ポケモン不思議のダンジョン 青の救助隊・赤の救助隊
概要
ある日突然、ポケモンになってしまった主人公はポケモンだけが暮らす世界で友達（パートナー）になったポケモンと救助隊を結成し、ポケモン達からの依頼をクリアしながらポケモンになった謎を探す事になる。
主人公のポケモンは、オープニングの質問（心理テスト）の答えにより16種類のポケモンから選ばれ、パートナーのポケモンは、一部のポケモンや、主人公に選ばれたポケモンと同じタイプを持つポケモンを除いた7～10種類のポケモンの中からプレイヤーが選ぶことができる。
なお、対応機種こそ異なるが『青』『赤』2作のソフトの内容は一部を除いてほぼ同じである。また、ニンテンドーDSとニンテンドーDS Liteではダブルスロットを用いた2作の連動要素がある（GBA専用スロットが廃止されたDSi以降には対応していない）。
作品の世界観やストーリーは、「人間」そのものは全く登場せず（人間自体は皆に知られている）、ポケモンたちが人間代わりに扱われて会話やイベントが進行していくという、『ポケモン』としては異色な体系をとっている。ストーリー展開に関しては、ギャグ要素を盛り込みながら信頼や友情をテーマに進んでいくが、途中からは他の『ポケモン』ゲームではあまり見られないシリアスな展開が進行されていく。また、勧善懲悪が多くの場面で成立していないというのも特徴である。
登場ポケモンは『ポケットモンスター ルビー・サファイア』までの386種が全て仲間になる他、当時発売前の『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』から先行でゴンベがイベント上のサブキャラクターとして登場、マネネ・ウソハチ・マニューラ・ルカリオが石像として登場している。
音楽はBGM・SEとともに『ポケモン』本編シリーズのものは使用されておらず、全て新規に作られたものか他のチュンソフト製作ゲームの流用・アレンジである。なお、BGM製作は飯吉新が担当している。
両バージョン合計で世界売上550万本以上というヒット作となり、続編としてニンテンドーDSで『ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊』とそのマイナーチェンジ版『空の探検隊』が発売され、その後もシリーズが続いている。シリーズ作品については不思議のダンジョン#ポケモン不思議のダンジョンも参照。
基本システム
基本的に、『青の救助隊』と『赤の救助隊』のシステムは同じである。青の救助隊は、ニンテンドーDSの機能を活かしてタッチスクリーンやすれちがい通信に対応している。処理能力の違いで赤の救助隊は若干動作が重くなっている箇所があるが、ストーリーなどは全く変わらない。出現する野生ポケモンの種類に多少の違いがあるが、それすらも最終的には全く同じにすることが可能で、ポケモンシリーズ本編のバージョン違いとは趣が異なる。
ターン制
過去に出た不思議のダンジョンシリーズと同じく、全ての行動は主人公が1回行動すると他のキャラクターもそれに反応して行動を行う完全ターン制である。主人公が行動をしない限りゲームは進行しないため、急かされずにじっくりと考えてから行動することが可能。ターン経過に伴う満腹度（おなか）の減少も健在である。
アイテムなど
不思議のダンジョンシリーズにおける、食料・草・巻物・腕輪などが、タネ・たま・ドリンク類・バンダナなどの形で登場している。武器や防具の概念はないが、代わりに「わざ」の要素がある。
ダンジョン内の店も健在で、シリーズ名物の泥棒も可能（店主はカクレオン）。不思議のダンジョンシリーズにおける店主同様、カクレオンもLv.90と異常に強い。ちなみに通貨は「ポケ」。
わざ
ポケモンは「わざ」を使うことができる。基本的にはポケモン本編に登場するものと同じだが、攻撃範囲や効果、使用回数などは独自のアレンジがなされている。また、わざではない「通常攻撃」も行えることや、技マシンなどで技を覚えられる機会があればすでに覚えた技も重ねて覚えられることは、ポケモンシリーズとしては異色であると言える。
わざは、従来の不思議のダンジョンにおける武器や杖、巻物のような効果を持っている。一度覚えさせれば忘れさせない限り使い続けることが出来るが、PP（パワーポイント。使用回数を表す）が切れた場合は回復手段（ピーピーマックス、ガルーラ像エリア）が必要となる。
「ポケモンひろば」にある「ゴクリンのれんけつてん」で150ポケを払うか、「れんけつばこ」を使うことでわざの「連結」が出来る。連結したわざは1ターンで一気に繰り出すことができる。強力な半面、おなかが減ってしまうというデメリットがある。連結に関係なく（原作ゲームと同様に）わざは4つしか覚えられないので、結果として使用可能回数が減ってしまう。
かしこさとグミ
ポケモンはグミを食べるとかしこくなり、行動パターンに変化が起きたり、ステータスの上昇やおなかの減り具合、状態異常、罠の対応力などのさまざまな能力を覚える。
グミはポケモンのタイプ同様17種類あり、食べたポケモンのタイプに対応したグミだと最もかしこくなり、他のグミの場合だとそのタイプとの相性によって上がるかしこさの量が異なる。
グミはダンジョン内か、友達エリアで食べさせる2種類の方法があり、前者の場合は賢さが上がりやすく、後者の場合はこうげき、ぼうぎょ、とくこう、とくぼうのステータスのいずれかが1あがる。
なお覚えたかしこさの能力は、似た系統のかしこさを一つ発動させる状態にしかできない。また、タイプが2種類のポケモンはかしこさが上がりやすくなっている。
ダンジョン脱出後の措置
『トルネコの大冒険3』と同様に、クリアや敗北でダンジョンを脱出しても、レベル等はそのまま引き継がれる。しかしエンディング後に登場する一部のダンジョンでは、入場時に一時的にレベル1に戻されかしこさもリセットされるため、従来の不思議のダンジョンのような冒険も楽しめる。
ともだちきゅうじょ
ダンジョン内で倒れたとき、別のソフトのプレイデータでそのダンジョンに潜入し、相手プレイヤーが倒れた地点まで到達することで復活させる「救助」システムが搭載されている。ワイヤレスやケーブル通信はもちろん、パスワードを入力することで、遠く離れた所でプレイしている人を救助することもできる。よってインターネットの掲示板等を利用して救助活動にいそしむことも出来る。
また、青の救助隊と赤の救助隊を同一のニンテンドーDSに挿すことで、一方が他方の救助隊を救助することが可能。
救助完了した後、自分の救助隊からワイヤレス/ケーブル通信、ダブルスロットで青側が救助した場合のみ、「おたすけポケモン」として、メンバーを1名送ることができる。もちろん自分の救助隊からいなくなるわけではない。
ふしぎなメール
ゲーム内で登場する依頼は「ふしぎなメール」と呼ばれる。これにはパスワードがついており、ゲーム開始時にこれを入力することによって、他のプレイヤーと同一の依頼を受けることが可能。
本作には通信交換が存在しないが、この方法で「そのバージョンには出現しないポケモン」を救助できれば、そのポケモンを仲間にするチャンスが生まれる。さらに、普通のプレイをしただけでは、絶対手に入らないものを手に入れられる。また、4つの隠しダンジョンを出現させるパスワードも存在しており、任天堂・ポケモンの公式サイト・携帯サイトやポケモンセンター等でイベントとして配布されていた。
登場ポケモン
☆マークはポケモン超不思議のダンジョンでも登場するポケモン。
世界観
本作の舞台は、ポケモンだけが暮らす世界である。
不具合
2005年11月25日に、『青の救助隊』において、『赤の救助隊』以外の一部のGBAカートリッジをニンテンドーDSに挿したまま遊ぶとそのカートリッジのセーブデータが消えてしまう不具合が発覚した。メーカーでは修正版との無償交換を受け付けていたが、2018年3月末をもって終了した。
交換の際にデータの引継ぎは行われないので、ゲームは最初からやり直しとなる。現在出荷されているバージョンは全て修正版となっている。
カプコンの『ロックマンエグゼシリーズ』（2 - 6）は、この不具合によりセーブデータが消えるとして注意喚起されていた。
ポケモン不思議のダンジョン ギンジの救助隊
漫画雑誌「別冊コロコロコミック」2005年12月号から2006年10月号まで、本作を元にした漫画『ポケモン不思議のダンジョン ギンジの救助隊』が連載されていた。漫画は溝渕誠。2006年9月28日に小学館から「てんとう虫コロコロドラゴンコミックス」として単行本も発売された。全1巻（ISBN 4-09-140235-6）。
アチャモとなってしまった元人間の主人公ギンジが、パートナーのミズゴロウと救助隊を始めるというストーリー。
後に本作は、米国任天堂が刊行しているゲーム雑誌「Nintendo Power」でも、英語翻訳版『Pokémon Mystery Dungeon: Ginji's Rescue Team』として2006年7月号から2007年2月号まで連載された。
後に溝渕は続編『時の探検隊・闇の探検隊』の漫画版である『ポケモン不思議のダンジョン 炎の探検隊』も手がけている。
ポケモン不思議のダンジョン 出動ポケモン救助隊ガンバルズ!
北米での『Pokémon Mystery Dungeon』発売にさきがけて、カートゥーン ネットワークで2006年9月8日に『Pokémon Mystery Dungeon: Team Go-Getters Out Of The Gate!』として放映された。『青の救助隊・赤の救助隊』をベースとした二十分程度のアニメオリジナルストーリーだが、登場キャラクターはゲーム本編とほぼ同じで、ある日、見た事もない異世界で人間からSquirtle（ゼニガメ）へと変身してしまった主人公の少年が、Charmander（ヒトカゲ）やChikorita（チコリータ）と共に救助隊として冒険をする。
日本でも、後に北米での放送から遅れる事約半年、『時の探検隊・闇の探検隊』の制作発表を兼ねてでこのアニメの日本語吹き替え版が2007年3月23日から5月14日にかけて『ポケモン不思議のダンジョン 出動ポケモン救助隊ガンバルズ!』としてYahoo! JAPANの動画コンテンツで配信が行われた。
ちなみにこのアニメ制作の理由は、チュンソフトは基本的に日本国内のみの展開であることから、日本国外では『不思議のダンジョン』シリーズ（ローグライクゲーム）の認知度があまりなかったためである。それまでチュンソフト製作の『不思議のダンジョン』シリーズが日本以外で発売されたことはほとんどなかった（本作以外では、北米で2000年11月15日にPS版『トルネコの大冒険2』の英語版『Torneko: The Last Hope』がエニックス（現・スクウェア・エニックス）販売で、2008年3月4日に北米で『風来のシレンDS』の英語版『Mystery Dungeon: Shiren the Wanderer』がセガ販売で出たにとどまっている）。