Amazon.co.jp
サイトの特徴
Amazonの特徴は、ポータルサイトを通じて商取引を行うことにある。そのポータルサイトのエンジンであるA9.com（エーナイン・ドット・コム）には強力なレコメンデーション機能があり、これもAmazonの特徴になっている。レコメンデーションとは、顧客の趣味・嗜好、場合によっては思想信条・性的嗜好などを購入履歴に基づいて割り出し、同様の傾向を持つほかの顧客の購買傾向を踏まえたうえで商品をサイト上やダイレクトメールによって推奨するなどの、営業・宣伝活動を自動で行う機能を意味する。この機能については、米Amazon.comによって行われているサービスと基本的に同じであるため、詳細はAmazon.comの項の「レコメンデーション機能」の節を参照のこと。
売上高
Amazonの日本における売上高は、2010年50.25億ドル、2011年65.76億ドル、2012年78億ドル、2013年76.39億ドル、2014年79.12億ドル、2015年82.64億ドルであり、2015年の対前年比成長率は為替を勘案すると約20パーセントとなる。Amazonの売上高は、Amazon直販分とマーケットプレイス（サイバーモール）出品者のAmazon手数料分をあわせた金額である。
倉庫・配送拠点
2016年12月時点でアマゾンの物流センターは、フルフィルメントセンター（FC）が13か所、Prime Now専用倉庫（Prime Now FC）が5か所である。
2013年9月3日付プレスリリース時点では、小田原FCが9か所目となっていた。小田原FCが開業する2013年3月以前は他社との共同倉庫を含めると13拠点あったが、一部メディアでは他社との共同倉庫を除いた12拠点と報じていた。
カスタマーサービス、サポート
Amazon.co.jpは24時間体制で問い合わせの受付を行っている。後述の機能追加までは、Amazon.co.jpへの問い合わせ先は非常に入り組んだ場所、あるいは領収書にしか書かれていなかったため、電話による問い合わせが難しく不評であった。2006年後半以降「電話でのお問い合わせ」という機能が新たに作成された。これは各ヘルプページなどにある「電話でのお問い合わせ」というリンクをクリックして表示される画面に「電話番号」と「呼び出しのタイミング」（いつ電話をかけてきてほしいか）を入力すると、Amazonから折り返し電話がかかってくるという機能である。従来通りの「Eメールによるお問い合わせ」もそのまま残されている。さらに、2011年後半以降、サポート担当とリアルタイムに文章で会話することのできる「チャットで問い合わせ」も追加された。
商品の売主
Amazon.co.jpが取り扱う商品の販売主は、アマゾンジャパン合同会社である。また、デジタルビデオ等の販売業者はAmazon.com Int'l Sales, Inc.（アマゾン・ドット・コム インターナショナル セールス インク、（本社所在地はアメリカ合衆国ワシントン州シアトル市）、Kindle（電子書籍）などの販売業者はAmazon Services International, Inc.（本社所在地は前述会社と同一）などとなっている。ただし、マーケットプレイス、Merchants @ amazon.co.jp（出店型出品とも呼ぶ）、および一部出版社の電子書籍について、売主はこれらの限りにあらず、商品ページや注文確認時にそれぞれの売主が表示される。
書籍の仕入れ
従来、日本の書籍流通においては、出版取次会社が出版社と書店をつなぐ役割を果たしてきた。アマゾンジャパンは、2017年以降、この出版取次会社を経由しない取引を拡大している。『日本経済新聞』の報道によると、アマゾンジャパンと直接取引する出版社は2018年1月時点で約300社である。Amazon.co.jpは「あらゆる書籍を2日以内に届ける体制」を目指しており、印刷会社から自社倉庫への直接納入も導入しつつある。
POD
特注本や個人著者による本、絶版となった本をアマゾンジャパンが印刷・製本・出荷するオンデマンド印刷サービス「プリント・オン・デマンド（POD）」を提供している。
Amazonマーケットプレイス
Amazonマーケットプレイスとは、第三者である出品者と購入者が売買するためにAmazonが提供する場所である。Amazonが販売する商品が在庫切れでも、アマゾン・ジャパン以外の法人や個人がマーケットプレイスで販売している場合もある。ただし、出品者がほぼ自由に価格を設定できるため、出回り量が多かったり状態が悪かったりする古本などが1円で販売されることもあれば、希少性や初版、著者署名といった条件などにより発売時より高値で売買される場合もある。ほかにも人気のある品薄なゲームソフトやフィギュアなどが、発売元の希望小売価格より高値で販売されることもある。ほかのインターネット販売や中古品を扱う実店舗を含めて、生産や新品販売が終わった各種製品や絶版書籍が発売時より高く売買されることは一般にある。マーケットプレイスでは参考価格欄に希望小売価格が表示されるものの、一時的に品薄な商品を早く入手したいと考える人だけでなく、適正価格を知らない買い手が、いわゆる転売屋から高く価格で購入してしまうこともある。
Amazonマーケットプレイスへの出品から入金まで
Amazonマーケットプレイスへ出品するには、クレジットカードの登録や電話による本人確認が必須となっている。出品された商品が購入されると、購入者はアマゾンペイメントにより支払いを行う。その後、アマゾンより手数料を控除後の代金が出品者へ支払われる（14日ごとの支払日を設けている）仕組みとなっている。
契約成立時点
売買契約の「成立時点」の定義が、通常の社会通念とは異なる。Amazon.co.jpが販売する商品（ダウンロード商品以外）の売買契約成立時点は、注文時の発送メール（確認メールではない）が電子メールで送信された時点であると、利用規約の「契約の成立」の項目内に記載がある。さらに、注文後に送付される確認メールには「本メールは、当サイトがご注文を受領したことを確認するものにすぎません」との注意書きが記されている。
この方式は、公式ウェブサイトで注文作業が完了した時点では、まだ契約は成立しておらず、契約の申し込みをしたにすぎない。Amazonが商品を手配できなければ、客の注文を取り消す（申し込みの不承諾）ことができる。一方、発送手続き前であれば、客も注文の取り消しが無料でできる。
商品の予約
Amazonでは、たとえば、人気シリーズのハリー・ポッターシリーズの1冊であるハリー・ポッターと不死鳥の騎士団が発売された際、発売日の午前中届けを確約するなどのアピールをしていた一方で、アマゾンヘルプには、入荷状況によりキャンセルされる旨が記されている。
また、アマゾンで注文すればOKと信じていてもなかなか発送されないことを揶揄し、「amazon OK」をひっくり返した「konozama（このざま）」というネットスラングとアスキーアートが生まれている。
購入制限
音楽用CDの場合、DVDが付属していれば、再販売価格維持制度対象外のため、一部を除いてメーカー希望小売価格より値引きされるため、客1人あたりの注文数が制限されることがある。
定期おトク便
定期的に購入する日用品などを一定間隔（1か月から6か月）で自動配送するシステム。2010年9月に開始された。通常購入に比べて10パーセント安い価格で購入できる。ただし支払い・配送方法が限定され、マーケットプレイスの商品は対象外。次回の発送準備に入る前であれば自由にキャンセルできる（1回のみの注文に利用することも事実上可能）。また、同じ商品がすぐに欲しい場合はスケジュールを繰り上げることもできる。
あわせ買いプログラム
2012年11月に「あわせ買いプログラム」が開始された。あわせ買い対象商品は、対象商品を含むAmazonが発送する商品の合計金額が2,500円以上の場合に限り注文可能となる。その後、2016年3月に2,000円以上に改定されている。
配送手法・配送業者の指定
宅配便で発送された場合には発送時期が（商品確保の困難などから）遅れ、長期の不在時に重なるなどのことがなければ運送業者側の再配達のサービスを用いることで調整が可能である。メール便やゆうメールで配送される際には、原則郵便受けや新聞受け投函となる。それらに入らない場合にはAmazonのヘルプには手渡しと記載がある。なお、荷物1個あたりの発送コストは約152円と分析もある。
通常配送
通常配送では配送方式や配送業者、配送予定日時を客側から明示的に指定することができない。Amazonが発送する商品を「できる限り商品をまとめて発送」（旧名称：一括発送）で注文した場合、商品がそろったとき、あるいは商品の一部がそろい残りの商品の確保に時間がかかるとAmazonが判断したときに発送される。
店頭受取
Amazonが発送する商品をローソン・ファミリーマート・ミニストップ、ヤマト運輸営業所にて受け取れるサービスである。2012年10月31日よりファミリーマート店頭、2014年11月20日よりミニストップ店頭でサービスの取り扱いを開始している。また、2014年11月13日よりヤマト運輸営業所でも受取できるサービスとなり、店頭受取と改称された。
お急ぎ便・当日お急ぎ便
Amazonが発送する在庫のある商品の注文時、追加の配送料金を支払うことで、商品の配達日を確定できるサービスである。当日お急ぎ便は注文当日、お急ぎ便は注文翌日から3日後までの配送としている。ただし、配送先や注文時間帯、商品により、当日お急ぎ便とお急ぎ便のどちらかのみ表示され、客が指定することはできない。
当日お急ぎ便は、配送センターが置かれている地方でのみ利用可能である。また、お急ぎ便サービスを利用した場合でも、諸般の事情で配達確約日に到着しないことも起こりうる。その場合はお急ぎ便配送料が全額返金される。
お届け日時指定便
Amazonが発送する在庫のある商品の注文時、一定の料金を支払うことで商品の配達日時を指定できるサービスである。なお、お届け日時指定便は、メール便で配送されることはない。
返金方法
2012年11月下旬までは、不良品・手違い品の理由によらず、クレジットカードによる支払いを除いて、返金は原則としてAmazonギフト券などAmazon内でしか通用しない方法で行われていた。現在では、コンビニ決済や代金引換で支払いした商品の返金が、銀行振込でも可能となった。
ポータルサイトの操作性
インターナショナルサイト（国外のAmazon）と同様のインターフェイスを持つ。
購入履歴や商品の評価を元に自動的にパーソナライゼーションを行い、読書傾向・趣味・思想信条・性的嗜好などに合致していると思われる商品を推奨する機能があり、目的外の購買意欲をそそる商品が見つかる可能性が高い（詳細はAmazon.comの項の「Amazon.comのレコメンデーション機能」の節を参照のこと）。
1-Click注文
Amazonの1-Click注文は、ボタン1回のクリックのみにより注文できる機能で、日本でも特許が認められている。ワンクリック注文では、注文確認画面は省略されるため、画面表示などが問題となった。
サインアウト
後述のサイトデザイン変更までは、ログアウト（サインアウト）の方法がほかの会員制サイトに比べて分かりにくかった。通常の会員制サイトでセッションを終了するにはログアウトまたはそれに類する名称の特定のリンク、またはボタンを押すことで終了処理ができる。現在、Amazonでサインアウトするには、サイト右上の名前表示部にカーソルを合わせると表示される「サインアウト」をクリックするか、アカウントサービス画面右側の「サインアウト」をクリックすることでできる。2012年のサイトデザインのリニューアル以前は、「本人でない場合はこちら」との表示部にあるリンクを開くか、ヘルプにアクセスしページ右側にあるサインアウトをクリックするとサインアウトできた。
模造品に関する問題
Amazonは、偽造品に対して知的財産権所有者の申告などにより対応するとしている。知的財産権所有者がマーケットプレイスで販売された模倣品に関して刑事告訴や民事訴訟をした事例もある。なお、マーケットプレイス参加規約によると、Amazonは自由裁量に基づきインターナショナルサイトを含めて出品者との規約に基づく契約関係や出品を終了させることができるとしている。
発売前の商品へのレビュー
後述の2009年7月3日のガイドライン改定前までは、Amazon.co.jpでは発売前の商品にレビューを書き込み評価点数までつけることができた。このため発売前に思い込みや期待値、特定のメーカーの商品の過剰な持ち上げや貶しなどを書いた購入者レビューが多数書き込まれた。これが原因で購入後に商品を触って評価した適切な購入者レビューを埋没させており問題視された。多数あったこの問題のひとつが、人気ゲームソフトのドラゴンクエストシリーズドラゴンクエストIXの発売延期の批判や直接関係のない書き込みなど300件以上の発売前の商品レビューが書かれていた問題である。これによって客からはAmazonのレビューは信頼できないと言われるようになり、のちにレビューは一斉に削除された。2009年7月3日にガイドラインを改定し、発売前の商品へのレビュー投稿は一部商品を除き、原則として禁止となった。ただし、Amazon Vineの対象商品などは例外である。
中立性の問題、中傷レビュー
カスタマーレビューは購入者以外でも自由に書き込めるうえ、1人で匿名のアカウントを複数登録することもできるため、自作自演も可能である。投稿が実際に掲載される前のAmazon側によるチェックも有用に機能しない場合があり、人気商品が議論を呼ぶような評価を受けた場合は炎上が起こりやすい。さらに2011年ごろから特定の企業に対する批判が直接関係ない商品のレビューに殺到するケースが発生している。ほかにステルスマーケティングが疑われる事例も発生しやすい。このため対策として認証機能を導入しAmazonで購入した場合は購入者マークがつくようになった。購入していないレビューは1週間で5件に制限されている。
Amazonには中傷レビューも存在している。中傷レビューを書かれた側がAmazonに投稿者の発信者情報開示を求めて訴訟し、投稿者の発信者情報開示を命じる判決が確定している。
ほしい物リストとプライバシーの問題
Amazonのプライバシーに関する懸念は米国でも以前から指摘されていたが（他国向けのサイトでの「ほしい物リスト」の初期設定は「非公開」となっており、大きい問題にはなっていない）、日本向けサイトでも「ほしい物リスト」の問題で批判が起きた。
Amazonには「ほしい物リスト（2008年3月8日に「ウィッシュリスト」から改名された）」という機能がある。「ほしい物リスト」を作成した際、初期設定を変更しない場合、個人情報が公開される仕様になっており、話題となった。公開される情報は、アカウント名（客登録をする際に「氏名」と書かれている欄に入力した文字がアカウント名になる。ショッピングサイトの特性上、本名で登録している客が多い）、電子メールアドレス、住所（リストに住所を登録している場合のみ）、リストに登録している商品、リストから購入した商品などである。
「ほしい物リスト」のページでは、名前かメールアドレスを入力すると「ほしい物リスト」の客の検索が可能となっている。この検索機能でメールアドレスを検索すると簡単にその客の本名が分かってしまう（本名で登録していた場合）という仕様であるため、メールアドレスを公開している大手のサイトオーナーや有名ブロガーのアカウント名があちこちで書き込まれるというトラブルが発生した（なお、公開されたアカウント名が本名であるということを否定している事例もあり、必ずしも発覚したアカウント名とメールアドレスの持ち主の本名が同じであるとは断定できない）。
また、「ほしい物リスト」をしおりのようなものとして利用し、外部に本名などの個人情報が公開されていることを知らない客も多い。「ほしいものリスト」に、公開したくない趣味や嗜好、抱える健康問題、政治思想、宗教思想などが反映されている場合には、その客の生活に問題が起こる可能性がある。
Amazonの広報担当者は「公開になるという説明は必ず目につくような場所につけている。設定の変更もできるようになっている」と述べているが、実際には「このリストの初期設定は公開になっています。プライバシーの保護のため、電話番号や番地は表示されませんのでご安心ください」と表示されるだけで、アカウント名などが公開されるというリスクについては表示されない場合があった。
ほしい物リストを作成した記憶がなくても、商品画面の「ほしい物リストに追加する」というボタンを1度クリックしただけで、自動的に個人情報が公開される設定の「ほしい物リスト」が作成されてしまうという仕様になっている。商品画面から「ほしい物リスト」を作成してしまった場合は、プライバシーに関する警告などは表示されない。
また、「友だちにほしい物リストについて知らせる」という機能もある。これは指定したメールアドレスに自分の名前・電子メールアドレス・ほしい物リストを送信するという機能であるが、システムの欠陥により悪意のあるコードの含まれたウェブサイトを訪問してしまうと、悪意のある客が指定したメールアドレスに自分の名前・メールアドレス・ほしい物リストが送信されてしまうというセキュリティホールがあることが発覚した。Amazonにサインインしたままの状態であると、ブラウザを閉じていた場合でもクリックしただけでこのような被害に遭う可能性がある。
2008年3月12日、Amazonは客からの指摘をもとにした調査を理由として「ほしい物リスト」の検索機能を停止した（閲覧などは可能）。2008年3月21日、検索機能が復活したが、デフォルトで外部に公開されるという設定はそのままである。公開されるリストが存在する場合は、ほしい物リストのページに「アカウント名が公開される」といった注意が掲載されるようになったが、商品画面から新規のほしい物リストを作成した場合などは、以前と同様に警告などが表示されない仕様である。
徴税逃れ
世界各国で、納税に関して議論がある。
日本での法人税支払い逃れ
Amazon.co.jpの商品の売主は「日本法人」ではなく、アメリカ合衆国のワシントン州法人であるAmazon.com Int'l Sales, Inc.であり、同社は日本国内に支店などを有しない。このことから、同社は日本で稼得した利益に対して、日本の法人税を支払っておらず、すべてアメリカ合衆国に入る。
東京国税局は2009年7月に、アマゾンの流通センター内に米国法人の機能の一部が置かれており、これが法人税法および日米租税条約に規定する恒久的施設であるとして、2003年から2005年について140億円の追徴課税を行った。これに対してAmazon.com側は1億2,000万米ドルを銀行に供託した。
しかしその後、日米当局間で協議が行われていたが、2010年6月に暫定的合意に達し、2010年9月に最終合意に至った。課税処分は大幅に減額され、国税庁は銀行供託金の大部分を解放した。しかし「Amazonの法人税徴税」については、依然として、フランス・ドイツ・日本（2006年から2009年）・ルクセンブルク・イギリスなどによって税務査察が進行中、または行われる可能性が指摘されている。
この件について、アマゾンジャパンの代表であるジャスパー・チャンは、2009年の週刊東洋経済によるインタビューにおいて、「アマゾンは日本での売り上げを米国の統括会社に計上し、日本の法人税を負担していない。国税庁に多額の追徴課税を命じられたことが年次報告書に記されています」とのインタビュアーに対して、「米本社が対応しており、このことについてコメントする立場にありません」とのみ述べた。
消費税への課税
日本の国内宛商品などは消費税が課税される。ただし、日本国外にデジタルデータを配信するサーバを設置した電子書籍やマーケットプレイス手数料などには消費税がかからなかったが、2015年10月1日以後は、消費税が課税されると国税庁が発表した。
僧侶派遣
アマゾンジャパンでは2015年12月から、葬儀会社紹介サイトである「みんれび」が提供する僧侶派遣サービス「お坊さん便」の取り扱いを始めた。法事や法要に僧侶を定額3万5,000円で紹介するもので、従来の葬儀のお布施は明確でなかった料金体系と比較して、透明性を持たせたサービスである。これに対して全日本仏教会は、宗教行為を商品化しているなどとして、アメリカのAmazon.comに対しサイトの掲載中止を申し入れることになった。宗教行為の商品化によって、宗教法人への租税優遇の根拠が揺らぎかねないと、仏教会側が懸念していることが背景にある。2016年4月、アマゾンから「お坊さん便の中止に応じない」との回答があったと報じられた。
独占禁止法違反の疑い
2016年8月、公正取引委員会はほかのサイトより低い価格設定で出品するよう取引業者を拘束する行為は独占禁止法で禁止された不公正な取引方法にあたる疑いがあるとみて、立ち入り検査に入ったと報じられた。欧州でも調査中である。
Kindle Unlimited対象書籍の削除
2016年8月、電子書籍定額読み放題の「Kindle Unlimited」を開始したが、想定を超える利用により一方的に人気作品を配信停止した。このことに対し、出版社から抗議の声が上がった。
インターネットバンキング・モバイルバンキングにおけるPay-easyの一時停止
2006年4月18日より開始された「コンビニ・ATM・ネットバンキング払い」における支払いについて、不正にログインされたインターネットバンキングからPay-easy収納を利用して、Amazonギフト券が不正に大量購入され、換金される被害が多発しているため、Pay-easyの運営元の日本マルチペイメントネットワーク運営機構より、インターネットバンキング・モバイルバンキングによるPay-easyを利用した、「Amazon」宛ての収納サービス（代金の支払い）を一時停止とする旨の通知が各金融機関宛てになされたことにより、2016年12月30日11時より当分の間、Pay-easyを利用したインターネットバンキング・モバイルバンキングでのAmazon.co.jpの代金支払いはすべて停止されており、利用できなくなっている。客にはコンビニエンスストア、電子マネー、ATMによる決済への移行を呼びかけている。再開時期は未定である。
マーケットプレイスでの詐欺の問題
2017年春、Amazon以外の企業や個人が販売できるサービス「マーケットプレイス」で大規模の詐欺が起こった。定価の半額や数百円、極端な場合は数円で出品された商品を購入したところ、商品が届かなかったという報告が相次いだ。出品者は購入者の泣き寝入り、個人情報の取得を目的としているとみられている。ねとらぼによると、「異常に安い商品が並び始めた」という報告は4月に入って見られるようになった。出品者専用フォーラムでも同様の報告があり、メーカーの売り上げが激減する、詐欺を行った出品者でなくメーカーがクレームを受けるなどの被害もある。怪しい出品者は他の出品者などにより通報されているが、また怪しい出品者が現れるというイタチごっこの状態となっている。海外のAmazonでも同様の問題があるという報告もある。問題となっている出品者は海外からの新規の場合が多いが、国内の住所のアカウントもあり、最近あまり出品していなかったアカウントや販売実績のあるアカウントが乗っ取られて利用される場合もある。商品が異常に安く出品されることで、正規の業者が高すぎるとして出品停止になった例もある。