En interdisciplinär studie av fästingburna sjukdomar hos inhemska nötkreatur i Uganda An interdisciplinary approach addressing tick-borne diseases in Ugandan indigenous cattle The overall purpose is to improve cattle health through increased understanding of the microbial community in cattle and ticks. Ticks are the most important vectors of disease-causing pathogens in domestic and wild animals. Tick-borne diseases (TBDs) are a major threat to both cattle and human health. Understanding the complex interactions within the microbiome is of great importance for understanding how tick borne pathogens spread and cause disease. We will study indigenous cattle and ticks in all 11 agro-ecological zones of Uganda using metagenomics. Metagenomics has proven to be a powerful tool for pathogen detection and for making in depth analysis of the microbial community. The microbiome of ticks feeding on cattle or living in its close proximity will be characterized and compared with the cattle microbiome. We propose to build a smart and user-friendly bioinformatics framework for comparison of metagenomes. Our results will give insights into the microbiome of cattle and its relation to tick microbiome and disease. Possibly, new disease causing agents will be identified. The study will also contribute with knowledge on how cattle owners understand the relationships between ticks, cattle and TBDs. The knowledge generated in this project can contribute to more appropriately designed interventions for diagnosis and prevention of TBDs. Boskapshållning är en viktig försörjningsstrategi för fattiga människor på landsbygden i många Afrikanska länder. Att äga boskap innebär en ekonomisk trygghet och en säkerhet mot att falla i djupare fattigdom om t.ex. skörden slår fel. Fästingar och fästingburna sjukdomar är dock ett stort hot mot både nötkreatur och människors hälsa. Det huvudsakliga syftet med detta projekt är att undersöka den mikrobiella sammansättningen (mikrobiotan) hos fästingar och hur detta påverkar smittöverföring och sjukdomsutveckling hos nötkreatur i Uganda.  Hypotesen är att mikroorganismer som virus, bakterier och parasiter samverkar i större utsträckning än vad vi hittills trott och att en kombination av en viss sorts mikrober t.ex. skulle kunna orsaka en mer allvarlig sjukdom. Väldigt lite är för tillfället känt inom detta område.  Detta projekt kommer att kartlägga vilka sjukdomsorsakande mikrober som finns bland fästingar samt vilka av dem som sprids till nötkreatur. Vi kommer att studera två ekonomiskt och socialt viktiga sorter av östafrikanska inhemska nötkreatur, Ankole long horn och Zebu ko (Bos indicus), samt de fästingarter som finns i dess närhet och suger blod från dem. Fästingarnas mikrobiota kommer att analyseras med hjälp av storskalig sekvensering (metagenomik). Det innebär att vi kommer att kunna ta reda på den totala sammansättningen av olika mikroorganismer i provet. Till vår hjälp för att analysera de enorma mängder med information som vi får fram kommer vi att använda oss av datorprogram och databaser som skapas just för detta syfte.  Våra resultat kommer att ge oss kunskaper om vilka sjukdomsframkallande mikrober som finns bland inhemska nötkreatur i Uganda och fästingar i dess närhet. Dessa resultat kan användas för att utveckla diagnostiska test. Genom snabb och korrekt diagnostisk kan rätt behandling snabbt påbörjas, och därmed minskas smittspridningen. Förbättrad hälsa hos boskap kan ge ökad produktion och minskad dödlighet.  De pågående klimatförändringarna leder till att det oftare uppstår extrema händelser som t.ex. torka, översvämningar och utbrott och spridning av djursjukdomar. Dessa händelser drabbar de fattigaste värst då de ofta lever i mer utsatta områden, och lever på små marginaler. Då dessa förändringar inte är något som kommer att avta inom den närmsta framtiden är det viktigt att hitta sätt för fattiga småbrukare att förstärka sina möjligheter att motstå tillfälliga chocker, liksom att anpassa sig till långsiktiga förändringar. De inhemska nötkreatur som studeras i detta projekt har utvecklat förmågan att leva under svåra omständigheter och klarar sig ovanligt bra mot sjukdomar. Investeringar i dessa arter är därför bra exempel på anpassningsåtgärder. Tyvärr är dessa arter för tillfället hotade av utrotning då det har blivit mycket populärt att ha andra sorters nötkreatur och även att blanda inhemska djur med exotiska sorter. Detta riskerar att skapa en stor sårbarhet mot såväl extrema väderhändelser som sjukdomar, samt en minska biologisk mångfald och en stor förlust av kulturella värden.  Ett delmål med studien är att bidra med kunskap om hur boskapsägare förstår sambanden mellan fästingar, kor och sjukdomar. Genom att intervjua boskapsägare kommer vi att få en ökad förståelse för deras förståelse av fästingar och sjukdomar orsakade av fästingar, samt vilka utmaningar som boskapsskötarna möter i djurhållningen. Den kunskap som genereras i detta projekt kan bidra till mer lämpligt utformade insatser för fästing- och sjukdomsbehandling, som tar hänsyn till, och arbetar med snarare än emot boskapsägarnas kunskaper och metoder.