ChIA-PET
ChIA-PET法（、ペアエンドタグの配列解析によるクロマチン相互作用解析）は、クロマチン免疫沈降 (ChIP)を元にした濃縮、 Chromosome conformation capture(訳語未定), Paired-End Tags(ペアエンドタグ), および ultra-high-throughput sequencing(DNAシークエンシングおよび遺伝子参照) の組み合わせによって、染色体に含まれるDNA塩基配列の相互作用を全染色体にわたって決定するために開発された手法(Fullwood &amp; Yijun, 2009)である。 遺伝子は、プロモーターなどの制御領域、インシュレーターなどの境界領域や転写因子結合領域(TFBS)など離れた領域からの制御も受けるばあいもある。制御領域と遺伝子本体の領域の動的相互作用を明らかにすることには、医学などの立場からみると遺伝子の働きの制御の本質的に重要な部分を理解する事になるという重要性がある(Maston et al., 2006)(訳注: 原文は、"Uncovering the interplay between regulatory regions and gene coding regions is essential for understanding the mechanisms governing gene regulation in health and disease")。 ChIA-PETは、染色体上での近接遠隔を問わない、TFBSやプロモーターと遺伝子本体の、他の手法では出来ない機能的な相互作用の同定が可能である。
ChIA-PETはまた、細胞のcell differentiation(分化), proliferation(細胞分裂), and 胚発生などの過程で働いている機構を明らかにする場合にも用いる事ができる。DNA結合性転写因子タンパクやプロモーター領域に対してChIA-PET interactomeマップを作成する事で、治療介入(therapeutic intervention)においてより良い標的を見つける事が可能である(Fullwood &amp; Yijun, 2009)。