メダカ
形態
体長3.5cmほどの小型の魚。側線はない。背びれはかなり後ろにあり、腹びれの前端より後ろとなる。腹びれは前後に長い。オスの背びれの膜には欠ける部分があるが、メスには無い。胸びれと腹びれはメスの方が大きいが、背びれと尻びれはオスのほうが大きい。
ミナミメダカに比べ、キタノメダカでは体側後半に黒色の網目模様があり、オスの背びれの欠けが浅く軟条の長さの半分以下とされている。
名称
目が大きく、頭部の上端から飛び出していることが、名前の由来になっている。
メダカは日本各地に広く分布し、身近にあって親しまれたが、旧来から全国での名前の統一はされてこなかった。これらは、各地で独立の方言名を発生させるには極めて有効な条件であり、メダカの方言名は世界中の魚類で最も数が多いとされる。
辛川十歩は4680の方言名を日本全国から調査収集した。短いものではメ・ウキから始まり、長いものではオキンチョコバイ・カンカンビイチャコなどというものまで記録されている。
一方、理科教育や図鑑の流通によって、そのような方言名が生き延びる可能性も少なくなっている。
ミナミメダカの学名である Oryzias latipes は『稲の周りにいる足（ヒレ）の広い』という意味である。また、キタノメダカの種小名である「sakaizumii」は、メダカの研究に貢献した酒泉満への献名である。
生態
流れのゆるい小川や水路などに生息し、動物プランクトンなどを食べる。蚊の幼虫ボウフラを好んで食するため、ボウフラを退治する益魚としても知られている。
1回の産卵で、約10個の卵を産む。球形の卵の直径は1-1.5mmで、卵黄は淡黄色、卵膜は透明で厚く、表面に長さ0.5mmほどの細かい毛があり、長さ10-20mmの付着糸が数十本ある。通常、春から夏にかけて産卵し、かえった仔魚は夏、秋の間をかけて成長し、次の年に産卵する。早い時期に孵化したもののなかには、その年の秋に産卵をする個体もある。メダカの産卵時期と水田に水が張られる時期は一致しており、日本の稲作文化と共存してきた「水田の魚」とも称される。
また、腎機能が発達しているため耐塩性が非常に高く、慣れさせれば、海水で生活することも可能である。
この体質のおかげで、洪水で海に流されても河口付近の汽水域にとどまり、流れが緩やかになってから遡上することができる。
一般にメダカの寿命は1年と数か月ほどといわれているが、人工的な飼育下ではその限りではなく、長いものでは3 - 5年程度生きる。
メダカは仲間を見分ける時に顔の視覚情報を利用しており、哺乳類と同様に倒立顔効果が見られる。
絶滅危惧となった経緯
かつて日本では、童謡「めだかの学校」にも歌われたように、小川にはごく普通にメダカの群れが見られた。しかし、1980年代あたりから野生のメダカが各地で減少し始め、姿を見ることが難しくなった。減少の主な原因は、農薬の使用や生活排水などによる環境の悪化、護岸工事や水路の整備などによる流れの緩やかな小川の減少、繁殖力の強い外来種（ブルーギルやカダヤシなど）による影響が挙げられている。また、メダカは水田のような一時的水域に侵入して繁殖する性質が強く、近年の農地改良に伴う用排分離により、用排水路から繁殖時に水田内に進入することが困難になっていることが特に致命的となっており、メダカの繁殖力を著しく削いでいる。
こうしたメダカを取り巻く環境の変化により、1999年2月に環境庁（当時）が発表したレッドリストにて絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）（絶滅の危険が増大している種）にメダカが記載され、メダカは2003年5月に環境省が発表したレッドデータブックに絶滅危惧種として指定された。身近な生き物だったメダカが絶滅危惧種となったことはマスメディアにも大きく取り上げられ、日本各地で保護活動が活発に行われるようになった。
メダカの地理的変異と保護活動の問題
しかし、絶滅危惧種であるメダカを守ろうとする保護活動が、メダカの遺伝的多様性を減少させる遺伝子汚染という新たな問題を起こしている。
メダカの生息水域ごとの遺伝的な違いは詳しく研究されており、アロザイム分析により遺伝的に近いグループごとにまとめると、北日本集団と南日本集団に大別される。2007年8月のレッドリスト見直しの際は、メダカの絶滅危惧II類（VU）の指定が「メダカ北日本集団(Oryzias latipes subsp.)」と「メダカ南日本集団(Oryzias latipes latipes)」の2つに、2013年2月の第4次レッドリストでは、「メダカ北日本集団(Oryzias sakaizumii )」と「メダカ南日本集団(Oryzias latipes)」の2つに分けて記載された。北日本集団と南日本集団は遺伝的には別種といってよいほど分化がみられるが、飼育下での生殖的隔離は認められておらず、両者の分布境界にあたる丹後・但馬地方ではミトコンドリアDNAの遺伝子移入が確認されている。この大きな遺伝的分化は少なくとも数百万年前には発生していたといわれている。アロザイム分析によれば、南日本集団については生息している水域ごとに「東日本型」、「東瀬戸内型」、「西瀬戸内型」、「山陰型」、「北部九州型」、「大隅型」、「有明型」、「薩摩型」、「琉球型」の9種類の地域型に細分されるとの結果がでている。さらに、ミトコンドリアDNAの解析からもこれらの水域ごとに遺伝的な違いが検出されている。
絶滅危惧に指摘されたことで、にわかに保護熱が高まった結果、こうした遺伝的な違いなどへの配慮をせずにメダカ池やビオトープ池を作り、誤って本来その地域に放流すべきでない他の地域産のメダカや、観賞魚として品種改良を施された飼育品種であるヒメダカを放流した例が多数ある。実際に、関東地方の荒川・利根川水系に生息する個体群のほとんどは、瀬戸内地方や九州北部に分布するはずのメダカであることが判明している。ひどいところでは、誤ってカダヤシをメダカのいる池に放流してしまった例もある。
現在は、地域ごとに遺伝的に大きな多様性を持った地域個体群の局所的な絶滅の進行が危惧されており、遺伝的多様性に配慮した保護活動が望まれている。メダカの保護には生息地の保全がまず重要とされ、安易な放流は慎むことが求められる。生態系全体を考慮したうえでやむを得ず放流が必要な場合は、日本魚類学会が示した「生物多様性の保全をめざした魚類の放流ガイドライン」などを参考にしつつ、専門家の意見を聞くべきである。
食用
新潟県の見附市や阿賀町などでは佃煮にして冬場のタンパク質源として保存食にする習慣があり、新潟県中越地方ではうるめとよばれている。新潟市にある福島潟周辺でも、メダカをとって佃煮にしていた。少量しかとれず、少し季節がずれると味が苦くなるので、春の一時期だけ自家で消費した。長岡市付近では、味噌汁の具にも使われていた。
近年では養殖も行われているが、これは野生のメダカではなく、養殖が容易なヒメダカである。
その他
愛知県ではメダカを生きたまま飲み込むと婦人病に効くとの伝承があった。その他、地域によっては泳ぎがうまくなる、目がよくなるなどの伝承もあったらしい。
遺伝子操作されたメダカ
発光遺伝子を持った「光るメダカ」などが台湾などから輸入され一部の業者で販売されている。「光るメダカ」とはメダカの受精卵のDNAの一部を、発光クラゲから取り出した蛍光起因を持つDNAと組み換えて作り出す遺伝子組み換え生物である。人為的に作られた生物のため、野生には存在しない。
遺伝子組換え生物は自然界に放たれた際の遺伝子汚染が危険視され、日本では遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（カルタヘナ法）によって規制されている。この光るメダカは同法の承認がない状態で輸入・流通している違法な商品であるため、環境省及び農林水産省が同生物の回収を呼びかけた。
その他
品種改良により、2010年代以降には様々な体色のメダカが登場するようになった。これによりメダカブームが発生するようになっているが、一方で、愛媛県・新潟県・栃木県などにおいて、飼育場や販売店などから多数のメダカが盗難に遭うケースが目立つようになり、問題となっている。