南明

南明（1644年6月19日—1662年6月1日），由1644年甲申之变后，明朝宗室与官员在中国南方相继成立的政权构成。南明主要势力包括福王弘光帝朱由崧、鲁王监国朱以海、唐王隆武帝朱聿键、绍武帝朱聿及桂王永历帝朱由榔等皇族，以及明郑、夔东十三家等军阀。作为明朝残余势力的南明各政权之间联系松散，互不统属。
1644年明朝首都北京被李自成攻陷，明思宗自尽身亡，位于北京的中央政府也一并被攻灭。但华南许多省份依然忠于明王朝，南京仍存在着南京六部等衙门。南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄弟福王朱由崧称帝，即弘光帝，国号依旧为大明，史称南明或后明。1645年清军攻破扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，后被送到北京杀害。弘光帝被俘后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位，而相互攻打。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死，郑芝龙向清军投降，但由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。1651年舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，1662年病死在金门。朱聿键死后，其弟朱聿在广州受苏观生及广东布政司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。
1646年永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力的加入以及福建郑成功势力的支援之下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后倒戈，例如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部倒戈，一时之间南明收复华南各省。然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。两年后，李定国、孙可望与郑成功发动第二次反攻，其中郑成功一度包围南京。然而，各路明军因为距离互相难以照应，内部又发生孙可望等人的叛变，第二次反攻以节节败退告终。1661年，清军三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继，8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫，永历帝被吴三桂以弓弦绞杀后，反清势力只剩下四川的夔东十三家以及东南沿海的明郑。
时代背景.
明帝国的覆亡与满清军队入关，这段对中国影响较大的历史被西方学者普遍称为是中国灾难性战争和人口减少的时期，且因为时间相近而被西方学者和欧洲的三十年战争（1618-1648）相提并论。自1620年到1710年，中国经历了一段极端寒冷的天气。许多西方学者将15世纪下半叶和十六世纪上半叶这一时期全球气温的下降与蒙德极小期相关联，据天文学家对太阳活动历史的分析，公元1645年到1715年出现了一段没有太阳黑子的延长时期。这种极端的气候变化降低了农业作物的产量，并由此减少了明朝的国家财政收入。不仅如此，明朝耕地因此面临大部分干旱，许多农民流离失所。这在一定程度上解释了为什么在明朝末期，大规模地方农民会逐渐脱离地方政府领导，爆发一次次规模甚大的农民起义。
明朝时期，统治阶级强调意识形态专制和中央集权管理，被称为“帝王至上”或“皇极”。然而，当时落后的通讯和交通技术使得这一超前设想并不能得到完全实现。皇权至上的原则使得明朝的行政官员们理论上地位处于平等状态，例如司礼监和内阁成员的关系。二者的平衡使得皇权得到巩固，但是，面临在整个帝国范围内实施变革的需要日益迫切的时候，这种权力制约却使任何尝试改革政府官员的努力都变得更加复杂（也有例外，例如张居正主导下的万历年间的改革，但这一改革的前提是张居正内阁和冯保率领的司礼监之间的私人关系在嘉靖年间就很密切），让身处于中央政府和帝国人民之间的地方官员们在动荡的时代无能为力，大多数官员们只能够低效率办事，这使得地方的统治循环逐渐脱离了中央政府，皇帝的权威并不能有效下放到地方中。
明朝的公务员是通过科举考试这一项艰巨的考试系统选出的，该考试系统的测试内容主要是儒家经典里的文学知识。很显然，通过科举考试选拔出来的官员们已经习惯于引用来源于《周礼》等儒家典籍的先例，但在涉及实际的经济、社会或军事事务时，他们却很少能够如此博学，这使得皇帝不能够完全放任明朝的内阁成员处理所有政务。
与前朝不同的是，明太祖朱元璋由于“胡惟庸案”而撤销了“宰相”这一职务，由皇帝本人直接治理六部。这一巩固皇权的措施给明太祖的子孙们留下了巨大的负担。此后的明朝皇帝开始设立帮助皇帝处理政务的，由六部各官员组成的内阁，并由皇帝直接设置内阁的领导人，也就是相当于宰相的内阁首辅。后来，皇帝逐渐不信任权力逐渐变大的内阁各官员，于是设立了能够直接进入内廷，帮助皇帝批示文件的，由宦官组成的机构——司礼监。有了这两个机构，皇帝也就不必再直接参与政务。
当一个年轻的、尚且不能处理政务的皇帝退居内廷享受他的妃子的陪伴时，皇帝的权力就会自然下放给了能够给内阁呈递的票拟批红的、以司礼监为首的明朝宦官们。在明朝的政治架构中，只有宦官可以进入内廷，他们主要负责执行皇帝的旨意。但是，如果一个较为年轻的皇帝临朝的时候，内阁官员们往往想从皇帝那里得到更多的权力，而直接能够接触皇帝的宦官集团们逐渐地不受内阁官员们的信任并由于明太祖设计的祖制“宦官不得干预朝政”而屡遭排挤。在儒家世界的中国，臣子不能指责皇帝，只能直接将权力争夺的矛头对准宦官集团。而且，在东林书院受过教育的官员（被称为“东林党”）以指责太监和其他人缺乏正义而闻名。这便引发了明末宦官集团和士大夫阶层之间的冲突公开化，权力纷争使得明朝中央政府对地方的控制逐渐弱化，客观上也促进了农民起义诞生的可能性。
随着权力纷争的持续和地方政府机器低效率的运转，明朝皇权日趋衰落。地方农民起义此起彼伏，终于在1644年4月24日，“闯王”李自成的士兵们攻破了明朝首都北京的城墙。次日，崇祯皇帝明思宗朱由检为免屈辱而自缢于煤山。明朝皇室的残余成员和一些宫廷大臣们随后撤退到南方寻求庇护，并在长江以南的明朝辅都南京附近重新集结。于是在中国地区，出现了四个不同的权力集团：
历史.
甲申国变.
明崇祯十七年（1644年）正月，李自成在西安称帝，建国「大顺」，之后向北京进兵，三月十九攻克北京，崇祯皇帝朱由检殉国，明朝宗室及遗留大臣多辗转向南遁走。此时李自成的「大顺」政权大体据有淮河以北原明朝故地，张献忠于八月一日成立的「大西」政权则据四川一带，清朝政权则据有山海关外的现今东北地区，且控制蒙古诸部落，而明朝的残余势力则据有淮河以南的半壁江山。
此时明朝留都南京的一些文臣武将决计拥立朱家王室的藩王，重建明朝，然后挥师北上；但具体拥立何人则发生争议。根据“皇明祖训”，有嫡立嫡、无嫡立长，在当时明神宗长子光宗一脉（其后继者是熹宗天启皇帝和思宗崇祯皇帝）已无人能继位，而次子朱常溆甫生即死，三子朱常洵虽已被李自成所杀，但他的长子-{朱由崧}-仍健在的情况下，按照兄终弟及的顺序，第一人选为福王-{朱由崧}-；而钱谦益等东林党人由于之前的「国本之争」事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名拥立神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓；史可法则主张既要立贤也要立亲，拥立神宗七子桂王朱常瀛。但最终福王-{朱由崧}-在卢九德的帮助下，获得了南京政权主要武装力量江北四镇高杰、黄得功、刘良佐和刘泽清，以及中都凤阳总督马士英的支持，成为最终的胜利者。五月初三，-{朱由崧}-监国于南京，五月十五(1644年6月19日)日即皇帝位，改次年为弘光，是为明安宗。南明时代自此开始。弘光帝的基本国策以「联虏平寇」为主，谋求与清军连合，一起消灭以李自成、张献忠为代表的民变势力。
南明政权的分化.
明朝南渡前后，大顺已被多尔衮与吴三桂的联军击溃，李自成先后丢失北京和西安，退往湖北。弘光元年（1645年）三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南征。此时弘光政权内部正进行著激烈的党争，爆发太子案，驻守武昌的左良玉不愿与李自成正面交战，以「清君侧」为名，顺长江东下争夺南明政权。马士英被迫急调江北四镇迎击左军，致使面对清军的江淮防线陷入空虚。史可法时在扬州虽有督师之名，却实无法调动四镇之兵。一月之中，清军破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。四月廿五，扬州城陷，史可法不屈遇害。随后，清军渡过长江，攻克镇江。弘光帝出奔芜湖。五月十五众大臣献南京投降清兵；五月廿二弘光帝被虏获，送往北京处死，弘光帝在位仅一年，即覆灭。
南京失陷后，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、金陵的崇祯太子朱慈烺（可能是貌似太子的王之明。1645年）、抚州的益王朱慈𤆃（1645年）、福州的唐王朱聿键（1645－1646年）、绍兴的鲁王朱以海（1645－1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等监国政权先后建立，其中唐王朱聿键受郑芝龙等人在福州拥立，登极称帝，改元隆武，是为明绍宗。这时清朝再次宣布薙发令，江南一带掀起了反薙发的抗清斗争，清军后方发生动乱，一时无力继续南进。但南明内部严重的党派斗争与地方势力跋扈自雄，且隆武帝与鲁王政权不但没有利用这种有利形势，发展抗清斗争，反而在自己之间为争正统地位而形同水火，各自为战，所以当1646年清军再度南下时，先后为清军所各各击灭。鲁王在张煌言等保护下逃亡海上，在沿海一带继续抗清；隆武帝则被清军俘杀。
11月，在广州和肇庆又成立了两个南明政权：隆武帝之弟唐王朱聿（1646年）继位于广州，改明年为绍武元年；桂王朱由榔（1646－1662年）称帝于肇庆，改元永历，是为明昭宗。绍武、永历二帝也不能团结，甚至大动干戈，互相攻伐。绍武政权仅存在40天就被清军消灭。揭阳的益王朱由榛（1647年）、夔州的楚王朱容藩（1649年）称监国与永历帝争立。郑成功也在南澳一度立淮王朱常清（1648年）为监国，后废。永历帝在清军进逼下逃入广西。
回民抗清.
1648年，米喇印和丁国栋这两位驻守于甘州的回族将领因对于清朝的一系列“重满轻汉”以及歧视回民的政策不满，于是起兵反清，并拥立延长王朱识𨩴为帝。他们得到了哈密总督巴拜汗和他的儿子土伦泰王子的支持。同时，这些忠于明朝的穆斯林也与汉族人和藏族人联合了起来。经过激烈的战斗和谈判，双方在1649年达成了和平协议，米喇印和丁国栋宣誓效忠清朝，并被授予清朝的官职。然而不久之后，中国南方的其他明朝效忠者再次起义，清军被迫从甘肃回撤与之作战，米喇印和丁国栋也再次反叛。叛军随后被清政府镇压，包括米喇印、丁国栋和土伦泰在内的10万人在战斗中丧生。
儒家回族穆斯林学者马注为南明保皇党效力，反抗清朝统治。明朝桂王朱由𪳗在回族难民的陪同下，从湖广逃到云南缅甸边境，这些回民为了彰显其反抗清和效忠明朝，他们大多改姓“明”。
民变军归顺南明.
正当南明政权一个接一个地覆亡，形势万分危急之际，大顺军余部出现在抗清斗争最前线，挽救了危局。自李自成于1645年战死于九宫山后（李自成的去向存疑，另有出家为僧的说法），他的余部分为二支，分别由郝摇旗、刘体纯和李过、高一功率领，先后进入湖南，与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联合抗清。1647年，郝摇旗部护卫逃来广西的永历帝居柳州，并出击桂林。年底，大败清军于全州，进入湖南。次年，大顺军余部又同何腾蛟、瞿式耜的部队一起，在湖南连连取得胜利，几乎收复了湖南全境。这时，广东、四川等地的抗清斗争再起，清江西提督金声桓、清广东提督李成栋、清广西巡抚耿献忠、清大同总兵姜镶、清延安营参将王永强、清甘州副将米喇印先后反正回归明朝，清军后方的抗清力量也发动了广泛的攻势。一时间，永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。
但永历政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，民变军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。1649－1650年，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀，清军重新占领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。
综观1645－1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等等领地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。
张献忠于1646年战死后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军残部自1647年进占云南、贵州二省。1652年，南明永历政权接受孙可望和李定国的联合抗清建议，定都安龙。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。一时间，永历政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮。
之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷。
南明灭亡.
永历十年（1656年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥永历帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽为清军所知。永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永历帝狼狈西奔，进入缅甸（东吁王朝）。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷的胜利，一度兵临南京城下，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉著应战，取得厦门大捷的胜利，稳定了东南沿海局势。永历十五年（1661年），吴三桂率清军入缅威逼东吁王朝国王平达力（莽达）交出永历帝，十二月莽达终屈服交人，次年四月永历帝与其子哀愍太子朱慈煊等被吴三桂处死于昆明。七月，李定国在勐腊得知永历帝死讯，不久即于忧愤中病逝。而同年五月，郑成功亦于台湾急病猝逝。
两年后，大陆最后残存的夔东十三家亦为清廷所剿灭，孤悬海外的明郑亦未再拥立皇帝或朱氏监国，而是继续奉永历为正朔。1683年，延平郡王郑克塽降清，宁靖王朱术桂自杀殉国，大明最后一个政权正式覆灭。
主要政权.
弘光帝.
崇祯十七年正月初一日（1644年2月8日），李自成在西安称帝，建国「大顺」，之后向北京进兵。崇祯十七年三月十九日（1644年4月25日）攻克北京，崇祯帝朱由检自缢殉国，明朝宗室及遗留大臣辗转向南走，他们打算和明朝留都南京一些文臣武将试图拥立明朝宗室的藩王，重建明朝，然后挥师北上，恢复家国。此时李自成的大顺政权大体据有秦岭、淮河以北的明朝故地，张献忠成立的大西政权则据四川一带，清朝政权则据有山海关外的现今东北地区，且控制蒙古诸部落，而明朝的残余势力则据有淮河以南的半壁江山。
1644年5月，崇祯帝驾崩的消息传到南京，而太子朱慈烺的下落不明。由于清军很快就要南下入关，宫廷官员很快就同意，需要一位帝国人物来凝聚来自地方官员忠诚的支持。6月初，福王朱由崧宣布开始领导新的明朝政府。当他到达南京附近时，他已经得到了马士英和史可法的支持。他于6月5日进城，次日宣布“监国”。在一些朝廷官员的催促下，福王朱由崧立即开始考虑即位。一开始，监国的福王由于被指责在儒家道德方面的名声有问题，因此东林派的一些成员建议将潞王朱常淓作为替代品。其他官员指出，监国的福王显然是更妥当的选择。无论如何，所谓的“正气”派并不热衷于与6月17日带着大舰队抵达南京的内阁首辅马士英发生对抗。.崇祯十七年五月十五日（1644年6月19日），福王朱由崧在南京称帝，是为弘光帝。以明年为弘光元年。
弘光政权的基本国策以“联虏平寇”为主。其对手有两个：大顺的农民军与清军。由于弘光政权兵力有限，不两线作战难度很大。因此，不是联寇抗清，就是“联虏平寇”，二者必居其一。弘光则是采取联虏平寇的政策。史可法与马士英都是“联虏平寇”方针的赞决者。。
由于内阁首辅马士英是皇帝的主要拥护者，他开始通过恢复剩余太监的职能来垄断朝廷的行政管理。这导致了重新猖獗的腐败和非法的政治交易。此外，马士英与隶属于东林运动的史可法进行了激烈的政治争吵。
这时弘光政权内部正进行着激烈的党争，爆发太子案，驻守武昌的刺史左良玉不愿与李自成正面交战，以“清君侧”为名，顺长江东下争夺南明政权。面对此种危急时刻，马士英宣称：“我和皇上宁可死在大清之手，也不愿死在左良玉之手。”此时，清军开始南下，占领徐州，准备渡淮。尽管如此，马还是命令石指挥他的江边部队（准备对抗清军的进攻）对付左良玉。
弘光政权军队的这种作战方向客观上促使清军攻占扬州。这导致了1645年5月的扬州大屠杀和史可法被清军所杀，也直接导致了南京弘光政权的灭亡。6月1日，清军渡过镇江附近的长江后，皇帝逃离南京。由多铎率领的清军立即向南京进发，弘光元年五月十五日（1645年6月8日）众大臣献南京投降清兵；弘光元年五月二十二日（1645年6月15日），弘光帝被清兵虏获，并于弘光元年五月二十五日（1645年6月18日）被带回南京。弘光帝后来被送往北京，隆武二年五月十九日（1646年7月1日）被处死，弘光帝在位仅一年，即覆灭。
南京失陷后，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、抚州的益王朱慈𤆃（1645年）、福州的唐王朱聿键（1645－1646年）、绍兴的鲁王朱以海（1645－1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等政权先后建立，其中以鲁、唐二王政权较有实力。
隆武帝.
弘光元年（1645年）五月，唐王朱聿键赴广西平乐途中，在苏州得知清军已攻陷南京，俘虏了明弘光帝，朱聿键遂至嘉兴避难。弘光元年六月初十日（1645年7月3日），朱聿键至杭州，遇到潞王朱常淓，奏请其监国，不听；请朝陈方略，不允。当时镇江总兵官郑鸿逵、户部郎中苏观生至杭州，与朱聿键谈及国难，泣下沾襟。后朱聿键被郑鸿逵护送，前往福建。途中在浙江衢州闻得潞王朱常淓已在杭州降清，于是南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂，与礼部尚书黄道周等商议，奉朱聿键为监国。弘光元年六月二十八日(1645年7月21日），朱聿键在福建建宁，以唐王的身分监国。弘光元年闰六月初七日（1645年7月29日），抵达福州，以「南安伯府」为行宫。弘光元年闰六月二十七日（1645年8月18日），朱聿键于福州称帝，是为明绍宗。宣布从七月初一日起，改弘光元年为隆武元年。遥尊朱由崧为「上皇圣安皇帝」。
当时，在绍兴还有鲁王朱以海建立的小朝廷，也自称「监国」。清军攻绍兴，鲁王朱以海派信使赴福州，向隆武帝朱聿键求援兵。信上称朱聿键为「皇伯父」，而未称「陛下」，朱聿键怒，令杀鲁王信使。
1646年2月，清军从鲁王政权手中夺取了钱塘江以西的土地，并在江西东北击败了代表明隆武帝的一支明军。同年五月，清军围攻江西最后的明军堡垒赣州。7月，清将博洛率领清军攻灭绍兴的鲁王政权，开始进攻福州的隆武政权。郑芝龙逃往沿海。1646年9月下旬，明隆武帝以解除赣南围城为借口，离开福州，清军追上。隆武二年八月二十八日（1646年10月6日），汀州遭清军攻陷，明隆武帝遇害身亡。郑芝龙投降清朝，其子郑成功继续抗清。
绍武帝.
隆武帝朱聿键死后，朱聿在隆武二年十一月初五（1646年12月11日）被大学士苏观生及广东布政使顾元镜等在广州拥立为帝，年号绍武，后世史学家称之为绍武政权，与肇庆的永历帝朝廷互相抗衡。由于官服短缺，朝廷不得不从当地的粤剧剧团购买伶人戏服。隆武二年十一月十八日（1646年12月24日），桂王朱由榔称帝于广东肇庆，改元永历，是为明昭宗。绍武、永历二帝也不能团结，甚至大动干戈，互相攻伐到隆武二年十二月十五日（1647年1月20日），由清朝将领李成栋率领的清军攻陷广州，绍武帝自缢而死，绍武政权仅存在40天就被清军消灭，永历帝在清军进逼下逃入广西南宁。
永历帝.
李成栋在1647年镇压了广东更多的抵抗运动，但在1648年5月叛变反清，因为他不满被任命为他征服的省份的唯一地区指挥官。江西另一名前明将军的同时叛乱帮助永历政权重新夺回了中国南部的大部分地区，让清政府只控制了广东和江西南部的一些飞地。但是这种忠诚者希望的复苏是短暂的。1649年和1650年，清军设法重新征服湖广、江西和广东等中部省份。永历皇帝逃往南宁，并从那里逃往桂州。1650年11月24日，尚可喜在围城十个月后占领广州，屠杀全城人口，杀害多达7万人。
尽管在摄政王多尔衮（1612-1650）的领导下，清朝成功地将南明击退至中国的西南地区，但对明朝效忠的将领并未消亡。1652年8月上旬，李定国曾在大西皇帝张献忠（死于1647年）手下担任四川将军，现在保护永历帝，从清朝手中夺回桂林。一个月内，大部分支持清朝的广西地区的军阀又回到明朝一方。尽管在湖广和广东的军事行动偶尔会取得成功。在接下来的两年里，李定国未能夺回重要城市。
1653年，清廷派洪承畴负责收复西南。总部设在长沙，他耐心地建立自己的力量；直到1658年底，清军重整军备才开始多管齐下攻占贵州和云南。1659年1月下旬，信亲王多尼率领的清军攻占首都昆明（滇都），永历帝逃往附近的缅甸东吁王朝，由彬德莱收留。永历帝在此逗留至1662年，永历十六年四月十五日（1662年6月1日），永历帝与其子哀愍太子朱慈煊等被吴三桂处死于昆明。
夔东十三家.
康熙元年( 1662 )，清政府组织四川、陕西、湖北三省力量围剿夔东十三家。各路清兵约20万分别在李家店、长坪等地与李来亨、郝摇旗等激战。到康熙三年( 1664 )，清军四面合围李来亨的据点茅麓山，昼夜环攻。李来亨见势已败，焚其妻子，自缢而死。
顾诚认为夔东抗清基地的被摧毁，应当视为南明史的结束。理由是，永历帝虽然在两年以前被俘杀，以明朝为正朔的夔东抗清复明运动仍在继续，他们有永历朝廷委派的全权代表，有相当可观的旗帜鲜明的军队，有地方政权，维护和行使明朝的制度。
明郑.
北伐.
南明永历十一年（1657年，清顺治十四年），反抗清军的各级将领官兵聚集在福建，选择北伐目标。郑成功选择收复南京——这是洪武皇帝朱元璋建国时选择的都城，自然会有大量的反清人口。南京同时也是一个重要的战略要地。永历十二年（1658年，清顺治十五年）五月，郑成功率领10万陆军、290只船舰组成的水师，与驻军于浙江东部海域的张煌言将军会师一同攻打南京，留下一小部分兵力保卫厦门。
尽管郑成功通过突袭夺取了大量郡县，但他依然传令给清军首领在南京和清军决战，这提前给清朝准备充足的时间，因为他想要像他父亲郑芝龙成功对荷兰的明荷料罗湾海战一样，和清军一决雌雄。这种决策导致郑成功丢掉了能够发动突袭的主动权。根据1671年一位法国传教士的记载，郑成功如果对清朝占领的南京发动进攻，将切断京杭大运河的补给线，可能导致北京出现饥荒，从而迫使满族人考虑返回满洲并放弃中国的中原地区。北京和南京的平民和官员都在等待获胜的一方。从一位北京的官员给自己家人和相识的另一名在南京的官员往来的信件中可以看到，这位北京的官员在信中称南京和北京之间的一切往来都已经被切断，由于郑成功及其军队在南京附近大规模且成功的军事活动，清朝政府打算放弃南京和北京，将首都撤离到很远的地区，这反映了清朝北京政府所感受到的严峻形势。这位官员告诉他在南京的孩子们准备投奔郑成功，而他自己也正准备投奔郑成功。郑成功的部队截获了这些信件，读了这些信件后，郑成功可能开始后悔自己故意拖延以准备与清军的决战的决定，而不是迅速进攻南京。郑成功的军队经过台州，临海，定海｜舟山，镇江，与张煌言汇合共同进攻南京。大军进入长江在羊山岛附近海域发生了飓风，造成了8000多人的损失，40多艘军舰沉没，所有船只都受到了不同程度的损失。郑成功下令暂时停止军事推进，并下令维修和整修舰队，等待合适的攻击时机。清政府要求加强崇明岛、福建山区、泉州和镇江周边的防御，在江面上铺设一条长长的铁链，并建造木筏驻扎士兵和大炮。郑成功命令士兵用斧头砍断铁链，并放火烧敌人的木筏。当郑成功与张煌言在长江附近汇合时，清军的防御力量的抵抗是最小的，很快就攻克了南京。
然而，他却落入了清军的陷阱伏击，相当一部分将领也战死在了沙场上。在进攻南京时，郑成功的明朝效忠者与占多数的汉族旗人清军作战，从8月24日开始，郑成功对南京的围攻持续了近三个星期。郑成功的军队无法维持完全包围，这使南京城能够获得补给甚至增援——尽管针对南京城的守城清军的骑兵攻击甚至在增援到达之前就成功了。郑成功的部队被击败并“退回”（Wakeman的短语原文为“slipped back”）到带来他们的船只上。在南京惨败后，郑成功最终决定撤回厦门。因为南京之战后郑成功再也没有和清军进行大规模作战，因此中国历史学家得出结论，南京之战的失败是郑成功一生中最重要的一战，原因被视为南京之战严重破坏了他宏伟的反清决心。
东征台湾.
随后，郑成功决定从荷兰手中攻取荷属福尔摩莎。他于1662年发动了热兰遮城围攻，打败了荷兰人并把他们赶出台湾。然后他在前荷兰殖民地的遗址上建立了明郑政权。追随郑成功前往台湾的明朝皇室成员包括宁靖王朱术桂和朱弘桓（监国鲁王朱以海的儿子）。朱术桂以逝去的永历帝朱由榔的名义行事。郑成功则以"延平王"的身份实际上统治着大员。
国际贸易.
郑成功的儿子郑经继续持续抗清活动。1670年，日本人和中国人相继在济州岛发现一艘搁浅的船只。经过调查，这艘船属于明郑政权，原本准备驶往日本长崎。当时的日本德川幕府由于严格执行闭关锁国政策，因此会对来往于日本唯一开放的港口之一——长崎的船只进行严格调查和监视，因此被外界认为这艘船能够来往于锁国的日本，一定是得到了德川幕府的暗中支持（就像在明嘉靖年间的“倭寇”一样）。外界认为是因为德川幕府是允许日本人加入明郑政权以便帮助他们对抗清政府。一方面，德川幕府面对在国内持续制造麻烦的流浪武士，迫切希望让这些武士们转移注意力到其他地方以避免对德川幕府造成威胁；另一方面，由于清朝政府对朝鲜的征服，日本十分担心清军会渡海进攻日本，于是主张让日本流浪武士去支持对抗清朝政府的势力，在台湾岛的明郑政权无疑是很好的选择。反对荷兰的越南阮主政权（在今越南中部）也愿意和在台湾的明郑政权进行贸易，以获得资金对抗荷兰人和在东京（今越南河内）附近的郑主政权。与阮主政权贸易的同时，明郑政权也和对立的郑主政权进行贸易，因为郑主政权曾经给予郑成功援助其收复台湾。
清政府表示：只要郑经收编部队，放弃台湾岛上的据点回到大陆，清政府可以派遣使者与郑经谈判。郑经表示自己打算在台湾岛和附近的海域继续建立中华，把大陆留给清政府，1667年，郑经派遣的一名贸易官员陈德接受了朝鲜人的招待，席间陈德告诉迎接他的朝鲜官员：“大明已经在茫茫波涛中安稳下来……（大明）正在一块远离清国的土地上重新树立统治”。
郑经西征.
郑泰叛逃到清朝，与郑经和郑鸣骏就长崎唐通事办事处（专门用于处理与中国贸易的外交兼翻译部门）中的30万两白银的存款发生争执。1673——1681年的“三藩”之乱中，郑经在接受了耿精忠的战船之后，开始渡海西征，对清朝发动了新的攻势，并夺回了福建的部分土地。郑泰在北京的亲属再次叛逃打算回到郑经身边。郑经重启反清的军事行动之后，德川幕府重新和郑经谈判，解决了郑泰和郑经之间的白银纠纷，将银子交给了郑经。加入明郑政权的日本武士帮助明郑看守台湾北部的基隆岛，郑经也从长崎购买了更多的武器、剑和大炮。
降清覆亡.
1681年郑经病逝之后，明郑政权出现动荡，监国世子郑克𡒉被冯锡范杀害，立次子郑克塽为延平王。1683年，施琅领清军攻下澎湖，宁靖王朱术桂自尽殉国。幼主郑克塽出降，康熙皇帝授予他"正黄旗汉军公"称号，他和他的士兵们被纳入汉军八旗。为了安抚台湾子民，清朝政府把仍住在台湾的17位明朝宗室子孙送回中国大陆并在那里度过了余生。
经济.
南明时期江南地区备受满清军队蹂躏，经过清朝和南明军阀之间的反复争夺，加之清军的多次屠城，令昔日繁华的江南地区破败不堪。
社会.
江南士人深受儒家「华夷大防」的影响，十分抗拒满洲人的征服战争，江南爆发多次反清起义，涌现出夏完淳等诸多抗清英雄。也有王夫之、顾炎武等在抗清失败后被迫归隐。
文化.
明代中期以后江南经济的发达，造就了南方戏曲的蓬勃发展。至明清之际江南城市与农村经济虽已衰退，但因未遭流寇之乱，离北方又远，新闻传播之讯息迟缓，使士大夫与富室未觉世局已岌岌可危，而依旧乐衷于演戏。而百姓则面临空前之灾荒与时疫，只得透过演戏的方式以祈神禳灾，并借此抒发心中的不安全感，祭祀演剧的盛行遂成为普遍的现象，也使江南戏剧维持不坠。清军南下时江南纵使有战乱造成部份地区演剧短时间的中断，然不久即恢复旧观，故演剧之风仍持续，尤其是苏州曲派的形成，造就了昆曲的另一高峰。此时涌现了诸如《桃花扇》等经典的文学作品。
宗教.
明清易代的过程中，横渡大洋远道而来的天主教传教士们为了为了保存在中国的传教工作，分别和当时的三大割据势力——满清、农民军以及南明朝廷合作。南明朝廷中的天主教官员更是数不胜数，毕方济、瞿纱微、卜弥格都是南明朝廷的中流砥柱，帮助南明历任政权和澳门葡萄牙当局建立联系。永历帝还派出卜弥格神父作为使者，希望他能完成借兵欧洲的目标，1651年卜弥格自澳门乘船出发前往欧洲，历经两年时间到达了罗马教廷。
人口.
明末清初的多种史料，皆反映易代之际江南人口因战祸而大量损失。按撰述松江一带史事的笔记小说《阅世编》所记载，动摇明人统治根基的天灾约始于崇祯十四年（1641），而水旱饥荒直至康熙十九年（1680）才渐渐消失。
范围变迁.
南明诸政权鼎盛时期北接李自成大顺政权和张献忠大西政权，但时间短暂，随后即被南下的清军打散，最后与农民军余部联合抗清，活跃于浙江、江西、湖南、广西、云南和四川等省份，中国大陆有组织的抗清势力延续到夔东十三家被灭亡。
外交.
南明时期，安南、日本、琉球、吕宋、占城也曾派使者入贡。隆武元年也曾颁登基诏书予琉球，并记载于琉球《历代宝案》一书。
南明弘光帝曾以对等的礼仪派使者左懋第诏谕，并称顺治帝为清国可汗。在诏书中，弘光帝提出四件事：要安葬崇祯帝及崇祯皇后、以山海关为界，关外土地给予清朝、每年十万岁币，并「犒金千两、银十万两、丝缎万匹、犒银三万两」、建国任便。意图令南明和清朝共存，通好议和。不过左懋第到北京被囚，使事失败。