長崎屋
屋号の由来と創業家
「長崎屋」の事実上の創業者である岩田孝八の先祖は江戸時代、東海道大磯宿で本陣に次ぐクラスの旅籠「長崎屋」を営み、名主もつとめたが、明治3年に廃業したとされる。
このことなどから、「歴代の徳川将軍に認められたオランダ人が宿泊することが出来る定宿であったことからオランダと日本で馴染み深い長崎から名を取ったとされる「長崎屋」の家系で代々、江戸時代から江戸本石町と大磯町で旅館を営んでいた。」という説もあるが、岩田孝八の伝記的な書である「松籟の如し 異能の商人 岩田孝八」の中で「大磯の長崎屋と江戸の長崎屋を結びつける決定的な史料はないが、それを否定するものもない。」と猪飼聖紀が記している通り、江戸日本橋本石町の長崎屋との関係は証明されていない。
同社の社名は、直接的には岩田孝八の父である岩田長八の茅ヶ崎の店の屋号が使用されたものである。
なお、1948年（昭和23年）の設立時から1961年（昭和36年）までは岩田長八が社長で岩田孝八は専務として実務面の中核を担う形になっており、その後も岩田長八は会長に就任している。
創業から衣料品に強いスーパーへ
1946年（昭和21年）6月21日に岩田孝八が平塚駅近くにあった露店の集まる「旭商店街」の一角に「おあしす」という店名で開いたかき氷店が始まりで、1948年（昭和23年）1月31日に「おあしす」の店を本店として資本金19.5万円で株式会社長崎屋布団店を設立し、同年秋に9坪の布団と洋品売場を併設した長崎屋布団店を開店している。
戦後のモノ不足の統制時代としては豊富な品揃えで実用的な衣料雑貨を低価格で販売して売り上げを伸ばし、1949年（昭和24年）に隣接する店舗を買収して増床したのを皮切りに何度も拡張を繰り返したほか、1950年（昭和25年）12月15日に町田店を開店して多店化に乗り出し、1953年（昭和28年）9月1日に東横百貨店平塚店跡地にあった東映の映画館を買収して平塚西店として開店するなど早くから店舗展開を進めて行った。
創業から数年で蒲団・綿製品をはじめ、洋品雑貨や食品も取り揃えるなど早くからアメリカのチェーンストアの経営理論を取り入れて衣料品中心のチェーンストアを全国展開した。
1967年（昭和42年）に 東京証券取引所第1部上場し、流通業界準大手に成長した。
優れた衣料品の仕入れ担当者（バイヤー）が複数存在したため、スーパーが「安物売り」と見下されていた1960年代や1970年代でも衣料品メーカーや問屋の営業担当者が意見を聞きによく訪れるなど別格の扱いを受け、百貨店としか取引しないような老舗の衣料品メーカーや問屋とも取引していた。
また、1969年（昭和44年）に自社開発製品(プライベートブランド)サンバードの肌着を発売し、独自の商品テストを行うなど消費者の立場から厳しい評価を行うことで知られていた雑誌暮しの手帖から肌着専門メーカー大手のグンゼと並んで最も高い評価を受けるなど衣料品に関して高い評価を獲得し、衣料品に関してスーパー業界内ではずば抜けた力を持ち、名門スーパーとしての評価をされていた。
こうした衣料品の仕入れ・開発力の強みを生かしてフランチャイザーとして衣料品店の加盟店募集も行い、海外では類を見ない衣料品のフランチャイズを行っている企業としても注目が浴びた事もあった。
その一方、1950年代半ばに実験的に鮮魚を販売した際に大量の売れ残りを出して廃棄処分を行ったのに伴い、面倒な食品販売を避けて得意とする衣料品に特化する方針を採ったため、食料品販売への取組みがスーパー業界の中でも非常に遅くなり、他の総合スーパー各社が注力していた消費者が一ヶ所で商品を購入出来るワンストップショッピングと呼ばれるニーズへの対応が出来なかった。
衣料の値入れ率変更と弱体化
1980年代の初めに個人消費の低迷で大幅な減益に見舞われた際に、創業者の岩田孝八社長は「衣料品は家電と違って比較購買ができない。1,000円で売っていたものを1,100円にしても問題ないはずだ」と判断した。一部の役員の「商品力が落ちる」との反対意見を押し切って、主力の衣料品の値入れ額（販売価格から仕入れ価格を引いた額）が販売価格に占める割合である値入れ率を40%台から50%台へと引き上げて売上が伸びなくても利益を確保しようとし、その真意を確かめようして訪問した三陽商会の吉原信之社長に対しても突っ撥ねるようにして強引に値入れ率の向上を進めた。
こうした強引な値入れ率の向上は、消費者に割高さを見抜かれて売上の伸び悩みを招くと同時に、他社経由でも販売可能な優良な衣料品メーカーや問屋の離反を招いて同社との取引に依存する弱小衣料品メーカーや問屋との取引比率の拡大をもたらす結果になった。
また、優れた衣料品の仕入れ担当者（バイヤー）が定年などで引退し、その後任の担当者の育成が順調にいかなかったことや、早くから優秀な担当者に恵まれていたことが災いしてイトーヨーカ堂などの同業他社に比べて情報システムを整備して販売情報などから商品の売上を予測するシステム化への取組みが遅れ、前年に売れた商品が売れなくなることが頻繁に生じるような商品寿命が短くなった時代になったにも関らず、仕入れ担当者（バイヤー）の勘や経験などの個人的な判断に頼る傾向が他社より強かったなど、衣料品の仕入れにおける強みは徐々に喪失していった。
こうして衣料品の仕入れ・販売力が低下していったため、1995年（平成7年）度と1996年（平成8年）度に若干ながら連続して経常黒字となって財務面での建て直しが一旦成功しかけたように見えた後の1997年（平成9年）度に、得意としていた紳士スーツなどに絞って商品の仕入や販売員、広告費を増やして営業力の強化を目指した際には、売上目標が未達成となって大量の売れ残りが発生し、その処分販売などで再び経常赤字に転落する結果を招いてしまった。
食品強化の失敗
食品分野への出遅れを挽回するため食品スーパーの協業組織（ボランタリー・チェーン）であるセルコチェーンに所属している全国各地のスーパーと合弁で地区毎にサンドールという名称の食品スーパーを設立して対応したり、テナントとして東急ストア（開店当時の店名は東光ストア）やカスミ、いなげや、京成ストアなどを導入するなど食品スーパーとの提携戦略を展開した。
その後1990年代に直営の食品売場の展開を進めるなど本格的に食品販売に取組み、1997年（平成9年）に食品スーパーの多店舗展開を目指して千葉県印旛郡に関東地区の生鮮食品の配送・加工拠点の「プロスマート生鮮センター」を設立し、既存店での食品売場の新設や拡充、鮮魚や惣菜などの生鮮食品の強化、新長野店や四街道店などの新店舗では食品の売上構成比40%以上を目指すなど競合の総合スーパーより約10ポイント低かった食品販売の強化を進めた。
しかし、2000年（平成12年）2月の経営破たん時点でも直営店95店のうち直営食料品売場のない店舗が40店以上で、破綻前年の1999年（平成11年）2月期決算で売上高約3144.64億円のうち食料品は約791.86億円で構成比26.1%に留まるなど食品の売上構成比の拡大はなかなか進まなかった。
創業家の退陣と経営再建の始まり
多角化投資の失敗などにより1992年10月13日の取締役会で1993年（平成5年）2月期中間決算で経常損失約20億円という上場以来初の経営赤字決算となるなど業績不振に陥ったため、その責任を採る形で創業者の岩田孝八代表取締役会長が顧問に、その長男の岩田文明代表取締役社長が取締役相談役に各々降格し、生え抜きの井上民雄が新社長に就任して経営体制の刷新を図って経営再建に取り組むことになった。
1993年（平成5年）2月期決算は通期で売上高が前期比5.2%減の約4145.64億円で経常損失約5.39億円、当期損失156.93億円という大幅な赤字となったため、1994年（平成6年）2月期は新店舗などへの投資額を前期の約205億円の半分以下の約93億円へ大幅に抑制すると共に、不採算店閉鎖を進めるなど思い切ったスクラップアンドビルドに取り組むことを打ち出した。
同社のこうした業績の悪化と同じ第一勧業銀行（現在のみずほ銀行）を取引銀行とする同業のジャスコ(現在のイオン)の北海道進出が重なり同社の大型ショッピングセンターであるラパークなどを同社からジャスコへ売却するとの噂が北海道などで流れたため、「そんな事実はない」と強く否定するコメントを発表する状況も生じた。
再建のための資金確保の一環として1994年（平成6年）2月28日付でコンビニエンスストアを運営していた子会社のサンクスアンドアソシエイツの株式57万株を小野グループへ約108.5億円で譲渡して約91.92億円を特別利益として計上したほか不動産売却益として約24.72億円を計上するなど資産売却による再建資金の確保を進めた。
こうした売却益を計上したものの大規模な希望退職を実施したことに伴う割増退職金約67.84億円を特別損失に計上したため、新経営陣で経営した初年度である1994年（平成6年）2月期決算は売上高が前期比4.8%減の約3944.63億円で経常損失が前期比約5倍の約27.66億円という経常レベルで2期連続で減収減益で赤字継続となり、特別利益などと合せた当期利益も約1.18億円に留まる結果に終わった。
1995年（平成7年）2月期も1994年（平成6年）5月に八王子店の土地と建物を共同開発に約80.8億円で売却して売却益約66.4億円を計上したのを皮切りに、同年7月に四条店を勧業不動産に売却した売却益約59.94億円と平塚教育センターを多田建設に売却した売却益約4.29億円、1995年（平成7年）2月に東日本橋の本社ビルと大宮店を陽光エステートに売却して2軒合せて売却益約51.82億円と所有する不動産を売却して資金回収と売却益を得て再建費用の確保に努めた。
その結果、1995年（平成7年）2月期決算は連結決算で売上高が前期比7.1%減の約4444.69億円で経常損失約80.73億円と経常損益ベースでは引き続き赤字となったものの、当期利益は約140.26億円の黒字となった。
また、単体では1995年（平成7年）2月期決算は若干ながら経常黒字であった。
1996年（平成8年）2月期は改装や新たな自社開発商品(プライベートブランド)の投入など既存店の活性化に取り組んで来店客数を前期比プラスに転じさせると共に既存店売上を前期比若干のマイナスに留めて低下傾向に歯止めを掛けることに成功し、単体では若干ながら2期連続の経常黒字を確保したが、子会社で展開していた不採算事業の整理に伴う損失が嵩んで連結決算では赤字が続いた。
単体で2期連続の経常黒字となったため、1997年（平成9年）2月期には本業の営業力の回復を目指した取組みを積極化させた。
その一環として上半期だけで21店を改装してうち1店で食品売場を新たに導入すると共に3店で生鮮品を中心に食品売場を大幅に強化し、衣料品でも得意としていた紳士スーツなどに絞って商品の仕入や販売員、広告費を増やして売上高の拡大を目指した。
また、再建策の一環として計画された不採算店約30店舗の閉鎖やディスカウント店のビッグ・オフへの業態転換を全て完了したほか、集客力の低下で赤字が増大していたドーム型遊園地ファンファタジードーム苫小牧の運営会社のサンファンタジーとまこまいを1996年（平成8年）11月30日付で解散して遊園地も1997年（平成9年）1月16日で閉鎖し、同年2月末に清算して平成5年から行ってきた不採算子会社の整理も計画していたものをほぼ完了した。
そして、こうした不採算事業の整理で生じる損失を処理する為に、1997年（平成9年）2月末に川越店と赤羽店の土地と建物に加えて、自由ヶ丘店の借地権と建物の売却による利益の捻出と資金調達を行った。
その他にも商品発注の自動化や省力化什器の導入、レジの集中化の推進などにより人件費を削減して低経費の構造へ転換したこともあり、食料品販売が前年比10.3%増と大幅に売上を伸ばしたものの、得意としていた紳士スーツなどの販売促進策を採って売上拡大を目指した衣料品部門が最大商戦月である7月と12月に大きく落ち込むなど目標を達成できなかったことなどが影響して1997年（平成9年）2月期の決算も売上が前年比1.8%減となったが当期利益約8.38億円の黒字に転換した。
業績の急速な落ち込みから会社更生法へ
しかし、1998年（平成10年）2月期の決算では食料品販売が前年比0.1%減とほぼ前年並みを確保したものの、1997年（平成9年）2月期に行った紳士スーツなどの販売促進策が失敗して在庫処分が必要になっていたことなども影響して衣料品部門の売上が前年比5.8%減となるなど売上高が前年比5.4%減と落ち込み、約25.19億円の経常損失となって1995年（平成7年）2月期以来の経常赤字に再び転落してしまった。
そのため1999年（平成11年）2月期から始まる新中期3ヵ年計画では景気回復が見込めない状況から売上げ減でも利益増となる体質への転換を図る効率化を柱にした再建を目指し、その最初の中間期である1999年（平成11年）2月期中間決算で効率化は目標以上の数字を達成した。
ところが、1999年（平成11年）2月期中間決算で既存店売上が前期比12.2%減と大きく落ち込んだため、全体の売上高も前期比約9.5%減の約1582.96億円へ大幅に減少し、経常損失も前期比約8.66億円増の約11.61億円という大幅な減収減益という厳しい結果に終わった。
下期に入っても業績は回復せず、1999年（平成11年）1月29日に業績予想を子会社への貸倒引当金なども計上するため当期損益を中間期予想の2.6億円の黒字から93億円の赤字転落へ大きく下方修正することになり、その責任を採る形で井上民雄社長が副社長に降格して主力取引銀行の第一勧業銀行出身の山本善彦が後任の社長になることが業績予想の下方修正と共に発表された。
こうした業績の悪化に伴う資金需要に対応するため1999年2月22日付で苫小牧店の土地と建物を不動産会社九段エステートへ約112億円で売却して約13.73億円の売却益を計上したが、1999年（平成11年）2月期決算は売上高が前期比8.6%減の約3144.64億円で経常利益約1.24億円、当期損失約101.13億円と1月29日に下方修正した業績予想の売上高3163億円で経常利益5億円、当期損失93億円すらも下回った。
ところが、業績の建て直しのため社長に就任する予定だったに主力取引銀行の第一勧業銀行出身の山本善彦が、就任予定の直前の1999年（平成11年）5月11日に病気が明らかになったことを理由に就任を辞退したため、急遽北島徳一会長が社長を兼任することになることになった。
続く2000年（平成12年）2月期中間決算は、既存店売上高が前期比6.6%減と引き続き大きく落ち込んだ上夏物衣料の見切セールを行ったことで粗利益が減少して経常赤字が増加し、赤字子会社10社への貸倒引当金約69億円を特別損失として計上したため、最終損失が約108億円という大幅な赤字となった。
1999年（平成11年）12月1日付で家電販売のサン家電を同社本体と金沢長崎屋に、カジュアル衣料品販売のサンブルームを同社100%出資の新会社に、呉服販売のかのこや宝飾販売のビゴール、女性向けカジュアル衣料品販売のシンバルの3社は従業員が独立する形で設立した新会社に各々営業権を譲渡して解散・清算を進めた。
これらの子会社の整理損失に対する引当金など特別損失171億円を2000年（平成12年）2月期決算に計上することになった。
そのため、2000年（平成12年）2月期決算で単体で約239.65億円、連結で約181.34億円の当期損失となって単体で約84億円、連結で約165億円の債務超過に陥る見込みとなった。
この債務超過への転落見通しに伴い、新年度でも店舗売却を行うなど財務体質の建て直しを目指す新経営計画の策定を目指したり、プランタンを傘下に持つフランスの大手流通グループピノー・プランタングループとの資本・業務提携交渉などを進めたが価格などの条件面で折り合わず不調に終わったため、2000年（平成12年）2月13日に自力での再建を断念して約3039億円の負債を抱えて東京地方裁判所へ会社更生法の適用を申請して事実上破綻した。
関連会社を合わせた負債総額は約3800億円で、主力取引銀行として運転資金や新店開設のための資金を供給して再建を支援してきた第一勧業銀行の融資残高は約791億円と破綻直前の4年間で約2倍に膨らんでいた。
サーベラス・グループと福田國幹エコス相談役による再建
会社更生法の適用申請に伴って保全管理人に就任した桃尾重明は、2月28日に同社の広告を担当していたサン広告社と内装を担当していたサンプランニングの関連企業2社にも会社更生法適用を申請させて東京地方裁判所の指名で自ら保全管財人に就任したほか、本業との関連性の薄い旅行業を営む関連企業2社の清算を行い、他の17社については自主再建して営業を継続する方針を決めて同日に発表するなど関連事業の整理にも取り組んだ。
2000年（平成12年）3月23日にアメリカの企業再建投資ファンドであるサーベラス・グループのサーベラス・アジア・キャピタル・マネージメントから支援申し入れがされたため、サーベラス・グループが他の事業会社と共同出資または単独で100%出資して日本の小売業に精通した事業管財人が経営再建に取り組み、会社更生手続き開始後の必要資金を主力取引銀行の第一勧業銀行とサーベラス・グループが随時融資することなどを盛り込んだ覚書を同年4月10日に締結した。
こうした方針に則って保全管理人の桃尾重明とサーベラス・グループが元ダイエー副会長の河島博やダイエーOBで元ユニード社長で当時トリアス社長を務めていた平山敞、長崎屋OBで当時サンクスアンドアソシエイツ社長を務めていた橘高隆哉などの中からエコスの前副社長で相談役の福田國幹が事業管財人として選ばれ、2000年（平成12年）5月19日に会社更生法に基く更生手続きの開始が決定した。
福田國幹は「早急な業績回復には店舗の売上げが不可欠」との考えから赤字店の閉鎖は最小限に減らすとして会社更生法申請前に計画していた30店の閉鎖を14店に留め、また食品の売上構成比の低さが今後の競争に不利と考えられることや売場面積3,000坪未満の中小型店舗が大半を占める同社の店舗構成を生かすためにも食料品の強化が不可欠だとの観点から食品に限定したチラシの配布や他のスーパーと同様の曜日によるセール実施などの食品関連の販促活動を更生手続き開始直後の2000年（平成12年）5月下旬から強化して同年6月の既存店ベースの食品売上高を5月までより6〜7ポイント回復させて前年比3%減、翌月の7月には前年比3.5%増と食品の売上回復による再建を進めた。
また、競合の厳しい店舗で食品売上が伸び悩んだため強い競争力を持つカテゴリーキラーと呼ばれる専門店を生鮮部門へ導入する方針へ切替え、2000年（平成12年）8月31日の天童店を皮切りにまず15店で導入すると共に直営の生鮮売場を強化するために生鮮食品部を青果部と精肉部と鮮魚部という3部門に分割して専門性の強化を図った。
更に食品を扱っていなかった店舗にも生鮮食品こそ導入せず即席麺や缶詰などのいわゆるドライ食品と日配品のみを食品スーパー並みの品揃えと割安感で扱う食品売場の導入を11月中旬から4店舗で始めるなど食品強化による業績回復をより多くの店舗に展開しようとした。
こうしたカテゴリーキラーと呼ばれる専門店の導入に伴い、生鮮食品の加工・配送を行う「プロスマート生鮮センター」の利用が減少することになったため効率化の一環として2000年（平成12年）10月31日に閉鎖し、店舗への配送などの物流機能は南日本運輸倉庫への委託へ切替えることになった。
そして従来同社の強みとされていた衣料品販売についても、2000年（平成12年）6月にレナウン系の婦人服専門店レリアンの元常務を衣料品を担当するソフト・ハード商品本部長に、同年10月11日にダイエーの婦人服部門の元ゼネラル・マーチャンダイズ・マネジャーを副本部長に各々招聘するなど外部人材を導入すると共に、全員女性の社内プロジェクトチームで作ったフロア毎の生活提案型の新コンセプトを導入した若い女性に焦点を絞ったファッションや雑貨などを扱う実験店を兼ねたファション情報発信基地のル・パルクを12月1日に自由が丘店を業態転換する形で開設し、その成果を他の既存店の非食品売場に反映させていくことを目指すなど衣料品の抜本的な立て直しも図ろうとした。
その他にも、大型店での家電販売の強化を目指して二俣川店など3店の首都圏の大型店舗に家電大型専門店のベスト電器を導入も進めるなど商品分野ごとに競争力を高めるための新たな営業政策が進められ、家賃引き下げ交渉による収益性の改善も進められた。
この家賃引き下げ交渉が決裂して店舗の所有者側からの賃貸借契約解除の申し入れがされたことにより2001年（平成13年）10月31日に東京都福生市の福生店、11月30日に京都府京都市の四条店が急遽閉鎖されることになってしまった。
2000年（平成12年）10月18日に会社更生法適用後初の新店舗として開業したラパーク蓮田店では、生鮮食料品へのカテゴリーキラーと呼ばれる専門店導入や直営の売場面積約2,000m²の大型食品売場など食品販売強化策、家電量販店の上新電機ピットワンやカジュアル衣料品店のライトオン、ドラッグストアのセガミ、未来屋書店など従来の店舗の様な地元の専門店中心ではなく各々の分野で核となるような集客力の強い大型チェーン専門店を導入するなど再建計画の一環として打ち出された主要な店舗戦略が展開された。
こうした諸施策の展開によりラパーク蓮田店はショッピングセンター全体の年間売上高70億円の目標を達成すると共に、直営部門の食品売上高が約30億円に達して直営店の食品売上の構成比が60%を超えるなど順調に売上を伸ばした。
また、2000年（平成12年）10月30日に長崎屋ホームセンターをオリンピックグループのホームピックに売却し、同年12月27日に会員制スポーツクラブのフォルザを運営を委託していたザ・ビッグスポーツに売却するなど本業以外の関連会社の整理も進められた。
再建の遅れなどによる方針の変更
様々な既存店の活性化策を打ち出したもののデフレが進む経済状況の影響も受けて業績の回復が想定以下に留まったため、2001年（平成13年）11月12日には全売上高の約20%を占める31店舗を閉鎖して社員の3分の1に当たる700人の希望退職を募集するという大幅な事業縮小による再建へ、大きく路線転換を図ることを発表することになった。
また、2000年（平成12年）5月19日に会社更生法に基く更生手続きの開始が決定した際に更生計画案の期限は1年後の2001年（平成13年）5月18日とされていたが、4,000社を越える債権者の多さや更生担保権の権利関係が複雑で債権総額の確定が遅れたため、期限直前の2001年（平成13年）5月7日に更生計画案の期限延長を東京地方裁判所に申し立てて6ヵ月延長して同年11月19日とすることが認められ、その後更に延長されて2002年（平成14年）3月末となった。
しかし、アメリカの企業再建投資ファンドのサーベラス・グループ等と共に再建を支援するスポンサーとなることを目指していた日本の企業再建投資ファンドのアドバンテッジ・パートナーズが更生計画案を提示したが、その案では債権カット率が高すぎるとして主要な更生担保権者である銀行団が反発して交渉が不調に終わったため、2002年（平成14年）1月15日に支援交渉を断念したことが明らかになり、新たな再建支援のスポンサーとの交渉を進めることになった。
キョウデングループによる再建
アドバンテッジ・パートナーズの再生支援断念を受けて、2002年（平成14年）2月7日にプリント基板の開発・製造を行うキョウデンを中核として99円均一店のSHOP99など複数の小売事業を展開しているキョウデングループと優先交渉権を締結して、新たなスポンサー候補として交渉が進められた。
このキョウデングループを再建支援のスポンサーとして約700億円の更生債権を分割弁済するという新たな更生計画案が策定されて再建の見通しが付いたため、キョウデングループのクラフトとスポンサー契約締結されて2002年（平成14年）6月3日に事業管財人が福田國幹からキョウデン会長の橋本浩に交代した。
2002年（平成14年）6月24日開催の第3回関係人集会で更生計画案の決議を受けることが出来たため同月30日に東京地方裁判所から計画案の正式認可を受けた。
これを受けて2002年（平成14年）8月8日に従来の資本金117億88万円を100%減資した上でキョウデングループがキョウデン本体の27.5%を含めて72.5%の29億円を出資するほか取引先など11社が残りの27.5%を引き受ける形で第三者割当増資が行われ、キョウデン会長の橋本浩を社長とし、あおぞら銀行から出向中の岸本昌吾を長崎屋に派遣して、キョウデンの連結子会社として経営再建に取り組むことになった。
2003年（平成15年）3月1日に橋本浩が招聘した住友銀行(現在の三井住友銀行)出身の上山健二が社長に就任、あおぞら銀行出身の岸本昌吾が専務に就任し会長に就任した橋本浩と共に経営再建に当たることになり、2003年（平成15年）度に18店舗を改装すると共に、他社の撤退跡への居抜き出店などに積極的に取り組んで売上拡大を図って再建を目指した。
2003年（平成15年）3月7日に総合スーパーの柏店を改装し、同年11月21日には栃木県宇都宮市馬場通りの西武百貨店の撤退跡への居抜き出店を行う形で更生計画認可決定後の総合スーパー第1号店となるラパーク長崎屋宇都宮店を開業させるなどこの路線による再建策が進められた。
2006年（平成18年）には3年以内に株式再上場という目標を設定すると共に、半径4〜5kmを商圏としてその中で購買金額の20%を獲得する狭商圏型総合スーパーという新たな店舗戦略（狭商圏戦略）を打ち出して食品売場の強化や衣料・住居関連売場の充実などを目指し、仙台台原店にディスカウントストアのドン・キホーテをテナントとして導入するなど集客力の回復も図ろうとした。
また、同年6月21日に東京地方裁判所から同月30日に更生担保権143億円を繰り上げ一括弁済して同年7月上旬に会社更生手続きが終結する更生計画の変更の認可を受けられたため、同年7月11日に当初計画より12年前倒しで会社更生手続を終結させた。
2006年（平成18年）には北海道の道内流通大手でもある生活協同組合大手のコープさっぽろに中標津店1階の食品売り場の運営を譲渡して非食品部門のみを直営として残し、代わりにコープさっぽろが札幌など3店舗で行っている衣料品販売を受託するなど相互に強みを持つ分野を生かした提携を行っている。
ドン・キホーテによる買収と業態転換による再建
一部店舗をドン・キホーテに業態転換するほか共同仕入れによる調達コスト削減など相乗効果を発揮して再建を進め、都市部の若年層を主要顧客としてきたドン・キホーテの顧客層を全国の幅広い年齢層に拡大することを目指して買収交渉を進め、2007年（平成19年）10月25日に親会社のキョウデンその子会社2社（九九プラス、昭和KDE）やキョウデン役員2名が保有していた株式（合計86%）をドン・キホーテが約140億で買収して同社の子会社となった。
2008年（平成20年）5月1日に取締役副会長であった成沢潤治（ドン・キホーテ代表取締役社長 兼COO）が代表取締役社長に就任し、2008年（平成20年）9月5日に株式を追加取得して完全子会社化となり、2009年（平成21年）9月に本社を東京都目黒区青葉台二丁目19番10号のドン・キホーテ中目黒本店に移転した。
2008年（平成20年）4月に総合スーパーの長崎屋柏店をディスカウント店のドン・キホーテ柏駅前店に業態転換したのを皮切りにドン・キホーテ傘下に入ったことに伴って同社のディスカウント店のノウハウを導入しており、6月には長崎屋溝の口店をドン・キホーテ溝ノ口駅前店に業態転換した。
また、同社の事業再生の中核として郊外立地の大型ディスカウント店のMEGAドン・キホーテの業態開発に乗り出しており、2008年（平成20年）6月13日にはその1号店として長崎屋四街道店をMEGAドン・キホーテラパーク四街道店に業態転換して新装開店したのを皮切りに、同年6月27日に長崎屋三郷店をMEGAドン・キホーテ三郷店、同年8月29日に長崎屋北鴻巣店をMEGAドン・キホーテ北鴻巣店、同年9月26日に長崎屋市岡店をMEGAドン・キホーテ弁天町店に各々業態転換をするなど既存の総合スーパーの大型ディスカウント店MEGAドン・キホーテへの転換を開始した。
四街道店はMEGAドン・キホーテへの業態転換直後の2008年（平成20年）6月に長崎屋時代の約3倍へ売上が急増して2011年3月まで一度も売上が前年を下回らないほど好調な業績を上げたほか、浦和原山店はドン・キホーテに業態転換して長崎屋時代の約5倍へ売上が急増し、その後MEGAドン・キホーテへの再度の業態転換を行って更に売上が約1.2倍に増えて長崎屋時代の約6倍に達するなどMEGAドン・キホーテへの業態転換は大きな成果を挙げ、2010年（平成22年）4月期の営業損失約18億円の赤字から黒字に転換した。
こうしたMEGAドン・キホーテ各店舗の業績の好調さを受けてこの業態を同社の再生のためのみに限定せずドン・キホーテグループの新たな主力業態の1つとして展開することになり、2010年（平成22年）6月期末時点で27店を出店した。
その一方で2010年（平成22年）7月2日にMEGAドン・キホーテに業態転換した苫小牧店が年輩客の一部が室蘭の店舗に流出するなど地方都市の年配の消費者には合わない側面が出て業績が伸び悩み、室蘭中央店が総合スーパーの長﨑屋のままで売上の伸び率が全店中1位となったため、2010年（平成22年）11月5日に室蘭中島店は3階にドン・キホーテを導入したものの他の売り場は長﨑屋のままとする初の複合型店舗として新装開店した。
八戸店もこの方式での改装が行われ、2010年（平成22年）12月3日に3階にドン・キホーテを導入したものの他の売り場は長﨑屋のままとする複合型店舗として新装開店したほか、2011年（平成23年）に小樽店も同様に一部売場のみドン・キホーテを導入する複合型店舗として新装開店するなど長崎屋の屋号も存続させている店舗もある。
また、2009年（平成21年）4月1日にテナント賃貸事業をドン・キホーテグループのパウ・クリエーション（現在の日本商業施設）へ移管してショッピングセンターの運営から撤退しており、直営の売場の営業のみを担当している。
なお、2008年（平成20年）頃から長崎屋の崎の「つくり」部右上を大から立に変更し﨑の字を使用するようになっており、MEGAドン・キホーテ店舗の看板の一部には「株式会社長崎屋」の表記を併用しているものもある。
2013年（平成25年）12月5日には札幌市内にMEGAドン・キホーテ新川店をイトーヨーカドー新川店跡（同年9月16日に閉店）の建物へ居抜きで出店し、ドン・キホーテグループ入り後初の9年ぶりの新店舗となった。
「サンバード」の語呂合わせから、各店舗の電話番号下4桁を3810としている。
尼崎店の火災
1990年（平成2年）3月18日に発生した尼崎店の4階寝具売り場で発生した火災で、防火扉前に商品が置かれていたため扉が閉まらなかったことで煙が避難階段を煙突代わりに上ったことや、警報装置が故障していてしばしば誤作動していたために店員が本当の火災と思わず消火活動や119番通報、避難誘導が適切に行われなかったことなどが影響して5階食堂付近で死者15人を出す惨事となった。
過去のグループ企業
一部のみを列挙する。
店舗
一部店舗は衣料品店のみ。