多賀大社
由緒
和銅5年（西暦712年）編纂の『古事記』の写本のうち真福寺本には「故其伊耶那岐大神者坐淡海之多賀也。」「伊邪那岐大神は淡海の多賀に坐すなり」（いざなぎのおおかみは あふみのたがに ましますなり）との記述があり、これが当社の記録だとする説がある。ただし『日本書紀』には「構幽宮於淡路之洲」、すなわち「幽宮（かくれみや）を淡路の洲（くに）に構（つく）りて」とあり、国産み・神産みを終えた伊弉諾尊が、最初に生んだ淡路島の地に幽宮（かくりみや、終焉の御住居）を構えたとあり、『古事記』真福寺本の「淡海」は「淡路」の誤写である可能性が高い。
『古事記』以前の時代には、一帯を支配した豪族・犬上氏（姓は君）の祖神を祀ったとの説がある。犬上氏は、日本武尊の子の稲依別王の後裔とされ、飛鳥時代の遣隋使・遣唐使として知られる犬上御田鍬にはじまる。この犬上氏は、多賀社がある「犬上郡」の名祖とされる。
藤原忠平らによって延長5年（927年）に編まれた『延喜式神名帳』では、当社は「近江国犬上郡 多何神社二座」と記載され、小社に列した。「二座」とあるが、伊邪那岐命・伊邪那美命とされていたわけではない。
なお、摂社（境内社）で延喜式内社の日向神社は瓊瓊杵尊（ニニギノミコト）を、同じ摂社の山田神社は猿田彦大神を祀る。
多賀胡宮とも呼ばれる別宮の胡宮（このみや）神社は、伊邪那岐命・伊邪那美命・事勝国勝長狭（コトカツ クニカツ ナガサノミコト）の3柱を祀り、多賀社の南方2kmの小高い丘（神体山）に鎮座する。授子・授産、鎮火の神として崇敬される。敏達天皇の時代には胡宮神社の境内に敏満寺も建立され、やがて敏満寺は多賀大社の奥の院となる。
八咫烏関連の神社で烏に供物を捧げる先喰行事と言う特殊な御鳥喰神事を行っている。
多賀大明神
室町時代中期の明応3年（1494年）には、神仏習合が進み、当社には神宮寺として不動院（天台宗）が建立された。
神宮寺配下の坊人は全国にお札を配って信仰を広め、当社は中世から近世にかけて伊勢・熊野とともに庶民の参詣で賑わった。
「お伊勢参らばお多賀へ参れ お伊勢お多賀の子でござる」「お伊勢七度熊野へ三度 お多賀さまへは月参り」との俗謡もあり、ここに見る「お多賀の子」とは、伊勢神宮祭神である天照大神が伊邪那岐命・伊邪那美命両神の御子であることによる。
なお、社に残る垂迹曼荼羅（すいじゃくまんだら）は坊人が国を巡行して神徳を説く際に掲げたものである。
また、多賀社が隆盛したのは、近江国が交通の結節点だったことにもよる。
長寿祈願
多賀社は、特に長寿祈願の神として信仰された。
重源
鎌倉時代の僧である重源に以下の伝承がある。東大寺再建を発念して20年にならんとする齢61の重源が、着工時に成就祈願のため伊勢神宮に17日間参籠（さんろう）したところ、夢に天照大神が現れ、「事業成功のため寿命を延ばしたいなら、多賀神に祈願せよ」と告げた。重源が多賀社に参拝すると、ひとひらの柏の葉が舞い落ちてきた。見ればその葉は「莚」の字の形に虫食い跡の残るものであった。「莚」は「廿」（「卄」を異体字とする。wikt:廿参照。）と「延」に分けられ、「廿」は「二十」の意であるから、これは「（寿命が）二十年延びる」と読み解ける。神の意を得て大いに歓喜し奮い立った重源は以後さらに20年にわたる努力を続けて見事東大寺の再建を成し遂げ、報恩謝徳のため当社に赴き、境内の石に座り込むと眠るように亡くなったと伝わる。今日も境内にあるその石は「寿命石」と呼ばれる。また、当社の神紋の一つ「虫くい折れ柏紋」はこの伝承が由来である（今一つに三つ巴がある）。
豊臣秀吉
天正16年（1588年）には、多賀社への信仰篤かった豊臣秀吉が「3年、それがだめなら2年、せめて30日でも」と母の延命を祈願し、成就したため社殿改修を行い大名に与えるに等しい1万石を寄進した。境内正面の石造りの太鼓橋（大僧正慈性により寛永15年〈1638年〉造営）は「太閤橋」の雅名でも呼ばれる。
喪失と再建の江戸期
元和元年（1615年）には社殿が焼失したが、寛永10年（1633年）に徳川家光が再建を命じ、5年後に完成した。明和3年（1766年）には屋根の葺き替え等の大改修が成る。ところが、安永2年（1773年）にまたも焼失。天明2年（1782年）にも火災に遭った。寛政3年（1791年）には暴風で社殿が倒壊した。このように江戸期の多賀社は災難続きであったが、その都度彦根藩および幕府からの手厚い寄進・寄付が行われた。車戸家が古代より神職を務めており、幕末に多賀大社大祢宜の車戸宗功が萩藩や土佐高知藩を命がけで援助した。後にその功績により贈從五位を賜った。車戸一族は天皇家や公家や徳川家や彦根藩や彦根城の為にも奔走した。
明治以降
明治初年の神仏分離令を機に廃仏毀釈の動きが広まり、多賀社の神宮寺も廃絶した。別当職不動院は1868年（明治元年）に復飾せられ、境内にあった全ての神宮寺は払拭せられた。御師や講社は多賀社から分離されたため、1876年（明治9年）、「多賀教会」を結成し公認された。その後旧幕臣の神職平山省斎を教長に迎えた。1878年（明治11年）、省斎は石門心学や淘宮術の講社、大道教（天理教の分派）など、教派や宗派としては規模が小さく公認される見込みがない団体を結集して大成教会を設立し、教長となった。1882年（明治15年）5月、大成教会は教派神道神道大成派として公認され、省斎が管長となった。同年11月には神道大成教と改称した。「多賀教会」は1883年(明治16年)、禊教会本院、蓮門教（法華神道）等とともにこれに属し、「大成教多賀教会」となった。大成教多賀教会本部は多賀社境内にあり、戦後神道大成教を離れ、「多賀講総本部」として多賀大社に復帰している。岡山県や愛媛県の多賀教会は多賀大社に復帰せず、現在も神道大成教に残っている。多賀社は、1871年（明治4年）に県社兼郷社、1885年（明治18年）に官幣中社となり、1914年（大正3年）に官幣大社に昇格した。1947年（昭和22年）「多賀大社」に改称した。
近年の改修と造営
1930年（昭和5年）、本殿を改修。大社造の本殿等の屋根の檜皮葺の葺き替え、ならびに参集殿新築造営は、1966年（昭和41年）から行われ、1972年（昭和47年）に完成した。また、当社は2002年（平成14年）から「平成の大造営」を行っており、2005年（平成17年）の時点で一部は竣工している。
元正帝の縁起
多賀社のお守りとして知られるお多賀杓子は、元正天皇の養老年中、多賀社の神官らが帝の病の平癒を祈念して強飯（こわめし）を炊き、シデの木で作った杓子を添えて献上したところ、帝の病が全快したため、霊験あらたかな無病長寿の縁起物として信仰を集めたと伝わる。元正天皇のころは精米技術が未発達で、米飯は粘り気を持つ現代のものとは違い、硬くてパラパラとこぼれるものだったらしく、それをすくい取るためにお多賀杓子のお玉の部分は大きく窪んでいて、また、柄は湾曲していたとのことで、かなり特徴のある形だったという。なお、現代のお多賀杓子はお玉の形をしていない物が多く、今様の米に合わせて平板な物が大半である。このお守りは、実用的な物もあれば飾るための大きな物もある。
なお、多賀社より数キロメートル西にある「飯盛木（いもろ-ぎ）」は、帝の杓子の素となった木の枝を地に差したところ根が生じて大木に育ったものと伝わる。この飯盛木には、男飯盛木と女飯盛木の2本がある。
お多賀杓子・お玉杓子・おたまじゃくし
かつて際立った形状であった「お多賀杓子（お-たが-じゃくし）」は、「お玉杓子（おたまじゃくし、玉杓子、お玉）」の語源になったと考えられる。カエルの幼生「おたまじゃくし」は、「お玉杓子」から派生した名称なので、「オタマジャクシ」の語源もまた、「お多賀杓子」ということになる。後者のような言語的変化は、形状の相似によると思われる。
トピック
近江鉄道本線は、運行主系統が米原駅～八日市駅～近江八幡駅となった現在でも、米原駅～貴生川駅（JR草津線）が正式な区間である。これは同鉄道の創立時、多賀大社と縁の深い伊勢神宮に向けて、官鉄（国鉄）の草津線・関西本線・参宮線等を介して結ぼうとしたためと言われる。なお、「近江鉄道宇治山田延伸構想」がこの経緯に詳しい。