마크로젠 분기보고서 (2025.09)
2. 주요 제품 및 서비스

가. 유전체 분석 서비스(Genome Sequencing)

사람부터 동물, 식물, 바이러스, 박테리아까지 다양한 생물 종의 유전자 염기서열을 분석해 그 결과를 발송해주는 유전체 분석 서비스가 현재 전체 매출의 90% 가까이를 차지하는 주요 수익 사업군입니다. 유전체 분석 서비스는 사람의 전장유전체를 분석하여 유전적인 배경을 알아내거나 국가 내 인구집단(Population)에서 일어난 사회적 현상에 대한 유전적 결과를 파악할 수 있으며, 당사는 유전학적 지표를 나타낼 경우 질병의 위험요인을 규명하는 등의 다양한 분석 서비스를 제공하고 있습니다.

사업분야는 1세대 유전자분석 기술을 이용하는 CES(Capillary Electrophoresis Sequencing)와 한 개체의 염기서열 전체를 해독하여 대용량 분석이 가능한 차세대 유전체분석 기술인 NGS(Next Generation Sequencing) 두 분야로 나누어 사업을 운영하고 있으며, 해당 기술은 생물학 및 의학연구에 활발히 활용되고 있습니다.

현대의학은 유전체 정보 기반의 맞춤 의료 서비스를 지향합니다. 이는 질병진단, 치료, 예방을 포함한 모든 의료과정에서 환자 개인의 고유한 유전정보, 환경요인, 생활습관에 입각한 의료서비스를 제공하는 것을 말하며, 맞춤의료에 대한 수요가 증가함에 따라 기존의 주요 매출 사업군이었던 연구용 유전체 분석 서비스와 함께 임상진단 관련 서비스의 매출 역시 상승하고 있는 추세입니다. 또한 다양한 신규 서비스 개발을 통해 분자진단, 신약후보물질 개발, 정밀의료, 암질환검사, 농식품 및 가축연구, 약물유전체학, 유전공학, 분자생물학 기초연구, 육종연구, 유전질환연구, 친자확인, 법의학연구 등 서비스 활용 분야가 다양해지고 있습니다. 유전체 데이터의 활용에 있어 보안이 중요해짐에 따라 블록체인 기술을 도입하여 데이터 보안을 강화하고, 인공지능기술과 융합한 인공지능 기반의 분석데이터를 제공하는 플랫폼을 구축함으로써 새로운 비즈니스 모델의 시장을 확장 중입니다.

또한, 당사는 최신 기술인 단일세포 유전자 분석 서비스를 통해 생물의 기본 단위인 하나의 세포에서 유전자 발현량 및 유전자 변화를 정밀하게 분석하는 서비스를 제공하고 있습니다. 이를 통해 세포 수준에서 세포 간 이질성, 희귀 세포 군집, 세포 분화, 염색질 이질성, 면역 프로파일, 표면 단백질 프로파일 등의 확인이 가능하며, 세포 치료제 선별, 줄기세포 연구, 암 발달 및 진행 과정 연구 등 다양한 분야에 활용되고 있습니다. 아울러, 메타게놈 시퀀싱 서비스를 통해 분변, 토양, 해수, 식품 등 다양한 환경에서 여러 유전체가 혼합된 상태의 샘플을 분석하는 서비스를 제공하고 있습니다. 이를 통해 특정 분류군이 어떤 종과 분포로 구성되어 있는지 확인할 수 있으며, 이들의 상호작용과 역할까지 분석할 수 있습니다. 주로 박테리아, 사상균, 효모 등 미생물 군집의 다양성과 분포도를 분석하는 데 활용되며, 동일한 원리를 적용하여 진핵생물에 대한 연구도 가능합니다. 관련 전문팀을 통해 고객의 연구 목적과 요청에 맞는 맞춤형 분석 결과를 제공하고 있습니다.

당사는 전세계 5위 수준의 유전자 정보분석 데이터를 생성할 수 있는 유전자분석 장비(NovaSeq X Plus, NovaSeq 6000, UG100, Miseq, Ion PGM Dx, PacBio RS II, NextSeq500, Sequel II, Saphyr, DNBSEQ-T7, AB3730XL 등), 바이오인포매틱스 기술, 그리고 다년간 축적된 분석경험을 바탕으로 정부 주도의 유전체 사업 등에 참여하고 있으며, 빅데이터의 중요성이 높아짐에 따라 국내외 생명공학연구자들에게 전장유전체와 관련한 유전체 분석 서비스를 제공하고 있습니다. 현재 전 세계 153여 개국 33,000여 고객(세계 유수 대학 및 연구소, 개인 연구자 등)이 마크로젠의 유전체 분석 서비스를 이용 중입니다.

당사는 24년 12월 보건복지부가 주관하고 과학기술정보통신부, 산업통상자원부, 질병관리청이 참여하는 범부처 사업인 '국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업을 위한 유전체와 전사체 데이터 생산 및 기초분석' 사업에 정식계약을 체결했습니다. 동 사업을 통해 2028년까지 약 77만 명, 2032년까지 총 100만 명의 한국인 바이오 빅데이터를 구축하여 의료, 학계, 산업등 국내외 연구자들에게 개방, 신약과 의료기기 개발, 질병 예방과 개인 맞춤 의료 등에 활용하도록 돕는 것이 목표입니다. 1차적으로 26년 12월 15일까지 국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업 내 '유전체 등 오믹스 데이터 생산 분석’에 있어 14만건 이상의 인간 전장 유전체(WGS) 데이터와 2,800여 건의 전사체(mRNA) 데이터를 생산 및 분석하는 과업을 수행할 예정입니다.

또한 당사는 25년 9월 과학기술정보통신부 및 정보통신기획평가원이 주관하는 '페놈데이터 기반 AI 주치의 개발' 국책과제 1단계에 선정되었습니다. 본 과제는 강북삼성병원을 비롯해 삼성전자, 네이버클라우드 등 총 9개 기관과 컨소시엄을 구성해 수행되며, 1단계(2년) 이후 최종 선정된 컨소시엄이 2단계(2년)를 이어받아 진행할 예정입니다. AI 주치의는 국민의 생애 전주기 건강위험을 예측하고 관리할 수 있는 헬스케어 플랫폼으로, 마크로젠은 유전체 기반 정밀의학 기술을 바탕으로 핵심 데이터 생산 및 분석을 담당합니다. 이를 통해 당사는 'AI 정밀의학 선도기업' 이라는 비전을 실현하고, 디지털 헬스케어 시장에서의 경쟁력을 강화해 나갈 것입니다.

나. 올리고 합성(Oligo) Oligonucleotide(Oligo)는 2개 이상의 뉴클레오티드로 구성된 짧은 DNA조각으로, PCR이나 DNA Sequencing 등의 기본적인 연구에 필수적으로 사용되는 요소입니다. 또한, SNP연구, Cloning, Gene synthesis, siRNA 발현 등 다양한 연구분야에 활용될 수있습니다.

Oligo 합성 서비스는 온라인 사이트를 통해 고객이 제작하고자 하는 Oligo 염기서열을 입력하여 주문이 이루어지고, 순도를 높이는 정제 과정과 Q/C 과정에서 통과된 Oligo는 다양한 배송 방법을 통해 발송되며, TAT는 Standard Oligo 기준으로 주문 후 약 12~24시간 내에 배송이 이루어집니다.

자체적으로 개발한 MOPC (Macrogen Oligonucleotide Purification Cartridge) 정제법은 PAGE나 HPLC 정제법과 유사한 효율을 보이며, 모든 Oligo 합성 서비스에 기본 사양으로 무상 제공되고 있습니다. 고품질의 Oligo DNA를 제공하기 위해 MALDI-TOF 분자량 측정을 통해 엄격하게 품질을 관리하고 있으며, 짧은 시간에 저렴한 비용으로 최상의 quality 제품을 제공함으로써 실험 환경을 더욱 효율적으로 운영할 수 있도록 지원하고 있습니다. 또한, Standard Oligo 외에도 약 87종의 다양한 Modification Oligo와 Premade Oligo, Annealing 서비스도 제공하고 있으며, 더불어 자동 정량 분주 시스템을 통해 정확한 농도를 기반으로 한 Normalization 서비스를 제공하고있습니다.

최근 당사는 RNA와 Peptide 합성 서비스를 새롭게 출시하면서 보다 더 다양한 합성 서비스를 제공하고 있습니다.

RNA 합성 서비스는 고품질 원료를 사용하여 자체적으로 합성을 진행하고 있으며, HPLC 정제를 통해 고순도 RNA Oligo를 제공합니다. 최대 50bp까지 Single 및 Double strand RNA 서비스가 가능하며, Double strand RNA의 경우 합성과 Annealing 과정에서 2회의 QC를 거쳐 고객에게 제공됩니다. 또한, 주문부터 배송까지 모든 프로세스를 체계적으로 관리하여 고객이 신뢰할 수 있는 품질의 제품을 공급하고 있습니다.

Peptide 합성 서비스는 HPLC 정제를 통해 고객이 요구하는 Purity의 Sample을 제공합니다. 넓은 범위의 Peptide 합성으로, 기본 Custom Peptide 부터 Cyclic Peptide, Glyco Peptide 등 까다로운 변형 Peptide 및 구조 기반 Peptide까지도 제작이 가능하며, 합성 시작 전에 충분한 상담이 이루어지고, 출하 전까지 단계별로 상황을 안내함으로써 실험 일정 관리를 원활하게 진행하실 수 있도록 서비스를 제공해드리고 있습니다.

다. 마이크로어레이(Microarray)

Microarray는 작은 크기의 슬라이드 위에 수천에서 수백만 개에 이르는 Probe를 고정시킨 제품으로 DNA나 RNA와 같은 유전정보를 가진 물질을 분석하는 목적으로 활용되고 있습니다. 이는 Microarray 상에 존재하는 각 Probe들을 상보적인 염기서열을 가진 유전물질과 결합시킨 후 형광물질을 검출하는 방법으로서 유전자의 발현 패턴을 비교하거나 변이 여부를 확인할 수 있으며, 이를 신속하고 정확하게 분석하기 위해서는 높은 수준의 기술과 많은 경험을 필요로 합니다.

당사는 현재 Microarray 분야의 주요 제조 업체인 Illumina, Affymetrix, Agilent 등의 장비를 모두 보유하고 있어 고객들이 원하는 다양한 종류의 서비스들을 폭넓게 제공할 수 있으며, 더불어 사업 초기부터 획득해온 다수의 실험 수행 경험을 기반으로 하여 높은 품질의 데이터들을 생산해내고 있습니다. 또한 각 제조사가 공식 운영하고 있는 CSP(Certified Service Provider) 및 ISO9001(품질경영시스템규격)등 다양한 품질 인증 절차를 통해 공인된 높은 수준의 서비스 품질을 유지하고 있습니다. 특히 국내뿐만 아니라 해외 연구자 대상의 유전체 분석 서비스가 증가하고 있어, Microarray 분석을 통한 국내외 연구자들의 연구성과를 높이는데 크게 기여하고 있습니다.

최근에는 Custom Microarray에 대한 활용도가 높아지고 있어 연구분야 뿐만 아니라 의료분야에도 해당 기술을 적용하는 사례가 증가하고 있습니다. 당사는 다양한 질병의 진단에 활용할 수 있는 Custom Microarray 기술을 다수 개발하고, 특허등록을 통해 이를 자산화함으로써 향후 진단산업 분야의 사업적인 기반을 마련해가고 있습니다. 경쟁력 강화를 위하여 Affymetrix GeneTitan MC System을 도입하였으며, 이를 통해 식물 및 가축의 육종기술 개발 등 실생활과 밀접하게 관련되어 있는 산업분야까지 활용 범위를 점차 넓혀가고 있는 상황입니다. 뿐만 아니라 식품의약품안전처 개정 고시에 따라 세포주를 이용한 치료제의 임상허가를 위하여 세포주의 유전적 계통 분석이 필수관문이 되면서 당사는 Microarray 기반의 Karyotyping(핵형분석)을 통해 세포주의 유전적 안정성 검증 서비스를 지원하고 있습니다.

또한 병원에서 환자들에게 처방되는 각 약물의 대사속도의 차이가 개인 유전적 특성의 영향을 받는다는 점을 활용하여, 약물 유전체 연구가 활발해지고 있으며 이러한 최적의 분석기술로써 Microarray가 활용되고 있습니다. 각 환자의 DNA 패턴분석을 통해 유전체 정보 특징을 구분하게 되며, 이 정보는 약물유전체 데이터베이스에 근거하여 부작용을 줄이면서 치료 효과를 높일 수 있는 최적의 약물을 선택하는데 활용할 수 있습니다.

이 밖에도 점차 정확한 질병 진단과 맞춤형 치료제 개발을 위한 기술로 유전체, 전사체와 함께 단백체를 통합 분석하는 멀티오믹스 기술이 각광받고 있습니다. 이에 당사는 스웨덴에 있는 글로벌 임상 프로테오믹스 전문기업 '오링크 프로테오믹스' 사의 단백체 분석 설비 오링크(Olink) 를 지난 2022년 도입해 단백체 분석 서비스를 시작했습니다. 최근 5,400여개 대량 단백질 스크리닝 제품인 Olink Explore HT 출시로 인해 마크로젠은 모든 Pathway를 아우르는 단백질 분석이 가능해졌습니다. 향후 제약사와의 협력을 통하여 멀티오믹스 분석에 주도적인 역할을 하며 신약개발 과정에서 새로운 해결책을 제시할 것으로 기대하고 있습니다.

라. 유전자 편집 마우스(Genetically Engineered Mouse) 유전자 이식 및 적중이란 특정 유전자를 수정란의 핵 속에 삽입(transgenic)하거나 제거(knock-out)하여 새로운 형질을 나타내는 생명체를 얻는 기술로 유전자의 생체 내 기능을 알아내어 진단제, 치료제 등의 개발에 활용하기 위한 목적으로 이용되는데 고도의 기술력 및 숙련된 인력, 시설 인프라를 필요로 하는 분야입니다.

최근 대량의 유전자 정보가 발굴되면서 새롭게 알려진 유전자의 기능을 미리 예측하고, 최종적으로 기능을 확정하기 위해서 유전자 편집 마우스의 수요가 증가하고 있습니다. 당사는 현재 국내에서 유일하게 상업적으로 유전자 편집 마우스 제작 서비스를 제공하고 있으며, 25년 이상의 경험을 바탕으로 생산 및 생명공학분야에서 다양한 경험을 가지고 있습니다. 최신 SPF 마우스 사육 설비와 숙련된 연구원을 보유하고 국내외에 유전자 적중 마우스를 생산, 공급함으로써 많은 연구자들로부터 기술력을 인정받고 있습니다.

또한 기존에 전통적으로 사용되던 ES cell based technique 이외에도 최근 새롭게 개발되어 각광받고 있는 Enzyme based technique(CRISPR-Cas9) 등을 이용한 마우스 생산으로도 확대하고 있습니다. 특히 유전자 편집(CRISPR-Cas9) 기술과 관련하여 2018년 1월에는 서울대학교병원으로부터 '약물유도 유전자 가위 재조합 백터' 기술이전 계약을 체결하였으며, 2018년 3월에는 미국 브로드 연구소(Broad Institute)로부터 3세대 CRISPR-Cas9을 비롯해 총 50여 건의 크리스퍼 관련 기술을 추가로 확보하여 다양한 연구 및 사업분야에 유전자 편집 기술을 확대 적용할 수 있게 되었습니다.

마. 임상진단서비스(Clinical Sequencing) 유전체 분석 기술이 발달하고 분석 비용이 낮아짐에 따라 관련 시장이 기존 연구 중심의 영역에서 환자 및 일반인을 대상으로 하는 임상 진단 영역으로 점차 확장되고 있습니다.

당사는 암 유전체 관련 서비스인 '유전성 유방암 돌연변이 검사(Axen BRCA Panel Test)', '유전성 암 유전자 돌연변이 검사(Axen Hereditary Cancer Panel Test)', '비 유전성 체세포 변이 검사(Axen Cancer Panel Test)'를 개발하여 서비스를 제공하고 있습니다. 또한 암의 조기 진단 및 암 재발 모니터링을 위해 '순환 종양 DNA(ctDNA)'의 분석이 가능한 '액체 생검(liquid biopsy)' 분석 서비스도 신규로 제공합니다. 2019년 식품의약품안전처로부터 임상시험검체분석기관(GCLP) 지정을 받은 이래 유전체 분석 기반의 다양한 검체 분석 서비스를 제공함으로써 임상시험의 파트너로서 분석 CRO의 입지를 구축해 나가고 있습니다.

다양한 고객의 니즈를 충족하기 위하여 고객 상담 및 컨설팅을 하고있으며, 임상시험이나 신진 연구에 필요한 다양한 신규 분석 항목들에 대해도 적극적으로 도입하여 분석 서비스를 제공합니다.

또한 최신 기술인 '공간 전사체(Spatial transcriptomics)' 분석 정보 제공이 가능한 'Single Cell In situ' 서비스를 선도적으로 도입하여, 분석 서비스 영역의 확대와 함께 시장 확장을 추진하고 있습니다.

바. 개인유전체 분석 서비스(Personal Genome Analysis Services)

개인유전체 분석 서비스(Personal Genome Analysis Services)는 개인의 타고난 유전적 특성을 분석하여 질병 위험도 및 개인의 다양한 특성을 예측하고, 이에 따른 생활 가이드를 제시함으로써 보다 효과적으로 건강관리 및 질병을 예방하도록 돕는 개인 유전자 기반의 헬스케어 서비스입니다.

마크로젠은 2019년부터 2021년까지 3년간 DTC 인증제 시범사업 연구에 참여하여 검사항목 확대 및 서비스 질 향상을 위한 검사 역량 연구를 완료한 후, 2022년말 국내 첫 도입된 DTC 인증제에서 그 인증 자격을 획득하였습니다. DTC 인증제를 통해 유전자검사기관의 검사 정확도, 광고 및 검사결과 전달, 개인정보 보호 등을 평가 받아 DTC 유전자검사에 있어 소비자에게 더 안전한 서비스 환경을 구축하기 위한 노력은 물론 신규 검사 항목 신청 및 소비자 친화적 콘텐츠 개발을 통해 차별화된 서비스를 제공하고자 합니다.

특히 2023년 6월 론칭한 '젠톡' 플랫폼은 DTC 유전자 검사 서비스를 (영양소, 피부/탈모, 운동 및 건강관리 등 개인 특성 및 웰니스 관련 6개 카테고리 총129 항목) 국내 최다 항목으로 제공하고 있고, B2B 및 B2C로 시장으로 판매 채널을 확대해 가고 있으며, 국내 MZ세대를 중심으로 '몸BTI' 열풍을 불러 일으키는 등 높은 화제성과 성장 가능성을 입증해 나가고 있습니다.

더불어 지난 24년 삼성전자와 유전체 데이터 기반 헬스케어 서비스의 연구개발과 사업화를 목적으로 업무협약(MOU)을 체결하였으며, 25년 4월 마크로젠의 유전자/미생물검사 기반 건강관리 플랫폼 '젠톡(GenTok)' 이 삼성 헬스에 탑재되어, 일상생활 라이프로그와 유전자검사 분석 데이터를 연동해 갤럭시 사용자에게 통합적인 개인 맞춤 건강 솔루션을 제공하고 있습니다.

'삼성 헬스 젠톡 프로모션' 은 일상적인 라이프로그 기반 트래커 추천을 넘어 유전자 분석 결과까지 종합 분석하여 고도화된 인사이트 메시지를 제공할 예정이며, 중장기적으로는 마이데이터/라이프로그/유전체데이터/설문으로 구성된 종단연구(Longitudinal Study) 기반 고도화된 서비스로 확대할 계획입니다.

당사는 유전자 분석 중심의 리포트를 제공하는 단계에서 벗어나 다양한 서비스 라인 개발을 통해 고객 접점을 더욱 다변화하여 건강관리인뿐만 아니라 환자 또는 가족력이 높은 관리 대상자에 이르기까지 다양한 고객층을 확보할 수 있을 것으로 기대됩니다.

사. 마이크로바이옴 분석 서비스(Microbiome Analysis Services) 개인의 생활습관과 식이에 따라 변화하는 미생물(Microbiome) 군집 정보로 개인의 건강상태를 모니터링 할 수 있는 미생물 검사시장이 점차 대두되고 있습니다. 특히, 장내 미생물은 소화기 건강뿐만 아니라 면역 균형을 좌우하고 비만, 정신건강, 신경질환, 대사질환 등 우리 몸의 건강과 질병에 유기적으로 영향을 미치는 중요한 기능을 하는 것으로 알려져 더욱 많은 관심을 받고 있습니다.

당사는 2024년 3월, 건강관리 플랫폼 젠톡내에서 마이크로바이옴 기반의 프리미엄 헬스케어 브랜드 '더바이옴' 서비스를 시작하였습니다. '더바이옴 골드' 제품을 우선 런칭하여 NGS를 이용한 마이크로바이옴 검사를 통해 장내 미생물 환경에 대한 분석정보를 제공하고 있습니다. 해당 서비스는 장내 미생물의 다양성, 대사 질환, 장내 미생물로 보는 영양소 대사, 유산균으로써 기능이 인정된 식약처 고시 19종의 프로바이오틱스 분포 등의 검사결과와 더불어 장 건강(변비, 복부 팽만감 등) 및 웰니스(면역, 비만, 수면 등)와 관련 있는 미생물 건강지수와 장 건강 생활 가이드 등 퍼스널 헬스케어에 도움을 주는 다양한 정보를 포함하고 있습니다.

이외에도 당사는 본 기술력을 토대로 성인의 장내 미생물 뿐만 아니라 구강의 건강상태를 확인할 수 있는 미생물 검사 서비스 (더바이옴 화이트), 반려견의 장내미생물 검사 서비스(더바이옴 펫) 에 대해 추가 출시를 하였으며, 영유아 전용 장내미생물 검사(더바이옴 베이비), 여성 대상으로 한 질내 미생물 검사(더바이옴 핑크) 서비스 등 다양한 휴먼 및 논휴먼 마이크로바이옴 분석 노하우와 데이터베이스를 접목해 급성장하고 있는 마이크로바이옴(Microbiome) 시장 내 경쟁력 있는 상품 출시를 준비하고 있습니다.

아. 주요제품 매출액 및 매출비중(단위: 천원)

매출유형	품목	구체적용도	제30기 3분기	제29기	제28기

매출	비율	매출	비율	매출	비율

용역매출	DNA Sequencing	Human, Non-Human 염기서열분석 및BioInformatics 정보 제공	119,558,234	86.01%	112,230,471	82.66%	110,753,437	83.40%

Microarray	유전자 기능 연구	4,706,659	3.39%	9,034,765	6.65%	6,846,961	5.16%

제품매출	Genetically EngineeredMouse	생체내에서의 유전자 기능 확인 및 특정질병모델 동물 제작	1,353,333	0.97%	2,180,786	1.61%	2,812,025	2.12%

Oligo	시퀀싱 등의 실험에 필요한 primer	7,200,796	5.18%	9,207,934	6.78%	9,335,903	7.03%

기타	기타 제품	1,001,613	0.72%	457,778	0.34%	758,672	0.57%

상품매출	Saliva kit	유전자 분석을 위한 샘플 채취 kit	2,331,767	1.68%	22,194	0.02%	161,424	0.12%

기타	기타 상품	1,862,539	1.34%	1,251,632	0.92%	683,077	0.51%

원재료매출	기타	기타 원재료	19,514	0.01%	13,813	0.01%	-	-

임대료수입	임대료수입	건물 임대료 및 관리비	975,091	0.70%	1,377,285	1.01%	1,451,632	1.09%

합 계	139,009,547	100.00%	135,776,658	100.00%	132,803,132	100.00%

주) 상기 매출액은 연결재무제표 기준입니다.