台湾海峡两岸关系史

海峡两岸关系史介绍了有史以来台湾海峡两岸关系的历史变迁。中国历史上疑似关于台湾的记载最早追溯到《三国志》中提到的夷洲或《隋书》中提到的流求。在宋元时期，海峡两岸已有贸易往来，1281年元世祖设立了澎湖寨巡检司，开始对澎湖实行行政管辖。1349年汪大渊在《岛夷志略》中记载澎湖属泉州晋江县，而流求为海外诸国之一。明朝陈第写的《东番记》描绘了台湾西南地区原住民的风土人情。自1620年代起，海峡两岸关系受荷兰人、西班牙人、汉人、满人、日本人的影响，中国大陆与台湾或统一，或分离，跌宕发展。
1945年第二次世界大战结束，中华民国政府从日本接管台湾和澎湖，两岸关系随着国内、国际局势的变化而曲折发展。第二次国共内战中，中国国民党领导的中华民国国军被中国共产党领导的中国人民解放军打败。1949年中华人民共和国成立，并逐渐掌控整个中国大陆。而中华民国则退居台澎金马等岛屿。中国共产党试图以武力解放台湾，中国国民党也准备反攻大陆。两岸开始了军事对峙，并发生多次武装冲突。
1971年中华人民共和国取代中华民国成为联合国安全理事会常任理事国之后，中华民国的外交空间受到限缩。1979年1月1日，中华人民共和国与美国建交的同时，宣布停止砲击金门，并提出和平统一、一国两制政策。1987年中华民国解除戒严，开放两岸探亲后，两岸关系一度缓和。但1995年李登辉总统访美，两岸关系又趋紧张。进入21世纪后，海峡两岸经济关系已相当紧密。2008年中国国民党在台湾重新执政后，两岸关系趋于缓和。2015年海峡两岸最高领导人在新加坡会面，被视为两岸关系史上的重大突破。而2016年民主进步党重新执政以来，两岸关系又趋紧张。
历史分期.
关于海峡两岸关系的起始时间或历史分期无公认的标准。中南财经政法大学台湾研究所副所长张春英教授在《海峡两岸关系史》书中将两岸关系的历史分为四个阶段：第一阶段是从史前时期到1620年代荷兰人占领台湾；第二阶段为荷西、明郑、清朝、日本统治台湾到1945年中华民国接管台湾；第三阶段为1949年中华民国中央政府撤离中国大陆后形成的两岸军事对峙阶段；第四阶段是80年代以来两岸结束军事对峙，关系缓和发展的阶段。中国文化大学中山与中国大陆研究所邵宗海教授则是将1949年后两岸关系史划分为军事对峙、法统争执、交流缓和、意识对立、互惠协商五个时期。
古代.
三国时期（疑似）.
中国史书《三国志·吴志》记载黄龙二年（230年）春正月，孙吴曾派将军卫温、诸葛直率领将士万人，从临海郡的章安出发，渡海寻找夷洲，有数千人登陆夷洲后返还。此外，孙吴丹阳太守沈莹所著的《临海水土志》记载，夷州在临海郡东南二千里，“土地无霜雪，草木不死；四面是山，众山夷所居”。有学者认为夷洲（或夷州）指的是台湾，但存在争议。
隋唐时期（疑似）.
《隋书·流求传》记载，流求国位于海岛上，在建安郡以东，坐船五日可到达。其中还有隋炀帝派兵攻打流求国的记载，前后一共三次。第一次是607年，因为语言不通，所以只「掠一人而返」。次年，朱宽第二次进击，但也仅「取其布甲而还」。第三次则是在610年，由陈棱和张镇州领军，「虏其男女数千人」而返。有学者认为《隋书》中记载的流求国就是今天的台湾，但也有学者认为流求国指的是琉球群岛。
宋元时期.
南宋孝宗乾道七年（1171年）汪大猷任泉州知州，辖区内“有海岛曰澎湖”，有不少汉人居住，经常被夷人上岸来抢掠东西，杀掳人口。为防止骚扰，每年南风起时，汪大猷便派兵去防守，耗费军资，但还是防不胜防。于是造屋200间，派遣将士驻守。关于宋元时期的两岸贸易的文史记载很少，从出土的大量宋元时期的陶瓷器来看，澎湖应是当时中国大陆外贸的一个重要中途站。据记载，宋元时期，铁在台湾属于高价商品，台湾原住民常常要等来自中国大陆的商船靠岸，用食物向船上的人换取铁。清朱景英在《海东札记》中说，曾在嘉义港口得数百宋钱。
元世祖至元十八年（1281年）元师伐日本，遭台风袭击，军舰大部分沉没，残部漂至台湾西岸及澎湖，遂设澎湖寨巡检司，隶属于福建泉州路，与琉求（台湾）相邻。1292年，元世祖遣使宣抚流求，但到达后跟当地人语言不通，无功而返。元成宗元贞三年（1297年），福建省平章政事高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，生擒130余人而返。第二年正月，又将所俘琉求人放回，要他们归顺元朝，此后不了了之。元明宗至顺元年（1330年）及元统五年（1337年），汪大渊两度由泉州出发到各国贸易，他在《岛夷志略》中记载澎湖属泉州晋江县，而琉球为海外诸国之一。
明朝前期.
1384年，明朝废除澎湖巡检司，又于1563年复设澎湖巡检司派兵驻守。《东番记》记载永乐初年郑和下西洋时曾到台湾，当时东番夷族（台湾原住民）躲了起来不愿意顺从约束，于是郑和给每家一个铜铃，让他们系在颈上。铜铃被他们当做宝物。宣德年间郑和船队曾到台湾西定坊大井头汲水，还曾投药于水给当地土番医病。嘉靖四十二年（1563年），泉州籍海盗林道干聚众反明，被明朝都督俞大猷追剿，经澎湖逃到台湾鸡笼定居。他率领数百名随从，奴役台湾原住民。原住民非常愤恨，商议杀死林道干，却走漏消息，被林道干夜袭杀害。继林道干之后，潮州籍海盗首领林凤于万历二年（1574年）被明朝总兵胡守仁追击，逃窜至澎湖，然后又到台湾魍港（八掌溪口）作为其根据地。胡守仁传谕番人夹攻，林凤等人逃散。
近现代.
倭寇侵扰与明朝海防.
据明海防将领沈有容在《闽海赠言》中记载，自己曾“三入东蕃，歼倭驱荷”。万历三十年（1602年）七月，倭寇流动劫掠广东、福建、浙江等沿海地区后，窜入东番以为巢穴。福建泉州守将沈有容都司一方面派人侦察敌情，了解气候、风向、海流情况，另一方面造船、练兵、储粮。同年冬，福建巡抚朱运昌发密札令“剿东番倭”，沈有容率24艘军舰渡海前往台湾，大破倭寇。焚沉倭寇船只6艘，斩首15级，夺回被掳男女370余人。沈有容在大员驻扎二十多天，随行的陈第根据台湾当时的原住民风土民情写成《东番记》一文。
荷、西、汉人在台湾.
1604年，荷兰人韦麻郎占领澎湖，明浯屿都司沈有容率兵船五十艘（约两千人）到澎湖，要求韦麻郎离开。由于双方兵力亦相差悬殊，韦麻郎于12月15日离开澎湖，转往台湾寻找据点。此事在澎湖天后宫内的沈有容谕退红毛番碑上有记载。1622年，荷兰东印度公司在印尼的总督顾恩派雷约生到澎湖，并建立风柜尾城堡作为贸易据点。1624年明将俞咨皋率军包围荷兰人，经过八个月激战，荷兰人撤离澎湖，转进至台湾大员设立热兰遮城作为据点。荷兰东印度公司招募中国福建沿海及澎湖的汉人入台耕作，其中许多人后来定居台湾。在《安平颜氏族谱》、《东石汾阳郭氏族谱》中都有迁家入台的记载。
相传1621年，漳州籍颜思齐由日本长崎到台湾，在诸罗山一带安寮设寨，从事耕猎和贸易活动。消息传回大陆后，吸引了漳州、泉州大批贫民渡海前来投奔，人数多达3000人。1625年颜思齐病死，郑芝龙（郑成功之父）继承其事业。1628年（崇祯元年）九月，郑芝龙受明廷招安，率部众3万余人，船只千余艘回大陆，任“五虎游击将军”，驻安海。福建发生灾荒时，郑芝龙曾送数万饥民到台湾谋生，相关费用再以租税的形式还给郑芝龙。此外，郑芝龙打破官方的海禁，几乎垄断了中国大陆沿海与台湾、澳门、日本、菲律宾之间的贸易。
1626年，西班牙人伐尔得斯率领舰队从菲律宾马尼拉出发，沿者台湾东海岸来到鸡笼湾内的鸡笼岛上建立圣萨尔瓦多城作为统治中心。虽然西班牙人不被允许和明朝展开正式贸易，但却以免关税、免货物税，甚至免入关查验的方式，吸引走私商到鸡笼作生意。
1633年（崇祯六年）荷兰东印度公司以台湾为基地对大陆福建沿海进行封锁、掠劫，明朝水师在郑芝龙率领下击败荷兰东印度公司与海盗联军，史称崇祯明荷海战。在台湾的汉人也曾反抗荷兰统治，较知名的是1652年郭怀一事件。当时有四五千汉人参与，约为台湾汉人总数的四分之一，历时12天后被镇压，三四千名汉人死亡。
清张廷玉所修《明史》中描述的台湾疆域是，“其地，北自鸡笼，南至浪峤，可一千余里；东自多罗满，西至王城，可九百余里”。值得注意的是，鸡笼与琉球、吕宋、婆罗等同被写入“列传第二百一十一外国四”篇，不在明朝版图之内。
郑成功击退荷兰人.
1644年明朝灭亡，而明朝宗室福王、鲁王、唐王先后成立南明政权。其中唐王朱聿键由郑芝龙、郑鸿逵兄弟于1645年在福州拥戴称帝。1646年，清军入福建，郑芝龙降清，郑成功出走金门。1647年，郑成功正式以「忠孝伯招讨大将军罪臣国姓」之名誓师反清，转战大陆东南沿海十余年，并多次帮助明朝宗室与民众渡海定居台湾，被永历帝封为延平王。由于荷兰人常劫夺汉人商船，郑成功于永历十年（1656年）到十四年（1660年）期间两次警告荷兰人停止劫夺商船，否则将不与其贸易。
1661年4月，郑成功以「大明招讨大将军」的名义，率两万五千名将士及数百艘战舰进军台湾，经热兰遮城之战，迫使荷兰东印度公司在1662年2月1日签约投降。郑成功在台湾设承天府，试图反清复明，但不久即去世。郑经继位后由于担心统治的正当性不足，于1663年从金门迎大明宁靖王朱术桂到台湾，并将台湾改称为东宁，名分上仍奉明朝为正朔，并于1665年在台南设孔庙。
1674年4月21日，清朝靖南王耿精忠起兵反清，隔海邀请郑经西征。郑经渡海后，向耿精忠索取漳州与泉州，被拒后出兵占领海澄与同安，双方开始交恶。然而，泉州、漳州以及潮州陆续投靠郑经，耿精忠见情势不对便出兵进攻泉州，但却被刘国轩击退。1675年，耿精忠与郑经谈判，双方以枫亭为界，北属耿氏、南属郑氏，平息战斗。1676年，郑经击败平南王尚之信，占领惠州。郑经拥有漳、泉、潮、惠四座州府后，又攻下汀州，腹背受敌的耿精忠只好降清。耿精忠降清后，独自面对清朝军队的郑经节节败退，最后退回厦门。
1677年清朝再度与郑经展开和谈，清朝康亲王杰书许诺，若郑经从中国沿海的岛屿撤退，就答应比照朝鲜，让东宁成为清朝藩属，并与东宁通商，永无猜嫌。1678年清朝将领赖塔给郑经的书信中声称，如果郑军肯退守台湾，则郑氏可永据台湾，与朝鲜、日本地位相同，不必剃发易衣冠、称臣纳贡全凭自愿。但郑经索要海澄为互市，导致谈判破裂。1680年，郑经战败，从厦门撤守台湾。从此，郑经意志消沉，将国政全权交予监国世子郑克𡒉与咨议参军陈永华。1680年7月，陈永华逝世。1681年3月17日，郑经去世，要员冯锡范杀死郑克𡒉，立其弟郑克塽，导致国政日劣，人心涣散。
清朝纳台湾入版图.
1683年（康熙二十二年）7月10日，清康熙帝派施琅率领水陆官兵两万余人、战船200余艘攻打台湾。经过7天激战，郑军精锐被全歼。7月20日，宁靖王朱术桂自杀殉国，郑克塽则于9月17日正式递交降书，10月3日清军进入台湾受降。次年，台湾设台湾府，辖台湾、凤山、诸罗三县，隶属于福建省台厦道，并公布「台湾编查流寓则例」，严格控制大陆汉人渡台人数。台湾建府初期，清廷即授权福建巡抚从闽省内地与台地的官员互调。因此，清代台湾的官吏多是福州人。
1721年，朱一贵在台湾自立为王，定国号为「大明」，但很快被清军剿灭。1731年（清雍正九年）年末，台湾原住民道卡斯族于大甲西社发动武装抗官行动。当时署理福建总督郝玉麟派台湾总兵王郡亲往督征，并先后从中国大陆本土徵调官兵六千多名来台征讨。事件历经七个月，最终台湾各酋长率众投降，林武力等十三名酋长依清律判决斩决枭示，沙辘土官被判成立唆谋罪名而杖毙。
清廷治理台湾后，台湾与大陆的贸易更加兴盛。当时台湾主要的出口物品为稻米、鹿皮与蔗糖，进口物品为纺织品、药材及其他日用品，最主要的贸易港口为府城（今台南安平）、鹿港（今彰化鹿港）、艋舺（今台北万华）三地。俗称的“一府二鹿三艋舺”，就是形容此时期最兴盛的贸易港口。清朝中期，大量移民来台，先来后到的族群之间存在诸多利益冲突。如福建的鹤佬人和广东的客家人、潮州人之间发生闽粤械斗；来自福建的泉州人与漳州人之间发生泉漳械斗；以及戏曲门派之间的西皮福禄械斗等。不过，这时期台湾各族群间除分类械斗外亦有合作。例如1796年，吴沙在拓垦蛤仔难时，有漳籍、泉籍与客籍人士共同入垦。
清朝后期治理台湾.
1860年第二次鸦片战争后，清政府同意开放台湾安平、淡水通商，不久又开放打狗和鸡笼二港。1874年，日本出兵台湾制造牡丹社事件。1875年，清政府派沈葆桢为钦差大臣赴台湾巡阅，并调驻防徐州的淮军唐定奎部6500人前往台湾驻守。最终，以中日签订《北京专约》暂告平息。这次外交事件，促使清廷取消中国大陆人民渡台耕垦禁令，台湾全面开放。
1884年中法战争期间，法国海军将领孤拔占领基隆，进攻淡水，封锁台湾海峡，并骚扰中国沿海各省。1885年（光绪十一年）7月29日，左宗棠在《台防紧要请移福建巡抚驻台镇摄折》中说明台湾必须迅速改建行省的理由。同年10月，清廷设福建台湾省，管辖原福建省的台湾府和台北府，原福建巡抚刘铭传改任台湾巡抚，台湾建省经费主要由福建财政承担。刘铭传在台湾巡抚任内，扩大抚番，增设郡县，并推动一系列洋务改革，将台湾建设成了当时大清帝国近代化程度最高的行省。
清朝割让台湾予日本.
大清在甲午战争中被日本打败，于1895年4月17日签署马关条约，割让台湾及澎湖予日本。消息传至台湾，时任台湾巡抚唐景崧在5月25日发表《台湾民主国独立宣言》，但仍奉清朝为宗主国。6月2日，清日双方完成台湾交接，日军于10月21日进入台南灭掉台湾民主国政权。台湾成为日本殖民地，也是日本侵略中国大陆的基地。台湾总督府作为日本帝国实施南进政策的前锋，专门针对福建制订了政策，通过在大陆创办学校、设置医院、兴建神坛和经营报社等方式进行文化渗透，对近代福建社会的发展产生了深远的影响。
1896年前后，时任日本台湾总督儿玉源太郎派时任台湾宜兰兰阳寺住持故加苏广法师到厦门布教。其后，东本愿寺僧人水谷魁曜等建立“厦门东本愿寺布教所”。1900年8月24日，该布教所被烧毁。25日，日本台湾总督派遣陆军渡海，准备占领厦门。西方列强反应强烈，英、德、美、俄都将战舰开进了厦门港，英军陆战队登陆英租界，日军被迫撤军。史称“厦门事件”。
1912年中华民国成立后，台湾蒋渭水、杜聪明、翁俊明等人相继加入中国同盟会台湾分会。1928年台湾共产党在上海法国租界成立，由中国共产党指导，主张推翻日本在台湾的统治，建立台湾共和国。1931年9月后，因大批党员被捕入狱，台共停止运作。1934年和1936年，福建省政府曾两次组团赴台湾考察。1895年日本开始统治台湾时，台湾的经济规模尚不及福建。但台湾经过日本人近40年的经营，已远远超过福建。因此，《台湾考察报告》中建议福建学习台湾的经济模式。
1937年中日战争全面爆发后，旅居中国大陆的台湾民间人士在李友邦的领导下成立台湾义勇队进行抗日活动。1938年2月23日，苏联航空志愿队以中华民国空军第一大队的名义轰炸台北松山飞行基地。1941年12月9日中华民国国民政府正式对日宣战，并宣布对日一切条约无效。1943年11月25日，美国陆军航空军驻华的第十四航空队和中美空军混合团第一大队共出动14架B-25轰炸机从中国江西遂川起飞，轰炸了新竹日军的飞行基地，毁损日本军机共52架。1943年12月，中、英、美联合发表开罗宣言，声明「日本窃自中国之一切领土，例如满洲、台湾、澎湖群岛等应归还中华民国」。1945年7月，中、英、美发表波茨坦公告，明确「《开罗宣言》之条款必须实施」为日本投降的必须条件之一。9月2日，日本正式接受波茨坦公告之条款，向盟邦投降。
中华民国接管台湾.
1945年8月29日，国民政府主席蒋中正任命时任福建省主席的陈仪为台湾省行政长官。10月15日，国民政府军在基隆港登陆。10月25日，中华民国正式接管台湾、澎湖，列该日为台湾光复节，惟此光复论点存在争议。1946年1月12日，中华民国行政院宣布「原有我国国籍」之台湾人民于1945年10月25日起恢复中华民国国籍，但此举因战后的和平条约尚未缔结而遭到美国、英国、荷兰、日本政府反对。1947年2月底开始，台湾各地接连发生军民冲突，陈仪暗中请求蒋中正从中国大陆增派军队进行镇压，史称二二八事件。
1948年起，由于中华民国国军在第二次国共内战中接连失利，蒋中正开始迁移国民政府、军队、军眷、故宫文物、国库资产与相关档案等到台湾。1945年至1950年，中国大陆各地有近200万军民迁入台湾。这些大陆移民在台湾被称为外省人，以区别较早移民台湾的本省人。
当代.
军事对峙.
1949年3月15日，新华社发表题为《中国人民一定要解放台湾》的社论，第一次提出“解放台湾”的口号。中华民国政府中枢于国共内战失利迁往台北后，则提出「反攻大陆」、「消灭共匪」、「解救同胞」等口号，并颁布《戡乱时期检肃匪谍条例》，严格限制台湾民众与大陆人民交往联系。中华人民共和国成立后，海峡两岸历经了1949年金门古宁头战役、1953年东山岛战役、1954年第一次金门砲战、1955年1月一江山战役、1955年2月大陈战役，直到1958年八二三砲战，双方互有胜负。
其间，朝鲜战争爆发，美军进驻台湾，同时指出台湾地位未定。于是，中华人民共和国向联合国安理会控诉台湾遭受武装侵犯，同时抗议联合国把中华人民共和国排除在外，但该案最终被否决。在《旧金山和约》中，日本放弃对台湾及澎湖等岛屿的一切权利、权利名义与要求，但中华民国和中华人民共和国均未参与和约签署。随后中华民国与日本于1952年签署《中日和约》。1954年《中美共同防御条约》的签署，也令解放军有所忌惮。1955年4月，中华人民共和国国务院总理兼外交部部长周恩来到印尼参加万隆会议，并发表声明：「中国政府愿意同美国政府谈判，争取用和平方式解放台湾。」李宗仁在美国获悉后，于同年8月发表《关于台湾问题的建议》作为回应，中华民国政府则封锁此文发表之消息。
1958年10月初，解放军宣布放弃封锁金门，后来改为「单打双不打」逐渐减少攻势，两岸角力转而以法统争执为主，争夺国际社会上中国的代表权。1963年周恩来将共产党的对台政策归纳为一纲四目。1971年，中华人民共和国取代中华民国成为联合国安理会常任理事国；1972年尼克森访华签署了《上海公报》，同年9月中日建交；1979年1月1日美国与中华人民共和国建交，同时与中华民国断交，以《台湾关系法》取代《中美共同防御条约》，并从台湾撤军。两岸外交形势逆转。1979年1月1日，中华人民共和国国防部部长徐向前发表《国防部关于停止对大金门等岛屿炮击的声明》正式对历时21年的金门炮战划上了句号。
缓和交流.
[[File:Mawei China Propaganda facing Matsu.jpg|250px|缩略图|福州马尾区海岸的“和平统一，一国两制”标语与马祖列岛遥遥相望
1979年1月1日，中国大陆全国人民代表大会常务委员会发出《告台湾同胞书》，以「和平统一、一国两制」取代原来的「解放台湾」，对台湾的态度从强硬趋向缓和。对此蒋经国于4月4日提出“不接触、不谈判、不妥协”的三不政策作为回应。5月29日台湾海峡复航。1980年6月9日，蒋经国提出「三民主义统一中国」。1981年第一家台资企业在福州落户，福建开放4个口岸为台船停泊点和台胞接待站，开创了改革开放后两岸贸易和人员往来之先河。1981年10月1日，中华人民共和国全国人大常委会委员长叶剑英提出有关和平统一台湾的九条方针政策，表示「国家实现统一后，台湾可作为特别行政区，享有高度的自治权，并可保留军队。中央政府（指北京）不干预台湾地方事务。」1982年7月24日，中共中央统战部部长廖承志致信给蒋经国，呼吁两岸展开和谈，「相逢一笑泯恩仇」；中华民国政府未回应，且在1984年炮击解放军实控的角屿，大陆保持克制并未还击。1987年7月15日，中华民国政府终于宣布台湾地区解严。
同年11月2日年台湾开放民众到大陆探亲，两岸民间经贸活动迅速升温。1988年8月中华民国行政院大陆工作会报成立，协调两岸经贸交流。1989年6月，台湾地区正式开放大陆地区物品间接输入。此后两岸经贸往来中，台湾对大陆享有巨额顺差，对大陆经济的依存度也逐年攀升。1990年10月7日，中华民国时任总统李登辉宣布成立国家统一委员会，并于1991年2月23日通过了国家统一纲领，主张依据「民主、自由、均富」的原则推动中国统一。宪法增修条文将中华民国分成「大陆地区」与「自由地区」。《两岸人民关系条例》中将「大陆地区」定义为「台湾地区以外之中华民国领土」。
1991年，台湾海基会与大陆海协会相继投入运作，1992年在香港进行会谈，但无成果。1993年4月，两岸在九二共识的基础上举行汪辜会谈。1995年1月，时任中共中央总书记的江泽民，提出发展两岸关系、推进中国和平统一进程的八项主张。对此，李登辉总统于4月8日提出六项建议作为回应，被称为李六条。
意识对立.
1990年闽平渔事件和1994年千岛湖事件及小金门高炮误击厦门事件的发生，引发了两岸民众的不满情绪。1995年6月，时任中华民国总统的李登辉以私人名义访问康乃尔大学，提出了中华民国在台湾的国家定位，引发台湾海峡飞弹危机。1996年8月，中国大陆开放福州、厦门两港作为两岸直航港口，不过台湾仅仅开放高雄为境外营运中心作为回应，并采取不进货、不通关的措施阻碍两岸三通。1996年9月14日，中华民国总统李登辉在台湾经营者大会上提出“戒急用忍”的主张，限制台湾企业界对中国大陆的投资。1997年，福建建立“海峡两岸（福州）农业合作试验区”和“海峡两岸（漳州）农业合作试验区”。1999年5月，民进党全代会通过了《台湾前途决议文》。同年7月，李登辉总统提出两国论，主张台湾和中国大陆的关系是「国家与国家」，「至少是特殊的国与国的关系」。
2000年民进党首次担任中华民国的执政党，陈水扁在就职典礼上提出四不一没有，即「只要中共无意对台动武，本人保证在任期之内，不会宣布独立，不会更改国号，不会推动两国论入宪，不会推动改变现状的统独公投，也没有废除国统纲领与国统会的问题」。他在任内推进一系列“去中国化”、“去蒋化”等台湾本土化运动。2001年，马祖、金门和马尾、厦门之间实现了通商、通航和通邮。2001年5月，陈水扁出访瓜地马拉时抛出了关于两岸关系的“新五不政策”。2002年8月2日，陈水扁在“世界台湾同乡会”上透过视讯会议提出“一边一国”，指台湾、中国不属同一国家。2004年2月22日陈水扁称，大陆以496颗导弹对准台湾，每6天还增加一颗。因此，台湾举办228百万人手牵手护台湾活动，反对中国大陆部署针对台湾的飞弹设施。
2005年3月，陈水扁总统对欧洲议会议员及新闻媒体表示，做不到把中华民国国号改为台湾共和国。中共中央总书记胡锦涛则发表了对台工作的四个“绝不”，随后全国人民代表大会通过了《反分裂国家法》。3月26日，民进党、台联等组织游行表达抗议。然而在4月至7月，国民党主席连战、亲民党主席宋楚瑜、新党主席郁慕明相继访问大陆，缓和了两岸关系。2005年8月2日，陈水扁提出了四阶段论，即“中华民国在大陆，中华民国到台湾，中华民国在台湾，中华民国是台湾”。四天后，又提出了一个原则、三个坚持、五个反对作为处理两岸事务的准则。2006年陈水扁宣布《国家统一纲领》「终止适用」，并于2007年提出了“四要一没有”，即：台湾要独立，台湾要正名，台湾要新宪，台湾要发展；台湾没有左右路线，只有统独的问题。不过，这并未引起中美的强烈反应，两岸经贸往来仍持续发展。2008年全年，“小三通”旅客运量达97.4万人次。
互惠协商.
2008年3月22日，马英九赢得中华民国总统选举，5月20日中国国民党重新执政，主张不统、不独、不武，即「在马英九任内，保证不推动两岸统一，也不会宣布台湾独立，两岸之间不进行军事战争」。同年10月、11月，曾任中共中央台湾工作办公室主任及主任助理的海协会副会长张铭清、会长陈云林访台，被台湾抗议民众袭击、围攻。同年12月31日，中共中央总书记胡锦涛在《告台湾同胞书》发表三十周年纪念会上提出“胡六点”。两岸关系在“九二共识”的基础上不断发展，海基会和海协会共进行了十一次「领导人会晤」，两岸陆续签署了二十三项协议及两项共同声明，其中包括海峡两岸经济合作架构协议（ECFA）、两岸定期班机直航启动、两岸共同打击犯罪合作等。2013年陆委会首次被允许参与APEC会议被认为是两岸关系进展大突破。
2014年台湾太阳花学运遏制了两岸经济一体化的势头。同年6月，民进党籍台南市长赖清德访问中国大陆时表示：「台湾的前途由2300万人民共同决定」。中共中央台办则回应称「任何涉及中国主权和领土完整的问题，必须由包括台湾同胞在内的全中国人民共同决定」，并且强调反对台独的立场不变。同月，中共中央台办主任张志军访问台湾与陆委会主委王郁琦会面，引发台湾国内一连串争议和冲突。9月，中共中央台办邀请20多个台湾统派团体访问北京，中共中央总书记习近平重申「和平统一、一国两制」是大陆解决台湾问题的基本方针。对此，行政院长江宜桦表示，「中华民国从来不接受一国两制的政策，我们的主张就是在中华民国的宪法架构下，维持现状」。中国大陆则继续推出新的统战策略。2015年11月7日，海峡两岸最高领导人-{zh-hans:习近平与马英九;zh-tw:马英九与习近平;zh-hk:习近平与马英九}-在新加坡举行会面，这是海峡两岸自1949年政治分立以来66年间，双方最高领导人的首次会晤，双方就推进两岸关系和平发展交换了意见。民进党主席兼总统参选人蔡英文批评该会面“企图用政治框架，框限未来在两岸关系上人民的选择”。
台海现状.
2016年5月20日民主进步党籍的蔡英文就任中华民国总统以来，主张维持现状，不承认九二共识，并于2016年底成功与美国候任总统川普通电话。习近平政府不断施压蔡英文政府，企盼蔡英文能重回九二共识的轨道上。蔡英文则在民进党创党30周年之际，以党主席身分发给民进党员的公开信中表示，要力抗中国大陆的压力，发展与其他国家的关系，摆脱对中国的过度依赖。大多数台湾民众不满中国大陆在国际社会的打压，另一方面有半数民众不满蔡英文处理两岸关系的表现。
中共中央总书记习近平在2019年1月2日的「《告台湾同胞书》发表40周年纪念会」时，于北京人民大会堂发表《习五条》。习近平针对台湾问题，重申「海峡两岸同属一个中国，共同努力谋求国家统一的九二共识」。同日下午，中华民国总统蔡英文召开临时记者会表示：「拒绝九二共识」，「坚决反对一国两制」。自2019年3月以来，中国人民解放军不断在台海地区进行演练。中华民国外交部发言人欧江安在2021年4月30日表示中方的行为已对台海区域安全及现状产生危害。2021年5月12日，中共中央台办发言人朱凤莲称，“台独”顽固分子，恶意诋毁大陆，煽动两岸对立，将受到严惩，并被依法终身追责。。同年11月5日，中共中央台办点名台湾外交部长吴钊燮、立法院长游锡堃和行政院长苏贞昌为“台独顽固分子”。对此，吴钊燮表示这是一份殊荣，游锡堃感觉光荣并表示感谢，苏贞昌则表示不受恐吓。
2022年8月2日，美国众议院议长裴洛西访台，解放军随即围绕台湾进行一系列军演，发射多枚弹道飞弹。演习区域不仅跨越海峡中线，甚至进入台湾领海。2022年8月10日，中共中央台办与国务院新闻办联合发布第三份台湾问题白皮书——《》，提及「一国两制台湾方案」以及「台湾特别行政区」。2022年8月16日，中共中央台办将萧美琴、顾立雄、蔡其昌、柯建铭、林飞帆、陈椒华、王定宇等列入台独顽固分子清单实施制裁。
2023年4月7日，中共中央台办发言人朱凤莲表示，远景基金会、亚洲自由民主联盟在国际上大肆兜售台独主张，制造一中一台、两个中国等违反一个中国原则的事件。大陆方面决定禁止远景基金会、亚洲自由民主联盟负责人进入大陆和香港、澳门特别行政区，禁止大陆有关组织和个人与其进行合作。
2023年9月12日，中共中央、中国国务院发布关于支持福建探索海峡两岸融合发展新路、建设两岸融合发展示范区的意见文件。文件提到畅通台湾人往来通道，取消台湾人在闽暂住登记，鼓励台湾人在福建购房置业、鼓励福建企业雇用台湾员工等。