Bali cattle (Bos javanicus) as a new model species for subtropical adaptation and domestication Balinötkreatur (Bos javanicus) en ny modellart för adaptering och domesticering i subtropisk miljö Balinötkreatur kan svara på frågor om domesticeringen och anpassning till subtropiskt klimat. Domesticeringen av djur och växter är bland de viktigaste förändringar som ägt rum i mänsklighetens historia och lade grunden till det moderna samhället. Ett av våra viktigaste husdjur är nötkreatur. Under 10 000 år har vi fått bland annat kött, mjölk och draghjälp av nötkreatur. Uroxen, som är ursprunget till Europeiska nötkreatur, utrotades för ungefär 400 år sedan. Det är därför inte möjligt att göra jämförande studier mellan tama och vilda nötkreatur. I en separat domesticeringsprocess i Indonesien tämjdes en annan bovid (nötkreatur), Bantengen, dess tama variant kallas Balinötkreatur. Det finns idag bara ett fåtal vilda Bantenger kvar, och de hotas främst av tjuvjakt och minskade habitat. Balinötkreatur däremot är vanlig i småjordbruk i Indonesien eftersom den är väldigt väl anpassad till det subtropiska klimatet, och kan överleva på foder av dålig kvalitet. Balinötkreatur är därför bland de viktigaste Indonesiska husdjuren och nyttjas främst för köttproduktion,jämfört med andra nötkreatur ger de en hög production av kött. Domesticeringen har medfört en rad förändringar i de tama djuren jämfört med deras vilda förfäder. Främst är det förändringar i temperament, pälsfärg, storlek, och produktionsförmåga. De tidiga förändringar som skedde på grund av domesticeringen kan lätt bli överskuggade av senare tiders extrema avel av t.ex., hund, nötkreatur och gris. Balinötkreatur utgör ett viktigt undantag då de ej har selekterats hårt för produktionsegenskaper. Det är också förvånansvärt liten morfologisk skillnad mellan Banteng och Balinötkreatur. Det finns inte heller olika raser av Balinötkreatur, detta är unikt när det gäller husdjur. Undersökningar av Banteng och Balinötkreatur erbjuder därför ett nytt och mycket lovande system för att undersöka adaptiva egenskaper och domesticering. Huvudmålet med projektet är att identifiera regioner i genomet som gör att Balinötkreatur är väl anpassade till ett subtropiskt klimat, det finns även stor potential att hitta områden i arvsmassan hos Balinötkreatur och Bantenger som påverkats av selektion som en följd av domesticeringen. Vi förväntar oss att hitta regioner som innehåller gener vilka kan vara viktiga för uthållig köttproduktion. Baserat på erhållna resultat kan vi utveckla avelsprogram. Vi kommer att sekvensera hela arvsmassan från Balinötkreatur och vilda Bantenger.Det är nu möjligt att sekvensera hela arvsmassan från däggdjursindivider mycket snabbt och till relativt låga kostnader. Vi kommer sedan jämföra arvsmassan från Balinötkreatur och Banteng med arvsmassan från flera vanliga Europeiska nötraser. Jämförelser av detta slag gör det möjligt att hitta regioner i arvsmassan med extremt låg variation, vilka kan innehålla gener som selekterats. Den föreslagna forskningen kan leda till en ökad förståelse för hur domesticeringen påverkat arvsmassan hos våra husdjur, samt öka förståelsen för hur viktiga funktioner i nötboskap och dess släktingar utvecklats, till exempel reproduktion, idisslande, kött och mjölkproduktion. Projektet har implikationer för ett uthålligt nyttjande av husdjursresurser i utvecklingsländer som kan implementeras i hela animalie livsmedelsproduktionen. Huvuddelen av den tempererade världens kött och mjölk produktion kommer från europeiska nötboskapraser, men i tider av ökad global uppvärming är möjligheten att hitta genomiska egenskaper för anpassning till ett varmt klimat mycket lockande, dessa egenskaper har potential att överföras till Bos taurus raser för att göra dem mera klimat anpassade. Storskaliga genetiska studier av ett utrotningshotat djur, Bantengen kan ocksa bidra till arbetet med dess bevarande. Projektet innebär ett internationellt samarbete mellan SLU, Bogor lantbruksuniversitet, Indonesien och DPI AgroBio centrum i Melbourne, Australien. Doktorander från Bogor samt en postdoktor finansierad av VR arbetar i projektet. Vi förväntar oss bygga kunskap The project aims to identify genomic regions, polymorphisms and gene-pathways associated with adaptation to subtropical environments, reproduction, meat production and the process of domestication in Bos species. To detect selective sweeps attributed to domestication processes genomes of wild and domestic Bos javanicus will be sequenced using massive parallel sequencing. Genomic comparisons to whole genome data from taurine and indicine cattle will be used to draw general conclusions about the domestication process in bovids and its effect on the genome. This knowledge will be used to improve the Indonesian cattle stock, mainly focusing on Bali cattle. This collaborative project has great potential to benefit the local Indonesian community; it will provide further insight into genetic diversity and the origin of banteng and Bali cattle. Information that will contribute to knowledge of the mutations underlying variation in economically important traits in the dairy and beef cattle industries, thus benefiting the livestock industry in Indonesia in particular, and also all over the world. This can contribute to the management and conservation of both domestic and wild cattle. The project is of particular interest because wild banteng is on the verge of extinction. Demonstrating that banteng carry unique genes or gene variants, and establishing the species as a model species for studies of domestication, evolution and animal genetics may add to the case for its conservation.