食糧管理制度
食糧管理法以前
政府による食糧流通への介入は1921年（大正10年）4月4日、原内閣時に公布施行された米穀法に始まる。1918年米騒動ないし第一次世界大戦後米価は不安定な状態にあり、急変動を抑えるために政府による米の買入・売渡・交換・加工・貯蔵について定めた。また米穀の輸入税増減や輸出入制限の設定なども可能となり、特別会計として米穀需給調節特別会計が創設された。1931年に改正がなされ、売買に際し米価の最高価格及び最低価格を定めた。この法律は1933年（昭和8年）9月20日施行の米穀統制法に発展し、以降政府は公定した最高価格・最低価格に基づき買入・売渡を無制限に行い、輸出入制限を常時実施するようになった。
1936年（昭和11年）には補完的法律として米穀自治管理法が制定され、管理委員会が定めた一定数量の米の強制貯蓄を生産者側に課すことで過剰米の統制が行われた。その上で公定の最低価格を割る場合は産業組合が自治的に過剰米を統制する仕組み。当時の背景としては、軍拡により重工業が発展し全工業生産額の過半数を突破する一方で、食糧安定供給を図るべく農工間の格差解消を行う方針であった。つまり米の供給高と需要高を一致させることで高米価を維持するということだが、却って米穀業者の反感を買うこととなった。これらの法整備により結果的に米穀取引所の取引量が急減し、1939年（昭和14年）には米穀配給統制法制定により取引所は廃止され、代替として半官半民の日本米穀株式会社が設立された。米価低下の一要因である台湾米の移出は日本米穀が管理を実施。同時に米の先物取引は戦時下で一時廃止され、集荷機構は一元化され、後の米穀供出制や米穀配給通帳制を実施する上で政府の権限が強化された。また米穀の卸売商や小売商は許可制及び組合服従化され、流通販売に至るまで統制が強化された。食糧管理制度の先駆となる「米穀管理制度」はここに始まった。
食糧管理法（昭和17年2月21日法律第40号 ）
米穀統制法・米穀配給統制法を発展させ、1942年（昭和17年）の東條内閣時に食糧管理法が制定された。米穀に加え主要食糧の生産・流通・消費にわたって政府が介入して管理するというものであり、目的は食糧の需給と価格の安定である。供出価格及び供出数量は政府によって決定される。
当初の対象となったのは米の他、はだか麦・大麦・小麦などの麦類である。生産者は自家保有量以外を公定価格で供出し、政府は米穀配給通帳に基づき消費者へと配給する。加工・管理は食糧営団が行う。これ以外の流通は一切認められず刑罰規定もあったものの、実際は闇取引が行われていた。米穀需給調節特別会計は食糧管理特別会計（食管会計）に発展し、管理業務の経理を実施。
戦後の食糧管理制度変遷
終戦直後は農業生産力が低下している上に悪天候も重なり、1945年（昭和20年）11月1日には、餓死対策国民大会が日比谷公園で開かれるなど、食糧供給状況は深刻を極めた。これに対処するため1946年2月17日、幣原内閣は臨時に食糧緊急措置令（緊急勅令）を制定し、強権的に供出と米価値上げを促したが、大多数の農民や組合の反感を買い、効果はほとんど無かった。
3月3日には物価統制令が公布施行されたが、価格設定がインフレーションに合わせ非常に高かったため、都市部住民の生活は窮乏を極め、5月1日に復活メーデーが開かれた後、5月19日には飯米獲得人民大会が皇居前広場で開かれ、労働組合員や日本共産党の党員を中心に約25万人が抗議を行った（食糧メーデー）。翌1947年12月30日、初の食糧管理法改正により、対象となる食糧に馬鈴薯・甘藷・雑穀が加えられた。また食糧営団に変わり食糧配給公団が設立され、復興金融金庫より運営資金を借り入れ引き続き配給を行った。
ガリオア資金の計上により輸入食糧の補給が始まり、その後1948年7月20日に食糧確保臨時措置法が公布施行された。農林大臣は都道府県知事の意見に基づき農業計画で義務となる売渡数量を定め、これにより都道府県知事は市町村別の農業計画を定め、その指示で市町村長が生産者別の農業計画を定め指示するという内容であり、議決機関として政府に中央農業調整審議会、都道府県・市町村に農業調整委員会が設置された。
翌1949年6月25日には、三度目の食糧管理法改正により、食糧配給に関しても農林大臣の配給計画のもとで進められることとなり、農林省の外局として食糧庁が設置された。これらの体系整備により、供出制度は根本的に変わり、食糧不足は緩和され、経済安定九原則のもと、インフレーションも収束へ向かった。こうして1950年3月31日、四度目の食糧管理法改正で芋類は主要穀物の対象から外された。そして指定卸売業者や指定小売業者を通じた販売体制になったため、食糧配給公団は1951年に解散した。
その2年後の1952年5月29日には、五度目の食糧管理法改正で雑穀が外され、麦類は最低価格・最高価格の範囲内に価格を安定させる間接統制へと移行。一方で、米は生産者米価と消費者米価の二重価格制を採用し、消費者となる都市労働者の賃金を勘案して生産者米価を決定するようになったが、これが後の食管会計の赤字を引き起こすこととなる。その後1955年より、米は従来の割当供出制から予約売渡制（収穫前に売渡予定数量を申し込み売渡後清算を行う）へと移行し、供出制度は廃止された。
食糧管理制度の役割の変化
前述の通り、食糧管理制度は農工間の格差是正のため経済成長に合わせ食糧の高価格維持を戦後も続けていたが、その必要性は徐々に薄れていった。1955年以降は米の大豊作が続くようになり、米価はこれ以上引き上げず現状維持をするという潮流に変わっていった。1960年には生産者価格決定が生産費・所得補償方式となった。
また一方で、食生活の欧米化も相まって米の需要が落ち着くようになったにも拘わらず、特に品種改良や機械化の技術進歩により、北海道や北東北周辺で農業生産を拡大し続けたため、米の自給率が100%を突破した1967年以降は、過剰米（コメ余り）が出始めた。以降急激に大量の古米や古古米が余り、処分されるものも出ていたため60年代末には既に大きな問題となっていた。
食管会計は赤字がかさんだため、1969年には消費者の嗜好も考慮し自主流通米制度を発足させ、一部の良質な米に限り政府を通さず、直接卸売業者などへ販売することを認めた。「自主流通米」という名称は、一部の米を除き政府管理は持続するということを踏まえ、自由米（ヤミ米）と区別する意味合いで付けられた。同時に減反政策が開始され、続いて1972年に物価統制令改正で、消費者米価が自由化された（標準価格米制度）。
1973年には、古米の在庫処分が済んだことで、米の需給は一旦均衡するものの、世界食糧危機の煽りを受け、日本国民の食糧安全保障に対する意識が高まり、再び生産者米価が引き上げられたため、古米在庫や食管会計赤字は増加していった。
なお一連の政策により、従来の食糧管理制度は大きく変貌し、当初の方針とは全く異なるものとなったため、1981年6月11日に食糧管理法は全面改正された（食糧管理法の一部を改正する法律）。条文において「配給の統制」から「流通の規制」へと改め、自由流通制度を法定化するなど方針転換を明文化したこの法律は改正食糧管理法とも呼ばれる。
自由米への規制を廃止する一方で、緊急時の配給実施に備えた規定を盛り込み、流通業者は許可制とした。つまり食糧管理制度における政府の役割は、米流通の「統制」から「管理」へと変化したのである。これにより通常時の配給制度自体が廃止されたため、米穀配給通帳も廃止された。その後も卸売や小売の営業区域が拡大されるなど、流通自由化はさらに進んだ。
1990年には、自主流通米価格形成機構が設立され、自主流通米の入札制度が開始された。この頃には全流通米に占める政府管理米の流通割合は、2割を切る程に縮小した。
一方で麦類に関しては、間接統制化以降制度に変化はない。だが逆ザヤの拡大に伴い、当初は政府買入麦と割合的にほぼ同数であった民間流通麦は、大幅に減少した。また政府が全て一律に買入れを行ったため、輸入麦に比して著しく品質が劣り、日本産の麦は不味いという風潮が強まった。生産性についても、何ら改善がなされなかった。
主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律（平成6年12月14日法律第113号）
1994年（平成6年）12月14日、主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律（いわゆる食糧法）が公布、一部の条項を除き翌1995年11月1日に施行され、これに伴い食糧管理法は廃止となった。また、制度の呼称としての「食糧管理制度」も内容の変更に沿って「食糧制度」に改められた。ただし、食糧管理特別会計（2007年度から食料安定供給特別会計）・食糧管理勘定など、一部の用語には「管理」の文字が残った。
食糧法の施行により、農家が自由に米などの作物を販売できるようになった。これはその後の米輸入解禁に備え、あらかじめ自由に米を流通させることで日本国内の農家の競争力・対応力の向上を目指したものである。一方で、政府による管理は緩和されることとなった。
減反政策
1970年代になると、食生活の変化の影響で、米が余るようになり、備蓄米が年間生産相当量まで達する事態も生じた。このため、日本国政府が主導して減反政策を推進してきたが、2004年（平成16年）に方針を転換し、2018年（平成30年）に減反政策をやめることになった。
2004年の大幅改正
食糧法を大幅に改正する主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律等の一部を改正する法律（平成15年法律第103号）が2004年（平成16年）4月1日に施行され、従来からの農業従事者に限らず誰でも自由に米を販売したり流通させることが出来るようになるなど、1995年の食管法廃止・食糧法制定に匹敵するような制度改革が実施された。この大幅改正後の食糧法は、それまでの食糧法と区別するため「新食糧法」あるいは「改正食糧法」と呼称される。
法改正により、米穀の販売については、従来は登録制であったが、これが届出制になった。すなわち、47条1項は、「米穀の出荷又は販売の事業（その事業の規模が農林水産省令で定める規模未満であるものを除く。第五十九条において同じ。）を行おうとする者は、農林水産省令で定めるところにより、あらかじめ、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない」と規定している（届出制について参照、）。
また。米穀の輸入についても、一定額を支払えば自由に行うことができるようになった。34条1項は、「米穀等の輸入（関税法 （昭和二十九年法律第六十一号）第二条 に定める輸入をいう。以下この項及び第四十五条第一項において同じ。）を行おうとする者は、国際約束に従って農林水産大臣が定めて告示する額に、当該輸入に係る米穀等の数量を乗じて得た額を、政府に納付しなければならない」と規定している。