新潟駅
概要
本州日本海側最大の都市新潟市の代表駅。上越新幹線の終点であり、本州日本海側の鉄道網、また鉄道以外の公共交通機関も含めた新潟都市圏のターミナルの一つでもある。
現在、駅舎周辺では在来線の連続立体交差化と、それに伴う周辺整備事業が進められている（詳細は後述）。
事務管理コードは▲301150を使用している。
新潟駅設置に至るまで
現在の新潟市域で最初に開業した鉄道駅は、中蒲原郡沼垂町竜が島（現：新潟市中央区沼垂東・竜が島付近）に設けられた沼垂駅で、1897年（明治30年）11月20日に開設された。
当時、信濃川を挟んで左岸の新潟市と、右岸の沼垂町とは鉄道の敷設で壮絶な誘致合戦を繰り広げたが、当時の信濃川の川幅は約1kmと広く、鉄橋の建設に莫大な資金がかかることがネックとなったことから、信濃川右岸の萬代橋東詰付近の沼垂町流作場（りゅうさくば。現在の新潟市中央区万代・弁天・八千代付近）に「新潟駅」を設けるという折衷案で一旦は合意した。
しかし北越鉄道は地代が高い事を理由にこれを事実上拒否し、竜が島に設けた「沼垂駅」を終着駅とした。新潟市側ではこれに対する反対運動が起こったものの、政府の認可が下りたことから紛糾を極め、市側の「鉄道同志会」の構成員の一部が行動を過激化。沼垂駅を評価する人を襲撃する騒ぎを起こし、更には同年11月16日の鉄道開業予定日を控えた11月11日の早朝、沼垂駅構内の機関庫と貨物庫、新栗ノ木川の鉄橋に爆弾を仕掛け、爆破する騒動にまで発展した。幸い損害は軽度で済み、開業が4日遅れただけで運行等には大きな支障はなかった。
その後も市民の鉄道誘致運動が続き、それが結実して1904年5月3日、現在の中央区弁天一丁目、弁天公園付近にあたる位置に開業したのが、初代の新潟駅である。
それからの新潟市は、市街地に最も近い新潟駅を中心に発展を遂げていった。1925年に策定された「新潟市都市計画」では、架け替えを予定していた萬代橋を経由する路面電車（のちの新潟交通電車線にあたる）を駅前に乗り入れるという計画も盛り込まれた。そして1935年には、木造2階建ての2代目駅舎に建て替えられた。
現在地への移転
1937年に日中戦争が勃発し、1941年には太平洋戦争が始まると「新潟市都市計画」も中断を余儀なくされ、萬代橋経由の路面電車線の建設計画も凍結された。戦時鉄道輸送の便を図るためもあり、1943年には関屋－新潟間に貨物支線が建設されている。
新潟市は大規模な空襲を受けなかったため、新潟駅が戦災によって大きな被害を受けることはなかったが、この時期には駅舎の補修や軌道の整備等に大きな支障を生じている。終戦直後からしばらくは大陸からの引揚者や東京・大阪方面などからの買い出し者等で駅の利用者が大幅に増加し、駅構内は常に人で溢れている状況であった。
第二次世界大戦後の混乱が落ち着いた頃、手狭になった新潟駅の移転新築と、新潟市内の鉄道路線網の整理が計画された。沼垂駅を出発した新津・新発田方面からの列車は、沼垂の市街地を南西に大きく迂回して新潟駅に到着するという、線形の悪さによる時間ロスの大きさが、かねてから問題となっていたためである。また当時、越後線は対岸の白山駅が終端の終着駅であり、越後線の線路そのものは上述の貨物支線によって関屋駅より分岐して新潟駅に繋がっていたが、この間の旅客営業は行われておらず、この支線を経由した越後線の新潟駅乗り入れが強く望まれていた。
そのため、当時の新潟駅のすぐ南側で信越本線と越後線を結んでいた支線（信越本線上沼垂－関屋間貨物支線）上に新しい駅舎を建設し、信越本線・越後線・白新線の3路線をこの新駅に統合することとなった。駅舎は地上2階・地下1階、広さは旧駅の約6倍、地下商店街も設置されるというもので、当時としては大規模な計画だった。
1951年6月には関屋－新潟間の旅客営業が開始され、同年12月には白山駅が移転、それまでの関屋－白山間は廃線となり、旧白山駅も廃止された。
新しい新潟駅の駅舎は1956年1月10日に着工。建設地は水田などに近い湿地帯だったため、施工は慎重を期して行われ、工事費4億円、2年の工期を経て、1958年4月29日に3代目駅舎が完成した。なお、初代駅舎時代に計画されていた新潟交通の路面電車路線は、戦後はトロリーバスの計画に転換するなどして駅舎が現在地に移転したこの58年まで工事申請を更新し続けたものの、以降は再申請がなされず、同年10月をもって軌道特許が失効し、結局実現には至ることはなく計画は消滅した。
新駅舎は当時の日本海側有数の大規模駅舎として開業したが、度重なる災害に襲われ、1961年には駅舎内にあった国鉄新潟支社の仮庁舎から出火し、支社部分をほぼ全焼するという火災に見舞われた。これを機に駅舎は1964年に開催される新潟春季国体に合わせ、地上4階建・一部6階建に増築されることとなり、改築工事は1963年に竣工した。これが現:万代口駅舎の原型である。
1964年、国体が終了して間もない6月16日に新潟地震が発生。元々水田だった新潟駅付近では液状化現象が発生し、駅舎・ホームが損壊。更に駅東側の道路に掛かる笹口跨線橋（現:東跨線橋）が倒壊し、橋の下にいたキハユニ17形気動車を押し潰した。駅構内が使用不能となったため笹口地区に仮設ホームを設置し、19日から営業を再開している。周辺の白山駅や万代駅などでも、路盤陥没や駅舎の破損、津波による冠水などの被害を受けて、数日間にわたって路線網が寸断された。
南口の開発
その後、新潟駅を中心とする路線網は徐々に整備された。1982年に上越新幹線が開業。在来線も、新潟駅を起終点とする3路線が1984年までに全て電化され、駅構内の設備・店舗なども徐々に充実して、新潟駅は新潟市の玄関口としての体裁を整えながら現在に至る。
かつて南口側には駅舎は無く、駅裏側には国鉄新潟鉄道管理局時代からの車両基地である「新潟運転所」があった。その後上越新幹線の建設開始と併せて南口駅舎の新設が決定したのに伴い、1974年に電車・客車の車両基地機能は上沼垂運転区（現：新潟車両センター）へ移転したが、気動車の基地は移転の目途が立たず、新幹線開通に間に合わない状況となった。やむを得ず運転所を挟んだ位置に駅前広場を設け、2本の連絡通路を順次開設して駅舎へのアクセスを確保したものの、南口駅舎と駅前広場の間にはこの基地が長らく残ったため、利用者からは不便を訴える声が絶えなかった。1991年に新津運転所（現：新津運輸区）が開設され、ようやくすべての車両基地が撤去されたものの、跡地はその後日本国有鉄道清算事業団に所有権が移り、一時遊休地となった後、駐車場として長らく暫定的に供用され、駅前広場も従来の位置のままであった。
南口側には駅舎へ徒歩で直接アクセスできる出入口がなかったことから、利用者からは改善を求める意見がたびたび寄せられていた。JR東日本新潟支社などはこれに呼応して2000年6月30日、南口駅舎から南口駅前広場に直通する「南中央口」の暫定供用を開始した。南口駅舎の中央部に設けられた中央口は、東口改札から階段・エスカレーターで1階に繋がっており、管理用道路を横断した先から、南口側の駐車場を挟んで駅前広場へと通じていた（南中央口は後述のペデストリアンデッキ竣工に伴い2009年2月19日をもって供用停止。その後南口駅舎の改修が完工した9月19日から、階段とエスカレーターの供用を再開した）。
駅舎の問題点
開発が進む一方で新潟駅は、施設上の諸問題を長らく抱え続けていた。元々の出入口で市内中心部側に位置する万代口駅舎は既に築50年を越え、老朽化が著しくなりつつある。さらに、バリアフリー対策の立ち遅れも目立ち、各ホームへのエスカレーター及びエレベーターの設置が一応の完了を見たのは2010年代になってのことであった。特に、特急「いなほ」が発着する6・7番線は駅再整備計画によって廃止される予定とされたため、最後までエレベーターが設置されていなかった（但しエスカレータが設置されており、車椅子の利用者には駅社員が昇降を介助していた）。
駅前広場は万代口側・南口側とも使い勝手が非常に悪く、万代口側は敷地が狭隘であるため歩行者の導線が煩雑化している上に車両が乗り入れにくく、バスの発着地も一箇所にまとまっておらず、利用者にとって大変不便な状態である。一方の南口側は新潟運転所の施設が長らく残ったため駅舎から遠く、運転所移転後の跡地が日本国有鉄道清算事業団（当時）に所有権が移り南口の再整備が開始された後も計画が流動的になる等、駅周辺の環境に関しては問題が山積していた。
専用線等
2015年（平成27年）8月現在、新潟駅周辺には専用鉄道（専用線）は敷設されていないが、1982年（昭和57年）頃まで、日本軽金属新潟工場、東洋瓦斯化学工業の専用線が存在した。
この専用線は越後線の白山駅 - 新潟駅間に並走する形で敷設され、信濃川橋梁の右岸東詰側（新潟方）手前付近から分岐し、信濃川に沿って日本軽金属新潟工場の敷地を通り、現在の平成大橋付近まで敷設されており、東洋瓦斯化学、次いで日軽金が1980年（昭和55年）までに操業を停止したため廃止された。

また、1960年代中頃（昭和30年代後半）には上記専用線の下所島（現:中央区下所島）付近から、上所島（現:中央区上所三丁目）地内の新潟市中央卸売市場 構内へと分岐する引き込み線が建設され、1964年（昭和39年）末より 青果市場への鉄道輸送用として使用されたが、専用線の廃止に伴ってこの引き込み線の運用も停止され、線路も撤去された。
日軽金の跡地には新潟県庁舎が新築移転することになり、線路跡は周辺整備の一環で新潟市が道路として整備を進め、関屋分水路と信濃川の分岐部までは新潟市道信濃川右岸線として整備され、それより先は「美咲こもれびのみち」として遊歩道として整備されている。越後線との分岐部の築堤は線路の撤去後も残っていたが、周辺の再開発に伴って順次整地され、前述の右岸線のほか、新潟市道上所新和線（東港線）、市の都市公園「上所島公園」、県の交流拠点施設「新潟ユニゾンプラザ」など道路や公共施設の建設用地として整備が進捗し、さらに後述の連続立体交差化事業に伴い新上所島・上所島の両跨線橋も複線化のため大規模な改修が行われており、往時の遺構は現存しない。
その他、越後線の白山方約1kmの留置線の終端には小型の電動式転車台（ターンテーブル）が設置されており、使用されなくなった後も長年残存していたが、2010年（平成22年）、連続立体交差化事業に伴う留置線の高架化工事のために解体撤去され、既に現存しない。
駅周辺整備事業・連続立体交差化
2000年代後半から連続立体交差事業を含む駅周辺整備授業が始まり、2018年に駅舎および線路の一部が高架開業。2021年度には全面開業が予定されている。
事業に至る経緯・経過
1980年代に新幹線の駅舎および線路が高架で建設されたものの、在来線は長きにわたり地上に駅舎および線路が位置していた。このため駅周辺は鉄道路線を境に南北の市街地が分断され、踏切や跨線橋など鉄道を横断する道路施設において渋滞や狭隘の問題が発生していたほか、南北市街地の発展に不均衡が生じていた。また、前述の通り駅舎や駅前広場は施設上の問題を多く抱えており、陸の玄関口として相応しい施設の整備も求められていた。
これらの問題を解決するため新潟県・新潟市は、新潟駅周辺の再整備に関する調査を1992年度から開始。1994年からは在来線の連続立体交差化を目指し本格的な調査に移行した。また市は1997年、再整備構想の一環として南口側の国鉄清算事業団所有地（約3ha）を先行取得し、駐車場として仮供用を開始。同年には「新潟駅周辺整備検討委員会」が発足した。さらに市では1999年、市民有志とともに市民意見交換会「わいわいガヤガヤ駅サイト」を開催し、市民の意向を反映させた計画づくりにも着手。以降、県・市・JR新潟支社は本格的な計画の立案を進めた。
そして新潟駅周辺の在来線約2.5kmを高架化する「新潟駅連続立体交差事業」と、それに伴う駅周辺の環境整備を目的とした「新潟駅周辺整備事業」の具体案が2003年に発表され、2006年1月に都市計画が決定、同年7月に国土交通省より各事業の事業認可が順次下り、2007年から各工程が順次着手されている。
事業着手当初、市・JR新潟支社などは在来線高架部分について一部供用開始を2013年、全線供用を2015年、さらに全事業完了を2027年と目標を設定していたが、これは北陸新幹線の金沢駅開業が2014年度末の見込みであることから、それを見越した理想的な工程として設定したものだった上、実際の工程や用地買収が遅れたため、各工程の竣工は当初の見込みより大幅に遅延することが判明した。こうした事態を受けて市とJRが工程の見直し作業を進めた結果、在来線立体交差化の全線供用目標を当初より6年遅れの2021年度中とする旨を3月29日、篠田昭新潟市長が記者会見の中で明らかにした。
両事業では、大きく分けて3段階の手順を経て都市施設を整備する予定である。事業主体は当初新潟県であったが、新潟市が2007年4月1日に政令指定都市へ移行したのに伴い、事業主体は市に継承されている。
第1期工事（南口の整備）
第1期（2007年 - 2009年）においては、南口側の先行整備を実施。2009年9月に新潟県内で開催される「トキめき新潟国体・トキめき新潟大会」に備え、南口周辺の都市基盤整備を実施し、南口駅舎の改修や、バスターミナルを含む南口駅前広場の整備が行われた。また南口から南方向へ伸びる幹線道路・新潟市道弁天線の新潟駅南口交差点（新潟県道51号新潟黒埼インター笹口線＝笹出線交点）周辺部の拡幅も完工した。
2009年2月20日には南口ペデストリアンデッキが供用開始（東側通路と南口正面部の間を暫定供用。西側通路側は今後施工予定）。これに直結する駅前広場は拡張やロータリーの移設などの改修が行われ、このうち東側ロータリーのバスターミナルは同年3月30日から、西側ロータリーのタクシー待機場・送迎者自動車整理場は同年7月1日からそれぞれ供用を開始し、両ロータリーを挟んで駅舎中央部に設けられた「南口中央広場」は同年9月に完成。これにより、プラーカ1横にあった旧南口バスターナミルは一部を駐輪場に改修の上貸切バス用の停車場となり、広場中央にあった噴水モニュメント「水の神殿」は新潟市東区の下山スポーツセンター屋外広場に移築されている。
このほか、駅ビルや駅舎の整備も行われ、2009年1月には新駅ビル「CoCoLo南館」が竣工し、同月末からデッキ供用開始の2月20日にかけて各テナントがオープンした。さらに9月19日には南口駅舎1階の改修が完工し、東改札・西改札それぞれへ通じる出入口が増設され、前出の駅ビルの新フロア「CoLoLo中央」と「あいぺこっと」がオープンした。
第2期工事（連続立体交差化）
現在事業中の第2期（2009年 - 2021年）においては、在来線の連続立体交差化を実施。在来線ホームは新幹線ホームと同じ3階に移設され、3面5線の高架ホームとなる。ホーム本数が減少するのに伴って、信越・白新線の新潟 - 上沼垂信号場間には留置線が1本増設される。越後線・新潟 - 白山間は信濃川橋梁の新潟方手前までが複線化され、西跨線橋の新潟方手前の高架上に留置線が4本新設される。また白山駅も改築され、ホーム下に駅舎を移設して南北間の自由通路を設け、ホームを1本増設して2面3線とするなど輸送力の増強が図られる。
2011年10月から翌年11月にかけて複数回の線路切り替え工事が行われ、信越線・白新線の仮線化および1面2線の仮設ホーム（8・9番線）の設置が行われた（ホームの変遷については#のりばを参照）。また、越後線側では上所島・新上所島両跨道橋の複線桁への架け替えが行われ、2013年には白山駅の3線化が竣工した（詳細は白山駅 (新潟県)#白山駅周辺整備事業を参照）。仮線への切り替え後は従来の線路を一部撤去したうえで高架線の建設が本格的に進められ、2018年4月15日に信越線・白新線の高架線2本、越後線の高架複線および留置線、当駅の高架ホーム2面4線（2 - 5番線）が開業した。この開業は高架暫定開業または高架駅第一期開業と呼ばれる。
今後は信越線・白新線の残る高架線2本および高架ホーム1番線の施工が進められ、2021年度までに全面高架化と高架ホームの全面竣工を目指す。
また駅舎東西には都市計画道路「新潟駅東線」「新潟駅西線」、越後線の白山方には都市計画道路「新潟鳥屋野線」（新潟市道新潟鳥屋野線、現在の八千代橋と北越高校通りの各一部）など、駅南北を縦貫する幹線道路が新たに整備される。また既存の道路においても高架化完了後には、新潟市道明石紫竹山線（都市計画道路明石紫竹山線、東跨線橋通り）は跨線橋を撤去して在来線との交差部が平面化されるほか、現在進められている国道7号・栗ノ木バイパスの一部連続立体交差化事業（栗ノ木道路・紫竹山道路）の一環として、同バイパスでは在来線アンダーパス部の路盤嵩上げなどの改良工事が実施される（詳細は栗ノ木バイパス#栗ノ木道路・紫竹山道路を参照）。
第3期工事
第3期（2021年以降）には高架化完了後、駅舎の全面改築などを実施。高架化の際に撤去した万代口駅舎を改築するほか、ペデストリアンデッキの設置など南北駅前広場の再整備をはじめ、南北のバスターミナルを駅舎東側の高架下に設ける「交通広場」へ一元化する。また駅南北を縦貫する前掲の道路整備をはじめ、市内中心部の環状道路網の整備を引き続き進めるほか、都市計画道路「出来島上木戸線」の一部区間（笹出線・米山交差点 - 笹口交差点間1.2kmなど）で拡幅などを行う。また、現在笹出線に集中している南口側の東西方向の自動車交通を分散させるため、都市計画道路駅南線（新潟市道、愛称「けやき通り」）を西側へ延伸して新潟鳥屋野線と接続させる。その他の詳細については今後検討が進められる。
前述のとおり、連続立体交差化は2021年度中、周辺整備も含めた事業全体は2020年代の竣工を目指している。
万代口駅前広場の部分整備
万代口駅前広場の整備事業は立体交差化完了後に予定されていたが、前述の2012年の工程見直しの際に前倒しでの着手が決定し、2015年のBRT萬代橋ライン運行開始時開始に合わせて部分的な整備が行われた。噴水、時計台などを撤去し、タクシープールおよび自家用車整理場を縮小したうえで歩道空間が広げられた。これに伴い、2015年7月からロータリー内への一般車の乗り入れが禁止された。
上越新幹線と特急「いなほ」の対面乗り換え
連続立体交差事業の当初段階の設計においては、在来線ホームは万代口側から相対式の1番線、島式の2・3番線、4・5番線となっていた。だが、上越新幹線と白新線・羽越本線方面の特急列車「いなほ」との乗換えの利便性を高めるため設計が変更され、万代口側から島式の1・2番線、3・4番線とし、さらに新幹線ホーム11番線の万代口側に島式ホームを設置して、それぞれ在来線側に5番線、新幹線側に10番線が設けられ、同じホームでの乗換の便がはかられることになった。この設計変更は、現在計画が進められている羽越本線高速化の一環として行われたものである。なお、検討段階では11番線を在来線用に転換する案もあったがシステム改修費などを理由に現案に落ち着いた。
対面乗り換えは2018年4月15日の高架化第一期開業にあわせて開始され、当日はJR東日本の新潟支社長や米山隆一新潟県知事（当時）、篠田昭新潟市長（当時）らがテープカットを行い、多くの地元メディアが取材を行うなどし、新潟駅のリニューアルを広く報道した。
管理駅
直営駅（駅長・助役配置）で、周辺駅を統括管理する地区管理駅を兼ねており、信越本線のさつき野駅 - 越後石山駅間、白新線の東新潟駅 - 西新発田駅間、越後線の越後曽根駅 - 白山駅間の各駅 が当駅の被管理駅である。
駅設備
万代口・西口（新幹線改札あり）・東口（新幹線改札あり）の3つの改札口があり、いずれもみどりの窓口および指定席券売機が設置されている。なお、新幹線東口インフォメーションコーナーはジェイアール新潟ビジネスに業務が委託されている。
全ての改札口にSuica対応の自動改札機が設置されている。在来線改札では全通路でSuica（相互利用可能なカード含む）が使用可能。新幹線改札ではモバイルSuica特急券と長岡 - 新潟間のSuica定期券が利用できる。
在来線ホーム
在来線ホームは、2018年5月現在、2〜5番線が高架上、8・9番線が地上に設置されている。なお、2番線ホームは高架駅としては工事未完工のため、ホームへは階段のみ（一部は車椅子用昇降機付き）となっているほか、ホームの幅が極端に狭いことから、地元メディアが接触事故などの危険性を指摘している。
在来線高架ホームにおいては、きらきらと舞い降りる雪と輝く海をイメージしたオリジナルの発車メロディ（曲名：「冬」）が使用されているほか戸閉自動放送も導入されておりホーム上に発車標も設置されている。
在来線ホームには地上・高架共に非常停止ボタンは設置されておらず、ホーム上の柱などに非常停止用赤旗が設置されている。
8・9番線は頭端式構造で、旧1番線東側を切欠いて設置されたものである。高架ホームと地上ホームは万代口への連絡通路を兼ねる1本の跨線橋で連絡している。普通列車に関してはホームを効率的に運用するため、方面別の振り分けは特に決まっていない。また8・9番線は発車メロディーは導入されておらず発車ベルであるほか自動放送の導入も一切されておらず全て駅員による肉声案内である。上記の高架ホームにおいてはホーム上に発車標が設置されているが8・9番線はホーム上に発車標は設置されていない。
かつての在来線ホームは万代口駅舎と南口駅舎の間の地上部にあり、2012年11月3日までは単式ホーム1面1線（1番線）島式ホーム3面6線（2番線 - 7番線）を有していた。2012年11月4日以降は単式ホーム1面1線、島式ホーム2面4線（2013年4月7日以降は島式ホームの1面2線が単式ホーム1面1線に変更）を有していた。
新幹線ホーム
新幹線ホームは高架部3階にあり、島式ホーム2面4線と「のりかえホーム」1面を持つ。11〜14番線ホームは16両編成の列車に対応している。開業当初は当駅へ乗り入れる列車は最大12両編成であったため、新潟新幹線車両センター方の4両分のスペースを閉鎖して客扱いを行っていた。しかし2012年3月17日のダイヤ改正からは新潟駅に16両編成の列車が乗り入れるようになったため、これに合わせて駅設備の対応工事が行われた。上越新幹線の終点で全列車停車を前提としているため熊谷駅以北の駅で唯一、通過本線を持たない。11・13・14番線ホーム頭上に電光式の乗車位置案内表示機が設置されている。2018年4月の在来線高架化第1期開業時に、11番線の線路を挟んだ反対側にホームが新設され、在来線の5番線ホームと2ヶ所の乗り換え改札を介して対面（同一平面上）での乗り換えが可能になった。このホームは「のりかえホーム」と称し、独立したホーム番号を持たず、新幹線コンコースに直接出入りすることが出来ない。のりかえホームは最長12両編成分しかホームがなく、そのため11番線に入線する車両はE2系10両編成、E4系8両編成またはE7系12両編成となる。いなほ号との接続列車がE4系16両編成の場合12番線に入線するため、一部の列車は対面ではのりかえられないことがある。なお、11番線ホーム（12番線との島式ホーム）も継続して使用されており、11番線は「両側のドアが開く」新幹線ホームとなっている。のりかえホームの新幹線側には上越新幹線では唯一の可動式安全柵が設置されている。
駅弁が販売されている。売店での販売で、在来線ホーム・新幹線ホームとも通常は立売りを行わない。
エントランス部
駅のエントランスは、大きく分けて南北に2箇所ある。
万代口
元々のエントランスで、北側にある1番線に面しているのは「万代口（ばんだいぐち）」。南口開設に際して区別するため、万代橋（現表記は「萬代橋」）側にあることから、この愛称が付けられた。
万代口1階には、みどりの窓口、券売機の他、コンビニエンスストア（NEWDAYSミニ）、待合室、旅行センター（びゅうプラザ）、飲食店、立食いそば店等がある。万代口駅舎には駅ビル「新潟駅ビルCoCoLo」のうち「CoCoLo万代」が、駅舎1階東側と地下1階にある。この地下1階にはかつて連絡地下道に直結する改札口が設置されていた（2018年4月閉鎖）。駅舎の外壁部はかつてクリーム色のタイルが張られていたが、経年劣化により損傷が激しくなったため、2004年にタイルを撤去して再塗装された。
万代口待合室の愛称は「メディアステーションbanana」。室内は中央で区切られ、改札外の入り口からはレストバーベンチが設けられ総合カウンターはこちら側にある。改札内側の入り口からは椅子席とマルチビジョンが設置されている。また新潟日報の号外を製作・印刷する設備なども備わっており、号外は万代口・南口の両駅前広場などで配布される。なお、これらの機能の多くは万代口側の萬代橋東詰に2013年（平成25年）春オープンした「新潟日報メディアシップ」へ移されている。
駅舎西側にはJR東日本新潟支社、JR貨物新潟支店があり、この支社ビル1階には内科医院が入居している。支社ビル西側（西側連絡通路下）には新幹線荷物輸送（レールゴーサービス）の受付窓口、及び手荷物一時預かり所とお忘れ物センター（遺失物取扱所）がある。さらに西側には新潟支社管内の運行管理を行う指令センター、電気系統の管理や保線業務などを行う部署が入居するJR新潟電気センターなどがある。
万代口周辺から万代シテイにかけての地区は「新潟市ぽい捨て等及び路上喫煙の防止に関する条例」に基づいて「路上喫煙制限地区」に指定されている。駅舎に最も近い喫煙所は、万代口バスターミナル西側の歩道上（オセオ弁天前）に設置されている。
南口
上越新幹線開業にあたって整備されたのが「南口」である。新幹線ホーム下にあたる高架部の2階にある。改札口は東側連絡通路に通じる東口（新幹線東口・在来線東口）と、西側連絡通路に通じる西口（新幹線西口・在来線西口）の計4箇所。東口・西口それぞれに、みどりの窓口、券売機、軽食店等が設置されているほか、東口の在来線改札横にはコンビニエンスストア（NEWDAYSミニ）が設置されている。
南口駅前広場から駅舎へは東側通路・西側通路と、駅舎正面の「新潟駅ビルCoCoLo中央」内2箇所の出入口（中央部は東改札口横（旧南中央口）、西側は西改札口横に接続。いずれもエスカレータ設置）、さらに駅舎正面に架設されたペデストリアンデッキ（新潟駅舎南側歩行者通路）の計5箇所から出入りすることができる。デッキ上の駅舎正面には東口側・西口側の2箇所の出入口と、東側連絡通路側には東側通路と「CoCoLo南館」への出入口があり、中央部には地平部とを階段・エレベーターで連絡する「コネクターキューブ」が2基、エスカレータが上下各1基設けられている。
南口駅舎1階は、中央部から西側（タクシー・送迎車両用ロータリー側）にかけて前出の駅ビル「CoCoLo中央」が出店している。東側（バスターミナル側）には新潟市の運営による交通・観光情報発信施設「情報ポケット新潟」（あいぺこっと にいがた）があり、列車・バスの発車案内や市内の観光案内などを行っている。
なお、南口周辺も万代口周辺同様、前述の「路上喫煙制限地区」に指定されている。駅舎に最も近い喫煙所は、東側連絡通路の階段下に設置されている。
自由通路
駅舎南北を連絡する2本の自由通路が架設され、それぞれ万代口側と南口側に連絡している。新潟駅東側連絡通路、新潟駅西側連絡通路、南口2階に面する新潟駅南側歩行者通路はいずれも、新潟市中央区建設課が管理を行っている。ただし東側通路・西側通路とも、南口駅舎内および駅ビル内はJR東日本新潟支社とトッキーが管理を行っている。
東側連絡通路
1982年に供用を開始した東側連絡通路には「新潟駅ビルCoCoLo」のうち「CoCoLo本館」「CoCoLo南館」「CoCoLo東」の3フロアがあり、このうち「CoCoLo南館」の1 - 3階には「ビックカメラ新潟店」が出店している。万代口側では複合ビル「ガレッソ花園」の2階と直結し、駅舎内と駅舎外の階段2本とエスカレータ1基が設けられている。南口側ではバスプール（臨時バス・貸切バス用）と「アートホテル新潟駅前」を内包する複合ビル「プラーカ」1・2と直結し、階段2本が設けられている。通行できるのは歩行者のみで、終電から始発の間（0:30 - 4:30）は閉鎖される。この東側通路のCoCoLo南館とプラーカ1横にはエレベーターが設置され、車椅子等は南口駅舎と駅前広場との間で介助なしに通行できる。ただし万代口側には段差があるため、介助なしでは駅舎南北間の通行はできない。なお高架化工事に伴って2013年10月27日、在来線架橋部が仮設通路へ切り替えられた。
西側連絡通路
1989年に供用を開始した西側連絡通路には、南口駅舎内に「CoCoLoフードコート」と「ヨドバシカメラ新潟店」があったが、CoCoLoフードコートは2016年3月31日に、ヨドバシカメラ新潟店は2016年3月21日にそれぞれ閉店した（ヨドバシカメラ新潟店に関しては2016年3月24日に新潟駅万代口前に「ヨドバシカメラマルチメディア新潟駅前店」として拡大移転オープンした）。現在ヨドバシカメラ新潟店跡地には、新潟駅第１期高架化開業日の2018年4月15日に新潟の魅力発信・醸成を行う食文化発信拠点施設「Cocolo西N+」がオープンした。
南口側の通路沿いには「JR東日本ホテルメッツ新潟」と同ホテル棟の商業フロア「CoCoLo西館」がある。万代口側では複合ビル「オセオ弁天」の2階と直結しており、駅前広場の万代口バスターミナル横に階段1本とエレベーター1基が設けられている。南口側はプラーカ3そばに階段2本とエレベーター1基が設けられている。南口側ではさらに複合施設「LEXN」の2階とペデストリアンデッキで直結している。西側通路とLEXNのデッキとの間には高低差があるため、LEXN側に階段とエレベーターが設置されている。この西側通路は24時間通行可能で、歩行者の他に自転車の通行も可能である。通路内では危険防止のため、自転車は押して進むように呼びかけるアナウンス（BGM：新潟市民歌『砂浜で』）が昼間時間帯に放送され、新潟弁での放送もある。また通路上に段差が無いため、車椅子等でも介助なしに駅舎南北を通行することができる。こちらも高架化工事に伴って2013年6月25日、在来線架橋部が仮設通路へ切り替えられた。
東西通路
東側通路と西側通路の相互間は南口側で直結し、前述の南口駅舎の南側歩行者通路（ペデストリアンデッキ）と駅舎2階の南側部分で連絡している。経路は（東側通路から）CoCoLo東、在来線東改札口を経由してインフォメーションセンター角を左に折れ、新幹線コンコースを南側に迂回、トイレ、南口ATMコーナーなどの横を通り、西改札口とヨドバシカメラ新潟店 A館」（2016年3月21日、移転のため閉店）の脇を抜けた先が西側通路となる。
この東西間の通路は当初設置されず、西側連絡通路の供用開始当初もこの通路はなかった。そのため利用者から「駅舎の東西が行き来できない」などといった苦情が多く寄せられ、1990年代半ばに急遽整備されたものである。駅舎そのものが自由通路の設置を想定して設計されたものではないことなどから道幅が非常に狭隘な上、通行者数も非常に多いことから利用者からは不評で、バリアフリーの観点からも再整備を求める意見がたびたび寄せられていた。
2009年2月のペデストリアンデッキ増設によって東西通路間の通行環境は大幅に改善されたものの、デッキは現在西口の改札口東側手前で施工を中断して暫定供用しているため（南口駅舎の空調ダクト2基が西側通路を挟み込むように設置されているため、駅舎そのものも改修する必要が生じる）、西口・西側通路側は駅舎内の通路のみが東西間のアクセス通路となる。なお、西改札口横には以前タイトーが運営するゲームセンター「ゲームメイト」が出店していたが、2008年12月末に閉店し、店舗跡は新幹線待合室と改札口周辺部の通路拡張に充当され、2009年9月中旬に順次供用を開始した。
駅ビル
駅ビルは、駅舎内の全6フロアから成っている。駅ビルの沿革・各フロアの主な出店テナントなど、その他詳細は「CoCoLo」の項目を参照。
駅レンタカーの窓口（ジェイアール東日本レンタリース新潟営業所）は東側連絡通路の南口寄り、「CoCoLo南館」3階に設置されている。車両の受け渡しは同館1階で行われる。
自動体外式除細動器（AED）が万代口改札横、在来線東口改札横など駅構内数箇所に設置されている。
ATMコーナー
当駅には第四銀行、北越銀行、大光銀行、JAバンク、VIEW ALTTEのATMが設置されている。
立食いそば店
立ち食いそば・うどん店が改札内外に出店し、改札内には新幹線の13・14番線に日本レストランエンタプライズ（NRE）の運営による「新潟庵」が、改札外には万代口1階にトッキーの運営による「やなぎ庵」、CoCoLo万代地下1階に「手打うどん さぢみ」がある。かつては西口改札前に前述の「新潟庵」が出店していた。
改札外店舗のうち万代口側の2店舗は共に特徴があり、「やなぎ庵」には中華麺とチャーシュー、メンマなどラーメンの具材に、冷した和風のつゆをかけた「冷しラーメン」がある。一方の「さぢみ」は手打ち風（機械打ち）のコシの強いうどんが特徴で、生地は注文の状況に合わせてその場で打ち上げられている。
ホーム上のそば店は、2009年春までは新幹線の11・12番線を除く全てのホームに出店していたが、2018年11月30日までに順次閉店し、現在は新幹線ホーム13・14番線のみとなっている。新幹線ホームの店舗は食券制でSuica等が利用できる。
1990年代半ばから2007年まではNREが小嶋屋（十日町市、十日町小嶋屋）と契約し、同社のブランドによる「NRE雪中庵」を店名としていた。西口改札前の店舗は2000年代前半に新設されたものである。
在来線ホーム上の店舗のうち、4・5番線の店舗だけは当駅で駅弁を販売する三新軒が運営し、特にブランド名は冠していなかった。だが三新軒は2007年末を以って立ち食いそば事業から撤退し、4・5番線も一旦閉店。その後他の店舗同様NREの運営となり、店名も同じ「新潟庵」として2008年6月に営業を再開した。その後2・3番線、4・5番線の店舗は2009年春に閉店し、「いなほ」や「SLばんえつ物語」が発着することもあって島式ホームの中では最後まで残った6・7番線の店舗も、連続立体交差事業進捗に伴って2012年11月に閉店した。高架化後もしばらく旧1番線で新潟庵が営業していたがここも2018年11月に閉店した
11月30日、最後の営業。新潟駅のそば店は新幹線ホーム13・14番線のみとなり在来線改札内からそば店は完全に姿を消した。
三色だんご
この他、新潟都市圏のキオスク、NewDaysで売られている「三色だんご」も名物として知られており、当駅ではNewDaysで販売している。詳細については新津駅の「三色だんご」の項を参照。
万代口側
万代口側は従前からの市街地である。旧駅舎時代の市街地は現在の流作場五差路付近が南端だったが、1958年の新潟駅移転後は開発が一気に進み、1964年の新潟国体までの間に急速に市街地化した。旧市街地の古町へはBRT萬代橋ラインで8分ほど。新潟市役所へは隣駅の白山駅が最寄り駅となる。
ICカード・バスカードについて
新潟駅万代口・南口周辺から発着する新潟交通グループの一般路線バス全路線と、新潟市が事業主体として新潟交通グループに運行業務を委託しているコミュニティバス路線（区バス）、及び高速バス県内線の大半の路線（村松線以外）では、運賃精算に同社発行のIC乗車カード「りゅーと」が使用できる（臨時路線の一部便を除く）。また、りゅーとエリアの路線ではSuicaをはじめ全国10種類の交通系ICカードも使用できる。りゅーとのチャージ機は万代口バスターミナル3番線、南口バスターミナル5番線に各1台設置されている。ただし、りゅーとエリア内ではSuicaほか10種類のICカードのチャージは取り扱っていないため、窓口チャージ・チャージ機・バス車内チャージのいずれも利用できない。りゅーと以外のICカードは残額不足の場合、駅・コンビニエンスストア等での事前チャージが必要となる。また高速バス県内線の全路線と、県外線のうち会津若松線では、運賃精算に新潟県内高速バス共通カードが使用できる。それ以外の県外線高速バスは事前予約制となっているため、これらのプリペイドカード・ICカード類は使用できない。なお2013年春まで同社が発行していたバスカードは同年9月30日でサービスを終了しており、現在は使用できない。
降車場について
新潟駅に到着するバスのうち「新潟駅前」（表示上は「新潟駅」）終着便の降車場は、後述の一部を除く一般路線バスが万代口駅前広場ロータリー内、高速路線バスが東大通沿いの帝石ビルディング前の2か所となっている。なお一般路線バスのうち、有明線 (W1)、西小針線 (W2)、空港・松浜線 (E2)、河渡線 (E3)、長潟線の東跨線橋系統 (S6)、京王団地線 (S8)、亀田・横越線 (S9)と石山線 (E8)はロータリーには乗り入れず、帝石ビル前が降車場となる。「新潟駅南口」終着便の降車場は、定期路線の全便が南口バスターミナル内、臨時路線は原則として臨時バスターミナル内（バスターミナルを一旦周回してから臨時バスターミナルへ入線する）となっている。
萬代橋ライン開業に伴う発着地再編ついて
新潟市中央区中心部発着の一般路線バスは、2015年（平成27年）9月5日のBRT路線「萬代橋ライン」の運行開始とそれに伴う路線再編およびダイヤ改正により、発着地・経由地などが大幅に変更された。これまで新潟駅に直接乗り入れていなかった路線のうち、大形線、牡丹山線、竹尾線と亀田・横越線、石山線などは万代シテイ発着・新潟駅万代口経由に、空港・松浜線、河渡線は新潟駅万代口発着・万代シテイ経由に、臨港線は新潟駅万代口発着・万代町通り経由にそれぞれ変更され、一部の便を除いて新潟駅万代口へ直接乗り入れる運行形態に変更された。
一方、これまで新潟駅万代口発着となっていた新潟島東部方面（入舟地区方面の東堀通線、西堀通線）、新潟県庁舎方面（旧にいがた基幹バスの中央循環線にあたる県庁線、市民病院線）、西区・南区方面（寺尾線、大堀線、小新線、大野・白根線、味方線）の各路線は萬代橋ラインの運行開始に伴い、入舟方面は本町もしくは古町で、県庁方面は市役所前で、西区・南区方面は青山（大野・白根線の急行は市役所前）で、それぞれ乗り換える運行形態となっている。なお青山方面の路線は、中央区中心部と直通する「ダイレクト便」が一部設定されている。
今後
現在、路線バスは万代口・南口から各々発着しているが、現在進められている連続立体交差事業で駅舎が高架化される際に南口バスターミナルを高架下へ延伸させて「交通広場」が設けられ、南北のバス発着地が一元化される。