더욱이 올해 서울교육청이 시범 운영 중인 중1진로탐색집중학년제는 중1 교과성적을 고입에 반영하는데 자유학기제는 그렇지 않아 일선 학교에서는 내신성적 산출하는데 어려움이 예상된다는 우려도 제기됐다.