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问题：税务局是如何查企业有没有少交税的？是按你作为销售方开具的发票金额? 
可能这个问题有点大，大家请踊跃发言吧，各人能说道一点就是好的呀，大家一起吧。
回答：确实有很多方面，楼主也没说是地税还是国税地税来讲：1.你要是用税控机的话，税务局会把每个月你报的税金额和你税控机里面每月开发票对应的税额进行核对，来看你单位是否存在多开票的问题。不过一般单位都是票开的少，税交的多。2.地税还有可能定期要检查你单位的作废发票是否保存完整，看是不是有倒卖发票的嫌疑（即开了发票，再作废掉，把发票卖给被人）3.地税还可以进行实地核查你的帐薄看你是不是有改做收入的没列到收入中来。一般地税核查的重点是印花税，因为很多单位都没有及时贴花而且很多财务人员对于印花税把握的也不够准。4.地税的另外一个核查重点就是个人所得税了，一般都会翻翻报销单，看看有没有视同收入的个人费用报销。在北京比如说报销礼品啊，报销汽油费，或者其他他们觉得与企业经营无关的费用。这都是要补税。5.个税里面还有就是单位给个人的补充医疗之类的有没有当月算入员工收入补税。国税，主要关注的是所得税，当然也有增值税和消费税，但我碰到的检查里面基本上都是查所得税1.一般都是实地核查或者你把单位的账或凭证抱过去。或慢慢翻看，看里面有没有与单位经营无关的，或者有些发票的抬头之类的是否合规（一般这都是有点找茬）2.关注重点是，企业的相关的财产损失（固定资产报损、坏账计提等）。3.还关注福利费的支出，比如福利费相关支出是否是都是福利类的支出，有没有像餐费这种也计入福利费的啊。4.企业大额的报销票据，比如说会议费，办公费都必须有相关的支持材料。会议费应该有会议通知，会议纪要，或其他能证明确实开过会，而不是弄来的票或者个人吃饭开的票。大额办公费应该要附办公费的明细列表，得要说明这么多钱买的办公用品到底是什么，而不是家里面买的东西在超市或商场开的票。总而言之，只要税务局想查你，没有查不出来的问题。千万别认为自己单位的账做的规范，无懈可击，那是根本不可能。我应付过N过次税务检查，有时候查的都是你想不出来的地方，反正都是带着任务来的。所以一定搞好关系，和检查人员多交流，有点小错及时承认，少罚点钱就行。