宮崎勤
現行犯逮捕
1989年7月23日、東京都八王子市で幼い姉妹を狙ったわいせつ事件を起こす。妹の全裸写真を撮影していたところを被害者の父親により取り押さえられ、宮﨑は強制猥褻容疑で現行犯逮捕された。宮崎を取り押さえた被害者の父親は「D事件の犯人もまだ捕まっていないのに」と取り押さえた宮﨑を責めたが、後日それが連続殺人事件の犯人だと知って愕然としたと当時のマスコミの取材を受けている。
8月9日から連続幼女誘拐殺人事件への関与を認め、8月10日にその供述どおりに遺体が発見されたことから、同日の夕刊とニュースで宮崎の実名報道が始まる。翌8月11日に連続幼女誘拐殺人事件の容疑で再逮捕された。以後、次々と事件が明るみに出たあと、後藤正夫法務大臣は「死刑くらいでは収まらない残酷な出来事だ」と発言した。
精神鑑定
1989年8月24日、東京地方検察庁の総務部診断室で簡易精神鑑定を受ける。精神分裂病の可能性は否定できないが、現時点では人格障害の範囲に留まるとされ、これを受けて検察は起訴に踏み切った。初公判では「全体的に、醒めない夢を見て起こったというか、夢を見ていたというか……」と罪状認否で訴えた。
公判開始後の1990年12月より、5人の精神科医と1人の臨床心理学者による精神鑑定が実施される。この鑑定では動物虐待などの異常行動に目が向けられ、祖父の遺骨を食べたことなどは供述が曖昧なため事実ではないとみなされた。1992年3月31日精神鑑定書が提出され、人格障害とされた。祖父の骨を食べた件については弁護側は墓石などが動かされたことを証拠としたが、検察側はそれだけでは確証ではないと反論した。
1992年12月18日より、弁護側の依頼により3人の鑑定医により再鑑定が始まる。1994年12月に鑑定書が提出される。第2回鑑定では1人は統合失調症、2人が解離性同一性障害の鑑定を出した。
死刑執行
法務大臣鳩山邦夫が執行命令書に署名し、2008年6月17日に東京拘置所で死刑が執行された。
宮﨑は冷静に執行を受け入れ、また宮﨑の母親は遺体との対面後、拘置所に処置を任せたという。
宮崎の手紙
雑誌『創』の篠田博之編集長に宛てた手紙には日本の現行の死刑方法における批判がしばしば書かれており、2006年には「踏み板がはずれて下に落下している最中は、恐怖のどんぞこにおとしいれられるのである」と絞首刑を批判、薬物注射による死刑導入を訴えていた。2007年の書簡には「この国の現行の死刑執行方法だと、死刑確定囚の人は、『私は刑執行時は死の恐怖とたたかわねばならなくなるから、反省や謝罪のことなど全く考えられなくなる』」とも記していた。編集部に宛てた手紙はおよそ300通、内容は拘置所内で読んだ漫画本のタイトルを並べただけのものがほとんどであった。知人にも合計で2,000通近くの手紙を拘置所内から送っていた。また、死刑判決が決定してからは独房でアニメビデオを鑑賞することが許可されていた。
動機
事件の奇異さから憶測が飛び交い、宮崎自身が要領を得ない供述を繰り返していることから、裁判でも動機の完全な特定には至っていない。
鑑定に当たった医師たちによると、彼は本来的な小児性愛者ではなくあくまで代替的に幼女を狙ったと証言されている。第1次精神鑑定鑑定医の保崎秀夫は法廷で「成人をあきらめて幼女を代替物としたようで、小児性愛や死体性愛などの傾向は見られません」と証言し、簡易精神鑑定書は「幼児を対象としているが、本質的な性倒錯は認められず……幼児を対象としたことは代替である」としている。
一方で彼の性愛の対象は、成人の女性より幼女とする幼女性愛、幼女よりその死体とする死体愛、死体よりそれを解体したものとする死体加虐愛、さらにそれをビデオに撮ったものとする拝物愛へ移っていった、とする意見もある。
1989年8月24日に東京地方検察庁の総務部診断室で簡易精神鑑定を受ける。その結果「精神分裂病（当時の呼称で、現在では統合失調症に改称）の可能性は否定できないが、現時点では人格障害の範囲に留まる」と診断されたことから、これを受けて検察は起訴に踏み切っている。
公判開始後の1992年12月18日より、弁護側の依頼により3人の鑑定医により3度目（公判開始後は2回目）の再鑑定が始まる。1994年12月に鑑定書が提出される。その際の鑑定では1人は統合失調症を、2人が解離性同一性障害と異なる鑑定結果を出している。
アニメ・漫画の影響
宮崎が暴力的、性的、猟奇的な内容の漫画やビデオを多数所持していたことから、一部マスコミではそれらの悪影響を主張する意見もみられた。実際はそれら内容の漫画やビデオは、宮崎の膨大なコレクションのごく一部であった。宮崎の趣味の特異性は、むしろジャンルに関係なく無作為に多数の漫画やビデオを収集していたこととされる。
この事件により「有害コミック騒動」が活発化してアニメ・漫画・ゲームなどが青少年に悪影響を及ぼすとする風潮が高まり、マスコミやPTAなどでの議論となった。のちの「有害コミック騒動」で、事件の代表格である「幼女連続誘拐事件」が取り上げられている。
オタクバッシング
宮崎がいわゆるおたく・ロリコン・ホラーマニアとして報道されたことから、同様の趣味を持つ者に対して強い偏見が生じた。宮崎が殺害後の幼女をビデオカメラで撮影し、膨大なコレクションのビデオテープの中に隠し持っていたことから、現実と空想・妄想と犯罪行為の境界が曖昧で、明確な規範意識の欠落が犯罪に及んだとされ、これがおたくだと誤解された。
ホラー作品
宮崎の部屋から押収された大量のビデオテープの中に『ギニーピッグ2 血肉の華』が含まれていたと報道されると、この作品に影響されて犯行に至ったという解釈が世間に広まり『ギニーピッグ』シリーズは全作品が廃盤となる。しかし実際に部屋から押収されたのは、全編コメディ調の『ギニーピッグ4 ピーターの悪魔の女医さん』であり、宮崎は『ギニーピッグ2』を見ていないと供述している。この影響で宮崎の逮捕後しばらく、ホラー映画のテレビ放送が自粛された。
ポルノ作品
この事件後、1989年あたりから創作物における性的描写に規制が強まった。少年漫画などで女性の裸体を表現する場面で乳首が見えないように修正を施されたのもこのころからである。青年誌では『ANGEL』などの人気作品が連載中止となった。
当時この事件の取材をしていた木村透は偏向報道があったと、「読売ウイークリー」のブログ（2005年11月21日）にて主張している（当該エントリーはすぐに削除された）。そのエントリーで木村は、民放カメラマンが部屋の隅に数十冊あった雑誌のうち、成人向け書籍を一番上に乗せて撮影するという行為があったと主張している。5,787本という膨大なビデオテープの大半は『男どアホウ甲子園』や『ドカベン』など大量のアニメ作品の録画テープが占めており、いかがわしいビデオや幼女関連のビデオ作品は44本にすぎなかった。
これらテープは、そのほとんどは一般のテレビ放送を録画したものや、そのテレビ録画がマニアによってダビングされたもので、これらは文通などの形で交換されたものという話がある。当時の報道によれば、こういったマニア間でのテレビ録画したダビングビデオの交換は方々で行われていたが、宮崎はこの交換で望みのテープを入手する際に、相手への返礼が十分でなく、遅延するトラブルもあったという。また宮崎が自分の欲しい作品をどんどん入手するわりに相手の頼みはできるだけ断るという態度を取ったため、宮崎を除名したサークルもあった。またサークルのメンバーからは、宮崎は「完録マニア」（全話を録画しないと気がすまないタイプ）であり、子どもっぽいとの印象も持たれていた。
小児児童への影響
この事件をきっかけに、年端もいかない小児に性衝動を覚えるペドフィリア嗜好の存在が広く知られることとなり、保護者が子どもをめぐる性犯罪に対して強い恐怖感を抱くようになった。
テレビの幼児番組などでも、児童（女児）の裸・下着が画面に映るのを避けるようになった。さらに、宮崎が年少のころより、動物に対して残虐な行為を行っていたという報告もあり、動物虐待行為がこれらの犯罪行為の予兆であると考える向きもある。
テレビ番組における報道
宮崎勤が第1の事件を供述して以降、NHKや民放のテレビの報道・ワイドショー番組は連日、連続幼女誘拐殺人事件関連の報道を大々的に伝えた。その直前、海部俊樹が第76代内閣総理大臣に就任し、第1次海部内閣が発足したばかりだが、宮崎が第2・第3の事件の供述をしたことから、事件の経緯を検証する形で誘拐殺人事件報道を優先していた。民放各局のワイドショーは8月下旬まで、連日30分〜1時間（場合により2時間も）程度で誘拐殺人事件関連の話題を優先していたが、8月26日に礼宮文仁親王（現・秋篠宮）が川嶋紀子との婚約を発表してからは、事件報道の扱いが次第に縮小されていった。
その他の影響
事件当時、フジテレビで放送中のアニメ「らんま1/2」において、8月19日放送予定だった 第14話「さらわれたPちゃん 奪われたらんま」が誘拐を連想させるとして急遽放送内容を差し替え、後日放送予定だったアニメオリジナルエピソードの回を放送したが、その話の回想シーンにまだ未放送回のシーンがあったため、話がつながらない部分が発生する影響があった。また、この回は放送枠移動後に放送されたが、一部の局では打ち切られたためソフト化まで見られない地域もあった。
死刑執行の背景および波紋
鳩山邦夫法務大臣が死刑執行命令書に署名して2008年6月17日午前に東京拘置所で宮崎の死刑は執行された。45歳没。犯行動機は未解明のまま、精神鑑定も継続中であった。過去10年間における死刑確定から死刑執行までの平均は約8年であり、死刑確定から2年4か月というスピード執行となる。
鳩山は法務大臣退任後の2010年末、民放テレビのインタビューで「（宮崎勤の事件は）もっとも凶悪な事犯の一つだと思うから、死刑執行すべきと思うが検討しろ」と、自身が執行手続きを指示したと述べた。
2008年6月8日の秋葉原無差別殺傷事件が影響を及ぼした可能性も指摘されていたが、ジャーナリストの上杉隆は宮崎勤死刑執行は秋葉原事件とは関係ないとしている。鳩山は同年3月に執行命令をすでに出しており、秋葉原事件と関連があるとするには矛盾がある。アムネスティ・インターナショナル日本や、「死刑廃止を推進する議員連盟」など人権団体が同日、相次いで抗議を表明した。
日本弁護士連合会は宮崎誠会長名で「半年あまりで13人の大量の死刑執行が行われた。政府に対し、死刑制度の存廃を含む抜本的な検討と見直しを行うまでの一定期間、執行を停止するよう重ねて強く要請する」との声明を出した。宮﨑の国選弁護人を務めた田鎖麻衣子弁護士は同日、「数か月前から再審請求の準備を進めていた。こうした事情を知りながら、死刑を執行したことに強く抗議する」との声明を発表した。5月末には鳩山邦夫法相に死刑を執行しないよう文書にて要請していたという。
冤罪説
この事件については冤罪説を唱える者が集まり「M君裁判を考える会」という市民団体を組織した。代表者の木下信男（応用数学者、明治大学名誉教授）は1994年、「明治大学教養論集」に「裁判と論理学─幼女連続誘拐殺人事件に見る冤罪の軌跡」と題する論文を載せ、冤罪論を説いた。
また、「M君裁判を考える会」会員である小笠原和彦は冤罪説の立場から『宮崎勤事件 夢の中：彼はどこへいくのか』（現代人文社、1997年）を書いている。