지노믹트리 분기보고서 (2024.09)
1. 사업의 개요

※ 당사 및 주요 종속회사인 Promis Diagnostics, Inc.(종속회사 자산총액이 지배회사 자산총액의 10% 이상)은 다양한 암종에 대한 조기진단 제품을 출시하고 이를 이용한 분자진단 서비스를 제공하는 동일한 사업을 영위하는 업체로 사업의 내용을 부문별로 구분하여 표시하지 않았습니다.

가. 사업의 개요(주)지노믹트리(이하 "당사")는 보건 의료시장의 미충족 요구(Unmet Needs)를 충족시킬 수 있는 혁신적인 바이오마커 기반 체외 암 조기진단 기술 및 제품을 개발하고 있는 암 조기진단 전문 바이오기업입니다. '건강한 삶의 질 개선과 총의료비 절약에 기여'라는 비전으로 2000년 10월에 설립되었습니다.

당사의 주력 사업은 신규 바이오마커를 발굴, 검증, 임상적 유효성 검증, 인허가 등 일련의 과정을 통해 다양한 암종에 대한 조기진단 제품을 출시하고 이를 이용한 분자진단 서비스를 제공하는 것이며, 핵심 기술을 기반으로 지속적인 신규 암 조기진단 제품 개발, 기존 암 조기진단 제품의 개량, 분자 유전 진단 제품의 신규 출시를 통해 세계적인 분자진단 기업으로 성장하는 것을 목표로 하고 있습니다.

당사의 암 조기진단 기술개발 접근법과 상용화 전략은 암세포에서 비정상적으로 발생하는 후성유전학적 변이에 해당하는 잠재력이 높은 DNA 메틸화(Methylation) 바이오마커(Biomarker)를 1) 독자적인 바이오마커 발굴 엔진을 이용하여 효과적으로 발굴, 2) 암 조기진단 목적의 임상적 근거를 입증하여 지식재산권 확보, 3) 체액 시료 속의 바이오마커를 높은 민감도와 특이도로 검출 할 수 있는 고감도 선택적 증폭 기법의 개발, 4) 보건 의료시장의 미충족 수요를 충족시킬 수 있는 임상적 유효성을 입증하여 가치 내재형(Value-added) 체외 암 조기진단 기술을 진단 서비스 시장에 성공적으로 출시시키는 데 있습니다. 이러한 개발 전략을 통해 여러 가지 고형암(대장암, 방광암, 폐암 등)을 대상으로 체외 암 조기진단 제품의 판매를 위한 의료기기 제조 허가용 확증 임상시험을 해왔으며, 대장암 조기진단용 체외 진단 의료기기 3등급 제조 허가(허가번호: 제허 18-593호)를 식품의약품안전처(식약처/MFDS)로부터 획득하였습니다. 아래 사업부문별 재무정보에 관한 사항과 같이 대장암 조기진단 제품(EarlyTect Colon Cancer)의 출시로 인한 암 분자진단 사업부문 매출과 유전체분석 사업부문(기타 매출 포함) 매출이 있습니다.

사업부문별 재무정보에 관한 사항(연결재무제표 기준)

(단위 : 천원)

구 분	2024년 3분기
(제25기)	2023년
(제24기)	2022년
(제23기)

암 분자진단 사업	매출액	1,436,177	1,821,566	1,777,959

영업이익(손실)	(11,656,548)	(14,744,362)	(16,553,970)

자산	130,018,327	132,550,304	162,561,600

유전체분석 및기타 사업	매출액	101,665	1,596,443	28,087,716

영업이익(손실)	(2,010)	(2,559,128)	18,959,332

자산	2,440,668	293,737	348,330

계	매출액	1,537,842	3,418,009	29,865,675

영업이익(손실)	(11,658,558)	(17,303,490)	2,405,362

자산	132,458,995	132,844,041	162,909,930

보고서 제출일 현재 당사의 주요 제품 및 서비스 포트폴리오를 아래 표에 요약하였습니다.

사업부문	특 징	제품(서비스) 명	개발 단계

암 분자진단	분변을 이용한 대장암 조기진단	대장암 조기진단 제품
(EarlyTect Colon Cancer)	식약처의료기기 제조 허가승인(2018.08.)/상용화

고위험군 대상 대장암 조기진단 제품의 식약처 제조 허가용 전향적 확증 임상시험 완료 및 결과보고서 작성 중(2024.11.)

대장암 조기진단 제품 V.2.0
(EarlyTect Colon Cancer)	업그레이드 제품 개발을 위한 탐색 임상시험 중

혈액 및 기관지 세척액을 이용한 폐암 조기진단	폐암 조기진단 제품
(EarlyTect Lung Cancer)	임상적 성능 개선을 위한 업그레이드 제품 개발을 위한 탐색 임상시험 진행 중(2024.05.~)

소변을 이용한 방광암 조기진단	방광암 조기진단 제품
(EarlyTect Bladder Cancer)	업그레이드 제품 개발 완료 후 식약처 제조 허가용 확증 임상시험 결과보고서 작성 완료

신규 암 조기진단 제품 개발	전립선암 조기진단 제품	신규 마커 혈액 및 소변 대상 탐색 임상시험 준비 중(2024.05.~)

난소암 조기진단 제품	신규 발굴 바이오마커 초기 검증 진행 중

유전체분석	생물학 및 의학 연구자들을 대상으로 DNA 마이크로어레이, 차세대 시퀀싱(NGS) 및 파이로시퀀싱을 이용한 유전자 발현, 복제수 변이, DNA 메틸화 변이, 돌연변이, 단일염기 다형성 등을 분석하는 연구용역 서비스	유전체분석 서비스	서비스 제공 중

나. 사업의 배경

암의 경우 주로 영상과 병리학적인 진단을 하게 되는데 이는 확진을 위한 검사이며, 암 조기진단 방법으로는 적합하지 않습니다. 따라서 대부분 늦게 발견되고 있어 암의 조기진단을 통한 예방(Prevention through early detection)이 의료비 지출을 줄일 수 있는 가장 현실적인 대안일 뿐만 아니라, 암으로 인한 사망률을 낮추고 환자의 건강한 삶의 질을 유지 시킬 수 있습니다. 대장암을 예로 들면, 대장암은 조기에 발견될 경우, 생존율이 90% 이상이고, 말기 암에 비해 치료비도 1/3 수준으로 낮아집니다.

진단 의학이 빠르게 발전하고 있으나, 아직 건강검진 수준의 검사에서 암을 조기에 발견할 수 있는 제품은 전세계적으로 매우 제한적이며, 국내는 전혀 없습니다. 따라서 보건의료 현장에서는 현재의 검사법들이 지닌 한계점을 극복하고 특정 암에 대한 높은 특이도 및 민감도를 갖는 새로운 고성능 바이오마커의 발굴과 이를 이용한 환자 편의적인 체액 기반 암 조기진단법의 개발을 절실히 요구하고 있습니다.

이러한 기술개발은 체액에서 정확도 높은 바이오마커 검사를 통하여 증거 의학적으로 암 진단에 대한 참여율과 순응도를 높임으로써 암 조기진단의 기회를 높이는 데 크게 이바지할 것입니다. 따라서 암 조기진단을 위한 미래 핵심기술은 암 조기진단용 고성능 바이오마커와 이를 이용한 환자 편의적인 체액 기반 비침습적 암 조기진단 기술이라 정의할 수 있습니다.

(1) 당사의 주력사업 분야당사는 체외 암 조기진단(Early detection) 사업을 영위하고 있으며, 글로벌 헬스케어시장의 요구에 맞추어 암을 조기에 진단할 수 있는 DNA 메틸화 현상을 이용한 새로운 고성능 암 조기진단용 바이오마커와 암 조기진단 제품 개발을 통한 의료서비스 제공을 주력사업으로 추진하고 있습니다.

당사의 주력사업은 체외 분자진단 시장 영역에 속하며, 체외 분자진단 시장 중 체외 암 분자진단 시장에 속합니다. 체외 암 분자진단 시장은 다시 조기진단 시장, 동반진단 시장, 모니터링 시장 그리고 예후 예측 시장으로 나뉩니다.

이 중 당사의 목표시장은 바이오마커를 이용하여 체액을 대상으로 암을 조기에 진단하는 체외 암 조기진단 시장입니다. 당사의 목표시장인 암 조기진단 시장은 기존의 암 환자(전체 인구집단의 약 1%에 해당)만을 대상으로 병리적 확진 후 수행되는 환자 구분을 위한 동반 진단, 모니터링 그리고 예후 예측 목적의 제한적 규모의 시장과는 달리, 암 진단을 받은 적이 없는 건강해 보이는 무증상 일반 성인(전체 인구집단의 99%에 해당)을 대상으로 수행하는 암 조기진단 목적의 규모가 가장 큰 신흥시장입니다. 이렇게 큰 시장임에도 불구하고 최근에 개화하기 시작한 가장 큰 이유는 그동안 임상적으로 검증된 고성능 바이오마커의 부재와 체액에서 고감도로 바이오마커를 측정할 수 있는 기법이 없었기 때문입니다. 최근에 포괄적인 유전체학 분석과 측정 기술이 발전하면서 새로운 신흥시장으로 출현하였고, 대변을 이용하여 대장암을 조기진단 하는 기술을 개발한 미국의 이그잭트 사이언스(Exact Sciences)가 개척자라고 할 수 있으며, 국내에서는 당사가 경쟁자라고 할 수 있습니다. 또한 차세대 시퀀싱 및 체액을 이용하여 암으로 조기진단 하는 기업들이 있으나 아직은 상용화에는 이르지는 못하고 있습니다.

생체조직 샘플에서 바이오마커 측정을 기반으로 하는 암 진단법은 진단, 예후 및 치료 선택에서 혁신적인 진보가 이루어졌습니다. 그러나 조직샘플기반접근법의 최대 단점은 표본 채취를 위해 침습적 외과 수술 절차가 필요하다는 것입니다. 따라서 당사는 보건의료 시장 요구(Unmet needs)를 충족시키기 위하여 체액 기반이며 비침습적으로 특정 암을 조기에 진단할 수 있는 고성능 신규 DNA 메틸화 바이오마커 발굴 및 조기진단 기술 개발에 주력하고 있습니다.

※ 체액을 이용한 체외 암 조기진단 기술
체외 암 조기진단 기술이란 혈액, 분변, 소변 및 객담 등 인체의 체액에서 질병을 지칭하는 바이오마커를 측정/분석하여 암을 진단하는 비침습적 체외 분자진단법을 말합니다. 체액을 이용한 암 조기진단을 위해서는 3대 핵심 요소가 필요합니다① 특정 암을 지칭하는 바이오마커(높은 정확도 및 민감도)② 바이오마커 측정 기술(고감도 선택적 DNA 증폭 방법)③ 반응 장비(최적화 PCR 기기: 대용량 분석 가능)

당사는 독자적으로 개발하여 임상적 성능을 검증 및 특허화를 완료한 신규 고성능 암 조기진단용 신규 DNA 메틸화 바이오마커와 체액 대상 고감도 바이오마커 측정 기술을 보유하고 있고, 최적화된 측정 장비(Real time PCR)를 사용하는 혁신적인 체외 암 조기진단 제품을 개발하고 있습니다. 새로운(Novel) 바이오마커를 이용한 체액 기반 암 조기진단 분야는 이제 출현하는 신흥시장으로 향후 국내외적으로 성장성 및 사업성이 매우 크므로 경제 성장 및 고용 창출에 높은 기여를 할 것으로 예상됩니다.

다른 분자진단업체들은 주로 종양유전자 등 이미 알려진 돌연변이 바이오마커 또는 단백질 종양표지자들을 이용하여 암 환자 치료제 선택을 위한 구분 진단 즉 치료 동반 진단 용도의 제품들을 시장에 선보이고 있거나 암 조기진단 목적의 진단제 개발 업체인 경우에도 주로 단백질 암 표지자들을 묶어서 암 조기진단을 하고자 하는 형태로 조기 암 환자나 암 특이적인 진단을 하는 데는 한계점을 보인다고 판단됩니다.

(2) 당사의 핵심역량기존의 암 분자진단 기술은 핵산 기반(DNA, RNA)의 유전적 변이(돌연변이, SNP, LOH 등) 및 유전자 발현(RNA 마커)과 단백질 발현을 이용한 기술이 분자진단 기술의 큰 비중을 형성하고 있었습니다. 그러나 이 바이오마커들은 낮은 안정성, 증폭 불가, 심한 체내 농도변화와 특정 암에 대한 특이성이 낮아 조기진단에 적용하기 어려움이 있습니다. 당사의 핵심역량은 이러한 기존의 암 조기진단 시장의 문제점을 해결할 수 있는 4가지로 요약할 수 있습니다.

(가) 혁신적인 암 조기진단용 DNA 메틸화 바이오마커비정상적 암세포 DNA 메틸화 바이오마커는 1) 특징적으로 암 발생 초기부터 발생하는 것들이 있고 2) 고형암종에 대한 특이성이 높으며, 3) 특정 부위의 비정상적 형태의 DNA 메틸화 현상은 해당 암종에서 병기와 상관없이 모든 환자에서 나타나는 경우도 있으며, 4) DNA 메틸화 현상은 DNA상의 변이에 해당하여 마커의 안정성이 상대적으로 높아 체액을 활용한 분자진단 기법 개발의 경우라도 현재 매우 잘 확립된 PCR이라는 핵산 증폭 기법을 통해 선택적 증폭이 가능하여 암 초기 상태에서도 감지가 가능한 특징을 지니고 있습니다. 이러한 DNA 메틸화 바이오마커의 특징들은 기존에 잘 알려진 단백질 마커, RNA 마커 및 유전적 마커들에 비하여 조기진단 측면에서 아주 큰 장점을 보인다고 할 수 있습니다.

(나) 암 조기진단용 신규 고성능 DNA 메틸화 바이오마커를 발굴 및 측정 기술

당사는 공통 플랫폼인 하드웨어에 해당하는 마이크로어레이, Real time PCR 및 파이로시퀀싱을 이용하여 1) 독자적 암 조기진단용 신규 메틸화 바이오마커 발굴엔진, 2) 체액(액체생검)에서 메틸화 바이오마커를 정밀하게 측정하기 위한 측정 기술(선택적 DNA 증폭 기술; LTE-qMSP(주1)) 그리고 3) 염기서열 특이적 DNA 증폭 기술(ASRP(주2) Multiplex PCR)들을 자체적으로 개발하여 보유하고 있습니다. 당사는 이 기술들을 활용하여 신규 암 조기진단 제품 그리고 암 동반 진단 제품들에 대한 지속적인 파이프라인 확장이 가능합니다.

(주1) LTE-qMSP : Linear Target Enrichment (LTE)-quantitative Methylation-Specific Real Time PCR (qMSP)

(주2) ASRP : Allele-Specific Reactive Primer

신규 바이오마커 발굴 기술

암에서의 DNA 메틸화 현상은 주로 암 억제유전자의 유전자 발현 조절 부위에서 일어나며, 이에 따라 해당 유전자의 발현이 감소 내지는 차단되는 것으로 잘 알려져 있습니다. 당사는 이러한 현상을 이용하여 인간의 전체 유전자(약 3만 5천 개)를 대상으로 잠재력이 높은 암 조기진단용 신규 메틸화 바이오마커들을 더욱 효과적으로 발굴할 수 있는 DNA 메틸화 바이오마커 후보군 발굴엔진 (Methyl-Discovery: Biomarker Discovery Engine)을 자체적으로 개발하여 노하우 기술로 보유하고 있습니다. 이 엔진은 1) 메틸화 DNA를 직접적으로 선택 포획할 수 있는 독창적 기법인 Methyl-DNA Capture 기술과 포괄적 DNA 마이크로어레이 기술을 조합한 방법과 2) 마이크로어레이를 이용하여 암에서 메틸화 때문에 발현이 감소하는 유전자를 간접적으로 발굴할 수 있는 포괄적 분석기술인 Identification of Methylation Associated Genes Inactivated in Cancer(i-MAGIC) 시스템을 접목한 기술입니다. 또한, Methyl-Discovery를 활용하여 대장암, 방광암 및 폐암 등 암 특이적 조기진단용 신규 메틸화 바이오마커를 성공적으로 발굴하였습니다.

체액에서 바이오마커 고감도 측정 기술

체액(혈액, 분변, 소변 등)에 극미량으로 존재하는 메틸화 바이오마커 DNA를 높은 민감도와 특이도로 선택적으로 증폭하여 메틸화 바이오마커를 측정하는 기술(LTE-qMSP을 자체적으로 개발하여 보유하고 있으며 대장암(분변), 방광암(소변) 및 폐암(혈액) 조기진단 제품에 적용하였습니다.

(다) 판매를 위한 체외 진단용 의료기기 제조 허가용 임상시험 디자인 및 의료기기 허가 역량 보유

당사는 핵심제품인 암 조기진단 제품들의 개발을 위해서 신규 혁신적인 바이오마커 발굴부터 검증, 검출 기술 최적화, 임상시험 설계 및 수행에 대한 자체 역량을 보유하고 있으며, 주력 제품인 대장암 조기진단 제품의 식약처 의료기기 제조 허가 경험이 있습니다. 따라서 당사는 독자적인 기술로 기초부터 상용화까지 전반적인 프로세스를 수행할 역량을 보유하고 있습니다.

(라) 체액(액체생검) 시료의 수송보관(logistic) 및 전처리 기술 보유

체액은 검체가 불안정하여 수송 및 전처리 과정이 중요합니다. 당사는 분변(대장암) 및 소변(방광암)의 채취 및 보관을 위한 보관 용액을 개발하여 실온에서도 수송이 가능하게 하였습니다.