2019冠状病毒病台湾疫情相关争议

2019冠状病毒病台湾疫情相关争议，介绍2019冠状病毒病台湾疫情引发的相关争议。
防疫政策.
口罩管制.
在疫情最初主要局限在中国大陆时，世界各地都有人大量购买口罩希望捐给武汉，然而有台湾人向中国大陆寄口罩的做法引起热议。中华民国政府在1月23日，即宣布禁止口罩出口，此举引起中国大陆人民不满，将此举与台湾捐10万副口罩以支援澳洲森林野火，和日本民间捐100万副口罩给武汉联系起来，认为台湾此举「缺乏人道主义精神」，微博话题"#台湾#"于1月26日以近60万热度冲上微博热搜。
前中华民国总统马英九起初认为应该把口罩运到中国大陆去，因为「中国大陆的疫情稳定，对我们是有帮助的」，29日改口认为在自己供应无虞的情况下再来出口比较合适，不过国际合作是大趋势，尤其碰到这样疫情全世界都担心，能尽可能合作应该是正确的方向。高雄市长韩国瑜表示防疫期间口罩禁止出口，未必是个聪明的决定。台北市长柯文哲认为这方面问题应该理性务实，需先知道台湾口罩库存量、产量多少。中华民国副总统当选人赖清德在脸书发文主张支援中国大陆的疫情，引起绿营支持者议论。前立委林浊水则主张直接捐赠口罩给武汉。前中国国民党副秘书长蔡正元要中国大陆「回敬一些礼物」，同样引起热议。统派名嘴黄智贤认为这种做法「没有良心」。
也有其他公众人物对政府的措施表达不满，如台湾歌手范玮琪、现居中国大陆的歌手杨培安。中国大陆商人汪小菲表示，妻子大S在日本找到1万个口罩，将发往武汉。小S也发文表示支持，汪小菲事后也表示提供台湾1万副口罩，五千个放在台北s hotel给员工还有客人免费使用，另外五千个由汪小菲住家附近的里长捐给里民。在北京读书的佛光山释慧固法师在脸书贴文图批，台湾的禁口罩令“令人感觉寒心”、“人性就是狗屁”，并表示佛光山法师们正制作口罩送到中国大陆，引发争议。事后佛光山回应，僧团制作这些口罩是为了不时之需，并无对外捐赠。
之后随者疫情在各国传播，口罩在世界各地缺货，价格也水涨船高。据2019年的海关数据，台湾的口罩以进口为主且大幅度依赖中国大陆，数量远超过出口量，因此有些人认为管制口罩出口是合理的措施。而口罩最大生产地的中国大陆亦爆发不同政府机关之间的扣留口罩事件，因此捐赠口罩是否能有效帮助中国大陆人民也有了争论。
虽然中华民国政府已禁止口罩出口，但2月仍批准出口N95口罩38万3000片、一般口罩1074万9000片，至英国、阿根廷、德国、日本、中国大陆与香港。3月12日，台湾解禁布口罩出口，另外每人成人口罩一周可买3片、儿童口罩5片。该月中旬，台湾口罩产能每月平均已提升到1000万片，并与美国达成协议，以每周提供10万片口罩，来交换只有德国杜邦生产的30万件防护衣原料，作为供应台湾医护人员所用。在提供40万片口罩给美国后，4月中旬，美方承诺防护衣原料有15万件运抵台湾。经查，这笔30万件防护衣的合约，是在2月底就已敲定，而且是「交易」而非「交换」。行政院于2月25日会同工业局、疾管署等单位，确定这笔交易。
对于征收和配发，台湾人权促进会会长周宇修等人在二月中曾撰文指出口罩实名制违反《全民健康保险法》、征用超商和药局配售口罩违反《传染病防治法》。原先以国内防疫为由强制向厂商征收口罩，在四月开始捐给外国的做法也引起学者质疑。
然而防疫初期为了国内防疫，强制向厂商征收口罩，四月却将口罩用于外交，此机制是否合宜引起学者质疑。
宗教活动争议.
农历三月是台湾妈祖遶境的季节，又以大甲妈祖遶境进香等宫庙绕境而闻名。有外界质疑遶境期间多人共行、同车、共食、打通铺共寝等近距离接触问题，加上韩国与香港也发生参加宗教活动而发生群聚感染事件，妈祖遶境这类大型宗教活动是否要如期举行引发讨论。
大甲镇澜宫董事长颜清标2020年2月26日表示，大甲妈祖遶境活动在政府未建议前拟如期筹办。但首次取消千桌起驾宴、妈祖之光晚会及在新港奉天宫的祝寿大典，避免人群密集接触，节省下来的经费率先捐赠新台币3000万元给疫情中心，提供政府做防疫使用，并于沿途加设防检站进行防疫管理。亦不提供钻轿脚及摸轿脚等活动以避免人群聚集。提议大家设香案欢迎妈祖，在远处双手合十，也可以表达诚心，无法到场者也可以透过直播跟随妈祖。内政部同日表示与庙方持续沟通中，请各宗教团体随时注意疫情发展，务必要做好延期举办的备案。2020年2月27日上午，大甲镇澜宫副董事长郑铭坤宣布遶境活动延期举办；同日，白沙屯拱天宫也宣布妈祖徒步进香延期举行。
另外，「桃园龙德宫四妈祖」仍遵从传统自2020年2月23日起展开8天7夜的遶境活动，让民众相当忧虑
。龙德宫在2020年2月27日发出声明将遶境8天行程缩短为6天，提前结束进行一半的绕境行程。
侵害人权争议.
2020年3月时有些政治人物和学者担忧部份防疫政策过度侵犯人权、且部份行政命令没有法源依据；「防疫视同作战」的口号造成各种严厉手段无限上纲。台湾人权促进会会长周宇修等人指出用手机位址追踪居家隔离人员是否外出违反《通讯保障及监察法》。为了找出感染源，疫情指挥中⼼结合资安处、警政署、电信公司调阅通联纪录和路⼝监视器，但通联纪录通常要有刑事犯罪对国安重大危害嫌疑才能向法官申请核准后调取，路口监视器则需依警察职权⾏使条例调阅。政府援引《严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例》第7条作为各种限缩自由的依据，中华民国宪法学会副秘书长叶庆元认为其构成要件「为防治控制疫情需要」空泛、授权手段「必要之应变处置或措施」不知所云，并认为政府的作为正如在司法院690号解释（有关SARS防疫措施之法源依据）时，许宗力大法官的部分不同意见书中提到的「专业滥权」、「整肃政治异己」、「种族偏见或歧视」。
提案暂时冻结部分防疫特别预算.
2020年3月9日，立法院财政委员会审查「中央政府严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别预算案」。其中第27案由国民党立委翁重钧所提，以希望钱用在刀口上，暂时冻结新台币600亿元特别预算的80%，由于连署人数不足仅有提案人与曾铭宗、赖士葆签名附议。曾铭宗澄清指出，嗣后因有不同看法，已经于立法院审议前撤案。此案提出后引发一番舆论争议。
观光局主管公器私用.
2020年3月20日，交通部观光局的桃机旅客服务中心主任张维庭派驻桃园机场的员工，奉命接待观光局主任秘书林坤源返台的儿子，28日两人确诊，29日该名员工的5岁小孩确诊。
3月29日，交通部长林佳龙表示愤怒，要求此案要在24小时内调查清楚，交通部政务次长王国材在3月30日证实，林坤源没有请假单，以口头请假报备。交通部同时调查发现观光局主管公器私用，于3月30日决议撤职并降调接受后续调查。而服务中心主任张维庭违反一般旅客服务原则及防疫规范，尤其派驻桃园国际机场旅客服务中心，对于防疫期间未能克尽职守，核予「一大过」之处分，事后林坤源、张维庭两人受访时口径一致强调没有「接待」，试图撇清责任并把责任推给那名染疫员工。
提升指挥官层级争议.
2020年3月25日，立法院台湾民众党党团总召赖香伶指出，部分防疫措施阁揆苏贞昌与中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中的说法不同，指挥中心似乎已无法掌握情势发展，指挥官层级是否应提升的相关疑问。此番言论引发外界哗然，认为民众党有意撤换指挥官。3月26日，台湾民众党主席柯文哲、发言人杨宝桢都出面澄清没要求撤换陈时中，昨日意见对事不对人。
普筛争议.
2020年3月21日，在中央流行疫情指挥中心记者会中，有记者询问，在三、四月间对比韩国、德国等地的普筛做法，台湾应进行大量筛检，过滤出无症状感染者，确认没有社区感染。对此陈时中回应说，普筛可能会让有些人在做筛检时因病毒量不足而验出「伪阴性」，反而导致过几天病毒量增加以后让被感染者有误判情形，进而增加传播、感染等风险。若民众有特定风险的情况才做筛检，也以利后续进行适当的分流和隔离。
2020年4月10日，立法院进行施政总质询时有立委提问，是否考虑进到机场的人先做快筛检查，有问题再做PCR确诊。时任交通部长林佳龙回应说，快筛可能造成有些其实有病的患者人因伪阴性以为没有被传染，而四处走动，增加传染风险。
2020年4月23日，时任高雄市市长韩国瑜提出，先要为第一线医护约4000名做采检，再为5000名相关第一线伙伴含里干事、环保及民政等人员做筛查。中央防疫指挥中心挥官陈时中反问：全面筛检，筛了以后要做什么？疫调有必要性吗？要不要普筛，要由科学基础判断及掌握资源利用的有效性。陈时中批评说，没规定不能采检，但不能用公务防疫物资去采检，要控制好检验的量能，遇到突然状况才有余裕可处理。任何人要做筛检都是个人自由意志，但不符通报就不能用公务资源。时任行政院副院长陈其迈表示，目前武汉肺炎在台盛行率低，若普筛会有伪阳性的问题，筛检可能还是选择高风险族群…要尊重专家意见，疾管署专家会议会做最好的疫情评估跟判断，也许「顺时中」顺著疫情指挥中心的作法，是比较一致性的作法。
高雄市部分基层医护亦反对此事，并由台湾医事行动联盟发起连署，6小时内已有2千580名医护人员连署反对。该联盟指出，「一、目前台湾疫情，一线医疗人员只要由医师判定，本就可以进行筛检。而普筛根本没有必要，会造成检验能量的浪费。二、市府对筛检方式或实际筛检对象皆含糊其词，但所有检查皆非百分之百。伪阳性的状况必定造成多余的医疗人力浪费（一个伪阳性要有几十甚至几百人居家隔离），也可能让临床人员轻忽反造成防疫破口。请问高雄市政府除了筹措资金外，对于届时普筛造成的后续效应，做好准备了吗？」该联盟认为， 高雄市政府应配合中央防疫政策，取消针对高雄市一线人员的普筛，将筹措资金用于充实各医院防疫物资存量。此外，由防疫、公卫及感控人员组成的专业团队来评估封城演练的必要性及施行细节，不要为了博取镁光灯而劳师动众，浪费更多资源和行政人员的时间。对此，高雄市卫生局表示尊重医护人员意愿，普筛并非强制性。韩国瑜表示，他经两度座谈听取医界心声，感念第一线4000多名高风险医护人员从大年初一辛苦防疫，出于「感恩的心」由市府拨发经费对他们全面筛检，且采自愿制，并非强迫，还须报请中央同意。
2020年5月29日，疫情降温，但普筛声浪未减。有媒体社论提到应对台湾民众进行普筛。对此，中央流行疫情指挥中心专家咨询小组委员李秉颖回应说，当对于社区中病毒流行状况不了解，需要透过广泛性检查找出没有被辨识出来的感染者，以免病毒进一步扩散时，才会需要普筛。他强调，普筛目的在于找出没被找出的感染者，专家咨询委员会几经思考，决定扩大采检条件。举凡司机、旅馆从业人员出现类似症状都要检验，医事人员更是连「咳一下也检验」。台湾的作法其实就是在做普筛，但是针对有一点点风险症状者采检，至今做了至少上万例不符合通报病例者采检，还是没有找到潜伏感染者。既然如此，再对大批健康者做检验，在临床上是没有意义的。
同日，中央流行疫情指挥中心表示，经搜集国际间执行新型冠状病毒肺炎全面筛检国家初步调查结果，多数国家筛检方式以抗体检测为多，筛检阳性率大多小于10%，远不及以群体免疫力(至少50%民众具有抗体)形成的防护网；另单一时间点检测抗体盛行率可能有伪阳性情形，导致民众自认已具保护力而疏忽自我防护措施；此外，抗体检测阳性者是否具有保护力及维持时间仍待后续研究厘清，因此在有效疫苗成功发展与接种前，需借由民众健康行为以积极因应次波疫情所造成的冲击。另有关核酸检测的调查结果，即使在疫情严峻国家也仅5%以下，故在台湾疫情控制良好状况下，目前并无实施普筛之必要性。
中央流行疫情指挥中心李秉颖专家咨询小组委员提出，普筛的用意是当对于一个社区病毒流行情况不了解下，需要广泛性的检查，以免病毒再扩散出去，但是台湾不需要，因为连续47天无本土病例零确诊，可说是全世界第一。台湾是没有新冠病毒存在的，会有感染病例一定是从境外移入。现在防疫重点是要防堵来源是境外移外可能病毒，而不是去找本地根本不存在的病毒。核酸检验比较贵、比较费时，而抗体与抗原检验有准确性的一些缺点…这样反而会造成困扰，在社区并无任何病毒存在情况下做此检测，其中会有一些人是阳性，接著要做接触者追迹与调查，结果可能是伪阳性。所以是不需要做普遍筛检。
2020年6月24日，日本政府通报一名20多岁日本女学生于机场入境时被检验出新冠肺炎阳性确诊。虽然根据日方检验结果却认为弱阳性，研判不具感染力，但也因此又让普筛、广筛等声浪再起。对此，中央流行疫情指挥中心发言人庄人祥表示，根据先前华航纽约回台班机经验，决定不普筛，维持有医师怀疑才可采检的政策。他表示，2020年3月30日曾有一架美国纽约返台班机，因机上多人相继确诊武汉肺炎，因此指挥中心对全机人员进行采检，最后发现只有12名有症状者为阳性，其余无症状者均为阴性，这就是指挥中心不普筛的决策根据。目前全世界还没有国家进行全面性的普筛，韩国之所以采检个案这么多，主因仍是韩国确诊个案多，「随便筛随便有」，而台湾每天检验量约为110例上下，但近期并没有社区的个案，因此通报的个案数也随之减少。对于外界质疑台湾采检量过低，庄人祥回应，台湾每验到1例确诊病例，通常会额外再验160、170例，以这样的检验量已算相当多。。
医护过劳争议.
防疫期间医护被要求大量加班、限制休假和出国，然而中央政府却仅提供少量的的奖励金。2020年4月中，台北市医师职业工会、台北市立联合医院企业工会及台湾医事检验产业工会抗议防疫奖励金细部制定并不明确，而且奖励范围未纳入放射师、呼吸治疗师等医事人员。至四月底，台北市医师职业工会指政策，原先说的医师每日、护理师每班一万元津贴其实是多人共分，每人实际领到的有些还不到一千元，比17年前SARS期间还少，甚至低于最低工资。
彰化县卫生局主动筛检争议.
2020年8月17日，彰化县卫生局长叶彦伯主动采验无症状居家检疫者，而后被检疫者确诊感染新冠肺炎，由于不符合指挥中心筛检作业程序，中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中同日下令政风处调查此事。 8月18日，指挥中心发言人庄人祥强调，「这次调查并非卫生单位有错」，主要为厘清依中央规定无症状不采检，为何地方卫生局采检，再者是厘清还有多少无症状者也采检。
校正回归.
2021年5月22日，中央流行疫情指挥中心公布台湾新增323例本土确诊病例，另有400例本土个案为校正回归上周各日个案，引发争议。陈时中回应外界质疑「盖牌」时称，这是「掀牌」。6月1日，陈时中表示，预计不再公布校正回归数目。
急诊无法就医.
2022年5月，本土疫情延烧，导致国内医疗量能持续紧绷，急诊室天天呈现大爆满现象。快筛阳性无症状冲急诊，影响到急诊急重症就医权益。
边境管制.
境外生无法入境.
中华民国政府因应疫情于2020年1月26日出台境外生暂缓来台政策，致使2万6000多名境外学位生滞留在外。即使4、5月以来东亚疫情已趋缓，但境外生迟迟无法入境，遭受到学业和生活上的种种困难。
隔离地点是否公布.
2020年2月2日，台湾将滞留武汉的台湾人与陆配撤回台湾的隔离安置地点卫福部长陈时中原不公开，但台北市长柯文哲在接受媒体采访时说出台北市安置场所，引起争议。同日卫生福利部部长陈时中表示不排除开罚。
2020年2月3日，柯文哲接受访时表示台北的收容地点需要北市府支援医疗人力、警卫、后勤补给，几百人在一个收容所，不可能家属不知道，周边居民不知道，甚至去支援的人都不知道。柯文哲认为，与其遮掩躲藏，不如公开透明，并点名陈时中，认为如果陈时中要开罚，「那你就先跟我讲，什么是我可以讲的，什么是我不能讲的」、「不然卫福部给我们台北市公文，上面就给我注明密件」。同日指挥中心应变监测官庄人祥表示，对于柯文哲说出隔离场所，指挥中心就是依规定办理，「没有说要罚他。」至于隔离地点，庄人祥表示「也没说一定不公布」，指挥中心内部会再研议后续做法。而依据「指定征用设立检疫隔离场所及徵调相关人员作业程序与补偿办法」第四条，设立机关为地方政府，应「依指挥官指示」，公告隔离场所，也就是说公开应依照指挥官的指示
陆配子女无法入境.
自中国大陆疫情全面爆发后，中华民国政府于2020年2月6日起宣布暂缓中国大陆（含港澳）人士入境。而部分陆配子女因不具中华民国国籍，只能以专案长期居留或专案探亲居留等方式留在台湾。他们多年来读书、生活都在台湾，也有健保身分，却因此无法返台。台湾大陆委员会基于家庭团聚及人道考量，于2020年2月11日宣布「持长期居留证或长期探亲的国人陆配、中国大陆子女，准予入境」。嗣因网民反对声浪，陆委会主委陈明通当天召开记者会，宣布只有符合「在中国无人照顾」及「未成年」两个条件才能入境，且要专案申请，并于2020年2月11日深夜紧急发布，另增加「父母双亲都在台湾」的条件。然而，防疫指挥中心指挥官卫福部陈时中部长于2020年2月12日以「国人优先」的名义宣布如果陆配子女不具中华民国国籍，仍滞留在中港澳地区者，不同意入境。2020年5月19日，陆委会以书面回复媒体提问指出，目前中国大陆恢复内部交通及人流往来管制措施，尚待密切观察，陆委会与指挥中心将持续研议相关配套作为。为向政府争取开放陆配子女尽快返台，2020年6月18日下午1时，约30名由陆配夫妻所组成的「台湾滞陆孩童父母自救会」赴指挥中心集合，共同观看2时举行的记者会，并在现场进行简单的诉求陈述后，步行到行政院陈情。2020年6月17日，陆委会表示已研议提出各种拟处解决方案，但如何解禁涉及台湾防控措施、国外整体疫情专业评估、解封恢复常态生活的管理等因素，相关方案正在进行跨部会讨论。
境外移入猎巫争议.
2020年2月初武汉返台包机，引发台湾民众对台商与陆配强烈排斥。后2020年3月国内新冠肺炎确诊多半为境外移入病例，导致不少返台的海外留学生在网路上无辜遭受言语谩骂。甚至认为都是海归害台湾确诊爆增。
白牌车司机争议.
第一例死亡的白牌司机没有出国历史且接独人员繁杂，防疫中心认定的感染途径为：浙江台商→司机→家人。然而台商的父亲致电谈话性节目，说台商的家人以及和他坐在一起搭飞机回台的同事都没有感染，对防疫中心的判断提出疑问，却遭防疫中心以违反传染病防治法第63条为由函送侦办。该名司机接待的其中一名乘客是从当时已有疫情的日本返台，但防疫中心却只检验三名自中国大陆返回的乘客，对此，疾管署以「个案隐私」为由拒绝向媒体说明判断原则。司机确诊后隔天，其外甥女婿也确诊，媒体质疑两人发病日仅差一天，是否代表有其他社区感染源，张上淳仅说，「潜伏期仅适用多数个案，偶尔还是会有例外」；然而在第44例中，指挥中心却又用「2人仅差1天，感染机率很低」为由，说明该案是境外移入，而不是在台感染后才出国传染给隔天出现症状的国外友人。
案88最初公布其发病日为2020年2月14日，当日个案正要出国，但后来发病日期改为2020年3月6日，判定为境外感染，理由是2020年2月14日仅有咳嗽，2020年3月6日才发烧。然而记者追问咳嗽也是症状，其他案例是否也都应该改以发烧认定，指挥中心只回答「个案判定」。第268案没有出境史，在2月28日就出现症状，就诊六次，却在一个月后才确诊。这些证据让一些人怀疑台湾其实已有许多未知的境内感染。前疾管局长苏益仁参照外国经验，认为台湾不可能没有社区感染。
禁止部分职业出境.
2020年2月23日禁止医事人员出境，遭法律学者指出《医疗法》、《医师法》和《传染病防治法》皆未明确授权限制医事人员出境，若将「遵从主管机关指挥」扩大解释为包括限制出境，亦不符合比例原则。
2020年3月禁止国高中以下师生出境遭台北市议员苗博雅、台大法律系教授林明昕、长庚大学医务管理学系副教授林欣柔等人批评没有法源依据，且治标不治本。而湖北台商无法回台，或违反宪法保障的迁徙⾃由，虽然防疫⽬攸关公益，但欧洲和美国的疫情更严重，却仍可以入境后再隔离。
违反居家检疫规定.
2020年2月25日，一名男子自北京返台，应居家检疫至2020年3月10日，却于2020年2月27日失联，直到28日新竹县政府公告姓名后才主动前往新竹县六家派出所报到。2020年3月3日新竹县卫生局依违反居家检疫规定对他开罚百万罚锾，为新-{制}-法规（《严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例》，于2月27日起生效）公布以来的最高罚款。
2020年3月11日，台北市政府开罚100万元并将男子移送高雄集中检疫场所安置。一名从厦门入境的男子未配合填写资料，经机场协助到防疫旅馆入住后，政府有关单位查访却不见人。
2020年3月12日，桃园市一名居家检疫者无视规定，4次外出遭警察单位查获，桃园市政府卫生局今天除了祭出铁腕重罚新台币100万元罚锾外，也将违规民众强制安置于检疫处所。
2020年4月1日，台北市卫生局重罚1位自北京返台的男子100万元，为台北市第2例因违反居家检疫规定而遭重罚的对象。该民众入境后随即失联，于卫福部「入境检疫系统」线上填写之手机门号还是空号。2020年3月22日民政及警政人员去该民众住家确认情况，确定该民众未依规定于住所检疫，便通报失联。台北市内的某间网咖被市警局所寻获，因其失联79小时。
2020年9月间，康轩文教事业董事长李万吉遭投诉未配合居家检疫政策进行外出，新北市政府卫生局对李万吉裁罚新台币100万元；其后发生康轩文教事业某女员工非自愿离职，但最终劳资双方成立调解。
检体错置事件.
2020年10月13日，疾管署通报新增1例境外移入病例，为台湾籍40多岁男性（案号530），2020年2月至中国江苏昆山市工作，2020年10月1日出现流鼻水及有痰等症状，仅自行买药服用未在当地就医，其办公室有另2名同事有感冒症状，亦自行服药未就医。个案2020年10月11日返台休假，因入境时有咳嗽、流鼻水及鼻塞等症状，于机场进行采检（Ct值仅26），并于13日确诊。14日下午，疾管署邮件回复确认该个案12日核酸检测报告结果为阴性。中国江苏昆山市疾控中心亦于13日连夜对其所在企业进行环境监测和消杀，对企业所有应检人员进行血清和咽拭子采样检测，共采集样本1,970人，结果均为阴性；共排查出密切接触者40名，血清和咽拭子检测结果均为阴性。
2020年10月28日，经疾管署确认，案530其病毒阳性之唾液检体，应为同日自法国入境之案536检体，将案530自确诊病例移除，原案号（530）以（空置）处理，并同步通知中方与世界卫生组织IHR窗口有关此案例之处置。事发后，中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中并未就此公开道歉，但陈时中仍强调中国大陆仍爆发零星个案，台湾必须维持高度警戒。陈时中会上还表示，否认错置与检验人员过劳有关，也不会惩处实验室，但会建置进一步防错机制，鼓励增加实验室人力，强化实验步骤中的检体比对。也有舆论认为，这等同“还大陆疾管单位一个公道”。2020年10月29日，中国大陆国台办发言人朱凤莲回应记者提问时表示，民众生命健康不是儿戏，病例确诊应科学严谨，“不能掺杂政治因素，更不能成为政治操弄的工具”。朱凤莲亦在回应中强调，此次从江苏昆山回台湾的台商被台湾方面错误确诊，既对该名台商造成困扰和伤害，也使昆山市耗费了大量人力物力连夜进行2000人次的核酸检测和环境消杀处置。她最后表示，希望台湾有关方面引以为戒，秉持严谨的科学态度和专业精神，才是疫情防控的应有之道，更要求疾管署向该名台商真诚道歉。
纽西兰机师咳嗽不戴口罩.
长荣航空一名纽西兰籍机师（案765）确诊新冠肺炎，然而他早已出现咳嗽症状却不戴口罩，甚至在自主健康管理期间密切接触女性友人（案771），违规进出百货公司、大卖场、车站等公共场所。疫调也不诚实交待足迹。屡次违反防疫规定，造成2名同事及1名友人感染，也让台湾零本土案例纪录在253天止步。针对该机师不当行为，长荣航空于2020年12月23日因其违反相关防疫规定及传染病防治法，并造成公司商誉受损，将其即日免职。中央流行疫情指挥中心针对国籍航空机组员染疫事件，经与航空公司共同检视现行公布的「国籍航空公司实施机组人员防疫健康管控措施作业原则」，发现机组员在机舱内及外站管理上尚有待加强之处，要求民航局及航空公司研议如何强化现有航空检疫措施。
英国班机确诊争议.
2020年12月27日，一架自英国返台的班机，机上114名旅客中有3人确诊感染由变种病毒引发的冠状病毒病。消息传出后，民众开始质疑卫福部长陈时中的因应政策，国民党立委郑正钤批评称：「英国的大明可以来，大陆的小明不行来」，又称全球已有40多个国家和地区对英国采取封锁措施，但陈仍认为，毋须比照他国对英国下禁令，因此此做法被认为是双重标准。其后在2020年12月30日，疫情指挥中心宣布从2021年1月1日起，禁止无居留证外籍人士入境，观察期一个月。但台湾民众的外籍、陆港澳籍配偶、未成年子女及经专案许可者不在此限。
协调放宽机师检疫3＋11日.
2021年4月28日时，华航机师罹患2019冠状病毒病的情形持续扩大。先前中央流行疫情指挥中心曾宣布放宽国籍航空机组员返国检疫措施，由「5＋9」（居家检疫5天采检阴性再自主健康管理9天）调整为「3＋11」（居家检疫3天采检阴性再自主健康管理11天），外传是因为4月1日民主进步党籍立法委员范云邀相关部会开协调会导致。范云表示她在该年2月底收到桃园市机师职业工会陈情，工会表示该年1月1日起居家检疫政策从「3+11」（始于2020年，约维持9个月）调整为「5+9」后，长程航班机组员因为长期处于检疫、值勤、检疫的循环，陷入失眠、精神力大等身心失调危机，恐怕影响航空安全。因此她才邀集卫福部、交通部等相关部会协调，让行政部门根据专业及职权调整政策。她也表示同年3月30日民航局曾向指挥中心提案免除组员居家检疫。
民众党立委邱臣远在2021年5月28日上午询问中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中，陈时中称「3+11」会议是副指挥官陈宗彦主持。隔日下午疫情记者发布会时，陈时中改口称陈宗彦未参加「3+11」决策会议，并强调「指挥中心政策都由我来负责」。
2021年5月31日，卫福部疾管署表示，3+11调整经中央流行疫情指挥中心跨组讨论，未作成会议记录，再次引发各界质疑；疾管署表示，未来针对6月12日后未接种新冠疫苗之长程航班机组人员，将调严为5+9模式。
屏东枋山疫调争议.
Delta变种病毒侵袭屏东，当地居民戒慎恐惧！设籍台中市的祖孙2021年6月6日从秘鲁返国，从机场就直接坐防疫车南下娘家屏东枋山居检，2021年6月14日确诊，屏东县政府未即时疫调引发质疑，屏东县政府表示，当时的疫调主责应由台中市政府接手。对此，台中市长卢秀燕脸书回应「检疫地点为屏东县枋山乡，按中央规定，居家关怀由当地县市政府处理。」双方争执不下，指挥官陈时中今天回应了，他认为「所有的工作是在发生确诊地方卫生局为主」也就是屏东县政府！
强制隔离争议.
2021年6月29日，高雄凤山区一栋大楼传出新冠肺炎「阳性」病例，市府紧急召回大楼一百多名住户采检，并强制送防疫旅馆隔离14天；高雄知名行政法律师林石猛今在个人脸书发文，质疑市府法源依据，要市长陈其迈给个说法。高雄市卫生局简任技正潘炤颖解释，阳性个案与2021年6月24日公布确诊者住同栋楼，但不认识，研判大楼至少3人感染，不排除疫情扩大才采取强烈措施。
送错确诊者争议.
2021年12月22日，台北市发生送错确诊者争议，观传局表示，该案防疫旅馆有跟卫生局确认需送医房客资讯， 但因双方资讯不一致导致送错房客，市府内部已经有检讨流程；观传局已请防疫旅馆被通知请房客就医或采检时，务必确实核对房客资讯。
病房监视器争议.
2022年3月13日，法国驻台记者阿德里安．西莫尔（Adrien Simorre）从法国来台居家隔离第五天被验出武汉肺炎阳性后遭救护车带走隔离。西莫尔在Twitter发文表示，他在一个监视器对准他病床的病房里隔离了8天，并质疑这样的作法是否违法？西莫尔认为这样的作法有点过头了。外交部在2022年3月14日晚上获知讯息后，随即通报指挥中心。外交部发言人欧江安今早回复呷新闻，防疫指挥中心有完整掌握，于2022年3月15日下午2时记者会说明。另外外交部已主动与法国驻台记者联系，提供他所需的协助。
欧江安表示，另外在台湾无论是本国人或外国人，一旦检验确诊阳性，所接受治疗及相关配备都是ㄧ视同仁。约诊者在隔离病房的配备有医学专业需要及考量。另外，针对「8天被监视器监控」的情形，欧江安强调监视器监控「8天」并非事实，因涉及个人隐私不便对外公开详细内容。
前检察官、现为律师的张静则针对此案表示现在台湾很多的防疫作为都过头了：「我不敢说违法，因为现在都可以假防疫之名行违反人权之实。」 张静律师当时强调台湾的防疫旅馆是强迫入境者与染疫者必须进驻，并觉得费用为何是由当事人负担，他以嫌犯或受刑人被关至监狱与看守所为例，认为同样是政府限制人民自由：「凭什么你要把我关到防疫旅馆，而费用要我负担？」
公布确诊者地址争议.
2022年3月29日，中和确诊社区地址曝光，对于媒体询问，为何过去都不透露清楚的资讯，这次却很明确公布社区地址，陈时中则在记者会中回应，公布之后大家比较容易知道关系，而且是在一个区域内东一个、西一个，都在同一个范围，连一连之后就知道在那几栋里面，算是蛮密集的。
争议言论.
「不用戴口罩」言论.
2020年2月初，中央防疫中心咨询专家，台大医学院教授黄立民与张上淳建议，宣导健康者于开放空间无须戴口罩。2月8日中央防疫中心指挥官陈时中进一步表示搭乘大众运输不用戴口罩，引发社会哗然。主要质疑点在于大众运输如公车、捷运车厢多为密闭空间，病毒比开放空间更容易传染。此举极可能反倒促进病毒传染。
“年轻人防疫松懈”言论.
2021年6月3日，陈时中在疫情指挥中心记者会上表示20~39岁的年轻人「防疫松懈」，确诊比例升高至25.2%，引发台湾网民的不满，批评陈时中「干脆宣布叫年轻人不要上班不是比较好」、「可怜，没纾困只能上班还要被嘴」。「重启核四」公投领衔人黄士修更在脸书发起「对不起，是我防疫松懈了！」第一届年轻人向陈时中道歉大赛。
「自主应变」言论.
2022年4月20日，陈时中表示，近期确诊人数多，来不及通知的案例请大家自主应变。
「没筛没确诊」言论.
2022年5月，有医护人员在网路指出，目前医疗院所的筛检方式，只有护理人员、病人、住院医师要筛，主治则不用筛，表示「不筛就不会确诊。」针对此状况，陈时中则呼吁，还是希望大家确诊后能提早休息、避免传给太多人。他同时强调，目前政策不是清零，而是把自己健康顾好，会渐渐走向欧美国家方向，坦言「台湾正朝共存的路走。」
疫苗争议.
强制打疫苗争议.
2021年12月17日台北市副市长蔡炳坤表示，既然要强制接种2剂疫苗，要搭配罚则才能达到效果。
快筛争议.
离岛快筛争议.
2021年5月金门县、连江县和澎湖县向中央争取在台湾本岛机场建置快筛站未获回应，许多民众忧心病毒借由搭机旅客传播，盼在第一时间将病毒阻绝于机场。2021年5月20日全国防疫会议上金门县再次提出相关建议，中央流行疫情指挥中心告知金门这种防疫方式并不理想，一旦做出上述区隔，各县市起而效尤，恐破坏生活圈。
2021年5月23日金门县政府发出公告，自24日到访金门的旅客，需要提供3日内新冠肺炎检验阴性报告，无法提供者需要接受快筛。24日凌晨中央流行疫情指挥中心宣布金门县违反《传染病防治法》第卅七条第三项的规定，金门机场的快筛站连夜拆除，金门县县长杨镇浯早上前往金门机场，在媒体前批评快筛站被拆除。原本打算实行快筛的澎湖县暂停计划，并呼吁「离岛资源的承受力不如本岛，盼中央可以因地制宜。」5月25日凌晨金门同乡会发表声明支持杨镇浯的入境快筛政策，「请陈部长留给金门人一条生路」。同日中央流行疫情指挥中心同意金门县、澎湖县、连江县等3离岛，在符合筛检流程条件及后送配套流程下，提供自愿性采检服务，但不能强制采检。金门县表示会维持原计划，重设金门机场的快筛站，26日中午启用。
2021年5月31日，中央流行疫情指挥中心表示，同意交通部民航局所属台北松山、台中、嘉义、台南及高雄小港航空站设立筛检站。旅客搭乘国内航线前往离岛时，应于搭机前填写「健康声明书」，现场有症状者不可搭机，且应配合病毒核酸检测；若为过去14天内有症状者，须现场配合接受抗原快筛检验且为阴性，始得搭机。经抗原快筛检验阳性的旅客，将由航空站安排搭乘防疫计乘车送至卫生单位指定防疫旅馆或集中检疫所。
2021年5月31日，澎湖县与连江县都宣布即日起入境者强制快筛，金门县政府也表示将跟进实施。2021年6月1日，陈时中表示此举违反传染病防治法，将发函撤销相关公告。
快筛实名制.
指挥中心于2022年4月27日突然宣布实施快筛国家队，执行快筛实名制，造成市面上快筛被抢购一空，民众排队抢购快筛，造成快筛之乱。
快筛一个30元争议.
2022年4月27日，民进党立委高嘉瑜在脸书发文表示「德国有30元唾液快筛」，并指出德国都是每天快筛后才出门。这言论被陈时中驳斥是「假消息」，希望民众不要乱传谣言，否则将开罚。不过后来却被查到世界上真的有30元的快筛试剂，并发文附上图片证明强调「这不是假消息」。
快筛厂商争议.
2022年4月29日，食药署核准「福又达」公司进口韩国家用唾液快筛，不但申请仅2周就获准，再加上被发现其创办人正是高端疫苗总经理陈灿坚，因此引发外界图利的揣测。
2022年5月，接下中央16.5亿1700万剂快筛试剂采购合约的快筛试剂厂商「高登环球生医有限公司」被国民党立法院党团揭发前身是一家小吃店，资本额只有200万。之后高登发表紧急发声明「不参与投标」。
类普筛.
2022年4月5日，指挥中心公布基隆要类普筛，以快筛取代PCR，遭批评为新创词语，将普筛说成类普筛。
民间和私人行为.
名嘴冒用医护照片事件.
2020年3月13日，在台湾年代新闻中的突发琪想节目中，资深媒体人丁学伟利用手机中的照片讲述了有关新北市八里疗养院一名叫做赖碧莲的护理长，前不久曾参与第二批武汉台胞返台工作。并表示该名医护人员在武汉需要长时间佩戴口罩，导致脸部有勒痕。同时提到过，当她返台后，前来接机的卫生福利部长陈时中想与其合照，面对赖碧莲对于脸上勒痕感到不自信的推脱；陈时中则回答，勒痕一点也不丑，这是“光荣印记”。但随后，这张照片被人扒出本人为大陆最美医护人员的照片，并不是赖碧莲。该讯息在两岸尤其是大陆微博上引发了极大的争议，丁学伟随后也对于该情况在脸书上面公开道歉。但由于道歉的语言问题，导致被部分人批判为张冠李戴。
蔡依林陈奕迅合唱争议.
2020年4月3日，艺人蔡依林和陈奕迅合作演唱英文歌曲《Fight as One》在Youtube上公开。由于MV画面中出现各国医护人员的脸孔，却没有台湾医护人员；且当中一幕且各国小朋友手举感谢中国大陆的图画，被部分民众怀疑是为“掩盖北京政府于此波疫情的责任”，引起争议。数天后，台湾环球音乐与香港环球音乐在各自YouTube频道上所发布的该曲倒赞数都超过赞数数倍。2020年4月6日，蔡依林于个人脸书专页上发表一篇「此刻的我感到渺小」贴文，似乎是针对此段风波的回应。
粉红色口罩事件.
2020年4月，有家长表示男孩子担心被同学嘲笑，不愿意戴上粉红色儿童口罩上学。而有关议题引起网上有不少人讨论，很多人认为粉红色跟性别的关联是性别刻板印象。在2020年4月13日中央流行疫情指挥中心记者会中，所有5名与会人员均戴上粉红色口罩，希望能破解性别刻板迷思。指挥官陈时中表示口罩用哪个颜色都是一样的，称粉红色其实也不错，其后自嘲「我小时候最喜欢看的卡通就是《粉-{}-红豹》」。
口罩混充事件.
2020年8月间，加利科技有限公司八里厂从中国大陆输入数批约337万余片非医疗用口罩，于厂内分装改标以医疗用名义混充医疗用销售。
因此一事件造成口罩国家队形象严重受损，2020年9月16日起，无论医疗用或非医疗用口罩，业者均须透过经济部国际贸易局的「口罩输入许可申请系统」进行报关始可进口非台湾制口罩，且所有当地制造之医疗口罩改为双钢印，并于同月24日起全面征收；原订至年底前全面征收的计划，因产能获得舒缓的问题，在10月15日起改为定额征收，并开放除实名制通路以外之店家贩售。
阳性旅客搭机事件.
立荣证实，一名旅客于2021年5月31日搭乘B7-511航班从松机飞往厦门，登记时他出示3天内的PCR报告，报告指出呈阳性，仍被放行上机。该名旅客抵达厦门后，在厦门机场检测呈阳性，同机乘客亦确诊。立荣表示，目前不清楚该名乘客如何离开隔离处所，在机场亦没有如实填写旅客健康声明书，又指因防疫所需，旅客登机资料繁琐，以致地勤人员未有详细检查旅客的检测报告。消息传至大陆，「台女子持阳性证明登机抵厦门」迅速登上微博热搜第一名，当地网友看傻眼，痛批这是「蓄意投毒」。。尽管立荣航空已承认是柜台地勤疏失，愿意接受调查及究责，仍引发轩然大波。流行疫情指挥中心副指挥官陈宗彦表示，地勤只看了健康声明，因声明上写著「无症状」，所以没完整检视相关资料。民航局长林国显表示，旅客有缴交证明，是柜台地勤没有详细检视，但该旅客确诊阳性，理论上就不能动，并表示将移请卫生单位查处。中国大陆国台办发言人马晓光表示，中国大陆有关部门已经约谈立荣航空公司负责人并责令整改。对台湾居民违反防疫规定乘机，并填报虚假健康资料，有关方面将依法严肃处理。
陈时中不戴口罩饮酒唱歌事件.
2021年11月初，网路上传出陈时中参加一场聚会的影片，影片中陈时中高歌喝酒，有网民质疑此影片为三级警戒时期拍摄。其后卫福部回应表示，此段影片为2020年6月15日陈时中为下乡宣导防疫新生活时期之后，接获北上高雄友人的邀请，临时去一个餐会会场唱歌便离开，行政院长苏贞昌表示，有心人以过去影片造假（影片中标示的日期及时期并不正确），是非常恶劣的手法。2021年11月10日，国民党台北市松山信义区市议员拟参选人田方伦再爆料陈时中脱罩欢唱的新影片，其后田方伦表示影片是一个医界友人传给他的，据了解是一场医药界餐会，香港《亚洲周刊》发文讽刺他为“脱罩歌王”。而国民党文传会主委凌涛则表示，陈时中的有关行为涉嫌违反防疫、烟害防制与公务员应利益回避、不应出入不当场所等规定，应立即道歉并辞职下台。国民党主席朱立伦表示「若是国民党，早就已经下台」。其后陈时中在记者会上再次澄清该活动非在三级警戒期间；对于是否下台，他则反问，「是说喝酒就要下台？还是唱歌就要下台？」