Le jour de carence pour maladie existe-t-il dans la fonction publique ?
Oui, lorsqu'un agent public est en congé de maladie, il est appliqué, lors de chaque arrêt de travail, un jour de carence, c'est-à-dire un jour non rémunéré. Oui, lorsque vous êtes en congé de maladie, il est appliqué, lors de chaque arrêt de travail, un jour de carence, c'est-à-dire un jour non rémunéré. Toutefois, lors de certains arrêts de travail, le jour de carence ne s'applique pas. Le jour de carence s'applique différemment selon que vous êtes fonctionnaire ou contractuel.
Vous êtes fonctionnaire
Lors de chaque arrêt de travail, vous êtes rémunéré à partir du 2 e jour de congé de maladie. Votre traitement indiciaire, vos primes et indemnités ne vous sont pas versés le 1 er jour de congé de maladie. Si vous percevez une indemnité de résidence et/ou une nouvelle bonification indiciaire (NBI), ces 2 éléments de rémunération ne vous sont pas versés non plus. Seul, le supplément familial de traitement (SFT) vous est versé si vous y avez droit. Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :
Cas En cas de prolongation de votre congé de maladie dans les 48 heures: Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2 e congé de maladie , lorsque la reprise du travail entre 2 congés de maladie pour la même affection n'a pas dépassé 48 heures. Il en est ainsi : 
- Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
- Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
- Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.
 Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial. Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires , commence à courir à partir du 1 er jour qui suit le dernier jour de l'arrêt de travail initial.
Vous êtes fonctionnaire
- 1 er congé de maladie intervenant au cours des 13 semaines à partir du décès de votre enfant âgé de moins de 25 ans ou d'une personne âgée de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente
- Congé de maladie en raison d'infirmités résultant de blessures ou de maladie contractées ou aggravées soit en service, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes.
(Rappel: Quelle que soit votre fonction publique d'appartenance (État, territoriale, hospitalière), vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois de congé de maladie , puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois .)
Vous êtes contractuel
Lors de chaque arrêt de travail, vous êtes rémunéré à partir du 2 e jour de congé de maladie. Votre traitement indiciaire, vos primes et indemnités ne vous sont pas versés le 1 er jour de congé de maladie. Si vous percevez une indemnité de résidence, cet élément de rémunération ne vous est pas versé non plus. Seul, le supplément familial de traitement (SFT) vous est versé si vous y avez droit. Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :
Cas En cas de prolongation de votre congé de maladie dans les 48 heures: Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2 e congé de maladie , lorsque la reprise du travail entre 2 congés de maladie pour la même affection n'a pas dépassé 48 heures. Il en est ainsi : 
- Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
- Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
- Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.
 Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial. Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires , commence à courir à partir du 1 er jour qui suit le dernier jour de l'arrêt de travail initial.
Vous êtes contractuel
Cas En cas d'affection de longue durée (ALD): Le jour de carence ne s'applique pas en cas de congés de maladie accordés après un 1 er congé de maladie pour une même affection de longue durée (ALD) , pendant une période de 3 ans à partir du 1 er congé de maladie . Ainsi, en cas d'arrêts de travail successifs liés à une même ALD, le délai de carence ne s'applique qu'une seule fois au cours d'une même période de 3 ans à partir du 1 er arrêt de travail lié à cette ALD. La période de 3 ans est calculée de date à date. Si vous souffrez d'ALD différentes, le délai de carence s'applique, par période de 3 ans, pour le 1 er congé de maladie engendré par chacune des ALD.
Cas Lors de certains congés spécifiques: Le jour de carence ne s'applique pas lors des congés suivants : 
- Congé pour accident du travail ou maladie professionnelle
- Congé de grave maladie
- Congé de maladie accordé après une déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité
- Congé de maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique
- Congé de maladie faisant suite à une interruption spontanée de grossesse (fausse couche) ayant eu lieu avant la 22 e semaine d'aménorrhée
- Congé de maladie faisant suite à une interruption de grossesse pratiquée pour motif médical
- 1 er congé de maladie intervenant au cours des 13 semaines à partir du décès de votre enfant âgé de moins de 25 ans ou d'une personne âgée de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente
Vous êtes contractuel
- Congé de maladie en raison d'infirmités résultant de blessures ou de maladie contractées ou aggravées soit en service, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes.
Votre rémunération vous est maintenue pendant un congé de maladie dans des conditions variables selon votre fonction publique d'appartenance (État - FPE, territoriale - FPT, hospitalière - FPH) :
Vous êtes contractuel
Cas FPE: Vous pouvez bénéficier de congés de maladie rémunérés par votre administration employeur, pendant 12 mois consécutifs en cas d'arrêts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrêts de travail continus, si vous justifiez d'au moins 4 mois de services. Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire au cours des 3 premiers mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire au cours des 9 mois suivants. Si vous devez cesser vos fonctions pour raison de santé sans avoir droit à un congé de maladie rémunéré par votre administration employeur, vous êtes placé en congé non rémunéré. Que vous soyez placé en congé de maladie rémunéré par votre administration employeur ou en congé non rémunéré, vous avez droit à des indemnités journalières de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier. Lorsque vous êtes rémunéré par votre administration employeur, les indemnités journalières sont déduites du montant de votre traitement indiciaire. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont versées à partir du 4 e jour d’arrêt, c'est-à-dire après un délai de carence de 3 jours.
Cas FPT: Vous pouvez bénéficier de congés de maladie pendant 12 mois consécutifs en cas d'arrêts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrêts de travail continus. Votre congé de maladie est rémunéré différemment selon votre ancienneté : 
Rémunération du congé de maladie du contractuel dans la FPT selon l'ancienneté:
Vous êtes contractuel
| Ancienneté | Durée de maintien du traitement indiciaire | 
| - | - | 
| Après 4 mois de services | 30 jours à 90 % et 30 jours à 1⁄2 traitement | 
| Après 2 ans de services | 60 jours à 90 % et 60 jours à 1⁄2 traitement | 
| Après 3 ans de services | 90 jours à 90 % et 90 jours à 1⁄2 traitement | 
 Si vous devez cesser vos fonctions pour raison de santé sans avoir droit à un congé de maladie rémunéré par votre administration employeur, vous êtes placé en congé non rémunéré. Que vous soyez placé en congé de maladie rémunéré par votre administration employeur ou en congé non rémunéré, vous avez droit à des indemnités journalières de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier. Lorsque vous êtes rémunéré par votre administration employeur, les indemnités journalières sont déduites du montant de votre traitement indiciaire. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont versées à partir du 4 e jour d’arrêt, c'est-à-dire après un délai de carence de 3 jours.
Cas FPH: Vous pouvez bénéficier de congés de maladie pendant 12 mois consécutifs en cas d'arrêts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrêts de travail continus. Votre congé de maladie est rémunéré différemment selon votre ancienneté : 
Rémunération du congé de maladie du contractuel dans la FPH selon l'ancienneté:
| Ancienneté | Durée de maintien du traitement indiciaire | 
| - | - | 
| Après 4 mois de services | 30 jours à 90 % et 30 jours à 1⁄2 traitement |
Vous êtes contractuel
| Après 2 ans de services | 60 jours à 90 % et 60 jours à 1⁄2 traitement | 
| Après 3 ans de services | 90 jours à 90 % et 90 jours à 1⁄2 traitement | 
 Si vous devez cesser vos fonctions pour raison de santé sans avoir droit à un congé de maladie rémunéré par votre administration employeur, vous êtes placé en congé non rémunéré. Que vous soyez placé en congé de maladie rémunéré par votre administration employeur ou en congé non rémunéré, vous avez droit à des indemnités journalières de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier. Lorsque vous êtes rémunéré par votre administration employeur, les indemnités journalières sont déduites du montant de votre traitement indiciaire. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont versées à partir du 4 e jour d’arrêt, c'est-à-dire après un délai de carence de 3 jours.