捜索
令状
捜索は、原則として検察官、検察事務官または司法警察職員の請求により裁判官が発する令状により行われる（刑訴法218条）。この内、警察官である司法警察職員については、原則として、国家公安委員会または都道府県公安委員会が指定した警部以上の階級にある警察官（指定司法警察員）が令状の請求を行うとされている（規範137条）。令状には、被疑者等の氏名、罪名、捜索すべき場所・身体・物等、刑訴法第219条に規定する事項を記載し、裁判官の記名押印がなされなければならない。令状の請求に当たっては、その必要性を疎明する資料を添付しなければならない（規範139条）。
捜索の対象は令状により特定されていなければならず、複数の場所などを1通の令状で捜索することはできないと解されている。ただし、法律上別個の処分である捜索と差押の令状を1通とすることは違法ではないとされており、実務上も「捜索差押許可状」という書式が多用される。
令状主義の例外
被疑者の逮捕に際して必要な場合、令状無しで、住居等において被疑者を捜索し、または逮捕の現場について捜索を行うことができる（刑訴法220条1項）。ここでいう「逮捕の現場」とは、判例・通説によれば、逮捕行為に時間的・場所的に接着していることを要するとされている。
逮捕に伴う捜索に令状を要しないことは、既に逮捕という法益侵害が許されている以上、被疑者の権利を侵害する度合いが少ないことと、証拠収集に必要性・緊急性が認められること、また、証拠存在の蓋然性が高いことが理由とされる。
捜索の執行
刑訴法222条第1項では、捜索の執行にあたり、同法99条以下の裁判所が行う捜索についての規定を準用している。
令状に基づいて捜索する際は、処分を受ける者または立会人（立会人は規範141条2項による）に対してこれを提示しなければならない（刑訴法222条1項、110条）。また、住居主等のその場の管理者・責任者等に立ち合わせなければならず、これができない場合は隣人または地方公共団体の職員を立ち会わせなければならない。必要な場合は、被疑者を立ち会わせることができる。ただし、犯人を逮捕するための捜索（刑訴法220条1項1号）で緊急を要する場合は、立会人を要しない（刑訴法222条1項は110条を準用しているが、201条を準用していない）。
捜索に当たっては、錠や封を開き、その場の出入りを禁止し、その禁止に従わない者を退去させるなど必要な処分をすることができる（刑訴法222条1項、111条1項）。ただし、必要以上に器物を損壊し、書類を乱さないよう注意しなければならず、原状回復に努めなければならない（規範140条2項）。
夜間（日の出前・日没後）の捜索は、令状に特に記載がない場合はすることができない（刑訴法222条4項）。これは、私人の夜間における平穏を保護するためと解されている。ただし、旅館等夜間も公衆が出入りする場所や、賭場など風俗を害する行為に常用されるものと認められる場所については、前述の記載無しに夜間の捜索ができる（同条3項）。また、日没前に着手した捜索は、日没後も継続できる（同条4項）。
捜索の際は秘密を守り、処分を受ける者の名誉を害しないよう注意する（規則93条）とともに、必要以上に関係者に迷惑をかけないよう注意し（規範140条）なければならない。
令状による捜索は、令状の呈示が捜索開始の要件であるが、証拠隠滅の防止等、やむを得ない場合は実施着手後にこれを示すことも「準備行為」として適法とされている。
国税徴収法
国税徴収法（昭和34年4月20日法律第147号）は、国税の滞納処分を行うため、財産調査の一環として、徴収職員による捜索の権限を認めている。第142条で、滞納処分のため必要があるときは、滞納者の物または住居その他の場所につき捜索することができると規定しており、この処分に当たり令状は必要としない。本来、憲法第35条により令状が必要とされているのは犯罪捜査を目的とする刑事手続であり（租税の徴収は行政手続）、刑事手続は国家による刑罰という最も過酷な制裁を課すことを目指して、強制力を用いて行われるものだからである。そうはいっても、行政手続でも国民に大きな不利益を課したり強制力を用いる種類の手続もあるので、判例上、行政手続でも令状が必要な場合があるとされている。以上を前提として、最高裁は租税徴収のための手続については、令状は必要ないとしている。以下がその判例の抜粋である。
「たしかに、（中略）検査拒否に対する罰則は、（中略）収税官吏による当該帳簿等の検査の受忍をその相手方に対して強制する作用を伴なうものであるが、（中略）収税官吏の検査は、もつぱら、所得税の公平確実な賦課徴収のために必要な資料を収集することを目的とする手続であつて、その性質上、刑事責任の追及を目的とする手続ではない。
また、右検査の結果過少申告の事実が明らかとなり、ひいて所得税逋脱の事実の発覚にもつながるという可能性が考えられないわけではないが、そうであるからといつて、右検査が、実質上、刑事責任追及のための資料の取得収集に直接結びつく作用を一般的に有するものと認めるべきことにはならない。さらに、強制の態様は、収税官吏の検査を正当な理由がなく拒む者に対し、刑罰を加えることによつて、間接的心理的に右検査の受忍を強制しようとするものであるが、実質上、直接的物理的な強制と同視すべき程度にまで達しているものとは、いまだ認めがたい。」（川崎民商事件 最高裁判決）
上記判例に照らせば、相手方の自由意思を著しく拘束しない国税徴収法142条の捜索よりも、相手方の自由意思を著しく拘束する犯罪捜査のための捜索の方が、強制力が強いということになるため、無令状による捜索を認める国税徴収法142条は、憲法35条違反に当たらないとされている。
また、国税徴収法に基づく捜索では、滞納者が抵抗したからといって武器の使用を含めた制圧手段を取ることが認められていないのに対して司法警察員は、捜索に際して、状況と罪状に応じて警察官職務執行法に基づき武器の使用を含めた制圧手段を取ることが認められている。
徴収職員は、捜索に当たり身分証を携帯し、関係者の請求があったときはこれを呈示しなければならない（147条）。ただし、捜索開始前などに自発的に呈示する義務は、必ずしも無いと解されている。
捜索する場所については、滞納者自身の住居・事務所等のほか、滞納者の財産を所持する第三者または滞納者の財産を所持すると認められる親族等の関係者がこれを引き渡さないときに限り、第三者の住居その他の場所を捜索することができる（142条1・2項）。徴収職員は、滞納者等（捜索先が第三者の関係箇所である場合はその第三者。以下同じ。）に戸や金庫等を開かせ、または自ら開くために必要な処分をすることができる（同条3項）。同条3項の「必要な処分」とは、徴収職員が自ら開扉するための錠の除去等をいう。なお、これらの処分をするに当たって、器物の損壊等は、必要最小限度にとどめるよう配慮しなければならない。
捜索は、旅館等夜間（日没後から日の出前）に公衆が出入りする場所でやむを得ない場合のほかは、夜間に行うことはできない。ただし、日没前に着手した捜索は、日没後も継続することができる（143条）。
捜索に当たっては、滞納者等・その親族・その従業員等で相当のわきまえのある者を立ち会わせなければならない。これらの者が不在であるか、立会いに応じない場合は、成人者2人以上・市町村の職員・警察官のいずれかを立ち会わせなければならない（144条）。ここでいう「相当のわきまえのある者」とは、例えば会社法10条にいう「支配人」や14条にいう「ある種類又は特定の事項の委任を受けた使用人」（一般にいう管理職相当の役職の者）と解されている。また、捜索のために必要な場合、滞納者等やその同居の親族、代理人以外がその場に出入りするのを禁止することができる。
徴収職員は、捜索の結果差押可能な財産を発見した場合は、47条以下の規定に従いそれらを差し押えることができる。徴収職員は、捜索の結果財産の差押えを行わなかった場合には捜索調書を、差押えを行った場合は捜索調書に代えて54条に規定する差押調書をそれぞれ作成し、滞納者等や立会人にその謄本を交付しなければならない。
なお、地方税法（昭和25年7月31日法律第226号）では都道府県・市町村の徴税吏員が各種地方税の滞納処分について国税徴収法の例により行うことを認めているので、徴税吏員も地方税の滞納処分のために前述の捜索を行うことができる。この場合、上述の説明について「国税＝地方税」、「徴収職員＝徴税吏員」などと読み替えることになる。