副反応
副反応（ふくはんのう）とは、ワクチン接種が原因で起きた健康上の問題であり、ワクチン接種後に起きた有害事象の中で因果関係の証明されたもののみを指す。因果関係を証明するためには、ワクチンを接種しなかった人々との「比較」や「科学的メカニズムの確認」などの調査を行い、総合的に判断する必要がある。日本では通常、ワクチン以外の医薬品に対しては副作用という言葉が使われるが、英語圏ではワクチンも治療薬も同じ語「adverse drug reaction（ADR、有害な副作用）」または「side effect（有害の有無を問わない副作用）」を使う。ワクチンによるアナフィラキシーや脳炎などの重篤な副反応は非常にまれであり、ほとんどの副反応は腫れや発熱などの軽微なものである。重篤な事象が一般的であるという考えは、WHOによって 「予防接種に関する一般的な誤解」 に分類されている。
有害事象（vaccine adverse event 、VAE）とは、ワクチン接種後に起きたあらゆる健康上好ましくない出来事を含む。ワクチン接種後に起きたという「前後関係」さえ満たせば、「因果関係」の有無は問わずに報告されるため、ワクチンとは因果関係が不明なもの、他の原因によるものも含まれる。例えば、接種後に交通事故の被害を受けた場合も、報告された場合は有害事象になる。医師は、「有害事象」のうち副反応を疑う事例を副反応疑いとして幅広く報告し、その中から真の副反応の可能性があるものの因果関係を調査する。ワクチン接種の有無にかかわらず、日常では死亡や急病が発生しているが、厚生労働省は、透明性向上のため、偶発的なもの・他の原因によるものかが分からない事例も含め、報告のあったすべての有害事象を公表している。
世界保健機関（WHO）は、有害事象を「Adverse Events Following Immunization（AEFI、ワクチン接種後の有害事象）」と呼んでいる。AEFIは、5つのカテゴリー「1.ワクチンの成分に関連した反応」「2.製造の品質に関連した反応」「3.接種のミスによる反応」「4.接種に対する恐怖心による反応（血管迷走神経性失神など）」「5.偶発的事象（接種とは無関係に発生）」に分類される。
ネットやメディアで報道される副反応には、発熱などの軽微な副反応、アナフィラキシーなど避けるべき重篤な副反応、因果関係が不明な有害事象の他に、様々な意図で作られたがあり、誤った情報ほど拡散力が高いため注意が必要である。接種を受ける人は、正確な情報に基づいて、副反応のリスクと病気の症状や後遺症、死亡のリスクを比べて意思決定する必要があり、医療従事者はワクチン接種について正確な情報提供をおこない、製薬会社はできる限り副反応の頻度や程度を低くして安全な予防接種ができるよう開発し、行政関係者はまれながら一定の頻度で起こる副反応に十分な補償をする制度を構築していかなければならない。
子宮頸がんワクチン（HPVワクチン）は重篤な副反応に関連しないことが知られており、世界的には接種が進められている。しかし、日本では因果関係が不明な有害事象においてワクチンのリスクを強調する報道があり、2013年に厚生労働省は積極的接種勧告を中止し、接種者が激減した。