{
    "title": "Invocation manifest for HCP: Structural Preprocessing Pipeline",
    "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
    "type": "object",
    "properties": {
        "config": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "save-on-error": {
                    "type": "boolean",
                    "default": false
                },
                "Subject": {
                    "type": "string"
                },
                "RegName": {
                    "type": "string",
                    "enum": [
                        "MSMSulc",
                        "FS"
                    ],
                    "default": "MSMSulc"
                },
                "BrainSize": {
                    "type": "integer",
                    "default": 150
                },
                "TemplateSize": {
                    "type": "string",
                    "default": "0.8mm"
                },
                "StructuralUnwarpDirection": {
                    "default": "z",
                    "type": "string",
                    "enum": [
                        "x",
                        "x-",
                        "y",
                        "y-",
                        "z",
                        "z-"
                    ]
                },
                "aseg_csv": {
                    "type": "boolean",
                    "default": true
                },
                "Dry-Run": {
                    "type": "boolean",
                    "default": false
                }
            },
            "required": [
                "save-on-error",
                "RegName",
                "BrainSize",
                "TemplateSize",
                "StructuralUnwarpDirection",
                "aseg_csv",
                "Dry-Run"
            ]
        },
        "inputs": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "api-key": {
                    "type": "object"
                },
                "T1": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "T2": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "FreeSurferLicense": {
                    "type": "object",
                    "properties": {}
                },
                "GradientCoeff": {
                    "type": "object",
                    "properties": {}
                },
                "SpinEchoPositive": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "SpinEchoNegative": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "SiemensGREMagnitude": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "SiemensGREPhase": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                }
            },
            "required": [
                "api-key",
                "T1",
                "T2",
                "FreeSurferLicense"
            ]
        }
    },
    "required": [
        "config",
        "inputs"
    ]
}