Virulence evolution of Japanese encephalitis virus along the axis of pigs, mosquitoes, and humans in Asia Virulensutveckling av japanskt encefalitvirus längs axeln för grisar, myggor och människor i Asien Virulens används vanligtvis för att definiera hur farliga patogenerna är för värdarna. Detta projekt kommer att undersöka om de nya JEV-varianterna från grisar och vissa myggarter kan bli farligare för människor och till och med kunna orsaka större utbrott i Vietnam och Kambodja, där JE är en konstant sjukdomsbörda. Genom att studera virusets genetiska skillnader från JE patienter med olika klinisk svårighetsgrad kommer vi att förstå hur sjukdomsbild är relaterad till de genetiska förändringarna. Vi kommer också att utvärdera viruset genom att använda cell-, mygg- och mus-modeller. I dessa modeller kommer vi att se hur dessa olika JEV-varianter beter sig och om några infektionsmönster kan kopplas till specifik JEV-typ.Denna studie kommer också att använda flera ”omics-metoder”, som syftar till kollektiv karaktärisering och kvantifiering av pooler av biologiska molekyler. Vi kommer att samla JE-patientprover och försöka förstå JEV-infektionen på molekylär nivå genom att bl.a. sekvensera alla RNA-transkript och kvantifiera tusentals proteiner.Sist, men inte minst, kommer vi att använda en så kallad "bottom up"-metod för att efterlikna JEV överföringscykler i laboratoriet. JEV-infektionerna kommer att överföras mellan grisceller och myggor. Efter det kommer vi att sekvensera det genetiska materialet för att se hur virus förändrats. När RNA-virus utvecklas kommer vissa specifika mutationer att dyka upp i olika situationer. Genom dessa studier av infektionscykler kommer vi att hitta de intressanta mutationerna av betydelse för framtida JEV-utbrott.Vårt projekt kommer att integrera genomisk epidemiologi med nyligen utvecklade evolutionära analyser och avancerad molekylär virologi genom att använda en "One Health"-metod med fokus på JEV-virulens, som syftar till att förbättra både djurs och människors hälsa. The nature of unceasingly mutating RNA viruses drives the evolution of virulence, which determines the consequence of zoonotic virus infections. The zoonotic infections of Japanese encephalitis virus (JEV) from pigs and via mosquitoes to humans, causes most serious human acute viral meningitis in Asia. The recent replacement of JEV genotype III with genotype I highlights the alteration of JE epidemiology with ill-understood questions. How JEV evolves along the host axis and especially how these changes are linked to the virulence evolution, are the key scientific questions for understanding the epidemiology of JE, which will provide valuable knowledge for updating the JE vaccine program for animals and humans. To this end, the proposal aims to decipher JEV virulence evolution features by epidemiological and phylogenomic studies of JEV along its transmission chains between pigs, mosquitoes, and humans in Vietnam and Cambodia. Furthermore, we will employ omics approaches and application of susceptible cell, mosquito, and mouse models to evaluate the mutations of interest and their association with viral virulence. Additionally, based on the theory of convergent evolution in RNA viruses, we will establish laboratory infection cycles of JEV to identify the key mutations that might emerge in future outbreaks. Altogether, this project will yield comprehensive knowledge on virulence evolution of JEV, which will help reducing JE disease burden in the southeast Asia.