東京都の歴史
先史時代
多摩丘陵にある丸池遺跡、羽根沢台遺跡、出山遺跡、天文台構内遺跡（いずれも三鷹市）では、三万年から二万年前の黒曜石製石器が検出されている。黒曜石産地は伊豆・箱根、長野県中央高地産である。また、伊豆諸島神津島は旧石器時代の重要な黒曜石の産地となっており、南関東で広く流通していた。
古墳時代
日本書紀には534年（安閑天皇元年）に武蔵国で乱が起きたが、大和朝廷の助けにより笠原直使主が戦いに勝利し大和朝廷から武蔵国造であることを認知された（武蔵国造の乱）とあり、その際、笠原直使主は屯倉（大和朝廷の直轄領）を献上している。この事は、まだ大和朝廷の権力は関東までそれ程及んでいなかった事が伺える。
律令制の時代
現代の東京都の領域は、令制国の武蔵国の一角である。郡においては、東京都区部は豊島郡（中心部）、荏原郡、足立郡の一部、下総国葛飾郡の一部に相当する。多摩地域は多麻郡となっていた。近世初期に、葛飾郡のうち、隅田川から利根川（現代の江戸川下流）の間が、下総国から分離されて武蔵国に編入された。武蔵国は、現在の東京都全域だけでなく、埼玉県全域と神奈川県東北部を含む広い版図であるが、国府と国分寺はそれぞれ現在の府中市と国分寺市にあった。当初の武蔵国は、五畿七道では東山道に属していたが、771年に東海道所属に変更された。
『延喜式神名帳』には多磨郡に小野神社（一宮論社）、足立郡に氷川神社（名神大社、一宮論社）、阿伎留神社、青渭神社等が見えるが、後世武蔵国総社とされた大國魂神社や、東京の神社として著名な神田明神や日枝神社の名は見えない。
この時代、新羅や高句麗からの亡命者が日本に居住していたが、朝廷が渡来人に武蔵国の一部への移住を命じ、移住することになった（現在の埼玉県地域にあった新羅郡や高麗郡は、それに由来する地名である）。
中世
平安時代後期には中世には武蔵七党と総称される在地武士団が興り、関東に進出した畿内の河内源氏の家人となった。後白河天皇皇子以仁王の令旨を受け伊豆国の源頼朝が挙兵した治承・寿永の乱においては豊島氏、足立氏、葛西氏らが活躍している。
12世紀には豊島郡江戸郷の名が見え、この地を本拠とする江戸氏も興った。これ以後、当地は江戸と呼ばれるようになる。鎌倉時代には多摩地方に北関東から鎌倉へ至る鎌倉街道が整備され、鎌倉後期には上野国の新田義貞が鎌倉幕府軍を破った分倍河原の戦いが起っている。
戦国時代には扇谷上杉氏の家宰であった太田氏が台頭し、江戸城を築いた太田道灌が武蔵国の掌握に力を注いだが暗殺され、相模国小田原城を拠点とする新興勢力である後北条氏が進出し、武蔵は後北条氏の領国となる。
後北条氏当主北条氏政の弟である北条氏照は八王子城を築き、西方の甲斐国の武田氏に備えた。後北条氏は豊臣秀吉の小田原征伐によって1590年に滅んだ。
近世
後北条氏の滅亡後、豊臣政権下においては東海地方と武田遺領である甲信地方の5ヶ国を支配していた徳川家康は関東地方（武蔵国を含むほとんど全部）への領地替えとなり、駿府城（旧静岡市）から江戸城に入る。
関ヶ原の戦いを経て家康は引き続き江戸を武家政権の所在地と定め、1603年3月24日（旧暦2月12日）に江戸幕府を開き、江戸時代が到来する。ここに、首都は京都でありながら、幕府の所在する江戸が実質的に日本の行政の中心地となる。幕府を開いた家康は進んで鷹狩りをやり、白金御殿などの御殿も造られた。江戸は人口の急増とともに拡大していき、18世紀初頭には人口100万人を超える世界有数の大都市へと発展を遂げていた。5代将軍徳川綱吉の時代には現在の23区内唯一の喜多見藩があったが、数年で消滅した。18世紀後半から19世紀初頭には、化政文化をはじめとする江戸独自の文化が発達し、上方に代わる文化の発信地となっていった。
多摩地方は甲州街道沿いを除いて大半が未開拓地域の乏水地帯であったが、近世には玉川上水や野火止用水など用水路の開削が行われ新田開発が進展する。享保年間には将軍吉宗の享保の改革において江戸町奉行の大岡忠相が地方御用を兼任し武蔵野新田開発が行われ、江戸中後期には多摩地方に諸村落が成立する。
明治維新から第二次世界大戦まで
1867年11月9日（慶応3年旧暦10月14日）の徳川慶喜による大政奉還と1868年1月3日（慶応3年旧暦12月9日）の王政復古のクーデターによって江戸幕府が崩壊し、同年5月3日（慶応4年（明治元年）旧暦4月11日）の江戸城開城によって江戸は新政府の支配下に入った。7月1日（旧暦5月12日）、新政府は江戸府を設置し、9月3日（旧暦7月17日）に江戸が東亰（後に東京）と改称されると、江戸府も東京府と改称された。1869年に明治天皇が皇居（東京城、旧江戸城）に入ると、東京は近代日本の事実上の首都となった（東京を首都とする法的根拠はないとする意見もある。東京奠都を参照）。
1868年（明治元年旧暦5月19日）、北町、南町両奉行所を廃し、町奉行管轄地を管掌する市政裁判所（市政民政社寺三裁判所）を旧南町奉行所に設ける。同年（旧暦7月17日）、市政裁判所を東京府と改名し、同年（旧暦8月17日）、東京府幸橋御門内（現在の東京都千代田区内幸町1丁目）の旧郡山藩屋敷に東京府庁を開庁する。東京には全国から新政府に仕える人々が集まり、多くは皇居周辺（後世の山手線内側）に住んだ。これが山の手族の起源である。また、築地には外国人居留地が設けられ、銀座には西洋風の煉瓦街が作られて、文明開化が進んだ。
廃藩置県後の1871年12月25日（明治4年11月14日）、東京府のほか現在の関東地方に存在していた各県が廃止され、武蔵国荏原郡と豊島郡、および足立郡、葛飾郡のそれぞれ一部を管轄区域とする東京府が改めて設置されることとなった。このとき旧来の東京府の区域については6大区の下に97小区を置く「大区小区制」が敷かれ、一方廃止された品川県、浦和県、小菅県、および世田谷に飛地を有していた長浜県からの行政の移管は半年ほどかけて順次行い、旧県時代の区割りのままとした。この際に神奈川県の管轄となった多摩郡のうち、現在の中野区、杉並区の区域が翌1872年（明治5年）東京府に移管され、管轄区域は現在の東京都区部（23区）のうち世田谷区西部（後の砧村及び千歳村）を除いた区域となった。その後1873年（明治6年）3月18日に大区小区の区割りが全域一貫したものとなり、総計11大区103小区となった。
1878年（明治11年）郡区町村編制法に基づき、東京府管下の中心部市街地に麹町区以下の15区が、同年11月2日に編成された。市街地に隣接する区域は荏原郡・東多摩郡・南豊島郡・北豊島郡・南足立郡・南葛飾郡の6郡に編成される。（このうち、東多摩郡と南豊島郡は1896年（明治29年）4月に合併されて豊多摩郡となった。）また、同年1月11日より、伊豆諸島が東京府の管轄となった。1889年（明治22年）5月1日に市制特例による特別市制により東京市が発足し、1899年（明治32年）10月1日には、市制特例を廃止し、東京市は一般市制による一般市となった。1893年（明治26年）4月1日、神奈川県に属していた三多摩を東京府に編入した。
大正期に入ると、東京市への人口流入は更に進み、1920年の人口は370万人になったが、1923年（大正13年）9月1日には関東大震災に襲われ、特に下町が大打撃を受け、一時、面積が半分程度の大阪市の人口が東京市を抜くことにもなった。近衛文麿政権以後の政権は、戦時体制を敷いて、経済・産業・文化・芸術・教育、その他あらゆる分野の中枢を東京に集めた。
三多摩にも市ができた。1917年（大正6年）、東京府南多摩郡八王子町は市制を施行し、東京府八王子市となった。原内閣の郡制廃止後の1940年（昭和15年）、東京府北多摩郡立川町が市となり、東京府立川市となった。この時点で、東京府には、東京府東京市と八王子市と立川市の3市があった。
第二次世界大戦中の1943年（昭和18年）7月1日には、東京市と東京府は廃止され、東京都が設置された。初代東京都長官は、内務省出身の大達茂雄であった。第二次世界大戦末期の1945年（昭和20年）3月10日には東京大空襲によって下町を中心に甚大な被害を受け、都庁舎も失った。その後の空襲による被害もあわせて、市街地の多くが焼け野原と化した。また、小笠原諸島の硫黄島では地上戦が行われ、日米両軍が多大な犠牲を払った戦いとなった。第二次世界大戦の終結により、旧日本軍の基地や施設は、連合国軍に順次接収された。208ヶ所あった都内の米軍基地は、多年にわたる取組みの歴史を経て、現在は8ヶ所になっている。
第二次世界大戦後
戦後の政府は首都たる東京の復興を最優先した。1964年東京オリンピックによって戦後復興は終結し、東京は高度経済成長の中で新しい日本の政治・経済の中心として大発展を遂げる。高度経済成長期から、経済面で烈しい東京一極集中が進み、現在もこの傾向は加速する一方である。
1967年の東京都知事選挙では革新政党の支持を受けた美濃部亮吉が当選し、以後3期12年間のいわゆる「革新都政」時代となった。美濃部知事時代には福祉・環境政策において一定の成果がみられたが、人件費膨張などから都財政が悪化し、1979年に美濃部の引退後の都知事選挙で当選して就任した鈴木俊一の下で財政再建が進められた。
1968年に米国から返還された小笠原諸島（小笠原群島および火山列島）が東京都へ編入され、小笠原支庁および小笠原村が再設置された。
1980年代後半、東京都はバブル経済の涛に飲まれ、異常な地価高騰に見舞われた。1987年から3期目に入っていた鈴木都政におけるいわゆる「箱物行政」の推進も影響を与えたという見方もある。1991年には、新宿に都庁新庁舎が完成し、東京の新たな象徴となった。その後はバブル崩壊が進み、1996年に予定された世界都市博覧会は、1995年に就任した青島幸男知事によって中止された。
1999年に石原慎太郎が都知事に就任して以降は、品川、丸の内、汐留および臨海副都心などの再開発が目覚しく、石原知事の東京至上構想や、I LOVE NEW TOKYO計画の立ち上げなど、新たな発展の動きが見られる。