{
    "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
    "required": [
        "config",
        "inputs"
    ],
    "type": "object",
    "properties": {
        "inputs": {
            "required": [
                "ANAT",
                "BVEC",
                "DIFF",
                "BVAL"
            ],
            "type": "object",
            "properties": {
                "ANAT": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "RBVL": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "bval"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "DIFF": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "BVEC": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "bvec"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "RBVC": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "bvec"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "BVAL": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "bval"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "RDIF": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                }
            }
        },
        "config": {
            "required": [
                "degibbs",
                "denoise",
                "acpc",
                "ricn",
                "eddy",
                "bias",
                "rpe",
                "nval",
                "acqd",
                "norm"
            ],
            "type": "object",
            "properties": {
                "degibbs": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                },
                "denoise": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                },
                "nval": {
                    "default": 1000,
                    "type": "number"
                },
                "ricn": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                },
                "eddy": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                },
                "bias": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                },
                "rpe": {
                    "default": "none",
                    "type": "string"
                },
                "acpc": {
                    "default": false,
                    "type": "boolean"
                },
                "reslice": {
                    "type": "number"
                },
                "acqd": {
                    "default": "PA",
                    "type": "string"
                },
                "norm": {
                    "default": false,
                    "type": "boolean"
                }
            }
        }
    },
    "title": "Invocation manifest for MRtrix3: Preprocessing Pipeline"
}