프로티나 분기보고서 (2026.03)
4. 작성기준일 이후 발생한 주요사항 등 기타사항

4.1. 작성기준일 이후 발생한 주요사항 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

4.2. 중소기업기준 검토표4.3. 보호예수 현황

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 주)

주식의 종류	예수주식수	예수일	반환예정일	보호예수기간	보호예수사유	총발행주식수

보통주	2,482,060	2025.07.29	2028.07.29	상장일로부터 3년	주1	10,939,480

보통주	50,675	2025.07.29	2026.07.29	상장일로부터 1년	주2	10,939,480

보통주	36,830	2025.07.29	2026.07.29	상장일로부터 1년	주3	10,939,480

보통주	23,250	2025.08.01	2026.08.01	예탁일로부터 1년	주4	10,939,480

보통주	19,593	2025.12.04	2026.07.29	상장일로부터 1년	주1, 주2	10,939,480

주1) 최대주주 등 보호예수 필요주주(「코스닥시장상장규정」제26조제1항제1호)
주2) 「코스닥시장 상장규정」제26조 제1항 제7호에 의거하여 자발적으로 의무보유
주3) 「코스닥시장 상장규정」제26조 제1항 제3호에 의거하여 의무보유
주4) 우리사주조합 물량으로 예탁일로부터 1년간 의무보유 예정이며, 우리사주조합원 중 청약한 자 중 퇴사자 발생시 그 수의 변동 가능

4.4. 상장기업의 사후정보상장기업의 재무사항 비교표

(기준 재무제표 : 개별 ) (상장일 : 2025.07.29 , 인수인 : 한국투자증권 ) (단위 : 백만원)

추정대상	계정과목	예측치	실적치	예측치 달성여부	괴리율

2025년	매출액	6,632	2,951	미달성	55.50

영업이익	-5,944	-11,368	미달성	91.25

당기순이익	-5,044	-9,011	미달성	78.65

2026년	매출액	14,843	-	-	-

영업이익	-2,054	-	-	-

당기순이익	-1,154	-	-	-

2027년	매출액	32,221	-	-	-

영업이익	9,972	-	-	-

당기순이익	8,826	-	-	-

4.4.2. 2025년 매출액ㆍ영업이익ㆍ당기순이익의 괴리율 발생 사유 (1) 매출액당사는 증권신고서상 2025년 매출액은 6,632백만원으로 추정 기재하였으나, 실적은 2,951백만원으로 괴리율은 55.5%입니다. 실적예측치와 실제 실적과 괴리 발생요인은 다음과 같습니다.

(단위: 백만원)

구분	제11기 (2025년)

대분류	소분류	수익형태	예측치	실적치	괴리	괴리율

PPI PathFinder®	BCL2	서비스	3,289	248	-3,041	92.5%

선천면역복합체	서비스	449	253	-196	43.7%

STAT3	서비스	222	126	-96	43.2%

Dx / CDx	서비스	0	0	0

SPID Platform Systems	제품	1,435	2,074	639	44.5%

PPI Landscape®	항체개량	서비스	1,238	250	-988	79.8%

공동개발	계약금/마일스톤	0	0	0	-

합계	6,633	2,951	-3,682	55.5%

매출 예상치와 실적 간 괴리는 주로 PPI PathFinder® 및 PPI Landscape® 사업의 진행 경과와 사업화 전략 변화에 기인합니다.

PPI PathFinder®의 예상 매출의 상당부분은 미국/유럽 글로벌 제약사의 임상시험 관련 프로젝트를 기반으로 반영된 것이나, 해당 고객사의 임상 진행 일정이 예상보다 지연됨에 따라, 당기 중 관련 매출을 인식하지 못하였습니다. 이는 당사의 서비스 경쟁력이나 계약 기반의 훼손에 따른 것이 아니라 고객사의 임상 개발 일정 변동에 따른 시기의 문제로, 관련 매출은 향후 임상 진행 상황에 따라 순차적으로 실현될 것으로 기대하고 있습니다.

PPI Landscape®는 항체-항원 결합력, 열안정성 등 고객사 항체의 물성 개선 서비스를 중심으로 출발하였으나, 당사는 해당 플랫폼을 통해 축적한 PPI 빅데이터와 분석 역량을 기반으로 보다 높은 부가가치를 창출할 수 있는 항체 신약 후보물질의 공동개발 및 자체개발 영역으로 사업 방향을 전환하고 있습니다. 이러한 전략은 2025년 10월 보건복지부 과제인 'AI 설계 및 대규모 실험 데이터 피드백 기반 고속ㆍ병렬 항체 바이오의약품 개발 파이프라인 구축' 수주를 계기로 더욱 본격화되었으며, 현재 삼성바이오에피스, 서울대학교 산학협력단과 함께 신약 후보물질 10종의 압축 개발을 추진하고 있습니다. 이는 단기적인 서비스 매출 확대보다 중장기적 사업성과와 기술사업화 가치를 극대화하기 위한 전략적 전환입니다.

당사는 제한된 인력과 자본을 보다 높은 부가가치가 기대되는 영역에 집중할 필요가 있어, 기존 PPI PathFinder® 중심의 서비스 매출 확대 전략에서 자원을 조정하여 PPI Landscape® 기반의 신약개발 사업모델로 재배분하였습니다. 그 결과 단기적으로 예상 매출 대비 실적에 괴리가 발생하였으나, 이는 성장 둔화가 아닌 중장기 수익 창출 구조 강화를 위한 전략적 전환에 따른 것입니다. 향후 압축 개발 중인 신약 파이프라인의 기술이전 또는 공동개발 성과가 가시화될 경우, 매출 규모는 기존 서비스 중심 예상치를 상회할 가능성이 있으며, 당기 실적은 이러한 전환 과정에서 나타난 현상으로 판단됩니다.

(2) 영업이익(손실)

당사는 증권신고서상 2025년 영업손실을 5,944백만원으로 추정하여 기재하였으나, 실제 영업손실은 11,368백만원으로 나타나 약 91.3%의 괴리가 발생하였습니다. 이러한 영업손실 확대의 주요 원인은 연구개발비 및 판매관리비 증가에 기인합니다.

먼저, 연구개발비는 차세대 기술 확보 및 신규 파이프라인 확대를 위한 연구개발 활동이 본격화되면서 증가하였습니다. 특히 앞서 설명한 바와 같이, 신약 후보물질 발굴을 위한 PPI Landscape 연구 범위 확대와 PPI 빅데이터 생성 기술의 초격차 유지를 위한 플랫폼 고도화에 집중함에 따라 인건비, 실험비, 외주비 등 전반적인 연구개발 비용이 증가하였습니다

또한, 판매관리비에서는 대규모 정부과제 수주에 따른 회계처리 영향이 비용 증가에 기여하였습니다. 당사는 과제 수행 과정에서 향후 산출물이 수익화될 경우 지급이 예상되는 기술료에 대해 관련 규정에 따라 기술료충당부채를 설정하였으며, 이에 따른 비용이 당기 판매관리비에 반영되었습니다. 해당 기술료충당부채는 현 시점에서 실제 현금 유출이 발생한 것은 아니며, 향후 과제 성과의 사업화 여부에 따라 지급 여부가 결정되는 성격의 비용입니다.

결과적으로, 당기 영업손실 증가는 비용 통제의 문제라기보다는 연구개발 투자 확대와 정부과제 수행에 따른 회계적 반영 등 미래 성장 기반 확보 과정에서 발생한 것으로 이해할 수 있습니다.

(3) 당기순이익(손실)

2025년 당기순손실은 5,044백만원으로 추정하여 기재하였으나, 실제 당기순손실은 9,011백만원으로 나타나 약 78.7%의 괴리가 발생하였습니다.

한편, 영업손실 대비 당기순손실 간 차이가 예상보다 축소(이익 증가)된 주요 원인은 2025년 수주한 보건복지부 과제인 "AI 설계 및 대규모 실험 데이터 피드백 기반 고속ㆍ병렬 항체 바이오의약품 개발 파이프라인 구축"(사업기간: 2025.10.01 ~ 2027.12.31, 당사 배정 총 예산: 13,635백만원)에 따른 정부보조금 수익 인식에 기인합니다.

4.5. 특례상장기업의 관리종목 지정요건 유예사항

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 백만원)

요건별 회사 현황	관리종목지정요건해당여부	관리종목지정유예

사업연도	매출금액	해당여부	사유	종료시점

2025	2,951	해당	해당	상장연도 포함 5개 사업연도 동안 유예	2029.12.31

주1) 당사는 2025년 7월 29일 코스닥시장에 상장하였습니다.
상장일이 속한 사업연도 말까지의 기간이 3개월 이상이므로, 해당 사업연도를 포함하여 총 5개 사업연도 동안 매출액 요건에 따른 관리종목 지정이 유예됩니다.

4.5.2. 계속사업손실에 대한 관리종목 지정유예 현황

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 백만원, %)

요건별 회사 현황	관리종목지정요건해당여부	관리종목지정유예

사업연도	법인세 차감전계속사업손익(A)	자기자본금액(B)	비율(A/B)	해당여부	종료시점

2025년	-9,012	28,374	-31.76	해당	해당	2027.12.31

2024년	-5,734	15,758	-36.4

2023년	-22,786	-52,494	43.4

주1) 당사는 2025년 7월 상장하여 해당 사업연도 말까지 3개월 이상의 기간이 존재하므로 2025년을 포함한 3개 사업연도 동안 (즉 2029년까지) 계속사업손실에 따른 관리종목 지정이 유예됩니다.

4.6. 합병 등의 사후정보 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

4.7. 녹색경영 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

4.8. 정부의 인증 및 그 취소에 관한 사항 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.