ヴィリニュス大学
ポーランド・リトアニア共和国時代
1568年、リトアニアの貴族がヴィリニュスまたはカウナスにおける高等教育機関の設立をイエズス会に要請した。翌年、ヴィリニュス司教の Walerian Protasewicz が街の中心にある複数の建物を購入し、1570年、コレギウム（高等学校）を創設した。設立された当初、コレギウムには人文科学（文法、修辞、論理の三学科）、哲学、神学の3つの部門があった。最初に学生が在籍したのはコレギウムが創設された1570年のことで、この年には160人の学生が在籍した。同じ年には大学図書館も設立され、ジグムント2世によって2,500冊の本が寄贈されている。教育はラテン語によって行われていた。なお、その後17世紀初頭にはリトアニア語を母語とする学生にラテン語を教えていたという記録も残っており、またそこではコンスタンティナス・シルヴィーダスが編纂した辞書が用いられていたと考えられている。
1579年4月1日、ポーランド王兼リトアニア大公のステファン・バートリがコレギウムを昇格させ、クラクフ・アカデミー（今日のヤギェウォ大学）と同等の大学として認めた。これが大学としてのイエズス会ヴィルノ大学アカデミー（ラテン語: Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu）の正式な創設である。彼の布告は、1979年10月30日、教皇のグレゴリウス13世にも認められている。大学に昇格してからは、東方へのカトリック布教の拠点として機能していくこととなった。初代学長はピョートル・スカルガ (Piotr Skarga) 。彼はヨーロッパ各地から科学者を呼び集め、図書館を拡充し、ジグムント2世など多くの支援者を集めた。学生の3分の1はリトアニア人（1568年時点で約700名）で、その他ドイツ人、ポーランド人、スウェーデン人、さらにはハンガリー人の学生もここで学んだ。
1575年、ミコワイ・クシシュトフ公らの支援により大学に印刷所が完成した。これはこの地域で最も古い印刷所の一つで、ここではラテン語やポーランド語による本が印刷され、さらに1595年には、リトアニア語で書かれた、リトアニア大公国で印刷されたものでは現存する最古の本もここで印刷されている。この本は『Kathechismas, arba Mokslas kiekvienam krikščioniui privalus』と題され、ミカロユス・ダウクシャ (Mikalojus Daukša) によって書かれた。
アカデミーは17世紀まで発展を続けた。しかし、後に大洪水時代と呼ばれることとなる17世紀後半には、入学が許可された学生の数は劇的に減少し、教育の質も落ちた。18世紀半ばになると、アカデミー当局はアカデミーを復活させようと努めた。例えば、1753年には Tomasz Żebrowski によって、ポーランド・リトアニア共和国で最初の天文台が作られている。これはヨーロッパでも4番目に古い専門施設である。イエズス会の制度が衰退し1773年にはイエズス会が廃止されたため、その年には世界で最初の文部省とも言える国民教育委員会（ポーランド語: Komisja Edukacji Narodowej）がアカデミーを監督するようになり、その結果アカデミーは近代的な大学へと変革していった。 Marcin Odlanicki Poczobutt 学長の尽力により、1783年、アカデミーに「拠点学校」（ポーランド語: Szkoła Główna）の地位が与えられ、リトアニア大公国拠点学校（ラテン語: Schola Princeps Magni Ducatus Lithuaniae）と名称変更された。
ポーランド分割後
1795年にポーランド・リトアニア共和国が分割される（いわゆる第三次ポーランド分割）と、ヴィリニュスはロシア帝国領となり、アカデミーの名称もヴィリニュス拠点学校（ラテン語: Schola Princeps Vilnensis）に改名された。しかしその後も1803年までは国民教育委員会がアカデミーを監督していた。1803年、ロシア皇帝のアレクサンドル1世が新法令を承諾し、アカデミーをヴィリナ帝国大学（ロシア語: Императорскiй Виленскiй Университетъ）に名称変更した。
ヴィリナ帝国大学は栄え、ヨーロッパで最も大きな大学の一つとなった。当時、学生数でもオックスフォード大学を凌いでいた。しかし1823年、ロシア皇帝に対する陰謀を理由に学生の多くが逮捕された（秘密結社 Filomaci のメンバー）。後に詩人として有名になるアダム・ミツキェヴィチもこのとき逮捕されている。1832年に11月蜂起が起こると、大学はニコライ1世によって閉鎖された。
大学にあった2学部はそれぞれ別の学校として分離された。その1つが「医科外科アカデミー」 (Akademia Medyko-Chirurgiczna) で、もう1つが「ローマ・カトリック・アカデミー」 (Rzymsko-Katolicka Akademia Duchowna) である。しかしこれらの学校もすぐに閉鎖された。
蜂起が抑圧されるとポーランド語やリトアニア語の公的使用は禁止されることとなり、これらの言語で行われていた教育も行われなくなった。また、ヴィリニュス帝国大学にあった財産の多くが没収され、サンクトペテルブルクなどに送られた。
両大戦間期
1918年2月16日、リトアニア評議会（タリーバ）は独立を宣言。その後も混迷した状況は続き、大学は1918年から1919年にかけて3度にわたって別々の権力によって再開校された。
1918年12月、リトアニア国家評議会（1918年8月、リトアニア評議会から改称）が大学を再建、翌年1月1日より授業が開始された。しかし赤軍のリトアニア侵攻により授業は中断された。その後リトアニア人で共産主義者のヴィンツァス・ミツケヴィチュース＝カプスカス (Vincas Mickevičius-Kapsukas) が1919年3月に「労働大学」として再開校することを提案した。
しかし1919年4月にはヴィリニュス地域はポーランドに占領される。1919年8月28日、ユゼフ・ピウスツキがステファン・バートリ大学（ポーランド語: Uniwersytet Stefana Batorego）として大学を再開校、その後ヴィリニュスが再び赤軍に占領されていた時期もあったが、1920年10月12日に中部リトアニア共和国が建国され、1922年、ヴィリニュス地域はポーランドに編入された。ヴィリニュス地域がポーランドに占領されているあいだ、リトアニア人教員は臨時首都のカウナスに移り、ヴィータウタス・マグヌス大学にて教鞭を振るった。
大学にはチェスワフ・ミウォシュ、 Władysław Tatarkiewicz 、 Marian Zdziechowski といった著名な科学者が在籍していたため、大学はすぐに国際的な評判を取り戻した。当時の大学には、後にノーベル文学賞を受賞するチェスワフ・ミウォシュも学生として法学部に在籍していた。ポーランド政府からの補助金や個人からの寄付金により、大学はすぐに発展していった。当時大学図書館には歴史的所蔵品や地図などを含む60万冊が所蔵されており、これらは現在でも保存されている。
1938年の時点で、大学には7つの研究所があり、123名の教員と3,110名の学生が在籍していた。留学生としては、ロシア人212名、ベラルーシ人94名、リトアニア人85名、ウクライナ人28名、ドイツ人13名が在籍していた。
ソヴィエト時代
戦後、学校教育を受けたポーランド人はポーランド人民共和国へと送られ、その結果ステファン・バートリ大学の元学生・元教授はポーランド国内の各大学で活動を続けた。お互いの関係が疎遠にならないように、教員全員がそのまま同じ大学に移ってくることもあった。1945年以降、数学者、人文科学者、生物学者の多くがトルン・ニコラウス・コペルニクス大学（トルン大学）へと移り、また医学者は新たに設立されたグダンスク医科大学の中心メンバーとなった。トルン大学は、ステファン・バートリ大学のポーランド文化の伝統を受け継いだ大学であるとみなされている。
1955年、大学の名称にリトアニア共産党創設者の一人であるヴィンツァス・カプスカス (Vincas Kapsukas) の名が冠されヴィリニュス国立ヴィンツァス・カプスカス記念大学（リトアニア語: Vilniaus valstybinis Vinco Kapsuko universitetas）となり、その後1971年には大学に労働赤旗勲章が送られ、さらに1979年に民族友好勲章が送られたため、その後1990年までの大学の正式名称はヴィリニュス労働赤旗勲章および民族友好勲章授与国立ヴィンツァス・カプスカス記念大学（リトアニア語: Vilniaus Raudonos darbo vėliavos ordino ir Tautų draugystės ordino valstybinis Vinco Kapsuko universitetas）であった。
ソヴィエト連邦の制度のもとで抑圧されていたものの、ヴィリニュス大学は発展を遂げ、またリトアニアのアイデンティティを育んでいった。1988年、グラスノスチ政策により、ヴィリニュス大学はソヴィエトのイデオロギーから離れ、自由な活動を始めた。
1990年以降
1990年3月11日、リトアニアが独立回復を宣言すると、ヴィリニュス大学は自治権を取り戻した。1991年からは大学大憲章（ラテン語: Magna Charta Universitatum）にも調印している。また現在は欧州大学協会（英語: European University Association、略称: EUA）やバルト地域大学学長協議会（英語: Conference of Baltic University Rectors、略称: CBUR）の正会員でもある。
組織
現在の学長は、ベネディクタス・ユオドカ (Benediktas Juodka) 教授（生物化学が専門）。
学生
2009年10月1日現在、学生数は23,707名。また2009年度の卒業生は学部、大学院を合わせて5,504名である。
教員
2009年10月1日現在、教員数は2,944名。