在日本大韓民国民団
創設期
第二次世界大戦終戦直後の1945年に東京で設立された在日本朝鮮人連盟より、共産主義者からの脱却・自立を図り、1946年10月3日に在日本朝鮮居留民団（ざいにほんちょうせんきょりゅうみんだん / 재일본조선거류민단）として分離・発足した。1948年9月には韓国政府から在日同胞の公認団体として認定されている。
初代団長は大正天皇と皇太子を襲撃する計画があったと裁判で吹聴して大逆罪で有罪となった朴烈で、初代副団長は有吉明公使暗殺事件の実行犯の1人であった李康勲、初代事務総長は同じく同事件の実行犯の1人の元心昌で、3名は共に終戦まで服役していたという経歴の者であった。
設立の経緯から朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）系の在日本朝鮮人総連合会（総連・朝鮮総連）とは互いに反目する関係と言われているが、朝鮮総連と共同事業を行うこともあり、2006年5月には一時的に「歴史的和解」の共同声明を公に発表することもあった（ただし、共同声明は1ヶ月余りで白紙撤回された）。
民族主義者であった本国の李承晩大統領は、建国後も帰国せず日本に居留している在日韓国人を快く思わず、1948年10月の訪日の際も、歓迎のために日本全国から日比谷野外音楽堂に集まった朴烈団長を始めとする3000人の在日韓国人とは「暗殺の恐れがある」として会見しなかった。朝鮮戦争時には韓国側に644名の「義勇兵」を送っている。義勇兵は韓国で工作員としての訓練を受けて日本に密入国して新潟日赤センター爆破未遂事件を起こしている。
その後、民団は在外国民登録や旅券発給などの業務を委託され、韓国の公認団体となったが、同時に韓国政府からの干渉も受けるようになった。
軍政時代
1961年の5・16軍事クーデターと同日に民団中央団長選挙が行われ、権逸が当選した。権逸団長は、「反権（反権逸）は反朴（反朴正煕）だ。そして反朴は反国家だ」として、軍事政権をいち早く支持した。また、日韓基本条約の締結にも賛成した（後に権逸は、朴大統領の顧問として韓国の国会議員となる）。
その後、在日社会でも、軍政に反対する気運が高まり、1971年の団長選挙では、民主派のユ・ソクチュンと本国が支持する李禧元の一騎討ちとなった。当初、ユ・ソクチュンが優勢であったが、韓国中央情報部（KCIA）出身の金在権駐日公使が介入し、李禧元が勝利を収めた。選挙後に粛清が行われ、ユ候補の支持者は民団から除名された。
1973年、除名された活動家は民主化勢力から成る韓民統（後の韓統連）を結成し、当時日本で活動していた金大中を議長に推戴することが予定されたが、結成1週間前の8月8日に金大中事件が発生した。
粛軍クーデター後も、民団は軍政政権を支持した。
民主化時代
本国の民主化後、金大中大統領は、過去の経緯に拘らず、民団を在日韓国人社会の代表として受け入れたが、よりラジカルな盧武鉉大統領はそうではなかった。2003年6月の訪日時、盧武鉉は、筑紫哲也司会のTBSテレビの特別番組に出演し、「在日として日本の地域社会に貢献していきたい」と述べた在日の高校生に対し「現地の文化や体制に適応してその社会に寄与することは非常に重要なこと」と述べた。また、同年、民団と敵対してきた元韓民統の活動家に対して本国との自由な往来を許可した。
1997年のアジア通貨危機時には本国を支援せず、逆に援助金を要請したり、2000年ごろには民団で6億5000万円の手形詐欺事件が起こったが、徹底的な解明は行われなかったなどと批判されている。また、2006年8月の韓国政府による監査で明らかになった政府補助金をめぐる虚偽報告問題に際しても、民団の問題点として組織運営の閉鎖性、本国への依存深化、過度な政治志向、葛藤の調整力の乏しさ、文化的貧困などが指摘されており、ニューカマー在日韓国人に対する閉鎖性が在日本韓国人連合会設立の要因の一つになっている。韓国の在外選挙権獲得運動においては、欧米の在外韓国人の一部から、日本での外国人参政権獲得運動に比べ本国参政権獲得議論に消極的な在日社会を指して「在日韓国人はどうしてアクションを起こさないのか。民団の消極的姿勢は、参政権付与反対と言っているに等しい」と非難する声も見られた。
現在
1994年4月　在日本大韓民国居留民団の名称から「居留」の２文字を外し特別永住者と永住許可を利用し韓国国籍のまま日本で永遠に生活する事を目的として正式名称を在日本大韓民国民団に変更した。
2003年6月に脱北者支援民団センターを設立し、一時金支給や住居、就職支援を開始した。
しかし、朝鮮総連傘下の朝鮮学校教員であった河丙鈺が2006年に民団の団長に選出され、5.17事態(脱北者支援民団センター廃止、朝鮮総連シンパの韓国墓参中止を条件に民団と朝鮮総連の友好共同宣言を5月17日に急遽発表した事件)を中心とする不祥事で数ヵ月で辞任に追い込まれた。この事で朝鮮戦争や在日朝鮮人の帰還事業時のように在日同士による暴力をともなう抗争は行われていない。
2009年2月、在日外国人管理の精度を高めた外国人在留管理制度法案が審議されると、在日韓国人への配慮を欠くものとなっているとして、呂健二副団長をはじめとする代表団を公明党法務部会に派遣して、抗議を行った。
2009年6月13日、民団傘下の「在日本大韓民国青年会」は日の丸を人糞に模した旗や、日の丸にハーケンクロイツを描いた旗、反日上等などと記されたプラカード等を掲げ、京都を練り歩いた外国人排斥を許さない6・13緊急行動に、正式に賛同した。これに参加した青年会員もいる。
2009年8月30日投票の衆議院選挙を外国人参政権付与に向けての天王山と位置付けており、民団に外国人参政権付与を約束している民主党候補者を全力で支援した。これと同時にパチンコ産業の保護を民主党に陳情した（詳細は後述）。
2012年2月、団長選挙が行われ、呉公太副団長が当選した。併せて、議長には金漢翊元大阪府本部団長、監察委員長には韓在銀副団長が選ばれた。
本部や各支部ではハングル講座を開講しているが、日本における韓流ブームの結果、受講希望者が増えたこともある。なお、この講座は在日韓国・朝鮮人でなくても受講できる。
韓国政府より資金援助を受けているが、日本で活動している民団の資金運営を、韓国政府が完全に把握するのは難しく、民団関係者が組織の資金を私有化することも可能であるとの指摘がある。運営の透明性確保のため、韓国政府は民団に対して、日本の法人に登録するように要求している。
加入資格
韓国国籍者のみとする国籍条項は撤廃し朝鮮半島にルーツを持つ人であれば歓迎するようになったため、日本国籍者や中国から来た朝鮮族も参加している。
民団施設・土地への税減免・免除について
長らく日本各地の民団の施設・土地に対しては税減免・免除措置が取られていた。しかし、2006年に日本政府が朝鮮総連への課税厳格化の方針を示したことや、2010年に千葉地方裁判所が、行動する保守の「千風の会」代表が起こした行政訴訟を受けて、「公益性はなく要件を満たしていない」ことを理由に民団千葉本部会館へ100万円の課税を認める判決を下したことにより、各地方自治体が民団の地方本部と支部の施設・土地に課税する動きが相次いでいる。民団中央本部が2012年度に行った固定資産税に関する調査によると、全国48地方本部のうち、9地方本部が全額免除され、12地方本部が一部免除されていたが、2012年に1地方本部、2013年10月までに3地方本部が新たに減免対象から除外された。
この地方自治体の課税強化の動きに対して、民団関係者は、地方支部の税減免を継続して受けるために、中央本部が指導マニュアルを作ったり国レベルで行政と交渉する必要性を訴えている。
日本国内の固定資産税について定める地方税法において、特定の組織・団体についての税免除・税減免についての記述は一切ない。
主な活動
地方外国人参政権獲得運動、ニューカマー韓国人の永住資格獲得の支援、外国人登録令/法への反対運動、日本人との法的・経済的格差の撤廃運動、韓国側の歴史認識に基づいた日韓歴史・文化交流、対日・対外広報宣伝等を主な活動としている。
日本の歴史教育への意見
日本の歴史教育にも意見を述べており、『多民族・多文化共生と民族教育の推進に関する要望書』を通して、韓国の歴史学の立場を尊重した歴史教育を日本にするように求めている。一例として「大阪市内各地の遺跡（百済系渡来人の行基上人や朝鮮通信使の宿泊地であった寺跡）を回ってみても、案内板に百済、新羅、高句麗とのつながりを示す文字が見あたらない。国際理解・異文化理解の立場から朝鮮語を併記したによる説明看板の設置や案内パンフレットを作成するように求めた民団大阪の『多民族・多文化共生と民族教育の推進に関する10年度要望書』がある。
「新しい歴史教科書」採択反対運動
日本国の中等学校の歴史教科書に近隣諸国条項に反するものを採択してはならないとなどとして行政機関への抗議活動を行っている。
新しい歴史教科書をつくる会の教科書の採択については「韓日関係の熱気を凍らせるもの」などとして反対しており、杉並区での採択が報じられると、当時の杉並区長・山田宏に対し全国の民団支部が抗議の手紙やファクスを大量に送付した。杉並区議会での採択の際には、全国各地から集結した民団員が区議会の傍聴席から、「そんな教科書を許していいのか」「恥を知れ」「引っ込め」などの罵声を浴びせ、区長室前にも多数で押し掛け「区長を出せ」などのシュプレヒコールを行った。この件に関して山田は「常軌を逸した抗議活動。こんな事態は経験したことがない」と述べている。2010年8月には新しい歴史教科書をつくる会の教科書の採択している栃木県大田原市に対して「望ましい歴史教科書の採択を求める要望書」を提出している。（この時、併せて無年金定住韓国人への救済措置も訴えている。）
地方本部
都道府県に一つずつ地方本部がある。