在日米軍
概要
在日米軍は、在日アメリカ軍、または条約などでは日本国における合衆国軍隊ともいい、日米安全保障条約第6条により日本国内に駐留するアメリカ軍の総称である。陸軍・海軍・空軍・海兵隊・沿岸警備隊の合衆国五軍全てが展開している。指揮系統としては、アメリカインド太平洋軍の傘下にある。
なお、日本には、横田飛行場に常駐している4人の国連軍駐日武官、係争中の領土（竹島、北方領土等）を除き、米軍以外に駐留する外国軍は存在しない。
在日米軍司令官は第5空軍司令官が代々兼務しており、空軍中将が就いている。現任司令官は、ケビン・シュナイダー中将。前任者であるジェリー・マルティネス中将の後任として、2019年2月に就任した。
アメリカ海軍が使用する横須賀海軍施設（第七艦隊空母ロナルド・レーガン母港）、厚木航空施設（空母艦載機本拠）をはじめ、空軍・沿岸警備隊が使用する横田基地（在日米軍司令部・国連軍後方司令部が所在）、空軍嘉手納基地、海兵隊岩国基地、陸軍キャンプ座間、トリイステーションなど、ロシア連邦・中華人民共和国・中華民国・朝鮮民主主義人民共和国・大韓民国・フィリピン・ベトナム社会主義共和国にも近い関係上、東アジア・東南アジア・東シナ海・南シナ海・太平洋方面の要所であり、アジア有事の際には最重要拠点としての役割も持っている。
現在の展開兵力は、日本を母港とする第七艦隊艦船乗組員を含めて総計約5万人で、在韓米軍のほぼ倍の勢力である。
陸軍
在日米陸軍（US Army Japan, USARJ）は、キャンプ座間（神奈川県座間市・相模原市）に司令部がある。
USARJは、第9戦域支援コマンドから改編された第1軍団前方司令部、在日米陸軍基地管理本部（旧第17地域支援群）、第10地域支援群（沖縄、トリイステーション）などを主要な部隊としている。第1軍団前方司令部は2007年12月に新設されたもので、在日米陸軍司令官は第1軍団前方司令部の指揮を執るとともに、第1軍団副司令官を兼任している。平時には実戦部隊をほとんど持たないが、有事には第1軍団本隊が進出し、陸軍/統合任務部隊を構成するものと考えられている。
また、青山墓地近くに星条旗新聞の極東支社や第5空軍司令部東京管理センター、陸軍東京監理施設、軍情報機関関連施設などが置かれる在日米軍の中枢の一つ「赤坂プレスセンター」（別名ハーディバラックス、麻布米軍ヘリ基地）が所在する。
沿岸警備隊
沿岸警備隊は、空軍横田基地内に沿岸警備隊極東支部（U.S. Coast Guard Activities Far East）が置かれている。
過去には南鳥島、硫黄島などにロラン局や通信所が置かれていた。
在日米軍の抱える課題
横田基地、厚木基地、嘉手納基地などをはじめとして、多くの基地が住宅地域の付近にあるため、付近住民らは航空機の騒音や、地域住民に対する様々な犯罪に対する不満を表明している。
東京都の基地問題
在日米軍赤坂プレスセンターにはヘリポート「麻布ヘリ基地」があり、頻繁に発着陸する危険および騒音に対して、近隣住民からは返還運動も出ている。六本木トンネルの工事中、ヘリポートが縮小を余儀なくされると、1983年から都立青山公園の南側の敷地4,300m²を東京都が代替地として貸与したが、1993年トンネルが完成した後も、公園の敷地は返却されなかった。2007年1月12日代替地4,700m²の返還と緊急時や災害時のヘリポート利用を条件に同地の返還を断念することを東京都と米軍は合意した。返還される代替地は青山公園の一部として追加整備されるが、結果的にアメリカ軍は使い道の乏しい遊休地を手放す代わりに、青山公園の南側を潰してヘリポートを大幅に拡張することになった。
沖縄県の基地問題
沖縄県の在日米軍基地については、沖縄県の面積が日本の国土面積に対し占める割合は1％以下と小さいのにもかかわらず、 在日米軍専用施設面積の74％（なお、この場合の『米軍専用施設』の定義については、#米軍施設を参照）が、沖縄県に集中している事で、本土と比べて不公平だとする意見や、在日米軍基地の必要性についても疑問視する意見が、沖縄県には多数ある。また、在日米軍基地近隣の騒音問題がある。
日米両政府の合意でキャンプ・ハンセンの一部を名護市に返還し沖縄の在日米軍基地比率を減らそうとする動きに対し、土地を所有する名護市は一部のみの返還では跡地利用が見込めないうえ、返還が実現すると借地料収入が消えてしまうため返還の延期要求を続けた。名護市の稲嶺進市長も返還延期するよう求めたように借地料で多大な収入を得ていた自治体や、米軍基地反対闘争を続ければ借地料が上がり続けた実情で収入源として米軍基地反対運動を行う市民もいる。
2010年5月に、毎日新聞と琉球新報が、沖縄県民を対象に行ったアンケートによると、
海兵隊の駐留については、「必要ない」が71％で、「必要だ」は15％になった。
在日米軍専用施設の約74％が沖縄に集中していることに関しては、「整理縮小すべきだ」が50％、「撤去すべきだ」が41％だった。日本駐留を定めた日米安保条約については「平和友好条約に改めるべきだ」が55％、「破棄すべきだ」14％、「維持すべきだ」は7％だった。なお2012年にNHK放送文化研究所の河野啓が行った調査では「沖縄への基地集中はおかしい」と考える県民は全体の78%または86%にものぼったが（全国では68%。なお、1982年に比べ2012年は基地撤廃を主張する声は薄れ、代わりに本土並みにすべきだとの声が増している。ただし両者を合計した割合は全体の77%、78%と、30年を経ても大差は無い）、米軍基地の存在を「必要」または「やむをえない」と考える県民は、世代にもよるが50 - 60%存在している（全国では70 - 80%）。米軍基地を撤廃すべきか、本土並みにすべきか、現状のままとすべきか、もっと増やすべきかとのアンケートにおいては、基地の撤廃を望む県民は県民全体では2番目に多い意見で、70歳以上では29%、30代では23%となっているが、20代では10%にすぎなかった。これは全国と同レベルの数字である。「本土並みに」と言う意見が一番多くおおよそ50-60%であるが、「現状のままでよい」は40代から70代までは15%前後だが、30代では23%、20代では33%となっている。また少数ながら、さらに増やすべきだとの意見も見られている。なお全国の方でも「本土並みに」と言う意見が一番多いが、次点は「現状のままでよい」であり、沖縄県とは2位と3位が逆転している。なおこの調査では、さらに増やすべきだとの意見は、いずれも少数ながら、全国より沖縄の方により多く見られている。
また、普天間飛行場の返還に伴う代替施設として、日本政府は沖縄本島北東部の名護市辺野古にある海兵隊基地キャンプ・シュワブの沖合を埋め立てる新飛行場計画を1997年から進めている。これに対する沖縄県内の意見は賛否に大きく分かれ、地域経済の振興などを重視する受入容認派は2014年に続いて2018年名護市長選挙でも勝利したが、基地負担の軽減などを求める反対派は2014年沖縄県知事選挙や2018年沖縄県知事選挙で勝利し、地域行政の展開や国との関係にも深く関わる政治問題となって長期化している。
米軍関係の自動車
米軍関係車両専用のナンバープレートは、ひらがなの位置に Y （日本国内で調達された私有車両）、E （非課税車両）、A （オートバイ・軽自動車）などのアルファベットが書いてあるのが特徴で、「Yナンバー」と呼ばれている。米軍関係車両の登録台数は60000台弱程度で、そのうちの約27000台が沖縄ナンバーである。その他、八戸ナンバーは空軍三沢基地関係、多摩・八王子ナンバーは空軍横田基地関係、横浜ナンバーは海軍横須賀基地等の関係、相模ナンバーは海軍厚木基地、陸軍キャンプ座間等の関係、山口ナンバーは海兵隊岩国基地関係と推測できる。絶対的な登録台数は少ないが、静岡県御殿場市に駐留する海兵隊キャンプ富士の要員が登録している私有車両は、沼津ナンバーである。平成17年9月より駐留軍要員（米軍人・軍属）にも、基地の外に居住して私有車の登録を希望する際は、車庫証明の取得が義務付けられた。これによって今では湘南・品川・川崎のYナンバーがある。車検証上の所有者の住所欄には、所有者が所属する基地の所在地を記載し、使用の本拠の位置には、実際に住んでいる（駐車している）基地外の日本の住所を記載している。
また、自動車税が国民の2割に免除されていたり、ガソリン代に含まれる税が免除（計算の関係で基地内のガソリンスタンド内のみ適用）されるなど不公平な点も多いとされているが、自動車税に関してはYナンバーの車が基地の外と、基地の中の道路を走る割合を元に課税されているために、異なる税額との解釈もある。
公務中の米軍車両は、高速道路や有料道路の通行料が免除される（フリーパスではなく、料金所では公務通行であることを証明する書類を提出し、後で日本政府が料金を負担する）。米軍人ならびに軍属やその家族が日本国内を遠方に旅行する場合、ヨコタツアーズなどの基地福利厚生部門が通行料金免除となる（toll included。“exempt”ではない）という触れ込みで公用車扱い（日本陸運登録なし）のレンタカーを貸し出すことが容認されていたが、現在この記述は全軍のホームページからは消えている。空港・基地間連絡バスを運用している。
米軍関係車両が交通事故を起こした場合、日本の警察だけではなく在日米軍の憲兵隊も検分に現れる。この事故が公務中であったことが米軍によって“証明”された場合、加害者軍人の身柄は米軍に移るため、それに対する日本の警察権・司法権・裁判権行使は日米地位協定第十七条に基づいて行われる（治外法権）。
軍公用車両のナンバープレート表示については上記の限りではなく、日本の書式と全く異なる米国フォーマットのもの、及びむき出しのプレートに黒にペイントされた簡易プレートを装着している（大まかな書式については日本のナンバープレート#駐留米軍車両を参照）。これらの車両は日本の道路運送車両法、道路交通法の適用外であるため、米国仕様のブレーキ、テールランプとウインカーが兼用（赤色もしくは白色点滅）のものも走行している。