ジョイメカファイト
ギミック
このゲームの最大の特徴は、キャラクターの表現方法である。ファミリーコンピュータの性能では、新鋭ハードのように『ストリートファイターII』なみの大型のキャラクターをアニメーションさせることは不可能であった。本作では、頭部や胴体、手足といった体のパーツが分離して宙に浮いているロボットという設定によって大型キャラクターを表現している。
それぞれの分離したパーツ（スプライト）を動かし、アニメーションさせるという手法によって、ファミコンでありながら、それまでの対戦型格闘ゲームにはなかった滑らかな動きをキャラクターに与え、他ハードのゲームに見劣りしないものにさせている。また、各パーツが分離しているために、各キャラクターに要する絵数も少なく、合計36体という豊富なキャラクター数を実現させている。
マニュアル（チュートリアル）
本作のもう一つの特徴として、マニュアルというチュートリアル機能の存在が挙げられる。キャラクター選択画面で使用キャラクターを選択した後に「マニュアル」という項目を選択すると、操作練習のための画面に入る。
この画面はソウサモードとデモモードに分かれる。ソウサモードは対戦画面に似ているが、敵キャラクターは攻撃してこず、また体力などの制限も無いため、プレイヤーは自キャラクターの操作の練習に専念できる。また、各技（基本技・必殺技含む）が相手にヒットした場合に与えるダメージのポイントを知ることが出来る（ちなみに敵キャラをIIコントローラーで操作できる）。デモモードでは必殺技の出し方（コマンド入力）を解説と操作デモ付きで確認できる。両モードとも、画面上部にはコントローラの絵が表示され、入力操作が確認できるようになっている。
現在でこそ（家庭用）対戦型格闘ゲームでの練習モードは当たり前であるが、練習専用のモードがある対戦格闘ゲームは本作が最初である。
システム
ロボット同士が戦う対戦型格闘ゲームで、上記の物語に沿ってイーロボ（味方ロボット）を操作しワルロボ（敵ロボット）を倒していく「クエストモード」と、物語に関係なく自由にキャラクターを選んで遊べる「対戦モード」が用意されている。
クエストモードは1人プレイ専用。1ステージにつき8体（最初のステージのみ7体）のワルロボが存在し、これらを全て倒すとボス戦となり、ボスを倒せばステージクリア。計4ステージをクリアすればエンディングが流れ、ゲーム終了となる。なおバッテリーバックアップ機能が搭載されており、ゲームの進行状況はワルロボを1体倒す度に自動的に記録される。
イーロボは合計8体で、どのイーロボでどのワルロボと戦うかは自由に選択できる。ただし最初のステージではイーロボは1体（スカポン）のみであり、ワルロボを倒すごとに各ワルロボがイーロボへと再改造され使用可能となる演出が挿入される。なお、最初のステージをプレイできるのはゲーム初プレイ時のみで、一度クリアした後は2ステージ目以降のステージしかプレイできない（ちなみにオプション画面からゲームデータをリセットすることができる）。
ステージボスを倒した後に、「キメワザ」（各ワルロボを倒した最後の一撃）の映像が順にプレイバックされる演出がある。これのためになるべく格好良い倒し方を狙ったり、キメワザを統一したりといったユーザーこだわりの遊び方が生まれた。また一度全ステージをクリアすると、好きなステージを選んで遊べるようになる。
対戦モードは「1Pvs2P（プレイヤー同士）」「1PvsCOM（プレイヤー対コンピュータ）」「COMvsCOM（コンピュータ同士）」の3種類があり、練習やコンピュータの思考パターンの観察も可能。同じロボット同士の対戦、いわゆる同キャラ対戦もできる。いずれも初期状態ではイーロボ8体しか使えないが、ある条件を満たすと使用できるロボットが追加される（詳細は#ゲーム難易度を参照）。
対戦時のルール
対戦は1対1。両キャラクターはヒットポイントメータ（いわゆる体力ゲージ）1本とハート2つを持つ。相手の攻撃を受けるとヒットポイントメータが減少、ゼロになると「ダウン（一般的な格闘ゲームのKOに相当する）」を取られ、ハートが1つ減り、メータが全回復する。このとき、相手をダウンさせた方のキャラクターはメータが少し回復する。ハートの無い状態でメータがゼロになった方(つまり、相手より先に3回ダウンした方)が負けとなり、そこで対戦が終了する。なお他の対戦型格闘ゲームと同様、両者の攻撃が同時にヒットすることもあり、これにより両者同時にメータがゼロになってダブルダウンという状況も発生する。両者ともハートが無い状態でそうなると「アイウチ（相討ち）」となり、対戦のやり直しとなる。対戦フィールドは左右に無限にスクロールする為、画面端に追いつめて飛び道具を連発する戦法（俗にいう「トリカゴ」）は取れなくなっている。
短時間に連続してダメージ（キャラによって異なるが、だいたいメータ半分程度）を食らうと、キャラクターの頭部が地面に落ちてしばらく操作不能になる（『ストリートファイターII』でいうピヨリの状態）。
必殺技
各キャラクターは「パンチ」「強パンチ」「キック」「足払い」「ジャンプ」「ガード」といった基本動作に加えて、4つ（一部例外あり）の必殺技を持っていて、コマンド入力によって出すことができる（この作品では投げ技も必殺技に含まれる）。ファミリーコンピュータの性能の関係上キャラクターが技名などを叫ぶことはないが、必殺技を出すと、出した技の名前がヒットポイントメータの下に表示されるようになっている。なおこのゲームのコマンドにはナナメ入力は無く、他の格闘ゲームとは異なりファミコンの十字キーでも必殺技を出しやすい仕様となっている。また、ナナメ入力をすることで2つ分のキーを押したと認識されるので、逆にコマンドの省略をする事も可能である。
いくつかのキャラクターの必殺技は、操作説明には無いコマンド入力による、間合い、軌道、威力などが異なるバリエーションを持つ。こういった隠し技を見つけることも、ユーザー間での楽しみの一つであった。
ゲーム難易度
クエストモードの難易度にはノーマルとハードがあり、ハードをクリアすると、新たにスペシャルというモードがプレイできるようになる。スペシャルモードでは敵キャラクターも隠し技を使ってくるなど明らかにCPUの思考パターンが変わっていて、より難しくなっている。
ハードをクリアすると、2人対戦モードでボス以外のワルロボを使用可能になる。スペシャルをクリアすると、ボスキャラクターも使用可能になる。
ストーリー
ある所に、ロボット研究者の第一人者である「リトル・イーモン博士」と「イワン・ワルナッチ博士」の仲の良い2人がいた。ところがある日、2人が作業する研究所が荒らされ、さらにワルナッチは研究所の7体の戦闘用ロボットとともに姿を消してしまう。その後、突如ワルナッチはTV放送を通じて全世界に宣戦布告、世界侵略に乗り出す。
イーモンは最後の望みをかけ、カンサイへ修行に出ていたお笑いロボットの『スカポン』を研究所に呼び戻し戦闘用ロボットに改造、ワルナッチ博士の世界侵略を止める戦いが始まるのであった。
登場キャラクター
キャラクターは総勢36体。ただし、ラストステージの8体はイーロボの強化版（若干異なる）のような性能であるため、バリエーションとしては28と数えることが出来る。キャラクターは全てロボットであり、身体の各パーツは分離している。基本的に頭部、胴体、右手、左手、右足、左足の6パーツからなるが、キャラによってはビット、アーム、膝パットのようなパーツが付属する。
各キャラクターにはそれぞれ個性がある。必殺技の一つ一つに分けてみれば類似したものも多く、「個性がありそうで個性が無い」と評されることもあるが、キャラクターとしてみた場合には使い勝手が異なり、バリエーション豊かである。
デザイン的にも、ロボットアクションゲームなどにありがちな、大河原邦男やカトキハジメ的なデザインに安易に嵌るといった現象もなく、独特の世界観を出している。
カラーリングは1Pと2Pによって異なるが、他の格闘ゲームとは違い1P側で2Pカラー、及びその逆を選択することはできない。
開発
発売・開発のクレジットは任天堂であるが、出発点は任天堂ではなく、当時行われた新規人材の発掘企画「任天堂・電通ゲームセミナー」でセミナー受講生が制作した『バトルバトルリーグ』という作品を製品化したものである。他機種への移植や、『大乱闘スマッシュブラザーズ』など他作品へのキャラクター出演などを切望しているファンは少なくなかったが、「権利関係が微妙で難しい」とされていた。大乱闘スマッシュブラザーズシリーズの2作目である『大乱闘スマッシュブラザーズDX』ではアイテムとしてスカポンが登場し、プレイヤーキャラクターが乗り込んで操作できるという案もあったのだが、権利関係の問題で結局廃案となった。
2007年1月、当時プログラマとして参加していた江渡浩一郎の自宅で、著作権譲渡のための押印が押されていない覚書らしき書類が発見された。江渡自身の記憶では、任天堂に譲渡したつもりでおり、まさか「権利がどこにあるのか謎」という事態になっているとは思ってもいなかったのだが、発見した書類を確認したところ「謎」になったのもむべなるかな、という内容であったという。これが契機となり権利関係が整理され、任天堂により商標登録などもおこなわれた（日本国登録商標 登録番号第5088096号）。権利関係が錯綜しているため幻となる過去の作品が多い中、キーパーソンが現役で活躍中だったために復活できた幸運な例であった。
そして2008年、Wiiのバーチャルコンソールにてジョイメカファイトが配信されることとなった。なお、それよりも若干前に発売された『大乱闘スマッシュブラザーズX』では収集要素の一つ「シール」にてスカポンの公式イラストが登場している。
なお、このような経緯と、既にファミコンが一世代前のハードとなっていた時期のため、日本国内のみの発売であったが、後に2009年3月17日から韓国版Wiiのバーチャルコンソールでも配信されはじめた。ただし、翻訳などは一切されておらず、日本で発売されたものと全く同じ内容になっている。
多くのユーザーや、江渡が自身のブログで願望として述べた本作品の大乱闘スマッシュブラザーズシリーズへの出演は、権利関係が整理された後に発売された第4作が初で、先述した一要素への本作を出典とするビジュアルイラストのみの採用であった。キャラクターの登場は、2018年発売のシリーズ第6作目『大乱闘スマッシュブラザーズ SPECIAL』にスカポンが「アシストフィギュア」として参戦したことで果たされ、本作のキャラクターとしては初の3D化、約25年ぶりの新作ゲームへの登場となった。本作で必殺技とした「トンデケー」や「スカポンナゲ」を行う。