Metagenomisk undersökning av  korallreven på västra Indiska Oceanen för att bedöma miljöeffekterna av mänsklig verksamhet Metagenomics investigation to assess anthropogenic impact on West Indian Ocean coral reefs. An indicator of coral reef health. De marina resurser som korallreven erbjuder är den huvudsakliga proteinkällan för kustmänniskor i utvecklingsländer och större öar i WIO området. Patogena bakterier och virus, tillsammans med mänskliga aktiviteters inverkan på korallrevens ekosystem påverkar både exploaterade och oexploaterade arters populationer, samverkan och ekologiska processer och därmed ger en indikation på korallrevets hälsa.    Hittills har ekologistudier i WIO fokuserat på alg-korall-sjöborre-fisk-interaktioner snarare än på mer svårstuderade taxonomiska  grupper såsom prokaryota mikroorganismer och virus. Vår studie kommer att använda den senaste tekniken för metagenomik för att bedöma korallrevens hälsotillstånd och förmåga till anpassning till förändringar ( orsakade av mänsklig verksamhet och / eller klimat ) längs Kenyas och Mauritius kuster.    Den senaste utvecklingen inom DNA-sekvenseringteknik , bioinformatik och metagenomik vidgar gränserna för de biologiska  vetenskaperna. Den gör det möjligt att skapa, lagra, uppdatera och tolka stora mängder gensekvenser i en aldrig tidigare skådad omfattning. Det är nu möjligt att skifta fokus från enskilda enheter till analys av samspel inom hela populationer eller inom komplexa nätverk som styr biologiska system, till exempel korallrevs ekologi.    Detta tvärvetenskapliga område erbjuder ständigt växande möjligheter att flytta fram forsknings- och produktionsmål samt att bevara och hållbart nyttja biologiska resurser i utvecklingsländer. Framgångar har dokumenterats på många områden t.ex. inom marinbiologi.    Emellertid är tillgången till infrastruktur och kunskap inom detta teknikområde bristfällig i det aktuella området runt västra Indiska  oceanen ( WIO ). Denna brist förhindrar framsteg som skulle kunna generera ny kunskap om tillståndet hos marina resurser och därmed ge underlag för en hållbar förvaltning och utnyttjande av dem för både konventionella ändamål och som källa till hittills oidentifierade potentiella nya resurser.    För att överbrygga denna klyfta, kommer detta projekt att bygga upp kapacitet i regionen för att möjliggöra tillämpning av nästa generations sekvensering, bioinformatik och metagenomik och att samtidigt svara på viktiga frågor om mänsklig inverkan på tillståndet i korallrevens ecosystem. Projektet kommer också att informera berörda politiker och lokala samhällen om en mer hållbar användning av de aktuella marina resurserna .     Vi kommer att fokusera på en metagenomanalys av för att utröna människoaktiviteters inverkan på korallreven i Kenya och Mauritius . Vi kommer att bygga på modellstudier från utvecklade länder för att fastställa och bedöma identitet och mikrobiell mångfald i korallrevens ekosystem och på detta sätt skapa underlag för att förstå effekterna av mänsklig verksamhet och för beslut om åtgärder som måste vidtas för en hållbar förvaltning av dessa marina resurser. Coral reefs provide most of the food for coastal communities in the Western Indian Ocean (WIO), often leading to over-use. Metagenomics studies have shown how pathogenic bacteria, viruses and human activities affect both exploited and unexploited species populations, community structure  and ecological processes on coral reefs and thus, acts as a barometer of overall reef health. However, the WIO region lacks metagenomics capacity and cannot assess the status of their marine resources to ensure sustainable management for both conventional and hitherto unidentified potential new resources.  Modern DNA sequencing, bioinformatics and metagenomics are changing approaches in biological sciences. Vast amounts of data generated are now stored in huge databases for interpretation and simultaneous manipulation of multiple gene sequences on an unprecedented scale. So, emphasis is shifting from single entities to the analysis of interactions within whole populations and  complex networks that control biological systems, such as coral reef ecologies. This provides insights and new opportunities to tailor research goals for improved production and guide conservation and sustainable use of biological resources. This project will build capacity in next generation sequencing,  bioinformatics and metagenomics and also assess the impact of human activities on coral reef ecosystem health in Kenya and Mauritius so as to inform policies and local communities on its sustainable use.