埔里历史

埔里地区处于台湾本岛之中央，东侧为中央山脉，西侧有国姓之深谷，南边凭日月潭为界，北边倚关刀山为屏障，地形十分险要，加上四季温和，其丰富的自然环境提供了人类生存的重要条件。距离今约三千年前，已有人类陆续在埔里盆地周边台地地区建立家园；从其史前遗址所发现的石器、陶器，可发现该时期之文化内涵相当丰富；但不知原因为何，这些史前人类又像谜一样的消失。直到很久以后，才有埔社布农人与眉社泰雅人各自分别居住在埔里的南北两侧，成为埔里近代历史之最早主角。
汉人大量进入埔里的最早纪录是在1815年；当时，一千多名垦户在郭百年等人率领下强行进入埔里。由于这次的移民行动没有经过官府准许，再加上随意杀害埔社及眉社原住民，终于引来当局关注；隔年，汉人被澈底驱逐，郭百年等垦首被依法惩治。埔社与眉社的原住民因此遭受重大损失，对汉人因而产生不好的观感；但也正因经过这些冲击，他们才更加了解汉人的社会文化，激起其放弃狩猎并从事农耕的想法。
1825年，分散居住在台湾中部的巴布萨、洪雅、拍瀑拉、道卡斯、巴宰海平埔族人在他们的原居地因遭受汉人于经济上的掠夺，导致其耕地大量流失，生活日渐窘迫，而不得另寻发展；当时，埔里正好提供其绝佳机会，于是，在互相招引之下，他们在接下来的八年中陆续进入埔里。
平埔族族群进入埔里后，一开始以埔社与眉社的佃田为生，后来依恃其农耕技术较当地族群进步，逐渐获得当地大多土地，当地原居民因此逐渐撤往山区居住。后来，汉人也随著逐渐松弛废除的内山开垦禁令陆续前来开垦居住。1875年，埔里地区之开发大致完成。
沙连堡成立于清朝乾隆年间，其范围包括今部份水里乡、鱼池乡、国姓乡、埔里镇及仁爱乡一带；而埔里正是水沙连六社的重要地区，当初称为蛤美兰社，亦称埔里社（埔里社）。道光年间，平埔族迁居至该地，并建立三十多个部落。光绪年间，总兵吴光亮建立大埔城。
第二次世界大战后，政府在此设立隶属南投县之埔里镇，其东侧为仁爱乡，西侧为国姓乡，南面鱼池乡，西距草屯镇38公里，西北距台中58公里，南距日月潭约17公里，是通往台湾中部各主要风景区的重要交通枢纽。镇内所辖面积约162.227平方公尺，人口约87,000人，包含泰雅族、平埔族、闽南人、客家人及外省人各族群；除商业活动之外，居民大多从事农林业，全区没有大型工厂。
清治时期.
1684年第一任诸罗县知县季麒光在《台湾杂记》提到水沙连的名词和地理位置，这是目前有关水沙连年代最早的文献。1693年高拱干编写《台湾府志》，其中在<规制志>有提到水沙连思麻丹社「康熙三十二年新附(归附)」成为「供赋熟番」，这是目前有关邵族最早的历史记载;赋役志则有对邵族族人的记载;<外志>中也有对水沙连地理概念的描述。
1697年郁永河写《番境补遗》记录并描述了水沙连的风土民情，其中有关于「水沙廉」的记载。。
1713年竖立石碑标明界限，严格执行不得跨越番界的禁令 。1717年周钟瑄编修《诸罗县志》<卷一．封域志：山川>中提到水沙连内山有十社(十个部落)；<风俗志．番俗考中>亦有对水沙连男女悦合的记载和南北港番的分类与记述，<古迹>和<外纪>更有对邵族的风土民俗的详细记载。
1721年水沙连与阿里山各社，因为对汉人通事蛮横而暴利贪敛的态度感到痛恨，乘著「朱一贵抗清事件」杀死通事。水沙连与阿里山各社杀死通事的事件被清廷视为叛乱，因此知县孙鲁前来招徕，先展示兵威火力，再赏赐烟、布、银牌，软硬兼施的招抚手段，在十二月间让阿里山各社与水沙连南港土官接受招抚，而水沙连北港土官麻思来隔年（雍正元年，1723年）元月间也接受招抚。1723年清廷增设彰化县，并将原本参将驻扎于诸罗之北路协镇移驻彰化，进而得以同时控制南边的诸罗县和北边的淡水厅。
1725年水沙连社头目骨宗联络附近的蛤里难社（埔里社）等社，连续在东势、蓝兴半线社、大武郡、柴里社、竹脚寮等地杀人，引起官方的注意。1726年九月间总督高其倬命令台湾道吴昌祚及北路参将何勉、淡水同知王汧、巡察御史索琳等共出兵二千人，共同围剿骨宗等人，十月间直捣水沙连北港之蛤仔难社，然后再进入水里湖社逮捕到骨宗父子三人，搜出积存的头颅八十五个，又逮到阿密氏麻等二十多人，亦搜出头颅无数，并将骨宗等人押解回军前，解省伏诛。
1734年清政府为了加强控制内山地区，将浊水溪流域一带的原住民领域成立「沙连堡」，其范围即清朝末年沙连、集集、五城等堡广阔的内山地区。1737年清廷解除携眷渡台之禁令，从闽粤两个省分前来拓垦的汉人逐渐增加。1740年清朝政府赐姓「潘」给岸童社土目,成为埔里平埔族人的潘姓由来。1743年沙连堡设立。
1744年清廷下令禁止汉人争夺开垦番地。1752年清廷竖立石碑于原住民生活领域的边界，禁止汉人进出。1755年政府准许水沙连地区开垦升科。1756年刘宰予开辟水圳东埔蚋圳完成。1759年设置南投县县丞，由彰化县知县管辖，是辅助机构，但有管辖刑名钱谷的功能。
1762年彰化知县胡邦翰吁请水沙连已报升科之冲崩压坏田园减则，并免旧欠回赋。1764年三月巡台御史李宜青实地调查水沙连，九月以水沙连地脊租重(土地贫瘠税负沉重)，奏请处蠲租(免除租税)。
1765年二月台湾道庄允焄严禁采制军工樟木放流水圳之水道，并将告示刻于石碑立于浊水庄。1766年设置南北路理番同知。1771年闽籍漳州府汉人合股招募佃农在沙连堡浅山地区积极拓垦，陆续建立了林尾庄、湳底庄、吴厝庄、柴桥头庄、八张犁庄。1781年泉州人进入集集开垦，形成一大聚落，称作集集舖。1782年 爆发闽粤漳泉互相争斗的惨案。 
1783年业户杨东兴进入集集埔开垦，修筑水圳引浊水溪水灌溉，拓垦洞角、大坵园等庄。1788年台湾知府杨绍裘奉旨，率领水沙连化番头目毛天福与阿里山头目等三十名地方官员进入京师前往拜见皇帝，获得赐谒七次赏宴十次，并给予朝服等礼物，并由福建巡抚颁给银牌，观光一年多的时间才回去。水沙连社原住民头目毛天福被任命为通事，黄汉被任命为社丁首。
林爽文事件时，水沙连地区的通事、社丁首等率领归化生番，效忠清廷，有功于扫荡平定。福康安于是上奏请求让台湾的熟番设置屯防。于全台湾共设屯所十二处四千人，在水沙连地区设柴里小屯及北投小屯，水沙连化番隶属于迆里小屯，其养赡埔地为将八娘坑埔地九十甲分给水沙连社屯丁九十名，每名得一甲。除了屯丁以外，禁止民间私自拥有兵器。
1789年分配胆养埔地给熟番平埔族以设置屯田。1790年详细测量土地并重新竖立标明界限的石碑，以永久禁绝越界纷争。1791年实施屯番之制。1792年命令将屯番制事务之经营管理改由屯丁自收、发给。
1790年成立番屯制度, 后有「郭百年事件」开启了平埔族群迁移埔里盆地争占埔地、杀害社番、死去过半，未几再遭北来凶番窥我社惨，微少番丁，遂生欺凌扰害，难以安居。幸有邵族亲来社相商，云及前日间上山捕鹿，偶遇北投社平埔族人亦入山捕鹿，相会叙出情因。言及在外被汉奸勒占, 栖身无地, 大惨难言。阿密、大舌(埔社头目与社主)以及邵族社番亲窃思。自我祖上以来原与北投社平埔族一脉相生, 同气连枝。闻此大惨, 不得不为之悲哉! 是故辗转寻思: 「而今此本社地广番少, 屡被北番扰害, 虑乏壮丁共守此土, 如得该北投社平埔族来社同居垦耕, 一则可以相助抗拒凶番, 二则北投社平长久栖身之处, 所谓一举两得而无虞矣! 」 
由上述可知平埔族群入垦埔里的契机, 是由于埔社族人因「郭百年事件」导致人丁稀薄, 无力抵御外族入侵,恰巧洪雅族北投社族人在一次偶然的机会, 与邵族人于山中打猎相遇, 得知埔社族人在一边是急需人力抵御敌对外族; 一边是饱受汉人欺凌, 另觅新天地安居, 于是透过与埔社族人关系亲密的邵族人居中撮合, 使得进入埔里盆地开辟新家园, 而位于草屯镇的洪雅族北投社因地利之便, 不仅是入埔的开路先锋, 更是后来大举入垦的主要势力! 当在西部的平埔族群备受汉人侵压, 日感生活困顿知时, 闻知埔里地广人稀, 汉人悉遭政府驱逐出山, 并且原住埔社族人亦欢迎入垦，时北至苗栗通霄，南至云林斗六广大区域内的平埔五大族群包括道卡斯、巴宰、巴布拉、巴布萨、洪雅诸族，即透过屯制的联系，组织成大规模的集体移垦行动。 
后招平埔族群入垦埔里的埔社族人失去了埔里盆地南半部主人的地位, 而北半边的原住主人眉社族人, 虽拒绝了平埔族群进入其领地开垦, 但平埔族不断侵垦眉社族人的领地。在无力抵御大量入垦的平埔族移民之下, 无奈地交出北埔里盆地世代居住的领地。至此, 平埔族可说是成为埔里盆地的新主人了!
1793年业户杨东兴创建集集埔妈祖庙，祈求开垦拓殖平安。1811年泉州人林评募集资金招来佃农开垦牛辒辘（今水里乡永丰村），拓垦白仔脚山南边山脚一百几十甲，开凿水圳灌溉。
1814年水沙连隘丁首黄林旺，联合陈大用、郭百年及台湾知府衙门门丁等，贪图水沙连非常丰腴的土地，发动「郭百年侵垦事件」，到处随意焚烧杀戮，占领夺取水沙连的土地，使得水沙连的原住民流离失所。1816年台湾镇总兵武隆阿巡视检阅台湾北部得知郭百年入侵开垦及焚烧杀戮事件，下令严正处理，并命令彰化县令吴性诚请谕垦户，驱逐大多数佃户离开山区，同时台湾镇撤回台湾府的告示。
1817年清廷传唤郭百年等人到地方行政中心讯问，郭百年被戴上枷锁并用棍杖拷打，其余的人则被赦免。署鹿港同知张仪盛、彰化县知县吴性诚、吕志恒，前往沈鹿社拆毁泥土建造的城郭，将水沙连全部的耕地租佃撤销，各个部落的原住民族人才开始返回。清廷于乌溪口、浊水溪口竖立刻有公告禁止事项的石碑，石碑在北边竖于龟仔头坪（今国姓乡龟仔头）刻著「原作生番厉，不造汉民巢」，在南边竖于风谾口（今集集洞角）刻著「严禁不容奸入，再入者斩」的告示，严禁汉人超越开垦界限。
1823年西部平原平埔族透过邵族恩猫丹社（水社）打里折番亲的引荐和介绍，以埔里盆地部份埔地的永耕权，做为西部平埔族群移入的补偿。正月(农历一月)间西部平原平埔族群订立「公议同立合约字」，各个部落互相约定选出并调派壮丁，自备斧资往水沙连内山开垦尚未被开发的土地。万斗六社革通事田成发首先集结招募其他部落的熟番作为保卫，并提供尚未开发的土地给他们开垦耕作。北投社两百多人分成几次移民进入埔里盆地开垦耕作，陆续形成茄苳脚、枇杷城、盐土三聚落。
北路理番同知邓传安，注意到水沙连的侵入开垦事件，担心有边界冲突发生的可能，亲自率领兵勇进入水沙连番地视察，安抚部落里的多数居民，并且写成《水沙连纪程》。'"
1824年王增荣、陈坑二人为垦首，企图开垦水沙连邵族领域，先投入大量资金修筑道路，以便联结集集地方，并建土地公祠于岭顶，以祈求行路平安，因该岭形状看似马𫘫，于是称为土地公鞍岭。北路理番同知邓传安向福建巡抚孙尔准大力陈述开放水沙连的好处，孙尔准原本有意要采纳，但经过驻守在台湾的官吏研议，仍然划界封锁，更在集集铺（今集集镇），及内木栅（今草屯镇、土城-{里}-）南北二处入山隘口设置汛(兵营)专管防范，并由北路理番同知及彰化知县每年分上下两班，输流巡查，以禁绝违法闯越。
1825年社寮张天球设立学塾，取名「文峰齌」，延请老师教育后生晚辈。朴仔篱社、葫芦墩社、岸里社、乌牛栏社、阿里山社男女七百余人移入埔里盆地，在眉社领地建立聚落开垦耕作，但因位于泰雅族出草威胁地带，不久就放弃耕作。
1828年十月间蛤美兰社（土目阿密、社主大舌等透过思猫丹社在其中协助，与各平埔族群订立「望安招垦永耕字」，收受当时价值银伍仟余圆的礼物，再撤出埔地与田园山林以供平埔族群打里折番亲垦耕，各族群、各部落并共同订立「承管埔地合同约字」分配土地。两次大规模招垦后，土地所有权落入平埔族群间，平埔族群成为埔里盆地的新主人。
1830年于埔里社设置总通事官职，下面另外设有土官官职。罗良吉被举为总通事管理各部落，各部落并设置土官，治理移住埔里盆地的平埔族群，此为清廷默认平埔族群移居开垦埔里盆地。
1836年闽籍漳州人抵达铳柜山区从事侵垦。台湾兵备道熊一本、给事中朱成烈何清廷上奏表示台湾还没开发的土地很多，应该准许开垦，清廷命令闽浙总督颜伯寿讨论并答复。总兵武攀凤、台湾巡道熊一本、台湾知府仝卜年等进入水沙连地区实地调查，之后向闽浙总督颜伯寿献上「条覆筹办番社议」精确陈述开垦水埔六社的利益，但颜伯筹认为这样会侵犯到原住民的生活空间，后患难防而援举例子奏请禁止。
1838年闽籍漳州人抵达头社，泉州人进入水社侵垦。1841年台湾知府大力陈述关于开垦水沙连六社的政策，遭到闽浙总督禁止。
1846年北路理番同知史密、北路协副将叶长春、南投县丞冉正品，率领通事土目进入水沙连。当时埔里社番目(原住民头目)督律、水里社番目毛蛤肉、田头社番目摆典、猫兰社番目六改二、沈鹿社番目排塔母、眉里社番目改努等，率领六个部落的住民，向这些官员献上地图，表达亟欲开垦之意。史密于是向上级报告「筹办番社议」，先描述原住民的情况，再讨论到控制绥靖、驭治备御等具体方案，大力推荐开垦水沙连。
北路理番同知的「筹办番社议」由巡道熊一本、知府仝卜年向闽浙总督刘韵珂清楚说明，于是刘韵珂向朝廷上折「奏开番地疏」。台湾府北路理番同知曹士桂，首先进行实地调查水沙连。"'
1847年闽浙总督刘韵珂，率领北路理番同知史密、淡水同知曹士桂、北路协将叶长春、北路营参将吕大升还有其他官兵实地调查水沙连六社，并向道光皇帝呈上「奏勘番地疏」，详细解说水沙连六社「开之则易于成功，禁之竟难以弭患」。他大力陈述开垦政策的奏折并未被朝廷接受。闽浙总督刘韵珂视察眉社时，将违法私自开垦并欺凌侮辱眉番的徐戆棋正法，以惩罚警告横行于埔里盆地之不法之徒。
1848年新任分巡台湾兵备道徐宗干，接受水沙连六社番目群到官署的开垦要求，于是请设屯丁书，拟将原本属于迆里小屯的水沙连六社化番，独立为水沙连大屯，屯兵四百名。茄苳脚圳兴建工程开始。
1849年总社丁黄肥招得垦首王增荣，开垦原来审鹿社的埔地(即今鱼池乡盆地的平原地带，大约今鱼池乡鱼池、东池、大林、东光、共和、中明、新城各村)，面积大约有二十一平方公里。埔社眉社总通事罗良吉过世，再推选北投社族人巫春荣为总通事，因处事不公，偏袒南、北投社，纷争不断，于是平埔族群水火不容，分为南、北两党，南投社北投社称为「南番」，顶九番（牛眠山等聚落）、下九番（日南、房里、吞霄等聚落）、大肚番（水里、生番空等聚落）称为「北番」，双方对立，势均力敌，不肯让步。
1850年埔社眉社头人笃律、斗礼、眉西弄、代毛甲非等人立出招垦字据，将埔里盆地眉溪以北草埔地交付平埔族头人潘永成管理耕作事宜，招募佃户开垦，每年配纳草地租（生番租），每甲纳粟壹百石，此为泰雅族系统的眉社、水眉社让出土地供平埔族群开垦耕作，导致眉社、水眉社势力衰微，最后眉社躲避入内山并入万大群，水眉社并入眉原群。
1851年茄苳脚圳、北烘圳、守城份圳等水利设施陆续开凿完工，平埔族群之定耕农作开始有一定规模，埔里盆地的开发奠定基础。
1854年(陈希亮等人开凿三角潭仔圳。1855年漳州籍汉人移居仑龙及水社。1856年黄达理等六户三十人，移来卜吉（又被称作剥吉，今德化社），邵族十八户迁居珠屿（今光华岛）及水社。
1857年泉州人郑勒先率领群众进入埔里盆地，与平埔族群进行交易，他并依顺原住民习俗，改姓名成平埔族名培奕（uaiyek），而且与平埔族人互相约定毋侵夺、毋欺诈、毋强占土地等事，获得平埔族群之信任，并获得准许居住在埔里社。自此之后汉人移入日渐增多。
1858年汉人垦户首王增荣的孙子王达德将木屐兰的埔地分成三十二份田业，交给汉人佃户前去开垦，并建立木屐兰聚落。大规模的瘟疫传染事件使邵族族人二十八户九十六人迁往石印社。1860年汉人二十户，总共一百一十人，进入日月潭湖边的水社和卜吉两地拓垦。
1862年台湾中部发生「戴万生之乱」，清廷展开围剿，乱党之一的洪欉据守今草屯镇北势湳一带顽强抵抗，其弟洪益窜入 。
1866年埔里盆地「南番」、「北番」势力因既得利益冲突，不断发生武力对抗，时常发生械斗，时称「南北并」，埔里社街区曾遭两次焚烧，此一械斗直到1873年（同治十二年）才逐渐平息。
1868年受定耕农作与汉文化影响，平埔族人于乌牛栏创建福德爷庙，平埔族人之粟作文化和祖灵信仰逐渐式微。1869年6月林评在拓垦时遇害而死，当地居民因为感念他的功劳，建造庙祠以奉祀他。
1871年埔里盆地乌牛栏巴宰族头人潘孝希开山，因打猎枪伤，获同族岸里社族人引介，前往台南疗伤，住院期间得基督福音，邀请李豹、甘为霖牧师(William Campbell)前来，基督教信仰自此后传入埔里盆地。甘为霖牧师并资助埔里社之巴宰族人兴建乌牛栏礼拜堂，成为水沙连地区基督教传教之起源地，其后两年间陆续完成牛眠山、大湳礼拜堂的兴建与传教事宜。平埔族人倡议兴建「恒吉宫」于大肚城，供奉天上圣母。
1873年设鹿港理番同知分厅于大肚城，是为水沙连地区的政治中枢，并兼置义塾，教育平埔族及汉系子弟，官员、商贾群居于此。水社化番头目改只，将与木屐兰相连的长寮内外加道坑交给吴忠凤等前去开垦耕种，并建立聚落。甘为霖牧师再次前来埔里盆地传教，并试图在日月潭之水社对邵族进行基督教的传教工作，将日月潭命名为Lake Candidius，用以纪念17世纪间一位荷兰籍教师Candidius在台南地区热心传播基督福音的事迹。
1874年牡丹社事件发生，日军前来台湾征伐，清廷派出船政大臣兼台湾督办防务沈葆桢找出完善的解决方案，随后开放「开山抚番」，解除汉人渡台禁令，并允许汉人进入番地。理番厅委员李世英废埔里盆地原有之通事制，将埔里盆地的各聚落分为东西南北四角，各置总理一名，各聚落设社长职。
1875年元月至11月，总兵吴光亮亲自督导兵勇开凿中路，由林圮埔（今竹山）抵东台湾之朴石阁（今花莲县玉里镇）。同时另凿一路，由集集街，经牛辒辘而于大坪顶汇合前者。改北路理番同知为中路抚民理番同知，新设埔里社厅而移驻。撤销进入山区与贩卖铁、竹等先前的禁令。将进入埔里盆地南路要冲的铳柜、水社、猫兰、司马按及新城五庄自沙连堡移出，独立为五城堡。
为了防范甘为霖牧师在日月潭珠子屿（今光华岛）上兴建礼拜堂，总兵吴光亮在岛上兴建正心书院，命令在水沙连驻屯的丁汝霖与幕僚吴裕明、黄允元等人同时管理书院的教育事务，并教化邵族族人。正心书院的主建筑是一座长十六公尺，宽五公尺的房舍，是一个具有规模的建筑物。 设置鹿港理番同知分厅于大肚城，以作为中央政治机构，并设置义学。
1876年设立埔里社堡的十九所义学及五城堡（即铳柜、水社、猫兰、司马按及新城五庄）的七所义学。
1877年台湾总兵吴光亮建造大埔城（今埔里街区前身）及建筑厅署，垒土为城，外植刺竹，环以濠沟，并设东、西、南、北四门，周围凡七百余丈，号称「大埔城」，是为控制台湾中部番境之重镇。福建巡抚丁日昌拟定抚番开山善后章程二十一条，由分巡台湾道夏献纶札饬(官府上级对下级发文训示)各厅县。同知吴本杰拟定抚番章程。
1878年粤人林阿琴移居集集社仔庄，以熬制樟脑为业。五城堡的七所义学，经理番委员调整为头社、水社、猫兰、木屐兰、大林等五处。台湾总兵吴光亮建造大埔城（今埔里街区前身）并建造主要官署，以坚硬的土壤建造城垣，外面种植刺竹，以濠沟环绕，并设置东、西、南、北四座城门，周围凡七百余丈，号称「大埔城」，是为控制台湾中部番境的重镇。设置地方官制总理制度。
1879年吴光亮颁布「化番俚言」三十二条。夏季刚开始时，水社发生严重的疾病传染事件，前后二年连续有两百多人死亡，邵族族人为了避难，逐渐迁居中茅埔、新兴、水尾、竹湖等村庄，以致于水社衰颓。废止招垦局。浊水庄童生董荣华建造永济义渡完工。牛相触（今埔里镇南村-{里}-）庄民刈香于竹北二堡枋寮庄芝义民爷庙，建庙祀之。
1882年为防御生番，左水社总带绥靖左营内分别派遣两哨至狮仔头及蜈蚣仑，并设屯丁营（名营50人）二所于埔里社史橹塔（今十一份仔山麓）及生番望顶（现水尾山麓），这些屯丁全部都只录用平埔族人。抚民通判进驻
1884年招待佃人黄达理，在日月潭畔的卜吉庄（今德化社）垦殖。设置地保、乡保、总甲，地保办理人民诉讼，乡保司搜查，总甲司捕拿。
1885年台湾建省，刘铭传就任为首任巡抚，到任后向朝廷陈述台澎善后事宜，以「练兵」、「清赋」、「办防」、「抚番」四大政务为治理台湾的主要重点，即设立防务、筹办军政、清理赋税、安抚生番等，其中以「抚番」为治台首务。此时，埔里是主要的抚番中枢。成立埔里社厅抚民通判，也就是「分府丁」。福建台湾巡抚刘铭传，委栋军统领林朝栋办理中路营务处及抚垦局给与「林合」垦契，许在北港沿山招佃垦耕，并专卖全台樟脑获利。
1886年设埔里社抚垦局于番界，合并理番同知与抚垦委员。设立屯兵营盘，以五三五人为一营，一面防备，一面耕耘，营盘分为中、左、右、前、后五哨，中哨派一三五人任营盘，任埔里社城内警备，其余四百人，分为四哨派遣蜈蚣仑、十一份仔、守城份、蔍高仔、水尾、三条仑等六屯营，另配置四人于小铳柜，由埔里社附近更深入松柏仑设防。巡抚刘铭传选定林杞埔为新设云林县治。十月斗六门县丞陈世烈进驻，成立云林城工总局及云林抚垦局。
1887年7月，埔里社的平埔族与邵族四社，联合布农族的卓大社起来反抗，清廷派林朝栋率领「栋军」入山攻伐。1888年设埔里社厅。实施埔里社厅的清丈和清赋工作，实施「减四留六」佃租政策，由小租户直接缴纳赋税，并征收「亢五租」作为抚番及义塾的资金来源。改埔里社抚垦局为招垦局，并设蜈蚣仑及木屐兰分局。设东势角抚垦局水长流分局、北港分局。
1889年设置北路协镇府于大埔城内。林朝栋自东势角之马鞍岭至埔里社之大坪顶间，开辟官道，沿途驻军以护脑丁，其左哨队在水长流，中哨队在北港溪。
日治时期.
1895年由于清廷在甲午战争战败，4月17日签订马关条约，割让台湾及澎湖。7月28日日本军警部队联合进入大埔城，后成立埔里社民政支厅，同年12月改为民政部埔里出张所。
1896年设置埔里地方法院、埔里社监狱署。3月地方行政官制度改正，成立埔里社支厅。7月11日抗日义军占领埔里社，日军警退往北港溪（国姓乡北港村），7月17日才被增援之日军及附近的隘勇联合击退，许多村庄被烧毁。6月至8月间日本在台第一个原住民相关事务管理机构抚垦署成立，并开始运作，各地共设11所，7月23日埔里社抚垦署开办。9月19日补助防守由水底寮经小埔社至埔里社一线，雾峰林家私设隘勇线所需经费及隘丁薪金（此即前述帮助日军反攻埔里之隘勇），为日本政府保留并使用隘防制对付原住民之始。
1897年设置埔里社办务署于埔里社城内，管辖区域为埔里社堡东西南北角、五城堡、北港溪堡。废埔里地方法院，改隶台中地方法院。废埔里社监狱署，改正为台中县监狱本署埔里社支署。1月踏查台湾横贯铁路路线的深崛陆军大尉一行14人在土鲁阁社（Toluku，今南投县仁爱乡合作村静观部落）附近被杀，日人对雾社地区展开全面封锁行动。4月修正「抚垦署组织规程」，署长改由县知事（县长）、厅长指挥；埔里社抚垦署加设蜈蚣仑出张所。4月7日设立埔里社国语（日语）传习所。设立驿传社，即埔里邮便局前身。8月3日至8月31日首度举办原住民到日本「观光」。共有大嵙崁（大溪）、林圮埔（竹山）、埔里社、蕃薯寮（旗山）四抚垦署管内原住民13人参加。
1898年设置埔里社办务署，结合保甲制度与户政制度，颁布「保甲条例」，实施保甲制。将埔里社国语传习所改为埔里社公学校，并另设乌牛栏分教场，以乌牛栏礼拜堂为教室，共招得三十二名平埔女子为学生，另外在集集的两个分教场也被改为集集公学校，于明新书院开学。设立「蕃情研究会」搜集原住民风俗习惯等资料。1899年废止埔里社办务署，改隶为南投办务署埔里社支署。埔里社公学校乌牛栏分教场改为埔里社公学校乌牛栏分校，隔年增设男子部。
1900年学者鸟居龙藏抵埔里社及附近从事人类学调查工作，对埔里盆地的平埔族群及日月潭的邵族进行为期十天的调查。1901年成立埔里圳水利组合。依照官制改正规定，废除南投办务署埔里社支署，改为南投厅埔里社支厅，管辖原埔里社堡（现埔里镇）、北港溪堡（现国姓乡）、五城堡（现鱼池乡）之平地，以及眉原，过坑、卓社、干卓万之蕃地的范围。4月埔里守备队与雾社群泰雅族在人止关附近发生战斗，中村中尉以下17人轻重伤。
1903年设立埔里区役场，处理地方行政事务。4月将原由殖产局掌管之蕃地有关事务移交警察本署，由警察全责担当「理蕃」工作。殖民政府当局的「理蕃政策」改弦更张，以武力为后盾的高压政策全面展开。10月5日发生「姊妹原事件」(又称「雾社蕃膺惩事件」)，雾社群被政府当局封锁多年，在急须补充物资的情况下，当局趁机唆使布农族干卓万社（今仁爱乡万丰村）假借物资交换之名，诱骗雾社群至两族交界之地进行交易。布农族将他们灌醉后，趁夜展开攻击行动。同去的一百三十余名雾社群壮丁中，八十余人当场被杀，其余多因重伤或溺水而死于途中，逃回部落者仅六、七人。
1904年设置埔西区，埔东区，辖管一街十三庄。设埔里街消费市场，由埔里区役场直营。殖民政府宣告废除已经调查确定之「大租权」，小租户成为地主，完全取得土地所有权。此政策落实土地所有权归属，使赋税、土地买卖及企业投资更为直接方便，埔里地区特有的「亢五租」间题全面解决。7月制定「隘勇线设置规程」、「蕃界警备员勤务规程」及「隘勇佣使规程」。将北路埔里社至龟仔头间的道路开修。
1905年实施第一次临时台湾户口调查。3月全面废止「国（日）语传习所」，改设「蕃人公学校」。3月10日至3月23日：「埔里山麓隘勇线前进行动」，因去年过坑（今仁爱乡中正村）线筑成后，现有自蜈蚣仑至过坑线呈突出状，且又位于山麓而不易防守，故决议新设由蜈蚣仑直线通过鲤鱼潭接过坑线的隘勇线。专门针对雾社群而设的雾关中央监督所（埔里镇鸟踏坑附近）也于此时设立。
1906年2月9日埔里支厅长进入雾社地区，并趁机提出协助隘勇线前进之议；因原住民并无反对之意，于是经过守城大山的雾社至眉原隘勇线顺利完成。此线完成的最大意义在占领守城大山，能明了附近各社的位置及地形；并于完工之5月31日同时举行与雾社群的「和解式」。4月埋石山（今称关头山）方面隘勇线前进行动，占领雾社。
1907年3月2日埔里社方面新隘勇线的前进行动开始，自埋石山监督所前进。1908年成立农业会。纵贯铁路全线通车。1911年埔里社公学校乌牛栏分校独立为「乌牛栏公学校」。
1912年2月9日埔里社支厅为管理交通及民蕃接触，增设眉溪驻在所。3月23日，发生林圮埔事件，刘干攻击顶林派出所。
1913年将埔里社民间之糖廓整合，成为台湾制糖株式会社「埔里社制糖所」，开设蔗田至制糖所间之甘蔗输送铁道，同时兼营客运。此一经济作物的大量栽植，改变埔里盆地缺水地带及丘陵地的耕作型态，由于土地的利用、买卖，及民间企业的整合，带来大量人口的移入，对埔里盆地的传统经济结构、社会型态、交通等产生巨大影响。
1914年埔里社至集集之间的自动车路拓宽重修。1915年实施第二次临时台湾户口调查。设立埔里社电灯株式会社，以水力发电，属地区性之发电所。3月设立埔里信用组合，即今埔里镇农会的前身，此一信用组合的成立，系地方性现代化经济及金融制度的引进。
1916年台湾总督府技师山形要助向当局提出建议设立日月潭水力发电厂。嘉义、南投、台中地区发生强烈地震，埔里一带灾情惨重。开设轻便车道，行走于埔里社、加道坑、鱼池庄、车埕、集集、二水之间。3月13日埔里社电灯株式会社开始送电，初期供应700个电灯。
1917年1月5日埔里地区再度发生强力地震，埔里社、乌牛栏、鱼池等地三公学校毁塌，暂时停课，即予重建。埔里地方灾情惨重，原大埔城内之旧市街主要建筑塌毁，埔里开始进行市街重整。民间人士苏逢时、游礼堂等人创设「埔里制酒株式会社」，为今埔里酒厂前身。9月至10月能高越岭道兴建工程开始。
1918年雾社至花莲港间道路竣工。4月23日，总督府民政部殖产局附属林业试验场于南投厅五城堡莲华池庄官有地及茅埔庄所在地，设立「药用植物栽培试验场地」，专职掌管药用植物的栽培与试验。
1919年拓建埔里社至外车埕之间的轻便车道。为了兴建日月潭发电厂运输材料、人员的需求，集集线铁路开始铺设。8月开始兴建北山坑水力发电厂，以作为日月潭水力电气工事准备工作之动力来源。开筑八通关越岭道路，由玉里及梅仔脚万东西双向同时进行，至大水窟衔接。
1920年改埔里社为埔里街，设置能高郡役所辖管埔里街、国姓庄以及番地。水社与司马按、鱼池、茄苳坑、东埔间铺设运输日月潭水力电气工事材料之电气铁道，是台湾最早之电车。外车埕水社间，及东埔武界间之流笼索道动工。埔里社电灯株式会社被新成立的台湾电力株式会社收购。9月18日爆发「萨拉矛事件（合流分遣所与扪冈驻在所被袭击）」，警察及眷属被萨拉矛群泰雅族攻击，共有3人被杀死、9人被馘首。
1921年4月24日乌牛栏公学校北港溪分校独立为国姓公学校。同时并置北山坑分离教室。由于地方改正，台中州下之学校一律冠上新地名；埔里社公学校改为埔里公学校。11月21日雾社地区原住民学童五十名由日本警察率领下山，观光埔里，并参加埔里小学校之运动会。
1922年埔里制酒株式会社收归公有。4月1日成立埔里公学校生番空分教场。乌牛栏公学校史港分离教室改为乌牛栏公学校史港分教场。5月6日眉原社头目以下三十九名及南阿冷社二十六名，由日本警察率领下山，观光埔里街，参观制糖所、夜间日语讲习班、及北山坑发电厂后，往鱼池庄司马按参观日月潭水力电气工事及电车，转向过坑社，参观蕃童教育所及农耕情形，总共为期三天。12月17日台中州当局为对抗台湾文化协会之活动，组织「向阳会」，成立主旨为：「图谋提高文化，振兴地方自治，改良社会，充实民力，以期发扬国民精神为目的」。
1923年1月28日成立向阳会埔里分会，会员日人八十七名、台人一百零七名。4月1日乌牛栏公学校史港分教场独立为史港公学校。4月19日由于学生不断增加，埔里公学校成立梅子脚教室，即今埔里国小址。
1925年在埔里街北门创建真宗本愿寺派「能高寺」，址在今埔里长老教会。为强化日式神道教信仰，在埔里街虎头山麓创建「能高神社」，址在今台湾地理中心碑和埔里高工。3月成立埔里青年会文库（图书馆）。4月1日埔里公学校扩张规模，停办补习科而改设高等科。4月1日撤销陆军埔里及恒春分遣队。减少「蕃」地巡查规定名额，将缺额移往平地。
1927年埔里街能高神社竣工，为台中厅下能高郡辖区（埔里街、鱼池庄、雾社蕃地）内日人神道教总社。成立「埔里青年团」，团址设于埔里公学校内。4月1日埔里公学校生番空分教场改称为埔里公学校溪南分教场。
1929年6月8日埔里街能高寺创设托儿所于该寺，是为埔里幼稚教育的肇始。此一托儿所于10月11日改为埔里幼稚园，专收日人子弟。
1930年4月埔里街黄万国、黄万得兄弟斥资六万余日圆开辟埔里至鱼池自动车路兴工，其后费时一年全长13公里余。4月1日原私立埔里幼稚园改为公立，由埔里街役场经营，兼收台人子弟。8月埔里「蕃人宿泊所」工事开工。10月27日爆发「雾社事件」，雾社群泰雅族(赛德克族)（由Mahebo马赫坡、Hogo荷歌、Boaalon,Boalum波亚伦、Suku斯克、Rodof罗多夫、Tarowan塔罗湾等6社发动）趁著雾社地区举行联合运动会，当地所有日人群聚的时候发动攻击，杀死日本官吏、警察、平民及其眷属134人、并误杀汉人2人后占领雾社，同时攻占附近各驻在所，抢夺枪支弹药起事。。10月29日军警协同占领雾社。台中警察队夺回三角峰驻在所，使道泽群无法参与反抗。
1931年1月埔里街至鱼池间之自动车路开始营运，为民间经营的道路。1月16日台湾总督石冢英藏因「雾社事件」引咎辞职，由太田政弘继任第十四任台湾总督。12月15日在埔里虎子山（现台湾地理中心碑所在地）举行由雾社群移居川中岛者代表，对今仁爱乡所属泰雅族各群代表的和解式。
1932年2月21日，地主黄敦仁举办业佃恳亲会并为小作人举行宴会；当时，黄敦仁拥有八十多甲土地及小作人（佃农）62位，且有报纸赞誉其为「埔里模范地主」。1933年起自台中、草屯、上溯乌溪、后抵埔里而深入雾社之「里南投道路」（今中潭公路、埔雾公路）开工。
1934年开辟埔里街至草屯之自动车道。邵族族人被政府强制移居卜吉社（今日月村、即德化社）;日月潭的汉人被强制迁到埔里、木屐兰、水里坑(社仔) 、员林、二水、田中等地。
1935年埔里公学校前原设梅仔脚分教室，址在郊区，较易扩展，因此逐年发展，规模已超越本校，8月16日埔里公学校前梅仔脚分教室改为本校，而将原校改为分教室（后改为埔里南公学校，即南光国小前身，址在今埔里镇第三市场）。11月起自台中、草屯、上溯乌溪、抵埔里而深入雾社之「里南投道路」全线竣工。
1936年4月1日由于埔里公学校学生数达1,819名，予以南北分校，将原埔里公学校本校（梅仔脚，即今埔里国小址）之本科十四班、高等科二班改称为「埔里北公学校」，另将分教场十三班独立为「埔里南公学校」，并将埔里公学校溪南分教场隶属之，改称埔里南公学校溪南分教场。
1937年1月15日改正公学校规则，极力推行日语，废止公学校汉文科，严禁学生使用台语。实施了新的水利统治政策，包括鱼池庄在内的新高郡区，全部并入「新高水利组合」中。4月1日乌牛栏公学校成立水尾分教场于赤崁顶。台湾军司令宣布进入战时体制。设置国民精神总动员本部。11月30日上午9时在埔里原陆军练兵场，举行能高郡高砂族青年会之训练状况检阅，共有18个团体575人参加。
1938年12月4日能高郡原住民在埔里公学校举办国（日）语演习会，内容都与战争有关。1939年合并埔里圳水利组合、福兴圳水利组合、北港圳水利组合成为能高水利组合。
1940年2月11日修改户口规则，规定台湾人全面改换日本姓名。4月1日埔里南公学校溪南分教场独立为溪南公学校。11月25日台湾精神动员本部公布「台籍民改日姓名促进要纲」。
1944年2月由于全岛实施国民教育，原日人子弟就读之埔里寻常小学校改制为埔里女子农业实践学校，仅招生女生。3月6日公布「台湾决战非常措施要纲」，共有15项，主旨为全岛人民都须随时接受征召参加劳动，并开始实施粮食配给制。8月22日宣布台湾进入战场紧急状态。9月1日实施台民征兵制度。
1945年埔里女子农业实践学校改制为街庄组合埔里家政女学校。当年日治时期结束，12月改为台中县立埔里女子家政学校。6月17日废止保甲制度及「皇民奉公会」。6月18日公布「台湾国民义勇队编成方案」，规定男子自15岁到60岁，女子自17岁到40岁都须服兵役或受征召。8月15日日本政府宣布无条件投降，第二次世界大战结束。
战后时期.
1945年12月25日台湾行政区域改制，分台北、新竹、台中、台南、高雄、花莲、台东、澎湖八县，旧制的郡改为区，街改为镇，庄改为乡，州厅改称县政府，郡役所改称区署，街庄役场改为乡镇公所，其下设村、里、邻各办公处。南投区、新高区、能高区、竹山区皆归隶于台中县。埔里街改隶台中县。
1946年4月22日台中县立埔里女子家政学校改制为台中县立埔里初级中学。1947年二二八事件爆发，3月12日「二七部队」撤入埔里，改称「台湾民主联军」。3月15日至3月16日国民政府军进攻埔里，双方在乌牛栏桥边展开激战，「二七部队」被击退，史称「乌牛栏之役」。
1948年设立国民兵部队，乡镇首长兼任队长职务。1949年地方制度改正，埔里镇改到南投县管辖范围下。1950年10月台湾省调整行政区域，新设南投县，辖管十三乡镇，埔里镇隶属南投县管辖。随政府行政区域调整，原冠上台中县立之各级学校改隶为南投县。
1951年实施「三七五减租」、「公地放领」政策。南投客运前身前身山民汽车客运公司创立，专为山区民众提供交通服务。1953年实施「耕者有其田」政策。原日治时期能高神社所在位置，成立南投县立埔里初级农业职业学校。
1955年公告埔里镇都市计划，于埔里镇大城里中山路1030号建造「基督教山地中心诊所」，即埔里基督教医院前身。山民客运因山地经营环境恶劣，经营困难停止营业。同年，重新改组后成立南投汽车客运股份有限公司。
1958年1月29日中部横贯公路雾社支线正式通车。2月埔里基督教山地医院开始招收第一届护理学校的学生。原南投县立埔里初级中学改制为埔里中学，设有初中部及高中部，是一所综合中学。南投县立埔里初级农业职业学校改办为埔里农业职业学校，为五年一贯制学校。
1959年八七水灾灾害惨重。南投客运由于经营困难再度停止营业并经过改组。1960年八一水灾豪雨成灾。1962年南投客运再因经营困难倒闭，再度改组。1963年南投客运全面停止营业。11月6日，巫永昌深感偏远山区地方弱势居民对于交通殷切需要，决定出面重组接办，并获得屏东汽车客运股份有限公司大力支援车辆、人员。12月1日再度复业营运。经营范围大部份为仁爱乡、国姓乡、鱼池乡等地区。
1974年兴建埔里镇立图书馆，改建埔里镇卫生所。1979年埔里镇公所迁建完工。1980年新建第三零售市场，改建第一市场为综合商业大楼。1987年中埔公路四线车道完工。1992年开辟拓宽埔里镇市区主要道路。国立暨南国际大学于埔里筹备建校。1993年长青会馆兴建完工。1994年埔里艺文中心兴建完工。1995年埔里镇立体停车场、埔里镇立图书馆动工，开辟埔里镇外环道路。