# Korean Constitutional Court Decision

## Case Information
**Case ID:** 48048
**Case Number:** 2014헌바355
**Case Name:** 구 조세특례제한법 제99조의4 제1항 제1호 가목2 위헌소원
**Decision Date:** 2015.10.21
**Case Type:** 헌바

## Legal Details
**Judged Article:** 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되고, 2011. 5. 19. 법률 제10653호로 개정되기 전의 것) 제99조의4 제1항 제1호 가목 2) 중 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시 지역” 부분
**Reference Articles:** 헌법 제11조 제1항, 제38조
헌법재판소법 제68조 제2항
**Reference Cases:** 헌재 2015. 4. 30. 2011헌바269, 판례집 27-1상, 441, 450

## Case Summary
심판대상조항은 도시자본의 농어촌주택 취득을 유인하여 농어촌 경제 침체 등 문제를 해소하기 위한 것이다. 그런데 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’상 ‘도시 지역’은, 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되고, 산업적 측면에서 상업이나 공업의 편익 증진이 중시된다는 점에서 농업이나 어업종사자의 비율이 높고 고령화ㆍ공동화가 문제되는 농어촌 지역과 구분된다. 따라서 심판대상조항이 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 적용과 관련하여, 도시 지역에 해당하는 읍 또는 면 지역에 소재한 주택을 농어촌주택에서 제외한 것은 인구의 규모나 산업적 특성, 자본 유입 촉진의 필요성이 서로 다른 도시 지역과 농어촌 지역의 차이에 따른 것으로서 합리적인 이유가 있으므로, 심판대상조항은 조세평등주의에 위배되지 않는다.

## Issues
‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’ 제6조에 따른 도시 지역에 위치한 주택을 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 농어촌주택에서 제외하고 있는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되고, 2011. 5. 19. 법률 제10653호로 개정되기 전의 것) 제99조의4 제1항 제1호 가목 2) 부분이 조세평등주의에 위배되는지 여부(소극)

## Full Text
[당 사 자]
청 구 인 장○수
대리인 법무법인(유한) 태평양
 담당변호사 곽태철 외 1인
당해사건 서울고등법원 2013누45883 양도소득세부과처분취소
[주 문] 
구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되고, 2011. 5. 19. 법률 제10653호로 개정되기 전의 것) 제99조의4 제1항 제1호 가목 2) 중 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시 지역” 부분은 헌법에 위반되지 아니한다. 
[이 유] 
1. 사건개요 
가. 청구인은 2011. 2. 청구인 소유 주택을 양도한 후, 1세대 1주택인 고가주택의 양도를 전제로 하여 양도소득세 36,253,268원을 신고ㆍ납부하였다. 그러나 송파세무서장은 2011. 11. 1. 청구인에게, 청구인 소유 주택의 양도 당시 청구인과 동일 세대원인 장○희가 경북 울진군 ○○읍 소재 주택을 보유하고 있었으므로 1세대 1주택의 양도에 해당하지 않는다는 이유로, 2011년 귀속 양도소득세 205,018,190원을 경정ㆍ고지하였다. 

나. 청구인은 위 과세처분에 불복하여 송파세무서장을 상대로 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 청구가 기각되자(서울행정법원 2013구단3972) 항소하였고, 항소심(서울고등법원 2013누45883) 계속 중, 위 ○○읍 소재 주택을 1세대 1주택 관련 양도소득세 과세특례가 인정되는 ‘농어촌주택’에서 제외하는 근거가 된, 구 조세특례제한법 제99조의4 제1항 제1호 가목 2) 중 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시 지역” 부분에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였다(서울고등법원 2013아455). 법원은 2014. 7. 11. 항소를 기각하면서 위 신청을 기각하였고, 이에 청구인은 2014. 8. 8. 위 법률조항의 위헌확인을 구하는 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다. 

2. 심판대상 
이 사건 심판대상은, 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되고, 2011. 5. 19. 법률 제10653호로 개정되기 전의 것) 제99조의4 제1항 제1호 가목 2) 중 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시 지역” 부분(이하 ‘심판대상조항’이라 한다)이 헌법에 위반되는지 여부이다. 
심판대상조항(밑줄 친 부분) 및 관련조항은 다음과 같다. 

[심판대상조항] 
구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되고, 2011. 5. 19. 법률 제10653호로 개정되기 전의 것) 
제99조의4(농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택 등 취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택 등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택 등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다. 
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다) 
가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것 
1) 수도권지역. 다만, 「접경지역지원법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 
2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시 지역 및 허가구역 
3) 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역 
4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 
나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것 
다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억 원을 초과하지 아니할 것 

[관련조항] 
구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되고, 2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 
제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 
3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 
구 지방자치법(2007. 5. 11. 법률 제8423호로 전부개정되고, 2011. 5. 30. 법률 제10739호로 개정되기 전의 것) 
제3조(지방자치단체의 법인격과 관할) ③ 특별시 또는 광역시가 아닌 인구 50만 이상의 시에는 자치구가 아닌 구를 둘 수 있고, 군에는 읍ㆍ면을 두며, 시와 구(자치구를 포함한다)에는 동을, 읍ㆍ면에는 리를 둔다. 
지방자치법(2007. 5. 11. 법률 제8423호로 전부개정된 것) 
제3조(지방자치단체의 법인격과 관할) ④ 제7조 제2항에 따라 설치된 시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 두되, 자치구가 아닌 구를 둘 경우에는 그 구에 읍ㆍ면ㆍ동을 둘 수 있다. 
구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2009. 2. 6. 법률 제9442호로 개정되고, 2013. 5. 22. 법률 제11798호로 개정되기 전의 것) 
제6조 (국토의 용도구분) 국토는 토지의 이용실태 및 특성, 장래의 토지 이용 방향 등을 고려하여 다음과 같은 용도지역으로 구분한다. 
1. 도시 지역: 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되어 그 지역에 대하여 체계적인 개발ㆍ정비ㆍ관리ㆍ보전 등이 필요한 지역 

3. 청구인의 주장 
‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’(이하 ‘국토계획법’이라 한다) 상의 도시지역에 해당하는 군 지역에서 주택을 취득한 국민은 심판대상조항에 의하여 도시지역에 소재한 주택이 ‘농어촌주택’에서 제외됨에 따라 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 없다. 그런데 인구 20만 명 이하의 시 지역이자, 가족관계등록부에 10년 이상 등재된 등록기준지 또는 구 호적법에 따른 본적지 내지 원적지로서 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역에서 일정한 주택을 취득한 국민은, ‘고향주택’ 취득에 관한 1세대 1주택 특례조항(조세특례제한법 제99조의4 제1항 제2호)을 적용받을 수 있다. 이는 합리적 이유 없는 차별로서 평등원칙에 위반된다. 

4. 판단 
가. 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 및 농어촌주택에 대한 특례 
(1) 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 체계 
(가) 소득세법 제88조 제1항은 ‘양도’를 ‘자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것’이라 정의하고, 같은 법 제94조 제1항 제1호는 ‘토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 양도소득세 과세대상으로 열거하고 있는바, 주택의 양도로 인한 소득은 원칙적으로 양도소득세의 과세대상이 된다. 
다만 소득세법 제89조 제1항 제3호는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택을 양도하는 경우 그 양도로 인한 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않도록 특례를 규정하고 있다. 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로, 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주ㆍ소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 때에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 과세하지 아니함으로써 국민의 주거생활 안정과 거주ㆍ이전의 자유를 보장하려는 것이다(헌재 2015. 4. 30. 2011헌바269 참조). 
위 조항은, 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택의 양도로 발생하는 소득의 경우에는 1세대 1주택이라고 하더라도 비과세 대상에서 제외하고 있으나, 1세대 1주택인 경우 양도차익 및 장기보유특별공제액을 계산할 때 고가주택 기준가액을 양도가액에서 제외하여 안분계산하도록 함으로써(소득세법 제95조 제3항, 소득세법 시행령 제160조) 비과세 특례가 적용되는 경우와의 형평을 기하고 있다. 

(나) 한편 조세특례제한법은 정책적 목적을 달성하기 위하여, 거주자가 일정한 요건을 갖춘 주택을 취득하는 경우에는 1세대 1주택이 아닌 경우에도 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 있도록 하는 예외를 인정하고 있다. 
즉 조세특례제한법은 소형 임대주택 건설 촉진, 무주택 서민의 거주생활 안정, 주택의 전세값 안정, 주택건설 장려 및 주택경기의 활성화, 농어촌 및 지역 경제 활성화 등 정책적 목적을 달성하기 위하여, 거주자가 특정한 기간 동안 장기임대주택(제97조), 신축임대주택(제97조의2), 지방미분양주택(제98조의2), 신축주택(제99조의3), 농어촌주택 및 고향주택(제99조의4) 등 일정한 주택을 취득하는 경우, 1세대 1주택 비과세 특례에 관한 소득세법 조항의 적용과 관련하여 위와 같은 주택을 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정함으로써 1세대 1주택 비과세 특례의 적용범위를 확대하고 있다. 

(2) 농어촌주택에 대한 특례를 정한 심판대상조항의 내용 
(가) 심판대상조항은, 이미 1주택을 소유하고 있는 거주자 및 1세대가 수도권 및 광역시를 제외한 읍ㆍ면 지역에 소재하는 농어촌주택을 2011. 12. 31.까지 취득하여 3년 이상 보유하고 기존의 보유 주택을 양도하는 경우, 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유 주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 양도소득세 비과세에 관한 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용하도록 규정하고 있다. 
2003. 12. 30. 법률 제7003호로 조세특례제한법을 개정할 때, 농어촌 인구의 급격한 감소 및 고령화로 인한 농어촌 공동화와 농어촌 사회의 와해를 막기 위하여 도시자본의 농어촌 투자를 유인하고, 농어촌 경제를 활성화할 목적으로, 기존 보유 주택 이외에 농어촌주택을 추가로 취득하더라도 1세대 1주택 비과세 특례를 계속 적용받을 수 있도록 하는 예외 규정을 도입하였고, 이러한 예외가 인정되는 농어촌주택의 취득기간을 연장하는 등의 법률 개정을 거쳐 심판대상조항과 같이 규정되기에 이른 것인바, 심판대상조항의 실질적 내용은 최초 도입 당시와 동일하다. 

(나) 심판대상조항은 농어촌주택의 요건으로, 우선, 지방자치법 제3조 제3항, 제4항의 읍 또는 면으로서, ‘① 일정한 접경지역을 제외한 수도권 지역, ② 국토계획법 제6조에 따른 도시 지역 및 같은 법률 제117조에 따른 토지거래허가구역, ③ 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 소득세법 제104조의2 제1항에 따라 지정된 지역, ④ 그 밖에 관광단지 등 부동산 가격 안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정한 지역’을 제외한 지역에 소재할 것을 규정하고 있다. 나아가 대지 면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것, 주택 및 이에 딸린 토지의 가액의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억 원을 초과하지 않을 것을 요구하고 있다. 
위와 같은 농어촌주택의 요건 가운데 소재지에 관하여 보다 구체적으로 살펴보면, 읍 또는 면은 군 지역에 설치되거나(지방자치법 제3조 제3항), 도농 복합형태의 시 중 도시의 형태를 갖추지 못한 지역에 설치된다(지방자치법 제3조 제4항). 그런데 시를 설치하기 위해서는 그 대부분이 도시의 형태를 갖추고 인구 5만 이상이 되어야 하며(지방자치법 제7조 제1항), 또한 해당 지역의 시가지를 구성하는 지역 안에 거주하는 인구의 비율이 전체 인구의 60퍼센트 이상일 것, 해당 지역의 상업ㆍ공업, 그 밖의 도시적 산업에 종사하는 가구의 비율이 전체 가구의 60퍼센트 이상일 것, 1인당 지방세 납세액, 인구밀도, 인구증가 경향이 행정자치부령으로 정하는 기준 이상일 것이 요구된다(지방자치법 시행령 제7조 제1항). 따라서 읍 또는 면 지역은 인구 수, 도시적 산업에 종사하는 가구의 비율 등 도시화의 정도가 시의 설치기준에 미달한 지역, 도시의 형태를 갖추지 못한 지역에 해당한다. 
다만 심판대상조항은 읍 또는 면 지역이라고 하더라도, 일정한 수도권 지역, 국토계획법상 도시지역과 토지거래허가구역, 소득세법상 지정지역, 그 밖에 관광단지 등 대통령령으로 정한 지역에 소재한 주택은 농어촌주택에서 제외하고 있다. 위와 같은 지역들의 경우, 공통적으로 부동산 투기를 위한 자본의 유입가능성이 높은 지역으로서 인구 수, 주된 산업, 자본의 유입 경향 등에 비추어 농어촌 지역이라고 보기 어렵거나, 농어촌 경제 활성화를 위한 도시자본의 유입 촉진 필요성이 인정되지 않는다고 보아, 주택 구입과 관련하여 1세대 1주택 비과세 특례가 인정되는 농어촌 지역의 범위에서 제외한 것이다. 

나. 심판대상조항의 조세평등주의 위배 여부 
(1) 조세평등주의와 조세 감면의 우대조치에 대한 입법형성권 
조세평등주의는 헌법 제11조 제1항의 평등원칙이 세법 영역에서 구현된 것으로서, 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다. 
조세감면 등의 우대조치의 경우에 있어서도 특정납세자에 대하여만 우대조치를 적용하는 것이 현저하게 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 된다. 다만 조세감면의 혜택을 부여하는 입법에서 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량에 속하고, 재량의 범위를 뚜렷하게 벗어난 것으로 볼 수 없는 한 이것을 위헌이라고 단정할 수 없는바, 오늘날 입법자는 조세 부과를 통하여 재정수입 확보라는 목적 이외에 국민 경제적, 재정 정책적, 사회 정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문에 위와 같은 입법재량에 대한 요청은 더욱 크다 할 것이다(헌재 2015. 4. 30. 2011헌바269 참조). 

(2) 판단 
(가) 광복 이후 70여 년 동안 우리나라는 주목할 만한 경제성장을 이루었으나, 공업화 중심, 대도시 중심의 경제개발정책으로 도ㆍ농간 성장격차는 심화되어 왔고, 농업부분의 저성장과 비농업부분의 고도성장은 농촌지역의 인력과 자본을 도시로 이동시켰다. 1970년 농가인구는 전체 인구의 45%를 차지하였으나, 2000년에는 8.6%로 줄어들었으며, 1970년에는 50세 이상의 농업인력이 전체의 20% 수준이었던 반면, 2000년에는 70%를 넘어섰다. 이러한 농촌의 과소화ㆍ공동화, 고령화 현상은 농촌 발전과 농업생산성을 저하시키고 있고, 농촌의 생활편익시설이 유지될 수 있는 최소인구가 확보되지 않음에 따라 생활환경 낙후로 인한 문제가 발생하고 있다. 이와 같은 산업간, 도ㆍ농간 불균형의 완화는 우리 사회ㆍ경제발전의 주요한 과제 가운데 하나이다. 
심판대상조항은 도시자본의 농어촌주택 취득을 유인하여 농어촌 공동화로 인한 농어촌 경제의 침체 및 도ㆍ농간 생활 격차의 심화 문제를 해소할 목적으로, 이미 1주택을 소유하고 있는 거주자 및 1세대가 농어촌주택을 추가로 취득하여 3년 이상 보유하는 경우 종전 보유 주택을 양도하는 때에 1세대 1주택 비과세 특례조항을 적용받을 수 있도록 예외를 인정하는 것으로서, 위와 같은 정책적 목표를 달성하기 위한 비과세 등의 혜택 부여에 광범위한 입법재량이 인정됨은 앞서 살핀 바와 같다(헌재 2015. 4. 30. 2011헌바269 참조). 
한편 우리의 양도소득세제는 자본적 성격을 지닌 자산을 양도함으로써 보유 기간 동안의 가치상승에 따른 이익인 자본이득에 과세하는 본질적 기능 이외에 부동산 투기억제라는 정책목적적 기능도 강조되고 있으므로, 양도소득세의 감면ㆍ비과세 등은 부동산 투기 억제의 기능을 잃지 않는 범위 내에서 제한적으로 인정할 필요가 있다(헌재 2011. 6. 30. 2010헌바430; 헌재 2015. 4. 30. 2011헌바269 참조). 

(나) 심판대상조항은 농어촌주택이 국토계획법 제6조에 따른 도시지역을 제외한 읍 또는 면 지역에 소재할 것을 요구한다. 
국토계획법은, 토지의 이용실태 및 특성, 장래의 토지 이용방향, 지역 간 균형발전등을 고려하여 국토를 도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역으로 구분하도록 규정하고 있는데, 그 가운데 ‘도시지역’은 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되어 그 지역에 대하여 체계적인 개발ㆍ정비ㆍ관리ㆍ보전 등이 필요한 지역에 해당한다(국토계획법 제6조 제1호). 국가나 지방자치단체는 도시지역이 체계적이고 효율적으로 개발ㆍ정비ㆍ보전될 수 있도록 미리 계획을 수립하여 그 계획을 시행하여야 하고(국토계획법 제7조 제1호),국토해양부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 도시지역의 지정 또는 변경을 도시ㆍ군관리계획으로 결정하는데, 도시지역은 ① 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 주거지역, ② 상업이나 그 밖의 업무의 편익을 증진하기 위하여 필요한 상업지역, ③ 공업의 편익을 증진하기 위하여 필요한 공업지역, ④ 자연환경ㆍ농지 및 산림의 보호, 보건위생, 보안과 도시의 무질서한 확산을 방지하기 위하여 녹지의 보전이 필요한 녹지지역 중 어느 하나로 구분하여 지정한다(국토계획법 제36조 제1항). 
위와 같은 도시지역은 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되고, 산업적 측면에서 상업이나 공업의 편익 증진이 중시된다는 점에서 농업이나 어업종사자의 비율이 높고 고령화ㆍ공동화가 문제되는 농어촌 지역과 구분된다. 도시지역 가운데 녹지지역의 경우도 농업이나 어업의 적극적인 개발과 지원이 요구되는 지역이라기보다는 환경의 보전 필요성이 높게 인정되는 지역이라는 점에서 인구와 자본의 유입을 통한 경제활성화의 요구가 큰 농어촌 지역과 동일하게 보기 어렵다. 
나아가 특정한 지역에 인구와 산업이 밀집되어 있거나 밀집이 예상되는 때는 대체로, 국가와 지방자치단체의 개발ㆍ정비계획의 수립ㆍ시행이나 산업단지의 유치, 주변 대도시 및 산업단지와의 지리적 접근성, 주거와 직업 활동의 편익을 제공하는 생활편의시설의 확보 등 요인이 있는 경우라고 할 것이므로, 이와 같은 이유로 도시지역으로 지정된 지역의 경우 인구와 산업 외에 투기적 자본의 유입 역시 늘어날 것임을 쉽게 예측할 수 있다. 
따라서 심판대상조항이 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 적용과 관련하여, 국토계획법 제6조에 따른 도시 지역에 해당하는 읍 또는 면 지역에 소재한 주택과 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역에 소재한 주택을 달리 취급한 것은 인구의 규모나 산업적 특성, 자본 유입 촉진의 필요성이 서로 다른 도시지역과 농어촌 지역의 차이에 따른 것으로 합리적인 이유가 있으며, 입법재량의 한계와 범위를 벗어난 자의적인 입법이라고 할 수 없다. 
또한 위와 같은 도시지역에 해당하는 지역의 주택의 취득과 관련하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 혜택을 부여할 경우, 도시자본의 농어촌 유입을 통한 농어촌 경제 활성화라는 본래의 입법취지는 살리지 못하고, 오히려 도시화 및 부동산 시장의 불안과 투기자본의 유입을 촉진시킬 가능성이 적지 않으므로, 이러한 측면에서도 심판대상조항이 농어촌주택의 소재지를 한정하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 있도록 한 데에는 합리적인 이유가 있다. 

(3) 한편 청구인은, 가족관계등록부에 10년 이상 등재된 등록기준지 또는 구 호적법에 따른 본적지 내지 원적지로서 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역에서 일정한 주택을 취득한 국민은 ‘고향주택’ 취득에 관한 1세대 1주택 특례조항(조세특례제한법 제99조의4 제1항 제2호)을 적용받을 수 있는 것과 비교하여, 청구인과 같이 도시지역에 해당하는 읍 또는 면 지역에 소재한 주택을 취득한 국민은 합리적 이유 없는 차별을 받고 있다고 주장한다. 
그러나 심판대상조항은 일정한 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득하는 사람에게 1세대 1주택 관련 특례조항을 적용하도록 한 조항으로서, 해당 요건을 충족하였는지 여부에 따라 특례 적용 여부를 달리 정하고 있을 뿐이다. 청구인이 심판대상조항과는 전혀 별개의 요건을 규정하고 있는 조세특례제한법 제99조의4 제1항 제2호에 따라 1세대 1주택 특례조항의 적용을 받을 수 있는지 여부는 심판대상조항의 요건이나 내용과는 무관하므로 청구인이 지적하는 차별의 문제가 심판대상조항으로 인하여 발생하는 것이라고 볼 수 없다. 

(4) 따라서 심판대상조항은 조세평등주의에 위배되지 아니한다. 

5. 결론 
그렇다면 심판대상조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.