2019冠状病毒病台湾疫情

严重特殊传染性肺炎台湾疫情是指在中华民国发生的严重特殊传染性肺炎（COVID-19）疫情。
自2020年1月21日至2023年3月20日止，台湾,236,886例（10,178,478例本土案例、58,354例境外移入案例、36例敦睦舰队、3例航空器感染、15例不明），确诊率为44.15%，累计死亡病例18,803例（18,779例本土案例、24例境外移入案例），致死率，另确诊个案中12,190例移除为空号。
自2023年3月20日至2023年5月27日止，台湾,454例（25例境外移入案例、其余为本土病例）。病例分布以新北市最多1,563例，其次为台北市957例。连江县无并发症病例。
自2023年3月20日起至2024年11月9日止，共有本土死亡病例5,678例，年龄介于1岁至108岁（中位数82岁），65岁（含）以上5,130例（90.2%）；具潜在病史4,911例（86.4%）；通报时未接种XBB或JN.1疫苗者2,139例（占91.6%）。
截至2023年3月20日止，各县市确诊率以新北市52.525%最高，其次为基隆市50.739%。确诊率最低者为金门县18.94%（以户籍人口统计，若以实际常住人数确诊率应为50%左右）。依乡镇市区统计截至2023年3月20日止，新北市汐止区确诊率最高，达61.2%（相当2人至少有1人确诊）。其次为新北市深坑区59.41%（相当2人至少有1人确诊），共有37个乡镇市区确诊率达50%以上，149个乡镇市区确诊率达40%以上，261个乡镇市区确诊率达30%以上，344个乡镇市区确诊率达20%以上，364个乡镇市区确诊率达10%以上，368个乡镇市区确诊率4.63%以上。确诊率最低者为金门县乌坵乡，确诊率4.63%（相当22人至少有1人确诊）。
截至2022年12月28日，累计10万1260例重复感染个案。2023年起重复感染病例大量增加。
台湾卫生福利部疾病管制署已于2023年3月20日起停止统计确诊病例，实际病例将远高于最后通报的1023.6万例。根据疾管署2023年2月初推估的实际感染人口已达台湾5至7成的人口总数，约1161万至1626万左右。
2024年1月23日，疾管署公布2023年1月至6月所调查的自然感染新冠病毒产生之抗N抗体(anti-nucleocapsid protein)结果，结果显示至2023年6月底，台湾估计已有78.9%的人口感染过COVID-19（约为1844.2万人）。经分析比对自2024年1至6月之anti-N月份别整体阳性率由61.5%上升至78.9%，尤其以1-2月(61.5%上升至65.1%)及5-6月(69.4%上升至78.9%)上升幅度最明显，显示与台湾第三波、第四波疫情高峰相符。倘以年龄组别资讯，截至2024年6月底anti-N阳性率：17–24岁阳性率最高(83.70%)其次依序是25–34岁(80.8%)、35–44岁(80.4%)、45–54岁(76.8%)、55–65岁(75.5%)。
基本背景.
台湾经历2003年严重急性呼吸系统综合症疫情后，政府检讨防疫体系及准备工作的缺失，加强传染病防疫医疗体系的组织，分为中央政府、地区、地方政府三级指挥架构。
台湾决定对全球流行性传染病采取积极，推动《》修正，并配修正或新定施行细则及其他法规命令。其中新设中央指挥体系的「国家卫生指挥中心」、及透过法制程序授权成立下属的「中央流行疫情指挥中心」，统整资源、设备、人力来让防疫决策一致化。疾病管制局提高位阶改制为疾病管制署，增聘专业技术人员、教育人员、医事人员，并与部会间有密切的协作机制。台湾还增加传染病防疫医师的制度与训练、储备口罩与防护服等防疫物资，并积极投资新兴传染病科技的研发。同时政府修法建立「传染病防治医疗网」，主要由隔离医院、应变医院、支援合作医院等三种医院组成。
台湾医疗体系自此重视感染管制措施，将院内感染管制列为例行医院评鉴中的查核项目。医界配合建立完善的传染病监测系统，并扩充疾病管制署、中央实验室和合约实验室的检验能量。经历严重急性呼吸道症候群、H1N1新型流感疫情后，台湾民众也建立起勤洗手、戴口罩、量体温等良好卫生习惯。台湾纳入世界卫生组织《国际卫生条例》运作机制后，可以查询世界各地的疫情资讯，并持续交流防疫策略。2015年，因应中东呼吸症候群韩国疫情，台湾虽无感染的人，政府仍持续加强、边境检疫等防治措施，并指示应变医院准备随时面对疫情。
疫情发展.
早期部署.
2019年12月，中国武汉华南海鲜市场陆续出现不明肺炎病例。网路盛传武汉市卫健委的紧急通知，称是SARS。
12月31日，疾管署得知网路正在讨论武汉疫情的贴文后，基于先前防疫经验并高度重视，且向中国疾病预防控制中心及世卫确认讯息。由行政院副院长陈其迈召开跨部会应变整备会议，疾管署紧急召开公布。
2020年1月2日，疾管署成立应变工作小组。
1月7日，疾管署将中国武汉市的旅游疫情建议列为第一级，同时对国际航线及小三通提升警戒。
1月12日，台湾防疫专家团队前往武汉访查，了解当地疫情情况、防治作为及病患暴露史。
1月15日，疾管署将严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型列为第五类法定传染病，定名为「严重特殊传-{}-染性肺炎」。
1月20日，由于对台湾的威胁增加，行政院同意正式成立三级中央流行疫情指挥中心，由疾管署署长周志浩担任指挥官。
出现病例.
2020年1月21日，中央流行疫情指挥中心宣布台湾确诊首例境外移入个案，是全世界首例非中国大陆籍确诊个案。
1月22日，时任中华民国总统蔡英文召开国家安全高层会议，要求行政院与卫生福利部有效协调各部会及各地方政府。
1月23日，中国武汉市疫情防控指挥部宣布暂停所有大众运输，市民无特殊原因不得离开，约有470多名台湾人滞留当地。
1月24日，中央流行疫情指挥中心疫情提升为二级开设，由时任卫福部部长陈时中担任指挥官。疾管署从人流、防治措施和行为模式预测第二波高峰发生在欧洲。
1月28日，台湾出现首宗本土病例家户感染个案。
境外防堵.
行政院整合各部会资料建立「智慧防疫系统」，建立居家隔离、居家检疫和自主健康管理机制。并组织多家企业厂商，提升相关医疗物资产量，并协助研发相关产品。
2020年1月30日，世卫宣布疫情构成「国际关注的突发公共卫生事件」。
2月3日，多国启动武汉「撤侨」后，首架搭载247名居民的包机抵达台湾，但这次包机也引发政治争议。
2月6日，「口罩实名制」正式上路，民众可于全台湾6336家药局购买口罩。
2月8日，宝瓶星号邮轮从冲绳进港，128名游客经采检后办理入境。
2月12日，由于新加坡、日本出现「无旅游史确诊」个案，中央流行疫情指挥中心决议以回溯方式对留存检体追加检验。
2月16日，发现首例死亡病例，本土社区感染疑虑一度加深。中央流行疫情指挥中心与彰化县政府启动疫情调查协同作业，并执行匡列者居家隔离与居家检疫。为了及早发现疑似个案，中央流行疫情指挥中心还启动加强社区监测方案。
2月21日，在钻石公主号邮轮发生群聚感染事件后，台湾以包机方式接回19名台湾籍旅客，进行14天隔离检疫。
2月25日，立法院三读通过《严重特殊传染性-{}-肺炎防治及纾困振兴特别条例》，分为防治、纾困、振兴、罚则四部分。
2月27日，因应国际疫情紧急，时任行政院院长苏贞昌宣布中央流行疫情指挥中心提升为一级开设，由陈时中担任指挥官。
2月29日，台湾出现首起医院群聚感染事件。
3月，大量民众自西方国家返回台湾，境外移入案例陆续增加。
3月10日，在历经先前包机风波后，第二批载有361名台湾人的两架包机从武汉市返回台湾，并进行隔离检疫。
3月11日，随著病例数量和受灾国家快速增加，世界卫生组织宣布这次疫情为全球「大流行」。
3月12日，「口罩实名制2.0」正式上路，除既有健保特约药局及卫生所等实体通路外，增加网路预购通路，民众可透过健保卡、自然人凭证登入平台，或可借由健保快易通行动APP进行认证预购。购买数量限制与实体通路相同，但不受身分证号码尾数限制。
3月17日，大量民众自西方国家返回台湾，境外移入的案例陆续增加，防疫工作与人力上的压力陡增。
此时防疫策略集中在强制检疫隔离、防堵病毒扩散、加强医护专业治疗，直到封锁边境及加强入境检疫后，境外移入案例的压力才减轻。不同于中央流行疫情指挥中心意见，部分公共卫生学者强调要进行普筛。其中国立台湾大学公共卫生学院与彰化县政府卫生局合作，针对高风险群进行调查，引发诸多争议与讨论。
3月18日，台湾总确诊数突破100例。
3月19日，台湾全面禁止外籍人士入境，并加强入境检疫措施，境外移入案例的压力得以减轻。
3月22日，台湾发生养护机构护理师确诊感染的事件。
4月1日，指挥中心制定两阶段「社交距离注意事项」，在兼顾民众合理权益，并顾及境内防疫安全等双重前提下，降低社区感染风险，分阶段鼓励或强制保持社交距离。所有大众运输系统，全面量测体温，体温合格者且必须戴口罩才能进入。另外，「全面禁止旅客来台转机」政策延长至4月30日。
4月18日，中华民国海军敦睦舰队的磐石舰军人验出群聚感染，最终36名病例。研判来自台湾，但感染源不明。
4月22日，「口罩实名制3.0」正式上路，增加了超商预购的方式，只要拿健保卡到四大超商的「多功能事务机」就能完成预购，并在预约到期日到超商取货。
防疫新生活运动.
2020年4月30日，指挥中心宣布正式启动「防疫新生活运动」。
6月7日，政府实施防疫松绑政策，开始大规模解封，此后台湾社会经济活动大都维持过往运作。
7月15日，行政院实施振兴三倍券刺激消费。
9月16日，台湾总确诊数突破500例。
秋冬防疫专案.
2020年12月1日，启动「秋冬防疫专案」，强化「边境检疫」、「社区防疫」及「医疗应变」措施。边境检疫：所有入境及转机旅客登机前须附3日内COVID-19核酸检验报告；社区防疫：出入八大类场所应佩戴口罩，经劝导不听者依法开罚；医疗应变：加强通报采检，订定奖励指标。
12月21日，一名确诊的纽西兰籍长荣航空外籍机师感染友人，打破连续252天无「本土案例」纪录。
2020年度累积：确诊数799例（本土56例、境外704例、敦睦36例、航空器2例、不明1例）、7例死亡。
2021年1月12日，卫生福利部桃园医院爆发群聚感染事件，一度进入封锁医院的阶段，最终累计21例。
3月3日，首批AZ疫苗到货。
3月19日，台湾总确诊数突破1,000例。
3月22日，AZ疫苗正式开打。并上线「Taiwan V-Watch」疫苗接种健康回报系统。
首次三级警戒.
本次大规模爆发本土病例主要为病毒株「Alpha变种」。
2021年4月20日，中华航空发生机师确诊案例，员工防疫宿舍「诺富特华航桃园机场饭店」出现群聚感染，最终累计44例。
4月21日，开放民众预约疫苗自费接种。
5月9日，宜兰县游艺场、新北市芦洲区社区、及台北市万华区茶艺馆都出现群聚感染，本土感染扩大，本土感染情况快速扩大。
5月15日，宣布台北市、新北市进入第三级警戒，并宣布暂停自费接种「COVID-19疫苗」，原已预约者仍可接种。本土单日确诊首次破百例。
5月19日，宣布全台湾防疫警戒等级提升至第三级，高中以下学校开始停课，并推出「简讯实联制」，于第一时间掌握染疫者及其接触者的足迹，避免疫情扩散。
5月22日，随著各地医疗院所和社区筛检站出现人潮、医疗资源与人力出现排挤效应、出现院内感染情况，逐步执行「清零计划」、部署基层医师至社区筛检站、分散采检人潮等。同时检验实验室无法处理大量检体，未能优先采检确诊接触者，因行政流程需「校正回归」数据。
5月25日，台湾总确诊数突破5,000例。
5月28日，超过SARS疫情73例死亡人数。首批莫德纳疫苗到货，延后复课至6月11日。
5月30日，台湾总死亡人数突破100例。
6月，许多地方政府和民间企业表态希望自行购买疫苗。
6月4日，台湾总确诊数突破1万例。
6月8日，莫德纳疫苗正式开打。
6月9日，公布新版「COVID-19疫苗公费优先接种对象」。
6月11日，屏东县爆发「枋山、枋寮群聚感染事件」，进入准四级警戒，最终累计15例，本次主要病毒株「Delta」。同时宣布停课至暑假。
6月18日，台湾总死亡人数突破500例。
6月25日，宣布为有效利用「COVID-19疫苗」，针对当日最后一瓶疫苗开瓶的剩余剂量，可由接种单位规划候补名单机制。
7月6日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」正式上线，并将在澎湖县、金门县、连江县试办「意愿登记」。
7月8日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」开放全国「意愿登记」。
7月19日，宣布核准高端疫苗专案制造。
7月24日，结束连续64天（5月22日至7月24日）新增死亡病例。
本土疫情调降二级警戒.
2021年7月27日，随著疫情趋缓，指挥中心将第三级防疫警戒调降至二级。
8月23日，新北市爆发「幼儿园及社区群聚感染事件」，进入强化二级警戒，最终累计33例，本次主要病毒株「Delta」。高端疫苗正式开打。
9月3日，首批辉瑞－BioNTech疫苗（成人剂型）到货。
9月9日，约翰霍普金斯大学公布的统计数据，台湾病死率达到5.2%，排名第9。
9月18日，指挥中心宣布，考量目前国内口罩产量已大幅提升，足够供应每位国人所需，且有多元购买口罩管道，民众透过实名制通路取得口罩的需求已大幅下降，因此「口罩实名制」网路/超商贩售通路，将运作至第44轮后暂停服务。药局通路及无健保特约药局的偏乡卫生所，则仍持续维持实名制口罩贩售服务。
9月23日，辉瑞－BioNTech疫苗正式开打。
10月4日，行政院实施振兴五倍券刺激消费。
11月5日，宣布「COVID-19疫苗」剩余剂量管控放宽！指挥官陈时中说，现在只要有预约，不管是否只剩1人都可以开新瓶使用。
11月12日，指挥中心宣布，民众出国需求，无论曾接种「高端」，只要间隔28天即可要求，可混打2剂「AZ」、「BNT」或「莫德纳」。
11月17日，指挥中心宣布，将开放「AZ疫苗」混打「BNT」或「莫德纳」疫苗，「COVID-19疫苗预约平台」意愿登记或修改；若「第2剂」无混打意愿仍选择接种「AZ疫苗」的民众，则无需再进行意愿登记修改。
11月25日，指挥中心宣布，接种第1剂「AZ」满8周者，无论是否登记混打意愿，都可向医院预约混打「BNT」或「莫德纳」。
11月29日，指挥中心表示，经过「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）专家会议建议，考量「COVID-19疫苗」接种后之免疫保护力可能随时间下降，建议接种「第三剂」疫苗，其中也以「6大族群」建议优先接种。指挥官陈时中也直言，如果有需要出国且打疫苗不方便，可以弹性在满「5个月」就施打。并表示，建议已完成「2剂COVID-19疫苗」接种「65岁以上长者、长照机构住民与工作者、医护人员、防疫工作人员、第一线高感染风险工作人员及容易感染与疾病严重风险者（即COVID-19疫苗公费接种对象第九类）」等应于第二剂6个月后，接种第三剂。
12月2日，指挥中心宣布，即日起开放「第一至第三类人员」，以及「因公务需出国者」，于接种「第二剂疫苗」满5个月后，接种「第三剂」疫苗。
12月9日，台湾间隔34天后，再度出现本土个案，为中研院一名女研究员，她在实验过程中不慎感染。
12月11日，宣布首例「Omicron」境外移入个案，为一名30多岁女子，12月8日从史瓦帝尼入境，随后又公布新增两例个案，分别从英国、美国入境。
12月23日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」暂时退场，并视第3剂施打潮再重启。
12月24日，指挥中心宣布，对于「第二剂」建议以同厂牌疫苗施打，但民众若想「混打」也可以，「第二剂」不限疫苗厂牌，只有时间间隔不同；「第一剂」接种「AZ」者，「第二剂」混打「莫德纳」、「BNT」或「高端」，间隔8周；「第一剂」接种「莫德纳」或「BNT」者，「第二剂」可接种不同厂牌的「mRNA疫苗」或「AZ」、「高端」，间隔4周；至于「第一剂」接种「高端」者，「第二剂」建议「莫德纳」或「BNT」，同样间隔4周。
12月27日，指挥中心表示，欧盟执委会于2021年12月21日宣布台湾正式加入「欧盟数位新冠证明」系统。欧盟数位新冠证明为世界性标准之一，国际成员国多且最早用于国际旅行，为使台湾民众能加速入境欧盟等国家，将于12月28日上午8时开放台湾「数位新冠病毒健康证明」供国人下载使用。
12月29日，因「COVID-19疫苗公费预约平台」暂缓使用，卫福部疾管署正式推出疫苗地图「COVID-19 防治一网通」。
2021年度累积：确诊数16,230例（本土14,544例、境外1,671例、航空器1例、调查中14例）、空号111例、843死亡。
2022年1月3日，桃园市爆发桃园机场确诊个案，并拓及多个地点，本次主要病毒株「Omicron变种」BA.1。
1月7日，指挥中心表示，因应国内发生「Omicron变异株」本土病例，社区感染风险提升，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」(ACIP)决议，满「18岁」民众（已接种两剂疫苗，且间隔满12周以上），应接种1剂「疫苗追加剂」，提升免疫保护力，以「mRNA疫苗」（莫德纳、BNT）或「蛋白质次单元疫苗」（高端）完成「基础剂」：「追加剂」可选莫德纳（半剂量）、BNT、高端或AZ。以「AZ」完成「基础剂」：「追加剂」可选择接种「mRNA」或「蛋白质次单元」疫苗。
1月11日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」将在15至16日重新上线，并于17日起开始施打。正式采用「国际机场」的「落地采验」政策。
1月12日，卫福部食药署专家召开会议，通过默沙东药厂的COVID-19口服抗病毒药品「Molnupiravir」专案输入申请案。
1月15日，卫福部食药署专家召开会议，通过辉瑞药厂的COVID-19口服抗病毒药品「Paxlovid」专案输入申请案。
1月20日，高雄市爆发高雄港确诊个案，本次主要病毒株「Omicron变种」BA.2。
1月21日，「数位新冠病毒健康证明」开放国内使用。
1月23日，宜兰县爆发「礁溪饭店群聚感染事件」，本次主要病毒株「Omicron变种」BA.1。
2月15日，出现首例感染「Omicron变种」死亡个案。
2月20日，台湾总确诊数突破2万例。
经济防疫新模式.
这个时期，总共爆发三波大规模Omicron感染事件，本土病例主要病毒株为「Omicron」亚型变异株。
2022年3月1日，进入「经济防疫新模式」，适度放宽防疫措施。并宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」提供「定期预约」，开放18岁以上预约接种「追加剂」。
3月8日，为方便民众依个人接种需求查询，「COVID-19防治一网通」已将「查询追加剂」及「查询第1、2剂」的疫苗地图分开呈现，民众进入地图页面后，可依个人喜好的厂牌及接种地点，查询「当日」接种院所的开诊情形及咨询电话，该院所如有预约网站亦可直接连结预约。
3月10日，睽违68天后，台湾再度无增加本土确诊个案。
3月22日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」于4月1日起2度停止运作，届时不再提供民众进行预约。
3月24日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，决议「12至17岁」（青少年）的「基础剂」可打「莫德纳疫苗」，也可混打「BNT疫苗」，但1、2剂「间隔12周」，医疗院所应充分告知接种「莫德纳」保护力，及心肌炎、心包膜炎风险，并经家长同意、医师评估后才可接种。
大爆发.
4月1日，本土单日确诊再次破100例。
4月15日，首次本土单日确诊破1,000例。
4月17日，卫福部食药署召开专家会议，核准莫德纳疫苗用于6至11岁儿童的基础接种，施打两剂，每剂0.25毫升（50微克，为成人一半），两剂间隔28天。
4月20日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）将「6至11岁」（儿童）接种莫德纳疫苗两剂间隔延长至12周。通过「青少年族群」（12-17岁）建议完成基础剂接种且无发生严重不良反应者，于最后1剂基础剂接种后5个月，接种追加剂。并通过「三大类族群」（65岁以上长者、长照机构住民、18岁以上免疫不全及免疫力低下且病情稳定者(即建议接种基础加强剂之对象)）建议接种「第四剂」（第二次追加剂），接种时间与「第一次追加剂」（间隔5个月），且不论前面剂次接种厂牌，可接种以下厂牌：莫德纳（半剂量）、辉瑞-BNT（全剂量）、蛋白质次单元疫苗（高端、Novavax，全剂量）。
4月21日，指挥中心估染疫率约万分之17，并表示若染疫率达15%至20%，就是实质「与病毒共存」，目前政策以减灾为目标，重点在疫苗、药物与轻重症分流。
4月23日，台湾总确诊数突破5万例。
4月24日，首次本土单日确诊破5,000例。
4月27日，指挥中心宣布取消简讯实联制，并以台湾社交距离APP取代
4月28日，首次本土单日确诊破1万例。「快筛实名制」正式上路。卫福部食药署召开专家会议，核准辉瑞-BNT疫苗用于5至11岁儿童的基础接种。
4月29日，台湾总确诊数突破10万例。
5月4日，指挥中心表示，「COVID-19疫苗接种作业」已于2022年5月2日起推动「6至11岁」（儿童）基础剂接种，除持续以全国「疫苗不良事件通报系统(VAERS)」进行监测外，「Taiwan V-Watch疫苗接种-健康回报」自5月3日起亦将小于18岁的儿童及青少年纳入追踪监测对象，经由父母手机在「疾管家介面」申请加入，代为填写接种后健康回报，以加强儿童及青少年「COVID-19疫苗」接种后安全性监测，并及时将国内该族群接种后常见不良反应发生情形，提供医疗端、公卫端向家长说明接种后常见副作用发生概况，以及持续不适及时就医提醒等。
5月6日，单日死亡再次突破10例。即日起增加公费PCR筛检服务诊所，可以透过采检地图查询，目前要先电话预约。诊所名单已公布于卫福部疾管署全球资讯网「COVID-19防疫专区」、台湾社交距离App及采检地图「COVID-19全国指定社区采检院所地图」。
5月10日，首次本土单日确诊破5万例。
5月11日，台湾总确诊数突破50万例。
5月12日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，新增「居家隔离」及「自主防疫」或「居家检疫」期间使用「家用快筛」检测阳性，经医事人员确认为确诊条件。
5月13日，台湾总死亡人数突破1,000例。
5月14日，指挥中心宣布，为降低「COVID-19」感染后中、重症风险，5月16日起开放部分对象接种「第一次追加剂」满5个月后，可接种「第二次追加剂」，开放对象：65岁以上长者、长照机构住民、18岁以上免疫不全及免疫力低下且病情稳定者(即建议接种基础加强剂之对象)，前述对象不论先前剂次接种厂牌，「第二次追加剂」可打「莫德纳疫苗」（半剂量）、「BNT疫苗」（全剂量）或「蛋白质次单元」之高端、Novavax疫苗（全剂量）。
5月16日，首批辉瑞－BioNTech疫苗(儿童剂型)到货。
5月18日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，65岁(含)以上且非居家隔离、自主防疫、居家检疫者，使用家用抗原快筛试剂检测结果阳性，经医事人员确认，或由医事人员执行抗原快筛结果阳性者，即可研判为确定病例。
5月19日，台湾总确诊数突破100万例。
5月25日，儿童(5-11岁)首剂及青少年(12-17岁)第三剂(追加剂)辉瑞－BioNTech疫苗正式开打。
5月26日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，民众使用家用抗原快筛试剂检测结果阳性，不分年龄及族群，经医事人员确认，或由医事人员执行抗原快筛结果阳性者，即可研判为确定病例。首次「单日死亡」突破百例。
5月27日，单日新增「确诊」94,855例、单日新增「本土」94,808例，创「历史最高」纪录。
5月31日，台湾总确诊数突破200万例。
6月1日，正式暂停「国际机场」的「落地采验」政策，改采「唾液采验」措施。
6月9日，单日新增中重症个案575例(中症384例，重症191例)，创「历史最高」纪录。
6月10日，单日新增死亡人数213例，创「历史最高」纪录。「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，建议「5-11岁」(儿童)应完成2剂「COVID-19疫苗」接种，以降低染疫后重症及死亡的风险，并经参考疫苗临床试验结果及各国疫苗接种政策，建议2剂间隔4-8周以上；且基于目前尚无儿童族群以不同厂牌「COVID-19疫苗」完成基础剂接种之安全性及有效性数据，建议儿童族群以同厂牌「COVID-19疫苗」完成2剂接种。惟特殊情形(如第1剂接种后出现严重不良反应、指挥中心评估疫苗供应情形等)下，可以不同厂牌疫苗完成2剂接种。
6月14日，台湾总确诊数突破300万例。
6月17日，卫福部食药署召开专家会议，核准莫德纳疫苗用于6个月至5岁儿童的基础接种，施打两剂，每剂0.25 ml(含25微克的mRNA)，施打间隔28天。并核准Novavax疫苗专案输入，适用于18岁以上成人主动免疫接种以预防COVID-19，用法用量为施打两剂，每剂0.5毫升(含5微克的SARS-CoV-2棘蛋白)，两剂施打间隔3周。
6月18日，台湾总死亡人数突破5,000例。
6月21日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，新增民众使用经卫福部食药署核准通过之「家用新型冠状病毒核酸检验试剂」检测阳性，并经医师确认即为确诊。
6月27日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，正式宣布提供「6个月至5岁」（幼儿）莫德纳疫苗接种、「5至11岁」（儿童）COVID-19疫苗「基础加强剂」及「追加剂」接种、「机场港埠、居家检疫、航空机组员及机构与社福照护系统相关工作人员」接种「第二次追加剂」、Novavax疫苗使用于「18岁以上」民众「基础剂」、「基础加强剂」，及「第1次、第2次追加剂」接种，并公告「COVID-19确诊者」疫苗接种建议。
6月30日，首批Novavax疫苗到货。
7月1日，正式实施「机场港埠、居家检疫、航空机组员及机构与社福照护系统」相关人员为「第二次追加剂」接种对象。指挥中心修订「COVID-19重复感染之定义及个案处置原则」：解隔治疗之COVID-19确诊个案，除症状恶化等特殊情况外，建议于发病日或采检日3个月内无需再进行SARS-CoV-2检验。惟如于发病日或采检日1至3个月内症状恶化，且SARS-CoV-2 RT-PCR检验阳性且Ct值<27或抗原/核酸快筛阳性；已解除隔离治疗之确诊个案，于发病日或采检日间隔3个月后再次SARS-CoV-2 RT-PCR检验阳性且Ct值<30或抗原/核酸快筛检验阳性。
7月6日，首批莫德纳疫苗(幼儿剂型)到货。
7月8日，台湾总确诊数突破400万例。Novavax疫苗正式开打。
7月15日，因应民进党台北市长参选人陈时中，近日正式请辞卫福部部长，投入台北市市长选战，因此行政院召开记者会宣布，新任卫福部部长由次长薛瑞元接任；次长一职则由「医福会」执行长王必胜接任，并兼任指挥中心指挥官；行政院首席防疫顾问为张上淳，并于7月18日正式生效。
7月21日，正式开放「满6个月至5岁」（婴幼儿）接种莫德纳疫苗。
7月22日，正式开放「50岁以上」（成人）及「18岁以上」之因工作需求需出国（包括因外交、公务、洽商等工作需求需出国）民众接种「第二次追加剂」。
8月1日，卫福部食药署召开专家会议，核准辉瑞－BioNTech疫苗用于6个月至4岁儿童的基础接种，用法用量为施打3剂，每剂0.2毫升(含3微克的mRNA)，前2剂施打间隔至少21天，第2剂后间隔至少8周再施打第3剂。
8月8日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，正式宣布「6个月至5岁」（幼儿）辉瑞－BioNTech疫苗提供接种建议，以3剂基础剂，每剂3微克(mcg)，第1剂与第2剂间隔至少4周，第2剂与第3剂间隔至少8周，并建议以同一厂牌完成应接种剂次。
8月19日，首批辉瑞－BioNTech疫苗(幼儿剂型)到货。
8月20日，台湾总确诊数突破500万例。
8月27日，正式开放「满6个月至5岁」（婴幼儿）接种辉瑞－BioNTech疫苗。
9月2日，卫福部食药署召开专家会议，核准莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1变异株），每剂0.5 mL含有25微克原型株mRNA及25微克Omicron BA.1变异株mRNA，并适用于「18岁以上」（成人）主动免疫之追加接种，其用法用量为在国内已授权的「COVID-19疫苗」（基础接种或追加剂）后，间隔至少3个月施打。
9月3日，台湾总死亡人数突破10,000例。
9月5日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，正式宣布「莫德纳次世代双价疫苗」将于2022年9月底进口的「双价疫苗」，建议分两阶段开放提供作为「追加剂」接种使用：第一阶段（65岁以上长者、长照机构住民、18岁以上免疫不全及免疫力低下者）、第二阶段（第一类医事人员、机场港埠、居家检疫相关工作人员及航空机组员/船员、机构与社福照护系统相关工作人员、50至64岁成人、18岁以上因外交、公务、洽商等工作需求需出国者）；并建议调整「追加剂」(包含现行单价及次世代双价疫苗)接种间隔为与上一剂间隔为至少3个月以上：包含「基础剂最后一剂/基础加强剂与第一次追加剂」、「第一次追加剂与第二次追加剂」、「第二次追加剂与第三次追加剂」、「确诊后」亦需间隔3个月后接种；「12至17岁」（青少年）追加剂接种间隔亦调整为与「基础剂最后一剂/基础加强剂」间隔至少3个月以上；将提供Novavax疫苗给予「12至17岁」（青少年）接种2剂「基础剂」，2剂间隔至少4周以上，建议以同制程疫苗完成「基础剂」接种；亦可提供作为「12至17岁」（青少年）追加剂接种使用(可与基础剂不同厂牌)。
9月8日，指挥中心宣布首批1,728剂「COVID-19预防用Evusheld单株抗体」已于9月6日晚间抵台，并于今日配送。
9月16日，首批莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1变异株）到货。
9月20日，台湾总确诊数突破600万例。
9月24日，正式开放「65岁以上」（长者）、长照机构住民、「18岁以上」（免疫不全及免疫力低下者）接种莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1变异株）。
9月30日，开放12至17岁（青少年）接种Novavax疫苗（包含：第一剂、第二剂与追加剂）。
10月3日，开放医事人员、机场港埠、居家检疫相关工作人员及航空机组员/船员、机构与社福照护系统相关工作人员、50至64岁成人、18岁以上因外交、公务、洽商等工作需求需出国者接种莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1变异株）。
10月11日，开放18至49岁民众接种莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1变异株）。
10月13日，台湾总确诊数突破700万例。时隔936天，宣布「全球严重特殊传染性肺炎」（COVID-19）旅游疫情建议等级调降至第二级：警示(Alert)，出国旅游应采取加强防护措施。另外入境者取消已实施936天的居家检疫。
10月24日，指挥中心记者会时隔896天拿掉台上的透明隔板。
10月27日，指挥中心宣布，18至49岁（青壮年族群）想打第四剂（第二次追加剂），除了次世代疫苗之外，即日起也可选择其他单价疫苗，和前一剂间隔12周以上。
11月1日，开放12至17岁（青少年）接种莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1变异株）。
11月7日，确诊者隔离改为「7+n(n=0~7)」；取消居家隔离及防疫补偿。公共场所不再强制量体温。另外确诊者的接触者取消已实施超过1000天的居家隔离。
11月10日，首批莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.4/BA.5变异株）到货。
11月12日，台湾总确诊数突破800万例。
11月14日，确诊者隔离改为「5+n(n=0~7)」。
11月18日，开放「12岁以上」接种莫德纳-双价次世代疫苗（原型株+Omicron BA.4/BA.5变异株）。
12月1日，取消参与户外活动全程佩戴口罩规定，而室内及乘坐公共交通工具等维持全程戴口罩。
12月2日，开放已完成接种「莫德纳」或「辉瑞-BNT」（基础剂）之「满6岁至11岁」（儿童）接种「Moderna双价疫苗」（原型株+ BA.4/BA.5）作为追加剂接种；并开放「满5岁至未满6岁」（儿童）接种「辉瑞-BNT单价疫苗」（儿童剂型）作为追加剂接。
12月23日，台湾总死亡人数突破15,000例。
2022年度累积：确诊数8,830,331例（本土8,792,505例、境外37,826例）、空号11,458例、死亡14,403例。
2023年1月6日，台湾总确诊数突破900万例。
1月10日，单日新增560例境外移入，创「单日境外移入」史高纪录。
2月6日，指挥中心表示，「COVID-19疫情」持续，近期重症对象「多未曾接种疫苗」或「未完成基础剂接种」，尤其「65岁以上」（长者），应尽速完成「基础剂」接种，以获得保护力。又国内现有之「辉瑞-BioNTech COVID-19疫苗」即将于2023年3至4月间届未解冻效期，由于「未满18岁族群」之基础剂需以同厂牌或同制程疫苗完成接种，针对欲接种「第1剂」（基础剂）的民众，请留意以下注意事项：一、「满6个月至未满5岁」（幼儿）基础剂需以同厂牌疫苗接种，「辉瑞-BioNTech疫苗」基础剂需接种3剂，其中第1、2剂及第2、3剂之最短接种间隔分别为4周及8周。自即日起未曾接种基础剂第1剂者，请接种「Moderna」（单价疫苗），接种单位将不再提供(含预约作业)第1剂接种「Pfizer-BioNTech疫苗」；二、「满5岁至未满12岁」（儿童）基础剂需以同厂牌疫苗接种，两剂接种间隔4周以上。尚未接种基础剂第1剂者，自4月2日以后，请接种「Moderna」（单价疫苗），接种单位于4月2日以后将不再提供(含预约作业)第1剂接种「Pfizer/BioNTech疫苗」；三、满「12岁至未满18岁」（青少年）两剂基础剂需间隔12周以上以同制程疫苗接种。自即日起未曾接种基础剂第1剂者，请接种「Novavax疫苗」，接种单位将不再提供(含预约作业)青少年第1剂接种「BioNTech疫苗」；四、「18岁以上」（成人）如预定以同厂牌完成接种，第1剂「BioNTech疫苗」必须于2月21日以前接种。如于2月22日以后接种第1剂(可择定「BioNTech」或「Novavax」COVID-19疫苗)，但后续第2剂请以「Novavax疫苗」衔接接种。
2月20日，实行「811天」的室内口罩令正式放宽，并剩下在「指定场所」的室内空间（包括医疗机构、医事机构、老人福利机构、长照服务机构、荣誉国民之家、儿少服务机构、身心障碍服务机构、公共运输及特定运具等8类指定场所），仍须全程佩戴口罩。
2月23日，指挥中心宣布，为达稳健开放，恢复正常生活，自2023年3月6日至4月30日，推动「112年全民COVID-19疫苗接种运动」，活动主轴为「疫苗加一，解封安心」，呼吁「未曾接种任何一剂」、「尚未完成基础剂」及「6岁以上于今年1月1日起未接种过莫德纳BA.4/5次世代疫苗」的对象响应接种，以增进免疫保护力，做好开放准备。活动期间将透过与各地方政府共同推动，由各县市安排/指定合约医疗院所提供接种服务，并运用增设疫苗诊次及设置社区接种站等方式，增进民众接种可近性。
2月25日，台湾总确诊数突破1,000万例。
3月6日，各级学校、补习班、幼儿园及课后照顾中心，解除室内配戴口罩措施。
3月28日，连续336天（2022年4月27日至2023年3月28日）新增死亡个案，创「连续新增死亡案例」最长纪录。
4月17日，解除大众运输配戴口罩措施，但医疗场所仍要配戴。
降为第四类，指挥中心解散.
5月1日，「严重特殊传染性肺炎(COVID-19)」调整为第四类传染病；且「中央疫情指挥中心」正式解编，并由卫福部成立跨单位防治联系会报持续「COVID-19」整备应变工作。
降为第四类后2023年台湾疫情发展.
2023年3月20日起至12月31日止，台湾累积27,611例COVID-19并发症确诊病例，当中本土病例占27,539例，境外移入占72例。
降为第四类后2024年台湾疫情发展.
7月2日，疾管署公布2024年第26周台湾新增932例COVID-19并发症本土病例及64例COVID-19死亡病例。自2023年3月20日起累计38,560例COVID-19并发症本土病例及4,862例COVID-19并发症本土死亡病例。
7月9日，疾管署公布2024年第27周台湾新增987例COVID-19并发症本土病例及99例COVID-19死亡病例。自2023年3月20日起累计39,546例COVID-19并发症本土病例及4,961例COVID-19并发症本土死亡病例。
7月16日，疾管署公布2024年第28周台湾新增898例COVID-19并发症本土病例及104例COVID-19死亡病例。自2023年3月20日起累计40,444例COVID-19并发症本土病例及5,065例COVID-19并发症本土死亡病例。
7月23日，疾管署公布2024年第29周台湾新增773例COVID-19并发症本土病例及124例COVID-19死亡病例。自2023年3月20日起累计41,214例COVID-19并发症本土病例及5,189例COVID-19并发症本土死亡病例。
防疫措施.
指挥体系.
中央流行疫情指挥中心负责重要防疫政策的制定，分别由卫生福利部部长陈时中担任指挥官、及内政部政务次长陈宗彦担任副指挥官，并邀请国立台湾大学副校长张上淳担任专家咨询小组召集人。中央流行疫情指挥中心常态会议由各部会副首长进驻合作，并透过与地方政府官员进行视讯会议建立双边沟通平台。因应疫情的发展变化，中央流行疫情指挥中心不断更新政策，甚至有时会推翻前期的防疫措施。随著疫情发展及医疗治疗介入需要，专家咨询小组亦邀集不同专业的医界人士组成讨论。在疫情期间，许多在前线指挥的医疗公共卫生人员均曾经历过严重急性呼吸道症候群疫情。
中央流行疫情指挥中心的任务编组分成情报、作战、后勤三大单位。情报单位设有疫情监测组（疫情监测及国际交流）；作战单位设有边境检疫组（边境入境检疫措施）、社区防疫组（社区关怀、居家检疫及隔离追踪、在宅医疗、心理辅导等）、医疗应变组（传染病防治医疗网、集中检疫场所、大型收治场所等感染管制）；后勤单位设有物资组（各式医疗物资供应、分配及管理）、研发组（研发快筛试剂、疫苗、药物、流行病学预测、建立疫情研究网及）、资讯组（疫情资讯架构）、行政组（调查假讯息及相关庶务）、新闻宣导组（防疫宣导、民众咨询及政府政策推广）、法制组（防疫相关法制）。
中华民国卫生福利部称，自发现疫情至今，国家卫生指挥中心中央流行疫情指挥中心始终抱持著资讯公开透明的态度，为民众提供即时的疫情消息及正确的防疫观念。为了让民众信赖政府并愿意配合防疫措施，中央流行疫情指挥中心的团队成员连续每天下午2时直播举行疫情记者会，早期阶段还曾一天召开三次。其中疫情记者会由陈时中亲自说明，时长大约一个小时，并有手语翻译员即时提供手语服务。许多民众每天下午2时收看中央流行疫情指挥中心的记者会，形成共同参与防疫的社会氛围。台湾连续44天没有本土病例确诊后，中央流行疫情指挥中心一度改为每周三召开记者会。
边境管制.
2019年12月31日，疾病管制署依标准作业程-{}-序启动边境应变措施，对武汉市直航入境的班机登机检疫。
2020年1月16日，台湾提升武汉市旅游疫情建议等级到第二级警示。
2020年1月21日，台湾再次提升武汉市旅游疫情建议等级到第三级警告。
2020年1月25日，台湾全面禁止旅行团前往中国大陆旅游。
2020年2月6日，考量国际游轮属人员密集、互动频繁的高风险场域，台湾禁止国际邮轮靠泊港口。
2020年2月10日，台湾全面暂停海峡两岸海运客运直航航线及航班，并在隔日全面禁止大陆人士入境。期间也发生正在大陆配偶家庭、及申请中华民国国籍的中国大陆户籍人士入境问题。
2020年3月19日，进入全球大流行并在西方国家出现失控情况后，要求国民入境实施「居家检疫14天」，外籍人士限制入境。
2020年3月21日，台湾提升全球旅游疫情建议到第三级警告。
2020年3月24日，禁止旅客转机。此后，台湾每天约有千名旅客入境。检疫人员全面加强发烧筛检和健康评估，所有旅客入境前需填写「旅客入境健康声明暨居家检疫电子化系统」资料，接受采检、并送集中检疫所等待结果。旅客资料并整合至14天居家关怀及追踪告警的「防疫追踪系统」，进行后续社区追踪关怀。
除了检疫人员外，内政部移民署、内政部警政署航空警察局、财政部关务署与机场公司均支援边境检疫工作。
随著台湾防疫限制松绑，只适度地开放低风险国家和商务往来，并允许持有「就业金卡」的高技能工作人员入境。
2020年6月22日，台湾开放短期商务旅游入境，有条件申请缩短居家检疫时间。而因应航空货运业的特殊性，并针对机师、空中服务员数度修改检疫措施。
2021年5月19日，因应本土疫情升高，台湾再度暂缓未持有中华民国居留证的外籍人士入境，并暂停旅客前来台湾转机。
2021年6月27日，国外入境者一律到集中检疫所或是防疫旅馆隔离，隔离期满一律要做一次PCR筛检，且从重点高风险7国的入境者进入隔离前要加做一次PCR筛检。
2021年7月2日，国外入境者一律必须采检三次，重点高风险7国的入境者到集中检疫所做一次PCR，检疫第10-12天做一次家用快筛，隔离期满再做一次PCR，其他非高风险入境者要在机场做一次PCR或是深喉、唾液筛检，检疫第10-12天做一次家用快筛，隔离期满再做一次PCR，在入境时检验为阳性个案都会送基因定序。
2022年9月12日起，台湾恢复实施美、加、纽、澳、欧洲及邦交国等54国国民入境免签待遇。9月29日起提升入境总量至每周6万人次，全面恢复免签证国家国民免签证待遇，取消入境采集深喉唾液PCR检测等。
2023年1月1日零时至1月31日，搭乘自中国4个直航航线及金马地区民众春节交通专案之来台旅客，入境时须于机场或港口配合采集唾液检体进行PCR检测。
2023年2月7日起，台湾取消对中国大陆直航入境台湾航班及金马地区民众春节交通专案等旅客，于机场/港口进行唾液PCR检验之措施。此外，自中国大陆启程经港澳转机入境台湾的旅客，须持有启程地搭机前48小时内PCR检验报告或24小时内抗原快筛检验报告之规定，亦于同日起取消。
2023年3月9日，陆委会会同交通部、卫福部召开记者会，宣布从3月10日起，台湾与深圳、广州、南京、重庆、杭州、福州、青岛、武汉、宁波、郑州等10个中国大陆城市恢复直航，此外还将与沈阳、无锡、海口、长沙、西安、济南、合肥、南昌、天津、温州、大连、桂林、徐州等13个城市恢复包机。
2023年4月1日起，两岸客运航线双向通行要求调整，旅客可凭24小时内抗原阴性证明登机。对第三地旅客经由台湾中转进入大陆仍需持有始发地48小时内核酸阴性证明。
资源整备.
随著上升，食品药物管理署展开盘点整备，积极管控数量状况。纺织产业综合研究所紧急成立口罩战情室，调查产能、协助生产管理及盘点出货。面对台湾长期向中国大陆进口口罩、民众抢购动力显著上升，行政院决定出口外科口罩和N95口罩，并委托口罩厂商赶工提升产能。在各地出现口罩抢购潮且引发民众不满后，中央流行疫情指挥中心宣布全面征用工厂生产的一般医用口罩及外科手术口罩，提供民生、储备、医疗或公务防疫等需求。由于最初征用25家口罩大厂每天仅生产320万副口罩，行政院同意经济部新增产线提供产量的构想。
其中精密机械研究发展中心、金属工业研究发展中心、工业技术研究院及各地工具机厂商组成「口罩国家队」，2个月内组装92条产线，使台湾成为世界第二大口罩生产地。这些口罩产线被送往各地工厂生产，由纺织产业综合研究所调节不织布等原物料供应，国防部指派后备军人协助分装。行政院则推出基于全民健康保险卡的「口罩实名制1.0」。台湾各地6,000多家特约药局药师及卫生所协助发放口罩，物流则由中华邮政负责。为了改善口罩分配不均的问题，政府先后透过「健康存折」推出「口罩实名制2.0」和「口罩实名制3.0」，增加网际网路预购等通路。
在此期间，食品药物管理署建立「法规绿色通道」，缩短医疗器材上市时间。在食品药物管理署专案辅导下，厂商能在短时间内提升相关医疗物资的产线。在疾病管制署提出高达900万件防护服需求后，纺织业者共同组成「防护衣国家队」，调度生产隔离服、防护服的产线，并在机能布料研究基础开发出第一件P3等级防护服。中央流行疫情指挥中心还和厂商协调「羟氯奎宁」使用分配权，外界则呼吁政府应筹组生产呼吸机的「呼吸器国家队」。另一方面，后来新北市「加利」和彰化县「豪品」口罩工厂先后被发现混充大陆口罩。
社区防疫.
早在2020年1月，台湾订定出入境旅客、疑似个案及接触者的配套措施。其中「具感染风险民众追踪管理机制」分成居家检疫、居家隔离、自主健康管理，违反者得以罚款。民政系统和村里干事负责关怀追踪居家检疫者，卫生服务中心和卫生所负责管理居家隔离者。另有中华民国警察单位配合处理违规案件、交通部防疫车队协助返家。疫情初期违反规定者约有30%，经宣导比例降到0.3%。政府还设置27处集中检疫所，可收容无需积极治疗的轻症患者，同时有大量防疫旅馆集中在直辖市。在有疑似症状或相关疑虑时，防疫单位则会安排就医动线。
中央流行疫情指挥中心会经由疫情调查追踪与确诊案例密切接触者，匡列可能范围。疾病管制署设有防疫医师，搜集疫情讯息并评估风险、规划包机与邮轮专案、协助公共卫生与临床联系、及参与疫情调查和防治等。地方政府卫生局、卫生所等卫生单位亦进行社区卫生教育工作，发动民众以志工方式协助，逐渐建立台湾社区防疫网。环保清洁队、中华民国国军化学兵及民间业者则能执行消毒工作控制疫情。中央流行疫情指挥中心还成立疫情关怀中心，并有600多位退休的护理专业志工报名。疾病管制署亦将疫咨询专线的客服人员增加至300人，平均每日进线电话9,000多通，最高曾达47,000通。
根据中央流行疫情指挥中心的数据模拟，戴上口罩或保持社交距离能避免医疗体系崩坏。为了降低疫情扩散的机会，中央流行疫情指挥中心逐步加强社会限制政策，先后宣布公众集会建议停办标准、订定「」、规定配戴口罩的场合等。进入第三级疫情警戒后，新增防疫指引包括关闭各式公共场所、外出全程配戴口罩、停止部分家庭和社交聚会、启动企业持续营运的因应措施、餐饮场所应落实规定或外带等。若到了第四级疫情警戒，则进入、全面停班停课、的阶段。另外，警察单位在疫情期间侦办多起网际网路假讯息案件。
医疗检验.
为了避免大量病患涌入瘫痪医疗体系，卫生福利部规划四阶段医疗整备及应变策略，并以监测系统协助重要决策。其中在疫情升高后，医疗院所会实行分舱分流、轻重分级制度，将医疗资源留给。其中负压隔离病房便用于收治疑似病例，不过当前部分病房需用于收治肺结核等隔离病患。卫生福利部并利用在各地区171家急救责任医院设置独立专责隔离病房，将具有风险的病患就地收治于同一区。卫生福利部还在台湾各县市共设置22个专责医院，必要时可以清空医院收治患者。各地区应变医院则透过过往经验及整备表单，迅速自我检查及。
医疗院所在就诊时会纪录旅游史、职业别、接触史及群聚等资讯，并遵循进行。感染科医师和隔离病房医护人员便直接面对确诊个案，前者往往还负责监控最新讯息及进行教育训练。在这情况下，台湾对于确诊个案的资料搜集相对完整。而在疫情升温后，既有的「高标准」医疗收治措施则将放宽。因应医护人员需求大增，中央流行疫情指挥中心有条件，医事司亦规划降载计划。卫生福利部为了避免院内感染还管制陪病，一度全面实施除例外情况外不得探病，直到疫情趋缓才松绑。
在救护运送部分，台湾由各家医疗院所、消防局与民间公司的救护车负责。而台湾的病毒检验是至少要有两位医事检验师同时操作，数量多时完成一批约需4小时至5小时。中央流行疫情指挥中心则增加采检医院扩大检验量能，并滚动调整责任区域以符合实际需求。直至2020年9月，台湾总共设有72家指定检验机构，每日聚合酶连锁反应检验量最大达8,904件以上。另外政府还准备社区采检网络，得启动「加强社区监测方案」完善社区监测网络及分级收治，针对高风险对象加强采检。在疫苗接种部分，台湾将优先建议接种疫苗的族群分为九类，涵盖台湾人口的60%。
科技研发.
国家卫生研究院整合拥有负压P3等级实验室的单位，进行检体检测、病毒分离培养、及协助研发疫苗等工作。在国立台湾大学分离出病毒株后，中央研究院、国家卫生研究院、国防医学院等均开发出快筛试剂。中央研究院和国家卫生研究院在治疗药物研发上亦有成果，成功合成「瑞德西韦」、「法匹拉韦」等药物。国家卫生研究院、中央研究院、国光生技、高端疫苗生物制剂、联亚生技开发等也分别研发疫苗，并采取机制。为了加速相关研发所需的法规审查，食品药物管理署则建立专责辅导团队，并制备病毒标准品提供给相关机构。
这次防疫充分运用，由行政院透过个人可识别资讯整合各部会资料库，建置出「智慧防疫系统」。同时行政院还成立「防疫大数据小组」，透过大数据、人工智慧、资料分析协助疫情调查与流行病学分析。全民健康保险卡及云端系统则成为防疫网络的关键基础，在口罩分配、民众就医纪录、检疫隔离与返台资讯等面向发挥重要功能。中央健康保险署利用现有的「健保医疗资讯云端查询系统」开发「即时警示系统」，医疗院所第一线人员可以即时查询民众的国外旅游史、及掌握高风险职业别，亦能利用该资料库就医结果展开接触者追踪。
在五大电信业者协助建置下，相关单位能借由具定位功能的「防疫追踪系统」与「电子围篱系统」，掌握居家隔离和居家检疫者行踪，协助社区关怀网络的运作。为了掌握居家检疫和居家检疫者的健康状况，中央流行疫情指挥中心整合推出LINE机器人「疫止神通」和「双向简讯」健康通报机制。在药局口罩剩余数量以开放资料形式释出后，政务委员唐凤还协调政府与民间开发出各种「口罩地图」，增加民众查询的便利性。而在电信业者提供定位资料下，政府也曾向特定民众发送灾防告警细胞广播讯息系统通知，提醒应当自主健康管理。
各界反应.
教育艺文.
2020年1月，随著疫情扩大，疾病管制署先是规定返回台湾就读的中国大陆学生配合自主健康管理，后来全面暂缓中国大陆学生入境，从而引发争议。原本各级学校预计在2月10日结束寒假，中央流行疫情指挥中心决定普通型高级中等学校和技术型高级中等学校以下学校延至2月25日开学，108学年度第二学期改为2020年2月25日至7月14日。大专院校随后延至2月25日后开学，7月的大学入学指定科目考试亦首度延期。卫生福利部还为各级学校、幼儿园、实验教育机构及团体、补习班、儿童课后照顾中心及托育中心提出防护建议及健康管理措施。
在此期间，中央流行疫情指挥中心公布高级中学以下师生管制出境，同时亦有因为口罩颜色引发的校园性别平等教育讨论。另一方面，澳洲籍音乐家布雷特·迪恩在国家音乐厅演出后，在澳洲确诊，一度震撼艺文圈。而对于艺术与文化产业受到疫情影响，文化部则提出文化艺术团体及个人补助。同年4月开始，中华职业棒球大联盟先是举行33场没有观众的闭门棒球比赛，转播单位还特别提供多场球赛的英语转播。其后每场比赛逐步开放一定数量的观众入场，成为全世界第一个开放观众进场的职业棒球联盟比赛。不过2020年夏季奥林匹克运动会延期也影响许多选手的参赛计划。
而在6月，中央流行疫情指挥中心开放部分国家和地区的毕业生入境，不过许多大专院校仍因境外生无法入境而影响收入。随著疫情获得控制，和等演出场所均可在实施公共卫生措施下开放营运，而台北电影节、第57届金马奖颁奖典礼等活动也照常举行。但到了2021年5月，因应第三级防疫警戒，教育部宣布各级学校及公私立幼儿园停止前往机构上课，而儿童课后照顾服务中心、补习班等各类教育机构亦同步配合停课，所有学生均在家远距教学。同时期，诸如音乐厅、博物馆、美术馆、电影院等公共场所皆必须关闭。
经济金融.
最初疫情对台湾的出口、民间消费与物价均造成影响，又以观光旅游产业受创最严重，包括航空业、旅行社、饭店民宿业及。中华航空、长荣航空、台湾虎航、星宇航空等营运受到冲击，出现无薪假或「专案事假」情况，后来则推出几次「类出国」航班。机场免税商店改以网购或举办特卖会方式售出免税商品。许多餐饮业者承受不住人潮锐减冲击而停业或倒闭，或改提供外送或宅配服务，外烩及团膳承包业营业额也大幅下跌。相对于传统市场受到疫情冲击，便利商店、超商、量贩店整体业绩未有太大影响。同时，农业和渔业也受到疫情影响。
都会区和大坪数店面则受疫情冲击，招租量大幅提升，但房租并未降低。电子商务平台、物流业、外送平台等宅经济营业额明显增加，串流影音平台和在家工作需求提升，燃油机车和汽车销售亦有增长。而在口罩业者推出多款口罩后，带动防疫物资成为的风潮。到了2020年6月，及餐饮业表现也有所回升、失业率下降。在民间消费负成长下，台湾在2020年全年经济成长率仍有3.11%，股票、房市与车市也交易热络。随著车用晶片等因疫情出现缺货潮后，台湾积体电路制造等晶圆代工业者受到关注。
政府针对受疫情冲击的产业则提出纾困方案，以《严重特殊传-{}-染性肺炎防治及纾困振兴特别条例》作为防疫及资金的法源。在疫情稳定后，政府推出抵用券、振兴三倍券、艺FUN券、动兹券、农游券、浪漫客庄旅游券等振兴辅导措施，及举办大型展销活动等，以复苏民众对内需型产业的消费。政府还提供受影响产业、农渔业者、交通运输相关产业、旅行业等补贴，协助解决相关需求和问题。针对减班休息劳工、非自愿离职劳工则有各项计划和补贴，并可申请延期或分期缴税。另一方面，中央银行因应疫情降息至1.125%，且国家金融安定基金亦投入资金。尔后由于2021年5月疫情再次爆发，行政院又发行振兴五倍券以振兴经济。
民间生活.
在疫情初期，近十台电视频道、YouTube、网路媒体便重复播放防疫，从各层面教育民众一起防范疫情。在疫情初期，尽管民间一度出现抢购口罩、酒精、卫生纸等物资情况，亦有民众发起「我OK，你先领」口罩礼让运动。民众在亦会协助检举通报，并以不同讯息管道协助政府迅速应变。其后民众大多加强落实量测体温、配戴口罩、保持清洁、保持社交社交距离等，公共场所和业者亦提供消毒搓手液及设备、设置隔板、出入实名制/连名制登记、人流管制及环境消毒等防疫措施。由于禁止旅客入境及居家工作模式，站点的搭乘人数大幅度减少，不过公园造访率则增加。2020年4月，有民众发起募资行动，将「Taiwan Can Help」的精神刊登广告在《纽约时报》。2021年5月，在双北防疫警戒提升至第三级，有民众于网路上提出「看好了世界」口号。
社会工作者则为游民等弱势族群进行访视关怀、提供防疫物资与卫生教育宣导，并到社区及相关社会福利机构服务。随著疫情趋缓，社会工作者则依规定审核补偿和纾困金并拨付给民众，并针对生活困苦的家庭提供关怀辅导服务。而在疫情期间，随著台湾的「合法移工」人数下降、「非法移工」人数持续上升，许多雇用「家务移工」照顾长辈的双薪白领家庭受到影响。相对于医院内部照顾员和看护不愿接案，许多家属则必须自己轮班进入医院陪病。不过在酒店、茶室、舞厅、三温暖等八大行业业者数次被要求停止营业后，让部分相关女性转入地下工作。
每年农历3月期间，台湾会举办大甲妈祖遶境进香、白沙屯妈祖进香等宗教仪式。内政部对此与各地宗教团体沟通，多数宗教团体都愿意因应疫情停办或暂缓活动。在疫情控制得当后，随著「防疫新生活运动」松绑各项活动，大甲镇澜宫、白沙屯拱天宫等重启妈祖绕境进香。其他像是嘉义市轮流普渡等、原住民族文化祭典等传统活动也都受到疫情影响，不过台湾在疫情期间亦曾举办骄傲游行。在进入三级防疫警戒后，台湾的大众运输、休闲场所等地的人流明显下滑，不过日常采买仍维持基本人流。
对政府措施的批评.
2019年底至2020年初，传出疫情之初，有人大量购买口罩希望捐给武汉，然而也有民众认为自救应该优先于救人，口罩应留在台湾使用。。中华民国政府在2020年1月禁止口罩出口，引起网民、政治人物和演艺明星多方争论。
2020年3月，有些政治人物和学者开始担忧部份防疫政策过度侵犯人权、且部份行政命令没有法源依据；「防疫视同作战」的口号造成各种严厉手段无限上纲。台湾人权促进会指出口罩实名制违反《全民健康保险法》、征用超商和药局配售口罩违反《传染病防治法》。原先以国内防疫为由强制向厂商征收口罩，在四月却开始捐给外国做口罩外交的做法也引起学者质疑。 台湾人权促进会指出用手机位址追踪居家隔离人员是否外出违反《通讯保障及监察法》。为了找出感染源，疫情指挥中⼼结合资安处、警政署、电信公司调阅通联纪录和路⼝监视器，但通联纪录通常要有刑事犯罪对国安重大危害嫌疑才能向法官申请核准后调取，路口监视器则需依警察职权⾏使条例调阅。政府援引《严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例》第7条作为各种限缩自由的依据，中华民国宪法学会副秘书长叶庆元认为其构成要件「为防治控制疫情需要」空泛、授权手段「必要之应变处置或措施」不知所云，并认为政府的作为正如在司法院690号解释（有关SARS防疫措施之法源依据）时，许宗力大法官的部分不同意见书中提到的「专业滥权」、「整肃政治异己」、「种族偏见或歧视」。
指挥中心多次强调若散播关于防疫的不实讯息，最高可罚三年有期徒刑或并科三百万元罚金。台湾人权促进会表示对于防疫制度的讨论属于公共议题，应受言论自由保障，反对政府恐吓人民。
指挥中心在2020年因为担心伪阳性造成恐慌及拖累医疗资源、以及伪阴性造成感染者未依规定隔离，一直强烈反对广筛以及入境普筛，并在2019冠状病毒病彰化筛检争议事件中处罚自行筛检的单位。在野党一直质疑此政策，并认为政府是在隐匿疫情，不筛检就不会有病例。后续2021年发生万华疫情时，发现伪阳性的机率被高估，并且由于指挥中心反对演练、快筛试剂未列入物资整备，造成本土传播发生时动员缓慢、检验结果积压延迟通报。
对外关系.
世卫组织.
在严重特殊传染性肺炎疫情爆发后，中华民国政府重新呼吁国际社会让台湾取得参加世界卫生组织的资格，并向国际社会分享防疫经验。尽管台湾仍可以透过部分指定渠道与世界卫生组织会员国共享讯息并分享专业知识，但无法像会员国一样直接取得第一手疫情资讯、有效改进防疫策略，或就防疫资料与经验直接与世界其他地区交流。但此要求受到中华人民共和国激烈的反对阻饶，并称以疫情为由要求加入世界卫生组织等行动是「以疫谋独」。而基于中华人民共和国对于台湾的「一个中国」原则，世界卫生组织高层往往回避台湾问题及控制疫情经验。
因为台湾的防疫表现，包括美国、日本等24个国家均支持台湾加入世界卫生组织，并认为世界卫生组织应该充分与台湾合作。相对地，世界卫生组织和台湾之间的摩擦有所增加，秘书长谭德塞更曾表示受到台湾长期的「种族歧视」与人身攻击。2020年5月18日和5月19日，世界卫生组织在日内瓦首度以视讯会议形式举行第73届世界卫生大会，但仍连续第四年未邀请台湾与会。日本内阁总理大臣安倍晋三、加拿大总理贾斯汀·杜鲁道、纽西兰外交部长温斯顿·彼特斯、美国国务卿麦克·庞培欧等人曾首度公开表示支持台湾以观察员身分参与世界卫生组织。
此后台湾仍与严重特殊传染性肺炎疫苗全球取得共享机制COVAX签约，确保台湾能分配到476万剂疫苗。除了加入COVAX计划外，台湾还另外分别购买1,000万剂牛津－阿斯特捷利康严重特殊传染性肺炎疫苗、以及505万剂莫德纳严重特殊传染性肺炎疫苗。海峡两岸关系也影响台湾疫苗的采购进度，其中辉瑞－BioNTech 严重特殊传染性肺炎疫苗便被指遭受中国阻饶。到了2021年，尽管七大工业国组织外长会议支持台湾参与世界卫生大会，台湾仍未参与获邀参加该年度世界卫生大会。
交流互动.
2020年4月1日，总统蔡英文宣布台湾基于人道考量，政府积极加强在口罩、药物、技术这三个项目的国际合作。其后台湾提出四波医疗物资的援外计划，送往美国、加拿大、拉丁美洲暨加勒比海地区、欧洲、亚太地区、新南向政策国家、西亚及非洲地区等80个国家，协助各国强化防疫工作。中央流行疫情指挥中心则发起「护台湾，助世界」的口罩人道援助活动，民间企业亦有。根据统计，台湾共捐赠超过5,000万枚口罩、131台热像仪、35,000支额温枪、250组体温量测系统等相关医疗设备。台湾还曾邀请美国、日本、加拿大等14个国家举办视讯论坛，针对防疫进行深入交流。
在这期间，外交部除了透过媒体即时澄清与报导政府防疫成果外，并透过卫生福利部安排视讯会议。外交部各驻外馆处还协助滞留海外的民众返回台湾，并照顾侨胞。卫生福利部为了照顾滞留海外的民众也推出国际远距医疗。另一方面，美国卫生及公共服务部部长亚历克斯·阿札尔率团前往台湾访问，是美国自1979年断交以来访问台湾层级最高的内阁官员。其后台湾和美国双方则签署医疗合作备忘录，强化双方的防疫和医疗合作关系。而在帛琉总统惠恕仁访问台湾后，台湾和帛琉启动亚太地区首个「旅游泡泡」。
台湾的医疗物资援助行动让其大幅提升，并获得多家外国媒体报导。与此同时，蔡英文曾接受《时代》杂志邀请撰写专文，向国际社会分享台湾成功防疫的经验。中华民国副总统陈建仁也曾参与英国国会下议院听证会，及接受日本产业经济新闻社、英国广播公司等访问。外交部和卫生福利部先后建置「因应武汉肺炎国际分享专区」及「COVID-19台湾防疫关键决策网」，整合中央政府与地方政府各项防疫过程。
疫情期间，中国人民解放军军机绕台湾岛巡航持续、透过「疫苗外交」拉拢中华民国邦交国，并怀疑有网军发出疫情。
造成影响.
防疫评价.
最初台湾的防疫政策是以围堵方法为主，透过传统公共卫生手段阻断疾病，并以科技辅助让检疫管理符合实务所需。由于与疫情严重的中国大陆仅隔著台湾海峡，美国约翰·霍普金斯大学曾在研究中推测台湾、香港和新加坡将是继中国大陆后受疫情影响最严重的地方。不过随著台湾成功防堵第一波疫情、及在早期疫情中相对较好的表现，反而受到不少国际社会和媒体的关注，被视为是民主政体防疫的展示；其中包括纽西兰总理洁辛达·阿尔登、以色列总理班杰明·纳坦雅胡等均曾公开肯定台湾的防疫模式和成果。
随著口罩外交获得国际社会的肯定，台湾防疫物资的良好品质亦受到重视，并且有数间口罩工厂取得国际合作询问、以及展开全球市场布局的机会。台湾亦在这次防疫工作中首创全球第一个智慧防疫系统，而包括乌拉圭、美国、澳洲、印度尼西亚、瑞士、义大利、卡达、沙乌地阿拉伯等超过10个国家都透过管道洽询。
许多国际媒体对台湾持续的防疫行动感到好奇。英国《卫报》曾将中华民国总统蔡英文、德国总理安格拉·梅克尔、纽西兰总理洁辛达·阿尔登、芬兰总理桑娜·马林、丹麦首相梅特·佛瑞德里克森、挪威首相艾娜·瑟尔贝克等并列，分析这些女性领导人在疫情期间的表现。《纽约时报》等报导文章，对于台湾是否能持续采取封锁防疫政策提出多项质疑。
到了2021年5月，随著台湾本土疫情大规模爆发，防疫意识自满而松懈、疫苗采购过于缓慢等成为报导的焦点和质疑。随后立院提案疫苗数量、「3+11」会议纪录、国产疫苗3期实验、政府官员接种名单，皆遭到民进党立委以多数优势否决。引起舆论讨论以及争议。
6月28日，彭博社防疫韧性排名，台湾降至44名，为倒数第10名。而根据7月3日的病死率统计，台湾排名第10。
其他影响.
2020年5月15日，立法院三读通过《公共卫生师法》，明定公共卫生师的执业范围、场域以及应考资格，而这也是亚洲第一部《公共卫生师法》。其中受到严重特殊传染性肺炎疫情的影响，《公共卫生师法》的确立公共卫生师平时分别在公家机关、私人企业或自行开业来规划服务，而在疫情发生或政府有特别需求时得以徵调。在这期间，卫生福利部还特别委托公共卫生学会展开「防疫新生活健康行为监测研究计划」，希望借由公共卫生专业了解民众的健康行为。
随著疫情爆发和减少主动预约病人回诊，医疗院所及基层诊所门诊就医人数，就医人数减少最多的前三名为「小儿科」、「复健科」以及「耳鼻喉科」。由于人们对于呼吸系统疾病警觉性和关注度提高，并且配合戴口罩、勤洗手和保持社交距离等措施，感染方式、防治措施都与严重特殊传染性肺炎类似的流行性感冒、肠道病毒等疾病在临床检体阳性率、类流感门诊人数、并发重症病例数等都有显著下降。因民众洗手次数增加，经济部水利署的统计指出平均日用水量比同期增加2.7%。
随著台湾疫情相对稳定，2020年5月20日连任就职时，总统蔡英文的民意调查满意度达到历史新高的71%，卫生福利部部长陈时中的满意度则突破80%。后来政府由于关于采购疫苗的政策，引发在野党和舆论的质疑。在中华民国政府禁止出口口罩后，由于疫情持续蔓延、大陆配偶子女入境、滞留人员接返等问题，海峡两岸民间因彼此不同的立场陷入争论，分歧与对立日益扩大。历经中美贸易战、香港反对《逃犯条例》修订草案运动、自身经济发展趋缓与疫情爆发后，中美关系外交军事角力以及台美关系更加紧密，台湾海峡关系趋于紧张。
统计数据.
累计确诊数及死亡数.
自2020年1月起，至2023年3月20日止，台湾在严重特殊传染性肺炎疫情中的,236,886人，累计死亡个案则有18,803人（病死率）。当中分别有10,178,478例本土个案（约占）、58,354例境外移入个案（约占），另有54例个案被归类为其他状况（36例敦睦远航训练支队个案、3例航空器个案、1例不明个案及14例调查中个案）。
确诊病例年龄及性别分布.
确诊个案.
自2020年1月起，至2023年3月20日止，共10,236,886例。
死亡个案.
2021年5月11日至7月4日死亡的675名本土案例平均年龄73岁，而台湾2019年整体死者平均73.76岁。
自2020年1月起，至2023年3月20日止，共18,803例。
各县市本土确诊数.
自2020年1月起，至2023年3月20日止，各县市累计本土个案确诊个案前五多的县市分别为新北市（2,106,835例）、台中市（1,252,264例）、高雄市（1,145,855例）、桃园市（1,122,273例）和台北市（1,012,500例）。
本土病例中重症个案数.
自2022年1月1日起，至2023年2月22日止，本土病例共9,902,106例，含中重度以上病例47,459人，其中16,848人死亡。