李登辉政府

李登辉政府（通称李政府），是指1988年1月13日至2000年5月20日，李登辉担任第7任至第9任中华民国总统期间所领导的中华民国政府。1988年蒋经国总统逝世，副总统李登辉依宪法继任其剩余任期；1990年，国民大会间接选举李登辉、李元簇为第8任总统、副总统；1996年，总统、副总统首次由公民直选，中国国民党籍的李登辉与连战以54%得票率胜出，成为中华民国政府迁台后首届民选政府。
李登辉政府任内历经五任内阁，包含前任蒋经国政府末期的俞国华内阁，以及其后任命的李焕内阁、郝柏村内阁、连战内阁与萧万长内阁，共五位五任。该时期台湾开始发展出政党政治的雏型，为日后的民主深化奠定基础；不过由于反对力量未能达到足以制衡执政党的状态，因此执政党在此期间仍然握有完全执政的优势。
彼时乃中华民国国家体质发生剧烈变动的时代，从过去的威权独裁逐渐迈向民主政治，中间发生了诸多如二月政争、郑南榕自焚、野百合学运、终止动员戡乱、国会全面改选、总统直选以及辜汪会谈、台海飞弹危机等重要事件，最终促成了台湾的民主化，也大幅影响海峡两岸关系的格局走向。
内政.
政治改革.
宪法增修.
为了配合民主化的步调与落实国是会议结论，李登辉政府时期一共启动了六次宪法增修，在不影响宪法本文的前提之下，以《增修条文》的形式实质修改了宪法本来的制度架构。历次修宪中除了第五次增修因国民大会代表自行延长任期，而被大法官宣告违宪以外，其余历次的修正重点如下：
地方自治.
为落实宪法所规定的地方自治，行政院拍板省主席改制为省长，并于1994年起开放省长及直辖市长民选，不再由中央派任。不过，由于政府在1997年实施精省，因此1994年的省长选举是第一次、同时也是最后一次选举，当选人宋楚瑜也成为中华民国历史上唯一的一位台湾省省长。另外，福建省并没有同步改制，因此没有省长及省议员的选举。
组织改造.
李登辉任内行政院曾尝试拟定组织改造计划，然而法案却在二读时被撤回。另为配合政治改革而生的多项业务，行政院于1988年~2000年间增设了劳工委员会、消费者保护委员会、公平交易委员会、公共工程委员会和航空器飞航安全委员会等部会，同时也将卫生署辖下的环境保护局升格为「行政院环境保护署」、教育部体育司与国民体育委员会整并为「行政院体育委员会」，以及将国防部军管区司令部、内政部警政署水上警察局和财政部关税总局缉私船队整并设立「行政院海岸巡防署」。
省虚级化.
自政府迁台以来因承袭中华民国法统，因此一直保留台湾省政府、台湾省议会与福建省政府的设置；然而台湾省府所辖范围涵括了除台北、高雄两个直辖市及金马地区以外的所有实际管辖领土，与中央政府的管辖范围几乎完全重叠，造成政府行政效率低落与充斥冗官等问题。为了解决上述情形，李登辉政府于1997年宣布实施「精省」（或称「冻省」）－将省的地位给虚级化、组织精简化，仅保留其在宪法上的位阶，省府的规模因此被大幅缩编，其主要业务均被移转至中央各部会，省主席改由政务委员兼任，仅保留秘书处、会计室等基本编制；同时也将省议会改组为「台湾省咨议会」，省咨议员由行政院派任，定位上为省府的咨询机关。精省后，省府与省咨议会不再为地方自治团体，仅为行政院之派出机关，自此「省」的地位实质上从地方自治的层级中消失。
民主化.
李登辉就任总统后，适逢第三波民主化浪潮来袭，有别于时任中国领导人邓小平选择以流血镇压回应国内的民主运动，李登辉则是藉势发动「宁静革命」，在避免政变、流血冲突的情形下适时回应民主改革诉求，成功的实现了台湾的政治民主化，被西方媒体誉为「民主先生」。
终止动员戡乱.
1991年5月1日，总统李登辉签署总统令，正式终止《动员戡乱时期临时条款》，宣布不再认定中国共产党为叛乱团体，同时也回归正常的宪政体制，总统不得再透过《临时条款》凌驾于宪法之上无限次连任；而过去恶名昭彰的军法机关「台湾警备总司令部」亦于隔年遭到废除。
金马解严.
1992年11月7日，行政院宣布金马地区解除战地政务，金马居民终于赢来迟来的解除戒严，行政权力依宪法回归金门县政府与连江县政府，并实施地方自治，县长不再官派而改以民选产生，至此不再由军方独揽大权。
国会改选.
受到中国大陆六四事件的激发，台湾在隔年（1990）也爆发了野百合学运，数千名大学生齐聚中正纪念堂前广场静坐抗议，要求「终止万年国会、全面改选」。总统李登辉在总统府接见学生代表，承诺召开国是会议并启动改革。嗣后，大法官公布，要求第一届中央民意代表限期全面退职，政府并以给付优渥的退职酬金作为条件，成功说服第1届民意代表全数自愿退职。国民大会与立法院分别在1991年及1992年举行全面改选，至此彻底终结万年国会。
总统直选.
国会全面直选之后，在野的民主进步党进一步推动总统直接选举，遇上执政党的保守派系阻挠，身兼中国国民党主席的李登辉于是指示成立党内修宪策划小组，并由时任行政院副院长施启扬与大陆委员会副主任委员马英九出任研究分组的正、副召集人；两人则给出倾向「委任直选」的方案。然而李登辉随后却以深入民间与基层为由，主导党内的「主流派」以民意调查结果作为依归，敲定实施中华民国自由地区总统、副总统直接选举。1996年3月23日，李登辉、连战当选第九届正、副总统，从此拉开总统直选的序幕。
转型正义.
长期以来，二二八事件一直是台湾社会的禁忌，两蒋时期如果公开谈论即有可能遭受到军法审判。解严之后，社会开始逐渐唤醒关于228事件的记忆；随著民间要求政府道歉的声浪越来越大，总统李登辉于1995年以国家元首的身分，首次公开代表政府为228事件道歉，同时也在台北新公园内落成二二八纪念碑，并将每年2月28日订为「和平纪念日」。立法院也在同年通过《二二八事件处理及补偿条例》，由行政院成立二二八事件纪念基金会专责处理受难者及其家属的赔偿事宜。
废除《出版法》.
过去行政院新闻局靠著《出版法》的事前审核机制箝制出版自由，筛选过滤当局不满意的出版品以控制言论。解严后，虽然该法几乎不再被使用，但仍然是戕害言论自由的象征，因此在在野党与民间声浪的强力要求下，立法院于1999年通过废止《出版法》，正式废除不合理的出版限制。
修正刑法100条.
动员戡乱终止后，台湾虽然已经逐步迈入民主社会，但《刑法》第100条内乱罪以思想定罪，与《惩治叛乱条例》内乱罪处唯一死刑的特别规定却仍然存在。1991年5月发生独立台湾会案，调查局以涉嫌加入独立台湾会为由，在未通知校方的情形下直接进入清华大学逮捕涉案学生，引发社会剧烈反弹，来自全国各地的大学生纷纷聚集台北车站前静坐抗议政府侵犯言论自由，后续更由学者教授主导成立「一〇〇行动联盟」，要求废除刑法100条。事后，立法院通过废除《惩治叛乱条例》，并于隔年修正《刑法》将阴谋叛乱罪删除，从此台湾才终于不再有政治犯的存在。
海外黑名单解禁.
戒严时期政府曾制定一份逃亡海外的「黑名单」，针对主张台湾独立、共产主义或民主改革的人士予以禁止入境，并派遣特务在海外搜集情资，包括彭明敏、谢聪敏、李应元、蔡同荣、许信良及陈婉真等人都在当时的列管名单上。1980年代开始不断有「黑名单分子」试图闯关回台，亦有不少人偷渡成功或在机场被逮捕；之后随著废除刑法100条运动的开展，政府才终于在1992年7月正式解除海外黑名单返台禁令，回归法治国家的出入境政策管理。
人二室转型政风室.
戒严时期各政府机关与学校均设有「人事室第二办公室」（简称人二室），负责单位内的思想指导工作，并记录机构人员或校内师生的忠诚考核，是情治系统安插在公务机关中的监管单位。解严后，随著政治民主化与言论自由逐步获得实践，在野的民主进步党籍地方首长开始抵制人二室的存在，并获得部分执政党地方议员支持；立法院最终在民意压力下，于1992年三读通过《政风机构人员设置条例》，将人二室转型为纯粹监督贪渎不法的「政风室」，主管机关法务部调查局也从此全面退出政风系统。
民族政策.
面对1980年代以来逐渐兴起的「原住民族正名运动」，李登辉政府在1994年修宪时首度作出回应，将其从过去「山地同胞」的蔑称正名为「原住民族」，并纳入国会保障席次。1996年，立法院更进一步通过修法，正式成立「行政院原住民委员会」，正式承认阿美族、泰雅族、布农族、卑南族、赛夏族、邹族、鲁凯族、排湾族以及雅美族九大原住民族群，针对其弱势之处进行政策补助，并修正《姓名条例》开放以族名作为身份证上的姓名，同时也就各族的语言、文化展开复兴与保存工作，落实多元族群的象征。
妇女政策.
李登辉政府在推动政治改革的过程中虽未提拔女性主义倡议者任官，然时值第三波女性主义余波，在野的民主进步党大力倡导「性别平等」的概念，加之此期间亦发生不少性别相关的社会事件，因此执政当局也在民意的压力下逐渐针对女性赋权议题提出修法与对策，惟仍然聚焦于妇女保护的层面。而在女性参政方面，国民大会并未将当时呼声高涨的「国会妇女保障名额」纳入《宪法增修条文》，仅于1999年制定《地方制度法》时将四分之一保障名额纳入地方选举中。
1993年发生邓如雯杀夫案，引发社会对于家庭暴力的重视，立法院也于1998年首度制定《家庭暴力防治法》，打破过去「法不入家门」、「清官难断家务事」等旧思维。1996年时任民进党妇女部主任彭婉如夜间乘车遇害后，更掀起了女性人身安全保障的质疑，立法院遂于年底通过《性侵害犯罪防治法》，并在两年后将《刑法》「妨害性自主」罪章从「妨害风化」罪章独立列出，不再将性犯罪视为单纯善良风俗的违反、而从个人权利保护层面看待；同时也将其改为「非告诉乃论之罪」，使相对处于弱势一方的妇女能于遭受到性暴力之际即时落实法律的保护与制裁。
社会福利.
1989年政府开始推动「全民健康保险」的政策，在历经五年的筹备后，1994年立法院三读《全民健康保险法》，并于1995年1月成立「中央健康保险局」，同年3月正式实施全民健保制度，大幅降低了民众就医看诊的自费额度，也成为了世界上少数实施全面性医疗社会保险的国家之一。
通讯传播.
随著党禁、报禁的解除，政府不再坚持电视台的设立限制；同时也因「党政军退出媒体」的呼声高涨，行政院新闻局于1993年提出《有线电视法》草案并获立院通过后，有线电视不再仅限于传统的「老三台」，而开始有许多私营电视台申请设立频道。另外，卫星电视与的兴起也致生管制漏洞，立法院于1999年将《有线电视法》修正为《有线电视广播法》、并另外制定《卫星广播电视法》，连同原先的《广播电视法》合称「广电三法」，放宽通讯传播事业的经营限制，并引入电视分级制度等措施。
921地震救灾.
1999年9月21日凌晨十分，南投县集集镇发生芮氏规模7.3的大地震，震源深度达8公里，一夜之间全台遭震醒，中台湾灾情惨重，多处房屋倒塌、桥梁龟裂、道路变形毁损，总计造成2,415人罹难、29人失踪，逾1万人受伤。同时，地震也使得水电供给暂时中断，铁路集集线与纵贯线山线停驶，中横公路亦中断行车。面对灾情，总统李登辉迅速发布紧急命令，动员国军投入救灾、并调租民间重机械车辆协助救援行动；同时也动用紧急预备金赈灾，财政部亦宣布股市休市两日以防股价暴跌。除此之外，政府另向外寻求国际援助，获得土耳其、新加坡、日本、南韩、法国及俄罗斯等20国派遣救难队抵台协助救灾。
经济.
经济概况.
位居亚洲四小龙之首的台湾，直到1990年代人均所得仍有大幅成长的趋势。根据国际货币基金组织的统计，李政府上任第一年（1988年）台湾的人均GDP为6,338美元，至其卸任时（2000年）则为14,844美元，平均年增长率达8.2%。
南向政策.
为了避免对中国大陆的投资过于集中，李登辉政府于1994年提出《加强对东南亚地区经贸工作纲领》，鼓励台商前往泰国、马来西亚、印尼、菲律宾、新加坡、越南和汶莱等7个东协国家投资开发，并配合当时「渡假外交」方式突破北京封锁，成功与越南政府合作设立「河内工业区」与胡志明市「新顺加工区」，也协助菲律宾当局活络苏比克湾的开发案，鼓励台商前往设厂，同时由国合会派遣技术团在泰国与印尼当地协助发展农林业。然而1996年起因经费不足，同时以国内经济为优先考量，经济部宣布全面停止国营事业的对外投资计划；1997年更因亚洲金融风暴的缘故导致台商纷纷撤资，政府虽对东南亚国家提供金援协助，投资额仍然大幅下降，导致政策施行成效不佳。
六年国建.
李登辉政府于1990年代提出「国家建设六年计划」，规划航运、铁路、电力、下水道等基础建设，并扶植电子、航太、半导体及精密机械等新兴产业，同时也提出淡海新市镇等造镇计划，开发新生活圈并活络周边机能。至其卸任前，完工的项目包括1992年开通并构筑出环岛铁路网的南回铁路、国道三号、基隆港与高雄港扩建工程、万板大桥、台北捷运木栅线、淡水线、板桥线、中和线与新店线、台北铁路地下化万板专案与松山专案，以及台北车站、板桥新站的主体工程等等。中正国际机场第二航厦工程则是在此期间兴建，至2000年7月完工启用。
外交.
务实外交.
自1971年中华民国退出联合国之后，世界各国陆续转向承认北京而引发「雪崩式断交潮」。至1990年代，李登辉认为过去「汉贼不两立」的观念已经过时，继续主张将有损本国利益，因而提出「务实外交」的概念，不再与中华人民共和国争夺外交承认，而是以发展与他国的实质关系为原则，并采取美国在台协会的模式与各国互设代表处，推动双边经贸、教育与运输之间的往来。至此，务实外交成为往后台湾外交政策的基础，并延续至今。
李登辉执政时期，曾以中华民国总统的身份出访新加坡、菲律宾、泰国、印尼、约旦及阿拉伯联合酋长国等非邦交国，利用「渡假」的名义会晤当地政要，并开启了「过境外交」的先例；副总统连战也曾秘密出访无邦交的欧洲诸国，包括捷克、冰岛、奥地利和乌克兰，并会见时任捷克总统哈维尔与乌克兰总统库兹马，突破北京的外交封锁。此外，中华民国政府亦成功在拉脱维亚、俄罗斯、捷克斯洛伐克、芬兰、印度、越南、意大利、加拿大、奈及利亚、德国、澳洲、阿根廷和以色列等非邦交国设立办事处，拓展与当地政府的关系并就近提供领事服务。
双边关系.
台湾－美国关系.
李登辉执政之初正逢共和党的老布希总统当政，其在任时双边关系较为友好，布希总统本人也曾在中华民国退出联合国时担任美国驻联合国大使，对于两岸情势十分熟稔，任内曾与台湾签署《台美贸易暨投资架构协定》，更曾批准售台F-16战斗机（A／B型），甚至还于卸任后两度访台。1992年布希总统角逐连任失利，民主党的柯林顿总统上台后选择与北京发展更密切的经济伙伴关系，并试图将人权与贸易问题脱钩；李政府数度与华盛顿当局过招，引发台美关系的震荡。
1994年总统李登辉出访哥斯达黎加，仅获华府准许过境停留夏威夷的军用机场加油，李登辉认为美方此举有辱国格，便拒绝下机并刻意仅著睡袍接见时任美国在台协会理事主席白乐崎。此事件发酵到华府政坛后，国务院被迫检讨对台政策；隔年更是透过公关公司对国会议员的游说，成功让众议院与参议院分别以396：0和97：1的压倒性票数通过支持李登辉访美的决议，迫使柯林顿政府打破先前对北京的承诺，而核准发放李登辉的入境签证。1995年6月，李登辉的康乃尔之行确定成行，其以校友身份在康乃尔大学发表「民之所欲，长在我心」的演说，并提出了「中华民国在台湾」的论述，成为1979年两国断交以来首位访问美国的现任元首。
1996年3月，中华民国自由地区首次举行总统、副总统直接选举，北京当局以台北方面推行「台独」为由在台湾海峡周边实施大规模实弹射击演习，造成两岸关系陷入空前紧张，促使华府决定派出两个航空母舰战斗群行经台海以警告北京，是美国政府自1979年以来在台海问题上首度强硬表态。台海危机结束后隔年，共和党籍的众议院议长金瑞契短暂访问台湾并会晤正副总统等国安高层，亦是台美断交后首例。
台湾－南韩关系.
过去国民政府曾协助流亡的大韩民国临时政府建国，并在冷战时同为美国盟邦，双边一直保持非常紧密的关系而维持邦交至1990年代。然而1987年卢泰愚当选总统之后，首尔当局即开始有意与北京方面商量建交事宜；在几度暗示台北政府未果后，于1992年8月正式宣布断交、转而承认北京，并限令台湾外交官24小时内离境，还将中华民国驻韩大使馆厅舍及其财产均移交给北京政府，导致双边关系降至冰点。
由于政府事前并未察觉断交征兆，且党政高层均难以接受兄弟之邦「变节」、甚至近乎羞辱的断交方式，导致一时之间全国上下群情激愤，台北的南韩大使馆甚至被愤怒的民众拆掉名牌。李登辉政府因此宣布对韩外交报复，立即停止所有对韩国的贸易优惠，同时中断台北－首尔航线。直到隔年，两国才又重新互设代表部，但双边关系从此不复以往。
1997年1月，台电公司与平壤政府签订协议，预计将低放射性核废料运送至北韩境内存放。消息走漏后引起首尔方面的严重抗议，时任南韩驻台代表姜敏秀前往经济部表达首尔的立场，并谴责台电此举是「不道德、无良心」的行为。随后南韩朝野与民间环保团体的不满声浪越来越高，南韩政府也透过美国施压台湾，时任外长甚至放话将采取「政治与经济」的反制措施；初时经济部无意干预，最终在国际舆论的压力下，此事就此不了了之。
台湾－南非关系.
南非是沙特阿拉伯断交之后中华民国最重要的邦交国，李登辉也与南非首位黑人总统曼德拉素有交情；李登辉曾于1994年访问南非并参加曼德拉的就职典礼，后者也曾在1993年造访台湾。然而当时南非亟欲仰赖外资投入以改善经济问题，同时北京也施压南非政府若不建交，1997年香港主权移交之后南非驻香港总领事馆即必须撤离，因而导致「中国承认问题」变成为南非政府棘手的外交事项。当时的执政党非洲民族议会党也倾向与中国建立外交关系，曼德拉几经挣扎之下，力图双重承认而未果，最终只得迫于国际现实，于1997年宣布与中华民国断交。
1997年11月，南非确定与中华民国结束邦交前的最后两个月，发生了南非武官挟持事件。曾犯下白晓燕命案的凶手陈进兴潜入时任南非大使馆武官卓懋祺的官邸，并挟持卓懋祺一家5口为人质，要求警方安排他接受外国媒体访问，试图将自己遭到「司法迫害」的真相告知外媒，甚至还要求备妥专机离境。中间曾一度发生冲突，导致卓懋祺的女儿受伤；幸而最后在警方的劝降与攻坚下陈嫌缴械，没有进一步引发外交事件。
台湾－新加坡关系.
新加坡乃台湾与中国之外同属华人为主体的国家，自1965年建国以降极力避免在两岸之间选边站，始终未与中华民国及中华人民共和国建交，直到1990年才正式与北京建立外交关系。中华民国自新加坡建国以来即在当地设立驻新加坡商务代表团，双方一直保持良好的关系；1989年星国与北京建交前夕，总统李登辉前往星国访问，受到新加坡政府的高规格礼遇，不但代理总统林金山与总理李光耀均亲自接机，还在淘沙岛上安排了一场高尔夫球聚会，并由第一副总理吴作栋作陪，创下中华民国总统出访非邦交国的首例。当时星媒称李登辉为「来自台湾的李总统」，李登辉则回应「虽不满意，但可以接受」。
即使在与北京建交后，新加坡仍然致力在海峡两岸间扮演中间人的调停角色。1992年，时任中国国家主席杨尚昆访问新加坡，在内阁资政李光耀的斡旋下，敲定了隔年的两岸会谈将在新加坡举行。1993年4月，首次辜汪会谈在新加坡成功举行，吸引不少国际媒体前往采访，也影响了亚太地区的和平进展。
台湾－俄罗斯关系.
苏联在过去冷战期间由于意识形态的对立，与中华民国之间并未有过公开接触。1985年戈巴契夫出任苏共中央总书记后推出「新思维」的外交政策，双边开始恢复少量交流。1988年连战出任外交部长后促成台北方面筹组「苏联贸易访问团」并正式成行，堪称双边关系的重大突破；两国更是在1990年签署了《通邮协定》。而戈巴契夫本人与其所任命的苏联部长会议主席芮兹科夫亦曾于卸任后访问台湾，会见李登辉等党政高层。
苏联解体之后，其最大加盟国俄罗斯继承其国家地位，两国在戈巴契夫执政末期的基础上延续交流。1992年时任外交部次长蒋孝严首度访俄，俄罗斯经济发展和贸易部部长和粮食部部长契新斯基也于同年访台，受到李登辉政府的热烈款待；双方甚至就军备采购事项开始洽谈。虽然俄方很快的在北京关切下，由时任总统叶尔钦签署《俄台关系条例》后制定莫斯科的「一中政策」，但驻莫斯科代表处仍然于1993年成功设立。
1996年台海危机爆发，莫斯科当局声明维持其「一个中国」的立场，但国会内部却展开了一波支持台湾与否的议事攻防，并且派遣议会访团造访台湾，成员甚至包含了经济发展部副部长。同年底，延宕近三年的「莫斯科台北经济文化协调委员会驻台北代表处」终于在台北正式成立。
台湾－沙乌地阿拉伯关系.
中华民国在1980年代开始与沙特阿拉伯之间启动秘密军事合作「大漠计划」，中华民国空军派遣近百名军士官以沙特阿拉伯皇家空军的身份援助北叶门，直到1990年南北叶门统一为止。两国关系原本十分良好，然而沙乌地阿拉伯因两伊战争的防卫需求，秘密向北京采购中程弹道导弹，最后在中国及其他周边邻国的压力下，不得已宣布与中华民国断交；同年8月伊拉克入侵科威特，沙国援军悄悄撤离，导致滞留的大漠计划人员险遭扣留，所幸最终全数平安返国。
国际参与.
由于被排除在联合国系统之外，参与其他国际组织对台湾而言即显得相当重要，否则将被孤立于国际社会之外，面临如同索马里兰、德左共和国等有限承认国家货币、护照不被国际承认的困境。1991年台湾顺利成为APEC的成员国，隔年申请加入世界贸易组织并展开谈判，是李登辉政府任内的重要国际参与行动。
亚太经济合作会议.
亚太经济合作会议（简称APEC）1989年由澳洲发起成立，原先中华民国与中华人民共和国均被邀请加入，但北京因当年度的天安门事件而被部分成员国抵制；由于APEC会议采共识决，其他国家担心如果先让台北入会，将来如北京要加入时，台北将会投下反对票，因此台湾入会案也一并被搁置。直至1991年南韩出面斡旋，换得台湾以「中华台北」的名称加入、并不得派遣外交部长或次长与会为条件，成功使双方均得以入会。
世界贸易组织.
继亚太经合会之后，1990年李登辉政府也申请加入关税暨贸易总协定（简称GATT），并于1992年起获准以观察员身份列席会议。1994年GATT进行条约更新，并设立了「世界贸易组织」（简称WTO），中华民国政府开始与各成员国展开谈判，历经十年、召开11场工作小组会议后，最终妥协以「台澎金马个别关税领域」的名称参与，并同意于中国之后入会。李登辉卸任总统后隔年，2001年1月1日台湾正式成为WTO会员国。
两岸.
交流开放（1988－1994）.
自1987年政府开放两岸探亲之后，两岸关系逐渐走向破冰阶段，也逐步开启政府间的接触。1988年，中华人民共和国政府正式设立「国务院台湾事务办公室」（简称国台办）处理台湾事务；中华民国政府则于1991年设立行政院大陆委员会（简称陆委会）处理大陆事务，并成立「国家统一委员会」商策未来两岸统一的规划。但由于两岸互不承认政权的合法性，便借由政府成立基金会的方式－「海峡交流基金会」（简称海基会）与「海峡两岸关系协会」（简称海协会）－以民间组织的名义进行半官方式的交流，促成了数次的两岸会谈。
为了推动和平统一的进程，时任中共中央总书记江泽民提出了以「一个中国」为核心的《江八点》主张；而李登辉则以《李六条》作为回应，强调平等互惠、促进民主。此外，时值中国改革开放的投资热潮，许多台商也透过转机当时仍是英国殖民地的香港到中国大陆经商，亦有许多台湾民众借道至中国大陆旅游，两岸之间的往来逐渐成为常态。
九二会谈.
1991年，海基会秘书长陈长文两度前往北京，与时任国台办副主任唐树备商讨两岸交往的依循准则与合作打击犯罪议题，海基会与海协会并在隔年在英属香港举行首次会谈，双方针对文书验证、商务纠纷与探亲事宜进行商谈。当中，北京方面提出「一个中国」的原则，要求反对任何形式的「两个中国」、「一中一台」及「一国两府」等类似主张，台北方面对此则回应「所谓『一个中国』应是台湾是中华民国的一部份，大陆也是中华民国一部份」，并要求「对等互惠，相互尊重」。双方就此部分不断交换意见，但始终未能达成共识；而这段过程也促成了日后「九二共识」一词的由来。
辜汪会谈.
1993年，在学者南怀瑾人脉与新加坡政府的促成之下，时任海基会董事长辜振甫与海协会会长汪道涵于新加坡举行首次具有官方性质的正式会谈，并签署《两岸公证书查证协议》、《两岸挂号函件查询补偿事宜协议》、《两会联系与会谈制度协议》及《辜汪会谈共同协议》等四项事务性质协议，吸引国际媒体前往采访，也象征两岸结束敌对状态，往和平交流的方向迈进。
后续两岸因1996年的台海飞弹危机而陷入紧张情势，双边为恢复协商与加强沟通机制，辜汪二人再于1998年在上海举行了第二次会谈。
闽平渔事件.
1990年7月，警备总司令部在台北外海截获福建渔船「闽平渔5540号」，船上25名中国大陆渔民被视为是偷渡客，警总并决定原船遣返。当时警总声称为避免危险，仅留开船的人在甲板，其余人皆被安排至舱内，并以三寸钉将船舱封死，导致船员最终因缺氧而窒息死亡。事件遭揭发后引起两岸舆论哗然，台湾方面并派遣数名监察委员调查该事件，并由中华民国红十字会出面协助善后。
事隔数日后，警总在立法委员及媒体记者的见证下，再度将装载50名偷渡客的中国大陆渔船「闽平渔5202号」遣返，并由海军派遣军舰护航。岂料启航后，闽平渔5202号突然偏离航道，遭海军认定试图逃离，因而发生军舰撞击渔船的事故，导致22人失踪。两起事件后，两岸各自的红十字会在金门举行工作性会谈并签署《金门协议》，建立海上遣返合作机制。
千岛湖事件.
1994年3月，浙江省杭州市的千岛湖发生一起大型命案，一艘载著24名台湾观光客的观光船「海瑞号」遭劫持失事，船上人员全数丧生。整起案件原只是普通刑案，但因死者多为台湾人而上升至政治层面。死者家属与台湾记者在抵达当地后发现被公安、武警团团包围，中共当局同时禁止媒体采访，记者只好谎报是家属，回传资料至台湾时甚至发现被监控。当局虽答应家属认尸前不火化，但却已早一步解剖；且当家属要求将遗体运送回台湾时，不但未获允许，甚至一度遭软禁在旅馆，最终只能抱著骨灰回家。
事后，杭州市中级人民法院将当局认定纵火、杀人的三人判处死刑，并经上级法院覆核后迅速枪决结案。中华民国政府对此强烈不满，认为中共当局蓄意掩盖真相；记者赴当地采访的报导流出后，也引发台湾社会哗然。此事件导致当年度盖洛普公司发布的民意调查中，认同自己是「台湾人」的比例达到历史新高，支持台湾独立的比例也大幅攀升，对两岸关系造成剧烈冲击。
台海危机（1995－1996）.
1995年6月，总统李登辉在美国国会的支持下成功以现任元首的身分踏上美国国土，并在母校康乃尔大学发表公开演说，引起北京当局高度不满。中国人民解放军于是宣布在台湾海峡实施导弹演习，并朝彭佳屿附近的海域试射，引发两岸高度紧张。事隔数月后，共军再朝台海发射飞弹；此次华府派遣尼米兹号航空母舰战斗群以「避风」的名义驶近台海，借此警告北京的军事行动。
1996年3月，两岸情势再度因中华民国第九任总统、副总统选举陷入紧张，北京为阻止李登辉连任，宣称李登辉政府推动总统直接选举是鼓吹台独，解放军并再次朝基隆和高雄外海试射飞弹，企图以武力震慑并干涉大选结果。当时气氛几乎濒临开战状态，台股指数大跌，日本等邻国并已准备撤侨，中华民国国军更是进入备战状态；华府当局则在隔天立即调派独立号航空母舰战斗群布署至台湾东北海域，数日之后再从波斯湾加派尼米兹号战斗群前往会合。总统李登辉为安抚民心，公开指称解放军试射的是「空包弹」；然而此举亦导致北京当局察觉内部有人泄密，最后解放军总后勤部少将刘连昆被查获遭国防部军情局吸收并通报演习情资，遭到判处死刑。最终，李登辉顺利连任总统，两岸危机也在华府两面斡旋下落幕。
特殊两国论（1997－2000）.
1999年7月，总统李登辉接受《德国之声》专访时，无预警提出两岸是「特殊的国与国关系」的说法，主张中华民国早在1912年建国，所以没有宣布独立的必要，又被称为「两国论」。事隔多年后，李登辉自曝当年两岸气氛虽一度缓和破冰，但中共当局始终不断片面强调「一个中国」，一有机会便在外交场合上宣示「台湾是中国的一省」；因此1998年时，李登辉就先行召集时任国家安全会议副秘书长林碧炤及咨询委员蔡英文、张荣丰等人起草《两国论》的内容。后来，李登辉发现时任中共中央总书记江泽民打算在中国共产党建政50周年纪念日，当著所有外国元首的面宣布两岸将在「一中原则」下展开政治谈判，因此决定先发制人。
此一论调在事发后引起北京当局的强烈反弹，国台办及海协会先后严厉批评此番言论不负责任、破坏两岸和平稳定，并取消原定的第三次辜汪会谈。同时，「两国论」也招致台湾内部部份政党的批评，新党便抨击李登辉此举违反《宪法》及《国统纲领》；李政府则回应国人无须就实话实说过度反应。
1999年台湾发生921大地震之后，中国红十字会竟声称各国红十字会若要对台湾进行援助，必需经过「北京总会」的许可，时任中国外交部长唐家璇甚至擅自代表台湾在联合国感谢他国协助，还传出北京拒绝俄罗斯救难队专机飞越领空导致延误救援等情事，均引起台湾朝野与民间的强烈反感，对两岸关系造成负面影响。
经贸政策：戒急用忍.
两岸开放民间交流与经商之后，适逢投资中国热潮，许多台商抢先进驻在中国大陆沿海城市设厂。在历经了台海危机之后，李登辉政府开始意识到投资市场过于集中可能引发的国安风险；虽未禁止台商赴中投资，但公开表达担忧和不鼓励的态度。1996年9月，总统李登辉在全国经营者大会上提出「戒急用忍」的主张，明定「高科技产业」、「基础建设」与「资本额达5,000万美元以上」三种类型的企业应适用。政策公布后随即遭到工商界的质疑，台塑企业创办人王永庆、长荣集团创办人张荣发与台积电董事长张忠谋等企业大老更联声反对。然而也正因此一政策，致使许多21世纪后被视为是战略产业的企业根留台湾。
国防.
裁军计划.
为了因应政府迁台之后的军力转型，以及面临中国共产党日益剧增的军事威胁，身为三军统帅的李登辉总统认为国军应抛弃旧有的「反攻大陆」思维，改以适应海岛地形的防卫战略为核心，推动兵力缩减与部队精实化训练。初期该构想遭到军方高层的强烈反对，在经过几年的折冲后，1997年立法院正式通过四阶段的裁军计划，并由时任参谋总长罗本立推动执行第一阶段「精实案」，将兵力降至40万人以下。
军队国家化.
过去两蒋时代中华民国国军效忠于唯一的执政党中国国民党，同时党国体制也导致了军队体系听从党的号令，而非按宪法效忠于总统。李登辉上任后，透过提拔时任国防部部长郝柏村为行政院院长以解除其兵权，并借此推动参谋总长的任期制等措施，逐步收回属于三军统帅的权力。2000年发生政党轮替后，时任参谋总长汤曜明宣示军方将效忠民选产生的新总统，更奠定了军队国家化的基础。
美国军售.
老布希总统上任后相当重视两岸间的军力平衡，其执政期间曾核准大批的对台军售案，包括C-130H运输机、E-2空中预警机，以及150架当时属于先进武器系统F-16 A/B型战斗机，是两国断交以来历任总统中少数对台相当友善者。至柯林顿总统上任后，其对台政策转趋保守，始终不同意出售先进武器，直到台湾向法国采购军机后柯林顿政府才表达愿意售台F-16战机的意愿，但最终也未售出。
法国军售.
1989年李登辉甫继任总统之际，由于军权尚掌握在时任参谋总长郝柏村手中，当时原订向南韩购买蔚山级巡防舰，却在郝柏村为首的军方高层主导下，改为透过军火商仲介汪传浦向法国汤姆笙集团购入「拉法叶级巡防舰」。当初合约中明白约定不得收受佣金，却在签约后爆出佣金舞弊情事，出面举发的海军上校尹清枫更于1993年离奇死亡，至今仍无法破案，此即著名的「拉法叶舰军购案」。此案相关诉讼一直持续进行至今，时任法国外长亦因此事件而下台。
另外，由于美国在1993年柯林顿总统主政之后采取向北京示好的外交政策，致使台湾在军事采购上屡屡碰壁，面临华府不愿意出售新型武器的困境。时值六四天安门事件余波，不少西方国家对中华人民共和国的制裁仍然持续进行中，李登辉政府借此向法国军火商达梭集团洽购60架在当时属于新型战斗机的「幻象2000战斗机」，并在1995年完成签约，1999年全数交付。此军购案的成形也对华盛顿当局造成压力，李登辉政府并借此换取美方放宽出售武器的条件限制。
财政.
松绑金融市场.
1980年代政府逐渐松绑利率管制，立法院于1989年通过删除《银行法》第41条利率管制规定，实现利率自由化。同时，解严后受到经济自由主义思潮的影响，加上美国也要求开放市场，1990年代政府开始放宽汇率控制、外资投资与银行、保险公司及证券商的开设，1991年财政部更是一口气核准15家银行设立，促使金融市场快速迈向自由化。然而，监管制度跟不上市场资本化速度的结果也导致了乱象丛生，不仅衍生多起掏空、吸金弊案，更造成股市泡沫化，导致银行亏损惨重。
国营事业民营化.
为改善国营事业的经营管理，政府于1990年代开始推行「国营事业民营化政策」，陆续将国营企业与公股银行在台湾证券交易所挂牌上市并释出持股，包括中国钢铁、台湾肥料、中华航空等公司和彰化银行、华南银行、第一银行均在此期间完成民营化；另外也推行「电力自由化」与「电信自由化」措施，将台湾电力公司与电信总局（改组为中华电信）一并完成民营化转型。
司法.
司法改革.
1990年代在政治改革的氛围下，司法体系内部也逐渐升起一股改革的声浪，许多年轻新进的法官、检察官透过连署要求启动，并结合有「在野法曹」之称的律师组成「民间司法改革基金会」，揭开台湾史上第一波司法改革的序幕。1995年，基层法官发起「箱子还您、独立还我」的运动，要求废除争议已久的送阅制度，并罕见举行全国法院公投，司法院遂于隔年正式废除送阅制，至此法官的裁判书才终于无需再送交审判长核阅，真正落实了审判独立原则。
1999年，时任司法院院长翁岳生首度召开「全国司法改革会议」，广邀司法官、律师公会、民间学者及团体等聚焦司法制度的革新，达成司法院审判机关化、金字塔型诉讼制度等共识；而刑事诉讼制度也在此之后大幅翻修，从原本的职权主义渐渐朝当事人进行主义的方向发展。
犯罪被害人保护.
由于社会治安不佳导致犯罪事件日益丛生，政府除在打击犯罪方面著力之外，面对犯罪被害人及其家属的权益照顾，执政当局也逐步落实社会安全网的建构。1998年立法院三读通过《犯罪被害人保护法》，设立犯罪被害人保护协会给予被害人及家属包括医疗、丧葬、生活费用等的补偿金，并由没收犯罪所得与监所劳作金共同支付。
劳动.
周休二日.
为保障劳工权益、降低工时，行政院首先于1998年起全面实施公务员、中小学周休二日制，并预告于2001年起扩大实施至全国。
教育.
教育改革.
李登辉政府任内针对教育现况进行全面改革，由时任中央研究院院长李远哲领军，实施以下教改措施：
航太.
通讯卫星.
1991年10月，行政院依国家科学委员会的《国家太空科技发展长程计划》成立了「国家太空计划室」，预计分三期时程发展太空科技，首要目标即卫星的研发计划。1998年，由台湾与新加坡共同出资、政府首枚拥有主控权的商业通讯卫星「中新一号」于法属圭亚那发射成功后启用，中华民国正式跻身具备自制卫星技术的国家之列；隔年台湾首枚自主研发的科研用低轨道卫星「中华卫星一号」透过洛克希德·马丁公司成功发射，写下了台湾太空发展史的新篇章。
施政争议.
郑南榕自焚事件.
1989年4月7日，长期主张「100%的言论自由」与台湾独立的《自由时代周刊》总编辑郑南榕遭到检方以涉嫌叛乱罪发出拘票，郑南榕则拒绝被捕，留下「国民党抓不到我的人，只抓得到我的尸体」的遗言后随即点燃汽油弹自焚身亡。郑南榕的逝世引发社会震惊，数千民众在出殡当天自发性的走上总统府前的介寿路为其送行；而当天又有另一名男子詹益桦也当众自焚，虽经即时抢救仍然不治身亡。此事件大加刺激了当时刚解严的社会，警方的作为也引起了极大的争议，当时负责主导攻坚行动的指挥官侯友宜在多年后仍遭指控背负血债。
黑金政治.
长期以来，执政的中国国民党透过笼络地方势力的方式在各地「固票绑桩」，并透过输送利益以换取地方对党籍参选人的支持，这种政治生态被称作是「黑金政治」。解除党禁后，地方势力不再囿于一方，而纷纷加入政党亲自参与选举，形成黑道介入政治的问题，更使得部分地方角头相当嚣张跋扈，甚至公然违法乱纪，包括时任彰化县议会副议长粘仲仁、屏东县议会议长郑太吉等人，还一度传出「过高屏溪，杀人无罪」等嘲讽时事的耳语，显示当时黑帮势力大到连地方政府与辖区内警察都不敢动等离谱至极的情形。
军人干政.
1990年5月野百合学运甫落幕之际，总统李登辉为收回统帅权，宣布提名时任国防部部长郝柏村为行政院院长，欲借此拔除其兵权。然而此举却引发了在野的民主进步党抗议，认为郝柏村担任阁揆是「军人干政」，要求总统撤回提名，并再次号召民众、学生上街参与「520反军人干政大游行」。李登辉当时并未收回成命，而是在两年后利用国会改选的契机，顺势逼退郝柏村辞职。
治安问题.
1980、1990年代是台湾治安最差的一段时期，不但经常发生绑票事件，更发生多起凶杀命案，遂使得社会治安成为执政当局头痛的问题。1996年起陆续发生刘邦友血案、白晓燕命案、彭婉如命案和南非武官挟持事件，其中刘邦友还是时任桃园县县长，因而引发民众对政府治理不彰的质疑。
520农民运动.
1980年代起中华民国政府受到美国农产品外销政策的影响，于压力下放宽农产品进口限制，导致农民面临削价竞争的情形，因而开始出现零星的农运抗争。1988年5月20日，为抗议李登辉政府决定全面开放美国农产品进口，数千农民从中南部自发北上至府前的介寿路抗议，要求政府回应农民诉求，爆发了激烈的警民冲突。当时警方出动水砲车与镇暴部队镇压，记者甚至拍到警察将抗争群众拖至暗巷施以暴行等画面；但警方却坚称是「暴民制造暴乱」，检方并起诉农运干部，包括云林农权会会长林国华、农民邱煌生等人皆遭到判刑，称为520农民运动。
520农民运动是台湾历史上极为罕见、也是规模最大的一次农民运动，立法院在事后通过了《农民健康保险条例》回应其部分诉求，但至此之后台湾的农运就此沉寂，未再出现大型的农民抗争。