Determining T lymphocytes transcriptional profiles and their role in defining distinct malaria Bestämning av den transkriptionella profilen hos T-celler och deras roll i upkomsten av distinkta malaria In locations with intense transmission of malaria, infections by the parasites leads to distinct clinical outcomes in humans. These can be acute or severe malaria and asymptomatic disease. The immunological mechanism(s) underpinning these different fates is unknown. Recent experiments have established that T lymphocytes are critical in shaping the protective immune response. However, they remain unexplored within malaria infections in field settings partly due to the limitations of previous methods. The recent upsurge in sequencing technologies combined with the ability to capture and measure entire sets of expressed genes have enhanced our capability to understand the functional roles of genes in complex biological processes. These techniques, referred to as RNA sequencing (RNAseq) can now be applied to population of cells (bulk-RNAseq) and individual cells (scRNA-seq).Using both techniques we will profile T cells from humans infected by malaria in endemic regions. We will investigate clinical and asymptomatic infections arising from the most virulent species, Plasmodium falciparum, to understand the basis for clinical immunity. To this end we will simultaneously acquire other measurements that are critical in determining response (e.g. antibody profiles) and use an integrated approach to gain a holistic understanding of the complex process. These results will advance our understanding and may motivate rational approaches for designing drugs and vaccines against malaria. På platser med intensiv överföring av malaria leder infektioner av parasiter till karakteristiska kliniska svar hos människor. Dessa kan vara akuta, allvarliga eller asymptomatiska infektioner. Den eller de immunologiska mekanismerna som ligger till grund för dessa olika svar är i dagsläget inte välstuderade. Tidigare studier har visat att T-lymfocyter är kritiska för att forma det skyddande immunsvaret. Rollen för dessa celler är dock fortfarande outforskade inom malariainfektioner i fältinställningar, delvis på grund av tidigare tekniska begränsningarna. Den senaste tidens framsteg i sekvenseringstekniker har avsevärt förbättrat vår förmåga att studera och förstå komplexa biologiska processer. Här avser vi bl.al att använda RNA-sekvensering (RNAseq) på såväl populationer av celler (bulk-RNAseq) samt individuella celler (scRNA-seq) för att kartlägga det kliniska förloppet hos malariainfekterade individer. Vi kommer att profilera T-celler från människor infekterade med malaria i endemiska regioner. Kliniska och asymptomatiska infektioner som härstammar från den mest virulenta arten, Plasmodium falciparum, kommer att kartläggas för att bättre förstå förloppet till klinisk immunitet. För att uppnå detta kommer vi att studera respons (t.ex. antikroppsprofiler) samt applicera RNA-seq för att på så sätt erhålla en förbättrad helhetsbild för den komplexa processen. Dessa studier avser att förbättra vår förståelse för det immunologiska svaret vid sjukdomsförloppet och har potential att bidra med viktig kunskap för utveckling av framtida läkemedel och vacciner mot malaria.