Determination of the transcriptome of enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) and Vibrio cholerae in water and in diarrhoeal stool. Analys av transkriptomet hos enterotoxigena Escherichia coli (ETEC) och Vibrio cholerae vid spridning i vatten och i diarrévätska. Hur kan sjukdomsframkallande bakterier överleva långa perioder i dricksvatten och orsaka sjukdom hos barn och vuxna som dricker infekterat vatten? Kontaminerat dricksvatten är en vanlig källa till infektion i utvecklingsländer. Vi har tidigare visar att den diarreframkallande bakterien enterotoxigen Escherichia coli (ETEC) finns i dricksvatten och överlever i vatten i flera månader med intakt cellmembran och med en aktiv transkription av vissa men inte alla gener. Opublicerade data har också visat att ETEC kan kolonisera möss efter 3 månaders vatteninkubering. Många diarrépatogener anses vara vattenburna inklusive den mest kända bakterien Vibrio cholerae som orsakar kolera och som blivit känd nu senast genom utbrotten på Haiti. Våra och andras resultat indikerar att diarreframkallande bakterier kan ligga tysta i vattenkällor under mycket lång tid och att de sedan kan orsaka sjukdom hos människor som dricker vattnet. Men hur bakterierna kan överleva i näringsfattigt dricksvatten under så lång tid är ännu inte utrett. För att undersöka detta avser vi nu att med sekvensering i samarbete med forskare i Kina och Bangladesh studera alla gener som vatteninkuberade ETEC och V. cholerae uttrycker i vatten, diarré och i laboratoriet med hjälp av Illumina RNAseq sekvensering där man kan sekvensbestämma alla gener som uttrycks i ett prov samtidigt; transkriptomet. Syftet med studien är att förstå vilka gener som ETEC och V. cholerae reglerar för att kunna överleva i vatten under lång tid samt att bestämma hur de kan behålla sin infektionsförmåga. Resultaten kommer att ge generell kunskap om vattenburen bakteriell smitta som kan användas för att hindra spridning av vattenburna patogener. Contaminated drinking water and food are believed to be major sources of transmission of gastroenteric infectious diseases. Crowded refugee camps and environmental catastrophes e.g flooding and earth quakes often results in rapid spreading of diarrhoea and other infectious diseases if water sanitation cannot be controlled. Hence we need to understand how pathogens can survive and spread in water. The aim of this project is to determine how diarrhoea pathogenic bacteria survive in water and how water transmission affects virulence. The hypothesis, based on pilot studies, is that bacteria in water survive and retain expression of certain genes required for survival, transmission and virulence even after long exposure in water. The essential genes will be identified and analysed to understand water-borne bacterial transmission. Determination of the transcriptome in the water-borne pathogens enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) and Vibrio cholerae in water by Illumina RNAseq analyses and comparison to the transcriptome under laboratory conditions and during dissemination from the host in diarrhoea samples will identify the specific water-induced transcriptome as well as the virulence transcriptome. The function of essential genes will be analysed by mutagenesis. Results will give a general understanding of dissemination of water borne infections and bacterial survival and virulence and may open up for novel strategies for prevention of water-borne bacterial diarrhoea.