碇シンジ
旧世紀版
本作品の主人公。父ゲンドウ・母ユイの息子として生まれる。エヴァンゲリオン初号機のパイロット（3人目の適格者＝サードチルドレン）。一人称は僕。
経歴
2004年に行われた初号機の起動実験において目の前で母を失い、その後まもなく父により「先生」と呼ばれる人物の元に預けられる。そして作中舞台となる2015年、突如、父により、NERV本部がある第3新東京市に呼ばれて初号機の専属パイロットに命じられる。上司である葛城ミサトと同居生活することになり、EVAのパイロットとして使徒殲滅の任務に就くかたわら、同市内の市立第壱中学校に通うことになる。
度重なる使徒との戦い、父との確執、ミサトをはじめ、同パイロットである綾波レイや惣流・アスカ・ラングレー、そして友人となる鈴原トウジや相田ケンスケとの出会い・交流の中で、シンジは苦悩・葛藤し、傷つきながらも少しずつ成長していき、自分の存在意義を求めていく。
しかし、次第に状況は過酷なものとなり、度重なる悲劇からシンジは精神的に疲弊していく。そんな中、渚カヲルを自らの手で殺したことで心を完全に閉ざし、ゼーレによりその不安定な精神を人類補完計画発動の依り代とされてしまう。リリスと融合したレイの意思により全ての決定権を委ねられ、一度は他者の存在しない裏切りや傷つきのない世界を望むが、最終的には「もう一度皆に会いたい」という想いから、補完計画を破綻させた。また、TV版では自己の存在を肯定することで補完を破綻させる。 
担当声優の緒方恵美曰く、「色々越えて経験してからの拒否で、言ってしまえば大人の迷い。絶望感の果てにもう一度人と関わろうとしたことが彼の成長」とのこと。
性格
幼少時に母親を亡くし、父親に捨てられたことから家族の絆や愛情というものを知らず、それがトラウマになっている。そのことから強烈に愛情に飢えており、自分の存在価値に疑問を抱き、ややナイーブで内向的な性格をしている。自分の居場所を周囲に求めながらも、痛みを恐れるあまり互いの傷つかない距離を保とうとし、その結果、表面的な付き合いをする傾向にある。
父親を苦手とし反発する一方で、内心では分かり合いたい、愛されたいという屈折した感情を抱いており、EVAに乗る理由も「父親に認められたいから」というもの。「逃げちゃダメだ」と自分に言い聞かせるセリフは、強迫観念を表すだけでなく、監督の庵野秀明自身の制作当時の心境を映したものでもある。
他人との深いコミュニケーションが苦手とされているが、ゲンドウ以外の人物に対しては極端に苦手という描写はなく、誰とでもそつなく会話をこなし、表面上は社交性がある。大人と対等に口をきく一方、ごく普通の中学生らしい様子を見せ、次第に感情を表に出すようになる。また切羽詰った状況下では考えるよりも行動するタイプで、対使徒戦では勇敢な姿勢や表情をみせることもある。また、控えめな性格で、優柔不断で状況に流されやすい性格と捉えられることが多いが、庵野の考えでは「自分が決めたら、梃子でも動かないような、頑なで他人を気にしない性格」だという。
漫画版
漫画版では、アニメ版の特徴的台詞だった「逃げちゃダメだ」を口にしなかったり、嫌悪するゲンドウと自らの意思で向き合おうとする場面もあるなど、性格に差異が見受けられる。アニメ版においてのシンジはナイーブであることがストレートに伝わる反面、漫画版においては「ごく普通の少年」もしくは「冷めた子供」というキャラクターで成り立っている。これらの差異は、漫画版を担当している貞本によると、「小・中学校で委員長だった庵野監督とそうじゃなかった自分との違いが、シンジの性格に表れている」とのこと。実際、漫画版はアニメ版と比較して学術用語の膨大な引用と複雑なロジックは影を潜め、例えば第2巻のミサトとシンジの葛藤も、家族という概念をめぐるよりストレートなものに整理されている。これは作者が漫画版の対象年齢を14、5歳に下げたかった思惑がある。
母・ユイの死後、第3新東京市に来るまで、父・ゲンドウにより伯父（ユイの兄）の家族に預けられていた。表面上は平凡な生活を送っていたが、ユイの死による噂や世間体、伯父一家との関係を気にしていたため、複雑な環境で育つ。これが原因でシンジ自身に「良い子でいなければいけない」という生き方を強要させ、人格に影響を及ぼしていた。また、本来は器量の良い性格だが、周囲には冷淡で協調性がない内向的な優等生としてふるまっていた。
物語後半で心理的に追い詰められていく物語の進行そのものにほぼ変化はないが、レイとはより親交関係を深める描写が多くあり、レイをよく気にかけ、互いに手を繋いて心を通わせたり、彼女の死の際には「君を失いたくない」と涙するほどで彼女に対する想いの強さが伺える。フィフスチルドレンである使徒タブリス（渚カヲル）はアニメ版に比べ早くから登場するが、距離感の取り方が分からず遠慮無く接してくるカヲルに対して強気な態度で接することも多く、アニメ版のような依存・傾倒はしなかった。この心境は「（失って傷つくくらいなら）友達なんか最初からいない方がマシ」という意識から来ていたが、初号機で扼殺した後、好きになってはいけないと思っていたのにいつの間にか彼に惹かれていたことをミサトに吐露している。
アスカに対してはアニメ版同様に振り回されたり困惑する場面も多いが、異性として意識することもあり、キスでは棒立ちだったアニメ版と異なり、アスカの両肩を抱いて未遂となると惜しむ描写や、またアスカが精神崩壊すると毎日のように病室に通って気づかう描写がなされている。貞本によるとレイはシンジにとって母性の象徴である一方、アスカはシンジのあこがれの異性の象徴として位置付けられている。また、イスラフェル戦後にアスカの希望で同居している。
戦略自衛隊のNERV本部襲撃の際は、ベークライトで硬化封印されたEVA初号機を見て、諦めて何もしなかった劇場版とは異なり、「動いてよ、母さん!!」と初号機に呼びかけ、ミサトとの約束を果たそうとする意欲を見せる。そして、初号機に搭乗して本部地上に出た後、量産機に追い詰められたアスカの弐号機を間一髪で救出し善戦するも、再起動した量産機に追い詰められると、シンクロ率は250％に達し、初号機は劇場版同様に4枚の羽を広げ、宇宙からロンギヌスの槍を呼び寄せる。そして、劇場版同様に人類補完計画の依り代とされ、レイ＝リリスの問いかけと共に、幼い頃の欠落していた記憶まで含めた過去のフラッシュバックが起き、全てが徒労に終わり絶望したこともあり、自分の殻にこもり、「誰も苦しまないように」するため、世界の終わりと、誰もいない悲しみや傷つきのない世界を願う。
しかし補完された世界で、かつてレイと一瞬だけでも心を通わせられた経験から、全てを肯定した上で「“人は分かり合えない”という事が本当なのか、自らで確かめなければいけない」と決断、レイともう一度手を繋ぎ、補完を否定し元の世界を望む。その後、恐らく本編から長い時間をかけて復元された世界において、明城学院を受験するために上京しており、電車から降りる際にアスカ、ケンスケの生まれ変わりらしき人物と出会う。最後は、物語冒頭とリンクしつつも、ミサトのペンダントを傍らに、「未来は無限に広がっている。自分の歩く道は自分の足で捜す」というシンジ自身の前向きな独白で物語の幕は閉じられる。
パラレル作品
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』（漫画：林ふみの）では、鈍感であるものの、心優しい健全な少年として描かれている。
『新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画』（漫画：高橋脩）では、ハーレム系作品の主人公らしく描かれている。
『新世紀エヴァンゲリオン 学園堕天録』（漫画：眠民）では漫画版に近い性格である他、「加持とは親交がある」等の設定が追加されている。
新劇場版
主人公。EVA初号機のパイロット（”第3の少年”）。一人称は「僕」。父は碇ゲンドウ、母は碇ユイ（旧姓 綾波）。
新劇場版では、シンジはレイをはじめ周囲の人々とより能動的に関わり、守ろうとする姿勢が描かれるようになっていく。これはシンジの性格設定が変更されたわけではなく、鶴巻からも「序のシンジは旧世紀版第壱話〜第六話と同じ」とコメントされている。違いが見られるのは、旧世紀版に比べ、ミサトがシンジと向き合うようになったことをはじめ、周囲の人間の対応が変わったことによりシンジの反応も変化したためである。
しかし、3作目である『Q』になってからは、14年前（『破』）にサードインパクトの元凶に意図せずになってしまったことから、人間関係は一気に悪化。一時の友情を育んだカヲルも自身を守るために命を落としてしまったことから、原作の終盤と同じく、深く心が傷付くことになる。
新劇場版:序
旧世紀版と同じくエヴァンゲリオンの3番目のパイロット（第3の子供または第3の少年）に選ばれる。序盤から中盤にかけてはほぼ同じであるが、第6の使徒の攻撃を受けて瀕死の状態に至り、エヴァンゲリオンへの搭乗を拒絶した際、ミサトによってL-EEE（レベルトリプルE：扉にセントラルドグマとの表記）へと連れて行かれ、第2使徒リリスの存在を知る。そこでミサトから、使徒がリリスと接触すると人類は滅亡すること、NERV本部の面々も死ぬ覚悟で使徒と戦っていることを説かれる。さらに鈴原トウジ、相田ケンスケといった理解者を得たことで、それがEVAに乗る明確な理由となり、再度第6の使徒と交戦した際には、恐怖を感じながらも果敢な姿勢を見せ、使徒を殲滅する。
旧世紀版では学校用の鞄は手提げ鞄だったが、新劇場版ではリュックになっている。
新劇場版:破
冒頭にてゲンドウと共にユイの墓参をする。ミサトに促されての事だが、断絶状態の父と会話出来たことを素直に喜ぶ。他者との交流に食事・料理・弁当などが用いられ、能動的に他者と関わっていく姿が描かれていく。TV版同様にユーロから転任したアスカとの同居生活が始まる。クラスメイト達と海洋研究施設を訪れたり、特にレイに対しては物語序盤より気にかけるようになり、アスカに強要されたついでとはいえ、自身を含めて4人分の手作り弁当を作り、アスカ、ミサト、レイにふるまうなど明らかな変化が見られる。また加持に誘われて農作業の手伝いをすることになり、ミサトが何故NERVに入ったかを教えられ、彼女を守ってくれと頼み込まれる。シンジの優しさはアスカ、レイに影響を与え、孤高を気取っていたアスカはシンジに心を開いて好意を抱くようになる。恋愛に無自覚なレイもシンジに好意を抱くようになり、シンジとゲンドウを完全に和解させるため「食事会」を計画する。
TV版と同じく「父に認めてもらうためにEVAに乗る」という動機は明確に描かれ、アスカにもそのことを打ち明ける。愛用しているS-DATは昔の父の持ち物であり、それを使うことで父が嫌な世界から自分を守ってくれると信じていたというものになった。エヴァパイロットとしても突出して優秀で第8の使徒戦で三体のエヴァが擱座した後もシンジのシンクロ率は60％台と尚も高い数値を維持していた。
だが、第9の使徒戦で全てが暗転する。当初はレイが乗る予定だった3号機に「食事会」の日程を気に掛けたアスカが乗ったことで第9の使徒に取り込まれる。プラグ内にアスカがいることで攻撃を躊躇して追い込まれるシンジの初号機に見切りをつけたゲンドウがダミーシステムを使用。シンジの手を離れた初号機は第9の使徒を蹂躙した挙げ句にアスカを乗せたままのエントリープラグを破壊する。この一件への怒りから初号機に篭城するところまでは旧世紀版と同様だが、『破』ではただの恫喝に留まらず実際にNERV本部の破壊行動に及んで外部からのプラグ強制コントロールで断念させられた。またゲンドウに対する拒絶からS-DATを捨てる。
エヴァに乗ることを断固として拒否してネルフを退去。第10の使徒が襲来する中、避難指示の出ているシェルターに留まるという自殺行為に及ぶ。偶然にも大破したマリの弐号機がシェルターに突っ込み、脱出を促されたことで外の惨状を目の当たりにする。「碇くんをエヴァに乗せない」ため、完全修復のままならない零号機による特攻を敢行したレイが第10の使徒に取り込まれたことで、「せめて綾波だけは…」という思いから本部に戻り、ゲンドウに「僕はエヴァンゲリオン初号機のパイロット、碇シンジです」と強弁して初号機に搭乗。第10の使徒がネルフ本部への直接攻撃に及び、ミサトをはじめネルフスタッフが死を覚悟する状況に颯爽と登場し、使徒の攻撃から盾となって彼女たちを救う。
第10の使徒により片腕を落とされる激痛を堪えて奮闘するもエネルギー切れに陥る。だが、自分や世界がどうなろうともレイだけは助け出すという強靭な意志により初号機を再起動。初号機を擬似シン化第1覚醒形態へと覚醒させ、リツコの「ヒトに戻れなくなる」との言葉を無視し、「綾波シリーズ」の存在を示唆されレイ自身から助けを拒まれても尚、右手や顔面の皮膚が剥がれるのも厭わず、使徒のコアから強引にレイを救出する。この時のプラグ深度は180を超え、目の色は赤く変色している。初めて自分の意志でエヴァに乗り、自分の意志でレイを助けようというシンジをミサトは「行きなさい」と後押しした。
初号機と第10の使徒の融合により覚醒状態に陥り、神に近い存在となった初号機によるサードインパクトが始まろうとしたとき、宇宙から飛来した渚カヲルが搭乗するエヴァ6号機(Mark6)がカシウスの槍を初号機に刺し、サードインパクトの発生は一端は阻止される。これは次作の『Q』では「ニアサードインパクト」と呼称される。
新劇場版:Q
前作から14年後、第10使徒戦での自らの行動が原因で、想像を遥かに超えた深い絶望に苛まれることになる。
第10使徒戦後、初号機に取り込まれたまま初号機ごと大気圏外に封印された状態にあったが、ゲンドウと冬月を除く元NERVのスタッフによって結成された反NERV武装組織である「WILLE（ヴィレ）」に回収され、初号機から「検体BM-03」として発見、ミサトとの再会を喜ぶが、レイを助けようとした自身の行動がニアサードインパクトを引き起こしてしまったのが原因で、北上ミドリなどヴィレの一般人出身メンバー達からは恨みを買うことになる。
肝心の真相は伝えられる間もなく、ミサトからは首に爆弾付きの首輪である「DSSチョーカー」を付けられ、エヴァに乗ることはおろか「何もするな」とまで言われ困惑、更にエヴァとのシンクロ率は0％となっていて、記憶の最後から14年の歳月が過ぎていること、アスカの無事を知り再会を喜ぶも激しい怒りをぶつけられて罵られ、シンジの知る綾波レイはもういないことなどを告げられ、ただただ愕然とするばかりであった。そこへアヤナミレイ（仮称）の駆るEvangelion Mark.09がヴンダーを急襲し、綾波と変わらぬ声を聞いたことで綾波は生きていると確信し、真相を知るミサト達と激しい口論の末、彼女たちへの不信感と怒りに任せMark.09と共にNERV本部へと向かった。
廃墟同然と化したNERV本部で、再会したゲンドウには時が来たらエヴァに乗れとだけ言われ、アヤナミレイ（仮称）からも素っ気ない態度を取られた結果、完全に孤立状態となってしまうも渚カヲルに出会い、彼に半ば依存する形で心を癒していく中、自動支給されていた着替えのワイシャツに「鈴原トウジ」の名前を見て怖い考えがあふれ出し、不安に駆られてカヲルに事の真相を問い、カヲルに世界の惨状を見せられながら、サードインパクトにより人類が壊滅的打撃を受けたこと、その元凶が「綾波レイを助ける」というシンジの「我が儘」で起こされたニアサードインパクトであること、多くの人々の命さえも奪ったことを告げられ、絶望の淵へと追いやられてしまい、また冬月により、母である碇ユイがシンジの眼前でエヴァ初号機のコアへのエントリー実験の結果帰らず「その記憶さえ消去されていた」ことや、アヤナミレイ（仮称）を始めとする綾波シリーズの真相、そして何より助けたと思っていた綾波を助けられていなかったことを告げられた結果、意識が混濁し、エヴァや人々、全てを拒絶し心を閉ざしてしまった。
唯一の支えであるカヲルにさえシンジは不信感から拒絶するが、カヲルはシンジにつけられた「DSSチョーカー」を外して自らの首に付け、『ロンギヌスの槍』と『カシウスの槍』、そして第13号機を使えば世界を修復することができるとシンジに告げ、その言葉を信じ、彼と共に第13号機でセントラルドグマへと向かい、二本の槍をリリスから引き抜くため再びエヴァに乗ることを決意。
しかし人類補完計画を目論むゲンドウらの罠により、槍は二本とも『ロンギヌスの槍』となっており、ドグマ最深部にてネルフの目論見を阻止しようとするアスカの改2号機と交戦、苦戦しつつも退け、直前に真実に気付いたカヲルに制止されるも、「槍を手に入れて世界を元に戻したい」という藁にもすがる思いから、制止を聞かずに13号機を独断で操作し、強引に槍を引き抜いてしまった結果、エヴァMark.06の中から復活した第12使徒の侵食を受け、カヲルが第1使徒から第13使徒に堕とされると共に、彼をトリガーとして第13号機が第12使徒を吸収して覚醒。フォースインパクトが発動してしまった。
シンジ本人は自らの意志と信じて行動したが、結果的にゲンドウの思惑通りに駒として動いたに過ぎず、再び自らの過ちにより惨状を引き起こしたことで、自責の念と罪の意識に苛まれる中、追い討ちをかけるようにカヲルの「DSSチョーカー」が作動しカヲルは絶命、既にシンジのコントロールを離れた13号機はガフの扉を開き、マリが駆る8号機によりエントリープラグを緊急排出されたことでフォースインパクトは収束しガフの扉が閉じたことで事態は収束したが、シンジは精神的に完全に疲弊し虚脱状態に陥り、そこへ同じく生還したアスカとアヤナミレイ（仮称）が現れ、アスカに促されて共に赤い大地へと歩き出した。
ゲーム版
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド 特別編』の追加エンディングにおいては、やけ酒ならぬやけコーヒーを披露しており、14杯以上もコーヒーを飲み続けゴミ捨て場で酔いつぶれるというシーンがある。
『新世紀エヴァンゲリオン2』では、条件次第ではゲンドウと和解し、二人で並んで釣りをするエンディングを見ることが出来る。
『名探偵エヴァンゲリオン』では内向的な性格はさほど変わってはいないが、全世界共通の模擬試験で1位となるほどの天才的な頭脳を持ち、NERVの特命捜査官に任命される。なお、シンジの回答によって3794件の未解決事件が解決したという。
「スーパーロボット大戦シリーズ」では、内向的な性格を反映して弱気な性格であることがほとんどである。『スーパーロボット大戦F』では出撃を拒否した所をブライト・ノアに殴られて「父さんにも殴られた事が無いのに」と、かつてのアムロ・レイと同じ台詞を言い、「今の貴様は逃げているだけ」、「始めは無理矢理だったとしても、自分で決めたことなら最後までやり通してみせろ!!」と檄を飛ばされパイロットを続ける決意をする。また「昔のアムロと似ている」と称されている。『スーパーロボット大戦α』では家出して街を彷徨っていた時にロンド・ベル隊のパイロットに遭遇し、彼等の会話から再びエヴァに乗り込むことを決断する。『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』では『α』の戦いを戦い抜いたことによる確かな自信を持ち、性格も強気になっている他、戦うことに悩んだり地球降下後にフレイ・アルスターを巡ってサイ・アーガイルに暴力を振るったキラ・ヤマトを諭す場面もあった。『スーパーロボット大戦L』では新劇場版の設定で登場。招集され第3新東京市に転校するまでは御崎町に住んでおり、早瀬浩一の後輩として設定されている。『第3次スーパーロボット大戦Z 時獄篇 / 天獄篇』においても同様で、新劇場版設定で登場。『天獄篇』では『Q』の設定から、第13号機に搭乗しそちらがメインとなる。『スーパーロボット大戦V』ではシンジは「エヴァ搭乗前からトウジ、ケンスケと友人」という設定。暴走した初号機をマジンガーZがほぼ単独で止め、結果的に初陣で自身とトウジ、ケンスケが甲児一人に助けられ、恩義と親愛を感じる。また、未熟者トリオ（シンジ、バナージ、ハサウェイ）として竜馬とゲッターチームの猛特訓を受けて強く逞しく成長する。その後は「第6の使徒を仲間たちのフォローで撃破」「疑似シン化で第10の使徒を倒して綾波を救出し、第9の使徒から竜馬がアスカを助けたことで二人とも生き残り、ニアサードインパクトも発生しない」「暴走したマジンガーZEROを止める」と成長ぶりを存分に発揮し、心身共に逞しいシンジとして最終話を迎える。
他作品への登場
庵野秀明やGAINAX・カラーが直接手がけた事例ではないが、2018年の連続テレビアニメーション『新幹線変形ロボ シンカリオン』（以下『シンカリオン』）において、劇中に登場するロボット「シンカリオン500 TYPE EVA」の運転士という設定で登場。声は原典同様、緒方恵美が担当。現実世界で展開された新幹線と『エヴァンゲリオン』のコラボレーション企画『新幹線：エヴァンゲリオン プロジェクト』から発展する形で登場する事になった経緯を受け、「『シンカリオン』の世界に存在する碇シンジ」という設定になっている。同コラボ回には、 洞木三姉妹（ヒカリ・コダマ・ノゾミ）、惣流・アスカ・ラングレー、綾波レイも登場している。また、音声のみながら葛城ミサトも登場している。
ひつじのしつじくん
2009年7月に発売されたNTTドコモのSH-06A NERV（シャープ製、AQUOS SHOT SH-06Aベース）にプリインストールされている「ひつじのしつじくん」はシンジのプラグスーツを着用している。同年8月には期間限定でマチキャラとしても配信された。
名前の由来
苗字の由来は船の錨と、庵野秀明の大学時代の友人で、広告デザイナーの碇義彦から。名前のシンジは庵野秀明の友人である映画監督の樋口真嗣から。