TITLE: Gewebesammlung Frischgewebe Zystektomie
AUTHORS: Annika Fendler, Bettina Ergün

[DESCRIPTION]
Dieses Protokoll beschreibt die Schritte für die Sammlung von Frischgewebe, Gefriergewebe (Fresh-frozen), und Blut von Patienten mit Harnblasenkarzinom nach Zystektomie.  

Verwandte Dokumente: 
Protokoll zur Blutaufarbeitung 

[BEFORE_START]
Vor der OP: 
Patienten werden von Michela de Martino im Rahmen der Biobank Planung identifiziert und gegebenenfalls gemeinsam besprochen. 
Die Patientenliste mit Datum der vorstationären Aufnahme wird jeweils am Donnerstag an das Patientenmanagement geschickt. 
Wenn ein Patient die EVEs unterschrieben hat und Blut abgenommen wurde, wird in SAP im Bemerkungsfeld für das OP-Personal vermerkt, dass sie die entnommene Blase nativ in das Schnellschnittlabor schicken sollen. 
Ebenfalls am Donnerstag der Vorwoche eine  Email mit Gewebewünschen an ines.görmar@charite.de aus dem Schnellschnittlabor schicken und ggf. am OP-Tag nochmals telefonische Kontaktaufnahme. 
Änderungen im OP-Plan sollten im besten Fall täglich überprüft und mit dem Team abgesprochen werden. 
 
Am Tag der OP: 
Vorbereitung: 
Lokalisation des Tumors und Vortherapie recherchieren
Flüssigen Stickstoff, sowie die Tüte mit Gewebescheinen; Tubes und Stiften bereit haben. 

[GUIDELINES]
 Beschreibung der biologischen Proben:
Probentyp Kurzbeschreibung Prozess Zweck Bemerkung 2 x EDTA NA Aufarbeitung und Lagerung von Vollblut und Plasma Findet im Rahmen der Biobank Sammlung statt. Zuständig: Michela de Martino 1 x koaguliertes Blut in CAT tubes NA Aufarbeitung und Lagerung von Serum Findet im Rahmen der Biobank Sammlung statt. Zuständig: Michela de Martino Frischgewebe Sammlung in Transportmedium in 15 ml Falcon.  Aufarbeitung zu Tumorfragmenten und/oder Einzelzellen Zuständig: Annika Fendler, Bettina Ergün Gefriergewebe (Fresh-frozen) Sammlung in 2 ml Kryoröhrchen, schockfrosten in LN, Lagerung bei -80°C Lagerung für verschiedene Anwendungen Findet im Rahmen der Biobank Sammlung statt. Zuständig: Michela de Martino 

Einschlusskriterien für Patienten: 

-

weitere Richtlinie zur Probenentnahme: 

falls der Tumor zu klein ist: fresh frozen priorisieren
falls kein Tumor zu erkennen ist: Normalgewebe nur, falls schon TURB-Material vorhanden ist oder falls Bedarf für bestimmte Experimente ist

Verantwortliche:

Sammlung für folgende Arbeitsgruppen: 
AG Fendler (Organoide) 
Urologische Forschung 
 
Zuständige Labor: 
Annika Fendler, Tel.: 515040 
Michela de Martino, Tel.: 515040 
Bettina Ergün, Tel. 515128/615009 

Zuständige Klinik für Urologie: 
Antonia Franz 
Kira Kornienko, Tel. 615166 

Zuständige Pathologie: 
Simon Schallenberg, Tel.: 536054  
Florian Roßner, Tel. 
Sefer Elezkurtaj 

Zuständige Klinik für Radiologie: 
Markus Lerchbaumer, Tel.: 657084 

Kontakt Patientenmanagment 
Silvia Stark, Tel.: 615028 
Nadine Stremlau, Tel.: 615029 

Kontakt Schnellschnitt 
Ines Görmar, Tel.: 536136/636136 
 

[STEPS]
SECTION: Dokumentation
12. Patientendaten in Datei hinterlegen und korrespondierende Liquidnummer eintragen: \\Charite.de\Centren\C08\UR\FO\Intern\PROBEN_PATIENTEN\01-Gewebe\Gewebe_FF\ Biobank_Gewebe_ab01012019.xlsx
SECTION: Dokumentation
13. In der Liquid-Sammelliste die korresspondierende Gewebenummer eintragen: \\Charite.de\Centren\C08\UR\FO\Intern\PROBEN_PATIENTEN\02-Liquid\Uro-Biobank\ Biobanking-lfdListe_ab190311.xlsx
SECTION: Dokumentation
14. In Labfolder die Vorlage “Tissue_Collection_Fragments” bzw. seit dem 15.5.2023 “Tissue_Collection_Fragments_new_15052023” ausfüllen und Bilder des Gewebebegleitscheins sowie des Entnahmeorts und des Gewebes vor der Aufarbeitung im Labor einfügen.
SECTION: Aufarbeitung im Labor
7. Gewebe sollte, wenn möglich am selben Tag verarbeitet werden, kann aber maximal über Nacht bei 4°C gelagert werden 
Zur Reduktion der Keimbelastung sollte das Gewebe 60 min bei Room temperature inkubiert werden 
SECTION: Aufarbeitung im Labor
8. Das Gewebe wird im Labor in Stücke mit 1-2 mm Kantenlänge aufgeteilt.
Die Fragmente eines Tumorstückes mixen, damit jedes Aliquot möglichst repräsentativ für das Tumorareal ist. 
 
SECTION: Aufarbeitung im Labor
9. Je 8 (Entscheidung vom 29.6.2023: 16) Fragmente werden in 1 ml Gefriermedium in einem Kryoröhrchen gelagert. 
Falls genug Fragmente für mehr als 4 Kryoröhrchen vorhanden sind, können auch mehr Fragmente in einem Röhrchen vereinigt werden. Maximal werden 5 Kryoröhrchen jeder Entität eingefroren. 
SECTION: Aufarbeitung im Labor
10. Proben über Nacht in Mr. Frosty einfrieren.
SECTION: Aufarbeitung im Labor
11. Am nächsten Tag werden die Kryoröhrchen in den Stickstofftank überführt und im Ordner “N2-Tank” dokumentiert. 
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
1. 
Nach Rückmeldung des Schnellschnitts geht eine Person zur Gewebeentnahme.  

SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
2. 4x 15 ml Falcons mit 12,2 ml Transportmedium (bis 9/2023 50 ml Falcon mit 15 ml) aus dem Kühlschrank im Schnellschnitt nehmen. 
Bis 9/2023: Vorgelabelte Röhrchen aus dem Unterschrank nehmen und Probennummer auf Gewebeschein notieren. 
Ab 9/2023: Röhrchen mit in den Schnellschnitt nehmen; zu vergebenen Probennummer vorher recherchieren und auf Gewebeschein notieren + Tubes labeln wenn klar ist, dass eine Gewebeentnahme erfolgen kann
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
3. Entnahmen durch den Pathologen: 
 
Kriterium Beschreibung Planung Vorbehandlung mit neoadjuvanter chemotherapy Im Falle eines guten Ansprechens auf die neoadjuvante Therapie, möglichst eine Probe aus nicht-viablem Gewebe entnehmen. Rest aus viablen Bereichen. Makroskopische Heterogenität Falls makroskopisch unterschiedliche Regionen zu erkennen sind, bitte Proben aus den unterschiedlichen Regionen entnehmen. 
 
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
3.1. Mit einer Stanze 2x (für Frischgewebe und Fresh Frozen) je ein Stück Tumorgewebe entnehmen, welches horizontal in Mucosa- und Muskuläre (invasive) Seite geteilt und auf 2 Mediumröhrchen bzw.  2 Kryoröhrchen verteilt wird. Hierbei ist die Beschriftung T1 für die Mucosa und T2 für die Invasive Seite zu verwenden. (Pro 5 cm Durchmesser des Tumors wird eine Probe gesammelt.) 
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
3.2. Mit einem Messer ein möglichst flaches Gewebestück aus dem tumornahen Normalgewebe, welches auf ein Mediumröhrchen und ein Kryoröhrchen aufgeteilt wird.
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
3.3. Dito für ein tumorfernes Normalgewebe.
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
4. Eintragen der Stücke in den Gewebeschein.
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
5. 
Eintragen der Patientendaten in die entsprechende Liste des Gewebeordners im Schnellschnitt.
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
6. Ggf. Lagerung der Fresh Frozen-Proben im TK des Schnellschnitts, sonst Mitnahme ins Labor und Lagerung in –70 °C TK.
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
1.1.  
SECTION: Gewebesammlung im Schnellschnitt
3.4. wenn möglich Fotos der Blase/Entnahmestelle machen