{
    "title": "Invocation manifest for FSL: SIENA - Longitudinal analysis of brain change",
    "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
    "type": "object",
    "properties": {
        "config": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "BET": {
                    "default": "",
                    "id": "-B",
                    "type": "string"
                },
                "BOTTOM": {
                    "default": "",
                    "id": "-b",
                    "type": "string"
                },
                "DEBUG": {
                    "default": false,
                    "id": "-d",
                    "type": "boolean"
                },
                "SEG": {
                    "default": false,
                    "id": "-2",
                    "type": "boolean"
                },
                "SS_BET": {
                    "default": false,
                    "id": "-m",
                    "type": "boolean"
                },
                "S_DIFF": {
                    "default": "",
                    "id": "-S",
                    "type": "string"
                },
                "T2": {
                    "default": false,
                    "id": "-t2",
                    "type": "boolean"
                },
                "TOP": {
                    "default": "",
                    "id": "-t",
                    "type": "string"
                },
                "VENT": {
                    "default": false,
                    "id": "-V",
                    "type": "boolean"
                }
            },
            "required": [
                "BET",
                "BOTTOM",
                "DEBUG",
                "SEG",
                "SS_BET",
                "S_DIFF",
                "T2",
                "TOP",
                "VENT"
            ]
        },
        "inputs": {
            "type": "object",
            "properties": {
                "key": {
                    "type": "object"
                },
                "NIFTI_1": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "NIFTI_2": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                },
                "ventricle_mask": {
                    "type": "object",
                    "properties": {
                        "type": {
                            "enum": [
                                "nifti"
                            ]
                        }
                    }
                }
            },
            "required": [
                "key",
                "NIFTI_1",
                "NIFTI_2"
            ]
        }
    },
    "required": [
        "config",
        "inputs"
    ]
}