Esas No: 2023/3084
Karar No: 2024/4043
Karar Tarihi: 12.06.2024

Danıştay 3. Daire Başkanlığı         2023/3084 E.  ,  2024/4043 K.


"İçtihat Metni"
          T.C.
D A N I Ş T A Y
ÜÇÜNCÜ DAİRE  
Esas  No : 2023/3084
Karar No : 2024/4043 
 
DAVACI	: ... Anonim Şirketi 
VEKİLİ	: Av. ...
DAVALILAR	: 1- ... Bakanlığı/ANKARA
	 VEKİLİ : Av. ...
	  2- ... Bakanlığı/ANKARA
	 VEKİLLERİ : Av. ...
		Av. G...
	  3- ... Vergi Dairesi Müdürlüğü
	 VEKİLLERİ : Av. ...
	 Av. ...
DAVANIN KONUSU : 10/08/2016 tarih ve 29797 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinin "Ar-Ge yenilik ve tasarım harcamalarının kapsamı" başlıklı 7. maddesinin "personel giderleri" başlıklı "c"  bendinin (1) işaretli alt bendinin ilk cümlesinde yer alan "...ve gelir stopajı teşviki uygulama kapsamında bulunan ..." ifadesi ile ikinci cümlesinde yer alan "... ve Cumhurbaşkanınca belirlenen sınırlar dahilinde gelir stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen..." ibaresinin iptali ile 2020 yılı için yapılan kurumlar vergisi tahakkukunun ihtirazi kayda konu kısmının kaldırılması istemine ilişkindir.
DAVACININ İDDİALARI :
	Dava konusu Yönetmeliğin 5746 sayılı Kanun'da yer almayan konuda yeni bir düzenleme getirdiği, 5746 sayılı Kanun'un 3. maddesinin birinci fıkrasında, Kanun kapsamında faaliyet gösteren şirketlerin, Ar-Ge harcamalarının tamamının kurum kazancının tespitinde indirim konusu yapılabileceğinin öngörüldüğü, şirketin Ar-Ge personeline ödediği ücretler, Ar-Ge harcaması olduğundan, bu ücretlerin tamamının Ar-ge indirimi kapsamında kurum kazancının ve ticari kazancın tespitinde indirim olarak dikkate alınması gerektiği, şirketin kurum kazancından indirebileceği teşvik kapsamındaki Ar-Ge harcamalarının, Ar-Ge personelinin yararlandığı gelir vergisi stopaj teşviki tutarıyla sınırlandırıldığı, Kanun'da böyle bir istisna veya koşul bulunmamasına rağmen, Yönetmelik hükmünün, Kanun hükmünü sınırlayıcı bir şekilde, Ar-Ge “kurumlar vergisi" teşvikini, doğrudan Ar-Ge “gelir vergisi" teşvikiyle ilişkilendirdiği, Kanun'da açıkça, Ar-Ge personeline ödenen ücretlerin tamamının kurumlar vergisinden indirileceğinin düzenlendiği, idarenin düzenleme yetkisinin ikincil nitelikte olduğu ve üst hukuk normlarına aykırı olmaması gerektiği, davalı İdarelerce yürütülen ikincil düzenlemenin, 5746 sayılı Kanun'da yer almayan hususta yeni bir düzenleme getirmesinin fonksiyon gasbı olduğu, ihtilafa konu düzenlemenin, Kanun'un lafzına, amacına ve gerekçesine aykırı olduğu gibi kamu yararına aykırılık teşkil ettiği, olayın gerçek mahiyeti hakkında herhangi bir inceleme, araştırma dahi yapılmaksızın ihtirazı kaydın kabul edilmediği, ilgili dönemde Koronavirüs nedeniyle şirketin Ar-Ge personelinin, mücbir sebepler ile Devlet tarafından getirilen yasaklar ve kısıtlamalar nedeniyle kişi ve toplum sağlığının korunması adına zorunlu olarak Ar-Ge merkezi dışında çalışmak durumunda kaldığı, ancak uzaktan çalışma sırasında fiilen Ar-Ge işinin yapılmaya devam edildiği, Ar-Ge merkezi dışında çalışılmış olması nedeniyle personel gelir vergisi teşviki, Ar-Ge merkezinde çalışma şartı içerdiğinden, gelir vergisi teşvikinden çok sınırlı bir oranda yararlanılabildiği, buna bağlı olarak Yönetmelik gereğince, Ar-Ge personelinin çalışma koşullarındaki zorunlu değişikliklerin, kurumlar vergisi yönünden Kanun'a aykırı ve şirketi cezalandırıcı sonuçlar doğurduğu ileri sürülmektedir.
DAVALI	... BAKANLIĞI'NIN	SAVUNMASI	: 
5746 sayılı Kanunda “Ar-Ge faaliyeti” tanımının yapıldığı ve bu kapsamda yapılan harcamaların Ar-Ge indirimine konu edilebileceğinin ifade edildiği, Yönetmeliğin 7. maddesinin birinci fıkrasında yer alan düzenlemelerle de Ar-Ge harcamalarının nelerden oluştuğunun (ilk madde ve malzeme giderleri, amortismanlar, personel giderleri, genel giderler, dışarıdan sağlanan fayda ve hizmetler, vergi, resim ve harçlar) ve bu harcamaların kapsamının belirlendiği, ancak dava dilekçesinde, söz konusu Ar-Ge harcamalarının sadece personel giderlerinden müteşekkilmiş gibi yorumlandığı, bir başka ifadeyle Kanunda ifade edilen Ar-Ge harcamaları ile sadece Ar-Ge faaliyeti kapsamında yapılan personel giderleri arasında ilişki kurulduğu, Yönetmelik hükmü gereğince, şirketin kurum kazancından indirebileceği teşvik kapsamındaki Ar-Ge harcamalarının, Ar-Ge personelinin yararlandığı gelir vergisi stopaj teşvikiyle sınırlandırıldığı iddia edilmesine karşın 5746 sayılı Kanun'un 4. maddesinin beşinci fıkrasında yer alan düzenleme gereğince zaten yararlanılan gelir vergisi stopajı teşvikine konu edilen tutarın Ar-Ge indirimine konu edilemeyeceği, Yönetmeliğin 7. maddesinin birinci fıkrasının (c) bendinde ifade edilen “gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması kapsamında bulunan” hükmünün tutarı değil çalışma süresini kastettiği, bir personelin çalışma süresinin tamamının, 5746 sayılı Kanuna uygun olarak Ar-Ge faaliyetinde geçirmesi halinde personelin tüm ücretinin Kanun'un 4. maddesinin beşinci fıkrası dikkate alınmak suretiyle zaten Ar-Ge indirimine konu edildiği, çalışma süresinin belli bir kısmının veya tamamının Ar-Ge faaliyetinde geçirilmemiş olması bir başka ifadeyle gelir vergisi stopajı teşvikine konu edilemeyen sürenin olması dolayısıyla da buna isabet eden kısmın Ar-Ge indirimine konu edilemeyeceğinin açık olduğu, 7244 sayılı Yeni Koronavirüs (Covid-19) Salgınının Ekonomik ve Sosyal Hayata Etkilerinin Azaltılması Hakkında Kanun ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun kapsamında merkez çalışanlarının uzaktan çalışarak muafiyet ve teşviklerden aynı şekilde faydalanmaları imkânı getirildiği, 16/10/2020 tarihinde Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 7254 sayılı Kanun ile de bu uzaktan çalışma düzenlemesi süresinin 11/10/2020 tarihinden itibaren 1 yıl daha uzatıldığı, söz konusu Kanunlar gereği pandemi sürecinin başından itibaren dışarıda geçirilen süreler ile ilgili olarak ulusal düzeydeki önlemlerin yoğunluğuna göre verilen yetki çerçevesinde uzaktan çalışma oranlarının (Örneğin; 2020 Mart, Nisan ve Mayıs ayları için %100, Haziran ve Temmuz ayları için %50) belirlendiği, böylelikle pandemi döneminde Ar-Ge merkezlerinde çalışan personelin, söz konusu merkezlere gelmeden gelir vergisi stopajı teşviki kapsamına doğrudan alındığı savunulmuştur.
DAVALI	...BAKANLIĞI'NIN	SAVUNMASI	:  Yasal düzenlemeleri açıklayan söz konusu Yönetmeliğin idari davaya konu olabilecek düzenleyici bir işlem olarak nitelendirilemeyeceği, 5746 sayılı Kanun'da, Ar-Ge faaliyetinin kapsamının genel bir çerçevede belirlendiği, davaya konu Yönetmelikte Ar-Ge harcamalarının kapsamının daraltılmadığı, aksine Ar-Ge faaliyetiyle bağı olan tüm harcamaların indirim kapsamına alındığı, pandemi önlemlerine ilişkin olarak ihdas edilen 7244 sayılı Kanun'da, Ar-Ge merkezlerindeki faaliyetlerin merkez dışında da yürütülmesine ve bu konuda oran belirlenmesine 11/10/2020 tarihinden itibaren 1 yıl süreyle sınırlı olmak üzere Sanayi ve Teknoloji Bakanı'nın yetkili kılındığı, pandemi sürecinin başından itibaren dışarıda geçen sürelerle ilgili olarak da çeşitli oranların belirlendiği (örneğin 2021/Nisan ve Mayıs aylarında bu oranın %100, 2021/Eylül ayında ise %50 olarak), ihtirazı kayıtla verilen beyannameye ilişkin dilekçede; içeriği tam olarak anlaşılamayan hususlara değinildiğinden ve dilekçe tam olarak anlaşılamadığından ihtirazı kaydın kabul edilmediği, davacı tarafından Yönetmelik hükmünün yanlış anlaşıldığı, dava dilekçesinde belirtilen; “Bir başka deyişle Yönetmelik hükmü gereğince müvekkil şirketin kurum kazancından indirebileceği teşvik kapsamındaki Ar-Ge harcamaları, Ar-Ge personelinin yararlandığı gelir vergisi stopaj teşviki tutarıyla sınırlandırılmıştır. Yani bu durumda, yukarıdaki ilk örnek üzerinden gidersek: Ar-Ge personeline ödenen ücret yıllık 100 TL olmakla birlikte, bunun 90 TL'si Ar-Ge gelir vergisi teşviki kapsamındaysa, Kanun'un 3. maddesi uyarınca şirketin kurumlar vergisinde gider olarak indirebileceği tutar 100 TL olması gerekirken Yönetmeliğin söz konusu düzenlemesi gereği 90 TL olmaktadır.” durumu bakımından İdarelerince de Yönetmeliğin bu şekilde uygulandığı, diğer bir ifadeyle Ar-ge indirimine konu edilen tutarın zaten iddia edildiği gibi 90 TL değil 100 TL olarak kabul edildiği, Yönetmeliğin “ve gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması kapsamında bulunan” ifadesinde, tutara değil süreye atıf yapıldığı (örneğin; personel Ar-Ge merkezinde tüm çalışma süresini Ar-Ge faaliyetine ayırdı ise gelir vergisi stopaj teşviki oranı (%95-90-80) ile bağlantısı olmaksızın, tüm ücret giderinin Ar-Ge indirimine konu edildiği), davacının talebinin kendi içerişinde de tutarsızlığa sebebiyet verdiği, Ar-Ge faaliyetiyle bağı kurulamayan ücret için stopaj teşviki uygulanmasının istenilmemesi ancak bu tutar için Ar-Ge indiriminin talep edilmesinin dayanaksız ve mantıksız olduğu, pandemi dönemine ilişkin açıklamaların gerçeği yansıtmadığı, davacı tarafından Ar-ge indiriminden şartsız, kuralsız ve faaliyetten bağlantısız bir şekilde yararlanılmak istenilmesinin mevzuata aykırı olduğu savunulmuştur.
DAVALI ... VERGİ DAİRESİ MÜDÜRLÜĞÜ'NÜN SAVUNMASI : 
Ar-Ge faaliyetlerine çok yüksek tutarlı ve hacimli vergisel teşvikler uygulandığı, teşvik kapsamına alınan Ar-Ge harcamalarının neler olduğu konusunda belirleme yapan Yönetmelikle, harcamaların kapsamının daraltılmadığı gibi aksine Ar-Ge faaliyetiyle bağı olan tüm harcamaların indirim kapsamına alındığı, Ar-Ge indiriminden faydalanma yönteminin kanun ve yönetmelikte aynı şekilde düzenlendiği, personel giderlerine yönelik gelir vergisi stopaj teşviki kapsamında, Ar-Ge personel ücretinin ne kadarlık kısmının Ar-Ge faaliyetine ve dolayısıyla Ar-Ge indirimine ilişkin olduğunun tespiti gerektiği, sözü edilen uygulamanın Ar-Ge faaliyetiyle bağlantısı olmaksızın haksız şekilde vergi matrahının aşındırılmasına izin verilmemesi için önem arz ettiği, 5746 sayılı Kanun'un 3. maddesinin ikinci fıkrasında; Ar-Ge merkezi dışında geçirilen ve stopaj teşviki kapsamında olan sürelere yer verildiği dolayısıyla dışarıda geçirilmesine rağmen bazı çalışma sürelerinin teşvik kapsamına alındığı, öte yandan 7244 sayılı Kanun ile de Ar-Ge merkezinde geçirilmemesine rağmen bazı çalışma sürelerinin teşvik kapsamına alındığı, diğer bir ifadeyle Yönetmelikte yer alan ve iptali istenilen ibareler sayesinde ''gelir vergisi stopaj teşviki'' kapsamında kabul edilen çalışma saatlerinin Ar-Ge indirimi kapsamına alınmasının davacının lehine bir durum olduğu, Yönetmelik hükümlerinin yanlış anlaşıldığı ve yorumlandığı, konuyla ilgili olarak davacı tarafından özelge talebinde bulunulmadığı gibi ihtirazi kayıtla verilen dilekçede de, dava dilekçesinde ileri sürülen hususların izâh edilmediği, dava dilekçesindeki ilâve Ar-Ge indirimiyle ilgili açıklamaların dava konusu olayla bağlantısız ve haksız olduğu savunulmuştur. 
DANIŞTAY	TETKİK	HÂKİMİ	: ...
DÜŞÜNCESİ	 : Ar-Ge indirimine konu edilecek personel harcamalarının, Ar-Ge merkezinde çalışan personelin Ar-Ge faaliyetiyle ilgili ücretlerinden oluştuğu, Ar-Ge faaliyetiyle ilgisi olmayan çalışma sürelerinin ise Ar-Ge harcaması olarak kurumlar vergisi indirimi kapsamında değerlendirilmesine hukuken imkân bulunmadığı, Yönetmelikte yer alan ''gelir vergisi stopajı teşviki'' ibaresi ile de Ar-Ge faaliyetine ilişkin olmak koşuluyla Ar-Ge merkezinde fiili olarak geçirilmeyen bazı sürelerin kapsama alınmasının ise davacının lehine bir durum olduğu dolayısıyla Yönetmelik hükmünün Kanun'un kapsamını daralttığı iddiasının yerinde olmadığı anlaşıldığından davanın reddi gerektiği düşünülmektedir.
DANIŞTAY	SAVCISI	: ...
DÜŞÜNCESİ	 : Uyuşmazlık, davacı şirket tarafından 2020 takvim yılı için ihtirazi kayıtla verilen kurumlar vergisi beyannamesi üzerinden tahakkuk ettirilen kurumlar vergisinin  7.424.583,35 TL tutarındaki kısmının ve 10/08/2016 tarih ve 29797 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim  Yönetmeliğinin "Ar-Ge yenilik ve tasarım harcamalarının kapsamı" başlıklı  7'nci  maddesinin "personel giderleri" başlıklı "c"  bendinin (1) işaretli alt bendinin ilk cümlesinde yer alan "...ve gelir stopajı teşviki uygulama kapsamında bulunan ..." ifadesi ile ikinci cümlesinde yer alan ""... ve Bakanlar Kurulunca belirlenen sınırlar dahilinde gelir stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen..." ibaresinin iptali istemine ilişkin bulunmaktadır.
T.C. Anayasasının 73'üncü maddesinde yer verilen "vergilerin kanuniliği" ilkesi ile vergi, resim ve harçlar ve benzeri mali yükümlülüklerin ancak kanunla konulabileceği, dolayısıyla vergilere ilişkin düzenlemelerin gerek şekli ve gerek maddi anlamda kanunla yapılmasının zorunlu olduğu, dolayısıyla idarenin keyfi ve takdiri uygulamaları önlenerek bireyin hak ve özgürlüklerinin korunmasının sağlanması amaçlanmıştır. Öte yandan, Anayasanın 123'üncü maddesinde yer alan "idarenin kanuniliği" ilkesi nedeniyle idare, kuruluş ve görevleriyle bir bütün olup kanunla düzenlenir, kanunla kendisine verilmemiş hiçbir yetkiyi kullanamaz. Bir alanın kanunla düzenlenmiş olması, idarenin düzenleme yetkisini kullanabilmesinin ön koşuludur. Kanunla düzenlenmiş bir hususta normlar hiyerarşisi içerisinde üst norma aykırı olmayan ve uygulanmasına açıklık getiren yönetmelik, tebliğ ve genelgeler idarenin takdir yetkisinin objektifleştirilmesine hizmet eder. Dolayısıyla yürütülen kamu hizmetinin ve tesis edilen işlemlerin nesnelleştirilmesiyle ilgililerine hukuki güvence sağlayan yönetmeliklerin uygulanacağı tabiidir.
	5746 sayılı Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun "indirim, istisna, destek ve teşvik unsurları" başlıklı 3'üncü maddesinin 1'inci bendinde, teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve teknogirişim sermaye desteklerinden yararlananlarca gerçekleştirilen Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamı ile bu Kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde gerçekleştirilen münhasıran tasarım harcamalarının tamamının 13/6/2006 tarihli ve 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 10'uncu maddesine göre kurum kazancının ve 31/12/1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 89' uncu maddesi uyarınca ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacağı; Bakanlar Kurulunca belirlenen kriterleri haiz Ar-Ge merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarının, yukarıdaki esaslar dâhilinde indirim konusu yapılabilleceği; belirlenen kriterlere göre kanuni hadler içerisinde oranları ayrı ayrı veya birlikte farklılaştırmaya Bakanlar Kurulunun yetkili olduğu; ayrıca bu harcamaların, 4/1/1961 tarihli ve 213 sayılı Vergi Usul Kanununa göre aktifleştirilmek suretiyle amortisman yoluyla itfa edilleceği, bir iktisadi kıymet oluşmaması halinde ise doğrudan gider yazılacağı, kazancın yetersiz olması nedeniyle ilgili hesap döneminde indirim konusu yapılamayan tutarın, sonraki hesap dönemlerine devredileceği, devredilen tutarların, takip eden yıllarda 213 sayılı Kanuna göre her yıl belirlenen yeniden değerleme oranında artırılarak dikkate alınacağı kurala bağlanmıştır. Aynı maddenin " Gelir  vergisi stopajı" başlıklı 2'nci bendinde, kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personeli ile bu Kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde çalışan tasarım ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisinin; doktoralı olanlar ile desteklenecek program alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksan beşi, yüksek lisanslı olanlar ile desteklenecek program alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksanı ve diğerleri için yüzde sekseni, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edileceği; hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri ile 17/3/1981 tarihli ve 2429 sayılı Ulusal Bayram ve Genel Tatiller Hakkında Kanunda belirtilen tatil günlerine isabet eden ücretlerin de bu teşvik kapsamında olduğu, haftalık kırk beş saatin üzerindeki ve ek çalışma sürelerine ilişkin ücretlerin bu teşvikten faydalanamayacağı, Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin bu merkezlerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Ar-Ge veya tasarım merkezi dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda, Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetiminin onayının alınması ve  Sanayi ve Teknoloji Bakanlığının bilgilendirilmesi kaydıyla, merkez dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Bakanlar Kurulunca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı ile Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin yüksek lisans yapanlar için bir buçuk yılı, doktora yapanlar için iki yılı geçmemek üzere merkez dışında geçirdiği sürelere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Bakanlar Kurulunca  ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmının gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirileceği, aynı Yasanın 7'nci maddesinde ise bu Kanun hükümlerinin Bakanlar Kurulunca yürütüleceği hüküm altına alınmıştır.
         	5746 sayılı Kanun ile verilen yetkiye dayanılarak T.C. Bilim Sanayi ve Teknoloji  Bakanlığınca 10/08/2016  tarih ve 29797 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinin "Ar-Ge, yenilik ve tasarım harcamalarının kapsamı"  başlıklı 7''nci maddesinin 1'inci bendinde, personel giderlerinin, Ar-Ge, yenilik veya tasarım faaliyetlerinin yürütülmesi amacıyla çalıştırılan Ar-Ge veya tasarım personeliyle ilgili olarak tahakkuk ettirilen ve gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması kapsamında bulunan ücretler ile bu mahiyetteki giderler olduğu, Ar-Ge veya tasarım merkezleri alanı dışında geçirilen süreye isabet eden ve Bakanlar Kurulunca belirlenen sınırlar dâhilinde gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen ücretlerin de Ar-Ge ve tasarım indirimine konu edileceği düzenlenmiş ;Yönetmeliğin Ar-Ge ve tasarım indirimi uygulama esasları" başlıklı  8'inci maddesinin 1'inci bendinde, teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve teknogirişim sermaye desteklerinden yararlananlarca gerçekleştirilen Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamı ile Kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde gerçekleştirilen münhasıran tasarım harcamalarının tamamının 13/6/2006 tarihli ve 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 10' uncu maddesine göre kurum kazancının ve 31/12/1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 89' uncu maddesi uyarınca ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacağı; 2'nci bendinde, Bakanlar Kurulunca belirlenen kriterleri haiz Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik veya tasarım harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarının yukarıdaki esaslar dâhilinde indirim konusu yapılabileceği; 3'üncü bendinde ise, kazancın yetersiz olması nedeniyle ilgili hesap döneminde indirim konusu yapılamayan tutarın, sonraki hesap dönemlerine devredileceği, devredilen tutarların, takip eden yıllarda Vergi Usul Kanununa göre her yıl belirlenen yeniden değerleme oranında artırılarak dikkate alınacağı öngörülmüştür.
 5746 sayılı Kanun ile Kanunun uygulama esaslarının gösterilmesi amacıyla yayımlanan Yönetmeliğin yukarıda yer verilen düzenlemelerinin incelenmesinden, Yönetmeliğin, 5746 Sayılı Kanunda çerçevesi çizilen kurallarda yer verilen esasların açıklamasına ilişkin düzenlemeler içerdiği, 7'nci  maddesinin "c" bendinin (1) işaretli alt bendinin ilk cümlesinde yer alan "...ve gelir stopajı teşviki uygulama kapsamında bulunan ..." ifadesi ile ikinci cümlesinde yer alan ""... ve Bakanlar Kurulunca belirlenen sınırlar dahilinde gelir stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen..." ibaresinin Kanunda belirlenen esaslara  paralel biçimde açıklamalar içerdiği; davaya konu düzenleme hükümleri ile yararlanılması için gerekli koşulların Kanunla kurala bağlanan indirim ve teşvik uygulamasının özüne dokunulmadığı; Yasa hükümlerinde yer alan esasların daraltılması ya da teşvik ve indirim uygulaması ile ilgili kısıtlama getirildiğinden söz edilemeyeceği anlaşılmaktadır. Bu itibarla, Yönetmeliğin davaya konu yapılan kısımlarında üst hukuk normlarına  aykırılık görülmemiştir.
Öte yandan, davacı şirket adına, Yönetmeliğin davaya konu kısımlarının uygulanması ve ayrıca Covid 19 salgını nedeniyle personelin zorunlu olarak Ar-Ge Merkezi dışında geçirdiği sürelere isabet eden ücret ödemelerinin tümünün Yönetmelik hükümleri nedeniyle kurum kazancından indirilemediği, bu nedenle de Bakanlar Kurulu Kararında öngörülen yüzde elli oranındaki ilave kurumlar vergisi indiriminden faydalanılamadığı ihtirazi kaydıyla 2020 takvim yılı için verilen kurumlar vergisi beyannamesi üzerinden tahakkuk ettirilen kurumlar vergisinin 7.424.583,35 TL tutarındaki kısmının kaldırılması istenmektedir.
16/04/2020 tarih ve 31102 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 7244 sayılı Yeni Koronavirüs (Covid 19) Salgınının Ekonomik Hayata Etkilerinin Azaltılması Hakkında Kanunun İle Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanunun "Süre uzatımı, toplantı erteleme ve uzaktan çalışma" başlıklı 2'nci maddesinin (ğ) işaretli bendinde, 28/2/2008 tarihli ve 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun kapsamında Ar-Ge ve tasarım merkezlerinde yürütülen faaliyetlerin Ar-Ge ve tasarım merkezleri dışında da yapılmasına; 11/3/2020 tarihinden itibaren 4 ay süreyle sınırlı olmak üzere, Sanayi ve Teknoloji Bakanı tarafından izin verilebileceği, bu sürenin, bitiminden itibaren Sanayi ve Teknoloji Bakanınca 3 aya kadar uzatılabileceği, izin verilmesi durumunda,Sanayi ve Teknoloji Bakanlığının bilgilendirilmesi kaydıyla, 5746 sayılı Kanun  kapsamındaki indirim, istisna, destek ve teşviklerden yararlanmaya devam edileceği kurala bağlanmıştır. Bu durumda, salgın nedeniyle  Ar-Ge ve tasarım merkezleri dışında geçirilen sürelerde de 7244 sayılı Kanunda kurala bağlanan koşullarda 5746 sayılı Kanun kapsamındaki indirim ve teşviklerden yararlanılacağı tabiidir. Davacı tarafından salgın sürecinde şirketin Ar-Ge harcamalarının, Yönetmelik hükümleri gereğince Ar-Ge personelinin gelir vergisi stopajı teşvikine tabi ücretleri ile ilişkilendirilmesinden dolayı kurumlar vergisi teşvikinden yararlanılamadığı ileri sürülmüş ise de, davacı şirketin gerek 5746 sayılı Kanun gerekse 7244 sayılı Kanunda öngörülen kurallar kapsamında indirim ve teşviklerden yararlanmasına engel bulunmadığı gibi,şirket tarafından 7244 sayılı Kanunda düzenlenen koşullara uyulup uyulmadığı, hangi sayıda personel için ve ne suretle gelir vergisi teşvikinden yararlanılamadığı somut olarak ortaya konulamadığı da görüldüğünden Yönetmeliğe yönelik soyut iddialarla davaya konu yapılan kurumlar vergisinde de hukuka aykırılık bulunmadığı sonucuna varılmıştır.
Açıklanan nedenlerle davanın reddine karar verilmesi gerektiği düşünülmüştür.	
TÜRK MİLLETİ ADINA
	Karar veren Danıştay Üçüncü Dairesince, Tetkik Hâkiminin açıklamaları dinlendikten ve dosyadaki belgeler incelendikten sonra gereği görüşüldü:
İNCELEME VE GEREKÇE:
	MADDİ OLAY:
Davacı tarafından, 10/08/2016 tarih ve 29797 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinin "Ar-Ge yenilik ve tasarım harcamalarının kapsamı" başlıklı 7. maddesinin "personel giderleri" başlıklı "c"  bendinin (1) işaretli alt bendinin ilk cümlesinde yer alan "...ve gelir stopajı teşviki uygulama kapsamında bulunan ..." ifadesi ile ikinci cümlesinde yer alan "... ve Cumhurbaşkanınca belirlenen sınırlar dahilinde gelir stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen..." ibaresinin iptali istenilmiş ve 2020 yılına ait kurumlar vergisi beyannamesi; yürütülen araştırma ve geliştirme faaliyetlerine ilişkin olarak belirli düzenlemeler içeren, destek ve teşvikler öngören 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun'un "İndirim, istisna, destek ve teşvik unsurları” başlıklı 3. maddesinin birinci fıkrası gereğince; Ar-Ge merkezi dışında geçen sürelere isabet eden personel ücret giderlerinin tamamının Ar-Ge harcaması olarak kurumlar vergisi indiriminde dikkate alınamadığı, ayrıca 2020 yılına ilişkin Ar-Ge harcama tutarının, sadece gelir vergisi stopaj teşviki uygulaması kapsamında bulunan ücretler dikkate alındığında, 2019 yılı Ar-Ge harcama tutarının altında kalması sebebiyle, fiili durumda Ar-Ge harcamaları bir önceki yıla göre artış göstermesine rağmen, Bakanlar Kurulu Kararı'nda yer alan yüzde elli oranındaki ilave kurumlar vergisi indiriminden faydalanılamadığı yolunda ihtirazi kayıtla verilmiştir.
İLGİLİ MEVZUAT:
2709 sayılı Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın "Vergi Ödevi" başlıklı 73. maddesinin üçüncü fıkrasında "Vergi, resim, harç ve benzeri mali yükümlülükler kanunla konulur, değiştirilir veya kaldırılır." hükmüne yer verildikten sonra "Yönetmelikler" başlıklı 124. maddesinde "Cumhurbaşkanı, bakanlıklar ve kamu tüzelkişileri, kendi görev alanlarını ilgilendiren kanunların ve Cumhurbaşkanlığı kararnamelerinin uygulanmasını sağlamak üzere ve bunlara aykırı olmamak şartıyla, yönetmelikler çıkarabilirler." düzenlemesi hüküm altına alınmıştır.
2575 sayılı Danıştay Kanunu'nun "İlk derece mahkemesi olarak Danıştayda görülecek davalar" başlıklı 24. maddesinin birinci fıkrasının (c) bendinde, Bakanlıklar ile kamu kuruluşları veya kamu kurumu niteliğindeki meslek kuruluşlarınca çıkarılan ve ülke çapında uygulanacak düzenleyici işlemlere karşı açılacak iptal ve tam yargı davalarının ilk derece mahkemesi olarak Danıştay tarafından karara bağlanacağı kuralına yer verilmiştir.
12/03/2008 tarih ve 26814 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme Ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun'un 3. maddesinde; ''Ar-Ge ve tasarım indirimi: Teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve teknogirişim sermaye desteklerinden yararlananlarca gerçekleştirilen Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamı ile bu Kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde gerçekleştirilen münhasıran tasarım harcamalarının tamamı, 13/6/2006 tarihli ve 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu'nun 10. maddesine göre kurum kazancının ve 31/12/1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu'nun 89. maddesi uyarınca ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılır. Cumhurbaşkanınca belirlenen kriterleri haiz Ar-Ge merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarı; Cumhurbaşkanınca belirlenen kriterleri haiz tasarım merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan tasarım harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarı yukarıdaki esaslar dâhilinde indirim konusu yapılabilir.'', ikinci fıkrasında; ''Gelir vergisi stopajı teşviki: Kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personeli ile bu Kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde çalışan tasarım ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisinin; doktoralı olanlar ile desteklenecek program alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksan beşi, yüksek lisanslı olanlar ile desteklenecek program alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksanı ve diğerleri için yüzde sekseni, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edilir. ..... Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin bu merkezlerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Ar-Ge veya tasarım merkezi dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda, Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetiminin onayının alınması ve Sanayi ve Teknoloji Bakanlığının bilgilendirilmesi kaydıyla, merkez dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı ile Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin yüksek lisans yapanlar için bir buçuk yılı, doktora yapanlar için iki yılı geçmemek üzere merkez dışında geçirdiği sürelere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Ayrıca ArGe veya tasarım merkezlerinde doktora mezunu personelin üniversitelerde Ar-Ge ve yenilik alanında ders vermesi veya Ar-Ge ve tasarım personelinin teknoloji geliştirme bölgelerinde bulunan girişimcilere mentorluk yapması durumunda haftalık 8 saati aşmamak şartıyla, bu çalışmaları gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Buna ilave olarak gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan personelin toplam sayısının veya teşvike konu edilen toplam çalışma sürelerinin yüzde yirmisini aşmamak kaydıyla bu fıkrada belirtilen durumlar haricinde bu merkezler dışında geçirilen süreler de gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Cumhurbaşkanı, yüzde yirmi olarak belirlenen bu oranı belirleyeceği bölgesel ve/veya sektörel alanlarda ya da meslek gruplarına göre yüzde yüze kadar artırmaya veya tekrar kanuni oranına kadar indirmeye yetkilidir.'' kuralı düzenlenmiştir. 
5746 sayılı Kanun ile verilen yetkiye dayanılarak 10/08/2016  tarih ve 29797 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinin "Ar-Ge, yenilik ve tasarım harcamalarının kapsamı" başlıklı 7. maddesinin 1. bendinde, personel giderlerinin, Ar-Ge, yenilik veya tasarım faaliyetlerinin yürütülmesi amacıyla çalıştırılan Ar-Ge veya tasarım personeliyle ilgili olarak tahakkuk ettirilen ve gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması kapsamında bulunan ücretler ile bu mahiyetteki giderler olduğu, Ar-Ge veya tasarım merkezleri alanı dışında geçirilen süreye isabet eden ve Cumhurbaşkanınca belirlenen sınırlar dâhilinde gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen ücretlerin de Ar-Ge ve tasarım indirimine konu edileceği hükümlerine yer verilmiştir. 
16/04/2020 tarih ve 31102 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 7244 sayılı Yeni Koronavirüs (Covid 19) Salgınının Ekonomik Hayata Etkilerinin Azaltılması Hakkında Kanun ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun'un "Süre uzatımı, toplantı erteleme ve uzaktan çalışma" başlıklı 2. maddesinin (ğ) işaretli bendinde, ''28/2/2008 tarihli ve 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun kapsamında Ar-Ge ve tasarım merkezlerinde yürütülen faaliyetlerin Ar-Ge ve tasarım merkezleri dışında da yapılmasına; 11/3/2020 tarihinden itibaren 4 ay süreyle sınırlı olmak üzere, Sanayi ve Teknoloji Bakanı tarafından izin verilebileceği, bu sürenin, bitiminden itibaren Sanayi ve Teknoloji Bakanınca 3 aya kadar uzatılabileceği, izin verilmesi durumunda, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığının bilgilendirilmesi kaydıyla, 5746 sayılı Kanun  kapsamındaki indirim, istisna, destek ve teşviklerden yararlanmaya devam edileceği'' kurala bağlanmıştır.
HUKUKİ DEĞERLENDİRME:
Uygulama işlemi ile düzenleyici işlemin iptali isteminin birlikte ve aynı dava dilekçesinde dava konusu edilmesinin 2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanunu'nun 5. maddesine aykırılık teşkil etmeyeceğine oyçokluğuyla karar verilmiştir. 
Davalı Hazine ve Maliye Bakanlığı savunmasında, dava konusu 10/08/2016 tarih ve 29797 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Araştırma Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğin idari davaya konu olabilecek genel düzenleyici işlem niteliğinde olmadığını iddia etmekte ise de dava konusu Yönetmeliğin başlangıç kısmında ilgili Kanundan alınan yetki ile bu Yönetmeliğin yayımlandığı belirtildikten sonra, 5746 sayılı Kanunun uygulanmasına ilişkin açıklamaların yapıldığı, ayrıca bu Tebliğin Resmi Gazetede yayımlandığı ve yurt çapında uygulandığı dikkate alındığında dava konusu Yönetmelik Danıştay Kanunu'nun 24. maddesinin birinci fıkrasının (c) bendi kapsamında görülerek işin esasına geçilmiştir.
Anayasanın 2. maddesinde, hukuk devleti eylem ve işlemleri hukuka uygun, insan haklarına saygı gösteren, bu hak ve özgürlükleri koruyup güçlendiren, her alanda adaletli bir hukuk düzeni kurup bunu geliştirerek sürdüren, Anayasa ve hukukun üstün kurallarıyla kendini bağlı sayan, yargı denetimine açık olan devlet  olarak tanımlanmıştır.
Anayasanın 73. maddesinde yer verilen "Vergilerin Kanuniliği" ilkesi ile de vergilerin; Vergi, resim ve harçlar ve benzeri mali yükümlülüklerin ancak kanunla konulabileceği, dolayısıyla vergilere ilişkin düzenlemelerin gerek şekli ve gerek maddi anlamda kanunla yapılmasının zorunlu olduğu, dolayısıyla idarenin keyfi ve takdiri uygulamaları önlenerek bireyin hak ve özgürlüklerinin korunmasının sağlanması amaçlanmıştır. 
Devletin vergilendirme yetkisi kanunilik, mali güç, genellik, eşitlik, vergi yükünün adaletli ve dengeli dağılımı ve sosyal ve hukuk devleti ilkesi, hukuki güvenlik ilkesiyle sınırlandırılmıştır. Vergide kanunilik ilkesi gereğince, vergilendirmede vergiyi doğuran olayın, vergi yükümlüsünün, sorumlusunun, konusunun, matrahının, oranının, yukarı ve aşağı sınırlarının, vadesinin, tahsile ilişkin usul ve esasların, indirim, mahsup/iade, muafiyet ve istisna gibi belli başlı unsurların vergiye dayalı yükümlülüklerin ihlali halinde uygulanacak ceza ve müeyyidelerin açık ve net bir şekilde yasayla düzenlenmesi, yasaların uygulamasında doğabilecek tereddütlerin giderilmesi hususunda da kanunla çizilen çerçeveye uygun açıklayıcı ve yol gösterici alt düzenleyici işlemlerin oluşturulması, keyfiyeti önleyecektir.
Öte yandan, normlar hiyerarşisi olarak bilinen temel hukuk ilkesine göre, normlar arasında altlık ve üstlük ilişkisi söz konusu olmakta ve her norm geçerliliğini bir üst hukuk normundan almaktadır. Başka bir anlatımla normlar hiyerarşisi, her türlü normun hiyeraşik olarak bir sıra dahilinde sıralanması ve birbirine bağlı olması anlamına gelmekte olup; bunun doğal sonucu olarak, hiyerarşik sıralamada daha altta yer alan normun, kendisinden üstte bulunan norma aykırı hükümler içeremeyeceği, bir başka deyişle alt norm niteliğindeki düzenleyici işlemlerin, bir hakkın kullanımını üst normda öngörülmeyen bir şekilde daraltamayacağı; dolayısıyla, düzenleyici bir işlemin kendinden önce gelen kanun ve yönetmelik hükümlerine aykırı düzenlemeler getiremeyeceği kabul edilmektedir.  
Bu açıklamalar doğrultusunda davalılar Hazine ve Maliye Bakanlığı ile Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı'nın Yönetmelik ile yaptığı davaya konu düzenlemenin, kendisine Kanunla verilen usul ve esasları düzenleme yetkisi kapsamı içerisinde olup olmadığı ve Kanunun kapsamını daraltıp daraltmadığı yönünden irdelenmesi gerekmektedir.
5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun ile, Ar-Ge ve tasarım personeli ve nitelikli iş gücü istihdamının artırılmasını desteklemek ve teşvik etmek ve bu sayede Ar-Ge, yenilik ve tasarım yoluyla ülke ekonomisinin uluslararası düzeyde rekabet edebilir bir yapıya kavuşturulması için teknolojik bilgi üretilmesini sağlamak amaçlanmıştır. Bu amacın gerçekleştirilebilmesi için, mükelleflere, Ar-Ge ve tasarım indirimi, gelir vergisi stopaj teşviki, sigorta primi desteği, damga vergisi istisnası, teknogirişim sermaye desteği gibi çeşitli indirim, istisna, destek ve teşvik unsurlarından yararlanma imkânı tanınmıştır.
5746 sayılı Kanun'un 3. maddesinin birinci fıkrasında; Ar-Ge harcamalarının tamamının kurum kazancının ve ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılabileceği düzenlenmiş, Cumhurbaşkanınca belirlenen kriterleri haiz Ar-Ge merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarının da aynı esaslar dâhilinde indirim konusu yapılabileceği belirtilmiştir. 
Anılan Kanunda, Ar-Ge faaliyetinin kapsamı genel bir çerçevede ortaya konulmuş ancak Ar-Ge harcamalarının kapsamına hangi harcamaların gireceği hususunda belirleme yapılmamıştır. Yönetmeliğin ''Ar-Ge, yenilik ve tasarım harcamalarının kapsamı'' başlıklı 7. maddesinde ise ilk madde ve malzeme giderleri, amortismanlar, personel giderleri, genel giderler, dışarıdan sağlanan fayda ve hizmetler ile vergi, resim ve harçlar, Ar-Ge harcamaları olarak belirtilmiştir. Görüleceği üzere, Ar-Ge faaliyetiyle bağlantısı olan harcamalar genel olarak indirim kapsamına alınmıştır.
Yönetmelikte yer alan düzenleme ile Ar-Ge, yenilik veya tasarım faaliyetlerinin yürütülmesi amacıyla çalıştırılan Ar-Ge veya tasarım personeliyle ilgili olarak tahakkuk ettirilen ve gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması kapsamında bulunan ücretler ile bu mahiyetteki giderler ile Ar-Ge veya tasarım merkezleri alanı dışında geçirilen süreye isabet eden ve Cumhurbaşkanınca belirlenen sınırlar dâhilinde gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilen ücretlerin de Ar-Ge ve tasarım indirimine konu edileceği belirtildiğinden ve davacı tarafından düzenlemede geçen ''gelir vergisi stopajı teşviki'' ibaresinin, Kanun'un öngördüğü indirim hakkının kapsamını daralttığı iddia edildiğinden uyuşmazlığın çözümü için gelir vergisi stopajı teşviki hakkında da ayrıca değerlendirme yapılması gerekmektedir.
Gelir vergisi stopajı teşviki ile, Ar-Ge faaliyetinde bulunan işletmelerin personeli için hesaplanan gelir vergisi stopajının bir kısmı, terkin edilmek suretiyle işletmelerden tahsil edilmemektedir. Bu noktada, Ar-Ge personel ücretinin ne kadarlık kısmının Ar-Ge faaliyetine ve dolayısıyla Ar-Ge indirimine ilişkin olduğunun ortaya konulması, söz konusu uygulamanın, Ar-Ge faaliyetiyle bağlantısı olmaksızın haksız şekilde vergi matrahının aşındırılmasına engel olması bakımından önem arz etmektedir. Buna göre, Ar-Ge faaliyetinde çalışma süresinin tespiti bakımından örnek verilecek olursa; Ar-Ge merkezi çalışanı (A)'nın, bir ay içindeki 160 çalışma saatinin 80 saatinde Ar-Ge merkezinde kart okutulması suretiyle fiilen çalışmış olması durumunda, bu kişinin ücret gelirinin yarısı, stopaj teşviki kapsamına alınmaktadır. 5746 sayılı Kanun'un 3. maddesinin ikinci fıkrası kapsamında ayrıca Ar-Ge merkezi personelinin fiilen Ar-Ge merkezi dışında geçirdiği süreler için de 4 ayrı düzenlemeyle stopaj teşviki uygulanmaktadır: 1) Ar-Ge merkezlerinde çalışan personelin, bu merkezlerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Ar-Ge merkezi dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda, Ar-Ge merkezi yönetiminin onayının alınması ve Bakanlığın bilgilendirilmesi kaydıyla, merkez dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerin %100'ü, 2) Ar-Ge merkezlerinde çalışan Ar-Ge personelinin yüksek lisans yapanlar için 1,5 yılı, doktora yapanlar için 2 yılı geçmemek üzere ve Bakanlığın onayının alınması şartıyla merkez dışında geçirdiği sürelere ilişkin ücretlerin %100'ü, 3) Ar-Ge merkezlerindeki doktora mezunu personelin üniversitelerde Ar-Ge ve yenilik alanında ders vermesi veya Ar-Ge personelinin teknoloji geliştirme bölgelerinde bulunan girişimcilere mentorluk yapması durumunda bu çalışmalara ilişkin (haftalık 8 saati aşmamak üzere) süreler, 4) Yukarıda belirtilen durumlar haricinde Ar-Ge merkezlerinde gelir vergisi stopajı teşvikine konu edilen toplam çalışma sürelerinin %20'sine kadar dışarıda geçen süreler gelir vergisi stopajı teşviki kapsamına alınmıştır.
Bu açıklamalar ve mevzuat hükümleri birlikte değerlendirildiğinde, 5746 sayılı Kanunda yer alan düzenlemelere göre, araştırma ve geliştirme faaliyetine ilişkin olan ve Ar-Ge merkezinde gerçekleştirilen fiili çalışmaların Ar-Ge harcaması kapsamında olduğu, Yönetmelikte yer alan ''gelir vergisi stopajı teşviki'' ibaresi ile fiili olarak Ar-Ge merkezinde çalışılmamasına rağmen belirtilen teşvik kapsamına alınan çalışma sürelerinin Ar-Ge harcaması kapsamına alındığı dolayısıyla sözü edilen ibareden davacının iddia ettiği gibi personel ücretlerine ilişkin tutarın değil personellerin çalışma sürelerinin belirlendiği anlaşılmaktadır. Diğer bir ifadeyle, Ar-Ge merkezinde fiilen gerçekleştirilmeyen çalışma sürelerinin bir kısmı da gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında Ar-Ge harcaması kapsamına alınmıştır. 
Ayrıca pandemi önlemlerine ilişkin olarak ihdas edilen 7244 sayılı Kanunda, Ar-Ge merkezlerindeki faaliyetlerin merkez dışında da yürütülmesine ve bu konuda oran belirlenmesine 11/10/2020 tarihinden itibaren 1 yıl süreyle sınırlı olmak üzere Sanayi ve Teknoloji Bakanı yetkili kılınmış, pandemi sürecinin başından itibaren dışarıda geçen sürelerle ilgili olarak da çeşitli oranlar belirlenmiştir. Örneğin 2021 yılının Nisan ve Mayıs aylarında bu oran %100, 2021 yılının Eylül ayında ise oran %50 olmuştur. Bir başka deyişle, pandemi süresince Ar-Ge merkezlerinde çalışan personelin, Ar-Ge merkezine gelmeden, Eylül ayı için çalışma süresinin %50'si stopaj teşviki kapsamında kabul edilmiştir. Buna göre, Ar-Ge faaliyetine ilişkin olsa dahi Ar-Ge merkezinde fiili çalışma gerçekleşmediğinden Ar-Ge harcaması kapsamına alınamayacak çalışma süreleri de bu kapsama alınarak pandeminin etkisi azaltılmaya çalışılmıştır.
Bu durumda, idari yargı yerlerinin denetim yetkisinin, kanunların idari makamlara bıraktığı yetkilerin kullanılmasının hukuka uygun olup olmadığının belirlenmesi ile sınırlı olacağı, bu itibarla, düzenlemelerin yukarıda belirtilen ilgili Kanun maddesinin Hazine ve Maliye Bakanlığı ile Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı'na verdiği hak ve yetki kapsamında uyulması gereken usul ve esasların belirlenmesine ilişkin olarak yapıldığı ve kanundan alınan açık yetkiye dayandığı dolayısıyla davacının fonksiyon gasbı bulunduğuna ilişkin iddiasının yerinde olmadığı gibi söz konusu yetkiye istinaden çıkarılan Yönetmeliğin ilgili düzenlemesinde yapılan belirlemenin de, kanunun uygulama alanını sınırlamadığı gibi daha lehe düzenlemeler içerdiği dolayısıyla üst hukuk normlarına aykırılık taşımadığı sonucuna varılmıştır.
Diğer taraftan, idari işlemlerin yalnızca kamu yararı amacıyla tesis edilmesi gerekliliği 2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanunu'nun 2. maddesinin birinci fıkrası ile hükme bağlanmış yasal bir zorunluluk olup, dava konusu olayda kamu yararı amacı gözetilmeksizin işlem tesis edildiği ortaya konulamadığından, davacının iddiasının aksine düzenlemede maksat unsuru bakımından hukuka aykırılık bulunmamaktadır.   
Öte yandan, Ar-Ge indirimine konu edilecek personel harcamalarının, Ar-Ge merkezinde çalışan personelin Ar-Ge faaliyetiyle ilgili ücretlerinden oluştuğu, Ar-Ge faaliyetiyle ilgisi olmayan çalışma sürelerinin ise Ar-Ge harcaması olarak kurumlar vergisi indirimi kapsamında değerlendirilmesine hukuken imkân bulunmadığı, Yönetmelikte yer alan ''gelir vergisi stopajı teşviki'' ibaresi ile de Ar-Ge faaliyetine ilişkin olmak koşuluyla Ar-Ge merkezinde fiili olarak geçirilmeyen bazı sürelerin kapsama alınmasının ise davacının lehine bir durum olduğu anlaşıldığından dava konusu tahakkukta da hukuka aykırılık bulunmamaktadır.
KARAR SONUCU:
            Açıklanan nedenlerle;
1. DAVANIN REDDİNE,
2. Ayrıntısı aşağıda gösterilen toplam ... TL yargılama giderinin davacı üzerinde bırakılmasına, kullanılmayan ... TL yürütmenin durdurulması harcının isteği halinde davacıya verilmesine,
3. Karar tarihinde yürürlükte bulunan Avukatlık Asgari Ücret Tarifesi uyarınca Danıştay'da ilk derecede görülen davalar için belirlenen ... TL vekâlet ücretinin davacıdan alınarak davalı idarelere verilmesine,
4. Posta gideri avansından artan tutarın kararın kesinleşmesinden sonra davacıya iadesine,
5. Bu kararın tebliğ tarihini izleyen otuz (30) gün içerisinde Danıştay Vergi Dava Daireleri Kuruluna temyiz yolu açık olmak üzere, 12/06/2024 tarihinde, usulde oyçokluğuyla, esasta oybirliğiyle karar verildi.
 
(X)-KARŞI OY :
2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanununun "Dava açma süresi" başlıklı 7. maddesinin 4. fıkrasında; ilanı gereken düzenleyici işlemlerde dava süresinin, ilan tarihini izleyen günden itibaren başlayacağı ancak, bu işlemlerin uygulanması üzerine ilgililerin, düzenleyici işlem veya uygulanan işlem yahut her ikisi aleyhine birden dava açabilecekleri; 5. maddesinin 1. fıkrasında ise aralarında maddi veya hukuki yönden bağlılık ya da sebep - sonuç ilişkisi bulunması halinde birden fazla idari işlemin bir dilekçe ile idari davaya konu edilebileceği belirtildikten sonra, 14 maddesinin 3. fıkrasının (g) bendinde, dilekçelerin 3 ve 5. maddelere uygun olup olmadıkları yönünden inceleneceği; 15. maddesinin birinci fıkrasının (d) bendinde de 14. maddesinin 3. fıkrasının (g) bendinde yazılı halde; 3 ve 5. maddelere uygun şekilde düzenlenmek veya noksanları tamamlanmak suretiyle otuz gün içinde dava açılmak üzere dilekçenin reddine karar verileceği hükme bağlanmıştır.
Anılan Kanun'un 7. maddesinin 4. fıkrası ile aynı dilekçe ile dava açılabilecek hallerin düzenlendiği 5. maddenin birlikte değerlendirilmesinden, ilgililerin düzenleyici işlemle uygulama işleminin her ikisi aleyhine birden dava açabileceğinin belirtilmiş olmasının, her iki işleme karşı aynı dilekçeyle ve aynı idari yargı yerinde dava açılabileceği anlamına gelmediği sonucuna varıldığı, kamu düzeninden görev kuralı ve Anayasa'nın 37. maddesinde öngörülen "kanuni hakim ilkesi" ve bu davalarda verilecek kararların kanun yollarının farklı oluşu nedeniyle, düzenleyici işlemin Danıştay'da, uygulama işleminin ise, derece mahkemelerinde idari davaya konu edilmelerinin uygun olacağı açıktır.
Bu bakımdan; 2575 sayılı Danıştay Kanununun 24. maddesinin 1. fıkrası uyarınca, ilk derece mahkemesi olarak Danıştayın görevine giren 25/05/2021 tarih ve 31491 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Kurumlar Vergisi Genel Tebliği’nde (Seri No: 1) Değişiklik Yapılmasına Dair Tebliğ(Seri No: 18)’in 11.13.3. "01/01/2013 tarihinden önce yapılan borçlanmalara ilişkin finansman giderlerinin durumu" başlıklı bölümünün iptali ile 2576 sayılı Bölge İdare Mahkemeleri, İdare ve Vergi Mahkemelerinin Kuruluşu ve Görevleri Hakkında Kanunun 6. maddesi uyarınca vergi mahkemelerinin görevine giren İstanbul Vergi Dairesi Başkanlığı (Erenköy Vergi Dairesi Müdürlüğü) tarafından yapılan, tahakkukun kaldırılması talebinin, belirtilen mevzuat hükümlerine uygun olarak tesis edilip edilmediği hususunun ayrı ayrı incelenmesi zorunlu olduğundan, aynı dilekçe ile Danıştayda idari dava açılmasına olanak bulunmamaktadır.
Açıklanan nedenlerle, dilekçenin, 2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanununun 15. maddesinin 1. fıkrasının (d) bendi uyarınca, otuz gün içerisinde, her işleme karşı, görevli ve yetkili yargı merciileri de gözetilerek, ayrı dava açmakta serbest olmak üzere reddi gerektiği görüşüyle karara usul yönünden katılmıyorum.