법률명: 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령
약칭: 자유무역지역법 시행령
법률유형: 대통령령
주무부처: 산업통상자원부
공포번호: 35624
공포일: 2025-07-01
시행일: 2025-07-22
현황: 현행
개정유형: 일부개정

조항번호: 40
조항제목: 권한의 위임ㆍ위탁

조항내용:
제40조(권한의 위임ㆍ위탁)
① 법 제55조제2항에 따라 기획재정부장관은 자유무역지역에서의 「조세특례제한법」 제121조의2 및 제121조의4에 따른 외국인투자에 대한 조세감면 신청 및 조세감면 변경신청의 접수와 감면, 감면내용 변경, 감면대상 해당 여부의 결정ㆍ확인ㆍ통지에 관한 권한을 관리권자에게 위탁한다.
② 관리권자는 제1항에 따라 위탁받은 권한에 속하는 사무를 처리하였을 때에는 그 결과를 기획재정부장관에게 통보하여야 한다.
③ 법 제55조제3항에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 법인을 말한다.
1. 한국공항공사
2. 인천국제공항공사
3. 항만공사
4. 삭제 <2011.8.11>
④ 산업통상자원부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제1호에 따른 산업단지의 자유무역지역에 대한 관리권자의 다음 각 호의 권한을 자유무역지역 관리원장에게 위임한다. <개정 2013.3.23, 2016.7.26, 2022.7.5, 2025.7.1>
1. 법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무
2. 법 제9조에 따른 자유무역지역의 구분
3. 법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경
4. 법 제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고, 공장의 등록, 공장등록증명서의 발급, 공장의 등록취소 및 과태료 부과ㆍ징수
5. 법 제15조에 따른 입주계약의 해지
6. 법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보
7. 법 제17조에 따른 국유의 토지 또는 공장등의 임대ㆍ매각 및 임대기간의 설정ㆍ갱신
8. 법 제19조에 따른 토지 또는 공장등 매입대금의 납부연기 및 분할납부
9. 법 제20조에 따른 임대료 감면
10. 법 제21조에 따른 임대료 납부의 독촉, 임대계약의 해지 및 체납처분
11. 법 제23조제3항에 따른 건축 허가 및 신고의 수리(受理) 등
12. 법 제25조에 따른 토지 또는 공장등의 양수, 양수인 선정, 양도ㆍ임대 또는 사용 신고의 수리
13. 법 제26조제1항제3호에 따른 토지 또는 공장등의 양수
14. 법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지ㆍ관리 등
14의2. 법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리
15. 법 제28조에 따른 공동시설 유지비의 징수, 독촉 및 체납처분
16. 법 제28조의2제2항에 따른 입주관리 요령의 공고 및 변경 공고
17. 법 제32조제1항 및 제3항에 따른 수입 또는 수출이 제한된 물품의 반입 및 반출 승인
18. 법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입ㆍ반출실적에 대한 자료 제공 요청
19. 법 제54조제1항에 따른 청문의 실시
20. 제1항에 따른 외국인투자에 대한 조세감면 신청 및 조세감면 변경신청의 접수와 감면, 감면내용 변경, 감면대상 해당 여부의 결정ㆍ확인ㆍ통지에 관한 권한, 제2항에 따른 기획재정부장관에 대한 사무처리결과 통보
21. 법 제70조제2항, 같은 조 제3항제1호 및 제4항제1호에 따른 과태료의 부과 및 징수
⑤ 국토교통부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제2호에 따른 공항 및 배후지의 자유무역지역에 대한 다음 각 호의 권한을 서울지방항공청장에게 위임한다. <개정 2013.3.23, 2016.7.26, 2025.7.1>
1. 법 제9조에 따른 지구의 구분
2. 삭제 <2016.7.26>
3. 삭제 <2016.7.26>
4. 삭제 <2016.7.26>
5. 법 제17조에 따른 국유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각
6. 법 제19조에 따른 토지 또는 공장등 매입대금의 납부연기 및 분할납부
7. 법 제20조에 따른 임대료 감면
8. 법 제21조에 따른 임대료 등의 독촉 및 체납처분
9. 법 제23조에 따른 건축 허가 및 신고의 수리 등
10. 법 제25조에 따른 토지 또는 공장등의 양수, 양수인의 선정, 양도ㆍ임대 또는 사용 신고의 수리
11. 삭제 <2016.7.26>
12. 삭제 <2016.7.26>
13. 삭제 <2016.7.26>
14. 제1항에 따른 외국인투자에 대한 조세감면 신청 및 조세감면 변경신청의 접수와 감면, 감면내용 변경, 감면대상 해당 여부의 결정ㆍ확인ㆍ통지에 관한 권한, 제2항에 따른 기획재정부장관에 대한 사무처리 결과 통보
15. 법 제70조제2항, 같은 조 제3항제1호 및 제4항제1호에 따른 과태료의 부과 및 징수
⑥ 국토교통부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제2호에 따른 공항 및 배후지의 자유무역지역에 대한 다음 각 호의 권한을 한국공항공사 또는 인천국제공항공사에 위탁한다. <개정 2016.7.26>
1. 법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무
2. 법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경
3. 법 제15조에 따른 입주계약의 해지
4. 법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보
5. 법 제26조제1항제3호에 따른 토지 또는 공장등의 양수
6. 법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지ㆍ관리 등
7. 법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리
8. 법 제28조에 따른 공동시설의 유지비 징수 등
9. 법 제28조의2제2항에 따른 입주관리 요령의 공고 및 변경 공고
10. 법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입ㆍ반출실적에 대한 자료 제공 요청
11. 법 제54조제1항에 따른 청문의 실시
⑦ 해양수산부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제4호에 따른 항만 및 배후지의 국유 및 사유재산에 대한 다음 각 호의 권한을 지방해양수산청장에게 위임한다. 다만, 「항만공사법」 제6조에 따라 항만공사에 출자된 재산, 같은 법 제27조에 따라 해당 항만공사에 무상대부 또는 무상사용ㆍ수익이 허가된 재산, 해당 항만공사가 직접 취득한 재산, 「항만법」 제24조에 따라 지방자치단체에 항만시설관리권이 설정된 재산 및 같은 법 제66조에 따라 항만공사가 1종 항만배후단지관리기관으로 지정되어 관리하는 재산에 대한 제1호, 제3호, 제4호부터 제6호(매각으로 한정한다)까지, 제9호, 제13호부터 제18호까지에서 규정한 권한은 제외한다. <개정 2016.7.26, 2020.7.28, 2022.7.5, 2025.7.1>
1. 법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무
2. 법 제9조에 따른 자유무역지역의 구분
3. 법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경
3의2. 법 제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고, 공장의 등록, 공장등록증명서의 발급, 공장의 등록취소 및 과태료 부과ㆍ징수
4. 법 제15조에 따른 입주계약의 해지
5. 법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보
6. 법 제17조에 따른 국유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각 등
7. 법 제19조제1항에 따른 국유의 토지 또는 공장등 매입대금의 납부연기 및 분할납부
8. 법 제20조에 따른 임대료 감면
9. 법 제21조에 따른 임대료 등의 징수, 독촉, 체납처분 및 임대계약의 해지
10. 법 제23조에 따른 건축허가 및 신고의 수리 등
11. 법 제25조에 따른 토지 또는 공장등의 양수, 양수인 선정, 양도ㆍ임대 또는 사용 신고의 수리
12. 법 제26조제1항제3호에 따른 토지 또는 공장등의 양수
13. 법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지ㆍ관리 등
14. 법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리
15. 법 제28조에 따른 공동시설의 유지비 징수 등
16. 법 제28조의2제2항에 따른 입주관리 요령의 공고 및 변경 공고
17. 법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입ㆍ반출실적에 대한 자료 제공 요청
18. 법 제54조제1항에 따른 청문의 실시
19. 제1항에 따른 외국인투자에 대한 조세감면 신청 및 조세감면 변경신청의 접수와 감면, 감면내용 변경, 감면대상 해당 여부의 결정ㆍ확인ㆍ통지에 관한 권한, 제2항에 따른 기획재정부장관에 대한 사무처리 결과 통보
20. 법 제70조제2항, 같은 조 제3항제1호 및 제4항제1호에 따른 과태료의 부과 및 징수
⑧ 해양수산부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제4호에 따른 항만 및 배후지의 국유 및 사유재산(「항만공사법」 제6조에 따라 항만공사에 출자된 재산, 같은 법 제27조에 따라 해당 항만공사에 무상대부 또는  무상사용ㆍ수익이 허가된 재산, 해당 항만공사가 직접 취득한 재산 및 「항만법」 제66조에 따라 항만공사가 1종 항만배후단지관리기관으로 지정되어 관리하는 재산만을 의미한다)에 대한 다음 각 호의 권한을 항만공사에 위탁한다. <개정 2016.7.26, 2022.7.5>
1. 법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무
2. 법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경
3. 법 제15조에 따른 입주계약의 해지
4. 법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보
4의2. 법 제17조에 따른 국유의 토지 또는 공장등의 임대
4의3. 법 제21조에 따른 임대료 등의 징수, 독촉, 체납처분 및 임대계약의 해지
5. 법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지ㆍ관리 등
6. 법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리
7. 법 제28조에 따른 공동시설의 유지비 징수 등
7의2. 법 제28조의2제2항에 따른 입주관리 요령의 공고 및 변경 공고
8. 법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입ㆍ반출실적에 대한 자료 제공 요청
9. 법 제54조제1항에 따른 청문의 실시
⑨ 해양수산부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제4호에 따른 항만 및 배후지의 시ㆍ도의 공유재산에 대한 다음 각 호의 권한을 시ㆍ도지사에게 위임한다. <개정 2013.3.23, 2016.7.26, 2025.7.1>
1. 법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무
2. 법 제9조에 따른 자유무역지역의 구분
3. 법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경
4. 법 제15조에 따른 입주계약의 해지
5. 법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보
6. 법 제23조에 따른 건축 허가 및 신고의 수리 등
7. 법 제25조에 따른 토지 또는 공장등의 양수, 양수인 선정, 양도ㆍ임대 또는 사용 신고 수리
8. 법 제26조제1항제3호에 따른 토지 또는 공장등의 양수
9. 법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지ㆍ관리 등
9의2. 법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리
10. 법 제28조에 따른 공동시설의 유지비 징수 등
11. 법 제28조의2제2항에 따른 입주관리 요령의 공고 및 변경 공고
12. 법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입ㆍ반출실적에 대한 자료 제공 요청
13. 법 제54조제1항에 따른 청문의 실시
14. 제1항에 따른 외국인투자에 대한 조세감면 신청 및 조세감면 변경신청의 접수와 감면, 감면내용 변경, 감면대상 해당 여부의 결정ㆍ확인ㆍ통지에 관한 권한, 제2항에 따른 기획재정부장관에 대한 사무처리 결과 통보
15. 법 제70조제2항, 같은 조 제3항제1호 및 제4항제1호에 따른 과태료의 부과 및 징수
⑩ 해양수산부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제4호에 따른 항만 및 배후지의 시ㆍ군ㆍ구의 공유재산에 대한 제9항 각 호의 권한을 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 위임한다. <개정 2013.3.23>
⑪ 해양수산부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제4호에 따른 항만 및 배후지의 국유재산 중 「항만법」 제24조에 따라 지방자치단체에 항만시설관리권이 설정된 재산에 대한 다음 각 호의 권한을 해당 재산의 관리권을 설정받은 지방자치단체의 장에게 위임한다. <신설 2016.7.26, 2020.7.28, 2022.7.5>
1. 법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무
2. 법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경
3. 법 제15조에 따른 입주계약의 해지
4. 법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보
4의2. 법 제17조에 따른 국유의 토지 또는 공장등의 임대
4의3. 법 제21조에 따른 임대료 등의 징수, 독촉, 체납처분 및 임대계약의 해지
5. 법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지ㆍ관리 등
6. 법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리
7. 법 제28조에 따른 공동시설의 유지비 징수 등
7의2. 법 제28조의2제2항에 따른 입주관리 요령의 공고 및 변경공고
8. 법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입ㆍ반출실적에 대한 자료 제공 요청
9. 법 제54조제1항에 따른 청문의 실시