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압타머사이언스 분기보고서 (2025.09)
분 기 보 고 서

(제 15 기 3분기)

사업연도 2025년 01월 01일 부터
2025년 09월 30일 까지

금융위원회
한국거래소 귀중 2025 년 11 월 14 일

제출대상법인 유형 : 주권상장법인
면제사유발생 : 해당사항 없음

회 사 명 : 주식회사 압타머사이언스
대 표 이 사 : 정 집 훈
본 점 소 재 지 : 경기도 성남시 분당구 판교로 228번길 15 판교세븐벤처밸리 1단지 3동 301호
(전 화) 031-786-0317
(홈페이지) http://www.aptsci.com
작 성 책 임 자 : (직 책) CFO (성 명) 박 형 순
(전 화) 031-786-0317
1. 회사의 개요

1) 연결대상 종속회사 개황 보고서 작성기준일 현재 해당사항이 없습니다. 2) 회사의 법적, 상업적 명칭회사 정관상 회사의 명칭은 다음과 같습니다.

구분	회사의 명칭

한글	주식회사 압타머사이언스

영문	Aptamer Sciences Inc (약호 Aptsci)

3) 설립일자회사의 설립일은 2011년 04월 01일 입니다.

4) 중소기업 등 해당 여부

중소기업 해당 여부	해당

벤처기업 해당 여부	해당

중견기업 해당 여부	미해당

5) 회사의 주권상장(또는 등록ㆍ지정) 및 특례상장에 관한 사항

주권상장(또는 등록ㆍ지정)현황	주권상장(또는 등록ㆍ지정)일자	특례상장 유형

코스닥시장 상장	2020년 09월 16일	기술성장기업의 코스닥시장 상장
2. 회사의 연혁

1) 본점 소재지 및 그 변경

이전일	소재지	비 고

2021.08.18	경기도 성남시 분당구 판교로228번길 15, 3동 301호(삼평동, 판교세븐벤처밸리1)	이전

2) 경영진 및 감사의 중요한 변동

변동일자	주총종류	선임	임기만료또는 해임

신규	재선임

2021.03.25	정기주총	사외이사 김민우감사 이찬기	기타비상무이사 류성호	감사 오세현 임기만료

2022.03.29	정기주총	사외이사 송진호	-	-

2023.03.30	정기주총	사내이사 이철환	사내이사 한동일	-

2024.03.28	정기주총	-	기타비상무이사 류성호사외이사 김민우감사 이찬기	-

2025.03.27	정기주총	사내이사 이광용	-	사외이사 송진호 임기만료사내이사 이철환 사임

※ 당분기말 이후 경영진의 중요한 변동

변동일자	주총종류	신규 선임	임기만료 또는 해임

2025.10.27	임시주총	사내이사(대표이사) 정집훈사내이사 김성수사내이사 이인현사외이사 노재석비상근 감사 김창현	사내이사(대표이사) 한동일 사임기타비상무이사 류성호 사임사내이사 이광용 사임사외이사 김민우 사임비상근 감사 이찬기 사임

3) 최대주주의 변동당사는 설립 이후 보고서 기준일 이전까지 최대주주의 변동은 없습니다.

당사의 기존 최대주주인 한동일(특수관계인 류성호, 장승기 포함)은 2025년 09월 08일 (주)알티캐스트와 경영권 변동을 수반하는 주식양수도 계약을 체결하였으며, 2025년 10월 24일 해당 계약 잔금 지급완료 및 제3자배정 유상증자의 주금 납입이 완료되었습니다.

이에 따라 공시서류 작성일 현재, 당사의 최대주주는 한동일에서 (주)알티캐스트로 변경되었습니다.

변동일	변동 전 최대주주	변동 후 최대주주	내용

2025년 10월 24일	한동일	(주)알티캐스트	주식양수도(2,440,000주) 및 제3자배정 유상증자(4,390,776주)

보고서 제출일 현재 최대주주인 (주)알티캐스트의 소유주식수는 보통주 7,079,827주이며, 지분율은 17.59% 입니다. 소유주식 중 유상증자 신주 4,390,776주는 2025년 11월 10일부터 1년간 증권예탁결제원에 보호예수되어 있습니다.

4) 상호의 변동당사는 공시대상기간 내에 상호의 변동은 없습니다.

5) 회사가 화의, 회사정리절차 등해당사항이 없습니다.

6) 지분인수 및 합병 등당사는 2024년 5월 24일 이사회 결의를 통해 (주)인터내셔널사이언티픽스탠다드 주식 1,010,000주(지분율 100%)를 취득하였으며, 이후 2024년 6월 11일 이사회 결의로 소규모 합병을 결의하였습니다.

- 합병 주요일정 ① 합병계약일 : 2024년 6월 14일 ② 합병반대의사통지기간 : 2024년 6월 28일 ~ 2024년 7월 12일 ③ 채권자이의제출기간 : 2024년 7월 16일 ~ 2024년 8월 16일 ④ 합병기일 : 2024년 8월 19일 7) 회사의 업종 또는 주된 사업의 변화해당사항이 없습니다.

8) 그 밖에 경영활동과 관련된 중요한 사항의 발생내용

연월	주요 내용

2021. 08	본점 이전(경기도 성남시 분당구 판교로228번길 15 판교세븐벤처밸리 1단지 3동 301호)

2022. 04	AST-201 CDMO 계약

2022. 06	압타머사이언스, 폐암진단키트 신의료기술평가 유예 대상 확정

2022. 10	제1회 무기명식 이권부 무보증 사모전환사채 발행

2022. 11	국가신약개발사업 과제 선정 (CD25-ApDC)

2023. 02	주식발행초과금 자본전입 (무상증자)

2023. 04	폐암진단키트(AptoDetect™-Lung) 다기관 전향적 임상시험 착수

2023. 05	ApDC 업무 협약 체결(하이셀텍 社)

2023. 08	폐암진단키트(AptoDetect™-Lung) 지씨셀 공급 계약

2024. 03	고형암 치료제 AST-201 국내 1상 임상시험 IND 신청

2024. 03	방사성의약품 표적전달기술 공동연구 협약 체결(연세대학교의료원)

2024. 05	(주)인터내셔널사이언티픽스탠다드 지분인수

2024. 08	(주)인터내셔널사이언티픽스탠다드 합병

2024. 10	고형암 치료제 AST-201 국내 1상 임상시험 IND 승인

2024. 10	고형암 치료제 공동연구 계약(코오롱제약 社)

2024. 12	유상증자 171.6억원 (주주배정 후 실권주 일반공모 유상증자)

2025. 03	고형암 치료제 AST-201 국내 1상 임상시험 첫환자 투약 개시

2025. 04	바이오의약품 분석 업무협약 체결(셀키 社)

2025. 05	폐암진단키트(AptoDetect™-Lung) 인도 상용화 계약 체결(Appidi 社)

2025. 06	압타머-siRNA 복합형 표적 치료제' 공동개발 협약 체결(큐리진 社)

2025. 09	경영권 변경 등에 대한 계약 체결(최대주주 및 특수관계인 주식양수도 계약 체결((주)알티캐스트)
3. 자본금 변동사항

공시대상기간 중 변동사항은 없으며, 2025년 9월 08일자 이사회 결의에 따라 2025년 10월 24일자로 제3자배정 유상증자 신주 10,976,840주의 주금 납입이 완료되어 자본금이 변동되었습니다.

보고서 제출일 현재 발행주식총수는 41,177,092주(보통주 40,257,092주, 우선주 920,000주)이며, 자본금은 20,588,546천원 입니다.
4. 주식의 총수 등

1) 주식의 총수 현황

(기준일 : 2025년 09월 30일 ) (단위 : 주, %)

구 분	주식의 종류	비고

보통주	우선주	합계

Ⅰ. 발행할 주식의 총수	-	-	50,000,000	-

Ⅱ. 현재까지 발행한 주식의 총수	29,280,252	920,000	30,200,252	-

Ⅲ. 현재까지 감소한 주식의 총수	-	-	-	-

1. 감자	-	-	-	-

2. 이익소각	-	-	-	-

3. 상환주식의 상환	-	-	-	-

4. 기타	-	-	-	-

Ⅳ. 발행주식의 총수 (Ⅱ-Ⅲ)	29,280,252	920,000	30,200,252	-

Ⅴ. 자기주식수	-	-	-	-

Ⅵ. 유통주식수 (Ⅳ-Ⅴ)	29,280,252	920,000	30,200,252	-

Ⅶ. 자기주식 보유비율	-	-	-	-

※ 당분기말 이후 2025년 10월 27일 임시주주총회 결의를 통해 정관상 발행할 주식의 총수가 기존 50,000,000주에서 500,000,000주로 변경되었으며, 2025년 10월 24일자로 제3자배정 유상증자 대금 납입이 완료되어 보고서 제출일 현재 발행주식총수는 41,177,092주입니다.(보통주 40,257,092주, 우선주 920,000주)
5. 정관에 관한 사항

정관에 관한 사항은 기업공시서식 작성기준에 따라 분기보고서에 기재하지 않습니다. 관련 내용은 2025년 3월 19일에 제출된 2024년도 사업보고서 를 참고하시기 바랍니다.
1. 사업의 개요

당사는 압타머 기술 플랫폼(Aptamer Technology Platform)을 기반으로 혁신적인 치료제 및 진단 제품을 개발하여 국민의 삶의 질을 향상시키고, 나아가 국가 의료비 절약에 기여하겠다는 비전을 가지고 있습니다. 2011년 4월, 포스텍에서 스핀오프(spin-off)한 바이오기업으로서 압타머 연구개발 분야를 선도하는 글로벌 바이오기업입니다.

당사는 신약개발 기술 플랫폼인 압타머-약물접합체(ApDC®) 플랫폼을 기반으로 고형암 치료제 및 혈액암 치료제 등 혁신 신약을 연구개발하고 있습니다. 압타머 발굴부터 최적화 과정을 거쳐 개발 후보물질을 도출하고, 이를 임상단계까지 진입시킬 수 있는 신약개발 전주기 시스템을 구축하였습니다.

당사가 개발한 ApDC®신약개발 플랫폼은 신약 표적에 대한 선도물질을 발굴하고 최적화하여 후보물질을 도출하는 당사만의 차별화된 신약개발 시스템입니다. 당사 압타머 라이브러리를 활용해 결합력이 뛰어난 압타머를 발굴하며, 일반 신약개발 프로세스에서 5~7년이 소요되는 과정을 3년 내로 단축하였습니다. 현재 당사는 ApDC®기반의 차세대 표적전달 항암제 개발에 박차를 가하고 있으며, 치료제의 임상적 유효성(Proof of Concept)을 확보한 후 기술이전(Licensing-out)하는 방식으로 사업화를 추진하고 있습니다.

진단사업의 주력 제품인 압토디텍트 렁(AptoDetect™-Lung)은 혈액 내 7종의 단백질 바이오마커와 알고리즘을 이용하여 진단하는 체외진단다지표검사(IVDMIA, In vitro Diagnostics Multivariate Index Assay)용 키트입니다. 비소세포폐암(폐암의 80~85%를 차지) 위험도 정보를 제공하는 검사로, 임상에서 널리 사용되는 종양표지자 검사 CYFRA21-1 대비 우수한 성능을 보유하고 있습니다.

또한 2024년 분석전문 GLP/GCLP 인증 기업인 ISS를 인수 합병하여 CRO 사업에 본격적으로 진출하였으며, 고난이도 바이오 의약품 분석 역량을 기반으로, 미국 FDA의 최신 요구사항에 부합하는 맞춤형 분석 및 문서화 컨설팅을 제공함으로써 글로벌 CRO 사업을 확대해 나가고 있습니다. 특히, ADC(Antibody-Drug Conjugate, 항체-약물 접합체) 및 펩타이드 등 바이오 의약품 분석 분야에서 전문성을 확보하여, 매출 확대와 시장 내 입지를 강화할 계획입니다.

그 밖에 사업에 대한 자세한 사항은 'Ⅱ.사업의 내용 _ 7. 기타 참고사항' 항목을 참조하시기 바랍니다.
3. 원재료 및 생산설비

1) 주요 원재료 매입 현황(단위 : 천원, $, €)

매입
유형	품 목	구 분	2025년 3분기(제15기 분기)	2024년도(제14기)	2023년도(제13기)

원재료	연구 시약 등(주1)	국 내	301,292	316,596	272,533

수 입	437,063	116,110	6,113,633

($308,791)	($85,802)	($4,585,927)

소 계	738,355	432,705	6,386,166

압토디텍트 렁(AptoDetect™-Lung)
시약 등	국 내	-	195	78,933

분석 시약 등	국 내	149,813	29,843	-

총 합 계	국 내	451,106	346,634	351,465

수 입	437,063	116,110	6,113,633

($308,791)	($85,802)	($4,585,927)

합 계	888,168	462,744	6,465,098

(주1) 압타머 서비스 및 연구개발 활동을 위해 매입한 시약이며, 24년 3월 AST-201 국내 1상 임상시험 IND 승인 신청으로 인해 연구활동을 위한 시약의 매입이 감소 하였습니다.2) 주요 원재료의 가격변동추이

(단위 : 천원, $)

사업연도
품 목	2025년 3분기(제15기)	2024년도(제14기)	2023년도 (제13기)

압타머 서비스	압타머 합성
(주1)	국 내	98	95	95

수 입	16	16	16

($11)	($12)	($12)

압타머 발굴
(주2)	국 내	4,215	2,628	2,630

수 입	28	1,478	1,464

($19)	($1,137)	($1,132)

(주1) 압타머 합성 원재료에 대해서는 OH-form 100ug의 가격을 기준으로 작성하였습니다.

(주2) 압타머 발굴 원재료에 대해서는 1개 표적의 가격을 기준으로 작성하였습니다.

3) 주요 매입처에 관한 사항(단위 : 천원, $, €)

폼목	구입처	2025년 3분기(제15기)	2024년도(제14기)	2023년도(제13기)

압타머서비스	압타머 합성	국 내	141,926	157,799	256,222

수 입	82,003	16,826	10,258

($58,210)	($12,328)	($7,700)

압타머 발굴 외	국 내	-	13,476	91,274

수 입	-	-	-

-	-	-

분석 서비스	국 내	82,142	8,352	-

4) 생산 및 생산설비에 관한 사항(1) 생산능력 및 생산실적

가. 신약 개발(ApDC® 플랫폼) 사업부문- 압타머 합성당사가 보유한 카타로그 압타머에 대한 합성 서비스는 설립부터 계속하여 진행하고 있습니다. 많은 고객으로부터 고품질의 합성 노하우를 인정받아 일반 DNA 올리고뉴클레오타이드 합성 서비스 또한 제공하고 있습니다.

당사의 합성 생산능력은 수십 mg까지 자체 합성이 가능한 수준으로써 전임상개발 이전단계(동물효능평가)까지를 대상으로 합니다. 전임상 및 임상을 위한 압타머 합성은 Outsourcing이 가능한 업체를 확보하고 있고 내부합성과 동일한 품질로 생산되도록 관리합니다.

- 압타머 발굴당사의 압타머 발굴 서비스는 압타머 플랫폼 기술을 통해 약 8주 정도의 기간이 소요되는 서비스입니다. 1인의 연구원이 한 번의 발굴 진행으로 최대 48개의 표적 분자에 대해 동시에 압타머를 개발할 수 있는 다중 발굴 플랫폼입니다.

(2) 생산설비에 관한 사항 가. 설비 현황

(단위: 천원)

구분	자산별	소재지	취득
원가	기초가액
(2025.01.01)	당분기 증감	당분기
상각	기말가액
(2025.09.30)	비고

증가	감소

GMP시설	시설장치	포항시 남구 청암로 77	124,000	1	-	1	-	0	-

기계장치	121,559	1	-	1	-	0	-

분석센터	기계장치	춘천시 소양강로 32	5,637,687	777,600	-	-	323,823	453,777	-

시설장치	433,477	1,881	-	-	948	933	-

나. 설비의 신설·매입계획(단위: 천원)

구분	설비능력	총 소요자금	기지출액	지출예정	비고

2025년	2026년	2027년 이후

GMP시설	-	3,000,000	-	-	1,200,000	1,800,000	GMP 시설 등

폐암 IVD 생산 설비	연 10만 Kit	893,700	-	-	163,300	730,400	생산 증설외

계	3,893,700	-	-	1,363,300	2,530,400	-
1. 요약재무정보

보고서 작성 기준일 현재 소규모기업에 해당하여 요약재무정보를 기재하지 않습니다.(소규모기업 기준 : 자산총액 1,200억원 미만, 종업원수 100인 미만, 매출액 1,000억원 미만)
2. 연결재무제표

해당사항이 없습니다.
3. 연결재무제표 주석

해당사항이 없습니다.