托马斯·杰斐逊

托马斯·杰斐逊（Thomas Jefferson，），第三任美国总统（1801年－1809年）。同时也是《美国独立宣言》主要起草人，及美国开国元勋中最具影响力者之一。其任期中之重大事件包括路易西安那购地案（1803年）、1807年禁运法案、路易斯与克拉克探勘（1804－1806）等。
身为政治学家，杰佛逊秉持古典自由主义与共和主义，制定《维吉尼亚宗教自由法》（Virginia Statute for Religious Freedom, 1779, 1786）；该法日后成为美国宪法第一修正案创设条文之基础，杰佛逊民主（Jeffersonian democracy）因他而得名。1792年杰佛逊创立并领导民主共和党（今日民主党之前身）。杰佛逊曾为第二任维吉尼亚州州长（1779年－1781年）、第一任美国国务卿（1789年－1793年）、与第二任美国副总统（1797年－1801年）。1800年杰佛逊击败竞逐连任的亚当斯当选美国第三任总统，此后他领导的政党统治美国达四分之一世纪，直至他的政党在1824年分裂为止。
除了政治事业外，杰佛逊同时也是农学、园艺学、建筑学、词源学、考古学、数学、密码学、测量学与古生物学等学科的专家；又身兼作家、律师与小提琴手；也是弗吉尼亚大学的创办人。许多人认为他是历任美国总统中智慧最高者；在1962年一个宴请49位诺贝尔奖得主的晚宴上，约翰·肯尼迪对满堂社会菁英致词说：「我觉得今晚的白宫聚集了最多的天份和人类知识——或许撇开当年杰佛逊独自在这里吃饭的时候不计。」
在2005年美国在线举办的票选活动《最伟大的美国人》中，杰斐逊被选为美国最伟大的人物第12位。
早年生涯与教育.
依其出世时所采行的儒略历，1743年4月2日杰佛逊生在维吉尼亚的阿尔伯马尔县一座名为沙德韦尔的农场；但若依其在世时改用的格列高利历，则杰佛逊的生日为4月13日。
杰佛逊出生于富足兴旺之家，在十名兄弟间排行第三（有两名流产）。父亲名彼得·杰佛逊，为农场主兼测量员，母亲珍·蓝道夫（Jane Randolph），为艾夏姆·蓝道夫（Isham Randolph）与珍·罗杰斯（Jane Rogers）之女，彼得·杰佛逊（Peter Jefferson）之表亲。艾夏姆是在英国伦敦城东的沙德维尔教区教堂（Shadwell Parish church）结的婚。托马斯·杰斐逊的双亲皆为世居维吉尼亚的移民家庭。
彼得·杰佛逊在宅第为大火所毁后，举家迁至业吉岭（Edge Hill）。该岭以17世纪时，帮助约翰·李伯内发展政治事业的英国内战第一场战役而得名。杰佛逊之妹露西（Lucy）嫁予查尔斯·李伯内·路易斯（Charles Lilburne Lewis），并将一个儿子命名为李伯内；而弟弟蓝道夫也将一个儿子命名为李伯内。
1752年，杰佛逊受教于苏格兰教士威廉·道格拉斯（William Douglas）所经营的学校，年仅九岁时即开始学习拉丁文、古希腊文、以及法文。1757年，十四岁的杰佛逊丧父，他继承了约五千英亩（约20平方公里）的土地及数十名黑奴。杰佛逊在所继承的土地建造自宅，该地其后名为蒙蒂塞洛。
父丧后，杰佛逊在1758年至1760年间，受业于由博学的詹姆斯·毛瑞（James Maury）教士所开设的学堂。学堂位于弗雷德里克斯堡教区，距沙德韦尔12英哩（19公里）。杰佛逊寄宿于毛瑞家中，接受古典教育，并研习历史与自然科学。
16岁时，杰佛逊入读威廉斯堡的威廉与玛丽学院哲学系，自1760年起至1762年止，为时两年。杰佛逊追随威廉·史莫（William Small）教授，研究数学、形而上学、与哲学。史莫引导充满热情的杰佛逊接触不列颠实证主义者们的著作，包括约翰·洛克、弗兰西斯·培根、以及艾萨克·牛顿。（杰佛逊后称其为「古往今来最伟大的三个人」）。据闻杰佛逊的学院生涯为每日读书15小时，随身携带希腊文法书，法文精熟，练习小提琴，喜好塔西佗与荷马的著作。
杰佛逊在学院中曾为神秘的扁帽俱乐部（Flat Hat Club）之一员，学院现今的学生报纸即以此俱乐部为名。他在1762年以优秀成绩毕业后，转而跟随良师兼益友乔治·威勒（George Wythe）学习法律，于1767年取得维吉尼亚州的律师资格。
1772年，杰佛逊与守寡的玛莎·斯格尔顿（1748-1782）成婚，生下六名子女：玛莎·蓝道夫（Martha Jefferson Randolph，1772-1836）、珍·蓝道夫（Jane Randolph，1774-1775）、一名流产而未及命名的儿子（1777）、玛丽·威勒斯（Mary Wayles，1778-1804）、露西·伊莉沙白（Lucy Elizabeth，1780-1781）、与露西·伊莉沙白（Lucy Elizabeth，1782-1785）。玛莎·斯格尔顿逝于1782年9月6日，杰佛逊再未续弦。
1774年至1800年间之政治生涯.
杰佛逊工作于维吉尼亚的市民院。他于1774年写下《英属美洲民权概观》（"A Summary View of the Rights of British America"），引领维吉尼亚地方议会走向国会。这本小册成为美国人对英国殖民者们辩驳时的有力论据，促进美国人走向独立自主，标示著杰佛逊为爱国者中思想最深刻的辩士之一。
杰佛逊为美国独立宣言之主要撰稿人，献身于美国的政治文化与民间文化。大陆议会为撰写该宣言所委任的五人小组全体一致同意，由杰佛逊单独起草宣言全文。
1776年9月，杰佛逊回到维吉尼亚，并获选入新成立的弗吉尼亚州众议院。杰佛逊于其任期中锐意改革州内法制体系，以使维吉尼亚成为民主的一州。他于三年间起草了126条法案，包括废除长子继承权、建立宗教自由、并使司法体系现代化。1778年，杰佛逊的「知识大幅普及散播法案」（"Bill for the More General Diffusion of Knowledge"）促成其母校的连串学术改革，包括美国各大学中第一个成立的选修制度。
杰佛逊于1779年至1781年年间任维吉尼亚州州长，在1780年以州长的身分监督维吉尼亚州治由威廉斯堡迁移至-{zh-hans:里士满;zh-hant:里奇蒙}-。他不断在威廉与玛丽学院中呼吁教育改革，包括全国首创由学生自治的荣誉法则（honor code）。1779年，在杰佛逊的指示下，威廉与玛丽学院委任乔治·威勒为美国各大学中首位法学教授。因对改革的进程不满，杰佛逊后来创立了-{zh-hans:弗吉尼亚大学;zh-hant:维吉尼亚大学}-，为美国第一所与宗教学说完全无关的高等学院。
维吉尼亚两次在杰佛逊主政期间遭英军入侵。杰佛逊本人几乎被向夏洛茨维尔奇袭的英军骑兵纵队所俘，但终能脱身。民情因政府无力御侮而激愤不已，从而几乎毁了杰佛逊的政治前途；但在约克镇之围后，民愤逐渐平复。
杰佛逊于1785年至1789年间作为外交使节驻在法国，而无法参与合众国制宪会议。他其后虽逐渐支持这部新宪，却仍认为新宪法因缺乏权利法案而有缺陷。
从法国回来之后，杰佛逊于乔治·华盛顿的政府中担任首任美国国务卿（1789-1793）。他与亚历山大·汉密尔顿两人之间开始对全国金融政策展开论战，杰佛逊将汉弥尔顿与其他狂热的联邦党人与保皇党等量齐观。1790年，杰佛逊深恐其拟之为「保皇主义」的「汉弥尔顿主义」占上风，写下「汉弥尔顿的信徒们跟著气喘嘘嘘…并渴求帝王之冠、诸侯之冕、与主教法冠」（"Hamiltonians were panting after...and itching for crowns, coronets and mitres"）。杰佛逊与詹姆斯·麦迪逊创立民主共和党，并成为党内领袖。他们二人与麦迪逊的竞选总干事约翰·贝克利（John James Beckley）所建立的体系，史称第一政党体系。1793年，英法两国爆发战争，杰佛逊强烈支持法国，而汉弥尔顿与华盛顿在缔结杰伊条约后则支持英国，杰佛逊于是辞职隐退蒙地沙罗，后于1796年参选总统落败，其后又获选为美国副总统。
因与法国进行准战争（两国海军不宣而战），约翰·亚当斯所领导的联邦党加强并增募海陆两军，同时开征新税，从事战争准备，并在1798年制订了客籍法和惩治叛乱法。杰佛逊将此法解读为攻击他所属的政党，甚于对付危险外敌。他与麦迪逊为重新集结支持者，匿名著作肯塔基及弗吉尼亚决议案，主张宪法所建立者仅为各州与联邦政府之间的协定，联邦政府无权行使宪法无明文规定之事项，而各州对联邦政府各项僭权之举可视为无效。此提案为美国史上首次对州权论之陈述，该论述开日后拒行联邦法规与介入论之先河。
杰佛逊与纽约的阿龙·伯尔紧密合作，重新集结其政党，特别为对付新税开征而投入1800年美国总统选举。联邦党反击杰佛逊为自然神论者、无神论者，称他为基督徒之敌。杰佛逊与伯尔在选举人团中，票数并列第一，须由时为联邦党所控制的美国众议院决断选举结果。
经冗长辩论后，汉弥尔顿在众议院中说服了同党议员。他认为，选举过程中的流言将腐蚀新生的美国政府；而就政治面而言，杰佛逊不会造成伤害。众议院后于1801年2月17日决议，推举杰佛逊为总统，伯尔为副总统。
总统：1801-1809.
政策.
杰佛逊于1801年至1809年间担任总统，为首位于白宫任职并离任的总统。这也是民主共和党党员首次选上总统。截至目前为止，杰佛逊为唯一担任过美国副总统后又当选总统，且做完两个任期的总统。
杰佛逊任内因崇尚重农主义、个人自由、有限政府、及以共和主义激励美国身份认同而知名。尽管杰佛逊他以建立有限政府目的，他在第一任总统任期中执行路易西安纳购地案，并委派进行路易斯与克拉克探勘。杰佛逊于1804年美国总统大选中当选连任。他在第二任期中主要处理外交问题，例如在陷入英法之战时保持中立。
杰佛逊本是严谨建构主义者，但在其总统任内对自己的原则妥协。他在保持小型海军、农业经济、严谨建构主义、与小政府等原则上退缩。自民主共和党分离而出的特挺奎德斯（Tertium quids）团体指责杰佛逊自毁原则。
最高法院大法官任命案.
杰佛逊于总统任期内任命下列美国最高法院大法官。
创立大学.
杰佛逊卸任总统职务后仍持续活跃于公共事务。他投入大部分心力成立一所新的高等院校，为解除教会对校务影响，使学生可专心致力于其他所大学所无法提供的新天地中。在一封1800年由他寄给约瑟夫·普里斯特利的信函中，表明他在真正建立一所大学前已为此思考了数十年之久。
他的梦想于1819年因弗吉尼亚大学的成立而实现，州议会批准每年拨款1,500美元以供兴学之用。该校于1825年开始招生，是第一所为学生提供全部选修课程的大学（尽管首届仅有30名学生入学）；而校区则是当时北美洲最大的建筑群之一。值得注意是，该校校园以图书馆为中心，而非教堂。其实，原案中根本就没有包含校园礼拜堂在内。杰佛逊生前常邀请学校师生职员到家中，艾德加·爱伦·坡为当时的访客之一。
维吉尼亚大学设计为州内最高学府。杰佛逊的看法认为，州内居民皆可经由单一共同的评核标准入学。
逝世.
杰佛逊逝于1826年7月4日，当日为独立宣言通过五十周年纪念日，与晚年好友、前总统约翰·亚当斯同日去世。杰佛逊生前因创校而债务沉重，美国各地曾捐输约 $16,000美元以帮助这位前总统，但不足以助其清偿债务与医疗费用。杰佛逊552英亩（223公亩）的产业于1831年在蒙地沙罗的一次拍卖会上，以美金 $7,000元售予詹姆斯·巴克礼（James T. Barclay）。1836年，巴克礼将地上物连同218英亩（88公亩）的土地以 $2,700转售给美国海军的尤瑞亚·李威中尉。李威中尉后来买下周围的土地及屋内家具陈设，他因而获称「蒙地沙罗的救星」。李威中尉于1862年因美国内战而去世，遗嘱中将蒙地沙罗捐赠给美国政府作为海军遗孤的学校。
托马斯·杰斐逊身后葬于其蒙蒂塞洛的产业上，其墓志铭由他在生前自行写就。他坚决要求，墓碑除铭刻自己所撰写的句子外，其余的「一个字也不要多」。墓志铭如下：
外貌与人品.
杰佛逊身高六呎二吋半（189公分），体型修长健壮；脸部轮廓棱角分明，气色十分红润，发色金赤，间杂淡褐；灰色眼珠；晚年衣著随便，不修边幅。杰佛逊是个糟糕的公众演说者，他大部分的重要演说都是以咕哝著带过；尽管如此，他认真演说时举止优雅。杰佛逊与他人很快便能相互热络（但对陌生人并不十分友善）；而他富朝气、跳跃式、知识性的言谈充满魅力。在安静的外表下，他热情执著而多愁善感，好似在大小事上都有规律性的习惯动作。1801年，他遭英国首相蓄意侮辱，而在华盛顿建立谋划中心作为回应。
虽然传记中称杰佛逊缺乏幽默感，但他最喜欢的读物却是《唐吉诃德》与莫里哀的作品。而虽然他的著作中充塞著功利思想，在他年轻时则充满浪漫主义，曾为了翻译莪相之诗准备学习盖尔语，并为取得原稿而拜访詹姆斯·麦克弗森。
他于任内中止总统亲自演说国情咨文的做法，而是将讲稿送达国会（至伍德罗·威尔逊任内方恢复由总统亲自演说）。他在总统任内仅进行了两次公开演说。妻子亡故后，他焚毁两人之间往来的书信，显现出一个人有时可以孤僻到什么程度。
近代由诺姆·列俊（Norm Ledgin）所著之《诊断杰佛逊》（"Diagnosing Jefferson"）一书曾暗示，杰佛逊带有亚斯伯格症候群。有些史家抨击这项发现，他们认为身患此疾「会减损杰佛逊的伟大崇高」。心理学家们也认为，书中所描写的人格特质与亚斯伯格症候群的患者高度相符。（Ledgin 2000）
兴趣与活动.
杰佛逊是深具造诣的建筑师，他将英国在辉格党权贵中广受欢迎的帕拉第奥式建筑带入美国，因而对后世的美式建筑风格影响深远，此种风格与共和党对于市民美德与政治自由的启蒙思想有关。杰佛逊所设计的蒙蒂塞洛自宅声名远播，宅内有自动门、首次面世的旋转椅、及许多杰佛逊自己发明的便利装置。左近的维吉尼亚大学是美国唯一一所由总统所创建的高等学府，其教案与建案全由杰佛逊一手包办。时至今日，蒙地沙罗与维吉尼亚大学已共同成为美国境内仅有的四处文化世界遗产之一。杰佛逊对弗吉尼亚州议会大厦的建筑设计亦有贡献，该建筑以法国南部尼姆的古罗马神庙方形神殿为原型。杰佛逊的建案开启了美国后续的联邦式建筑风潮。方堂
杰佛逊的爱好之一是考古学，可追溯至幼年时所接受的训练。杰佛逊有时被尊为考古学之父，以表彰他在发展文物发掘技术上的角色。当他于1784年在自家产业内发掘出一处印地安人坟冢时，并未依循当时的一般性作法─即不断下挖，直至文物出土为止──而是在坟冢上开出仅可容身的缺口，以便入内研究。
杰佛逊颇为喜爱自家的鱼塘。鱼塘呈钵型，深约三英呎（一公尺），用以留置他所捕获的水族。该鱼塘今已重建，位于蒙地沙罗西边。
杰佛逊好品酒，曾于驻法国时（1784年─1789年）广游欧洲各大产酒区，并运送佳酿回乡。并曾作出广为人知的大胆宣言：「我们可以在美国酿出与欧洲多样风味相捋的佳酿，不会是一模一样，但无疑是相同的甘美」。蒙地沙罗曾经广植葡萄，其中有很大一部分是欧洲品种的酿酒葡萄。全部葡萄后来皆未能幸免于美洲原生种的葡萄疾病。
他于1812年写就的《国会议事初步》（"A Manual of Parliamentary Practice"）至今仍持续使用中。
华盛顿特区连同国会图书馆于1814年遭英军焚毁后，杰佛逊将个人藏书提供给国家。国会慨然接受，拨款$23,950元以收购其价值五万元的6,487部藏书，为国家的大图书馆奠基，亦部分抒解杰佛逊之财务困境。时至今日，国会图书馆网站上的联邦立法资讯名为汤玛斯，以表彰其贡献。
他另身兼美国哲学学会会长，任职多年。
政治理念.
杰佛逊对美国的愿景为以农业立国以及耕者有其田的自耕农理念，但恰与约翰·亚当斯及亚历山大·汉密尔顿为代表的联邦党看法相对立，汉弥尔顿展望美国成为服务业（商业）与制造业（工业）的国家，至于杰佛逊则衷心相信美国的独特性与无穷潜力而被视为美国卓异主义之父。换言之，杰佛逊自信满满地认为美国这样地广人稀的国家可以避免他所担心的欧洲式阶级对立以及商业化和工业化。
杰佛逊受多名欧洲启蒙思想家的见解影响极深，其政治原则来自约翰·洛克尤其在不可转让之权利（inalienable rights）与人民主权（popular sovereignty）方面的想法与汤玛斯·潘恩的常识。政治学家将杰佛逊的思想拟之于与其同时的卢梭，杰佛逊相信人类拥有「某种不可转让之权利」；无论政府是否存在，人所拥有不可创造、夺取或转让的基本权利是永存的。杰佛逊对于自由的解释最受重视，他将之定义为「正当的自由为，在其他人据相同权利划定之范围内，依我等之意愿畅行无碍。我并未加述「合法范围内」，因法律通常不过是专制独裁的统治者之意图，而法律的确就是这样侵犯个人权利。」（"rightful liberty is unobstructed action according to our will within limits drawn around us by the equal rights of others. I do not add ‘within the limits of the law’，because law is often but the tyrant’s will, and always so when it violates the rights of the individual."）因而对杰佛逊来说，政府不仅不能「创造」自由权利，反而有可能侵犯个人自由。而适切自由的范围并非由法律所规定，而是止于他人有相同权利之处。杰佛逊认为，适切的政府不仅要防止个人侵害群体中其他人之自由，也要自我限制以防削弱个人自由。
杰佛逊经由成功废止维吉尼亚的长子继承权实现他对平等的承诺。此法规定唯长男可继承所有家族土地。他在一封1785年写给麦迪逊的书信中解释其观点：
杰佛逊相信，人生而有分辨是非善恶的道德观，以与他人相处─即无论是否自我约束，人生而了解他人之天赋权利。他甚至相信，天赋的道德感足以信赖，而小规模的无政府社会因此可以运行良好。他曾在若干场合中阐述印地安人的无政府社会之管理：
他在《致凯灵顿上校的信》中写道：「我确信，这些（印地安）无政府社会内的一般民众，较之于欧洲各国政府治下者，享有更大程度的满足。」杰佛逊相信，无政府主义「与大规模的人口扞格不入。」。他因而倡议，美国仅能因「人民同意接受治理」，而在扩张后的版图上建立政府。
在美国独立宣言的草稿中，杰佛逊在序文内写道：
杰佛逊对「受治理者之同意」著墨极深，他相信个人不能因过去世代的作为而受到包含债务与法规在内的道德束缚。他说道：「没有任何社会可制订永久性的宪法或法律，地球永属生活于其上之世代。」他甚至计算出他所认为适切的法定周期：「因而所有的宪法，以至所有律法，自应于19年后届满失效。若行使更长久的时间，则成为强迫性，而非权利性的作为。」杰佛逊所估计出的19年来自当时的预期寿命表，他所认为这就是个人有能力作自我表达的「成熟」年龄。。杰佛逊也呼吁消除国债。他相信当前的世代毋须在道义上偿还前人之负债。他说道，承担这样的债务为「慷慨作为，而非权利上的问题。」.
杰佛逊极为拥护州权，其于1798年之肯塔基及弗吉尼亚决议案中，订下敌视联邦扩权之基调，尤其值得注意。然而，他的若干外交政策实际上反而扩充了联邦政府的权力。其中最重要的是，他在1803年的路易西安那购地案中，以不成文的联邦权力兼并一大块外国土地，连同居住其间的法籍与义大利居民。他行使禁运法案，却因与外交政策抵触而失效，显示联邦政府在有战争之虞时，可以强大武力作为后盾，介入地方层级事务以控制贸易往来。
对司法的观点.
杰佛逊虽为受过训练的律师，但从未在法庭中感到自在。他认为法官应为技术性专家，不能设定政策。他谴责最高法院于1801年马伯里诉麦迪逊案一案中的判决为违反民主，但无法在国会中取得足额支持以提出宪法修正案来驳回该判决。他持续司法违宪审查的说法：
对新闻自由的观点.
杰佛逊在1787年表示：「民意是我们政府的基础，所以首要目标是维护这一权利。如果由我来决定我们是要一个没有报纸的政府还是没有政府的报纸，我将毫不犹豫地选择后者。」
宗教观点.
杰佛逊于1800年曾遭政敌指称为无神论者、宗教之敌，但杰佛逊在宗教方面著作颇丰，而大多数为其立传者皆同意杰佛逊为为自然神论者，即18世纪晚期当时欧洲知识份子一般所抱持的观点。罗马天主教的神学领袖枢机主教曾说：「杰佛逊在威廉与玛丽学院的生涯中，以法兰西斯·培根、艾萨克·牛顿、约翰·洛克为三位智慧典范。而在数名教授的影响下成为自然神论的哲学家。」杜勒斯总结道：
总而言之，杰佛逊之成为自然神论者，是因为他信奉独一的上帝、信从天命、相信天行有常与死后的审判，而非信服于超自然。杰佛逊视基督教为自然宗教的最终解释，以耶稣基督为无与伦比的道德导师，因而成为基督教徒。他拒绝信仰正统基督教，也拒绝相信教义中所称，基督为上帝之子的肉身，为命定救主等观点。杰佛逊的宗教信仰差不多就是当时的美国式自然宗教。
传记作家彼得森（Peterson）总结杰佛逊的神学观点如下：
首先，基督教各教派的教义不合情理，因而不足为凭，但却以之剥夺了祭司的圣礼、仪式、与教条，以之重新解释历史实证之光与人类的经验；又以不足采信，而基督徒理应遵守之圣经式宇宙观，取代笃信科学者的宇宙观。其次，道德感毋须神明之认可或激励，毋须诉诸六合之外，说不定甚至毋须诉诸对天堂之盼望与对地狱之恐惧，基督教之天启伟业因而翻落至尘世中。
杰佛逊持续使用自然宗教式之字汇描述造物主，而美国独立宣言中使用的也是诸如「造物者」（"Creator"）、「自然界之造物主」（"Nature's God"）等词句。杰佛逊进一步相信，此造物主以「生活、自由、与追寻幸福」等数种不可转让之权利塑造人性。就其于革命前居法的经验，他深切疑虑，（天主教）牧师们与主教们为无知的反动势力。
杰佛逊受英国国教派哺育成长，该教派时为维吉尼亚之法定宗教，是唯一由政府资助的教派。杰佛逊于革命前为地方上的教区代表，在当时为具公职身分之职位。他稍后表明，大致上同意其友约瑟夫·普里斯特利之上帝一位论。杰佛逊在一封致俄亥俄州先驱者的信中写道：「我甚感欣喜，此一疑信自便，得神庇佑之国度，不向政教任何一方作道义上的妥协。真神仅只一位，此一真理业已复苏；而我确信，合众国内所有青年，最终定成一位论之信徒。」
杰佛逊不相信耶稣之神性，但十分尊崇耶稣之道德教诲，视之为「自然神论之宗旨，及上帝之特质之义理，用以改革修道院犹太人（prior Jewish）之道德学说，以达理性、正义、与慈爱之标准，并谆谆教诲对将来国度之信仰。」" 
一如众自然神论者，杰佛逊不相信神迹。他自制的简要版福音书中，大部分仅有他所认可之耶稣之道德哲学。这本杰佛逊圣经于其身故后发行。
「此文书（杰佛逊版圣经）证明我乃『真基督徒』，即耶稣的教导之信徒，不同于称『我』为异教徒并『自』称为基督徒与布导家的柏拉图派学者们，其于作者未曾目睹口说之处抽取独有之教条。」
杰斐逊对基督教作了许多批判。一些著名的观点如下：
“我最近已经检查了世界上所有所知的迷信，在我们特有的基督迷信中我没发现赎罪这一特点。他们都是建立在神秘传说之上。百万计的无辜男女，因为基督教的劝导，被焚烧、折磨、处罚和禁闭。这种威权的作用何在？让一半人成为傻瓜，另一半成为伪君子，去支持地球上的欺诈和谬误。”
“基督教的神是三个头的妖魔，残忍、报复心重、反复无常。如果一个人想要更多了解这个狂怒的、三头畜牲般的神，这个人只需要看声称做它仆从的人们的器量。他们总是在这两类人中：白痴和伪善者。”
“总有一天，所谓耶稣以上帝为父，在处女的子宫中神秘诞生的说法，将与弥涅耳瓦从朱比特的脑中诞生的说法一样，被视为寓言。”
“基督教是曾经照射人类的体系中最不正当的体系。”
政教关系.
杰佛逊于美国革命期间领导维吉尼亚实行政教分离。英国国教派当时受维吉尼亚州府资助，而杰佛逊在「维吉尼亚照会」（"Notes on Virginia"）中，取消以下法条：「若有人提及基督徒否认上帝或三位一体之存在…应受惩处。首先，取消任公职之资格…其次，限制收受礼物或遗赠…并入狱三年。」前此担任公职者，据信连同杰佛逊本人在内，必须宣誓不相信罗马天主教的圣餐变体论学说。1779年，杰佛逊完成「建立宗教自由之议」初稿，并视此案之通过为重要成就。对他而言，政教分离不仅是抽象的观念，而是对基督教各派互以他派为异端的宗教「专制」之必要改革。
自1784年至1786年，杰佛逊与詹姆斯·麦迪逊联手反对帕特里克·亨利让维吉尼亚州府再次资助宗教的企图。1786年，弗吉尼亚州议会通过杰佛逊的宗教自由法案，该案于1779年送审，为杰佛逊自撰于墓志铭上之三大人生成就之一。法案中规定：
杰佛逊认为，他所说的「政教阻隔之墙」的原则已阐示于美国宪法第一修正案中。美国最高法院多次引用此词以释义国教条款。在一封于1802年致丹伯里浸信会的信函中，杰佛逊写道：
他于1808年致维吉尼亚浸信会之信函中，再度使用「阻隔之墙」一词：
杰佛逊于任职总统期间，拒绝宣布祈祷日与感恩节。甚且其私人信函显示对神职人员过度干涉俗世如政府事务持怀疑态度。在信中，他写下自身之观察：「我相信，历史上未曾有以教领政的自由民权政府。」，且「神职人员于何时何地皆为自由之敌，一向与专制君主结盟，煽动其滥权以获得自身之保障。」「愿世界得知，我相信，（对某某快些，对某某迟些，但最终对所有人而言）即将来临之觉醒将打断因无知修士与迷信而自我捆绑之锁链，代之以自我管理所得之赐福与保障。」。杰佛逊最为刺耳之评论，似直指继承约翰·喀尔文精神者：
杰佛逊渴求树起「政教阻隔之墙」，但并不要求制约公职人员的宗教生活。杰佛逊本人参加基督教公共服务，包括在任总统期间，众议院的每周教会服务。他有担任神职的朋友，并以金钱资助若干教会。如同自然神论者约翰·洛克一般，杰佛逊个人相信天赋人权：「一国之自由可否说是安稳，若我们移走其唯一之坚实基础，即自由天赐之信念？我甚为我国焦虑，因我认为天道好还，而天意当非永睡不醒。」.
杰佛逊与奴隶制度.
纪录显示，杰佛逊一生中曾拥有逾650名奴隶，其中有是自双亲及妻方继承而来，也有许多是因债权而扣留之资产。他既公开坦承相信奴隶制度不人道且终将绝迹，但他又继续蓄奴，遭批评为伪善。1801年，在总统大选过后，波士顿的报纸《新英格兰守护者》（The New England Palladium）报导，杰佛逊『骑在奴隶背上进入自由之殿堂。』 
美国独立宣言初稿中，杰佛逊谴责英王在北殖民地主导引入奴隶制度，控诉英王『从事残酷的战争以压制人性，对未曾冒渎他的人们，侵犯其生命与自由两个最庄严的权利，蛊惑并运载他们到地球的另一边成为奴隶。』这段话在南卡罗莱纳与乔治亚州的代表们要求下，自独立宣言的正文中删除。1769年，当时身为维吉尼亚州议会代表之杰佛逊，提议解放州内之奴隶未成。1778年，州议会通过他另一项提案，维吉尼亚禁止输入奴隶。用他本人的说法，此案虽未带来全面解放，但『禁绝因输入奴隶而提高恶行，将最终的根绝留给未来。』1784年，杰佛逊在西北地域法令初稿中规定，自西北属地中新加入联邦的州『既不可蓄奴，亦不可奴役非自愿受者。』1784年，杰佛逊在其维吉尼亚照会中抨击奴隶制度：
史家史蒂芬·安伯洛斯称：
杰佛逊明知奴隶制度不当，明知自己自此种体制中得利为不道德，但在其一生中显然看不到放弃的迹象…在杰佛逊充满矛盾的一生中，没什么比这个更严重。
莎丽·海明斯的争议.
自杰佛逊在世时便争议不断的一个题材，他是否女奴莎丽·海明斯子女之父，此一说法自1802年起广泛得到公众关注。记者詹姆斯·科连德（James T. Callender）于里奇蒙的地方报刊中写道，海明斯曾为杰佛逊之『情妇』，长达数年之久，并为杰佛逊生下多名子女。杰佛逊未曾对此作任何公开回应，但其遗嘱中要求予海明斯之两子艾斯顿（Eston）与麦迪逊·海明斯（Madison Hemings），自由之身。两人后来声称杰佛逊为其生父。
1998年，一项对其DNA的研究，断定海明斯与杰佛逊两个家族间具有遗传上的连结，但无法确证杰斐逊本人为海明斯家族之始祖。三项研究成果于2000年代初期发布，并公开出版。在蒙地沙罗运作的托马斯·杰斐逊基金会（Thomas Jefferson Foundation）声明『不太可能是…杰佛逊家族内的其他人，而非托马斯·杰斐逊本人，为海明斯子女之父。』托马斯·杰斐逊遗产协会（Thomas Jefferson Heritage Society）下属一个研究委员会，由13名独立成员所组成的学者委员会领导，断言，以杰佛逊本人为其始祖的理论站不住脚。『全国宗谱协会季刊』（"National Genealogical Society Quarterly"）稍后发文评论，莎丽·海明斯与托马斯·杰斐逊两人间的关系证据确凿。