神戸商船大学
2003年10月1日に神戸大学と統合、神戸大学（深江キャンパス）海事科学部を発足。以後も、神戸商船大学は、在籍する学生のために存続していたが、2004年3月31日に国立大学が独立行政法人化し国立大学法人となるのにあわせて廃校した。在学生は同日付で神戸大学に転籍した。
その結果、海事科学部は新設された3つの課程（海事技術マネジメント学課程、海上輸送システム学課程、マリンエンジニアリング課程）のほかに、旧神戸商船大学の4つの課程の学生が在籍することになった。2007年3月で旧神戸商船大学からの移籍学生は卒業したが、留年等で残る学生が在籍し（最長8年間）、2010年までは存続することになっていた。神戸商船大学では、一般に想像される船舶職員の養成（商船システム学課程。航海、機関含む）に加えて、学部に4つある教育課程のうち3課程が工学課程（輸送情報システム工学課程、海洋電子機械工学課程、動力システム工学課程）だった。
1959年12月に原子力関係の講義が開設され、以降原子力関係講座、ならびに施設などが整備されてきた。1972年4月には旧日本原子力産業会議をはじめとする海運界などの積極的な支援もあり原子動力学科が開設された。1979年には、船員教育とともに関連する科学技術教育の充実の両立を教育方針とし、輸送科学科、1980年には海洋機械管理学科を設立。大学院修士課程を1974年に設置。1997年には博士課程を設置。