大津事件
経緯
1891年（明治24年）、シベリア鉄道の極東地区起工式典に出席するため、ニコライは御召艦「パーミャチ・アゾーヴァ」以下ロシア帝国海軍の艦隊を率いてウラジオストクに向かう途中、日本を訪問した。ニコライの一行は長崎と鹿児島に立ち寄った後に神戸に上陸、京都に向かった。いまだ小国であった日本は政府を挙げてニコライの訪日を接待、公式の接待係には皇族である有栖川宮威仁親王海軍大佐（巡洋艦「高雄」艦長）を任命、京都では季節外れの五山送り火まで行われた。次の訪問予定地である横浜、東京でも歓迎の準備が進んでおり、まさに国を挙げての一大行事であった。
5月11日昼過ぎ、京都から琵琶湖への日帰り観光で、滋賀県庁にて昼食を摂った後の帰り道、ニコライ、共に来日していたギリシャ王国王子・ゲオルギオス（ゲオルギオス1世の三男）、威仁親王の順番で人力車に乗り大津町内を通過中、警備を担当していた滋賀県警察部巡査の津田三蔵が突然サーベルを抜いて斬りかかり、ニコライを負傷させた（地図）。ニコライは人力車から飛び降りて脇の路地へ逃げ込んだが、津田はニコライを追いかけなおも斬りかかろうとした。しかしゲオルギオスに竹の杖で背中を打たれ、ニコライに随伴していた人力車夫の向畑治三郎に両足を引き倒され、同じくゲオルギオス付き車夫の北賀市市太郎に自身の落としたサーベルで首を斬りつけられた後、警備中の巡査に取り押さえられた。ニコライは右側頭部に9cm近くの傷を負ったが、命に別状はなかった。威仁親王は現場に居合わせたものの野次馬に阻まれ、ニコライに近づくことができたのは津田が取り押さえられた後だった。
留学や軍事視察の経験から国際関係に精通していた威仁親王は、即座にこの事件を自分のレベルでは解決できない重大な外交問題と判断。随行員に命じて顛末を急いで書きまとめさせ、東京の明治天皇の元へ電報で上奏するとともに、ロシア側に誠意を見せるため天皇の京都への緊急行幸を要請した。これを受けた天皇は直ちに了解し、威仁親王に到着までのニコライの身辺警護を命ずるとともに、即刻北白川宮能久親王陸軍少将を見舞い名代のために京都へ派遣した。天皇は21時、首相松方正義伯爵を召して以下の勅語を伝達した。
今次朕カ敬愛スル露國皇太子殿下來遊セラルヽニ付朕及朕カ政府及臣民ハ國賓ノ大禮ヲ以テ歡迎セントスルニ際シ圖ラサリキ途大津ニ於テ難ニ遭ハセラルヽノ警報ニ接シタルハ殊ニ朕カ痛惜ニ勝ヘサル所ナリ 亟カニ暴行者ヲ處罰シ善隣ノ好誼ヲ毀傷スルコトナク以テ朕カ意ヲ体セシメヨ
同日宮内省告示第10号で翌日5月12日の京都行幸が発表され、翌日早朝、天皇は新橋駅から汽車に乗車、同日夜22時05分に京都に到着した。その夜のうちにニコライを見舞う予定であったが、ニコライ側の侍医の要請により翌日へ延期され、天皇はひとまず京都御所（地図）に宿泊した。威仁親王の兄の参謀総長熾仁親王陸軍大将も天皇の後を追って京都に到着。翌13日に天皇はニコライの宿舎である常盤ホテル（地図）に自ら赴いてニコライを見舞い、さらには熾仁・威仁・能久の三親王を引き連れてニコライを神戸まで見送った。天皇が謝罪したものの、ロシア本国からの指示もあってニコライは東京訪問を中止し、艦隊を率いて神戸からウラジオストクへと帰国の途に就いた。
5月19日、明治天皇自らが神戸港（地図）のロシア軍艦を訪問する際には、「拉致されてしまう」と進言する重臣達の反対を振り切って療養中のニコライを再び見舞った。
小国であった日本が大国ロシアの皇太子を負傷させたとして、「事件の報復にロシアが日本に攻めてくる」、と日本国中に大激震が走り、さながら「恐露病」の様相を呈した。学校は謹慎の意を表して休校となり、神社や寺院や教会では、皇太子平癒の祈祷が行われた。ニコライの元に届けられた見舞い電報は1万通を超え、山形県最上郡金山村（現金山町）では「津田」姓および「三蔵」の命名を禁じる条例を決議した。5月20日には、天皇の謝罪もむなしく皇太子が日本を立ち去ったことを知り、死を以って詫びるとし京都府庁の前で剃刀で喉を突いて自殺し、後に「房州の烈女」と呼ばれた畠山勇子のような女性も出現した。
背景
津田が斬り付けた理由は、本人の供述によれば、以前からロシアの北方諸島などに関しての強硬な姿勢を快く思っていなかったことであるという。また事件前、西南戦争で戦死した西郷隆盛が実はロシアに逃げ延び、ニコライと共に帰って来るというデマがささやかれており、西南戦争で勲章を授与されていた津田は、もし西郷が帰還すれば自分の勲章も剥奪されるのではないかと危惧していたという説もある。ただしニコライを殺害する意図は薄かったらしく、事件後の取り調べにおいても「殺すつもりはなく、一本（一太刀）献上したまで」と供述していたという記録もある。他にも当時はニコライの訪日が軍事視察であるという噂もあり、シベリア鉄道もロシアの極東進出政策を象徴するとして国民の反発があったことは確かである。
日本政府の動き
当時の日本は、何とか欧米列強の植民地にならずに済んでいたものの、まだロシアに軍事的に対抗する力を持っていなかったため、賠償金や領土の割譲まで要求してくるのではないかと危惧された。また事前に青木周蔵外務大臣がドミトリー・シェーヴィチ (Дмитрий Егорович Шевич) 駐日ロシア公使に対し、皇太子に危害が加えられた場合は「皇室罪」を適用すると密約していたことも混迷の原因となった。
そこで日本政府は、事件を所轄する裁判官に対し、旧刑法116条に規定する天皇や皇族に対して危害を与えたものに適用すべき大逆罪によって死刑を類推適用するよう働きかけた。伊藤博文伯爵は死刑に反対する意見がある場合、戒厳令を発してでも断行すべきであると主張した。また松方正義首相、西郷従道内相、山田顕義法相らが死刑適用に奔走した。青木外相、井上馨伯爵などは消極的反対、後藤象二郎逓信相などは「津田を拉致し拳銃で射殺することが善後策になる」と語ったが、伊藤に日本は法治国家であるとして叱責された。
司法の動き
司法省刑事局長は河津祐之であった。旧刑法116条は日本の皇族に対して適用されるものであって、外国の皇族(王族)に対する犯罪は想定されておらず、法律上は民間人と全く同じ扱いにせざるを得なかった。つまり怪我をさせただけで死刑を宣告するのは法律上不可能であった。ただし裁判官の中でも死刑にすべきという意見は少なくなかった。
時の大審院院長（現在の最高裁判所長官）の児島惟謙は「法治国家として法は遵守されなければならない」とする立場から、「刑法に外国皇族に関する規定はない」として政府の圧力に反発した。要するに「国家か法か」という回答困難な問題が発生したのである。
事件から16日後の5月27日、一般人に対する謀殺未遂罪（旧刑法292条）を適用して津田に無期徒刑（無期懲役）の判決が下された。
公書問題
ロシアのシェービッチ公使は以前から日本に対して恫喝的な態度をたびたび取っており、この事件に関しても事件の対処にあたった青木外相、西郷内相らに死刑を強硬に要求した。事件後の6月4日には青木との密約を公表して抗議し、青木の責任問題となった（公書問題）。これに対して青木が「自分は伊藤博文と井上馨に言われて約束しただけである」と述べたが、伊藤はロシア側の真意を確かめよと指示しただけと反論し、もし自分が政府に迷惑をかけているなら枢密院議長を辞職するとした。重鎮である伊藤との対決は松方や山縣有朋も望んでおらず、責任は青木がとることとなった。青木は「自分の手記が公表されれば伊藤と井上の首が飛ぶ」と発言し、激怒した井上によってドイツ公使へと左遷された。またロシアの抗議自体も後任外相榎本武揚の奔走で撤回されることとなった。
青木はこの後伊藤から嫌悪され、政治家としての栄達を絶たれる原因となる。とはいえ、その後も青木は第2次山縣内閣で再度外務大臣となったほか、枢密顧問官再任や駐米大使になるなど、活躍は続けた。
ロシアの対応
シェービッチ公使は、津田の無期徒刑が決定したことを知ると「いかなる事態になるか判らない」旨の発言をしている。ロシア皇帝アレクサンドル3世も暗に死刑を求めていた。しかし結果的には賠償要求も武力報復も行われなかった。ただし皇太子の負傷に関しては、皇帝も皇太子も日本の迅速な処置や謝罪に対して寛容な態度を示しており、日本がこの問題を無事解決できた理由の一つにロシアの友好的な姿勢があることは疑いない。以後、ロシアの公文書にて日本人をマカーキー（猿）と記される時期が発生したといわれてはいるが、そういうことは無かったとの研究もある。また、日記の文面からもニコライ2世がこの事件で日本に対して嫌悪感を抱いたことは無いということが窺える。
DNA鑑定
1993年、皇帝ニコライ2世と推定される遺骨のDNA鑑定に使うため、ニコライの手当てをした布からDNAが採取された。
1998年になり、ニコライの骨と正式に認められ、ロシア正教会はニコライ2世を、ロシア革命の犠牲者として列聖した。
遺骨と血液のDNA鑑定
2007年、新たに発見された子供2人分の遺骨がニコライの行方不明の子らであるかどうか、詳細なDNA鑑定がなされた。大津で負傷したニコライの血がついたシャツは、エルミタージュ美術館に保管されていた。最初に検査にあたったマサチューセッツ・メディカル・スクール大学 (University of Massachusetts Medical School) のエフゲニー・ロガエフ教授 (Professor Evgeny Rogaev) は、「（古い血液から劣化したDNAを取り出すことは）かなり難しいだろうと思っていたが、驚いたことに非常に状態のよいDNAを抽出できた」と語った。
ロガエフ教授と、共に検査に臨んできたDirector of Research AFDILのMichael Coble博士は、1991年に発掘されていた遺骨のうち、女性の遺骨（推定アレクサンドラ）と子供3人分の遺骨がミトコンドリアDNA鑑定によって母子関係にあると証明した。新たに出てきた子供二人分の遺骨も、女性の遺骨と母子関係にあると証明した。そして、ニコライの血液のDNAにより、ニコライと父子関係にあることを確認した。
Coble博士は「遺骨がニコライとアレクサンドラの子である可能性は、そうでない可能性の実に4兆倍になる」と語った。2009年2月、2人は子供2人が行方不明だったニコライ夫妻の子・アナスタシア（またはマリア）とアレクセイであると正式に発表した。