IDAR-Neo - Identifikation och karaktärisering av tarmbärarskap med antibiotikaresistenta bakterier hos nyfödda i låginkomstländer IDAR-Neo - Identification and characterization of fecal carriage of antimicrobial resistant bacteria in neonates in low-resource settings Antimicrobial resistance (AMR) is a major threat to global health. The situation is particularly alarming in Low- and Middle-Income Countries (LMICs), since easy-to-use tools for identifying AMR bacteria are lacking. The goal of this project is to develop and use two fluorescence microscope-based assays to detect carriage and infections of AMR bacteria. The project is a collaboration with the neonatal ward at Muhimbili National Hospital (MNH) in Dar es-Salaam, Tanzania. Tanzania is one of ca 85 LMICs where simple fluorescence microscopes are used to diagnose tuberculosis. We will repurpose these microscopes for AMR detection assays, which means that there is no cost for infrastructure. We will focus on neonates because they are a highly vulnerable population prone to acquire hospital infections. We believe that interventions based on this project will have immediate clinical impact on neonatal care. However, the methods developed are applicable in any hospital ward. The first assay is based on PNA-FISH and can be used to identify AMR bacteria in complex samples. We will focus on detecting K. pneumoniae and E. coli in fecal samples. The second is a genetic analysis that will identify resistance genes in the detected bacteria. The project includes assay development in Sweden, a screen for AMR bacteria at the neonatal ward at MNH, teaching of the assays to MNH staff, and implementation of the assays for infection control interventions in the neonatal ward at MNH. Antibiotikaresistens är ett stort hot mot global hälsa. Problemen är alarmerande i låg-och-medelinkomstländer (LMICs) då effektiva metoder för att identifiera resistenta bakterier saknas. Förtidigt födda barn är extra känsliga för resistenta infektioner då dom har ett begränsat immunförsvar och dödligheten på neonatalavdelningar i LMICs är hög.En viktig del av att bekämpa resistenta bakterier är att utveckla metoder för att identifiera och karakterisera bakterier som är lämpliga i LMICs. En möjlig strategi är att utveckla nya metoder som använder utrustning som redan finns i de här länderna. Vi ska i detta projekt utnyttja att diagnostik av tuberkulos i många LMICs redan sker med enkel fluorescensmikroskopi.Vi ska utveckla två metoder. Den första metoden är baserad på att i avföringsprover identifiera om en patient är koloniserad av resistenta bakterier. Detta för att kunna isolera patienter som bär på farliga bakterier för att minimera spridning. Den andra metoden gör det möjligt att detektera de gener som gör bakterierna resistenta. Detta för att förstå hur bakterier sprider sig i sjukhusmiljön och minska framtida utbrott.Vi kommer att fokusera på E. coli och K. pneumoniae som är på WHOs lista över farliga bakterier som ofta är resistenta mot vanliga antibiotika. Vi kommer att implementera metoderna på neonatalavdelningen på Muhimbili National Hospital (MNH) i Dar es Salaam, Tanzania. MNH har stor erfarenhet av internationella samarbeten och en neonatalläkare i projektet har erfarenhet av vård på MNH, vilket underlättar implementeringen.Studierna på MNH är uppdelade i tre faser. I den första ska vi med traditionella metoder studera resistensläget på neonatalavdelningen. Prover som samlats in skickas till Sverige för optimering av metoderna. I nästa steg ska vi träna personal från MNH på metoderna, både i Sverige och på plats. Under tredje året används metoderna i klinisk rutin och bidra med en plan för hur spridning kan minimeras på neonatalavdelningen.