木曽川
本流
長野県木曽郡木祖村の鉢盛山 (2,446 m) 南方を水源とし、南西に流れている。鳥居峠西側を南に向かって流れ御嶽山から流れ来る王滝川を合わせた後、木曽の桟や寝覚の床などの渓谷を形成しながら岐阜県中津川市に入り流れを西に変える。
中津川市より可児市までの間は恵那峡、深沢峡、蘇水峡といった峡谷を形成し、濃尾平野東部に出て美濃加茂市と可児市の境界で飛騨川と合流する。飛騨川合流後の可児市から愛知県犬山市の犬山城付近まで再度渓谷を形成し、これらを総称して「日本ライン」と呼び中流域が1985年（昭和60年）に環境庁（現・環境省）の「名水百選」に選定された。
各務原市と愛知県犬山市の境界付近から再度濃尾平野に出、各務原市川島地区で一旦3つの流れに分流し（三派川地区）、国道22号新木曽川橋付近で再度合流する。下流域ではかつて揖斐川、長良川と合流・分流を繰り返し輪中が発達していたが、江戸時代以降何度となく改修工事が繰り返され、現在では分離されている。三重県桑名市長島町と木曽岬町との境で伊勢湾に注ぐ。延長 229 km は、最上川と並び全国7位の長さ。揖斐川、長良川流域を除く流域面積は 5,275 km² 。
木曽川水系
揖斐川及び長良川は、河川法上では木曽川水系に包括されている。木曽川水系全体の流域面積は 9,100 km² 。全国5位の広さで、長野、岐阜、愛知、三重、滋賀の5県にまたがっている。なお、揖斐川と長良川は河口直前で合流するが、木曽川とは別に伊勢湾に注いでいる。　
河川の名称
吉蘇川、岐蘇川などの異字の他、場所により、広野川、鵜沼川、境川、墨俣川、美濃川、尾張川などとも呼ばれた。
「木曽」「吉蘇」「岐蘇」の由来については、木曽谷に麻を産出することに由来する「生麻」（キソ）という説と、木曽の人々が麻の服を着ることに由来する「着麻」（キソ）という説がある。ほかにアイヌ語で「キ」は美しい、「ソ」は谷・流れを意味するから、木曽谷にはアイヌの人たちの平和な集落があったという説もある。のちに地名が川の名前となったと見られる。
前史
木曽川を含む木曽三川は、木曽山脈の隆起と伊勢湾の沈降などに見られる、濃尾平野下部の基盤が西へ向かうほど沈降している、濃尾傾動運動という造盆地運動により形成されてきた。この運動により、沈降の上部に木曽三川が運搬した土砂が堆積することで濃尾平野を形成してきた。1万数千年前までの最終氷期には海面が現在より 百数十 m 低く、木曽三川の河口は伊勢湾口付近にあったが、約1万年前になると急激な温暖化により海面が急上昇した。縄文海進期には、海岸線が西は養老山地山麓まで、北は大垣市・岐阜市付近まで進入した。木曽三川が流し込む大量の土砂は河口に細長い三角州を形成し、徐々に海岸線を南進させていった。同時に、木曽三川の流路は、濃尾傾動運動の影響を受けて養老山地側へと偏っていった。こうして平野奥部まで標高がほとんど変わらず、かつ、3つの大河川の流路が狭い地域に集中するという、極めて水害の発生させやすい地理条件が成立した。
広野川事件
神護景雲3年(769年)の洪水により本流が笠松の南を流れるようになると、川の掘開により本流を元に戻す施工が行われるようになる。しかし土砂の堆積と流量の変化は続き、施工が美濃国側と尾張国側の洪水被害の量にも関わるようになり、貞観8年（866年）には、前年に太政大臣の藤原良房に派遣され施工した尾張国の郡司とその役夫を、美濃国の各務郡郡司の各務吉雄と厚見郡郡司の各務吉宗が、襲撃するという「広野川事件（各務原合戦）」が起きた。
治水と先人達の苦闘
平安時代には既に水屋が建設されており、後に輪中が形成されて行き住民は洪水に対抗していった。地元に残る言葉に「四刻八刻十二刻」がある。これは大雨が降った際の木曽三川の洪水到達予測時間の事であり、揖斐川は四刻（8時間）、長良川は八刻（16時間）、木曽川は十二刻（24時間）で洪水が到達することを意味している。いかに流域住民が水害に対して敏感であったかが良く分かる。一方で網の目状に流れる木曽三川を利用しての水運は、金華山や大垣の他、烏江湊から陸路を経由しての琵琶湖水運、桑名津からの海運などで大坂などにも繋がっていた。
軍事の要衝としての歴史
木曽川は鎌倉時代以降、その豊富な水量と広大な川幅が軍事拠点として利用された。1221年の承久の乱では後鳥羽上皇率いる朝廷軍が鎌倉幕府軍を木曽川で迎撃。下る戦国時代には豊臣秀吉が美濃・墨俣（現・岐阜県大垣市）に一夜城を築き織田信長の美濃攻略を容易にした。信長は木曽川・長良川河口に浮かぶ長島に拠る一向一揆に大いに苦しめられた。関ヶ原の戦いの前哨戦にあたる河田木曽川渡河の戦いでは、岐阜城主であった西軍の織田秀信の激しい抵抗を、池田輝政や山内一豊などが兵士数の差を活かして打ち破った。
国境線の変更
通説では戦国時代末期（安土桃山時代）の1585年6月、それまで現在の境川の場所を流れ、墨俣で長良川と合流していた木曽川は、大洪水を起こして南方へ流路を移動したとされる。豊臣秀吉が尾張・美濃の国境を変更し、従来尾張の葉栗郡・中島郡・海西郡等の一部だった25ヶ村を美濃に編入した（美濃の羽栗郡・中島郡・海西郡、近代に合併して羽島郡・海津郡）のも、この大洪水による流路移動がきっかけだとされている。
しかし、1585年の大洪水については、200年以上のちの地誌などに記載があるだけで、同時代の資料がまったく残っていない一方、すでにそれ以前の本能寺の変後（1582年）の段階で、尾張国主織田信雄と美濃国主織田信孝とが、古来の木曽川（境川）上に置かれていた濃尾国境を領地の境とする国切か、それとも「大川」を境に分割する大川切かで対立している。「木曽八流」と呼ばれたように、そもそも木曽川はいくつもの派川に分かれ、西尾張の平野を複雑に離合しながら流れ下っていたが、そのほかいくつかの文献資料からも、室町時代中頃には現在の木曽川の位置にすでに大きな分流（をよひ川＝及川と呼ばれていた）が存在しており、1582年時点では元々の木曽川本流にも規模で勝り、従来の国境よりも領土分割線として相応しいと主張しうるまでなっていたと考えられる。
御囲堤
江戸幕府を開いた徳川家康は、江戸防衛の最前線として重要な尾張に実子の松平忠吉、次いで同じく徳川義直を置き、名古屋城を築城した。そして名古屋防衛のため、木曽川が濃尾平野に出る犬山付近から河口部の弥富までの左岸 48 km に御囲堤（おかこいつつみ）を引堤した（1608年完成）。
秀吉時代の国境変更とこの御囲堤とによって、濃尾平野部の木曽川はおおむね現在の位置（元の及川）に確定された。軍事施設としての観点から御囲堤の対岸の堤は三尺低くされ、美濃側はさらに水害の被害を受けることとなった。その一方、木曽八流による洪水常襲地帯であった尾張側は、その流量が制御されたことで水害の減少と生産性の向上を見た。
このころの伝承として、ヤロカ水という妖怪が木曽川・長良川・揖斐川に出没するという話がある。これは柳田國男の「妖怪談義」に記されているものだが、川から「ヤロカヤロカ」という声が聞こえ、これに「ヨコサバヨコセ」と応えると洪水に呑まれるというものである。実際に1650年（慶安3年）大垣藩領内で3,000人もの死者を出し、木曽三川が海のようになったと言われている濃尾大洪水では、尾張国丹羽郡上般若村（現在の愛知県江南市付近）の村民が「ヤロカヤロカ」との声に「ヨコサバヨコセ」と応えて村は洪水で全滅したと伝えられている。実際は暴風雨の音が「ヤロカヤロカ」に聞こえるのではないかと考えられているが、それだけ流域の住民は洪水に対して敏感であったことが窺える。
宝暦治水
1753年（宝暦3年）12月、幕府は薩摩藩主・島津重年に対し尾張藩領内の木曽三川分流工事を命令した。外様雄藩の経済力を削ぐ為の施策「御手伝い普請」である。薩摩藩は平田靱負を総奉行として翌1754年（宝暦4年）から1年を掛け、長良川と揖斐川の分流工事を行った。いわゆる宝暦治水事件である。工事に駆り出された薩摩藩士の苦難は並大抵のものでは無く、幕府の厳しい監視下で多くの藩士が切腹したり病死した。かくして不完全とは言え、長良川・揖斐川の分流・締切工事は完成した。現在に残る油島千本松原締切堤である。だが、平田は薩摩藩に多大な負債と多くの藩士を死なせた責めを一身に負い、完成後自刃して果てた。なお、この一件は後に薩摩藩を倒幕に走らせる遠因ともなった。
施策後の洪水の頻度は結果的には増加しているが、彼は昭和13年（1938年）治水神社にまつられ、地元住民は今でも平田を始めとする薩摩藩士の遺徳を慕っている。
木曽三川分流工事
明治時代に入ると、内務省はヨーロッパより多くのお雇い技術者を招き入れ、全国各地の治水事業に着手した。
木曽川においては課題の分流工事を本格的に推進するべくヨハニス・デ・レーケを迎え、1888年（明治20年）より「木曽・長良・揖斐三大河水利分流計画」に着手した。川床は木曽川、長良川、揖斐川の順に高く、木曽川河口部の掘り下げと三川の分離により、洪水被害は大幅に減少した。
船頭平閘門は、新木曽川と新長良川を繋ぐ水運のために設けられたものである。
ダム建設と電源開発
大正時代に入ると木曽川水系は豊富な水量と急流が水力発電の好適地として注目された。
木曽川には福澤桃介率いる大同電力が日本初のダム式発電所である大井ダムを1924年（大正13年）に建設したことに始まり、落合ダム・兼山ダム・今渡ダム等を木曽川・王滝川に建設した。
特に、大井ダムと三浦ダム（王滝川）建設工事は日本の土木史に輝く土木工事とされている。一方飛騨川は松永安左エ門率いる東邦電力によって水力発電所が建設され、上麻生ダムや川辺ダム等が建設された。だが、これらは後に国家の電力統制の流れには勝てず、日本発送電株式会社に統合されていく。
木曽川水系の総合開発
戦後の木曽川水系の河川開発は、他の大河川と同様にまず水力発電の開発に始まり、やや遅れて治水とかんがいに焦点を当てた河川開発が起こってそれらが結合した河川総合開発事業になり、人口の増加が顕著になるに従い上水道需要の確保を目指した水資源開発へと移行した。さらに1970年代以降は電力需要の増大に対応するため揚水発電を主軸とした新規電源開発が行われていった。以下はこれらの流れについてそれぞれ説明する。
木曽川水系水資源開発基本計画
大雨になると洪水の被害を受けやすい濃尾平野であったが、渇水にも悩まされる地域でもあった。古くは1001年（長保3年）に木曽川から大江用水が引かれ、その後宮田用水や木津用水などの用水路が建設され、濃尾平野中部は一大穀倉地帯となった。だが尾張丘陵・知多半島・東濃地域・養老山地一帯は水の便が悪く、特に知多半島は大河川が全くないことから慢性的な水不足に悩まされていた。このためこの一帯ではため池による農業用水補給が行われていたが、それは根本的な解決にはなり得なかった。
戦後に入って、知多半島に水を安定的に供給するための根本解決策として、木曽川から知多半島先端まで農業用水路を整備するという壮大な計画が持ち上がった。これは浜島辰雄によって構想されたものであるが吉田茂によって採用され、やがて木曽特定地域総合開発計画の一環として正式な事業となった。これが愛知用水であるが工事費が莫大なものになることが予想され、政府は世界銀行の融資を仰いだ。1954年（昭和29年）世界銀行の農業調査団一行が来日し、日本各地の農業振興に有用な地域を調査し、融資可能かどうかを調査した。その結果知多半島地域は篠津地域泥炭地開発事業や八郎潟干拓事業などと共に世界銀行の融資を受けることになり、着工に向けて大きく前進した。1955年（昭和30年）10月、事業を運営する特殊法人・愛知用水公団が設立され、1957年（昭和32年）11月に着工した。まず水源として建設省がかつて計画していた王滝川の二子持ダム計画を拡充して牧尾ダムを建設し、関西電力が管理する兼山ダム貯水池に兼山取水口を設けてここから尾張丘陵・知多半島まで水を供給することとした。愛知用水は1961年（昭和36年）に完成し、幹線水路112km、延べ1,012kmに及ぶ大用水路が渇水に悩まされた地域の恵みとして今なお機能している。
愛知用水の着工に前後し農林省（農林水産省）は濃尾用水の拡充を図るため1951年（昭和26年）「国営濃尾用水土地改良事業」を施工。愛知県犬山市と岐阜県各務原市の境の木曽川に犬山頭首工を建設して用水補給を増強させ、1968年（昭和43年）に完成した。さらに濃尾用水の完成年には西濃地域のかんがい補給を図るため横山ダム（揖斐川）を水源とする「国営西濃用水土地改良事業」が着工され、1984年（昭和59年）岡島頭首工の竣工によって西濃用水が完成。西濃地域に安定した水供給を行った。そして知多半島と同様に慢性的な水不足に悩む東濃地域（岐阜県多治見市・土岐市・瑞浪市・恵那市・中津川市）に水供給するため岐阜県は1976年（昭和51年）に東濃用水を完成させ、関西電力落合ダムに取水口を設けて東濃地域に安定した水供給をもたらした。現在は濃尾用水の改修を目的に2000年（平成12年）から「新濃尾農地防災事業」が行われており、2014年（平成26年）完成予定である。
こうしたかんがい整備が行われる一方で、名古屋市を中心とする中京圏は急速に人口が増加。さらにトヨタ自動車や新日本製鐵など大型工場が進出することで中京工業地帯も拡充。水需要は青天井の勢いとなった。このため従来治水中心に行われていた河川開発は水資源確保が重要な目的となっていった。利根川や淀川で水資源開発を目的とした河川総合開発事業を行っていた水資源開発公団（現在の独立行政法人水資源機構）は1966年（昭和41年）、木曽川水系を水資源開発促進法に基づく水資源開発水系に指定。愛知用水公団を吸収するとともに「木曽川水系水資源開発基本計画」を定めて水資源開発のための河川施設建設を計画した。
これによって計画されたものとして味噌川ダム・木曽川大堰（木曽川）・阿木川ダム（阿木川）・岩屋ダム（馬瀬川）・長良川河口堰（長良川）・徳山ダム（揖斐川）があり、事業は全て完成し愛知用水の新たな水源となった。また岩屋ダム・木曽川大堰を水源として木曽川用水を建設して愛知用水を補完。さらに1971年（昭和46年）からは三重用水の建設を開始し、揖斐川を水源として1977年（昭和52年）に完成した中里ダムなどを経由し三重県北中部地域に上水道・工業用水道・農業用水を1993年（平成5年）より供給開始した。これらのダム・堰・用水路は名古屋市の水がめとして現在も重要な役割を果たしている。現在は2008年（平成20年）に完成した徳山ダムの水を岐阜県揖斐郡揖斐川町から長良川を経て愛知県犬山市の木曽川まで結ぶ木曽川水系連絡導水路の建設が進められている。また1984年の長野県西部地震によって大量の土砂が流入した御岳湖の土砂を掘削して貯水容量を確保するための牧尾ダム再開発事業が行われている。
全国を巻き込んだ論争 - 長良川河口堰・徳山ダム -
公共事業見直しの風潮は木曽川水系の開発にも影響を及ぼした。
特に木曽川水系は全国的に注目の的になっている。
一つは長良川河口堰である。
高度経済成長期の1968年（昭和43年）に計画発表されたが、ダムの無い長良川に河口堰を建設することに猛烈な反対運動が巻き起こった。これにより本体建設は全く進まず、堰と一体で運用される予定であった板取ダム（板取川）の建設が中止に追い込まれた。長良川固有種のサツキマスを始め魚類に多大な影響を及ぼすとの反対派の主張は新聞社やジャーナリストを味方につけ、中立的な視点での議論が出来なくなってしまったが、結果環境アセスメントを厳密に行う事で建設は進み、1994年（平成6年）完成した。
もう一つは揖斐川に2008年（平成20年）に完成した徳山ダムである。ダム建設により揖斐郡徳山村（現・揖斐川町）全村477戸が水没することになるため、反対運動が激化した。事業者・水没予定者双方のねばり強い交渉の末、代替地集団移転で妥結した。この2事業は、公共事業と環境問題、生存権という複雑な問題を多くの関係者に投げかけ、以降の公共事業に多大な影響を与えた。
木曽川水系の河川整備は環境保護という大きな問題を投げかけた。だが、長良川は1976年（昭和51年）の9.12水害や2000年（平成12年）の東海豪雨による郡上市の大災害等度々流域に被害をもたらす氾濫を起こし、堤防整備では限界との意見がある。揖斐川に関しても、横山ダムによって洪水調節が実施されているが2003年（平成15年）の大垣水害等流域はしばしば洪水の被害を受けており、徳山ダムの必要性を流域自治体が訴求している。木曽川についても1983年（昭和58年）の美濃加茂水害で丸山ダムの計画流入量を超える洪水が発生した事から新丸山ダムを現在建設中である。また、知多半島は1994年の大渇水で1日19時間断水の事態となり、トヨタ自動車の工場操業にも影響を及ぼした。
しかしながら、高度経済成長が終わり、水需要の増大が見込めない中、ダム建設が本当にコストに見合ったものであるのか、という視点での批判もある。治水についても、ダムによる治水にばかり依存するのではなく、旧来からあった輪中を有効活用して洪水被害に対処しようという意見もあり、国土交通省も具体的な検討を行いつつある。
こうした事から、流域住民の生命・財産の保護を取るか、自然保護を取るか、それは住民にとって本当に最適な選択肢かという、難しい決定を関係者は迫られている。両立が難しい為に、中立的な視点で当事者による公開・公正な議論が求められている。
主な河川施設
木曽川水系では、まず水力発電による電源開発が行われた。大井ダムを皮切りに木曽川・飛騨川に数多くのダム・発電所が建設され、日本土木史の先駆けとなった。