崎津集落
歴史
天草下島南部は室町時代より豪族の天草氏が領有し、1569年（永禄12年）に天草鎮尚が南蛮貿易目的でルイス・デ・アルメイダを招き布教が行われた。自身も1571年、洗礼を受けドン・ミゲルと称して、領内には教会も建てられた。﨑津は一般的ルートではないが遣唐使船が寄港するなど古くからの良港で、ルイス・フロイスの『日本史』には「Saxinoccu(サキノツ)」の記述があり、西洋にも知られていた。その後、キリシタン大名の小西行長が天草を含む肥後南部を支配することになり、豊臣秀吉のバテレン追放令後も宣教師を庇護した。
江戸時代になり1613年（慶長17年）の禁教令によりキリシタンは潜伏化し、1621年（元和7年）にはコンフラリアが組織された。1629年（寛永6年）には アントニオ・ジャノネ神父が﨑津で潜伏布教を行ったが、1637年（寛永14年）の島原・天草の乱によって天草は荒廃。だが、﨑津を含む下天草の人々は参戦しなかったことで、処罰されずに済んだ（﨑津は外界と隔絶していたため乱を知らなかった）。乱後に天草は天領となり、代官の鈴木重成が定浦制度を設け、次代の重辰が1659年（万治2年）に定浦を17ヶ所に増やした際に﨑津も指定されたことで漁業（キビナゴ漁）が盛んになるきっかけとなった。定浦制度とは御用（幕府公用）船と荷子（水夫）を調達させる代わりに漁業権を与え、運上の安定を図るもの。
しかし、全国的に宗門改と寺請制度が始まり、1717年（享保2年）には鎖国による南蛮船の来航と密航・抜け荷を監視する長崎奉行管轄の遠見番所が置かれ地役人が常駐したこともあり（湾口の岬に置かれ今でも「番所の鼻」と呼ばれている）、キリシタンは表向き仏教徒を装うようになった。現在では国道389号（﨑津バイパス）が集落を通過するが、かつては海路しか交通手段がなかったこともあり、隠れ住むのに適した地の利であった。
﨑津でも長崎各地の潜伏キリシタン同様オラショを唱えるなどしたが、特徴的なのは長崎の五島と同じように、ロザリオやメダイとともにアワビやタイラギなどの貝殻を聖具としたことにある。フランス人宣教師のフェリエ神父（1856〜1919）は明治期の1881年に宣教師として日本に派遣され、天草で7年間を過ごした。1882年ころに神父が記録した「天草についてのノート」には「古きキリシタンはみな神棚あり。位牌なり。また時どき貝がらあり。」と貝について触れ、「この貝がらは水方は貝がらの中の方を見てあるいは筋を見出せばこれを海に捨てられたる御影御像のベアトス様がたはその形になり、変わりておりなさるところというて　これに御水を授けてキリシタンに祭られるなり。」と大江や﨑津の当時のかくれキリシタンの信仰の様子を書き残していた。それによると貝がらの筋＝模様を見つけて、海に捨てられた殉教者らの姿を重ね、祭っていたという。ベアトスとはポルトガル語で敬虔な生涯と尊い死によって永遠の幸福を受けていると信じられる人々のことをいい、聖人や殉教者だとされる。元純心女子短大副学長でキリシタン史研究家の片岡弥吉（1908〜1980）の「日本キリシタン殉教史」には、長崎市橋口町のサンタ・クララ教会跡の近くにあるベアトス様の墓を紹介し、３代将軍徳川家光のころ、現在の石神町にジワンノ（ジョアン）ジワンナ（ジョアンナ）ミギル（ミゲル）という親子３人のキリシタンが殉教し、信憑性がある伝承として紹介している。信仰具のアワビ貝と殉教者との関連性がうかがえる。
また、1651年（慶安4年）に建立された﨑津諏訪神社へ詣でる際には、「あんめんりうす（アーメン デウス）」と唱えていた。また、﨑津の潜伏キリシタンは踏み絵を拒絶せず、嫌疑を払拭した。実際には足の裏に紙を貼り直接聖像に触れないよう配慮したり、踏んだ足を洗いその水を飲むことで罪の許しを乞うゆるしの秘跡にしたという伝承もある。
1805年（文化2年）、﨑津・今富・大江・高浜の四郷10669人中5205人の潜伏キリシタンが摘発される「天草崩れ」が発生。しかし全員を処罰すると天領経営が成り立たなくなることから穏便に済ませたい江戸幕府の意向と、高浜の庄屋で高浜焼を興し『天草島鏡』を記した上田宜珍（源太夫・源作）の「心得違いをしていたが改心した」との取り成しで放免されたため多くは信仰を捨てなかった。これは前述の偽装棄教が功を奏したといえる。なお、天草崩れの取り調べの際、「悲しみ節（イエス・キリストが40日間荒野で断食したことに因む四旬節のこと）の時は多くが食を断つ」と証言しており、教会暦と教義の習慣が継承されていたことが窺える。
1873年（明治6年）に禁教令が解かれると、カトリックへの復帰が始まる。﨑津では1876年（明治9年）に多くが改宗し、1878年（明治11年）に熊本県知事の富岡敬明へ宗門人別改帳の転宗願いを届け出たが、1872年（明治5年）に戸籍法が制定され壬申戸籍が作られ宗旨の項目がなくなったことから受理されなかった。1880年（明治13年）に﨑津諏訪神社の隣に小さな小屋のような教会が建てられ、次いで1885年（明治18年）により大きな教会へ建て替えられた。明治中期には﨑津600戸のうち550戸がクリスチャンであったとされる。
明治後半から天草炭田の操業に伴い人や物資の往来が増え、﨑津は長崎航路が就航したことから船宿・料亭・映画館などができ、下天草随一の賑わいを見せた。さらに昭和40年代には漁法の近代化や漁船の大型化により、漁業（ちりめんじゃこ漁）の最盛期を迎えた。
1896年（明治26年）に﨑津村と今富村が合併して富津村となり、1954年（昭和29年）に富津村は町田村・新合村との合併で旧河浦町となった。2006年（平成18年）に現行の天草市となり、現在約350世帯が暮らしている。
世界遺産への歩み
2007年（平成19年）、長崎県が世界遺産登録推進会議と世界遺産学術会議を発足させ、翌年には近隣県の関連資産の検討を始めたことをうけ、天草市が教育委員会文化課内に登録推進室を設置（この時点では集落ではなく﨑津教会が対象）。
2009年（平成21年）、重要文化的景観に申請した「﨑津の文化的景観」と「大江の文化的景観」を長崎の二会議が﨑津教会とは別の資産候補として扱うことを検討。
2011年（平成23年）、﨑津地区が重要文化的景観に選定。
2013年（平成24年）、長崎県が正式な構成資産12ヶ所を確定したが、﨑津教会は文化財未指定で2004年（平成16年）に修復が行われ文化資材の真正性の欠如や信徒の同意が得られていないこともあり、候補には含まれなかった。
2014年（平成26年）、文化庁文化審議会により「天草の﨑津集落」として構成資産に追加決定。7月10日、長崎の教会群とキリスト教関連遺産が2016年の登録審査の正式候補となる。11月6日、バチカン市国・ユネスコ代表部大使のフランチェスコ・フォロ氏が﨑津を訪問して、﨑津教会のみならず﨑津諏訪神社にも参拝し、世界遺産登録を応援することを約束。
2015年（平成27年）1月22日、推薦書を世界遺産センターへ提出。9月28日、ユネスコの委託を受けた国際記念物遺跡会議(ICOMOS)調査員（フィリピン人建築家ルネ・ルイス・S・マタ氏）による﨑津の現地調査実施。11月に現地調査の結果を精査するICOMOS内部の報告会に同席した文化庁職員が、「教会群の価値は潜在的に認めるが、禁教期の集落（補：﨑津と平戸島の春日集落）のように世界的にも稀有な長期の潜伏信仰という事象を反映していない」との指摘をうける。
2016年（平成28年）2月9日、同年1月15日付で通知された「推薦内容を禁教期重視に見直すべき」とのICOMOSから中間報告をうけ、﨑津集落を含み推薦を取り下げることが閣議了解。教会建築を主としてきた長崎県の構成資産は﨑津集落を手本に集落景観へと置き換え、法的保護根拠も重要文化的景観を主体とすることにした。7月25日、再推薦することが決定。
2017年（平成29年）2月1日、「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」と名称を改め、﨑津集落を含み再推薦が行われた。9月6日、ユネスコの委託を受けたオーストラリア・イコモスの調査員リチャード・マッケイ氏による﨑津の現地調査実施。
2018年5月4日、ICOMOSによる登録勧告が出される。同年6月30日、登録が決定。
地誌
﨑津集落は﨑津港の西岸、金比羅山を中心とする岬の東裾野にあり、国道389号から分岐し岬の海岸沿いを走る旧国道（サンセットライン）の700m程の区間に密集する集落。道路を挟み山側は山裾を開削して建てられた家屋が一軒毎に連なり、反対側は最長でも50mほど（最短10m弱）で海に出てしまう。家屋の大半は10坪前後しかない。
集落の景観を特徴づけるのは、狭い土地で暮らす知恵から生み出された海に突き出た平均幅5m四方の「カケ」（「掛け」が語源）というテラス状の木組足場と、密集した家屋の間をすり抜ける幅1m弱の「トウヤ（トーヤ）」（元来は「背戸屋」）という細い小路である。カケは船の係留や漁具の手入れ・干物干しなどに使われる。トウヤを抜けると海やカケに出る。現在、カケは19基、トウヤは約40本（戦後の下水道整備などに伴い私道として延長されたものがあり、数には諸説ある）。どちらも現役で使われており、活きた民俗文化財であり稼働遺産である。
江戸時代中期まで﨑津の海岸線は現在よりも10mほど内陸側にあり、埋立により陸地を広げたことが発掘調査で確認され、その際の地割り（区画）が1823年（文政6年）に描かれた『天草嶋﨑津港近郷海濵要図』（九州大学記録資料館蔵）に記されており、護岸の石積みも含め現代までほぼそのまま保たれていることが窺える。
﨑津では現在でも正月以外にも注連縄を掛けている家があり、これは潜伏キリシタンがキリシタンでないことを表した偽装で禁教時代の名残である。
﨑津教会と﨑津諏訪神社を結ぶ道（カミの道）は、教会の聖体行列と神社の御神幸祭の空間（文化的空間）として共有されるなど、シンクレティズム・インカルチュレーション・アカルチュレーションの場として注目される。
世界遺産登録をうけ、﨑津諏訪神社と﨑津教会および曹洞宗寺院の普応軒で三宗教合同の御朱印発行を始めた。キリスト教教会での御朱印は初めてのことになる。 
文化的景観保護の取り組みとして、2010年（平成22年）に天草市文化財保護審議会に文化的景観整備管理委員会が設立され、市の都市計画課や県の土木部・農林水産部のみならず、国土交通省九州地方整備局や水産庁など国の機関を地方公共団体の文化部署が招集し、積極的に地域住民の意見も聞き、日常生活での利便性を損なわない「﨑津・今富の文化的景観」保全のための最善の策を検討。活動成果として国土交通省の社会資本整備総合交付金（旧街なみ環境整備事業）や経済産業省のコト消費空間づくり分担金の交付が受けられ、世界遺産登録へ向けた環境整備に充てることで地域の負担軽減につながった。これは全国の重要文化的景観選定地自治体が参考にしている。
世界遺産に求められる法的保護根拠など完全性（インテグリティ）は文化財保護法の重要文化的景観以外に、景観法・屋外広告物法や自然公園法による雲仙天草国立公園の一部として、さらに漁港漁場整備法の適用で港湾部の現状変更が制限され、急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律により集落後背山斜面の樹木伐採が禁じられることで景観の保護につなげる珍しい応用も試みられ、都市計画法の第一種低層住居専用地域も視野に入れている。
熊本地震 (2016年)をうけ、町並景観を守るための耐震工事の検討と、鎌倉の世界遺産登録事前調査でイコモスから津波対策への甘さの指摘があり天草でも江戸時代の島原大変肥後迷惑のように津波が襲った歴史もあるので、地域での防災への自発的取り組みが始まった。