キラ・ヤマト
幼年期
出生時の名前はキラ・ヒビキ。S2インフルエンザが流行したCE54年にメンデルコロニーのG.A.R.M. R&Dに在籍するユーレン・ヒビキ博士によってコーディネイター処置がなされ、CE55年5月18日に同地にてカガリ・ヒビキとともに誕生した。しかし、S2型インフルエンザが猛威を振るい、人々の反コーディネイター感情が高まっていた同時代にG.A.R.M. R&Dがブルーコスモスのテロに遭い、情報を事前察知していたユーレン・ヒビキの手によりカガリとともにヴィア・ヒビキの妹カリダのヤマト夫妻に引き取られる。以後、同夫婦の息子キラ・ヤマトとして育てられる。
その後は月面都市コペルニクスに家族で移住し、キラはCE61年に同地に留学していたアスラン・ザラと出会う。幼年学校時代にはTV番組「木星探査SAS」を愛好していた。同地の幼年学校時代にはアスランとともに機械工作を学んでいた。また、アスランの母レノアが農業業務によって同地を留守にする事が多かったことから、アスランはヤマト家にて宿泊する事も多かったとされる。同時代のキラはカリダにアスランを見習うように窘められる事もあった。
後にキラは課題として鳥型ロボット(トリィ)の製作に取り掛かるが、キラはマイクロユニット製作を苦手にしていたため、最終的にはアスランが完成させた。その後アスランはプラントへ帰還している。CE68年には戦争機運が高まる世界情勢の悪化からヤマト夫妻とともにオーブ連合首長国のコロニー、ヘリオポリスへと移り住んだ。
人物
元々は中立国オーブのコロニー ヘリオポリスで平和な学生生活を過ごす工業カレッジの学生だった。実は、唯一の「最高のコーディネイター」（スーパーコーディネイター）である。
一世代目のコーディネイターであり、両親はナチュラル。養父母のヤマト夫妻はヴィアの妹夫婦である。カガリ・ユラ・アスハとは、生後間もない時に生き別れた双子の「きょうだい」の関係である（カガリは見栄から自分が姉と言い張っており、オーブ軍内等でも姉弟だとみている）。
ダークブラウンのシャギーカットと、紫色の瞳が特徴の優しく柔和な雰囲気の少年。 幼少の頃から泣き虫で甘ったれ、だが誰より強情で、こうと決めたら決して引かない強さを併せ持つ。
戦闘能力はとても高い反面、軍事教育は一切受けておらず、ヘリオポリスの一般家庭で育ちヘリオポリスの工業カレッジで学んでいただけであるため、初期では敵のザフト軍パイロットを戦闘で殺害してしまい動揺するなど、精神面で軍人向きではない。
オーブ軍で准将になった後はオーブ国防のためのメサイアやネオジェネシスやレクイエムへの攻撃作戦を立案する。敵軍人であっても殺傷を極力避けるようにして、MSや戦艦でもコックピットやブリッジなど人がいる部分は避けて攻撃する。身体能力や戦闘能力は最強のコーディネイターとして劇中最高水準を誇る。
『SEED』ではドレス姿のカガリを見て「女の子（だったんだ）」と発言したり、『DESTINY』では試着を楽しみ、感想を求めるラクスに空返事をするなど女心には疎い。
ストライク搭乗時代からその存在は傭兵稼業等で密かに知れ渡り、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦をはじめとする多々の活躍から、フリーダムの威名とその強さはザフトにおいて一躍有名になる（有名になったのはフリーダムの名で、キラの名はあまり伝わっていないという説もある）。MSの操縦、MS戦闘技術の高さはもちろん、機体の設計、システムに対する深い知識を持ち、戦闘中にそれを咄嗟に修正するという高い能力を持つ。そのため一部で「最強の戦士」という異名をもち、敵対したギルバート・デュランダルも「MSの操縦技術で彼の右に出る者はいない」と認めた。セイバー、デスティニー、レジェンドに乗ったアスランやシン、レイなど作中で最強クラスの他のパイロットたちを圧倒し、彼が戦場に来るだけで戦況が大きく変わる。作中でのMS撃退数が一番多く、設定上最強のパイロット。
とはいえ、どういう状況にも対応ができるわけではなく、1度目はアスランのイージスによってストライクを、2度目はシンのインパルスよって、フリーダムをそれぞれ撃墜されている。また、元々民間人であったことから白兵戦闘技術には乏しく、ムウ・ラ・フラガの援護に銃を持っていった際に安全装置を外し忘れている。もっとも、元々コーディネイターであるため、単純な殴り合いならナチュラルに遅れを取らない運動能力はある。作中ではSEEDに目覚め度々その能力を生かし、『DESTINY』では空間認識力に目覚めている。白兵戦に関しては、劇中ではSEED時にラウ・ル・クルーゼとコロニーメンデルで戦った際には、落ちていた小石を投げつけラウの仮面に命中させ仮面を引き剥がすなど、物体運動の物理計算でピンポイントで命中させている。またDESTINY時は、ラクスらと共にコペルニクスでラクス暗殺事件に巻き込まれ、ラクスを守るために走らせ、メイリンと共に銃撃で暗殺部隊の手榴弾を銃で迎撃している。
フリーダムガンダムに搭乗して以降はパイロットを殺さずに無力化する戦い方をしているが、彼はあくまで余裕のある場合に限り相手の即死を避けているだけにすぎず、必要な局面では躊躇無く攻撃・撃墜している。 
DESTINY小説版では、ストライクフリーダムで敵艦隊を壊滅させた際、いくら殺さないように考慮してもそれは欺瞞でしかないと、そのことを自覚している心情が書かれている。 
アークエンジェルが単艦行動していた際には、いちパイロットである彼が艦長であるマリューや指揮官として実績を持つバルトフェルドよりも艦内の意思決定の中心にいる場面が多く、周囲もそれを受け入れていた。後にアークエンジェルがオーブ軍に正式に編入された際は、准将として任官を受けている。人生で3回の死の危機に遭遇しており、生き延びている。1回目は生誕直後にブルーコスモスの標的となりカガリと共にヒビキ博士一家で攻撃対象となり暗殺されそうになる。2回目はアスランのイージスにストライクを撃墜されてアークエンジェルでMIA認定されたこと。3回目はシンのインパルスにフリーダムを撃墜されたことである。
機動戦士ガンダムSEED
拡大する戦火の中、中立国オーブのコロニー「ヘリオポリス」でゼミの学生として友人たちと平和に過ごしていた。そんなある日、ゼミに来たカガリと出会う。直後に、ザフト軍クルーゼ隊による襲撃に巻き込まれ、彼女とともにヘリオポリスの工廠で秘密裏に製造されていた地球連合軍の新型機動兵器MSストライクを見てしまう。カガリ独りをなんとかシェルターの空きに避難させた直後、ザフト軍パイロットになっていたかつての親友 アスラン・ザラと再会を果たす。炎上する工廠から脱出するために連合の士官マリュー・ラミアスとストライクのコックピットに同乗するが、ストライクを捕獲しに出撃してきたミゲル・アイマンの搭乗するジンとの戦闘になる。不慣れなマリューと操縦を代わったキラは、戦闘中に未完成なOSを書き換えるという離れ業をこなし、これを撃退した。
軍の最重要機密に触れたためにカレッジの仲間と共に拘束されるが、そのパイロットとしての非常に高い適性やナチュラルには扱いきれない水準にOSを書き換えてしまった経緯などから、人員不足のアークエンジェルにおける主戦力として、ストライクのパイロットを務めることになる。自身もコーディネイターであるにも関わらず、同胞、さらには親友であるアスランと戦うことに苦悩しながらも、アークエンジェルに搭乗する友人たちを守るためMSパイロットとして戦って功を挙げてゆく。6度目の出撃ではアークエンジェルの危機に際してSEEDに目醒め、その窮地を救った。
この頃、救助ポッドを回収したことで、アスランの婚約者でありプラント最高評議会クライン議長の娘ラクスと出会い、友人を守るために別の友人と戦う辛さを彼女だけに吐露している。その後、彼の独断で彼女を解放しアスランに引き渡した。アークエンジェルが所属する第八艦隊と合流後、ストライクを降りることもできたが、軍に残ることを決めた友人らにつられて自分も残ることを決める。しかし、密かに想いを寄せていた友人の一人フレイの父・ジョージ・アルスターを守る約束を果たせずに彼女から強く罵られたこと、また、彼の活躍に守られてきたことを感謝してくれた避難民の少女の乗ったシャトルが彼の目前で撃墜されるなどの出来事が重なり、「守る」ためには「敵」を撃たねばならない現実に彼の精神は次第に不安定になり始める。
戦争を忌避する本心を他所に、ただ一人MSを操縦できるキラが仕方なく戦うという状況が続く中、戦闘による疲弊、さらにそれを理解できない周囲へのストレスからフレイの陰謀に絡み取られ、彼女と性的関係を結んでしまう。フレイとの関係を知り説明を求めたサイ（フレイの元婚約者）を腕力でねじ伏せるなど、以前の彼からは想像もつかない言動が目立ち始める。逃げるように戦闘に没入していき、しまいにはストライクのコクピットの中で寝起きするまでに精神が磨り減っていった。
アークエンジェルがアラスカの地球連合軍本部JOSH-A（ジョシュア）へ向かうため地球へ降下した後、北アフリカの砂漠でゲリラ活動に身を投じていたカガリと再会する。ナチュラルでありながらコーディネイターに対して差別の目を持たない彼女の気さくな人柄に触れ、序々に本来の性格を取り戻していく。また、戦闘を交えたザフト軍北アフリカ駐留部隊を率いるアンドリュー・バルトフェルドとの邂逅を通じて、ただ敵を撃つためだけに戦い続けることに対する疑問を抱くようになる。その後も戦闘は続き、アスラン率いるザラ隊との交戦後、カガリの手引きでアークエンジェルはオーブに保護される。オーブへ潜入してきたアスラン本人に出会った際、変わらぬ友情を伝えている。
オーブを出た直後の戦闘で、飛び出してきたブリッツを撃墜してニコルを戦死させてしまい、この一件によってアスランとの対立は決定的になる。キラへの復讐に燃えるアスランと、自分の挙げた「戦功」を喜ぶアークエンジェルクルーに対して心を閉ざすキラ。直後の戦闘において、キラ自身も友人 トールの乗るスカイグラスパーをアスランに撃墜され、怒りを爆発させる。互いにSEEDを発動させた両者は、小さな島を舞台に、激しい憎悪をぶつけ合いながら壮絶な決闘を繰り広げる。戦いはアスランのイージスがストライクに組みついて自爆することで決し、アスランは脱出に成功したがキラはMIA（戦闘中行方不明）になってしまう。オーブからカガリたちが捜索に向かうが、大破した両機の残骸、および倒れているアスランを発見したのみでキラを見つけることはできなかった。
しかし、実は彼はイージスの自爆直後にロウ・ギュールによって救出されており（マガジンZの漫画版では孤児が発見）、島で孤児の世話をしていたマルキオ導師の計らいでプラントのクライン邸に運ばれていた。心身ともに深く傷ついたキラは、双方がただ相手を「敵」と憎んで討ち合うことの愚かさや悲しさを思い、自分は一体何と戦わなければならなかったのかと考える。そんな中でアイリーン・カナーバがシーゲル・クラインに対して情報をもたらしたことでザフトのオペレーション・スピットブレイクの標的がアークエンジェルがいるはずのアラスカ基地であることを知ったキラは再び戦うことを決意。ラクスの手引きでザフト軍の最新鋭MSフリーダムを奪取すると、地球連合軍にもザフト軍にも属さない第三の立場として、双方の戦闘を終わらせるために戦場に舞い戻った。なお、この頃からキラは極力敵機のコクピットを狙わず、戦闘力のみを奪う戦い方をしている。地球連合軍のオーブ解放作戦の際には地球軍を脱走したアークエンジェルとともにオーブ国民(ヘリオポリス元住民)としてウズミの中立政策を支持し、オーブ防衛のためオーブの側について戦っている。この戦闘でキラはアスランのジャスティスと共闘し、その後話し合いの末に和解を果たす。オーブ陥落直前、代表首長ウズミ・ナラ・アスハからオーブの理念を託されて宇宙に上がり、アークエンジェル、クサナギ、エターナルの、いわゆる三隻同盟の中心を担う。なお、この時ウズミに渡された一枚の写真から自分とカガリが双子のきょうだい(カガリの意向でカガリが姉でキラが弟の姉弟とされているが、キラが兄でカガリが妹とする説もある、ガンダムSEED公式サイトではキラは第1クールのキャラ紹介から16歳であるのに対しカガリは第1クールでは15歳で第2クールから16歳になっている)であることを知る。また、コロニー・メンデルにおいては、自分が多くの犠牲の上に唯一の成功体として生み出された最高のコーディネイター、スーパーコーディネイターだったという出生の秘密を知る。
最終決戦となった第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦では、アスランと共に、後に伝説的に語られる圧倒的な実力で戦場を駆け、プラントへの核攻撃を防ぎ、またプラントからの「ジェネシス」の照射を防ぐために奮闘する。目前でフレイを失い精神的に追い詰められながらも、死闘の末、戦火を拡大するために影で暗躍していたクルーゼのプロヴィデンスを撃破した。キラが半壊したフリーダムのコクピットから投げ出され、胸をよぎる思いに涙しながら宇宙空間を漂っていたところをアスランとカガリに発見され、生還したところで物語は終わる。
機動戦士ガンダムSEED DESTINY
戦争が終わった後は、ラクスと共にオーブに渡り、カガリより貸与されたオーブ本島近海の島にあるアスハ邸でマルキオ導師と孤児たちと共に日々を過ごし、マリューやバルトフェルド、母カリダと一緒に暮らしていた。ここまでがDESTINY開始までの経緯であり、前作より2年間このような生活をしていたという。
ザラ派残党によるテロ事件が起き、ユニウスセブンの破片が世界中に落下した時、ラクスとともに海辺で空を見上げていた。津波で建物が流されたためにオーブ本島に移住し、そこでシン・アスカと偶然出会っている。
その後、ラクスの命を狙った謎のコーディネイター部隊からの襲撃が起こり、キラはラクスたちを守るために再びフリーダムに乗ることを決意する。その後、オーブにも大西洋連邦との同盟に向けた不穏な動きが始まる。カガリもユウナ・ロマ・セイランと政略結婚させられることになるが、キラはフリーダムで結婚式に闖入し、カガリをアークエンジェルに連れ去る。アークエンジェルはそのままオーブを後にし、行方をくらます。
世界の情勢を見守る中、プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルがラクスの偽者（ミーア・キャンベル）を立てて、彼女を用いたプロパガンダを展開していることをニュースで知り、ラクス暗殺未遂の一件、またその時襲撃部隊が使用したMSがザフトの最新鋭の機体(アッシュ)であったことと関連して、高潔な為政者と評判の高いデュランダル議長に対して疑念を覚える。
オーブが地球軍の一国としての立場でザフトと戦うのを止めようとして、オーブ軍が合流した地球軍とザフト軍艦・ミネルバとの間の戦闘に武力介入し、両陣営に対してフリーダムの圧倒的な戦闘力を見せ付けて戦闘停止を働きかける。しかしこの介入の結果、議長の誘いを受けてザフトに復隊し、ミネルバに配属されていたアスランとの対立が深まり、後に再会して話し合うもついに噛み合わず、対立が今後決定されるままアスランと決別してしまう。
ラクス・クラインがプラントの様子を見るために宇宙に上ると言った際には彼女の身を案じて強く反対したが、説得を受け入れて彼女を送り出した。キラ自身はラクスに同行すると発言したが、ラクスがキラ不在の間のカガリらを心配して押し留めた為、アークエンジェルとともに地上に残る。
アスランとの二回目の対立がクレタ海域での戦いにて行われ、アスランは再度戦闘に介入したキラに襲い掛かり、対するキラはカガリの気持ちに少しも理解を示そうとしないアスランに怒りをぶつけて彼のセイバーを破壊した。その後ベルリンでは、ステラ・ルーシェの搭乗するデストロイを止めるべく出撃するが、ステラを説得して止めようと割って入ったシンと小競り合いになる。ステラも一度はシンの説得により戦闘を止めたものの、目の前でネオを撃墜したフリーダムが視界に入ったことによる恐怖で再び暴走。やむを得ずキラは発射寸前のデストロイのビーム砲を攻撃して発射を止め、機体の誘爆によってステラは戦死する。これによりフリーダムは決定的にシンの怒りを買うことになった。
ザフトのエンジェルダウン作戦において、カガリおよびムラサメ隊を無事オーブへ届けることを最優先としたキラは、海へと退却するアークエンジェルを守るために殿（しんがり）を務め、単騎ミネルバ隊に応戦した。しかし、事前に対フリーダム戦の研究とシミュレーションを重ねた上で、インパルスの特性を徹底的に活用して向かってくるシンのトリッキーな戦術にコクピットを避けて攻撃する余裕が無くなるほどに追い詰められ、遂には撃墜されてしまう。フリーダムの原子炉を封鎖したためコックピットは助かり、キラは海中で辛うじてカガリに救助される。その後、キラの撃墜をきっかけにザフトを脱走したアスランとアークエンジェルの医務室で再会し、再度和解を果たしている。
宇宙でラクスが危機に陥った時は、彼女を助けるべくカガリに借りたストライクルージュを性能面でかつての自分が乗っていた扱いやすいストライク仕様にしてブースターを付けて駆けつけている。エターナル艦内でラクスから新たな乗機・ストライクフリーダムを受け取ると、わずか2分で追撃するザフト軍を全て退ける。ザフトによるオーブ侵攻戦の最中、宇宙から戦場に降り立ち、シンのデスティニーに追い詰められていたカガリのアカツキの危機を救う。その際、新しい機体の能力を遺憾なく発揮し、デスティニーを圧倒する戦闘力を見せる。
シンのデスティニーが補給のために一時撤退した直後に、補給後にすぐデスティニーが再出撃してきてレイのレジェンドまで加わり、レジェンドの機体形状とパイロットの雰囲気ですぐにクルーゼのプロヴィデンスの再来であることを感じ取った。
オーブでの戦闘が終結すると、アークエンジェルはオーブ軍に正式に編入され、彼はアークエンジェルクルーの中では最も高い階級となる准将として任官を受ける。アークエンジェルは議長が行おうとしているデスティニープランを阻止するべく再び宇宙に上がる。月の自由都市・コペルニクスにてラクスやアスラン、メイリン・ホークと束の間の休息中、ミーアから救いを求めるメッセージを受け取り、罠と知りながらも指定された場所へと赴く。待ち伏せしていた刺客は全て退けたものの、ミーアはラクスを庇って撃たれ、その場で彼女の死を見届ける。
レクイエム中継用コロニーの一つを攻撃した際にイザークらと共闘している。
最終決戦のメサイア攻防戦ではオーブ軍、ザフトクライン派と共に、デュランダルへと挑む。戦闘の最中、立ち塞がるレイの中に、キラはクルーゼと同じものを感じ取る。クルーゼと同じ憎しみを向けてくるレイに対し舌戦と応戦を繰り返し、「その命は君だ、彼じゃない」と言ってひるんだ隙を突きレジェンドを戦闘不能に追い込む。
その後、ザフト軍要塞「メサイア」に突入し、デュランダルと銃口を向け合う形で対峙し、互いの主張を戦わせた。両者は共に道を譲らなかったが、キラの言葉に動揺したレイがデュランダルを撃つ。その場に現れたタリア・グラディスからマリューへの伝言を託され、駆けつけたアスランと共に崩壊するメサイアから脱出した。
『FINAL PLUS』や『小説版』ではラクスと共にオーブへ訪れ、シンとオノゴロ島の慰霊碑にて再会、和解している。
メサイア戦終了後、オーブ軍准将であると同時にザフト軍白服の資格も与えられて、プラントに渡っている。
備考
『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』シリーズ開始当初の構想ではキラはこの物語にはファンサービス程度にしか登場しない予定であったが、実際は後半はキラを中心として展開されることになった。この件について監督の福田己津央は、一つの物語に三軸の主人公を据えて、三つの視点から描くことに挑戦してみたかったとの言である。
「DESTINY」におけるキラ・ヤマトのキャラクターについて、福田己津央は「戦いすべてを否定する袋小路に入った状態」と評している。同時に生物は戦争のない生活であっても戦いと変化を続けるものであり、最終的にキラは安定のために変化を捨てようとしたデュランダルに対して、自身は変化に適応していくという意思表示をしたのだと語っている。