프로티나 분기보고서 (2026.03)
6. 주요계약 및 연구개발활동

6.1. 경영상의 주요계약

본 보고서 제출일 기준 현재 당사가 체결중인 주요계약은 다음과 같습니다.

6.1.1. 주요 매출 계약(기준: 2026. 03. 31.)

연번	계약상대방	계약 기간	계약의 목적 및 내용	비고사항(주1)	적용 서비스

1	美A사	2023.10.12.- 2026.10.11.	Master Service Agreement (포괄 서비스 용역 계약)3년 동안 계약 가격 적용 분석서비스 제공	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체 : USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

2024.01.19 - 2025.12.31	위 MSA 하 세부분석계약(Statement of Work)(신약 후보물질의 약력학 바이오마커 개발 및 분석)

2025.09.11 - 2028.12.31	위 MSA 하 세부분석계약(Statement of Work)(신약 후보물질의 임상시험에서 얻어진 검체 샘플 분석)

2	韓SE사	2024.11.18 - 2026.11.17	Master Service Agreement (포괄 서비스 용역 계약, 2년)	업무 범위에 따라 금액 결정	PPI Landscape®

2024.11.18 - 2025.10.31	위 MSA 하 세부분석계약(Statement of Work)(항체 신약 후보물질의 물성 개량)

3	亞P사	2025.03.12 - 2027.03.11	Master Service Agreement (포괄 서비스 용역 계약, 2년)	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체: USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

2025.03.12 - 2025.05.11	위 MSA 세부분석계약(Statement of Work)(피부질환 기작 분석)

2025.03.12 - 2027.03.11	위 MSA 하에서 세부분석 계약(Statement of Work)(피부질환 기작 분석)

2025.03.12 - 2027.03.11	위 MSA 하에서 세부분석 계약(Statement of Work)(피부질환 기작 분석)

4	韓J사	2024.11.16 - 2025.06.14	Service Agreement (개별 서비스 용역)(STAT3 타겟 약제의 바이오마커 개발 및 평가)	PPI PathFinder®

5	韓L사	2025.07.21 - 2025.08.31	Service Agreement (개별 서비스 용역)(항체 스크리닝)	PPI Landscape®

6	韓L사	2025.08.28 - 2030.08.27	Master Service Agreement (MSA, 포괄서비스 용역 계약, 5년)	업무 범위에 따라 금액 결정	PPI Landscape®

2025.12.01 - 2026.03.31	위 MSA 하에서 세부분석 계약(Statement of Work)(항체 신약 후보물질의 최적화 및 개발)

7	歐S사	2025.05.25 - 2025.07.24	Service Agreement (개별 서비스 용역)(타겟 질환과 관련한 검체 분석)	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체: USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

8	歐S사	2025.11.30 - 2026.06.30	Service Agreement (개별 서비스 용역)(타겟 질환과 관련한 검체 분석)	비임상 검체 : USD $3,000/specimen임상 검체: USD $5,000/specimen	PPI PathFinder®

9	韓Q사	2025.10.15 - 2026.01.31	Service Agreement (개별 서비스 용역)(타겟 질환과 관련한 검체 분석)	PPI PathFinder®

10	韓Y사	2025.12.01 - 2026.05.29	Service Agreement (개별 서비스 용역)(항체 성능 개량 작업)	PPI Landscape®

11	韓D사	2026.01.05 - 2026.06.30.	Service Agreement (개별 서비스 용역)(항체 성능 개량 작업)	PPI Landscape®

12	韓C사	2026.03.01 - 2026.09.30	Service Agreement (개별 서비스 용역)(항체 성능 개량 작업)	PPI Landscape®

주1) 비임상 검체 및 임상 검체 샘플 분석 기준 가격이며, 계약 규모 및 분석 난이도에 따라 변동될 수 있습니다.

6.1.2. 주요 매입계약

계약상대방	계약 체결시기 및 계약기간	계약의 목적 및 내용	계약금액 또는대금수수방법

B사	2026년 2월 12일~2027년 8월 31일	신약 후보 물질 개발에 따른 개발비용 집행	계산서 발행일 후 45일 이내

G사	2026년 3월 25일~2026년 12월 31일	신약 연구개발비	계산서 발행일 후 45일 이내

6.1.3. 특허계약

계약상대방	계약 체결시기 및 계약기간	계약의 목적 및 내용	계약금액 또는대금수수방법

한국과학기술원
(KAIST)	계약체결시기: 2015.09.30계약기간: 2015.09.30~2020.09.30	교원창업에 따른 기술실시 계약	선급기술료: 3,000만원추가기술료: 5,000만원

한국과학기술원
(KAIST)	계약체결시기: 2020.10.01계약기간: 2020.10.01~특허권 만료일	교원창업에 따른 기술실시 계약	-

서울대학교 산학협력단,서울대학교 병원	계약체결시기: 2020.07.29계약기간: 2020.07.29~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (1건)	13,500만원

서울대학교 산학협력단	계약체결시기: 2021.03.24계약기간: 2021.03.24~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (3건)	선급금: 2,000만원 마일스톤: 3,000만원

한국과학기술원
(KAIST)	계약체결시기: 2024.12.04계약기간: 2024.12.04~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (24건)	정액기술료 1차: 10,000만원정액기술료 2차: 10,000만원

서울대학교 산학협력단	계약체결시기: 2025.01.20계약기간: 2025.01.20~특허권 만료일	특허 기술 양수 계약 (3건)	1차 선급금 : 3,000만원2차 선급금: 5,000만원

6.2. 연구개발 조직

당사 기업부설연구소는 연구개발 효율성과 전문강화를 위하여 RED 부문과 SPID 플랫폼 개발 부문의 2개 부문으로 구성되어 있으며, 총 4개 유닛과 10개 팀으로 운영되고 있습니다. RED (Research Early Development) 부문은 바이오마커 솔루션 및 신약 연구개발을 담당하는 조직으로, 신규 타깃 발굴, 후보 물질 도출 및 최적화, 전임상 연구 등 신약 개발의 초기 단계 연구를 수행하고 있습니다. 본 부문은 연구 분야별 전문성을 기반으로 총 4개 유닛으로 구성되어 있으며, 각 유닛은 세부 연구 영역에 따라 팀 단위 조직으로 운영되고 있습니다.SPID 플랫폼 개발 부문은 당사의 핵심 기술인 SPID 플랫폼의 고도화 및 운영을 담당하는 조직으로, 단백질 간 상호작용 분석 기술과 관련 장비 및 소프트웨어의 연구개발을 수행하고 있습니다. 또한, PPI 빅데이터 생산 및 분석 체계 구축을 담당하고 있습니다. 이를 통해 신약 연구개발을 지원하는 동시에 기술의 지속적인 고도화를 추진하고 있습니다.

6.3. 연구개발 비용

당사의 최근 3년간 경상연구개발비용은 다음과 같습니다. 당사는 연구개발에 소요되는 모든 비용을 당기 비용으로 회계처리하고 있습니다.

[연구개발 비용 현황]
(단위: 백만원, %)

구 분	2026년(제12기 1분기)	2025년(제11기)	2024년(제10기)	비고

비용의
성격별 분류	연구재료	1,786	2,699	3,248

인건비	936	3,696	2,163

공동연구 및 위탁연구	410	1,022	369

기타	-	-

연구개발비용 합계	3,132	7,417	5,780

회계처리
내역	판매비와 관리비	4,135	9,228	6,809

제조경비	-	-

개발비(무형자산)	-	-

회계처리금액 계	4,135	9,228	6,809

정부보조금	(1,003)	(1,811)	(1,029)

연구개발비용 합	3,132	7,417	5,780

연구개발비 / 매출액 비율
[연구개발비용합계÷당기매출액×100]	1,853	251	251

6.4. 연구개발실적6.4.1. 연구개발활동의 개요

당사는 단백질 상호작용(Protein-Protein Interaction, 이하 PPI)을 정량적으로 분석하는 기술 및 장비에 대한 원천기술을 기반으로 설립되었습니다. 설립 이후 정부과제 수행 및 자체 기술 개발을 통해 PPI PathFinder®, PPI Landscape®와 같은 기술제품과 Pi-View 및 Pi-Chip과 같은 기기제품을 개발하고 상용화하였습니다. 당사의 기술은 최우수 국제 학술지에 게재하여 기술력을 입증하였고, 총 63건의 국내외 특허출원을 통해 기술을 법적으로 보호하여 독점적 사업 지위를 확보하고 있습니다.

6.4.2. 정부과제 수행실적

당사는 본 보고서 제출일 기준, 과학기술정보통신부, 산업통상자원부, 중소벤처기업부, 보건복지부 등 정부 부처가 주관하는 다양한 연구개발 과제에 선정되어, 당사 수령 기준 약 203억 원 규모의 정부출연금을 유치하였습니다. 이를 기반으로 당사는 바이오마커 분석 솔루션 서비스 및 항체-항원 빅데이터 생성, 이를 활용한 신약개발 사업에 적용되는 원천기술의 개발, 실현 가능성 검증, 프로토타입 개발, 국내외 임상연구 등을 수행하고 있습니다. 주요 실적은 다음과 같습니다.

2017년 7월부터 2019년 12월까지 수행한 산업통상자원부 주관 과제를 통해, 원천기술 구현을 위한 하드웨어인 SPID Platform Systems의 Pi-Chip 코팅 공정을 최적화하고 Pi-View 시제품을 개발하였으며, 이를 통해 임상검체 분석이 가능하도록 기술을 확보하였습니다.

2018년 4월 1일부터 2022년 12월 31일까지 수행한 과학기술정보통신부 주관 과제를 통해 BCL2 단백질의 단백질 간 상호작용(PPI)을 저해하는 약물의 반응성을 예측할 수 있는 진단법을 개발하였습니다. 해당 진단법은 현재 美 A사, 歐 R사, 亞 T사, 歐 S사 등 글로벌 제약사에 서비스 형태로 제공되고 있습니다.

2024년 4월 과학기술정보통신부 주관 과제에 선정되어, 2024년 4월 1일부터 2026년 12월 31일까지 '클라우드 기반 AI 항체은행 구축' 프로젝트를 수행하고 있습니다. 본 과제는 정부출연금 총 150억 원 규모로, 서울대학교 백민경 교수 및 정준호 교수 연구팀과 공동으로 진행 중이며, 신약 설계 AI의 개발 및 상업화를 목표로 하고 있습니다. 이 과정에서 당사의 PPI Landscape® 기술이 핵심적으로 활용되고 있습니다.

2025년 10월 보건복지부 주관 'AI 설계 및 대규모 실험 데이터 피드백 기반 고속ㆍ병렬 항체 바이오의약품 개발 파이프라인 구축' 과제에 선정되어, 2025년 10월 1일부터 2027년 12월 31일까지 총 27개월간 수행하고 있습니다. 본 과제는 총 사업비 약 470억 원(정부출연금 303억 원) 규모로, 당사(주관기관), 서울대학교(참여기관), 삼성바이오에피스(참여기관)가 공동으로 참여하고 있습니다. 본 사업을 통해 항체 설계 AI 모델을 활용하여 항체 신약 후보물질 10종을 개발하고, 27개월 내 1종 이상의 임상시험 진입 또는 기술이전을 목표로 하고 있습니다. 이러한 연구개발을 통해 당사의 PPI Landscape® 기술은 신약 개발 분야에서의 경쟁력을 한층 강화하고, 확고한 시장 내 입지를 구축할 것으로 기대됩니다.

[정부과제 실적 정리]

연구과제명	주관부서	연구기간(YY.MM.DD)	정부출연금(천원)	관련제품	상태	비고

암환자 상용표적치료제 반응성 예측을 위한 HER family(EGFR, HER2, HER3) 표적 항암치료제의 단백질 상호작용 진단기술을 이용한 '신뢰도 80% 이상 체외 동반진단' 시스템 개발	산업통상자원부	17.07.01~19.12.31	1,325,000	PPI PathFinder®	완료

단백질 상호작용 단분자 측정을 통한 표적 및 면역 항암제에 대한 비소세포폐암 감수성 예측기술 및 의료기기 개발	과학기술정보통신부	18.04.01~22.12.31	742,500	PPI PathFinder®	완료

2022년 수출지원기반활용사업	산업통상자원부	22.07.01~23.04.30	29,995	PPI PathFinder®	완료

2022년 바이오의약품 원부자재 상용화 지원 사업	한국건설생활환경시험연구원	22.08.01~22.12.02	50,908	PPI PathFinder®	완료

2023년 바이오의약품 원부자재 상용화 지원 사업	한국건설생활환경시험연구원	23.05.15~23.10.31	20,649	PPI PathFinder®	완료

2023년 바이오의약품 원부자재 상용화 지원 사업- 시제품 제작	인천테크노파크	23.05.15~23.10.31	11,266	PPI PathFinder®	완료

2023년 미국 바이오ㆍ디지털헬스케어 수출현지화 프로그램	중소벤처기업진흥공단	23.06.01~23.09.30	61,772	PPI PathFinder®	완료

대규모 항체-항원 상호작용 데이터 생성에 기반한
맞춤형 항체 설계 인공지능 구축	과학기술정보통신부	24.04.01~26.12.31	4,290,000	PPI Landscape®	수행중	총 과제비 150억원 중 당사 배정 금액

SPID 플랫폼 기반 면역분석용 Pi-chip 양산을 위한 Glass 표면처리 및 PEG 코팅 공정 자동화 시스템 구축	중소벤처기업부	25.04.01~25.11.30	91,675	Pi-Chip	완료

AI 설계 및 대규모 실험 데이터 피드백 기반 고속/병렬 항체 바이오의약품 개발 파이프라인 구축	보건복지부	25.10.01~27.12.31	13,635,000	PPI Landscape®	수행중	총 과제비 303억원 중 당사 배정 금액

총 정부출연 금액	20,258,765	-

6.4.3. 자체 연구개발 실적

당사는 핵심기술의 개발, 검증 및 제품 구현의 단계에 따라 최우수 국제 학술지에 기술을 발표하여 기술의 우수성을 입증하였습니다.

연도	개요	학술지	제목

2013	SPID 기술 기본원리정립 및 최초 구현	Nature Communications	Real-time single-molecule co-immunoprecipitation analyses reveal cancer-specific Ras signaling dynamics

2013	SPID 기술의 상세 구현	Nature Protocols	Real-time single-molecule coimmunoprecipitation of weak protein-protein interactions

2018	EGFR 수용체 PPI 분석적용 및 TKI 반응성 예측 가능성 입증	Nature BiomedicalEngineering	Profiling of protein-protein interactions via single-molecule techniques predicts the dependence of cancers on growth-factor receptors

2019	단일세포 수준에서 SPID 기술 적용을 통한 PPI 분석기술 개발	Lab on a Chip	Profiling protein-protein interactions of single cancer cells with in situ lysis and co-immunoprecipitation

2020	HER2-HER3 수용체 간 PPI 분석기술 개발	eLife	Single-molecule functional anatomy of endogenous HER2-HER3 heterodimers

2024	PPI PathFinder® BCL2 Dx제품 개념 검증	Nature BiomedicalEngineering	Predicting the efficacy of BH3 mimetics through the profiling of multiple protein complexes in acute myeloid leukemia

2024	BTK 활성도 측정법 개발	Nature Communications	Combination of acalabrutinib with lenalidomide and rituximab in relapsed/refractory aggressive B-cell non-Hodgkin lymphoma: a single-arm phase II trial

2024	AML에서의 BCL2의 BH3 유사체의 BCL2 Family PPI 억제 효과 예측 모델	Nature BiomedicalEngineering	Profiling protein-protein interactions to predict the efficacy of B-cell-lymphoma-2-homology-3 mimetics for acute myeloid leukaemia

당사의 개발팀은 단백질 상호작용 분석 기술을 구현하는 분석장비, 분석칩, 분석법을 하기 표와 같이 개발하고, 이를 적용한 Pi-View, Pi-Chip 기기 및 이를 통해 구현하는 두 기술제품 PPI PathFinder® 및 PPI Landscape®를 상용화하여 매출을 발생시키고 있습니다.

구분	연구개발	개발부서	연구기간	관련제품

분석장비	자동화 단일분자 이미징 시스템 개발	SPID플랫폼 개발부문	2020.04 ~ 2023.12	Pi-View 1.0

분석장비	고속 측정 Pi-Chip 384 지원 이미징 시스템 개발	SPID플랫폼 개발부문	2023.10 ~ 2025.05	Pi-View 2.0

분석칩	임상검체 PPI 분석을 위한 고정밀 PPI 분석칩 개발	SPID플랫폼 개발부문	2019.05 ~ 2023.08	Pi-Chip 40

분석칩	대규모 데이터 생산을 위한 384 조건 동시 PPI 분석칩 개발	SPID플랫폼 개발부문	2023.03 ~ 현재	Pi-Chip 384

분석 SW	단일분자 이미지 분석 기술 개발 및 GUI 기반 자동화 프로그램 개발	SPID플랫폼 개발부문	2020.04 ~ 2023.12	Pi-Viewer 1.0

분석 SW	Pi-View 2.0 지원 및 머신러닝 기반 단일분자 이미지 분석 기술 개발	SPID플랫폼 개발부문	2023.10 ~ 현재	Pi-Viewer 2.0 / Analyzer 2.0

분석법	비소세포폐암 및 유방암에서 PPI 분석 기술 확보	RED부문	2015.03 ~ 2020.04	PPI PathFinder® RTK

분석법	말초혈액세포에서 BCL2 바이오마커 개발 및 약동학 분석 기술 확립	RED부문	2019.03 ~ 2024.07	PPI PathFinder® BCL2

분석법	AML 환자에서 BCL2 표적저해제 반응성 예측모델 개발	RED부문	2021.03 ~ 현재	PPI PathFinder® BCL2 Dx

분석법	혈액암에서 BTK 표적치료제 반응성 평가를 위한 BTK 활성도 측정	RED부문	2020.03 ~ 2022.11	PPI PathFinder® BTK

분석법	항체-항원 결합력 분석에 기반한 Lead 선별 및 최적화	RED부문	2023.12 ~ 현재	PPI Landscape®

분석법	NLRP3 Innate Immune 검출을 통한 질병의 분자적 진단기법 개발	RED부문	2021.04 ~ 현재	PPI PathFinder® Innate Immunity

신약개발	골관절염 DMOAD 신약 후보물질 개발	RED부문	2019.04. ~ 현재	PRT101

신약개발	당뇨ㆍ비만 대사 질환 치료를 위한 항체 신약 개발	RED부문	2024.12 ~ 현재	PRT1309, 130X/Y

신약개발	anti-TNFα 기반의 자가면역질환 치료를 위한 항체 신약 개발	RED부문	2024.09 ~ 현재	PRT1207, 1208