2019冠状病毒病香港疫情相关争议

2019冠状病毒病香港疫情相关争议，介绍在2019冠状病毒病香港疫情中，香港疫情的相关争议始于2020年1月。
远因2003年的SARS疫情，近因2019年的逃犯条例修订草案引发的反修例运动，香港特别行政区政府的作为，令不少市民信心尽失，延续至2020年之后的香港疫情中，对政府的不信任及争议，部份更明显是反修例运动的延续。
封闭关口的争议.
自疫情爆发以来，政府一直拒绝全面关闭香港与大陆之间海关人流出入境口岸，以堵截输入源头，备受坊间多番批评。虽入境香港大陆居民大幅减少，但被质疑是香港抗疫工作的一大漏洞。香港大学感染及传染病中心总监何栢良多次呼吁封闭来往中国内地的关口，香港大学医学院院长梁卓伟、香港大学教授袁国勇及香港中文大学教授许树昌均认为有关建议封关并非正确、可行的策略。行政长官林郑月娥指有关建议不切实际，她指有关决定涉及政治考虑。
武汉市在1月23日宣布「封城」后、澳门于同日宣布发烧人士不得离境，香港政府于1月25日才暂停来往香港和武汉的航班及高铁。有医疗相关组织表示若1月28日前政府不对中国内地封关，有机会发起罢工等工业行动。而香港立法会财务委员会主席陈健波则认为「中港一家亲」，应在疫情很严重时再考虑封关。
1月26日，政府宣布27日凌晨起，所有来自或14日内去过湖北的非香港居民一律禁止入境，各口岸自助通道亦对非香港居民关闭，直至另行通知。食物及衞生局局长陈肇始后来指出，政府的所谓「限制湖北省居民及过去14日到过湖北省的人士入境」措施，只是靠旅客自己如实申报。有内地旅客认为，自行申报制度根本不可靠，政府可以接驳12306系统与内地沟通，因为内地实施实名制，入境者有没有去过湖北是一目了然的。
1月27日，梁卓伟认为政府对于封关问题应多行几步，扩大封关范围，防患于未然。同日，香港酒店工会向港府发出「紧急要求」，形容酒店前线职员在疫情下生命受到威胁，要求政府立即禁止所有中国内地境内的人来港。同日，政府没有答应市民要求封关以减低病毒散播的要求，医管局质素及安全总监钟健礼宣布若个案符合上报要求，为保障公众健康，让病人接受隔离，隔离医疗的所有费用一律全免 。
1月27日及28日，明爱医院急症室男厕、佐敦道一个伤残人士厕所、深圳湾口岸香港范围先后有爆炸品爆炸。案发后有人在Telegram一个频道承认责任，并指目的是迫使医护罢工和要求政府封关，警方指三个爆炸装置都有能力引致伤亡。
1月28日，香港中文大学医学院凌晨发表声明，要求将限制入境的范围进扩大至湖北省以外地区，以减低跨境传播风险。同日上午，民主派再次促请港府封关，胡志伟指健康申报系统无法检测旅客是否如实申报，若不封关，香港医疗系统会超出负荷。议会阵线朱凯廸认为，医管局为2019冠状病毒病病人提供免费医疗本身不是不合理，会诱使内地人来港医治，令医疗系统崩溃。教协认为政府应马上封关，暂时禁止内地人士来港。建制派方面，自由党荣誉主席田北俊指封关虽然会影响经济，但疫情非常严重不得不考虑。实政圆桌田北辰亦表示支持封关。民建联主席李慧琼指封关是一个阻止疫情-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆发}-必须考虑的措施。而港大感染及传染病中心总监何栢良再次表示，封关为时未晚，仍有助阻止病毒进一步散播。另外香港旅游促进会总干事崔定邦在访问中提及，若然政府支持封关，社会认为此举对健康有利，旅游业界亦会支持封关。
28日下午，政府宣布暂停签发自由行及在30日凌晨起暂停部分口岸的客运服务（不影响货运），包括：高铁西九龙站、红磡站（直通车）、沙头角及文锦渡口岸。但最繁忙的罗湖、落马洲（皇岗）、落马洲支线（福田）、深圳湾、港珠澳大桥等口岸仍继续全面开放。有香港立法会议员质疑措施只是「半桶水」，有漏洞而且来得太迟，未能减低社区-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆发}-的风险。因为在暂停签发自由行签证前以签发的自由行签证或持商务及探亲签证的内地人仍可来港，最繁忙的几个口岸仍全面开放，航班只减少一半，而且措施并未即晚生效。。时事评论员梁启智指措施关闭的边境管制站所处理的内地旅客数目，只占所有内地旅客数目的11%。港大医学院微生物学系讲座教授袁国勇指出，在农历新年前已有数以万计内地旅客来港，亦有大批港人在年初四（1月28日）后由内地返港，政府早已错过阻止病毒进入香港的「黄金时间」。同日，东区医院深切治疗部有15名护士集体请病假，要求政府「全面封关」对内地实施入境限制。
1月29日，港大微生物学系讲座教授袁国勇指出，关闭部分口岸只算是「好开始」，最理想是全面封闭所有关口以阻止疫症蔓延。并形容政府之前的防疫措施自有首宗确诊病例后便跟不上。他认为医护罢工并非「怕死」，只因若不阻止疫症在香港蔓延，医疗系统将无法承担。港大感染及传染病中心总监何栢良亦认为，现时有迫切性要尽快全面封关堵截源头，防止疫情传入香港。他更建议参考澳门做法，派警方到酒店强制隔离或送走湖北旅客。
1月30日，在立法会衞生事务委员会特别会议上，民主派议员建议政府全面封关。而新民党主席叶刘淑仪认为，封关的建议不可行，因为“香港会变成孤城”。她建议政府应以大数据追踪方式，密切关注入境旅客来源地，禁止大规模-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆发}-省市的市民入境香港，而非「一刀切」禁止所有人来港，并提高透明度，令市民更清楚各省市染病人数及情况，避免市民揣测各地情况，引起公众恐慌。
1月30日凌晨起关闭高铁西九龙站、沙头角、文锦渡等6个口岸。根据入境处统计，包括从机场入境的内地游客，30日有19,555名内地旅客入境香港，较「局部封关」前夕下跌29.6%，比政府预期的「减少75%」跌幅相差甚远。
1月31日，林郑月娥拒绝「全面封关」，林郑称封关构成「歧视」，又称世界卫生组织条文提及各国不可采取可能助长歧视的行动。民主派立法会议员批评林郑的说法是混淆视听，并指出世卫的条文没有禁止采取防疫措施，而香港也不是世卫成员国，同时中国国内已对个别省市实施封城，香港跟随封关也只属中国内部事务，质疑林郑是否觉得香港是一个独立国家，或是林郑在指责中央政府实施封城是歧视湖北。同日，香港城市大学生物医学系助理教授阮相宇推算，春节后20万人由内地返港，将会带来15.4宗2019冠状病毒输入个案，造成45.1宗第二波感染，较差情况或增加逾200人感染，香港可能大规模-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆发}-疫情。同日，成立不足两月的工会「医管局员工阵线」公布因政府不答应全面封关等诉求下，而发起罢工。
1月31日凌晨2时，普通科医生发起联署，要求隔离湖北旅客或将其引导离境，降低社区-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆发}-风险，同时为医疗界提供合格装备，令全民有效抗疫。至2月1日下午1时已收到382个实名签名，当中医生占139人，约为整个医疗体系普通科医生的五分一。
2月1日，医管局员工阵线举行会员大会表决「对抗武汉肺炎罢工计划」议案，以3123票赞成，10票反对，23票弃权获大比数通过。而截至2月1日晚上8时有约9000人签署宣言，承诺参与罢工行动。由于林郑月娥未有应工会要求出席2月2日的会面，工会宣布谈判破裂，正式发动于2月3日起一连五日罢工，首日先由非紧急服务人员参与，若医管局未能于2月3日晚上6时就诉求提出解决方法，将会动员所有会员一连罢工四日。
2月2日，一群专业组织及人士以「专业崩坏，管治失效，港府应『全面封关』暂缓内地人士访港」为题发起公开联署信，支持医护提出的工业行动以促使政府全面封关。联署发起团体来自不同界别，包括精算、会计、广告、建筑、艺术、航空、教育、金融、资讯科技、设计、保险、运轮、工程、艺术、设计、认证、药剂、视光、言语治疗、物业管理等36个不同界别的组织。
同日下午，港铁罗湖站发现两个土制炸弹，其中一个发生爆炸，事件是短期内第四宗炸弹案。事后有人在网上承认责任，并威胁会继续放炸弹；警方严厉谴责极端暴力分子的行为，并形容此等行为已经是向恐怖主义行近一大步，又指如果炸弹在密闭的列车行驶时爆炸，可能会严重炸伤许多人。
2月3日，《星岛日报》有专栏指，根据入境处数字，自1月30日暂停部分口岸服务后，内地访客出入境纪录已下跌至约13,000人，与其他地区的旅客人数相若；反观港人出入境数字仍然高企；并引述消息指，港府内部研判香港人频密往返内地才是问题所在，正在研究措施，减少出入境人流，包括限制港人出入境，阻截病毒在两地之间传染。
2月3日，政府宣布2月4日凌晨零时起，关闭罗湖、落马洲、落马洲支线、港澳码头等口岸。但仍保留香港机场、深圳湾口岸和港珠澳大桥口岸如常开放，而且不会禁止内地旅客来港，林郑月娥表示对于香港人或内地人入境的限制都是一视同仁，且其表示口岸关闭措施，与医管局部分员工发起罢工完全没有关系。针对不全面封关的原因，政府解释两地来往有庞大合理需求，例如居深港人在港工作，或居港港人在深工作，或有母亲需来往香港照顾港人子女，而仍保留部分口岸可把人流集中在两个口岸以减少过关人流，同时使上千人手集中在两个仍开放的口岸，让医疗监测和健康申报做得更好。根据入境处2月2日之内地访客入境统计，头两位最多内地客入境的口岸分别是香港机场和深圳湾口岸，这两口岸连同港珠澳大桥口岸共有7,389人内地客入境，占内地客总数的63%。而且深圳最多确诊个案的便是邻近深圳湾口岸的南山区。另外，中旅巴士宣布由2月4日起增加来往深圳湾口岸至香港各区的路线，每15至30分钟一班。
根据入境处资料，2月3日及2月4日的内地访客入境总数分别是13,461及9,511人次，亦即是2月4日凌晨关闭罗湖等口岸后，内地访客只减少了29%（3,950人次）。
香港在2月初发生食品及日用品抢购潮，大部分超市的食品、纸巾，甚至是卫生巾等货架都被抢购一空。学者钟剑华认为，香港市民对政府信任度低迷是造成抢购潮的成因，加上行政长官林郑月娥之前不断称封关会令香港物资短缺，所以当政府宣布将会关闭多个口岸，及对曾往中国大陆的人士实施强制检疫措施时，便触发群众的恐慌情绪。
2月6日，政府表示封关不代表货品不准入口，现时食物及其他货品亦可运往香港。香港大学感染及传染病中心总监何栢良指政府防疫措施已落后形势，他建议全面封关三天，其间做好隔离措施。10日有社论指林郑月娥拒绝全面封关，是因为与构建大湾区所需的内地居民免签证和专才自出自入、开通更多关口、划出更多土地实施一地两检、令香港海域边界模糊化等「中门大开」规划方针背道而驰，拒绝全面封关是执政者心魔所致。
2月11日，林郑月娥在出席行政会议前会见记者，表示自己认为“封关嘅说法已经系无乜意思（再提封关已经无甚意义）”，因为检疫令实施三日内地访港人士“大幅减少”，“入境人流已经非常有限”。
2月14日，经深圳湾口岸入境香港的非香港居民在一周间不减反升，非香港居民入境人数较2月8日首天执行强制检疫增加达1.65倍；根据目前安排，未能提供住址的来港人士将会被安排入住政府免费食宿的检疫中心，而当中有67%的宿位是被非香港居民占用。
2月16日，政府宣布港珠澳大桥免收车辆通行费，直至疫情结束。有传媒质疑措施会加剧疫情传播。
2月22日，《苹果日报》在独家披露行政长官办公室提交中央的抗疫报告，林郑月娥在报告中表示，尽管不少市民被全面「封关」的诉求所「误导」而形式一定的主流意见，特区政府坚持了不应针对内地旅客的立场，没有听从香港市民的主流意见进行全面「封关」，被建制派直斥林郑月娥「冇得救」及误导中央。
入境检疫隔离被指全球最严之一.
2021年中，大部分国家已经陆续取消入境检疫的安排，不过香港被批评为实施了全球最严格的隔离制度之一，大部分来自海外的入境者必须在酒店接受长达三星期的隔离。引起香港商界团体批评经济成本太高，并危及香港作为全球顶级金融中心之一的地位。对香港居民来说，亦不能外出旅行和出境探望生病的海外亲戚。而在海外学校读书的人士也不愿意回港。
到2022年8月12日政府改为「3+4」检疫安排，入境旅客酒店检疫减至3天。不过会展管理有限公司董事总经理梅李玉霞在商台节目透露，因为检疫规定下，过去一年4个大型国际展览已改为迪拜或新加坡等竞争对手举行，令香港损失数以十万计的高消费旅客，希望政府提出免检疫路线图和时间表。不过接近政府的消息人士表示只会考虑放宽举办商务展览的场地，而公众可以参与展览如美食展等则未必可获放宽。在9月初，全球大多地方一早已经回复正常生活和开关下，香港政府仍然坚持继续进行多个防疫政策。其中《南华早报》报道皇家加勒比国际游轮公司因申请邮轮在10月送返香港运作仍未获批下，放弃在香港重推公海游，不排除会将余下所有香港邮轮都送往新加坡。而新加坡的防疫措施较香港宽松下，香港部分金融从业人员士已迁至新加坡，主要以外籍人士为主。商界人士亦就防疫政策过严作出批评，其中商务及经济发展局前局长马时亨指全球多数地区已将新型肺炎视为风土病，部分地区更已经解除规定配戴口罩的限制，认为香港的防疫政策严重影响香港作为国际金融中心的地位，更指政府将入境检疫安排由「3+4」放宽至「0+7」的作用不大，形容香港就像孤岛。
2022年10月底，《明报》就入境检疫安排由「0+7」放宽至「0+3」的实施进行比较。发现入境人次由16万多增至实施后的逾22万，增幅35%，不过非本地旅客的入境人次只升8.97%。而出境人次由逾12万增至逾18万。旅议会总干事杨淑芬和餐饮业界均指出，一早已经预料「0+3」无法吸引入境旅客。而学者李兆波和尹振英更指香港的防疫政策较亚洲周边邻近地区严格下，无法吸引人们要来香港。指出须尽快废除令旅客感到麻烦的防疫措施才能有望吸引旅客回流。
内地旅客入境人次走势图.
以下是入境香港的内地旅客总数的走势图，资料来源自入境事务处：
口罩不足引起的争议.
有传媒询问林郑月娥如何确保香港的口罩供应充足，以及会否实施口罩限购。林郑月娥表示已致致函国务院（中央人民政府），会向有关单位提供口罩，她亦拒绝推出限购令，令市民更难购得口罩。《苹果日报》指香港政府存有逾亿个口罩存货，没有向国务院求助的需要。政府回应指政府存有的口罩是供应予各政府部门作日常及应变计划之用。
1月25日（年初一）旺角有药房更将N95口罩标价1400元一盒。1月26日，香港网上商店的口罩已被抢购一空，显示「缺货」。此外自香港反修例风波的示威活动后，大概在2019年7月淘宝已对香港买家订立限制，在香港登入「淘宝」或「天猫」网站都无法购买口罩，系统只显示「没有找到相关宝贝」或「根据相关地区法律法规及淘宝网政策，该商品无法运送至您所在的国家或地区」。
同时，市面出现了劣质的「黑心口罩」，例如，有网民发现一款名为「救救Mask」（救救マスク）口罩，口罩质地较薄，亦未有标明出产地。日本在2019年有报道指该款口罩为冒牌货，由中国内地制造。台湾媒体更揭发生产口罩的工场环境十分恶劣，不但没有消毒，而且使用回收物料制成。部份药房不但趁着口罩抢购潮而坐地起价，更有药房竟出售来历不明的劣质口罩，以胶袋盛载数十个不明来历的口罩出售，讹称厂商因制作时太赶急而未有入盒。
除了劣质的「黑心口罩」，香港亦出现令人呕心的「二手口罩」。沙田、粉岭、元朗等地区怀疑有药房将用过的「二手口罩」拾回再包装出售。从网民提供的口罩照片所见，口罩带有污迹，风琴折疑似向上。有人目击一妇人在天水围天逸邨逸湖楼外喉管晾晒疑似已水洗过的二手口罩。亦有人在大埔广福村发现有老妇以筲箕晾晒口罩。
1月29日，「About Thai生活百货」为医护及前线人员（卫生署、入境处、海关等）优先售卖口罩，全港分店大排长龙。部份分店有近千人排队，有市民要由早上7时排队至下午1时才买到一盒口罩，相对澳门政府让居民以成本价8元买得10个口罩，香港政府被指不单完全没有为市民解决口罩的问题，更拒绝多位专家提出的「全面封关」建议，有市民直斥香港政府无能，内容包括不满政府没有封锁所有关合。而教协旺角总部外早上一度有人排队，但该店根本没有存货可供出售。区议员亦代为组织团购，于2月中至3月初到货。
1月29日，民建联立法会议员蒋丽芸于个人facebook专页贴了一条来自广州广播电视台《G4出动》的片段，提议市民可以「蒸口罩」消毒，重复使用口罩，蒋丽芸指这是「没办法中的办法」。其后港大感染及传染病中心总监何栢良炮轰影片内容大错特错兼害死人。何举例指在2003年SARS-{zh-hans:暴发;zh-hant:爆发}-期间，就有医护人员因为重复使用口罩而受到感染。中文大学呼吸系统科讲座教授许树昌亦表示蒸口罩或紫外光消毒的方式并不可行，强调外科口罩用过数小时后就要弃置，高温消毒反而会破坏口罩的三层结构。
1月30日，连锁药房「屈臣氏」预告每间分店大约会有20盒口罩供应，市民凌晨排队，有人表示清晨5时半到场已经拿不到筹。天水围T Town有市民因为买不到口罩，以粗口指骂职员，并拍打及用脚踢店舖的闸门，引致职员报警，10多名警员到场呼吁市民冷静。在旺角弼街屈臣氏分店的市民批评政府局部封关无作用，市民只能自求多福。同日，医学会传染病顾问委员会主席梁子超指，超过六千名私家医生口罩存货量不足，因此有部分诊所未能开门应诊。新民党主席叶刘淑仪建议政府在香港生产口罩，满足市民需求，而非单靠外地进口。政务司司长张建宗表示，香港未来将会有最少3200万个口罩供港，首批会供应800万个，还有约2400万在安排中，但未有实际应市时间表。
1月31日至2月1日，多区都有商店预告有口罩出售，有大批市民排队轮候购买。有凌晨3时半排队的市民批评口罩供应数量严重不足，而政府有能力及责任负责购买或派发口罩，不应将责任推卸零售商。而大埔区议员为当区居民团购口罩，但他们早在晚上11时许开始排队。
另一方面，有市民关注由惩教署工场生产、主要供政府内部使用的绿色「CSi口罩」，在市面有不少人佩戴。有人表示是由公务员朋友提供；也有人表示是购买得来，但后改口称是家人提供。当记者查询口罩来源，有部分人便急步离开。市民认为政府的做法不公平，应负起责任主动派口罩给有需要人士。而2月1日网上流传屯门公园的跳舞大妈配戴着CSI口罩，也引起争议。网民认为政府人员私下取用或贩卖公用口罩。而政府发稿澄清，惩教署在疫情发生前已经向一些非政府机构供应口罩。
2月4日，一间位于九龙湾临兴街的公司宣布于2月5日出售6,000盒医护用三层口罩，有超过8,000名市民为了购买口罩，通宵睡在街上排队。
2月5日，行政长官林郑月娥公开承认采购口罩失败，而十八区区议会虽然委托民政处公开招标采购口罩，但大部分区截标后都未有接获标书。区议员认为政府制度官僚，不能弹性处理招标。而委托非政府机构订购也面对限制出口问题。而行政会议成员、新民党主席叶刘淑仪批评政府以「价低者得」方式招标采购口罩的做法非常愚蠢，应该特事特办。
2月6日，《壹周刊》报导，政府惩教署工场生产的「CSi口罩」有流出市面现象，部分在屯门公园唱歌跳舞的大陆大妈和叔伯亦戴上印有「CSi」字样口罩，随即引起大批街坊不满，事后网络上亦热烈讨论，质疑大妈如何得到政府生产的口罩。本身是医生的立法会议员郭家麒，就认为政府做法不合理，他认为惩教署生产的口罩应首要分配给医管局及医疗机构，其次是专责基层市民及弱势社群的非政府机构，又指政府的手段低劣，分配口罩予亲政府组织的做法不堪。
2月8日，行政长官林郑月娥公开表示，在国务院港澳事务办公室大力协调下，过去一个月已从中国大陆获得1700万片口罩。这一席话再度挑起中国网友对「反对逃犯条例修订草案运动」长久累积的不满情绪，痛批港澳办向香港人「跪舔」，《环球时报》总编辑胡锡进更是扬言「那些最恶毒攻击国家的人有骨气地喊出来不要戴中国口罩」。
而普通市民每日只能从不同药妆店，超市，医院小卖部和网上抢购口罩。同时也出现多宗网上买口罩骗案举报。警方在2月13日表示共接获301宗举报，涉及金额约110万元，涉款介乎100元至25万元不等，暂时拘捕10男2女。
2月16日，盾牌凌晨在官方面书宣布，将在上午9时在粉岭开仓发售口罩，并以排队派筹形式派出一万张筹，每人最多以每盒150元售价购买2盒口罩。凌晨开始有市民冒雨通宵排队，早上10时半，排队人龙已经从粉岭延伸至上水，盾牌表示筹号6538预计晚上8时才可以购买到口罩。
检疫中心的争议.
由于市民认为检疫中心（隔离营）对周边社区造成卫生威胁，而且过程未有得到事先征询地区人士和居民引起不满，自1月25日以来发生多次警民冲突，多人被捕。其中较大规模有2月9日的反对设立指定诊所和隔离营游行。市民在西贡、火炭、大埔和荃湾游行和集会反对。到2021年，有疫厦居民居住检疫中心后，批评职员安排失当，卫生和设备欠佳。食物更形容为劣食，更出现集体食物中毒事件。有隔离21日的居民形容检疫中心如炼狱，如监禁一样。
到5月7日，政府宣布放宽隔离检疫措施，日后相关确诊大厦若只录得一宗个案，只须封区检测和21日内检测四次，无需送往检疫中心。有居民得知消息后感到十分兴奋。
粉岭晖明邨.
1月25日下午，政府突然宣布将已完成预派并有少部分居民入伙的粉岭晖明邨暂时征用作隔离营，由于隔离营对邻近社区造成卫生威胁，加上会令准租户入伙日期押后，部分获派该邨的准租户，以及附近居民对此表示强烈不满，多名北区区议员联署反对。翌日，除了联署行动外，下午更有部分居民以水马堵塞屋邨入口，阻止车辆运送隔离营物资。北区区议会主席罗庭德早上曾联络民政事务专员但未获得正面回复。之后有人在晖明邨两座的大堂纵火，无人受伤。1月28日政府宣布放弃粉岭晖明邨作检疫设施。
荔枝角翠雅山房.
2月1日下午，一批区议员和美孚新邨居民到饶宗颐文化馆外抗议。区议员表示不足3 小时内已经收到共5000人联署反对计划。晚上10时，再发生警民对峙。政府晚上公布「翠雅山房」将用作针对2019冠状病毒病疫情的检疫中心，认为该处位处山上，较远离民居，强调安排入住者为没有任何病征的人。凌晨后防暴警冲入美孚新邨住宅平台，至少5人被制服和拘捕（包括深水埗区议会副主席伍月兰），被警方带走。翌日，由于政府不答应有关诉求，居民在下午再举行集会，入夜后亦演变为警民冲突。有人以杂物堵塞巴士站出入口时，多名便衣警员随即手持伸缩警棍制服至少4人，一名市民的头部被打至头破血流，而现场留下大滩血迹。百多名防暴警员多次闯入美孚新邨屋苑范围截查和逮捕街坊，并举起蓝旗。
西贡户外康乐中心.
2月4日晚上9时许，近100名西贡居民发起游行，反对在未有咨询区议会及居民的情况下，将西贡户外康乐中心改设为隔离营。游行人士由西贡市中心游行到对面海村附近的户外康乐中心。到晚上10时许，防暴警察突然到场展示蓝旗，指散去民众和现场途经市民为非法集结。其后防暴一度追捕及截查数十人，无人被捕。当区区议员梁衍析及西贡乡郊区议员何伟航批评警方手法极不洽当，意图滥捕。而隔离营距离民居海泰楼和海昌楼不足100米。
2月9日下午1时，约300名市民发起游行。游行人士在西贡天后庙广场聚集，当游行在1时半准备开始时，在场戒备的军装警员举起黄旗，警告在场人士正在参与非法集结。一名外籍人士上前与警员理论，指在场人士只是进行和平集会。其后游行人士沿西贡海傍广场围绕市中心游行，沿途高叫口号。到下午2时30分，当游行人士到翠塘路时，大批防暴到场，并举起蓝旗。之后防暴警突然从翠塘花园闸口跑入追捕，以警棍制服一名57岁男子，他的头部被爆头，流血倒地，之后疑陷入昏迷。而在场警员以口罩为该男子「止血」，拖延两分钟后才容许急救员施救。急救员表示该男子头部少量骨裂，事后地上留下大量血迹。
随后至少30名防暴警察进入翠塘花园搜捕，截查市民，在场采访的传媒及区议员。有人不满警员进入私人屋苑制服市民。有拍摄警员的市民也被拘捕。警方也在于翠塘路截查大批在场人士，事件中有7人被捕，年龄介乎26至57岁，涉嫌「阻碍警务人员执行职务」或「游荡」。案件交由黄大仙警区重案组及刑事调查队跟进，所有被捕人士正被扣留调查。
火炭骏洋邨.
2020年2月初，网上流传原在2月入伙，位于火炭骏洋邨将成检疫设施，而警方在2月7日深夜起在该邨附近驻守及设置水马，到2月8日更有大量警员在火炭一带严密布防，防暴警在多处截查多人。沙田区议会主席程张迎和沙田乡事委员会主席莫锦贵批评政府今次没事先征询区议会及乡委会。而骏洋邨准入伙住户表示已经轮候6至7年才可上楼，也有人已付千多元订金购买家私及电器，甚至特意转职。他们表示认为政府没有顾及他们的感受及声音，深感不满和公平。傍晚，多名沙田区议员到沙田乡事委员会门外抗议，对政府官员未有知会区议会及讨论该处将成为隔离营，只限与乡委会倾讨表示不满，防暴警察护送食物及衞生局副局长徐德义坐驾离开，而区议会请愿信掉在地上。
公屋联会对政府征用骏洋邨为紧急检疫中心表示强烈不满，批评政策朝令夕改和违反承诺，严重影响申请人衔接住屋的安排。
而行政长官林郑月娥在2月8日改口称因疫情发展不能预见，吁当区人士谅解在骏洋邨作检疫中心的安排。有关言论推翻她1月28日表示「放弃未入伙公屋作为检疫中心」的说法。
2月9日下午4时，百多名居民及区议员在火炭山尾街游乐场出席居民大会。集会在傍晚近6时结束后，居民及区议员前往骏洋邨抗议，但被防暴警员举蓝旗及黄旗警告他们参与非法集结。其后警方在一段山尾街及穗禾街设立封锁线，并截查多人，有1名女子在驱散时被捕。
2月10日下午，沙田区议会举行特别会议，讨论该处作检疫中心的安排食物及衞生局副局长徐德义亦有出席会议。在会前，区议员和数十名骏洋邨准居民在沙田政府合署地下正门外示威。到傍晚6时，区议员希望徐到门外与骏洋邨准居民会面，因而堵塞会议室出口。而大批防暴警察在会议室外通道守候。徐德义及民政事务专员在大批防暴警察护送下离开，期间没有回应记者提问，也无到场接区议员联署信。
2月11日，有骏洋邨骏时楼单位的居民收到房屋署发出的短讯通知，表示入伙会受影响，但未有交代任何替代安排。而当区区议员麦梓健收到消息，指骏逸楼有269个单位将会首批被征用作隔离中心。单位内已经摆放桌椅、木柜、风扇、热水煲等日用品。同时收到逾50个受影响住户求助，计划向警方申请不反对通知书，周日发起游行。
2月12日中午，一批市民在火炭工业区举行「和你LUNCH」游行，手持印有「不求赔偿 只求安乐窝」的标语，反对政府将该处用作检疫中心。防暴警员在场戒备，当游行人士到黄竹洋街华联工业中心对开时，警员一度举起蓝旗和黄旗警告。其后沿坳背湾街游行至火炭站及银禧花园，之后人群散去。
2月22日，由日本坐政府包机回港的「钻石公主号」豪华邮轮乘客杨和生及妻子入住火炭骏洋邨中层单位接受隔离，他投诉在骏洋邨生活的质素和待遇欠佳，远不及豪华邮轮。例如有时外卖送来的饭盒不够热，亦有一次因不够饭派及食肆关门，晚餐只能吃杯面。而且民安队人员派送膳食时的态度与邮轮的服务质素大相迳庭。还有，在骏洋邨的娱乐设施不足，不及在豪华邮轮上有大量电影供打发时间。
卫生和设备欠佳.
2021年1月，有入住鲤鱼门公园度假村检疫中心的市民表示，房间内的床单有疑似血渍，向中心职员投诉后数小时，才获提供新床单。而房间设备十分简陋，只提供一个热水煲及衣柜，但没有衣架。而洗手间内的电热水炉亦没有足够热水洗澡。同年5月，有住户送往检疫中心后发现单位内需要24小时开冷气，否则天花板出现倒汗水。洗手盆亦布满污垢，难以清洗。而洗手盆的水开始时是泥黄色，要等待3至5分钟后才变清水。有家长表示消毒奶樽后仍有异味，担心会对小朋友的健康造成影响，改用蒸馏水冲奶。认为营内设施对拥有幼婴的家庭非常不友善。
而元朗八乡少年警讯中心亦被指环境卫生情况欠佳，床上有死曱甴。有夫妇在2020年5月18日入禀高等法院申请司法覆核，认为政策违反《人权法》和《基本法》保障市民人身自由的条文，要求法庭撤销《外国地区到港人士强制检疫规例》中，针对到港者实行强制检疫的规定，以及让他们以家居检疫取代入住检疫中心。
在竹篙湾隔离检疫的人士表示该处没有提供无线上网服务，需要自行购买数据卡，形容营内生活非常沉闷。而房间亦有很多虫。
营内膳食差劣.
2021年5月，在竹篙湾隔离检疫的人士在网上发布图片，指出隔离营内由丹尼食品有限公司负责的膳食非常差劣，早餐的麦皮如呕吐物，午餐的意粉有胶味，干身无汁。肉类亦「霉霉地」。而居民亦在街坊群组表示吃完出现胃痛。竹篙湾检疫中心在5月7日更出现16人进食后腹泻的事件，他们为荃威花园R座居民。当晚隔离检疫的人士改为杯面做晚餐。 其后衞生署撤换膳食承办商丹尼食品，改为美味王餐饮。与此同时，经食环署巡查后，亦发现丹尼食品食物室不洁及保存食物温度不当。到同年5月16日，曾三次提供隔离营膳食的国泰航空饮食服务公司表示收到提供竹篙湾隔离营餐饮服务的邀请，并已递交报价资料。
不过膳食差劣的情况到2022年仍然未有改善。隔离人士批评食物又干又硬，难以入口，其中一餐因为难以接受而直接扔掉。而皇后山邨有隔离人士指到凌晨12时才派发晚饭，亦有隔离人士只收到杯面当晚餐，认为政府没有为确诊并出现病征的人士著想。
指定诊所的争议.
西营盘赛马会普通科门诊诊所.
2月7日中西区区议会会议，通过反对西营盘赛马会普通科门诊诊所成为指定处理2019冠状病毒病的专门诊所的动议。不过衞生署未有派员出席会议，引起多名区议员不满。区议员黄健菁表示有5000名坚尼地城居民联署反对西营盘赛马会分科诊所作为指定诊所。到晚上，逾200名街坊在西区游行抗议，由港铁坚尼地城站出发，向西环方向步行。一名没有戴口罩的中年男子与在场的游行人士发生口角，中年男子随后被警察带走。而晚上9时半有约60名防暴警察到场，驱赶人群离开。有市民与警员理论时即被喷胡椒喷雾。
九龙湾健康中心.
1月23日，医管局表示计划将九龙湾健康中心用作「指定诊所」，接收新型冠状病毒的相关病人。而普通科门诊会有另一条通道分隔。
2月2日晚上7时，区议员毕东尼、尹家谦、丽晶花园业主委员会及丽晶居民权益关注会在羽毛球场举行居民大会，有200人参加。毕东尼表示至年初四已收到共3,000个签名。而邻近九龙湾健康中心的佛教慈敬学校校长也表明反对，认为选址不适合。
2月7日和2月8日晚上，数百人围绕丽晶花园一带游行，期间手持标语及高叫「反对肺炎指定诊所」、「自己家园自己救」等口号，反对将九龙湾健康中心设为指定诊所。
大埔赛马会普通科门诊诊所.
2月9日下午，大埔有逾200人参与游行，反对汀角路大埔赛马会普通科门诊诊所将设为指定诊所，其后有人在广福道堵路，交通一度受阻。到下午4时许游行结束后，警员在抵达大埔赛马会诊所和广福道清理杂物。
2月15日早上，保安员发现大门铁闸熏黑，地下有玻璃碎片和毛巾，怀疑有人曾投掷汽油弹而报警处理。同日下午，逾50人由诊所出发游行至大埔中心发起游行，一批防暴警员在大埔中心巴士站一度举起黄旗警告，称游行未有事先通知警方。
3月8日游行多人被捕.
3月8日下午2时，有市民发起在风水广埸游行至大埔赛马会诊所。大量防暴警察在周边戒备并截查附近的市民。到下午3时，多名防暴警察跑到海宝花园旁，数十名年轻人站在一边被要求出示身份证，警员一度向住宅平台举胡椒球弹枪，期间近百名市民在附近逗留，对警方的行动表示不满。而指挥官以「路过、要返屋企尽快离开，否则可能触犯刑事罪行。」回应，并先后举黄旗及蓝旗。一名女士被警员三度警告「挑动现场人士情绪」后被拘捕，区议员文念志也被胡椒喷雾射中，需要义务急救员协助。
到下午4时，游行人士开始沿安慈路出发，而警方于大埔中心总站桥上举蓝旗；游行人士继续高呼口号和游行。游行人士随后走出安祥路的行车路设路障，一度占据一条行车线。大批防暴警察随即到场和多次向多名记者喷胡椒喷雾，而昌运中心对开有至少3人被制服地上，当中包括一名中年汉及一名女子，反手绑上索带拘捕。《苹果日报》拍摄到一名防暴警察的胡椒弹枪近距离对向被捕人头部。
到4时半左右，防暴警向市民快速推进，多名身穿黑衣的便衣警在安祥路及安慈路交界围捕示威者，至少5人被带走。警员追捕期间，向一名表示刚用膳的市民报复式喷射胡椒喷雾，其后不适。而昌运中心外也截查至少两名市民，有警员用长枪指向花园平台聚集的居民。而市民用手机拍摄警员时，被警员用强光电筒照射，并举起胡椒喷雾作恐吓。到5时半后气氛回复平静，未有街坊聚集。
入夜后，多名便衣警员在大埔超级城内制服市民，而不少街坊举起手机直播时被警员遮挡及截查搜身。其后大埔区议员周炫玮在facebook专页表示，同区区议员文念志和连桷璋也被警方拘捕及截查。
警方表示下午拘捕共10人，其中5男4女涉嫌非法集结、阻碍警务人员执行职务及藏有工具可作非法用途。另外一名男子因被检获一张怀疑属于他人的八达通卡，涉嫌盗窃被捕。而晚上称有人在大埔安邦路及太和路一带聚集，拘捕11男2女，年龄介乎15至36岁，涉嫌非法集结。
筲箕湾赛马会诊所.
2月9日下午3时，筲箕湾有50人游行，途径筲箕湾道、东大街、筲箕湾街市、西湾河文娱中心等，反对筲箕湾赛马会诊所设立2019冠状病毒病指定诊所。而东区区议员郭志聪表示一周已经收集逾2000居民签名反对。
东九龙普通科门诊诊所.
2020年2月12日晚上8时，有网民发起黄大仙「斧山一日游」行动，反对东九龙普通科门诊诊所作指定诊所。近百人之后沿斧山道前往诊所期间被警员拦截，并举起蓝旗，警告游行人士参与未经通知的游行。之后有人用砖头、垃圾桶、木板等杂物堵塞蒲岗村道，警员到场清理。到晚上10时许，大批防暴警员进入富山邨平台以及进入富仁楼、富信楼住所范围内搜查多名市民。事件至少5名男子被拘捕，包括黄大仙区议员尤汉邦。警方行动期间也多次阻碍现场记者拍摄，并出手遮挡《立场新闻》记者镜头。其后有便衣警员揶揄记者是「20蚊记者」、「未读完书」。
天水围（天业路）社区健康中心.
2月15日，元朗区区议员发起游行反对天水围（天业路）社区健康中心作指定诊所，游行由宏逸广场出发，终点是慧景轩对出行人路，游行有五百多人参加。游行在下午3时50分结束后，天秀站拍卡机一度遭纵火，另外，有示威者把杂物掷向轻铁路轨。防暴警在附近公园和天秀站月台向人群施放胡椒喷雾，多名街坊及记者被射中。有32人在天秀路公园被警方围捕，之后被要求一字排开蹲下及除下口罩截查，事后全部被捕，年龄介乎14至52岁，分别涉嫌非法集结、藏有攻击性武器、违反电讯条例及公众地方行为不检。现场有市民指骂防暴警拘捕年轻人，一名妇女因被指挑动市民情绪而被捕。
到傍晚仍有人聚集在天秀路公园一带，有人在天富苑对出的天秀路用发泡胶箱等堵路，警员到场清理。
南葵涌赛马会普通科门诊诊所.
2月15日早上11时，约300名市民沿葵联路、葵盛围到南葵涌赛马会普通科门诊诊所（南葵涌诊所）游行抗议，反对该处作指定诊所。尹兆坚表示该诊所相距葵联邨只有20多米，影响区内10万人口，建议于已荒废多年和较偏远的葵涌公园兴建临时指定诊所。而葵青区议员吴剑升建议政府考虑于已荒废的葵涌公立学校设指定诊所。
伍若瑜夫人健康院.
2月8日和2月13日，被列为应对2019冠状病毒病指定诊所之一的葵涌伍若瑜夫人健康院遭人投掷汽油弹，击中低层顶部一台制冷机，两扇叶烧毁，警方接报到场调查，列纵火案处理。事件中无人受伤。
仁爱分科诊所.
2月23日早上，屯门区议员在区内发起游行，反对仁爱分科诊所作指定诊所，逾300名人士参与。大批防暴及大批警员诊所和周边戒备。而多名便衣更手持长镜，在游行沿路及诊所天台拍摄市民和记者容貌。
隔离营的争议.
2021年4月29日，东涌映湾园悦涛轩第11座的居民被安排在竹篙湾检疫中心接受21天的强制隔离，有居民反映政府资讯透明度不足，隔离营的膳食安排不当，有信奉伊斯兰教的印尼佣工，连续三日收到含有猪肉的食物。
而2022年2月由中央援建、位于青衣的方舱医院，被发现内笼布置非常简陋，内部只有一张木板床，并没有厕所及浴室。入住患者要共用厕所。不少网民直言「感觉似监仓多啲」，认为会有交叉感染的风险。其后更有人发现房间内采用中国制式插座，引起网民担心是否符合香港规格和安全问题。而保安局指每名人士入伙前会获配备一个转插，房间内亦有拖板。有入住的患者亦批评食物只提供炸物，对喉咙痛的患者不舒服，女洗手间设置洗手间男尿兜，坐厕亦不干净，洗手盘亦没有提供洗手液，厕所亦出现长期漏水。患者亦指职员态度很差，形容自己被差劣对待。亦有患者拍摄到淋浴间喉管出现漏水事故，担心沐浴后的污水会引发播毒风险。
到3月8日，负责管理的保安局表示会提供四款含蔬菜和肉类膳食，洗手间内已添置消毒洗手液和加强清洁，形容会“以小区及人性化管理，主动了解入住人士需求”。
不过方舱医院对难以自理的长者而言，却是难以适应。前黄大仙区议员张茂清在社交媒体上公开分享一名患糖尿病的婆婆坐在房门外一人痛哭，她说自己一个人甚么都不懂，包括快速测试，而电话也没有拍照功能。该名街坊其后走出房外安慰婆婆。而她表示自己居住的大厦被围封强检后，因自己检测结果呈阳性，而被送往方舱医院。不过期间一直不知自己会被带到哪儿，也不能自行选择地点。最后她呈阴性后，再等多一天才能回家，希望可以照顾同样染疫，并智力有障碍的儿子。
亦有网民分享海外例子，其中韩国的隔离设施有豪华大双人床，并享有大海景景观。而一日三餐的膳食亦非常丰富，卖相精致。网民大叹香港的待遇难以比下去。
违反检疫令事件.
3月19日起，港府宣布外地回港人士需接受强制家居检疫14天，但不少市民发现在各区都出现疑似违反检疫令的人士。3月23日晚上10时许，有一名戴有蓝色电子手带的13岁女子与一名男子于到沙田石门吉豚屋餐厅用膳，女子离开时更没有戴口罩，邻座食客发现有人戴手带，立即报警并举机拍摄。警方随后在香港沙田万怡酒店寻回该名女子，这名违反检疫令的女子被送往火炭骏洋邨的检疫中心检疫。吉豚屋事发后将二人曾使用的餐具及餐牌全数丢弃，并暂停营业一天，进行全面消毒清洁。
政府官员反应迟缓.
香港政府在处理疫情比澳门迟缓，亦比中国内地迟缓。中国内地则有传媒称香港初期的行动十分迟缓。
1月21日，香港政府规定由武汉抵港的飞机航班乘客今日起必须填写健康申报表，但广深港高铁抵港乘客不需健康申报，署理行政长官张建宗以如果所有人都要检测会造成人多聚集，空气不清新，人多就更容易感染为由，因此不安排高铁乘客填写健康申报温。衞生署署长陈汉仪解释是考虑到陆路口岸的操作情况，而高铁口岸已增加手提仪器探测体温。惟当晚即有一名高铁乘客抵港后高度怀疑感染新型冠状病毒。23日张建宗改口称乘搭高铁抵港的旅客须填写健康申报表。医学界立法会议员陈沛然批评香港政府朝令夕改，张建宗拒绝让高铁旅客填写健康申报表后随即改变做法，导致讯息混乱。
疫情受控争议论.
2020年2月19日，政务司司长张建宗在立法会特别会议指「疫情已受到控制，希望市民包容政府」。有关言论被传染病专家批评。香港大学感染及传染病中心总监何栢良在一个电台节目表示至少要连续14天零感染个案出现，才勉强称疫情「稳定」。到一日后，张建宗透过办公室出稿解释目前疫情「受严密监控」，政府会因时制宜推出措施。
林郑借疫情为建制助选.
2020年2月22日，行政长官林郑月娥公开一份给中央政府的抗疫工作报告。报告指「自己失败了」，连建制派也没有和她站在同一阵线。报告明言，现在是2020年香港立法会选举前「难得可扭转形势的契机」，希望藉「处理疫情」赢取市民认同，为建制派造」。林郑月娥指自己「死不悔改」，仍然奢望借疫情来翻本，是「食人血馒头」。一名未具名的建制派议员批评林郑「无得救」。报告公开后，行政长官办公室一直未有回应。直到10日后，林郑月娥才指「跟中央政府有文书来往」，并承认此报告的存在。前特首办新闻统筹专员何安达指，这份报告真确，特首办会很快回应。而这类文件属高度机密，流出的机会性很低。时事评论员王慧麟指，此报告反映港府眼中，抗疫要和政治高度结合。但其政治研判水平，比中学生KOL还要差。
待检疫女子家中离世 政府：做了很多工作回应.
2020年12月19日，一名在大围美林邨居住的62岁女子在家中单独等候送往检疫中心期间离世，死者女儿批评是政府行政失当，当局一直没有联络她们和让妈妈自行去医院检测下，最终导致妈妈死亡。她的妹妹也指当局没有向家属交代事件经过。而食物及衞生局局长陈肇始到黄大仙彩云邨视察流动采样站后，被记者问及政府有否行政失当和是否会道歉，她表示衞生署已经做了很多工作，之后无再回应。
抗疫工作失败导致新冠疫情恶化震动中央.
2022年2月开始，香港的新冠疫情急剧恶化，在2月14日更录得单日确诊超过2000宗。2月15日，中共总书记习近平下令特区政府要负起主体责任，把稳控疫情作为压倒一切的任务，又委托主管港澳事务的中共政治局常委韩正向行政长官林郑月娥转达高度关注。
防护装备不公平争议.
2020年2月11日，政府决定青衣长康邨康美楼因有住户出现病征而紧急疏散。而网民从新闻直播片段发现，到场警员换上高规格的全套PPE防护装备，反而运送怀疑或确诊个案病人的救护员，只配备较低规格的蓝色保护衣。医管局早前也表示医院防护物资不足，欠缺PPE装备。而医院内的医护人员更出现限用口罩的情况。网民质疑警察得到的装备比多数医护人员更高规格，相当浪费。
政府官方社交平台「添马台」表示警方是「一直持续全力支援医护卫生部门」，不应单凭一两张相便质疑警方。
此外，有房屋署的外判员工透露，当进入康美楼检查时，署方只提供貌似雨衣的透明「保护衣」和非防水、非密封的鞋套，认为装备不合规格。而房署表示已经跟从食环署指引，为员工提供足够装备。
2020年3月，有中学文凭试准考生反映从考评局领取一批来自俄罗斯的口罩很薄，担心规格有问题。教协理事张锐辉表示教育局有责任保证口罩合乎规格和安全。有校长更拒绝交给文凭试准考生，并要求教育局和物流署公布更多采购口罩资料。教育局称无收到学校对口罩的投诉。
资讯发布争议.
2月27日晚上，网上流传涉及近6,000幢大厦地址的「正在接受强制家居检疫人士所居住的大厦名单」。在媒体关注后，卫生防护中心到2月28日才正式公布。而食衞局局长陈肇始在同日的记者会拒评名单真伪，解释官方未有公布，要需时整理。而衞生防护中心传染病处主任张竹君表示每位市民都应做好个人衞生，「唔应该靠政府」；再被记者问是否认为「市民不需要这份名单」时，她回应「个人觉得系啰」。
要求童军总会协助.
2020年2月8日，香港童军总会管理层早上向部分童军领袖发信息，表示民政事务局紧急要求童军人员协助防疫工作。有童军领袖表示属自愿性质，但没有接受过高级别的防护训练，加上防护装备不足，意外保险保障也不足够。估计是政府无法在公务员体系找到足够人手，才向童军招手。民政事务局证实事件，希望能「本著共同目标，齐心抗疫。」
佩戴口罩争议.
2020年1月23日，当衞生署署长陈汉仪被记者问及她在公众场合有咳嗽而不戴口罩时，陈汉仪指在普通社交场合是不需要戴口罩。有传媒质疑陈汉仪的说法与《禁止蒙面规例》的司法覆核案件有关，林郑月娥否认有关说法。
1月25日，港大公共卫生医学讲座教授梁卓伟回应为何他及其他官员不戴口罩出席记者会表示，因为「戴著口罩便无法说话」。由于言论涉及公共卫生的基本常识，引起广泛争议，梁卓伟其后在院方社交网站专页致歉。
2月4日早上，行政长官林郑月娥在行政会议前会见传媒，表示已向政府内部发出指引。除患病、在前线或人多聚集地方工作外，所有官员均不准佩戴口罩，以减少口罩用量，更希望传媒也跟随这个标准。有关言论惹起多名前线、文职公务员不满。而行政长官办公室在同日下午出稿澄清，政府没有要求同事不可配戴口罩。
不合作运动.
2020年1月25日，立法会议员郑松泰表示收到医护人员控诉，指遭到病人袭击，该病人更扯掉护士的口罩，威胁传染病菌并尝试逃离隔离病房。威尔斯医院澄清指该病人并非2019冠状病毒病患者，而是于深切治疗病房因出现谵妄症而企图爬离病床。
2020年1月27日，一名来自广东开平有发烧征状的男病人，因拒绝转换病房，大闹玛嘉烈医院，更一度除下口罩躺在的走廊。
1月27日晚上，8名湖北人因不满在香港机场被拒入境，大闹机场，当中有人情绪十分激动，不断挥动双手，又喊「太欺负人了！」
1月30日，卫生署卫生防护中心传染病处主任张竹君指出，由于两名在1月29日确诊的武汉夫妇（第9及第10名确诊患者）并不合作，因此未能得知他们在港期间，确实到过甚么地方。
同日，第12名确诊的患者（75岁男子），涉嫌隐瞒曾于2019年12月30日至2020年1月7日到访广东顺德并在当地一间诊所求医，他被安排住在玛嘉烈医院普通内科病房7日，令同房的医护及病人承受染病风险。
1月30日下午，一名居住于调景岭都会駅的79岁香港男子，到将军澳医院急症室求医，由于他发烧及报称近期曾到访湖南，遂安排他到负压病房隔离及接受进一步检查，但他在等候照X光期间擅自离开。院方已向衞生防护中心通报及报警求助。
2020年2月4日，第16名确诊患者的儿子涉嫌隐瞒曾到访深圳，因此患者被安排入伊利沙伯医院普通病房接受治疗，令至少6名医护人员曾与患者接触出现相关病征。
2月8日，强制检疫生效，所有从内地抵港人士必须强制检疫14天，期间不可离开居所，但截至2月17日，共有4名受强制检疫的香港居民企图经港珠澳大桥及深圳湾口岸离港而被入境事务处截获，之后被衞生署送到检疫营，衞生署对其中2名人士向法庭申请传票。
2月17日，香港警务处处长邓炳强及警方高层有自拍片段流出，警方领导层在2019冠状病毒病疫情期间忽视卫生署及卫生防护中心发布要注意个人卫生及避免聚餐等呼吁，香港警察领导层仍然与演艺界人士在酒楼的包房聚餐，期间与演艺界人士搭膊头、跷手和拥抱等接触，而且没有戴口罩，更有人违法在食肆室内吸烟。邓炳强在台上揽著曾志伟称自己不懂得做警察，他是学成龙的，又称自己愿意为在场的演艺界人士赴汤蹈火。议员及社会人士均批评警方领导层带头立坏榜样，纵容违法在室内吸烟，而且学成龙做警察，及自称会为艺员赴汤蹈火，是警方自我损害公正执法的形象。
2020年2月20日，一名68岁的钻石公主号邮轮男乘客，从日本乘坐政府包机由日本回港。2月21日他自行量度体温时已发现有发烧达摄氏38.2度，并曾服退烧药，但他未有跟指引向医护通报。他最后于2月23日确诊2019冠状病毒病，成为香港第71名确诊患者，亦是首名从钻石公主号返港后确诊的港人。
2月25日，深水埗黄金电脑商场47B「火器纯味电子烟」店舖一职员，因涉嫌违反《预防及控制疾病条例》被被警方及卫生署人员带走扣押。他于2月24日从内地回港，未有留家隔离14天，于2月25日返回店舖。
2月27日，有一名在香港留院隔离病房的患者在内地的「小红书」网站以简体中文发文，抱怨指摘医生只将男友送来的流动电池放在缓冲区，没有直接送入病房给她，她致电护士总机又按护士铃，最后逼使医生「黑着脸」将物品拿入病房给她。医护指将病人物品放于「缓冲区」是惯常做法，让医护集齐派餐、探热等工作才一次过进入病房，以减少与病人接触时间及节省装备。事主做法使人质疑她为了充电而浪费防护衣物。
3月26日，一名隶属深水埗警区军装巡逻小队的22岁郑姓女警（#428个案）确诊感染新冠肺炎，医管局公布她在明爱医院求诊时已有咳嗽，但在医护多番劝喻下仍不肯戴口罩，致两名抽血员要接受14日隔离检疫，其后接受病毒测试呈阴性，需要入住检疫中心。医管局称女警的行为增加医护及其他病人染病风险。护协批评该女警缺德，身为执法者应「知什么是纪律」。该女警居于荔枝角道19号，在14天潜伏期内，她曾到过11个地方，包括牡丹大厦、青衣城、始创中心、文逊大厦、奥海城二期、荃新天地一期、荷李活商业中心、琼华中心、深水埗警署、All Night Long酒吧及警察新界南总区总部。
3月28日晚上，媒体拍摄到食环署人员和大批警员尖沙嘴诺士佛台一带酒吧巡查期间，酒吧职员在入口为巡查人员逐一检查体温后，才可进入酒吧，不过轮到警员时，职员未有为他们量度体温，直接让他们内进。
2020年12月18日，伊利沙伯医院一名63岁男子李运强（第7379宗确诊个案）擅自离开医院，至今仍未寻回，他逃离前一日曾离开过病室，经医护劝导后返回。他在住院期间曾有多次不合作情况，包括在常规检查时，需要医护人员多次劝说解释才配合。香港医管局称，病室及病房都有自动双门连锁装置，并设有中央监视装置，李运强或因“动作太快冲了出去”逃离医院。19日晚，警方发文表示正协助追寻，并已通缉该男病人。医管局负责人还称，他离开时有戴口罩，公众或医护亦有戴口罩或合适防护装备，相信感染风险不高，但不清楚他经过什么地方。警方及后于20日晚上11时许在旺角寻回李运强，凌晨12时许将他送回伊利沙伯医院。据了解，李运强的案件交由警方借调到卫生署的人员跟进，人员已初步查问，然而他拒绝合作，拒交代过去3日曾逗留地点及接触何人。有消息称，李运强将在伊利沙伯医院留医至1月18日，警方将在他出院时正式进行拘捕，并在征询法律意见后，决定是否落案起诉。12月24日，李运强被解至九龙城裁判法院，控以「任何人不得使他人蒙受感染的危险」罪，获准保释至2021年2月5日再讯。他被捕后表示，他因为害怕打针和接受诊治而逃走。
有关医院管理的争议.
1月25日，医管局承认一名曾在屯门医院求医的确诊患者曾4个小时停留在非负压病房，指安排不当，有机会对医院内人士造成影响，向公众致歉。最少12人需要因此接受医学观察。
1月26日，有学护于社交网站投诉需要「抽生死签」到高危的隔离病房工作。医管局发言人回应指学护已接受相关的培训，亦不会于高风险的病区工作。
1月31日，将军澳医院及灵实医院行政总监刘业添在灵实医院员工座谈会上，向前线医护表示「人终归都系一样(死)，只系迟早，只要记住初心……」向医护作鼓励，引起全场哗然，认为总监说话薄凉，轻视医护人员的生命安危。
2月3日，医学院内科及药物治疗学系心脏科副教授兼威尔斯医院心脏超声波实验室主管李沛威回应医护界就控制疫情要求政府封关罢工行动，在Facebook上载图片，呼吁参与罢工的人「记得戴上白丝带，好让我记住你的名字和所作的事」（Remember to wear your white ribbon so I can remember your name and what you did），言论疑似在恐吓参与罢工的医护人员。医管局员工阵线发言人其后回应，这是公然打压，不应该出自任何一个医管局的管理层或有下属的上司。
2月13日，屯门富泰区议员何国豪接获屯门医院护士投诉，表示宿舍环境恶劣，多年来没有人打理。如地面有大量污迹、床褥，枱面和地垫布满灰尘和黑色污迹，而水龙头更充满锈屑，开出来的都是锈水。有护士表示「坐监都无咁差」。屯门医院发言人回复称，对临时员工宿舍的状况欠佳深感抱歉，安排了未完成大清洁的房间予员工使用，表示已经联络相关同事更换房间。
3月21日，玛丽医院化验室测试7个来自亚洲国际博览馆的入境人士样本，其后在凌晨覆检有关样本后，才发现4名入境人士的样本覆检结果，与昨晚的初步报告不一致。医管局承认样本在化验过程中被错误对调。表示已即时通报衞生防护中心, 安排两人送院接受隔离治疗。
高危确诊者缺乏支援不治.
2022年初第五波染疫死亡人数连日攀升，事主女婿控诉政府只顾花资源「动态清零」，对高危确诊者缺乏支援，认为外母并非死于新型冠状病毒，而是求医无门。他质疑有多少人因入院无期致死，促请政府公布死亡个案详情。九龙区医护称，目前医院缺乏人手，无法照顾病人饮水。有人入病房后因缺水而导致急性肾衰竭，血糖血压全部超级差。更试过无医护及时发现病人而心脏病发，量度血压时才知悉病人已经离世。
到2022年3月16日，有4名来自安老院舍的长者送往亚洲国际博览馆后，先后被发现昏迷，送院后证实不治。有亚博职员揭露馆内每日都有大量患者需要紧急送院，有陷入昏迷，呼吸、心跳停顿的病人更需要等候超过30分钟才能有救护车接送，形容每天都有无助情况出现，如「人间地狱」。加上亚博分馆由医管局及社署管理，有部分场馆只有床位，并没有医疗设备，以及欠缺护理员下，结果没有自理能力的长者并无设备和人手支援。而病人家属表示亲人入住后全无音讯。
要求内地医护协助.
2020年7月中起，多个建制派政党及亲建制传媒，提出向中央政府寻求协助抗疫。
2020年7月10日，工联会建议内地可派医疗队伍到香港进行检测工作。
2020年7月23日，医学会会长蔡坚表示，公立医院医生一直以英文书写病历、认为大陆医护写简体字和说普通话，会难以合作。同日香港护士协会亦发声明，指国内医护人员来港不符合本港法例和专业守则。
2020年7月24日，医学会传染病顾问委员会主席梁子超接受香港亲中报章《文汇报》时表示，若本港医疗系统「爆煲」，内地医护人员可暂时来港协助，包括将部分病人送往深圳进行隔离和治疗，不应该该将「内地医护」拒于千里之外。有关言论引起不少争议，香港医学会发出声明，指相关报道的言论与内容，纯属个人言论，并未经过会董讨论，不代表医学会立场。到7月25日中午，民建联及工联会约见中联办副主任何靖，要求中央支援香港，包括兴建方舱医院、协助本港私营医疗机构与内地检测机构合作、尽快落实健康码等。麦美娟表示大陆医护来港不会违法，而中国曾派出医疗队协助到海外抗疫，指市民应放下政治偏见和行业保护主义。
其后，《香港商报》引述消息称，特首林郑月娥已向中央求助，若香港疫情恶化，紧急调动内地医务来港协助，更指上海等地方的医务人员已经接到指令。7月26日，林郑月娥撰文批评「一些别有用心的人又借此散播谣言，说什么有内地医疗团队到香港的公营医院提供诊治服务，或把港人的基因样本送回内地等」，认为是抹黑中央和破坏特区和中央的关系。7月27日，中联办发言人指，将随时应特区政府请求，提供一切必要支持。同时批评少数人不顾及市民安危，提出「毫无底线造谣」及对内地医护充满偏见。
2020年7月31日，港澳办发表声明，中央政府应港府的请求，派遣内地检测人员赴香港协助开展大规模核酸检测筛查，帮助香港加快建设临时隔离及治疗中心，以尽快控制疫情。
2020年8月1日，行政长官林郑月娥和政务司司长张建宗指临时医院由内地政府有份派员协助兴建，更把中国常用的名称「方舱医院」用作称呼此临时治疗设施。其中《中国日报》海外版宣称该设施是「中央政府负责参与设计及营运」。而彭博通讯社，以「中国帮助香港建临时医院（China to Help Hong Kong Build Mobile Hospital）」作为标题，引起不少网民在Bloomberg Asia的Facebook专页留言表达不满，批评报道误导。其后医院管理局发布新闻稿澄清，位于亚博馆的社区治疗设施，是由医管局负责筹划建设，所需物资均由各公立医院调配或采购；亚博馆负责提供场地及搭建设施配套，在双方团队努力下，数天内完成安装。黄埔区区议员邝葆贤呼吁市民不应将该处名为「方舱医院」，而是「社区治疗设施」。
2020年8月2日下午，6男1女的内地核酸检测先遣队队员抵港，到达九龙维景酒店入住，协助开展实验室工作。其后多次到大埔的华大基因化验所进行考察，但没有回应工作进展。
8月6日，「内地核酸检测支援队」队长、广东卫健委的余德文到港，而民主派区议员到九龙维景酒店外抗议，不满政府委托中资公司为市民检测。认为是借病毒检测为由，背后是收集港人基因监测。医委会病人组织业外委员林志釉就批评政府至今没有公开支援队的行程和队员资历，引起市民怀疑。
8月7日，政府交代「普及检测」计划，委任三间中国国家检测机构提供检测服务，记者会背景图片显示「中央全力支持　特区同心抗疫」。而特首林郑月娥称这是「中央给予我们的支援」，同时指市民不应该经常用阴谋论看待，作出故意诋毁、抹黑和制造矛盾的行为，更不应该破坏中央和特区关系。在问答环节时，更用了3分钟花阐述中央对香港的支持、认为港人应该感受到中央的关爱，来回应中央广播电视台的记者问题。
2022年3月，政府向中央请求将北大屿山医院感染控制中心和亚洲国际博览馆派出内地医疗团队支援。
没有招标下 委托受争议的化验所作病毒检测.
2020年7月中，政府在没有招标的情况下，向「中龙检验认证」、「华升诊断中心」及「Prenetics」提供检测合约。不过「中龙检验认证」被人揭发，该公司未有列入政府认可提供检测的医疗机构列表，在医务化验师管理委员会网页中，2019年「经营从事医务化验师专业业务的公司名单」公司名单上也没有中龙或中国检验。另一化验所「华升诊断中心」的母公司「华大基因」，因其机构「新疆丝路华大基因科技」被指在新疆强取当地人基因，遭美国商务部列入黑名单。与此同时，华升董事华寿恩曾任DR实验室总监，曾在2012年DR医学美容集团误杀案中作供，案发时他是DR集团旗下实验室总监。事件引起公众关注。香港电台以每个样本检测收费300多元起推算，为高风险群组约50万人进行病毒检测，3间化验所至少可收取1.5亿元。
其中「中龙检验认证」已经在慈云山推行全民检测。到8月6日扩大到黄大仙、观塘、屯门及油尖旺46座楼宇，约8.6万名居民，透过派发咽拭子采样套装进行检测。
8月4日中午，十多名于大埔太平工业园工作的人士和到场声援的大埔区议员，反对华大基因在该大厦兴建火眼实验室。有员工因其身份证放在办公室内，当他们请求警察准许，希望能返回办公室取回身份证时，却被拒绝，督察以「唔洗拗喇，总之你哋全部票控」回应。警察将他们带走上警车送往大埔警署；区议员则被票控限聚令。区议员事后表示，警方曾表示不会阻挠和平示威，但最后警员封锁现场。
民政事务署表示，为政府提供检测的化验所须符合本地法例，但没有回应为何政府仍选择「中龙检验认证」提供检测服务。而多名区议员均对计划表示忧虑，指决策完全没有咨询区议会，质疑当中涉及利益输送，无法令市民安心。屯门区议员何国豪认为政府采用华大，惹来「DNA 送中」的忧虑。观塘区议会主席蔡泽鸿指，政府应该交代会如何处理市民资料。同时质疑为何要委派国内机构负责，不选用香港本地机构。
中国华大基因检测接连出错.
中国华大基因是香港2019冠状病毒检测服务的主要承办商，但检测接连出现问题，包括出现假阳性或假阴性结果，造成假阳性者无辜入院，其密切接触者亦被送往检疫中心。对此，行政长官林郑月娥表示特区政府会严肃处理，但她以担心削弱香港整体抗疫能力为由，拒绝更换承办商。
全民检测争议.
政府为推行普及社区检测计划，在全港设置141个社区检测中心。不过香港电台发现，超过一半检测中心地点，与过去两次立法会和区议会选举的投票站位置相同。公民党立法会议员郭家麒斥政府抹黑选举是高风险活动，反问为何出席政府简介会就没有问题，认为政府「搬龙门」和「只许州官放火」。公务员事务局聂德权没有回应，其后发言人在晚上近11时发声明强调，检测计划不能与和选举相提并论。而地区人士认为部分社区检测中心位置不理想。如政府征作九龙湾国际展贸中心展览厅「汇星Star Hall」作检测中心。有商户表示从未收到商场方面通知，担心会影响生意，也不满政府及商场从未咨询及通知商户。而顾客表示商场是人流多的地方，加上也有办公室，并不适合作检测中心。麦花臣汇的居民也批评检测中心位于基座麦花臣场馆，指厕所的排气抽气通道和地库垃圾房是与场馆相连共用，担心会传染病毒。业主考虑根据大厦公契申请禁制令。
另外，政府于8月29日在11份中英文报章的头版及内页刊登「为己为人 参与检测」广告，涉及开支约258万元。
为了推行全民检测争议，政府向医管局借用呼吸器型的口罩（Nano Mask），公务员事务局长聂德权回应，因全民检测计划在短时间内要为医护人员提供N95口罩，于是医管局向政府借出N95口罩，政府会归还。
全民强制检测争议.
2022年2月22日，香港第5波新冠病毒疫情确诊人数居高不下，过去一星期有5日录得超过6千宗确诊，累计确诊超过41,000宗。特首林郑月娥星期二傍晚公布，将会在3月推行疫情持续超过两年来，首次全民强制病毒检测，当局将会按全香港市民的出生年份及身份证号码，分批每人做3次强制病毒检测。林郑月娥强调，这次全民强检有法律效力，不接受检测会被罚款之类，她又表示，在中国支援下，将会大幅增加隔离检疫设施，所有确诊及初步确诊者都要尽早隔离。有学者分析，很多香港市民质疑全民强制检测的成效，强硬推行可能会引发社会不满。
学者指全民强检或引发社会不满。
对于林郑月娥宣布推行全民强制检测，香港民意研究所副行政总裁钟剑华接受美国之音访问表示，全民强检在操作上有很多困难，加上很多香港市民质疑全民强制检测的成效，强硬推行可能会引发社会不满。
钟剑华说：「我相信无论怎样操作(全民强检)，第一操作上都会好困难，第二你亦都要看到其实很多人对究竟这个检测能够产生甚么效果，都是有很大疑问的，即是纯粹全民检测就没有治疗的效果的，你找到一些(受感染)的人出来，是不是全部送入禁闭设施呢﹖到时有多少禁闭设施可以用到﹖再加上现在慢慢香港人都清楚知道这个病、(Omicron)这个病毒本身很多人都可以其实透过喝多点水、在家里休息几日就会康复，用到这种手法(全民强检)会令到香港市民更加反感，而且那个 "作秀"意味实在太重了，我觉得，很多人未必配合，甚至会有些抵触，我觉得到时只会令到政府在执行上更加困难。」他表示，过去两日香港已经录得接近14,000宗确诊个案，实行全民强检的时候，可能10日内已经发现几万个感染者，新兴建的隔离设施可能立即爆满，他质疑根本不可能有足够的隔离设施配合全民强检。 
保险中介吁内地人来港.
1月26日，保诚保险一名理财顾问（微信名称为「任炜书 Winson 保诚(香港)」）呼吁湖北人来港躲藏及跟他买保险，引起关注，保诚即日终止这名理财顾问的代理合约。因为这名理财顾问此举涉嫌违反保监局对跨境销售的相关规定，严重者可被停牌。
1月27日医管局质素及安全总监钟健礼宣布非香港居民若染上2019冠状病毒病，隔离医疗费用全免，之后，网上多名香港保险公司中介在内地网上平台发文，呼吁内地居民「不要担心医疗费，有不舒服尽快(来港)就医」，讨论引起市民愤怒，炮轰该些中介为做生意失去良心。
强制外佣检测及接种疫苗争议.
2021年4月30日，因应有两名外籍家庭佣工确诊变种新冠病毒，政府宣布全港37万名外佣需要在5月9日之前接受病毒检测，但如果外佣已注射两剂疫苗，至今已相隔最少14日，就可获豁免。政府又表示将会要求外佣续约前需先注射认可疫苗。香港亚洲家务工工会联会批评强制外佣检测是歧视政策，又认为并非所有外佣适合接种疫苗。菲律宾外长洛钦表示支持总领事的言论，质疑港府强制外佣接种疫苗有歧视成份。
2021年5月9日，平等机会委员会主席朱敏健在Now新闻节目《大鸣大放》表示，外佣或因健康理由等而无法打针，政府需提供接种疫苗以外的替代方案，否则措施容易受司法挑战。
2021年5月11日，行政长官林郑月娥宣布不会强制外佣签新约或续约时强制接种疫苗，但全港近34万未注射疫苗的外佣需再做新一轮强制检测。
警方执法争议.
2020年2月4日晚上，天水围天瑞邨有人群聚集，抗议港府未有封闭较接近天水围的深圳湾口岸，但结果演变成警民冲突。当晚约10时，一众防暴警员于天瑞邨集结，向街坊、记者作出搜身甚至拘捕，当中大量前线警员不断主动冲向人群，施放胡椒喷雾，又以催泪弹、橡胶子弹等公然在住宅范围对市民施放。多名议员及急救员协助途人离开时，一名警员捉住元朗区议员伍健伟并对其眼部喷射胡椒喷雾，其后身体亦多处受伤，需要送院治理。明报记者一度被警员截查及以胡椒喷雾指向。
2020年2月27日傍晚，有一批乐富居民自发在乐富站出口派发酒精搓手液和消毒喷雾，要先打一众高官小人。不过开档不足10分钟已经有警员到场，其中一名军装警员更带同警犬到场，大声呼喝在场市民「再嘈就咬你哋！」。有警员截查年轻人，其后获得放行。而「香城公民媒体」记者正直播采访期间，突然被防暴警员截查，并抢去记者电话。之后以「你挥手袭击警察点算呀」和「唔好讲咁多」等说话对待记者。
2020年3月31日晚上，警方在旺角、太子拘捕54名市民，事后旺角东区议员林兆彬发现，有被捕人士进入警署后，警员声称作为证物为由，将他们佩戴的外科口罩没收，其后派发极薄的口罩供他们使用，防疫效果成疑。有被捕人士的家属批评警方无准则，连基本人权都没有。林兆彬已经提交动议到油尖旺区议会，要求警方解释为何没收被捕人士口罩，交代警方为被捕人士提供的口罩规格和公开承诺为被捕人士提供合规格口罩。警方其后在facebook发帖文，表示过往曾发生被羁留人士利用口罩内的铁线作自残行为，故采用两层结构及没有铁线的口罩。称日后会为被羁留者提供由惩教工业生产的口罩。
2020年9月5日傍晚，有市民目击一名男子在油麻地砵兰街文明里休憩处用膳期间，被3名警员上前劝喻。男子不断询问警员「公园吃饭是不可以吗?」随后警员以「系呀！而家我系话唔食得嘢！」回应。而女警要求该男子戴口罩，否则票控。警员更一度威胁以「醉酒闹事」罪名拘捕该男子，最后截查随身物品及抄低身份证后便放行。
2022年3月8日一名53岁牙医涉在西九龙法院外送囚车时被警方票控「限聚令」。她否认一项「参与受禁群组聚集」，案件在2023年8月底经聆讯后，暂委裁判官郭子丰指虽然有一致行为（奔跑追车、高举手机灯等），但不能推论有共同目的，指情况有如 4 人各自在马路前等红绿灯，待转灯时前行，分别与各自的朋友会合。而没有迹象显示「追车」人士认识对方，不能排除属偶遇，裁定传票控罪罪名不成立。
2023年2月初，47人初选案开审，社民连主席陈宝莹、外务副主席周嘉发及成员曾健成，当日在西九龙裁判法院外拉横额示威，周被指使用咪高峰时，拉下口罩约5秒而被票控违反口罩令。周否认传票控罪，到同年10月20日，裁判官余俊翔裁定他罪成，罚款一万元，兼付 500 元堂费。裁判官指，本案议题并非拉下口罩的时间长短，周案发时身处公众地方，按规例须一直戴口罩。而他陈词称咪高峰未能正常运作，故拉下口罩令更多人听见发言，但本案没相关证供支持，其解释不构成合理辩解。周对裁决结果感到无奈，原本罚款只需 5,000 元，但因上庭抗辩而另外被罚 5,000 元，合共一万元，将再与法律团队研究判词，决定会否上诉。他亦批评，本案反映政府执法双重标准，相当滑稽，形容自己因拉下口罩 5 秒被罚一万元，相当于每秒罚 2,000 元，但事发前特首李家超等官员，在七人榄球赛期间到场「载歌载舞」，与市民合照，均没有戴口罩。
限聚令争议.
限聚令人数无科学基础.
特区行政长官林郑月娥在2020年3月27日公布，3月28日清晨将香港法例第599G章《预防及控制疾病（禁止群组聚集）规例》刊宪（有关《规例》亦被称为「限聚令」），其中包括禁止4人以上的聚集，但在记者会上被问到为何限制4人以上而非其他人数，却指「事实上系无咩科学基础（事实上是没什么科学基础）」。
警方滥发告票.
在限聚令实施期间，警方选择性执法，主要针对黄店和区议员助理，警方甚至票控免费派发口罩的青年。有律师已经援助其中10名遭无理票控的市民。不过众新闻发现警方共发出5080张告票中，有606宗申请撤控，但只有9宗因证据不足能够成功撤回。曾因蚝涌爆炸品案入狱的郑伟成成立「599关注组」，他慨叹在限聚令下市民需要食饭购物要索取单据和记录到访地点作为抗辩证据。
2020年3月31日，有防暴警察向1名市民发出传票，指他违反「限聚令」。其后警方在太子及旺角一带截查75人，并登记他们的个人资料，保留日后检控的权利。有言论指警方借此打压831太子站事件的悼念活动和作政治检控。民权观察发言人王浩贤及沈伟男认为警方是剥夺市民行驶和平集会自由及表达自由的权利。
4月19日晚上7时，旺角西洋菜南街有青年人派发口罩等抗疫物资期间，逾30名警员突然上前包围3名年龄介乎12至34岁的人士，并登记他们身份证和发出2000元的定额告票，引起大批市民围观及叫口号不满警方滥发告票。有被截查的青年表示，曾向警方解释互不相识，但警员称「眼见就系事实」及「有咩你自己同法官解释」。
4月21日元朗袭击事件发生9个月，大批防暴警员突然冲上青山公路行人天桥，截查多名路过的市民，被截查的市民表示只是2个人一起行，加上路人都只有3个人，但警员却指她们超过4人，怀疑她们违反限聚令。其后在阜财街的截查，有单独落街放狗的市民在表示与其余2人互不相识，表明会在法庭上抗辩。三名义务急救员亦被票控，他们表示自己刚巧路过现场，不相识其他人士，警员的指控是无理。当日更有未成年人士的14岁小童被截查，事后批评警察态度恶劣，滥发告票，又拒绝出示委任证，并以「你唔好做埋啲戆X嘢」、「你唔够我玩」等语言威胁他们两人有非法集结。
4月22日，网络媒体Free HK Media在将军澳尚德邨停车场采访时，被警员与途人一起以「限聚令」为由截查，其间有警员向同僚大声说：「限聚令呀嘛」，「擸多个过嚟咪够啰」。警方回复媒体时表示当日搜查3名人士，并承认胡乱发出定额罚款告票，认为任何人士若受到不合理对待，也无可奈何。
4月30日，一群市民在天水围嘉湖银座商场乘搭升降机离开时被警员包围，之后被发出限聚令告票。
7月21日元朗袭击事件一周年，警方以不受薪非工作、没持有香港记者协会证件和商业登记证明为由，大规模截查和票控记者，业界批评此举打压采访自由，目前法例无规定新闻工作者必须符合特定条件才承认为「记者」。
8月21日晚上8时许，10多名市民在元朗YOHO MALL 形点商场集结，有人高叫「光复香港 时代革命」等口号。约5分钟后，近100名防暴警突然冲入商场，并举起违反《港区国安法》的紫旗。警员循多路包抄让市民无法离开，至少11人收到限聚令告票。有收到告票的市民表示只是自己一个人行街，认为十分无辜。另一个收到告票的小姐表示，她和男友在商场逛街期间突然被警员包围，并将附近的人拉在一起。她批评警方执法不公，无理票控市民，表明不会缴交罚款。
截至8月31日，警方表示共处理3498张定额罚款通知书，1948张已交罚款，逾四成人未缴款，只有3张定额罚款通知书经审视后成功撤回。成功撤回的一家三口表示5月10日母亲节「和你SING」，在太古城中心被票控。当时「限聚令」上限为8人，但警员没有理会下，连同另外一名陌生人，合共四人一起被票控。他形容当日经过了一个不快乐的母亲节，认为交罚款只会鼓励警察滥权。而曾经3次遭发告票的元朗区议员陈树晖批评，警方滥用限聚令来打压政治活动，同时浪费法庭资源。
截至12月中，警方共处理7,530张定额罚款通知书，逾6000张已交罚款，有41张告票因证据不足而撤回，政府进帐逾1,240万元。而网上更流传警方会派人专责到Facebook及Instagram等社交媒体搜证，针对行山人士涉嫌违犯限聚令情况。警方回复指会按既定程序及考虑实际违规情况执法。
2021年8月，《明报》报道一名25岁厨师在2020年5月，3日内连续被控两张限聚令告票。第一次是自己在旺角买游戏机手掣遇上警察进行驱散行动，他和另外8名途人被发出限聚告票。而他向警员展示购物收据，以「同个官讲」回应。他批评警方滥发告票，劳民伤财，浪费市民时间。到5月10日，他约数名朋友到旺角饭叙，不过前往餐厅途中遇上警方推进，他被指因黑衫黑裤，而被警方认定有参与示威，再被票控。他上庭前向599关注组求助，最后首案获判无罪，次案罪成被罚1.2万元。
2021年8月27日晚上，油尖旺区议员朱江玮在其办事处举办电影《幻爱》放映会，并邀请导演周冠威分享。不过其后混入会场「放蛇」的食环署人员指该处是公众活动，并拍照记录，警员随后亦到场。在场的12男35女，包括《幻爱》导演周冠威被发出涉嫌违反「限聚令」的定额罚款通知书。朱江玮称该活动属私人聚会，没有对外宣传，只限获邀朋友和「朋友的朋友」出席。他对食环署人员派人混入会场「放蛇」感到惊讶。周冠威批评政府执法行动荒谬。相隔近1年，时任油尖旺区议员朱江玮表示接获警方通知，遭票控者可获撤控，他批评最终无人需就事件负责，而警方拖拉近一年后主动撤控，形容获撤控只是幸运，并非因为公义。而警方指经过征询律政司意见后，至今已撤回40张定额罚款通知书。而其余7张定额罚款通知书，遭票控者亦可向警方中央交通违例检控组联络。
2022年5月，《明报》向8个获授权执法部门查询两年来就第599G章「限聚令」及第599I章「口罩令」的执法数字，发现警务处就分别发出2.7万张及10399张定额罚款通知书，为8个部门之冠，票控比率达68%至86%，而康文署「限聚」票控只有0.02%。而截至2022年3月，警方共处理27,035张「限聚令」定额罚款通知书，共收到1451人申请撤回，经审视后510张定额罚款通知书能够撤回，占发出告票总数约1.89%，是唯一曾撤回「限聚令」告票的部门。
法庭认同警方告票 加大罚款金额和监禁.
2020年4月1日劳动节，社民连梁国雄及工党李卓人等8人以 4 人一组游行到政总外请愿，被控违反「限聚令」，被判囚14天和缓刑一年半。8人不服定罪及判刑提上诉，到2022年10月18日，高院法官黄崇厚驳回，并裁定控罪合宪。上诉方指「只要保持1.5米距离，便不构成群组聚集」的说法，法官反驳指该标准只应用于「须解散群组聚集」，例如外佣假日休憩的情况，但本案8人具「为劳工权益而示威的共同目的」，属于受禁聚集，1.5米距离不适用。法官续指条文中，群组聚集没有以1.5米距离为条件，他同意原审裁断，8人「有著为劳工权益而示威的共同目的」，带备标语属有备而来，案中没证据证明是偶遇，又指各人距离，以防疫角度而言，「不论是多于或少于1.5米，都是很近的」，裁定8人属于聚集。其中7人12月23日在高院申请至终院的上诉许可。上诉方形容，若外佣观看世界杯为阿根廷打气，将由合法被改为视作同一受禁群组，这是非理性和武断。法官听完陈辞押后裁决，预料一个月内颁下判辞。
2020年9月10日，有市民在荔枝角收押所外声援「快必」谭得志，警方向 23 人发限聚令告票，其中一人否认「参与受禁群组聚集」，到2022年10月12日被裁定罪成，裁判官崔美霞指被告多番警告下未有散去，无视疫情扩散的风险，认为案情严重，判囚2星期。
2021年4月23日，中西区区议员叶锦龙、黄永志、彭家浩及梁晃维4人于预审前承认在2020年8月7日于中山纪念公园体育馆外「参与受禁群组聚集」控罪，各被罚7000元。东区裁判法院主任裁判官罗德泉指他们4人已经在中山公园工作，形容他们之后站在一起接受访问是一时大意，与他人在酒楼吃饭时违反限聚令无异。郑丽琼则否认控罪，案件排期8月30日开审。其后郑丽琼承认控罪，被判处罚款1万元。
2021年5月7日，3名天水连线成员（伍健伟、侯文健、林进）、陈树晖、梁德明、区国权及黄卓贤，被控在2020年7月19日于元朗西铁站地下G出口外组织受禁群组聚集。伍健伟和林进承认控罪，伍健伟表示自己有责任召开记者会。不过裁决官认为当时警员在场阻止聚集。而林进称在记者聚集之前，已遭警方用橙带包围。裁决官却指「说法比较牵强」。裁判官最后判伍健伟和林进罚款1万港元。至于其余5人罚款5000港元。
2021年5月17日，法庭审讯17岁学生在一年前于旺角摆设街站派发防疫物资的案件。发出传票的警员不认同派口罩可获限聚令豁免。九龙城裁判法院裁判官郑念慈指被告收到传票后并即时交罚款，罚款为2,000元。不过由于被告选择开审前才认罪，认为是不珍惜机会和迟来的悔意，令案件需排期审讯，最后被判罚款8,000元。
两名25岁的男子被控在2020年5月10日母亲节发起「和你Sing」活动中，在旺角与百多人高叫口号及聚集，违反8人限聚令而遭票控。2021年6月8日，裁判官郑念慈认为当警员发出警告时，加上已经在场戒备一段时间，形容“任何与事件无关的人都会远离聚集者”。而警方追截15人时，认为正常情况下不会有途人与他们一起逃跑，因此肯定该15人属于早前100人的聚集群组之一，一早已经干犯限聚令。裁判官亦认为警方的记事册无需记下所有事项，认同证供不是虚构，裁定两名被告罪成。最后考虑到当时聚集人数众多，会对疫情造成非常大的传播风险，判两人各罚款12,000元，是认罪金额6倍。
2020年8月8日，「Lunch哥」李国永和一名62岁妇女被指在将军澳唐明街及唐俊街的路口与另外两人聚集谈话2分钟而被控违反限聚令。虽然辩方指被告和其余两名男女都没有犯案行为，而警员供辞和录影片段旁白时间不相符。不过裁判官刘淑娴认为警员是诚实可靠证人，加上4人相距1米至1.5米，认为被告是有共同目的聚集和讨论，最后两人到2022年2月均被判罪成，各人罚款2,500元。其中李国永判处15个月感化，与早前置地广场「和你sing」违限聚令案件的感化令同期执行。
2020年10月，前荃湾区议员林锡添和沙田区议会主席李志宏到泰国驻港总领事馆外声援泰国反政府示威者，之后多人被警方票控违反「限聚令」。林锡添承认控罪，裁判官余俊翔以组织比参与严重为由，判处林锡添罚款1.5万元，为当时同类案件金额最高罚款。李志宏表示不认罪受审，到2023年6月8日，东区裁判法院暂委裁判官陈樨樨裁决时指，集会自由非绝对，须维持公共卫生等，而警方为涉案聚集设记者区，加上多次发出警告不果下才执法。下令罚款6,000元和限被告于 3 个月内缴交罚款。
2021年9月24日，一名40岁网媒记者「美娜」和一名市民被控在2020年8月9日于观塘站A出口外参与谭得志进行的「健康讲座」街站，违反限聚令而遭票控。观塘裁判法院裁判官钟明新裁定控罪表证成立，指出被告现场不停游走拍摄和录影，认为违反记者原则。包括责骂异见人士，没有如实报道，加上她工作的专页也没有商业登记，当时没有记者证，也没有专业资格及经验。而被告证供也有不同版本，与片段内容不符，也曾回避问题，判处被告罚款5000元。
2022年1月5日，84岁男子被指在区域法院「送囚车」，票控「参与受禁群组聚集」，案件于2023年1月30日在东区裁判法院再讯。被告因年事已高、身体状况转差而没有出庭，透过代表律师表示认罪。辩方指被告2022年因视力转差而跌入沙井，导致双脚重伤、需要植皮，希望法庭轻判。裁判官陈志辉听毕求情后，判被告罚款10,500元，并须于30日内缴交。
涉示威违限聚令案被驳回.
2020年五一劳动节，工党李卓人、社民连梁国雄等8人，以4人一组游行到政总外请愿，被裁定违「限聚令」罪成，判囚14天、缓刑一年半，是首宗涉及示威、被告不认罪被裁罪成的限聚令案件。高院于 2022年拒批上诉至终审法院证明书，工党4人直接向终审法院申请上诉许可。终院于2023年9月4日开庭处理，聆讯历时约20分钟，3名法官听毕申请方陈词，休庭商议约5分钟后拒绝批出许可，择日颁判词。到同年9月7日颁判词指，限聚令是政府因应紧急疫情所制定的公共卫生规例，现时已期满失效，成为「一纸空文」，因此其正确诠释，不再具重大而广泛的重要性。就申请方指，若未来再出现疫情，会实施类似规例，判词认为，政府采取甚么感染控制措施，取决于疫情性质等因素，没有任何基础假设政府会发布相似规例。
打压黄店.
「限聚令」生效后，多间黄店均报称多次被警员巡查，有餐厅更在15分钟内遭警5度巡查，逐张枱量度枱与枱之间的距离，扰攘近2小时才准许食客离开，借此打压黄色经济圈。光荣冰室老板批评警方做法无赖，引起多名食客不满。而警察为刚上班的员工登记身份证资料，令员工受惊。
2021年1月28日晚上，政府突然围封北角东发大厦一晚。在封锁区内的黄店「Villa Villa Cafe & Bar」在其facebook表示，围封期间并没有政府人员拍门要求餐厅7名职员进行检测，一直到早上解封后前往检测站查询才获安排进行检测，并被政府人员指他们违反凌晨2时前必须进行检测的规定，向每人发出5000元的告票。店员质疑政府人员通知混乱，表明不会递交款项。
双重标准.
艺人王喜踢爆警员量度枱与枱摆位时，对黄店和蓝店采用不同标准，嘲讽警员为「毅进尺」。
拍戏争议.
在2020年4月4日，无线电视新剧《食脑丧Ｂ》约30多位艺员及工作人员在大坑拍摄外景时惹来一位街坊不满，指他们违反「限聚令」，更将事情闹上警署。对此，无线接受传媒查询时指外景拍摄受规例豁免，但会尽量减少拍摄人多场面，而有份参与拍摄的何广沛表示，剧组拍摄事前有向有关当局申请，当局也已经批准拍摄。其后拍摄《陀枪师姐2021》也如常进行。
不过香港电影工作者总会会长田启文（田鸡）收到附属商务及经济发展局的「创意香港」通知，如在公众地方4人以上聚集拍摄外景，事前须向电影服务统筹科申请「不反对通知书」才能拍摄。而《踩过界II》在「限聚令」下于终审法院外拍摄期间遭现场保安驱赶。
由于疫情仍然严重，无线决定由7月29日起暂停所有剧集外景拍摄一星期，受影响剧集包括《七公主》和《换命真相》。
自行释法.
4月26日，警方闯入太古城中心驱赶在场市民。后来并自行「释法」，称任何出席公众活动人士，如抱有共同聚集目的，不论聚集者是否相距1.5米，均属于公众地方进行群组聚集；而该公众活动如有多于4人参与，所有参与者均属违反限聚令。大律师何旳匡批评，群众聚集的定义不清晰，按原本立法原意，不能不将距离计算在内。
限聚令多次延长争议.
限聚令原本在2020年5月到期，但香港政府在5月19日的记者会中指限聚令延长至6月4日，而学校、宗教活动能获得豁免，康乐及文化事务署的公众设施亦陆续重新开放，令人质疑是否想打压三十年来每年举办的支联会维园六四烛光晚会。支联会申请集会，尝试提出防疫距离、人潮管制与相关活动对策，但不获港府回应，集会最终亦被警方发出反对通知书。6月2日，食物及卫生局局长陈肇始宣布将限聚令再延长至6月18日。其后，在6月8日，商务及经济发展局局长邱腾华指书展将在7月如期举行，期间需要符合公共卫生条件的要求，有商户指不明白书展在限聚令的情况下如何开展，没有可能限制8人一组，担心入场人士和员工的健康。另外，当局亦宣布关闭5个月的海洋公园将在6月13日重开，并获豁免限聚令限制，但其他屋邨公园、公众公园、免费公园仍须受限聚令限制，立法会议员郭家麒认为这是政府以防疫为名打压，是双重标准。香港行政长官林郑月娥其后回应指，限聚令只是禁止群组聚集，而唯一的目的是公共卫生。认为同一时间会有很多人去主题公园、戏院及超市，但他们只是各自去的，若有人号召、安排、组织去一个地方，才是群众聚集，两者没有矛盾。
2020年6月16日，当局宣布6月19日起，限聚令人数将放宽至50人，又进一步豁免餐饮处所，将酒吧、酒馆的同桌人数放宽至16人，有效期至7月2日。食物及卫生局局长陈肇始被问到主题公园重开和书展举办是否与没取消限聚令自相矛盾，陈回答指主题公园和书展都有主办单位，认为他们会执行防疫措施，减低感染风险。另外，亦有多名记者指出，延长后限聚令的有效期将涵盖多个反送中运动相关的日子，质疑是否有政治考虑，如希望禁止游行集会。陈肇始则三度强调没有政治考虑，指50人的人数是根据活动如婚宴而定，而办婚宴基本要有50人，50人是可接受。
亦有观点指出，政府有维持和延长限聚令的必要，事实上在6月17日父亲节前大幅放宽「限聚令」及食肆规管的影响下，放宽防疫措施后市民松懈防疫（包括酒楼大型聚餐及表演活动这些高风险活动）再加上政府对外来海员及机员豁免检疫及检测的漏洞，导致6月21日起先出现较多输入个案，到7月5日起出现第三波爆发两周后香港由彬记粥面出现的确诊个案开始引致暴发的新一波疫情，7月7日起本地个案急增，同时首次出现院老人院舍爆发，同时大量源头不明的本地确诊个案，涉及多个地区、多个行业、的士司机及多个不同群组（安老院舍群组、彬记粥面及新发茶餐厅群组、稻香庆回归群组、富临生日宴群组及货柜码头群组）。
保安局三名高官参与涉强奸饭局兼违反限聚令.
2021年7月，香港传媒揭露保安局副局长区志光、入境事务处处长区嘉宏、香港海关关长邓以海，于同年3月接受恒大集团管理层的宴请，共有约10人同桌享用豪华晚宴，不但集体违反当时食肆不得超过4人同桌饮宴的防疫限聚令，更有出席者因为强奸一名女子而被捡控，三名保安局首长级官员接受豪华款待亦涉嫌公职人员行为失当，但香港特区政府及警方一直没有披露事件，该罪案直至同年7月7日才被传媒揭发，引起香港社会对政府官员的操守、社会廉洁及贪污腐败的高度关注。
洪为民生日派对事件.
2022年1月，港区人大代表洪为民本周一（3日）举辧逾百人生日派对，至少13名高官及20名议员出席宴会，包括警务处处长萧泽颐、廉政专员白韫六及入境事务处处长区嘉宏等。为何林郑政府治下的局长、立法会议员、以至公务员都有防疫守法意识薄弱问题，是林郑政府的防疫措施太不近人情，还是根本不公平？事件中民政局局长徐英伟请辞，涉事餐厅和六名顾客需要罚款。
城大学生在「民主墙」前拍照留念被票控.
2022年2月14日，香港城市大学收回学生会会址。当日有14名学生在「民主墙」前拍照留念，之后被票控违反「限聚令」，指他们参与受禁多户聚集。14人到2022年9月23日在九龙城裁判法院承认传票控罪，最后判每人罚款7,000元。虽然辩方指他们聚集拍照的大堂空间阔落，全部有戴口罩拍照，而途人亦有保持适当距离，并没有与他人互动，认为没有严重传播疾病的风险。不过裁判官崔美霞反驳指，既然已制定法例控制疫情，全部市民必然有责任遵守。裁判官亦批评学生「行为罔顾法律，严重影响公共卫生安全」，忽略作为市民维持公共卫生的责任。官接纳案发时间短暂，考虑初犯、求情陈词及经济背景，认为适合判处罚款。
少年涉违限聚令被便衣警压地制服.
2022年3月6日下午，2名分别13岁和15岁小朋友，在凤德邨篮球场打篮球期间，突然有2名便衣警员突然冲入球场，之后警员更推向小朋友心口，并将他们制服地上。父亲指虽然警察有展示证件，但只有数秒，更不断讲粗口和对哥哥箍颈及压在地上殴打。15岁哥哥被指袭警及拒捕被带回警署。而两人均收到一张限聚令告票。警方称收到报案指球场有多人聚集，怀疑有人无戴口罩，并截停两名男子。一名男子情绪激动手袭击警员而被捕，获准保释候查，4月上旬向警方报到。
口罩令争议.
根据口罩令的规定，市民做运动时仍然要戴口罩。而康文署的工作人员亦严密进行监察，提醒拉低口罩的市民在运动期间要戴上口罩。波友批评相关规定不合常理，质疑官员平常不会做运动，要求政府立即检讨及取消规定。到2022年中，全球多个地方已经继续取消规定戴口罩，有口罩公司先后要求政府放宽入境检疫安排和取消口罩令。
而政治团体社民连促请政府取消「安心出行」、「疫苗通行证」，口罩令及限聚令，当中出口罩令只适用医院、院舍及公共交通。不过医务衞生局副局长李夏茵指出口罩令是政府会检视的防疫政策之一，希望在香港疫情受控的情况下才可作放宽。
扑杀仓鼠及其他小动物.
2022年1月18日，因香港一宠物店员工和顾客确诊COVID-19，以及其环境样本对病毒初步呈阳性反应，渔农自然护理署决定扑杀宠物店进口二千多只仓鼠和小动物，又呼吁市民交出在2020年12月22日后从市面购买的仓鼠，让署方「人道处理」，惹来大众抨击。事件导致坊间出现恐慌性弃养、任意遗弃、甚至虐杀仓鼠情况，当中有仓鼠被发现怀疑遭人从高楼大厦掷出街外死亡。香港爱护动物协会就事件发声明回应指「表示震惊和遗憾，认为相关措施没有关顾动物福利及人与宠物之间的感情」，并呼吁当局勿采取任何极端措施，并呼吁宠物主人不要过分恐慌和遗弃宠物。
政府禁食肆晚市堂食争议.
2020年7月15日，因应疫情反弹，政府再度收紧防疫措施。其中规定食肆晚上6时至翌晨5时不可提供堂食。食客认为当局禁止顾客在食肆范围内等候外卖，同时只能在站在食肆门外进食，批评措施没有考虑上班人士感受、缺乏科学根据（晚间堂食散播病毒风险未见得特别高、病毒也不会选择性只在晚间传播）。而餐厅老板表示禁晚市堂食令生意受打击。叙福楼董事会主席兼行政总裁黄杰龙认为现时全港食肆几乎进入「半宵禁状态」，而顾客不能在餐厅范围内等候外卖，而员工也不可以在楼面范围用餐的要求荒谬，会降低防疫效果，更容易受感染亦不卫生。
食肆全日禁堂食争议大 两日后煞停.
2020年7月29日凌晨起，政府勒令全港食肆禁止堂食7日，多区不少工人要日晒雨淋的天气下，跪地挨饭盒，亦有人在地盘内，甚至有清洁工要在厕所内食饭，卫生情况令人关注，同时被指失去应有的尊严。中午期间部分地区更突然下大雨，工人只能走避到有盖地方下继续进食。有工人批评政府根本不明白民间疾苦，只考虑在冷气办公室工作人士的感受，形容自己如乞儿仔一样蹲在街道吃午饭，认为政府「一刀切」禁止堂食是不合理。另外，因康文署暂停开放所有户外康乐场地，在公共空间欠缺下，市民难以找到合适的进餐地点。而规例实施不足一天，行政署向在金钟政府总部工作的员工发电邮，由7月30日起，饭堂可供堂食，但每枱只限一人。职工盟主席吴敏儿批评政府思虑不周，只准政总食堂堂食是「极不公道」。政府也宣布在7月30日起于午膳时间，开放全港19间社区会堂或社区中心，供有需要的市民入内用膳，不过有关安排被受批评。有地盘工人表示不知社区会堂在哪里，而且位置偏僻不方便，选择继续街上吃饭。有媒体发现铜锣湾的社区会堂有櫈无枱，对市民不人性化。另外，民政事务总署没有理会荃湾梨木树社区会堂楼上的康树楼出现确诊个案，到早上才临时更改地点，令市民非常狼狈。荃湾区议会主席陈琬琛表示，衞生防护中心前一晚已经发放疫厦名单，批评政府内部没有协调。民政署回应称，各社区会堂或社区中心将继续开放，首天有逾500人使用。
港人继续自救，有商户、教育中心和教会主动开放会址作「午膳空间」，该处桌上设置间板分隔，让市民用膳。九巴安排共1,000张折櫈，在中午时段，于佐敦（西九龙站）巴士总站、屯门站公共运输交汇处和大围站公共运输交汇处提供座位供市民进食。而香港逸东酒店在7月30日于官方Facebook宣布，即日起开放二楼宴会厅予公众用餐，有人大赞逸东酒店为「良心企业」。
最终政府以「理解市民不便及困难为由」，宣布由7月31日起恢复食肆日间堂食，惟限两人一枱、餐厅入座率不超过一半。食物及卫生局副局长徐德义没有就此致歉，只承认情况不理想。医学会传染病顾问委员会主席梁子超指，全面禁堂食作用不大。
工联会生产口罩争议.
2月19日，工联会自设本地生产线成功生产首个口罩，应对目前香港的「口罩荒」，根据工联会理事长黄国的说法，因不忍基层市民四出排队买口罩，决定「自己口罩自己造」，并透露口罩过滤物料的供应商，是惩教署生产的CSI口罩物料供应商之一。
但次日的立法会财委会中，特区政府提出的300亿「防疫抗疫基金」，大幅资助本地口罩生产，与工联会宣布设立口罩工场只相差一日，被民主派议员质疑有利益输送的嫌疑，随后被陆颂雄反驳民主党酸溜溜。2月23日，麦美娟在政府总部外请愿时表示。工联会生产口罩是得到社会人士支持，并非收取政府利益。不过，有人计算出若工联会参加政府的资助，可以净赚7-8亿港元。
专营巴士因应疫情而改动运作.
当新型冠状病毒出现后，九龙巴士曾于2020年1月11日在社交平台发布《九巴Disco》影片，表示已要求车长在当值时配戴口罩，而车厂和巴士总站内亦放置酒精搓手液以供使用，并加强消毒空调巴士车厢，亦在新闻稿表示该公司在五个邻近出入境管制站之巴士总站配备口罩供乘客索取以作自用，亦一度表示会在可行情况下增加早上繁忙时间之巴士班次，以减少乘客受交叉感染病菌之机会。
然而，当香港在2月份陆续出现感染个案后，因应政府建议的特别上班安排，九巴在2月3日宣布减少顾客服务中心之服务，并因应教育局宣布中小学停课及香港赛马会停止于赛马日开放公众席，而于2月3日起停开21条在上课日行走之巴士路线特别班次及多条马场特别路线。
及至2月1日，网上传出截图表示传出九巴已向运输署申请将242条路线改用假日时间表行车以缩减班次，其后亦被发现部份原以双层巴士行走过海及长途路线改以单层巴士行走。
有隶属九巴荔枝角车厂的车长向报章记者反映，表示受停课及局部封关影响，即使是平日上下班的繁忙时间的客量亦大幅减少，该车厂自2月5日起突然减少派出近100部巴士到街上接驳载客，大部份路线的班次亦被缩减以减少营运亏蚀，部份车长只能于车厂内闲坐以至自由活动，亦有车长被安排作路线训练，由于此前巴士车长的实际工作时间往往超出每更八小时的每天标准工作时数而获发津贴，倘若无须安排驾驶巴士便会只能获发底薪，而车长亦被要求于2020年2月多放取一天无薪假期，加上个别乘客因不满巴士路线班次减少而使车长被针对，引起多名车长向工会表达对管方之不满。
有工会代表批评九巴管方只会在电话通传车务调动而不会发出任何通告，加上管方在大幅削减班次前没有跟员工商讨，影响员工作息时间及家庭生活，形容九巴单方面削减班次的举动是违反合约，即使九巴希望前线车长共渡时艰，但管理层却未有减薪，而车长、外勤人员及维修部员工却因薪酬被扣减而引致收入减少，质疑安排是十分奸狡和不公平，有工会表示会向劳工处投诉雇主单方面更改合约非法扣减工资，亦有工会表示因83%受访员工在问卷中反对新措施令员工无加班「零补水」而要求与管理层谈判，故提出全体员工每日有1小时补水或推出自愿无薪假，不排除发起大型工业行动及按章工作以作回应。
九巴表示受到肺炎疫情影响，巴士客量较过往大幅减少逾40%，故因应防疫情况及载客量变化，向运输署申请调减部分路线班次，以善用资源。而该公司亦将员工工作安排暂时调整，安排车长等前线员工毋须加班之措施乃因应实际需求，形容此举乃为在严峻环境下为保障全体员工稳定就业之方法，该公司亦没有调减员工薪酬，并承诺在市况恢复正常后回复工作安排，同时会继续审视各区路线的服务，再因应实际情况而调节，然而该公司并未有回应有关向运输署申请削减巴士班次及是否获得该署批准之提问。
而主营港岛区专营巴士的新创建巴士服务，旗下新巴城巴亦表示由于肺炎疫情导致客量大幅减少，该公司已按照各条路线客量需求同营运状况而向运输署申请调整班次服务。
运输署回应时表示，由于政府实施了多项防控新型肺炎疫情的措施，以减少人流及互相接触，尽量减低疫情在社区扩散的风险。自农历新年假期后，整体巴士乘客量均较平日减少。个别专营巴士公司检视其营运及服务安排后，向当局提交申请暂停或调整部分巴士路线的服务，以善用资源。该署现正审批有关申请，并会确保巴士公司维持足够的巴士服务以照顾乘客需求，惟该署并无明确回应，九巴是否已申请减班次。
3月20日，运输及房屋局长陈帆出席立法会交通事务委员会会议后表示，对新大屿山巴士公司在未有向运输署申请下，偷步削减7条路线班次感到遗憾，署方已向公司发出警告，并会跟进投诉。同时要求巴士公司载客量不可超过七成，以保持乘客之间的距离。九巴发言人称，七成载客率相当于取消企位，而根据目前法例巴士从业员无权阻止乘客登车。新巴城巴称会作适时调整。
无家者失去容身之处.
自3月18日起，康文署各康乐场地的更衣室及冲身设施亦会暂停开放，令一班无家者无法洗澡。有无家者表示曾逾一个月没有冲凉，只能在公厕用毛巾沾湿水抹身。社区组织协会要求康文署重开硬地足球场浴室。但康文署向媒体回应时以基于卫生考虑才进行有关安排，对会否考虑开放部分康乐场地浴室，以「没有补充」作回应。
其后连锁快餐店宣布暂停晚市堂食服务两个星期后，一批麦难民流离失所。到3月28日，郊野公园范围内的烧烤地点及露营地点也要关闭，无家者被迫迁。立法会社会福利界议员邵家臻和多名区议员多次去信民政事务局局长刘江华和相关政府部门，要求民政事务总署和康乐及文化事务署开放临时庇护中心。不过署方回信拒绝，重申在现时机制下，临时庇护中心机制只限在恶劣天气下开放，而署方政策范畴并不包括为无家者人士提供临时居所。邵家臻和大埔区议员谭尔培批评政府处事官僚，没有考虑被赶绝无家者人士的感受。至4月9日连锁快餐店恢复堂食服务及在凌晨时段营业时，政府仍一直拒绝开放临时庇护中心。
非法赌博、社区聚赌恶化.
在政府2020年3月起颁布各项限制聚集、强制关闭公共活动场所规定下，香港体育、文娱活动及设施，以至合法博彩活动大部分停止（香港赛马会场外投注处停止办工、赛马只接受电话及网上投注、马场停止对公众开放，六合彩搅珠停止，足球博彩因海外多国主要联赛、杯赛暂停赛事而无法受注，持牌麻将、天九馆被勒令停业）。在正当娱乐、康乐、体育活动几乎全面被禁制下，有市民转为到街头赌档、地下赌场、非法麻将馆、网上赌场等场所消遣，使非法赌博、聚赌问题恶化。
即使不同体育、文娱场所及合法博彩自2020年9月起一度陆续有限度恢复运作，但随著2022年2月第五波疫情爆发，政府再次收紧禁令，勒令强制关闭绝大部分文娱、康乐、体育活动场所，聚赌歪风更趋地下化、隐蔽化、难以遏止并衍生大量家庭、社会以至治安问题。
林郑应船东会要求豁免海员检疫.
2020年2月在全球疫情扩大后，特区政府原本只准许来港从事货运的轮船可以在香港更换船员，避免船员不必要的登岸，减低病毒由外地传入的机会，然而特区政府在6月宣布，自6月9日起，所有来港的船员，不论从事货运与否，均可获豁免强制检疫，船员只需自我检测，发现病征才需要通报卫生署，政府称豁免船员检疫并不会影响公共健康，又称此做法可继续维持香港作为国际航运中心的地位，并成为其他国家效法的对象。海洋新闻网站《Seatrade Maritime News》在2020年6月9日报导，由前特首董建华为赞助人的香港船东会曾写信向特首林郑月娥游说，并与特区政府多个部门首长接触，包括运输及房屋局局长陈帆及海事处处长王天予，要求特区政府放宽限制，及后林郑月娥运用其特首权力准许豁免。香港在7月下旬出现第三波疫情，平均每日增加超过一百宗确诊个案，卫生署在7月24日终承认目前有6艘来港货船均各有1名海员确诊，有140个海员须在南丫岛附近的海面隔离。中大医学院呼吸系统科讲座教授许树昌表示，豁免海员及机组人员检疫，是导致香港出现第三波疫情的主要原因，许称「这些人进入社区后坐的士，感染了的士司机，结果的士司机成为一个感染群组，在全港九新界四围把病毒散开。」他更相信过往香港本地一些找不到感染源头的零星个案，也极可能由这些漏网之员所引起。
订购疫苗争议.
2020年12月11日，政府公布向内地疫苗生产商科兴控股生物技术公司（Sinovac），以及由美国辉瑞及德国BioNTech合研的辉瑞疫苗，在中国的代理商复星医药签订采购协议，首批100万疫苗将于2021年1月到港。当记者问及市民是否能自由选择接种哪款疫苗，特首林郑月娥却表示市民不能选择。指市民应用客观科学去睇，又称「事实上，市民平常都好少问呢只是什么疫苗」。其后有记者指出科兴疫苗在过往曾引起严重不良反应的例子，不过特首和港大感染及传染病中心总监何栢良均指市民应以科学态度考虑，不要将接种安排「政治化」。
杏林觉醒于facebook发文，质疑做法违反医生专业守则，加上科兴至今仍未发表第三期临床研究报告，认为疫苗成效及安全资料成疑，担忧医生为病人接种疫苗是否会构成专业失德。政府指有关传言纯属造谣，批评造谣者居心叵测并罔顾公众利益，形容「言论散播虚假消息或企图将公共衞生议题政治化」，政府表示极度遗憾。
到同年12月23日，曾表示「不能说有一个自由可选择」的林郑月娥，改口称市民可自由选择疫苗，指同一地点不会提供多于一款疫苗，但市民可在在知情下，选择接种地点与时间进行接种。
2021年1月13日，巴西圣保罗布坦坦研究所发布科兴疫苗临床测验的最终报告，科兴疫苗有效率为50.4%的刚刚符合世卫50%最低标准，而且科兴未有提供完整的第三期临床测试报告，引起国际医学界关注，而特区政府之前宣称科兴疫苗将最早使用亦因而落空，并由复星代理由辉瑞药厂及BioNTech合研的辉瑞疫苗最早获批准在香港使用，亲共的建制派议员则催促特区政府要购买其他如中国国药生产的中国疫苗，民建联主席李慧琼更宣称「只有外国疫苗港人会水土不服」，前议员汤家骅则宣称无须临床报告，应尽快买中国疫苗，惟医学界指出「国药疫苗」也没有第三期报告，如果政府直接采用而不经医学界专家的审批，不如解散疫苗顾问专家委员会。1月28日，香港大学公布香港市民接种疫苗的民意调查报告，结果显示1千人中只有46%的人士可能会接种新型肺炎病毒疫苗，又以由辉瑞与BioNTech合作研发及在德国生产，现由复星代理的疫苗接受度最高，有56%受访者愿意接种，阿斯利康和牛津大学开发的「牛津疫苗」有35%，而中国科兴疫苗只有29.5%。
接种疫苗安排争议.
政府于2021年2月18日安排接种科兴疫苗，唯因系统出错而令非优先接种人士成功预约。
自开始接种科兴疫苗计划后已出现多宗非预期严重异常个案，甚至出现死亡个案。澳门相关计划已在预约平台提供接种者健康评估，并安排医院接种疫苗，并提供健康评估服务；反观香港，当局却拒绝为接种人士在接种前提供健康评估服务，并将有关责任推给接种者的家庭医生。
对于有人先后在新加坡和香港接种共四剂疫苗，聂德权指，接种超过两剂疫苗的风险未明，市民应跟从衞生当局和专家建议，接种两剂疫苗便可。曾在香港以外地方接种疫苗者，应在接种前如实向工作人员报告。
另外，政府在规定目前抵港入境者须完成接种至少两针新冠疫苗的情况下，导致有部分未接种疫苗的港人一直滞留外地。有市民和立法会议员希望政府能够取消限制，认为政府并非强逼所以人打疫苗下，不应「惩罚」身在外地未接种疫苗的港人。
科兴及复必泰疫苗接种者死亡争议.
2021年3月3日，据路透社报道，香港一名男子接种科兴新冠疫苗两日后死亡。该男子63岁，有长期病患及呼吸道病史。香港卫生署表示尚未能确定事件与疫苗有关。中国媒体引述疫苗制造商科兴生物回应称，疫苗经过大规模接种证明安全。
2021年3月3日，一名71岁男子于私家诊所接种科兴疫苗后感到不适，于3月7日到联合医院求诊，当晚不治。
据《香港经济日报》2021年3月6日报道，一名55岁女子，于3月2日接种科兴疫苗3日后出现中风，并入住广华医院接受治疗，当晚不治。据了解，死者在官涌体育馆接种疫苗。医院正审视其病历，已按照机制即时呈报衞生署。
至2021年3月9日香港已录得45宗非预期严重异常个案，其中3死2危殆。到2022年9月18日，政府指有120宗涉及曾经于离世前14日内接种疫苗，没有死亡个案显示与接种疫苗有关联。
疫苗通行证争议.
除教育界和部分立法会议员外，社会普遍疫苗通行证的推行表示难以适从和非常不便。到2022年5月更有专家对疫苗通行证有不同立场，其中香港大学医学院高本恩教授及陈德光教授认为认为「疫苗通行证」已无必要对年轻成年人实施。不过特首林郑月娥仍然认为接种第2针疫苗未到9成，需要继续实施。她又指如果有新变种会需要使用另一种疫苗，疫苗通行证将会继续一段日子。而食衞局局长陈肇始指出「动态清零」为目标下，疫苗通行证属必要的疫情防控措施，更指有助市民和社会回复正常社交经济活动，反之会对已打针市民不公平。
到2022年9月初，有内地居民在「小红书」称可以在无接种疫苗下来港后取得临时疫苗通行证，「安心出行」亦显示「蓝码」，可出入受疫苗通所限的处所，包括到主题公园和堂食。特首李家超指有关措施一直实行，又指内地疫情风险属全世界最低，暂未发现有任何输入个案，会视乎疫情检讨。到9月17日凌晨，医务卫生局起划一要求年满12岁来港人士须完成接种两剂疫苗，方可获发「临时疫苗通行证」，不过未有计划要求内地来港人士必须接种疫苗。
到2022年12月29日，政府宣布取消疫苗通行证。有不接种疫苗的市民形容「终于挨过」了，并马上预约日式烧肉店，一尝久违的堂食感觉。而部分零针者表示取消疫苗通行证只是取回本来市民应有的自由，并批评措施太迟，质疑措施只为配合谁人「大家都睇得好清楚」。
警方就滥发「免针纸」展开拘捕行动.
2022年9月初起，警方就滥发「免针纸」展开拘捕行动。在9月5日，元朗一名女医生涉嫌滥发新型疫苗接种医学豁免证明书（俗称「免针纸」），涉嫌伪造虚假文书被捕。行政长官李家超指行使虚假文书或发放虚假文书是严重罪行，如有任何医务人员涉嫌专业失德，一定会将其个案通知香港医务委员会严肃跟进，并要求有关人士负责。到9月21日至22日警方先后分别在油麻地、元朗、天水围及柴湾的4间诊所采取行动，拘捕4名涉嫌滥发「免针纸」的医生。其中油麻地的诊所被指在未有向市民诊症或检视病历纪录下，滥收4000至5000元诊金，另外有22名应诊者被捕。警方指会交由专业医护人员作评估是否滥发。而政务司长陈国基指有关情况相当严重，反映医生唯利是图，“只为个人利益，不顾社会利益”，强烈谴责有关行为间接妨碍香港经济恢复正常，伤害全体香港市民。他又批评取「免针纸」的市民让社会整体利益受损。他表明必须追究到底，要求保安局从严跟进所有使用这些「免针纸」的人，追究他们的刑事责任。
对病毒名称的提述持双重标准.
12月7日，香港《苹果日报》报道政府拟禁止传媒代表在政府记者会上使用「武汉肺炎」名称提问，违者会被警告，甚至驱逐该传媒代表离场。而有关决定是由特首林郑月娥作出。政府指世衞已经将新病毒命名为「2019 冠状病毒病」，提醒出席采访的传媒代表不要污名化，但未有会否要求驱逐离场。到同月18日疫情记者会，《苹果日报》记者发问时提及「武肺（武汉肺炎）」后，卫生防护中心新闻官向记者说：「刚才发问𠮶位记者朋友，我想提一提你，世界卫生组织今年已经将新病毒命名为『2019冠状病毒病』，麻烦大家喺发问时可以简称为新冠病毒，多谢你留意番。」其后再有记者追问使用「武汉肺炎」字眼有否触犯法例，会否被禁止出席记者会。新闻官称，字眼问题并非记者会的主题，「我哋事后再处理」。政府发言人表示，世卫今年2月已将病毒命名2019冠状病毒病，相关安排有助防止使用其他可能不准确或「污名化」的名称，提醒记者采访政府活动时不要污名化。21日，官员在政府记者会上使用「英国病毒」称呼在英国发现变种株，被质疑双重标准。
到12月21日，食物及衞生局局长陈肇始于记者会多次以「英国病毒」称呼近日于英国发现的变种病毒株，立场新闻记者向当局查询是否有污名化时，食衞局指传媒报导有欠公允，深表遗憾。而《立场新闻》确认没有任何报道及向当局的查询，提及局方将病毒株「命名」为「英国变种病毒」。
安心出行手机流动应用程式.
2021年2月10日，政府宣布由3月1日起，政府员工和市民进入所有政府场地，必须使用「安心出行」流动应用程式，或登记姓名、联络电话和到访日期及时间。在2月18日起，政府将要求食肆强制食客使用「安心出行」应用程式，或登记资料，纪录市民行踪，否则将被罚停业3至14天。
安心出行在推出时被质疑索取过多权限，包括「读取USB内容」和「查看Wi-Fi连线」。其后安心出行进行更新，将索取的权限由15个减少至7个。但根据应用程式的版本1.1.4，应用程式权限仍包括撷取执行中的应用程式，据程式开发的论坛，这是一个可帮助黑客入侵的工具，除了清除程式外，一般程式不须这个权限。而「安心出行」上传政府的出行纪录会保留7年，应用程式内的纪录却只会保留31天。
2021年2月，“医管局员工阵线”质疑「安心出行」是为了监控市民，而非防疫。其后创新及科技局、医院管理局发稿反驳指控。公务员事务局局长聂德权表示，“安心出行”程式无追踪行踪功能，也不会泄露私隐。而医管局员工阵线发声明回应，指创科局误导市民，令市民难以安心，并批评政府防疫表现强差人意，若继续漠视民意只会进一步加深民怨。该组织表示，未来一星期内会继续于不同地区呼吁市民杯葛「安心出行」。
2021年4月12日，政府表示以「疫苗气泡」为基础，逐步放宽社交距离措施。包括规定全部食肆员工需完成接种第一剂疫苗，所有客人必须使用「安心出行」应用程式，不再接受手写登记，才容许每台人数上限由4人提升至6人。措施最快在4月29日实施。而市民不愿安装「安心出行」，部分重开后的6类处所（酒吧、卡拉 OK 场所、夜总会、夜店、麻雀馆及派对房间）亦不能再光顾。林郑月娥更指香港人拥有手机比率都很高，难以理解为何不愿意使用。被问到为何要取消「写纸仔」登记个人资料，她指出是与有人会乱填资料有关。只会接受老人家没有手机才用人手登记。其后记者指政府早前表示无意强制所有市民使用「安心出行」，被问及新措施是否「反口」及违反人权，林郑月娥指海外有很多尊重人权的国家采取更严格措施，称「如果用你（记者）刚才的术语，就系违反人权」。
由2021年11月1日起，政府规定市民如进入政府大楼或办事处，包括政府图书馆、体育馆、博物馆等、表演场地、警署、公立医院，须在手机使用「安心出行」程式扫描现场的二维码（QR code）报到后，才可进入，禁止以登记姓名和联络电话作为替代。
2021年10月21日，政府表示由2021年11月1日起，强制市民如进入大部分政府大楼或办事处，必须使用「安心出行」程式才可进入，禁止以登记姓名和联络电话作为替代。有关注无家者议题的社区组织表示，据观察只有不足四分一的无家者拥有智能手机，惟政府未有表示无家者是否获得豁免，担心他们需要使用社署、体育馆、劳工处等设施时会受影响，形容「政府正订立新的贫穷线」。
2022年5月3日，传真社对Android版本的「安心出行」进行逆向工程，发现程式内置人脸识别模组，具有包括识别脸部五官特征和位置的功能，令「安心出行」的私隐问题，再次引发争议。
防疫手环争议.
香港政府要求接受强制检疫的入境人员佩戴防疫手环并安装「居安抗疫」流动应用程式，以防入境人士在隔离期间擅离住所。截至2020年6月1日，全港超过13万人曾佩戴此手环。在手环发放初期，部分入境人士未能及时收到手环密码，也有人士假装为须隔离的人士并在社交网络发剪断手环的照片引发争议，另外香港隔离人群支持组织的创始人表示听说仍然有人利用此系统规避隔离。
防疫手环在隔离期满后并不会被回收，政府仅提醒民众丢弃至有盖的垃圾桶。2021年1月3日，有净滩志工在台湾花莲的七星潭发现香港的废弃防疫手环。前黑潮海洋文教基金会解说员香港人王乐怡敦促港府重视医疗废弃物处理。
应否成立独立调查委员会.
2023年1月26日，政府专家顾问袁国勇倡议应如2003年沙士疫情完结后，成立独立调查委员会审视各项抗疫政策，包括疫情初期为何每日检测数量偏低、追踪及隔离做得不足、为何第五波疫情导致安老院舍大爆发等，弄清将来应该如何，他认为现在是适当时候政府做一个全面检讨，以更好地准备下一次大流行。民主党主席罗健熙同日于《明报》撰文，提出政府就新冠疫情应对的问题，指太多人命损失，问题尚未得到答案，故他认为应由一个包含不同持份者、涉及不同范畴，按香港法例第86章《调查委员会条例》成立的独立调查委员会，展开全面检讨、查找真相、检视不足，以及为未来总结经验。另一政府专家顾问许树昌亦认同应设立独立调查委员会检讨新冠疫情应对，主要是检讨及找出不足之处，以便日后应付大型疫症可以改善应对方法。
1月31日，行政长官李家超认为需要总结经验，表明不同意设立独立调查委员会再作调查，认为世界上没有公认最佳的方法，应向前看。医管局前行政总裁、沙士时担任卫生署副署长的梁栢贤则称，经历疫情或灾难后，检讨是必经和必然，目的不是带问责意味的调查，政府毋须忧虑蒙受政治风险，称理解政府忧虑被问责或受压，亦认为毋须以独立调查、专家委员会或由立法会处理抗疫检讨，建议于现行架构成立由政务司长主持的「新冠疫情检讨委员会」，按不同范畴成立辖下专责小组，由相关决策局任小组主席；他相信由内部有系统检讨，可动用较少人力物力和时间，并强调目的是检讨而非调查。
2月1日，政府专家顾问孔繁毅表示，绝对同意成立独立调查委员会，检讨过去3年抗疫工作的不足，并应公开检讨报告，并指检讨范围应该比较阔，亦应检讨过去3年的隔离及出入境检疫政策；他强调，成立独立调查委员会，并非要追究官员或政府部门，而是较客观、针对性地检讨，建议可以邀请不同持分者参与，让调查结果更具公信力，认为若只由政府内部进行检讨，可能会有盲点，又认为新冠疫情有别于沙士疫情，指沙士特别影响香港和内地，但新冠病毒就在全球大流行，而且持续的时间较长，因此有需要宏观地检讨。同日，立法会议员陈凯欣对社会有声音希望参考沙士做法表示理解，但指上届政府已因应新冠疫情成立抗疫专家顾问团，现届政府更将顾问团人数扩展至6人，并称已有类似于独立调查委员会的架构，已经有不同传染病的专家、有行政管理专家帮助应对疫情，可即时提出和即时解决。香港病人政策连线主席、医务委员会委员林志釉表示，新冠疫情夺去过万人的性命，远多于沙士的299人，理解有人认为独立调查委员会是追究责任而感到抗拒，他又强调调查不是为追究责任，而是汲取经验，并改善抗疫工作。
2月2日，行政会议成员高永文亦表示，不同意成立独立调查委员会检讨抗疫工作，指新冠疫情比沙士时间更长，焦点众多，质疑独立调查要花多少时间检讨，将会虚耗及瘫痪政府工作，制造更多内耗及分化；他认为要考虑细节，包括专家在内，都应该自我检讨，思考是否以实证为本提供最好的抗疫方法，或是各说各话，甚至有错误示范，又指，已改善急症室及处理离世病人的不足，汲取教训，处理去年底的疫情大爆发亦相对不错。同日，袁国勇向《明报》澄清，指当初是指成立客观、独立的「检讨委员会」，非「独立调查委员会」。
其他争议.
2020年1月7日，公民党立法会议员郭家麒认为，香港政府将「严重新型传染性病原体呼吸系统病」列入法定须呈报传染病，其中「严重」、「新型」无定义、无法执行，给予卫生署过大的权力，可随意拘留任何他们认为有严重新型传染病者，公共卫生亦需平衡人权，食卫局应尽力要求内地交代武汉肺炎是什么，才将指定病毒加入法例，即使有人拒送院，也不能立法限制全港700万人权利。
1月22日，香港大学感染及传染病中心总监何柏良建议政府审时度势，引用《紧急情况规例条例》对武汉发出黑色旅游警示，保安局回复外游警示制度不包括中国内地、澳门及台湾。
1月24日，有市民在清晨拍摄到香港国际机场入境大堂体温检测的员工竟在睡觉。衞生防护中心传染病处主任张竹君表示会提示前线员工做好体温检测工作。
2月1日，艺人郑敬基揭发民建联向市民派发的口罩不符规格，他开封发现该批口罩的风琴位向上，跟正常的不一样。向曾任护士长的友人请教后，发现该批口罩属次货，事关风琴位向上，会储了细菌在折位，不宜使用。
2月5日，亲中建制派工商界团体全港各区工商联将15万个口罩捐赠给湖北红十字会，但湖北红十字会本身已有透明度低、分配不均的劣评，而且当时香港口罩亦十分匮乏，卖口罩的地方都出现长长人龙，所以此举遭到香港民众非议。
2月7日，有网络传闻称，一盒顺丰货物的纸盒上，写有「香港警察捐赠口罩520个，520（我爱你）」，而下款为「海港sir」，票据上亦写明「香港警察捐赠」，收件地址为武汉市江夏区第一人民医院。有网民质疑是否有警员以警方名义赠送口罩到武汉，并怀疑是由惩教署工业组生产、主要供应政府部门的CSI口罩。后经确认是警员陈凯港（「海港sir」）所为，至于捐赠原因，他表示「疫情期间大家都缺口罩，但首先要保护勇敢逆行的医护人员，只有保护了他们才能保护更多的人，因为能够救治病患、控制疫情蔓延、研发对症药品的人是他们」。警方对此表示，口罩是一名警员以个人身份购入的，而捐赠属私人意愿，警方已训示该名警员，未经许可不得以警队名义作出任何捐赠行为。
3月3日，中国大陆连锁培训机构学而思香港分校在脸书账号上发布一道带有“武汉肺炎”字样的数学题，随即引发争议。对此，香港学而思当天下午在官网首页发布致歉信，表示该题目“未规范引用病毒名称，且表达不够严肃”，校方第一时间下架相关内容。学而思北京总部同日决定辞退发表不当言论的香港分校员工，该校校长也被处以降级处分。
2020年7月设立国安公署时香港正爆发第三波2019冠状病毒病疫情。日本共同社引述中国消息人士指，中央政府计划派遣武警部队以「观察员」身份常驻香港，人数约200至300人。《立场新闻》引述时任民协副主席、深水埗区议会区议员何启明的言论，他声称第三波疫情源头来自从中国内地到港的国安人员及武警，「国安人员及武警是从疫情严峻的地方来港」，并要求国安人员来港先进行14日隔离检疫。同时质疑卫生署是否掌握该批国安人员的健康状况，例如体温及病毒检疫测试结果。不过，6-8月间中国大陆疫情一直趋于稳定，同期统计病例远低于香港。但基于第599C章 《若干到港人士强制检疫规例》，若来港的国安人员及武警，被认为属于《规例》中「对政府事务运作属必要」，因此可豁免14日隔离。
7月28日，行政会议成员叶国谦在香港电台节目《视点31》【疫情当前，选举让路?】讨论环节中表示，7月1日市民游行和民主派在7月15日及16日的初选是引爆香港第三波疫情的主因。同场的浸大政治及国际关系学系副教授陈家洛就批评叶的说法不够科学、数据和责任，无视已有30多个碓诊个案的中华辉煌会庆回归群组及工联会举办的大型饮食宴会。同日较早时间，食物及衞生局局长陈肇始于香港电台节目《千禧年代》改口称，就疫情源头或来自获豁免检疫者，专家已做了基因排序，已有「专家的实证」，定会严肃跟进。
10月15日，一名25岁印度领事馆助理由印度新德里抵港，16日确诊。根据《外国地区到港人士强制检疫规例》（第599E章），外国政府领事等人员可豁免检疫；而根据卫生署规定，印度被列为高风险地区，所有从印度入境香港的人士都要在酒店检疫14日。惟衞生署资料却显示他居于薄扶林花园6座，即代表他并未在酒店完成两周检疫。对此立法会议员葛珮帆就此事批评，认为政府应大力收紧或取消免检疫措施，避免疫情再度恶化。10月19日，卫生防护中心证实该男子为驻港总领事馆人员，惟并非属于可获豁免强制检疫的级别。卫生署就检疫安排有误致歉，称已提醒相关人员应谨慎处理豁免强制检疫安排，避免同类情况再次出现。
11月9日，香港行政长官林郑月娥下午前往澳门，出席翌日举行的博鳌亚洲论坛国际科技与创新论坛首届大会开幕式并致辞。有不少网民随即在澳门日报贴文留言，质疑澳门政府曾称无论任何人都不会豁免医学观察，就连大赛车车手来澳比赛都需要隔离，并称商家弄VIP day 促销活动，政府就要谴责市民，有官员来澳就不用隔离14天，使防疫制度形同虚设，网民纷纷要求林郑月娥请先隔离14天。同时，林郑月娥 回港后，亦没有接受14天隔离。
2021年1月3日傍晚，衞生署及医院管理局以减低病毒病传播的风险为由，在1月4日开始，改为以视像会议软件在网上举行疫情记者会，记者只能以文字讯息提问，而如有重复问题，会以综合回应的方式处理。多个传媒工会及组织对政府突然改为视像简报，并不设即场提问表示极度关注。包括香港记者协会、众新闻工会、独立评论人协会、明报职工协会、香港电台节目制作人员工会。他们担心政府会筛选记者问题，不回答敏感的内容，同时扼杀记者追问对权利，更会影响公众知情权，要求维持现行记者会安排。惟不足一天，卫生署宣布继续举办实体记者会，改为政府总部地下演讲厅举行。食物及卫生局长陈肇始表示是卫生署及政府新闻处共同决定。而卫生署长陈汉仪承认自己有份决定，其后因外界意见而变回实体记者会。
2021年3月27日，全国政协副主席、前香港特首梁振英从北京乘飞机回港后在Facebook发文，称与他同机的一对北京夫妇问他“为什么从广东省以外的全国任何地方去香港都要隔离？”「香港不知道北京已经没有疫情吗？」梁振英没提及他如何回复，只写道「我无言」。此前香港特区政府推出的“回港易”计划，仅适用于回港前近14天在广东省和澳门停留的香港居民，透过“回港易”计划回港的居民可豁免隔离检疫。如近14天有在中国内地广东省外其他地区停留的，仍要隔离检疫14天。直至2021年4月29日，“回港易”计划由广东省及澳门扩展至内地其他省市。
2021年5月22日，因广东省广州市荔湾区近日出现当地个案，香港特区政府曾表示会将广东省纳入中风险地区，自23日起身处广东省的香港居民不能透过「回港易」计划返港。当晚7点15分，衞生署出稿确认张竹君说法；但到晚上10点29分，港府以「政府发言人」名义出稿，推翻衞生署的说法。政府发言人表示，目前广州市荔湾区龙津街锦龙汇鑫阁被调整为“中风险地区”，广东全省并未被列为“中风险地区”，“回港易”计划的安排会暂时维持不变。而梁振英在Facebook上回应事件，并提出「三不解」质疑港府做法，直言港府「用这个尺度，香港和内地通关无望」。5月24日，食物及卫生局副局长徐德义在立法会上，就港府短时间内改变广东省“回港易”安排造成的混乱，表示“不好意思”。
2021年8月12日，影星-{zh-cn:妮可·基德曼; zh-tw:妮可·基嫚; zh-hk:妮歌·洁曼;}-乘搭私人飞机由澳大利亚抵达香港进行拍摄工作。而她抵港后，没有入住指定检疫酒店，抵港两日后还被拍到在服装店购物，当地传媒质疑其可能违反香港检疫令。按照香港特区政府的检疫规定，澳大利亚被划为低风险区，如果已经接种两针疫苗，核酸检测呈阴性，则需在指定酒店集中隔离7天，未接种疫苗者则需要隔离14天。有专家担忧其行为可能造成防疫漏洞，多名立法会议员则质疑开“坏先例”造成不公。其后香港商务及经济发展局回复媒体查询时称，妮可·基德曼根据《外国地区到港人士强制检疫规例》（第599E章）获批准到港进行与指定专业工作相关的活动并享受检疫豁免；同时必须遵守指定防疫措施及其他条件。而官方回复并未平息民众愤怒，商务及经济发展局局长邱腾华回应称，涉及的电视剧在港取景，属大制作，豁免五名人员的检疫符合相关规定，但强调她们仍要符合多项防疫条件，不代表可以“周街走”，未发现他们有违反规定。
2022年9月末，香港逐渐放宽入境检疫要求，入境者仅需居家隔离三天。此后香港「人肉」市场复苏，有不少中国内地和泰国的性工作者受黑帮安排来香港卖淫。