日本の歴史
時代区分
日本の歴史における時代区分には様々なものがあり、定説と呼べるものはない。（原始・）古代・中世・近世・近代（・現代）とする時代区分法が歴史研究では広く受け入れられている。この場合でも、各時代の画期をいつに置くかは論者によって大きく異なる。
古代の始期については古代国家の形成時期をめぐって見解が分かれており、3世紀説、5世紀説、7世紀説があり、研究者の間で七五三論争と呼ばれている。中世については、中世を通じての社会経済体制であった荘園公領制が時代の指標とされ、始期は11世紀後半〜12世紀の荘園公領制形成期に、終期は荘園公領制が消滅した16世紀後半の太閤検地にそれぞれ求められる。近世は、太閤検地前後に始まり、明治維新前後に終わるとされる。近代の始期は一般に幕末期〜明治維新期とされるが、18世紀前半の家内制手工業の勃興を近代の始まりとする考えもある。さらに、第二次世界大戦での敗戦をもって近代と現代を区分することもあるが、最近は日本史においても、近代と現代の境目は冷戦構造が崩壊して、バブル崩壊で右肩上がりの経済成長が終わった1990年前後に変更すべきという意見もある。（以上の詳細→古代、中世、近世、近代、現代）
上記のような時代区分論は、発展段階史観の影響を少なからず受けており、歴史の重層性・連続性にあまり目を向けていないという限界が指摘されている。そのため、時代を区分する対象ではなく移行するものとして捉える「時代移行論」を提唱する研究者も現れ始めている。
一般によく知られている時代区分は、主として政治センターの所在地に着目した時代区分である。この時代区分は明確な区分基準を持っている訳ではなく、歴史研究上の時代区分としては適当でない。単に便宜的に用いられているに過ぎない時代区分である。文献史料がなく考古史料が残る時代は、考古学上の時代区分に従い、旧石器時代・縄文時代・弥生時代・古墳時代と区分する。文献史料がある程度残る時代以降は政治の中心地の所在地に従って、飛鳥時代（明日香村）・奈良時代（奈良市）・平安時代（京都市）・鎌倉時代（鎌倉市）・室町時代（京都市）・安土桃山時代（安土町・京都市伏見区）・江戸時代（東京都）と区分する。ただこれだけでは必ずしも十分でないため室町時代前期に南北朝時代、室町時代後期に戦国時代、江戸時代後期に幕末という区分を設けており、このうち南北朝時代と戦国時代は中国史の時代区分からの借用である。江戸時代の次は、天皇の在位期間（一世一元の制）に従って明治時代（明治天皇）・大正時代（大正天皇）・昭和時代（昭和天皇）・平成時代（明仁）・令和時代（徳仁）と呼ばれている。これらのうち、明治維新から1947年（昭和22年）5月2日までの時代（明治時代・大正時代・戦前昭和時代）を「大日本帝国時代」と、政体（憲法）に因んで呼ぶ例もある。また、北海道・北東北、南西諸島などの周縁部については、これらとは異なる時代区分が用いられている（詳細→日本史時代区分表）。
また、文化面に着目して、縄文文化・弥生文化・古墳文化・飛鳥文化・白鳳文化・天平文化・弘仁・貞観文化・国風文化・院政期文化・鎌倉文化・北山文化・東山文化・桃山文化・元禄文化・化政文化などが用いられる。
旧石器時代
日本列島において確認されている人類の歴史は、約10万年前までさかのぼる。ただしこれはデニソワ人などの旧人の遺したものと考えられる。
現生人類の最初の到来は4～3.5万年前と考えられている。
古く北海道と九州方面は大陸と地続きでありナイフ形石器と呼ばれる石器が列島全域で広く使用された。このナイフ型石器は北海道では発掘されていない。
約2万年前にはシベリアから新たに細石刃と呼ばれる石器が主に東日本に広まった。しばらく東日本の細石刃文化と西日本のナイフ形石器文化が併存したが、ほどなく細石刃が西日本にも広まり、約1万5千年前ごろ、ナイフ型石器は急速に姿を消した。
新石器時代
約4～3万年前にかけて世界最古とされる磨製石器（局部磨製石斧）が多数発見されており、すでに列島では独自の磨製石器の使用が見られる。
岩戸遺跡から約2万4千年前のものとみられるこけし型の岩偶が出土したことで、旧石器時代にも何らかの信仰があったことがうかがえる。
約1万2千年前頃、最終氷期が終わり急激な温暖化による海面上昇が始まると、日本列島はアジア大陸から分離した。これにより、人々の文化や生活に大きな変化が生じ、南西諸島を除いて、次の縄文時代へ移行していった。
旧石器時代人の遺伝子としてハプログループD1a2 (Y染色体)が想定されている。
縄文時代
縄文時代（じょうもんじだい）は、年代でいうと今から約1万6,500年前（紀元前145世紀）から約3,000年前（紀元前10世紀）、地質年代では更新世末期から完新世にかけて日本列島で発展した時代であり、世界史では中石器時代ないし新石器時代に相当する時代である。旧石器時代と縄文時代の違いは、土器の出現や竪穴住居の普及、貝塚の形式などがあげられる。
草創期・早期・前期・中期・後期・晩期の6期に区分される。この頃の日本列島人は縄文土器を作り、早期以降定住化が進んで主に竪穴式住居に住んだ。縄文式土器については、青森県大平山元I遺跡にて約1万6500年前の世界最古と言われる土器が発見されている。弓矢を用いた狩猟、貝塚に見られる漁撈、植物の採集などで生活を営み、打製石器、磨製石器、骨角器などを用いた。
雑穀や堅果などの栽培も行われたとする仮説も提示されており、野生のイヌビエから穀物のヒエへの栽培化のプロセスが追跡できるとする研究や、クリの選択が行われて栽培化の動向がうかがわれるとされる研究も公表されている。稲作については、約6000年前の岡山県朝寝鼻（あさねばな）貝塚から稲作を行っていた証拠が見つかり、縄文時代前期から稲作が行われていた。
日本書紀の記述によれば、日本国の建国はこの時代の終わりに行われたとされる。
縄文人の主要な遺伝子として、ハプログループD1a2 (Y染色体)、ハプログループC1a1 (Y染色体)が想定されている。
弥生時代
紀元前10世紀頃から3世紀頃までは弥生時代と呼ばれる。時代区分名称は、この時期に特徴的に見られた弥生土器に由来する。
弥生時代の開始期に大陸からハプログループO1b2 (Y染色体)に属す弥生人が到達した。
稲作を中心とする農耕社会が成立し、北部九州から本州最北端以北を除く日本列島各地へ急速に広まった。農耕社会の成立によって地域集団が形成された。農耕社会の発展とともに地域集団は大型化していき、その中心部には環濠集落が営まれた。当時多く築造された墳丘墓は大型地域集団の首長墓と見られ、身分差が生じ始めていたことの現れだと考えられている。
当時の日本列島は中国から倭・倭国と呼ばれた。大型地域集団の中には中国王朝と通交するものもあり中国から「国」と称された。紀元前後には100前後の「国」が中国と通交していたとされる。倭の奴国王は後漢へ通使し金印を授与された。大型地域集団は次第に政治的な結合を強めていき、倭国連合と呼びうる政治連合体を2世紀初頭頃に形成した。その盟主は倭国王と称し、最初期の倭国王に帥升がいる。しばらく倭国は政治的に安定していたが、2世紀後半に倭国大乱と呼ばれる内乱が生じ、その後邪馬台国の卑弥呼が倭国王となった。卑弥呼は魏との通交により倭国連合の安定を図った。
北海道・北東北地方においては水田耕作が受容されず続縄文時代に移行した。
弥生時代以降、ハプログループO2 (Y染色体)の渡来人が到達したとされる。
古墳時代
3世紀中後半から7世紀頃までは古墳時代と呼ばれる。3世紀中頃に畿内に出現した前方後円墳とそれに伴う墓制が急速に列島各地に広まっており、このことは畿内（ヤマト）・北部九州（筑紫）・北関東（毛野）・山陽（吉備）・山陰（出雲）に並立していた地域政治集団が糾合してヤマト王権を形成したことを表していると考えられている。ただし、これは初期国家と呼べる段階にはなく、王権の連合（連合王権）と見るのが適切とされている。この王権が後に国家としての体制を整え、さらに大和朝廷と称される政権に発展するが、どの時期以降をもって朝廷と呼ぶべきかに関しては、なお議論がある。
4世紀後半からヤマト王権は、列島主要部の支配を固めるとともに武器・農具の原料である鉄資源を求めて朝鮮半島への進出を開始し、半島諸国の国際関係にも介入するようになったが、これを契機として朝鮮や中国の技術と文物が倭国へ流入した。高句麗とも戦争を繰り返した。（倭・高句麗戦争）
5世紀に入るとヤマト王権は本拠を河内平野へ移し、朝貢することで朝鮮半島諸国との関係を優位にすべく、その目的にふさわしい官爵を求めて中国の南朝との通交を活発に行った。中国史書に名の残るこの時期のヤマト王権の首長を倭の五王という。
倭の五王最後の倭王武に現時点で比定されているのは、大泊瀬幼武尊（おおはつせわかたけるのみこと）であり、後世雄略天皇（470年頃治世）と諡（おくりな）されている人物である。このころより、大王や治天下大王と称するようになる。また朝鮮半島での勢力拡大を思うように行えなかったことから、それを目的にしていた中国の王朝への朝貢も行われなくなった。この時期の前方後円墳は、特に規模が巨大化しており強力な王権の存在を示している。
倭の五王の後、5世紀後半から6世紀前半にかけて、ヤマト王権では混乱が見られた。しかし北陸・近江根拠地の傍系王族から即位した継体天皇の登場と統治により、ヤマト王権の列島支配が強まり、これ以後は現天皇に繋がる体制が確立した。なお、継体天皇期には、北九州で磐井の乱などが起こっているが、ヤマト王権と北九州豪族磐井の関係については不明の点が多い。
またこの時代には、朝鮮半島諸国の国際関係への介入は大きく後退した。こうした内向な時期を経て、ヤマト王権による日本列島支配体制はさらに強化されていった。同時期にオホーツク海沿岸地域では、オホーツク文化が成立し、およそ13世紀まで続いた。
この時代（場合により次の飛鳥時代を含めて）を、大和時代と呼ぶことがあったが、現在は古墳時代とするのが一般的である。
飛鳥時代
6世紀後半から8世紀初頭までは、ヤマト王権の本拠が飛鳥に置かれたことから飛鳥時代と呼ばれる。6世紀後半にはヤマト王権の国内支配が安定し、むしろ王権内部の大王位継承抗争が目立った。この時期には百済から仏教が伝来し、後の飛鳥文化・白鳳文化などの仏教文化へと発展していった。
6世紀末、400年ぶりに中国を統一した隋の登場は、東アジア諸国の政治権力の集中化をもたらした。倭国でも7世紀前半にかけて推古天皇とその甥厩戸王（聖徳太子）が、王殺しである蘇我馬子を牽制しながら大王（天皇）主権を確立しようとした。第1次遣隋使派遣の反省から、冠位十二階制定・十七条憲法導入などの国政改革が行われた。しかし豪族層の抵抗も根強く、権力集中化はその後も企図されたが、その動きは伸び悩んだ。
第2次遣隋使では小野妹子が派遣され、中国の皇帝煬帝へ親書を渡した。その親書には「日出ずる国の天子より日の没する国の天子へ」とあり、あくまで朝貢外交の枠内ではあったものの、中国と冊封を受けずに自立した君主であることを認めさせることで、自主性を示す意図があった。
7世紀中頃の大化の改新も権力集中化の動きの一つであり、一定の進展を見せている。しかし、権力集中化への最大の契機は、7世紀後半の百済復興戦争における敗北（→白村江の戦い）であり、倭国内の諸勢力は国制整備を進めることで一致し、権力集中化が急速に進み始めた。さらに壬申の乱に勝利した天武天皇は権力集中を徹底し、天皇の神格化を図った。天皇号の制定時期は天武期と考えられている。併せて、天皇支配を具現化するために律令制の導入を進め、8世紀初頭の大宝律令制定に結実した。日本という国号もまた、大宝律令制定の前後に定められている。天武天皇の詔勅に基づき日本最古の文献史料となる日本書紀の編纂が開始される。
なお、この時期北海道中西南部・青森県北部においては擦文時代を迎える。
奈良時代
8世紀初頭から末にかけては奈良時代と呼ばれ、奈良に都城（平城京）が置かれた。そして遣唐使を盛んに派遣し、律令国家体制の形成と深化が図られた。王土王民思想に基づく律令制は、天皇とその官僚による一元的な支配を志向しており、民衆に対しては編戸制・班田制・租庸調制・軍団兵士制などの支配が行われた。8世紀前半は、律令制強化への動きが積極的に展開しており、三世一身法・墾田永年私財法などの農地拡大政策もこうした律令制強化の一環だったと考えられている。しかし、この時期聖武天皇のときに中宮職が設置されるなど政治の中枢が変化し始めていた。また8世紀後半に入ると百姓階層の分化が始まり、逃散増加で税収が減るなどして律令支配の転換を迫る状況が生じていった。
また、新羅を蕃国とし、東北地方の蝦夷・南九州の隼人を化外民とする中華意識が高まり、日本は、新羅へ朝貢を要求するとともに、蝦夷・隼人らを「教化」して律令支配へと組み込もうとしていった。この頃の北方の領土は日本海側沿いの拠点にとどまり、領土拡大につとめる日本は蝦夷に対して、帰順する蝦夷を優遇する一方、反抗する蝦夷は軍事力で制圧するという二面性の政策を取った。
この時代には干ばつ・飢饉・山火事などの災害や疫病の流行が多発した。特に、735–737年にかけて発生した天然痘のエピデミック（天平の疫病大流行）は貴族・庶民を問わず夥しい数の死者を出し、政権を担っていた藤原四兄弟も相次いで病死した。これらの災厄が自らの不信心に起因していると考えた聖武天皇は仏教への帰依を深め、東大寺創建を命じるなど国家的な仏教振興を推進した。
文化面では、『日本書紀』・『万葉集』・『風土記』などが編まれた他、遣唐使がもたらした大陸文化に影響を受けた天平文化が栄えた。仏教は政府により統制されたものの鎮護国家思想が強まり、聖武天皇の発願で東大寺・国分寺が国家護持の名目で建立された。工芸品では正倉院宝物が有名である。称徳天皇が作らせた百万塔におさめられた百万塔陀羅尼は、現存する世界最古の印刷物と言われている。
平安時代
8世紀末頃から12世紀末頃までは平安時代と呼ばれ、桓武天皇の築いた平安京が都とされた。平安前期には古墳時代の地方首長層に出自する古来の国造一族から任命された郡司階層の没落と百姓階層の分化が一層進み、前代から引き続いた律令国家体制に限界が生じていた。そこで朝廷は11世紀初頭頃から地方分権的な国家体制改革を精力的に推進し、王朝国家体制と呼ばれる体制が成立した。王朝国家では、朝廷から大幅に統治権限を委譲された受領とその国衙機構による地方支配が展開した。この受領・国衙支配のもと、収取体系は従来の律令体制における、戸籍による個別人民把握と郡司層の百姓層に対する首長権に裏付けられた、人頭税方式の課税から、土地単位の課税と有力百姓階層や土着した元国司子弟などの富豪層への農地経営請負委託を組み合わせた、負名体制へと変貌した。地方統治を裏付ける軍事面においては、国衙軍制を通じて武芸の家として武装と武力の行使を公認された官人層である武士階層が、契丹の台頭に呼応した承平天慶の乱や刀伊の入寇などといった内外の軍事的危機の解決に与ったことを機会に台頭した。また、中央政治においては11世紀に藤原北家が天皇家の外戚として政権中枢を担う摂関政治が成立した。
12世紀に入ると王朝国家のあり方に変化が生じ、12世紀末から13世紀にかけて荘園の量的増加と、経営単位として自律した一円領地化という質的変化が著しくなり、権門を荘園領主とする荘園と、国衙が支配する公領が対等な存在として拮抗して並び立ち、このそれぞれにおいて荘園・公領間の武力紛争に耐えられる武士が現地の管理者として在地領主化する、荘園公領制と呼ばれる中世的な支配体制が確立した。同時期には上皇が治天の君として政務に当たる院政が開始しており、この時期が古代から中世への画期であるとされている。平安末期には保元・平治両乱を経て武士の軍事力が中央政界の政争の帰趨を左右するようになり、その結果、中央政界で政治の主導権を握った伊勢平氏によって原初的な武家政権と評価される平氏政権が登場した。
奈良時代から漸次的に進んでいた文化の日本化が国風文化として結実し、漢字を元に生み出された平仮名・片仮名が使われていくようになり、『源氏物語』・『枕草子』に代表される物語文学などが花開いた。密教や末法思想が広く信じられ、神仏習合が進み、寺院が多く建てられた。
東北地方では、11世紀頃から安倍氏・清原氏・奥州藤原氏などの半独立政権が興亡し、中央から派遣された鎮守府将軍をも交えてしばしば抗争した（前九年の役・後三年の役）。南西諸島においては、12世紀頃からグスク時代に入る。以降の詳細は、北から奄美群島の歴史、沖縄県の歴史、先島諸島の歴史などを参照のこと。
鎌倉時代
12世紀末頃から14世紀頃までは鎌倉時代と呼ばれ、中央の公家政権と関東の武家政権が並立した。源頼朝を首長とする鎌倉幕府は、治承・寿永の乱で勝利して平氏政権を打倒し、その過程で守護・地頭補任権を獲得し、朝廷（公家政権）と並びうる政権へと成長した。13世紀前半の承久の乱の結果、公家政権は武家政権に従属した。その後、御家人筆頭である北条氏が幕府政治を実質的にリードする執権政治が確立した。 
13世紀中期頃から、貨幣経済の浸透と商品流通の活発化、村落の形成、地頭ら武士による荘園公領への侵出といった、大きな社会変動が生じ始めた。これらの動きは13世紀後半の元寇によって加速した。恩賞の払えない幕府は徳政令を発布したり得宗専制をとったりして急場をしのいだが、一度傾いた封建制を立て直すことはできなかった。在地社会では混乱に乗じて悪党・惣村などが出現し、荘園公領制の変質化が急速に進行した。
文化面では運慶と快慶の東大寺南大門金剛力士像など、写実的な美術が展開した。また宗教面ではそれまでの鎮護国家を目的とする顕密体制の仏教から発した鎌倉新仏教の成立により、民衆へ仏教が普及していった。北海道においては、13世紀頃から従来の擦文文化が、狩猟採集で得られた商品価値に富んだ産品の交易により深く依存を強め、またオホーツク文化と融合する中、アイヌ文化へと変遷を遂げた。
南北朝時代
14世紀頃は南北朝時代と呼ばれ、大覚寺統の南朝と足利氏が支援する持明院統の北朝に朝廷が分かれた。
鎌倉時代中期以降、皇室は大覚寺統と持明院統に分かれて皇位継承を巡り争い、鎌倉幕府の介入により両統迭立状態となっていた。大覚寺統から即位した後醍醐天皇は幕府を滅ぼそうとするも失敗し隠岐に流され、幕府は持明院統の光厳天皇を即位させたが、後醍醐天皇は隠岐を脱出すると再び討幕を呼びかけ、足利尊氏や新田義貞らにより鎌倉幕府を滅亡させる。
後醍醐天皇は光厳天皇を退け建武の新政と呼ばれる天皇専制の政治を行うが、武士層の不満が増すと、尊氏はそれを背景に新政から離反し、持明院統を擁立して大覚寺統を南の吉野に追った。荘園公領制の変質が、社会各層における対立を顕在化させ、南北朝の争いを大義名分とする全国的な抗争が展開した
文化面では、ばさらに代表されるように、身分秩序を軽視し華美な振る舞いに走る傾向が見られた。また、連歌が流行し、『二条河原落書』など文化の庶民化への動きが見られた。
室町時代
14世紀頃から16世紀頃までは室町時代と呼ばれ、京都の室町に幕府が置かれた。足利尊氏が南朝に対して北朝を擁立し室町幕府を開いた。京都に本拠を置いた幕府は、朝廷の権能を次第に侵食したため、朝廷（公家政権）は政治実権を失っていった。各国に置かれた守護も半済等の経済的特権の公認や守護請の拡大などを通じて、国内支配力を強め、国衙機能を取り込んでいき、守護大名へと成長して、守護領国制と呼ばれる支配体制を築いた。
足利義満は南北朝合一を遂げ、また日明貿易を行い明皇帝から日本国王に冊封された。義満は守護大名の勢力抑制に努めたが、守護大名の拡大指向は根強く、幕府対守護の戦乱が多数発生した。幕府-守護体制は15世紀中葉まで存続したが、応仁の乱によって大きく動揺すると明応の政変を契機としてついに崩壊し、戦国時代へと移行した。
1419年、李氏朝鮮が対馬に侵攻した。（応永の外寇）
1429年に尚巴志王が琉球王国を作り上げ、日本や明などと国交を結び盛んに貿易を行った。本州から現在の北海道南部に進出した人々は道南十二館などの居住地を作り、和人と呼ばれた。アイヌと和人は交易をしたが、和人がアイヌを圧迫したため、1457年に大首長コシャマインを中心に蜂起するも（コシャマインの戦い）、蠣崎氏により鎮められた。
この時代の社会原則は自力救済であり、各階層内において連帯の動き＝一揆が浸透した。村落社会の自立化が進み惣村・郷村が各地に成立した。西日本では交易が活発化すると、その活動は朝鮮・中国に及んだ（倭寇）。文化面では、連歌・猿楽・喫茶など身分を超えた交流に特徴付けられる室町文化（北山文化・東山文化）が栄えた。この文化は禅宗の影響を受け、簡素さと深みという特徴も持っていた。
戦国時代
15世紀後期から16世紀後期にかけての時期を戦国時代と呼ぶ。この時代は、守護大名や守護代、国人などを出自とする戦国大名が登場し、それら戦国大名勢力は中世的な支配体系を徐々に崩し、分国法を定めるなど各地で自立化を強めた。一円支配された領国は地域国家へと発展し、日本各地に地域国家が多数並立した。この地域国家内における一元的な支配体制を大名領国制という。地域国家間の政治的・経済的矛盾は、武力によって解決が図られた。16世紀半ばに登場した織田信長は、楽市楽座令を出したり、自治都市の堺を直轄領にしたりして流通政策と海外交易を担い、強大な軍事力を手にした。
この時代は、農業生産力が向上するとともに、地域国家内の流通が発達すると、各地に都市が急速に形成されていった。また、ヨーロッパとの交易（南蛮貿易）が始まり、火縄銃やキリスト教などが伝来すると、それまでの戦術や日本の宗教観念が変化した。南蛮貿易は江戸幕末まで日本の政治・経済に影響を与え続けた。
安土桃山時代
織田信長は室町将軍足利義昭を放逐すると、室町幕府に代わる畿内政権を樹立した。信長が本能寺の変により自害すると、天下統一の事業は豊臣秀吉が継承することとなった。 
秀吉は、信長の畿内政権を母体として東北から九州に至る地域を平定し、統一事業を完了した。秀吉も中世的支配体系・支配勢力の排除・抑制に努め、中世をおわらせた。刀狩や太閤検地の実施を通し、兵農分離を進めて荘園公領制・職の体系を消滅させたのである。秀吉による天下統一により、政治や経済の安定がもたらされると大名・武士を中心として豪壮な桃山文化が栄えた。
この時代の世界情勢と秀吉の外交に臨む態度はサン＝フェリペ号事件に見ることができる。船員に提示された秀吉の書状によると、秀吉は英葡永久同盟下にあるポルトガルから聞いて、フィリピンが武力制圧されていたことを知っていた（フィリピン#スペイン植民地時代）。処刑された日本二十六聖人はフランシスコ会であったが、宗教改革の時節柄カトリック教会であった。近世日本国民史によると、スペイン国王は宣教師を世界中に派遣し、布教とともに征服を事業としているということであった。しかし、この文献は当世のものでない。このときのスペイン国王はフェリペ2世であった。次の事実は世界的観点から特に重要である。ハプスブルク家出身であるフェリペ2世は、英葡同盟下にあるポルトガル国王を兼ね、さらに帝国郵便の維持費を負担していた。
秀吉は朝鮮への出兵を実行したが、その最中に死去。後継者問題も抱えていた豊臣政権は弱体化していった。
江戸時代
慶長8年（1603年）から慶応3年（1867年）までは江戸時代と呼ばれ、江戸に江戸幕府が置かれた。 
秀吉の死後、徳川家康は関ヶ原の戦いに勝利して権力を掌握すると江戸に幕府を開き、大坂の役で豊臣氏を滅ぼした。この後幕府は、17世紀中葉までに武家諸法度の発布、参勤交代の義務化、有力大名の改易などを通して、諸大名との主従制を確固たるものとし、また朝廷統制を強め、幕府官僚機構を整備した。並行して、キリスト教の制限と貿易の管理強化を進め、社会の安定化に努めた。そうした中勃発した島原の乱は、キリスト教禁止の徹底と出島での管理貿易による鎖国の完成へとつながる。日本の境界領域である琉球王国と蝦夷地（和人地である渡島半島を除く北海道、樺太及び千島列島）の支配は大名を通じて行なわれた。
一方で、社会の安定化に伴って耕地開発の大事業が各地で実施され、倍増した耕地面積は食糧増産と人口増加をもたらすと、村請を通じて幕府財政や藩財政を支えるとともに、全国的な流通経済を大きく発展させた。以上のように、江戸時代前期に確立した支配体制を幕藩体制という。社会の安定と経済の成長は、都市の発展を支え、17世紀後半の元禄文化に結実した。
18世紀に入り金銀が流出して海舶互市新例を出すようになり、徳川吉宗は幕府権力の再強化と財政再建（享保の改革）を推し進めた。その後も体制維持および財政再建の努力（寛政の改革、天保の改革等）は行なわれるが成功はしなかった。この頃に都市町人を中心とする化政文化が花開いた。ところが、商品経済の発達による社会各層での貧富の拡大とそれに伴う身分制の流動化、そして幕末の通貨問題を背景に、幕藩体制は次第に動揺していった。 
19世紀中頃までに、国内の社会矛盾と国外からの圧力（ロシア、イギリス、アメリカ船の接近）に抗するため、幕府はフランスのソシエテ・ジェネラルから貸付を受けて軍備を増強した。しかし同世紀後半の黒船来航と日米和親条約締結による開国を契機として幕府の管理貿易（鎖国）は解かれた。そして不平等な安政五カ国条約を勅許なしに締結してしまい、幕府の威信は低下した。朝廷の権威が増大することになり、幕府は大政奉還により権力の温存を図ったが、倒幕派の薩摩藩、長州藩、土佐藩らとの内戦（戊辰戦争）に敗北後、瓦解した。 
江戸時代は文化の担い手が庶民にまで拡がり、歌舞伎、俳諧、浮世絵、お陰参りなどが盛んになったほか、寺子屋や藩校で広く教育が行われた。当世の教育機関は明治になって財政支援に乏しい学制の普及に活用された。
明治時代
明治年間（1868年 - 1912年）は明治時代と呼ばれる。倒幕派の諸藩を中心とする維新政府は戊辰戦争を経て旧幕府勢力を退けてから、王政復古により明治新政府を樹立した。新政府は岩倉使節団の世界視察に基づいて欧米の諸制度を積極的に導入した。明治維新と呼ばれる一連の改革は、廃藩置県、四民平等化、六法・郵便・鉄道・水道等の整備にまで及んだ。その過程で日本の境界領域であった琉球王国や、樺太を除く蝦夷地（北海道の大部分と千島列島）、小笠原諸島を完全に日本の領域内に置き、国境を画定した。安政五カ国条約を改正するため、帝国議会の設置や大日本帝国憲法の制定など国制整備に努める一方で、産業育成（殖産興業）と軍事力強化（富国強兵）を国策として推進した。日清戦争と日露戦争に勝利したことで条約改正を果した。日清戦争では三国干渉により、割譲された遼東半島を清に返還。日露戦争では賠償金を得られず大きな負債が残った。電信における主権は1967年まで回復できなかった。また、一方では台湾統治や韓国併合を行い領土を拡大した。
文化面では、欧米から新たな学問・芸術・文物が伝来すると、その有様は文明開化と呼ばれ、江戸時代以前とは大きく異なった文化が展開した。言文一致や変体仮名の整理、標準語の普及が進められ、近代的な日本語が成立した。宗教面では従来の神仏混交が改められ（神仏分離）、寺請制度が廃止された。神社は行政組織に組み込まれ､皇室を中心とする国家神道に再編されていった。これにより仏教は弾圧された（廃仏毀釈）。キリスト教は欧米側の事情として制度・資本両面の輸出に成功し布教の理由が薄れてなお、同志社大学などの教育機関に社会的地位を占めるようになった。
世界的観点においては、明治維新の途中から日清戦争までが大不況 (1873年-1896年) 期にあたる。このときはオリエンタル・バンクが日本の外債を引受けた。日露戦争ではシ団がロスチャイルドなどの個人銀行に変わり、その意味で幕末の方針に回帰した。　
1875年、横浜の山手に駐屯していた英仏横浜駐屯軍が完全撤退した。
大正時代
大正年間（1912年 - 1926年）は大正時代と呼ばれる。護憲運動を経て大衆の政治参加が進み、政党政治が確立した時期である（大正デモクラシー）。1925年（大正14年）には男子普通選挙が実現した。
一方で政党政治家には大衆の人気取りのため乱暴な対外政策に走る傾向があり、大隈重信政権は1914年（大正3年）の第一次世界大戦には直接国益に関与しないにも関わらず日英同盟を根拠に参戦。同じ連合国である中華民国の袁世凱政権に対華21カ条要求を突きつけ、帝国主義的野望を露骨に示した。戦争の結果、1919年（大正8年）にパリ講和会議でドイツの山東省権益を獲得したがワシントン会議で返還された。太平洋のドイツ領であった南洋群島は、国際連盟からの委任を受けて統治することとなった。
日本は大戦特需と海底ケーブル需要により工業生産が激増し、未曾有の好景気となる（大戦景気）。財閥は資本の集積・集中を進め巨大コンツェルンを築いたり、国際カルテルに参加したりした。政府は社会政策の面ではほとんど無策であり、農村から労働者が流入した大都市では貧民窟が形成されるなど貧困が広がった。大戦が終わると大戦中の反動による深刻な不景気に苦しんだ。そこに関東大震災が混迷する状況に追い討ちをかけて、JPモルガンなどに巨額の外債を引受けられたり、金解禁により正貨が流出したりした。
昭和時代
昭和年間（1926年 - 1989年）は昭和時代と呼ばれる。大正期から続いた不景気に世界恐慌が直撃し、社会不安が増大した。金解禁に失敗した政党政治に代わって軍部が力を持つようになり、外債に頼らない国家運営を展開した。関東軍は独断で満州を占領して満州国を樹立し、これがアメリカやイギリスの反発を招いて国際連盟を脱退した。その後、第二次上海事変等により中華民国との戦争状態（日中戦争・支那事変）に発展した。日本は枢軸国の一員としてナチス・ドイツ、イタリア王国と三国同盟を結び、マレー作戦とそれに続く真珠湾攻撃でアメリカ合衆国など連合国と開戦して第二次世界大戦（太平洋戦争・大東亜戦争）に突入した。開戦当初は優勢だった日本軍はアメリカ軍の生産力と通商破壊に圧倒され、各地で敗北を重ねた。戦争末期には主要都市を軒並み戦略爆撃で焼け野原にされ、広島と長崎には原子爆弾を投下されて敗れた。
戦後、連合国軍最高司令官総司令部 (GHQ) の占領政策に基づいた象徴天皇制、国民主権、平和主義を定めた日本国憲法を新たに制定した。「侵略戦争の経済的基盤」を無力化するために農地改革と財閥解体が断行された。解体された財閥はコンツェルンとしての形から企業グループとなった。企業グループとは、アメリカ対日協議会の圧力により過度経済力集中排除法が適用されないことになった「トップのいない企業結合体」である。無力化の対象となった寄生地主制と財閥は、戦中より産業合理化の障害としても論じられていた。そこで傾斜生産方式という合理化が推進された。1952年、日本は世界銀行と国際通貨基金に加盟した。このころは新円切替や正力マイクロ波事件などが国民生活を脅かした。
1950年代にさしかかるころから逆コースが進展した。朝鮮戦争では占領軍の指令に基づき掃海部隊や港湾労働者を朝鮮半島に送り込むなど韓国支援活動を行った。1952年（昭和27年）にサンフランシスコ平和条約により主権を回復した後、外債の導入により急速に戦後復興を進め、財閥は企業グループとして形を変えて復活した。冷戦下の西側陣営として日米安全保障条約を締結した。独立後の日本は西側諸国の中でも特に米国寄りの立場をとったが、日本国憲法第9条を根拠に軍事力の海外派遣を行わなかった。サンフランシスコ平和条約発効直前に発生した韓国による竹島軍事占領を除き、戦後の日本は諸外国からの軍事的実力行使にさらされることがなかった。自民党と社会党の保革55年体制ができた翌年、日本は日ソ共同宣言と国際連合加盟を果した。1972年（昭和47年）には日中国交正常化と沖縄返還が行われた。それぞれに関しては中華民国の国家性と西山事件が未解決である。
1960年代、日本の国民総生産は証券不況にあえぎながらも高度経済成長をとげた。1966年（昭和41年）にフランスを、1967年（昭和42年）に英国を、1968年（昭和43年）には西ドイツをそれぞれ追い抜いた。これをもって米国・ソビエト連邦に次ぐ世界第3位にのぼりつめ、日本は先進国となった。1970年代はニクソン・ショックとオイルショックの二重苦にもかかわらず軟着陸できたので安定成長期と呼ばれた。重化学工業から自動車・電機へと産業の主役が移る産業構造の転換が進んだ。一方、傾斜生産方式から安定成長に至るまで公害病問題が深刻化していた。また、日本企業の輸出攻勢は貿易摩擦をもたらした。そして数年にわたり報道されたロッキード事件は日本のグローバル化を象徴した。昭和末期、中曽根内閣の民営化政策が推進され始めてほどなくプラザ合意がなされた。これにより円高不況がおこり、そこでゆきすぎた金融緩和がなされてリクルート事件のころにバブル景気が到来した。
歴史学界は戦前・戦中に弾圧されていた思想や研究が解禁されて、古代史や考古学の研究が進んだ。GHQ 占領下でも戦前・戦中とは違った方針で検閲が行われた。昭和期の学者は国内文献を渉猟するにあたり時々の趨勢に左右された。国外文献、とりわけアメリカ側の保有する戦時史料は、次の平成に情報公開法が充実し、また公開期限も到来して、堰を切ったように研究が進んだ。
平成時代
平成年間（1989年 - 2019年）は平成時代と呼ばれる。自社両党による55年体制が崩壊し、短命の非自民連立内閣が成立した。そして2009年と2012年にも政権交代が起こった。阪神淡路大震災・地下鉄サリン事件・東日本大震災・福島第一原子力発電所事故などの大規模な災害が発生し、危機管理に対する意識が高まるきっかけとなった。
世界的観点において平成初期は、合衆国などの余剰家計をミューチュアル・ファンドが吸い上げてグローバルな投資活動を展開し注目を浴びた。21世紀に入り、BRICSなどの新興国が台頭。日本を含む先進国の産業空洞化、国家財政や年金会計における債務超過、通貨危機、中流階級の貧困層への転落などの傾向が顕著になり、従来世界経済において圧倒的に大きな影響力を持っていた日本や欧米の経済的・政治的先進性は疑義をもたれるようになった。
1994年から、アメリカ政府は日本政府に対して年次改革要望書を出した。年次改革要望書は2008年に終了。
インターネット、携帯電話は世の中を変えつつある。また日本は景気の改善と少子化により人手不足に陥っており、人工知能・自動運転・ロボットなどの新技術が人間の負担を軽減する見通しが出されている。
歴史認識・歴史叙述
日本においては、漢字が導入された古代から歴史認識および歴史叙述の展開が見られた。中世には歴史物語の盛行により庶民層にも国家単位の歴史認識が流布する。近世には合理的・実証的な歴史研究が民間に広がり、近代には西欧から近代的歴史観が本格的に導入された。