Quasispecies evolution of coronaviruses in disease and health Studier på evolutionen av coronavirus i hälsa och sjukdom Infectious diseases of animals and humans are of major concern for the society. Predictions say that we will face constant threat from variants of old as well as from completely new infectious agents. The society need to be prepared for these threats by investing in research that enables us to better understand the nature of the infectious agents that are around us. Coronaviruses are important pathogens within veterinary science causing disease in a number of different species such as bovine, feline, avian, pigs etc. But in the last decade we have also seen that these viruses have zoonotic potential, with the SARS outbreak in 2003, and recently with the novel coronavirus that emerged in 2012 causing up till now 7 number of human deaths out of 13 known cases. These viruses have a rapid evolution allowing them to adapt to novel hosts as well as evolve from non-pathogenic to pathogenic variants. Therefore, the purpose of this proposal is to use *next generation of sequencing technology* (NGS) and up-to-date bioinformatics tools to gain insights in the viral quasispecies composition and evolution of these most complex RNA viruses in different host situations. This knowledge is vital for better understanding the complex interaction between viruses and host leading to disease and may give us tools for prediction and prevention of this important group of viruses. Hur kan vi förbereda oss mot nuvarande och framtida hot mot virus? Globala smittsamma infektionssjukdomar är ett stort problem för välfärden och förutspås komma att fortsätta öka i betydelse även i framtiden. Detta beror på många faktorer såsom klimatförändringar, ökat resande, ökat naturresursutnyttjande etc. Detta innebär att vi kommer att möta helt nya infektionsagens (bakterier, virus, parasiter, svampar) med alla de utmaningar som detta innebär med avseende på detektion, behandling och så vidare. För merparten av dessa nya agens och dess sjukdomar kommer det inledningsvis antagligen inte finnas varken bra metoder för detektion eller behandling tillgängliga. Det är därför ur samhällssynvinkel viktigt att investera i forskning av infektionsagens för att öka vår förståelse för dess biologi för att på så sätt kunna förbereda oss för de utmaningar som detta ökade tryck av infektionsagens innebär. Speciellt antas nya virus uppkomma och/eller finna nya miljöer vilket kommer att utsätta vår och våra husdjurs hälsa för stora ansträngningar. Virus har förmågan att förändra sig enormt, anpassa sig till nya miljöer och värdar och det innebär att nya varianter, med nya egenskaper, ständigt bildas. Faktum är att virus smittar som *ett moln* av olika virus varianter, där det är deras samlade egenskaper som avgör om de leder till sjukdom eller ej. I dessa moln finns en, särskilt för RNA virus, enorm variation som hittills varit mycket svår och tidsödande att studera och därför känner vi inte till det exakta sambandet mellan sammansättningen av *virusmolnet* och utfallet av sjukdom eller ej. Ny teknik, den så kallade *nästa generation av sekvenseringsteknologi* har öppnat upp möjligheter att studera detta. I korthet går det ut på att man med hjälp av denna sekvenseringsteknologi och bioinformatik bestämmer alla virala genetiska varianter ur ett givet prov. Syftet med detta projekt är att med denna nya teknik studera en ur veterinär och humanmedicinen mycket viktig RNA virusfamilj, coronavirus. Vi kommer att studera hur några varianter ur denna virusfamilj fungerar med avseende på mutationsbenägenhet under utveckling av sjukdom. Vi kommer således studera hur viruset muterar från en ofarlig variant till en med dödlig utgång, detta i katter. Vi kommer också studera hur detta virus bibehålls i en naturlig reservoar för viruset, fladdermöss, som inte blir sjuka av infektionen samt kommer slutligen studera hur viruset muterar i en miljö där ständigt nya individer tillkommer för viruset att infektera. Den nya kunskap som detta projekt kommer att generera är en bättre förståelse för hur viruset förändras i infekterade individer under olika förutsättningar. Allt detta är viktigt för att vi skall kunna bemöta hot, som antas komma, från denna familj av virus. Kunskapen kan dock överföras till andra virusfamiljer som också kommer utgöra framtida och nuvarande hot mot vår hälsa.