バニラ・エア
エアアジア・ジャパンとして設立
2011年7月21日、全日本空輸（現：ANAホールディングス　以下ANA）と、マレーシアのエアアジアが共同で出資し、格安航空会社を設立させることに合意し、同年8月31日に設立された。出資比率は、議決権比率でANAが67%、エアアジアが33%、無議決権株式も含めるとANAが51%、エアアジアが49%である。設立当初の資本金は1000万円で、当初は東京都港区東新橋（ANA本社と同じ）に本社を置いていた。
ブランド・機体塗装・機内サービスは、すでに日本国外で成功していたエアアジアのビジネスモデルを持ち込んだ。社長はANA出身者がつとめ、事業運営はエアアジアが主導した。日本独自のサービスとして、旅行会社経由で航空券を購入できるようにしていた。
2012年（平成24年）5月時点で、3年後に300億円、5年以内に1,000億円の売上高を目指すとした。
同時期に、Peach Aviation（ピーチ）やジェットスター・ジャパンが設立されたことで、『本格的なLCC時代の到来』や『LCC元年』と報道機関より報道されたりした。
成田国際空港をハブ空港に、2013年（平成25年）3月より中部国際空港を第2拠点にした。2012年（平成24年）8月1日から国内線、同年10月28日から国際線をそれぞれ就航した。
既存航空各社の半額から3分の1という低価格な運賃を設定し、運航初年度から黒字を見込んでいた。搭乗率は、就航当初はキャンペーン料金などでも安定運航できる80%を超えたが、ハブとする成田空港の発着時間制限などにより、同年11月および12月の搭乗率は50%台に低迷していた。
エアアジアとの提携解消、運航休止
2013年（平成25年）6月10日に、エアアジアとの提携解消の報道が各社より行われ、同年6月25日に、親会社であるANAホールディングスとエアアジアが正式に合弁の解消を発表
。 提携解消発表後の6月28日、ANAホールディングスがエアアジアが所有していた全株式を購入し、100%子会社化した。
提携解消の背景には、日本流ビジネス文化に対する双方の親会社の意識の溝があったとされている。エアアジア側が日本国外で成功していたビジネスモデルを持ち込みたいのに対し、ANA側は日本に適したサービスを求め、双方の意見の溝は埋まらなかった。消費者に価格破壊をアピールしてすべての航空会社に対して競争姿勢を貫くエアアジアと、傘下の航空各社との棲み分けを図りながら外資系格安航空会社の日本国内での増長を阻止しようとするANAとでは、合弁に対する目的自体が根本から異なっていた。
提携解消発表時、ANAは今後も成田空港を中心とした格安航空事業は続ける方針であるとし、10月31日まではエアアジア・ジャパンとして運航するとしていた。
提携解消発表直前でも、搭乗率は53%と、採算ラインの70%を下回っていた。不振の理由には、成田空港の23時以降就航が制限された事により機体のやりくりの関係で欠航が増加したこと、欠航時の代替交通手段や宿泊施設の手配を行わないこと等が挙げられる。また、ウェブサイトやコールセンターが分かりにくいなどの原因もあり、日本的なサービスを取り入れて業績が好調であったPeachに対し、エアアジア・ジャパンは不調であった。日本独自のサービス、旅行会社経由での航空券購入についてもエアアジア側は提携解消時まで難色を示していた。2013年3月期の営業損益は35億円の赤字になった。
提携解消発表後の2013年（平成25年）8月、日本国内線の搭乗率が88.4%と過去最高を記録。全体でも79.5%の高水準を記録した。事業縮小直前の2013年（平成25年）8月時点で週196便を就航していた。
エアアジアへの機材返却のため、名古屋/中部発着便は9月1日以降欠航した。また、中部空港の新ターミナル建設も2013年（平成25年）10月に延期が決まった。
2013年（平成25年）10月26日に、エアアジア・ジャパンとしての運航を終了した。
バニラ・エアとして運航再開
2013年7月30日にANAホールディングスが、エアアジア・ジャパンを継承する新格安航空会社の構想を発表。エアアジア・ジャパンを社名変更し、同年12月末より就航。ビジネス客は親会社のANAが担当し、新会社のコンセプトは「リゾート」とし、成田空港をハブにする事情より、日本国内路線での需要確保が困難と判断し、日本国外の観光路線に特化することにした。日本国内は当面、札幌/新千歳・沖縄/那覇などの観光需要が期待できる路線のみ就航するとした。新社名は、8月半ばに発表するとした。
社長兼CEOに同年8月1日付で、石井知祥・前AIRDO営業本部長（ANA出身）が就任。人材は、エアアジア・ジャパンを引き継ぎ、経営の主導権はANA出身者が握ることになった。
2013年（平成25年）8月20日に、同年11月1日付で社名をバニラ・エアに変更し、12月20日から運航を再開することを明らかにした。Simple, Excellent, New Basic という3つのコンセプトを掲げている。合わせて、中部空港から一時撤退することも発表された。同日の社長の会見で3年以内に、単年度での営業黒字化を目指すとした。
就航路線など運航計画等は同年9月30日に正式発表。新制服も発表された。
バニラ・エアへの生まれ変わりに伴い、エアアジア流のサービスを、日本流の親しみやすいサービスに変更。日本人の嗜好に合わせたビジネスモデルを追求し、第1段階としてウェブ予約サービスを刷新。エアアジアのシステムを流用していたものを新規開発システムに切り替えた。チェックインの締め切り時間も出発時刻の45分前から30分前に改めた（国際線は50分前）。
手荷物を預ける手数料についても、エアアジア・ジャパン時代は20 kgまで999円で事前予約が必要だったところ、一部の料金プランを除いて20 kgまでを無料に改めた。
2013年（平成25年）11月1日、航空券の販売を開始し、「わくわくバニラ」運賃を全路線1,000円（約13,000席限定）としたが、
ウェブサイトに1秒あたり8,000回のアクセスがあり、予約が取りにくい状況となった。
経営方針が変化したことで、ANAセールスやH.I.S、ビッグホリデーなどによる募集型企画旅行も実施されるようになった。
2013年（平成25年）12月20日に、バニラ・エアとして、東京/成田 - 沖縄/那覇線と台北/桃園線で運航再開した。
2013年（平成25年）から2014年（平成26年）にかけての年末年始の予約状況は、12月12日現在で、沖縄/那覇線で81%、台北/桃園線で91%と高い予約率であり、12月24日から28日までは台北/桃園線が満席となった。
2016年（平成28年）1月にANAホールディングスから発表された「2016～2020年度 ANAグループ中期経営戦略」によると、日本発プレジャー（ANA未就航地／リゾート）路線への進出、中国大陸／沖縄発着国際線への参入による訪日需要のさらなる獲得、競争力のあるコスト構造の確立、高性能機材の導入検討を重点的な取り組みとしている。2020年度末の座席キロは、2015年度に比べて約3倍の増加を計画している。
Peachとの合併、バニラ・エアとして運航終了
2018年3月22日、同じANAホールディングス傘下のPeachと、2019年度末をめどに統合することが発表された。
2019年5月より順次路線がPeachへ移管され、10月26日をもって全路線運航終了予定である。なお、一部路線は移管されずに運航を終了した。
保有機材は、全15機中12機を順次Peach仕様に改修する予定である。
就航路線
ピーチとの統合に伴い、2019年10月26日をもって全ての路線での運航を終了する。
国内線
2019年9月29日をもって運航を終了した。
サービス
機内では、「フライトごはん」としてホットミール、サンドウィッチ等を販売するほか、「バニラエア特製 とろ〜りクリームパン」などの軽食、飲料を販売する。乗客が持ち込んだアルコール類を機内で飲酒することは認められていない。
機内誌として、機内誌初のクーポン誌「バニラエアのたびクーポン」＜たびクーポン合同会社（本社札幌市）＞の無料配布をしている。インバウンド向けに4カ国語表記、WEB版ではクーポンコードによる翻訳、地図・経路を連動している。また、2017年4月1日に季刊機内誌「VANILLA PRESS」を創刊した。