井伊直政
家康の家臣になるまで
永禄4年（1561年）2月19日、今川氏の家臣である井伊直親の嫡男として、遠江国井伊谷（現在の静岡県浜松市北区引佐町井伊谷）近くの祝田（ほうだ・現在の浜松市北区細江町中川）で生まれる。母は奥山朝利の娘・おひよ。幼名は虎松。井伊氏は先祖代々、井伊谷の国人領主であり、当時の井伊家当主である井伊直盛（虎松の父・直親の従兄で養父）は今川義元に仕えて桶狭間の戦いで戦死した。父の直親は、虎松の生まれた翌年の永禄5年（1562年）、謀反の嫌疑を受けて今川氏真に誅殺された。当時、虎松はわずか2歳であったため、直盛の娘に当たる次郎法師が井伊直虎と名乗り、井伊氏の当主となった。
虎松も今川氏に命を狙われたが、新野親矩が助命嘆願して、親矩のもとで生母・おひよと共に暮らす。しかし永禄7年（1564年）、親矩が討死し、そのまま親矩の妻のもとで育てられたとも、親矩の妹で直盛の未亡人・祐椿尼とおひよが養育したともいうが、永禄11年（1568年）、甲斐国の武田氏が今川氏を攻めようとした際、井伊家家老の小野道好が今川氏からの命令として、虎松を亡き者にして小野が井伊谷の軍勢を率いて出兵しようとしたため、虎松を出家させることにして浄土寺、さらに三河国の鳳来寺に入れた。
天正2年（1574年）、虎松が父・直親の13回忌のために龍潭寺に来た時、祐椿尼、直虎、おひよ、龍潭寺住職・南渓瑞聞が相談し、徳川家康に仕えさせようとする。まずは虎松を鳳来寺に帰さないために、おひよが徳川氏家臣の松下清景に再嫁し、虎松を松下氏の養子にしたという（『井伊家伝記』）。天正3年（1575年）、家康に見出され、井伊氏に復することを許された虎松は、名を井伊万千代と改めた。さらに旧領である井伊谷の領有を認められ、家康の小姓として取り立てられた。
安土桃山時代
万千代は、高天神城の戦いの攻略を初めとする武田氏との戦いで戦功を立てた。
天正10年（1582年）、22歳で元服し、直政と名乗る。同年の本能寺の変では、家康の伊賀越えに従い、滞在先の堺から三河国に帰還する。天正壬午の乱で北条氏との講和交渉を徳川方の使者として担当し、家康が武田氏の旧領である信濃国・甲斐国を併呑すると、武田家の旧臣達を多数に付属されて一部隊を編成することとなり、士大将になった。これにより、徳川重臣の一翼を担うことになる。その部隊は、家康の命により武田の兵法を引き継ぐもので、その代表が山県昌景の朱色の軍装（または小幡赤武者隊）を継承した井伊の赤備えという軍装であった。天正10年8月までに「兵部少輔」と改称する（「兵部大輔」とあるのは誤記）。
天正11年1月11日、家康の養女で松平康親の娘である花（後の唐梅院）と結婚する。
天正12年（1584年）の小牧・長久手の戦いで、直政は初めて赤備えを率いて武功を挙げ、名を知られるようになる。また小柄な体つきで顔立ちも少年のようであったというが、赤備えを纏って兜には鬼の角のような立物をあしらい、長槍で敵を蹴散らしていく勇猛果敢な姿は「井伊の赤鬼」と称され、諸大名から恐れられた。
同年2月27日付で修理大夫に任官された（ただし実際は天正14年5月から6月に任官されたものが日付を遡って口宣案が発給された）。また、実際には修理大夫を称していないため、一旦任官された後、辞退した可能性が指摘されている。天正13年（1585年）、真田攻めの撤退を指揮するために上田に派遣される。
天正14年（1586年）10月、家康が上洛し、豊臣秀吉に臣従すると、直政の武勇・政治的手腕を秀吉は高く評価し、11月23日に従五位下に叙位させ、豊臣姓を下賜したという。天正16年（1588年）4月、聚楽第行幸の際には、徳川家中で当時筆頭家老であった酒井忠次を始め、古参の重臣達が諸大夫に留まる中、直政のみが昇殿を許される一段身分が上の公家成に該当する侍従に任官され、徳川家中で最も高い格式の重臣となった。この時に「井侍従藤原直政」という署名が見られ（『聚楽行幸記』）、豊臣姓ではなく藤原姓を称した。
直政は新参ながら数々の戦功を評価され、天正18年（1590年）の小田原征伐では数ある武将の中で唯一夜襲をかけて小田原城内にまで攻め込んだ武将としてその名を知られる（『北条五代記』）。奥州仕置の九戸政実の乱でも仕置軍の先鋒を務めた。その後、北条氏に代わって家康が江戸に入ると、直政は上野国箕輪（群馬県高崎市）に徳川氏家臣団の中で最高の12万石で封ぜられる。慶長3年（1598年）には、箕輪城を廃し、南の和田城を改築して高崎城と改称して新たな居城とした（地名の由来に関しては高崎市の項目を参照）。この時、箕輪城下に住んでいた民衆達も高崎に移っている。
慶長3年（1598年）、直政が番役として京都にいる家康のもとにいたときに秀吉が死去し、この後の政治抗争で直政は豊臣方の武将との交渉を引き受け、家康の味方に引き入れることに成功している。特に黒田如水・長政父子とは盟約を結ぶまでの関係を築き、黒田家を通じてその他の武将も親徳川に組み入れた。
関ヶ原の戦いと戦後処理
慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは家康本軍に随行し、本多忠勝と共に東軍の軍監に任命され、東軍指揮の中心的存在となった。同時に全国の諸大名を東軍につける工作を行い、直政の誘いや働きかけにより、京極高次、竹中重門、加藤貞泰、稲葉貞通、関一政、相良頼房、犬童頼兄らを西軍から東軍に取り込んだ。関ヶ原本戦では先陣が福島正則と決まっていたにもかかわらず、直政と松平忠吉の抜け駆けによって戦闘が開始されたとされているが、実際は抜け駆けとされている行為は霧の中での偶発的な遭遇戦であり、戦闘開始はそれに続く福島隊の宇喜多隊に向けた銃撃に求めるべきとされている。
開戦後は島津義弘の甥である島津豊久を討ち取り、更に退却する島津軍を百余騎率いて追撃する。遂に義弘の目前まで迫り、義弘討ち取りの命を下した際に、島津軍の柏木源藤に狙撃され、落馬してしまう。あまりの猛追振りに護衛も兼ねる配下が追い付けず、単騎駆けのような状態であったという。
関ヶ原の戦い後は、大怪我を負ったにも関わらず、戦後処理と江戸幕府の基礎固めに尽力した。西軍の総大将を務めた毛利輝元との講和交渉役を務め、輝元からは直政の取り成し、特に、周防・長門の2か国が安堵された事に感謝され、今後の「御指南」役を請う起請文を送られている。
また、小牧・長久手の戦いでは直政が同盟交渉にあたり、聚楽第行幸では同じ侍従以上の大名行列に供奉し、昇殿した縁もあり、長宗我部元親とは入魂の仲であったとされ、その息子で同じく親しい間柄にあり、意に反して西軍に与する事となった盛親の謝罪の取次を仲立ちをした。その後、盛親が家臣の讒言から兄を殺害してしまったことにより所領没収となった際には、家臣の鈴木平兵衛を浦戸城へ派遣したが長宗我部の家臣に抵抗されたため、攻撃して城を接収した。
その他、徳川氏と島津氏の和平交渉を仲立ちし、外交手腕を発揮している。
真田昌幸とその次男・信繁（幸村）の助命にも尽力した。これは、東軍に味方した昌幸の長男・真田信之の懇請を受け入れたもので、信之は将来まで徳川家に尽くすだろうと考えての行動だったという。
これらの功によって、石田三成の旧領である近江国佐和山（滋賀県彦根市）18万石を与えられ、従四位下に任官された（『井伊家譜』）。
家康は、西国の抑えと非常時に朝廷を守るため、京都に近い彦根に井伊家を配したと伝えられ、これを見ても徳川家から強い信頼を受けていたと考えられる。
慶長7年（1602年）2月1日に直政は死去した。享年42。遺体は遺意により、当時芹川の三角州となっていた場所で荼毘に付され、その跡地に長松院が建立された。
家督は長男の直継（後の直勝）が継いだが病弱であったため、大坂冬の陣に出兵するに際し、家康の直命により、次男である井伊直孝が指名された。
その後、彦根城の築城が開始されると同時に佐和山藩（18万石）は廃藩となり、代わってこの地には新たに彦根藩（30万石）が置かれた。それ以来、彦根藩は明治時代になるまで井伊氏の藩として栄えることとなった。
井伊の赤備え
天正10年（1582年）の後北条氏との講和によって、武田氏の旧臣達約120人と家康の旗本の一部が配属されたことから始まる。この時、家康により直政は兜や鎧を始めとする戦で使用する全ての装備品を赤色で統一させた。これはかつて武田の赤備えの将であった山県昌景の意志を継ぐという意味もあったが、その他に赤色だと目立ちやすく、戦の最中にどこに自分の部下達がいるのかが一目で分かるという意味もあった。以後、井伊氏の軍装は幕末まで赤備えを基本とされた。
子孫
家督は長男の井伊直継（後の直勝）が継いだが病弱だったため、家康の直命により、直継は分家して上野安中藩主となり、弟の井伊直孝が直政の家督を継ぐこととなり、以降は直孝の子孫が彦根藩主を継承することとなる（井伊掃部頭家）。直勝と改名した直継の子孫（井伊兵部少輔家）は安中藩主→三河西尾藩主→遠江掛川藩主→越後与板藩主として存続した。
直政の死後、佐和山城を廃して彦根城を築き、大坂の陣の後に5万石ずつ加増されて30万石の大大名となった直政の子孫は、譜代大名の筆頭として幕政に重きをなし、江戸時代264年間を通じて井伊直弼など4名の大老を輩出した（直孝・直澄が大老と呼べるかどうかは諸説ある）。しかし、直弼が安政7年（1860年）の桜田門外の変で暗殺された後、10万石の減封を受け、幕府から冷遇されるようになった。
その後、第二次長州征伐では彦根藩510人が赤備えを率いて出陣したが、鎧が夜間でも目立つことが却って仇となり、遊撃隊に狙撃され、鎧を脱ぎ捨てて壊走するほどの大敗を喫したと言う。鹵獲した武具について石川小五郎に「何分甲冑夥しき事数知れず、火砲も十余挺隊中へ奪ひ候、 中ニもアメリカホード拾弐封度弐挺此分ハ余程の名砲乍併ライフルニ而ハ無之候、小銃ハ少く、偶これ有り候もヤーグル又は倭筒にカンを付け候様の物にて無用の品のみ、それ故戦争中にも小銃せり合は余程容易に候得共、大砲は思ひの外能く打ち候様相考えられ」と酷評されている。
その後、1万3000人の家臣のうち、佐幕を唱えるのはわずか3人というほど藩論の大勢が官軍側となり、鳥羽・伏見の戦いにおいて官軍側に付き、戊辰戦争では奥州まで遠征している。
明治時代、井伊家のうち大名であった本家（彦根藩）、分家井伊兵部少輔家（与板藩）はそれぞれ華族に列し、華族令施行後、本家は伯爵、井伊兵部少輔家は子爵に叙せられた。昭和になると、16代当主井伊直愛は36年にわたって彦根市長を務めている。