丸井今井
創業から第2次世界大戦前まで
1872年（明治5年）4月に新潟県三条町(現在の三条市)出身の今井藤七が同郷の高井平吉と共同で札幌の創成橋(現在の札幌市中央区南1条西1丁目)の近くの創成川河畔にあった茅葺きの家屋の一角にむしろ敷きの屋台の様な店舗で小間物店今井商店を開業したのが始まりである。
低価格と誠実さ・勤勉さが評判となって開業前に仕入れた商品を2ヶ月で売り切るほど繁盛し、2年後の1874年（明治7年）には店舗を新築・移転して丸井今井呉服店を開店した。
当初は創業前まで今井藤七が在住していた函館と頻繁に往復して仕入れていたが、この形態では東京と函館の問屋を二重に経由して割高となるため1891年（明治24年）に東京に仕入店を開設するなど東京の問屋から直接仕入れに早くから切り替え、開拓途上の北海道にできるだけ豊富で低価格に物資を供給して移住者の生活安定に寄与しようとし、1879年（明治12年）からは正札販売を開始した。
こうした営業姿勢が評判を呼んでこの頃から尊敬と親しみを込めてまるいさんと敬称をつけて呼ばれるようになったといわれる。
1888年（明治21年）には今井洋装店を開業して洋服などの販売に乗り出したほか、1890年（明治23年）に滝川支店を開設したのを皮切りに道内各地に支店展開を始め、1891年（明治24年）10月に小樽の色内に丸井今井呉服店小樽支店、同年11月に室蘭市中央町に丸井今井呉服店室蘭支店、1892年（明治25年）4月25日には当時の函館の繁華街末広町の南部坂下の一角にあった函館第一の呉服店山丸二菊池呉服店を買収し今井藤七の末弟今井良七に任せて函館丸井今井呉服店、1897年（明治30年）10月には丸井今井呉服店旭川支店など函館から旭川にいたる道南から道央まで広がる店舗網を構築した。
そして1916年（大正5年）には札幌大火からの復興の際にレンガおよび石造3階建の店舗を新築したのを機会に札幌本店を百貨店として営業を開始した。
1898年（明治31年）1月に合名会社今井商店として法人化し、1919年（大正8年）2月16日には株式会社今井商店に改組して株式会社化し、1923年（大正12年）には函館の末広町に3階建で玄関に大理石柱がある店舗を建設して函館支店の百貨店営業を開始したほか、同年には小樽支店を色内から稲穂第一大通り（現在の小樽サンモール一番街）に移転すると同時に百貨店としての営業を開始する同年には旭川支店も百貨店としての営業を開始するなど支店の百貨店化を開始し、室蘭支店も昭和に入ってから百貨店するなど各支店の百貨店化を進め、第2次世界大戦前から道内各地に店舗を展開する百貨店網を構築した。
この間の1924年（大正13年）に失火により札幌本店が全焼したため直ぐに再建に取り掛かり、1926年（大正15年）に総4階一部5階建てので北海道では初の客用エレベータを備えた札幌本店を新築して復興し、1930年（昭和5年）11月2日に函館支店を5階建てに増築して開業した際には客用と貨物用のエレベーターや催事場や屋上サンルームなどの施設も導入し、1934年（昭和9年）に函館大火により函館支店焼失がした際にも鉄筋コンクリート構造地下1階地上5階建で塔屋2階建として復興させるなど早くから近代的な施設の整備を進めた。
第2次世界大戦後の増床や店舗網の再構築
第2次世界大戦後の1950年（昭和25年）9月に株式会社丸井今井に商号変更を行って百貨店名と同一とし、その後各店舗の増改築などを行って1965年（昭和40年）時点で同年に別館新築を行った札幌本店が15,491m²で道内最大の売場面積となっていたほか、旭川支店(4,411m²)、小樽支店(4,318m²)も各々の地区で最大の売場面積となるなど積極的な営業戦略を採った。
同年には札幌本店が売場面積15,491m²で売上高83.6億円を上げて同じ地場資本の五番館の47.9億円(売場面積9,864m²)や東京資本の三越札幌店の45.6億円(売場面積9,554m²)を大きく上回って北海道で最大の売上を上げる地域一番店となったほか、旭川支店も売場面積4,411m²で売上高16.0億円を上げて地場資本の丸勝松村百貨店の8.5億円(売場面積3,500m²)を大きく上回って地域一番店となるなど複数の地域一番店を持ち、その他にも函館支店が売場面積4,979m²で売上高15.0億円を上げて地場資本の棒二森屋の26.9億円(売場面積6,513m²)に次ぎ、小樽支店が売場面積4,318m²で売上高13.5億円を上げて地場資本のニューギンザ百貨店の14.1億円(売場面積2,823m²)を下回ったものの地場資本の大国屋の13.5億円(売場面積3,821m²)とほぼ並んで2番手に付け、室蘭支店が売場面積3,385m²で売上高10.4億円で5店合計で売上高128.5億円を上げるまでに成長した。
1969年（昭和44年）10月21日に函館支店を五稜郭地区の本町に移転し、1978年（昭和53年）4月に旭川支店を1条通8丁目に移転させ、1981年（昭和56年）4月に室蘭支店を中島町1丁目に移転させるなど繁華街の移動に合せて店舗のスクラップアンドビルドを行ったほか、1974年（昭和49年）9月29日には函館店の増床をし、札幌本店は1969年（昭和44年）12月に増改築し、1975年（昭和50年）9月には大通館を開業して大幅な増床をはかり、1990年（平成2年）9月には小樽駅前に進出した大型ショッピングセンターに対抗するため小樽支店を再開発ビル内に拡張移転させるなど既存の店舗網の強化と再構築に取組み、店舗網の維持拡大を図った。
また、1968年（昭和43年）9月には本店の近隣で業績が悪化していた地場資本の百貨店丸ヨ池内の事業を当社も出資した新会社株式会社丸ヨ池内に引き継ぐ形で傘下に入れ、1973年（昭和48年）には子会社丸井マルサを設立して札幌でファッションビル札幌マルサの運営に乗り出し、1991年（平成3年）には小樽店の移転に関連して旧小樽支店跡にできた再開発ビル内にも小樽マルサを開業させるなど既存店の周辺の商業集積を高める戦略も同時に展開していた。
なお、1979年（昭和54年）に北見市の老舗百貨店まるいいとうと業務提携して役員の派遣を行ったが、1986年（昭和61年）にきたみ東急百貨店との競合に破れて閉店に追い込まれている。
4代目社長今井春雄の経営多角化
1988年（昭和63年）に4代目社長に今井春雄が就任すると、1989年（平成元年）にクレジット会社を傘下に収めてクレオファイナンスとして顧客向けクレジットカード事業を中心としたノンバンク事業にも乗り出したのを皮切りに1990年（平成2年）に子会社丸井クレオコーポレーションを設立して外車輸入事業、1994年（平成6年）に子会社丸井ディオスを設立して小樽市でペテルブルグミュージアムの運営事業、同年に子会社丸井店舗開発を設立してマルイストアとしてスーパーマーケット事業、更には札幌本店の駐車場ビル丸井パークタワー内でスポーツクラブ事業や関連会社アイ・エム・アイを通じた米国不動産投資と矢継ぎ早に新規事業を展開して急速に多角化を進めた。
また、1994年（平成6年）5月に今井春雄社長の資産管理会社だった千登世開発が取得した札幌市のビルにマルサ2を開業、1992年（平成4年）10月に旭川店を増床、1993年（平成5年）に設立した丸井都市開発に店舗ビルを建設させて1995年（平成7年）9月には苫小牧支店を開店、さらには1996年（平成8年）7月8日に業績不振に陥っていた釧路市の地場資本の百貨店丸三鶴屋の株式の大半を取得して買収して10月4日に釧路支店を開設するなどバブル崩壊後の景気低迷が始まって以降も多店化を進めるなど積極的な営業戦略を採り続け、1989年（平成元年）1月期決算で北海道内小売業で初の売上高1000億円を突破したのを1997年（平成9年）1月期決算で売上高1320億円にまで伸ばした。
今井春雄の解任と事業の再構築の始まり
1997年（平成9年）11月に当時のメインバンクだった北海道拓殖銀行が経営破たんすると、それまで今井春雄社長が推進してきた急激な経営多角化により債務が増大してグループの有利子負債が約940億円に膨らみ、不透明な海外不動産投資の失敗で財務体質が悪化していた丸井今井は経営危機に陥り、後継のメインバンクを見つけるのが困難と考えられたため、同年12月16日の緊急役員会で今井春雄を社長から解任して後任に創業家出身ではない専務取締役だった柴田哲治を社長に昇格させて路線転換を図った。
1998年（平成10年）12月に歳末商戦用の決済が集中して資金がショートしかけた際には北海道銀行から30億円の新規融資を引き出して何とか乗り切り、同年10月には同行を含む道内3行によるなど金融機関の協調支援の方向性が固まり、1999年（平成11年）7月には北海道拓殖銀行から債権約354億円を引継いでいた整理回収機構が「倒産すれば北海道経済に甚大な影響を与える」として178億円の債権放棄に同意するなどして金融支援が実現した。
こうした金融支援に加え、1998年（平成10年）に丸ヨ池内との資本提携を解消し、1999年（平成11年）にはクレオファイナンスの個人向け優良債権をジャックス（函館）に売却して金融機関への債務弁済に充てたり、2000年（平成12年）の小樽マルサの閉店や2001年（平成13年）2月16日に丸井店舗開発が所有する関連会社のマルイストアが核テナントになったショッピングセンター2店を含むマルイストア全3店（麻生、円山、真駒内）を札幌東急ストアに譲渡して3月末までに閉店してスーパーマーケット事業から撤退するなどといった事業再編も行われたため、2002年（平成14年）11月に旧長崎屋札幌店の建物に札幌本店南館を開設すると同時に本店を改装するなどして2003年（平成15年）3月の大丸を核とするJRタワースクエア開業に対抗する前向きの投資を行いながら2003年（平成15年）までに債務が約520億円まで圧縮されて再建がいったん軌道に乗りかけたように思われた。
その後も2004年（平成16年）3月にマルサ2を同業のパルコに売却してその運営から撤退し、2005年（平成17年）2月18日までに丸井店舗開発が札幌地方裁判所に自己破産を申請して破産手続きが開始されるなど関連事業の再構築が進められた。
また、本業の百貨店でも2004年（平成16年）8月30日に効率化のために釧路店大通館を閉鎖して釧路店の売場を1館体制へ集約を図ったり、人員削減を含むコストダウンを図るなど業績の改善策を講じた。
しかし、大丸進出への対抗時に二十数億円の投資と資金を十分に注ぎ込めず段階的な改装を続け老朽化が目立つ上複数の建物に売場が分散しているため利便性が低い札幌本店は2003年（平成15年）の売上高約639億円をピークに、同年3月にJRタワースクエア内に開業した大丸札幌店がJR札幌駅に隣接した好立地で天井が高く真新しい店舗という優れたハードを武器に開業すると、以降は毎年売上が減少するなど大きな打撃を受けたことに加え、同年4月1日にスタートした100億円規模の減損処理や今井春雄社長時代に発行した70億円の社債の償還が重なったため2005年（平成17年）4月に発表した2005年（平成17年）1月期決算で純損益が6億4300万円の赤字に転落すると同時に256億円の実質債務超過に陥り、2度目の経営危機が表面化することになった。
伊勢丹主導による2度目の再建
2度目の経営危機が浮上したため、従来から全日本デパートメントストアーズ開発機構への参加や一部商品の仕入れ・配送を共通化そして人事交流などで友好関係にあった大手百貨店伊勢丹の傘下に入ってその資本とノウハウを取り込み、売上高の約80%を占める札幌本店と函館店と旭川店の基幹3店舗に経営資源を集中させてファッション重視の都市型百貨店としての性格を強めて経営基盤を強化すると同時に札幌本店と函館店と旭川店の存続店を含む中核事業を新会社に引継いで、閉鎖店など地方不採算店や大半のグループ企業などを残して将来清算する旧会社に分ける会社分割方式を採って金融機関にも支援を求めて財務体質を改善、そして札幌本店と函館店と旭川店の基幹3店舗に2008年（平成20年）1月期までの3年間で100億円を投資してそのうち60%を札幌本店に集中させて高級ブランドショップ、食品、紳士などの売り場改装を行って営業力を強化することなどを盛り込んだ再建計画を2005年（平成17年）4月に内々にまとめ、同年6月末に柴田哲治社長が伊勢丹との業務提携合意と共に正式に再建案を発表した。
この再建案に前社長の今井春雄が「再建案にノーと言おう」と丸井今井株主らに書簡を送付したため、同年9月27日に開かれた臨時株主総会で3分の2以上の賛成を得て承認されたものの議決権総数の2割弱が反対し、反対した株主のうち約100人が同年10月7日までに商法に基づく株式の買い取りを請求を行ったが、同年11月に札幌本店と函館店と旭川店の主要三店を新設会社「丸井今井」が継承した。
2006年（平成18年）1月31日に北海道マザーランド・キャピタルを主軸として北海道銀行と北洋銀行などの地元金融機関の支援を受けて35億円の第三者割当増資を行い、同年6月に伊勢丹に第三者割当増資を5億円など再建を進め、残る4店などの不採算部門を分割会社「北海道丸井今井」が引き受けて資産売却を進める会社分割に伴う新体制発足して2010年（平成22年）に売上高を5年間で約10%伸ばして900億円台に乗せるなど業績の改善を目指した2度目の再建がスタートした。
この再建策の一環として2005年（平成17年）10月23日に小樽店と苫小牧店を閉店し、2006年（平成18年）8月20日に釧路店を閉店して百貨店の店舗を4店体制に縮小した。
この際には閉店後の3店舗の個人得意客や企業向けの外商部門として小樽、苫小牧、釧路に営業所を開設してその事業の一部を引継いだ。
また、2005年（平成17年）7月21日までに千登世開発とアイ・エム・アイの2社が各々札幌地方裁判所に自己破産を申請して破産手続きの開始決定を受け、同年10月31日までにクレオファイナンス、2006年（平成18年）1月27日までに丸井クレオコーポレーションと丸井マルサ、丸井ディオスの3社、同年7月19日までに今井醸造同年12月19日までに丸三鶴屋が各々札幌地方裁判所に特別清算を申請するなど不採算事業を手かげていた関連会社の解散手続きが進められ、2006年（平成18年）に丸井パークタワー内に開設していたスポーツクラブをティップネスに売却してその運営から撤退するなど関連事業の整理も進められた。
2007年（平成19年）2月に札幌本店の紳士フロアを伊勢丹のノウハウを導入して14年ぶりに全面改装して「マルイメンズ」とする大改装を行い、同年3月には旧マルサの建物に札幌本店大通別館を開設すると共に地下街のオーロラタウンの札幌本店地下入り口向かいに道産品セレクトショップ「きたキッチン」を開店させるなど立て続けに大型改装を行ったが、同年10月に札幌本店地下食品売り場を改装してマルイフーズとするなど改装を進めたが、当初計画より半年遅れた影響で売り上げが再建計画を下回り、同年11月8日発表した2007年（平成19年）7月中間単独決算で札幌本店が前年同期比2.0%減の約263.37億円、函館店が前年同期比3.4%減の約63.7億円、旭川店が前年同期比4.1%減の約45億円で全社の売上高が前年同期比9.4%減の約394億円、経常利益が前年同期比62.6%減の約1.73億円の減収減益で純損益が約3.42億円の赤字に転落し、その通期決算である2008年（平成20年）1月期決算で売上高は約815.25億円で純損失約43.83億円、その翌期となった6カ月の変則決算の2008年（平成20年）7月期決算でも売上高は対前年比93.6%の約368.82億円で約9.55億円の純損失となって自己資本は5億円未満まで減少し、2009年（平成21年）1月に長年維持してきた札幌での地域一番店の座を大丸札幌店に明け渡して2位に転落するなど業績は回復しなかった。
更にリーマンショックの影響などで北海道内でも雇用環境が悪化するなか2008年（平成20年）秋以降に急激な販売不振から資金繰りが悪化し、同年12月末には約5.52億円の債務超過に陥り、「このまま事態を放置すれば資金繰りがショートする。」として2009年（平成21年）1月29日に札幌地方裁判所に民事再生法の適用を申請し同日中に民事再生手続開始決定を受け経営破綻し、2度目の経営再建も失敗に終わった。
3度目の再建
三越伊勢丹ホールディングスは法的整理に入った後も派遣している伊勢丹幹部を引き揚げず、「システムやカードの導入も進めており、手を引くということにはならない」とし、民事再生法適用申請と同時に丸井今井側からスポンサー就任要請を行った際にも同社も「至急検討に入る」との回答していたが半月近く要請受諾を表明せずにいたため、2009年（平成21年）2月13日に高島屋が文書で当社にスポンサー就任の意向を表明したため、両社の再建案を比較検討する方針へ転換し、大手百貨店同士による争奪戦に発展し、4月15日までに両社が再建案を示して比較して決定することになった。
高島屋は4月2日に札幌市役所を訪問した際に札幌本店の大通館と一条館を一体化する増改築を行う構想を伝えたとされていたほか、「店舗の存続を基本に再建策をまとめ」高島屋の出資で設立する新会社が事業譲渡を受けて札幌本店に加え函館店と旭川店を存続させると共に別法人が運営する室蘭店も引き継ぐなど全4店舗の再生を目指す案を提出し、全4店舗が存続して雇用確保につながる点が評価され、再建支援企業に選ばれる方向で最終調整に入ったと報じられたが、不動産や営業権の譲渡を受けて新会社を設立する際の資金提供額で高島屋の110億円に対して三越伊勢丹ホールディングスが135億円と上回っていたためその資金で返済を受ける主力銀行の北海道銀行など大口債権者の同意の取り付けなどの調整が難航し、4月30日に開かれた臨時取締役会で事業譲渡額が高島屋を上回って債権者の理解も得られて再建が確実になるとして三越伊勢丹ホールディングスを経営再建の支援企業に選定したと発表し、その発表をした記者会見で高島屋の提示額では一般債権に優先する退職金の支払いさえできず民事再生法の手続きを進められないとの見解を代理人の弁護士が説明し、丸井今井が札幌本店と函館店を経営する体制での営業を7月30日で終了し、翌日31日に丸井今井から札幌丸井今井に札幌本店、函館丸井今井に函館店の事業をそれぞれ譲渡し、8月1日に新会社が札幌本店と函館店を運営する新体制で営業を開始した。
この新体制発足直後の2009年（平成21年）9月中間決算(2カ月の変則)で2社合計の売上高が計画を約8%下回って営業黒字こそ僅かながら確保したものの、登録免許税などの開業経費を賄えず経常損益と純損益が2社共に赤字となり、三越伊勢丹ホールディングスの社長が店舗体制の縮小の可能性に言及するほど厳しい再出発となった。
また、札幌本店は同年1月に大丸札幌店に地域一番店の座を奪われて以降そのまま2位に沈み続け、2009年（平成21年）の年間でも札幌本店の売上高は前年比16.1%減の約436.22億円で大丸札幌店の約504.33億円を大きく下回って地域一番店の座を明け渡すことになった。
函館を中心とした道南地方の景気は道内でもとりわけ厳しいため函館店の経営の先行きについて厳しい見方がされていたが、その後は黒字転換して2012年（平成24年）3月期で売上高が前期比2.3%減の約100.15億円と決算減収は続いているものの最終損益は約2.29億円と前期比14.5%増で売上高営業利益率も3.47%で札幌丸井三越の0.91%を大きく上回るなど厳しい環境下で健闘している。
この再建策の一環として2009年（平成21年）7月20日に旭川店、2010年（平成22年）1月20日に室蘭店が閉店して百貨店の店舗は現在の2店にまで減少した。
また旭川店の閉店と同日の2009年（平成21年）7月20日に以前百貨店の店舗を閉鎖した後の営業を引継ぐ形で設置していた小樽、苫小牧、釧路の3営業所も廃止した。
2010年（平成22年）12月15日に不採算部門を継承した北海道丸井今井は札幌地方裁判所へ特別清算を申請して破産処理に移行している。
2011年（平成23年）4月1日に札幌丸井今井と札幌三越の両社が合併し（存続会社は札幌丸井今井）、株式会社札幌丸井三越となったため、現在札幌本店は同社が経営している。
滝川支店
1890年（明治23年）に開設した今井呉服店の初の地方支店で、1900年（明治33年）に丸井今井滝川支店音楽隊を結成するなど営業活動以外にも展開していたが、1910年（明治43年）に山田呉服・金物店に譲渡して撤退した。
その後1934年（昭和9年）に山田呉服・金物店の金物部が合名会社中川金物店となり、1957年（昭和32年）に店舗全体を同店のオーナーの中川正が買収して店舗拡張を行い、1967年（昭和42年）に株式会社中川かなものに改組されて現在も同社が使用している。
株式会社丸井との関係
首都圏を中心にファッションビル店舗を擁する丸井グループの丸井（OIOI）(MARUI)とは全く関わりが無い。同社名の由来は、創業者青井忠治が1931年（昭和6年）に独立する際に暖簾分けを受けた勤務先の月賦小売店丸二商会と、自身の苗字（青井）から採ったものである。