법률명: 조세특례제한법 시행령
약칭: nan
법률유형: 대통령령
주무부처: 기획재정부,행정안전부
공포번호: 35498
공포일: 2025-05-07
시행일: 2025-07-19
현황: 현행
개정유형: 타법개정

조항번호: 35-2
조항제목: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례

조항내용:
제35조의2(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례)
① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. <개정 2010.12.30, 2017.2.7>
1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조제1항제2호에 따라 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 "완전모회사등주식"이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액
②제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. <개정 2017.2.7>
				
				<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=21999978"  alt="img21999978" >
				
				┌────────────────────────────────┐
				
				│  압축기장충당금  ×  처분한 주식 수                            │
				
				│                    ──────────────────────│
				
				│                      주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수   │
				
				└────────────────────────────────┘
				
				</img>
③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다. <개정 2010.12.30, 2017.2.7, 2022.2.15, 2024.12.31>
1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액
④거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. <개정 2017.2.7, 2022.2.15, 2024.12.31>
				
				<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=147306307"  alt="img147306307" >
				
				  ┌────────────────────────────────────────┐
				
				│  (완전자회사 주식의 취득가액 +   ×  처분한 주식 수                            │
				
				│  제3항에 따른 양도소득 -           ──────────────────────│
				
				│  제3항제2호의 금액)                  주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수   │
				
				└────────────────────────────────────────┘
				
				</img>
⑤ 법 제38조제1항제2호에 따라 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상 인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더한다.
1. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액
2. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주인 경우: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액
⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제3항에 따른 지배주주등(그와 같은 조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자를 포함한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다. <개정 2014.2.21, 2023.2.28>
1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족
2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자
⑦완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사등주식을 교부하여야 한다. <개정 2017.2.7, 2025.2.28>
				
				<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=149418689"  alt="img149418689" >
				
				┌─────────────────────────────────────────┐
				
				│  완전모회사가 교환ㆍ이전대가로 지급한    ×  해당 주주의 완전자회사에 대한       │
				
				│  완전모회사등주식의 총합계액                 지분비율(완전자회사의 자기주식에    │
				
				│                                              대해 완전모회사등주식을 교부하지    │
				
				│                                              않는 경우에는 완전자회사의          │
				
				│                                              자기주식을 제외하고 산정한          │
				
				│                                              지분비율을 말한다)                  │
				
				└─────────────────────────────────────────┘
				
				</img>
⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다.
⑨ 삭제 <2018.2.13>
⑩ 삭제 <2018.2.13>
⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다. <개정 2012.2.2>
⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. <개정 2018.2.13, 2022.2.15, 2024.12.31>
1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다.
2. 완전자회사의 주주가 법인인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 제1항에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 익금에 산입
⑬ 법 제38조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 보유할 수 없거나 사업을 계속할 수 없는 경우"란 다음 각 호의 구분에 따른 경우를 말한다. <개정 2025.2.28>
1. 취득한 주식을 보유할 수 없는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 사업을 계속할 수 없는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2016.2.5>
⑮ 법 제38조제2항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 사업을 폐지하는 경우"란 제13항제2호에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2025.2.28>
⑯ 법 제38조제2항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 처분하는 경우"란 제13항제1호에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2025.2.28>