Establishing a monitoring baseline for antibiotic resistance in human, animal and natural environments Établissement d’une référence en matière de surveillance de la résistance aux antibiotiques dans les environnements humains et naturels There is growing recognition that more research is necessary to understand the role of human-made and natural environments in the global emergence and spread of antimicrobial resistance (AMR). There are few tools to understand where and how AMR can emerge from environments such as bodies of water, sewage, or environments affected by industrial pollution. Although there have been some studies in select environments, the research lacks comparability because of the absence of standardized detection and analytical tools. Moreover, there is little understanding of the genetic mechanisms that drive AMR in environmental settings. 

This project will develop innovative and standardized tools to detect AMR in natural and human-made environments. This includes using metagenomics to identify target genes that can be prioritized for surveillance, and designing an AMR monitoring framework that can be implemented and adapted to various settings in low and middle-income countries. This research will generate important knowledge that can help to limit the emergence and spread of AMR, particularly from environments where little is currently known.

This is one of five IDRC-funded projects developed through the Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), an international platform that coordinates global funding to support collaborative research and action on antimicrobial resistance. Through the JPIAMR, IDRC has partnered with 18 other donor agencies to fund innovative research projects on diagnostics and surveillance strategies, tools, and technologies that can be used to detect and monitor antimicrobial resistance in human, animal, and environmental settings, particularly in low and middle-income countries. Il est de plus en plus reconnu que davantage de recherches seront nécessaires pour comprendre le rôle des environnements naturels et façonnés par l’humain dans l’émergence et la propagation mondiales de la résistance aux antimicrobiens (RAM). Il existe peu d’outils permettant de comprendre où et comment la RAM peut émerger d’environnements tels que des cours d’eau, des eaux d’égout, ou des environnements touchés par la pollution industrielle. Même si certaines études ont été menées dans certains environnements, la recherche manque de comparabilité en raison de l’absence d’outils de détection et d’analyse normalisés. En outre, on comprend mal les mécanismes génétiques qui alimentent la RAM dans l’environnement. 

Ce projet permettra d’élaborer des outils novateurs et normalisés pour détecter la RAM dans les environnements naturels et façonnés par l’humain. Il s’agit notamment d’utiliser la métagénomique pour identifier les gènes cibles qui peuvent faire l’objet d’une surveillance prioritaire, et de concevoir un cadre de surveillance de la RAM qui pourra être mis en œuvre et adapté à divers contextes dans les pays à revenu faible et à revenu intermédiaire. De plus, cette recherche produira des connaissances importantes qui pourront aider à limiter l’émergence et la propagation de la RAM, en particulier dans les environnements pour lesquels on dispose actuellement de peu de renseignements.

Il s’agit de l’un des cinq projets financés par le CRDI qui ont été élaborés dans le cadre de Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), une plateforme internationale qui coordonne le financement mondial pour appuyer la recherche et l’action concertées sur la résistance aux antimicrobiens. Par l’intermédiaire du JPIAMR, le CRDI s’est associé à 18 autres organismes donateurs pour financer des projets de recherche novateurs sur les stratégies, les outils et les technologies de diagnostic et de surveillance pouvant servir à la détection et au suivi de la résistance aux antimicrobiens chez les humains, les animaux et dans l’environnement, en particulier dans les pays à revenu faible et à revenu intermédiaire.