ジャクソン砦・セントフィリップ砦の戦い
北軍の準備
陸地にある砦は昔から海軍の大砲による攻撃では落とせないと考えられていたが、1861年11月7日のサウスカロライナ州ポートロイヤルの戦いで、幾らか弱点が見えてきていた。この戦闘の後、北軍海軍長官補佐グスタブス・V・フォックスは、南軍の海岸にある陣地に対して海軍を攻撃に使うよう圧力を掛け始めた。特に南部の大型都市ニューオーリンズ市に対してはメキシコ湾から襲撃するのが望ましいと強調していた。フォックスは、臼砲によって砦を完全に破壊できないまでも弱めてしまえば、比較的少ない陸軍部隊で砦を攻撃できると提案した。砦の力を落とし、陸軍が攻撃を掛けている間であっても、海軍が砦を通り過ぎ、ニューオーリンズ市に直接攻撃できるようになると主張した。
当初陸軍は総司令官のジョージ・マクレランという名で、この作戦に反対した。作戦の成功のためには最低3万とも5万とも考えられる部隊が必要になると考えられ、それは他の作戦、特にマクレランが当時指揮していたリッチモンドに対する半島方面作戦から戦力を割くことになると主張した。しかし、海軍長官のギデオン・ウェルズが政治家将軍のベンジャミン・バトラーをバトラーの名で遠征を実行させるといううたい文句で引き入れたときに陸軍の反対は無視された。ウェルズは、バトラーの支持を得て、エイブラハム・リンカーン大統領を説得し、作戦実行の命令を出させることができた。1862年2月23日、バトラーは「ニューオーリンズ攻撃において海軍と協力することを使命とする」陸上部隊の指揮にあたると告げられた。支配下に使える勢力はマクレランが当初推計していたよろもかなり削られ、僅か18,000名になっていた。
作戦を進行する前に海軍の編成も変更しなければならなくなった。1861年12月23日、メキシコ湾封鎖戦隊が東メキシコ湾と西メキシコ湾に分割された。西メキシコ湾封鎖戦隊を指揮させるためにウェルズ長官はデヴィッド・ファラガット海軍大佐を選んだ。その新任指揮官は1862年2月20日にメキシコ湾のシップ島に到着した。この日を方面作戦の開始日と考えることができる。
ファラガットには南軍から課された問題以外に2つの問題を解決する必要があった。1つはバトラーとその陸軍であり、単純にバトラーを無視することで解決した。陸軍はファラガットの作戦に入っていなかった。2つ目の問題はそれほど容易に解決できなかった。ファラガットの戦隊の一部は、ファラガットの乳兄弟であるデイビッド・ディクソン・ポーターが指揮する半自立の臼砲スクーナー船団だった。ポーターは海軍長官補佐のフォックスに話が通じる陰謀家であり、ファラガットは臼砲が無用だと証明されると個人的に強い信念を持っていたにも拘わらず、その臼砲を試させるしかなかった。
3月半ば、ファラガットは河口の砂州越しに艦船を動かし始めた。これは事故なしに進んだ。川の深さは予想された18フィート (5.8 m) ではなく、15フィート (4.5 m) しかなかった。少なくとも遠征隊の1隻、USSコロラドは喫水が深くて入れなかった。コロラドが川に入れなかったことで提示された、ファラガットにとって最も重大な問題は、使える戦力が減ったことではなく、時間の浪費の方が大きかった。コロラドが減ったことで、砂州の内側に入った戦隊は6隻の艦船と12隻の砲艦となった。
戦隊の艦船が無事に川に入った後、ポーターの26隻の臼砲スクーナーとそれに伴う艦船も3月18日から問題なく川に入った。翌月、ファラガットは砦の戦力を見極め、その射程距離を測り、水路にあるその他の障害の性質を判断し、最も効果的と考えられる位置に臼砲搭載船を配置し、艦船を戦闘状態に置いた。砦や南軍の砲艦から間歇的に砲撃がある中で、海軍に割り付けられ上陸して砦を遠距離から測量するように手配された沿岸調査局の兵士が、砲艦が水路のどこに停泊すべきかを示す浮標を置いた。4月18日、準備作業が完了した。
北軍の指揮系統
ファラガットはその艦船が砦の下を通り過ぎる準備をしていた最後の日々で、戦隊を3つの部隊に編制した。このことはイギリス海軍では例外的なことでは全くなく、前衛、本隊、後衛と分けるのが通常の慣習だった。アメリカ海軍では南北戦争までこのような完全な艦隊を使うことが無かった。砲艦の第1部隊の指揮官はセオドラス・ベイリー海軍大佐に任された。ベイリーは艦隊全体の第2指揮官でもあり、ファラガットが行動不能になった場合はその指揮を引き継ぐことになっていた。砲艦第2部隊の指揮はヘンリー・H・ベル海軍大佐に与えられた。ファラガットは自ら第3の部隊の指揮を執った。
南軍の準備
リッチモンドの南軍陸軍省（長官はジュダ・P・ベンジャミン、後にジョージ・W・ランドルフ）のニューオーリンズ防衛に対する作戦では、初めから市に対する脅威は北から来るという考えで固まっていた。この考えを反映して市を守るために考えられた物資が、アイランドNo.10、ピロー砦、テネシー州メンフィスなどミシシッピ川の強固な地点に送られた。市に直接接する所は、例えばシャイローの戦いに導く遠隔の方面作戦に使用するために大砲が引き上げられており、実際に弱くなっていた。ニューオーリンズ地域から軍人として使える年齢の者も引き抜かれていた。南軍第1方面軍指揮官のマンスフィールド・ラベル少将は、遠隔地にいる上官よりもメキシコ湾で築き上げられたものに多くの信頼を置いていた。当時ミシシッピ川の南軍海軍を指揮した艦隊司令のジョージ・N・ホリンズは、個人的にはラベルに同意したが、その受けた命令は彼が考える所に従った行動を認めるものではなかった。
ジャクソン砦とセントフィリップ砦は、地元のジョンソン・K・ダンカン准将が指揮していた。守備隊兵士の平均的な質は、ラベルやダンカンが望んだほど高くはなかった可能性がある。武闘派兵士の多くは別の戦場に引き抜かれており、優柔不断な者や戦闘に不適な者が残っていた。ニューオーリンズは国際都市の部類であり、南軍の大半の部隊よりも外国生まれの兵士の比率が高かった。それでも特別な働きはしないまでも、その任務は果たすものと期待できるものがあった。
ニューオーリンズ市周りの砦は、川の通行を妨げるために川に渡して張られた防御用鎖2本で補強されていた。これら鎖は報告書によって「筏」と呼ばれたり、ダムと呼ばれたりしている。1本の鎖はニューオーリンズ市より上流に渡されており、今回の戦闘には効果が無かった。もう1本は砦群のすぐ下流に置かれ、そこを突破しようとする敵の艦船は砲架に曝されることになる。この障壁はもう一方よりかなり重要だった。当初ラベルが方面軍の指揮を執った直後に置かれたが、春の洪水で流れ下って来たゴミの重さにより切れてしまった。修繕されたものの、ラベルは当初のものほど良いものだとは考えていなかった。
もう1つの防御策は幾らかの船とボートであり、3つの組織に分けられ、共通の指揮官は居なかった。これらの内で火力最大のものは南軍海軍艦船の集まりだった。装甲艦CSSマナサス、CSSルイジアナ、CSSミシシッピの3隻、従来型の戦闘艦であり商船から転換されたCSSマクレイとCSSジャクソンの2隻、および武装していない支援船数隻だった。ルイジアナ州は暫定海軍としてCSSジェネラルクイットマンとCSSガバナームーアの2隻を備えた。3つ目の部隊は、川防衛戦隊のコットンクラッド衝角艦6隻であり、通常は南軍州陸軍の一部だが、市民船長が指揮し、大半が市民の乗組員だった。その6隻はCSSウォリアー、CSSストーンウォールジャクソン、CSSディファイアンス、CSSレゾリュート、CSSジェネラルラベル、CSSジェネラルブレッキンリッジ（R・J・ブレッキンリッジとも呼ばれた）だった。さらに幾らかの曳船と非武装港湾用船舶があり、その中でもCSSベルアルジェリンとCSSモシャーは、この戦闘で果たした役割で言及されるべきものである。
南軍海軍の指揮
ミシシッピ川下流の狭い水域に3つの異なる組織があることで、艦隊指揮の状況は既にまずい状態にあったが、下流のファラガットの戦隊が形成されたことが明らかになったときは、さらに悪化し始めた。艦隊司令のホリンズはこのときメンフィス近くにいた。メンフィスは当時南軍が保持した川沿いの最北の地であり、陸軍省はその維持のために何ら力を割くことができないと言っていた。ホリンズはメキシコ湾からの脅威がリッチモンドが考えているものよりも厳しいことが分かっていたので、ラベル将軍からニューオーリンズの防衛のために戻ってくるよう要請があった時には応じる用意があった。まだメンフィスに居るときに、リッチモンドに電報を打って、ファラガットの戦隊が砂州を通過するために軽くされている状態の時にその艦船を攻撃する許可を求めていた。その要請はあまりに強硬だったので、実際上不服従と解釈された。ホリンズはリッチモンドに呼び出され、表面上は検査委員会任務ということだったが、事実上現役任務から外されていた。以前からの設定により、ニューオーリンズ近辺での南軍海軍艦船の指揮は、この時まで海軍造船所の指揮官だったウィリアム・C・ウィットルに渡されることになった。ウィットルはその新しい任務を全て独力で処理できるとは考えてもいなかったので、4月18日にCSSマクレイ、ジャクソン、マナサスとその支援艦船の指揮を副司令官であるジョン・K・ミッチェル海軍中佐に渡した。これらの艦船は全て当時進水している南軍海軍の艦船であり、ルイジアナとミシシッピはまだ進水しておらず、明白にウィットルやミッチェルの指揮下には無かった。後に、ルイジアナが進水してまだ完工はしていない時に、ミッチェルの支配下に組み入れられた。
ラベル将軍は水上にある全ての艦船がミッチェル中佐からの命令を受けるように命令することで、指揮上の混乱を避けようとした。しかし川防衛戦隊の指揮官ジョン・A・スティーブンソンは海軍の命令受け入れを拒んだ。スティーブンソンは軍事的なことよりも契約上のことで、陸軍に対するその戦隊の関係があったので、反乱と見られる行動を避けることができた。
ニューオーリンズ市と砦の降伏
北軍艦隊はチャルメットで僅かばかりの抵抗を受けただけで、その後はニューオーリンズ市まで真っ直ぐ向かった。残っていた14隻の艦船が4月25日午後にニューオーリンズの前に到着し、市を砲撃できる態勢を整えた。その間にラベル将軍は市内にいた部隊を脱出させたので、防御は不可能になっていた。恐慌に捉われた市民が店舗に押し入り綿花などの物資を焼きウォータフロントの多くを破壊した。未完成だったCSSミシシッピは大急ぎで進水され、メンフィスまで曳航されることが期待されたが、タグボートが見つからなかったので、艦長の命令で焼かれた。ファラガットは市の降伏を要求した。市長と市政委員会は不快な任務をラベルに任せようとしたが、ラベルがそれを押し返した。無益な交渉が3日間続いた後、ファラガットが士官2人を水兵と海兵の分遣隊と共に上陸させた。彼らは税関に向かい、そこで州旗を降ろし、アメリカ合衆国国旗を掲揚した。それが市の北軍に対する公式回答となった。
一方バトラー将軍は、その部隊にファラガットの後塵となった砦への攻撃準備を行わせていた。ポーター中佐がこの時砦より下流にある戦隊の指揮を執っており、砦に降伏要求を送ったが、ダンカン将軍が拒否した。このためにポーターは再度砦に対する砲撃を開始したが、このときはバトラーが攻撃するための準備だった。しかし4月29日夜、ジャクソン砦の守備隊が反乱を起こし、それ以上耐えられないと意思表示した。セントフィリップ砦は反乱に加わらなかったが、2つの砦は相互依存しており、影響を免れなかった。ダンカンは戦闘を続けられないと判断し、翌日に降伏した。
この時がCSSルイジアナの最後だった。艦長のミッチェルは砦近くの南軍海軍を代表しており、降伏交渉に関わらなかった。それ故に宣言された休戦を守る義務はないと判断したので、ルイジアナの破壊を命じた。火を点けた後に纜を解き、下流に下って、セントフィリップ砦の下を過ぎる時に爆発した。その爆発が強烈だったので、砦の兵士1名を殺した。
戦闘の後
ジャクソン砦とセントフィリップ砦はミシシッピ川下流の南軍防衛にとって中核だったので、南軍がそれらを喪失したことは、メキシコ湾とメンフィスの間で立ち塞がるものが無くなったことを意味していた。ファラガットはこの戦闘で艦船が受けた損傷を修繕させるのに数日を費やした後、川沿いにある他の都市に降伏を要求するために遠征隊を派遣した。バトンルージュとナチェズの町が有効な防御手段も無いまま、要求に従った。しかし、ヴィックスバーグでは、崖の上にある南軍の要塞に艦砲が届かず、遠征隊に同道した小さな陸上部隊のみでは降伏を強制できなかった。ファラガットは包囲戦を始めたが、川の水位が減り始めて喫水の深い艦船に脅威となったので、後退を強いられた。ヴィックスバーグを落とすにはさらに1年の日月を要した。
この戦闘によってニューオーリンズ市が落ちたことは、ヨーロッパ列強、特にイギリスとフランスが、外交的にアメリカ連合国を認知することを思いとどまらせた。海外にあったアメリカ連合国代理人はニューオーリンズ市が落ちたという知らせが入った後、応対があるとしても概して冷やかに受け止められたと述べていた。