密教
部派仏教
パーリ仏典の長部・『梵網経』には、迷信的な呪術や様々な世間的な知識を「無益徒労の明」に挙げて否定する箇所があり、原始経典では比丘が呪術を行うことは禁じられていたが、律蔵においては（世俗や外道で唱えられていた）「治歯呪」や「治毒呪」
といった護身のための呪文（護呪）は許容されていた。そうした特例のひとつに、比丘が遊行の折に毒蛇を避けるための防蛇呪がある（これが大乗仏教において発展してできたのが初期密教の『孔雀王呪経』とされる）。密教研究者の宮坂宥勝の考察によれば、本来は現世利益的な民間信仰の呪文とは目的を異にするもので、蛇に咬まれないためには蛇に対する慈悲の心をもたねばならないという趣旨の偈頌のごときものであったとも考えられるが、社会における民衆への仏教の普及に伴って次第に呪術的な呪文へと転じていったのでないかという。
また意味の不明瞭な呪文ではなく、たとえば森で修行をするにあたって（木霊の妨害など）様々な障害を防ぐために慈経を唱える、アングリマーラ経を唱えることで安産を願うなど、ブッダによって説かれた経典を唱えることで真実語(sacca-vacana)によって祝福するという習慣が存在する。
こうした祝福や護身のために、あたかも呪文のように経典を読誦する行為は、パーリ仏教系統では「パリッタ（paritta 護経、護呪）」と称され、現代のスリランカや東南アジアの上座部仏教でも数々のパリッタが読誦されている。
初期密教
呪術的な要素が仏教に取り入れられた段階で形成されていった初期密教（雑密）は、特に体系化されたものではなく、祭祀宗教であるバラモン教のマントラに影響を受けて各仏尊の真言・陀羅尼を唱えることで現世利益を心願成就するものであった。当初は「密教経典」なるものがあったわけではなく、大乗経典に咒や陀羅尼が説かれていたのに始まる。大乗仏教の代表的な宗派である禅宗では「大悲心陀羅尼」・「消災妙吉祥陀羅尼」等々、日本でも数多くの陀羅尼を唱えることで知られているが、中でも最も長い陀羅尼として有名な「楞厳呪」（りょうごんしゅ）は大乗仏典の『大仏頂首楞厳経』に説かれる陀羅尼であり、中国禅では出家僧の「女人避けのお守り」ともされている。
中期密教
新興のヒンドゥー教に対抗できるように、本格的な仏教として密教の理論体系化が試みられて中期密教が確立した。中期密教では、世尊 (Bhagavān) としての釈尊が説法する形式をとる大乗経典とは異なり、別名を大日如来という大毘盧遮那仏 (Mahāvairocana) が説法する形をとる密教経典が編纂されていった。『大日経』、『初会金剛頂経』 (Sarvatathāgatatattvasaṃgraha) やその註釈書が成立すると、多様な仏尊を擁する密教の世界観を示す曼荼羅が誕生し、一切如来からあらゆる諸尊が生み出されるという形で、密教における仏尊の階層化・体系化が進んでいった。
中期密教は僧侶向けに複雑化した仏教体系となった一方で、却ってインドの大衆層への普及・浸透ができず、日常祭祀や民間信仰に重点を置いた大衆重視のヒンドゥー教の隆盛・拡大という潮流を結果的には変えられなかった。そのため、インドでのヒンドゥー教の隆盛に対抗するため、シヴァを倒す降三世明王やガネーシャを踏むマハーカーラ（大黒天）をはじめとして、仏道修行の保護と怨敵降伏を祈願する憤怒尊や護法尊が登場した。
後期密教
インドにおいてヒンドゥー教シャークタ派のタントラやシャクティ（性力）信仰から影響を受けたとされる、男性原理（精神・理性・方便）と女性原理（肉体・感情・般若）との合一を目指す無上瑜伽の行も無上瑜伽タントラと呼ばれる後期密教の特徴である。男性名詞であるため男尊として表される方便と、女性名詞であるため女尊として表される智慧が交わることによって生じる、密教における不二智を象徴的に表す「歓喜仏」も多数登場した。無上瑜伽タントラの理解が分かれていた初期の段階では、修行者である瑜伽行者がしばしばタントラに書かれていることを文字通りに解釈し、あるいは象徴的な意味を持つ諸尊の交合の姿から発想して、女尊との性的瑜伽を実際の性行為として実行することがあったとされる。そうした性的実践が後期密教にどの時期にいかなる経緯で導入されていったかについてはいくつかの説があるが、仏教学者の津田真一は後期密教の性的要素の淵源として、性的儀礼を伴う「尸林の宗教」という中世インドの土着宗教の存在を仮定した。後にチベットでジョルと呼ばれて非難されることになる性的実践は主に在家の密教行者によって行われていたとも考えられているが、出家教団においてはタントラの中の過激な文言や性的要素をそのまま受け容れることができないため、譬喩として穏当なものに解釈する必要が生じた。しかし、時には男性僧侶が在家女性信者に我が身を捧げる無上の供養としてそれを強要する破戒行為にまで及ぶこともあった。
さらには、当時の政治社会情勢から、イスラム勢力の侵攻によるインド仏教の崩壊が予見されていたため、最後の密教経典である時輪タントラ（カーラチャクラ）の中でイスラムの隆盛とインド仏教の崩壊、インド仏教復興までの期間（末法時代）は密教によってのみ往来が可能とされる秘密の仏教国土・理想郷シャンバラの概念、シャンバラの第32代の王となるルドラ・チャクリン（転輪聖王）、ルドラ・チャクリンによる侵略者（イスラム教徒）への反撃、ルドラ・チャクリンが最終戦争で悪の王とその支持者を破壊する予言、そして未来におけるインド仏教の復興、地上における秩序の回復、世界の調和と平和の到来、等が説かれた。
インド北部におけるイスラム勢力の侵攻・破壊活動によってインドでは密教を含む仏教は途絶したが、後期密教のさらに発展した体系は今日もチベット密教の中に見ることができる。
密教の伝来
日本で密教が公の場において初めて紹介されたのは、唐から帰国した伝教大師最澄によるものであった。当時の皇族や貴族は、最澄が本格的に修学した天台教学よりも、むしろ現世利益も重視する密教、あるいは来世での極楽浄土への生まれ変わりを約束する浄土教（念仏）に関心を寄せた。しかし、天台教学が主であった最澄は密教を本格的に修学していたわけではなかった。
よって、本格的に日本で紹介されることになるのは、唐における密教の拠点であった青龍寺において密教を本格的に修学した空海（弘法大師）が806年に日本に帰国してからであるとされる。
あるいは、空海に後れをとるまいと唐に留学し密教を学んだ円行、円仁（慈覚大師）、恵運、円珍（智証大師）、宗叡らの活躍も挙げられることがある。
日本に伝わったのは中期密教であり、唐代には儒教の影響も強かったので後期密教はタントラ教が性道徳に反するとして唐では受け入れられなかったという説がある。
天台宗の豪潮律師は長崎の出島で中国僧から直接、中国密教と「出家戒」や、大系的な戒律である小乘戒・大乘戒・三昧耶戒を授かり、時の光格天皇の師として尊敬を集めるとともに、南海の龍と呼ばれた尾張・大納言齊朝候の庇護を受け、尾張と江戸で「準提法」（准胝観音法）を広めて多くの弟子を養成した。豪潮の残した資料の一つ『準提懺摩法 全』は明代の中国の資料と内容が一致する。この時期、戒律復興運動で有名な人物としては、「如法真言律」を提唱し、生涯において三十数万人の僧俗に灌頂と授戒を行なった霊雲寺の浄厳覚彦}と、「正法律」を唱えた慈雲が挙げられる。
密教の宗派
日本の伝統的な宗派としては、空海が唐の青龍寺恵果に受法して請来し、真言密教として体系付けた真言宗（即身成仏と鎮護国家を二大テーゼとしている）と、最澄によって創始され、円仁、円珍、安然らによって完成された日本天台宗の継承する密教が日本密教に分類される。真言宗が密教専修であるのに対し、天台宗は天台・密教・戒律・禅の四宗相承である点が異なっている。真言宗の密教は東密と呼ばれ、日本天台宗の密教は台密とも呼ばれる。東密とは「東寺（教王護国寺）の密教」、台密は「天台宗の密教」の意味である。この体系的に請来されて完成された東密、台密を純密（じゅんみつ）というのに対し、純密以前に断片的に請来され信仰された奈良時代に見る密教を雑密（ぞうみつ）という。
日本の密教は霊山を神聖視する在来の山岳信仰とも結びつき、修験道など後の「神仏習合」の主体ともなった。各地の寺院・権現に伝わる山岳曼荼羅には両方の要素や浄土信仰の影響が認められる。
チベットの密教
チベット仏教は、「無上瑜伽タントラ」と呼ばれるインドの後期密教経典と、それに基づく行法を継承している。
台湾の密教
台湾にはチベット密教も伝わっており、清朝末期に創設された「西蔵学会」もある。
台湾には、高野山真言宗、真如苑の支部もある。
その他の国の密教
モンゴルでは中世のモンゴル帝国でチベット仏教が国教であった流れから、現在もチベット密教の信仰が続いている。
また、カンボジアのアンコール王朝にも密教は伝来しており、密教で用いられる祭具や、特にヘーヴァジュラを象った銅像や祭具が出土している。
また、欧米での展開も起きている。チベットにおける1950-51年のチベット侵攻 から1959年のチベット動乱という大混乱の後は、ダライ・ラマ14世をはじめとする多くのチベット僧がチベット国外へと出て活動したことにより、ヨーロッパや米国で広範囲に布教がなされるようになり、欧米の思想界にもさまざまな影響を与えることになった。アメリカ合衆国ニューヨークでは、ダライ・ラマ14世と親交のあるロバート・サーマンにより1987年にチベットハウスが設立・運営され、チベット密教も含めチベットの思想や文化が広報されている。現在は欧米諸国で Esoteric Buddhism と言う場合には、主にチベット密教のことを指している。
インド錬金術に関する仮説
インドの錬金術が密教となり、密教は錬金術そのものであったとの仮説があるが、一般的な見解ではないし、また仏教学の研究でも検証されていない。
「密教」のその他の用法
密教という言葉を「秘密宗教」として広義に捉え、神秘的な宗教の総称として用いる場合もある。たとえば、ユダヤ人の神智学的伝統であるカバラをユダヤの密教と表現する場合がある（秘教も参照のこと）。秘密の儀礼（密儀）を旨とする古代地中海地域の諸宗教（オルフェウス教、ミトラス教など）の総称としては、一般に「密儀宗教」（みつぎしゅうきょう）が用いられる。