H部隊
カタパルト作戦
H部隊の最初の作戦は、H部隊が編成された理由と深く関わるものであった。イギリス首脳部は、地中海に残存しているフランス艦隊は地中海におけるイギリスの権益にとって脅威であるとみなしていた。独仏の休戦条約上では、フランスは自らの艦艇を引き続き保有することになっていたが、もしヴィシー政権がフランス艦艇をドイツに引き渡せば、地中海の戦力バランスはイギリスにとって決定的に不利になる。結果として、H部隊は、カタパルト作戦を実行するよう命令を受けることとなった。
残存フランス海軍部隊のうち、もっとも強力な部隊はアルジェリアのメルセルケビール港に在泊していた。この部隊は、フランス艦隊のなかでもっとも新しくかつ強力な艦艇である高速戦艦ストラスブール、ダンケルク2隻と、旧式ながらよく整備された超弩級戦艦2隻、およびその護衛に当たる艦艇からなっていた。H部隊はアルジェリア沿岸に進出し、フランス艦隊司令官のもとへ交渉団を送った。交渉団はフランス艦隊に対し、中立国で抑留されるか、イギリスとともにドイツと戦うか、このまま泊地で自沈するか、など様々な提案を行った。しかし、交渉に当たったフランス軍指揮官は上層部に対して自沈案のみを報告したため、イギリスと交戦するように命令を受けることとなった。フランス側は交渉役のホランド大佐に対し、「フランス艦艇がドイツ・イタリアの手に渡る事が無いことを保障すること、さらにフランス海軍は不当な攻撃には武力を持って反撃をする用意があること」を申し入れ、明確な回答を避けた。これに対し、イギリス側はフランス側の明確な約束のないのを口実として、12時30分に空母アーク・ロイヤルのソードフィッシュ艦上雷撃機による湾口への磁気機雷の散布を実行し、フランス艦隊が退避できないようにした。交渉決裂の原因はフランス軍の指揮官の反英感情と共にH部隊の司令官の好交戦欲にあるのではないかと欧州では考えられることが多い。
戦闘の結果、残存のストラスブールと駆逐艦4隻が地中海の軍港ツーロンに脱出したが、そのために多くの犠牲を払うこととなった。イギリス艦隊の砲火によって旧式戦艦ブルターニュは爆沈、1,000人以上の将兵が戦死した。旧式戦艦プロヴァンスは大破、ダンケルクも被弾したが、後に修理を受けてツーロンに移動したために結局無力化出来た戦艦は1隻のみであった上に、フランス国民の反英感情を煽り、ヴィシー政権が枢軸陣営に入って連合軍の脅威となりかねない危険性を残しただけであった。
マルタ輸送船団護衛作戦
この喜ばしからざる作戦の後、H部隊は通常の任務に携わることになり、西部地中海での様々な作戦に参加した。それらのなかで特筆すべき作戦は、マルタ島輸送船団の護衛作戦である。マルタ行きの早期の船団は比較的軽微な損害を出すにとどまっていた。しかし1941年に、ドイツがシチリア島にドイツ空軍第10航空軍団を配備してからは恐るべき犠牲を軍艦や商船にもたらしたのである。
ビスマルクの撃沈
1941年にH部隊が関わった戦いのうち、もっとも有名なものは、H部隊の主戦場である地中海ではなく大西洋で発生した。5月18日、ドイツの戦艦ビスマルクは通商破壊を行うため、重巡洋艦プリンツ・オイゲンを伴って大西洋へ出発した。ビスマルクはアイスランドとグリーンランドの間のデンマーク海峡を抜け、イギリス北方を迂回しようとしていた。そこでビスマルクは、新鋭戦艦プリンス・オブ・ウェールズと旧型の巡洋戦艦フッドを主力とする強力なイギリス海軍部隊の迎撃を受けた。この交戦はイギリス海軍にとって災厄であった。プリンス・オブ・ウェールズは被弾して中破、フッドは爆沈し、約1,400名の乗組員のうち3名のみが生き残った。
いまや、投入可能なすべてのイギリス海軍艦艇にビスマルク撃沈の命令が下されることとなった。H部隊も迎撃のため、ジブラルタルから出港した。その主力は航空母艦アークロイヤル、巡洋戦艦レナウン、軽巡洋艦シェフィールドである。
フッドを撃沈したものの、ビスマルクはデンマーク海峡での海戦を、完全に無傷で切り抜けることはできなかった。プリンス・オブ・ウェールズの砲弾がビスマルクの燃料タンクを切り裂き、燃料漏れを発生させていたのだ。このため、ビスマルクは通商破壊戦を切り上げるとともに、プリンツ・オイゲンを分派した。両艦は、別ルートでフランスのブレスト港へ向かうこととしたのである。イギリス海軍は空母ヴィクトリアスの艦載機にビスマルクを空襲をさせたが、攻撃に失敗。さらにビスマルクは一時、追尾に当たっていたイギリス艦サフォーク、ノーフォークのレーダーから逃れることに成功した。後に再び発見できたものの、ビスマルクを撃沈するためにはまずその足を止めることが先決であった。このため、アーク・ロイヤルもソードフィッシュ雷撃機による空襲を試みたが、攻撃隊は目標の位置を誤認し、ビスマルクを追尾していたシェフィールドを攻撃してしまった。なお、この攻撃に用いられた魚雷は新式の磁気信管を使ったもので、信頼性に欠けていると考えられた。次の第2次攻撃隊は、従来型の接触信管を持つ信頼性の高い魚雷を搭載することになった。第2次攻撃隊の攻撃によりビスマルクは舵機を壊され、航行能力に大きな打撃を受けた。時に5月26日夜のことである。その後もビスマルクは触接してくるイギリス海軍の部隊と断続的に戦闘を続けた。翌朝、戦艦キング・ジョージ5世およびロドネイを含んだイギリス艦隊が戦場に到着。その攻撃により、ビスマルクは撃破され、戦闘能力を失ったため自沈した。
イギリスの苦境
1941年の終盤、地中海のイギリス海軍の運命はどん底にあった。地中海艦隊では、爆撃によってすべての空母が損傷を受け作戦行動が不可能となっていた。11月25日には戦艦バーラムをドイツ潜水艦の雷撃で失い、戦艦クイーン・エリザベスとヴァリアントは、12月19日にアレクサンドリア港内でイタリアの人間魚雷（マイアーレ）の攻撃を受け大破着底し、これらも戦列を離れることとなった。H部隊も悲劇に直面していた。11月、マルタへの航空機輸送作戦（パーペテュアル作戦）中に空母アーク・ロイヤルがドイツ潜水艦U-81によって撃沈されたのである。イギリス海軍が破滅せずに済んだのは、イタリア海軍が積極的な攻勢に出なかったからにすぎなかった。
1942年は低調のうちに幕を開けた。この年の初めに緊迫した任務となったのは、マルタ島への補給任務だった。マルタは何ヶ月にもわたって激しい攻撃に曝されており、輸送船団は僅かな隙をついて補給任務を強行できるよう厳重に護衛される必要があった。輸送が成功したとしても、マルタの状況は飢餓の一歩手前に過ぎなかった。第二次世界大戦中、もっとも厳重に護衛された船団が、この戦いの鍵となった。この、8月に行われたペデスタル作戦によって、マルタを持ち堪えていくだけの物資を運び込めたのである。
上陸作戦の始まりとH部隊の終わり
1942年の一時期、H部隊は実際には存在してはいなかった。5月に入り、H部隊からマダガスカル島のディエゴ・スアレスに対する攻撃に兵力を抽出されたためである。この作戦は成功を収めたものの、重要な時期にイギリスの海軍力を無駄に使うものだという批判が多かった。
（マダガスカルの戦い参照）
1942年11月は、戦いのターニングポイントとなる月だった。トーチ作戦が実行され、イギリス第一軍を始めとする米英軍が、モロッコおよびアルジェリアに上陸した。H部隊はこの上陸部隊を援護するために動員された。上陸部隊にとっての脅威はイタリア艦隊とヴィシー・フランス軍であったが、目立った抵抗を行ったのはヴィシー・フランス軍だけであった。ヴィシー・フランス軍はカサブランカにおいて、上陸部隊を支援するアメリカ艦隊と砲火を交えた。
この北アフリカにおける大規模な作戦の最終的な狙いは、チュニジアを枢軸国の勢力圏から切り離すことであった。この狙いは最終的に達成され、25万人を超える枢軸軍兵士が連合軍第18軍集団に降伏した。25万人といえば、スターリングラード攻防戦での降伏者数に等しい数である。H部隊はこの戦いを通して、陸上部隊に厳重な援護を提供した。
さらなる2つの上陸作戦において、H部隊は上陸部隊をイタリア艦隊から守るために援護に当たった。1943年7月に行われた、シチリア島攻略作戦であるハスキー作戦と、同年9月のイタリア本土サレルノへの上陸作戦、アヴァランチ作戦がそれである。戦場が本土に移った結果、イタリア政府は降伏した。
残存したイタリア艦隊は、戦艦ローマがドイツ軍の無線誘導爆弾フリッツXの攻撃を受け艦隊司令長官とともに沈んだ（「ヴィットリオ・ヴェネト級戦艦」参照）他は、大部分がドイツ軍の接収を免れた。H部隊は、サルデーニャ島近海でイタリア艦隊と落ちあい、マルタまでこれを護衛した。英地中海艦隊司令長官のカニンガム提督は、海軍本部に次のような伝統的な信号を発信した。
"Be pleased to inform their Lordships that the Italian fleet lies under the guns of the fortress at Malta."

（訳注：直訳すると「イタリア艦隊がマルタの砦の砲列の下にあり、我が支配下にあることをお知らせすることを喜ばれたし」というほどの意か）
イタリア艦隊の降伏によって、地中海に主力艦を含む艦隊を維持する必要はなくなった。H部隊の戦艦や航空母艦は本国艦隊や東洋艦隊に配属替えとなり、司令部も解散した。地中海の海軍作戦は、より小型で軽快な艦艇による部隊が行うことになったのである。
現代のH部隊
現在、イギリス海軍がジブラルタルおよび西地中海に配備している艦隊はジブラルタル戦隊のみである。