법률명: 조세특례제한법 시행령
약칭: nan
법률유형: 대통령령
주무부처: 기획재정부,행정안전부
공포번호: 35498
공포일: 2025-05-07
시행일: 2025-07-19
현황: 현행
개정유형: 타법개정

조항번호: 35-3
조항제목: 지주회사의 설립 등에 대한 법인 주주의 과세특례

조항내용:
제35조의3(지주회사의 설립 등에 대한 법인 주주의 과세특례)
① 내국법인의 주주인 법인이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상해야 한다.
② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 처분(현물출자등으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다.
				
				<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=125386471"  alt="img125386471" >
				
				┌──────────────────────────────────────┐
				
				│  압축기장충당금  ×  주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한          │
				
				│                      지주회사 또는 전환지주회사의 주식 중 처분한 주식 수   │
				
				│                    ────────────────────────────│
				
				│                      주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한          │
				
				│                      지주회사 또는 전환지주회사의 주식 수                  │
				
				└──────────────────────────────────────┘
				
				</img>
③ 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제2호의 요건을 충족하는 적격분할(물적분할 및 분할합병은 제외하며, 이하 이 항에서 "적격분할"이라 한다)로 인하여 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우에는 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 익금에 산입하지 않으며, 적격분할로 신설되는 법인은 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 적격분할로 양수받은 해당 지주회사 또는 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 승계하고 제2항의 계산방법에 따라 익금에 산입한다.
④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주를 말한다.
⑤ 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 따른 자회사의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항 및 제80조의4제8항을 준용한다.
⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 같은 조 제1항제2호에 따른 자회사(이하 이 조 및 제35조의4에서 "자회사"라 한다)의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상해야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸하는 것으로 한다.
				
				<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=125386513"  alt="img125386513" >
				
				┌──────────────────────────┐
				
				│  자산조정계정  ×  처분한 주식 수                  │
				
				│                  ─────────────────│
				
				│                    현물출자등으로 취득한 주식 수   │
				
				└──────────────────────────┘
				
				</img>
⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.
⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 같은 항 각 호 외의 부분 전단에 따라 이 조 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우로 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.
⑨ 법 제38조의2제2항제3호에 따른 자기주식교환사실의 공시는 다음 각 호의 사항을 「신문 등의 진흥에 관한 법률」에 따른 일반일간신문 또는 경제분야의 특수일간신문 중 전국을 보급지역으로 하는 신문에 1회 이상 게재하는 방법에 따라야 한다.
1. 자기주식교환일 및 교환대상주식의 범위
2. 주권제출기한 및 제출장소
3. 교환수량ㆍ교환비율 및 교환방법
4. 모든 주주가 자기주식교환에 참여할 수 있다는 내용 및 그 밖에 주식교환에 필요한 사항
⑩ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 후단에 따라 법인세에 가산하여 납부해야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 값을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 법 제38조의2제3항제2호에 해당하는 사유로 제8항에 따라 익금에 산입하는 자산조정계정 잔액을 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하지 않아 발생한 법인세액의 차액
2. 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 제1호에 따른 자산조정계정 잔액을 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 22의 율을 곱한 값
⑪ 법 제38조의2제3항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법령의 개정으로 지주회사의 기준이 변경된 날(이하 이 항에서 "기준변경일"이라 한다)이 속하는 사업연도(지주회사의 기준이 변경되어 지주회사에 해당되지 않게 된 해당 지주회사의 사업연도를 말하며, 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도의 기간(이하 이 항에서 "유예기간"이라 한다) 중 각 사업연도 종료일 현재 해당 지주회사의 신설 또는 전환 당시의 법령에 따른 지주회사 기준(신설 또는 전환 이후부터 기준변경일까지의 기간 중에 지주회사의 기준이 2회 이상 변경된 경우에는 기준변경일에서 가장 가까운 때의 기준을 말한다)을 충족하고 있는 경우로서 해당 유예기간 중에 있는 경우를 말한다.
⑫ 법 제38조의2제4항에 따른 법인세의 과세의 이연에 관하여는 제1항 및 제2항을 준용한다. 이 경우 압축기장충당금으로 계상해야 할 금액은 제1항에 따라 과세를 이연받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 처분하는 사업연도에 해당 압축기장충당금을 익금에 산입한다.
⑬ 법 제38조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 보유할 수 없거나 사업을 계속할 수 없는 경우"란 다음 각 호의 구분에 따른 경우를 말한다. <개정 2025.2.28>
1. 취득한 주식을 보유할 수 없는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 사업을 계속할 수 없는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
⑭ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자회사의 주주인 법인이 현물출자등에 따른 주식양도차익을 손금에 산입한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식을 자회사의 주주인 법인의 장부가액으로 취득한 것으로 한다.
⑮ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 법인은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
⑯ 제14항에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자회사 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.
⑰ 법 제38조의2제3항제3호 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 사업을 폐지하는 경우"란 제13항제2호에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2025.2.28>
⑱ 법 제38조의2제3항제4호 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 처분하는 경우"란 제13항제1호에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2025.2.28>