Strategi mot effekterna av Coffee Berry Disease (CBD) i arabicakaffe via effektiva resistensgener, mikrobiell samverkan och inhemska lantbrukares Towards efficient resistance genes-, microbiota and farmers’ indigenous knowledge-based strategy to inhibit the effect of coffee berry disease (C Ethiopia has unique position in harboring both cultivated and wild arabica coffee (Coffea arabica) and serving as a primary source of its genetic diversity. The wild (forest and semi-forest) arabica coffee constitutes nearly 80% of Ethiopia’s coffee production and export. However, disease outbreaks are increasingly threatening its gene pool to the extent that it is categorized as Endangered. Coffee berry disease (CBD) caused by a fungal pathogen Colletotrichum kahawae is a major factor having profound effects on wild coffee diversity and productivity. Integrating farmers’ knowledge, phenotypic and molecular marker based screening of its gene pool, and use of plant promoting and pathogen antagonizing microbes is vitally important to control CBD. This project is proposed to explore different means of managing CBD. These include assessing farmers’ CBD related knowledge, characterizing the pathogen, identification of susceptible and resistant genotypes through greenhouse experiments, and collecting and characterizing coffee associated microbes. Transcriptome analyses for identification of genes that differ among resistant and susceptible genotypes followed by comparative genomics to identify CBD resistance genes and its associated markers will also be conducted. The results will be useful for developing integrated CBD management strategy after further research. It also adds new information to coffee genomics that advances its utilization for conservation and breeding. Etiopiens ekonomi och export är till stor del beroende av den nationella jordbruksproduktionen. Arabicakaffe (Coffea arabica) är en inhemsk producerad vara som bidrar till en stor del av landets ekonomi vilket gör att den även benämns som det ”gröna guldet”. Faktum är att arabicakaffe är en inkomstkälla till nästan 14% av befolkningen och har ett stort kulturellt värde. Etiopien exporterar arabicakaffe av hög kvalitet med en unik arom och smak som har sitt ursprung i odlade och vilda skogsvarianter. Den vilda kaffepopulationen i landet utgör en mycket viktig genetisk resurs för produktion och förädling av nya sorter av arabicakaffe. Internationella naturvårdsunionen bedömde nyligen det vilda arabicakaffet som utrotningshotat och dess produktion och produktivitet sjunker. Detta får enorma följder för den lokala industrin samt nationella såväl som internationella marknaden då miljoner människor är beroende av kaffeproduktionen längs hela dess värdekedja. Återkommande torkperioder orsakade av klimatförändringar, minskade habitat till följd av en snabb befolkningstillväxt samt abiotisk- och biotisk stress har en djupgående inverkan på kaffeproduktionen i Etiopien.Den viktigaste sjukdomen hos kaffebönan är CBD (coffee berry disease) som orsakas av svampen Colletotrichum kahawae. Sjukdomen är allvarligast för den vilda kaffepopulationen eftersom dess miljö med varmare temperaturer och högre relativ luftfuktighet är särskilt gynnsam för patogenen. Patogenen infekterar den gröna kaffebönan vilket reducerar råvarukvalitet och därmed marknadsvärdet på bönan. Rapporter visar att CBD kan orsaka avkastningsförluster på uppåt 80% och bara i Etiopen leder detta till ekonomiskt bortfall på över 73,6 miljoner USD årligen. De åtgärder som hittills vidtagits för att kontrollera sjukdomen såsom fungicider, traditionella insatser och introduktion av resistenta sorter har inte varit tillräckliga för att hantera problemet. Få av dessa insatser har dessutom varit forskningsförankrade. Åtgärden med bekämpningsmedel är inte ekonomiskt hållbara för småbrukarna eftersom det ökar produktionskostnaden med 30-40 % och inte effektivt alls för den vilda kaffepopulationen på grund av svår tillgänglighet och negativ inverkan på ekosystemet.I detta projekt utforskar vi tillgängliga medel och verktyg som kan bidra till en samordnad odlingsstrategi för att minimera CBDs negativa inverkan på kaffeproduktiviteten i Etiopien, såväl som globalt. Aktiviteterna innefattar en fältundersökning i betydelsefulla kaffeskogar i Etiopien i syfte att utvärdera status på, och identifiera hot för den vilda kaffepopulationen. Vi samlar in potentiellt resistenta och mottagliga kaffeböngenotyper såväl som provexemplar av patogenen och mikrober som samverkar med växten, för laboratorie- och växthusexperiment. Lokala lantbrukares kunskap kommer att dokumenteras och experiment för att identifiera gynnsamma mikrober kommer att genomföras. Karakterisering av patogenstammar och mikrober som samverkar med växten kommer att genomföras på DNA-nivå.Sjukdomsmottagliga och resistenta genotyper kommer att användas för transkriptomanalys i syfte att identifiera variation i genuttryck och molekylära markörer som utmärker sig mellan de två grupperna av genotyper. Sekvenserna av dessa gener kommer att jämföras med tidigare publicerade kaffegener som är relaterat till stressresistens. Dessa analyser kommer att tillföra ny data för kaffegenomet och avancera dess användande för bevarande- och förädlingsprogram. Den nya kunskap och data som genereras inom detta projekt och forskningsnätverk kommer att användas för att utveckla och söka andra forskningsmedel samt bidra till ökad samverkan mellan SLU och universitet och högskolor i Etiopien. Projektet kommer också att bidra till kapacitetsbyggnad i Etiopen samt att förbättra användningen av genetiska resurser och metoder för att motverka olika typer av stress för jordbruksgrödor.