李登辉

李登辉是中华民国农业学者与政治人物，曾任中华民国总统及中国国民党主席。李登辉生于日治台湾的台北州淡水郡三芝庄（今中华民国新北市三芝区），福佬客家人出身。他毕业于国立台湾大学、康乃尔大学，本职为农业经济学家。1972年，获时任总统蒋经国提拔，出任行政院政务委员，此后历任台北市市长、台湾省政府主席、中华民国副总统等职。
1988年蒋经国逝世，李登辉先后继任总统与国民党主席，成为首位台籍国家元首及国民党领袖。李登辉在总统任内进行了一连串的政治改革，统称为「宁静革命」，外界咸认为落实台湾民主化之重要推手；1996年，更当选为首位公民直选总统，至2000年卸任，结束长达12年的总统任期。2000年卸任后，李登辉仍活跃于政坛，宣扬台湾独立与民主理念。2020年，逝世于台北荣民总医院，享年97岁。
生平.
早年.
出身.
1923年1月15日（农历壬戌年11月29日），李登辉生于日治台湾台北州淡水郡三芝庄下的埔头坑聚落（今新北市三芝区埔坪里）的「源兴居」，属闽西汀州府永定县客家人后裔。但家族迁居三芝后以台语为母语，成为「福佬客」，即改说台语的原客家族群。
李登辉家庭富裕，祖父李财生开杂货店，为当地的仕绅，也是保正（今里长），勤俭治家，对儿孙管教甚严；祖母名叫杨妹，与李登辉感情甚好。父亲李金龙日治时期担任便衣警察，为人豪迈，以民主方式对待晚辈，喜欢应酬、饮酒，台湾战后时期也担任过两届台北县议员。母亲名为江锦，身高170公分，李登辉戽斗长相、魁梧身高皆遗传自其母。
由于家境不差，加上其父李金龙的重视，李登辉接受了相当完整的教育，小时候在三芝天后宫附设的私塾学习汉文，但老师其实是只是以日文发音来诵读《论语》跟《孟子》等《四书》；因其父李金龙为刑警，职务调动频繁，因此李登辉也跟随父亲不断地搬家和转学。从6岁到12岁之间，先后于汐止公学校、南港公学校、三芝公学校及淡水公学校四校就读，因一直转学而交不到好友，所以只好一直埋首书堆，最后，李登辉于淡水公学校以全校第二名的成绩毕业。李登辉曾经投考公立中学，但因为当时保障日本本土学生名额，录取台湾本岛人学生极少，每次招考五十名新生，通常只有一名台湾人可以就读，于是李登辉两度名落孙山，先在私立台北国民中学（今台北市立大同高级中学）就读一年，后于1938年在淡水公学校校长的推荐之下，转学至淡水中学二年级就读。李登辉日夜苦读，几乎各科成绩都是排名第一，除了课内书，他还读《古事记》、《日本书纪》、《平家物语》、《源氏物语》与本居宣长的《玉胜间》等，也读了不少江户时代文人的笔记，同时李登辉笃信佛法，他母亲喜爱禅学，每天坐禅，他那时就跟著母亲打坐，还研读《金刚经》，他说：「十四、五岁时开始坐禅、修行。那时候，我是相信唯心主义的，试图从佛教中寻找克服自我的力量。」
1940年间，台湾总督府开始推行皇民化运动，其中包括变更姓名的改姓名运动。李登辉大哥李登钦受到皇民化运动的感召，决定让全家改用日本姓「岩里」，可能是「龙岩李氏」的暗示，李金龙改称「岩里龙男」、李登钦改名「岩里武则」、李登辉则改名「岩里政男」。李登辉说，改姓「里」这个字留下了「李」这个音，很多姓「李」的都改成「岩里」、「小里」、「北里」等等；「岩」是因为李家来自福建龙岩。李登辉并不是很想改名，他说：「其实我当时的感觉，也不是很稀罕改名（这件事）。」
求学.
1941年，李登辉没有读完中学五年级，在四年级时，就直接「跳考」高等学校，高等学校可以直升日本帝国大学，非常有价值，李登辉考上台北高等学校后，成为淡水中学第一个考上高等学校的人，因此在淡水与三芝都造成轰动。人人都知道「四年忠班班长李登辉，跳级高等学校」，高等学校时代，李登辉就透过鲁迅的《阿Q正传》及《狂人日记》还有郭沫若的书，帮助他了解中国，由于未受过现代中文教育，因此读的是日文翻译本，李登辉坦言到这些书的影响不小。此外他还读遍了西方名著译本，包括英文、法文、意大利文与德文名著。如哥德《浮士德》、尼采《查拉图斯特拉如是说》、卢骚《忏悔录》、但丁《神曲》、马基维利《君王论》与《李维论》、薄伽丘《十日谭》等。另外尚有哲学、伦理学、历史学、生物学、科学等不分领域的书籍。毕业时，就拥有七百多本岩波文库的书。并自言其人生观受西田几多郎《》、和辻哲郎《风土》、仓田百三的《出家人及其弟子》、哥德《浮士德》及《少年维特的烦恼》、杜斯妥也夫斯基《白痴》等书的影响。之后读到汤玛斯·卡莱尔的《》时，对其意涵心领神会。李登辉自认，影响他人生最大的三本书，是《衣裳哲学》、《浮士德》、《出家人及其弟子》。为了看书，李登辉走遍全台北市的书店及图书馆，偶然在台湾总督府图书馆里发现新渡户稻造的《讲义录》，读后对于生死观之疑问得到化解，并开始敬佩新渡户稻造，基于对其攻读之农业经济领域，因而决定就读京都帝国大学农学部农林经济学科。
1943年9月，李登辉毕业于台北高等学校，同年10月，他没有读1928年创立的台北帝国大学（今天的台湾大学），而进入京都帝国大学农学部农林经济系就读。李登辉本来想读的是历史，选择农业经济的理由，根据他说，一方面，他在小时候看到佃农的辛苦，想为他们打抱不平；另一方面，是在思想上受到高等学校历史老师盐见熏的影响。谈唯物辩证法、历史唯物主义，谈中国历史，使他深受影响。为了想把农业与马克思主义经济学相结合，他选择农业经济作为人生的研究目标。大学选科时，原本打算攻读西洋史，但是受到中国史老师盐见的潜移默化，李登辉毅然改学农业经济，向往有一天能够到东北（时称满洲）协助解决中国问题，因为中国问题最大的关键就是农业问题，如何让所有中国人都吃得饱。当时第二次世界大战正处于胶着状态，京都帝国大学校内日本学生所剩无几，文科的学生也几乎全被征去军训。这个时期的李登辉，一方面为日益短缺的食物问题发愁，一边只能自己学习「农业簿记」，或研读河上肇或马克思等社会主义相关书籍。李登辉自己这样表示：「大学时期，我遍读马克思及恩格斯的著作，对马克思的主要著作《资本论》也曾深加钻研，反复读过好几遍。」由于对西方经济学的著作涉猎广泛，蓝博洲如是评论这个时期的李登辉：「显然地，这时候的青年李登辉，已经通过认真研究马克思主义，不但使得他对社会问题的关心压过了对自我哲学的迷恋，而且决定将这样的『解放哲学』付诸实践吧！」随著日本在太平洋战争形势恶化，文科学生军训完毕也被遣外出征。先经大阪师团（第4师团）征兵检查第一乙种合格入伍通过。1944年、李登辉在短暂地回台湾高雄接受基础训练之后，再回日本习志野（丰桥第二）陆军预备士官学校（日本陆军预备士官第11期生、校长岛田惠之助少将）砲兵科学习、任命为见习「士官」。结训后担任旧日本陆军少尉，李登辉申请为前线的步兵，日本军官问他理由，他说：「想要与死亡来场较量！」但军官认为文科的大学生，不适合冲锋陷阵，将他分发为砲兵，发配名古屋高射第2师团高射砲第125联队，联队长为大中正光中佐。
在名古屋迎接终战的李登辉，讲述了1945年3月10日东京大轰炸及3月12日名古屋大轰炸所造成的损害及战况。是时对夜袭名古屋及其「飞机制造中心」（千种区的三菱发动机大幸工场）的317架美军B-29轰炸机，李登辉所部操作高射砲奋战迎击（此役14架B-29遭击落）。而其兄李登钦于二战后期从军，入日本海军海兵团为上等机关兵，至菲律宾参加太平洋战争，却于马尼拉战役与美军交战阵亡，奉祀于日本靖国神社内。李登钦死后，母亲江锦以泪洗面，日夜号哭，数年而卒，而后李金龙再娶续弦「陈伴」，生李炳楠。李炳楠1950年出生，比李登辉小27岁，和李登辉的儿子李宪文同年，长大后从事贸易，是佛教徒。由于李金龙生性豪爽，喜欢旅游、饮酒、应酬，不愿意让李登辉每天等他夜归，通常是与李炳楠同住于台北市仁爱路。
1946年春天，因为日本二战投降，李登辉恢复汉姓，也恢复学生身分，决定从东京回台北。李登辉在1946年1月从九州搭乘客货轮米山丸（Yone Yama Maru）随同高座少年工返回台湾，进入由台北帝国大学改组而成的国立台湾大学就读。他搭上美军货轮「自由轮」扺达基隆港，甲板上台湾人批评国军装备破旧，疲累不堪，仪态体格差，军容完全不如威武剽悍的日军；他突然插话对大家说：「国军在这样差的装备条件下能打赢日本人，是一件非常了不起的事，我们要用敬佩的眼光来看他们才是啊。」
1946年9月，本省人创办的台湾的第一所私立大学「延平学院」成立，二二八事件后遭牵连而被迫停办。1948年9月以「延平补习学校」（台北市私立延平高级中学前身）之名先行继续办学，时任合作金库研究员的李登辉、及洪逊欣（后曾任司法院大法官）、许远东（后曾任中央银行总裁，1998年遭遇空难身亡）、与邱永汉（后为旅日文学家与实业家）等台籍菁英均曾应聘任教。
1946年夏天，政府宣布所有由日本的帝国大学回到台湾的学生，可不经考试进入国立台湾大学。李登辉也进入台湾大学就读。当时李登辉与同样自日本帝国大学肄业的彭明敏（当时就读政治系）、杨鸿游为台大最好的朋友。当时三人每个礼拜都会聚餐一次。彭明敏回忆当论及时政时他谈台独，李登辉则批评粮食局长李连春以「肥料换谷」政策，剥削农民太甚，但似对政治较无兴趣。毕业后，彭明敏出国留学后返台任台大政治系主任，李登辉出任农复会技正，三个好友还是常聚餐。当1964年彭明敏「台湾人民自救宣言」被捕前夜，三人还在杨鸿游家吃饭
在台大就读时，李登辉和4位青年共组「新民主学会」，他们希望能成立全校性的台大学生会。1946年12月24日，北京大学女学生沈崇遭到美军强奸。案情被曝光后李登辉声援沈崇并组织示威游行。1947年初，二二八事件爆发。据李登辉之弟李炳楠的说法，当时李登辉住在长安西路到迪化街一带，国军在路上无差别杀人，乱扫射，李登辉差一点被子弹打到。李登辉演讲时则说当时他有很多朋友受害，李登辉也真的差一点被抓去枪毙，只好藏身友人何既明家的米店二楼，侥幸逃脱。李登辉非常气愤，一度想加入二七部队。李登辉在自己的著作中，对自己和二二八事件的关系有以下这样的说明：
李登辉早年的左派思想及其与中国共产党的关系一直为人所关注。2004年，《紫荆》、《军事历史》等杂志的记者先后采访了当年中国共产党台北市工作委员会的成员吴克泰和徐懋德。吴克泰称，1946年9月李登辉曾由他引荐加入中国共产党，1947年8月底吴克泰听说李登辉申请退党，前往劝说无效，李登辉的理由是“党内不纯”、“有人有野心”。之后时任中共台湾省工委书记的-{蔡孝干}-批准了李登辉退党，双方互相承诺保守秘密。除这次入党经历以外，李登辉还曾于1947年夏天与多位有志青年包括陈炳基、李薰山、林如堉等人组织「新民主同志会」，并于同年年底随该组织成员集体加入中共（可能由于保密协定未公开反对，从而第二次加入中共），之后于1948年夏天以“共产党员不自由”为理由再次申请退党，由上级徐懋德批准，并且再次承诺保守秘密。2008年，李登辉在其自评为“所有内容没有加油添醋，都是事实”的《李登辉总统访谈录》中承认自己曾经参与组织“新民主同志会”，并随著该团体于1947年加入中国共产党，后于1948年退出，但李登辉否认吴克泰说的「二进二出」。2013年，李登辉表示自己曾加入“新民主同志会”，但该组织被共产党吸收之后，他本人觉得情形并不理想而宣布退出；当他被媒体继续追问时，表示并不是宣布自己“没有加入过共产党”。2014年，李登辉在接受英国广播公司（BBC）时访问时再次讲述了自己组织“新民主同志会”并被共产党吸收的历史，并且再次否认曾「二进二出」，随即被负责采访的BBC中文总监李文总结为“从未加入共产党”，李登辉对此说法没有表态。2015年，李登辉在与魏德圣的对谈中，则表示自己不曾加入共产党两次。李登辉曾表示在22岁之前（1945年，此指日本二战投降前）仍属日本籍（参见住民去就决定日）。自认「不否认自己也是中国人，但是中国人长期以来非常可怜，不是被人管，就是被人欺负，不然就是被上面的压制，中国共产党成立后，原本应该照顾最基层的人民大众，但却同样玩著少数权力的统治。」还说，「我不曾批评国父孙中山先生，也不曾批评过左派的优秀中国思想家，但是中国的文化、生活、历史观应该要彻底改变。」
1949年，李登辉从台大农经系毕业，并留在学校当讲师，并被安排到台大在雾社的山地农场，当农场场长（现农场已移至清境农场上方），当时李登辉主要研究山地农业。不久，他与淡水曾姓大地主之女、两家在祖父辈是世交的曾文惠（基督徒）相亲结婚，她毕业于当时的台湾省立台北第二女子中学（今中山女高）。曾文惠对李登辉发挥不小影响，其中非常重要的，是透过曾文惠家世，李登辉与台派大家族连结，获得担任总统时，极为重要的支持力量。
1950年，长子李宪文出生。李登辉遭到警备总部逮捕并拷问，经过李登辉之父李金龙寻找有力人士出面，李登辉才获释，一说是透过徐庆钟找蔡培火为李登辉作保。情报大老谷正文则说警备总部本来就没有想要抓李登辉，只是找他来厘清案情，而李登辉一无所知，警备总部比较想抓的是「嘉义县同名的李登辉」，而非「台北县的李登辉」。
1952年，李登辉获得中美基金奖学金，首次赴美国进修，同期赴美的有水产部门的杨基铨、工程部门的高玉树、公共卫生部门录取的许子秋等三十六名台湾籍青年，李登辉到爱荷华州立大学研究农业经济。1953年取得硕士学位，同年自美国返回台湾，担任台湾省农林厅技士及经济分析股股长，同时也在国立台湾大学及国立政治大学担任兼任讲师的工作。
李登辉少年时笃信佛教，研修禅宗、净土宗，也参拜台湾民间信仰的神祇，尤其淡水郡流行的妈祖、清水祖师信仰，在青年时期接触唯物论后转变为无神论者，后来因妻子曾文惠的介绍，开始研究基督教，成为慕道友，经过研读五年《圣经》之后，决定信仰基督新教，1961年受洗。
1964年，获得美国洛克菲勒农业经济协会以及康乃尔大学联合奖学金，李登辉预备前往康乃尔大学攻读农业经济博士。过境日本东京时，因与王育德大哥王育霖认识，他前往王家拜会，也因此曾见到黄昭堂。当时，王育德、黄昭堂皆是台湾青年社（日本独盟前身）的成员。1965年，李登辉到达康乃尔大学。在美国期间，与黄文雄交往甚密。
1968年，李登辉取得农业经济学博士学位。他的论文《Intersectoral Capital Flows in the Economic Development of Taiwan, 1895-1960》获美国农学会全美杰出论文奖，同时也在1971年由康大出版社（Cornell University Press）出版。李登辉在1968年提出论文以后，立刻返国，回国后被聘为国立台湾大学教授兼农复会技正。之后，他又陆续转到合作金库以及中国农业复兴联合委员会（简称「农复会」）就职，担任研究员。由于农复会享有美援，待遇相对优渥，李登辉因此在该机关服务12年。在这期间，他曾经于1960年被警备总部会同调查局约谈，未经判决就被拘留四个月半。当时农复会的负责人沈宗瀚委托蒋彦士向情治人员交涉，后来无罪释放李登辉。
李登辉学问渊博，在基础教养阶段深受日本教育的影响，并钻研禅宗、净土宗与武士道，也接受西洋各国的政治哲学，青年时接触了德国、俄国的马列主义，学术上则以在美国所受的高等教育为最高成就。美国文化与基督信仰，对于其思想和决策之形成亦有高度影响。在这个时期，李登辉也开始研读柏杨的著作。
从政.
获提拔入阁.
李登辉1971年正式加入国民党前，曾到农复会工作，他形容是「一段奇妙的旅程」。1970年，联合国开发总署东亚支部邀请李登辉到曼谷主讲农业经济问题时，蒋经国已同意。但李登辉的护照迟未核发，又遭到警备总部来拘捕李登辉。第一天被讯问了十七个小时之后，请回家中。接下来，每天都被请去警备总部，连续讯问了好几天。因为这次事件的发生，时任农复会长官沈宗瀚在1971年8月将李登辉以农业问题专家的身分介绍给蒋经国。王作荣则说，他曾向经国先生陈报，李登辉被捕让他意外。王作荣说，「原因我早已知道一点，我之所以仍然推荐李登辉与我同行，是我一向知道部份情治人员会小题大作，时常冤枉好人，逼人造反，我愿意承担责任。」后来王作荣直接上书蒋经国，称李登辉「为一难得之本省籍人才，重用之不遑，如何又以限制其出境这种无用手法，制造敌人。」结果上书不到一周，「李登辉出境之事即获批准」。
除了王作荣与沈宗瀚之外，当时蒋经国正要进行农村改革，加上李焕、李国鼎、王升等向蒋经国推荐，李登辉于是获得蒋经国的注意。刚接掌国民党权力的蒋经国正准备组阁，接掌最高行政权力，十分赏识李登辉，希望李登辉加入国民党，但李登辉一直不愿意。王作荣告诉李登辉，学者无法实现理想抱负，如果要实现理想抱负，就要从政，如果要从政，一定要加入国民党，因其言词剀切，李登辉于是同意。同年10月，在王作荣的介绍下，李登辉正式加入了国民党。
1972年，蒋经国担任行政院长，李登辉以政务委员入阁，成为当时中华民国最年轻的阁员，年方49岁。
独派大老辜宽敏说，1972年辜宽敏回台后，蒋彦士邀请在在台北市餐叙，李登辉当时直言：要台湾独立，才会有将来。日后出任中央银行总裁的梁国树也同意；时任台大校长孙震说原则上同意，只是他是外省人，态度必须保留。
李登辉以农经专长担任行政院政务委员，自此之后六年。这时李登辉认为运作25年、对农村影响甚大的「肥料换谷」-{制}-，根本是变相向农民加税，最后李登辉将「肥料换谷办法」废除，并获得蒋经国的赞赏。
李登辉在《百日追思感言》中，记述这样几句话：
李登辉建议「保护农地」、「农民免税」、「农业机械化」、「废除肥料换谷」等，当时蒋介石认为会影响国家税收，不愿同意，但蒋经国以阁揆的身分，不顾蒋介石的反对，照单全收。李登辉直言，蒋经国思想开明，是真心为台湾人做事，「跟老百姓站在一起」，不像蒋介石只重视军备，不重视民生疾苦。
台北市市长.
1978年，台北市市长林洋港调升为台湾省政府主席，蒋经国任命李登辉为新任市长。李登辉认为西区已经饱和，在担任台北市长的这三年期间，推动将市中心移至台北东区，还标榜“郊区、市区均衡发展”为原则，推行都市更新计划，并且遍造国民住宅，也广设公园，推动市景绿化。李登辉也建立台北市公务人员训练中心、台北市资料处理中心，精进市府能力。为了解决缺水问题，李登辉与台北县长邵恩新合作，在台北县大文山区兴建翡翠水库，成立台北翡翠水库管理局，由台北市政府管理。
李登辉任内执行绿化、美化，开办建国花市，推动木栅观光茶园，把木栅猫空地区打造成台北市的休闲胜地，市民周末可以到那边喝喝茶、吃乡村菜，就像是「台北市的后花园」。李登辉办理木栅动物园迁建案土地征收，居民抗争很厉害，但李登辉还是不畏艰难，努力想办法与拆迁户达成共识。
李登辉推动「禁行机车」政策，因不受支持而失败。
台湾省政府主席.
1981年，李登辉由台北市长调升台湾省政府主席，原台湾省主席林洋港调升为内政部长。在省主席任内，他提倡「八万农业大军」，来辅导一般农民，所谓「农业大军」，是当时台湾农地约有80万公顷，李登辉规划每10公顷左右的农地，就找一位有组织能力、有农业技术，精通产销的农民，进行分区集训。并培养「核心农家」，同时处理二重疏洪道的纠纷。他在省主席期间「引进区域发展观念，促进农业改革及城乡的平衡发展，同时运用他的农业专业知识，推进稻田转作，改进农产品运销」。
1982年3月，李登辉儿子李宪文鼻咽癌过世。
中华民国副总统.
1984年2月15日，蒋经国在中国国民党第十二届二中全会获推选为总统候选人后，提名李登辉为副总统候选人。在提名书中，蒋经国写到「少时即痛心邦国为日人侵凌，富有民族意识」。
1984年2月16日，蒋经国函电宋美龄：
1984年3月21日，蒋经国经第一届国民大会第七次会议选举为第七任中华民国总统，得票数1,012张，得票率95.11%；翌日，李登辉被选举为第七任副总统，得票率82.05%；任期六年。
总统任期.
继任领袖.
李登辉和蒋经国少年时期皆信奉佛教与民间信仰，青年时代曾接触过共产主义思想，阅读过马列主义理论著作。两人都间接或直接经历过共产党组织，但随后都因理念相背而离开，年纪较长后成为基督徒，背景极为相似。李登辉学历高，能力强、为人聪明，恭敬有礼，行事谨慎低调，没有班底，也不结交元老重臣，相对于锋芒毕露，内外盘互的林洋港而言，李登辉更得到蒋经国赏识和欢心，于是得以受到蒋经国多方提携教导。李登辉担任国家元首之前的两年，亦即蒋经国生命的最后两年，面对民主进步党的成立和澎湃之民情，蒋经国逐步推动各项政治改革，包括解除戒严开放组织政党与办报。1988年1月13日，时任国民党主席及中华民国总统的蒋经国逝世，李登辉以副总统身份继任总统。1月27日，李登辉成为代理党主席，至7月正式出任党主席，成为首位台籍国民党主席，也是中华民国史上第一次由台湾本省人担任总统，然而，这样的发展令许多外省人不满，由此国民党当中由外省派系和本省派系之间所引发的斗争正式浮上台面。
李登辉在继承总统职务之初，曾受国民党外省派系压迫，但他以基督教信仰勉强支撑。李登辉曾在中山楼文化堂以《圣经》教导所有高官及高级将领和国大代表，并且在1994年4月接受日本小说家司马辽太郎访问时，自比为《旧约圣经》中带犹太人逃离埃及高压统治的领袖人物——有著耶和华神祝福的领袖摩西。
1989年4月7日，支持台湾独立的异议人士郑南榕为抗议政府对言论自由的箝制而自焚。后来李登辉持续推动修法促进思想自由、言论自由、新闻自由和学术自由，也下令释放两蒋时代因政治因素遭无限期软禁的人，如张学良、孙立人。6月4日，中国大陆发生六四天安门事件，李于当晚发表声明：「中共所采取毫无人性的做法，必将受到历史的裁判，为抗议中共以武力镇压民主运动，登辉要以最沉痛的心情，代表中华民国政府和人民，呼吁全世界所有爱好自由，重视人权的国家与人士，对中共暴行给予最严厉的谴责。」
1990年2月，中华民国爆发二月政争。7月，李登辉召集朝野各党派，开「国是会议」，征求各界意见作为宪政改革参考，配合是年野百合学运之学生运动的要求，解决第一届资深中央民意代表，包括国民大会代表及立法委员退职之问题。日后李登辉曾回忆，1990年春节前后这段时间。他因为精神压力大，而在许多夜晚都无法安心睡不著觉。想起了埃及总统沙达特的故事——沙达特继任总统之初经常睡不著，三更半夜仍在寝室走来走去不睡。沙达特的妻子看了就问：「你怎么了？」沙达特回答：「我想起纳瑟这二十年所发生的事，睡不著。」沙达特的妻子说：「忘掉纳瑟，想想你自己的事。」李登辉以此故事，比拟当时他的心境。
内政.
1990年5月20日，李登辉获第一届国民大会选举为中华民国第8届总统，开始完整任期（此前是继任蒋经国剩余任期）。李登辉的参选搭档为搭档李元簇（湖南平江人），李元簇出身司法界，早年于中国大陆担任推事（法官），出任副总统前亦曾任政治大学校长、法务部长等职。李元簇于副总统任内全力辅佐李登辉总统推动宪政改革，包括「万年国会改选」、「总统直选」等，被认为是台湾民主化的重要推手之一。
1991年5月，李登辉宣布终止动员戡乱时期，废止动员戡乱时期临时条款，并开展第一次修宪，制定宪法增修条文，使各中央民意机关得以换届改选。修宪后，中华民国的民主改革即快速进入深化阶段。日本学者若林正丈认为，「如果以1992年『万年国会』告终为第一阶段；那么，第二阶段是1994年台湾省省长、台北市市长、高雄市市长选举的实现；第三阶段则为1996年总统选举的实现。」这三阶段改革都是在李登辉总统任期内完成的。关于总统选举的方式，国民党一度有委任直选之草案（依宪法由直选产生的国民大会选出总统），李登辉后来主张全民直选，但由于国内意见不一，在1992年的国民大会修宪过程中，以上提议并未通过。
1993年，以李登辉为首的本土派系，取得国民党的领导权，称为「主流派」。而原先占据领导地位的国民党其他派系，主要即以外省人为主的派系，被普遍称为「非主流派」（部分外省籍、非主流派人士，以新国民党连线成员为主，日后退出国民党，另立新党）。在1994年7月召开的国民大会决定自下届（第九任总统）开始，实施正副总统直接选举。
1995年2月28日，李登辉以总统兼国民党主席身分，公开向二二八事件受难人士道歉，自此各政府单位不再对此事讳而不言，促进各县市政府为受难者开追悼会、建立纪念碑、纪念公园。3月，立法院提案将2月28日订定为和平纪念日，平反受难者并建碑纪念；4月李登辉公布之，并在10月开始施行。
国防与外交.
李登辉在总统任内采取「务实外交」，默认中华人民共和国出席的场合，取代两蒋时代过去「汉贼不两立」，并与多个国家建立或恢复邦交，以总统身份成功出访新加坡、菲律宾、泰国、印尼、约旦、阿拉伯联合大公国、美国等无邦交国和南非、巴拿马等许多邦交国，加强与日本关系，推动「南向政策」增进与东南亚邻邦友谊，促进中华民国外交空间。
李登辉接任总统后不久便在1989年以中华民国总统的身份访问新加坡，会见新加坡总理李光耀，被称呼为「从台湾来的总统」，他在接受记者访问时表示对此称谓「不满意，但可接受」，这次访问后要到2015年才由马英九以总统身份两度访问新加坡，到新加坡吊唁李光耀及出席两岸领导人会面。
中华民国政府也以「台澎金马关税领域」名义申请加入「关税暨贸易总协定」，以中华台北之名加入亚太经济合作会议。李总统于1995年重返母校康乃尔大学，在欧林讲座发表题为「民之所欲，长在我心」的公开演说，首次提出「中华民国在台湾」的国家定位。
李登辉执政时，经国号战机刚好出炉，也向美国购买150架F-16战斗机与爱国者飞弹，向法国购买60架幻象2000战斗机与6艘拉法叶级巡防舰。
李登辉提升陈肇敏为上将，出任空军总司令，而后江国庆案爆发，其主嫌就是陈肇敏，这也引发了不少争议，使社会各界质疑李登辉识人不明，无法察觉出莠质军官。
戒急用忍是在1996年9月14日时，中华民国总统李登辉在台湾经营者大会上所提出的对台湾企业界投资中国大陆的主张，强化1987年前行政院长孙运璿所提出的观点。行政院长萧万长亦于1998年强调检讨调整「戒急用忍」政策的前提是「中共消除对我敌意，结束敌对状态并存，尊重两岸对等分治，以平等互惠对待我，不再阻挡我方在国际上的活动空间，台商投资权益经过协议获得确切保障，而且不影响台湾经济稳定发展」。
1998年，马英九首次竞选台北市市长时，李登辉助选时曾高喊其为「新台湾人」，助其当选，让国民党夺回台北市的执政权。
两岸关系.
在统独立场上，在1980年代身为中华民国总统兼中国国民党主席的李登辉，代表中华民国政府于公开场合多次表露要实现以三民主义统一中国的理想。1988年2月，他在继任后的首次记者会上说：“只有一个中国而没有两个中国的政策。只有一个中国，我们必须以三民主义统一中国。”1990年10月，李登辉又表示：“中国只有一个，应当统一，也必须以三民主义统一中国，任何一个中国人都不能自外于「以三民主义统一中国」的责任，也不应自外于以三民主义统一中国的努力”。
1990年3月11日，李登辉应邀出席中华基督教国民大会团契的星期礼拜聚会，称六年内有机会回大陆。并引述圣经传道书中所说「凡事都有定期，天下万物都有定时」；「各样事物成就，都有时候和定理」，警示中共应当及早醒悟，放弃无神论，站在神的公义，为十一亿中国人有个交代。否则亚述王西拿基立和罗马尼亚的西奥塞古的下场，就是他们不久后的结局。
1990年代初期，在南怀瑾的安排下，李登辉派出苏志诚与中国大陆国家主席杨尚昆派出的杨斯德秘密会谈。杨斯德告诉苏志诚：「中共中央对李登辉先生是肯定的，也希望在他任内解决国家统一问题，这次中央对台工作会议确定将以李先生为谈判对手，他们从来没说李登辉是『台独』，而他们也在帮李先生工作，凡是有台湾朋友到北京，他们都会告知若一味对本省人排斥，是不会被接受的。」双方有良好互动后，苏志诚之后并与汪道涵会谈，促成了1992年的辜汪会谈。嗣后，苏志诚还多次与中共中央总书记江泽民的密使中共中央办公厅主任曾庆红会晤，直到1995年4月因新党郁慕明的揭发而曝光终止。
1991年，李登辉主持下的国家统一委员会通过了《国家统一纲领》（2006年2月分别被时任总统陈水扁下令以「终止运作、终止适用」的名义撤销和废除），在《国统纲领》中，写有「台湾固为中国一部分，大陆也是中国的一部分」这样的说法，不过1991年，也渐渐从外交部开始承认中华人民共和国政府为一个政治实体。
1994年发生千岛湖事件，李登辉于4月9日抨击中共政权处理事件的行径「像土匪一样」，并指「任何政权都应深切体认『主权在民』的精义，否则必将被觉醒的人民唾弃」。
1995年的中华民国国庆，他这样表示：「四十多年来我们之所以奋斗不懈，就是要为将来以三民主义统一中国立下可供遵循的典范」。此外，他也曾在接见美国联邦众议员汤姆·坎贝尔二世（Tom Campbell II）的时候，表示「『台独』只会断送国家的大好前途，牺牲社会的安定繁荣，这是不可能，也不应该的，我们应该以三民主义统一中国」。
然而他在某些场合的发言，亦开始隐约表达了台湾主体意识。1994年4月，他接受日本作家司马辽太郎的访问，当司马讲到「地方的痛楚」时，他说，出生在波士尼亚的人，实在是太不幸了。李登辉对司马表示，他有不能为波士尼亚尽一份心力的痛楚，生为台湾人，也有过不能为台湾尽一份心力的悲哀。他进一步指出：
李登辉谈到他对台湾人的感情时，则这样表示：
1995年6月，李登辉访问母校美国康乃尔大学，成为中华民国及台湾第一位访问美国的在任国家元首，美国国会议员和康乃尔校方都称呼他是台湾总统。同月9日，李总统在欧林讲座向师生发表题为《民之所欲，长在我心》的历史性演说，当中以流利英语提及「中华民国」达四次，且指出台湾其实已实现「主权在民」的政治体系。
1996年，国民党提名李登辉以及连战搭档竞选正副总统，以54.0%的得票率，当选中华民国第九任总统，也是中华民国历史上首位公民直选的国家元首，奠基东亚新兴国家民主发展又一里程碑。若林正丈描述这次大选中「飞弹与选票对峙」的过程：
在当选中华民国首位民选总统后，面对1997年香港主权移交，加上中华人民共和国的持续军事外交打压威胁，同年底中华民国失去最后一个重要邦交国南非后，李登辉关于两岸关系的言论逐渐表现出台湾独立的倾向。1999年7月，他在接受德国之声录影专访的时候，明确提到海峡两岸的关系，是「特殊的国与国关系」，这也就是「两国论」。他在受访时这样表示：
1999年，李登辉在卸任总统前一年出版《台湾的主张》一书，之后再发行日文和英文版。该书讨论台美日关系颇多，对台湾海峡两岸关系有两大述说：一、定义台湾为中华民国在台湾；二、分割中国为七部分（台湾、华南、华北、西藏、新疆、蒙古、满洲），各自竞争发展以维持安定。后者即引起轩然大波的「中国七块论」。
李登辉卸任后曾表示：「台湾是一个主权独立的国家，他的国号叫做中华民国」或「中华民国是一个主权国家，他的领土范围在台澎金马」。他在2000年选择不竞选连任并卸任后与日本学者中嶋岭雄合著的《亚洲的智略》一书即表示「中华民国在台湾大致上可分为两个时期，蒋介石、蒋经国统治是第一时期，因为，宪法都是在中国内战时订下的。现在，台湾的宪法不但经过大幅度修改，过去的立法院也已全面改选，老立委退职、国民大会虚级化、台湾省已经『冻省』了、总统由人民直选，台湾经历了这些重大变革，宪法与政府结构也已经重组，这就是第二共和。」2015年，李登辉接受NHK BS1采访时表示，其不赞成中国共产党所主张的「台湾属于中国」。
政党轮替.
2000年中华民国总统选举，李登辉排挤民意支持高涨的宋楚瑜，强行推举副总统连战为总统候选人，导致宋楚瑜不满，宣布以无党籍身份参选总统。李登辉自述，中央党部在选前提报的民调结果都显示连战会赢，只是多少的问题。在选前一天，李登辉还告诉美国在台协会前台北处长李洁明，「国民党的连战会赢六个百分点」。而有的估票系统提醒说那些乐观的选情有假，李登辉还一度怀疑其忠诚。直到开票当晚，李登辉取消了前往国民党中央党部的行程，因为「口袋里只准备了胜选谢词，没有落选感言」。
2000年3月18日，在野党民主进步党籍的陈水扁以相对多数（39.3%）依总统副总统选举罢免法规定当选中华民国第十任总统。由于陈水扁的当选，李登辉实现「在任内和平转移政权」的理想。国民党成为在野党，结束台湾长达五十五年的统治。不过，由于宋楚瑜分流大量选票，国民党大选失利后，大批国民党支持者抗议选举结果。党内长期不满李登辉的人士要求其辞去党主席一职。他们一度包围位于博爱特区的国民党中央党部。在宋楚瑜宣布将在党外组党之后，李登辉即辞去国民党主席一职，交予连战代理。
2000年5月20日，李登辉正式离开总统府，与陈水扁进行权力交接，结束12年的统治。李登辉还签署了自愿放弃每月数十万元的终身俸与退休军公教人员优惠存款（18%）。卸任后，李登辉已完全离开国民党的权力核心。
2013年，李登辉回忆2000年总统大选，感慨说，宋楚瑜以前担任台湾省主席很拚、很优秀，如果当时忍一下，事情发展会更好，不只是个人，整个台湾经济与各方面发展都会很有帮助。并坦言，当时如果他低头拜托宋楚瑜，并给予帮助，台湾可能会更好。
卸任后.
1999年2月接受伦敦《金融时报亚洲版》专访时，李登辉透露，卸任退休后，会积极从事帮助弱势团体的工作，并且到山区传教，将心力投注于建立一个公平正义的社会。不过，李登辉卸任后仍「退而不休」，活跃于政坛。
李登辉卸任后，成为新建政党台湾团结联盟的「精神领袖」，但并未入党；前台联创党党员黄宗源曾表示，自己的党证编号是三号，一号和二号则是分别预留给李登辉以及萧万长。2001年9月21日，由于为台联候选人站台，他正式被国民党撤销党籍。此后，李登辉也曾因帮台联站台催票而遭到鸡蛋攻击。
李登辉卸任后公开反对陈水扁的基层农会金融改革。李登辉曾经推崇蒋经国推动台湾民主改革，不过在2002年12月，李登辉在宜兰县「李登辉之友会成立大会」上称，蒋经国当年起用台籍人士，只是为了拉拢人心巩固政权，而他个人虽然获得行政院政务委员，但是从来没有因此就被收买。李登辉还呼吁不可以再让外来政权重新掌政，并且批评国民党主席连战只认同十四年以前独裁时期的外来政党，是外来政权的新代表。
2006年11月4日，台湾团结联盟提名台北市长参选人周玉蔻发表一封公开信《挺腐化的民进党，台湾万劫不复》，表明「李登辉不会和彻底腐化无能的民进党站在一起」，也呼吁台北市民不能再继续支持民进党提名的候选人。李登辉在这封信末尾亲自签名，日期是在国务机要费案和首长特别费案的起诉书双双出炉之前。2007年1月29日，李登辉接受《壹周刊》专访时表示，他不是「台独教父」，也从来没有主张过台独；台湾并不存在统独的议题，只有左右的问题。而台独本身是假议题，因为台湾已经是主权独立的国家，只是现在的名字叫做中华民国。目前国家正常化才是接下来的目标，而正名、制宪、建立国家认同、加入联合国则是国家正常化的要素；李登辉也主张在「维护国家尊严、照顾全民利益、彰显台湾主体性」的三大前提原则下开放中资，开放中国大陆观光客来台湾，赚中国大陆的钱避免磁吸效应。让中国大陆观光客进来，但40%的投资上限必须坚持。1月31日，李登辉接受TVBS专访时，他说，他不必追求台独，因为台湾事实上已经是一主权独立的国家。他进一步说明，追求台独是退步，而且是危险的作法；因为这种作法不但把台湾降格为未独立的国家，伤害台湾的主体性，也会引起美国、中共方面很多困扰。他强调，现在有些人喊台独，只是为了权力斗争。他也批评，「现在（民进党政府）的黑金比较厉害。」李登辉『从未主张台独』言论经多方解读为路线改变；然而细读其脉络，李登辉是确定台湾已经是独立的国家，故不存在是否独立之议题，政党恶斗由统独而起，也因此造成国家的割裂。台独与否乃政客操弄的假议题，国家正常化才是要努力的目标，在台湾主权已经独立的现状基础下，正名、制宪、加强国家认同，追求的是中华民国第二共和。这样的说法加上台联政纲向左派靠拢，被解读为与立委选举单一选区两票制下小党争取更多选票的务实作法。2007年5月30日，李登辉赴日本展开「学术交流及探访『奥之细道』之旅」，并参访靖国神社祭拜李登钦（李登钦二次大战时为台籍日本兵，于南洋战殁）。他曾提出：谢长廷或马英九选上总统都无法解决台湾目前的困境。9日，李登辉结束访日行程，在成田机场准备搭机返台时，遭到中华人民共和国籍男子薛义以装有果汁的塑胶瓶攻击，李登辉没有受伤，曾文惠则擦伤膝盖，受到惊吓，差一点身子站不稳。薛义旋即遭到日本警察逮捕。2008年3月20日，李登辉在总统选举投票前夕，表态支持民进党总统候选人谢长廷。李登辉说：「他推动民主化就是希望台湾人民当家作主，他关心并非蓝、绿的问题，而是台湾要如何走出去，以及深化台湾民主。他的一票将投给谢长廷，至于选举结果如何，他尊重台湾人民的选择。」
2012年1月13日，中华民国总统选举前一天晚上，于在野民进党在新北市板桥区的造势晚会上，李登辉表示：「我年事已高，身体也不太好，甚么时候会离开我心爱的台湾，不知道。能做的实在是有限，未来就要靠你们大家打拚了啊。选蔡英文，选我们的希望，选我们的幸福；相信我们自己，相信蔡英文；给自己一个机会，给台湾一个机会。我李登辉这辈子，最后一次向大家拜托。」2016年中华民国总统选举，李登辉因身体不适，没有参加投票，但有表达对蔡英文的支持。
对于另一重要政治人物柯文哲，2018年2月28日，李登辉出席「喜乐岛联盟筹组记者会」，会后接受媒体报导，被询问到2018年中华民国县市长选举是否支持柯文哲连任，李登辉表示：「民进党没人可以出来选嘛！柯文哲不错，他确实有他的问题，例如，提到两岸一家亲这是不对的，但他的运动会（指2017台北世大运），这办得很好，应该要给他肯定。」2018年3月28日李登辉出席台湾国家联盟募款餐会时，李登辉对柯文哲的评论是「『他实在讲起来，思想很有问题。我不要讲他怎么样。他本身头脑怪怪，靠来靠去，靠来靠去，没为台湾想要怎样』。」
2013年5月31日，李登辉在国立台湾大学以「全球化虚拟现时下的台湾」为题发表演说。他认为政府存在著五大问题：对中国大陆过度依赖、对中国大陆过度投资、自由化意识造成政府政策失焦、过度依赖进口能源、农粮和金融应刺激经济。政府责任在确保安全，不要忽略经济结构安全问题。2013年9月28日，李登辉受邀到台湾大学管理学院硕士在职专班（EMBA）会计暨管理决策学会演讲，对监听国会事件，李登辉觉得特侦组的行为已经违法，跟水门事件毫无二异。
2014年，李登辉在日本以日文出版名为《余生：我的生命之旅与台湾民主之路》的书，称中华民国是辛亥革命的结果，现在残存台湾，台湾是中华民国领土，只要保全中华民国主权地位，修改宪法内容，让中华民国成为新的共和国，就没有台独的必要。把中华民国「台湾化」就好。中华人民共和国1949年从中华民国分裂出来，是分离出来的新国家，台湾已发展出了「台湾中华民国」意识，不是以往的中华民国，也就是「中华民国第二共和」。。2015年，日本杂志披露李登辉的言论：
本来直至七十年前为止，日本和台湾原本就曾经「同为一国」。因为曾「同为一国」，故不存在有台湾与日本打仗（抗日战争）这样的事实。我志愿进入陆军，而我的兄长李登钦则志愿进入了海军。当时我们兄弟俩无疑地是以作为一个「日本人」，为了祖国而战的……到底对台湾而言，维持现状究竟是甚么意思呢？就是指维持台湾（中华民国）是台湾，中国是中华人民共和国的意思。换言之，对台湾而言的「现状维持」即是表示著台湾与中国是个别的「存在」。那是因为高唱「独立」而在国际社会引起摩擦是不必要的。我自己本身也从未主张过「台湾独立」。同年他9月15日出的新书上表示：「台湾当日本的奴隶很悲哀」。2014年8月1日，李登辉在接受英国广播公司（BBC）专访时表示，现在的两岸关系已经是「大鱼吃小鱼」的关系。同时，他还认为「马习会」（马英九和习近平以两岸领导人身分进行双边会谈）没有必要。
外交方面，李登辉常有较为亲日的观点。李登辉于总统任内的1996年曾表示钓鱼台属于中华民国台湾省，但在卸任后经常公开表达钓鱼台一直是日本的领土。2002年9月16日，他在台北接受日本《冲绳时报》专访时说，有关钓鱼台领土问题，「中共主张是他们的领土，这是因为当地有石油蕴藏量，但中共在那些岛上没有驻军，钓鱼台显然是日本领土。」他更公开批评「保钓」人士。对香港保钓人士登岛不以为然，认为煽动台湾渔民「保钓」。2008年9月24日，在冲绳县知事仲井真弘多主办的午宴上，李登辉重申「尖阁列岛无可争议是日本领土，不存在主权问题」。2011年1月，在接受《文艺春秋》专访时，重申了以上立场。对此，中华民国驻日本代表处发表声明指出：「此项发言纯属李的个人看法，我国政府就钓鱼台列屿属于中华民国领土之一的立场从未改变。」中华民国外交部部长欧鸿炼也表示，中华民国的主张没有改变，不会对个人言论发表评论。
李登辉说，在很早以前，钓鱼台一带有很好的渔场，琉球人捕鱼之后，会在台湾北部的基隆上岸，以台北做为市场卖鱼货。当时琉球与台北都属于日本领土，琉球政府就将钓鱼台委托台北州（现在的台北）管理，二次大战结束之后，日本投降，琉球的行政权由美国掌管，之后才交还给日本，由日本的自卫队负责这个海域；但台湾的渔民依然习惯到当地捕鱼，因此衍生出问题。台湾跟钓鱼台就是渔场问题，可以跟日本讨论渔权，让台湾渔民也可以去捕鱼。李登辉强调，台湾的民众与渔民，关切的是能否前往钓鱼台附近的渔场捕鱼。现在重要的是渔场，钓鱼台附近的渔场，有台湾很多家庭都需要吃的魩仔鱼，日本应开放给我们才对，渔业问题应透过WTO及民间机制洽商渔业协定解决。2013年4月，中华民国与日本正式于台北宾馆签署《台日渔业协议》，日本开放钓鱼台列屿周边经济海域给台湾渔船作业。
2014年，他在日本出版的《李登辉送给日本的话》中说，「钓鱼台列屿不归属台湾，这是毋庸置疑的事实」。在台湾最先提出这个问题的是马英九。2000年民进党当政，行政院长游锡堃把钓鱼台列屿列入宜兰县头城镇，「再也没有比这更愚蠢的事了，不只是中国，连台湾的政府要员都在欺骗人民」。该书2016年在台湾出版，引发总统府发言人马玮国、前行政院长游锡堃反驳，马玮国表示这是丧权辱国的言行，中华民国政府与国民都不能接受。游锡堃说他1980年代初期担任台湾省议员时，时任台湾省政府主席的李登辉是说，「钓鱼台列屿属于台湾」。2015年7月23日，李登辉再度在日本外国记者协会举行的记者会上表示，钓鱼岛是日本领土而不属于台湾，引起台湾内部极大反弹。2016年2月17日蔡英文接受记者访问时回答「这件事情民进党的立场一向很清楚，也就是钓鱼台是属于台湾的」，反对李登辉对于钓鱼台的看法。
就慰安妇议题，2014年1月，李登辉在小学馆发行的日本右翼杂志《》上撰文称，「中国这个国家将南京大屠杀之类的胡说传播到世界」，「韩国和中国将捏造的『历史』作为本国宣传活动的一环。『慰安妇』就是最好的例子」。2015年8月，李登辉在日本月刊杂志《》上撰文称，「台湾慰安妇的问题已经了结了，这是很清楚的，现在才又炒冷饭实在毫无意义」，并且评论时任中华民国总统马英九建立慰安妇人权运动纪念馆等「一连串的行动，可以说是在找日本的碴」。
内政方面，2014年4月11日，李登辉曾在新竹表示「他不会去投核四公投」，并对蔡英文所提出的「2025年达到非核家园」表达不认同。2014年4月23日，李登辉以「启动第二次民主改革」为题于台南演讲，内容为他担任总统的作为与感想，其中提及核四争议。次日《联合报》报导，称李登辉提出「但究竟有多少人同意林义雄的意见？若没核电，台湾要怎么办？这些问题不能不考虑。」等质疑。同日李登辉在其脸书回应，表示人民主要是担忧核四的安全问题。领导者应该倾听民意，到底人民的意见是什么，是不是人民都与林义雄先生有相同的担忧与主张，由全民直接作决定。如果民意最后决定要停建「核四」，政府就应该进一步思考，「没有核电，要用什么方法才有电？」、「没有核电，我们的生活要靠什么？」并且积极发展因应方案。对于核能议题，他则认为以「铀」为原料的核能发电是高污染、高风险的，并加以反对，主张应该思考研究低污染的「钍」为原料的方向。
李登辉2015年在立法院演说时，提出修宪门槛过高，第一阶段修宪要先将相关门槛条文修改；而投票年龄改为十八岁是世界潮流，也符合台湾需要，且社会共识很高，应一并处理。至于是否增加立委席次、修正立委选制、修正总统及行政院长权限、废除考试院及监察院等议题，若第一阶段没共识，就第二阶段再由全民讨论。
李登辉本人卸任总统之后，即放弃所有退休金与终身俸。但2016年李登辉曾批判蔡英文政府的年金改革政策，认为蔡英文提不出具体内容。
李登辉卸任后还曾投身养牛事业，在2017年开设源兴居生技公司培育台湾和牛，牛种源自于日本和牛但马牛，由李登辉基金会秘书长王燕军执行培育工作，并以李登辉位在三芝的祖厝「源兴居」命名为「源兴牛」，预计在2020年底进行屠体调查。
晚年及逝世.
2011年李登辉确诊罹患大肠癌二期，结肠有一个3.5公分的腺癌，11月2日住院手术切除约25公分的结肠。台北荣民总医院表示，李登辉手术后恢复得还不错，预计最快一周可以出院，但随后出现肺部术后积水、持续发烧，可能会延至11月中旬才出院。
2013年7月12日上午11时开始，进行椎动脉支架置放手术，12时30分完成，历时1小时30分。创世界最高龄纪录，全身血管支架已达12支。
2016年9月24日晚间，参加「李登辉基金会」年度募款餐会后，因身体不适送往台北荣总检查，所幸没有大碍。
2018年11月29日上午11时30分，李登辉不慎在卧室跌倒，头部撞伤出血，经紧急包扎后送医治疗无大碍。前总统李登辉基金会秘书长王燕军表示，李前总统跌倒导致右侧眉骨上方遭碰撞，鼻腔内侧出血，需要留院观察三天。2018年11月29日傍晚6时后，李登辉以电脑断层扫描及血管出血性问题，并相关检查。30日下午4时许，李登辉脑部出现微小出血（中风），并在外科方面加强密切观察。2019年2月3日，蔡英文办公室透露，当日蔡英文前往李登辉住所拜年，李登辉已经出院。
2020年2月8日晚间，李登辉在寓所饮用牛奶时不慎呛咳，导致呼吸困难，之后被送往台北荣民总医院，发现肺部有浸润现象并引发吸入性肺炎，住院近半年间反复感染，于同年7月30日晚间7时24分因败血性休克与多重器官衰竭在台北市石牌台北荣民总医院过世，终年岁（虚龄98岁），中华民国政府国内外公务机关降半旗三日，并于台北宾馆设置追思礼堂至8月16日供民众悼念，共有43,067人亲临会场向李登辉致意。台湾几乎不分蓝、绿的政要都发言或亲临追思会场悼念李登辉。全球共有来自63个国家的超过500名政坛或其他重要人物，分别以发表声明、致函、推文及官署降半旗等方式表达哀悼。李登辉家属于8月14日上午10:00于李总统所属的教会—台湾基督长老教会济南教会举行入殓礼拜，礼拜后将大体运送至台北市立第二殡仪馆火化，金瓮暂奉于李家翠山庄自宅，9月19日在淡水真理大学与淡江中学举行告别礼拜。10月7日在台北济南教会主任牧师主礼奉安礼拜之国葬，安葬于新北市汐止五指山国军示范公墓特勋区最高层。
时任中华民国总统蔡英文颁发褒扬令，原文如下：
　　前总统李登辉，弘粹潜朗，诚实自然。诞出庆门，奇志蕴蓄，卒业国立台湾大学；先后负笈游学日美，嗣获康乃尔大学农经博士学位，濬瀹穷览，胸罗锦绣。返国敷教上庠，迭任行政院政务委员、台北市市长、台湾省政府主席暨副总统等职，扎根文化艺术美学，广造邻里公园国宅；完善交通运输系统，遂行翡翠水库兴建；培训八万农业大军，谋求城乡区域平衡，明目达聪，片言立决。尤于十二年总统任内，召开朝野国是会议，推进六次修宪鼎革；终止动员戡乱时期，力促国会改选、总统直选；废除金马战地政务，加速省府组织改造；提陈国家定位论述，别辟务实外交蹊径，燕昭筑台，厉精更始；因时制宜，海宇归心，诚有「宁静革命」美誉，爰享「民主先生」令名。复规度两岸关系架构，揭示戒急用忍要旨；执持社区总体营造，置办全民健康保险；殚筹经贸南向政策，协成产业转型契机，訏谟远猷，懋绩孔彰。综其生平，肇启本土自由民主历程发展，透现台湾主体意识战略布局，经天纬地，脱古改新；功烈遐福，史书千秋。遽闻鹤龄殂殒，轸怀怆悼，应予明令褒扬，以示政府崇礼殊勋之至意。<br>
总　　　统　蔡英文　　　　<br>
行政院院长　苏贞昌　　　　
个人生活.
家庭.
李登辉之妻曾文惠是淡水郡大地主女儿，比李登辉小三岁。李登辉表示，「我太太她们家的土地是当时淡水郡内最多的，是年收三千石粟仔（稻谷）的地主，有几百甲的土地。」曾文惠祖父文学造诣不深，需仰赖李登辉祖父的文笔，两家故有世交，「有名的李家」次男娶「有钱的曾家」次女，也成为当地津津乐道的事。
李登辉与曾文惠育有一子两女。唯一的儿子李宪文为记者，1982年病逝，身后留下一女李坤仪。长女李安娜，曾任东海大学企管系教授，夫婿黄循武是一位知名医师，女黄怡宁、黄怡-{丰}-，都负笈美国。次女李安妮，长期参与妇女运动，现为台湾综合研究院副院长、李登辉基金会董事长，丈夫赖国洲在陈水扁执政时曾任台视董事长。
语言.
李登辉能操流利的台语、国语、日语及英语（有浓厚的日本腔），还稍微能说客家语。李登辉是土生土长的台北人，但他的台语有一点点台南腔，这是因为李登辉在京都帝国大学时，室友多为台南人，他就因而受了台南腔的影响，一生如是。而他的国语，除了台湾腔很重之外，受到温州籍的台大教授影响，有一点点温州腔。
1989年，李登辉让郝柏村升任国防部长，实际上是让他离开参谋总长之位。当时李登辉被召到士林官邸蒋宋美龄面前，蒋宋美龄用「Please listen to me」做开场白，向李登辉表示能够号令军队的只有郝柏村，要求不要换掉他参谋总长的位置。蒋宋美龄用英语夹杂上海话告诉李登辉。李登辉只能用英语沟通，并请蒋宋美龄用笔写下来，他记得纸条上有「非法命令」的字样。最终李登辉并没有听她的话，如期更换参谋总长。
前新闻局驻日新闻处处长张超英表示，李登辉的日语有浓厚的台湾口音，这与他在台湾念公学校及中学有关系，不过李登辉书读得多，可以掌握意义很深的字，就此来说他的日文算是很好。当张与李登辉提报对日新闻工作时要点时，李逐条批示是以日本人对的打「◯」，错打「✓」；而非现代台湾人批改作业时对的打「◯」、错误打「×」。李登辉在家与太太日常谈话都使用日语，亦常读日文书籍。此事在1990年代仍属敏感。张超英曾回忆当大前研一与杂志社成员访问李登辉时，一间杂志社《VOICE》提到此事，然而当时新党在台湾政界仍颇为活跃，「非常热衷挑动族群问题」，由于稿子已经付印，张超英只能不断与《VOICE》高层沟通，最后找到最高负责人江口克彦，沟通到半夜两三点，江口才同意重印。
信仰.
李登辉幼年时属于台湾民间信仰者，常在庙宇烧香礼佛，因在妈祖庙中就读私塾，也时常拜神求签。李登辉甚重孝道，1941年时年仅五十多岁的祖母过世后，李登辉日夜诵经回向给祖母，夜不能寐，一直思考生死的意义，更加笃信佛教，修习禅法，也研究武士道，以求修身养性。并因为母亲认为他个性太冲动、太躁进，也害怕自己娇生惯养，因为博学多闻而傲慢，坚持凌晨起床以冷水盥洗后坐禅，坐禅完还要诵念《心经》与《金刚经》，并且为了压下我执，李登辉在寒冬中游泳、在瀑布下坐禅，泡在冷水的池塘中，不挑食，只挟眼前的菜。为了修练忍辱波罗蜜，还每天自发性一大清早到淡水中学刷洗厕所，想不到因此还获得同学们的好评。
经过长期研究马克思主义，且辍学参军，经历过二次大战杀戮的悲惨，1946年放弃宗教，走向无神论、唯物主义，相信社会主义近十年，觉得只要人的物质满足了，问题就能解决。而后在妻子曾文惠的推荐下，开始接触基督信仰，成为一位慕道友，并且花了五年的时间研读《圣经》，跑遍了全台北市的每一家基督新教教会听道，终于在1961年于台北市召会受浸。在受洗的前一天，他称听见神谕，圣灵要他六十岁时退休当牧师，去山地向原住民传教。1979年因为美丽岛事件中长老会牧师高俊明与信徒等被警备总部拘捕，蒋经国想要释放那些长老会众，委由李登辉去处理，李登辉称，得到「圣灵的启示」，称「这是皈依长老会的契机」，且自认在淡水中学读书时，就受到长老会的影响。所以决定皈依济南路长老会。由堂牧翁修恭牧师召集许多牧长开会讨论，决定接纳李登辉，故李登辉1984年改信长老宗，并受洗礼。
李登辉有一个习惯，有任何困难都和太太一起向上帝祈祷，然后就随机翻阅《圣经》寻找启示，有牧师笑他说，「怎么用这种方式看《圣经》？好像到庙里抽签诗似的。」李登辉认为确实好笑，不是正确方式，但「上帝就是这么奇妙的带领」。曾文惠则记下了多年以来，李登辉遇到困难时翻到的圣经章节。1990年二月政争时，李登辉翻开《圣经》，翻到〈以赛亚书〉第三十七章三十五节，记载著「因我为自己的缘故，又为我仆人大卫的缘故，必保护拯救这城。」使李登辉安心下来，因为「如果这是神的旨意，那么不管再怎么辛苦，也要为台湾和下个世代来打拼」。李登辉因聘请专家教导《易经》，也会用《易经》卜卦，但受到喀尔文《预选说》的影响，他认为天命渺茫难知，对于卜卦的结果，仅止于参考，并不完全相信。唯一的儿子李宪文因为罹患鼻咽癌英年早逝，自己曾以《易经》问卦，结果居然完全吻合当年李宪文逝世的时辰。不过，李登辉也对友人表示，他不会因此全盘相信《易经》，因为生命历程充满著变数与不可知，不是一切「冥冥之中皆有定数」。
李登辉一直认为自己受到耳顺之年辞官传教的天启，但当时蒋经国要让他接受副总统一职，他因此苦恼，两蒋敬重的周联华牧师劝他，副总统一职比去山地当牧师，更能造福百姓；一说1990年代李登辉曾想由总统职务退休，他的影星好友陈松勇则进言：「耶稣不缺你一个牧师，台湾人缺了民主几十年了。你要用心去体会耶稣的想法。」但陈松勇本人并不太提此事，他曾说：「李总统是何等人物，我一个没读书的草包，凭什么影响他呢？一切决定在于他自己。」
2000年总统职务退休后，李登辉也曾在台湾神学院修读《喀尔文主义与预选说》，并为了实现其在山区传道的理想，考取牧师资格。2005到2006年期间，李登辉研究《马丁路德的宗教改革》，后来决定透过出书，「为主做见证」。
李登辉曾说过：「我，不是我的我」，意思是放弃自我中心，要以耶稣基督的信念为中心。典故来自于《新约圣经‧加拉太书》：「我已经与基督同钉十字架，现在活著的不再是我，乃是基督在我里面活著。」
虽然李登辉是虔诚的基督徒，他仍然时常研读佛学文献，尤其喜欢铃木大拙所著禅学的书籍，他也曾向南怀瑾请教《金刚经》，他对日本净土宗与净土真宗也有深刻的研究，并曾将净土信仰与基督信仰作比较。除了基督教、佛学的影响之外，马克思左派思想还是影响著他。李登辉也相当尊重台湾佛教、台湾道教、台湾民间信仰，曾向艋舺龙山寺等庙宇赠「御匾」，也公开演讲推崇过妈祖、清水祖师、保生大帝等重要神明生前济世救人的功绩。但李登辉很少烧香，而多以鞠躬或献花的「社会礼仪」，避免偶像崇拜。
兴趣.
李登辉非常喜欢读书，不分课内课外，小学四年级时，想要3块钱，买一套儿童百科全书，李金龙当时担任刑警，月薪仅20元，凑了半天，赶到车站拿给他，还居然给他4元。李登辉的母亲江锦非常疼李登辉，只会骂李登辉一件事，就是熬夜读书。李登辉于淡水中学求学，每晚在宿舍熄灯后，就私自跑到厕所或走廊用微弱的灯光读书，舍监一共骂了李登辉三次，李登辉还是不听，只好再开辟一间「夜间自修室」，让李登辉读书，于是造就了学生睡前自习的风气。李登辉还笑说：「我造福了很多有志青年呢。」依照其重要幕僚王燕军的说法，李登辉最喜欢的是历史与经济学的书。
李登辉年轻时喜爱写日记，后来刻意不写日记，认为日记只是讲假话，自吹自擂。李登辉说：「日记里都是豪洨话（夸大的话），都在夸大自己。大家都爱说好话给自己听。」
李登辉幼年时学过园艺，并填在学校资料卡的专长栏上。
李登辉在小学时就是剑道高手，偶像是宫本武藏，由于李登辉有一位出身警界的叔叔，也是剑道高手，李登辉在家学渊源与苦练之下而成为剑道高手，有人说李登辉曾任淡水中学剑道社社长，不得而知。但李登辉淡水中学入学资料上，自称「剑道二级」。
李登辉在淡水中学时，因为人高马大，柔道相当厉害，体育课时将同学周明德摔飞出去，周明德因此昏迷，后来经过极力抢救好长一段时间，终于清醒过来，而李登辉则早已被这一幕吓得脸色铁青。
李登辉自从留美后迷上高尔夫球，最佳纪录是73杆。1993年与前美国总统老布希球叙，18洞结束后，李登辉以80杆的成绩领先老布希的90杆，两人的英姿至今依旧让人难忘。李登辉也曾经在会见台湾高尔夫球名将曾雅妮时，邀约共同切磋球技。此外，李登辉也会下象棋、围棋、游泳、钓鱼、打网球、棒球。虽然信基督教，但李登辉一生都保持打坐的习惯，医师认为李登辉打高尔夫球与打坐是其长寿的原因。李登辉原本几乎天天都抽烟，睡前喝酒；1982年戒烟了，饮酒也改为偶尔小酌。
李登辉称，最想去的三个地方分别是日本松尾芭蕉的俳句创作纪行「奥之细道」、孔子周游列国的路线和摩西「出离埃及」离开埃及到西奈半岛的路程。但离世前只有奥之细道成行。
争议.
哑巴弹事件.
1996年台海危机，中共解放军进行多次飞弹发射及军事演习，时任中国人民解放军总后勤部军械部部长刘连昆向国防部军事情报局提供大量机密情报，包含演习发射的导弹为无实体击发弹头的「空包弹」。这个情报使中华民国政府掌握了中国大陆当局的最底线。3月7日上午李登辉与宜兰县水利会干部座谈时，以他特有的语言风格要大家不要怕，他说，对方是在吓一吓，看看台湾人有没有志气，因为「那里面没有东西」、「弹头是空的」、「是哑巴枪」。隔天立法委员询问国防部长蒋仲苓，李总统何以能事先准确判断中共发射的是哑弹？蒋仲苓回答，是李总统根据「丰富的飞弹常识」所判断。据传时任中共中央总书记江泽民震怒，下令彻查。经中国大陆潜伏在军情局的间谍李志豪将少康专案参与人的名单传回中国大陆后，1999年刘连昆和邵正宗接连被逮捕，后被处死。李登辉基金会秘书长王燕军指出，当时李登辉施行军队国家化，军方高层有很多的动荡，很多流言就必须由国家领导人全部承受，但目前他这边没有资料可对外说明，但也没有资料可佐证，当时军情系统陈报的管道到什么层级，以及当时有没有人向李登辉报告此事。王燕军说，李登辉当时到底是否知情，为了安定社会民心「脱口而出」，或者当时是真的不知情，现在是无从查证。
国安密帐案.
2011年6月30日，最高法院检察署特别侦查组（特侦组）认定李登辉为协助台湾综合研究院（台综院）尽速筹得创院资金，于1998年与前国家安全局局长殷宗文、台综院创办人刘泰英谋议，涉嫌侵占国安密帐「巩案」归垫的剩余公款779万7193美元，挪供刘泰英支付台综院购置院舍价金、装置、人事等费用，涉有侵占公有财物及洗钱等嫌而予起诉，但念及年迈及对国家贡献，并未具体求刑。全案由台北地方法院金融专庭承审。
2013年11月15日，台北地方法院一审宣判，李登辉无罪。刘泰英依侵占公有财物罪被判刑2年8月，并褫夺公权3年。12月2日，特侦组提起上诉。2014年8月20日，台湾高等法院二审宣判，李登辉无罪定谳。
影响及评价.
正面.
美国《时代杂志》称李登辉为「民主先生」。甚至《中国时报》认为，李登辉对台湾民主化有很大贡献，台湾在不流血、不动荡的状态下完成民主化，李登辉「民主先生」的尊号实至名归。
前总统蒋经国评李登辉「有工作热情，又有新的科学观念，可以培植的一位人才」
在1990年代后期李登辉开创台独格局，有人认为他是「台独教父」。台派人士甚至直称其「台湾国父」。
2007年9月TVBS所作的对历任总统评价的民调，有12%的民众认为李登辉对台湾的贡献最大，仅次于蒋经国的49%；而其作为有41%认为其功大于过、23%认为过大于功，13%为功过相抵，另外23%没意见。
国立中正大学于2014年颁予李登辉名誉博士学位，时任中正大学校长的吴志扬表示：李登辉为华语世界两千多年来第一位由公民直选的总统，意义重大，更是了不起的成就。
副总统陈建仁称其为「宁静革命家」。
前立法院长王金平、台北市长柯文哲等称李登辉为「哲学家总统」。
日本时任首相安倍晋三称李登辉为「在日本与台湾的亲善关系、友好增进等都做出了非常大的贡献。」
负面.
在李登辉当政时，民进党曾以「黑金教父」称之。1997年桃园县长选举时，李登辉为陈根德站台自称设籍桃园大溪，引起时任台北市长陈水扁砲轰李登辉设籍台北市，身为国家元首自己不知道住哪是「老番颠」，考虑将李登辉列为「台北市失踪老人人口」。
中华人民共和国的各媒体都给晚年的李登辉非常低的评价，中华人民共和国国务院台湾事务办公室和官方媒体都认为他的亲日立场是「汉奸」、以及变成提倡台独的「民族罪人」等，凤凰卫视于2015年7月28日的《总编辑时间》栏目中批评「李登辉干涉政治」，是“老人政治”、“酒店打烊还不走”。
新加坡总理李光耀评价李登辉是「抒发分离主义的情绪，低估了中国对统一的意愿」。
《中国时报》认为，他的“两国论”引发两岸对抗。
2015年7月，中国国民党主席洪秀柱批李登辉「钓鱼台是日本的」言论为“丧权辱国”。同年8月，李登辉指70年前台湾和日本是同一个国家，台湾对日抗战不是事实，洪秀柱批李登辉是不忠、不仁、不义的「老番颠」。立法委员林郁方批李登辉「如同年老色衰艺妓」，并对于慰安妇议题批李登辉「是最没资格当台湾人的人，当了12年总统，没有为慰安妇讲一句话，斑斑血泪；你这个日本的走狗，什么时候替可怜的台湾人讲一句话？」，立法委员立委吕学樟说，台湾不需要卖国卖台的汉奸。
新党发言人王炳忠在李登辉过世后，批李登辉是「党奸国贼」。
中国大陆民运领袖王炳章认为，李登辉接掌国民党和中华民国之后，国民党对大陆民运的政策逐步转向。李政府对海外民运多次指出，台当局“支援”民运的经费，只能以“情报”的名义进行，导致二者分道扬镳。李多次表示：「希望大陆江泽民政权稳定」，还故意引起台湾民众对大陆民运的不满，导致民运陷入低潮。