林毅夫奔丧争议与台湾法律追诉

林毅夫叛逃事件后，林毅夫对于他曾为台湾军官却在金门前线逃亡到中国大陆的经历很低调。2002年5月9日，林毅夫的父亲林火树在台湾宜兰过世。5月29日，台湾民进党籍立委蔡同荣向政府陈情，认为当年叛逃追诉时效已过，政府应让「林正义叛逃案」结案，批准林毅夫返台奔丧，同时亦可借重林毅夫与中国大陆高层关系，及其在财经方面的专业，为两岸经贸往来做有利于台湾发展的建言。陆委会基于「人道精神」考虑同意林毅夫入境，内政部警政署入出境管理局亦将核发入境许可。
如果林毅夫来台奔丧，被指派调查本案的国防部北部军事地方法院桃园分检署检察官，届时为保存证据，将会限制林毅夫出境，并以必要手段要求他到案说明。官员同时指出，林毅夫如果来台，将从桃园中正机场入境，因此指派桃分检负责调查，由于林当年叛逃的真相有许多部份须厘清，所以原则上在林入境后就应该会传唤林毅夫到庭说明，假若他拒绝，也可能强制拘提，这方面军检单位都已经著手进行沙盘推演。
国防部长汤曜明指出，林毅夫仍被国军视为叛变逃亡军官，一旦返台将面临《陆海空军刑法》调查与审判；而陆委会与内政部入出国及移民署则表示，仍同意核发入境证件，但返台后法律责任将由林毅夫自负。林毅夫当时正在美国访问，他的妻子陈云英赴香港等候。最后，局势未能好转，林毅夫确定无法赴台，而由美国飞至香港后返回北京，由陈云英赴台代其追悼，林毅夫则在北大朗润园设灵堂遥祭先父。
因配合军事审判法修正，军事案件全数移由司法处理。林毅夫案全案卷证，于2014年1月13日移由金门地方检察署接办，林毅夫继续发布通缉。
案件所涉法律和抚恤金追讨.
所涉法律.
中华民国军方强调林毅夫身为驻守金门战地之中华民国国军军官，其1979年阵前叛逃之行为不可原谅，根据《中华民国陆海空军刑法》投敌罪发布通缉；台湾《大纪元时报》指出该《中华民国陆海空军刑法》中有规定，「投敌者，处死刑。」
抚恤金问题.
林毅夫当年「失踪」经搜寻一年无结果后，284师依规定在1980年办理「陆上失踪届期宣告意外死亡」，依其服役年资核发的抚恤金新台币47万余元由其父林火树及妻陈云英领取，1987年5月给恤期满。军方表示，由于林毅夫叛逃行为属实，抚恤事实不存在，领取抚恤金而未退还已涉嫌诈领，未来必须连本带利追回抚恤金上百万。目前诉讼至台北高等行政法院，94年度诉更一字第160号判决命林火树继承人应返还新台币313437元及利息161703元。
陈云英参加公公林火树丧礼时即表示，抚恤金是当初政府给的，转诉她林毅夫失踪，还要配合领抚恤金。此外林毅夫的大哥林旺松也说，民国72年陈云英到美国与林毅夫会合，但仍续领抚恤金，这是政府要他们「配合」的。
军法机关与智库意见.
军检单位官员指出，解严与否并不影响对林毅夫逃亡是「连续犯」或「即成犯」的认定，虽然包括当时的战时军律都已废止，但就法论法来说，犯罪事实行为并不会受到时空转变而消失。他认为，由于过去几乎没有和林毅夫相同的案件和判例，即使承办检察官提出理由认定林毅夫是属于「连续犯」，但因为缺乏判例支持，就算军事检察官决定起诉，法官可能也会有不同看法。该军检官员表示，就林毅夫案来看，由于战时军律已经废止，已经没有所谓的「敌前逃亡罪」，基于法官通常会选择「对行为人有利」法条原则，就算起诉，只能以2001年才修正实施的《陆海空军刑法》中第39条起诉，也就是「意图长期脱免职役而离去或不就职役者，处五年以下有期徒刑」。不过，依他个人判断，最后仍可能会以超过20年追诉期做不起诉处理机会较高。
资深军事检察官忧心表示，过去由军法单位来解释军法，不会有太多争议或其他解释空间，但在军事案件移由司法接办后，由于体系不同，司法官或司法检察官对于陆海空军刑法的解释及认定空间，可能比军法人员来得宽松。他说，2014年1月在移交林毅夫案给司法时，将会就继续发布通缉林毅夫的必要性，向司法单位说明军方立场。
财团法人国家政策研究基金会宪政法制组助理研究员何子伦表示：「就赦免的观点而言，针对林毅夫『叛逃』事件，本质上属『一般赦免』之大赦无法适用于此一个案，而林案目前既未经法院确定判决为刑之宣告，亦无从以『个别赦免』之特赦免除其刑之执行。若一定要给予其大赦或特赦，不仅因须历经繁复的行政、立法或司法程序始能为之，实已缓不济急，无助于立时解决林案的争议，且此等赦免是否必要？并非毫无疑义。再者，针对林案为大赦之举，亦可能撼动整体法律秩序及价值，显然得不偿失。因此，惟有借由刑事司法程序的践履，厘清榈关问题，始能彻底解决林案之争议，欲以非司法的力量或方式介入，不仅使本案治丝益棼，也将严重斲伤法治的精神！」
若就个案考量之观点，欲仅针对林毅夫个人，解除国家刑罚，宜采「个别赦免」之措施，亦即以「特赦」之方式为之。然而「特赦」系针对已受确定判决之犯罪人，免除其刑罚执行之赦免措施，以目前林案之情形而言，不仅未受有法院之确定判决，甚至未进入侦查、审判等刑事诉讼程序，故并不存在特赦所得赦免之刑罚，总统自无从对林某为特赦。因此，如欲对林某个人为特赦，必须俟林案完成侦查、审判程序，法院作出确定判决之后，总统方得特赦其所受宣告之刑，而免除其刑罚之执行。然而如此一来，可能由于刑事程序的旷日废时，特赦已无实益。而在侦查及审判过程，林某亦有可因犯罪追诉权时效消灭，由检察官依刑事诉讼法第二五二条第二款规定为「不起诉处分」，或法院依刑事诉讼法第三Ｏ二条第二款规定为免诉判决，此时既无刑罚存在，即无特赦之必要。因此，目前无法对林某为特赦，使其免于刑事诉追。
中华民国现任及历任元首回应.
中华民国总统府发言人范姜泰基表示，马英九总统相当肯定与敬佩星云法师慈悲为怀、致力社会安定和谐的人道精神。至于林毅夫的个案，范姜泰基强调，林毅夫目前仍由国防部高等军事法院检察署通缉中；中华民国是法治国家，林毅夫若返台到案，将由军法机关依法办理。
中华民国前总统陈水扁在《壹周刊》专栏中表示，如果台湾与大陆真是马英九总统所说「一国两区」，现任世界银行副行长林毅夫当年「何叛逃之有」？陈水扁表示，若依一国两区之说，林毅夫不过是从中华民国的「台湾地区」跑到「大陆地区」，都在「一国」之内，这样如何「叛逃」。陈水扁表示，中华民国领土所称「固有疆域」范围的界定，属重大政治问题，不应由释宪机关解释。因此，他说「台湾中国、一边一国」，马总统说「一国两区」，应该都是「政治语言」。
中华民国前总统李登辉表示，林毅夫事件的根源在于台湾的教育失败，林毅夫当时被教育成爱台湾也要爱中国才有今天的悲剧，这就是台湾认同的问题，并认为林毅夫事件就是台湾教育失败的最好例证。再谈到，是否赞成让林毅夫回台湾奔丧，李登辉但却点出这个问题中更深沉的问题，就是台湾认同。他以圣经中摩西带领子民回迦南地建立新国度的故事，比喻有些人到了新半岛，却还不认同自己是神的子民。李登辉强调，台湾认同的问题需要做更大的教育改革。
国防部方面.
1979年5月28日，二八四师政战主任李醇典奉命率员到宜兰林家说明，当时就告诉家属应该是叛逃了，但这不是体面的事情，对外宣扬于公于私都没有必要。军方虽以失踪结案，但金防部已拟妥人员惩处方案上呈国防部，不过当时的参谋总长宋长志认为此案干系重大，以无法确定“林毅夫”是否成功抵达大陆为理由，暂缓相关人等的处分。但在1993年6月与1994年5月军方分别接获情资，指称大陆社科院要员与国务院农林经济部副部长林毅夫（实为国务院发展研究中心农村部副部长），几乎确定就是叛逃的“林正谊”，总政战部主任杨亭云最后决定均不予反应。
2002年6月1日，军检单位官员表示，国防部因尊重军法独立，并未介入林毅夫案侦办，不过目前军法单位内部包括检察官和法官对林毅夫案各有不同看法，其中认定林是敌前逃亡的「连续犯」或「即成犯」将是关键。一般军法案件的侦查期限大多不超过2个月，但就林毅夫这种外界瞩目的案件，扣除传唤、调查到起诉等时间，应该不会超过10天，但目前入出境管理局仅同意林毅夫在台停留5天，势必无法短期间内完成调查，为保存证据，承办此案的检察官限制林毅夫出境已在所难免。
《青年日报》报导，在民国91年（西元2002年），林毅夫申请返台奔丧时，国防部、内政部与陆委会即已公开表达「人道考量同意入境」、「法律责任依法处理」、「叛逃行为严予谴责」三点立场。同年，依「投敌罪」发布通缉，迄今立场从未改变，该部亦重申，依人道立场，政府不会拒绝林毅夫入境。但其叛逃罪行属于法律问题，并以韩战期间，有位美军人员叛逃到北韩，后来想回到美国的案件为例。
中华民国国防部发言人罗绍和于2012年4月指出「这不是尴不尴尬的问题」，并强调林毅夫涉犯的「投敌」罪嫌，牵涉到军人应对国家忠诚的核心价值，国军在处理上，绝不容有丝毫模糊空间。5月15日，国防部再度举办例行记者会，针对「星云法师提出应让林毅夫返台」的意见，该部重申从未拒绝林毅夫返台，并首度以「欢迎」返台的字眼做回应，但中华民国是法治国家，贯彻法治是民主自由国家的基本要求，政府施政也有一贯性，军方对他采行法律追诉的立场并未改变。罗绍和表示，林毅夫既然已被国防部高等军事法院检察署通缉中，若林返台应由军法机关依循相关法律程序处理，不受政治或其他因素干扰影响，希望他可以坦然面对法律问题。
国防部副部长高广圻表示，林毅夫是因为《陆海空军刑法》投敌罪发布通缉，还参加中共党政军组织，符合投敌「继续犯」。
林毅夫方面.
2012年3月10日，陈云英作为林毅夫的妻子代为回答，并反问媒体，「林毅夫能否回台祭祖为什么能被这么多的人所关心，你们想过吗？『这不是我一家的问题，也不是林毅夫一个人的问题』，这个问题代表了过去年代『几十万家庭的伤痛』」。陈云英说，「我只能安慰我的丈夫，说实话，我经常要安慰我的丈夫，说你再等等、再等等，总有那么一天，台海两岸和谐的时候，我陪著你回家，你不要著急」，「我不知道，我没有答案呢。这只是我的一个梦想，可能是我家先生的一个梦想。我们也许要因此非常的长寿，长寿到我们一百岁回家」。
2012年4月16日，林毅夫在美国华府再次表达对台湾的乡愁与返台祭祖心愿，「乡愁像乡音一样，是我潜意识的一部分，我当然希望回去」。他表示，当年离开台湾，「不是不喜欢台湾」、「台湾人就是中国人，台湾与大陆分离是历史的悲剧，追求中国统一和富强是这一代知识分子的责任」，对无法返乡，他说：「会遗憾，不会后悔。」林毅夫说，高华柱是当年他在金门服役的营长，在我内心，他（高华柱）是我的大哥，也是很有理想的人，我很尊敬他，如果我回去让他觉得很尴尬，我可以再等。
监察院方面.
监察院国防及情报委员会2009年7月23日通过监委叶耀鹏、赵昌平提案纠正国防部，指出该部对林毅夫案多年来采淡化消极处理态度，经他人告发后才发布通缉，但是迄今仍未就类似案件建立配套措施，对于「叛逃人员」之法律适用问题，迄今也仍未定论，引发外界争议，斲伤国军威信并影响当事人权益。
对于监察院弹劾国防部，立法委员杨琼璎强调，在监察院已做出处置的情况下，希望国防部好好检讨，到底当时为何拖延这么长时间，且表示：「我们认为监察员弹劾（应为纠正）国防部不是针对林毅夫的个案，而是针对为什么逃亡这么久之后，才进行通缉。这其中是不是有缺失？而非只针对林毅夫是不是得让他回来或者是不得让他回来。」
监委认为，金门在民国68年（西元1979年）仍属外岛戒严地区，应适用特别法之战时军律处「死刑」之重罪，法定追诉时效为20年。惟其当时因未获证投共而认定失踪，并予办理抚恤。依国防部军法司于91年5月29日所提研处意见指出，林毅夫叛逃事件所涉战时军律及妨害军机治罪条例等罪，均已罹于追诉时效，无法再对其追诉；但是，国防部高等军事法院检察署却依90年间修正公布之陆海空军刑法第24条第1项「投敌」罪嫌，于91年11月发布通缉，并未「适用最有利于行为人之法律」。
2014年6月12日，中华民国监察院通过叶耀鹏与李复甸的调查报告，认为国防部与法务部认定林毅夫投敌为「继续犯」提出通缉，是侵害人身自由及居住迁徙自由。监察院主张此事为既成犯，声请大法官会议进行解释。李复甸则称，此案没有政治考量，监委希望声请大法官会议法律命令统一解释，是因为此案涉及法律疑义以及人权保障的问题。李复甸表示，监院与国防部、法务部意见不一时，本来就可以声请大法官会议解释。不过，监察院司狱委员会昨讨论此案时，为了思考周全起见，将先发函行政院后，再声请大法官会议统一解释。
行政院方面.
行政院表示，经国防部高军检持续向国安局、军情局查证结果，林毅夫现为中共全国政协常委，仍任职于中共党政机构，其投敌犯行仍继续中，犯罪行为尚未终了，追诉权时效尚未开始起算。行政院指出，政府虽在80年5月1日终止动员戡乱时期，但两岸在军事上仍处「武力对峙状态」，中共仍属陆海空军刑法所定的「敌人」；以前陆军少将罗贤哲为中共搜集情报案为例，最高法院于2012年4月26日即认定中共为「敌人」，罗贤哲依陆海空军刑法「为敌人从事间谍活动」等罪，处无期徒刑，褫夺公权终身，驳回上诉定谳。
立法委员.
民主进步党.
民进党立委蔡煌瑯指出，林毅夫是正港的台湾人，有权利回到故乡，但他应面对台湾法律，过去曾经背叛国家，法律上还有追溯责任。又表示，林毅夫已经是世界银行副总裁，有崇高的国际地位，希望法律对林毅夫的追究可用另外特别条款，期盼两全其美，也能够周全，既面对法律，也可回到台湾来。
林故乡宜兰选出的民进党立委陈欧珀表示：「我不是为林讲话，部长讲什么凶话（指林回来就逮捕），我带他回来要不要逮捕他？林是华人骄傲，到底危害台湾什么事？」
中国国民党.
国民党立委林郁方表示：「现役军人叛国是非常严重的事，即使两岸关系已改善，军队还是国家安全的最后一道防线；对于林毅夫的返台，不宜从宽解释」、「同情林毅夫，以人道来讲，或许该让他回来，但林当年作选择，就该知道后果是什么，他赞同林毅夫如果回来，国防部要用现存法律处理，且现在中国对台湾打压军事渗透，林毅夫如果有对此批判，他就赞成让林回来。」
国民党立委廖正井质疑：「彭婉如、林义雄等案，追溯期都快到了，但林毅夫却因被视为继续犯案，没有追溯截止的一天。」
国民党立委谢国梁 2013年9月25日向行政院提出质询，指他接获法界学者的投书，对于林毅夫仍被以投敌罪继续犯持续发布通缉，认为对其犯罪行为终了的法理解释不当，要求行政院就疑虑提出说明。
亲民党.
亲民党立法院党团总召李桐豪表示，如果林毅夫没有受到任何处置就能顺利回台，对台湾国家体制、军队纪律都会产生伤害，至少林毅夫要先表达可被中华民国人民接受的歉意，否则他劝林毅夫最好暂时别再有这种念头。李又说，陈水扁如果承认错误，人民比较容易原谅，但林毅夫是一个叛逃军官，涉及国家体制、军队领导统御问题，是非常严肃的问题。
其它看法.
入出国及移民署副署长何荣村表示，林毅夫是现任中共官员，假设国安会、国安局都没有意见，依照相关法令规定，经由联审会审查，我们会准他进来。
实践大学副教授赖岳谦表示：「从内战的角度来看待两岸，林毅夫的问题自然能解。中共已不被我方视为叛乱团体，即使林毅夫是继续犯；更何况林毅夫是否是继续犯，在法学上尚有争议的情况下，他的犯行也因为中共不再被我方视为叛乱团体而非叛敌者。每次看到军界里的官长们，动不动就用民族气节或军人气节的大道理来面对林毅夫问题，我们真不知两岸间的结，该如何才能解得开。」并说，我们可否借林毅夫的问题，重新探讨国共间的历史恩怨，厘清两岸间的关系，或许可以为两岸的永续发展找到一条新的出路。
佛光山人间通讯社公开星云法师的撰文，希望政府基于慈悲与仁爱、社会和谐，赦免人在中国大陆的经济学者林毅夫能回台和家人团聚。星云表示当初林毅夫叛逃时，依照军令，罪大恶极；但两岸关系今非昔比，在扬弃敌对、搁置争议、共同追求和平友好的现在，两岸都应「一笑泯恩仇」，重新建立互信互助的宽容雅量，「为什么独排林毅夫于恩义之外，让他有家难归、有亲难投呢？」星云说，撰写此文非受人之托，也不认识林毅夫，而是基于慈悲与仁爱提此建议，希望马英九总统参酌考量。
台湾《中国时报》新闻分析〈两岸避谈叛逃难题 不如摊开对话〉提到：「林毅夫、黄植诚的叛逃行为都已超过特殊司法追诉30年期限，但因军检单位坚持『行为继续犯』的法理见解，使这类案件的适时处置，难上加难；希望借由总统『特赦』的政治解决，也仍缺乏强而有力的社会条件。」
资深媒体人赵少康表示：「从法律面来看，林毅夫案也过了追溯期，军方认定林毅夫仍持续叛乱中的看法，只不过是拉不下面子，有点勉强过头。更何况现在有许多退役将领络绎于途到中国大陆访问，难道他们知道的机密会比林毅夫区区一个上尉还要少？林在对岸也未从事军事工作，而是专注在财经方面，对于两岸经贸交流和合作，将可扮演一个不错的中间桥梁角色。」赵少康认为，星云大师主要是从「冤家宜解不宜结、得饶人处且饶人」的角度思考，其看法值得马英九总统一听。