Dans la fonction publique, perd-on des RTT en cas d'absence ?
Toute absence, quel qu'en soit le motif, réduit le nombre de jours de RTT. Oui, toute absence, quel qu'en soit le motif, réduit le nombre de jours de RTT. En effet, l'acquisition de jours de RTT est liée à l'accomplissement effectif de durées de travail hebdomadaires supérieures à 35 heures par semaine (hors heures supplémentaires). Et l'attribution de jours de RTT est destinée à éviter l'accomplissement d'une durée annuelle du travail supérieure à 1 607 heures. En conséquence, les jours non travaillés, quel qu'en soit le motif ne sont pas considérés comme du temps de travail effectif et, en conséquence, n'ouvrent pas droit à des jours de RTT. C'est notamment le cas des congés accordés pour raison de santé :
- Congé de maladie ordinaire (CMO) du fonctionnaire ou congé de maladie de l'agent contractuel
- Congé de longue maladie (CLM)
- Congé de longue durée (CLD)
- Congé de grave maladie (CGM)
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) du fonctionnaire ou congé pour accident du travail ou maladie professionnelle de l'agent contractuel
- Congé de maladie non rémunéré (de l'agent contractuel)
C'est également le cas en cas de congé de maternité, de congés pour couches pathologiques ou de congé de paternité et d'accueil de l'enfant. Il y a toutefois 2 exceptions :
- Autorisations d'absence accordées dans le cadre du droit syndical
- Autorisations d’absence pour lesquelles le texte les instituant prévoit qu'elles sont assimilées à du temps de travail effectif
La règle concerne tout agent (fonctionnaire ou contractuel) quelle que soit sa fonction publique. Le nombre de jours de RTT perdus en cas d'absence dépend des conditions d'organisation du temps de travail.
Cas Durée hebdomadaire de travail supérieure à 35 heures ou cycles de travail variables: Un nombre de jours de RTT est attribué annuellement à l'agent se trouvant dans l'une des 2 situations suivantes : 
- Agent soumis à une durée hebdomadaire de travail supérieure à 35 heures toute l'année
- Agent soumis à des cycles de travail comportant des durées hebdomadaires de travail variables
 
Nombre de RTT en fonction de la durée hebdomadaire de travail à temps plein:
| Durée hebdomadaire de travail | Nombre de jours de RTT par an | 
| - | - | 
| 35h30 | 3 | 
| 36h | 6 | 
| 36h30 | 9 | 
| 37h | 12 | 
| 37h30 | 15 | 
| 38h | 18 | 
| Entre 38h20 et 39h | 20 | 
| 39h | 23 | 
| 40h | 28 | 
 Lorsque l'agent travaille à temps partiel, le nombre de jours de RTT est réduit proportionnellement à la durée de travail. 
Nombre de RTT en fonction de la durée hebdomadaire de travail à temps partiel:
| Durée hebdomadaire de travail | Nombre de jours de RTT par an à temps plein | Nombre de jours de RTT par an à 90 % | Nombre de jours de RTT par an à 80 % | Nombre de jours de RTT par an à 70 % | Nombre de jours de RTT par an à 60 % | Nombre de jours de RTT par an à 50 % | 
| - | - | - | - | - | - | - | 
| 40h | 28 | 25,2 | 22,4 | 19,6 | 16,8 | 14 |
| 39h | 23 | 20,7 | 18,4 | 16,1 | 13,8 | 11,5 | 
| 38h | 18 | 16,2 | 14,4 | 12,6 | 10,8 | 9 | 
| 37h | 12 | 10,8 | 9,6 | 8,4 | 7,2 | 6 | 
| 36h | 6 | 5,4 | 4,8 | 4,2 | 3,6 | 3 | 
 (le nombre est arrondi à la demi-journée inférieure ou supérieure si nécessaire) En cas d'absence, un quotient de réduction du nombre de jours de RTT est calculé à partir des éléments suivants : 
- Nombre de jours travaillés par an
- Nombre de jours de RTT attribué annuellement
- Nombre de jours d'absence
Le nombre de jours travaillés par an est au moins égal à 365 - 104 jours de repos hebdomadaires - 25 jours de congés annuels - 8 jours fériés, soit 228 . Le quotient de réduction du nombre de jours de RTT est égal au nombre de jours travaillés par an divisé par le nombre de jours de RTT. Lorsque l'agent atteint, au cours de l'année, en une seule fois ou cumulativement, un nombre de jours d'absence égal au quotient de réduction, une journée de RTT est déduite de son crédit annuel de jours de RTT. Exemple: Pour un agent travaillant à temps plein 37h par semaine, le quotient de réduction du nombre de jours de RTT est égal à 228 jours travaillés par an / 12 jours de RTT = 19 jours. Si l'agent est absent 19 jours par an, une journée de RTT est déduite du capital de 12 jours (2 jours s'il est absent 38 jours, etc.). Les jours de RTT sont déduits à la fin de l'année civile compte-tenu du nombre total de jours d'absence. Si le nombre de jours de RTT à déduire est supérieur au nombre de jours de RTT accordés pour l'année, la déduction s'effectue sur l'année N+1. En cas de mobilité, un solde de tout compte doit être transmis à l'agent.
Cas Agent au forfait: L'agent qui est soumis à un régime de décompte en jours de sa durée de travail (agent soumis au forfait) bénéficie généralement de 18 jours de RTT (voire de 20 jours). En cas d'absence, un quotient de réduction du nombre de jours de RTT est calculé à partir des éléments suivants : 
- Nombre de jours travaillés par an
- Nombre de jours de RTT attribué annuellement
- Nombre de jours de congé de maladie dans l'année
 Le nombre de jours travaillés par an est au moins égal à 365 - 104 jours de repos hebdomadaires - 25 jours de congés annuels - 8 jours fériés, soit 228 . Le quotient de réduction du nombre de jours de RTT est égal au nombre de jours travaillés par an divisé par le nombre de jours de RTT. Lorsque l'agent atteint, au cours de l'année, en une seule fois ou cumulativement, un nombre de jours d'absence égal au quotient de réduction, une journée de RTT est déduite de son crédit annuel de jours de RTT. Exemple: Pour un agent bénéficiant de 20 jours de RTT, le quotient de réduction du nombre de jours de RTT est égal à 228 jours travaillés / 20 jours de RTT = 11,4 jours arrondis à 11. Si l'agent est absent 11 jours par an, une journée de RTT est déduite du capital de 20 jours (2 jours s'il est absent 22 jours, etc.) Les jours de RTT sont déduits à la fin de l'année civile compte-tenu du nombre total de jours d'absence. Si le nombre de jours de RTT à déduire est supérieur au nombre de jours de RTT accordés pour l'année, la déduction s'effectue sur l'année N+1. En cas de mobilité, un solde de tout compte doit être transmis à l'agent.