{
    "title": "Invocation manifest for FSL: TOPUP correction for susceptibility induced distortions",
    "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
    "type": "object",
    "properties": {
        "config": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "gear-log-level": {
                    "default": "INFO",
                    "type": "string",
                    "enum": [
                        "ERROR",
                        "WARNING",
                        "INFO",
                        "DEBUG"
                    ]
                },
                "topup_only": {
                    "default": false,
                    "type": "boolean"
                },
                "displacement_field": {
                    "default": false,
                    "type": "boolean"
                },
                "jacobian_determinants": {
                    "default": false,
                    "type": "boolean"
                },
                "rigid_body_matrix": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                },
                "verbose": {
                    "default": false,
                    "type": "boolean"
                },
                "topup_debug_level": {
                    "default": "0",
                    "type": "integer",
                    "enum": [
                        0,
                        1,
                        2,
                        3
                    ]
                },
                "QA": {
                    "default": true,
                    "type": "boolean"
                }
            },
            "required": [
                "gear-log-level",
                "topup_only",
                "displacement_field",
                "jacobian_determinants",
                "rigid_body_matrix",
                "verbose",
                "topup_debug_level",
                "QA"
            ]
        },
        "inputs": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "image_1": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "image_2": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "apply_to_1": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "apply_to_2": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "config_file": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "text",
                                ""
                            ]
                        }
                    }
                },
                "acquisition_parameters": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "text",
                                ""
                            ]
                        }
                    }
                }
            },
            "required": [
                "image_1",
                "image_2"
            ]
        }
    },
    "required": [
        "config",
        "inputs"
    ]
}