에이프로젠바이오로직스 — 주식등의대량보유상황보고서(일반) (20260707)
제출인: 에이프로젠

주식등의 대량보유상황보고서(일반)
6.0
(주)에이프로젠바이오로직스

0000
0000
20260701

주식등의 대량보유상황보고서

(일반서식 : 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제147조에 의한 보고 중 '경영권에 영향을 주기 위한 목적'의 경우)

금융위원회 귀중
보고의무발생일　 :
2026년 07월 01일

한국거래소 귀중
보고서작성기준일 :
2026년 07월 07일

보고자 :
(주)에이프로젠

요약정보

발행회사명
(주)에이프로젠바이오로직스
발행회사와의 관계
최대주주

보고구분
변동ㆍ변경

보유주식등의 수 및 보유비율

보유주식등의 수
보유비율

직전 보고서
32,424,689
83.74

이번 보고서
58,853,009
90.34

주요계약체결 주식등의 수 및 비율

주식등의 수
비율

직전 보고서
2,355,553
6.08

이번 보고서
2,644,961
4.06

의결권의 수 및 보유비율

의결권의 수
보유비율

직전 보고서
-
-

이번 보고서
-
-

주요계약체결 의결권의 수 및비율

의결권의 수
비율

직전 보고서
-
-

이번 보고서
-
-

보고사유

- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 계약 변경

및 전환가액 조정에 따른 계약 비율 변경- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 변동
- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 취득에 따른 변동

※ 보고자 본인은 보고서작성기준일 현재 본인과 특별관계자의 주식등의 보유상황을 관련 법규 및 기재상의 주의에 따라 정확하게 작성하였고, 중요한 사항의 허위기재 또는 기재누락이 없음을 확인합니다.

제1부 보고의 개요

1. 발행회사에 관한 사항

회사명
(주) 에이프로젠바이오로직스
회사코드
003060

법인구분
유가증권상장법인
의결권있는 발행주식 총수(주)
14,412,374

2. 대량보유자에 관한 사항

가. 보고자

(1) 보고자 개요

보고구분
변동ㆍ변경
연명

보고자 구분
국내법인
국 적
대한민국

보고자 구분 기재 근거(법령상 조합 또는 기타단체로 기재한 경우만 기재)
-

성명(명칭)
한글
(주)에이프로젠
한자(영문)
Aprogen, Inc

주소(본점소재지)[읍ㆍ면ㆍ동까지만 기재]
경기도 성남시 중원구 둔촌대로
생년월일 또는사업자등록번호 등
219-81-00146

직업(사업내용)
가열로, 제철설비, 환경에너지 설비등 플랜트 설비의 제작과 하드페이싱 등의 유지보수 및 의학 및 약학 연구개발
발행회사와의 관계
최대주주

업무상 연락처및 담당자
소속회사
(주)에이프로젠
부서
자금관리실

직위
대리
전화번호
031-78******

성명
이명준
팩스번호
031-80*******

이메일 주소
******jun@aprogen.com

(2) 보고자에 대한 구체적인 사항(법인, 기타단체, 법령상조합, 민법상 조합의 경우 기재)

법적성격
주식회사

자산총액(또는 운용자산총액)
717,264
부채총액
258,654

자본총액
458,609
자본금
164,652

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
김재섭

의사결정기구(의사결정권자)
이사회(대표이사 김재섭 등 3人)

최대주주(최다출자자)
(주)지베이스
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
22.27

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 최대주주 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.【보고자의 최대주주가 법인, 기타단체, 법령상조합, 민법상 조합의 경우】

법적성격
주식회사

자산총액(또는 운용자산총액)
77,425
부채총액
123,439

자본총액
-46,013
자본금
1,000

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
강선주

의사결정기구(의사결정권자)
이사회

최대주주(최다출자자)
넥스코닉스
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
95.24

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 최대주주 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

나. 특별관계자

(1) 특별관계자 개요

연번
성 명(명칭)
구분
보고자와의구체적 관계
생년월일또는사업자등록번호 등
국적
주 소(소재지)
직 업(사업내용)
발행회사와의 관계

1
김정출
개인(국내)
계열회사 임원
560511
대한민국
경기도 성남시 분당구 판교로
기업인
임원(등기)

2
(주)지베이스
국내법인
최대주주
129-86-85599
대한민국
경기도 성남시 중원구 둔촌대로
바이오의약품연구, 개발 및 관련 컨설팅
주요주주

3

(주)앱튼

국내법인
계열회사
580-86-00757
대한민국
경기도 성남시 수정구 창업로
지열냉난방시스템 등 신재생에너지, 뇌질환치료제 등 신약개발
계열회사등

4
제이드 신기술조합 제79호
법령상 조합
공동보유자
144-80-07926
대한민국
경기도 성남시 분당구 성남대로
신기술사업투자조합
-

5
(주)앱토크롬
국내법인
계열회사
114-81-82858
대한민국
경기도 성남시 중원구 둔촌대로
바이오의약품연구, 개발 및 판매
계열회사등

6
에이프로젠아이앤씨(주)
국내법인
계열회사
622-86-02200
대한민국
충청남도 보령시 청소면 송덕신송길
석탄재 순환자원화 사업
계열회사등

* 주소는 읍ㆍ면ㆍ동까지만 기재

(2) 특별관계자에 대한 구체적인 사항(법인, 기타단체, 법령상조합, 민법상 조합의 경우 기재)* (주)지베이스

법적성격
주식회사

자산총액(또는 운용자산총액)
77,425
부채총액
123,439

자본총액
-46,013
자본금
1,000

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
강선주

의사결정기구(의사결정권자)
이사회

최대주주(최다출자자)
넥스코닉스
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
95.24

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

* (주)앱튼

법적성격
주식회사

자산총액(또는 운용자산총액)
160,058
부채총액
64,874

자본총액
95,184
자본금
19,658

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
김재섭

의사결정기구(의사결정권자)
이사회

최대주주(최다출자자)
(주)에이프로젠
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
31.61

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

* 제이드 신기술조합 제79호

법적성격
법령상조합

자산총액(또는 운용자산총액)
-
부채총액
-

자본총액
-
자본금
-

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
(주)이스트게이트인베스트먼트

의사결정기구(의사결정권자)
조합원총회

최대주주(최다출자자)
(주)엔투텍
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
99.99

* (주)앱토크롬

법적성격
주식회사

자산총액(또는 운용자산총액)
320,455
부채총액
13,886

자본총액
306,569
자본금
110,395

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
김정출

의사결정기구(의사결정권자)
이사회

최대주주(최다출자자)
(주)에이프로젠
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
52.28

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

* 에이프로젠아이앤씨(주)

법적성격
주식회사

자산총액(또는 운용자산총액)
12,292
부채총액
2,985

자본총액
9,307
자본금
1,001

대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)
김대진

의사결정기구(의사결정권자)
이사회

최대주주(최다출자자)
(주)앱토크롬
최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)
94.92

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

다. 집합투자업자

(보고자 또는 특별관계자가 규정 제3-10조 제2항에 따른 "집합투자기구"인 경우에 한함)

(1) 집합투자업자 개요

연번
명칭
사업자등록번호 등
대상 집합투자기구
국적
주 소(소재지)
비고

-
-
-
-
-
-
-

(2) 집합투자업자에 대한 구체적인 사항

법적성격
-

자본금
-
운용자산총액
-

대표자
-

의사결정기구(의사결정권자)
-

최대주주(법인 대표자)
-
최대주주 지분율
-

3. 보유주식등의 수 및 보유비율

보고서작성기준일
보고자
주식등
주권
의결권 있는 발행주식총수(주)

본인 성명
특별관계자수
주식등의 수(주)
비율(%)
주식수(주)
비율(%)

직전보고서
2026년 06월 19일
(주)에이프로젠
5
32,424,689
83.74
8,116,115
56.31
14,412,374

이번보고서
2026년 07월 07일
(주)에이프로젠
7
58,853,009
90.34
8,116,115
56.31
14,412,374

증 감
26,428,320
6.60
0
0
0

4. 보유목적

경영권 영향

- 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제154조 제1항 각 호에 대한 세부 계획은 없지만 장래에 회사의 업무집행과 관련한 사항이 발생할 경우에는 관계법령 등에서 허용하는 범위 및 방법에 따라 회사의 경영목적에 부합하도록 주주로서 관련 행위들을 고려할 예정입니다.

1.이사 및 감사의 선임ㆍ해임 또는 직무의 정지

2.이사회 등 회사의 기관과 관련된 정관의 변경

3. 회사의 자본금의 변경

4. 회사의 합병, 분할 및 분할합병

5. 주식의 포괄적 교환 및 이전

6. 영업전부의 양수ㆍ양도 또는 금융위원회가 정하여 고시하는 중요한 일부의 양수ㆍ양도

7. 자산의 전부의 처분 또는 금융위원회가 정하여 고시하는 중요한 일부의 처분

8. 영업전부의 임대 또는 경영위임, 타인과 영업의 손익전부를 같이 하는 계약, 그 밖에 이에 준하는 계약의 체결ㆍ변경 또는 해약

9. 회사의 해산

5. 변동[변경]사유

변동방법
- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 변동- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 취득에 따른 변동

변동사유
- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 변동- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 취득에 따른 변동

변경사유
- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 계약 변경 및 전환가액 조정에 따른 계약 비율 변경

제2부 대량보유내역

1. 보고자 및 특별관계자별 보유내역

가. 주식등의 종류별 보유내역

관 계
성 명(명칭)
생년월일또는사업자등록번호 등
보유주식등의 내역

주 권
신주인수권이표시된것
전환사채권
신주인수권부사채권
교환사채권
증권예탁증권
기타
합 계

의결권있는주식
의결권있는 주식으로상환될주식
의결권있는 주식으로전환될 주식
주수(주)
비율(%)

보고자
(주)에이프로젠
219-81-00146
8,114,654
-
-
-
2,255,808
-
-
-
-
10,370,462
15.92

특별관계자
김정출
560511
1,458
-
-
-
-
-
-
-
-
1,458
0.01

(주)지베이스
129-86-85599
3
-
-
-
-
-
-
-
-
3
0.00

(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)
580-86-00757
-
-
-
-
10,912,025
-
-
-
-
10,912,025
16.75

제이드 신기술조합 제79호
144-80-07926
-
-
-
-
15,979,602
-
-
-
-
15,979,602
24.53

(주)앱토크롬
114-81-82858
-
-
-
-
21,376,965
-
-
-
-
21,376,965
32.81

에이프로젠아이앤씨(주)
622-86-02200
-
-
-
-
212,494
-
-
-
-
212,494
0.32

A
a1
a2
B
C
D
E
F
G

H

의결권있는발행주식 총수(I)
보유잠재주식의 수(a1+a2+B+C+D+E+F+G=H)
보유비율(%)

주식등의 보유비율[A+H / I+H-(E+F+G)※] × 100
주권의 보유비율(A / I) × 100

14,412,374
50,736,894
90.34
56.31

※ 교환대상이 주식인 교환사채권, 기초자산이 주식인 증권예탁증권ㆍ파생결합증권 및 자기주식을 교부하는 주식매수선택권 등에 한하여 분모에서 제외하고 보유비율을 산정

나. 보유형태별 보유내역

관계
성명(명칭)
생년월일또는사업자등록번호 등
소유에 준하는 보유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제142조) 형태
합계

제1호
제2호
제3호
제4호
제5호
제6호
제7호
주수
비율

보고자
(주)에이프로젠
219-81-00146
10,370,462
-
-
-
-
-
-
10,370,462
15.92

특별관계자
김정출
560511
1,458
-
-
-
-
-
-
1,458
0.01

(주)지베이스
129-86-85599
3
-
-
-
-
-
-
3
0.00

(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)
580-86-00757
10,912,025
-
-
-
-
-
-
10,912,025
16.75

제이드 신기술조합 제79호
144-80-07926
15,979,602
-
-
-
-
-
-
15,979,602
24.53

(주)앱토크롬
114-81-82858
21,376,965
-
-
-
-
-
-
21,376,965
32.81

에이프로젠아이앤씨(주)
622-86-02200
212,494
-
-
-
-
-
-
212,494
0.32

※ 소유에 준하는 보유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제142조) - 제1호 누구의 명의로든지 자기의 계산으로 주식등을 소유하는 경우 - 제2호 법률의 규정이나 매매, 그 밖의 계약에 따라 주식등의 인도청구권을 가지는경우 - 제3호 법률의 규정이나 금전의 신탁계약ㆍ담보계약, 그 밖의 계약에 따라 해당 주식등 의 의결권(의결권의 행사를 지시할 수 있는 권한을 포함한다)을 가지는 경우 - 제4호 법률의 규정이나 금전의 신탁계약ㆍ담보계약ㆍ투자일임계약, 그 밖의 계약에 따라 해당 주식등의 취득이나 처분의 권한을 가지는 경우 - 제5호 주식등의 매매의 일방예약을 하고 해당 매매를 완결할 권리를 취득하는 경우로 서 그 권리행사에 의하여 매수인으로서의 지위를 가지는 경우 - 제6호 주식등을 기초자산으로 하는 법 제5조제1항제2호에 따른 계약상의 권리를 가지 는 경우로서 그 권리의 행사에 의하여 매수인으로서의 지위를 가지는 경우 - 제7호 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 그 권리의 행사에 의하여 매수인으로서의 지위를 가지는 경우

2. 보유주식등에 관한 계약

가. 계약 여부

신탁ㆍ담보ㆍ대차ㆍ일임ㆍ장외매매ㆍ공동보유 등 주요계약 체결, 변경 여부

있음

*주요계약 체결ㆍ변경사실 미보고시 해당 미보고분에 대해 의결권이 제한될 수 있음

나. 계약 내용

연번
성명(명칭)
보고자와의관계
생년월일 또는사업자등록번호 등
주식등의종류
주식등의수
계약 상대방
계약의종류
계약체결(변경)일
계약기간
비율
비고

1
제이드 신기술조합 제79호
특수관계인
144-80-07926
전환사채권
722,481
주식회사 올케이
매매계약
2026년 06월 30일
2026년 12월 31일
1.11
전환가액 조정

2
(주)에이프로젠
본인
219-81-00146
의결권있는 주식
333,333
주식회사 온리홀딩스대부
담보제공계약
2026년 04월 15일
2026년 09월 24일(6개월)
0.51
주식담보계약

3
제이드 신기술조합 제79호
특수관계인
144-80-07926
전환사채권
424,989
샌디 신기술조합 제65호
매매계약
2026년 06월 30일
2026년 12월 31일
0.65
전환가액 조정

4
(주)에이프로젠
본인
219-81-00146
의결권있는 주식
366,666
주식회사 온리홀딩스대부
담보제공계약
2026년 04월 15일
2026년 10월 02일(6개월)
0.56
주식담보계약

5
제이드 신기술조합 제79호
특수관계인
144-80-07926
전환사채권
297,492
강정훈
매매계약
2026년 06월 30일
2026년 12월 31일
0.46
전환가액 조정

6
(주)에이프로젠
본인
219-81-00146
의결권있는 주식
500,000
주식회사 온리홀딩스대부
담보제공계약
2026년 05월 15일
2026년 11월 15일
0.77
주식담보계약

합계(주식등의 수)
2,644,961
합계(비율)
4.06
-

* 2026.07.01 전환사채 전환가액 조정으로 인해 주식등의 수 조정

다. 주요계약이 담보계약인 경우 추가 기재사항

연번
주식등의 수
대출금액
채무자
이자율
담보유지비율
기타

3
333,333
1,000,000,000
(주)에이프로젠
8.0
150
-

6
366,666
1,000,000,000
(주)에이프로젠
8.0
150
-

12
500,000
1,000,000,000
(주)에이프로젠
6.5
150
-

3. 자기계정 및 고객계정별 보유내역(금융기관에 한함)

명칭
보고자와의관계
계정별 내역
합 계

자기계정(주)
비율(%)
고객계정(주)
비율(%)
계(주)
비율(%)

-
-
-
-
-
-
-
-

합 계
-
-
-
-
-
-

제3부 직전보고일 이후 대량변동 내역

1. 변동내역 총괄표

가. 주식등의 변동내역

관 계
성 명(명칭)
생년월일또는사업자등록번호 등
증감주식등의 내역

주 권
신주인수권이표시된것
전환사채권
신주인수권부사채권
교환사채권
증권예탁증권
기타
합 계

의결권있는주식
의결권있는 주식으로상환될주식
의결권있는 주식으로전환될 주식
주수(주)
비율(%)

보고자
(주)에이프로젠
219-81-00146
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-10.86

특별관계자
김정출
560511
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-

(주)지베이스
129-86-85599
-
-
-
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-
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-
-
-
-
-

(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)
580-86-00757
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-11.43

제이드 신기술조합 제79호
144-80-07926
-
-
-
-
4,838,861
-
-
-
-
4,838,861
-4.24

(주)앱토크롬
114-81-82858
-
-
-
-
21,376,965
-
-
-
-
21,376,965
32.81

에이프로젠아이앤씨(주)
622-86-02200
-
-
-
-
212,494
-
-
-
-
212,494
0.32

2. 세부변동내역

가. 주식등의 세부변동내역

(단위 : 주, 원)

성명(명칭)
생년월일 또는사업자등록번호 등
변동일*
취득/처분방법
주식등의종류
변동 내역
취득/처분단가**
비 고

변동전
증감
변동후

제이드 신기술조합 제79호
144-80-07926
2026년 07월 01일
행사가액조정
전환사채권
11,140,741
4,838,861
15,979,602
2,353
2,353
16CB

(주)앱토크롬
114-81-82858
2026년 07월 01일
CB인수(+)
전환사채권
-
21,376,965
21,376,965
2,353
2,353
20CB

에이프로젠아이앤씨(주)
622-86-02200
2026년 07월 01일
CB인수(+)
전환사채권
-
212,494
212,494
2,353
2,353
20CB

* 증권시장에서 주식등을 매매한 경우에는 그 계약체결일

** 주식 외의 증권의 경우 해당 증권의 행사(전환ㆍ교환)가액 또는 해당 증권의 권리행사로 취득ㆍ처분하는 주식의 매매단가를 의미하며, ( )의 금액은 해당 증권의 매매단가를 의미

*** 상기 "변동내역"의 수량은 제2부 「1. 보고자 및 특별관계자별 보유내역- 가. 주식등의 종류별 보유내역」상 "주수(주)"와 동일한 방법으로 산정한 수량입니다.

3. 취득에 필요한 자금등의 조성내역

(1) 취득자금등의 개요

(단위 : 원)

성명
생년월일 또는사업자등록번호등
자기자금(H)
차입금(I)
기타(J)
계(H+I+J)

(주)앱토크롬
114-81-82858
-
-
50,300,000,000
50,300,000,000

에이프로젠아이앤씨(주)
622-86-02200
-
-
500,000,000
500,000,000

(2) 취득자금등의 조성경위 및 원천

ㅇ 기타의 경우

성명
생년월일 또는사업자등록번호등
취득자금등의 조성경위 및 원천

(주)앱토크롬
114-81-82858
발행사에 대한 (주)앱토크롬의 대여금 채권으로 상계 납입

에이프로젠아이앤씨(주)
622-86-02200
발행사에 대한 에이프로젠아이앤씨(주)의 대여금 채권으로 상계 납입