프로티나 분기보고서 (2025.09)
2. 주요 제품 및 서비스

2.1. 주요 제품 등의 현황 당사는 PPI 측정 및 분석을 위한 독자적인 기술을 바탕으로 SPID 플랫폼을 개발하였으며, 이 플랫폼은 PPI 전용 분석 칩 'Pi-Chip', PPI 고속 검출 이미징 장비 'Pi-View', 자동 검출 및 분석 소프트웨어 'Pi-InSight'로 구성되어 있습니다.

당사는 SPID 플랫폼을 기반으로 현재까지 총 3개의 제품군을 상용화하였습니다. 2020년에 PPI 바이오마커 개발 솔루션 'PPI PathFinder®', 2024년에는 항체 최적화 및 PPI 빅데이터 생성 솔루션 'PPI Landscape®'을 출시하였으며, SPID 플랫폼의 연구용 장비를 출시하면서 신약 개발 전주기에 걸쳐 당사의 기술을 활용한 솔루션과 장비를 공급하고 있습니다.

제품명	분류	활용(제공)범위

PPI
PathFinder®	솔루션	1. 표적 결합 확인(Target engagement)을 포함한 약물 작용 기전 분석
2. 약력학(Pharmacodynamics) 분석 정보로 약물의 최적 투여 용량 결정
3. 분자진단 및 표적항암제 반응성 예측 바이오마커 개발
4. 상기 바이오마커 기반의 진단기기 및 동반 진단기기 개발

PPI
Landscape®	솔루션	1. 항체 최적화(Optimization) / 성숙화(Maturation)
2. 항체 재생성(Recreation)
3. 항체 설계(Creation by rational design) 4. 대규모 PPI 빅데이터 생성

SPID 플랫폼 시스템	장비 및 소모품	1. SPID 플랫폼 연구용 장비 판매
2. 특수 코팅 PPI 전용 분석칩(40-chip)과 시약 판매

2.1.1. PPI PathFinder® - 차세대 PPI 바이오마커 개발 솔루션

PPI PathFinder®는 PPI 분석 정보를 기반으로 한 바이오마커 개발 솔루션입니다. 현재까지 3개 단백질군(Protein family)에 대한 바이오마커 분석법을 개발하였으며, 이는 신약 개발 전주기에 걸쳐 활용되고 있습니다.

[PPI PathFinder®를 이용한 PPI 바이오마커 개발 현황]

표적	내용

BCL2 family	세포사멸신호 조절과 연관된 것으로 알려진 단백질군

선천면역복합체	선천 면역을 조절하는 복수의 단백질로 구성된 거대 복합체

STAT3	암, 염증, 면역질환, 섬유화 질환 등과 연관된 것으로 알려진 단백질

기존의 단백질 바이오마커들은 개별 단백질의 농도 변화나 단백질의 인산화(Phosphorylation)와 같은 상태 변화를 측정하는 데 그쳤습니다. 하지만, 이러한 변화만으로는 해당 단백질이 PPI 네트워크에서 어떤 역할을 하는지, 질병과 어떻게 연결되는지를 파악하기 어렵습니다. 실제로 질병의 상태를 세포 수준에서 정확히 반영하려면, 단백질의 양이나 상태뿐 아니라 단백질 간 상호작용(PPI)이 어떻게 형성되고 변화하는지를 분석하는 것이 핵심입니다. PPI 정보를 활용하면 약물의 작용 기전을 더 정밀하게 예측할 수 있고, 질병 상태를 보다 정확히 이해할 수 있어 더 안전하고 효과적인 신약 개발로 이어질 수 있습니다.

PPI 정보는 세포 및 동물 모델을 대상으로 하는 전임상 단계부터, 사람을 대상으로 하는 임상시험 단계까지 폭넓게 활용될 수 있습니다. 전임상 단계에서는 ▲신약 기전 규명(약물이 신체 내에서 질병과 어떻게 작용하여 치료하는지 원리 파악), ▲약물과 표적 단백질 간의 결합 평가(약물이 몸 안에서 치료 목표로 하는 단백질과 얼마나 잘 붙는지 확인), ▲단독 또는 병용 투여 효과 분석, ▲적응증 탐색 (약물이 계획된 질병뿐 아니라 다른 질병에도 효과가 있는지 확인하는 과정) 등에 활용됩니다. 임상 단계에서는 ▲환자 선별법 개발, ▲약물의 투여 용량 최적화, ▲약물 효과 추적, ▲시판 후 용량 최적화 등에 활용될 수 있습니다. 또한, PPI 정보는 임상시험 과정 중에 고객사의 약물과 함께 활용되어 약물의 치료 효과를 높이는 동반진단 제품으로 개발될 수 있으며, 이미 허가된 약물의 임상 효능을 높이기 위한 정밀 진단 도구로도 적용이 가능합니다.

당사의 PPI 기반 바이오마커 분석 및 개발 기술은 기존에 없던 혁신 기술로, 고객사의 메인 프로젝트 개발에 도입까지 일정 수준의 검증 기간이 필요합니다. 당사의 PPI PathFinder®는 글로벌 제약사들이 보지 못했던 부분들에 대해서 신뢰할 수 있는 새로운 데이터와 정보를 제시하여 새로운 가치 창출에 기여합니다. 이를 기반으로 기술 검증을 넘어 추가 수주 계약으로 이어지고 있습니다.

기술의 발전과 함께, 규제 당국은 실제 질병의 상태를 정밀하게 반영하고 환자에게 보다 안전한 약을 개발할 것을 제약사에 요구하고 있습니다. 기존의 단백질 검출법은 단백질의 양이나 상태 변화를 파악할 수는 있지만, 이들이 실제로 어떻게 상호작용하며 네트워크를 형성하는지는 설명하지 못했습니다. 이러한 한계는 신약 개발사들이 겪는 가장 큰 미충족 수요(Unmet Needs) 중 하나였습니다. 당사의 PPI PathFinder®는 이와 같은 수요에 대한 해결책을 제시함으로써, 제약사에는 과학적 데이터에 기반한 의사결정을 가능하게 하고, 환자에게는 보다 안전하고 효과적인 치료 기회를 제공합니다.

2.1.2. PPI Landscape® - 항체 설계 및 빅데이터 생성 솔루션

PPI Landscape®는 SPID 플랫폼을 이용해 생성한 항원-항체 간 PPI 빅데이터를 기반으로 한 항체 최적화 및 항체 디자인 솔루션입니다. 이 솔루션은 고객사가 보유한 기존 항체의 서열을 개량하여, 의약품으로서 더 높은 잠재적 가치를 지닌 물질로 개량하는 데 활용됩니다. 또한, 이미 허가된 항체의약품의 서열을 변경함으로써, 구조적 안정성을 유지하면서도 새로운 기전을 갖는 신약 후보물질로 재설계하여 만드는 항체 신약 개발에 활용됩니다.

당사의 PPI Landscape®는 고속 탐색(High-throughput screening)이 가능한 항체 변이 라이브러리 스크리닝(Antibody library screening)을 통해, 소량의 항체만으로도 결합력(Affinity), 생산성(Productivity), 안정성(Stability) 등 개발 가능성(Developability)과 관련된 포괄적 데이터를 신속하게 평가할 수 있습니다. 이를 기반으로 항원에 결합하는 항체의 서열을 최적화하여, 결합력이 우수하면서도 생산성과 안정성까지 충족하는 항체 신약 후보를 도출하는 솔루션입니다.

출처: Journal of Biomedical Science volume 27, Article number: 1 (2020)

기존의 항체 치료제 개발에서는 초기 후보 물질을 확보하기 위해 ▲항원을 제작한 뒤 동물 모델을 통해 항체 생산을 유도하거나, ▲제작한 항원을 미생물이 발현하고 있는 항체 라이브러리(phage display)에 넣어 선별하거나, ▲이미 항체가 생성된 사람의 B세포를 분리해 항체 유전자를 추출하는 방식 등이 사용됩니다. 이러한 방식은 초기 물질 발굴(Discovery) 하는 데만 짧게는 2개월에서 최대 10개월이 소요되며 성공 여부를 보장할 수 없다는 한계가 존재합니다.

출처: 당사자료

항체가 특정 항원(질병을 유발하는 물질)을 인식하고 결합하는 데에는, 항체 내 CDR(상보적 결정 영역, Complementarity-Determining Region)의 서열(Sequence)이 핵심적인 역할을 합니다. PPI Landscape®는 이 CDR 내에서 항원과 잘 결합할 수 있는 서열의 위치, 즉 결합력(Affinity)을 최적화할 수 있는 핵심 부위(hot-spot)를 식별할 수 있습니다. 이러한 핫스팟을 기반으로 단일(single) 또는 다중(multiple) CDR 영역들 간 유전자 서열 재조합(combination)을 통해 결합력을 높이기 위한 논리적 설계(rational design)가 가능합니다. 데이터 기반의 과정을 통해 결합력, 구조적 안정성, 생산성 등 목표한 물성이 우수한 항체 서열을 신속하게 도출하고, 최적화된 항체를 설계할 수 있습니다.

출처: 당사자료

당사는 PPI Landscape®를 사업모델로 ▲항체 개발 서비스(Fee-for-service), ▲공동 개발 및 수익 공유, ▲자체 개발 물질의 기술이전(L/O), ▲장비 및 소프트웨어 구독 등을 추진하고 있습니다. 사업화 초기에는 당사 기술에 대한 검증 및 신뢰성 확보를 위한 항체 개발 서비스를 중심으로 단기 수익을 창출하였으며, 이후에는 항체 기반 의약품을 개발 중인 파트너사와 공동 개발을 통해 지적 재산권과 수익을 공유하는 모델로 확장하고 있습니다.

기존의 항체 신약 보다 더 성능이 뛰어난 개량형 항체 신약(BioBetter)을 자체 개발하여 기술이전하는 모델도 함께 추진 중입니다. 이의 일환으로 당사는 2025년 10월 1일부터 보건복지부 주관의 'AI 모델을 활용한 항체 바이오베터 개발 및 실증' 사업에 선정되어 서울대와 삼성바이오에피스와 함께 항체 신약 공동개발에 착수하였습니다. 본 과제의 수행기간인 27개월 내에 10개의 파이프라인을 확보하고, 최소 1개 파이프라인의 임상 신청 또는 기술이전을 목표로 하고 있습니다.

2.1.3. SPID Platform Systems (장비/소모품)

SPID 플랫폼은 단백질 간 상호작용(PPI)을 단일 분자 수준에서 고속ㆍ정밀하게 측정하기 위해, 당사가 하드웨어와 소프트웨어 모두 독자 개발한 장비입니다.

출처: 당사 자료

SPID 플랫폼을 활용하여 바이오마커 분석 서비스와 항체 개량 서비스를 운영하며, 연구자들에게 고품질 데이터를 제공함으로써 기술적 신뢰성을 구축해왔습니다. 많은 연구자들이 연구의 효율성과 자율성을 높이기 위해 SPID 플랫폼을 직접 소유하여 사용하고자 하는 요구가 지속적으로 제기됨에 따라, 당사는 2024년부터 연구용 SPID 플랫폼 기기의 판매를 학계를 대상으로 시작하였습니다. 이를 통해 기기를 소유한 연구자는 시간적ㆍ공간적 제약 없이 자유롭게 실험을 수행하고, 데이터를 완전하게 독점적으로 관리할 수 있습니다. 이는 기존 당사가 공급하는 분석 서비스 모델에서 벗어나, 고객사 중심의 연구 도구를 제공함으로써 SPID 플랫폼의 저변을 확대하고, 높은 수준의 PPI 연구를 가능케 함으로써 당사의 가치를 상승시킬 수 있는 중요한 전환점으로 고려됩니다.

SPID 플랫폼은 기기 판매 외에 기기 구매자들을 대상으로 SPID 플랫폼 전용 PPI 분석을 위한 특수 코팅 칩(40-chip) 시약 판매를 통해 지속적인 매출을 일으킬 수 있는 구조를 가지고 있습니다. 이러한 구조는 기기 판매 후에도 고객의 소모품 구매를 통해 안정적이고 반복적인 매출을 창출할 수 있습니다.

2.2. 주요 서비스 등의 매출 현황(단위: 천원,%)

사업부문	매출유형	품목	2025년도 (제11기 3분기)	2024년도 (제10기)	2023년도 (제9기)

금액	비율	금액	비율	금액	비율

PPI PathFinder®	서비스
매출	PPI PathFinder® -BCL2	수출	248,326	9.52%	1,611,973	70.06	283,443	49.03

내수	-	-	-	-	-	-

합계	248,326	9.52%	1,611,973	70.06	283,443	49.03

PPI PathFinder® -선천면역복합체	수출	52,741	2.02%	72,885	3.17	101,150	17.50

내수	-	-	-	-	-	-

합계	52,741	2.02%	72,885	3.17	101,150	17.50

PPI PathFinder® -STAT3	수출	-	-	-	-	-	-

내수	126,000	4.83%	18,000	0.78	-	-

합계	126,000	4.83%	18,000	0.78	-	-

PPI Landscape®	서비스
매출	PPI Landscape® -항체개량	수출	-	-	-	-	-	-

내수	160,000	6.14%	-	-	-	-

합계	160,000	6.14%	-	-	-	-

SPID Platform Systems	제품
매출	SPID Platform Systems	수출	-	-	-	-	-

내수	2,020,545	77.49%	597,864	25.99	193,540	33.48

합계	2,020,545	77.49%	597,864	25.99	193,540	33.48

합계	수출	301,067	11.55%	1,684,858	73.23	384,593	66.52

내수	2,306,545	88.45%	615,864	26.77	193,540	33.48

합계	2,607,612	100.00%	2,300,722	100.00	578,133	100.00

2.3. 주요 제품 등의 가격변동 추이 당사가 제공하는 주요 서비스의 가격은 시장에서 경쟁하는데 중요한 요소로 작용하기 때문에 기재를 생략합니다.