프로티나 사업보고서 (2025.12)
2. 주요 제품 및 서비스

2.1. 주요 제품 등의 현황 당사는 15년 이상의 연구개발을 거쳐 정제 없이 단일분자 수준의 PPI 분석을 위한 독자적인 SPID 플랫폼 기술을 개발하였으며, 당 플랫폼 기술은 PPI 전용 분석 칩 'Pi-Chip', PPI 고속ㆍ대량 분석 이미징 장비 'Pi-View', 자동 분석 소프트웨어 'Pi-InSight'로 구성된 시스템(Systems)으로 구현됩니다.

당사는 SPID 플랫폼의 확장성을 기반으로 현재까지 총 3개의 제품군을 상용화하였습니다. 2020년에 다국적 제약사들의 임상 효율화를 지원하는 PPI 바이오마커 개발 솔루션 'PPI PathFinder®', 2024년에는 PPI 빅데이터 생성 기반 항체 디자인 및 신약개발 솔루션 'PPI Landscape®'을 출시하였으며, 또한 SPID 플랫폼의 저변 확대를 위해 연구용 특화 장비를 출시하면서 신약 개발 전주기에 걸쳐 당사의 기술이 활용될 수 있는 솔루션과 플랫폼을 공급하고 있습니다.

제품명	분류	활용(제공)범위

PPI
PathFinder®	솔루션	1. 표적 결합 확인(Target engagement)을 포함한 약물 작용 기전 분석
2. 약력학(Pharmacodynamics) 분석 정보로 약물의 최적 투여 용량 결정 근거 데이터 제공
3. 분자진단 및 표적항암제 반응성 예측 바이오마커 개발
4. 상기 바이오마커 기반의 진단기기 및 동반 진단기기 개발

PPI
Landscape®	솔루션/신약개발	1. 항체 디자인 (Optimization Maturation)
2. 항체 재생성(Recreation)
3. 항체 신약 설계(Creation by rational design)4. 대규모 PPI 빅데이터의 생성 및 학습을 통한 AI 신약개발

2.1.1. PPI PathFinder® - 차세대 PPI 바이오마커 개발 솔루션

PPI PathFinder®는 PPI 분석 정보를 기반으로 한 바이오마커 개발 솔루션입니다. 당사는 현재까지 상용화 가능한 3개 단백질군(Protein family)에 대한 바이오마커 분석법을 개발하였으며 다양한 단백질군 타겟으로 개발 가능성을 검증했습니다. 당사가 개발한 PPI 바이오마커는 실제 임상 환경에서 회득되는 미량의 환자 샘플에서 약물의 표적결합 및 측정 바이오마커의 변화를 분석할 수 있어 현재 다국적 제약사들의 임상 효율화를 높이기 위해 활용되고 있습니다.

[PPI PathFinder®를 이용한 PPI 바이오마커 개발 현황]

표적	내용

BCL2 family	세포사멸신호 조절과 연관된 것으로 알려진 단백질군

선천면역복합체	선천 면역을 조절하는 복수의 단백질로 구성된 거대 복합체

STAT3	암, 염증, 면역질환, 섬유화 질환 등과 연관된 것으로 알려진 단백질

분자생물학에서 단백질은 생명 현상을 조절하는 핵심 기능 단위이나, 대부분의 생물학적 기전은 단일 단백질의 작용이 아닌 단백질 간 상호작용(Protein-Protein Interaction)을 통해 수행됩니다. 세포 내 신호전달 네트워크는 수만 가지의 PPI 결합 및 해리에 의해 제어되며, 이러한 네트워크의 비정상적인 변형은 암, 자가면역질환, 퇴행성 뇌질환 등 중증 질환의 직접적인 원인이 됩니다.

기존의 바이오마커 기술은 주로 특정 단백질의 발현량(Concentration)이나 인산화(Phosphorylation)와 같은 단편적인 상태 변화만을 측정해 왔습니다. 그러나 단백질의 농도 변화만으로는 해당 단백질이 실제 질병 경로(Pathways)에서 활성화되어 있는지, 혹은 약물 타깃과 유의미하게 결합하고 있는지를 파악하는 데 한계가 있습니다.

PPI 바이오마커는 세포 및 동물 모델을 대상으로 하는 전임상 단계부터, 사람을 대상으로 하는 임상시험 단계까지 폭넓게 활용될 수 있습니다. 전임상 단계에서는 ▲신약 기전 규명, ▲약물과 표적 단백질 간의 결합 평가, ▲단독 또는 병용 투여 효과 분석, ▲적응증 탐색 등에 활용됩니다. 임상 단계에서는 ▲환자 선별법 개발, ▲약물의 투여 용량 최적화, ▲약물 효과 추적, ▲시판 후 용량 최적화 등에 활용될 수 있습니다. 또한, PPI 바이오마커는 임상시험 과정 중에 고객사의 약물과 함께 활용되어 약물의 치료 효과를 높이는 동반진단 제품으로 개발될 수 있으며, 이미 허가된 약물의 환자 선별을 위한 보조 진단 제품으로도 적용이 가능합니다.

당사의 PPI 기반 바이오마커 개발은 기존에 없던 혁신 기술로, 고객사의 메인 프로젝트 개발과정에 도입까지 다년간의 기술 검증을 거쳤습니다. 당사의 PPI PathFinder®는 글로벌 제약사들이 기존의 분석법으로는 보지 못했던 부분들에 대해서 신뢰하고 의사결정을 할 수 있는 새로운 데이터와 정보를 제시하여 임상 효율성을 높이는데 기여합니다. 이를 기반으로 다수의 글로벌 제약사들이 반복해서 당사랑 계약을 해왔으며 현재도 기술 검증을 넘어 추가 수주 계약으로 이어지고 있습니다.

기술의 발전과 함께, 규제 당국은 실제 질병의 상태를 정밀하게 반영하고 환자에게 보다 안전한 약을 개발할 것을 제약사에 요구하고 있습니다. 기존의 단백질 검출법은 단백질의 양이나 상태 변화를 파악할 수는 있지만, 이들이 실제로 어떻게 상호작용하며 네트워크를 형성하는지는 설명하지 못했습니다. 이러한 한계는 신약 개발사들이 겪는 가장 큰 미충족 수요(Unmet Needs) 중 하나였습니다. 당사의 PPI PathFinder®는 이와 같은 수요에 대한 해결책을 제시함으로써, 제약사에는 환자 샘플에서 분석한 데이터에 기반한 의사결정을 가능하게 하고, 환자에게는 보다 안전하고 효과적인 치료 기회를 제공합니다.

2.1.2. PPI Landscape® - 항체 신약 개발 솔루션 / 공동개발 / 자체개발

당사의 PPI Landscape®는 독자적인 SPID(Single molecule Protein Interaction Detection) 플랫폼을 통해 확보한 항원-항체 간 상호작용 빅데이터를 기반으로 하는 차세대 항체 신약 개발 솔루션입니다. 본 솔루션은 단순히 항체의 결합 유무를 확인하는 수준을 넘어, 항체와 항원이 형성하는 인터페이스(Interface)의 동역학적 특성을 단일 분자 수준에서 정량화합니다. 이를 통해 초기 항체 서열을 의약품으로서의 효능과 물성이 최적화된 후보물질로 개발하는데 핵심적인 역할을 수행합니다.

일반적인 항체 신약 개발 과정에서는 우수한 결합력을 가진 후보물질을 발견하더라도, 이후 공정 개발 단계에서 낮은 생산성(Productivity), 불충분한 열안정성(Thermostability), 혹은 높은 면역원성(Immunogenicity)으로 인해 임상이 실패하는 사례가 빈번합니다.

PPI Landscape®는 이러한 리스크를 선제적으로 제거하기 위해 고속 탐색(High-throughput screening, HTS) 기술과 항체 변이 라이브러리 스크리닝(Antibody Library Screening)을 결합하였습니다. 당사의 솔루션은 극미량으로 발현된 항체만으로도 결합력(Affinity), 생산성(Productivity), 열안정성(Stability), pH 민감성, 세포 내재화, 면역원성 등 개발 가능성(Developability)과 관련된 포괄적 데이터를 신속하게 평가할 수 있습니다. 이를 기반으로 항원에 결합하는 최적의 항체 서열을 탐색하고, 결합력이 우수하면서도 생산성과 안정성 등 다양한 물성을 충족하는 항체 신약 후보를 도출할 수 있습니다.

활용 범위: 신규 항체 및 바이오베터(Bio-better) 개발

당사의 PPI Landscape®는 기존에 허가되거나 현재 임상중인 항체의약품을 고도화하는 바이오베터 및 신규 항체 개발에도 최적화되어 있습니다. 기존 항체의 골격과 구조적 안정성은 유지하되, 특정 아미노산 서열을 정밀하게 교체함으로써 결합력을 강화하거나 개발 가능성을 평가할 수 있습니다. 작용 기전을 부여합니다. 기허가 약물 대비 투여 간격을 늘리거나(반감기 증대), 투여량을 줄여도 동일한 효과를 내는(결합력 향상) 성능이 우수한 물질을 도출할 수 있습니다.

기존의 항체 개발 방식은 수많은 시행착오(Trial and Error)를 거쳐 오랜 기간이 소요되었으나, PPI Landscape®는 실측 데이터 기반의 라이브러리 생성 및 스크리닝을 통해 개발 기간을 획기적으로 단축할 수 있습니다. 이는 신약 개발 비용의 절감뿐만 아니라, 특허 존속 기간 내 조기 시장 진입(Time-to-market)을 가능케 하여 신약 가치를 극대화하는 경제적 가치를 부여할 수 있습니다.

출처: Journal of Biomedical Science volume 27, Article number: 1 (2020)

기존의 항체 치료제 개발에서는 초기 후보 물질을 확보하기 위해 ▲항원을 제작한 뒤 동물 모델을 통해 항체 생산을 유도하거나, ▲제작한 항원을 미생물이 발현하고 있는 항체 라이브러리(phage display)에 넣어 선별하거나, ▲이미 항체가 생성된 사람의 B세포를 분리해 항체 유전자를 추출하는 방식 등이 사용됩니다. 이러한 방식은 초기 물질 발굴(Discovery) 하는 데만 짧게는 2개월에서 최대 10개월이 소요되며 성공 여부를 보장할 수 없다는 한계가 존재합니다.

출처: 당사자료

항체가 특정 항원(질병을 유발하는 물질)을 인식하고 결합하는 데에는, 항체 내 CDR(상보적 결정 영역, Complementarity-Determining Region)의 서열(Sequence)이 핵심적인 역할을 합니다. PPI Landscape®는 이 CDR 내에서 항원과 잘 결합할 수 있는 서열의 위치, 즉 결합력(Affinity)을 최적화할 수 있는 핵심 부위(hot-spot)를 식별할 수 있습니다. 이러한 핫스팟을 기반으로 단일(single) 또는 다중(multiple) CDR 영역들 간 유전자 서열 재조합(combination)을 통해 결합력을 높이기 위한 논리적 설계(rational design)가 가능합니다. 데이터 기반의 과정을 통해 결합력, 구조적 안정성, 생산성 등 목표한 물성이 우수한 항체 서열을 신속하게 도출하고, 최적화된 항체를 설계할 수 있습니다.

당사는 PPI Landscape® 사업모델로 ▲신약의 공동 개발 및 수익 공유, ▲자체 개발 신약의 기술이전(L/O) 등을 추진하고 있습니다. 사업화 초기에는 당사 기술에 대한 검증 및 신뢰성 확보를 위한 항체 개발 서비스를 중심으로 단기 수익을 창출하였으며, 이후에는 항체 기반 의약품을 개발 중인 파트너사와 공동 개발을 통해 지적 재산권과 수익을 공유하는 모델로 확장하고 있습니다.

기존의 항체 신약 보다 더 성능이 뛰어난 개량형 항체 신약(BioBetter)을 자체 개발하여 기술이전하는 모델도 함께 추진 중입니다. 이의 일환으로 당사는 2025년 10월 1일부터 보건복지부 주관의 'AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증' 사업에 선정되어 서울대와 삼성바이오에피스와 함께 항체 신약 공동개발에 착수하였습니다. 본 과제의 수행기간인 27개월 내에 10개의 파이프라인을 확보하고, 최소 1개 파이프라인의 임상 신청 또는 기술이전을 목표로 하고 있습니다.

당사는 다년간 축적된 고품질의 PPI 결합 데이터를 바탕으로 자가면역질환, 대사질환(비만), 골관절염 등 단백질 간 상호작용의 정밀한 조절이 필수적인 질환군을 우선 타깃으로 하며, PPI Landscape® 솔루션을 활용하여 후보물질 도출 단계에서부터 결합력, 열안정성, 생산성 등 '개발 가능성(Developability)' 지표를 평가 후 자체적으로 물질을 개발하고 있습니다. 이를 통해 임상 시험 전단계에서 다양한 지표를 사전에 평가하고, 기존 약물 대비 투여량은 줄이면서 효능은 극대화한 바이오베터(Bio-better) 및 혁신 신약(First-in-class) 파이프라인을 확보하여 기술 수출(L/O)을 통한 조기 수익 창출과 중장기적 로열티 수입을 도모합니다.

활용 범위: AI 신약 개발

당사는 세계 선두업체 대비 월등한 PPI빅데이터 생성 역량을 기반으로 디지털 환경에서 항체 신약 후보물질을 설계하고 최적화하는 AI 기반 신약 개발 사업을 영위합니다. 기존 AI 신약 개발의 주요 병목구간인 '도출된 대량의 항체 생산 및 고속ㆍ대량 실험적 검증' 문제를 해결하기 위해, 당사는 주당 만개이상의 단백질 상호작용 리얼 데이터(Real Data)를 AI기반 신약개발에 활용하고 있습니다. 당사의 AI기반 신약개발은 서울대학교(백민경 교수)와 공동 개발한 항체 설계 AI인 'AbGPT-3D'와 자사의 초고속ㆍ다지표 실험 검증 플랫폼인 'SPID'를 유기적으로 결합한 '랩인더루프(Lab-in-the-loop)' 시스템을 핵심으로 합니다.

AI가 대량으로 설계한 항체 서열을 SPID 플랫폼을 통해 별도의 정제 과정 없이 결합력, 생산성, 열안정성 등 7가지 핵심 물성 지표로 평가하며, 확보된 대규모 실험 데이터를 다시 AI에 피드백하여 설계 성공률과 모델 성능을 지속적으로 고도화합니다. 이를 바탕으로 한 사업화 전략은 투트랙(Two-track)으로 전개되는데, 기존 상용화 항체의 성능(결합력, 반감기 등)을 획기적으로 개선해 조기 기술이전을 노리는 '베스트인클래스(Best-in-Class) 바이오베터 개발을 우선적으로 수행할 예정이며 중장기적으로 미충족 의료 수요를 겨냥한 새로운 모달리티를 창출하는 '혁신 신약'을 개발할 예정입니다.

2.2. 주요 서비스 등의 매출 현황(단위: 천원,%)

사업부문	매출유형	품목	2025년도 (제11기)	2024년도 (제10기)	2023년도 (제9기)

금액	비율	금액	비율	금액	비율

PPI PathFinder®	서비스
매출	PPI PathFinder®- BCL2	수출	248,326	8.42%	1,611,973	70.06	283,443	49.03

내수	0	0.00%	-	-	-	-

합계	248,326	8.42%	1,611,973	70.06	283,443	49.03

PPI PathFinder®- 선천면역복합체	수출	52,741	1.79%	72,885	3.17	101,150	17.50

내수	200,000	6.78%	-	-	-	-

합계	252,741	8.56%	72,885	3.17	101,150	17.50

PPI PathFinder®- STAT3	수출	0	0.00%	-	-	-	-

내수	126,000	4.27%	18,000	0.78	-	-

합계	126,000	4.27%	18,000	0.78	-	-

PPI Landscape®	서비스
매출	PPI Landscape®- 항체개량	수출	0	0.00%	-	-	-	-

내수	250,000	8.47%	-	-	-	-

합계	250,000	8.47%	-	-	-	-

SPID Platform Systems	제품
매출	SPID Platform Systems	수출	2,506	0.08%	-	-	-

내수	2,071,345	70.19%	597,864	25.99	193,540	33.48

합계	2,073,851	70.28%	597,864	25.99	193,540	33.48

합계	수출	303,573	10.29%	1,684,858	73.23	384,593	66.52

내수	2,647,345	89.71%	615,864	26.77	193,540	33.48

합계	2,950,918	100.00%	2,300,722	100.00	578,133	100.00

2.3. 주요 제품 등의 가격변동 추이 당사가 제공하는 주요 서비스의 가격은 시장에서 경쟁하는데 중요한 요소로 작용하기 때문에 기재를 생략합니다.