メタルギアソリッド ピースウォーカー
ゲームシステム
このゲームは主に「ミッション」と呼ばれるアクションシーンと、「マザーベース」と呼ばれる基地での戦略シーンの2つからなる。
ミッションでは敵兵のいる海岸やジャングル、敵基地などに潜入し、要人の捜索や重要アイテムの回収、次のエリアへの到達、巨大兵器（ボス）の制圧などの任務をこなしていく。
シリーズ恒例のゲーム難易度は廃止され、ミッションごとに難易度が設定されている。
また、ステルスゲームである本作は、敵兵を殺すことや敵兵に発見されることは評価としてはマイナスになる。このため、他のメタルギアシリーズ同様、敵を倒すより敵に見つからないことが重要である。また、敵兵を排除する場合でも殺さず眠らせるだけにしたり、戦闘を回避することが評価を上げることに繋がる。眠らせたり、気絶させた兵士はアイテム「フルトン回収システム」によってマザーベースに収容、味方にすることができる。
『メタルギアソリッド3』『メタルギアソリッド4』のカムフラージュシステムも健在。出撃時にユニフォームを選ぶ方式で、ミッション中の変更はできない。
ミッション中にはレーションや武器の設計図が書かれた機密書類などのアイテムを回収できることもある。本作では、他のメタルギアシリーズと違い、ほとんどのアイテムは後述するマザーベースで製作する。ミッション中に入手するのはアイテムの開発条件が記されたキーアイテムのみ。キーアイテム入手後、マザーベースの「DEVELOP（開発）」コマンドによって開発を行う。弾薬やアイテムは所持上限を超えている場合、入手と同時にマザーベースに自動的に移送される。
ミッションの目的を達成するとミッションクリアとなり、設計図やユニフォームが手に入ったり、新しいミッションが選択可能になる。ミッションクリア時にはプレイ内容が評価され、それによって「英雄度」というパラメータが上下する。英雄度が高くなると志願兵が増えたり、より優秀な兵士が志願してくるなどのメリットがある。
マザーベース
本作で実装された新要素。『ポータブル・オプス』で導入された部隊育成を更に発展させたもの。ミッションで敵兵士を捕らえたり、捕虜を奪還することで自軍の兵士を増やすことができる。仲間になった兵士は「実戦部隊」「研究開発」「糧食」「医療」「諜報」の5部門に配属させることができる。各部門は兵士の数、優秀な人材が多いほど、能力が上がり新たな兵器や装備を開発できるようになる。さらには基地そのものも発展していく。
基地が成長するに従って訓練施設、兵器プラントなどが増設され、装甲車両や航空兵器の運用、志願兵の登用なども行える他、世界中の紛争地帯に部隊を派遣する事も可能になる。なお、公式HPで公開されているトレイラー映像によれば、このマザーベースの発展が後の「アウターヘブン」創設に繋がっていった事が示唆されている。
マザーベースの収容人数を超えて人数を増やしすぎると、マザーベースから人員が転げ落ちることもある模様である。
アイテム開発
ミッションでアイテムの設計図が書かれた機密書類を入手すると、新たなアイテムが開発可能になる。ただし、開発条件として、マザーベースの人員のレベルが必要とされるものもある。例えば回復アイテムのレーションは研究開発班のレベルが5以上ないと開発できない。ほとんどの武器は研究開発班のレベルが一定以上必要とされるが、食料系のアイテムは糧食班のレベルが必要とされたり、三つ星コック・メタマテリアル技術等の特殊なスキルを持つ兵士が必要とされる場合もある。開発条件クリア後はGMP（資金力）と呼ばれるポイントを消費することで開発が開始される。その後はミッションをクリアして行く事で開発が進行、開発終了後はそのアイテムを使用可能になる。また、開発完了後は消費したGMPは戻り、自動的にアイテムが一定数ずつ生産される。開発が完了したアイテムも、さらに改良を施すことで能力を高めることもできる。
通信機能
本作では無線LANのアドホック通信に対応しており他のプレイヤーとの協力プレイ（最大4人）、対戦プレイ（最大6人）、そして兵士やアイテムの交換ができる。『ポータブル・オプス』とは違い、インフラストラクチャーモードはコンテンツのダウンロードのみしか対応していない。
VERSUS OPS
バーサスオプスは他のプレイヤーと対戦できるモード。『ポータブル・オプス』と同様、最大6人まで同時にプレイできるが、それと違いインフラストラクチャーでの対戦には対応していない。ルールは4種類あり、個人戦の「デスマッチ」、2チームに分かれての団体戦「チームデスマッチ」、ターゲットのケツァールを奪い合う「キャプチャーミッション」、マップ内にある拠点を奪い合う「拠点制圧」の4種類がある。また、対戦では一部の動作が無効になる（CQCでの拘束やホールドアップなど）また、フレンドリーファイアーも有効にできる。
兵士の回収
マザーベースのスタッフは当初はスネークとミラーを含め数名だが、味方を増やすことでマザーベースを拡大することができるようになる。ミッション内で無力化した敵兵や捕虜を「フルトン回収」する方法、無線LANのアクセスポイントから志願者を募る「リクルート」、関連商品に書かれたパスワードを入力する「パスワード」がある。また、ミッションをクリアして英雄度を上げると兵士が志願してくることがある。
フルトン回収
麻酔銃、スタンロッドなどの非殺傷武器で気絶（星のマーク）、睡眠状態になった敵（ZZZのマーク）や、ホールドアップ状態になった敵、急所を攻撃せずに瀕死状態になった敵（赤い髑髏マークの表示）や、敵兵に捕まった捕虜の近くで「フルトン回収システム」を装備し、使用することでその兵士をマザーベースに回収することができる。ただし、英雄度が低いと回収した敵の中にはすぐには仲間にならない者もいる。また、一部の捕虜や瀕死状態で回収された敵兵は、一旦診療所に移送される。
なお、1回のミッションでフルトン回収できるのは100人までとなっているが、1回のミッション中に100人以上敵兵が出現する事は無く、全員を回収することが可能。
特定の条件で手に入る設計図で研究開発を行っていくと高台の敵兵はフルトンランチャー、もしくは睡眠ガス地雷で回収出来る。屋内であっても問題なく使用できる。
リクルート
『メタルギアソリッド ポータブル オプス』にもあった無線LANのアクセスポイントから強めの兵士を募集する方法。ストーリーをある程度進めるとミラーから入隊志願者を募ることを提案される。マザーベースの「リクルート」の項目から「ソルジャーサーチ」に入ると、無線LANのアクセスポイント (AP) が近くにある場合は入隊試験のミッションが選べるようになる。そのミッションでは武器は使えず、一定時間内にCQCで志願者を気絶させることができれば、強力な仲間にすることができる。英雄度によって志願兵の強さが変化し、高いほどSランクの仲間が手に入りやすくなる。
パスワード
ゲームスタート時に「EXTRAS」を選択し、ネットワーク接続後、「パスワード入力」を選択。サントリーから発売されている「マウンテンデュー」などに貼り付けられているシールなどに記載されているパスワードを入力すると、新たな特典兵士が仲間になる。パスワードはPlayStation Networkで管理されているため、一度入力すると同じパスワードは使用できなくなる。
AI兵器
コールドマンのピースウォーカー計画により、ヒューイとストレンジラブが完成させた無人兵器の総称。エキスパートシステムによるAI（弱いAI）を搭載していて、機械の自己判断で敵を認識、攻撃することができる。ピューパ（AI搭載水陸両用戦機）、クリサリス（AI搭載垂直離着陸戦機）、コクーン（AI搭載超級戦機）がこのタイプである。完成型のピースウォーカーは戦術核ミサイルを搭載しており、2脚、または4脚で移動し任意にミサイル発射地点を変更でき、自国、または同盟国に向けた核攻撃に対する報復を目的とする。ピースウォーカーのAI「ママルポッド」はスネークのかつての師匠、ザ・ボスの思考をそのまま再現しようとしたものであり、他のAI兵器とは異なり、一般的なエキスパートシステムではない（強いAI）。
国境なき軍隊 (MSF)
国境なき軍隊 (Militaires Sans Frontières; MSF) は、ネイキッド・スネークが結成した私設軍隊。名前の通りどのような国家や組織、イデオロギーにも属さない組織として創設された。スネークが総司令官を、ミラーが副司令官を務めている。超大陸パンゲアと髑髏を模したマークを使用している。
ゲーム進行に応じて軍備が増強されて行き、劇中イベントで支援班を除く全勢力で出撃するシーンでは、UH-1 ヘリコプター20機強と多数の上陸用舟艇および、強襲揚陸艦らしき艦船まで見受けられた。また、大破したピースウォーカーより回収した米国製核弾頭を自作のメタルギアに抑止力として搭載しており「世界七番目の核保有国」となる。
バランキヤ海岸を当初のベースキャンプとして運用していたが、ガルベス（ひいてはクレムリン）から洋上プラントを譲渡され、本部をカリブ海洋上に移す（その後、同キャンプはリクルートキャンプとして活用されている模様）当初は錆や鳥の糞だらけだったスクウェア型プラントを改良・清掃した四角形のものが3棟だけだったが、最終的にはヘックスタイプのプラント郡になり、その名をマザープラントとする。洋上プラントが最終段階にくると空母の飛行甲板のような形のプラントができる。
当初はCIAから派遣されていた傭兵やクレムリンの意向で派遣されていたソ連兵を拉致・説得したりCIAに捕獲されていたFSLNメンバーを奪還するなどして戦力を増強していたが、ゲーム後半になると積極的な動向や誘致が実ったか、志願兵も来るようになる。兵器群に関してもCIAからの鹵獲品が数多く存在しており、ソ連製BTR-60装甲車やアメリカ製LVTなどに始まり、当時最新型のMi-24 ハインドDやT-72（それも最新鋭のERA、コンタークト1を装備している。1974年の物語世界から見ればT-72は前年に正式採用されたばかり、ERAに至っては1982年にイスラエルが採用したのが世界初なので、時代的にはオーバーテクノロジーである）の機甲兵力や核弾頭など、小国の軍隊をゆうに上回る装備を保有している。
物語後半においては他国や企業からの派兵要請に応じてあちこちに兵士を派遣する傭兵業を展開。それにより利益を上げており、民間軍事会社のはしりともいえる存在である。
なお、このMSFではレクリエーションとしてサッカーといった球技大会や隊員の誕生会といった行事が度々行われているようで、他にも洋上プラントに移動した際には釣りをたしなむ者もいる（これは自給自足を兼ねた意味であろう）。これらの数少ない娯楽で隊員達の結束力を養っている模様。