イザーク・ジュール
機動戦士ガンダムSEED
クルーゼ隊の一員として中立コロニー・ヘリオポリスを襲撃し、地球連合軍の新型モビルスーツ「G兵器」の一機デュエルを奪取する。以降、搭乗機として使用した。
地球連合軍の最新鋭宇宙艦アークエンジェルとの幾多の戦闘で、キラの搭乗するストライクの攻撃によって機体を損傷し、その時の衝撃で割れたヘルメットのバイザーの破片で顔に大きな傷を受ける。プラントの技術をもってすれば完治可能だったが、「自身の復讐の証」という意味と、「ストライクによって奪われた仲間の仇を取る」という二重の意味を込めて傷跡を残した。以後、打倒ストライクに拘るようになるが、母艦として優れるアークエンジェルの堅牢性や成長著しいキラの戦闘能力を崩すには至らず、感情的にすぎるのも目立って敗走を続けていく。なお、アークエンジェルの所在を確認すべくオーブ連合首長国に潜入した際には、趣味で関心のあるお守りを幾つか購入していた。
クルーゼ隊･ザラ隊所属時は年下のアスランやニコルを蔑んでいた。特にアスランに対しては、元々ライバル視していた事に加え、ストライク撃破任務においての命令無視、それを問うも一方的に突き放されるか、黙りを決め込み一切明かさない点、そして何事に対しても本音を語らない彼への不信感などが重なり、度々衝突していた。
だが、内心では少なからず仲間意識を感じており、ニコルが戦死した際は涙ながらに悲しんだ。ニコルの戦死後ロッカールームでアスランに詰め寄るも、自身を責めていると感じたアスランが声を上げて自分に掴みかかった事で、初めて彼の本音を聞き、今まで不審に思っていた偏見が解けるきっかけとなった。
仇を討つため、それまで以上に鬼気迫る勢いでストライクに立ち向かうも敗れ帰投する。この戦闘で、アスランとディアッカがMIA（戦闘中行方不明）となったことを知らされ、イザークの仲間への態度に変化が表れてくる。後日、生存が確認されオーブから無事に引き渡されたアスランがプラントへ帰国する際には、「今度は俺が部下にしてやる。それまで死ぬんじゃないぞ」と再会の約束と握手を交わした。
ラスティ、ニコル、ディアッカ、アスランら同期の仲間全員がいなくなった後も唯一のクルーゼ隊隊員として奮戦するが、オペレーション・スピットブレイクにて因縁浅からぬキラが搭乗するフリーダムとの交戦で、「戦争であっても相手を殺さない」という戦い方を知ってから少し身上が変化し、無抵抗の投降連合兵の虐殺が行われたパナマ攻略戦では、さかのぼって低軌道会戦時の「避難民の乗った非戦闘用の脱出シャトルへの攻撃」という自身の犯した同種行為とは正反対に、そういった暴挙に嫌悪感を抱き同調しなかった（この際、一時的に交戦したジャン・キャリーをして「戦わなくても和解できる相手だろう」のように言わしめた）。
宇宙に出た後、死亡したと思っていたディアッカと戦場で再会する。裏切られたと思い、ディアッカに銃を向けるが、ディアッカとの対話を通して次第に戦争の大局を見据えるようになり、これまでのような差別的言動も消え始めるが、「プラントを守りたい」という初心を貫くためにあえてザフトに所属し続ける道を選ぶ。終盤は結果的に三隻同盟側に協力しているが、小説版では仲間達を次々と奪ったアークエンジェルの面々を「許せない」と思いつつも、それよりも大切な事を見付けたと理由付けられている。
第47話以降の最終決戦、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦ではシホ・ハーネンフースやアイザック・マウなどの部下を率いるジュール隊の隊長として出撃（この際、以前オーブで購入していたお守りを隊員に配って渡した）。ジェネシスの第2射をかけた2回戦目の出撃前には、母エザリアの息子に対する親心からジュール隊を後方配置にしたと内密に告げられるが、結果的にキラやアスランと共にプラントを核攻撃から守る最後の壁として前線に出て奮戦する。結果、カガリ・ユラ・アスハの窮地を救い、地球連合軍の中核戦力であるフォビドゥンを撃墜。続けてレイダーをディアッカのバスターと共に撃墜し、地球連合軍の旗艦ドゥーリットルをも撃沈するという多大な戦果を挙げた。
そして迎えた停戦から暫くの期間は、あくまでも義勇兵としての参加だったザフトから本来の文官議員としての職務に戻った。そんな彼の心情を表すかのように、打倒ストライクを掲げてわざと残していた顔の傷痕も、この頃すでに消されていた。
機動戦士ガンダムSEED DESTINY
かつてのクルーゼ隊長と同じ白服へ昇格した姿で登場し、ボルテールを旗艦とするジュール隊の指揮官として旧知のディアッカやシホなどを率いた。
ユニウスセブン落下テロ事件の際は、自らも専用のザクファントムに搭乗し出撃する。その戦場で偶然再会したアスランに食って掛かりながらも、ディアッカも加えた連携でテロリストやファントムペインのMSを退ける。
その暫く後、アスランの護衛としてニコル達の墓参りに同行。そこで自分が今でもザフトに属して地球軍と戦う理由を語り、アスランのザフトへの復隊を強く勧めた。
プラントと地球連合との開戦後は、プラント本国の防衛のため地球には降下せず、宇宙で地球連合軍との戦闘を続けていた。しかし、デュランダル議長によってロゴス打倒宣言が成されると、ただ連合と戦っていたこれまでよりも遥かに難しい局面の到来を感じつつ、その一方的な流れ（暗黙の誘導）自体に疑問も感じるようになり、「明かされたロゴスの企業製品の不買運動でもするんじゃないのか」等と今後議長が取るかもしれない策を茶化した会話をする年上の副官級らを「少しは自分でも考えろ！」と怒鳴り付けるほどの苛立ちも抱え始める。
その後、専用のグフイグナイテッドに搭乗し、月面ダイダロス基地に逃亡したロード・ジブリールが展開している部隊の追撃にあたるが、レクイエムの攻撃でヤヌアリウスやディッセンベルなど数基のプラントが破壊される惨害を目の当たりにし(事前情報によるジュール隊の迎撃によりロゴス側の攻撃目標であった首都アプリリウス直撃だけは戦闘によりステーションがずれたことにより避けられている。)、2度目の発射だけは防ごうとミネルバとともにザフト軍は全力を挙げて猛攻を仕掛け中継ステーションの破壊に成功する。しかし、デュランダルは事後に制圧した物も含めた計5基を「処分を検討するので月軌道に集めよ」としながら裏ではローラン隊を専任させ、ルナマリア・ホークのインパルスに砲撃されたダイダロス基地内の司令室も合わせて修理を進め、デスティニープラン宣言と共に月面の連合残存兵力掃討に利用するのだった。
この大量破壊兵器レクイエムを奪取後に破壊ではなく将棋の駒のように奪って自軍の戦力にしたことは、その後の事態を生むことになる。
イザークはこの時点では反旗を示すような事はせず慎重に事態を見つめていたが、明確に反デュランダルを唱えたアークエンジェルとエターナルが進攻してくると、母艦のボルテールを戦線の後方で待機しておくよう厳命し、ディアッカと共に出撃する。そこで再会したアスランを問い詰めようとするも、ディアッカが取り成し、エターナルが元ザフト艦であるのを理由にしてザフトの立場を保持しながら協力するという知略で間接的に各ステーションの排除戦闘を援護。最終的には前作のような過ちを繰り返さないため、他にも反旗を翻した者達と共にオーブ軍・クライン派同盟に加勢した。
特にネオジェネシスをデュランダルの命令でザフト軍が発射した際はザフト軍全軍に退避勧告が出たため、エターナルに射線上の連中を下がらせろと密告しアークエンジェルとクサナギなど含むオーブ軍側の艦艇の回避に寄与した。
「FINAL PLUS 選ばれた未来」と「スペシャルエディション完結編 自由の代償」で追加されたエピローグでは、ラクスの隣に立ち、議会へと向かっている。
「機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX1」初回限定版に、特典として封入された両澤千晶書き下ろしの新作ドラマCD「OMAKE quarters Vol.1」では、ユニウス戦役の停戦後にザフトも階級制を導入することになったため、イザーク・ジュールは少佐となっており、参謀本部に配属されている。