特別永住者
「平和条約国籍離脱者」及び「平和条約国籍離脱者の子孫」
特別永住者であるためには「平和条約国籍離脱者」又は「平和条約国籍離脱者の子孫」であることが前提要件とされ、具体的には1952年4月28日発効のサンフランシスコ講和条約により日本国籍を離脱したものとされた在日韓国・朝鮮人及び在日台湾人（朝鮮戸籍令及び台湾戸籍令の適用を受けていた者で1945年9月2日以前から日本の内地に継続して在留している者）が対象となる。日本国外に出国し在留の資格を喪失した者（一般には韓国・朝鮮民主主義人民共和国に帰国した者を指す）はここでいう「平和条約国籍離脱者」には該当しない。
1951年11月制定の入国管理法と同様のこの要件を、敗戦後一時帰国して再来日した者が対象にならないとして批判する研究者もいる。
「平和条約国籍離脱者の子孫」とは平和条約国籍離脱者の直系卑属で日本で出生しその後引き続き日本に在留する者であることが基本的要件となる。したがって、平和条約国籍離脱者の子孫であっても日本国外で出生した場合などは特別永住許可を得ることはできない。
特例
特別永住者は本人又は父母がかつて日本国籍の保有者であったという歴史的経緯から、他の外国人（特に通常の永住者）と比べ、次のような特例処置を受ける。
再入国許可
2007年11月20日以降、外国人は日本への入国（再入国を含む）の際に、顔画像と両手人差し指の指紋照合（J-BIS）を義務付けられるが、特別永住者は日本国籍保持者と同様に免除される。一方、韓国では2010年7月からすべての外国人の指紋や顔の生体情報採取を行いデータベース化する方針である（指紋押捺拒否運動）。
また、その審査に当たっては通常の外国人には、上陸拒否事由に該当する場合は再入国許可が得られても上陸拒否されるが、特別永住者の場合は有効な旅券を有しているか否かのみが審査され、上陸拒否事由に該当したとしても再入国することができる。
また、通常の外国人の場合再入国の有効期限の上限が5年であるのに対し、特別永住者の上限は6年であり、再入国の許可を受けて出国した者について、当該許可の有効期間内に再入国することができない相当の理由があると認めるときは、その者の申請に基づき、1年を超えず、かつ、当該許可が効力を生じた日から7年を超えない範囲内（通常の外国人の場合は6年を超えない範囲）で有効期間の延長を認めることができる。
また、有効な旅券及び特別永住者証明書を所持して、日本から出国する者に適用される「みなし再入国許可」については、有効期間2年間（通常の永住者については1年間）の「みなし再入国許可」があったものとみなされる。
日本国が国家承認していない、中華民国政府が発行する中華民国旅券については、中華人民共和国の地域の権限のある機関が発行した旅券に相当する文書として入管法2条5号ロ及び同法施行令1条により、有効な旅券とみなされ、同旅券を所持することにより、みなし再入国許可制度の適用を受けることができる。しかし、日本国が国家の承認をしていない、北朝鮮政府が発行する旅券については、有効な旅券として日本国は認めていないので、同旅券を所持していても「みなし再入国許可制度」の適用を受けることができない。
登録証明書携帯義務違反における罰則の特例
通常の外国人の場合、パスポートや在留カードを携帯していない場合、刑事罰として20万円以下の罰金に処せられる可能性があるが、特別永住者の場合は、行政罰としての10万円以下の過料に処せられる可能性に留まり、携帯義務違反を理由に現行犯逮捕や強制捜査の対象にはならないこととなる（提示義務違反は刑事罰の対象になる）。
また、特別永住者は在留管理制度の変更に伴い導入された、在留カードの対象外となっており、これに類似したカード状の「特別永住者登録証明書」が発行される。特別永住者登録証明書には携帯の義務はないが、入国審査官、入国警備官、警察官、海上保安官その他法務省令で定める国又は地方公共団体の職員から提示を要求された場合は、保管場所まで同行するなどして提示することが必要となる。
雇用対策法に基づく届出義務適用除外
2007年10月1日から事業主は、雇用対策法に基づき外国人を雇用した場合及び離職した場合、公共職業安定所に対し届出義務があるが、特別永住者については外交・公用の在留資格を有する者とともに届出義務が課せられない。また、国または地方公共団体が外国人を雇用した場合も公共職業安定所にその旨通知する必要があるが、同様に特別永住者についてはその適用がない。
資格の喪失
特別永住者であっても、あらかじめ再入国許可を受けることなく日本から出国（いわゆる単純出国）したり、再入国許可の有効期限が消滅した後も日本国に入国しない場合は特別永住者資格を喪失する。喪失した場合は再び特別永住者資格を取得することはできない。これは、日本に継続して在留していることが特別永住者の要件であるところ、再入国許可を受けないまま出国した場合はその時点で、再入国の有効期間を過ぎてもなお日本に入国しない場合は出国した時点に遡って、いずれも特別永住者資格を喪失し、「継続して在留した」との要件を満たさなくなるためである。なお、再入国許可を得て出国しその有効期間内に再入国した場合は継続して日本に在留しているものとして扱われる（これは在留の資格に関する解釈便宜上に限った観念であって、時効の停止・税法の適用など他の法令の解釈には影響しない）。
特異な事例としては、一時的出国に際して再入国許可を申請したが、外国人登録原票への指紋押捺拒否等により同申請が不許可となり、にもかかわらず日本から出国したため協定永住資格を喪失、再来時に当時の在留資格4-1-16-3（定住者に相当）を付与されたあと、行政訴訟等で制度の改善運動を行い、その結果、事後立法により特別永住者資格とするとの「みなし規定」で資格が復活した例がある（入管特例法附則第6条の2）。
戦後来日の特別永住者
上記のように、特別永住者資格の法律では「戦前から日本に居住しているかつて日本国民だった旧植民地の人々で、サンフランシスコ講和条約により日本国籍を失った人々」であることが前提要件となっているが、実際には戦後、済州島四・三事件や朝鮮戦争の戦火から逃れるために、生活の糧を求めて出稼ぎのために、荒廃した朝鮮半島より学問の進んだ日本の学校で学ぶために、中には政治的目的のために、数多くの韓国・朝鮮人が日本へ密航し日本国内の混乱に乗じて永住権（のちの特別永住資格）を得た。戦後来日した特別永住者の例としては、元特別永住資格者（元在日韓国人）のマルハン韓昌祐会長は、戦後の1945年10月に出稼ぎのために密航で来日したと語っており、特別永住資格者（在日韓国人3世）の俳優チョウ・ソンハは、「韓国の済州島出身の祖父は、戦後、大学で学ぶために日本に来た在日1世でした」と語っている。
また、1950年6月28日の産業経済新聞（当時　産経新聞の旧称）朝刊では「終戦後、我国に不法入国した朝鮮人の総延人員は約20万から40万と推定され、在日朝鮮人推定80万人の中の半分をしめているといわれる」とし、密航船の監視は海上保安庁が当たっているが、敗戦国の影響のため武装できず、一方で密航船は武装しており、2割ほどしか検挙できていないこと、そして入国した彼らは外国人登録証明を暴力と買収で得て、それがそのまま合法化となっている現状を伝えている。西岡力は70万人（2000年時）の在日韓国・朝鮮人のうち26パーセントにあたる18万人が戦後に日本に渡って特別永住資格を得た者であると述べている。
少数ではあるが、台湾・中国からの戦後の密航者も存在した。
特別永住者の参政権問題
日本における永住外国人参政権問題については、参政権を与えるべきか、一般永住者と特別永住者両方に与えるべきかなどが争点になっている。また、特別永住者たる資格要件(戦前から日本に居住していた外国人)を満たさない不正資格者(密入国者)の問題もある。また外国人参政権は憲法違反であるため改憲が必要となり、安全保障上支障があるとも指摘される。
また民団をはじめ在日韓国人の運動によって、韓国政府も日本政府に公式に参政権付与を要求している。これを受けて民主党は参政権付与を公約とした。これに対して憲法学の長尾一紘は、韓国人は韓国の憲法によって韓国への忠誠が要求されていること、二重参政権の問題、韓国人の半数が対馬は韓国領土と考えていることなどから、参政権が付与された場合、対馬が日韓の外交問題(領有権問題)となることが予期され、日本の安全保障上重大な問題であること、また、民団は韓国政府によって運営されているため、民主党の同団体への外国人参政権付与の公約は、外国政府への公約となっており民主党の進める外国人参政権法案は国家意識を欠如させた危険なものであるとして痛烈に批判した。また参政権付与の根拠として菅直人首相も挙げた最高裁判決傍論を作成した元最高裁判事園部逸夫も、民主党の法案に対して、「ありえない」と批判。「移住して10年、20年住んだからといって即、選挙権を与えるということはまったく考えてなかった。判決とは怖いもので、独り歩きではないが勝手に人に動かされる。」と自身の行動を反省しながら、述べている。
「外地」における住民の法的地位と参政権
1895年（明治28年）に日清戦争で勝利した日本は、台湾を清から割譲。1905年（明治38年）に日露戦争後、ロシアから樺太の南半分を獲得、1910年（明治43年）に日韓併合条約を締結して、先の二つの戦争のそもそもの原因であった朝鮮半島の併合を成し遂げた（韓国併合）。これらの地域は外地と呼ばれ、日本の領土として、太平洋戦争で日本が敗北する1945年まで統治された。日本はこれらの地域に住む多様な民族を包含する多民族国家となった。
これらの植民地に元から住んでいた住民は、大日本帝国臣民（日本国民）とされ日本国籍を持った。ただし戸籍については日本人と区別され、植民地ごとに別の戸籍が作られて戸籍法の適用を受けなかった。外地出身の家系であれば内地で生まれても、婚姻等でもない限り内地へ転籍できず外地の戸籍に入籍した。住民には帝国臣民として日本民族に同化させる政策が朝鮮人などからの要望もありとられた。その後日中戦争が勃発し、戦時体制が固められていく中で、創氏改名や日本語教育、神社参拝などの皇民化政策が推し進められ、同化政策は強化。
台湾、樺太、朝鮮についてはそれぞれ、台湾ニ施行スヘキ法令ニ関スル法律、樺太ニ施行スヘキ法令ニ関スル法律、朝鮮ニ施行スヘキ法令ニ関スル法律が制定され、これらの法律では、勅令で定めることで内地に施行される法律の全部または一部を台湾、樺太、朝鮮にも施行できるとされた。また、台湾と朝鮮では、それぞれ固有の民族や文化に適応した統治を行うために、前述の法律により、台湾総督と朝鮮総督に対して、立法に関する帝国議会の権限が委任された。その結果、内地では帝国議会の協賛による法律で規定しなければならない事項は、総督の命令のうち勅裁（天皇の裁可）を得たもの（台湾総督のものは律令（りつれい）、朝鮮総督のものは制令という。）で、帝国議会の協賛なしに規定できるとされた。樺太は、内地からの移住者が多かったため、内地の法律が適用された（1943年に内地に編入）。
外地地域には衆議院議員選挙の選挙区が設置されなかった。つまり植民地住民は、立法に関与する帝国議会議員や総督の選定に容喙できず、道会、州会等の地方議会選挙を通じて民意を表明しうるにすぎなかった。これはこの地域に住む日本人も同様であった。
なお選挙を要しない貴族院では、朝鮮人、台湾人も議員に任命されていた。ただし台湾人、朝鮮人であっても、内地に移住した場合は当然に衆議院議員や内地の地方議会選挙で選挙権を行使できた。
被選挙権については、選挙区への居住が条件づけられていないため、内地の選挙区を選んで出馬することは出来た。ただし外地に居住する台湾人、朝鮮人で実際に出馬した例はなかった。
内地の参政権
内地では1912年に沖縄県（先島諸島を除く）が、1920年に先島諸島がそれぞれ選挙区に加わり、小笠原諸島や千島列島を除くほぼ全土にわたって帝国議会の議席が与えられた。1925年（大正14年）に施行された普通選挙法によって、25歳以上の男子で内地に居住する帝国臣民は納税額に関わらず参政権が認められた。ただし貧困により扶助を受けている者や、6か月以上一定の市町村に居住していない者には認められなかった。日本の有権者は1240万人へと増加した。居住条件が台湾人や朝鮮人には不利であったが、内地への移住者が増加するに伴って有権者の数も増加した。
1932年（昭和7年）には朝鮮人の朴春琴が衆議院議員選挙で東京4区から出馬して当選を果たした。外地出身者で立候補した者は他にもいたが衆議院議員になったのは朴春琴だけである。朴春琴は1937年（昭和12年）に再選したが以後は落選。
このほか地方議会でも1932年（昭和7年）に朝鮮人の朴柄仁が尼崎市会議員選挙で当選するなど外地出身者で当選を果たした者もいた。1940年（昭和15年）に創氏改名令が施行されたが選挙は戸籍名で行われ、候補者はたとえば朝鮮人であれば朝鮮名を名乗って出馬した。1930年（昭和5年）からはハングルでの投票も有効とされた。
戦時中
1938年（昭和13年）に国家総動員法が制定され、政府は内地外地ともに労働力や物資を統制下に置き、動員や調達が出来るようになった。内地ではさらに徴兵令から改定された兵役法や国民徴用令が発動されていたが、戦況の悪化とともに日本人だけでは兵員や労働者が不足するようになり、それぞれ外地でも適用されるようになった。兵役法は戸籍法の適用を受ける日本国民男性を徴集の対象としていたため、戸籍法の適用を受けない植民地住民は対象となっていなかった。1943年（昭和18年）に政府は兵役法を改定し「戸籍法の適用を受ける者」の部分を削除し、植民地住民の徴兵を可能とした。
台湾では徴兵制は1945年（昭和20年）から、国民徴用令は日本と同じく1939年（昭和14年）から適用された。朝鮮では徴兵制は1944年（昭和19年）から、徴用については1939年（昭和14年）に「募集」、1942年（昭和17年）からは官斡旋と形態を変えて動員が図られ、1944年（昭和19年）に国民徴用令が正式に適用された。これにより多くの人が動員され、日本内地への移住や戦地への赴任を余儀なくされた。
徴兵や徴用の見返りに、1945年（昭和20年）4月1日に改正が公布された衆議院議員選挙法によって台湾と朝鮮にも帝国議会の議席を与えるものとされたが、施行されないまま敗戦を迎えたので、結果として議席は一度も割り当てられていない。なおこの改正案でも、有権者は1年以上直接国税15円以上の納税という制限が課されており普通選挙ではなかった。また議席数は、衆議院の定数466に対し台湾5名、朝鮮22名とされた。また1943年（昭和18年）に内地に編入された樺太でも同時に3名の議席が認められた。また貴族院でも台湾と朝鮮から勅撰議員を選出することが決められ台湾、朝鮮から合わせて10名の議員が選出された（なお、植民地議員の資格は1946年7月4日に消滅している）。
戦後、連合軍占領下にあった日本政府は、戦争終結の平和条約を締結するまではこれらの人々について日本国籍を保持するとした。連合軍総司令部もそれを支持し、さらに旧植民地に正式に承認された国家が成立するまでは日本国籍を持つものとするとの考えを示した。1945年（昭和20年）10月23日に政府は、内地在住の台湾人と朝鮮人の参政権保持を認めることを閣議決定した。しかし、同年12月17日に改定された衆議院議員選挙法の附則では「戸籍法の適用を受けない者」の参政権を当分の間停止すると定め、旧植民地人の参政権を停止した。内地在住の台湾人と朝鮮人の参政権を停止する衆議院議員選挙法改正案が審議されていた1945年12月上旬に、日本共産党第四回党大会で中央委員に選出された金天海は「我々は選挙権被選挙権を要求し、これを天皇制打倒と人民共和政府の樹立のために行使しなければならない」と述べている。
1945年（昭和20年）末からGHQ指令による非日本人の送還が始まる。
1947年（昭和22年）5月には外国人登録令によって、台湾人のうち内務大臣の定める者及び朝鮮人は勅令適用において外国人としての登録を義務づけた。1948年に朝鮮半島が南北に分裂、のち朝鮮戦争にいたる。また内戦を経て中国共産党は1949年10月中華人民共和国を建国、12月に国民党が中華民国国民政府を台北に移転した。
1951年（昭和26年）9月8日、日本はサンフランシスコ講和会議に全権を派遣して平和条約に調印、同条約は翌年4月28日に発効し、日本が連合軍の占領から解かれ、また正式に台湾や朝鮮などの植民地と、千島列島や南樺太など内地の一部に関する権利を放棄することが決定した。以後、韓国政府は在日朝鮮人の引き取りを拒否するようになった。一方、北朝鮮は在日朝鮮人の帰還を受け入れることを表明し帰還を呼びかけたが、韓国政府は日本に工作員を送りこみテロ活動によって帰還を阻止するために新潟日赤センター爆破未遂事件を起こし、韓国政府の意向を受けた在日本大韓民国民団は帰還阻止活動を行った。
法務府民事局通達と外国人登録法
発効の直前、1952年（昭和27年）4月19日に法務府民事局長が通達を出し、「平和条約の発効に伴う朝鮮人台湾人等に関する国籍及び戸籍事務の処理について」によって在日台湾人及び朝鮮人は一律に日本国籍を喪失することとなった。平和条約にはこれらの人の国籍に関する明文はなかったが、政府は戸籍法を基準として、内地に戸籍の無い住民は全て日本国籍を喪失するとした。台湾については、1952年4月28日に日本が中華民国国民政府と調印し、8月5日に発効した日華平和条約をもって台湾人は日本国籍を喪失したとされた。
これら決定に至る過程で、日本政府内には当初旧植民地人に対して国籍選択権を与える考えがあったことも指摘されている。また一方で、たとえば当時の韓国政府は韓国併合以前の条約は全て無効であるとの立場をとっており、日本に在住する韓国人（朝鮮人）については、そもそも日本国民ではなく、大韓民国樹立によって日本国籍とされていたものから離脱し韓国国籍を回復した、とする「在日韓国人の法的地位に関する見解」を連合軍総司令部に伝えていた。
平和条約発効の同日、外国人登録法が制定された。日本政府は在日台湾人及び在日朝鮮人に対して国籍選択権を与えないことを決め、彼らは日本国籍を失い、外国人として日本で暮らすことになった。在日台湾人及び在日朝鮮人が日本国籍を望む場合は国籍法に基づき帰化をする必要があるが、その場合は一般の外国人と同様に法律で定められた一定の条件を満たした上で帰化裁量権を持つ日本政府によって帰化されなければならなかった（内地人として生まれた後で朝鮮人又は台湾人との婚姻、養子縁組等の身分行為により内地の戸籍から除籍させられた平和条約国籍離脱者は、国籍法第5条第2号の「日本国民であった者」及び第6条第4号の「日本の国籍を失った者」に該当するとされ、帰化条件が有利になった）。
それ以後の特例措置
日本国籍を喪失した旧植民地人は、参政権をはじめ国民年金や国民健康保険などの日本で生活する社会的権利が与えられなかった。彼らにとって、日本国民として日本人とほぼ同等であった戦前とは逆に、戦後は他の外国人と同様の扱いとなった。その後、徐々に旧植民地出身の外国人には特例がなされるようになった。1960年代の後半から国民健康保険制度が、1980年代には国民年金制度が適用されるようになった。
1991年（平成3年）に、出入国管理及び難民認定法（入管法）の特例として施行された法律（入管特例法）で、戦前から定住する旧植民地人（いわゆる平和条約国籍離脱者）とその子孫は特別永住者となった。これらの人々には、日本国民と同等の社会的権利の多くが認められるようになったが、参政権については国政選挙、地方選挙に関わらず認められていない。