シーシェパード
1979年
ポルトガル沿岸で、船首に100トンのコンクリートを取り付けたシーシェパード1世号で海賊捕鯨船シエラ号（Sierra）を180マイル追跡し、Leixões沖で二度にわたり体当たりし大破、航行不能に陥らせた。シエラ号はキプロス船籍ではあるものの、日本の大洋漁業とノルウェーのFöreningsbankenの共同所有であり、ノルウェー人船長と日本人乗組員の下、国際捕鯨委員会による規制を逃れて操業し、鯨肉を日本の国内市場で流通させていたためターゲットとなった。翌年、修理された同船はリスボン港に係留中に何者かによって爆破、沈没させられた。ポール・ワトソンはすでにポルトガルを離れていたが、「これでシエラ号はもう捕鯨できないだろう。われわれはシーシェパード号のためにやったのだ」という匿名の声明文がUPI通信社に届けられた。
2006年
南氷洋において、抗議船ファーリー・モワット号が日本船籍の補給船オリエンタルブルーバード（Oriental Bluebird）に体当たりし、側面に打撃を与えた。これに対して、日本の調査捕鯨に批判的なオーストラリア環境相イアン・キャンベル（Ian Campbell）とニュージーランド環境相クリス・カーターが、暴力的な抗議手法を非難した。
ポール・ワトソン
1979年7月、ポール・ワトソンはポルトガル沖でシーシェパード号で体当たりした際、捕鯨船シエラ号の42名の乗組員の生命を脅かし、また、定員をはるかに下回るたった3名の乗組員でシーシェパード号を出航させた容疑でポルトガル当局に逮捕された。
2010年6月23日には国際刑事警察機構（ICPO）が日本の要請を受けて、ポール・ワトソンを「青手配（犯罪に関連していないか追加情報の提供を求める）」で国際指名手配した。2012年5月13日、ポール・ワトソンはコスタリカのサメ漁船に対する航行妨害の容疑で出ていた日本の手配とは別の逮捕状に基づき、フランクフルトでドイツ当局に逮捕されたが、保釈中に逃亡した。このため、2012年9月14日にICPOは「赤手配（国内法で可能ならば即時の逮捕・拘束を求める）」に格上げをしてポール・ワトソンを国際指名手配した。その後、ポール・ワトソンは、2013年秋にアメリカに逃亡して9ヶ月間滞在したあと、2014年夏にフランスに逃亡し2015年時点まで滞在しているが、フランス政府は日本からのポール・ワトソン引渡し（犯罪人引渡し）要請を無視し続けている。
ピーター・ベスーン
2010年2月15日、抗議船アディ・ギル号の船長ピーター・ベスーンが監視船「第2昭南丸」に不法侵入し身柄を拘束され、その後、海上保安庁に逮捕され、懲役2年・執行猶予5年の判決が下され、退去強制処分となった。
米国のシーシェパード
2011年12月、調査捕鯨を実施している日本鯨類研究所が、シーシェパードの調査捕鯨に対する危険な妨害行為や接近行為を差し止めるようワシントン州連邦地方裁判所（連邦地裁）に提訴（本訴）すると共に仮処分を要求した。
2012年3月、連邦地裁がこの仮処分の申し立てを棄却したので、同年4月に日本鯨類研究所は第九巡回控訴裁判所（連邦高裁）に仮処分棄却の再審理を求めて上訴し、同年12月にこれが認められ妨害行為差し止めの仮処分命令が発出された。
2013年2月、連邦地裁は連邦高裁の結審まで連邦高裁の仮処分命令以外の提訴（本訴）手続きを凍結した。また、この仮処分に違反してシーシェパードが南極海で妨害行為を行ったため、同月に日本鯨類研究所は連邦高裁に対してシーシェパードの法廷侮辱罪を申し立てた。同月には連邦高裁が改めて妨害行為差し止めの仮処分を認めシーシェパードを「海賊」として認定した。また連邦地裁判事の交代を命令し本訴を連邦地裁に差し戻した。2014年12月、連邦高裁がシーシェパード、ポール・ワトソン、6名のシーシェパード理事の法廷侮辱罪を裁定し、原告（日本鯨類研究所）の訴訟費用と妨害により受けた損害を弁済するよう命令した。
2015年4月、連邦高裁の法廷侮辱罪の裁定を不服としたシーシェパードらが合衆国最高裁判所に上告するも、同年6月、最高裁が上告を却下し、連邦高裁がシーシェパードらに下した法廷侮辱罪が確定した。これにより示談となり、シーシェパードは仮処分違反を認める形で255万ドル（3億1千万円）の賠償金を日本鯨類研究所に支払った。仮に引き続き妨害行為を繰り返せば、さらなる賠償金の支払い義務が生じることになる。
2016年8月、日本側が賠償金として受け取った3億1千万円の一部（金額非公開）を和解金としてシーシェパード側に支払い、シーシェパードは永久的に妨害を行わないことで両者が合意したことが日本鯨類研究所から発表された。この調停結果は米国のシーシェパードのみに効力を発揮しオーストラリアのシーシェパードには効力が及ばないため、豪州シーシェパードは従来通り妨害行為を続けると主張しているが、米国シーシェパードから豪州シーシェパードへの資金提供を行うことができなくなるため日本鯨類研究所は抑止効果が期待できるとしている。
懸賞金
シーシェパードは、クジラ、アザラシ、サメなどを殺害した者を逮捕・有罪に導く情報や環境保護活動家の殺人事件解決に導く情報提供に対して、最大25,000アメリカドルの懸賞金を出すとしている。
共同密漁取締
シーシェパードは南米エクアドルのガラパゴス諸島で、現地の海保当局と共同で密漁取締を行ってきた。2011年、ミクロネシア・パラオのジョンソン・トリビオン大統領が、サメの密漁船対策にシーシェパードの支援を取り付けたと報道されたが、後にトリビオンが翻意し支援は反古になった。
メディアを駆使した資金集め
シーシェパードは、活動資金の大半を各界の著名人をはじめとする支持者や支援企業からの寄付で賄っており、2010年度の収入1,140万米ドル（約8億7,600万円）のうち84％は個人からの寄付で、残りはTシャツなどの商品販売で得ているという。日本の捕鯨やイルカ漁を妨害することによって寄付収入を増やし、それを元手に2009年以降抗議船2隻、撮影用ヘリ1機、攻撃用ゴムボート少なくとも4艘を購入するなど設備増強を行った。
2008年から北米地区で毎週金曜日のゴールデンタイムにアニマルプラネットで放映されている『クジラ戦争』（Whale Wars）は、シーシェパードの活動を記録したドキュメンタリー番組であり、アニマルプラネット歴代2位の視聴率を稼ぎ出す人気番組に成長した。シーシェパードは、同番組を通じて飛躍的に知名度を上げ、同番組は支持者や寄付者を増やすための中核的な宣伝媒体となった。そのため、日本の捕鯨やイルカ漁を「食い物」（農林水産省幹部）にして、寄付金収入を増大させてきたという批判がある。2011年、日本政府は南極海調査捕鯨の中止を決めたが、これにはシーシェパードに肩すかしを食らわせ、これ以上の宣伝用の光景を撮らせることを防ぐことによって経済的な打撃を与えたいという日本側の隠れた狙いがあると報道された。クジラ戦争にはこれ以外にも、危険な妨害行為を伝えながらシーシェパードの反捕鯨プロパガンダを一方的に紹介しているという批判や、同団体幹部が狙撃されたシーンなど、捏造ややらせ演出が指摘されている。一方、米国のメディアでは「捕鯨をめぐる賛否にかかわらず視聴者を楽しませるだろう」（ロサンゼルス・タイムズ）、「スリル満点のアドベンチャー番組」（ボストン・ヘラルド）などと番組を好意的に紹介するものもある。抗議船には、ハリウッド女優のダリル・ハンナやミシェル・ロドリゲスも乗船した。日本での放送予定はないが、米国以外ではオーストラリアなどの反捕鯨国で放送されている。
また、代表のポール・ワトソンが、和歌山県太地町のイルカ漁をテーマにしたドキュメンタリー映画『ザ・コーヴ』に出演するなど、それ以外のメディアにも積極的に登場している。
ピーター・ベスーンの判決が言い渡されたことについて、ワトソンは「ニュージーランドに帰ったら、英雄として迎えられるだろう。裁判は日本の捕鯨の違法性を世界に知らせる宣伝効果があった」とし、「裁判はかえって反捕鯨活動を力強いものにした」と述べ、注目されたことで支援金が集まり、抗議船の装備改良が可能になったほか、メンバーの士気も上がったと主張した。
日本人メンバー
マリコ、マイと名乗る日本人メンバーがおり、「盲目になっているビジネスマンと地球の奇跡の美しさを感じていない人たちの目を覚まさせるには、こういう団体があってもいいと思う」などとしている。
日本人乗組員はマスクをして顔が分からないようにしていたが、イズミ・スティーブンスと親川久仁子の二人はシーシェパードの乗組員であることを公に認めた初の日本人メンバーであり、親川は、日本テレビの取材に対して、日本が世界の規約に反する違法捕鯨を行っているとし、暴力でぶつかり合う様な場面もいとわず、地球やクジラを守るために命を落としてもかまわないと語った。
所有船
シーシェパードは、自らが「ネプチューンの海軍（Neptune's Navy）」と呼ぶ、4隻の船舶とそれに搭載された複数の小型複合艇を運用している。
和歌山県太地町の対応
和歌山県太地町においては、2010年にシーシェパードが数名の構成員を送り込んだのを始め、イルカ漁の漁期などに、シーシェパードが構成員を常駐させるようになったため、警察本部に「太地町特別警戒本部」が設置されたり、2011年過ぎから、臨時交番が設置されたり、警察官が常駐したり、対策が強化された。住民の不安の解消や、反捕鯨団体と地元漁師とのトラブルの回避などが目的とされる。
例年8月には、反捕鯨団体による違法行為を想定して、和歌山県警と第5管区海上保安本部が、合同の警備訓練を太地町の太地漁港で行う。2012年の訓練では、和歌山県警察の植田秀人本部長が「反捕鯨活動は日本一国の問題ではない。関係機関が連携し、日本の威信をかけて取り組まなければならない」と述べ、また、海上保安庁の岩並秀一警備課長が「捕鯨に対する抗議活動は年々激しくなっている。違反行為は絶対許してはいけない。連携し万全の体制で臨みたい」と述べた。
2011年、和歌山県の仁坂吉伸知事は「世の中にはいろんな主張をする人がいるが、明らかな犯罪行為は取り締まらないといけない」と治安体制を強化することの必要性を述べた。
また、2012年の臨時交番の開所の際に、和歌山県警の植田本部長は、「反捕鯨団体の活動や主張は目に余る。伝統文化と住民を守るため、違法行為への対応に万全を期さなければならない。法と証拠に基づき厳正に対処していく」と訓示した。
2013年3月の警察の説明では、過激な環境保護団体シーシェパードなどは、（2003年ごろから）漁に使用する仕切り網の切断や、古式捕鯨を象徴するモニュメントの損壊など、違法事案（エコテロリズム）を行ったと名指しした。また、暴行事件もあったとも報じられる。
シーシェパード排除へ太地町の陳情
2011年3月、太地町の三軒一高町長や漁協・貝良文参事らが上京し、自民党捕鯨議員連盟に陳情を行った。提出した陳情書では、太地町の町民への反捕鯨団体（とくにシーシェパード）による嫌がらせと基本的人権の侵害を訴え、漁業妨害に対する法的規制や捕鯨を守る法的処置を求めている。
2012年6月、三軒町長や貝参事らは、民主党（当時）の捕鯨対策議員協議会・会長の小平忠正衆院議員らが太地町を訪れた際に、反捕鯨団体の妨害活動に触れ、「（シーシェパードの構成員は）観光だというが、妨害活動のために来日しているのは明らか。入国できないようにできないか」と陳情をした。この時は、「（法的に難しいので、）現場で違法行為があれば記録することが大事。うまく対応しなければならない」と 回答があった。
2013年1月、三軒町長などは、当時の法務大臣である谷垣禎一（自民党）に反捕鯨団体シーシェパードのメンバーの入国拒否等の内容を含んだ捕鯨に関する陳情を行った。
批判・非難
シーシェパードは水産庁や日本鯨類研究所（日鯨研）から「テロリスト集団」と名指しで非難されている。日鯨研スタッフで、スポークスマン的存在を務めるニュージーランド人、グレン・インウッド（Glenn Inwood）はシーシェパード代表のポール・ワトソンを批判して、メンバーに対してカルト教団の教祖のように振る舞い、クジラを救っていると信じ込ませ、オーストラリアやニュージーランドのメディアに対しては「日本の調査捕鯨は違法」だとウソをついて「日本という『敵』をつくり、正しい情報を知らない反捕鯨国の住民から資金を集めている」と語った。2011年12月、日鯨研は、シーシェパード本部のあるワシントン州の連邦地裁に調査捕鯨の妨害差し止めと船団への接近禁止を求める訴訟を起こした。2012年2月、連邦地裁は、日鯨研による妨害差し止めの仮処分申請を棄却した。日鯨研と共同船舶が第9巡回控訴裁判所に上訴したところ、2012年12月、調査捕鯨への妨害行為の差し止めが認められ、日本の調査船の500ヤード（約460メートル）以内に近づくことを禁ずる仮処分命令が出された。シーシェパード側はこれを不服として、連邦最高裁に命令無効の申し立てを行ったが、2013年2月、この抗告は却下された。シーシェパード代表のポール・ワトソンは米SSと豪SSの代表から退くと発表し、今後の妨害活動は豪SSとして行うとしたが、これには米国で出された妨害差し止め命令をかわす狙いがあるとみられている。妨害の差し止めなどを求めた訴訟の過程で、同控訴裁判所はシーシェパードの行動が「自らの目的のために暴力を行使する海賊行為」に当たるという判断を示した。2013年4月、それまでの日本政府（民主党政権）は環境保護を主張するシーシェパードは海賊とはいえないという外務省の見解を採用していたが、米国の裁判所の海賊認定を受けて、自民党は海賊対処法改正を含めた法整備を検討しはじめた。ワトソンに代わり代表に就任したボブ・ブラウンは、米国で起こされた訴訟のため資金集めが難航しているとして、募金を呼び掛けた。
アメリカ連邦捜査局（FBI）の国内テロ対策課長を務めたジェームズ・ジャーボーは、2002年2月に下院公聴会で行った証言において、エコテロリズムとは（1）自然環境に影響する行為（2）環境政策上の対立（3）社会へのみせしめ効果を動機として対象を選定し、「被害者、または資産に対して暴力的な犯罪、またはその脅迫を行う行為」と定義し、1977年にシーシェパードが結成されて以来、世界中で起きるようになったとしている。一方、ポール・ワトソンによると、2009年、バージニア州クアンティコにあるFBIの訓練施設FBIアカデミー（FBI Academy）で講演を行ったことがあり、捜査官からシーシェパードが一線を踏み外さないよう忠告を受けたという。
カナダ安全情報局が作成したテロリズムに関する文書で、アザラシ漁や材木伐採の妨害活動を行っているワトソンとシーシェパードのことが言及された。2008年、アザラシ漁を妨害しようとして抗議船と乗組員が拘束された際、ニューファンドランド・ラブラドール州のダニー・ウィリアムズ首相はワトソンを「最低最悪な人間」で「テロリスト」だと非難した。
国際捕鯨委員会（IWC）では、1986年、アイスランドの捕鯨船を撃沈したことを理由にシーシェパードのオブザーバー資格を剥奪した。また、2008年には、日本の調査捕鯨に対する妨害活動を理由にシーシェパードを非難する議長声明を全会一致で採択した。 
2010年、ダライ・ラマ14世は、東京での記者会見で、シーシェパードに対し「（暴力的な）行動をやめるよう書簡を出した」と明らかにし、過激な活動を批判した。
2010年2月24日、インターナショナル・ヘラルド・トリビューンは、反捕鯨諸国の偽善性を指摘しながら異例の厳しさでシーシェパードを非難したフィリップ・バウリングのコラムを掲載した。
オーストラリア国内にも捕鯨問題とシーシェパードは切り離して考えるべきだという意見があり、豪紙オーストラリアンは2010年1月の記事でシーシェパードの活動を傲慢であり理不尽だと非難し、マスコミにシーシェパードを奨励してはならないと呼びかけた。また、2011年1月、オーストラリアのジュリア・ギラード首相は日本の調査捕鯨の妨害行為を行う同団体に対して警告を発した。
シーシェパードは、グリーンピースの創設にかかわったワトソンが、1977年に脱退して設立した反捕鯨団体であるが、グリーンピースの非暴力活動の方針を無視するなどしたため、グリーンピースから脱退を促した経緯があり、グリーンピースはシーシェパードと「一切関係がない」と言っている。グリーンピース・ジャパン元事務局長の星川淳によると、グリーンピースがここ2年間南極に抗議船を出していないのは、シーシェパードと同一視されるのはグリーンピースの活動にとって逆効果だからだという。日鯨研の石川創もグリーンピースが「過激団体と関係ない」と主張していると指摘した。
2012年3月、マルタの政治家はクロマグロ漁を行っている漁師から賄賂をもらっているとワトソンが非難したことに対して、マルタのローレンス・ゴンジ首相は名誉毀損でワトソンとシーシェパードを訴えると言明した。
2015年11月、産経新聞電子版は「太地町の妨害を密着ルポ　集う黒い活動家」と批判記事を配信した。
太地町の捕鯨に関するドキュメンタリー
2011年NHKは、『NHKスペシャル -クジラと生きる-』、『ETV特集 -鯨の町に生きる-』を放送した。内容は、シーシェパードが太地町で漁業を妨害しているさまを示し、和歌山県の仁坂知事はシーシェパードの行為を「乱暴狼藉」と評した。
仁坂知事は、NHKスペシャルについてメッセージを公表し、シーシェパードは「野蛮」「乱暴者」「違いを容認できない輩」であるとした上で、「（放置することは）もはや太地町で攻撃に耐えている人たちを見殺しにすることだ」と述べ、「ぶれることなく、一貫して、太地町の鯨漁を守る」とし、「太地の方々も 引き続き挑発に乗らずこれまでのように立派な生き方を続けて下さい」とメッセージを締めくくった。
2015年『ビハインド・ザ・コーヴ　〜捕鯨問題の謎に迫る〜』（八木景子監督による映画）が公開。
シェパードー2014年リーダー：デヴィット・ハンスのインタビューや、シー・シェパードメンバーの和歌山県太地町での現状をドキュメント。