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프로티나 분기보고서 (2026.03)
분 기 보 고 서

(제 12 기)

사업연도 2026.01.01 부터
2026.03.31 까지

금융위원회
한국거래소 귀중 2026 년 5 월 15 일

제출대상법인 유형 : 주권상장법인
면제사유발생 : 해당사항 없음

회 사 명 : 주식회사 프로티나
대 표 이 사 : 윤태영
본 점 소 재 지 : 서울특별시 구로구 디지털로33길 11, 13층 1301호(구로동, 에이스테크노타워8차)
(전 화) 02-6959-9309
(홈페이지) https://www.proteina.co.kr
작 성 책 임 자 : (직 책) 경영지원본부장 (성 명) 이대승
(전 화) 02-6959-9309
1. 회사의 개요

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서 본 항목의 기재를 생략합니다.
2. 회사의 연혁

2.1. 경영진 및 감사의 중요한 변동

변동일자	주총종류	선임	임기만료또는 해임

신규	재선임

2023.05.14	임시주총	사내이사 최병산사내이사 류지영기타비상무이사 이상훈기타비상무이사 오승윤	대표이사 윤태영사내이사 이홍원	사외이사 이상훈 (임기만료)사외이사 오승윤 (임기만료)

2024.09.05	임시주총	감사 윤주환사외이사 하택집	사내이사 이대승	사외이사 김한수 (임기만료)

2024.11.27	임시주총	사외이사 박용호	-	-

2026.03.30	정기주총	사내이사 김재영	대표이사 윤태영사내이사 이홍원사내이사 최병산	기타비상무이사 이상훈 (사임)기타비상무이사 오승윤 (사임)사내이사 류지영 (사임)
3. 자본금 변동사항

(단위 : 주, 원)

종류	구분	12기당분기말	11기(2025년말)	10기(2024년말)

보통주	발행주식총수	10,939,480	10,939,480	9,239,365

액면금액	100	100	100

자본금	1,093,948,000	1,093,948,000	923,936,500

우선주	발행주식총수	-	-	-

액면금액	-	-	-

자본금	-	-	-

기타	발행주식총수	-	-	-

액면금액	-	-	-

자본금	-	-	-

합계	자본금	1,093,948,000	1,093,948,000	923,936,500
4. 주식의 총수 등

4.1. 주식의 총수 현황

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 주, %)

구 분	주식의 종류	비고

보통주	종류주식	합계

Ⅰ. 발행할 주식의 총수	100,000,000	100,000,000	100,000,000	주1

Ⅱ. 현재까지 발행한 주식의 총수	10,939,480	1,000,319	11,939,799	-

Ⅲ. 현재까지 감소한 주식의 총수	-	1,000,319	1,000,319	-

1. 감자	-	-	-	-

2. 이익소각	-	-	-	-

3. 상환주식의 상환	-	-	-	-

4. 기타	-	1,000,319	1,000,319	주2

Ⅳ. 발행주식의 총수 (Ⅱ-Ⅲ)	10,939,480	-	10,939,480	-

Ⅴ. 자기주식수	-	-	-	-

Ⅵ. 유통주식수 (Ⅳ-Ⅴ)	10,939,480	-	10,939,480	-

Ⅶ. 자기주식 보유비율	-	-	-	-

주1) 당사는 정관상 발행할 주식의 총수를 종류별로 지정하고 있지 않습니다. 보통주 및 종류주식의 발행가능한 주식의 총수는 100,000,000주로 하고 있습니다.
주2) 전환상환우선주 1,000,319주는 2024년 9월 모두 보통주로 전환되었습니다.

4.2. 자기주식4.2.1. 자기주식 취득 및 처분 현황 당사는 공시대상기간 중 해당사항 없습니다.

4.2.2. 자기주식 직접 취득ㆍ처분 이행현황 당사는 공시대상기간 중 해당사항 없습니다.

4.2.3. 자기주식 신탁계약 체결ㆍ해지 이행현황 당사는 공시대상기간 중 해당사항 없습니다.

4.2.4. 자기주식 소각현황 당사는 공시대상기간 중 해당사항 없습니다.

4.2.5. 자기주식 보유현황 당사는 공시대상기간 중 해당사항 없습니다.

4.2.6. 종류주식 발행현황 당사는 공시대상기간 중 해당사항 없습니다.
5. 정관에 관한 사항

당사는 기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 본 항목을 기재하지 않으며, 반기 및 사업보고서에 기재할 예정입니다.
1. 사업의 개요

당사는 단백질-단백질 상호작용(이하 'PPI')을 정제없이 단일분자 수준까지 고속ㆍ대량으로 분석할 수 있는 플랫폼 기술을 보유한 PPI 빅데이터 기업입니다. 독자적으로 개발한 SPID (Single molecule Protein Interaction Detection, 단일분자 단백질 상호작용) 플랫폼은 단일 분자 수준에서 PPI를 직접 관측하고 정량화할 수 있는 기술입니다. 이를 통해 기존 PPI 분석 기술의 한계를 극복하고, 보다 정밀하고 신뢰도 높은 대규모의 데이터를 신속하게 확보할 수 있습니다. SPID 플랫폼을 기반으로 다양한 분석 시료에서 단백질 간 상호작용을 정량화하고, 이를 신약 개발 전주기에 활용하고 있습니다.

단백질은 생명체의 구조와 기능을 이루는 기본 단위로, 세포 내에서 거의 모든 생물학적 과정을 조절하는 핵심 생체 분자입니다. 세포막을 구성하거나 효소로 작용하여 대사를 조절하고, 신호전달, 면역반응, 유전자 발현 조절, 세포 분열 등 다양한 생명현상에 관여합니다. 대부분의 기능은 단백질 하나만으로 수행되지 않으며, 다른 단백질과의 상호작용, 즉 단백질 간 상호작용(PPI)을 통해 이루어집니다. PPI는 세포 내 신호 네트워크를 구성하고, 각종 생리적 반응이 정확한 시간과 장소에서 일어나도록 제어하는 생명 시스템의 중심입니다. 정상적인 PPI 네트워크가 무너지거나 특정 PPI가 비정상적으로 변형될 경우, 암, 신경계 질환, 자가면역질환, 대사질환 등 다양한 질병이 발생할 수 있습니다. 따라서 이들 간의 상호작용을 정밀하게 분석하는 것은 질병의 근본적인 원인을 규명하고, 타깃 단백질의 기능을 조절하는 새로운 치료제의 설계와 환자 맞춤형 치료법 수립을 위한 핵심적인 출발점이 됩니다.

당사 SPID 플랫폼의 핵심은 고품질의 PPI 정보를 단일분자 이미지를 이용하여 빠르게 획득하고 정량화하는 기술에 있습니다. SPID 플랫폼의 PPI 검출 능력은 전통적인 검출 방법인 면역블롯(Immunoblot)이나 효소 결합 면역분석(ELISA, Enzyme-linked immunosorbent assay) 방식 대비 최대 100배의 더 높은 민감도를 확인하였습니다. 또한, 분석 시료 내 다양한 생체 물질이 혼재된 상태에서도 원하는 표적 단백질만을 선택적으로 검출할 수 있는 칩 기반 정제 기술을 보유하고 있어, 향후 표준화된 바이오마커 검사법 개발에도 유리한 기술적 기반을 갖추고 있다고 판단됩니다.

당사는 SPID 플랫폼의 확장성을 기반으로 신약 개발 전 주기에서 활용하고 있습니다.

▲ PPI Landscape® : PPI 빅데이터를 활용한 항체 디자인 및 신약개발 솔루션
▲ PPI PathFinder® : 다국적제약사들의 임상 효율화를 지원하는 PPI 바이오마커 개발 솔루션

이들 제품군은 당사의 초고속ㆍ빅데이터 생성 역량을 기반으로 신약 후보물질 발굴, 항체 설계, AI를 활용한 신약 설계, 및 신규 PPI 바이오마커 도출 등 신약 연구개발 전과정에 활용되고 있습니다.
1. 요약재무정보

최근 사업연도말 자산총액 1천억원 미만 또는 매출액 500억원 미만 소규모 기업으로 해당 사항은 생략합니다.
2. 연결재무제표

본 보고서 작성일 기준 해당 사항이 없습니다.
3. 연결재무제표 주석

본 보고서 작성일 기준 해당 사항이 없습니다.
6. 배당에 관한 사항

당사는 기업공시서식 작성 기준에 따라 분기보고서의 본 항목을 기재하지 않습니다.
7-1. 증권의 발행을 통한 자금조달 실적

[지분증권의 발행 등과 관련된 사항]

당사는 기업공시서식 작성 기준에 따라 분기보고서의 본 항목을 기재하지 않습니다.

[채무증권의 발행 등과 관련된 사항]

## 채무증권 발행실적

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 원, %)

발행회사	증권종류	발행방법	발행일자	권면(전자등록)총액	이자율	평가등급(평가기관)	만기일	상환여부	주관회사

-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

합 계	-	-	-	-	-	-	-	-	-

## 기업어음증권 미상환 잔액

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 원)

잔여만기	10일 이하	10일초과30일이하	30일초과90일이하	90일초과180일이하	180일초과1년이하	1년초과2년이하	2년초과3년이하	3년 초과	합 계

미상환 잔액	공모	-	-	-	-	-	-	-	-	-

사모	-	-	-	-	-	-	-	-	-

합계	-	-	-	-	-	-	-	-	-

## 단기사채 미상환 잔액

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 원)

잔여만기	10일 이하	10일초과30일이하	30일초과90일이하	90일초과180일이하	180일초과1년이하	합 계	발행 한도	잔여 한도

미상환 잔액	공모	-	-	-	-	-	-	-	-

사모	-	-	-	-	-	-	-	-

합계	-	-	-	-	-	-	-	-

## 회사채 미상환 잔액

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 원)

잔여만기	1년 이하	1년초과2년이하	2년초과3년이하	3년초과4년이하	4년초과5년이하	5년초과10년이하	10년초과	합 계

미상환 잔액	공모	-	-	-	-	-	-	-	-

사모	-	-	-	-	-	-	-	-

합계	-	-	-	-	-	-	-	-

## 신종자본증권 미상환 잔액

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 원)

잔여만기	1년 이하	1년초과5년이하	5년초과10년이하	10년초과15년이하	15년초과20년이하	20년초과30년이하	30년초과	합 계

미상환 잔액	공모	-	-	-	-	-	-	-	-

사모	-	-	-	-	-	-	-	-

합계	-	-	-	-	-	-	-	-

## 조건부자본증권 미상환 잔액

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 원)

잔여만기	1년 이하	1년초과2년이하	2년초과3년이하	3년초과4년이하	4년초과5년이하	5년초과10년이하	10년초과20년이하	20년초과30년이하	30년초과	합 계

미상환 잔액	공모	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

사모	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

합계	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
7-2. 증권의 발행을 통해 조달된 자금의 사용실적

7.2.1. 공모자금의 사용내역

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 천원)

구 분	회차	납입일	증권신고서 등의 자금사용 계획	실제 자금사용 내역	금액차이발생사유	용도차이발생사유

사용용도	조달금액	사용내용	사용금액

코스닥상장 일반공모
(주관사 의무보유인수분 포함)	-	2025.07.23	연구개발
및 운영자금	21,630,000	연구개발
및 운영자금	555,251	용도에 맞게자금 집행 중	-

7.2.2. 사모자금의 사용내역

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 천원)

구 분	회차	납입일	주요사항보고서의 자금사용 계획	실제 자금사용 내역	금액차이발생사유	용도차이발생사유

사용용도	조달금액	사용내용	사용금액

유상증자	7	2023.11.18	연구개발
및 운영자금	5,064,664	연구개발
및 운영자금	5,064,664	-	-

유상증자	7	2023.11.24	연구개발
및 운영자금	9,999,990	연구개발
및 운영자금	9,999,990	-	-

유상증자	7	2023.12.16	연구개발
및 운영자금	1,480,052	연구개발
및 운영자금	1,480,052	-	-

7.2.3. 미사용자금의 운용내역

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 천원)

종류	운용상품명	운용금액	계약기간	실투자기간

원금	평가금액

예ㆍ적금	보통예금	1,044,550	-	-	-

예ㆍ적금	MMT	2,843,899	-	-	-

예ㆍ적금	MMF	3,007,235	-	-	-

예ㆍ적금	정기예금신탁	10,179,065	-	2025.08 ~ 2026.02	12개월

예ㆍ적금	정기예금	4,000,000	-	2026.02 ~ 2026.08	6개월

계	21,074,749	-	-
1. 예측정보에 대한 주의사항

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다
2. 개요

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다
3. 재무상태 및 영업실적

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다
4. 유동성 및 자금조달과 지출

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다
5. 부외거래

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다
6. 그 밖에 투자의사결정에 필요한 사항

기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다
1. 외부감사에 관한 사항

1.1. 회계감사인의 명칭 및 감사의견 등

사업연도	구분	감사인	감사의견	의견변형사유	계속기업 관련중요한 불확실성	강조사항	핵심감사사항

제12기 1분기(당기)	감사보고서	삼화회계법인	-	-	-	-	-

연결감사보고서	-	-	-	-	-	-

제11기
(전기)	감사보고서	삼화회계법인	적정의견	-	-	-	제품매출수익의 발생사실 및 기간귀속

연결감사보고서	-	-	-	-	-	-

제10기(전전기)	감사보고서	삼일회계법인	적정의견	-	-	-	-

연결감사보고서	-	-	-	-	-	-

1.2. 감사용역 체결현황(단위 : 백만원, 시간)

사업연도	감사인	내 용	감사계약내역	실제수행내역

보수	시간	보수	시간

제12기(당기)	삼화회계법인	- 2026년 온기 별도 재무제표 감사
- 2026년 반기 재무제표 검토
- 내부회계관리제도 검토	80	952	-	-

제11기(전기)	삼화회계법인	- 2025년 온기 별도 재무제표 감사
- 2025년 반기 재무제표 검토- 2025년 1분기 별도 재무제표 검토
- 내부회계관리제도 검토	95	1,176	95	1,183

제10기(전전기)	삼일회계법인	- 2024년 온기 별도 재무제표 감사
- 2024년 반기 별도 재무제표 검토	140	735	140	647

1.3. 회계감사인과의 비감사용역 계약체결 현황

사업연도	계약체결일	용역내용	용역수행기간	용역보수	비고

제12기(당기)	-	-	-	-	-

제11기(전기)	2025.05.12	증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정에 따른 감사인 확인서 발행	2025. 05	10	삼화회계법인

제10기(전전기)	-	-	-	-	-

1.4. 회계감사인의 네트워크 회계법인과의 비감사용역 계약체결 현황

사업연도	네트워크회계법인명	계약체결일	용역내용	용역수행기간	용역보수	비고

제12기(당기)	-	-	-	-	-	-

제11기(전기)	-	-	-	-	-	-

제10기(전전기)	-	-	-	-	-	-

1.5. 내부감사기구가 회계감사인과 논의한 결과

구분	일자	참석자	방식	주요 논의 내용

1	2023.01.03	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사	서면회의	감사팀 구성, 감사투입시간 및 보수
경영진 및 감사인의 책임, 감사인의 독립성 등

2	2023.03.30	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사	서면회의	감사에서의 유의적 발견사항,
감사인의 독립성 등

3	2023.10.05	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사	서면회의	감사에서의 유의적 발견사항,
감사인의 독립성 등

4	2024.03.21	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사	서면회의	감사에서의 유의적 발견사항,
감사인의 독립성 등

5	2024.11.12	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사	서면회의	연간 감사 및 지배기수
Communication 예상 일정, 감사인의 독립성 등

6	2025.03.06	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사	서면회의	감사 종결 보고,
감사인의 독립성 등

7	2025.12.05	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사 등 3인	서면회의	연간 감사 및 지배기구 Communication예상 일정, 감사인의 독립성 등

8	2026.02.12	회사측: 감사
감사인측: 업무수행이사 등 3인	서면회의	감사 종결 보고, 감사인의 독립성 등

1.6. 회계감사인의 변경당 사는 2026년 2월 삼화회계법인을 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제10조에 따라 선임하였으며, 이에 따라 2026년 회계연도부터 2028년 회계연도까지 3개년간 외부감사를 수행할 예정입니다.
2. 내부통제에 관한 사항

내부통제에 관한 사항은 기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서에 기재하지 않습니다.
VII. 주주에 관한 사항

1. 최대주주 및 특수관계인의 주식소유 현황

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 주, %)

성 명	관 계	주식의종류	소유주식수 및 지분율	비고

기 초	기 말

주식수	지분율	주식수	지분율

윤태영	최대주주 (대표이사)	보통주	1,959,150	17.91	1,959,150	17.91	-

윤용웅	친인척	보통주	38,000	0.35	38,000	0.35	-

유은선	친인척	보통주	16,890	0.15	16,890	0.15	-

윤소영	친인척	보통주	76,000	0.69	76,000	0.69	-

김여정	최대주주의 배우자	보통주	91,200	0.83	91,200	0.83	-

유호덕	친인척	보통주	22,800	0.21	22,800	0.21	-

이대승	등기임원 (사내이사)	보통주	76,550	0.70	76,550	0.70	-

이홍원	등기임원 (사내이사)	보통주	193,133	1.77	193,133	1.77	-

최병산	등기임원 (사내이사)	보통주	3,133	0.03	3,133	0.03	-

류지영	등기임원 (사내이사)	보통주	3,315	0.03	3,315	0.03	-

황성택	미등기임원	보통주	14,785	0.14	14,785	0.14	-

계	보통주	2,494,956	22.81	2,494,956	22.81	-

우선주	-	-	-	-	-

2. 최대주주의 주요경력 및 개요

성명	직책명	주요경력	담당업무

윤태영	대표이사	現) (`20~현재)프로티나 대표이사現) (`17~현재)서울대학교 자연과학대학 생명과학부 교수前) (`23~`25) 국가과학기술자문회의 바이오특별위원회 연구개발정책 총괄/정책위원 前) (`11~`20) 과학기술정보통신부 한국연구재단 창의적연구진흥사업 연구단장前) (`14~`18) 삼성미래기술육성재단 기초과학부문 물리분야 연구책임前) (`07~`14) 한국과학기술원 물리학과 교수	경영총괄

3. 최대주주 변동 현황

당사는 보고서 작성기준일 현재 해당사항이 없습니다.

4. 주식의 분포4.1. 주식 소유현황

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 주)

구분	주주명	소유주식수	지분율(%)	비고

5% 이상 주주	윤태영	1,959,150	17.91	-

-	-	-	-

우리사주조합	23,250	0.21	-

4.2. 소액주주 현황

(기준일 : 2026.03.31 ) (단위 : 주)

구 분	주주	소유주식	비 고

소액주주수	전체주주수	비율(%)	소액주식수	총발행주식수	비율(%)

소액주주	42,240	42,257	99.96	7,058,675	10,939,480	64.52	최대주주 등 제외

4.3. 주가 및 주식 거래실적

종류	2025년 10월	2025년 11월	2025년 12월	2026년 1월	2026년 2월	2026년 3월

보통주	주가	최고	63,400	80,000	111,800	101,500	82,100	90,800

최저	44,550	59,200	80,900	75,900	67,400	62,000

평균	51,714	67,960	98,405	87,895	75,912	76,890

거래량	최고	1,937,850	3,545,684	4,746,238	538,929	296,792	466,387

최저	383,585	490,221	328,717	128,674	84,277	90,316

월간	17,558,713	21,378,264	24,258,536	6,292,846	2,928,791	4,103,049
2. 임원의 보수 등

기업공시서식 작성기준에 따라 분기 보고서의 경우에는 이 항목을 기재하지 않습니다.
IX. 계열회사 등에 관한 사항

당사는 보고기준일 현재 해당사항이 없습니다.
X. 대주주 등과의 거래내용

당사는 보고기준일 현재 해당사항이 없습니다.
1. 공시내용 진행 및 변경사항

당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
2. 우발부채 등에 관한 사항

2.1. 중요한 소송사건 등 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다. 2.2. 견질 또는 담보용 어음ㆍ수표 현황 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다. 2.3. 채무보증 현황 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

2.4. 채무인수약정 현황 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

2.5. 그 밖의 우발채무 등 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

2.6. 자본으로 인정되는 채무증권의 발행

당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
3. 제재 등과 관련된 사항

3.1. 제재현황 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

3.2. 한국거래소 등으로부터 받은 제재 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.

3.3. 단기매매차익의 발생 및 반환에 관한 사항 당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
1. 연결대상 종속회사 현황(상세)

당사는 본 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
2. 계열회사 현황(상세)

당사는 본 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
3. 타법인출자 현황(상세)

당사는 본 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
1. 전문가의 확인

당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.
2. 전문가와의 이해관계

당사는 보고서 제출일 현재 해당사항이 없습니다.