1980年代・1990年代のJRダイヤ改正
1987年（昭和62年）
10月2日に瀬戸大橋線工事にからむ予讃本線（当時の呼び名）の宇多津駅移転、それに関連して坂出駅 - 多度津駅間が電化され、高松駅 - 観音寺駅・琴平駅間の普通列車の大半が電気運転を行うようになった。
1988年（昭和63年）
分割民営化当初は、各社の運行体制の確立と経営の安定性を確認する目的から全国規模のダイヤ改正は行われなかったが、3月13日に青函トンネルが、4月10日に瀬戸大橋が開業したことによってJRグループ7社のレールが結ばれた事から、JR発足後初のダイヤ改正が行われた。これは日本列島がすべて鉄路で結ばれたことを表し、「一本列島」というキャッチコピーがJRによって作られた。また、この他の各社でもダイヤ改正が実施された。
7月6日
東日本の山手線で、103系から205系への置き換え完了に伴うダイヤ改正を実施。
東日本管内では新駅の開業が行われ、直前の6月20日には水戸線に玉戸駅・大和駅が、8月6日には常磐線に逢隈駅がそれぞれ開業した。
9月1日
九州では、上山田線が廃止され、バスに転換された。
9月19日
北海道では、6月9日から行われていた青函連絡船の復活運航が前日に終了したのを受けて、同航路が正式に廃止され、名実ともに80年の歴史に幕を閉じた。
10月1日
西日本では、北陸本線に明峰駅が開業した。
10月25日
東日本では、長井線が山形鉄道（フラワー長井線）に移管された。
12月4日
西日本では、湖西線に小野駅が開業した。
10月1日
九州では、伊田線・糸田線・田川線が平成筑豊鉄道に、湯前線がくま川鉄道にそれぞれ移管された。
11月11日
この「1並び」の日、西日本では大阪市内の関西本線（大和路線）に東部市場前駅が開業した。
12月23日
九州では、宮田線が廃止され、バスに転換された。
7月1日
北海道で、千歳線にサッポロビール庭園駅が開業したほか、海峡線では新湯の里信号場が知内駅（現・湯の里知内信号場）として旅客駅化された。また江差線に矢不来信号場が開設され、江差線を含めた津軽海峡線の輸送力増強が図られた。
10月1日
西日本では、山陽本線・兵庫駅 - 和田岬駅間（和田岬線）の列車が客車からキハ35系に置き換えられた。なお、直前の9月27日には、岩徳線に欽明路駅が開業した。
11月21日
JR四国で予讃線の伊予北条駅 - 伊予市駅電化に伴うダイヤ改正が行われ、特急「しおかぜ」「南風」などに振り子式車両の2000系が投入、急行「うわじま」・「あしずり」がそれぞれ特急「宇和海」・「あしずり」に格上げされた。同時に急行列車は徳島線の「よしの川」を除き消滅した。なお、今回の電化区間用として7000系が新製された。
3月19日
JR東日本成田線成田駅 - 成田空港駅間が開通した。成田新幹線の建設中止で使われていなかった新東京国際空港地下の成田空港駅にJRおよび京成電鉄の路線を通し、都心と成田空港を直結する空港連絡鉄道が完成した。これにより新造された253系を使った空港連絡の特急列車として、「成田エクスプレス」が運転を開始した。また成田空港駅に乗り入れる料金不要列車として、113系による総武快速線からの直通の快速列車（後に「エアポート成田」の愛称をつけられる）も設定された。
6月20日
前述のとおり、東北・上越新幹線の上野駅 - 東京駅間が開業した。その東京駅は2線（12・13番ホーム）のみのため、上野駅発着の定期列車が少ないながら残されたほか、臨時列車は原則として上野駅発着となった。またこれに合わせて北上線では陸中大石駅がゆだ錦秋湖駅に、陸中川尻駅がほっとゆだ駅に、岩手湯田駅がゆだ高原駅にそれぞれ改称された。
9月1日
JR西日本七尾線津幡駅 - 和倉温泉駅間が電化開業した。一部の特急「雷鳥」・「スーパー雷鳥」・「しらさぎ」が北陸本線から直通運転するようになった。また急行「能登路」が一部電車化された。同時に七尾線の非電化区間（七尾駅 - 輪島駅間）はのと鉄道に移管された。これに伴い、特急「ゆぅトピア和倉」は運転を終了した。
9月14日
JR西日本の北陸本線坂田駅 - 長浜駅間が直流に切り替えられた。京都・大阪方面から新快速が乗り入れるようになるとともに、米原駅 - 長浜駅間にも琵琶湖線の愛称が付与されてアーバンネットワークの一員となった。湖西線で近江塩津駅・敦賀駅を発着する普通列車が気動車から北陸本線と共通運用の交直両用電車に置き換えられ、所要時間は近江今津駅から近江塩津駅まで18分、敦賀駅まで32分とスピードアップした。これと同時に坂田駅・河毛駅には普通が全列車停車するようになり、特に坂田駅では米原側へのホーム移設も行われた。
11月1日
JR北海道の根室本線でダイヤ改正。帯広駅発着のふるさと銀河線との直通列車を設定した。
直前の10月22日には滝里ダムの建設工事に伴って野花南駅 - 島ノ下駅間のルートが変更され、途中の滝里駅が廃止された。
11月5日
東日本では、山形新幹線のルートとなる奥羽本線の福島駅 - 山形駅間が標準軌化され、719系5000番台による普通が運転を開始した。
11月21日
四国で2000系気動車増備に伴うダイヤ改正。特急「南風」「しまんと」が各1往復増発されたほか、「あしずり」も3往復体制となった。また、瀬戸大橋での最高速度が65km/hから95km/hに引き上げられた。
12月14日
東海では東海道本線に豊田町駅が開業し、これに伴うダイヤ修正が行われた。
4月1日
高徳線に1往復残っていた客車列車が気動車に置き換えられ、JR四国から客車による定期普通列車が消滅した。
7月23日
四国では、予讃線の観音寺駅 - 新居浜駅間および今治駅 - 伊予北条駅間がそれぞれ電化され、7000系電車が増備された。また同年秋より8000系電車の試作編成（3両）を使用しての臨時特急「しおかぜ」（岡山駅 - 新居浜駅間）・「いしづち」（高松駅 - 新居浜駅間）が設定された。
12月3日
東日本では、成田空港第2ターミナルのオープンに伴い、成田線（および京成電鉄本線）に空港第2ビル駅が開業した。
3月3日
九州では、福岡市営地下鉄1号線・博多駅 - 福岡空港駅間の延伸開業に伴い、相互直通の筑肥線でダイヤ改正を行った。
1995年（平成7年）
1月17日に発生した阪神・淡路大震災により、東海道・山陽本線（JR神戸線）が不通になり、開通区間の延伸のたびにダイヤ改正を行った。このダイヤ改正については「JR神戸線#開通の推移」を参照。
4月1日
阪神・淡路大震災による復旧作業が完了、JR神戸線が全線開通した。朝夕ラッシュ時に新快速を臨時扱いで増発し、117系の姫路駅への乗り入れが復活した。また、使用停止になっていた神戸駅1番のりばの使用も再開され、この乗り場を使って朝時間帯の快速が新快速の待ち合わせを行うようになった。大阪方面の外側快速の大久保駅での通過待ちは廃止された。207系の草津駅への乗り入れが消滅した。
なお、直後の4月8日には山陽新幹線の新大阪駅 - 姫路駅間が復旧し、東海道・山陽新幹線は同日より全線で運転が再開された。
9月4日
北海道では、深名線が廃止された。
4月27日
東葉高速鉄道東葉高速線が開業し、中央線各駅停車・営団地下鉄（現在の東京メトロ）東西線との相互直通運転が開始された（それに伴うダイヤは3月16日改正で対応済み）。
7月31日
西日本では、紀勢本線（きのくに線）に制御振り子付の新型特急車両283系を投入、「スーパーくろしお オーシャンアロー」として381系「くろしお」の新宮駅発着3往復が置き換えられた（ダイヤは変更なし）。これに伴って381系の運用も変更され、定期「くろしお」は全列車がグリーン車指定席連結となった。
9月1日
北海道では、富良野線に緑が丘駅が開業した。
7月10日
東海と西日本が共同開発した寝台電車の285系電車が特急「出雲」1往復と「瀬戸」に投入され、同車両の愛称が“サンライズエクスプレス”であったことからそれぞれ列車愛称も「サンライズ出雲」・「サンライズ瀬戸」に変更された。「サンライズ出雲」は運行車両の動力の関係で従来の山陰本線経由から伯備線経由に変更された。客車列車の「出雲」1往復は浜田駅発着から出雲市駅発着に見直された。またこれによりJR四国管内からは客車による定期旅客列車が消滅した。
4月1日
西日本では、ユニバーサル・スタジオ・ジャパン（USJ）の建設工事に伴い、桜島線で安治川口駅 - 桜島駅間のルート変更によるダイヤ修正。同区間の営業キロは0.1km長くなった。
7月2日
九州では、鹿児島本線の枝光駅 - 八幡駅間でルート変更、新ルートにスペースワールド駅が開業した。このルート変更で同区間の営業キロが1.0km短縮され、並行する山陽新幹線・小倉駅 - 博多駅間の営業キロも同様に短縮された。
7月16日
上野駅 - 札幌駅間で寝台特急「カシオペア」が運転を開始した。代わりに寝台特急「北斗星」は3往復のうち1往復が臨時列車に変更された。