2009年新型インフルエンザの世界的流行
発生確認から収束まで
2009年4月、メキシコで3か所、米国では2か所において、いずれも局地的な発生が確認された。その後、メキシコのメキシコシティ、米国のテキサス州とカリフォルニア州の3か所にて確認された。感染者は、いずれも20歳以下の青少年。
他にも感染が疑われるケースは1,000以上にも及び、これら全てを把握することは不可能に近かったため、WHOの緊急委員会は「すべての国が、通常とは異なるインフルエンザのような症状や深刻な肺炎に対する監視態勢を強化する」よう勧告した。
2009年4月24日の段階では、メキシコで感染が疑われている例は大半が比較的若い年齢層で、小児や高齢者の感染確認例は無かった。これらの患者からは、ヒト同士でも感染するA型インフルエンザウイルスのH1N1亜型が検出されている。
4月に入りWHOは、米国のアメリカ疾病予防管理センター(CDC)から7件の確定と9件の疑い例の報告を受理。WHO のマーガレット・チャン事務局長は、4月25日の緊急委員会の会合に先立ち、感染が世界的流行（パンデミック）につながるかどうかについて「断定はできない」とした上で、「その可能性はある。人に感染しているからだ」と懸念も表明。同会合（第1回会合）後の記者会見で、チャン事務局長は「報告のあった症例に関する臨床的特徴、疫学、ウイルス学及び適切な対応に関して、情報が不十分な点が多いことが分かった」としながらも、緊急委員会の助言に基づいて状況がWHOの国際保健規則(IHR)が定める「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」（PHEIC）に該当すると決定したことを表明した。その後、WHOの緊急委員会は4月27日の会合で世界的流行の警戒水準（下の節を参照）をフェーズ3からフェーズ4に引き上げることを決定。さらに4月29日には、各国の専門家らによるWHOの電話会議でフェーズ5への引き上げを決定、チャン事務局長が記者会見で発表した。そして、その後も世界中で感染が拡大し続け、WHOは同年6月11日にフェーズ6を宣言するに至った。
利益相反の告発
2010年1月には、ドイツの副議長で、欧州評議会の保健委員会長のヴォルフガング・ワダルグが主張するには、大企業が、ワクチンを売るために「偽りのパンデミック」を宣言するよう、世界保健機関 (WHO) に圧力をかけるためのパニック・キャンペーンを画策してきた。政界最大の医学のスキャンダルの1つだと述べ、2009年5月にメキシコシティで始まったとされる「偽りのパンデミック」キャンペーンは、数百人程度の「通常」のインフルエンザ症例が報告され、これが新たなパンデミックの脅威だとされたが、その根拠は乏しかった。
3月には、欧州評議会は、国際的な豚インフルエンザ・キャンペーンは製薬会社の影響を受けているとして調査を開始。4月、WHOのインフルエンザの責任者であるケイジ・フクダは、パンデミック宣言を導いた体制が、H1N1についての混乱をもたらしたと述べ、その懸念を表明したがそれは、恐れるほどの致命性がないものだと判明したこの新しいウイルスに関する、不確実な部分について、情報伝達が失敗したということであり、マーガレット・チャン・WHO事務局長は、レビューを実施するために機関の外部の専門家を任命したことを伝えた。
6月、BMJのフィオナ・ゴッドリー編集長は調査をもとにWHOを批判し、パンデミックに関するWHOの顧問に、抗ウイルス薬とワクチンを生産している製薬会社との間に金銭関係があるという調査があるとした。マーガレット・チャンは以下のように応答し、製薬業界の影響を受けているという印象を残してしまうだろうが、パンデミック宣言の決定は定義された基準に基づいたもので、この基準をねじまげるのは難しい、と。
症状と通院
2009年に発生した新型インフルエンザにおける現時点での症状を以下に示した。新たに発生し現在拡大している感染症であり、今後、症状が変化する可能性があるため、その点十分考慮する必要がある。
感染力
科学技術振興機構の西浦博・さきがけ研究員らによると、新型とスペイン風邪のウイルスの構造は同じで、免疫のある60歳以上は感染しにくい。0 - 19歳が感染する確率は、60歳以上の15.88倍、40歳以上の4.82倍、20 - 39歳の2.7倍。再流行は小規模な流行にとどまる見込み。新型の感染力は季節性インフルエンザと同程度以下で、1人の感染者から広がるのは1.21 - 1.35人
CDCによると、18歳以下が家庭内感染・発症する確率は、19 - 50歳の2倍。4歳以下の乳幼児は3.5倍、51歳以上は0.4倍。家庭内感染の大半は、最初の患者が発症して間もない時期か、その直前に起きると考えられ、家族に感染し発症するまでの期間は、平均2.6日
肺炎球菌ワクチン
肺炎球菌ワクチンにより、新型インフルエンザに感染しても死亡や重症化を抑制でき、日本人の死因4位である肺炎が予防できるとされている。肺炎による死者の95%は65歳以上であり、季節性インフルエンザの場合は季節性インフルエンザワクチンと肺炎球菌ワクチン併用で死亡率は80%減少するとされる。
治療
治療法は従来のインフルエンザと同様である。特徴的な事としては、治療薬の予防目的使用が推し進められた点がある。
アメリカ疫病予防管理センター (CDC) は、健康な人、大人でも子供でも大部分は抗ウイルス薬がなくても休養すれば治るもので、抗ウイルス薬による治療は必要なく、薬の備蓄には限りがあり、過剰に投与すれば耐性ウイルスの危険性があるとした。
2009年には、WHOなどによると、インフルエンザ症状がある場合は、検査結果の確定を待つことなくできるだけ早期のタミフル投与が重要とされた。発症後48時間を越えるとウイルスは既に最大限増殖してしまった後となり、効果は低くなる。子供用タミフルの不足に伴い、大人用を分解して処方している場合もある。
日本感染症学会の提言では、病院施設、高齢者施設においてインフルエンザが発生した場合、ワクチン接種の有無にかかわらず、同居者に対して抗インフルエンザ薬の予防的投与を行うとの方針を取った。
しかし、WHOやアメリカCDC、欧州ECDCタミフルを推奨したが、その根拠となるデータは確認しておらず、またロシュは臨床試験の完全なデータを公開すると約束していたが、その大部分は未発表のままであった。『イギリス医師会雑誌』（BMJ）はサイトを立ち上げ、ロシュ社に対して完全な臨床試験データを公開するよう促した。2012年には、コクラン共同計画が日本、アメリカ、欧州の規制機関に提出された臨床試験のデータをシステマティック・レビューし、21時間発症時間が短縮されることと、感染や入院のリスクを低下させるかは結論できないとし、また出版バイアスの可能性を発見した。そして2014年には提出された完全なデータに基づいて、報告は改定された。伴って、コクラン共同計画とBMJは声明を出した。それは、出版バイアスを除外した24,000人以上からの分析からは、オセルタミビル（タミフル）とザナミビル（リレンザ）は、当初の使用の理由である入院や合併症を減少させるという十分な証拠はなく、成人では発症時間を7日から6.3日に減少させ、小児では効果は不明であり、5%に嘔吐・悪心の副作用が生じ、精神医学的な副作用を1%増加させるとし、世界的な備蓄が必要なほどの恩恵があるかどうかの見直しの必要性を報告した。このH1N1インフルエンザの流行中に実施された臨床試験は0に近いため、オセルタミビルとザナミビルがどれほど有効かは不明である。
各国政府の対応
各国は、インフルエンザの流行に備えて、数千億円規模を投じてオセルタミビル（タミフル）を備蓄したが、不発に終わり、後には政府や科学者に対する「エフ・ホフマン・ラ・ロシュ」による影響があったためとみなされている。
日本
2009年4月26日、内閣総理大臣麻生太郎が、検疫体制の強化や在外日本人への情報提供などの体制を指示。厚生労働省や自治体に電話相談窓口が開設された。4月27日、厚生労働省が感染の疑いのある帰国者・入国者を留め置く「停留」のための医療施設を、既に成田周辺で約500室を確保した。
また4月28日からはメキシコ、米国、カナダから成田、中部、関西、そして福岡の国内4空港に到着した国際便については、降機前に乗客に機内で「機内検疫」の実施を始めた。
4月29日からは「臨船検疫」も開始され、横浜、神戸、関門の港についても、上記3か国からの乗員乗客への検疫体制が強化される。検疫官不足解消のため、防衛医科大学校職員と陸上自衛隊の医官の応援派遣をしている。また4月30日より、品種改良の目的で輸入された生きた豚の全頭検査も開始された。
国内各地では、保健所での「発熱相談センター」や医療機関での「発熱外来」が順次設けられることになっており、早いものは4月28日から開設された。同日、政府は「新型インフルエンザ対策本部」を設置し「基本的対処方針」を決定した。地方自治体の動きとしては、5月5日に最初の感染者が神戸市で発見されたことにより、5月17日に兵庫県庁が「緊急事態宣言」を発表した。
日本国政府の方針転換を受けて、7月24日以降に全数検査を全国で中止するよう通達が出され、発熱外来も多くの保健所で廃止し、全ての医療機関で受診、治療を受けられるようにした。また、東京などの都市部では、A型インフルエンザと判定された場合でも、従来型か新型かの追加検査を行わない方針とした保健所が多い。これにより、都市部では通常の季節性インフルエンザと同様の扱いとなるが、都市部以外では依然として独自に自治体内の新型感染者数の全数調査を行うなど、特別扱いしている地方も多く、全国で対応が統一されるには至らなかった。
法的措置
当初、感染症法に基づき、対処する事を目論んでいたが、公衆衛生上の対策（例として、外出自粛や学校、興行場、催物の制限など）を市民に要請する際に、感染症法では興業の制限などの要請を想定しておらず対応が出来ないことが明らかとなった。この事態を踏まえ、2012年5月新型インフルエンザ等対策特別措置法が施行された。
アメリカ合衆国
アメリカ合衆国（米国）は2009年4月26日、ジャネット・ナポリターノ国土安全保障長官が緊急記者会見において、「公衆衛生に関する緊急事態」を宣言した。
2009年10月24日、オバマ米大統領が新型インフルエンザを深刻な自然災害などに準ずる国家非常事態に指定する宣言に署名した。米国では新型インフルによる死者が23日に1000人を突破し、ワクチンの調達確保など対策強化が必要な状況になっている。
イスラム圏
エジプト政府は2009年4月29日、人民議会の勧告を飲む形で、同国内で飼育されている豚の処分に着手した。イスラム教では豚は不浄の動物とされる一方で飼い主たちはキリスト教系のコプト派信者だったが、あるイスラム原理主義系議員は「宗教上の理由で豚の飼育に反対しているわけではない」と読売新聞に語っている。なお、エジプトでは豚が処分された結果、今まで豚が生ゴミの処分を行っていたため生ゴミが処分されずに町中に溢れかえりゴミ問題が深刻化している。
日本
厚生労働省は、重症化や死亡した例などを除いて、新型インフルエンザかどうかを調べるPCR（遺伝子）検査を当分の間行わなくてよいとしたため、現在の国内の正確な感染者数は不明であるが、国立感染症研究所は2009年第28週（同年7月12日）以降これまでの累積の推計患者数は約1546万人に達したと推計している。
また、ここには国立感染症研究所が発表した2009年12月7日-12月13日（2009年第50週）の間に都道府県ごとに簡易検査でインフルエンザA型と診断された人数（全国約5000カ所の定点医療機関からの報告数のみ）と、同定点医療機関の1医療機関あたりの人数、それに2009年12月21日までの新型インフルエンザによる死者数が掲載されている。
※1 新型か季節性かは不明だが、ほとんどは新型とみられている。
11月
2009年11月6日、世界保健機関(WHO)は、新型インフルエンザによる日本の入院率・死亡率が主要国で最も低いことを明らかにした。北半球と南半球のそれぞれ5カ国、計10カ国を調査したところ、人口10万人当たりの入院患者数は、日本が最も低い2.9人。アメリカは3人、ブラジルは8.8人、オーストラリアは22.5人。最も高いのはアルゼンチンの24.5人だった。人口100万人当たりの死亡者でも日本が最も低い0.2人。イギリスは2.2人、アメリカは3.3人、ブラジルは7.0人、オーストラリアは8.6人。最も高いのはアルゼンチンで14.6人だった。日本の新型インフルエンザ死亡率が低いことについて専門家は、日本では医療保険制度が整備されており、少ない家計負担で医療機関を受診できるため、発熱者の医療機関受診率が高いことが要因であると分析している。
呼称
2009年の確認当初は、豚インフルエンザに最も近いとする分析や、メキシコにおいて豚からヒトに伝わった可能性が高いとする見方もあって、WHOや米国CDCを初めとする公的機関の発表、英語や日本語などによる報道では、呼称として「豚インフルエンザ」が用いられた。
ところがこの呼称が、ウイルスが豚肉を介して感染するとの誤解を招き、豚製品の敬遠など、養豚関連産業への影響が出始めたこともあり、呼称から「豚」を外す動きが起きた。また、宗教上の理由で、「豚」という言葉を忌避する向きもあった。なお、世界の公的機関や報道機関、言語や地域によっては、「豚」を継続使用している場合や、もともと使用していない場合もありうる。
WHO
WHOは2009年4月30日、"swine" （豚）を冠する英語呼称を、ウイルス型による呼称"influenza A(H1N1)"に切り替えた。農業や食品業界に配慮したものと言われる。同様にフランス語呼称は"Grippe A(H1N1)"に、中国語呼称も「猪流感」から「甲型H1N1流感」に切り替わっている。
この切り替え前、WHOは"swine Influenza A/H1N1"(4月24日、26日、28日)、"swine influenza A(H1N1)"（27日）といった英語呼称を用いた（文脈によりウイルスを指す場合あり）。
なお、報道によると、WHO には「混乱を招く」として呼称切り替えに消極的な向きもあったとされまた、OIE（国際獣疫事務局）は当初から発生地（北米）にちなむ呼称を提唱したとされる。WHOが英語呼称を切り替えた4月30日には、両機関とFAO（国連食料農業機関）を合わせた三機関が、豚肉の安全性に関する共同声明を出している。
日本
日本政府は、2009年4月28日から「新型インフルエンザ」と呼び始めた（フェーズ4移行に伴って、感染症予防法第6条第7項で「新型インフルエンザ等感染症」の一つとして規定する「新型インフルエンザ」に該当）。
ただ、地方の新聞や新聞社のウェブサイト（ニュースサイト）では、「豚インフルエンザから変異した新型インフルエンザ」や、「新型の豚インフルエンザ」「新型インフルエンザ（豚インフルエンザ）」のように、依然として「豚」の文字が使われている。豚を飼育している施設の少ない東京や大阪などの大都市では、このような現象は見られない。
アメリカ合衆国
アメリカ合衆国（米国）連邦政府は2009年4月29日から、「農家の生活を守るため」として、亜型名H1N1による呼称に切り替えた。
カナダ
カナダ公衆衛生庁のサイトでは2009年5月4日現在、亜型名H1N1による呼称のほかに、「ヒトの」を意味する言葉を「豚インフルエンザ」に添えた呼称（英語"Human Swine Flu"; フランス語"grippe porcine chez l'être humain"）も使用している。
英語（報道）
WHOが亜型名H1N1による英語呼称に切り替えた後の英語報道においても、「豚の」を意味する"swine" はなお使用されている。2009年5月下旬の時点で、たとえば英国BBCや米国CNN、オーストラリアのABCのニュース・サイトには"Swine" インフルエンザの特集があり、また、「WHOの発表を出典としていても"swine"を使用、亜型名は無し」という記事も見られる。2009年5月現在、ウイルスの呼称表記は一様ではなく、WHOのようにA のあとでH1N1を()に入れる以外にも、たとえば型名A を書かず亜型名H1N1を()無しで表記している記事も見受けられる。
日本の法律上の呼称"新型インフルエンザ"の"新型"について、日本の新聞社による英語表記を見ると、2009年5月現在、読売新聞と毎日新聞が少なくとも"new type"と"new strain" を使用、"new strain"は朝日新聞も使用している。
中国
中華人民共和国のメディアでは、2009年5月1日に国営新華社通信が「猪流感」（「猪」は豚）から「甲型流感」への呼称変更を伝え、「猪」の字がいっせいに消えた。国営中国中央テレビ(CCTV)は同日、変更理由を「養豚場や飲食店などでの無用な混乱を避けるため」と報道した。
イスラエル
イスラエルの保健副大臣は2009年4月28日、ユダヤ教では豚を食べることが禁じられている事を受け、「メキシコ・インフルエンザ」という呼称を用いると発表した。しかしながら、マスメディアでは「豚インフルエンザ」が一般に使用される。