特別快速
概要
快速電車（電車線・列車線の項目を参照）の上位に位置する速達列車として登場したもので、JRの前身である日本国有鉄道（国鉄）が、京王帝都電鉄（現・京王電鉄）京王線の特急（特別料金不要）に対抗して1967年7月より中央線で運転を開始した特別快速（現在の中央特快・青梅特快）がその発端である。同様の例として、1969年に仙台鉄道管理局が石巻駅 - 仙台駅間を60分を切ることと、仙台市内の百貨店10時開店を意識したダイヤで特別快速を仙石線に設定した他、1970年に大阪鉄道管理局が京阪神急行電鉄（現・阪急電鉄）・京阪電気鉄道・阪神電気鉄道に対抗して新快速を設定している。
その後、長らく定期列車としては数線区での運転にとどまったが、臨時列車にもまれに使用され、JR化後は、フリークェンシーサービス向上のため急行列車の格下げなどで指定席・グリーン車の連結がある快速列車などに充てる種別として使用される例も出た。2004年から湘南新宿ラインに、2005年から常磐線に、それぞれ従来の快速列車の上位種別として設定された。
また、1999年には東海旅客鉄道（JR東海）の東海道線名古屋地区に設定された。この区間では国鉄時代から引き継いだ新快速と並存している。また北海道旅客鉄道（JR北海道）では、急行列車の格下げ・廃止の補完列車として設定されている例がある。
英語表記はJR東日本では"Special Rapid Service"と表記し、JR東海では"Special Rapid Train"と表記している。なお西日本旅客鉄道（JR西日本）の新快速も"Special Rapid Service"の英語表記を使用している（JR東海では新快速は"New Rapid Train"と表記）。米原駅にはJR東海・JR西日本両社の新快速が乗り入れるが、当駅がJR西日本管轄のため構内のLED式発車標では同社の表記に合わせる形になっており、岐阜方面行きの特別快速・新快速については区別なく "S.Rapid" と表記される。その為に外国人から誤認による乗車を避ける為にJR西日本管内において昼間時間帯におけるJR東海の特別快速ならびに新快速の乗り入れは行っていない。
なお、JR旅客会社の中で四国旅客鉄道（JR四国）は特別快速が設定された実績がない。
中央特快・青梅特快
中央特快は、平日（通勤ラッシュ時を除く）および土休日に、主に東京駅 - 高尾駅間を運行している。一部は大月駅発着・富士急行線河口湖駅発着で運行されている。
設定当時は、中野駅 - 立川駅間の快速運転を行うために設定され、昼間時のみの運行であった。運行時間帯を拡大したのは1986年のことである。
本数は、新宿駅基準で上下ともに、早朝に2本、朝は毎時1～4本（土休日のみ）、日中は毎時4本、夕方～深夜は毎時1～4本である。平日夕方の下り方向では運行されず、後述する通勤快速が代わりとなる。とくに日中は、青梅特快と合算すると、平日毎時5本、休日毎時6本となる。
かつて、平日深夜には、下り列車に新宿駅を始発とする列車があった。この列車は、中野駅を通過し、三鷹駅まで無停車で運行された。これは中央本線の長距離普通列車が新宿駅まで乗り入れていた時代に新宿の次の停車駅が三鷹であった名残りであった。こちらの設定は1986年から2017年までで、当初は夕方ラッシュ時にも運転されていた。
青梅特快は、中央線東京駅 - 青梅線青梅駅間を中心に運行している。それに加え、五日市線武蔵五日市駅始発・八高線高麗川駅始発で、拝島駅で両者を連結し、青梅線経由で乗り入れる列車が土休日朝に1本存在する。青梅線・五日市線・八高線内は各駅に停車する。ほとんどは日中の時間帯に運転されている。
人身事故等により青梅線・中央線間の直通運転が中止された場合、東京 - 立川間での折り返し運転となる。その他、「青梅特快 豊田行」として運行されるケースもある（停車駅は立川までの青梅特快停車駅と日野駅・豊田駅）。
また、新宿駅を始発として土休日に運転されているホリデー快速「おくたま号」・「あきがわ号」も、「特別快速」と案内されている。停車駅が異なる青梅特快の運行開始ののち、これとの誤乗を防ぐため、「ホリデー快速」の呼称が付与されている。なお、2001年12月1日に毎土休日運行の定期列車に昇格している。列車項目を参照のこと。
中央特快・青梅特快いずれも三鷹駅・国分寺駅で快速・各駅停車と連絡するほか、一部は立川で連絡するものもある。立川駅での連絡は、主に中央特快と青梅線方面快速、あるいは青梅特快と中央線方面快速との間で行われるが、土休日には豊田駅・八王子駅始発の快速を中央特快が追い抜くものも存在する（立川駅12時27分発中央特快と12時30分発快速など）。
通勤快速
平日夕方ラッシュ時下り方向に運行される。中央特快・青梅特快の停車駅に荻窪駅と吉祥寺駅を加えたもの。「特快」という名称こそ使用していないものの、中央線快速系統の通勤快速は中央特快・青梅特快・通勤特快同様に快速に対する速達列車として機能している。なお、中央線・青梅線系統どちらも名称は通勤快速に統一されている。
本数は東京駅基準で毎時4本運転されている。
行先は高尾行き、大月行き、青梅行き、河口湖行き、高麗川・武蔵五日市行きがある。
通勤特別快速
平日朝の通勤ラッシュ時間帯の上りのみ運行している。運行区間は、大月駅、高尾駅、青梅駅のいずれかから東京駅までである。中央線車両の種別表記や駅構内での案内は「通勤特快」で統一されているが、JR東日本公式サイトの時刻表ページでは「通勤特別快速」と表記されている。
主に多摩地域西部の通勤客を対象としている。上の特別快速との差違は、高尾駅 - 新宿駅間の停車駅である。この区間では八王子駅、立川駅、国分寺駅にのみ停車し、国分寺駅 - 新宿駅間は無停車としている。しかし、朝の過密ダイヤのため、所要時間は日中の特快より長い。運行本数は、中央線大月発2本・高尾発1本、青梅線青梅発2本の合計5本である。
朝ラッシュ時には基本的にこの電車と快速電車が運行していたが、1990年代より「おはようライナー高尾」「ホームライナー高尾」「ホームライナー青梅」（「中央ライナー」「青梅ライナー」を経て現在は特急「はちおうじ」「おうめ」）も運行している。
概要
2004年10月16日より湘南新宿ラインを介して高崎線高崎駅 - 東海道線小田原駅間を運行している。E231系またはE233系（E231系とE233系の併結運転もあり）での運転である。これは2001年の湘南新宿ライン運行開始時より高崎線発着列車は横須賀線区間で西大井・新川崎・保土ヶ谷・東戸塚を通過（横須賀線内を快速運転）する快速列車として運行されており、特別快速は「快速」が各駅に停車する東海道線・高崎線内でも通過運転を行う、高崎線（・横須賀線）内を快速運転して東海道線内は各駅に停車していた快速列車の廃止と同時に新規設定されたことの2点の事情からこれら2種類の列車の上位種別として、特別快速と称されることとなった（特別快速は上記に加えて恵比寿駅も通過する）。よって、横須賀線内の各駅に停車する宇都宮線（東北線） - 横須賀線系統の湘南新宿ラインには特別快速が設定されていない。最高速度は120km/h。運転開始前後、巨大な屋外看板や電車内のドアに貼付した広告等で新宿-横浜間最速27分運転をアピールしていた。
高崎線側は従来より上野駅・池袋駅 - 籠原駅・高崎駅・前橋駅間で運行されていた快速列車「アーバン」のうち、日中の列車を全て置き換える形で運行されている。一方、東海道線側では、従来より東京駅 - 小田原駅・熱海駅で運行されている快速列車「アクティー」とは別に増発の形で運行されている。なお、新宿駅 - 小田原駅の所要時分は74 - 78分で、小田急ロマンスカーとほぼ同等の所要時分である。
運転区間は、定期列車は東海道線方が1番列車の平塚駅始発を除いて、すべて小田原駅 ⇔ 高崎駅である。
高崎行（高崎線直通）は、高崎線内では鴻巣駅で、東海道線内では、大船駅ないし平塚駅で、普通列車に接続する（一部接続しない列車もあり）。一方、小田原行（東海道線直通）は、高崎線内では桶川駅で、東海道線内では平塚駅で、普通列車に接続する（一部接続しない列車もあり）。
また、2007年3月18日のダイヤ改正以降、土曜・日曜を中心とした多客期には1往復/日が熱海駅まで延長運転していた。この延長運転は2009年3月14日のダイヤ改正以降2往復/日となった。停車駅は2004年10月15日以前の一部の快速「アクティー」と同じである。現在の快速「アクティー」は小田原以西において各駅に停車するため、小田原以西は特別快速の方が快速「アクティー」よりも上位種別となる。
詳しくは、湘南新宿ライン・高崎線・東海道線の項も参考のこと。
概要
2015年3月14日から東京駅 - 館山駅間で運転を開始した。1日1往復のみで、朝は東京始発の館山行きで、夕方は館山始発東京行きが運行された。なお、横須賀線との直通運転は行わなかった。使用されていた車両はE217系電車であった。東京駅 - 木更津駅間は基本11両 + 付属4両の15両編成で運転したが、青堀駅 - 館山駅間のホームが15両編成に対応していないため、木更津駅で館山寄り基本11両を切り離し、木更津駅 - 館山駅間は付属の4両編成のみで運転を行った。
なお、グリーン車の営業も行っており、基本11両編成の4号車と5号車がグリーン車であるが、前述の通り基本11両編成は木更津駅で増結・切り離しを行ったため、木更津駅 - 館山駅間ではグリーン車の営業は行わなかった。
木更津駅では増結・切り離しを行うため、木更津駅で下りは8分、上りは9分停車していた。
下りは船橋駅で市川駅で追い越した快速千葉行きに2分で連絡し、終点の館山駅で始発の普通安房鴨川行きに3分で連絡していた。
上りは木更津駅で普通千葉行きに4分で連絡し、千葉駅で成田空港駅始発快速久里浜行きに3分で連絡（津田沼・船橋・錦糸町の各駅で乗り換えても同じ列車）、さらに東京駅で成田エクスプレス号大船行きに4分で、東京駅始発横須賀線普通逗子行きに6分で連絡していた。
2017年3月4日のダイヤ改正をもって登場からわずか2年で廃止された。
停車駅
東京駅 - 錦糸町駅 - 船橋駅 - 津田沼駅 - 千葉駅 - 蘇我駅 - 五井駅 - 木更津駅 - 君津駅 - 佐貫町駅 - 浜金谷駅 - 保田駅 - 岩井駅 - 富浦駅 - 館山駅
概要
2015年5月30日から仙台駅 - 石巻駅間で運転開始。1日1往復のみ運行される。
高城町駅 - 石巻駅間では2003年10月まで特別快速（あおば通駅 - 石巻駅間。うみかぜ号）が設定されていたため、当該区間の特別快速としては約12年ぶりの復活となった。
停車駅
仙台駅 - 塩釜駅 - 高城町駅 - 矢本駅 - 石巻駅
概要
JR東海の浜松駅 - 米原駅間を運行している。1999年12月4日のダイヤ改正時より設定されており、ラッシュ時に運行されるため通勤速達列車としての側面が強い。
運行形態
朝の速達列車のほとんどが特別快速である。また、夕方と昼間閑散時間帯以外では2本/時間が特別快速となっており、新快速(2本/時間)とともに速達運用をしている。
指宿枕崎線「なのはなDX」
指宿枕崎線で運行される「なのはなDX」は2004年3月13日から2011年3月11日まで運行されていた列車で、座席指定席車両を連結することから、同じ区間を運行する快速列車「なのはな」との差別化を図るため、特別快速と称していた。指宿枕崎線・指宿のたまて箱も参照。 
2011年3月12日のダイヤ改正で特急「指宿のたまて箱」に置き換えられる形で廃止された。
世界各国
中華人民共和国の鉄道においては優等列車として快速列車が運行されており、上位種別として「特快列車」が存在するが、追加料金が必要とする優等列車として運行されており、日本のJRの特急列車に近い列車である。また、中華民国の台湾鉄路管理局においても、対号特快などの日本における特急としての特快列車が存在したが、1990年代以降においては自強号に統一されている。
バスにおける事例
路線バスにおいては、西鉄バスの福岡、北九州市内の一部路線に特別快速が存在する。詳細は西鉄バスの各営業所の項目を参照。