日本会議
設立の経緯
1997年5月30日に日本を守る会と日本を守る国民会議を統合して設立された。
日本を守る会は1974年4月に、円覚寺貫主・朝比奈宗源が神道・仏教系の新宗教に呼びかけて結成、政治課題に対して様々な保守的な政治運動を行っていた。
日本を守る国民会議は1981年10月に設立。最高裁判所長官を務めた石田和外らの呼びかけによって財界人・学者中心で、元号法制定を目的に1978年7月に結成された「元号法制化実現国民会議」をもとに、これを改組してつくられた。
憲法改正
日本会議は新憲法の制定をめざしており、特に「軍事力増強」「緊急事態条項」「家族保護条項」の条文化を重視している。日本会議広報部長の村主真人は、「政府に夫婦別姓を導入する動きがない今は、家族を憲法にどう位置づけるかが課題だ」と述べている。活動の一環として、憲法改正を要求する大規模集会などを開いている。2015年10月10日に日本会議が主導して開いた憲法改正を求める集会では、衛藤晟一、下村博文らが出席した他、安倍晋三のビデオメッセージが流された。また、日本会議広島は、毎年8月6日に「ヒロシマの平和を疑う」「『ヒロシマ』の平和は本当か」などのタイトルで毎年講演会を開き、憲法9条などの改正を求める活動を行っている。また、2016年3月の総会では、新憲法で、緊急事態条項の条文化を進める方針を確認し、さらに主要な改正テーマとして、前文、安全保障、家族、改正手続き、地方自治などを記載した。
2015年4月頃からは、各地の神社において憲法改正を求める署名活動なども行っている。毎日新聞は、神社における署名活動に関しては、「神社の職務は、参拝者に気持ちよくお参りをしていただく環境を整えること。不快感を抱く人もいる改憲運動を持ち込むのは、神職の職務放棄、神社の私物化」などの、独立神社（神社本庁傘下ではない神社）関係者からの批判を報じている。
2017年5月3日、日本会議が主催する憲法議論集会において、安倍は、憲法改正の決意を語るビデオメッセージを寄せた。
男女共同参画・選択的夫婦別姓
朝日新聞は、日本会議が男女共同参画に反対している団体であり、選択的夫婦別姓などの政策には「家族の一体感が損なわれる」などとして強く反発し、政府が法案を国会に提出しようとするたびに大規模な反対運動を繰り広げてきた、と報道している。また、毎日新聞も、「選択的夫婦別姓に反対するなど、復古的な家族観を持つ政治団体」（水無田気流、雨宮処凛との座談会での岡田憲治・専修大学法学部教授の発言）であるとの識者の意見を報じている。
朝日新聞によると日本会議は、親学を男女共同参画の「対案」と位置づけている。
フェミニズムの研究者である山口智美は、「日本会議は夫婦別姓や男女共同参画を『性差を否定する』『日本の伝統を破壊する』と激しく非難してきた」とし、家族関係における個人の尊厳と両性の本質的平等を定めた憲法第24条を改正することは、日本会議の「運動の核心部分だ」と述べている。
政教分離
塚田穂高は、日本会議は愛媛県靖国神社玉串訴訟にみられる厳格な政教分離判断には反対しており、社交儀礼・国民的な習俗の範囲内と判断すべきとする立場であるとしている。また、元会長で裁判官の三好達は、最高裁が政教分離関係訴訟で初めての違憲判決を下した愛媛玉串料訴訟で裁判長をつとめており、違憲判断へ反対を表明した2人の裁判官のうちの1人であることも指摘している。
その他の運動
女系天皇や外国人参政権に反対する大規模な集会を開いたことが報道されている。
報道等に対する日本会議側の反論
日本会議会長の田久保忠衞は「右派」「ナショナリスト」などの報道について、「当初、ニューヨーク・タイムズやエコノミスト等をはじめとして、首相の安倍晋三を「ナショナリスト」と繰り返して叩いていたが実態はそうではないことが知れるにつれ、安倍を叩くことが不可能となり、新たな批判対象として『日本会議』が登場した」と反論している。とくに2016年の参院選直前には日本会議を叩く出版が相次いだとし、「安倍政権による参議院3分の2の獲得や憲法改正阻止が最大の狙いであった」と主張した。
扶桑社発刊書の出版差し止め
菅野完の著書『日本会議の研究』について、日本会議は2016年4月28日、「日本会議について裏付けの取れない証言を並べ、活動を貶める目的で編集されており、団体・個人の名誉を傷つける。」として、事務総長椛島有三の名で出版元の扶桑社に対し、出版停止を要求する申し入れをおこなった。とくに、「日本会議が、宗教的背景を持つ特定の人物」に関連づけられた結論については、「全く事実に反している」と主張している。また、上記申し入れ書とは別に、『日本会議の研究』に記載がある人物の代理人より出版差し止めを請求する法的文書も送付されていることを、BuzzFeed Newsの取材に対し複数の関係者が認めているという。
事務局の調査によると、『日本会議の研究』には、団体・個人について「虚実、装飾、誹謗中傷、事実誤認、印象操作、著作権侵害、肖像権侵害、プライバシー侵害など」が150か所以上存在するとされる。本文中で引用している魚住昭『証言 村上正邦』にも事実ではない記述が書かれているとしている。こうした日本会議側の主張に対し、菅野は「彼（=田久保忠衛）が正面から否定しているのは外電の記事を始め、私の仕事ではないものばかりで、私の著書については否定できていない。」「田久保氏の主張では『日本会議の研究』を日本会議の事務局が調べたら『虚実、装飾、誹謗中傷など150カ所以上』の問題箇所があったとのことですが、それは当然でしょう。当事者が読んで問題箇所がないものなんて書くはずがない。」「結局、私の本が自分たちを貶める目的で書かれたと言いたいだけの、主観的な印象論に過ぎません。」などと反論している。
同書で言及された男性により出版差し止めの仮処分の申請がされ、2017年1月6日、東京地裁（関述之裁判長）は、男性が「真実ではない」とした記述のうち1か所について、「菅野氏の説明以外に客観的な資料がなく、男性に取材していないことを菅野氏が認めたこと」、「真実でないと言わざるを得ない」として、男性に対する名誉権の侵害を認めて出版差し止めの仮処分を決定した。発行元の扶桑社に対しては、当該部分を削除しない限り販売を禁止するとした。扶桑社は遺憾の意を表明したが、同月11日に当該部分2行分を抹消した修正版を「当面の措置」として販売すると発表している。3月31日、仮処分取り消し。
イギリス・エコノミストへの反論
イギリスのエコノミストに2015年6月に掲載された記事について、取材を受けた櫻井よしこの主張が紙面でとりあげられていないことから、「初めから日本会議を叩くのが目的で、櫻井さんから何か裏付け材料になるものを得ようという魂胆だったのだろう」と田久保忠衞は主張している。また、エコノミストが「憲法九条の第一項の廃止しようとしている」と報道したことについては、改憲論者であるとしても「第九条の二項を変えようという者はいるが、一項を変えようという者はいない」とし、「呆れた報道である」と反論している。
日本会議広島の主張
日本会議広島は、朝日新聞や週刊誌フライデーが批判記事を書いたことで組織の知名度が上昇し、新たな入会者も出ていると主張している。
鳥越俊太郎への抗議と反論
ジャーナリストの鳥越俊太郎が「放送法遵守を求める視聴者の会」が讀賣新聞と産経新聞に意見広告を出したことに関して「日本会議という右翼的な団体があって、そこからお金が出て、産経と読売に意見広告が出ている、ということがある程度分かってきている」などと記者会見（2016.2）で述べたが、日本会議はこれを事実無根とし、「本会として『視聴者の会』意見広告への資金提供を行うことや、または『視聴者の会』活動に賛同することを機関決定した事実は存在しない」、「これは明らかな虚偽及び事実無根の内容であり、 日本会議が意見広告に資金提供しているとの誤った認識を国民に与えるもので、到底看過しえない」、「もとより、国民には様々な手段や方法を通じて、自らの信条を表明する権利や、思想信条を共有するものとグループを結成する権利が保障されており、意見広告とてその例外ではない」、「よって本会は、鳥越氏の発言に断固抗議し、発言の撤回と謝罪を求める」と撤回と謝罪を要求する抗議声明を発表している。
籠池泰典との関係を指摘する報道への反論
森友学園問題に関連して森友学園元理事長の籠池泰典と日本会議との関係を指摘する報道に対して、日本会議は公式サイト上に日本会議事務総局名で2018年3月13日付の「籠池氏は過去に日本会議の会員であったものの2011年に退会しており、籠池氏が用いていた「日本会議大阪代表・運営委員」との名刺は虚偽の役職を記載したものである」という趣旨の文書を掲載している。
組織
組織は都道府県を9区域にまとめ、県毎に県本部を置き、さらにその下に支部が置かれている。各都道府県本部には、専従で勤務する活動家が配置されている。月刊機関誌「日本の息吹」を「国民会議」から引継いで発行している。会員種類は、支援会員（月刊誌購読のみ）、正会員（年会費1万円）、維持会員（年会費3万円）、篤志会員（年会費10万円）、議員会員（年会費1万円）、女性会員（年会費5000円）などからなる。
国外組織
2000年11月に国外における初の支部として「ブラジル日本会議」を設立した。
ブラジル日本会議理事長の小森広は、日本の農業について、TPPにより「日本の農業は面積が小さく人件費が高いために、海外の安い農産物が入ってくれば壊滅する」という風評は単なる先入観であるとし、「日本の農業は決してひ弱なものではない」と主張している。ただし、抜本的な農業改革は必要であるとして、「土地制度の見直し、農業人口の定年制導入、農用の土地の税制の見直し、農家の担い手の若返り策、農業の多角化と周年栽培の組み合わせ」を提言している。
組織の分析
朝日新聞は、日本会議の事務局の中枢は、生長の家の出身者が担っていると報道している。また、朝日新聞では、友好団体・提携団体として、美しい日本の憲法をつくる国民の会（主宰は櫻井よしこ他）、皇室の伝統を守る国民の会、「21世紀の日本と憲法」有識者懇談会（民間憲法臨調）、「日本の教育改革」有識者懇談会（民間教育臨調）、みんなで靖国神社に参拝する国民の会を挙げている。また、日本会議を支える主な人々として、事務総長の椛島有三のほか、政策委員の伊藤哲夫、高橋史朗、百地章を図解入りで示した。
中島岳志は、日本会議の特色として、「役員に多様な宗教団体関係者が名を連ねていること」をあげ、特徴としては、「信仰上の統一性」が存在しない団体が共存していることとしている。
塚田穂高は、2016年の時点で、日本会議の顧問5名がのうち4名が宗教関係者（うち3人が神道関係者）であり、代表委員41名のうち17名が宗教団体・修養団体関係者、とくに、神社本庁関係者も参画しているということや、神社本庁、解脱会、国柱会、霊友会、崇教真光、モラロジー研究所、倫理研究所、キリストの幕屋、仏所護念会、念法真教、新生佛教教団、オイスカ・インターナショナル、三五教等、宗教団体や宗教系財団法人等が「守る会」以来の繋がりで参加しているとしている。また、日本会議の理念と神社本庁ならびに神道政治連盟の理念に、明確な違いがほとんど見られないと述べている。
神奈川新聞取材班は、美しい日本の憲法をつくる国民の会は、日本会議前会長・名誉会長の三好達が共同代表を務め、「憲法改正を実現する1000万人ネットワーク」と銘打ち、署名活動を行っている、と述べている。
日本会議地方議員連盟
日本会議地方議員連盟は2007年10月に、超党派の地方議員によって設立された。
東京新聞は、「2012年に日本会議地方議員連盟所属の議員が全体定員の40%を越える県議会が国に15に及ぶ。朝鮮人強制徴用犠牲者追悼碑撤去請願を採択した群馬県議会もそのうちのひとつ」と報じた。
俵義文（「子どもと教科書全国ネット21」事務局長）は、日本会議地方議員連盟などの地域活動は、2004年に発足し2006年には地方組織が5000を超えた九条の会への対抗の意味がある、としている。