東トルキスタン独立運動
1980年代
文化大革命における様々な弾圧を経て、東トルキスタンでは反漢感情が高まった。1981年10月には「反キタイ(反漢)」「イスラーム共和国万歳」というスローガンが出た。
1982年4月、事態を重く見た中国政府は新疆における宗教問題と民族主義の問題を集中的に議論し、民族政策の転換を図った。1980年代には、言論統制が緩和され、中国政府により、文革中に破壊されたモスクの修復や、アラビア文字を使ったウイグル語正書法の策定などの民族文化の振興が行われた。また、イスラームに対する禁圧も解除され、文革中に迫害された宗教指導者が復権した。こうした状況を受け、ウイグル人住民の中からも、民族文化の振興だけでなく、民族自治の拡大や、中華人民共和国からの独立を主張する動きが現れた。
1980年代には、新疆省での紛争は漢族の大量入植や、中国政府による核実験への抗議を行った1985年の12・12事件、1988年の6・15事件、北京での民主化デモが波及したものとされる1989年の5・19事件などが、頻発した。
天安門事件が起きる直前の1989年5月には、ウルムチ市内でウイグル人、回族の数千人のデモ隊が政府庁舎に乱入する事件が発生した。きっかけはイスラームを侮辱する内容の書物『性風俗』が上海で発行されたことだった(『性風俗』発行問題)。
作家トルグン・アルマス逮捕
1991年のソ連邦の崩壊による中央アジア諸国の独立は、ウイグル人の政治的な独立を求める機運を高めた。それにともない、危機感を強めた中国政府による知識人や民族エリートに対する引き締めが強化された。
1991年にはウイグル人作家トルグン・アルマスの著作『ウイグル人』が、「大ウイグル主義的」「民族分裂主義的」であると公的に批判され、著作が発禁処分となったほか、著者も軟禁状態に置かれた。
同1991年には、北新疆や南新疆の各都市で反政府デモが発生し、武力衝突にいたった。
1993年には、反政府とみられる爆破事件が発生している。
ワッハーブ派による抗議
1995年7月には南疆ホータン市で、イスラーム原理主義（復興主義）の立場にあるワッハーブ派が、イスラーム共和国樹立を訴えた。当局はこのモスク管理者を解任したが、これに際して「中国共産党は宗教に干渉するな」と抗議デモを行い、警察に鎮圧されている。
アルンハン・ハジ暗殺未遂事件
1996年2月から5月にかけて、アクス、カシュガル、クチャで反体制勢力によるテロ事件や爆破事件が発生し、死者も出ている。同年4月にはカシュガルやクチャで紛争が発生し、またカシュガル最大のモスクであるマイティガル寺院の最高責任者アルンハン・ハジ暗殺未遂事件が起こっている。ハジは中国政府寄りの人物で、一部で銃撃戦となり、9名が死亡、1700名が「新疆分裂主義者」として逮捕拘禁された。
中国政府による大規模な経済投資計画
1996年8月、中国政府は、新疆ウイグル自治区への大規模な経済投資を発表する。同地区における石油・天然ガス資源開発の促進のみならず、経済発展によって社会不満を解消すること、そして独立運動を含めたウイグル問題への対処も戦略のなかにあるともいわれる。
グルジャ事件
1997年2月5日にはイリ・カザフ自治州のグルジャ(イニン、伊寧)市内にて、大規模なデモが発生し、鎮圧に出動した軍隊と衝突して、多くの死傷者を出したグルジャ事件が発生した(イニン事件とも)。
中国側は「共産党政権の転覆を目的として民族分裂主義者の破壊活動」とした。4月24日にはイリ中級法院伊寧市人民法院は公開裁判をひらき、暴動の首謀者ユスプ・トルソンら3名を死刑に処した。
中国当局は、東トルキスタンの民族運動の高揚を分離主義に繋がるものとして警戒し、「厳打」と呼ばれる厳しい取締りを実施している。アムネスティ・インターナショナルが「非公式の情報源」として伝えるところによれば、グルジャ事件(イニン事件)では事件後1,000名以上が逮捕され、30名が処刑されたとされる。なお香港では600名が負傷、不明者150名、逮捕者1500名と報道され、カザフスタンの東トルキスタン統一革命民族戦線は、漢族住民55名、ウイグル人20名が死亡したと発表している。
ラビア・カーディルの逮捕
1999年には全国政治協商会議の場で中国政府の民族政策を批判した実業家のラビア・カーディルが国家機密漏洩罪で逮捕、投獄された。ラビアは新疆におけるウイグル人の人権状況改善を党・政府に対して積極的に訴えていた共産党員であり、1996年の政治協商会議では、漢民族によるウイグル人抑圧を非難する演説を行っていた。公安当局は、ラビアの夫シディク・ハジ・ロウジによる翻訳(グレイヴァー「中ソ関係」)とともにラビアの演説を問題視し、ラビアは1997年に全ての公的役職から解任された。1999年8月13日、公安当局は、ウルムチ市内に滞在していた米国議会関係者に接触しようとしたラビアを逮捕し、米国に亡命した夫に対して「不法に機密情報を漏洩した」として懲役8年の実刑判決を下した。
ラビアの逮捕は、中国内外のウイグル人社会に大きな衝撃を与え、国外のウイグル人を中心に、中国政府にラビアの釈放と、ウイグル人への人権侵害の停止を要求する運動が展開された。こうした運動は、欧米社会の関心を集め、アムネスティ・インターナショナルやヒューマン・ライツ・ウォッチなどの人権団体による支援も行われるようになった。
2000年代
中国政府は、中央アジア諸国の在外ウイグル人社会が、ウイグル民族運動の拠点となっていることを警戒し続けており、1996年には上海ファイブ、2001年には上海協力機構を設立し、国内のイスラム原理主義勢力の伸張を警戒するロシアや中央アジア諸国と共に、分離主義、イスラーム過激主義に対する国際協力の枠組みを構築した。また、2001年9月11日の米国での同時多発テロ事件以降、中国政府はブッシュ政権の唱える「対テロ戦争」への支持を表明し、ウイグル民族運動と新疆におけるテロを結びつけて、その脅威を強調している。米国のアフガニスタン侵攻の際に拘束されたグルジャ事件関係者はキューバのグアンタナモ湾収容キャンプに収監された。収監中は中国当局者がグアンタナモを訪問して尋問に参加しており、アメリカ合衆国司法省監察官のグレン・A・ファインによれば中国当局者と米軍の尋問官は協力して15分ごとに睡眠を中断させる「フリークエントフライヤープログラム」と呼ばれる人権侵害も行ったとされる。ただし、グアンタナモに収監されたウイグル人捕虜の中国への送還要請は米国は受け入れなかった。
2003年には、これまで少数民族の固有言語の使用が公認されてきた高等教育で、漢語の使用が中国政府によって義務付けられた。
2005年、ライス米国国務長官の訪中を控え、米国から人権問題での批判を受けることを恐れた中国政府は、2005年3月14日に「外国での病気療養」を理由にラビア・カーディルを釈放。ラビアは米国に亡命し、のち世界ウイグル会議議長に選出され、2006年にはノーベル平和賞候補にもなった。
亡命したラビアによれば、2006年から2009年にかけて14歳から25歳までの未婚ウイグル女性30万人が就業の名目のもとで強制的に中国各地に送致された。これを拒むものは分裂主義者、テロリストのレッテルが貼られてしまうため、ウイグル人は民族同化を行うためのものであるとして中国政府の政策を非難している。
2008年3月には、新疆南部のホータン市で、600名を超える当局への抗議デモが発生した。
キルギス・ウイグル人協会
5万人のウイグル民族が住むキルギスで1989年にはキルギス・ウイグル人協会(Ittipak)が創設された 。
キルギスは2001年に上海協力機構に加盟した。上海協力機構は中華人民共和国・ロシア・カザフスタン・キルギス・タジキスタン・ウズベキスタンの6か国による国家連合であるが、これによって、キルギスは中国政府からのウイグル民族主義（東トルキスタン独立運動)の取締を強化した。
世界ウイグル会議
ウイグル人の民族運動は、ダライ・ラマに指導されたチベット独立運動のケースと比較して、カリスマ性のある指導者を欠くと批判される場合が多い。こうした批判を受けて、1990年代には、各国でそれぞれ設立されていた運動組織を統合する機運が高まった。1992年には、イスタンブールで「東トルキスタン民族会議」が開催され、世界各国の民族運動組織や個人が集まった。2004年には、1996年にドイツで設立された世界ウイグル青年会議が「民族会議」と合流し、世界ウイグル会議に再編された。世界ウイグル会議の初代議長にはエイサ・ユスプ・アルプテキンの子、エルキン・アルプテキンが選出された。2006年に、世界ウイグル会議は、ノーベル平和賞候補にも選ばれたラビア・カーディルを第2代議長に選出し、国際社会に対してウイグル人問題のアピールを強めている。2012年には東京で世界ウイグル会議代表大会が開催された。ラビア・カーディル議長等は靖国神社に参拝し、第二次世界大戦の戦没者を称えるとともに靖国神社参拝の歴史的意義を訴えている。
東トルキスタン亡命政府
世界ウイグル会議の結成に対して、アルプテキン派以外の独立を目指す諸団体は、2004年にワシントンD.C.に「東トルキスタン共和国亡命政府」を設立している（詳細は「東トルキスタン共和国亡命政府」の項を参照）。
中国国内の活動
近年、国際世論へのアピールを強めている在外運動組織の活動と比較して、中国国内における民族運動の動向については、信頼できる情報源が限られているため、その実態は明確でないといわれる。
1968年ごろに「東トルキスタン人民革命党」の活動があったとされるが、中国国内における民族運動が顕在化するようになるのは、1990年代以降である。2002年1月12日に中国国務院新聞弁公室が発表した文書によれば、1990年から2001年までに、国内外の「東トルキスタン・テロ勢力」が、新疆で爆弾テロ、要人暗殺、暴動煽動など200件余りのテロ事件を起こし、162人を殺害、440人以上を負傷させたとしている。しかし、文書で指摘されている「テロ事件」がいずれも小規模なものであることから、中国政府の指定する「テロ事件」には一般刑法犯が大幅に含まれるのではないかとの指摘もある。
2001年の同時多発テロ事件以降、中国政府は、こうした事件と国際テロ組織の活動との関連性を強調している。中国政府は、中央アジアに拠点を置く「東トルキスタンイスラム運動」が、中国国内にテロ拠点を建設し、テロリストを養成しているとして批判をしており、同組織がアルカーイダと結びつきのあるテロ組織であると断定している。2002年9月には、中国、米国等の働きかけにより、同団体は国際連合からテロ組織認定を受けることとなった。
北京オリンピック 開催直前の2008年7月には、雲南省昆明市で起きたバス連続爆破事件に対して「トルキスタン・イスラム党」を名乗る組織が犯行声明を出したほか、8月には、カシュガル市、クチャ県で、警察施設を狙った爆破事件が相次いだ。