医療法人
管理
医療法人社団においては、社員と呼ばれる株主に似た構成員からなる社員総会が、最高意思決定機関となり、理事の選任等を行う。社員総会で選任された理事で構成する理事会で理事長を選任し、理事長が法人代表者となり、医療法人の経営を行う。
財団の場合、社員総会はないが、評議員で構成される評議員会を置かなければならない（医療法第46条の2第2項）。役員は評議員会によって選任される。理事会が最高意思決定機関となる。理事長は、医療法で定める事柄や重要な事項として寄附行為で定める事項を行う前に評議員会の意見を聴かなければならないとされている（医療法第46条の4の5）。
医療法人には、理事3人以上および監事1人以上を置かなければならない（医療法第46条の5第1項）。理事長は原則として医師又は歯科医師でなければならない（医療法46条の6第1項）。また、開設する病院の管理者（いわゆる院長）を原則として理事に加えなければならず（医療法46条の5第6項）、この院長たる理事が理事長を務めることが多い。法制度上、法人、精神機能障害で職務を適正に行うことができない者、医療法などで罰金刑以上を受けた者などは医療法人の理事になることができない。
義務
医療法人は、毎会計年度終了後、３か月以内に都道府県庁に損益計算書や貸借対照表などを含む事業報告書を提出しなければならない（医療法第52条第1項）。提出された事業報告書は都道府県庁で誰でも閲覧することができる（医療法第52条第2項）。また、登記事項に変更などがあった場合は、組合等登記令の定めに従って登記をしなければならない（医療法第43条第1項）。加えて社員総会、評議員会、理事会の議事録といった法人の意思決定に関係する書類や会計帳簿などの財務関係書類を保存することも義務付けられている（医療法46条の3の6など）。
医療法人の理事は、法令、定款、社員総会の決議を遵守し、忠実にその職務を行わなければならない任務忠実義務がある（医療法46条の6の4）。また、理事、監事、評議員はその任務を怠ったことにより医療法人に損害が生じたときは損害賠償責任を負う（医療法第47条）。
罰則
医療法人が登記を怠ったり、事業報告書の提出を怠ったり、禁止されている剰余金の配当を行った場合などは、理事などが過料に処されることとされている（医療法第93条）。
業務の範囲
医療法人は、医療法第39条、第42条から本来業務、附帯業務、附随業務を行うことができるとされている。社会医療法人は、それらに加えて収益業務を行うことができるとされている（医療法第42条の2）。
本来業務
病院、医師若しくは歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設または介護医療院を開設・運営する業務のこと。地方自治法上の指定管理者として病院などを管理・運営する業務も含まれる。
附帯業務
本来業務以外の業務であって医療法第42条の規定により定款等で定めることで行うことができる業務のこと。看護師等の養成所の経営や有料老人ホームの設置など様々なものがある。あくまでも、本来業務に支障のない限り行うことができるとされているものだが、医療サービスと福祉・介護・高齢者向け住居サービスなどの一体的な提供が求められる社会的状況の中、近年は附帯業務の範囲についても拡大される傾向にある。
附随業務
開設する病院等の業務の一部として又はこれに附随して行われる業務のこと。収益業務に含まれず、定款での定めも必要ない。
例えば、病院内の売店や敷地内駐車場がこれにあたる。
収益業務
社会医療法人は、本来業務の経営に充てることを目的として、①農業、林業 ②漁業 ③製造業 ④情報通信業 ⑤運輸業、郵便業 ⑥卸売業、小売業 ⑦不動産業、物品賃貸業（建物売買業、土地売買業を除く。） ⑧学術研究、専門・技術サービス業 ⑨宿泊業、飲食サービス業 ⑩生活関連サービス業、娯楽業 ⑪教育、学習支援業 ⑫医療、福祉（病院、診療所、介護老人保健施設又は介護医療院に係るもの及び医療法第 42 条各号に掲げるものを除く。） ⑬複合サービス事業 ⑭サービス業を定款等で定めることで行うことができるとされているが、その業務のこと。
財務
医療法人は剰余金の配当ができない点（医療法第54条）で通常の営利法人とは区分されているが、残余財産分配（みなし配当）もできないために原則非課税となる公益法人等とはされていない。そのため社会医療法人を除く医療法人は、法人税等の税制面では原則的に営利法人と同じ扱い（法人税において23.2％）が適用される。さらにおこなえる事業の種類が非常に限定されていることから（医療法第42条）、比較的近い目的を持ち、税法上は公益法人等に当たる社会福祉法人（剰余金配当も残余財産分配も出来ないため法人税などは収益事業を行わないかぎり0％）とは法人の性質が異なっている。
なお、旧医療法では、持分を定めた社団医療法人は出資持分を定めることが可能である。この場合、旧厚生省が通達したモデル定款によれば、出資割合に応じてその払い戻しが可能と解釈されていた。
したがって、その法人の社員が死亡等の事由により退社した際、その相続人が、その出資持分を承継した場合、課税庁により、純資産価額方式（又は純資産価額方式及び類似業種比準価額方式）により払戻し時の時価により評価が行われる（財産評価通達194－2）。この場合、その相続人等が、持分を定めた社団医療法人の多額の相続税の返還請求を求めるケースがある。このため、多額の払戻しを請求された法人が解散に至ることもあり、課税庁と医療法人側がその出資評価をめぐって昭和50年代から60年代にかけて訴訟が提起されていた（東京地裁昭和53年4月17日判決, 行集29巻4号538頁参照）。平成22年4月8日最高裁判所判例によれば、定款に「払込出資額に応じて」という定めがある場合において、出資社員は退社時に払込出資額に応じて払戻しを請求することができる旨判示している（平成22年4月8日最高裁判所第一小法廷判決）。
現在は、医療法人の出資評価は、時価評価することが妥当であると説示されているため、課税実務では、依然として時価評価が行われている。
なお、改正医療法下（平成18年6月21日改正）においては、新たに医療法人を設立しようとする者は、社団形態は選択できるが、社員に対して持分の定めることはできない。ただし、既に設立された持分を定めた社団医療法人については、改正医療法附則10条2項により「当分の間」存置されることとなった。この「当分の間」の解釈については、期限が設けられていないため、依然不透明である。
また、改正医療法が施行される2007年4月以降に医療法人を設立する際、解散時の残余財産の帰属先は「国、地方公共団体、公的医療機関の開設者、財団または持ち分の定めのない社団の医療法人」の中から選ぶことになる。
医療法人財団・持分の定めのない医療法人社団については、一定の要件を満たすことで、医療法第42条の2が規定する社会医療法人（旧医療法の特別医療法人は2012年3月末に廃止された）、あるいは、租税特別措置法67条の2に規定される特定医療法人（医療法の規定には存在せず租税特別措置法上の制度である）となることができる。
社会医療法人（旧医療法では特別医療法人）になった場合には、医療法人の目的は医療に専念することが基本ではあるが、附帯業務だけでなく収益業務を行うことができる。但し、通常の医療法人についても最近では老人ホームの運営など附帯業務について緩和される傾向にある。特定医療法人となった場合には、相続税や法人税の減免を受けることもできる（法人税19％）。但しどちらの場合にも収入要件や役員の給与要件、残余財産の原則国庫への帰属など公益法人等と同じような要件を満たす必要がある。
社会医療法人については、公益法人制度改革（公益法人関連法令については、平成20年度施行）と併せて課税上の何らかの優遇措置が予定されていたが、公益法人制度改革においても、税制の優遇措置は長期課題とされているため、未だその措置については、不透明であった。
平成28年現在、社会医療法人は医療保健業の法人税は非課税とされており、救急医療などに使っている病院などの固定資産については、固定資産税や都市計画税は非課税とされている。
私法上の建前からいうと、法人格を有するのはあくまで医療法人であり、病院はその所有の客体となる資産にすぎないが、行政法規等ではあたかも病院そのものが法人格を有するかのように扱われることが多い点、注意を要する。
個人経営の病院や診療所に比べて、医療法人の資産が個人の資産と分離ができて効率よく経営ができるメリットがある。また税制にも有利になるといわれていたが、この近年の個人の所得税率の低下・医療法人化による事務コストの増加を精査すると、税務以外も考慮した総コストでは医療法人のメリットは大きく減殺されている。
会計
医療法人の会計は、「この法律及びこの法律に基づく厚生労働省令の規定によるほか、一般に公正妥当と認められる会計の慣行に従うものとする。」（医療法第50条）とされている。
負債の額が50億円以上、事業収益の額が70億円以上の医療法人（社会医療法人は負債20億円以上、事業収益10億円以上）は医療法人会計基準に基づいて損益計算書・貸借対照表を作成し、公認会計士や監査法人の監査を受けなければならない。