マルコポーロ事件
西岡による再反論
こうした通説の立場からの反論に対して西岡は、廃刊事件直後からパソコン通信（PC-VAN）上で、さらに1997年に『アウシュウィッツ『ガス室』の真実：本当の悲劇は何だったのか?』（日新報道）を出版し、再反論している。西岡は『マルコポーロ』の記事に部分的には誤りが存在したことを認めたうえで、「ドイツがユダヤ人を絶滅しようとしたとする証拠はない」「ガス室でユダヤ人が殺された証拠はない」という主張を維持している。
西岡による修正点は以下の通り。
＃サイクロンB（ツィクロンB）が青酸ガスを遊離し続ける時間が長時間である事と、サイクロンBの毒性の問題を混同し、サイクロンBの毒性が低いかの様な記述をしてしまった事＃同じくサイクロンBの使用に際して、サイクロンBを加熱する事が必須の操作であるかの様な記述をした事。
チクロンBは、青酸ガスを遊離します。そして、青酸ガスは猛毒です。ですから、そのことだけを考えれば、「チクロンBによる大量殺人」という話は、何も不合理ではないように思われるかも知れません。しかし、こうしたこうしたことをするのに一体どれだけ時間が必要か、ちょっと定量的に考えてみたいのです。今、「定説」側が説明するように、「大量殺人」の目的で、チクロンBを「ガス室」に投げ込んだとしましょう。すると、投げ込まれたチクロンBは、先に述べたような原理で青酸ガスを遊離し始めます。ところが、ここで考えなければならない問題があるのです。それは、そうした青酸ガス遊離がどれくらい続くのか、という問題です。即ち、青酸ガスを吸収または吸着したパルプ片など（チップ）が「ガス室」に投げ込まれる。そして、その投げ込まれたチップから青酸ガスが遊離し始める。それは分かります。しかし、それでは、その青酸ガスの遊離が完全に終わるまでに、一体どれくらいの時間が掛かるのか。それを考えなければなりません。即ち、缶を開けてチクロンBの中身（パルプ片などのチップ）を出すと、それらのチップは青酸ガスを遊離し始めます。それを「ガス室」に投げ込んだのだと「定説」は言うわけですが、ここに重大な問題があります。それは、投げ込まれたチップからの青酸ガス遊離が終わらない内は、「ガス室」内部での青酸ガス遊離は続くということです。従って、その間は、「ガス室」を換気することは無意味ということになります。また、当然のことながら、その間は、「ガス室」の扉を開けることも、その中から死体を搬出することもできません。ですから、その「ガス室」での「大量殺人」に従事する作業員たちは、たとえ「ガス室」の中の人間が全員死んだとしても、「ガス室」内部でチクロンBが青酸ガスを遊離し続ける間は、「ガス室」の扉を開けることもできず、その外で待ち続けなければならなかったはずなのです。ところが、戦前チェコのプラハで発行されていたチクロンBの使用指示書（NI-9912）や、チクロンBの製造元が発行していた使用説明書を読むと、こう書かれてあるのです。チクロンBから青酸ガスが遊離し続ける時間（Einwirkungszeit）は、摂氏5度以下の場合で32時間、加熱すれば遊離は早まり、この時間を短縮できるが、それでも最低6時間にはなる、と。つまり、気温によって差はありますが、一旦チクロンBを缶から出したら、最低でも6時間は、青酸ガスを遊離し続けるということです。それどころか、気温が低ければ（摂氏5度以下の時）、32時間も青酸ガスが遊離し続ける場合もある、ということなのです。ですから、もしそのチクロンBを「ガス室」に投げ込んだら、投げ込まれたチクロンBは、5度以下では32時間、加熱した場合でも最低6時間は、青酸ガスを遊離し続けることになるのです。当然、その間は、たとえ「ガス室」内部の人々が全員死亡したとしても、「ガス室」を換気することも、扉を開けることもできない、ということになります。その上、プラハで発行されていた前述の使用指示書（NI-9912）や、チクロンBの製造元が発行していた使用説明書を読むと、こんなことも書いてあるのです。チクロンBを使って倉庫などの害虫駆除を行なった場合、その倉庫などの換気にどれくらい時間をかけるべきか、という記述があるのですが、それらによると、10時間から20時間の換気をしないと安全ではない、というのです。つまり、チクロンBが遊離する青酸ガスに、壁などに吸着し易いという物理的性質があるからだと思われます。（また、別の資料には、こうした吸着性の故に、強制換気をしてもあまり変わりがなく、それよりも長時間、自然の通風によって換気した方がよいという記述があるそうですが、この資料は、私自身は未入手で読んでいません）
いつ、どんな場所でも、このような長時間の換気が必要だったとは思いませんが、今論じている「ガス室」の場合、中空の部屋などではなく、人間の体でびっしりと満たされた空間なのですから、普通の倉庫などよりも換気が困難なことは想像するまでもありません。そこで仮に、この数字をそのまま適用すると、チクロンBで「ガス室処刑」を行なった場合、これだけ時間が掛かることになります。前述のように、チクロンBの青酸ガス遊離が終わるまでに最短でも6時間、最長で32時間。そして、換気に10時間から20時間というわけですから、合計して、最短で16時間、最長で52時間。「ガス室」にチクロンBを投げ込んで「処刑」を開始してから、「ガス室」の換気を終了するまでに、これだけ時間が掛かるということです。これが、「民族絶滅」の方法なのでしょうか？
サイモン・ウィーゼンタール・センターによる抗議と広告ボイコット運動
発売直後にロサンゼルスのユダヤ人団体サイモン・ウィーゼンタール・センター（SWC）とイスラエル大使館は『マルコポーロ』編集部に抗議を開始。またSWCは『マルコポーロ』のこの号が発売された直後に駐米日本大使に記事を非難する書簡を送った。またSWCは文藝春秋に広告を出稿する企業に向け文藝春秋に一切の広告を提供しないよう求めた。ただし廃刊までは求めなかった。この広告ボイコットには欧米企業だけでなく日本企業も応じ広告ボイコット運動を是とした。欧米企業はもともと文藝春秋に広告を出稿している企業が少なかったため呼びかけに呼応する企業数は日本企業のそれよりも少なかった。呼応した企業のひとつであるマイクロソフト社は廃刊が発表された後にボイコットに応じている。
『マルコポーロ』編集部はSWCに反論のページを10ページ提供すると提案。しかし、SWCは反論書に対する編集権が『マルコポーロ』編集部にあり反論を掲載すべきメディアとして不適当として無編集掲載を要求したが『マルコポーロ』編集部はこの要求を拒否した。その結果徹底的な広告ボイコット運動が続けられることになった。広告出稿企業はこうした運動を無視して広告を出稿する自由があったが、多くの出稿企業はSWCに理（と利）有りとして『マルコポーロ』を含む『文藝春秋』各誌への出稿を自発的にとりやめた。こうして文藝春秋は企業存続の窮地に陥った。西岡が雑誌のインタビューなど述べたところによれば、『マルコポーロ』廃刊の決定がなされる直前、文春社内では「経験したことのない事態」であるとの発言があったほか、「早く何とかしないと『ニューヨーク・タイムズ』が動き出す」といった発言をした幹部がいたと言う事実を文春関係者から聴いたという。なお記事執筆者の西岡には雑誌編集権が無いため雑誌の編集をめぐる抗議や圧力は寄せられず、『マルコポーロ』廃刊が発表された後に記事の執筆者責任をめぐる批判が寄せられるようになった。
文藝春秋による謝罪と『マルコポーロ』廃刊
発売から13日ほどが経った1月30日、文藝春秋は編集権は執筆者ではなく編集部であり発行責任は出版社自身にあるとして西岡には相談せず、出版社として「記事は誤り」と発表し公的な謝罪をすると共に、『マルコポーロ』の廃刊と花田紀凱編集長の解任、記事に関係する幹部構成員の更迭を行った。田中健五社長は廃刊を発表した1995年2月2日のホテル・ニューオータニでの記者会見で社長の職に留まると述べたが、後に社内外から批判を浴び、結局、2月中旬に田中健五は代表職を辞任した。廃刊により文芸春秋の社員有志がSWCでのセミナーやアウシュヴィッツ見学に参加した。『マルコポーロ』1995年2月号の回収は、実際には行われていない。
廃刊が発表された1月30日、外務省の斎藤事務次官は記者会見を開き、外務省の見解として「廃刊措置は適切だった」と述べている。
江川紹子による指摘
この廃刊の決定を、阪神大震災の被災地で取材中に聞いた江川紹子は、次の様に回想している。
明石市から被災地に入って、毎日少しずつ移動しながら8日目に西宮市に到着した。もちろん今回の阪神大震災の取材のためである。1月30日、今回の取材日程も最終日となった日の午後3時頃のことであった。携帯電話が鳴った。「突然ですが・・・」聞こえた文藝春秋社の月刊誌『マルコポーロ』のKデスクの声は暗く深刻だった。「マルコが廃刊となりました。今売られている号で最終号です。次号は出ません」「ウソでしょう。なぜ・・・」
ユダヤ人のホロコーストを巡る記事が問題になって、ユダヤ人の団体から抗議を受けたとのこと。交渉中だったが、会社が廃刊を決め、それが産経新聞に出るという話だった。青天の霹靂とはまさにこのことだ。
江川は、統一教会やオウムを巡る報道を通じて、文春と親しく、『マルコポーロ』編集部にも、花田紀凱を始めとする知人を持っていた。
『マルコ』については、以前から休刊の噂はあった。今回の思い切った判断は、『マルコ』だったからのことではないのか。これが『週刊文春』や『文藝春秋』だったら、ろくに交渉もせずに、同じような対応をしただろうか。なにしろ今回は、役員でもない塩谷北米総局長がセンターとの交渉に当たるだけで、田中社長など役員は相手方と直接会って交渉することもせずに、結論を出しているのだ。
『マルコポーロ』が赤字であった事に加えて、事件の際、SWCとの交渉の窓口であったのが、塩谷北米総局長（当時）であったと言う指摘である。塩谷はまた、後述する2月2日にホテル・ニューオータニで文春とSWCが開いた共同記者会見において、田中健五の隣に席を取り、田中の発言を注視している。
西岡による批判
廃刊が発表された1月30日（月）、問題となった論考の執筆者である西岡は、朝日新聞夕刊紙上（社会面）で、文春の一方的な決定に対する強い怒りを表明した。この朝日新聞夕刊に掲載された西岡の主張は文春の謝罪と食い違っていたが、新聞で西岡が語ったとされる主張は西岡自身の主張である事実に違いはなかった。
西岡は、廃刊発表の2日後の2月1日に総評会館で木村愛二企画による記者会見を開いた。一方、文春関係者の一人も廃刊が発表された1月30日の夜西岡に電話をかけ文春・SWCに対抗する記者会見を開く事をひそかに提案しており当時の文春社内での社員の不満が伺える、と西岡は述べた。が、それらを含めた会見発言や発言内容の動揺は執筆者の責任回避と受けとめられ、記者会見の西岡の主張が在京マスメディアで好意的に受け止められることは無かった。
厚生省による職務専念義務指導
廃刊発表の翌日の1月31日、当時厚生省職員であった西岡の行動に対し、厚生省は国家公務員法が規定する職務専念義務を西岡に求めるため、勤務病院幹部を通じ事件について今後一切発言をせず職務に専念するよう指導した。。またその翌日に行われる事となった記者会見を中止するよう強い指導を実施した。厚生省直轄の勤務病院で「西岡はなかば軟禁状態に置かれた」と「西岡は」主張している。だが、警察への被害届は無く、後述するように実際には出入り自由であった。
記者会見当日の2月1日、西岡は、執筆記事への批判から精神不安定状態になりこのままでは病院から出られないのではないかと思いこみ、記者会見に出席しないという嘘を関係者に流し「厚生省側を安心させた」と思い込んだ上で、病院の前に迎えに来た『サンデー毎日』の車で都内の記者会見会場に向かった。厚生省からの職務専念義務指導について西岡は記者会見冒頭で官庁名は出さないままに強く批判した。しかし、翌日の朝日・毎日・読売・日経は、西岡による記者会見自体は伝えながら、西岡が記者会見冒頭で抗議した厚生省による「介入」については、裏づけ取材によりその事実が無く単に職務専念義務指導にすぎなかったため報道をしなかったことが明らかになっている。（ただし反連合国史観の論壇誌『正論』は「官庁による圧力」という西岡の主張を「西岡の主張」として報じている）
文藝春秋社とSWC共同記者会見
2月2日、文藝春秋社とSWCはホテル・ニューオータニで共同記者会見を開催した。廃刊の決定に不満を持つ元編集者は、取締役会の方針に反してホロコースト見直し論者であるフリージャーナリストの木村愛二を会場に乱入させ、木村は野次をとばすなどして会見を妨害した。また会場では『マルコポーロ』次号にルポルタージュ掲載予定だったフリー・ジャーナリストの江川紹子も現れ、マルコポーロの記事の内容は支持しないと表明したうえで、自分が取材した記事掲載がつぶれたことの不満をSWCの抗議方法に批判の矛先を向けることで表明した。江川は、SWCを強く批判したが、出稿企業がSWCの広告出稿中止要請を自由に拒否することができたという事実や「出稿企業側の判断の是非」や「ホロコースト犠牲者を冒涜する記事に広告を出し利益を得る企業の倫理欠如」といった問題については沈黙を守った。記者会見で江川紹子は次の様に述べた。。
田中社長の記者会見について。
田中社長は記者会見の中で自らの責任を問われ、きょとんとした表情で「どういう責任ですか？とってますよ。こうやって。僕がやめちゃってどうするんですか」と問い返した。日本を代表する出版社の一つである同社がこのような不透明な決着をしたことの重みを分かっているのかと首を傾げたくなった。田中社長の陽性な気質は攻勢にある時は、帆に順風を呼び寄せる力となったのだろうが、このように「守り」の態勢では逆風を煽る。隣の塩谷北米総局長が、田中社長が次に何を言い出すか心配そうに見つめ続けていたのが印象的だった。この点に限らず、田中社長の会見での表情は、「身を切られるような決断」（会見での発言）をしたとは思えない、明るいものだった。記者の中からも「今日の会見の雰囲気をみていると、ややこしい問題は早く謝って切り抜けようという感じが伝わってくる」という感想も出たほどだ。田中社長の言動に会見場では何度か失笑が漏れたのだが、当人は「なぜ笑いが出るのか分かりません」と首を傾げていた。（中略）最近部数が伸びてきたとはいえまだまだ赤字の『マルコ』だから、そう迷うこともなく切る決断をしたのではないか、との懸念は、今回の田中社長の表情を見て、ますます膨らむばかりだ。それにしても、と思う。私はこの記者会見で、田中社長が苦渋に満ちた表情、断腸の思いを滲ませた口調があれば、自分自身を納得させようと思っていた。そうでなくても、サイモン・ウィーゼンタール・センター側の説明が真に胸を打つものであれば、こうした結論も仕方がないとあきらめがついたかもしれない。しかし、残念ながらそのどちらもなかった。
SWC、クーパー師についての批判。
そしてクーパー師にも私は失望した。彼は「今回の記事は、投下されたのは原爆でなく、普通の爆弾だったと書かれたようなもの」としながら、問題になった原爆切手の発行について触れ、「切手のデザインに対して、日本から信じがたい感情的な反応があった。その結果原爆の被害を受けた人々の思いを汲んでデザインが変えられた」と述べた。（中略）同センターは「ユダヤ人の人権団体」とマスコミで紹介されているが、本当に人権問題に取り組んでいるのなら、このようにな発言はできるはずがない、と私は思う。ましてや原爆切手に対する反応を「信じがたい感情的な反応」と表現するに至っては、まさに絶句してしまった。言論の自由についての私の質問も半ばはぐらかされてしまった。重ねて回答を求めたが、質問の時間が制限され、かなわなかった。同師は一つの質問に対し、私たちには理解できないユダヤの例え話を含め雄弁に語った。あまりに話が長すぎて、「演説を聞きに来たんじゃない。これじゃ質問ができないじゃないか」という声も上がった。
宅八郎の指摘
『週刊SPA!』にコラムを連載していた宅八郎もこの記者会見に出席したが、繰り返し挙手をしたにもかかわらず、最後まで指名されなかった。宅八郎は、この日の記者会見場の空気をこう描写している。
いやあ、ボク、会場入り口の受付で、文春の人に念を押されちゃった。「頼みますよ、宅さん」だって。不穏なものを感じたのかな（笑い）集まった記者の数、数100人。外国人記者も多かった。みんなマジメ。間違っても芸能レポーターはいない。同時通訳の電波で流される受信機のイヤホンをみんなが耳に突っ込んでるのが異様だった。ボクの存在も浮いちゃってたけどな。会見は、文春の全面謝罪白旗降伏なんだけど（当たり前か）、花田編集長が来てなくて（呼ばれてなくて）、記者たちは不満顔。記者の追及の矢面に立ったのは、田中社長だった。それでボクも、最前列で、質問しようと2時間もずっと手を上げてた（笑い）。だけど、司会者はボクだけは完全無視してて、絶対に指してくれないんだよな。チェッ。事件について整理しておく。まず、「歴史好きの医者」が書いた「ナチ収容所でのユダヤ人虐殺はなかった。なぜなら証拠がない」という記事にはかなりズサンな印象を持っていた。「証拠がないから歴史にない」というのは乱暴だからだ。ただしボクは、人間、あらゆる見解を持つことは自由だと考えている。だから断定でなく、それまでの定説に疑義をていする範囲であれば、問題は少なかっただろうと思う。（表現の自由の範囲外として、ホロコースト否定を唱えた者を罰するドイツの法には疑問があるが、少なくとも「ナチス問題」の当事者国の民意としては一定「認識」は必要だろう。）それを断定的に「公表」するには、明証責任が発生する。つまり、記事に「ガス室は歴史上なかったという証拠」を提出しなきゃならなくなる。ユダヤ側も発言していたが、やはり記事を断定支持したととれるリード文が、出版責任として問題となったのだろう。しかし、会見の文春側の対応は、しどろもどろ。「何が問題なのか。何を謝罪しているのか」さえ曖昧なものだった。記事に事実誤認があったのかどうか、掲載したことが問題なのか、ハッキリ認識していないようでもある。事実誤認があったというなら、「どこが」を指摘しなければならない。思ったのは、ワイドショーのレポーターじゃないけど、「社長、それで、ガス室はあったんですか！なかったんですか！」という質問がとべば、文春は困ったんじゃないか（笑い）。それがたんに「ひでえ記事でユダヤ人を侮辱してすんません」なんてコメントじゃ、記事を書いた人だって怒るだろう。今回、著者を置きっぱなしにして、文春がとった措置（回収・謝罪・廃刊）に著者自身は怒っている。出版社の著者に対する無責任だと感じた。これじゃ「載せ逃げ」だ。著者一人に責任を取れずに、ユダヤ人に責任を取ったつもりなのか。著者に対する責任をどう考えるのか。これは、同じく著者として生きている人間にとっての大疑問である。その無責任さは、廃刊にもつながっているよう思う。頼まれたわけでもないのに、勝手に自発的に廃刊にしたんだぜ。議論の余地をみずから絶つ「廃刊」なんて無責任だろう。建前だけの謝罪。「謝ってあげよう」「廃刊するんだから許して」としか思えなかった。しかし、会見ではマジメな新聞記者の質問も、建前しか返ってこないものではあった。「事件は今後の出版方針にどう変化を与えるでしょうか？」なんて聞いてどうするんだ。（笑い）ボクも指名されたかったなあ。なぜか、有名新聞記者ばっかり質問していたな。
イスラエル大使館の見解
こうした騒動の中で、イスラエル大使館の行動は慎重で、SWCとは距離を置いていた。
1995年2月8日産経新聞夕刊において、ガノール駐日イスラエル大使（当時）は「過剰に反応するのは日本とイスラエル双方にとって危険この上ない」と発言した。西岡はのちに「ガノール大使（当時）のこの発言はイスラエルが暗にSWCの過激な反応を批判した物ではなかったか？」と論じている。
またイスラエル大使館は『週刊現代』の取材に対して、「これが原因で、強大なユダヤの力によって雑誌を廃刊させたなどといわれ、ユダヤに対する偏見を助長させないかと心配しています」と述べている。
ポーランド大使館の態度
また、記事の中で西岡に「ガス室を捏造した」と名指しされたポーランド大使館は沈黙を守っている。新聞、テレビは、ポーランド大使館の沈黙に注目しなかったが、『噂の真相』は、ポーランド大使館に沈黙の理由を問い合せている。この『噂の真相』からの問い合わせに対し、ポーランド大使館は「既に抗議活動が起きていたので、それに加わる必要はないと考えた」という意味の回答を寄せている。
執筆者主催による炎上集会
木村愛二は、2月15日及び2月18日に総評会館で討論集会を開き、2回の公開討論は木村愛二が営業する木村書店から販売された。こうした木村による自称「討論集会」なる炎上商法のための席には、月刊『創』編集長の篠田博之が企業広告の萎縮を懸念する立場から司会者として加わった他、アメリカのユダヤ人で、左翼リベラルの立場からホロコーストの再検証を行っていたビデオ作家のデイヴィッド・コール（David Cole）や、科学史を専門とする常石敬一が参加した。
2月18日の討論会の場で、常石敬一は、ナチスドイツは、アウシュヴィッツ等のガス室で、議論の多いツィクロンBを使ったのではなく、サリン等の神経ガスを使用したのではないか？と言う新説を述べた。又、同じ2月18日の討論会の場で朝日新聞記者が「ヒトラーが演説の中でユダヤ人絶滅を予言していたのでは？」と質問しコールが反論する場面などがあったが、議論は最後までかみ合わなかった。
アジア記者クラブ主催講演
アジア記者クラブは、西岡と木村を招いて、会合で二人にマルコポーロ廃刊事件とホロコースト見直し論に関する講演を行わせた。西岡と木村が掲載メディアを失ったことに対して同情的なメディアもあったが、ホロコースト見直し論者である西岡と木村を招いて講演を行わせた事に歴史修正主義的な歴史認識に批判的な同記者クラブ関係者は反発し欠席するなど、同クラブの反応は分かれた。
オウム真理教への強制捜査などの報道の中、世論の多数が廃刊やむなしで収束したことにより、この事件の報道は下火となっていったが、文藝春秋社で開かれたSWCによるセミナーのやりとりが密かに録音され、『噂の真相』で記事として暴露されただがこのような散発的に書かれるセンセーショナルな記事も、マルコポーロ編集部の編集責任の欠如を結果的に強調するものとなり、マルコポーロ廃刊やむなしとの世論を補完する方向に作用した。
渡辺武達による批判
一方、同志社大学教授の渡辺武達は、雑誌『第三文明』1998年9月号にて、文藝春秋を次のように批判している。
文藝春秋はもともと、(1)販売政策としてもうかる(2)結果として記事が市民層を揶揄し、権力層の好む方向での世論形成になる、という条件のいずれかをクリアーしさえすればなんでもしてきた会社だから、この廃刊についても外向けにはユダヤ資本のからむ広告主が圧力をかけたから……などと、俗耳に入りやすい説明が流れるままにまかせ、「自分たちは弱者、被害者だ」というカマトトぶりを演じた。広告主……については、私もまたそれが廃刊の理由の一つだと思う。が、この文藝春秋は、とりわけその雑誌記事を分析すれば分かるように、新潮社とおなじく公安権力との関係が深く、オーディエンス（読者・視聴者）を誤導する情報提供をしばしばしてきたところであることを私たちは忘れてはならないだろう。 
さらに、文藝春秋取締役であった岡崎満義が、1996年6月10日の情報化メディア懇談会での講演において、西岡記事は正しかったこと、ユダヤ人団体（SWC)は「テロ組織」と示唆したうえで、「『マルコポーロ』誌の廃刊の理由は記事内容が間違っていたとか、広告量が減ったことなどによるものではなく、ある筋からいまのままでは日本の海外駐在員がテロにあう危険性があるという情報が入ったためである」と発言している。
この岡崎発言について渡辺は、「思わせぶりに語られる「ある筋」とはどこなのか。これは文藝春秋という出版社が外向き用と内向き用では正反対の「舌」を平気で使い、同時にたえず自己弁護をはかっている、げに恐ろしいところであることをよく表している」と文藝春秋を批判した。
花田編集長の動向
『マルコポーロ』編集長の職を解かれた花田は事件後、文藝春秋の閑職とされる戦後史企画室に異動となった。異動後は心機一転、新雑誌の企画を提案していたが上層部に相手にされないことが多かったことから、だんだんと出社しなくなり、事件の1年後に文藝春秋社を退社した。同時に『朝日新聞』が立ち上げた女性向け月刊誌『UNO!』編集長に就任し、マスコミを驚かせた。
花田の朝日新聞移籍に際しては、朝日新聞の本田雅和が自社批判を展開している。
なお、この『マルコポーロ』最終号の表紙を飾っていたのは、後にテレビドラマ『医龍』等で人気を集める女優稲森いずみであった。
インターネット
こうした事件後の報道がなされた当時、インターネットは、まだ普及していなかった。しかし、PC-VANでは、この問題を巡る討論がなされ、この討論には、西岡自身も参加している。このパソコン通信上の議論については、月刊「創」がこれを伝えた他、ホロコースト見直し論（否認論）を厳しく批判する歴史学者たちも関心を寄せ、自分たちの座談会を収録した単行本『ショアーの衝撃』において、簡単にではあるが、言及している。
風刺漫画
漫画家では、やくみつるといしいひさいちが対照的な視点から事件を風刺した4コマ漫画を描いている。やくみつるは記者会見での西岡を揶揄する4コマ漫画を描いている。それに対していしいひさいちは、文春とSWCが共同記者会見をしている場面から始まり、4コマ目にイスラエル占領地のユダヤ人入植者がガス管を持ちながら「ガスが出ないぞ」と言っている光景を「入植地にガスはなかった」と言う太文字と共に描いて、やくみつるとは対照的な視点から『マルコポーロ』事件を風刺している。またマッド・アマノも『フォーカス』の狂告の時代でこの事件を風刺したパロディーを描いている。
言論の自由などに関する事件への批判
一連の事件が収束した後も、この事件を巡る論争が継続した。重要な争点のうちの一つは言論の自由の観点から提出されたものであった。そこではSWCによる広告ボイコット運動という手法と、それに応じて文藝春秋社が取った措置の両方が批判された。
月刊『創』編集長の篠田博之も「この種の言説を紹介するだけでも雑誌廃刊のような目にあうのではと、この問題について言及するのを避けるメディアもあるようだが、これこそまた1つのマスコミ・タブーを作り出すことにほかならない」と批判している。
更に、記事の執筆者である当時厚生省の職員（医務官）であった西岡が厚生省から記者会見中止の圧力を加えたことは、中央官庁による言論介入が行われたことを意味し、重大であるが、当時の新聞・テレビは、こうした問題を深く掘り下げて報道しなかった。
江川紹子によるサイモン・ウィーゼンタール・センター批判
この措置によって文藝春秋社が執筆者に一言の相談も無く、記事の内容を取り消し、広告ボイコットの圧力に屈したとして江川紹子は、西岡記事は支持しない立場を明確にした上で、広告ボイコットという行為については厳しい批判を加えている。
第一に、問題の記事をどう考えるかという点だ。私は前述のように、この記事を支持しない。（中略）第二の問題点は、サイモン・ウィーゼンタール・センターのとった、広告ボイコットという手法についての評価だ。（中略）ウィーゼンタール・センターの今回の手法は、民主主義のルールを踏み越えていると思う。クーパー師は「広告拒否という強硬手段は異例なことだった。ボイコットは大変深刻な場合のみである」と述べたが、私はその答えでは納得できない。『マルコ』側は反論の機会を用意していた。（それが同じ号に掲載するべきだったことは前述の通りだが）。『マルコ』に西岡氏の記事の倍のスペースを求めて、同センターが調査したホロコーストの実態を伝えることもできた。あるいは謝罪を求めるにしても、『マルコ』で出された記事については『マルコ』誌上で詫びさせるのがスジだろう。ところが、同センターはなんの交渉もせず、広告主へのボイコット要請を行った。（今私の手元にあるマイクロ・ソフト宛のボイコット要請文書は1月19日付である）。当初から広告による圧力を行ったのだ。仮に文春あるいは『マルコ』編集部の側に交渉の誠意がない場合は、このような強硬手段もやむを得ないだろうが、この場合はそうではない。（中略）確かに、言論の自由は面倒くさい側面がある。分かり切ったことであっても、異論が出た時には、きちんと言論によって反論しなければならない。いちいちそうした手間をかけるのは、時に面倒なものだ。しかしそれは、いかなる内容のものであれ、優秀な独裁者を抱くよりも民主主義を選択している私たちにとって最も大切な原則の一つ言論の自由を守るための、いわば経費である。私たちが惜しんではならない手間ではないだろうか。自由な議論の中で、事実に反する言論は淘汰されていくだろう。
江川紹子は、更に、こう懸念を述べている。
今回の事件で、ユダヤ人を巡る問題は完全なタブーになるだろう。前出の木村氏は、西岡氏と同じ立場で単行本を出す予定だが、「新聞広告は出してもらえないし、流通も通常のルートからは拒否されそうな状況」（出版社）という。ホロコースト否定でなくても、ユダヤ人批判は当分マスコミから消え失せるだろう。それがユダヤ人に対する新たな偏見や差別を生む危険は大いにある。同センターとは別に、冷静に（かつ 然と）交渉を持とうとしたイスラエル大使館が「これが原因で、強大なユダヤの力によって雑誌を廃刊させたなどといわれ、ユダヤに対する偏見を助長させないかと心配しています」（『週刊現代』に対するコメント）と危惧するのも当然だろう
歴史学者石田勇治のコメント報道
事件当時、『サンデー毎日』1995年2月19日号は、小野博宣による電話取材で、東京大学助教授（当時）石田勇治(ドイツ現代史)の次のようなコメントを掲載した。
『中吊り広告を見てすぐ買ったが、驚いた。不正確な記述としかいいようがない』というのは、ドイツ史が専門の石田勇治東大助教授。『タネ本はすぐ分かる。ロンドンで出版された『ロイヒター・レポート』という本で、これはネオナチのバイブル。『マルコ』では欧米で論争になっているように書いているが、歴史研究の立場からすると、論争などまるでない。ヒトラーの虐殺指令書がないとか、ドイツ国内に『絶滅収容所』がないというのは本当です。しかし、筆者（西岡）の発想とはまるで逆に、『命令文書がなかったから虐殺はなかった』ではなく、『命令文書がないのにあれだけの虐殺があったのはなぜか』という研究が数多くされている。また、サイクロンBに関する研究もたくさんあり、十分殺傷能力があるとされている。ドイツでは保守派の学者でも『ガス室はなかった』とは言っていない。史実に反することですから。』
この石田勇治のコメントに対し木村愛二は、石田自身が「タネ本」とされるロイヒター報告を読んでもいないし、入手してさえもないと語ったして、自著の中で批判している。
『サンデー毎日』（2・19）も『マルコ』記事の評価を簡単な電話取材でごまかした。 「『中吊り広告を見てすぐ買ったが、驚いた。不正確な記述としかいいようがない』というのは、ドイツ史が専門の石田勇治東大助教授。『タネ本はすぐに分かる。ロンドンで出版された「ロイヒター報告」という本で、これはネオナチのバイブル（後略）』」 本人に直接たしかめたところ、『ロイヒター報告』そのものを読んでいるどころか、実物を見てもいない。ドイツ語の見直し論批判本の名を二つ挙げただけだった。こんなズサンな肩書きだけの談話記事で、西岡が「ネオナチのバイブル」を引き写して作文したかのような印象が作りだされているのだ。 石田はさらに、「歴史研究の立場からすると、論争はまるでない」としているが、論理矛盾もはなはだしい。本人が「二冊持っているドイツ語の本」そのものが、論争の存在の立派な証明である。論争とは、権力御用、学会公認の公開論争だけを指すのではない。
石田勇治はその後、木村の批判には直接答えることはせずに『ジャーナリズムと歴史認識』（凱風社、1999年）や『過去の克服 ヒトラー後のドイツ』（白水社、2002年）といった著書で、戦勝国によるニュルンベルク国際軍事裁判だけでなく、戦後のドイツ司法当局が現在も続けている「ナチ裁判」、とくにアウシュヴィッツ収容所の重大犯罪（謀殺罪）を裁いたフランクフルトでのアウシュヴィッツ裁判を紹介し、ホロコーストが動かぬ事実であるとした。
また石田勇治は上記『ジャーナリズムと歴史認識』に「アウシュヴィッツ＝ビルケナウ絶滅収容所の史料から」を寄稿して、木村や西岡が問題視するアウシュヴィッツ基幹収容所跡地のガス室の歴史を説明したうえで、ガス室の存在を示す当時の史料を詳しい説明とともに掲載した。しかし、西岡は「ユダヤ人絶滅を命じた命令書」が発見されていないと指摘しており、現在もそうした公文書（命令書）は発見されていない。
歴史学界の動向
欧米の歴史学界（アカデミズム）ではホロコーストに関する実証研究が進み、その歴史的な背景から要因、経緯にいたるまで明らかになっている。ユダヤ人絶滅命令がヒトラーによって口頭で下され、そのため命令書が存在しないことは歴史学界の常識となっている。
ホロコースト見直し論（ホロコースト否認、ホロコースト否定論とも）が欧米の歴史学界で取りあげられることはない。ただしドイツ、オーストリアでは、ホロコースト見直し論がネオナチや極右勢力の宣伝に利用されていることを重く見る歴史学者、学校教員、教育機関が、歴史教育の一環として、ガス室を含むホロコーストの実態に関する教育・啓蒙活動を行っている。またドイツ連邦内務省（ベルリン）、ナチ犯罪追及センター（ルードヴィヒスブルク）はネオナチ対策のひとつとして、同様の啓蒙活動を行っている。
日本の歴史学界では、ドイツ現代史学会が1995年夏の大会でこの問題（「マルコポーロ事件」）を取り上げたが、それ以外で取り上げられることはなかった。西岡の記事の内容に対しては、石田勇治（東京大学教授）、芝健介（東京女子大学教授）、永岑三千輝（横浜市立大学教授）、矢野久（慶應義塾大学教授）、栗原優（創価大学教授）、西川正雄（専修大学教授・東京大学名誉教授）などの歴史家たちが批判をしている。
日本の歴史学界では、文教大学の加藤一郎（西洋史）が、ホロコーストの事実見解を根底から見直す立場を取っている。
マルコポーロ・ガス室裁判
梶村太一郎（ベルリン在住のジャーナリスト）と金子マーティン（日本女子大学教授、社会学）は、マルコポーロ事件に関連して「週刊金曜日」1997年1月誌上でホロコースト否定論を糾弾した。
これに反発した木村愛二は、両者及び『週刊金曜日』を名誉毀損で東京地裁に訴えたが、地裁は「ホロコーストは世界にあまねく知られた歴史的事実」とした上で、「このような「歴史解釈」をめぐる論争は、我が国の法体系の下においては、本来見解が対立する者同士の自由な議論に任せられるべき分野の問題であって、法が濫に介入すべきものではない。」としてガス室の存在についての判断は行わず、名誉毀損については請求を棄却した。