阿蘇氏
祖先
『古事記』によれば、神武天皇（初代天皇）の皇子神八井耳命が阿蘇氏（姓は君）などの祖であるという。意富氏（姓は臣）や火氏（姓は君）、大分氏（姓は君）などとは同祖である。
これについて太田亮は、神八井耳命の後裔が九州に多く存在していることから、神武天皇が本拠地を近畿地方に移したのち、元の本拠であった九州を神八井耳命に与え、その子孫が各地で繁栄したためであるとした。
前史
神武天皇は神八井耳命の子の健磐龍命を九州に派遣したという。健磐龍命は阿蘇で阿蘇都媛命と結婚し、二人の間に生まれた子である速瓶玉命は「国造本紀」によれば崇神天皇（第10代天皇）の時代に初代阿蘇国造に任命されたという。阿蘇氏はこの速瓶玉命の子孫で、阿蘇国造の氏族であったとされる。阿蘇神社の付近には速瓶玉命とその妃神雨宮媛命を祀った国造神社も存在している。
また、景行天皇（第12代天皇）の九州巡幸の際、阿蘇都彦（健磐龍命）・阿蘇都媛の両神が出迎えたという。
上古
阿蘇氏は、古墳時代には阿蘇谷東北部を根拠地とした。阿蘇市一の宮町中通にある中通古墳群は阿蘇氏一族の墓であろうと考えられている。
『日本書紀』によれば、宣化天皇元年（536年）5月1日に、天皇は飢饉対策のため阿蘇仍君（あそものきみ/あそ の きみ）を遣わして河内国茨田郡の屯倉（茨田屯倉）の穀物を加え運ばせたという。
大化の改新以降
大化の改新以降、阿蘇においては阿蘇氏ではなく宇治氏（阿蘇氏同祖。苗字氏族の阿蘇氏の祖先。）の活動が目立つ。阿蘇氏がこれ以降どうなったかは、断絶の有無を含め不明である。
前史
前述の阿蘇氏と同祖関係にある宇治氏（姓は宿禰）は阿蘇神社の神官の家系であった。延喜年間の宇治友成以降は祭事のみならず統治においても力を持つ大宮司職を世襲するようになった。
12世紀前半の宇治惟宣の時代には阿蘇近辺を支配する武士団を形成していた。
平安時代
惟宣の孫（または子）である惟泰は、治承・寿永の乱の鎮西反乱にも参加し、源氏方で活躍した。惟泰の時代に阿蘇の姓を賜り、阿蘇氏を称するようになった。
鎌倉時代
鎌倉幕府成立後、阿蘇社領は北条時政の預所となったため、北条氏とも深い関係を持つようになった。1196年（建久7年）には阿蘇惟次を大宮司に補任する時政の下文が発給されている。
最盛期・浜の館時代
阿蘇惟次以降、本拠を南阿蘇から南外輪山を越えた矢部郷（現・山都町の一部に相当する）の浜の館（現・熊本県立矢部高等学校敷地）に移し、阿蘇氏が最盛期を迎えることになる。
南北朝時代
鎌倉時代後期の1333年（元弘3年）に後醍醐天皇の討幕運動から元弘の乱が起こると、阿蘇惟時は南朝方の護良親王の令旨を受け、足利尊氏らと京都の六波羅探題攻めに参加する。また、惟時の子・阿蘇惟直は菊池氏とともに鎮西探題討伐を計画するが、失敗に終わる。
鎌倉幕府滅亡後に開始された建武の新政において、菊池氏は肥後の国司に、阿蘇氏は国上使となった。阿蘇氏と菊池氏はそれ以前から関係を有していたものの、菊池氏が国司の職務の1つである一宮の保護権を持ったこと、更に阿蘇社領は皇室を本家とする荘園が多かったことから、皇室（大覚寺統・鎮西府）－菊池氏ラインを優位とする関係が形成され、後の阿蘇氏の動向に影響を与えることになる。
その後、足利尊氏の建武政権からの離反を受け、阿蘇惟時は南朝方・後醍醐天皇側の武将として箱根・竹ノ下の戦いに参戦したが敗れて引退する。その後、後醍醐天皇の反撃によって京都を追われた尊氏らは九州に落ち、少弐氏に迎えられる。惟時から家督を引き継いだ阿蘇惟直は菊池氏とともに足利・少弐氏の軍と多々良浜の戦いにおいて戦うが、これに敗れる。このとき、当主・惟直、および惟成（惟時の次男）が戦死したことで、惣領家としての阿蘇家は断絶の危機に立たされてしまう。
当時、阿蘇家6代目当主・阿蘇惟景の長男・惟資の息子・惟種が恵良姓を、三男・惟国の息子・惟時が宇治姓を、四男の惟春が坂梨姓を、それぞれ名乗っていた。
阿蘇惟直の死を受けて、当時京都にいた阿蘇惟時が当主に復帰すると、惟時は、娘の婿養子である恵良惟澄（阿蘇惟澄）に家督を譲る。同時期、北朝方の足利尊氏が御教書を下し、惟時の庶子・坂梨孫熊丸を阿蘇家当主に擁立し、これに大宮司職を与えた。そのため、坂梨孫熊丸が北朝大宮司として、恵良惟澄が南朝大宮司として争い続ける。1341年、惟澄（阿蘇惟澄）が孫熊丸を南郷城にて討ち取り、一時は南朝方の勢いが増した。しかし阿蘇家分裂を好ましく思わない惟時が、北朝方に寝返り、阿蘇惟村（惟澄の長男）を北朝大宮司に据え、惟澄討伐を開始する。やがて惟澄も、北朝方の惟村に南朝大宮司の職を譲ることで内紛の集結を試みた。
しかし、惟澄の死後、征西府が阿蘇惟武（惟村の弟）を南朝大宮司に選んだことで再び家督争いが起きてしまう。その後、1376年、室町幕府から派遣された大内義弘、大友親世が阿蘇惟武を討ち取ると、北朝大宮司が安定して阿蘇一帯を統治するようになる。1451年、惟武の曾孫・阿蘇惟歳が惟村の孫・阿蘇惟忠の養子となることで和解するが、やがて戦国乱世の時代に移行すると、阿蘇氏は再び惟歳・惟家父子と惟忠・惟憲父子の間で当主の座を巡る争いを起こした。
戦国時代
戦国時代に入った1484年、馬門原の戦いで阿蘇惟憲が勝利を収め、ようやく一族を統一した。しかし、惟憲の子の代に阿蘇氏はまたもや分裂する。
1507年、惟憲の子・阿蘇惟長は肥後守護であった菊池氏を乗っ取り（菊池武経と名乗る）、弟の阿蘇惟豊に大宮司職の座を譲る。しかし1513年、島津氏と通じて惟豊を攻撃し、日向国に追放する。惟長は嫡男の阿蘇惟前を大宮司とし院政を敷く。1517年、惟豊は日向の国人甲斐親宣らの助力を得て惟長父子に反撃し、本拠地矢部を奪還する。
惟豊は甲斐親宣・親直（宗運）父子の補佐を得て阿蘇氏を繁栄させた。1523年には惟長父子に堅志田城を奪われ甲佐・砥用・中山も支配下におかれるが1543年に堅志田城を奪還し、30年に及ぶ内部分裂に事実上終止符を打つ。（惟前・惟賢父子は相良氏を頼って逃走、1590年に惟賢が阿蘇惟光への忠誠を誓ったことで抗争は正式に終結）。天文18年（1549年）、惟豊は御所修理料一万疋を献納し、後奈良天皇から従二位に叙せられた。
惟豊は大友氏、相良氏と盟を結ぶことで領国の安定を図った。しかし阿蘇惟将の代となった天正6年（1578年）、大友氏が耳川の戦いで島津氏に大敗を喫すると肥後の国人衆は島津氏や新興勢力の龍造寺氏と誼を通じ、阿蘇氏の領域を脅かすようになる。阿蘇惟将は宿老・甲斐宗運の卓抜した軍略によってどうにか領国を維持するが、天正9年（1581年）にはついに相良氏が島津氏に降伏し、南から島津氏の圧力を直接受けることになる。天正13年（1585年）（天正11年（1583年）ともいわれる）には甲斐宗運やその配下の田代宗傳が死去。さらに阿蘇惟将、その跡を継いだ阿蘇惟種が天正11年（1583年）、天正12年（1584年）に立て続けに死去するなど有力者の死が相次いだことで阿蘇氏は急速に弱体化する。
阿蘇合戦
天正13年（1585年）、鉄砲という新兵器を持った島津軍が人吉の相良氏を降伏させ、間髪入れず阿蘇氏の領内に侵入してきた。武力に劣る阿蘇勢は総崩れとなり、肥後中部に多数あった阿蘇氏の城はことごとく陥落してしまった。わずか2歳の当主・阿蘇惟光（惟種の子）と弟、母親は側近たちに連れられて、九州山地のなかでも山深い・目丸（山都町・内大臣入口付近）に逃走した（阿蘇合戦・阿蘇の目丸落ち）。
惟光を匿った目丸地区では、村人全員が島津軍の襲撃に備え男は「棒術」を、女は「薙刀」を身につけたといわれる。今日、これが郷土芸能「目丸の棒踊り」（山都町指定文化財一覧）の起源とされている。目丸は平家の落ち武者伝説が今も残っているところで、緑川と内大臣川の深い渓谷が横たわり、人里離れて隠れるには格好の場所であった。
阿蘇領内の諸将が悉く島津氏の軍門に下る中、天正14年、類縁にあたる大友氏との関係を保ちながら北上する薩摩勢に対し一貫して防戦してきた阿蘇家の大将高森惟居が切腹し、肥後国における最後の砦であった高森城は落城した。これにより島津氏による肥後全土の平定は完了した。
ここに九州内で名家・戦国大名として一目置かれていた矢部・阿蘇氏は実質滅亡した。（のちに、大宮司家として再興。）
一時期衰退していた島津氏がこの時期、薩摩の三州統一をはじめ、その後、急速に九州内で領地を拡大、阿蘇氏をはじめ諸国の豪族を倒せたのは近代武器「鉄砲」の存在が大きかったと考えられる。
大宮司家として復帰
のちに阿蘇惟光は、九州を制圧した豊臣秀吉に保護を求めて、わずかながらの領地を与えられ、阿蘇神社宮司としての地位も認められたが、大名としての特権は全て剥奪された。
なお、惟前の孫である阿蘇惟永（宇治惟永とも）は、そのまま島津家に仕えた。
文禄2年（1593年）、惟光は梅北一揆に家臣が加担したとして秀吉に自害させられた。
関ヶ原の戦い後に加藤清正の計らいで惟光の弟の阿蘇惟善に所領が与えられた。
また、清正の手で復興された一の宮・阿蘇神社（阿蘇市宮地）の大宮司となった。（矢部には戻らず）
惟善の次男惟真（友貞の弟）は、庶流大里氏を名乗る。文久年間の地図によれば、阿蘇家出屋敷が現在の熊本県熊本市中央区京町にあった。
その後、阿蘇氏は江戸時代を存続して明治時代に至り、明治17年（1884年）、当主の阿蘇惟敦が男爵を授けられて華族に列した。
栄枯盛衰、内紛を繰り返しながらも、名家として今日まで存続する稀有な存在である。
菩提寺
阿蘇家の菩提寺とされているのは、山都町の矢部高校グランド近くにある「福王寺」（天台宗）で、多くの位牌がある。中世期の阿蘇家の墓に悉曇文字（梵字。絵のような文字。）が多いのは、このためである。