2000年代JR时间表修正

2000年代JR时间表修正是指2000年代在JR集团内路线中实施的。
2000年（平成12年）.
1月22日.
九州中，随著筑肥线下山门站至筑前前原站之间成为双线铁路实施时间表修正。当中包括由于增加班次而引入由JR九州开发的首架直流型电动列车。
3月11日.
各地实施时间表修正。
4月21日.
由于山阳新干线「光号铁路之星」规定使用指定编成，「West光」终止运行。同时，0系不再连接绿色车厢。
9月23日.
主要为西日本嵯峨野线（山阴本线）实施时间表修正。
10月1日.
东海道新干线实施时间表修正。
12月2日.
主要为东日本实施时间表修正。
2001年（平成13年）.
3月1日.
西日本中，随著日本环球影城 (USJ) 开幕，樱岛线环球影城站启用。在3月1日、2日樱岛线与大阪环状线实施特别时间表运行。另外，樱岛线设有「JR梦咲线」的别名。
3月3日.
主要在西日本实施时间表修正。
3月29日.
西日本中，3月31日日本环球影城开幕前，修改大阪环状线至JR梦咲线的直通班次与所需时间进行修正，同时实施时间表修正。
4月1日.
东日本的仙台地区中，东北本线、仙山线、仙石线实施时间表修正。当中仙山线开始实行平日时间表和星期六及假日时间表。于星期六及假日时间表重开特别快速。同时该线的不在仙山线服务。
4月21日.
西日本山阳新干线实施时间表修正。增加光号铁路之星班次。
6月4日.
西日本艺备线实施时间表修正。从广岛出发志和口站的尾班车延迟。于志和口站到达时间在跨日后。因此，三次站尾班前往广岛站的班次提早出发。
7月7日.
西日本山阴本线实施时间表修正。为了列车高速化，来往米子站至益田站之间引入快速的，运行班次进行修正，班次数目微减。来往鸟取站至益田站之间的特急「国引」引入西日本首架新型特急柴油列车，并改名为「超级国引」。同时特急「矶风」均改为来往益田站。而木次线、三江线时间变更。
7月20日.
西日本，大阪环状线直通至JR梦咲线的直通列车中，西九条站的停车月台变更，JR梦咲线于运送日本环球影城最繁忙的时间实施时间表修正，修改班次间隔，使前往提高前往日本环球影城的方便性。
9月29日.
东日本中，东北本线（仙台地区）国府多贺城站启用。
10月6日.
随著九州筑丰本线、筿栗线电气化实施时间表修正。
12月1日.
东日本实施时间表修正。
2002年（平成14年）.
3月16日.
北海道实施时间表修正。从旭川方向前往新千岁机场方向的直通L特急改名为「超级白箭」。
7月14日.
随著3月JR东日本收购东京单轨铁路，东京单轨铁路羽田机场线的起点同时转乘站滨松町站中，成为京滨东北线的快速停车站。
7月20日.
西日本中，为了方便前往日本环球影城，部分特急「黑潮」、「超级黑潮」和「海洋快箭」列车停西九条站。
10月5日.
西日本实施时间表修正。
10月21日.
西日本北陆本线中，随著北陆新干线兴建工程进行，东金泽站至森本站之间的走线变更，同时实施时间表修正。营业距离减少0.1公里。能登铁道削减列车班次，来往七尾站的急行废止。
11月2日.
西日本纪势本线实施时间表修正。在和歌山站至纪伊田边站之间的普通列车中，除了早晩时段外，均在御坊站把系统分割。御坊站至纪伊田边站之间的区间列车改由113系2卡编成以一人控制方式运行。
12月1日.
北海道、东日本实施时间表修正。
2003年（平成15年）.
3月15日.
西日本、九州实施时间表修正。
在此修正中，能登铁道削减班次，前往蛸岛站的列车只剩下5班。
3月29日.
东日本中，随著实施，与其互相直通的常磐线各站停车与地下铁千代田线也实施时间表修正。部分来往相模大野站、本厚木站的列车（小田急线内为准急）改为来往唐木田站（小田急线内为多摩急行）。使3间公司直通的准急消灭。另外，在互相直通的中央·总武线各站停车至地下铁东西线中，E231系800番台投入服务（在同年5月1日开始营业），103系、不在使用在直通运行班次。
6月1日.
西日本实施时间表修正，来往大阪站至米原站之间的「琵琶湖快车」（485系）升级至特急「琵琶湖特快」（和683系）。另外，特急「遥」加设来往米原站的班次。
7月7日.
九州中，鹿儿岛本线千早站启用。
10月1日.
随著东海道新干线的品川站启用，实施大规模时间表修正（下述）。东海道新干线区间的运输体系中，由「光」作为主体改为「希望」为主体。
东海道・山阳新干线.
在10月1日，东海道、山阳新干线实施大规模时间表修正。当时JR东海副社长松本正之称此时间表修正为「第二之开业」。
12月1日.
西日本实施时间表修正。
2004年（平成16年）.
3月13日.
主要在九州实施时间表修正。
以往列车司机会在公司之间的边界站进行交班。在这次修正中，JR集团之间签订协议，列车长也会在同样情况下进行交班（夜行列车和部分日间特急列车除外）。
9月1日.
西日本三江线由于发生落石事故，在时间表修正中把列车速度下降。
10月1日.
九州实际时间表修正。
10月16日.
东日本、东海、西日本实施时间表修正。
11月9日.
货物列车方面，大阪环状线货物支线境川号志站至之间（通称：）当日暂停服务。来往浪速站的（不定期）货物列车当日起暂停行驶。该区间于2006年4月1日起正式废止。
12月11日.
东日本中，随著，与其互相直通的常磐线各站停车 - 地下铁千代田线也实施时间表修正。小田急的直通运行班次扩展至早上和深夜。
12月19日.
西日本加古川线电气化。班次所需时间缩短、提早首班车和延迟尾班车 。电气化后，新制了4辆125系列车投入服务，另外16辆103系改造车（3550番台）投入服务。
2005年（平成17年）.
3月1日.
主要在东海、西日本、九州实施时间表修正。
6月19日.
西日本中，由于4月25日发生福知山线出轨事故使宝冢站至尼崎站之间重开，以福知山线（JR宝冢线）为中心进行时间表修正。当中为了使时间表上安排较充裕，实施了小规模的修正。由于ATS装置的关系，直通至北近畿丹后铁道的「丹后探索者」改用KTR8000形（丹后发现）。另外，117系不再在福知山线上行走。
7月9日.
东日本中，由于常磐线的新竞争路线筑波快线于8月24日开业。因此在此修正中只牵涉常磐快速线。新型车辆E531系投入服务，在上野站至土浦站之间的特别快速班次最快只需55分钟。而特急「新鲜常陆」增加班次，以及变更与统一停车站。
7月17日.
西日本冈山地区中，由于进行冈山站改善工程而实施时间表修正。
9月11日.
西日本中，随著奈良站周边进行高架化工程中（使用临时路轨），关西本线（大和路线）、奈良线、樱井线实施时间表修正。当初计划在同年5月22日实施，但由于发生福知山线出轨事故影响而延期。
10月1日.
全国实施时间表修正。
11月27日.
西日本中，随著南海电气铁道实施大规模时间表修正（增加关西机场连接列车），临空镇站至关西机场站之间，与南海共用的关西机场线与受牵连的阪和线实施时间表修正。
12月10日.
东日本与新干线实施大幅度的时间表修正。
2006年（平成18年）.
3月18日.
除了东日本新干线外实施时间表修正：
在实施此时间表修正时，与JR直通运行与连接的东武铁道（伊势崎线系统），以及东京急行电铁（田园都市线、东横线）、小田急电铁、樽见铁道等，除了第三部门铁道外同时实施时间表修正。
北海道池北高原铁道故乡银河线将于4月21日废止，在此时间表修正中，直通至带广的列车时间有所调整。
5月21日.
西日本中，阪和线下行线于大阪市内路段高架化，待避车站变更（长居站→鹤丘站），随即实施时间表修正。
6月1日.
四国实施时间表修正，增设晚间牟岐线来往德岛站至阿南站之间的特急「回家特快阿南」。同年5月在1500形気动车于德岛地区投入服务。
7月8日.
东日本以宇都宫线、高崎线为中心实施时间表修正。
10月1日.
东海的在来线实施时间表修正：
10月21日.
西日本（都市网络和北陆地区）实施时间表修正。
12月10日.
西日本冈山地区实施时间表修正。随著冈山站的改善工程有进程，各路线的月台进行变更。增加快速「」停妹尾站的班次。木次线2班上行列车的时间表进行变更。津山线暂时使用临时时间表。
12月15日.
随著西日本三江线滨原站至三次站重开，实施临时时间表修正。主要为修改滨原站列车转乘代行巴士的时间。
2007年（平成19年）.
3月18日.
除了北海道、四国外，主要在各公司的在来线实施时间表修正。
在此修正中，各公司设有新车站启用，包括东日本的太子堂站、东北福祉大前站、平田站、东海的野田新町站、西日本的樱花夙川站。西日本的「西ノ宫站」改名为「西宫站」（读法相同）。
在此修正中，受到世界性的影响与第25条（避免二手烟）。增加全国于新干线、特急列车的禁烟席，以及增加全车禁烟的班次。在东日本，于该公司路线内的列车与特急「白鸟・超级白鸟」全面禁烟（卧铺列车除外）。九州除了部分列车外均全面禁烟。
6月16日.
西日本三江线江津站至滨原站之间重开。1往返班次直通至山阴本线滨田站，并改善江津站的转乘时间。在星期六及日暂停服务，于早晚来往江津站至石见川本站之间的列车取消。
6月30日.
由于暴雨，使部分路段不能通行的越美北线（九头龙线）全线重开。
7月1日.
东海道・山阳新干线与西日本部分地区实施时间表修正。
8月27日.
JR西日本JR神户线的甲子园口站无障碍工程开始。使于甲子园口站折返的列车取消，取而代之为设定来往尼崎站和芦屋出发（从明石品质管理中心以不载客班次前往芦屋）的列车。（在2009年3月14日工程完成后再次设定）。
9月8日.
东海实施时间表修正。
10月1日.
北海道实施时间表修正。
2008年（平成20年）.
3月15日.
各社实施时间表修正：
在此时间表修正中，设有多个车站启用。上述的大阪东线有12座车站启用，东日本、四国、九州各1座车站启用。而西日本（不计算大阪东）有2站启用。另外，九州有1座车站改名。
6月15日.
西日本中，随著米子机场的跑道延长工程开始，境线部分走线改变，大筿津站改名为米子机场站，御崎口站改名为大筿津町站。
6月29日.
西日本中，随著奈良站周边高架化工程进行中（大和路线部分路轨高架化），大和路线、奈良线、樱井线等实施时间表修正。同时，JR宝冢线的223系6000番台投入服务。
10月18日.
西日本实施时间表修正。JR京都线的桂川站启用。该车站只有普通列车停站（包括高槻站至大阪站之间为快速列车的班次）。
2009年（平成21年）.
3月14日.
各公司实施时间表修正。
6月1日.
西日本部分地区（北陆地区）实施时间表修正。特急「雷鸟」（Thunderbird）引入新制车辆683系4000番台。特急「白鹰」增加1往返班次，共设有13往返班次，每1小时设有1班。
同时，东海、西日本内的特急、急行列车（包括通勤快车与直通至其他公司的列车。东海道、山阳新干线与卧铺特急除外）均全面禁烟。
10月1日.
主要是北海道实施时间表修正。