山の交流人口が2,800人/日から1.5倍の4,100人/日に増加すると予測されている。
環境面では航空機、バスから新幹線に旅客が転移することで、福井県の運輸部門（自動車除く）の二酸化炭素排出量の約18%に相当する45,000tの二酸化炭素の排出量削減が期待される。
建設コストの削減や河川環境への影響低減を目的に、九頭竜川に架かる北陸新幹線 九頭竜川橋りょうと福井県道 新九頭竜橋（仮称）の一体的整備が進められており、完成すれば新幹線では初の鉄道道路一体橋となる。橋梁下部工を鉄道と道路で一体構造にすることで、約2.5億円のコスト削減が見込まれる。九頭竜川流域への環境問題において、前述の九頭竜川橋りょう建設地付近には国指定の天然記念物であるアラレガコの生息地が存在する。これらの生物は遡上能力が高くないため、環境変化の影響を受けやすい。そのため、川の流れを変える瀬替えをしない、間隔を広くとった仮橋・仮設構台を設けて施工している。2019年5月11日には九頭竜川橋りょうの架橋工事が完了している。
敦賀市内に建設予定の深山トンネル付近には、新幹線建設の認可後、国際的な湿地保護条約であるラムサール条約に登録された中池見湿地が存在している。そのため、専門家による検討委員会が開催され、中池見湿地附近の深山トンネルと後谷部およびその前後のルートを東側へずらすルート変更が行われ、認可された。しかし、2019年2月25日の福井新聞の報道によると、中池見湿地を一部通過する「深山トンネル」掘削工事において、0.032ミリグラムの自然由来ヒ素が検出され工事を中断している。「地形的に湧水が湿地へ流出することはない。掘削に伴う地下水への影響もない」としている。
2018年12月11日に国土交通省は、この時点の計画より2260億円増え、約1兆4120億円になる見通しとなった金沢 - 敦賀間の新幹線建設費用について、JR西日本から国への施設使用料の増額をせずに既設新幹線の譲渡収入を国費とする他、財政投融資で賄うとしている。
地方負担分についても、福井県の負担は最大450億円増加する見込みで、2019年3月12日の敦賀市議会の新幹線対策特別委員会では、建設費の膨大の影響により敦賀市の負担が5億円増の14億5000万円となる見込みと説明された。
2019年4月には金沢 - 敦賀間に新設される6駅の駅デザイン等が公表された。各駅ともホームは12両編成対応の312mであり、小松駅と芦原温泉駅が2面2線、加賀温泉駅と南越（仮称）駅が2面2線＋通過線、福井駅が1面2線、敦賀駅が2面4線となる計画である。
敦賀 - 新大阪間
敦賀駅以西のルートについてはさまざまな議論がなされたが、2016年（平成28年）12月、政府与党の整備新幹線建設推進プロジェクトチーム（与党PT）は敦賀駅から西進して福井県小浜市を経由、そこから南下して京都駅につなぐ「小浜・京都ルート」を正式採用した。
京都駅 - 新大阪駅間のルートについては、引き続き与党PTで検討されていたが、2017年（平成29年）3月に、JR片町線（学研都市線）松井山手駅（京田辺市）付近に中間駅を設ける「南回り案」を正式採用した。
鉄道建設・運輸施設整備支援機構は2017（平成29）年度から駅やルートを決めるための調査を始め、2019年（令和元年）5月に計画段階環境配慮書の中で概略ルートを示した。設置予定駅は敦賀駅、小浜市（東小浜）附近、京都駅、京田辺市（松井山手）附近、新大阪駅であり、主要な線形条件として、最小曲線半径は4,000m、最急勾配は15‰とし、ラムサール条約に基づく登録湿地である三方五湖や周辺の国定公園（若狭湾国定公園）、京都丹波高原国定公園のうち第 1 種・第 2 種特別地域に指定されている芦生の森を回避することなどが考慮されている。今後の詳細なルート検討においては、京都市中心市街地、伏見酒造エリアを回避した区域を選定し、京都市市街地の文化財や地下水への影響を考慮すること、京都丹波高原国定公園や金剛生駒紀泉国定公園の第3種特別地域等を通過する際の自然環境に配慮した工法の検討、全体の8割がトンネルを占めるため、都市部における大深度地下の利用や発生掘削土の受け入れなどの考慮事項が挙げられている。
東北・上越新幹線内の速度向上
JR東日本は2018年5月16日に、東北新幹線内の上野駅 - 大宮駅間のうち、埼玉県内の区間の最高速度を、将来的に現行の110 km/hから最大130 km/hに引き上げる事を発表した。2018年5月下旬から概ね2年程度をかけ、吸音板設置や防音壁かさ上げといった騒音・振動対策の地上設備の工事が行われる。これにより、最大1分程度の時間短縮が見込まれる。
また2019年5月8日には、上越新幹線内の大宮駅 - 新潟駅間の最高速度を、現行の240 km/hから275 km/hに引き上げることを発表した。2019年5月中旬から概ね4年程度をかけ、吸音板設置や防音壁かさ上げといった騒音・振動対策の地上設備の測量および工事が行われるとともに、2022年度末までに、上越新幹線の車両をE7系に統一する。これにより、大宮駅 - 高崎駅間で上越新幹線を走行する北陸新幹線においても、最大2分程度の時間短縮が見込まれる。
並行在来線の扱い
2015年（平成27年）3月14日時点で新幹線が開業および事業化された区間の並行在来線については、以下のような措置（予定事項を含む）がそれぞれ執られている。なお飯山線の豊野駅 - 飯山駅間も北陸新幹線と並行するが、この区間はルート上の制約でたまたま飯山駅を経由することになったため、本来の並行在来線の意義から外れるとして同区間の経営分離は行われていない。
信越本線
信越本線は高崎駅 - 直江津駅間が並行在来線とされた。このうち高崎駅 - 横川駅間と篠ノ井駅 - 長野駅間は新幹線開業後も信越本線としてJR東日本が運行している。横川駅 - 軽井沢駅間は鉄道路線としては廃止され、JRバス関東によるバス路線碓氷線として運行されている。これら以外の区間は県域ごとに設立された第三セクター鉄道会社に経営移管された。
長野県内の区間はしなの鉄道が軽井沢駅 - 篠ノ井駅間をしなの鉄道線、長野駅 - 妙高高原駅を北しなの線として運行している。
新潟県内の妙高高原駅 - 直江津駅間はえちごトキめき鉄道が妙高はねうまラインとして運行している。
北陸本線（直江津駅 - 金沢駅間）
北陸本線の直江津駅 - 金沢駅間は県域ごとに設立された第三セクター鉄道会社に経営移管された。新潟県内の区間はえちごトキめき鉄道が直江津駅 - 市振駅間を日本海ひすいラインとして運行している。富山県内の区間はあいの風とやま鉄道が市振駅 - 倶利伽羅駅間をあいの風とやま鉄道線として運行している。石川県内の区間はIRいしかわ鉄道が倶利伽羅駅 - 金沢駅間をIRいしかわ鉄道線として運行している。
北陸本線（金沢駅 - 敦賀駅間）
この区間は北陸新幹線金沢駅 - 敦賀駅間の開業時にJR西日本から経営分離される予定である。2017年時点で石川・福井の県境駅の扱いについては、石川県側は2017年3月30日の「第1回 いしかわ並行在来線金沢以西延伸対策検討会」においては大聖寺駅を境界とする検討がなされている。
石川県内の区間はIRいしかわ鉄道が経営を引き継ぐ計画である。
福井県内の区間は、福井県並行在来線対策協議会において、経営を引き継ぐ第三セクター鉄道事業者の開業予定を当初の2025年（令和7年）から2022年（令和4年）と見直している。
なお、金沢 - 敦賀間の着工に向けた試算では、金沢 - 敦賀間では特急「サンダーバード」などの在来線優等列車の運転は行わないと想定している。そのため、特に（新幹線駅が設けられない予定の）鯖江市において敦賀開業以降も大阪・名古屋方面への特急の直通運転継続の要望が高く、「特急サンダーバード・特急しらさぎの存続を実現する会」が活動している。フリーゲージトレインの開発が難航していることから、敦賀開業時からの導入は困難であり、鯖江市が特急を福井駅まで乗り入れるよう求める意見書を、2017年3月に福井県議会に提出し、その時点では明確な回答はなかったが、2017年4月22日に鯖江市での国土交通省・福井県の担当者との意見交換会が実施された。
国土交通省の担当者は、JRから経営分離するスキームは変わらないとした上で「JR西日本と並行在来線会社が相互直通運転をするためには、なんらかの協定を結ぶことが最低限必要」と説明し、福井県の担当者は協定締結に向けた話し合いについて「JRが行っている並行在来線会社の支援策の一つとして、在来線特急の運行も入れてもらえるように話をしていきたい」と述べた。
2018年1月の鯖江市の市政アンケート（回答率：50.6パーセント）でも特急「サンダーバード」「しらさぎ」の存続を望む声が74.6パーセントあり、まちづくりに関する設問でも最多だった「鯖江駅を中心とした交通利便性の高いまちづくり」（20.5パーセント）という意識からも特急「サンダーバード」「しらさぎ」の存続の意識が高いことが伺える。それを受け「特急サンダーバード・特急しらさぎの存続を実現する会」事務局担当は「特急存続を願う市民の声を再認識した。実現する会一体となって県全体またはそれ以上の活動に広げ、敦賀開業後の市民の利便性確保に努めたい」と述べている。
2018年9月27日にはフリーゲージトレイン導入断念に伴い、鯖江市長は福井県知事に対して特急「サンダーバード」存続に絞って要望を行った。2019年3月4日の福井県議会では特急「しらさぎ」が福井駅までの運行では利用が見込めず、車両や乗務員の確保の問題もあって、JR西日本は消極的だとしている。
一方2017年5月14日、自由民主党の整備新幹線建設推進プロジェクトチームの検討委員会での会合では、経営分離後の区間で日本貨物鉄道（JR貨物）に委託して貨物列車に旅客車両を連結して運行する案や、福井県の第三セクター鉄道事業者が特急を運行する案が議論され検討が進んでいる。
2019年5月16日には、（北陸新幹線敦賀延伸時に北陸本線牛ノ谷駅 - 敦賀駅間の経営を承継する）福井県内区間の第三セクター鉄道事業者への出資金20億円（うち設立時の1次出資5億円、本格会社移行時の2次出資15億円）のうち、福井県が14億円・県内全市町が4億円・民間が2億円を負担することと、福井県内区間の第三セクター鉄道事業者の準備会社（福井県並行在来線準備株式会社）を予定より約1年早く2019年8月に設立することが決定した。