프로티나 사업보고서 (2025.12)
4. 매출 및 수주상황

4.1. 매출 개요

당사의 매출은 단백질-단백질 상호작용 (PPI)을 분석하는 SPID (Single molecule Protein Interaction Detection) 플랫폼을 기반으로, i) PPI 바이오마커 개발 솔루션으로 사업화 한 PPI PathFinder® 제품과 ii) 항체 최적화 및 디자인 솔루션으로 사업화 한 PPI Landscape® 제품 그리고 iii) SPID Platform Systems 분석 기기의 판매로 이루어져 있습니다. 최근 3개 사업년도의 연간 매출은 다음과 같습니다.

(단위: 천원,%)

사업부문	매출유형	품목	2025년(제11기)	2024년도 (제10기)	2023년도 (제9기)

금액	비율	금액	비율	금액	비율

PPI PathFinder®	서비스
매출	PPI PathFinder®- BCL2	수출	248,326	8.42	1,611,973	70.06	283,443	49.03

내수	-	-	-	-	-	-

합계	248,326	8.42	1,611,973	70.06	283,443	49.03

PPI PathFinder®- 선천면역복합체	수출	52,741	1.79	72,885	3.17	101,150	17.50

내수	200,000	6.78	-	-	-	-

합계	252,741	8.56	72,885	3.17	101,150	17.50

PPI PathFinder®- STAT3	수출	-	-	-	-	-	-

내수	126,000	4.27	18,000	0.78	-	-

합계	126,000	4.27	18,000	0.78	-	-

PPI Landscape®	서비스
매출	PPI Landscape® - 항체개량	수출	-	-	-	-	-	-

내수	250,000	8.47	-	-	-	-

합계	250,000	8.47	-	-	-	-

SPID PlatformSystems	제품
매출	SPID Platform Systems	수출	2,506	0.08	-	-	-	-

내수	2,071,345	70.19	597,864	25.99	193,540	33.48

합계	2,073,851	70.28	597,864	25.99	193,540	33.48

합계	수출	303,573	10.29	1,684,858	73.23	384,593	66.52

내수	2,647,345	89.71	615,864	26.77	193,540	33.48

합계	2,950,918	100.00	2,300,722	100.00	578,133	100.00

4.2. 제품의 판매 경로4.2.1. 판매조직

당사는 차별화된 단백질 상호작용 분석 기술을 기반으로 고객사에 바이오마커 솔루션 서비스, 신약후보물질 최적화 서비스, 및 신약후보물질 공동개발업무를 제공하고 있으며, 이를 위해 기업부설연구소의 연구개발 인력과 사업개발본부가 긴밀히 협업하고 있습니다. 연구소 내 기술별 담당자와 사업전략팀, 마케팅팀, 미국 사무소가 유기적으로 연계된 협업체계를 구축함으로써, 기술 소개부터 고객 대응, 시장 확대에 이르기까지 전 과정을 통합적으로 추진하고 있습니다.

사업개발본부는 세 개의 조직으로 구성되어 있으며, 각 조직은 생명과학 및 바이오 분야에 대한 전문성과 업계 실무 경험을 갖춘 인력을 중심으로 운영되고 있습니다.

사업개발팀은 국내 제약ㆍ바이오 기업을 대상으로 공동개발 및 기술이전 기회를 발굴하고, 핵심 타깃 시장에 대한 시장조사와 사업전략 수립을 담당하고 있습니다. 또한 국내 병원 및 연구기관과의 네트워크를 확대하고, KOL 및 자문단 운영을 통해 고객 접점을 강화하고 있습니다.

ㆍ국내 바이오 및 제약 기업 대상 공동개발 및 기술이전 기회 발굴 ㆍPPI PathFinder® 및 PPI Landscape® 기술 기반 국내 사업전략 수립 ㆍ혈액암, 자가면역질환 등 주요 적응증 및 타깃 중심 시장조사 및 전략 수립 ㆍKOL 및 자문단 운영, 병원ㆍ연구기관 네트워크 확대

마케팅팀은 당사 기술의 대외 인지도를 제고하고 시장 내 입지를 강화하는 역할을 수행하고 있습니다. AACR(American Association for Cancer Research, 미국암연구학회), ASH(American Society of Hematology, 미국혈액학회), PEGS(The Protein Engineering Summit, 바이오로직스 및 단백질 엔지니어링 학회) 등 주요 글로벌 학회에 참석하여 마케팅 자료의 기획ㆍ제작, 발표 및 전시 운영을 주도하고 있습니다. 또한 PPI PathFinder® Dx 확장 전략에 따라 CLIA랩 및 학술 파트너에 대한 리서치, 자문단 발굴 및 운영 업무도 병행하고 있습니다.

ㆍ회사 소개자료, 브로슈어, 포스터 등 마케팅 콘텐츠 기획 및 제작 ㆍAACR, ASH, PEGS 등 주요 학회 참가 및 운영 지원 ㆍPPI PathFinder® Dx 확장을 위한 CLIA 랩 및 학술 파트너 리서치 ㆍ고객 피드백 기반 서비스 개선사항 도출 및 내부 커뮤니케이션 수행

미국 지사는 2025년 2분기부터 사업개발 인력의 정식 파견을 통해 본격적인 현지 시장 개척 활동을 수행하고 있습니다. 보스턴은 미국 바이오 산업의 중심지로서, 글로벌 제약사 및 바이오텍과의 기술 미팅, 고객 피드백 수집, 시장 트렌드 파악에 적합한 지역입니다. 파견 인력은 현지에서 공동개발 및 기술이전 협의를 본격화하는 한편, 진단 서비스 및 제품 중심 조직의 확충도 함께 추진하고 있습니다.

ㆍ미국 바이오ㆍ제약 네트워크 구축 및 현지 사업개발 활동 수행 ㆍ주요 파트너 대상 기술 미팅, PoC 제안 및 공동개발 협의 진행 ㆍ현지 시장 및 고객 피드백 수집을 통한 제품ㆍ서비스 방향성 제안 ㆍCDx 진출을 위한 CLIA Lab 연계 및 규제 전략 검토

한편, 당사는 선도 기술의 개발과 고도화를 지속적으로 추진하며 이를 상업화하는 기업으로서, 연구소 각 부문 책임자 역시 포트폴리오 별로 고객사와의 심층 기술 미팅을 주도하고 후속 협의를 통해 기술 적용 방안을 구체화하는 등 사업화 및 판매 활동에 적극 참여하고 있습니다. 이를 통해 고객사의 요구에 부합하는 기술 지원을 제공하고, 기술 개발 과정에도 관련 피드백을 반영함으로써 보다 최적화된 솔루션을 제공하고 있습니다.

4.2.2. 판매경로

당사는 다음과 같이 크게 네 가지 판매 방향을 중심으로 사업개발을 추진하고 있습니다.

(가) 제약사ㆍ바이오테크 및 학계 대상 바이오마커 기반 신약개발 분석 솔루션 제공

당사는 글로벌 제약사, 바이오테크 및 학계 연구기관을 대상으로 단백질 상호작용 분석 기술을 기반으로 한 맞춤형 솔루션 서비스를 제공하고 있으며, 연구 목적 및 프로젝트 특성에 따라 공동연구 형태의 협력도 유연하게 추진하고 있습니다.

이와 관련된 PPI PathFinder® 플랫폼은 바이오마커 assay 개발, 작용기전(MoA) 검증, 타깃 인게이지먼트 분석, 최적 투여용량 도출 등 임상 연구와 연계 가능한 정량 데이터를 제공하는 분석 플랫폼입니다. 제약사 및 바이오테크 기업의 경우, 해당 신약 후보물질의 과학적 배경과 연구개발 전략을 충분히 이해한 후 당사 기술이 비임상 및 임상 연구 단계에서 실질적인 연구 성과 도출에 기여할 수 있도록 맞춤형 솔루션을 제안하고 있습니다.

또한 학계 파트너와는 타깃 발굴, 약물 작용기전(MoA) 규명, 복합 생물학적 경로의 정량 분석 등 기초 및 전임상 연구를 중심으로 협력하고 있으며, 논문 발표 및 공동연구 가능성 등을 고려한 장기적인 연구 협력 관계를 구축하고 있습니다.

(나) 진단제품의 판매 준비 및 사업화 전략

당사는 단백질 상호작용 분석 기술을 기반으로 보조진단 및 동반진단 제품의 상업화를 준비하고 있으며, 이는 PPI PathFinder® 플랫폼을 통해 제공되는 분석 서비스의 확장된 사업 영역입니다.

PPI PathFinder®를 통해 확보된 바이오마커 및 타깃 인게이지먼트 기반의 정량 데이터는 약물 반응 예측 및 환자 선별에 활용될 수 있으며, 이를 기반으로 진단용 assay로 전환하여 제품화하는 개발을 추진하고 있습니다.

북미 시장 진입 전략으로는 CLIA 인증을 보유한 진단랩과의 협력을 통해 LDT(Laboratory Developed Test) 방식으로 제품을 등록하여 서비스할 수 있는 방안을 검토하고 있습니다. 이러한 방식은 진단 시장에 조기 진입할 수 있는 효과적인 전략으로, 본격적인 임상시험 및 인허가 이전 단계에서 시장 반응을 확인할 수 있는 기회를 확보하기 위한 접근 방법입니다.

(다) 항체 신약개발 후보물질 최적화 솔루션 및 공동개발

당사의 PPI Landscape® 플랫폼은 항체의 결합 친화도, 특이성, 안정성 및 생산성 등 항체 성능 개선을 위한 고속 항체 최적화 기술로, 이를 기반으로 항체 최적화 솔루션 서비스를 제공하거나 제약사와의 공동개발 형태로 사업을 추진하고 있습니다.

제약사가 보유한 항체 또는 타깃 정보를 기반으로 당사는 항체 후보물질을 최적화하며, 기술 적용 범위와 사업화 소요기간, 당사의 기여도 등을 고려하여 서비스 수수료를 수취하거나 공동개발 성과에 따른 수익을 공유하는 방식으로 협력이 이루어집니다. 공동개발 모델의 경우 업프론트 계약금, 개발 단계별 마일스톤, 상업화 이후 매출 기반 로열티 등을 포함하는 수익배분 구조를 기반으로 합니다.

(라) 자체 개발 신약 후보물질의 기술이전(License-Out)

당사는 PPI Landscape® 플랫폼을 활용하여 자체 항체 신약 후보물질을 발굴하고 있으며, 해당 후보물질은 결합 친화도, 특이성, 안정성 및 생산성 등 다양한 물성을 고려하여 설계된 항체 자산입니다. 당사는 이러한 후보물질에 대해 동물실험, 독성시험 및 CMC 생산 등 필수적인 효능 및 안전성 평가를 수행한 후 제약사 또는 바이오텍에 기술이전(License-Out)하는 사업 모델을 추진하고 있습니다.

기술이전 이후에도 파트너사의 비임상 및 임상 개발 단계에서 당사의 플랫폼 기술을 활용한 추가 분석 및 기술 지원이 이루어질 수 있으며, 이를 통해 신약 개발 과정에서의 과학적 검증을 보완하고 개발 효율성을 제고하는 협력 모델을 예상하고 있습니다.

이와 같은 사업모델은 일반적으로 업프론트 계약금, 개발 단계별 마일스톤 및 상업화 이후 매출 기반 로열티를 포함하는 수익 구조로 이루어집니다. 이러한 License-Out 전략은 당사가 신약 개발 전 과정에 직접 참여하는 경우와 비교하여 연구개발 및 임상개발 과정에서 발생할 수 있는 리스크를 분산하면서도 장기적인 사업적 가치를 창출할 수 있는 구조입니다.

4.2.3. 판매전략① PPI PathFinder®

당사는 PPI PathFinder® 플랫폼의 높은 분석 정밀도와 타깃 특이성을 기반으로 신약 개발 전주기에 활용 가능한 분석 서비스를 제공하고 있으며, 이를 통해 고객사와의 중장기적 협력 관계를 구축하는 것을 핵심 판매 전략으로 삼고 있습니다. 초기 기술 검증(PoC) 단계에서 협력을 시작한 이후 고객사의 파이프라인 개발 단계에 따라 분석 서비스의 지속적인 활용을 유도하고, 나아가 공동연구 또는 공동개발로의 확장 가능성을 모색하고 있습니다.

당사는 제약사 및 바이오텍의 연구 파이프라인을 사전에 분석한 후, 해당 적응증과 약물 작용기전에 적합한 맞춤형 assay 기반 기술 제안서를 선제적으로 제시하는 방식으로 사업개발을 추진하고 있습니다. 이러한 접근 방식은 고객사와의 기술 미팅 과정에서 단순한 기술 소개를 넘어 실제 연구에 적용 가능한 PoC 제안으로 이어질 수 있도록 설계되어 있으며, 이를 통해 당사의 기술이 특정 연구 목적에 부합하는 맞춤형 분석 솔루션으로 활용될 수 있도록 하고 있습니다.

분석 서비스의 특성상 기술이 도입된 이후에는 동일 타깃 또는 파생 적응증 연구, 병용요법 연구 등으로 분석 수요가 확대될 가능성이 있으며, 이에 따라 단발성 서비스 제공이 아닌 반복적인 분석 계약으로 이어질 수 있는 사업 구조를 형성하고 있습니다. 일부 고객사의 경우 동일 assay를 기반으로 임상 초기 단계부터 후기 단계까지 연속적인 분석 협력이 진행되고 있으며, 향후 동반진단(CDx) 개발 또는 공동개발로의 확장 가능성에 대해서도 논의가 이루어지고 있습니다.

이와 같은 기술 제안 활동은 국내외 주요 제약사 및 바이오텍을 대상으로 진행되고 있으며, 당사는 주요 글로벌 학회 및 바이오 파트너링 컨퍼런스에 참여하여 잠재 고객사와의 접점을 지속적으로 확대하고 있습니다. 학회 참가 시 포스터 발표, 전시 부스 운영, 파트너링 미팅 등을 통해 기술 소개와 협력 기회를 모색하고 있습니다.

또한 2025년 2분기부터 미국 보스턴 사무소를 기반으로 현지 사업개발 인력이 고객사 미팅, 기술 소개, 업계 행사 및 학회 참가 등을 통해 북미 시장에서의 초기 접점 확보 활동을 수행하고 있으며, 이를 통해 현지 파트너십 확대를 추진하고 있습니다.

② PPI Landscape®

(가) 시장조사 및 신약개발 과학자 미팅을 통한 니즈 파악

신약 개발 기업의 연구개발 현장에서 요구되는 기술적 수요를 파악하는 것은 플랫폼 사업의 방향성을 설정하는 데 중요한 요소입니다. 당사는 GlobalData 등 전문 데이터베이스와 학술 논문을 활용한 문헌 리서치와 더불어, 실제 신약 개발에 참여하고 있는 과학자들과의 학회, 컨퍼런스 및 세미나 등을 통한 직접적인 미팅을 통해 시장의 미충족 수요와 후보물질 개선 과정에서의 기술적 애로사항 및 요구사항을 파악하고 있습니다. 이러한 활동을 기반으로 고객사의 신약연구개발 목적에 부합하는 맞춤형 프로젝트를 기획하고 사업개발을 추진하고 있습니다.

또한 신약개발 분야의 전문가들을 자문단으로 구성하여 자문 과정에서 확보된 다양한 의견과 피드백을 플랫폼 개선에 반영하고 있으며, 고객사 요구사항에 대한 분석을 정기적으로 수행하여 연구개발 방향에도 반영하고 있습니다.

(나) Antibody Maturation 솔루션을 통한 시장 진입 및 차별화 전략

PPI Landscape® Antibody Maturation 솔루션은 항체 개량 및 성숙화(Antibody Maturation)를 지원하는 기술로, 당해년도 Fee-for-Service 모델을 기반으로 다수의 프로젝트 계약을 체결하며 항체 신약 개발 시장에 진입하였습니다. 항체의 결합 친화도 및 물리화학적 특성을 개선하는 기술은 제약사 및 바이오텍 기업의 연구개발 과정에서 필수적으로 활용되는 분야로, 지속적인 시장 수요가 존재하는 것으로 판단하고 있습니다.

PPI Landscape®의 차별성은 단순한 결합 친화도 개선에 그치지 않고, 논리적 설계를 기반으로 항체의 구조적 안정성과 생산성까지 함께 최적화할 수 있다는 점에 있습니다. 당사는 이러한 기술적 특성을 바탕으로 고객사의 연구개발 목표에 부합하는 솔루션을 제공하고 있으며, 일부 프로젝트의 경우 기술적 기여도를 기반으로 공동개발 방식으로 확장되어 성과에 따른 마일스톤 수익을 공유하는 구조로 발전하고 있습니다.

(다) 제약사 및 바이오테크와의 공동개발

당사의 PPI Landscape® 플랫폼은 제약사 및 바이오테크가 보유한 다양한 신약개발 플랫폼과 결합하여 공동개발 형태의 협력 모델로 확장될 수 있습니다. 특히 ADC(Antibody-Drug Conjugate)나 TPD(Targeted Protein Degradation)와 같은 기술 플랫폼을 보유한 기업들과의 협력을 통해 시너지를 창출할 수 있으며, 당사는 항체의 결합 친화도, 안정성 및 생산성 최적화를 담당하고 파트너사의 플랫폼과 결합하여 신규 파이프라인 개발을 추진할 수 있습니다.

공동개발 모델에서는 프로젝트 기여도에 따라 IP 공동 소유 또는 일정 비율의 권리 확보 등 다양한 수익 공유 구조를 설계할 수 있습니다. 이러한 협력을 통해 장기적인 파트너십을 구축하고 플랫폼 기술의 적용 사례를 확대함으로써 향후 글로벌 제약사 및 바이오텍과의 협력 기회를 확대하는 것을 목표로 하고 있습니다.

또한 공동개발의 일환으로 당사는 2025년 10월 1일부터 보건복지부가 주관하는 「AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증」 사업에 선정되어 서울대학교 및 삼성바이오에피스와 함께 약 27개월 동안 항체 신약 파이프라인 확보를 위한 연구개발을 수행하고 있습니다.

(라) 자사 파이프라인 개발 및 라이센싱

당사는 PPI Landscape® 플랫폼을 기반으로 자체 항체 신약 후보물질을 발굴하고 이를 라이센싱 아웃하는 사업모델을 추진하고 있습니다. 플랫폼 운영 과정에서 축적되는 데이터와 AI 기반 분석 기술을 활용하여 항체 설계 및 최적화 역량을 지속적으로 고도화하고 있으며, 이를 기반으로 자체 항체 신약 파이프라인을 구축해 나갈 계획입니다.

이러한 파이프라인은 당사의 플랫폼 기술력을 입증하는 중요한 자산으로 활용될 수 있으며, 향후 제약사와의 라이센싱 계약을 통해 사업화 기회를 모색할 수 있습니다. 또한 플랫폼 운영 과정에서 축적되는 데이터와 AI 기반 항체 설계 기술은 당사의 핵심 경쟁력으로서 향후 다양한 협력 및 사업화 기회를 창출하는 기반이 될 것으로 기대하고 있습니다.

4.2.4. 주요 매출처 공시대상 기간 동안의 매년 매출액의 5%의 이상을 차지하는 주요 매출처는 아래와 같습니다.

(단위: 천원)

품 목	매 출 처	2025년(제11기)	2024년 (제10기)	2023년 (제9기)

PPI PathFinder®- BCL2	수출	美A사	-	696,224	283,443

美E기관	-	27,662	-

歐S사	248,326	888,087	-

합계	248,326	1,611,973	283,443

PPI PathFinder®- 선천면역복합체	내수	韓Q사	200,000

수출	歐R사	-	72,885	-

亞T사	-	-	101,150

亞P사	52,741	-	-

합계	252,741	72,885	101,150

PPI PathFinder®- STAT3	내수	韓J사	126,000	18,000	-

합계	126,000	18,000	-

PPI Landscape®- 항체개량	내수	韓D사	40,000	-	-

韓SE사	90,000	-	-

韓L사	120,000

합계	767,600	-	-

SPID Platform Systems	내수	韓B사	56,545	560,000	193,540

韓K사	690,000	37,864	-

韓T사	557,200	-	-

韓O사	2,506	-	-

수출	美H기관	2,506	-	-

합계	2,073,851	597,864	193,540

총합계	2,950,918	2,300,721	578,134

4.2.5. 수주현황(단위: 천원, $)

고객사	품 목	계약일자	계약종료일	계약금액	수령금액(주3)

美A사	Master Service Agreement (주1)	2023-10-12	2026-10-11	N/A	-

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2024-01-19	2025-12-31	USD 500,000	USD 500,000

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2025-09-11	2028-12-31	USD 850,000	-

歐S사	개별 분석 Service Agreement	2025-05-25	2025-07-24	USD 121,400	USD 108,630

歐S사	개별 분석 Service Agreement	2025-11-30	2026-06-30	USD 87,500	-

韓SE사	Master Service Agreement (주2)	2024-11-18	2026-11-17	N/A	-

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2024-11-18	2025-10-31	200,000	90,000

亞P사	Master Service Agreement (주2)	2025-03-12	2027-03-11	N/A	-

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2025-03-12	2025-05-11	USD 6,500	USD 6,500

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2025-03-12	2027-03-11	USD 33,500	USD 31,023

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2025-03-12	2027-03-11	USD 6,300	-

韓J사	개별 분석 Service Agreement	2024-11-15	2025-06-14	144,000	144,000

韓L사	개별 분석 Service Agreement	2025-07-21	2025-08-31	30,000	30,000

韓L사	Master Service Agreement (주2)	2025-08-28	2030-08-27	N/A	-

위 MSA하에서
Statement of Work (분석업무명세서)	2025-12-01	2026-03-31	130,000	90,000

韓Q사	개별 분석 Service Agreement	2025-10-15	2026-01-31	200,000	-

韓Y사	개별 분석 Service Agreement	2025-12-18	2026-06-26	93,000	-

주1) 포괄서비스용역계약서로 3년의 기간동안 정해진 계약조건에 따라 분석서비스를 의뢰할 수 있도록 한 계약입니다.美A사의 경우, GLP(Good Laboratory Practice, 통상 임상샘플 분석 요건) 분석의 경우 샘플당 USD 5천불, Non-GLP(통상, 세포/마우스모델 샘플) 분석의 경우 USD 3천불로 가격을 지정하였습니다. 분석업무명세서(Statement of Work)라는 업무범위를 정의하는 문서를 통해 서비스가 의뢰/수행됩니다.
주2) 포괄서비스용역계약서로 일정기간동안 정해진 계약조건에 따라 분석서비스를 의뢰할 수 있도록 한 계약입니다. 분석업무명세서(Statement of Work)라는 업무범위를 정의하는 문서를 통해 가격 설정 및 서비스가 의뢰/수행됩니다.
주3) 2025년말 기준 당사가 수령한 금액입니다.