프로티나 분기보고서 (2025.09)
6. 주요계약 및 연구개발활동

6.1. 경영상의 주요계약

본 보고서 제출일 기준 현재 당사가 체결중인 주요계약은 다음과 같습니다.

6.1.1. 주요 매출 계약(기준: 2025. 09. 30.)

연번	계약상대방	계약 기간	계약의 목적 및 내용	비고사항(주1)	적용 서비스

1	美A사	2023.10.12.- 2026.10.11.	Master Service Agreement (포괄 서비스 용역 계약)3년 동안 계약 가격 적용 분석서비스 제공	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체 : USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

2024.01.19- 2025.12.31	위 MSA 하 세부분석계약(Statement of Work) (신약 후보물질의 약력학 바이오마커 개발 및 분석)

2025.09.11- 2028.12.31	위 MSA 하 세부분석계약(Statement of Work) (신약 후보물질의 임상시험에서 얻어진 검체 샘플 분석)

2	韓SE사	2024.11.18- 2026.11.17	Master Service Agreement (포괄 서비스 용역 계약, 2년)	업무 범위에 따라 금액 결정	PPI Landscape®

2024.11.18- 2025.10.31	위 MSA 하 세부분석계약(Statement of Work) (항체 신약 후보물질의 물성 개량)

3	亞P사	2025.03.12- 2027.03.11	Master Service Agreement (포괄 서비스 용역 계약, 2년)	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체: USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

2025.03.12- 2025.05.11	위 MSA 세부분석계약(Statement of Work) (피부질환 기작 분석)

2025.03.12- 2027.03.11	위 MSA 하에서 세부분석 계약(Statement of Work) (피부질환 기작 분석)

2025.03.12- 2027.03.11	위 MSA 하에서 세부분석 계약(Statement of Work) (피부질환 기작 분석)

4	韓J사	2024.11.16- 2025.06.14	Service Agreement (개별 서비스 용역) (STAT3 타겟 약제의 바이오마커 개발 및 평가)	PPI PathFinder®

5	韓L사	2025.07.21- 2025.08.31	Service Agreement (개별 서비스 용역) (항체 스크리닝)	PPI Landscape®

6	歐S사	2025.05.25- 2025.07.24	Service Agreement (개별 서비스 용역) (타겟 질환과 관련한 비임상 검체 분석)	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체: USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

주1) 비임상 검체 및 임상 검체 샘플 분석 기준 가격이며, 계약 규모 및 분석 난이도에 따라 변동될 수 있습니다.

① PPI PathFinder ® 를 이용한 비임상 및 임상 샘플에서의 PPI 분석 서비스 공급

계약 주체	㈜프로티나

계약 상대방	미국 A社

계약 내용	포괄서비스계약서(Master Servier Agreement)
계약 후 3년 동안 별도의 계약 체결 없이, 고객으로부터 접수된 작업 명세서(SOW)를 기반으로 임상, 전임상 샘플 분석서비스수행

대상 지역	미국

계약 기간	2023년 10월 12일부터 2026년 10월 11일까지

총 계약금액	고객과의 계약은 반복적 용역 수행을 전제로 한 개별 발주형 계약으로, 전체 계약금액의 한도는 명시되어 있지 않습니다.2025년 3분기말 기준 누적 계약 총액은 USD 1,350,000이며,계약별 상세 금액은 아래의 계약 진행 경과에서 확인하실 수 있습니다.

수취금액	현재까지 500,000 USD

계약 조건	- Non-GLP 샘플: 3,000 달러/샘플- GLP 샘플: 5,000 달러/샘플

회계처리방법	고객에게 연구리포트가 제공된 시점에 인식

적용 서비스	PPI PathFinder®

계약 진행 경과	1st SOW (2024.01.19 - 2025.12.31, USD 500,0000) : 임상샘플 분석, 약제 투여 전후 분석 1) 임상검체 분석 및 신약 임상시험 결과 분석 (34개 검체 분석)
2) 임상검체 분석 및 신약 임상시험 결과 분석 (17개 검체 분석)
3) 임상검체 분석 및 신약 임상시험 결과 분석 ((21개 검체 분석)
2nd SOW (2025.09.11 - 2028.12.31, USD 850,000) : 임상샘플 분석, 약제 투여 전후 분석
- 개발 중인 신약 임상시험 결과 분석 (180개 검체 분석 예정)

기타사항	-

② PPI Landscape를 통한 항체 최적화 솔루션 공급

계약 주체	㈜프로티나

계약 상대방	한국 SE社

계약 내용	포괄서비스계약서(Master Servier Agreement)
계약 후 2년 동안 별도의 계약 체결 없이, 고객으로부터 접수된 작업 명세서(SOW)를 기반으로 임상, 전임상 샘플 분석서비스수행

대상 지역	한국

계약 기간	2024년 11월 18일부터 2026년 11월 17일까지

총 계약금액	고객과의 계약은 반복적 용역 수행을 전제로 한 개별 발주형 계약으로, 전체 계약금액의 한도는 명시되어 있지 않습니다.2025년 3분기말 기준 누적 계약 총액은 2억 원이며, 계약별 상세 금액은 아래의 계약 진행 경과에서 확인하실 수 있습니다.

수취금액	9,000만원

계약 조건	서비스 단가는 개별 SOW에서 정하기로 함

회계처리방법	고객에게 연구리포트가 제공된 시점에 인식

적용 서비스	PPI Landscape®

계약 진행 경과	1차 SOW (작업내역서)
SE社에서 제공한 항체의 CDR 서열을 기반으로 프로티나의 고처리량 단분자 단백질 상호작용 검출(HT-SPID) 기술을 활용하여 CDR 변이 라이브러리를 구축하고, 각 항체 변이체의 항원에 대한 결합 친화도를 정량적으로 분석하여, 개량된 항체 서열을 확보하기 위한 연구 업무를 수행
해당 계약은 항원 1종에 대해 항체 1종 또는 2종을 대상으로 진행되며, 항체 2종 진행 시 할인 조건이 적용됩니다.
항체 2종 기준 총 계약금액: 2억원
항체 1종 기준 총 계약금액: 1억 3,500만원
현재, 1종에 대한 CDR Scanning, Combination, Option#1 수행 완료

기타사항	-

③ PPI PathFinder®를 이용한 비임상 및 임상 샘플에서의 PPI 분석 서비스 공급

계약 주체	㈜프로티나

계약 상대방	아시아 P社

계약 내용	포괄서비스계약서(Master Servier Agreement)
계약 후 2년 동안 별도의 계약 체결 없이, 고객으로부터 접수된 작업 명세서(SOW)를 기반으로 임상, 전임상 샘플 분석서비스수행

대상 지역	싱가포르

계약 기간	2025년 3월 12일부터 2027년 3월 11일까지

총 계약금액	고객과의 계약은 반복적 용역 수행을 전제로 한 개별 발주형 계약으로, 전체 계약금액의 한도는 명시되어 있지 않습니다.2025년 3분기말 기준 누적 계약 총액은 USD 46,200이며, 계약별 상세 금액은 아래의 계약 진행 경과에서 확인하실 수 있습니다.

수취금액	USD 6,500

계약 조건	서비스 단가는 개별 SOW에서 정하기로 함

회계처리방법	고객에게 연구리포트가 제공된 시점에 인식

적용 서비스	PPI PathFinder®

계약 진행 경과	1st SOW (2025.03.12 - 2025.05.11, USD 6,500 / 완료) : 샘플에 대한 분석 적합성 시험
2nd SOW (2025.03.12 - 2027.03.11, USD 31,023 / 완료) : 샘플에 대한 대규모 분석 적합성 시험 3rd SOW (2025.03.12 - 2027.03.11, USD 6,200 / 진행 중) : 약물 처리 샘플의 분석

기타사항

④ PPI PathFinder®를 바이오마커 개발 서비스 공급

계약 주체	㈜프로티나

계약 상대방	한국 J社

계약 내용	STAT3 타겟 약제의 바이오마커 개발 및 평가

대상 지역	한국

계약 기간	2024년 11월 6일부터 2025년 6월 14일까지

총 계약금액	144,000,000원

수취금액	144,000,000원

계약 조건	업무는 사전에 정의된 각 스텝별로 분할되어 있으며, 단계별로 작업이 체계적으로 수행

회계처리방법	고객에게 연구리포트가 제공된 시점에 인식

대상기술	PPI PathFinder®

계약 진행 경과	- STEP 1 업무 수행 완료
- STEP 2 업무 수행 완료

기타사항

⑤ PPI Landscape®를 이용한 항체 개량 서비스 공급

계약 주체	㈜프로티나

계약 상대방	한국 L社

계약 내용	항체 스크리닝

대상 지역	한국

계약 기간	2024년 7월 21일부터 2025년 8월 31일까지

총 계약금액	30,000,000원

수취금액	30,000,000원

계약 조건	고객사가 지정한 성능 및 물성을 갖는 항체 개량 및 스크리닝

회계처리방법	고객에게 결과리포트가 제공된 시점에 인식

대상기술	PPI Landscape®

계약 진행 경과	업무 수행 완료

기타사항

⑥ PPI PathFinder®를 바이오마커 개발 서비스 공급

계약 주체	㈜프로티나

계약 상대방	유럽 S社

계약 내용	비임상 검체 분석

대상 지역	유럽

계약 기간	2025년 5월 25일부터 2025년 7월 24일까지

총 계약금액	USD 121,400

수취금액	USD 108,630

계약 조건	업무는 사전에 정의된 분석법에 따라 고객사가 보내오는 샘플을 지정한 기한 내에 분석 후 결과 보고

회계처리방법	고객에게 연구리포트가 제공된 시점에 인식

대상기술	PPI PathFinder®

계약 진행 경과	업무 수행 완료

기타사항	최초 계약 수량과 최종 분석 수량의 차이 발생으로 수취금액 변동

6.1.2. 주요 매입계약

계약상대방	계약 체결시기 및 계약기간	계약의 목적 및 내용	계약금액 또는 대금수수방법

D사	2024년 4월 25일 ~ 2025년 4월 24일	물품공급 계약서 (Chemical P )	계산서 발행일 후 45일 이내

S사	2023.05.30~	물품(금형) 공급계약서 금형제작 및 공급	36백만원 (50%선급금 잔금 완료시점)

6.1.3. 특허계약

계약상대방	계약 체결시기 및 계약기간	계약의 목적 및 내용	계약금액 또는 대금수수방법

한국과학기술원
(KAIST)	계약체결시기: 2015.09.30 계약기간: 2015.09.30~2020.09.30	교원창업에 따른 기술실시 계약	선급기술료: 3,000만원 추가기술료: 5,000만원

한국과학기술원
(KAIST)	계약체결시기: 2020.10.01 계약기간: 2020.10.01~특허권 만료일	교원창업에 따른 기술실시 계약	-

서울대학교 산학협력단, 서울대학교 병원	계약체결시기: 2020.07.29 계약기간: 2020.07.29~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (1건)	13,500만원

서울대학교 산학협력단	계약체결시기: 2021.03.24 계약기간: 2021.03.24~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (3건)	선급금: 2,000만원 마일스톤: 3,000만원

한국과학기술원
(KAIST)	계약체결시기: 2024.12.04 계약기간: 2024.12.04~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (24건)	정액기술료 1차: 10,000만원정액기술료 2차: 10,000만원

6.2. 연구개발 조직6.2.1. 연구개발 조직 개요

당사는 당사의 핵심 기술인 SPID Platform을 기반으로 한 PPI PathFinder® 제품과 PPI Landscape® 제품의 연구 및 개발을 위한 전문 조직을 갖추고 있습니다.

기업부설연구소 산하에 연구 조직인 바이오마커 개발부문과 개발 조직인 바이오칩 및 기기개발 부문을 두고 기술 개발과 제품을 업그레이드 및 안정화하고 있습니다. 또한 PPI PathFinder® 제품과 PPI Landscape® 제품을 활용해 매출을 발생시키는 서비스 조직인 Translation팀, 시장 및 경쟁기술 조사, 연구개발 일정 관리하는 연구기획팀, 바이오마커 진단모델을 개발하는 바이오인포메틱스(BI)팀을 운영하고 있습니다. 이외에도 SPID Platform을 이용 도출한 신약 후보 물질을 연구하는 신약개발본부 (전임상개발팀)를 통해 신약 후보 물질의 세포 및 동물모델에서의 유효성 등에 대한 연구개발을 하고 있습니다.

신약 개발 전주기에 걸쳐 신약 후보 물질 발굴 및 개발, 임상 단계의 샘플 분석을 통한 임상 효율화 서비스 등을 통해 사업 영역을 확장하고 있습니다.

[부설연구소의 연구개발 팀별 역할]

소속	역할

대표이사	경영 총괄, 기업 방향성 및 목표 설정

기업부설연구소	연구소장 직할	연구기획팀	신제품 개발 위한 경쟁기술 및 시장 조사, 마일스톤 달성을 위한 연구개발 일정 관리

BI팀	PPI 빅데이터 분석을 위한 프레임워크 및 진단기술 개발

바이오마커개발부문	연구1팀	PPI PathFinder® Immuno Oncology 바이오마커 개발, PPI Landscape® CAR-T 기술 개발, 분석 서비스

연구2팀	PPI PathFinder® Immuno Oncology 바이오마커 개발, PPI PathFinder® 제품의 Liquid Biopsy 분석 기술 개발, 분석 서비스

연구3팀	PPI Landscape® Antibody Maturation 기술 개발, 국가과제 수행. 분석 서비스

연구4팀	PPI Landscape® Peptide screening 기술 개발 및 분석 서비스, 신규 이중항체 module pipeline 개발

Translation팀	PPI PathFinder® BCL2 and Dx 제품 개발 및 분석 서비스

바이오칩 및기기개발 부문	바이오칩개발팀	Pi-Chip 40, Pi-Chip 384 개발 및 시약 제품화 개발

HW 개발팀	Pi-View / Pi-Washer 및 자동화 장비 개발

SW 개발팀	Pi-Viewer / Pi-Analyzer / 자동화 software 개발

신약개발본부	전임상개발팀	세포 및 실험동물에서 약효/효능평가, 독성평가, CMO/CRO 협력, MOA 연구, 실험동물 모델확립

6.2.2. 핵심연구인력

당사의 연구개발을 담당하는 핵심 연구인력들에 대한 주요 이력 및 연구실적은 아래와 같습니다.

직위	성명	주요경력	주요 연구개발실적

대표이사	윤태영	(1998) 서울대 전기전자제어공학 학사
(2000) 서울대 전기전자제어공학 석사
(2004) 서울대 전기전자제어공학 박사
('04.09~'05.06) 서울대 반도체공동연구소 연구원
('05.07~'06.07) 일리노이주립대 물리학 박사후 연구원
('06.07~'07.10) 일리노이주립대 하워즈휴즈의학연구소 박사 후 연구원
('07.10~'10.08) 한국과학기술원 물리학 조교수
('10.09~'14.02) 한국과학기술원 물리학 부교수
('11.04~'20.02) 한국연구재단 미래창조과학부
창의적연구진흥사업 연구단장
('14.01~'18.12) 삼성미래기술육성재단 기초과학부문
물리분야 연구책임자
('07.10~'16.02) 한국과학기술원 물리학과 영년직 부교수
('16.02~'17.03) 연세대학교 Yonsei-IBS 과학원 교수
('17.03~현재) 서울대학교 자연과학대학 생명과학부 교수
('23.03~현재) 국가과학기술자문회의 바이오특별위원회 민간위원
('20.05~현재) 프로티나 대표이사	- SPID 플랫폼 기술을 단독 개발
- SPID 플랫폼 및 PPI PathFinder® 및 PPI Landscape® 기술제품관련 특허 총 45건, 2011~2024.03(출원 15건, 등록 30건)
- SPID 원천기술 개발 및 핵심 응용 연구에 관한 내용으로
Chun et al. Nature Biomedical Engineering (in press) 등 국제 학술지 9편 - 단일분자 이미징 기술 관련 논문 57편 게재- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 총괄 (과기정통부, 3년 150억 원/2024년)- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행 (보건복지부, 27개월, 470억 원 원/2025년)

기술이사
(CTO)	이홍원	(2010) 한국과학기술원 물리학 학사
(2015) 한국과학기술원 물리학 박사
('15.09~'16.02) 한국과학기술원 박사 후 연구원
('16.03~'17.02) 연세대학교 박사 후 연구원
('17.03~현재) 프로티나 연구개발 총괄 CTO	- Single-Molecule co-Immunoprecipitation ("SM coIP") 원천기술 개발, 개선, 기술사업화
- PPI PathFinder® 및 PPI PathFinder® Dx 제품화
- 프로티나 핵심기술 관련논문 5편
(대표논문, Nature Biomedical Engineering 2, 239-253 (2018))
- 프로티나 핵심기술 관련 특허 24 편 (국제 19 / 국내 5건) 등록 및 출원
- Single-molecule co-IP 기술 구현을 위한 고감도 장비 및 진단키트 개발 과제 수행 및 상용화 완료 (2018~2022)
- Single-molecule co-IP 기술의 제품화를 위한 분석키트 및 시약개발 과제 수행 및 제품개발완료 (2017~2019)- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행 (책임연구자)

연구이사
(CSO)	최병산	(2011) 한국과학기술원 물리학 학사
(2018) 한국과학기술원 물리학 박사
('18.09~현재) 프로티나 바이오마커개발 CRO	- 단분자 PPI 측정기술이 사용된 5편의 SCI/SCIE급 국제학술지 5편 논문 게재
- "단분자 PPI측정기술"을 응용해 HER2-HER3 이합체 활성도를 측정할 수 있는 기술 개발
- 골관절염 치료를 위한 PPI 저해제 발굴 (2020~2023)
- 단분자 형광 측정 장비 프로토타입 개발 (2020~2021)
- BTK 저해제 반응성 예측 바이오 마커 발굴 (2020~2022)- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행

개발이사
(CDO)	김재영	(1999) 한국과학기술원 전기전자공학 학사
('99.01~'01.07) 오토시스 진동계측 장비개발
('01.09~'03.11) 도남시스템 광계측장비개발
('04.05~'08.01) 한국포톤다이나믹스 장비개발
('08.01~'11.02) 큐디아이 대표
('11.03~'12.11) 오보텍코리아 장비개발
('12.11~'13.10) 에스펙 광계측 장비개발 부장
('13.11~'19.07) 오보텍코리아 장비개발 부장
('19.10~'22.08) 씨젠 장비개발 팀장
('22.08~현재) 프로티나 바이오칩 및 기기개발 CDO	- Pi-View 2.0의 개념, 전장 및 PCB 설계, Firmware 개발,
차세대 모듈 컨셉 설계와 이후 개발 계획 수립
- Pi-Washer의 개념, 전장 및 PCB 설계, Firmware와 LCD GUI 개발, Pi-Viewer 및 Pi-Analyzer 운용 SW 개발 관리
- 소형 분자진단 장치(POCT) 자체/외주 개발
- 분자진단 분석장치(PCR) 외주 개발
- 자동 분자진단 시스템 개발 외주 개발 - 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행

연구이사	박경찬	(2012) 시드니대학교(The University of Sydney) 생명학 학사
(2014) 시드니대학교 병리학 석사
(2019) 시드니대학교 병리학 박사
('18.06~'19.03) 시드니대학교 분자병리연구소 연구원
('19.03~'20.08) 시드니대학교 분자병리연구소 박사 후 연구원
('20.09~현재) 프로티나 바이오마커개발 연구이사	- 선천면역복합체 PPI 바이오마커 개발
- 다국적 제약사 2곳에 바이오마커 분석 서비스 제공 및 협업 주도
- Immuno-oncology 분야 신규 PPI 바이오 마커 개발- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행

연구이사	안정현	(2005) 베일러대학교 생물학 학사(2008) 베일러대학교 생물학 석사(2016) 에모리대학교 분자생물/유전학 박사('17.04~'22.03) 노스캐롤라이나 주립대 박사후 연구원('21.08~현재) Forbeck 재단 생체분자 응축체 연구 펠로우('22.07~'25.06) 서울대학교 유전공학연구소 연구부교수('25.07~현재) 프로티나 바이오마커 CTrO	- 다발성골수종(MM)에서의 PHF19 단백질의 역할 및 상세 기전 규명 프로젝트 수행 (2017~2022)
- 유전자 전사 과정에서의 단백질 및 단백질 복합체의 역할 규명 (2008~2016)
- Nature 및 Nature 자매지 등 SCI급 논문 15편 게재- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행

연구이사	안형태	(2007) 한림대학교 바이오메디컬학 학사(2009) 고려대학교 생화학 석사(2014) 고려대학교 생화학 박사('14.09~'15.08) 고려대학교 생명과학대학 연구교수('15.09~'16.08) 고려대학교 생명과학부 연구교수('16.09~'18.08) 한국과학기술연구원(KIST) 박사후 연구원('17.04~'20.03) 존스홉킨스 의과대학 방사선과 박사후 연구원('20.04~'23.02) 뉴랄리 시니어 연구원(디앤디파마텍 자회사)(`23.04~`25.07) (주)프로티나, 수석연구원('23.06~현재) 서울대학교, 유전공학연구소, 객원연구원('25.08~현재) ㈜프로티나 연구이사	- 비알콜성 간 섬유화증(NASH), 만성췌장염, 전신경화증 대상 치료제 연구개발 (2020~2023)
- 비만, 당뇨병, 비알콜성 간섬유화증 대상 치료제의 연구개발 (2020~2023)
- 비만, 당뇨, 비알콜성 간섬유화증에 대한 신약 후보 물질의 US FDA IND filing 및 희귀의약품 지정 수행(2020~2023)
- 신약 후보 물질의 기술이전 프로젝트 참여(2020~2023)
- 신약 후보물질의 세포 및 실험동물 모델에서의 평가 총괄(2023~현재)- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행

연구이사	조지혜	(2008) 성균관대학교 화학과 학사(2013) 예일대학교 화학과 석박사('19.10~'21.07) 노바티스 바이오메디컬 리서치 인스티튜트(NIBR) 시니어연구원('21.12~'23.03) 씨젠 분자진단용 효소 연구 및 개발 과장('23.04~ 현재) 프로티나 바이오마커개발 연구이사	- PPI Landscape® 개발 참여 (2023)
- PPI Landscape® 기술사업화 수행 (2024~현재)- 클라우드 인공지능 항체은행 국책과제 수행
- AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증사업 국책과제 수행

6.3. 연구개발 비용

당사의 최근 3년간 경상연구개발비용은 다음과 같습니다. 당사는 연구개발에 소요되는 모든 비용을 당기 비용으로 회계처리하고 있습니다.

[연구개발 비용 현황]
(단위: 백만원, %)

구 분	2025년 (제11기 3분기)	2024년 (제10기)	2023년 (제9기)	비 고

비용의
성격별 분류	연구재료	1,554	3,248	899

인건비	2,569	2,163	1,779

공동연구 및 위탁연구	515	369	457

기타	-	-

연구개발비용 합계	4,637	5,780	3,135

회계처리
내역	판매비와 관리비	6,809	3,284

제조경비	-	-

개발비(무형자산)	-	-

회계처리금액 계	5,217	6,809	3,284

정부보조금	(580)	(1,029)	(149)

연구개발비용 합	4,637	5,780	3,135

연구개발비 / 매출액 비율
[연구개발비용합계÷당기매출액×100]	178	251	542

주) 2023년부터 연구개발 활동에 따른 비용을 보다 실질적으로 반영하기 위해 회계처리 기준을 변경하고 연구개발 관련 인건비를 경상연구개발비로 분류하여 인식하고 있습니다.

6.4. 연구개발실적6.4.1. 연구개발활동의 개요

당사는 단백질 상호작용(Protein-Protein Interaction, 이하 PPI)을 정량적으로 분석하는 기술 및 장비에 대한 원천기술을 기반으로 설립되었습니다. 설립 이후 정부과제 수행 및 자체 기술 개발을 통해 PPI PathFinder®, PPI Landscape®와 같은 기술제품과 Pi-View 및 Pi-Chip과 같은 기기제품을 개발하고 상용화하였습니다. 당사의 기술은 최우수 국제 학술지에 게재하여 기술력을 입증하였고, 총 63건의 국내외 특허출원을 통해 기술을 법적으로 보호하여 독점적 사업 지위를 확보하고 있습니다.

6.4.2. 정부과제 수행실적

당사는 본 보고서 제출일 기준 과학기술정보통신부, 산업통상자원부, 중소벤처기업부, 보건복지부 등이 주관하는 정부과제에 선정되어 약 202억원의 지원금(당사 수령 금액 기준)을 유치하였고, 이를 통해 당사가 제공하는 서비스 제품에 적용된 원천기술들의 개발, 실현 가능성 검증, 프로토타입 개발, 국내외 임상연구 등을 수행하였습니다.

2017년 7월부터 2019년 12월까지 수행한 산업통상자원부 주관 과제를 통해 Pi-Chip의 코팅 공정을 최적화하고, Pi-View 시제품을 개발하였으며, 이를 통해 임상검체 분석이 가능함을 검증하였습니다.

2018년 4월 1일부터 2022년 12월 31일까지 수행한 과학기술정보통신부 주관 과제를 통해 BCL2 단백질의 PPI를 저해하는 약물의 반응성을 예측하는 진단법을 개발하였습니다. 이 진단법은 美A사, 歐R사, 亞T사, 歐S사 등 글로벌 제약사에 서비스 형태로 제공되고 있습니다.

당사는 2024년 4월 과학기술정보통신부 주관 과제에 선정된 바 있습니다. 2024년 4월 1일부터 2026년 12월 31일까지 수행 예정이며, '클라우드 AI 항체은행 구축' 프로젝트(정부출연금 총 150 억원)를 서울대학교 백민경 교수 및 정준호 교수팀과 선정되어 현재 진행하고 있습니다. 신약 설계 AI의 개발 및 상업화를 목표로 하는 것으로, 당사의 PPI Landscape® 기술이 적극 활용되고 있습니다.

당사는 2025년 10월 보건복지부 주관 과제에 선정(협약완료일: 2025년 11월 4일)된 바 있습니다. 2025년 10월 1일부터 2027년 12월 31일까지 27개월 간 수행 예정이며, 총 사업비 약 470억 원(정부출연금 총 303억 원)의 'AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증' 사업을 수행하게 됩니다. 본 과제는 당사(주관기관), 서울대학교(참여기관), 삼성바이오에피스(참여기관)가 항체 설계 AI 모델을 활용하여 항체 신약 후보 물질 10종을 개발하고, 27개월 내에 1종을 임상시험 진입 또는 기술이전을 목표로 하고 있습니다. AI 모델을 활용하여 신약 개발을 함에 있어 당사의 PPI Landscape®의 신약 개발 분야에서의 견고한 입지를 이룰 것으로 기대하고 있습니다.

[정부과제 실적 정리]

연구과제명	주관부서	연구기간(YY.MM.DD)	정부출연금(천원)	관련제품	상태	비고

암환자 상용표적치료제 반응성 예측을 위한 HER family(EGFR, HER2, HER3) 표적 항암치료제의 단백질 상호작용 진단기술을 이용한 '신뢰도 80% 이상 체외 동반진단' 시스템 개발	산업통상자원부	17.07.01~19.12.31	1,325,000	PPI PathFinder®	완료

단백질 상호작용 단분자 측정을 통한 표적 및 면역 항암제에 대한 비소세포폐암 감수성 예측기술 및 의료기기 개발	과학기술정보통신부	18.04.01~22.12.31	742,500	PPI PathFinder®	완료

2022년 수출지원기반활용사업	산업통상자원부	22.07.01~23.04.30	38,000	PPI PathFinder®	완료

2022년 바이오의약품 원부자재 상용화 지원 사업	한국건설생활환경시험연구원	22.08.01~22.12.02	70,000	PPI PathFinder®	완료

2023년 바이오의약품 원부자재 상용화 지원 사업	한국건설생활환경시험연구원	23.05.15~23.10.31	20,000	PPI PathFinder®	완료

2023년 바이오의약품 원부자재 상용화 지원 사업 - 시제품 제작	인천테크노파크	23.05.15~23.10.31	11,000	PPI PathFinder®	완료

2023년 미국 바이오ㆍ디지털헬스케어 수출현지화 프로그램	중소벤처기업 진흥공단	23.06.01~23.09.30	62,000	PPI PathFinder®	완료

대규모 항체-항원 상호작용 데이터 생성에 기반한
맞춤형 항체 설계 인공지능 구축	과학기술정보통신부	24.04.01~26.12.31	4,290,000	PPI Landscape®	수행중	총 과제비 150억원 중 당사 배정 금액

AI 설계 및 대규모 실험 데이터 피드백 기반 고속/병렬 항체 바이오의약품 개발 파이프라인 구축	보건복지부	25.10.01~27.12.31	13,635,000	PPI Landscape®	수행중	총 과제비 303억원 중 당사 배정 금액

총 정부출연 금액	20,193,500	-

6.4.3. 자체 연구개발 실적

당사는 핵심기술의 개발, 검증 및 제품 구현의 단계에 따라 최우수 국제 학술지에 기술을 발표하여 기술의 우수성을 입증하였습니다.

연도	개요	학술지	제목

2013	SPID 기술 기본원리 정립 및 최초 구현	Nature Communications	Real-time single-molecule co-immunoprecipitation analyses reveal cancer-specific Ras signaling dynamics

2013	SPID 기술의 상세 구현	Nature Protocols	Real-time single-molecule coimmunoprecipitation of weak protein-protein interactions

2018	EGFR 수용체 PPI 분석 적용 및 TKI 반응성 예측 가능성 입증	Nature Biomedical Engineering	Profiling of protein-protein interactions via single-molecule techniques predicts the dependence of cancers on growth-factor receptors

2019	단일세포 수준에서 SPID 기술 적용을 통한 PPI 분석기술 개발	Lab on a Chip	Profiling protein-protein interactions of single cancer cells with in situ lysis and co-immunoprecipitation

2020	HER2-HER3 수용체 간 PPI 분석기술 개발	eLife	Single-molecule functional anatomy of endogenous HER2-HER3 heterodimers

2024	PPI PathFinder® BCL2 Dx 제품 개념 검증	Nature Biomedical Engineering	Predicting the efficacy of BH3 mimetics through the profiling of multiple protein complexes in acute myeloid leukemia

2024	BTK 활성도 측정법 개발	Nature Communications	Combination of acalabrutinib with lenalidomide and rituximab in relapsed/refractory aggressive B-cell non-Hodgkin lymphoma: a single-arm phase II trial

2024	AML에서의 BCL2의 BH3 유사체의 BCL2 Family PPI 억제 효과 예측 모델	Nature Biomedical Engineering	Profiling protein-protein interactions to predict the efficacy of B-cell-lymphoma-2-homology-3 mimetics for acute myeloid leukaemia

당사의 개발팀은 단백질 상호작용 분석 기술을 구현하는 분석장비, 분석칩, 분석법을 하기 표와 같이 개발하고, 이를 적용한 Pi-View, Pi-Chip 기기 및 이를 통해 구현하는 두 기술제품 PPI PathFinder® 및 PPI Landscape®를 상용화하여 매출을 발생시키고 있습니다.

구분	연구개발	개발부서	연구기간	관련제품

분석장비	자동화 단일분자 이미징 시스템 개발	HW 개발팀	2020.04 ~ 2023.12	Pi-View 1.0

분석장비	고속 Pi-Chip 384 분석 및 측정-분석 동시 알고리즘 개발	HW 개발팀	2023.10 ~ 2024.05	Pi-View 2.0

분석칩	임상검체 PPI 분석을 위한 고정밀 PPI 분석칩 개발	HW 개발팀	2019.05 ~ 2021.12	Pi-Chip 40

분석칩	대규모 데이터 생산을 위한 384 조건 동시 PPI 분석칩 개발	HW 개발팀	2023.03 ~ 현재	Pi-Chip 384

분석 SW	단일분자 이미지 분석 기술 개발 및 GUI 기반 자동화 프로그램 개발	SW 개발팀	2021.10 ~ 2022.04	Pi-InSight 1.0

분석 SW	머신러닝 기반 단일분자 이미지 분석 기술 개발	SW 개발팀	2024.07 ~ 현재	Pi-InSight2.0

분석법	비소세포폐암 및 유방암에서 PPI 분석 기술 확보	바이오마커 개발팀	2015.03 ~ 2020.04	PPI PathFinder® RTK

분석법	말초혈액세포에서 BCL2 바이오마커 개발 및 약동학 분석 기술 확립	바이오마커 개발팀	2019.03 ~ 2024.07	PPI PathFinder® BCL2

분석법	AML 환자에서 BCL2 표적저해제 반응성 예측모델 개발	바이오마커 개발팀	2021.03 ~ 현재	PPI PathFinder® BCL2 Dx

분석법	혈액암에서 BTK 표적치료제 반응성 평가를 위한 BTK 활성도 측정	바이오마커 개발팀	2020.03 ~ 2022.11	PPI PathFinder® BTK

분석법	항체-항원 결합력 분석에 기반한 Lead 선별 및 최적화	바이오마커 개발팀	2023.12 ~ 현재	PPI Landscape®

분석법	NLRP3 Innate Immune 검출을 통한 질병의 분자적 진단기법 개발	바이오마커 개발팀	2021.04 ~ 현재	PPI PathFinder® Innate Immunity