검찰은 그간 수사를 통해 대화록 삭제 및 미이관과 관련해 노무현 전 대통령의 지시가 있었으며 당시 정부 관계자들의 초본 삭제 및 수정본의 미이관에 고의성이 있다고 잠정 결론을 내린 것으로 전해졌다.