オーガノイドシステム
解説
オーガノイドシステム（以下、OSと表記）とは、ゾイドコアを活性化させ、戦闘能力の強化と進化をもたらすプログラム。元々は古代Zi人によって生み出されたテクノロジーであり、西方大陸に点在するオリンポス山や、ガリル遺跡などの古代遺跡からその情報を記した物が出土し、へリック共和国・ガイロス帝国両軍のゾイドにおいて導入された。
そのシステムを搭載されたゾイドは、闘争本能の刺激によるコアの活性化に伴い従来型を上回る戦闘力・運動性・生命力を獲得し、金属細胞再生能力を劇的に高める}。さらにはゾイドコアの分裂・成長を促進させる技術的な応用性をも併せ持っており、仮死状態のコアの復活や、絶滅したコアの遺伝子情報を復元することも可能となる。その反面、凶暴化したゾイドの闘争心がパイロットの精神にも多大な影響を及ぼす危険性を持ち、操縦者には心身ともに多大な負担を強いられるなど問題点を露呈している。OSの効果を限定的に施す調整を行えば一般兵でも扱う事は可能ではあるが、性能はシステムが未調整の機体には及ばない。また、システムそのものにゾイドの精神破壊を招き、コアの寿命を極端に縮めるデメリットも存在した為、ある時期を境にその採用は見送られていった。一方で、ネオゼネバス帝国ではその効力をコントロール下に置く事に成功している。
初期
ZAC2100年にガイロス帝国が、デスザウラー復活計画が行われていたオリンポス山の山頂の遺跡に残されたデータからOSの一部解析に成功し、試作機に搭載。ジェノザウラーとして完成した機体は模擬戦闘でセイバータイガーATとレッドホーンGCを瞬時にして葬るという恐るべき戦闘力を見せつけた。しかし、ジェノザウラーはOSの精神的負荷に耐えられるパイロットがおらず、量産化は遅滞する。共和国でも遺跡から持ち帰られたデータを元に、シールドライガーにOSを搭載する事でブレードライガーを完成させるが、こちらも操作性の悪化により一部のエースパイロットにしか扱えない機体となっている。同様にゴジュラスにOSを搭載したゴジュラス・ジ・オーガも開発されたが、性能こそ通常ゴジュラスの10倍の戦闘力を持つに至ったものの、元々扱いにくかったゴジュラスが誰にも扱えなくなってしまい、無人仕様に改修されている
また、OSを限定的に搭載した機体も登場し、レブラプターやガンスナイパー、ストームソーダー、ライトニングサイクス等が開発されている。
真オーガノイド
真オーガノイドは西方大陸ガリル遺跡からガイロス帝国が回収したゾイドコアである。ジェノザウラーやレブラプターといった実験型OS搭載機を凌駕する性能を誇るが、これを搭載したデススティンガーは戦闘中に自己防衛本能を覚醒させた結果暴走し、パイロットの死亡後も活動を続けるゾイドへと変貌した。さらに暴走時の各性能は製作者の想定を遥かに超えるレベルに達した。
真オーガノイドには自己増殖、自己進化の能力があり、これによって暴走したデススティンガーは襲撃したゾイドを糧にして自ら増殖、進化していったが、真オーガノイドの危険性を察知した前述のヘリック、ガイロス両国のエースパイロット二人とその専用機の活躍と犠牲によってデススティンガーの暴走は阻止された。
後に量産されたデススティンガータイプの機体には「インターフェイス」と言うパイロットへの精神負担を肩代わりする事で暴走を抑える人間サイズのゾイドを一緒に搭載する事によって真オーガノイドのコントロールは可能となった。
後期
ガイロス帝国（正確にはガイロス帝国内のネオゼネバス派）は西方大陸撤退直前に発掘されたインターフェイスと呼ばれる小ゾイドからOSの制御に成功。デススティンガーの改良機であるKFD（キラー フロム ザ ダーク）を開発したが、この際は実験機だった事もあり、出力を70%に抑えた状態で出撃していたため、最終的にはライガーゼロを含む共和国ゾイド群に全滅している。
また、OSの持つゾイドコアの分裂促進能力を活用し、ZAC2101年にはウオディックやデスザウラーを完全に復活させた。この時のデスザウラーは最大の激戦地セスリムニルの戦場の30機を含め、暗黒大陸本土決戦時には総計50機が完成し投入された。旧ゼネバス機よりも操縦性が悪くなったものの出力は格段に向上しており、マッドサンダーの反荷電粒子シールドを荷電粒子砲で強引に突破し溶かしてしまう程の力を発揮した。
その後、ZAC2106年の時点でネオゼネバス帝国はOS解析をほぼ完全に成功しており、デススティンガーをベースにしたステルススティンガー、サックスティンガーといったOSを標準装備し、従来機よりも高い戦闘能力と再生能力を併せ持ったゾイドを多数配備している
リバースセンチュリー
キングゴジュラスのコントロール技術とガイロス宮殿地下の古代ゾイド人技術を用いて完成した「DLS(ダイレクトリンクシステム)」が登場。ゾイドの闘争本能とパイロットをリンクさせゾイドの戦闘能力を向上させる機能を持ち、西方大陸戦争にて実用化されたオーガノイドシステムの先駆的存在として扱われている。
ゲーム
『ZOIDS2 ヘリック共和国VSガイロス帝国』においても、上記の設定に準じるかたちでオーガノイドシステムが登場。オーガノイドシステムやデススティンガーを巡って、主人公（プレイヤー）やライバル及び同作中の陰謀の黒幕が戦ってゆくストーリーとなっている。
ビーク
『ゾイド -ZOIDS-』ではGF（ガーディアンフォース）の一員であるトーマ・リヒャルト･シュバルツ中尉の開発したAIビークが登場している。AIビークはゾイドコアに接続され、索敵、射撃管制と操縦支援を可能としている。トーマ本人は「人工オーガノイドと呼べるもので、私的な計算上ではオーガノイド以上の力を持つ」と自称している。
兄であるカール・リヒテン・シュバルツ大佐に機械いじり以外のことで超えることができなかったトーマが、兄に自分を認めてもらうために作り上げたものであり、ビークの性能とそれを作り上げた自身の頭脳に関しては絶対の自信を持っている。トーマとビークの会話のやり取りではコミカルな面を見せることもある。
普段はトーマが搭乗するディバイソンに搭載されているが、62話ではトーマが乗り込んだハンマーヘッドに移植された事もある。あくまでもトーマが個人的に作ったものなのでトーマ以外には特に類似している機種を使用する描写はなかった。
漫画『機獣新世紀ZOIDS』
ジークとシャドーの二種類が登場。オーガノイドはどちらも合体する事でゾイドの性能を向上させるが、同漫画におけるシャドーは合体したゾイドが一定時間を経つと死に至る設定を持っている。ジークは収容した人間の傷を治癒させる能力を秘めている他、合体したゾイドから過去の記憶を読み取る描写も見受けられた。また、ジーク、シャドーともに分子レベルで搭乗者とゾイドを融合させ、操縦負荷を軽減させる能力も併せ持っている。そのため、ゾイドとの合体時の描写もアニメとは異なり、スペードまたはハート状に変形、その後搭乗者を守る保護シートのように変化してコックピットに搭乗者とゾイドを融合させる形で合体している。
アニメ『ゾイド新世紀スラッシュゼロ』
『ゾイド新世紀スラッシュゼロ』では第一作と違い、「アルティメットX」と呼ばれる特定のゾイドに搭載された一種の人工知能をオーガノイドシステムと呼称している。戦闘を経る事によって経験を蓄積し、ゾイド自身の戦闘能力を高める事ができるとされている他、アルティメットXとして覚醒したゾイドは「今では幻とされた『オーガノイド』を持つことが許された存在」とされる。
ゲーム『ZOIDS SAGA』など
『ZOIDS SAGA II』においてパルスと呼ばれるヒョウ型のオーガノイドが登場。アーカディア王国の古代遺跡から発見されてDr.Tがオーガノイド研究のための実験をしていたが、時空融合で飛ばされた世界で出会った主人公ゼルに譲られる。
パルスはマスター（ゼル）の感情や精神に影響を受けて成長し、会話の選択肢によって体色が白・黒・青・赤に変化（能力も変化）する。オーガノイドについて、ゼルは（実在するとは思わなかったが）ゾイドを強化できる生物という程度の知識があったが、町の人々はオーガノイドを全く知らないような反応を示した。物語中では、パルスが時空融合に伴う現象である時空クレバスに反応したり、ブリッツタイガーはパルスと合体することで限界まで性能を引き出せると説明されたりした。
なお、パルスと対になる古代人の存在は不明だが、『ZOIDS STRUGGLE』のストーリーモードに登場する古代ゾイド人のルーシュが、パルスに酷似した黒い小型ゾイドを引き連れている場面がある。ただし、同作ではパルスやオーガノイドについて全く説明は無く、ストーリー的にも関連づけられていない。
その他、スーパーロボット大戦シリーズの『スーパーロボット大戦Operation Extend』でもジークなどのオーガノイドが登場する。『ゾイド -ZOIDS-』作品としての参加となるため、設定などは同アニメに準じている。
HMM（ハイエンドマスターモデル）
コトブキヤより展開されているHMM（ハイエンドマスターモデル）においては、従来の公式ファンブックやアニメシリーズのそれと異なり、複数の設定が与えられている。
2007年12月に発売された「HMMジェノザウラー」の組立説明書においては「ゾイドを兵器として管理するフォーマット」「戦闘用に改造される際に抑制されてしまうゾイドコアを異常活性化させ、ゾイドの潜在能力を完全なまでに引き出す」としているオーガノイドシステムとは別に、ゾイドコアの分裂を促進し絶滅種のゾイドを再生・量産することが可能となるゾイド因子の存在が記述されている。
2009年12月に発売された「HMMブレードライガーAB バン仕様」の組立説明書においては「ヘリック共和国、ガイロス帝国それぞれが遺跡に記してあった情報を解析して得た技術で制作したゾイドコアのリミッター解除ユニット。パワーや生命力・再生能力が格段に向上するものの、凶暴性が増すために、操縦は非常に困難になる」、「ガイロス帝国軍によって解析されたゾイドコアを胚の段階で戦闘本能、遺伝情報を組み替える原型質転換技術」、「オーガノイドと呼ばれる古代ゾイド人が生み出した小型ゾイドが、ほかのゾイドに融合することで戦闘能力を大幅に強化するタイプ。生きた化石と呼ばれるほど稀少なもので、その存在はわずか数個体が確認されている」の3種類が存在するとしている。
2016年12月に発売された「HMM ゴジュラス・ジ・オーガ」の組立説明書においては「ゾイドコアと直結させることで野生の戦闘本能を覚醒させ、同時にゾイドコアと搭乗者の意識を融合させて驚異的な戦闘力を引き出す生体本能覚醒装置」としている。
2017年11月に発売された「HMM ストームソーダー」の組立説明書においては、暗黒軍に用いられていたゾイド技術の近縁であり、装備したゾイドにマグネッサーを与えればゾイドコアをストレスフリーにさせることができるとしている。