掘立柱建物
縄文時代
歴史的には縄文時代前期に出現し、青森県青森市の三内丸山遺跡や秋田県大館市の池内遺跡など拠点集落の中心的な建物に用いた。ことに三内丸山遺跡の巨大な木柱による六本柱の建物は有名である。直径は約1mで、柱穴の間隔、幅、深さがそれぞれ4.2m、2m、2mで全て一致する。「4.2m間隔」の柱穴は他の縄文遺跡でも確認されており、「縄文尺」とでもいうべき共通の尺度が広汎に使用されていたのではないかと考えられるまでになった。この六本柱の建物は祭壇や見張り台のような施設ではなかったかと推定されている。
中期中葉の環状集落遺跡である岩手県紫波町西田遺跡では、広場を中心に、内側から土坑墓→掘立柱建物→竪穴住居→貯蔵穴の順に同心円状に遺構が配置される。そこでの掘立柱建物は殯（もがり）用の建物（再葬施設）ではないかとする考えがある。いずれにせよ、墓地が円環の中心を占めることから、墓に葬られた人々を祖先とする世界観のもとで日常生活が営まれたことを示唆している。西田遺跡では平面亀甲形の建物跡が検出されているが、同様の例は秋田県鹿角市の大湯環状列石および高屋館遺跡（ともに後期）からも見つかっている。
弥生・古墳時代
拠点集落の中心的な建物に用いる点では縄文時代と同様である。一般集落の住居としての主流は依然竪穴住居であり、これは古代末の11世紀まで続く。
弥生時代は、魏志倭人伝の記録を待つまでもなく、堀（防御施設）でムラ全体を囲む環濠集落の祭祀建築（祭殿）の大型化をもたらしたことや当時の一種の山城である高地性集落などの遺構、あるいは遺物など考古資料の面でも戦争の多い時代だったことが知られる。稲作農耕の本格的な進展は水利権や余剰農産物をめぐる争いを招いたものと思われるが、そうした時代状況を反映して、この時期の掘立柱建物には軍事的性格を帯びる建物や倉庫的使用のなされた建物（高床式倉庫・高床住居など）が増加したものとみられる。著名なものとしては、奈良県田原本町の唐古・鍵遺跡出土の土器に描かれた多層式の楼閣がある。これは偶然絵に描かれていたからこそ、同様の建物が存在しただろうという推定が可能となるが、通常は発掘調査における遺構の検出からは上屋構造までは推定できない。佐賀県神埼郡の吉野ヶ里遺跡の掘立柱建物跡もその立地などから考慮して物見櫓であることが確実視され、今日では遺跡公園内に復元されている。
古墳時代に入ると、クニとしてのまとまりと豪族相互の序列ができあがってきて、戦争は激減し、集落における軍事的要素は薄まるが、一方で建物が豪族の威容を示すものとして積極的に利用されたことはむしろ増加したと考えられる。いわゆる豪族居館とよばれる遺構がそれであり、群馬県高崎市の三ッ寺Ⅰ遺跡・北谷遺跡の調査例などが知られる。ここでは居住空間（私的空間）と祭祀の場もしくは首長による政治の場（公的空間）とがきちんと区画されていたことが確認されており、また、3km離れた両遺跡が規模・形状ともにまるで同じ設計図をもとに構築されたかのように酷似していることは特に注目に値する。なお、埼玉古墳群（埼玉県行田市）などから発見された家形埴輪には堅魚木（かつおぎ）を乗せた入母屋造の家、寄棟造の家、円柱表現の高床倉庫などがあり、上屋構造を推定するうえで大きな手がかりとなっている。
掘立柱建物と礎石・土台建物
飛鳥時代以降も一般集落では竪穴住居が主流であることは変わらないが、住居としては6世紀末以後から宮殿・官衙・都城建築として掘立柱建物が採用され、平安時代末以後は竪穴住居に代わって一般集落の住居建築の主流となって近世に至る。
一方、瓦葺（かわらぶき）の礎石建物は6世紀末以後の寺院・国衙の中心的な建物に採用され、住居建築としては宮殿や高級貴族の邸宅にみられるが、それも客殿など表向きの建物のみで、住居としては伝統的な掘立柱建物が主流であった。平城京跡（奈良県奈良市）では、宮城の門、大極殿、朝堂院、役所、寺院などが瓦葺の礎石建物で、柱はベンガラで朱色に塗られ、壁は白色の漆喰で、たいへん色鮮やかなものであったろうと推定される。それに対し、内裏をはじめ多くの貴族の邸宅は掘立柱建物であった。掘立柱建物の屋根はおおむね板葺または檜皮葺（ひわだぶき）で、柱は白木（しらき）が多かったとみられる。土台建ての建物は礎石建物と同時に大陸から移入され、発掘遺構としては痕跡をとどめにくい形式のため数は決して多くないが、官衙や宮殿建築には遺構例がある。なお、現存する世界最古の木造建築である法隆寺金堂・五重塔（奈良県斑鳩町）にも礎石が用いられている。ただし、五重塔の心柱は掘立式である。
特殊な事例としては、礎石と掘立柱を併用する基礎形式を採用した例がある。これは、島根県松江市の国の史跡出雲国府跡、平城京跡、長岡京跡（京都府向日市・長岡京市）などにみられる。
総柱型建物の登場
平安時代末期以後、掘立柱建物が一般集落の住居として竪穴住居に代わって全国的に普及するが、その形式は律令時代とは全く異なっている。律令時代には母屋（もや、身舎）と庇（ひさし）による構造形式を持ち、内部には間仕切柱以外の柱を立てないが、中世住居の主流は柱間間隔を2mないし2.4m前後として直接10～15の細い柱を母屋と庇の区別なく碁盤目状に立てる総柱型（そうばしらがた）の平面となる。総柱型建物の最古の例は摂関期にさかのぼる。
鎌倉時代に幕府の置かれた鎌倉では、礎石建物と掘立柱建物の両遺構が検出されるが、礎石建物は格式の高い武家屋敷の主要な建物のみに限定され、ほとんどの場合が掘立柱建物である。
総柱型平屋建物は当初は方眼の交点にすべて柱が立つものであったが、時代が進むにつれて屋内柱を省略する例が増加し、近世民家につながる様式となる。間取りが明確になってくるのは室町時代以後である。現存する日本最古の民家は兵庫県神戸市の「箱木千年家」（15世紀）でこの系統を引き、土間側1本、座敷側2本の柱の省略があるのみで、構造的にも総柱型建物の古式を伝えるものである。
総柱型平屋建物は、京都の公家層・地方の地頭層から一般集落に至る各階層の住居に普及する、当時としては全く新しい建築様式であり、また日本独自のものである。
中世建物の諸形式
中世において主流をなす掘立柱建物には、上に掲げた「総柱型」以外に「梁間1間型」（はりまいっけんがた）がある。
総柱型建物が平屋建て住居としては摂関期発生の新形式の住宅建築であるのに対し、梁間1間型建物は高床建築あるいは平屋建築として、弥生時代より存在する在来形式の平屋建築である。西日本の拠点集落の祭壇や大形住居として使用され、一般集落における住居使用例としてはむしろ少ないが、弥生時代中期の岡山県津山市の沼E遺跡には母屋（身舎）の桁行3間、梁間1間の四周に下屋をめぐらす住居遺構があり、建築史では、この系統が中世まで引き継がれるものと考えられている。ただし、東日本における梁間1間型平屋住居は、平安時代後期から鎌倉時代にかけては総柱型建物とくらべて遺構検出例が少なく、南北朝時代から室町時代にかけて関東・奥羽に普及するものと考えられる。
以上の主流形式以外に「多梁間型」・「律令型」の掘立柱建物がある。
さらにまた近年、上記に掲げたいずれにもつかないタイプの建物が古墳時代までさかのぼることが明らかになってきた。「側柱式」（がわはしらしき）と呼ぶべきもので、これは室内スペースが広く取れることから工房のような用途が考えられる。
同一集落で諸形式が混在する例もある。その場合は総柱型が母屋（おもや、主屋）で梁間1間型が附属屋となるケースが多い。岩手県花巻市大瀬川C遺跡の例がその典型である。
中世建物の柱間間隔
「日本中世住居の形成と発展」（宮本、1999）によれば、中世に普及する総柱型住居の特徴として、建物規模に関係なく柱間間隔は2.0m前後か2.4m前後のものが多いことが掲げられている。「2.0m基準」の分布域は鎌倉周辺、大阪府、滋賀県などで、「2.4m基準」は福井県、石川県において濃厚に分布する。その他の地方では両者混在もしくは中間的な寸法を示す。たとえば、ともに秋田県の12～14世紀の集落遺跡であるが、沖積地に立地する下タ野遺跡（秋田市）では2.0m基準、台地上に立地する金仏遺跡（三種町）では2.4m基準が採用されている。
このことは建築技術あるいは技能者集団にも2つの系統があることを示唆する。2.0m基準は近江や摂津・河内の地に発生して鎌倉幕府に採用されて各地に波及したものと考えられる。いっぽう2.4m基準は、山形県・京都府・岡山県・兵庫県にも多いことから、越前・加賀など北陸地方に発生して各地方に波及したという見方と京都を中心とする在来手法に由来するという見方がある。
いずれにせよ、室町時代には総柱型を基本形に発展して各地方で地域的特色を持つようになり、近世民家の基礎が形成される。
近世以降
近世に入っても、農村集落や町屋では村役人・町役人以上の階層に礎石建てや土台建てが認められる程度で、庶民住宅には古代末以来の掘立柱建物の伝統が強く残り、庶民階級に礎石・土台建てが普及し始めるのは早くても18世紀後半ころで、幕末期以後に一般化する。
（屋根の葺材は草葺または板葺石置屋根がその後も続き、瓦屋根が普及するのは明暦3年（1657年）の明暦の大火以後のことで、それも町屋に限られる。）
近代に入ると船や鉄道により石材の輸送も便利となり、煉瓦やコンクリートの使用も始まって、土台を造ることが一般的になり、掘立柱建物はほぼ姿を消していった。
博覧会など仮設の施設では、昭和戦前期まで掘立柱建物が造られた例がある。