日本の国旗
古代から中世
日本人の古代信仰として古神道に分類される原始宗教では自然崇拝・精霊崇拝を内包しており、特に農耕や漁撈において太陽を信仰の対象としてきた。皇祖神・天照大神は太陽神である。弥生時代から古墳時代（大和時代）にかけて祭器として使われた内行花文鏡の模様は太陽の輝きをかたどったものと言われ、三種の神器の一つ八咫鏡をこの鏡とする説もある。初代神武天皇は東征の時に生駒山で敗北するが、私は日の神の子孫として日に向かって（東に向かって）戦うのはよくない、日を背にして（西に向かって）戦おう、と言って熊野（または伊勢）に迂回して近畿地方の征服を成し遂げた。第10代崇神天皇は、宮廷内に祀られていた天照大神を宮廷外で祀るようになり、第11代垂仁天皇の時に初代斎宮・倭姫命によって伊勢に鎮座した。伊勢神宮の祭祀は、未婚の内親王を天照大神の御杖代（みつえしろ、神の意を受ける依代）として斎王を立てるようになった。
第33代推古天皇の時に聖徳太子が隋の皇帝・煬帝へ、「日出處天子…」で始まる国書を送っている。また、飛鳥時代末期に国号を「日本」（日ノ本）と命名したところからも、太陽（日の出）を意識しており、「日が昇る」という現象を重視していたことが窺える。第40代天武天皇は壬申の乱の時に伊勢神宮を望拝した。これが勝利に結びついたと考えられ、在位中に伊勢神宮の遷宮を制度化し、第41代持統天皇の時に第1回目の式年遷宮が行われた。日本の国家統治と太陽の結びつきはますます強くなった。
この太陽を象った旗を用いるようになったのは、645年（大化元年）の乙巳の変以後、天皇による親政が確立された頃からと考えられる。文献としては、797年（延暦16年）の『続日本紀』の中にある文武天皇の701年（大宝元年）の朝賀の儀に関する記述において、正月元旦に儀式会場の飾りつけに「日像」の旗を掲げたとあり、これが日の丸の原型で最も古いものといわれているが、白地に赤丸ではなかったと見られている。
世界中で歴史的に太陽が赤で描かれることは少なく、太陽は黄色または金色、それに対して月は白色または銀色で表すのが一般的である。日本でも古代から赤い真円で太陽を表すことは一般的ではなかったと思われる。例えば高松塚古墳、キトラ古墳には東西の壁に日象・月象が描かれているが、共に日象は金、月象は銀の真円で表されている。第42代文武天皇の即位以来、宮中の重要儀式では三足烏をかたどった銅烏幢に日月を象徴する日像幢と月像幢を伴って飾っていたことが知られるが、神宮文庫の『文安御即位調度之図』（文安元年記録）の写本からは、この日像幢が丸い金銅の地に赤く烏を描いたものであったことが確認されている。また世俗的にも『平家物語』などの記述などからも平安時代末期の頃までの「日輪」の表現は通常「赤地に金丸」であったと考えられている。
赤い真円で太陽を表現する例としては、古くは中国史上の漢時代の帛画にある（上記の日像幢と同様、内側に黒い烏を配するもの）。日本では法隆寺の玉虫厨子背面の須弥山図に、赤い真円の日象が確認できる。これは平安時代の密教図像などにも見出される表現であり、大陸から仏教とともにもたらされた意匠であろうと推測される。
日本で「白地赤丸」が日章旗として用いるようになった経緯は諸説あり正確には不明である。
一説には源平合戦（治承・寿永の乱）の結果が影響していると言われている。平安時代まで、朝廷の象徴である錦の御旗は赤地に金の日輪、銀の月輪が描いてある。平安時代末期に、平氏は自ら官軍を名乗り御旗の色である赤旗を使用し、それに対抗する源氏は白旗を掲げて源平合戦を繰り広げた。古代から国家統治と太陽は密接な関係であることから日輪は天下統一の象徴であり、平氏は御旗にちなんで「赤地金丸」を、源氏は「白地赤丸」を使用した。平氏が滅亡し、源氏によって武家政権ができると代々の将軍は源氏の末裔を名乗り、「白地赤丸」の日の丸が天下統一を成し遂げた者の象徴として受け継がれていったと言われる。
なお、日本では「紅白」がめでたい配色とされてきた。一説には民俗学的にハレとケの感覚（ハレ＝赤、ケ＝白）にあるとする説や、これも源平合戦に由来するとする説などがある。
現存最古の日章旗としては、山梨県甲州市の裂石山雲峰寺所蔵のものが知られている。これは天喜4年（1056年）に後冷泉天皇より源頼義へ下賜されたという伝承があり、「御旗」（みはた）と呼ばれて、頼義三男の新羅三郎義光から、義光の系譜に連なる甲斐源氏宗家の甲斐武田家に代々伝えられて家宝とされてきた。『甲斐国志』では長さ六尺四布とあるが、現在は約1/4が欠損している。この伝承が事実であれば、遅くとも11世紀半ばには「白地赤丸」の日の丸が存在していたことになる。真偽のほどは不明ではあるが、中世前半に遡る遺例として貴重であろう。また同じく中世の日章旗とされるものとしては、奈良県五條市の堀家に伝わる後醍醐天皇下賜のものが知られる。
近世
江戸時代には、「白地に赤丸」は意匠のひとつとして普及していた。江戸時代の絵巻物などにはしばしば白地に赤丸の扇が見られるようになっており、特に狩野派なども赤い丸で「旭日」の表現を多用するようになり、江戸時代の後半には縁起物の定番として認識されるに到っていた。徳川幕府は公用旗として使用し、家康ゆかりの熱海の湯を江戸城まで運ばせる際に日の丸を立てて運ぶなどした。そこから「熱海よいとこ日の丸たてて御本丸へとお湯が行く」という唄が生まれたりした。
近世における船旗関連の資料としては、寛永期（1624～1644年）に描かれた江戸図屏風の幕府船団の幟がある。船団中央には、日本丸を改造し改名した大龍丸などが描かれており日の丸の幟を立てている。また、1635年（寛永12年）に江戸幕府が建造した史上最大の安宅船「天下丸」（通称「安宅丸」）で「日の丸」の幟が使用されているのが知られている。東京国立博物館が所蔵する『御船図』（江戸時代・19世紀作）にも安宅丸が描かれており、船尾に複数の日の丸の幟が描かれている。江戸幕府の所持船の船印として、一般には徳川氏の家紋「丸に三つ葉葵」を用いたが、将軍家の所持船には日の丸を用いることもあった。
また、1673年（寛文13年）に、江戸幕府が一般の廻船と天領からの年貢米（御城米）を輸送する御城米廻船を区別するために「城米回漕令条」を発布した際、その中で「御城米船印之儀、布にてなりとも、木綿にてなりとも、白四半に大なる朱の丸を付け、其脇に面々苗字名是を書き付け、出船より江戸着まで立て置き候様、之を申付けらる可く候」と、御城米廻船の船印として「朱の丸」の幟を掲揚するように指示し、幕末まで続いた。
18世紀末から19世紀にかけてロシア帝国の南下政策を警戒した幕府が蝦夷地天領化・北方警備等のため派遣した御用船（商船・軍船など）も日の丸を印した旗や帆を使用していた。
国旗としての汎用化
1858年（安政5年）、幕府目付岩瀬忠震と下田奉行井上清直は、日章旗を掲げて神奈川沖に停泊中のポーハタン号に渡り、孝明天皇の勅許を得ないまま、日米修好通商条約に調印・署名した。
翌1859年（安政6年）、幕府は縦長の幟（正確には四半旗）から横長の旗に代えて日章旗を「御国総標」にするという触れ書きを出した。日章旗が事実上「国旗」としての地位を確立したのはこれが最初である。
1860年（万延元年）、日米修好通商条約の批准書交換のため、外国奉行新見豊前守正興を正使とする幕府使節団がアメリカ合衆国に派遣され、アメリカ軍艦ポーハタン号と日章旗を掲げた咸臨丸に分乗して太平洋を横断した。使節団はサンフランシスコに到着後、更に陸路・海路を経由して首都ワシントンD.C.に到着し、当時のアメリカ合衆国大統領ジェームズ・ブキャナンに謁見して批准書の交換を終えた。その後、使節団一行はニューヨークを訪問するが、日章旗と星条旗が掲げられたブロードウェイをパレードする模様が伝えられている。これが国旗として日本国外で初めて掲げられた日章旗とされる。
こうして、「日本国惣船印」は国旗とほぼ同様な使い方をされることになり、次第に「国印」（1863年（文久3年））と呼び方が変わっていった。
賊軍の旗
幕府海軍に続き、1862年（文久2年）に創設された幕府陸軍も軍旗に日の丸を採用したことが、2年後の第二次長州征伐頃の幕府陸軍を描いた1864年10月8日付の英週刊新聞『イラストレイテド・ロンドン・ニュース』の挿絵より伺える。以降も幕府陸軍は日の丸を軍旗として使用していた。
戊辰戦争においては、鳥羽・伏見の戦いの2日目の慶応4年1月4日に、薩長同盟に基づく薩摩藩と長州藩を中心とする軍勢が朝廷から「錦の御旗」を授けられて正式に官軍（天皇・皇室、朝廷の軍）になったのに対し、それ以降の旧江戸幕府軍は賊軍・朝敵となり、戦局に決定的な影響を与えた。旧幕府方の彰義隊、会津藩（白虎隊など）、奥羽越列藩同盟の一部などは、自分たちの共通の旗として上述の「御国総標」たる日章旗を掲げて戦った。
商船規則
1870年2月27日（明治3年1月27日）制定の商船規則（明治3年太政官布告第57号）に「御國旗」として規定され、上述の幕府による「御国総標」を継承して日本船の目印として採用された。規格は現行とは若干異なり、縦横比は7対10、日章は旗の中心から旗竿側に横の長さの100分の1ずれた位置とされていた。この日を記念して国旗協会は国旗制定記念日を制定し、国旗掲揚の日としている。
陸軍御国旗
日本陸軍において、1870年6月13日（明治3年5月15日）制定の陸軍国旗章並諸旗章及兵部省幕提灯ノ印ヲ定ム（明治3年太政官布告第355号）に「陸軍御国旗（陸軍御國旗）」として旭日旗が定められた。
海軍御国旗
日本海軍については、1870年10月27日（明治3年10月3日）制定の太政官布告「海軍御旗章国旗章並諸旗章ヲ定ム」（明治3年太政官布告第651号）において、各種の旗章の一つとして艦尾に掲揚する海軍御国旗として白布紅日章が定められ、幕末から使用されていた日の丸が引き続き使用された。規格は現行と同じく、縦横比は2対3、日章は旗の中心とされていた。また、幕末には「国印」と呼ばれるようになっていた日の丸は、同布告のとおり、国際法にもとづいて「国旗」と呼ばれるようになった。
国旗としての使用と法律制定の検討
以後、日章旗は国旗として扱われるようになったが、「国旗」としての法的な裏付けは太政官布告のままであり、法令として存在しなかった。1931年（昭和6年）2月、第59回帝国議会において全11条及び附則からなる「大日本帝国国旗法案」が衆議院議員石原善三郎により提案され、同年3月26日衆議院本会議において可決された。しかしながら貴族院送付後の3月28日、会期終了に伴う帝国議会閉会により審議未了廃案となり、続く第60回帝国議会に再提出されたものの衆議院解散により再度廃案となり、結局成立しなかった。
1936年（昭和11年）のベルリンオリンピックにおいては、大日本帝国外地の朝鮮出身の孫基禎が日本代表選手として男子マラソンに出場し優勝した際に、日本統治下の京城（現在のソウル）で創刊された東亜日報は日章旗を黒く塗り潰した写真を掲載してそれを報じ11ヶ月の停刊処分を受けた。
占領下における日章旗の掲揚禁止
1945年（昭和20年）、連合国軍総司令部（GHQ/SCAP）の指令により日章旗の掲揚が原則禁止された。この間、商船旗としては国際信号旗のE旗に基づいた旗が代用された。祝日に限定した特例としての日章旗掲揚許可を経て、1949年(昭和24年)1月1日にマッカーサーは日本の国旗の使用を自由とする旨の声明を発表。これより正式に日章旗の自由掲揚が認められるようになった。
国旗国歌法の成立
平成初期から学校の入学式・卒業式における日章旗掲揚に係わる問題が頻発、掲揚に反発する日本教職員組合（通称：日教組）・全日本教職員組合所属教職員と管理職教職員のトラブルから高校校長に自殺者が出るに至った。背景には教育現場における日の丸掲揚と君が代斉唱に対する反対運動があった。このことに対処するため、1999年（平成11年）には国旗及び国歌に関する法律（国旗国歌法）が公布され、正式に国旗として定められた。
なお、天皇の崩御による大喪（一般でいう葬儀）時の掲揚方法は、大喪中ノ国旗掲揚方（1912年、大正元年閣令第1号）に定められている。
教育現場の日章旗掲揚をめぐる国会議事
国旗国歌法成立後も一部の教育現場において国旗掲揚に対する賛成派と反対派の対立が続いた。このため、2006年（平成18年）10月31日には衆議院の教育基本法に関する特別委員会において自民党の稲田朋美議員から「学習指導要領の国旗・国歌条項にのっとって教職員には入学式、卒業式において国旗に向かって起立し国歌を斉唱する職務上の義務があるかどうか」との質問が出された。この質問に対して第1次安倍内閣（安倍晋三首相）の伊吹文明文科大臣と民主党の藤村修議員の両名とも「教職員にはその義務がある」と答弁している。
正式規格
国旗国歌法の本則における日章旗の制式は、縦横比を2対3、旗の中心（対角線の交点）を中心とし、縦の長さの5分の3を直径（縦を2とした場合r=0.6）とした円（日章、日輪）を描き、白地に紅色の日章とするのが正式である。なお、日章の色に定められている「紅色」は、JIS慣用色名としてはマンセル色体系で 3R 4/14 であるが、より明色に見える朱色系の金赤（同 9R 5.5/14）が使われることも実際には多い。
特例の日章旗
長らく慣行（商船規則で定められた制式）として、縦横比を7対10とし、日章を旗の中心より旗竿側に100分の1近づけた点を中心として描くものが使用されてきたため、国旗国歌法の附則第3項で当分の間この制式も用いることができる旨の特例が定められている。両者の縦横比を最小公倍数に換算すると、本則:14対21、特例:14対20となり、本則の方がやや横長（あるいは特例の方が縦長）となる。この違いを取り上げる意見には、日章と白地のバランスとしては特例の方が安定している、風にはためく時の見栄えは日章が旗竿に寄っている方が美しい、とするものもある。
なお、1998年（平成10年）の長野五輪では、「円の直径が縦の2/3（本来は3/5）」の日の丸を掲げた。この比率は1962年（昭和37年）の日本宣伝美術会展での永井一正ほか2名による提案でもあったが、1964年（昭和39年）の東京五輪では採用が見送られた（2020年の東京五輪では1999年（平成11年）に法制化された「3/5」を使用予定）。
日章旗と軍用の旗
大日本帝国の国軍および天皇の軍隊として建軍された日本軍（陸海軍）の軍旗として、帝国陸軍は1870年6月13日（明治3年5月15日）の明治3年太政官布告第355号とにおいて、日章旗とは別に「陸軍御国旗」として16条の光線（十六条旭日旗）を放つ図案を意匠とする旗（「旭日旗」、日章が旗の中央）を日本史上初めて考案・採用・制定した。1879年、明治12年太政官布告第130号においてこの「陸軍御国旗」は旭日の意匠はほぼそのままに、寸法を小さくし房をつけたものに変更され名称を「軍旗」とし改めて制定された。
他方、帝国海軍については、1870年10月27日（明治3年10月3日）制定の太政官布告「海軍御旗章国旗章並諸旗章ヲ定ム」（明治3年太政官布告第651号）において、艦尾用の海軍御国旗及び船首旗章として白布紅日章が定められ、幕末以来の単純な日の丸が使用されていた。しかし、帝国陸軍より19年後の1889年に、明治22年勅令第111号において帝国陸軍の軍旗である旭日旗を模倣するかたちで、日章位置が異なる十六条旭日旗（日章が旗の左辺寄り）を軍艦旗として、また艦首旗として日章旗を制定し直した。
ポツダム宣言受諾による日本軍の解体により軍旗及び軍艦旗は廃止されたが、自衛隊の設立に伴い陸上自衛隊は帝国陸軍の軍旗とは意匠を一部変更した八条旭日旗を「自衛隊旗」として、海上自衛隊は帝国海軍と同一意匠の「自衛艦旗」を1954年（昭和29年）にそれぞれ制定した。自衛隊旗及び自衛艦旗は自衛隊法施行令（昭和29年政令第179号）の別表第一で規定されている。なお、自衛隊の航空機等に記されている国籍マークは、旧日本軍時代と同様の白の縁取りが施された日の丸が使用されていた（旧日本軍時代は白の縁取りが無い場合もあった）が、近年低視認性とステルス性の為F-35では赤丸や白の縁取り以外の国籍マークが行われるようになってきた。また自衛隊の戦闘服でも、近年低視認性の為、赤丸や白の縁取り以外の国籍マークが取り付けられるようになってきた。
税関旗
青は海・空、白は陸で、接点に税関があることを表している。1892年（明治25年）に制定。
日章旗の造形に関する逸話
安津素彦の著作『国旗の歴史』に、明治時代にイギリスまたはフランス、オランダが日の丸の意匠を買い取ろうとしたという記述がある。また、この日の丸買収の話は、伊本俊二の著作『国旗 日の丸』では、「1874年（明治7年）の春頃にイギリスが買収（当時の500万円）を申し出て、寺島宗則外務卿を相手に交渉した」としている。ただしこの説は吹浦忠正が著書『「日の丸」を科学する』の中で「真偽は不明とはいえ、私は単なるジョークないし外交辞令上のものではなかったのではないかとほとんど無視することにしている」と結論づけている。
国民感情
日の丸は、国旗国歌法によって公式に国旗とされている。法制定以前にも、1974年（昭和49年）12月に実施された内閣府・政府広報室の世論調査において、対象者の84.1%が「日の丸は日本の国旗（国の旗）としてふさわしい」と回答する一方で、「ふさわしくない」と回答したのは8.9%だった。
テレビ朝日が1999年7月に行った世論調査でも、日章旗を日本の国旗とすることに賛成は83%、反対は8%だった。。
反対意見
主に教育界（日本教職員組合、全日本教職員組合）や左翼活動家によって国旗掲揚が「強制」されているとする認識により、現在も日章旗に対する議論や批判が見られる。
過去には朝日新聞・毎日新聞・中日新聞・東京新聞・琉球新報などでも国歌（君が代）とともに日章旗を国旗とすることに対して否定的な記事や投書が掲載されたことがあった。また、日本社会党・日本共産党・新社会党・公明党・日本教職員組合・全日本教職員組合・創価学会などが日章旗への批判を行うなど、日章旗への反発が存在していた。
国章損壊罪についての議論
アメリカ、フランス、ドイツ、イタリア、中華人民共和国、大韓民国などは公然と掲揚されているもしくは公衆の場での国旗の裁断や、焼却などの国旗・国章を冒涜する行為には刑罰を規定している。このうちアメリカ、イタリア、大韓民国はあらゆる場での国旗の損壊に対して罰則を設けている（→en:Flag_desecration）。ただしアメリカでは「Texas v. Johnson裁判」において自国国旗を燃やした活動家（en:Gregory Lee Johnson）に対しアメリカ合衆国憲法修正第一条（言論の自由）により無罪とする判決が出ている。日本では自国の国旗・国章を損壊することを処罰する法律は無い。外国の国旗・国章の損壊に関しては外国国章損壊罪で規定している（外国国章損壊罪は外国の在日大使館など公的な国章損壊にしか運用されていない。詳しくは外国国章損壊罪を参照）。
第45回衆議院議員総選挙における、2009年（平成21年）8月8日に鹿児島県霧島市で行われた民主党皆吉稲生候補の集会で、国旗2枚を裁断して支持者が作成したとされる“党旗”を壇上に掲揚した。8月18日、皆吉は、衆議院議員総選挙出陣式で「国旗の使用方法としては不適切で深くおわびする」と謝罪した。同日、民主党幹事長（当時）・岡田克也が皆吉を口頭注意した。皆吉の後援会は、党本部や県連および支援団体に「国旗の尊厳をおとしめる意図は全くなく、主催者の不手際が原因」と謝罪する文書を送付した（詳しくは民主党 (日本 1998-2016)#国旗切り張り問題を参照）。この問題を受けて、百地章日本大学教授は、民主党の行為を批判しつつ「国旗への侮辱行為に刑事罰が科されない日本が世界的に異常」とし、国旗に対する敬意は教育で教えることが最も良いが、日本の国旗に反対する日本教職員組合が力を持つ教育界ではそれも難しく、法で定める必要もあるのではないかと指摘した。
日本の国旗を参考にした国
バングラデシュの国旗は、日本の国旗のデザインが参考にされている。初代首相シェイク・ムジブル・ラフマンが国旗を決める際に吹浦忠正（聖心女子大学講師。ユーラシア21研究所理事長。初代バングラデシュ日本人会会長）は意見を求められており、日本の国旗の意味について解説している。吹浦はバングラデシュ独立戦争時に国際赤十字の仕事で現地に滞在していた。初代バングラデシュ大統領ムジブル・ラフマンの娘のシェイク・ハシナ首相は、「父は日本の日の丸を参考にした。」と述べた。