河内源氏
河内源氏の祖
清和源氏の武士団を摂津国川辺郡多田（兵庫県川西市多田）に最初に形成した源満仲の三男の源頼信を祖とする。頼信の長兄は摂津源氏の祖の源頼光であり次兄は大和源氏の祖の源頼親である。
源頼信は、河内国古市郡壷井（現在の大阪府羽曳野市壷井）を本拠地とし、香呂峰（こうろほう）の館を建てる。本拠地が河内国であることから「河内源氏」と呼ばれる。
羽曳野市には、八幡太郎義家をはじめとする河内源氏の墓や、氏神の壷井八幡宮や壷井権現（祭神・源頼信、頼義、義家、義綱、義光）がある。
武家の棟梁
河内源氏は、源頼信が平忠常の乱を、次いで源頼義・源義家が前九年の役、義家が後三年の役を平定し、東国武士を結集して、いわゆる「武家の棟梁」と称される地位を確立した。しかし院や貴族に脅威を与えた河内源氏は、院と結んだ平氏による源氏勢力削減政策により不遇を極め、保元の乱と平治の乱を経て没落するも、先祖を築いた基盤をもとに頼朝が鎌倉幕府を開いたとされていた。しかしそういった主張は近年では否定されつつある。貴族と武士は同じ支配者層であり、貴族と武士が対立関係にあったとではないとされる。また頼朝の隆盛の基盤は源平争乱の結果で得た領地で先祖からのものではない。ただし当時の武士の第一人者とされていたのは間違いないとされる。
勃興と斜陽
河内源氏初代の源頼信は、源満仲の三男であり、平忠常の乱を鎮定し坂東に勢力を扶植し、その子の源頼義、頼義の子の源義家（八幡太郎義家）の時に、前九年・後三年の役で坂東武士を傘下におさめ、特に義家の時に武家棟梁となった。頼朝、頼家、実朝の「鎌倉三代」と呼ぶのと同様に頼信・頼義・義家を「河内源氏三代」ともいう。
河内源氏が摂津源氏のように京都を活動舞台にせず板東を拠点としたのは、兄の源頼光、源頼親が藤原道長に側近として仕えたのに対し、頼信は上野介や常陸介など遠方で収入の少ない東国受領となっていたからである。しかし、上記の様に武功を重ね、義家、義綱（美濃守）、義光（新羅三郎）兄弟の頃には清和源氏最大の勢力となっていた（ただし、義家と義綱の仲は険悪だったという）。この頃、源氏庶流は国の下級官人を辞し、地方の荘官等となることにより勢力を築いていった。
しかし、義家の晩年に次男の義親が朝廷に反抗したため義家は苦境にたたされ、河内源氏に陰りが見え始める（義家の長男は早世している）。また、弟の新羅三郎義光（常陸源氏、甲斐源氏の祖）と四男の荒加賀入道義国（上野源氏、下野源氏の祖）が常陸合戦を引き起こし、両者が勅勘を受けてしまう。更に、義家の死後に家督を継承し栄名を誇った、義家の三男義忠が暗殺され、当初事件の主犯とされた弟の義綱（美濃守）が白河院の命を受けた、源義親の子源為義と源光国（美濃源氏）の討伐を受けて壊滅、また事件後真犯人が新羅三郎義光であったことが明らかになるなど、河内源氏内部の分裂は明白になり、権勢はしばらく失墜した。この背景には、河内源氏が拠り所にしていた摂関家の摂関政治から院政への移行があった。
保元の乱・平治の乱
源為義は白河院に近侍したものの、自身、郎党、八男・鎮西八郎為朝等の狼藉行動で信を失い摂関家へ接近した。一方で長男の源義朝は南関東に下向して勢力を伸ばし、白河院へ仕えて父とは別行動をとった。この際、当時の武蔵守・藤原信頼に接近したとされる。義朝は、荒加賀入道義国とも結ぶことに成功し関東で力をつけ、さらに院の影響下で京都へ復帰した。一方、父・為義は義朝の弟・源義賢を義朝の支配の及ばない北関東へ派遣した。秩父氏の争いもかかわって義賢は義朝の長男・義平（鎌倉悪源太）と対立したが、大蔵合戦で義賢が討死、義平側が勝利した。一方の中央では、白河院の寵愛を受けた伊勢平氏一族の平正盛が地位を固めていく一方で、武門の中で河内源氏の勢力は義家の死去以降相対的に低下していた。とりわけ為義は他の河内源氏がそれなりの地位を獲得する間、問題行動などが原因で長年官位的に逼塞をしていた。その中において義朝は河内源氏の50年ぶりの受領就任を果たすなどの躍進を遂げた。
源為義と義朝の対立は崇徳上皇と後白河天皇との間に起こった保元の乱において決着する。崇徳上皇方となり敗れた父や弟を処刑した義朝は、同じく院側についた源義康が急逝したこともあり、河内源氏の中で最大の有力者となった。しかし京都では、信西一門・二条天皇親政派・後白河院政派というグループの鼎立が起こり、藤原信頼と結んでいた義朝は同じく信頼に与力した武士たちと共に後白河上皇を幽閉、平治の乱に加わった。一時信頼グループは政権を掌握するが、平清盛らが秘密裏に上皇らを救出したことで形勢逆転、敗退して信頼は処刑され、義朝は京を落ちて東国へ向かう。しかし、道中で腹心の鎌田政清の舅になる尾張国の長田忠致の手にかかって殺害された。
摂津源氏の源頼政と河内源氏の源頼朝
なお、平治の乱では、源頼政（摂津源氏）は源義朝に対して独自行動をとって義朝の子の義平と戦い、結果的に平家の勝利に貢献している。
そののち、平氏政権での皇位継承の不満から反乱を企図した以仁王に源頼政が協力する（以仁王の挙兵）。この乱は失敗するが熊野に潜んでいた義朝の弟の源行家らが以仁王の令旨を全国に伝えると、河内源氏の源義朝の子である源頼朝、源希義、源範頼、源義円、源義経ら兄弟や、源義朝の弟の源義賢の子であり、頼朝の従兄弟にあたる源義仲（木曾次郎義仲）、源義光の子孫の武田信義・安田義定（甲斐源氏）、山本義経・柏木義兼（近江源氏）、義国の子孫の足利義清（下野源氏）、新田氏庶流の山名義範・里見義成（上野源氏）、源頼綱を祖とする多田行綱（多田源氏）、源頼綱の弟国房を祖とする源光長（美濃源氏）らが各地で挙兵し、俗に源平合戦と呼ばれる治承・寿永の乱が発生する。
当初は平家が源氏を圧倒しており、源希義が敗死している。しかし次第に形勢が逆転して平家は源義仲に京都を追われた。その後、義仲軍と頼朝軍、平家の三つ巴となったが頼朝軍が圧倒していき、粟津の戦いで義仲軍を、壇ノ浦の戦いで平家を滅ぼして頼朝軍が勝利した。
その後、鎌倉幕府の初代の征夷大将軍として武家棟梁となった源頼朝が河内源氏であったことから、河内源氏から名実ともに武家の棟梁が出ることとなった。一方の摂津源氏は、源頼政と一族の主だった者が宇治合戦で討死し、一族中で生き残った源有綱（戦いの時伊豆国にいた）は源義経に従っていたため、源頼朝の命令で討たれた。また、源義経の関係の深かった摂津源氏嫡流の多田行綱も、平家滅亡後に多田荘の所領を没収され追放処分となった。
源広綱は源頼光以来の摂津源氏の子孫を伝えることができたが、幕府を開いた頼朝と比べるならばもはや一御家人の境遇でしかなかった。
鎌倉時代
平家の追討に成功した頼朝は、乱の中で他の河内源氏一門（源義広・佐竹秀義（常陸源氏）、新田義重（上野源氏）、武田信義（甲斐源氏）、弟の源義経・源範頼）を滅亡や衰退させ、奥州藤原氏を討ち勢力基盤を固めた。武家政権の台頭を嫌いその勢威を抑制してきた後白河法皇が崩御すると、1192年に征夷大将軍に任ぜられた。
ただし源頼朝の系統は、頼朝の子・源実朝が兄源頼家の子・公暁に殺害される。その公暁も捕らえられて処刑、公暁の異母弟・禅暁も加担を問われ殺され、さらに禅暁の同母兄・栄実が泉親衡の乱に擁立されるも乱が失敗し自害、そして男系男子で最後まで残っていた頼朝庶子・貞暁が1231年に死去して断絶、また男系女子でも頼家の娘・竹御所が1234年死産により死去したことで、完全に断絶した。
また、鎌倉幕府において源氏一門は、血統や功績等により源姓を称することが許される「御門葉」と、源姓を称することが適わず、名字を称するものに区別された。
御門葉には信濃平賀氏（信濃源氏）、大内氏（信濃源氏）、安田氏（甲斐源氏）、加賀美氏（甲斐源氏）などの新羅三郎義光の系統、足利氏、山名氏などの源義国の系統が名を連ねたが、承久の乱などにより得宗家に敗れ没落した。
室町時代以降
鎌倉幕府末期の混乱期に頭角を表した、源義国の次男・足利義康を祖とする足利氏の棟梁・足利尊氏は、源義国の長男・新田義重を祖とする新田義貞等の対抗勢力を打ち破り、武家の棟梁として1338年に征夷大将軍に任じられ室町幕府を開く。足利義満は清和源氏出身者として初めて源氏長者となり、その後の将軍が源氏長者となる道を開いた。その後、尊氏の子孫は鎌倉公方、古河公方、小弓公方、堀越公方、堺公方、阿波公方などに別れた。
また、足利氏庶流で「御一家」とされた吉良氏・渋川氏・石橋氏、「三管領」の斯波氏・細川氏、「四職」の一色氏の他、山名氏（新田氏庶流）、土岐氏（美濃源氏）が中央で台頭し、地方では九州探題や駿河・遠江守護を歴任した今川氏（吉良氏庶流）、奥州探題の大崎氏（斯波氏庶流）、羽州探題の最上氏（斯波氏庶流）が台頭した。
石川氏
源義家の後を継いだ河内源氏四代の源義忠は京都に進出し、河内源氏の本拠地の石川荘は、義家の六男の源義時（陸奥六郎義時）が相続し守る。兄の義忠の死後、義時は河内源氏の棟梁を望んだが果たせず、石川の地に土着し、子孫は石川源氏、さらに石川氏と呼ばれる。
系譜
※点線は養子