IPv6パケット
IPv6パケットは、IPv6ネットワークのインターネットプロトコルによって交換される最小メッセージエンティティーである。
これらのパケットはアドレッシング、ルーティング、ユーザデータからなるペイロード、のための制御情報で構成されている。IPv6パケット内の制御情報は、必須の「固定ヘッダ」と任意の「拡張ヘッダ」に分かれる。IPv6パケットのペイロードは、通常はデータグラムもしくはより上位層のトランスポート層プロトコルのセグメントが入るが、インターネット層（ICMPv6など）やデータリンク層（OSPFなど）のデータであっても良い。
通常IPv6パケットはIPv4パケットと同じく下位層であるデータリンク層プロトコル（イーサネットなど）を介して送信される。ただし互換性の問題を解消するため、上位層のトンネリングプロトコルを介して送信されることもある（IPv6 over IPv4のようなIPv6移行技術を使用したIPv4パケットなど）。
IIPv6では、ルーターはIPv6パケットを断片化（IPフラグメンテーションを参照）せず、送信元ノードのみが断片化を行う（IPv4ではヘッダ内のフラグによって禁止されていないパケットであれば、途中のルータでも断片化をすることがある）。送信元ノードがIPv6フラグメント拡張ヘッダと共に断片化したパケットを送信することにより、宛先ノードはそのパケットを再構築することができる。最小MTUである1280オクテットよりも大きいMTUを利用するために、ホストは経路MTU探索を実行することを「強く推奨」されている。
2017年7月から、IANAが様々なIPv6ヘッダで使用されるすべてのIPv6パラメータの登録者となっている。
認証ヘッダ(AH)とカプセル化セキュリティーペイロード(ESP)
認証ヘッダ(AH)とカプセル化セキュリティ―ペイロード(ESP)はIPsecの一部で、IPv6でもIPv4と同様に使用される。
ペイロード
固定もしくは任意のIPv6ヘッダの後にはTCPセグメントやUDPデータグラムなどのトランスポート層のデータが入ったペイロードが続く。最後のIPv6ヘッダの次ヘッダフィールドはそのパケットにどのタイプのペイロードが含まれているかを示す。
標準ペイロード長
IPv6のペイロード長フィールド（とIPv4）は16ビットのサイズで、ペイロードのサイズを65,535オクテットまで指定することができる。パケット断片化を防ぐために、ホストは経路MTU探索（送信元から宛先までのMTUを算出する）を行い最大ペイロード長を定めている。ほとんどのデータリンク層プロトコルのMTUは65,535オクテットよりかなり小さい。またUDPでは0は有効な値である。
ジャンボグラム
IPv6の任意の機能として、ホップバイホップ拡張ヘッダ内のジャンボペイロードオプションの32ビット長フィールドによって4 GBより1オクテット小さい大きさ(2³² − 1 = 4,294,967,295オクテット)までのペイロードをもって通信することができる。そのようなペイロードを持つパケットはジャンボグラムと呼ばれる。
TCPとUDPはどちらも16ビット（データ長及び緊急ポインタ）しかないフィールドを持っているため、IPv6ジャンボグラムをサポートするにはトランスポート層プロトコルの実装を変更する必要がある。ジャンボグラムは65,583オクテットより大きいMTUとしか関係がない（65,535オクテットより大きいペイロード、さらに固定ヘッダに40オクテット、ホップバイホップ拡張ヘッダに8オクテットを使用する）。また限られたデータリンク層プロトコルしか65,535オクテットを超えるパケットを処理することができない。
フラグメンテーション（断片化）
IPv4と違い、IPv6ルーターはIPv6パケットを断片化（フラグメント）しない。IPv4でフラグメント禁止ビットが設定されているときのように、宛先ノードとの接続でのMTUを超えるサイズのパケットは廃棄され、その状態がパケット過大(ICMPv6 type 2)メッセージとして送信元ノードに伝えられる。
送信するパケットの最大サイズを定めるため、IPv6の端末ノードは経路MTU探索を行うことが求められていて、上位層プロトコルはそれに従ってペイロードサイズを制限することが求められている。しかし上位層プロトコルがそれを行うことができない場合、送信元ノードがフラグメント拡張ヘッダを使いIPv6パケットのエンドツーエンドでの断片化を行う。IPv6のデータを転送するすべてのデータリンク層は、IPv6フラグメンテーションを呼び出さずに1280バイトのIPパケットを配送する能力を持っていなければいけない。
断片化
元のパケットの断片（フラグメント）を含むパケットは2つの部分からなる。元のパケット断片化不能な部分（すべての断片において共通）、そしてフラグメントオフセットによって識別される元のパケットの断片化可能な部分である。最初の断片のフラグメントオフセットは0である。
パケットの断片化不能な部分は元のパケットの固定ヘッダと（存在すれば）いくつかの拡張ヘッダで構成されている。「いくつかの拡張ヘッダ」とは、ルーティング拡張ヘッダまでのすべての拡張ヘッダ、もしくはホップバイホップ拡張ヘッダのことである。それらの拡張ヘッダがない場合、断片化不可能な部分は単に固定ヘッダのみである。
断片化不能な部分の最後のヘッダの次ヘッダフィールドは、フラグメント拡張ヘッダが続くことを示すため44がセットされる。フラグメント拡張ヘッダの後には、 元のパケットの残りの断片が続く。
最初の断片（たち）は（存在すれば）拡張ヘッダを保持し、その後残りのペイロードが続く。最後の断片を除き、それぞれの断片の長さは8オクテットの倍数である。
またフラグが0になっている最後のパケットを除き、すべてのフラグメント拡張ヘッダのMフラグは1（まだ断片が続くことを示す）になっている。
再構築
宛先ノードはすべての断片を集め、それらを正しいオフセットに配置し、パケットのフラグメント拡張ヘッダを廃棄することで元のパケットを再構築する。宛先ノードが正しく再配置するため、断片を含むパケットは順序正しく到達する必要がない。
もし断片を含む最初のパケットが到達してから60秒以内にすべての断片が到達しない場合、再構築は放棄されすべての断片は破棄される。この理由で再構築が放棄された場合、もし最初の断片（固定ヘッダを含む）が到達していたら、ICMPv6 type 3, code 1 時間切れ メッセージが断片化パケットを作成したノードに返される。
宛先ホストは再構築後に1500バイト以内となるような断片化したIPデータグラムはベストエフォートで再構築しなければならない。ホストは断片化したデータグラムを1500バイトより大きく再構築することが許可されているが、同時に再構築後のパケットが1500バイトを超えることが明らかになった時点ですべてのデータグラムを暗黙のうちに破棄することが許可されている。したがって宛先ノードがそのような大きいデータグラムを再構築できるという確証がない限り、送信元ノードは再構築後のサイズが1500バイトより大きくなるような断片化したIPデータグラムを送ることは避けるべきである。
セキュリティー
断片化はネットワークセキュリティー制御を逃れるために使うことができると調査が示している。その結果、今ではIPv6パケットの最初の断片がIPv6ヘッダチェーンすべてを含むことが要求されていて、そのような異常なパケットの断片化は禁止されている。さらに、ルーターアドバータイズメント(RA)ガード回避の調査の結果、断片化を近隣探索とともに使用することは非推奨となり、断片化をセキュア近隣探索(SEND)とともに使用することは推奨されなくなった。