箱馆战争

箱馆战争（日语：箱馆戦争），该战争发生于1868年12月4日─1869年6月27日（即旧历明治元年10月21日 - 明治2年5月18日），新政府军和旧幕府军围绕虾夷地（今北海道，戊辰战后改名）展开一系列战役，而旧幕府军则接连败退，最终使得榎本武扬等人投降，这也是明治新政府军和旧幕府军之间的最后一战，至此旧幕府势力的抵抗完全结束，戊辰战争宣告终结。又因为旧幕府军在虾夷地的根据地为五棱郭，故又称五棱郭之战，而因这场战争跨越了戊辰年来到了己巳年，因此也被人称呼为己巳之役。
背景.
庆应四年（1868年）四月，在海军奉行胜海舟的游说下，江户末代将军德川庆喜同意投降，交出江户城。在江户无血开城后，戊辰战争的主舞台便转移到了日本的北陆、东北，而德川宗家也被减封至骏府藩70万石，德川庆喜也将家督让与他的养子德川家达接任，虽说如此保下江户城150万人和德川家和平，但是却也无法养得起人数多达8万的江户幕府旧臣，而此时担任幕府海军副总裁榎本武扬担心幕府会因此人心涣散，于是率旧幕府军决定前往虾夷地，以北部地区作为新的根据地去进行开发和防御。
榎本舰队北移.
因为决心要继续抵抗。因此榎本武扬并没有听从新政府的意见将军舰交出，而是在4月12日时，以天气恶劣为理由，将舰队移至馆山一带。而后在恭顺派的胜海舟的劝说下返回了品川海峡，随后有四艘军舰引渡给新政府，分别是富士山舰、观光丸、朝阳丸、翔鹤丸这四艘军舰。但对于榎本一方而言，则成功保住了做为主力舰的开阳丸，并没有交出去给新政府。
到了7月，以仙台藩为核心，在北陆和东北对抗新政府军的奥羽越列藩同盟向榎本的舰队提出支援的请求，因此在8月20日，以开阳丸为旗舰的8艘旧幕府舰船从品川海峡离去，驶出江户湾，向著仙台的松岛湾驶去。
但榎本舰队出航伊始便碰上了恶劣的天气，在8月22日在鹿岛滩附近遭遇了暴风的袭击，舰队面临著被海浪打散分解的危险，因此榎本不得不下令全军回到松岛湾集结并重新整备。这次突然的事故导致了榎本舰队损失了2艘运输舰，分别是“咸临丸”和“美贺保丸”，随后剩余的6艘军舰只好陆续向松岛湾集结，而且因为舰船们都遭到大小不等的损坏，因此需要进行修理维护，而这一维护就花了将近一个月的时间，到了9月中旬，为了支援庄内藩，于是派出千代田形和长崎丸以及100名陆军前往，但是在这段时间里，奥羽越列藩同盟已经瓦解了，米泽藩、仙台藩、会津藩等藩都先后投降新政府了，而庄内藩也在支援的舰船到达以前便已经投降了，至此可以说戊辰战争的东北战事彻底宣告结束了。
而后同盟的残余势力在松岛（仙台）和北移的幕府军会面，幕府军征用了两艘运输舰来弥补之前因天气而损失的运输舰，分别是太江丸和凤凰丸，而后与同盟的残余势力会合，其中便包括很多近代日本的有名人士，如：
因为榎本舰队进入仙台城接收了一众残部，这使得此时幕府军的数量已经膨胀到近4000人之多，10月9日，舰队从松岛湾出发，向著牡鹿半岛驶去(石卷市)。而就在这个时候，旧幕府军向此时新政府的最高将领、时任奥羽追讨平潟口总督的四条隆謌递交了一份为救济旧幕臣而开拓夷地的内容的请愿书，即「虾夷地的徳川家永久御预」。而由于了解到旧幕府军的军力相较之前有所膨胀，因此新政府决定派遣2000人的部队支援石卷地区。仙台藩的武士们担心又有一场战争要在这里爆发，因此这些武士通过石卷地区的一个富商与榎本武扬进行协商谈判，说明仙台藩愿意向他和他的部队提供了充足的食物和各项物资，而交换条件便是舰队要离开仙台。榎本同意了，于是他抽调2000多名精锐士兵登上舰队。随后在10月12日便启航朝宫古湾（岩手县）而去。而那些被留下的残余旧幕府军则是一哄而散，但仍有100多名未能逃脱的士兵被新政府的部队抓获，这些人在岸边被陆续斩首，随后将这些头颅曝晒在町公之于众。
经历.
旧幕府军攻占虾夷地.
夺取箱馆.
在明治维新这个时代，除了松前和江差一带的松前藩领地以外，大部份的虾夷地都是由幕府进行直接管辖。并且幕府时设置了箱馆奉行这个职位来管辖虾夷地，而等到新政府建立后，则是改由设置箱馆府这个行政机构管辖，此时最高长官为府知事清水谷公考。在幕府直辖虾夷地时期，奥羽诸藩（陆奥、出羽）都有向虾夷地区派遣了军队，但当戊辰战争的战火蔓延到东北地区后，这些藩都撤回了军队，因此此时虾夷地区的防备兵力就只剩下仅100余人的箱馆府兵和松前藩兵而已。而就在榎本舰队北行的期间，新政府看出其北行的意图，所以箱馆府便向邻近的亲明治政府的藩请求援军。
在10月19日，距离箱馆最近的弘前藩派遣了由家老杉山成知带队的4小队2200余人前来支援，而10月20日又有来自福山藩的约700名士兵(队长：冈田伊右卫门)和来自大野藩的170名士兵(队长：中村雅之进)在军事参谋试补野田豁通的带领下抵达箱馆，做好迎击北上的旧幕府军的准备。
10月21日，旧幕府军在箱馆北部的鹫之木地区(茅部郡森町)登陆，随后旧幕府军兵分两路向箱馆进军，一路由大鸟圭介带领主力部队向峠下、七重一带，延著海岸线进军，另一路则由土方歳三率领支队向鹿部、川汲峠一带，沿著山路向箱馆进行迂回包抄。旧幕府军不打算进行不必要的战争，因此决定先向当地的箱馆府知事清水谷公考派遣特使，向清水谷府知事递交有关开垦虾夷地的请愿书，由游击队长人见胜太郎和本多幸七郎率领30人前往。而就在10月22日的夜晚，旧幕府军在峠下的军营受到箱馆府军的夜袭，但被大鸟所率领的本队击败后退走，至此拉开箱馆战争的序幕。
10月24日，与人见胜太郎的小分队会合的大鸟军分别在大野村和七重村击败了箱馆府军，而另一方面的土方军则在川汲峠也击败了箱馆府军。一时之间，进攻诸军皆败的消息让清水谷府知事决定放弃五棱郭，于是在10月25日，新政府军便搭乘上秋田藩的阳春丸和从普鲁士租借而来的军舰离开箱馆，撤退到了青森港。
因此旧幕府军便在10月26日无血进入五棱郭要塞。榎本随后让舰队进入箱馆的港口。旧幕府的军队很顺利的在登陆虾夷地后的五天内成功地占领了箱馆全境。此外对于旧幕府军还有意外之喜，就是在10月27日，因为不知道旧幕府军已经占领箱馆的情况下，秋田藩的高雄丸军舰（后被箱馆政权改名为第二回天号）照常驶入箱馆港，随后便被旧幕府军捕获。
与松前藩的战斗.
以虾夷地为根据的松前藩在家老松前勘解由带领之下原本始终保持著见机行事的两面逢源态度，一方面加入奥羽越列藩同盟，一方面对明治政府保持著恭敬臣服的姿态。但是在这一年（1868年）的7月28日（1868年9月14日），以少壮派松前藩士为主体的「正义队」因为此前便已和清水谷公考有所接触，并且已经约定要协助新政府军，因此正义队便在下国崇教的带领下攻杀松前勘解由，这使得松前藩一改之前的态度，成为坚定的尊皇派。因此当旧幕府军攻下箱馆后向松前藩劝说投降的时候，松前藩将派遣来的使者杀死以表达决心战斗的意志。
10月27日，以土方岁三为总督率领由彰义队、额兵队、冲锋队等幕府军队组成的700人部队向松前藩的松前城进发准备进攻。11月1日，这支部队在知内驻扎宿营时，被松前藩的士兵奇袭，但被土方率队击退。到了11月5日，成功抵达松前城下。而在行军期间，在11月1日时蟠龙丸向松前城进行砲击。
而早在10月28日时，松前藩藩主松前徳广便已经率部队离开松前城，退往内陆的馆城，松前城内只留下了少数的士兵。因此战事一开，松前城的搦手门（城堡后门）便受到土方率队猛攻，松前城留下的士兵们虽说顽力抵抗，并借由反复打开大门发射大砲的方式打击土方军，但在土方军的猛烈攻打下，松前城在几个小时内就被土方军给攻陷。于是松前藩的士兵们便放火烧了松前城，并向江差方向败退。
11月12日，旧政府军乘之前攻下松前城的余威，由额兵队队长星恂太郎率领500人额兵队为先锋从松前向江差挺进。途中还攻陷了大滝阵屋。到了11月15日当星恂军逼近江差时，松前藩在江差的士兵早已被击败了，被派遣来支援江差战事的以幕府主力军舰开阳丸为主的舰队水兵给无血占领了江差。
然而，在15号当天的傍晚，江差海峡的天气突然急剧恶化，一股股暴风和漫天的大雪将原本停泊在岸边的开阳丸吹到浅滩导致舰体触礁，而接下来连续长达三天的大风浪则不停破坏著无法抢修的开阳丸，最终导致开阳丸彻底毁坏，而本来被派遣来救援的两艘运输舰之一的神速丸也同样因为触礁而损坏。榎本舰队在数天内连续损失两艘舰船，尤其是舰队当中的主力军舰开阳丸的损失影响尤大，虽说开阳丸上的官兵得以保存，但这次的恶劣天气却是实实在在重创了榎本舰队的实力。这使得旧幕府军队难以继续维持其制海权，为新政府军提供了登陆虾夷地区的有利空间。
另一方面，在11月10日的时候，旧幕府军派遣松冈四郎次郎率领一个500士兵组成的第一联队从五棱郭出发，经过二股进攻松前藩藩主松前徳广所驻扎的馆城，并在11月15日攻陷馆城，而松前德广早在12日便从馆城离去，向著松前藩的北端的熊石退去。而到了11月22日旧幕府军抵达熊石时，松前徳广已经带领60余名亲族家臣逃往弘前藩，松前藩剩下的300余名士兵向第一联队投降，至此，旧幕府军将明治势力从虾夷地赶出去，成功占领了整个虾夷地区。
建立箱馆政权.
12月15日，平定了虾夷地的旧幕府军建立了箱馆政权。随后举办记名制的选举，由士官级别以上的干部投票选出包括总裁、副总裁、海军奉行、陆军奉行等重要的内阁人选，并由获得最高票的榎本武扬出任箱馆政权的第一任总裁。而副总裁则是由原江户幕府陆军奉行并（陆军副司令，陆军中将）的松平太郎出任。陆军奉行（陆军司令）则是由大鸟圭介出任，而原新选祖副长的土方岁三则是担任
陆军奉行并一职。
早在12月1日，旧幕府军刚占领虾夷地区没几天的时候，榎本便向英法两方驻扎于此地的军舰委托，请求将解决虾夷地的开发问题的请愿书转交给明治政府，两国公使于是便将这份请愿书交给新政府的右大臣（明治政府重设太政官制度至新内阁制度实施）岩仓具视，而岩仓右大臣则在12月14日时拒绝了旧幕府军的请求。
此外，在建立箱馆政权的同时，旧幕府军也重新整编了手头上拥有的各式军队，以对抗之后与新政府军的战争，并在已控制地区中的如江差、松前、鹫之木等沿海地区布置守备部队。此外，之前沉没的开阳丸上生还的水兵，则被分配到担任开拓奉行的舰长泽太郎左卫门的部队里，负责北上前往室兰进行开拓和防卫。
并且为确保旧幕府军方面的资金足够应付之后的一系列战争，虾夷政权除了向当地的富贾豪商筹集资金以外，还在一本木的关所上增设了一个通行税，以此收取过路的货物税收，而且还私自铸造货币来提供给新政权使用。因此对于当地原有的箱馆平民而言，这无异是打乱了原本的生活习惯和加重了税收，所以在这些住民眼中，新的虾夷政权的评价并不太好。也因此在箱馆府的村山次郎的带领之下，当地秘密成立了一个组织，名叫「游军队」，这个组织的人悄悄以城市中的下级官僚和弁天台场的士兵等身分，逐渐渗透进了旧幕府军的内部。
新政府军的集结.
同年的10月30日，旧幕府军已经攻占箱馆，并且在和松前藩激烈交战中的情况通报至东京后，明治新政府立刻反应过来，调动津藩、冈山藩、久留米藩这三个藩的合计约1000名士兵经由海路前往青森。11月6日，奥羽军征讨军参谋山田显义率领长州藩和德山藩的士兵经由秋田抵达青森。11月9日，山田显义被任命担任青森口总督府下辖会议所的海军参谋兼陆军参谋。11月19日，新政府军颁布了对旧幕府军的征讨令。到了11月27日，来到青森避难的原箱馆府知事清水谷公考被新政府任命为青森口首任总督。然而，由于新政府军对于冬季行军的准备并不是十分充分，因此征讨箱馆的行动决定延后到第二年春季，等天气转暖后再开始行动，故集结而来的各藩士兵便在青森附近驻扎以度过这个冬季。
陆军方面，在明治二年（1869年）二月时，以弘前藩和松前藩两个藩为主力的8000多新政府军已经在青森集结完毕。而海军方面，明治政府因为已经击败了奥羽越列藩同盟，算是击垮了原德川幕府的大部分有生力量，因此要求美国解除中立，将原本贩卖给德川幕府的最新型铁甲舰转卖给明治政府，美国随后同意，因此明治政府将这艘排水量达1358吨的日本第一艘铁甲舰命名为「甲铁舰」。新政府海军以增田虎之助为海军参谋，他将来自各藩的军舰改组整编成一支新舰队。到了3月9日，经过整编后的新政府舰队，在4艘军舰和4艘运输舰的组成下，并以甲铁舰为旗舰，浩浩荡荡从自品川海峡一路北上前往青森港，并于3月18日进入港口。
宫古湾海战.
当旧幕府军接收到新政府的舰队驶入宫古湾的情报时，因为先前箱馆政权损失了主力舰开阳丸，因此其上层很快便制定了抢夺甲铁舰的计划。3月20日，该计划由箱馆方的海军奉行（海军司令）荒井郁之助为指挥官负责主持，跟随一起前去的还有陆军奉行并（陆军副司令）土方岁三率领的100名箱馆陆军，这支部队搭乘著回天丸、蟠龙丸和捕获来的高雄丸这三艘军舰朝向宫古湾出航。
计划内容是派遣这几艘旧幕府军队现有的军舰，挂上外国的旗帜伪装后进入宫古湾后趁新政府军不备夺取甲铁号，其中当前的主力的回天丸负责压制港内新政府其余军舰，而蟠龙丸和高雄丸这两艘小型军舰从左右靠上甲铁号，让突击队直接从甲板登上甲铁号，并将上头的新政府军压制后夺走该军舰。
到了3月23日，三艘军舰航行的途中遭遇了暴风雨，这使得部队前进困难。在原本预计集结的山田湾（岩手县东部）里，回天丸和高雄丸成功会面，但蟠龙丸却仍然不知所踪。奇袭舰队经由讨论后决定由已经抵达的这两艘军舰发动奇袭，于是在3月25日的凌晨，两艘军舰正欲趁著夜色和外国旗帜进入宫古湾，但这时高雄丸的蒸汽机关也发生了故障，导致无法继续参战，经过一番纠结且担心战机就此丢失，因此回天丸舰长甲贺源吾决定仍按照计划而来。
到了3月25日凌晨天刚破晓时，回天丸借由美国国旗成功进入宫古湾内，等进入成功后，便马上将美国国旗撤下换上日章旗，并且借由船上的56磅砲对甲铁号成功进行压制。正当回天丸准备要用右舷接上甲铁舰时，却发现之前计划的错误和简陋，二者甲板的差距竟然有3米多的距离，这为准备登上甲铁舰的突击队倍感为难，犹豫不前。这时候舰长甲贺大吼命令攻击，于是海军士官见习、一等测量员大冢浪次郎、船员矢作冲麿、旧新选组队士野村利次郎、彰义队队士笹间金八郎、加藤作太郎、伊藤弥七等人纷纷跳上甲铁舰准备突袭，但此时甲铁舰上的新政府军早已回应过来了，那些登上甲铁舰的旧幕府军成为了安装在甲铁舰上的加特林机枪和步枪的最佳目标，当场就被击毙四人。同时回天丸也开始与湾内的新政府军作战，在一番激烈的枪战后，在包含回天丸舰长甲贺源吾和旧新选组队士野村利次郎等人在内，总共有15人被当场击毙。交战仅仅30分钟后，便以旧幕府军的失败告终，回天丸凭借快速的航速倒车撤退而去。
当回天丸成功离开宫古湾后，原本因为蒸汽机关故障后导致移动速度较慢的高雄丸便被追赶而来的新政府军舰春日丸和甲铁舰赶上，被迫在罗贺海边的田野畑村搁浅，高雄丸上的虾夷陆军在放火后便步行逃跑，但最终在3月29日终因新政府军的围剿下向邻近的盛冈藩投降。而原本因天气恶劣而在鲛港中的蟠龙在3月25日时成功和逃离宫古湾的回天丸会合，二者在3月26日时成功回到了箱馆。
这场海战，以旧幕府军的失败告终，新政府军以4人战死的代价成功保住了甲铁舰的安全，并因此成功重创了来犯的旧幕府军，还击毙了担任回天丸舰长的旧幕府方高级武士甲贺源吾，新政府方死伤30余人，而旧幕府军死伤50余人。
新政府军登陆.
在宫古湾海战中取得胜利的新政府舰队，在3月26日时抵达青森。新政府租用美国和英国的运输舰来输送兵力，在4月初的时候便完成战前的各项集结工作。做好了渡海登陆的作战准备。
海陆军参谋山田显义率领1500名新政府陆军于4月6日从青森港出发。于4月9日早上登陆乙部。旧幕府军得知此事后派遣江差的第一联队150人前来阻止新政府军之后的登陆行动，但这150人被已经登陆的新政府军先锋松前藩兵给击退。当岸上的陆军之间还在彼此交火时，海上的5艘以春日丸为首的新政府军舰则开始砲击江差。江差的岸防砲台准备做出反击，却发现对方军舰可以砲轰到自己，但砲台却距离不够，无法砲击到对方军舰上。于是旧幕府军便只好在江差奉行松冈四郎次郎的带领下后退至松前一带。
新政府军成功攻下江差地区，到了4月12日，新政府军陆军参谋黑田清隆率领2800名增援部队抵达江差，此时新政府军兵力已经有4000多人，与旧幕府军纸面实力相当，于是决定兵分四路向著箱馆方向进军，分别是：
另一方面，旧幕府军在4月14日时，派遣原本是会津藩后脱藩的二关源治率领见国队的400名陆军，乘坐著一艘英国舰船抵达了鹫之木旁的砂原，被投入于室兰和箱馆之间的防备任务。
松前之战.
4月11日，旧幕府军调动原本在松前负责守备工作的一支人数达500人的箱馆陆军，这支由伊庭八郎所率领的游撃队和春日左卫门所率领的陆军队为主力的陆军部队被派遣去参与夺回江刺的行动。在根武田（现松前町）附近赶走新政府军的斥侯。并且在第二天，箱馆部队立刻向茂草（现在的松前町）挺进，而新政府军则避其锋锐，向江刺方向撤退。旧幕府军的军官们见此便计划一鼓作气夺回江刺，但当这支部队收到有支新政府军的军队正跨过山区，准备经由木古内夹击松前的消息时，这支部队很快撤回了松前。
4月17日，新政府军发动了对松前的作战。在新政府军的舰砲支援和优于旧幕府军的军队战力这双重优势的攻击下，旧幕府军在付出超过40人以上的死亡后，不敌新政府军的猛烈攻势，于是断然放弃松前城，向知内方向撤退。
木古内之战.
4月12日，在旧幕府军陆军奉行大鸟圭介的带领下，传习队和额兵团赶到木古内，与当地负责守备的彰义队合并，合编成一支人数达500人的部队，并与新政府军的斥侯发生小规模的冲突，并且收拢在17日松前战败后退走的军队，并在木古内周围的各军事重地布防好足够的兵力。
4月20日，还没完全天亮，以木古内为方向的新政府军便发动了总攻击，两军之间爆发了激烈的战斗，战斗一直持续到中午。旧幕府军队中的额兵队和游击队始终奋勇作战，在战线逐步后撤至泉泽（现木古内町）的路上，旧幕府军死伤了70余人。随后，本多幸七郎率领旧幕府军的传习队来救援被孤立在知内的300人彰义队，二者会合后便一起撤向木古内。而这支部队决定前往木古内的行为，让原本已经攻下木古内的新政府军担心被前后夹击，因此决定撤退，旧幕府军便这样夺回了木古内。然而旧幕府军在判断形势后，将木古内也放弃了，退往矢不来（现北斗市），因为那里已经建构好了一个具有砲台和胸墙的军事阵地。
矢不来之战.
在木古内，向木古内前进和向松前前进的两支新政府军合流，这支部队在做好充足的整备后，在4月29日，新政府军陆军参谋太田黒惟信率领1600名新政府军从大路、海岸、山上这三个方向进攻矢不来。并且新政府军还调来以春日和甲铁为首的舰队前来进行砲击支援，在舰砲猛烈的轰炸下。旧幕府军以冲锋队大队长天野新太郎和永井蠖伸斎为首的诸多官兵死伤，这使得矢不来的旧幕府军战线在很短的时间里崩溃。
旧幕府军陆军司令大鸟圭介还试图在富川（现北斗市）重新收拢组织部队以恢复战线，但却始终无法做到，只好无奈率领部队一路撤退到有川（现北斗市）。在有川，由箱馆政权最高统帅、总裁榎本武扬亲自指挥部队，但旧幕府军此时已经是军心涣散，开始向箱馆方向一路败退。旧幕府军在矢不来一战中战死者达到了160人。
二股口之战.
在箱馆方陆军副司令土方岁三的指挥下，来自冲锋队和传习队的300名箱馆陆军，在4月10日抵达台场山（现北斗市），这支部队花了两天的时间构筑了一个有16座胸墙的防线，以此来抵御即将来袭的新政府军。到了4月13日正午过后，700名新政府军开始发动攻击，土方军便借由胸墙的掩护下用步枪进行防御。因为新政府的军人数量比旧幕府军多，因此凭借人数优势发动了多轮攻势，但土方军在雨势中采用每两小队持步枪轮流射击的方式防御著。战事持续到第二日（14日）早上，新政府军感到疲惫困乏，因此暂时收兵撤退到稻仓石，旧幕府军在这场长达16小时的激战中消耗了多达35000发子弹。
到了4月22日，新政府军试图再次进攻，但仍被土方军击退。因久攻不下二股口，新政府军决定放弃继续正面进攻的打算，在4月23日下午，新政府军攀爬上一旁陡峭的山峰，由上而下的从侧面使用步枪攻打二股口的旧幕府守军，两方激烈的交火持续了整个夜晚。
在4月24日天还未亮，旧幕府军步兵头并泷川充太郎率领传习士官队拔刀冲入新政府军中，新政府军因为突如其来的攻击下顿时陷入大乱，新政府军因此败退而去。尽管如此，新政府军仍重新组织部队，并且继续投入新的作战部队，旧幕府军只好用冷水来把已经很烫的步枪枪身降温，以便继续作战。直到4月25日凌晨，新政府军才终于下令部队暂时撤退。
而后新政府军改变作战策略，开始从山区开辟道路准备绕过二股口这个军事关隘，而等到4月29日矢不来之战中旧幕府军败退，为了避免被新政府军切断后撤和补给的道路，土方军只好放弃二股口阵地，一路撤退到五棱郭要塞。
箱馆总攻击.
4月28日，青森口总督清水谷公考登上江差的土地。而新政府军从5月1日开始，将向松前、木古内进军的东下军和向二股口进军的南下军的三支部队在有川进行集结，做好对箱馆发动进攻的充足准备。而因为幕府军这一个月以来的陆上作战可以看出败象已现，因此法籍军事顾问团的副队长、砲兵大尉儒勒·布吕奈、卡泽纳夫等人在看清局势后，乘坐上法国舰船离开了箱馆。在箱馆方陆军司令大鸟圭介的率领下，旧幕府军数次夜袭了七重滨的新政府军。5月8日，榎本武扬甚至亲自率领部队夜袭大川（现七饭町），但却以失败告终。到了5月11日，新政府军发动了对箱馆的海陆两方面的全面进攻。
箱馆湾海战.
在经过这段时间频繁的作战后，旧幕府方很多军舰不是损伤就是被击沉，到箱馆湾海战前就只剩下三艘军舰，分别是回天丸、蟠竜丸、千代田形丸。而另一方面，明治新政府为了确保陆上军队能及时得到应有的支援，以及能够尽快破坏陆上的其他要塞，便以甲铁舰为旗舰，另外再建造多四艘军舰，分别是春日丸、阳春丸、延年丸以及丁卯丸，另外又从旧幕府军中捉获一艘名为朝阳丸的军舰。
因此在这种差距极大的舰船数量下，旧幕府军舰中的千代田形丸先在5月1日在箱馆湾内触礁后被放弃，随后被新政府军捕获。5月3日夜晚，游军队的间谍斎藤顺三郎破坏了弁天台场的大砲。旧幕府军只好紧急铺设一条铁索封锁箱馆湾的海面。但在5月6日时就被新政府军给切断，新政府的舰队得以驶入箱馆湾内。在5月7日时，双方在湾内爆发海战，回天丸的蒸汽机关被新政府军催毁，旧幕府海军只好将其开到浅滩上，让其成为一个浮动的炮台，以舰砲进行支援。
在5月11日的海战中，旧幕府军仅存的军舰蟠龙丸，成功击沉新政府军的朝阳丸军舰，这使得箱馆方士气大振，但没过多久，保受砲弹打击的蟠龙丸也搁浅了，船员们只好上岸和弁天台场的箱馆陆军会合。至此旧幕府军所有的海上力量消耗殆尽，在丢失制海权的情况下，箱馆政权的失败只是迟早的事情罢了。
四棱郭战役.
在箱馆湾海战发生的同时，陆军方面，旧幕府军在大鸟圭介的指挥下，在通往五棱郭的北方通道，龟田新道的桔梗地上布置著由传习歩兵队、游撃队、陆军队所组成的防守阵地。5月11日凌晨，新政府军组织了4000人的部队进攻此地，尽管大鸟努力地东西奔波指挥著军队，且用大砲进行防守，但仍不敌新政府军的攻势，一路退往五棱郭要塞。旧幕府军本来在五棱郭以北还建造了一个名为四棱郭的次要要塞，并且派遣由松冈四郎次郎率领的第一联队进行防守任务，但当他发现新政府军已经攻下四棱郭与五棱郭之间的权现台场时，为防止己方部队的退路被新政府军切断，只好撤军退往五棱郭。
背后登陆奇袭箱馆、箱馆巷战.
另一方面，在同一天的黎明前，新政府军的陆军参谋黑田清隆率领著700人的部队乘坐丰安丸和飞龙丸运输舰，乘著夜色，从箱馆山的后侧悄悄登陆。丰安丸所运送的部队从西北侧的山背旁的海岸登陆，从背后威胁旧幕府军的弁天台场大砲阵地，而黑田亲自率领的飞龙丸部队在西侧的寒川附近登陆，并且攀爬到箱馆山的山顶。山顶上负责监察的旧幕府军见此大惊失色，随即逃走，黎明时分时新政府军便以完全占领箱馆山。而后做为间谍的游军队在箱馆山药师堂迎接新政府的奇袭部队，并引导新政府军沿著山路行动。
为了应对新政府军的突然登陆，箱馆奉行永井尚志进入弁天台场，并增强其各项防卫。而后派遣步兵头并泷川充太郎，率领传习士官队和新选组前往箱馆山阻击新政府军，但是来自箱馆山上的攻势异常强烈，再加上大森海滩的阳春丸军舰的舰砲打击，这支部队一路且战且退到了一本木的关口，随后一路向五棱郭撤退。到了这天的上午11点，箱馆的市街已经被新政府军给成功夺取，来自弁天台场的旧幕府军便在街内的木材行放火，火势迅速蔓延开来，一场大火下来，摧毁了872间房屋。
在攻下箱馆市区后，新政府军率军挺进一本木的关口，这时新选组队士岛田魁所守备的弁天台场被新政府军包围，陷入重重包围。土方岁三便率领少数士兵突围相救。力阻自七重滨大举进犯的新政府军于一本木关口，却不幸在一本木关口指挥战斗时，腹部中弹，落马不治。箱馆政权副总裁松平太郎率军想夺回箱馆市区的计划也失败，旧幕府军至此，仅剩下五棱郭、弁天台场、津轻阵屋等几个残余阵地。
在战争期间，箱馆医院的院长高松凌云秉持著红十字会的精神，宣布该医院的非武装中立，不分敌我的去治疗箱馆战争中受伤的两方伤员。在5月11日的战斗中，新政府军乱入箱馆医院里，在充满杀气的新政府军面前，与试图去保护病人的高松言语之间多次冲突，萨摩藩士山下喜次郎在听完高松的主张后离开，并在医院门前贴上上面写著的已经萨州队审查的墨迹纸条。而在分院的高龙寺的非武装却进行的不够彻底，双方再度爆发冲突，松前藩士兵和弘前藩士兵杀死了十余名旧幕府军并放火来烧。
到了5月12日，箱馆湾的甲铁舰开始砲轰五棱郭，在接连不断的砲击下，箱馆军步兵头（相当陆军大佐）古屋佐久左卫门受了重伤，并且造成许多箱馆陆军伤亡。旧幕府军崩溃在即，接二连三的逃兵开始离开五棱郭而去。
戊辰战争的结束.
在5月12日的夜晚，在新政府的陆军参谋黑田清隆的命令下，新政府军的军监村桥久成和监军池田次郎兵卫来到中立的箱馆医院，前去探访旧幕府军的会津游击队队长诹访常吉。新政府方试图借由诹访常吉在与旧幕府军的投降谈判中进行调解，但此时诹访已经是奄奄一息了。所以诹访便与高松凌云和箱馆医院的事务长小野权之丞一起联名向总裁榎本武扬劝说投降新政府军。榎本与士官以上官员召开会议进行讨论后，5月14日榎本武扬宣布拒绝投降。为了避免自己在荷兰学习所获得并翻译为日文的「海律全书」（内容为海洋国际法和外交）在战火中损坏，因此让高松将这本书交给黑田清隆。
同一天，榎本根据永井的建议，在津轻阵屋附近的一所房屋里和新政府军的军监田岛圭蔵会面。并且再次拒绝新政府方的劝降，但提出将五棱郭内的伤病人员送走，随后便有旧幕府军方面的250名伤病人员在当天较晚的时候被送至汤川。
而弁天台场在前方的舰砲射击和后方登陆的奇袭部队的两面围攻下始终坚持著，但它的补给已经即将耗尽，部分原因是因为弁天台场收容了那些失去船舰的众多海军士兵，导致粮食消耗增加许多。到了5月15日，永井尚志率领240人的部队开城投降。在同一天，榎本送回了在五棱郭被俘虏的11名新政府战俘。
津轻阵屋失守.
做为五棱郭的前哨阵地，津轻阵屋也有新政府军的使者前来劝降，但被担任箱馆奉行并的中岛三郎助给拒绝了。另一方面，小彰义队的队长涉泽成一郎率领手下向汤川方向逃走。5月16日，在拒绝撤退到五棱郭的命令后，中岛和他在浦贺担任与力时候的下属们进行了最后的抵抗。在经过一小时的激烈交战后，津轻阵屋的守备军彻底崩溃，中岛和他的两个儿子（恒太郎、英次郎）在这场战斗中阵亡，这也是整个箱馆战争中的最后一场战斗。
在同一天（5月16日），黑田清隆送给榎本5瓶好酒和5条鲔鱼和一封感谢信，作为榎本赠送给他「海律全书」的回礼。榎本则欣然接受这份回礼，并且在同一天傍晚，榎本方面派出一名特使回访新政府军，要求两方休战到第二天早上7点。新政府军同意了他的要求，并且通知这名使者五棱郭总攻击的日期和时间。在休战的这段时间里，旧幕府军召开高层首脑会议，经过讨论后，旧幕府军决定开城投降。这天晚上，榎本准备切腹自杀以承担发动战争的责任，并且替准备投降的旧幕府军们求情，但被碰巧路过的大冢霍之丞阻止（榎本本来是请求路过的他帮自己介错）。
5月17日一早，箱馆政权总裁榎本武扬和副总裁松平太郎及箱馆政权一众军政干部，在龟田八幡宫与新政府军陆军参谋黑田清隆、海军参谋増田虎之助等新政府军高层会面，并且这些旧幕府军干部愿以自己承担全部的战争罪状来换取对士兵们的宽大处理。然而黑田拒绝了这项请求，因为如此处理的话会导致失去像榎本等这样的人才的性命。榎本等只好不再坚持，宣布无条件投降。会议结束后，新政府军让旧幕府军提供一份有关投降仪式的程序。随后榎本将投降的誓言书奉纳给龟田八幡宫，并返回五棱郭制定好投降的仪式和时间。
5月18日（公历1869年6月27日）一早，开始投降仪式，榎本和箱馆众干部来到了龟田的屯所，而后在中午时，五棱郭开城。郭内的大约1000名旧幕府军投降，并且在当天都被解除武装。至此戊辰战争和箱馆战争宣告结束，日本近代这场近两年的内战以明治新政府的大获全胜宣告完结。此外，原本被派遣到室兰负责开拓和防卫的开拓奉行泽太郎左卫门也率领250人在5月22日投降新政府，并在6月11日抵达箱馆。
战后处理.
投降的一众旧幕府军官兵被带到箱馆的寺庙安置，随后被带到弘前藩等地囚禁，其中大部分人在第二年被释放。而箱馆政权内的七位高级官员：总裁榎本武扬、副总裁松平太郎、陆军奉行大鸟圭介、海军奉行荒井郁之助、箱馆奉行永井尚志、海军头松冈磐吉、新选组队长相马主计这7人被关押在东京辰之口的军务官纠问所的牢狱里，并于3年后的明治五年被释放。