労働安全衛生法による健康診断
特定業務従事者の健康診断
事業者は、特定業務に常時従事する労働者に対し、当該業務への配置替えの際及び6か月以内ごとに1回、定期に、一般項目について医師による健康診断を行わなければならない（規則第45条）。この場合において、胸部エックス線検査、喀痰検査については、1年以内ごとに1回、定期に、行えば足りる。ただし、雇い入れ時の健康診断・海外派遣労働者の健康診断・特殊健康診断を受けた者については、当該健康診断の実施日から6か月間に限り、その者が受けた当該健康診断の項目に相当する項目を省略できる。
省略できる検査項目は胸部エックス線検査、喀痰検査を除き、定期健康診断と共通である。
「特定業務」とは、その業務に常時500人以上の労働者を従事させる場合に、産業医の専属が義務付けられる有害業務（規則第13条2項）のことをいう。なお、産業医の選任義務のある事業場においては、事業者は、当該事業場の労働者の健康管理を担当する産業医に対して、健康診断の計画や実施上の注意等について助言を求めることが必要であるとされる。
給食従業員の健康診断
事業者は、事業に附属する食堂又は炊事場における給食の業務に従事する労働者に対し、その雇入れの際又は当該業務への配置替えの際、検便による健康診断を行なわなければならない（規則第47条）。事業者によっては一般健康診断に分類しないところもある。
特殊健康診断
法文上は「医師による特別の項目についての健康診断」という。一定の有害業務に従事する労働者を対象として行う。派遣労働者については、派遣先が実施しなければならない。
配置替えの際に行う特殊健康診断には、業務適性の判断と、その後の業務の影響を調べるための基礎資料を得る目的がある。また特殊健康診断では、対象とする特定の健康障害と類似の他の疾患との判別が、一般健康診断よりも一層強く求められる。
その他の健康診断等
一般健康診断、特殊健康診断のいずれにも属さないもの、及び医師による指導を取り上げる。
臨時健康診断
都道府県労働局長は、労働者の健康を保持するため必要があると認めるときは、労働衛生指導医の意見に基づき、事業者に対し、臨時の健康診断の実施その他必要な事項を指示することができる（第66条4項）。
事業場において特定の疾病が流行した場合や、有害物質が多量に流出した場合（作業環境測定により第3管理区分と評価された場合）等が想定されている。
深夜業従事者の自発的健康診断
深夜業に従事する労働者であって、常時使用され、自ら受けた健康診断を受けた日前6か月を平均して1か月当たり4回以上深夜業に従事した者は、自ら受けた健康診断の結果を証明する書面を事業者に提出することができる（第66条の2）。ただし、この書面の提出は、当該健康診断を受けた日から3か月以内にしなければならない。
提出すると、法定の健康診断としての扱いを受ける。
二次健康診断及び特定保健指導
労働安全衛生法の規定による一般健康診断等のうち直近のもの（一次健康診断）において、血圧検査、血液検査その他業務上の事由による脳血管疾患及び心臓疾患の発生にかかわる身体の状態に関する検査であって、厚生労働省令で定めるもの（血圧測定、血中脂質検査、血糖検査、肥満度（腹囲の検査又はBMIの測定）の4項目）が行われた場合において、当該検査を受けた労働者がそのいずれの項目にも異常の所見があると診断されたときに、当該労働者（当該一次健康診断の結果その他の事情により既に脳血管疾患又は心臓疾患の症状を有すると認められるものを除く）に対し、その請求に基づいて二次健康診断及び特定保健指導を行う（労働者災害補償保険法第26条）。労災保険法における保険給付として行われる。
事業者は二次健康診断の対象となる労働者を把握し、当該労働者に対して二次健康診断の受診を勧奨するとともに、診断区分に関する医師の判定を受けた当該二次健康診断の結果を事業者に提出するよう働きかけることが適当であるとされる。
離職後の健康診断
都道府県労働局長は、ガンその他の重度の健康障害を生ずるおそれのある業務で、政令で定めるものに従事していた者のうち、厚生労働省令で定める要件に該当する者に対し、離職の際に又は離職の後に、当該業務に係る健康管理手帳を交付するものとする。政府は、健康管理手帳を所持している者に対する健康診断に関し、必要な措置を行なう（第67条、規則第55条、規則第57条）。 
都道府県労働局長は、健康管理手帳を交付するときは、交付を受ける者に対し、厚生労働大臣が定める健康診断を受けることを勧告するものとする。交付を受けた者は、勧告に係る健康診断を受けるときは、健康管理手帳を健康診断を行う医療機関に提出しなければならない。健康診断を行った医療機関は、その結果を健康管理手帳に記載しなければならず、また、遅滞なく報告書を都道府県労働局長に提出しなければならない。
健康管理手帳の交付を受けた者は、当該健康管理手帳を他人に譲渡し、又は貸与してはならない。
法的義務
健康診断の実施は事業者の義務であり（第66条1項）、使用者による健康診断の不実施は法違反となり、50万円以下の罰金に処せられる（第120条）。また、事業者の講ずる上記の措置は、労働安全衛生法に定める危険有害要因除去のための各種の措置とは異なり、その性質上労働者の努力なくしては予期した効果が期待できない。それゆえ事業者の実施する健康診断の受診は原則として労働者の義務であり（第66条5項）、労働者による健康診断の受診拒否は、就業規則等によって定める懲戒処分の対象となりうる。なおストレスチェックについては、労働者の受検義務は課せられていないが（第66条では、「健康診断」からストレスチェックを除外している）、メンタルヘルス不調で治療中のため受検の負担が大きいなどの特別な理由がない限り、全ての労働者がストレスチェックを受けることが望ましい。当該事業場でストレスチェックを実施する時点で休業している労働者については、事業者は当該労働者に対してストレスチェックを実施しなくても差し支えない。
健康診断の実施費用を労使いずれが負担すべきかについて法律の定めはないが、法で事業者に健康診断の実施の義務を課している以上、当然、事業者が負担すべきものであるとされる。労働者へ費用負担を強いると、健康診断を受けない労働者が発生するおそれがあり、使用者の健康診断実施義務が果たせないからである。ただし、事業主が実施する健康診断を受けず、労働者本人の都合により各自で受ける場合などには、本人負担となる場合もあり、実際には就業規則等の定めによることになる。
受診時の賃金に際しては、特殊健康診断は、受診に要する時間が労働基準法上の労働時間と算定されるため、健診が法定労働時間外に行われた場合、事業者は割増賃金を支払わなければならない。一般健康診断・二次健康診断・ストレスチェック及びその後の面接指導は、受診に要した時間に係る賃金の支払いについては当然には事業者の負担すべきものではなく、労使協議をして定めるべきものであるが、労働者の健康の確保は、事業の円滑な運営の不可欠な条件であることを考えると、一般健康診断・ストレスチェック及び面接指導を受けるのに要した時間の賃金を事業者が支払うことが望ましいとされる。
事業主は、外国人労働者に対して健康診断を実施するに当たっては、健康診断の目的・内容を当該外国人労働者が理解できる方法により説明するよう努めること。また、外国人労働者に対し健康診断の結果に基づく事後措置を実施するときは、健康診断の結果並びに事後措置の必要性及び内容を当該外国人労働者が理解できる方法により説明するよう努めること。また、事業主は、産業医、衛生管理者等を活用して外国人労働者に対して健康指導及び健康相談を行うよう努めること、とされる（「外国人労働者の雇用管理の改善等に関して事業主が適切に対処するための指針」（平成19年厚生労働省告示第276号））。
規模の大きい事業者では、通常の勤務時間内に事業者指定の病院（事業者自身が経営する病院のこともある）や健診センターで一般定期健康診断を受診させることが多く、その間の時間は有給であるのが一般的である。規模が小さい事業者では、勤務時間外に各労働者が選択した病院等で一般定期健康診断を受けさせ、後日、その費用を会社が支給していることもある。この場合は受診時間は無給となる。
なお、50人未満の労働者を使用する事業場の事業者は、特定の要件を満たせば、健康診断の費用として小規模事業場産業保健活動支援促進助成金を受けることができる（新規の申込みの受付は停止中）。