Appui au Système National d'Information Sanitaire (SNIS) du Ministère de la Santé Publique et de la Lutte Contre le SIDA Appui au Système National d'Information Sanitaire Cette intervention de 8.000.000 EUR à charge de la Belgique vise à soutenir le Ministère de la Santé Publique et de Lutte Contre le Sida (MSPLS) dans ses fonctions régaliennes de planification, de régulation, de gestion et d’organisation du système de santé, en particulier dans le domaine du suivi-évaluation des prestations du système de santé et de l’évolution de l’état de santé de la population.

L'objectif spécifique du projet est:
" Le Burundi dispose d’un Système National d’Information Sanitaire renforcé lui permettant d’avoir des informations sanitaires pertinentes, fiables et de façon pérenne ".

-	R1 : la performance et le fonctionnement du SNIS, en tant que sous système du MSPLS dans le cadre des PNDS, sont significativement améliorés;
-	R2 : le parc informatique, bureautique, logistique et en communication du SNIS est fonctionnel;
-	R3 : les capacités des agents de santé en matière de collecte, de partage et d'analyse des données leur permettent d’assumer leurs prises de décision, en cohérence avec le PNDS à tous les échelons du système de santé tant pour le secteur public que privé;
-	R4 : l’informatisation du secteur hospitalier avec dossier informatisé est introduite dans le cadre du SNIS.
 Cette intervention de 8.000.000 EUR à charge de la Belgique vise à soutenir le Ministère de la Santé Publique et de Lutte Contre le Sida (MSPLS) dans ses fonctions régaliennes de planification, de régulation, de gestion et d’organisation du système de santé, en particulier dans le domaine du suivi-évaluation des prestations du système de santé et de l’évolution de l’état de santé de la population.  Au Burundi, le projet SNIS (Appui au Système National d'Information Sanitaire du Ministère de la Santé Publique et de la Lutte Contre le SIDA) vise à améliorer la performance du système de santé burundais. En d'autres termes, il a pour objectif d'appuyer les formations sanitaires et les professionnels de la santé dans leurs fonctions de prestation de services et de planification, de régulation, de gestion et d’organisation du système de santé, en particulier dans le domaine du suivi-évaluation des prestations du système de santé et de l’évolution de l’état de santé de la population. Au final, le pays disposera d’un SNIS (Système National d’Information Sanitaire) renforcé lui permettant d’avoir en temps opportun des informations sanitaires pertinentes, fiables et de façon pérenne. La disponibilité d'informations sanitaires fiables au Burundi est améliorée grâce à la mise sur pied d'un Système National d'Information Sanitaire pérenne Les prestations en matière d'information sanitaire au bénéfice du MSPLS, de ses partenaires et de la population, augmentent en qualité grâce à un appui à tous les niveaux de production et d'analyse des données Axe 1 : Consolidation des acquis de l'intervention « Appui au SIS 2008-2010 » (transformation du SIS et modernisation d'EPISTAT), en particulier concernant l'utilisation des nouveaux outils mis en place 
Axe 2 : Informatisation du secteur hospitalier et dossier informatisé pour le patient hospitalisé
Axe 3 : Maintenance du parc informatique et bureautique du système de santé
Axe 4 : Renforcement de capacités des agents de santé en matière de collecte, de partage et d'analyse des données sanitaires à tous les échelons du système de santé - Les bénéficiaires directs du programme sont tous les agents du système de santé dont les compétences et la motivation sont renforcés et ce tant au niveau central (y compris les programmes) qu'au niveau périphérique, et en premier lieu les prestataires de soins (actuels et futurs) au sein des centres de santé et des hôpitaux et les agents de santé au sein des BDS et des BPS.
- Les bénéficiaires indirects sont l'ensemble des autres secteurs ministériels, l'Institut Statistiques et des Etudes Economiques du Burundi (ISTEEBU), les administrations communales et provinciales, les partenaires techniques et financiers, les chercheurs, la société civile et la population burundaise qui devrait pouvoir disposer d'une meilleure information en matière de données sanitaires afin de pouvoir participer de manière plus éclairée à l'élaboration, la mise en œuvre et l'évaluation des stratégies nationales en matière de santé.