A級戦犯合祀問題
問題の経緯
太平洋戦争後の極東国際軍事裁判（東京裁判）において処刑された人々（特にA級戦犯。ただし、合祀問題における「A級戦犯」には、判決前に死去した、つまり無罪の推定を受ける人物も含まれる。この点については昭和天皇は判決前に病死した松岡洋右と有罪判決後に獄中で病死した白鳥敏夫を同列に問題視している）が、1978年（昭和53年）10月17日に「昭和殉難者」（国家の犠牲者）として靖国神社に合祀されていた事実が、1979年（昭和54年）4月19日朝日新聞によって報道され国民の広く知るところとなった。
戦前に軍国主義の立場から利用されたと国会答弁でも指摘された靖国神社が、A級戦犯を「昭和殉難者」と称して祭神として合祀しており、「国策を誤り、植民地支配と侵略によって、多くの国々、とりわけアジア諸国の人びとに対して多大の損害と苦痛を与えた」とした1995年（平成7年）8月15日の日本社会党の村山富市内閣総理大臣（首相）談話（村山談話）に基づいた政府見解に反するとして問題視する意見がある。靖国神社は国家機関ではなく一宗教法人であり、靖国神社自体が政府見解に従う義務はないが、政府高官が靖国神社に参拝することを村山談話との関係で問題視する者もいる。靖国神社そのものを問題視しない立場でも、戦死者を祀るのが本義である靖国神社に東条英機ら戦争責任者が合祀されるのをよしとしない者もいる（昭和天皇がこの立場であったという説がある。後述）。
また、天皇の靖国神社親拝は昭和天皇による1975年（昭和50年）11月21日が最後となっている。この理由については、昭和天皇がA級戦犯の合祀に不快感をもっていたとの意見が指摘されていた。最後の親拝は合祀の三年前であるが、昭和天皇は親拝を毎年行っていたわけではない（後述）。
なお戦後に日本および東アジア全域で実施された戦犯法廷でBC級戦争犯罪として有罪を宣告され処刑された約1000名については＜昭和殉難者＞として靖国神社に合祀されている。
中国の反発
1964年（昭和39年）、日本社会党の佐々木更三委員長が中華人民共和国（中国）の毛沢東共産党主席に「中国国民に多大の損害をもたらして申し訳ない」と挨拶したところ、毛沢東は「何も申し訳なく思うことはありませんよ。日本軍国主義は中国に大きな利益をもたらしました。中国国民に権利を奪取させてくれたではありませんか。皆さん、皇軍（日本軍）の力無しには我々が権利を奪うことは不可能だったでしょう」と半ば皮肉まじりに発言している。1979年に合祀されていたことが報道された後も鈴木善幸が首相在任中も含め8月15日等計8回参拝している（ただし三木武夫の「私的参拝原則」発言以降、首相その他の国務大臣の参拝は、私的参拝もしくは「私人」か「公人」かを明らかにしない参拝であった）が抗議は受けていない。だが、1985年（昭和60年）に中曽根康弘が「首相として公式参拝」を表明し実施して以降、中国と大韓民国（韓国）から抗議を受ける事があり（靖国神社問題をめぐる日本国内の一部報道が影響しているとの指摘もある）、その度に日本でも問題として取り上げられる。政府間ではA級戦犯が取り上げられているが、中国の報道ではBC級戦犯についても問題とされる場合もある。
中国政府（中国共産党）の抗議として、もっぱら首相以外の靖国神社参拝への抗議はしていなかった。しかし、2005年（平成17年）2月22日の春季例大祭に、「みんなで靖国神社に参拝する国会議員の会」数十名が集団参拝したことに対して、中国政府の秦剛副報道局長が中国外交部を代表して「強烈な不満」を表明した。その直後、王毅駐日大使が自民党の外交調査会での講演で、かつて政府の顔である首相、官房長官、外務大臣の3人は在任中に参拝しないという紳士協定があったとしている（裏を返せば「それ以外の人間の参拝については言及しない」ということとも解釈できる）。このことから、秦剛副報道局長の「みんなで靖国神社に参拝する国会議員の会」などの参拝についての言及については矛盾しており、主張が二転三転しているとの指摘もある。
戦没者の靖国神社合祀に関連して、1956年（昭和31年）遺族援護行政を所管する厚生省引揚援護局から、都道府県に対して靖国神社合祀の事務に対する協力について通知が行われた。後にこの通知は、1971年（昭和46年）に「合祀事務」や「祭神名票」など不適切な用語が用いられていたとして廃止された。その後、遺族援護事務としての一般的調査回答業務とした形で1986年（昭和61年）まで続けられていた。なお、1985年（昭和60年）には政教分離原則に反する不適切な通知だった、と当時の厚生大臣が国会で答弁している。 
この引揚援護局からの通知に基づいた祭神名票（戦没者身分等調査票）は、靖国神社側が合祀を判断するため、戦没者あるいは一定の合祀資格条件に該当する者かどうかなど、照会があって調査作成されていたものである。合祀予定者の調査を靖国神社ではなく行政府が行っていたという経緯から、「合祀は日本政府の指示によるものではないか」という意見もある。しかし、政府の出した名簿が全て合祀された訳ではなく、2002年（平成14年）7月の国会答弁では「国として靖国神社の行う合祀には関わりを持っていない」事が確認されている。
靖国神社の照会により引揚援護局が作成した祭神名票には、改正された「戦傷病者戦没者遺族等援護法」および「恩給法改正」の支給根拠である「戦犯は国内法で裁かれた者ではない」という解釈から、東京裁判における戦犯も除外なく記載されている。靖国神社では1959年（昭和34年）にBC級戦犯を合祀した。A級戦犯については合祀のための照会をしていなかった。だが、1965年（昭和40年）に厚生省に戦犯を含む資料の送付を依頼。翌1966年（昭和41年）厚生省引揚援護局調査課長が「靖国神社未合祀戦争裁判関係死没者に関する祭神名票について」の通知に基づき祭神名票を送付。1970年（昭和45年）に靖国神社の崇敬者総代会でA級戦犯の合祀が決定された。ただし、当時の宮司預かりとなり、合祀はされていなかった。1978年（昭和53年）になって新宮司が就任。A級戦犯の受刑者を「昭和殉難者」と称して合祀した。また、靖国神社は、東京裁判の有効性や侵略の事実を否定するなど、「A級戦犯は戦争犯罪者ではない」として名誉回復の方針を見解として打ち出している。A級戦犯合祀問題の背景には、靖国神社などによる「A級戦犯は戦勝国による犠牲者」とする意見と、侵略戦争を認めた政府見解や、国民への多大な犠牲などから「侵略・亡国戦争の責任者である」と一般の犠牲者である軍人・軍属などと一緒に祀り、顕彰することを問題視する意見の対立があると思われる。1963年（昭和38年）以降、8月15日に開かれている政府主催の全国戦没者追悼式の戦没者の対象にA級戦犯も含まれているが、問題視されていない。全国戦没者追悼式は追悼であり、靖国神社は顕彰しているという理由からである。また、自決・戦死による祭神の中にも戦争責任者とみなされる人物は存在するが（日中戦争開始時の陸相で太平洋戦争開戦当時の参謀総長である杉山元、満洲事変当時の関東軍司令官である本庄繁、支那事変開始時の海軍次官で太平洋戦争開戦当時の連合艦隊司令長官山本五十六など）、現在のところ問題とはされていない。
天皇の親拝停止
昭和天皇は、戦後は数年置きに計8度、靖国神社に親拝したが、1975年11月21日を最後に親拝が行われなくなり、明仁天皇も親拝を行っていない。この理由については、昭和天皇がA級戦犯の合祀に不快感をもっていたことを理由とする主張（合祀は1978年（昭和53年）10月17日であり、昭和天皇親拝停止三年後である。）と1975年当時の三木武夫首相が同年の終戦の日の参拝の後、「総理としてではなく、個人として参拝した」と発言した事を理由とする主張とがあった。昭和天皇が合祀に不快感をもっていたことを記録した「富田メモ」や、内容を裏付ける『卜部亮吾侍従日記』に基づき、松岡洋右と白鳥敏夫の合祀が天皇の親拝を妨げていたと考える説もある。
なお、天皇の靖国神社への親拝が行われなくなった後も、例大祭の勅使参向と内廷以外の皇族の参拝は行われている。
富田メモの発見
2006年（平成18年）7月20日に、1988年（昭和63年）当時の宮内庁長官であった富田朝彦が昭和天皇の発言・会話をメモしていた手帳に、昭和天皇がA級戦犯の松岡洋右と白鳥敏夫の合祀に不快感をもっていたことを示す発言をメモしたものが残されていた、と日本経済新聞の1面で報道された。このメモ（富田メモ）は、富田朝彦の遺族が保管していた手帳に貼り付けてあったものである。以下、そのメモの記述の一部を示す。
私は　或る時に、A級が合祀されその上　松岡、白取までもが、
筑波は慎重に対処してくれたと聞いたが

松平の子の今の宮司がどう考えたのか　易々と

松平は平和に強い考があったと思うのに　親の心子知らずと思っている

だから私　あれ以来参拝していない　それが私の心だ
「松岡」とは、松岡洋右元外務大臣、「白取」とは、白鳥敏夫元駐イタリア大使、「筑波」とは、靖国神社宮司で1966年（昭和41年）に旧厚生省からA級戦犯の祭神名票を受け取りながら合祀しなかった筑波藤麿を指すと推察される。1965年6月30日の靖国神社の総代会で合祀する方針が決定されたが、合祀の時期は宮司に一任された。合祀強行派の中には、「戦争責任者として合祀しないとなると神社の責任は重いぞ」と主張する者がいたが、当時の宮司であった筑波藤麿は「ご方針に従う。時期は慎重に考慮したい」と引き取り、結局任期中に合祀を行わなかった。「筑波が慎重に対処してくれた」とは、このことを指すと考えられる。「松平」とは終戦直後の最後の宮内大臣であった松平慶民、「松平の子」とは慶民の長男で1978年にA級戦犯の合祀を決断した当時の靖国神社宮司、松平永芳を指すと推察される。
富田メモ研究委員会による最終報告
「富田メモ」（日記、手帳）について、日本経済新聞社が設置した社外有識者を中心に構成する「富田メモ研究委員会」は2007年4月30日、最終報告をまとめた（以下、「」内は同記事よりの引用）。
同委員会は2006年（平成18年）10月から、計11回の会合を重ねメモ全体を検証した。その結果「これまで比較的多く日記などが公表されてきた侍従とは立場が異なる宮内庁トップの数少ない記録で、昭和史研究の貴重な史料だ」と評価。特に2006年7月、日本経済新聞が報じたA級戦犯靖国合祀に不快感を示した昭和天皇の発言について「他の史料や記録と照合しても事実関係が合致しており、不快感以外の解釈はあり得ない」と結論付けた。岡崎久彦のように「終戦直後の昭和天皇は『連合国にとっては戦犯だが日本にとっては忠臣』と言っておられた」とメモの真実性に疑問を呈する声もあったが、この最終報告以降メモの信憑性自体を疑う声は消えたと言ってよい。
また昭和天皇が靖国参拝に対し、「明治天皇のお決（め）になって（「た」の意か）お気持を逸脱するのは困る」（1988年（昭和63年）5月20日）と発言したのを書いた部分も発見され、同委員会は「昭和天皇が靖国神社の合祀のあり方について、明治天皇の創建の趣旨とは異なっているとの疑問を抱いていたのではないか」と判断した。
最終的に「富田メモ」は、富田家が公的機関への寄託などを検討している。