2018年国立台湾大学校长遴选事件

2018年国立台湾大学校长遴选事件（台湾媒体称为拔管案、卡管案等）是指2018年国立台湾大学（台大）遴选校长期间所发生的事件，主要是2018年1月5日选出管中闵为台大第12届新任校长后，中华民国教育部以此案有严重瑕疵为由拒绝发给管中闵聘书，但教育部的作为亦遭到各界大力质疑，衍生出一连串关于校长遴选制度以及大学自治的争议。因此争议延烧，一年内先后有潘文忠、吴茂昆和叶俊荣三任教育部长为此下台，事后潘文忠回任教育部长。
2018年12月24日，教育部长叶俊荣宣布对台大校长遴选委员会的决议「勉予同意」，但要请台大提检讨报告。2019年1月8日，管中闵正式上任，结束台大354天校长遴选争议（2018年1月5日 - 2018年12月24日）及565天无正式校长的情况（2017年6月22日 - 2019年1月7日）。2018年12月25日，由于总统府及行政院认为未和总统蔡英文及行政院院长赖清德事先沟通，为此赖清德约谈叶俊荣；叶俊荣表示会负起政务官责任并提出辞呈，赖清德亦批示「勉予同意」签准叶俊荣请辞。
此案历经台北地检署历经2年多调查，共签分9件他字案侦办。调查证实，管中闵兼职所为都有依照程序，并未使公务员登载不实；赴中国大陆兼课，比对出入境和核准文件，并无未经允许擅自出境或逾越核准地区等情事，确认没有逾越；全案查无不法，全数签结。对此，管中闵回应，「正义虽然迟到，但不会永远不到」。。然而监察院先后纠正教育部及台大与弹劾管中闵个人；其后公务员惩戒委员会（现之惩戒法院）亦对管中闵作出申诫。
2023年，管中闵和杨渡合著、时报文化出版《大学的脊梁：台大校长遴选事件与管中闵心情记事》，由管中闵和其周遭人物的视角记录此事件；3月13日新书发表会，管中闵透露，当时因压力而住院、作恶梦，并出现心肌痉挛、轻度躁郁等症状。该书出版后，针对关键事实的陈述，监察院以及台大前校务代表兼当年校长遴选的初选代表即分别发出新闻稿回应。
缘由.
由于台湾大学在2016年11月发生台大医学论文造假案，时任校长杨泮池因曾任台大医学院院长而受到风波影响，尽管2016年5月28日的校务会议中已通过他的校长续任案，然而他本身亦为数篇论文共同作者，虽经调查后并无违反学术伦理，但已引发轩然大波，因其不舍台大再被继续伤害，也为了学术界的和谐，遂于2017年3月18日的校务会议中宣布将于2017年6月21日任期届满请辞台大校长不再续任。于是台湾大学于2017年6月24日召开临时校务会议组成台大校长遴选委员会，准备遴选新任校长。
2017年6月24日，台大召开临时校务会议，由173名校务会议代表选出18席遴选委员，加上教育部指派的3名遴选委员，组成台大校长遴选委员会。
2017年9月4日，教育部106年9月4日台教人(二)字第1060109645号函修正，删除台大遴选会作业细则第九点中「本会委员如认委员有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞，得主动提议，经本会议决后解除委员职务」的规定。经此修改，仅校长候选人才具有请求解除特定遴选委员职务之权力。此外，在教育部编印的「国立大学校长遴选作业参考汇编」当中的「常见问题及注意事项」亦注明：仅「候选人」得向遴委会举其不得担任委员之事由或有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞之原因及事实，经遴委会议决后，始得解除委员职务。成为日后遴选会委员坚持遴选过程合法的依据。
2017年10月20日，遴选委员会选出第一阶段校长人选8人：中研院副院长周美吟、中研院院士王泛森、台大文学院前院长陈弱水、台大电资学院院长陈铭宪、台大行政副校长张庆瑞、台大财金系教授管中闵、台大电机系教授吴瑞北与清大前副校长吴诚文。2017年12月23日，经校务会议推荐投票后，5位候选人进入第二阶段：周美吟、陈弱水、陈铭宪、张庆瑞与管中闵。2018年1月5日，选出管中闵为台湾大学校长当选人，预定二月上任：其过程为进行最终投票，分为两轮，第一轮每位委员至少要投2名候选人、至多投5名，最高票两人进入第二轮投票，过半数者（11票）当选；管中闵在遴选委员两轮投票中都获得最高票，且两轮得票都过半数，第二轮投票管中闵获12票，陈铭宪获9票。
事件经过.
当选之疑义.
2018年1月9日，管中闵遭质疑未揭露台湾大哥大独董身分，与遴选委员、富邦金董事长蔡明兴有利益冲突，未利益回避。然而台大仍将校长遴选结果报请教育部聘任。台大遴选委员会声明蔡明兴「并不具备」不得担任委员的事由。
2018年1月12日，教育部第1次行文台大：报载校长遴选过程似有部分疑义，请于文到后3日内详予说明并函复本部。2018年1月23日，台大遴选委员会受教育部要求召开会议。此次会议中，所有委员已明确知悉管教授兼任台湾大哥大独立董事、审计委员会及薪资报酬委员会委员，亦查明校内审查程序时间点与公文。至于教育部认为遴选过程中有重大资讯揭露未尽完整，实属法令制度未明确规范所致。历经近7小时之充分讨论与审视相关法规与文件后，才做成以下之书面决议：「本会自成立至今，作业程序皆依相关法规办理。本会确认107年1月5日管教授之当选资格，并无疑义」。所有与会之遴选委员，皆于会议记录上签名确认。然而隔日教育部第2次行文台大：监察院函，遴选过程涉有瑕疵，请查照及转请遴选委员会认定，检附相关佐证资料到部。
2018年1月25日，管中闵遭立委张廖万坚质疑其论文涉嫌抄袭。隔日教育部第3次行文台大：要求对报载管中闵发表论文似涉不当引用疑义，请转请遴选委员会秉权责认定并妥适处理，并将处理情形报部。台大对此发布声明表示，此论文非属台大「违反送审教师资格规定及学术伦理案件处理要点」之规范或处理对象，故决议不予立案调查，海外学术团体出了一份报告声称管中闵抄袭论文，但管中闵之论文是持续研究中并未完成，而该学生的论文亦引用「被指抄袭论文」的手稿，同时张廖万坚被反咬自己涉嫌抄袭论文。
1月27日，教育部第4次行文台大：请台大就监察院所询校长遴选过程中相关疑义，提供文件佐证确为遴选会合议认定。31日，台大校长遴选委员会第5次会议，认定管中闵当选无疑义。
2月6日，教育部第5次行文台大：请台大妥善查明管中闵论文疑义。是否违反学术伦理的处理原则，并将调查结果函送本部。2018年2月9日，教育部第6次行文台大：一周内函监察院调查遴选争议所询事项。2018年2月9日，为厘清遴选委员会第五次会议纪录，教育部第7次行文台大：要求台大叙明「提会讨论事项」的议决方式，例如多数决、共识决或其他方式？有无经委员书面或电邮确认？。2018年2月26日，教育部人事处，以电邮检付兼职调查表格，要求台大人事室填写管中闵兼职资料，而校方也在翌日回复。
3月16日，管中闵遭学者揭发在中国大陆多所大学违法兼职。20日，北检分他字案调查管中闵是否违法赴陆兼职，以及是否违反涉密退职政务人员管制3年登陆的规定。
3月24日，针对遴选争议，台大召开(第一次)临时校务会议，曾针对是否搁置「成立本校校长遴选争议调查小组案」进行投票，投票结果为同意90票、反对58票，同意票的比例为61%，决议搁置管中闵争议，接受校长遴选结果。。巧合的是，陆委会副主委邱垂正在台大校务会议召开前公布管中闵去了多少次大陆的详细资料，教育部长潘文忠在台大校务会议后宣布成立一个跨部会的专案小组，称为「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动适法性疑义咨询会议」，审视管中闵赴大陆兼职的相关情事。
4月10日，教育部召开第一次「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动适法性疑义咨询会议」厘清管中闵争议。
4月14日，时任教育部长潘文忠以「希望让台湾大学校长遴选纷争有重新厘清的机会」为由请辞教育部部长获准。19日，由前东华大学校长吴茂昆接任教育部长。
4月25日，教育部召开第2次跨部会咨询小组会议厘清管中闵争议。在专案小组会议中，由于无法证实管中闵赴中国大陆兼职一事，官方委员之一的法务部政次蔡碧仲转攻管中闵的独董兼任问题，结果会议讨论从「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动」变成「管中闵教授独董争议」。27日，教育部正式以有经济法律上重大利益未回避的适法疑虑为由，驳回遴选结果，要求重新回到校长候选人推荐资格初审阶段。
教育部次长林腾蛟代部长召开记者会，记者会上除提供文字说明外，也提供一份咨询小组的法律研析意见作为「附件二」供媒体参考。「附件二」的结论指出，台大校长有重大公共利益性质，管中闵违法兼职在前，又未揭露与遴选委员间的利害关系在后，「应非能胜任立于执牛耳地位之台大校长」，具体主张台大应重新办理遴选程序，且管中闵违法事证明确，依法不得再参加遴选。不过，林腾蛟在记者会上及后续受访时强调，教育部并未完全采纳咨询小组这份法律研析意见，并说校长候选人的资格应由遴选委员会认定，如果认为符合资格，就能和其他候选人一同参与后续的遴选程序。晚间，传出政院高层不满意林腾蛟说法，甚至要求某特定媒体改稿，多位记者晚上将近11点致电吴茂昆，吴茂昆明确表示，管中闵有适法性问题，但是这个问题必须回到台大遴委会，让台大遴委会去认定，「这也就彰显大学自治。」，意指管中闵已不适任台大校长。吴茂昆晚间再度透过教育部幕僚单位转达文字说明指出，跨部会咨询小组意见明确指出管中闵在台湾大哥大兼职违法，遴选会没有详细检视候选人资格，违背自己订定的规范，背离学术诚信的准则。吴茂昆重申，管中闵是否能再参选，还是要回到台大遴选会，进行实质审查后决定，但咨询小组已提出管中闵不能选的法律意见，「相信遴选委员会已经看到，也会尊重」。
吴茂昆为原本为专案小组的非官方成员之一，在行政院长赖清德宣布教育部长的任命后立即被揭发一连串的争议，甚至在宣布不聘任管中闵后愈演愈烈，甚至被指在东华大学校长任内，涉嫌以东华大学的技术在外国申请专利云云，一直至其下台为止。而国民党立委认为吴茂昆违法，因为依据《大学法》规定，国立大学校长教育部只有「聘任」之权，并没有「审议后聘任」之权。而国立阳明大学校长亦被揭发在校长选举过程中出现与管中闵一模一样的争议，独董是校长当选人、经营者是遴选委员会召集人的争议，教育部声称该校长在聘任被揭发而无法处理。所以国民党立委在立法院中一直对吴茂昆进行追问及杯葛。
2018年5月4日，教育部发函台大应迅即重启校长遴选程序案与厘清大学自治的范围。12日，针对遴选争议，台大召开(第二次)临时校务会议，经过冗长的讨论，以77:30的悬殊比数通过，作成「请教育部依大学法尽速核聘」校长决议，台大校方并据校务会议决议回文给教育部。据台大校务会议决议，大学校长遴选属大学自治的一部分，请教育部「依大学法」精神，「尽速核聘」台大遴选委员会依法选出的校长人选。
5月13日，管中闵表示，今年520是蔡总统任期满一半的日子，他诚恳希望蔡总统以政治智慧与高度，在7天内设法解决弭平因台大校长遴选衍生的风暴，并呼吁蔡总统不要让校长遴选的政治风暴扩大，甚至成为总统五二○就职演说的「不可承受之重」。14日，总统蔡英文接受「蔻蔻早餐」节目专访表示，要求总统做政治介入反而不好，这是法律问题不是政治问题，教育部依法处理，她尊重教育部。并表示，如果管中闵有事要说，就回到体制里按照程序表示意见，她也注意到，整件事管中闵似乎都没有回应外界质疑的问题，把很多事情就只有一个解释，就是政治化。对于管中闵说蔡总统一定知道做出这些决策甚至拍板拔管的那位决定者是谁，蔡总统反问：「可不可以告知一下？」
5月25日，教育部行文台大，仍坚持台大应「迅即重启遴选程序」。教育部回文也搬出大学法，认为国立大学校长遴选，学校的自治权限行使范围仅限于「组织遴委会」，但遴委会组成后的相关运作，必须受相关法令规范，而教育部有权作「适法性监督」。
2018年5月29日，教育部长吴茂昆被国民党立委柯志恩揭发，在国科会主委任内(2005年)到大陆考察时，在当时的香港科技大学校长朱经武的邀请下，原来只申请去苏州出席国际科学理事会，没有向政府申报而转往杭州参加高新技术高峰论坛，违反了法律的规定，最后宣告下台。
5月31日，台大国发所博士生王宗伟等台大学生，下午到教育部完成递交诉愿书，希望教育部做成聘任管中闵。6月4日，台大正式委托律师向教育部提出诉愿。6月5日，管中闵亦向教育部提起诉愿，要求教育部依法聘任管中闵为台大校长。并于9月11日补正诉愿理由。
2018年6月6日，蔡英文总统密邀台大校长遴选委员会召集人陈维昭和王金平到总统官邸，针对管中闵案交换意见。蔡总统与陈维昭和王金平谈了约一个小时，在会中彼此争锋相对，最终没有达成共识与结论。总统府发言人林鹤明12月25日表示，6月6日当天双方各自坚持立场，会谈并无交集，最终「不欢而散」。
2018年7月16日，叶俊荣接任教育部长。针对「台大校长」案，叶俊荣坦言这个案子对台大、整个台湾的人心造成冲击，且变成一个「糟糕的僵局」，但他也认知到「不宜久拖」，「未来一、两个月黄金处理时间内会与重要当事人沟通与倾听」。
7月23日，蔡英文总统首度回应台大校长遴选案，她说，这件事情仍属于教育部权责，现任叶俊荣部长是擅长沟通的部长，希望叶与各方沟通，让教育部在台大校长遴选案，能引导各方来达成共识，让台大校长问题早日解决。同时也借此呼吁各方关心台大案，也要关心台大学生及老师权益。28日，叶俊荣部长出席大学社会实践博览会时受访时表示，对于台大校长遴选案，社会上不适合用就任或不就任的「人」的角度来看这个问题，希望从制度来看，要大家不要一直聚焦在最后结果，而是面对整个制度性结构的问题，若双方都能够退一步释出善意，看出这些「结构性」问题。叶俊荣最后也表示，透过与遴委会召集人陈维昭、台大校长郭大维互相交换意见，针对问题的困难点做讨论，关于未来的发展，相信在善意之下会有一个合乎大家期待的制度。
7月30日，台大遴选委员会证实将重启遴选，大会也已著手开会时间意见调查。但30日晚汇集遴委征询意见结果，最终决议台大遴委会将继续坚持管案无瑕疵，吁请教育部聘任管中闵当校长，重启遴选会确定流会，管案仍陷僵局。
8月2日，国立台湾大学校长遴选委员会发出声明，强调已依法完成校长遴选，且两次校务会议之决议皆为维持遴选委员会决议，再次吁请教育部应尽速依法聘任管中闵教授为台大新任校长。
教育部同意聘任.
随著民进党在九合一大选大败，行政院即将改组的情况下，2018年12月24日，教育部长叶俊荣主持记者会说明「台大校长遴选进度说明记者会」，会中宣布对台大遴选委员会的决议勉予核定，但要请台大提检讨报告，意即教育部将发台大校长聘书给管中闵，结束台大354天遴选争议及552天无正式校长的情况。隔日，行政院长赖清德中午召见叶俊荣；叶俊荣表示基于教育部权责、台大学生权益及维护大学自主教育原则，愿对台大校长遴选案担起政治责任，辞去教育部长职务。行政院于下午5点召开记者会证实，院长赖清德已「勉予同意」签准叶俊荣请辞；叶俊荣确定成为台大校长遴选风波以来继潘文忠、吴茂昆第三位走人的教育部长。
12月28日，教育部正式发函台湾大学，确定管中闵民国108年1月8日接任台大校长，任期四年，至民国112年的1月7日。同日，行政院诉愿审议委员会对于台大校方、管中闵及台大学生之前提起的3件诉愿案，作成「诉愿不受理」决定。
2019年1月1日，陈良博、周昌弘、李敦厚、贺德芬、张清溪、郑秀玲、赖秀穗、周松男、陈荣基、杨惠郎等10位学者近日发起「撤销教育部聘任管中闵为台大校长之违法处分」连署，号召关心台湾学术自由的人共同加入连署。呼吁政府依行政程序法第117条及诉愿法第58条第2项的规定，迅即于一月七日以前撤销教育部聘任管中闵之违法处分。4日，吴瑞北向法院声请定暂时状态假处分，防教育部聘管中闵。台北高等行政法院权衡公私益，认为声请无理由，今裁定驳回，可抗告。
正式上任后.
2019年1月8日，教育部常务次长林腾蛟发给管中闵校长聘书，该聘书由教育部政务次长姚立德署名，并随后在林腾蛟次长的监交下，管中闵从代理校长郭大维的手中接过印信，正式成为台湾大学第12任校长。
1月15日，监察院针对管中闵过去担任学校主管及政府部门任职时在外兼职违法事宜召开弹劾审查会，以7：4通过管中闵弹劾案。按行政院前政务委员兼国家发展委员会主任委员管中闵于101年2月6日起至104年2月3日止之期间，身为国家高阶政务官乃至机关首长，却违反公务员服务法第14条第1项「禁止兼职」之规定，透过匿名方式「常态性」为壹周刊撰写社论，以获取年约新台币65万元之兼职报酬，严重损害公务纪律及败坏官箴，违失情节重大，爰依法提案弹劾 。公务员惩戒委员会于7月2日下午公开审理，并通知管中闵出席准备程序庭。公惩会受理案件后，已请管中闵说明，再给监察院核阅后，进行分案，由5位公惩会委员组成合议庭。本案合议庭成员为石木钦（公惩会委员长兼审判长）、廖宏明、吴景源、张清埤、黄梅月。合议庭日前已通知管中闵，于7月2日下午3时开庭，管中闵依法必须出席。公惩会借用台湾高等法院开庭，并开放60名民众旁听。
8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。教育部表示，以此机制来处理遴选过程可能产生的「当机」现象。
8月20日，公务员惩戒委员会针对台大校长管中闵被控在担任政务官任内匿名在《壹周刊》写社论而被监察院弹劾一案召开言词辩论庭；9月2日，判处管中闵申诫。
提出的争议内容.
管中闵当选后不久，随即传出管中闵在遴选过程中疑似违反利益回避原则、论文争议、赴陆授课等爆料，教育部以相关爆料为由暂缓核准台大校长的聘任，多次要求台大校方说明疑点，台大校长遴选委员会也多次回文澄清并无疑虑。
遴选委员疑似利益冲突.
遴选会发言人表示各界对任何委员的投票意向都是纯属臆测，依遴选办法各候选人及委员并无违反规定，已做到利益回避，并举遴选委员中央研究院院长廖俊智与候选人中研院副院长周美吟为例「难道也不符规定？」（依法务部法律字第 1000015676 号的行政函释，与教育部编印的「国立大学校长遴选作业参考汇编」，遴选委员并没有利益回避的声请权。廖俊智确实没有利益回避问题），遴选表格上并没要求写到私人企业职务。
台大管理学院兼任教授暨富邦金控高级顾问龚天行不同意教育部所称管和蔡两人的职务有「经济法律上重大利益」。国民党的智库国家政策研究基金会也发表评论说依据《证券交易法》，独立董事「执行业务范围内应保持独立性，不得与公司有直接或间接之利害关系」，因此没有理由要回避。台大政治系教授陈淳文则从法理层面解释指出：只有法定申报义务，没有自我揭露义务；回避义务的规范方式是以「法定关系」为原则，「具体事实」为例外；「瑕疵」与「重大明显瑕疵」在法律上是完全不同的两个概念，重大明显瑕疵的认定标准；台大及教育部皆无权推翻遴选委员会之决定。
之后，阳明大学校长遴选程序同样被质疑没有利益回避，教育部表示阳明大学校长遴选程序中确有召集人与候选人任同一公司（独立）董事职务的关系，但是在教育部完成聘任后才被外界揭露，校长遴选委员会也已解散，随后教育部于5月7日及17日二度函请阳明查明实情，而台大则是还没聘任，遴选委员会仍未解散的状况下就被揭露利益回避的问题；目前台大案已进入诉愿及司法程序，阳明案有相关法律见解及个案异同的情形，须一并慎重考量，教育部仍在积极研议可能的处理方式。
（蔡委员离席回避）依本会作业细则第9点原规定：「…本会委员…应遵守以下规范：…有下列情形之一者，经本会确认后，解除其职务：…有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞者，候选人得向本会举其原因及事实，经本会议决后，解除委员职务。…」嗣依教育部106 年9 月4 日台教人(二)字第1060109645号函修正，删除前揭「本会委员如认委员有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞，得主动提议，经本会议决后解除委员职务」之规定，并经教育部106 年11 月27 日台教人(二)字第1060105102 号书函备查在案。候选人管教授与蔡明兴委员并无「与候选人有配偶、三亲等内之血亲或姻亲或曾有此关系者」、「学位论文指导之师生关系」，而蔡委员亦无「因故无法参与遴选作业」之情事；又本校办理校长遴选期间迄今，并无候选人向本会提出具体事实足认蔡委员执行职务有偏颇之虞，爰本会自无从主动议决是否应解除其委员职务。行政程序法第33 条及第34 条虽对于回避设有规定，惟查依大学法第9 条第3 项授权订定之国立大学校长遴选委员会组织及运作办法第6 条另设有特别之回避规定，此经法务部100 年7 月4 日法律字第1000015676 号函复教育部在案。本会作业细则第9 点系依前揭运作办法所修正，并予叙明。
依照教育部编印的「国立大学校长遴选作业参考汇编」当中的「常见问题及注意事项」（2017年版为第60页，2013年版为第86页）注明：仅「候选人」得向遴委会举其不得担任委员之事由或有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞之原因及事实，经遴委会议决后，始得解除委员职务。
各方反应.
管中闵.
管中闵在大多数时间都未直接表态回应任何争议。支持者肯定其不随抹黑者起舞的高度，反对者则认为管中闵有不肯澄清和回应是不负责任的作法。
司法院.
2019年，针对台大校长管中闵被控在担任政务官任内，匿名在《壹周刊》写社论而被监察院弹劾一案，公务员惩戒委员会于7月公开审理，经监察院核阅后，进行分案，由5位公惩会委员组成合议庭。8月召开言词辩论庭，庭讯历时约2小时20分结束。9月宣判，认定管中闵匿名在壹周刊投书批评政府的行为妨碍其本职，并且损及相关官员的形象，因此属于非法兼职，判处申诫。
大学自主争议.
由于此时的主政者为民进党政府，而管中闵曾任国民党政府的内阁成员，部分人士认为此案是民进党基于政治立场干预大学自主而表达反对。《大学法》第一条开宗名义说大学「应受学术自由之保障，并在法律规定范围内，享有自治权」，显示大学自主是大学的核心价值。然而，大学自主的的具体定义和范围在台湾尚未明晰，且大学的经费来自公共预算，自应受一定程度之监管。关于「大学自主」的意义以及教育部的权责之争议因此而生。 
依据《大学法》第9条规定，「新任公立大学校长之产生，由学校……遴选出校长后，由教育部或各该所属地方政府"聘任之"。」即教育部只是形式上发聘书，不能进行实质审查。比较同一条文的后半部：「私立大学校长……报请教育部"核准聘任之"。」多了「核准」两字，可见当初立法意旨，并未授予教育部在聘任公立大学校长前进行实质审查的权力。
同一条文的中间部分说「遴选委员除学校与社会人士各占五分之二外，其余由教育部遴派之代表担任之」。所以说教育部要实质影响大学校长的遴选结果，可借由遴选委员的任命为之，但影响力就是遴选委员总额的五分之一，这就是《大学法》的立法精神：2005年6月，台大选出两名校长人选送交教育部，当时的部长杜正胜决定圈选得票数较低的李嗣涔而非得票数过半的杨永斌，引发争议，于是在2005年底立法院通过《大学法》修正案，将大学校长遴选由两阶段（大学选出数名人选，由教育部择聘其一）改为一阶段（大学只选出一名人选，由教育部聘任），让教育部对大学校长遴选只保留五分之一的实质决定权，而非原本的二分之一。
2019年8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。
反对教育部介入者.
全国教育产业总工会认为，此举严重戕害高教自主，也伤害了中华民国努力了几十年的民主机制。全国教师工会总联合会亦发起「三不运动」，抵制吴茂昆领导的教育部。
2018年4月28日，国立大学校院协会发出声明「基于大学自治精神，政府不应干预遴选结果」。4月29日，台北商业大学校长张瑞雄、德明科技大学校长徐守德、中国科技大学校长俞明德、圣约翰科技大学校长艾和昌、东南科技大学校长李清吟、东方设计大学董事长李福登和文藻外语大学校长周守民在网路上发起全民连署要求教育部退出政治干预，一天内得到多于4万签名；在5月4日已超过8万个联署。私立大学校院协进会也发布声明「台大校长遴选争议的负面发展，是大学自治有史以来最黑暗的时刻」。4月30日，国立台湾大学系统下的国立台湾大学、国立台湾师范大学、国立台湾科技大学校长共同声明，呼吁教育部应尊重校长遴选结果。国立清华大学在校园内发起系「政治退出校园」黄丝带的声援活动。清大教师会、前后四任清大校长与5位中研院院士清大教授声明，要求政府落实大学自治。随后国立台湾大学、国立交通大学、国立中央大学财经系主任叶锦徽及经济系教授徐之强等人发起，陆续在校园声援此活动；国立交通大学校长张懋中则呼吁，政府尽速让国立大学法人化。7月3日，中央研究院院士会议表决通过人文及社会科学组提案「国立大学校长遴选时，教育部应尊重《大学法》精神及规定，执行校长聘任事宜」
5月1日，台大自主联盟在傅钟的集会中正式提出《台大自主联盟五一声明》，向全国人民呼吁重视台大校长遴选事件。5月4日适逢五四运动99周年，以文学院为首的台大师生以及台大EMBA的学生发起「新五四运动」，扩大抗争规模，希望引起更多人对此事件的重视与发声。5月29日，有多起学术争议事件的教育部长吴茂昆在就任第41天时请辞获准，成为任期最短的教育部长（7月，监察院以吴在东华校长任内的学术争议通过弹劾并移送公惩会）。6月初，台大学生、台大校方与校长当选人分别委请律师向行政院提出诉愿。
反对教育部介入的知名人士包括教育部前部长曾志朗、台北市长柯文哲、作家龙应台、前《新新闻》社长王健壮、作家张大春、前副总统吴敦义、前行政院政务委员高思博等人。
2019年8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。清大校长贺陈弘认为，此一修正将严重干预遴选委员的独立自主；中研院院士、教育部前部长曾志朗则表示，教育部管太多，此一修法让大学教育「从宪政时代退回训政时代」。
支持教育部介入者.
中兴大学法律系教授李惠宗撰文，以法学方法论方式，指出本案中许多法律争点。其中，关于大学自治范围部分，由于大学校长之性质属于行政机关之首长，其聘(派)任属于大学组织法事项(外部组织)，非涉大学教学研究学术自由范围内等大学作用法之自治事项，因此校长遴选、聘任，其实并非所谓大学自治之范畴。所谓大学自治范畴，仅有于涉及教学、研究、学习等自由范围内之事项，始克当之。
台大经济系教授郑秀玲在《读报》撰文指出，前台大校长、台大行政高层动员人力向校务会议代表「关说」，要求「撤签」连署召开临时行政会议提案，导致临时校务会议延至3/24。而三月时，管中闵违法兼职、违法赴中兼职、论文抄袭等争议已经扩大。郑秀玲认为，3/24临时校务会议，是完全复制陈维昭校长时代的会议运作模式，当天的会议流程与最后的搁置决议，导致各项争议都无法得到厘清。
台大学生议长周安履发三点声明指出，「教育部驳回台大校长遴选结果，于法有据且并无侵犯大学自治」、「管中闵兼职事实违法明确」、「呼吁执政当局正视学生意见，为所当为」，力挺教育部不聘管中闵的决定。
台大社会系副教授范云认为，教育部的行为是迟来的程序正义。台湾大学研究生协会会长王昱钧表示：「教育部驳回聘任案有一定的考量、一定的证据」，他要呼吁台大校方理性面对，不要借机鼓吹爱校情感、激起对立，事后参加台湾北社召开的记者会支持教育部决定。全国家长团体联盟荣誉理事长吴福滨表示，教育部有监督台湾的大学之责任，教育部在昨天做出驳回的决定，对于台大身为高教的龙头来说算是正确的决定，这让台大能回归学术，摆脱政治纷扰。身兼民进党智库的台大社会科学院教授陈东升则认为，大学自治的意义并非无限上纲，大学自治仍需基于正当、合法等两前提，并不是他人无论如何完全都不能介入，譬如说：发生遴选委员、候选人资讯没有充分揭露利益回避的问题时，行政部门有权提出质疑。台大遴委会、校方得负起相关责任，不能只批外部介入。
其他支持教育部介入者包括台大退休教授黄武雄、金管会主委顾立雄、台大机械系特聘教授陈炳𪸩、行政院发言人徐国勇、台大学生代表大会议长周安履等。