蒲池氏
鳥羽院領荘官・源満末
最初に蒲池を氏名とし、蒲池氏の祖とされるのは、鎌倉時代初期の嵯峨源氏の源久直（蒲池久直）である。久直は、平安時代後期の平清盛の全盛時代の仁安3年（1168年）に九州の肥前国の天皇家直轄荘園の神埼荘（鳥羽院領神埼荘）に荘官（荘司）として下向した従五位下の貴族の位を保持した嵯峨源氏の源満末の孫とされる（『蒲池家譜』。あるいは子という説もある）。同系譜では久直の祖父の源満末は従三位中納言の源行久の後裔とあるが、行久とは嵯峨源氏初代の従一位左大臣の源融の孫で従三位中納言の源是茂（『公卿補任』）かその係累とされている。
三潴郡地頭・源久直（蒲池久直）
源久直は、祖父の満末以来の松浦一族の山代氏の勢力地であり、平忠盛以来平家が支配し、その日宋貿易の拠点だった肥前国神崎にいたが、治承・寿永の乱（源平合戦）においては松浦党と同じく壇ノ浦の戦いで源家方に与した功により鎌倉幕府の鎮西御家人となり、建久元年（1190年）に筑後国三潴郡の地頭職に任じられた。久直は三潴郡蒲池邑に土着し、地名の蒲池を苗字として蒲池久直と名乗った（蒲池邑の領主は、橘公頼の子孫の太宰府府官の筑後橘氏とする説が有力だが、地元柳川の伝承では藤原純友の子孫とされ、その娘婿になったとすることから蒲池氏を藤原純友の流れを汲むと伝えている）。
松浦氏や秋月氏などと同じく幕府の御家人とはいえ、松浦氏や秋月氏などと同じく元平家方の九州の武家は源頼朝からの信頼は薄く、頼朝の代官的意志を帯びて、鎮西御家人の抑えを含め守護として赴任してきた新参の少弐氏、大友氏など東国御家人の傘下に置かれる。
承久の乱と源圓（源三圓）
『蒲池物語』や『筑後国史』『下野宇都宮氏正統系図』は、承久年間の松浦氏の源三圓（げんざ・つぶら）こと源圓（みなもとの・つぶら）が蒲池氏の祖と記しているが、承久3年（1221年）の承久の乱に蒲池行房が、後鳥羽上皇の反幕府・朝廷側の武家として参加し、幕府の勝利により一族滅亡の危機に直面している。行房は、薩摩国の遠隔飛び地の所領黒島で終生蟄居の身となり、松浦氏一族の源圓（源三圓、源円、源三円）を婿養子に迎え、圓に名跡を譲り、圓が渡辺党蒲池氏として新たに家を興した。この源圓（源三圓）による渡辺党蒲池氏の起こりの消息が、渡辺綱の流れを汲む源圓を蒲池氏の祖とする伝承の元となっている。
元寇の際には蒲池諸久が松浦党の一族として出陣し、執権北条時宗からの感状を受けた。
多々良浜と蒲池武久
南北朝時代は南朝方に属し、菊池武敏が足利尊氏を迎え撃った1336年（建武3年）の多々良浜の戦いで蒲池武久が嫡子の無いまま討ち死にした。武久には嫡子がおらず、その死後、蒲池氏は、懐良親王の率いる南朝方の力が衰えるまでの約20年間、領主不在の状態となり、所領は武久の娘が「女地頭」としてかろうじて守っていた。
この源久直にはじまる「嵯峨源氏の蒲池氏」と、源圓（源三圓）を祖とする「嵯峨源氏渡辺党松浦氏の蒲池氏」を、蒲池氏の時代区分から「前蒲池」という。
宇都宮氏の西下
「粟田関白道兼の末葉宇都宮左衛門尉朝綱の後胤なり。久憲三代の祖宇都宮藤原貞久、正中年間（1324年 - 1326年）、征西将軍営に供奉して肥後国に下り、久憲が時に当たりて渡辺党蒲池氏が婿となりその遺跡を領す」と『筑後志』が伝えているように、南朝方に属した、筑後宇都宮氏の宇都宮久憲が蒲池武久の娘を妻とした。
筑後宇都宮氏は、宇都宮貞久にはじまり、貞久は、藤原氏北家の藤原道兼の流れを汲む宇都宮氏の一族であり、宇都宮氏第8代の宇都宮貞綱の弟で筑後国山門郡瀬高の大木城を拠点とした宇都宮泰宗の次男の宇都宮貞泰の三男で、九州南朝の拠点の肥後国八代にいた。貞久の子であり久憲の父になる宇都宮懐久は筑後川の戦いで討死しており、また祖父の貞久なき後の南朝凋落期に久憲は筑後に土着すべく、蒲池氏の名跡と遺領を継ぎ蒲池久憲と名のった。
久憲にはじまる「藤原氏族宇都宮党の蒲池氏」は時代区分から「後蒲池」というが、筑後宇都宮氏でもある蒲池氏が、伊予宇都宮氏の同族とされたり、豊前宇都宮氏の分流とされるのは、伊予国から豊前国に移った宇都宮貞泰の足跡に関係していよう。
蒲池久憲と大友氏幕下
久憲は、筑後守護の大友氏の傘下に入り、1373年10月に大友親世と菊池武朝が肥後国で激突した時、田尻鑑安ら筑後諸将と共に大友軍に属し竹井に陣を構えたが、戦いは菊池氏の勝利となった。戦いとは別に久憲は、嫡子の蒲池義久、豊前宇都宮氏の嗣子となる城井則房、大木氏の祖となる大木資貞を生み、一族の門脈を筑後に広め、蒲池氏は筑後に大きな勢力を築いた。また蒲池久憲は応永年間に城郭を拡張して城下町を築いた（『三潴郡誌』）とされることから、久憲がのちの蒲池氏発展の基礎を築いたといえる。
蒲池義久の嫡子は繁久だが、次男の大隈は今村氏（今村大隅の子孫は現在も広安館跡に江崎家、内田家として子孫が現存している）を、三男の家久(鎮貞)は犬塚氏を、四男の泰秀(久種)は酒見氏を、五男の親房は城島氏を名のり、それぞれの在地豪族の名跡を継ぎ、蒲池氏の勢力を拡大させた。
蒲池繁久は、筑後の黒木氏や三池氏、肥後国の小代氏が連合して大友氏に反旗を翻した時、五条氏、星野氏、草野氏、問註所氏と共に大友氏側として出陣し、久憲以来の勲功を大友氏が評価するようになり、繁久は豊後・筑後の守護の大友親繁から「繁」の字を、その嫡男蒲池親久は、親繁の子・大友政親から「親」の字をそれぞれ下賜された。これ以降、大友氏歴代当主は蒲池氏の当主に対して名前の一字を与えることを通例とするようになり、蒲池氏も大友氏幕下の筑後国領主として存続することになった。
下蒲池と上蒲池
「文亀年中（1501年─1504年）、三潴郡蒲池の城主蒲池筑後守治久築きて居城せり」と『南筑明覧』に柳川城に関する記述があるが、蒲池氏の後の本城となる柳川城は、蒲池治久により蒲池城の支城として築かれることになる。また治久は、崇久寺を蒲池氏の菩提寺とした。
柳川城を本城とした蒲池氏の勢力拡大を危惧した大友氏は、蒲池治久の子の代の時に蒲池氏を兄・蒲池鑑久と弟・蒲池親広の二家に分割し、双方を同格の大名分とし、蒲池氏は柳川の蒲池鑑久の嫡流（下蒲池・家紋：左三巴）と山下の蒲池親広の分流（上蒲池・家紋：下り藤）になる（下蒲池や上蒲池という名称は両蒲池氏を区別するための便宜上の名称であり、またこの場合の「下」「上」は、下が西、上が東というように位置を表す。）
周防国を中心に大内氏は筑前守護も兼ね、筑後国の溝口氏、川崎氏、星野氏などが大内氏になびいたため大友義鑑は重臣の田北親貞を総大将とする軍を派遣。筑後からは蒲池鑑久が大友軍の一翼として出陣し、大内氏の影響を一掃する。しかし、大内氏は重臣の陶興房を使い筑後への浸透を諦めず、西牟田氏、溝口氏、三池氏、大津山氏が大内氏に呼応し、筑後の諸将は反大友方になるが、蒲池鑑久は田尻親種、草野鑑安と共に少数派ながら大友方につき、蒲池城は反大友方により包囲された。蒲池城には、池末、成清、山口、富安、矢賀部、大木、田尻、中山、本郷、原、丸野、大谷、池上、高松、藤末、中村などの蒲池累代の家臣たちが守り抜き、反大友勢を筑後から撃退した。
龍造寺氏を保護
蒲池鑑久の後を継いだのが「義心は鉄のごとし」と称えられた蒲池鑑盛であり、鑑盛は、祖父の治久が築いた柳川の城を本格的に改修し、柳川城を本城として整備した。その鑑盛が26歳の時、肥前国の龍造寺家兼が謀反のかどで主の少弐氏の重臣の馬場頼周による討伐戦に敗れ、筑後に落ち延びてきた。鑑盛は家兼の一行を手厚く迎え、三潴郡の一木村（現・大川市一木）に住居を用意して保護した。やがて肥前に復帰した家兼の命を受け龍造寺の家督を継いだのが仏門から還俗した龍造寺隆信だったが、その隆信もまた龍造寺氏の内紛で肥前を追われ、ゆく宛もなく筑後川近辺をさ迷ったあげく、対岸の筑後の蒲池鑑盛の保護を受けることになる。鑑盛は戦場では苛烈に戦うが、戦以外で、助けを求めてきた者には敵味方を越えて保護するという仁徳者であったという。この鑑盛による二代に渡る保護がなければ、龍造寺氏は滅びており、その後の龍造寺隆信の興隆もありえなかっただろう。
筑後筆頭大名
鑑盛は、大内氏に代って中国地方を制圧し、九州へ侵攻した毛利元就と大友宗麟との門司城をめぐる戦いや、また毛利氏に加担して大友氏に反旗を翻した高橋鑑種の討伐戦、大友氏に対して何度も叛いた龍造寺隆信の討伐戦などの合戦に大友方として度重なる出陣をしており何度も大友宗麟からの感状を受けている。かつて保護した龍造寺隆信の興隆の発端となった今山の戦いにおいても蒲池鑑盛は田尻親種と共に大友宗麟からじきじきの命を受けて数十隻の兵船で筑後川を渡り、龍造寺氏の村中城を包囲し奮闘した。
蒲池氏の最盛期は、戦国時代の蒲池十六代目蒲池鑑盛（蒲池宗雪）と、その子の鎮漣の時で、柳川の蒲池鎮漣の嫡流は1万2,000町（後の禄高では約12万石）、山下の蒲池親広の孫の蒲池鎮運の庶流は8千町（約8万石）の勢力を有したとされる(『大友幕下筑後領主附』『龍造寺政家着到帳』)。
耳川合戦と蒲池宗雪の死
大友氏と島津氏の耳川の戦いにおいても、蒲池氏は三千の兵を率いて大友方として出陣する。大友氏への忠義一筋の蒲池鑑盛に対し、嫡子の鎮漣は大友氏からの独立の意志を抱いていた。結果、蒲池鑑盛は耳川の戦いで奮戦し討ち死にし、蒲池鎮漣（鎮並）が家督を継いだ。
耳川での大友氏の大敗北は、筑後の大友幕下の大身領主たちの大友氏からの離反を招き、山下の蒲池分家の蒲池鑑広以外は、反大友の旗印を掲げ、筑後に侵攻した龍造寺隆信に組することになる。蒲池鑑広は、侵攻する龍造寺軍に対して山下城で約1年間孤軍奮闘するが、大友氏には蒲池鑑広を支援する力は無く、龍造寺氏と和睦を結ぶ。
鎮漣謀殺と下蒲池の滅亡
龍造寺氏が勢力を拡張し、肥前をほぼ平定、筑後へと進出してきた際には、父鑑盛以来の関係もあって、蒲池鎮漣はしばらく龍造寺隆信のために働く。
しかし天正8年、鎮漣は大友義統に「先非を改め、貞心を励ましむべきの由」を伝え帰順が認められ、再び大友氏に従臣し、動員された龍造寺軍から度々離脱するようになる。
天正8年8月、度重なる戦線離脱を見咎めた隆信は約2万の兵を柳川城に向け鎮漣と合戦となった。
鎮漣は柳川城にかなり長く籠城したが（その期間についてはないくつか説がある）、兵糧も乏しくなり落城も目前となったため、叔父の田尻鑑種の仲介で龍造寺隆信と講和した（「九州治乱記」「蒲池物語」）。
この後、龍造寺隆信は娘の玉鶴姫を鎮漣の妻にし、蒲池氏と龍造寺氏はいわば親戚関係となった。
龍造寺に従臣し、隆信と義理の親子となった鎮漣であるが、実はその裏で大友への従臣を続けていた。
北肥戦誌によれば、柳川城の戦いが終わった直後、田尻鑑種が隆信へ、蒲池鎮漣が薩摩の島津に通じていると知らせた。
隆信は娘婿を信用しており相手にしなかったが、その後も筑後からは鎮漣叛意ありとの情報が度々もたらされる。
そして鎮漣親族でもある西牟田鎮豊から、島津の老臣伊集院右衛門太夫から蒲池十郎宛に出された書状が提出され、隆信はようやく鎮漣叛意を悟ったという。
隆信と田尻鑑種は、鎮漣と鎮漣一族を全て征伐することを計画する。（「九州治乱記」）。
隆信は、鎮漣に須古の新城を見学するため肥前を訪問することを要請し、これに応じた鎮漣は佐賀にて謀殺される。
鎮漣殺害後、龍造寺隆信は柳川の鎮漣残党退治を命じ、田尻鑑種がその尖兵として柳川に兵を進め、塩塚城に籠もった鎮漣残党を駆逐し独立勢力としての下蒲池は滅亡した。
その際、龍造寺四天王の一人百武賢兼は、裏切りを働いたとはいえ蒲池家は龍造寺氏にとって大恩ある家であり、これを滅ぼすことについては疑問を抱いたと言われている。
蒲池徳子～窪田鎮勝（蒲池鎮克）、宮童丸
柳川から落ち延びたのは、鎮漣の娘の蒲池徳子（徳姫。母は鎮漣の先妻の赤星統家の娘）と次男の宮童丸（蒲池経信）である。前者の徳子は豊後に移り、大友氏重臣の朽網宗暦の子の朽網鑑房の妻となり、その子孫からは、『蒲池物語』を著した蒲池豊庵や朽網氏の名跡を継いだ朽網鎮武が出ている。徳子の孫の蒲池鎮明の子孫の江口秀種の子の江口鎮誠は肥後柔術三道場の一つとされた扱心流柔術の江口道場を伝える。この江口家から幕末に幕臣の窪田氏の名跡を継ぎ、浪士組（新撰組の前身）の取締役となり、さらに幕府最後の西国郡代として豊後16万石を預かった旗本の窪田鎮勝（蒲池鎮克）や、その子で鳥羽・伏見の戦いでは幕将として戦死している窪田鎮章（窪田備前守）などが出ている。
宮童丸こと後の蒲池経信は、祖母である蒲池宗雪の正室の貞口院が、少数の家臣をつけて豊後に落ち延びさせ、豊後日田に土着し富裕郷士となって子孫を伝える。初代経信、二代経行、三代経成の累代墓が日田市尾部田に現存する。
宗虎丸、熊千代（蒲池貞久）
鎮漣の嫡子で柳川落城の際に殺された幼い宗虎丸（蒲池統虎/蒲池久鎮）の名跡は一族の蒲池鑑続が継ぎ、系譜上では蒲池嫡流（下蒲池氏）の子孫とされる。
鎮漣の兄で鎮漣と同じく肥前で討死した家老の蒲池鎮久の子の熊千代は柳川落城の時は塩塚の民家に逃れ、成長して蒲池貞久と名のり龍造寺家晴の配下となる。家晴は龍造寺隆信とは異なり、大恩ある蒲池鑑盛の血筋を残そうとしたのだった。
応誉と柳川藩
鎮漣の弟の蒲池統安は耳川の戦いで討ち死にしており、嫡子で塩塚城主だった蒲池鎮貞は龍造寺氏との柳川の戦いで討ち死にしたが、次男の応誉は僧籍にあり、瀬高上庄の来迎寺の第四世住職を勤めていたが、柳川藩主となった立花宗茂に招かれ、宗茂の正室の誾千代の菩提寺である良清寺を開き、その初代住職となる。応誉の子孫は蒲池氏を再興し、江戸時代は柳川藩主の立花氏の家老格となる（家老ではなくて家老格であるのは、蒲池氏が元は柳川の領主であり、立花氏の譜代の家臣筋ではなかったからである）。歌手の松田聖子(蒲池法子)はこの子孫である。
蒲池分家（上蒲池）の動向（蒲池鎮運、蒲池正定）
一方、蒲池親広にはじまる山下の蒲池氏（上蒲池）は、蒲池鎮運が豊臣秀吉の九州進攻の時、島津氏方にあり、秀吉から領地没収され大名家としては滅びるが、復活し、立花宗茂の弟の高橋統増（立花直次）の与力となり三千石を領した。鎮運は、秀吉の朝鮮の役に出陣するが釜山で病死する。蒲池氏（上蒲池）は、秀吉から大名家としての再興の内諾を受けていたというが、沙汰のないうちに肝心の秀吉が死去。関ヶ原の戦いでは、鎮運の子の蒲池吉広は立花氏与力として西軍に属して戦うが、石田三成率いる西軍敗北により、今度は徳川家康により領地没収される。その後、蒲池吉広は、黒田長政の福岡藩に召抱えられ、その子の蒲池重広は500石を与えられ、後に郡奉行となった。鎮運の弟の蒲池鎮行の5代後の蒲池正定（蒲池崑山）は、肥後細川藩の藩士となり、宝暦の改革に参加し、その後、奉行を経て中老（年寄）となり900石の知行を与えられた。