隠れキリシタン
潜伏キリシタン
日本では、1549年にフランシスコ・ザビエルが来日して以降、キリスト教の布教がおこなわれて次第に改宗する者（キリシタン）が増えていった。しかし、江戸時代には、1614年に徳川家康による禁教令によってキリスト教信仰は禁止され、さらに1637年に起きた島原の乱の前後からは幕府による徹底したキリスト教禁止、キリシタン取り締まりが行われた。
当時のカトリック信徒（キリシタン）やその子孫は、表向きは仏教徒として振る舞うことを余儀なくされ、また1644年以降は国内にカトリックの司祭が一人もいない状況ながらも、密かにキリスト教の信仰を捨てずに代々伝えていった。これを「潜伏キリシタン」と呼ぶ。
「潜伏キリシタン」は、ごく小さな集落単位で秘密組織を作ってひそかに祈祷文「オラショ」を唱えて祈りを続け、慈母観音像を聖母マリアに見立てたり（今日、それらの観音像は「マリア観音」と呼ばれる）、聖像聖画やメダイ、ロザリオ、クルス（十字架）などの聖具を秘蔵して「納戸神」として祀ったり、キリスト教伝来当時にならったやり方で生まれた子に洗礼を授けるなどして信仰を守りつづけた（これらの信仰の形式は地方によって異なる。
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。

幕末の開国後の1865年（慶応元年）、長崎の大浦天主堂を浦上（現・長崎市浦上）在住の信者が訪ねてきたこと（「信徒発見」と呼ばれる）から、潜伏キリシタンの存在が国内外で知られるようになった。

その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
大政奉還後も明治政府は江戸幕府からの政策を継承する形で高札により禁教令を継続し、信徒への激しい弾圧は続いた。明治政府の国際法に反する政策は諸外国の非難・批判を招いたため、1873年（明治6年）までに制度としての高札は廃止され、結果としてキリスト教が黙認されることで江戸幕府以来の「キリシタン禁教令」が事実上廃止された。それ以降はキリスト教信者ということだけで重罪に処されることが無くなり、再宣教のために来日したパリ外国宣教会などによって、一部を除く多くのキリシタンたちがキリスト教信仰を表明し、カトリック教会の信仰に復帰した。
現在では日本国憲法第19条および日本国憲法第20条により法的にも信教の自由が保証されているため、定義上潜伏キリシタンは現存しない。
カクレキリシタン
江戸時代潜伏していたキリシタンたちは、200年以上もの間司祭などの指導を受けることなく自分たちだけで信仰を伝えていったため、長い年月の中でキリスト教の教義などの信仰理解が失われていき、仏教や神道、民俗信仰などとも結びついたり、あるいは地元の殉教者に対する尊崇を精神的な拠り所としつつ、キリシタン信仰当時の聖具からなる御神体や、殉教者が没した聖地などを主要な信仰対象とするものに変化していった。
このため、明治時代以降にキリスト教の信仰が解禁されて再びカトリックの宣教がなされても、地域によっては半数以上のキリシタンは改宗に応じなかった。その後も独自の信仰様式を継承している人たちが、長崎県の一部地域に現在でも存在する。現地では「古ギリシタン」「旧キリシタン」「元帳」などと呼んでいる。キリシタンの研究者である宮崎賢太郎（長崎純心大学教授）は、カトリック信徒としての立場からこれを「カクレキリシタン」（全て片仮名表記と呼び次のように定義している。
「カクレキリシタン」とは、キリシタン時代にキリスト教に改宗した者の子孫であり、1873年に禁教令が解かれて信仰の自由が認められた後もカトリックとは一線を画し、潜伏時代より伝承されてきた信仰形態を組織下にあって維持し続けている人々を指す。オラショや儀礼などに多分にキリシタン的要素を留めているが、長年月にわたる指導者不在のもと、日本の民俗信仰と深く結びつき、重層信仰、祖先崇拝、現世利益、儀礼主義的傾向を強く示すものである。
 — 宮崎賢太郎、『カクレキリシタン』 21頁、ISBN 4931493408
なお、行政文書などの公式的には、隠れキリシタンは「かくれキリシタン」と記載されており、「カクレキリシタン」という表記は差別的な意味を含むこともあり、あくまでも宮崎個人の私的研究や主張の範囲に止まることには注意が必要である。
かくれキリシタン
これまでの研究・調査によると、大正から昭和30年代の頃には約2万人～3万人弱の「かくれキリシタン」の信徒がいたと推計されているが、近年、過疎や高齢化による後継者不足、生活様式の世俗化などによってその数は急激に減少している。少数ながら、昭和以降にカトリックに復帰した集落があったり、結婚などを機に個人・家族単位でカトリックになった人もいるが、それよりも多くの人がキリシタンの信仰をやめて仏教や神道だけになっている。地域によっては、明治以降カトリックに復帰せず教会との接触を嫌ったことや近年の世俗化によってさらなる信仰の希薄化や変容が進んで元々のキリスト教から程遠いものになってしまった例もあり、集落の信仰伝承が途絶える原因の一つになっているとも考えられている。最近まで伝承が継続されている地域としては、長崎県の長崎市外海地区（旧西彼杵郡外海町）や五島列島、さらに平戸市の平戸島や生月島（旧北松浦郡生月町）などの地域が挙げられ、世界文化遺産「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」の構成資産も、これらの地域に集中している。

長崎市外海地区、および隣接する旧三重村の樫山（現・長崎市樫山町）などは、江戸時代から多くの潜伏キリシタン組織が継承されてきた地域で、その後カトリックに復帰した者も多かったが、いまも旧外海町の黒崎、出津にはかくれキリシタンの組織が残っている。このうち黒崎には、潜伏キリシタンおよびかくれキリシタンの神社「枯松神社」があり、「サン・ジワンさま」を祀っている。黒崎の潜伏キリシタンは、明治になってカトリックに復帰した者、かくれキリシタンをかくまった天福寺（長崎市樫山町、仏教曹洞宗）の檀家に留まった者、かくれキリシタンとして先祖の信仰を維持した者とに分かれ、三者の間で互いにわだかまりが残っていた。1998年（平成10年）にこの地のカトリック黒崎教会に主任司祭として赴任した野下千年神父はこれを憂慮し、三者が心を寄せ合う場として枯松神社で共に集い、信仰を守り抜いた先祖を慰霊する祭を実施するよう呼びかけ、2000年に三者の協力による「枯松神社祭」が行われ、現在も毎年行われている。
五島列島奈留島（五島市奈留町）の火葬場の裏には現在も聖母マリアの姿をした墓がいくつも置かれている。五島列島ではかくれキリシタンの組織は大半が既に解散してしまい、信仰の道具の一部が福江島の堂崎天主堂キリシタン資料館に収蔵されているが、いまも福江島や奈留島、および中通島（旧南松浦郡若松町）にわずかに組織が残っていて信仰が受け継がれている。
平戸島では、かくれキリシタンの集落単位の信仰組織はすべて解散・消滅してしまったが、地元の殉教者・殉教地はいまも大切に崇められていて、カトリック教会と合同で慰霊祭が継続して行われている地区もある。また、代々信仰の対象となってきた聖画・聖具などの一部が平戸市切支丹資料館に収蔵されているほか、いまも各家庭で聖画等を保管して個人的に信仰を受け継ぐ信者もいる。
そして生月島では、現在最も多くかくれキリシタンの組織が残っており、独自の信仰行事がいまも伝承されている。平戸市生月町博物館「島の館」には、生月島のかくれキリシタンが信仰の対象としてきた「納戸神」の一部が展示されているほか、かくれキリシタンの人たちによるオラショがCDに収録されて出版もされている。
教義の変容
一部の隠れキリシタンの神話では、アダムとイヴが禁断の果実を食べた後神に赦しを請うと神はこれを聞き届けてしまう、というものがある。旧約聖書の義の神とは明らかに異質なものとなり、西方キリスト教（ラテン教会）の中核ともいうべき原罪の観念が消滅している。
バチカンの対応
2014年1月15日の一般謁見演説でフランシスコ教皇は、「日本のキリスト教共同体は17世紀の初めに聖職者は追放され一人の司祭も残らず、共同体は非合法状態へと退き、密かに信仰と祈りを守りました。約250年後に宣教師が日本に戻り、数万人のキリスト信者が公の場に出て、教会は再び栄えることができました。このことは偉大です。日本のキリスト教共同体は、隠れていたにもかかわらず、強い共同体的精神を保ちました。彼らは孤立し、隠れていましたが、つねに神の民の一員でした。わたしたちはこの歴史から多くのことを学ぶことができるのです」と公式コメントを声明、これをうけバチカンのローマ教皇庁は隠れキリシタンを「古いキリスト教徒であり、キリスト教徒とみなさない理由はない」とし（朝日新聞2014年3月26日）、信教の自由・文化的自由を認め、キリスト教の裾野の広さ、寛容さや多様性を示そうとした。
英語表記
隠れキリシタン（潜伏キリシタン・かくれキリシタンいずれも）の一般的な英訳は「Hidden Christians」になる。これは明治期の来日宣教師が本国やバチカンへ送った書簡に見られるもので、長崎の教会群とキリスト教関連遺産として世界遺産を目指す活動の中でユネスコ世界遺産センターへ提出した推薦書や関係史跡での英語解説にも用いられている。「hide」には「隠れる・潜伏する」「秘めた」「人知れず」といった意味があり、自らの意思による積極性と、追い詰められやむなくの消極的な意味合い双方に解釈でき、微妙なニュアンスが伝わりにくいともされる。