Development of a molecular surveillance phylogeographic tool to track HIV transmission networks in Bangladesh Utvecklande av en molekylär fylogeografisk metod för att följa HIV smittokedjor i Bangla-Desh Aims The aim is to develop a cost-effective molecular surveillance phylogeographic tool and use it to understand the intra- and inter-country movement of HIV strains in Bangladesh and inform on strategies how to combat the HIV epidemic. Three substudies will be done: i) To develop a near-full-length-genome protocol adopted for HIV strains in Bangladesh; ii) To develop a phylogeographic model for cluster analysis by integrating virus sequences with epidemiological, demographical and behavioural data, to understand the dynamics of transmission; iii) To validate and implement the model in Bangladesh to inform and support preventive measures. Project description and mode of cooperation The KI researchers will develop two cost-effective and simplified tools: i) a full-genome sequencing assay (NFLG) based on modern next generation sequencing; ii) an high-resolution Bayesian phylogeographic model. By combining the methods, we will creat a powerful tool to understand the spatial and temporal movements of HIV. A larg number of plasma samples (n= 400) will be analysed from clients attending an HIV Testing and Counselling (HTC) services at Dhaka Hospital. The virus full-genome sequence data will be analysed together with epidemiological, demographical, and behavioural data.  The design of the study is done together by the partners from KI and Bangladesh. The initial development of the assay and the phylogeopgraphic model will be done at KI. Thereafter the methods are transferred to Vi avser att utveckla en ny metod för att bättre kunna beskriva och följa befintliga och nya nätverk av hiv-1 infektioner i Bangladesh. Genom att analysera en begränsad del av hivs arvsmassa har vi tidigare konstaterat att hiv-1 har introducerats ett flertal gånger i Bangladesh från närliggande länder och genom gästarbetare som återvänder från Mellersta östern. Vi har nu utvecklat en kostnadseffektiv sekvenseringsmetod som kan kartlägga nästan hela HIV-1 genomet (kallad NFLG). Dessutom arbetar vi med att vidareutveckla fylogeografiska metoder i vilka vi kombinerar virusets gensekvenser med epidemiologiska, kliniska och beteende-data för att få information om hiv-1 stammarnas rörelse i tid och rum i ett land. Genom att kombinera dessa metoder kommer vi att få ett kraftfullt verktyg för att följa hiv-1 epidemin i Bangladesh, följa spridningen av befintliga stammar och identifiera uppkomsten av nya stammar. Denna kunskap kommer att kunna användas som stöd för förståelsen för spridningen av hiv-1 och designen av preventiva  åtgärder för att motverka detta. Metodutvecklingen sker initialt vid Karolinska Institutet och forskare från Bangladesh lär sig metoden. Därefter överförs kunskapen till Bangladesh där ett större antal prover från hiv-1 smittade personer för den senaste 10 års perioden kommer att analyseras. Forskarna från KI och Bangladesh kommer under slutfasen tillsammans analysera data, beskriva hiv-1 epidemin i Bangladesh och ge information till myndigheter vilken kan användas för nationella strategier för att motverka hiv-1 epidemin